Wikiversité frwikiversity https://fr.wikiversity.org/wiki/Wikiversit%C3%A9:Accueil MediaWiki 1.39.0-wmf.21 first-letter Média Spécial Discussion Utilisateur Discussion utilisateur Wikiversité Discussion Wikiversité Fichier Discussion fichier MediaWiki Discussion MediaWiki Modèle Discussion modèle Aide Discussion aide Catégorie Discussion catégorie Projet Discussion Projet Recherche Discussion Recherche Faculté Discussion Faculté Département Discussion Département Transwiki Discussion Transwiki TimedText TimedText talk Module Discussion module Gadget Discussion gadget Définition de gadget Discussion définition de gadget Sujet 0 24155 880685 752207 2022-07-23T22:44:41Z Zetud 1978 Orth. wikitext text/x-wiki {{Chapitre | idfaculté = mathématiques | numéro = 4 | niveau = 14 | précédent = [[../Loi normale/]] | suivant = [[../Loi de Cauchy/]] }} == Présentation == La loi exponentielle décrit la durée de vie d'un phénomène sans vieillissement (particule radioactive, temps d'attente, ...). == Définition == La loi exponentielle est une loi de probabilité pour les variables aléatoires continues. On la définit au moyen d'une densité de probabilité (voir le chapitre 1). {{Définition | contenu ={{Wikipédia|Loi exponentielle}} La densité de probabilité d'une variable aléatoire continue suivant une loi exponentielle <math>\mathcal E(\lambda)</math> est : :<math>f(x)=\lambda \exp (-\lambda x)\mathbf 1_{\R_+} (x)</math>, où <math>\lambda</math> est un nombre réel strictement positif. }} === Densité === [[Fichier:Exponential distribution pdf.png|thumb|upright=1.2|Densité de probabilité de diverses lois exponentielles.]] La fonction de densité d'une loi exponentielle est une exponentielle décroissante, qui tend d'autant plus vite vers 0 que son paramètre <math>\lambda</math> est grand. {{clr}} === Fonction de répartition === {{Théorème | contenu = La fonction de répartition d'une variable aléatoire continue <math>X</math> suivant une loi exponentielle <math>\mathcal E(\lambda)</math> est : <div style="text-align: center;"><math> F(x) =\begin{cases} 1-\mathrm e^{-\lambda x}& \text{si }x \ge0 \\ 0 & \text{sinon.} \end{cases}</math></div> }} {{Démonstration déroulante|contenu= <math>\forall x\ge0\quad F(x)=\mathbb P(X\le x)=\int_0^x\lambda\mathrm e^{-\lambda t}\,\mathrm dt=\mathrm e^{-\lambda0}-\mathrm e^{-\lambda x}</math> et <math>\forall x<0\quad F(x)=0</math>. }} == Moments == === Fonction génératrice des moments === {{Théorème | contenu = La fonction génératrice des moments d'une variable aléatoire continue <math>X</math> suivant une loi exponentielle <math>\mathcal E(\lambda)</math> est : <div style="text-align: center;"><math>M_X (t) =\frac{\lambda}{\lambda - t}</math>.</div> }} {{Démonstration déroulante|contenu= <math>M_X(t)=\mathbb E\left(\mathrm e^{tX}\right)= \int_0^{+\infty} \exp (t x) \lambda \exp (-\lambda x)\,\mathrm dx = \lambda \int_0^{+\infty} \exp [(t -\lambda) x]\,\mathrm dx = \frac{\lambda}{\lambda-t}</math>. }} {{Corollaire|contenu= Le moment d'ordre <math>k</math> d'une variable aléatoire continue <math>X</math> suivant une loi exponentielle <math>\mathcal E(\lambda)</math> est : <div style="text-align: center;"><math>\mathbb E\left(X^k\right)=\frac{k!}{\lambda^k}</math>.</div> }} {{Démonstration déroulante|contenu= <math>\sum_{k=0}^\infty\frac{t^k}{k!}\mathbb E\left(X^k\right)=M_X(t)=\frac{\lambda}{\lambda-t}=\sum_{k=0}^\infty\frac{t^k}{\lambda^k}</math>. }} === Espérance === {{Théorème | contenu = L'espérance d'une variable aléatoire continue <math>X</math> suivant une loi exponentielle <math>\mathcal E(\lambda)</math> est : <div style="text-align: center;"><math>\mathbb E(X)=\frac1\lambda</math>.</div> }} {{Démonstration déroulante|contenu= :<math>\mathbb E(X^1)=\frac{1!}{\lambda^1}</math>. }} === Variance et écart-type === {{Théorème | contenu = La variance d'une variable aléatoire continue <math>X</math> suivant une loi exponentielle <math>\mathcal E(\lambda)</math> est : <div style="text-align: center;"><math>\mathrm V(X)=\frac1{\lambda^2}</math></div> donc son écart-type est <math>\frac1\lambda</math>. }} {{Démonstration déroulante | contenu = <math>\mathbb E(X^2)=\frac{2!}{\lambda^2}</math>, d'où <math>\mathrm V(X)=\mathbb E(X^2)-\mathbb E(X)^2=\frac1{\lambda^2}</math>. }} == Absence de mémoire == Le fait qu'une durée de vie sans vieillissement (la durée de vie au-delà d'un instant ''T'' ne dépend pas de ''T'') peut se traduire par : :<math>\forall (t_1,t_2) \in(\R_+^*)^2\quad\mathbb P(X>t_1+t_2\mid X>t_1) = \mathbb P(X>t_2)</math>, c'est-à-dire :<math>\frac{\mathbb P(X>t_1+t_2)}{\mathbb P(X>t_1)} = \mathbb P(X>t_2)</math>, ou encore, en notant <math>F(t) = \mathbb P(X>t)</math> : :<math>F(t_1 + t_2) = F(t_1) F(t_2)</math>. On reconnait alors la [[Fonction exponentielle/Exponentielle de base a#Propriétés algébriques|propriété algébrique des fonctions exponentielles]]. Ainsi, il existe <math>\alpha\in\R</math> tel que <math>F(t)=\mathrm e^{\alpha t}</math>, et puisque ''F'' est croissante, <math>\alpha>0</math>. On reconnait ainsi la fonction de répartition d'une loi exponentielle. Réciproquement, on retrouve, à partir de la fonction de répartition d'une loi exponentielle, la propriété d'une durée de vie sans vieillissement. On a ainsi prouvé : {{Propriété | titre=Propriété d'absence de mémoire | contenu= Une variable aléatoire réelle <math>X</math> suit une loi exponentielle si et seulement si : :<math>\forall (t_1,t_2) \in(\R_+^*)^2\quad\mathbb P(X>t_1+t_2\mid X>t_1) = \mathbb P(X>t_2)</math>. }} {{Bas de page | idfaculté = mathématiques | précédent = [[../Loi normale/]] | suivant = [[../Loi de Cauchy/]] }} qmw9ei1w1585xyvdn5ve6albmb5xd93 0 30463 880660 788184 2022-07-23T12:09:50Z Slzbg 68495 ortho wikitext text/x-wiki {{Quiz | idfaculté = transport | numéro = 1 | niveau = avancé | précédent = [[../../|Sommaire]] | suivant = [[../Systèmes pneumatiques et de transmission manuelle/]] }} Cet exercice vous permet de pratiquer pour obtenir un permis d'apprenti de véhicule lourd et chacune des questions comporte une seule bonne réponse. Il comprend deux sections : les questions de base et le convoi exceptionnel. Si la première section doit être réussie, l'autre est optionnelle puisque dans le cas du transport hors normes en plus des permis de conduire du chauffeur, il faut aussi que le transporteur obtienne les documents de circulations qui autorisent les déplacements de ce type de chargement. == Les questions de base == <quiz> { Il est obligatoire pour les conducteurs de véhicules lourds de porter la ceinture de sécurité installée par le manufacturier du véhicule. : | type="(+)" } + vrai - faux { Est-ce-que le code de la sécurité routière oblige le conducteur de véhicule lourd à effectuer une vérification de son véhicule avant le départ ? : | type="()" } + oui - non { Est-ce-que vous êtes autorisé à prendre la route avec une défectuosité majeure sur votre véhicule ? : | type="()" } - oui + non { Alors que les lumières de signalisation ''annonce d'un poste de contrôle routier'' clignotent, les conducteurs de camions porteurs ne sont pas obligés de s'arrêter à ce poste pour la vérification de leur véhicule et de leurs documents. : | type="()" } - vrai + faux { Durant la phase de dégel, il existe une période de restriction des charges propre à chacune des zones désignées. : | type="()" } + vrai - faux { Lorsque un conducteur est impliqué dans un accident, il a l'obligation de demeurer sur les lieux de l'accident. : | type="()" } + vrai - faux { À la suite d'un bris mécanique sur votre véhicule il est immobilisé sur le bord de la route publique, vous mettez en fonction les lumières d'urgence, il n'est donc pas obligatoire de mettre les trois triangles réfléchissants au tour du véhicule ; deux situés à l'arrière du véhicule ; à 3 mètres, et à 30 mètres, tandis que le troisième sera mis à 30 mètres à l'avant si la chaussée a des voies en sens inverses, ou encore si les deux voies sont dans la même direction, il sera mis à 60 mètres à l'arrière de l'engin. : | type="()" } - vrai + faux { La fatigue et la somnolence seraient en cause dans : | type="()" } - 15% des accidents de la route. + 5% de l’ensemble des accidents de la route qui implique un véhicule lourd. - 25% des accidents de la route. { Si un conducteur a sommeil ou qu’il ressent de la fatigue en conduisant, la meilleure situation à faire est ... | type="()" } + de quitter la route et d'arrêter dans un endroit sécuritaire pour qu’il se repose. - d'augmenter le volume de la radio. - d'ouvrir la fenêtre pour faire circuler de l'air frais. { Pour pouvoir préparer un long voyage, il faut ... | type="()" } + prendre une bonne nuit de sommeil la veille du départ et planifier le trajet en incluant des pauses et des siestes. - quitter en soirée et conduire la nuit afin d’éviter la circulation. - essayer de conduire le plus longtemps possible parce que vous êtes suffisamment en forme afin d'arriver le plus rapidement possible à destination. { La fatigue a des effets qui sont comparables à ceux de l’alcool sur la conduite après : | type="()" } - 10 heures d'éveil. - 14 heures d'éveil. + 17 heures d'éveil. - 19 heures d'éveil. { Lorsque le conducteur est fatigué, il croit que de la consommation d'alcool affectera sa capacité de conduire : | type="()" } - Pas du tout. - Légèrement. + Grandement. { Les épisodes de somnolence au volant sont plus fréquents : | type="()" } + La nuit. - Le jour. - Autant le jour que la nuit. { La plupart des gens ont besoin d'une nuit de sommeil de sept à huit heures, puisque une nuit écourtée entraîne une dette de sommeil, et donc la conduite commence à se détériorer s'il y a une accumulation d'une dette de sommeil de : | type="()" } + 2 heures. - 4 heures. - 5 heures. - 8 heures. { C'est durant quelle période de la journée que les risques d'accidents qui sont liés à la fatigue sont-ils le plus élevés ? | type="()" } - L'avant-midi entre 8 heures et 12 heures. - L'après-midi entre 13 heures et 16 heures. + La nuit entre minuit et 6 heures. { Pour être dans sa forme optimale, un conducteur de moins de {{unité|25|ans}} doit dormir : | type="()" } + Le même nombre d'heures de sommeil qu'un conducteur âgé. - Moins d'heures qu'un conducteur âgé. - Plus d'heures qu'un conducteur âgé. { Si vous éprouvez de la fatigue alors que vous conduisez : | type="()" } - Vous ignorez les premiers signes de fatigue. - Vous les percevez mais vous refusez d’en tenir compte. + Vous choisissez de vous arrêter et de vous reposer. { Il faut s'assurer au près de son médecin ou pharmacien que les médicaments que vous avez à prendre ne nuisent pas à la conduite. : | type="()" } + vrai - faux { Au Canada, sur un quart de travail, combien d'heures de conduite un routier peut-il faire avant d'effectuer un repos obligatoire ? : | type="()" } - 11 heures + 13 heures - 14 heures { Au Canada quelle est le nombre d'heures de repos consécutives qui est nécessaire avant de débuter un nouveau quart de travail ? : | type="()" } + 8 heures - 9 heures - 10 heures { Au Canada, il y a deux cycles de travail et donc quel est le nombre d'heures de repos consécutives qui est nécessaire avant de changer de cycle de travail ? : | type="()" } - 24 heures + 36 heures - 48 heures { La nuit, il faut s'assurer que la distance nécessaire pour effectuer un arrêt complet reste dans une limite inférieure à la portée des phares. : | type="()" } + vrai - faux { L'exploitant est le seul responsable du respect des règles sur les charges et dimensions. : | type="()" } - vrai + faux { L'utilisation des lumières de position est toute indiquée pour signaler sa présence dans des conditions de visibilité réduite. : | type="()" } - vrai + faux { La nuit, jusqu'à quelle distance les lumières rouges doivent-elles être visibles ? : | type="()" } - 50 mètres - 100 mètres + 150 mètres - 300 mètres { Il est utile de vérifier régulièrement l'état des pneus lorsqu’il fait très chaud. : | type="()" } + vrai - faux { Dans le cas des transmissions automatiques américaines, le choix d'un rapport plus bas a pour effet d'empêcher la boîte de vitesses de passer automatiquement à un rapport plus élevé. : | type="()" } + vrai - faux { Le système de freinage de secours sert à immobiliser le véhicule lorsqu’il est stationné. : | type="()" } - vrai + faux { L'aptitude à regarder loin devant soi est à mettre en pratique seulement pour la conduite sur les autoroutes. : | type="()" } - vrai + faux { Un conducteur qui circule avec un véhicule lourd, doit garder une distance sécuritaire avec le véhicule qui le précède. Comment évaluer cette distance ? | type="()" } - estimer 50 mètres de distance + compter une intervalle de 6 secondes entre le passage des deux véhicules { Un panneau de signalisation qui indique une pente de 10 % oblige le conducteur à diminuer de 10 % la vitesse de son véhicule avant d’aborder la pente. : | type="()" } - vrai + faux { Il est nécessaire de regarder dans les rétroviseurs et devant soi toutes les : | type="()" } - 30 à 50 secondes + 10 à 15 secondes { Il faut éviter de freiner dans une courbe puisque cette action risque de provoquer un dérapage du véhicule. : | type="()" } + vrai - faux { Lorsque le véhicule est en situation d'aquaplanage, il est recommandé de freiner pour conserver la maîtrise de l'équipement. : | type="()" } - vrai + faux { Lorsqu'une des roues jumelées d'une remorque éclate, la crevaison est ressentie fortement par le conducteur du véhicule. : | type="()" } - vrai + faux { Alors que le véhicule lourd amorce un dérapage, la manœuvre à faire consiste à : | type="()" } + tourner le volant dans la direction que l'engin tend à prendre - tourner le volant dans la direction inverse que l'engin tend à prendre { Sur une chaussée glissante, certains types de ralentisseur risquent de bloquer les roues motrices et de provoquer une mise en portefeuille de la semi-remorque. : | type="()" } + vrai - faux { La chaussée sur les viaducs et les ponts est la plupart du temps plus glissante alors que la température est très près du point de congélation. : | type="()" } + vrai - faux { Vous êtes sur l'autoroute et vous remarquez qu’il y a des vents latéraux très violents, que devez vous faire ? : | type="()" } - Ne rien faire, la remorque est pleine. + Ralentir et sortir des voies rapides le plus tôt possible. { Les systèmes de freins hydrauliques sont conçus de telle manière que la surchauffe ne modifie pas leur efficacité. : | type="()" } - vrai + faux { Lorsque qu’il y a une crevaison d'un pneu directeur, il faut tenir solidement le volant pour orienter le véhicule, relâcher ensuite la pédale de l'accélérateur pour effectuer un freinage de manière graduel pour immobiliser le véhicule. : | type="()" } + vrai - faux { Le conducteur d'un autobus scolaire peut accepter jusqu'à 12 élèves debout, si le véhicule comprend 12 rangées de sièges. : | type="()" } - vrai + faux { Un conducteur d'autobus doit arrêter aux endroits où un panneau de signalisation indique de faire une vérification des freins, si le véhicule pèse plus de 3000 kilogrammes. : | type="()" } + vrai - faux { Le conducteur d'un autobus doit immobiliser son véhicule à au moins 5 mètres d'un passage à niveau. : | type="()" } + vrai - faux { Dans le cas d'un autobus, la vérification avant départ doit être effectuée avant chaque départ. : | type="()" } + vrai - faux { Le conducteur d'un autobus scolaire doit faire fonctionner les lumières intermittentes de son propre véhicule, lorsqu’il se stationne derrière un autre autobus scolaire dont les lumières intermittentes sont allumées. : | type="()" } + vrai - faux { Quelle est la distance où un automobiliste doit immobiliser son véhicule lorsqu’il rencontre un autobus scolaire avec les lumières intermittentes en opération ? : | type="()" } - 3 mètres + 5 mètres - 8 mètres { Il n’est pas nécessaire d’avoir à bord d'un véhicule lourd ; des réflecteurs, un extincteur et une trousse de premiers soins. : | type="()" } - vrai + faux { Les méthodes d'opérations pour attacher solidement la marchandise sont les mêmes pour tous les types de cargaisons. : | type="()" } - vrai + faux { Le conducteur n'a pas à vérifier le chargement en cours de route si celui-ci a été correctement arrimé au départ. : | type="()" } - vrai + faux { Faut-t-il disposer la marchandise de telle manière que le centre de gravité soit le plus bas possible ? : | type="()" } + vrai - faux { Un contrôleur routier peut vérifier un véhicule lourd qui présente des signes d'émissions excessives et rédiger un rapport d’infraction. : | type="()" } + vrai - faux { Le temps de travail est le poste qui est compris entre deux périodes d'au moins 8 heures de repos consécutives. : | type="()" } + vrai - faux { Le conducteur qui attend un voyage au terminus d'attache doit considérer cette période comme des heures de travail. : | type="()" } + vrai - faux { Pour pouvoir conduire, le conducteur doit avoir pris au moins combien d'heures de repos consécutives dans les 14 jours qui précèdent la journée qui est en cours ? : | type="()" } + 24 heures - 36 heures { Après avoir rempli votre rapport de vérification avant départ, et avant de partir, où devez-vous remettre ce type de document ? : | type="()" } - Dans le bureau du propriétaire du véhicule. - À l'atelier du mécanicien. + Avec vous dans le camion. { La fiche journalière est un document qui est personnel, et donc au cours d'un déplacement en transport qui est accompli en équipe de deux, chaque conducteur doit compléter son propre dossier et inscrire le nom de son coéquipier. : | type="()" } + vrai - faux { Le conducteur doit noter dans son rapport toute défectuosité qui est décelée durant le voyage, même si le véhicule circule à l'intérieur d'un rayon de 160 kilomètres de son port d'attache. : | type="()" } + vrai - faux { Dans le cas d'un autobus, la vérification avant départ peut être effectuée par un préposé à l'entretien. : | type="()" } + vrai - faux { Le conducteur qui décèle une défectuosité mécanique mineure durant son travail n’est pas obligé de l'inscrire dans le rapport de vérification. : | type="()" } - vrai + faux { Si l'une des pièces de fixation des roues est fissurée ou mal fixée, vous devez l'inscrire dans le rapport de vérification et ensuite vous pouvez prendre la route avec le véhicule. : | type="()" } - vrai + faux { Vous effectuez la vérification du véhicule et vous remarquez que le miroir gauche du camion est instable, mais qu’il n'y a pas de danger qu’il se détache, est-ce-que c’est une défectuosité majeure ? : | type="()" } - oui + non { Pour atteler la remorque, il faut tenter d'avancer un peu le tracteur pour vérifier si la mâchoire retient bien le pivot d'attelage. : | type="()" } + vrai - faux { Pour atteler la remorque, il faut installer les tuyaux du système pneumatique, le cordon d'éclairage et relever les béquilles de la remorque : | type="()" } + vrai - faux { Est-ce-que la plaque d'attelage de la remorque doit être un peu plus basse que le plateau de la sellette à son point de pivotement ? : | type="()" } + oui - non { Pour dételer la remorque, il faut enlever les tuyaux du système pneumatique et le cordon d'éclairage et débarrer la mâchoire de la sellette. : | type="()" } + vrai - faux { Pour dételer la remorque, il faut avancer un peu le tracteur pour dégager le pivot d'attelage, arrêter le véhicule, abaisser la suspension du tracteur et avancer lentement. : | type="()" } + vrai - faux { Quel virage est le plus difficile à effectuer pour le conducteur d'un véhicule lourd ? : | type="()" } - virage à gauche + virage à droite { Pour accomplir une manœuvre en marche arrière avec un tracteur qui est attelé à une remorque, de quel côté faut-t-il tourner le volant pour aligner la remorque vers la droite ? : | type="()" } + Il faut tourner le volant vers le côté gauche. - Il faut tourner le volant vers le côté droit. { Idéalement, pour effectuer une marche arrière de manière sécuritaire, de quel angle sera la position adéquate de la remorque ? : | type="()" } + Du côté du chauffeur. - Cela n'a pas d'importance. { Lorsqu’il y a de la manipulation de marchandises au-dessus d'un véhicule lourd, le conducteur ne peut dans aucun cas rester sur ou dans son véhicule puisqu’il y a un risque d’être en danger. : | type="()" } + vrai - faux { Pour accéder à l'intérieur d'un véhicule lourd, il faut utiliser la méthode des trois points d'appui : | type="()" } + vrai - faux { Est-ce-qu’il faut toujours descendre de dos de son véhicule afin de bien voir où l’on pose les pieds ? : | type="()" } + oui - non { À moins d’être muni de sièges supplémentaires, il ne faut pas embarquer des passagers à bord d'un véhicule lourd. : | type="()" } + vrai - faux { Est-ce-que les camions bétonnières devraient être munis d'un klaxon automatique pour les manœuvres de marche arrière ? : | type="()" } + oui - non { Que faut-t-il faire lors de l’utilisation de camion-pompe à béton ? : | type="()" } - Il faut s'assurer que personne ne se tienne sous le mât de distribution. - Il faut être guidé par un signaleur si l'opérateur ne peut pas voir l'extrémité du tuyau souple d'où sors le béton. - Il faut éviter de lever des charges avec le mât de distribution de béton. + toutes les réponses précédentes. { Est-ce-que le conducteur d'un véhicule lourd devrait arrêter toutes les manœuvres d'opération lorsque le signaleur n'est plus visible ? : | type="()" } + oui - non { Est-ce-que le conducteur d'un véhicule lourd est passible d'une amende s'il ne respecte pas les directives du signaleur routier ? : | type="()" } + oui - non { Qu'arrive-t-il lorsqu’il y a un pneu qui est trop gonflé ? : | type="()" } - Il surchauffera très rapidement. - Le pneu sera usé uniformément sur la bande de roulement. - Il y aura une usure prématurée sur les côtés de la bande de roulement. + Le pneu s'usera prématurément au centre de la bande de roulement. - Aucune de ces réponses. { Malgré que le pneu soit correctement aligné, le pneu est quand même sous-gonflé et qu'est-ce-qui arrivera au pneu dans une telle situation ? : | type="()" } + Il y aura une usure sur les côtés de la bande de roulement. - Il y aura une usure sur le centre de la bande de roulement. - Il y aura une usure prématuré sur le flanc intérieur du pneu. - Il y aura une usure prématuré sur le flanc extérieur du pneu. - Aucune des ces réponses puisque les pneus qui sont sous-gonflés améliore grandement l'adhérence sur la route. </quiz> Le taux de réussite est de 60/80 points. == Le convoi exceptionnel == <quiz> { La remorque la moins lourde est celle qui doit être attelée au tracteur. : | type="[]" } - vrai + faux { La remorque la moins longue est celle qui doit être attelée au tracteur. : | type="[]" } - vrai + faux { Tous les titulaires d'un permis de conduire de véhicule lourd peuvent conduire un train routier. : | type="[]" } - vrai + faux { Un permis spécial de circulation est nécessaire pour circuler avec un train routier. : | type="[]" } + vrai - faux { La masse totale en charge maximale autorisée pour un train routier est de {{Unité|67.5|{{abréviation|t|tonne}}}}. : | type="[]" } + vrai - faux { Le conducteur d'un train routier doit circuler à une vitesse maximale de 90 kilomètres à l’heure. : | type="[]" } + vrai - faux { Les trains routiers peuvent circuler en tout temps, sauf lorsque la chaussée est glissante. : | type="[]" } - vrai + faux { À quel moment, la mise en portefeuille avec un train de type B devient quasiment inéluctable ? : | type="()" } - 1 degré - 3 degrés - 5 degrés - 10 degrés + 15 degrés { Combien d'années d'expérience faut-il à un conducteur de véhicule lourd pour pouvoir déplacer un train routier ? : | type="()" } - une année - deux ans - trois ans + cinq ans - dix ans { Avoir des pivots d'articulation sur un train routier influencera-t-il la conduite de l’ensemble des véhicules ? : | type="[]" } + oui - non { À quel endroit est situé un panneau qui indique que les camions qui sont en surcharge ne sont pas autorisés à circuler ? : | type="()" } - Sur une route rural. + Avant un pont. - près des hôpitaux. { Que faut-il faire lorsque la marchandise excède la longueur d'une remorque mais qu'elle ne dépasse pas la longueur de deux mètres : | type="[]" } - Ne rien faire puisque la remorque est sécuritaire. + Il faut mettre en place un dispositif pour améliorer la visibilité de la nouvelle longueur de la remorque. { Est-ce-qu'un train routier a une longueur de plus de 25 mètres ? : | type="[]" } - non + oui { Quelle est la distance qu'un train routier doit-t-il circuler de manière sécuritaire avec le véhicule qu’il précède ? : | type="()" } - 90 mètres + 150 mètres - 300 mètres - 500 mètres { Quelle est la méthode idéale pour accoupler trois remorques d'un ensemble de train routier ? : | type="()" } - Il faut accouplé la première à la deuxième ensuite combiner en reculent après la troisième remorque. + Il faut accouplé la deuxième à la troisième ensuite prendre la première remorque qui est arrimée après la deuxième. - Aucune des réponses précédentes, puisque cela n'a pas d'importance. { Quelle est le facteur qui détermine l’ordre d'attelage des remorques au tracteur, le poids ou la longueur ? : | type="()" } - La longueur + Le poids - Aucune des réponses précédentes, puisque cela n'a pas d'importance. </quiz> <!-- Le taux de réussite est de 23 points. --> {{Bas de page | idfaculté = transport | précédent = [[../../|Sommaire]] | suivant = [[../Systèmes pneumatiques et de transmission manuelle/]] }} te654z5jxi3zbr8gw150ds3ycptmz2d 104 49807 880659 810929 2022-07-23T12:08:55Z Slzbg 68495 ortho wikitext text/x-wiki {{Travail de recherche | idfaculté = histoire | niveau = 13 | titre = Morts 14-18 }} <div style="text-align: center;">'''{{grossir|facteur=2 |Morts de septembre 1915 à août 1916}}''' {{grossir|facteur=1.3 |[[Recherche:Morts 14-18|« Quelle connerie la guerre ! »]] : [[Recherche:Morts 14-18/2013-2014|2013-14]] ; [[Recherche:Morts 14-18/2014-2015|2014-15]] ; [[Recherche:Morts 14-18/2015-2016|2015-16]] ; [[Recherche:Morts 14-18/2016-2017|2016-17]] ; [[Recherche:Morts 14-18/2017-2018|2017-18]] ; [[Recherche:Morts 14-18/2018-2019|2018-19]]}}</div> [[Fichier:Nécropole Douaumont.JPG|thumb|upright=1.5|Alignements de tombes de la [[w:Ossuaire de Douaumont|nécropole de Douaumont]], photo prise lors d'une sortie scolaire de février 2013 sur le champs de bataille de {{w|Verdun}} ([[w:Meuse (département)|Meuse]]).]] Les séances de l'année scolaire 2015-2016 sont consacrées à la période de début septembre 1915 à fin août 1916. → Articles connexes à utiliser : [[w:Seconde bataille de Champagne|bataille de Champagne]], [[w:Bataille de Verdun (1916)|bataille de Verdun]] et {{w|bataille de la Somme}}. == Travail à faire == {{Principe |titre=Consignes aux élèves |contenu= # Choisir un militaire parmi ceux proposés ci-dessous (chacun le sien) ; # enquêter pour savoir qui il est, en utilisant les ressources proposées ; # rédiger un petit paragraphe présentant le parcours de ce militaire et de son unité. }} '''Première étape''' : la [http://www.memoiredeshommes.sga.defense.gouv.fr/fr/arkotheque/client/mdh/base_morts_pour_la_france_premiere_guerre/ base des « morts pour la France »] permet de trouver le nom complet (avec le deuxième voir troisième prénoms pour éviter les homonymes), la fiche fournissant la date et le lieu de naissance, la classe (année des {{unité|20|ans}}, année du recensement avant de faire son service militaire), le numéro matricule lors du recrutement, le grade, l'unité, ainsi que la date et le lieu de décès. '''Deuxième étape''' : à partir de la classe et du numéro matricule, les [http://archives.yvelines.fr/article.php?larub=27&titre=registres-d-incorporation-militaire registres de matricules de Versailles] (si il est du département, sinon il faut consulter les archives d'un autre département, en espérant qu’elles soient en ligne...) fournissent les identités des parents, une description physique, le métier et un récit des affectations. '''Troisième étape''' : avec les noms de l'unité d'affectation (régiment ou bataillon), une recherche sur Wikipédia donne le lieu de casernement et les différents opérations (on peut consulter aussi le [http://www.memoiredeshommes.sga.defense.gouv.fr/fr/arkotheque/inventaires/recherche.php?fam=3 journal de marche de l'unité sur le site mémoire des hommes]). Pour d'autres sources (par exemple le recensement), cf. [[Recherche:Morts_14-18#Sources]]. Éléments à rechercher (si possible) : * nom complet (pour éviter les homonymes), date et lieu de naissance ; * lieu de domicile (si possible la rue), membres de la famille, travail dans le civil ; * dates d'incorporation (début du service militaire) et/ou de mobilisation, classe (année des {{unité|20|ans}}) ; * régiment, lieu(x) de casernement, corps d'armée d'affectation, grade, opérations pendant la guerre ; * date et lieu de décès, type de décès, lors de quelle bataille, âge au décès et lieu de sépulture. Pour les sources, cf. [[Recherche:Morts_14-18#Sources]]. == Morts == === Gaëtan ANTONUGGI === {{Cadre simple|contenu=Recherches réalisées par Agathe et Nora (1{{re}} S 3) en janvier 2015|couleurbord=red|couleurfond=#F6FFB2|padding=0}} Gaëtan ANTONUGGI, né le 18 mai 1891 à Paris dans le [[w:17e arrondissement de Paris|17{{e}} arrondissement]]. {{w|Caporal}} au [[w:107e régiment d'infanterie (France)|107{{e}} régiment d'infanterie]], mort le 5 septembre 1915 suite à ses blessures. Son corps est enterré au cimetière de {{w|Habarcq}}, dans le {{w|Pas-de-Calais}}, tandis que son nom est inscrit parmi la liste des « [[w:Mort pour la France|morts pour la France]] ». === Alexandre BOUTET === Alexandre Désiré BOUTET, soldat au 290{{e}} régiment d'infanterie, mort le 19 septembre 1915 à Rivière (dans le Pas-de-Calais). === Victor EVRARD === Victor François EVRARD, mort le 22 septembre 1915 à Souchez (Pas-de-Calais). === Jacques BERNAUER === {{Cadre simple|contenu=Recherches réalisées par Cece (1{{re}} ES 4) en novembre 2015|couleurbord=red|couleurfond=#F6FFB2|padding=0}} Jacques BERNAUER est né le 17 octobre 1883 à Paris. Il fait partie de la classe 1903, ce qui signifie qu’il a eu {{unité|20|ans}} en 1903 et qu’il commence son {{w|service militaire}} cette année là. Il fût affecté au moment de la [[w:Mobilisation française de 1914|mobilisation d'août 1914]] au sein du 346{{e}} régiment d'infanterie (c'est-à-dire un régiment composé de [[w:Réserve militaire|réservistes]]), comme soldat de 2{{e}} classe. Son numéro de matricule au recrutement était le 3600. Sur la période du 22 au 23 septembre 1914, les 346{{e}} et 356{{e}} régiments d'infanterie ont attaqué le village de {{w|Lironville}}, dans la {{w|Meurthe-et-Moselle}}. Pendant deux jours, les différents {{w|bataillon}}s se sont succédé lors des attaques pour récupérer Lironville. À la fin de ces deux jours de combat, les pertes s'élèvèrent à 760 hommes. Selon le soldat responsable du {{w|journal des marches et opérations}}, « ces pertes du 346{{e}} témoignent de l'acharnement du combat. » Le 23 septembre 1914, Jacques Bernauer a succombé de ses blessures à Lironville. Jacques n’est pas natif de {{w|Croissy-sur-Seine}}, il habitait {{w|Bagnolet}}. Mais sa famille a dû s'installer à Croissy vers la fin de la guerre, et payer pour l'inscription de son nom sur le monument aux morts de la commune. === Louis MISTIGRY === {{Cadre simple|contenu=Recherches réalisées par Jeanne et Marie (1{{re}} ES 4) en novembre 2016|couleurbord=red|couleurfond=#F6FFB2|padding=0}} Louis Eugène Marcel MISTIGRY est né le 22 septembre 1892 dans les Yvelines à Chatou. De la classe 1912, il s'engage volontairement en 1913, avec le matricule 5568 lors de son recrutement à Versailles. Il reçoit le grade de caporal dans le 68{{e}} régiment d'infanterie. Il est mort le 25 septembre 1915 à Wailly (Pas-de-Calais). JMO du 28e RI : http://www.memoiredeshommes.sga.defense.gouv.fr/fr/ark:/40699/e005279f2e10334c/5279f2e21902c === Henry CHABLE === Henry CHABLE, né au Royaume-Uni, soldat au 2{{e}} {{w|régiment de marche}} du 2{{e}} étranger, mort le 25 septembre 1915. {{w|2e régiment de marche du 2e étranger}}. === Gaston CHAUVELIN === {{Cadre simple|contenu=Recherches réalisées par Les Loubards (1{{re}} ES 4)|couleurbord=blue|couleurfond=#F9FFB2|padding=0}} Gaston Joseph Pierre CHAUVELIN est né le 31 janvier 1886 à Paris dans le 8{{e}} arrondissement et vivait au Vésinet, avenue du Belloy. Cet homme mesurait 1 m 70, avait les cheveux et sourcils châtains, les yeux gris, la bouche moyenne, le nez fort et le visage ovale. Le soldat Gaston CHAUVELIN était soldat de 2{{e}} classe dans le 53{{e}} régiment d'infanterie colonial (53{{e}} RIC). Il fut recruté au bureau de recrutement de Versailles, canton de Saint-Germain. Il s'engagea volontairement pour {{unité|3|ans}}. Il fut porté disparu en août 1915 à Souain (Marne), puis fut déclaré décédé le 25 septembre 1915 par le jugement du tribunal de Versailles en date du 1{{er}} février 1921. # REDIRECTION MEMOIRE DES HOMMES ²[http://www.memoiredeshommes.sga.defense.gouv.fr/fr/arkotheque/client/mdh/base_morts_pour_la_france_premiere_guerre/resus_rech.php] === Georges PIERRE === Georges Auguste PIERRE, mort le 25 septembre 1915 à Neuville-Saint-Vaast (Pas-de-Calais). === Henri REIGNOUX === Henri Louis REIGNOUX, mort le 25 septembre 1915 à Massignes (Marne). === Georges RAY === {{Cadre simple|contenu=Recherches réalisées par Laré Demonku (1{{re}} ES 4) en novembre 2015|couleurbord=red|couleurfond=#F6FFB2|padding=0}} Georges Honoré RAY est le fils de Jules Louis et de Blanche Léontine Marie, né le 17 juin 1896 à {{w|Chatou}} (dans le département de la {{w|Seine-et-Marne}}) et mort à l'âge de {{unité|20|ans}} le 25 septembre 1915 à {{w|Baconnes}} (dans la [[w:Marne (département)|Marne]]). Il appartenait au [[w:101e régiment d'infanterie|101{{e}} régiment d'infanterie]] (101{{e}} RI). Georges avait un visage long, les cheveux brun, les yeux marrons, un nez long et un front vertical. Il mesurait environ un mètre 68. Il a été déclaré mort le 29 juin 1918 par le tribunal de Versailles, car il a été porté disparu jusqu'à ce jour. Il repose aujourd’hui à la {{w|nécropole nationale d'Aubérive}}, sous le numéro de sépulture 2114 où il repose seul. Il fait partie des « morts pour la France » dont les noms sont affichés sur le monument aux morts de Chatou. === Adrien MASSON === {{Cadre simple|contenu=Recherches réalisées par adri LA POUC(1{{re}} ES 4) en novembre 2015|couleurbord=red|couleurfond=#F6FFB2|padding=0}} Adrien Jules MASSON est né le 12 mai 1889 à {{w|Croissy-sur-Seine}}. Il était de la classe 1905, c'est-à-dire qu'il a eu {{unité|20|ans}} en 1883. Son numéro de matricule était le 2015. Il est « mort pour la France » le 25 septembre 1915 à {{w|Massignes}}, déclaré « tué à l'ennemi ». Il était 2{{e}} classe au [[w:23e régiment d'infanterie coloniale|23{{e}} régiment d'infanterie coloniale]] (23{{e}} RIC). === Maurice BLANCHARD === {{Cadre simple|contenu=Recherches réalisées par Team Maurice (1{{re}} ES 4) en novembre 2015|couleurbord=blue|couleurfond=#F6FFB2|padding=0}} Maurice Félix BLANCHARD, {{w|caporal fourrier}} au 21{{e}} régiment d'infanterie colonial (21{{e}} RIC), né le 10 avril 1889 à {{w|Croissy-sur-Seine}}. Il est le mort le 25 septembre 1915 (à Massiges, Marne). Fils de Félix BLANCHARD et de Berthe Marie PORTAT domiciliés à Croissy-sur-Seine. Physiquement il était châtain, avait les yeux marron clair, avait un front moyen, un nez droit, une bouche moyenne, un menton rond et un visage ovale. Il mesurait 1 mètre 69. Il a été « tué à l'ennemi ». Son matricule de recrutement est le 2779. Il est incorporé le 4 octobre 1910, à l'âge de {{unité|21|ans}}, au 69{{e}} régiment d'infanterie et immatriculé sous le n° 3613. Arrivé au corps et soldat de 2{{e}} classe le 4 octobre 1910. Envoyé dans la disponibilité le 25 septembre 1912 puis passé dans la réserve de l'armée active le 1{{er}} octobre 1912. Il a été rappelé à l'activité par suite de mobilisation générale du 1{{er}} août 1914, arrivé le 3 août 1914 au 21{{e}} régiment d'infanterie coloniale. Il a été par la suite nommé {{w|caporal}} le 24 février 1915, puis nommé caporal fourrier le 16 mai 1915. {{...}} === Louis BISSOLATI === Louis Charles BISSOLATI, soldat au 21{{e}} RIC, mort le 25 septembre 1915 à Massiges (Marne). === Yves COCHEREL === {{Cadre simple|contenu=Recherches réalisées par Cloclo et Clacla (1{{re}} ES 2) en novembre 2018|couleurbord=red|couleurfond=#F6FFB2|padding=0}} Yves COCHEREL est né le 29 juillet 1882 à {{w|Croissy-sur-Seine}} ; il a les cheveux et les sourcils châtains, les yeux bleus, le front moyen et couvert, nez et bouche moyen, visage rond. Il est mort le 26 septembre 1915 dans le Pas-de-Calais, « tué à l'ennemi ». Il est incorporé le 16 novembre 1904 dans le 6èe régiment d'infanterie et immatriculé sous le numéro 5959, c'est un soldat de 2e classe. Il a reçu un certificat de bonne conduite. Le 1er octobre 1906, il est affecté au régiment d'infanterie de Falaise-Paris. Condamné le 2 février 1911 par le jugement contradictoire du tribunal conseil de Versailles à six jours de prison et 5 francs d'amende, pour outrage aux agents et ivresse. === Adrien BONNET === {{Cadre simple|contenu=Recherches réalisées par ViCha (1{{re}} ES 4) en novembre 2015|couleurbord=red|couleurfond=#F6FFB2|padding=0}} Adrien Eugène BONNET est né le 8 décembre 1880 à {{w|Croissy-sur-Seine}} dans le département de la {{w|Seine-et-Oise}}. Adrien BONNET avait des yeux gris vert, un nez moyen, une bouche moyenne, un visage ovale et un menton à fossette. Il mesurait un mètre 65. Il était affecté au 3{{e}} [[w:Escadron|escadron]] du [[w:Train (Armée française)|train des équipages]] lors de son service militaire. En tant que [[w:Réserve militaire|réserviste]], il était membre du 20{{e}} escadron du train des équipages à {{w|Versailles}} puis il est muté dans le 20{{e}} [[w:Bataillon|bataillon]] de [[w:Chasseur à pied|chasseurs à pied]]. Il décède le 28 septembre 1915 à {{w|Givenchy-en-Gohelle}}. Il est annoncé comme mort à sa famille le 28 avril 1916. === François CRAUSER === {{Cadre simple|contenu=Recherches réalisées par QU , Cam-Cam et Clém (1{{re}} ES 4) en novembre 2015|couleurbord=red|couleurfond=#F6FFB2|padding=0}} François Ernest CRAUSER, {{w|Sapeur (militaire)}} au 1{{er}} régiment du [[w:Génie militaire|génie]], mort le 28 septembre 1915 au nord de Massiges (Marne). François Crauser Ernest est né le 25 février 1883 au [[w:Le Vésinet|Vésinet]], dans le département de {{w|Seine-et-Oise}}. Il était le fils de Jean Pierre Pernault et de Lavigne Marie Josephe Elisabeth. Il était surnommé Georges par ses camarades. François Crauser, avant d’être appelé au combat, était cordonnier. François Crauser mesurait un mètre 83, il avait un visage ovale, un menton rouet, le front couvert, une bouche de taille moyenne, un nez fort, des yeux gris avec les cheveux bruns et les sourcils noires. Il a été recruté à Versailles, son numéro de matricule était le 2337. Il a été ajourné un an en 1904 et en 1905 et il a été bon pour les services auxiliaires en 1906 réservés aux personnes possédant des faiblesses. François a été rappelé à l'activité par suite de la mobilisation générale le 1{{er}} août et est arrivé dans son régiment le 3 août 1914. En septembre 1915, la [[w:Bataille de Champagne (1915)|bataille de Champagne]] fut un vrai carnage. Là bas, François creusait (jeu de mot avec son nom de famille) entre autre des tranchées, coupaient les barbelés... François Creuset avait pour grade sapeur (équivalents de simple soldat) dans le premier {{w|régiment du génie français}}. Lors de l'offensive de Champagne, François est mort le 28 septembre 1915 au nord de {{w|Massiges}}. === Louis CAUBIT === {{Cadre simple|contenu=Recherches réalisées par DEMSKO 2.0 & SAAD LA MENACE & JB2O (1{{re}} ES 4) en novembre 2015|couleurbord=red|couleurfond=#F6FFB2|padding=20}} Louis Jean Robert CAUBIT, {{w|Caporal|brigadier}} au 12{{e}} régiment de cuirassiers, née le 4 janvier 1887. Il avait les yeux gris, les sourcils châtains, un front étroit, une bouche moyenne, un visage ovale, un menton rond et mesurait 1m75. Il est déclaré décédé le 29 septembre 1915 dans {{w|la Marne (département français)}} par le jugement du tribunal de Versailles le 21 janvier 1921. Son numéro de {{w|matricule}}, lors de son recrutement, était le 2563. Il est « mort pour la France », déclaré tué par l'ennemi. === René BOUDVILLAIN === René Hubert BOUDVILLAIN, soldat au 282{{e}} RI, mort le 29 septembre 1915 (à Souchez, Pas-de-Calais). === Robert LECHARD === Robert Louis LECHARD, mort le 1{{er}} octobre 1915 à Vimy (Pas-de-Calais) === Joseph DARNAY === Joseph DARNAY, soldat au 41{{e}} RIC, mort le 2 octobre 1915 à Souchez (Pas-de-Calais) === Léon BERSON === Léon Alexandre BERSON, caporal au 43{{e}} RIC, mort le 3 octobre 1915 (à Givenchy-en-Gohelle). === André KNODERER === André Georges KNODERER, canonnier au 17{{e}} régiment d'artillerie, mort le 7 octobre 1915 en mer Ionienne sur le vapeur ''Amiral Hamelin''. === Paul CAMILLE === Paul Marie Joseph CAMILLE, mort le 8 octobre 1915 à Auroy. === Hippolyte BÉHURET === {{Cadre simple|contenu=Recherches réalisées par Arnaud et La Portos (1{{re}} ES 4) en novembre 2015|couleurbord=red|couleurfond=#F6FFB2|padding=0}} Hippolyte Augustin BÉHURET est né le 20 janvier 1880 à {{w|Montesson}} et il est mort le 8 octobre 1915 à Virginy (dans la Marne). Cet homme fut nommé caporal le 11 février 1915, et il est affecté au 21{{e}} régiment d'infanterie coloniale (21{{e}} RIC) à {{w|Évreux}} ; il a été recruté à {{w|Versailles}}. Hippolyte a des cheveux châtains, ses yeux sont gris-verts. Son visage est ovale et il mesure un mètre 76. Il est l'enfant d'Hipollyte et de Berker Rosalie, il a été tiré au sort dans le canton de {{w|Saint-Germain-en-Laye}} afin de faire son service militaire. Il fut rappelé à l'activité par suite de [[w:Mobilisation française de 1914|mobilisation générale]] le 3 août 1914 Béhuret monta en grade : il passa de soldat de 2{{e}} classe à soldat de 1{{re}} classe. Son numéro de matricule est le 1116 et il appartient à la classe 1900<ref>http://memoiresdeshommes.fr</ref>. === Jean COURNON === Jean Edmond Adrien COURNON, caporal au 224{{e}} RI, mort le 8 octobre 1915 à [[w:Sommepy-Tahure|Tahure]] (Marne) === Edmond DUVAL === Edmond DUVAL, a 2{{e}} classe au 82{{e}} RI, mort le 26 octobre 1915. === Maurice GUIMARD === Maurice Ferdinand GUIMARD, mort le 2 novembre 1915 à Moulins (Allier) === Louis PIQUE === Louis Henri PIQUE, mort le 9 novembre 1915 à Souchez (Pas-de-Calais) === Adolphe CORDONNAIRE === Adolphe CORDONNAIRE, {{w|soldat}} au 23{{e}} {{w|Régiment d'infanterie territorial}}, mort de maladie le 9 novembre 1915 à Saint-Germain-en-Laye. === Edmond CLÉNET === Edmond Henri CLÉNET, {{w|soldat}} au {{w|43e régiment d'infanterie de marine}}, mort le 16 novembre 1915. === Alexandre LEVANNEUR === Alexandre LEVANNEUR, sergent au 18{{e}} RIT, mort le 13 novembre (ou octobre ?) 1915 à Souain (Marne). === Paul BONLEU === Paul Louis BONLEU, sergent au 22{{e}} RIC, mort à Éclusier (Somme). === Louis GAY === Louis Paul GAY, mort le 27 novembre 1915 à Nieuport (Belgique) === Henri MATHERON === Henri MATHERON, mort le 31 décembre 1915 à Montdidier (Somme) === Adrien HARMANT === Adrien Paul HARMANT, mort le 24 janvier 1916 à Nieuport (Belgique) === Eugène NOEL === Eugène NOEL, mort le 13 février 1916 à Souain-Perthes-lès-Hurlus (Marne) === Émile CINET === {{Cadre simple|contenu=Recherches réalisées par les bitchs (1{{re}} ES 4) en novembre 2015|couleurbord=red|couleurfond=#F6FFB2|padding=0}} Émile CINET, fils de François et de Marie CINET, né le 12 juin 1897 à Miraumont (Somme) et mort le 24 juin 1916 aux Épargnes (Meuse) à l'âge de {{unité|19|ans}}, il fut tué à l'ennemi. Il s'était engagé volontairement. Sa classe de mobilisation était en 1916. Il n'a présenté aucune blessure lors de la guerre jusqu'à sa mort, et il n'a pas été condamné pendant la guerre. Il était 3{{e}} classe au 13{{e}} régiment d'infanterie dés le 24 février 1915. Son numéro de matricule de recrutement était 346 et au sein de l'infanterie était 7828. Il mesurait 1 mètres 69, avait les cheveux châtain et les yeux marron. Sa profession d'origine était menuisier. À la suite de la campagne menée contre l'Allemagne, il mourut et reçut après sa mort la médaille militaire. {{...}} === André BAUJARD === André Pierre Pascal BAUJARD, soldat au 164{{e}} RI, mort le 22 février 1916 (Meuse). === Henri BESNARD === {{Cadre simple|contenu=Recherches réalisées par les guisterlouz (1{{re}} S 3) en janvier 2015|couleurbord=red|couleurfond=#F6FFB2|padding=0}} Henri Marie Théodore BESNARD, fils de Théodore Felix Auguste et de Ferrand Esther Marthe, est né en 1881 à {{w|Chatou}} dans le département de la {{w|Seine-et-Oise}} (correspondant aux actuelles {{w|Yvelines}}). Il est fruitier de sa profession. Physiquement, il est châtain, il a les yeux bleus, le front ordinaire, un nez et une bouche moyenne, un menton rond et, enfin, un visage ovale. Il mesure un mètre 64. Il commence son service militaire en 1901 (il fait donc partie de la classe 1901), recruté à {{w|Versailles}} avec le matricule 2967. Ayant une {{w|hernie inguinale}} droite, il est simplement considéré bon pour les services auxiliaires (mais pas assez bon pour le service actif à cause de son handicap). Pourtant lorsqu’il est rappelé à l'activité lors de la [[w:Mobilisation française de 1914|mobilisation générale de 1914]], il est affecté au [[w:24e régiment d'infanterie|24{{e}} régiment d'infanterie]], au 2{{e}} {{w|bataillon}} caserné à {{w|Bernay}} (dans l’[[w:Eure (département)|Eure]]) dès le 2 août 1914. Au début de la guerre, il est âgé de {{unité|33|ans}} et a le grade de soldat de seconde classe. Au régiment, son matricule est le 18953. Dans le cadre de la [[w:Mobilisation française de 1914|mobilisation de 1914]], le régiment quitte ses casernes le 6 août pour prendre le train. Faisant partie du [[w:3e corps d'armée (France)|3{{e}} corps d'armée]], le régiment est envoyé dans les Ardennes, puis sur la {{w|Sambre}} en Belgique, où il est engagé face aux forces allemandes le 22 août 1914 lors de la {{w|bataille de Charleroi}}. Pendant la [[w:Grande Retraite|retraite qui suit]], le régiment est de nouveau engagé lors de la {{w|bataille de Guise}} et la [[w:Bataille de la Marne (1914)|bataille de la Marne]]. En mai 1915, le régiment participe au sein du [[w:v|21{{e}} corps]] à la [[w:Bataille de l'Artois (mai-juin 1915)|bataille d'Artois]] à {{w|Aix-Noulette}}. Le 22 février 1916, Henri décède à {{w|Hangest-en-Santerre}} dans le département de la [[w:Somme (département)|Somme]]. Les causes de sa mort restent cependant incertaines : il est sans doute mort suite à des blessures de guerre ou peut-être serait-il mort parce qu’il a été gazé. En effet, ce 22 février 1916 le régiment subit une attaque allemande aux gaz. Ce jour-là, deux cent autres hommes se retrouvent au poste de secours. === Louis CHAUVON === Louis François CHAUVON, {{w|sergent}} au 21{{e}} {{w|régiment d'infanterie}}, mort le 12 mars 1916. === Jean DUEGOU === {{Cadre simple|contenu=Recherches réalisées par WéMa (1{{re}} ES 4) en novembre 2015|couleurbord=red|couleurfond=#F6FFB2|padding=0}}Jean DUEGOU, 2{{e}} classe au 61{{e}} BCP, mort le 16 mars 1916 (à Verdun) Jean DUEGOU né le 20 janvier 1885 au Vésinet en Seine-et-Oise (aujourd'hui en Yvelines). Il fût appelé à ses {{unité|20|ans}} et recensé en 1907 à Paris. Il a été soldat de 2{{e}} classe. Il meurt pour la France le 16 mars 1916 à Verdun, d'une blessure de guerre. Il faisait partie du 61{{e}} bataillon de chasseurs à pied. Son numéro de matricule au corps était 06678, et celui du recrutement était 3684. Le 14 mars 1916, le 61{{e}} bataillon de chasseurs à pied arrive au fort de Tavane près de Verdun, où il subit ses premiers bombardements d'obus et par conséquent ses premiers morts. Le 16 mars 1916 Jean DUEGOU trouva la mort sous ces bombardements. === Sébastien MADELIN === Sébastien Marie Jean MADELIN, mort le 1er avril 1916 à Warvillers (Somme) === Léon DEBEAUPUIS === Léon Alphonse Bernard DEBEAUPUIS, mort le 7 avril 1916 à Avocourt (Meuse) === Henri FELPIN === Henri-Julien-Joseph FELPIN, {{w|sous-lieutenant}} au [[w:74e régiment d'infanterie|74{{e}} régiment d'infanterie]], est né le 14 juillet 1891 dans le [[w:16e arrondissement de Paris|14{{e}} arrondissement de Paris]]. Ses parents se nommaient Jules Armand et Jeanne Joséphine Dumas, et habitaient dans la commune du {{w|Vésinet}}, au 13 rue de la Meule. Il est décédé le 12 avril 1916 pendant la {{w|bataille de Verdun}}, dans la zone entre les forts [[w:Fort de Vaux|de Vaux]] et [[w:Fort de Douaumont|Douaumont]], dans le [[w:Meuse (département)|département de la Meuse]]<ref>{{lien web |titre=Citation publiée par le conseil municipal du Vésinet |url=http://www.histoire-vesinet.org/citations-1916.htm |site=http://www.histoire-vesinet.org/ }}.</ref>. Ce jeune homme, blond au yeux bleu, ayant un visage ovale, qui mesurait 1m65, était employé de commune. Son numéro matricule lors de son recrutement au corps était 2965. Il est maintenant enterré dans une tombe individuelle à la [[w:Ossuaire de Douaumont|nécropole nationale de Douaumont]] dans la {{w|Meuse}}. C'était un engagé volontaire pour trois ans, le 20 octobre 1909 à la mairie de {{w|Limoges}} au titre du 21{{e}} régiment de chasseurs à cheval. Il est remis brigadier sur sa demande le 20 septembre 1912. Il a eu le certificat de bonne conduite accordé et obtenu de la Commission du Corps. Il a ensuite obtenu le certificat d'aptitude à l'emploi de chef de {{w|peloton}} le 18 septembre 1912. Passé dans la réserve de l'armée active le 20 octobre 1912, il est rappelé à l'activité suite à une grande mobilisation et est nommé sous-lieutenant à titre temporaire et affecté au 74{{e}} {{w|régiment}}<ref>http://www.memoiredeshommes.sga.defense.gouv.fr/fr/ark:/40699/m00523a04d7b1623/5242c0f76624b</ref>{{,}}<ref>http://archives.yvelines.fr/arkotheque/client/ad_yvelines/incorporation_militaire_indexation/resus_rech.php</ref>. === Lucien BISSOLATI === Lucien Étienne BISSOLATI, {{w|soldat}} au {{w|418e régiment d'infanterie}}, mort le 20 avril 1916 (au bois d'Avocourt, Meuse). === Maurice SENOYER === {{Cadre simple|contenu=Recherches réalisées par Féfé et Chlochlo (1{{re}} ES 4) en novembre 2015|couleurbord=red|couleurfond=#F6FFB2|padding=0}} Maurice SENOYER est né le 23 septembre 1887 à Chatoux en ex {{w|Seine-et-Oise}}. Il a été recruté au bureau de recrutement de Versailles en 1907. Il a été nommé {{w|caporal}} au {{w|41e régiment d'infanterie coloniale}} le 14 octobre 1915. Son numéro de matricule était le 2578. Il est mort le 23 avril 1916 dans la {{w|Meuse}} (nécropole de Haudromont), tué par l'ennemi. Il est ajourné au service de 1908 il l'effectue donc en 1909. Fils d'Hipppolite SENOYER et d'Angeline COSSET, il était télégraphiste. C'était un petit homme d'un mètre 61. Il avait les cheveux châtains foncés, les yeux gris, le nez fort, la bouche moyenne, le menton a fossette, le front petit et le visage ovale. Il habitait rue de Saint-Germain à Chatou. === Joseph ENGELHARD === Joseph Raoul ENGELHARD, mort le 9 mai 1916 au Vésinet (Seine-et-Oise) === Georges MARTAIS === Georges Blaise MARTAIS, mort le 1er juin 1916 à Douaumont (Meuse) === Eugène RATEAU === {{Cadre simple|contenu=Recherches réalisées par Vivizerahdlastreetduturfu et clemclemdu78izioklmlabanlieue (1{{re}} ES 4) en novembre 2015|couleurbord=blue|couleurfond=#F6FFB2|padding=0}} Eugène RATEAU, {{w|caporal}} au [[w:5e régiment d'infanterie (France)|5{{e}} régiment d'infanterie]], il est mort le 1{{er}} juin 1916 à {{w|Fleury-devant-Douaumont}} dans la Meuse (il est enterré dans la nécropole de Douaumont). Eugène RATEAU est né le 8 janvier 1889 à {{w|Chatou}} dans le département de Seine-et-Oise (actuel département des Yvelines). Il a les yeux gris-bleus et les cheveux châtains, il mesure un mètre 70. Il est le fils de Louis Auguste et de Caroline Désirée Desfontaines. Il était maçon. Il a fait son service militaire en 1909 (numéro matricule 5469) et a été incorporé au 37{{e}} régiment le 11 octobre 1910 et est considéré comme un réserviste durant la guerre; il fait partie de la {{w|Réserve militaire}}. Il a été classé {{w|soldat}} en 1911, le 1{{er}} octobre 1912 il passe dans la réserve de l'{{w|armée active}}. Il a été rappelé a l'activité par suite de mobilisation générale et arrive au 5{{e}} régiment d'infanterie le 2 aout 1914 et nommé caporal le 11 octobre 1915. Il est mort tué au combat le 1{{er}} juin 1916. === Robert DUVAL === Robert Marcel DUVAL, mort le 12 juin 1916 à Baleicourt (Meuse) === Émile BRUNET === {{Cadre simple|contenu=Recherches réalisées par Tartuk (1{{re}} ES 4)|couleurbord=black|couleurfond=#F6FFB2|padding=0}} Émile Louis BRUNET, matricule: 4705, née le 11 septembre 1893 au Vésinet, département de Seine-et-Oise. Il avait les cheveux châtains clairs, les yeux marrons clair, un front moyen, un nez moyen, un visage lourd, une petite bouche, des lèvres moyennes et un teint mat. Il faisait un mètre 64. Il était employé de commerce. Son père s'appelait Maurice Léon et sa mère, Marie Chalumeau. Soldat au {{w|39e régiment d'infanterie}}, il est mort le 14 juin 1916 à Verdun. Incorporé à partir du 4 septembre 1914. Arrivé au corps le 4 septembre 1914, il passe soldat de {{w|deuxième classe}} le 21{{e}} jour. Tué à l'ennemi le 14 juin 1916 devant Verdun (Meure) et déclaré « mort pour la France »<ref>http://www.memoiredeshommes.sga.defense.gouv.fr/fr/ark:/40699/m005239dc4481d8d/5242bca38be91</ref>. === Auguste EYL === Auguste EYL, mort le 1er juillet 1916 à Maricourt (Somme) === Alexandre BOUILLET === Alexandre BOUILLET, marsouin au {{w|23e régiment d'infanterie coloniale}}, mort le 2 juillet 1916 à Dompierre-Becquincourt (Somme). === Camille PERRET === Camille Philippe Léon PERRET, mort le 12 juillet 1916 à Faucaucourt (Somme) === Charles RIEUL === Charles Jean RIEUL, mort le 13 juillet 1916 à Belleray (Meuse) === Messire ROUVEL === Messire Oscar ROUVEL, mort le 23 juillet 1916 à Marcelcave (Somme) === Théodore CIMON === {{Cadre simple|contenu=Recherches réalisées par Marion et Marianne (1{{re}} ES 4) en novembre 2015|couleurbord=red|couleurfond=#F6FFB2|padding=0}} Théodore Albert CIMON, {{w|caporal}} au 25{{e}} {{w|régiment d'infanterie territoriale}} (25{{e}} RIT : la territoriale correspond à des soldats particulièrement âgés), est né le 28 septembre 1871 dans la [[w:Sarthe (département)|Sarthe]] à {{w|Marolles-les-Braults}} en France. Il est mort de maladie inconnue durant son service le 17 août 1916 à Amiens dans l'hôpital temporaire numéros 10. L'acte de jugement fût rendu le 17 août 1916 par le maire du Vésinet (78) en France. === Louis BURON === Louis Georges Théodore BURON, {{w|caporal}} au {{w|17e bataillon de chasseurs à pied}}, mort le 26 août 1916 (blessures, à Flaucourt, Somme). === Émile COULON === {{Cadre simple|contenu=Recherches réalisées par gustave eiffel (1{{re}} ES 4) en novembre 2015|couleurbord=red|couleurfond=#F6FFB2|padding=0}} Émile Désiré Aimable COULON, né 17 décembre 1895 à Croissy-sur-Seine dans le département de la Seine-et-Oise (actuel Yvelines) et domicilié à Croissy-sur-Seine et travaille en tant que cultivateur. Il fait un mètre 73, il a les yeux bleus et les cheveux châtain. Il commence son service militaire en 1915 ; son matricule est 4457. Il participe à la {{w|Première Guerre mondiale}} à l'âge de {{unité|20|ans}} et « meurt à l'ennemi » le 31 août 1915 dans la forêt de la Mîne dans l'Aisne (actuel bois d'Aubreaux près de la commune de Pontavert)<ref>{{lien web |url=http://pages14-18.mesdiscussions.net/pages1418/forum-pages-histoire/cherche-situer-mine-sujet_7867_1.htm |titre=PdD forum |site=http://pages14-18.mesdiscussions.net/pages1418/}}.</ref> dans une mission avec les régiments de la 5{{e}} division (la {{1re}} compagnie du 3{{e}} bataillon du 3{{e}} régiment du [[w:Génie militaire|génie]] était affectée à la 5{{e}} {{w|Division (militaire))}} d'infanterie. Il a participé à la campagne contre l'Allemagne du 21 décembre 1914 jusqu'au 31 août 1915. === Robert LEPEINTRE === {{Cadre simple|contenu=Recherches réalisées par Clem (1{{re}} ES 2) en novembre 2018|couleurbord=red|couleurfond=#FF8080|padding=0}} Robert est un soldat de la classe 1915,aux 76ème régiment d'infanterie, matricule 123 il a été recruté à Versailles, il a {{Unité|20|ans}} quand il est envoyé au combat il est née en 1895 à Chambourcy. Robert est mort le 26 septembre 1915 à Tahure, il est mort au combat. Robert a des cheveux bruns et des yeux châtain verdâtre, un nez rectiligne, un visage ovale, il mesure 1 mètre 76. Mr Lepeintre était maçon. Il avait une femme, Madame Lepeintre. Robert vivait aux Vésinet dans le canton de Saint Germain dans le département de Seine et Oise. Son degré d'instruction est de trois. Fiche matricule : https://archives.yvelines.fr/ark:/36937/s0053dcb0e0ad992/53dcb0e170d37 == Notes et références == {{références}} orkzyofkl938zndnehxi7bp106vfv22 0 61020 880667 879873 2022-07-23T16:16:34Z Phl7605 31541 wikitext text/x-wiki {{Leçon | idfaculté = physique | département = Physique des ondes | cours = [[Physique en classe préparatoire PCSI]] | niveau = 14 | 1 = {{C|Oscillateur harmonique|4|14}} | 2 = {{C|Propagation d'un signal : Exemples de signaux, spectre|4|14}} | 3 = {{C|Propagation d'un signal : Onde progressive dans le cas d'une propagation unidimensionnelle linéaire non dispersive|4|14}} | 4 = {{C|Propagation d'un signal : Onde progressive sinusoïdale|4|14}} | 5 = {{C|Propagation d'un signal : Interférences entre deux ondes acoustiques ou mécaniques de même fréquence|4|14}} | 6 = {{C|Propagation d'un signal : Battements|4|14}} | 7 = {{C|Propagation d'un signal : Ondes stationnaires mécaniques|4|14}} | 8 = {{C|Propagation d'un signal : Diffraction à l'infini|4|14}} | 9 = {{C|Propagation d'un signal : Polarisation rectiligne de la lumière, loi de Malus|4|14}} | 10 = {{C|Optique géométrique : sources lumineuses, milieu transparent, approximation de l'optique géométrique|4|14}} | 11 = {{C|Optique géométrique : réflexion, réfraction, lois de Descartes|4|14}} | 12 = {{C|Optique géométrique : miroir plan|4|14}} | 13 = {{C|Optique géométrique : conditions de Gauss|4|14}} | 14 = {{C|Optique géométrique : lentilles minces|4|14}} | 15 = {{C|Optique géométrique : l'œil|4|14}} | 16 = {{C|Introduction au monde quantique : dualité onde-particule|4|14}} | 17 = {{C|Introduction au monde quantique : interprétation probabiliste|4|14}} | 18 = {{C|Introduction au monde quantique : inégalités de Heisenberg|4|14}} | 19 = {{C|Introduction au monde quantique : oscillateur harmonique|4|14}} | 20 = {{C|Introduction au monde quantique : particule libre confinée 1D|4|14}} | 21 = {{C|Circuits électriques dans l'ARQS : intensité, tension, puissance|4|14}} | 22 = {{C|Circuits électriques dans l'ARQS : dipôles linéaires|4|14}} | 23 = {{C|Circuits électriques dans l'ARQS : associations de conducteurs ohmiques|4|14}} | 24 = {{C|Circuits électriques dans l'ARQS : résistance de sortie, résistance d'entrée|4|14}} | 25 = {{C|Circuits électriques dans l'ARQS : caractéristique d'un dipôle|4|14}} | 26 = {{C|Circuits linéaires du premier ordre : régime libre, réponse à un échelon|4|14}} | 27 = {{C|Circuits linéaires du premier ordre : stockage et dissipation d'énergie|4|14}} | exo1 = {{Exo|Oscillateur harmonique|3|14}} | exo2 = {{Exo|Propagation d'un signal : Exemples de signaux, spectre|3|14}} | exo3 = {{Exo|Propagation d'un signal : Onde progressive dans le cas d'une propagation unidimensionnelle linéaire non dispersive|3|14}} | exo4 = {{Exo|Propagation d'un signal : Onde progressive sinusoïdale|3|14}} | exo5 = {{Exo|Propagation d'un signal : Interférences entre deux ondes acoustiques ou mécaniques de même fréquence|3|14}} | exo6 = {{Exo|Propagation d'un signal : 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quantique : oscillateur harmonique|0|14}} | exo20 = {{Exo|Introduction au monde quantique : particule libre confinée 1D|3|14}} | exo21 = {{Exo|Circuits électriques dans l'ARQS : intensité, tension, puissance|0|14}} | exo22 = {{Exo|Circuits électriques dans l'ARQS : dipôles linéaires|0|14}} | exo23 = {{Exo|Circuits électriques dans l'ARQS : associations de conducteurs ohmiques|3|14}} | exo24 = {{Exo|Circuits électriques dans l'ARQS : résistance de sortie, résistance d'entrée|0|14}} | exo25 = {{Exo|Circuits électriques dans l'ARQS : caractéristique d'un dipôle|0|14}} | exo26 = {{Exo|Circuits linéaires du premier ordre : régime libre, réponse à un échelon|3|14}} | exo27 = {{Exo|Circuits linéaires du premier ordre : stockage et dissipation d'énergie|3|14}} | tp1 = {{TP|Erreurs et incertitudes|0|14}} | tp2 = {{TP|Focométrie|0|14}} | tp3 = {{TP|Goniomètre à réseaux|0|14}} | tp4 = {{TP|Oscilloscope|0|14}} }} iuhb71i14i8soyzgvl2mcog0kvpyp61 0 62523 880686 879894 2022-07-23T23:43:14Z Phl7605 31541 wikitext text/x-wiki {{Chapitre | idfaculté = physique | numéro = 13 | niveau = 14 | précédent = [[../Optique géométrique : miroir plan/]] | suivant = [[../Optique géométrique : lentilles minces/]] }} __TOC__ {{clr}} == Notion de stigmatisme approché d'un système optique == === Retour sur la notion d'image d'un point objet par un système optique === {{Al|5}}Un faisceau issu d'un point objet <math>\;A_o\;</math> étant constitué de rayons incidents indépendants les uns des autres, la détermination du trajet des rayons intermédiaires et émergents correspondant aux rayons incidents du faisceau nous conduit à deux possibilités : * tous les rayons émergents sont concourants, le système optique donne alors du faisceau incident issu de <math>\;A_o\;</math> un faisceau convergent en un point <math>\;A_i</math>, <math>\;A_i\;</math> définissant alors l'« image de <math>\;A_o\;</math> par le système optique » appelé « point image », * tous les rayons émergents ne sont pas concourants mais leur ensemble possède une zone de resserrement à éclairement maximal considérée comme l'image « non ponctuelle » <ref> Qualifiée de « floue ».</ref> de <math>\;A_o\;</math> par le système optique. === Stigmatisme d'un système optique pour un point objet === {{Al|5}}Cette notion a déjà été vue dans le chap.<math>12</math> de la leçon [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] » sous son aspect « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Stigmatisme_rigoureux_d'un_système_optique_pour_un_point_objet|stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point objet]] », elle est rappelée ci-après puis sera prolongée sous son aspect « stigmatisme approché » ; * si le point objet <math>\;A_o\;</math> admet un point image <math>\;A_i\;</math> par le système optique <u>quelle que soit l'ouverture du faisceau incident</u> issu de <math>\;A_o</math>, on dit qu'il y a « <u>[[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Stigmatisme_rigoureux_d'un_système_optique_pour_un_point_objet|stigmatisme rigoureux du système optique pour le point objet]]</u> <math>\;A_o\;</math>» mais, * si le point objet <math>\;A_o\;</math> admet, par le système optique, une image floue dans l'hypothèse d'une grande ouverture du faisceau incident issu du point objet <math>\;A_o</math>, « <u>il n'y a pas stigmatisme rigoureux du système optique pour le point objet</u> <math>\;A_o\;</math>», toutefois <br>{{Transparent|si le point objet <math>\;\color{transparent}{A_o}\;</math> admet, par le système optique, une image floue }}dans l'hypothèse où l'ouverture du faisceau incident issu de <math>\;A_o\;</math> est réduite dans des « conditions à préciser » <ref> Qui constitueront les conditions de Gauss du « stigmatisme approché du système optique pour le point objet <math>\;A_o\;</math>».</ref>, les rayons émergents peuvent devenir concourants en un point <math>\;A_i\;</math> qui est alors appelé « point image approchée par le système optique du point objet <math>\;A_o\;</math>» et on dit qu'il y a « <u>stigmatisme approché</u> du système optique pour le point objet <math>\;A_o\;</math>» <math>\;\big[</math>on dit aussi que le point objet <math>\;A_o\;</math> et le point image approchée <math>\;A_i\;</math> sont conjugués <math>\;\big(</math>approchés<math>\big)\;</math> par le système optique<math>\big]</math>. == Conditions de Gauss de stigmatisme approché d'un système optique « centré » == {{Al|5}}'''[[w:Carl_Friedrich_Gauss|Carl Friedrich Gauss]] (1777 - 1855)''', mathématicien, astronome et physicien allemand, est considéré comme l'un des plus grands mathématiciens de tous les temps <ref> Il fut surnommé « le prince des mathématiciens ».</ref>, on lui doit d'importantes contributions dans les trois domaines « mathématiques, astronomie et physique » <ref name="Gauss"> En <math>\;1796</math>, '''[[w:Carl_Friedrich_Gauss|Gauss]]''', à l'âge de dix-neuf ans, caractérisa presque complètement tous les polygones réguliers constructibles à la règle et au compas et il demanda par la suite qu'un [[w:Heptadécagone|heptadécagone]] {{Nobr|<math>\;\big(</math>polygone}} régulier de <math>\;17\;</math> côtés<math>\big)\;</math> soit gravé sur son tombeau ; bien d'autres découvertes de mathématiques lui sont dues dont, en particulier, en <math>\;1801\;</math> la 1^ère démonstration de la loi de réciprocité quadratique conjecturée par '''[[w:Leonhard_Euler|Euler]]''' en <math>\;1772</math> <math>\;\big[</math>un nombre premier est congru à un carré de nombre entier modulo un autre nombre premier, par exemple <math>\;11 \equiv 3^2\!\! \pmod{2}\;</math> ou <math>\;19 \equiv 4^2\!\! \pmod{3}\;</math> ou encore <math>\;41 \equiv 6^2\!\! \pmod{5}\;</math> de même que <math>\;43 \equiv 6^2\!\! \pmod{7}\; \ldots\big]\;</math> <math>\{</math>'''[[w:Leonhard_Euler|Leonhard Euler]] (1707 - 1783)''' mathématicien et physicien suisse qui passa la plus grande partie de sa vie dans l'Empire russe et en Allemagne ; en mathématiques il fit d'importantes découvertes dans des domaines aussi variés que le [[w:Calcul_infinitésimal|calcul infinitésimal]] et la [[w:Théorie_des_graphes|théorie des graphes]], il introduisit également une grande partie de la terminologie et de la notation des mathématiques modernes, en particulier pour l'[[w:Analyse_(mathématiques)|analyse mathématique]], comme la notion de [[w:Fonction_(mathématiques)|fonction mathématique]] ; il est aussi connu pour ses travaux en mécanique, en dynamique des fluides, en optique et en astronomie<math>\}</math> ; <br>{{Al|3}}dans le domaine de l'astronomie '''[[w:Carl_Friedrich_Gauss|Gauss]]''' publia un travail très important sur le mouvement des corps célestes contenant le développement de la [[w:Méthode_des_moindres_carrés|méthode des moindres carrés]] ; auparavant, en <math>\;1801</math>, il développa une nouvelle méthode de calcul lui permettant de prédire où doit se trouver [[w:(1)_Cérès|Cérès]] <math>\;\big(</math>une planète naine de la ceinture des astéroïdes entre Mars et Jupiter<math>\big)</math> ; <br>{{Al|3}}dans le domaine de la physique il est l'auteur de deux des quatre équations de '''Maxwell''' gérant l'électromagnétisme <math>\;\{</math>'''[[w:James_Clerk_Maxwell|James Clerk Maxwell]] (1831 - 1879)''' physicien et mathématicien écossais, principalement connu pour ses équations unifiant l'électricité, le magnétisme et l'induction ainsi que pour l'établissement du caractère électromagnétique des ondes lumineuses, mais aussi pour sa distribution des vitesses utilisée dans une description statistique de la théorie cinétique des gaz ; le tire-bouchon fictif permettant de déterminer l'orientation à droite d'un espace tridimensionnel ou le caractère direct d'un triplet de vecteurs a été baptisé « tire-bouchon de Maxwell » en son honneur<math>\}</math>.</ref> dont certaines n'ont été mises à jour qu'à titre posthume, à la fin du XIX^ème siècle, '''[[w:Carl_Friedrich_Gauss|Gauss]]''' n'ayant publié qu'une partie de ses découvertes. === Définition d'un système optique « centré » === {{Al|5}}Un système optique est dit « <u>centré</u> » si les éléments constitutifs <math>\;\big(</math>dioptres, miroirs<math>\big)\;</math> ont un « <u>axe de symétrie commun</u> » ; <br>{{Al|5}}le système optique étant alors « <u>unidirectionnel</u> », on choisit toujours <u>l'axe optique principal porté par l'axe de symétrie</u>, les plans transverses étant encore appelés « plans de front ». === Énoncé des conditions de Gauss de stigmatisme approché d'un système optique « centré » === {{Al|5}}Dans l'hypothèse où le système optique « centré » n'est pas stigmatique rigoureux pour un point objet <math>\;A_o</math>, <br>{{Al|5}}on envisage de limiter l'ouverture du faisceau incident issu de <math>\;A_o\;</math> jusqu'à <br>{{Al|5}}{{Transparent|on envisage de limiter l'ouverture du faisceau incident }}l'observation d'une convergence ponctuelle des rayons émergents correspondant aux rayons incidents du faisceau et <br>{{Al|5}}on démontre qu'il y a effectivement convergence ponctuelle des rayons émergents si [[File:Miroir sphérique - rayons paraxiaux.jpg|thumb|500px|Exemples de rayons paraxiaux et non paraxiaux sur un miroir sphérique concave]] * « les rayons incidents issu de <math>\;A_o\;</math> sont <u>peu inclinés par rapport à l'axe optique principal</u> associé à <math>\;A_o\;</math> et <br>{{Transparent|« les rayons incidents issu de <math>\;\color{transparent}{A_o}\;</math> }}<u>restent proches de ce dernier</u> » ou * « les rayons incidents issu de <math>\;A_o\;</math> sont <u>peu inclinés par rapport à l'axe optique principal</u> associé à <math>\;A_o\;</math> et <br>{{Transparent|« les rayons incidents issu de <math>\;\color{transparent}{A_o}\;</math> }}leurs points d'incidence sur la face d'entrée <u>restent proches du point d'intersection de l'axe optique principal avec la face d'entrée</u> », {{Al|10}}avec l'une ou l'autre couple de conditions, les rayons incidents sont alors qualifiés de « <u>paraxiaux</u> » ; {{Al|5}}il y a alors « stigmatisme approché du système optique pour le point objet <math>\;A_o\;</math>» et ces conditions définissent les « <u>conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> du stigmatisme approché du système optique</u> ». {{Al|5}}Voir ci-contre sur l'exemple d'un « miroir sphérique concave » <ref name="miroir sphérique par rapport au programme"> Il est rappelé que les miroirs sphériques ne sont pas au programme de physique de P.C.S.I. mais ils peuvent être introduits pour utiliser des notions au programme comme les lois de Snell-Descartes de la réflexion ou les notions de stigmatisme <math>\;\big(</math>et d'aplanétisme<math>\big)\;</math> approchés ; on aurait eu une situation identique avec un miroir sphérique convexe. <br>{{Al|3}}'''[[w:Willebrord_Snell|Willebrord Snell Van Royen]] ou Snellius (1580 - 1626)''' humaniste, mathématicien et physicien néerlandais, semble avoir découvert les lois portant son nom avant Descartes <math>\;\big(</math>sans que ce soit {{Nobr|assuré<math>\big)</math>.}} <br>{{Al|3}}'''[[w:René_Descartes|René Descartes]] (1596 - 1650)''' mathématicien, physicien et philosophe français, considéré comme l'un des fondateurs de la [[w:Philosophie_moderne|philosophie moderne]], en physique a contribué à l'[[w:Optique_géométrique|optique géométrique]] et en mathématiques est à l'origine de la [[w:Géométrie_analytique|géométrie analytique]].</ref>. == Notion d'aplanétisme approché d'un système optique == {{Al|5}}Cette notion a déjà été vue dans le chap.<math>12</math> de la leçon [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] » sous son aspect « rigoureux » dans le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Définition_de_l'aplanétisme_rigoureux_d'un_système_optique_stigmatique_rigoureux|définition de l'aplanétisme rigoureux d'un système optique stigmatique rigoureux]] », elle est rappelée ci-après puis sera prolongée sous son aspect « approché ». {{Al|5}}Dans l'hypothèse où il y a « stigmatisme rigoureux ou approché d'un système optique », un « objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math>» <ref> <math>\;A_o\;</math> étant le pied de l'objet situé sur l'axe optique principal.</ref> admet une « image nette <math>\;A_iB_i\;</math>» <ref> La netteté étant assurée par le fait que tous les points objets de <math>\;A_oB_o\;</math> admettent des images ponctuelles ; <br>{{Al|3}}<u>commentaire sur le pluriel</u> de « point objet », la règle usuelle consiste à accorder les deux noms au pluriel comme « choux-fleurs » ou « bateaux-mouches » mais il me semble qu'on devrait pouvoir accepter le pluriel en « point objets » avec l'absence de « s » à point, des point objets étant alors interprétés comme « des objets en forme de point ».</ref> mais <br>{{Al|7}}{{Transparent|Dans l'hypothèse où il y a « stigmatisme rigoureux ou approché d'un système optique », un « objet linéique transverse <math>\;\color{transparent}{A_oB_o}\;</math>» admet une « image nette » }}non nécessairement « linéique » et si elle l'est, <br>{{Al|7}}{{Transparent|Dans l'hypothèse où il y a « stigmatisme rigoureux ou approché d'un système optique », un « objet linéique transverse <math>\;\color{transparent}{A_oB_o}\;</math>» admet une « image nette » }}non nécessairement « transverse » ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Dans l'hypothèse où il y a « stigmatisme rigoureux ou approché d'un système optique », }}on distingue deux possibilités théoriques : * l'image <math>-</math> que le stigmatisme soit rigoureux <math>\;\big(</math>ou approché<math>\big)\;</math> <math>-</math> est <u>linéique transverse quelle que soit la dimension de l'objet</u> <math>\;A_oB_o</math>, on dira alors qu'il y a « <u>[[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Définition_de_l'aplanétisme_rigoureux_d'un_système_optique_stigmatique_rigoureux|aplanétisme rigoureux du système optique stigmatique rigoureux]]</u> <math>\;\big(</math>ou approché<math>\big)\;</math><ref> Bien que théoriquement on pourrait avoir « aplanétisme rigoureux avec un système stigmatique approché », pratiquement il n'y a « aplanétisme rigoureux » que pour des systèmes « stigmatiques rigoureux ».</ref> pour l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math>» ou, * l'image est <u>linéique transverse uniquement si l'angle sous lequel l'objet</u><math>\;A_oB_o\;</math><u>est vu de la face d'entrée est réduit</u> dans « des conditions restant à préciser » <ref> Qui constitueront les conditions de Gauss d'« aplanétisme approché du système optique pour l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math>».</ref>, on dit alors qu'il y a « <u>aplanétisme approché du système optique</u> pour l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math>». == Conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché d'un système optique « centré » == {{Al|5}}Dans l'hypothèse où le système optique « centré » n'est pas aplanétique rigoureux pour des objets linéiques transverses de pied <math>\;A_o</math>, <br>{{Al|5}}on envisage, pour obtenir un aplanétisme approché : * en <math>\;A_o\;</math> fixé, de choisir des objets de dimensions réduites ou, * pour un objet linéique transverse de dimension fixée, d'éloigner <math>\;A_o\;</math> de la face d'entrée, {{Al|5}}{{Transparent|on envisage }}de façon à ce que « <u>l'angle</u><math>\;\beta\;</math><u>sous lequel l'objet est vu du sommet</u><math>\;S_e\;</math><u>de la face d'entrée du système optique</u> <ref> Le « sommet <math>\;S_e\;</math> de la face d'entrée » est l'intersection de celle-ci avec l'axe optique principal ; dans le cas où les faces d'entrée et de sortie sont confondues, le point commun est simplement appelé « sommet du système optique ».</ref> <u>soit petit</u> » dans l'hypothèse où l'objet n'est pas proche de la face d'entrée et {{Al|5}}{{Transparent|on envisage de façon à ce que}}« <u>l'angle</u><math>\;\alpha\;</math><u>sous lequel l'objet est vu du centre de courbure</u><math>\;C_e\;</math><u>de la face d'entrée du système optique</u> <ref> Dans le cas où les faces d'entrée et de sortie sont confondues, le centre de courbure commun est simplement appelé « centre de courbure du système optique ».</ref> <u>soit petit</u> » dans l'hypothèse où l'objet est proche de la face d'entrée ; {{Al|10}}avec l'une ou l'autre des conditions ci-dessus on démontre alors que l'image est effectivement linéique transverse ; [[File:Miroir sphérique - aplanétisme approché.jpg|thumb|500px|Exemples d'objets linéiques transverses pour lesquels il y a ou il n'y a pas aplanétisme approché sur un miroir sphérique convexe]] {{Al|5}}il y a donc « aplanétisme approché du système optique pour ces objets linéiques transverses » et ces conditions définissent les « <u>conditions supplémentaires de Gauss <ref name="Gauss" /> de l'aplanétisme approché du système optique</u> », voir ci-contre sur l'exemple d'un « miroir sphérique convexe » <ref name="miroir sphérique par rapport au programme - bis"> Il est rappelé que les miroirs sphériques ne sont pas au programme de physique de P.C.S.I. mais ils peuvent être introduits pour utiliser des notions au programme comme les lois de Snell-Descartes de la réflexion ou les notions de stigmatisme <math>\;\big(</math>et d'aplanétisme<math>\big)\;</math> approchés ; on aurait eu une situation identique avec un miroir sphérique concave. <br>{{Al|3}}'''[[w:Willebrord_Snell|Willebrord Snell Van Royen]] ou Snellius (1580 - 1626)''' humaniste, mathématicien et physicien néerlandais, semble avoir découvert les lois portant son nom avant Descartes <math>\;\big(</math>sans que ce soit {{Nobr|assuré<math>\big)</math>.}} <br>{{Al|3}}'''[[w:René_Descartes|René Descartes]] (1596 - 1650)''' mathématicien, physicien et philosophe français, considéré comme l'un des fondateurs de la [[w:Philosophie_moderne|philosophie moderne]], en physique a contribué à l'[[w:Optique_géométrique|optique géométrique]] et en mathématiques est à l'origine de la [[w:Géométrie_analytique|géométrie analytique]].</ref> : {{Al|5}}on y remarque les quatre situations suivantes * un objet pour lequel il y a aplanétisme approché du miroir car il en est à une distance « modérée » <math>\;\big(</math>objet « droit » le plus à gauche<math>\big)</math>, * un objet pour lequel il n'y a pas aplanétisme approché du miroir bien qu'en étant à une distance « modérée » car l'objet est de taille trop grande <math>\;\big(</math>objet « inversé » <ref name="objet inversé"> L'objet est inversé uniquement pour une question de lisibilité du schéma.</ref> le plus à gauche<math>\big)</math>, * un objet de taille identique au 1^er cité pour lequel il n'y a plus aplanétisme approché car cet objet a été trop rapproché du miroir <math>\;\big(</math>objet « inversé » <ref name="objet inversé" /> le plus à droite<math>\big)\;</math> et * un objet situé au même endroit que le précédent mais pour lequel l'aplanétisme approché réapparaît bien que restant très proche du miroir car la taille de l'objet a été réduite <math>\;\big(</math>objet « droit » le plus à droite de même pied que le 2^ème objet<math>\big)</math> <math>\;\ldots</math> == Choix d'un détecteur pour satisfaire les conditions de Gauss pour un système optique « centré » == === Système optique « centré » diaphragmé, taille du diaphragme pour satisfaire les conditions de Gauss du stigmatisme approché === {{Al|5}}Un système optique « centré » non stigmatique rigoureux ne peut devenir « stigmatique approché pour les points objets de l'axe optique principal » que <u>si on impose aux rayons issus des points objets d'être paraxiaux</u> et pour cela il convient que le système optique soit « <u>diaphragmé</u> », c.-à-d. qu'il faut <u>ajouter un diaphragme centré sur l'axe optique principal du système</u>, diaphragme qui peut être positionné avant la face d'entrée, après la face de sortie ou entre les deux ; [[File:Miroir sphérique - diaphragmé.jpg|thumb|500px|Choix de la dimension du diaphragme pour qu'un miroir sphérique concave soit stigmatique approché pour un point objet suivant la position de ce dernier]] {{Al|5}}<math>\succ\;</math>supposant que le <u>diaphragme</u> est <u>accolé à la face d'entrée</u>, ce dernier joue le rôle de « <u>[[w:Pupille_(optique)#Pupille_d'entrée|pupille d'entrée]]</u> » <ref name="pupille d'entrée"> Plus généralement la [[w:Pupille_(optique)#Pupille_d'entrée|pupille d'entrée]] est l'image du diaphragme d'ouverture par la partie du système optique située en amont du diaphragme mais comme le diaphragme est accolé à la face d'entrée du système, la [[w:Pupille_(optique)#Pupille_d'entrée|pupille d'entrée]] est confondue avec lui.</ref> et, {{Al|5}}<math>\color{transparent}{\succ}\;</math>dans l'hypothèse où les conditions d'aplanétisme approché sont réalisées pour le diaphragme, <u>l'image de la pupille d'entrée par le système optique</u> joue le rôle de « <u>[[w:Pupille_(optique)#Pupille_de_sortie|pupille de sortie]]</u> » <ref name="pupille de sortie"> Plus généralement la [[w:Pupille_(optique)#Pupille_de_sortie|pupille de sortie]] est l'image du diaphragme d'ouverture par la partie du système optique située en aval du diaphragme mais comme le diaphragme est accolé à la face d'entrée du système <math>\Rightarrow</math> la [[w:Pupille_(optique)#Pupille_d'entrée|pupille d'entrée]] est confondue avec le diaphragme d'une part et d'autre part la partie du système optique située en aval du diaphragme est le système entier.</ref> ; {{Al|5}}<math>\succ\;</math>tous les rayons issus du point objet et traversant le diaphragme devant être paraxiaux pour que le système optique soit stigmatique approché, il faut que * « <u>l'angle sous lequel le diaphragme est vu du point objet</u> soit <u>petit</u> » mais il faut aussi que * « <u>la dimension du diaphragme</u> soit <u>petite</u> » pour que les points d'incidence restent proches du sommet de la face d'entrée ; {{Al|5}}<math>\succ\;</math>« plus l'objet est proche de la face d'entrée », « plus le diaphragme doit être fermé » pour que le stigmatisme approché soit maintenu, voir ci-contre dans le cas d'un miroir concave. === Caractéristiques d'un détecteur pour satisfaire les conditions de Gauss de stigmatisme approché d'un système optique « centré » === {{Al|5}}La plupart des systèmes optiques « centrés » ne sont pas « stigmatiques rigoureux » <ref> Le seul exemple de système optique « centré » stigmatique rigoureux pour tout point est le miroir plan de forme circulaire.</ref> sauf pour un ou deux points particuliers mais ils sont « stigmatiques approchés » dès lors qu'ils sont utilisés dans les conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> ; {{Al|5}}<math>\succ\;</math>considérant des angles d'inclinaison des rayons incidents petits et faisant des D.L. <ref name="D.L."> Développements limités.</ref> à l'ordre un en ces angles, <br>{{Al|5}}<math>\color{transparent}{\succ}\;</math>la conséquence est que le système optique « centré » donne du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal, une image ponctuelle <math>\;A_i\;</math> à l'ordre un en ces angles mais <math>\;\ldots\;</math> {{Al|5}}<math>\color{transparent}{\succ}\;</math>{{Transparent|la conséquence est que }}<u>en réalité les rayons émergents correspondant aux rayons incidents</u> issus de <math>\;A_o\;</math> <u>ne sont pas parfaitement concourants</u>, l'endroit considéré comme « le point image <math>\;A_i\;</math> étant en fait le centre d'une tâche d'éclairement maximal, de diamètre <math>\;a\;</math>» au moins d'ordre deux en les angles d'inclinaison des rayons incidents ; {{Al|5}}<math>\succ\;</math>si on positionne un détecteur centré sur <math>\;A_i\;</math> <u>à quelle condition l'image apparaîtra-t-elle réellement ponctuelle</u> ? {{Al|5}}<math>\color{transparent}{\succ}\;</math>Il faut savoir que tout détecteur est composé d'une mosaïque de cellules élémentaires correspondant chacune à un pixel <math>\;\big(</math>c.-à-d. un point de l'image finale<math>\big)\;</math> dont la taille est fixée ; notons «<math>\;g\;</math> le diamètre d'un pixel », <u>l'image</u> de <math>\;A_o\;</math> <u>apparaîtra ponctuelle si le diamètre de la tache d'éclairement maximal</u> centrée en <math>\;A_i\;</math> <u>est inférieur au diamètre du pixel</u> centré au même point c.-à-d. si «<math>\;a < g\;</math>» ; {{Al|5}}<math>\color{transparent}{\succ}\;</math>si ceci est réalisé on peut affirmer que les conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme approché du système optique « centré » sont suffisantes pour le détecteur utilisé ; {{Al|5}}<math>\color{transparent}{\succ}\;</math>le diamètre «<math>\;g\;</math> <ref> Par exemple le diamètre d'un pixel d'un capteur C.C.D. <math>\;\big[</math>voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Propagation_d'un_signal_:_Polarisation_rectiligne_de_la_lumière,_loi_de_Malus#Capteur_CCD|capteur CCD]] » du chap.<math>9</math> de la leçon « [[Signaux physiques (PCSI)]] »<math>\big]\;</math> est de l'ordre de « quelques <math>\;\mu m\;</math>».</ref> des pixels du détecteur » étant imposé, pour améliorer des conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme approché d'un système optique « centré » qui seraient insuffisantes, il convient de « diminuer le diamètre <math>\;a\;</math> de la tache d'éclairement maximal centrée en <math>\;A_i\;</math>» et pour cela de « diminuer l'inclinaison maximale des rayons incidents relativement à l'axe optique principal », ceci étant obtenu en « diminuant le diamètre du diaphragme » <math>\;\ldots</math> == Notes et références == <references/> {{Bas de page | idfaculté = physique | précédent = [[../Optique géométrique : miroir plan/]] | suivant = [[../Optique géométrique : lentilles minces/]] }} 9tp68f1d5bdj700t3it2yfnfj6aypy0 0 62603 880669 833740 2022-07-23T16:30:26Z SergeMoutou 3263 /* Voir aussi */ wikitext text/x-wiki {{Chapitre | idfaculté = informatique | numéro = 16 | niveau = 15 | précédent = [[../Le MicroBlaze/]] | suivant = [[../Réalisation d'un coprocesseur CORDIC/]] }} Comme l'indique le titre de ce chapitre, nous allons utiliser le processeur [[w:NIOS|{{abréviation|N.I.O.S.|NetWare Input/Output System|en}}]] de chez [[w:en:Altera|Altera]]. Il s'agit d'un processeur 32 bits de type RISC propriétaire, c'est-à-dire que vous ne disposez pas de son code source. Les cartes que l'on utilise avec les étudiants de 2ème année étant des DE2-115, l'essentiel de ce qui va être décrit ici sera destiné à ces cartes. Il n'y a aucun problème pour l'adapter à d'autres cartes. Seul le fichier de contraintes sur les broches de FPGA est différent. Au risque de nous répéter, nous avons beaucoup utilisé de processeurs libres jusqu'à présent. Mais les petits problèmes rencontrés nous incitent à utiliser des processeurs réalisés par une équipe d'ingénieurs. Parmi les problèmes rencontrés se trouve la difficulté que nous avons à porter sur Altera, notre processeur préféré jusqu'à présent décrit dans un chapitre de ce livre [[../Embarquer un Atmel ATMega8/|sur l'ATMega8]] d'une part, et son amélioration dans [[../Améliorer l'ATMega8 avec l'ATMega16 et l'ATMega32|le chapitre suivant]]. Ils sont tout simplement plus fiables mais en général sont propriétaires. L'environnement de développement lui aussi est propriétaire, mais vous pouvez le télécharger et avoir une licence WEBPACK gratuite. '''Tous les outils utilisés dans ce chapitre sont gratuits'''. == Introduction == Malgré l'expérience accumulée par l'écriture de ce livre, il nous a fallu une dizaine d'heure pour faire tourner notre premier NIOS. Ceci est très anecdotique mais vous montre quand même que dans le domaine des SOCs rien n'est jamais simple. Vous pouvez trouver des tutoriels sur Youtube, des documents PDF sur internet. La documentation ne manque pas, mais vous êtes arrêté par de simples détails, parce que ce que vous lisez ou voyez dans ces documents, ne correspond pas ce que vous avez sous les yeux dans votre environnement de développement matériel. Nous ne pourrons malheureusement pas faire mieux que les autres car nous ignorons totalement quelle version de Quartus vous utilisez au moment où vous lisez ces lignes. La seule chose que nous pouvons préciser est que nous utilisons la version 15.0 de Quartus qui n'est déjà plus la dernière à ce jour. Nous allons essayer d'expliquer comment les choses sont liées plutôt que de donner des copies d'écran qui seront obsolètes très vite. Si vous n'êtes pas arrivé directement ici et avez lu quelques chapitres de ce livre, vous savez que le problème des SOCs est de relier la chaîne de compilation matérielle et la chaîne de compilation logicielle. == Mon premier exemple == La réalisation d'un SOC se fait en deux grandes étapes : * la réalisation matérielle * la programmation du matériel par du logiciel Nous allons organiser la suite en respectant ces étapes, d'autant plus qu'elles utilisent des logiciels complètement différent. === Réalisation matérielle === La réalisation matérielle utilise deux logiciels complètement différent : * Quartus pour la synthèse finale * QSys (ancien SOPC) pour la définition du NIOS C'est l'utilisation de deux logiciels différents qui rend les choses délicates pour une première utilisation. L'objectif de QSys est de générer un fichier d'extension .qip dans lequel se trouve un fichier VHDL (ce n'est pas VHDL par défaut mais verilog). Ce fichier doit avoir 1 seule entrée, l'horloge et 8 sorties. Cela correspond à notre cahier des charges : les chenillars étant courant dans les tutoriels trouvés sur Internet, nous allons nous intéresser à un compteur qui sortira sa valeur sur un afficheur sept segments. ==== Quartus ==== On commence par lancer Quartus et par réaliser un projet Quartus. Ce projet s'appellera pour nous '''niosii''', et par défaut nécessitera donc une entité niosii, celle la même qui sera générée automatiquement par QSys. A part positionner le FPGA cible, on n'a donc pas grand chose à faire à ce stade. Basculons donc dans QSys où le gros du travail est à faire. ==== QSys ==== Quand vous lancez QSys, vous devez voir apparaître un schéma qui laisse penser qu'on va utiliser un module spécifique pour l'horloge. La suite c'est à vous de la composer. L'ordre dans lequel on fait les choses a son importance. A ce stade la plupart d'entre-vous seront tentés de commencer par l'élément le plus important : le processeur. Il n'empêche que vous éviterez un aller et retour dans QSys en commençant par la mémoire. ===== Mémoire ===== Nous allons prendre une mémoire unique qui servira de mémoire programme et de mémoire donnée. Les programmes destinés à un processeur 32 bits étant en général plus gros que ceux que l'on a utilisé jusqu'à présent nous allons choisir une mémoire de 32ko. Pour se faire le travail suivant est nécessaire : {{Cadre proposition|À partir de maintenant la description partielle des menus et sous menu se fera à l'aide de décalages. Par exemple : * Basic Functions ** onchip Memory ***on chip Memory (RAM or ROM) **** Size 32768 signifie que vous allez dans Basic function, puis dans on chip Memory puis .... Nous utiliserons toujours cette convention dans la suite. }} Il n'y a que deux adresses possibles pour celle-ci : 0x0 ou 0x8000. Pour une taille de 32 ko nous choisissons 0x8000. Nous garderons le nom d'instance par défaut : '''onchip_memory2_0'''. ===== Processeur ===== Nous allons choisir le processeur NIOS le plus basique. Il s'appelle NIOS II/e. * Processors and Peripherals **Nios ii (classic) Processor ***nios II/e **** Positionner Reset vector Memory dans la mémoire '''onchip_memory2_0''' **** Positionner Exception vector Memory dans la mémoire '''onchip_memory2_0''' ===== Périphérique ===== Au vu de notre cahier des charges, un seul port de 8 bits suffit. * Processors and Peripherals **Peripheral ***PIO (Parallel I/O) **** 8 bits OUTPUT ===== Câbler et donner des adresses et exporter les sorties ===== A ce stade, il ne reste plus qu'à câbler l'ensemble et à fixer les adresses de la mémoire (à 0x8000) et du PORT (à 0x1000). Pour ce PORT il faut positionner un nom dans external connexion. Nous avons choisi "s7segs". Cet export est lié au fait que nous voulons sortir directement les informations du PORT sur notre afficheur sept segments. [[File:QSys 1.png|thumb|center|700px|Premier projet QSys]] Comme toujours un schéma comporte des conventions. Il nous a fallu un peu de temps pour nous familiariser avec la partie gauche de cette figure. Ceci fait vous vous apercevrez que les liaisons sont toute à fait normales : * il est logique d'avoir une liaison entre data_master et l'entrée s1 de la RAM ainsi qu'entre instruction_master et cette même entrée. Ceci est lié à l'utilisation de la RAM en mémoire programme ainsi qu'en RAM du processeur. Autrement dit des données comme des instructions sont susceptibles de transiter entre cette RAM et le processeur NIOSII. * il est logique d'avoir une liaison entre data_master et l'entrée s1 du PIO. Ce qui nous surprend c'est la possibilité de relier aussi instruction_master à l'entrée s1 de ce même PIO. Nous ne l'avons pas fait car nous ne voyons vraiment pas à quoi cela peut servir. * Les resets sont reliés ensembles. Il n'y a plus qu'à exporter l'ensemble de ce projet matériel : En bas à droite, cliquer sur GENERATE HDL en prenant soin choisir VHDL (qui n'est pas le langage par défaut). Donner comme nom au fichier .sopc le même nom que votre projet Quartus (pour nous niosii.qsys). Ceci n'est pas obligatoire mais c'est plus simple dans le cas d'un projet qui est entièrement géré par QSys. En final un message doit apparaître dans lequel on vous dit qu'il faudra importer manuellement un fichier d'extension .qip dans votre projet Quartus... et donc retour à Quartus. ==== Retour dans Quartus ==== Cherchez votre fichier .qip dans un sous-répertoire "synthesis" et importez-le dans votre projet. Une fois votre réalisation matérielle importée dans Quartus, vous devez trouver un fichier VHDL. En voici l'entité : <syntaxhighlight lang=vhdl> -- niosii.vhd -- Generated using ACDS version 15.0 145 library IEEE; use IEEE.std_logic_1164.all; use IEEE.numeric_std.all; entity niosii is port ( clk_clk : in std_logic := '0'; -- clk.clk s7segs_export : out std_logic_vector(7 downto 0) -- s7segs.export ); end entity niosii; </syntaxhighlight> Vous retrouvez, conformément au cahier des charges, une entrée horloge et une sortie "s7seg_export". Il vous resta à ajouter les contraintes. ===== Fichier de contraintes ===== Ce fichier de contrainte câble le segment g en poids faible et le segment a en poids 6. Ceci est important pour être capable de réaliser le trancodage correct. <pre> To,Direction,Location,I/O Bank,VREF Group,I/O Standard,Reserved clk_clk,Input,PIN_Y2,2,B2_N0,3.3-V LVTTL, s7segs_export[0],Output,PIN_H22,6,B6_N0,2.5 V, s7segs_export[1],Output,PIN_J22,6,B6_N0,2.5 V, s7segs_export[2],Output,PIN_L25,6,B6_N1,2.5 V, s7segs_export[3],Output,PIN_L26,6,B6_N1,2.5 V, s7segs_export[4],Output,PIN_E17,7,B7_N2,2.5 V, s7segs_export[5],Output,PIN_F22,7,B7_N0,2.5 V, s7segs_export[6],Output,PIN_G18,7,B7_N2,2.5 V, </pre> Vous avez certainement remarqué la différence entre le nom que vous avez donné '''s7segs''' et celui que vous trouvez dans les contraintes '''s7segs_export'''. C'est QSys qui fait automatiquement cet ajout de suffixe "_export". On l'a appris en examinant l'entité du fichier VHDL automatiquement généré. Vous pouvez lancer la compilation matérielle... et il n'y a plus qu'a mettre des programmes dans tout cela. === Réalisation logicielle === Nous donnons d'abord le programme d'exemple que nous allons expliquer. <syntaxhighlight lang=c> /* * demo1.c * * Created on: Oct 1, 2016 * Author: serge */ #include "system.h" #include "altera_avalon_pio_regs.h" int main() { int count = 0; int delay; unsigned char transcod[16]={0x01,0x4F,0x12,0x06,0x4C,0x24,0x20,0x0F,0x00, 0x04,0x08,0x60,0x31,0x42,0x30,0x38}; while(1) { IOWR_ALTERA_AVALON_PIO_DATA(0x1000,transcod[count & 0x0F]); delay = 0; while(delay < 1000000) { delay++; } count++; } return 0; } </syntaxhighlight> La compréhension des valeurs trouvées dans le tableau nécessite de connaître que l'organisation des segments est supposée être abcdefg, avec g poids faible. Il faut savoir aussi que pour allumer un segment sur notre carte, il faut un zéro logique. Dans l'instruction '''IOWR_ALTERA_AVALON_PIO_DATA(0x1000,transcod[count & 0x0F])''' apparaît la valeur 0x1000. C'est tout simplement l'adresse qui a été choisie pour l'adresse de notre PIO (voir figure ci-dessus). {{remarque|contenu= Il est possible d'utiliser les types qui sont redéfinis dans "alt_types.h" qui permettent de préciser la taille des variables. En voici un exemple : <syntaxhighlight lang=c> #include "alt_types.h" int main (void) { alt_u32 time1; </syntaxhighlight> }} A ce stade plusieurs questions peuvent vous venir à l'esprit mais nous y répondrons dans la section suivante : * où dois-je écrire mon programme ? * d'où viennent les fichiers d'inclusion system.h et altera_avalon_pio_regs.h ? * d'où vient l'instruction IOWR_ALTERA_AVALON_PIO_DATA ? === Mettre le programme dans le NIOS === Nous avons assez d'expérience maintenant avec les processeurs enfouis pour savoir que c'est là que nous allons passer du temps. Comme les concepteurs de ces logiciels font tout pour nous cacher au maximum la complexité inhérente au matériel, au moment de l'écriture de ces lignes nous n'avons aucune idée sur la façon dont les choses se passent. Après quelques essais, il semble que le fichier .sof soit modifié lors d'une compilation, mais il nous faudra bien des investigations complémentaires pour tout comprendre. L'utilisateur final que vous êtes n'a pas besoin de comprendre ces détails. Commençons par répondre aux questions de la section précédente. * Où dois-je écrire mon programme ? Dans Eclipse. Vous y accéder de QSys dans Tools -> Nios II Software Buid Tools for Eclipse. Eclipse, pour ceux qui ne connaissent pas, est un environnement où la notion de projet est centrale. Il est impossible de compiler un programme qui n'est pas dans un projet. * D'où viennent les fichier d'inclusion ? C'est là où le fonctionnement est un peu particulier. Toutes les bibliothèques sont forcément dépendantes du matériel. Elles seront donc fabriquées au coup par coup, pour chaque projet matériel. Pour cela il faut faire un projet spécial à côté du projet précédent qui aura un nom forcément terminé par _bsp. C'est ce projet qui sera chargé de compiler toutes les bibliothèques et de générer tous les fichiers d'inclusion. La réalisation des deux projets évoqués ci-dessus en une seule fois se fait avec : * File ** New *** Nios II Application and BSP from template ***Il vous faudra alors renseigner le fichier .sopcinfo que vous désirez utiliser. ***Application Project ****Project name à renseigner ****Finish Garder le projet Hello_world proposé par défaut. Cela vous évitera d'ajouter un fichier dans le projet. Évidemment changer le fichier Hello_world.c, par exemple avec le fichier C proposé plus haut. *Clic droit sur le nom du projet **Run as ***NiosII Hardware Cette commande compile le ficher .c fait une édition de lien avec les librairies nécessaires, et surtout charge automatiquement dans le FPGA. {{Cadre proposition|Tout ce que l'on vient d'expliquer aboutit sur un fonctionnement assez proche à celui d'un microcontrôleur : on compile et l'ensemble se télécharge automatiquement. C'est ce que font les environnements à succès, comme Arduino, Energia, ATMEL studio, MPLABX, ...}} Les choses semblent simples une fois que tout fonctionne et on se demande toujours pourquoi on y a passé autant de temps. En ce qui nous concerne c'est le téléchargement qui envoyait un message d'erreur. Même quand '''USB Blaster''' est correctement configuré, il faut un peu de patience pour que cela fonctionne... La relation '''USB Blaster''' et '''Eclipse''' est donc parfois un peu compliquée et demande donc du simple doigté et de la patience. === Aller plus loin === Que se passe-t-il si l'on désire ajouter un simple PIO matériel tout en restant dans le même projet. Que faut-il changer ? La démarche est évidemment : * de changer le projet QSys * de générer le nouveau fichier .qip * de retourner dans Quartus et d'ajouter les nouvelles contraintes pour le nouveau PIO et de compiler * de télécharger le nouveau matériel dans la carte DE-115 * de retourner dans Eclipse * de cliquer droit sur le projet *_bsp et choisir NIOS II -> generate BSP * de modifier le fichier source pour tenir compte du nouveau matériel * de compiler et charger dans la carte FPGA Toutes ces étapes montrent qu'il faut mieux correctement prévoir son matériel dès le début. La modification logicielle est facile. La modification matérielle est elle aussi facile pour qui a un peu d'expérience. Mais il est facile d'attraper le tournis pour les modifications des deux en même temps. {{remarque| Le '''cliquer droit sur le projet *_bsp et choisir NIOS II -> generate BSP''' fonctionne correctement tant que l'on ne quitte pas Eclipse. Lors d'un redémarrage avec une idée nouvelle pour le matériel, il nous a souvent fallu effacer les projets et les refaire pour aboutir sur un fonctionnement correct, comme s'il perdait la relation avec le fichier .sopcinfo ! }} === Problèmes rencontrés === * Ceux qui ont examinés avec attention la figure proposée pour illustrer la partie matérielle réalisée avec QSys auront remarqué que le [[w:NIOS|{{abréviation|N.I.O.S.|NetWare Input/Output System|en}}]] apparaît avant la RAM, contrairement à ce qui se passe si vous suivez l'ordre des explications dans le texte ci-dessus. Si vous faites le nios en premier, il faudra revenir dessus une fois la RAM choisie pour positionner correctement le '''Reset vector Memory''' et le '''Exception_vector'''. Sinon, il vous restera deux erreurs en rouge. * Si Eclipse vous dit qu'il a rencontré un problème pour mettre le fichier ELF dans le processeur c'est que probablement il n'a pas réussi à utiliser USB Blaster. Personnellement nous chargeons le processeur avec Quartus et ne fermons pas le Programmer et Eclipse le retrouve. * A ce stade de nos investigations, nous ne savons pas s'il faut que le processeur soit dans la carte pour charger le programme en mémoire. == Timer en interruption == Nous avons comme objectif, dans cette section de faire fonctionner un simple TIMER avec une interruption. Après avoir présenté sa réalisation matérielle, nous nous intéresserons au fonctionnement de celui-ci puis, pour finir, nous présenterons un programme de mise en œuvre. === Le matériel : réalisation avec QSys === L'ajout d'un Timer se fait dans QSys. La première utilisation d'un timer est un peu déroutante même si (surtout si) vous avez de l'expérience avec les Timers des petits microcontrôleurs. * Ceux-ci sont dotés de pré-diviseurs, mais ce n'est pas le cas ici. Cela est lié au fait qu'on est dans le domaine des 32 bits. 32 bits commandés par 50 MHz font une période de 86 secondes environ, ce qui est largement suffisant pour ce que l'on a à faire couramment. * Le panneau de configuration du timer que l'on veut ajouter fait apparaître une période configurable. Celle-ci sera prise en compte seulement si vous cochez Fixed period un peu plus bas. Une première image vous montre la configuration de notre timer. [[File:NIOSII TIMER 0.png|thumb|center|700px|A gauche, où trouver le timer, à droite comment configurer le timer]] La partie de droite de la figure vous montre une configuration de la période à 100 ms. Pour la deuxième fois nous répétons que cette période est prise en compte dans le seul cas où vous avez coché dans '''Registers''' l'option '''Fixed period''' ce qui n'est pas notre cas. La partie '''Output signals''' vous permet * de choisir un fonctionnement de type chien de garde (watchdog) * de sortir un bit qui est à un pendant une période d'horloge lors d'un dépassement de capacité Aucune de ces options n'est utilisée par notre projet. Voici ce que cela donne une fois réalisé dans QSys. [[File:NIOSII TIMER.png|thumb|center|700px|Réalisation d'un timer utilisé en interruption]] Remarquez à droite l'interruption n°31 qui sera déclenchée par le dépassement de capacité du timer. La priorité des interruptions décroit quand le numéro d'interruption croit. On a donc choisi une faible priorité car cette interruption est la seule pour le moment. Maintenant que le TIMER est présent dans le matériel, il nous faut comprendre comment il fonctionne. === Fonctionnement et description du TIMER === Le timer est composé de registres. Leur nombre dépend du choix du type de timer : timer sur 32 bits ou timer sur 64 bits. En ce qui nous concerne nous allons nous intéresser au timer sur 32 bits. Il est composé des registres 16 bits suivants : * status * registre de contrôle * registre PERIODL * registre PERIODH * registre SNAPL * registre SNAPH Comme vous faites du codesign (matériel et logiciel) il est important de savoir naviguer dans les fichiers d'entête pour savoir comment les choses ont été définies pour vous. Comme nous parlons du timer, l'ajout d'un tel périphérique provoquera automatiquement l'apparition d'un fichier d'entête appelé '''altera_avalon_timer_regs.h'''. Cette dernière phrase pourrait laisser entendre que ce fichier est automatiquement ajouté à votre programme mais ce n'est pas le cas. C'est à vous de l'ajouter dans les #include. Une fois ajouté, vous le voyez dans la partie droite d'Eclipse, vous double cliquez pour l'ouvrir. Les accès aux registres demandent simplement de connaître l'adresse de base de votre périphérique. Comme nous n'avons rien changé à ce qui nous était proposé par défaut, notre Timer se trouve en adresse 0. Notre base sera donc 0. ==== Registre de status ==== La partie du fichier d'entête '''altera_avalon_timer_regs.h''' correspondante est : <syntaxhighlight lang=c> /* STATUS register */ #define ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_REG 0 #define IOADDR_ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS(base) \ __IO_CALC_ADDRESS_NATIVE(base, ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_REG) #define IORD_ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS(base) \ IORD(base, ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_REG) #define IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS(base, data) \ IOWR(base, ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_REG, data) #define ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_TO_MSK (0x1) #define ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_TO_OFST (0) #define ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_RUN_MSK (0x2) #define ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_RUN_OFST (1) </syntaxhighlight> La deuxième ligne indique qu'il est en adresse 0 par rapport à la base. La cinquième et septième ligne indiquent que ce registre est accessible en lecture '''IORD_ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS(base)''' et en écriture '''IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS(base, data)'''. Les lignes suivantes définissent des noms symboliques pour les deux bits utiles du registre : * '''ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_TO_MSK''' définit le bit de poids faible qui s'appelle TO (Timer Overflow) * '''ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_RUN_MSK''' définit le bit à sa gauche qui est à un quand le timer est en marche. Vous pouvez utiliser les '''OFST''' avec des décalages en lieu et place des masques. {{principe|contenu= Le bit '''TO''' (poids faible) passe à un lors d'un dépassement de capacité, mais c'est à vous, programmeur de le remettre à 0. Ceci devra être réalisé dans chaque routine d'interruption. Réaliser un code qui ne modifie qu'un seul bit ne se fait qu'en trois étapes : <syntaxhighlight lang=c> // declarer la variable status comme : alt_u16 status; status = IORD_ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS(0); status &= ~ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_TO_MSK; // met 0 dans TO sans changer les autres bits IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS(0, status); </syntaxhighlight> Ici comme un seul bit est accessible en écriture on peut se contenter de : <syntaxhighlight lang=c> IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS(0, ~ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_TO_MSK); </syntaxhighlight> Le premier paramètre est ici à 0 car notre base est à 0. }} ==== Registre de contrôle ==== La partie du fichier d'entête '''altera_avalon_timer_regs.h''' correspondante est : <syntaxhighlight lang=c> /* CONTROL register */ #define ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_REG 1 #define IOADDR_ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL(base) \ __IO_CALC_ADDRESS_NATIVE(base, ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_REG) #define IORD_ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL(base) \ IORD(base, ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_REG) #define IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL(base, data) \ IOWR(base, ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_REG, data) #define ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_ITO_MSK (0x1) #define ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_ITO_OFST (0) #define ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_CONT_MSK (0x2) #define ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_CONT_OFST (1) #define ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_START_MSK (0x4) #define ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_START_OFST (2) #define ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_STOP_MSK (0x8) #define ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_STOP_OFST (3) </syntaxhighlight> Il montre que ce registre contient 4 bits de contrôle (donnés ici du poids faible vers le poids fort) : * '''ITO''' : Interrupt Timer Overflow est un bit d'autorisation d'interruption * '''CONT''' : permet l'utilisation du timer en continu s'il est positionné à 1, autrement le timer s'arrête au premier dépassement de capacité * '''START''' : démarre le TIMER, comme son nom l'indique, dès qu'il est positionné à 1 * '''STOP''' : arrête le timer. {{principe|contenu= Le démarrage du timer en mode continu se fait avec l'instruction (avec fichier d'entête '''altera_avalon_timer_regs.h''') : <syntaxhighlight lang=c> IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL(0 , ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_START_MSK | ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_ITO_MSK | ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_CONT_MSK); </syntaxhighlight> Encore une fois le premier paramètre est à 0 car notre base est à 0. }} ==== Registres PERIODL et PERIODH ==== Comme leurs noms l'indiquent, ces deux registres sont là pour déterminer le début de décomptage. En effet ce timer fonctionne avec rechargement de sa valeur avec <math>(PERIODH,PERIODL)_2</math> lorsqu'il y a eu dépassement de capacité. <strong>'''Ces deux registres sont disponibles en écriture et en lecture.'''</strong> L'écriture d'une valeur particulière se fait donc par : <syntaxhighlight lang=c> IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_PERIODL(0,0xFFFF); IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_PERIODH(0,0x00FF); </syntaxhighlight> qui met 0x00FFFFFF comme valeur à charger à chaque dépassement de capacité. ==== Registres SNAPL et SNAPH ==== Ces deux registres contiennent la valeur courante du TIMER. <strong>'''Ces deux registres sont disponibles en écriture et en lecture.'''</strong> ==== Résumé du fonctionnement du Timer ==== [[File:Niosii TIMER reg.png|thumb|400px|Les registres du "Interval Timer"]] La figure ci-contre résume les registres à utiliser pour mettre œuvre le périphérique '''Interval Timer'''. Ce qu'il est important d'avoir à l'esprit, est que les sous-programmes montrés à droite de chaque registre ont comme premier paramètre l'adresse que vous avez choisie dans QSys. Pour nous c'est 0, mais cela peut être différent pour vous. L'autre point important à retenir qui n'apparaît pas dans la figure est que le bit '''TO''' du registre status est un drapeau (flag). Comme toujours, ce genre de bit est mis à un par le matériel, mais c'est au programmeur de le mettre à 0. Enfin dernier point, ces registres sont sur 16 bits comme le montre la figure. Il est grand temps d'écrire le programme complet maintenant. === Le logiciel === Les constantes utilisées dans ce code sont définies dans "system.h". Le code présenté ci-dessous fonctionne correctement. Il est possible de changer la rapidité de comptage en changeant le paramètre de l'instruction <syntaxhighlight lang=c> IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_PERIODH(0,0x00FF); </syntaxhighlight> Le débit des interruptions est donc maintenant réglable par une simple valeur dans un registre. <syntaxhighlight lang=c> #include "system.h" #include "altera_avalon_pio_regs.h" #include "altera_avalon_timer_regs.h" #include <sys/alt_irq.h> #include "alt_types.h" volatile alt_u32 count = 0; alt_u32 *timer_ptr = (alt_u32 *)TIMER_0_BASE; static void count_increment_isr(void* context, alt_u32 id) { IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS(0, ~ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_TO_MSK); count++; // increment count } int main() { int delay; unsigned char transcod[16]={0x01,0x4F,0x12,0x06,0x4C,0x24,0x20,0x0F,0x00, 0x04,0x08,0x60,0x31,0x42,0x30,0x38}; //alt_irq_disable_all(); IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_PERIODL(0,0xFFFF); IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_PERIODH(0,0x00FF); IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL(0,ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_START_MSK | ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_ITO_MSK | ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_CONT_MSK); //alt_irq_enabled(); alt_ic_isr_register(TIMER_0_IRQ_INTERRUPT_CONTROLLER_ID,TIMER_0_IRQ, count_increment_isr, timer_ptr, 0x0); while(1) { IOWR_ALTERA_AVALON_PIO_DATA(0x1000,transcod[count & 0x0F]); delay = 0; while(delay < 10000) { delay++; } } return 0; } </syntaxhighlight> Nous avons gardé l'attente passive dans le programme principal mais ce n'est plus elle qui rythme le comptage, c'est l'interruption. En effet l'instruction count++ est bien dans l'interruption. L'affichage par contre, est réalisé dans le programme principal. == Périphérique d'écriture LCD pour carte DE2-115 == Nous allons essayer dans cette section un périphérique de gestion d'afficheur LCD 2 lignes de 16 caractères. Ce périphérique est présent sur la carte DE2-115 de Terasic. Un gestionnaire matériel de ce périphérique est disponible lorsque l'on utilise QSys. Seule sa documentation laisse à désirer, et peut être aussi sa librairie C. Mais ce dernier point est peut être dû à un manque d'expérience de notre part. === Réalisation matérielle === [[File:NiosII LCD.png|thumb|400px|Utilisation de l'afficheur LCD à l'aide d'un NIOSII]] Après avoir fait le processeur et sa mémoire on ajoute un PIO. Il servira essentiellement à allumer des LEDs pour voir si le programme C tourne normalement. Il est positionné en adresse 0x0000. On ajoutera en plus un périphérique destiné à la gestion de l'écran lcd. * processors and peripheral ** Peripherals ***Altera Avalon LCD 16207 Il sera positionné en adresse 0x0020. === Réalisation logicielle === Le code source donné ci-dessous explore les possibilités d'utilisation de l'afficheur lcd. Il est complètement fonctionnel. Mais faute de documentation convaincante, nous avons tenté de reproduire les commandes classiques d'un gestionnaire LCD en nous aidant de la librairie Arduino... Le programme donné en exemple affiche un "BONJOUR" qui se déplace sur la première ligne et un " A TOUS" sur la deuxième ligne. {{solution|titre=Fichier d'exemple d'utilisation de l'afficheur LCD complètement fonctionnel|contenu= <syntaxhighlight lang=c> /* * "Hello World" example. * * This example prints 'Hello from Nios II' to the STDOUT stream. It runs on * the Nios II 'standard', 'full_featured', 'fast', and 'low_cost' example * designs. It runs with or without the MicroC/OS-II RTOS and requires a STDOUT * device in your system's hardware. * The memory footprint of this hosted application is ~69 kbytes by default * using the standard reference design. * * For a reduced footprint version of this template, and an explanation of how * to reduce the memory footprint for a given application, see the * "small_hello_world" template. * */ //#include <stdio.h> #include "system.h" #include "altera_avalon_pio_regs.h" #include "altera_avalon_lcd_16207_regs.h" #include "altera_avalon_lcd_16207.h" #include "alt_types.h" #define LCD_BASE 0x0020 void delai(int delay); void clearScreen(); void setCursor(alt_u8 col, alt_u8 row); void writecar(char car); void writestr(char *chaine); void Autoscroll(void); altera_avalon_lcd_16207_state sp; int main() { // variables alt_u16 cmpt; alt_u8 posx; // setup //altera_avalon_lcd_16207_init(&sp); cmpt = 0; // loop while(1) { for (posx=0;posx<8;posx++) { //setCursor(0, 0); //writestr(" ");// efface premiere ligne clearScreen(); //OK setCursor(posx, 0); //lcd_clear_screen(&sp); //Pb edition de liens writestr("BONJOUR"); setCursor(posx, 1); writestr(" A TOUS"); IOWR_ALTERA_AVALON_PIO_DATA(0x0000,cmpt); cmpt++; delai(1000000);} } return 0; } void delai(int delay) { int delai = 0; while(delai < delay) { delai++; } } #define LCD_DISPLAYCONTROL 0x08 #define LCD_CLEARDISPLAY 0x01 //#define LCD_DISPLAYON 0x04 void clearScreen() { // clear display, set cursor position to zero IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE, LCD_CLEARDISPLAY); delai(100000); // this command takes a long time! } #define LCD_SETDDRAMADDR 0x80 void setCursor(alt_u8 col, alt_u8 row) { col = col & 0x0F; // %16 row = row & 0x01; // %2 //command(LCD_SETDDRAMADDR | (col + 0x40*row)); IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE, LCD_SETDDRAMADDR | (col + 0x40*row)); delai(100); } #define LCD_ENTRYMODESET 0x04 #define LCD_ENTRYSHIFTINCREMENT 0x01 void Autoscroll(void) { // alt_u8 displaymode=0; // displaymode |= LCD_ENTRYSHIFTINCREMENT; IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE,(LCD_ENTRYMODESET | LCD_ENTRYSHIFTINCREMENT)); } void writecar(char car) { IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_DATA(LCD_BASE, car); } void writestr(char *chaine) { while (*chaine) { writecar((char)*chaine++); delai(100); } } </syntaxhighlight> }} {{remarque|contenu= Nous avons refait les commandes "clearScreen" et "setCursor" bien utiles. La première est pourtant présente sous le nom "lcd_clear_screen" dans *PROJET_BSP -> drivers -> src -> altera_avalon_lcd_16207.c Le problème est que altera_avalon_lcd_16207.h ne met pas toutes les fonctions à disposition et nous ne comprenons pas pourquoi ! Dès que nous utilisons une fonction intéressante de altera_avalon_lcd_16207.c, nous nous trouvons avec un message d'erreur à l'édition de liens. Nous avons pourtant bien vérifié la présence de ce fichier dans le makeFile !! }} Nous avons un peu enrichi la librairie en proposant un "scrollDisplayLeft" et un "scrollDisplayRight" qui ont l'avantage de déplacer l'affichage sans changer le contenu de la mémoire d'affichage. {{solution|titre=Autre exemple d'utilisation de l'afficheur LCD complètement fonctionnel|contenu= <syntaxhighlight lang=c> #include "system.h" #include "altera_avalon_pio_regs.h" #include "altera_avalon_lcd_16207_regs.h" #include "altera_avalon_lcd_16207.h" #include "alt_types.h" #define LCD_BASE 0x0020 void delai(int delay); void clearScreen(); void setCursor(alt_u8 col, alt_u8 row); void writecar(char car); void writestr(char *chaine); void scrollDisplayLeft(void); void scrollDisplayRight(void); int main() { // variables alt_u16 cmpt; alt_u8 posx; // setup cmpt = 0; // loop while(1) { clearScreen(); setCursor(0, 0); writestr("BONJOUR"); setCursor(0, 1); writestr(" A TOUS"); for (posx=0;posx<8;posx++) { scrollDisplayRight(); IOWR_ALTERA_AVALON_PIO_DATA(0x0000,cmpt); cmpt++; delai(1000000); } // for } // while(1) return 0; } // main void delai(int delay) { int delai = 0; while(delai < delay) { delai++; } } #define LCD_DISPLAYCONTROL 0x08 #define LCD_CLEARDISPLAY 0x01 //#define LCD_DISPLAYON 0x04 void clearScreen() { // clear display, set cursor position to zero IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE, LCD_CLEARDISPLAY); delai(100000); // this command takes a long time! } #define LCD_SETDDRAMADDR 0x80 void setCursor(alt_u8 col, alt_u8 row) { col = col & 0x0F; // %16 row = row & 0x01; // %2 //command(LCD_SETDDRAMADDR | (col + 0x40*row)); IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE, LCD_SETDDRAMADDR | (col + 0x40*row)); delai(100); } #define LCD_CURSORSHIFT 0x10 #define LCD_DISPLAYMOVE 0x08 #define LCD_MOVERIGHT 0x04 #define LCD_MOVELEFT 0x00 // These commands scroll the display without changing the RAM void scrollDisplayLeft(void) { //command(LCD_CURSORSHIFT | LCD_DISPLAYMOVE | LCD_MOVELEFT); IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE,LCD_CURSORSHIFT | LCD_DISPLAYMOVE | LCD_MOVELEFT); } void scrollDisplayRight(void) { //command(LCD_CURSORSHIFT | LCD_DISPLAYMOVE | LCD_MOVERIGHT); IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE,LCD_CURSORSHIFT | LCD_DISPLAYMOVE | LCD_MOVERIGHT); } void writecar(char car) { IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_DATA(LCD_BASE, car); } void writestr(char *chaine) { while (*chaine) { writecar((char)*chaine++); delai(100); } } </syntaxhighlight> }} Notre façon de définir les constantes juste avant leurs utilisations n'est pas habituelle. Mais la partie de sous-programmes utiles est tellement petite que nous n'avons pas décidé de regrouper toutes les constantes en début de programme. La seule primitive manquante serait le "createChar" de la librairie Arduino qui permettrait de réaliser ses propres caractères d'affichage. Nous laissons cela au lecteur intéressé sous forme d'exercice. ==== Exercice ==== On vous demande de modifier les programmes d'exemple ci-dessus pour ajouter la primitive "createChar" à vos sous-programmes utiles. Voici son code source dans la librairie Arduino : <syntaxhighlight lang=c> // Allows us to fill the first 8 CGRAM locations // with custom characters void LiquidCrystal::createChar(uint8_t location, uint8_t charmap[]) { location &= 0x7; // we only have 8 locations 0-7 command(LCD_SETCGRAMADDR | (location << 3)); for (int i=0; i<8; i++) { write(charmap[i]); } } </syntaxhighlight> On ne gardera pas la notion d'objet utilisée dans cette librairie Arduino. {{solution|contenu= <syntaxhighlight lang=c> #include "system.h" #include "altera_avalon_pio_regs.h" #include "altera_avalon_lcd_16207_regs.h" #include "altera_avalon_lcd_16207.h" #include "alt_types.h" #define LCD_BASE 0x0020 void delai(int delay); void clearScreen(); void setCursor(alt_u8 col, alt_u8 row); void writecar(char car); void writestr(char *chaine); void scrollDisplayLeft(void); void scrollDisplayRight(void); void createChar(alt_u8 location, alt_u8 charmap[]); alt_u8 heart[8] = { // from Arduino Library 0b00000, 0b01010, 0b11111, 0b11111, 0b11111, 0b01110, 0b00100, 0b00000 }; int main() { // variables alt_u16 cmpt; alt_u8 posx; // setup cmpt = 0; createChar(0, heart); // custum heart character // loop while(1) { clearScreen(); setCursor(0, 0); writestr("BONJOUR"); setCursor(0, 1); writestr(" A TOUS");writecar(0); // heart used here for (posx=0;posx<8;posx++) { scrollDisplayRight(); IOWR_ALTERA_AVALON_PIO_DATA(0x0000,cmpt); cmpt++; delai(1000000); } // for } // while(1) return 0; } // main void delai(int delay) { int delai = 0; while(delai < delay) { delai++; } } #define LCD_DISPLAYCONTROL 0x08 #define LCD_CLEARDISPLAY 0x01 //#define LCD_DISPLAYON 0x04 void clearScreen() { // clear display, set cursor position to zero IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE, LCD_CLEARDISPLAY); delai(100000); // this command takes a long time! } #define LCD_SETDDRAMADDR 0x80 void setCursor(alt_u8 col, alt_u8 row) { col = col & 0x0F; // %16 row = row & 0x01; // %2 //command(LCD_SETDDRAMADDR | (col + 0x40*row)); IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE, LCD_SETDDRAMADDR | (col + 0x40*row)); delai(100); } #define LCD_CURSORSHIFT 0x10 #define LCD_DISPLAYMOVE 0x08 #define LCD_MOVERIGHT 0x04 #define LCD_MOVELEFT 0x00 // These commands scroll the display without changing the RAM void scrollDisplayLeft(void) { //command(LCD_CURSORSHIFT | LCD_DISPLAYMOVE | LCD_MOVELEFT); IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE,LCD_CURSORSHIFT | LCD_DISPLAYMOVE | LCD_MOVELEFT); } void scrollDisplayRight(void) { //command(LCD_CURSORSHIFT | LCD_DISPLAYMOVE | LCD_MOVERIGHT); IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE,LCD_CURSORSHIFT | LCD_DISPLAYMOVE | LCD_MOVERIGHT); } #define LCD_SETCGRAMADDR 0x40 // Allows us to fill the first 8 CGRAM locations // with custom characters void createChar(alt_u8 location, alt_u8 charmap[]) { alt_u8 i; location &= 0x7; // we only have 8 locations 0-7 IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE,LCD_SETCGRAMADDR | (location << 3)); for (i=0; i<8; i++) { writecar((char)charmap[i]);delai(100); } } void writecar(char car) { //while(IORD_ALTERA_AVALON_LCD_16207_STATUS(LCD_BASE)&ALTERA_AVALON_LCD_16207_STATUS_BUSY_MSK); IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_DATA(LCD_BASE, car); } void writestr(char *chaine) { while (*chaine) { writecar((char)*chaine++); delai(100); } } </syntaxhighlight> }} == Voir aussi == ===Youtube=== * [https://www.youtube.com/watch?v=ValQ_4w2liE&ab_channel=AlexanderRens Implementing Nios II on DE10-Lite - SDSU EE492] ===Livres=== Il est facile de trouver des livres (même en français) qui traitent du NIOS II avec plus ou moins de détails. * A. ATTOUI "Architecture des systèmes sur puce : Processeurs synthétisables, CAO VLSI, Norme VCI, environnements ISE et Quartus", [[w:Ellipses (éditeur)|Ellipses]] (2005) se consacre, entre autres, à [[w:Altera|Altera]] et [[w:NIOS|NIOS]] et [[w:en:Advanced Microcontroller Bus Architecture|(en) AMBA]] * Z. Navabi "Embedded Core design with FPGA", [[w:McGraw-Hill|McGraw-Hill]] (2007), assez général mais les applications sont [[w:Altera|Altera]] et [[w:NIOS|NIOS]]II et en [[w:verilog|Verilog]]. * P. P. Chu "Embedded SoPC Design with [[w:en:Nios II|NIOS II]] Processor and VHDL Examples", [[w:John Wiley & Sons|WILEY]] (2011) {{Bas de page | idfaculté = informatique | précédent = [[../Le MicroBlaze/]] | suivant = [[../Réalisation d'un coprocesseur CORDIC/]] }} 3ltl9xk3749d7tv0z4s786vymx2d7uk 880671 880669 2022-07-23T16:39:49Z SergeMoutou 3263 /* Youtube */ wikitext text/x-wiki {{Chapitre | idfaculté = informatique | numéro = 16 | niveau = 15 | précédent = [[../Le MicroBlaze/]] | suivant = [[../Réalisation d'un coprocesseur CORDIC/]] }} Comme l'indique le titre de ce chapitre, nous allons utiliser le processeur [[w:NIOS|{{abréviation|N.I.O.S.|NetWare Input/Output System|en}}]] de chez [[w:en:Altera|Altera]]. Il s'agit d'un processeur 32 bits de type RISC propriétaire, c'est-à-dire que vous ne disposez pas de son code source. Les cartes que l'on utilise avec les étudiants de 2ème année étant des DE2-115, l'essentiel de ce qui va être décrit ici sera destiné à ces cartes. Il n'y a aucun problème pour l'adapter à d'autres cartes. Seul le fichier de contraintes sur les broches de FPGA est différent. Au risque de nous répéter, nous avons beaucoup utilisé de processeurs libres jusqu'à présent. Mais les petits problèmes rencontrés nous incitent à utiliser des processeurs réalisés par une équipe d'ingénieurs. Parmi les problèmes rencontrés se trouve la difficulté que nous avons à porter sur Altera, notre processeur préféré jusqu'à présent décrit dans un chapitre de ce livre [[../Embarquer un Atmel ATMega8/|sur l'ATMega8]] d'une part, et son amélioration dans [[../Améliorer l'ATMega8 avec l'ATMega16 et l'ATMega32|le chapitre suivant]]. Ils sont tout simplement plus fiables mais en général sont propriétaires. L'environnement de développement lui aussi est propriétaire, mais vous pouvez le télécharger et avoir une licence WEBPACK gratuite. '''Tous les outils utilisés dans ce chapitre sont gratuits'''. == Introduction == Malgré l'expérience accumulée par l'écriture de ce livre, il nous a fallu une dizaine d'heure pour faire tourner notre premier NIOS. Ceci est très anecdotique mais vous montre quand même que dans le domaine des SOCs rien n'est jamais simple. Vous pouvez trouver des tutoriels sur Youtube, des documents PDF sur internet. La documentation ne manque pas, mais vous êtes arrêté par de simples détails, parce que ce que vous lisez ou voyez dans ces documents, ne correspond pas ce que vous avez sous les yeux dans votre environnement de développement matériel. Nous ne pourrons malheureusement pas faire mieux que les autres car nous ignorons totalement quelle version de Quartus vous utilisez au moment où vous lisez ces lignes. La seule chose que nous pouvons préciser est que nous utilisons la version 15.0 de Quartus qui n'est déjà plus la dernière à ce jour. Nous allons essayer d'expliquer comment les choses sont liées plutôt que de donner des copies d'écran qui seront obsolètes très vite. Si vous n'êtes pas arrivé directement ici et avez lu quelques chapitres de ce livre, vous savez que le problème des SOCs est de relier la chaîne de compilation matérielle et la chaîne de compilation logicielle. == Mon premier exemple == La réalisation d'un SOC se fait en deux grandes étapes : * la réalisation matérielle * la programmation du matériel par du logiciel Nous allons organiser la suite en respectant ces étapes, d'autant plus qu'elles utilisent des logiciels complètement différent. === Réalisation matérielle === La réalisation matérielle utilise deux logiciels complètement différent : * Quartus pour la synthèse finale * QSys (ancien SOPC) pour la définition du NIOS C'est l'utilisation de deux logiciels différents qui rend les choses délicates pour une première utilisation. L'objectif de QSys est de générer un fichier d'extension .qip dans lequel se trouve un fichier VHDL (ce n'est pas VHDL par défaut mais verilog). Ce fichier doit avoir 1 seule entrée, l'horloge et 8 sorties. Cela correspond à notre cahier des charges : les chenillars étant courant dans les tutoriels trouvés sur Internet, nous allons nous intéresser à un compteur qui sortira sa valeur sur un afficheur sept segments. ==== Quartus ==== On commence par lancer Quartus et par réaliser un projet Quartus. Ce projet s'appellera pour nous '''niosii''', et par défaut nécessitera donc une entité niosii, celle la même qui sera générée automatiquement par QSys. A part positionner le FPGA cible, on n'a donc pas grand chose à faire à ce stade. Basculons donc dans QSys où le gros du travail est à faire. ==== QSys ==== Quand vous lancez QSys, vous devez voir apparaître un schéma qui laisse penser qu'on va utiliser un module spécifique pour l'horloge. La suite c'est à vous de la composer. L'ordre dans lequel on fait les choses a son importance. A ce stade la plupart d'entre-vous seront tentés de commencer par l'élément le plus important : le processeur. Il n'empêche que vous éviterez un aller et retour dans QSys en commençant par la mémoire. ===== Mémoire ===== Nous allons prendre une mémoire unique qui servira de mémoire programme et de mémoire donnée. Les programmes destinés à un processeur 32 bits étant en général plus gros que ceux que l'on a utilisé jusqu'à présent nous allons choisir une mémoire de 32ko. Pour se faire le travail suivant est nécessaire : {{Cadre proposition|À partir de maintenant la description partielle des menus et sous menu se fera à l'aide de décalages. Par exemple : * Basic Functions ** onchip Memory ***on chip Memory (RAM or ROM) **** Size 32768 signifie que vous allez dans Basic function, puis dans on chip Memory puis .... Nous utiliserons toujours cette convention dans la suite. }} Il n'y a que deux adresses possibles pour celle-ci : 0x0 ou 0x8000. Pour une taille de 32 ko nous choisissons 0x8000. Nous garderons le nom d'instance par défaut : '''onchip_memory2_0'''. ===== Processeur ===== Nous allons choisir le processeur NIOS le plus basique. Il s'appelle NIOS II/e. * Processors and Peripherals **Nios ii (classic) Processor ***nios II/e **** Positionner Reset vector Memory dans la mémoire '''onchip_memory2_0''' **** Positionner Exception vector Memory dans la mémoire '''onchip_memory2_0''' ===== Périphérique ===== Au vu de notre cahier des charges, un seul port de 8 bits suffit. * Processors and Peripherals **Peripheral ***PIO (Parallel I/O) **** 8 bits OUTPUT ===== Câbler et donner des adresses et exporter les sorties ===== A ce stade, il ne reste plus qu'à câbler l'ensemble et à fixer les adresses de la mémoire (à 0x8000) et du PORT (à 0x1000). Pour ce PORT il faut positionner un nom dans external connexion. Nous avons choisi "s7segs". Cet export est lié au fait que nous voulons sortir directement les informations du PORT sur notre afficheur sept segments. [[File:QSys 1.png|thumb|center|700px|Premier projet QSys]] Comme toujours un schéma comporte des conventions. Il nous a fallu un peu de temps pour nous familiariser avec la partie gauche de cette figure. Ceci fait vous vous apercevrez que les liaisons sont toute à fait normales : * il est logique d'avoir une liaison entre data_master et l'entrée s1 de la RAM ainsi qu'entre instruction_master et cette même entrée. Ceci est lié à l'utilisation de la RAM en mémoire programme ainsi qu'en RAM du processeur. Autrement dit des données comme des instructions sont susceptibles de transiter entre cette RAM et le processeur NIOSII. * il est logique d'avoir une liaison entre data_master et l'entrée s1 du PIO. Ce qui nous surprend c'est la possibilité de relier aussi instruction_master à l'entrée s1 de ce même PIO. Nous ne l'avons pas fait car nous ne voyons vraiment pas à quoi cela peut servir. * Les resets sont reliés ensembles. Il n'y a plus qu'à exporter l'ensemble de ce projet matériel : En bas à droite, cliquer sur GENERATE HDL en prenant soin choisir VHDL (qui n'est pas le langage par défaut). Donner comme nom au fichier .sopc le même nom que votre projet Quartus (pour nous niosii.qsys). Ceci n'est pas obligatoire mais c'est plus simple dans le cas d'un projet qui est entièrement géré par QSys. En final un message doit apparaître dans lequel on vous dit qu'il faudra importer manuellement un fichier d'extension .qip dans votre projet Quartus... et donc retour à Quartus. ==== Retour dans Quartus ==== Cherchez votre fichier .qip dans un sous-répertoire "synthesis" et importez-le dans votre projet. Une fois votre réalisation matérielle importée dans Quartus, vous devez trouver un fichier VHDL. En voici l'entité : <syntaxhighlight lang=vhdl> -- niosii.vhd -- Generated using ACDS version 15.0 145 library IEEE; use IEEE.std_logic_1164.all; use IEEE.numeric_std.all; entity niosii is port ( clk_clk : in std_logic := '0'; -- clk.clk s7segs_export : out std_logic_vector(7 downto 0) -- s7segs.export ); end entity niosii; </syntaxhighlight> Vous retrouvez, conformément au cahier des charges, une entrée horloge et une sortie "s7seg_export". Il vous resta à ajouter les contraintes. ===== Fichier de contraintes ===== Ce fichier de contrainte câble le segment g en poids faible et le segment a en poids 6. Ceci est important pour être capable de réaliser le trancodage correct. <pre> To,Direction,Location,I/O Bank,VREF Group,I/O Standard,Reserved clk_clk,Input,PIN_Y2,2,B2_N0,3.3-V LVTTL, s7segs_export[0],Output,PIN_H22,6,B6_N0,2.5 V, s7segs_export[1],Output,PIN_J22,6,B6_N0,2.5 V, s7segs_export[2],Output,PIN_L25,6,B6_N1,2.5 V, s7segs_export[3],Output,PIN_L26,6,B6_N1,2.5 V, s7segs_export[4],Output,PIN_E17,7,B7_N2,2.5 V, s7segs_export[5],Output,PIN_F22,7,B7_N0,2.5 V, s7segs_export[6],Output,PIN_G18,7,B7_N2,2.5 V, </pre> Vous avez certainement remarqué la différence entre le nom que vous avez donné '''s7segs''' et celui que vous trouvez dans les contraintes '''s7segs_export'''. C'est QSys qui fait automatiquement cet ajout de suffixe "_export". On l'a appris en examinant l'entité du fichier VHDL automatiquement généré. Vous pouvez lancer la compilation matérielle... et il n'y a plus qu'a mettre des programmes dans tout cela. === Réalisation logicielle === Nous donnons d'abord le programme d'exemple que nous allons expliquer. <syntaxhighlight lang=c> /* * demo1.c * * Created on: Oct 1, 2016 * Author: serge */ #include "system.h" #include "altera_avalon_pio_regs.h" int main() { int count = 0; int delay; unsigned char transcod[16]={0x01,0x4F,0x12,0x06,0x4C,0x24,0x20,0x0F,0x00, 0x04,0x08,0x60,0x31,0x42,0x30,0x38}; while(1) { IOWR_ALTERA_AVALON_PIO_DATA(0x1000,transcod[count & 0x0F]); delay = 0; while(delay < 1000000) { delay++; } count++; } return 0; } </syntaxhighlight> La compréhension des valeurs trouvées dans le tableau nécessite de connaître que l'organisation des segments est supposée être abcdefg, avec g poids faible. Il faut savoir aussi que pour allumer un segment sur notre carte, il faut un zéro logique. Dans l'instruction '''IOWR_ALTERA_AVALON_PIO_DATA(0x1000,transcod[count & 0x0F])''' apparaît la valeur 0x1000. C'est tout simplement l'adresse qui a été choisie pour l'adresse de notre PIO (voir figure ci-dessus). {{remarque|contenu= Il est possible d'utiliser les types qui sont redéfinis dans "alt_types.h" qui permettent de préciser la taille des variables. En voici un exemple : <syntaxhighlight lang=c> #include "alt_types.h" int main (void) { alt_u32 time1; </syntaxhighlight> }} A ce stade plusieurs questions peuvent vous venir à l'esprit mais nous y répondrons dans la section suivante : * où dois-je écrire mon programme ? * d'où viennent les fichiers d'inclusion system.h et altera_avalon_pio_regs.h ? * d'où vient l'instruction IOWR_ALTERA_AVALON_PIO_DATA ? === Mettre le programme dans le NIOS === Nous avons assez d'expérience maintenant avec les processeurs enfouis pour savoir que c'est là que nous allons passer du temps. Comme les concepteurs de ces logiciels font tout pour nous cacher au maximum la complexité inhérente au matériel, au moment de l'écriture de ces lignes nous n'avons aucune idée sur la façon dont les choses se passent. Après quelques essais, il semble que le fichier .sof soit modifié lors d'une compilation, mais il nous faudra bien des investigations complémentaires pour tout comprendre. L'utilisateur final que vous êtes n'a pas besoin de comprendre ces détails. Commençons par répondre aux questions de la section précédente. * Où dois-je écrire mon programme ? Dans Eclipse. Vous y accéder de QSys dans Tools -> Nios II Software Buid Tools for Eclipse. Eclipse, pour ceux qui ne connaissent pas, est un environnement où la notion de projet est centrale. Il est impossible de compiler un programme qui n'est pas dans un projet. * D'où viennent les fichier d'inclusion ? C'est là où le fonctionnement est un peu particulier. Toutes les bibliothèques sont forcément dépendantes du matériel. Elles seront donc fabriquées au coup par coup, pour chaque projet matériel. Pour cela il faut faire un projet spécial à côté du projet précédent qui aura un nom forcément terminé par _bsp. C'est ce projet qui sera chargé de compiler toutes les bibliothèques et de générer tous les fichiers d'inclusion. La réalisation des deux projets évoqués ci-dessus en une seule fois se fait avec : * File ** New *** Nios II Application and BSP from template ***Il vous faudra alors renseigner le fichier .sopcinfo que vous désirez utiliser. ***Application Project ****Project name à renseigner ****Finish Garder le projet Hello_world proposé par défaut. Cela vous évitera d'ajouter un fichier dans le projet. Évidemment changer le fichier Hello_world.c, par exemple avec le fichier C proposé plus haut. *Clic droit sur le nom du projet **Run as ***NiosII Hardware Cette commande compile le ficher .c fait une édition de lien avec les librairies nécessaires, et surtout charge automatiquement dans le FPGA. {{Cadre proposition|Tout ce que l'on vient d'expliquer aboutit sur un fonctionnement assez proche à celui d'un microcontrôleur : on compile et l'ensemble se télécharge automatiquement. C'est ce que font les environnements à succès, comme Arduino, Energia, ATMEL studio, MPLABX, ...}} Les choses semblent simples une fois que tout fonctionne et on se demande toujours pourquoi on y a passé autant de temps. En ce qui nous concerne c'est le téléchargement qui envoyait un message d'erreur. Même quand '''USB Blaster''' est correctement configuré, il faut un peu de patience pour que cela fonctionne... La relation '''USB Blaster''' et '''Eclipse''' est donc parfois un peu compliquée et demande donc du simple doigté et de la patience. === Aller plus loin === Que se passe-t-il si l'on désire ajouter un simple PIO matériel tout en restant dans le même projet. Que faut-il changer ? La démarche est évidemment : * de changer le projet QSys * de générer le nouveau fichier .qip * de retourner dans Quartus et d'ajouter les nouvelles contraintes pour le nouveau PIO et de compiler * de télécharger le nouveau matériel dans la carte DE-115 * de retourner dans Eclipse * de cliquer droit sur le projet *_bsp et choisir NIOS II -> generate BSP * de modifier le fichier source pour tenir compte du nouveau matériel * de compiler et charger dans la carte FPGA Toutes ces étapes montrent qu'il faut mieux correctement prévoir son matériel dès le début. La modification logicielle est facile. La modification matérielle est elle aussi facile pour qui a un peu d'expérience. Mais il est facile d'attraper le tournis pour les modifications des deux en même temps. {{remarque| Le '''cliquer droit sur le projet *_bsp et choisir NIOS II -> generate BSP''' fonctionne correctement tant que l'on ne quitte pas Eclipse. Lors d'un redémarrage avec une idée nouvelle pour le matériel, il nous a souvent fallu effacer les projets et les refaire pour aboutir sur un fonctionnement correct, comme s'il perdait la relation avec le fichier .sopcinfo ! }} === Problèmes rencontrés === * Ceux qui ont examinés avec attention la figure proposée pour illustrer la partie matérielle réalisée avec QSys auront remarqué que le [[w:NIOS|{{abréviation|N.I.O.S.|NetWare Input/Output System|en}}]] apparaît avant la RAM, contrairement à ce qui se passe si vous suivez l'ordre des explications dans le texte ci-dessus. Si vous faites le nios en premier, il faudra revenir dessus une fois la RAM choisie pour positionner correctement le '''Reset vector Memory''' et le '''Exception_vector'''. Sinon, il vous restera deux erreurs en rouge. * Si Eclipse vous dit qu'il a rencontré un problème pour mettre le fichier ELF dans le processeur c'est que probablement il n'a pas réussi à utiliser USB Blaster. Personnellement nous chargeons le processeur avec Quartus et ne fermons pas le Programmer et Eclipse le retrouve. * A ce stade de nos investigations, nous ne savons pas s'il faut que le processeur soit dans la carte pour charger le programme en mémoire. == Timer en interruption == Nous avons comme objectif, dans cette section de faire fonctionner un simple TIMER avec une interruption. Après avoir présenté sa réalisation matérielle, nous nous intéresserons au fonctionnement de celui-ci puis, pour finir, nous présenterons un programme de mise en œuvre. === Le matériel : réalisation avec QSys === L'ajout d'un Timer se fait dans QSys. La première utilisation d'un timer est un peu déroutante même si (surtout si) vous avez de l'expérience avec les Timers des petits microcontrôleurs. * Ceux-ci sont dotés de pré-diviseurs, mais ce n'est pas le cas ici. Cela est lié au fait qu'on est dans le domaine des 32 bits. 32 bits commandés par 50 MHz font une période de 86 secondes environ, ce qui est largement suffisant pour ce que l'on a à faire couramment. * Le panneau de configuration du timer que l'on veut ajouter fait apparaître une période configurable. Celle-ci sera prise en compte seulement si vous cochez Fixed period un peu plus bas. Une première image vous montre la configuration de notre timer. [[File:NIOSII TIMER 0.png|thumb|center|700px|A gauche, où trouver le timer, à droite comment configurer le timer]] La partie de droite de la figure vous montre une configuration de la période à 100 ms. Pour la deuxième fois nous répétons que cette période est prise en compte dans le seul cas où vous avez coché dans '''Registers''' l'option '''Fixed period''' ce qui n'est pas notre cas. La partie '''Output signals''' vous permet * de choisir un fonctionnement de type chien de garde (watchdog) * de sortir un bit qui est à un pendant une période d'horloge lors d'un dépassement de capacité Aucune de ces options n'est utilisée par notre projet. Voici ce que cela donne une fois réalisé dans QSys. [[File:NIOSII TIMER.png|thumb|center|700px|Réalisation d'un timer utilisé en interruption]] Remarquez à droite l'interruption n°31 qui sera déclenchée par le dépassement de capacité du timer. La priorité des interruptions décroit quand le numéro d'interruption croit. On a donc choisi une faible priorité car cette interruption est la seule pour le moment. Maintenant que le TIMER est présent dans le matériel, il nous faut comprendre comment il fonctionne. === Fonctionnement et description du TIMER === Le timer est composé de registres. Leur nombre dépend du choix du type de timer : timer sur 32 bits ou timer sur 64 bits. En ce qui nous concerne nous allons nous intéresser au timer sur 32 bits. Il est composé des registres 16 bits suivants : * status * registre de contrôle * registre PERIODL * registre PERIODH * registre SNAPL * registre SNAPH Comme vous faites du codesign (matériel et logiciel) il est important de savoir naviguer dans les fichiers d'entête pour savoir comment les choses ont été définies pour vous. Comme nous parlons du timer, l'ajout d'un tel périphérique provoquera automatiquement l'apparition d'un fichier d'entête appelé '''altera_avalon_timer_regs.h'''. Cette dernière phrase pourrait laisser entendre que ce fichier est automatiquement ajouté à votre programme mais ce n'est pas le cas. C'est à vous de l'ajouter dans les #include. Une fois ajouté, vous le voyez dans la partie droite d'Eclipse, vous double cliquez pour l'ouvrir. Les accès aux registres demandent simplement de connaître l'adresse de base de votre périphérique. Comme nous n'avons rien changé à ce qui nous était proposé par défaut, notre Timer se trouve en adresse 0. Notre base sera donc 0. ==== Registre de status ==== La partie du fichier d'entête '''altera_avalon_timer_regs.h''' correspondante est : <syntaxhighlight lang=c> /* STATUS register */ #define ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_REG 0 #define IOADDR_ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS(base) \ __IO_CALC_ADDRESS_NATIVE(base, ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_REG) #define IORD_ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS(base) \ IORD(base, ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_REG) #define IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS(base, data) \ IOWR(base, ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_REG, data) #define ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_TO_MSK (0x1) #define ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_TO_OFST (0) #define ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_RUN_MSK (0x2) #define ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_RUN_OFST (1) </syntaxhighlight> La deuxième ligne indique qu'il est en adresse 0 par rapport à la base. La cinquième et septième ligne indiquent que ce registre est accessible en lecture '''IORD_ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS(base)''' et en écriture '''IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS(base, data)'''. Les lignes suivantes définissent des noms symboliques pour les deux bits utiles du registre : * '''ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_TO_MSK''' définit le bit de poids faible qui s'appelle TO (Timer Overflow) * '''ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_RUN_MSK''' définit le bit à sa gauche qui est à un quand le timer est en marche. Vous pouvez utiliser les '''OFST''' avec des décalages en lieu et place des masques. {{principe|contenu= Le bit '''TO''' (poids faible) passe à un lors d'un dépassement de capacité, mais c'est à vous, programmeur de le remettre à 0. Ceci devra être réalisé dans chaque routine d'interruption. Réaliser un code qui ne modifie qu'un seul bit ne se fait qu'en trois étapes : <syntaxhighlight lang=c> // declarer la variable status comme : alt_u16 status; status = IORD_ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS(0); status &= ~ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_TO_MSK; // met 0 dans TO sans changer les autres bits IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS(0, status); </syntaxhighlight> Ici comme un seul bit est accessible en écriture on peut se contenter de : <syntaxhighlight lang=c> IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS(0, ~ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_TO_MSK); </syntaxhighlight> Le premier paramètre est ici à 0 car notre base est à 0. }} ==== Registre de contrôle ==== La partie du fichier d'entête '''altera_avalon_timer_regs.h''' correspondante est : <syntaxhighlight lang=c> /* CONTROL register */ #define ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_REG 1 #define IOADDR_ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL(base) \ __IO_CALC_ADDRESS_NATIVE(base, ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_REG) #define IORD_ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL(base) \ IORD(base, ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_REG) #define IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL(base, data) \ IOWR(base, ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_REG, data) #define ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_ITO_MSK (0x1) #define ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_ITO_OFST (0) #define ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_CONT_MSK (0x2) #define ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_CONT_OFST (1) #define ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_START_MSK (0x4) #define ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_START_OFST (2) #define ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_STOP_MSK (0x8) #define ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_STOP_OFST (3) </syntaxhighlight> Il montre que ce registre contient 4 bits de contrôle (donnés ici du poids faible vers le poids fort) : * '''ITO''' : Interrupt Timer Overflow est un bit d'autorisation d'interruption * '''CONT''' : permet l'utilisation du timer en continu s'il est positionné à 1, autrement le timer s'arrête au premier dépassement de capacité * '''START''' : démarre le TIMER, comme son nom l'indique, dès qu'il est positionné à 1 * '''STOP''' : arrête le timer. {{principe|contenu= Le démarrage du timer en mode continu se fait avec l'instruction (avec fichier d'entête '''altera_avalon_timer_regs.h''') : <syntaxhighlight lang=c> IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL(0 , ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_START_MSK | ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_ITO_MSK | ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_CONT_MSK); </syntaxhighlight> Encore une fois le premier paramètre est à 0 car notre base est à 0. }} ==== Registres PERIODL et PERIODH ==== Comme leurs noms l'indiquent, ces deux registres sont là pour déterminer le début de décomptage. En effet ce timer fonctionne avec rechargement de sa valeur avec <math>(PERIODH,PERIODL)_2</math> lorsqu'il y a eu dépassement de capacité. <strong>'''Ces deux registres sont disponibles en écriture et en lecture.'''</strong> L'écriture d'une valeur particulière se fait donc par : <syntaxhighlight lang=c> IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_PERIODL(0,0xFFFF); IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_PERIODH(0,0x00FF); </syntaxhighlight> qui met 0x00FFFFFF comme valeur à charger à chaque dépassement de capacité. ==== Registres SNAPL et SNAPH ==== Ces deux registres contiennent la valeur courante du TIMER. <strong>'''Ces deux registres sont disponibles en écriture et en lecture.'''</strong> ==== Résumé du fonctionnement du Timer ==== [[File:Niosii TIMER reg.png|thumb|400px|Les registres du "Interval Timer"]] La figure ci-contre résume les registres à utiliser pour mettre œuvre le périphérique '''Interval Timer'''. Ce qu'il est important d'avoir à l'esprit, est que les sous-programmes montrés à droite de chaque registre ont comme premier paramètre l'adresse que vous avez choisie dans QSys. Pour nous c'est 0, mais cela peut être différent pour vous. L'autre point important à retenir qui n'apparaît pas dans la figure est que le bit '''TO''' du registre status est un drapeau (flag). Comme toujours, ce genre de bit est mis à un par le matériel, mais c'est au programmeur de le mettre à 0. Enfin dernier point, ces registres sont sur 16 bits comme le montre la figure. Il est grand temps d'écrire le programme complet maintenant. === Le logiciel === Les constantes utilisées dans ce code sont définies dans "system.h". Le code présenté ci-dessous fonctionne correctement. Il est possible de changer la rapidité de comptage en changeant le paramètre de l'instruction <syntaxhighlight lang=c> IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_PERIODH(0,0x00FF); </syntaxhighlight> Le débit des interruptions est donc maintenant réglable par une simple valeur dans un registre. <syntaxhighlight lang=c> #include "system.h" #include "altera_avalon_pio_regs.h" #include "altera_avalon_timer_regs.h" #include <sys/alt_irq.h> #include "alt_types.h" volatile alt_u32 count = 0; alt_u32 *timer_ptr = (alt_u32 *)TIMER_0_BASE; static void count_increment_isr(void* context, alt_u32 id) { IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS(0, ~ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_TO_MSK); count++; // increment count } int main() { int delay; unsigned char transcod[16]={0x01,0x4F,0x12,0x06,0x4C,0x24,0x20,0x0F,0x00, 0x04,0x08,0x60,0x31,0x42,0x30,0x38}; //alt_irq_disable_all(); IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_PERIODL(0,0xFFFF); IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_PERIODH(0,0x00FF); IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL(0,ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_START_MSK | ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_ITO_MSK | ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_CONT_MSK); //alt_irq_enabled(); alt_ic_isr_register(TIMER_0_IRQ_INTERRUPT_CONTROLLER_ID,TIMER_0_IRQ, count_increment_isr, timer_ptr, 0x0); while(1) { IOWR_ALTERA_AVALON_PIO_DATA(0x1000,transcod[count & 0x0F]); delay = 0; while(delay < 10000) { delay++; } } return 0; } </syntaxhighlight> Nous avons gardé l'attente passive dans le programme principal mais ce n'est plus elle qui rythme le comptage, c'est l'interruption. En effet l'instruction count++ est bien dans l'interruption. L'affichage par contre, est réalisé dans le programme principal. == Périphérique d'écriture LCD pour carte DE2-115 == Nous allons essayer dans cette section un périphérique de gestion d'afficheur LCD 2 lignes de 16 caractères. Ce périphérique est présent sur la carte DE2-115 de Terasic. Un gestionnaire matériel de ce périphérique est disponible lorsque l'on utilise QSys. Seule sa documentation laisse à désirer, et peut être aussi sa librairie C. Mais ce dernier point est peut être dû à un manque d'expérience de notre part. === Réalisation matérielle === [[File:NiosII LCD.png|thumb|400px|Utilisation de l'afficheur LCD à l'aide d'un NIOSII]] Après avoir fait le processeur et sa mémoire on ajoute un PIO. Il servira essentiellement à allumer des LEDs pour voir si le programme C tourne normalement. Il est positionné en adresse 0x0000. On ajoutera en plus un périphérique destiné à la gestion de l'écran lcd. * processors and peripheral ** Peripherals ***Altera Avalon LCD 16207 Il sera positionné en adresse 0x0020. === Réalisation logicielle === Le code source donné ci-dessous explore les possibilités d'utilisation de l'afficheur lcd. Il est complètement fonctionnel. Mais faute de documentation convaincante, nous avons tenté de reproduire les commandes classiques d'un gestionnaire LCD en nous aidant de la librairie Arduino... Le programme donné en exemple affiche un "BONJOUR" qui se déplace sur la première ligne et un " A TOUS" sur la deuxième ligne. {{solution|titre=Fichier d'exemple d'utilisation de l'afficheur LCD complètement fonctionnel|contenu= <syntaxhighlight lang=c> /* * "Hello World" example. * * This example prints 'Hello from Nios II' to the STDOUT stream. It runs on * the Nios II 'standard', 'full_featured', 'fast', and 'low_cost' example * designs. It runs with or without the MicroC/OS-II RTOS and requires a STDOUT * device in your system's hardware. * The memory footprint of this hosted application is ~69 kbytes by default * using the standard reference design. * * For a reduced footprint version of this template, and an explanation of how * to reduce the memory footprint for a given application, see the * "small_hello_world" template. * */ //#include <stdio.h> #include "system.h" #include "altera_avalon_pio_regs.h" #include "altera_avalon_lcd_16207_regs.h" #include "altera_avalon_lcd_16207.h" #include "alt_types.h" #define LCD_BASE 0x0020 void delai(int delay); void clearScreen(); void setCursor(alt_u8 col, alt_u8 row); void writecar(char car); void writestr(char *chaine); void Autoscroll(void); altera_avalon_lcd_16207_state sp; int main() { // variables alt_u16 cmpt; alt_u8 posx; // setup //altera_avalon_lcd_16207_init(&sp); cmpt = 0; // loop while(1) { for (posx=0;posx<8;posx++) { //setCursor(0, 0); //writestr(" ");// efface premiere ligne clearScreen(); //OK setCursor(posx, 0); //lcd_clear_screen(&sp); //Pb edition de liens writestr("BONJOUR"); setCursor(posx, 1); writestr(" A TOUS"); IOWR_ALTERA_AVALON_PIO_DATA(0x0000,cmpt); cmpt++; delai(1000000);} } return 0; } void delai(int delay) { int delai = 0; while(delai < delay) { delai++; } } #define LCD_DISPLAYCONTROL 0x08 #define LCD_CLEARDISPLAY 0x01 //#define LCD_DISPLAYON 0x04 void clearScreen() { // clear display, set cursor position to zero IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE, LCD_CLEARDISPLAY); delai(100000); // this command takes a long time! } #define LCD_SETDDRAMADDR 0x80 void setCursor(alt_u8 col, alt_u8 row) { col = col & 0x0F; // %16 row = row & 0x01; // %2 //command(LCD_SETDDRAMADDR | (col + 0x40*row)); IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE, LCD_SETDDRAMADDR | (col + 0x40*row)); delai(100); } #define LCD_ENTRYMODESET 0x04 #define LCD_ENTRYSHIFTINCREMENT 0x01 void Autoscroll(void) { // alt_u8 displaymode=0; // displaymode |= LCD_ENTRYSHIFTINCREMENT; IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE,(LCD_ENTRYMODESET | LCD_ENTRYSHIFTINCREMENT)); } void writecar(char car) { IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_DATA(LCD_BASE, car); } void writestr(char *chaine) { while (*chaine) { writecar((char)*chaine++); delai(100); } } </syntaxhighlight> }} {{remarque|contenu= Nous avons refait les commandes "clearScreen" et "setCursor" bien utiles. La première est pourtant présente sous le nom "lcd_clear_screen" dans *PROJET_BSP -> drivers -> src -> altera_avalon_lcd_16207.c Le problème est que altera_avalon_lcd_16207.h ne met pas toutes les fonctions à disposition et nous ne comprenons pas pourquoi ! Dès que nous utilisons une fonction intéressante de altera_avalon_lcd_16207.c, nous nous trouvons avec un message d'erreur à l'édition de liens. Nous avons pourtant bien vérifié la présence de ce fichier dans le makeFile !! }} Nous avons un peu enrichi la librairie en proposant un "scrollDisplayLeft" et un "scrollDisplayRight" qui ont l'avantage de déplacer l'affichage sans changer le contenu de la mémoire d'affichage. {{solution|titre=Autre exemple d'utilisation de l'afficheur LCD complètement fonctionnel|contenu= <syntaxhighlight lang=c> #include "system.h" #include "altera_avalon_pio_regs.h" #include "altera_avalon_lcd_16207_regs.h" #include "altera_avalon_lcd_16207.h" #include "alt_types.h" #define LCD_BASE 0x0020 void delai(int delay); void clearScreen(); void setCursor(alt_u8 col, alt_u8 row); void writecar(char car); void writestr(char *chaine); void scrollDisplayLeft(void); void scrollDisplayRight(void); int main() { // variables alt_u16 cmpt; alt_u8 posx; // setup cmpt = 0; // loop while(1) { clearScreen(); setCursor(0, 0); writestr("BONJOUR"); setCursor(0, 1); writestr(" A TOUS"); for (posx=0;posx<8;posx++) { scrollDisplayRight(); IOWR_ALTERA_AVALON_PIO_DATA(0x0000,cmpt); cmpt++; delai(1000000); } // for } // while(1) return 0; } // main void delai(int delay) { int delai = 0; while(delai < delay) { delai++; } } #define LCD_DISPLAYCONTROL 0x08 #define LCD_CLEARDISPLAY 0x01 //#define LCD_DISPLAYON 0x04 void clearScreen() { // clear display, set cursor position to zero IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE, LCD_CLEARDISPLAY); delai(100000); // this command takes a long time! } #define LCD_SETDDRAMADDR 0x80 void setCursor(alt_u8 col, alt_u8 row) { col = col & 0x0F; // %16 row = row & 0x01; // %2 //command(LCD_SETDDRAMADDR | (col + 0x40*row)); IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE, LCD_SETDDRAMADDR | (col + 0x40*row)); delai(100); } #define LCD_CURSORSHIFT 0x10 #define LCD_DISPLAYMOVE 0x08 #define LCD_MOVERIGHT 0x04 #define LCD_MOVELEFT 0x00 // These commands scroll the display without changing the RAM void scrollDisplayLeft(void) { //command(LCD_CURSORSHIFT | LCD_DISPLAYMOVE | LCD_MOVELEFT); IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE,LCD_CURSORSHIFT | LCD_DISPLAYMOVE | LCD_MOVELEFT); } void scrollDisplayRight(void) { //command(LCD_CURSORSHIFT | LCD_DISPLAYMOVE | LCD_MOVERIGHT); IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE,LCD_CURSORSHIFT | LCD_DISPLAYMOVE | LCD_MOVERIGHT); } void writecar(char car) { IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_DATA(LCD_BASE, car); } void writestr(char *chaine) { while (*chaine) { writecar((char)*chaine++); delai(100); } } </syntaxhighlight> }} Notre façon de définir les constantes juste avant leurs utilisations n'est pas habituelle. Mais la partie de sous-programmes utiles est tellement petite que nous n'avons pas décidé de regrouper toutes les constantes en début de programme. La seule primitive manquante serait le "createChar" de la librairie Arduino qui permettrait de réaliser ses propres caractères d'affichage. Nous laissons cela au lecteur intéressé sous forme d'exercice. ==== Exercice ==== On vous demande de modifier les programmes d'exemple ci-dessus pour ajouter la primitive "createChar" à vos sous-programmes utiles. Voici son code source dans la librairie Arduino : <syntaxhighlight lang=c> // Allows us to fill the first 8 CGRAM locations // with custom characters void LiquidCrystal::createChar(uint8_t location, uint8_t charmap[]) { location &= 0x7; // we only have 8 locations 0-7 command(LCD_SETCGRAMADDR | (location << 3)); for (int i=0; i<8; i++) { write(charmap[i]); } } </syntaxhighlight> On ne gardera pas la notion d'objet utilisée dans cette librairie Arduino. {{solution|contenu= <syntaxhighlight lang=c> #include "system.h" #include "altera_avalon_pio_regs.h" #include "altera_avalon_lcd_16207_regs.h" #include "altera_avalon_lcd_16207.h" #include "alt_types.h" #define LCD_BASE 0x0020 void delai(int delay); void clearScreen(); void setCursor(alt_u8 col, alt_u8 row); void writecar(char car); void writestr(char *chaine); void scrollDisplayLeft(void); void scrollDisplayRight(void); void createChar(alt_u8 location, alt_u8 charmap[]); alt_u8 heart[8] = { // from Arduino Library 0b00000, 0b01010, 0b11111, 0b11111, 0b11111, 0b01110, 0b00100, 0b00000 }; int main() { // variables alt_u16 cmpt; alt_u8 posx; // setup cmpt = 0; createChar(0, heart); // custum heart character // loop while(1) { clearScreen(); setCursor(0, 0); writestr("BONJOUR"); setCursor(0, 1); writestr(" A TOUS");writecar(0); // heart used here for (posx=0;posx<8;posx++) { scrollDisplayRight(); IOWR_ALTERA_AVALON_PIO_DATA(0x0000,cmpt); cmpt++; delai(1000000); } // for } // while(1) return 0; } // main void delai(int delay) { int delai = 0; while(delai < delay) { delai++; } } #define LCD_DISPLAYCONTROL 0x08 #define LCD_CLEARDISPLAY 0x01 //#define LCD_DISPLAYON 0x04 void clearScreen() { // clear display, set cursor position to zero IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE, LCD_CLEARDISPLAY); delai(100000); // this command takes a long time! } #define LCD_SETDDRAMADDR 0x80 void setCursor(alt_u8 col, alt_u8 row) { col = col & 0x0F; // %16 row = row & 0x01; // %2 //command(LCD_SETDDRAMADDR | (col + 0x40*row)); IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE, LCD_SETDDRAMADDR | (col + 0x40*row)); delai(100); } #define LCD_CURSORSHIFT 0x10 #define LCD_DISPLAYMOVE 0x08 #define LCD_MOVERIGHT 0x04 #define LCD_MOVELEFT 0x00 // These commands scroll the display without changing the RAM void scrollDisplayLeft(void) { //command(LCD_CURSORSHIFT | LCD_DISPLAYMOVE | LCD_MOVELEFT); IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE,LCD_CURSORSHIFT | LCD_DISPLAYMOVE | LCD_MOVELEFT); } void scrollDisplayRight(void) { //command(LCD_CURSORSHIFT | LCD_DISPLAYMOVE | LCD_MOVERIGHT); IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE,LCD_CURSORSHIFT | LCD_DISPLAYMOVE | LCD_MOVERIGHT); } #define LCD_SETCGRAMADDR 0x40 // Allows us to fill the first 8 CGRAM locations // with custom characters void createChar(alt_u8 location, alt_u8 charmap[]) { alt_u8 i; location &= 0x7; // we only have 8 locations 0-7 IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE,LCD_SETCGRAMADDR | (location << 3)); for (i=0; i<8; i++) { writecar((char)charmap[i]);delai(100); } } void writecar(char car) { //while(IORD_ALTERA_AVALON_LCD_16207_STATUS(LCD_BASE)&ALTERA_AVALON_LCD_16207_STATUS_BUSY_MSK); IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_DATA(LCD_BASE, car); } void writestr(char *chaine) { while (*chaine) { writecar((char)*chaine++); delai(100); } } </syntaxhighlight> }} == Voir aussi == ===Youtube et Internet=== * [https://www.youtube.com/watch?v=ValQ_4w2liE&ab_channel=AlexanderRens Implementing Nios II on DE10-Lite - SDSU EE492] * [https://www.intel.com/content/www/us/en/design-example/715011/max-10-sdram-nios-test-max10-de10-lite.html max10 sdram nios test (max10 de10 lite board)] * [https://github.com/topics/de10-lite?o=asc&s=stars GitHub de10 lite board] ===Livres=== Il est facile de trouver des livres (même en français) qui traitent du NIOS II avec plus ou moins de détails. * A. ATTOUI "Architecture des systèmes sur puce : Processeurs synthétisables, CAO VLSI, Norme VCI, environnements ISE et Quartus", [[w:Ellipses (éditeur)|Ellipses]] (2005) se consacre, entre autres, à [[w:Altera|Altera]] et [[w:NIOS|NIOS]] et [[w:en:Advanced Microcontroller Bus Architecture|(en) AMBA]] * Z. Navabi "Embedded Core design with FPGA", [[w:McGraw-Hill|McGraw-Hill]] (2007), assez général mais les applications sont [[w:Altera|Altera]] et [[w:NIOS|NIOS]]II et en [[w:verilog|Verilog]]. * P. P. Chu "Embedded SoPC Design with [[w:en:Nios II|NIOS II]] Processor and VHDL Examples", [[w:John Wiley & Sons|WILEY]] (2011) {{Bas de page | idfaculté = informatique | précédent = [[../Le MicroBlaze/]] | suivant = [[../Réalisation d'un coprocesseur CORDIC/]] }} e8bt5b4cwo9yuis8s4fwgdu6fvcetnm 880673 880671 2022-07-23T16:42:31Z SergeMoutou 3263 /* Youtube et Internet */ wikitext text/x-wiki {{Chapitre | idfaculté = informatique | numéro = 16 | niveau = 15 | précédent = [[../Le MicroBlaze/]] | suivant = [[../Réalisation d'un coprocesseur CORDIC/]] }} Comme l'indique le titre de ce chapitre, nous allons utiliser le processeur [[w:NIOS|{{abréviation|N.I.O.S.|NetWare Input/Output System|en}}]] de chez [[w:en:Altera|Altera]]. Il s'agit d'un processeur 32 bits de type RISC propriétaire, c'est-à-dire que vous ne disposez pas de son code source. Les cartes que l'on utilise avec les étudiants de 2ème année étant des DE2-115, l'essentiel de ce qui va être décrit ici sera destiné à ces cartes. Il n'y a aucun problème pour l'adapter à d'autres cartes. Seul le fichier de contraintes sur les broches de FPGA est différent. Au risque de nous répéter, nous avons beaucoup utilisé de processeurs libres jusqu'à présent. Mais les petits problèmes rencontrés nous incitent à utiliser des processeurs réalisés par une équipe d'ingénieurs. Parmi les problèmes rencontrés se trouve la difficulté que nous avons à porter sur Altera, notre processeur préféré jusqu'à présent décrit dans un chapitre de ce livre [[../Embarquer un Atmel ATMega8/|sur l'ATMega8]] d'une part, et son amélioration dans [[../Améliorer l'ATMega8 avec l'ATMega16 et l'ATMega32|le chapitre suivant]]. Ils sont tout simplement plus fiables mais en général sont propriétaires. L'environnement de développement lui aussi est propriétaire, mais vous pouvez le télécharger et avoir une licence WEBPACK gratuite. '''Tous les outils utilisés dans ce chapitre sont gratuits'''. == Introduction == Malgré l'expérience accumulée par l'écriture de ce livre, il nous a fallu une dizaine d'heure pour faire tourner notre premier NIOS. Ceci est très anecdotique mais vous montre quand même que dans le domaine des SOCs rien n'est jamais simple. Vous pouvez trouver des tutoriels sur Youtube, des documents PDF sur internet. La documentation ne manque pas, mais vous êtes arrêté par de simples détails, parce que ce que vous lisez ou voyez dans ces documents, ne correspond pas ce que vous avez sous les yeux dans votre environnement de développement matériel. Nous ne pourrons malheureusement pas faire mieux que les autres car nous ignorons totalement quelle version de Quartus vous utilisez au moment où vous lisez ces lignes. La seule chose que nous pouvons préciser est que nous utilisons la version 15.0 de Quartus qui n'est déjà plus la dernière à ce jour. Nous allons essayer d'expliquer comment les choses sont liées plutôt que de donner des copies d'écran qui seront obsolètes très vite. Si vous n'êtes pas arrivé directement ici et avez lu quelques chapitres de ce livre, vous savez que le problème des SOCs est de relier la chaîne de compilation matérielle et la chaîne de compilation logicielle. == Mon premier exemple == La réalisation d'un SOC se fait en deux grandes étapes : * la réalisation matérielle * la programmation du matériel par du logiciel Nous allons organiser la suite en respectant ces étapes, d'autant plus qu'elles utilisent des logiciels complètement différent. === Réalisation matérielle === La réalisation matérielle utilise deux logiciels complètement différent : * Quartus pour la synthèse finale * QSys (ancien SOPC) pour la définition du NIOS C'est l'utilisation de deux logiciels différents qui rend les choses délicates pour une première utilisation. L'objectif de QSys est de générer un fichier d'extension .qip dans lequel se trouve un fichier VHDL (ce n'est pas VHDL par défaut mais verilog). Ce fichier doit avoir 1 seule entrée, l'horloge et 8 sorties. Cela correspond à notre cahier des charges : les chenillars étant courant dans les tutoriels trouvés sur Internet, nous allons nous intéresser à un compteur qui sortira sa valeur sur un afficheur sept segments. ==== Quartus ==== On commence par lancer Quartus et par réaliser un projet Quartus. Ce projet s'appellera pour nous '''niosii''', et par défaut nécessitera donc une entité niosii, celle la même qui sera générée automatiquement par QSys. A part positionner le FPGA cible, on n'a donc pas grand chose à faire à ce stade. Basculons donc dans QSys où le gros du travail est à faire. ==== QSys ==== Quand vous lancez QSys, vous devez voir apparaître un schéma qui laisse penser qu'on va utiliser un module spécifique pour l'horloge. La suite c'est à vous de la composer. L'ordre dans lequel on fait les choses a son importance. A ce stade la plupart d'entre-vous seront tentés de commencer par l'élément le plus important : le processeur. Il n'empêche que vous éviterez un aller et retour dans QSys en commençant par la mémoire. ===== Mémoire ===== Nous allons prendre une mémoire unique qui servira de mémoire programme et de mémoire donnée. Les programmes destinés à un processeur 32 bits étant en général plus gros que ceux que l'on a utilisé jusqu'à présent nous allons choisir une mémoire de 32ko. Pour se faire le travail suivant est nécessaire : {{Cadre proposition|À partir de maintenant la description partielle des menus et sous menu se fera à l'aide de décalages. Par exemple : * Basic Functions ** onchip Memory ***on chip Memory (RAM or ROM) **** Size 32768 signifie que vous allez dans Basic function, puis dans on chip Memory puis .... Nous utiliserons toujours cette convention dans la suite. }} Il n'y a que deux adresses possibles pour celle-ci : 0x0 ou 0x8000. Pour une taille de 32 ko nous choisissons 0x8000. Nous garderons le nom d'instance par défaut : '''onchip_memory2_0'''. ===== Processeur ===== Nous allons choisir le processeur NIOS le plus basique. Il s'appelle NIOS II/e. * Processors and Peripherals **Nios ii (classic) Processor ***nios II/e **** Positionner Reset vector Memory dans la mémoire '''onchip_memory2_0''' **** Positionner Exception vector Memory dans la mémoire '''onchip_memory2_0''' ===== Périphérique ===== Au vu de notre cahier des charges, un seul port de 8 bits suffit. * Processors and Peripherals **Peripheral ***PIO (Parallel I/O) **** 8 bits OUTPUT ===== Câbler et donner des adresses et exporter les sorties ===== A ce stade, il ne reste plus qu'à câbler l'ensemble et à fixer les adresses de la mémoire (à 0x8000) et du PORT (à 0x1000). Pour ce PORT il faut positionner un nom dans external connexion. Nous avons choisi "s7segs". Cet export est lié au fait que nous voulons sortir directement les informations du PORT sur notre afficheur sept segments. [[File:QSys 1.png|thumb|center|700px|Premier projet QSys]] Comme toujours un schéma comporte des conventions. Il nous a fallu un peu de temps pour nous familiariser avec la partie gauche de cette figure. Ceci fait vous vous apercevrez que les liaisons sont toute à fait normales : * il est logique d'avoir une liaison entre data_master et l'entrée s1 de la RAM ainsi qu'entre instruction_master et cette même entrée. Ceci est lié à l'utilisation de la RAM en mémoire programme ainsi qu'en RAM du processeur. Autrement dit des données comme des instructions sont susceptibles de transiter entre cette RAM et le processeur NIOSII. * il est logique d'avoir une liaison entre data_master et l'entrée s1 du PIO. Ce qui nous surprend c'est la possibilité de relier aussi instruction_master à l'entrée s1 de ce même PIO. Nous ne l'avons pas fait car nous ne voyons vraiment pas à quoi cela peut servir. * Les resets sont reliés ensembles. Il n'y a plus qu'à exporter l'ensemble de ce projet matériel : En bas à droite, cliquer sur GENERATE HDL en prenant soin choisir VHDL (qui n'est pas le langage par défaut). Donner comme nom au fichier .sopc le même nom que votre projet Quartus (pour nous niosii.qsys). Ceci n'est pas obligatoire mais c'est plus simple dans le cas d'un projet qui est entièrement géré par QSys. En final un message doit apparaître dans lequel on vous dit qu'il faudra importer manuellement un fichier d'extension .qip dans votre projet Quartus... et donc retour à Quartus. ==== Retour dans Quartus ==== Cherchez votre fichier .qip dans un sous-répertoire "synthesis" et importez-le dans votre projet. Une fois votre réalisation matérielle importée dans Quartus, vous devez trouver un fichier VHDL. En voici l'entité : <syntaxhighlight lang=vhdl> -- niosii.vhd -- Generated using ACDS version 15.0 145 library IEEE; use IEEE.std_logic_1164.all; use IEEE.numeric_std.all; entity niosii is port ( clk_clk : in std_logic := '0'; -- clk.clk s7segs_export : out std_logic_vector(7 downto 0) -- s7segs.export ); end entity niosii; </syntaxhighlight> Vous retrouvez, conformément au cahier des charges, une entrée horloge et une sortie "s7seg_export". Il vous resta à ajouter les contraintes. ===== Fichier de contraintes ===== Ce fichier de contrainte câble le segment g en poids faible et le segment a en poids 6. Ceci est important pour être capable de réaliser le trancodage correct. <pre> To,Direction,Location,I/O Bank,VREF Group,I/O Standard,Reserved clk_clk,Input,PIN_Y2,2,B2_N0,3.3-V LVTTL, s7segs_export[0],Output,PIN_H22,6,B6_N0,2.5 V, s7segs_export[1],Output,PIN_J22,6,B6_N0,2.5 V, s7segs_export[2],Output,PIN_L25,6,B6_N1,2.5 V, s7segs_export[3],Output,PIN_L26,6,B6_N1,2.5 V, s7segs_export[4],Output,PIN_E17,7,B7_N2,2.5 V, s7segs_export[5],Output,PIN_F22,7,B7_N0,2.5 V, s7segs_export[6],Output,PIN_G18,7,B7_N2,2.5 V, </pre> Vous avez certainement remarqué la différence entre le nom que vous avez donné '''s7segs''' et celui que vous trouvez dans les contraintes '''s7segs_export'''. C'est QSys qui fait automatiquement cet ajout de suffixe "_export". On l'a appris en examinant l'entité du fichier VHDL automatiquement généré. Vous pouvez lancer la compilation matérielle... et il n'y a plus qu'a mettre des programmes dans tout cela. === Réalisation logicielle === Nous donnons d'abord le programme d'exemple que nous allons expliquer. <syntaxhighlight lang=c> /* * demo1.c * * Created on: Oct 1, 2016 * Author: serge */ #include "system.h" #include "altera_avalon_pio_regs.h" int main() { int count = 0; int delay; unsigned char transcod[16]={0x01,0x4F,0x12,0x06,0x4C,0x24,0x20,0x0F,0x00, 0x04,0x08,0x60,0x31,0x42,0x30,0x38}; while(1) { IOWR_ALTERA_AVALON_PIO_DATA(0x1000,transcod[count & 0x0F]); delay = 0; while(delay < 1000000) { delay++; } count++; } return 0; } </syntaxhighlight> La compréhension des valeurs trouvées dans le tableau nécessite de connaître que l'organisation des segments est supposée être abcdefg, avec g poids faible. Il faut savoir aussi que pour allumer un segment sur notre carte, il faut un zéro logique. Dans l'instruction '''IOWR_ALTERA_AVALON_PIO_DATA(0x1000,transcod[count & 0x0F])''' apparaît la valeur 0x1000. C'est tout simplement l'adresse qui a été choisie pour l'adresse de notre PIO (voir figure ci-dessus). {{remarque|contenu= Il est possible d'utiliser les types qui sont redéfinis dans "alt_types.h" qui permettent de préciser la taille des variables. En voici un exemple : <syntaxhighlight lang=c> #include "alt_types.h" int main (void) { alt_u32 time1; </syntaxhighlight> }} A ce stade plusieurs questions peuvent vous venir à l'esprit mais nous y répondrons dans la section suivante : * où dois-je écrire mon programme ? * d'où viennent les fichiers d'inclusion system.h et altera_avalon_pio_regs.h ? * d'où vient l'instruction IOWR_ALTERA_AVALON_PIO_DATA ? === Mettre le programme dans le NIOS === Nous avons assez d'expérience maintenant avec les processeurs enfouis pour savoir que c'est là que nous allons passer du temps. Comme les concepteurs de ces logiciels font tout pour nous cacher au maximum la complexité inhérente au matériel, au moment de l'écriture de ces lignes nous n'avons aucune idée sur la façon dont les choses se passent. Après quelques essais, il semble que le fichier .sof soit modifié lors d'une compilation, mais il nous faudra bien des investigations complémentaires pour tout comprendre. L'utilisateur final que vous êtes n'a pas besoin de comprendre ces détails. Commençons par répondre aux questions de la section précédente. * Où dois-je écrire mon programme ? Dans Eclipse. Vous y accéder de QSys dans Tools -> Nios II Software Buid Tools for Eclipse. Eclipse, pour ceux qui ne connaissent pas, est un environnement où la notion de projet est centrale. Il est impossible de compiler un programme qui n'est pas dans un projet. * D'où viennent les fichier d'inclusion ? C'est là où le fonctionnement est un peu particulier. Toutes les bibliothèques sont forcément dépendantes du matériel. Elles seront donc fabriquées au coup par coup, pour chaque projet matériel. Pour cela il faut faire un projet spécial à côté du projet précédent qui aura un nom forcément terminé par _bsp. C'est ce projet qui sera chargé de compiler toutes les bibliothèques et de générer tous les fichiers d'inclusion. La réalisation des deux projets évoqués ci-dessus en une seule fois se fait avec : * File ** New *** Nios II Application and BSP from template ***Il vous faudra alors renseigner le fichier .sopcinfo que vous désirez utiliser. ***Application Project ****Project name à renseigner ****Finish Garder le projet Hello_world proposé par défaut. Cela vous évitera d'ajouter un fichier dans le projet. Évidemment changer le fichier Hello_world.c, par exemple avec le fichier C proposé plus haut. *Clic droit sur le nom du projet **Run as ***NiosII Hardware Cette commande compile le ficher .c fait une édition de lien avec les librairies nécessaires, et surtout charge automatiquement dans le FPGA. {{Cadre proposition|Tout ce que l'on vient d'expliquer aboutit sur un fonctionnement assez proche à celui d'un microcontrôleur : on compile et l'ensemble se télécharge automatiquement. C'est ce que font les environnements à succès, comme Arduino, Energia, ATMEL studio, MPLABX, ...}} Les choses semblent simples une fois que tout fonctionne et on se demande toujours pourquoi on y a passé autant de temps. En ce qui nous concerne c'est le téléchargement qui envoyait un message d'erreur. Même quand '''USB Blaster''' est correctement configuré, il faut un peu de patience pour que cela fonctionne... La relation '''USB Blaster''' et '''Eclipse''' est donc parfois un peu compliquée et demande donc du simple doigté et de la patience. === Aller plus loin === Que se passe-t-il si l'on désire ajouter un simple PIO matériel tout en restant dans le même projet. Que faut-il changer ? La démarche est évidemment : * de changer le projet QSys * de générer le nouveau fichier .qip * de retourner dans Quartus et d'ajouter les nouvelles contraintes pour le nouveau PIO et de compiler * de télécharger le nouveau matériel dans la carte DE-115 * de retourner dans Eclipse * de cliquer droit sur le projet *_bsp et choisir NIOS II -> generate BSP * de modifier le fichier source pour tenir compte du nouveau matériel * de compiler et charger dans la carte FPGA Toutes ces étapes montrent qu'il faut mieux correctement prévoir son matériel dès le début. La modification logicielle est facile. La modification matérielle est elle aussi facile pour qui a un peu d'expérience. Mais il est facile d'attraper le tournis pour les modifications des deux en même temps. {{remarque| Le '''cliquer droit sur le projet *_bsp et choisir NIOS II -> generate BSP''' fonctionne correctement tant que l'on ne quitte pas Eclipse. Lors d'un redémarrage avec une idée nouvelle pour le matériel, il nous a souvent fallu effacer les projets et les refaire pour aboutir sur un fonctionnement correct, comme s'il perdait la relation avec le fichier .sopcinfo ! }} === Problèmes rencontrés === * Ceux qui ont examinés avec attention la figure proposée pour illustrer la partie matérielle réalisée avec QSys auront remarqué que le [[w:NIOS|{{abréviation|N.I.O.S.|NetWare Input/Output System|en}}]] apparaît avant la RAM, contrairement à ce qui se passe si vous suivez l'ordre des explications dans le texte ci-dessus. Si vous faites le nios en premier, il faudra revenir dessus une fois la RAM choisie pour positionner correctement le '''Reset vector Memory''' et le '''Exception_vector'''. Sinon, il vous restera deux erreurs en rouge. * Si Eclipse vous dit qu'il a rencontré un problème pour mettre le fichier ELF dans le processeur c'est que probablement il n'a pas réussi à utiliser USB Blaster. Personnellement nous chargeons le processeur avec Quartus et ne fermons pas le Programmer et Eclipse le retrouve. * A ce stade de nos investigations, nous ne savons pas s'il faut que le processeur soit dans la carte pour charger le programme en mémoire. == Timer en interruption == Nous avons comme objectif, dans cette section de faire fonctionner un simple TIMER avec une interruption. Après avoir présenté sa réalisation matérielle, nous nous intéresserons au fonctionnement de celui-ci puis, pour finir, nous présenterons un programme de mise en œuvre. === Le matériel : réalisation avec QSys === L'ajout d'un Timer se fait dans QSys. La première utilisation d'un timer est un peu déroutante même si (surtout si) vous avez de l'expérience avec les Timers des petits microcontrôleurs. * Ceux-ci sont dotés de pré-diviseurs, mais ce n'est pas le cas ici. Cela est lié au fait qu'on est dans le domaine des 32 bits. 32 bits commandés par 50 MHz font une période de 86 secondes environ, ce qui est largement suffisant pour ce que l'on a à faire couramment. * Le panneau de configuration du timer que l'on veut ajouter fait apparaître une période configurable. Celle-ci sera prise en compte seulement si vous cochez Fixed period un peu plus bas. Une première image vous montre la configuration de notre timer. [[File:NIOSII TIMER 0.png|thumb|center|700px|A gauche, où trouver le timer, à droite comment configurer le timer]] La partie de droite de la figure vous montre une configuration de la période à 100 ms. Pour la deuxième fois nous répétons que cette période est prise en compte dans le seul cas où vous avez coché dans '''Registers''' l'option '''Fixed period''' ce qui n'est pas notre cas. La partie '''Output signals''' vous permet * de choisir un fonctionnement de type chien de garde (watchdog) * de sortir un bit qui est à un pendant une période d'horloge lors d'un dépassement de capacité Aucune de ces options n'est utilisée par notre projet. Voici ce que cela donne une fois réalisé dans QSys. [[File:NIOSII TIMER.png|thumb|center|700px|Réalisation d'un timer utilisé en interruption]] Remarquez à droite l'interruption n°31 qui sera déclenchée par le dépassement de capacité du timer. La priorité des interruptions décroit quand le numéro d'interruption croit. On a donc choisi une faible priorité car cette interruption est la seule pour le moment. Maintenant que le TIMER est présent dans le matériel, il nous faut comprendre comment il fonctionne. === Fonctionnement et description du TIMER === Le timer est composé de registres. Leur nombre dépend du choix du type de timer : timer sur 32 bits ou timer sur 64 bits. En ce qui nous concerne nous allons nous intéresser au timer sur 32 bits. Il est composé des registres 16 bits suivants : * status * registre de contrôle * registre PERIODL * registre PERIODH * registre SNAPL * registre SNAPH Comme vous faites du codesign (matériel et logiciel) il est important de savoir naviguer dans les fichiers d'entête pour savoir comment les choses ont été définies pour vous. Comme nous parlons du timer, l'ajout d'un tel périphérique provoquera automatiquement l'apparition d'un fichier d'entête appelé '''altera_avalon_timer_regs.h'''. Cette dernière phrase pourrait laisser entendre que ce fichier est automatiquement ajouté à votre programme mais ce n'est pas le cas. C'est à vous de l'ajouter dans les #include. Une fois ajouté, vous le voyez dans la partie droite d'Eclipse, vous double cliquez pour l'ouvrir. Les accès aux registres demandent simplement de connaître l'adresse de base de votre périphérique. Comme nous n'avons rien changé à ce qui nous était proposé par défaut, notre Timer se trouve en adresse 0. Notre base sera donc 0. ==== Registre de status ==== La partie du fichier d'entête '''altera_avalon_timer_regs.h''' correspondante est : <syntaxhighlight lang=c> /* STATUS register */ #define ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_REG 0 #define IOADDR_ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS(base) \ __IO_CALC_ADDRESS_NATIVE(base, ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_REG) #define IORD_ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS(base) \ IORD(base, ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_REG) #define IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS(base, data) \ IOWR(base, ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_REG, data) #define ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_TO_MSK (0x1) #define ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_TO_OFST (0) #define ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_RUN_MSK (0x2) #define ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_RUN_OFST (1) </syntaxhighlight> La deuxième ligne indique qu'il est en adresse 0 par rapport à la base. La cinquième et septième ligne indiquent que ce registre est accessible en lecture '''IORD_ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS(base)''' et en écriture '''IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS(base, data)'''. Les lignes suivantes définissent des noms symboliques pour les deux bits utiles du registre : * '''ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_TO_MSK''' définit le bit de poids faible qui s'appelle TO (Timer Overflow) * '''ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_RUN_MSK''' définit le bit à sa gauche qui est à un quand le timer est en marche. Vous pouvez utiliser les '''OFST''' avec des décalages en lieu et place des masques. {{principe|contenu= Le bit '''TO''' (poids faible) passe à un lors d'un dépassement de capacité, mais c'est à vous, programmeur de le remettre à 0. Ceci devra être réalisé dans chaque routine d'interruption. Réaliser un code qui ne modifie qu'un seul bit ne se fait qu'en trois étapes : <syntaxhighlight lang=c> // declarer la variable status comme : alt_u16 status; status = IORD_ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS(0); status &= ~ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_TO_MSK; // met 0 dans TO sans changer les autres bits IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS(0, status); </syntaxhighlight> Ici comme un seul bit est accessible en écriture on peut se contenter de : <syntaxhighlight lang=c> IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS(0, ~ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_TO_MSK); </syntaxhighlight> Le premier paramètre est ici à 0 car notre base est à 0. }} ==== Registre de contrôle ==== La partie du fichier d'entête '''altera_avalon_timer_regs.h''' correspondante est : <syntaxhighlight lang=c> /* CONTROL register */ #define ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_REG 1 #define IOADDR_ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL(base) \ __IO_CALC_ADDRESS_NATIVE(base, ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_REG) #define IORD_ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL(base) \ IORD(base, ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_REG) #define IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL(base, data) \ IOWR(base, ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_REG, data) #define ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_ITO_MSK (0x1) #define ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_ITO_OFST (0) #define ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_CONT_MSK (0x2) #define ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_CONT_OFST (1) #define ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_START_MSK (0x4) #define ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_START_OFST (2) #define ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_STOP_MSK (0x8) #define ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_STOP_OFST (3) </syntaxhighlight> Il montre que ce registre contient 4 bits de contrôle (donnés ici du poids faible vers le poids fort) : * '''ITO''' : Interrupt Timer Overflow est un bit d'autorisation d'interruption * '''CONT''' : permet l'utilisation du timer en continu s'il est positionné à 1, autrement le timer s'arrête au premier dépassement de capacité * '''START''' : démarre le TIMER, comme son nom l'indique, dès qu'il est positionné à 1 * '''STOP''' : arrête le timer. {{principe|contenu= Le démarrage du timer en mode continu se fait avec l'instruction (avec fichier d'entête '''altera_avalon_timer_regs.h''') : <syntaxhighlight lang=c> IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL(0 , ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_START_MSK | ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_ITO_MSK | ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_CONT_MSK); </syntaxhighlight> Encore une fois le premier paramètre est à 0 car notre base est à 0. }} ==== Registres PERIODL et PERIODH ==== Comme leurs noms l'indiquent, ces deux registres sont là pour déterminer le début de décomptage. En effet ce timer fonctionne avec rechargement de sa valeur avec <math>(PERIODH,PERIODL)_2</math> lorsqu'il y a eu dépassement de capacité. <strong>'''Ces deux registres sont disponibles en écriture et en lecture.'''</strong> L'écriture d'une valeur particulière se fait donc par : <syntaxhighlight lang=c> IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_PERIODL(0,0xFFFF); IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_PERIODH(0,0x00FF); </syntaxhighlight> qui met 0x00FFFFFF comme valeur à charger à chaque dépassement de capacité. ==== Registres SNAPL et SNAPH ==== Ces deux registres contiennent la valeur courante du TIMER. <strong>'''Ces deux registres sont disponibles en écriture et en lecture.'''</strong> ==== Résumé du fonctionnement du Timer ==== [[File:Niosii TIMER reg.png|thumb|400px|Les registres du "Interval Timer"]] La figure ci-contre résume les registres à utiliser pour mettre œuvre le périphérique '''Interval Timer'''. Ce qu'il est important d'avoir à l'esprit, est que les sous-programmes montrés à droite de chaque registre ont comme premier paramètre l'adresse que vous avez choisie dans QSys. Pour nous c'est 0, mais cela peut être différent pour vous. L'autre point important à retenir qui n'apparaît pas dans la figure est que le bit '''TO''' du registre status est un drapeau (flag). Comme toujours, ce genre de bit est mis à un par le matériel, mais c'est au programmeur de le mettre à 0. Enfin dernier point, ces registres sont sur 16 bits comme le montre la figure. Il est grand temps d'écrire le programme complet maintenant. === Le logiciel === Les constantes utilisées dans ce code sont définies dans "system.h". Le code présenté ci-dessous fonctionne correctement. Il est possible de changer la rapidité de comptage en changeant le paramètre de l'instruction <syntaxhighlight lang=c> IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_PERIODH(0,0x00FF); </syntaxhighlight> Le débit des interruptions est donc maintenant réglable par une simple valeur dans un registre. <syntaxhighlight lang=c> #include "system.h" #include "altera_avalon_pio_regs.h" #include "altera_avalon_timer_regs.h" #include <sys/alt_irq.h> #include "alt_types.h" volatile alt_u32 count = 0; alt_u32 *timer_ptr = (alt_u32 *)TIMER_0_BASE; static void count_increment_isr(void* context, alt_u32 id) { IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS(0, ~ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_TO_MSK); count++; // increment count } int main() { int delay; unsigned char transcod[16]={0x01,0x4F,0x12,0x06,0x4C,0x24,0x20,0x0F,0x00, 0x04,0x08,0x60,0x31,0x42,0x30,0x38}; //alt_irq_disable_all(); IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_PERIODL(0,0xFFFF); IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_PERIODH(0,0x00FF); IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL(0,ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_START_MSK | ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_ITO_MSK | ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_CONT_MSK); //alt_irq_enabled(); alt_ic_isr_register(TIMER_0_IRQ_INTERRUPT_CONTROLLER_ID,TIMER_0_IRQ, count_increment_isr, timer_ptr, 0x0); while(1) { IOWR_ALTERA_AVALON_PIO_DATA(0x1000,transcod[count & 0x0F]); delay = 0; while(delay < 10000) { delay++; } } return 0; } </syntaxhighlight> Nous avons gardé l'attente passive dans le programme principal mais ce n'est plus elle qui rythme le comptage, c'est l'interruption. En effet l'instruction count++ est bien dans l'interruption. L'affichage par contre, est réalisé dans le programme principal. == Périphérique d'écriture LCD pour carte DE2-115 == Nous allons essayer dans cette section un périphérique de gestion d'afficheur LCD 2 lignes de 16 caractères. Ce périphérique est présent sur la carte DE2-115 de Terasic. Un gestionnaire matériel de ce périphérique est disponible lorsque l'on utilise QSys. Seule sa documentation laisse à désirer, et peut être aussi sa librairie C. Mais ce dernier point est peut être dû à un manque d'expérience de notre part. === Réalisation matérielle === [[File:NiosII LCD.png|thumb|400px|Utilisation de l'afficheur LCD à l'aide d'un NIOSII]] Après avoir fait le processeur et sa mémoire on ajoute un PIO. Il servira essentiellement à allumer des LEDs pour voir si le programme C tourne normalement. Il est positionné en adresse 0x0000. On ajoutera en plus un périphérique destiné à la gestion de l'écran lcd. * processors and peripheral ** Peripherals ***Altera Avalon LCD 16207 Il sera positionné en adresse 0x0020. === Réalisation logicielle === Le code source donné ci-dessous explore les possibilités d'utilisation de l'afficheur lcd. Il est complètement fonctionnel. Mais faute de documentation convaincante, nous avons tenté de reproduire les commandes classiques d'un gestionnaire LCD en nous aidant de la librairie Arduino... Le programme donné en exemple affiche un "BONJOUR" qui se déplace sur la première ligne et un " A TOUS" sur la deuxième ligne. {{solution|titre=Fichier d'exemple d'utilisation de l'afficheur LCD complètement fonctionnel|contenu= <syntaxhighlight lang=c> /* * "Hello World" example. * * This example prints 'Hello from Nios II' to the STDOUT stream. It runs on * the Nios II 'standard', 'full_featured', 'fast', and 'low_cost' example * designs. It runs with or without the MicroC/OS-II RTOS and requires a STDOUT * device in your system's hardware. * The memory footprint of this hosted application is ~69 kbytes by default * using the standard reference design. * * For a reduced footprint version of this template, and an explanation of how * to reduce the memory footprint for a given application, see the * "small_hello_world" template. * */ //#include <stdio.h> #include "system.h" #include "altera_avalon_pio_regs.h" #include "altera_avalon_lcd_16207_regs.h" #include "altera_avalon_lcd_16207.h" #include "alt_types.h" #define LCD_BASE 0x0020 void delai(int delay); void clearScreen(); void setCursor(alt_u8 col, alt_u8 row); void writecar(char car); void writestr(char *chaine); void Autoscroll(void); altera_avalon_lcd_16207_state sp; int main() { // variables alt_u16 cmpt; alt_u8 posx; // setup //altera_avalon_lcd_16207_init(&sp); cmpt = 0; // loop while(1) { for (posx=0;posx<8;posx++) { //setCursor(0, 0); //writestr(" ");// efface premiere ligne clearScreen(); //OK setCursor(posx, 0); //lcd_clear_screen(&sp); //Pb edition de liens writestr("BONJOUR"); setCursor(posx, 1); writestr(" A TOUS"); IOWR_ALTERA_AVALON_PIO_DATA(0x0000,cmpt); cmpt++; delai(1000000);} } return 0; } void delai(int delay) { int delai = 0; while(delai < delay) { delai++; } } #define LCD_DISPLAYCONTROL 0x08 #define LCD_CLEARDISPLAY 0x01 //#define LCD_DISPLAYON 0x04 void clearScreen() { // clear display, set cursor position to zero IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE, LCD_CLEARDISPLAY); delai(100000); // this command takes a long time! } #define LCD_SETDDRAMADDR 0x80 void setCursor(alt_u8 col, alt_u8 row) { col = col & 0x0F; // %16 row = row & 0x01; // %2 //command(LCD_SETDDRAMADDR | (col + 0x40*row)); IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE, LCD_SETDDRAMADDR | (col + 0x40*row)); delai(100); } #define LCD_ENTRYMODESET 0x04 #define LCD_ENTRYSHIFTINCREMENT 0x01 void Autoscroll(void) { // alt_u8 displaymode=0; // displaymode |= LCD_ENTRYSHIFTINCREMENT; IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE,(LCD_ENTRYMODESET | LCD_ENTRYSHIFTINCREMENT)); } void writecar(char car) { IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_DATA(LCD_BASE, car); } void writestr(char *chaine) { while (*chaine) { writecar((char)*chaine++); delai(100); } } </syntaxhighlight> }} {{remarque|contenu= Nous avons refait les commandes "clearScreen" et "setCursor" bien utiles. La première est pourtant présente sous le nom "lcd_clear_screen" dans *PROJET_BSP -> drivers -> src -> altera_avalon_lcd_16207.c Le problème est que altera_avalon_lcd_16207.h ne met pas toutes les fonctions à disposition et nous ne comprenons pas pourquoi ! Dès que nous utilisons une fonction intéressante de altera_avalon_lcd_16207.c, nous nous trouvons avec un message d'erreur à l'édition de liens. Nous avons pourtant bien vérifié la présence de ce fichier dans le makeFile !! }} Nous avons un peu enrichi la librairie en proposant un "scrollDisplayLeft" et un "scrollDisplayRight" qui ont l'avantage de déplacer l'affichage sans changer le contenu de la mémoire d'affichage. {{solution|titre=Autre exemple d'utilisation de l'afficheur LCD complètement fonctionnel|contenu= <syntaxhighlight lang=c> #include "system.h" #include "altera_avalon_pio_regs.h" #include "altera_avalon_lcd_16207_regs.h" #include "altera_avalon_lcd_16207.h" #include "alt_types.h" #define LCD_BASE 0x0020 void delai(int delay); void clearScreen(); void setCursor(alt_u8 col, alt_u8 row); void writecar(char car); void writestr(char *chaine); void scrollDisplayLeft(void); void scrollDisplayRight(void); int main() { // variables alt_u16 cmpt; alt_u8 posx; // setup cmpt = 0; // loop while(1) { clearScreen(); setCursor(0, 0); writestr("BONJOUR"); setCursor(0, 1); writestr(" A TOUS"); for (posx=0;posx<8;posx++) { scrollDisplayRight(); IOWR_ALTERA_AVALON_PIO_DATA(0x0000,cmpt); cmpt++; delai(1000000); } // for } // while(1) return 0; } // main void delai(int delay) { int delai = 0; while(delai < delay) { delai++; } } #define LCD_DISPLAYCONTROL 0x08 #define LCD_CLEARDISPLAY 0x01 //#define LCD_DISPLAYON 0x04 void clearScreen() { // clear display, set cursor position to zero IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE, LCD_CLEARDISPLAY); delai(100000); // this command takes a long time! } #define LCD_SETDDRAMADDR 0x80 void setCursor(alt_u8 col, alt_u8 row) { col = col & 0x0F; // %16 row = row & 0x01; // %2 //command(LCD_SETDDRAMADDR | (col + 0x40*row)); IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE, LCD_SETDDRAMADDR | (col + 0x40*row)); delai(100); } #define LCD_CURSORSHIFT 0x10 #define LCD_DISPLAYMOVE 0x08 #define LCD_MOVERIGHT 0x04 #define LCD_MOVELEFT 0x00 // These commands scroll the display without changing the RAM void scrollDisplayLeft(void) { //command(LCD_CURSORSHIFT | LCD_DISPLAYMOVE | LCD_MOVELEFT); IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE,LCD_CURSORSHIFT | LCD_DISPLAYMOVE | LCD_MOVELEFT); } void scrollDisplayRight(void) { //command(LCD_CURSORSHIFT | LCD_DISPLAYMOVE | LCD_MOVERIGHT); IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE,LCD_CURSORSHIFT | LCD_DISPLAYMOVE | LCD_MOVERIGHT); } void writecar(char car) { IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_DATA(LCD_BASE, car); } void writestr(char *chaine) { while (*chaine) { writecar((char)*chaine++); delai(100); } } </syntaxhighlight> }} Notre façon de définir les constantes juste avant leurs utilisations n'est pas habituelle. Mais la partie de sous-programmes utiles est tellement petite que nous n'avons pas décidé de regrouper toutes les constantes en début de programme. La seule primitive manquante serait le "createChar" de la librairie Arduino qui permettrait de réaliser ses propres caractères d'affichage. Nous laissons cela au lecteur intéressé sous forme d'exercice. ==== Exercice ==== On vous demande de modifier les programmes d'exemple ci-dessus pour ajouter la primitive "createChar" à vos sous-programmes utiles. Voici son code source dans la librairie Arduino : <syntaxhighlight lang=c> // Allows us to fill the first 8 CGRAM locations // with custom characters void LiquidCrystal::createChar(uint8_t location, uint8_t charmap[]) { location &= 0x7; // we only have 8 locations 0-7 command(LCD_SETCGRAMADDR | (location << 3)); for (int i=0; i<8; i++) { write(charmap[i]); } } </syntaxhighlight> On ne gardera pas la notion d'objet utilisée dans cette librairie Arduino. {{solution|contenu= <syntaxhighlight lang=c> #include "system.h" #include "altera_avalon_pio_regs.h" #include "altera_avalon_lcd_16207_regs.h" #include "altera_avalon_lcd_16207.h" #include "alt_types.h" #define LCD_BASE 0x0020 void delai(int delay); void clearScreen(); void setCursor(alt_u8 col, alt_u8 row); void writecar(char car); void writestr(char *chaine); void scrollDisplayLeft(void); void scrollDisplayRight(void); void createChar(alt_u8 location, alt_u8 charmap[]); alt_u8 heart[8] = { // from Arduino Library 0b00000, 0b01010, 0b11111, 0b11111, 0b11111, 0b01110, 0b00100, 0b00000 }; int main() { // variables alt_u16 cmpt; alt_u8 posx; // setup cmpt = 0; createChar(0, heart); // custum heart character // loop while(1) { clearScreen(); setCursor(0, 0); writestr("BONJOUR"); setCursor(0, 1); writestr(" A TOUS");writecar(0); // heart used here for (posx=0;posx<8;posx++) { scrollDisplayRight(); IOWR_ALTERA_AVALON_PIO_DATA(0x0000,cmpt); cmpt++; delai(1000000); } // for } // while(1) return 0; } // main void delai(int delay) { int delai = 0; while(delai < delay) { delai++; } } #define LCD_DISPLAYCONTROL 0x08 #define LCD_CLEARDISPLAY 0x01 //#define LCD_DISPLAYON 0x04 void clearScreen() { // clear display, set cursor position to zero IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE, LCD_CLEARDISPLAY); delai(100000); // this command takes a long time! } #define LCD_SETDDRAMADDR 0x80 void setCursor(alt_u8 col, alt_u8 row) { col = col & 0x0F; // %16 row = row & 0x01; // %2 //command(LCD_SETDDRAMADDR | (col + 0x40*row)); IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE, LCD_SETDDRAMADDR | (col + 0x40*row)); delai(100); } #define LCD_CURSORSHIFT 0x10 #define LCD_DISPLAYMOVE 0x08 #define LCD_MOVERIGHT 0x04 #define LCD_MOVELEFT 0x00 // These commands scroll the display without changing the RAM void scrollDisplayLeft(void) { //command(LCD_CURSORSHIFT | LCD_DISPLAYMOVE | LCD_MOVELEFT); IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE,LCD_CURSORSHIFT | LCD_DISPLAYMOVE | LCD_MOVELEFT); } void scrollDisplayRight(void) { //command(LCD_CURSORSHIFT | LCD_DISPLAYMOVE | LCD_MOVERIGHT); IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE,LCD_CURSORSHIFT | LCD_DISPLAYMOVE | LCD_MOVERIGHT); } #define LCD_SETCGRAMADDR 0x40 // Allows us to fill the first 8 CGRAM locations // with custom characters void createChar(alt_u8 location, alt_u8 charmap[]) { alt_u8 i; location &= 0x7; // we only have 8 locations 0-7 IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE,LCD_SETCGRAMADDR | (location << 3)); for (i=0; i<8; i++) { writecar((char)charmap[i]);delai(100); } } void writecar(char car) { //while(IORD_ALTERA_AVALON_LCD_16207_STATUS(LCD_BASE)&ALTERA_AVALON_LCD_16207_STATUS_BUSY_MSK); IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_DATA(LCD_BASE, car); } void writestr(char *chaine) { while (*chaine) { writecar((char)*chaine++); delai(100); } } </syntaxhighlight> }} == Voir aussi == ===Youtube et Internet=== * [https://www.youtube.com/watch?v=ValQ_4w2liE&ab_channel=AlexanderRens Implementing Nios II on DE10-Lite - SDSU EE492] * [https://www.intel.com/content/www/us/en/design-example/715011/max-10-sdram-nios-test-max10-de10-lite.html max10 sdram nios test (max10 de10 lite board)] * [https://github.com/topics/de10-lite?o=asc&s=stars GitHub de10 lite board] * [https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01913104/document Projet de conception d’un processeur NIOS II sur FPGA (pdf)] ===Livres=== Il est facile de trouver des livres (même en français) qui traitent du NIOS II avec plus ou moins de détails. * A. ATTOUI "Architecture des systèmes sur puce : Processeurs synthétisables, CAO VLSI, Norme VCI, environnements ISE et Quartus", [[w:Ellipses (éditeur)|Ellipses]] (2005) se consacre, entre autres, à [[w:Altera|Altera]] et [[w:NIOS|NIOS]] et [[w:en:Advanced Microcontroller Bus Architecture|(en) AMBA]] * Z. Navabi "Embedded Core design with FPGA", [[w:McGraw-Hill|McGraw-Hill]] (2007), assez général mais les applications sont [[w:Altera|Altera]] et [[w:NIOS|NIOS]]II et en [[w:verilog|Verilog]]. * P. P. Chu "Embedded SoPC Design with [[w:en:Nios II|NIOS II]] Processor and VHDL Examples", [[w:John Wiley & Sons|WILEY]] (2011) {{Bas de page | idfaculté = informatique | précédent = [[../Le MicroBlaze/]] | suivant = [[../Réalisation d'un coprocesseur CORDIC/]] }} cz98r08wpef1ccy4e9dma9alxfeau0s 880677 880673 2022-07-23T16:58:08Z SergeMoutou 3263 /* Voir aussi */ wikitext text/x-wiki {{Chapitre | idfaculté = informatique | numéro = 16 | niveau = 15 | précédent = [[../Le MicroBlaze/]] | suivant = [[../Réalisation d'un coprocesseur CORDIC/]] }} Comme l'indique le titre de ce chapitre, nous allons utiliser le processeur [[w:NIOS|{{abréviation|N.I.O.S.|NetWare Input/Output System|en}}]] de chez [[w:en:Altera|Altera]]. Il s'agit d'un processeur 32 bits de type RISC propriétaire, c'est-à-dire que vous ne disposez pas de son code source. Les cartes que l'on utilise avec les étudiants de 2ème année étant des DE2-115, l'essentiel de ce qui va être décrit ici sera destiné à ces cartes. Il n'y a aucun problème pour l'adapter à d'autres cartes. Seul le fichier de contraintes sur les broches de FPGA est différent. Au risque de nous répéter, nous avons beaucoup utilisé de processeurs libres jusqu'à présent. Mais les petits problèmes rencontrés nous incitent à utiliser des processeurs réalisés par une équipe d'ingénieurs. Parmi les problèmes rencontrés se trouve la difficulté que nous avons à porter sur Altera, notre processeur préféré jusqu'à présent décrit dans un chapitre de ce livre [[../Embarquer un Atmel ATMega8/|sur l'ATMega8]] d'une part, et son amélioration dans [[../Améliorer l'ATMega8 avec l'ATMega16 et l'ATMega32|le chapitre suivant]]. Ils sont tout simplement plus fiables mais en général sont propriétaires. L'environnement de développement lui aussi est propriétaire, mais vous pouvez le télécharger et avoir une licence WEBPACK gratuite. '''Tous les outils utilisés dans ce chapitre sont gratuits'''. == Introduction == Malgré l'expérience accumulée par l'écriture de ce livre, il nous a fallu une dizaine d'heure pour faire tourner notre premier NIOS. Ceci est très anecdotique mais vous montre quand même que dans le domaine des SOCs rien n'est jamais simple. Vous pouvez trouver des tutoriels sur Youtube, des documents PDF sur internet. La documentation ne manque pas, mais vous êtes arrêté par de simples détails, parce que ce que vous lisez ou voyez dans ces documents, ne correspond pas ce que vous avez sous les yeux dans votre environnement de développement matériel. Nous ne pourrons malheureusement pas faire mieux que les autres car nous ignorons totalement quelle version de Quartus vous utilisez au moment où vous lisez ces lignes. La seule chose que nous pouvons préciser est que nous utilisons la version 15.0 de Quartus qui n'est déjà plus la dernière à ce jour. Nous allons essayer d'expliquer comment les choses sont liées plutôt que de donner des copies d'écran qui seront obsolètes très vite. Si vous n'êtes pas arrivé directement ici et avez lu quelques chapitres de ce livre, vous savez que le problème des SOCs est de relier la chaîne de compilation matérielle et la chaîne de compilation logicielle. == Mon premier exemple == La réalisation d'un SOC se fait en deux grandes étapes : * la réalisation matérielle * la programmation du matériel par du logiciel Nous allons organiser la suite en respectant ces étapes, d'autant plus qu'elles utilisent des logiciels complètement différent. === Réalisation matérielle === La réalisation matérielle utilise deux logiciels complètement différent : * Quartus pour la synthèse finale * QSys (ancien SOPC) pour la définition du NIOS C'est l'utilisation de deux logiciels différents qui rend les choses délicates pour une première utilisation. L'objectif de QSys est de générer un fichier d'extension .qip dans lequel se trouve un fichier VHDL (ce n'est pas VHDL par défaut mais verilog). Ce fichier doit avoir 1 seule entrée, l'horloge et 8 sorties. Cela correspond à notre cahier des charges : les chenillars étant courant dans les tutoriels trouvés sur Internet, nous allons nous intéresser à un compteur qui sortira sa valeur sur un afficheur sept segments. ==== Quartus ==== On commence par lancer Quartus et par réaliser un projet Quartus. Ce projet s'appellera pour nous '''niosii''', et par défaut nécessitera donc une entité niosii, celle la même qui sera générée automatiquement par QSys. A part positionner le FPGA cible, on n'a donc pas grand chose à faire à ce stade. Basculons donc dans QSys où le gros du travail est à faire. ==== QSys ==== Quand vous lancez QSys, vous devez voir apparaître un schéma qui laisse penser qu'on va utiliser un module spécifique pour l'horloge. La suite c'est à vous de la composer. L'ordre dans lequel on fait les choses a son importance. A ce stade la plupart d'entre-vous seront tentés de commencer par l'élément le plus important : le processeur. Il n'empêche que vous éviterez un aller et retour dans QSys en commençant par la mémoire. ===== Mémoire ===== Nous allons prendre une mémoire unique qui servira de mémoire programme et de mémoire donnée. Les programmes destinés à un processeur 32 bits étant en général plus gros que ceux que l'on a utilisé jusqu'à présent nous allons choisir une mémoire de 32ko. Pour se faire le travail suivant est nécessaire : {{Cadre proposition|À partir de maintenant la description partielle des menus et sous menu se fera à l'aide de décalages. Par exemple : * Basic Functions ** onchip Memory ***on chip Memory (RAM or ROM) **** Size 32768 signifie que vous allez dans Basic function, puis dans on chip Memory puis .... Nous utiliserons toujours cette convention dans la suite. }} Il n'y a que deux adresses possibles pour celle-ci : 0x0 ou 0x8000. Pour une taille de 32 ko nous choisissons 0x8000. Nous garderons le nom d'instance par défaut : '''onchip_memory2_0'''. ===== Processeur ===== Nous allons choisir le processeur NIOS le plus basique. Il s'appelle NIOS II/e. * Processors and Peripherals **Nios ii (classic) Processor ***nios II/e **** Positionner Reset vector Memory dans la mémoire '''onchip_memory2_0''' **** Positionner Exception vector Memory dans la mémoire '''onchip_memory2_0''' ===== Périphérique ===== Au vu de notre cahier des charges, un seul port de 8 bits suffit. * Processors and Peripherals **Peripheral ***PIO (Parallel I/O) **** 8 bits OUTPUT ===== Câbler et donner des adresses et exporter les sorties ===== A ce stade, il ne reste plus qu'à câbler l'ensemble et à fixer les adresses de la mémoire (à 0x8000) et du PORT (à 0x1000). Pour ce PORT il faut positionner un nom dans external connexion. Nous avons choisi "s7segs". Cet export est lié au fait que nous voulons sortir directement les informations du PORT sur notre afficheur sept segments. [[File:QSys 1.png|thumb|center|700px|Premier projet QSys]] Comme toujours un schéma comporte des conventions. Il nous a fallu un peu de temps pour nous familiariser avec la partie gauche de cette figure. Ceci fait vous vous apercevrez que les liaisons sont toute à fait normales : * il est logique d'avoir une liaison entre data_master et l'entrée s1 de la RAM ainsi qu'entre instruction_master et cette même entrée. Ceci est lié à l'utilisation de la RAM en mémoire programme ainsi qu'en RAM du processeur. Autrement dit des données comme des instructions sont susceptibles de transiter entre cette RAM et le processeur NIOSII. * il est logique d'avoir une liaison entre data_master et l'entrée s1 du PIO. Ce qui nous surprend c'est la possibilité de relier aussi instruction_master à l'entrée s1 de ce même PIO. Nous ne l'avons pas fait car nous ne voyons vraiment pas à quoi cela peut servir. * Les resets sont reliés ensembles. Il n'y a plus qu'à exporter l'ensemble de ce projet matériel : En bas à droite, cliquer sur GENERATE HDL en prenant soin choisir VHDL (qui n'est pas le langage par défaut). Donner comme nom au fichier .sopc le même nom que votre projet Quartus (pour nous niosii.qsys). Ceci n'est pas obligatoire mais c'est plus simple dans le cas d'un projet qui est entièrement géré par QSys. En final un message doit apparaître dans lequel on vous dit qu'il faudra importer manuellement un fichier d'extension .qip dans votre projet Quartus... et donc retour à Quartus. ==== Retour dans Quartus ==== Cherchez votre fichier .qip dans un sous-répertoire "synthesis" et importez-le dans votre projet. Une fois votre réalisation matérielle importée dans Quartus, vous devez trouver un fichier VHDL. En voici l'entité : <syntaxhighlight lang=vhdl> -- niosii.vhd -- Generated using ACDS version 15.0 145 library IEEE; use IEEE.std_logic_1164.all; use IEEE.numeric_std.all; entity niosii is port ( clk_clk : in std_logic := '0'; -- clk.clk s7segs_export : out std_logic_vector(7 downto 0) -- s7segs.export ); end entity niosii; </syntaxhighlight> Vous retrouvez, conformément au cahier des charges, une entrée horloge et une sortie "s7seg_export". Il vous resta à ajouter les contraintes. ===== Fichier de contraintes ===== Ce fichier de contrainte câble le segment g en poids faible et le segment a en poids 6. Ceci est important pour être capable de réaliser le trancodage correct. <pre> To,Direction,Location,I/O Bank,VREF Group,I/O Standard,Reserved clk_clk,Input,PIN_Y2,2,B2_N0,3.3-V LVTTL, s7segs_export[0],Output,PIN_H22,6,B6_N0,2.5 V, s7segs_export[1],Output,PIN_J22,6,B6_N0,2.5 V, s7segs_export[2],Output,PIN_L25,6,B6_N1,2.5 V, s7segs_export[3],Output,PIN_L26,6,B6_N1,2.5 V, s7segs_export[4],Output,PIN_E17,7,B7_N2,2.5 V, s7segs_export[5],Output,PIN_F22,7,B7_N0,2.5 V, s7segs_export[6],Output,PIN_G18,7,B7_N2,2.5 V, </pre> Vous avez certainement remarqué la différence entre le nom que vous avez donné '''s7segs''' et celui que vous trouvez dans les contraintes '''s7segs_export'''. C'est QSys qui fait automatiquement cet ajout de suffixe "_export". On l'a appris en examinant l'entité du fichier VHDL automatiquement généré. Vous pouvez lancer la compilation matérielle... et il n'y a plus qu'a mettre des programmes dans tout cela. === Réalisation logicielle === Nous donnons d'abord le programme d'exemple que nous allons expliquer. <syntaxhighlight lang=c> /* * demo1.c * * Created on: Oct 1, 2016 * Author: serge */ #include "system.h" #include "altera_avalon_pio_regs.h" int main() { int count = 0; int delay; unsigned char transcod[16]={0x01,0x4F,0x12,0x06,0x4C,0x24,0x20,0x0F,0x00, 0x04,0x08,0x60,0x31,0x42,0x30,0x38}; while(1) { IOWR_ALTERA_AVALON_PIO_DATA(0x1000,transcod[count & 0x0F]); delay = 0; while(delay < 1000000) { delay++; } count++; } return 0; } </syntaxhighlight> La compréhension des valeurs trouvées dans le tableau nécessite de connaître que l'organisation des segments est supposée être abcdefg, avec g poids faible. Il faut savoir aussi que pour allumer un segment sur notre carte, il faut un zéro logique. Dans l'instruction '''IOWR_ALTERA_AVALON_PIO_DATA(0x1000,transcod[count & 0x0F])''' apparaît la valeur 0x1000. C'est tout simplement l'adresse qui a été choisie pour l'adresse de notre PIO (voir figure ci-dessus). {{remarque|contenu= Il est possible d'utiliser les types qui sont redéfinis dans "alt_types.h" qui permettent de préciser la taille des variables. En voici un exemple : <syntaxhighlight lang=c> #include "alt_types.h" int main (void) { alt_u32 time1; </syntaxhighlight> }} A ce stade plusieurs questions peuvent vous venir à l'esprit mais nous y répondrons dans la section suivante : * où dois-je écrire mon programme ? * d'où viennent les fichiers d'inclusion system.h et altera_avalon_pio_regs.h ? * d'où vient l'instruction IOWR_ALTERA_AVALON_PIO_DATA ? === Mettre le programme dans le NIOS === Nous avons assez d'expérience maintenant avec les processeurs enfouis pour savoir que c'est là que nous allons passer du temps. Comme les concepteurs de ces logiciels font tout pour nous cacher au maximum la complexité inhérente au matériel, au moment de l'écriture de ces lignes nous n'avons aucune idée sur la façon dont les choses se passent. Après quelques essais, il semble que le fichier .sof soit modifié lors d'une compilation, mais il nous faudra bien des investigations complémentaires pour tout comprendre. L'utilisateur final que vous êtes n'a pas besoin de comprendre ces détails. Commençons par répondre aux questions de la section précédente. * Où dois-je écrire mon programme ? Dans Eclipse. Vous y accéder de QSys dans Tools -> Nios II Software Buid Tools for Eclipse. Eclipse, pour ceux qui ne connaissent pas, est un environnement où la notion de projet est centrale. Il est impossible de compiler un programme qui n'est pas dans un projet. * D'où viennent les fichier d'inclusion ? C'est là où le fonctionnement est un peu particulier. Toutes les bibliothèques sont forcément dépendantes du matériel. Elles seront donc fabriquées au coup par coup, pour chaque projet matériel. Pour cela il faut faire un projet spécial à côté du projet précédent qui aura un nom forcément terminé par _bsp. C'est ce projet qui sera chargé de compiler toutes les bibliothèques et de générer tous les fichiers d'inclusion. La réalisation des deux projets évoqués ci-dessus en une seule fois se fait avec : * File ** New *** Nios II Application and BSP from template ***Il vous faudra alors renseigner le fichier .sopcinfo que vous désirez utiliser. ***Application Project ****Project name à renseigner ****Finish Garder le projet Hello_world proposé par défaut. Cela vous évitera d'ajouter un fichier dans le projet. Évidemment changer le fichier Hello_world.c, par exemple avec le fichier C proposé plus haut. *Clic droit sur le nom du projet **Run as ***NiosII Hardware Cette commande compile le ficher .c fait une édition de lien avec les librairies nécessaires, et surtout charge automatiquement dans le FPGA. {{Cadre proposition|Tout ce que l'on vient d'expliquer aboutit sur un fonctionnement assez proche à celui d'un microcontrôleur : on compile et l'ensemble se télécharge automatiquement. C'est ce que font les environnements à succès, comme Arduino, Energia, ATMEL studio, MPLABX, ...}} Les choses semblent simples une fois que tout fonctionne et on se demande toujours pourquoi on y a passé autant de temps. En ce qui nous concerne c'est le téléchargement qui envoyait un message d'erreur. Même quand '''USB Blaster''' est correctement configuré, il faut un peu de patience pour que cela fonctionne... La relation '''USB Blaster''' et '''Eclipse''' est donc parfois un peu compliquée et demande donc du simple doigté et de la patience. === Aller plus loin === Que se passe-t-il si l'on désire ajouter un simple PIO matériel tout en restant dans le même projet. Que faut-il changer ? La démarche est évidemment : * de changer le projet QSys * de générer le nouveau fichier .qip * de retourner dans Quartus et d'ajouter les nouvelles contraintes pour le nouveau PIO et de compiler * de télécharger le nouveau matériel dans la carte DE-115 * de retourner dans Eclipse * de cliquer droit sur le projet *_bsp et choisir NIOS II -> generate BSP * de modifier le fichier source pour tenir compte du nouveau matériel * de compiler et charger dans la carte FPGA Toutes ces étapes montrent qu'il faut mieux correctement prévoir son matériel dès le début. La modification logicielle est facile. La modification matérielle est elle aussi facile pour qui a un peu d'expérience. Mais il est facile d'attraper le tournis pour les modifications des deux en même temps. {{remarque| Le '''cliquer droit sur le projet *_bsp et choisir NIOS II -> generate BSP''' fonctionne correctement tant que l'on ne quitte pas Eclipse. Lors d'un redémarrage avec une idée nouvelle pour le matériel, il nous a souvent fallu effacer les projets et les refaire pour aboutir sur un fonctionnement correct, comme s'il perdait la relation avec le fichier .sopcinfo ! }} === Problèmes rencontrés === * Ceux qui ont examinés avec attention la figure proposée pour illustrer la partie matérielle réalisée avec QSys auront remarqué que le [[w:NIOS|{{abréviation|N.I.O.S.|NetWare Input/Output System|en}}]] apparaît avant la RAM, contrairement à ce qui se passe si vous suivez l'ordre des explications dans le texte ci-dessus. Si vous faites le nios en premier, il faudra revenir dessus une fois la RAM choisie pour positionner correctement le '''Reset vector Memory''' et le '''Exception_vector'''. Sinon, il vous restera deux erreurs en rouge. * Si Eclipse vous dit qu'il a rencontré un problème pour mettre le fichier ELF dans le processeur c'est que probablement il n'a pas réussi à utiliser USB Blaster. Personnellement nous chargeons le processeur avec Quartus et ne fermons pas le Programmer et Eclipse le retrouve. * A ce stade de nos investigations, nous ne savons pas s'il faut que le processeur soit dans la carte pour charger le programme en mémoire. == Timer en interruption == Nous avons comme objectif, dans cette section de faire fonctionner un simple TIMER avec une interruption. Après avoir présenté sa réalisation matérielle, nous nous intéresserons au fonctionnement de celui-ci puis, pour finir, nous présenterons un programme de mise en œuvre. === Le matériel : réalisation avec QSys === L'ajout d'un Timer se fait dans QSys. La première utilisation d'un timer est un peu déroutante même si (surtout si) vous avez de l'expérience avec les Timers des petits microcontrôleurs. * Ceux-ci sont dotés de pré-diviseurs, mais ce n'est pas le cas ici. Cela est lié au fait qu'on est dans le domaine des 32 bits. 32 bits commandés par 50 MHz font une période de 86 secondes environ, ce qui est largement suffisant pour ce que l'on a à faire couramment. * Le panneau de configuration du timer que l'on veut ajouter fait apparaître une période configurable. Celle-ci sera prise en compte seulement si vous cochez Fixed period un peu plus bas. Une première image vous montre la configuration de notre timer. [[File:NIOSII TIMER 0.png|thumb|center|700px|A gauche, où trouver le timer, à droite comment configurer le timer]] La partie de droite de la figure vous montre une configuration de la période à 100 ms. Pour la deuxième fois nous répétons que cette période est prise en compte dans le seul cas où vous avez coché dans '''Registers''' l'option '''Fixed period''' ce qui n'est pas notre cas. La partie '''Output signals''' vous permet * de choisir un fonctionnement de type chien de garde (watchdog) * de sortir un bit qui est à un pendant une période d'horloge lors d'un dépassement de capacité Aucune de ces options n'est utilisée par notre projet. Voici ce que cela donne une fois réalisé dans QSys. [[File:NIOSII TIMER.png|thumb|center|700px|Réalisation d'un timer utilisé en interruption]] Remarquez à droite l'interruption n°31 qui sera déclenchée par le dépassement de capacité du timer. La priorité des interruptions décroit quand le numéro d'interruption croit. On a donc choisi une faible priorité car cette interruption est la seule pour le moment. Maintenant que le TIMER est présent dans le matériel, il nous faut comprendre comment il fonctionne. === Fonctionnement et description du TIMER === Le timer est composé de registres. Leur nombre dépend du choix du type de timer : timer sur 32 bits ou timer sur 64 bits. En ce qui nous concerne nous allons nous intéresser au timer sur 32 bits. Il est composé des registres 16 bits suivants : * status * registre de contrôle * registre PERIODL * registre PERIODH * registre SNAPL * registre SNAPH Comme vous faites du codesign (matériel et logiciel) il est important de savoir naviguer dans les fichiers d'entête pour savoir comment les choses ont été définies pour vous. Comme nous parlons du timer, l'ajout d'un tel périphérique provoquera automatiquement l'apparition d'un fichier d'entête appelé '''altera_avalon_timer_regs.h'''. Cette dernière phrase pourrait laisser entendre que ce fichier est automatiquement ajouté à votre programme mais ce n'est pas le cas. C'est à vous de l'ajouter dans les #include. Une fois ajouté, vous le voyez dans la partie droite d'Eclipse, vous double cliquez pour l'ouvrir. Les accès aux registres demandent simplement de connaître l'adresse de base de votre périphérique. Comme nous n'avons rien changé à ce qui nous était proposé par défaut, notre Timer se trouve en adresse 0. Notre base sera donc 0. ==== Registre de status ==== La partie du fichier d'entête '''altera_avalon_timer_regs.h''' correspondante est : <syntaxhighlight lang=c> /* STATUS register */ #define ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_REG 0 #define IOADDR_ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS(base) \ __IO_CALC_ADDRESS_NATIVE(base, ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_REG) #define IORD_ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS(base) \ IORD(base, ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_REG) #define IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS(base, data) \ IOWR(base, ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_REG, data) #define ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_TO_MSK (0x1) #define ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_TO_OFST (0) #define ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_RUN_MSK (0x2) #define ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_RUN_OFST (1) </syntaxhighlight> La deuxième ligne indique qu'il est en adresse 0 par rapport à la base. La cinquième et septième ligne indiquent que ce registre est accessible en lecture '''IORD_ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS(base)''' et en écriture '''IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS(base, data)'''. Les lignes suivantes définissent des noms symboliques pour les deux bits utiles du registre : * '''ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_TO_MSK''' définit le bit de poids faible qui s'appelle TO (Timer Overflow) * '''ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_RUN_MSK''' définit le bit à sa gauche qui est à un quand le timer est en marche. Vous pouvez utiliser les '''OFST''' avec des décalages en lieu et place des masques. {{principe|contenu= Le bit '''TO''' (poids faible) passe à un lors d'un dépassement de capacité, mais c'est à vous, programmeur de le remettre à 0. Ceci devra être réalisé dans chaque routine d'interruption. Réaliser un code qui ne modifie qu'un seul bit ne se fait qu'en trois étapes : <syntaxhighlight lang=c> // declarer la variable status comme : alt_u16 status; status = IORD_ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS(0); status &= ~ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_TO_MSK; // met 0 dans TO sans changer les autres bits IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS(0, status); </syntaxhighlight> Ici comme un seul bit est accessible en écriture on peut se contenter de : <syntaxhighlight lang=c> IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS(0, ~ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_TO_MSK); </syntaxhighlight> Le premier paramètre est ici à 0 car notre base est à 0. }} ==== Registre de contrôle ==== La partie du fichier d'entête '''altera_avalon_timer_regs.h''' correspondante est : <syntaxhighlight lang=c> /* CONTROL register */ #define ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_REG 1 #define IOADDR_ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL(base) \ __IO_CALC_ADDRESS_NATIVE(base, ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_REG) #define IORD_ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL(base) \ IORD(base, ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_REG) #define IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL(base, data) \ IOWR(base, ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_REG, data) #define ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_ITO_MSK (0x1) #define ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_ITO_OFST (0) #define ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_CONT_MSK (0x2) #define ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_CONT_OFST (1) #define ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_START_MSK (0x4) #define ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_START_OFST (2) #define ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_STOP_MSK (0x8) #define ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_STOP_OFST (3) </syntaxhighlight> Il montre que ce registre contient 4 bits de contrôle (donnés ici du poids faible vers le poids fort) : * '''ITO''' : Interrupt Timer Overflow est un bit d'autorisation d'interruption * '''CONT''' : permet l'utilisation du timer en continu s'il est positionné à 1, autrement le timer s'arrête au premier dépassement de capacité * '''START''' : démarre le TIMER, comme son nom l'indique, dès qu'il est positionné à 1 * '''STOP''' : arrête le timer. {{principe|contenu= Le démarrage du timer en mode continu se fait avec l'instruction (avec fichier d'entête '''altera_avalon_timer_regs.h''') : <syntaxhighlight lang=c> IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL(0 , ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_START_MSK | ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_ITO_MSK | ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_CONT_MSK); </syntaxhighlight> Encore une fois le premier paramètre est à 0 car notre base est à 0. }} ==== Registres PERIODL et PERIODH ==== Comme leurs noms l'indiquent, ces deux registres sont là pour déterminer le début de décomptage. En effet ce timer fonctionne avec rechargement de sa valeur avec <math>(PERIODH,PERIODL)_2</math> lorsqu'il y a eu dépassement de capacité. <strong>'''Ces deux registres sont disponibles en écriture et en lecture.'''</strong> L'écriture d'une valeur particulière se fait donc par : <syntaxhighlight lang=c> IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_PERIODL(0,0xFFFF); IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_PERIODH(0,0x00FF); </syntaxhighlight> qui met 0x00FFFFFF comme valeur à charger à chaque dépassement de capacité. ==== Registres SNAPL et SNAPH ==== Ces deux registres contiennent la valeur courante du TIMER. <strong>'''Ces deux registres sont disponibles en écriture et en lecture.'''</strong> ==== Résumé du fonctionnement du Timer ==== [[File:Niosii TIMER reg.png|thumb|400px|Les registres du "Interval Timer"]] La figure ci-contre résume les registres à utiliser pour mettre œuvre le périphérique '''Interval Timer'''. Ce qu'il est important d'avoir à l'esprit, est que les sous-programmes montrés à droite de chaque registre ont comme premier paramètre l'adresse que vous avez choisie dans QSys. Pour nous c'est 0, mais cela peut être différent pour vous. L'autre point important à retenir qui n'apparaît pas dans la figure est que le bit '''TO''' du registre status est un drapeau (flag). Comme toujours, ce genre de bit est mis à un par le matériel, mais c'est au programmeur de le mettre à 0. Enfin dernier point, ces registres sont sur 16 bits comme le montre la figure. Il est grand temps d'écrire le programme complet maintenant. === Le logiciel === Les constantes utilisées dans ce code sont définies dans "system.h". Le code présenté ci-dessous fonctionne correctement. Il est possible de changer la rapidité de comptage en changeant le paramètre de l'instruction <syntaxhighlight lang=c> IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_PERIODH(0,0x00FF); </syntaxhighlight> Le débit des interruptions est donc maintenant réglable par une simple valeur dans un registre. <syntaxhighlight lang=c> #include "system.h" #include "altera_avalon_pio_regs.h" #include "altera_avalon_timer_regs.h" #include <sys/alt_irq.h> #include "alt_types.h" volatile alt_u32 count = 0; alt_u32 *timer_ptr = (alt_u32 *)TIMER_0_BASE; static void count_increment_isr(void* context, alt_u32 id) { IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS(0, ~ALTERA_AVALON_TIMER_STATUS_TO_MSK); count++; // increment count } int main() { int delay; unsigned char transcod[16]={0x01,0x4F,0x12,0x06,0x4C,0x24,0x20,0x0F,0x00, 0x04,0x08,0x60,0x31,0x42,0x30,0x38}; //alt_irq_disable_all(); IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_PERIODL(0,0xFFFF); IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_PERIODH(0,0x00FF); IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL(0,ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_START_MSK | ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_ITO_MSK | ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_CONT_MSK); //alt_irq_enabled(); alt_ic_isr_register(TIMER_0_IRQ_INTERRUPT_CONTROLLER_ID,TIMER_0_IRQ, count_increment_isr, timer_ptr, 0x0); while(1) { IOWR_ALTERA_AVALON_PIO_DATA(0x1000,transcod[count & 0x0F]); delay = 0; while(delay < 10000) { delay++; } } return 0; } </syntaxhighlight> Nous avons gardé l'attente passive dans le programme principal mais ce n'est plus elle qui rythme le comptage, c'est l'interruption. En effet l'instruction count++ est bien dans l'interruption. L'affichage par contre, est réalisé dans le programme principal. == Périphérique d'écriture LCD pour carte DE2-115 == Nous allons essayer dans cette section un périphérique de gestion d'afficheur LCD 2 lignes de 16 caractères. Ce périphérique est présent sur la carte DE2-115 de Terasic. Un gestionnaire matériel de ce périphérique est disponible lorsque l'on utilise QSys. Seule sa documentation laisse à désirer, et peut être aussi sa librairie C. Mais ce dernier point est peut être dû à un manque d'expérience de notre part. === Réalisation matérielle === [[File:NiosII LCD.png|thumb|400px|Utilisation de l'afficheur LCD à l'aide d'un NIOSII]] Après avoir fait le processeur et sa mémoire on ajoute un PIO. Il servira essentiellement à allumer des LEDs pour voir si le programme C tourne normalement. Il est positionné en adresse 0x0000. On ajoutera en plus un périphérique destiné à la gestion de l'écran lcd. * processors and peripheral ** Peripherals ***Altera Avalon LCD 16207 Il sera positionné en adresse 0x0020. === Réalisation logicielle === Le code source donné ci-dessous explore les possibilités d'utilisation de l'afficheur lcd. Il est complètement fonctionnel. Mais faute de documentation convaincante, nous avons tenté de reproduire les commandes classiques d'un gestionnaire LCD en nous aidant de la librairie Arduino... Le programme donné en exemple affiche un "BONJOUR" qui se déplace sur la première ligne et un " A TOUS" sur la deuxième ligne. {{solution|titre=Fichier d'exemple d'utilisation de l'afficheur LCD complètement fonctionnel|contenu= <syntaxhighlight lang=c> /* * "Hello World" example. * * This example prints 'Hello from Nios II' to the STDOUT stream. It runs on * the Nios II 'standard', 'full_featured', 'fast', and 'low_cost' example * designs. It runs with or without the MicroC/OS-II RTOS and requires a STDOUT * device in your system's hardware. * The memory footprint of this hosted application is ~69 kbytes by default * using the standard reference design. * * For a reduced footprint version of this template, and an explanation of how * to reduce the memory footprint for a given application, see the * "small_hello_world" template. * */ //#include <stdio.h> #include "system.h" #include "altera_avalon_pio_regs.h" #include "altera_avalon_lcd_16207_regs.h" #include "altera_avalon_lcd_16207.h" #include "alt_types.h" #define LCD_BASE 0x0020 void delai(int delay); void clearScreen(); void setCursor(alt_u8 col, alt_u8 row); void writecar(char car); void writestr(char *chaine); void Autoscroll(void); altera_avalon_lcd_16207_state sp; int main() { // variables alt_u16 cmpt; alt_u8 posx; // setup //altera_avalon_lcd_16207_init(&sp); cmpt = 0; // loop while(1) { for (posx=0;posx<8;posx++) { //setCursor(0, 0); //writestr(" ");// efface premiere ligne clearScreen(); //OK setCursor(posx, 0); //lcd_clear_screen(&sp); //Pb edition de liens writestr("BONJOUR"); setCursor(posx, 1); writestr(" A TOUS"); IOWR_ALTERA_AVALON_PIO_DATA(0x0000,cmpt); cmpt++; delai(1000000);} } return 0; } void delai(int delay) { int delai = 0; while(delai < delay) { delai++; } } #define LCD_DISPLAYCONTROL 0x08 #define LCD_CLEARDISPLAY 0x01 //#define LCD_DISPLAYON 0x04 void clearScreen() { // clear display, set cursor position to zero IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE, LCD_CLEARDISPLAY); delai(100000); // this command takes a long time! } #define LCD_SETDDRAMADDR 0x80 void setCursor(alt_u8 col, alt_u8 row) { col = col & 0x0F; // %16 row = row & 0x01; // %2 //command(LCD_SETDDRAMADDR | (col + 0x40*row)); IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE, LCD_SETDDRAMADDR | (col + 0x40*row)); delai(100); } #define LCD_ENTRYMODESET 0x04 #define LCD_ENTRYSHIFTINCREMENT 0x01 void Autoscroll(void) { // alt_u8 displaymode=0; // displaymode |= LCD_ENTRYSHIFTINCREMENT; IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE,(LCD_ENTRYMODESET | LCD_ENTRYSHIFTINCREMENT)); } void writecar(char car) { IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_DATA(LCD_BASE, car); } void writestr(char *chaine) { while (*chaine) { writecar((char)*chaine++); delai(100); } } </syntaxhighlight> }} {{remarque|contenu= Nous avons refait les commandes "clearScreen" et "setCursor" bien utiles. La première est pourtant présente sous le nom "lcd_clear_screen" dans *PROJET_BSP -> drivers -> src -> altera_avalon_lcd_16207.c Le problème est que altera_avalon_lcd_16207.h ne met pas toutes les fonctions à disposition et nous ne comprenons pas pourquoi ! Dès que nous utilisons une fonction intéressante de altera_avalon_lcd_16207.c, nous nous trouvons avec un message d'erreur à l'édition de liens. Nous avons pourtant bien vérifié la présence de ce fichier dans le makeFile !! }} Nous avons un peu enrichi la librairie en proposant un "scrollDisplayLeft" et un "scrollDisplayRight" qui ont l'avantage de déplacer l'affichage sans changer le contenu de la mémoire d'affichage. {{solution|titre=Autre exemple d'utilisation de l'afficheur LCD complètement fonctionnel|contenu= <syntaxhighlight lang=c> #include "system.h" #include "altera_avalon_pio_regs.h" #include "altera_avalon_lcd_16207_regs.h" #include "altera_avalon_lcd_16207.h" #include "alt_types.h" #define LCD_BASE 0x0020 void delai(int delay); void clearScreen(); void setCursor(alt_u8 col, alt_u8 row); void writecar(char car); void writestr(char *chaine); void scrollDisplayLeft(void); void scrollDisplayRight(void); int main() { // variables alt_u16 cmpt; alt_u8 posx; // setup cmpt = 0; // loop while(1) { clearScreen(); setCursor(0, 0); writestr("BONJOUR"); setCursor(0, 1); writestr(" A TOUS"); for (posx=0;posx<8;posx++) { scrollDisplayRight(); IOWR_ALTERA_AVALON_PIO_DATA(0x0000,cmpt); cmpt++; delai(1000000); } // for } // while(1) return 0; } // main void delai(int delay) { int delai = 0; while(delai < delay) { delai++; } } #define LCD_DISPLAYCONTROL 0x08 #define LCD_CLEARDISPLAY 0x01 //#define LCD_DISPLAYON 0x04 void clearScreen() { // clear display, set cursor position to zero IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE, LCD_CLEARDISPLAY); delai(100000); // this command takes a long time! } #define LCD_SETDDRAMADDR 0x80 void setCursor(alt_u8 col, alt_u8 row) { col = col & 0x0F; // %16 row = row & 0x01; // %2 //command(LCD_SETDDRAMADDR | (col + 0x40*row)); IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE, LCD_SETDDRAMADDR | (col + 0x40*row)); delai(100); } #define LCD_CURSORSHIFT 0x10 #define LCD_DISPLAYMOVE 0x08 #define LCD_MOVERIGHT 0x04 #define LCD_MOVELEFT 0x00 // These commands scroll the display without changing the RAM void scrollDisplayLeft(void) { //command(LCD_CURSORSHIFT | LCD_DISPLAYMOVE | LCD_MOVELEFT); IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE,LCD_CURSORSHIFT | LCD_DISPLAYMOVE | LCD_MOVELEFT); } void scrollDisplayRight(void) { //command(LCD_CURSORSHIFT | LCD_DISPLAYMOVE | LCD_MOVERIGHT); IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE,LCD_CURSORSHIFT | LCD_DISPLAYMOVE | LCD_MOVERIGHT); } void writecar(char car) { IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_DATA(LCD_BASE, car); } void writestr(char *chaine) { while (*chaine) { writecar((char)*chaine++); delai(100); } } </syntaxhighlight> }} Notre façon de définir les constantes juste avant leurs utilisations n'est pas habituelle. Mais la partie de sous-programmes utiles est tellement petite que nous n'avons pas décidé de regrouper toutes les constantes en début de programme. La seule primitive manquante serait le "createChar" de la librairie Arduino qui permettrait de réaliser ses propres caractères d'affichage. Nous laissons cela au lecteur intéressé sous forme d'exercice. ==== Exercice ==== On vous demande de modifier les programmes d'exemple ci-dessus pour ajouter la primitive "createChar" à vos sous-programmes utiles. Voici son code source dans la librairie Arduino : <syntaxhighlight lang=c> // Allows us to fill the first 8 CGRAM locations // with custom characters void LiquidCrystal::createChar(uint8_t location, uint8_t charmap[]) { location &= 0x7; // we only have 8 locations 0-7 command(LCD_SETCGRAMADDR | (location << 3)); for (int i=0; i<8; i++) { write(charmap[i]); } } </syntaxhighlight> On ne gardera pas la notion d'objet utilisée dans cette librairie Arduino. {{solution|contenu= <syntaxhighlight lang=c> #include "system.h" #include "altera_avalon_pio_regs.h" #include "altera_avalon_lcd_16207_regs.h" #include "altera_avalon_lcd_16207.h" #include "alt_types.h" #define LCD_BASE 0x0020 void delai(int delay); void clearScreen(); void setCursor(alt_u8 col, alt_u8 row); void writecar(char car); void writestr(char *chaine); void scrollDisplayLeft(void); void scrollDisplayRight(void); void createChar(alt_u8 location, alt_u8 charmap[]); alt_u8 heart[8] = { // from Arduino Library 0b00000, 0b01010, 0b11111, 0b11111, 0b11111, 0b01110, 0b00100, 0b00000 }; int main() { // variables alt_u16 cmpt; alt_u8 posx; // setup cmpt = 0; createChar(0, heart); // custum heart character // loop while(1) { clearScreen(); setCursor(0, 0); writestr("BONJOUR"); setCursor(0, 1); writestr(" A TOUS");writecar(0); // heart used here for (posx=0;posx<8;posx++) { scrollDisplayRight(); IOWR_ALTERA_AVALON_PIO_DATA(0x0000,cmpt); cmpt++; delai(1000000); } // for } // while(1) return 0; } // main void delai(int delay) { int delai = 0; while(delai < delay) { delai++; } } #define LCD_DISPLAYCONTROL 0x08 #define LCD_CLEARDISPLAY 0x01 //#define LCD_DISPLAYON 0x04 void clearScreen() { // clear display, set cursor position to zero IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE, LCD_CLEARDISPLAY); delai(100000); // this command takes a long time! } #define LCD_SETDDRAMADDR 0x80 void setCursor(alt_u8 col, alt_u8 row) { col = col & 0x0F; // %16 row = row & 0x01; // %2 //command(LCD_SETDDRAMADDR | (col + 0x40*row)); IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE, LCD_SETDDRAMADDR | (col + 0x40*row)); delai(100); } #define LCD_CURSORSHIFT 0x10 #define LCD_DISPLAYMOVE 0x08 #define LCD_MOVERIGHT 0x04 #define LCD_MOVELEFT 0x00 // These commands scroll the display without changing the RAM void scrollDisplayLeft(void) { //command(LCD_CURSORSHIFT | LCD_DISPLAYMOVE | LCD_MOVELEFT); IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE,LCD_CURSORSHIFT | LCD_DISPLAYMOVE | LCD_MOVELEFT); } void scrollDisplayRight(void) { //command(LCD_CURSORSHIFT | LCD_DISPLAYMOVE | LCD_MOVERIGHT); IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE,LCD_CURSORSHIFT | LCD_DISPLAYMOVE | LCD_MOVERIGHT); } #define LCD_SETCGRAMADDR 0x40 // Allows us to fill the first 8 CGRAM locations // with custom characters void createChar(alt_u8 location, alt_u8 charmap[]) { alt_u8 i; location &= 0x7; // we only have 8 locations 0-7 IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_COMMAND(LCD_BASE,LCD_SETCGRAMADDR | (location << 3)); for (i=0; i<8; i++) { writecar((char)charmap[i]);delai(100); } } void writecar(char car) { //while(IORD_ALTERA_AVALON_LCD_16207_STATUS(LCD_BASE)&ALTERA_AVALON_LCD_16207_STATUS_BUSY_MSK); IOWR_ALTERA_AVALON_LCD_16207_DATA(LCD_BASE, car); } void writestr(char *chaine) { while (*chaine) { writecar((char)*chaine++); delai(100); } } </syntaxhighlight> }} == Voir aussi == ===Youtube et Internet=== * [https://www.youtube.com/watch?v=ValQ_4w2liE&ab_channel=AlexanderRens Implementing Nios II on DE10-Lite - SDSU EE492] * [https://www.intel.com/content/www/us/en/design-example/715011/max-10-sdram-nios-test-max10-de10-lite.html max10 sdram nios test (max10 de10 lite board)] * [https://github.com/topics/de10-lite?o=asc&s=stars GitHub de10 lite board] ===Livres et documents=== Il est facile de trouver des livres (même en français) qui traitent du NIOS II avec plus ou moins de détails. * A. ATTOUI "Architecture des systèmes sur puce : Processeurs synthétisables, CAO VLSI, Norme VCI, environnements ISE et Quartus", [[w:Ellipses (éditeur)|Ellipses]] (2005) se consacre, entre autres, à [[w:Altera|Altera]] et [[w:NIOS|NIOS]] et [[w:en:Advanced Microcontroller Bus Architecture|(en) AMBA]] * Z. Navabi "Embedded Core design with FPGA", [[w:McGraw-Hill|McGraw-Hill]] (2007), assez général mais les applications sont [[w:Altera|Altera]] et [[w:NIOS|NIOS]]II et en [[w:verilog|Verilog]]. * P. P. Chu "Embedded SoPC Design with [[w:en:Nios II|NIOS II]] Processor and VHDL Examples", [[w:John Wiley & Sons|WILEY]] (2011) * [https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01913104/document Projet de conception d’un processeur NIOS II sur FPGA (pdf)] * [https://ftp.intel.com/Public/Pub/fpgaup/pub/Intel_Material/18.1/Computer_Systems/DE10-Lite/DE10-Lite_Computer_NiosII.pdf DE10 Lite Computer NiosII (Intel)] {{Bas de page | idfaculté = informatique | précédent = [[../Le MicroBlaze/]] | suivant = [[../Réalisation d'un coprocesseur CORDIC/]] }} rtrk9125gwnep6z7lmw1e76bhriyol8 0 63482 880690 815685 2022-07-24T06:17:19Z Phl7605 31541 wikitext text/x-wiki {{Exercice | titre = Optique géométrique : conditions de Gauss | idfaculté = physique | numéro = 13 | chapitre = [[../../Optique géométrique : conditions de Gauss/]] | précédent = [[../Optique géométrique : miroir plan/]] | suivant = [[../Optique géométrique : lentilles minces/]] | niveau = 14 }} __TOC__ {{clr}} == Stigmatisme et aplanétisme approchés d'un miroir sphérique sous conditions de Gauss == {{Al|5}}Pour être défini, un miroir sphérique nécessite la connaissance de : * sa nature «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>concave<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» ou «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>convexe<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>», * son centre <math>\;C\;</math> (centre de courbure de la surface sphérique réfléchissante <ref> Si le miroir est «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>concave<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>», <math>\;C\;</math> est réel, et si le miroir est «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>convexe<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>», <math>\;C\;</math> est virtuel.</ref>), * son rayon de courbure (non algébrisé) <math>\;R\;</math> (rayon de courbure de la surface sphérique réfléchissante), * l'axe optique principal dont la partie incidente (ou son prolongement) passe par <math>\;C\;</math> et le point objet <math>\;A_o\;</math> (point objet dont on étudiera l'image éventuelle) et * son sommet <math>\;S\;</math> (intersection de l'axe optique principal et de la surface réfléchissante). {{Al|5}}Nous adoptons l'algébrisation physique de l'axe optique principal <ref name="orientation axe opt. princ."> Supposant l'axe optique principal horizontal, l'espace objet réel étant situé à gauche du miroir, la partie incidente de l'axe optique principal est donc orientée dans le sens <math>\;\rightarrow\;</math> et la partie réfléchie orientée dans le sens <math>\;\leftarrow</math>.</ref> et, pour unifier l'étude des miroirs sphériques, algébrisons le rayon de courbure du miroir selon <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow}\;</math> <ref name="orientation axe opt. princ." /> avec pour conséquence la nature «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>concave<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» ou «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>convexe<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» du miroir caractérisé par le signe du rayon de courbure algébrisé : * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} > 0</math>, <math>\;C\;</math> étant à droite de <math>\;S\;</math> est virtuel, correspondant à un miroir «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>convexe<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>», * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} < 0</math>, <math>\;C\;</math> étant à gauche de <math>\;S\;</math> est réel, correspondant à un miroir «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>concave<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>». <center> <gallery> Miroir sphérique convexe - algébrisation.jpg|Miroir sphérique convexe : algébrisation de l'axe optique principal, définitions du centre, du sommet et du rayon de courbure algébrisé Miroir sphérique concave - algébrisation.jpg|Miroir sphérique concave : algébrisation de l'axe optique principal, définitions du centre, du sommet et du rayon de courbure algébrisé </gallery> Dans la suite nous supposerons le miroir sphérique concave <ref> En précisant la modification des résultats pour un miroir sphérique convexe.</ref> et <br>admettrons qu'il n'y a pas stigmatisme rigoureux du miroir sphérique pour tous les points objets <br>autres que <math>\;C\;</math> et tous les points du miroir <ref name="Définition sommet"> Si le point objet <math>\;A_o\;</math> est sur le miroir, l'axe optique principal associé à ce point objet ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, <math>\;A_o\;</math> joue le rôle de sommet <math>\;S\;</math> du miroir ; ainsi, dans la mesure où l'axe optique principal n'a pas été préalablement défini, tout point du miroir peut être considéré comme un sommet.</ref>.</center> === Démonstration du stigmatisme approché d'un miroir sphérique concave sous conditions de Gauss === [[File:Miroir sphérique concave - stigmatisme approché.jpg|thumb|Schéma d'un miroir sphérique concave dans le but d'établir le stigmatisme approché du miroir pour tout point objet autre que C et S]] {{Al|5}}Considérant un point objet réel <math>\;A_o \neq C\;</math> et l'axe optique principal correspondant de support <math>\;(A_oC)\;</math> <ref> Dès lors que <math>\;A_o\;</math> est <math>\;\neq C</math>, l'axe optique principal est parfaitement défini ainsi que le sommet <math>\;S\;</math> qui est l'intersection de l'axe optique principal et du miroir ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>sur le schéma <math>\;[SA_o]\;</math> est <math>\;> [SC]\;</math>, ceci entraînant que <math>\;A_i</math>, l'image éventuelle de <math>\;A_o\;</math> par le miroir, est telle que <math>\;[SA_i]\;</math> est <math>\;< [SC]\;</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>pour traiter le cas correspondant à <math>\;[SA_o] < [SC]</math>, ce qui entraînerait que <math>\;A_i</math>, l'image éventuelle de <math>\;A_o\;</math> par le miroir, serait telle que <math>\;[SA_i] > [SC]</math>, il suffirait de permuter l'objet et l'image pour retrouver le cas précédent aussi nous nous contenterons de traiter le cas du schéma <math>\;[SA_o] > [SC]</math>.</ref>, nous envisageons des rayons incidents issus de <math>\;A_o</math>, peu inclinés par rapport à l'axe optique principal, d'angle d'inclinaison <math>\;\theta_o\;</math> tel que <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et dont le point d'incidence <math>\;I\;</math> reste proche du sommet <math>\;S\;</math> c.-à-d. tel que l'angle que fait la normale au miroir en <math>\;I\;</math> dans le sens incident avec la partie incidente de l'axe optique principal <math>\;\widehat{(\overrightarrow{CS}\, ;\, \vec{N})} = \omega\;</math> est tel que <math>\;|\omega| \ll 1</math> <ref name="Paraxial"> Les rayons incidents sont donc paraxiaux, conditions de Gauss (admises) pour que le système recevant ces rayons soit stigmatique approché pour le point objet considéré.</ref>. {{Al|5}}Le rayon incident <math>\;A_oI\;</math> donnant, par utilisation des lois de Snell - Descartes de la réflexion, le rayon réfléchi <math>\;IA_i\;</math> <math>\big(A_i \in</math> à l'axe optique principal<math>\big)</math>, appelons <math>\;\theta_i\;</math> l'angle d'inclinaison du rayon réfléchi par rapport à la partie réfléchie de l'axe optique principal ; nous nous proposons de démontrer que <math>\;A_i\;</math> est indépendant du rayon incident considéré <math>\big(</math>c.-à-d. indépendant de <math>\;\theta_o\;</math> et de <math>\;\omega\big)\;</math> dans la mesure où les conditions de Gauss de stigmatisme approché <math>\big(\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et <math>\;|\omega| \ll 1\big)\;</math> sont réalisées. ==== Établissement de la relation liant θ_o, θ_i et ω ==== # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIC\;</math> établir une première relation entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;i\;\big(</math>angle d'incidence du rayon incident en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIC\;</math> établir une deuxième relation entre <math>\;\theta_i</math>, <math>\;i'\;\big(</math>angle de réflexion du rayon réfléchi en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en utilisant la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes de la réflexion et les deux relations précédentes, déduire la relation suivante entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;\theta_i\;</math> et <math>\;\omega</math> : <center> <math>\;\omega = \dfrac{\theta_o + \theta_i}{2}\;\;(\mathfrak{a})\;</math> <ref> Cette relation reste applicable quels que soient les ordres de grandeur de <math>\;|\theta_o|\;</math> et <math>\;|\omega|</math>, elle ne nécessite donc pas de se placer dans les conditions de Gauss de stigmatisme approché.</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Dans le triangle <math>\;A_oIC</math>, <math>\;\omega = \theta_o + (-i)\;</math> <ref name="relation dans un triangle"> On utilise la propriété suivante : «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>dans un triangle, un angle extérieur est égal à la somme des deux autres angles intérieurs<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» (propriété utilisant des angles non algébrisés).</ref> <ref> On remarque, sur le schéma, que <math>\;\omega\;</math> et <math>\;\theta_o\;</math> sont positifs mais <math>\;i\;</math> étant négatif, sa valeur absolue s'écrit <math>\;(-i)</math>.</ref> et <br>{{Al|5}}dans le triangle <math>\;A_iIC</math>, <math>\;\theta_i = \omega + i'\;</math> <ref name="relation dans un triangle" /> <ref> On remarque, sur le schéma, que tous les angles <math>\;\theta_i</math>, <math>\;\omega\;</math> et <math>\;i'\;</math> sont positifs.</ref> ou, <br>{{Al|5}}en utilisant la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes pour la réflexion <math>\;i' = -i</math>, la relation ci-dessus se réécrit <math>\;\theta_i = \omega - i</math> ; <br>{{Al|5}}on élimine alors <math>\;i\;</math> entre ces deux relations en faisant la différence soit : <math>\;\omega - \theta_i = \theta_o - \omega\;</math> ou <math>\;2\,\omega = \theta_o + \theta_i\;</math> soit enfin <center> <math>\;\omega = \dfrac{\theta_o + \theta_i}{2}\;\;(\mathfrak{a})</math>.</center>}} ==== Évaluation des angles θ_o, θ_i et ω en fonction des abscisses de A_o, A_i et C repérées relativement à H ==== {{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> et des conditions de Gauss de stigmatisme approché, montrer que le rayon réfléchi est aussi peu incliné relativement à la partie réfléchie de l'axe optique principal c.-à-d. <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>. # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH\;</math> <ref name="définition de H"> <math>\;H\;</math> étant le projeté orthogonal du point d'incidence <math>\;I\;</math> sur l'axe optique principal.</ref> évaluer <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_o}_{\rightarrow}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\theta_o</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\theta_i)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_i}_{\leftarrow}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\theta_i</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\omega)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HC}_{\rightarrow}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\omega</math>, # déduire des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math>, un lien entre <math>\;\overline{HA_o}_{\rightarrow}</math>, <math>\;\overline{HA_i}_{\leftarrow}\;</math> et <math>\;\overline{HC}_{\rightarrow}\;</math> <math>\;\big[</math>relation <math>\,(\mathfrak{b})\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> écrite sous la forme <math>\;\theta_i = 2\, \omega - \theta_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;|\theta_i| \leqslant 2\, |\omega| + |\theta_o|\;</math> et des conditions de Gauss de stigmatisme approché <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}|\theta_o| \ll 1\\ |\omega| \ll 1 \end{array}\right\rbrace\;</math> dont on déduit <math>\;2\, |\omega| + |\theta_o| \ll 1\;</math> d'où <math>\;|\theta_i| \leqslant 2\, |\omega| + |\theta_o| \ll 1\;</math> c.-à-d. que le rayon réfléchi est aussi peu incliné relativement à la partie réfléchie de l'axe optique principal. # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH</math>, <math>\;\tan(\theta_o) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HA_o}_\rightarrow}\;</math> car sur le schéma <math>\;\theta_o > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_o) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_o}_\rightarrow < 0\;</math> ou, <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_o) \simeq \theta_o\;</math> on en déduit <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_o}_\rightarrow}</math> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH</math>, <math>\;\tan(\theta_i) = \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}_\leftarrow}\;</math> car sur le schéma <math>\;\theta_i > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_i) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_i}_\leftarrow > 0\;</math> ou, <math>\;|\theta_i| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_i) \simeq \theta_i\;</math> on en déduit <math>\;\theta_i \simeq \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}_\leftarrow}</math> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH</math>, <math>\;\tan(\omega) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HC}_\rightarrow}\;</math> car sur le schéma <math>\;\omega > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\omega) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HC}_\rightarrow < 0\;</math> ou, <math>\;|\omega| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\omega) \simeq \omega\;</math> on en déduit <math>\;\omega \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HC_\rightarrow}}</math> ; # des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> réécrite selon <math>\;2\, \omega = \theta_i + \theta_o</math>, on en déduit <math>\;\dfrac{-2\, \overline{HI}}{\overline{HC_\rightarrow}} = \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}_\leftarrow} - \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_o}_\rightarrow}\;</math> ou, en simplifiant par <math>\;\overline{HI}</math>, on obtient la relation <math>\;(\mathfrak{b})\qquad \dfrac{-2}{\overline{HC_\rightarrow}} = \dfrac{1}{\overline{{\mathrm{HA}_i}_\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{HA_o}_\rightarrow}</math>.}} ==== Établissement de la confusion de H et de S à l'ordre un en ω ==== {{Al|5}}Établir que <math>\;H\;</math> <ref name="définition de H" /> peut être confondu avec le sommet <math>\;S\;</math> du miroir à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> <ref name="H et S confondus"> Ceci nécessite que <math>\;[HS]\;</math> soit un infiniment petit au moins d'ordre deux en <math>\;\omega</math>.</ref> et {{Al|5}}réécrire que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> en tenant compte de cette confusion. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Montrons que <math>\;H\;</math> peut être confondu avec <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> <ref name="ω infiniment petit d'ordre un"> <math>\;|\omega|\;</math> étant considéré comme un infiniment petit d'ordre un.</ref>, en évaluant <math>\;[CH]\;</math> puis <math>\;[HS] = [CS] - [CH]\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega</math>, on obtient : <math>\;[CH] = [CI]\, \cos(\omega) = R\, \cos(\omega) \simeq R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math> <math>\big(</math>revoir la remarque du paragraphe «<span style="color:#ffffff;"><small>.~</small></span>[[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable_au_voisinage_d'une_de_ses_valeurs#D.C3.A9veloppements_limit.C3.A9s_.C3.A0_l.27ordre_un_de_quelques_fonctions_usuelles|D.L. à l'ordre un de quelques fonctions usuelles]]<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» du chap.<math>14</math> de la leçon «<span style="color:#ffffff;"><small>.~</small></span>Outils mathématiques pour la physique (PCSI)<span style="color:#ffffff;"><small>.~</small></span>»<math>\big)\;</math> d'où <math>\;[HS] = [CS] - [CH] \simeq R - R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega</math>, soit encore <math>\;[HS] \simeq R \dfrac{\omega^2}{2}\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math> ou finalement <center><math>\;[HS] \simeq 0\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega</math> ;</center> {{Al|5}}remplaçant <math>\;H\;</math> par <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{b})</math>, on peut, sous les conditions de Gauss de stigmatisme approché, la réécrire selon <center><math>\;(\mathfrak{b})\; \dfrac{-2}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = \dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math> <ref> Sous cette forme la relation nécessite que le point objet <math>\;A_o\;</math> soit <math>\;\neq S\;</math> sommet du miroir.</ref>.</center>}} ==== Conclusion : stigmatisme approché du miroir sphérique (concave) pour le point objet A_o et relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) ==== {{Al|5}}Vérifier que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> définit, pour un point objet <math>\;A_o\;</math> quelconque, un point image unique <math>\;A_i\;</math> et en déduire le stigmatisme approché du miroir sphérique pour le point objet <math>\;A_o</math> ; {{Al|5}}la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> pouvant être écrite selon <math>\;\dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}} = V\;</math> <ref name="indépendance de la nature"> Nous admettrons que cette relation (ou propriété) établie dans le cas d'un miroir sphérique concave est encore applicable, sans modification, à un miroir sphérique convexe.</ref> où <math>\;V\;</math> est une constante appelée «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>vergence<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» du miroir sphérique exprimée en dioptries <math>\big(</math>de symbole <math>\;\delta\big)\;</math> dans la mesure où les abscisses le sont en <math>\;m\;\big(</math>la dioptrie étant liée au mètre par <math>\;1\, \delta = 1\,m^{-1}\big)</math>, exprimer <math>\;V\;</math> en fonction de <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow}</math>. {{Al|5}}Par la suite notant l'abscisse de Descartes <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math><ref> Pour le repérage de Descartes dans un miroir sphérique (concave ou convexe), il y a deux origines utilisées : l'origine au sommet qui est la plus fréquemment utilisée et l'origine au centre qui l'est beaucoup moins.</ref> du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Par la suite notant l'abscisse de Descartes <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>avec origine au sommet<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> }}celle du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}</math>, <br>{{Al|5}}la relation de conjugaison (approchée) de position [ou 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée)] de Descartes d'un miroir sphérique se réécrit <center><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille"> C.-à-d., comme cela sera vu au chapitre suivant, la même relation de conjugaison (approchée) de position (ou de grandissement transverse) de Descartes (ou de Newton) que celle d'une lentille mince (à condition que l'algébrisation de l'axe optique du miroir sphérique soit l'algébrisation physique adoptée dans ce cours).</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> établit le stigmatisme approché du miroir sphérique pour tout point objet <math>\;A_o\;</math> autre que <math>\;C\;</math> et <math>\;S\;</math> puisque, pour un point objet <math>\;A_o\;</math> fixé, le point image <math>\;A_i\;</math> est déterminé de façon unique <math>\big(</math>indépendamment des variations des petits angles <math>\;\theta_o\;</math> et <math>\;\omega\big)</math>. {{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> peut effectivement être écrite sous la forme <math>\;\dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}} = V\;</math> où <math>\;V\;</math> est une constante définissant la vergence du miroir sphérique selon <center><math>\;V = \dfrac{-2}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> avec <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow}\;</math> rayon algébrisé du miroir.</center> {{Al|5}}Avec les abscisses de Descartes (avec origine au sommet) du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> et du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}</math>, la relation de conjugaison (approchée) de position [ou 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée)] de Descartes du miroir sphérique se réécrit <center><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille" />.</center>}} === Points pour lesquels la conjugaison du miroir sphérique est rigoureuse et points doubles === {{Al|5}}Vérifier, par construction et pour une direction d'axe optique principal préalablement fixée, que le centre <math>\;C\;</math> et le sommet <math>\;S\;</math> <ref name="Définition sommet" /> du miroir sont des points * pour lesquels le miroir est stigmatique rigoureux et * dont l'image est confondue avec l'objet (c.-à-d. que ce sont des points doubles). {{Al|5}}Justifier la raison pour laquelle la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) est applicable à <math>\;C</math>, centre du miroir, bien que la conjugaison soit rigoureuse ; {{Al|5}}vérifier, en utilisant cette relation, que <math>\;C\;</math> est effectivement un point double. {{Al|5}}Admettant que la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) reste applicable à <math>\;S</math>, sommet du miroir, pour lequel il y a conjugaison rigoureuse <math>\big[</math>mais évidemment pas sous cette forme qui est indéterminée quand on l'applique à <math>\;S</math>, son abscisse objet <math>\;p_o\;</math> y étant nulle<math>\big]</math>, évaluer <math>\;p_i\;</math> en fonction de <math>\;p_o\;</math> et de <math>\;V\;</math> et vérifier, sur cette dernière forme, * que <math>\;S\;</math> est effectivement un point double et * qu'il n'y a pas d'autres points doubles que <math>\;S\;</math> et <math>\;C</math>. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - points doubles.jpg|thumb|Schémas de vérification du fait que, pour C et S, le miroir sphérique (concave) est stigmatique rigoureux et que ce sont des points doubles]] {{Al|5}}Voir ci-contre les propriétés particulières d'un point objet en <math>\;C\;</math> ou <math>\;S\;</math> d'un miroir sphérique concave <ref name="indépendance de la nature"/> : * à gauche tout rayon d'un faisceau incident issu du centre <math>\;C\;</math> d'un miroir sphérique concave étant normal au miroir se réfléchit sur lui-même, donnant un ensemble de rayons réfléchis convergeant en un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, c.-à-d. prouvant que le miroir sphérique est stigmatique rigoureux pour son centre ; de plus le point image de <math>\;C\;</math> étant <math>\;C\;</math> lui-même, ce dernier est un point double ; * à droite tout rayon d'un faisceau incident convergeant sur le sommet <math>\;S\;</math> d'un miroir sphérique concave se réfléchissant en suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal et l'ensemble des rayons réfléchis divergeant à partir d'un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, cela prouve le stigmatisme rigoureux du miroir sphérique pour son sommet ; de plus le point image de <math>\;S\;</math> étant <math>\;S\;</math> lui-même, ce dernier est un point double. {{Al|5}}Pour appliquer la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) à <math>\;C</math>, centre du miroir, bien que la conjugaison soit rigoureuse, il suffit de ne considérer que les rayons paraxiaux du faisceau incident issu de <math>\;C\;</math> et d'ouverture quelconque <ref> Le fait que les autres rayons convergent également en <math>\;C\;</math> ne modifient en rien la convergence des rayons réfléchis provenant de rayons incidents paraxiaux.</ref>, condition d'applicabilité de la relation de conjugaison de position de Descartes ; {{Al|5}}dans ce cas, si on appelle <math>\;C_i</math>, d'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(C_i) = \overline{SC_i}_{\leftarrow}</math>, l'image du point objet <math>\;C</math>, d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(C) = \overline{SC}_{\rightarrow} = \overline{R}</math>, nous obtenons, en remplaçant <math>\;V\;</math> par <math>\;\dfrac{-2}{\overline{R}}</math>, <math>\;\dfrac{1}{p_i(C_i)} - \dfrac{1}{\overline{R}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> d'où <math>\;p_i(C_i) = \overline{SC_i}_{\leftarrow}</math> <math>= -\overline{R}\;</math> soit encore <math>\;\overline{SC_i}_{\leftarrow} = -\overline{SC}_{\rightarrow}</math> ou, avec <math>\;\overline{SC_i}_{\rightarrow} = -\overline{SC_i}_{\leftarrow}</math>, <math>\;\overline{SC_i}_{\rightarrow} = \overline{SC}_{\rightarrow}\;</math> prouvant que <math>\;C_i\;</math> se confond avec <math>\;C\;</math> et par suite que <math>\;C\;</math> est un point double. <center>De <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> on tire <math>\;\dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{p_o} + V = \dfrac{1 + V\, p_o}{p_o}\;</math> soit <math>\;p_i = \dfrac{p_o}{1 + V\, p_o}</math> ;</center> {{Al|5}}sous cette forme on vérifie qu'un point objet en <math>\;S</math>, d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(S) = 0\;</math> a une image d'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i = 0</math>, c.-à-d. une image confondue avec <math>\;S\;</math> prouvant que <math>\;S\;</math> est bien un point double ; {{Al|5}}les points doubles <math>\;A_d\;</math> d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_d\;</math> étant tels que leurs abscisses images de Descartes (avec origine au sommet) s'écrivant <math>\;p_i(A_d) = \overline{SA_d}_{\leftarrow} = -\overline{SA_d}_{\rightarrow} = -p_d\;</math> avec <math>\;p_i(A_d) = \dfrac{p_d}{1 + V\, p_d}\;</math> obéissent à l'équation <math>\;-p_d = \dfrac{p_d}{1 + V\, p_d}\;</math> c.-à-d. <math>\;\left\lbrace\begin{array}{c}p_d = 0\;\;\; \text{ou}\\ 1 + V\, p_d = -1\end{array}\right\rbrace</math>, la 1{{ère}} solution donnant <math>\;S\;</math> point double et la 2{{ème}} équation conduisant à <math>\;p_d = \dfrac{-2}{V} = \overline{R}\;</math> c.-à-d. <math>\;C\;</math> point double ; <center>le centre et le sommet d'un miroir sphérique sont donc les seuls points doubles de ce dernier.</center>}} === Caractère focal d'un miroir sphérique, position des foyers principaux objet et image, lien de la vergence et des distances focales objet et image === {{Al|5}}Vérifier, sur la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes d'un miroir sphérique, que ce dernier est nécessairement «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>focal<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» <ref name="définition focal"> Un système «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>afocal<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» étant tel que le point à l'infini de l'axe optique principal est un point double, un système sera «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>focal<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» si le point à l'infini de l'axe optique principal est conjugué à un point de ce même axe optique principal à distance finie.</ref> puis déterminer * la position du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> c.-à-d. le point objet de l'axe optique principal ayant pour image le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;F_o\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; A_{i,\,\infty}\big]\;</math> et * la position du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> c.-à-d. le point image de l'axe optique principal ayant pour antécédent <ref name ="Antécédent"> C.-à-d. pour point objet.</ref> le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;A_{o,\,\infty}\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; F_i\big]</math> ; {{Al|5}}quelle particularité ces deux points possèdent-ils en ce qui concerne leurs positions absolues d'une part et leur position relative d'autre part ? {{Al|5}}Définissant * la distance focale objet comme l'abscisse objet de Descartes du foyer principal objet (avec origine au sommet) soit <math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> et * la distance focale image comme l'abscisse image de Descartes du foyer principal image (avec origine au sommet) soit <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math>, {{Al|5}}déterminer le lien entre vergence <math>\;V</math>, distance focale objet <math>\;f_o\;</math> et distance focale image <math>\;f_i</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Un miroir sphérique est un «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>système focal<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>», en effet pour qu'il soit «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>afocal<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>», il faudrait que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, mais ayant établi que les seuls points doubles du miroir sphérique sont <math>\;C\;</math> et <math>\;S</math>, et non le point à l'infini de l'axe optique principal on en déduit que le miroir sphérique est bien un «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>système focal<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>». * Le foyer principal image <math>\;F_i</math>, repéré par l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(F_i) = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> étant l'image du point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(A_{o,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{p_o(A_{o,\, \infty})} = 0</math>, on en déduit <math>\;\dfrac{1}{p_i(F_i)} - 0 = V\;</math> soit <math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} = \dfrac{1}{V} = -\dfrac{\overline{R}}{2}</math>. * Le foyer principal objet <math>\;F_o</math>, repéré par l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(F_o) = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> étant l'antécédent <ref name ="Antécédent"/> du point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(A_{i,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{p_i(A_{i,\, \infty})} = 0</math>, on en déduit <math>\;0 - \dfrac{1}{p_o(F_o)} = V\;</math> soit <math>\;\overline{SF_o}_{\rightarrow} = -\dfrac{1}{V} = \dfrac{\overline{R}}{2}</math> ; * les positions géométriques respectives des foyers principaux objet et image étant telles que <math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} = - \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> et le changement de sens d'algébrisation conduisant à <math>\;\overline{SF_i}_{\rightarrow} = -\overline{SF_i}_{\leftarrow}</math>, on en déduit <math>\;\overline{SF_i}_{\rightarrow} = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> c.-à-d. la <u>coïncidence des positions géométriques des foyers principaux objet et image</u> <ref> Cette coïncidence n'est que géométrique, car ce sont des points d'espaces optiques différents, l'un est dans un espace objet et l'autre dans un espace image.</ref> ; * <u>leur position géométrique commune</u> étant telle que <math>\;\overline{SF_o}_{\rightarrow} = \dfrac{\overline{R}}{2} = \dfrac{\overline{SC}_{\rightarrow}}{2}\;</math> on vérifie qu'elle <u>coïncide avec le milieu du segment joignant le sommet et le centre du miroir</u>. <center><u>Notion de distances focales objet et image</u> :</center> * la distance focale image <math>\;f_i\;</math> étant définie par <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> est liée à la vergence par <math>\;f_i = \dfrac{1}{V} = -\dfrac{\overline{R}}{2}</math> ; * la distance focale objet <math>\;f_o\;</math> étant définie par <math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> est liée à la vergence par <math>\;f_o = -\dfrac{1}{V} = \dfrac{\overline{R}}{2}</math> ; <center>on en déduit la relation <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> <ref> Pratiquement la vergence <math>\;V\;</math> est la valeur de l'invariant <math>\;\dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}</math>, appliquée au couple de points conjugués <math>\;(A_{o,\, \infty}\, , \,F_i)\;</math> on trouve <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} - 0\;</math> et appliquée au couple de points conjugués <math>\;(F_o\, , \,A_{i,\, \infty})</math>, <math>\;V = 0 - \dfrac{1}{f_o}</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>pour mémoire, <math>\;C\;</math> étant un point double, l'invariant en <math>\;C\;</math> donne la valeur <math>\;V = \dfrac{1}{\overline{SC}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = -\dfrac{2}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}</math>.</ref>.</center>}} === Quelques propriétés découlant du caractère focal d'un miroir sphérique === ==== Signe de la vergence suivant la nature concave ou convexe du miroir sphérique, caractère convergent ou divergent du miroir et nature réelle ou virtuelle des foyers principaux ==== {{Al|5}}Déterminer le signe de la vergence suivant la nature «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>concave<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» ou «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>convexe<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» du miroir sphérique puis {{Al|5}}son caractère «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>convergent<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» ou «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>divergent<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» sachant qu'un système focal à «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>vergence positive<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» (resp. «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>négative<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>») est dit «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>convergent<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» (resp. «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>divergent<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>») et enfin {{Al|5}}la nature «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>réelle<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» ou «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>virtuelle<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» des foyers principaux. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> on en déduit que la vergence est de signe contraire au rayon de courbure algébrisé du miroir sphérique, ainsi : * un miroir <u>concave</u> a un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} < 0\;</math> <ref name="nature de C"> Correspondant au caractère réel (resp. virtuel) du centre <math>\;C\;</math> d'un miroir concave (resp. convexe).</ref>, donc une vergence <math>\;V > 0</math>, c'est un système «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span><u>convergent</u><span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>», * un miroir <u>convexe</u> a un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} > 0\;</math> <ref name="nature de C" />, donc une vergence <math>\;V < 0</math>, c'est un système «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span><u>divergent</u><span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>». {{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> on en déduit la nature (réelle ou virtuelle) des foyers principaux objet et image suivant la nature (convergente ou divergente) du miroir sphérique : * un miroir <u>concave</u> étant convergent, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> est <math>\;> 0\;</math> entraînant le caractère <u>réel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> étant <math>\;< 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>réel</u> <ref name="nature des foyers"> Pour un miroir concave (resp. convexe) le caractère réel (resp. virtuel) du centre <math>\;C\;</math> avec le fait que la position géométrique commune des foyers principaux est le milieu du segment joignant le centre et le sommet, entraîne le caractère réel (resp. virtuel) des foyers principaux objet et image.</ref>, * un miroir <u>convexe</u> étant divergent, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> est <math>\;< 0\;</math> entraînant le caractère <u>virtuel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> étant <math>\;> 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>virtuel</u> <ref name="nature des foyers" />.}} ==== Démonstration de l'absence de conjugaison non rigoureuse du miroir sphérique (concave) pour le point objet à l'infini sur l'axe optique principal ==== {{Al|5}}En reprenant la démonstration faite à la 1{{ère}} question mais avec <math>\;A_o\;</math> situé à l'infini <math>\;\big(</math>ce qui correspond à <math>\;\theta_o = 0\big)\;</math> et en conservant les notations introduites dans la 1{{ère}} question <math>\;\big[</math>à l'exception de <math>\;A_i\;</math> qui sera noté <math>\;F_i(\omega)\;</math> <ref name="dépendance de ω"> Fonction de <math>\;\omega\;</math> car ce point <math>-</math> hors condition de Gauss <math>-</math> en dépend effectivement <math>\big[</math>c'est d'ailleurs, en ce qui concerne <math>\;F_i</math>, le but de cette question<math>\big]</math>.</ref> et de <math>\;H\;</math> qui sera noté <math>\;H(\omega)\;</math> <ref name="dépendance de ω" /><math>\big]</math>, {{Al|5}}déterminer la position de <math>\;F_i(\omega)\;</math> défini comme le point de l'axe optique principal par lequel passe le rayon réfléchi correspondant au rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, de point d'incidence <math>\;I(\omega)\;</math> <ref name="dépendance de ω" /> et {{Al|5}}vérifier que <math>\;F_i(\omega)\;</math> dépendant effectivement de <math>\;\omega</math>, il n'y a pas conjugaison rigoureuse du miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> pour le point situé à l'infini de l'axe optique principal. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - absence stigmatisme rigoureux.jpg|thumb|Schéma de démonstration de l'absence de stigmatisme rigoureux d'un miroir sphérique concave pour le point objet à l'infini sur l'axe optique principal]] {{Al|5}}Montrons algébriquement qu'un miroir sphérique concave <ref name="indépendance de la nature" /> n'est pas rigoureusement stigmatique pour le point à l'infini <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math> de l'axe optique principal et pour cela il suffit de montrer qu'un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, de point d'incidence <math>\;I(\omega)\;</math> <ref name="dépendance de ω" />, repéré par l'angle <math>\;\omega\;</math> que fait le rayon incident avec <math>\;\overrightarrow{CI}(\omega)\;</math> tel que <math>\;|\omega|\; \cancel{\ll}\; 1\;</math>, donne un réfléchi qui recoupe l'axe optique principal en <math>\;F_i(\omega)\;</math> dépendant effectivement de <math>\;\omega\;</math> d'où l'absence de stigmatisme rigoureux du miroir pour <math>\;A_{o,\,\infty}</math> ; {{Al|5}}l'angle d'incidence étant <math>\;i = -\omega\;</math> <ref> En effet <math>\;i\;</math> est <math>\;< 0\;</math> sur le schéma alors que <math>\;\omega\;</math> est <math>\;> 0</math>.</ref>, l'angle de réflexion est donc <math>\;i' = -i = \omega\;</math> d'après la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes de la réflexion ; on en déduit alors <math>\;\widehat{\left\lbrace\overrightarrow{H(\omega)S}, \overrightarrow{F_i(\omega)I(\omega)}\right\rbrace} = 2\; \omega\;</math> et <math>\;\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow}\;</math> se détermine par <math>\;\tan(2\;\omega) = \dfrac{\overline{H(\omega)I(\omega)}}{\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow}}\;</math> <ref> Toutes les grandeurs étant positives sur le schéma.</ref> soit <math>\;\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{\overline{H(\omega)I(\omega)}\, \cos(2\; \omega)}{\sin(2\; \omega)}\;</math> ou, avec <math>\;\overline{H(\omega)I(\omega)} =</math> <math>CI(\omega)\; \sin(\omega) = R\; \sin(\omega)\;</math> et <math>\;\sin(2\; \omega) = 2\; \sin(\omega)\; \cos(\omega)</math>, <math>\;\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{R\, \cos(2\; \omega)}{2\; \cos(\omega)}</math> ; {{Al|5}}on peut alors évaluer <math>\;\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} = \overline{CH(\omega)}_{\rightarrow} - \overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow}\;</math> expression dans laquelle <math>\;\overline{CH(\omega)}_{\rightarrow} = R\; \cos(\omega)\;</math> d'où <math>\;\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} =</math> <math>R\; \cos(\omega) - \dfrac{R\, \cos(2\; \omega)}{2\; \cos(\omega)} = R\; \dfrac{2\; \cos^2(\omega)- \cos(2\; \omega)}{2\; \cos(\omega)}\;</math> ou, sachant que <math>\;\cos(2\; \omega) = 2\; \cos^2(\omega) - 1</math>, l'expression finale <center><math>\;\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{R}{2\; \cos(\omega)}\;</math> <ref> L'expression simple du résultat indique qu'il doit y avoir une méthode plus rapide pour sa détermination ; en effet les angles non algébrisés <math>\;\widehat{SCI(\omega)}\;</math> et <math>\;\widehat{CI(\omega)F_i(\omega)}\;</math> étant égaux <math>\;\big(</math>à <math>\;|\omega|\big)</math>, le triangle <math>\;F_i(\omega)CI(\omega)\;</math> est isocèle <math>\Rightarrow</math> la hauteur issue de <math>\;F_i(\omega)\;</math> est aussi médiatrice d'où, en notant <math>\;K(\omega)\;</math> son pied, <math>\;CK(\omega) = \dfrac{CI(\omega)}{2} = \dfrac{R}{2}\;</math> et <math>\;\dfrac{CK(\omega)}{\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow}} = \cos(\omega) \Rightarrow \overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{CK(\omega)}{\cos(\omega)} =</math> <math>\dfrac{R}{2\; \cos(\omega)}\;</math> ce qui est indéniablement plus rapide.</ref> établissant que <math>\;F_i\;</math> dépend effectivement de <math>\;\omega\;</math> <br>et par suite que le miroir sphérique concave <ref name="indépendance de la nature" /> n'est pas stigmatique rigoureux pour le point à l'infini <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math> de l'axe optique principal <ref> La démonstration de l'absence de stigmatisme rigoureux d'un miroir sphérique concave pour n'importe quel point objet (autre que le centre et le sommet) de l'axe optique principal pourrait être faite en suivant une démarche analogue.</ref>.</center>}} === Aplanétisme approché d'un miroir sphérique sous conditions de Gauss === {{Al|5}}On considère le miroir sphérique concave introduit à la 1{{ère}} question et un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o \neq C\;</math> <ref name="support axe optique principal"> Ce qui signifie que l'axe optique principal a pour support <math>\;(A_oC)</math>.</ref> tel qu'il y ait stigmatisme approché du miroir pour tous les points <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> C.-à-d. que, pour un point quelconque <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o</math>, avec la définition de l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <math>\big(</math>cet axe jouant le rôle d'axe optique principal pour le point objet <math>\;M_o\;</math> est qualifié de secondaire relativement au point objet <math>\;A_o\big)</math>, les rayons incidents issus de <math>\;M_o\;</math> doivent être paraxiaux <math>\big[</math>peu inclinés relativement à l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> et à point d'incidence restant proche du sommet secondaire <math>\;S_{M_o}</math>, intersection de l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> avec le miroir<math>\big]</math>.</ref> ; <br>{{Al|5}}cette dernière condition entraîne que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> admet une image «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>nette<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» <math>\;A_iB_i\;</math> <ref name="Nette"> L'image est qualifiée de «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>nette<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» car tous les points objets <math>\;M_o\;</math> ont une image ponctuelle <math>\;M_i</math>.</ref> mais a priori cette image n'est <math>-</math> hors conditions de Gauss d'aplanétisme approché <math>-</math> ni «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>linéique<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» <ref name="Linéique"> Linéique signifiant «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>rectiligne<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>».</ref> ni «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>transverse<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>». {{Al|5}}Supposant que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> est, * quand l'objet n'est pas proche du miroir, vu du sommet <math>\;S\;</math> du miroir sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} S\big)\;</math> et * quand l'objet est proche du miroir, vu du centre <math>\;C\;</math> du miroir sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq S\big)</math>, {{Al|5}}ces deux conditions sont une première façon de définir les conditions de Gauss d'aplanétisme approché pour un objet linéique transverse quelconque <ref> C'est cette façon qui a été vue en cours, <math>\;S\;</math> étant en effet le point de l'axe optique principal appartenant à la face d'entrée du miroir.</ref>. {{Al|5}}Il existe une deuxième façon équivalente de définir les conditions de Gauss d'aplanétisme approché pour un objet linéique transverse quelconque <math>\;A_oB_o\;</math> <ref name="façon plus simple"> C'est cette façon que nous adopterons car elle conduit à une démonstration plus rapide de l'aplanétisme.</ref> : * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> n'est pas proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir, l'objet doit être vu du centre <math>\;C\;</math> sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)\;</math> et * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math>, l'objet doit être vu du sommet <math>\;S\;</math> du miroir sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq C\big)</math>. ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un miroir sphérique concave pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du miroir et vu de ce centre sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant d'abord supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\alpha</math>, sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, l'angle <math>\;\beta</math> sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, n'étant pas nécessairement petit, la démarche pour établir l'aplanétisme du miroir pour un tel objet est rendue plus aisée si on a établi auparavant la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Relation_de_conjugaison_de_position_.28ou_1.C3.A8re_relation_de_conjugaison.29_de_Descartes_.28avec_origine_au_centre.29|relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre)]] <ref name="méthode moins aisée"> Il est possible de se contenter de la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) mais la méthode est alors moins aisée.</ref> <center><math>\;\dfrac{1}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}} = -V\;</math> où <math>\;V\;</math> est la vergence précédemment introduite :</center> {{Al|5}}la démarche peut alors être décomposée en les étapes suivantes : * montrer qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * en utilisant la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre), montrer alors que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et vérifier que l'angle au centre associé est encore <math>\;\alpha</math>, * conclure qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'image <math>\;A_iB_i\;</math> peut être confondue avec un segment perpendiculaire à l'axe optique principal c.-à-d. qu'elle est linéique transverse <ref> Nous aurons donc établi qu'il y a aplanétisme approché du miroir sphérique pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du miroir à condition qu'il soit vu de ce centre sous un petit angle.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq}\; C\big)</math>, avec l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, * le caractère transverse de l'objet linéique <math>\Rightarrow</math> la longueur <math>\;[CB_o]\;</math> est plus grande que la longueur <math>\;[CA_o]\;</math> <ref name="définition des côtés triangle rectangle"> <math>\;[CB_o]\;</math> étant l'hypoténuse du triangle <math>\;A_oB_oC\;</math> rectangle en <math>\;A_o\;</math> et <math>\;[CA_o]\;</math> le côté adjacent à l'angle de mesure <math>\;\alpha</math>.</ref>, soit plus précisément <math>\;[CA_o] =</math> <math>[CB_o]\, \cos(\alpha) \simeq [CB_o] \left( 1 - \dfrac{\alpha^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\alpha\;</math> <ref name="DL du cosinus à l'ordre deux"> Revoir la remarque du paragraphe «<span style="color:#ffffff;"><small>.~</small></span>[[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable_au_voisinage_d'une_de_ses_valeurs#D.C3.A9veloppements_limit.C3.A9s_.C3.A0_l.27ordre_un_de_quelques_fonctions_usuelles|D.L. à l'ordre un de quelques fonctions usuelles]]<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» du chap.<math>14</math> de la leçon «<span style="color:#ffffff;"><small>.~</small></span>Outils mathématiques pour la physique (PCSI)<span style="color:#ffffff;"><small>.~</small></span>».</ref> ou finalement <math>\;[CA_o] \simeq [CB_o]\;</math> à l'ordre un en <math>\;\alpha\;</math> prouvant, qu'à cet ordre, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * tous les points objets <math>\;M_o\;</math> de l'arc de cercle <math>\;A_oB_o\;</math> de centre <math>\;C\;</math> ayant une abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <ref name="axe optique secondaire"> Cet axe optique secondaire relativement au point objet <math>\;A_o\;</math> est en fait un axe optique principal relativement au point objet <math>\;M_o</math>.</ref>, l'application de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au centre) donne donc des points images <math>\;M_i\;</math> à abscisse image de Descartes (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)</math>, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est assimilable, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, à un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math>, * l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'arc de cercle <math>\;A_iB_i\;</math> est vu du centre <math>\;C\;</math> étant petit, on peut faire l'opération inverse de celle faite au premier paragraphe, c.-à-d. assimiler l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> à un segment choisi perpendiculaire à l'axe optique principal de support <math>\,(CA_i)\,</math> <ref name="justification choix"> Il s'agit effectivement d'un choix car le segment aurait pu être choisi perpendiculaire à n'importe quel axe optique secondaire de support <math>\;(CM_i)</math>.</ref>, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, linéique transverse ; <center>nous avons donc établi l'<u>aplanétisme approché du miroir sphérique</u> (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <u>pour tout objet linéique de pied non proche du centre du miroir</u>.</center>}} ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un miroir sphérique concave pour un objet linéique transverse de pied proche du centre du miroir et vu du sommet de ce dernier sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> étant maintenant supposé proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\beta</math>, sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)</math> ; la démarche pour établir l'aplanétisme du miroir pour un tel objet nécessite l'utilisation de deux rayons paraxiaux issus de <math>\;M_o</math>, point objet quelconque de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> Le caractère paraxial étant indispensable pour satisfaire au stigmatisme approché du miroir pour le point objet <math>\;M_o</math>, tous les rayons non paraxiaux issus de <math>\;M_o\;</math> seront arrêtés par un diaphragme centré sur <math>\;S</math> ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>on vérifie aisément que les rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> sont deux candidats respectant la paraxialité, par contre le rayon incident <math>\;M_oC\;</math> pouvant ne pas l'être car <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math> <math>\big(</math>et si tel était le cas il serait alors arrêté par le diaphragme centré en <math>\;S\big)</math>, nous ne l'utiliserons pas.</ref> et de montrer que le point image <math>\;M_i</math>, défini comme l'intersection des deux rayons réfléchis, a pour projeté, sur l'axe optique principal, le point image <math>\;A_i</math> : * déterminer l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;p_i\;</math> en fonction de la distance focale image <math>\;f_i\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * déterminer la longueur algébrique <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> en fonction de <math>\;\beta\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * travaillant dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> <ref> L'axe <math>\;\overrightarrow{Sx}\;</math> étant porté par l'axe optique principal, orienté dans le sens incident et l'axe <math>\;\overrightarrow{Sy}\;</math> étant porté par la représentation symbolique du miroir orienté vers le haut, l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> étant lui aussi orienté vers le haut.</ref> déterminer l'équation des rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> <ref name="définition ε"> L'abscisse de <math>\;M_o\;</math> est évidemment celle de <math>\;B_o\;</math> et son ordonnée sera notée <math>\;\varepsilon \times\;</math> l'ordonnée de <math>\;B_o</math>, <math>\;\varepsilon\;</math> variant entre <math>\;0\;</math> et <math>\;1</math> ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>ici intervient une 1{{ère}} condition de Gauss d'aplanétisme approché <math>\;\beta \ll 1\;</math> qui assure que le point <math>\;M_o\;</math> est suffisamment proche de l'axe optique principal pour que deux rayons incidents judicieusement choisis travaillent dans les conditions de stigmatisme approché.</ref>, * travaillant dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> <ref> L'axe <math>\;\overrightarrow{Sx'}\;</math> étant porté par l'axe optique principal, orienté dans le sens réfléchi <math>\;\big(</math>donc de sens contraire à celui de l'axe <math>\;\overrightarrow{Sx}\big)\;</math> et l'axe <math>\;\overrightarrow{Sy}\;</math> étant le même que précédemment à savoir porté par la représentation symbolique du miroir et orienté vers le haut.</ref> déterminer les équations des rayons réfléchis, puis leur intersection <math>\;M_i\;</math> ; * vérifier que l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal est égale à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, puis conclure à l'aplanétisme approché du miroir sphérique pour l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied proche du centre du miroir. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - aplanétisme.jpg|thumb|Schéma positionnant un objet linéique transverse de pied proche du centre d'un miroir sphérique concave pour démontrer l'aplanétisme approché du miroir pour cet objet]] {{Al|5}}Soit <math>\;A_oB_o\;</math> un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o</math>, proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir sphérique concave <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, vu du sommet <math>\;S\;</math> de ce dernier sous un angle <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)\;</math> correspondant à la condition de Gauss d'aplanétisme approché précitée ; # on détermine d'abord <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}</math>, l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, image du point objet <math>\;A_o\;</math> d'abscisse objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}</math>, par utilisation de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes du miroir sphérique (avec origine au sommet) de vergence <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}</math>, <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> étant la distance focale image du miroir d'où : <center><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i} \Rightarrow \dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{p_o} + \dfrac{1}{f_i} = \dfrac{f_i + p_o}{p_o\, f_i}\;</math> soit finalement <math>\;p_i = p_o\, \dfrac{f_i}{p_o + f_i}</math>.</center> # <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> <math>\;> 0\;</math> avec <math>\;\beta\;</math> non algébrisé <math>\;\ll 1</math>, on en déduit <math>\;\tan(\beta) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{p_o}\;</math> avec <math>\;\tan(\beta) \simeq \beta\;</math> d'où <center><math>\;\overline{A_oB_o} \simeq -\beta\; p_o</math> ;</center> # dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})</math>, le rayon incident <math>\;M_oS\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = \varepsilon\, \overline{A_oB_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_S}{x_{M_o} - x_S} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o} = -\varepsilon\, \beta\;</math> a pour équation <math>\;y - y_S = -\varepsilon\, \beta \left( x - x_S \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = -\varepsilon\, \beta\, x\;</math> <ref name="vérification signes"> On vérifie sur le schéma que, lorsque <math>\;x\;</math> est <math>\;< 0</math>, <math>\;y\;</math> est <math>\;> 0</math>.</ref>,</center><span style="color:#ffffff;"><small></small>dans le repère orthonormé <math>\;\color{white}{(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, </span>le rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> et passant par le foyer principal objet du miroir sphérique <math>\;F_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{F_o} = f_o = -f_i\, , \, y_{F_o} = 0)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_{F_o}}{x_{M_o} - x_{F_o}} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i}\;</math> a pour équation <math>\;y - y_{F_o} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i} \left( x - x_{F_o} \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i} \left( x + f_i \right)</math> ;</center> # dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> le rayon réfléchi sur le miroir du rayon incident <math>\;M_oS\;</math> étant de direction symétrique de celle de ce dernier relativement à l'axe optique principal est de même pente <math>\;-\varepsilon\, \beta\;</math> <ref> En effet le rayon réfléchi a une pente opposée à celle du rayon incident dans le repère <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> mais, quand on passe dans le repère <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> correspondant à une inversion du sens de l'axe des abscisses sans que celui de l'axe des ordonnées ne soit changé, la pente doit être multipliée par un facteur <math>\;(-1)\;</math> d'où le rayon réfléchi a une pente identique à celle du rayon incident (la raison étant que les pentes sont définies dans deux repères différents).</ref> d'où l'équation du rayon réfléchi correspondant au rayon incident <math>\;M_oS\;</math> <center><math>\;y = -\varepsilon\, \beta\, x'\;</math> <ref name="vérification signes bis"> On vérifie bien sur le schéma que, lorsque <math>\;x\;</math> est <math>\;> 0</math>, <math>\;y\;</math> est <math>\;< 0</math>.</ref>,</center><span style="color:#ffffff;"><small></small>dans le repère orthonormé <math>\;\color{white}{(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, </span>le rayon réfléchi sur le miroir du rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> étant, à partir du point d'incidence <math>\;I\;</math> sur le miroir, <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, son équation nécessite de déterminer au préalable l'ordonnée de <math>\;I\;</math> par <math>\;x_{I} = 0\;</math> dans l'équation du rayon incident soit <math>\;y(I) = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i} \left[ x(I) + f_i \right] = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o\, f_i}{p_o + f_i}\;</math> d'où l'équation du rayon réfléchi correspondant au rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o\, f_i}{p_o + f_i}</math> ;</center> {{Al|5}}l'intersection <math>\;M_i\;</math> de ces deux rayons réfléchis a pour abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o\, f_i}{p_o + f_i} = -\varepsilon\, \beta\, {x'}_{M_i}\;</math> soit <center><math>\;{x'}_{M_i} = \dfrac{p_o\, f_i}{p_o + f_i}\;</math> identique à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du point image <math>\;A_i</math> ;</center> # l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal étant égale à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, on conclut à l'<u>aplanétisme approché du miroir sphérique</u> (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <u>pour tout objet linéique</u> <math>\;A_oB_o\;</math> <u>de pied proche du centre du miroir</u>.}} ==== Relation de conjugaison (approchée) de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) ==== [[File:Miroir sphérique - symbole.jpg|thumb|Représentation symbolique (sans les foyers) d'un miroir sphérique concave et d'un miroir sphérique convexe]] {{Al|5}}Dès lors qu'un miroir sphérique est utilisée sous conditions de Gauss de stigmatisme et d'aplanétisme approchés, l'usage est de représenter ce miroir sous une forme symbolique dans laquelle figurent l'axe optique principal, le centre <math>\;C</math>, les foyers principaux objet <math>\;F_o\;</math> et image <math>\;F_i</math>, le sommet <math>\;S\;</math> et la partie de miroir perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal <ref> Cette partie de miroir perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal est terminée par des bords inclinés vers <math>\;C</math>, ainsi un miroir concave à centre <math>\;C\;</math> réel a des bords inclinés vers la gauche (c.-à-d. vers l'espace objet réel) et un miroir convexe à centre <math>\;C\;</math> virtuel a des bords inclinés vers la droite (c.-à-d. vers l'espace objet virtuel).</ref>, partie de miroir sur laquelle est rappelée l'algébrisation physique de l'axe optique principal <center>voir ci-contre à gauche pour un miroir concave et à droite pour un miroir convexe <ref name="Foyers à ajouter"> La position des foyers principaux seraient à ajouter une fois que vous les aurez déterminés.</ref>.</center> [[File:Miroir sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes avec origine en S pour un miroir sphérique concave]] {{Al|5}}Sur le schéma ci-contre on a construit l'image linéique transverse <math>\;A_iB_i\;</math> d'un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> <math>\;\neq S\;</math> et <math>\;\neq C\;</math> en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, l'un passant que le centre <math>\;C\;</math> du miroir et qui se réfléchit sur lui-même <ref> En effet le rayon réfléchi doit être issu du point d'incidence <math>\;I\;</math> du rayon incident et passer par l'image de <math>\;C\;</math> par le miroir c.-à-d. <math>\;C\;</math> lui-même.</ref>, l'autre passant par le sommet <math>\;S\;</math> du miroir et qui se réfléchit en obéissant à la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes <ref> Attention le sommet <math>\;S\;</math> du miroir est le seul point d'incidence en lequel on peut appliquer la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes en travaillant sur la représentation symbolique du miroir car c'est le seul point pour lequel la direction de cette représentation symbolique se confond avec la direction réelle du miroir <math>\big(</math>autrement dit c'est le seul point où la normale réelle est perpendiculaire à la représentation symbolique, par exemple le rayon incident <math>\;B_oC\;</math> qui se confond avec la normale réelle du miroir en <math>\;I\;</math> n'est pas perpendiculaire à la représentation symbolique du miroir en <math>\;I\big)</math>.</ref>, le point d'intersection de ces deux rayons réfléchis étant le point de convergence <math>\;B_i\;</math> de tous les rayons réfléchis correspondant à tous les rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> sous conditions de Gauss <ref> Car le miroir est stigmatique approché pour <math>\;B_o</math>.</ref> et <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal <ref> Car le miroir est aplanétique approché pour <math>\;A_oB_o</math>.</ref>. {{Al|5}}En comparant les triangles rectangles <math>\;A_iB_iS\;</math> et <math>\;A_oB_oS</math>, déterminer le grandissement transverse par le miroir de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\\ p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow} \end{array}\right\rbrace</math> ; <center>cette relation définit la relation de conjugaison (approchée) de grandissement transverse [ou 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée)] de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour tout objet linéique transverse de pied <math>\;A_o \neq S\;</math> <ref name="forme indéterminée"> Elle ne peut évidemment pas s'appliquer sous la forme indiquée pour <math>\;A_o = S\;</math> car elle correspondrait à une forme indéterminée, <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>mais on vérifie, dans le paragraphe suivant, qu'elle s'applique sous cette forme pour <math>\;A_o = C</math>.</ref> <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille" />, elle caractérise quantitativement la propriété d'aplanétisme approché du miroir sphérique pour l'objet linéique transverse de pied <math>\;A_o\;</math> <ref> Bien que démontrée sur un miroir sphérique concave elle reste applicable à un miroir sphérique convexe.</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfléchis correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;C\;</math> qui se réfléchit sur lui-même et le 2{{ème}} de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfléchit en <math>\;S\;</math> suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal <ref> Il est déconseillé de choisir ce rayon dans les constructions futures demandées car peu pratique <math>\;\big(</math>l'angle <math>\;i\;</math> devant être mesuré et reporté symétriquement par rapport à l'axe optique principal<math>\big)</math> ; ici nous l'utilisons dans la démonstration d'où ce choix.</ref>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(i)\;</math> et <math>\;\tan(-i)\;</math> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oS\;</math> et <math>\;A_iB_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(i) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;i\;</math> étant <math>\;< 0</math>, <math>\;\overline{A_oB_o} > 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> <ref> On suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oS\;</math> puisse être défini.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;i \simeq \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}</math>, * <math>\;\tan(-i) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;(-i)\;</math> étant <math>\;> 0</math>, <math>\;\overline{A_iB_i} < 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> <ref> Ayant suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> et <math>\;S\;</math> étant un point double on en déduit <math>\;A_i \neq S\;</math> ce qui définit le triangle <math>\;A_iB_iS</math>.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;-i \simeq -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}</math> ; {{Al|5}}égalant les deux expressions de <math>\;i</math>, on en déduit : <math>\;\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}} \simeq \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} \simeq \dfrac{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math> d'où <center>la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes (avec origine au sommet)</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq S\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\\ p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;p_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;p_i = f_i\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;p_o = f_o\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = C\;</math> <ref> Le miroir sphérique n'est stigmatique rigoureux que pour le pied <math>\;C\;</math> de l'objet linéique, pour tous les autres points objets constituant ce dernier on suppose le stigmatisme approché du miroir c.-à-d. l'utilisation de rayons incidents issus de <math>\;M_o\; (\neq C)\; \in A_oB_o\;</math> paraxiaux <math>\big(</math>ce qui peut être réalisé en pratique avec un diaphragme centré en <math>\;S\;</math> collé contre le miroir<math>\big)</math>.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du miroir pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> sous lequel l'objet est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\;\big(\beta \ll 1\big)</math>, * vérifier, par construction de l'image <math>\;A_iB_i</math>, qu'elle est symétrique de <math>\;A_oB_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal et * comparer au résultat donné par l'application de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = C</math>. {{Al|5}}Considérant maintenant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = S\;</math> <ref> L'objet, collé contre le miroir sphérique, de pied <math>\;A_o = S</math>, l'axe optique principal ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, ne peut être rigoureusement linéique (c.-à-d. rectiligne) car il suit la courbure du miroir mais, s'il est vu de <math>\;C\;</math> sous un petit angle non algébrisé <math>\;\alpha</math>, on peut confondre l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et le segment correspondant lui étant tangent à l'ordre un <math>\;\alpha</math>, raison pour laquelle l'objet est qualifié de «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>linéique transverse<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>le miroir sphérique est stigmatique rigoureux que pour les points de l'objet linéique car tous ces points, étant sur le miroir, jouent le rôle de sommet (secondaire) pour lequel le miroir est stigmatique rigoureux.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du miroir pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'objet est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(\alpha \ll 1\big)\;</math> <ref> Qui est aussi la condition pour que l'objet collé sur le miroir puisse être considéré comme linéique.</ref>, * vérifier que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> se superpose à <math>\;A_oB_o</math>, le caractère linéique transverse de l'objet entraînant celui de l'image et * en déduire la valeur du grandissement transverse <math>\;G_t(S)\;</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = S</math>. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - grandissement transverse au centre.jpg|thumb|Construction de l'image d'un objet linéique transverse de pied au centre d'un miroir sphérique concave]] {{Al|5}}Le centre <math>\;C\;</math> du miroir sphérique concave ci-contre en étant un point double conjugué rigoureux, un objet linéique transverse <math>\;CB_o\;</math> a pour image, par le miroir, une image linéique transverse de pied <math>\;C</math>, notée <math>\;CB_i</math> ; pour obtenir cette dernière il suffit de choisir pour rayon incident issu de <math>\;B_o</math>, le rayon passant par le sommet <math>\;S\;</math> qui se réfléchit suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal et recoupe le plan transverse passant par <math>\;C\;</math> au point <math>\;B_i</math>, symétrique de <math>\;B_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal <center>d'où <math>\;\overline{CB_i} = -\overline{CB_o}\;</math> et par suite <math>\;G_t(C) = -1</math> ;</center> {{Al|5}}l'application de la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au sommet) nous conduit à <math>\;G_t(C) =</math> <math>\dfrac{\overline{SC}_{\leftarrow}}{\overline{SC}_{\rightarrow}}</math>, soit, avec <math>\;\overline{SC}_{\leftarrow} = -\overline{SC}_{\rightarrow}</math>, on retrouve effectivement <math>\;G_t(C) = -1\;</math> <ref> Le centre est le seul point de l'espace objet d'un miroir sphérique en lequel un objet linéique transverse positionné en ce point admet une image linéique transverse inversée de même taille.</ref>. {{clr}} {{Al|5}}Tous les points du miroir sphérique étant des points doubles de ce dernier <ref> Chaque point du miroir jouant le rôle de sommet pour l'axe optique principal passant par ce point, c'est effectivement un point double.</ref>, un objet collé sur le miroir est donc sa propre image ; dans la mesure où l'objet est de petite taille, on peut négliger sa courbure et le considérer comme linéique transverse, son image étant alors également linéique transverse ; comme <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SA_o}\;</math> on en déduit, par définition, <math>\;G_t(S) = +1\;</math> <ref> Le sommet (et plus généralement tout point de la surface réfléchissante sphérique) est le seul point de l'espace objet d'un miroir sphérique en lequel un objet linéique transverse positionné en ce point admet une image linéique transverse droite de même taille.</ref>.}} ==== Construction de l'image par un miroir sphérique d'un objet linéique transverse ==== {{Al|5}}<u>Définitions préliminaires</u> : On appelle plan focal objet le plan transverse passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}plan focal image le plan transverse passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math> ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle axe optique secondaire tout axe passant par le centre <math>\;C</math> du miroir, il possède une partie incidence contenue dans l'espace objet réel se réfléchissant sur elle-même pour donner sa partie émergente contenue dans l'espace image réelle ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal objet et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}foyer secondaire image <math>\;\varphi_i\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal image. {{Al|5}}<u>Propriétés</u> : Justifier les propriétés des foyers secondaires objet et image associés à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : # le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour image le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)\big]</math>, # le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour antécédent le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}<u>Propriétés des foyers secondaires associés à un axe optique secondaire</u> : # foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet linéique transverse contenu dans le plan focal objet et de pied <math>\;F_o</math>, objet noté <math>\;F_o\varphi_o(\delta)</math>, <math>\;F_o\;</math> ayant pour image le point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et l'image étant linéique transverse, le point <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> a une image également située à l'infini sur la partie réfléchie de l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon incident issu de <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> se réfléchit sur lui-même, les parties incidente et réfléchie constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)</math>,</center> # foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet dont l'image associée est contenue dans le plan focal image et de pied <math>\;F_i</math>, image notée <math>\;F_i\varphi_i(\delta)</math>, <math>\;F_i\;</math> ayant pour antécédent le point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et le miroir étant aplanétique, le point <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> a un antécédent également situé à l'infini sur la partie incidente de l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon réfléchi issu de <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> s'est réfléchi sur lui-même, les parties incidente et réfléchie constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement<math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)</math>.</center>}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> réel, de pied <math>\;A_o\;</math> séparé du sommet <math>\;S\;</math> d'un miroir sphérique concave d'une distance supérieure au rayon non algébrisé du miroir, construire son image <math>\;A_iB_i\;</math> par le miroir de deux façons différentes : # en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> <math>\big[</math>choisis parmi les trois suivants : passant par <math>\;C</math>, passant par <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<math>\big]</math>, # en considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> <ref name="un seul rayon incident suffit"> Un seul rayon incident suffit car <math>\;A_o\;</math> appartenant à l'axe optique principal son image est sur cet axe.</ref> <math>\big[</math>choisi parmi les deux suivants : passant par <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\big]</math>. {{Al|5}}Refaire les constructions précédentes avec un miroir convexe. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - construction image.jpg|thumb|Construction de l'image par un miroir sphérique concave d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal]] # En considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> choisis parmi les trois suivants (voir schéma ci-contre) : <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span><math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;C\;</math> et se réfléchissant sur lui-même, <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span><math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;F_o\;</math> foyer principal objet et se réfléchissant parallèlement à l'axe optique principal, <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span><math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal et se réfléchissant en passant par le foyer principal image <math>\;F_i\;</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span><math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;B_i\;</math> étant à l'intersection des deux rayons réfléchis correspondant aux deux rayons incidents choisis, <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal. {{clr}} [[File:Miroir sphérique concave - construction image - bis.jpg|thumb|Construction de l'image par un miroir sphérique concave d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire]] # En considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> choisis parmi les deux suivants (voir schéma ci-contre) : <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span><math>\;\succ\;</math>passant par un foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection du rayon incident et du plan focal objet<math>\big]\;</math> et se réfléchissant parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> <math>\big[</math>c.-à-d., pour la partie incidente <math>\;C\varphi_o(\delta)</math>, la partie réfléchie se superposant à la partie incidente mais orientée en sens contraire<math>\big]</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span><math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à un axe optique secondaire a priori quelconque <math>\;(\delta)\;</math> et se réfléchissant en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection de l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> et du plan focal image<math>\big]</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span><math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;A_i\;</math> étant à l'intersection d'un des rayons réfléchis correspondant au rayon incident choisi et de l'axe optique principal, <math>\;B_i\;</math> s'obtenant comme intersection de l'axe optique secondaire passant par <math>\;B_o\;</math> et du plan transverse passant par <math>\;A_i</math>. {{clr}} {{Al|5}}Ci-dessous les constructions refaites sur un miroir sphérique convexe, en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> à gauche, en utilisant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> et la notion de foyers secondaires objet ou image à droite : <center> <gallery> Miroir sphérique convexe - construction image.jpg|Construction de l'image par un miroir sphérique convexe d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal Miroir sphérique convexe - construction image - bis.jpg|Construction de l'image par un miroir sphérique convexe d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire </gallery> </center>}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) sous conditions de Gauss === ==== Relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}On repère maintenant les points objet <math>\;A_o\;</math> et image <math>\;A_i\;</math> relativement au centre <math>\;C\;</math> du miroir sphérique en définissant * l'abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\;</math> et * l'abscisse image de Descartes (avec origine au centre) de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}</math> ; {{Al|5}}à partir de la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) s'écrit <center><math>\;\dfrac{1}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}} = -V\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C"> Cette relation est applicable à tout objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o \neq C</math>, le cas <math>\;A_o = C\;</math> conduisant à une forme indéterminée.</ref> ou <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = -V\;</math> avec <math>\;V\;</math> vergence du miroir.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Descartes (origine au centre) utilisent <math>\;C\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> ou un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} = \overline{SC}_{\rightarrow} + \overline{CA_o}_{\rightarrow}\;</math> ou <math>\;p_o = \overline{R} + \pi_o\;</math> et * l'abscisse image de Descartes (avec origine au centre) du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} = \overline{SC}_{\leftarrow} + \overline{CA_i}_{\leftarrow}\;</math> ou <math>\;p_i = -\overline{R} + \pi_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au centre) en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes précédemment définis, dans la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{-2}{\overline{R}}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{1}{\pi_i - \overline{R}} - \dfrac{1}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> ou <math>\;\dfrac{(\pi_o + \overline{R}) - (\pi_i - \overline{R})}{(\pi_i - \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R})} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens"> Quand on a l'égalité entre deux fractions <math>\;\dfrac{a}{b} = \dfrac{c}{d}\;</math> les grandeurs <math>\;(a\, ,\, d)\;</math> sont appelées «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>extrêmes<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» et <math>\;(b\, ,\, c)\;</math> «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>moyens<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>», l'égalité des deux fractions étant équivalente à <math>\;a \; d = b \; c\;</math> c.-à-d. à l'égalité du produit des extrêmes et celui des moyens (on parle encore de l'égalité des produits en croix).</ref> <math>\;-2\, (\pi_i - \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R}) = (\pi_o - \pi_i + 2\, \overline{R})\, \overline{R}\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;-2\, \pi_o\, \pi_i + 2\, \overline{R}\, \pi_o - 2\, \overline{R}\, \pi_i + 2\, \overline{R}^2 =</math> <math>\pi_o\, \overline{R} - \pi_i\, \overline{R} + 2\, \overline{R}^2\;</math> soit, après simplification <math>\;-2\, \pi_o\, \pi_i + \overline{R}\, \pi_o - \overline{R}\, \pi_i = 0\;</math> ou <math>\;\overline{R}\, \pi_o - \overline{R}\, \pi_i = 2\, \pi_o\, \pi_i\;</math> et enfin, en divisant les deux membres de l'équation par <math>\;\pi_o\, \pi_i\, \overline{R}\;</math> <ref name="C.N."> Cela nécessite que <math>\;\pi_o \neq 0\;</math> et <math>\;\pi_i \neq 0\;</math> c.-à-d. <math>\;A_o \neq C</math>.</ref> <math>\;\big(</math>la raison en étant que l'on cherche à établir une équation faisant intervenir des inverses de longueur à partir d'une équation comportant des produits de deux longueurs<math>\big)\;</math> <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = \dfrac{2}{\overline{R}}</math> ; la <u>1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = -V\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du miroir ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>bien que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS}_{\rightarrow} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS}_{\leftarrow} = \overline{R}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = \dfrac{2}{\overline{R}} = -V</math>.</ref> avec <math>\;V = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> vergence du miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\\ \pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}\end{array} \right\rbrace</math>.</center> }} [[File:Miroir sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes avec origine en C pour un miroir sphérique concave]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C" />. {{Al|5}}En utilisant le schéma ci-contre vérifier directement cette relation. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet"> Applicable en tout point <math>\;A_o \neq S</math>.</ref> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \pi_o + \overline{R} \\ p_i = \pi_i - \overline{R} \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\pi_i - \overline{R}}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}\left( \dfrac{1}{\overline{R}} - \dfrac{1}{\pi_i} \right)}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}} \left( \dfrac{1}{\overline{R}} + \dfrac{1}{\pi_o} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître des inverses de longueur comme celles de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = \dfrac{2}{\overline{R}} \Leftrightarrow \dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\overline{R}} = \dfrac{1}{\pi_o} + \dfrac{1}{\overline{R}}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}}}</math> ; la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du miroir ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS}_{\rightarrow} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS}_{\leftarrow} = \overline{R}\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = -(-1) = +1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature" /> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\\ \pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}\end{array} \right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfléchis correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;C\;</math> qui se réfléchit sur lui-même et le 2{{ème}} de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfléchit en <math>\;S\;</math> suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés"> Les angles précités étant non algébrisés.</ref> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oC\;</math> et <math>\;A_iB_iC\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o}) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> <ref name="hors centre"> On suppose <math>\;A_o \neq C\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oC\;</math> puisse être défini.</ref>, * <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i}) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_i}_{\leftarrow} < 0\;</math> <ref name="hors centre bis"> Ayant suppose <math>\;A_o \neq C\;</math> et <math>\;C\;</math> étant un point double on en déduit <math>\;A_i \neq C\;</math> ce qui définit le triangle <math>\;A_iB_iC</math>.</ref> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}} = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}}\;</math> d'où <center>la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes (avec origine au centre)</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq C\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\\ \pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\pi_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\pi_i = f_i + \overline{R}\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\pi_o = f_o - \overline{R}\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Newton sous conditions de Gauss === {{Al|5}}On repère maintenant le point objet <math>\;A_o\;</math> relativement au foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> du miroir sphérique et le point image <math>\;A_i\;</math> relativement au foyer principal image <math>\;F_i\;</math> du même miroir sphérique en définissant * l'abscisse objet de Newton de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\;</math> et * l'abscisse image de Newton de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}</math>. ==== Relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Newton s'écrit <center><math>\; \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\; \overline{F_oA_o}_{\rightarrow} = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\; \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Newton"> Applicable pour tout point objet <math>\;A_o \neq F_o</math> et <math>\;A_o \neq A_{o,\,\infty}</math>, ces cas conduisant à une forme indéterminée.</ref> ou <math>\;\sigma_i \; \sigma_o = f_i\; f_o\;</math> <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille"/> avec <math>\;f_i\;</math> et <math>\;f_o\;</math> distances focales image et objet du miroir.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Newton utilisent <math>\;F_o\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> comme origine pour repérer un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Newton du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o =</math> <math>\overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} = \overline{SF_o}_{\rightarrow} + \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\;</math> ou <math>\;p_o = f_o + \sigma_o = -f_i + \sigma_o\;</math> et * l'abscisse image de Newton du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i =</math> <math>\overline{SA_i}_{\leftarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} = \overline{SF_i}_{\leftarrow} + \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\;</math> ou <math>\;p_i = f_i + \sigma_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Newton en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes précédemment définis, dans la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{1}{\sigma_i + f_i} - \dfrac{1}{\sigma_o - f_i} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> ou <math>\;\dfrac{(\sigma_o - f_i) - (\sigma_i + f_i)}{(\sigma_i + f_i)\, (\sigma_o - f_i)} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens" /> <math>\;(\sigma_i + f_i)\, (\sigma_o - f_i)</math> <math>= (\sigma_o - \sigma_i - 2\, f_i)\, f_i\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;\sigma_o\, \sigma_i + f_i\, \sigma_o - f_i\, \sigma_i - f_i^2 =</math> <math>\sigma_o\, f_i - \sigma_i\, f_i - 2\, f_i^2\;</math> soit, après simplification <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = -f_i^2\;</math> et enfin, sachant que <math>\;f_o = -f_i\;</math> <ref> On remplacera une seule fois <math>\;f_i\;</math> par <math>\;-f_o\;</math> pour obtenir une forme symétrique de la relation.</ref>, <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> ; la <u>1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center> <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le foyer principal objet du miroir <math>\;\big(</math> en effet si <math>\;A_o\;</math> est en <math>\;F_o</math>, l'image <math>\;A_i\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal et on obtient une forme indéterminée avec <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> valant <math>\;\infty\big)</math> ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>bien que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS}_{\rightarrow} = -f_o\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS}_{\leftarrow} = -f_i\;</math> d'où <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i</math>.</ref> avec <math>\;f_i = -f_o = -\dfrac{\overline{R}}{2}\;</math> distance focale image du miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\\ \sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\end{array} \right\rbrace</math>.</center>}} [[File:Miroir sphérique - grandissement transverse Newton.jpg|thumb|Schéma de démonstration des deux formes de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton pour un miroir sphérique concave]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Newton <ref name="deux formes de grandissement transverse de Newton"> Cette relation a deux formes possibles suivant qu'elle est exprimée en fonction de l'abscisse objet de Newton et de la distance focale objet ou en fonction de l'abscisse image de Newton et de la distance focale image.</ref> <ref name="Applicabilité relation de Newton" />. {{Al|5}}En utilisant le schéma ci-contre vérifier directement les deux formes de cette relation. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet" /> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \sigma_o - f_i \\ p_i = \sigma_i + f_i \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\sigma_i + f_i}{\sigma_o - f_i} = \dfrac{\sigma_i \left( 1 + \dfrac{f_i}{\sigma_i} \right)}{(-f_i) \left( 1 - \dfrac{\sigma_o}{f_i} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître, au numérateur et au dénominateur, deux grandeurs égales découlant de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_i\, f_o = -f_i^2 \Leftrightarrow \dfrac{\sigma_i}{f_i} = -\dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> ou encore <math>\;1 + \dfrac{\sigma_i}{f_i} = 1 - \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{\sigma_i}{f_o}</math> ; la 1{{ère}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{\sigma_i}{f_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton"> Applicable en tout point objet ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que cette forme de relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS}_{\rightarrow} = -f_o\;</math> <math>\;\big(</math>resp. <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS}_{\leftarrow} = -f_i\big)\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = +1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature" /> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}</math>.</center> {{Al|5}}comme la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton s'écrivant <math>\;\sigma_i\, \sigma_o = f_i\, f_o\;</math> est équivalente à <math>\;\dfrac{\sigma_i}{f_o} = \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> on en déduit aisément la 2{{ème}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o} = \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton" /> <ref name="indépendance de la nature" /> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfléchis correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;F_o\;</math> qui se réfléchit parallèlement à l'axe optique principal et le 2{{ème}} parallèle à l'axe optique principal qui se réfléchit en passant par <math>\;F_i</math>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_iS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_iB_iF_i\;</math> et <math>\;KF_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{F_iA_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> <ref name="hors foyer bis" > On suppose <math>\;A_i \neq F_i\;</math> c.-à-d. que <math>\;A_o\;</math> n'est pas le point à l'infini de l'axe optique principal, pour que le triangle <math>\;A_iB_iF_i\;</math> puisse être défini.</ref>, * <math>\;\tan(\widehat{KF_iS}) = \dfrac{\overline{SK}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;\overline{SK}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SK} = \overline{A_oB_o}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{KF_iS}) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_iS})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}} = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}\;</math> d'où <center>une 1{{ère}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\sigma_i}{f_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq A_{o,\,\infty}\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}</math>.</center> {{Al|5}}de même le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_oS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oF_o\;</math> et <math>\;HF_oS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o}) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{F_oA_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> <ref name="hors foyer"> On suppose <math>\;A_o \neq F_o\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oF_o\;</math> puisse être défini.</ref>, * <math>\;\tan(\widehat{HF_oS}) = \dfrac{\overline{SH}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;\overline{SH}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SH} = \overline{A_iB_i}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{HF_oS}) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_oS})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}} = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}}\;</math> d'où <center>une 2{{ème}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq F_o\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\sigma_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\sigma_i = 0\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de Lagrange - Helmholtz sous conditions de Gauss === [[File:Miroir sphérique - grandissement angulaire.jpg|thumb|Schéma de détermination du grandissement angulaire en repérage de Descartes (avec origine en S) pour un miroir sphérique concave]] ==== Expression de Descartes (avec origine au sommet) du grandissement angulaire d'un pinceau incident issu d'un point objet ==== {{Al|5}}On rappelle que le grandissement angulaire d'un pinceau lumineux incident issu d'un point objet <math>\;A_o\;</math>, de direction faisant un angle <math>\;\theta_o\;</math> avec la partie incidente de l'axe optique principal, le pinceau se réfléchissant sur le miroir en convergeant vers le point image <math>\;A_i\;</math>, avec une direction faisant un angle <math>\;\theta_i\;</math> avec la partie réfléchie de l'axe optique principal, est défini selon <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> <ref name="Angles petits"> Les angles <math>\;\theta_o\;</math> et <math>\;\theta_i\;</math> sont de valeur absolue petite c.-à-d. <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>.</ref> ; {{Al|5}}en utilisant le schéma ci-contre, établir l'expression du grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes (avec origine au sommet), respectivement <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> et <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}\;</math> <ref> L'expression du grandissement angulaire a été établie en utilisant un miroir sphérique concave mais elle reste applicable pour un miroir sphérique convexe.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}On détermine le grandissement angulaire par évaluation de <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> et <math>\;\tan(\theta_i)</math>, <math>\big(</math>tous deux <math>\;> 0\;</math> sur la figure ci-dessus<math>\big)</math> respectivement dans les triangles <math>\;A_oIS\;</math> et <math>\;A_iIS\;</math> <math>\big[</math>l'angle <math>\;\widehat{SA_iI}\;</math> étant égal à <math>\;\theta_i\big]</math> soit : * dans le triangle <math>\;A_oIS</math>, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} < 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_o| \ll 1</math>, <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}</math> ; * dans le triangle <math>\;A_iIS</math>, <math>\;\tan(\theta_i) = \dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} > 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_i) = \dfrac{\overline{SI}}{p_i}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>, <math>\;\theta_i \simeq \dfrac{\overline{SI}}{p_i}</math> ; {{Al|5}}on en déduit <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq \dfrac{\dfrac{\overline{SI}}{p_i}}{-\dfrac{\overline{SI}}{p_o}}\;</math> soit, en simplifiant par <math>\;\overline{SI}</math>, l'expression souhaitée du <center>grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq -\dfrac{p_o}{p_i}</math>.</center>}} ==== Établissement de la relation de Lagrange - Helmholtz ==== {{Al|5}}Á l'aide des relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) et de l'expression du grandissement angulaire dans le même repérage, vérifier la relation de Lagrange - Helmholtz <center> <math>\;G_t(A_o)\; G_a(A_o) = -1\;</math> <ref> Cette relation est différente de celle que l'on trouvera dans le chapitre suivant sur les lentilles minces, pour une lentille mince dans laquelle il n'y a aucune réflexion, la relation de Lagrange - Hemholtz sera <math>\;G_t(A_o)\; G_a(A_o) = +1</math>.</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Connaissant le grandissement transversal donné par la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) \simeq \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> et l'expression du grandissement angulaire précédemment trouvée <math>\;G_a(A_o) \simeq -\dfrac{p_o}{p_i}</math>, on en déduit le lien entre grandissements angulaire et transversal indépendant de la position du point objet <math>\;A_o</math>, <center><math>\;G_a(A_o)\; G_t(A_o) \simeq -\dfrac{p_o}{p_i}\; \dfrac{p_i}{p_o} = -1\;</math> ce qui constitue la relation de Lagrange - Helmholtz cherchée <ref> Il s'agit de la même relation de Lagrange - Helmholtz que celle explicitée pour un miroir plan mais contrairement à cette dernière dans laquelle les grandissements transverse et angulaire valent respectivement <math>\;+1\;</math> et <math>\;-1\;</math> quelle que soit la position du point objet <math>\;A_o</math>, dans un miroir sphérique les grandissements transverse et angulaire dépendent explicitement de la position de l'objet <math>\;A_o</math>, plus la valeur absolue du grandissement transverse est grande plus celle du grandissement angulaire est petite.</ref>.</center>}} == Stigmatisme et aplanétisme approchés d'un dioptre sphérique sous conditions de Gauss == {{Al|5}}Pour être défini, un dioptre sphérique nécessite la connaissance de : * sa nature «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>concave<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» ou «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>convexe<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>», * son centre <math>\;C\;</math> (centre de courbure de la surface sphérique dioptrique <ref> Si le dioptre est «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>concave<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>», <math>\;C\;</math> est réel, et si le dioptre est «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>convexe<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>», <math>\;C\;</math> est virtuel.</ref>), * son rayon de courbure (non algébrisé) <math>\;R\;</math> (rayon de courbure de la surface sphérique dioptrique), * l'axe optique principal dont la partie incidente (ou son prolongement) passe par <math>\;C\;</math> et le point objet <math>\;A_o\;</math> (point objet dont on étudiera l'image éventuelle), * son sommet <math>\;S\;</math> (intersection de l'axe optique principal et de la surface dioptrique) et * l'indice de l'espace objet réel <math>\;n_o\;</math> ainsi que celui de l'espace image réelle <math>\;n_i</math>. {{Al|5}}Nous adoptons l'algébrisation physique de l'axe optique principal <ref name="orientation axe opt. princ. dioptre"> Supposant l'axe optique principal horizontal, l'espace objet réel étant situé à gauche du dioptre, la partie incidente de l'axe optique principal est orientée dans le sens <math>\;\rightarrow</math> et l'espace image réelle étant alors situé à droite du dioptre, la partie émergente est orientée dans le même sens <math>\;\rightarrow</math> ; il est donc inutile de préciser en indice le sens de l'orientation de l'axe optique principal contrairement à ce qui doit être fait dans le cas d'un miroir sphérique.</ref> et, pour unifier l'étude des dioptres sphériques, algébrisons le rayon de courbure du dioptre selon <math>\;\overline{R} = \overline{SC}\;</math> <ref name="orientation axe opt. princ. dioptre" /> avec pour conséquence la nature «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>concave<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» ou «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>convexe<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» du dioptre caractérisé par le signe du rayon de courbure algébrisé : * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC} > 0</math>, <math>\;C\;</math> étant à droite de <math>\;S\;</math> est un point de l'espace objet virtuel, correspondant à un dioptre «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>convexe<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>», * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC} < 0</math>, <math>\;C\;</math> étant à gauche de <math>\;S\;</math> est un point de l'espace objet réel, correspondant à un dioptre «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>concave<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>». <center> <gallery> Dioptre sphérique concave verre - air.jpg|Justification du caractère convergent d'un dioptre sphérique concave faisant passer d'un milieu plus réfringent vers un milieu moins réfringent Dioptre sphérique concave air - verre.jpg|Justification du caractère divergent d'un dioptre sphérique concave faisant passer d'un milieu moins réfringent vers un milieu plus réfringent Dioptre sphérique convexe verre - air.jpg|Justification du caractère divergent d'un dioptre sphérique convexe faisant passer d'un milieu plus réfringent vers un milieu moins réfringent Dioptre sphérique convexe air - verre.jpg|Justification du caractère convergent d'un dioptre sphérique convexe faisant passer d'un milieu moins réfringent vers un milieu plus réfringent </gallery> Dans la suite nous supposerons le dioptre sphérique concave faisant passer d'un espace plus réfringent à un espace moins réfringent <ref> En précisant la modification des résultats pour un dioptre sphérique des trois autres types.</ref> et <br>admettrons qu'il n'y a pas stigmatisme rigoureux du dioptre sphérique pour tous les points objets autres que <math>\;C\;</math> et tous les points du dioptre <ref name="Définition sommet dioptre"> Si le point objet <math>\;A_o\;</math> est sur le dioptre, l'axe optique principal associé à ce point objet ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, <math>\;A_o\;</math> joue le rôle de sommet <math>\;S\;</math> du miroir ; ainsi, dans la mesure où l'axe optique principal n'a pas été préalablement défini, tout point du dioptre peut être considéré comme un sommet.</ref>.</center> === Démonstration du stigmatisme approché d'un dioptre sphérique concave convergent sous conditions de Gauss === [[File:Dioptre sphérique concave convergent - stigmatisme approché.jpg|thumb|Schéma d'un dioptre sphérique concave convergent dans le but d'établir le stigmatisme approché du dioptre pour tout point objet autre que C et S]] {{Al|5}}Considérant un point objet réel <math>\;A_o \neq C\;</math> et l'axe optique principal correspondant de support <math>\;(A_oC)\;</math> <ref> Dès lors que <math>\;A_o\;</math> est <math>\;\neq C</math>, l'axe optique principal est parfaitement défini ainsi que le sommet <math>\;S\;</math> qui est l'intersection de l'axe optique principal et du dioptre.</ref>, nous envisageons des rayons incidents issus de <math>\;A_o</math>, peu inclinés par rapport à l'axe optique principal, d'angle d'inclinaison <math>\;\theta_o\;</math> tel que <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et dont le point d'incidence <math>\;I\;</math> reste proche du sommet <math>\;S\;</math> c.-à-d. tel que l'angle que fait la normale au dioptre en <math>\;I\;</math> avec l'axe optique principal <math>\;\widehat{(\overrightarrow{CS}\, ;\, \vec{N})} = \omega\;</math> soit petit en valeur absolue <math>\;\big(|\omega| \ll 1\big)\;</math> <ref name="Paraxial" />. {{Al|5}}Le rayon incident <math>\;A_oI\;</math> donnant, par utilisation des lois de Snell - Descartes de la réfraction, le rayon émergent <math>\;IA_i\;</math> <math>\big(A_i \in</math> à l'axe optique principal<math>\big)</math>, appelons <math>\;\theta_i\;</math> l'angle d'inclinaison du rayon réfracté par rapport à l'axe optique principal ; nous nous proposons de démontrer que <math>\;A_i\;</math> est indépendant du rayon incident considéré <math>\big(</math>c.-à-d. indépendant de <math>\;\theta_o\;</math> et de <math>\;\omega\big)\;</math> dans la mesure où les conditions de Gauss de stigmatisme approché <math>\big(\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et <math>\;|\omega| \ll 1\big)\;</math> sont réalisées. ==== Établissement de la relation liant θ_o, θ_i, ω, n_o et n_i ==== # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIC\;</math> établir une première relation entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;i_o\;\big(</math>angle d'incidence du rayon incident en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIC\;</math> établir une deuxième relation entre <math>\;\theta_i</math>, <math>\;i_i\;\big(</math>angle de réfraction du rayon émergent en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en utilisant la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes de la réfraction sous conditions de Gauss et les deux relations précédentes, déduire la relation suivante entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;\theta_i</math>, <math>\;\omega</math>, <math>\;n_o\;</math> et <math>\;n_i\;</math> : <center> <math>\;\omega = \dfrac{n_o\; \theta_o - n_i\; \theta_i}{n_o - n_i}\;\;(\mathfrak{a})\;</math>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Dans le triangle <math>\;A_oIC</math>, <math>\;\omega = \theta_o + (-i_o)\;</math> <ref name="relation dans un triangle" /> <ref> On remarque, sur le schéma, que <math>\;\omega\;</math> et <math>\;\theta_o\;</math> sont positifs mais <math>\;i_o\;</math> étant négatif, sa valeur absolue s'écrit <math>\;(-i_o)</math>.</ref> et <br>{{Al|5}}dans le triangle <math>\;A_iIC</math>, <math>\;-i_i = \omega - \theta_i\;</math> <ref name="relation dans un triangle" /> <ref> On remarque, sur le schéma, que <math>\;\omega\;</math> est positif mais <math>\;i_i\;</math> et et <math>\;\theta_i\;</math> étant négatifs, leur valeur absolue s'écrit <math>\;(-i_i)\;</math> et <math>\;(-\theta_i)</math>.</ref> ou, <br>{{Al|5}}en utilisation la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes pour la réfraction et, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle d'incidence (et donc aussi de l'angle de réfraction en valeur absolue) <math>\;n_o\, i_0 = n_i\, i_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;i_i = \dfrac{n_o}{n_i}\, i_o</math>, la relation ci-dessus se réécrit <math>\; -\dfrac{n_o}{n_i}\, i_o = \omega - \theta_i</math> ; <br>{{Al|5}}on élimine alors <math>\;i_o\;</math> entre ces deux relations en formant la C.L. <math>\;\dfrac{n_o}{n_i}\; (\mathfrak{1}) + (\mathfrak{2})\;</math> soit : <math>\;\dfrac{n_o}{n_i}\; \omega = \dfrac{n_o}{n_i}\; \theta_o + \omega - \theta_i\;</math> ou <math>\;n_o\,\omega = n_o\, \theta_o + n_i\, \omega - n_i\, \theta_i\;</math> soit enfin, la relation <math>\;(\mathfrak{a}) \qquad \omega = \dfrac{n_o\, \theta_o - n_i\, \theta_i}{n_o - n_i}</math>.}} ==== Évaluation des angles θ_o, θ_i et ω en fonction des abscisses de A_o, A_i et C repérées relativement à H ==== {{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> et des conditions de Gauss de stigmatisme approché, montrer que le rayon réfracté est aussi peu incliné relativement à l'axe optique principal c.-à-d. <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>. # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_o}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\theta_o</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\theta_i)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_i}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\theta_i</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\omega)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HC}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\omega</math>, # déduire des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math>, un lien entre <math>\;\overline{HA_o}</math>, <math>\;\overline{HA_i}\;</math> et <math>\;\overline{HC}\;</math> <math>\;\big[</math>relation <math>\;(\mathfrak{b})\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> écrite sous la forme <math>\;\theta_i = \dfrac{n_o}{n_i}\, \theta_o - \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, \omega\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;|\theta_i| \leqslant \dfrac{n_o}{n_i}\, |\theta_o| + \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, |\omega|\;</math> et des conditions de Gauss de stigmatisme approché <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}|\theta_o| \ll 1\\ |\omega| \ll 1 \end{array}\right\rbrace\;</math> dont on déduit <math>\;\dfrac{n_o}{n_i}\, |\theta_o| + \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, |\omega| \ll 1\;</math> d'où <math>\;|\theta_i| \leqslant \dfrac{n_o}{n_i}\, |\theta_o| + \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, |\omega| \ll 1\;</math> c.-à-d. que le rayon réfracté est aussi peu incliné relativement à l'axe optique principal. # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH</math>, <math>\;\tan(\theta_o) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HA_o}}\;</math> car sur le schéma <math>\;\theta_o > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_o) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_o} < 0\;</math> ou, <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_o) \simeq \theta_o\;</math> on en déduit <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_o}}</math> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH</math>, <math>\;\tan(\theta_i) = -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}}\;</math> car sur le schéma <math>\;\theta_i < 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_i) < 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_i} > 0\;</math> ou, <math>\;|\theta_i| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_i) \simeq \theta_i\;</math> on en déduit <math>\;\theta_i \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}}</math> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH</math>, <math>\;\tan(\omega) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HC}_\rightarrow}\;</math> car sur le schéma <math>\;\omega > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\omega) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HC} < 0\;</math> ou, <math>\;|\omega| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\omega) \simeq \omega\;</math> on en déduit <math>\;\omega \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HC}}</math> ; # des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> réécrite selon <math>\;(n_o - n_i)\, \omega = n_o\,\theta_o - n_i\, \theta_i</math>, on en déduit <math>\;\dfrac{-(n_o - n_i)\, \overline{HI}}{\overline{HC}} =</math> <math>\dfrac{n_i\, \overline{HI}}{\overline{HA_i}} - \dfrac{n_o\, \overline{HI}}{\overline{HA_o}}\;</math> ou, en simplifiant par <math>\;\overline{HI}</math>, on obtient la relation <math>\;(\mathfrak{b})\qquad \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{HC}} = \dfrac{n_i}{\overline{HA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{HA_o}}</math>.}} ==== Établissement de la confusion de H et de S à l'ordre un en ω ==== {{Al|5}}Établir que <math>\;H\;</math> <ref name="définition de H" /> peut être confondu avec le sommet <math>\;S\;</math> du miroir à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> <ref name="H et S confondus" /> et {{Al|5}}réécrire que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> en tenant compte de cette confusion. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Montrons que <math>\;H\;</math> peut être confondu avec <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> <ref name="ω infiniment petit d'ordre un" />, en évaluant <math>\;[CH]\;</math> puis <math>\;[HS] = [CS] - [CH]\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega</math>, on obtient : <math>\;[CH] = [CI]\, \cos(\omega) = R\, \cos(\omega) \simeq R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math> <math>\big(</math>revoir la remarque du paragraphe «<span style="color:#ffffff;"><small>.~</small></span>[[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable_au_voisinage_d'une_de_ses_valeurs#D.C3.A9veloppements_limit.C3.A9s_.C3.A0_l.27ordre_un_de_quelques_fonctions_usuelles|D.L. à l'ordre un de quelques fonctions usuelles]]<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» du chap.<math>14</math> de la leçon «<span style="color:#ffffff;"><small>.~</small></span>Outils mathématiques pour la physique (PCSI)<span style="color:#ffffff;"><small>.~</small></span>»<math>\big)\;</math> d'où <math>\;[HS] = [CS] - [CH] \simeq R - R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega</math>, soit encore <math>\;[HS] \simeq R \dfrac{\omega^2}{2}\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math> ou finalement <center><math>\;[HS] \simeq 0\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega</math> ;</center> {{Al|5}}remplaçant <math>\;H\;</math> par <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{b})</math>, on peut, sous les conditions de Gauss de stigmatisme approché, la réécrire selon <center><math>\;(\mathfrak{b})\; \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{SC}} = \dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}}\;</math> <ref> Sous cette forme la relation nécessite que le point objet <math>\;A_o\;</math> soit <math>\;\neq S\;</math> sommet du dioptre.</ref>.</center>}} ==== Conclusion : stigmatisme approché du dioptre sphérique (concave convergent) pour le point objet A_o et relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) ==== {{Al|5}}Vérifier que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> définit, pour un point objet <math>\;A_o\;</math> quelconque, un point image unique <math>\;A_i\;</math> et en déduire le stigmatisme approché du dioptre sphérique pour le point objet <math>\;A_o</math> ; {{Al|5}}la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> pouvant être écrite selon <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}} = V\;</math> <ref name="indépendance de la nature dioptre"> Nous admettrons que cette relation (ou propriété) établie dans le cas d'un dioptre sphérique concave convergent est encore applicable, sans modification, à un dioptre sphérique concave divergent ou à un dioptre sphérique convexe convergent ou divergent.</ref> où <math>\;V\;</math> est une constante appelée «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>vergence<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» du dioptre sphérique exprimée en dioptries <math>\big(</math>de symbole <math>\;\delta\big)\;</math> dans la mesure où les abscisses le sont en <math>\;m\;\big(</math>la dioptrie étant liée au mètre par <math>\;1\, \delta = 1\,m^{-1}\big)</math>, exprimer <math>\;V\;</math> en fonction de <math>\;\overline{R} = \overline{SC}</math>, <math>\;n_o\;</math> et <math>\;n_i</math>. {{Al|5}}Par la suite notant l'abscisse de Descartes <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math><ref> Pour le repérage de Descartes dans un dioptre sphérique concave ou convexe, convergent ou divergent, il y a deux origines utilisées : l'origine au sommet qui est la plus fréquemment utilisée et l'origine au centre qui l'est beaucoup moins.</ref> du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Par la suite notant l'abscisse de Descartes <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>avec origine au sommet<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> }}celle du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}</math>, <br>{{Al|5}}la relation de conjugaison (approchée) de position [ou 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée)] de Descartes d'un dioptre sphérique se réécrit <center><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> établit le stigmatisme approché du dioptre sphérique pour tout point objet <math>\;A_o\;</math> autre que <math>\;C\;</math> et <math>\;S\;</math> puisque, pour un point objet <math>\;A_o\;</math> fixé, le point image <math>\;A_i\;</math> est déterminé de façon unique <math>\big(</math>indépendamment des variations des petits angles <math>\;\theta_o\;</math> et <math>\;\omega\big)</math>. {{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> peut effectivement être écrite sous la forme <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}} = V\;</math> où <math>\;V\;</math> est une constante définissant la vergence du dioptre sphérique selon <center><math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{SC}} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> avec <math>\;\overline{R} = \overline{SC}\;</math> rayon algébrisé du dioptre.</center> {{Al|5}}Avec les abscisses de Descartes (avec origine au sommet) du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> et du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}</math>, la relation de conjugaison (approchée) de position [ou 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée)] de Descartes du dioptre sphérique se réécrit <center><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math>.</center>}} === Points pour lesquels la conjugaison du dioptre sphérique est rigoureuse et points doubles === {{Al|5}}Vérifier, par construction et pour une direction d'axe optique principal préalablement fixée, que le centre <math>\;C\;</math> et le sommet <math>\;S\;</math> <ref name="Définition sommet" /> du dioptre sont des points * pour lesquels le dioptre est stigmatique rigoureux et * dont l'image est confondue avec l'objet (c.-à-d. que ce sont des points doubles). {{Al|5}}Justifier la raison pour laquelle la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) est applicable à <math>\;C</math>, centre du dioptre, bien que la conjugaison soit rigoureuse ; {{Al|5}}vérifier, en utilisant cette relation, que <math>\;C\;</math> est effectivement un point double. {{Al|5}}Admettant que la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) reste applicable à <math>\;S</math>, sommet du dioptre, pour lequel il y a conjugaison rigoureuse <math>\big[</math>mais évidemment pas sous cette forme qui est indéterminée quand on l'applique à <math>\;S</math>, son abscisse objet <math>\;p_o\;</math> y étant nulle<math>\big]</math>, évaluer <math>\;p_i\;</math> en fonction de <math>\;p_o\;</math> et de <math>\;V\;</math> et vérifier, sur cette dernière forme, * que <math>\;S\;</math> est effectivement un point double et * qu'il n'y a pas d'autres points doubles que <math>\;S\;</math> et <math>\;C</math>. {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - points doubles.jpg|thumb|Schémas de vérification du fait que, pour C et S, le dioptre sphérique (concave convergent) est stigmatique rigoureux et que ce sont des points doubles]] {{Al|5}}Voir ci-contre les constructions prouvant les propriétés particulières d'un point objet en <math>\;C\;</math> ou <math>\;S\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent <ref name="indépendance de la nature dioptre"/> : * à gauche tout rayon d'un faisceau incident issu du centre <math>\;C\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent étant normal au dioptre poursuit son chemin sans changer de direction, donnant un ensemble de rayons transmis divergeant à partir d'un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, c.-à-d. prouvant que le dioptre sphérique est stigmatique rigoureux pour son centre ; de plus le point image de <math>\;C\;</math> étant <math>\;C\;</math> lui-même, ce dernier est un point double ; * à droite tout rayon d'un faisceau incident convergeant sur le sommet <math>\;S\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent se réfractant à partir du point d'incidence <math>\;S\;</math> lui-même <ref> En suivant une direction plus rapprochée de l'axe optique principal que ne l'est celle du rayon incident.</ref> et l'ensemble des rayons réfractés divergeant à partir d'un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, cela prouve le stigmatisme rigoureux du dioptre sphérique pour son sommet ; de plus le point image de <math>\;S\;</math> étant <math>\;S\;</math> lui-même, ce dernier est un point double. {{Al|5}}Pour appliquer la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) à <math>\;C</math>, centre du dioptre, bien que la conjugaison soit rigoureuse, il suffit de ne considérer que les rayons paraxiaux du faisceau incident issu de <math>\;C\;</math> et d'ouverture quelconque <ref> Le fait que les autres rayons divergent également à partir de <math>\;C\;</math> ne modifient en rien la divergence des rayons transmis provenant de rayons incidents paraxiaux.</ref>, condition d'applicabilité de la relation de conjugaison de position de Descartes ; {{Al|5}}dans ce cas, si on appelle <math>\;C_i</math>, d'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(C_i) = \overline{SC_i}</math>, l'image du point objet <math>\;C</math>, d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(C) = \overline{SC} = \overline{R}</math>, nous obtenons, en remplaçant <math>\;V\;</math> par <math>\;\dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}</math>, <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(C_i)} - \dfrac{n_o}{\overline{R}} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(C_i)} = \dfrac{n_i}{\overline{R}}\;</math> ou <math>\;p_i(C_i) = \overline{R} = \overline{SC}</math> prouvant que <math>\;C_i\;</math> se confond avec <math>\;C\;</math> et par suite que <math>\;C\;</math> est un point double. <center>De <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math> on tire <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} = \dfrac{n_o}{p_o} + V = \dfrac{n_o + V\, p_o}{p_o}\;</math> soit <math>\;p_i = n_i\, \dfrac{p_o}{n_o + V\, p_o}</math> ;</center> {{Al|5}}sous cette forme on vérifie qu'un point objet en <math>\;S</math>, d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(S) = 0\;</math> a une image d'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i = 0</math>, c.-à-d. une image confondue avec <math>\;S\;</math> prouvant que <math>\;S\;</math> est bien un point double ; {{Al|5}}les points doubles <math>\;A_d\;</math> d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_d\;</math> étant tels que leurs abscisses images de Descartes (avec origine au sommet) s'écrivant <math>\;p_i(A_d) = \overline{SA_d} = p_d\;</math> avec <math>\;p_i(A_d) = n_i\, \dfrac{p_d}{n_o + V\, p_d}\;</math> obéissent à l'équation <math>\;p_d = n_i\, \dfrac{p_d}{n_o + V\, p_d}\;</math> qui se décompose en <math>\;\left\lbrace\begin{array}{c}p_d = 0\;\;\; \text{ou}\\ n_o + V\, p_d = n_i\end{array}\right\rbrace</math>, la 1{{ère}} solution donnant <math>\;S\;</math> point double et la 2{{ème}} équation conduisant à <math>\;p_d = \dfrac{n_i - n_o}{V} = \overline{R}\;</math> c.-à-d. <math>\;C\;</math> point double ; <center>le centre et le sommet d'un dioptre sphérique sont donc les seuls points doubles de ce dernier.</center>}} === Caractère focal d'un dioptre sphérique, position des foyers principaux objet et image, lien de la vergence et des distances focales objet et image, signe de la vergence === ==== Caractère focal d'un dioptre sphérique, définition des foyers principaux objet et image, lien de la vergence avec les distances focales objet et image ==== {{Al|5}}Vérifier, sur la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes d'un dioptre sphérique, que ce dernier est nécessairement «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>focal<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» <ref name="définition focal" /> puis déterminer * la position du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> c.-à-d. le point objet de l'axe optique principal ayant pour image le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;F_o\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; A_{i,\,\infty}\big]\;</math> et * la position du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> c.-à-d. le point image de l'axe optique principal ayant pour antécédent <ref name="Antécédent" /> le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;A_{o,\,\infty}\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; F_i\big]</math>. {{Al|5}}Définissant * la distance focale objet comme l'abscisse objet de Descartes du foyer principal objet (avec origine au sommet) soit <math>\;f_o = \overline{SF_o}\;</math> et * la distance focale image comme l'abscisse image de Descartes du foyer principal image (avec origine au sommet) soit <math>\;f_i = \overline{SF_i}\;</math>, {{Al|5}}déterminer le lien entre vergence <math>\;V</math>, distance focale objet <math>\;f_o</math>, distance focale image <math>\;f_i</math>, indice espace objet <math>\;n_o\;</math> et indice espace image <math>\,n_i</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Un dioptre sphérique est un «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>système focal<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>», en effet pour qu'il soit «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>afocal<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>», il faudrait que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, mais ayant établi que les seuls points doubles du dioptre sphérique sont <math>\;C\;</math> et <math>\;S</math>, et non le point à l'infini de l'axe optique principal on en déduit que le dioptre sphérique est bien un «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>système focal<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>». * Le foyer principal image <math>\;F_i</math>, repéré par l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(F_i) = \overline{SF_i}\;</math> étant l'image du point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(A_{o,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{n_o}{p_o(A_{o,\, \infty})} = 0</math>, on en déduit <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(F_i)} - 0 = V\;</math> soit <math>\;\overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math>. * Le foyer principal objet <math>\;F_o</math>, repéré par l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(F_o) = \overline{SF_o}\;</math> étant l'antécédent <ref name ="Antécédent"/> du point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(A_{i,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(A_{i,\, \infty})} = 0</math>, on en déduit <math>\;0 - \dfrac{n_o}{p_o(F_o)} = V\;</math> soit <math>\;\overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math>. <center><u>Notion de distances focales objet et image</u> :</center> * la distance focale image <math>\;f_i\;</math> étant définie par <math>\;f_i = \overline{SF_i}\;</math> est liée à la vergence par <math>\;f_i = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math> ; * la distance focale objet <math>\;f_o\;</math> étant définie par <math>\;f_o = \overline{SF_o}\;</math> est liée à la vergence par <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math> ; <center>on en déduit la relation <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}\;</math> <ref> Cette relation découle de la 1{{ère}} relation de conjugaison de position de Descartes du dioptre sphérique appliquée aux couples de points conjugués <math>\;(A_{o,\, \infty}\, , \,F_i)\;</math> et <math>\;(F_o\, , \,A_{i,\, \infty})</math>.</ref>.</center>}} ==== Signe de la vergence suivant la nature concave ou convexe du dioptre sphérique et de l'indice de l'espace objet comparé à celui de l'espace image, caractère convergent ou divergent du dioptre et nature réelle ou virtuelle des foyers principaux ==== {{Al|5}}Déterminer le signe de la vergence suivant la nature «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>concave<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» ou «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>convexe<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» du dioptre sphérique et du signe de <math>\;n_o - n_i\;</math> puis {{Al|5}}son caractère «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>convergent<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» ou «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>divergent<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» sachant qu'un système focal à «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>vergence positive<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» (resp. «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>négative<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>») est dit «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>convergent<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» (resp. «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>divergent<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>») et enfin {{Al|5}}la nature «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>réelle<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» ou «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>virtuelle<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» des foyers principaux. {{Al|5}}Pour terminer, on précisera, dans chacun des quatre cas possibles, les positions absolues des foyers principaux objet et image relativement au centre et au sommet du dioptre considéré. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> on en déduit que la vergence <math>\;V\;</math> est * de signe contraire au rayon de courbure algébrisé du dioptre si la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent <math>\;\big(n_o > n_i\big)</math>, * de même signe que le rayon de courbure algébrisé du dioptre si la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent <math>\;\big(n_o < n_i\big)</math> ; {{Al|5}}on en déduit les quatre possibilités suivant la nature du dioptre sphérique et le signe de <math>\;n_o - n_i</math> : * un dioptre sphérique <u>concave</u> ayant un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC} < 0\;</math> <ref name="nature de C dioptre"> Correspondant au caractère réel (resp. virtuel) du centre <math>\;C\;</math> d'un dioptre sphérique concave (resp. convexe).</ref>, a <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V > 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet eau, espace image air<math>\big)\;</math> c'est alors un système «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span><u>convergent</u><span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» et <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V < 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet air, espace image eau<math>\big)\;</math> c'est alors un système «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span><u>divergent</u><span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>», * un dioptre sphérique <u>convexe</u> a un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC} > 0\;</math> <ref name="nature de C dioptre" />, a <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V < 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet eau, espace image air<math>\big)\;</math> c'est alors un système «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span><u>divergent</u><span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» et <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V > 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet air, espace image eau<math>\big)\;</math> c'est alors un système «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span><u>convergent</u><span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>». {{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}\;</math> on en déduit la nature (réelle ou virtuelle) des foyers principaux objet et image suivant la nature (convergente ou divergente) du dioptre sphérique : * pour un dioptre sphérique <u>concave convergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image"> La lumière passant d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent on a <math>\;n_o > n_i</math>.</ref> est <math>\;> 0\;</math> entraînant le caractère <u>réel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image" /> étant <math>\;< 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>réel</u>, * pour un dioptre sphérique <u>concave divergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image"> La lumière passant d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent on a <math>\;n_o < n_i</math>.</ref> est <math>\;< 0\;</math> entraînant le caractère <u>virtuel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image" /> étant <math>\;> 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>virtuel</u>, * pour un dioptre sphérique <u>convexe divergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image" /> est <math>\;< 0\;</math> entraînant le caractère <u>virtuel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image" /> étant <math>\;> 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>virtuel</u>, * pour un dioptre sphérique <u>convexe convergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image" /> est <math>\;> 0\;</math> entraînant le caractère <u>réel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image" /> étant <math>\;< 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>réel</u>. {{Al|5}}<u>Remarques</u> : Les distances focales objet et image étant, dans les quatre cas possibles, de signe contraire, les foyers principaux objet et image sont situés de part et d'autre de la surface dioptrique dans chacun des cas ; {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}pour un dioptre sphérique pour lequel la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent, <math>\;n_o\;</math> étant <math>\;>\;</math> à <math>\;n_i</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est situé à une distance <math>\;|f_o| = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> et le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> à une distance <math>\;|f_i| = \dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> avec <math>\;|f_i| < |f_o|\;</math> <math>\Rightarrow</math> le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est plus éloigné du sommet <math>\;S\;</math> que le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> <ref> Avec, pour un dioptre concave, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet réel (c.-à-d. usuellement à gauche) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image réelle (c.-à-d. usuellement à droite),<br><span style="color:#ffffff;"><small>....</small>Avec, </span>pour un dioptre convexe, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet virtuel (c.-à-d. usuellement à droite) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image virtuelle (c.-à-d. usuellement à gauche).</ref> ; {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}pour un dioptre sphérique pour lequel la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent, <math>\;n_o\;</math> étant <math>\;<\;</math> à <math>\;n_i</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est situé à une distance <math>\;|f_o| = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> et le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> à une distance <math>\;|f_i| = \dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> avec <math>\;|f_i| > |f_o|\;</math> <math>\Rightarrow</math> le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est moins éloigné du sommet <math>\;S\;</math> que le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> <ref> Avec, pour un dioptre concave, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet virtuel (c.-à-d. usuellement à droite) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image virtuelle (c.-à-d. usuellement à gauche),<br><span style="color:#ffffff;"><small>....</small>Avec, </span>pour un dioptre convexe, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet réel (c.-à-d. usuellement à gauche) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image réelle (c.-à-d. usuellement à droite).</ref>.}} === Aplanétisme approché d'un dioptre sphérique sous conditions de Gauss === {{Al|5}}Soit le dioptre sphérique concave convergent introduit à la 1{{ère}} question et un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o \neq C\;</math> <ref name="support axe optique principal" /> tel qu'il y ait stigmatisme approché du dioptre pour tous les points <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> C.-à-d. que, pour un point quelconque <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o</math>, avec la définition de l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <math>\big(</math>cet axe jouant le rôle d'axe optique principal pour le point objet <math>\;M_o\;</math> est qualifié de secondaire relativement au point objet <math>\;A_o\big)</math>, les rayons incidents issus de <math>\;M_o\;</math> doivent être paraxiaux <math>\big[</math>peu inclinés relativement à l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> et à point d'incidence restant proche du sommet secondaire <math>\;S_{M_o}</math>, intersection de l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> avec le dioptre<math>\big]</math>.</ref> ; <br>{{Al|5}}cette dernière condition entraîne que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> admet une image «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>nette<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» <math>\;A_iB_i\;</math> <ref name="Nette" /> mais a priori cette image n'est <math>-</math> hors conditions de Gauss d'aplanétisme approché <math>-</math> ni «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>linéique<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» <ref name="Linéique" /> ni «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>transverse<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» ; {{Al|5}}Supposant que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> est, * quand l'objet n'est pas proche du dioptre, vu du sommet <math>\;S\;</math> du dioptre sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} S\big)\;</math> et * quand l'objet est proche du dioptre, vu du centre <math>\;C\;</math> du dioptre sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq S\big)</math>, {{Al|5}}ces deux conditions sont une première façon de définir les conditions de Gauss d'aplanétisme approché pour un objet linéique transverse quelconque <ref> C'est cette façon qui a été vue en cours, <math>\;S\;</math> étant en effet le point de l'axe optique principal appartenant à la face d'entrée du dioptre.</ref>. {{Al|5}}Il existe une deuxième façon équivalente de définir les conditions de Gauss d'aplanétisme approché pour un objet linéique transverse quelconque <math>\;A_oB_o\;</math> <ref name="façon plus simple" /> : * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> n'est pas proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre, l'objet doit être vu du centre <math>\;C\;</math> sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)\;</math> et * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math>, l'objet doit être vu du sommet <math>\;S\;</math> du dioptre sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq C\big)</math>. ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un dioptre sphérique concave convergent pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du dioptre et vu de ce centre sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant d'abord supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\alpha</math>, sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, l'angle <math>\;\beta</math> sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, n'étant pas nécessairement petit, la démarche pour établir l'aplanétisme du dioptre pour un tel objet est rendue plus aisée si on a établi auparavant la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Relation_de_conjugaison_de_position_.28ou_1.C3.A8re_relation_de_conjugaison.29_de_Descartes_.28avec_origine_au_centre.29|relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre)]] <ref name="méthode moins aisée" /> <center><math>\;\dfrac{n_o}{\overline{CA_i}} - \dfrac{n_i}{\overline{CA_o}} = V\;</math> où <math>\;V\;</math> est la vergence précédemment introduite :</center> {{Al|5}}la démarche peut alors être décomposée en les étapes suivantes : * montrer qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * en utilisant la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre), montrer alors que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et vérifier que l'angle au centre associé est encore <math>\;\alpha</math>, * conclure qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'image <math>\;A_iB_i\;</math> peut être confondue avec un segment perpendiculaire à l'axe optique principal c.-à-d. qu'elle est linéique transverse <ref> Nous aurons donc établi qu'il y a aplanétisme approché du dioptre sphérique pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du dioptre à condition qu'il soit vu de ce centre sous un petit angle.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq}\; C\big)</math>, avec l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, * le caractère transverse de l'objet linéique <math>\Rightarrow</math> la longueur <math>\;[CB_o]\;</math> est plus grande que la longueur <math>\;[CA_o]\;</math> <ref name="définition des côtés triangle rectangle" />, soit plus précisément <math>\;[CA_o] =</math> <math>[CB_o]\, \cos(\alpha) \simeq [CB_o] \left( 1 - \dfrac{\alpha^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\alpha\;</math> <ref name="DL du cosinus à l'ordre deux" /> ou finalement <math>\;[CA_o] \simeq [CB_o]\;</math> à l'ordre un en <math>\;\alpha\;</math> prouvant, qu'à cet ordre, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * tous les points objets <math>\;M_o\;</math> de l'arc de cercle <math>\;A_oB_o\;</math> de centre <math>\;C\;</math> ayant une abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <ref name="axe optique secondaire" />, l'application de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au centre) donne donc des points images <math>\;M_i\;</math> à abscisse image de Descartes (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)</math>, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est assimilable, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, à un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math>, * l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'arc de cercle <math>\;A_iB_i\;</math> est vu du centre <math>\;C\;</math> étant petit, on peut faire l'opération inverse de celle faite au premier paragraphe, c.-à-d. assimiler l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> à un segment choisi perpendiculaire à l'axe optique principal de support <math>\;(CA_i)\;</math> <ref name="justification choix" />, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, linéique transverse ; <center>l'<u>aplanétisme approché du dioptre sphérique</u> (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> a donc été établi <u>pour tout objet linéique de pied non proche du centre du dioptre</u>.</center>}} ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un dioptre sphérique concave convergent pour un objet linéique transverse de pied proche du centre du dioptre et vu du sommet de ce dernier sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> étant maintenant supposé proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\beta</math>, sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)</math> ; la démarche pour établir l'aplanétisme du miroir pour un tel objet nécessite l'utilisation de deux rayons paraxiaux issus de <math>\;M_o</math>, point objet quelconque de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> Le caractère paraxial étant indispensable pour satisfaire au stigmatisme approché du dioptre pour le point objet <math>\;M_o</math>, tous les rayons non paraxiaux issus de <math>\;M_o\;</math> seront arrêtés par un diaphragme centré sur <math>\;S</math> ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>on vérifie aisément que les rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> sont deux candidats respectant la paraxialité, par contre le rayon incident <math>\;M_oC\;</math> pouvant ne pas l'être car <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math> <math>\big(</math>et si tel était le cas il serait alors arrêté par le diaphragme centré en <math>\;S\big)</math>, nous ne l'utiliserons pas.</ref> et de montrer que le point image <math>\;M_i</math>, défini comme l'intersection des deux rayons réfractés, a pour projeté, sur l'axe optique principal, le point image <math>\;A_i</math> : * déterminer l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;p_i\;</math> en fonction de la distance focale image <math>\;f_i\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * déterminer la longueur algébrique <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> en fonction de <math>\;\beta\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * travaillant dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> <ref> L'axe <math>\;\overrightarrow{Sx}\;</math> étant porté par l'axe optique principal et l'axe <math>\;\overrightarrow{Sy}\;</math> étant porté par la représentation symbolique du dioptre orienté vers le haut, l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> étant lui aussi orienté vers le haut.</ref> déterminer l'équation des rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> <ref name="définition ε" />, * travaillant dans le même repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> déterminer les équations des rayons réfractés, puis leur intersection <math>\;M_i\;</math> ; * vérifier que l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal est égale à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, puis conclure à l'aplanétisme approché du dioptre sphérique (concave convergent) pour l'objet linéique <math>\;A_oB_o\;</math> de pied proche du centre du dioptre. {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - aplanétisme.jpg|thumb|Schéma positionnant un objet linéique transverse de pied proche du centre d'un dioptre sphérique concave convergent pour démontrer l'aplanétisme approché du dioptre pour cet objet <ref> Sur le schéma ci-dessus la distance focale objet vaut <math>\;\big(</math>avec <math>\;n_o \simeq 1,5\;</math> et <math>\;n_i \simeq 1,0\big)</math> <math>\;f_o = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\;\overline{R} = 3\;\overline{R} = -3\;R</math>, la distance focale image, quant à elle, valant <math>\;f_i = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\;\overline{R} = -2\;\overline{R} = 2\;R</math>.</ref>]] {{Al|5}}Soit <math>\;A_oB_o\;</math> un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o</math>, proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre sphérique concave convergent <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, vu du sommet <math>\;S\;</math> de ce dernier sous un angle <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)\;</math> correspondant à la condition de Gauss d'aplanétisme approché précitée ; # on détermine d'abord <math>\;p_i = \overline{SA_i}</math>, l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, image du point objet <math>\;A_o\;</math> d'abscisse objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}</math>, par utilisation de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes du dioptre sphérique (avec origine au sommet) de vergence <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i}</math>, <math>\;f_i = \overline{SF_i}\;</math> étant la distance focale image du dioptre d'où : <center><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = \dfrac{n_i}{f_i} \Rightarrow \dfrac{1}{p_i} = \dfrac{n_o}{n_i\, p_o} + \dfrac{1}{f_i} = \dfrac{n_o\, f_i + n_i\, p_o}{n_i\, p_o\, f_i}\;</math> soit <math>\;p_i = p_o\, \dfrac{n_i\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}</math>.</center> # <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> <math>\;> 0\;</math> avec <math>\;\beta\;</math> non algébrisé <math>\;\ll 1</math>, on en déduit <math>\;\tan(\beta) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{p_o}\;</math> avec <math>\;\tan(\beta) \simeq \beta\;</math> d'où <center><math>\;\overline{A_oB_o} \simeq -\beta\; p_o</math> ;</center> # dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})</math>, le rayon incident <math>\;M_oS\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = \varepsilon\, \overline{A_oB_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_S}{x_{M_o} - x_S} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o} = -\varepsilon\, \beta\;</math> a pour équation <math>\;y - y_S = -\varepsilon\, \beta \left( x - x_S \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = -\varepsilon\, \beta\, x\;</math> <ref name="vérification signes" />,</center><span style="color:#ffffff;"><small></small>dans le repère orthonormé <math>\;\color{white}{(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, </span>le rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> et passant par le foyer principal objet du dioptre sphérique <math>\;F_o\;</math> de coordonnées <math>\;\left(x_{F_o} = f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\,f_i\, , \, y_{F_o} = 0\right)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_{F_o}}{x_{M_o} - x_{F_o}} =</math> <math>\dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + \dfrac{n_o}{n_i}\,f_i} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\,f_i}\;</math> a pour équation <math>\;y - y_{F_o} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} \left( x - x_{F_o} \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} \left( x + \dfrac{n_o}{n_i}\,f_i \right)</math> ;</center> # dans le même repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> le rayon réfracté sur le dioptre du rayon incident <math>\;M_oS\;</math> étant de direction déterminée par la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes de la réfraction (écrite pour de petits angles) est de pente <math>\;-\dfrac{n_o}{n_i}\,\varepsilon\, \beta\;</math> <ref> En effet le rayon réfracté de pente égale à la tangente de l'angle de réfraction c.-à-d. encore égale à l'angle de réfraction <math>\;i_i\;</math> et le rayon incident étant de pente égale à la tangente de l'angle d'incidence c.-à-d. encore égale à l'angle d'incidence <math>\;i_o</math>, l'utilisation de la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes de la réfraction (écrite pour de petits angles) conduisant à <math>\;n_i\, i_i = n_o\, i_o\;</math> d'où <math>\;i_i = \dfrac{n_o}{n_i}\, i_o</math>.</ref> d'où l'équation du rayon réfracté correspondant au rayon incident <math>\;M_oS\;</math> <center><math>\;y = -\dfrac{n_o}{n_i}\,\varepsilon\, \beta\, x\;</math> <ref name="vérification signes bis" />,</center><span style="color:#ffffff;"><small></small>dans le repère orthonormé <math>\;\color{white}{(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, </span>le rayon réfracté sur le dioptre du rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> étant, à partir du point d'incidence <math>\;I\;</math> sur le dioptre, <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, son équation nécessite de déterminer au préalable l'ordonnée de <math>\;I\;</math> par <math>\;x_{I} = 0\;</math> dans l'équation du rayon incident soit <math>\;y(I) = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} \left[ x_I + \dfrac{n_o}{n_i}\,f_i \right) = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_o\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}\;</math> d'où l'équation du rayon réfracté correspondant au rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_o\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}</math> ;</center> {{Al|5}}l'intersection <math>\;M_i\;</math> de ces deux rayons réfractés a pour abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_o\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} = -\dfrac{n_o}{n_i}\,\varepsilon\, \beta\, x_{M_i}\;</math> soit <center><math>\;x_{M_i} = \dfrac{n_i\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}\;</math> identique à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du point image <math>\;A_i</math> ;</center> # l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal étant égale à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, on conclut à l'<u>aplanétisme approché du dioptre sphérique</u> (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <u>pour tout objet linéique</u> <math>\;A_oB_o\;</math> <u>de pied proche du centre du dioptre</u>.}} ==== Relation de conjugaison (approchée) de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) ==== {{Al|5}}Dès lors qu'un dioptre sphérique est utilisée sous conditions de Gauss de stigmatisme et d'aplanétisme approchés, l'usage est de représenter ce dioptre sous une forme symbolique dans laquelle figurent l'axe optique principal, le centre <math>\;C</math>, les foyers principaux objet <math>\;F_o\;</math> et image <math>\;F_i</math>, le sommet <math>\;S\;</math> et la partie de dioptre perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal <ref> Cette partie de dioptre perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal est terminée par des bords inclinés vers la droite pour un dioptre convergent et vers la gauche pour un dioptre divergent.</ref> <center>voir ci-dessous en 1{{ère}} ligne les quatre types de dioptres sphériques et en 2{{ème}} ligne leur représentation symbolique <ref name="Foyers à ajouter" />. <gallery> Dioptre sphérique concave verre - air.jpg| Dioptre sphérique concave air - verre.jpg| Dioptre sphérique convexe verre - air.jpg| Dioptre sphérique convexe air - verre.jpg| </gallery> <gallery> Dioptre sphérique concave convergent - symbole.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique concave convergent Dioptre sphérique concave divergent - symbole.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique concave divergent Dioptre sphérique convexe divergent.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique convexe divergent Dioptre sphérique convexe convergent.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique convexe convergent </gallery> </center> [[File:Dioptre sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes avec origine en S pour un dioptre sphérique concave convergent]] {{Al|5}}Sur le schéma ci-contre on a construit l'image linéique transverse <math>\;A_iB_i\;</math> d'un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> <math>\;\neq S\;</math> et <math>\;\neq C\;</math> en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, l'un passant que le centre <math>\;C\;</math> du dioptre et qui poursuit dans l'espace image réel sans être dévié <ref> En effet le rayon émergent doit être issu du point d'incidence <math>\;I\;</math> du rayon incident et passer par l'image de <math>\;C\;</math> par le dioptre c.-à-d. <math>\;C\;</math> lui-même.</ref>, l'autre passant par le sommet <math>\;S\;</math> du dioptre et qui se réfracte en obéissant à la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes <ref> Attention le sommet <math>\;S\;</math> du dioptre est le seul point d'incidence en lequel on peut appliquer la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes en travaillant sur la représentation symbolique du dioptre car c'est le seul point pour lequel la direction de cette représentation symbolique se confond avec la direction réelle du dioptre <math>\big(</math>autrement dit c'est le seul point où la normale réelle est perpendiculaire à la représentation symbolique, par exemple le rayon incident <math>\;B_oC\;</math> qui se confond avec la normale réelle du dioptre en <math>\;I\;</math> n'est pas perpendiculaire à la représentation symbolique du dioptre en <math>\;I\big)</math>.</ref>, le point d'intersection de ces deux rayons émergents étant le point de convergence <math>\;B_i\;</math> de tous les rayons réfractés correspondant à tous les rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> sous conditions de Gauss <ref> Car le dioptre est stigmatique approché pour <math>\;B_o</math>.</ref> et <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal <ref> Car le dioptre est aplanétique approché pour <math>\;A_oB_o</math>.</ref>. {{Al|5}}En comparant les triangles rectangles <math>\;A_iB_iS\;</math> et <math>\;A_oB_oS</math>, déterminer le grandissement transverse par le dioptre de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}\\ p_i = \overline{SA_i} \end{array}\right\rbrace</math> ; <center>cette relation définit la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour tout objet linéique transverse de pied <math>\;A_o \neq S\;</math> <ref name="forme indéterminée" />, elle caractérise quantitativement la propriété d'aplanétisme approché du miroir sphérique pour l'objet linéique transverse de pied <math>\;A_o\;</math> <ref name="indépendance de la nature dioptre" />.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons émergents correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;C\;</math> qui est transmis sans déviation et le 2{{ème}} de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfracte en <math>\;S\;</math> suivant une direction faisant l'angle <math>\;i_i\;</math> par rapport à l'axe optique principal, la direction du rayon incident, quant à elle, faisant l'angle <math>\;i_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal telle que <math>n_i\,i_i = n_o\, i_o\;</math> <ref name="relation de Kepler"> On rappelle que les angles étant petits, la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes de la réfraction se réécrit en omettant les sinus (relation approchée de Kepler).</ref> <ref> Il est déconseillé de choisir ce rayon dans les constructions futures demandées car peu pratique <math>\;\big(</math>l'angle <math>\;i_o\;</math> devant être mesuré puis l'angle <math>\;i_i\;</math> calculé et enfin reporté par rapport à l'axe optique principal<math>\big)</math> ; ici nous l'utilisons dans la démonstration d'où ce choix.</ref>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(i_o)\;</math> et <math>\;\tan(i_i)\;</math> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oS\;</math> et <math>\;A_iB_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(i_o) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}}</math>, <math>\;i_o\;</math> étant <math>\;< 0</math>, <math>\;\overline{A_oB_o} > 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o} < 0\;</math> <ref> On suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oS\;</math> puisse être défini.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;i_o \simeq \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}}</math>, * <math>\;\tan(i_i) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}}</math>, <math>\;i_i\;</math> étant <math>\;< 0</math>, <math>\;\overline{A_iB_i} < 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_i} > 0\;</math> <ref> Ayant suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> et <math>\;S\;</math> étant un point double on en déduit <math>\;A_i \neq S\;</math> ce qui définit le triangle <math>\;A_iB_iS</math>.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;i_i \simeq \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}}</math> ; {{Al|5}}écrvant la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes de la réfraction pour les petits angles <math>\;n_i\, i_i \simeq n_o\, i_o\;</math> on en déduit : <math>\;n_o\, \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}} \simeq n_i\, \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} \simeq \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\overline{SA_i}}{\overline{SA_o}}\;</math> d'où <center>la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes (avec origine au sommet)</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\overline{SA_i}}{\overline{SA_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq S\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}\\ p_i = \overline{SA_i} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;p_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;p_i = f_i\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;p_o = f_o\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = C\;</math> <ref> Le dioptre sphérique n'est stigmatique rigoureux que pour le pied <math>\;C\;</math> de l'objet linéique, pour tous les autres points objets constituant ce dernier on suppose le stigmatisme approché du miroir c.-à-d. l'utilisation de rayons incidents issus de <math>\;M_o\; (\neq C)\; \in A_oB_o\;</math> paraxiaux <math>\big(</math>ce qui peut être réalisé en pratique avec un diaphragme centré en <math>\;S\;</math> collé contre le dioptre<math>\big)</math>.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du dioptre pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> sous lequel l'objet est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\;\big(\beta \ll 1\big)</math>, * vérifier, par construction de l'image <math>\;A_iB_i</math> et utilisation de la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes de réfraction dans les conditions de Gauss, qu'elle est se superpose à <math>\;A_oB_o\;</math> avec un cœfficient d'agrandissement dépendant du rapport des indices des espaces objet et image, * en déduire l'applicabilité de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = C</math>. {{Al|5}}Considérant maintenant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = S\;</math> <ref> L'objet, collé contre le dioptre sphérique, de pied <math>\;A_o = S</math>, l'axe optique principal ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, ne peut être rigoureusement linéique (c.-à-d. rectiligne) car il suit la courbure du dioptre mais, s'il est vu de <math>\;C\;</math> sous un petit angle non algébrisé <math>\;\alpha</math>, on peut confondre l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et le segment correspondant lui étant tangent à l'ordre un <math>\;\alpha</math>, raison pour laquelle l'objet est qualifié de «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>linéique transverse<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>le dioptre sphérique est stigmatique rigoureux que pour les points de l'objet linéique car tous ces points, étant sur le dioptre, jouent le rôle de sommet (secondaire) pour lequel le dioptre est stigmatique rigoureux.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du dioptre pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'objet est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(\alpha \ll 1\big)\;</math> <ref> Qui est aussi la condition pour que l'objet collé sur le dioptre puisse être considéré comme linéique.</ref>, * vérifier que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> se superpose à <math>\;A_oB_o</math>, le caractère linéique transverse de l'objet entraînant celui de l'image et * en déduire la valeur du grandissement transverse <math>\;G_t(S)\;</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = S</math>. {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - grandissement transverse au centre.jpg|thumb|Construction de l'image d'un objet linéique transverse de pied au centre d'un dioptre sphérique concave convergent]] {{Al|5}}Le centre <math>\;C\;</math> du dioptre sphérique concave convergent ci-contre en étant un point double conjugué rigoureux, un objet linéique transverse <math>\;CB_o\;</math> a pour image, par le dioptre, une image linéique transverse de pied <math>\;C</math>, notée <math>\;CB_i</math> ; pour construire cette dernière il suffit de choisir pour rayon incident issu de <math>\;B_o</math>, le rayon passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> qui se propage dans l'espace image parallèlement à l'axe optique principal, le point image <math>\;B_i\;</math> étant alors l'intersection de ce rayon émergent avec le plan transverse passant par <math>\;C</math> ; on vérifierait graphiquement que <center> <math>\;\overline{CB_i} = \dfrac{n_o}{n_i}\, \overline{CB_o}\;</math> et par suite <math>\;G_t(C) = \dfrac{n_o}{n_i}</math> ;</center> {{Al|5}}l'application de la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au sommet) nous conduit à <math>\;G_t(C) =</math> <math>\dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\overline{SC}}{\overline{SC}}</math>, soit effectivement <math>\;G_t(C) = \dfrac{n_o}{n_i}</math>. {{Al|5}}Tous les points du dioptre sphérique étant des points doubles de ce dernier <ref> Chaque point du dioptre jouant le rôle de sommet pour l'axe optique principal passant par ce point, c'est effectivement un point double.</ref>, un objet collé sur le dioptre est donc sa propre image ; dans la mesure où l'objet est de petite taille, on peut négliger sa courbure et le considérer comme linéique transverse, son image étant alors également linéique transverse ; comme <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SA_o}\;</math> on en déduit, par définition, <math>\;G_t(S) = +1\;</math>.}} ==== Construction de l'image par un dioptre sphérique d'un objet linéique transverse ==== {{Al|5}}<u>Définitions préliminaires</u> : On appelle plan focal objet le plan transverse passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}plan focal image le plan transverse passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math> ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle axe optique secondaire tout axe passant par le centre <math>\;C</math> du dioptre, il possède une partie incidence contenue dans l'espace objet réel se prolongeant sans être dévié pour donner sa partie émergente contenue dans l'espace image réelle ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal objet et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}foyer secondaire image <math>\;\varphi_i\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal image. {{Al|5}}<u>Propriétés</u> : Justifier les propriétés des foyers secondaires objet et image associés à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : # le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour image le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)\big]</math>, # le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour antécédent le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}<u>Propriétés des foyers secondaires associés à un axe optique secondaire</u> : # foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet linéique transverse contenu dans le plan focal objet et de pied <math>\;F_o</math>, objet noté <math>\;F_o\varphi_o(\delta)</math>, <math>\;F_o\;</math> ayant pour image le point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et l'image étant linéique transverse, le point <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> a une image également située à l'infini sur l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon incident issu de <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> se prolonge dans l'espace image sans déviation, les parties incidente et émergente constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)</math>,</center> # foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet dont l'image associée est contenue dans le plan focal image et de pied <math>\;F_i</math>, image notée <math>\;F_i\varphi_i(\delta)</math>, <math>\;F_i\;</math> ayant pour antécédent le point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et le dioptre étant aplanétique, le point <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> a un antécédent également situé à l'infini sur la partie incidente de l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon émergent issu de <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> est le prolongement d'un rayon incident sans changement de direction, les parties incidente et émergente constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement<math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)</math>.</center>}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> réel, de pied <math>\;A_o\;</math> séparé du sommet <math>\;S\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent d'une distance supérieure au rayon non algébrisé du dioptre <ref> Pour la construction on prendra <math>\;n_o = 1,5\;</math> (indice du verre) et <math>\;n_i = 1,0\;</math> (indice de l'air).</ref>, construire son image <math>\;A_iB_i\;</math> par le dioptre de deux façons différentes : # en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> <math>\big[</math>choisis parmi les trois suivants : passant par <math>\;C</math>, passant par <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<math>\big]</math>, # en considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> <ref name="un seul rayon incident suffit" /> <math>\big[</math>choisi parmi les deux suivants : passant par <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\big]</math>. {{Al|5}}Refaire les constructions précédentes avec un miroir concave divergent (obtenu en permutant les espaces objet et image). {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - construction image.jpg|thumb|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave convergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal]] # En considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> choisis parmi les trois suivants (voir schéma ci-contre) : <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span><math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;C\;</math> et se prolongeant sans déviation, <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span><math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;F_o\;</math> foyer principal objet et émergeant dans l'espace image parallèlement à l'axe optique principal, <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span><math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal et émergeant dans l'espace image en passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span><math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;B_i\;</math> étant à l'intersection des deux rayons réfractés correspondant aux deux rayons incidents choisis, <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal. {{clr}} [[File:Dioptre sphérique concave convergent - construction image - bis.jpg|thumb|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave convergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire]] # En considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> choisis parmi les deux suivants (voir schéma ci-contre) : <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span><math>\;\succ\;</math>passant par un foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection du rayon incident et du plan focal objet<math>\big]\;</math> et émergeant parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> <math>\big[</math>c.-à-d., pour la partie incidente <math>\;C\varphi_o(\delta)</math>, la partie réfractée en étant le prolongement sans déviation<math>\big]</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span><math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à un axe optique secondaire a priori quelconque <math>\;(\delta)\;</math> et émergeant en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection de l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> et du plan focal image<math>\big]</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span><math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;A_i\;</math> étant à l'intersection d'un des rayons réfractés correspondant au rayon incident choisi et de l'axe optique principal, <math>\;B_i\;</math> s'obtenant comme intersection de l'axe optique secondaire passant par <math>\;B_o\;</math> et du plan transverse passant par <math>\;A_i</math>. {{clr}} {{Al|5}}Ci-dessous les constructions refaites sur un dioptre sphérique concave divergent, en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> à gauche puis en utilisant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> et la notion de foyers secondaires objet ou image à droite : <center> <gallery> Dioptre sphérique concave divergent - construction image.jpg|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave divergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal Dioptre sphérique concave divergent - construction image - bis.jpg|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave divergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire </gallery> </center>}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) sous conditions de Gauss === ==== Relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}On repère maintenant les points objet <math>\;A_o\;</math> et image <math>\;A_i\;</math> relativement au centre <math>\;C\;</math> du dioptre sphérique en définissant * l'abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}\;</math> et * l'abscisse image de Descartes (avec origine au centre) de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}</math> ; {{Al|5}}à partir de la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) s'écrit <center><math>\;\dfrac{n_o}{\overline{CA_i}} - \dfrac{n_i}{\overline{CA_o}} = V\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C" /> ou <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = V\;</math> avec <math>\;V\;</math> vergence du dioptre.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Descartes (origine au centre) utilisent <math>\;C\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> ou un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o} = \overline{SC} + \overline{CA_o}\;</math> ou <math>\;p_o = \overline{R} + \pi_o\;</math> et * l'abscisse image de Descartes (avec origine au centre) du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i = \overline{SA_i}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SC} + \overline{CA_i}\;</math> ou <math>\;p_i = \overline{R} + \pi_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au centre) en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes précédemment définis, dans la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = \dfrac{-(n_i - n_o)}{\overline{R}}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{n_i}{\pi_i + \overline{R}} - \dfrac{n_o}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> ou <math>\;\dfrac{n_i\,(\pi_o + \overline{R}) - n_o\, (\pi_i + \overline{R})}{(\pi_i + \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R})} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens" /> <math>\;-(n_o - n_i)\, (\pi_i + \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R}) = [n_i\, \pi_o - n_o\, \pi_i - (n_o - n_i)\, \overline{R}]\, \overline{R}\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;-(n_o - n_i)\, \pi_o\, \pi_i - (n_o - n_i)\, \overline{R}\, \pi_o - (n_o - n_i)\, \overline{R}\, \pi_i - (n_o - n_i)\, \overline{R}^2 = n_i\, \pi_o\, \overline{R} - n_o\, \pi_i\, \overline{R} - (n_o - n_i)\, \overline{R}^2\;</math> soit, après simplification <math>\;-(n_o - n_i)\, \pi_o\, \pi_i - n_o\, \overline{R}\, \pi_o + n_i\, \overline{R}\, \pi_i = 0\;</math> ou <math>\;n_o\, \overline{R}\, \pi_o - n_i\, \overline{R}\, \pi_i = -(n_o - n_i)\, \pi_o\, \pi_i\;</math> et enfin, en divisant les deux membres de l'équation par <math>\;\pi_o\, \pi_i\, \overline{R}\;</math> <ref name="C.N." /> <math>\;\big(</math>la raison en étant que l'on cherche à établir une équation faisant intervenir des inverses de longueur à partir d'une équation comportant des produits de deux longueurs<math>\big)\;</math> <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}</math> ; la <u>1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = V\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du dioptre ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>bien que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}} = V</math>.</ref> avec <math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> vergence du dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}\\ \pi_i = \overline{CA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</center>}} [[File:Dioptre sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes avec origine en C pour un dioptre sphérique concave convergent]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}à partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C" />. {{Al|5}}En utilisant le schéma ci-contre vérifier directement cette relation. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet" /> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \pi_o + \overline{R} \\ p_i = \pi_i + \overline{R} \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\pi_i + \overline{R}}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}\left( \dfrac{1}{\overline{R}} + \dfrac{1}{\pi_i} \right)}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}} \left( \dfrac{1}{\overline{R}} + \dfrac{1}{\pi_o} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître des inverses de longueur comme celles de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}} \Leftrightarrow \dfrac{n_o}{\pi_i} + \dfrac{n_o}{\overline{R}} = \dfrac{n_i}{\pi_o} + \dfrac{n_i}{\overline{R}}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}}}</math> ; la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du dioptre ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = 1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}\\ \pi_i = \overline{CA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons émergents correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;C\;</math> qui est transmis sans déviation et le 2{{ème}} de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfracte en <math>\;S\;</math> suivant une direction faisant l'angle <math>\;i_i\;</math> par rapport à l'axe optique principal, la direction du rayon incident, quant à elle, faisant l'angle <math>\;i_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal telle que <math>n_i\,i_i = n_o\, i_o\;</math> <ref name="relation de Kepler" />, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oC\;</math> et <math>\;A_iB_iC\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o}) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_o} < 0\;</math> <ref name="hors centre" />, * <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_i} > 0\;</math> <ref name="hors centre bis" /> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}} = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{\overline{CA_i}}{\overline{CA_o}}\;</math> d'où <center>la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes (avec origine au centre)</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{CA_i}}{\overline{CA_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq C\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\pi_o = \overline{CA_o}\\ \pi_i = \overline{CA_i} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\pi_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\pi_i = f_i - \overline{R}\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\pi_o = f_o - \overline{R}\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Newton sous conditions de Gauss === {{Al|5}}On repère maintenant le point objet <math>\;A_o\;</math> relativement au foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> du dioptre sphérique et le point image <math>\;A_i\;</math> relativement au foyer principal image <math>\;F_i\;</math> du même dioptre sphérique en définissant * l'abscisse objet de Newton de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> et * l'abscisse image de Newton de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>. ==== Relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Newton s'écrit <center><math>\; \overline{F_iA_i}\; \overline{F_oA_o} = \overline{SF_i}\; \overline{SF_o}\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Newton" /> ou <math>\;\sigma_i \; \sigma_o = f_i\; f_o\;</math> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille"> On retrouve la forme commune vue pour un miroir sphérique et qui sera établie au chapitre suivant pour une lentille mince <math>\;\big(</math>à condition que les deux formes de la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton soient explicitées uniquement en fonction des abscisses objets ou des abscisses images et non simultanément des deux<math>\big)</math>.</ref> avec <math>\;f_i\;</math> et <math>\;f_o\;</math> distances focales image et objet du dioptre.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Newton utilisent <math>\;F_o\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> comme origine pour repérer un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Newton du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o =</math> <math>\overline{SA_o}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o} = \overline{SF_o} + \overline{F_oA_o}\;</math> ou <math>\;p_o = f_o + \sigma_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\, f_i + \sigma_o\;</math> <ref name="vergence dioptre"> On rappelle la vergence <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}\;</math> d'où <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\, f_i</math>.</ref> et * l'abscisse image de Newton du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i =</math> <math>\overline{SA_i}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SF_i} + \overline{F_iA_i}\;</math> ou <math>\;p_i = f_i + \sigma_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Newton en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes précédemment définis, dans la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = \dfrac{n_i}{f_i}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{n_i}{\sigma_i + f_i} - \dfrac{n_o}{\sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i} = \dfrac{n_i}{f_i}\;</math> ou <math>\;\dfrac{n_i \left( \sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i \right) - n_o\, (\sigma_i + f_i)}{(\sigma_i + f_i) \left( \sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i \right)} = \dfrac{n_i}{f_i}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens" /> <math>\;n_i\, (\sigma_i + f_i) \left( \sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i \right)</math> <math>= (n_i\, \sigma_o - n_o\, \sigma_i - 2\, n_o\, f_i)\, f_i\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;n_i\, \sigma_o\, \sigma_i + n_i\, f_i\, \sigma_o - n_o\, f_i\, \sigma_i - n_o\, f_i^2 =</math> <math>n_i\, \sigma_o\, f_i - n_o\, \sigma_i\, f_i - 2\, n_o\, f_i^2\;</math> soit, après simplification <math>\;n_i\, \sigma_o\, \sigma_i = -n_o\, f_i^2\;</math> et enfin, sachant que <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\, f_i</math> <ref> On remplacera une seule fois <math>\;n_o\, f_i\;</math> par <math>\;-n_i\, f_o\;</math> pour obtenir une forme symétrique de la relation puis on simplifiera l'équation obtenue par <math>\;n_i</math>.</ref>, <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> ; la <u>1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center> <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le foyer principal objet du dioptre <math>\;\big(</math> en effet si <math>\;A_o\;</math> est en <math>\;F_o</math>, l'image <math>\;A_i\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal et on obtient une forme indéterminée avec <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> valant <math>\;\infty\big)</math> ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>bien que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS} = -f_o\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS} = -f_i\;</math> d'où <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i</math>.</ref> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille" /> <br>avec <math>\;f_i = -\dfrac{n_i}{n_o}\,f_o = -\dfrac{(n_o - n_i)}{n_i}\,\overline{R}\;</math> distance focale image du dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \sigma_o = \overline{F_oA_o}\\ \sigma_i = \overline{F_iA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</center>}} [[File:Dioptre sphérique - grandissement transverse Newton.jpg|thumb|Schéma de démonstration des deux formes de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton pour un dioptre sphérique concave convergent]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Newton <ref name="deux formes de grandissement transverse de Newton" /> <ref name="Applicabilité relation de Newton" />. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet" /> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \sigma_o + f_o \\ p_i = \sigma_i + f_i \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\sigma_i + f_i}{\sigma_o + f_o} = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\sigma_i \left( 1 + \dfrac{f_i}{\sigma_i} \right)}{f_o \left( 1 + \dfrac{\sigma_o}{f_o} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître, au numérateur et au dénominateur, deux grandeurs égales découlant de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_i\, f_o \Leftrightarrow \dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> ou encore <math>\;1 + \dfrac{\sigma_i}{f_i} = 1 + \dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\sigma_i}{f_o} =</math> <math>-\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <ref name="vergence dioptre" /> ; la 1{{ère}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton dioptre"> Applicable en tout point objet ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que cette forme de relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS} = -f_o\;</math> <math>\;\big(</math>resp. <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS} = -f_i\big)\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = +1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille" /> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>.</center> {{Al|5}}comme la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton s'écrivant <math>\;\sigma_i\, \sigma_o = f_i\, f_o\;</math> est équivalente à <math>\;\dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> on en déduit aisément la 2{{ème}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton" /> <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille" /> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfractés correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;F_o\;</math> qui émerge en <math>\;K\;</math> parallèlement à l'axe optique principal et le 2{{ème}} parallèle à l'axe optique principal qui se réfracte en <math>\;H\;</math> en passant par <math>\;F_i</math>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_iS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_iB_iF_i\;</math> et <math>\;HF_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{F_iA_i} < 0\;</math> <ref name="hors foyer bis" />, * <math>\;\tan(\widehat{HF_iS}) = \dfrac{\overline{SH}}{\overline{SF_i}}</math>, <math>\;\overline{SH}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SH} = \overline{A_oB_o}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{HF_iS}) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_iS})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}} = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{F_iA_i}}{\overline{SF_i}}\;</math> d'où <center>une 1{{ère}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\overline{F_iA_i}}{\overline{SF_i}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq A_{o,\,\infty}\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>.</center> {{Al|5}}de même le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_oS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oF_o\;</math> et <math>\;KF_oS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o}) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{F_oA_o} > 0\;</math> <ref name="hors foyer" />, * <math>\;\tan(\widehat{KF_oS}) = -\dfrac{\overline{SK}}{\overline{SF_o}}</math>, <math>\;\overline{SK}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_o} < 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SK} = \overline{A_iB_i}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{KF_oS}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_oS})</math>, on en déduit : <math>\;\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}} = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{SF_o}}{\overline{F_oA_o}}\;</math> d'où <center>une 2{{ème}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\overline{SF_o}}{\overline{F_oA_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq F_o\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\sigma_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\sigma_i = 0\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de Lagrange - Helmholtz sous conditions de Gauss === [[File:Dioptre sphérique - grandissement angulaire.jpg|thumb|Schéma de détermination du grandissement angulaire en repérage de Descartes (avec origine en S) pour un dioptre sphérique concave convergent]] ==== Expression de Descartes (avec origine au sommet) du grandissement angulaire d'un pinceau incident issu d'un point objet ==== {{Al|5}}On rappelle que le grandissement angulaire d'un pinceau lumineux incident issu d'un point objet <math>\;A_o\;</math>, de direction faisant un angle <math>\;\theta_o\;</math> avec l'axe optique principal, le pinceau se réfractant sur le dioptre en convergeant vers le point image <math>\;A_i\;</math>, avec une direction faisant un angle <math>\;\theta_i\;</math> avec l'axe optique principal, est défini selon <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> <ref name="Angles petits" /> ; {{Al|5}}en utilisant le schéma ci-contre, établir l'expression du grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes (avec origine au sommet), respectivement <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> et <math>\;p_i = \overline{SA_i}\;</math> <ref> L'expression du grandissement angulaire a été établie en utilisant un dioptre sphérique concave convergent mais elle reste applicable pour un dioptre sphérique des trois autres types.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}On détermine le grandissement angulaire par évaluation de <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> et <math>\;\tan(\theta_i)</math>, <math>\big(\theta_o\;</math> <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\theta_i < 0\;</math> sur la figure ci-dessus<math>\big)</math> respectivement dans les triangles <math>\;A_oIS\;</math> et <math>\;A_iIS\;</math> soit : * dans le triangle <math>\;A_oIS</math>, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_o}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} < 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_o| \ll 1</math>, <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}</math> ; * dans le triangle <math>\;A_iIS</math>, <math>\;\tan(\theta_i) = -\dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_i}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0</math>, <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> et <math>\;\theta_i < 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_i) = -\dfrac{\overline{SI}}{p_i}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>, <math>\;\theta_i \simeq -\dfrac{\overline{SI}}{p_i}</math> ; {{Al|5}}on en déduit <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq \dfrac{\dfrac{-\overline{SI}}{p_i}}{-\dfrac{\overline{SI}}{p_o}}\;</math> soit, en simplifiant par <math>\;\overline{SI}</math>, l'expression souhaitée du <center>grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq \dfrac{p_o}{p_i}</math>.</center>}} ==== Établissement de la relation de Lagrange - Helmholtz ==== {{Al|5}}Á l'aide des relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) et de l'expression du grandissement angulaire dans le même repérage, vérifier la relation de Lagrange - Helmholtz <center> <math>\;\dfrac{n_i}{n_o}\; G_t(A_o)\; G_a(A_o) = 1\;</math> <ref name="Lagrange - Helmholtz dioptre"> Cette relation est la même que celle que l'on trouvera dans le chapitre suivant sur les lentilles minces, dans le cas usuel d'une lentille mince l'espace image étant de même indice que l'espace objet</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Connaissant le grandissement transversal donné par la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) \simeq \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> et l'expression du grandissement angulaire précédemment trouvée <math>\;G_a(A_o) \simeq \dfrac{p_o}{p_i}</math>, on en déduit le lien entre grandissements angulaire et transversal indépendant de la position du point objet <math>\;A_o</math>, <math>\;G_a(A_o)\; G_t(A_o) \simeq \dfrac{p_o}{p_i} \times \dfrac{n_o}{n_i}\; \dfrac{p_i}{p_o} = \dfrac{n_o}{n_i}\;</math> soit finalement <center><math>\;\dfrac{n_i}{n_o}\; G_t(A_o)\; G_a(A_o) = 1\;</math> ce qui constitue la relation de Lagrange - Helmholtz cherchée <ref name="Lagrange - Helmholtz dioptre" />.</center>}} == Notes et références == <references /> {{Bas de page | idfaculté = physique | précédent = [[../Optique géométrique : miroir plan/]] | suivant = [[../Optique géométrique : lentilles minces/]] }} bt3nut4p8dkorbymq4xztcn12py8h9y 880692 880690 2022-07-24T06:37:14Z Phl7605 31541 wikitext text/x-wiki {{Exercice | titre = Optique géométrique : conditions de Gauss | idfaculté = physique | numéro = 13 | chapitre = [[../../Optique géométrique : conditions de Gauss/]] | précédent = [[../Optique géométrique : miroir plan/]] | suivant = [[../Optique géométrique : lentilles minces/]] | niveau = 14 }} __TOC__ {{clr}} == Stigmatisme et aplanétisme approchés d'un miroir sphérique sous conditions de Gauss == {{Al|5}}Pour être défini, un miroir sphérique nécessite la connaissance de : * sa nature « concave » ou « convexe », * son centre <math>\;C\;</math> (centre de courbure de la surface sphérique réfléchissante <ref> Si le miroir est « concave », <math>\;C\;</math> est réel, et si le miroir est « convexe », <math>\;C\;</math> est virtuel.</ref>), * son rayon de courbure (non algébrisé) <math>\;R\;</math> (rayon de courbure de la surface sphérique réfléchissante), * l'axe optique principal dont la partie incidente (ou son prolongement) passe par <math>\;C\;</math> et le point objet <math>\;A_o\;</math> (point objet dont on étudiera l'image éventuelle) et * son sommet <math>\;S\;</math> (intersection de l'axe optique principal et de la surface réfléchissante). {{Al|5}}Nous adoptons l'algébrisation physique de l'axe optique principal <ref name="orientation axe opt. princ."> Supposant l'axe optique principal horizontal, l'espace objet réel étant situé à gauche du miroir, la partie incidente de l'axe optique principal est donc orientée dans le sens <math>\;\rightarrow\;</math> et la partie réfléchie orientée dans le sens <math>\;\leftarrow</math>.</ref> et, pour unifier l'étude des miroirs sphériques, algébrisons le rayon de courbure du miroir selon <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow}\;</math> <ref name="orientation axe opt. princ." /> avec pour conséquence la nature « concave » ou « convexe » du miroir caractérisé par le signe du rayon de courbure algébrisé : * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} > 0</math>, <math>\;C\;</math> étant à droite de <math>\;S\;</math> est virtuel, correspondant à un miroir « convexe », * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} < 0</math>, <math>\;C\;</math> étant à gauche de <math>\;S\;</math> est réel, correspondant à un miroir « concave ». <center> <gallery> Miroir sphérique convexe - algébrisation.jpg|Miroir sphérique convexe : algébrisation de l'axe optique principal, définitions du centre, du sommet et du rayon de courbure algébrisé Miroir sphérique concave - algébrisation.jpg|Miroir sphérique concave : algébrisation de l'axe optique principal, définitions du centre, du sommet et du rayon de courbure algébrisé </gallery> Dans la suite nous supposerons le miroir sphérique concave <ref> En précisant la modification des résultats pour un miroir sphérique convexe.</ref> et <br>admettrons qu'il n'y a pas stigmatisme rigoureux du miroir sphérique pour tous les points objets <br>autres que <math>\;C\;</math> et tous les points du miroir <ref name="Définition sommet"> Si le point objet <math>\;A_o\;</math> est sur le miroir, l'axe optique principal associé à ce point objet ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, <math>\;A_o\;</math> joue le rôle de sommet <math>\;S\;</math> du miroir ; ainsi, dans la mesure où l'axe optique principal n'a pas été préalablement défini, tout point du miroir peut être considéré comme un sommet.</ref>.</center> === Démonstration du stigmatisme approché d'un miroir sphérique concave sous conditions de Gauss === [[File:Miroir sphérique concave - stigmatisme approché.jpg|thumb|Schéma d'un miroir sphérique concave dans le but d'établir le stigmatisme approché du miroir pour tout point objet autre que C et S]] {{Al|5}}Considérant un point objet réel <math>\;A_o \neq C\;</math> et l'axe optique principal correspondant de support <math>\;(A_oC)\;</math> <ref> Dès lors que <math>\;A_o\;</math> est <math>\;\neq C</math>, l'axe optique principal est parfaitement défini ainsi que le sommet <math>\;S\;</math> qui est l'intersection de l'axe optique principal et du miroir ; <br>{{Al|3}}sur le schéma <math>\;[SA_o]\;</math> est <math>\;> [SC]\;</math>, ceci entraînant que <math>\;A_i</math>, l'image éventuelle de <math>\;A_o\;</math> par le miroir, est telle que <math>\;[SA_i]\;</math> est <math>\;< [SC]\;</math> ; <br>{{Al|3}}pour traiter le cas correspondant à <math>\;[SA_o] < [SC]</math>, ce qui entraînerait que <math>\;A_i</math>, l'image éventuelle de <math>\;A_o\;</math> par le miroir, serait telle que <math>\;[SA_i] > [SC]</math>, il suffirait de permuter l'objet et l'image pour retrouver le cas précédent aussi nous nous contenterons de traiter le cas du schéma <math>\;[SA_o] > [SC]</math>.</ref>, nous envisageons des rayons incidents issus de <math>\;A_o</math>, peu inclinés par rapport à l'axe optique principal, d'angle d'inclinaison <math>\;\theta_o\;</math> tel que <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et dont le point d'incidence <math>\;I\;</math> reste proche du sommet <math>\;S\;</math> c.-à-d. tel que l'angle que fait la normale au miroir en <math>\;I\;</math> dans le sens incident avec la partie incidente de l'axe optique principal <math>\;\widehat{(\overrightarrow{CS}\, ;\, \vec{N})} = \omega\;</math> est tel que <math>\;|\omega| \ll 1</math> <ref name="Paraxial"> Les rayons incidents sont donc paraxiaux, conditions de Gauss (admises) pour que le système recevant ces rayons soit stigmatique approché pour le point objet considéré.</ref>. {{Al|5}}Le rayon incident <math>\;A_oI\;</math> donnant, par utilisation des lois de Snell - Descartes de la réflexion, le rayon réfléchi <math>\;IA_i\;</math> <math>\big(A_i \in</math> à l'axe optique principal<math>\big)</math>, appelons <math>\;\theta_i\;</math> l'angle d'inclinaison du rayon réfléchi par rapport à la partie réfléchie de l'axe optique principal ; nous nous proposons de démontrer que <math>\;A_i\;</math> est indépendant du rayon incident considéré <math>\big(</math>c.-à-d. indépendant de <math>\;\theta_o\;</math> et de <math>\;\omega\big)\;</math> dans la mesure où les conditions de Gauss de stigmatisme approché <math>\big(\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et <math>\;|\omega| \ll 1\big)\;</math> sont réalisées. ==== Établissement de la relation liant θ_o, θ_i et ω ==== # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIC\;</math> établir une première relation entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;i\;\big(</math>angle d'incidence du rayon incident en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIC\;</math> établir une deuxième relation entre <math>\;\theta_i</math>, <math>\;i'\;\big(</math>angle de réflexion du rayon réfléchi en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en utilisant la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes de la réflexion et les deux relations précédentes, déduire la relation suivante entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;\theta_i\;</math> et <math>\;\omega</math> : <center> <math>\;\omega = \dfrac{\theta_o + \theta_i}{2}\;\;(\mathfrak{a})\;</math> <ref> Cette relation reste applicable quels que soient les ordres de grandeur de <math>\;|\theta_o|\;</math> et <math>\;|\omega|</math>, elle ne nécessite donc pas de se placer dans les conditions de Gauss de stigmatisme approché.</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Dans le triangle <math>\;A_oIC</math>, <math>\;\omega = \theta_o + (-i)\;</math> <ref name="relation dans un triangle"> On utilise la propriété suivante : « dans un triangle, un angle extérieur est égal à la somme des deux autres angles intérieurs » (propriété utilisant des angles non algébrisés).</ref> <ref> On remarque, sur le schéma, que <math>\;\omega\;</math> et <math>\;\theta_o\;</math> sont positifs mais <math>\;i\;</math> étant négatif, sa valeur absolue s'écrit <math>\;(-i)</math>.</ref> et <br>{{Al|5}}dans le triangle <math>\;A_iIC</math>, <math>\;\theta_i = \omega + i'\;</math> <ref name="relation dans un triangle" /> <ref> On remarque, sur le schéma, que tous les angles <math>\;\theta_i</math>, <math>\;\omega\;</math> et <math>\;i'\;</math> sont positifs.</ref> ou, <br>{{Al|5}}en utilisant la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes pour la réflexion <math>\;i' = -i</math>, la relation ci-dessus se réécrit <math>\;\theta_i = \omega - i</math> ; <br>{{Al|5}}on élimine alors <math>\;i\;</math> entre ces deux relations en faisant la différence soit : <math>\;\omega - \theta_i = \theta_o - \omega\;</math> ou <math>\;2\,\omega = \theta_o + \theta_i\;</math> soit enfin <center> <math>\;\omega = \dfrac{\theta_o + \theta_i}{2}\;\;(\mathfrak{a})</math>.</center>}} ==== Évaluation des angles θ_o, θ_i et ω en fonction des abscisses de A_o, A_i et C repérées relativement à H ==== {{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> et des conditions de Gauss de stigmatisme approché, montrer que le rayon réfléchi est aussi peu incliné relativement à la partie réfléchie de l'axe optique principal c.-à-d. <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>. # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH\;</math> <ref name="définition de H"> <math>\;H\;</math> étant le projeté orthogonal du point d'incidence <math>\;I\;</math> sur l'axe optique principal.</ref> évaluer <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_o}_{\rightarrow}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\theta_o</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\theta_i)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_i}_{\leftarrow}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\theta_i</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\omega)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HC}_{\rightarrow}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\omega</math>, # déduire des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math>, un lien entre <math>\;\overline{HA_o}_{\rightarrow}</math>, <math>\;\overline{HA_i}_{\leftarrow}\;</math> et <math>\;\overline{HC}_{\rightarrow}\;</math> <math>\;\big[</math>relation <math>\,(\mathfrak{b})\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> écrite sous la forme <math>\;\theta_i = 2\, \omega - \theta_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;|\theta_i| \leqslant 2\, |\omega| + |\theta_o|\;</math> et des conditions de Gauss de stigmatisme approché <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}|\theta_o| \ll 1\\ |\omega| \ll 1 \end{array}\right\rbrace\;</math> dont on déduit <math>\;2\, |\omega| + |\theta_o| \ll 1\;</math> d'où <math>\;|\theta_i| \leqslant 2\, |\omega| + |\theta_o| \ll 1\;</math> c.-à-d. que le rayon réfléchi est aussi peu incliné relativement à la partie réfléchie de l'axe optique principal. # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH</math>, <math>\;\tan(\theta_o) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HA_o}_\rightarrow}\;</math> car sur le schéma <math>\;\theta_o > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_o) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_o}_\rightarrow < 0\;</math> ou, <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_o) \simeq \theta_o\;</math> on en déduit <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_o}_\rightarrow}</math> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH</math>, <math>\;\tan(\theta_i) = \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}_\leftarrow}\;</math> car sur le schéma <math>\;\theta_i > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_i) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_i}_\leftarrow > 0\;</math> ou, <math>\;|\theta_i| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_i) \simeq \theta_i\;</math> on en déduit <math>\;\theta_i \simeq \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}_\leftarrow}</math> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH</math>, <math>\;\tan(\omega) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HC}_\rightarrow}\;</math> car sur le schéma <math>\;\omega > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\omega) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HC}_\rightarrow < 0\;</math> ou, <math>\;|\omega| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\omega) \simeq \omega\;</math> on en déduit <math>\;\omega \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HC_\rightarrow}}</math> ; # des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> réécrite selon <math>\;2\, \omega = \theta_i + \theta_o</math>, on en déduit <math>\;\dfrac{-2\, \overline{HI}}{\overline{HC_\rightarrow}} = \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}_\leftarrow} - \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_o}_\rightarrow}\;</math> ou, en simplifiant par <math>\;\overline{HI}</math>, on obtient la relation <math>\;(\mathfrak{b})\qquad \dfrac{-2}{\overline{HC_\rightarrow}} = \dfrac{1}{\overline{{\mathrm{HA}_i}_\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{HA_o}_\rightarrow}</math>.}} ==== Établissement de la confusion de H et de S à l'ordre un en ω ==== {{Al|5}}Établir que <math>\;H\;</math> <ref name="définition de H" /> peut être confondu avec le sommet <math>\;S\;</math> du miroir à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> <ref name="H et S confondus"> Ceci nécessite que <math>\;[HS]\;</math> soit un infiniment petit au moins d'ordre deux en <math>\;\omega</math>.</ref> et {{Al|5}}réécrire que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> en tenant compte de cette confusion. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Montrons que <math>\;H\;</math> peut être confondu avec <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> <ref name="ω infiniment petit d'ordre un"> <math>\;|\omega|\;</math> étant considéré comme un infiniment petit d'ordre un.</ref>, en évaluant <math>\;[CH]\;</math> puis <math>\;[HS] = [CS] - [CH]\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega</math>, on obtient : <math>\;[CH] = [CI]\, \cos(\omega) = R\, \cos(\omega) \simeq R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math> <math>\big(</math>revoir la remarque du paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable_au_voisinage_d'une_de_ses_valeurs#D.C3.A9veloppements_limit.C3.A9s_.C3.A0_l.27ordre_un_de_quelques_fonctions_usuelles|D.L. à l'ordre un de quelques fonctions usuelles]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « Outils mathématiques pour la physique (PCSI) »<math>\big)\;</math> d'où <math>\;[HS] = [CS] - [CH] \simeq R - R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega</math>, soit encore <math>\;[HS] \simeq R \dfrac{\omega^2}{2}\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math> ou finalement <center><math>\;[HS] \simeq 0\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega</math> ;</center> {{Al|5}}remplaçant <math>\;H\;</math> par <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{b})</math>, on peut, sous les conditions de Gauss de stigmatisme approché, la réécrire selon <center><math>\;(\mathfrak{b})\; \dfrac{-2}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = \dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math> <ref> Sous cette forme la relation nécessite que le point objet <math>\;A_o\;</math> soit <math>\;\neq S\;</math> sommet du miroir.</ref>.</center>}} ==== Conclusion : stigmatisme approché du miroir sphérique (concave) pour le point objet A_o et relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) ==== {{Al|5}}Vérifier que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> définit, pour un point objet <math>\;A_o\;</math> quelconque, un point image unique <math>\;A_i\;</math> et en déduire le stigmatisme approché du miroir sphérique pour le point objet <math>\;A_o</math> ; {{Al|5}}la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> pouvant être écrite selon <math>\;\dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}} = V\;</math> <ref name="indépendance de la nature"> Nous admettrons que cette relation (ou propriété) établie dans le cas d'un miroir sphérique concave est encore applicable, sans modification, à un miroir sphérique convexe.</ref> où <math>\;V\;</math> est une constante appelée « vergence » du miroir sphérique exprimée en dioptries <math>\big(</math>de symbole <math>\;\delta\big)\;</math> dans la mesure où les abscisses le sont en <math>\;m\;\big(</math>la dioptrie étant liée au mètre par <math>\;1\, \delta = 1\,m^{-1}\big)</math>, exprimer <math>\;V\;</math> en fonction de <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow}</math>. {{Al|5}}Par la suite notant l'abscisse de Descartes <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math><ref> Pour le repérage de Descartes dans un miroir sphérique (concave ou convexe), il y a deux origines utilisées : l'origine au sommet qui est la plus fréquemment utilisée et l'origine au centre qui l'est beaucoup moins.</ref> du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Par la suite notant l'abscisse de Descartes <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>avec origine au sommet<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> }}celle du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}</math>, <br>{{Al|5}}la relation de conjugaison (approchée) de position [ou 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée)] de Descartes d'un miroir sphérique se réécrit <center><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille"> C.-à-d., comme cela sera vu au chapitre suivant, la même relation de conjugaison (approchée) de position (ou de grandissement transverse) de Descartes (ou de Newton) que celle d'une lentille mince (à condition que l'algébrisation de l'axe optique du miroir sphérique soit l'algébrisation physique adoptée dans ce cours).</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> établit le stigmatisme approché du miroir sphérique pour tout point objet <math>\;A_o\;</math> autre que <math>\;C\;</math> et <math>\;S\;</math> puisque, pour un point objet <math>\;A_o\;</math> fixé, le point image <math>\;A_i\;</math> est déterminé de façon unique <math>\big(</math>indépendamment des variations des petits angles <math>\;\theta_o\;</math> et <math>\;\omega\big)</math>. {{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> peut effectivement être écrite sous la forme <math>\;\dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}} = V\;</math> où <math>\;V\;</math> est une constante définissant la vergence du miroir sphérique selon <center><math>\;V = \dfrac{-2}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> avec <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow}\;</math> rayon algébrisé du miroir.</center> {{Al|5}}Avec les abscisses de Descartes (avec origine au sommet) du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> et du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}</math>, la relation de conjugaison (approchée) de position [ou 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée)] de Descartes du miroir sphérique se réécrit <center><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille" />.</center>}} === Points pour lesquels la conjugaison du miroir sphérique est rigoureuse et points doubles === {{Al|5}}Vérifier, par construction et pour une direction d'axe optique principal préalablement fixée, que le centre <math>\;C\;</math> et le sommet <math>\;S\;</math> <ref name="Définition sommet" /> du miroir sont des points * pour lesquels le miroir est stigmatique rigoureux et * dont l'image est confondue avec l'objet (c.-à-d. que ce sont des points doubles). {{Al|5}}Justifier la raison pour laquelle la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) est applicable à <math>\;C</math>, centre du miroir, bien que la conjugaison soit rigoureuse ; {{Al|5}}vérifier, en utilisant cette relation, que <math>\;C\;</math> est effectivement un point double. {{Al|5}}Admettant que la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) reste applicable à <math>\;S</math>, sommet du miroir, pour lequel il y a conjugaison rigoureuse <math>\big[</math>mais évidemment pas sous cette forme qui est indéterminée quand on l'applique à <math>\;S</math>, son abscisse objet <math>\;p_o\;</math> y étant nulle<math>\big]</math>, évaluer <math>\;p_i\;</math> en fonction de <math>\;p_o\;</math> et de <math>\;V\;</math> et vérifier, sur cette dernière forme, * que <math>\;S\;</math> est effectivement un point double et * qu'il n'y a pas d'autres points doubles que <math>\;S\;</math> et <math>\;C</math>. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - points doubles.jpg|thumb|Schémas de vérification du fait que, pour C et S, le miroir sphérique (concave) est stigmatique rigoureux et que ce sont des points doubles]] {{Al|5}}Voir ci-contre les propriétés particulières d'un point objet en <math>\;C\;</math> ou <math>\;S\;</math> d'un miroir sphérique concave <ref name="indépendance de la nature"/> : * à gauche tout rayon d'un faisceau incident issu du centre <math>\;C\;</math> d'un miroir sphérique concave étant normal au miroir se réfléchit sur lui-même, donnant un ensemble de rayons réfléchis convergeant en un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, c.-à-d. prouvant que le miroir sphérique est stigmatique rigoureux pour son centre ; de plus le point image de <math>\;C\;</math> étant <math>\;C\;</math> lui-même, ce dernier est un point double ; * à droite tout rayon d'un faisceau incident convergeant sur le sommet <math>\;S\;</math> d'un miroir sphérique concave se réfléchissant en suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal et l'ensemble des rayons réfléchis divergeant à partir d'un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, cela prouve le stigmatisme rigoureux du miroir sphérique pour son sommet ; de plus le point image de <math>\;S\;</math> étant <math>\;S\;</math> lui-même, ce dernier est un point double. {{Al|5}}Pour appliquer la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) à <math>\;C</math>, centre du miroir, bien que la conjugaison soit rigoureuse, il suffit de ne considérer que les rayons paraxiaux du faisceau incident issu de <math>\;C\;</math> et d'ouverture quelconque <ref> Le fait que les autres rayons convergent également en <math>\;C\;</math> ne modifient en rien la convergence des rayons réfléchis provenant de rayons incidents paraxiaux.</ref>, condition d'applicabilité de la relation de conjugaison de position de Descartes ; {{Al|5}}dans ce cas, si on appelle <math>\;C_i</math>, d'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(C_i) = \overline{SC_i}_{\leftarrow}</math>, l'image du point objet <math>\;C</math>, d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(C) = \overline{SC}_{\rightarrow} = \overline{R}</math>, nous obtenons, en remplaçant <math>\;V\;</math> par <math>\;\dfrac{-2}{\overline{R}}</math>, <math>\;\dfrac{1}{p_i(C_i)} - \dfrac{1}{\overline{R}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> d'où <math>\;p_i(C_i) = \overline{SC_i}_{\leftarrow}</math> <math>= -\overline{R}\;</math> soit encore <math>\;\overline{SC_i}_{\leftarrow} = -\overline{SC}_{\rightarrow}</math> ou, avec <math>\;\overline{SC_i}_{\rightarrow} = -\overline{SC_i}_{\leftarrow}</math>, <math>\;\overline{SC_i}_{\rightarrow} = \overline{SC}_{\rightarrow}\;</math> prouvant que <math>\;C_i\;</math> se confond avec <math>\;C\;</math> et par suite que <math>\;C\;</math> est un point double. <center>De <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> on tire <math>\;\dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{p_o} + V = \dfrac{1 + V\, p_o}{p_o}\;</math> soit <math>\;p_i = \dfrac{p_o}{1 + V\, p_o}</math> ;</center> {{Al|5}}sous cette forme on vérifie qu'un point objet en <math>\;S</math>, d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(S) = 0\;</math> a une image d'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i = 0</math>, c.-à-d. une image confondue avec <math>\;S\;</math> prouvant que <math>\;S\;</math> est bien un point double ; {{Al|5}}les points doubles <math>\;A_d\;</math> d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_d\;</math> étant tels que leurs abscisses images de Descartes (avec origine au sommet) s'écrivant <math>\;p_i(A_d) = \overline{SA_d}_{\leftarrow} = -\overline{SA_d}_{\rightarrow} = -p_d\;</math> avec <math>\;p_i(A_d) = \dfrac{p_d}{1 + V\, p_d}\;</math> obéissent à l'équation <math>\;-p_d = \dfrac{p_d}{1 + V\, p_d}\;</math> c.-à-d. <math>\;\left\lbrace\begin{array}{c}p_d = 0\;\;\; \text{ou}\\ 1 + V\, p_d = -1\end{array}\right\rbrace</math>, la 1{{ère}} solution donnant <math>\;S\;</math> point double et la 2{{ème}} équation conduisant à <math>\;p_d = \dfrac{-2}{V} = \overline{R}\;</math> c.-à-d. <math>\;C\;</math> point double ; <center>le centre et le sommet d'un miroir sphérique sont donc les seuls points doubles de ce dernier.</center>}} === Caractère focal d'un miroir sphérique, position des foyers principaux objet et image, lien de la vergence et des distances focales objet et image === {{Al|5}}Vérifier, sur la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes d'un miroir sphérique, que ce dernier est nécessairement « focal » <ref name="définition focal"> Un système « afocal » étant tel que le point à l'infini de l'axe optique principal est un point double, un système sera « focal » si le point à l'infini de l'axe optique principal est conjugué à un point de ce même axe optique principal à distance finie.</ref> puis déterminer * la position du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> c.-à-d. le point objet de l'axe optique principal ayant pour image le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;F_o\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; A_{i,\,\infty}\big]\;</math> et * la position du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> c.-à-d. le point image de l'axe optique principal ayant pour antécédent <ref name ="Antécédent"> C.-à-d. pour point objet.</ref> le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;A_{o,\,\infty}\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; F_i\big]</math> ; {{Al|5}}quelle particularité ces deux points possèdent-ils en ce qui concerne leurs positions absolues d'une part et leur position relative d'autre part ? {{Al|5}}Définissant * la distance focale objet comme l'abscisse objet de Descartes du foyer principal objet (avec origine au sommet) soit <math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> et * la distance focale image comme l'abscisse image de Descartes du foyer principal image (avec origine au sommet) soit <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math>, {{Al|5}}déterminer le lien entre vergence <math>\;V</math>, distance focale objet <math>\;f_o\;</math> et distance focale image <math>\;f_i</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Un miroir sphérique est un « système focal », en effet pour qu'il soit « afocal », il faudrait que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, mais ayant établi que les seuls points doubles du miroir sphérique sont <math>\;C\;</math> et <math>\;S</math>, et non le point à l'infini de l'axe optique principal on en déduit que le miroir sphérique est bien un « système focal ». * Le foyer principal image <math>\;F_i</math>, repéré par l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(F_i) = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> étant l'image du point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(A_{o,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{p_o(A_{o,\, \infty})} = 0</math>, on en déduit <math>\;\dfrac{1}{p_i(F_i)} - 0 = V\;</math> soit <math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} = \dfrac{1}{V} = -\dfrac{\overline{R}}{2}</math>. * Le foyer principal objet <math>\;F_o</math>, repéré par l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(F_o) = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> étant l'antécédent <ref name ="Antécédent"/> du point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(A_{i,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{p_i(A_{i,\, \infty})} = 0</math>, on en déduit <math>\;0 - \dfrac{1}{p_o(F_o)} = V\;</math> soit <math>\;\overline{SF_o}_{\rightarrow} = -\dfrac{1}{V} = \dfrac{\overline{R}}{2}</math> ; * les positions géométriques respectives des foyers principaux objet et image étant telles que <math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} = - \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> et le changement de sens d'algébrisation conduisant à <math>\;\overline{SF_i}_{\rightarrow} = -\overline{SF_i}_{\leftarrow}</math>, on en déduit <math>\;\overline{SF_i}_{\rightarrow} = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> c.-à-d. la <u>coïncidence des positions géométriques des foyers principaux objet et image</u> <ref> Cette coïncidence n'est que géométrique, car ce sont des points d'espaces optiques différents, l'un est dans un espace objet et l'autre dans un espace image.</ref> ; * <u>leur position géométrique commune</u> étant telle que <math>\;\overline{SF_o}_{\rightarrow} = \dfrac{\overline{R}}{2} = \dfrac{\overline{SC}_{\rightarrow}}{2}\;</math> on vérifie qu'elle <u>coïncide avec le milieu du segment joignant le sommet et le centre du miroir</u>. <center><u>Notion de distances focales objet et image</u> :</center> * la distance focale image <math>\;f_i\;</math> étant définie par <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> est liée à la vergence par <math>\;f_i = \dfrac{1}{V} = -\dfrac{\overline{R}}{2}</math> ; * la distance focale objet <math>\;f_o\;</math> étant définie par <math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> est liée à la vergence par <math>\;f_o = -\dfrac{1}{V} = \dfrac{\overline{R}}{2}</math> ; <center>on en déduit la relation <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> <ref> Pratiquement la vergence <math>\;V\;</math> est la valeur de l'invariant <math>\;\dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}</math>, appliquée au couple de points conjugués <math>\;(A_{o,\, \infty}\, , \,F_i)\;</math> on trouve <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} - 0\;</math> et appliquée au couple de points conjugués <math>\;(F_o\, , \,A_{i,\, \infty})</math>, <math>\;V = 0 - \dfrac{1}{f_o}</math> ; <br>{{Al|3}}pour mémoire, <math>\;C\;</math> étant un point double, l'invariant en <math>\;C\;</math> donne la valeur <math>\;V = \dfrac{1}{\overline{SC}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = -\dfrac{2}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}</math>.</ref>.</center>}} === Quelques propriétés découlant du caractère focal d'un miroir sphérique === ==== Signe de la vergence suivant la nature concave ou convexe du miroir sphérique, caractère convergent ou divergent du miroir et nature réelle ou virtuelle des foyers principaux ==== {{Al|5}}Déterminer le signe de la vergence suivant la nature « concave » ou « convexe » du miroir sphérique puis {{Al|5}}son caractère « convergent » ou « divergent » sachant qu'un système focal à « vergence positive » (respectivement « négative ») est dit « convergent » (respectivement « divergent ») et enfin {{Al|5}}la nature « réelle » ou « virtuelle » des foyers principaux. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> on en déduit que la vergence est de signe contraire au rayon de courbure algébrisé du miroir sphérique, ainsi : * un miroir <u>concave</u> a un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} < 0\;</math> <ref name="nature de C"> Correspondant au caractère réel (resp. virtuel) du centre <math>\;C\;</math> d'un miroir concave (resp. convexe).</ref>, donc une vergence <math>\;V > 0</math>, c'est un système « <u>convergent</u> », * un miroir <u>convexe</u> a un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} > 0\;</math> <ref name="nature de C" />, donc une vergence <math>\;V < 0</math>, c'est un système « <u>divergent</u> ». {{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> on en déduit la nature (réelle ou virtuelle) des foyers principaux objet et image suivant la nature (convergente ou divergente) du miroir sphérique : * un miroir <u>concave</u> étant convergent, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> est <math>\;> 0\;</math> entraînant le caractère <u>réel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> étant <math>\;< 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>réel</u> <ref name="nature des foyers"> Pour un miroir concave (resp. convexe) le caractère réel (resp. virtuel) du centre <math>\;C\;</math> avec le fait que la position géométrique commune des foyers principaux est le milieu du segment joignant le centre et le sommet, entraîne le caractère réel (resp. virtuel) des foyers principaux objet et image.</ref>, * un miroir <u>convexe</u> étant divergent, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> est <math>\;< 0\;</math> entraînant le caractère <u>virtuel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> étant <math>\;> 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>virtuel</u> <ref name="nature des foyers" />.}} ==== Démonstration de l'absence de conjugaison non rigoureuse du miroir sphérique (concave) pour le point objet à l'infini sur l'axe optique principal ==== {{Al|5}}En reprenant la démonstration faite à la 1{{ère}} question mais avec <math>\;A_o\;</math> situé à l'infini <math>\;\big(</math>ce qui correspond à <math>\;\theta_o = 0\big)\;</math> et en conservant les notations introduites dans la 1{{ère}} question <math>\;\big[</math>à l'exception de <math>\;A_i\;</math> qui sera noté <math>\;F_i(\omega)\;</math> <ref name="dépendance de ω"> Fonction de <math>\;\omega\;</math> car ce point <math>-</math> hors condition de Gauss <math>-</math> en dépend effectivement <math>\big[</math>c'est d'ailleurs, en ce qui concerne <math>\;F_i</math>, le but de cette question<math>\big]</math>.</ref> et de <math>\;H\;</math> qui sera noté <math>\;H(\omega)\;</math> <ref name="dépendance de ω" /><math>\big]</math>, {{Al|5}}déterminer la position de <math>\;F_i(\omega)\;</math> défini comme le point de l'axe optique principal par lequel passe le rayon réfléchi correspondant au rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, de point d'incidence <math>\;I(\omega)\;</math> <ref name="dépendance de ω" /> et {{Al|5}}vérifier que <math>\;F_i(\omega)\;</math> dépendant effectivement de <math>\;\omega</math>, il n'y a pas conjugaison rigoureuse du miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> pour le point situé à l'infini de l'axe optique principal. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - absence stigmatisme rigoureux.jpg|thumb|Schéma de démonstration de l'absence de stigmatisme rigoureux d'un miroir sphérique concave pour le point objet à l'infini sur l'axe optique principal]] {{Al|5}}Montrons algébriquement qu'un miroir sphérique concave <ref name="indépendance de la nature" /> n'est pas rigoureusement stigmatique pour le point à l'infini <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math> de l'axe optique principal et pour cela il suffit de montrer qu'un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, de point d'incidence <math>\;I(\omega)\;</math> <ref name="dépendance de ω" />, repéré par l'angle <math>\;\omega\;</math> que fait le rayon incident avec <math>\;\overrightarrow{CI}(\omega)\;</math> tel que <math>\;|\omega|\; \cancel{\ll}\; 1\;</math>, donne un réfléchi qui recoupe l'axe optique principal en <math>\;F_i(\omega)\;</math> dépendant effectivement de <math>\;\omega\;</math> d'où l'absence de stigmatisme rigoureux du miroir pour <math>\;A_{o,\,\infty}</math> ; {{Al|5}}l'angle d'incidence étant <math>\;i = -\omega\;</math> <ref> En effet <math>\;i\;</math> est <math>\;< 0\;</math> sur le schéma alors que <math>\;\omega\;</math> est <math>\;> 0</math>.</ref>, l'angle de réflexion est donc <math>\;i' = -i = \omega\;</math> d'après la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes de la réflexion ; on en déduit alors <math>\;\widehat{\left\lbrace\overrightarrow{H(\omega)S}, \overrightarrow{F_i(\omega)I(\omega)}\right\rbrace} = 2\; \omega\;</math> et <math>\;\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow}\;</math> se détermine par <math>\;\tan(2\;\omega) = \dfrac{\overline{H(\omega)I(\omega)}}{\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow}}\;</math> <ref> Toutes les grandeurs étant positives sur le schéma.</ref> soit <math>\;\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{\overline{H(\omega)I(\omega)}\, \cos(2\; \omega)}{\sin(2\; \omega)}\;</math> ou, avec <math>\;\overline{H(\omega)I(\omega)} =</math> <math>CI(\omega)\; \sin(\omega) = R\; \sin(\omega)\;</math> et <math>\;\sin(2\; \omega) = 2\; \sin(\omega)\; \cos(\omega)</math>, <math>\;\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{R\, \cos(2\; \omega)}{2\; \cos(\omega)}</math> ; {{Al|5}}on peut alors évaluer <math>\;\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} = \overline{CH(\omega)}_{\rightarrow} - \overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow}\;</math> expression dans laquelle <math>\;\overline{CH(\omega)}_{\rightarrow} = R\; \cos(\omega)\;</math> d'où <math>\;\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} =</math> <math>R\; \cos(\omega) - \dfrac{R\, \cos(2\; \omega)}{2\; \cos(\omega)} = R\; \dfrac{2\; \cos^2(\omega)- \cos(2\; \omega)}{2\; \cos(\omega)}\;</math> ou, sachant que <math>\;\cos(2\; \omega) = 2\; \cos^2(\omega) - 1</math>, l'expression finale <center><math>\;\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{R}{2\; \cos(\omega)}\;</math> <ref> L'expression simple du résultat indique qu'il doit y avoir une méthode plus rapide pour sa détermination ; en effet les angles non algébrisés <math>\;\widehat{SCI(\omega)}\;</math> et <math>\;\widehat{CI(\omega)F_i(\omega)}\;</math> étant égaux <math>\;\big(</math>à <math>\;|\omega|\big)</math>, le triangle <math>\;F_i(\omega)CI(\omega)\;</math> est isocèle <math>\Rightarrow</math> la hauteur issue de <math>\;F_i(\omega)\;</math> est aussi médiatrice d'où, en notant <math>\;K(\omega)\;</math> son pied, <math>\;CK(\omega) = \dfrac{CI(\omega)}{2} = \dfrac{R}{2}\;</math> et <math>\;\dfrac{CK(\omega)}{\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow}} = \cos(\omega) \Rightarrow \overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{CK(\omega)}{\cos(\omega)} =</math> <math>\dfrac{R}{2\; \cos(\omega)}\;</math> ce qui est indéniablement plus rapide.</ref> établissant que <math>\;F_i\;</math> dépend effectivement de <math>\;\omega\;</math> <br>et par suite que le miroir sphérique concave <ref name="indépendance de la nature" /> n'est pas stigmatique rigoureux pour le point à l'infini <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math> de l'axe optique principal <ref> La démonstration de l'absence de stigmatisme rigoureux d'un miroir sphérique concave pour n'importe quel point objet (autre que le centre et le sommet) de l'axe optique principal pourrait être faite en suivant une démarche analogue.</ref>.</center>}} === Aplanétisme approché d'un miroir sphérique sous conditions de Gauss === {{Al|5}}On considère le miroir sphérique concave introduit à la 1{{ère}} question et un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o \neq C\;</math> <ref name="support axe optique principal"> Ce qui signifie que l'axe optique principal a pour support <math>\;(A_oC)</math>.</ref> tel qu'il y ait stigmatisme approché du miroir pour tous les points <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> C.-à-d. que, pour un point quelconque <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o</math>, avec la définition de l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <math>\big(</math>cet axe jouant le rôle d'axe optique principal pour le point objet <math>\;M_o\;</math> est qualifié de secondaire relativement au point objet <math>\;A_o\big)</math>, les rayons incidents issus de <math>\;M_o\;</math> doivent être paraxiaux <math>\big[</math>peu inclinés relativement à l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> et à point d'incidence restant proche du sommet secondaire <math>\;S_{M_o}</math>, intersection de l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> avec le miroir<math>\big]</math>.</ref> ; <br>{{Al|5}}cette dernière condition entraîne que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> admet une image « nette » <math>\;A_iB_i\;</math> <ref name="Nette"> L'image est qualifiée de « nette » car tous les points objets <math>\;M_o\;</math> ont une image ponctuelle <math>\;M_i</math>.</ref> mais a priori cette image n'est <math>-</math> hors conditions de Gauss d'aplanétisme approché <math>-</math> ni « linéique » <ref name="Linéique"> Linéique signifiant « rectiligne ».</ref> ni « transverse ». {{Al|5}}Supposant que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> est, * quand l'objet n'est pas proche du miroir, vu du sommet <math>\;S\;</math> du miroir sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} S\big)\;</math> et * quand l'objet est proche du miroir, vu du centre <math>\;C\;</math> du miroir sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq S\big)</math>, {{Al|5}}ces deux conditions sont une première façon de définir les conditions de Gauss d'aplanétisme approché pour un objet linéique transverse quelconque <ref> C'est cette façon qui a été vue en cours, <math>\;S\;</math> étant en effet le point de l'axe optique principal appartenant à la face d'entrée du miroir.</ref>. {{Al|5}}Il existe une deuxième façon équivalente de définir les conditions de Gauss d'aplanétisme approché pour un objet linéique transverse quelconque <math>\;A_oB_o\;</math> <ref name="façon plus simple"> C'est cette façon que nous adopterons car elle conduit à une démonstration plus rapide de l'aplanétisme.</ref> : * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> n'est pas proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir, l'objet doit être vu du centre <math>\;C\;</math> sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)\;</math> et * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math>, l'objet doit être vu du sommet <math>\;S\;</math> du miroir sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq C\big)</math>. ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un miroir sphérique concave pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du miroir et vu de ce centre sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant d'abord supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\alpha</math>, sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, l'angle <math>\;\beta</math> sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, n'étant pas nécessairement petit, la démarche pour établir l'aplanétisme du miroir pour un tel objet est rendue plus aisée si on a établi auparavant la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Relation_de_conjugaison_de_position_.28ou_1.C3.A8re_relation_de_conjugaison.29_de_Descartes_.28avec_origine_au_centre.29|relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre)]] <ref name="méthode moins aisée"> Il est possible de se contenter de la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) mais la méthode est alors moins aisée.</ref> <center><math>\;\dfrac{1}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}} = -V\;</math> où <math>\;V\;</math> est la vergence précédemment introduite :</center> {{Al|5}}la démarche peut alors être décomposée en les étapes suivantes : * montrer qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * en utilisant la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre), montrer alors que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et vérifier que l'angle au centre associé est encore <math>\;\alpha</math>, * conclure qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'image <math>\;A_iB_i\;</math> peut être confondue avec un segment perpendiculaire à l'axe optique principal c.-à-d. qu'elle est linéique transverse <ref> Nous aurons donc établi qu'il y a aplanétisme approché du miroir sphérique pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du miroir à condition qu'il soit vu de ce centre sous un petit angle.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq}\; C\big)</math>, avec l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, * le caractère transverse de l'objet linéique <math>\Rightarrow</math> la longueur <math>\;[CB_o]\;</math> est plus grande que la longueur <math>\;[CA_o]\;</math> <ref name="définition des côtés triangle rectangle"> <math>\;[CB_o]\;</math> étant l'hypoténuse du triangle <math>\;A_oB_oC\;</math> rectangle en <math>\;A_o\;</math> et <math>\;[CA_o]\;</math> le côté adjacent à l'angle de mesure <math>\;\alpha</math>.</ref>, soit plus précisément <math>\;[CA_o] =</math> <math>[CB_o]\, \cos(\alpha) \simeq [CB_o] \left( 1 - \dfrac{\alpha^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\alpha\;</math> <ref name="DL du cosinus à l'ordre deux"> Revoir la remarque du paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable_au_voisinage_d'une_de_ses_valeurs#D.C3.A9veloppements_limit.C3.A9s_.C3.A0_l.27ordre_un_de_quelques_fonctions_usuelles|D.L. à l'ordre un de quelques fonctions usuelles]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « Outils mathématiques pour la physique (PCSI) ».</ref> ou finalement <math>\;[CA_o] \simeq [CB_o]\;</math> à l'ordre un en <math>\;\alpha\;</math> prouvant, qu'à cet ordre, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * tous les points objets <math>\;M_o\;</math> de l'arc de cercle <math>\;A_oB_o\;</math> de centre <math>\;C\;</math> ayant une abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <ref name="axe optique secondaire"> Cet axe optique secondaire relativement au point objet <math>\;A_o\;</math> est en fait un axe optique principal relativement au point objet <math>\;M_o</math>.</ref>, l'application de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au centre) donne donc des points images <math>\;M_i\;</math> à abscisse image de Descartes (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)</math>, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est assimilable, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, à un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math>, * l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'arc de cercle <math>\;A_iB_i\;</math> est vu du centre <math>\;C\;</math> étant petit, on peut faire l'opération inverse de celle faite au premier paragraphe, c.-à-d. assimiler l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> à un segment choisi perpendiculaire à l'axe optique principal de support <math>\,(CA_i)\,</math> <ref name="justification choix"> Il s'agit effectivement d'un choix car le segment aurait pu être choisi perpendiculaire à n'importe quel axe optique secondaire de support <math>\;(CM_i)</math>.</ref>, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, linéique transverse ; <center>nous avons donc établi l'<u>aplanétisme approché du miroir sphérique</u> (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <u>pour tout objet linéique de pied non proche du centre du miroir</u>.</center>}} ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un miroir sphérique concave pour un objet linéique transverse de pied proche du centre du miroir et vu du sommet de ce dernier sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> étant maintenant supposé proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\beta</math>, sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)</math> ; la démarche pour établir l'aplanétisme du miroir pour un tel objet nécessite l'utilisation de deux rayons paraxiaux issus de <math>\;M_o</math>, point objet quelconque de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> Le caractère paraxial étant indispensable pour satisfaire au stigmatisme approché du miroir pour le point objet <math>\;M_o</math>, tous les rayons non paraxiaux issus de <math>\;M_o\;</math> seront arrêtés par un diaphragme centré sur <math>\;S</math> ;<br>{{Al|3}}on vérifie aisément que les rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> sont deux candidats respectant la paraxialité, par contre le rayon incident <math>\;M_oC\;</math> pouvant ne pas l'être car <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math> <math>\big(</math>et si tel était le cas il serait alors arrêté par le diaphragme centré en <math>\;S\big)</math>, nous ne l'utiliserons pas.</ref> et de montrer que le point image <math>\;M_i</math>, défini comme l'intersection des deux rayons réfléchis, a pour projeté, sur l'axe optique principal, le point image <math>\;A_i</math> : * déterminer l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;p_i\;</math> en fonction de la distance focale image <math>\;f_i\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * déterminer la longueur algébrique <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> en fonction de <math>\;\beta\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * travaillant dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> <ref> L'axe <math>\;\overrightarrow{Sx}\;</math> étant porté par l'axe optique principal, orienté dans le sens incident et l'axe <math>\;\overrightarrow{Sy}\;</math> étant porté par la représentation symbolique du miroir orienté vers le haut, l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> étant lui aussi orienté vers le haut.</ref> déterminer l'équation des rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> <ref name="définition ε"> L'abscisse de <math>\;M_o\;</math> est évidemment celle de <math>\;B_o\;</math> et son ordonnée sera notée <math>\;\varepsilon \times\;</math> l'ordonnée de <math>\;B_o</math>, <math>\;\varepsilon\;</math> variant entre <math>\;0\;</math> et <math>\;1</math> ;<br>{{Al|3}}ici intervient une 1{{ère}} condition de Gauss d'aplanétisme approché <math>\;\beta \ll 1\;</math> qui assure que le point <math>\;M_o\;</math> est suffisamment proche de l'axe optique principal pour que deux rayons incidents judicieusement choisis travaillent dans les conditions de stigmatisme approché.</ref>, * travaillant dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> <ref> L'axe <math>\;\overrightarrow{Sx'}\;</math> étant porté par l'axe optique principal, orienté dans le sens réfléchi <math>\;\big(</math>donc de sens contraire à celui de l'axe <math>\;\overrightarrow{Sx}\big)\;</math> et l'axe <math>\;\overrightarrow{Sy}\;</math> étant le même que précédemment à savoir porté par la représentation symbolique du miroir et orienté vers le haut.</ref> déterminer les équations des rayons réfléchis, puis leur intersection <math>\;M_i\;</math> ; * vérifier que l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal est égale à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, puis conclure à l'aplanétisme approché du miroir sphérique pour l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied proche du centre du miroir. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - aplanétisme.jpg|thumb|Schéma positionnant un objet linéique transverse de pied proche du centre d'un miroir sphérique concave pour démontrer l'aplanétisme approché du miroir pour cet objet]] {{Al|5}}Soit <math>\;A_oB_o\;</math> un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o</math>, proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir sphérique concave <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, vu du sommet <math>\;S\;</math> de ce dernier sous un angle <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)\;</math> correspondant à la condition de Gauss d'aplanétisme approché précitée ; # on détermine d'abord <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}</math>, l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, image du point objet <math>\;A_o\;</math> d'abscisse objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}</math>, par utilisation de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes du miroir sphérique (avec origine au sommet) de vergence <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}</math>, <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> étant la distance focale image du miroir d'où : <center><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i} \Rightarrow \dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{p_o} + \dfrac{1}{f_i} = \dfrac{f_i + p_o}{p_o\, f_i}\;</math> soit finalement <math>\;p_i = p_o\, \dfrac{f_i}{p_o + f_i}</math>.</center> # <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> <math>\;> 0\;</math> avec <math>\;\beta\;</math> non algébrisé <math>\;\ll 1</math>, on en déduit <math>\;\tan(\beta) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{p_o}\;</math> avec <math>\;\tan(\beta) \simeq \beta\;</math> d'où <center><math>\;\overline{A_oB_o} \simeq -\beta\; p_o</math> ;</center> # dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})</math>, le rayon incident <math>\;M_oS\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = \varepsilon\, \overline{A_oB_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_S}{x_{M_o} - x_S} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o} = -\varepsilon\, \beta\;</math> a pour équation <math>\;y - y_S = -\varepsilon\, \beta \left( x - x_S \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = -\varepsilon\, \beta\, x\;</math> <ref name="vérification signes"> On vérifie sur le schéma que, lorsque <math>\;x\;</math> est <math>\;< 0</math>, <math>\;y\;</math> est <math>\;> 0</math>.</ref>,</center><span style="color:#ffffff;"><small></small>dans le repère orthonormé <math>\;\color{white}{(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, </span>le rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> et passant par le foyer principal objet du miroir sphérique <math>\;F_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{F_o} = f_o = -f_i\, , \, y_{F_o} = 0)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_{F_o}}{x_{M_o} - x_{F_o}} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i}\;</math> a pour équation <math>\;y - y_{F_o} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i} \left( x - x_{F_o} \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i} \left( x + f_i \right)</math> ;</center> # dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> le rayon réfléchi sur le miroir du rayon incident <math>\;M_oS\;</math> étant de direction symétrique de celle de ce dernier relativement à l'axe optique principal est de même pente <math>\;-\varepsilon\, \beta\;</math> <ref> En effet le rayon réfléchi a une pente opposée à celle du rayon incident dans le repère <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> mais, quand on passe dans le repère <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> correspondant à une inversion du sens de l'axe des abscisses sans que celui de l'axe des ordonnées ne soit changé, la pente doit être multipliée par un facteur <math>\;(-1)\;</math> d'où le rayon réfléchi a une pente identique à celle du rayon incident (la raison étant que les pentes sont définies dans deux repères différents).</ref> d'où l'équation du rayon réfléchi correspondant au rayon incident <math>\;M_oS\;</math> <center><math>\;y = -\varepsilon\, \beta\, x'\;</math> <ref name="vérification signes bis"> On vérifie bien sur le schéma que, lorsque <math>\;x\;</math> est <math>\;> 0</math>, <math>\;y\;</math> est <math>\;< 0</math>.</ref>,</center><span style="color:#ffffff;"><small></small>dans le repère orthonormé <math>\;\color{white}{(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, </span>le rayon réfléchi sur le miroir du rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> étant, à partir du point d'incidence <math>\;I\;</math> sur le miroir, <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, son équation nécessite de déterminer au préalable l'ordonnée de <math>\;I\;</math> par <math>\;x_{I} = 0\;</math> dans l'équation du rayon incident soit <math>\;y(I) = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i} \left[ x(I) + f_i \right] = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o\, f_i}{p_o + f_i}\;</math> d'où l'équation du rayon réfléchi correspondant au rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o\, f_i}{p_o + f_i}</math> ;</center> {{Al|5}}l'intersection <math>\;M_i\;</math> de ces deux rayons réfléchis a pour abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o\, f_i}{p_o + f_i} = -\varepsilon\, \beta\, {x'}_{M_i}\;</math> soit <center><math>\;{x'}_{M_i} = \dfrac{p_o\, f_i}{p_o + f_i}\;</math> identique à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du point image <math>\;A_i</math> ;</center> # l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal étant égale à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, on conclut à l'<u>aplanétisme approché du miroir sphérique</u> (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <u>pour tout objet linéique</u> <math>\;A_oB_o\;</math> <u>de pied proche du centre du miroir</u>.}} ==== Relation de conjugaison (approchée) de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) ==== [[File:Miroir sphérique - symbole.jpg|thumb|Représentation symbolique (sans les foyers) d'un miroir sphérique concave et d'un miroir sphérique convexe]] {{Al|5}}Dès lors qu'un miroir sphérique est utilisée sous conditions de Gauss de stigmatisme et d'aplanétisme approchés, l'usage est de représenter ce miroir sous une forme symbolique dans laquelle figurent l'axe optique principal, le centre <math>\;C</math>, les foyers principaux objet <math>\;F_o\;</math> et image <math>\;F_i</math>, le sommet <math>\;S\;</math> et la partie de miroir perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal <ref> Cette partie de miroir perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal est terminée par des bords inclinés vers <math>\;C</math>, ainsi un miroir concave à centre <math>\;C\;</math> réel a des bords inclinés vers la gauche (c.-à-d. vers l'espace objet réel) et un miroir convexe à centre <math>\;C\;</math> virtuel a des bords inclinés vers la droite (c.-à-d. vers l'espace objet virtuel).</ref>, partie de miroir sur laquelle est rappelée l'algébrisation physique de l'axe optique principal <center>voir ci-contre à gauche pour un miroir concave et à droite pour un miroir convexe <ref name="Foyers à ajouter"> La position des foyers principaux seraient à ajouter une fois que vous les aurez déterminés.</ref>.</center> [[File:Miroir sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes avec origine en S pour un miroir sphérique concave]] {{Al|5}}Sur le schéma ci-contre on a construit l'image linéique transverse <math>\;A_iB_i\;</math> d'un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> <math>\;\neq S\;</math> et <math>\;\neq C\;</math> en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, l'un passant que le centre <math>\;C\;</math> du miroir et qui se réfléchit sur lui-même <ref> En effet le rayon réfléchi doit être issu du point d'incidence <math>\;I\;</math> du rayon incident et passer par l'image de <math>\;C\;</math> par le miroir c.-à-d. <math>\;C\;</math> lui-même.</ref>, l'autre passant par le sommet <math>\;S\;</math> du miroir et qui se réfléchit en obéissant à la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes <ref> Attention le sommet <math>\;S\;</math> du miroir est le seul point d'incidence en lequel on peut appliquer la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes en travaillant sur la représentation symbolique du miroir car c'est le seul point pour lequel la direction de cette représentation symbolique se confond avec la direction réelle du miroir <math>\big(</math>autrement dit c'est le seul point où la normale réelle est perpendiculaire à la représentation symbolique, par exemple le rayon incident <math>\;B_oC\;</math> qui se confond avec la normale réelle du miroir en <math>\;I\;</math> n'est pas perpendiculaire à la représentation symbolique du miroir en <math>\;I\big)</math>.</ref>, le point d'intersection de ces deux rayons réfléchis étant le point de convergence <math>\;B_i\;</math> de tous les rayons réfléchis correspondant à tous les rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> sous conditions de Gauss <ref> Car le miroir est stigmatique approché pour <math>\;B_o</math>.</ref> et <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal <ref> Car le miroir est aplanétique approché pour <math>\;A_oB_o</math>.</ref>. {{Al|5}}En comparant les triangles rectangles <math>\;A_iB_iS\;</math> et <math>\;A_oB_oS</math>, déterminer le grandissement transverse par le miroir de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\\ p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow} \end{array}\right\rbrace</math> ; <center>cette relation définit la relation de conjugaison (approchée) de grandissement transverse [ou 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée)] de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour tout objet linéique transverse de pied <math>\;A_o \neq S\;</math> <ref name="forme indéterminée"> Elle ne peut évidemment pas s'appliquer sous la forme indiquée pour <math>\;A_o = S\;</math> car elle correspondrait à une forme indéterminée, <br>{{Al|3}}mais on vérifie, dans le paragraphe suivant, qu'elle s'applique sous cette forme pour <math>\;A_o = C</math>.</ref> <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille" />, elle caractérise quantitativement la propriété d'aplanétisme approché du miroir sphérique pour l'objet linéique transverse de pied <math>\;A_o\;</math> <ref> Bien que démontrée sur un miroir sphérique concave elle reste applicable à un miroir sphérique convexe.</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfléchis correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;C\;</math> qui se réfléchit sur lui-même et le 2{{ème}} de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfléchit en <math>\;S\;</math> suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal <ref> Il est déconseillé de choisir ce rayon dans les constructions futures demandées car peu pratique <math>\;\big(</math>l'angle <math>\;i\;</math> devant être mesuré et reporté symétriquement par rapport à l'axe optique principal<math>\big)</math> ; ici nous l'utilisons dans la démonstration d'où ce choix.</ref>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(i)\;</math> et <math>\;\tan(-i)\;</math> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oS\;</math> et <math>\;A_iB_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(i) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;i\;</math> étant <math>\;< 0</math>, <math>\;\overline{A_oB_o} > 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> <ref> On suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oS\;</math> puisse être défini.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;i \simeq \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}</math>, * <math>\;\tan(-i) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;(-i)\;</math> étant <math>\;> 0</math>, <math>\;\overline{A_iB_i} < 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> <ref> Ayant suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> et <math>\;S\;</math> étant un point double on en déduit <math>\;A_i \neq S\;</math> ce qui définit le triangle <math>\;A_iB_iS</math>.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;-i \simeq -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}</math> ; {{Al|5}}égalant les deux expressions de <math>\;i</math>, on en déduit : <math>\;\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}} \simeq \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} \simeq \dfrac{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math> d'où <center>la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes (avec origine au sommet)</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq S\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\\ p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;p_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;p_i = f_i\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;p_o = f_o\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = C\;</math> <ref> Le miroir sphérique n'est stigmatique rigoureux que pour le pied <math>\;C\;</math> de l'objet linéique, pour tous les autres points objets constituant ce dernier on suppose le stigmatisme approché du miroir c.-à-d. l'utilisation de rayons incidents issus de <math>\;M_o\; (\neq C)\; \in A_oB_o\;</math> paraxiaux <math>\big(</math>ce qui peut être réalisé en pratique avec un diaphragme centré en <math>\;S\;</math> collé contre le miroir<math>\big)</math>.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du miroir pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> sous lequel l'objet est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\;\big(\beta \ll 1\big)</math>, * vérifier, par construction de l'image <math>\;A_iB_i</math>, qu'elle est symétrique de <math>\;A_oB_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal et * comparer au résultat donné par l'application de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = C</math>. {{Al|5}}Considérant maintenant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = S\;</math> <ref> L'objet, collé contre le miroir sphérique, de pied <math>\;A_o = S</math>, l'axe optique principal ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, ne peut être rigoureusement linéique (c.-à-d. rectiligne) car il suit la courbure du miroir mais, s'il est vu de <math>\;C\;</math> sous un petit angle non algébrisé <math>\;\alpha</math>, on peut confondre l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et le segment correspondant lui étant tangent à l'ordre un <math>\;\alpha</math>, raison pour laquelle l'objet est qualifié de « linéique transverse » ; <br>{{Al|3}}le miroir sphérique est stigmatique rigoureux que pour les points de l'objet linéique car tous ces points, étant sur le miroir, jouent le rôle de sommet (secondaire) pour lequel le miroir est stigmatique rigoureux.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du miroir pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'objet est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(\alpha \ll 1\big)\;</math> <ref> Qui est aussi la condition pour que l'objet collé sur le miroir puisse être considéré comme linéique.</ref>, * vérifier que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> se superpose à <math>\;A_oB_o</math>, le caractère linéique transverse de l'objet entraînant celui de l'image et * en déduire la valeur du grandissement transverse <math>\;G_t(S)\;</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = S</math>. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - grandissement transverse au centre.jpg|thumb|Construction de l'image d'un objet linéique transverse de pied au centre d'un miroir sphérique concave]] {{Al|5}}Le centre <math>\;C\;</math> du miroir sphérique concave ci-contre en étant un point double conjugué rigoureux, un objet linéique transverse <math>\;CB_o\;</math> a pour image, par le miroir, une image linéique transverse de pied <math>\;C</math>, notée <math>\;CB_i</math> ; pour obtenir cette dernière il suffit de choisir pour rayon incident issu de <math>\;B_o</math>, le rayon passant par le sommet <math>\;S\;</math> qui se réfléchit suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal et recoupe le plan transverse passant par <math>\;C\;</math> au point <math>\;B_i</math>, symétrique de <math>\;B_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal <center>d'où <math>\;\overline{CB_i} = -\overline{CB_o}\;</math> et par suite <math>\;G_t(C) = -1</math> ;</center> {{Al|5}}l'application de la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au sommet) nous conduit à <math>\;G_t(C) =</math> <math>\dfrac{\overline{SC}_{\leftarrow}}{\overline{SC}_{\rightarrow}}</math>, soit, avec <math>\;\overline{SC}_{\leftarrow} = -\overline{SC}_{\rightarrow}</math>, on retrouve effectivement <math>\;G_t(C) = -1\;</math> <ref> Le centre est le seul point de l'espace objet d'un miroir sphérique en lequel un objet linéique transverse positionné en ce point admet une image linéique transverse inversée de même taille.</ref>. {{clr}} {{Al|5}}Tous les points du miroir sphérique étant des points doubles de ce dernier <ref> Chaque point du miroir jouant le rôle de sommet pour l'axe optique principal passant par ce point, c'est effectivement un point double.</ref>, un objet collé sur le miroir est donc sa propre image ; dans la mesure où l'objet est de petite taille, on peut négliger sa courbure et le considérer comme linéique transverse, son image étant alors également linéique transverse ; comme <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SA_o}\;</math> on en déduit, par définition, <math>\;G_t(S) = +1\;</math> <ref> Le sommet (et plus généralement tout point de la surface réfléchissante sphérique) est le seul point de l'espace objet d'un miroir sphérique en lequel un objet linéique transverse positionné en ce point admet une image linéique transverse droite de même taille.</ref>.}} ==== Construction de l'image par un miroir sphérique d'un objet linéique transverse ==== {{Al|5}}<u>Définitions préliminaires</u> : On appelle plan focal objet le plan transverse passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}plan focal image le plan transverse passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math> ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle axe optique secondaire tout axe passant par le centre <math>\;C</math> du miroir, il possède une partie incidence contenue dans l'espace objet réel se réfléchissant sur elle-même pour donner sa partie émergente contenue dans l'espace image réelle ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal objet et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}foyer secondaire image <math>\;\varphi_i\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal image. {{Al|5}}<u>Propriétés</u> : Justifier les propriétés des foyers secondaires objet et image associés à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : # le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour image le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)\big]</math>, # le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour antécédent le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}<u>Propriétés des foyers secondaires associés à un axe optique secondaire</u> : # foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet linéique transverse contenu dans le plan focal objet et de pied <math>\;F_o</math>, objet noté <math>\;F_o\varphi_o(\delta)</math>, <math>\;F_o\;</math> ayant pour image le point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et l'image étant linéique transverse, le point <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> a une image également située à l'infini sur la partie réfléchie de l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon incident issu de <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> se réfléchit sur lui-même, les parties incidente et réfléchie constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)</math>,</center> # foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet dont l'image associée est contenue dans le plan focal image et de pied <math>\;F_i</math>, image notée <math>\;F_i\varphi_i(\delta)</math>, <math>\;F_i\;</math> ayant pour antécédent le point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et le miroir étant aplanétique, le point <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> a un antécédent également situé à l'infini sur la partie incidente de l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon réfléchi issu de <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> s'est réfléchi sur lui-même, les parties incidente et réfléchie constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement<math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)</math>.</center>}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> réel, de pied <math>\;A_o\;</math> séparé du sommet <math>\;S\;</math> d'un miroir sphérique concave d'une distance supérieure au rayon non algébrisé du miroir, construire son image <math>\;A_iB_i\;</math> par le miroir de deux façons différentes : # en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> <math>\big[</math>choisis parmi les trois suivants : passant par <math>\;C</math>, passant par <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<math>\big]</math>, # en considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> <ref name="un seul rayon incident suffit"> Un seul rayon incident suffit car <math>\;A_o\;</math> appartenant à l'axe optique principal son image est sur cet axe.</ref> <math>\big[</math>choisi parmi les deux suivants : passant par <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\big]</math>. {{Al|5}}Refaire les constructions précédentes avec un miroir convexe. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - construction image.jpg|thumb|Construction de l'image par un miroir sphérique concave d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal]] # En considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> choisis parmi les trois suivants (voir schéma ci-contre) : <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;C\;</math> et se réfléchissant sur lui-même, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;F_o\;</math> foyer principal objet et se réfléchissant parallèlement à l'axe optique principal, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal et se réfléchissant en passant par le foyer principal image <math>\;F_i\;</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;B_i\;</math> étant à l'intersection des deux rayons réfléchis correspondant aux deux rayons incidents choisis, <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal. {{clr}} [[File:Miroir sphérique concave - construction image - bis.jpg|thumb|Construction de l'image par un miroir sphérique concave d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire]] # En considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> choisis parmi les deux suivants (voir schéma ci-contre) : <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par un foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection du rayon incident et du plan focal objet<math>\big]\;</math> et se réfléchissant parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> <math>\big[</math>c.-à-d., pour la partie incidente <math>\;C\varphi_o(\delta)</math>, la partie réfléchie se superposant à la partie incidente mais orientée en sens contraire<math>\big]</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à un axe optique secondaire a priori quelconque <math>\;(\delta)\;</math> et se réfléchissant en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection de l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> et du plan focal image<math>\big]</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;A_i\;</math> étant à l'intersection d'un des rayons réfléchis correspondant au rayon incident choisi et de l'axe optique principal, <math>\;B_i\;</math> s'obtenant comme intersection de l'axe optique secondaire passant par <math>\;B_o\;</math> et du plan transverse passant par <math>\;A_i</math>. {{clr}} {{Al|5}}Ci-dessous les constructions refaites sur un miroir sphérique convexe, en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> à gauche, en utilisant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> et la notion de foyers secondaires objet ou image à droite : <center> <gallery> Miroir sphérique convexe - construction image.jpg|Construction de l'image par un miroir sphérique convexe d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal Miroir sphérique convexe - construction image - bis.jpg|Construction de l'image par un miroir sphérique convexe d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire </gallery> </center>}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) sous conditions de Gauss === ==== Relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}On repère maintenant les points objet <math>\;A_o\;</math> et image <math>\;A_i\;</math> relativement au centre <math>\;C\;</math> du miroir sphérique en définissant * l'abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\;</math> et * l'abscisse image de Descartes (avec origine au centre) de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}</math> ; {{Al|5}}à partir de la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) s'écrit <center><math>\;\dfrac{1}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}} = -V\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C"> Cette relation est applicable à tout objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o \neq C</math>, le cas <math>\;A_o = C\;</math> conduisant à une forme indéterminée.</ref> ou <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = -V\;</math> avec <math>\;V\;</math> vergence du miroir.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Descartes (origine au centre) utilisent <math>\;C\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> ou un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} = \overline{SC}_{\rightarrow} + \overline{CA_o}_{\rightarrow}\;</math> ou <math>\;p_o = \overline{R} + \pi_o\;</math> et * l'abscisse image de Descartes (avec origine au centre) du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} = \overline{SC}_{\leftarrow} + \overline{CA_i}_{\leftarrow}\;</math> ou <math>\;p_i = -\overline{R} + \pi_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au centre) en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes précédemment définis, dans la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{-2}{\overline{R}}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{1}{\pi_i - \overline{R}} - \dfrac{1}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> ou <math>\;\dfrac{(\pi_o + \overline{R}) - (\pi_i - \overline{R})}{(\pi_i - \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R})} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens"> Quand on a l'égalité entre deux fractions <math>\;\dfrac{a}{b} = \dfrac{c}{d}\;</math> les grandeurs <math>\;(a\, ,\, d)\;</math> sont appelées « extrêmes » et <math>\;(b\, ,\, c)\;</math> « moyens », l'égalité des deux fractions étant équivalente à <math>\;a \; d = b \; c\;</math> c.-à-d. à l'égalité du produit des extrêmes et celui des moyens (on parle encore de l'égalité des produits en croix).</ref> <math>\;-2\, (\pi_i - \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R}) = (\pi_o - \pi_i + 2\, \overline{R})\, \overline{R}\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;-2\, \pi_o\, \pi_i + 2\, \overline{R}\, \pi_o - 2\, \overline{R}\, \pi_i + 2\, \overline{R}^2 =</math> <math>\pi_o\, \overline{R} - \pi_i\, \overline{R} + 2\, \overline{R}^2\;</math> soit, après simplification <math>\;-2\, \pi_o\, \pi_i + \overline{R}\, \pi_o - \overline{R}\, \pi_i = 0\;</math> ou <math>\;\overline{R}\, \pi_o - \overline{R}\, \pi_i = 2\, \pi_o\, \pi_i\;</math> et enfin, en divisant les deux membres de l'équation par <math>\;\pi_o\, \pi_i\, \overline{R}\;</math> <ref name="C.N."> Cela nécessite que <math>\;\pi_o \neq 0\;</math> et <math>\;\pi_i \neq 0\;</math> c.-à-d. <math>\;A_o \neq C</math>.</ref> <math>\;\big(</math>la raison en étant que l'on cherche à établir une équation faisant intervenir des inverses de longueur à partir d'une équation comportant des produits de deux longueurs<math>\big)\;</math> <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = \dfrac{2}{\overline{R}}</math> ; la <u>1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = -V\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du miroir ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS}_{\rightarrow} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS}_{\leftarrow} = \overline{R}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = \dfrac{2}{\overline{R}} = -V</math>.</ref> avec <math>\;V = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> vergence du miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\\ \pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}\end{array} \right\rbrace</math>.</center> }} [[File:Miroir sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes avec origine en C pour un miroir sphérique concave]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C" />. {{Al|5}}En utilisant le schéma ci-contre vérifier directement cette relation. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet"> Applicable en tout point <math>\;A_o \neq S</math>.</ref> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \pi_o + \overline{R} \\ p_i = \pi_i - \overline{R} \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\pi_i - \overline{R}}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}\left( \dfrac{1}{\overline{R}} - \dfrac{1}{\pi_i} \right)}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}} \left( \dfrac{1}{\overline{R}} + \dfrac{1}{\pi_o} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître des inverses de longueur comme celles de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = \dfrac{2}{\overline{R}} \Leftrightarrow \dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\overline{R}} = \dfrac{1}{\pi_o} + \dfrac{1}{\overline{R}}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}}}</math> ; la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du miroir ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS}_{\rightarrow} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS}_{\leftarrow} = \overline{R}\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = -(-1) = +1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature" /> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\\ \pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}\end{array} \right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfléchis correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;C\;</math> qui se réfléchit sur lui-même et le 2{{ème}} de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfléchit en <math>\;S\;</math> suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés"> Les angles précités étant non algébrisés.</ref> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oC\;</math> et <math>\;A_iB_iC\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o}) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> <ref name="hors centre"> On suppose <math>\;A_o \neq C\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oC\;</math> puisse être défini.</ref>, * <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i}) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_i}_{\leftarrow} < 0\;</math> <ref name="hors centre bis"> Ayant suppose <math>\;A_o \neq C\;</math> et <math>\;C\;</math> étant un point double on en déduit <math>\;A_i \neq C\;</math> ce qui définit le triangle <math>\;A_iB_iC</math>.</ref> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}} = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}}\;</math> d'où <center>la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes (avec origine au centre)</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq C\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\\ \pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\pi_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\pi_i = f_i + \overline{R}\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\pi_o = f_o - \overline{R}\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Newton sous conditions de Gauss === {{Al|5}}On repère maintenant le point objet <math>\;A_o\;</math> relativement au foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> du miroir sphérique et le point image <math>\;A_i\;</math> relativement au foyer principal image <math>\;F_i\;</math> du même miroir sphérique en définissant * l'abscisse objet de Newton de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\;</math> et * l'abscisse image de Newton de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}</math>. ==== Relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Newton s'écrit <center><math>\; \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\; \overline{F_oA_o}_{\rightarrow} = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\; \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Newton"> Applicable pour tout point objet <math>\;A_o \neq F_o</math> et <math>\;A_o \neq A_{o,\,\infty}</math>, ces cas conduisant à une forme indéterminée.</ref> ou <math>\;\sigma_i \; \sigma_o = f_i\; f_o\;</math> <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille"/> avec <math>\;f_i\;</math> et <math>\;f_o\;</math> distances focales image et objet du miroir.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Newton utilisent <math>\;F_o\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> comme origine pour repérer un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Newton du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o =</math> <math>\overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} = \overline{SF_o}_{\rightarrow} + \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\;</math> ou <math>\;p_o = f_o + \sigma_o = -f_i + \sigma_o\;</math> et * l'abscisse image de Newton du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i =</math> <math>\overline{SA_i}_{\leftarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} = \overline{SF_i}_{\leftarrow} + \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\;</math> ou <math>\;p_i = f_i + \sigma_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Newton en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes précédemment définis, dans la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{1}{\sigma_i + f_i} - \dfrac{1}{\sigma_o - f_i} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> ou <math>\;\dfrac{(\sigma_o - f_i) - (\sigma_i + f_i)}{(\sigma_i + f_i)\, (\sigma_o - f_i)} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens" /> <math>\;(\sigma_i + f_i)\, (\sigma_o - f_i)</math> <math>= (\sigma_o - \sigma_i - 2\, f_i)\, f_i\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;\sigma_o\, \sigma_i + f_i\, \sigma_o - f_i\, \sigma_i - f_i^2 =</math> <math>\sigma_o\, f_i - \sigma_i\, f_i - 2\, f_i^2\;</math> soit, après simplification <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = -f_i^2\;</math> et enfin, sachant que <math>\;f_o = -f_i\;</math> <ref> On remplacera une seule fois <math>\;f_i\;</math> par <math>\;-f_o\;</math> pour obtenir une forme symétrique de la relation.</ref>, <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> ; la <u>1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center> <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le foyer principal objet du miroir <math>\;\big(</math> en effet si <math>\;A_o\;</math> est en <math>\;F_o</math>, l'image <math>\;A_i\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal et on obtient une forme indéterminée avec <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> valant <math>\;\infty\big)</math> ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS}_{\rightarrow} = -f_o\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS}_{\leftarrow} = -f_i\;</math> d'où <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i</math>.</ref> avec <math>\;f_i = -f_o = -\dfrac{\overline{R}}{2}\;</math> distance focale image du miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\\ \sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\end{array} \right\rbrace</math>.</center>}} [[File:Miroir sphérique - grandissement transverse Newton.jpg|thumb|Schéma de démonstration des deux formes de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton pour un miroir sphérique concave]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Newton <ref name="deux formes de grandissement transverse de Newton"> Cette relation a deux formes possibles suivant qu'elle est exprimée en fonction de l'abscisse objet de Newton et de la distance focale objet ou en fonction de l'abscisse image de Newton et de la distance focale image.</ref> <ref name="Applicabilité relation de Newton" />. {{Al|5}}En utilisant le schéma ci-contre vérifier directement les deux formes de cette relation. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet" /> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \sigma_o - f_i \\ p_i = \sigma_i + f_i \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\sigma_i + f_i}{\sigma_o - f_i} = \dfrac{\sigma_i \left( 1 + \dfrac{f_i}{\sigma_i} \right)}{(-f_i) \left( 1 - \dfrac{\sigma_o}{f_i} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître, au numérateur et au dénominateur, deux grandeurs égales découlant de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_i\, f_o = -f_i^2 \Leftrightarrow \dfrac{\sigma_i}{f_i} = -\dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> ou encore <math>\;1 + \dfrac{\sigma_i}{f_i} = 1 - \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{\sigma_i}{f_o}</math> ; la 1{{ère}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{\sigma_i}{f_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton"> Applicable en tout point objet ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que cette forme de relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS}_{\rightarrow} = -f_o\;</math> <math>\;\big(</math>resp. <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS}_{\leftarrow} = -f_i\big)\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = +1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature" /> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}</math>.</center> {{Al|5}}comme la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton s'écrivant <math>\;\sigma_i\, \sigma_o = f_i\, f_o\;</math> est équivalente à <math>\;\dfrac{\sigma_i}{f_o} = \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> on en déduit aisément la 2{{ème}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o} = \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton" /> <ref name="indépendance de la nature" /> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfléchis correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;F_o\;</math> qui se réfléchit parallèlement à l'axe optique principal et le 2{{ème}} parallèle à l'axe optique principal qui se réfléchit en passant par <math>\;F_i</math>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_iS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_iB_iF_i\;</math> et <math>\;KF_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{F_iA_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> <ref name="hors foyer bis" > On suppose <math>\;A_i \neq F_i\;</math> c.-à-d. que <math>\;A_o\;</math> n'est pas le point à l'infini de l'axe optique principal, pour que le triangle <math>\;A_iB_iF_i\;</math> puisse être défini.</ref>, * <math>\;\tan(\widehat{KF_iS}) = \dfrac{\overline{SK}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;\overline{SK}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SK} = \overline{A_oB_o}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{KF_iS}) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_iS})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}} = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}\;</math> d'où <center>une 1{{ère}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\sigma_i}{f_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq A_{o,\,\infty}\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}</math>.</center> {{Al|5}}de même le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_oS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oF_o\;</math> et <math>\;HF_oS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o}) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{F_oA_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> <ref name="hors foyer"> On suppose <math>\;A_o \neq F_o\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oF_o\;</math> puisse être défini.</ref>, * <math>\;\tan(\widehat{HF_oS}) = \dfrac{\overline{SH}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;\overline{SH}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SH} = \overline{A_iB_i}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{HF_oS}) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_oS})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}} = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}}\;</math> d'où <center>une 2{{ème}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq F_o\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\sigma_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\sigma_i = 0\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de Lagrange - Helmholtz sous conditions de Gauss === [[File:Miroir sphérique - grandissement angulaire.jpg|thumb|Schéma de détermination du grandissement angulaire en repérage de Descartes (avec origine en S) pour un miroir sphérique concave]] ==== Expression de Descartes (avec origine au sommet) du grandissement angulaire d'un pinceau incident issu d'un point objet ==== {{Al|5}}On rappelle que le grandissement angulaire d'un pinceau lumineux incident issu d'un point objet <math>\;A_o\;</math>, de direction faisant un angle <math>\;\theta_o\;</math> avec la partie incidente de l'axe optique principal, le pinceau se réfléchissant sur le miroir en convergeant vers le point image <math>\;A_i\;</math>, avec une direction faisant un angle <math>\;\theta_i\;</math> avec la partie réfléchie de l'axe optique principal, est défini selon <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> <ref name="Angles petits"> Les angles <math>\;\theta_o\;</math> et <math>\;\theta_i\;</math> sont de valeur absolue petite c.-à-d. <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>.</ref> ; {{Al|5}}en utilisant le schéma ci-contre, établir l'expression du grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes (avec origine au sommet), respectivement <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> et <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}\;</math> <ref> L'expression du grandissement angulaire a été établie en utilisant un miroir sphérique concave mais elle reste applicable pour un miroir sphérique convexe.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}On détermine le grandissement angulaire par évaluation de <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> et <math>\;\tan(\theta_i)</math>, <math>\big(</math>tous deux <math>\;> 0\;</math> sur la figure ci-dessus<math>\big)</math> respectivement dans les triangles <math>\;A_oIS\;</math> et <math>\;A_iIS\;</math> <math>\big[</math>l'angle <math>\;\widehat{SA_iI}\;</math> étant égal à <math>\;\theta_i\big]</math> soit : * dans le triangle <math>\;A_oIS</math>, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} < 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_o| \ll 1</math>, <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}</math> ; * dans le triangle <math>\;A_iIS</math>, <math>\;\tan(\theta_i) = \dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} > 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_i) = \dfrac{\overline{SI}}{p_i}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>, <math>\;\theta_i \simeq \dfrac{\overline{SI}}{p_i}</math> ; {{Al|5}}on en déduit <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq \dfrac{\dfrac{\overline{SI}}{p_i}}{-\dfrac{\overline{SI}}{p_o}}\;</math> soit, en simplifiant par <math>\;\overline{SI}</math>, l'expression souhaitée du <center>grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq -\dfrac{p_o}{p_i}</math>.</center>}} ==== Établissement de la relation de Lagrange - Helmholtz ==== {{Al|5}}Á l'aide des relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) et de l'expression du grandissement angulaire dans le même repérage, vérifier la relation de Lagrange - Helmholtz <center> <math>\;G_t(A_o)\; G_a(A_o) = -1\;</math> <ref> Cette relation est différente de celle que l'on trouvera dans le chapitre suivant sur les lentilles minces, pour une lentille mince dans laquelle il n'y a aucune réflexion, la relation de Lagrange - Hemholtz sera <math>\;G_t(A_o)\; G_a(A_o) = +1</math>.</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Connaissant le grandissement transversal donné par la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) \simeq \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> et l'expression du grandissement angulaire précédemment trouvée <math>\;G_a(A_o) \simeq -\dfrac{p_o}{p_i}</math>, on en déduit le lien entre grandissements angulaire et transversal indépendant de la position du point objet <math>\;A_o</math>, <center><math>\;G_a(A_o)\; G_t(A_o) \simeq -\dfrac{p_o}{p_i}\; \dfrac{p_i}{p_o} = -1\;</math> ce qui constitue la relation de Lagrange - Helmholtz cherchée <ref> Il s'agit de la même relation de Lagrange - Helmholtz que celle explicitée pour un miroir plan mais contrairement à cette dernière dans laquelle les grandissements transverse et angulaire valent respectivement <math>\;+1\;</math> et <math>\;-1\;</math> quelle que soit la position du point objet <math>\;A_o</math>, dans un miroir sphérique les grandissements transverse et angulaire dépendent explicitement de la position de l'objet <math>\;A_o</math>, plus la valeur absolue du grandissement transverse est grande plus celle du grandissement angulaire est petite.</ref>.</center>}} == Stigmatisme et aplanétisme approchés d'un dioptre sphérique sous conditions de Gauss == {{Al|5}}Pour être défini, un dioptre sphérique nécessite la connaissance de : * sa nature «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>concave<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» ou «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>convexe<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>», * son centre <math>\;C\;</math> (centre de courbure de la surface sphérique dioptrique <ref> Si le dioptre est «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>concave<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>», <math>\;C\;</math> est réel, et si le dioptre est «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>convexe<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>», <math>\;C\;</math> est virtuel.</ref>), * son rayon de courbure (non algébrisé) <math>\;R\;</math> (rayon de courbure de la surface sphérique dioptrique), * l'axe optique principal dont la partie incidente (ou son prolongement) passe par <math>\;C\;</math> et le point objet <math>\;A_o\;</math> (point objet dont on étudiera l'image éventuelle), * son sommet <math>\;S\;</math> (intersection de l'axe optique principal et de la surface dioptrique) et * l'indice de l'espace objet réel <math>\;n_o\;</math> ainsi que celui de l'espace image réelle <math>\;n_i</math>. {{Al|5}}Nous adoptons l'algébrisation physique de l'axe optique principal <ref name="orientation axe opt. princ. dioptre"> Supposant l'axe optique principal horizontal, l'espace objet réel étant situé à gauche du dioptre, la partie incidente de l'axe optique principal est orientée dans le sens <math>\;\rightarrow</math> et l'espace image réelle étant alors situé à droite du dioptre, la partie émergente est orientée dans le même sens <math>\;\rightarrow</math> ; il est donc inutile de préciser en indice le sens de l'orientation de l'axe optique principal contrairement à ce qui doit être fait dans le cas d'un miroir sphérique.</ref> et, pour unifier l'étude des dioptres sphériques, algébrisons le rayon de courbure du dioptre selon <math>\;\overline{R} = \overline{SC}\;</math> <ref name="orientation axe opt. princ. dioptre" /> avec pour conséquence la nature «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>concave<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» ou «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>convexe<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» du dioptre caractérisé par le signe du rayon de courbure algébrisé : * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC} > 0</math>, <math>\;C\;</math> étant à droite de <math>\;S\;</math> est un point de l'espace objet virtuel, correspondant à un dioptre «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>convexe<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>», * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC} < 0</math>, <math>\;C\;</math> étant à gauche de <math>\;S\;</math> est un point de l'espace objet réel, correspondant à un dioptre «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>concave<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>». <center> <gallery> Dioptre sphérique concave verre - air.jpg|Justification du caractère convergent d'un dioptre sphérique concave faisant passer d'un milieu plus réfringent vers un milieu moins réfringent Dioptre sphérique concave air - verre.jpg|Justification du caractère divergent d'un dioptre sphérique concave faisant passer d'un milieu moins réfringent vers un milieu plus réfringent Dioptre sphérique convexe verre - air.jpg|Justification du caractère divergent d'un dioptre sphérique convexe faisant passer d'un milieu plus réfringent vers un milieu moins réfringent Dioptre sphérique convexe air - verre.jpg|Justification du caractère convergent d'un dioptre sphérique convexe faisant passer d'un milieu moins réfringent vers un milieu plus réfringent </gallery> Dans la suite nous supposerons le dioptre sphérique concave faisant passer d'un espace plus réfringent à un espace moins réfringent <ref> En précisant la modification des résultats pour un dioptre sphérique des trois autres types.</ref> et <br>admettrons qu'il n'y a pas stigmatisme rigoureux du dioptre sphérique pour tous les points objets autres que <math>\;C\;</math> et tous les points du dioptre <ref name="Définition sommet dioptre"> Si le point objet <math>\;A_o\;</math> est sur le dioptre, l'axe optique principal associé à ce point objet ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, <math>\;A_o\;</math> joue le rôle de sommet <math>\;S\;</math> du miroir ; ainsi, dans la mesure où l'axe optique principal n'a pas été préalablement défini, tout point du dioptre peut être considéré comme un sommet.</ref>.</center> === Démonstration du stigmatisme approché d'un dioptre sphérique concave convergent sous conditions de Gauss === [[File:Dioptre sphérique concave convergent - stigmatisme approché.jpg|thumb|Schéma d'un dioptre sphérique concave convergent dans le but d'établir le stigmatisme approché du dioptre pour tout point objet autre que C et S]] {{Al|5}}Considérant un point objet réel <math>\;A_o \neq C\;</math> et l'axe optique principal correspondant de support <math>\;(A_oC)\;</math> <ref> Dès lors que <math>\;A_o\;</math> est <math>\;\neq C</math>, l'axe optique principal est parfaitement défini ainsi que le sommet <math>\;S\;</math> qui est l'intersection de l'axe optique principal et du dioptre.</ref>, nous envisageons des rayons incidents issus de <math>\;A_o</math>, peu inclinés par rapport à l'axe optique principal, d'angle d'inclinaison <math>\;\theta_o\;</math> tel que <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et dont le point d'incidence <math>\;I\;</math> reste proche du sommet <math>\;S\;</math> c.-à-d. tel que l'angle que fait la normale au dioptre en <math>\;I\;</math> avec l'axe optique principal <math>\;\widehat{(\overrightarrow{CS}\, ;\, \vec{N})} = \omega\;</math> soit petit en valeur absolue <math>\;\big(|\omega| \ll 1\big)\;</math> <ref name="Paraxial" />. {{Al|5}}Le rayon incident <math>\;A_oI\;</math> donnant, par utilisation des lois de Snell - Descartes de la réfraction, le rayon émergent <math>\;IA_i\;</math> <math>\big(A_i \in</math> à l'axe optique principal<math>\big)</math>, appelons <math>\;\theta_i\;</math> l'angle d'inclinaison du rayon réfracté par rapport à l'axe optique principal ; nous nous proposons de démontrer que <math>\;A_i\;</math> est indépendant du rayon incident considéré <math>\big(</math>c.-à-d. indépendant de <math>\;\theta_o\;</math> et de <math>\;\omega\big)\;</math> dans la mesure où les conditions de Gauss de stigmatisme approché <math>\big(\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et <math>\;|\omega| \ll 1\big)\;</math> sont réalisées. ==== Établissement de la relation liant θ_o, θ_i, ω, n_o et n_i ==== # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIC\;</math> établir une première relation entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;i_o\;\big(</math>angle d'incidence du rayon incident en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIC\;</math> établir une deuxième relation entre <math>\;\theta_i</math>, <math>\;i_i\;\big(</math>angle de réfraction du rayon émergent en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en utilisant la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes de la réfraction sous conditions de Gauss et les deux relations précédentes, déduire la relation suivante entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;\theta_i</math>, <math>\;\omega</math>, <math>\;n_o\;</math> et <math>\;n_i\;</math> : <center> <math>\;\omega = \dfrac{n_o\; \theta_o - n_i\; \theta_i}{n_o - n_i}\;\;(\mathfrak{a})\;</math>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Dans le triangle <math>\;A_oIC</math>, <math>\;\omega = \theta_o + (-i_o)\;</math> <ref name="relation dans un triangle" /> <ref> On remarque, sur le schéma, que <math>\;\omega\;</math> et <math>\;\theta_o\;</math> sont positifs mais <math>\;i_o\;</math> étant négatif, sa valeur absolue s'écrit <math>\;(-i_o)</math>.</ref> et <br>{{Al|5}}dans le triangle <math>\;A_iIC</math>, <math>\;-i_i = \omega - \theta_i\;</math> <ref name="relation dans un triangle" /> <ref> On remarque, sur le schéma, que <math>\;\omega\;</math> est positif mais <math>\;i_i\;</math> et et <math>\;\theta_i\;</math> étant négatifs, leur valeur absolue s'écrit <math>\;(-i_i)\;</math> et <math>\;(-\theta_i)</math>.</ref> ou, <br>{{Al|5}}en utilisation la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes pour la réfraction et, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle d'incidence (et donc aussi de l'angle de réfraction en valeur absolue) <math>\;n_o\, i_0 = n_i\, i_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;i_i = \dfrac{n_o}{n_i}\, i_o</math>, la relation ci-dessus se réécrit <math>\; -\dfrac{n_o}{n_i}\, i_o = \omega - \theta_i</math> ; <br>{{Al|5}}on élimine alors <math>\;i_o\;</math> entre ces deux relations en formant la C.L. <math>\;\dfrac{n_o}{n_i}\; (\mathfrak{1}) + (\mathfrak{2})\;</math> soit : <math>\;\dfrac{n_o}{n_i}\; \omega = \dfrac{n_o}{n_i}\; \theta_o + \omega - \theta_i\;</math> ou <math>\;n_o\,\omega = n_o\, \theta_o + n_i\, \omega - n_i\, \theta_i\;</math> soit enfin, la relation <math>\;(\mathfrak{a}) \qquad \omega = \dfrac{n_o\, \theta_o - n_i\, \theta_i}{n_o - n_i}</math>.}} ==== Évaluation des angles θ_o, θ_i et ω en fonction des abscisses de A_o, A_i et C repérées relativement à H ==== {{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> et des conditions de Gauss de stigmatisme approché, montrer que le rayon réfracté est aussi peu incliné relativement à l'axe optique principal c.-à-d. <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>. # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_o}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\theta_o</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\theta_i)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_i}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\theta_i</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\omega)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HC}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\omega</math>, # déduire des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math>, un lien entre <math>\;\overline{HA_o}</math>, <math>\;\overline{HA_i}\;</math> et <math>\;\overline{HC}\;</math> <math>\;\big[</math>relation <math>\;(\mathfrak{b})\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> écrite sous la forme <math>\;\theta_i = \dfrac{n_o}{n_i}\, \theta_o - \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, \omega\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;|\theta_i| \leqslant \dfrac{n_o}{n_i}\, |\theta_o| + \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, |\omega|\;</math> et des conditions de Gauss de stigmatisme approché <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}|\theta_o| \ll 1\\ |\omega| \ll 1 \end{array}\right\rbrace\;</math> dont on déduit <math>\;\dfrac{n_o}{n_i}\, |\theta_o| + \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, |\omega| \ll 1\;</math> d'où <math>\;|\theta_i| \leqslant \dfrac{n_o}{n_i}\, |\theta_o| + \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, |\omega| \ll 1\;</math> c.-à-d. que le rayon réfracté est aussi peu incliné relativement à l'axe optique principal. # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH</math>, <math>\;\tan(\theta_o) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HA_o}}\;</math> car sur le schéma <math>\;\theta_o > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_o) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_o} < 0\;</math> ou, <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_o) \simeq \theta_o\;</math> on en déduit <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_o}}</math> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH</math>, <math>\;\tan(\theta_i) = -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}}\;</math> car sur le schéma <math>\;\theta_i < 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_i) < 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_i} > 0\;</math> ou, <math>\;|\theta_i| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_i) \simeq \theta_i\;</math> on en déduit <math>\;\theta_i \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}}</math> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH</math>, <math>\;\tan(\omega) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HC}_\rightarrow}\;</math> car sur le schéma <math>\;\omega > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\omega) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HC} < 0\;</math> ou, <math>\;|\omega| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\omega) \simeq \omega\;</math> on en déduit <math>\;\omega \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HC}}</math> ; # des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> réécrite selon <math>\;(n_o - n_i)\, \omega = n_o\,\theta_o - n_i\, \theta_i</math>, on en déduit <math>\;\dfrac{-(n_o - n_i)\, \overline{HI}}{\overline{HC}} =</math> <math>\dfrac{n_i\, \overline{HI}}{\overline{HA_i}} - \dfrac{n_o\, \overline{HI}}{\overline{HA_o}}\;</math> ou, en simplifiant par <math>\;\overline{HI}</math>, on obtient la relation <math>\;(\mathfrak{b})\qquad \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{HC}} = \dfrac{n_i}{\overline{HA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{HA_o}}</math>.}} ==== Établissement de la confusion de H et de S à l'ordre un en ω ==== {{Al|5}}Établir que <math>\;H\;</math> <ref name="définition de H" /> peut être confondu avec le sommet <math>\;S\;</math> du miroir à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> <ref name="H et S confondus" /> et {{Al|5}}réécrire que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> en tenant compte de cette confusion. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Montrons que <math>\;H\;</math> peut être confondu avec <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> <ref name="ω infiniment petit d'ordre un" />, en évaluant <math>\;[CH]\;</math> puis <math>\;[HS] = [CS] - [CH]\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega</math>, on obtient : <math>\;[CH] = [CI]\, \cos(\omega) = R\, \cos(\omega) \simeq R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math> <math>\big(</math>revoir la remarque du paragraphe «<span style="color:#ffffff;"><small>.~</small></span>[[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable_au_voisinage_d'une_de_ses_valeurs#D.C3.A9veloppements_limit.C3.A9s_.C3.A0_l.27ordre_un_de_quelques_fonctions_usuelles|D.L. à l'ordre un de quelques fonctions usuelles]]<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» du chap.<math>14</math> de la leçon «<span style="color:#ffffff;"><small>.~</small></span>Outils mathématiques pour la physique (PCSI)<span style="color:#ffffff;"><small>.~</small></span>»<math>\big)\;</math> d'où <math>\;[HS] = [CS] - [CH] \simeq R - R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega</math>, soit encore <math>\;[HS] \simeq R \dfrac{\omega^2}{2}\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math> ou finalement <center><math>\;[HS] \simeq 0\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega</math> ;</center> {{Al|5}}remplaçant <math>\;H\;</math> par <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{b})</math>, on peut, sous les conditions de Gauss de stigmatisme approché, la réécrire selon <center><math>\;(\mathfrak{b})\; \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{SC}} = \dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}}\;</math> <ref> Sous cette forme la relation nécessite que le point objet <math>\;A_o\;</math> soit <math>\;\neq S\;</math> sommet du dioptre.</ref>.</center>}} ==== Conclusion : stigmatisme approché du dioptre sphérique (concave convergent) pour le point objet A_o et relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) ==== {{Al|5}}Vérifier que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> définit, pour un point objet <math>\;A_o\;</math> quelconque, un point image unique <math>\;A_i\;</math> et en déduire le stigmatisme approché du dioptre sphérique pour le point objet <math>\;A_o</math> ; {{Al|5}}la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> pouvant être écrite selon <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}} = V\;</math> <ref name="indépendance de la nature dioptre"> Nous admettrons que cette relation (ou propriété) établie dans le cas d'un dioptre sphérique concave convergent est encore applicable, sans modification, à un dioptre sphérique concave divergent ou à un dioptre sphérique convexe convergent ou divergent.</ref> où <math>\;V\;</math> est une constante appelée «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>vergence<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» du dioptre sphérique exprimée en dioptries <math>\big(</math>de symbole <math>\;\delta\big)\;</math> dans la mesure où les abscisses le sont en <math>\;m\;\big(</math>la dioptrie étant liée au mètre par <math>\;1\, \delta = 1\,m^{-1}\big)</math>, exprimer <math>\;V\;</math> en fonction de <math>\;\overline{R} = \overline{SC}</math>, <math>\;n_o\;</math> et <math>\;n_i</math>. {{Al|5}}Par la suite notant l'abscisse de Descartes <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math><ref> Pour le repérage de Descartes dans un dioptre sphérique concave ou convexe, convergent ou divergent, il y a deux origines utilisées : l'origine au sommet qui est la plus fréquemment utilisée et l'origine au centre qui l'est beaucoup moins.</ref> du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Par la suite notant l'abscisse de Descartes <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>avec origine au sommet<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> }}celle du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}</math>, <br>{{Al|5}}la relation de conjugaison (approchée) de position [ou 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée)] de Descartes d'un dioptre sphérique se réécrit <center><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> établit le stigmatisme approché du dioptre sphérique pour tout point objet <math>\;A_o\;</math> autre que <math>\;C\;</math> et <math>\;S\;</math> puisque, pour un point objet <math>\;A_o\;</math> fixé, le point image <math>\;A_i\;</math> est déterminé de façon unique <math>\big(</math>indépendamment des variations des petits angles <math>\;\theta_o\;</math> et <math>\;\omega\big)</math>. {{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> peut effectivement être écrite sous la forme <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}} = V\;</math> où <math>\;V\;</math> est une constante définissant la vergence du dioptre sphérique selon <center><math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{SC}} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> avec <math>\;\overline{R} = \overline{SC}\;</math> rayon algébrisé du dioptre.</center> {{Al|5}}Avec les abscisses de Descartes (avec origine au sommet) du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> et du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}</math>, la relation de conjugaison (approchée) de position [ou 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée)] de Descartes du dioptre sphérique se réécrit <center><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math>.</center>}} === Points pour lesquels la conjugaison du dioptre sphérique est rigoureuse et points doubles === {{Al|5}}Vérifier, par construction et pour une direction d'axe optique principal préalablement fixée, que le centre <math>\;C\;</math> et le sommet <math>\;S\;</math> <ref name="Définition sommet" /> du dioptre sont des points * pour lesquels le dioptre est stigmatique rigoureux et * dont l'image est confondue avec l'objet (c.-à-d. que ce sont des points doubles). {{Al|5}}Justifier la raison pour laquelle la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) est applicable à <math>\;C</math>, centre du dioptre, bien que la conjugaison soit rigoureuse ; {{Al|5}}vérifier, en utilisant cette relation, que <math>\;C\;</math> est effectivement un point double. {{Al|5}}Admettant que la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) reste applicable à <math>\;S</math>, sommet du dioptre, pour lequel il y a conjugaison rigoureuse <math>\big[</math>mais évidemment pas sous cette forme qui est indéterminée quand on l'applique à <math>\;S</math>, son abscisse objet <math>\;p_o\;</math> y étant nulle<math>\big]</math>, évaluer <math>\;p_i\;</math> en fonction de <math>\;p_o\;</math> et de <math>\;V\;</math> et vérifier, sur cette dernière forme, * que <math>\;S\;</math> est effectivement un point double et * qu'il n'y a pas d'autres points doubles que <math>\;S\;</math> et <math>\;C</math>. {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - points doubles.jpg|thumb|Schémas de vérification du fait que, pour C et S, le dioptre sphérique (concave convergent) est stigmatique rigoureux et que ce sont des points doubles]] {{Al|5}}Voir ci-contre les constructions prouvant les propriétés particulières d'un point objet en <math>\;C\;</math> ou <math>\;S\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent <ref name="indépendance de la nature dioptre"/> : * à gauche tout rayon d'un faisceau incident issu du centre <math>\;C\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent étant normal au dioptre poursuit son chemin sans changer de direction, donnant un ensemble de rayons transmis divergeant à partir d'un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, c.-à-d. prouvant que le dioptre sphérique est stigmatique rigoureux pour son centre ; de plus le point image de <math>\;C\;</math> étant <math>\;C\;</math> lui-même, ce dernier est un point double ; * à droite tout rayon d'un faisceau incident convergeant sur le sommet <math>\;S\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent se réfractant à partir du point d'incidence <math>\;S\;</math> lui-même <ref> En suivant une direction plus rapprochée de l'axe optique principal que ne l'est celle du rayon incident.</ref> et l'ensemble des rayons réfractés divergeant à partir d'un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, cela prouve le stigmatisme rigoureux du dioptre sphérique pour son sommet ; de plus le point image de <math>\;S\;</math> étant <math>\;S\;</math> lui-même, ce dernier est un point double. {{Al|5}}Pour appliquer la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) à <math>\;C</math>, centre du dioptre, bien que la conjugaison soit rigoureuse, il suffit de ne considérer que les rayons paraxiaux du faisceau incident issu de <math>\;C\;</math> et d'ouverture quelconque <ref> Le fait que les autres rayons divergent également à partir de <math>\;C\;</math> ne modifient en rien la divergence des rayons transmis provenant de rayons incidents paraxiaux.</ref>, condition d'applicabilité de la relation de conjugaison de position de Descartes ; {{Al|5}}dans ce cas, si on appelle <math>\;C_i</math>, d'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(C_i) = \overline{SC_i}</math>, l'image du point objet <math>\;C</math>, d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(C) = \overline{SC} = \overline{R}</math>, nous obtenons, en remplaçant <math>\;V\;</math> par <math>\;\dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}</math>, <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(C_i)} - \dfrac{n_o}{\overline{R}} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(C_i)} = \dfrac{n_i}{\overline{R}}\;</math> ou <math>\;p_i(C_i) = \overline{R} = \overline{SC}</math> prouvant que <math>\;C_i\;</math> se confond avec <math>\;C\;</math> et par suite que <math>\;C\;</math> est un point double. <center>De <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math> on tire <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} = \dfrac{n_o}{p_o} + V = \dfrac{n_o + V\, p_o}{p_o}\;</math> soit <math>\;p_i = n_i\, \dfrac{p_o}{n_o + V\, p_o}</math> ;</center> {{Al|5}}sous cette forme on vérifie qu'un point objet en <math>\;S</math>, d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(S) = 0\;</math> a une image d'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i = 0</math>, c.-à-d. une image confondue avec <math>\;S\;</math> prouvant que <math>\;S\;</math> est bien un point double ; {{Al|5}}les points doubles <math>\;A_d\;</math> d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_d\;</math> étant tels que leurs abscisses images de Descartes (avec origine au sommet) s'écrivant <math>\;p_i(A_d) = \overline{SA_d} = p_d\;</math> avec <math>\;p_i(A_d) = n_i\, \dfrac{p_d}{n_o + V\, p_d}\;</math> obéissent à l'équation <math>\;p_d = n_i\, \dfrac{p_d}{n_o + V\, p_d}\;</math> qui se décompose en <math>\;\left\lbrace\begin{array}{c}p_d = 0\;\;\; \text{ou}\\ n_o + V\, p_d = n_i\end{array}\right\rbrace</math>, la 1{{ère}} solution donnant <math>\;S\;</math> point double et la 2{{ème}} équation conduisant à <math>\;p_d = \dfrac{n_i - n_o}{V} = \overline{R}\;</math> c.-à-d. <math>\;C\;</math> point double ; <center>le centre et le sommet d'un dioptre sphérique sont donc les seuls points doubles de ce dernier.</center>}} === Caractère focal d'un dioptre sphérique, position des foyers principaux objet et image, lien de la vergence et des distances focales objet et image, signe de la vergence === ==== Caractère focal d'un dioptre sphérique, définition des foyers principaux objet et image, lien de la vergence avec les distances focales objet et image ==== {{Al|5}}Vérifier, sur la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes d'un dioptre sphérique, que ce dernier est nécessairement «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>focal<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» <ref name="définition focal" /> puis déterminer * la position du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> c.-à-d. le point objet de l'axe optique principal ayant pour image le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;F_o\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; A_{i,\,\infty}\big]\;</math> et * la position du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> c.-à-d. le point image de l'axe optique principal ayant pour antécédent <ref name="Antécédent" /> le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;A_{o,\,\infty}\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; F_i\big]</math>. {{Al|5}}Définissant * la distance focale objet comme l'abscisse objet de Descartes du foyer principal objet (avec origine au sommet) soit <math>\;f_o = \overline{SF_o}\;</math> et * la distance focale image comme l'abscisse image de Descartes du foyer principal image (avec origine au sommet) soit <math>\;f_i = \overline{SF_i}\;</math>, {{Al|5}}déterminer le lien entre vergence <math>\;V</math>, distance focale objet <math>\;f_o</math>, distance focale image <math>\;f_i</math>, indice espace objet <math>\;n_o\;</math> et indice espace image <math>\,n_i</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Un dioptre sphérique est un «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>système focal<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>», en effet pour qu'il soit «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>afocal<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>», il faudrait que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, mais ayant établi que les seuls points doubles du dioptre sphérique sont <math>\;C\;</math> et <math>\;S</math>, et non le point à l'infini de l'axe optique principal on en déduit que le dioptre sphérique est bien un «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>système focal<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>». * Le foyer principal image <math>\;F_i</math>, repéré par l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(F_i) = \overline{SF_i}\;</math> étant l'image du point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(A_{o,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{n_o}{p_o(A_{o,\, \infty})} = 0</math>, on en déduit <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(F_i)} - 0 = V\;</math> soit <math>\;\overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math>. * Le foyer principal objet <math>\;F_o</math>, repéré par l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(F_o) = \overline{SF_o}\;</math> étant l'antécédent <ref name ="Antécédent"/> du point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(A_{i,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(A_{i,\, \infty})} = 0</math>, on en déduit <math>\;0 - \dfrac{n_o}{p_o(F_o)} = V\;</math> soit <math>\;\overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math>. <center><u>Notion de distances focales objet et image</u> :</center> * la distance focale image <math>\;f_i\;</math> étant définie par <math>\;f_i = \overline{SF_i}\;</math> est liée à la vergence par <math>\;f_i = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math> ; * la distance focale objet <math>\;f_o\;</math> étant définie par <math>\;f_o = \overline{SF_o}\;</math> est liée à la vergence par <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math> ; <center>on en déduit la relation <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}\;</math> <ref> Cette relation découle de la 1{{ère}} relation de conjugaison de position de Descartes du dioptre sphérique appliquée aux couples de points conjugués <math>\;(A_{o,\, \infty}\, , \,F_i)\;</math> et <math>\;(F_o\, , \,A_{i,\, \infty})</math>.</ref>.</center>}} ==== Signe de la vergence suivant la nature concave ou convexe du dioptre sphérique et de l'indice de l'espace objet comparé à celui de l'espace image, caractère convergent ou divergent du dioptre et nature réelle ou virtuelle des foyers principaux ==== {{Al|5}}Déterminer le signe de la vergence suivant la nature «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>concave<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» ou «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>convexe<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» du dioptre sphérique et du signe de <math>\;n_o - n_i\;</math> puis {{Al|5}}son caractère «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>convergent<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» ou «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>divergent<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» sachant qu'un système focal à «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>vergence positive<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» (resp. «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>négative<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>») est dit «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>convergent<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» (resp. «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>divergent<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>») et enfin {{Al|5}}la nature «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>réelle<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» ou «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>virtuelle<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» des foyers principaux. {{Al|5}}Pour terminer, on précisera, dans chacun des quatre cas possibles, les positions absolues des foyers principaux objet et image relativement au centre et au sommet du dioptre considéré. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> on en déduit que la vergence <math>\;V\;</math> est * de signe contraire au rayon de courbure algébrisé du dioptre si la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent <math>\;\big(n_o > n_i\big)</math>, * de même signe que le rayon de courbure algébrisé du dioptre si la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent <math>\;\big(n_o < n_i\big)</math> ; {{Al|5}}on en déduit les quatre possibilités suivant la nature du dioptre sphérique et le signe de <math>\;n_o - n_i</math> : * un dioptre sphérique <u>concave</u> ayant un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC} < 0\;</math> <ref name="nature de C dioptre"> Correspondant au caractère réel (resp. virtuel) du centre <math>\;C\;</math> d'un dioptre sphérique concave (resp. convexe).</ref>, a <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V > 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet eau, espace image air<math>\big)\;</math> c'est alors un système «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span><u>convergent</u><span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» et <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V < 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet air, espace image eau<math>\big)\;</math> c'est alors un système «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span><u>divergent</u><span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>», * un dioptre sphérique <u>convexe</u> a un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC} > 0\;</math> <ref name="nature de C dioptre" />, a <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V < 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet eau, espace image air<math>\big)\;</math> c'est alors un système «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span><u>divergent</u><span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» et <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V > 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet air, espace image eau<math>\big)\;</math> c'est alors un système «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span><u>convergent</u><span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>». {{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}\;</math> on en déduit la nature (réelle ou virtuelle) des foyers principaux objet et image suivant la nature (convergente ou divergente) du dioptre sphérique : * pour un dioptre sphérique <u>concave convergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image"> La lumière passant d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent on a <math>\;n_o > n_i</math>.</ref> est <math>\;> 0\;</math> entraînant le caractère <u>réel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image" /> étant <math>\;< 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>réel</u>, * pour un dioptre sphérique <u>concave divergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image"> La lumière passant d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent on a <math>\;n_o < n_i</math>.</ref> est <math>\;< 0\;</math> entraînant le caractère <u>virtuel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image" /> étant <math>\;> 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>virtuel</u>, * pour un dioptre sphérique <u>convexe divergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image" /> est <math>\;< 0\;</math> entraînant le caractère <u>virtuel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image" /> étant <math>\;> 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>virtuel</u>, * pour un dioptre sphérique <u>convexe convergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image" /> est <math>\;> 0\;</math> entraînant le caractère <u>réel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image" /> étant <math>\;< 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>réel</u>. {{Al|5}}<u>Remarques</u> : Les distances focales objet et image étant, dans les quatre cas possibles, de signe contraire, les foyers principaux objet et image sont situés de part et d'autre de la surface dioptrique dans chacun des cas ; {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}pour un dioptre sphérique pour lequel la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent, <math>\;n_o\;</math> étant <math>\;>\;</math> à <math>\;n_i</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est situé à une distance <math>\;|f_o| = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> et le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> à une distance <math>\;|f_i| = \dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> avec <math>\;|f_i| < |f_o|\;</math> <math>\Rightarrow</math> le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est plus éloigné du sommet <math>\;S\;</math> que le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> <ref> Avec, pour un dioptre concave, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet réel (c.-à-d. usuellement à gauche) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image réelle (c.-à-d. usuellement à droite),<br><span style="color:#ffffff;"><small>....</small>Avec, </span>pour un dioptre convexe, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet virtuel (c.-à-d. usuellement à droite) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image virtuelle (c.-à-d. usuellement à gauche).</ref> ; {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}pour un dioptre sphérique pour lequel la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent, <math>\;n_o\;</math> étant <math>\;<\;</math> à <math>\;n_i</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est situé à une distance <math>\;|f_o| = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> et le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> à une distance <math>\;|f_i| = \dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> avec <math>\;|f_i| > |f_o|\;</math> <math>\Rightarrow</math> le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est moins éloigné du sommet <math>\;S\;</math> que le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> <ref> Avec, pour un dioptre concave, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet virtuel (c.-à-d. usuellement à droite) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image virtuelle (c.-à-d. usuellement à gauche),<br><span style="color:#ffffff;"><small>....</small>Avec, </span>pour un dioptre convexe, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet réel (c.-à-d. usuellement à gauche) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image réelle (c.-à-d. usuellement à droite).</ref>.}} === Aplanétisme approché d'un dioptre sphérique sous conditions de Gauss === {{Al|5}}Soit le dioptre sphérique concave convergent introduit à la 1{{ère}} question et un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o \neq C\;</math> <ref name="support axe optique principal" /> tel qu'il y ait stigmatisme approché du dioptre pour tous les points <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> C.-à-d. que, pour un point quelconque <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o</math>, avec la définition de l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <math>\big(</math>cet axe jouant le rôle d'axe optique principal pour le point objet <math>\;M_o\;</math> est qualifié de secondaire relativement au point objet <math>\;A_o\big)</math>, les rayons incidents issus de <math>\;M_o\;</math> doivent être paraxiaux <math>\big[</math>peu inclinés relativement à l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> et à point d'incidence restant proche du sommet secondaire <math>\;S_{M_o}</math>, intersection de l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> avec le dioptre<math>\big]</math>.</ref> ; <br>{{Al|5}}cette dernière condition entraîne que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> admet une image «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>nette<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» <math>\;A_iB_i\;</math> <ref name="Nette" /> mais a priori cette image n'est <math>-</math> hors conditions de Gauss d'aplanétisme approché <math>-</math> ni «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>linéique<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» <ref name="Linéique" /> ni «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>transverse<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» ; {{Al|5}}Supposant que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> est, * quand l'objet n'est pas proche du dioptre, vu du sommet <math>\;S\;</math> du dioptre sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} S\big)\;</math> et * quand l'objet est proche du dioptre, vu du centre <math>\;C\;</math> du dioptre sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq S\big)</math>, {{Al|5}}ces deux conditions sont une première façon de définir les conditions de Gauss d'aplanétisme approché pour un objet linéique transverse quelconque <ref> C'est cette façon qui a été vue en cours, <math>\;S\;</math> étant en effet le point de l'axe optique principal appartenant à la face d'entrée du dioptre.</ref>. {{Al|5}}Il existe une deuxième façon équivalente de définir les conditions de Gauss d'aplanétisme approché pour un objet linéique transverse quelconque <math>\;A_oB_o\;</math> <ref name="façon plus simple" /> : * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> n'est pas proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre, l'objet doit être vu du centre <math>\;C\;</math> sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)\;</math> et * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math>, l'objet doit être vu du sommet <math>\;S\;</math> du dioptre sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq C\big)</math>. ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un dioptre sphérique concave convergent pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du dioptre et vu de ce centre sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant d'abord supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\alpha</math>, sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, l'angle <math>\;\beta</math> sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, n'étant pas nécessairement petit, la démarche pour établir l'aplanétisme du dioptre pour un tel objet est rendue plus aisée si on a établi auparavant la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Relation_de_conjugaison_de_position_.28ou_1.C3.A8re_relation_de_conjugaison.29_de_Descartes_.28avec_origine_au_centre.29|relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre)]] <ref name="méthode moins aisée" /> <center><math>\;\dfrac{n_o}{\overline{CA_i}} - \dfrac{n_i}{\overline{CA_o}} = V\;</math> où <math>\;V\;</math> est la vergence précédemment introduite :</center> {{Al|5}}la démarche peut alors être décomposée en les étapes suivantes : * montrer qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * en utilisant la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre), montrer alors que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et vérifier que l'angle au centre associé est encore <math>\;\alpha</math>, * conclure qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'image <math>\;A_iB_i\;</math> peut être confondue avec un segment perpendiculaire à l'axe optique principal c.-à-d. qu'elle est linéique transverse <ref> Nous aurons donc établi qu'il y a aplanétisme approché du dioptre sphérique pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du dioptre à condition qu'il soit vu de ce centre sous un petit angle.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq}\; C\big)</math>, avec l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, * le caractère transverse de l'objet linéique <math>\Rightarrow</math> la longueur <math>\;[CB_o]\;</math> est plus grande que la longueur <math>\;[CA_o]\;</math> <ref name="définition des côtés triangle rectangle" />, soit plus précisément <math>\;[CA_o] =</math> <math>[CB_o]\, \cos(\alpha) \simeq [CB_o] \left( 1 - \dfrac{\alpha^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\alpha\;</math> <ref name="DL du cosinus à l'ordre deux" /> ou finalement <math>\;[CA_o] \simeq [CB_o]\;</math> à l'ordre un en <math>\;\alpha\;</math> prouvant, qu'à cet ordre, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * tous les points objets <math>\;M_o\;</math> de l'arc de cercle <math>\;A_oB_o\;</math> de centre <math>\;C\;</math> ayant une abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <ref name="axe optique secondaire" />, l'application de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au centre) donne donc des points images <math>\;M_i\;</math> à abscisse image de Descartes (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)</math>, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est assimilable, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, à un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math>, * l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'arc de cercle <math>\;A_iB_i\;</math> est vu du centre <math>\;C\;</math> étant petit, on peut faire l'opération inverse de celle faite au premier paragraphe, c.-à-d. assimiler l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> à un segment choisi perpendiculaire à l'axe optique principal de support <math>\;(CA_i)\;</math> <ref name="justification choix" />, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, linéique transverse ; <center>l'<u>aplanétisme approché du dioptre sphérique</u> (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> a donc été établi <u>pour tout objet linéique de pied non proche du centre du dioptre</u>.</center>}} ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un dioptre sphérique concave convergent pour un objet linéique transverse de pied proche du centre du dioptre et vu du sommet de ce dernier sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> étant maintenant supposé proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\beta</math>, sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)</math> ; la démarche pour établir l'aplanétisme du miroir pour un tel objet nécessite l'utilisation de deux rayons paraxiaux issus de <math>\;M_o</math>, point objet quelconque de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> Le caractère paraxial étant indispensable pour satisfaire au stigmatisme approché du dioptre pour le point objet <math>\;M_o</math>, tous les rayons non paraxiaux issus de <math>\;M_o\;</math> seront arrêtés par un diaphragme centré sur <math>\;S</math> ;<br>{{Al|3}}on vérifie aisément que les rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> sont deux candidats respectant la paraxialité, par contre le rayon incident <math>\;M_oC\;</math> pouvant ne pas l'être car <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math> <math>\big(</math>et si tel était le cas il serait alors arrêté par le diaphragme centré en <math>\;S\big)</math>, nous ne l'utiliserons pas.</ref> et de montrer que le point image <math>\;M_i</math>, défini comme l'intersection des deux rayons réfractés, a pour projeté, sur l'axe optique principal, le point image <math>\;A_i</math> : * déterminer l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;p_i\;</math> en fonction de la distance focale image <math>\;f_i\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * déterminer la longueur algébrique <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> en fonction de <math>\;\beta\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * travaillant dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> <ref> L'axe <math>\;\overrightarrow{Sx}\;</math> étant porté par l'axe optique principal et l'axe <math>\;\overrightarrow{Sy}\;</math> étant porté par la représentation symbolique du dioptre orienté vers le haut, l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> étant lui aussi orienté vers le haut.</ref> déterminer l'équation des rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> <ref name="définition ε" />, * travaillant dans le même repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> déterminer les équations des rayons réfractés, puis leur intersection <math>\;M_i\;</math> ; * vérifier que l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal est égale à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, puis conclure à l'aplanétisme approché du dioptre sphérique (concave convergent) pour l'objet linéique <math>\;A_oB_o\;</math> de pied proche du centre du dioptre. {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - aplanétisme.jpg|thumb|Schéma positionnant un objet linéique transverse de pied proche du centre d'un dioptre sphérique concave convergent pour démontrer l'aplanétisme approché du dioptre pour cet objet <ref> Sur le schéma ci-dessus la distance focale objet vaut <math>\;\big(</math>avec <math>\;n_o \simeq 1,5\;</math> et <math>\;n_i \simeq 1,0\big)</math> <math>\;f_o = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\;\overline{R} = 3\;\overline{R} = -3\;R</math>, la distance focale image, quant à elle, valant <math>\;f_i = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\;\overline{R} = -2\;\overline{R} = 2\;R</math>.</ref>]] {{Al|5}}Soit <math>\;A_oB_o\;</math> un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o</math>, proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre sphérique concave convergent <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, vu du sommet <math>\;S\;</math> de ce dernier sous un angle <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)\;</math> correspondant à la condition de Gauss d'aplanétisme approché précitée ; # on détermine d'abord <math>\;p_i = \overline{SA_i}</math>, l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, image du point objet <math>\;A_o\;</math> d'abscisse objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}</math>, par utilisation de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes du dioptre sphérique (avec origine au sommet) de vergence <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i}</math>, <math>\;f_i = \overline{SF_i}\;</math> étant la distance focale image du dioptre d'où : <center><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = \dfrac{n_i}{f_i} \Rightarrow \dfrac{1}{p_i} = \dfrac{n_o}{n_i\, p_o} + \dfrac{1}{f_i} = \dfrac{n_o\, f_i + n_i\, p_o}{n_i\, p_o\, f_i}\;</math> soit <math>\;p_i = p_o\, \dfrac{n_i\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}</math>.</center> # <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> <math>\;> 0\;</math> avec <math>\;\beta\;</math> non algébrisé <math>\;\ll 1</math>, on en déduit <math>\;\tan(\beta) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{p_o}\;</math> avec <math>\;\tan(\beta) \simeq \beta\;</math> d'où <center><math>\;\overline{A_oB_o} \simeq -\beta\; p_o</math> ;</center> # dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})</math>, le rayon incident <math>\;M_oS\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = \varepsilon\, \overline{A_oB_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_S}{x_{M_o} - x_S} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o} = -\varepsilon\, \beta\;</math> a pour équation <math>\;y - y_S = -\varepsilon\, \beta \left( x - x_S \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = -\varepsilon\, \beta\, x\;</math> <ref name="vérification signes" />,</center><span style="color:#ffffff;"><small></small>dans le repère orthonormé <math>\;\color{white}{(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, </span>le rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> et passant par le foyer principal objet du dioptre sphérique <math>\;F_o\;</math> de coordonnées <math>\;\left(x_{F_o} = f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\,f_i\, , \, y_{F_o} = 0\right)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_{F_o}}{x_{M_o} - x_{F_o}} =</math> <math>\dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + \dfrac{n_o}{n_i}\,f_i} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\,f_i}\;</math> a pour équation <math>\;y - y_{F_o} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} \left( x - x_{F_o} \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} \left( x + \dfrac{n_o}{n_i}\,f_i \right)</math> ;</center> # dans le même repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> le rayon réfracté sur le dioptre du rayon incident <math>\;M_oS\;</math> étant de direction déterminée par la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes de la réfraction (écrite pour de petits angles) est de pente <math>\;-\dfrac{n_o}{n_i}\,\varepsilon\, \beta\;</math> <ref> En effet le rayon réfracté de pente égale à la tangente de l'angle de réfraction c.-à-d. encore égale à l'angle de réfraction <math>\;i_i\;</math> et le rayon incident étant de pente égale à la tangente de l'angle d'incidence c.-à-d. encore égale à l'angle d'incidence <math>\;i_o</math>, l'utilisation de la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes de la réfraction (écrite pour de petits angles) conduisant à <math>\;n_i\, i_i = n_o\, i_o\;</math> d'où <math>\;i_i = \dfrac{n_o}{n_i}\, i_o</math>.</ref> d'où l'équation du rayon réfracté correspondant au rayon incident <math>\;M_oS\;</math> <center><math>\;y = -\dfrac{n_o}{n_i}\,\varepsilon\, \beta\, x\;</math> <ref name="vérification signes bis" />,</center><span style="color:#ffffff;"><small></small>dans le repère orthonormé <math>\;\color{white}{(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, </span>le rayon réfracté sur le dioptre du rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> étant, à partir du point d'incidence <math>\;I\;</math> sur le dioptre, <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, son équation nécessite de déterminer au préalable l'ordonnée de <math>\;I\;</math> par <math>\;x_{I} = 0\;</math> dans l'équation du rayon incident soit <math>\;y(I) = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} \left[ x_I + \dfrac{n_o}{n_i}\,f_i \right) = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_o\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}\;</math> d'où l'équation du rayon réfracté correspondant au rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_o\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}</math> ;</center> {{Al|5}}l'intersection <math>\;M_i\;</math> de ces deux rayons réfractés a pour abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_o\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} = -\dfrac{n_o}{n_i}\,\varepsilon\, \beta\, x_{M_i}\;</math> soit <center><math>\;x_{M_i} = \dfrac{n_i\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}\;</math> identique à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du point image <math>\;A_i</math> ;</center> # l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal étant égale à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, on conclut à l'<u>aplanétisme approché du dioptre sphérique</u> (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <u>pour tout objet linéique</u> <math>\;A_oB_o\;</math> <u>de pied proche du centre du dioptre</u>.}} ==== Relation de conjugaison (approchée) de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) ==== {{Al|5}}Dès lors qu'un dioptre sphérique est utilisée sous conditions de Gauss de stigmatisme et d'aplanétisme approchés, l'usage est de représenter ce dioptre sous une forme symbolique dans laquelle figurent l'axe optique principal, le centre <math>\;C</math>, les foyers principaux objet <math>\;F_o\;</math> et image <math>\;F_i</math>, le sommet <math>\;S\;</math> et la partie de dioptre perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal <ref> Cette partie de dioptre perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal est terminée par des bords inclinés vers la droite pour un dioptre convergent et vers la gauche pour un dioptre divergent.</ref> <center>voir ci-dessous en 1{{ère}} ligne les quatre types de dioptres sphériques et en 2{{ème}} ligne leur représentation symbolique <ref name="Foyers à ajouter" />. <gallery> Dioptre sphérique concave verre - air.jpg| Dioptre sphérique concave air - verre.jpg| Dioptre sphérique convexe verre - air.jpg| Dioptre sphérique convexe air - verre.jpg| </gallery> <gallery> Dioptre sphérique concave convergent - symbole.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique concave convergent Dioptre sphérique concave divergent - symbole.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique concave divergent Dioptre sphérique convexe divergent.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique convexe divergent Dioptre sphérique convexe convergent.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique convexe convergent </gallery> </center> [[File:Dioptre sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes avec origine en S pour un dioptre sphérique concave convergent]] {{Al|5}}Sur le schéma ci-contre on a construit l'image linéique transverse <math>\;A_iB_i\;</math> d'un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> <math>\;\neq S\;</math> et <math>\;\neq C\;</math> en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, l'un passant que le centre <math>\;C\;</math> du dioptre et qui poursuit dans l'espace image réel sans être dévié <ref> En effet le rayon émergent doit être issu du point d'incidence <math>\;I\;</math> du rayon incident et passer par l'image de <math>\;C\;</math> par le dioptre c.-à-d. <math>\;C\;</math> lui-même.</ref>, l'autre passant par le sommet <math>\;S\;</math> du dioptre et qui se réfracte en obéissant à la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes <ref> Attention le sommet <math>\;S\;</math> du dioptre est le seul point d'incidence en lequel on peut appliquer la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes en travaillant sur la représentation symbolique du dioptre car c'est le seul point pour lequel la direction de cette représentation symbolique se confond avec la direction réelle du dioptre <math>\big(</math>autrement dit c'est le seul point où la normale réelle est perpendiculaire à la représentation symbolique, par exemple le rayon incident <math>\;B_oC\;</math> qui se confond avec la normale réelle du dioptre en <math>\;I\;</math> n'est pas perpendiculaire à la représentation symbolique du dioptre en <math>\;I\big)</math>.</ref>, le point d'intersection de ces deux rayons émergents étant le point de convergence <math>\;B_i\;</math> de tous les rayons réfractés correspondant à tous les rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> sous conditions de Gauss <ref> Car le dioptre est stigmatique approché pour <math>\;B_o</math>.</ref> et <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal <ref> Car le dioptre est aplanétique approché pour <math>\;A_oB_o</math>.</ref>. {{Al|5}}En comparant les triangles rectangles <math>\;A_iB_iS\;</math> et <math>\;A_oB_oS</math>, déterminer le grandissement transverse par le dioptre de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}\\ p_i = \overline{SA_i} \end{array}\right\rbrace</math> ; <center>cette relation définit la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour tout objet linéique transverse de pied <math>\;A_o \neq S\;</math> <ref name="forme indéterminée" />, elle caractérise quantitativement la propriété d'aplanétisme approché du miroir sphérique pour l'objet linéique transverse de pied <math>\;A_o\;</math> <ref name="indépendance de la nature dioptre" />.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons émergents correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;C\;</math> qui est transmis sans déviation et le 2{{ème}} de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfracte en <math>\;S\;</math> suivant une direction faisant l'angle <math>\;i_i\;</math> par rapport à l'axe optique principal, la direction du rayon incident, quant à elle, faisant l'angle <math>\;i_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal telle que <math>n_i\,i_i = n_o\, i_o\;</math> <ref name="relation de Kepler"> On rappelle que les angles étant petits, la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes de la réfraction se réécrit en omettant les sinus (relation approchée de Kepler).</ref> <ref> Il est déconseillé de choisir ce rayon dans les constructions futures demandées car peu pratique <math>\;\big(</math>l'angle <math>\;i_o\;</math> devant être mesuré puis l'angle <math>\;i_i\;</math> calculé et enfin reporté par rapport à l'axe optique principal<math>\big)</math> ; ici nous l'utilisons dans la démonstration d'où ce choix.</ref>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(i_o)\;</math> et <math>\;\tan(i_i)\;</math> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oS\;</math> et <math>\;A_iB_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(i_o) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}}</math>, <math>\;i_o\;</math> étant <math>\;< 0</math>, <math>\;\overline{A_oB_o} > 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o} < 0\;</math> <ref> On suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oS\;</math> puisse être défini.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;i_o \simeq \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}}</math>, * <math>\;\tan(i_i) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}}</math>, <math>\;i_i\;</math> étant <math>\;< 0</math>, <math>\;\overline{A_iB_i} < 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_i} > 0\;</math> <ref> Ayant suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> et <math>\;S\;</math> étant un point double on en déduit <math>\;A_i \neq S\;</math> ce qui définit le triangle <math>\;A_iB_iS</math>.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;i_i \simeq \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}}</math> ; {{Al|5}}écrvant la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes de la réfraction pour les petits angles <math>\;n_i\, i_i \simeq n_o\, i_o\;</math> on en déduit : <math>\;n_o\, \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}} \simeq n_i\, \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} \simeq \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\overline{SA_i}}{\overline{SA_o}}\;</math> d'où <center>la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes (avec origine au sommet)</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\overline{SA_i}}{\overline{SA_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq S\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}\\ p_i = \overline{SA_i} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;p_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;p_i = f_i\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;p_o = f_o\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = C\;</math> <ref> Le dioptre sphérique n'est stigmatique rigoureux que pour le pied <math>\;C\;</math> de l'objet linéique, pour tous les autres points objets constituant ce dernier on suppose le stigmatisme approché du miroir c.-à-d. l'utilisation de rayons incidents issus de <math>\;M_o\; (\neq C)\; \in A_oB_o\;</math> paraxiaux <math>\big(</math>ce qui peut être réalisé en pratique avec un diaphragme centré en <math>\;S\;</math> collé contre le dioptre<math>\big)</math>.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du dioptre pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> sous lequel l'objet est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\;\big(\beta \ll 1\big)</math>, * vérifier, par construction de l'image <math>\;A_iB_i</math> et utilisation de la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes de réfraction dans les conditions de Gauss, qu'elle est se superpose à <math>\;A_oB_o\;</math> avec un cœfficient d'agrandissement dépendant du rapport des indices des espaces objet et image, * en déduire l'applicabilité de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = C</math>. {{Al|5}}Considérant maintenant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = S\;</math> <ref> L'objet, collé contre le dioptre sphérique, de pied <math>\;A_o = S</math>, l'axe optique principal ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, ne peut être rigoureusement linéique (c.-à-d. rectiligne) car il suit la courbure du dioptre mais, s'il est vu de <math>\;C\;</math> sous un petit angle non algébrisé <math>\;\alpha</math>, on peut confondre l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et le segment correspondant lui étant tangent à l'ordre un <math>\;\alpha</math>, raison pour laquelle l'objet est qualifié de «<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>linéique transverse<span style="color:#ffffff;"><small>~</small></span>» ; <br>{{Al|3}}le dioptre sphérique est stigmatique rigoureux que pour les points de l'objet linéique car tous ces points, étant sur le dioptre, jouent le rôle de sommet (secondaire) pour lequel le dioptre est stigmatique rigoureux.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du dioptre pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'objet est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(\alpha \ll 1\big)\;</math> <ref> Qui est aussi la condition pour que l'objet collé sur le dioptre puisse être considéré comme linéique.</ref>, * vérifier que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> se superpose à <math>\;A_oB_o</math>, le caractère linéique transverse de l'objet entraînant celui de l'image et * en déduire la valeur du grandissement transverse <math>\;G_t(S)\;</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = S</math>. {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - grandissement transverse au centre.jpg|thumb|Construction de l'image d'un objet linéique transverse de pied au centre d'un dioptre sphérique concave convergent]] {{Al|5}}Le centre <math>\;C\;</math> du dioptre sphérique concave convergent ci-contre en étant un point double conjugué rigoureux, un objet linéique transverse <math>\;CB_o\;</math> a pour image, par le dioptre, une image linéique transverse de pied <math>\;C</math>, notée <math>\;CB_i</math> ; pour construire cette dernière il suffit de choisir pour rayon incident issu de <math>\;B_o</math>, le rayon passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> qui se propage dans l'espace image parallèlement à l'axe optique principal, le point image <math>\;B_i\;</math> étant alors l'intersection de ce rayon émergent avec le plan transverse passant par <math>\;C</math> ; on vérifierait graphiquement que <center> <math>\;\overline{CB_i} = \dfrac{n_o}{n_i}\, \overline{CB_o}\;</math> et par suite <math>\;G_t(C) = \dfrac{n_o}{n_i}</math> ;</center> {{Al|5}}l'application de la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au sommet) nous conduit à <math>\;G_t(C) =</math> <math>\dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\overline{SC}}{\overline{SC}}</math>, soit effectivement <math>\;G_t(C) = \dfrac{n_o}{n_i}</math>. {{Al|5}}Tous les points du dioptre sphérique étant des points doubles de ce dernier <ref> Chaque point du dioptre jouant le rôle de sommet pour l'axe optique principal passant par ce point, c'est effectivement un point double.</ref>, un objet collé sur le dioptre est donc sa propre image ; dans la mesure où l'objet est de petite taille, on peut négliger sa courbure et le considérer comme linéique transverse, son image étant alors également linéique transverse ; comme <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SA_o}\;</math> on en déduit, par définition, <math>\;G_t(S) = +1\;</math>.}} ==== Construction de l'image par un dioptre sphérique d'un objet linéique transverse ==== {{Al|5}}<u>Définitions préliminaires</u> : On appelle plan focal objet le plan transverse passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}plan focal image le plan transverse passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math> ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle axe optique secondaire tout axe passant par le centre <math>\;C</math> du dioptre, il possède une partie incidence contenue dans l'espace objet réel se prolongeant sans être dévié pour donner sa partie émergente contenue dans l'espace image réelle ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal objet et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}foyer secondaire image <math>\;\varphi_i\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal image. {{Al|5}}<u>Propriétés</u> : Justifier les propriétés des foyers secondaires objet et image associés à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : # le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour image le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)\big]</math>, # le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour antécédent le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}<u>Propriétés des foyers secondaires associés à un axe optique secondaire</u> : # foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet linéique transverse contenu dans le plan focal objet et de pied <math>\;F_o</math>, objet noté <math>\;F_o\varphi_o(\delta)</math>, <math>\;F_o\;</math> ayant pour image le point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et l'image étant linéique transverse, le point <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> a une image également située à l'infini sur l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon incident issu de <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> se prolonge dans l'espace image sans déviation, les parties incidente et émergente constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)</math>,</center> # foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet dont l'image associée est contenue dans le plan focal image et de pied <math>\;F_i</math>, image notée <math>\;F_i\varphi_i(\delta)</math>, <math>\;F_i\;</math> ayant pour antécédent le point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et le dioptre étant aplanétique, le point <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> a un antécédent également situé à l'infini sur la partie incidente de l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon émergent issu de <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> est le prolongement d'un rayon incident sans changement de direction, les parties incidente et émergente constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement<math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)</math>.</center>}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> réel, de pied <math>\;A_o\;</math> séparé du sommet <math>\;S\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent d'une distance supérieure au rayon non algébrisé du dioptre <ref> Pour la construction on prendra <math>\;n_o = 1,5\;</math> (indice du verre) et <math>\;n_i = 1,0\;</math> (indice de l'air).</ref>, construire son image <math>\;A_iB_i\;</math> par le dioptre de deux façons différentes : # en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> <math>\big[</math>choisis parmi les trois suivants : passant par <math>\;C</math>, passant par <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<math>\big]</math>, # en considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> <ref name="un seul rayon incident suffit" /> <math>\big[</math>choisi parmi les deux suivants : passant par <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\big]</math>. {{Al|5}}Refaire les constructions précédentes avec un miroir concave divergent (obtenu en permutant les espaces objet et image). {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - construction image.jpg|thumb|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave convergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal]] # En considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> choisis parmi les trois suivants (voir schéma ci-contre) : <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;C\;</math> et se prolongeant sans déviation, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;F_o\;</math> foyer principal objet et émergeant dans l'espace image parallèlement à l'axe optique principal, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal et émergeant dans l'espace image en passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;B_i\;</math> étant à l'intersection des deux rayons réfractés correspondant aux deux rayons incidents choisis, <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal. {{clr}} [[File:Dioptre sphérique concave convergent - construction image - bis.jpg|thumb|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave convergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire]] # En considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> choisis parmi les deux suivants (voir schéma ci-contre) : <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par un foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection du rayon incident et du plan focal objet<math>\big]\;</math> et émergeant parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> <math>\big[</math>c.-à-d., pour la partie incidente <math>\;C\varphi_o(\delta)</math>, la partie réfractée en étant le prolongement sans déviation<math>\big]</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à un axe optique secondaire a priori quelconque <math>\;(\delta)\;</math> et émergeant en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection de l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> et du plan focal image<math>\big]</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;A_i\;</math> étant à l'intersection d'un des rayons réfractés correspondant au rayon incident choisi et de l'axe optique principal, <math>\;B_i\;</math> s'obtenant comme intersection de l'axe optique secondaire passant par <math>\;B_o\;</math> et du plan transverse passant par <math>\;A_i</math>. {{clr}} {{Al|5}}Ci-dessous les constructions refaites sur un dioptre sphérique concave divergent, en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> à gauche puis en utilisant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> et la notion de foyers secondaires objet ou image à droite : <center> <gallery> Dioptre sphérique concave divergent - construction image.jpg|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave divergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal Dioptre sphérique concave divergent - construction image - bis.jpg|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave divergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire </gallery> </center>}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) sous conditions de Gauss === ==== Relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}On repère maintenant les points objet <math>\;A_o\;</math> et image <math>\;A_i\;</math> relativement au centre <math>\;C\;</math> du dioptre sphérique en définissant * l'abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}\;</math> et * l'abscisse image de Descartes (avec origine au centre) de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}</math> ; {{Al|5}}à partir de la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) s'écrit <center><math>\;\dfrac{n_o}{\overline{CA_i}} - \dfrac{n_i}{\overline{CA_o}} = V\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C" /> ou <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = V\;</math> avec <math>\;V\;</math> vergence du dioptre.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Descartes (origine au centre) utilisent <math>\;C\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> ou un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o} = \overline{SC} + \overline{CA_o}\;</math> ou <math>\;p_o = \overline{R} + \pi_o\;</math> et * l'abscisse image de Descartes (avec origine au centre) du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i = \overline{SA_i}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SC} + \overline{CA_i}\;</math> ou <math>\;p_i = \overline{R} + \pi_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au centre) en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes précédemment définis, dans la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = \dfrac{-(n_i - n_o)}{\overline{R}}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{n_i}{\pi_i + \overline{R}} - \dfrac{n_o}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> ou <math>\;\dfrac{n_i\,(\pi_o + \overline{R}) - n_o\, (\pi_i + \overline{R})}{(\pi_i + \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R})} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens" /> <math>\;-(n_o - n_i)\, (\pi_i + \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R}) = [n_i\, \pi_o - n_o\, \pi_i - (n_o - n_i)\, \overline{R}]\, \overline{R}\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;-(n_o - n_i)\, \pi_o\, \pi_i - (n_o - n_i)\, \overline{R}\, \pi_o - (n_o - n_i)\, \overline{R}\, \pi_i - (n_o - n_i)\, \overline{R}^2 = n_i\, \pi_o\, \overline{R} - n_o\, \pi_i\, \overline{R} - (n_o - n_i)\, \overline{R}^2\;</math> soit, après simplification <math>\;-(n_o - n_i)\, \pi_o\, \pi_i - n_o\, \overline{R}\, \pi_o + n_i\, \overline{R}\, \pi_i = 0\;</math> ou <math>\;n_o\, \overline{R}\, \pi_o - n_i\, \overline{R}\, \pi_i = -(n_o - n_i)\, \pi_o\, \pi_i\;</math> et enfin, en divisant les deux membres de l'équation par <math>\;\pi_o\, \pi_i\, \overline{R}\;</math> <ref name="C.N." /> <math>\;\big(</math>la raison en étant que l'on cherche à établir une équation faisant intervenir des inverses de longueur à partir d'une équation comportant des produits de deux longueurs<math>\big)\;</math> <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}</math> ; la <u>1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = V\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du dioptre ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}} = V</math>.</ref> avec <math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> vergence du dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}\\ \pi_i = \overline{CA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</center>}} [[File:Dioptre sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes avec origine en C pour un dioptre sphérique concave convergent]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}à partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C" />. {{Al|5}}En utilisant le schéma ci-contre vérifier directement cette relation. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet" /> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \pi_o + \overline{R} \\ p_i = \pi_i + \overline{R} \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\pi_i + \overline{R}}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}\left( \dfrac{1}{\overline{R}} + \dfrac{1}{\pi_i} \right)}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}} \left( \dfrac{1}{\overline{R}} + \dfrac{1}{\pi_o} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître des inverses de longueur comme celles de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}} \Leftrightarrow \dfrac{n_o}{\pi_i} + \dfrac{n_o}{\overline{R}} = \dfrac{n_i}{\pi_o} + \dfrac{n_i}{\overline{R}}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}}}</math> ; la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du dioptre ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = 1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}\\ \pi_i = \overline{CA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons émergents correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;C\;</math> qui est transmis sans déviation et le 2{{ème}} de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfracte en <math>\;S\;</math> suivant une direction faisant l'angle <math>\;i_i\;</math> par rapport à l'axe optique principal, la direction du rayon incident, quant à elle, faisant l'angle <math>\;i_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal telle que <math>n_i\,i_i = n_o\, i_o\;</math> <ref name="relation de Kepler" />, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oC\;</math> et <math>\;A_iB_iC\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o}) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_o} < 0\;</math> <ref name="hors centre" />, * <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_i} > 0\;</math> <ref name="hors centre bis" /> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}} = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{\overline{CA_i}}{\overline{CA_o}}\;</math> d'où <center>la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes (avec origine au centre)</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{CA_i}}{\overline{CA_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq C\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\pi_o = \overline{CA_o}\\ \pi_i = \overline{CA_i} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\pi_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\pi_i = f_i - \overline{R}\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\pi_o = f_o - \overline{R}\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Newton sous conditions de Gauss === {{Al|5}}On repère maintenant le point objet <math>\;A_o\;</math> relativement au foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> du dioptre sphérique et le point image <math>\;A_i\;</math> relativement au foyer principal image <math>\;F_i\;</math> du même dioptre sphérique en définissant * l'abscisse objet de Newton de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> et * l'abscisse image de Newton de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>. ==== Relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Newton s'écrit <center><math>\; \overline{F_iA_i}\; \overline{F_oA_o} = \overline{SF_i}\; \overline{SF_o}\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Newton" /> ou <math>\;\sigma_i \; \sigma_o = f_i\; f_o\;</math> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille"> On retrouve la forme commune vue pour un miroir sphérique et qui sera établie au chapitre suivant pour une lentille mince <math>\;\big(</math>à condition que les deux formes de la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton soient explicitées uniquement en fonction des abscisses objets ou des abscisses images et non simultanément des deux<math>\big)</math>.</ref> avec <math>\;f_i\;</math> et <math>\;f_o\;</math> distances focales image et objet du dioptre.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Newton utilisent <math>\;F_o\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> comme origine pour repérer un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Newton du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o =</math> <math>\overline{SA_o}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o} = \overline{SF_o} + \overline{F_oA_o}\;</math> ou <math>\;p_o = f_o + \sigma_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\, f_i + \sigma_o\;</math> <ref name="vergence dioptre"> On rappelle la vergence <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}\;</math> d'où <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\, f_i</math>.</ref> et * l'abscisse image de Newton du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i =</math> <math>\overline{SA_i}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SF_i} + \overline{F_iA_i}\;</math> ou <math>\;p_i = f_i + \sigma_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Newton en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes précédemment définis, dans la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = \dfrac{n_i}{f_i}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{n_i}{\sigma_i + f_i} - \dfrac{n_o}{\sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i} = \dfrac{n_i}{f_i}\;</math> ou <math>\;\dfrac{n_i \left( \sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i \right) - n_o\, (\sigma_i + f_i)}{(\sigma_i + f_i) \left( \sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i \right)} = \dfrac{n_i}{f_i}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens" /> <math>\;n_i\, (\sigma_i + f_i) \left( \sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i \right)</math> <math>= (n_i\, \sigma_o - n_o\, \sigma_i - 2\, n_o\, f_i)\, f_i\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;n_i\, \sigma_o\, \sigma_i + n_i\, f_i\, \sigma_o - n_o\, f_i\, \sigma_i - n_o\, f_i^2 =</math> <math>n_i\, \sigma_o\, f_i - n_o\, \sigma_i\, f_i - 2\, n_o\, f_i^2\;</math> soit, après simplification <math>\;n_i\, \sigma_o\, \sigma_i = -n_o\, f_i^2\;</math> et enfin, sachant que <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\, f_i</math> <ref> On remplacera une seule fois <math>\;n_o\, f_i\;</math> par <math>\;-n_i\, f_o\;</math> pour obtenir une forme symétrique de la relation puis on simplifiera l'équation obtenue par <math>\;n_i</math>.</ref>, <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> ; la <u>1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center> <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le foyer principal objet du dioptre <math>\;\big(</math> en effet si <math>\;A_o\;</math> est en <math>\;F_o</math>, l'image <math>\;A_i\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal et on obtient une forme indéterminée avec <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> valant <math>\;\infty\big)</math> ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS} = -f_o\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS} = -f_i\;</math> d'où <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i</math>.</ref> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille" /> <br>avec <math>\;f_i = -\dfrac{n_i}{n_o}\,f_o = -\dfrac{(n_o - n_i)}{n_i}\,\overline{R}\;</math> distance focale image du dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \sigma_o = \overline{F_oA_o}\\ \sigma_i = \overline{F_iA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</center>}} [[File:Dioptre sphérique - grandissement transverse Newton.jpg|thumb|Schéma de démonstration des deux formes de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton pour un dioptre sphérique concave convergent]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Newton <ref name="deux formes de grandissement transverse de Newton" /> <ref name="Applicabilité relation de Newton" />. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet" /> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \sigma_o + f_o \\ p_i = \sigma_i + f_i \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\sigma_i + f_i}{\sigma_o + f_o} = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\sigma_i \left( 1 + \dfrac{f_i}{\sigma_i} \right)}{f_o \left( 1 + \dfrac{\sigma_o}{f_o} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître, au numérateur et au dénominateur, deux grandeurs égales découlant de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_i\, f_o \Leftrightarrow \dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> ou encore <math>\;1 + \dfrac{\sigma_i}{f_i} = 1 + \dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\sigma_i}{f_o} =</math> <math>-\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <ref name="vergence dioptre" /> ; la 1{{ère}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton dioptre"> Applicable en tout point objet ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que cette forme de relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS} = -f_o\;</math> <math>\;\big(</math>resp. <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS} = -f_i\big)\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = +1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille" /> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>.</center> {{Al|5}}comme la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton s'écrivant <math>\;\sigma_i\, \sigma_o = f_i\, f_o\;</math> est équivalente à <math>\;\dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> on en déduit aisément la 2{{ème}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton" /> <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille" /> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfractés correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;F_o\;</math> qui émerge en <math>\;K\;</math> parallèlement à l'axe optique principal et le 2{{ème}} parallèle à l'axe optique principal qui se réfracte en <math>\;H\;</math> en passant par <math>\;F_i</math>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_iS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_iB_iF_i\;</math> et <math>\;HF_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{F_iA_i} < 0\;</math> <ref name="hors foyer bis" />, * <math>\;\tan(\widehat{HF_iS}) = \dfrac{\overline{SH}}{\overline{SF_i}}</math>, <math>\;\overline{SH}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SH} = \overline{A_oB_o}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{HF_iS}) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_iS})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}} = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{F_iA_i}}{\overline{SF_i}}\;</math> d'où <center>une 1{{ère}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\overline{F_iA_i}}{\overline{SF_i}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq A_{o,\,\infty}\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>.</center> {{Al|5}}de même le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_oS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oF_o\;</math> et <math>\;KF_oS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o}) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{F_oA_o} > 0\;</math> <ref name="hors foyer" />, * <math>\;\tan(\widehat{KF_oS}) = -\dfrac{\overline{SK}}{\overline{SF_o}}</math>, <math>\;\overline{SK}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_o} < 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SK} = \overline{A_iB_i}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{KF_oS}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_oS})</math>, on en déduit : <math>\;\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}} = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{SF_o}}{\overline{F_oA_o}}\;</math> d'où <center>une 2{{ème}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\overline{SF_o}}{\overline{F_oA_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq F_o\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\sigma_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\sigma_i = 0\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de Lagrange - Helmholtz sous conditions de Gauss === [[File:Dioptre sphérique - grandissement angulaire.jpg|thumb|Schéma de détermination du grandissement angulaire en repérage de Descartes (avec origine en S) pour un dioptre sphérique concave convergent]] ==== Expression de Descartes (avec origine au sommet) du grandissement angulaire d'un pinceau incident issu d'un point objet ==== {{Al|5}}On rappelle que le grandissement angulaire d'un pinceau lumineux incident issu d'un point objet <math>\;A_o\;</math>, de direction faisant un angle <math>\;\theta_o\;</math> avec l'axe optique principal, le pinceau se réfractant sur le dioptre en convergeant vers le point image <math>\;A_i\;</math>, avec une direction faisant un angle <math>\;\theta_i\;</math> avec l'axe optique principal, est défini selon <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> <ref name="Angles petits" /> ; {{Al|5}}en utilisant le schéma ci-contre, établir l'expression du grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes (avec origine au sommet), respectivement <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> et <math>\;p_i = \overline{SA_i}\;</math> <ref> L'expression du grandissement angulaire a été établie en utilisant un dioptre sphérique concave convergent mais elle reste applicable pour un dioptre sphérique des trois autres types.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}On détermine le grandissement angulaire par évaluation de <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> et <math>\;\tan(\theta_i)</math>, <math>\big(\theta_o\;</math> <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\theta_i < 0\;</math> sur la figure ci-dessus<math>\big)</math> respectivement dans les triangles <math>\;A_oIS\;</math> et <math>\;A_iIS\;</math> soit : * dans le triangle <math>\;A_oIS</math>, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_o}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} < 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_o| \ll 1</math>, <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}</math> ; * dans le triangle <math>\;A_iIS</math>, <math>\;\tan(\theta_i) = -\dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_i}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0</math>, <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> et <math>\;\theta_i < 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_i) = -\dfrac{\overline{SI}}{p_i}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>, <math>\;\theta_i \simeq -\dfrac{\overline{SI}}{p_i}</math> ; {{Al|5}}on en déduit <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq \dfrac{\dfrac{-\overline{SI}}{p_i}}{-\dfrac{\overline{SI}}{p_o}}\;</math> soit, en simplifiant par <math>\;\overline{SI}</math>, l'expression souhaitée du <center>grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq \dfrac{p_o}{p_i}</math>.</center>}} ==== Établissement de la relation de Lagrange - Helmholtz ==== {{Al|5}}Á l'aide des relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) et de l'expression du grandissement angulaire dans le même repérage, vérifier la relation de Lagrange - Helmholtz <center> <math>\;\dfrac{n_i}{n_o}\; G_t(A_o)\; G_a(A_o) = 1\;</math> <ref name="Lagrange - Helmholtz dioptre"> Cette relation est la même que celle que l'on trouvera dans le chapitre suivant sur les lentilles minces, dans le cas usuel d'une lentille mince l'espace image étant de même indice que l'espace objet</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Connaissant le grandissement transversal donné par la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) \simeq \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> et l'expression du grandissement angulaire précédemment trouvée <math>\;G_a(A_o) \simeq \dfrac{p_o}{p_i}</math>, on en déduit le lien entre grandissements angulaire et transversal indépendant de la position du point objet <math>\;A_o</math>, <math>\;G_a(A_o)\; G_t(A_o) \simeq \dfrac{p_o}{p_i} \times \dfrac{n_o}{n_i}\; \dfrac{p_i}{p_o} = \dfrac{n_o}{n_i}\;</math> soit finalement <center><math>\;\dfrac{n_i}{n_o}\; G_t(A_o)\; G_a(A_o) = 1\;</math> ce qui constitue la relation de Lagrange - Helmholtz cherchée <ref name="Lagrange - Helmholtz dioptre" />.</center>}} == Notes et références == <references /> {{Bas de page | idfaculté = physique | précédent = [[../Optique géométrique : miroir plan/]] | suivant = [[../Optique géométrique : lentilles minces/]] }} 7iwgks3j4701gue0rcoexb8cq5jpe6z 880693 880692 2022-07-24T08:27:18Z Phl7605 31541 wikitext text/x-wiki {{Exercice | titre = Optique géométrique : conditions de Gauss | idfaculté = physique | numéro = 13 | chapitre = [[../../Optique géométrique : conditions de Gauss/]] | précédent = [[../Optique géométrique : miroir plan/]] | suivant = [[../Optique géométrique : lentilles minces/]] | niveau = 14 }} __TOC__ {{clr}} == Stigmatisme et aplanétisme approchés d'un miroir sphérique sous conditions de Gauss == {{Al|5}}Pour être défini, un miroir sphérique nécessite la connaissance de : * sa nature « concave » ou « convexe », * son centre <math>\;C\;</math> (centre de courbure de la surface sphérique réfléchissante <ref> Si le miroir est « concave », <math>\;C\;</math> est réel, et si le miroir est « convexe », <math>\;C\;</math> est virtuel.</ref>), * son rayon de courbure (non algébrisé) <math>\;R\;</math> (rayon de courbure de la surface sphérique réfléchissante), * l'axe optique principal dont la partie incidente (ou son prolongement) passe par <math>\;C\;</math> et le point objet <math>\;A_o\;</math> (point objet dont on étudiera l'image éventuelle) et * son sommet <math>\;S\;</math> (intersection de l'axe optique principal et de la surface réfléchissante). {{Al|5}}Nous adoptons l'algébrisation physique de l'axe optique principal <ref name="orientation axe opt. princ."> Supposant l'axe optique principal horizontal, l'espace objet réel étant situé à gauche du miroir, la partie incidente de l'axe optique principal est donc orientée dans le sens <math>\;\rightarrow\;</math> et la partie réfléchie orientée dans le sens <math>\;\leftarrow</math>.</ref> et, pour unifier l'étude des miroirs sphériques, algébrisons le rayon de courbure du miroir selon <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow}\;</math> <ref name="orientation axe opt. princ." /> avec pour conséquence la nature « concave » ou « convexe » du miroir caractérisé par le signe du rayon de courbure algébrisé : * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} > 0</math>, <math>\;C\;</math> étant à droite de <math>\;S\;</math> est virtuel, correspondant à un miroir « convexe », * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} < 0</math>, <math>\;C\;</math> étant à gauche de <math>\;S\;</math> est réel, correspondant à un miroir « concave ». <center> <gallery> Miroir sphérique convexe - algébrisation.jpg|Miroir sphérique convexe : algébrisation de l'axe optique principal, définitions du centre, du sommet et du rayon de courbure algébrisé Miroir sphérique concave - algébrisation.jpg|Miroir sphérique concave : algébrisation de l'axe optique principal, définitions du centre, du sommet et du rayon de courbure algébrisé </gallery> Dans la suite nous supposerons le miroir sphérique concave <ref> En précisant la modification des résultats pour un miroir sphérique convexe.</ref> et <br>admettrons qu'il n'y a pas stigmatisme rigoureux du miroir sphérique pour tous les points objets <br>autres que <math>\;C\;</math> et tous les points du miroir <ref name="Définition sommet"> Si le point objet <math>\;A_o\;</math> est sur le miroir, l'axe optique principal associé à ce point objet ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, <math>\;A_o\;</math> joue le rôle de sommet <math>\;S\;</math> du miroir ; ainsi, dans la mesure où l'axe optique principal n'a pas été préalablement défini, tout point du miroir peut être considéré comme un sommet.</ref>.</center> === Démonstration du stigmatisme approché d'un miroir sphérique concave sous conditions de Gauss === [[File:Miroir sphérique concave - stigmatisme approché.jpg|thumb|Schéma d'un miroir sphérique concave dans le but d'établir le stigmatisme approché du miroir pour tout point objet autre que C et S]] {{Al|5}}Considérant un point objet réel <math>\;A_o \neq C\;</math> et l'axe optique principal correspondant de support <math>\;(A_oC)\;</math> <ref> Dès lors que <math>\;A_o\;</math> est <math>\;\neq C</math>, l'axe optique principal est parfaitement défini ainsi que le sommet <math>\;S\;</math> qui est l'intersection de l'axe optique principal et du miroir ; <br>{{Al|3}}sur le schéma <math>\;[SA_o]\;</math> est <math>\;> [SC]\;</math>, ceci entraînant que <math>\;A_i</math>, l'image éventuelle de <math>\;A_o\;</math> par le miroir, est telle que <math>\;[SA_i]\;</math> est <math>\;< [SC]\;</math> ; <br>{{Al|3}}pour traiter le cas correspondant à <math>\;[SA_o] < [SC]</math>, ce qui entraînerait que <math>\;A_i</math>, l'image éventuelle de <math>\;A_o\;</math> par le miroir, serait telle que <math>\;[SA_i] > [SC]</math>, il suffirait de permuter l'objet et l'image pour retrouver le cas précédent aussi nous nous contenterons de traiter le cas du schéma <math>\;[SA_o] > [SC]</math>.</ref>, nous envisageons des rayons incidents issus de <math>\;A_o</math>, peu inclinés par rapport à l'axe optique principal, d'angle d'inclinaison <math>\;\theta_o\;</math> tel que <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et dont le point d'incidence <math>\;I\;</math> reste proche du sommet <math>\;S\;</math> c.-à-d. tel que l'angle que fait la normale au miroir en <math>\;I\;</math> dans le sens incident avec la partie incidente de l'axe optique principal <math>\;\widehat{(\overrightarrow{CS}\, ;\, \vec{N})} = \omega\;</math> est tel que <math>\;|\omega| \ll 1</math> <ref name="Paraxial"> Les rayons incidents sont donc paraxiaux, conditions de Gauss (admises) pour que le système recevant ces rayons soit stigmatique approché pour le point objet considéré.</ref>. {{Al|5}}Le rayon incident <math>\;A_oI\;</math> donnant, par utilisation des lois de Snell - Descartes de la réflexion, le rayon réfléchi <math>\;IA_i\;</math> <math>\big(A_i \in</math> à l'axe optique principal<math>\big)</math>, appelons <math>\;\theta_i\;</math> l'angle d'inclinaison du rayon réfléchi par rapport à la partie réfléchie de l'axe optique principal ; nous nous proposons de démontrer que <math>\;A_i\;</math> est indépendant du rayon incident considéré <math>\big(</math>c.-à-d. indépendant de <math>\;\theta_o\;</math> et de <math>\;\omega\big)\;</math> dans la mesure où les conditions de Gauss de stigmatisme approché <math>\big(\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et <math>\;|\omega| \ll 1\big)\;</math> sont réalisées. ==== Établissement de la relation liant θ_o, θ_i et ω ==== # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIC\;</math> établir une première relation entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;i\;\big(</math>angle d'incidence du rayon incident en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIC\;</math> établir une deuxième relation entre <math>\;\theta_i</math>, <math>\;i'\;\big(</math>angle de réflexion du rayon réfléchi en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en utilisant la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes de la réflexion et les deux relations précédentes, déduire la relation suivante entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;\theta_i\;</math> et <math>\;\omega</math> : <center> <math>\;\omega = \dfrac{\theta_o + \theta_i}{2}\;\;(\mathfrak{a})\;</math> <ref> Cette relation reste applicable quels que soient les ordres de grandeur de <math>\;|\theta_o|\;</math> et <math>\;|\omega|</math>, elle ne nécessite donc pas de se placer dans les conditions de Gauss de stigmatisme approché.</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Dans le triangle <math>\;A_oIC</math>, <math>\;\omega = \theta_o + (-i)\;</math> <ref name="relation dans un triangle"> On utilise la propriété suivante : « dans un triangle, un angle extérieur est égal à la somme des deux autres angles intérieurs » (propriété utilisant des angles non algébrisés).</ref> <ref> On remarque, sur le schéma, que <math>\;\omega\;</math> et <math>\;\theta_o\;</math> sont positifs mais <math>\;i\;</math> étant négatif, sa valeur absolue s'écrit <math>\;(-i)</math>.</ref> et <br>{{Al|5}}dans le triangle <math>\;A_iIC</math>, <math>\;\theta_i = \omega + i'\;</math> <ref name="relation dans un triangle" /> <ref> On remarque, sur le schéma, que tous les angles <math>\;\theta_i</math>, <math>\;\omega\;</math> et <math>\;i'\;</math> sont positifs.</ref> ou, <br>{{Al|5}}en utilisant la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes pour la réflexion <math>\;i' = -i</math>, la relation ci-dessus se réécrit <math>\;\theta_i = \omega - i</math> ; <br>{{Al|5}}on élimine alors <math>\;i\;</math> entre ces deux relations en faisant la différence soit : <math>\;\omega - \theta_i = \theta_o - \omega\;</math> ou <math>\;2\,\omega = \theta_o + \theta_i\;</math> soit enfin <center> <math>\;\omega = \dfrac{\theta_o + \theta_i}{2}\;\;(\mathfrak{a})</math>.</center>}} ==== Évaluation des angles θ_o, θ_i et ω en fonction des abscisses de A_o, A_i et C repérées relativement à H ==== {{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> et des conditions de Gauss de stigmatisme approché, montrer que le rayon réfléchi est aussi peu incliné relativement à la partie réfléchie de l'axe optique principal c.-à-d. <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>. # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH\;</math> <ref name="définition de H"> <math>\;H\;</math> étant le projeté orthogonal du point d'incidence <math>\;I\;</math> sur l'axe optique principal.</ref> évaluer <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_o}_{\rightarrow}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\theta_o</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\theta_i)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_i}_{\leftarrow}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\theta_i</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\omega)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HC}_{\rightarrow}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\omega</math>, # déduire des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math>, un lien entre <math>\;\overline{HA_o}_{\rightarrow}</math>, <math>\;\overline{HA_i}_{\leftarrow}\;</math> et <math>\;\overline{HC}_{\rightarrow}\;</math> <math>\;\big[</math>relation <math>\,(\mathfrak{b})\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> écrite sous la forme <math>\;\theta_i = 2\, \omega - \theta_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;|\theta_i| \leqslant 2\, |\omega| + |\theta_o|\;</math> et des conditions de Gauss de stigmatisme approché <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}|\theta_o| \ll 1\\ |\omega| \ll 1 \end{array}\right\rbrace\;</math> dont on déduit <math>\;2\, |\omega| + |\theta_o| \ll 1\;</math> d'où <math>\;|\theta_i| \leqslant 2\, |\omega| + |\theta_o| \ll 1\;</math> c.-à-d. que le rayon réfléchi est aussi peu incliné relativement à la partie réfléchie de l'axe optique principal. # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH</math>, <math>\;\tan(\theta_o) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HA_o}_\rightarrow}\;</math> car sur le schéma <math>\;\theta_o > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_o) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_o}_\rightarrow < 0\;</math> ou, <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_o) \simeq \theta_o\;</math> on en déduit <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_o}_\rightarrow}</math> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH</math>, <math>\;\tan(\theta_i) = \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}_\leftarrow}\;</math> car sur le schéma <math>\;\theta_i > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_i) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_i}_\leftarrow > 0\;</math> ou, <math>\;|\theta_i| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_i) \simeq \theta_i\;</math> on en déduit <math>\;\theta_i \simeq \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}_\leftarrow}</math> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH</math>, <math>\;\tan(\omega) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HC}_\rightarrow}\;</math> car sur le schéma <math>\;\omega > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\omega) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HC}_\rightarrow < 0\;</math> ou, <math>\;|\omega| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\omega) \simeq \omega\;</math> on en déduit <math>\;\omega \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HC_\rightarrow}}</math> ; # des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> réécrite selon <math>\;2\, \omega = \theta_i + \theta_o</math>, on en déduit <math>\;\dfrac{-2\, \overline{HI}}{\overline{HC_\rightarrow}} = \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}_\leftarrow} - \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_o}_\rightarrow}\;</math> ou, en simplifiant par <math>\;\overline{HI}</math>, on obtient la relation <math>\;(\mathfrak{b})\qquad \dfrac{-2}{\overline{HC_\rightarrow}} = \dfrac{1}{\overline{{\mathrm{HA}_i}_\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{HA_o}_\rightarrow}</math>.}} ==== Établissement de la confusion de H et de S à l'ordre un en ω ==== {{Al|5}}Établir que <math>\;H\;</math> <ref name="définition de H" /> peut être confondu avec le sommet <math>\;S\;</math> du miroir à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> <ref name="H et S confondus"> Ceci nécessite que <math>\;[HS]\;</math> soit un infiniment petit au moins d'ordre deux en <math>\;\omega</math>.</ref> et {{Al|5}}réécrire que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> en tenant compte de cette confusion. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Montrons que <math>\;H\;</math> peut être confondu avec <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> <ref name="ω infiniment petit d'ordre un"> <math>\;|\omega|\;</math> étant considéré comme un infiniment petit d'ordre un.</ref>, en évaluant <math>\;[CH]\;</math> puis <math>\;[HS] = [CS] - [CH]\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega</math>, on obtient : <math>\;[CH] = [CI]\, \cos(\omega) = R\, \cos(\omega) \simeq R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math> <math>\big(</math>revoir la remarque du paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable_au_voisinage_d'une_de_ses_valeurs#D.C3.A9veloppements_limit.C3.A9s_.C3.A0_l.27ordre_un_de_quelques_fonctions_usuelles|D.L. à l'ordre un de quelques fonctions usuelles]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « Outils mathématiques pour la physique (PCSI) »<math>\big)\;</math> d'où <math>\;[HS] = [CS] - [CH] \simeq R - R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega</math>, soit encore <math>\;[HS] \simeq R \dfrac{\omega^2}{2}\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math> ou finalement <center><math>\;[HS] \simeq 0\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega</math> ;</center> {{Al|5}}remplaçant <math>\;H\;</math> par <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{b})</math>, on peut, sous les conditions de Gauss de stigmatisme approché, la réécrire selon <center><math>\;(\mathfrak{b})\; \dfrac{-2}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = \dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math> <ref> Sous cette forme la relation nécessite que le point objet <math>\;A_o\;</math> soit <math>\;\neq S\;</math> sommet du miroir.</ref>.</center>}} ==== Conclusion : stigmatisme approché du miroir sphérique (concave) pour le point objet A_o et relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) ==== {{Al|5}}Vérifier que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> définit, pour un point objet <math>\;A_o\;</math> quelconque, un point image unique <math>\;A_i\;</math> et en déduire le stigmatisme approché du miroir sphérique pour le point objet <math>\;A_o</math> ; {{Al|5}}la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> pouvant être écrite selon <math>\;\dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}} = V\;</math> <ref name="indépendance de la nature"> Nous admettrons que cette relation (ou propriété) établie dans le cas d'un miroir sphérique concave est encore applicable, sans modification, à un miroir sphérique convexe.</ref> où <math>\;V\;</math> est une constante appelée « vergence » du miroir sphérique exprimée en dioptries <math>\big(</math>de symbole <math>\;\delta\big)\;</math> dans la mesure où les abscisses le sont en <math>\;m\;\big(</math>la dioptrie étant liée au mètre par <math>\;1\, \delta = 1\,m^{-1}\big)</math>, exprimer <math>\;V\;</math> en fonction de <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow}</math>. {{Al|5}}Par la suite notant l'abscisse de Descartes <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math><ref> Pour le repérage de Descartes dans un miroir sphérique (concave ou convexe), il y a deux origines utilisées : l'origine au sommet qui est la plus fréquemment utilisée et l'origine au centre qui l'est beaucoup moins.</ref> du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Par la suite notant l'abscisse de Descartes <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>avec origine au sommet<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> }}celle du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}</math>, <br>{{Al|5}}la relation de conjugaison (approchée) de position [ou 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée)] de Descartes d'un miroir sphérique se réécrit <center><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille"> C.-à-d., comme cela sera vu au chapitre suivant, la même relation de conjugaison (approchée) de position (ou de grandissement transverse) de Descartes (ou de Newton) que celle d'une lentille mince (à condition que l'algébrisation de l'axe optique du miroir sphérique soit l'algébrisation physique adoptée dans ce cours).</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> établit le stigmatisme approché du miroir sphérique pour tout point objet <math>\;A_o\;</math> autre que <math>\;C\;</math> et <math>\;S\;</math> puisque, pour un point objet <math>\;A_o\;</math> fixé, le point image <math>\;A_i\;</math> est déterminé de façon unique <math>\big(</math>indépendamment des variations des petits angles <math>\;\theta_o\;</math> et <math>\;\omega\big)</math>. {{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> peut effectivement être écrite sous la forme <math>\;\dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}} = V\;</math> où <math>\;V\;</math> est une constante définissant la vergence du miroir sphérique selon <center><math>\;V = \dfrac{-2}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> avec <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow}\;</math> rayon algébrisé du miroir.</center> {{Al|5}}Avec les abscisses de Descartes (avec origine au sommet) du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> et du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}</math>, la relation de conjugaison (approchée) de position [ou 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée)] de Descartes du miroir sphérique se réécrit <center><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille" />.</center>}} === Points pour lesquels la conjugaison du miroir sphérique est rigoureuse et points doubles === {{Al|5}}Vérifier, par construction et pour une direction d'axe optique principal préalablement fixée, que le centre <math>\;C\;</math> et le sommet <math>\;S\;</math> <ref name="Définition sommet" /> du miroir sont des points * pour lesquels le miroir est stigmatique rigoureux et * dont l'image est confondue avec l'objet (c.-à-d. que ce sont des points doubles). {{Al|5}}Justifier la raison pour laquelle la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) est applicable à <math>\;C</math>, centre du miroir, bien que la conjugaison soit rigoureuse ; {{Al|5}}vérifier, en utilisant cette relation, que <math>\;C\;</math> est effectivement un point double. {{Al|5}}Admettant que la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) reste applicable à <math>\;S</math>, sommet du miroir, pour lequel il y a conjugaison rigoureuse <math>\big[</math>mais évidemment pas sous cette forme qui est indéterminée quand on l'applique à <math>\;S</math>, son abscisse objet <math>\;p_o\;</math> y étant nulle<math>\big]</math>, évaluer <math>\;p_i\;</math> en fonction de <math>\;p_o\;</math> et de <math>\;V\;</math> et vérifier, sur cette dernière forme, * que <math>\;S\;</math> est effectivement un point double et * qu'il n'y a pas d'autres points doubles que <math>\;S\;</math> et <math>\;C</math>. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - points doubles.jpg|thumb|Schémas de vérification du fait que, pour C et S, le miroir sphérique (concave) est stigmatique rigoureux et que ce sont des points doubles]] {{Al|5}}Voir ci-contre les propriétés particulières d'un point objet en <math>\;C\;</math> ou <math>\;S\;</math> d'un miroir sphérique concave <ref name="indépendance de la nature"/> : * à gauche tout rayon d'un faisceau incident issu du centre <math>\;C\;</math> d'un miroir sphérique concave étant normal au miroir se réfléchit sur lui-même, donnant un ensemble de rayons réfléchis convergeant en un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, c.-à-d. prouvant que le miroir sphérique est stigmatique rigoureux pour son centre ; de plus le point image de <math>\;C\;</math> étant <math>\;C\;</math> lui-même, ce dernier est un point double ; * à droite tout rayon d'un faisceau incident convergeant sur le sommet <math>\;S\;</math> d'un miroir sphérique concave se réfléchissant en suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal et l'ensemble des rayons réfléchis divergeant à partir d'un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, cela prouve le stigmatisme rigoureux du miroir sphérique pour son sommet ; de plus le point image de <math>\;S\;</math> étant <math>\;S\;</math> lui-même, ce dernier est un point double. {{Al|5}}Pour appliquer la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) à <math>\;C</math>, centre du miroir, bien que la conjugaison soit rigoureuse, il suffit de ne considérer que les rayons paraxiaux du faisceau incident issu de <math>\;C\;</math> et d'ouverture quelconque <ref> Le fait que les autres rayons convergent également en <math>\;C\;</math> ne modifient en rien la convergence des rayons réfléchis provenant de rayons incidents paraxiaux.</ref>, condition d'applicabilité de la relation de conjugaison de position de Descartes ; {{Al|5}}dans ce cas, si on appelle <math>\;C_i</math>, d'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(C_i) = \overline{SC_i}_{\leftarrow}</math>, l'image du point objet <math>\;C</math>, d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(C) = \overline{SC}_{\rightarrow} = \overline{R}</math>, nous obtenons, en remplaçant <math>\;V\;</math> par <math>\;\dfrac{-2}{\overline{R}}</math>, <math>\;\dfrac{1}{p_i(C_i)} - \dfrac{1}{\overline{R}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> d'où <math>\;p_i(C_i) = \overline{SC_i}_{\leftarrow}</math> <math>= -\overline{R}\;</math> soit encore <math>\;\overline{SC_i}_{\leftarrow} = -\overline{SC}_{\rightarrow}</math> ou, avec <math>\;\overline{SC_i}_{\rightarrow} = -\overline{SC_i}_{\leftarrow}</math>, <math>\;\overline{SC_i}_{\rightarrow} = \overline{SC}_{\rightarrow}\;</math> prouvant que <math>\;C_i\;</math> se confond avec <math>\;C\;</math> et par suite que <math>\;C\;</math> est un point double. <center>De <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> on tire <math>\;\dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{p_o} + V = \dfrac{1 + V\, p_o}{p_o}\;</math> soit <math>\;p_i = \dfrac{p_o}{1 + V\, p_o}</math> ;</center> {{Al|5}}sous cette forme on vérifie qu'un point objet en <math>\;S</math>, d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(S) = 0\;</math> a une image d'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i = 0</math>, c.-à-d. une image confondue avec <math>\;S\;</math> prouvant que <math>\;S\;</math> est bien un point double ; {{Al|5}}les points doubles <math>\;A_d\;</math> d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_d\;</math> étant tels que leurs abscisses images de Descartes (avec origine au sommet) s'écrivant <math>\;p_i(A_d) = \overline{SA_d}_{\leftarrow} = -\overline{SA_d}_{\rightarrow} = -p_d\;</math> avec <math>\;p_i(A_d) = \dfrac{p_d}{1 + V\, p_d}\;</math> obéissent à l'équation <math>\;-p_d = \dfrac{p_d}{1 + V\, p_d}\;</math> c.-à-d. <math>\;\left\lbrace\begin{array}{c}p_d = 0\;\;\; \text{ou}\\ 1 + V\, p_d = -1\end{array}\right\rbrace</math>, la 1{{ère}} solution donnant <math>\;S\;</math> point double et la 2{{ème}} équation conduisant à <math>\;p_d = \dfrac{-2}{V} = \overline{R}\;</math> c.-à-d. <math>\;C\;</math> point double ; <center>le centre et le sommet d'un miroir sphérique sont donc les seuls points doubles de ce dernier.</center>}} === Caractère focal d'un miroir sphérique, position des foyers principaux objet et image, lien de la vergence et des distances focales objet et image === {{Al|5}}Vérifier, sur la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes d'un miroir sphérique, que ce dernier est nécessairement « focal » <ref name="définition focal"> Un système « afocal » étant tel que le point à l'infini de l'axe optique principal est un point double, un système sera « focal » si le point à l'infini de l'axe optique principal est conjugué à un point de ce même axe optique principal à distance finie.</ref> puis déterminer * la position du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> c.-à-d. le point objet de l'axe optique principal ayant pour image le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;F_o\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; A_{i,\,\infty}\big]\;</math> et * la position du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> c.-à-d. le point image de l'axe optique principal ayant pour antécédent <ref name ="Antécédent"> C.-à-d. pour point objet.</ref> le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;A_{o,\,\infty}\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; F_i\big]</math> ; {{Al|5}}quelle particularité ces deux points possèdent-ils en ce qui concerne leurs positions absolues d'une part et leur position relative d'autre part ? {{Al|5}}Définissant * la distance focale objet comme l'abscisse objet de Descartes du foyer principal objet (avec origine au sommet) soit <math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> et * la distance focale image comme l'abscisse image de Descartes du foyer principal image (avec origine au sommet) soit <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math>, {{Al|5}}déterminer le lien entre vergence <math>\;V</math>, distance focale objet <math>\;f_o\;</math> et distance focale image <math>\;f_i</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Un miroir sphérique est un « système focal », en effet pour qu'il soit « afocal », il faudrait que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, mais ayant établi que les seuls points doubles du miroir sphérique sont <math>\;C\;</math> et <math>\;S</math>, et non le point à l'infini de l'axe optique principal on en déduit que le miroir sphérique est bien un « système focal ». * Le foyer principal image <math>\;F_i</math>, repéré par l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(F_i) = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> étant l'image du point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(A_{o,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{p_o(A_{o,\, \infty})} = 0</math>, on en déduit <math>\;\dfrac{1}{p_i(F_i)} - 0 = V\;</math> soit <math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} = \dfrac{1}{V} = -\dfrac{\overline{R}}{2}</math>. * Le foyer principal objet <math>\;F_o</math>, repéré par l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(F_o) = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> étant l'antécédent <ref name ="Antécédent"/> du point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(A_{i,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{p_i(A_{i,\, \infty})} = 0</math>, on en déduit <math>\;0 - \dfrac{1}{p_o(F_o)} = V\;</math> soit <math>\;\overline{SF_o}_{\rightarrow} = -\dfrac{1}{V} = \dfrac{\overline{R}}{2}</math> ; * les positions géométriques respectives des foyers principaux objet et image étant telles que <math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} = - \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> et le changement de sens d'algébrisation conduisant à <math>\;\overline{SF_i}_{\rightarrow} = -\overline{SF_i}_{\leftarrow}</math>, on en déduit <math>\;\overline{SF_i}_{\rightarrow} = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> c.-à-d. la <u>coïncidence des positions géométriques des foyers principaux objet et image</u> <ref> Cette coïncidence n'est que géométrique, car ce sont des points d'espaces optiques différents, l'un est dans un espace objet et l'autre dans un espace image.</ref> ; * <u>leur position géométrique commune</u> étant telle que <math>\;\overline{SF_o}_{\rightarrow} = \dfrac{\overline{R}}{2} = \dfrac{\overline{SC}_{\rightarrow}}{2}\;</math> on vérifie qu'elle <u>coïncide avec le milieu du segment joignant le sommet et le centre du miroir</u>. <center><u>Notion de distances focales objet et image</u> :</center> * la distance focale image <math>\;f_i\;</math> étant définie par <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> est liée à la vergence par <math>\;f_i = \dfrac{1}{V} = -\dfrac{\overline{R}}{2}</math> ; * la distance focale objet <math>\;f_o\;</math> étant définie par <math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> est liée à la vergence par <math>\;f_o = -\dfrac{1}{V} = \dfrac{\overline{R}}{2}</math> ; <center>on en déduit la relation <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> <ref> Pratiquement la vergence <math>\;V\;</math> est la valeur de l'invariant <math>\;\dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}</math>, appliquée au couple de points conjugués <math>\;(A_{o,\, \infty}\, , \,F_i)\;</math> on trouve <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} - 0\;</math> et appliquée au couple de points conjugués <math>\;(F_o\, , \,A_{i,\, \infty})</math>, <math>\;V = 0 - \dfrac{1}{f_o}</math> ; <br>{{Al|3}}pour mémoire, <math>\;C\;</math> étant un point double, l'invariant en <math>\;C\;</math> donne la valeur <math>\;V = \dfrac{1}{\overline{SC}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = -\dfrac{2}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}</math>.</ref>.</center>}} === Quelques propriétés découlant du caractère focal d'un miroir sphérique === ==== Signe de la vergence suivant la nature concave ou convexe du miroir sphérique, caractère convergent ou divergent du miroir et nature réelle ou virtuelle des foyers principaux ==== {{Al|5}}Déterminer le signe de la vergence suivant la nature « concave » ou « convexe » du miroir sphérique puis {{Al|5}}son caractère « convergent » ou « divergent » sachant qu'un système focal à « vergence positive » (respectivement « négative ») est dit « convergent » (respectivement « divergent ») et enfin {{Al|5}}la nature « réelle » ou « virtuelle » des foyers principaux. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> on en déduit que la vergence est de signe contraire au rayon de courbure algébrisé du miroir sphérique, ainsi : * un miroir <u>concave</u> a un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} < 0\;</math> <ref name="nature de C"> Correspondant au caractère réel (resp. virtuel) du centre <math>\;C\;</math> d'un miroir concave (resp. convexe).</ref>, donc une vergence <math>\;V > 0</math>, c'est un système « <u>convergent</u> », * un miroir <u>convexe</u> a un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} > 0\;</math> <ref name="nature de C" />, donc une vergence <math>\;V < 0</math>, c'est un système « <u>divergent</u> ». {{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> on en déduit la nature (réelle ou virtuelle) des foyers principaux objet et image suivant la nature (convergente ou divergente) du miroir sphérique : * un miroir <u>concave</u> étant convergent, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> est <math>\;> 0\;</math> entraînant le caractère <u>réel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> étant <math>\;< 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>réel</u> <ref name="nature des foyers"> Pour un miroir concave (resp. convexe) le caractère réel (resp. virtuel) du centre <math>\;C\;</math> avec le fait que la position géométrique commune des foyers principaux est le milieu du segment joignant le centre et le sommet, entraîne le caractère réel (resp. virtuel) des foyers principaux objet et image.</ref>, * un miroir <u>convexe</u> étant divergent, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> est <math>\;< 0\;</math> entraînant le caractère <u>virtuel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> étant <math>\;> 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>virtuel</u> <ref name="nature des foyers" />.}} ==== Démonstration de l'absence de conjugaison non rigoureuse du miroir sphérique (concave) pour le point objet à l'infini sur l'axe optique principal ==== {{Al|5}}En reprenant la démonstration faite à la 1{{ère}} question mais avec <math>\;A_o\;</math> situé à l'infini <math>\;\big(</math>ce qui correspond à <math>\;\theta_o = 0\big)\;</math> et en conservant les notations introduites dans la 1{{ère}} question <math>\;\big[</math>à l'exception de <math>\;A_i\;</math> qui sera noté <math>\;F_i(\omega)\;</math> <ref name="dépendance de ω"> Fonction de <math>\;\omega\;</math> car ce point <math>-</math> hors condition de Gauss <math>-</math> en dépend effectivement <math>\big[</math>c'est d'ailleurs, en ce qui concerne <math>\;F_i</math>, le but de cette question<math>\big]</math>.</ref> et de <math>\;H\;</math> qui sera noté <math>\;H(\omega)\;</math> <ref name="dépendance de ω" /><math>\big]</math>, {{Al|5}}déterminer la position de <math>\;F_i(\omega)\;</math> défini comme le point de l'axe optique principal par lequel passe le rayon réfléchi correspondant au rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, de point d'incidence <math>\;I(\omega)\;</math> <ref name="dépendance de ω" /> et {{Al|5}}vérifier que <math>\;F_i(\omega)\;</math> dépendant effectivement de <math>\;\omega</math>, il n'y a pas conjugaison rigoureuse du miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> pour le point situé à l'infini de l'axe optique principal. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - absence stigmatisme rigoureux.jpg|thumb|Schéma de démonstration de l'absence de stigmatisme rigoureux d'un miroir sphérique concave pour le point objet à l'infini sur l'axe optique principal]] {{Al|5}}Montrons algébriquement qu'un miroir sphérique concave <ref name="indépendance de la nature" /> n'est pas rigoureusement stigmatique pour le point à l'infini <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math> de l'axe optique principal et pour cela il suffit de montrer qu'un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, de point d'incidence <math>\;I(\omega)\;</math> <ref name="dépendance de ω" />, repéré par l'angle <math>\;\omega\;</math> que fait le rayon incident avec <math>\;\overrightarrow{CI}(\omega)\;</math> tel que <math>\;|\omega|\; \cancel{\ll}\; 1\;</math>, donne un réfléchi qui recoupe l'axe optique principal en <math>\;F_i(\omega)\;</math> dépendant effectivement de <math>\;\omega\;</math> d'où l'absence de stigmatisme rigoureux du miroir pour <math>\;A_{o,\,\infty}</math> ; {{Al|5}}l'angle d'incidence étant <math>\;i = -\omega\;</math> <ref> En effet <math>\;i\;</math> est <math>\;< 0\;</math> sur le schéma alors que <math>\;\omega\;</math> est <math>\;> 0</math>.</ref>, l'angle de réflexion est donc <math>\;i' = -i = \omega\;</math> d'après la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes de la réflexion ; on en déduit alors <math>\;\widehat{\left\lbrace\overrightarrow{H(\omega)S}, \overrightarrow{F_i(\omega)I(\omega)}\right\rbrace} = 2\; \omega\;</math> et <math>\;\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow}\;</math> se détermine par <math>\;\tan(2\;\omega) = \dfrac{\overline{H(\omega)I(\omega)}}{\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow}}\;</math> <ref> Toutes les grandeurs étant positives sur le schéma.</ref> soit <math>\;\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{\overline{H(\omega)I(\omega)}\, \cos(2\; \omega)}{\sin(2\; \omega)}\;</math> ou, avec <math>\;\overline{H(\omega)I(\omega)} =</math> <math>CI(\omega)\; \sin(\omega) = R\; \sin(\omega)\;</math> et <math>\;\sin(2\; \omega) = 2\; \sin(\omega)\; \cos(\omega)</math>, <math>\;\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{R\, \cos(2\; \omega)}{2\; \cos(\omega)}</math> ; {{Al|5}}on peut alors évaluer <math>\;\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} = \overline{CH(\omega)}_{\rightarrow} - \overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow}\;</math> expression dans laquelle <math>\;\overline{CH(\omega)}_{\rightarrow} = R\; \cos(\omega)\;</math> d'où <math>\;\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} =</math> <math>R\; \cos(\omega) - \dfrac{R\, \cos(2\; \omega)}{2\; \cos(\omega)} = R\; \dfrac{2\; \cos^2(\omega)- \cos(2\; \omega)}{2\; \cos(\omega)}\;</math> ou, sachant que <math>\;\cos(2\; \omega) = 2\; \cos^2(\omega) - 1</math>, l'expression finale <center><math>\;\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{R}{2\; \cos(\omega)}\;</math> <ref> L'expression simple du résultat indique qu'il doit y avoir une méthode plus rapide pour sa détermination ; en effet les angles non algébrisés <math>\;\widehat{SCI(\omega)}\;</math> et <math>\;\widehat{CI(\omega)F_i(\omega)}\;</math> étant égaux <math>\;\big(</math>à <math>\;|\omega|\big)</math>, le triangle <math>\;F_i(\omega)CI(\omega)\;</math> est isocèle <math>\Rightarrow</math> la hauteur issue de <math>\;F_i(\omega)\;</math> est aussi médiatrice d'où, en notant <math>\;K(\omega)\;</math> son pied, <math>\;CK(\omega) = \dfrac{CI(\omega)}{2} = \dfrac{R}{2}\;</math> et <math>\;\dfrac{CK(\omega)}{\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow}} = \cos(\omega) \Rightarrow \overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{CK(\omega)}{\cos(\omega)} =</math> <math>\dfrac{R}{2\; \cos(\omega)}\;</math> ce qui est indéniablement plus rapide.</ref> établissant que <math>\;F_i\;</math> dépend effectivement de <math>\;\omega\;</math> <br>et par suite que le miroir sphérique concave <ref name="indépendance de la nature" /> n'est pas stigmatique rigoureux pour le point à l'infini <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math> de l'axe optique principal <ref> La démonstration de l'absence de stigmatisme rigoureux d'un miroir sphérique concave pour n'importe quel point objet (autre que le centre et le sommet) de l'axe optique principal pourrait être faite en suivant une démarche analogue.</ref>.</center>}} === Aplanétisme approché d'un miroir sphérique sous conditions de Gauss === {{Al|5}}On considère le miroir sphérique concave introduit à la 1{{ère}} question et un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o \neq C\;</math> <ref name="support axe optique principal"> Ce qui signifie que l'axe optique principal a pour support <math>\;(A_oC)</math>.</ref> tel qu'il y ait stigmatisme approché du miroir pour tous les points <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> C.-à-d. que, pour un point quelconque <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o</math>, avec la définition de l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <math>\big(</math>cet axe jouant le rôle d'axe optique principal pour le point objet <math>\;M_o\;</math> est qualifié de secondaire relativement au point objet <math>\;A_o\big)</math>, les rayons incidents issus de <math>\;M_o\;</math> doivent être paraxiaux <math>\big[</math>peu inclinés relativement à l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> et à point d'incidence restant proche du sommet secondaire <math>\;S_{M_o}</math>, intersection de l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> avec le miroir<math>\big]</math>.</ref> ; <br>{{Al|5}}cette dernière condition entraîne que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> admet une image « nette » <math>\;A_iB_i\;</math> <ref name="Nette"> L'image est qualifiée de « nette » car tous les points objets <math>\;M_o\;</math> ont une image ponctuelle <math>\;M_i</math>.</ref> mais a priori cette image n'est <math>-</math> hors conditions de Gauss d'aplanétisme approché <math>-</math> ni « linéique » <ref name="Linéique"> Linéique signifiant « rectiligne ».</ref> ni « transverse ». {{Al|5}}Supposant que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> est, * quand l'objet n'est pas proche du miroir, vu du sommet <math>\;S\;</math> du miroir sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} S\big)\;</math> et * quand l'objet est proche du miroir, vu du centre <math>\;C\;</math> du miroir sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq S\big)</math>, {{Al|5}}ces deux conditions sont une première façon de définir les conditions de Gauss d'aplanétisme approché pour un objet linéique transverse quelconque <ref> C'est cette façon qui a été vue en cours, <math>\;S\;</math> étant en effet le point de l'axe optique principal appartenant à la face d'entrée du miroir.</ref>. {{Al|5}}Il existe une deuxième façon équivalente de définir les conditions de Gauss d'aplanétisme approché pour un objet linéique transverse quelconque <math>\;A_oB_o\;</math> <ref name="façon plus simple"> C'est cette façon que nous adopterons car elle conduit à une démonstration plus rapide de l'aplanétisme.</ref> : * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> n'est pas proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir, l'objet doit être vu du centre <math>\;C\;</math> sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)\;</math> et * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math>, l'objet doit être vu du sommet <math>\;S\;</math> du miroir sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq C\big)</math>. ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un miroir sphérique concave pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du miroir et vu de ce centre sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant d'abord supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\alpha</math>, sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, l'angle <math>\;\beta</math> sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, n'étant pas nécessairement petit, la démarche pour établir l'aplanétisme du miroir pour un tel objet est rendue plus aisée si on a établi auparavant la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Relation_de_conjugaison_de_position_.28ou_1.C3.A8re_relation_de_conjugaison.29_de_Descartes_.28avec_origine_au_centre.29|relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre)]] <ref name="méthode moins aisée"> Il est possible de se contenter de la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) mais la méthode est alors moins aisée.</ref> <center><math>\;\dfrac{1}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}} = -V\;</math> où <math>\;V\;</math> est la vergence précédemment introduite :</center> {{Al|5}}la démarche peut alors être décomposée en les étapes suivantes : * montrer qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * en utilisant la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre), montrer alors que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et vérifier que l'angle au centre associé est encore <math>\;\alpha</math>, * conclure qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'image <math>\;A_iB_i\;</math> peut être confondue avec un segment perpendiculaire à l'axe optique principal c.-à-d. qu'elle est linéique transverse <ref> Nous aurons donc établi qu'il y a aplanétisme approché du miroir sphérique pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du miroir à condition qu'il soit vu de ce centre sous un petit angle.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq}\; C\big)</math>, avec l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, * le caractère transverse de l'objet linéique <math>\Rightarrow</math> la longueur <math>\;[CB_o]\;</math> est plus grande que la longueur <math>\;[CA_o]\;</math> <ref name="définition des côtés triangle rectangle"> <math>\;[CB_o]\;</math> étant l'hypoténuse du triangle <math>\;A_oB_oC\;</math> rectangle en <math>\;A_o\;</math> et <math>\;[CA_o]\;</math> le côté adjacent à l'angle de mesure <math>\;\alpha</math>.</ref>, soit plus précisément <math>\;[CA_o] =</math> <math>[CB_o]\, \cos(\alpha) \simeq [CB_o] \left( 1 - \dfrac{\alpha^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\alpha\;</math> <ref name="DL du cosinus à l'ordre deux"> Revoir la remarque du paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable_au_voisinage_d'une_de_ses_valeurs#D.C3.A9veloppements_limit.C3.A9s_.C3.A0_l.27ordre_un_de_quelques_fonctions_usuelles|D.L. à l'ordre un de quelques fonctions usuelles]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « Outils mathématiques pour la physique (PCSI) ».</ref> ou finalement <math>\;[CA_o] \simeq [CB_o]\;</math> à l'ordre un en <math>\;\alpha\;</math> prouvant, qu'à cet ordre, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * tous les points objets <math>\;M_o\;</math> de l'arc de cercle <math>\;A_oB_o\;</math> de centre <math>\;C\;</math> ayant une abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <ref name="axe optique secondaire"> Cet axe optique secondaire relativement au point objet <math>\;A_o\;</math> est en fait un axe optique principal relativement au point objet <math>\;M_o</math>.</ref>, l'application de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au centre) donne donc des points images <math>\;M_i\;</math> à abscisse image de Descartes (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)</math>, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est assimilable, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, à un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math>, * l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'arc de cercle <math>\;A_iB_i\;</math> est vu du centre <math>\;C\;</math> étant petit, on peut faire l'opération inverse de celle faite au premier paragraphe, c.-à-d. assimiler l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> à un segment choisi perpendiculaire à l'axe optique principal de support <math>\,(CA_i)\,</math> <ref name="justification choix"> Il s'agit effectivement d'un choix car le segment aurait pu être choisi perpendiculaire à n'importe quel axe optique secondaire de support <math>\;(CM_i)</math>.</ref>, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, linéique transverse ; <center>nous avons donc établi l'<u>aplanétisme approché du miroir sphérique</u> (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <u>pour tout objet linéique de pied non proche du centre du miroir</u>.</center>}} ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un miroir sphérique concave pour un objet linéique transverse de pied proche du centre du miroir et vu du sommet de ce dernier sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> étant maintenant supposé proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\beta</math>, sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)</math> ; la démarche pour établir l'aplanétisme du miroir pour un tel objet nécessite l'utilisation de deux rayons paraxiaux issus de <math>\;M_o</math>, point objet quelconque de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> Le caractère paraxial étant indispensable pour satisfaire au stigmatisme approché du miroir pour le point objet <math>\;M_o</math>, tous les rayons non paraxiaux issus de <math>\;M_o\;</math> seront arrêtés par un diaphragme centré sur <math>\;S</math> ;<br>{{Al|3}}on vérifie aisément que les rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> sont deux candidats respectant la paraxialité, par contre le rayon incident <math>\;M_oC\;</math> pouvant ne pas l'être car <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math> <math>\big(</math>et si tel était le cas il serait alors arrêté par le diaphragme centré en <math>\;S\big)</math>, nous ne l'utiliserons pas.</ref> et de montrer que le point image <math>\;M_i</math>, défini comme l'intersection des deux rayons réfléchis, a pour projeté, sur l'axe optique principal, le point image <math>\;A_i</math> : * déterminer l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;p_i\;</math> en fonction de la distance focale image <math>\;f_i\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * déterminer la longueur algébrique <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> en fonction de <math>\;\beta\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * travaillant dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> <ref> L'axe <math>\;\overrightarrow{Sx}\;</math> étant porté par l'axe optique principal, orienté dans le sens incident et l'axe <math>\;\overrightarrow{Sy}\;</math> étant porté par la représentation symbolique du miroir orienté vers le haut, l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> étant lui aussi orienté vers le haut.</ref> déterminer l'équation des rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> <ref name="définition ε"> L'abscisse de <math>\;M_o\;</math> est évidemment celle de <math>\;B_o\;</math> et son ordonnée sera notée <math>\;\varepsilon \times\;</math> l'ordonnée de <math>\;B_o</math>, <math>\;\varepsilon\;</math> variant entre <math>\;0\;</math> et <math>\;1</math> ;<br>{{Al|3}}ici intervient une 1{{ère}} condition de Gauss d'aplanétisme approché <math>\;\beta \ll 1\;</math> qui assure que le point <math>\;M_o\;</math> est suffisamment proche de l'axe optique principal pour que deux rayons incidents judicieusement choisis travaillent dans les conditions de stigmatisme approché.</ref>, * travaillant dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> <ref> L'axe <math>\;\overrightarrow{Sx'}\;</math> étant porté par l'axe optique principal, orienté dans le sens réfléchi <math>\;\big(</math>donc de sens contraire à celui de l'axe <math>\;\overrightarrow{Sx}\big)\;</math> et l'axe <math>\;\overrightarrow{Sy}\;</math> étant le même que précédemment à savoir porté par la représentation symbolique du miroir et orienté vers le haut.</ref> déterminer les équations des rayons réfléchis, puis leur intersection <math>\;M_i\;</math> ; * vérifier que l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal est égale à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, puis conclure à l'aplanétisme approché du miroir sphérique pour l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied proche du centre du miroir. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - aplanétisme.jpg|thumb|Schéma positionnant un objet linéique transverse de pied proche du centre d'un miroir sphérique concave pour démontrer l'aplanétisme approché du miroir pour cet objet]] {{Al|5}}Soit <math>\;A_oB_o\;</math> un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o</math>, proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir sphérique concave <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, vu du sommet <math>\;S\;</math> de ce dernier sous un angle <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)\;</math> correspondant à la condition de Gauss d'aplanétisme approché précitée ; # on détermine d'abord <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}</math>, l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, image du point objet <math>\;A_o\;</math> d'abscisse objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}</math>, par utilisation de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes du miroir sphérique (avec origine au sommet) de vergence <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}</math>, <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> étant la distance focale image du miroir d'où : <center><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i} \Rightarrow \dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{p_o} + \dfrac{1}{f_i} = \dfrac{f_i + p_o}{p_o\, f_i}\;</math> soit finalement <math>\;p_i = p_o\, \dfrac{f_i}{p_o + f_i}</math>.</center> # <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> <math>\;> 0\;</math> avec <math>\;\beta\;</math> non algébrisé <math>\;\ll 1</math>, on en déduit <math>\;\tan(\beta) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{p_o}\;</math> avec <math>\;\tan(\beta) \simeq \beta\;</math> d'où <center><math>\;\overline{A_oB_o} \simeq -\beta\; p_o</math> ;</center> # dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})</math>, le rayon incident <math>\;M_oS\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = \varepsilon\, \overline{A_oB_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_S}{x_{M_o} - x_S} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o} = -\varepsilon\, \beta\;</math> a pour équation <math>\;y - y_S = -\varepsilon\, \beta \left( x - x_S \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = -\varepsilon\, \beta\, x\;</math> <ref name="vérification signes"> On vérifie sur le schéma que, lorsque <math>\;x\;</math> est <math>\;< 0</math>, <math>\;y\;</math> est <math>\;> 0</math>.</ref>,</center> {{Transparent|dans le repère orthonormé <math>\;\color{transparent}{(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, }}le rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> et passant par le foyer principal objet du miroir sphérique <math>\;F_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{F_o} = f_o = -f_i\, , \, y_{F_o} = 0)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_{F_o}}{x_{M_o} - x_{F_o}} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i}\;</math> a pour équation <math>\;y - y_{F_o} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i} \left( x - x_{F_o} \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i} \left( x + f_i \right)</math> ;</center> # dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> le rayon réfléchi sur le miroir du rayon incident <math>\;M_oS\;</math> étant de direction symétrique de celle de ce dernier relativement à l'axe optique principal est de même pente <math>\;-\varepsilon\, \beta\;</math> <ref> En effet le rayon réfléchi a une pente opposée à celle du rayon incident dans le repère <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> mais, quand on passe dans le repère <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> correspondant à une inversion du sens de l'axe des abscisses sans que celui de l'axe des ordonnées ne soit changé, la pente doit être multipliée par un facteur <math>\;(-1)\;</math> d'où le rayon réfléchi a une pente identique à celle du rayon incident (la raison étant que les pentes sont définies dans deux repères différents).</ref> d'où l'équation du rayon réfléchi correspondant au rayon incident <math>\;M_oS\;</math> <center><math>\;y = -\varepsilon\, \beta\, x'\;</math> <ref name="vérification signes bis"> On vérifie bien sur le schéma que, lorsque <math>\;x\;</math> est <math>\;> 0</math>, <math>\;y\;</math> est <math>\;< 0</math>.</ref>,</center>{{Transparent|dans le repère orthonormé <math>\;\color{transparent}{(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, }}le rayon réfléchi sur le miroir du rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> étant, à partir du point d'incidence <math>\;I\;</math> sur le miroir, <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, son équation nécessite de déterminer au préalable l'ordonnée de <math>\;I\;</math> par <math>\;x_{I} = 0\;</math> dans l'équation du rayon incident soit <math>\;y(I) = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i} \left[ x(I) + f_i \right] = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o\, f_i}{p_o + f_i}\;</math> d'où l'équation du rayon réfléchi correspondant au rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o\, f_i}{p_o + f_i}</math> ;</center> {{Al|5}}l'intersection <math>\;M_i\;</math> de ces deux rayons réfléchis a pour abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o\, f_i}{p_o + f_i} = -\varepsilon\, \beta\, {x'}_{M_i}\;</math> soit <center><math>\;{x'}_{M_i} = \dfrac{p_o\, f_i}{p_o + f_i}\;</math> identique à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du point image <math>\;A_i</math> ;</center> # l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal étant égale à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, on conclut à l'<u>aplanétisme approché du miroir sphérique</u> (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <u>pour tout objet linéique</u> <math>\;A_oB_o\;</math> <u>de pied proche du centre du miroir</u>.}} ==== Relation de conjugaison (approchée) de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) ==== [[File:Miroir sphérique - symbole.jpg|thumb|Représentation symbolique (sans les foyers) d'un miroir sphérique concave et d'un miroir sphérique convexe]] {{Al|5}}Dès lors qu'un miroir sphérique est utilisée sous conditions de Gauss de stigmatisme et d'aplanétisme approchés, l'usage est de représenter ce miroir sous une forme symbolique dans laquelle figurent l'axe optique principal, le centre <math>\;C</math>, les foyers principaux objet <math>\;F_o\;</math> et image <math>\;F_i</math>, le sommet <math>\;S\;</math> et la partie de miroir perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal <ref> Cette partie de miroir perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal est terminée par des bords inclinés vers <math>\;C</math>, ainsi un miroir concave à centre <math>\;C\;</math> réel a des bords inclinés vers la gauche (c.-à-d. vers l'espace objet réel) et un miroir convexe à centre <math>\;C\;</math> virtuel a des bords inclinés vers la droite (c.-à-d. vers l'espace objet virtuel).</ref>, partie de miroir sur laquelle est rappelée l'algébrisation physique de l'axe optique principal <center>voir ci-contre à gauche pour un miroir concave et à droite pour un miroir convexe <ref name="Foyers à ajouter"> La position des foyers principaux seraient à ajouter une fois que vous les aurez déterminés.</ref>.</center> [[File:Miroir sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes avec origine en S pour un miroir sphérique concave]] {{Al|5}}Sur le schéma ci-contre on a construit l'image linéique transverse <math>\;A_iB_i\;</math> d'un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> <math>\;\neq S\;</math> et <math>\;\neq C\;</math> en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, l'un passant que le centre <math>\;C\;</math> du miroir et qui se réfléchit sur lui-même <ref> En effet le rayon réfléchi doit être issu du point d'incidence <math>\;I\;</math> du rayon incident et passer par l'image de <math>\;C\;</math> par le miroir c.-à-d. <math>\;C\;</math> lui-même.</ref>, l'autre passant par le sommet <math>\;S\;</math> du miroir et qui se réfléchit en obéissant à la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes <ref> Attention le sommet <math>\;S\;</math> du miroir est le seul point d'incidence en lequel on peut appliquer la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes en travaillant sur la représentation symbolique du miroir car c'est le seul point pour lequel la direction de cette représentation symbolique se confond avec la direction réelle du miroir <math>\big(</math>autrement dit c'est le seul point où la normale réelle est perpendiculaire à la représentation symbolique, par exemple le rayon incident <math>\;B_oC\;</math> qui se confond avec la normale réelle du miroir en <math>\;I\;</math> n'est pas perpendiculaire à la représentation symbolique du miroir en <math>\;I\big)</math>.</ref>, le point d'intersection de ces deux rayons réfléchis étant le point de convergence <math>\;B_i\;</math> de tous les rayons réfléchis correspondant à tous les rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> sous conditions de Gauss <ref> Car le miroir est stigmatique approché pour <math>\;B_o</math>.</ref> et <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal <ref> Car le miroir est aplanétique approché pour <math>\;A_oB_o</math>.</ref>. {{Al|5}}En comparant les triangles rectangles <math>\;A_iB_iS\;</math> et <math>\;A_oB_oS</math>, déterminer le grandissement transverse par le miroir de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\\ p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow} \end{array}\right\rbrace</math> ; <center>cette relation définit la relation de conjugaison (approchée) de grandissement transverse [ou 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée)] de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour tout objet linéique transverse de pied <math>\;A_o \neq S\;</math> <ref name="forme indéterminée"> Elle ne peut évidemment pas s'appliquer sous la forme indiquée pour <math>\;A_o = S\;</math> car elle correspondrait à une forme indéterminée, <br>{{Al|3}}mais on vérifie, dans le paragraphe suivant, qu'elle s'applique sous cette forme pour <math>\;A_o = C</math>.</ref> <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille" />, elle caractérise quantitativement la propriété d'aplanétisme approché du miroir sphérique pour l'objet linéique transverse de pied <math>\;A_o\;</math> <ref> Bien que démontrée sur un miroir sphérique concave elle reste applicable à un miroir sphérique convexe.</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfléchis correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;C\;</math> qui se réfléchit sur lui-même et le 2{{ème}} de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfléchit en <math>\;S\;</math> suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal <ref> Il est déconseillé de choisir ce rayon dans les constructions futures demandées car peu pratique <math>\;\big(</math>l'angle <math>\;i\;</math> devant être mesuré et reporté symétriquement par rapport à l'axe optique principal<math>\big)</math> ; ici nous l'utilisons dans la démonstration d'où ce choix.</ref>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(i)\;</math> et <math>\;\tan(-i)\;</math> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oS\;</math> et <math>\;A_iB_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(i) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;i\;</math> étant <math>\;< 0</math>, <math>\;\overline{A_oB_o} > 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> <ref> On suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oS\;</math> puisse être défini.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;i \simeq \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}</math>, * <math>\;\tan(-i) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;(-i)\;</math> étant <math>\;> 0</math>, <math>\;\overline{A_iB_i} < 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> <ref> Ayant suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> et <math>\;S\;</math> étant un point double on en déduit <math>\;A_i \neq S\;</math> ce qui définit le triangle <math>\;A_iB_iS</math>.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;-i \simeq -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}</math> ; {{Al|5}}égalant les deux expressions de <math>\;i</math>, on en déduit : <math>\;\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}} \simeq \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} \simeq \dfrac{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math> d'où <center>la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes (avec origine au sommet)</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq S\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\\ p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;p_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;p_i = f_i\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;p_o = f_o\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = C\;</math> <ref> Le miroir sphérique n'est stigmatique rigoureux que pour le pied <math>\;C\;</math> de l'objet linéique, pour tous les autres points objets constituant ce dernier on suppose le stigmatisme approché du miroir c.-à-d. l'utilisation de rayons incidents issus de <math>\;M_o\; (\neq C)\; \in A_oB_o\;</math> paraxiaux <math>\big(</math>ce qui peut être réalisé en pratique avec un diaphragme centré en <math>\;S\;</math> collé contre le miroir<math>\big)</math>.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du miroir pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> sous lequel l'objet est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\;\big(\beta \ll 1\big)</math>, * vérifier, par construction de l'image <math>\;A_iB_i</math>, qu'elle est symétrique de <math>\;A_oB_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal et * comparer au résultat donné par l'application de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = C</math>. {{Al|5}}Considérant maintenant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = S\;</math> <ref> L'objet, collé contre le miroir sphérique, de pied <math>\;A_o = S</math>, l'axe optique principal ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, ne peut être rigoureusement linéique (c.-à-d. rectiligne) car il suit la courbure du miroir mais, s'il est vu de <math>\;C\;</math> sous un petit angle non algébrisé <math>\;\alpha</math>, on peut confondre l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et le segment correspondant lui étant tangent à l'ordre un <math>\;\alpha</math>, raison pour laquelle l'objet est qualifié de « linéique transverse » ; <br>{{Al|3}}le miroir sphérique est stigmatique rigoureux que pour les points de l'objet linéique car tous ces points, étant sur le miroir, jouent le rôle de sommet (secondaire) pour lequel le miroir est stigmatique rigoureux.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du miroir pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'objet est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(\alpha \ll 1\big)\;</math> <ref> Qui est aussi la condition pour que l'objet collé sur le miroir puisse être considéré comme linéique.</ref>, * vérifier que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> se superpose à <math>\;A_oB_o</math>, le caractère linéique transverse de l'objet entraînant celui de l'image et * en déduire la valeur du grandissement transverse <math>\;G_t(S)\;</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = S</math>. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - grandissement transverse au centre.jpg|thumb|Construction de l'image d'un objet linéique transverse de pied au centre d'un miroir sphérique concave]] {{Al|5}}Le centre <math>\;C\;</math> du miroir sphérique concave ci-contre en étant un point double conjugué rigoureux, un objet linéique transverse <math>\;CB_o\;</math> a pour image, par le miroir, une image linéique transverse de pied <math>\;C</math>, notée <math>\;CB_i</math> ; pour obtenir cette dernière il suffit de choisir pour rayon incident issu de <math>\;B_o</math>, le rayon passant par le sommet <math>\;S\;</math> qui se réfléchit suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal et recoupe le plan transverse passant par <math>\;C\;</math> au point <math>\;B_i</math>, symétrique de <math>\;B_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal <center>d'où <math>\;\overline{CB_i} = -\overline{CB_o}\;</math> et par suite <math>\;G_t(C) = -1</math> ;</center> {{Al|5}}l'application de la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au sommet) nous conduit à <math>\;G_t(C) =</math> <math>\dfrac{\overline{SC}_{\leftarrow}}{\overline{SC}_{\rightarrow}}</math>, soit, avec <math>\;\overline{SC}_{\leftarrow} = -\overline{SC}_{\rightarrow}</math>, on retrouve effectivement <math>\;G_t(C) = -1\;</math> <ref> Le centre est le seul point de l'espace objet d'un miroir sphérique en lequel un objet linéique transverse positionné en ce point admet une image linéique transverse inversée de même taille.</ref>. {{clr}} {{Al|5}}Tous les points du miroir sphérique étant des points doubles de ce dernier <ref> Chaque point du miroir jouant le rôle de sommet pour l'axe optique principal passant par ce point, c'est effectivement un point double.</ref>, un objet collé sur le miroir est donc sa propre image ; dans la mesure où l'objet est de petite taille, on peut négliger sa courbure et le considérer comme linéique transverse, son image étant alors également linéique transverse ; comme <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SA_o}\;</math> on en déduit, par définition, <math>\;G_t(S) = +1\;</math> <ref> Le sommet (et plus généralement tout point de la surface réfléchissante sphérique) est le seul point de l'espace objet d'un miroir sphérique en lequel un objet linéique transverse positionné en ce point admet une image linéique transverse droite de même taille.</ref>.}} ==== Construction de l'image par un miroir sphérique d'un objet linéique transverse ==== {{Al|5}}<u>Définitions préliminaires</u> : On appelle plan focal objet le plan transverse passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}plan focal image le plan transverse passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math> ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle axe optique secondaire tout axe passant par le centre <math>\;C</math> du miroir, il possède une partie incidence contenue dans l'espace objet réel se réfléchissant sur elle-même pour donner sa partie émergente contenue dans l'espace image réelle ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal objet et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}foyer secondaire image <math>\;\varphi_i\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal image. {{Al|5}}<u>Propriétés</u> : Justifier les propriétés des foyers secondaires objet et image associés à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : # le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour image le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)\big]</math>, # le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour antécédent le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}<u>Propriétés des foyers secondaires associés à un axe optique secondaire</u> : # foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet linéique transverse contenu dans le plan focal objet et de pied <math>\;F_o</math>, objet noté <math>\;F_o\varphi_o(\delta)</math>, <math>\;F_o\;</math> ayant pour image le point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et l'image étant linéique transverse, le point <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> a une image également située à l'infini sur la partie réfléchie de l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon incident issu de <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> se réfléchit sur lui-même, les parties incidente et réfléchie constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)</math>,</center> # foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet dont l'image associée est contenue dans le plan focal image et de pied <math>\;F_i</math>, image notée <math>\;F_i\varphi_i(\delta)</math>, <math>\;F_i\;</math> ayant pour antécédent le point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et le miroir étant aplanétique, le point <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> a un antécédent également situé à l'infini sur la partie incidente de l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon réfléchi issu de <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> s'est réfléchi sur lui-même, les parties incidente et réfléchie constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement<math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)</math>.</center>}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> réel, de pied <math>\;A_o\;</math> séparé du sommet <math>\;S\;</math> d'un miroir sphérique concave d'une distance supérieure au rayon non algébrisé du miroir, construire son image <math>\;A_iB_i\;</math> par le miroir de deux façons différentes : # en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> <math>\big[</math>choisis parmi les trois suivants : passant par <math>\;C</math>, passant par <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<math>\big]</math>, # en considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> <ref name="un seul rayon incident suffit"> Un seul rayon incident suffit car <math>\;A_o\;</math> appartenant à l'axe optique principal son image est sur cet axe.</ref> <math>\big[</math>choisi parmi les deux suivants : passant par <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\big]</math>. {{Al|5}}Refaire les constructions précédentes avec un miroir convexe. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - construction image.jpg|thumb|Construction de l'image par un miroir sphérique concave d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal]] # En considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> choisis parmi les trois suivants (voir schéma ci-contre) : <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;C\;</math> et se réfléchissant sur lui-même, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;F_o\;</math> foyer principal objet et se réfléchissant parallèlement à l'axe optique principal, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal et se réfléchissant en passant par le foyer principal image <math>\;F_i\;</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;B_i\;</math> étant à l'intersection des deux rayons réfléchis correspondant aux deux rayons incidents choisis, <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal. {{clr}} [[File:Miroir sphérique concave - construction image - bis.jpg|thumb|Construction de l'image par un miroir sphérique concave d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire]] # En considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> choisis parmi les deux suivants (voir schéma ci-contre) : <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par un foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection du rayon incident et du plan focal objet<math>\big]\;</math> et se réfléchissant parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> <math>\big[</math>c.-à-d., pour la partie incidente <math>\;C\varphi_o(\delta)</math>, la partie réfléchie se superposant à la partie incidente mais orientée en sens contraire<math>\big]</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à un axe optique secondaire a priori quelconque <math>\;(\delta)\;</math> et se réfléchissant en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection de l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> et du plan focal image<math>\big]</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;A_i\;</math> étant à l'intersection d'un des rayons réfléchis correspondant au rayon incident choisi et de l'axe optique principal, <math>\;B_i\;</math> s'obtenant comme intersection de l'axe optique secondaire passant par <math>\;B_o\;</math> et du plan transverse passant par <math>\;A_i</math>. {{clr}} {{Al|5}}Ci-dessous les constructions refaites sur un miroir sphérique convexe, en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> à gauche, en utilisant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> et la notion de foyers secondaires objet ou image à droite : <center> <gallery> Miroir sphérique convexe - construction image.jpg|Construction de l'image par un miroir sphérique convexe d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal Miroir sphérique convexe - construction image - bis.jpg|Construction de l'image par un miroir sphérique convexe d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire </gallery> </center>}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) sous conditions de Gauss === ==== Relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}On repère maintenant les points objet <math>\;A_o\;</math> et image <math>\;A_i\;</math> relativement au centre <math>\;C\;</math> du miroir sphérique en définissant * l'abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\;</math> et * l'abscisse image de Descartes (avec origine au centre) de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}</math> ; {{Al|5}}à partir de la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) s'écrit <center><math>\;\dfrac{1}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}} = -V\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C"> Cette relation est applicable à tout objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o \neq C</math>, le cas <math>\;A_o = C\;</math> conduisant à une forme indéterminée.</ref> ou <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = -V\;</math> avec <math>\;V\;</math> vergence du miroir.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Descartes (origine au centre) utilisent <math>\;C\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> ou un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} = \overline{SC}_{\rightarrow} + \overline{CA_o}_{\rightarrow}\;</math> ou <math>\;p_o = \overline{R} + \pi_o\;</math> et * l'abscisse image de Descartes (avec origine au centre) du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} = \overline{SC}_{\leftarrow} + \overline{CA_i}_{\leftarrow}\;</math> ou <math>\;p_i = -\overline{R} + \pi_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au centre) en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes précédemment définis, dans la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{-2}{\overline{R}}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{1}{\pi_i - \overline{R}} - \dfrac{1}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> ou <math>\;\dfrac{(\pi_o + \overline{R}) - (\pi_i - \overline{R})}{(\pi_i - \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R})} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens"> Quand on a l'égalité entre deux fractions <math>\;\dfrac{a}{b} = \dfrac{c}{d}\;</math> les grandeurs <math>\;(a\, ,\, d)\;</math> sont appelées « extrêmes » et <math>\;(b\, ,\, c)\;</math> « moyens », l'égalité des deux fractions étant équivalente à <math>\;a \; d = b \; c\;</math> c.-à-d. à l'égalité du produit des extrêmes et celui des moyens (on parle encore de l'égalité des produits en croix).</ref> <math>\;-2\, (\pi_i - \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R}) = (\pi_o - \pi_i + 2\, \overline{R})\, \overline{R}\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;-2\, \pi_o\, \pi_i + 2\, \overline{R}\, \pi_o - 2\, \overline{R}\, \pi_i + 2\, \overline{R}^2 =</math> <math>\pi_o\, \overline{R} - \pi_i\, \overline{R} + 2\, \overline{R}^2\;</math> soit, après simplification <math>\;-2\, \pi_o\, \pi_i + \overline{R}\, \pi_o - \overline{R}\, \pi_i = 0\;</math> ou <math>\;\overline{R}\, \pi_o - \overline{R}\, \pi_i = 2\, \pi_o\, \pi_i\;</math> et enfin, en divisant les deux membres de l'équation par <math>\;\pi_o\, \pi_i\, \overline{R}\;</math> <ref name="C.N."> Cela nécessite que <math>\;\pi_o \neq 0\;</math> et <math>\;\pi_i \neq 0\;</math> c.-à-d. <math>\;A_o \neq C</math>.</ref> <math>\;\big(</math>la raison en étant que l'on cherche à établir une équation faisant intervenir des inverses de longueur à partir d'une équation comportant des produits de deux longueurs<math>\big)\;</math> <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = \dfrac{2}{\overline{R}}</math> ; la <u>1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = -V\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du miroir ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS}_{\rightarrow} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS}_{\leftarrow} = \overline{R}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = \dfrac{2}{\overline{R}} = -V</math>.</ref> avec <math>\;V = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> vergence du miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\\ \pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}\end{array} \right\rbrace</math>.</center> }} [[File:Miroir sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes avec origine en C pour un miroir sphérique concave]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C" />. {{Al|5}}En utilisant le schéma ci-contre vérifier directement cette relation. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet"> Applicable en tout point <math>\;A_o \neq S</math>.</ref> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \pi_o + \overline{R} \\ p_i = \pi_i - \overline{R} \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\pi_i - \overline{R}}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}\left( \dfrac{1}{\overline{R}} - \dfrac{1}{\pi_i} \right)}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}} \left( \dfrac{1}{\overline{R}} + \dfrac{1}{\pi_o} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître des inverses de longueur comme celles de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = \dfrac{2}{\overline{R}} \Leftrightarrow \dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\overline{R}} = \dfrac{1}{\pi_o} + \dfrac{1}{\overline{R}}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}}}</math> ; la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du miroir ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS}_{\rightarrow} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS}_{\leftarrow} = \overline{R}\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = -(-1) = +1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature" /> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\\ \pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}\end{array} \right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfléchis correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;C\;</math> qui se réfléchit sur lui-même et le 2{{ème}} de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfléchit en <math>\;S\;</math> suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés"> Les angles précités étant non algébrisés.</ref> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oC\;</math> et <math>\;A_iB_iC\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o}) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> <ref name="hors centre"> On suppose <math>\;A_o \neq C\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oC\;</math> puisse être défini.</ref>, * <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i}) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_i}_{\leftarrow} < 0\;</math> <ref name="hors centre bis"> Ayant suppose <math>\;A_o \neq C\;</math> et <math>\;C\;</math> étant un point double on en déduit <math>\;A_i \neq C\;</math> ce qui définit le triangle <math>\;A_iB_iC</math>.</ref> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}} = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}}\;</math> d'où <center>la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes (avec origine au centre)</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq C\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\\ \pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\pi_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\pi_i = f_i + \overline{R}\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\pi_o = f_o - \overline{R}\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Newton sous conditions de Gauss === {{Al|5}}On repère maintenant le point objet <math>\;A_o\;</math> relativement au foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> du miroir sphérique et le point image <math>\;A_i\;</math> relativement au foyer principal image <math>\;F_i\;</math> du même miroir sphérique en définissant * l'abscisse objet de Newton de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\;</math> et * l'abscisse image de Newton de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}</math>. ==== Relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Newton s'écrit <center><math>\; \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\; \overline{F_oA_o}_{\rightarrow} = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\; \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Newton"> Applicable pour tout point objet <math>\;A_o \neq F_o</math> et <math>\;A_o \neq A_{o,\,\infty}</math>, ces cas conduisant à une forme indéterminée.</ref> ou <math>\;\sigma_i \; \sigma_o = f_i\; f_o\;</math> <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille"/> avec <math>\;f_i\;</math> et <math>\;f_o\;</math> distances focales image et objet du miroir.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Newton utilisent <math>\;F_o\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> comme origine pour repérer un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Newton du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o =</math> <math>\overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} = \overline{SF_o}_{\rightarrow} + \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\;</math> ou <math>\;p_o = f_o + \sigma_o = -f_i + \sigma_o\;</math> et * l'abscisse image de Newton du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i =</math> <math>\overline{SA_i}_{\leftarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} = \overline{SF_i}_{\leftarrow} + \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\;</math> ou <math>\;p_i = f_i + \sigma_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Newton en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes précédemment définis, dans la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{1}{\sigma_i + f_i} - \dfrac{1}{\sigma_o - f_i} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> ou <math>\;\dfrac{(\sigma_o - f_i) - (\sigma_i + f_i)}{(\sigma_i + f_i)\, (\sigma_o - f_i)} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens" /> <math>\;(\sigma_i + f_i)\, (\sigma_o - f_i)</math> <math>= (\sigma_o - \sigma_i - 2\, f_i)\, f_i\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;\sigma_o\, \sigma_i + f_i\, \sigma_o - f_i\, \sigma_i - f_i^2 =</math> <math>\sigma_o\, f_i - \sigma_i\, f_i - 2\, f_i^2\;</math> soit, après simplification <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = -f_i^2\;</math> et enfin, sachant que <math>\;f_o = -f_i\;</math> <ref> On remplacera une seule fois <math>\;f_i\;</math> par <math>\;-f_o\;</math> pour obtenir une forme symétrique de la relation.</ref>, <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> ; la <u>1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center> <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le foyer principal objet du miroir <math>\;\big(</math> en effet si <math>\;A_o\;</math> est en <math>\;F_o</math>, l'image <math>\;A_i\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal et on obtient une forme indéterminée avec <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> valant <math>\;\infty\big)</math> ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS}_{\rightarrow} = -f_o\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS}_{\leftarrow} = -f_i\;</math> d'où <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i</math>.</ref> avec <math>\;f_i = -f_o = -\dfrac{\overline{R}}{2}\;</math> distance focale image du miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\\ \sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\end{array} \right\rbrace</math>.</center>}} [[File:Miroir sphérique - grandissement transverse Newton.jpg|thumb|Schéma de démonstration des deux formes de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton pour un miroir sphérique concave]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Newton <ref name="deux formes de grandissement transverse de Newton"> Cette relation a deux formes possibles suivant qu'elle est exprimée en fonction de l'abscisse objet de Newton et de la distance focale objet ou en fonction de l'abscisse image de Newton et de la distance focale image.</ref> <ref name="Applicabilité relation de Newton" />. {{Al|5}}En utilisant le schéma ci-contre vérifier directement les deux formes de cette relation. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet" /> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \sigma_o - f_i \\ p_i = \sigma_i + f_i \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\sigma_i + f_i}{\sigma_o - f_i} = \dfrac{\sigma_i \left( 1 + \dfrac{f_i}{\sigma_i} \right)}{(-f_i) \left( 1 - \dfrac{\sigma_o}{f_i} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître, au numérateur et au dénominateur, deux grandeurs égales découlant de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_i\, f_o = -f_i^2 \Leftrightarrow \dfrac{\sigma_i}{f_i} = -\dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> ou encore <math>\;1 + \dfrac{\sigma_i}{f_i} = 1 - \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{\sigma_i}{f_o}</math> ; la 1{{ère}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{\sigma_i}{f_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton"> Applicable en tout point objet ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que cette forme de relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS}_{\rightarrow} = -f_o\;</math> <math>\;\big(</math>resp. <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS}_{\leftarrow} = -f_i\big)\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = +1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature" /> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}</math>.</center> {{Al|5}}comme la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton s'écrivant <math>\;\sigma_i\, \sigma_o = f_i\, f_o\;</math> est équivalente à <math>\;\dfrac{\sigma_i}{f_o} = \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> on en déduit aisément la 2{{ème}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o} = \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton" /> <ref name="indépendance de la nature" /> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfléchis correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;F_o\;</math> qui se réfléchit parallèlement à l'axe optique principal et le 2{{ème}} parallèle à l'axe optique principal qui se réfléchit en passant par <math>\;F_i</math>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_iS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_iB_iF_i\;</math> et <math>\;KF_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{F_iA_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> <ref name="hors foyer bis" > On suppose <math>\;A_i \neq F_i\;</math> c.-à-d. que <math>\;A_o\;</math> n'est pas le point à l'infini de l'axe optique principal, pour que le triangle <math>\;A_iB_iF_i\;</math> puisse être défini.</ref>, * <math>\;\tan(\widehat{KF_iS}) = \dfrac{\overline{SK}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;\overline{SK}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SK} = \overline{A_oB_o}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{KF_iS}) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_iS})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}} = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}\;</math> d'où <center>une 1{{ère}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\sigma_i}{f_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq A_{o,\,\infty}\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}</math>.</center> {{Al|5}}de même le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_oS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oF_o\;</math> et <math>\;HF_oS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o}) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{F_oA_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> <ref name="hors foyer"> On suppose <math>\;A_o \neq F_o\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oF_o\;</math> puisse être défini.</ref>, * <math>\;\tan(\widehat{HF_oS}) = \dfrac{\overline{SH}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;\overline{SH}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SH} = \overline{A_iB_i}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{HF_oS}) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_oS})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}} = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}}\;</math> d'où <center>une 2{{ème}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq F_o\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\sigma_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\sigma_i = 0\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de Lagrange - Helmholtz sous conditions de Gauss === [[File:Miroir sphérique - grandissement angulaire.jpg|thumb|Schéma de détermination du grandissement angulaire en repérage de Descartes (avec origine en S) pour un miroir sphérique concave]] ==== Expression de Descartes (avec origine au sommet) du grandissement angulaire d'un pinceau incident issu d'un point objet ==== {{Al|5}}On rappelle que le grandissement angulaire d'un pinceau lumineux incident issu d'un point objet <math>\;A_o\;</math>, de direction faisant un angle <math>\;\theta_o\;</math> avec la partie incidente de l'axe optique principal, le pinceau se réfléchissant sur le miroir en convergeant vers le point image <math>\;A_i\;</math>, avec une direction faisant un angle <math>\;\theta_i\;</math> avec la partie réfléchie de l'axe optique principal, est défini selon <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> <ref name="Angles petits"> Les angles <math>\;\theta_o\;</math> et <math>\;\theta_i\;</math> sont de valeur absolue petite c.-à-d. <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>.</ref> ; {{Al|5}}en utilisant le schéma ci-contre, établir l'expression du grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes (avec origine au sommet), respectivement <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> et <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}\;</math> <ref> L'expression du grandissement angulaire a été établie en utilisant un miroir sphérique concave mais elle reste applicable pour un miroir sphérique convexe.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}On détermine le grandissement angulaire par évaluation de <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> et <math>\;\tan(\theta_i)</math>, <math>\big(</math>tous deux <math>\;> 0\;</math> sur la figure ci-dessus<math>\big)</math> respectivement dans les triangles <math>\;A_oIS\;</math> et <math>\;A_iIS\;</math> <math>\big[</math>l'angle <math>\;\widehat{SA_iI}\;</math> étant égal à <math>\;\theta_i\big]</math> soit : * dans le triangle <math>\;A_oIS</math>, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} < 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_o| \ll 1</math>, <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}</math> ; * dans le triangle <math>\;A_iIS</math>, <math>\;\tan(\theta_i) = \dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} > 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_i) = \dfrac{\overline{SI}}{p_i}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>, <math>\;\theta_i \simeq \dfrac{\overline{SI}}{p_i}</math> ; {{Al|5}}on en déduit <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq \dfrac{\dfrac{\overline{SI}}{p_i}}{-\dfrac{\overline{SI}}{p_o}}\;</math> soit, en simplifiant par <math>\;\overline{SI}</math>, l'expression souhaitée du <center>grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq -\dfrac{p_o}{p_i}</math>.</center>}} ==== Établissement de la relation de Lagrange - Helmholtz ==== {{Al|5}}Á l'aide des relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) et de l'expression du grandissement angulaire dans le même repérage, vérifier la relation de Lagrange - Helmholtz <center> <math>\;G_t(A_o)\; G_a(A_o) = -1\;</math> <ref> Cette relation est différente de celle que l'on trouvera dans le chapitre suivant sur les lentilles minces, pour une lentille mince dans laquelle il n'y a aucune réflexion, la relation de Lagrange - Hemholtz sera <math>\;G_t(A_o)\; G_a(A_o) = +1</math>.</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Connaissant le grandissement transversal donné par la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) \simeq \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> et l'expression du grandissement angulaire précédemment trouvée <math>\;G_a(A_o) \simeq -\dfrac{p_o}{p_i}</math>, on en déduit le lien entre grandissements angulaire et transversal indépendant de la position du point objet <math>\;A_o</math>, <center><math>\;G_a(A_o)\; G_t(A_o) \simeq -\dfrac{p_o}{p_i}\; \dfrac{p_i}{p_o} = -1\;</math> ce qui constitue la relation de Lagrange - Helmholtz cherchée <ref> Il s'agit de la même relation de Lagrange - Helmholtz que celle explicitée pour un miroir plan mais contrairement à cette dernière dans laquelle les grandissements transverse et angulaire valent respectivement <math>\;+1\;</math> et <math>\;-1\;</math> quelle que soit la position du point objet <math>\;A_o</math>, dans un miroir sphérique les grandissements transverse et angulaire dépendent explicitement de la position de l'objet <math>\;A_o</math>, plus la valeur absolue du grandissement transverse est grande plus celle du grandissement angulaire est petite.</ref>.</center>}} == Stigmatisme et aplanétisme approchés d'un dioptre sphérique sous conditions de Gauss == {{Al|5}}Pour être défini, un dioptre sphérique nécessite la connaissance de : * sa nature « concave » ou « convexe », * son centre <math>\;C\;</math> (centre de courbure de la surface sphérique dioptrique <ref> Si le dioptre est « concave », <math>\;C\;</math> est réel, et si le dioptre est « convexe », <math>\;C\;</math> est virtuel.</ref>), * son rayon de courbure (non algébrisé) <math>\;R\;</math> (rayon de courbure de la surface sphérique dioptrique), * l'axe optique principal dont la partie incidente (ou son prolongement) passe par <math>\;C\;</math> et le point objet <math>\;A_o\;</math> (point objet dont on étudiera l'image éventuelle), * son sommet <math>\;S\;</math> (intersection de l'axe optique principal et de la surface dioptrique) et * l'indice de l'espace objet réel <math>\;n_o\;</math> ainsi que celui de l'espace image réelle <math>\;n_i</math>. {{Al|5}}Nous adoptons l'algébrisation physique de l'axe optique principal <ref name="orientation axe opt. princ. dioptre"> Supposant l'axe optique principal horizontal, l'espace objet réel étant situé à gauche du dioptre, la partie incidente de l'axe optique principal est orientée dans le sens <math>\;\rightarrow</math> et l'espace image réelle étant alors situé à droite du dioptre, la partie émergente est orientée dans le même sens <math>\;\rightarrow</math> ; il est donc inutile de préciser en indice le sens de l'orientation de l'axe optique principal contrairement à ce qui doit être fait dans le cas d'un miroir sphérique.</ref> et, pour unifier l'étude des dioptres sphériques, algébrisons le rayon de courbure du dioptre selon <math>\;\overline{R} = \overline{SC}\;</math> <ref name="orientation axe opt. princ. dioptre" /> avec pour conséquence la nature « concave » ou « convexe » du dioptre caractérisé par le signe du rayon de courbure algébrisé : * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC} > 0</math>, <math>\;C\;</math> étant à droite de <math>\;S\;</math> est un point de l'espace objet virtuel, correspondant à un dioptre « convexe », * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC} < 0</math>, <math>\;C\;</math> étant à gauche de <math>\;S\;</math> est un point de l'espace objet réel, correspondant à un dioptre « concave ». <center> <gallery> Dioptre sphérique concave verre - air.jpg|Justification du caractère convergent d'un dioptre sphérique concave faisant passer d'un milieu plus réfringent vers un milieu moins réfringent Dioptre sphérique concave air - verre.jpg|Justification du caractère divergent d'un dioptre sphérique concave faisant passer d'un milieu moins réfringent vers un milieu plus réfringent Dioptre sphérique convexe verre - air.jpg|Justification du caractère divergent d'un dioptre sphérique convexe faisant passer d'un milieu plus réfringent vers un milieu moins réfringent Dioptre sphérique convexe air - verre.jpg|Justification du caractère convergent d'un dioptre sphérique convexe faisant passer d'un milieu moins réfringent vers un milieu plus réfringent </gallery> Dans la suite nous supposerons le dioptre sphérique concave faisant passer d'un espace plus réfringent à un espace moins réfringent <ref> En précisant la modification des résultats pour un dioptre sphérique des trois autres types.</ref> et <br>admettrons qu'il n'y a pas stigmatisme rigoureux du dioptre sphérique pour tous les points objets autres que <math>\;C\;</math> et tous les points du dioptre <ref name="Définition sommet dioptre"> Si le point objet <math>\;A_o\;</math> est sur le dioptre, l'axe optique principal associé à ce point objet ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, <math>\;A_o\;</math> joue le rôle de sommet <math>\;S\;</math> du miroir ; ainsi, dans la mesure où l'axe optique principal n'a pas été préalablement défini, tout point du dioptre peut être considéré comme un sommet.</ref>.</center> === Démonstration du stigmatisme approché d'un dioptre sphérique concave convergent sous conditions de Gauss === [[File:Dioptre sphérique concave convergent - stigmatisme approché.jpg|thumb|Schéma d'un dioptre sphérique concave convergent dans le but d'établir le stigmatisme approché du dioptre pour tout point objet autre que C et S]] {{Al|5}}Considérant un point objet réel <math>\;A_o \neq C\;</math> et l'axe optique principal correspondant de support <math>\;(A_oC)\;</math> <ref> Dès lors que <math>\;A_o\;</math> est <math>\;\neq C</math>, l'axe optique principal est parfaitement défini ainsi que le sommet <math>\;S\;</math> qui est l'intersection de l'axe optique principal et du dioptre.</ref>, nous envisageons des rayons incidents issus de <math>\;A_o</math>, peu inclinés par rapport à l'axe optique principal, d'angle d'inclinaison <math>\;\theta_o\;</math> tel que <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et dont le point d'incidence <math>\;I\;</math> reste proche du sommet <math>\;S\;</math> c.-à-d. tel que l'angle que fait la normale au dioptre en <math>\;I\;</math> avec l'axe optique principal <math>\;\widehat{(\overrightarrow{CS}\, ;\, \vec{N})} = \omega\;</math> soit petit en valeur absolue <math>\;\big(|\omega| \ll 1\big)\;</math> <ref name="Paraxial" />. {{Al|5}}Le rayon incident <math>\;A_oI\;</math> donnant, par utilisation des lois de Snell - Descartes de la réfraction, le rayon émergent <math>\;IA_i\;</math> <math>\big(A_i \in</math> à l'axe optique principal<math>\big)</math>, appelons <math>\;\theta_i\;</math> l'angle d'inclinaison du rayon réfracté par rapport à l'axe optique principal ; nous nous proposons de démontrer que <math>\;A_i\;</math> est indépendant du rayon incident considéré <math>\big(</math>c.-à-d. indépendant de <math>\;\theta_o\;</math> et de <math>\;\omega\big)\;</math> dans la mesure où les conditions de Gauss de stigmatisme approché <math>\big(\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et <math>\;|\omega| \ll 1\big)\;</math> sont réalisées. ==== Établissement de la relation liant θ_o, θ_i, ω, n_o et n_i ==== # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIC\;</math> établir une première relation entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;i_o\;\big(</math>angle d'incidence du rayon incident en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIC\;</math> établir une deuxième relation entre <math>\;\theta_i</math>, <math>\;i_i\;\big(</math>angle de réfraction du rayon émergent en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en utilisant la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes de la réfraction sous conditions de Gauss et les deux relations précédentes, déduire la relation suivante entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;\theta_i</math>, <math>\;\omega</math>, <math>\;n_o\;</math> et <math>\;n_i\;</math> : <center> <math>\;\omega = \dfrac{n_o\; \theta_o - n_i\; \theta_i}{n_o - n_i}\;\;(\mathfrak{a})\;</math>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Dans le triangle <math>\;A_oIC</math>, <math>\;\omega = \theta_o + (-i_o)\;</math> <ref name="relation dans un triangle" /> <ref> On remarque, sur le schéma, que <math>\;\omega\;</math> et <math>\;\theta_o\;</math> sont positifs mais <math>\;i_o\;</math> étant négatif, sa valeur absolue s'écrit <math>\;(-i_o)</math>.</ref> et <br>{{Al|5}}dans le triangle <math>\;A_iIC</math>, <math>\;-i_i = \omega - \theta_i\;</math> <ref name="relation dans un triangle" /> <ref> On remarque, sur le schéma, que <math>\;\omega\;</math> est positif mais <math>\;i_i\;</math> et et <math>\;\theta_i\;</math> étant négatifs, leur valeur absolue s'écrit <math>\;(-i_i)\;</math> et <math>\;(-\theta_i)</math>.</ref> ou, <br>{{Al|5}}en utilisation la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes pour la réfraction et, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle d'incidence (et donc aussi de l'angle de réfraction en valeur absolue) <math>\;n_o\, i_0 = n_i\, i_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;i_i = \dfrac{n_o}{n_i}\, i_o</math>, la relation ci-dessus se réécrit <math>\; -\dfrac{n_o}{n_i}\, i_o = \omega - \theta_i</math> ; <br>{{Al|5}}on élimine alors <math>\;i_o\;</math> entre ces deux relations en formant la C.L. <math>\;\dfrac{n_o}{n_i}\; (\mathfrak{1}) + (\mathfrak{2})\;</math> soit : <math>\;\dfrac{n_o}{n_i}\; \omega = \dfrac{n_o}{n_i}\; \theta_o + \omega - \theta_i\;</math> ou <math>\;n_o\,\omega = n_o\, \theta_o + n_i\, \omega - n_i\, \theta_i\;</math> soit enfin, la relation <math>\;(\mathfrak{a}) \qquad \omega = \dfrac{n_o\, \theta_o - n_i\, \theta_i}{n_o - n_i}</math>.}} ==== Évaluation des angles θ_o, θ_i et ω en fonction des abscisses de A_o, A_i et C repérées relativement à H ==== {{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> et des conditions de Gauss de stigmatisme approché, montrer que le rayon réfracté est aussi peu incliné relativement à l'axe optique principal c.-à-d. <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>. # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_o}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\theta_o</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\theta_i)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_i}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\theta_i</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\omega)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HC}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\omega</math>, # déduire des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math>, un lien entre <math>\;\overline{HA_o}</math>, <math>\;\overline{HA_i}\;</math> et <math>\;\overline{HC}\;</math> <math>\;\big[</math>relation <math>\;(\mathfrak{b})\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> écrite sous la forme <math>\;\theta_i = \dfrac{n_o}{n_i}\, \theta_o - \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, \omega\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;|\theta_i| \leqslant \dfrac{n_o}{n_i}\, |\theta_o| + \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, |\omega|\;</math> et des conditions de Gauss de stigmatisme approché <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}|\theta_o| \ll 1\\ |\omega| \ll 1 \end{array}\right\rbrace\;</math> dont on déduit <math>\;\dfrac{n_o}{n_i}\, |\theta_o| + \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, |\omega| \ll 1\;</math> d'où <math>\;|\theta_i| \leqslant \dfrac{n_o}{n_i}\, |\theta_o| + \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, |\omega| \ll 1\;</math> c.-à-d. que le rayon réfracté est aussi peu incliné relativement à l'axe optique principal. # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH</math>, <math>\;\tan(\theta_o) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HA_o}}\;</math> car sur le schéma <math>\;\theta_o > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_o) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_o} < 0\;</math> ou, <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_o) \simeq \theta_o\;</math> on en déduit <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_o}}</math> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH</math>, <math>\;\tan(\theta_i) = -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}}\;</math> car sur le schéma <math>\;\theta_i < 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_i) < 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_i} > 0\;</math> ou, <math>\;|\theta_i| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_i) \simeq \theta_i\;</math> on en déduit <math>\;\theta_i \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}}</math> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH</math>, <math>\;\tan(\omega) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HC}_\rightarrow}\;</math> car sur le schéma <math>\;\omega > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\omega) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HC} < 0\;</math> ou, <math>\;|\omega| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\omega) \simeq \omega\;</math> on en déduit <math>\;\omega \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HC}}</math> ; # des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> réécrite selon <math>\;(n_o - n_i)\, \omega = n_o\,\theta_o - n_i\, \theta_i</math>, on en déduit <math>\;\dfrac{-(n_o - n_i)\, \overline{HI}}{\overline{HC}} =</math> <math>\dfrac{n_i\, \overline{HI}}{\overline{HA_i}} - \dfrac{n_o\, \overline{HI}}{\overline{HA_o}}\;</math> ou, en simplifiant par <math>\;\overline{HI}</math>, on obtient la relation <math>\;(\mathfrak{b})\qquad \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{HC}} = \dfrac{n_i}{\overline{HA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{HA_o}}</math>.}} ==== Établissement de la confusion de H et de S à l'ordre un en ω ==== {{Al|5}}Établir que <math>\;H\;</math> <ref name="définition de H" /> peut être confondu avec le sommet <math>\;S\;</math> du miroir à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> <ref name="H et S confondus" /> et {{Al|5}}réécrire que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> en tenant compte de cette confusion. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Montrons que <math>\;H\;</math> peut être confondu avec <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> <ref name="ω infiniment petit d'ordre un" />, en évaluant <math>\;[CH]\;</math> puis <math>\;[HS] = [CS] - [CH]\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega</math>, on obtient : <math>\;[CH] = [CI]\, \cos(\omega) = R\, \cos(\omega) \simeq R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math> <math>\big(</math>revoir la remarque du paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable_au_voisinage_d'une_de_ses_valeurs#D.C3.A9veloppements_limit.C3.A9s_.C3.A0_l.27ordre_un_de_quelques_fonctions_usuelles|D.L. à l'ordre un de quelques fonctions usuelles]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « Outils mathématiques pour la physique (PCSI) »<math>\big)\;</math> d'où <math>\;[HS] = [CS] - [CH] \simeq R - R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega</math>, soit encore <math>\;[HS] \simeq R \dfrac{\omega^2}{2}\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math> ou finalement <center><math>\;[HS] \simeq 0\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega</math> ;</center> {{Al|5}}remplaçant <math>\;H\;</math> par <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{b})</math>, on peut, sous les conditions de Gauss de stigmatisme approché, la réécrire selon <center><math>\;(\mathfrak{b})\; \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{SC}} = \dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}}\;</math> <ref> Sous cette forme la relation nécessite que le point objet <math>\;A_o\;</math> soit <math>\;\neq S\;</math> sommet du dioptre.</ref>.</center>}} ==== Conclusion : stigmatisme approché du dioptre sphérique (concave convergent) pour le point objet A_o et relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) ==== {{Al|5}}Vérifier que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> définit, pour un point objet <math>\;A_o\;</math> quelconque, un point image unique <math>\;A_i\;</math> et en déduire le stigmatisme approché du dioptre sphérique pour le point objet <math>\;A_o</math> ; {{Al|5}}la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> pouvant être écrite selon <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}} = V\;</math> <ref name="indépendance de la nature dioptre"> Nous admettrons que cette relation (ou propriété) établie dans le cas d'un dioptre sphérique concave convergent est encore applicable, sans modification, à un dioptre sphérique concave divergent ou à un dioptre sphérique convexe convergent ou divergent.</ref> où <math>\;V\;</math> est une constante appelée « vergence » du dioptre sphérique exprimée en dioptries <math>\big(</math>de symbole <math>\;\delta\big)\;</math> dans la mesure où les abscisses le sont en <math>\;m\;\big(</math>la dioptrie étant liée au mètre par <math>\;1\, \delta = 1\,m^{-1}\big)</math>, exprimer <math>\;V\;</math> en fonction de <math>\;\overline{R} = \overline{SC}</math>, <math>\;n_o\;</math> et <math>\;n_i</math>. {{Al|5}}Par la suite notant l'abscisse de Descartes <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math><ref> Pour le repérage de Descartes dans un dioptre sphérique concave ou convexe, convergent ou divergent, il y a deux origines utilisées : l'origine au sommet qui est la plus fréquemment utilisée et l'origine au centre qui l'est beaucoup moins.</ref> du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Par la suite notant l'abscisse de Descartes <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>avec origine au sommet<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> }}celle du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}</math>, <br>{{Al|5}}la relation de conjugaison (approchée) de position [ou 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée)] de Descartes d'un dioptre sphérique se réécrit <center><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> établit le stigmatisme approché du dioptre sphérique pour tout point objet <math>\;A_o\;</math> autre que <math>\;C\;</math> et <math>\;S\;</math> puisque, pour un point objet <math>\;A_o\;</math> fixé, le point image <math>\;A_i\;</math> est déterminé de façon unique <math>\big(</math>indépendamment des variations des petits angles <math>\;\theta_o\;</math> et <math>\;\omega\big)</math>. {{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> peut effectivement être écrite sous la forme <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}} = V\;</math> où <math>\;V\;</math> est une constante définissant la vergence du dioptre sphérique selon <center><math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{SC}} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> avec <math>\;\overline{R} = \overline{SC}\;</math> rayon algébrisé du dioptre.</center> {{Al|5}}Avec les abscisses de Descartes (avec origine au sommet) du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> et du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}</math>, la relation de conjugaison (approchée) de position [ou 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée)] de Descartes du dioptre sphérique se réécrit <center><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math>.</center>}} === Points pour lesquels la conjugaison du dioptre sphérique est rigoureuse et points doubles === {{Al|5}}Vérifier, par construction et pour une direction d'axe optique principal préalablement fixée, que le centre <math>\;C\;</math> et le sommet <math>\;S\;</math> <ref name="Définition sommet" /> du dioptre sont des points * pour lesquels le dioptre est stigmatique rigoureux et * dont l'image est confondue avec l'objet (c.-à-d. que ce sont des points doubles). {{Al|5}}Justifier la raison pour laquelle la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) est applicable à <math>\;C</math>, centre du dioptre, bien que la conjugaison soit rigoureuse ; {{Al|5}}vérifier, en utilisant cette relation, que <math>\;C\;</math> est effectivement un point double. {{Al|5}}Admettant que la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) reste applicable à <math>\;S</math>, sommet du dioptre, pour lequel il y a conjugaison rigoureuse <math>\big[</math>mais évidemment pas sous cette forme qui est indéterminée quand on l'applique à <math>\;S</math>, son abscisse objet <math>\;p_o\;</math> y étant nulle<math>\big]</math>, évaluer <math>\;p_i\;</math> en fonction de <math>\;p_o\;</math> et de <math>\;V\;</math> et vérifier, sur cette dernière forme, * que <math>\;S\;</math> est effectivement un point double et * qu'il n'y a pas d'autres points doubles que <math>\;S\;</math> et <math>\;C</math>. {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - points doubles.jpg|thumb|Schémas de vérification du fait que, pour C et S, le dioptre sphérique (concave convergent) est stigmatique rigoureux et que ce sont des points doubles]] {{Al|5}}Voir ci-contre les constructions prouvant les propriétés particulières d'un point objet en <math>\;C\;</math> ou <math>\;S\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent <ref name="indépendance de la nature dioptre"/> : * à gauche tout rayon d'un faisceau incident issu du centre <math>\;C\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent étant normal au dioptre poursuit son chemin sans changer de direction, donnant un ensemble de rayons transmis divergeant à partir d'un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, c.-à-d. prouvant que le dioptre sphérique est stigmatique rigoureux pour son centre ; de plus le point image de <math>\;C\;</math> étant <math>\;C\;</math> lui-même, ce dernier est un point double ; * à droite tout rayon d'un faisceau incident convergeant sur le sommet <math>\;S\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent se réfractant à partir du point d'incidence <math>\;S\;</math> lui-même <ref> En suivant une direction plus rapprochée de l'axe optique principal que ne l'est celle du rayon incident.</ref> et l'ensemble des rayons réfractés divergeant à partir d'un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, cela prouve le stigmatisme rigoureux du dioptre sphérique pour son sommet ; de plus le point image de <math>\;S\;</math> étant <math>\;S\;</math> lui-même, ce dernier est un point double. {{Al|5}}Pour appliquer la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) à <math>\;C</math>, centre du dioptre, bien que la conjugaison soit rigoureuse, il suffit de ne considérer que les rayons paraxiaux du faisceau incident issu de <math>\;C\;</math> et d'ouverture quelconque <ref> Le fait que les autres rayons divergent également à partir de <math>\;C\;</math> ne modifient en rien la divergence des rayons transmis provenant de rayons incidents paraxiaux.</ref>, condition d'applicabilité de la relation de conjugaison de position de Descartes ; {{Al|5}}dans ce cas, si on appelle <math>\;C_i</math>, d'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(C_i) = \overline{SC_i}</math>, l'image du point objet <math>\;C</math>, d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(C) = \overline{SC} = \overline{R}</math>, nous obtenons, en remplaçant <math>\;V\;</math> par <math>\;\dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}</math>, <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(C_i)} - \dfrac{n_o}{\overline{R}} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(C_i)} = \dfrac{n_i}{\overline{R}}\;</math> ou <math>\;p_i(C_i) = \overline{R} = \overline{SC}</math> prouvant que <math>\;C_i\;</math> se confond avec <math>\;C\;</math> et par suite que <math>\;C\;</math> est un point double. <center>De <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math> on tire <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} = \dfrac{n_o}{p_o} + V = \dfrac{n_o + V\, p_o}{p_o}\;</math> soit <math>\;p_i = n_i\, \dfrac{p_o}{n_o + V\, p_o}</math> ;</center> {{Al|5}}sous cette forme on vérifie qu'un point objet en <math>\;S</math>, d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(S) = 0\;</math> a une image d'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i = 0</math>, c.-à-d. une image confondue avec <math>\;S\;</math> prouvant que <math>\;S\;</math> est bien un point double ; {{Al|5}}les points doubles <math>\;A_d\;</math> d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_d\;</math> étant tels que leurs abscisses images de Descartes (avec origine au sommet) s'écrivant <math>\;p_i(A_d) = \overline{SA_d} = p_d\;</math> avec <math>\;p_i(A_d) = n_i\, \dfrac{p_d}{n_o + V\, p_d}\;</math> obéissent à l'équation <math>\;p_d = n_i\, \dfrac{p_d}{n_o + V\, p_d}\;</math> qui se décompose en <math>\;\left\lbrace\begin{array}{c}p_d = 0\;\;\; \text{ou}\\ n_o + V\, p_d = n_i\end{array}\right\rbrace</math>, la 1{{ère}} solution donnant <math>\;S\;</math> point double et la 2{{ème}} équation conduisant à <math>\;p_d = \dfrac{n_i - n_o}{V} = \overline{R}\;</math> c.-à-d. <math>\;C\;</math> point double ; <center>le centre et le sommet d'un dioptre sphérique sont donc les seuls points doubles de ce dernier.</center>}} === Caractère focal d'un dioptre sphérique, position des foyers principaux objet et image, lien de la vergence et des distances focales objet et image, signe de la vergence === ==== Caractère focal d'un dioptre sphérique, définition des foyers principaux objet et image, lien de la vergence avec les distances focales objet et image ==== {{Al|5}}Vérifier, sur la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes d'un dioptre sphérique, que ce dernier est nécessairement « focal » <ref name="définition focal" /> puis déterminer * la position du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> c.-à-d. le point objet de l'axe optique principal ayant pour image le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;F_o\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; A_{i,\,\infty}\big]\;</math> et * la position du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> c.-à-d. le point image de l'axe optique principal ayant pour antécédent <ref name="Antécédent" /> le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;A_{o,\,\infty}\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; F_i\big]</math>. {{Al|5}}Définissant * la distance focale objet comme l'abscisse objet de Descartes du foyer principal objet (avec origine au sommet) soit <math>\;f_o = \overline{SF_o}\;</math> et * la distance focale image comme l'abscisse image de Descartes du foyer principal image (avec origine au sommet) soit <math>\;f_i = \overline{SF_i}\;</math>, {{Al|5}}déterminer le lien entre vergence <math>\;V</math>, distance focale objet <math>\;f_o</math>, distance focale image <math>\;f_i</math>, indice espace objet <math>\;n_o\;</math> et indice espace image <math>\,n_i</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Un dioptre sphérique est un « système focal », en effet pour qu'il soit « afocal », il faudrait que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, mais ayant établi que les seuls points doubles du dioptre sphérique sont <math>\;C\;</math> et <math>\;S</math>, et non le point à l'infini de l'axe optique principal on en déduit que le dioptre sphérique est bien un « système focal ». * Le foyer principal image <math>\;F_i</math>, repéré par l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(F_i) = \overline{SF_i}\;</math> étant l'image du point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(A_{o,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{n_o}{p_o(A_{o,\, \infty})} = 0</math>, on en déduit <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(F_i)} - 0 = V\;</math> soit <math>\;\overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math>. * Le foyer principal objet <math>\;F_o</math>, repéré par l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(F_o) = \overline{SF_o}\;</math> étant l'antécédent <ref name ="Antécédent"/> du point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(A_{i,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(A_{i,\, \infty})} = 0</math>, on en déduit <math>\;0 - \dfrac{n_o}{p_o(F_o)} = V\;</math> soit <math>\;\overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math>. <center><u>Notion de distances focales objet et image</u> :</center> * la distance focale image <math>\;f_i\;</math> étant définie par <math>\;f_i = \overline{SF_i}\;</math> est liée à la vergence par <math>\;f_i = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math> ; * la distance focale objet <math>\;f_o\;</math> étant définie par <math>\;f_o = \overline{SF_o}\;</math> est liée à la vergence par <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math> ; <center>on en déduit la relation <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}\;</math> <ref> Cette relation découle de la 1{{ère}} relation de conjugaison de position de Descartes du dioptre sphérique appliquée aux couples de points conjugués <math>\;(A_{o,\, \infty}\, , \,F_i)\;</math> et <math>\;(F_o\, , \,A_{i,\, \infty})</math>.</ref>.</center>}} ==== Signe de la vergence suivant la nature concave ou convexe du dioptre sphérique et de l'indice de l'espace objet comparé à celui de l'espace image, caractère convergent ou divergent du dioptre et nature réelle ou virtuelle des foyers principaux ==== {{Al|5}}Déterminer le signe de la vergence suivant la nature « concave » ou « convexe » du dioptre sphérique et du signe de <math>\;n_o - n_i\;</math> puis {{Al|5}}son caractère « convergent » ou « divergent » sachant qu'un système focal à « vergence positive » (respectivement « négative ») est dit « convergent » (respectivement « divergent ») et enfin {{Al|5}}la nature « réelle » ou « virtuelle » des foyers principaux. {{Al|5}}Pour terminer, on précisera, dans chacun des quatre cas possibles, les positions absolues des foyers principaux objet et image relativement au centre et au sommet du dioptre considéré. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> on en déduit que la vergence <math>\;V\;</math> est * de signe contraire au rayon de courbure algébrisé du dioptre si la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent <math>\;\big(n_o > n_i\big)</math>, * de même signe que le rayon de courbure algébrisé du dioptre si la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent <math>\;\big(n_o < n_i\big)</math> ; {{Al|5}}on en déduit les quatre possibilités suivant la nature du dioptre sphérique et le signe de <math>\;n_o - n_i</math> : * un dioptre sphérique <u>concave</u> ayant un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC} < 0\;</math> <ref name="nature de C dioptre"> Correspondant au caractère réel (resp. virtuel) du centre <math>\;C\;</math> d'un dioptre sphérique concave (resp. convexe).</ref>, a <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V > 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet eau, espace image air<math>\big)\;</math> c'est alors un système « <u>convergent</u> » et <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V < 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet air, espace image eau<math>\big)\;</math> c'est alors un système « <u>divergent</u> », * un dioptre sphérique <u>convexe</u> a un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC} > 0\;</math> <ref name="nature de C dioptre" />, a <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V < 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet eau, espace image air<math>\big)\;</math> c'est alors un système « <u>divergent</u> » et <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V > 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet air, espace image eau<math>\big)\;</math> c'est alors un système « <u>convergent</u> ». {{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}\;</math> on en déduit la nature (réelle ou virtuelle) des foyers principaux objet et image suivant la nature (convergente ou divergente) du dioptre sphérique : * pour un dioptre sphérique <u>concave convergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image"> La lumière passant d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent on a <math>\;n_o > n_i</math>.</ref> est <math>\;> 0\;</math> entraînant le caractère <u>réel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image" /> étant <math>\;< 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>réel</u>, * pour un dioptre sphérique <u>concave divergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image"> La lumière passant d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent on a <math>\;n_o < n_i</math>.</ref> est <math>\;< 0\;</math> entraînant le caractère <u>virtuel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image" /> étant <math>\;> 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>virtuel</u>, * pour un dioptre sphérique <u>convexe divergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image" /> est <math>\;< 0\;</math> entraînant le caractère <u>virtuel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image" /> étant <math>\;> 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>virtuel</u>, * pour un dioptre sphérique <u>convexe convergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image" /> est <math>\;> 0\;</math> entraînant le caractère <u>réel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image" /> étant <math>\;< 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>réel</u>. {{Al|5}}<u>Remarques</u> : Les distances focales objet et image étant, dans les quatre cas possibles, de signe contraire, les foyers principaux objet et image sont situés de part et d'autre de la surface dioptrique dans chacun des cas ; {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}pour un dioptre sphérique pour lequel la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent, <math>\;n_o\;</math> étant <math>\;>\;</math> à <math>\;n_i</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est situé à une distance <math>\;|f_o| = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> et le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> à une distance <math>\;|f_i| = \dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> avec <math>\;|f_i| < |f_o|\;</math> <math>\Rightarrow</math> le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est plus éloigné du sommet <math>\;S\;</math> que le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> <ref> Avec, pour un dioptre concave, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet réel (c.-à-d. usuellement à gauche) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image réelle (c.-à-d. usuellement à droite),<br><span style="color:#ffffff;"><small>....</small>Avec, </span>pour un dioptre convexe, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet virtuel (c.-à-d. usuellement à droite) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image virtuelle (c.-à-d. usuellement à gauche).</ref> ; {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}pour un dioptre sphérique pour lequel la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent, <math>\;n_o\;</math> étant <math>\;<\;</math> à <math>\;n_i</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est situé à une distance <math>\;|f_o| = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> et le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> à une distance <math>\;|f_i| = \dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> avec <math>\;|f_i| > |f_o|\;</math> <math>\Rightarrow</math> le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est moins éloigné du sommet <math>\;S\;</math> que le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> <ref> Avec, pour un dioptre concave, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet virtuel (c.-à-d. usuellement à droite) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image virtuelle (c.-à-d. usuellement à gauche),<br><span style="color:#ffffff;"><small>....</small>Avec, </span>pour un dioptre convexe, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet réel (c.-à-d. usuellement à gauche) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image réelle (c.-à-d. usuellement à droite).</ref>.}} === Aplanétisme approché d'un dioptre sphérique sous conditions de Gauss === {{Al|5}}Soit le dioptre sphérique concave convergent introduit à la 1{{ère}} question et un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o \neq C\;</math> <ref name="support axe optique principal" /> tel qu'il y ait stigmatisme approché du dioptre pour tous les points <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> C.-à-d. que, pour un point quelconque <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o</math>, avec la définition de l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <math>\big(</math>cet axe jouant le rôle d'axe optique principal pour le point objet <math>\;M_o\;</math> est qualifié de secondaire relativement au point objet <math>\;A_o\big)</math>, les rayons incidents issus de <math>\;M_o\;</math> doivent être paraxiaux <math>\big[</math>peu inclinés relativement à l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> et à point d'incidence restant proche du sommet secondaire <math>\;S_{M_o}</math>, intersection de l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> avec le dioptre<math>\big]</math>.</ref> ; <br>{{Al|5}}cette dernière condition entraîne que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> admet une image « nette » <math>\;A_iB_i\;</math> <ref name="Nette" /> mais a priori cette image n'est <math>-</math> hors conditions de Gauss d'aplanétisme approché <math>-</math> ni « linéique » <ref name="Linéique" /> ni « transverse » ; {{Al|5}}Supposant que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> est, * quand l'objet n'est pas proche du dioptre, vu du sommet <math>\;S\;</math> du dioptre sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} S\big)\;</math> et * quand l'objet est proche du dioptre, vu du centre <math>\;C\;</math> du dioptre sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq S\big)</math>, {{Al|5}}ces deux conditions sont une première façon de définir les conditions de Gauss d'aplanétisme approché pour un objet linéique transverse quelconque <ref> C'est cette façon qui a été vue en cours, <math>\;S\;</math> étant en effet le point de l'axe optique principal appartenant à la face d'entrée du dioptre.</ref>. {{Al|5}}Il existe une deuxième façon équivalente de définir les conditions de Gauss d'aplanétisme approché pour un objet linéique transverse quelconque <math>\;A_oB_o\;</math> <ref name="façon plus simple" /> : * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> n'est pas proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre, l'objet doit être vu du centre <math>\;C\;</math> sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)\;</math> et * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math>, l'objet doit être vu du sommet <math>\;S\;</math> du dioptre sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq C\big)</math>. ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un dioptre sphérique concave convergent pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du dioptre et vu de ce centre sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant d'abord supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\alpha</math>, sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, l'angle <math>\;\beta</math> sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, n'étant pas nécessairement petit, la démarche pour établir l'aplanétisme du dioptre pour un tel objet est rendue plus aisée si on a établi auparavant la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Relation_de_conjugaison_de_position_.28ou_1.C3.A8re_relation_de_conjugaison.29_de_Descartes_.28avec_origine_au_centre.29|relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre)]] <ref name="méthode moins aisée" /> <center><math>\;\dfrac{n_o}{\overline{CA_i}} - \dfrac{n_i}{\overline{CA_o}} = V\;</math> où <math>\;V\;</math> est la vergence précédemment introduite :</center> {{Al|5}}la démarche peut alors être décomposée en les étapes suivantes : * montrer qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * en utilisant la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre), montrer alors que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et vérifier que l'angle au centre associé est encore <math>\;\alpha</math>, * conclure qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'image <math>\;A_iB_i\;</math> peut être confondue avec un segment perpendiculaire à l'axe optique principal c.-à-d. qu'elle est linéique transverse <ref> Nous aurons donc établi qu'il y a aplanétisme approché du dioptre sphérique pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du dioptre à condition qu'il soit vu de ce centre sous un petit angle.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq}\; C\big)</math>, avec l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, * le caractère transverse de l'objet linéique <math>\Rightarrow</math> la longueur <math>\;[CB_o]\;</math> est plus grande que la longueur <math>\;[CA_o]\;</math> <ref name="définition des côtés triangle rectangle" />, soit plus précisément <math>\;[CA_o] =</math> <math>[CB_o]\, \cos(\alpha) \simeq [CB_o] \left( 1 - \dfrac{\alpha^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\alpha\;</math> <ref name="DL du cosinus à l'ordre deux" /> ou finalement <math>\;[CA_o] \simeq [CB_o]\;</math> à l'ordre un en <math>\;\alpha\;</math> prouvant, qu'à cet ordre, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * tous les points objets <math>\;M_o\;</math> de l'arc de cercle <math>\;A_oB_o\;</math> de centre <math>\;C\;</math> ayant une abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <ref name="axe optique secondaire" />, l'application de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au centre) donne donc des points images <math>\;M_i\;</math> à abscisse image de Descartes (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)</math>, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est assimilable, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, à un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math>, * l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'arc de cercle <math>\;A_iB_i\;</math> est vu du centre <math>\;C\;</math> étant petit, on peut faire l'opération inverse de celle faite au premier paragraphe, c.-à-d. assimiler l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> à un segment choisi perpendiculaire à l'axe optique principal de support <math>\;(CA_i)\;</math> <ref name="justification choix" />, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, linéique transverse ; <center>l'<u>aplanétisme approché du dioptre sphérique</u> (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> a donc été établi <u>pour tout objet linéique de pied non proche du centre du dioptre</u>.</center>}} ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un dioptre sphérique concave convergent pour un objet linéique transverse de pied proche du centre du dioptre et vu du sommet de ce dernier sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> étant maintenant supposé proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\beta</math>, sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)</math> ; la démarche pour établir l'aplanétisme du miroir pour un tel objet nécessite l'utilisation de deux rayons paraxiaux issus de <math>\;M_o</math>, point objet quelconque de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> Le caractère paraxial étant indispensable pour satisfaire au stigmatisme approché du dioptre pour le point objet <math>\;M_o</math>, tous les rayons non paraxiaux issus de <math>\;M_o\;</math> seront arrêtés par un diaphragme centré sur <math>\;S</math> ;<br>{{Al|3}}on vérifie aisément que les rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> sont deux candidats respectant la paraxialité, par contre le rayon incident <math>\;M_oC\;</math> pouvant ne pas l'être car <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math> <math>\big(</math>et si tel était le cas il serait alors arrêté par le diaphragme centré en <math>\;S\big)</math>, nous ne l'utiliserons pas.</ref> et de montrer que le point image <math>\;M_i</math>, défini comme l'intersection des deux rayons réfractés, a pour projeté, sur l'axe optique principal, le point image <math>\;A_i</math> : * déterminer l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;p_i\;</math> en fonction de la distance focale image <math>\;f_i\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * déterminer la longueur algébrique <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> en fonction de <math>\;\beta\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * travaillant dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> <ref> L'axe <math>\;\overrightarrow{Sx}\;</math> étant porté par l'axe optique principal et l'axe <math>\;\overrightarrow{Sy}\;</math> étant porté par la représentation symbolique du dioptre orienté vers le haut, l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> étant lui aussi orienté vers le haut.</ref> déterminer l'équation des rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> <ref name="définition ε" />, * travaillant dans le même repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> déterminer les équations des rayons réfractés, puis leur intersection <math>\;M_i\;</math> ; * vérifier que l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal est égale à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, puis conclure à l'aplanétisme approché du dioptre sphérique (concave convergent) pour l'objet linéique <math>\;A_oB_o\;</math> de pied proche du centre du dioptre. {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - aplanétisme.jpg|thumb|Schéma positionnant un objet linéique transverse de pied proche du centre d'un dioptre sphérique concave convergent pour démontrer l'aplanétisme approché du dioptre pour cet objet <ref> Sur le schéma ci-dessus la distance focale objet vaut <math>\;\big(</math>avec <math>\;n_o \simeq 1,5\;</math> et <math>\;n_i \simeq 1,0\big)</math> <math>\;f_o = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\;\overline{R} = 3\;\overline{R} = -3\;R</math>, la distance focale image, quant à elle, valant <math>\;f_i = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\;\overline{R} = -2\;\overline{R} = 2\;R</math>.</ref>]] {{Al|5}}Soit <math>\;A_oB_o\;</math> un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o</math>, proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre sphérique concave convergent <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, vu du sommet <math>\;S\;</math> de ce dernier sous un angle <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)\;</math> correspondant à la condition de Gauss d'aplanétisme approché précitée ; # on détermine d'abord <math>\;p_i = \overline{SA_i}</math>, l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, image du point objet <math>\;A_o\;</math> d'abscisse objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}</math>, par utilisation de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes du dioptre sphérique (avec origine au sommet) de vergence <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i}</math>, <math>\;f_i = \overline{SF_i}\;</math> étant la distance focale image du dioptre d'où : <center><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = \dfrac{n_i}{f_i} \Rightarrow \dfrac{1}{p_i} = \dfrac{n_o}{n_i\, p_o} + \dfrac{1}{f_i} = \dfrac{n_o\, f_i + n_i\, p_o}{n_i\, p_o\, f_i}\;</math> soit <math>\;p_i = p_o\, \dfrac{n_i\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}</math>.</center> # <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> <math>\;> 0\;</math> avec <math>\;\beta\;</math> non algébrisé <math>\;\ll 1</math>, on en déduit <math>\;\tan(\beta) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{p_o}\;</math> avec <math>\;\tan(\beta) \simeq \beta\;</math> d'où <center><math>\;\overline{A_oB_o} \simeq -\beta\; p_o</math> ;</center> # dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})</math>, le rayon incident <math>\;M_oS\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = \varepsilon\, \overline{A_oB_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_S}{x_{M_o} - x_S} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o} = -\varepsilon\, \beta\;</math> a pour équation <math>\;y - y_S = -\varepsilon\, \beta \left( x - x_S \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = -\varepsilon\, \beta\, x\;</math> <ref name="vérification signes" />,</center> {{Transparent|dans le repère orthonormé <math>\;\color{transparent}{(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, }}le rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> et passant par le foyer principal objet du dioptre sphérique <math>\;F_o\;</math> de coordonnées <math>\;\left(x_{F_o} = f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\,f_i\, , \, y_{F_o} = 0\right)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_{F_o}}{x_{M_o} - x_{F_o}} =</math> <math>\dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + \dfrac{n_o}{n_i}\,f_i} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\,f_i}\;</math> a pour équation <math>\;y - y_{F_o} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} \left( x - x_{F_o} \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} \left( x + \dfrac{n_o}{n_i}\,f_i \right)</math> ;</center> # dans le même repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> le rayon réfracté sur le dioptre du rayon incident <math>\;M_oS\;</math> étant de direction déterminée par la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes de la réfraction (écrite pour de petits angles) est de pente <math>\;-\dfrac{n_o}{n_i}\,\varepsilon\, \beta\;</math> <ref> En effet le rayon réfracté de pente égale à la tangente de l'angle de réfraction c.-à-d. encore égale à l'angle de réfraction <math>\;i_i\;</math> et le rayon incident étant de pente égale à la tangente de l'angle d'incidence c.-à-d. encore égale à l'angle d'incidence <math>\;i_o</math>, l'utilisation de la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes de la réfraction (écrite pour de petits angles) conduisant à <math>\;n_i\, i_i = n_o\, i_o\;</math> d'où <math>\;i_i = \dfrac{n_o}{n_i}\, i_o</math>.</ref> d'où l'équation du rayon réfracté correspondant au rayon incident <math>\;M_oS\;</math> <center><math>\;y = -\dfrac{n_o}{n_i}\,\varepsilon\, \beta\, x\;</math> <ref name="vérification signes bis" />,</center> {{Transparent|dans le repère orthonormé <math>\;\color{transparent}{(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, }}le rayon réfracté sur le dioptre du rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> étant, à partir du point d'incidence <math>\;I\;</math> sur le dioptre, <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, son équation nécessite de déterminer au préalable l'ordonnée de <math>\;I\;</math> par <math>\;x_{I} = 0\;</math> dans l'équation du rayon incident soit <math>\;y(I) = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} \left[ x_I + \dfrac{n_o}{n_i}\,f_i \right) = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_o\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}\;</math> d'où l'équation du rayon réfracté correspondant au rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_o\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}</math> ;</center> {{Al|5}}l'intersection <math>\;M_i\;</math> de ces deux rayons réfractés a pour abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_o\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} = -\dfrac{n_o}{n_i}\,\varepsilon\, \beta\, x_{M_i}\;</math> soit <center><math>\;x_{M_i} = \dfrac{n_i\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}\;</math> identique à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du point image <math>\;A_i</math> ;</center> # l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal étant égale à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, on conclut à l'<u>aplanétisme approché du dioptre sphérique</u> (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <u>pour tout objet linéique</u> <math>\;A_oB_o\;</math> <u>de pied proche du centre du dioptre</u>.}} ==== Relation de conjugaison (approchée) de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) ==== {{Al|5}}Dès lors qu'un dioptre sphérique est utilisée sous conditions de Gauss de stigmatisme et d'aplanétisme approchés, l'usage est de représenter ce dioptre sous une forme symbolique dans laquelle figurent l'axe optique principal, le centre <math>\;C</math>, les foyers principaux objet <math>\;F_o\;</math> et image <math>\;F_i</math>, le sommet <math>\;S\;</math> et la partie de dioptre perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal <ref> Cette partie de dioptre perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal est terminée par des bords inclinés vers la droite pour un dioptre convergent et vers la gauche pour un dioptre divergent.</ref> <center>voir ci-dessous en 1{{ère}} ligne les quatre types de dioptres sphériques et en 2{{ème}} ligne leur représentation symbolique <ref name="Foyers à ajouter" />. <gallery> Dioptre sphérique concave verre - air.jpg| Dioptre sphérique concave air - verre.jpg| Dioptre sphérique convexe verre - air.jpg| Dioptre sphérique convexe air - verre.jpg| </gallery> <gallery> Dioptre sphérique concave convergent - symbole.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique concave convergent Dioptre sphérique concave divergent - symbole.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique concave divergent Dioptre sphérique convexe divergent.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique convexe divergent Dioptre sphérique convexe convergent.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique convexe convergent </gallery> </center> [[File:Dioptre sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes avec origine en S pour un dioptre sphérique concave convergent]] {{Al|5}}Sur le schéma ci-contre on a construit l'image linéique transverse <math>\;A_iB_i\;</math> d'un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> <math>\;\neq S\;</math> et <math>\;\neq C\;</math> en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, l'un passant que le centre <math>\;C\;</math> du dioptre et qui poursuit dans l'espace image réel sans être dévié <ref> En effet le rayon émergent doit être issu du point d'incidence <math>\;I\;</math> du rayon incident et passer par l'image de <math>\;C\;</math> par le dioptre c.-à-d. <math>\;C\;</math> lui-même.</ref>, l'autre passant par le sommet <math>\;S\;</math> du dioptre et qui se réfracte en obéissant à la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes <ref> Attention le sommet <math>\;S\;</math> du dioptre est le seul point d'incidence en lequel on peut appliquer la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes en travaillant sur la représentation symbolique du dioptre car c'est le seul point pour lequel la direction de cette représentation symbolique se confond avec la direction réelle du dioptre <math>\big(</math>autrement dit c'est le seul point où la normale réelle est perpendiculaire à la représentation symbolique, par exemple le rayon incident <math>\;B_oC\;</math> qui se confond avec la normale réelle du dioptre en <math>\;I\;</math> n'est pas perpendiculaire à la représentation symbolique du dioptre en <math>\;I\big)</math>.</ref>, le point d'intersection de ces deux rayons émergents étant le point de convergence <math>\;B_i\;</math> de tous les rayons réfractés correspondant à tous les rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> sous conditions de Gauss <ref> Car le dioptre est stigmatique approché pour <math>\;B_o</math>.</ref> et <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal <ref> Car le dioptre est aplanétique approché pour <math>\;A_oB_o</math>.</ref>. {{Al|5}}En comparant les triangles rectangles <math>\;A_iB_iS\;</math> et <math>\;A_oB_oS</math>, déterminer le grandissement transverse par le dioptre de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}\\ p_i = \overline{SA_i} \end{array}\right\rbrace</math> ; <center>cette relation définit la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour tout objet linéique transverse de pied <math>\;A_o \neq S\;</math> <ref name="forme indéterminée" />, elle caractérise quantitativement la propriété d'aplanétisme approché du miroir sphérique pour l'objet linéique transverse de pied <math>\;A_o\;</math> <ref name="indépendance de la nature dioptre" />.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons émergents correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;C\;</math> qui est transmis sans déviation et le 2{{ème}} de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfracte en <math>\;S\;</math> suivant une direction faisant l'angle <math>\;i_i\;</math> par rapport à l'axe optique principal, la direction du rayon incident, quant à elle, faisant l'angle <math>\;i_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal telle que <math>n_i\,i_i = n_o\, i_o\;</math> <ref name="relation de Kepler"> On rappelle que les angles étant petits, la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes de la réfraction se réécrit en omettant les sinus (relation approchée de Kepler).</ref> <ref> Il est déconseillé de choisir ce rayon dans les constructions futures demandées car peu pratique <math>\;\big(</math>l'angle <math>\;i_o\;</math> devant être mesuré puis l'angle <math>\;i_i\;</math> calculé et enfin reporté par rapport à l'axe optique principal<math>\big)</math> ; ici nous l'utilisons dans la démonstration d'où ce choix.</ref>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(i_o)\;</math> et <math>\;\tan(i_i)\;</math> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oS\;</math> et <math>\;A_iB_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(i_o) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}}</math>, <math>\;i_o\;</math> étant <math>\;< 0</math>, <math>\;\overline{A_oB_o} > 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o} < 0\;</math> <ref> On suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oS\;</math> puisse être défini.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;i_o \simeq \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}}</math>, * <math>\;\tan(i_i) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}}</math>, <math>\;i_i\;</math> étant <math>\;< 0</math>, <math>\;\overline{A_iB_i} < 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_i} > 0\;</math> <ref> Ayant suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> et <math>\;S\;</math> étant un point double on en déduit <math>\;A_i \neq S\;</math> ce qui définit le triangle <math>\;A_iB_iS</math>.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;i_i \simeq \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}}</math> ; {{Al|5}}écrvant la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes de la réfraction pour les petits angles <math>\;n_i\, i_i \simeq n_o\, i_o\;</math> on en déduit : <math>\;n_o\, \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}} \simeq n_i\, \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} \simeq \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\overline{SA_i}}{\overline{SA_o}}\;</math> d'où <center>la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes (avec origine au sommet)</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\overline{SA_i}}{\overline{SA_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq S\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}\\ p_i = \overline{SA_i} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;p_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;p_i = f_i\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;p_o = f_o\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = C\;</math> <ref> Le dioptre sphérique n'est stigmatique rigoureux que pour le pied <math>\;C\;</math> de l'objet linéique, pour tous les autres points objets constituant ce dernier on suppose le stigmatisme approché du miroir c.-à-d. l'utilisation de rayons incidents issus de <math>\;M_o\; (\neq C)\; \in A_oB_o\;</math> paraxiaux <math>\big(</math>ce qui peut être réalisé en pratique avec un diaphragme centré en <math>\;S\;</math> collé contre le dioptre<math>\big)</math>.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du dioptre pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> sous lequel l'objet est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\;\big(\beta \ll 1\big)</math>, * vérifier, par construction de l'image <math>\;A_iB_i</math> et utilisation de la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes de réfraction dans les conditions de Gauss, qu'elle est se superpose à <math>\;A_oB_o\;</math> avec un cœfficient d'agrandissement dépendant du rapport des indices des espaces objet et image, * en déduire l'applicabilité de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = C</math>. {{Al|5}}Considérant maintenant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = S\;</math> <ref> L'objet, collé contre le dioptre sphérique, de pied <math>\;A_o = S</math>, l'axe optique principal ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, ne peut être rigoureusement linéique (c.-à-d. rectiligne) car il suit la courbure du dioptre mais, s'il est vu de <math>\;C\;</math> sous un petit angle non algébrisé <math>\;\alpha</math>, on peut confondre l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et le segment correspondant lui étant tangent à l'ordre un <math>\;\alpha</math>, raison pour laquelle l'objet est qualifié de « linéique transverse » ; <br>{{Al|3}}le dioptre sphérique est stigmatique rigoureux que pour les points de l'objet linéique car tous ces points, étant sur le dioptre, jouent le rôle de sommet (secondaire) pour lequel le dioptre est stigmatique rigoureux.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du dioptre pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'objet est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(\alpha \ll 1\big)\;</math> <ref> Qui est aussi la condition pour que l'objet collé sur le dioptre puisse être considéré comme linéique.</ref>, * vérifier que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> se superpose à <math>\;A_oB_o</math>, le caractère linéique transverse de l'objet entraînant celui de l'image et * en déduire la valeur du grandissement transverse <math>\;G_t(S)\;</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = S</math>. {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - grandissement transverse au centre.jpg|thumb|Construction de l'image d'un objet linéique transverse de pied au centre d'un dioptre sphérique concave convergent]] {{Al|5}}Le centre <math>\;C\;</math> du dioptre sphérique concave convergent ci-contre en étant un point double conjugué rigoureux, un objet linéique transverse <math>\;CB_o\;</math> a pour image, par le dioptre, une image linéique transverse de pied <math>\;C</math>, notée <math>\;CB_i</math> ; pour construire cette dernière il suffit de choisir pour rayon incident issu de <math>\;B_o</math>, le rayon passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> qui se propage dans l'espace image parallèlement à l'axe optique principal, le point image <math>\;B_i\;</math> étant alors l'intersection de ce rayon émergent avec le plan transverse passant par <math>\;C</math> ; on vérifierait graphiquement que <center> <math>\;\overline{CB_i} = \dfrac{n_o}{n_i}\, \overline{CB_o}\;</math> et par suite <math>\;G_t(C) = \dfrac{n_o}{n_i}</math> ;</center> {{Al|5}}l'application de la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au sommet) nous conduit à <math>\;G_t(C) =</math> <math>\dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\overline{SC}}{\overline{SC}}</math>, soit effectivement <math>\;G_t(C) = \dfrac{n_o}{n_i}</math>. {{Al|5}}Tous les points du dioptre sphérique étant des points doubles de ce dernier <ref> Chaque point du dioptre jouant le rôle de sommet pour l'axe optique principal passant par ce point, c'est effectivement un point double.</ref>, un objet collé sur le dioptre est donc sa propre image ; dans la mesure où l'objet est de petite taille, on peut négliger sa courbure et le considérer comme linéique transverse, son image étant alors également linéique transverse ; comme <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SA_o}\;</math> on en déduit, par définition, <math>\;G_t(S) = +1\;</math>.}} ==== Construction de l'image par un dioptre sphérique d'un objet linéique transverse ==== {{Al|5}}<u>Définitions préliminaires</u> : On appelle plan focal objet le plan transverse passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}plan focal image le plan transverse passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math> ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle axe optique secondaire tout axe passant par le centre <math>\;C</math> du dioptre, il possède une partie incidence contenue dans l'espace objet réel se prolongeant sans être dévié pour donner sa partie émergente contenue dans l'espace image réelle ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal objet et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}foyer secondaire image <math>\;\varphi_i\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal image. {{Al|5}}<u>Propriétés</u> : Justifier les propriétés des foyers secondaires objet et image associés à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : # le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour image le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)\big]</math>, # le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour antécédent le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}<u>Propriétés des foyers secondaires associés à un axe optique secondaire</u> : # foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet linéique transverse contenu dans le plan focal objet et de pied <math>\;F_o</math>, objet noté <math>\;F_o\varphi_o(\delta)</math>, <math>\;F_o\;</math> ayant pour image le point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et l'image étant linéique transverse, le point <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> a une image également située à l'infini sur l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon incident issu de <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> se prolonge dans l'espace image sans déviation, les parties incidente et émergente constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)</math>,</center> # foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet dont l'image associée est contenue dans le plan focal image et de pied <math>\;F_i</math>, image notée <math>\;F_i\varphi_i(\delta)</math>, <math>\;F_i\;</math> ayant pour antécédent le point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et le dioptre étant aplanétique, le point <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> a un antécédent également situé à l'infini sur la partie incidente de l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon émergent issu de <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> est le prolongement d'un rayon incident sans changement de direction, les parties incidente et émergente constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement<math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)</math>.</center>}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> réel, de pied <math>\;A_o\;</math> séparé du sommet <math>\;S\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent d'une distance supérieure au rayon non algébrisé du dioptre <ref> Pour la construction on prendra <math>\;n_o = 1,5\;</math> (indice du verre) et <math>\;n_i = 1,0\;</math> (indice de l'air).</ref>, construire son image <math>\;A_iB_i\;</math> par le dioptre de deux façons différentes : # en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> <math>\big[</math>choisis parmi les trois suivants : passant par <math>\;C</math>, passant par <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<math>\big]</math>, # en considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> <ref name="un seul rayon incident suffit" /> <math>\big[</math>choisi parmi les deux suivants : passant par <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\big]</math>. {{Al|5}}Refaire les constructions précédentes avec un miroir concave divergent (obtenu en permutant les espaces objet et image). {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - construction image.jpg|thumb|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave convergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal]] # En considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> choisis parmi les trois suivants (voir schéma ci-contre) : <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;C\;</math> et se prolongeant sans déviation, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;F_o\;</math> foyer principal objet et émergeant dans l'espace image parallèlement à l'axe optique principal, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal et émergeant dans l'espace image en passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;B_i\;</math> étant à l'intersection des deux rayons réfractés correspondant aux deux rayons incidents choisis, <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal. {{clr}} [[File:Dioptre sphérique concave convergent - construction image - bis.jpg|thumb|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave convergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire]] # En considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> choisis parmi les deux suivants (voir schéma ci-contre) : <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par un foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection du rayon incident et du plan focal objet<math>\big]\;</math> et émergeant parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> <math>\big[</math>c.-à-d., pour la partie incidente <math>\;C\varphi_o(\delta)</math>, la partie réfractée en étant le prolongement sans déviation<math>\big]</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à un axe optique secondaire a priori quelconque <math>\;(\delta)\;</math> et émergeant en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection de l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> et du plan focal image<math>\big]</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;A_i\;</math> étant à l'intersection d'un des rayons réfractés correspondant au rayon incident choisi et de l'axe optique principal, <math>\;B_i\;</math> s'obtenant comme intersection de l'axe optique secondaire passant par <math>\;B_o\;</math> et du plan transverse passant par <math>\;A_i</math>. {{clr}} {{Al|5}}Ci-dessous les constructions refaites sur un dioptre sphérique concave divergent, en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> à gauche puis en utilisant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> et la notion de foyers secondaires objet ou image à droite : <center> <gallery> Dioptre sphérique concave divergent - construction image.jpg|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave divergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal Dioptre sphérique concave divergent - construction image - bis.jpg|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave divergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire </gallery> </center>}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) sous conditions de Gauss === ==== Relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}On repère maintenant les points objet <math>\;A_o\;</math> et image <math>\;A_i\;</math> relativement au centre <math>\;C\;</math> du dioptre sphérique en définissant * l'abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}\;</math> et * l'abscisse image de Descartes (avec origine au centre) de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}</math> ; {{Al|5}}à partir de la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) s'écrit <center><math>\;\dfrac{n_o}{\overline{CA_i}} - \dfrac{n_i}{\overline{CA_o}} = V\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C" /> ou <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = V\;</math> avec <math>\;V\;</math> vergence du dioptre.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Descartes (origine au centre) utilisent <math>\;C\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> ou un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o} = \overline{SC} + \overline{CA_o}\;</math> ou <math>\;p_o = \overline{R} + \pi_o\;</math> et * l'abscisse image de Descartes (avec origine au centre) du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i = \overline{SA_i}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SC} + \overline{CA_i}\;</math> ou <math>\;p_i = \overline{R} + \pi_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au centre) en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes précédemment définis, dans la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = \dfrac{-(n_i - n_o)}{\overline{R}}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{n_i}{\pi_i + \overline{R}} - \dfrac{n_o}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> ou <math>\;\dfrac{n_i\,(\pi_o + \overline{R}) - n_o\, (\pi_i + \overline{R})}{(\pi_i + \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R})} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens" /> <math>\;-(n_o - n_i)\, (\pi_i + \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R}) = [n_i\, \pi_o - n_o\, \pi_i - (n_o - n_i)\, \overline{R}]\, \overline{R}\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;-(n_o - n_i)\, \pi_o\, \pi_i - (n_o - n_i)\, \overline{R}\, \pi_o - (n_o - n_i)\, \overline{R}\, \pi_i - (n_o - n_i)\, \overline{R}^2 = n_i\, \pi_o\, \overline{R} - n_o\, \pi_i\, \overline{R} - (n_o - n_i)\, \overline{R}^2\;</math> soit, après simplification <math>\;-(n_o - n_i)\, \pi_o\, \pi_i - n_o\, \overline{R}\, \pi_o + n_i\, \overline{R}\, \pi_i = 0\;</math> ou <math>\;n_o\, \overline{R}\, \pi_o - n_i\, \overline{R}\, \pi_i = -(n_o - n_i)\, \pi_o\, \pi_i\;</math> et enfin, en divisant les deux membres de l'équation par <math>\;\pi_o\, \pi_i\, \overline{R}\;</math> <ref name="C.N." /> <math>\;\big(</math>la raison en étant que l'on cherche à établir une équation faisant intervenir des inverses de longueur à partir d'une équation comportant des produits de deux longueurs<math>\big)\;</math> <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}</math> ; la <u>1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = V\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du dioptre ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}} = V</math>.</ref> avec <math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> vergence du dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}\\ \pi_i = \overline{CA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</center>}} [[File:Dioptre sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes avec origine en C pour un dioptre sphérique concave convergent]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}à partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C" />. {{Al|5}}En utilisant le schéma ci-contre vérifier directement cette relation. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet" /> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \pi_o + \overline{R} \\ p_i = \pi_i + \overline{R} \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\pi_i + \overline{R}}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}\left( \dfrac{1}{\overline{R}} + \dfrac{1}{\pi_i} \right)}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}} \left( \dfrac{1}{\overline{R}} + \dfrac{1}{\pi_o} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître des inverses de longueur comme celles de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}} \Leftrightarrow \dfrac{n_o}{\pi_i} + \dfrac{n_o}{\overline{R}} = \dfrac{n_i}{\pi_o} + \dfrac{n_i}{\overline{R}}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}}}</math> ; la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du dioptre ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = 1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}\\ \pi_i = \overline{CA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons émergents correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;C\;</math> qui est transmis sans déviation et le 2{{ème}} de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfracte en <math>\;S\;</math> suivant une direction faisant l'angle <math>\;i_i\;</math> par rapport à l'axe optique principal, la direction du rayon incident, quant à elle, faisant l'angle <math>\;i_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal telle que <math>n_i\,i_i = n_o\, i_o\;</math> <ref name="relation de Kepler" />, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oC\;</math> et <math>\;A_iB_iC\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o}) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_o} < 0\;</math> <ref name="hors centre" />, * <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_i} > 0\;</math> <ref name="hors centre bis" /> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}} = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{\overline{CA_i}}{\overline{CA_o}}\;</math> d'où <center>la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes (avec origine au centre)</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{CA_i}}{\overline{CA_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq C\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\pi_o = \overline{CA_o}\\ \pi_i = \overline{CA_i} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\pi_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\pi_i = f_i - \overline{R}\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\pi_o = f_o - \overline{R}\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Newton sous conditions de Gauss === {{Al|5}}On repère maintenant le point objet <math>\;A_o\;</math> relativement au foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> du dioptre sphérique et le point image <math>\;A_i\;</math> relativement au foyer principal image <math>\;F_i\;</math> du même dioptre sphérique en définissant * l'abscisse objet de Newton de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> et * l'abscisse image de Newton de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>. ==== Relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Newton s'écrit <center><math>\; \overline{F_iA_i}\; \overline{F_oA_o} = \overline{SF_i}\; \overline{SF_o}\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Newton" /> ou <math>\;\sigma_i \; \sigma_o = f_i\; f_o\;</math> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille"> On retrouve la forme commune vue pour un miroir sphérique et qui sera établie au chapitre suivant pour une lentille mince <math>\;\big(</math>à condition que les deux formes de la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton soient explicitées uniquement en fonction des abscisses objets ou des abscisses images et non simultanément des deux<math>\big)</math>.</ref> avec <math>\;f_i\;</math> et <math>\;f_o\;</math> distances focales image et objet du dioptre.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Newton utilisent <math>\;F_o\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> comme origine pour repérer un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Newton du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o =</math> <math>\overline{SA_o}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o} = \overline{SF_o} + \overline{F_oA_o}\;</math> ou <math>\;p_o = f_o + \sigma_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\, f_i + \sigma_o\;</math> <ref name="vergence dioptre"> On rappelle la vergence <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}\;</math> d'où <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\, f_i</math>.</ref> et * l'abscisse image de Newton du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i =</math> <math>\overline{SA_i}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SF_i} + \overline{F_iA_i}\;</math> ou <math>\;p_i = f_i + \sigma_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Newton en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes précédemment définis, dans la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = \dfrac{n_i}{f_i}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{n_i}{\sigma_i + f_i} - \dfrac{n_o}{\sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i} = \dfrac{n_i}{f_i}\;</math> ou <math>\;\dfrac{n_i \left( \sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i \right) - n_o\, (\sigma_i + f_i)}{(\sigma_i + f_i) \left( \sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i \right)} = \dfrac{n_i}{f_i}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens" /> <math>\;n_i\, (\sigma_i + f_i) \left( \sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i \right)</math> <math>= (n_i\, \sigma_o - n_o\, \sigma_i - 2\, n_o\, f_i)\, f_i\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;n_i\, \sigma_o\, \sigma_i + n_i\, f_i\, \sigma_o - n_o\, f_i\, \sigma_i - n_o\, f_i^2 =</math> <math>n_i\, \sigma_o\, f_i - n_o\, \sigma_i\, f_i - 2\, n_o\, f_i^2\;</math> soit, après simplification <math>\;n_i\, \sigma_o\, \sigma_i = -n_o\, f_i^2\;</math> et enfin, sachant que <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\, f_i</math> <ref> On remplacera une seule fois <math>\;n_o\, f_i\;</math> par <math>\;-n_i\, f_o\;</math> pour obtenir une forme symétrique de la relation puis on simplifiera l'équation obtenue par <math>\;n_i</math>.</ref>, <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> ; la <u>1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center> <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le foyer principal objet du dioptre <math>\;\big(</math> en effet si <math>\;A_o\;</math> est en <math>\;F_o</math>, l'image <math>\;A_i\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal et on obtient une forme indéterminée avec <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> valant <math>\;\infty\big)</math> ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS} = -f_o\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS} = -f_i\;</math> d'où <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i</math>.</ref> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille" /> <br>avec <math>\;f_i = -\dfrac{n_i}{n_o}\,f_o = -\dfrac{(n_o - n_i)}{n_i}\,\overline{R}\;</math> distance focale image du dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \sigma_o = \overline{F_oA_o}\\ \sigma_i = \overline{F_iA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</center>}} [[File:Dioptre sphérique - grandissement transverse Newton.jpg|thumb|Schéma de démonstration des deux formes de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton pour un dioptre sphérique concave convergent]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Newton <ref name="deux formes de grandissement transverse de Newton" /> <ref name="Applicabilité relation de Newton" />. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet" /> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \sigma_o + f_o \\ p_i = \sigma_i + f_i \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\sigma_i + f_i}{\sigma_o + f_o} = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\sigma_i \left( 1 + \dfrac{f_i}{\sigma_i} \right)}{f_o \left( 1 + \dfrac{\sigma_o}{f_o} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître, au numérateur et au dénominateur, deux grandeurs égales découlant de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_i\, f_o \Leftrightarrow \dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> ou encore <math>\;1 + \dfrac{\sigma_i}{f_i} = 1 + \dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\sigma_i}{f_o} =</math> <math>-\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <ref name="vergence dioptre" /> ; la 1{{ère}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton dioptre"> Applicable en tout point objet ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que cette forme de relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS} = -f_o\;</math> <math>\;\big(</math>resp. <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS} = -f_i\big)\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = +1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille" /> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>.</center> {{Al|5}}comme la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton s'écrivant <math>\;\sigma_i\, \sigma_o = f_i\, f_o\;</math> est équivalente à <math>\;\dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> on en déduit aisément la 2{{ème}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton" /> <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille" /> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfractés correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;F_o\;</math> qui émerge en <math>\;K\;</math> parallèlement à l'axe optique principal et le 2{{ème}} parallèle à l'axe optique principal qui se réfracte en <math>\;H\;</math> en passant par <math>\;F_i</math>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_iS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_iB_iF_i\;</math> et <math>\;HF_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{F_iA_i} < 0\;</math> <ref name="hors foyer bis" />, * <math>\;\tan(\widehat{HF_iS}) = \dfrac{\overline{SH}}{\overline{SF_i}}</math>, <math>\;\overline{SH}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SH} = \overline{A_oB_o}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{HF_iS}) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_iS})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}} = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{F_iA_i}}{\overline{SF_i}}\;</math> d'où <center>une 1{{ère}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\overline{F_iA_i}}{\overline{SF_i}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq A_{o,\,\infty}\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>.</center> {{Al|5}}de même le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_oS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oF_o\;</math> et <math>\;KF_oS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o}) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{F_oA_o} > 0\;</math> <ref name="hors foyer" />, * <math>\;\tan(\widehat{KF_oS}) = -\dfrac{\overline{SK}}{\overline{SF_o}}</math>, <math>\;\overline{SK}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_o} < 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SK} = \overline{A_iB_i}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{KF_oS}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_oS})</math>, on en déduit : <math>\;\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}} = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{SF_o}}{\overline{F_oA_o}}\;</math> d'où <center>une 2{{ème}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\overline{SF_o}}{\overline{F_oA_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq F_o\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\sigma_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\sigma_i = 0\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de Lagrange - Helmholtz sous conditions de Gauss === [[File:Dioptre sphérique - grandissement angulaire.jpg|thumb|Schéma de détermination du grandissement angulaire en repérage de Descartes (avec origine en S) pour un dioptre sphérique concave convergent]] ==== Expression de Descartes (avec origine au sommet) du grandissement angulaire d'un pinceau incident issu d'un point objet ==== {{Al|5}}On rappelle que le grandissement angulaire d'un pinceau lumineux incident issu d'un point objet <math>\;A_o\;</math>, de direction faisant un angle <math>\;\theta_o\;</math> avec l'axe optique principal, le pinceau se réfractant sur le dioptre en convergeant vers le point image <math>\;A_i\;</math>, avec une direction faisant un angle <math>\;\theta_i\;</math> avec l'axe optique principal, est défini selon <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> <ref name="Angles petits" /> ; {{Al|5}}en utilisant le schéma ci-contre, établir l'expression du grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes (avec origine au sommet), respectivement <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> et <math>\;p_i = \overline{SA_i}\;</math> <ref> L'expression du grandissement angulaire a été établie en utilisant un dioptre sphérique concave convergent mais elle reste applicable pour un dioptre sphérique des trois autres types.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}On détermine le grandissement angulaire par évaluation de <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> et <math>\;\tan(\theta_i)</math>, <math>\big(\theta_o\;</math> <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\theta_i < 0\;</math> sur la figure ci-dessus<math>\big)</math> respectivement dans les triangles <math>\;A_oIS\;</math> et <math>\;A_iIS\;</math> soit : * dans le triangle <math>\;A_oIS</math>, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_o}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} < 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_o| \ll 1</math>, <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}</math> ; * dans le triangle <math>\;A_iIS</math>, <math>\;\tan(\theta_i) = -\dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_i}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0</math>, <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> et <math>\;\theta_i < 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_i) = -\dfrac{\overline{SI}}{p_i}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>, <math>\;\theta_i \simeq -\dfrac{\overline{SI}}{p_i}</math> ; {{Al|5}}on en déduit <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq \dfrac{\dfrac{-\overline{SI}}{p_i}}{-\dfrac{\overline{SI}}{p_o}}\;</math> soit, en simplifiant par <math>\;\overline{SI}</math>, l'expression souhaitée du <center>grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq \dfrac{p_o}{p_i}</math>.</center>}} ==== Établissement de la relation de Lagrange - Helmholtz ==== {{Al|5}}Á l'aide des relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) et de l'expression du grandissement angulaire dans le même repérage, vérifier la relation de Lagrange - Helmholtz <center> <math>\;\dfrac{n_i}{n_o}\; G_t(A_o)\; G_a(A_o) = 1\;</math> <ref name="Lagrange - Helmholtz dioptre"> Cette relation est la même que celle que l'on trouvera dans le chapitre suivant sur les lentilles minces, dans le cas usuel d'une lentille mince l'espace image étant de même indice que l'espace objet</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Connaissant le grandissement transversal donné par la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) \simeq \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> et l'expression du grandissement angulaire précédemment trouvée <math>\;G_a(A_o) \simeq \dfrac{p_o}{p_i}</math>, on en déduit le lien entre grandissements angulaire et transversal indépendant de la position du point objet <math>\;A_o</math>, <math>\;G_a(A_o)\; G_t(A_o) \simeq \dfrac{p_o}{p_i} \times \dfrac{n_o}{n_i}\; \dfrac{p_i}{p_o} = \dfrac{n_o}{n_i}\;</math> soit finalement <center><math>\;\dfrac{n_i}{n_o}\; G_t(A_o)\; G_a(A_o) = 1\;</math> ce qui constitue la relation de Lagrange - Helmholtz cherchée <ref name="Lagrange - Helmholtz dioptre" />.</center>}} == Notes et références == <references /> {{Bas de page | idfaculté = physique | précédent = [[../Optique géométrique : miroir plan/]] | suivant = [[../Optique géométrique : lentilles minces/]] }} 4wod66pvw36cdkuxwy1vt1c8s8p5q5n 880696 880693 2022-07-24T09:15:57Z Phl7605 31541 wikitext text/x-wiki {{Exercice | titre = Optique géométrique : conditions de Gauss | idfaculté = physique | numéro = 13 | chapitre = [[../../Optique géométrique : conditions de Gauss/]] | précédent = [[../Optique géométrique : miroir plan/]] | suivant = [[../Optique géométrique : lentilles minces/]] | niveau = 14 }} __TOC__ {{clr}} == Stigmatisme et aplanétisme approchés d'un miroir sphérique sous conditions de Gauss == {{Al|5}}Pour être défini, un miroir sphérique nécessite la connaissance de : * sa nature « concave » ou « convexe », * son centre <math>\;C\;</math> <math>\big(</math>centre de courbure de la surface sphérique réfléchissante <ref> Si le miroir est « concave », <math>\;C\;</math> est réel, et si le miroir est « convexe », <math>\;C\;</math> est virtuel.</ref><math>\big)</math>, * son rayon de courbure <math>\;\big(</math>non algébrisé<math>\big)</math> <math>\;R\;</math> <math>\big(</math>rayon de courbure de la surface sphérique réfléchissante<math>\big)</math>, * l'axe optique principal dont la partie incidente <math>\;\big(</math>ou son prolongement<math>\big)\;</math> passe par <math>\;C\;</math> et le point objet <math>\;A_o\;</math> <math>\big(</math>point objet dont on étudiera l'image éventuelle<math>\big)\;</math> et * son sommet <math>\;S\;</math> <math>\big(</math>intersection de l'axe optique principal et de la surface réfléchissante<math>\big)</math>. {{Al|5}}Nous adoptons l'algébrisation physique de l'axe optique principal <ref name="orientation axe opt. princ."> Supposant l'axe optique principal horizontal, l'espace objet réel étant situé à gauche du miroir, la partie incidente de l'axe optique principal est donc orientée dans le sens <math>\;\rightarrow\;</math> et la partie réfléchie orientée dans le sens <math>\;\leftarrow</math>, voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Algébrisation_physique_de_l'axe_optique_principal_(associé_à_un_objet_ponctuel)|algébrisation physique de l'axe optique principal (associé à un objet ponctuel)]] » du chap.<math>12</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> et, pour unifier l'étude des miroirs sphériques, algébrisons le rayon de courbure du miroir selon <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow}\;</math> <ref name="orientation axe opt. princ." /> avec pour conséquence la nature « concave » ou « convexe » du miroir caractérisé par le signe du rayon de courbure algébrisé : * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} > 0</math>, <math>\;C\;</math> étant à droite de <math>\;S\;</math> est virtuel, correspondant à un miroir « convexe », * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} < 0</math>, <math>\;C\;</math> étant à gauche de <math>\;S\;</math> est réel, correspondant à un miroir « concave ». <center> <gallery mode="packed" heights="330px> Miroir sphérique convexe - algébrisation.jpg|Miroir sphérique convexe : algébrisation de l'axe optique principal, définitions du centre, du sommet et du rayon de courbure algébrisé Miroir sphérique concave - algébrisation.jpg|Miroir sphérique concave : algébrisation de l'axe optique principal, définitions du centre, du sommet et du rayon de courbure algébrisé </gallery> </center> {{Al|5}}Dans la suite nous supposerons le miroir sphérique concave <ref> En précisant la modification des résultats pour un miroir sphérique convexe.</ref> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Dans la suite nous }}admettrons qu'il n'y a pas stigmatisme rigoureux du miroir sphérique <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Stigmatisme_rigoureux_d'un_système_optique_pour_un_point_objet|stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point objet]] » du chap.<math>12</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> pour tous les points objets autres que <math>\;C\;</math> et tous les points du miroir <ref name="Définition sommet"> Si le point objet <math>\;A_o\;</math> est sur le miroir, l'axe optique principal associé à ce point objet ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, <math>\;A_o\;</math> joue le rôle de sommet <math>\;S\;</math> du miroir ; ainsi, dans la mesure où l'axe optique principal n'a pas été préalablement défini, tout point du miroir peut être considéré comme un sommet.</ref>. === Démonstration du stigmatisme approché d'un miroir sphérique concave sous conditions de Gauss === [[File:Miroir sphérique concave - stigmatisme approché.jpg|thumb|350px|Schéma d'un miroir sphérique concave dans le but d'établir le stigmatisme approché du miroir <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Stigmatisme_d'un_système_optique_pour_un_point_objet|stigmatisme d'un système optique pour un point objet]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> pour tout point objet autre que <math>\;C\;</math> et <math>\;S</math>]] {{Al|5}}Considérant un point objet réel <math>\;A_o \neq C\;</math> et l'axe optique principal correspondant de support <math>\;(A_oC)\;</math><ref> Dès lors que <math>\;A_o\;</math> est <math>\;\neq C</math>, l'axe optique principal est parfaitement défini ainsi que le sommet <math>\;S\;</math> qui est l'intersection de l'axe optique principal et du miroir ; <br>{{Al|3}}sur le schéma <math>\;[SA_o]\;</math> est <math>\;> [SC]</math>, ceci entraînant que <math>\;A_i</math>, l'image éventuelle de <math>\;A_o\;</math> par le miroir, est telle que <math>\;[SA_i]\;</math> est <math>\;< [SC]</math> ; <br>{{Al|3}}pour traiter le cas correspondant à <math>\;[SA_o] < [SC]</math>, ce qui entraînerait que <math>\;A_i</math>, l'image éventuelle de <math>\;A_o\;</math> par le miroir, serait telle que <math>\;[SA_i] > [SC]</math>, il suffirait de permuter l'objet et l'image pour retrouver le cas précédent aussi nous nous contenterons de traiter le cas du schéma <math>\;[SA_o] > [SC]</math>.</ref>, nous envisageons des rayons incidents issus de <math>\;A_o</math>, peu inclinés par rapport à l'axe optique principal, d'angle d'inclinaison <math>\;\theta_o\;</math> tel que <math>\;\vert \theta_o \vert \ll 1\;</math> et dont le point d'incidence <math>\;I\;</math> reste proche du sommet <math>\;S\;</math> c.-à-d. tel que l'angle que fait la normale au miroir en <math>\;I\;</math> dans le sens incident avec la partie incidente de l'axe optique principal <math>\;\widehat{(\overrightarrow{CS}\, ;\, \vec{N})} = \omega\;</math> est tel que <math>\;\vert \omega \vert \ll 1\;</math><ref name="Paraxial"> Les rayons incidents sont donc paraxiaux, conditions de Gauss <math>\;\big(</math>admises<math>\big)\;</math> pour que le système recevant ces rayons soit stigmatique approché pour le point objet considéré, voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Énoncé_des_conditions_de_Gauss_de_stigmatisme_approché_d'un_système_optique_«_centré_»|énoncé des conditions de Gauss de stigmatisme approché d'un système optique centré]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>. {{Al|5}}Le rayon incident <math>\;A_oI\;</math> donnant, par utilisation des lois de Snell - Descartes de la réflexion, le rayon réfléchi <math>\;IA_i\;</math> <math>\big(A_i \in</math> à l'axe optique principal<math>\big)</math>, appelons <math>\;\theta_i\;</math> l'angle d'inclinaison du rayon réfléchi par rapport à la partie réfléchie de l'axe optique principal ; nous nous proposons de démontrer que <math>\;A_i\;</math> est indépendant du rayon incident considéré <math>\big(</math>c.-à-d. indépendant de <math>\;\theta_o\;</math> et de <math>\;\omega\big)\;</math> dans la mesure où les conditions de Gauss de stigmatisme approché <math>\big(\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et <math>\;|\omega| \ll 1\big)\;</math> sont réalisées. ==== Établissement de la relation liant θ_o, θ_i et ω ==== # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIC\;</math> établir une première relation entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;i\;\big(</math>angle d'incidence du rayon incident en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIC\;</math> établir une deuxième relation entre <math>\;\theta_i</math>, <math>\;i'\;\big(</math>angle de réflexion du rayon réfléchi en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en utilisant la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes de la réflexion et les deux relations précédentes, déduire la relation suivante entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;\theta_i\;</math> et <math>\;\omega</math> : <center> <math>\;\omega = \dfrac{\theta_o + \theta_i}{2}\;\;(\mathfrak{a})\;</math> <ref> Cette relation reste applicable quels que soient les ordres de grandeur de <math>\;|\theta_o|\;</math> et <math>\;|\omega|</math>, elle ne nécessite donc pas de se placer dans les conditions de Gauss de stigmatisme approché.</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Dans le triangle <math>\;A_oIC</math>, <math>\;\omega = \theta_o + (-i)\;</math> <ref name="relation dans un triangle"> On utilise la propriété suivante : « dans un triangle, un angle extérieur est égal à la somme des deux autres angles intérieurs » (propriété utilisant des angles non algébrisés).</ref> <ref> On remarque, sur le schéma, que <math>\;\omega\;</math> et <math>\;\theta_o\;</math> sont positifs mais <math>\;i\;</math> étant négatif, sa valeur absolue s'écrit <math>\;(-i)</math>.</ref> et <br>{{Al|5}}dans le triangle <math>\;A_iIC</math>, <math>\;\theta_i = \omega + i'\;</math> <ref name="relation dans un triangle" /> <ref> On remarque, sur le schéma, que tous les angles <math>\;\theta_i</math>, <math>\;\omega\;</math> et <math>\;i'\;</math> sont positifs.</ref> ou, <br>{{Al|5}}en utilisant la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes pour la réflexion <math>\;i' = -i</math>, la relation ci-dessus se réécrit <math>\;\theta_i = \omega - i</math> ; <br>{{Al|5}}on élimine alors <math>\;i\;</math> entre ces deux relations en faisant la différence soit : <math>\;\omega - \theta_i = \theta_o - \omega\;</math> ou <math>\;2\,\omega = \theta_o + \theta_i\;</math> soit enfin <center> <math>\;\omega = \dfrac{\theta_o + \theta_i}{2}\;\;(\mathfrak{a})</math>.</center>}} ==== Évaluation des angles θ_o, θ_i et ω en fonction des abscisses de A_o, A_i et C repérées relativement à H ==== {{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> et des conditions de Gauss de stigmatisme approché, montrer que le rayon réfléchi est aussi peu incliné relativement à la partie réfléchie de l'axe optique principal c.-à-d. <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>. # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH\;</math> <ref name="définition de H"> <math>\;H\;</math> étant le projeté orthogonal du point d'incidence <math>\;I\;</math> sur l'axe optique principal.</ref> évaluer <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_o}_{\rightarrow}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\theta_o</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\theta_i)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_i}_{\leftarrow}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\theta_i</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\omega)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HC}_{\rightarrow}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\omega</math>, # déduire des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math>, un lien entre <math>\;\overline{HA_o}_{\rightarrow}</math>, <math>\;\overline{HA_i}_{\leftarrow}\;</math> et <math>\;\overline{HC}_{\rightarrow}\;</math> <math>\;\big[</math>relation <math>\,(\mathfrak{b})\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> écrite sous la forme <math>\;\theta_i = 2\, \omega - \theta_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;|\theta_i| \leqslant 2\, |\omega| + |\theta_o|\;</math> et des conditions de Gauss de stigmatisme approché <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}|\theta_o| \ll 1\\ |\omega| \ll 1 \end{array}\right\rbrace\;</math> dont on déduit <math>\;2\, |\omega| + |\theta_o| \ll 1\;</math> d'où <math>\;|\theta_i| \leqslant 2\, |\omega| + |\theta_o| \ll 1\;</math> c.-à-d. que le rayon réfléchi est aussi peu incliné relativement à la partie réfléchie de l'axe optique principal. # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH</math>, <math>\;\tan(\theta_o) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HA_o}_\rightarrow}\;</math> car sur le schéma <math>\;\theta_o > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_o) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_o}_\rightarrow < 0\;</math> ou, <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_o) \simeq \theta_o\;</math> on en déduit <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_o}_\rightarrow}</math> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH</math>, <math>\;\tan(\theta_i) = \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}_\leftarrow}\;</math> car sur le schéma <math>\;\theta_i > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_i) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_i}_\leftarrow > 0\;</math> ou, <math>\;|\theta_i| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_i) \simeq \theta_i\;</math> on en déduit <math>\;\theta_i \simeq \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}_\leftarrow}</math> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH</math>, <math>\;\tan(\omega) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HC}_\rightarrow}\;</math> car sur le schéma <math>\;\omega > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\omega) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HC}_\rightarrow < 0\;</math> ou, <math>\;|\omega| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\omega) \simeq \omega\;</math> on en déduit <math>\;\omega \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HC_\rightarrow}}</math> ; # des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> réécrite selon <math>\;2\, \omega = \theta_i + \theta_o</math>, on en déduit <math>\;\dfrac{-2\, \overline{HI}}{\overline{HC_\rightarrow}} = \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}_\leftarrow} - \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_o}_\rightarrow}\;</math> ou, en simplifiant par <math>\;\overline{HI}</math>, on obtient la relation <math>\;(\mathfrak{b})\qquad \dfrac{-2}{\overline{HC_\rightarrow}} = \dfrac{1}{\overline{{\mathrm{HA}_i}_\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{HA_o}_\rightarrow}</math>.}} ==== Établissement de la confusion de H et de S à l'ordre un en ω ==== {{Al|5}}Établir que <math>\;H\;</math> <ref name="définition de H" /> peut être confondu avec le sommet <math>\;S\;</math> du miroir à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> <ref name="H et S confondus"> Ceci nécessite que <math>\;[HS]\;</math> soit un infiniment petit au moins d'ordre deux en <math>\;\omega</math>.</ref> et {{Al|5}}réécrire que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> en tenant compte de cette confusion. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Montrons que <math>\;H\;</math> peut être confondu avec <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> <ref name="ω infiniment petit d'ordre un"> <math>\;|\omega|\;</math> étant considéré comme un infiniment petit d'ordre un.</ref>, en évaluant <math>\;[CH]\;</math> puis <math>\;[HS] = [CS] - [CH]\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega</math>, on obtient : <math>\;[CH] = [CI]\, \cos(\omega) = R\, \cos(\omega) \simeq R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math> <math>\big(</math>revoir la remarque du paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable_au_voisinage_d'une_de_ses_valeurs#D.C3.A9veloppements_limit.C3.A9s_.C3.A0_l.27ordre_un_de_quelques_fonctions_usuelles|D.L. à l'ordre un de quelques fonctions usuelles]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « Outils mathématiques pour la physique (PCSI) »<math>\big)\;</math> d'où <math>\;[HS] = [CS] - [CH] \simeq R - R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega</math>, soit encore <math>\;[HS] \simeq R \dfrac{\omega^2}{2}\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math> ou finalement <center><math>\;[HS] \simeq 0\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega</math> ;</center> {{Al|5}}remplaçant <math>\;H\;</math> par <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{b})</math>, on peut, sous les conditions de Gauss de stigmatisme approché, la réécrire selon <center><math>\;(\mathfrak{b})\; \dfrac{-2}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = \dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math> <ref> Sous cette forme la relation nécessite que le point objet <math>\;A_o\;</math> soit <math>\;\neq S\;</math> sommet du miroir.</ref>.</center>}} ==== Conclusion : stigmatisme approché du miroir sphérique (concave) pour le point objet A_o et relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) ==== {{Al|5}}Vérifier que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> définit, pour un point objet <math>\;A_o\;</math> quelconque, un point image unique <math>\;A_i\;</math> et en déduire le stigmatisme approché du miroir sphérique <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour le point objet <math>\;A_o</math> ; {{Al|5}}la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> pouvant être écrite selon <math>\;\dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}} = V\;</math> <ref name="indépendance de la nature"> Nous admettrons que cette relation (ou propriété) établie dans le cas d'un miroir sphérique concave est encore applicable, sans modification, à un miroir sphérique convexe.</ref> où <math>\;V\;</math> est une constante appelée « vergence » du miroir sphérique exprimée en dioptries <math>\big(</math>de symbole <math>\;\delta\big)\;</math> dans la mesure où les abscisses le sont en <math>\;m\;\big(</math>la dioptrie étant liée au mètre par <math>\;1\, \delta = 1\,m^{-1}\big)</math>, exprimer <math>\;V\;</math> en fonction de <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow}</math>. {{Al|5}}Par la suite notant l'abscisse de Descartes <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math><ref> Pour le repérage de Descartes dans un miroir sphérique (concave ou convexe), il y a deux origines utilisées : l'origine au sommet qui est la plus fréquemment utilisée et l'origine au centre qui l'est beaucoup moins.</ref> du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Par la suite notant l'abscisse de Descartes <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>avec origine au sommet<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> }}celle du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}</math>, <br>{{Al|5}}la relation de conjugaison (approchée) de position [ou 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée)] de Descartes d'un miroir sphérique se réécrit <center><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille"> C.-à-d., comme cela sera vu au chapitre suivant, la même relation de conjugaison (approchée) de position (ou de grandissement transverse) de Descartes (ou de Newton) que celle d'une lentille mince (à condition que l'algébrisation de l'axe optique du miroir sphérique soit l'algébrisation physique adoptée dans ce cours).</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> établit le stigmatisme approché du miroir sphérique <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour tout point objet <math>\;A_o\;</math> autre que <math>\;C\;</math> et <math>\;S\;</math> puisque, pour un point objet <math>\;A_o\;</math> fixé, le point image <math>\;A_i\;</math> est déterminé de façon unique <math>\big(</math>indépendamment des variations des petits angles <math>\;\theta_o\;</math> et <math>\;\omega\big)</math>. {{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> peut effectivement être écrite sous la forme <math>\;\dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}} = V\;</math> où <math>\;V\;</math> est une constante définissant la vergence du miroir sphérique selon <center><math>\;V = \dfrac{-2}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> avec <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow}\;</math> rayon algébrisé du miroir.</center> {{Al|5}}Avec les abscisses de Descartes (avec origine au sommet) du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> et du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}</math>, la relation de conjugaison (approchée) de position [ou 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée)] de Descartes du miroir sphérique se réécrit <center><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille" />.</center>}} === Points pour lesquels la conjugaison du miroir sphérique est rigoureuse et points doubles === {{Al|5}}Vérifier, par construction et pour une direction d'axe optique principal préalablement fixée, que le centre <math>\;C\;</math> et le sommet <math>\;S\;</math> <ref name="Définition sommet" /> du miroir sont des points * pour lesquels le miroir est stigmatique rigoureux et * dont l'image est confondue avec l'objet (c.-à-d. que ce sont des points doubles). {{Al|5}}Justifier la raison pour laquelle la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) est applicable à <math>\;C</math>, centre du miroir, bien que la conjugaison soit rigoureuse ; {{Al|5}}vérifier, en utilisant cette relation, que <math>\;C\;</math> est effectivement un point double. {{Al|5}}Admettant que la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) reste applicable à <math>\;S</math>, sommet du miroir, pour lequel il y a conjugaison rigoureuse <math>\big[</math>mais évidemment pas sous cette forme qui est indéterminée quand on l'applique à <math>\;S</math>, son abscisse objet <math>\;p_o\;</math> y étant nulle<math>\big]</math>, évaluer <math>\;p_i\;</math> en fonction de <math>\;p_o\;</math> et de <math>\;V\;</math> et vérifier, sur cette dernière forme, * que <math>\;S\;</math> est effectivement un point double et * qu'il n'y a pas d'autres points doubles que <math>\;S\;</math> et <math>\;C</math>. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - points doubles.jpg|thumb|Schémas de vérification du fait que, pour C et S, le miroir sphérique (concave) est stigmatique rigoureux et que ce sont des points doubles]] {{Al|5}}Voir ci-contre les propriétés particulières d'un point objet en <math>\;C\;</math> ou <math>\;S\;</math> d'un miroir sphérique concave <ref name="indépendance de la nature"/> : * à gauche tout rayon d'un faisceau incident issu du centre <math>\;C\;</math> d'un miroir sphérique concave étant normal au miroir se réfléchit sur lui-même, donnant un ensemble de rayons réfléchis convergeant en un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, c.-à-d. prouvant que le miroir sphérique est stigmatique rigoureux pour son centre ; de plus le point image de <math>\;C\;</math> étant <math>\;C\;</math> lui-même, ce dernier est un point double ; * à droite tout rayon d'un faisceau incident convergeant sur le sommet <math>\;S\;</math> d'un miroir sphérique concave se réfléchissant en suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal et l'ensemble des rayons réfléchis divergeant à partir d'un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, cela prouve le stigmatisme rigoureux du miroir sphérique pour son sommet <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> ; de plus le point image de <math>\;S\;</math> étant <math>\;S\;</math> lui-même, ce dernier est un point double. {{Al|5}}Pour appliquer la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) à <math>\;C</math>, centre du miroir, bien que la conjugaison soit rigoureuse, il suffit de ne considérer que les rayons paraxiaux du faisceau incident issu de <math>\;C\;</math> et d'ouverture quelconque <ref> Le fait que les autres rayons convergent également en <math>\;C\;</math> ne modifient en rien la convergence des rayons réfléchis provenant de rayons incidents paraxiaux.</ref>, condition d'applicabilité de la relation de conjugaison de position de Descartes ; {{Al|5}}dans ce cas, si on appelle <math>\;C_i</math>, d'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(C_i) = \overline{SC_i}_{\leftarrow}</math>, l'image du point objet <math>\;C</math>, d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(C) = \overline{SC}_{\rightarrow} = \overline{R}</math>, nous obtenons, en remplaçant <math>\;V\;</math> par <math>\;\dfrac{-2}{\overline{R}}</math>, <math>\;\dfrac{1}{p_i(C_i)} - \dfrac{1}{\overline{R}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> d'où <math>\;p_i(C_i) = \overline{SC_i}_{\leftarrow}</math> <math>= -\overline{R}\;</math> soit encore <math>\;\overline{SC_i}_{\leftarrow} = -\overline{SC}_{\rightarrow}</math> ou, avec <math>\;\overline{SC_i}_{\rightarrow} = -\overline{SC_i}_{\leftarrow}</math>, <math>\;\overline{SC_i}_{\rightarrow} = \overline{SC}_{\rightarrow}\;</math> prouvant que <math>\;C_i\;</math> se confond avec <math>\;C\;</math> et par suite que <math>\;C\;</math> est un point double. <center>De <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> on tire <math>\;\dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{p_o} + V = \dfrac{1 + V\, p_o}{p_o}\;</math> soit <math>\;p_i = \dfrac{p_o}{1 + V\, p_o}</math> ;</center> {{Al|5}}sous cette forme on vérifie qu'un point objet en <math>\;S</math>, d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(S) = 0\;</math> a une image d'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i = 0</math>, c.-à-d. une image confondue avec <math>\;S\;</math> prouvant que <math>\;S\;</math> est bien un point double ; {{Al|5}}les points doubles <math>\;A_d\;</math> d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_d\;</math> étant tels que leurs abscisses images de Descartes (avec origine au sommet) s'écrivant <math>\;p_i(A_d) = \overline{SA_d}_{\leftarrow} = -\overline{SA_d}_{\rightarrow} = -p_d\;</math> avec <math>\;p_i(A_d) = \dfrac{p_d}{1 + V\, p_d}\;</math> obéissent à l'équation <math>\;-p_d = \dfrac{p_d}{1 + V\, p_d}\;</math> c.-à-d. <math>\;\left\lbrace\begin{array}{c}p_d = 0\;\;\; \text{ou}\\ 1 + V\, p_d = -1\end{array}\right\rbrace</math>, la 1{{ère}} solution donnant <math>\;S\;</math> point double et la 2{{ème}} équation conduisant à <math>\;p_d = \dfrac{-2}{V} = \overline{R}\;</math> c.-à-d. <math>\;C\;</math> point double ; <center>le centre et le sommet d'un miroir sphérique sont donc les seuls points doubles de ce dernier.</center>}} === Caractère focal d'un miroir sphérique, position des foyers principaux objet et image, lien de la vergence et des distances focales objet et image === {{Al|5}}Vérifier, sur la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes d'un miroir sphérique, que ce dernier est nécessairement « focal » <ref name="définition focal"> Un système « afocal » étant tel que le point à l'infini de l'axe optique principal est un point double, un système sera « focal » si le point à l'infini de l'axe optique principal est conjugué à un point de ce même axe optique principal à distance finie.</ref> puis déterminer * la position du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> c.-à-d. le point objet de l'axe optique principal ayant pour image le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;F_o\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; A_{i,\,\infty}\big]\;</math> et * la position du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> c.-à-d. le point image de l'axe optique principal ayant pour antécédent <ref name ="Antécédent"> C.-à-d. pour point objet.</ref> le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;A_{o,\,\infty}\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; F_i\big]</math> ; {{Al|5}}quelle particularité ces deux points possèdent-ils en ce qui concerne leurs positions absolues d'une part et leur position relative d'autre part ? {{Al|5}}Définissant * la distance focale objet comme l'abscisse objet de Descartes du foyer principal objet (avec origine au sommet) soit <math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> et * la distance focale image comme l'abscisse image de Descartes du foyer principal image (avec origine au sommet) soit <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math>, {{Al|5}}déterminer le lien entre vergence <math>\;V</math>, distance focale objet <math>\;f_o\;</math> et distance focale image <math>\;f_i</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Un miroir sphérique est un « système focal », en effet pour qu'il soit « afocal », il faudrait que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, mais ayant établi que les seuls points doubles du miroir sphérique sont <math>\;C\;</math> et <math>\;S</math>, et non le point à l'infini de l'axe optique principal on en déduit que le miroir sphérique est bien un « système focal ». * Le foyer principal image <math>\;F_i</math>, repéré par l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(F_i) = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> étant l'image du point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(A_{o,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{p_o(A_{o,\, \infty})} = 0</math>, on en déduit <math>\;\dfrac{1}{p_i(F_i)} - 0 = V\;</math> soit <math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} = \dfrac{1}{V} = -\dfrac{\overline{R}}{2}</math>. * Le foyer principal objet <math>\;F_o</math>, repéré par l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(F_o) = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> étant l'antécédent <ref name ="Antécédent"/> du point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(A_{i,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{p_i(A_{i,\, \infty})} = 0</math>, on en déduit <math>\;0 - \dfrac{1}{p_o(F_o)} = V\;</math> soit <math>\;\overline{SF_o}_{\rightarrow} = -\dfrac{1}{V} = \dfrac{\overline{R}}{2}</math> ; * les positions géométriques respectives des foyers principaux objet et image étant telles que <math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} = - \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> et le changement de sens d'algébrisation conduisant à <math>\;\overline{SF_i}_{\rightarrow} = -\overline{SF_i}_{\leftarrow}</math>, on en déduit <math>\;\overline{SF_i}_{\rightarrow} = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> c.-à-d. la <u>coïncidence des positions géométriques des foyers principaux objet et image</u> <ref> Cette coïncidence n'est que géométrique, car ce sont des points d'espaces optiques différents, l'un est dans un espace objet et l'autre dans un espace image.</ref> ; * <u>leur position géométrique commune</u> étant telle que <math>\;\overline{SF_o}_{\rightarrow} = \dfrac{\overline{R}}{2} = \dfrac{\overline{SC}_{\rightarrow}}{2}\;</math> on vérifie qu'elle <u>coïncide avec le milieu du segment joignant le sommet et le centre du miroir</u>. <center><u>Notion de distances focales objet et image</u> :</center> * la distance focale image <math>\;f_i\;</math> étant définie par <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> est liée à la vergence par <math>\;f_i = \dfrac{1}{V} = -\dfrac{\overline{R}}{2}</math> ; * la distance focale objet <math>\;f_o\;</math> étant définie par <math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> est liée à la vergence par <math>\;f_o = -\dfrac{1}{V} = \dfrac{\overline{R}}{2}</math> ; <center>on en déduit la relation <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> <ref> Pratiquement la vergence <math>\;V\;</math> est la valeur de l'invariant <math>\;\dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}</math>, appliquée au couple de points conjugués <math>\;(A_{o,\, \infty}\, , \,F_i)\;</math> on trouve <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} - 0\;</math> et appliquée au couple de points conjugués <math>\;(F_o\, , \,A_{i,\, \infty})</math>, <math>\;V = 0 - \dfrac{1}{f_o}</math> ; <br>{{Al|3}}pour mémoire, <math>\;C\;</math> étant un point double, l'invariant en <math>\;C\;</math> donne la valeur <math>\;V = \dfrac{1}{\overline{SC}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = -\dfrac{2}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}</math>.</ref>.</center>}} === Quelques propriétés découlant du caractère focal d'un miroir sphérique === ==== Signe de la vergence suivant la nature concave ou convexe du miroir sphérique, caractère convergent ou divergent du miroir et nature réelle ou virtuelle des foyers principaux ==== {{Al|5}}Déterminer le signe de la vergence suivant la nature « concave » ou « convexe » du miroir sphérique puis {{Al|5}}son caractère « convergent » ou « divergent » sachant qu'un système focal à « vergence positive » (respectivement « négative ») est dit « convergent » (respectivement « divergent ») et enfin {{Al|5}}la nature « réelle » ou « virtuelle » des foyers principaux. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> on en déduit que la vergence est de signe contraire au rayon de courbure algébrisé du miroir sphérique, ainsi : * un miroir <u>concave</u> a un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} < 0\;</math> <ref name="nature de C"> Correspondant au caractère réel (resp. virtuel) du centre <math>\;C\;</math> d'un miroir concave (resp. convexe).</ref>, donc une vergence <math>\;V > 0</math>, c'est un système « <u>convergent</u> », * un miroir <u>convexe</u> a un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} > 0\;</math> <ref name="nature de C" />, donc une vergence <math>\;V < 0</math>, c'est un système « <u>divergent</u> ». {{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> on en déduit la nature (réelle ou virtuelle) des foyers principaux objet et image suivant la nature (convergente ou divergente) du miroir sphérique : * un miroir <u>concave</u> étant convergent, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> est <math>\;> 0\;</math> entraînant le caractère <u>réel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> étant <math>\;< 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>réel</u> <ref name="nature des foyers"> Pour un miroir concave (resp. convexe) le caractère réel (resp. virtuel) du centre <math>\;C\;</math> avec le fait que la position géométrique commune des foyers principaux est le milieu du segment joignant le centre et le sommet, entraîne le caractère réel (resp. virtuel) des foyers principaux objet et image.</ref>, * un miroir <u>convexe</u> étant divergent, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> est <math>\;< 0\;</math> entraînant le caractère <u>virtuel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> étant <math>\;> 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>virtuel</u> <ref name="nature des foyers" />.}} ==== Démonstration de l'absence de conjugaison non rigoureuse du miroir sphérique (concave) pour le point objet à l'infini sur l'axe optique principal ==== {{Al|5}}En reprenant la démonstration faite à la 1{{ère}} question mais avec <math>\;A_o\;</math> situé à l'infini <math>\;\big(</math>ce qui correspond à <math>\;\theta_o = 0\big)\;</math> et en conservant les notations introduites dans la 1{{ère}} question <math>\;\big[</math>à l'exception de <math>\;A_i\;</math> qui sera noté <math>\;F_i(\omega)\;</math> <ref name="dépendance de ω"> Fonction de <math>\;\omega\;</math> car ce point <math>-</math> hors condition de Gauss <math>-</math> en dépend effectivement <math>\big[</math>c'est d'ailleurs, en ce qui concerne <math>\;F_i</math>, le but de cette question<math>\big]</math>.</ref> et de <math>\;H\;</math> qui sera noté <math>\;H(\omega)\;</math> <ref name="dépendance de ω" /><math>\big]</math>, {{Al|5}}déterminer la position de <math>\;F_i(\omega)\;</math> défini comme le point de l'axe optique principal par lequel passe le rayon réfléchi correspondant au rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, de point d'incidence <math>\;I(\omega)\;</math> <ref name="dépendance de ω" /> et {{Al|5}}vérifier que <math>\;F_i(\omega)\;</math> dépendant effectivement de <math>\;\omega</math>, il n'y a pas conjugaison rigoureuse du miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> pour le point situé à l'infini de l'axe optique principal. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - absence stigmatisme rigoureux.jpg|thumb|Schéma de démonstration de l'absence de stigmatisme rigoureux d'un miroir sphérique concave <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> pour le point objet à l'infini sur l'axe optique principal]] {{Al|5}}Montrons algébriquement qu'un miroir sphérique concave <ref name="indépendance de la nature" /> n'est pas rigoureusement stigmatique pour le point à l'infini <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math> de l'axe optique principal et pour cela il suffit de montrer qu'un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, de point d'incidence <math>\;I(\omega)\;</math> <ref name="dépendance de ω" />, repéré par l'angle <math>\;\omega\;</math> que fait le rayon incident avec <math>\;\overrightarrow{CI}(\omega)\;</math> tel que <math>\;|\omega|\; \cancel{\ll}\; 1\;</math>, donne un réfléchi qui recoupe l'axe optique principal en <math>\;F_i(\omega)\;</math> dépendant effectivement de <math>\;\omega\;</math> d'où l'absence de stigmatisme rigoureux du miroir pour <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math><ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> ; {{Al|5}}l'angle d'incidence étant <math>\;i = -\omega\;</math> <ref> En effet <math>\;i\;</math> est <math>\;< 0\;</math> sur le schéma alors que <math>\;\omega\;</math> est <math>\;> 0</math>.</ref>, l'angle de réflexion est donc <math>\;i' = -i = \omega\;</math> d'après la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes de la réflexion ; on en déduit alors <math>\;\widehat{\left\lbrace\overrightarrow{H(\omega)S}, \overrightarrow{F_i(\omega)I(\omega)}\right\rbrace} = 2\; \omega\;</math> et <math>\;\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow}\;</math> se détermine par <math>\;\tan(2\;\omega) = \dfrac{\overline{H(\omega)I(\omega)}}{\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow}}\;</math> <ref> Toutes les grandeurs étant positives sur le schéma.</ref> soit <math>\;\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{\overline{H(\omega)I(\omega)}\, \cos(2\; \omega)}{\sin(2\; \omega)}\;</math> ou, avec <math>\;\overline{H(\omega)I(\omega)} =</math> <math>CI(\omega)\; \sin(\omega) = R\; \sin(\omega)\;</math> et <math>\;\sin(2\; \omega) = 2\; \sin(\omega)\; \cos(\omega)</math>, <math>\;\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{R\, \cos(2\; \omega)}{2\; \cos(\omega)}</math> ; {{Al|5}}on peut alors évaluer <math>\;\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} = \overline{CH(\omega)}_{\rightarrow} - \overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow}\;</math> expression dans laquelle <math>\;\overline{CH(\omega)}_{\rightarrow} = R\; \cos(\omega)\;</math> d'où <math>\;\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} =</math> <math>R\; \cos(\omega) - \dfrac{R\, \cos(2\; \omega)}{2\; \cos(\omega)} = R\; \dfrac{2\; \cos^2(\omega)- \cos(2\; \omega)}{2\; \cos(\omega)}\;</math> ou, sachant que <math>\;\cos(2\; \omega) = 2\; \cos^2(\omega) - 1</math>, l'expression finale <center><math>\;\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{R}{2\; \cos(\omega)}\;</math> <ref> L'expression simple du résultat indique qu'il doit y avoir une méthode plus rapide pour sa détermination ; en effet les angles non algébrisés <math>\;\widehat{SCI(\omega)}\;</math> et <math>\;\widehat{CI(\omega)F_i(\omega)}\;</math> étant égaux <math>\;\big(</math>à <math>\;|\omega|\big)</math>, le triangle <math>\;F_i(\omega)CI(\omega)\;</math> est isocèle <math>\Rightarrow</math> la hauteur issue de <math>\;F_i(\omega)\;</math> est aussi médiatrice d'où, en notant <math>\;K(\omega)\;</math> son pied, <math>\;CK(\omega) = \dfrac{CI(\omega)}{2} = \dfrac{R}{2}\;</math> et <math>\;\dfrac{CK(\omega)}{\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow}} = \cos(\omega) \Rightarrow \overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{CK(\omega)}{\cos(\omega)} =</math> <math>\dfrac{R}{2\; \cos(\omega)}\;</math> ce qui est indéniablement plus rapide.</ref> établissant que <math>\;F_i\;</math> dépend effectivement de <math>\;\omega\;</math> <br>et par suite que le miroir sphérique concave <ref name="indépendance de la nature" /> n'est pas stigmatique rigoureux pour le point à l'infini <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math> de l'axe optique principal <ref> La démonstration de l'absence de stigmatisme rigoureux d'un miroir sphérique concave pour n'importe quel point objet (autre que le centre et le sommet) de l'axe optique principal pourrait être faite en suivant une démarche analogue.</ref>.</center>}} === Aplanétisme approché d'un miroir sphérique sous conditions de Gauss === {{Al|5}}On considère le miroir sphérique concave introduit à la 1{{ère}} question et un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o \neq C\;</math> <ref name="support axe optique principal"> Ce qui signifie que l'axe optique principal a pour support <math>\;(A_oC)</math>.</ref> tel qu'il y ait stigmatisme approché du miroir <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour tous les points <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> C.-à-d. que, pour un point quelconque <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o</math>, avec la définition de l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <math>\big(</math>cet axe jouant le rôle d'axe optique principal pour le point objet <math>\;M_o\;</math> est qualifié de secondaire relativement au point objet <math>\;A_o\big)</math>, les rayons incidents issus de <math>\;M_o\;</math> doivent être paraxiaux <math>\big[</math>peu inclinés relativement à l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> et à point d'incidence restant proche du sommet secondaire <math>\;S_{M_o}</math>, intersection de l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> avec le miroir<math>\big]</math>.</ref> ; <br>{{Al|5}}cette dernière condition entraîne que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> admet une image « nette » <math>\;A_iB_i\;</math> <ref name="Nette"> L'image est qualifiée de « nette » car tous les points objets <math>\;M_o\;</math> ont une image ponctuelle <math>\;M_i</math>.</ref> mais a priori cette image n'est <math>-</math> hors conditions de Gauss d'aplanétisme approché <math>-</math> ni « linéique » <ref name="Linéique"> Linéique signifiant « rectiligne ».</ref> ni « transverse ». {{Al|5}}Supposant que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> est, * quand l'objet n'est pas proche du miroir, vu du sommet <math>\;S\;</math> du miroir sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} S\big)\;</math> et * quand l'objet est proche du miroir, vu du centre <math>\;C\;</math> du miroir sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq S\big)</math>, {{Al|5}}ces deux conditions sont une première façon de définir les conditions de Gauss d'aplanétisme approché pour un objet linéique transverse quelconque <ref> C'est cette façon qui a été vue en cours, <math>\;S\;</math> étant en effet le point de l'axe optique principal appartenant à la face d'entrée du miroir.</ref>. {{Al|5}}Il existe une deuxième façon équivalente de définir les conditions de Gauss d'aplanétisme approché pour un objet linéique transverse quelconque <math>\;A_oB_o\;</math> <ref name="façon plus simple"> C'est cette façon que nous adopterons car elle conduit à une démonstration plus rapide de l'aplanétisme.</ref> : * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> n'est pas proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir, l'objet doit être vu du centre <math>\;C\;</math> sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)\;</math> et * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math>, l'objet doit être vu du sommet <math>\;S\;</math> du miroir sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq C\big)</math>. ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un miroir sphérique concave pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du miroir et vu de ce centre sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant d'abord supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\alpha</math>, sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, l'angle <math>\;\beta</math> sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, n'étant pas nécessairement petit, la démarche pour établir l'aplanétisme du miroir pour un tel objet est rendue plus aisée si on a établi auparavant la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Relation_de_conjugaison_de_position_.28ou_1.C3.A8re_relation_de_conjugaison.29_de_Descartes_.28avec_origine_au_centre.29|relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre)]] <ref name="méthode moins aisée"> Il est possible de se contenter de la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) mais la méthode est alors moins aisée.</ref> <center><math>\;\dfrac{1}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}} = -V\;</math> où <math>\;V\;</math> est la vergence précédemment introduite :</center> {{Al|5}}la démarche peut alors être décomposée en les étapes suivantes : * montrer qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * en utilisant la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre), montrer alors que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et vérifier que l'angle au centre associé est encore <math>\;\alpha</math>, * conclure qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'image <math>\;A_iB_i\;</math> peut être confondue avec un segment perpendiculaire à l'axe optique principal c.-à-d. qu'elle est linéique transverse <ref> Nous aurons donc établi qu'il y a aplanétisme approché du miroir sphérique pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du miroir à condition qu'il soit vu de ce centre sous un petit angle.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq}\; C\big)</math>, avec l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, * le caractère transverse de l'objet linéique <math>\Rightarrow</math> la longueur <math>\;[CB_o]\;</math> est plus grande que la longueur <math>\;[CA_o]\;</math> <ref name="définition des côtés triangle rectangle"> <math>\;[CB_o]\;</math> étant l'hypoténuse du triangle <math>\;A_oB_oC\;</math> rectangle en <math>\;A_o\;</math> et <math>\;[CA_o]\;</math> le côté adjacent à l'angle de mesure <math>\;\alpha</math>.</ref>, soit plus précisément <math>\;[CA_o] =</math> <math>[CB_o]\, \cos(\alpha) \simeq [CB_o] \left( 1 - \dfrac{\alpha^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\alpha\;</math> <ref name="DL du cosinus à l'ordre deux"> Revoir la remarque du paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable_au_voisinage_d'une_de_ses_valeurs#D.C3.A9veloppements_limit.C3.A9s_.C3.A0_l.27ordre_un_de_quelques_fonctions_usuelles|D.L. à l'ordre un de quelques fonctions usuelles]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « Outils mathématiques pour la physique (PCSI) ».</ref> ou finalement <math>\;[CA_o] \simeq [CB_o]\;</math> à l'ordre un en <math>\;\alpha\;</math> prouvant, qu'à cet ordre, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * tous les points objets <math>\;M_o\;</math> de l'arc de cercle <math>\;A_oB_o\;</math> de centre <math>\;C\;</math> ayant une abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <ref name="axe optique secondaire"> Cet axe optique secondaire relativement au point objet <math>\;A_o\;</math> est en fait un axe optique principal relativement au point objet <math>\;M_o</math>.</ref>, l'application de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au centre) donne donc des points images <math>\;M_i\;</math> à abscisse image de Descartes (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)</math>, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est assimilable, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, à un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math>, * l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'arc de cercle <math>\;A_iB_i\;</math> est vu du centre <math>\;C\;</math> étant petit, on peut faire l'opération inverse de celle faite au premier paragraphe, c.-à-d. assimiler l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> à un segment choisi perpendiculaire à l'axe optique principal de support <math>\,(CA_i)\,</math> <ref name="justification choix"> Il s'agit effectivement d'un choix car le segment aurait pu être choisi perpendiculaire à n'importe quel axe optique secondaire de support <math>\;(CM_i)</math>.</ref>, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, linéique transverse ; <center>nous avons donc établi l'<u>aplanétisme approché du miroir sphérique</u> (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <u>pour tout objet linéique de pied non proche du centre du miroir</u>.</center>}} ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un miroir sphérique concave pour un objet linéique transverse de pied proche du centre du miroir et vu du sommet de ce dernier sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> étant maintenant supposé proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\beta</math>, sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)</math> ; la démarche pour établir l'aplanétisme du miroir pour un tel objet nécessite l'utilisation de deux rayons paraxiaux issus de <math>\;M_o</math>, point objet quelconque de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> Le caractère paraxial étant indispensable pour satisfaire au stigmatisme approché du miroir pour le point objet <math>\;M_o</math>, tous les rayons non paraxiaux issus de <math>\;M_o\;</math> seront arrêtés par un diaphragme centré sur <math>\;S</math> ;<br>{{Al|3}}on vérifie aisément que les rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> sont deux candidats respectant la paraxialité, par contre le rayon incident <math>\;M_oC\;</math> pouvant ne pas l'être car <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math> <math>\big(</math>et si tel était le cas il serait alors arrêté par le diaphragme centré en <math>\;S\big)</math>, nous ne l'utiliserons pas.</ref> et de montrer que le point image <math>\;M_i</math>, défini comme l'intersection des deux rayons réfléchis, a pour projeté, sur l'axe optique principal, le point image <math>\;A_i</math> : * déterminer l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;p_i\;</math> en fonction de la distance focale image <math>\;f_i\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * déterminer la longueur algébrique <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> en fonction de <math>\;\beta\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * travaillant dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> <ref> L'axe <math>\;\overrightarrow{Sx}\;</math> étant porté par l'axe optique principal, orienté dans le sens incident et l'axe <math>\;\overrightarrow{Sy}\;</math> étant porté par la représentation symbolique du miroir orienté vers le haut, l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> étant lui aussi orienté vers le haut.</ref> déterminer l'équation des rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> <ref name="définition ε"> L'abscisse de <math>\;M_o\;</math> est évidemment celle de <math>\;B_o\;</math> et son ordonnée sera notée <math>\;\varepsilon \times\;</math> l'ordonnée de <math>\;B_o</math>, <math>\;\varepsilon\;</math> variant entre <math>\;0\;</math> et <math>\;1</math> ;<br>{{Al|3}}ici intervient une 1{{ère}} condition de Gauss d'aplanétisme approché <math>\;\beta \ll 1\;</math> qui assure que le point <math>\;M_o\;</math> est suffisamment proche de l'axe optique principal pour que deux rayons incidents judicieusement choisis travaillent dans les conditions de stigmatisme approché.</ref>, * travaillant dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> <ref> L'axe <math>\;\overrightarrow{Sx'}\;</math> étant porté par l'axe optique principal, orienté dans le sens réfléchi <math>\;\big(</math>donc de sens contraire à celui de l'axe <math>\;\overrightarrow{Sx}\big)\;</math> et l'axe <math>\;\overrightarrow{Sy}\;</math> étant le même que précédemment à savoir porté par la représentation symbolique du miroir et orienté vers le haut.</ref> déterminer les équations des rayons réfléchis, puis leur intersection <math>\;M_i\;</math> ; * vérifier que l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal est égale à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, puis conclure à l'aplanétisme approché du miroir sphérique pour l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied proche du centre du miroir. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - aplanétisme.jpg|thumb|Schéma positionnant un objet linéique transverse de pied proche du centre d'un miroir sphérique concave pour démontrer l'aplanétisme approché du miroir pour cet objet]] {{Al|5}}Soit <math>\;A_oB_o\;</math> un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o</math>, proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir sphérique concave <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, vu du sommet <math>\;S\;</math> de ce dernier sous un angle <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)\;</math> correspondant à la condition de Gauss d'aplanétisme approché précitée ; # on détermine d'abord <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}</math>, l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, image du point objet <math>\;A_o\;</math> d'abscisse objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}</math>, par utilisation de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes du miroir sphérique (avec origine au sommet) de vergence <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}</math>, <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> étant la distance focale image du miroir d'où : <center><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i} \Rightarrow \dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{p_o} + \dfrac{1}{f_i} = \dfrac{f_i + p_o}{p_o\, f_i}\;</math> soit finalement <math>\;p_i = p_o\, \dfrac{f_i}{p_o + f_i}</math>.</center> # <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> <math>\;> 0\;</math> avec <math>\;\beta\;</math> non algébrisé <math>\;\ll 1</math>, on en déduit <math>\;\tan(\beta) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{p_o}\;</math> avec <math>\;\tan(\beta) \simeq \beta\;</math> d'où <center><math>\;\overline{A_oB_o} \simeq -\beta\; p_o</math> ;</center> # dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})</math>, le rayon incident <math>\;M_oS\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = \varepsilon\, \overline{A_oB_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_S}{x_{M_o} - x_S} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o} = -\varepsilon\, \beta\;</math> a pour équation <math>\;y - y_S = -\varepsilon\, \beta \left( x - x_S \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = -\varepsilon\, \beta\, x\;</math> <ref name="vérification signes"> On vérifie sur le schéma que, lorsque <math>\;x\;</math> est <math>\;< 0</math>, <math>\;y\;</math> est <math>\;> 0</math>.</ref>,</center> {{Transparent|dans le repère orthonormé <math>\;\color{transparent}{(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, }}le rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> et passant par le foyer principal objet du miroir sphérique <math>\;F_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{F_o} = f_o = -f_i\, , \, y_{F_o} = 0)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_{F_o}}{x_{M_o} - x_{F_o}} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i}\;</math> a pour équation <math>\;y - y_{F_o} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i} \left( x - x_{F_o} \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i} \left( x + f_i \right)</math> ;</center> # dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> le rayon réfléchi sur le miroir du rayon incident <math>\;M_oS\;</math> étant de direction symétrique de celle de ce dernier relativement à l'axe optique principal est de même pente <math>\;-\varepsilon\, \beta\;</math> <ref> En effet le rayon réfléchi a une pente opposée à celle du rayon incident dans le repère <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> mais, quand on passe dans le repère <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> correspondant à une inversion du sens de l'axe des abscisses sans que celui de l'axe des ordonnées ne soit changé, la pente doit être multipliée par un facteur <math>\;(-1)\;</math> d'où le rayon réfléchi a une pente identique à celle du rayon incident (la raison étant que les pentes sont définies dans deux repères différents).</ref> d'où l'équation du rayon réfléchi correspondant au rayon incident <math>\;M_oS\;</math> <center><math>\;y = -\varepsilon\, \beta\, x'\;</math> <ref name="vérification signes bis"> On vérifie bien sur le schéma que, lorsque <math>\;x\;</math> est <math>\;> 0</math>, <math>\;y\;</math> est <math>\;< 0</math>.</ref>,</center>{{Transparent|dans le repère orthonormé <math>\;\color{transparent}{(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, }}le rayon réfléchi sur le miroir du rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> étant, à partir du point d'incidence <math>\;I\;</math> sur le miroir, <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, son équation nécessite de déterminer au préalable l'ordonnée de <math>\;I\;</math> par <math>\;x_{I} = 0\;</math> dans l'équation du rayon incident soit <math>\;y(I) = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i} \left[ x(I) + f_i \right] = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o\, f_i}{p_o + f_i}\;</math> d'où l'équation du rayon réfléchi correspondant au rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o\, f_i}{p_o + f_i}</math> ;</center> {{Al|5}}l'intersection <math>\;M_i\;</math> de ces deux rayons réfléchis a pour abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o\, f_i}{p_o + f_i} = -\varepsilon\, \beta\, {x'}_{M_i}\;</math> soit <center><math>\;{x'}_{M_i} = \dfrac{p_o\, f_i}{p_o + f_i}\;</math> identique à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du point image <math>\;A_i</math> ;</center> # l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal étant égale à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, on conclut à l'<u>aplanétisme approché du miroir sphérique</u> (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <u>pour tout objet linéique</u> <math>\;A_oB_o\;</math> <u>de pied proche du centre du miroir</u>.}} ==== Relation de conjugaison (approchée) de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) ==== [[File:Miroir sphérique - symbole.jpg|thumb|Représentation symbolique (sans les foyers) d'un miroir sphérique concave et d'un miroir sphérique convexe]] {{Al|5}}Dès lors qu'un miroir sphérique est utilisée sous conditions de Gauss de stigmatisme et d'aplanétisme approchés, l'usage est de représenter ce miroir sous une forme symbolique dans laquelle figurent l'axe optique principal, le centre <math>\;C</math>, les foyers principaux objet <math>\;F_o\;</math> et image <math>\;F_i</math>, le sommet <math>\;S\;</math> et la partie de miroir perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal <ref> Cette partie de miroir perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal est terminée par des bords inclinés vers <math>\;C</math>, ainsi un miroir concave à centre <math>\;C\;</math> réel a des bords inclinés vers la gauche (c.-à-d. vers l'espace objet réel) et un miroir convexe à centre <math>\;C\;</math> virtuel a des bords inclinés vers la droite (c.-à-d. vers l'espace objet virtuel).</ref>, partie de miroir sur laquelle est rappelée l'algébrisation physique de l'axe optique principal <center>voir ci-contre à gauche pour un miroir concave et à droite pour un miroir convexe <ref name="Foyers à ajouter"> La position des foyers principaux seraient à ajouter une fois que vous les aurez déterminés.</ref>.</center> [[File:Miroir sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes avec origine en S pour un miroir sphérique concave]] {{Al|5}}Sur le schéma ci-contre on a construit l'image linéique transverse <math>\;A_iB_i\;</math> d'un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> <math>\;\neq S\;</math> et <math>\;\neq C\;</math> en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, l'un passant que le centre <math>\;C\;</math> du miroir et qui se réfléchit sur lui-même <ref> En effet le rayon réfléchi doit être issu du point d'incidence <math>\;I\;</math> du rayon incident et passer par l'image de <math>\;C\;</math> par le miroir c.-à-d. <math>\;C\;</math> lui-même.</ref>, l'autre passant par le sommet <math>\;S\;</math> du miroir et qui se réfléchit en obéissant à la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes <ref> Attention le sommet <math>\;S\;</math> du miroir est le seul point d'incidence en lequel on peut appliquer la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes en travaillant sur la représentation symbolique du miroir car c'est le seul point pour lequel la direction de cette représentation symbolique se confond avec la direction réelle du miroir <math>\big(</math>autrement dit c'est le seul point où la normale réelle est perpendiculaire à la représentation symbolique, par exemple le rayon incident <math>\;B_oC\;</math> qui se confond avec la normale réelle du miroir en <math>\;I\;</math> n'est pas perpendiculaire à la représentation symbolique du miroir en <math>\;I\big)</math>.</ref>, le point d'intersection de ces deux rayons réfléchis étant le point de convergence <math>\;B_i\;</math> de tous les rayons réfléchis correspondant à tous les rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> sous conditions de Gauss <ref> Car le miroir est stigmatique approché pour <math>\;B_o</math>.</ref> et <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal <ref> Car le miroir est aplanétique approché pour <math>\;A_oB_o</math>.</ref>. {{Al|5}}En comparant les triangles rectangles <math>\;A_iB_iS\;</math> et <math>\;A_oB_oS</math>, déterminer le grandissement transverse par le miroir de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\\ p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow} \end{array}\right\rbrace</math> ; <center>cette relation définit la relation de conjugaison (approchée) de grandissement transverse [ou 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée)] de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour tout objet linéique transverse de pied <math>\;A_o \neq S\;</math> <ref name="forme indéterminée"> Elle ne peut évidemment pas s'appliquer sous la forme indiquée pour <math>\;A_o = S\;</math> car elle correspondrait à une forme indéterminée, <br>{{Al|3}}mais on vérifie, dans le paragraphe suivant, qu'elle s'applique sous cette forme pour <math>\;A_o = C</math>.</ref> <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille" />, elle caractérise quantitativement la propriété d'aplanétisme approché du miroir sphérique pour l'objet linéique transverse de pied <math>\;A_o\;</math> <ref> Bien que démontrée sur un miroir sphérique concave elle reste applicable à un miroir sphérique convexe.</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfléchis correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;C\;</math> qui se réfléchit sur lui-même et le 2{{ème}} de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfléchit en <math>\;S\;</math> suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal <ref> Il est déconseillé de choisir ce rayon dans les constructions futures demandées car peu pratique <math>\;\big(</math>l'angle <math>\;i\;</math> devant être mesuré et reporté symétriquement par rapport à l'axe optique principal<math>\big)</math> ; ici nous l'utilisons dans la démonstration d'où ce choix.</ref>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(i)\;</math> et <math>\;\tan(-i)\;</math> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oS\;</math> et <math>\;A_iB_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(i) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;i\;</math> étant <math>\;< 0</math>, <math>\;\overline{A_oB_o} > 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> <ref> On suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oS\;</math> puisse être défini.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;i \simeq \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}</math>, * <math>\;\tan(-i) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;(-i)\;</math> étant <math>\;> 0</math>, <math>\;\overline{A_iB_i} < 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> <ref> Ayant suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> et <math>\;S\;</math> étant un point double on en déduit <math>\;A_i \neq S\;</math> ce qui définit le triangle <math>\;A_iB_iS</math>.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;-i \simeq -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}</math> ; {{Al|5}}égalant les deux expressions de <math>\;i</math>, on en déduit : <math>\;\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}} \simeq \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} \simeq \dfrac{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math> d'où <center>la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes (avec origine au sommet)</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq S\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\\ p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;p_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;p_i = f_i\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;p_o = f_o\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = C\;</math> <ref> Le miroir sphérique n'est stigmatique rigoureux que pour le pied <math>\;C\;</math> de l'objet linéique, pour tous les autres points objets constituant ce dernier on suppose le stigmatisme approché du miroir c.-à-d. l'utilisation de rayons incidents issus de <math>\;M_o\; (\neq C)\; \in A_oB_o\;</math> paraxiaux <math>\big(</math>ce qui peut être réalisé en pratique avec un diaphragme centré en <math>\;S\;</math> collé contre le miroir<math>\big)</math>.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du miroir pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> sous lequel l'objet est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\;\big(\beta \ll 1\big)</math>, * vérifier, par construction de l'image <math>\;A_iB_i</math>, qu'elle est symétrique de <math>\;A_oB_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal et * comparer au résultat donné par l'application de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = C</math>. {{Al|5}}Considérant maintenant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = S\;</math> <ref> L'objet, collé contre le miroir sphérique, de pied <math>\;A_o = S</math>, l'axe optique principal ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, ne peut être rigoureusement linéique (c.-à-d. rectiligne) car il suit la courbure du miroir mais, s'il est vu de <math>\;C\;</math> sous un petit angle non algébrisé <math>\;\alpha</math>, on peut confondre l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et le segment correspondant lui étant tangent à l'ordre un <math>\;\alpha</math>, raison pour laquelle l'objet est qualifié de « linéique transverse » ; <br>{{Al|3}}le miroir sphérique est stigmatique rigoureux que pour les points de l'objet linéique car tous ces points, étant sur le miroir, jouent le rôle de sommet (secondaire) pour lequel le miroir est stigmatique rigoureux.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du miroir pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'objet est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(\alpha \ll 1\big)\;</math> <ref> Qui est aussi la condition pour que l'objet collé sur le miroir puisse être considéré comme linéique.</ref>, * vérifier que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> se superpose à <math>\;A_oB_o</math>, le caractère linéique transverse de l'objet entraînant celui de l'image et * en déduire la valeur du grandissement transverse <math>\;G_t(S)\;</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = S</math>. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - grandissement transverse au centre.jpg|thumb|Construction de l'image d'un objet linéique transverse de pied au centre d'un miroir sphérique concave]] {{Al|5}}Le centre <math>\;C\;</math> du miroir sphérique concave ci-contre en étant un point double conjugué rigoureux, un objet linéique transverse <math>\;CB_o\;</math> a pour image, par le miroir, une image linéique transverse de pied <math>\;C</math>, notée <math>\;CB_i</math> ; pour obtenir cette dernière il suffit de choisir pour rayon incident issu de <math>\;B_o</math>, le rayon passant par le sommet <math>\;S\;</math> qui se réfléchit suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal et recoupe le plan transverse passant par <math>\;C\;</math> au point <math>\;B_i</math>, symétrique de <math>\;B_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal <center>d'où <math>\;\overline{CB_i} = -\overline{CB_o}\;</math> et par suite <math>\;G_t(C) = -1</math> ;</center> {{Al|5}}l'application de la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au sommet) nous conduit à <math>\;G_t(C) =</math> <math>\dfrac{\overline{SC}_{\leftarrow}}{\overline{SC}_{\rightarrow}}</math>, soit, avec <math>\;\overline{SC}_{\leftarrow} = -\overline{SC}_{\rightarrow}</math>, on retrouve effectivement <math>\;G_t(C) = -1\;</math> <ref> Le centre est le seul point de l'espace objet d'un miroir sphérique en lequel un objet linéique transverse positionné en ce point admet une image linéique transverse inversée de même taille.</ref>. {{clr}} {{Al|5}}Tous les points du miroir sphérique étant des points doubles de ce dernier <ref> Chaque point du miroir jouant le rôle de sommet pour l'axe optique principal passant par ce point, c'est effectivement un point double.</ref>, un objet collé sur le miroir est donc sa propre image ; dans la mesure où l'objet est de petite taille, on peut négliger sa courbure et le considérer comme linéique transverse, son image étant alors également linéique transverse ; comme <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SA_o}\;</math> on en déduit, par définition, <math>\;G_t(S) = +1\;</math> <ref> Le sommet (et plus généralement tout point de la surface réfléchissante sphérique) est le seul point de l'espace objet d'un miroir sphérique en lequel un objet linéique transverse positionné en ce point admet une image linéique transverse droite de même taille.</ref>.}} ==== Construction de l'image par un miroir sphérique d'un objet linéique transverse ==== {{Al|5}}<u>Définitions préliminaires</u> : On appelle plan focal objet le plan transverse passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}plan focal image le plan transverse passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math> ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle axe optique secondaire tout axe passant par le centre <math>\;C</math> du miroir, il possède une partie incidence contenue dans l'espace objet réel se réfléchissant sur elle-même pour donner sa partie émergente contenue dans l'espace image réelle ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal objet et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}foyer secondaire image <math>\;\varphi_i\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal image. {{Al|5}}<u>Propriétés</u> : Justifier les propriétés des foyers secondaires objet et image associés à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : # le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour image le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)\big]</math>, # le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour antécédent le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}<u>Propriétés des foyers secondaires associés à un axe optique secondaire</u> : # foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet linéique transverse contenu dans le plan focal objet et de pied <math>\;F_o</math>, objet noté <math>\;F_o\varphi_o(\delta)</math>, <math>\;F_o\;</math> ayant pour image le point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et l'image étant linéique transverse, le point <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> a une image également située à l'infini sur la partie réfléchie de l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon incident issu de <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> se réfléchit sur lui-même, les parties incidente et réfléchie constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)</math>,</center> # foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet dont l'image associée est contenue dans le plan focal image et de pied <math>\;F_i</math>, image notée <math>\;F_i\varphi_i(\delta)</math>, <math>\;F_i\;</math> ayant pour antécédent le point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et le miroir étant aplanétique, le point <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> a un antécédent également situé à l'infini sur la partie incidente de l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon réfléchi issu de <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> s'est réfléchi sur lui-même, les parties incidente et réfléchie constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement<math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)</math>.</center>}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> réel, de pied <math>\;A_o\;</math> séparé du sommet <math>\;S\;</math> d'un miroir sphérique concave d'une distance supérieure au rayon non algébrisé du miroir, construire son image <math>\;A_iB_i\;</math> par le miroir de deux façons différentes : # en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> <math>\big[</math>choisis parmi les trois suivants : passant par <math>\;C</math>, passant par <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<math>\big]</math>, # en considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> <ref name="un seul rayon incident suffit"> Un seul rayon incident suffit car <math>\;A_o\;</math> appartenant à l'axe optique principal son image est sur cet axe.</ref> <math>\big[</math>choisi parmi les deux suivants : passant par <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\big]</math>. {{Al|5}}Refaire les constructions précédentes avec un miroir convexe. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - construction image.jpg|thumb|Construction de l'image par un miroir sphérique concave d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal]] # En considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> choisis parmi les trois suivants (voir schéma ci-contre) : <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;C\;</math> et se réfléchissant sur lui-même, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;F_o\;</math> foyer principal objet et se réfléchissant parallèlement à l'axe optique principal, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal et se réfléchissant en passant par le foyer principal image <math>\;F_i\;</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;B_i\;</math> étant à l'intersection des deux rayons réfléchis correspondant aux deux rayons incidents choisis, <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal. {{clr}} [[File:Miroir sphérique concave - construction image - bis.jpg|thumb|Construction de l'image par un miroir sphérique concave d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire]] # En considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> choisis parmi les deux suivants (voir schéma ci-contre) : <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par un foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection du rayon incident et du plan focal objet<math>\big]\;</math> et se réfléchissant parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> <math>\big[</math>c.-à-d., pour la partie incidente <math>\;C\varphi_o(\delta)</math>, la partie réfléchie se superposant à la partie incidente mais orientée en sens contraire<math>\big]</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à un axe optique secondaire a priori quelconque <math>\;(\delta)\;</math> et se réfléchissant en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection de l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> et du plan focal image<math>\big]</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;A_i\;</math> étant à l'intersection d'un des rayons réfléchis correspondant au rayon incident choisi et de l'axe optique principal, <math>\;B_i\;</math> s'obtenant comme intersection de l'axe optique secondaire passant par <math>\;B_o\;</math> et du plan transverse passant par <math>\;A_i</math>. {{clr}} {{Al|5}}Ci-dessous les constructions refaites sur un miroir sphérique convexe, en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> à gauche, en utilisant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> et la notion de foyers secondaires objet ou image à droite : <center> <gallery> Miroir sphérique convexe - construction image.jpg|Construction de l'image par un miroir sphérique convexe d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal Miroir sphérique convexe - construction image - bis.jpg|Construction de l'image par un miroir sphérique convexe d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire </gallery> </center>}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) sous conditions de Gauss === ==== Relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}On repère maintenant les points objet <math>\;A_o\;</math> et image <math>\;A_i\;</math> relativement au centre <math>\;C\;</math> du miroir sphérique en définissant * l'abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\;</math> et * l'abscisse image de Descartes (avec origine au centre) de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}</math> ; {{Al|5}}à partir de la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) s'écrit <center><math>\;\dfrac{1}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}} = -V\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C"> Cette relation est applicable à tout objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o \neq C</math>, le cas <math>\;A_o = C\;</math> conduisant à une forme indéterminée.</ref> ou <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = -V\;</math> avec <math>\;V\;</math> vergence du miroir.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Descartes (origine au centre) utilisent <math>\;C\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> ou un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} = \overline{SC}_{\rightarrow} + \overline{CA_o}_{\rightarrow}\;</math> ou <math>\;p_o = \overline{R} + \pi_o\;</math> et * l'abscisse image de Descartes (avec origine au centre) du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} = \overline{SC}_{\leftarrow} + \overline{CA_i}_{\leftarrow}\;</math> ou <math>\;p_i = -\overline{R} + \pi_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au centre) en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes précédemment définis, dans la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{-2}{\overline{R}}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{1}{\pi_i - \overline{R}} - \dfrac{1}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> ou <math>\;\dfrac{(\pi_o + \overline{R}) - (\pi_i - \overline{R})}{(\pi_i - \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R})} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens"> Quand on a l'égalité entre deux fractions <math>\;\dfrac{a}{b} = \dfrac{c}{d}\;</math> les grandeurs <math>\;(a\, ,\, d)\;</math> sont appelées « extrêmes » et <math>\;(b\, ,\, c)\;</math> « moyens », l'égalité des deux fractions étant équivalente à <math>\;a \; d = b \; c\;</math> c.-à-d. à l'égalité du produit des extrêmes et celui des moyens (on parle encore de l'égalité des produits en croix).</ref> <math>\;-2\, (\pi_i - \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R}) = (\pi_o - \pi_i + 2\, \overline{R})\, \overline{R}\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;-2\, \pi_o\, \pi_i + 2\, \overline{R}\, \pi_o - 2\, \overline{R}\, \pi_i + 2\, \overline{R}^2 =</math> <math>\pi_o\, \overline{R} - \pi_i\, \overline{R} + 2\, \overline{R}^2\;</math> soit, après simplification <math>\;-2\, \pi_o\, \pi_i + \overline{R}\, \pi_o - \overline{R}\, \pi_i = 0\;</math> ou <math>\;\overline{R}\, \pi_o - \overline{R}\, \pi_i = 2\, \pi_o\, \pi_i\;</math> et enfin, en divisant les deux membres de l'équation par <math>\;\pi_o\, \pi_i\, \overline{R}\;</math> <ref name="C.N."> Cela nécessite que <math>\;\pi_o \neq 0\;</math> et <math>\;\pi_i \neq 0\;</math> c.-à-d. <math>\;A_o \neq C</math>.</ref> <math>\;\big(</math>la raison en étant que l'on cherche à établir une équation faisant intervenir des inverses de longueur à partir d'une équation comportant des produits de deux longueurs<math>\big)\;</math> <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = \dfrac{2}{\overline{R}}</math> ; la <u>1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = -V\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du miroir ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS}_{\rightarrow} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS}_{\leftarrow} = \overline{R}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = \dfrac{2}{\overline{R}} = -V</math>.</ref> avec <math>\;V = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> vergence du miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\\ \pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}\end{array} \right\rbrace</math>.</center> }} [[File:Miroir sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes avec origine en C pour un miroir sphérique concave]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C" />. {{Al|5}}En utilisant le schéma ci-contre vérifier directement cette relation. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet"> Applicable en tout point <math>\;A_o \neq S</math>.</ref> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \pi_o + \overline{R} \\ p_i = \pi_i - \overline{R} \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\pi_i - \overline{R}}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}\left( \dfrac{1}{\overline{R}} - \dfrac{1}{\pi_i} \right)}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}} \left( \dfrac{1}{\overline{R}} + \dfrac{1}{\pi_o} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître des inverses de longueur comme celles de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = \dfrac{2}{\overline{R}} \Leftrightarrow \dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\overline{R}} = \dfrac{1}{\pi_o} + \dfrac{1}{\overline{R}}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}}}</math> ; la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du miroir ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS}_{\rightarrow} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS}_{\leftarrow} = \overline{R}\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = -(-1) = +1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature" /> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\\ \pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}\end{array} \right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfléchis correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;C\;</math> qui se réfléchit sur lui-même et le 2{{ème}} de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfléchit en <math>\;S\;</math> suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés"> Les angles précités étant non algébrisés.</ref> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oC\;</math> et <math>\;A_iB_iC\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o}) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> <ref name="hors centre"> On suppose <math>\;A_o \neq C\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oC\;</math> puisse être défini.</ref>, * <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i}) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_i}_{\leftarrow} < 0\;</math> <ref name="hors centre bis"> Ayant suppose <math>\;A_o \neq C\;</math> et <math>\;C\;</math> étant un point double on en déduit <math>\;A_i \neq C\;</math> ce qui définit le triangle <math>\;A_iB_iC</math>.</ref> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}} = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}}\;</math> d'où <center>la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes (avec origine au centre)</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq C\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\\ \pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\pi_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\pi_i = f_i + \overline{R}\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\pi_o = f_o - \overline{R}\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Newton sous conditions de Gauss === {{Al|5}}On repère maintenant le point objet <math>\;A_o\;</math> relativement au foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> du miroir sphérique et le point image <math>\;A_i\;</math> relativement au foyer principal image <math>\;F_i\;</math> du même miroir sphérique en définissant * l'abscisse objet de Newton de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\;</math> et * l'abscisse image de Newton de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}</math>. ==== Relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Newton s'écrit <center><math>\; \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\; \overline{F_oA_o}_{\rightarrow} = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\; \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Newton"> Applicable pour tout point objet <math>\;A_o \neq F_o</math> et <math>\;A_o \neq A_{o,\,\infty}</math>, ces cas conduisant à une forme indéterminée.</ref> ou <math>\;\sigma_i \; \sigma_o = f_i\; f_o\;</math> <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille"/> avec <math>\;f_i\;</math> et <math>\;f_o\;</math> distances focales image et objet du miroir.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Newton utilisent <math>\;F_o\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> comme origine pour repérer un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Newton du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o =</math> <math>\overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} = \overline{SF_o}_{\rightarrow} + \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\;</math> ou <math>\;p_o = f_o + \sigma_o = -f_i + \sigma_o\;</math> et * l'abscisse image de Newton du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i =</math> <math>\overline{SA_i}_{\leftarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} = \overline{SF_i}_{\leftarrow} + \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\;</math> ou <math>\;p_i = f_i + \sigma_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Newton en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes précédemment définis, dans la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{1}{\sigma_i + f_i} - \dfrac{1}{\sigma_o - f_i} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> ou <math>\;\dfrac{(\sigma_o - f_i) - (\sigma_i + f_i)}{(\sigma_i + f_i)\, (\sigma_o - f_i)} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens" /> <math>\;(\sigma_i + f_i)\, (\sigma_o - f_i)</math> <math>= (\sigma_o - \sigma_i - 2\, f_i)\, f_i\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;\sigma_o\, \sigma_i + f_i\, \sigma_o - f_i\, \sigma_i - f_i^2 =</math> <math>\sigma_o\, f_i - \sigma_i\, f_i - 2\, f_i^2\;</math> soit, après simplification <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = -f_i^2\;</math> et enfin, sachant que <math>\;f_o = -f_i\;</math> <ref> On remplacera une seule fois <math>\;f_i\;</math> par <math>\;-f_o\;</math> pour obtenir une forme symétrique de la relation.</ref>, <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> ; la <u>1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center> <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le foyer principal objet du miroir <math>\;\big(</math> en effet si <math>\;A_o\;</math> est en <math>\;F_o</math>, l'image <math>\;A_i\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal et on obtient une forme indéterminée avec <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> valant <math>\;\infty\big)</math> ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS}_{\rightarrow} = -f_o\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS}_{\leftarrow} = -f_i\;</math> d'où <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i</math>.</ref> avec <math>\;f_i = -f_o = -\dfrac{\overline{R}}{2}\;</math> distance focale image du miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\\ \sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\end{array} \right\rbrace</math>.</center>}} [[File:Miroir sphérique - grandissement transverse Newton.jpg|thumb|Schéma de démonstration des deux formes de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton pour un miroir sphérique concave]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Newton <ref name="deux formes de grandissement transverse de Newton"> Cette relation a deux formes possibles suivant qu'elle est exprimée en fonction de l'abscisse objet de Newton et de la distance focale objet ou en fonction de l'abscisse image de Newton et de la distance focale image.</ref> <ref name="Applicabilité relation de Newton" />. {{Al|5}}En utilisant le schéma ci-contre vérifier directement les deux formes de cette relation. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet" /> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \sigma_o - f_i \\ p_i = \sigma_i + f_i \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\sigma_i + f_i}{\sigma_o - f_i} = \dfrac{\sigma_i \left( 1 + \dfrac{f_i}{\sigma_i} \right)}{(-f_i) \left( 1 - \dfrac{\sigma_o}{f_i} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître, au numérateur et au dénominateur, deux grandeurs égales découlant de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_i\, f_o = -f_i^2 \Leftrightarrow \dfrac{\sigma_i}{f_i} = -\dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> ou encore <math>\;1 + \dfrac{\sigma_i}{f_i} = 1 - \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{\sigma_i}{f_o}</math> ; la 1{{ère}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{\sigma_i}{f_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton"> Applicable en tout point objet ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que cette forme de relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS}_{\rightarrow} = -f_o\;</math> <math>\;\big(</math>resp. <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS}_{\leftarrow} = -f_i\big)\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = +1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature" /> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}</math>.</center> {{Al|5}}comme la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton s'écrivant <math>\;\sigma_i\, \sigma_o = f_i\, f_o\;</math> est équivalente à <math>\;\dfrac{\sigma_i}{f_o} = \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> on en déduit aisément la 2{{ème}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o} = \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton" /> <ref name="indépendance de la nature" /> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfléchis correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;F_o\;</math> qui se réfléchit parallèlement à l'axe optique principal et le 2{{ème}} parallèle à l'axe optique principal qui se réfléchit en passant par <math>\;F_i</math>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_iS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_iB_iF_i\;</math> et <math>\;KF_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{F_iA_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> <ref name="hors foyer bis" > On suppose <math>\;A_i \neq F_i\;</math> c.-à-d. que <math>\;A_o\;</math> n'est pas le point à l'infini de l'axe optique principal, pour que le triangle <math>\;A_iB_iF_i\;</math> puisse être défini.</ref>, * <math>\;\tan(\widehat{KF_iS}) = \dfrac{\overline{SK}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;\overline{SK}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SK} = \overline{A_oB_o}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{KF_iS}) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_iS})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}} = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}\;</math> d'où <center>une 1{{ère}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\sigma_i}{f_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq A_{o,\,\infty}\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}</math>.</center> {{Al|5}}de même le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_oS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oF_o\;</math> et <math>\;HF_oS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o}) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{F_oA_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> <ref name="hors foyer"> On suppose <math>\;A_o \neq F_o\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oF_o\;</math> puisse être défini.</ref>, * <math>\;\tan(\widehat{HF_oS}) = \dfrac{\overline{SH}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;\overline{SH}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SH} = \overline{A_iB_i}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{HF_oS}) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_oS})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}} = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}}\;</math> d'où <center>une 2{{ème}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq F_o\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\sigma_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\sigma_i = 0\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de Lagrange - Helmholtz sous conditions de Gauss === [[File:Miroir sphérique - grandissement angulaire.jpg|thumb|Schéma de détermination du grandissement angulaire en repérage de Descartes (avec origine en S) pour un miroir sphérique concave]] ==== Expression de Descartes (avec origine au sommet) du grandissement angulaire d'un pinceau incident issu d'un point objet ==== {{Al|5}}On rappelle que le grandissement angulaire d'un pinceau lumineux incident issu d'un point objet <math>\;A_o\;</math>, de direction faisant un angle <math>\;\theta_o\;</math> avec la partie incidente de l'axe optique principal, le pinceau se réfléchissant sur le miroir en convergeant vers le point image <math>\;A_i\;</math>, avec une direction faisant un angle <math>\;\theta_i\;</math> avec la partie réfléchie de l'axe optique principal, est défini selon <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> <ref name="Angles petits"> Les angles <math>\;\theta_o\;</math> et <math>\;\theta_i\;</math> sont de valeur absolue petite c.-à-d. <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>.</ref> ; {{Al|5}}en utilisant le schéma ci-contre, établir l'expression du grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes (avec origine au sommet), respectivement <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> et <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}\;</math> <ref> L'expression du grandissement angulaire a été établie en utilisant un miroir sphérique concave mais elle reste applicable pour un miroir sphérique convexe.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}On détermine le grandissement angulaire par évaluation de <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> et <math>\;\tan(\theta_i)</math>, <math>\big(</math>tous deux <math>\;> 0\;</math> sur la figure ci-dessus<math>\big)</math> respectivement dans les triangles <math>\;A_oIS\;</math> et <math>\;A_iIS\;</math> <math>\big[</math>l'angle <math>\;\widehat{SA_iI}\;</math> étant égal à <math>\;\theta_i\big]</math> soit : * dans le triangle <math>\;A_oIS</math>, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} < 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_o| \ll 1</math>, <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}</math> ; * dans le triangle <math>\;A_iIS</math>, <math>\;\tan(\theta_i) = \dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} > 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_i) = \dfrac{\overline{SI}}{p_i}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>, <math>\;\theta_i \simeq \dfrac{\overline{SI}}{p_i}</math> ; {{Al|5}}on en déduit <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq \dfrac{\dfrac{\overline{SI}}{p_i}}{-\dfrac{\overline{SI}}{p_o}}\;</math> soit, en simplifiant par <math>\;\overline{SI}</math>, l'expression souhaitée du <center>grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq -\dfrac{p_o}{p_i}</math>.</center>}} ==== Établissement de la relation de Lagrange - Helmholtz ==== {{Al|5}}Á l'aide des relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) et de l'expression du grandissement angulaire dans le même repérage, vérifier la relation de Lagrange - Helmholtz <center> <math>\;G_t(A_o)\; G_a(A_o) = -1\;</math> <ref> Cette relation est différente de celle que l'on trouvera dans le chapitre suivant sur les lentilles minces, pour une lentille mince dans laquelle il n'y a aucune réflexion, la relation de Lagrange - Hemholtz sera <math>\;G_t(A_o)\; G_a(A_o) = +1</math>.</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Connaissant le grandissement transversal donné par la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) \simeq \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> et l'expression du grandissement angulaire précédemment trouvée <math>\;G_a(A_o) \simeq -\dfrac{p_o}{p_i}</math>, on en déduit le lien entre grandissements angulaire et transversal indépendant de la position du point objet <math>\;A_o</math>, <center><math>\;G_a(A_o)\; G_t(A_o) \simeq -\dfrac{p_o}{p_i}\; \dfrac{p_i}{p_o} = -1\;</math> ce qui constitue la relation de Lagrange - Helmholtz cherchée <ref> Il s'agit de la même relation de Lagrange - Helmholtz que celle explicitée pour un miroir plan mais contrairement à cette dernière dans laquelle les grandissements transverse et angulaire valent respectivement <math>\;+1\;</math> et <math>\;-1\;</math> quelle que soit la position du point objet <math>\;A_o</math>, dans un miroir sphérique les grandissements transverse et angulaire dépendent explicitement de la position de l'objet <math>\;A_o</math>, plus la valeur absolue du grandissement transverse est grande plus celle du grandissement angulaire est petite.</ref>.</center>}} == Stigmatisme et aplanétisme approchés d'un dioptre sphérique sous conditions de Gauss == {{Al|5}}Pour être défini, un dioptre sphérique nécessite la connaissance de : * sa nature « concave » ou « convexe », * son centre <math>\;C\;</math> (centre de courbure de la surface sphérique dioptrique <ref> Si le dioptre est « concave », <math>\;C\;</math> est réel, et si le dioptre est « convexe », <math>\;C\;</math> est virtuel.</ref>), * son rayon de courbure (non algébrisé) <math>\;R\;</math> (rayon de courbure de la surface sphérique dioptrique), * l'axe optique principal dont la partie incidente (ou son prolongement) passe par <math>\;C\;</math> et le point objet <math>\;A_o\;</math> (point objet dont on étudiera l'image éventuelle), * son sommet <math>\;S\;</math> (intersection de l'axe optique principal et de la surface dioptrique) et * l'indice de l'espace objet réel <math>\;n_o\;</math> ainsi que celui de l'espace image réelle <math>\;n_i</math>. {{Al|5}}Nous adoptons l'algébrisation physique de l'axe optique principal <ref name="orientation axe opt. princ. dioptre"> Supposant l'axe optique principal horizontal, l'espace objet réel étant situé à gauche du dioptre, la partie incidente de l'axe optique principal est orientée dans le sens <math>\;\rightarrow</math> et l'espace image réelle étant alors situé à droite du dioptre, la partie émergente est orientée dans le même sens <math>\;\rightarrow</math> ; il est donc inutile de préciser en indice le sens de l'orientation de l'axe optique principal contrairement à ce qui doit être fait dans le cas d'un miroir sphérique.</ref> et, pour unifier l'étude des dioptres sphériques, algébrisons le rayon de courbure du dioptre selon <math>\;\overline{R} = \overline{SC}\;</math> <ref name="orientation axe opt. princ. dioptre" /> avec pour conséquence la nature « concave » ou « convexe » du dioptre caractérisé par le signe du rayon de courbure algébrisé : * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC} > 0</math>, <math>\;C\;</math> étant à droite de <math>\;S\;</math> est un point de l'espace objet virtuel, correspondant à un dioptre « convexe », * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC} < 0</math>, <math>\;C\;</math> étant à gauche de <math>\;S\;</math> est un point de l'espace objet réel, correspondant à un dioptre « concave ». <center> <gallery> Dioptre sphérique concave verre - air.jpg|Justification du caractère convergent d'un dioptre sphérique concave faisant passer d'un milieu plus réfringent vers un milieu moins réfringent Dioptre sphérique concave air - verre.jpg|Justification du caractère divergent d'un dioptre sphérique concave faisant passer d'un milieu moins réfringent vers un milieu plus réfringent Dioptre sphérique convexe verre - air.jpg|Justification du caractère divergent d'un dioptre sphérique convexe faisant passer d'un milieu plus réfringent vers un milieu moins réfringent Dioptre sphérique convexe air - verre.jpg|Justification du caractère convergent d'un dioptre sphérique convexe faisant passer d'un milieu moins réfringent vers un milieu plus réfringent </gallery> Dans la suite nous supposerons le dioptre sphérique concave faisant passer d'un espace plus réfringent à un espace moins réfringent <ref> En précisant la modification des résultats pour un dioptre sphérique des trois autres types.</ref> et <br>admettrons qu'il n'y a pas stigmatisme rigoureux du dioptre sphérique <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> pour tous les points objets autres que <math>\;C\;</math> et tous les points du dioptre <ref name="Définition sommet dioptre"> Si le point objet <math>\;A_o\;</math> est sur le dioptre, l'axe optique principal associé à ce point objet ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, <math>\;A_o\;</math> joue le rôle de sommet <math>\;S\;</math> du miroir ; ainsi, dans la mesure où l'axe optique principal n'a pas été préalablement défini, tout point du dioptre peut être considéré comme un sommet.</ref>.</center> === Démonstration du stigmatisme approché d'un dioptre sphérique concave convergent sous conditions de Gauss === [[File:Dioptre sphérique concave convergent - stigmatisme approché.jpg|thumb|Schéma d'un dioptre sphérique concave convergent dans le but d'établir le stigmatisme approché du dioptre <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour tout point objet autre que C et S]] {{Al|5}}Considérant un point objet réel <math>\;A_o \neq C\;</math> et l'axe optique principal correspondant de support <math>\;(A_oC)\;</math> <ref> Dès lors que <math>\;A_o\;</math> est <math>\;\neq C</math>, l'axe optique principal est parfaitement défini ainsi que le sommet <math>\;S\;</math> qui est l'intersection de l'axe optique principal et du dioptre.</ref>, nous envisageons des rayons incidents issus de <math>\;A_o</math>, peu inclinés par rapport à l'axe optique principal, d'angle d'inclinaison <math>\;\theta_o\;</math> tel que <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et dont le point d'incidence <math>\;I\;</math> reste proche du sommet <math>\;S\;</math> c.-à-d. tel que l'angle que fait la normale au dioptre en <math>\;I\;</math> avec l'axe optique principal <math>\;\widehat{(\overrightarrow{CS}\, ;\, \vec{N})} = \omega\;</math> soit petit en valeur absolue <math>\;\big(|\omega| \ll 1\big)\;</math> <ref name="Paraxial" />. {{Al|5}}Le rayon incident <math>\;A_oI\;</math> donnant, par utilisation des lois de Snell - Descartes de la réfraction, le rayon émergent <math>\;IA_i\;</math> <math>\big(A_i \in</math> à l'axe optique principal<math>\big)</math>, appelons <math>\;\theta_i\;</math> l'angle d'inclinaison du rayon réfracté par rapport à l'axe optique principal ; nous nous proposons de démontrer que <math>\;A_i\;</math> est indépendant du rayon incident considéré <math>\big(</math>c.-à-d. indépendant de <math>\;\theta_o\;</math> et de <math>\;\omega\big)\;</math> dans la mesure où les conditions de Gauss de stigmatisme approché <math>\big(\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et <math>\;|\omega| \ll 1\big)\;</math> sont réalisées. ==== Établissement de la relation liant θ_o, θ_i, ω, n_o et n_i ==== # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIC\;</math> établir une première relation entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;i_o\;\big(</math>angle d'incidence du rayon incident en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIC\;</math> établir une deuxième relation entre <math>\;\theta_i</math>, <math>\;i_i\;\big(</math>angle de réfraction du rayon émergent en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en utilisant la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes de la réfraction sous conditions de Gauss et les deux relations précédentes, déduire la relation suivante entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;\theta_i</math>, <math>\;\omega</math>, <math>\;n_o\;</math> et <math>\;n_i\;</math> : <center> <math>\;\omega = \dfrac{n_o\; \theta_o - n_i\; \theta_i}{n_o - n_i}\;\;(\mathfrak{a})\;</math>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Dans le triangle <math>\;A_oIC</math>, <math>\;\omega = \theta_o + (-i_o)\;</math> <ref name="relation dans un triangle" /> <ref> On remarque, sur le schéma, que <math>\;\omega\;</math> et <math>\;\theta_o\;</math> sont positifs mais <math>\;i_o\;</math> étant négatif, sa valeur absolue s'écrit <math>\;(-i_o)</math>.</ref> et <br>{{Al|5}}dans le triangle <math>\;A_iIC</math>, <math>\;-i_i = \omega - \theta_i\;</math> <ref name="relation dans un triangle" /> <ref> On remarque, sur le schéma, que <math>\;\omega\;</math> est positif mais <math>\;i_i\;</math> et et <math>\;\theta_i\;</math> étant négatifs, leur valeur absolue s'écrit <math>\;(-i_i)\;</math> et <math>\;(-\theta_i)</math>.</ref> ou, <br>{{Al|5}}en utilisation la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes pour la réfraction et, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle d'incidence (et donc aussi de l'angle de réfraction en valeur absolue) <math>\;n_o\, i_0 = n_i\, i_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;i_i = \dfrac{n_o}{n_i}\, i_o</math>, la relation ci-dessus se réécrit <math>\; -\dfrac{n_o}{n_i}\, i_o = \omega - \theta_i</math> ; <br>{{Al|5}}on élimine alors <math>\;i_o\;</math> entre ces deux relations en formant la C.L. <math>\;\dfrac{n_o}{n_i}\; (\mathfrak{1}) + (\mathfrak{2})\;</math> soit : <math>\;\dfrac{n_o}{n_i}\; \omega = \dfrac{n_o}{n_i}\; \theta_o + \omega - \theta_i\;</math> ou <math>\;n_o\,\omega = n_o\, \theta_o + n_i\, \omega - n_i\, \theta_i\;</math> soit enfin, la relation <math>\;(\mathfrak{a}) \qquad \omega = \dfrac{n_o\, \theta_o - n_i\, \theta_i}{n_o - n_i}</math>.}} ==== Évaluation des angles θ_o, θ_i et ω en fonction des abscisses de A_o, A_i et C repérées relativement à H ==== {{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> et des conditions de Gauss de stigmatisme approché, montrer que le rayon réfracté est aussi peu incliné relativement à l'axe optique principal c.-à-d. <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>. # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_o}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\theta_o</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\theta_i)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_i}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\theta_i</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\omega)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HC}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\omega</math>, # déduire des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math>, un lien entre <math>\;\overline{HA_o}</math>, <math>\;\overline{HA_i}\;</math> et <math>\;\overline{HC}\;</math> <math>\;\big[</math>relation <math>\;(\mathfrak{b})\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> écrite sous la forme <math>\;\theta_i = \dfrac{n_o}{n_i}\, \theta_o - \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, \omega\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;|\theta_i| \leqslant \dfrac{n_o}{n_i}\, |\theta_o| + \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, |\omega|\;</math> et des conditions de Gauss de stigmatisme approché <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}|\theta_o| \ll 1\\ |\omega| \ll 1 \end{array}\right\rbrace\;</math> dont on déduit <math>\;\dfrac{n_o}{n_i}\, |\theta_o| + \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, |\omega| \ll 1\;</math> d'où <math>\;|\theta_i| \leqslant \dfrac{n_o}{n_i}\, |\theta_o| + \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, |\omega| \ll 1\;</math> c.-à-d. que le rayon réfracté est aussi peu incliné relativement à l'axe optique principal. # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH</math>, <math>\;\tan(\theta_o) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HA_o}}\;</math> car sur le schéma <math>\;\theta_o > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_o) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_o} < 0\;</math> ou, <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_o) \simeq \theta_o\;</math> on en déduit <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_o}}</math> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH</math>, <math>\;\tan(\theta_i) = -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}}\;</math> car sur le schéma <math>\;\theta_i < 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_i) < 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_i} > 0\;</math> ou, <math>\;|\theta_i| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_i) \simeq \theta_i\;</math> on en déduit <math>\;\theta_i \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}}</math> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH</math>, <math>\;\tan(\omega) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HC}_\rightarrow}\;</math> car sur le schéma <math>\;\omega > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\omega) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HC} < 0\;</math> ou, <math>\;|\omega| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\omega) \simeq \omega\;</math> on en déduit <math>\;\omega \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HC}}</math> ; # des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> réécrite selon <math>\;(n_o - n_i)\, \omega = n_o\,\theta_o - n_i\, \theta_i</math>, on en déduit <math>\;\dfrac{-(n_o - n_i)\, \overline{HI}}{\overline{HC}} =</math> <math>\dfrac{n_i\, \overline{HI}}{\overline{HA_i}} - \dfrac{n_o\, \overline{HI}}{\overline{HA_o}}\;</math> ou, en simplifiant par <math>\;\overline{HI}</math>, on obtient la relation <math>\;(\mathfrak{b})\qquad \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{HC}} = \dfrac{n_i}{\overline{HA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{HA_o}}</math>.}} ==== Établissement de la confusion de H et de S à l'ordre un en ω ==== {{Al|5}}Établir que <math>\;H\;</math> <ref name="définition de H" /> peut être confondu avec le sommet <math>\;S\;</math> du miroir à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> <ref name="H et S confondus" /> et {{Al|5}}réécrire que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> en tenant compte de cette confusion. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Montrons que <math>\;H\;</math> peut être confondu avec <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> <ref name="ω infiniment petit d'ordre un" />, en évaluant <math>\;[CH]\;</math> puis <math>\;[HS] = [CS] - [CH]\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega</math>, on obtient : <math>\;[CH] = [CI]\, \cos(\omega) = R\, \cos(\omega) \simeq R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math> <math>\big(</math>revoir la remarque du paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable_au_voisinage_d'une_de_ses_valeurs#D.C3.A9veloppements_limit.C3.A9s_.C3.A0_l.27ordre_un_de_quelques_fonctions_usuelles|D.L. à l'ordre un de quelques fonctions usuelles]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « Outils mathématiques pour la physique (PCSI) »<math>\big)\;</math> d'où <math>\;[HS] = [CS] - [CH] \simeq R - R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega</math>, soit encore <math>\;[HS] \simeq R \dfrac{\omega^2}{2}\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math> ou finalement <center><math>\;[HS] \simeq 0\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega</math> ;</center> {{Al|5}}remplaçant <math>\;H\;</math> par <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{b})</math>, on peut, sous les conditions de Gauss de stigmatisme approché, la réécrire selon <center><math>\;(\mathfrak{b})\; \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{SC}} = \dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}}\;</math> <ref> Sous cette forme la relation nécessite que le point objet <math>\;A_o\;</math> soit <math>\;\neq S\;</math> sommet du dioptre.</ref>.</center>}} ==== Conclusion : stigmatisme approché du dioptre sphérique (concave convergent) pour le point objet A_o et relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) ==== {{Al|5}}Vérifier que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> définit, pour un point objet <math>\;A_o\;</math> quelconque, un point image unique <math>\;A_i\;</math> et en déduire le stigmatisme approché du dioptre sphérique <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour le point objet <math>\;A_o</math> ; {{Al|5}}la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> pouvant être écrite selon <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}} = V\;</math> <ref name="indépendance de la nature dioptre"> Nous admettrons que cette relation (ou propriété) établie dans le cas d'un dioptre sphérique concave convergent est encore applicable, sans modification, à un dioptre sphérique concave divergent ou à un dioptre sphérique convexe convergent ou divergent.</ref> où <math>\;V\;</math> est une constante appelée « vergence » du dioptre sphérique exprimée en dioptries <math>\big(</math>de symbole <math>\;\delta\big)\;</math> dans la mesure où les abscisses le sont en <math>\;m\;\big(</math>la dioptrie étant liée au mètre par <math>\;1\, \delta = 1\,m^{-1}\big)</math>, exprimer <math>\;V\;</math> en fonction de <math>\;\overline{R} = \overline{SC}</math>, <math>\;n_o\;</math> et <math>\;n_i</math>. {{Al|5}}Par la suite notant l'abscisse de Descartes <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math><ref> Pour le repérage de Descartes dans un dioptre sphérique concave ou convexe, convergent ou divergent, il y a deux origines utilisées : l'origine au sommet qui est la plus fréquemment utilisée et l'origine au centre qui l'est beaucoup moins.</ref> du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Par la suite notant l'abscisse de Descartes <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>avec origine au sommet<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> }}celle du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}</math>, <br>{{Al|5}}la relation de conjugaison (approchée) de position [ou 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée)] de Descartes d'un dioptre sphérique se réécrit <center><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> établit le stigmatisme approché du dioptre sphérique <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour tout point objet <math>\;A_o\;</math> autre que <math>\;C\;</math> et <math>\;S\;</math> puisque, pour un point objet <math>\;A_o\;</math> fixé, le point image <math>\;A_i\;</math> est déterminé de façon unique <math>\big(</math>indépendamment des variations des petits angles <math>\;\theta_o\;</math> et <math>\;\omega\big)</math>. {{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> peut effectivement être écrite sous la forme <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}} = V\;</math> où <math>\;V\;</math> est une constante définissant la vergence du dioptre sphérique selon <center><math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{SC}} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> avec <math>\;\overline{R} = \overline{SC}\;</math> rayon algébrisé du dioptre.</center> {{Al|5}}Avec les abscisses de Descartes (avec origine au sommet) du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> et du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}</math>, la relation de conjugaison (approchée) de position [ou 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée)] de Descartes du dioptre sphérique se réécrit <center><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math>.</center>}} === Points pour lesquels la conjugaison du dioptre sphérique est rigoureuse et points doubles === {{Al|5}}Vérifier, par construction et pour une direction d'axe optique principal préalablement fixée, que le centre <math>\;C\;</math> et le sommet <math>\;S\;</math> <ref name="Définition sommet" /> du dioptre sont des points * pour lesquels le dioptre est stigmatique rigoureux et * dont l'image est confondue avec l'objet (c.-à-d. que ce sont des points doubles). {{Al|5}}Justifier la raison pour laquelle la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) est applicable à <math>\;C</math>, centre du dioptre, bien que la conjugaison soit rigoureuse ; {{Al|5}}vérifier, en utilisant cette relation, que <math>\;C\;</math> est effectivement un point double. {{Al|5}}Admettant que la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) reste applicable à <math>\;S</math>, sommet du dioptre, pour lequel il y a conjugaison rigoureuse <math>\big[</math>mais évidemment pas sous cette forme qui est indéterminée quand on l'applique à <math>\;S</math>, son abscisse objet <math>\;p_o\;</math> y étant nulle<math>\big]</math>, évaluer <math>\;p_i\;</math> en fonction de <math>\;p_o\;</math> et de <math>\;V\;</math> et vérifier, sur cette dernière forme, * que <math>\;S\;</math> est effectivement un point double et * qu'il n'y a pas d'autres points doubles que <math>\;S\;</math> et <math>\;C</math>. {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - points doubles.jpg|thumb|Schémas de vérification du fait que, pour C et S, le dioptre sphérique (concave convergent) est stigmatique rigoureux et que ce sont des points doubles]] {{Al|5}}Voir ci-contre les constructions prouvant les propriétés particulières d'un point objet en <math>\;C\;</math> ou <math>\;S\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent <ref name="indépendance de la nature dioptre"/> : * à gauche tout rayon d'un faisceau incident issu du centre <math>\;C\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent étant normal au dioptre poursuit son chemin sans changer de direction, donnant un ensemble de rayons transmis divergeant à partir d'un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, c.-à-d. prouvant que le dioptre sphérique est stigmatique rigoureux pour son centre ; de plus le point image de <math>\;C\;</math> étant <math>\;C\;</math> lui-même, ce dernier est un point double ; * à droite tout rayon d'un faisceau incident convergeant sur le sommet <math>\;S\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent se réfractant à partir du point d'incidence <math>\;S\;</math> lui-même <ref> En suivant une direction plus rapprochée de l'axe optique principal que ne l'est celle du rayon incident.</ref> et l'ensemble des rayons réfractés divergeant à partir d'un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, cela prouve le stigmatisme rigoureux du dioptre sphérique pour son sommet <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> ; de plus le point image de <math>\;S\;</math> étant <math>\;S\;</math> lui-même, ce dernier est un point double. {{Al|5}}Pour appliquer la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) à <math>\;C</math>, centre du dioptre, bien que la conjugaison soit rigoureuse, il suffit de ne considérer que les rayons paraxiaux du faisceau incident issu de <math>\;C\;</math> et d'ouverture quelconque <ref> Le fait que les autres rayons divergent également à partir de <math>\;C\;</math> ne modifient en rien la divergence des rayons transmis provenant de rayons incidents paraxiaux.</ref>, condition d'applicabilité de la relation de conjugaison de position de Descartes ; {{Al|5}}dans ce cas, si on appelle <math>\;C_i</math>, d'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(C_i) = \overline{SC_i}</math>, l'image du point objet <math>\;C</math>, d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(C) = \overline{SC} = \overline{R}</math>, nous obtenons, en remplaçant <math>\;V\;</math> par <math>\;\dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}</math>, <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(C_i)} - \dfrac{n_o}{\overline{R}} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(C_i)} = \dfrac{n_i}{\overline{R}}\;</math> ou <math>\;p_i(C_i) = \overline{R} = \overline{SC}</math> prouvant que <math>\;C_i\;</math> se confond avec <math>\;C\;</math> et par suite que <math>\;C\;</math> est un point double. <center>De <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math> on tire <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} = \dfrac{n_o}{p_o} + V = \dfrac{n_o + V\, p_o}{p_o}\;</math> soit <math>\;p_i = n_i\, \dfrac{p_o}{n_o + V\, p_o}</math> ;</center> {{Al|5}}sous cette forme on vérifie qu'un point objet en <math>\;S</math>, d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(S) = 0\;</math> a une image d'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i = 0</math>, c.-à-d. une image confondue avec <math>\;S\;</math> prouvant que <math>\;S\;</math> est bien un point double ; {{Al|5}}les points doubles <math>\;A_d\;</math> d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_d\;</math> étant tels que leurs abscisses images de Descartes (avec origine au sommet) s'écrivant <math>\;p_i(A_d) = \overline{SA_d} = p_d\;</math> avec <math>\;p_i(A_d) = n_i\, \dfrac{p_d}{n_o + V\, p_d}\;</math> obéissent à l'équation <math>\;p_d = n_i\, \dfrac{p_d}{n_o + V\, p_d}\;</math> qui se décompose en <math>\;\left\lbrace\begin{array}{c}p_d = 0\;\;\; \text{ou}\\ n_o + V\, p_d = n_i\end{array}\right\rbrace</math>, la 1{{ère}} solution donnant <math>\;S\;</math> point double et la 2{{ème}} équation conduisant à <math>\;p_d = \dfrac{n_i - n_o}{V} = \overline{R}\;</math> c.-à-d. <math>\;C\;</math> point double ; <center>le centre et le sommet d'un dioptre sphérique sont donc les seuls points doubles de ce dernier.</center>}} === Caractère focal d'un dioptre sphérique, position des foyers principaux objet et image, lien de la vergence et des distances focales objet et image, signe de la vergence === ==== Caractère focal d'un dioptre sphérique, définition des foyers principaux objet et image, lien de la vergence avec les distances focales objet et image ==== {{Al|5}}Vérifier, sur la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes d'un dioptre sphérique, que ce dernier est nécessairement « focal » <ref name="définition focal" /> puis déterminer * la position du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> c.-à-d. le point objet de l'axe optique principal ayant pour image le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;F_o\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; A_{i,\,\infty}\big]\;</math> et * la position du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> c.-à-d. le point image de l'axe optique principal ayant pour antécédent <ref name="Antécédent" /> le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;A_{o,\,\infty}\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; F_i\big]</math>. {{Al|5}}Définissant * la distance focale objet comme l'abscisse objet de Descartes du foyer principal objet (avec origine au sommet) soit <math>\;f_o = \overline{SF_o}\;</math> et * la distance focale image comme l'abscisse image de Descartes du foyer principal image (avec origine au sommet) soit <math>\;f_i = \overline{SF_i}\;</math>, {{Al|5}}déterminer le lien entre vergence <math>\;V</math>, distance focale objet <math>\;f_o</math>, distance focale image <math>\;f_i</math>, indice espace objet <math>\;n_o\;</math> et indice espace image <math>\,n_i</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Un dioptre sphérique est un « système focal », en effet pour qu'il soit « afocal », il faudrait que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, mais ayant établi que les seuls points doubles du dioptre sphérique sont <math>\;C\;</math> et <math>\;S</math>, et non le point à l'infini de l'axe optique principal on en déduit que le dioptre sphérique est bien un « système focal ». * Le foyer principal image <math>\;F_i</math>, repéré par l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(F_i) = \overline{SF_i}\;</math> étant l'image du point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(A_{o,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{n_o}{p_o(A_{o,\, \infty})} = 0</math>, on en déduit <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(F_i)} - 0 = V\;</math> soit <math>\;\overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math>. * Le foyer principal objet <math>\;F_o</math>, repéré par l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(F_o) = \overline{SF_o}\;</math> étant l'antécédent <ref name ="Antécédent"/> du point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(A_{i,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(A_{i,\, \infty})} = 0</math>, on en déduit <math>\;0 - \dfrac{n_o}{p_o(F_o)} = V\;</math> soit <math>\;\overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math>. <center><u>Notion de distances focales objet et image</u> :</center> * la distance focale image <math>\;f_i\;</math> étant définie par <math>\;f_i = \overline{SF_i}\;</math> est liée à la vergence par <math>\;f_i = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math> ; * la distance focale objet <math>\;f_o\;</math> étant définie par <math>\;f_o = \overline{SF_o}\;</math> est liée à la vergence par <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math> ; <center>on en déduit la relation <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}\;</math> <ref> Cette relation découle de la 1{{ère}} relation de conjugaison de position de Descartes du dioptre sphérique appliquée aux couples de points conjugués <math>\;(A_{o,\, \infty}\, , \,F_i)\;</math> et <math>\;(F_o\, , \,A_{i,\, \infty})</math>.</ref>.</center>}} ==== Signe de la vergence suivant la nature concave ou convexe du dioptre sphérique et de l'indice de l'espace objet comparé à celui de l'espace image, caractère convergent ou divergent du dioptre et nature réelle ou virtuelle des foyers principaux ==== {{Al|5}}Déterminer le signe de la vergence suivant la nature « concave » ou « convexe » du dioptre sphérique et du signe de <math>\;n_o - n_i\;</math> puis {{Al|5}}son caractère « convergent » ou « divergent » sachant qu'un système focal à « vergence positive » (respectivement « négative ») est dit « convergent » (respectivement « divergent ») et enfin {{Al|5}}la nature « réelle » ou « virtuelle » des foyers principaux. {{Al|5}}Pour terminer, on précisera, dans chacun des quatre cas possibles, les positions absolues des foyers principaux objet et image relativement au centre et au sommet du dioptre considéré. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> on en déduit que la vergence <math>\;V\;</math> est * de signe contraire au rayon de courbure algébrisé du dioptre si la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent <math>\;\big(n_o > n_i\big)</math>, * de même signe que le rayon de courbure algébrisé du dioptre si la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent <math>\;\big(n_o < n_i\big)</math> ; {{Al|5}}on en déduit les quatre possibilités suivant la nature du dioptre sphérique et le signe de <math>\;n_o - n_i</math> : * un dioptre sphérique <u>concave</u> ayant un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC} < 0\;</math> <ref name="nature de C dioptre"> Correspondant au caractère réel (resp. virtuel) du centre <math>\;C\;</math> d'un dioptre sphérique concave (resp. convexe).</ref>, a <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V > 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet eau, espace image air<math>\big)\;</math> c'est alors un système « <u>convergent</u> » et <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V < 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet air, espace image eau<math>\big)\;</math> c'est alors un système « <u>divergent</u> », * un dioptre sphérique <u>convexe</u> a un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC} > 0\;</math> <ref name="nature de C dioptre" />, a <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V < 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet eau, espace image air<math>\big)\;</math> c'est alors un système « <u>divergent</u> » et <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V > 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet air, espace image eau<math>\big)\;</math> c'est alors un système « <u>convergent</u> ». {{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}\;</math> on en déduit la nature (réelle ou virtuelle) des foyers principaux objet et image suivant la nature (convergente ou divergente) du dioptre sphérique : * pour un dioptre sphérique <u>concave convergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image"> La lumière passant d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent on a <math>\;n_o > n_i</math>.</ref> est <math>\;> 0\;</math> entraînant le caractère <u>réel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image" /> étant <math>\;< 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>réel</u>, * pour un dioptre sphérique <u>concave divergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image"> La lumière passant d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent on a <math>\;n_o < n_i</math>.</ref> est <math>\;< 0\;</math> entraînant le caractère <u>virtuel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image" /> étant <math>\;> 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>virtuel</u>, * pour un dioptre sphérique <u>convexe divergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image" /> est <math>\;< 0\;</math> entraînant le caractère <u>virtuel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image" /> étant <math>\;> 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>virtuel</u>, * pour un dioptre sphérique <u>convexe convergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image" /> est <math>\;> 0\;</math> entraînant le caractère <u>réel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image" /> étant <math>\;< 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>réel</u>. {{Al|5}}<u>Remarques</u> : Les distances focales objet et image étant, dans les quatre cas possibles, de signe contraire, les foyers principaux objet et image sont situés de part et d'autre de la surface dioptrique dans chacun des cas ; {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}pour un dioptre sphérique pour lequel la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent, <math>\;n_o\;</math> étant <math>\;>\;</math> à <math>\;n_i</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est situé à une distance <math>\;|f_o| = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> et le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> à une distance <math>\;|f_i| = \dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> avec <math>\;|f_i| < |f_o|\;</math> <math>\Rightarrow</math> le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est plus éloigné du sommet <math>\;S\;</math> que le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> <ref> Avec, pour un dioptre concave, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet réel (c.-à-d. usuellement à gauche) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image réelle (c.-à-d. usuellement à droite),<br><span style="color:#ffffff;"><small>....</small>Avec, </span>pour un dioptre convexe, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet virtuel (c.-à-d. usuellement à droite) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image virtuelle (c.-à-d. usuellement à gauche).</ref> ; {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}pour un dioptre sphérique pour lequel la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent, <math>\;n_o\;</math> étant <math>\;<\;</math> à <math>\;n_i</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est situé à une distance <math>\;|f_o| = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> et le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> à une distance <math>\;|f_i| = \dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> avec <math>\;|f_i| > |f_o|\;</math> <math>\Rightarrow</math> le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est moins éloigné du sommet <math>\;S\;</math> que le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> <ref> Avec, pour un dioptre concave, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet virtuel (c.-à-d. usuellement à droite) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image virtuelle (c.-à-d. usuellement à gauche),<br><span style="color:#ffffff;"><small>....</small>Avec, </span>pour un dioptre convexe, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet réel (c.-à-d. usuellement à gauche) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image réelle (c.-à-d. usuellement à droite).</ref>.}} === Aplanétisme approché d'un dioptre sphérique sous conditions de Gauss === {{Al|5}}Soit le dioptre sphérique concave convergent introduit à la 1{{ère}} question et un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o \neq C\;</math> <ref name="support axe optique principal" /> tel qu'il y ait stigmatisme approché du dioptre <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour tous les points <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> C.-à-d. que, pour un point quelconque <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o</math>, avec la définition de l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <math>\big(</math>cet axe jouant le rôle d'axe optique principal pour le point objet <math>\;M_o\;</math> est qualifié de secondaire relativement au point objet <math>\;A_o\big)</math>, les rayons incidents issus de <math>\;M_o\;</math> doivent être paraxiaux <math>\big[</math>peu inclinés relativement à l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> et à point d'incidence restant proche du sommet secondaire <math>\;S_{M_o}</math>, intersection de l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> avec le dioptre<math>\big]</math>.</ref> ; <br>{{Al|5}}cette dernière condition entraîne que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> admet une image « nette » <math>\;A_iB_i\;</math> <ref name="Nette" /> mais a priori cette image n'est <math>-</math> hors conditions de Gauss d'aplanétisme approché <math>-</math> ni « linéique » <ref name="Linéique" /> ni « transverse » ; {{Al|5}}Supposant que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> est, * quand l'objet n'est pas proche du dioptre, vu du sommet <math>\;S\;</math> du dioptre sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} S\big)\;</math> et * quand l'objet est proche du dioptre, vu du centre <math>\;C\;</math> du dioptre sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq S\big)</math>, {{Al|5}}ces deux conditions sont une première façon de définir les conditions de Gauss d'aplanétisme approché pour un objet linéique transverse quelconque <ref> C'est cette façon qui a été vue en cours, <math>\;S\;</math> étant en effet le point de l'axe optique principal appartenant à la face d'entrée du dioptre.</ref>. {{Al|5}}Il existe une deuxième façon équivalente de définir les conditions de Gauss d'aplanétisme approché pour un objet linéique transverse quelconque <math>\;A_oB_o\;</math> <ref name="façon plus simple" /> : * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> n'est pas proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre, l'objet doit être vu du centre <math>\;C\;</math> sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)\;</math> et * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math>, l'objet doit être vu du sommet <math>\;S\;</math> du dioptre sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq C\big)</math>. ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un dioptre sphérique concave convergent pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du dioptre et vu de ce centre sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant d'abord supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\alpha</math>, sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, l'angle <math>\;\beta</math> sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, n'étant pas nécessairement petit, la démarche pour établir l'aplanétisme du dioptre pour un tel objet est rendue plus aisée si on a établi auparavant la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Relation_de_conjugaison_de_position_.28ou_1.C3.A8re_relation_de_conjugaison.29_de_Descartes_.28avec_origine_au_centre.29|relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre)]] <ref name="méthode moins aisée" /> <center><math>\;\dfrac{n_o}{\overline{CA_i}} - \dfrac{n_i}{\overline{CA_o}} = V\;</math> où <math>\;V\;</math> est la vergence précédemment introduite :</center> {{Al|5}}la démarche peut alors être décomposée en les étapes suivantes : * montrer qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * en utilisant la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre), montrer alors que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et vérifier que l'angle au centre associé est encore <math>\;\alpha</math>, * conclure qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'image <math>\;A_iB_i\;</math> peut être confondue avec un segment perpendiculaire à l'axe optique principal c.-à-d. qu'elle est linéique transverse <ref> Nous aurons donc établi qu'il y a aplanétisme approché du dioptre sphérique pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du dioptre à condition qu'il soit vu de ce centre sous un petit angle.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq}\; C\big)</math>, avec l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, * le caractère transverse de l'objet linéique <math>\Rightarrow</math> la longueur <math>\;[CB_o]\;</math> est plus grande que la longueur <math>\;[CA_o]\;</math> <ref name="définition des côtés triangle rectangle" />, soit plus précisément <math>\;[CA_o] =</math> <math>[CB_o]\, \cos(\alpha) \simeq [CB_o] \left( 1 - \dfrac{\alpha^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\alpha\;</math> <ref name="DL du cosinus à l'ordre deux" /> ou finalement <math>\;[CA_o] \simeq [CB_o]\;</math> à l'ordre un en <math>\;\alpha\;</math> prouvant, qu'à cet ordre, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * tous les points objets <math>\;M_o\;</math> de l'arc de cercle <math>\;A_oB_o\;</math> de centre <math>\;C\;</math> ayant une abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <ref name="axe optique secondaire" />, l'application de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au centre) donne donc des points images <math>\;M_i\;</math> à abscisse image de Descartes (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)</math>, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est assimilable, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, à un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math>, * l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'arc de cercle <math>\;A_iB_i\;</math> est vu du centre <math>\;C\;</math> étant petit, on peut faire l'opération inverse de celle faite au premier paragraphe, c.-à-d. assimiler l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> à un segment choisi perpendiculaire à l'axe optique principal de support <math>\;(CA_i)\;</math> <ref name="justification choix" />, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, linéique transverse ; <center>l'<u>aplanétisme approché du dioptre sphérique</u> (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> a donc été établi <u>pour tout objet linéique de pied non proche du centre du dioptre</u>.</center>}} ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un dioptre sphérique concave convergent pour un objet linéique transverse de pied proche du centre du dioptre et vu du sommet de ce dernier sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> étant maintenant supposé proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\beta</math>, sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)</math> ; la démarche pour établir l'aplanétisme du miroir pour un tel objet nécessite l'utilisation de deux rayons paraxiaux issus de <math>\;M_o</math>, point objet quelconque de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> Le caractère paraxial étant indispensable pour satisfaire au stigmatisme approché du dioptre pour le point objet <math>\;M_o</math>, tous les rayons non paraxiaux issus de <math>\;M_o\;</math> seront arrêtés par un diaphragme centré sur <math>\;S</math> ;<br>{{Al|3}}on vérifie aisément que les rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> sont deux candidats respectant la paraxialité, par contre le rayon incident <math>\;M_oC\;</math> pouvant ne pas l'être car <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math> <math>\big(</math>et si tel était le cas il serait alors arrêté par le diaphragme centré en <math>\;S\big)</math>, nous ne l'utiliserons pas.</ref> et de montrer que le point image <math>\;M_i</math>, défini comme l'intersection des deux rayons réfractés, a pour projeté, sur l'axe optique principal, le point image <math>\;A_i</math> : * déterminer l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;p_i\;</math> en fonction de la distance focale image <math>\;f_i\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * déterminer la longueur algébrique <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> en fonction de <math>\;\beta\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * travaillant dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> <ref> L'axe <math>\;\overrightarrow{Sx}\;</math> étant porté par l'axe optique principal et l'axe <math>\;\overrightarrow{Sy}\;</math> étant porté par la représentation symbolique du dioptre orienté vers le haut, l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> étant lui aussi orienté vers le haut.</ref> déterminer l'équation des rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> <ref name="définition ε" />, * travaillant dans le même repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> déterminer les équations des rayons réfractés, puis leur intersection <math>\;M_i\;</math> ; * vérifier que l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal est égale à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, puis conclure à l'aplanétisme approché du dioptre sphérique (concave convergent) pour l'objet linéique <math>\;A_oB_o\;</math> de pied proche du centre du dioptre. {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - aplanétisme.jpg|thumb|Schéma positionnant un objet linéique transverse de pied proche du centre d'un dioptre sphérique concave convergent pour démontrer l'aplanétisme approché du dioptre pour cet objet <ref> Sur le schéma ci-dessus la distance focale objet vaut <math>\;\big(</math>avec <math>\;n_o \simeq 1,5\;</math> et <math>\;n_i \simeq 1,0\big)</math> <math>\;f_o = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\;\overline{R} = 3\;\overline{R} = -3\;R</math>, la distance focale image, quant à elle, valant <math>\;f_i = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\;\overline{R} = -2\;\overline{R} = 2\;R</math>.</ref>]] {{Al|5}}Soit <math>\;A_oB_o\;</math> un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o</math>, proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre sphérique concave convergent <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, vu du sommet <math>\;S\;</math> de ce dernier sous un angle <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)\;</math> correspondant à la condition de Gauss d'aplanétisme approché précitée ; # on détermine d'abord <math>\;p_i = \overline{SA_i}</math>, l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, image du point objet <math>\;A_o\;</math> d'abscisse objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}</math>, par utilisation de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes du dioptre sphérique (avec origine au sommet) de vergence <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i}</math>, <math>\;f_i = \overline{SF_i}\;</math> étant la distance focale image du dioptre d'où : <center><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = \dfrac{n_i}{f_i} \Rightarrow \dfrac{1}{p_i} = \dfrac{n_o}{n_i\, p_o} + \dfrac{1}{f_i} = \dfrac{n_o\, f_i + n_i\, p_o}{n_i\, p_o\, f_i}\;</math> soit <math>\;p_i = p_o\, \dfrac{n_i\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}</math>.</center> # <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> <math>\;> 0\;</math> avec <math>\;\beta\;</math> non algébrisé <math>\;\ll 1</math>, on en déduit <math>\;\tan(\beta) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{p_o}\;</math> avec <math>\;\tan(\beta) \simeq \beta\;</math> d'où <center><math>\;\overline{A_oB_o} \simeq -\beta\; p_o</math> ;</center> # dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})</math>, le rayon incident <math>\;M_oS\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = \varepsilon\, \overline{A_oB_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_S}{x_{M_o} - x_S} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o} = -\varepsilon\, \beta\;</math> a pour équation <math>\;y - y_S = -\varepsilon\, \beta \left( x - x_S \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = -\varepsilon\, \beta\, x\;</math> <ref name="vérification signes" />,</center> {{Transparent|dans le repère orthonormé <math>\;\color{transparent}{(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, }}le rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> et passant par le foyer principal objet du dioptre sphérique <math>\;F_o\;</math> de coordonnées <math>\;\left(x_{F_o} = f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\,f_i\, , \, y_{F_o} = 0\right)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_{F_o}}{x_{M_o} - x_{F_o}} =</math> <math>\dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + \dfrac{n_o}{n_i}\,f_i} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\,f_i}\;</math> a pour équation <math>\;y - y_{F_o} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} \left( x - x_{F_o} \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} \left( x + \dfrac{n_o}{n_i}\,f_i \right)</math> ;</center> # dans le même repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> le rayon réfracté sur le dioptre du rayon incident <math>\;M_oS\;</math> étant de direction déterminée par la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes de la réfraction (écrite pour de petits angles) est de pente <math>\;-\dfrac{n_o}{n_i}\,\varepsilon\, \beta\;</math> <ref> En effet le rayon réfracté de pente égale à la tangente de l'angle de réfraction c.-à-d. encore égale à l'angle de réfraction <math>\;i_i\;</math> et le rayon incident étant de pente égale à la tangente de l'angle d'incidence c.-à-d. encore égale à l'angle d'incidence <math>\;i_o</math>, l'utilisation de la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes de la réfraction (écrite pour de petits angles) conduisant à <math>\;n_i\, i_i = n_o\, i_o\;</math> d'où <math>\;i_i = \dfrac{n_o}{n_i}\, i_o</math>.</ref> d'où l'équation du rayon réfracté correspondant au rayon incident <math>\;M_oS\;</math> <center><math>\;y = -\dfrac{n_o}{n_i}\,\varepsilon\, \beta\, x\;</math> <ref name="vérification signes bis" />,</center> {{Transparent|dans le repère orthonormé <math>\;\color{transparent}{(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, }}le rayon réfracté sur le dioptre du rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> étant, à partir du point d'incidence <math>\;I\;</math> sur le dioptre, <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, son équation nécessite de déterminer au préalable l'ordonnée de <math>\;I\;</math> par <math>\;x_{I} = 0\;</math> dans l'équation du rayon incident soit <math>\;y(I) = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} \left[ x_I + \dfrac{n_o}{n_i}\,f_i \right) = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_o\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}\;</math> d'où l'équation du rayon réfracté correspondant au rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_o\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}</math> ;</center> {{Al|5}}l'intersection <math>\;M_i\;</math> de ces deux rayons réfractés a pour abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_o\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} = -\dfrac{n_o}{n_i}\,\varepsilon\, \beta\, x_{M_i}\;</math> soit <center><math>\;x_{M_i} = \dfrac{n_i\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}\;</math> identique à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du point image <math>\;A_i</math> ;</center> # l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal étant égale à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, on conclut à l'<u>aplanétisme approché du dioptre sphérique</u> (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <u>pour tout objet linéique</u> <math>\;A_oB_o\;</math> <u>de pied proche du centre du dioptre</u>.}} ==== Relation de conjugaison (approchée) de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) ==== {{Al|5}}Dès lors qu'un dioptre sphérique est utilisée sous conditions de Gauss de stigmatisme et d'aplanétisme approchés, l'usage est de représenter ce dioptre sous une forme symbolique dans laquelle figurent l'axe optique principal, le centre <math>\;C</math>, les foyers principaux objet <math>\;F_o\;</math> et image <math>\;F_i</math>, le sommet <math>\;S\;</math> et la partie de dioptre perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal <ref> Cette partie de dioptre perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal est terminée par des bords inclinés vers la droite pour un dioptre convergent et vers la gauche pour un dioptre divergent.</ref> <center>voir ci-dessous en 1{{ère}} ligne les quatre types de dioptres sphériques et en 2{{ème}} ligne leur représentation symbolique <ref name="Foyers à ajouter" />. <gallery> Dioptre sphérique concave verre - air.jpg| Dioptre sphérique concave air - verre.jpg| Dioptre sphérique convexe verre - air.jpg| Dioptre sphérique convexe air - verre.jpg| </gallery> <gallery> Dioptre sphérique concave convergent - symbole.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique concave convergent Dioptre sphérique concave divergent - symbole.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique concave divergent Dioptre sphérique convexe divergent.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique convexe divergent Dioptre sphérique convexe convergent.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique convexe convergent </gallery> </center> [[File:Dioptre sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes avec origine en S pour un dioptre sphérique concave convergent]] {{Al|5}}Sur le schéma ci-contre on a construit l'image linéique transverse <math>\;A_iB_i\;</math> d'un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> <math>\;\neq S\;</math> et <math>\;\neq C\;</math> en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, l'un passant que le centre <math>\;C\;</math> du dioptre et qui poursuit dans l'espace image réel sans être dévié <ref> En effet le rayon émergent doit être issu du point d'incidence <math>\;I\;</math> du rayon incident et passer par l'image de <math>\;C\;</math> par le dioptre c.-à-d. <math>\;C\;</math> lui-même.</ref>, l'autre passant par le sommet <math>\;S\;</math> du dioptre et qui se réfracte en obéissant à la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes <ref> Attention le sommet <math>\;S\;</math> du dioptre est le seul point d'incidence en lequel on peut appliquer la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes en travaillant sur la représentation symbolique du dioptre car c'est le seul point pour lequel la direction de cette représentation symbolique se confond avec la direction réelle du dioptre <math>\big(</math>autrement dit c'est le seul point où la normale réelle est perpendiculaire à la représentation symbolique, par exemple le rayon incident <math>\;B_oC\;</math> qui se confond avec la normale réelle du dioptre en <math>\;I\;</math> n'est pas perpendiculaire à la représentation symbolique du dioptre en <math>\;I\big)</math>.</ref>, le point d'intersection de ces deux rayons émergents étant le point de convergence <math>\;B_i\;</math> de tous les rayons réfractés correspondant à tous les rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> sous conditions de Gauss <ref> Car le dioptre est stigmatique approché pour <math>\;B_o</math>.</ref> et <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal <ref> Car le dioptre est aplanétique approché pour <math>\;A_oB_o</math>.</ref>. {{Al|5}}En comparant les triangles rectangles <math>\;A_iB_iS\;</math> et <math>\;A_oB_oS</math>, déterminer le grandissement transverse par le dioptre de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}\\ p_i = \overline{SA_i} \end{array}\right\rbrace</math> ; <center>cette relation définit la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour tout objet linéique transverse de pied <math>\;A_o \neq S\;</math> <ref name="forme indéterminée" />, elle caractérise quantitativement la propriété d'aplanétisme approché du miroir sphérique pour l'objet linéique transverse de pied <math>\;A_o\;</math> <ref name="indépendance de la nature dioptre" />.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons émergents correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;C\;</math> qui est transmis sans déviation et le 2{{ème}} de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfracte en <math>\;S\;</math> suivant une direction faisant l'angle <math>\;i_i\;</math> par rapport à l'axe optique principal, la direction du rayon incident, quant à elle, faisant l'angle <math>\;i_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal telle que <math>n_i\,i_i = n_o\, i_o\;</math> <ref name="relation de Kepler"> On rappelle que les angles étant petits, la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes de la réfraction se réécrit en omettant les sinus (relation approchée de Kepler).</ref> <ref> Il est déconseillé de choisir ce rayon dans les constructions futures demandées car peu pratique <math>\;\big(</math>l'angle <math>\;i_o\;</math> devant être mesuré puis l'angle <math>\;i_i\;</math> calculé et enfin reporté par rapport à l'axe optique principal<math>\big)</math> ; ici nous l'utilisons dans la démonstration d'où ce choix.</ref>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(i_o)\;</math> et <math>\;\tan(i_i)\;</math> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oS\;</math> et <math>\;A_iB_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(i_o) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}}</math>, <math>\;i_o\;</math> étant <math>\;< 0</math>, <math>\;\overline{A_oB_o} > 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o} < 0\;</math> <ref> On suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oS\;</math> puisse être défini.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;i_o \simeq \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}}</math>, * <math>\;\tan(i_i) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}}</math>, <math>\;i_i\;</math> étant <math>\;< 0</math>, <math>\;\overline{A_iB_i} < 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_i} > 0\;</math> <ref> Ayant suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> et <math>\;S\;</math> étant un point double on en déduit <math>\;A_i \neq S\;</math> ce qui définit le triangle <math>\;A_iB_iS</math>.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;i_i \simeq \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}}</math> ; {{Al|5}}écrvant la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes de la réfraction pour les petits angles <math>\;n_i\, i_i \simeq n_o\, i_o\;</math> on en déduit : <math>\;n_o\, \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}} \simeq n_i\, \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} \simeq \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\overline{SA_i}}{\overline{SA_o}}\;</math> d'où <center>la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes (avec origine au sommet)</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\overline{SA_i}}{\overline{SA_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq S\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}\\ p_i = \overline{SA_i} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;p_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;p_i = f_i\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;p_o = f_o\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = C\;</math> <ref> Le dioptre sphérique n'est stigmatique rigoureux que pour le pied <math>\;C\;</math> de l'objet linéique, pour tous les autres points objets constituant ce dernier on suppose le stigmatisme approché du dioptre c.-à-d. l'utilisation de rayons incidents issus de <math>\;M_o\; (\neq C)\; \in A_oB_o\;</math> paraxiaux <math>\big(</math>ce qui peut être réalisé en pratique avec un diaphragme centré en <math>\;S\;</math> collé contre le dioptre<math>\big)</math>.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du dioptre pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> sous lequel l'objet est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\;\big(\beta \ll 1\big)</math>, * vérifier, par construction de l'image <math>\;A_iB_i</math> et utilisation de la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes de réfraction dans les conditions de Gauss, qu'elle est se superpose à <math>\;A_oB_o\;</math> avec un cœfficient d'agrandissement dépendant du rapport des indices des espaces objet et image, * en déduire l'applicabilité de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = C</math>. {{Al|5}}Considérant maintenant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = S\;</math> <ref> L'objet, collé contre le dioptre sphérique, de pied <math>\;A_o = S</math>, l'axe optique principal ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, ne peut être rigoureusement linéique (c.-à-d. rectiligne) car il suit la courbure du dioptre mais, s'il est vu de <math>\;C\;</math> sous un petit angle non algébrisé <math>\;\alpha</math>, on peut confondre l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et le segment correspondant lui étant tangent à l'ordre un <math>\;\alpha</math>, raison pour laquelle l'objet est qualifié de « linéique transverse » ; <br>{{Al|3}}le dioptre sphérique est stigmatique rigoureux que pour les points de l'objet linéique car tous ces points, étant sur le dioptre, jouent le rôle de sommet (secondaire) pour lequel le dioptre est stigmatique rigoureux.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du dioptre pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'objet est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(\alpha \ll 1\big)\;</math> <ref> Qui est aussi la condition pour que l'objet collé sur le dioptre puisse être considéré comme linéique.</ref>, * vérifier que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> se superpose à <math>\;A_oB_o</math>, le caractère linéique transverse de l'objet entraînant celui de l'image et * en déduire la valeur du grandissement transverse <math>\;G_t(S)\;</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = S</math>. {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - grandissement transverse au centre.jpg|thumb|Construction de l'image d'un objet linéique transverse de pied au centre d'un dioptre sphérique concave convergent]] {{Al|5}}Le centre <math>\;C\;</math> du dioptre sphérique concave convergent ci-contre en étant un point double conjugué rigoureux, un objet linéique transverse <math>\;CB_o\;</math> a pour image, par le dioptre, une image linéique transverse de pied <math>\;C</math>, notée <math>\;CB_i</math> ; pour construire cette dernière il suffit de choisir pour rayon incident issu de <math>\;B_o</math>, le rayon passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> qui se propage dans l'espace image parallèlement à l'axe optique principal, le point image <math>\;B_i\;</math> étant alors l'intersection de ce rayon émergent avec le plan transverse passant par <math>\;C</math> ; on vérifierait graphiquement que <center> <math>\;\overline{CB_i} = \dfrac{n_o}{n_i}\, \overline{CB_o}\;</math> et par suite <math>\;G_t(C) = \dfrac{n_o}{n_i}</math> ;</center> {{Al|5}}l'application de la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au sommet) nous conduit à <math>\;G_t(C) =</math> <math>\dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\overline{SC}}{\overline{SC}}</math>, soit effectivement <math>\;G_t(C) = \dfrac{n_o}{n_i}</math>. {{Al|5}}Tous les points du dioptre sphérique étant des points doubles de ce dernier <ref> Chaque point du dioptre jouant le rôle de sommet pour l'axe optique principal passant par ce point, c'est effectivement un point double.</ref>, un objet collé sur le dioptre est donc sa propre image ; dans la mesure où l'objet est de petite taille, on peut négliger sa courbure et le considérer comme linéique transverse, son image étant alors également linéique transverse ; comme <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SA_o}\;</math> on en déduit, par définition, <math>\;G_t(S) = +1\;</math>.}} ==== Construction de l'image par un dioptre sphérique d'un objet linéique transverse ==== {{Al|5}}<u>Définitions préliminaires</u> : On appelle plan focal objet le plan transverse passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}plan focal image le plan transverse passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math> ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle axe optique secondaire tout axe passant par le centre <math>\;C</math> du dioptre, il possède une partie incidence contenue dans l'espace objet réel se prolongeant sans être dévié pour donner sa partie émergente contenue dans l'espace image réelle ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal objet et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}foyer secondaire image <math>\;\varphi_i\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal image. {{Al|5}}<u>Propriétés</u> : Justifier les propriétés des foyers secondaires objet et image associés à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : # le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour image le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)\big]</math>, # le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour antécédent le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}<u>Propriétés des foyers secondaires associés à un axe optique secondaire</u> : # foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet linéique transverse contenu dans le plan focal objet et de pied <math>\;F_o</math>, objet noté <math>\;F_o\varphi_o(\delta)</math>, <math>\;F_o\;</math> ayant pour image le point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et l'image étant linéique transverse, le point <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> a une image également située à l'infini sur l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon incident issu de <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> se prolonge dans l'espace image sans déviation, les parties incidente et émergente constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)</math>,</center> # foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet dont l'image associée est contenue dans le plan focal image et de pied <math>\;F_i</math>, image notée <math>\;F_i\varphi_i(\delta)</math>, <math>\;F_i\;</math> ayant pour antécédent le point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et le dioptre étant aplanétique, le point <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> a un antécédent également situé à l'infini sur la partie incidente de l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon émergent issu de <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> est le prolongement d'un rayon incident sans changement de direction, les parties incidente et émergente constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement<math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)</math>.</center>}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> réel, de pied <math>\;A_o\;</math> séparé du sommet <math>\;S\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent d'une distance supérieure au rayon non algébrisé du dioptre <ref> Pour la construction on prendra <math>\;n_o = 1,5\;</math> (indice du verre) et <math>\;n_i = 1,0\;</math> (indice de l'air).</ref>, construire son image <math>\;A_iB_i\;</math> par le dioptre de deux façons différentes : # en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> <math>\big[</math>choisis parmi les trois suivants : passant par <math>\;C</math>, passant par <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<math>\big]</math>, # en considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> <ref name="un seul rayon incident suffit" /> <math>\big[</math>choisi parmi les deux suivants : passant par <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\big]</math>. {{Al|5}}Refaire les constructions précédentes avec un miroir concave divergent (obtenu en permutant les espaces objet et image). {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - construction image.jpg|thumb|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave convergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal]] # En considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> choisis parmi les trois suivants (voir schéma ci-contre) : <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;C\;</math> et se prolongeant sans déviation, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;F_o\;</math> foyer principal objet et émergeant dans l'espace image parallèlement à l'axe optique principal, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal et émergeant dans l'espace image en passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;B_i\;</math> étant à l'intersection des deux rayons réfractés correspondant aux deux rayons incidents choisis, <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal. {{clr}} [[File:Dioptre sphérique concave convergent - construction image - bis.jpg|thumb|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave convergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire]] # En considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> choisis parmi les deux suivants (voir schéma ci-contre) : <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par un foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection du rayon incident et du plan focal objet<math>\big]\;</math> et émergeant parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> <math>\big[</math>c.-à-d., pour la partie incidente <math>\;C\varphi_o(\delta)</math>, la partie réfractée en étant le prolongement sans déviation<math>\big]</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à un axe optique secondaire a priori quelconque <math>\;(\delta)\;</math> et émergeant en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection de l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> et du plan focal image<math>\big]</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;A_i\;</math> étant à l'intersection d'un des rayons réfractés correspondant au rayon incident choisi et de l'axe optique principal, <math>\;B_i\;</math> s'obtenant comme intersection de l'axe optique secondaire passant par <math>\;B_o\;</math> et du plan transverse passant par <math>\;A_i</math>. {{clr}} {{Al|5}}Ci-dessous les constructions refaites sur un dioptre sphérique concave divergent, en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> à gauche puis en utilisant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> et la notion de foyers secondaires objet ou image à droite : <center> <gallery> Dioptre sphérique concave divergent - construction image.jpg|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave divergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal Dioptre sphérique concave divergent - construction image - bis.jpg|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave divergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire </gallery> </center>}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) sous conditions de Gauss === ==== Relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}On repère maintenant les points objet <math>\;A_o\;</math> et image <math>\;A_i\;</math> relativement au centre <math>\;C\;</math> du dioptre sphérique en définissant * l'abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}\;</math> et * l'abscisse image de Descartes (avec origine au centre) de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}</math> ; {{Al|5}}à partir de la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) s'écrit <center><math>\;\dfrac{n_o}{\overline{CA_i}} - \dfrac{n_i}{\overline{CA_o}} = V\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C" /> ou <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = V\;</math> avec <math>\;V\;</math> vergence du dioptre.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Descartes (origine au centre) utilisent <math>\;C\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> ou un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o} = \overline{SC} + \overline{CA_o}\;</math> ou <math>\;p_o = \overline{R} + \pi_o\;</math> et * l'abscisse image de Descartes (avec origine au centre) du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i = \overline{SA_i}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SC} + \overline{CA_i}\;</math> ou <math>\;p_i = \overline{R} + \pi_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au centre) en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes précédemment définis, dans la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = \dfrac{-(n_i - n_o)}{\overline{R}}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{n_i}{\pi_i + \overline{R}} - \dfrac{n_o}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> ou <math>\;\dfrac{n_i\,(\pi_o + \overline{R}) - n_o\, (\pi_i + \overline{R})}{(\pi_i + \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R})} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens" /> <math>\;-(n_o - n_i)\, (\pi_i + \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R}) = [n_i\, \pi_o - n_o\, \pi_i - (n_o - n_i)\, \overline{R}]\, \overline{R}\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;-(n_o - n_i)\, \pi_o\, \pi_i - (n_o - n_i)\, \overline{R}\, \pi_o - (n_o - n_i)\, \overline{R}\, \pi_i - (n_o - n_i)\, \overline{R}^2 = n_i\, \pi_o\, \overline{R} - n_o\, \pi_i\, \overline{R} - (n_o - n_i)\, \overline{R}^2\;</math> soit, après simplification <math>\;-(n_o - n_i)\, \pi_o\, \pi_i - n_o\, \overline{R}\, \pi_o + n_i\, \overline{R}\, \pi_i = 0\;</math> ou <math>\;n_o\, \overline{R}\, \pi_o - n_i\, \overline{R}\, \pi_i = -(n_o - n_i)\, \pi_o\, \pi_i\;</math> et enfin, en divisant les deux membres de l'équation par <math>\;\pi_o\, \pi_i\, \overline{R}\;</math> <ref name="C.N." /> <math>\;\big(</math>la raison en étant que l'on cherche à établir une équation faisant intervenir des inverses de longueur à partir d'une équation comportant des produits de deux longueurs<math>\big)\;</math> <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}</math> ; la <u>1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = V\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du dioptre ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}} = V</math>.</ref> avec <math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> vergence du dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}\\ \pi_i = \overline{CA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</center>}} [[File:Dioptre sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes avec origine en C pour un dioptre sphérique concave convergent]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}à partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C" />. {{Al|5}}En utilisant le schéma ci-contre vérifier directement cette relation. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet" /> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \pi_o + \overline{R} \\ p_i = \pi_i + \overline{R} \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\pi_i + \overline{R}}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}\left( \dfrac{1}{\overline{R}} + \dfrac{1}{\pi_i} \right)}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}} \left( \dfrac{1}{\overline{R}} + \dfrac{1}{\pi_o} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître des inverses de longueur comme celles de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}} \Leftrightarrow \dfrac{n_o}{\pi_i} + \dfrac{n_o}{\overline{R}} = \dfrac{n_i}{\pi_o} + \dfrac{n_i}{\overline{R}}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}}}</math> ; la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du dioptre ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = 1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}\\ \pi_i = \overline{CA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons émergents correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;C\;</math> qui est transmis sans déviation et le 2{{ème}} de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfracte en <math>\;S\;</math> suivant une direction faisant l'angle <math>\;i_i\;</math> par rapport à l'axe optique principal, la direction du rayon incident, quant à elle, faisant l'angle <math>\;i_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal telle que <math>n_i\,i_i = n_o\, i_o\;</math> <ref name="relation de Kepler" />, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oC\;</math> et <math>\;A_iB_iC\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o}) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_o} < 0\;</math> <ref name="hors centre" />, * <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_i} > 0\;</math> <ref name="hors centre bis" /> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}} = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{\overline{CA_i}}{\overline{CA_o}}\;</math> d'où <center>la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes (avec origine au centre)</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{CA_i}}{\overline{CA_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq C\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\pi_o = \overline{CA_o}\\ \pi_i = \overline{CA_i} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\pi_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\pi_i = f_i - \overline{R}\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\pi_o = f_o - \overline{R}\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Newton sous conditions de Gauss === {{Al|5}}On repère maintenant le point objet <math>\;A_o\;</math> relativement au foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> du dioptre sphérique et le point image <math>\;A_i\;</math> relativement au foyer principal image <math>\;F_i\;</math> du même dioptre sphérique en définissant * l'abscisse objet de Newton de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> et * l'abscisse image de Newton de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>. ==== Relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Newton s'écrit <center><math>\; \overline{F_iA_i}\; \overline{F_oA_o} = \overline{SF_i}\; \overline{SF_o}\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Newton" /> ou <math>\;\sigma_i \; \sigma_o = f_i\; f_o\;</math> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille"> On retrouve la forme commune vue pour un miroir sphérique et qui sera établie au chapitre suivant pour une lentille mince <math>\;\big(</math>à condition que les deux formes de la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton soient explicitées uniquement en fonction des abscisses objets ou des abscisses images et non simultanément des deux<math>\big)</math>.</ref> avec <math>\;f_i\;</math> et <math>\;f_o\;</math> distances focales image et objet du dioptre.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Newton utilisent <math>\;F_o\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> comme origine pour repérer un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Newton du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o =</math> <math>\overline{SA_o}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o} = \overline{SF_o} + \overline{F_oA_o}\;</math> ou <math>\;p_o = f_o + \sigma_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\, f_i + \sigma_o\;</math> <ref name="vergence dioptre"> On rappelle la vergence <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}\;</math> d'où <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\, f_i</math>.</ref> et * l'abscisse image de Newton du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i =</math> <math>\overline{SA_i}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SF_i} + \overline{F_iA_i}\;</math> ou <math>\;p_i = f_i + \sigma_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Newton en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes précédemment définis, dans la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = \dfrac{n_i}{f_i}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{n_i}{\sigma_i + f_i} - \dfrac{n_o}{\sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i} = \dfrac{n_i}{f_i}\;</math> ou <math>\;\dfrac{n_i \left( \sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i \right) - n_o\, (\sigma_i + f_i)}{(\sigma_i + f_i) \left( \sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i \right)} = \dfrac{n_i}{f_i}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens" /> <math>\;n_i\, (\sigma_i + f_i) \left( \sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i \right)</math> <math>= (n_i\, \sigma_o - n_o\, \sigma_i - 2\, n_o\, f_i)\, f_i\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;n_i\, \sigma_o\, \sigma_i + n_i\, f_i\, \sigma_o - n_o\, f_i\, \sigma_i - n_o\, f_i^2 =</math> <math>n_i\, \sigma_o\, f_i - n_o\, \sigma_i\, f_i - 2\, n_o\, f_i^2\;</math> soit, après simplification <math>\;n_i\, \sigma_o\, \sigma_i = -n_o\, f_i^2\;</math> et enfin, sachant que <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\, f_i</math> <ref> On remplacera une seule fois <math>\;n_o\, f_i\;</math> par <math>\;-n_i\, f_o\;</math> pour obtenir une forme symétrique de la relation puis on simplifiera l'équation obtenue par <math>\;n_i</math>.</ref>, <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> ; la <u>1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center> <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le foyer principal objet du dioptre <math>\;\big(</math> en effet si <math>\;A_o\;</math> est en <math>\;F_o</math>, l'image <math>\;A_i\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal et on obtient une forme indéterminée avec <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> valant <math>\;\infty\big)</math> ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS} = -f_o\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS} = -f_i\;</math> d'où <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i</math>.</ref> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille" /> <br>avec <math>\;f_i = -\dfrac{n_i}{n_o}\,f_o = -\dfrac{(n_o - n_i)}{n_i}\,\overline{R}\;</math> distance focale image du dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \sigma_o = \overline{F_oA_o}\\ \sigma_i = \overline{F_iA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</center>}} [[File:Dioptre sphérique - grandissement transverse Newton.jpg|thumb|Schéma de démonstration des deux formes de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton pour un dioptre sphérique concave convergent]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Newton <ref name="deux formes de grandissement transverse de Newton" /> <ref name="Applicabilité relation de Newton" />. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet" /> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \sigma_o + f_o \\ p_i = \sigma_i + f_i \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\sigma_i + f_i}{\sigma_o + f_o} = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\sigma_i \left( 1 + \dfrac{f_i}{\sigma_i} \right)}{f_o \left( 1 + \dfrac{\sigma_o}{f_o} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître, au numérateur et au dénominateur, deux grandeurs égales découlant de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_i\, f_o \Leftrightarrow \dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> ou encore <math>\;1 + \dfrac{\sigma_i}{f_i} = 1 + \dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\sigma_i}{f_o} =</math> <math>-\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <ref name="vergence dioptre" /> ; la 1{{ère}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton dioptre"> Applicable en tout point objet ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que cette forme de relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS} = -f_o\;</math> <math>\;\big(</math>resp. <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS} = -f_i\big)\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = +1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille" /> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>.</center> {{Al|5}}comme la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton s'écrivant <math>\;\sigma_i\, \sigma_o = f_i\, f_o\;</math> est équivalente à <math>\;\dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> on en déduit aisément la 2{{ème}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton" /> <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille" /> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfractés correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;F_o\;</math> qui émerge en <math>\;K\;</math> parallèlement à l'axe optique principal et le 2{{ème}} parallèle à l'axe optique principal qui se réfracte en <math>\;H\;</math> en passant par <math>\;F_i</math>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_iS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_iB_iF_i\;</math> et <math>\;HF_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{F_iA_i} < 0\;</math> <ref name="hors foyer bis" />, * <math>\;\tan(\widehat{HF_iS}) = \dfrac{\overline{SH}}{\overline{SF_i}}</math>, <math>\;\overline{SH}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SH} = \overline{A_oB_o}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{HF_iS}) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_iS})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}} = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{F_iA_i}}{\overline{SF_i}}\;</math> d'où <center>une 1{{ère}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\overline{F_iA_i}}{\overline{SF_i}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq A_{o,\,\infty}\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>.</center> {{Al|5}}de même le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_oS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oF_o\;</math> et <math>\;KF_oS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o}) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{F_oA_o} > 0\;</math> <ref name="hors foyer" />, * <math>\;\tan(\widehat{KF_oS}) = -\dfrac{\overline{SK}}{\overline{SF_o}}</math>, <math>\;\overline{SK}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_o} < 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SK} = \overline{A_iB_i}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{KF_oS}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_oS})</math>, on en déduit : <math>\;\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}} = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{SF_o}}{\overline{F_oA_o}}\;</math> d'où <center>une 2{{ème}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\overline{SF_o}}{\overline{F_oA_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq F_o\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\sigma_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\sigma_i = 0\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de Lagrange - Helmholtz sous conditions de Gauss === [[File:Dioptre sphérique - grandissement angulaire.jpg|thumb|Schéma de détermination du grandissement angulaire en repérage de Descartes (avec origine en S) pour un dioptre sphérique concave convergent]] ==== Expression de Descartes (avec origine au sommet) du grandissement angulaire d'un pinceau incident issu d'un point objet ==== {{Al|5}}On rappelle que le grandissement angulaire d'un pinceau lumineux incident issu d'un point objet <math>\;A_o\;</math>, de direction faisant un angle <math>\;\theta_o\;</math> avec l'axe optique principal, le pinceau se réfractant sur le dioptre en convergeant vers le point image <math>\;A_i\;</math>, avec une direction faisant un angle <math>\;\theta_i\;</math> avec l'axe optique principal, est défini selon <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> <ref name="Angles petits" /> ; {{Al|5}}en utilisant le schéma ci-contre, établir l'expression du grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes (avec origine au sommet), respectivement <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> et <math>\;p_i = \overline{SA_i}\;</math> <ref> L'expression du grandissement angulaire a été établie en utilisant un dioptre sphérique concave convergent mais elle reste applicable pour un dioptre sphérique des trois autres types.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}On détermine le grandissement angulaire par évaluation de <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> et <math>\;\tan(\theta_i)</math>, <math>\big(\theta_o\;</math> <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\theta_i < 0\;</math> sur la figure ci-dessus<math>\big)</math> respectivement dans les triangles <math>\;A_oIS\;</math> et <math>\;A_iIS\;</math> soit : * dans le triangle <math>\;A_oIS</math>, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_o}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} < 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_o| \ll 1</math>, <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}</math> ; * dans le triangle <math>\;A_iIS</math>, <math>\;\tan(\theta_i) = -\dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_i}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0</math>, <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> et <math>\;\theta_i < 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_i) = -\dfrac{\overline{SI}}{p_i}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>, <math>\;\theta_i \simeq -\dfrac{\overline{SI}}{p_i}</math> ; {{Al|5}}on en déduit <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq \dfrac{\dfrac{-\overline{SI}}{p_i}}{-\dfrac{\overline{SI}}{p_o}}\;</math> soit, en simplifiant par <math>\;\overline{SI}</math>, l'expression souhaitée du <center>grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq \dfrac{p_o}{p_i}</math>.</center>}} ==== Établissement de la relation de Lagrange - Helmholtz ==== {{Al|5}}Á l'aide des relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) et de l'expression du grandissement angulaire dans le même repérage, vérifier la relation de Lagrange - Helmholtz <center> <math>\;\dfrac{n_i}{n_o}\; G_t(A_o)\; G_a(A_o) = 1\;</math> <ref name="Lagrange - Helmholtz dioptre"> Cette relation est la même que celle que l'on trouvera dans le chapitre suivant sur les lentilles minces, dans le cas usuel d'une lentille mince l'espace image étant de même indice que l'espace objet</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Connaissant le grandissement transversal donné par la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) \simeq \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> et l'expression du grandissement angulaire précédemment trouvée <math>\;G_a(A_o) \simeq \dfrac{p_o}{p_i}</math>, on en déduit le lien entre grandissements angulaire et transversal indépendant de la position du point objet <math>\;A_o</math>, <math>\;G_a(A_o)\; G_t(A_o) \simeq \dfrac{p_o}{p_i} \times \dfrac{n_o}{n_i}\; \dfrac{p_i}{p_o} = \dfrac{n_o}{n_i}\;</math> soit finalement <center><math>\;\dfrac{n_i}{n_o}\; G_t(A_o)\; G_a(A_o) = 1\;</math> ce qui constitue la relation de Lagrange - Helmholtz cherchée <ref name="Lagrange - Helmholtz dioptre" />.</center>}} == Notes et références == <references /> {{Bas de page | idfaculté = physique | précédent = [[../Optique géométrique : miroir plan/]] | suivant = [[../Optique géométrique : lentilles minces/]] }} eqjfzguxdv3xkid21h52br5vefi8ary 880697 880696 2022-07-24T09:18:37Z Phl7605 31541 /* Démonstration du stigmatisme approché d'un miroir sphérique concave sous conditions de Gauss */ wikitext text/x-wiki {{Exercice | titre = Optique géométrique : conditions de Gauss | idfaculté = physique | numéro = 13 | chapitre = [[../../Optique géométrique : conditions de Gauss/]] | précédent = [[../Optique géométrique : miroir plan/]] | suivant = [[../Optique géométrique : lentilles minces/]] | niveau = 14 }} __TOC__ {{clr}} == Stigmatisme et aplanétisme approchés d'un miroir sphérique sous conditions de Gauss == {{Al|5}}Pour être défini, un miroir sphérique nécessite la connaissance de : * sa nature « concave » ou « convexe », * son centre <math>\;C\;</math> <math>\big(</math>centre de courbure de la surface sphérique réfléchissante <ref> Si le miroir est « concave », <math>\;C\;</math> est réel, et si le miroir est « convexe », <math>\;C\;</math> est virtuel.</ref><math>\big)</math>, * son rayon de courbure <math>\;\big(</math>non algébrisé<math>\big)</math> <math>\;R\;</math> <math>\big(</math>rayon de courbure de la surface sphérique réfléchissante<math>\big)</math>, * l'axe optique principal dont la partie incidente <math>\;\big(</math>ou son prolongement<math>\big)\;</math> passe par <math>\;C\;</math> et le point objet <math>\;A_o\;</math> <math>\big(</math>point objet dont on étudiera l'image éventuelle<math>\big)\;</math> et * son sommet <math>\;S\;</math> <math>\big(</math>intersection de l'axe optique principal et de la surface réfléchissante<math>\big)</math>. {{Al|5}}Nous adoptons l'algébrisation physique de l'axe optique principal <ref name="orientation axe opt. princ."> Supposant l'axe optique principal horizontal, l'espace objet réel étant situé à gauche du miroir, la partie incidente de l'axe optique principal est donc orientée dans le sens <math>\;\rightarrow\;</math> et la partie réfléchie orientée dans le sens <math>\;\leftarrow</math>, voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Algébrisation_physique_de_l'axe_optique_principal_(associé_à_un_objet_ponctuel)|algébrisation physique de l'axe optique principal (associé à un objet ponctuel)]] » du chap.<math>12</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> et, pour unifier l'étude des miroirs sphériques, algébrisons le rayon de courbure du miroir selon <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow}\;</math> <ref name="orientation axe opt. princ." /> avec pour conséquence la nature « concave » ou « convexe » du miroir caractérisé par le signe du rayon de courbure algébrisé : * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} > 0</math>, <math>\;C\;</math> étant à droite de <math>\;S\;</math> est virtuel, correspondant à un miroir « convexe », * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} < 0</math>, <math>\;C\;</math> étant à gauche de <math>\;S\;</math> est réel, correspondant à un miroir « concave ». <center> <gallery mode="packed" heights="330px> Miroir sphérique convexe - algébrisation.jpg|Miroir sphérique convexe : algébrisation de l'axe optique principal, définitions du centre, du sommet et du rayon de courbure algébrisé Miroir sphérique concave - algébrisation.jpg|Miroir sphérique concave : algébrisation de l'axe optique principal, définitions du centre, du sommet et du rayon de courbure algébrisé </gallery> </center> {{Al|5}}Dans la suite nous supposerons le miroir sphérique concave <ref> En précisant la modification des résultats pour un miroir sphérique convexe.</ref> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Dans la suite nous }}admettrons qu'il n'y a pas stigmatisme rigoureux du miroir sphérique <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Stigmatisme_rigoureux_d'un_système_optique_pour_un_point_objet|stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point objet]] » du chap.<math>12</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> pour tous les points objets autres que <math>\;C\;</math> et tous les points du miroir <ref name="Définition sommet"> Si le point objet <math>\;A_o\;</math> est sur le miroir, l'axe optique principal associé à ce point objet ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, <math>\;A_o\;</math> joue le rôle de sommet <math>\;S\;</math> du miroir ; ainsi, dans la mesure où l'axe optique principal n'a pas été préalablement défini, tout point du miroir peut être considéré comme un sommet.</ref>. === Démonstration du stigmatisme approché d'un miroir sphérique concave sous conditions de Gauss === [[File:Miroir sphérique concave - stigmatisme approché.jpg|thumb|350px|Schéma d'un miroir sphérique concave dans le but d'établir le stigmatisme approché du miroir <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Stigmatisme_d'un_système_optique_pour_un_point_objet|stigmatisme d'un système optique pour un point objet]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> pour tout point objet autre que <math>\;C\;</math> et <math>\;S</math>]] {{Al|5}}Considérant un point objet réel <math>\;A_o \neq C\;</math> et l'axe optique principal correspondant de support <math>\;(A_oC)\;</math><ref> Dès lors que <math>\;A_o\;</math> est <math>\;\neq C</math>, l'axe optique principal est parfaitement défini ainsi que le sommet <math>\;S\;</math> qui est l'intersection de l'axe optique principal et du miroir ; <br>{{Al|3}}sur le schéma <math>\;[SA_o]\;</math> est <math>\;> [SC]</math>, ceci entraînant que <math>\;A_i</math>, l'image éventuelle de <math>\;A_o\;</math> par le miroir, est telle que <math>\;[SA_i]\;</math> est <math>\;< [SC]</math> ; <br>{{Al|3}}pour traiter le cas correspondant à <math>\;[SA_o] < [SC]</math>, ce qui entraînerait que <math>\;A_i</math>, l'image éventuelle de <math>\;A_o\;</math> par le miroir, serait telle que <math>\;[SA_i] > [SC]</math>, il suffirait de permuter l'objet et l'image pour retrouver le cas précédent aussi nous nous contenterons de traiter le cas du schéma <math>\;[SA_o] > [SC]</math>.</ref>, nous envisageons des rayons incidents issus de <math>\;A_o</math>, peu inclinés par rapport à l'axe optique principal, d'angle d'inclinaison <math>\;\theta_o\;</math> tel que <math>\;\vert \theta_o \vert \ll 1\;</math> et dont le point d'incidence <math>\;I\;</math> reste proche du sommet <math>\;S\;</math> c.-à-d. tel que l'angle que fait la normale au miroir en <math>\;I\;</math> dans le sens incident avec la partie incidente de l'axe optique principal <math>\;\widehat{(\overrightarrow{CS}\, ;\, \vec{N})} =</math> <math>\omega\;</math> est tel que <math>\;\vert \omega \vert \ll 1\;</math><ref name="Paraxial"> Les rayons incidents sont donc paraxiaux, conditions de Gauss <math>\;\big(</math>admises<math>\big)\;</math> pour que le système recevant ces rayons soit stigmatique approché pour le point objet considéré, voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Énoncé_des_conditions_de_Gauss_de_stigmatisme_approché_d'un_système_optique_«_centré_»|énoncé des conditions de Gauss de stigmatisme approché d'un système optique centré]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>. {{Al|5}}Le rayon incident <math>\;A_oI\;</math> donnant, par utilisation des lois de Snell - Descartes de la réflexion, le rayon réfléchi <math>\;IA_i\;</math> <math>\big(A_i \in</math> à l'axe optique principal<math>\big)</math>, appelons <math>\;\theta_i\;</math> l'angle d'inclinaison du rayon réfléchi par rapport à la partie réfléchie de l'axe optique principal ; nous nous proposons de démontrer que <math>\;A_i\;</math> est indépendant du rayon incident considéré <math>\big(</math>c.-à-d. indépendant de <math>\;\theta_o\;</math> et de <math>\;\omega\big)\;</math> dans la mesure où les conditions de Gauss de stigmatisme approché <math>\big(\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et <math>\;|\omega| \ll 1\big)\;</math> sont réalisées. ==== Établissement de la relation liant θ_o, θ_i et ω ==== # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIC\;</math> établir une première relation entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;i\;\big(</math>angle d'incidence du rayon incident en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIC\;</math> établir une deuxième relation entre <math>\;\theta_i</math>, <math>\;i'\;\big(</math>angle de réflexion du rayon réfléchi en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en utilisant la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes de la réflexion et les deux relations précédentes, déduire la relation suivante entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;\theta_i\;</math> et <math>\;\omega</math> : <center> <math>\;\omega = \dfrac{\theta_o + \theta_i}{2}\;\;(\mathfrak{a})\;</math> <ref> Cette relation reste applicable quels que soient les ordres de grandeur de <math>\;|\theta_o|\;</math> et <math>\;|\omega|</math>, elle ne nécessite donc pas de se placer dans les conditions de Gauss de stigmatisme approché.</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Dans le triangle <math>\;A_oIC</math>, <math>\;\omega = \theta_o + (-i)\;</math> <ref name="relation dans un triangle"> On utilise la propriété suivante : « dans un triangle, un angle extérieur est égal à la somme des deux autres angles intérieurs » (propriété utilisant des angles non algébrisés).</ref> <ref> On remarque, sur le schéma, que <math>\;\omega\;</math> et <math>\;\theta_o\;</math> sont positifs mais <math>\;i\;</math> étant négatif, sa valeur absolue s'écrit <math>\;(-i)</math>.</ref> et <br>{{Al|5}}dans le triangle <math>\;A_iIC</math>, <math>\;\theta_i = \omega + i'\;</math> <ref name="relation dans un triangle" /> <ref> On remarque, sur le schéma, que tous les angles <math>\;\theta_i</math>, <math>\;\omega\;</math> et <math>\;i'\;</math> sont positifs.</ref> ou, <br>{{Al|5}}en utilisant la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes pour la réflexion <math>\;i' = -i</math>, la relation ci-dessus se réécrit <math>\;\theta_i = \omega - i</math> ; <br>{{Al|5}}on élimine alors <math>\;i\;</math> entre ces deux relations en faisant la différence soit : <math>\;\omega - \theta_i = \theta_o - \omega\;</math> ou <math>\;2\,\omega = \theta_o + \theta_i\;</math> soit enfin <center> <math>\;\omega = \dfrac{\theta_o + \theta_i}{2}\;\;(\mathfrak{a})</math>.</center>}} ==== Évaluation des angles θ_o, θ_i et ω en fonction des abscisses de A_o, A_i et C repérées relativement à H ==== {{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> et des conditions de Gauss de stigmatisme approché, montrer que le rayon réfléchi est aussi peu incliné relativement à la partie réfléchie de l'axe optique principal c.-à-d. <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>. # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH\;</math> <ref name="définition de H"> <math>\;H\;</math> étant le projeté orthogonal du point d'incidence <math>\;I\;</math> sur l'axe optique principal.</ref> évaluer <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_o}_{\rightarrow}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\theta_o</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\theta_i)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_i}_{\leftarrow}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\theta_i</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\omega)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HC}_{\rightarrow}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\omega</math>, # déduire des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math>, un lien entre <math>\;\overline{HA_o}_{\rightarrow}</math>, <math>\;\overline{HA_i}_{\leftarrow}\;</math> et <math>\;\overline{HC}_{\rightarrow}\;</math> <math>\;\big[</math>relation <math>\,(\mathfrak{b})\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> écrite sous la forme <math>\;\theta_i = 2\, \omega - \theta_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;|\theta_i| \leqslant 2\, |\omega| + |\theta_o|\;</math> et des conditions de Gauss de stigmatisme approché <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}|\theta_o| \ll 1\\ |\omega| \ll 1 \end{array}\right\rbrace\;</math> dont on déduit <math>\;2\, |\omega| + |\theta_o| \ll 1\;</math> d'où <math>\;|\theta_i| \leqslant 2\, |\omega| + |\theta_o| \ll 1\;</math> c.-à-d. que le rayon réfléchi est aussi peu incliné relativement à la partie réfléchie de l'axe optique principal. # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH</math>, <math>\;\tan(\theta_o) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HA_o}_\rightarrow}\;</math> car sur le schéma <math>\;\theta_o > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_o) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_o}_\rightarrow < 0\;</math> ou, <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_o) \simeq \theta_o\;</math> on en déduit <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_o}_\rightarrow}</math> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH</math>, <math>\;\tan(\theta_i) = \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}_\leftarrow}\;</math> car sur le schéma <math>\;\theta_i > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_i) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_i}_\leftarrow > 0\;</math> ou, <math>\;|\theta_i| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_i) \simeq \theta_i\;</math> on en déduit <math>\;\theta_i \simeq \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}_\leftarrow}</math> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH</math>, <math>\;\tan(\omega) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HC}_\rightarrow}\;</math> car sur le schéma <math>\;\omega > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\omega) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HC}_\rightarrow < 0\;</math> ou, <math>\;|\omega| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\omega) \simeq \omega\;</math> on en déduit <math>\;\omega \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HC_\rightarrow}}</math> ; # des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> réécrite selon <math>\;2\, \omega = \theta_i + \theta_o</math>, on en déduit <math>\;\dfrac{-2\, \overline{HI}}{\overline{HC_\rightarrow}} = \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}_\leftarrow} - \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_o}_\rightarrow}\;</math> ou, en simplifiant par <math>\;\overline{HI}</math>, on obtient la relation <math>\;(\mathfrak{b})\qquad \dfrac{-2}{\overline{HC_\rightarrow}} = \dfrac{1}{\overline{{\mathrm{HA}_i}_\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{HA_o}_\rightarrow}</math>.}} ==== Établissement de la confusion de H et de S à l'ordre un en ω ==== {{Al|5}}Établir que <math>\;H\;</math> <ref name="définition de H" /> peut être confondu avec le sommet <math>\;S\;</math> du miroir à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> <ref name="H et S confondus"> Ceci nécessite que <math>\;[HS]\;</math> soit un infiniment petit au moins d'ordre deux en <math>\;\omega</math>.</ref> et {{Al|5}}réécrire que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> en tenant compte de cette confusion. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Montrons que <math>\;H\;</math> peut être confondu avec <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> <ref name="ω infiniment petit d'ordre un"> <math>\;|\omega|\;</math> étant considéré comme un infiniment petit d'ordre un.</ref>, en évaluant <math>\;[CH]\;</math> puis <math>\;[HS] = [CS] - [CH]\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega</math>, on obtient : <math>\;[CH] = [CI]\, \cos(\omega) = R\, \cos(\omega) \simeq R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math> <math>\big(</math>revoir la remarque du paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable_au_voisinage_d'une_de_ses_valeurs#D.C3.A9veloppements_limit.C3.A9s_.C3.A0_l.27ordre_un_de_quelques_fonctions_usuelles|D.L. à l'ordre un de quelques fonctions usuelles]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « Outils mathématiques pour la physique (PCSI) »<math>\big)\;</math> d'où <math>\;[HS] = [CS] - [CH] \simeq R - R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega</math>, soit encore <math>\;[HS] \simeq R \dfrac{\omega^2}{2}\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math> ou finalement <center><math>\;[HS] \simeq 0\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega</math> ;</center> {{Al|5}}remplaçant <math>\;H\;</math> par <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{b})</math>, on peut, sous les conditions de Gauss de stigmatisme approché, la réécrire selon <center><math>\;(\mathfrak{b})\; \dfrac{-2}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = \dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math> <ref> Sous cette forme la relation nécessite que le point objet <math>\;A_o\;</math> soit <math>\;\neq S\;</math> sommet du miroir.</ref>.</center>}} ==== Conclusion : stigmatisme approché du miroir sphérique (concave) pour le point objet A_o et relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) ==== {{Al|5}}Vérifier que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> définit, pour un point objet <math>\;A_o\;</math> quelconque, un point image unique <math>\;A_i\;</math> et en déduire le stigmatisme approché du miroir sphérique <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour le point objet <math>\;A_o</math> ; {{Al|5}}la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> pouvant être écrite selon <math>\;\dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}} = V\;</math> <ref name="indépendance de la nature"> Nous admettrons que cette relation (ou propriété) établie dans le cas d'un miroir sphérique concave est encore applicable, sans modification, à un miroir sphérique convexe.</ref> où <math>\;V\;</math> est une constante appelée « vergence » du miroir sphérique exprimée en dioptries <math>\big(</math>de symbole <math>\;\delta\big)\;</math> dans la mesure où les abscisses le sont en <math>\;m\;\big(</math>la dioptrie étant liée au mètre par <math>\;1\, \delta = 1\,m^{-1}\big)</math>, exprimer <math>\;V\;</math> en fonction de <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow}</math>. {{Al|5}}Par la suite notant l'abscisse de Descartes <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math><ref> Pour le repérage de Descartes dans un miroir sphérique (concave ou convexe), il y a deux origines utilisées : l'origine au sommet qui est la plus fréquemment utilisée et l'origine au centre qui l'est beaucoup moins.</ref> du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Par la suite notant l'abscisse de Descartes <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>avec origine au sommet<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> }}celle du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}</math>, <br>{{Al|5}}la relation de conjugaison (approchée) de position [ou 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée)] de Descartes d'un miroir sphérique se réécrit <center><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille"> C.-à-d., comme cela sera vu au chapitre suivant, la même relation de conjugaison (approchée) de position (ou de grandissement transverse) de Descartes (ou de Newton) que celle d'une lentille mince (à condition que l'algébrisation de l'axe optique du miroir sphérique soit l'algébrisation physique adoptée dans ce cours).</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> établit le stigmatisme approché du miroir sphérique <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour tout point objet <math>\;A_o\;</math> autre que <math>\;C\;</math> et <math>\;S\;</math> puisque, pour un point objet <math>\;A_o\;</math> fixé, le point image <math>\;A_i\;</math> est déterminé de façon unique <math>\big(</math>indépendamment des variations des petits angles <math>\;\theta_o\;</math> et <math>\;\omega\big)</math>. {{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> peut effectivement être écrite sous la forme <math>\;\dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}} = V\;</math> où <math>\;V\;</math> est une constante définissant la vergence du miroir sphérique selon <center><math>\;V = \dfrac{-2}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> avec <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow}\;</math> rayon algébrisé du miroir.</center> {{Al|5}}Avec les abscisses de Descartes (avec origine au sommet) du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> et du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}</math>, la relation de conjugaison (approchée) de position [ou 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée)] de Descartes du miroir sphérique se réécrit <center><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille" />.</center>}} === Points pour lesquels la conjugaison du miroir sphérique est rigoureuse et points doubles === {{Al|5}}Vérifier, par construction et pour une direction d'axe optique principal préalablement fixée, que le centre <math>\;C\;</math> et le sommet <math>\;S\;</math> <ref name="Définition sommet" /> du miroir sont des points * pour lesquels le miroir est stigmatique rigoureux et * dont l'image est confondue avec l'objet (c.-à-d. que ce sont des points doubles). {{Al|5}}Justifier la raison pour laquelle la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) est applicable à <math>\;C</math>, centre du miroir, bien que la conjugaison soit rigoureuse ; {{Al|5}}vérifier, en utilisant cette relation, que <math>\;C\;</math> est effectivement un point double. {{Al|5}}Admettant que la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) reste applicable à <math>\;S</math>, sommet du miroir, pour lequel il y a conjugaison rigoureuse <math>\big[</math>mais évidemment pas sous cette forme qui est indéterminée quand on l'applique à <math>\;S</math>, son abscisse objet <math>\;p_o\;</math> y étant nulle<math>\big]</math>, évaluer <math>\;p_i\;</math> en fonction de <math>\;p_o\;</math> et de <math>\;V\;</math> et vérifier, sur cette dernière forme, * que <math>\;S\;</math> est effectivement un point double et * qu'il n'y a pas d'autres points doubles que <math>\;S\;</math> et <math>\;C</math>. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - points doubles.jpg|thumb|Schémas de vérification du fait que, pour C et S, le miroir sphérique (concave) est stigmatique rigoureux et que ce sont des points doubles]] {{Al|5}}Voir ci-contre les propriétés particulières d'un point objet en <math>\;C\;</math> ou <math>\;S\;</math> d'un miroir sphérique concave <ref name="indépendance de la nature"/> : * à gauche tout rayon d'un faisceau incident issu du centre <math>\;C\;</math> d'un miroir sphérique concave étant normal au miroir se réfléchit sur lui-même, donnant un ensemble de rayons réfléchis convergeant en un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, c.-à-d. prouvant que le miroir sphérique est stigmatique rigoureux pour son centre ; de plus le point image de <math>\;C\;</math> étant <math>\;C\;</math> lui-même, ce dernier est un point double ; * à droite tout rayon d'un faisceau incident convergeant sur le sommet <math>\;S\;</math> d'un miroir sphérique concave se réfléchissant en suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal et l'ensemble des rayons réfléchis divergeant à partir d'un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, cela prouve le stigmatisme rigoureux du miroir sphérique pour son sommet <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> ; de plus le point image de <math>\;S\;</math> étant <math>\;S\;</math> lui-même, ce dernier est un point double. {{Al|5}}Pour appliquer la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) à <math>\;C</math>, centre du miroir, bien que la conjugaison soit rigoureuse, il suffit de ne considérer que les rayons paraxiaux du faisceau incident issu de <math>\;C\;</math> et d'ouverture quelconque <ref> Le fait que les autres rayons convergent également en <math>\;C\;</math> ne modifient en rien la convergence des rayons réfléchis provenant de rayons incidents paraxiaux.</ref>, condition d'applicabilité de la relation de conjugaison de position de Descartes ; {{Al|5}}dans ce cas, si on appelle <math>\;C_i</math>, d'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(C_i) = \overline{SC_i}_{\leftarrow}</math>, l'image du point objet <math>\;C</math>, d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(C) = \overline{SC}_{\rightarrow} = \overline{R}</math>, nous obtenons, en remplaçant <math>\;V\;</math> par <math>\;\dfrac{-2}{\overline{R}}</math>, <math>\;\dfrac{1}{p_i(C_i)} - \dfrac{1}{\overline{R}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> d'où <math>\;p_i(C_i) = \overline{SC_i}_{\leftarrow}</math> <math>= -\overline{R}\;</math> soit encore <math>\;\overline{SC_i}_{\leftarrow} = -\overline{SC}_{\rightarrow}</math> ou, avec <math>\;\overline{SC_i}_{\rightarrow} = -\overline{SC_i}_{\leftarrow}</math>, <math>\;\overline{SC_i}_{\rightarrow} = \overline{SC}_{\rightarrow}\;</math> prouvant que <math>\;C_i\;</math> se confond avec <math>\;C\;</math> et par suite que <math>\;C\;</math> est un point double. <center>De <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> on tire <math>\;\dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{p_o} + V = \dfrac{1 + V\, p_o}{p_o}\;</math> soit <math>\;p_i = \dfrac{p_o}{1 + V\, p_o}</math> ;</center> {{Al|5}}sous cette forme on vérifie qu'un point objet en <math>\;S</math>, d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(S) = 0\;</math> a une image d'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i = 0</math>, c.-à-d. une image confondue avec <math>\;S\;</math> prouvant que <math>\;S\;</math> est bien un point double ; {{Al|5}}les points doubles <math>\;A_d\;</math> d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_d\;</math> étant tels que leurs abscisses images de Descartes (avec origine au sommet) s'écrivant <math>\;p_i(A_d) = \overline{SA_d}_{\leftarrow} = -\overline{SA_d}_{\rightarrow} = -p_d\;</math> avec <math>\;p_i(A_d) = \dfrac{p_d}{1 + V\, p_d}\;</math> obéissent à l'équation <math>\;-p_d = \dfrac{p_d}{1 + V\, p_d}\;</math> c.-à-d. <math>\;\left\lbrace\begin{array}{c}p_d = 0\;\;\; \text{ou}\\ 1 + V\, p_d = -1\end{array}\right\rbrace</math>, la 1{{ère}} solution donnant <math>\;S\;</math> point double et la 2{{ème}} équation conduisant à <math>\;p_d = \dfrac{-2}{V} = \overline{R}\;</math> c.-à-d. <math>\;C\;</math> point double ; <center>le centre et le sommet d'un miroir sphérique sont donc les seuls points doubles de ce dernier.</center>}} === Caractère focal d'un miroir sphérique, position des foyers principaux objet et image, lien de la vergence et des distances focales objet et image === {{Al|5}}Vérifier, sur la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes d'un miroir sphérique, que ce dernier est nécessairement « focal » <ref name="définition focal"> Un système « afocal » étant tel que le point à l'infini de l'axe optique principal est un point double, un système sera « focal » si le point à l'infini de l'axe optique principal est conjugué à un point de ce même axe optique principal à distance finie.</ref> puis déterminer * la position du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> c.-à-d. le point objet de l'axe optique principal ayant pour image le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;F_o\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; A_{i,\,\infty}\big]\;</math> et * la position du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> c.-à-d. le point image de l'axe optique principal ayant pour antécédent <ref name ="Antécédent"> C.-à-d. pour point objet.</ref> le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;A_{o,\,\infty}\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; F_i\big]</math> ; {{Al|5}}quelle particularité ces deux points possèdent-ils en ce qui concerne leurs positions absolues d'une part et leur position relative d'autre part ? {{Al|5}}Définissant * la distance focale objet comme l'abscisse objet de Descartes du foyer principal objet (avec origine au sommet) soit <math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> et * la distance focale image comme l'abscisse image de Descartes du foyer principal image (avec origine au sommet) soit <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math>, {{Al|5}}déterminer le lien entre vergence <math>\;V</math>, distance focale objet <math>\;f_o\;</math> et distance focale image <math>\;f_i</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Un miroir sphérique est un « système focal », en effet pour qu'il soit « afocal », il faudrait que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, mais ayant établi que les seuls points doubles du miroir sphérique sont <math>\;C\;</math> et <math>\;S</math>, et non le point à l'infini de l'axe optique principal on en déduit que le miroir sphérique est bien un « système focal ». * Le foyer principal image <math>\;F_i</math>, repéré par l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(F_i) = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> étant l'image du point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(A_{o,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{p_o(A_{o,\, \infty})} = 0</math>, on en déduit <math>\;\dfrac{1}{p_i(F_i)} - 0 = V\;</math> soit <math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} = \dfrac{1}{V} = -\dfrac{\overline{R}}{2}</math>. * Le foyer principal objet <math>\;F_o</math>, repéré par l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(F_o) = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> étant l'antécédent <ref name ="Antécédent"/> du point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(A_{i,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{p_i(A_{i,\, \infty})} = 0</math>, on en déduit <math>\;0 - \dfrac{1}{p_o(F_o)} = V\;</math> soit <math>\;\overline{SF_o}_{\rightarrow} = -\dfrac{1}{V} = \dfrac{\overline{R}}{2}</math> ; * les positions géométriques respectives des foyers principaux objet et image étant telles que <math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} = - \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> et le changement de sens d'algébrisation conduisant à <math>\;\overline{SF_i}_{\rightarrow} = -\overline{SF_i}_{\leftarrow}</math>, on en déduit <math>\;\overline{SF_i}_{\rightarrow} = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> c.-à-d. la <u>coïncidence des positions géométriques des foyers principaux objet et image</u> <ref> Cette coïncidence n'est que géométrique, car ce sont des points d'espaces optiques différents, l'un est dans un espace objet et l'autre dans un espace image.</ref> ; * <u>leur position géométrique commune</u> étant telle que <math>\;\overline{SF_o}_{\rightarrow} = \dfrac{\overline{R}}{2} = \dfrac{\overline{SC}_{\rightarrow}}{2}\;</math> on vérifie qu'elle <u>coïncide avec le milieu du segment joignant le sommet et le centre du miroir</u>. <center><u>Notion de distances focales objet et image</u> :</center> * la distance focale image <math>\;f_i\;</math> étant définie par <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> est liée à la vergence par <math>\;f_i = \dfrac{1}{V} = -\dfrac{\overline{R}}{2}</math> ; * la distance focale objet <math>\;f_o\;</math> étant définie par <math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> est liée à la vergence par <math>\;f_o = -\dfrac{1}{V} = \dfrac{\overline{R}}{2}</math> ; <center>on en déduit la relation <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> <ref> Pratiquement la vergence <math>\;V\;</math> est la valeur de l'invariant <math>\;\dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}</math>, appliquée au couple de points conjugués <math>\;(A_{o,\, \infty}\, , \,F_i)\;</math> on trouve <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} - 0\;</math> et appliquée au couple de points conjugués <math>\;(F_o\, , \,A_{i,\, \infty})</math>, <math>\;V = 0 - \dfrac{1}{f_o}</math> ; <br>{{Al|3}}pour mémoire, <math>\;C\;</math> étant un point double, l'invariant en <math>\;C\;</math> donne la valeur <math>\;V = \dfrac{1}{\overline{SC}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = -\dfrac{2}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}</math>.</ref>.</center>}} === Quelques propriétés découlant du caractère focal d'un miroir sphérique === ==== Signe de la vergence suivant la nature concave ou convexe du miroir sphérique, caractère convergent ou divergent du miroir et nature réelle ou virtuelle des foyers principaux ==== {{Al|5}}Déterminer le signe de la vergence suivant la nature « concave » ou « convexe » du miroir sphérique puis {{Al|5}}son caractère « convergent » ou « divergent » sachant qu'un système focal à « vergence positive » (respectivement « négative ») est dit « convergent » (respectivement « divergent ») et enfin {{Al|5}}la nature « réelle » ou « virtuelle » des foyers principaux. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> on en déduit que la vergence est de signe contraire au rayon de courbure algébrisé du miroir sphérique, ainsi : * un miroir <u>concave</u> a un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} < 0\;</math> <ref name="nature de C"> Correspondant au caractère réel (resp. virtuel) du centre <math>\;C\;</math> d'un miroir concave (resp. convexe).</ref>, donc une vergence <math>\;V > 0</math>, c'est un système « <u>convergent</u> », * un miroir <u>convexe</u> a un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} > 0\;</math> <ref name="nature de C" />, donc une vergence <math>\;V < 0</math>, c'est un système « <u>divergent</u> ». {{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> on en déduit la nature (réelle ou virtuelle) des foyers principaux objet et image suivant la nature (convergente ou divergente) du miroir sphérique : * un miroir <u>concave</u> étant convergent, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> est <math>\;> 0\;</math> entraînant le caractère <u>réel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> étant <math>\;< 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>réel</u> <ref name="nature des foyers"> Pour un miroir concave (resp. convexe) le caractère réel (resp. virtuel) du centre <math>\;C\;</math> avec le fait que la position géométrique commune des foyers principaux est le milieu du segment joignant le centre et le sommet, entraîne le caractère réel (resp. virtuel) des foyers principaux objet et image.</ref>, * un miroir <u>convexe</u> étant divergent, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> est <math>\;< 0\;</math> entraînant le caractère <u>virtuel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> étant <math>\;> 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>virtuel</u> <ref name="nature des foyers" />.}} ==== Démonstration de l'absence de conjugaison non rigoureuse du miroir sphérique (concave) pour le point objet à l'infini sur l'axe optique principal ==== {{Al|5}}En reprenant la démonstration faite à la 1{{ère}} question mais avec <math>\;A_o\;</math> situé à l'infini <math>\;\big(</math>ce qui correspond à <math>\;\theta_o = 0\big)\;</math> et en conservant les notations introduites dans la 1{{ère}} question <math>\;\big[</math>à l'exception de <math>\;A_i\;</math> qui sera noté <math>\;F_i(\omega)\;</math> <ref name="dépendance de ω"> Fonction de <math>\;\omega\;</math> car ce point <math>-</math> hors condition de Gauss <math>-</math> en dépend effectivement <math>\big[</math>c'est d'ailleurs, en ce qui concerne <math>\;F_i</math>, le but de cette question<math>\big]</math>.</ref> et de <math>\;H\;</math> qui sera noté <math>\;H(\omega)\;</math> <ref name="dépendance de ω" /><math>\big]</math>, {{Al|5}}déterminer la position de <math>\;F_i(\omega)\;</math> défini comme le point de l'axe optique principal par lequel passe le rayon réfléchi correspondant au rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, de point d'incidence <math>\;I(\omega)\;</math> <ref name="dépendance de ω" /> et {{Al|5}}vérifier que <math>\;F_i(\omega)\;</math> dépendant effectivement de <math>\;\omega</math>, il n'y a pas conjugaison rigoureuse du miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> pour le point situé à l'infini de l'axe optique principal. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - absence stigmatisme rigoureux.jpg|thumb|Schéma de démonstration de l'absence de stigmatisme rigoureux d'un miroir sphérique concave <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> pour le point objet à l'infini sur l'axe optique principal]] {{Al|5}}Montrons algébriquement qu'un miroir sphérique concave <ref name="indépendance de la nature" /> n'est pas rigoureusement stigmatique pour le point à l'infini <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math> de l'axe optique principal et pour cela il suffit de montrer qu'un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, de point d'incidence <math>\;I(\omega)\;</math> <ref name="dépendance de ω" />, repéré par l'angle <math>\;\omega\;</math> que fait le rayon incident avec <math>\;\overrightarrow{CI}(\omega)\;</math> tel que <math>\;|\omega|\; \cancel{\ll}\; 1\;</math>, donne un réfléchi qui recoupe l'axe optique principal en <math>\;F_i(\omega)\;</math> dépendant effectivement de <math>\;\omega\;</math> d'où l'absence de stigmatisme rigoureux du miroir pour <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math><ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> ; {{Al|5}}l'angle d'incidence étant <math>\;i = -\omega\;</math> <ref> En effet <math>\;i\;</math> est <math>\;< 0\;</math> sur le schéma alors que <math>\;\omega\;</math> est <math>\;> 0</math>.</ref>, l'angle de réflexion est donc <math>\;i' = -i = \omega\;</math> d'après la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes de la réflexion ; on en déduit alors <math>\;\widehat{\left\lbrace\overrightarrow{H(\omega)S}, \overrightarrow{F_i(\omega)I(\omega)}\right\rbrace} = 2\; \omega\;</math> et <math>\;\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow}\;</math> se détermine par <math>\;\tan(2\;\omega) = \dfrac{\overline{H(\omega)I(\omega)}}{\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow}}\;</math> <ref> Toutes les grandeurs étant positives sur le schéma.</ref> soit <math>\;\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{\overline{H(\omega)I(\omega)}\, \cos(2\; \omega)}{\sin(2\; \omega)}\;</math> ou, avec <math>\;\overline{H(\omega)I(\omega)} =</math> <math>CI(\omega)\; \sin(\omega) = R\; \sin(\omega)\;</math> et <math>\;\sin(2\; \omega) = 2\; \sin(\omega)\; \cos(\omega)</math>, <math>\;\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{R\, \cos(2\; \omega)}{2\; \cos(\omega)}</math> ; {{Al|5}}on peut alors évaluer <math>\;\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} = \overline{CH(\omega)}_{\rightarrow} - \overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow}\;</math> expression dans laquelle <math>\;\overline{CH(\omega)}_{\rightarrow} = R\; \cos(\omega)\;</math> d'où <math>\;\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} =</math> <math>R\; \cos(\omega) - \dfrac{R\, \cos(2\; \omega)}{2\; \cos(\omega)} = R\; \dfrac{2\; \cos^2(\omega)- \cos(2\; \omega)}{2\; \cos(\omega)}\;</math> ou, sachant que <math>\;\cos(2\; \omega) = 2\; \cos^2(\omega) - 1</math>, l'expression finale <center><math>\;\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{R}{2\; \cos(\omega)}\;</math> <ref> L'expression simple du résultat indique qu'il doit y avoir une méthode plus rapide pour sa détermination ; en effet les angles non algébrisés <math>\;\widehat{SCI(\omega)}\;</math> et <math>\;\widehat{CI(\omega)F_i(\omega)}\;</math> étant égaux <math>\;\big(</math>à <math>\;|\omega|\big)</math>, le triangle <math>\;F_i(\omega)CI(\omega)\;</math> est isocèle <math>\Rightarrow</math> la hauteur issue de <math>\;F_i(\omega)\;</math> est aussi médiatrice d'où, en notant <math>\;K(\omega)\;</math> son pied, <math>\;CK(\omega) = \dfrac{CI(\omega)}{2} = \dfrac{R}{2}\;</math> et <math>\;\dfrac{CK(\omega)}{\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow}} = \cos(\omega) \Rightarrow \overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{CK(\omega)}{\cos(\omega)} =</math> <math>\dfrac{R}{2\; \cos(\omega)}\;</math> ce qui est indéniablement plus rapide.</ref> établissant que <math>\;F_i\;</math> dépend effectivement de <math>\;\omega\;</math> <br>et par suite que le miroir sphérique concave <ref name="indépendance de la nature" /> n'est pas stigmatique rigoureux pour le point à l'infini <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math> de l'axe optique principal <ref> La démonstration de l'absence de stigmatisme rigoureux d'un miroir sphérique concave pour n'importe quel point objet (autre que le centre et le sommet) de l'axe optique principal pourrait être faite en suivant une démarche analogue.</ref>.</center>}} === Aplanétisme approché d'un miroir sphérique sous conditions de Gauss === {{Al|5}}On considère le miroir sphérique concave introduit à la 1{{ère}} question et un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o \neq C\;</math> <ref name="support axe optique principal"> Ce qui signifie que l'axe optique principal a pour support <math>\;(A_oC)</math>.</ref> tel qu'il y ait stigmatisme approché du miroir <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour tous les points <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> C.-à-d. que, pour un point quelconque <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o</math>, avec la définition de l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <math>\big(</math>cet axe jouant le rôle d'axe optique principal pour le point objet <math>\;M_o\;</math> est qualifié de secondaire relativement au point objet <math>\;A_o\big)</math>, les rayons incidents issus de <math>\;M_o\;</math> doivent être paraxiaux <math>\big[</math>peu inclinés relativement à l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> et à point d'incidence restant proche du sommet secondaire <math>\;S_{M_o}</math>, intersection de l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> avec le miroir<math>\big]</math>.</ref> ; <br>{{Al|5}}cette dernière condition entraîne que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> admet une image « nette » <math>\;A_iB_i\;</math> <ref name="Nette"> L'image est qualifiée de « nette » car tous les points objets <math>\;M_o\;</math> ont une image ponctuelle <math>\;M_i</math>.</ref> mais a priori cette image n'est <math>-</math> hors conditions de Gauss d'aplanétisme approché <math>-</math> ni « linéique » <ref name="Linéique"> Linéique signifiant « rectiligne ».</ref> ni « transverse ». {{Al|5}}Supposant que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> est, * quand l'objet n'est pas proche du miroir, vu du sommet <math>\;S\;</math> du miroir sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} S\big)\;</math> et * quand l'objet est proche du miroir, vu du centre <math>\;C\;</math> du miroir sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq S\big)</math>, {{Al|5}}ces deux conditions sont une première façon de définir les conditions de Gauss d'aplanétisme approché pour un objet linéique transverse quelconque <ref> C'est cette façon qui a été vue en cours, <math>\;S\;</math> étant en effet le point de l'axe optique principal appartenant à la face d'entrée du miroir.</ref>. {{Al|5}}Il existe une deuxième façon équivalente de définir les conditions de Gauss d'aplanétisme approché pour un objet linéique transverse quelconque <math>\;A_oB_o\;</math> <ref name="façon plus simple"> C'est cette façon que nous adopterons car elle conduit à une démonstration plus rapide de l'aplanétisme.</ref> : * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> n'est pas proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir, l'objet doit être vu du centre <math>\;C\;</math> sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)\;</math> et * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math>, l'objet doit être vu du sommet <math>\;S\;</math> du miroir sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq C\big)</math>. ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un miroir sphérique concave pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du miroir et vu de ce centre sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant d'abord supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\alpha</math>, sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, l'angle <math>\;\beta</math> sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, n'étant pas nécessairement petit, la démarche pour établir l'aplanétisme du miroir pour un tel objet est rendue plus aisée si on a établi auparavant la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Relation_de_conjugaison_de_position_.28ou_1.C3.A8re_relation_de_conjugaison.29_de_Descartes_.28avec_origine_au_centre.29|relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre)]] <ref name="méthode moins aisée"> Il est possible de se contenter de la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) mais la méthode est alors moins aisée.</ref> <center><math>\;\dfrac{1}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}} = -V\;</math> où <math>\;V\;</math> est la vergence précédemment introduite :</center> {{Al|5}}la démarche peut alors être décomposée en les étapes suivantes : * montrer qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * en utilisant la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre), montrer alors que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et vérifier que l'angle au centre associé est encore <math>\;\alpha</math>, * conclure qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'image <math>\;A_iB_i\;</math> peut être confondue avec un segment perpendiculaire à l'axe optique principal c.-à-d. qu'elle est linéique transverse <ref> Nous aurons donc établi qu'il y a aplanétisme approché du miroir sphérique pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du miroir à condition qu'il soit vu de ce centre sous un petit angle.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq}\; C\big)</math>, avec l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, * le caractère transverse de l'objet linéique <math>\Rightarrow</math> la longueur <math>\;[CB_o]\;</math> est plus grande que la longueur <math>\;[CA_o]\;</math> <ref name="définition des côtés triangle rectangle"> <math>\;[CB_o]\;</math> étant l'hypoténuse du triangle <math>\;A_oB_oC\;</math> rectangle en <math>\;A_o\;</math> et <math>\;[CA_o]\;</math> le côté adjacent à l'angle de mesure <math>\;\alpha</math>.</ref>, soit plus précisément <math>\;[CA_o] =</math> <math>[CB_o]\, \cos(\alpha) \simeq [CB_o] \left( 1 - \dfrac{\alpha^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\alpha\;</math> <ref name="DL du cosinus à l'ordre deux"> Revoir la remarque du paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable_au_voisinage_d'une_de_ses_valeurs#D.C3.A9veloppements_limit.C3.A9s_.C3.A0_l.27ordre_un_de_quelques_fonctions_usuelles|D.L. à l'ordre un de quelques fonctions usuelles]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « Outils mathématiques pour la physique (PCSI) ».</ref> ou finalement <math>\;[CA_o] \simeq [CB_o]\;</math> à l'ordre un en <math>\;\alpha\;</math> prouvant, qu'à cet ordre, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * tous les points objets <math>\;M_o\;</math> de l'arc de cercle <math>\;A_oB_o\;</math> de centre <math>\;C\;</math> ayant une abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <ref name="axe optique secondaire"> Cet axe optique secondaire relativement au point objet <math>\;A_o\;</math> est en fait un axe optique principal relativement au point objet <math>\;M_o</math>.</ref>, l'application de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au centre) donne donc des points images <math>\;M_i\;</math> à abscisse image de Descartes (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)</math>, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est assimilable, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, à un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math>, * l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'arc de cercle <math>\;A_iB_i\;</math> est vu du centre <math>\;C\;</math> étant petit, on peut faire l'opération inverse de celle faite au premier paragraphe, c.-à-d. assimiler l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> à un segment choisi perpendiculaire à l'axe optique principal de support <math>\,(CA_i)\,</math> <ref name="justification choix"> Il s'agit effectivement d'un choix car le segment aurait pu être choisi perpendiculaire à n'importe quel axe optique secondaire de support <math>\;(CM_i)</math>.</ref>, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, linéique transverse ; <center>nous avons donc établi l'<u>aplanétisme approché du miroir sphérique</u> (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <u>pour tout objet linéique de pied non proche du centre du miroir</u>.</center>}} ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un miroir sphérique concave pour un objet linéique transverse de pied proche du centre du miroir et vu du sommet de ce dernier sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> étant maintenant supposé proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\beta</math>, sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)</math> ; la démarche pour établir l'aplanétisme du miroir pour un tel objet nécessite l'utilisation de deux rayons paraxiaux issus de <math>\;M_o</math>, point objet quelconque de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> Le caractère paraxial étant indispensable pour satisfaire au stigmatisme approché du miroir pour le point objet <math>\;M_o</math>, tous les rayons non paraxiaux issus de <math>\;M_o\;</math> seront arrêtés par un diaphragme centré sur <math>\;S</math> ;<br>{{Al|3}}on vérifie aisément que les rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> sont deux candidats respectant la paraxialité, par contre le rayon incident <math>\;M_oC\;</math> pouvant ne pas l'être car <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math> <math>\big(</math>et si tel était le cas il serait alors arrêté par le diaphragme centré en <math>\;S\big)</math>, nous ne l'utiliserons pas.</ref> et de montrer que le point image <math>\;M_i</math>, défini comme l'intersection des deux rayons réfléchis, a pour projeté, sur l'axe optique principal, le point image <math>\;A_i</math> : * déterminer l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;p_i\;</math> en fonction de la distance focale image <math>\;f_i\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * déterminer la longueur algébrique <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> en fonction de <math>\;\beta\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * travaillant dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> <ref> L'axe <math>\;\overrightarrow{Sx}\;</math> étant porté par l'axe optique principal, orienté dans le sens incident et l'axe <math>\;\overrightarrow{Sy}\;</math> étant porté par la représentation symbolique du miroir orienté vers le haut, l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> étant lui aussi orienté vers le haut.</ref> déterminer l'équation des rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> <ref name="définition ε"> L'abscisse de <math>\;M_o\;</math> est évidemment celle de <math>\;B_o\;</math> et son ordonnée sera notée <math>\;\varepsilon \times\;</math> l'ordonnée de <math>\;B_o</math>, <math>\;\varepsilon\;</math> variant entre <math>\;0\;</math> et <math>\;1</math> ;<br>{{Al|3}}ici intervient une 1{{ère}} condition de Gauss d'aplanétisme approché <math>\;\beta \ll 1\;</math> qui assure que le point <math>\;M_o\;</math> est suffisamment proche de l'axe optique principal pour que deux rayons incidents judicieusement choisis travaillent dans les conditions de stigmatisme approché.</ref>, * travaillant dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> <ref> L'axe <math>\;\overrightarrow{Sx'}\;</math> étant porté par l'axe optique principal, orienté dans le sens réfléchi <math>\;\big(</math>donc de sens contraire à celui de l'axe <math>\;\overrightarrow{Sx}\big)\;</math> et l'axe <math>\;\overrightarrow{Sy}\;</math> étant le même que précédemment à savoir porté par la représentation symbolique du miroir et orienté vers le haut.</ref> déterminer les équations des rayons réfléchis, puis leur intersection <math>\;M_i\;</math> ; * vérifier que l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal est égale à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, puis conclure à l'aplanétisme approché du miroir sphérique pour l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied proche du centre du miroir. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - aplanétisme.jpg|thumb|Schéma positionnant un objet linéique transverse de pied proche du centre d'un miroir sphérique concave pour démontrer l'aplanétisme approché du miroir pour cet objet]] {{Al|5}}Soit <math>\;A_oB_o\;</math> un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o</math>, proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir sphérique concave <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, vu du sommet <math>\;S\;</math> de ce dernier sous un angle <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)\;</math> correspondant à la condition de Gauss d'aplanétisme approché précitée ; # on détermine d'abord <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}</math>, l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, image du point objet <math>\;A_o\;</math> d'abscisse objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}</math>, par utilisation de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes du miroir sphérique (avec origine au sommet) de vergence <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}</math>, <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> étant la distance focale image du miroir d'où : <center><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i} \Rightarrow \dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{p_o} + \dfrac{1}{f_i} = \dfrac{f_i + p_o}{p_o\, f_i}\;</math> soit finalement <math>\;p_i = p_o\, \dfrac{f_i}{p_o + f_i}</math>.</center> # <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> <math>\;> 0\;</math> avec <math>\;\beta\;</math> non algébrisé <math>\;\ll 1</math>, on en déduit <math>\;\tan(\beta) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{p_o}\;</math> avec <math>\;\tan(\beta) \simeq \beta\;</math> d'où <center><math>\;\overline{A_oB_o} \simeq -\beta\; p_o</math> ;</center> # dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})</math>, le rayon incident <math>\;M_oS\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = \varepsilon\, \overline{A_oB_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_S}{x_{M_o} - x_S} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o} = -\varepsilon\, \beta\;</math> a pour équation <math>\;y - y_S = -\varepsilon\, \beta \left( x - x_S \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = -\varepsilon\, \beta\, x\;</math> <ref name="vérification signes"> On vérifie sur le schéma que, lorsque <math>\;x\;</math> est <math>\;< 0</math>, <math>\;y\;</math> est <math>\;> 0</math>.</ref>,</center> {{Transparent|dans le repère orthonormé <math>\;\color{transparent}{(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, }}le rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> et passant par le foyer principal objet du miroir sphérique <math>\;F_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{F_o} = f_o = -f_i\, , \, y_{F_o} = 0)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_{F_o}}{x_{M_o} - x_{F_o}} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i}\;</math> a pour équation <math>\;y - y_{F_o} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i} \left( x - x_{F_o} \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i} \left( x + f_i \right)</math> ;</center> # dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> le rayon réfléchi sur le miroir du rayon incident <math>\;M_oS\;</math> étant de direction symétrique de celle de ce dernier relativement à l'axe optique principal est de même pente <math>\;-\varepsilon\, \beta\;</math> <ref> En effet le rayon réfléchi a une pente opposée à celle du rayon incident dans le repère <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> mais, quand on passe dans le repère <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> correspondant à une inversion du sens de l'axe des abscisses sans que celui de l'axe des ordonnées ne soit changé, la pente doit être multipliée par un facteur <math>\;(-1)\;</math> d'où le rayon réfléchi a une pente identique à celle du rayon incident (la raison étant que les pentes sont définies dans deux repères différents).</ref> d'où l'équation du rayon réfléchi correspondant au rayon incident <math>\;M_oS\;</math> <center><math>\;y = -\varepsilon\, \beta\, x'\;</math> <ref name="vérification signes bis"> On vérifie bien sur le schéma que, lorsque <math>\;x\;</math> est <math>\;> 0</math>, <math>\;y\;</math> est <math>\;< 0</math>.</ref>,</center>{{Transparent|dans le repère orthonormé <math>\;\color{transparent}{(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, }}le rayon réfléchi sur le miroir du rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> étant, à partir du point d'incidence <math>\;I\;</math> sur le miroir, <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, son équation nécessite de déterminer au préalable l'ordonnée de <math>\;I\;</math> par <math>\;x_{I} = 0\;</math> dans l'équation du rayon incident soit <math>\;y(I) = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i} \left[ x(I) + f_i \right] = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o\, f_i}{p_o + f_i}\;</math> d'où l'équation du rayon réfléchi correspondant au rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o\, f_i}{p_o + f_i}</math> ;</center> {{Al|5}}l'intersection <math>\;M_i\;</math> de ces deux rayons réfléchis a pour abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o\, f_i}{p_o + f_i} = -\varepsilon\, \beta\, {x'}_{M_i}\;</math> soit <center><math>\;{x'}_{M_i} = \dfrac{p_o\, f_i}{p_o + f_i}\;</math> identique à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du point image <math>\;A_i</math> ;</center> # l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal étant égale à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, on conclut à l'<u>aplanétisme approché du miroir sphérique</u> (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <u>pour tout objet linéique</u> <math>\;A_oB_o\;</math> <u>de pied proche du centre du miroir</u>.}} ==== Relation de conjugaison (approchée) de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) ==== [[File:Miroir sphérique - symbole.jpg|thumb|Représentation symbolique (sans les foyers) d'un miroir sphérique concave et d'un miroir sphérique convexe]] {{Al|5}}Dès lors qu'un miroir sphérique est utilisée sous conditions de Gauss de stigmatisme et d'aplanétisme approchés, l'usage est de représenter ce miroir sous une forme symbolique dans laquelle figurent l'axe optique principal, le centre <math>\;C</math>, les foyers principaux objet <math>\;F_o\;</math> et image <math>\;F_i</math>, le sommet <math>\;S\;</math> et la partie de miroir perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal <ref> Cette partie de miroir perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal est terminée par des bords inclinés vers <math>\;C</math>, ainsi un miroir concave à centre <math>\;C\;</math> réel a des bords inclinés vers la gauche (c.-à-d. vers l'espace objet réel) et un miroir convexe à centre <math>\;C\;</math> virtuel a des bords inclinés vers la droite (c.-à-d. vers l'espace objet virtuel).</ref>, partie de miroir sur laquelle est rappelée l'algébrisation physique de l'axe optique principal <center>voir ci-contre à gauche pour un miroir concave et à droite pour un miroir convexe <ref name="Foyers à ajouter"> La position des foyers principaux seraient à ajouter une fois que vous les aurez déterminés.</ref>.</center> [[File:Miroir sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes avec origine en S pour un miroir sphérique concave]] {{Al|5}}Sur le schéma ci-contre on a construit l'image linéique transverse <math>\;A_iB_i\;</math> d'un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> <math>\;\neq S\;</math> et <math>\;\neq C\;</math> en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, l'un passant que le centre <math>\;C\;</math> du miroir et qui se réfléchit sur lui-même <ref> En effet le rayon réfléchi doit être issu du point d'incidence <math>\;I\;</math> du rayon incident et passer par l'image de <math>\;C\;</math> par le miroir c.-à-d. <math>\;C\;</math> lui-même.</ref>, l'autre passant par le sommet <math>\;S\;</math> du miroir et qui se réfléchit en obéissant à la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes <ref> Attention le sommet <math>\;S\;</math> du miroir est le seul point d'incidence en lequel on peut appliquer la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes en travaillant sur la représentation symbolique du miroir car c'est le seul point pour lequel la direction de cette représentation symbolique se confond avec la direction réelle du miroir <math>\big(</math>autrement dit c'est le seul point où la normale réelle est perpendiculaire à la représentation symbolique, par exemple le rayon incident <math>\;B_oC\;</math> qui se confond avec la normale réelle du miroir en <math>\;I\;</math> n'est pas perpendiculaire à la représentation symbolique du miroir en <math>\;I\big)</math>.</ref>, le point d'intersection de ces deux rayons réfléchis étant le point de convergence <math>\;B_i\;</math> de tous les rayons réfléchis correspondant à tous les rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> sous conditions de Gauss <ref> Car le miroir est stigmatique approché pour <math>\;B_o</math>.</ref> et <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal <ref> Car le miroir est aplanétique approché pour <math>\;A_oB_o</math>.</ref>. {{Al|5}}En comparant les triangles rectangles <math>\;A_iB_iS\;</math> et <math>\;A_oB_oS</math>, déterminer le grandissement transverse par le miroir de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\\ p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow} \end{array}\right\rbrace</math> ; <center>cette relation définit la relation de conjugaison (approchée) de grandissement transverse [ou 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée)] de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour tout objet linéique transverse de pied <math>\;A_o \neq S\;</math> <ref name="forme indéterminée"> Elle ne peut évidemment pas s'appliquer sous la forme indiquée pour <math>\;A_o = S\;</math> car elle correspondrait à une forme indéterminée, <br>{{Al|3}}mais on vérifie, dans le paragraphe suivant, qu'elle s'applique sous cette forme pour <math>\;A_o = C</math>.</ref> <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille" />, elle caractérise quantitativement la propriété d'aplanétisme approché du miroir sphérique pour l'objet linéique transverse de pied <math>\;A_o\;</math> <ref> Bien que démontrée sur un miroir sphérique concave elle reste applicable à un miroir sphérique convexe.</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfléchis correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;C\;</math> qui se réfléchit sur lui-même et le 2{{ème}} de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfléchit en <math>\;S\;</math> suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal <ref> Il est déconseillé de choisir ce rayon dans les constructions futures demandées car peu pratique <math>\;\big(</math>l'angle <math>\;i\;</math> devant être mesuré et reporté symétriquement par rapport à l'axe optique principal<math>\big)</math> ; ici nous l'utilisons dans la démonstration d'où ce choix.</ref>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(i)\;</math> et <math>\;\tan(-i)\;</math> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oS\;</math> et <math>\;A_iB_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(i) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;i\;</math> étant <math>\;< 0</math>, <math>\;\overline{A_oB_o} > 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> <ref> On suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oS\;</math> puisse être défini.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;i \simeq \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}</math>, * <math>\;\tan(-i) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;(-i)\;</math> étant <math>\;> 0</math>, <math>\;\overline{A_iB_i} < 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> <ref> Ayant suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> et <math>\;S\;</math> étant un point double on en déduit <math>\;A_i \neq S\;</math> ce qui définit le triangle <math>\;A_iB_iS</math>.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;-i \simeq -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}</math> ; {{Al|5}}égalant les deux expressions de <math>\;i</math>, on en déduit : <math>\;\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}} \simeq \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} \simeq \dfrac{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math> d'où <center>la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes (avec origine au sommet)</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq S\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\\ p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;p_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;p_i = f_i\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;p_o = f_o\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = C\;</math> <ref> Le miroir sphérique n'est stigmatique rigoureux que pour le pied <math>\;C\;</math> de l'objet linéique, pour tous les autres points objets constituant ce dernier on suppose le stigmatisme approché du miroir c.-à-d. l'utilisation de rayons incidents issus de <math>\;M_o\; (\neq C)\; \in A_oB_o\;</math> paraxiaux <math>\big(</math>ce qui peut être réalisé en pratique avec un diaphragme centré en <math>\;S\;</math> collé contre le miroir<math>\big)</math>.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du miroir pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> sous lequel l'objet est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\;\big(\beta \ll 1\big)</math>, * vérifier, par construction de l'image <math>\;A_iB_i</math>, qu'elle est symétrique de <math>\;A_oB_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal et * comparer au résultat donné par l'application de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = C</math>. {{Al|5}}Considérant maintenant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = S\;</math> <ref> L'objet, collé contre le miroir sphérique, de pied <math>\;A_o = S</math>, l'axe optique principal ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, ne peut être rigoureusement linéique (c.-à-d. rectiligne) car il suit la courbure du miroir mais, s'il est vu de <math>\;C\;</math> sous un petit angle non algébrisé <math>\;\alpha</math>, on peut confondre l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et le segment correspondant lui étant tangent à l'ordre un <math>\;\alpha</math>, raison pour laquelle l'objet est qualifié de « linéique transverse » ; <br>{{Al|3}}le miroir sphérique est stigmatique rigoureux que pour les points de l'objet linéique car tous ces points, étant sur le miroir, jouent le rôle de sommet (secondaire) pour lequel le miroir est stigmatique rigoureux.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du miroir pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'objet est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(\alpha \ll 1\big)\;</math> <ref> Qui est aussi la condition pour que l'objet collé sur le miroir puisse être considéré comme linéique.</ref>, * vérifier que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> se superpose à <math>\;A_oB_o</math>, le caractère linéique transverse de l'objet entraînant celui de l'image et * en déduire la valeur du grandissement transverse <math>\;G_t(S)\;</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = S</math>. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - grandissement transverse au centre.jpg|thumb|Construction de l'image d'un objet linéique transverse de pied au centre d'un miroir sphérique concave]] {{Al|5}}Le centre <math>\;C\;</math> du miroir sphérique concave ci-contre en étant un point double conjugué rigoureux, un objet linéique transverse <math>\;CB_o\;</math> a pour image, par le miroir, une image linéique transverse de pied <math>\;C</math>, notée <math>\;CB_i</math> ; pour obtenir cette dernière il suffit de choisir pour rayon incident issu de <math>\;B_o</math>, le rayon passant par le sommet <math>\;S\;</math> qui se réfléchit suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal et recoupe le plan transverse passant par <math>\;C\;</math> au point <math>\;B_i</math>, symétrique de <math>\;B_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal <center>d'où <math>\;\overline{CB_i} = -\overline{CB_o}\;</math> et par suite <math>\;G_t(C) = -1</math> ;</center> {{Al|5}}l'application de la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au sommet) nous conduit à <math>\;G_t(C) =</math> <math>\dfrac{\overline{SC}_{\leftarrow}}{\overline{SC}_{\rightarrow}}</math>, soit, avec <math>\;\overline{SC}_{\leftarrow} = -\overline{SC}_{\rightarrow}</math>, on retrouve effectivement <math>\;G_t(C) = -1\;</math> <ref> Le centre est le seul point de l'espace objet d'un miroir sphérique en lequel un objet linéique transverse positionné en ce point admet une image linéique transverse inversée de même taille.</ref>. {{clr}} {{Al|5}}Tous les points du miroir sphérique étant des points doubles de ce dernier <ref> Chaque point du miroir jouant le rôle de sommet pour l'axe optique principal passant par ce point, c'est effectivement un point double.</ref>, un objet collé sur le miroir est donc sa propre image ; dans la mesure où l'objet est de petite taille, on peut négliger sa courbure et le considérer comme linéique transverse, son image étant alors également linéique transverse ; comme <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SA_o}\;</math> on en déduit, par définition, <math>\;G_t(S) = +1\;</math> <ref> Le sommet (et plus généralement tout point de la surface réfléchissante sphérique) est le seul point de l'espace objet d'un miroir sphérique en lequel un objet linéique transverse positionné en ce point admet une image linéique transverse droite de même taille.</ref>.}} ==== Construction de l'image par un miroir sphérique d'un objet linéique transverse ==== {{Al|5}}<u>Définitions préliminaires</u> : On appelle plan focal objet le plan transverse passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}plan focal image le plan transverse passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math> ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle axe optique secondaire tout axe passant par le centre <math>\;C</math> du miroir, il possède une partie incidence contenue dans l'espace objet réel se réfléchissant sur elle-même pour donner sa partie émergente contenue dans l'espace image réelle ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal objet et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}foyer secondaire image <math>\;\varphi_i\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal image. {{Al|5}}<u>Propriétés</u> : Justifier les propriétés des foyers secondaires objet et image associés à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : # le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour image le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)\big]</math>, # le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour antécédent le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}<u>Propriétés des foyers secondaires associés à un axe optique secondaire</u> : # foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet linéique transverse contenu dans le plan focal objet et de pied <math>\;F_o</math>, objet noté <math>\;F_o\varphi_o(\delta)</math>, <math>\;F_o\;</math> ayant pour image le point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et l'image étant linéique transverse, le point <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> a une image également située à l'infini sur la partie réfléchie de l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon incident issu de <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> se réfléchit sur lui-même, les parties incidente et réfléchie constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)</math>,</center> # foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet dont l'image associée est contenue dans le plan focal image et de pied <math>\;F_i</math>, image notée <math>\;F_i\varphi_i(\delta)</math>, <math>\;F_i\;</math> ayant pour antécédent le point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et le miroir étant aplanétique, le point <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> a un antécédent également situé à l'infini sur la partie incidente de l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon réfléchi issu de <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> s'est réfléchi sur lui-même, les parties incidente et réfléchie constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement<math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)</math>.</center>}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> réel, de pied <math>\;A_o\;</math> séparé du sommet <math>\;S\;</math> d'un miroir sphérique concave d'une distance supérieure au rayon non algébrisé du miroir, construire son image <math>\;A_iB_i\;</math> par le miroir de deux façons différentes : # en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> <math>\big[</math>choisis parmi les trois suivants : passant par <math>\;C</math>, passant par <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<math>\big]</math>, # en considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> <ref name="un seul rayon incident suffit"> Un seul rayon incident suffit car <math>\;A_o\;</math> appartenant à l'axe optique principal son image est sur cet axe.</ref> <math>\big[</math>choisi parmi les deux suivants : passant par <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\big]</math>. {{Al|5}}Refaire les constructions précédentes avec un miroir convexe. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - construction image.jpg|thumb|Construction de l'image par un miroir sphérique concave d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal]] # En considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> choisis parmi les trois suivants (voir schéma ci-contre) : <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;C\;</math> et se réfléchissant sur lui-même, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;F_o\;</math> foyer principal objet et se réfléchissant parallèlement à l'axe optique principal, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal et se réfléchissant en passant par le foyer principal image <math>\;F_i\;</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;B_i\;</math> étant à l'intersection des deux rayons réfléchis correspondant aux deux rayons incidents choisis, <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal. {{clr}} [[File:Miroir sphérique concave - construction image - bis.jpg|thumb|Construction de l'image par un miroir sphérique concave d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire]] # En considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> choisis parmi les deux suivants (voir schéma ci-contre) : <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par un foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection du rayon incident et du plan focal objet<math>\big]\;</math> et se réfléchissant parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> <math>\big[</math>c.-à-d., pour la partie incidente <math>\;C\varphi_o(\delta)</math>, la partie réfléchie se superposant à la partie incidente mais orientée en sens contraire<math>\big]</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à un axe optique secondaire a priori quelconque <math>\;(\delta)\;</math> et se réfléchissant en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection de l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> et du plan focal image<math>\big]</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;A_i\;</math> étant à l'intersection d'un des rayons réfléchis correspondant au rayon incident choisi et de l'axe optique principal, <math>\;B_i\;</math> s'obtenant comme intersection de l'axe optique secondaire passant par <math>\;B_o\;</math> et du plan transverse passant par <math>\;A_i</math>. {{clr}} {{Al|5}}Ci-dessous les constructions refaites sur un miroir sphérique convexe, en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> à gauche, en utilisant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> et la notion de foyers secondaires objet ou image à droite : <center> <gallery> Miroir sphérique convexe - construction image.jpg|Construction de l'image par un miroir sphérique convexe d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal Miroir sphérique convexe - construction image - bis.jpg|Construction de l'image par un miroir sphérique convexe d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire </gallery> </center>}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) sous conditions de Gauss === ==== Relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}On repère maintenant les points objet <math>\;A_o\;</math> et image <math>\;A_i\;</math> relativement au centre <math>\;C\;</math> du miroir sphérique en définissant * l'abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\;</math> et * l'abscisse image de Descartes (avec origine au centre) de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}</math> ; {{Al|5}}à partir de la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) s'écrit <center><math>\;\dfrac{1}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}} = -V\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C"> Cette relation est applicable à tout objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o \neq C</math>, le cas <math>\;A_o = C\;</math> conduisant à une forme indéterminée.</ref> ou <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = -V\;</math> avec <math>\;V\;</math> vergence du miroir.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Descartes (origine au centre) utilisent <math>\;C\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> ou un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} = \overline{SC}_{\rightarrow} + \overline{CA_o}_{\rightarrow}\;</math> ou <math>\;p_o = \overline{R} + \pi_o\;</math> et * l'abscisse image de Descartes (avec origine au centre) du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} = \overline{SC}_{\leftarrow} + \overline{CA_i}_{\leftarrow}\;</math> ou <math>\;p_i = -\overline{R} + \pi_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au centre) en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes précédemment définis, dans la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{-2}{\overline{R}}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{1}{\pi_i - \overline{R}} - \dfrac{1}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> ou <math>\;\dfrac{(\pi_o + \overline{R}) - (\pi_i - \overline{R})}{(\pi_i - \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R})} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens"> Quand on a l'égalité entre deux fractions <math>\;\dfrac{a}{b} = \dfrac{c}{d}\;</math> les grandeurs <math>\;(a\, ,\, d)\;</math> sont appelées « extrêmes » et <math>\;(b\, ,\, c)\;</math> « moyens », l'égalité des deux fractions étant équivalente à <math>\;a \; d = b \; c\;</math> c.-à-d. à l'égalité du produit des extrêmes et celui des moyens (on parle encore de l'égalité des produits en croix).</ref> <math>\;-2\, (\pi_i - \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R}) = (\pi_o - \pi_i + 2\, \overline{R})\, \overline{R}\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;-2\, \pi_o\, \pi_i + 2\, \overline{R}\, \pi_o - 2\, \overline{R}\, \pi_i + 2\, \overline{R}^2 =</math> <math>\pi_o\, \overline{R} - \pi_i\, \overline{R} + 2\, \overline{R}^2\;</math> soit, après simplification <math>\;-2\, \pi_o\, \pi_i + \overline{R}\, \pi_o - \overline{R}\, \pi_i = 0\;</math> ou <math>\;\overline{R}\, \pi_o - \overline{R}\, \pi_i = 2\, \pi_o\, \pi_i\;</math> et enfin, en divisant les deux membres de l'équation par <math>\;\pi_o\, \pi_i\, \overline{R}\;</math> <ref name="C.N."> Cela nécessite que <math>\;\pi_o \neq 0\;</math> et <math>\;\pi_i \neq 0\;</math> c.-à-d. <math>\;A_o \neq C</math>.</ref> <math>\;\big(</math>la raison en étant que l'on cherche à établir une équation faisant intervenir des inverses de longueur à partir d'une équation comportant des produits de deux longueurs<math>\big)\;</math> <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = \dfrac{2}{\overline{R}}</math> ; la <u>1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = -V\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du miroir ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS}_{\rightarrow} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS}_{\leftarrow} = \overline{R}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = \dfrac{2}{\overline{R}} = -V</math>.</ref> avec <math>\;V = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> vergence du miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\\ \pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}\end{array} \right\rbrace</math>.</center> }} [[File:Miroir sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes avec origine en C pour un miroir sphérique concave]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C" />. {{Al|5}}En utilisant le schéma ci-contre vérifier directement cette relation. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet"> Applicable en tout point <math>\;A_o \neq S</math>.</ref> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \pi_o + \overline{R} \\ p_i = \pi_i - \overline{R} \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\pi_i - \overline{R}}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}\left( \dfrac{1}{\overline{R}} - \dfrac{1}{\pi_i} \right)}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}} \left( \dfrac{1}{\overline{R}} + \dfrac{1}{\pi_o} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître des inverses de longueur comme celles de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = \dfrac{2}{\overline{R}} \Leftrightarrow \dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\overline{R}} = \dfrac{1}{\pi_o} + \dfrac{1}{\overline{R}}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}}}</math> ; la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du miroir ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS}_{\rightarrow} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS}_{\leftarrow} = \overline{R}\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = -(-1) = +1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature" /> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\\ \pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}\end{array} \right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfléchis correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;C\;</math> qui se réfléchit sur lui-même et le 2{{ème}} de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfléchit en <math>\;S\;</math> suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés"> Les angles précités étant non algébrisés.</ref> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oC\;</math> et <math>\;A_iB_iC\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o}) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> <ref name="hors centre"> On suppose <math>\;A_o \neq C\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oC\;</math> puisse être défini.</ref>, * <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i}) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_i}_{\leftarrow} < 0\;</math> <ref name="hors centre bis"> Ayant suppose <math>\;A_o \neq C\;</math> et <math>\;C\;</math> étant un point double on en déduit <math>\;A_i \neq C\;</math> ce qui définit le triangle <math>\;A_iB_iC</math>.</ref> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}} = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}}\;</math> d'où <center>la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes (avec origine au centre)</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq C\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\\ \pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\pi_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\pi_i = f_i + \overline{R}\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\pi_o = f_o - \overline{R}\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Newton sous conditions de Gauss === {{Al|5}}On repère maintenant le point objet <math>\;A_o\;</math> relativement au foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> du miroir sphérique et le point image <math>\;A_i\;</math> relativement au foyer principal image <math>\;F_i\;</math> du même miroir sphérique en définissant * l'abscisse objet de Newton de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\;</math> et * l'abscisse image de Newton de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}</math>. ==== Relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Newton s'écrit <center><math>\; \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\; \overline{F_oA_o}_{\rightarrow} = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\; \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Newton"> Applicable pour tout point objet <math>\;A_o \neq F_o</math> et <math>\;A_o \neq A_{o,\,\infty}</math>, ces cas conduisant à une forme indéterminée.</ref> ou <math>\;\sigma_i \; \sigma_o = f_i\; f_o\;</math> <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille"/> avec <math>\;f_i\;</math> et <math>\;f_o\;</math> distances focales image et objet du miroir.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Newton utilisent <math>\;F_o\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> comme origine pour repérer un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Newton du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o =</math> <math>\overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} = \overline{SF_o}_{\rightarrow} + \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\;</math> ou <math>\;p_o = f_o + \sigma_o = -f_i + \sigma_o\;</math> et * l'abscisse image de Newton du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i =</math> <math>\overline{SA_i}_{\leftarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} = \overline{SF_i}_{\leftarrow} + \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\;</math> ou <math>\;p_i = f_i + \sigma_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Newton en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes précédemment définis, dans la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{1}{\sigma_i + f_i} - \dfrac{1}{\sigma_o - f_i} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> ou <math>\;\dfrac{(\sigma_o - f_i) - (\sigma_i + f_i)}{(\sigma_i + f_i)\, (\sigma_o - f_i)} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens" /> <math>\;(\sigma_i + f_i)\, (\sigma_o - f_i)</math> <math>= (\sigma_o - \sigma_i - 2\, f_i)\, f_i\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;\sigma_o\, \sigma_i + f_i\, \sigma_o - f_i\, \sigma_i - f_i^2 =</math> <math>\sigma_o\, f_i - \sigma_i\, f_i - 2\, f_i^2\;</math> soit, après simplification <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = -f_i^2\;</math> et enfin, sachant que <math>\;f_o = -f_i\;</math> <ref> On remplacera une seule fois <math>\;f_i\;</math> par <math>\;-f_o\;</math> pour obtenir une forme symétrique de la relation.</ref>, <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> ; la <u>1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center> <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le foyer principal objet du miroir <math>\;\big(</math> en effet si <math>\;A_o\;</math> est en <math>\;F_o</math>, l'image <math>\;A_i\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal et on obtient une forme indéterminée avec <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> valant <math>\;\infty\big)</math> ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS}_{\rightarrow} = -f_o\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS}_{\leftarrow} = -f_i\;</math> d'où <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i</math>.</ref> avec <math>\;f_i = -f_o = -\dfrac{\overline{R}}{2}\;</math> distance focale image du miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\\ \sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\end{array} \right\rbrace</math>.</center>}} [[File:Miroir sphérique - grandissement transverse Newton.jpg|thumb|Schéma de démonstration des deux formes de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton pour un miroir sphérique concave]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Newton <ref name="deux formes de grandissement transverse de Newton"> Cette relation a deux formes possibles suivant qu'elle est exprimée en fonction de l'abscisse objet de Newton et de la distance focale objet ou en fonction de l'abscisse image de Newton et de la distance focale image.</ref> <ref name="Applicabilité relation de Newton" />. {{Al|5}}En utilisant le schéma ci-contre vérifier directement les deux formes de cette relation. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet" /> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \sigma_o - f_i \\ p_i = \sigma_i + f_i \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\sigma_i + f_i}{\sigma_o - f_i} = \dfrac{\sigma_i \left( 1 + \dfrac{f_i}{\sigma_i} \right)}{(-f_i) \left( 1 - \dfrac{\sigma_o}{f_i} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître, au numérateur et au dénominateur, deux grandeurs égales découlant de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_i\, f_o = -f_i^2 \Leftrightarrow \dfrac{\sigma_i}{f_i} = -\dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> ou encore <math>\;1 + \dfrac{\sigma_i}{f_i} = 1 - \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{\sigma_i}{f_o}</math> ; la 1{{ère}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{\sigma_i}{f_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton"> Applicable en tout point objet ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que cette forme de relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS}_{\rightarrow} = -f_o\;</math> <math>\;\big(</math>resp. <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS}_{\leftarrow} = -f_i\big)\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = +1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature" /> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}</math>.</center> {{Al|5}}comme la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton s'écrivant <math>\;\sigma_i\, \sigma_o = f_i\, f_o\;</math> est équivalente à <math>\;\dfrac{\sigma_i}{f_o} = \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> on en déduit aisément la 2{{ème}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o} = \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton" /> <ref name="indépendance de la nature" /> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfléchis correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;F_o\;</math> qui se réfléchit parallèlement à l'axe optique principal et le 2{{ème}} parallèle à l'axe optique principal qui se réfléchit en passant par <math>\;F_i</math>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_iS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_iB_iF_i\;</math> et <math>\;KF_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{F_iA_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> <ref name="hors foyer bis" > On suppose <math>\;A_i \neq F_i\;</math> c.-à-d. que <math>\;A_o\;</math> n'est pas le point à l'infini de l'axe optique principal, pour que le triangle <math>\;A_iB_iF_i\;</math> puisse être défini.</ref>, * <math>\;\tan(\widehat{KF_iS}) = \dfrac{\overline{SK}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;\overline{SK}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SK} = \overline{A_oB_o}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{KF_iS}) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_iS})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}} = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}\;</math> d'où <center>une 1{{ère}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\sigma_i}{f_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq A_{o,\,\infty}\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}</math>.</center> {{Al|5}}de même le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_oS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oF_o\;</math> et <math>\;HF_oS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o}) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{F_oA_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> <ref name="hors foyer"> On suppose <math>\;A_o \neq F_o\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oF_o\;</math> puisse être défini.</ref>, * <math>\;\tan(\widehat{HF_oS}) = \dfrac{\overline{SH}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;\overline{SH}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SH} = \overline{A_iB_i}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{HF_oS}) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_oS})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}} = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}}\;</math> d'où <center>une 2{{ème}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq F_o\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\sigma_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\sigma_i = 0\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de Lagrange - Helmholtz sous conditions de Gauss === [[File:Miroir sphérique - grandissement angulaire.jpg|thumb|Schéma de détermination du grandissement angulaire en repérage de Descartes (avec origine en S) pour un miroir sphérique concave]] ==== Expression de Descartes (avec origine au sommet) du grandissement angulaire d'un pinceau incident issu d'un point objet ==== {{Al|5}}On rappelle que le grandissement angulaire d'un pinceau lumineux incident issu d'un point objet <math>\;A_o\;</math>, de direction faisant un angle <math>\;\theta_o\;</math> avec la partie incidente de l'axe optique principal, le pinceau se réfléchissant sur le miroir en convergeant vers le point image <math>\;A_i\;</math>, avec une direction faisant un angle <math>\;\theta_i\;</math> avec la partie réfléchie de l'axe optique principal, est défini selon <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> <ref name="Angles petits"> Les angles <math>\;\theta_o\;</math> et <math>\;\theta_i\;</math> sont de valeur absolue petite c.-à-d. <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>.</ref> ; {{Al|5}}en utilisant le schéma ci-contre, établir l'expression du grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes (avec origine au sommet), respectivement <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> et <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}\;</math> <ref> L'expression du grandissement angulaire a été établie en utilisant un miroir sphérique concave mais elle reste applicable pour un miroir sphérique convexe.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}On détermine le grandissement angulaire par évaluation de <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> et <math>\;\tan(\theta_i)</math>, <math>\big(</math>tous deux <math>\;> 0\;</math> sur la figure ci-dessus<math>\big)</math> respectivement dans les triangles <math>\;A_oIS\;</math> et <math>\;A_iIS\;</math> <math>\big[</math>l'angle <math>\;\widehat{SA_iI}\;</math> étant égal à <math>\;\theta_i\big]</math> soit : * dans le triangle <math>\;A_oIS</math>, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} < 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_o| \ll 1</math>, <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}</math> ; * dans le triangle <math>\;A_iIS</math>, <math>\;\tan(\theta_i) = \dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} > 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_i) = \dfrac{\overline{SI}}{p_i}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>, <math>\;\theta_i \simeq \dfrac{\overline{SI}}{p_i}</math> ; {{Al|5}}on en déduit <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq \dfrac{\dfrac{\overline{SI}}{p_i}}{-\dfrac{\overline{SI}}{p_o}}\;</math> soit, en simplifiant par <math>\;\overline{SI}</math>, l'expression souhaitée du <center>grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq -\dfrac{p_o}{p_i}</math>.</center>}} ==== Établissement de la relation de Lagrange - Helmholtz ==== {{Al|5}}Á l'aide des relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) et de l'expression du grandissement angulaire dans le même repérage, vérifier la relation de Lagrange - Helmholtz <center> <math>\;G_t(A_o)\; G_a(A_o) = -1\;</math> <ref> Cette relation est différente de celle que l'on trouvera dans le chapitre suivant sur les lentilles minces, pour une lentille mince dans laquelle il n'y a aucune réflexion, la relation de Lagrange - Hemholtz sera <math>\;G_t(A_o)\; G_a(A_o) = +1</math>.</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Connaissant le grandissement transversal donné par la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) \simeq \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> et l'expression du grandissement angulaire précédemment trouvée <math>\;G_a(A_o) \simeq -\dfrac{p_o}{p_i}</math>, on en déduit le lien entre grandissements angulaire et transversal indépendant de la position du point objet <math>\;A_o</math>, <center><math>\;G_a(A_o)\; G_t(A_o) \simeq -\dfrac{p_o}{p_i}\; \dfrac{p_i}{p_o} = -1\;</math> ce qui constitue la relation de Lagrange - Helmholtz cherchée <ref> Il s'agit de la même relation de Lagrange - Helmholtz que celle explicitée pour un miroir plan mais contrairement à cette dernière dans laquelle les grandissements transverse et angulaire valent respectivement <math>\;+1\;</math> et <math>\;-1\;</math> quelle que soit la position du point objet <math>\;A_o</math>, dans un miroir sphérique les grandissements transverse et angulaire dépendent explicitement de la position de l'objet <math>\;A_o</math>, plus la valeur absolue du grandissement transverse est grande plus celle du grandissement angulaire est petite.</ref>.</center>}} == Stigmatisme et aplanétisme approchés d'un dioptre sphérique sous conditions de Gauss == {{Al|5}}Pour être défini, un dioptre sphérique nécessite la connaissance de : * sa nature « concave » ou « convexe », * son centre <math>\;C\;</math> (centre de courbure de la surface sphérique dioptrique <ref> Si le dioptre est « concave », <math>\;C\;</math> est réel, et si le dioptre est « convexe », <math>\;C\;</math> est virtuel.</ref>), * son rayon de courbure (non algébrisé) <math>\;R\;</math> (rayon de courbure de la surface sphérique dioptrique), * l'axe optique principal dont la partie incidente (ou son prolongement) passe par <math>\;C\;</math> et le point objet <math>\;A_o\;</math> (point objet dont on étudiera l'image éventuelle), * son sommet <math>\;S\;</math> (intersection de l'axe optique principal et de la surface dioptrique) et * l'indice de l'espace objet réel <math>\;n_o\;</math> ainsi que celui de l'espace image réelle <math>\;n_i</math>. {{Al|5}}Nous adoptons l'algébrisation physique de l'axe optique principal <ref name="orientation axe opt. princ. dioptre"> Supposant l'axe optique principal horizontal, l'espace objet réel étant situé à gauche du dioptre, la partie incidente de l'axe optique principal est orientée dans le sens <math>\;\rightarrow</math> et l'espace image réelle étant alors situé à droite du dioptre, la partie émergente est orientée dans le même sens <math>\;\rightarrow</math> ; il est donc inutile de préciser en indice le sens de l'orientation de l'axe optique principal contrairement à ce qui doit être fait dans le cas d'un miroir sphérique.</ref> et, pour unifier l'étude des dioptres sphériques, algébrisons le rayon de courbure du dioptre selon <math>\;\overline{R} = \overline{SC}\;</math> <ref name="orientation axe opt. princ. dioptre" /> avec pour conséquence la nature « concave » ou « convexe » du dioptre caractérisé par le signe du rayon de courbure algébrisé : * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC} > 0</math>, <math>\;C\;</math> étant à droite de <math>\;S\;</math> est un point de l'espace objet virtuel, correspondant à un dioptre « convexe », * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC} < 0</math>, <math>\;C\;</math> étant à gauche de <math>\;S\;</math> est un point de l'espace objet réel, correspondant à un dioptre « concave ». <center> <gallery> Dioptre sphérique concave verre - air.jpg|Justification du caractère convergent d'un dioptre sphérique concave faisant passer d'un milieu plus réfringent vers un milieu moins réfringent Dioptre sphérique concave air - verre.jpg|Justification du caractère divergent d'un dioptre sphérique concave faisant passer d'un milieu moins réfringent vers un milieu plus réfringent Dioptre sphérique convexe verre - air.jpg|Justification du caractère divergent d'un dioptre sphérique convexe faisant passer d'un milieu plus réfringent vers un milieu moins réfringent Dioptre sphérique convexe air - verre.jpg|Justification du caractère convergent d'un dioptre sphérique convexe faisant passer d'un milieu moins réfringent vers un milieu plus réfringent </gallery> Dans la suite nous supposerons le dioptre sphérique concave faisant passer d'un espace plus réfringent à un espace moins réfringent <ref> En précisant la modification des résultats pour un dioptre sphérique des trois autres types.</ref> et <br>admettrons qu'il n'y a pas stigmatisme rigoureux du dioptre sphérique <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> pour tous les points objets autres que <math>\;C\;</math> et tous les points du dioptre <ref name="Définition sommet dioptre"> Si le point objet <math>\;A_o\;</math> est sur le dioptre, l'axe optique principal associé à ce point objet ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, <math>\;A_o\;</math> joue le rôle de sommet <math>\;S\;</math> du miroir ; ainsi, dans la mesure où l'axe optique principal n'a pas été préalablement défini, tout point du dioptre peut être considéré comme un sommet.</ref>.</center> === Démonstration du stigmatisme approché d'un dioptre sphérique concave convergent sous conditions de Gauss === [[File:Dioptre sphérique concave convergent - stigmatisme approché.jpg|thumb|Schéma d'un dioptre sphérique concave convergent dans le but d'établir le stigmatisme approché du dioptre <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour tout point objet autre que C et S]] {{Al|5}}Considérant un point objet réel <math>\;A_o \neq C\;</math> et l'axe optique principal correspondant de support <math>\;(A_oC)\;</math> <ref> Dès lors que <math>\;A_o\;</math> est <math>\;\neq C</math>, l'axe optique principal est parfaitement défini ainsi que le sommet <math>\;S\;</math> qui est l'intersection de l'axe optique principal et du dioptre.</ref>, nous envisageons des rayons incidents issus de <math>\;A_o</math>, peu inclinés par rapport à l'axe optique principal, d'angle d'inclinaison <math>\;\theta_o\;</math> tel que <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et dont le point d'incidence <math>\;I\;</math> reste proche du sommet <math>\;S\;</math> c.-à-d. tel que l'angle que fait la normale au dioptre en <math>\;I\;</math> avec l'axe optique principal <math>\;\widehat{(\overrightarrow{CS}\, ;\, \vec{N})} = \omega\;</math> soit petit en valeur absolue <math>\;\big(|\omega| \ll 1\big)\;</math> <ref name="Paraxial" />. {{Al|5}}Le rayon incident <math>\;A_oI\;</math> donnant, par utilisation des lois de Snell - Descartes de la réfraction, le rayon émergent <math>\;IA_i\;</math> <math>\big(A_i \in</math> à l'axe optique principal<math>\big)</math>, appelons <math>\;\theta_i\;</math> l'angle d'inclinaison du rayon réfracté par rapport à l'axe optique principal ; nous nous proposons de démontrer que <math>\;A_i\;</math> est indépendant du rayon incident considéré <math>\big(</math>c.-à-d. indépendant de <math>\;\theta_o\;</math> et de <math>\;\omega\big)\;</math> dans la mesure où les conditions de Gauss de stigmatisme approché <math>\big(\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et <math>\;|\omega| \ll 1\big)\;</math> sont réalisées. ==== Établissement de la relation liant θ_o, θ_i, ω, n_o et n_i ==== # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIC\;</math> établir une première relation entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;i_o\;\big(</math>angle d'incidence du rayon incident en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIC\;</math> établir une deuxième relation entre <math>\;\theta_i</math>, <math>\;i_i\;\big(</math>angle de réfraction du rayon émergent en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en utilisant la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes de la réfraction sous conditions de Gauss et les deux relations précédentes, déduire la relation suivante entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;\theta_i</math>, <math>\;\omega</math>, <math>\;n_o\;</math> et <math>\;n_i\;</math> : <center> <math>\;\omega = \dfrac{n_o\; \theta_o - n_i\; \theta_i}{n_o - n_i}\;\;(\mathfrak{a})\;</math>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Dans le triangle <math>\;A_oIC</math>, <math>\;\omega = \theta_o + (-i_o)\;</math> <ref name="relation dans un triangle" /> <ref> On remarque, sur le schéma, que <math>\;\omega\;</math> et <math>\;\theta_o\;</math> sont positifs mais <math>\;i_o\;</math> étant négatif, sa valeur absolue s'écrit <math>\;(-i_o)</math>.</ref> et <br>{{Al|5}}dans le triangle <math>\;A_iIC</math>, <math>\;-i_i = \omega - \theta_i\;</math> <ref name="relation dans un triangle" /> <ref> On remarque, sur le schéma, que <math>\;\omega\;</math> est positif mais <math>\;i_i\;</math> et et <math>\;\theta_i\;</math> étant négatifs, leur valeur absolue s'écrit <math>\;(-i_i)\;</math> et <math>\;(-\theta_i)</math>.</ref> ou, <br>{{Al|5}}en utilisation la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes pour la réfraction et, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle d'incidence (et donc aussi de l'angle de réfraction en valeur absolue) <math>\;n_o\, i_0 = n_i\, i_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;i_i = \dfrac{n_o}{n_i}\, i_o</math>, la relation ci-dessus se réécrit <math>\; -\dfrac{n_o}{n_i}\, i_o = \omega - \theta_i</math> ; <br>{{Al|5}}on élimine alors <math>\;i_o\;</math> entre ces deux relations en formant la C.L. <math>\;\dfrac{n_o}{n_i}\; (\mathfrak{1}) + (\mathfrak{2})\;</math> soit : <math>\;\dfrac{n_o}{n_i}\; \omega = \dfrac{n_o}{n_i}\; \theta_o + \omega - \theta_i\;</math> ou <math>\;n_o\,\omega = n_o\, \theta_o + n_i\, \omega - n_i\, \theta_i\;</math> soit enfin, la relation <math>\;(\mathfrak{a}) \qquad \omega = \dfrac{n_o\, \theta_o - n_i\, \theta_i}{n_o - n_i}</math>.}} ==== Évaluation des angles θ_o, θ_i et ω en fonction des abscisses de A_o, A_i et C repérées relativement à H ==== {{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> et des conditions de Gauss de stigmatisme approché, montrer que le rayon réfracté est aussi peu incliné relativement à l'axe optique principal c.-à-d. <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>. # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_o}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\theta_o</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\theta_i)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_i}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\theta_i</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\omega)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HC}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\omega</math>, # déduire des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math>, un lien entre <math>\;\overline{HA_o}</math>, <math>\;\overline{HA_i}\;</math> et <math>\;\overline{HC}\;</math> <math>\;\big[</math>relation <math>\;(\mathfrak{b})\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> écrite sous la forme <math>\;\theta_i = \dfrac{n_o}{n_i}\, \theta_o - \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, \omega\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;|\theta_i| \leqslant \dfrac{n_o}{n_i}\, |\theta_o| + \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, |\omega|\;</math> et des conditions de Gauss de stigmatisme approché <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}|\theta_o| \ll 1\\ |\omega| \ll 1 \end{array}\right\rbrace\;</math> dont on déduit <math>\;\dfrac{n_o}{n_i}\, |\theta_o| + \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, |\omega| \ll 1\;</math> d'où <math>\;|\theta_i| \leqslant \dfrac{n_o}{n_i}\, |\theta_o| + \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, |\omega| \ll 1\;</math> c.-à-d. que le rayon réfracté est aussi peu incliné relativement à l'axe optique principal. # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH</math>, <math>\;\tan(\theta_o) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HA_o}}\;</math> car sur le schéma <math>\;\theta_o > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_o) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_o} < 0\;</math> ou, <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_o) \simeq \theta_o\;</math> on en déduit <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_o}}</math> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH</math>, <math>\;\tan(\theta_i) = -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}}\;</math> car sur le schéma <math>\;\theta_i < 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_i) < 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_i} > 0\;</math> ou, <math>\;|\theta_i| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_i) \simeq \theta_i\;</math> on en déduit <math>\;\theta_i \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}}</math> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH</math>, <math>\;\tan(\omega) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HC}_\rightarrow}\;</math> car sur le schéma <math>\;\omega > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\omega) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HC} < 0\;</math> ou, <math>\;|\omega| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\omega) \simeq \omega\;</math> on en déduit <math>\;\omega \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HC}}</math> ; # des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> réécrite selon <math>\;(n_o - n_i)\, \omega = n_o\,\theta_o - n_i\, \theta_i</math>, on en déduit <math>\;\dfrac{-(n_o - n_i)\, \overline{HI}}{\overline{HC}} =</math> <math>\dfrac{n_i\, \overline{HI}}{\overline{HA_i}} - \dfrac{n_o\, \overline{HI}}{\overline{HA_o}}\;</math> ou, en simplifiant par <math>\;\overline{HI}</math>, on obtient la relation <math>\;(\mathfrak{b})\qquad \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{HC}} = \dfrac{n_i}{\overline{HA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{HA_o}}</math>.}} ==== Établissement de la confusion de H et de S à l'ordre un en ω ==== {{Al|5}}Établir que <math>\;H\;</math> <ref name="définition de H" /> peut être confondu avec le sommet <math>\;S\;</math> du miroir à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> <ref name="H et S confondus" /> et {{Al|5}}réécrire que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> en tenant compte de cette confusion. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Montrons que <math>\;H\;</math> peut être confondu avec <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> <ref name="ω infiniment petit d'ordre un" />, en évaluant <math>\;[CH]\;</math> puis <math>\;[HS] = [CS] - [CH]\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega</math>, on obtient : <math>\;[CH] = [CI]\, \cos(\omega) = R\, \cos(\omega) \simeq R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math> <math>\big(</math>revoir la remarque du paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable_au_voisinage_d'une_de_ses_valeurs#D.C3.A9veloppements_limit.C3.A9s_.C3.A0_l.27ordre_un_de_quelques_fonctions_usuelles|D.L. à l'ordre un de quelques fonctions usuelles]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « Outils mathématiques pour la physique (PCSI) »<math>\big)\;</math> d'où <math>\;[HS] = [CS] - [CH] \simeq R - R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega</math>, soit encore <math>\;[HS] \simeq R \dfrac{\omega^2}{2}\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math> ou finalement <center><math>\;[HS] \simeq 0\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega</math> ;</center> {{Al|5}}remplaçant <math>\;H\;</math> par <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{b})</math>, on peut, sous les conditions de Gauss de stigmatisme approché, la réécrire selon <center><math>\;(\mathfrak{b})\; \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{SC}} = \dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}}\;</math> <ref> Sous cette forme la relation nécessite que le point objet <math>\;A_o\;</math> soit <math>\;\neq S\;</math> sommet du dioptre.</ref>.</center>}} ==== Conclusion : stigmatisme approché du dioptre sphérique (concave convergent) pour le point objet A_o et relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) ==== {{Al|5}}Vérifier que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> définit, pour un point objet <math>\;A_o\;</math> quelconque, un point image unique <math>\;A_i\;</math> et en déduire le stigmatisme approché du dioptre sphérique <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour le point objet <math>\;A_o</math> ; {{Al|5}}la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> pouvant être écrite selon <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}} = V\;</math> <ref name="indépendance de la nature dioptre"> Nous admettrons que cette relation (ou propriété) établie dans le cas d'un dioptre sphérique concave convergent est encore applicable, sans modification, à un dioptre sphérique concave divergent ou à un dioptre sphérique convexe convergent ou divergent.</ref> où <math>\;V\;</math> est une constante appelée « vergence » du dioptre sphérique exprimée en dioptries <math>\big(</math>de symbole <math>\;\delta\big)\;</math> dans la mesure où les abscisses le sont en <math>\;m\;\big(</math>la dioptrie étant liée au mètre par <math>\;1\, \delta = 1\,m^{-1}\big)</math>, exprimer <math>\;V\;</math> en fonction de <math>\;\overline{R} = \overline{SC}</math>, <math>\;n_o\;</math> et <math>\;n_i</math>. {{Al|5}}Par la suite notant l'abscisse de Descartes <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math><ref> Pour le repérage de Descartes dans un dioptre sphérique concave ou convexe, convergent ou divergent, il y a deux origines utilisées : l'origine au sommet qui est la plus fréquemment utilisée et l'origine au centre qui l'est beaucoup moins.</ref> du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Par la suite notant l'abscisse de Descartes <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>avec origine au sommet<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> }}celle du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}</math>, <br>{{Al|5}}la relation de conjugaison (approchée) de position [ou 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée)] de Descartes d'un dioptre sphérique se réécrit <center><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> établit le stigmatisme approché du dioptre sphérique <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour tout point objet <math>\;A_o\;</math> autre que <math>\;C\;</math> et <math>\;S\;</math> puisque, pour un point objet <math>\;A_o\;</math> fixé, le point image <math>\;A_i\;</math> est déterminé de façon unique <math>\big(</math>indépendamment des variations des petits angles <math>\;\theta_o\;</math> et <math>\;\omega\big)</math>. {{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> peut effectivement être écrite sous la forme <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}} = V\;</math> où <math>\;V\;</math> est une constante définissant la vergence du dioptre sphérique selon <center><math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{SC}} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> avec <math>\;\overline{R} = \overline{SC}\;</math> rayon algébrisé du dioptre.</center> {{Al|5}}Avec les abscisses de Descartes (avec origine au sommet) du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> et du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}</math>, la relation de conjugaison (approchée) de position [ou 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée)] de Descartes du dioptre sphérique se réécrit <center><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math>.</center>}} === Points pour lesquels la conjugaison du dioptre sphérique est rigoureuse et points doubles === {{Al|5}}Vérifier, par construction et pour une direction d'axe optique principal préalablement fixée, que le centre <math>\;C\;</math> et le sommet <math>\;S\;</math> <ref name="Définition sommet" /> du dioptre sont des points * pour lesquels le dioptre est stigmatique rigoureux et * dont l'image est confondue avec l'objet (c.-à-d. que ce sont des points doubles). {{Al|5}}Justifier la raison pour laquelle la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) est applicable à <math>\;C</math>, centre du dioptre, bien que la conjugaison soit rigoureuse ; {{Al|5}}vérifier, en utilisant cette relation, que <math>\;C\;</math> est effectivement un point double. {{Al|5}}Admettant que la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) reste applicable à <math>\;S</math>, sommet du dioptre, pour lequel il y a conjugaison rigoureuse <math>\big[</math>mais évidemment pas sous cette forme qui est indéterminée quand on l'applique à <math>\;S</math>, son abscisse objet <math>\;p_o\;</math> y étant nulle<math>\big]</math>, évaluer <math>\;p_i\;</math> en fonction de <math>\;p_o\;</math> et de <math>\;V\;</math> et vérifier, sur cette dernière forme, * que <math>\;S\;</math> est effectivement un point double et * qu'il n'y a pas d'autres points doubles que <math>\;S\;</math> et <math>\;C</math>. {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - points doubles.jpg|thumb|Schémas de vérification du fait que, pour C et S, le dioptre sphérique (concave convergent) est stigmatique rigoureux et que ce sont des points doubles]] {{Al|5}}Voir ci-contre les constructions prouvant les propriétés particulières d'un point objet en <math>\;C\;</math> ou <math>\;S\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent <ref name="indépendance de la nature dioptre"/> : * à gauche tout rayon d'un faisceau incident issu du centre <math>\;C\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent étant normal au dioptre poursuit son chemin sans changer de direction, donnant un ensemble de rayons transmis divergeant à partir d'un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, c.-à-d. prouvant que le dioptre sphérique est stigmatique rigoureux pour son centre ; de plus le point image de <math>\;C\;</math> étant <math>\;C\;</math> lui-même, ce dernier est un point double ; * à droite tout rayon d'un faisceau incident convergeant sur le sommet <math>\;S\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent se réfractant à partir du point d'incidence <math>\;S\;</math> lui-même <ref> En suivant une direction plus rapprochée de l'axe optique principal que ne l'est celle du rayon incident.</ref> et l'ensemble des rayons réfractés divergeant à partir d'un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, cela prouve le stigmatisme rigoureux du dioptre sphérique pour son sommet <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> ; de plus le point image de <math>\;S\;</math> étant <math>\;S\;</math> lui-même, ce dernier est un point double. {{Al|5}}Pour appliquer la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) à <math>\;C</math>, centre du dioptre, bien que la conjugaison soit rigoureuse, il suffit de ne considérer que les rayons paraxiaux du faisceau incident issu de <math>\;C\;</math> et d'ouverture quelconque <ref> Le fait que les autres rayons divergent également à partir de <math>\;C\;</math> ne modifient en rien la divergence des rayons transmis provenant de rayons incidents paraxiaux.</ref>, condition d'applicabilité de la relation de conjugaison de position de Descartes ; {{Al|5}}dans ce cas, si on appelle <math>\;C_i</math>, d'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(C_i) = \overline{SC_i}</math>, l'image du point objet <math>\;C</math>, d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(C) = \overline{SC} = \overline{R}</math>, nous obtenons, en remplaçant <math>\;V\;</math> par <math>\;\dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}</math>, <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(C_i)} - \dfrac{n_o}{\overline{R}} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(C_i)} = \dfrac{n_i}{\overline{R}}\;</math> ou <math>\;p_i(C_i) = \overline{R} = \overline{SC}</math> prouvant que <math>\;C_i\;</math> se confond avec <math>\;C\;</math> et par suite que <math>\;C\;</math> est un point double. <center>De <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math> on tire <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} = \dfrac{n_o}{p_o} + V = \dfrac{n_o + V\, p_o}{p_o}\;</math> soit <math>\;p_i = n_i\, \dfrac{p_o}{n_o + V\, p_o}</math> ;</center> {{Al|5}}sous cette forme on vérifie qu'un point objet en <math>\;S</math>, d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(S) = 0\;</math> a une image d'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i = 0</math>, c.-à-d. une image confondue avec <math>\;S\;</math> prouvant que <math>\;S\;</math> est bien un point double ; {{Al|5}}les points doubles <math>\;A_d\;</math> d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_d\;</math> étant tels que leurs abscisses images de Descartes (avec origine au sommet) s'écrivant <math>\;p_i(A_d) = \overline{SA_d} = p_d\;</math> avec <math>\;p_i(A_d) = n_i\, \dfrac{p_d}{n_o + V\, p_d}\;</math> obéissent à l'équation <math>\;p_d = n_i\, \dfrac{p_d}{n_o + V\, p_d}\;</math> qui se décompose en <math>\;\left\lbrace\begin{array}{c}p_d = 0\;\;\; \text{ou}\\ n_o + V\, p_d = n_i\end{array}\right\rbrace</math>, la 1{{ère}} solution donnant <math>\;S\;</math> point double et la 2{{ème}} équation conduisant à <math>\;p_d = \dfrac{n_i - n_o}{V} = \overline{R}\;</math> c.-à-d. <math>\;C\;</math> point double ; <center>le centre et le sommet d'un dioptre sphérique sont donc les seuls points doubles de ce dernier.</center>}} === Caractère focal d'un dioptre sphérique, position des foyers principaux objet et image, lien de la vergence et des distances focales objet et image, signe de la vergence === ==== Caractère focal d'un dioptre sphérique, définition des foyers principaux objet et image, lien de la vergence avec les distances focales objet et image ==== {{Al|5}}Vérifier, sur la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes d'un dioptre sphérique, que ce dernier est nécessairement « focal » <ref name="définition focal" /> puis déterminer * la position du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> c.-à-d. le point objet de l'axe optique principal ayant pour image le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;F_o\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; A_{i,\,\infty}\big]\;</math> et * la position du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> c.-à-d. le point image de l'axe optique principal ayant pour antécédent <ref name="Antécédent" /> le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;A_{o,\,\infty}\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; F_i\big]</math>. {{Al|5}}Définissant * la distance focale objet comme l'abscisse objet de Descartes du foyer principal objet (avec origine au sommet) soit <math>\;f_o = \overline{SF_o}\;</math> et * la distance focale image comme l'abscisse image de Descartes du foyer principal image (avec origine au sommet) soit <math>\;f_i = \overline{SF_i}\;</math>, {{Al|5}}déterminer le lien entre vergence <math>\;V</math>, distance focale objet <math>\;f_o</math>, distance focale image <math>\;f_i</math>, indice espace objet <math>\;n_o\;</math> et indice espace image <math>\,n_i</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Un dioptre sphérique est un « système focal », en effet pour qu'il soit « afocal », il faudrait que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, mais ayant établi que les seuls points doubles du dioptre sphérique sont <math>\;C\;</math> et <math>\;S</math>, et non le point à l'infini de l'axe optique principal on en déduit que le dioptre sphérique est bien un « système focal ». * Le foyer principal image <math>\;F_i</math>, repéré par l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(F_i) = \overline{SF_i}\;</math> étant l'image du point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(A_{o,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{n_o}{p_o(A_{o,\, \infty})} = 0</math>, on en déduit <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(F_i)} - 0 = V\;</math> soit <math>\;\overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math>. * Le foyer principal objet <math>\;F_o</math>, repéré par l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(F_o) = \overline{SF_o}\;</math> étant l'antécédent <ref name ="Antécédent"/> du point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(A_{i,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(A_{i,\, \infty})} = 0</math>, on en déduit <math>\;0 - \dfrac{n_o}{p_o(F_o)} = V\;</math> soit <math>\;\overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math>. <center><u>Notion de distances focales objet et image</u> :</center> * la distance focale image <math>\;f_i\;</math> étant définie par <math>\;f_i = \overline{SF_i}\;</math> est liée à la vergence par <math>\;f_i = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math> ; * la distance focale objet <math>\;f_o\;</math> étant définie par <math>\;f_o = \overline{SF_o}\;</math> est liée à la vergence par <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math> ; <center>on en déduit la relation <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}\;</math> <ref> Cette relation découle de la 1{{ère}} relation de conjugaison de position de Descartes du dioptre sphérique appliquée aux couples de points conjugués <math>\;(A_{o,\, \infty}\, , \,F_i)\;</math> et <math>\;(F_o\, , \,A_{i,\, \infty})</math>.</ref>.</center>}} ==== Signe de la vergence suivant la nature concave ou convexe du dioptre sphérique et de l'indice de l'espace objet comparé à celui de l'espace image, caractère convergent ou divergent du dioptre et nature réelle ou virtuelle des foyers principaux ==== {{Al|5}}Déterminer le signe de la vergence suivant la nature « concave » ou « convexe » du dioptre sphérique et du signe de <math>\;n_o - n_i\;</math> puis {{Al|5}}son caractère « convergent » ou « divergent » sachant qu'un système focal à « vergence positive » (respectivement « négative ») est dit « convergent » (respectivement « divergent ») et enfin {{Al|5}}la nature « réelle » ou « virtuelle » des foyers principaux. {{Al|5}}Pour terminer, on précisera, dans chacun des quatre cas possibles, les positions absolues des foyers principaux objet et image relativement au centre et au sommet du dioptre considéré. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> on en déduit que la vergence <math>\;V\;</math> est * de signe contraire au rayon de courbure algébrisé du dioptre si la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent <math>\;\big(n_o > n_i\big)</math>, * de même signe que le rayon de courbure algébrisé du dioptre si la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent <math>\;\big(n_o < n_i\big)</math> ; {{Al|5}}on en déduit les quatre possibilités suivant la nature du dioptre sphérique et le signe de <math>\;n_o - n_i</math> : * un dioptre sphérique <u>concave</u> ayant un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC} < 0\;</math> <ref name="nature de C dioptre"> Correspondant au caractère réel (resp. virtuel) du centre <math>\;C\;</math> d'un dioptre sphérique concave (resp. convexe).</ref>, a <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V > 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet eau, espace image air<math>\big)\;</math> c'est alors un système « <u>convergent</u> » et <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V < 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet air, espace image eau<math>\big)\;</math> c'est alors un système « <u>divergent</u> », * un dioptre sphérique <u>convexe</u> a un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC} > 0\;</math> <ref name="nature de C dioptre" />, a <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V < 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet eau, espace image air<math>\big)\;</math> c'est alors un système « <u>divergent</u> » et <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V > 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet air, espace image eau<math>\big)\;</math> c'est alors un système « <u>convergent</u> ». {{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}\;</math> on en déduit la nature (réelle ou virtuelle) des foyers principaux objet et image suivant la nature (convergente ou divergente) du dioptre sphérique : * pour un dioptre sphérique <u>concave convergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image"> La lumière passant d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent on a <math>\;n_o > n_i</math>.</ref> est <math>\;> 0\;</math> entraînant le caractère <u>réel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image" /> étant <math>\;< 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>réel</u>, * pour un dioptre sphérique <u>concave divergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image"> La lumière passant d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent on a <math>\;n_o < n_i</math>.</ref> est <math>\;< 0\;</math> entraînant le caractère <u>virtuel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image" /> étant <math>\;> 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>virtuel</u>, * pour un dioptre sphérique <u>convexe divergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image" /> est <math>\;< 0\;</math> entraînant le caractère <u>virtuel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image" /> étant <math>\;> 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>virtuel</u>, * pour un dioptre sphérique <u>convexe convergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image" /> est <math>\;> 0\;</math> entraînant le caractère <u>réel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image" /> étant <math>\;< 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>réel</u>. {{Al|5}}<u>Remarques</u> : Les distances focales objet et image étant, dans les quatre cas possibles, de signe contraire, les foyers principaux objet et image sont situés de part et d'autre de la surface dioptrique dans chacun des cas ; {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}pour un dioptre sphérique pour lequel la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent, <math>\;n_o\;</math> étant <math>\;>\;</math> à <math>\;n_i</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est situé à une distance <math>\;|f_o| = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> et le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> à une distance <math>\;|f_i| = \dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> avec <math>\;|f_i| < |f_o|\;</math> <math>\Rightarrow</math> le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est plus éloigné du sommet <math>\;S\;</math> que le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> <ref> Avec, pour un dioptre concave, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet réel (c.-à-d. usuellement à gauche) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image réelle (c.-à-d. usuellement à droite),<br><span style="color:#ffffff;"><small>....</small>Avec, </span>pour un dioptre convexe, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet virtuel (c.-à-d. usuellement à droite) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image virtuelle (c.-à-d. usuellement à gauche).</ref> ; {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}pour un dioptre sphérique pour lequel la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent, <math>\;n_o\;</math> étant <math>\;<\;</math> à <math>\;n_i</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est situé à une distance <math>\;|f_o| = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> et le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> à une distance <math>\;|f_i| = \dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> avec <math>\;|f_i| > |f_o|\;</math> <math>\Rightarrow</math> le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est moins éloigné du sommet <math>\;S\;</math> que le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> <ref> Avec, pour un dioptre concave, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet virtuel (c.-à-d. usuellement à droite) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image virtuelle (c.-à-d. usuellement à gauche),<br><span style="color:#ffffff;"><small>....</small>Avec, </span>pour un dioptre convexe, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet réel (c.-à-d. usuellement à gauche) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image réelle (c.-à-d. usuellement à droite).</ref>.}} === Aplanétisme approché d'un dioptre sphérique sous conditions de Gauss === {{Al|5}}Soit le dioptre sphérique concave convergent introduit à la 1{{ère}} question et un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o \neq C\;</math> <ref name="support axe optique principal" /> tel qu'il y ait stigmatisme approché du dioptre <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour tous les points <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> C.-à-d. que, pour un point quelconque <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o</math>, avec la définition de l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <math>\big(</math>cet axe jouant le rôle d'axe optique principal pour le point objet <math>\;M_o\;</math> est qualifié de secondaire relativement au point objet <math>\;A_o\big)</math>, les rayons incidents issus de <math>\;M_o\;</math> doivent être paraxiaux <math>\big[</math>peu inclinés relativement à l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> et à point d'incidence restant proche du sommet secondaire <math>\;S_{M_o}</math>, intersection de l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> avec le dioptre<math>\big]</math>.</ref> ; <br>{{Al|5}}cette dernière condition entraîne que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> admet une image « nette » <math>\;A_iB_i\;</math> <ref name="Nette" /> mais a priori cette image n'est <math>-</math> hors conditions de Gauss d'aplanétisme approché <math>-</math> ni « linéique » <ref name="Linéique" /> ni « transverse » ; {{Al|5}}Supposant que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> est, * quand l'objet n'est pas proche du dioptre, vu du sommet <math>\;S\;</math> du dioptre sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} S\big)\;</math> et * quand l'objet est proche du dioptre, vu du centre <math>\;C\;</math> du dioptre sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq S\big)</math>, {{Al|5}}ces deux conditions sont une première façon de définir les conditions de Gauss d'aplanétisme approché pour un objet linéique transverse quelconque <ref> C'est cette façon qui a été vue en cours, <math>\;S\;</math> étant en effet le point de l'axe optique principal appartenant à la face d'entrée du dioptre.</ref>. {{Al|5}}Il existe une deuxième façon équivalente de définir les conditions de Gauss d'aplanétisme approché pour un objet linéique transverse quelconque <math>\;A_oB_o\;</math> <ref name="façon plus simple" /> : * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> n'est pas proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre, l'objet doit être vu du centre <math>\;C\;</math> sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)\;</math> et * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math>, l'objet doit être vu du sommet <math>\;S\;</math> du dioptre sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq C\big)</math>. ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un dioptre sphérique concave convergent pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du dioptre et vu de ce centre sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant d'abord supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\alpha</math>, sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, l'angle <math>\;\beta</math> sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, n'étant pas nécessairement petit, la démarche pour établir l'aplanétisme du dioptre pour un tel objet est rendue plus aisée si on a établi auparavant la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Relation_de_conjugaison_de_position_.28ou_1.C3.A8re_relation_de_conjugaison.29_de_Descartes_.28avec_origine_au_centre.29|relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre)]] <ref name="méthode moins aisée" /> <center><math>\;\dfrac{n_o}{\overline{CA_i}} - \dfrac{n_i}{\overline{CA_o}} = V\;</math> où <math>\;V\;</math> est la vergence précédemment introduite :</center> {{Al|5}}la démarche peut alors être décomposée en les étapes suivantes : * montrer qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * en utilisant la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre), montrer alors que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et vérifier que l'angle au centre associé est encore <math>\;\alpha</math>, * conclure qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'image <math>\;A_iB_i\;</math> peut être confondue avec un segment perpendiculaire à l'axe optique principal c.-à-d. qu'elle est linéique transverse <ref> Nous aurons donc établi qu'il y a aplanétisme approché du dioptre sphérique pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du dioptre à condition qu'il soit vu de ce centre sous un petit angle.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq}\; C\big)</math>, avec l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, * le caractère transverse de l'objet linéique <math>\Rightarrow</math> la longueur <math>\;[CB_o]\;</math> est plus grande que la longueur <math>\;[CA_o]\;</math> <ref name="définition des côtés triangle rectangle" />, soit plus précisément <math>\;[CA_o] =</math> <math>[CB_o]\, \cos(\alpha) \simeq [CB_o] \left( 1 - \dfrac{\alpha^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\alpha\;</math> <ref name="DL du cosinus à l'ordre deux" /> ou finalement <math>\;[CA_o] \simeq [CB_o]\;</math> à l'ordre un en <math>\;\alpha\;</math> prouvant, qu'à cet ordre, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * tous les points objets <math>\;M_o\;</math> de l'arc de cercle <math>\;A_oB_o\;</math> de centre <math>\;C\;</math> ayant une abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <ref name="axe optique secondaire" />, l'application de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au centre) donne donc des points images <math>\;M_i\;</math> à abscisse image de Descartes (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)</math>, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est assimilable, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, à un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math>, * l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'arc de cercle <math>\;A_iB_i\;</math> est vu du centre <math>\;C\;</math> étant petit, on peut faire l'opération inverse de celle faite au premier paragraphe, c.-à-d. assimiler l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> à un segment choisi perpendiculaire à l'axe optique principal de support <math>\;(CA_i)\;</math> <ref name="justification choix" />, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, linéique transverse ; <center>l'<u>aplanétisme approché du dioptre sphérique</u> (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> a donc été établi <u>pour tout objet linéique de pied non proche du centre du dioptre</u>.</center>}} ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un dioptre sphérique concave convergent pour un objet linéique transverse de pied proche du centre du dioptre et vu du sommet de ce dernier sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> étant maintenant supposé proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\beta</math>, sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)</math> ; la démarche pour établir l'aplanétisme du miroir pour un tel objet nécessite l'utilisation de deux rayons paraxiaux issus de <math>\;M_o</math>, point objet quelconque de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> Le caractère paraxial étant indispensable pour satisfaire au stigmatisme approché du dioptre pour le point objet <math>\;M_o</math>, tous les rayons non paraxiaux issus de <math>\;M_o\;</math> seront arrêtés par un diaphragme centré sur <math>\;S</math> ;<br>{{Al|3}}on vérifie aisément que les rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> sont deux candidats respectant la paraxialité, par contre le rayon incident <math>\;M_oC\;</math> pouvant ne pas l'être car <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math> <math>\big(</math>et si tel était le cas il serait alors arrêté par le diaphragme centré en <math>\;S\big)</math>, nous ne l'utiliserons pas.</ref> et de montrer que le point image <math>\;M_i</math>, défini comme l'intersection des deux rayons réfractés, a pour projeté, sur l'axe optique principal, le point image <math>\;A_i</math> : * déterminer l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;p_i\;</math> en fonction de la distance focale image <math>\;f_i\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * déterminer la longueur algébrique <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> en fonction de <math>\;\beta\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * travaillant dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> <ref> L'axe <math>\;\overrightarrow{Sx}\;</math> étant porté par l'axe optique principal et l'axe <math>\;\overrightarrow{Sy}\;</math> étant porté par la représentation symbolique du dioptre orienté vers le haut, l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> étant lui aussi orienté vers le haut.</ref> déterminer l'équation des rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> <ref name="définition ε" />, * travaillant dans le même repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> déterminer les équations des rayons réfractés, puis leur intersection <math>\;M_i\;</math> ; * vérifier que l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal est égale à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, puis conclure à l'aplanétisme approché du dioptre sphérique (concave convergent) pour l'objet linéique <math>\;A_oB_o\;</math> de pied proche du centre du dioptre. {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - aplanétisme.jpg|thumb|Schéma positionnant un objet linéique transverse de pied proche du centre d'un dioptre sphérique concave convergent pour démontrer l'aplanétisme approché du dioptre pour cet objet <ref> Sur le schéma ci-dessus la distance focale objet vaut <math>\;\big(</math>avec <math>\;n_o \simeq 1,5\;</math> et <math>\;n_i \simeq 1,0\big)</math> <math>\;f_o = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\;\overline{R} = 3\;\overline{R} = -3\;R</math>, la distance focale image, quant à elle, valant <math>\;f_i = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\;\overline{R} = -2\;\overline{R} = 2\;R</math>.</ref>]] {{Al|5}}Soit <math>\;A_oB_o\;</math> un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o</math>, proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre sphérique concave convergent <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, vu du sommet <math>\;S\;</math> de ce dernier sous un angle <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)\;</math> correspondant à la condition de Gauss d'aplanétisme approché précitée ; # on détermine d'abord <math>\;p_i = \overline{SA_i}</math>, l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, image du point objet <math>\;A_o\;</math> d'abscisse objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}</math>, par utilisation de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes du dioptre sphérique (avec origine au sommet) de vergence <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i}</math>, <math>\;f_i = \overline{SF_i}\;</math> étant la distance focale image du dioptre d'où : <center><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = \dfrac{n_i}{f_i} \Rightarrow \dfrac{1}{p_i} = \dfrac{n_o}{n_i\, p_o} + \dfrac{1}{f_i} = \dfrac{n_o\, f_i + n_i\, p_o}{n_i\, p_o\, f_i}\;</math> soit <math>\;p_i = p_o\, \dfrac{n_i\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}</math>.</center> # <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> <math>\;> 0\;</math> avec <math>\;\beta\;</math> non algébrisé <math>\;\ll 1</math>, on en déduit <math>\;\tan(\beta) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{p_o}\;</math> avec <math>\;\tan(\beta) \simeq \beta\;</math> d'où <center><math>\;\overline{A_oB_o} \simeq -\beta\; p_o</math> ;</center> # dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})</math>, le rayon incident <math>\;M_oS\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = \varepsilon\, \overline{A_oB_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_S}{x_{M_o} - x_S} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o} = -\varepsilon\, \beta\;</math> a pour équation <math>\;y - y_S = -\varepsilon\, \beta \left( x - x_S \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = -\varepsilon\, \beta\, x\;</math> <ref name="vérification signes" />,</center> {{Transparent|dans le repère orthonormé <math>\;\color{transparent}{(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, }}le rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> et passant par le foyer principal objet du dioptre sphérique <math>\;F_o\;</math> de coordonnées <math>\;\left(x_{F_o} = f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\,f_i\, , \, y_{F_o} = 0\right)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_{F_o}}{x_{M_o} - x_{F_o}} =</math> <math>\dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + \dfrac{n_o}{n_i}\,f_i} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\,f_i}\;</math> a pour équation <math>\;y - y_{F_o} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} \left( x - x_{F_o} \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} \left( x + \dfrac{n_o}{n_i}\,f_i \right)</math> ;</center> # dans le même repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> le rayon réfracté sur le dioptre du rayon incident <math>\;M_oS\;</math> étant de direction déterminée par la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes de la réfraction (écrite pour de petits angles) est de pente <math>\;-\dfrac{n_o}{n_i}\,\varepsilon\, \beta\;</math> <ref> En effet le rayon réfracté de pente égale à la tangente de l'angle de réfraction c.-à-d. encore égale à l'angle de réfraction <math>\;i_i\;</math> et le rayon incident étant de pente égale à la tangente de l'angle d'incidence c.-à-d. encore égale à l'angle d'incidence <math>\;i_o</math>, l'utilisation de la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes de la réfraction (écrite pour de petits angles) conduisant à <math>\;n_i\, i_i = n_o\, i_o\;</math> d'où <math>\;i_i = \dfrac{n_o}{n_i}\, i_o</math>.</ref> d'où l'équation du rayon réfracté correspondant au rayon incident <math>\;M_oS\;</math> <center><math>\;y = -\dfrac{n_o}{n_i}\,\varepsilon\, \beta\, x\;</math> <ref name="vérification signes bis" />,</center> {{Transparent|dans le repère orthonormé <math>\;\color{transparent}{(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, }}le rayon réfracté sur le dioptre du rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> étant, à partir du point d'incidence <math>\;I\;</math> sur le dioptre, <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, son équation nécessite de déterminer au préalable l'ordonnée de <math>\;I\;</math> par <math>\;x_{I} = 0\;</math> dans l'équation du rayon incident soit <math>\;y(I) = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} \left[ x_I + \dfrac{n_o}{n_i}\,f_i \right) = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_o\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}\;</math> d'où l'équation du rayon réfracté correspondant au rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_o\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}</math> ;</center> {{Al|5}}l'intersection <math>\;M_i\;</math> de ces deux rayons réfractés a pour abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_o\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} = -\dfrac{n_o}{n_i}\,\varepsilon\, \beta\, x_{M_i}\;</math> soit <center><math>\;x_{M_i} = \dfrac{n_i\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}\;</math> identique à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du point image <math>\;A_i</math> ;</center> # l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal étant égale à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, on conclut à l'<u>aplanétisme approché du dioptre sphérique</u> (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <u>pour tout objet linéique</u> <math>\;A_oB_o\;</math> <u>de pied proche du centre du dioptre</u>.}} ==== Relation de conjugaison (approchée) de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) ==== {{Al|5}}Dès lors qu'un dioptre sphérique est utilisée sous conditions de Gauss de stigmatisme et d'aplanétisme approchés, l'usage est de représenter ce dioptre sous une forme symbolique dans laquelle figurent l'axe optique principal, le centre <math>\;C</math>, les foyers principaux objet <math>\;F_o\;</math> et image <math>\;F_i</math>, le sommet <math>\;S\;</math> et la partie de dioptre perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal <ref> Cette partie de dioptre perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal est terminée par des bords inclinés vers la droite pour un dioptre convergent et vers la gauche pour un dioptre divergent.</ref> <center>voir ci-dessous en 1{{ère}} ligne les quatre types de dioptres sphériques et en 2{{ème}} ligne leur représentation symbolique <ref name="Foyers à ajouter" />. <gallery> Dioptre sphérique concave verre - air.jpg| Dioptre sphérique concave air - verre.jpg| Dioptre sphérique convexe verre - air.jpg| Dioptre sphérique convexe air - verre.jpg| </gallery> <gallery> Dioptre sphérique concave convergent - symbole.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique concave convergent Dioptre sphérique concave divergent - symbole.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique concave divergent Dioptre sphérique convexe divergent.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique convexe divergent Dioptre sphérique convexe convergent.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique convexe convergent </gallery> </center> [[File:Dioptre sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes avec origine en S pour un dioptre sphérique concave convergent]] {{Al|5}}Sur le schéma ci-contre on a construit l'image linéique transverse <math>\;A_iB_i\;</math> d'un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> <math>\;\neq S\;</math> et <math>\;\neq C\;</math> en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, l'un passant que le centre <math>\;C\;</math> du dioptre et qui poursuit dans l'espace image réel sans être dévié <ref> En effet le rayon émergent doit être issu du point d'incidence <math>\;I\;</math> du rayon incident et passer par l'image de <math>\;C\;</math> par le dioptre c.-à-d. <math>\;C\;</math> lui-même.</ref>, l'autre passant par le sommet <math>\;S\;</math> du dioptre et qui se réfracte en obéissant à la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes <ref> Attention le sommet <math>\;S\;</math> du dioptre est le seul point d'incidence en lequel on peut appliquer la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes en travaillant sur la représentation symbolique du dioptre car c'est le seul point pour lequel la direction de cette représentation symbolique se confond avec la direction réelle du dioptre <math>\big(</math>autrement dit c'est le seul point où la normale réelle est perpendiculaire à la représentation symbolique, par exemple le rayon incident <math>\;B_oC\;</math> qui se confond avec la normale réelle du dioptre en <math>\;I\;</math> n'est pas perpendiculaire à la représentation symbolique du dioptre en <math>\;I\big)</math>.</ref>, le point d'intersection de ces deux rayons émergents étant le point de convergence <math>\;B_i\;</math> de tous les rayons réfractés correspondant à tous les rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> sous conditions de Gauss <ref> Car le dioptre est stigmatique approché pour <math>\;B_o</math>.</ref> et <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal <ref> Car le dioptre est aplanétique approché pour <math>\;A_oB_o</math>.</ref>. {{Al|5}}En comparant les triangles rectangles <math>\;A_iB_iS\;</math> et <math>\;A_oB_oS</math>, déterminer le grandissement transverse par le dioptre de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}\\ p_i = \overline{SA_i} \end{array}\right\rbrace</math> ; <center>cette relation définit la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour tout objet linéique transverse de pied <math>\;A_o \neq S\;</math> <ref name="forme indéterminée" />, elle caractérise quantitativement la propriété d'aplanétisme approché du miroir sphérique pour l'objet linéique transverse de pied <math>\;A_o\;</math> <ref name="indépendance de la nature dioptre" />.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons émergents correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;C\;</math> qui est transmis sans déviation et le 2{{ème}} de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfracte en <math>\;S\;</math> suivant une direction faisant l'angle <math>\;i_i\;</math> par rapport à l'axe optique principal, la direction du rayon incident, quant à elle, faisant l'angle <math>\;i_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal telle que <math>n_i\,i_i = n_o\, i_o\;</math> <ref name="relation de Kepler"> On rappelle que les angles étant petits, la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes de la réfraction se réécrit en omettant les sinus (relation approchée de Kepler).</ref> <ref> Il est déconseillé de choisir ce rayon dans les constructions futures demandées car peu pratique <math>\;\big(</math>l'angle <math>\;i_o\;</math> devant être mesuré puis l'angle <math>\;i_i\;</math> calculé et enfin reporté par rapport à l'axe optique principal<math>\big)</math> ; ici nous l'utilisons dans la démonstration d'où ce choix.</ref>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(i_o)\;</math> et <math>\;\tan(i_i)\;</math> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oS\;</math> et <math>\;A_iB_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(i_o) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}}</math>, <math>\;i_o\;</math> étant <math>\;< 0</math>, <math>\;\overline{A_oB_o} > 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o} < 0\;</math> <ref> On suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oS\;</math> puisse être défini.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;i_o \simeq \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}}</math>, * <math>\;\tan(i_i) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}}</math>, <math>\;i_i\;</math> étant <math>\;< 0</math>, <math>\;\overline{A_iB_i} < 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_i} > 0\;</math> <ref> Ayant suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> et <math>\;S\;</math> étant un point double on en déduit <math>\;A_i \neq S\;</math> ce qui définit le triangle <math>\;A_iB_iS</math>.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;i_i \simeq \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}}</math> ; {{Al|5}}écrvant la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes de la réfraction pour les petits angles <math>\;n_i\, i_i \simeq n_o\, i_o\;</math> on en déduit : <math>\;n_o\, \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}} \simeq n_i\, \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} \simeq \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\overline{SA_i}}{\overline{SA_o}}\;</math> d'où <center>la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes (avec origine au sommet)</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\overline{SA_i}}{\overline{SA_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq S\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}\\ p_i = \overline{SA_i} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;p_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;p_i = f_i\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;p_o = f_o\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = C\;</math> <ref> Le dioptre sphérique n'est stigmatique rigoureux que pour le pied <math>\;C\;</math> de l'objet linéique, pour tous les autres points objets constituant ce dernier on suppose le stigmatisme approché du dioptre c.-à-d. l'utilisation de rayons incidents issus de <math>\;M_o\; (\neq C)\; \in A_oB_o\;</math> paraxiaux <math>\big(</math>ce qui peut être réalisé en pratique avec un diaphragme centré en <math>\;S\;</math> collé contre le dioptre<math>\big)</math>.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du dioptre pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> sous lequel l'objet est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\;\big(\beta \ll 1\big)</math>, * vérifier, par construction de l'image <math>\;A_iB_i</math> et utilisation de la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes de réfraction dans les conditions de Gauss, qu'elle est se superpose à <math>\;A_oB_o\;</math> avec un cœfficient d'agrandissement dépendant du rapport des indices des espaces objet et image, * en déduire l'applicabilité de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = C</math>. {{Al|5}}Considérant maintenant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = S\;</math> <ref> L'objet, collé contre le dioptre sphérique, de pied <math>\;A_o = S</math>, l'axe optique principal ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, ne peut être rigoureusement linéique (c.-à-d. rectiligne) car il suit la courbure du dioptre mais, s'il est vu de <math>\;C\;</math> sous un petit angle non algébrisé <math>\;\alpha</math>, on peut confondre l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et le segment correspondant lui étant tangent à l'ordre un <math>\;\alpha</math>, raison pour laquelle l'objet est qualifié de « linéique transverse » ; <br>{{Al|3}}le dioptre sphérique est stigmatique rigoureux que pour les points de l'objet linéique car tous ces points, étant sur le dioptre, jouent le rôle de sommet (secondaire) pour lequel le dioptre est stigmatique rigoureux.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du dioptre pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'objet est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(\alpha \ll 1\big)\;</math> <ref> Qui est aussi la condition pour que l'objet collé sur le dioptre puisse être considéré comme linéique.</ref>, * vérifier que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> se superpose à <math>\;A_oB_o</math>, le caractère linéique transverse de l'objet entraînant celui de l'image et * en déduire la valeur du grandissement transverse <math>\;G_t(S)\;</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = S</math>. {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - grandissement transverse au centre.jpg|thumb|Construction de l'image d'un objet linéique transverse de pied au centre d'un dioptre sphérique concave convergent]] {{Al|5}}Le centre <math>\;C\;</math> du dioptre sphérique concave convergent ci-contre en étant un point double conjugué rigoureux, un objet linéique transverse <math>\;CB_o\;</math> a pour image, par le dioptre, une image linéique transverse de pied <math>\;C</math>, notée <math>\;CB_i</math> ; pour construire cette dernière il suffit de choisir pour rayon incident issu de <math>\;B_o</math>, le rayon passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> qui se propage dans l'espace image parallèlement à l'axe optique principal, le point image <math>\;B_i\;</math> étant alors l'intersection de ce rayon émergent avec le plan transverse passant par <math>\;C</math> ; on vérifierait graphiquement que <center> <math>\;\overline{CB_i} = \dfrac{n_o}{n_i}\, \overline{CB_o}\;</math> et par suite <math>\;G_t(C) = \dfrac{n_o}{n_i}</math> ;</center> {{Al|5}}l'application de la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au sommet) nous conduit à <math>\;G_t(C) =</math> <math>\dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\overline{SC}}{\overline{SC}}</math>, soit effectivement <math>\;G_t(C) = \dfrac{n_o}{n_i}</math>. {{Al|5}}Tous les points du dioptre sphérique étant des points doubles de ce dernier <ref> Chaque point du dioptre jouant le rôle de sommet pour l'axe optique principal passant par ce point, c'est effectivement un point double.</ref>, un objet collé sur le dioptre est donc sa propre image ; dans la mesure où l'objet est de petite taille, on peut négliger sa courbure et le considérer comme linéique transverse, son image étant alors également linéique transverse ; comme <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SA_o}\;</math> on en déduit, par définition, <math>\;G_t(S) = +1\;</math>.}} ==== Construction de l'image par un dioptre sphérique d'un objet linéique transverse ==== {{Al|5}}<u>Définitions préliminaires</u> : On appelle plan focal objet le plan transverse passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}plan focal image le plan transverse passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math> ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle axe optique secondaire tout axe passant par le centre <math>\;C</math> du dioptre, il possède une partie incidence contenue dans l'espace objet réel se prolongeant sans être dévié pour donner sa partie émergente contenue dans l'espace image réelle ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal objet et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}foyer secondaire image <math>\;\varphi_i\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal image. {{Al|5}}<u>Propriétés</u> : Justifier les propriétés des foyers secondaires objet et image associés à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : # le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour image le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)\big]</math>, # le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour antécédent le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}<u>Propriétés des foyers secondaires associés à un axe optique secondaire</u> : # foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet linéique transverse contenu dans le plan focal objet et de pied <math>\;F_o</math>, objet noté <math>\;F_o\varphi_o(\delta)</math>, <math>\;F_o\;</math> ayant pour image le point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et l'image étant linéique transverse, le point <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> a une image également située à l'infini sur l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon incident issu de <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> se prolonge dans l'espace image sans déviation, les parties incidente et émergente constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)</math>,</center> # foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet dont l'image associée est contenue dans le plan focal image et de pied <math>\;F_i</math>, image notée <math>\;F_i\varphi_i(\delta)</math>, <math>\;F_i\;</math> ayant pour antécédent le point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et le dioptre étant aplanétique, le point <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> a un antécédent également situé à l'infini sur la partie incidente de l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon émergent issu de <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> est le prolongement d'un rayon incident sans changement de direction, les parties incidente et émergente constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement<math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)</math>.</center>}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> réel, de pied <math>\;A_o\;</math> séparé du sommet <math>\;S\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent d'une distance supérieure au rayon non algébrisé du dioptre <ref> Pour la construction on prendra <math>\;n_o = 1,5\;</math> (indice du verre) et <math>\;n_i = 1,0\;</math> (indice de l'air).</ref>, construire son image <math>\;A_iB_i\;</math> par le dioptre de deux façons différentes : # en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> <math>\big[</math>choisis parmi les trois suivants : passant par <math>\;C</math>, passant par <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<math>\big]</math>, # en considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> <ref name="un seul rayon incident suffit" /> <math>\big[</math>choisi parmi les deux suivants : passant par <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\big]</math>. {{Al|5}}Refaire les constructions précédentes avec un miroir concave divergent (obtenu en permutant les espaces objet et image). {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - construction image.jpg|thumb|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave convergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal]] # En considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> choisis parmi les trois suivants (voir schéma ci-contre) : <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;C\;</math> et se prolongeant sans déviation, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;F_o\;</math> foyer principal objet et émergeant dans l'espace image parallèlement à l'axe optique principal, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal et émergeant dans l'espace image en passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;B_i\;</math> étant à l'intersection des deux rayons réfractés correspondant aux deux rayons incidents choisis, <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal. {{clr}} [[File:Dioptre sphérique concave convergent - construction image - bis.jpg|thumb|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave convergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire]] # En considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> choisis parmi les deux suivants (voir schéma ci-contre) : <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par un foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection du rayon incident et du plan focal objet<math>\big]\;</math> et émergeant parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> <math>\big[</math>c.-à-d., pour la partie incidente <math>\;C\varphi_o(\delta)</math>, la partie réfractée en étant le prolongement sans déviation<math>\big]</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à un axe optique secondaire a priori quelconque <math>\;(\delta)\;</math> et émergeant en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection de l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> et du plan focal image<math>\big]</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;A_i\;</math> étant à l'intersection d'un des rayons réfractés correspondant au rayon incident choisi et de l'axe optique principal, <math>\;B_i\;</math> s'obtenant comme intersection de l'axe optique secondaire passant par <math>\;B_o\;</math> et du plan transverse passant par <math>\;A_i</math>. {{clr}} {{Al|5}}Ci-dessous les constructions refaites sur un dioptre sphérique concave divergent, en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> à gauche puis en utilisant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> et la notion de foyers secondaires objet ou image à droite : <center> <gallery> Dioptre sphérique concave divergent - construction image.jpg|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave divergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal Dioptre sphérique concave divergent - construction image - bis.jpg|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave divergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire </gallery> </center>}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) sous conditions de Gauss === ==== Relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}On repère maintenant les points objet <math>\;A_o\;</math> et image <math>\;A_i\;</math> relativement au centre <math>\;C\;</math> du dioptre sphérique en définissant * l'abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}\;</math> et * l'abscisse image de Descartes (avec origine au centre) de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}</math> ; {{Al|5}}à partir de la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) s'écrit <center><math>\;\dfrac{n_o}{\overline{CA_i}} - \dfrac{n_i}{\overline{CA_o}} = V\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C" /> ou <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = V\;</math> avec <math>\;V\;</math> vergence du dioptre.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Descartes (origine au centre) utilisent <math>\;C\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> ou un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o} = \overline{SC} + \overline{CA_o}\;</math> ou <math>\;p_o = \overline{R} + \pi_o\;</math> et * l'abscisse image de Descartes (avec origine au centre) du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i = \overline{SA_i}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SC} + \overline{CA_i}\;</math> ou <math>\;p_i = \overline{R} + \pi_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au centre) en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes précédemment définis, dans la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = \dfrac{-(n_i - n_o)}{\overline{R}}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{n_i}{\pi_i + \overline{R}} - \dfrac{n_o}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> ou <math>\;\dfrac{n_i\,(\pi_o + \overline{R}) - n_o\, (\pi_i + \overline{R})}{(\pi_i + \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R})} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens" /> <math>\;-(n_o - n_i)\, (\pi_i + \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R}) = [n_i\, \pi_o - n_o\, \pi_i - (n_o - n_i)\, \overline{R}]\, \overline{R}\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;-(n_o - n_i)\, \pi_o\, \pi_i - (n_o - n_i)\, \overline{R}\, \pi_o - (n_o - n_i)\, \overline{R}\, \pi_i - (n_o - n_i)\, \overline{R}^2 = n_i\, \pi_o\, \overline{R} - n_o\, \pi_i\, \overline{R} - (n_o - n_i)\, \overline{R}^2\;</math> soit, après simplification <math>\;-(n_o - n_i)\, \pi_o\, \pi_i - n_o\, \overline{R}\, \pi_o + n_i\, \overline{R}\, \pi_i = 0\;</math> ou <math>\;n_o\, \overline{R}\, \pi_o - n_i\, \overline{R}\, \pi_i = -(n_o - n_i)\, \pi_o\, \pi_i\;</math> et enfin, en divisant les deux membres de l'équation par <math>\;\pi_o\, \pi_i\, \overline{R}\;</math> <ref name="C.N." /> <math>\;\big(</math>la raison en étant que l'on cherche à établir une équation faisant intervenir des inverses de longueur à partir d'une équation comportant des produits de deux longueurs<math>\big)\;</math> <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}</math> ; la <u>1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = V\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du dioptre ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}} = V</math>.</ref> avec <math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> vergence du dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}\\ \pi_i = \overline{CA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</center>}} [[File:Dioptre sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes avec origine en C pour un dioptre sphérique concave convergent]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}à partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C" />. {{Al|5}}En utilisant le schéma ci-contre vérifier directement cette relation. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet" /> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \pi_o + \overline{R} \\ p_i = \pi_i + \overline{R} \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\pi_i + \overline{R}}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}\left( \dfrac{1}{\overline{R}} + \dfrac{1}{\pi_i} \right)}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}} \left( \dfrac{1}{\overline{R}} + \dfrac{1}{\pi_o} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître des inverses de longueur comme celles de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}} \Leftrightarrow \dfrac{n_o}{\pi_i} + \dfrac{n_o}{\overline{R}} = \dfrac{n_i}{\pi_o} + \dfrac{n_i}{\overline{R}}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}}}</math> ; la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du dioptre ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = 1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}\\ \pi_i = \overline{CA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons émergents correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;C\;</math> qui est transmis sans déviation et le 2{{ème}} de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfracte en <math>\;S\;</math> suivant une direction faisant l'angle <math>\;i_i\;</math> par rapport à l'axe optique principal, la direction du rayon incident, quant à elle, faisant l'angle <math>\;i_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal telle que <math>n_i\,i_i = n_o\, i_o\;</math> <ref name="relation de Kepler" />, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oC\;</math> et <math>\;A_iB_iC\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o}) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_o} < 0\;</math> <ref name="hors centre" />, * <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_i} > 0\;</math> <ref name="hors centre bis" /> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}} = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{\overline{CA_i}}{\overline{CA_o}}\;</math> d'où <center>la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes (avec origine au centre)</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{CA_i}}{\overline{CA_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq C\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\pi_o = \overline{CA_o}\\ \pi_i = \overline{CA_i} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\pi_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\pi_i = f_i - \overline{R}\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\pi_o = f_o - \overline{R}\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Newton sous conditions de Gauss === {{Al|5}}On repère maintenant le point objet <math>\;A_o\;</math> relativement au foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> du dioptre sphérique et le point image <math>\;A_i\;</math> relativement au foyer principal image <math>\;F_i\;</math> du même dioptre sphérique en définissant * l'abscisse objet de Newton de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> et * l'abscisse image de Newton de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>. ==== Relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Newton s'écrit <center><math>\; \overline{F_iA_i}\; \overline{F_oA_o} = \overline{SF_i}\; \overline{SF_o}\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Newton" /> ou <math>\;\sigma_i \; \sigma_o = f_i\; f_o\;</math> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille"> On retrouve la forme commune vue pour un miroir sphérique et qui sera établie au chapitre suivant pour une lentille mince <math>\;\big(</math>à condition que les deux formes de la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton soient explicitées uniquement en fonction des abscisses objets ou des abscisses images et non simultanément des deux<math>\big)</math>.</ref> avec <math>\;f_i\;</math> et <math>\;f_o\;</math> distances focales image et objet du dioptre.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Newton utilisent <math>\;F_o\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> comme origine pour repérer un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Newton du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o =</math> <math>\overline{SA_o}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o} = \overline{SF_o} + \overline{F_oA_o}\;</math> ou <math>\;p_o = f_o + \sigma_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\, f_i + \sigma_o\;</math> <ref name="vergence dioptre"> On rappelle la vergence <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}\;</math> d'où <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\, f_i</math>.</ref> et * l'abscisse image de Newton du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i =</math> <math>\overline{SA_i}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SF_i} + \overline{F_iA_i}\;</math> ou <math>\;p_i = f_i + \sigma_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Newton en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes précédemment définis, dans la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = \dfrac{n_i}{f_i}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{n_i}{\sigma_i + f_i} - \dfrac{n_o}{\sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i} = \dfrac{n_i}{f_i}\;</math> ou <math>\;\dfrac{n_i \left( \sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i \right) - n_o\, (\sigma_i + f_i)}{(\sigma_i + f_i) \left( \sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i \right)} = \dfrac{n_i}{f_i}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens" /> <math>\;n_i\, (\sigma_i + f_i) \left( \sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i \right)</math> <math>= (n_i\, \sigma_o - n_o\, \sigma_i - 2\, n_o\, f_i)\, f_i\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;n_i\, \sigma_o\, \sigma_i + n_i\, f_i\, \sigma_o - n_o\, f_i\, \sigma_i - n_o\, f_i^2 =</math> <math>n_i\, \sigma_o\, f_i - n_o\, \sigma_i\, f_i - 2\, n_o\, f_i^2\;</math> soit, après simplification <math>\;n_i\, \sigma_o\, \sigma_i = -n_o\, f_i^2\;</math> et enfin, sachant que <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\, f_i</math> <ref> On remplacera une seule fois <math>\;n_o\, f_i\;</math> par <math>\;-n_i\, f_o\;</math> pour obtenir une forme symétrique de la relation puis on simplifiera l'équation obtenue par <math>\;n_i</math>.</ref>, <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> ; la <u>1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center> <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le foyer principal objet du dioptre <math>\;\big(</math> en effet si <math>\;A_o\;</math> est en <math>\;F_o</math>, l'image <math>\;A_i\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal et on obtient une forme indéterminée avec <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> valant <math>\;\infty\big)</math> ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS} = -f_o\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS} = -f_i\;</math> d'où <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i</math>.</ref> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille" /> <br>avec <math>\;f_i = -\dfrac{n_i}{n_o}\,f_o = -\dfrac{(n_o - n_i)}{n_i}\,\overline{R}\;</math> distance focale image du dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \sigma_o = \overline{F_oA_o}\\ \sigma_i = \overline{F_iA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</center>}} [[File:Dioptre sphérique - grandissement transverse Newton.jpg|thumb|Schéma de démonstration des deux formes de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton pour un dioptre sphérique concave convergent]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Newton <ref name="deux formes de grandissement transverse de Newton" /> <ref name="Applicabilité relation de Newton" />. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet" /> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \sigma_o + f_o \\ p_i = \sigma_i + f_i \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\sigma_i + f_i}{\sigma_o + f_o} = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\sigma_i \left( 1 + \dfrac{f_i}{\sigma_i} \right)}{f_o \left( 1 + \dfrac{\sigma_o}{f_o} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître, au numérateur et au dénominateur, deux grandeurs égales découlant de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_i\, f_o \Leftrightarrow \dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> ou encore <math>\;1 + \dfrac{\sigma_i}{f_i} = 1 + \dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\sigma_i}{f_o} =</math> <math>-\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <ref name="vergence dioptre" /> ; la 1{{ère}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton dioptre"> Applicable en tout point objet ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que cette forme de relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS} = -f_o\;</math> <math>\;\big(</math>resp. <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS} = -f_i\big)\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = +1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille" /> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>.</center> {{Al|5}}comme la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton s'écrivant <math>\;\sigma_i\, \sigma_o = f_i\, f_o\;</math> est équivalente à <math>\;\dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> on en déduit aisément la 2{{ème}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton" /> <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille" /> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfractés correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;F_o\;</math> qui émerge en <math>\;K\;</math> parallèlement à l'axe optique principal et le 2{{ème}} parallèle à l'axe optique principal qui se réfracte en <math>\;H\;</math> en passant par <math>\;F_i</math>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_iS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_iB_iF_i\;</math> et <math>\;HF_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{F_iA_i} < 0\;</math> <ref name="hors foyer bis" />, * <math>\;\tan(\widehat{HF_iS}) = \dfrac{\overline{SH}}{\overline{SF_i}}</math>, <math>\;\overline{SH}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SH} = \overline{A_oB_o}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{HF_iS}) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_iS})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}} = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{F_iA_i}}{\overline{SF_i}}\;</math> d'où <center>une 1{{ère}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\overline{F_iA_i}}{\overline{SF_i}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq A_{o,\,\infty}\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>.</center> {{Al|5}}de même le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_oS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oF_o\;</math> et <math>\;KF_oS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o}) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{F_oA_o} > 0\;</math> <ref name="hors foyer" />, * <math>\;\tan(\widehat{KF_oS}) = -\dfrac{\overline{SK}}{\overline{SF_o}}</math>, <math>\;\overline{SK}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_o} < 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SK} = \overline{A_iB_i}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{KF_oS}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_oS})</math>, on en déduit : <math>\;\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}} = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{SF_o}}{\overline{F_oA_o}}\;</math> d'où <center>une 2{{ème}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\overline{SF_o}}{\overline{F_oA_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq F_o\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\sigma_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\sigma_i = 0\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de Lagrange - Helmholtz sous conditions de Gauss === [[File:Dioptre sphérique - grandissement angulaire.jpg|thumb|Schéma de détermination du grandissement angulaire en repérage de Descartes (avec origine en S) pour un dioptre sphérique concave convergent]] ==== Expression de Descartes (avec origine au sommet) du grandissement angulaire d'un pinceau incident issu d'un point objet ==== {{Al|5}}On rappelle que le grandissement angulaire d'un pinceau lumineux incident issu d'un point objet <math>\;A_o\;</math>, de direction faisant un angle <math>\;\theta_o\;</math> avec l'axe optique principal, le pinceau se réfractant sur le dioptre en convergeant vers le point image <math>\;A_i\;</math>, avec une direction faisant un angle <math>\;\theta_i\;</math> avec l'axe optique principal, est défini selon <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> <ref name="Angles petits" /> ; {{Al|5}}en utilisant le schéma ci-contre, établir l'expression du grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes (avec origine au sommet), respectivement <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> et <math>\;p_i = \overline{SA_i}\;</math> <ref> L'expression du grandissement angulaire a été établie en utilisant un dioptre sphérique concave convergent mais elle reste applicable pour un dioptre sphérique des trois autres types.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}On détermine le grandissement angulaire par évaluation de <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> et <math>\;\tan(\theta_i)</math>, <math>\big(\theta_o\;</math> <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\theta_i < 0\;</math> sur la figure ci-dessus<math>\big)</math> respectivement dans les triangles <math>\;A_oIS\;</math> et <math>\;A_iIS\;</math> soit : * dans le triangle <math>\;A_oIS</math>, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_o}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} < 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_o| \ll 1</math>, <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}</math> ; * dans le triangle <math>\;A_iIS</math>, <math>\;\tan(\theta_i) = -\dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_i}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0</math>, <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> et <math>\;\theta_i < 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_i) = -\dfrac{\overline{SI}}{p_i}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>, <math>\;\theta_i \simeq -\dfrac{\overline{SI}}{p_i}</math> ; {{Al|5}}on en déduit <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq \dfrac{\dfrac{-\overline{SI}}{p_i}}{-\dfrac{\overline{SI}}{p_o}}\;</math> soit, en simplifiant par <math>\;\overline{SI}</math>, l'expression souhaitée du <center>grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq \dfrac{p_o}{p_i}</math>.</center>}} ==== Établissement de la relation de Lagrange - Helmholtz ==== {{Al|5}}Á l'aide des relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) et de l'expression du grandissement angulaire dans le même repérage, vérifier la relation de Lagrange - Helmholtz <center> <math>\;\dfrac{n_i}{n_o}\; G_t(A_o)\; G_a(A_o) = 1\;</math> <ref name="Lagrange - Helmholtz dioptre"> Cette relation est la même que celle que l'on trouvera dans le chapitre suivant sur les lentilles minces, dans le cas usuel d'une lentille mince l'espace image étant de même indice que l'espace objet</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Connaissant le grandissement transversal donné par la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) \simeq \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> et l'expression du grandissement angulaire précédemment trouvée <math>\;G_a(A_o) \simeq \dfrac{p_o}{p_i}</math>, on en déduit le lien entre grandissements angulaire et transversal indépendant de la position du point objet <math>\;A_o</math>, <math>\;G_a(A_o)\; G_t(A_o) \simeq \dfrac{p_o}{p_i} \times \dfrac{n_o}{n_i}\; \dfrac{p_i}{p_o} = \dfrac{n_o}{n_i}\;</math> soit finalement <center><math>\;\dfrac{n_i}{n_o}\; G_t(A_o)\; G_a(A_o) = 1\;</math> ce qui constitue la relation de Lagrange - Helmholtz cherchée <ref name="Lagrange - Helmholtz dioptre" />.</center>}} == Notes et références == <references /> {{Bas de page | idfaculté = physique | précédent = [[../Optique géométrique : miroir plan/]] | suivant = [[../Optique géométrique : lentilles minces/]] }} dpsg6bn5sqcl0o7kuo970zjq1xc79yv 880705 880697 2022-07-24T11:11:17Z Phl7605 31541 wikitext text/x-wiki {{Exercice | titre = Optique géométrique : conditions de Gauss | idfaculté = physique | numéro = 13 | chapitre = [[../../Optique géométrique : conditions de Gauss/]] | précédent = [[../Optique géométrique : miroir plan/]] | suivant = [[../Optique géométrique : lentilles minces/]] | niveau = 14 }} __TOC__ {{clr}} == Stigmatisme et aplanétisme approchés d'un miroir sphérique sous conditions de Gauss == {{Al|5}}Pour être défini, un miroir sphérique nécessite la connaissance de : * sa nature « concave » ou « convexe », * son centre <math>\;C\;</math> <math>\big(</math>centre de courbure de la surface sphérique réfléchissante <ref> Si le miroir est « concave », <math>\;C\;</math> est réel, et si le miroir est « convexe », <math>\;C\;</math> est virtuel.</ref><math>\big)</math>, * son rayon de courbure <math>\;\big(</math>non algébrisé<math>\big)</math> <math>\;R\;</math> <math>\big(</math>rayon de courbure de la surface sphérique réfléchissante<math>\big)</math>, * l'axe optique principal dont la partie incidente <math>\;\big(</math>ou son prolongement<math>\big)\;</math> passe par <math>\;C\;</math> et le point objet <math>\;A_o\;</math> <math>\big(</math>point objet dont on étudiera l'image éventuelle<math>\big)\;</math> et * son sommet <math>\;S\;</math> <math>\big(</math>intersection de l'axe optique principal et de la surface réfléchissante<math>\big)</math>. {{Al|5}}Nous adoptons l'algébrisation physique de l'axe optique principal <ref name="orientation axe opt. princ."> Supposant l'axe optique principal horizontal, l'espace objet réel étant situé à gauche du miroir, la partie incidente de l'axe optique principal est donc orientée dans le sens <math>\;\rightarrow\;</math> et la partie réfléchie orientée dans le sens <math>\;\leftarrow</math>, voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Algébrisation_physique_de_l'axe_optique_principal_(associé_à_un_objet_ponctuel)|algébrisation physique de l'axe optique principal (associé à un objet ponctuel)]] » du chap.<math>12</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> et, pour unifier l'étude des miroirs sphériques, algébrisons le rayon de courbure du miroir selon <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow}\;</math> <ref name="orientation axe opt. princ." /> avec pour conséquence la nature « concave » ou « convexe » du miroir caractérisé par le signe du rayon de courbure algébrisé : * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} > 0</math>, <math>\;C\;</math> étant à droite de <math>\;S\;</math> est virtuel, correspondant à un miroir « convexe », * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} < 0</math>, <math>\;C\;</math> étant à gauche de <math>\;S\;</math> est réel, correspondant à un miroir « concave ». <center> <gallery mode="packed" heights="330px> Miroir sphérique convexe - algébrisation.jpg|Miroir sphérique convexe : algébrisation de l'axe optique principal, définitions du centre, du sommet et du rayon de courbure algébrisé Miroir sphérique concave - algébrisation.jpg|Miroir sphérique concave : algébrisation de l'axe optique principal, définitions du centre, du sommet et du rayon de courbure algébrisé </gallery> </center> {{Al|5}}Dans la suite nous supposerons le miroir sphérique concave <ref> En précisant la modification des résultats pour un miroir sphérique convexe.</ref> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Dans la suite nous }}admettrons qu'il n'y a pas stigmatisme rigoureux du miroir sphérique <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Stigmatisme_rigoureux_d'un_système_optique_pour_un_point_objet|stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point objet]] » du chap.<math>12</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> pour tous les points objets autres que <math>\;C\;</math> et tous les points du miroir <ref name="Définition sommet"> Si le point objet <math>\;A_o\;</math> est sur le miroir, l'axe optique principal associé à ce point objet ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, <math>\;A_o\;</math> joue le rôle de sommet <math>\;S\;</math> du miroir ; ainsi, dans la mesure où l'axe optique principal n'a pas été préalablement défini, tout point du miroir peut être considéré comme un sommet.</ref>. === Démonstration du stigmatisme approché d'un miroir sphérique concave sous conditions de Gauss === [[File:Miroir sphérique concave - stigmatisme approché.jpg|thumb|350px|Schéma d'un miroir sphérique concave dans le but d'établir le stigmatisme approché du miroir <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Stigmatisme_d'un_système_optique_pour_un_point_objet|stigmatisme d'un système optique pour un point objet]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> pour tout point objet autre que <math>\;C\;</math> et <math>\;S</math>]] {{Al|5}}Considérant un point objet réel <math>\;A_o \neq C\;</math> et l'axe optique principal correspondant de support <math>\;(A_oC)\;</math><ref> Dès lors que <math>\;A_o\;</math> est <math>\;\neq C</math>, l'axe optique principal est parfaitement défini ainsi que le sommet <math>\;S\;</math> qui est l'intersection de l'axe optique principal et du miroir ; <br>{{Al|3}}sur le schéma <math>\;[SA_o]\;</math> est <math>\;> [SC]</math>, ceci entraînant que <math>\;A_i</math>, l'image éventuelle de <math>\;A_o\;</math> par le miroir, est telle que <math>\;[SA_i]\;</math> est <math>\;< [SC]</math> ; <br>{{Al|3}}pour traiter le cas correspondant à <math>\;[SA_o] < [SC]</math>, ce qui entraînerait que <math>\;A_i</math>, l'image éventuelle de <math>\;A_o\;</math> par le miroir, serait telle que <math>\;[SA_i] > [SC]</math>, il suffirait de permuter l'objet et l'image pour retrouver le cas précédent aussi nous nous contenterons de traiter le cas du schéma <math>\;[SA_o] > [SC]</math>.</ref>, nous envisageons des rayons incidents issus de <math>\;A_o</math>, peu inclinés par rapport à l'axe optique principal, d'angle d'inclinaison <math>\;\theta_o\;</math> tel que <math>\;\vert \theta_o \vert \ll 1\;</math> et dont le point d'incidence <math>\;I\;</math> reste proche du sommet <math>\;S\;</math> c.-à-d. tel que l'angle que fait la normale au miroir en <math>\;I\;</math> dans le sens incident avec la partie incidente de l'axe optique principal <math>\;\widehat{(\overrightarrow{CS}\, ;\, \vec{N})} =</math> <math>\omega\;</math> est tel que <math>\;\vert \omega \vert \ll 1\;</math><ref name="Paraxial"> Les rayons incidents sont donc paraxiaux, conditions de Gauss <math>\;\big(</math>admises<math>\big)\;</math> pour que le système recevant ces rayons soit stigmatique approché pour le point objet considéré, voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Énoncé_des_conditions_de_Gauss_de_stigmatisme_approché_d'un_système_optique_«_centré_»|énoncé des conditions de Gauss de stigmatisme approché d'un système optique centré]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>. {{Al|5}}Le rayon incident <math>\;A_oI\;</math> donnant, par utilisation des lois de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes"> '''[[w:Willebrord_Snell|Willebrord Snell Van Royen]] ou Snellius (1580 - 1626)''' humaniste, mathématicien et physicien néerlandais, semble avoir découvert les lois portant son nom avant Descartes <math>\;\big(</math>sans que ce soit {{Nobr|assuré<math>\big)</math>.}} <br>{{Al|3}}'''[[w:René_Descartes|René Descartes]] (1596 - 1650)''' mathématicien, physicien et philosophe français, considéré comme l'un des fondateurs de la [[w:Philosophie_moderne|philosophie moderne]], en physique a contribué à l'[[w:Optique_géométrique|optique géométrique]] et en mathématiques est à l'origine de la [[w:Géométrie_analytique|géométrie analytique]].</ref> de la réflexion <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réflexion"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_réflexion,_réfraction,_lois_de_Descartes#Deuxième_loi_de_Snell-Descartes_de_la_réflexion|2^ème loi de Snell - Descartes de la réflexion]] » du chap.<math>11</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>, le rayon réfléchi <math>\;IA_i\;</math> <math>\big(A_i \in</math> à l'axe optique principal<math>\big)</math>, appelons <math>\;\theta_i\;</math> l'angle d'inclinaison du rayon réfléchi par rapport à la partie réfléchie de l'axe optique principal ; nous nous proposons de démontrer que <math>\;A_i\;</math> est indépendant du rayon incident considéré <math>\big(</math>c.-à-d. indépendant de <math>\;\theta_o\;</math> et de <math>\;\omega\big)\;</math> dans la mesure où les conditions de Gauss de stigmatisme approché <math>\big(\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et <math>\;|\omega| \ll 1\big)\;</math> sont réalisées. ==== Établissement de la relation liant θ_o, θ_i et ω ==== # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIC\;</math> établir une première relation entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;i\;\big(</math>angle d'incidence du rayon incident en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIC\;</math> établir une deuxième relation entre <math>\;\theta_i</math>, <math>\;i'\;\big(</math>angle de réflexion du rayon réfléchi en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en utilisant la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de la réflexion <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réflexion" /> et les deux relations précédentes, déduire la relation suivante entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;\theta_i\;</math> et <math>\;\omega</math> : <center> <math>\;\omega = \dfrac{\theta_o + \theta_i}{2}\;\;(\mathfrak{a})\;</math> <ref> Cette relation reste applicable quels que soient les ordres de grandeur de <math>\;|\theta_o|\;</math> et <math>\;|\omega|</math>, elle ne nécessite donc pas de se placer dans les conditions de Gauss de stigmatisme approché.</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Dans le triangle <math>\;A_oIC</math>, <math>\;\omega = \theta_o + (-i)\;</math> <ref name="relation dans un triangle"> On utilise la propriété suivante : « dans un triangle, un angle extérieur est égal à la somme des deux autres angles intérieurs » (propriété utilisant des angles non algébrisés).</ref> <ref> On remarque, sur le schéma, que <math>\;\omega\;</math> et <math>\;\theta_o\;</math> sont positifs mais <math>\;i\;</math> étant négatif, sa valeur absolue s'écrit <math>\;(-i)</math>.</ref> et <br>{{Al|5}}dans le triangle <math>\;A_iIC</math>, <math>\;\theta_i = \omega + i'\;</math> <ref name="relation dans un triangle" /> <ref> On remarque, sur le schéma, que tous les angles <math>\;\theta_i</math>, <math>\;\omega\;</math> et <math>\;i'\;</math> sont positifs.</ref> ou, <br>{{Al|5}}en utilisant la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> pour la réflexion <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réflexion" /> <math>\;i' = -i</math>, la relation ci-dessus se réécrit <math>\;\theta_i = \omega - i</math> ; <br>{{Al|5}}on élimine alors <math>\;i\;</math> entre ces deux relations en faisant la différence soit : <math>\;\omega - \theta_i = \theta_o - \omega\;</math> ou <math>\;2\,\omega = \theta_o + \theta_i\;</math> soit enfin <center> <math>\;\omega = \dfrac{\theta_o + \theta_i}{2}\;\;(\mathfrak{a})</math>.</center>}} ==== Évaluation des angles θ_o, θ_i et ω en fonction des abscisses de A_o, A_i et C repérées relativement à H ==== {{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> et des conditions de Gauss de stigmatisme approché, montrer que le rayon réfléchi est aussi peu incliné relativement à la partie réfléchie de l'axe optique principal c.-à-d. <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>. # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH\;</math> <ref name="définition de H"> <math>\;H\;</math> étant le projeté orthogonal du point d'incidence <math>\;I\;</math> sur l'axe optique principal.</ref> évaluer <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_o}_{\rightarrow}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\theta_o</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\theta_i)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_i}_{\leftarrow}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\theta_i</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\omega)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HC}_{\rightarrow}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\omega</math>, # déduire des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math>, un lien entre <math>\;\overline{HA_o}_{\rightarrow}</math>, <math>\;\overline{HA_i}_{\leftarrow}\;</math> et <math>\;\overline{HC}_{\rightarrow}\;</math> <math>\;\big[</math>relation <math>\,(\mathfrak{b})\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> écrite sous la forme <math>\;\theta_i = 2\, \omega - \theta_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;|\theta_i| \leqslant 2\, |\omega| + |\theta_o|\;</math> et des conditions de Gauss de stigmatisme approché <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}|\theta_o| \ll 1\\ |\omega| \ll 1 \end{array}\right\rbrace\;</math> dont on déduit <math>\;2\, |\omega| + |\theta_o| \ll 1\;</math> d'où <math>\;|\theta_i| \leqslant 2\, |\omega| + |\theta_o| \ll 1\;</math> c.-à-d. que le rayon réfléchi est aussi peu incliné relativement à la partie réfléchie de l'axe optique principal. # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH</math>, <math>\;\tan(\theta_o) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HA_o}_\rightarrow}\;</math> car sur le schéma <math>\;\theta_o > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_o) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_o}_\rightarrow < 0\;</math> ou, <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_o) \simeq \theta_o\;</math> on en déduit <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_o}_\rightarrow}</math> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH</math>, <math>\;\tan(\theta_i) = \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}_\leftarrow}\;</math> car sur le schéma <math>\;\theta_i > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_i) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_i}_\leftarrow > 0\;</math> ou, <math>\;|\theta_i| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_i) \simeq \theta_i\;</math> on en déduit <math>\;\theta_i \simeq \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}_\leftarrow}</math> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH</math>, <math>\;\tan(\omega) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HC}_\rightarrow}\;</math> car sur le schéma <math>\;\omega > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\omega) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HC}_\rightarrow < 0\;</math> ou, <math>\;|\omega| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\omega) \simeq \omega\;</math> on en déduit <math>\;\omega \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HC_\rightarrow}}</math> ; # des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> réécrite selon <math>\;2\, \omega = \theta_i + \theta_o</math>, on en déduit <math>\;\dfrac{-2\, \overline{HI}}{\overline{HC_\rightarrow}} = \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}_\leftarrow} - \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_o}_\rightarrow}\;</math> ou, en simplifiant par <math>\;\overline{HI}</math>, on obtient la relation <math>\;(\mathfrak{b})\qquad \dfrac{-2}{\overline{HC_\rightarrow}} = \dfrac{1}{\overline{{\mathrm{HA}_i}_\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{HA_o}_\rightarrow}</math>.}} ==== Établissement de la confusion de H et de S à l'ordre un en ω ==== {{Al|5}}Établir que <math>\;H\;</math> <ref name="définition de H" /> peut être confondu avec le sommet <math>\;S\;</math> du miroir à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> <ref name="H et S confondus"> Ceci nécessite que <math>\;[HS]\;</math> soit un infiniment petit au moins d'ordre deux en <math>\;\omega</math>.</ref> et {{Al|5}}réécrire que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> en tenant compte de cette confusion. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Montrons que <math>\;H\;</math> peut être confondu avec <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> <ref name="ω infiniment petit d'ordre un"> <math>\;|\omega|\;</math> étant considéré comme un infiniment petit d'ordre un.</ref>, en évaluant <math>\;[CH]\;</math> puis <math>\;[HS] = [CS] - [CH]\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega</math>, on obtient : <math>\;[CH] = [CI]\, \cos(\omega) = R\, \cos(\omega) \simeq R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math> <math>\big(</math>revoir la remarque du paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable_au_voisinage_d'une_de_ses_valeurs#D.C3.A9veloppements_limit.C3.A9s_.C3.A0_l.27ordre_un_de_quelques_fonctions_usuelles|D.L. à l'ordre un de quelques fonctions usuelles]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « Outils mathématiques pour la physique (PCSI) »<math>\big)\;</math> d'où <math>\;[HS] = [CS] - [CH] \simeq R - R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega</math>, soit encore <math>\;[HS] \simeq R \dfrac{\omega^2}{2}\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math> ou finalement <center><math>\;[HS] \simeq 0\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega</math> ;</center> {{Al|5}}remplaçant <math>\;H\;</math> par <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{b})</math>, on peut, sous les conditions de Gauss de stigmatisme approché, la réécrire selon <center><math>\;(\mathfrak{b})\; \dfrac{-2}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = \dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math> <ref> Sous cette forme la relation nécessite que le point objet <math>\;A_o\;</math> soit <math>\;\neq S\;</math> sommet du miroir.</ref>.</center>}} ==== Conclusion : stigmatisme approché du miroir sphérique (concave) pour le point objet A_o et relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) ==== {{Al|5}}Vérifier que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> définit, pour un point objet <math>\;A_o\;</math> quelconque, un point image unique <math>\;A_i\;</math> et en déduire le stigmatisme approché du miroir sphérique <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour le point objet <math>\;A_o</math> ; {{Al|5}}la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> pouvant être écrite selon <math>\;\dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}} = V\;</math> <ref name="indépendance de la nature"> Nous admettrons que cette relation (ou propriété) établie dans le cas d'un miroir sphérique concave est encore applicable, sans modification, à un miroir sphérique convexe.</ref> où <math>\;V\;</math> est une constante appelée « vergence » du miroir sphérique exprimée en dioptries <math>\big(</math>de symbole <math>\;\delta\big)\;</math> dans la mesure où les abscisses le sont en <math>\;m\;\big(</math>la dioptrie étant liée au mètre par <math>\;1\, \delta = 1\,m^{-1}\big)</math>, exprimer <math>\;V\;</math> en fonction de <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow}</math>. {{Al|5}}Par la suite notant l'abscisse de Descartes <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math><ref> Pour le repérage de Descartes dans un miroir sphérique (concave ou convexe), il y a deux origines utilisées : l'origine au sommet qui est la plus fréquemment utilisée et l'origine au centre qui l'est beaucoup moins.</ref> du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Par la suite notant l'abscisse de Descartes <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>avec origine au sommet<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> }}celle du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}</math>, <br>{{Al|5}}la relation de conjugaison (approchée) de position [ou 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée)] de Descartes d'un miroir sphérique se réécrit <center><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille"> C.-à-d., comme cela sera vu au chapitre suivant, la même relation de conjugaison (approchée) de position (ou de grandissement transverse) de Descartes (ou de Newton) que celle d'une lentille mince (à condition que l'algébrisation de l'axe optique du miroir sphérique soit l'algébrisation physique adoptée dans ce cours).</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> établit le stigmatisme approché du miroir sphérique <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour tout point objet <math>\;A_o\;</math> autre que <math>\;C\;</math> et <math>\;S\;</math> puisque, pour un point objet <math>\;A_o\;</math> fixé, le point image <math>\;A_i\;</math> est déterminé de façon unique <math>\big(</math>indépendamment des variations des petits angles <math>\;\theta_o\;</math> et <math>\;\omega\big)</math>. {{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> peut effectivement être écrite sous la forme <math>\;\dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}} = V\;</math> où <math>\;V\;</math> est une constante définissant la vergence du miroir sphérique selon <center><math>\;V = \dfrac{-2}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> avec <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow}\;</math> rayon algébrisé du miroir.</center> {{Al|5}}Avec les abscisses de Descartes (avec origine au sommet) du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> et du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}</math>, la relation de conjugaison (approchée) de position [ou 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée)] de Descartes du miroir sphérique se réécrit <center><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille" />.</center>}} === Points pour lesquels la conjugaison du miroir sphérique est rigoureuse et points doubles === {{Al|5}}Vérifier, par construction et pour une direction d'axe optique principal préalablement fixée, que le centre <math>\;C\;</math> et le sommet <math>\;S\;</math> <ref name="Définition sommet" /> du miroir sont des points * pour lesquels le miroir est stigmatique rigoureux et * dont l'image est confondue avec l'objet (c.-à-d. que ce sont des points doubles). {{Al|5}}Justifier la raison pour laquelle la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) est applicable à <math>\;C</math>, centre du miroir, bien que la conjugaison soit rigoureuse ; {{Al|5}}vérifier, en utilisant cette relation, que <math>\;C\;</math> est effectivement un point double. {{Al|5}}Admettant que la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) reste applicable à <math>\;S</math>, sommet du miroir, pour lequel il y a conjugaison rigoureuse <math>\big[</math>mais évidemment pas sous cette forme qui est indéterminée quand on l'applique à <math>\;S</math>, son abscisse objet <math>\;p_o\;</math> y étant nulle<math>\big]</math>, évaluer <math>\;p_i\;</math> en fonction de <math>\;p_o\;</math> et de <math>\;V\;</math> et vérifier, sur cette dernière forme, * que <math>\;S\;</math> est effectivement un point double et * qu'il n'y a pas d'autres points doubles que <math>\;S\;</math> et <math>\;C</math>. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - points doubles.jpg|thumb|Schémas de vérification du fait que, pour C et S, le miroir sphérique (concave) est stigmatique rigoureux et que ce sont des points doubles]] {{Al|5}}Voir ci-contre les propriétés particulières d'un point objet en <math>\;C\;</math> ou <math>\;S\;</math> d'un miroir sphérique concave <ref name="indépendance de la nature"/> : * à gauche tout rayon d'un faisceau incident issu du centre <math>\;C\;</math> d'un miroir sphérique concave étant normal au miroir se réfléchit sur lui-même, donnant un ensemble de rayons réfléchis convergeant en un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, c.-à-d. prouvant que le miroir sphérique est stigmatique rigoureux pour son centre ; de plus le point image de <math>\;C\;</math> étant <math>\;C\;</math> lui-même, ce dernier est un point double ; * à droite tout rayon d'un faisceau incident convergeant sur le sommet <math>\;S\;</math> d'un miroir sphérique concave se réfléchissant en suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal et l'ensemble des rayons réfléchis divergeant à partir d'un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, cela prouve le stigmatisme rigoureux du miroir sphérique pour son sommet <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> ; de plus le point image de <math>\;S\;</math> étant <math>\;S\;</math> lui-même, ce dernier est un point double. {{Al|5}}Pour appliquer la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) à <math>\;C</math>, centre du miroir, bien que la conjugaison soit rigoureuse, il suffit de ne considérer que les rayons paraxiaux du faisceau incident issu de <math>\;C\;</math> et d'ouverture quelconque <ref> Le fait que les autres rayons convergent également en <math>\;C\;</math> ne modifient en rien la convergence des rayons réfléchis provenant de rayons incidents paraxiaux.</ref>, condition d'applicabilité de la relation de conjugaison de position de Descartes ; {{Al|5}}dans ce cas, si on appelle <math>\;C_i</math>, d'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(C_i) = \overline{SC_i}_{\leftarrow}</math>, l'image du point objet <math>\;C</math>, d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(C) = \overline{SC}_{\rightarrow} = \overline{R}</math>, nous obtenons, en remplaçant <math>\;V\;</math> par <math>\;\dfrac{-2}{\overline{R}}</math>, <math>\;\dfrac{1}{p_i(C_i)} - \dfrac{1}{\overline{R}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> d'où <math>\;p_i(C_i) = \overline{SC_i}_{\leftarrow}</math> <math>= -\overline{R}\;</math> soit encore <math>\;\overline{SC_i}_{\leftarrow} = -\overline{SC}_{\rightarrow}</math> ou, avec <math>\;\overline{SC_i}_{\rightarrow} = -\overline{SC_i}_{\leftarrow}</math>, <math>\;\overline{SC_i}_{\rightarrow} = \overline{SC}_{\rightarrow}\;</math> prouvant que <math>\;C_i\;</math> se confond avec <math>\;C\;</math> et par suite que <math>\;C\;</math> est un point double. <center>De <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> on tire <math>\;\dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{p_o} + V = \dfrac{1 + V\, p_o}{p_o}\;</math> soit <math>\;p_i = \dfrac{p_o}{1 + V\, p_o}</math> ;</center> {{Al|5}}sous cette forme on vérifie qu'un point objet en <math>\;S</math>, d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(S) = 0\;</math> a une image d'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i = 0</math>, c.-à-d. une image confondue avec <math>\;S\;</math> prouvant que <math>\;S\;</math> est bien un point double ; {{Al|5}}les points doubles <math>\;A_d\;</math> d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_d\;</math> étant tels que leurs abscisses images de Descartes (avec origine au sommet) s'écrivant <math>\;p_i(A_d) = \overline{SA_d}_{\leftarrow} = -\overline{SA_d}_{\rightarrow} = -p_d\;</math> avec <math>\;p_i(A_d) = \dfrac{p_d}{1 + V\, p_d}\;</math> obéissent à l'équation <math>\;-p_d = \dfrac{p_d}{1 + V\, p_d}\;</math> c.-à-d. <math>\;\left\lbrace\begin{array}{c}p_d = 0\;\;\; \text{ou}\\ 1 + V\, p_d = -1\end{array}\right\rbrace</math>, la 1{{ère}} solution donnant <math>\;S\;</math> point double et la 2{{ème}} équation conduisant à <math>\;p_d = \dfrac{-2}{V} = \overline{R}\;</math> c.-à-d. <math>\;C\;</math> point double ; <center>le centre et le sommet d'un miroir sphérique sont donc les seuls points doubles de ce dernier.</center>}} === Caractère focal d'un miroir sphérique, position des foyers principaux objet et image, lien de la vergence et des distances focales objet et image === {{Al|5}}Vérifier, sur la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes d'un miroir sphérique, que ce dernier est nécessairement « focal » <ref name="définition focal"> Un système « afocal » étant tel que le point à l'infini de l'axe optique principal est un point double, un système sera « focal » si le point à l'infini de l'axe optique principal est conjugué à un point de ce même axe optique principal à distance finie.</ref> puis déterminer * la position du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> c.-à-d. le point objet de l'axe optique principal ayant pour image le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;F_o\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; A_{i,\,\infty}\big]\;</math> et * la position du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> c.-à-d. le point image de l'axe optique principal ayant pour antécédent <ref name ="Antécédent"> C.-à-d. pour point objet.</ref> le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;A_{o,\,\infty}\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; F_i\big]</math> ; {{Al|5}}quelle particularité ces deux points possèdent-ils en ce qui concerne leurs positions absolues d'une part et leur position relative d'autre part ? {{Al|5}}Définissant * la distance focale objet comme l'abscisse objet de Descartes du foyer principal objet (avec origine au sommet) soit <math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> et * la distance focale image comme l'abscisse image de Descartes du foyer principal image (avec origine au sommet) soit <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math>, {{Al|5}}déterminer le lien entre vergence <math>\;V</math>, distance focale objet <math>\;f_o\;</math> et distance focale image <math>\;f_i</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Un miroir sphérique est un « système focal », en effet pour qu'il soit « afocal », il faudrait que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, mais ayant établi que les seuls points doubles du miroir sphérique sont <math>\;C\;</math> et <math>\;S</math>, et non le point à l'infini de l'axe optique principal on en déduit que le miroir sphérique est bien un « système focal ». * Le foyer principal image <math>\;F_i</math>, repéré par l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(F_i) = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> étant l'image du point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(A_{o,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{p_o(A_{o,\, \infty})} = 0</math>, on en déduit <math>\;\dfrac{1}{p_i(F_i)} - 0 = V\;</math> soit <math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} = \dfrac{1}{V} = -\dfrac{\overline{R}}{2}</math>. * Le foyer principal objet <math>\;F_o</math>, repéré par l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(F_o) = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> étant l'antécédent <ref name ="Antécédent"/> du point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(A_{i,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{p_i(A_{i,\, \infty})} = 0</math>, on en déduit <math>\;0 - \dfrac{1}{p_o(F_o)} = V\;</math> soit <math>\;\overline{SF_o}_{\rightarrow} = -\dfrac{1}{V} = \dfrac{\overline{R}}{2}</math> ; * les positions géométriques respectives des foyers principaux objet et image étant telles que <math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} = - \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> et le changement de sens d'algébrisation conduisant à <math>\;\overline{SF_i}_{\rightarrow} = -\overline{SF_i}_{\leftarrow}</math>, on en déduit <math>\;\overline{SF_i}_{\rightarrow} = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> c.-à-d. la <u>coïncidence des positions géométriques des foyers principaux objet et image</u> <ref> Cette coïncidence n'est que géométrique, car ce sont des points d'espaces optiques différents, l'un est dans un espace objet et l'autre dans un espace image.</ref> ; * <u>leur position géométrique commune</u> étant telle que <math>\;\overline{SF_o}_{\rightarrow} = \dfrac{\overline{R}}{2} = \dfrac{\overline{SC}_{\rightarrow}}{2}\;</math> on vérifie qu'elle <u>coïncide avec le milieu du segment joignant le sommet et le centre du miroir</u>. <center><u>Notion de distances focales objet et image</u> :</center> * la distance focale image <math>\;f_i\;</math> étant définie par <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> est liée à la vergence par <math>\;f_i = \dfrac{1}{V} = -\dfrac{\overline{R}}{2}</math> ; * la distance focale objet <math>\;f_o\;</math> étant définie par <math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> est liée à la vergence par <math>\;f_o = -\dfrac{1}{V} = \dfrac{\overline{R}}{2}</math> ; <center>on en déduit la relation <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> <ref> Pratiquement la vergence <math>\;V\;</math> est la valeur de l'invariant <math>\;\dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}</math>, appliquée au couple de points conjugués <math>\;(A_{o,\, \infty}\, , \,F_i)\;</math> on trouve <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} - 0\;</math> et appliquée au couple de points conjugués <math>\;(F_o\, , \,A_{i,\, \infty})</math>, <math>\;V = 0 - \dfrac{1}{f_o}</math> ; <br>{{Al|3}}pour mémoire, <math>\;C\;</math> étant un point double, l'invariant en <math>\;C\;</math> donne la valeur <math>\;V = \dfrac{1}{\overline{SC}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = -\dfrac{2}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}</math>.</ref>.</center>}} === Quelques propriétés découlant du caractère focal d'un miroir sphérique === ==== Signe de la vergence suivant la nature concave ou convexe du miroir sphérique, caractère convergent ou divergent du miroir et nature réelle ou virtuelle des foyers principaux ==== {{Al|5}}Déterminer le signe de la vergence suivant la nature « concave » ou « convexe » du miroir sphérique puis {{Al|5}}son caractère « convergent » ou « divergent » sachant qu'un système focal à « vergence positive » (respectivement « négative ») est dit « convergent » (respectivement « divergent ») et enfin {{Al|5}}la nature « réelle » ou « virtuelle » des foyers principaux. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> on en déduit que la vergence est de signe contraire au rayon de courbure algébrisé du miroir sphérique, ainsi : * un miroir <u>concave</u> a un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} < 0\;</math> <ref name="nature de C"> Correspondant au caractère réel (resp. virtuel) du centre <math>\;C\;</math> d'un miroir concave (resp. convexe).</ref>, donc une vergence <math>\;V > 0</math>, c'est un système « <u>convergent</u> », * un miroir <u>convexe</u> a un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} > 0\;</math> <ref name="nature de C" />, donc une vergence <math>\;V < 0</math>, c'est un système « <u>divergent</u> ». {{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> on en déduit la nature (réelle ou virtuelle) des foyers principaux objet et image suivant la nature (convergente ou divergente) du miroir sphérique : * un miroir <u>concave</u> étant convergent, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> est <math>\;> 0\;</math> entraînant le caractère <u>réel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> étant <math>\;< 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>réel</u> <ref name="nature des foyers"> Pour un miroir concave (resp. convexe) le caractère réel (resp. virtuel) du centre <math>\;C\;</math> avec le fait que la position géométrique commune des foyers principaux est le milieu du segment joignant le centre et le sommet, entraîne le caractère réel (resp. virtuel) des foyers principaux objet et image.</ref>, * un miroir <u>convexe</u> étant divergent, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> est <math>\;< 0\;</math> entraînant le caractère <u>virtuel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> étant <math>\;> 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>virtuel</u> <ref name="nature des foyers" />.}} ==== Démonstration de l'absence de conjugaison non rigoureuse du miroir sphérique (concave) pour le point objet à l'infini sur l'axe optique principal ==== {{Al|5}}En reprenant la démonstration faite à la 1{{ère}} question mais avec <math>\;A_o\;</math> situé à l'infini <math>\;\big(</math>ce qui correspond à <math>\;\theta_o = 0\big)\;</math> et en conservant les notations introduites dans la 1{{ère}} question <math>\;\big[</math>à l'exception de <math>\;A_i\;</math> qui sera noté <math>\;F_i(\omega)\;</math> <ref name="dépendance de ω"> Fonction de <math>\;\omega\;</math> car ce point <math>-</math> hors condition de Gauss <math>-</math> en dépend effectivement <math>\big[</math>c'est d'ailleurs, en ce qui concerne <math>\;F_i</math>, le but de cette question<math>\big]</math>.</ref> et de <math>\;H\;</math> qui sera noté <math>\;H(\omega)\;</math> <ref name="dépendance de ω" /><math>\big]</math>, {{Al|5}}déterminer la position de <math>\;F_i(\omega)\;</math> défini comme le point de l'axe optique principal par lequel passe le rayon réfléchi correspondant au rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, de point d'incidence <math>\;I(\omega)\;</math> <ref name="dépendance de ω" /> et {{Al|5}}vérifier que <math>\;F_i(\omega)\;</math> dépendant effectivement de <math>\;\omega</math>, il n'y a pas conjugaison rigoureuse du miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> pour le point situé à l'infini de l'axe optique principal. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - absence stigmatisme rigoureux.jpg|thumb|Schéma de démonstration de l'absence de stigmatisme rigoureux d'un miroir sphérique concave <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> pour le point objet à l'infini sur l'axe optique principal]] {{Al|5}}Montrons algébriquement qu'un miroir sphérique concave <ref name="indépendance de la nature" /> n'est pas rigoureusement stigmatique pour le point à l'infini <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math> de l'axe optique principal et pour cela il suffit de montrer qu'un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, de point d'incidence <math>\;I(\omega)\;</math> <ref name="dépendance de ω" />, repéré par l'angle <math>\;\omega\;</math> que fait le rayon incident avec <math>\;\overrightarrow{CI}(\omega)\;</math> tel que <math>\;|\omega|\; \cancel{\ll}\; 1\;</math>, donne un réfléchi qui recoupe l'axe optique principal en <math>\;F_i(\omega)\;</math> dépendant effectivement de <math>\;\omega\;</math> d'où l'absence de stigmatisme rigoureux du miroir pour <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math><ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> ; {{Al|5}}l'angle d'incidence étant <math>\;i = -\omega\;</math> <ref> En effet <math>\;i\;</math> est <math>\;< 0\;</math> sur le schéma alors que <math>\;\omega\;</math> est <math>\;> 0</math>.</ref>, l'angle de réflexion est donc <math>\;i' = -i = \omega\;</math> d'après la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de la réflexion <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réflexion" /> ; on en déduit alors <math>\;\widehat{\left\lbrace\overrightarrow{H(\omega)S}, \overrightarrow{F_i(\omega)I(\omega)}\right\rbrace} = 2\; \omega\;</math> et <math>\;\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow}\;</math> se détermine par <math>\;\tan(2\;\omega) = \dfrac{\overline{H(\omega)I(\omega)}}{\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow}}\;</math> <ref> Toutes les grandeurs étant positives sur le schéma.</ref> soit <math>\;\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{\overline{H(\omega)I(\omega)}\, \cos(2\; \omega)}{\sin(2\; \omega)}\;</math> ou, avec <math>\;\overline{H(\omega)I(\omega)} =</math> <math>CI(\omega)\; \sin(\omega) = R\; \sin(\omega)\;</math> et <math>\;\sin(2\; \omega) = 2\; \sin(\omega)\; \cos(\omega)</math>, <math>\;\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{R\, \cos(2\; \omega)}{2\; \cos(\omega)}</math> ; {{Al|5}}on peut alors évaluer <math>\;\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} = \overline{CH(\omega)}_{\rightarrow} - \overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow}\;</math> expression dans laquelle <math>\;\overline{CH(\omega)}_{\rightarrow} = R\; \cos(\omega)\;</math> d'où <math>\;\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} =</math> <math>R\; \cos(\omega) - \dfrac{R\, \cos(2\; \omega)}{2\; \cos(\omega)} = R\; \dfrac{2\; \cos^2(\omega)- \cos(2\; \omega)}{2\; \cos(\omega)}\;</math> ou, sachant que <math>\;\cos(2\; \omega) = 2\; \cos^2(\omega) - 1</math>, l'expression finale <center><math>\;\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{R}{2\; \cos(\omega)}\;</math> <ref> L'expression simple du résultat indique qu'il doit y avoir une méthode plus rapide pour sa détermination ; en effet les angles non algébrisés <math>\;\widehat{SCI(\omega)}\;</math> et <math>\;\widehat{CI(\omega)F_i(\omega)}\;</math> étant égaux <math>\;\big(</math>à <math>\;|\omega|\big)</math>, le triangle <math>\;F_i(\omega)CI(\omega)\;</math> est isocèle <math>\Rightarrow</math> la hauteur issue de <math>\;F_i(\omega)\;</math> est aussi médiatrice d'où, en notant <math>\;K(\omega)\;</math> son pied, <math>\;CK(\omega) = \dfrac{CI(\omega)}{2} = \dfrac{R}{2}\;</math> et <math>\;\dfrac{CK(\omega)}{\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow}} = \cos(\omega) \Rightarrow \overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{CK(\omega)}{\cos(\omega)} =</math> <math>\dfrac{R}{2\; \cos(\omega)}\;</math> ce qui est indéniablement plus rapide.</ref> établissant que <math>\;F_i\;</math> dépend effectivement de <math>\;\omega\;</math> <br>et par suite que le miroir sphérique concave <ref name="indépendance de la nature" /> n'est pas stigmatique rigoureux pour le point à l'infini <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math> de l'axe optique principal <ref> La démonstration de l'absence de stigmatisme rigoureux d'un miroir sphérique concave pour n'importe quel point objet (autre que le centre et le sommet) de l'axe optique principal pourrait être faite en suivant une démarche analogue.</ref>.</center>}} === Aplanétisme approché d'un miroir sphérique sous conditions de Gauss === {{Al|5}}On considère le miroir sphérique concave introduit à la 1{{ère}} question et un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o \neq C\;</math> <ref name="support axe optique principal"> Ce qui signifie que l'axe optique principal a pour support <math>\;(A_oC)</math>.</ref> tel qu'il y ait stigmatisme approché du miroir <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour tous les points <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> C.-à-d. que, pour un point quelconque <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o</math>, avec la définition de l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <math>\big(</math>cet axe jouant le rôle d'axe optique principal pour le point objet <math>\;M_o\;</math> est qualifié de secondaire relativement au point objet <math>\;A_o\big)</math>, les rayons incidents issus de <math>\;M_o\;</math> doivent être paraxiaux <math>\big[</math>peu inclinés relativement à l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> et à point d'incidence restant proche du sommet secondaire <math>\;S_{M_o}</math>, intersection de l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> avec le miroir<math>\big]</math>.</ref> ; <br>{{Al|5}}cette dernière condition entraîne que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> admet une image « nette » <math>\;A_iB_i\;</math> <ref name="Nette"> L'image est qualifiée de « nette » car tous les points objets <math>\;M_o\;</math> ont une image ponctuelle <math>\;M_i</math>.</ref> mais a priori cette image n'est <math>-</math> hors conditions de Gauss d'aplanétisme approché <math>-</math> ni « linéique » <ref name="Linéique"> Linéique signifiant « rectiligne ».</ref> ni « transverse ». {{Al|5}}Supposant que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> est, * quand l'objet n'est pas proche du miroir, vu du sommet <math>\;S\;</math> du miroir sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} S\big)\;</math> et * quand l'objet est proche du miroir, vu du centre <math>\;C\;</math> du miroir sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq S\big)</math>, {{Al|5}}ces deux conditions sont une première façon de définir les conditions de Gauss d'aplanétisme approché pour un objet linéique transverse quelconque <ref> C'est cette façon qui a été vue en cours, <math>\;S\;</math> étant en effet le point de l'axe optique principal appartenant à la face d'entrée du miroir.</ref>. {{Al|5}}Il existe une deuxième façon équivalente de définir les conditions de Gauss d'aplanétisme approché pour un objet linéique transverse quelconque <math>\;A_oB_o\;</math> <ref name="façon plus simple"> C'est cette façon que nous adopterons car elle conduit à une démonstration plus rapide de l'aplanétisme.</ref> : * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> n'est pas proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir, l'objet doit être vu du centre <math>\;C\;</math> sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)\;</math> et * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math>, l'objet doit être vu du sommet <math>\;S\;</math> du miroir sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq C\big)</math>. ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un miroir sphérique concave pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du miroir et vu de ce centre sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant d'abord supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\alpha</math>, sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, l'angle <math>\;\beta</math> sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, n'étant pas nécessairement petit, la démarche pour établir l'aplanétisme du miroir pour un tel objet est rendue plus aisée si on a établi auparavant la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Relation_de_conjugaison_de_position_.28ou_1.C3.A8re_relation_de_conjugaison.29_de_Descartes_.28avec_origine_au_centre.29|relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre)]] <ref name="méthode moins aisée"> Il est possible de se contenter de la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) mais la méthode est alors moins aisée.</ref> <center><math>\;\dfrac{1}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}} = -V\;</math> où <math>\;V\;</math> est la vergence précédemment introduite :</center> {{Al|5}}la démarche peut alors être décomposée en les étapes suivantes : * montrer qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * en utilisant la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre), montrer alors que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et vérifier que l'angle au centre associé est encore <math>\;\alpha</math>, * conclure qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'image <math>\;A_iB_i\;</math> peut être confondue avec un segment perpendiculaire à l'axe optique principal c.-à-d. qu'elle est linéique transverse <ref> Nous aurons donc établi qu'il y a aplanétisme approché du miroir sphérique pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du miroir à condition qu'il soit vu de ce centre sous un petit angle.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq}\; C\big)</math>, avec l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, * le caractère transverse de l'objet linéique <math>\Rightarrow</math> la longueur <math>\;[CB_o]\;</math> est plus grande que la longueur <math>\;[CA_o]\;</math> <ref name="définition des côtés triangle rectangle"> <math>\;[CB_o]\;</math> étant l'hypoténuse du triangle <math>\;A_oB_oC\;</math> rectangle en <math>\;A_o\;</math> et <math>\;[CA_o]\;</math> le côté adjacent à l'angle de mesure <math>\;\alpha</math>.</ref>, soit plus précisément <math>\;[CA_o] =</math> <math>[CB_o]\, \cos(\alpha) \simeq [CB_o] \left( 1 - \dfrac{\alpha^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\alpha\;</math> <ref name="DL du cosinus à l'ordre deux"> Revoir la remarque du paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable_au_voisinage_d'une_de_ses_valeurs#D.C3.A9veloppements_limit.C3.A9s_.C3.A0_l.27ordre_un_de_quelques_fonctions_usuelles|D.L. à l'ordre un de quelques fonctions usuelles]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « Outils mathématiques pour la physique (PCSI) ».</ref> ou finalement <math>\;[CA_o] \simeq [CB_o]\;</math> à l'ordre un en <math>\;\alpha\;</math> prouvant, qu'à cet ordre, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * tous les points objets <math>\;M_o\;</math> de l'arc de cercle <math>\;A_oB_o\;</math> de centre <math>\;C\;</math> ayant une abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <ref name="axe optique secondaire"> Cet axe optique secondaire relativement au point objet <math>\;A_o\;</math> est en fait un axe optique principal relativement au point objet <math>\;M_o</math>.</ref>, l'application de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au centre) donne donc des points images <math>\;M_i\;</math> à abscisse image de Descartes (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)</math>, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est assimilable, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, à un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math>, * l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'arc de cercle <math>\;A_iB_i\;</math> est vu du centre <math>\;C\;</math> étant petit, on peut faire l'opération inverse de celle faite au premier paragraphe, c.-à-d. assimiler l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> à un segment choisi perpendiculaire à l'axe optique principal de support <math>\,(CA_i)\,</math> <ref name="justification choix"> Il s'agit effectivement d'un choix car le segment aurait pu être choisi perpendiculaire à n'importe quel axe optique secondaire de support <math>\;(CM_i)</math>.</ref>, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, linéique transverse ; <center>nous avons donc établi l'<u>aplanétisme approché du miroir sphérique</u> (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <u>pour tout objet linéique de pied non proche du centre du miroir</u>.</center>}} ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un miroir sphérique concave pour un objet linéique transverse de pied proche du centre du miroir et vu du sommet de ce dernier sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> étant maintenant supposé proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\beta</math>, sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)</math> ; la démarche pour établir l'aplanétisme du miroir pour un tel objet nécessite l'utilisation de deux rayons paraxiaux issus de <math>\;M_o</math>, point objet quelconque de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> Le caractère paraxial étant indispensable pour satisfaire au stigmatisme approché du miroir pour le point objet <math>\;M_o</math>, tous les rayons non paraxiaux issus de <math>\;M_o\;</math> seront arrêtés par un diaphragme centré sur <math>\;S</math> ;<br>{{Al|3}}on vérifie aisément que les rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> sont deux candidats respectant la paraxialité, par contre le rayon incident <math>\;M_oC\;</math> pouvant ne pas l'être car <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math> <math>\big(</math>et si tel était le cas il serait alors arrêté par le diaphragme centré en <math>\;S\big)</math>, nous ne l'utiliserons pas.</ref> et de montrer que le point image <math>\;M_i</math>, défini comme l'intersection des deux rayons réfléchis, a pour projeté, sur l'axe optique principal, le point image <math>\;A_i</math> : * déterminer l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;p_i\;</math> en fonction de la distance focale image <math>\;f_i\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * déterminer la longueur algébrique <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> en fonction de <math>\;\beta\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * travaillant dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> <ref> L'axe <math>\;\overrightarrow{Sx}\;</math> étant porté par l'axe optique principal, orienté dans le sens incident et l'axe <math>\;\overrightarrow{Sy}\;</math> étant porté par la représentation symbolique du miroir orienté vers le haut, l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> étant lui aussi orienté vers le haut.</ref> déterminer l'équation des rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> <ref name="définition ε"> L'abscisse de <math>\;M_o\;</math> est évidemment celle de <math>\;B_o\;</math> et son ordonnée sera notée <math>\;\varepsilon \times\;</math> l'ordonnée de <math>\;B_o</math>, <math>\;\varepsilon\;</math> variant entre <math>\;0\;</math> et <math>\;1</math> ;<br>{{Al|3}}ici intervient une 1{{ère}} condition de Gauss d'aplanétisme approché <math>\;\beta \ll 1\;</math> qui assure que le point <math>\;M_o\;</math> est suffisamment proche de l'axe optique principal pour que deux rayons incidents judicieusement choisis travaillent dans les conditions de stigmatisme approché.</ref>, * travaillant dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> <ref> L'axe <math>\;\overrightarrow{Sx'}\;</math> étant porté par l'axe optique principal, orienté dans le sens réfléchi <math>\;\big(</math>donc de sens contraire à celui de l'axe <math>\;\overrightarrow{Sx}\big)\;</math> et l'axe <math>\;\overrightarrow{Sy}\;</math> étant le même que précédemment à savoir porté par la représentation symbolique du miroir et orienté vers le haut.</ref> déterminer les équations des rayons réfléchis, puis leur intersection <math>\;M_i\;</math> ; * vérifier que l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal est égale à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, puis conclure à l'aplanétisme approché du miroir sphérique pour l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied proche du centre du miroir. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - aplanétisme.jpg|thumb|Schéma positionnant un objet linéique transverse de pied proche du centre d'un miroir sphérique concave pour démontrer l'aplanétisme approché du miroir pour cet objet]] {{Al|5}}Soit <math>\;A_oB_o\;</math> un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o</math>, proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir sphérique concave <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, vu du sommet <math>\;S\;</math> de ce dernier sous un angle <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)\;</math> correspondant à la condition de Gauss d'aplanétisme approché précitée ; # on détermine d'abord <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}</math>, l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, image du point objet <math>\;A_o\;</math> d'abscisse objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}</math>, par utilisation de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes du miroir sphérique (avec origine au sommet) de vergence <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}</math>, <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> étant la distance focale image du miroir d'où : <center><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i} \Rightarrow \dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{p_o} + \dfrac{1}{f_i} = \dfrac{f_i + p_o}{p_o\, f_i}\;</math> soit finalement <math>\;p_i = p_o\, \dfrac{f_i}{p_o + f_i}</math>.</center> # <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> <math>\;> 0\;</math> avec <math>\;\beta\;</math> non algébrisé <math>\;\ll 1</math>, on en déduit <math>\;\tan(\beta) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{p_o}\;</math> avec <math>\;\tan(\beta) \simeq \beta\;</math> d'où <center><math>\;\overline{A_oB_o} \simeq -\beta\; p_o</math> ;</center> # dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})</math>, le rayon incident <math>\;M_oS\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = \varepsilon\, \overline{A_oB_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_S}{x_{M_o} - x_S} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o} = -\varepsilon\, \beta\;</math> a pour équation <math>\;y - y_S = -\varepsilon\, \beta \left( x - x_S \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = -\varepsilon\, \beta\, x\;</math> <ref name="vérification signes"> On vérifie sur le schéma que, lorsque <math>\;x\;</math> est <math>\;< 0</math>, <math>\;y\;</math> est <math>\;> 0</math>.</ref>,</center> {{Transparent|dans le repère orthonormé <math>\;\color{transparent}{(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, }}le rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> et passant par le foyer principal objet du miroir sphérique <math>\;F_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{F_o} = f_o = -f_i\, , \, y_{F_o} = 0)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_{F_o}}{x_{M_o} - x_{F_o}} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i}\;</math> a pour équation <math>\;y - y_{F_o} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i} \left( x - x_{F_o} \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i} \left( x + f_i \right)</math> ;</center> # dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> le rayon réfléchi sur le miroir du rayon incident <math>\;M_oS\;</math> étant de direction symétrique de celle de ce dernier relativement à l'axe optique principal est de même pente <math>\;-\varepsilon\, \beta\;</math> <ref> En effet le rayon réfléchi a une pente opposée à celle du rayon incident dans le repère <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> mais, quand on passe dans le repère <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> correspondant à une inversion du sens de l'axe des abscisses sans que celui de l'axe des ordonnées ne soit changé, la pente doit être multipliée par un facteur <math>\;(-1)\;</math> d'où le rayon réfléchi a une pente identique à celle du rayon incident (la raison étant que les pentes sont définies dans deux repères différents).</ref> d'où l'équation du rayon réfléchi correspondant au rayon incident <math>\;M_oS\;</math> <center><math>\;y = -\varepsilon\, \beta\, x'\;</math> <ref name="vérification signes bis"> On vérifie bien sur le schéma que, lorsque <math>\;x\;</math> est <math>\;> 0</math>, <math>\;y\;</math> est <math>\;< 0</math>.</ref>,</center>{{Transparent|dans le repère orthonormé <math>\;\color{transparent}{(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, }}le rayon réfléchi sur le miroir du rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> étant, à partir du point d'incidence <math>\;I\;</math> sur le miroir, <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, son équation nécessite de déterminer au préalable l'ordonnée de <math>\;I\;</math> par <math>\;x_{I} = 0\;</math> dans l'équation du rayon incident soit <math>\;y(I) = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i} \left[ x(I) + f_i \right] = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o\, f_i}{p_o + f_i}\;</math> d'où l'équation du rayon réfléchi correspondant au rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o\, f_i}{p_o + f_i}</math> ;</center> {{Al|5}}l'intersection <math>\;M_i\;</math> de ces deux rayons réfléchis a pour abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o\, f_i}{p_o + f_i} = -\varepsilon\, \beta\, {x'}_{M_i}\;</math> soit <center><math>\;{x'}_{M_i} = \dfrac{p_o\, f_i}{p_o + f_i}\;</math> identique à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du point image <math>\;A_i</math> ;</center> # l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal étant égale à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, on conclut à l'<u>aplanétisme approché du miroir sphérique</u> (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <u>pour tout objet linéique</u> <math>\;A_oB_o\;</math> <u>de pied proche du centre du miroir</u>.}} ==== Relation de conjugaison (approchée) de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) ==== [[File:Miroir sphérique - symbole.jpg|thumb|Représentation symbolique (sans les foyers) d'un miroir sphérique concave et d'un miroir sphérique convexe]] {{Al|5}}Dès lors qu'un miroir sphérique est utilisée sous conditions de Gauss de stigmatisme et d'aplanétisme approchés, l'usage est de représenter ce miroir sous une forme symbolique dans laquelle figurent l'axe optique principal, le centre <math>\;C</math>, les foyers principaux objet <math>\;F_o\;</math> et image <math>\;F_i</math>, le sommet <math>\;S\;</math> et la partie de miroir perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal <ref> Cette partie de miroir perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal est terminée par des bords inclinés vers <math>\;C</math>, ainsi un miroir concave à centre <math>\;C\;</math> réel a des bords inclinés vers la gauche (c.-à-d. vers l'espace objet réel) et un miroir convexe à centre <math>\;C\;</math> virtuel a des bords inclinés vers la droite (c.-à-d. vers l'espace objet virtuel).</ref>, partie de miroir sur laquelle est rappelée l'algébrisation physique de l'axe optique principal <center>voir ci-contre à gauche pour un miroir concave et à droite pour un miroir convexe <ref name="Foyers à ajouter"> La position des foyers principaux seraient à ajouter une fois que vous les aurez déterminés.</ref>.</center> [[File:Miroir sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes avec origine en S pour un miroir sphérique concave]] {{Al|5}}Sur le schéma ci-contre on a construit l'image linéique transverse <math>\;A_iB_i\;</math> d'un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> <math>\;\neq S\;</math> et <math>\;\neq C\;</math> en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, l'un passant que le centre <math>\;C\;</math> du miroir et qui se réfléchit sur lui-même <ref> En effet le rayon réfléchi doit être issu du point d'incidence <math>\;I\;</math> du rayon incident et passer par l'image de <math>\;C\;</math> par le miroir c.-à-d. <math>\;C\;</math> lui-même.</ref>, l'autre passant par le sommet <math>\;S\;</math> du miroir et qui se réfléchit en obéissant à la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" />{{,}} <ref> Attention le sommet <math>\;S\;</math> du miroir est le seul point d'incidence en lequel on peut appliquer la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes en travaillant sur la représentation symbolique du miroir car c'est le seul point pour lequel la direction de cette représentation symbolique se confond avec la direction réelle du miroir <math>\big(</math>autrement dit c'est le seul point où la normale réelle est perpendiculaire à la représentation symbolique, par exemple le rayon incident <math>\;B_oC\;</math> qui se confond avec la normale réelle du miroir en <math>\;I\;</math> n'est pas perpendiculaire à la représentation symbolique du miroir en <math>\;I\big)</math>.</ref>, le point d'intersection de ces deux rayons réfléchis étant le point de convergence <math>\;B_i\;</math> de tous les rayons réfléchis correspondant à tous les rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> sous conditions de Gauss <ref> Car le miroir est stigmatique approché pour <math>\;B_o</math>.</ref> et <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal <ref> Car le miroir est aplanétique approché pour <math>\;A_oB_o</math>.</ref>. {{Al|5}}En comparant les triangles rectangles <math>\;A_iB_iS\;</math> et <math>\;A_oB_oS</math>, déterminer le grandissement transverse par le miroir de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\\ p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow} \end{array}\right\rbrace</math> ; <center>cette relation définit la relation de conjugaison (approchée) de grandissement transverse [ou 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée)] de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour tout objet linéique transverse de pied <math>\;A_o \neq S\;</math> <ref name="forme indéterminée"> Elle ne peut évidemment pas s'appliquer sous la forme indiquée pour <math>\;A_o = S\;</math> car elle correspondrait à une forme indéterminée, <br>{{Al|3}}mais on vérifie, dans le paragraphe suivant, qu'elle s'applique sous cette forme pour <math>\;A_o = C</math>.</ref> <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille" />, elle caractérise quantitativement la propriété d'aplanétisme approché du miroir sphérique pour l'objet linéique transverse de pied <math>\;A_o\;</math> <ref> Bien que démontrée sur un miroir sphérique concave elle reste applicable à un miroir sphérique convexe.</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfléchis correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;C\;</math> qui se réfléchit sur lui-même et le 2{{ème}} de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfléchit en <math>\;S\;</math> suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal <ref> Il est déconseillé de choisir ce rayon dans les constructions futures demandées car peu pratique <math>\;\big(</math>l'angle <math>\;i\;</math> devant être mesuré et reporté symétriquement par rapport à l'axe optique principal<math>\big)</math> ; ici nous l'utilisons dans la démonstration d'où ce choix.</ref>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(i)\;</math> et <math>\;\tan(-i)\;</math> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oS\;</math> et <math>\;A_iB_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(i) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;i\;</math> étant <math>\;< 0</math>, <math>\;\overline{A_oB_o} > 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> <ref> On suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oS\;</math> puisse être défini.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;i \simeq \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}</math>, * <math>\;\tan(-i) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;(-i)\;</math> étant <math>\;> 0</math>, <math>\;\overline{A_iB_i} < 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> <ref> Ayant suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> et <math>\;S\;</math> étant un point double on en déduit <math>\;A_i \neq S\;</math> ce qui définit le triangle <math>\;A_iB_iS</math>.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;-i \simeq -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}</math> ; {{Al|5}}égalant les deux expressions de <math>\;i</math>, on en déduit : <math>\;\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}} \simeq \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} \simeq \dfrac{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math> d'où <center>la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes (avec origine au sommet)</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq S\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\\ p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;p_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;p_i = f_i\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;p_o = f_o\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = C\;</math> <ref> Le miroir sphérique n'est stigmatique rigoureux que pour le pied <math>\;C\;</math> de l'objet linéique, pour tous les autres points objets constituant ce dernier on suppose le stigmatisme approché du miroir c.-à-d. l'utilisation de rayons incidents issus de <math>\;M_o\; (\neq C)\; \in A_oB_o\;</math> paraxiaux <math>\big(</math>ce qui peut être réalisé en pratique avec un diaphragme centré en <math>\;S\;</math> collé contre le miroir<math>\big)</math>.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du miroir pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> sous lequel l'objet est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\;\big(\beta \ll 1\big)</math>, * vérifier, par construction de l'image <math>\;A_iB_i</math>, qu'elle est symétrique de <math>\;A_oB_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal et * comparer au résultat donné par l'application de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = C</math>. {{Al|5}}Considérant maintenant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = S\;</math> <ref> L'objet, collé contre le miroir sphérique, de pied <math>\;A_o = S</math>, l'axe optique principal ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, ne peut être rigoureusement linéique (c.-à-d. rectiligne) car il suit la courbure du miroir mais, s'il est vu de <math>\;C\;</math> sous un petit angle non algébrisé <math>\;\alpha</math>, on peut confondre l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et le segment correspondant lui étant tangent à l'ordre un <math>\;\alpha</math>, raison pour laquelle l'objet est qualifié de « linéique transverse » ; <br>{{Al|3}}le miroir sphérique est stigmatique rigoureux que pour les points de l'objet linéique car tous ces points, étant sur le miroir, jouent le rôle de sommet (secondaire) pour lequel le miroir est stigmatique rigoureux.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du miroir pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'objet est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(\alpha \ll 1\big)\;</math> <ref> Qui est aussi la condition pour que l'objet collé sur le miroir puisse être considéré comme linéique.</ref>, * vérifier que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> se superpose à <math>\;A_oB_o</math>, le caractère linéique transverse de l'objet entraînant celui de l'image et * en déduire la valeur du grandissement transverse <math>\;G_t(S)\;</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = S</math>. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - grandissement transverse au centre.jpg|thumb|Construction de l'image d'un objet linéique transverse de pied au centre d'un miroir sphérique concave]] {{Al|5}}Le centre <math>\;C\;</math> du miroir sphérique concave ci-contre en étant un point double conjugué rigoureux, un objet linéique transverse <math>\;CB_o\;</math> a pour image, par le miroir, une image linéique transverse de pied <math>\;C</math>, notée <math>\;CB_i</math> ; pour obtenir cette dernière il suffit de choisir pour rayon incident issu de <math>\;B_o</math>, le rayon passant par le sommet <math>\;S\;</math> qui se réfléchit suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal et recoupe le plan transverse passant par <math>\;C\;</math> au point <math>\;B_i</math>, symétrique de <math>\;B_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal <center>d'où <math>\;\overline{CB_i} = -\overline{CB_o}\;</math> et par suite <math>\;G_t(C) = -1</math> ;</center> {{Al|5}}l'application de la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au sommet) nous conduit à <math>\;G_t(C) =</math> <math>\dfrac{\overline{SC}_{\leftarrow}}{\overline{SC}_{\rightarrow}}</math>, soit, avec <math>\;\overline{SC}_{\leftarrow} = -\overline{SC}_{\rightarrow}</math>, on retrouve effectivement <math>\;G_t(C) = -1\;</math> <ref> Le centre est le seul point de l'espace objet d'un miroir sphérique en lequel un objet linéique transverse positionné en ce point admet une image linéique transverse inversée de même taille.</ref>. {{clr}} {{Al|5}}Tous les points du miroir sphérique étant des points doubles de ce dernier <ref> Chaque point du miroir jouant le rôle de sommet pour l'axe optique principal passant par ce point, c'est effectivement un point double.</ref>, un objet collé sur le miroir est donc sa propre image ; dans la mesure où l'objet est de petite taille, on peut négliger sa courbure et le considérer comme linéique transverse, son image étant alors également linéique transverse ; comme <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SA_o}\;</math> on en déduit, par définition, <math>\;G_t(S) = +1\;</math> <ref> Le sommet (et plus généralement tout point de la surface réfléchissante sphérique) est le seul point de l'espace objet d'un miroir sphérique en lequel un objet linéique transverse positionné en ce point admet une image linéique transverse droite de même taille.</ref>.}} ==== Construction de l'image par un miroir sphérique d'un objet linéique transverse ==== {{Al|5}}<u>Définitions préliminaires</u> : On appelle plan focal objet le plan transverse passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}plan focal image le plan transverse passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math> ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle axe optique secondaire tout axe passant par le centre <math>\;C</math> du miroir, il possède une partie incidence contenue dans l'espace objet réel se réfléchissant sur elle-même pour donner sa partie émergente contenue dans l'espace image réelle ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal objet et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}foyer secondaire image <math>\;\varphi_i\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal image. {{Al|5}}<u>Propriétés</u> : Justifier les propriétés des foyers secondaires objet et image associés à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : # le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour image le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)\big]</math>, # le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour antécédent le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}<u>Propriétés des foyers secondaires associés à un axe optique secondaire</u> : # foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet linéique transverse contenu dans le plan focal objet et de pied <math>\;F_o</math>, objet noté <math>\;F_o\varphi_o(\delta)</math>, <math>\;F_o\;</math> ayant pour image le point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et l'image étant linéique transverse, le point <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> a une image également située à l'infini sur la partie réfléchie de l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon incident issu de <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> se réfléchit sur lui-même, les parties incidente et réfléchie constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)</math>,</center> # foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet dont l'image associée est contenue dans le plan focal image et de pied <math>\;F_i</math>, image notée <math>\;F_i\varphi_i(\delta)</math>, <math>\;F_i\;</math> ayant pour antécédent le point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et le miroir étant aplanétique, le point <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> a un antécédent également situé à l'infini sur la partie incidente de l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon réfléchi issu de <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> s'est réfléchi sur lui-même, les parties incidente et réfléchie constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement<math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)</math>.</center>}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> réel, de pied <math>\;A_o\;</math> séparé du sommet <math>\;S\;</math> d'un miroir sphérique concave d'une distance supérieure au rayon non algébrisé du miroir, construire son image <math>\;A_iB_i\;</math> par le miroir de deux façons différentes : # en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> <math>\big[</math>choisis parmi les trois suivants : passant par <math>\;C</math>, passant par <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<math>\big]</math>, # en considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> <ref name="un seul rayon incident suffit"> Un seul rayon incident suffit car <math>\;A_o\;</math> appartenant à l'axe optique principal son image est sur cet axe.</ref> <math>\big[</math>choisi parmi les deux suivants : passant par <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\big]</math>. {{Al|5}}Refaire les constructions précédentes avec un miroir convexe. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - construction image.jpg|thumb|Construction de l'image par un miroir sphérique concave d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal]] # En considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> choisis parmi les trois suivants (voir schéma ci-contre) : <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;C\;</math> et se réfléchissant sur lui-même, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;F_o\;</math> foyer principal objet et se réfléchissant parallèlement à l'axe optique principal, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal et se réfléchissant en passant par le foyer principal image <math>\;F_i\;</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;B_i\;</math> étant à l'intersection des deux rayons réfléchis correspondant aux deux rayons incidents choisis, <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal. {{clr}} [[File:Miroir sphérique concave - construction image - bis.jpg|thumb|Construction de l'image par un miroir sphérique concave d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire]] # En considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> choisis parmi les deux suivants (voir schéma ci-contre) : <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par un foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection du rayon incident et du plan focal objet<math>\big]\;</math> et se réfléchissant parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> <math>\big[</math>c.-à-d., pour la partie incidente <math>\;C\varphi_o(\delta)</math>, la partie réfléchie se superposant à la partie incidente mais orientée en sens contraire<math>\big]</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à un axe optique secondaire a priori quelconque <math>\;(\delta)\;</math> et se réfléchissant en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection de l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> et du plan focal image<math>\big]</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;A_i\;</math> étant à l'intersection d'un des rayons réfléchis correspondant au rayon incident choisi et de l'axe optique principal, <math>\;B_i\;</math> s'obtenant comme intersection de l'axe optique secondaire passant par <math>\;B_o\;</math> et du plan transverse passant par <math>\;A_i</math>. {{clr}} {{Al|5}}Ci-dessous les constructions refaites sur un miroir sphérique convexe, en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> à gauche, en utilisant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> et la notion de foyers secondaires objet ou image à droite : <center> <gallery> Miroir sphérique convexe - construction image.jpg|Construction de l'image par un miroir sphérique convexe d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal Miroir sphérique convexe - construction image - bis.jpg|Construction de l'image par un miroir sphérique convexe d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire </gallery> </center>}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) sous conditions de Gauss === ==== Relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}On repère maintenant les points objet <math>\;A_o\;</math> et image <math>\;A_i\;</math> relativement au centre <math>\;C\;</math> du miroir sphérique en définissant * l'abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\;</math> et * l'abscisse image de Descartes (avec origine au centre) de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}</math> ; {{Al|5}}à partir de la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) s'écrit <center><math>\;\dfrac{1}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}} = -V\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C"> Cette relation est applicable à tout objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o \neq C</math>, le cas <math>\;A_o = C\;</math> conduisant à une forme indéterminée.</ref> ou <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = -V\;</math> avec <math>\;V\;</math> vergence du miroir.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Descartes (origine au centre) utilisent <math>\;C\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> ou un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} = \overline{SC}_{\rightarrow} + \overline{CA_o}_{\rightarrow}\;</math> ou <math>\;p_o = \overline{R} + \pi_o\;</math> et * l'abscisse image de Descartes (avec origine au centre) du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} = \overline{SC}_{\leftarrow} + \overline{CA_i}_{\leftarrow}\;</math> ou <math>\;p_i = -\overline{R} + \pi_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au centre) en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes précédemment définis, dans la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{-2}{\overline{R}}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{1}{\pi_i - \overline{R}} - \dfrac{1}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> ou <math>\;\dfrac{(\pi_o + \overline{R}) - (\pi_i - \overline{R})}{(\pi_i - \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R})} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens"> Quand on a l'égalité entre deux fractions <math>\;\dfrac{a}{b} = \dfrac{c}{d}\;</math> les grandeurs <math>\;(a\, ,\, d)\;</math> sont appelées « extrêmes » et <math>\;(b\, ,\, c)\;</math> « moyens », l'égalité des deux fractions étant équivalente à <math>\;a \; d = b \; c\;</math> c.-à-d. à l'égalité du produit des extrêmes et celui des moyens (on parle encore de l'égalité des produits en croix).</ref> <math>\;-2\, (\pi_i - \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R}) = (\pi_o - \pi_i + 2\, \overline{R})\, \overline{R}\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;-2\, \pi_o\, \pi_i + 2\, \overline{R}\, \pi_o - 2\, \overline{R}\, \pi_i + 2\, \overline{R}^2 =</math> <math>\pi_o\, \overline{R} - \pi_i\, \overline{R} + 2\, \overline{R}^2\;</math> soit, après simplification <math>\;-2\, \pi_o\, \pi_i + \overline{R}\, \pi_o - \overline{R}\, \pi_i = 0\;</math> ou <math>\;\overline{R}\, \pi_o - \overline{R}\, \pi_i = 2\, \pi_o\, \pi_i\;</math> et enfin, en divisant les deux membres de l'équation par <math>\;\pi_o\, \pi_i\, \overline{R}\;</math> <ref name="C.N."> Cela nécessite que <math>\;\pi_o \neq 0\;</math> et <math>\;\pi_i \neq 0\;</math> c.-à-d. <math>\;A_o \neq C</math>.</ref> <math>\;\big(</math>la raison en étant que l'on cherche à établir une équation faisant intervenir des inverses de longueur à partir d'une équation comportant des produits de deux longueurs<math>\big)\;</math> <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = \dfrac{2}{\overline{R}}</math> ; la <u>1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = -V\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du miroir ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS}_{\rightarrow} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS}_{\leftarrow} = \overline{R}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = \dfrac{2}{\overline{R}} = -V</math>.</ref> avec <math>\;V = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> vergence du miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\\ \pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}\end{array} \right\rbrace</math>.</center> }} [[File:Miroir sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes avec origine en C pour un miroir sphérique concave]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C" />. {{Al|5}}En utilisant le schéma ci-contre vérifier directement cette relation. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet"> Applicable en tout point <math>\;A_o \neq S</math>.</ref> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \pi_o + \overline{R} \\ p_i = \pi_i - \overline{R} \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\pi_i - \overline{R}}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}\left( \dfrac{1}{\overline{R}} - \dfrac{1}{\pi_i} \right)}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}} \left( \dfrac{1}{\overline{R}} + \dfrac{1}{\pi_o} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître des inverses de longueur comme celles de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = \dfrac{2}{\overline{R}} \Leftrightarrow \dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\overline{R}} = \dfrac{1}{\pi_o} + \dfrac{1}{\overline{R}}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}}}</math> ; la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du miroir ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS}_{\rightarrow} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS}_{\leftarrow} = \overline{R}\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = -(-1) = +1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature" /> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\\ \pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}\end{array} \right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfléchis correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;C\;</math> qui se réfléchit sur lui-même et le 2{{ème}} de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfléchit en <math>\;S\;</math> suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés"> Les angles précités étant non algébrisés.</ref> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oC\;</math> et <math>\;A_iB_iC\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o}) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> <ref name="hors centre"> On suppose <math>\;A_o \neq C\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oC\;</math> puisse être défini.</ref>, * <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i}) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_i}_{\leftarrow} < 0\;</math> <ref name="hors centre bis"> Ayant suppose <math>\;A_o \neq C\;</math> et <math>\;C\;</math> étant un point double on en déduit <math>\;A_i \neq C\;</math> ce qui définit le triangle <math>\;A_iB_iC</math>.</ref> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}} = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}}\;</math> d'où <center>la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes (avec origine au centre)</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq C\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\\ \pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\pi_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\pi_i = f_i + \overline{R}\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\pi_o = f_o - \overline{R}\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Newton sous conditions de Gauss === {{Al|5}}On repère maintenant le point objet <math>\;A_o\;</math> relativement au foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> du miroir sphérique et le point image <math>\;A_i\;</math> relativement au foyer principal image <math>\;F_i\;</math> du même miroir sphérique en définissant * l'abscisse objet de Newton de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\;</math> et * l'abscisse image de Newton de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}</math>. ==== Relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Newton s'écrit <center><math>\; \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\; \overline{F_oA_o}_{\rightarrow} = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\; \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Newton"> Applicable pour tout point objet <math>\;A_o \neq F_o</math> et <math>\;A_o \neq A_{o,\,\infty}</math>, ces cas conduisant à une forme indéterminée.</ref> ou <math>\;\sigma_i \; \sigma_o = f_i\; f_o\;</math> <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille"/> avec <math>\;f_i\;</math> et <math>\;f_o\;</math> distances focales image et objet du miroir.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Newton utilisent <math>\;F_o\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> comme origine pour repérer un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Newton du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o =</math> <math>\overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} = \overline{SF_o}_{\rightarrow} + \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\;</math> ou <math>\;p_o = f_o + \sigma_o = -f_i + \sigma_o\;</math> et * l'abscisse image de Newton du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i =</math> <math>\overline{SA_i}_{\leftarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} = \overline{SF_i}_{\leftarrow} + \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\;</math> ou <math>\;p_i = f_i + \sigma_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Newton en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes précédemment définis, dans la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{1}{\sigma_i + f_i} - \dfrac{1}{\sigma_o - f_i} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> ou <math>\;\dfrac{(\sigma_o - f_i) - (\sigma_i + f_i)}{(\sigma_i + f_i)\, (\sigma_o - f_i)} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens" /> <math>\;(\sigma_i + f_i)\, (\sigma_o - f_i)</math> <math>= (\sigma_o - \sigma_i - 2\, f_i)\, f_i\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;\sigma_o\, \sigma_i + f_i\, \sigma_o - f_i\, \sigma_i - f_i^2 =</math> <math>\sigma_o\, f_i - \sigma_i\, f_i - 2\, f_i^2\;</math> soit, après simplification <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = -f_i^2\;</math> et enfin, sachant que <math>\;f_o = -f_i\;</math> <ref> On remplacera une seule fois <math>\;f_i\;</math> par <math>\;-f_o\;</math> pour obtenir une forme symétrique de la relation.</ref>, <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> ; la <u>1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center> <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le foyer principal objet du miroir <math>\;\big(</math> en effet si <math>\;A_o\;</math> est en <math>\;F_o</math>, l'image <math>\;A_i\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal et on obtient une forme indéterminée avec <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> valant <math>\;\infty\big)</math> ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS}_{\rightarrow} = -f_o\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS}_{\leftarrow} = -f_i\;</math> d'où <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i</math>.</ref> avec <math>\;f_i = -f_o = -\dfrac{\overline{R}}{2}\;</math> distance focale image du miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\\ \sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\end{array} \right\rbrace</math>.</center>}} [[File:Miroir sphérique - grandissement transverse Newton.jpg|thumb|Schéma de démonstration des deux formes de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton pour un miroir sphérique concave]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Newton <ref name="deux formes de grandissement transverse de Newton"> Cette relation a deux formes possibles suivant qu'elle est exprimée en fonction de l'abscisse objet de Newton et de la distance focale objet ou en fonction de l'abscisse image de Newton et de la distance focale image.</ref> <ref name="Applicabilité relation de Newton" />. {{Al|5}}En utilisant le schéma ci-contre vérifier directement les deux formes de cette relation. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet" /> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \sigma_o - f_i \\ p_i = \sigma_i + f_i \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\sigma_i + f_i}{\sigma_o - f_i} = \dfrac{\sigma_i \left( 1 + \dfrac{f_i}{\sigma_i} \right)}{(-f_i) \left( 1 - \dfrac{\sigma_o}{f_i} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître, au numérateur et au dénominateur, deux grandeurs égales découlant de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_i\, f_o = -f_i^2 \Leftrightarrow \dfrac{\sigma_i}{f_i} = -\dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> ou encore <math>\;1 + \dfrac{\sigma_i}{f_i} = 1 - \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{\sigma_i}{f_o}</math> ; la 1{{ère}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{\sigma_i}{f_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton"> Applicable en tout point objet ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que cette forme de relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS}_{\rightarrow} = -f_o\;</math> <math>\;\big(</math>resp. <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS}_{\leftarrow} = -f_i\big)\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = +1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature" /> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}</math>.</center> {{Al|5}}comme la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton s'écrivant <math>\;\sigma_i\, \sigma_o = f_i\, f_o\;</math> est équivalente à <math>\;\dfrac{\sigma_i}{f_o} = \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> on en déduit aisément la 2{{ème}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o} = \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton" /> <ref name="indépendance de la nature" /> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfléchis correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;F_o\;</math> qui se réfléchit parallèlement à l'axe optique principal et le 2{{ème}} parallèle à l'axe optique principal qui se réfléchit en passant par <math>\;F_i</math>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_iS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_iB_iF_i\;</math> et <math>\;KF_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{F_iA_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> <ref name="hors foyer bis" > On suppose <math>\;A_i \neq F_i\;</math> c.-à-d. que <math>\;A_o\;</math> n'est pas le point à l'infini de l'axe optique principal, pour que le triangle <math>\;A_iB_iF_i\;</math> puisse être défini.</ref>, * <math>\;\tan(\widehat{KF_iS}) = \dfrac{\overline{SK}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;\overline{SK}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SK} = \overline{A_oB_o}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{KF_iS}) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_iS})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}} = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}\;</math> d'où <center>une 1{{ère}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\sigma_i}{f_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq A_{o,\,\infty}\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}</math>.</center> {{Al|5}}de même le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_oS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oF_o\;</math> et <math>\;HF_oS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o}) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{F_oA_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> <ref name="hors foyer"> On suppose <math>\;A_o \neq F_o\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oF_o\;</math> puisse être défini.</ref>, * <math>\;\tan(\widehat{HF_oS}) = \dfrac{\overline{SH}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;\overline{SH}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SH} = \overline{A_iB_i}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{HF_oS}) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_oS})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}} = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}}\;</math> d'où <center>une 2{{ème}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq F_o\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\sigma_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\sigma_i = 0\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de Lagrange - Helmholtz sous conditions de Gauss === [[File:Miroir sphérique - grandissement angulaire.jpg|thumb|Schéma de détermination du grandissement angulaire en repérage de Descartes (avec origine en S) pour un miroir sphérique concave]] ==== Expression de Descartes (avec origine au sommet) du grandissement angulaire d'un pinceau incident issu d'un point objet ==== {{Al|5}}On rappelle que le grandissement angulaire d'un pinceau lumineux incident issu d'un point objet <math>\;A_o\;</math>, de direction faisant un angle <math>\;\theta_o\;</math> avec la partie incidente de l'axe optique principal, le pinceau se réfléchissant sur le miroir en convergeant vers le point image <math>\;A_i\;</math>, avec une direction faisant un angle <math>\;\theta_i\;</math> avec la partie réfléchie de l'axe optique principal, est défini selon <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> <ref name="Angles petits"> Les angles <math>\;\theta_o\;</math> et <math>\;\theta_i\;</math> sont de valeur absolue petite c.-à-d. <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>.</ref> ; {{Al|5}}en utilisant le schéma ci-contre, établir l'expression du grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes (avec origine au sommet), respectivement <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> et <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}\;</math> <ref> L'expression du grandissement angulaire a été établie en utilisant un miroir sphérique concave mais elle reste applicable pour un miroir sphérique convexe.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}On détermine le grandissement angulaire par évaluation de <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> et <math>\;\tan(\theta_i)</math>, <math>\big(</math>tous deux <math>\;> 0\;</math> sur la figure ci-dessus<math>\big)</math> respectivement dans les triangles <math>\;A_oIS\;</math> et <math>\;A_iIS\;</math> <math>\big[</math>l'angle <math>\;\widehat{SA_iI}\;</math> étant égal à <math>\;\theta_i\big]</math> soit : * dans le triangle <math>\;A_oIS</math>, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} < 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_o| \ll 1</math>, <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}</math> ; * dans le triangle <math>\;A_iIS</math>, <math>\;\tan(\theta_i) = \dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} > 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_i) = \dfrac{\overline{SI}}{p_i}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>, <math>\;\theta_i \simeq \dfrac{\overline{SI}}{p_i}</math> ; {{Al|5}}on en déduit <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq \dfrac{\dfrac{\overline{SI}}{p_i}}{-\dfrac{\overline{SI}}{p_o}}\;</math> soit, en simplifiant par <math>\;\overline{SI}</math>, l'expression souhaitée du <center>grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq -\dfrac{p_o}{p_i}</math>.</center>}} ==== Établissement de la relation de Lagrange - Helmholtz ==== {{Al|5}}Á l'aide des relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) et de l'expression du grandissement angulaire dans le même repérage, vérifier la relation de Lagrange - Helmholtz <center> <math>\;G_t(A_o)\; G_a(A_o) = -1\;</math> <ref> Cette relation est différente de celle que l'on trouvera dans le chapitre suivant sur les lentilles minces, pour une lentille mince dans laquelle il n'y a aucune réflexion, la relation de Lagrange - Hemholtz sera <math>\;G_t(A_o)\; G_a(A_o) = +1</math>.</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Connaissant le grandissement transversal donné par la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) \simeq \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> et l'expression du grandissement angulaire précédemment trouvée <math>\;G_a(A_o) \simeq -\dfrac{p_o}{p_i}</math>, on en déduit le lien entre grandissements angulaire et transversal indépendant de la position du point objet <math>\;A_o</math>, <center><math>\;G_a(A_o)\; G_t(A_o) \simeq -\dfrac{p_o}{p_i}\; \dfrac{p_i}{p_o} = -1\;</math> ce qui constitue la relation de Lagrange - Helmholtz cherchée <ref> Il s'agit de la même relation de Lagrange - Helmholtz que celle explicitée pour un miroir plan mais contrairement à cette dernière dans laquelle les grandissements transverse et angulaire valent respectivement <math>\;+1\;</math> et <math>\;-1\;</math> quelle que soit la position du point objet <math>\;A_o</math>, dans un miroir sphérique les grandissements transverse et angulaire dépendent explicitement de la position de l'objet <math>\;A_o</math>, plus la valeur absolue du grandissement transverse est grande plus celle du grandissement angulaire est petite.</ref>.</center>}} == Stigmatisme et aplanétisme approchés d'un dioptre sphérique sous conditions de Gauss == {{Al|5}}Pour être défini, un dioptre sphérique nécessite la connaissance de : * sa nature « concave » ou « convexe », * son centre <math>\;C\;</math> (centre de courbure de la surface sphérique dioptrique <ref> Si le dioptre est « concave », <math>\;C\;</math> est réel, et si le dioptre est « convexe », <math>\;C\;</math> est virtuel.</ref>), * son rayon de courbure (non algébrisé) <math>\;R\;</math> (rayon de courbure de la surface sphérique dioptrique), * l'axe optique principal dont la partie incidente (ou son prolongement) passe par <math>\;C\;</math> et le point objet <math>\;A_o\;</math> (point objet dont on étudiera l'image éventuelle), * son sommet <math>\;S\;</math> (intersection de l'axe optique principal et de la surface dioptrique) et * l'indice de l'espace objet réel <math>\;n_o\;</math> ainsi que celui de l'espace image réelle <math>\;n_i</math>. {{Al|5}}Nous adoptons l'algébrisation physique de l'axe optique principal <ref name="orientation axe opt. princ. dioptre"> Supposant l'axe optique principal horizontal, l'espace objet réel étant situé à gauche du dioptre, la partie incidente de l'axe optique principal est orientée dans le sens <math>\;\rightarrow</math> et l'espace image réelle étant alors situé à droite du dioptre, la partie émergente est orientée dans le même sens <math>\;\rightarrow</math> ; il est donc inutile de préciser en indice le sens de l'orientation de l'axe optique principal contrairement à ce qui doit être fait dans le cas d'un miroir sphérique.</ref> et, pour unifier l'étude des dioptres sphériques, algébrisons le rayon de courbure du dioptre selon <math>\;\overline{R} = \overline{SC}\;</math> <ref name="orientation axe opt. princ. dioptre" /> avec pour conséquence la nature « concave » ou « convexe » du dioptre caractérisé par le signe du rayon de courbure algébrisé : * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC} > 0</math>, <math>\;C\;</math> étant à droite de <math>\;S\;</math> est un point de l'espace objet virtuel, correspondant à un dioptre « convexe », * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC} < 0</math>, <math>\;C\;</math> étant à gauche de <math>\;S\;</math> est un point de l'espace objet réel, correspondant à un dioptre « concave ». <center> <gallery> Dioptre sphérique concave verre - air.jpg|Justification du caractère convergent d'un dioptre sphérique concave faisant passer d'un milieu plus réfringent vers un milieu moins réfringent Dioptre sphérique concave air - verre.jpg|Justification du caractère divergent d'un dioptre sphérique concave faisant passer d'un milieu moins réfringent vers un milieu plus réfringent Dioptre sphérique convexe verre - air.jpg|Justification du caractère divergent d'un dioptre sphérique convexe faisant passer d'un milieu plus réfringent vers un milieu moins réfringent Dioptre sphérique convexe air - verre.jpg|Justification du caractère convergent d'un dioptre sphérique convexe faisant passer d'un milieu moins réfringent vers un milieu plus réfringent </gallery> Dans la suite nous supposerons le dioptre sphérique concave faisant passer d'un espace plus réfringent à un espace moins réfringent <ref> En précisant la modification des résultats pour un dioptre sphérique des trois autres types.</ref> et <br>admettrons qu'il n'y a pas stigmatisme rigoureux du dioptre sphérique <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> pour tous les points objets autres que <math>\;C\;</math> et tous les points du dioptre <ref name="Définition sommet dioptre"> Si le point objet <math>\;A_o\;</math> est sur le dioptre, l'axe optique principal associé à ce point objet ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, <math>\;A_o\;</math> joue le rôle de sommet <math>\;S\;</math> du miroir ; ainsi, dans la mesure où l'axe optique principal n'a pas été préalablement défini, tout point du dioptre peut être considéré comme un sommet.</ref>.</center> === Démonstration du stigmatisme approché d'un dioptre sphérique concave convergent sous conditions de Gauss === [[File:Dioptre sphérique concave convergent - stigmatisme approché.jpg|thumb|Schéma d'un dioptre sphérique concave convergent dans le but d'établir le stigmatisme approché du dioptre <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour tout point objet autre que C et S]] {{Al|5}}Considérant un point objet réel <math>\;A_o \neq C\;</math> et l'axe optique principal correspondant de support <math>\;(A_oC)\;</math> <ref> Dès lors que <math>\;A_o\;</math> est <math>\;\neq C</math>, l'axe optique principal est parfaitement défini ainsi que le sommet <math>\;S\;</math> qui est l'intersection de l'axe optique principal et du dioptre.</ref>, nous envisageons des rayons incidents issus de <math>\;A_o</math>, peu inclinés par rapport à l'axe optique principal, d'angle d'inclinaison <math>\;\theta_o\;</math> tel que <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et dont le point d'incidence <math>\;I\;</math> reste proche du sommet <math>\;S\;</math> c.-à-d. tel que l'angle que fait la normale au dioptre en <math>\;I\;</math> avec l'axe optique principal <math>\;\widehat{(\overrightarrow{CS}\, ;\, \vec{N})} = \omega\;</math> soit petit en valeur absolue <math>\;\big(|\omega| \ll 1\big)\;</math> <ref name="Paraxial" />. {{Al|5}}Le rayon incident <math>\;A_oI\;</math> donnant, par utilisation des lois de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de la réfraction <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réfraction"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_réflexion,_réfraction,_lois_de_Descartes#Deuxième_loi_de_Snell-Descartes_de_la_réfraction|2^ème loi de Snell - Descartes de la réfraction]] » du chap.<math>11</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>, le rayon émergent <math>\;IA_i\;</math> <math>\big(A_i \in</math> à l'axe optique principal<math>\big)</math>, appelons <math>\;\theta_i\;</math> l'angle d'inclinaison du rayon réfracté par rapport à l'axe optique principal ; nous nous proposons de démontrer que <math>\;A_i\;</math> est indépendant du rayon incident considéré <math>\big(</math>c.-à-d. indépendant de <math>\;\theta_o\;</math> et de <math>\;\omega\big)\;</math> dans la mesure où les conditions de Gauss de stigmatisme approché <math>\big(\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et <math>\;|\omega| \ll 1\big)\;</math> sont réalisées. ==== Établissement de la relation liant θ_o, θ_i, ω, n_o et n_i ==== # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIC\;</math> établir une première relation entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;i_o\;\big(</math>angle d'incidence du rayon incident en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIC\;</math> établir une deuxième relation entre <math>\;\theta_i</math>, <math>\;i_i\;\big(</math>angle de réfraction du rayon émergent en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en utilisant la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de la réfraction <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réfraction" /> sous conditions de Gauss et les deux relations précédentes, déduire la relation suivante entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;\theta_i</math>, <math>\;\omega</math>, <math>\;n_o\;</math> et <math>\;n_i\;</math> : <center> <math>\;\omega = \dfrac{n_o\; \theta_o - n_i\; \theta_i}{n_o - n_i}\;\;(\mathfrak{a})\;</math>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Dans le triangle <math>\;A_oIC</math>, <math>\;\omega = \theta_o + (-i_o)\;</math> <ref name="relation dans un triangle" /> <ref> On remarque, sur le schéma, que <math>\;\omega\;</math> et <math>\;\theta_o\;</math> sont positifs mais <math>\;i_o\;</math> étant négatif, sa valeur absolue s'écrit <math>\;(-i_o)</math>.</ref> et <br>{{Al|5}}dans le triangle <math>\;A_iIC</math>, <math>\;-i_i = \omega - \theta_i\;</math> <ref name="relation dans un triangle" /> <ref> On remarque, sur le schéma, que <math>\;\omega\;</math> est positif mais <math>\;i_i\;</math> et et <math>\;\theta_i\;</math> étant négatifs, leur valeur absolue s'écrit <math>\;(-i_i)\;</math> et <math>\;(-\theta_i)</math>.</ref> ou, <br>{{Al|5}}en utilisation la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> pour la réfraction <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réfraction" /> et, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle d'incidence (et donc aussi de l'angle de réfraction en valeur absolue) <math>\;n_o\, i_0 = n_i\, i_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;i_i = \dfrac{n_o}{n_i}\, i_o</math>, la relation ci-dessus se réécrit <math>\; -\dfrac{n_o}{n_i}\, i_o = \omega - \theta_i</math> ; <br>{{Al|5}}on élimine alors <math>\;i_o\;</math> entre ces deux relations en formant la C.L. <math>\;\dfrac{n_o}{n_i}\; (\mathfrak{1}) + (\mathfrak{2})\;</math> soit : <math>\;\dfrac{n_o}{n_i}\; \omega = \dfrac{n_o}{n_i}\; \theta_o + \omega - \theta_i\;</math> ou <math>\;n_o\,\omega = n_o\, \theta_o + n_i\, \omega - n_i\, \theta_i\;</math> soit enfin, la relation <math>\;(\mathfrak{a}) \qquad \omega = \dfrac{n_o\, \theta_o - n_i\, \theta_i}{n_o - n_i}</math>.}} ==== Évaluation des angles θ_o, θ_i et ω en fonction des abscisses de A_o, A_i et C repérées relativement à H ==== {{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> et des conditions de Gauss de stigmatisme approché, montrer que le rayon réfracté est aussi peu incliné relativement à l'axe optique principal c.-à-d. <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>. # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_o}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\theta_o</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\theta_i)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_i}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\theta_i</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\omega)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HC}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\omega</math>, # déduire des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math>, un lien entre <math>\;\overline{HA_o}</math>, <math>\;\overline{HA_i}\;</math> et <math>\;\overline{HC}\;</math> <math>\;\big[</math>relation <math>\;(\mathfrak{b})\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> écrite sous la forme <math>\;\theta_i = \dfrac{n_o}{n_i}\, \theta_o - \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, \omega\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;|\theta_i| \leqslant \dfrac{n_o}{n_i}\, |\theta_o| + \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, |\omega|\;</math> et des conditions de Gauss de stigmatisme approché <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}|\theta_o| \ll 1\\ |\omega| \ll 1 \end{array}\right\rbrace\;</math> dont on déduit <math>\;\dfrac{n_o}{n_i}\, |\theta_o| + \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, |\omega| \ll 1\;</math> d'où <math>\;|\theta_i| \leqslant \dfrac{n_o}{n_i}\, |\theta_o| + \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, |\omega| \ll 1\;</math> c.-à-d. que le rayon réfracté est aussi peu incliné relativement à l'axe optique principal. # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH</math>, <math>\;\tan(\theta_o) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HA_o}}\;</math> car sur le schéma <math>\;\theta_o > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_o) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_o} < 0\;</math> ou, <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_o) \simeq \theta_o\;</math> on en déduit <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_o}}</math> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH</math>, <math>\;\tan(\theta_i) = -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}}\;</math> car sur le schéma <math>\;\theta_i < 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_i) < 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_i} > 0\;</math> ou, <math>\;|\theta_i| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_i) \simeq \theta_i\;</math> on en déduit <math>\;\theta_i \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}}</math> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH</math>, <math>\;\tan(\omega) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HC}_\rightarrow}\;</math> car sur le schéma <math>\;\omega > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\omega) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HC} < 0\;</math> ou, <math>\;|\omega| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\omega) \simeq \omega\;</math> on en déduit <math>\;\omega \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HC}}</math> ; # des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> réécrite selon <math>\;(n_o - n_i)\, \omega = n_o\,\theta_o - n_i\, \theta_i</math>, on en déduit <math>\;\dfrac{-(n_o - n_i)\, \overline{HI}}{\overline{HC}} =</math> <math>\dfrac{n_i\, \overline{HI}}{\overline{HA_i}} - \dfrac{n_o\, \overline{HI}}{\overline{HA_o}}\;</math> ou, en simplifiant par <math>\;\overline{HI}</math>, on obtient la relation <math>\;(\mathfrak{b})\qquad \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{HC}} = \dfrac{n_i}{\overline{HA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{HA_o}}</math>.}} ==== Établissement de la confusion de H et de S à l'ordre un en ω ==== {{Al|5}}Établir que <math>\;H\;</math> <ref name="définition de H" /> peut être confondu avec le sommet <math>\;S\;</math> du miroir à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> <ref name="H et S confondus" /> et {{Al|5}}réécrire que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> en tenant compte de cette confusion. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Montrons que <math>\;H\;</math> peut être confondu avec <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> <ref name="ω infiniment petit d'ordre un" />, en évaluant <math>\;[CH]\;</math> puis <math>\;[HS] = [CS] - [CH]\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega</math>, on obtient : <math>\;[CH] = [CI]\, \cos(\omega) = R\, \cos(\omega) \simeq R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math> <math>\big(</math>revoir la remarque du paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable_au_voisinage_d'une_de_ses_valeurs#D.C3.A9veloppements_limit.C3.A9s_.C3.A0_l.27ordre_un_de_quelques_fonctions_usuelles|D.L. à l'ordre un de quelques fonctions usuelles]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « Outils mathématiques pour la physique (PCSI) »<math>\big)\;</math> d'où <math>\;[HS] = [CS] - [CH] \simeq R - R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega</math>, soit encore <math>\;[HS] \simeq R \dfrac{\omega^2}{2}\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math> ou finalement <center><math>\;[HS] \simeq 0\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega</math> ;</center> {{Al|5}}remplaçant <math>\;H\;</math> par <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{b})</math>, on peut, sous les conditions de Gauss de stigmatisme approché, la réécrire selon <center><math>\;(\mathfrak{b})\; \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{SC}} = \dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}}\;</math> <ref> Sous cette forme la relation nécessite que le point objet <math>\;A_o\;</math> soit <math>\;\neq S\;</math> sommet du dioptre.</ref>.</center>}} ==== Conclusion : stigmatisme approché du dioptre sphérique (concave convergent) pour le point objet A_o et relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) ==== {{Al|5}}Vérifier que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> définit, pour un point objet <math>\;A_o\;</math> quelconque, un point image unique <math>\;A_i\;</math> et en déduire le stigmatisme approché du dioptre sphérique <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour le point objet <math>\;A_o</math> ; {{Al|5}}la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> pouvant être écrite selon <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}} = V\;</math> <ref name="indépendance de la nature dioptre"> Nous admettrons que cette relation (ou propriété) établie dans le cas d'un dioptre sphérique concave convergent est encore applicable, sans modification, à un dioptre sphérique concave divergent ou à un dioptre sphérique convexe convergent ou divergent.</ref> où <math>\;V\;</math> est une constante appelée « vergence » du dioptre sphérique exprimée en dioptries <math>\big(</math>de symbole <math>\;\delta\big)\;</math> dans la mesure où les abscisses le sont en <math>\;m\;\big(</math>la dioptrie étant liée au mètre par <math>\;1\, \delta = 1\,m^{-1}\big)</math>, exprimer <math>\;V\;</math> en fonction de <math>\;\overline{R} = \overline{SC}</math>, <math>\;n_o\;</math> et <math>\;n_i</math>. {{Al|5}}Par la suite notant l'abscisse de Descartes <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math><ref> Pour le repérage de Descartes dans un dioptre sphérique concave ou convexe, convergent ou divergent, il y a deux origines utilisées : l'origine au sommet qui est la plus fréquemment utilisée et l'origine au centre qui l'est beaucoup moins.</ref> du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Par la suite notant l'abscisse de Descartes <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>avec origine au sommet<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> }}celle du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}</math>, <br>{{Al|5}}la relation de conjugaison (approchée) de position [ou 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée)] de Descartes d'un dioptre sphérique se réécrit <center><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> établit le stigmatisme approché du dioptre sphérique <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour tout point objet <math>\;A_o\;</math> autre que <math>\;C\;</math> et <math>\;S\;</math> puisque, pour un point objet <math>\;A_o\;</math> fixé, le point image <math>\;A_i\;</math> est déterminé de façon unique <math>\big(</math>indépendamment des variations des petits angles <math>\;\theta_o\;</math> et <math>\;\omega\big)</math>. {{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> peut effectivement être écrite sous la forme <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}} = V\;</math> où <math>\;V\;</math> est une constante définissant la vergence du dioptre sphérique selon <center><math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{SC}} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> avec <math>\;\overline{R} = \overline{SC}\;</math> rayon algébrisé du dioptre.</center> {{Al|5}}Avec les abscisses de Descartes (avec origine au sommet) du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> et du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}</math>, la relation de conjugaison (approchée) de position [ou 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée)] de Descartes du dioptre sphérique se réécrit <center><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math>.</center>}} === Points pour lesquels la conjugaison du dioptre sphérique est rigoureuse et points doubles === {{Al|5}}Vérifier, par construction et pour une direction d'axe optique principal préalablement fixée, que le centre <math>\;C\;</math> et le sommet <math>\;S\;</math> <ref name="Définition sommet" /> du dioptre sont des points * pour lesquels le dioptre est stigmatique rigoureux et * dont l'image est confondue avec l'objet (c.-à-d. que ce sont des points doubles). {{Al|5}}Justifier la raison pour laquelle la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) est applicable à <math>\;C</math>, centre du dioptre, bien que la conjugaison soit rigoureuse ; {{Al|5}}vérifier, en utilisant cette relation, que <math>\;C\;</math> est effectivement un point double. {{Al|5}}Admettant que la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) reste applicable à <math>\;S</math>, sommet du dioptre, pour lequel il y a conjugaison rigoureuse <math>\big[</math>mais évidemment pas sous cette forme qui est indéterminée quand on l'applique à <math>\;S</math>, son abscisse objet <math>\;p_o\;</math> y étant nulle<math>\big]</math>, évaluer <math>\;p_i\;</math> en fonction de <math>\;p_o\;</math> et de <math>\;V\;</math> et vérifier, sur cette dernière forme, * que <math>\;S\;</math> est effectivement un point double et * qu'il n'y a pas d'autres points doubles que <math>\;S\;</math> et <math>\;C</math>. {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - points doubles.jpg|thumb|Schémas de vérification du fait que, pour C et S, le dioptre sphérique (concave convergent) est stigmatique rigoureux et que ce sont des points doubles]] {{Al|5}}Voir ci-contre les constructions prouvant les propriétés particulières d'un point objet en <math>\;C\;</math> ou <math>\;S\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent <ref name="indépendance de la nature dioptre"/> : * à gauche tout rayon d'un faisceau incident issu du centre <math>\;C\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent étant normal au dioptre poursuit son chemin sans changer de direction, donnant un ensemble de rayons transmis divergeant à partir d'un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, c.-à-d. prouvant que le dioptre sphérique est stigmatique rigoureux pour son centre ; de plus le point image de <math>\;C\;</math> étant <math>\;C\;</math> lui-même, ce dernier est un point double ; * à droite tout rayon d'un faisceau incident convergeant sur le sommet <math>\;S\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent se réfractant à partir du point d'incidence <math>\;S\;</math> lui-même <ref> En suivant une direction plus rapprochée de l'axe optique principal que ne l'est celle du rayon incident.</ref> et l'ensemble des rayons réfractés divergeant à partir d'un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, cela prouve le stigmatisme rigoureux du dioptre sphérique pour son sommet <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> ; de plus le point image de <math>\;S\;</math> étant <math>\;S\;</math> lui-même, ce dernier est un point double. {{Al|5}}Pour appliquer la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) à <math>\;C</math>, centre du dioptre, bien que la conjugaison soit rigoureuse, il suffit de ne considérer que les rayons paraxiaux du faisceau incident issu de <math>\;C\;</math> et d'ouverture quelconque <ref> Le fait que les autres rayons divergent également à partir de <math>\;C\;</math> ne modifient en rien la divergence des rayons transmis provenant de rayons incidents paraxiaux.</ref>, condition d'applicabilité de la relation de conjugaison de position de Descartes ; {{Al|5}}dans ce cas, si on appelle <math>\;C_i</math>, d'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(C_i) = \overline{SC_i}</math>, l'image du point objet <math>\;C</math>, d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(C) = \overline{SC} = \overline{R}</math>, nous obtenons, en remplaçant <math>\;V\;</math> par <math>\;\dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}</math>, <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(C_i)} - \dfrac{n_o}{\overline{R}} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(C_i)} = \dfrac{n_i}{\overline{R}}\;</math> ou <math>\;p_i(C_i) = \overline{R} = \overline{SC}</math> prouvant que <math>\;C_i\;</math> se confond avec <math>\;C\;</math> et par suite que <math>\;C\;</math> est un point double. <center>De <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math> on tire <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} = \dfrac{n_o}{p_o} + V = \dfrac{n_o + V\, p_o}{p_o}\;</math> soit <math>\;p_i = n_i\, \dfrac{p_o}{n_o + V\, p_o}</math> ;</center> {{Al|5}}sous cette forme on vérifie qu'un point objet en <math>\;S</math>, d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(S) = 0\;</math> a une image d'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i = 0</math>, c.-à-d. une image confondue avec <math>\;S\;</math> prouvant que <math>\;S\;</math> est bien un point double ; {{Al|5}}les points doubles <math>\;A_d\;</math> d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_d\;</math> étant tels que leurs abscisses images de Descartes (avec origine au sommet) s'écrivant <math>\;p_i(A_d) = \overline{SA_d} = p_d\;</math> avec <math>\;p_i(A_d) = n_i\, \dfrac{p_d}{n_o + V\, p_d}\;</math> obéissent à l'équation <math>\;p_d = n_i\, \dfrac{p_d}{n_o + V\, p_d}\;</math> qui se décompose en <math>\;\left\lbrace\begin{array}{c}p_d = 0\;\;\; \text{ou}\\ n_o + V\, p_d = n_i\end{array}\right\rbrace</math>, la 1{{ère}} solution donnant <math>\;S\;</math> point double et la 2{{ème}} équation conduisant à <math>\;p_d = \dfrac{n_i - n_o}{V} = \overline{R}\;</math> c.-à-d. <math>\;C\;</math> point double ; <center>le centre et le sommet d'un dioptre sphérique sont donc les seuls points doubles de ce dernier.</center>}} === Caractère focal d'un dioptre sphérique, position des foyers principaux objet et image, lien de la vergence et des distances focales objet et image, signe de la vergence === ==== Caractère focal d'un dioptre sphérique, définition des foyers principaux objet et image, lien de la vergence avec les distances focales objet et image ==== {{Al|5}}Vérifier, sur la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes d'un dioptre sphérique, que ce dernier est nécessairement « focal » <ref name="définition focal" /> puis déterminer * la position du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> c.-à-d. le point objet de l'axe optique principal ayant pour image le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;F_o\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; A_{i,\,\infty}\big]\;</math> et * la position du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> c.-à-d. le point image de l'axe optique principal ayant pour antécédent <ref name="Antécédent" /> le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;A_{o,\,\infty}\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; F_i\big]</math>. {{Al|5}}Définissant * la distance focale objet comme l'abscisse objet de Descartes du foyer principal objet (avec origine au sommet) soit <math>\;f_o = \overline{SF_o}\;</math> et * la distance focale image comme l'abscisse image de Descartes du foyer principal image (avec origine au sommet) soit <math>\;f_i = \overline{SF_i}\;</math>, {{Al|5}}déterminer le lien entre vergence <math>\;V</math>, distance focale objet <math>\;f_o</math>, distance focale image <math>\;f_i</math>, indice espace objet <math>\;n_o\;</math> et indice espace image <math>\,n_i</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Un dioptre sphérique est un « système focal », en effet pour qu'il soit « afocal », il faudrait que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, mais ayant établi que les seuls points doubles du dioptre sphérique sont <math>\;C\;</math> et <math>\;S</math>, et non le point à l'infini de l'axe optique principal on en déduit que le dioptre sphérique est bien un « système focal ». * Le foyer principal image <math>\;F_i</math>, repéré par l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(F_i) = \overline{SF_i}\;</math> étant l'image du point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(A_{o,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{n_o}{p_o(A_{o,\, \infty})} = 0</math>, on en déduit <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(F_i)} - 0 = V\;</math> soit <math>\;\overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math>. * Le foyer principal objet <math>\;F_o</math>, repéré par l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(F_o) = \overline{SF_o}\;</math> étant l'antécédent <ref name ="Antécédent"/> du point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(A_{i,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(A_{i,\, \infty})} = 0</math>, on en déduit <math>\;0 - \dfrac{n_o}{p_o(F_o)} = V\;</math> soit <math>\;\overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math>. <center><u>Notion de distances focales objet et image</u> :</center> * la distance focale image <math>\;f_i\;</math> étant définie par <math>\;f_i = \overline{SF_i}\;</math> est liée à la vergence par <math>\;f_i = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math> ; * la distance focale objet <math>\;f_o\;</math> étant définie par <math>\;f_o = \overline{SF_o}\;</math> est liée à la vergence par <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math> ; <center>on en déduit la relation <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}\;</math> <ref> Cette relation découle de la 1{{ère}} relation de conjugaison de position de Descartes du dioptre sphérique appliquée aux couples de points conjugués <math>\;(A_{o,\, \infty}\, , \,F_i)\;</math> et <math>\;(F_o\, , \,A_{i,\, \infty})</math>.</ref>.</center>}} ==== Signe de la vergence suivant la nature concave ou convexe du dioptre sphérique et de l'indice de l'espace objet comparé à celui de l'espace image, caractère convergent ou divergent du dioptre et nature réelle ou virtuelle des foyers principaux ==== {{Al|5}}Déterminer le signe de la vergence suivant la nature « concave » ou « convexe » du dioptre sphérique et du signe de <math>\;n_o - n_i\;</math> puis {{Al|5}}son caractère « convergent » ou « divergent » sachant qu'un système focal à « vergence positive » (respectivement « négative ») est dit « convergent » (respectivement « divergent ») et enfin {{Al|5}}la nature « réelle » ou « virtuelle » des foyers principaux. {{Al|5}}Pour terminer, on précisera, dans chacun des quatre cas possibles, les positions absolues des foyers principaux objet et image relativement au centre et au sommet du dioptre considéré. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> on en déduit que la vergence <math>\;V\;</math> est * de signe contraire au rayon de courbure algébrisé du dioptre si la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent <math>\;\big(n_o > n_i\big)</math>, * de même signe que le rayon de courbure algébrisé du dioptre si la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent <math>\;\big(n_o < n_i\big)</math> ; {{Al|5}}on en déduit les quatre possibilités suivant la nature du dioptre sphérique et le signe de <math>\;n_o - n_i</math> : * un dioptre sphérique <u>concave</u> ayant un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC} < 0\;</math> <ref name="nature de C dioptre"> Correspondant au caractère réel (resp. virtuel) du centre <math>\;C\;</math> d'un dioptre sphérique concave (resp. convexe).</ref>, a <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V > 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet eau, espace image air<math>\big)\;</math> c'est alors un système « <u>convergent</u> » et <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V < 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet air, espace image eau<math>\big)\;</math> c'est alors un système « <u>divergent</u> », * un dioptre sphérique <u>convexe</u> a un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC} > 0\;</math> <ref name="nature de C dioptre" />, a <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V < 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet eau, espace image air<math>\big)\;</math> c'est alors un système « <u>divergent</u> » et <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V > 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet air, espace image eau<math>\big)\;</math> c'est alors un système « <u>convergent</u> ». {{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}\;</math> on en déduit la nature (réelle ou virtuelle) des foyers principaux objet et image suivant la nature (convergente ou divergente) du dioptre sphérique : * pour un dioptre sphérique <u>concave convergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image"> La lumière passant d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent on a <math>\;n_o > n_i</math>.</ref> est <math>\;> 0\;</math> entraînant le caractère <u>réel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image" /> étant <math>\;< 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>réel</u>, * pour un dioptre sphérique <u>concave divergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image"> La lumière passant d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent on a <math>\;n_o < n_i</math>.</ref> est <math>\;< 0\;</math> entraînant le caractère <u>virtuel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image" /> étant <math>\;> 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>virtuel</u>, * pour un dioptre sphérique <u>convexe divergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image" /> est <math>\;< 0\;</math> entraînant le caractère <u>virtuel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image" /> étant <math>\;> 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>virtuel</u>, * pour un dioptre sphérique <u>convexe convergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image" /> est <math>\;> 0\;</math> entraînant le caractère <u>réel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image" /> étant <math>\;< 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>réel</u>. {{Al|5}}<u>Remarques</u> : Les distances focales objet et image étant, dans les quatre cas possibles, de signe contraire, les foyers principaux objet et image sont situés de part et d'autre de la surface dioptrique dans chacun des cas ; {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}pour un dioptre sphérique pour lequel la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent, <math>\;n_o\;</math> étant <math>\;>\;</math> à <math>\;n_i</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est situé à une distance <math>\;|f_o| = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> et le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> à une distance <math>\;|f_i| = \dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> avec <math>\;|f_i| < |f_o|\;</math> <math>\Rightarrow</math> le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est plus éloigné du sommet <math>\;S\;</math> que le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> <ref> Avec, pour un dioptre concave, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet réel (c.-à-d. usuellement à gauche) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image réelle (c.-à-d. usuellement à droite),<br><span style="color:#ffffff;"><small>....</small>Avec, </span>pour un dioptre convexe, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet virtuel (c.-à-d. usuellement à droite) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image virtuelle (c.-à-d. usuellement à gauche).</ref> ; {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}pour un dioptre sphérique pour lequel la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent, <math>\;n_o\;</math> étant <math>\;<\;</math> à <math>\;n_i</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est situé à une distance <math>\;|f_o| = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> et le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> à une distance <math>\;|f_i| = \dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> avec <math>\;|f_i| > |f_o|\;</math> <math>\Rightarrow</math> le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est moins éloigné du sommet <math>\;S\;</math> que le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> <ref> Avec, pour un dioptre concave, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet virtuel (c.-à-d. usuellement à droite) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image virtuelle (c.-à-d. usuellement à gauche),<br><span style="color:#ffffff;"><small>....</small>Avec, </span>pour un dioptre convexe, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet réel (c.-à-d. usuellement à gauche) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image réelle (c.-à-d. usuellement à droite).</ref>.}} === Aplanétisme approché d'un dioptre sphérique sous conditions de Gauss === {{Al|5}}Soit le dioptre sphérique concave convergent introduit à la 1{{ère}} question et un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o \neq C\;</math> <ref name="support axe optique principal" /> tel qu'il y ait stigmatisme approché du dioptre <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour tous les points <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> C.-à-d. que, pour un point quelconque <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o</math>, avec la définition de l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <math>\big(</math>cet axe jouant le rôle d'axe optique principal pour le point objet <math>\;M_o\;</math> est qualifié de secondaire relativement au point objet <math>\;A_o\big)</math>, les rayons incidents issus de <math>\;M_o\;</math> doivent être paraxiaux <math>\big[</math>peu inclinés relativement à l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> et à point d'incidence restant proche du sommet secondaire <math>\;S_{M_o}</math>, intersection de l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> avec le dioptre<math>\big]</math>.</ref> ; <br>{{Al|5}}cette dernière condition entraîne que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> admet une image « nette » <math>\;A_iB_i\;</math> <ref name="Nette" /> mais a priori cette image n'est <math>-</math> hors conditions de Gauss d'aplanétisme approché <math>-</math> ni « linéique » <ref name="Linéique" /> ni « transverse » ; {{Al|5}}Supposant que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> est, * quand l'objet n'est pas proche du dioptre, vu du sommet <math>\;S\;</math> du dioptre sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} S\big)\;</math> et * quand l'objet est proche du dioptre, vu du centre <math>\;C\;</math> du dioptre sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq S\big)</math>, {{Al|5}}ces deux conditions sont une première façon de définir les conditions de Gauss d'aplanétisme approché pour un objet linéique transverse quelconque <ref> C'est cette façon qui a été vue en cours, <math>\;S\;</math> étant en effet le point de l'axe optique principal appartenant à la face d'entrée du dioptre.</ref>. {{Al|5}}Il existe une deuxième façon équivalente de définir les conditions de Gauss d'aplanétisme approché pour un objet linéique transverse quelconque <math>\;A_oB_o\;</math> <ref name="façon plus simple" /> : * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> n'est pas proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre, l'objet doit être vu du centre <math>\;C\;</math> sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)\;</math> et * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math>, l'objet doit être vu du sommet <math>\;S\;</math> du dioptre sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq C\big)</math>. ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un dioptre sphérique concave convergent pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du dioptre et vu de ce centre sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant d'abord supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\alpha</math>, sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, l'angle <math>\;\beta</math> sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, n'étant pas nécessairement petit, la démarche pour établir l'aplanétisme du dioptre pour un tel objet est rendue plus aisée si on a établi auparavant la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Relation_de_conjugaison_de_position_.28ou_1.C3.A8re_relation_de_conjugaison.29_de_Descartes_.28avec_origine_au_centre.29|relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre)]] <ref name="méthode moins aisée" /> <center><math>\;\dfrac{n_o}{\overline{CA_i}} - \dfrac{n_i}{\overline{CA_o}} = V\;</math> où <math>\;V\;</math> est la vergence précédemment introduite :</center> {{Al|5}}la démarche peut alors être décomposée en les étapes suivantes : * montrer qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * en utilisant la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre), montrer alors que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et vérifier que l'angle au centre associé est encore <math>\;\alpha</math>, * conclure qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'image <math>\;A_iB_i\;</math> peut être confondue avec un segment perpendiculaire à l'axe optique principal c.-à-d. qu'elle est linéique transverse <ref> Nous aurons donc établi qu'il y a aplanétisme approché du dioptre sphérique pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du dioptre à condition qu'il soit vu de ce centre sous un petit angle.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq}\; C\big)</math>, avec l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, * le caractère transverse de l'objet linéique <math>\Rightarrow</math> la longueur <math>\;[CB_o]\;</math> est plus grande que la longueur <math>\;[CA_o]\;</math> <ref name="définition des côtés triangle rectangle" />, soit plus précisément <math>\;[CA_o] =</math> <math>[CB_o]\, \cos(\alpha) \simeq [CB_o] \left( 1 - \dfrac{\alpha^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\alpha\;</math> <ref name="DL du cosinus à l'ordre deux" /> ou finalement <math>\;[CA_o] \simeq [CB_o]\;</math> à l'ordre un en <math>\;\alpha\;</math> prouvant, qu'à cet ordre, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * tous les points objets <math>\;M_o\;</math> de l'arc de cercle <math>\;A_oB_o\;</math> de centre <math>\;C\;</math> ayant une abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <ref name="axe optique secondaire" />, l'application de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au centre) donne donc des points images <math>\;M_i\;</math> à abscisse image de Descartes (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)</math>, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est assimilable, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, à un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math>, * l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'arc de cercle <math>\;A_iB_i\;</math> est vu du centre <math>\;C\;</math> étant petit, on peut faire l'opération inverse de celle faite au premier paragraphe, c.-à-d. assimiler l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> à un segment choisi perpendiculaire à l'axe optique principal de support <math>\;(CA_i)\;</math> <ref name="justification choix" />, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, linéique transverse ; <center>l'<u>aplanétisme approché du dioptre sphérique</u> (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> a donc été établi <u>pour tout objet linéique de pied non proche du centre du dioptre</u>.</center>}} ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un dioptre sphérique concave convergent pour un objet linéique transverse de pied proche du centre du dioptre et vu du sommet de ce dernier sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> étant maintenant supposé proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\beta</math>, sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)</math> ; la démarche pour établir l'aplanétisme du miroir pour un tel objet nécessite l'utilisation de deux rayons paraxiaux issus de <math>\;M_o</math>, point objet quelconque de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> Le caractère paraxial étant indispensable pour satisfaire au stigmatisme approché du dioptre pour le point objet <math>\;M_o</math>, tous les rayons non paraxiaux issus de <math>\;M_o\;</math> seront arrêtés par un diaphragme centré sur <math>\;S</math> ;<br>{{Al|3}}on vérifie aisément que les rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> sont deux candidats respectant la paraxialité, par contre le rayon incident <math>\;M_oC\;</math> pouvant ne pas l'être car <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math> <math>\big(</math>et si tel était le cas il serait alors arrêté par le diaphragme centré en <math>\;S\big)</math>, nous ne l'utiliserons pas.</ref> et de montrer que le point image <math>\;M_i</math>, défini comme l'intersection des deux rayons réfractés, a pour projeté, sur l'axe optique principal, le point image <math>\;A_i</math> : * déterminer l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;p_i\;</math> en fonction de la distance focale image <math>\;f_i\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * déterminer la longueur algébrique <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> en fonction de <math>\;\beta\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * travaillant dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> <ref> L'axe <math>\;\overrightarrow{Sx}\;</math> étant porté par l'axe optique principal et l'axe <math>\;\overrightarrow{Sy}\;</math> étant porté par la représentation symbolique du dioptre orienté vers le haut, l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> étant lui aussi orienté vers le haut.</ref> déterminer l'équation des rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> <ref name="définition ε" />, * travaillant dans le même repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> déterminer les équations des rayons réfractés, puis leur intersection <math>\;M_i\;</math> ; * vérifier que l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal est égale à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, puis conclure à l'aplanétisme approché du dioptre sphérique (concave convergent) pour l'objet linéique <math>\;A_oB_o\;</math> de pied proche du centre du dioptre. {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - aplanétisme.jpg|thumb|Schéma positionnant un objet linéique transverse de pied proche du centre d'un dioptre sphérique concave convergent pour démontrer l'aplanétisme approché du dioptre pour cet objet <ref> Sur le schéma ci-dessus la distance focale objet vaut <math>\;\big(</math>avec <math>\;n_o \simeq 1,5\;</math> et <math>\;n_i \simeq 1,0\big)</math> <math>\;f_o = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\;\overline{R} = 3\;\overline{R} = -3\;R</math>, la distance focale image, quant à elle, valant <math>\;f_i = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\;\overline{R} = -2\;\overline{R} = 2\;R</math>.</ref>]] {{Al|5}}Soit <math>\;A_oB_o\;</math> un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o</math>, proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre sphérique concave convergent <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, vu du sommet <math>\;S\;</math> de ce dernier sous un angle <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)\;</math> correspondant à la condition de Gauss d'aplanétisme approché précitée ; # on détermine d'abord <math>\;p_i = \overline{SA_i}</math>, l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, image du point objet <math>\;A_o\;</math> d'abscisse objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}</math>, par utilisation de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes du dioptre sphérique (avec origine au sommet) de vergence <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i}</math>, <math>\;f_i = \overline{SF_i}\;</math> étant la distance focale image du dioptre d'où : <center><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = \dfrac{n_i}{f_i} \Rightarrow \dfrac{1}{p_i} = \dfrac{n_o}{n_i\, p_o} + \dfrac{1}{f_i} = \dfrac{n_o\, f_i + n_i\, p_o}{n_i\, p_o\, f_i}\;</math> soit <math>\;p_i = p_o\, \dfrac{n_i\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}</math>.</center> # <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> <math>\;> 0\;</math> avec <math>\;\beta\;</math> non algébrisé <math>\;\ll 1</math>, on en déduit <math>\;\tan(\beta) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{p_o}\;</math> avec <math>\;\tan(\beta) \simeq \beta\;</math> d'où <center><math>\;\overline{A_oB_o} \simeq -\beta\; p_o</math> ;</center> # dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})</math>, le rayon incident <math>\;M_oS\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = \varepsilon\, \overline{A_oB_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_S}{x_{M_o} - x_S} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o} = -\varepsilon\, \beta\;</math> a pour équation <math>\;y - y_S = -\varepsilon\, \beta \left( x - x_S \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = -\varepsilon\, \beta\, x\;</math> <ref name="vérification signes" />,</center> {{Transparent|dans le repère orthonormé <math>\;\color{transparent}{(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, }}le rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> et passant par le foyer principal objet du dioptre sphérique <math>\;F_o\;</math> de coordonnées <math>\;\left(x_{F_o} = f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\,f_i\, , \, y_{F_o} = 0\right)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_{F_o}}{x_{M_o} - x_{F_o}} =</math> <math>\dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + \dfrac{n_o}{n_i}\,f_i} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\,f_i}\;</math> a pour équation <math>\;y - y_{F_o} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} \left( x - x_{F_o} \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} \left( x + \dfrac{n_o}{n_i}\,f_i \right)</math> ;</center> # dans le même repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> le rayon réfracté sur le dioptre du rayon incident <math>\;M_oS\;</math> étant de direction déterminée par la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de la réfraction <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réfraction" /> (écrite pour de petits angles) est de pente <math>\;-\dfrac{n_o}{n_i}\,\varepsilon\, \beta\;</math> <ref> En effet le rayon réfracté de pente égale à la tangente de l'angle de réfraction c.-à-d. encore égale à l'angle de réfraction <math>\;i_i\;</math> et le rayon incident étant de pente égale à la tangente de l'angle d'incidence c.-à-d. encore égale à l'angle d'incidence <math>\;i_o</math>, l'utilisation de la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes de la réfraction (écrite pour de petits angles) conduisant à <math>\;n_i\, i_i = n_o\, i_o\;</math> d'où <math>\;i_i = \dfrac{n_o}{n_i}\, i_o</math>.</ref> d'où l'équation du rayon réfracté correspondant au rayon incident <math>\;M_oS\;</math> <center><math>\;y = -\dfrac{n_o}{n_i}\,\varepsilon\, \beta\, x\;</math> <ref name="vérification signes bis" />,</center> {{Transparent|dans le repère orthonormé <math>\;\color{transparent}{(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, }}le rayon réfracté sur le dioptre du rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> étant, à partir du point d'incidence <math>\;I\;</math> sur le dioptre, <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, son équation nécessite de déterminer au préalable l'ordonnée de <math>\;I\;</math> par <math>\;x_{I} = 0\;</math> dans l'équation du rayon incident soit <math>\;y(I) = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} \left[ x_I + \dfrac{n_o}{n_i}\,f_i \right) = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_o\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}\;</math> d'où l'équation du rayon réfracté correspondant au rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_o\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}</math> ;</center> {{Al|5}}l'intersection <math>\;M_i\;</math> de ces deux rayons réfractés a pour abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_o\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} = -\dfrac{n_o}{n_i}\,\varepsilon\, \beta\, x_{M_i}\;</math> soit <center><math>\;x_{M_i} = \dfrac{n_i\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}\;</math> identique à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du point image <math>\;A_i</math> ;</center> # l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal étant égale à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, on conclut à l'<u>aplanétisme approché du dioptre sphérique</u> (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <u>pour tout objet linéique</u> <math>\;A_oB_o\;</math> <u>de pied proche du centre du dioptre</u>.}} ==== Relation de conjugaison (approchée) de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) ==== {{Al|5}}Dès lors qu'un dioptre sphérique est utilisée sous conditions de Gauss de stigmatisme et d'aplanétisme approchés, l'usage est de représenter ce dioptre sous une forme symbolique dans laquelle figurent l'axe optique principal, le centre <math>\;C</math>, les foyers principaux objet <math>\;F_o\;</math> et image <math>\;F_i</math>, le sommet <math>\;S\;</math> et la partie de dioptre perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal <ref> Cette partie de dioptre perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal est terminée par des bords inclinés vers la droite pour un dioptre convergent et vers la gauche pour un dioptre divergent.</ref> <center>voir ci-dessous en 1{{ère}} ligne les quatre types de dioptres sphériques et en 2{{ème}} ligne leur représentation symbolique <ref name="Foyers à ajouter" />. <gallery> Dioptre sphérique concave verre - air.jpg| Dioptre sphérique concave air - verre.jpg| Dioptre sphérique convexe verre - air.jpg| Dioptre sphérique convexe air - verre.jpg| </gallery> <gallery> Dioptre sphérique concave convergent - symbole.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique concave convergent Dioptre sphérique concave divergent - symbole.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique concave divergent Dioptre sphérique convexe divergent.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique convexe divergent Dioptre sphérique convexe convergent.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique convexe convergent </gallery> </center> [[File:Dioptre sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes avec origine en S pour un dioptre sphérique concave convergent]] {{Al|5}}Sur le schéma ci-contre on a construit l'image linéique transverse <math>\;A_iB_i\;</math> d'un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> <math>\;\neq S\;</math> et <math>\;\neq C\;</math> en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, l'un passant que le centre <math>\;C\;</math> du dioptre et qui poursuit dans l'espace image réel sans être dévié <ref> En effet le rayon émergent doit être issu du point d'incidence <math>\;I\;</math> du rayon incident et passer par l'image de <math>\;C\;</math> par le dioptre c.-à-d. <math>\;C\;</math> lui-même.</ref>, l'autre passant par le sommet <math>\;S\;</math> du dioptre et qui se réfracte en obéissant à la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" />{{,}} <ref> Attention le sommet <math>\;S\;</math> du dioptre est le seul point d'incidence en lequel on peut appliquer la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes en travaillant sur la représentation symbolique du dioptre car c'est le seul point pour lequel la direction de cette représentation symbolique se confond avec la direction réelle du dioptre <math>\big(</math>autrement dit c'est le seul point où la normale réelle est perpendiculaire à la représentation symbolique, par exemple le rayon incident <math>\;B_oC\;</math> qui se confond avec la normale réelle du dioptre en <math>\;I\;</math> n'est pas perpendiculaire à la représentation symbolique du dioptre en <math>\;I\big)</math>.</ref>, le point d'intersection de ces deux rayons émergents étant le point de convergence <math>\;B_i\;</math> de tous les rayons réfractés correspondant à tous les rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> sous conditions de Gauss <ref> Car le dioptre est stigmatique approché pour <math>\;B_o</math>.</ref> et <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal <ref> Car le dioptre est aplanétique approché pour <math>\;A_oB_o</math>.</ref>. {{Al|5}}En comparant les triangles rectangles <math>\;A_iB_iS\;</math> et <math>\;A_oB_oS</math>, déterminer le grandissement transverse par le dioptre de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}\\ p_i = \overline{SA_i} \end{array}\right\rbrace</math> ; <center>cette relation définit la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour tout objet linéique transverse de pied <math>\;A_o \neq S\;</math> <ref name="forme indéterminée" />, elle caractérise quantitativement la propriété d'aplanétisme approché du miroir sphérique pour l'objet linéique transverse de pied <math>\;A_o\;</math> <ref name="indépendance de la nature dioptre" />.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons émergents correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;C\;</math> qui est transmis sans déviation et le 2{{ème}} de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfracte en <math>\;S\;</math> suivant une direction faisant l'angle <math>\;i_i\;</math> par rapport à l'axe optique principal, la direction du rayon incident, quant à elle, faisant l'angle <math>\;i_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal telle que <math>n_i\,i_i = n_o\, i_o\;</math> <ref name="relation de Kepler"> On rappelle que les angles étant petits, la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes de la réfraction se réécrit en omettant les sinus (relation approchée de Kepler).</ref> <ref> Il est déconseillé de choisir ce rayon dans les constructions futures demandées car peu pratique <math>\;\big(</math>l'angle <math>\;i_o\;</math> devant être mesuré puis l'angle <math>\;i_i\;</math> calculé et enfin reporté par rapport à l'axe optique principal<math>\big)</math> ; ici nous l'utilisons dans la démonstration d'où ce choix.</ref>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(i_o)\;</math> et <math>\;\tan(i_i)\;</math> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oS\;</math> et <math>\;A_iB_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(i_o) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}}</math>, <math>\;i_o\;</math> étant <math>\;< 0</math>, <math>\;\overline{A_oB_o} > 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o} < 0\;</math> <ref> On suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oS\;</math> puisse être défini.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;i_o \simeq \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}}</math>, * <math>\;\tan(i_i) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}}</math>, <math>\;i_i\;</math> étant <math>\;< 0</math>, <math>\;\overline{A_iB_i} < 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_i} > 0\;</math> <ref> Ayant suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> et <math>\;S\;</math> étant un point double on en déduit <math>\;A_i \neq S\;</math> ce qui définit le triangle <math>\;A_iB_iS</math>.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;i_i \simeq \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}}</math> ; {{Al|5}}écrivant la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de la réfraction <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réfraction" /> pour les petits angles <math>\;n_i\, i_i \simeq n_o\, i_o\;</math> on en déduit : <math>\;n_o\, \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}} \simeq n_i\, \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} \simeq \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\overline{SA_i}}{\overline{SA_o}}\;</math> d'où <center>la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes (avec origine au sommet)</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\overline{SA_i}}{\overline{SA_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq S\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}\\ p_i = \overline{SA_i} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;p_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;p_i = f_i\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;p_o = f_o\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = C\;</math> <ref> Le dioptre sphérique n'est stigmatique rigoureux que pour le pied <math>\;C\;</math> de l'objet linéique, pour tous les autres points objets constituant ce dernier on suppose le stigmatisme approché du dioptre c.-à-d. l'utilisation de rayons incidents issus de <math>\;M_o\; (\neq C)\; \in A_oB_o\;</math> paraxiaux <math>\big(</math>ce qui peut être réalisé en pratique avec un diaphragme centré en <math>\;S\;</math> collé contre le dioptre<math>\big)</math>.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du dioptre pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> sous lequel l'objet est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\;\big(\beta \ll 1\big)</math>, * vérifier, par construction de l'image <math>\;A_iB_i</math> et utilisation de la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de réfraction <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réfraction" /> dans les conditions de Gauss, qu'elle est se superpose à <math>\;A_oB_o\;</math> avec un cœfficient d'agrandissement dépendant du rapport des indices des espaces objet et image, * en déduire l'applicabilité de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = C</math>. {{Al|5}}Considérant maintenant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = S\;</math> <ref> L'objet, collé contre le dioptre sphérique, de pied <math>\;A_o = S</math>, l'axe optique principal ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, ne peut être rigoureusement linéique (c.-à-d. rectiligne) car il suit la courbure du dioptre mais, s'il est vu de <math>\;C\;</math> sous un petit angle non algébrisé <math>\;\alpha</math>, on peut confondre l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et le segment correspondant lui étant tangent à l'ordre un <math>\;\alpha</math>, raison pour laquelle l'objet est qualifié de « linéique transverse » ; <br>{{Al|3}}le dioptre sphérique est stigmatique rigoureux que pour les points de l'objet linéique car tous ces points, étant sur le dioptre, jouent le rôle de sommet (secondaire) pour lequel le dioptre est stigmatique rigoureux.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du dioptre pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'objet est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(\alpha \ll 1\big)\;</math> <ref> Qui est aussi la condition pour que l'objet collé sur le dioptre puisse être considéré comme linéique.</ref>, * vérifier que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> se superpose à <math>\;A_oB_o</math>, le caractère linéique transverse de l'objet entraînant celui de l'image et * en déduire la valeur du grandissement transverse <math>\;G_t(S)\;</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = S</math>. {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - grandissement transverse au centre.jpg|thumb|Construction de l'image d'un objet linéique transverse de pied au centre d'un dioptre sphérique concave convergent]] {{Al|5}}Le centre <math>\;C\;</math> du dioptre sphérique concave convergent ci-contre en étant un point double conjugué rigoureux, un objet linéique transverse <math>\;CB_o\;</math> a pour image, par le dioptre, une image linéique transverse de pied <math>\;C</math>, notée <math>\;CB_i</math> ; pour construire cette dernière il suffit de choisir pour rayon incident issu de <math>\;B_o</math>, le rayon passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> qui se propage dans l'espace image parallèlement à l'axe optique principal, le point image <math>\;B_i\;</math> étant alors l'intersection de ce rayon émergent avec le plan transverse passant par <math>\;C</math> ; on vérifierait graphiquement que <center> <math>\;\overline{CB_i} = \dfrac{n_o}{n_i}\, \overline{CB_o}\;</math> et par suite <math>\;G_t(C) = \dfrac{n_o}{n_i}</math> ;</center> {{Al|5}}l'application de la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au sommet) nous conduit à <math>\;G_t(C) =</math> <math>\dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\overline{SC}}{\overline{SC}}</math>, soit effectivement <math>\;G_t(C) = \dfrac{n_o}{n_i}</math>. {{Al|5}}Tous les points du dioptre sphérique étant des points doubles de ce dernier <ref> Chaque point du dioptre jouant le rôle de sommet pour l'axe optique principal passant par ce point, c'est effectivement un point double.</ref>, un objet collé sur le dioptre est donc sa propre image ; dans la mesure où l'objet est de petite taille, on peut négliger sa courbure et le considérer comme linéique transverse, son image étant alors également linéique transverse ; comme <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SA_o}\;</math> on en déduit, par définition, <math>\;G_t(S) = +1\;</math>.}} ==== Construction de l'image par un dioptre sphérique d'un objet linéique transverse ==== {{Al|5}}<u>Définitions préliminaires</u> : On appelle plan focal objet le plan transverse passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}plan focal image le plan transverse passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math> ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle axe optique secondaire tout axe passant par le centre <math>\;C</math> du dioptre, il possède une partie incidence contenue dans l'espace objet réel se prolongeant sans être dévié pour donner sa partie émergente contenue dans l'espace image réelle ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal objet et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}foyer secondaire image <math>\;\varphi_i\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal image. {{Al|5}}<u>Propriétés</u> : Justifier les propriétés des foyers secondaires objet et image associés à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : # le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour image le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)\big]</math>, # le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour antécédent le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}<u>Propriétés des foyers secondaires associés à un axe optique secondaire</u> : # foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet linéique transverse contenu dans le plan focal objet et de pied <math>\;F_o</math>, objet noté <math>\;F_o\varphi_o(\delta)</math>, <math>\;F_o\;</math> ayant pour image le point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et l'image étant linéique transverse, le point <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> a une image également située à l'infini sur l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon incident issu de <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> se prolonge dans l'espace image sans déviation, les parties incidente et émergente constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)</math>,</center> # foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet dont l'image associée est contenue dans le plan focal image et de pied <math>\;F_i</math>, image notée <math>\;F_i\varphi_i(\delta)</math>, <math>\;F_i\;</math> ayant pour antécédent le point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et le dioptre étant aplanétique, le point <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> a un antécédent également situé à l'infini sur la partie incidente de l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon émergent issu de <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> est le prolongement d'un rayon incident sans changement de direction, les parties incidente et émergente constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement<math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)</math>.</center>}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> réel, de pied <math>\;A_o\;</math> séparé du sommet <math>\;S\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent d'une distance supérieure au rayon non algébrisé du dioptre <ref> Pour la construction on prendra <math>\;n_o = 1,5\;</math> (indice du verre) et <math>\;n_i = 1,0\;</math> (indice de l'air).</ref>, construire son image <math>\;A_iB_i\;</math> par le dioptre de deux façons différentes : # en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> <math>\big[</math>choisis parmi les trois suivants : passant par <math>\;C</math>, passant par <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<math>\big]</math>, # en considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> <ref name="un seul rayon incident suffit" /> <math>\big[</math>choisi parmi les deux suivants : passant par <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\big]</math>. {{Al|5}}Refaire les constructions précédentes avec un miroir concave divergent (obtenu en permutant les espaces objet et image). {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - construction image.jpg|thumb|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave convergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal]] # En considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> choisis parmi les trois suivants (voir schéma ci-contre) : <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;C\;</math> et se prolongeant sans déviation, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;F_o\;</math> foyer principal objet et émergeant dans l'espace image parallèlement à l'axe optique principal, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal et émergeant dans l'espace image en passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;B_i\;</math> étant à l'intersection des deux rayons réfractés correspondant aux deux rayons incidents choisis, <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal. {{clr}} [[File:Dioptre sphérique concave convergent - construction image - bis.jpg|thumb|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave convergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire]] # En considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> choisis parmi les deux suivants (voir schéma ci-contre) : <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par un foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection du rayon incident et du plan focal objet<math>\big]\;</math> et émergeant parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> <math>\big[</math>c.-à-d., pour la partie incidente <math>\;C\varphi_o(\delta)</math>, la partie réfractée en étant le prolongement sans déviation<math>\big]</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à un axe optique secondaire a priori quelconque <math>\;(\delta)\;</math> et émergeant en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection de l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> et du plan focal image<math>\big]</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;A_i\;</math> étant à l'intersection d'un des rayons réfractés correspondant au rayon incident choisi et de l'axe optique principal, <math>\;B_i\;</math> s'obtenant comme intersection de l'axe optique secondaire passant par <math>\;B_o\;</math> et du plan transverse passant par <math>\;A_i</math>. {{clr}} {{Al|5}}Ci-dessous les constructions refaites sur un dioptre sphérique concave divergent, en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> à gauche puis en utilisant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> et la notion de foyers secondaires objet ou image à droite : <center> <gallery> Dioptre sphérique concave divergent - construction image.jpg|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave divergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal Dioptre sphérique concave divergent - construction image - bis.jpg|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave divergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire </gallery> </center>}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) sous conditions de Gauss === ==== Relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}On repère maintenant les points objet <math>\;A_o\;</math> et image <math>\;A_i\;</math> relativement au centre <math>\;C\;</math> du dioptre sphérique en définissant * l'abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}\;</math> et * l'abscisse image de Descartes (avec origine au centre) de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}</math> ; {{Al|5}}à partir de la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) s'écrit <center><math>\;\dfrac{n_o}{\overline{CA_i}} - \dfrac{n_i}{\overline{CA_o}} = V\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C" /> ou <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = V\;</math> avec <math>\;V\;</math> vergence du dioptre.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Descartes (origine au centre) utilisent <math>\;C\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> ou un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o} = \overline{SC} + \overline{CA_o}\;</math> ou <math>\;p_o = \overline{R} + \pi_o\;</math> et * l'abscisse image de Descartes (avec origine au centre) du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i = \overline{SA_i}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SC} + \overline{CA_i}\;</math> ou <math>\;p_i = \overline{R} + \pi_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au centre) en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes précédemment définis, dans la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = \dfrac{-(n_i - n_o)}{\overline{R}}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{n_i}{\pi_i + \overline{R}} - \dfrac{n_o}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> ou <math>\;\dfrac{n_i\,(\pi_o + \overline{R}) - n_o\, (\pi_i + \overline{R})}{(\pi_i + \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R})} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens" /> <math>\;-(n_o - n_i)\, (\pi_i + \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R}) = [n_i\, \pi_o - n_o\, \pi_i - (n_o - n_i)\, \overline{R}]\, \overline{R}\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;-(n_o - n_i)\, \pi_o\, \pi_i - (n_o - n_i)\, \overline{R}\, \pi_o - (n_o - n_i)\, \overline{R}\, \pi_i - (n_o - n_i)\, \overline{R}^2 = n_i\, \pi_o\, \overline{R} - n_o\, \pi_i\, \overline{R} - (n_o - n_i)\, \overline{R}^2\;</math> soit, après simplification <math>\;-(n_o - n_i)\, \pi_o\, \pi_i - n_o\, \overline{R}\, \pi_o + n_i\, \overline{R}\, \pi_i = 0\;</math> ou <math>\;n_o\, \overline{R}\, \pi_o - n_i\, \overline{R}\, \pi_i = -(n_o - n_i)\, \pi_o\, \pi_i\;</math> et enfin, en divisant les deux membres de l'équation par <math>\;\pi_o\, \pi_i\, \overline{R}\;</math> <ref name="C.N." /> <math>\;\big(</math>la raison en étant que l'on cherche à établir une équation faisant intervenir des inverses de longueur à partir d'une équation comportant des produits de deux longueurs<math>\big)\;</math> <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}</math> ; la <u>1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = V\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du dioptre ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}} = V</math>.</ref> avec <math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> vergence du dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}\\ \pi_i = \overline{CA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</center>}} [[File:Dioptre sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes avec origine en C pour un dioptre sphérique concave convergent]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}à partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C" />. {{Al|5}}En utilisant le schéma ci-contre vérifier directement cette relation. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet" /> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \pi_o + \overline{R} \\ p_i = \pi_i + \overline{R} \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\pi_i + \overline{R}}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}\left( \dfrac{1}{\overline{R}} + \dfrac{1}{\pi_i} \right)}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}} \left( \dfrac{1}{\overline{R}} + \dfrac{1}{\pi_o} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître des inverses de longueur comme celles de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}} \Leftrightarrow \dfrac{n_o}{\pi_i} + \dfrac{n_o}{\overline{R}} = \dfrac{n_i}{\pi_o} + \dfrac{n_i}{\overline{R}}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}}}</math> ; la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du dioptre ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = 1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}\\ \pi_i = \overline{CA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons émergents correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;C\;</math> qui est transmis sans déviation et le 2{{ème}} de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfracte en <math>\;S\;</math> suivant une direction faisant l'angle <math>\;i_i\;</math> par rapport à l'axe optique principal, la direction du rayon incident, quant à elle, faisant l'angle <math>\;i_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal telle que <math>n_i\,i_i = n_o\, i_o\;</math> <ref name="relation de Kepler" />, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oC\;</math> et <math>\;A_iB_iC\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o}) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_o} < 0\;</math> <ref name="hors centre" />, * <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_i} > 0\;</math> <ref name="hors centre bis" /> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}} = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{\overline{CA_i}}{\overline{CA_o}}\;</math> d'où <center>la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes (avec origine au centre)</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{CA_i}}{\overline{CA_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq C\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\pi_o = \overline{CA_o}\\ \pi_i = \overline{CA_i} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\pi_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\pi_i = f_i - \overline{R}\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\pi_o = f_o - \overline{R}\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Newton sous conditions de Gauss === {{Al|5}}On repère maintenant le point objet <math>\;A_o\;</math> relativement au foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> du dioptre sphérique et le point image <math>\;A_i\;</math> relativement au foyer principal image <math>\;F_i\;</math> du même dioptre sphérique en définissant * l'abscisse objet de Newton de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> et * l'abscisse image de Newton de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>. ==== Relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Newton s'écrit <center><math>\; \overline{F_iA_i}\; \overline{F_oA_o} = \overline{SF_i}\; \overline{SF_o}\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Newton" /> ou <math>\;\sigma_i \; \sigma_o = f_i\; f_o\;</math> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille"> On retrouve la forme commune vue pour un miroir sphérique et qui sera établie au chapitre suivant pour une lentille mince <math>\;\big(</math>à condition que les deux formes de la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton soient explicitées uniquement en fonction des abscisses objets ou des abscisses images et non simultanément des deux<math>\big)</math>.</ref> avec <math>\;f_i\;</math> et <math>\;f_o\;</math> distances focales image et objet du dioptre.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Newton utilisent <math>\;F_o\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> comme origine pour repérer un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Newton du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o =</math> <math>\overline{SA_o}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o} = \overline{SF_o} + \overline{F_oA_o}\;</math> ou <math>\;p_o = f_o + \sigma_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\, f_i + \sigma_o\;</math> <ref name="vergence dioptre"> On rappelle la vergence <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}\;</math> d'où <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\, f_i</math>.</ref> et * l'abscisse image de Newton du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i =</math> <math>\overline{SA_i}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SF_i} + \overline{F_iA_i}\;</math> ou <math>\;p_i = f_i + \sigma_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Newton en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes précédemment définis, dans la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = \dfrac{n_i}{f_i}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{n_i}{\sigma_i + f_i} - \dfrac{n_o}{\sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i} = \dfrac{n_i}{f_i}\;</math> ou <math>\;\dfrac{n_i \left( \sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i \right) - n_o\, (\sigma_i + f_i)}{(\sigma_i + f_i) \left( \sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i \right)} = \dfrac{n_i}{f_i}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens" /> <math>\;n_i\, (\sigma_i + f_i) \left( \sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i \right)</math> <math>= (n_i\, \sigma_o - n_o\, \sigma_i - 2\, n_o\, f_i)\, f_i\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;n_i\, \sigma_o\, \sigma_i + n_i\, f_i\, \sigma_o - n_o\, f_i\, \sigma_i - n_o\, f_i^2 =</math> <math>n_i\, \sigma_o\, f_i - n_o\, \sigma_i\, f_i - 2\, n_o\, f_i^2\;</math> soit, après simplification <math>\;n_i\, \sigma_o\, \sigma_i = -n_o\, f_i^2\;</math> et enfin, sachant que <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\, f_i</math> <ref> On remplacera une seule fois <math>\;n_o\, f_i\;</math> par <math>\;-n_i\, f_o\;</math> pour obtenir une forme symétrique de la relation puis on simplifiera l'équation obtenue par <math>\;n_i</math>.</ref>, <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> ; la <u>1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center> <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le foyer principal objet du dioptre <math>\;\big(</math> en effet si <math>\;A_o\;</math> est en <math>\;F_o</math>, l'image <math>\;A_i\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal et on obtient une forme indéterminée avec <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> valant <math>\;\infty\big)</math> ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS} = -f_o\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS} = -f_i\;</math> d'où <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i</math>.</ref> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille" /> <br>avec <math>\;f_i = -\dfrac{n_i}{n_o}\,f_o = -\dfrac{(n_o - n_i)}{n_i}\,\overline{R}\;</math> distance focale image du dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \sigma_o = \overline{F_oA_o}\\ \sigma_i = \overline{F_iA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</center>}} [[File:Dioptre sphérique - grandissement transverse Newton.jpg|thumb|Schéma de démonstration des deux formes de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton pour un dioptre sphérique concave convergent]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Newton <ref name="deux formes de grandissement transverse de Newton" /> <ref name="Applicabilité relation de Newton" />. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet" /> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \sigma_o + f_o \\ p_i = \sigma_i + f_i \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\sigma_i + f_i}{\sigma_o + f_o} = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\sigma_i \left( 1 + \dfrac{f_i}{\sigma_i} \right)}{f_o \left( 1 + \dfrac{\sigma_o}{f_o} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître, au numérateur et au dénominateur, deux grandeurs égales découlant de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_i\, f_o \Leftrightarrow \dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> ou encore <math>\;1 + \dfrac{\sigma_i}{f_i} = 1 + \dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\sigma_i}{f_o} =</math> <math>-\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <ref name="vergence dioptre" /> ; la 1{{ère}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton dioptre"> Applicable en tout point objet ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que cette forme de relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS} = -f_o\;</math> <math>\;\big(</math>resp. <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS} = -f_i\big)\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = +1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille" /> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>.</center> {{Al|5}}comme la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton s'écrivant <math>\;\sigma_i\, \sigma_o = f_i\, f_o\;</math> est équivalente à <math>\;\dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> on en déduit aisément la 2{{ème}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton" /> <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille" /> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfractés correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;F_o\;</math> qui émerge en <math>\;K\;</math> parallèlement à l'axe optique principal et le 2{{ème}} parallèle à l'axe optique principal qui se réfracte en <math>\;H\;</math> en passant par <math>\;F_i</math>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_iS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_iB_iF_i\;</math> et <math>\;HF_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{F_iA_i} < 0\;</math> <ref name="hors foyer bis" />, * <math>\;\tan(\widehat{HF_iS}) = \dfrac{\overline{SH}}{\overline{SF_i}}</math>, <math>\;\overline{SH}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SH} = \overline{A_oB_o}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{HF_iS}) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_iS})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}} = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{F_iA_i}}{\overline{SF_i}}\;</math> d'où <center>une 1{{ère}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\overline{F_iA_i}}{\overline{SF_i}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq A_{o,\,\infty}\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>.</center> {{Al|5}}de même le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_oS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oF_o\;</math> et <math>\;KF_oS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o}) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{F_oA_o} > 0\;</math> <ref name="hors foyer" />, * <math>\;\tan(\widehat{KF_oS}) = -\dfrac{\overline{SK}}{\overline{SF_o}}</math>, <math>\;\overline{SK}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_o} < 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SK} = \overline{A_iB_i}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{KF_oS}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_oS})</math>, on en déduit : <math>\;\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}} = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{SF_o}}{\overline{F_oA_o}}\;</math> d'où <center>une 2{{ème}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\overline{SF_o}}{\overline{F_oA_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq F_o\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\sigma_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\sigma_i = 0\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de Lagrange - Helmholtz sous conditions de Gauss === [[File:Dioptre sphérique - grandissement angulaire.jpg|thumb|Schéma de détermination du grandissement angulaire en repérage de Descartes (avec origine en S) pour un dioptre sphérique concave convergent]] ==== Expression de Descartes (avec origine au sommet) du grandissement angulaire d'un pinceau incident issu d'un point objet ==== {{Al|5}}On rappelle que le grandissement angulaire d'un pinceau lumineux incident issu d'un point objet <math>\;A_o\;</math>, de direction faisant un angle <math>\;\theta_o\;</math> avec l'axe optique principal, le pinceau se réfractant sur le dioptre en convergeant vers le point image <math>\;A_i\;</math>, avec une direction faisant un angle <math>\;\theta_i\;</math> avec l'axe optique principal, est défini selon <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> <ref name="Angles petits" /> ; {{Al|5}}en utilisant le schéma ci-contre, établir l'expression du grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes (avec origine au sommet), respectivement <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> et <math>\;p_i = \overline{SA_i}\;</math> <ref> L'expression du grandissement angulaire a été établie en utilisant un dioptre sphérique concave convergent mais elle reste applicable pour un dioptre sphérique des trois autres types.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}On détermine le grandissement angulaire par évaluation de <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> et <math>\;\tan(\theta_i)</math>, <math>\big(\theta_o\;</math> <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\theta_i < 0\;</math> sur la figure ci-dessus<math>\big)</math> respectivement dans les triangles <math>\;A_oIS\;</math> et <math>\;A_iIS\;</math> soit : * dans le triangle <math>\;A_oIS</math>, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_o}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} < 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_o| \ll 1</math>, <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}</math> ; * dans le triangle <math>\;A_iIS</math>, <math>\;\tan(\theta_i) = -\dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_i}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0</math>, <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> et <math>\;\theta_i < 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_i) = -\dfrac{\overline{SI}}{p_i}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>, <math>\;\theta_i \simeq -\dfrac{\overline{SI}}{p_i}</math> ; {{Al|5}}on en déduit <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq \dfrac{\dfrac{-\overline{SI}}{p_i}}{-\dfrac{\overline{SI}}{p_o}}\;</math> soit, en simplifiant par <math>\;\overline{SI}</math>, l'expression souhaitée du <center>grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq \dfrac{p_o}{p_i}</math>.</center>}} ==== Établissement de la relation de Lagrange - Helmholtz ==== {{Al|5}}Á l'aide des relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) et de l'expression du grandissement angulaire dans le même repérage, vérifier la relation de Lagrange - Helmholtz <center> <math>\;\dfrac{n_i}{n_o}\; G_t(A_o)\; G_a(A_o) = 1\;</math> <ref name="Lagrange - Helmholtz dioptre"> Cette relation est la même que celle que l'on trouvera dans le chapitre suivant sur les lentilles minces, dans le cas usuel d'une lentille mince l'espace image étant de même indice que l'espace objet</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Connaissant le grandissement transversal donné par la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) \simeq \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> et l'expression du grandissement angulaire précédemment trouvée <math>\;G_a(A_o) \simeq \dfrac{p_o}{p_i}</math>, on en déduit le lien entre grandissements angulaire et transversal indépendant de la position du point objet <math>\;A_o</math>, <math>\;G_a(A_o)\; G_t(A_o) \simeq \dfrac{p_o}{p_i} \times \dfrac{n_o}{n_i}\; \dfrac{p_i}{p_o} = \dfrac{n_o}{n_i}\;</math> soit finalement <center><math>\;\dfrac{n_i}{n_o}\; G_t(A_o)\; G_a(A_o) = 1\;</math> ce qui constitue la relation de Lagrange - Helmholtz cherchée <ref name="Lagrange - Helmholtz dioptre" />.</center>}} == Notes et références == <references /> {{Bas de page | idfaculté = physique | précédent = [[../Optique géométrique : miroir plan/]] | suivant = [[../Optique géométrique : lentilles minces/]] }} o718ht59umlxfv6w0rx84y9q494vm9i 880708 880705 2022-07-24T11:41:32Z Phl7605 31541 wikitext text/x-wiki {{Exercice | titre = Optique géométrique : conditions de Gauss | idfaculté = physique | numéro = 13 | chapitre = [[../../Optique géométrique : conditions de Gauss/]] | précédent = [[../Optique géométrique : miroir plan/]] | suivant = [[../Optique géométrique : lentilles minces/]] | niveau = 14 }} __TOC__ {{clr}} == Stigmatisme et aplanétisme approchés d'un miroir sphérique sous conditions de Gauss == {{Al|5}}Pour être défini, un miroir sphérique nécessite la connaissance de : * sa nature « concave » ou « convexe », * son centre <math>\;C\;</math> <math>\big(</math>centre de courbure de la surface sphérique réfléchissante <ref> Si le miroir est « concave », <math>\;C\;</math> est réel, et si le miroir est « convexe », <math>\;C\;</math> est virtuel.</ref><math>\big)</math>, * son rayon de courbure <math>\;\big(</math>non algébrisé<math>\big)</math> <math>\;R\;</math> <math>\big(</math>rayon de courbure de la surface sphérique réfléchissante<math>\big)</math>, * l'axe optique principal dont la partie incidente <math>\;\big(</math>ou son prolongement<math>\big)\;</math> passe par <math>\;C\;</math> et le point objet <math>\;A_o\;</math> <math>\big(</math>point objet dont on étudiera l'image éventuelle<math>\big)\;</math> et * son sommet <math>\;S\;</math> <math>\big(</math>intersection de l'axe optique principal et de la surface réfléchissante<math>\big)</math>. {{Al|5}}Nous adoptons l'algébrisation physique de l'axe optique principal <ref name="orientation axe opt. princ."> Supposant l'axe optique principal horizontal, l'espace objet réel étant situé à gauche du miroir, la partie incidente de l'axe optique principal est donc orientée dans le sens <math>\;\rightarrow\;</math> et la partie réfléchie orientée dans le sens <math>\;\leftarrow</math>, voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Algébrisation_physique_de_l'axe_optique_principal_(associé_à_un_objet_ponctuel)|algébrisation physique de l'axe optique principal (associé à un objet ponctuel)]] » du chap.<math>12</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> et, pour unifier l'étude des miroirs sphériques, algébrisons le rayon de courbure du miroir selon <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow}\;</math> <ref name="orientation axe opt. princ." /> avec pour conséquence la nature « concave » ou « convexe » du miroir caractérisé par le signe du rayon de courbure algébrisé : * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} > 0</math>, <math>\;C\;</math> étant à droite de <math>\;S\;</math> est virtuel, correspondant à un miroir « convexe », * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} < 0</math>, <math>\;C\;</math> étant à gauche de <math>\;S\;</math> est réel, correspondant à un miroir « concave ». <center> <gallery mode="packed" heights="330px> Miroir sphérique convexe - algébrisation.jpg|Miroir sphérique convexe : algébrisation de l'axe optique principal, définitions du centre, du sommet et du rayon de courbure algébrisé Miroir sphérique concave - algébrisation.jpg|Miroir sphérique concave : algébrisation de l'axe optique principal, définitions du centre, du sommet et du rayon de courbure algébrisé </gallery> </center> {{Al|5}}Dans la suite nous supposerons le miroir sphérique concave <ref> En précisant la modification des résultats pour un miroir sphérique convexe.</ref> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Dans la suite nous }}admettrons qu'il n'y a pas stigmatisme rigoureux du miroir sphérique <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Stigmatisme_rigoureux_d'un_système_optique_pour_un_point_objet|stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point objet]] » du chap.<math>12</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> pour tous les points objets autres que <math>\;C\;</math> et tous les points du miroir <ref name="Définition sommet"> Si le point objet <math>\;A_o\;</math> est sur le miroir, l'axe optique principal associé à ce point objet ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, <math>\;A_o\;</math> joue le rôle de sommet <math>\;S\;</math> du miroir ; ainsi, dans la mesure où l'axe optique principal n'a pas été préalablement défini, tout point du miroir peut être considéré comme un sommet.</ref>. === Démonstration du stigmatisme approché d'un miroir sphérique concave sous conditions de Gauss === [[File:Miroir sphérique concave - stigmatisme approché.jpg|thumb|350px|Schéma d'un miroir sphérique concave dans le but d'établir le stigmatisme approché du miroir <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Stigmatisme_d'un_système_optique_pour_un_point_objet|stigmatisme d'un système optique pour un point objet]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> pour tout point objet autre que <math>\;C\;</math> et <math>\;S</math>]] {{Al|5}}Considérant un point objet réel <math>\;A_o \neq C\;</math> et l'axe optique principal correspondant de support <math>\;(A_oC)\;</math><ref> Dès lors que <math>\;A_o\;</math> est <math>\;\neq C</math>, l'axe optique principal est parfaitement défini ainsi que le sommet <math>\;S\;</math> qui est l'intersection de l'axe optique principal et du miroir ; <br>{{Al|3}}sur le schéma <math>\;[SA_o]\;</math> est <math>\;> [SC]</math>, ceci entraînant que <math>\;A_i</math>, l'image éventuelle de <math>\;A_o\;</math> par le miroir, est telle que <math>\;[SA_i]\;</math> est <math>\;< [SC]</math> ; <br>{{Al|3}}pour traiter le cas correspondant à <math>\;[SA_o] < [SC]</math>, ce qui entraînerait que <math>\;A_i</math>, l'image éventuelle de <math>\;A_o\;</math> par le miroir, serait telle que <math>\;[SA_i] > [SC]</math>, il suffirait de permuter l'objet et l'image pour retrouver le cas précédent aussi nous nous contenterons de traiter le cas du schéma <math>\;[SA_o] > [SC]</math>.</ref>, nous envisageons des rayons incidents issus de <math>\;A_o</math>, peu inclinés par rapport à l'axe optique principal, d'angle d'inclinaison <math>\;\theta_o\;</math> tel que <math>\;\vert \theta_o \vert \ll 1\;</math> et dont le point d'incidence <math>\;I\;</math> reste proche du sommet <math>\;S\;</math> c.-à-d. tel que l'angle que fait la normale au miroir en <math>\;I\;</math> dans le sens incident avec la partie incidente de l'axe optique principal <math>\;\widehat{(\overrightarrow{CS}\, ;\, \vec{N})} =</math> <math>\omega\;</math> est tel que <math>\;\vert \omega \vert \ll 1\;</math><ref name="Paraxial"> Les rayons incidents sont donc paraxiaux, conditions de Gauss <math>\;\big(</math>admises<math>\big)\;</math> pour que le système recevant ces rayons soit stigmatique approché pour le point objet considéré, voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Énoncé_des_conditions_de_Gauss_de_stigmatisme_approché_d'un_système_optique_«_centré_»|énoncé des conditions de Gauss de stigmatisme approché d'un système optique centré]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>. {{Al|5}}Le rayon incident <math>\;A_oI\;</math> donnant, par utilisation des lois de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes"> '''[[w:Willebrord_Snell|Willebrord Snell Van Royen]] ou Snellius (1580 - 1626)''' humaniste, mathématicien et physicien néerlandais, semble avoir découvert les lois portant son nom avant Descartes <math>\;\big(</math>sans que ce soit {{Nobr|assuré<math>\big)</math>.}} <br>{{Al|3}}'''[[w:René_Descartes|René Descartes]] (1596 - 1650)''' mathématicien, physicien et philosophe français, considéré comme l'un des fondateurs de la [[w:Philosophie_moderne|philosophie moderne]], en physique a contribué à l'[[w:Optique_géométrique|optique géométrique]] et en mathématiques est à l'origine de la [[w:Géométrie_analytique|géométrie analytique]].</ref> de la réflexion <ref name="1ère loi de Snell - Descartes de la réflexion"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_réflexion,_réfraction,_lois_de_Descartes#Première_loi_de_Snell-Descartes_de_la_réflexion|1^ère loi de Snell - Descartes de la réflexion]] » du chap.<math>11</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>{{,}} <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réflexion"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_réflexion,_réfraction,_lois_de_Descartes#Deuxième_loi_de_Snell-Descartes_de_la_réflexion|2^ème loi de Snell - Descartes de la réflexion]] » du chap.<math>11</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>, le rayon réfléchi <math>\;IA_i\;</math> <math>\big(A_i \in</math> à l'axe optique principal<math>\big)</math>, appelons <math>\;\theta_i\;</math> l'angle d'inclinaison du rayon réfléchi par rapport à la partie réfléchie de l'axe optique principal ; nous nous proposons de démontrer que <math>\;A_i\;</math> est indépendant du rayon incident considéré <math>\big(</math>c.-à-d. indépendant de <math>\;\theta_o\;</math> et de <math>\;\omega\big)\;</math> dans la mesure où les conditions de Gauss <ref name="Gauss"> En <math>\;1796</math>, '''[[w:Carl_Friedrich_Gauss|Gauss]]''', à l'âge de dix-neuf ans, caractérisa presque complètement tous les polygones réguliers constructibles à la règle et au compas et il demanda par la suite qu'un [[w:Heptadécagone|heptadécagone]] {{Nobr|<math>\;\big(</math>polygone}} régulier de <math>\;17\;</math> côtés<math>\big)\;</math> soit gravé sur son tombeau ; bien d'autres découvertes de mathématiques lui sont dues dont, en particulier, en <math>\;1801\;</math> la 1^ère démonstration de la loi de réciprocité quadratique conjecturée par '''[[w:Leonhard_Euler|Euler]]''' en <math>\;1772</math> <math>\;\big[</math>un nombre premier est congru à un carré de nombre entier modulo un autre nombre premier, par exemple <math>\;11 \equiv 3^2\!\! \pmod{2}\;</math> ou <math>\;19 \equiv 4^2\!\! \pmod{3}\;</math> ou encore <math>\;41 \equiv 6^2\!\! \pmod{5}\;</math> de même que <math>\;43 \equiv 6^2\!\! \pmod{7}\; \ldots\big]\;</math> <math>\{</math>'''[[w:Leonhard_Euler|Leonhard Euler]] (1707 - 1783)''' mathématicien et physicien suisse qui passa la plus grande partie de sa vie dans l'Empire russe et en Allemagne ; en mathématiques il fit d'importantes découvertes dans des domaines aussi variés que le [[w:Calcul_infinitésimal|calcul infinitésimal]] et la [[w:Théorie_des_graphes|théorie des graphes]], il introduisit également une grande partie de la terminologie et de la notation des mathématiques modernes, en particulier pour l'[[w:Analyse_(mathématiques)|analyse mathématique]], comme la notion de [[w:Fonction_(mathématiques)|fonction mathématique]] ; il est aussi connu pour ses travaux en mécanique, en dynamique des fluides, en optique et en astronomie<math>\}</math> ; <br>{{Al|3}}dans le domaine de l'astronomie '''[[w:Carl_Friedrich_Gauss|Gauss]]''' publia un travail très important sur le mouvement des corps célestes contenant le développement de la [[w:Méthode_des_moindres_carrés|méthode des moindres carrés]] ; auparavant, en <math>\;1801</math>, il développa une nouvelle méthode de calcul lui permettant de prédire où doit se trouver [[w:(1)_Cérès|Cérès]] <math>\;\big(</math>une planète naine de la ceinture des astéroïdes entre Mars et Jupiter<math>\big)</math> ; <br>{{Al|3}}dans le domaine de la physique il est l'auteur de deux des quatre équations de '''Maxwell''' gérant l'électromagnétisme <math>\;\{</math>'''[[w:James_Clerk_Maxwell|James Clerk Maxwell]] (1831 - 1879)''' physicien et mathématicien écossais, principalement connu pour ses équations unifiant l'électricité, le magnétisme et l'induction ainsi que pour l'établissement du caractère électromagnétique des ondes lumineuses, mais aussi pour sa distribution des vitesses utilisée dans une description statistique de la théorie cinétique des gaz ; le tire-bouchon fictif permettant de déterminer l'orientation à droite d'un espace tridimensionnel ou le caractère direct d'un triplet de vecteurs a été baptisé « tire-bouchon de Maxwell » en son honneur<math>\}</math>.</ref> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Énoncé_des_conditions_de_Gauss_de_stigmatisme_approché_d'un_système_optique_«_centré_»|énoncé des conditions de Gauss de stigmatisme approché d'un système optique centré]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> <math>\big(\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et <math>\;|\omega| \ll 1\big)\;</math> sont réalisées. ==== Établissement de la relation liant θ_o, θ_i et ω ==== # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIC\;</math> établir une première relation entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;i\;\big(</math>angle d'incidence du rayon incident en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIC\;</math> établir une deuxième relation entre <math>\;\theta_i</math>, <math>\;i'\;\big(</math>angle de réflexion du rayon réfléchi en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en utilisant la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de la réflexion <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réflexion" /> et les deux relations précédentes, déduire la relation suivante entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;\theta_i\;</math> et <math>\;\omega</math> : <center> <math>\;\omega = \dfrac{\theta_o + \theta_i}{2}\;\;(\mathfrak{a})\;</math> <ref> Cette relation reste applicable quels que soient les ordres de grandeur de <math>\;|\theta_o|\;</math> et <math>\;|\omega|</math>, elle ne nécessite donc pas de se placer dans les conditions de Gauss de stigmatisme approché.</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Dans le triangle <math>\;A_oIC</math>, <math>\;\omega = \theta_o + (-i)\;</math> <ref name="relation dans un triangle"> On utilise la propriété suivante : « dans un triangle, un angle extérieur est égal à la somme des deux autres angles intérieurs » (propriété utilisant des angles non algébrisés).</ref> <ref> On remarque, sur le schéma, que <math>\;\omega\;</math> et <math>\;\theta_o\;</math> sont positifs mais <math>\;i\;</math> étant négatif, sa valeur absolue s'écrit <math>\;(-i)</math>.</ref> et <br>{{Al|5}}dans le triangle <math>\;A_iIC</math>, <math>\;\theta_i = \omega + i'\;</math> <ref name="relation dans un triangle" /> <ref> On remarque, sur le schéma, que tous les angles <math>\;\theta_i</math>, <math>\;\omega\;</math> et <math>\;i'\;</math> sont positifs.</ref> ou, <br>{{Al|5}}en utilisant la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> pour la réflexion <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réflexion" /> <math>\;i' = -i</math>, la relation ci-dessus se réécrit <math>\;\theta_i = \omega - i</math> ; <br>{{Al|5}}on élimine alors <math>\;i\;</math> entre ces deux relations en faisant la différence soit : <math>\;\omega - \theta_i = \theta_o - \omega\;</math> ou <math>\;2\,\omega = \theta_o + \theta_i\;</math> soit enfin <center> <math>\;\omega = \dfrac{\theta_o + \theta_i}{2}\;\;(\mathfrak{a})</math>.</center>}} ==== Évaluation des angles θ_o, θ_i et ω en fonction des abscisses de A_o, A_i et C repérées relativement à H ==== {{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> et des conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" />, montrer que le rayon réfléchi est aussi peu incliné relativement à la partie réfléchie de l'axe optique principal c.-à-d. <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>. # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH\;</math> <ref name="définition de H"> <math>\;H\;</math> étant le projeté orthogonal du point d'incidence <math>\;I\;</math> sur l'axe optique principal.</ref> évaluer <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_o}_{\rightarrow}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\theta_o</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\theta_i)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_i}_{\leftarrow}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\theta_i</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\omega)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HC}_{\rightarrow}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\omega</math>, # déduire des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math>, un lien entre <math>\;\overline{HA_o}_{\rightarrow}</math>, <math>\;\overline{HA_i}_{\leftarrow}\;</math> et <math>\;\overline{HC}_{\rightarrow}\;</math> <math>\;\big[</math>relation <math>\,(\mathfrak{b})\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> écrite sous la forme <math>\;\theta_i = 2\, \omega - \theta_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;|\theta_i| \leqslant 2\, |\omega| + |\theta_o|\;</math> et des conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" /> <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}|\theta_o| \ll 1\\ |\omega| \ll 1 \end{array}\right\rbrace\;</math> dont on déduit <math>\;2\, |\omega| + |\theta_o| \ll 1\;</math> d'où <math>\;|\theta_i| \leqslant 2\, |\omega| + |\theta_o| \ll 1\;</math> c.-à-d. que le rayon réfléchi est aussi peu incliné relativement à la partie réfléchie de l'axe optique principal. # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH</math>, <math>\;\tan(\theta_o) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HA_o}_\rightarrow}\;</math> car sur le schéma <math>\;\theta_o > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_o) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_o}_\rightarrow < 0\;</math> ou, <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_o) \simeq \theta_o\;</math> on en déduit <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_o}_\rightarrow}</math> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH</math>, <math>\;\tan(\theta_i) = \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}_\leftarrow}\;</math> car sur le schéma <math>\;\theta_i > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_i) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_i}_\leftarrow > 0\;</math> ou, <math>\;|\theta_i| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_i) \simeq \theta_i\;</math> on en déduit <math>\;\theta_i \simeq \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}_\leftarrow}</math> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH</math>, <math>\;\tan(\omega) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HC}_\rightarrow}\;</math> car sur le schéma <math>\;\omega > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\omega) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HC}_\rightarrow < 0\;</math> ou, <math>\;|\omega| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\omega) \simeq \omega\;</math> on en déduit <math>\;\omega \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HC_\rightarrow}}</math> ; # des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> réécrite selon <math>\;2\, \omega = \theta_i + \theta_o</math>, on en déduit <math>\;\dfrac{-2\, \overline{HI}}{\overline{HC_\rightarrow}} = \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}_\leftarrow} - \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_o}_\rightarrow}\;</math> ou, en simplifiant par <math>\;\overline{HI}</math>, on obtient la relation <math>\;(\mathfrak{b})\qquad \dfrac{-2}{\overline{HC_\rightarrow}} = \dfrac{1}{\overline{{\mathrm{HA}_i}_\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{HA_o}_\rightarrow}</math>.}} ==== Établissement de la confusion de H et de S à l'ordre un en ω ==== {{Al|5}}Établir que <math>\;H\;</math> <ref name="définition de H" /> peut être confondu avec le sommet <math>\;S\;</math> du miroir à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> <ref name="H et S confondus"> Ceci nécessite que <math>\;[HS]\;</math> soit un infiniment petit au moins d'ordre deux en <math>\;\omega</math>.</ref> et {{Al|5}}réécrire que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> en tenant compte de cette confusion. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Montrons que <math>\;H\;</math> peut être confondu avec <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> <ref name="ω infiniment petit d'ordre un"> <math>\;|\omega|\;</math> étant considéré comme un infiniment petit d'ordre un.</ref>, en évaluant <math>\;[CH]\;</math> puis <math>\;[HS] = [CS] - [CH]\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega</math>, on obtient : <math>\;[CH] = [CI]\, \cos(\omega) = R\, \cos(\omega) \simeq R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math> <math>\big(</math>revoir la remarque du paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable_au_voisinage_d'une_de_ses_valeurs#D.C3.A9veloppements_limit.C3.A9s_.C3.A0_l.27ordre_un_de_quelques_fonctions_usuelles|D.L. à l'ordre un de quelques fonctions usuelles]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « Outils mathématiques pour la physique (PCSI) »<math>\big)\;</math> d'où <math>\;[HS] = [CS] - [CH] \simeq R - R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega</math>, soit encore <math>\;[HS] \simeq R \dfrac{\omega^2}{2}\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math> ou finalement <center><math>\;[HS] \simeq 0\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega</math> ;</center> {{Al|5}}remplaçant <math>\;H\;</math> par <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{b})</math>, on peut, sous les conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" />, la réécrire selon <center><math>\;(\mathfrak{b})\; \dfrac{-2}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = \dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math> <ref> Sous cette forme la relation nécessite que le point objet <math>\;A_o\;</math> soit <math>\;\neq S\;</math> sommet du miroir.</ref>.</center>}} ==== Conclusion : stigmatisme approché du miroir sphérique (concave) pour le point objet A_o et relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) ==== {{Al|5}}Vérifier que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> définit, pour un point objet <math>\;A_o\;</math> quelconque, un point image unique <math>\;A_i\;</math> et en déduire le stigmatisme approché du miroir sphérique <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour le point objet <math>\;A_o</math> ; {{Al|5}}la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> pouvant être écrite selon <math>\;\dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}} = V\;</math> <ref name="indépendance de la nature"> Nous admettrons que cette relation (ou propriété) établie dans le cas d'un miroir sphérique concave est encore applicable, sans modification, à un miroir sphérique convexe.</ref> où <math>\;V\;</math> est une constante appelée « vergence » du miroir sphérique exprimée en dioptries <math>\big(</math>de symbole <math>\;\delta\big)\;</math> dans la mesure où les abscisses le sont en <math>\;m\;\big(</math>la dioptrie étant liée au mètre par <math>\;1\, \delta = 1\,m^{-1}\big)</math>, exprimer <math>\;V\;</math> en fonction de <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow}</math>. {{Al|5}}Par la suite notant l'abscisse de Descartes <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math><ref> Pour le repérage de Descartes dans un miroir sphérique (concave ou convexe), il y a deux origines utilisées : l'origine au sommet qui est la plus fréquemment utilisée et l'origine au centre qui l'est beaucoup moins.</ref> du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Par la suite notant l'abscisse de Descartes <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>avec origine au sommet<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> }}celle du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}</math>, <br>{{Al|5}}la relation de conjugaison (approchée) de position [ou 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée)] de Descartes d'un miroir sphérique se réécrit <center><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille"> C.-à-d., comme cela sera vu au chapitre suivant, la même relation de conjugaison (approchée) de position (ou de grandissement transverse) de Descartes (ou de Newton) que celle d'une lentille mince (à condition que l'algébrisation de l'axe optique du miroir sphérique soit l'algébrisation physique adoptée dans ce cours).</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> établit le stigmatisme approché du miroir sphérique <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour tout point objet <math>\;A_o\;</math> autre que <math>\;C\;</math> et <math>\;S\;</math> puisque, pour un point objet <math>\;A_o\;</math> fixé, le point image <math>\;A_i\;</math> est déterminé de façon unique <math>\big(</math>indépendamment des variations des petits angles <math>\;\theta_o\;</math> et <math>\;\omega\big)</math>. {{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> peut effectivement être écrite sous la forme <math>\;\dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}} = V\;</math> où <math>\;V\;</math> est une constante définissant la vergence du miroir sphérique selon <center><math>\;V = \dfrac{-2}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> avec <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow}\;</math> rayon algébrisé du miroir.</center> {{Al|5}}Avec les abscisses de Descartes (avec origine au sommet) du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> et du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}</math>, la relation de conjugaison (approchée) de position [ou 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée)] de Descartes du miroir sphérique se réécrit <center><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille" />.</center>}} === Points pour lesquels la conjugaison du miroir sphérique est rigoureuse et points doubles === {{Al|5}}Vérifier, par construction et pour une direction d'axe optique principal préalablement fixée, que le centre <math>\;C\;</math> et le sommet <math>\;S\;</math> <ref name="Définition sommet" /> du miroir sont des points * pour lesquels le miroir est stigmatique rigoureux et * dont l'image est confondue avec l'objet (c.-à-d. que ce sont des points doubles). {{Al|5}}Justifier la raison pour laquelle la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) est applicable à <math>\;C</math>, centre du miroir, bien que la conjugaison soit rigoureuse ; {{Al|5}}vérifier, en utilisant cette relation, que <math>\;C\;</math> est effectivement un point double. {{Al|5}}Admettant que la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) reste applicable à <math>\;S</math>, sommet du miroir, pour lequel il y a conjugaison rigoureuse <math>\big[</math>mais évidemment pas sous cette forme qui est indéterminée quand on l'applique à <math>\;S</math>, son abscisse objet <math>\;p_o\;</math> y étant nulle<math>\big]</math>, évaluer <math>\;p_i\;</math> en fonction de <math>\;p_o\;</math> et de <math>\;V\;</math> et vérifier, sur cette dernière forme, * que <math>\;S\;</math> est effectivement un point double et * qu'il n'y a pas d'autres points doubles que <math>\;S\;</math> et <math>\;C</math>. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - points doubles.jpg|thumb|Schémas de vérification du fait que, pour C et S, le miroir sphérique (concave) est stigmatique rigoureux et que ce sont des points doubles]] {{Al|5}}Voir ci-contre les propriétés particulières d'un point objet en <math>\;C\;</math> ou <math>\;S\;</math> d'un miroir sphérique concave <ref name="indépendance de la nature"/> : * à gauche tout rayon d'un faisceau incident issu du centre <math>\;C\;</math> d'un miroir sphérique concave étant normal au miroir se réfléchit sur lui-même, donnant un ensemble de rayons réfléchis convergeant en un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, c.-à-d. prouvant que le miroir sphérique est stigmatique rigoureux pour son centre ; de plus le point image de <math>\;C\;</math> étant <math>\;C\;</math> lui-même, ce dernier est un point double ; * à droite tout rayon d'un faisceau incident convergeant sur le sommet <math>\;S\;</math> d'un miroir sphérique concave se réfléchissant en suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal et l'ensemble des rayons réfléchis divergeant à partir d'un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, cela prouve le stigmatisme rigoureux du miroir sphérique pour son sommet <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> ; de plus le point image de <math>\;S\;</math> étant <math>\;S\;</math> lui-même, ce dernier est un point double. {{Al|5}}Pour appliquer la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) à <math>\;C</math>, centre du miroir, bien que la conjugaison soit rigoureuse, il suffit de ne considérer que les rayons paraxiaux du faisceau incident issu de <math>\;C\;</math> et d'ouverture quelconque <ref> Le fait que les autres rayons convergent également en <math>\;C\;</math> ne modifient en rien la convergence des rayons réfléchis provenant de rayons incidents paraxiaux.</ref>, condition d'applicabilité de la relation de conjugaison de position de Descartes ; {{Al|5}}dans ce cas, si on appelle <math>\;C_i</math>, d'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(C_i) = \overline{SC_i}_{\leftarrow}</math>, l'image du point objet <math>\;C</math>, d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(C) = \overline{SC}_{\rightarrow} = \overline{R}</math>, nous obtenons, en remplaçant <math>\;V\;</math> par <math>\;\dfrac{-2}{\overline{R}}</math>, <math>\;\dfrac{1}{p_i(C_i)} - \dfrac{1}{\overline{R}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> d'où <math>\;p_i(C_i) = \overline{SC_i}_{\leftarrow}</math> <math>= -\overline{R}\;</math> soit encore <math>\;\overline{SC_i}_{\leftarrow} = -\overline{SC}_{\rightarrow}</math> ou, avec <math>\;\overline{SC_i}_{\rightarrow} = -\overline{SC_i}_{\leftarrow}</math>, <math>\;\overline{SC_i}_{\rightarrow} = \overline{SC}_{\rightarrow}\;</math> prouvant que <math>\;C_i\;</math> se confond avec <math>\;C\;</math> et par suite que <math>\;C\;</math> est un point double. <center>De <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> on tire <math>\;\dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{p_o} + V = \dfrac{1 + V\, p_o}{p_o}\;</math> soit <math>\;p_i = \dfrac{p_o}{1 + V\, p_o}</math> ;</center> {{Al|5}}sous cette forme on vérifie qu'un point objet en <math>\;S</math>, d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(S) = 0\;</math> a une image d'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i = 0</math>, c.-à-d. une image confondue avec <math>\;S\;</math> prouvant que <math>\;S\;</math> est bien un point double ; {{Al|5}}les points doubles <math>\;A_d\;</math> d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_d\;</math> étant tels que leurs abscisses images de Descartes (avec origine au sommet) s'écrivant <math>\;p_i(A_d) = \overline{SA_d}_{\leftarrow} = -\overline{SA_d}_{\rightarrow} = -p_d\;</math> avec <math>\;p_i(A_d) = \dfrac{p_d}{1 + V\, p_d}\;</math> obéissent à l'équation <math>\;-p_d = \dfrac{p_d}{1 + V\, p_d}\;</math> c.-à-d. <math>\;\left\lbrace\begin{array}{c}p_d = 0\;\;\; \text{ou}\\ 1 + V\, p_d = -1\end{array}\right\rbrace</math>, la 1{{ère}} solution donnant <math>\;S\;</math> point double et la 2{{ème}} équation conduisant à <math>\;p_d = \dfrac{-2}{V} = \overline{R}\;</math> c.-à-d. <math>\;C\;</math> point double ; <center>le centre et le sommet d'un miroir sphérique sont donc les seuls points doubles de ce dernier.</center>}} === Caractère focal d'un miroir sphérique, position des foyers principaux objet et image, lien de la vergence et des distances focales objet et image === {{Al|5}}Vérifier, sur la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes d'un miroir sphérique, que ce dernier est nécessairement « focal » <ref name="définition focal"> Un système « afocal » étant tel que le point à l'infini de l'axe optique principal est un point double, un système sera « focal » si le point à l'infini de l'axe optique principal est conjugué à un point de ce même axe optique principal à distance finie.</ref> puis déterminer * la position du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> c.-à-d. le point objet de l'axe optique principal ayant pour image le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;F_o\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; A_{i,\,\infty}\big]\;</math> et * la position du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> c.-à-d. le point image de l'axe optique principal ayant pour antécédent <ref name ="Antécédent"> C.-à-d. pour point objet.</ref> le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;A_{o,\,\infty}\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; F_i\big]</math> ; {{Al|5}}quelle particularité ces deux points possèdent-ils en ce qui concerne leurs positions absolues d'une part et leur position relative d'autre part ? {{Al|5}}Définissant * la distance focale objet comme l'abscisse objet de Descartes du foyer principal objet (avec origine au sommet) soit <math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> et * la distance focale image comme l'abscisse image de Descartes du foyer principal image (avec origine au sommet) soit <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math>, {{Al|5}}déterminer le lien entre vergence <math>\;V</math>, distance focale objet <math>\;f_o\;</math> et distance focale image <math>\;f_i</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Un miroir sphérique est un « système focal », en effet pour qu'il soit « afocal », il faudrait que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, mais ayant établi que les seuls points doubles du miroir sphérique sont <math>\;C\;</math> et <math>\;S</math>, et non le point à l'infini de l'axe optique principal on en déduit que le miroir sphérique est bien un « système focal ». * Le foyer principal image <math>\;F_i</math>, repéré par l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(F_i) = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> étant l'image du point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(A_{o,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{p_o(A_{o,\, \infty})} = 0</math>, on en déduit <math>\;\dfrac{1}{p_i(F_i)} - 0 = V\;</math> soit <math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} = \dfrac{1}{V} = -\dfrac{\overline{R}}{2}</math>. * Le foyer principal objet <math>\;F_o</math>, repéré par l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(F_o) = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> étant l'antécédent <ref name ="Antécédent"/> du point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(A_{i,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{p_i(A_{i,\, \infty})} = 0</math>, on en déduit <math>\;0 - \dfrac{1}{p_o(F_o)} = V\;</math> soit <math>\;\overline{SF_o}_{\rightarrow} = -\dfrac{1}{V} = \dfrac{\overline{R}}{2}</math> ; * les positions géométriques respectives des foyers principaux objet et image étant telles que <math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} = - \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> et le changement de sens d'algébrisation conduisant à <math>\;\overline{SF_i}_{\rightarrow} = -\overline{SF_i}_{\leftarrow}</math>, on en déduit <math>\;\overline{SF_i}_{\rightarrow} = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> c.-à-d. la <u>coïncidence des positions géométriques des foyers principaux objet et image</u> <ref> Cette coïncidence n'est que géométrique, car ce sont des points d'espaces optiques différents, l'un est dans un espace objet et l'autre dans un espace image.</ref> ; * <u>leur position géométrique commune</u> étant telle que <math>\;\overline{SF_o}_{\rightarrow} = \dfrac{\overline{R}}{2} = \dfrac{\overline{SC}_{\rightarrow}}{2}\;</math> on vérifie qu'elle <u>coïncide avec le milieu du segment joignant le sommet et le centre du miroir</u>. <center><u>Notion de distances focales objet et image</u> :</center> * la distance focale image <math>\;f_i\;</math> étant définie par <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> est liée à la vergence par <math>\;f_i = \dfrac{1}{V} = -\dfrac{\overline{R}}{2}</math> ; * la distance focale objet <math>\;f_o\;</math> étant définie par <math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> est liée à la vergence par <math>\;f_o = -\dfrac{1}{V} = \dfrac{\overline{R}}{2}</math> ; <center>on en déduit la relation <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> <ref> Pratiquement la vergence <math>\;V\;</math> est la valeur de l'invariant <math>\;\dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}</math>, appliquée au couple de points conjugués <math>\;(A_{o,\, \infty}\, , \,F_i)\;</math> on trouve <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} - 0\;</math> et appliquée au couple de points conjugués <math>\;(F_o\, , \,A_{i,\, \infty})</math>, <math>\;V = 0 - \dfrac{1}{f_o}</math> ; <br>{{Al|3}}pour mémoire, <math>\;C\;</math> étant un point double, l'invariant en <math>\;C\;</math> donne la valeur <math>\;V = \dfrac{1}{\overline{SC}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = -\dfrac{2}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}</math>.</ref>.</center>}} === Quelques propriétés découlant du caractère focal d'un miroir sphérique === ==== Signe de la vergence suivant la nature concave ou convexe du miroir sphérique, caractère convergent ou divergent du miroir et nature réelle ou virtuelle des foyers principaux ==== {{Al|5}}Déterminer le signe de la vergence suivant la nature « concave » ou « convexe » du miroir sphérique puis {{Al|5}}son caractère « convergent » ou « divergent » sachant qu'un système focal à « vergence positive » (respectivement « négative ») est dit « convergent » (respectivement « divergent ») et enfin {{Al|5}}la nature « réelle » ou « virtuelle » des foyers principaux. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> on en déduit que la vergence est de signe contraire au rayon de courbure algébrisé du miroir sphérique, ainsi : * un miroir <u>concave</u> a un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} < 0\;</math> <ref name="nature de C"> Correspondant au caractère réel (resp. virtuel) du centre <math>\;C\;</math> d'un miroir concave (resp. convexe).</ref>, donc une vergence <math>\;V > 0</math>, c'est un système « <u>convergent</u> », * un miroir <u>convexe</u> a un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} > 0\;</math> <ref name="nature de C" />, donc une vergence <math>\;V < 0</math>, c'est un système « <u>divergent</u> ». {{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> on en déduit la nature (réelle ou virtuelle) des foyers principaux objet et image suivant la nature (convergente ou divergente) du miroir sphérique : * un miroir <u>concave</u> étant convergent, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> est <math>\;> 0\;</math> entraînant le caractère <u>réel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> étant <math>\;< 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>réel</u> <ref name="nature des foyers"> Pour un miroir concave (resp. convexe) le caractère réel (resp. virtuel) du centre <math>\;C\;</math> avec le fait que la position géométrique commune des foyers principaux est le milieu du segment joignant le centre et le sommet, entraîne le caractère réel (resp. virtuel) des foyers principaux objet et image.</ref>, * un miroir <u>convexe</u> étant divergent, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> est <math>\;< 0\;</math> entraînant le caractère <u>virtuel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> étant <math>\;> 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>virtuel</u> <ref name="nature des foyers" />.}} ==== Démonstration de l'absence de conjugaison non rigoureuse du miroir sphérique (concave) pour le point objet à l'infini sur l'axe optique principal ==== {{Al|5}}En reprenant la démonstration faite à la 1{{ère}} question mais avec <math>\;A_o\;</math> situé à l'infini <math>\;\big(</math>ce qui correspond à <math>\;\theta_o = 0\big)\;</math> et en conservant les notations introduites dans la 1{{ère}} question <math>\;\big[</math>à l'exception de <math>\;A_i\;</math> qui sera noté <math>\;F_i(\omega)\;</math> <ref name="dépendance de ω"> Fonction de <math>\;\omega\;</math> car ce point <math>-</math> hors condition de Gauss <math>-</math> en dépend effectivement <math>\big[</math>c'est d'ailleurs, en ce qui concerne <math>\;F_i</math>, le but de cette question<math>\big]</math>.</ref> et de <math>\;H\;</math> qui sera noté <math>\;H(\omega)\;</math> <ref name="dépendance de ω" /><math>\big]</math>, {{Al|5}}déterminer la position de <math>\;F_i(\omega)\;</math> défini comme le point de l'axe optique principal par lequel passe le rayon réfléchi correspondant au rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, de point d'incidence <math>\;I(\omega)\;</math> <ref name="dépendance de ω" /> et {{Al|5}}vérifier que <math>\;F_i(\omega)\;</math> dépendant effectivement de <math>\;\omega</math>, il n'y a pas conjugaison rigoureuse du miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> pour le point situé à l'infini de l'axe optique principal. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - absence stigmatisme rigoureux.jpg|thumb|Schéma de démonstration de l'absence de stigmatisme rigoureux d'un miroir sphérique concave <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> pour le point objet à l'infini sur l'axe optique principal]] {{Al|5}}Montrons algébriquement qu'un miroir sphérique concave <ref name="indépendance de la nature" /> n'est pas rigoureusement stigmatique pour le point à l'infini <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math> de l'axe optique principal et pour cela il suffit de montrer qu'un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, de point d'incidence <math>\;I(\omega)\;</math> <ref name="dépendance de ω" />, repéré par l'angle <math>\;\omega\;</math> que fait le rayon incident avec <math>\;\overrightarrow{CI}(\omega)\;</math> tel que <math>\;|\omega|\; \cancel{\ll}\; 1\;</math>, donne un réfléchi qui recoupe l'axe optique principal en <math>\;F_i(\omega)\;</math> dépendant effectivement de <math>\;\omega\;</math> d'où l'absence de stigmatisme rigoureux du miroir pour <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math><ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> ; {{Al|5}}l'angle d'incidence étant <math>\;i = -\omega\;</math> <ref> En effet <math>\;i\;</math> est <math>\;< 0\;</math> sur le schéma alors que <math>\;\omega\;</math> est <math>\;> 0</math>.</ref>, l'angle de réflexion est donc <math>\;i' = -i = \omega\;</math> d'après la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de la réflexion <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réflexion" /> ; on en déduit alors <math>\;\widehat{\left\lbrace\overrightarrow{H(\omega)S}, \overrightarrow{F_i(\omega)I(\omega)}\right\rbrace} = 2\; \omega\;</math> et <math>\;\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow}\;</math> se détermine par <math>\;\tan(2\;\omega) = \dfrac{\overline{H(\omega)I(\omega)}}{\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow}}\;</math> <ref> Toutes les grandeurs étant positives sur le schéma.</ref> soit <math>\;\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{\overline{H(\omega)I(\omega)}\, \cos(2\; \omega)}{\sin(2\; \omega)}\;</math> ou, avec <math>\;\overline{H(\omega)I(\omega)} =</math> <math>CI(\omega)\; \sin(\omega) = R\; \sin(\omega)\;</math> et <math>\;\sin(2\; \omega) = 2\; \sin(\omega)\; \cos(\omega)</math>, <math>\;\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{R\, \cos(2\; \omega)}{2\; \cos(\omega)}</math> ; {{Al|5}}on peut alors évaluer <math>\;\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} = \overline{CH(\omega)}_{\rightarrow} - \overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow}\;</math> expression dans laquelle <math>\;\overline{CH(\omega)}_{\rightarrow} = R\; \cos(\omega)\;</math> d'où <math>\;\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} =</math> <math>R\; \cos(\omega) - \dfrac{R\, \cos(2\; \omega)}{2\; \cos(\omega)} = R\; \dfrac{2\; \cos^2(\omega)- \cos(2\; \omega)}{2\; \cos(\omega)}\;</math> ou, sachant que <math>\;\cos(2\; \omega) = 2\; \cos^2(\omega) - 1</math>, l'expression finale <center><math>\;\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{R}{2\; \cos(\omega)}\;</math> <ref> L'expression simple du résultat indique qu'il doit y avoir une méthode plus rapide pour sa détermination ; en effet les angles non algébrisés <math>\;\widehat{SCI(\omega)}\;</math> et <math>\;\widehat{CI(\omega)F_i(\omega)}\;</math> étant égaux <math>\;\big(</math>à <math>\;|\omega|\big)</math>, le triangle <math>\;F_i(\omega)CI(\omega)\;</math> est isocèle <math>\Rightarrow</math> la hauteur issue de <math>\;F_i(\omega)\;</math> est aussi médiatrice d'où, en notant <math>\;K(\omega)\;</math> son pied, <math>\;CK(\omega) = \dfrac{CI(\omega)}{2} = \dfrac{R}{2}\;</math> et <math>\;\dfrac{CK(\omega)}{\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow}} = \cos(\omega) \Rightarrow \overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{CK(\omega)}{\cos(\omega)} =</math> <math>\dfrac{R}{2\; \cos(\omega)}\;</math> ce qui est indéniablement plus rapide.</ref> établissant que <math>\;F_i\;</math> dépend effectivement de <math>\;\omega\;</math> <br>et par suite que le miroir sphérique concave <ref name="indépendance de la nature" /> n'est pas stigmatique rigoureux pour le point à l'infini <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math> de l'axe optique principal <ref> La démonstration de l'absence de stigmatisme rigoureux d'un miroir sphérique concave pour n'importe quel point objet (autre que le centre et le sommet) de l'axe optique principal pourrait être faite en suivant une démarche analogue.</ref>.</center>}} === Aplanétisme approché d'un miroir sphérique sous conditions de Gauss === {{Al|5}}On considère le miroir sphérique concave introduit à la 1{{ère}} question et un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o \neq C\;</math> <ref name="support axe optique principal"> Ce qui signifie que l'axe optique principal a pour support <math>\;(A_oC)</math>.</ref> tel qu'il y ait stigmatisme approché du miroir <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour tous les points <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> C.-à-d. que, pour un point quelconque <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o</math>, avec la définition de l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <math>\big(</math>cet axe jouant le rôle d'axe optique principal pour le point objet <math>\;M_o\;</math> est qualifié de secondaire relativement au point objet <math>\;A_o\big)</math>, les rayons incidents issus de <math>\;M_o\;</math> doivent être paraxiaux <math>\big[</math>peu inclinés relativement à l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> et à point d'incidence restant proche du sommet secondaire <math>\;S_{M_o}</math>, intersection de l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> avec le miroir<math>\big]</math>.</ref> ; <br>{{Al|5}}cette dernière condition entraîne que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> admet une image « nette » <math>\;A_iB_i\;</math> <ref name="Nette"> L'image est qualifiée de « nette » car tous les points objets <math>\;M_o\;</math> ont une image ponctuelle <math>\;M_i</math>.</ref> mais a priori cette image n'est <math>-</math> hors conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> <math>-</math> ni « linéique » <ref name="Linéique"> Linéique signifiant « rectiligne ».</ref> ni « transverse ». {{Al|5}}Supposant que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> est, * quand l'objet n'est pas proche du miroir, vu du sommet <math>\;S\;</math> du miroir sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} S\big)\;</math> et * quand l'objet est proche du miroir, vu du centre <math>\;C\;</math> du miroir sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq S\big)</math>, {{Al|5}}ces deux conditions sont une première façon de définir les conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="condtions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> pour un objet linéique transverse quelconque <ref> C'est cette façon qui a été vue en cours, <math>\;S\;</math> étant en effet le point de l'axe optique principal appartenant à la face d'entrée du miroir.</ref>. {{Al|5}}Il existe une deuxième façon équivalente de définir les conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> pour un objet linéique transverse quelconque <math>\;A_oB_o\;</math> <ref name="façon plus simple"> C'est cette façon que nous adopterons car elle conduit à une démonstration plus rapide de l'aplanétisme.</ref> : * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> n'est pas proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir, l'objet doit être vu du centre <math>\;C\;</math> sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)\;</math> et * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math>, l'objet doit être vu du sommet <math>\;S\;</math> du miroir sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq C\big)</math>. ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un miroir sphérique concave pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du miroir et vu de ce centre sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant d'abord supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\alpha</math>, sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, l'angle <math>\;\beta</math> sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, n'étant pas nécessairement petit, la démarche pour établir l'aplanétisme du miroir pour un tel objet est rendue plus aisée si on a établi auparavant la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Relation_de_conjugaison_de_position_.28ou_1.C3.A8re_relation_de_conjugaison.29_de_Descartes_.28avec_origine_au_centre.29|relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre)]] <ref name="méthode moins aisée"> Il est possible de se contenter de la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) mais la méthode est alors moins aisée.</ref> <center><math>\;\dfrac{1}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}} = -V\;</math> où <math>\;V\;</math> est la vergence précédemment introduite :</center> {{Al|5}}la démarche peut alors être décomposée en les étapes suivantes : * montrer qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * en utilisant la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre), montrer alors que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et vérifier que l'angle au centre associé est encore <math>\;\alpha</math>, * conclure qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'image <math>\;A_iB_i\;</math> peut être confondue avec un segment perpendiculaire à l'axe optique principal c.-à-d. qu'elle est linéique transverse <ref> Nous aurons donc établi qu'il y a aplanétisme approché du miroir sphérique pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du miroir à condition qu'il soit vu de ce centre sous un petit angle.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq}\; C\big)</math>, avec l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, * le caractère transverse de l'objet linéique <math>\Rightarrow</math> la longueur <math>\;[CB_o]\;</math> est plus grande que la longueur <math>\;[CA_o]\;</math> <ref name="définition des côtés triangle rectangle"> <math>\;[CB_o]\;</math> étant l'hypoténuse du triangle <math>\;A_oB_oC\;</math> rectangle en <math>\;A_o\;</math> et <math>\;[CA_o]\;</math> le côté adjacent à l'angle de mesure <math>\;\alpha</math>.</ref>, soit plus précisément <math>\;[CA_o] =</math> <math>[CB_o]\, \cos(\alpha) \simeq [CB_o] \left( 1 - \dfrac{\alpha^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\alpha\;</math> <ref name="DL du cosinus à l'ordre deux"> Revoir la remarque du paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable_au_voisinage_d'une_de_ses_valeurs#D.C3.A9veloppements_limit.C3.A9s_.C3.A0_l.27ordre_un_de_quelques_fonctions_usuelles|D.L. à l'ordre un de quelques fonctions usuelles]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « Outils mathématiques pour la physique (PCSI) ».</ref> ou finalement <math>\;[CA_o] \simeq [CB_o]\;</math> à l'ordre un en <math>\;\alpha\;</math> prouvant, qu'à cet ordre, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * tous les points objets <math>\;M_o\;</math> de l'arc de cercle <math>\;A_oB_o\;</math> de centre <math>\;C\;</math> ayant une abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <ref name="axe optique secondaire"> Cet axe optique secondaire relativement au point objet <math>\;A_o\;</math> est en fait un axe optique principal relativement au point objet <math>\;M_o</math>.</ref>, l'application de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au centre) donne donc des points images <math>\;M_i\;</math> à abscisse image de Descartes (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)</math>, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est assimilable, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, à un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math>, * l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'arc de cercle <math>\;A_iB_i\;</math> est vu du centre <math>\;C\;</math> étant petit, on peut faire l'opération inverse de celle faite au premier paragraphe, c.-à-d. assimiler l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> à un segment choisi perpendiculaire à l'axe optique principal de support <math>\,(CA_i)\,</math> <ref name="justification choix"> Il s'agit effectivement d'un choix car le segment aurait pu être choisi perpendiculaire à n'importe quel axe optique secondaire de support <math>\;(CM_i)</math>.</ref>, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, linéique transverse ; <center>nous avons donc établi l'<u>aplanétisme approché du miroir sphérique</u> (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <u>pour tout objet linéique de pied non proche du centre du miroir</u>.</center>}} ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un miroir sphérique concave pour un objet linéique transverse de pied proche du centre du miroir et vu du sommet de ce dernier sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> étant maintenant supposé proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\beta</math>, sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)</math> ; la démarche pour établir l'aplanétisme du miroir pour un tel objet nécessite l'utilisation de deux rayons paraxiaux issus de <math>\;M_o</math>, point objet quelconque de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> Le caractère paraxial étant indispensable pour satisfaire au stigmatisme approché du miroir pour le point objet <math>\;M_o</math>, tous les rayons non paraxiaux issus de <math>\;M_o\;</math> seront arrêtés par un diaphragme centré sur <math>\;S</math> ;<br>{{Al|3}}on vérifie aisément que les rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> sont deux candidats respectant la paraxialité, par contre le rayon incident <math>\;M_oC\;</math> pouvant ne pas l'être car <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math> <math>\big(</math>et si tel était le cas il serait alors arrêté par le diaphragme centré en <math>\;S\big)</math>, nous ne l'utiliserons pas.</ref> et de montrer que le point image <math>\;M_i</math>, défini comme l'intersection des deux rayons réfléchis, a pour projeté, sur l'axe optique principal, le point image <math>\;A_i</math> : * déterminer l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;p_i\;</math> en fonction de la distance focale image <math>\;f_i\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * déterminer la longueur algébrique <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> en fonction de <math>\;\beta\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * travaillant dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> <ref> L'axe <math>\;\overrightarrow{Sx}\;</math> étant porté par l'axe optique principal, orienté dans le sens incident et l'axe <math>\;\overrightarrow{Sy}\;</math> étant porté par la représentation symbolique du miroir orienté vers le haut, l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> étant lui aussi orienté vers le haut.</ref> déterminer l'équation des rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> <ref name="définition ε"> L'abscisse de <math>\;M_o\;</math> est évidemment celle de <math>\;B_o\;</math> et son ordonnée sera notée <math>\;\varepsilon \times\;</math> l'ordonnée de <math>\;B_o</math>, <math>\;\varepsilon\;</math> variant entre <math>\;0\;</math> et <math>\;1</math> ;<br>{{Al|3}}ici intervient une 1{{ère}} condition de Gauss d'aplanétisme approché <math>\;\beta \ll 1\;</math> qui assure que le point <math>\;M_o\;</math> est suffisamment proche de l'axe optique principal pour que deux rayons incidents judicieusement choisis travaillent dans les conditions de stigmatisme approché.</ref>, * travaillant dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> <ref> L'axe <math>\;\overrightarrow{Sx'}\;</math> étant porté par l'axe optique principal, orienté dans le sens réfléchi <math>\;\big(</math>donc de sens contraire à celui de l'axe <math>\;\overrightarrow{Sx}\big)\;</math> et l'axe <math>\;\overrightarrow{Sy}\;</math> étant le même que précédemment à savoir porté par la représentation symbolique du miroir et orienté vers le haut.</ref> déterminer les équations des rayons réfléchis, puis leur intersection <math>\;M_i\;</math> ; * vérifier que l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal est égale à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, puis conclure à l'aplanétisme approché du miroir sphérique pour l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied proche du centre du miroir. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - aplanétisme.jpg|thumb|Schéma positionnant un objet linéique transverse de pied proche du centre d'un miroir sphérique concave pour démontrer l'aplanétisme approché du miroir pour cet objet]] {{Al|5}}Soit <math>\;A_oB_o\;</math> un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o</math>, proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir sphérique concave <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, vu du sommet <math>\;S\;</math> de ce dernier sous un angle <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)\;</math> correspondant à la condition de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditons supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> précitée ; # on détermine d'abord <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}</math>, l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, image du point objet <math>\;A_o\;</math> d'abscisse objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}</math>, par utilisation de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes du miroir sphérique (avec origine au sommet) de vergence <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}</math>, <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> étant la distance focale image du miroir d'où : <center><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i} \Rightarrow \dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{p_o} + \dfrac{1}{f_i} = \dfrac{f_i + p_o}{p_o\, f_i}\;</math> soit finalement <math>\;p_i = p_o\, \dfrac{f_i}{p_o + f_i}</math>.</center> # <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> <math>\;> 0\;</math> avec <math>\;\beta\;</math> non algébrisé <math>\;\ll 1</math>, on en déduit <math>\;\tan(\beta) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{p_o}\;</math> avec <math>\;\tan(\beta) \simeq \beta\;</math> d'où <center><math>\;\overline{A_oB_o} \simeq -\beta\; p_o</math> ;</center> # dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})</math>, le rayon incident <math>\;M_oS\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = \varepsilon\, \overline{A_oB_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_S}{x_{M_o} - x_S} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o} = -\varepsilon\, \beta\;</math> a pour équation <math>\;y - y_S = -\varepsilon\, \beta \left( x - x_S \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = -\varepsilon\, \beta\, x\;</math> <ref name="vérification signes"> On vérifie sur le schéma que, lorsque <math>\;x\;</math> est <math>\;< 0</math>, <math>\;y\;</math> est <math>\;> 0</math>.</ref>,</center> {{Transparent|dans le repère orthonormé <math>\;\color{transparent}{(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, }}le rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> et passant par le foyer principal objet du miroir sphérique <math>\;F_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{F_o} = f_o = -f_i\, , \, y_{F_o} = 0)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_{F_o}}{x_{M_o} - x_{F_o}} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i}\;</math> a pour équation <math>\;y - y_{F_o} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i} \left( x - x_{F_o} \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i} \left( x + f_i \right)</math> ;</center> # dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> le rayon réfléchi sur le miroir du rayon incident <math>\;M_oS\;</math> étant de direction symétrique de celle de ce dernier relativement à l'axe optique principal est de même pente <math>\;-\varepsilon\, \beta\;</math> <ref> En effet le rayon réfléchi a une pente opposée à celle du rayon incident dans le repère <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> mais, quand on passe dans le repère <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> correspondant à une inversion du sens de l'axe des abscisses sans que celui de l'axe des ordonnées ne soit changé, la pente doit être multipliée par un facteur <math>\;(-1)\;</math> d'où le rayon réfléchi a une pente identique à celle du rayon incident (la raison étant que les pentes sont définies dans deux repères différents).</ref> d'où l'équation du rayon réfléchi correspondant au rayon incident <math>\;M_oS\;</math> <center><math>\;y = -\varepsilon\, \beta\, x'\;</math> <ref name="vérification signes bis"> On vérifie bien sur le schéma que, lorsque <math>\;x\;</math> est <math>\;> 0</math>, <math>\;y\;</math> est <math>\;< 0</math>.</ref>,</center>{{Transparent|dans le repère orthonormé <math>\;\color{transparent}{(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, }}le rayon réfléchi sur le miroir du rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> étant, à partir du point d'incidence <math>\;I\;</math> sur le miroir, <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, son équation nécessite de déterminer au préalable l'ordonnée de <math>\;I\;</math> par <math>\;x_{I} = 0\;</math> dans l'équation du rayon incident soit <math>\;y(I) = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i} \left[ x(I) + f_i \right] = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o\, f_i}{p_o + f_i}\;</math> d'où l'équation du rayon réfléchi correspondant au rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o\, f_i}{p_o + f_i}</math> ;</center> {{Al|5}}l'intersection <math>\;M_i\;</math> de ces deux rayons réfléchis a pour abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o\, f_i}{p_o + f_i} = -\varepsilon\, \beta\, {x'}_{M_i}\;</math> soit <center><math>\;{x'}_{M_i} = \dfrac{p_o\, f_i}{p_o + f_i}\;</math> identique à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du point image <math>\;A_i</math> ;</center> # l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal étant égale à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, on conclut à l'<u>aplanétisme approché du miroir sphérique</u> (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <u>pour tout objet linéique</u> <math>\;A_oB_o\;</math> <u>de pied proche du centre du miroir</u>.}} ==== Relation de conjugaison (approchée) de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) ==== [[File:Miroir sphérique - symbole.jpg|thumb|Représentation symbolique (sans les foyers) d'un miroir sphérique concave et d'un miroir sphérique convexe]] {{Al|5}}Dès lors qu'un miroir sphérique est utilisée sous conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme et d'aplanétisme approchés <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" />{{,}} <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme aprroché"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Conditions_supplémentaires_de_Gauss_d'aplanétisme_approché_d'un_système_optique_«_centré_»|conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché d'un système optique centré]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>, l'usage est de représenter ce miroir sous une forme symbolique dans laquelle figurent l'axe optique principal, le centre <math>\;C</math>, les foyers principaux objet <math>\;F_o\;</math> et image <math>\;F_i</math>, le sommet <math>\;S\;</math> et la partie de miroir perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal <ref> Cette partie de miroir perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal est terminée par des bords inclinés vers <math>\;C</math>, ainsi un miroir concave à centre <math>\;C\;</math> réel a des bords inclinés vers la gauche (c.-à-d. vers l'espace objet réel) et un miroir convexe à centre <math>\;C\;</math> virtuel a des bords inclinés vers la droite (c.-à-d. vers l'espace objet virtuel).</ref>, partie de miroir sur laquelle est rappelée l'algébrisation physique de l'axe optique principal <center>voir ci-contre à gauche pour un miroir concave et à droite pour un miroir convexe <ref name="Foyers à ajouter"> La position des foyers principaux seraient à ajouter une fois que vous les aurez déterminés.</ref>.</center> [[File:Miroir sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes avec origine en S pour un miroir sphérique concave]] {{Al|5}}Sur le schéma ci-contre on a construit l'image linéique transverse <math>\;A_iB_i\;</math> d'un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> <math>\;\neq S\;</math> et <math>\;\neq C\;</math> en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, l'un passant que le centre <math>\;C\;</math> du miroir et qui se réfléchit sur lui-même <ref> En effet le rayon réfléchi doit être issu du point d'incidence <math>\;I\;</math> du rayon incident et passer par l'image de <math>\;C\;</math> par le miroir c.-à-d. <math>\;C\;</math> lui-même.</ref>, l'autre passant par le sommet <math>\;S\;</math> du miroir et qui se réfléchit en obéissant à la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" />{{,}} <ref> Attention le sommet <math>\;S\;</math> du miroir est le seul point d'incidence en lequel on peut appliquer la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes en travaillant sur la représentation symbolique du miroir car c'est le seul point pour lequel la direction de cette représentation symbolique se confond avec la direction réelle du miroir <math>\big(</math>autrement dit c'est le seul point où la normale réelle est perpendiculaire à la représentation symbolique, par exemple le rayon incident <math>\;B_oC\;</math> qui se confond avec la normale réelle du miroir en <math>\;I\;</math> n'est pas perpendiculaire à la représentation symbolique du miroir en <math>\;I\big)</math>.</ref>, le point d'intersection de ces deux rayons réfléchis étant le point de convergence <math>\;B_i\;</math> de tous les rayons réfléchis correspondant à tous les rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> sous conditions de Gauss <ref name="Gauss" />{{,}} <ref> Car le miroir est stigmatique approché pour <math>\;B_o</math>.</ref> et <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal <ref> Car le miroir est aplanétique approché pour <math>\;A_oB_o</math>.</ref>. {{Al|5}}En comparant les triangles rectangles <math>\;A_iB_iS\;</math> et <math>\;A_oB_oS</math>, déterminer le grandissement transverse par le miroir de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\\ p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow} \end{array}\right\rbrace</math> ; <center>cette relation définit la relation de conjugaison (approchée) de grandissement transverse [ou 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée)] de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour tout objet linéique transverse de pied <math>\;A_o \neq S\;</math> <ref name="forme indéterminée"> Elle ne peut évidemment pas s'appliquer sous la forme indiquée pour <math>\;A_o = S\;</math> car elle correspondrait à une forme indéterminée, <br>{{Al|3}}mais on vérifie, dans le paragraphe suivant, qu'elle s'applique sous cette forme pour <math>\;A_o = C</math>.</ref> <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille" />, elle caractérise quantitativement la propriété d'aplanétisme approché du miroir sphérique pour l'objet linéique transverse de pied <math>\;A_o\;</math> <ref> Bien que démontrée sur un miroir sphérique concave elle reste applicable à un miroir sphérique convexe.</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfléchis correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;C\;</math> qui se réfléchit sur lui-même et le 2{{ème}} de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfléchit en <math>\;S\;</math> suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal <ref> Il est déconseillé de choisir ce rayon dans les constructions futures demandées car peu pratique <math>\;\big(</math>l'angle <math>\;i\;</math> devant être mesuré et reporté symétriquement par rapport à l'axe optique principal<math>\big)</math> ; ici nous l'utilisons dans la démonstration d'où ce choix.</ref>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(i)\;</math> et <math>\;\tan(-i)\;</math> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oS\;</math> et <math>\;A_iB_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(i) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;i\;</math> étant <math>\;< 0</math>, <math>\;\overline{A_oB_o} > 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> <ref> On suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oS\;</math> puisse être défini.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;i \simeq \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}</math>, * <math>\;\tan(-i) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;(-i)\;</math> étant <math>\;> 0</math>, <math>\;\overline{A_iB_i} < 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> <ref> Ayant suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> et <math>\;S\;</math> étant un point double on en déduit <math>\;A_i \neq S\;</math> ce qui définit le triangle <math>\;A_iB_iS</math>.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;-i \simeq -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}</math> ; {{Al|5}}égalant les deux expressions de <math>\;i</math>, on en déduit : <math>\;\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}} \simeq \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} \simeq \dfrac{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math> d'où <center>la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes (avec origine au sommet)</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq S\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\\ p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;p_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;p_i = f_i\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;p_o = f_o\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = C\;</math> <ref> Le miroir sphérique n'est stigmatique rigoureux que pour le pied <math>\;C\;</math> de l'objet linéique, pour tous les autres points objets constituant ce dernier on suppose le stigmatisme approché du miroir c.-à-d. l'utilisation de rayons incidents issus de <math>\;M_o\; (\neq C)\; \in A_oB_o\;</math> paraxiaux <math>\big(</math>ce qui peut être réalisé en pratique avec un diaphragme centré en <math>\;S\;</math> collé contre le miroir<math>\big)</math>.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du miroir pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> sous lequel l'objet est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\;\big(\beta \ll 1\big)</math>, * vérifier, par construction de l'image <math>\;A_iB_i</math>, qu'elle est symétrique de <math>\;A_oB_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal et * comparer au résultat donné par l'application de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = C</math>. {{Al|5}}Considérant maintenant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = S\;</math> <ref> L'objet, collé contre le miroir sphérique, de pied <math>\;A_o = S</math>, l'axe optique principal ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, ne peut être rigoureusement linéique (c.-à-d. rectiligne) car il suit la courbure du miroir mais, s'il est vu de <math>\;C\;</math> sous un petit angle non algébrisé <math>\;\alpha</math>, on peut confondre l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et le segment correspondant lui étant tangent à l'ordre un <math>\;\alpha</math>, raison pour laquelle l'objet est qualifié de « linéique transverse » ; <br>{{Al|3}}le miroir sphérique est stigmatique rigoureux que pour les points de l'objet linéique car tous ces points, étant sur le miroir, jouent le rôle de sommet (secondaire) pour lequel le miroir est stigmatique rigoureux.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du miroir pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'objet est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(\alpha \ll 1\big)\;</math> <ref> Qui est aussi la condition pour que l'objet collé sur le miroir puisse être considéré comme linéique.</ref>, * vérifier que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> se superpose à <math>\;A_oB_o</math>, le caractère linéique transverse de l'objet entraînant celui de l'image et * en déduire la valeur du grandissement transverse <math>\;G_t(S)\;</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = S</math>. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - grandissement transverse au centre.jpg|thumb|Construction de l'image d'un objet linéique transverse de pied au centre d'un miroir sphérique concave]] {{Al|5}}Le centre <math>\;C\;</math> du miroir sphérique concave ci-contre en étant un point double conjugué rigoureux, un objet linéique transverse <math>\;CB_o\;</math> a pour image, par le miroir, une image linéique transverse de pied <math>\;C</math>, notée <math>\;CB_i</math> ; pour obtenir cette dernière il suffit de choisir pour rayon incident issu de <math>\;B_o</math>, le rayon passant par le sommet <math>\;S\;</math> qui se réfléchit suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal et recoupe le plan transverse passant par <math>\;C\;</math> au point <math>\;B_i</math>, symétrique de <math>\;B_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal <center>d'où <math>\;\overline{CB_i} = -\overline{CB_o}\;</math> et par suite <math>\;G_t(C) = -1</math> ;</center> {{Al|5}}l'application de la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au sommet) nous conduit à <math>\;G_t(C) =</math> <math>\dfrac{\overline{SC}_{\leftarrow}}{\overline{SC}_{\rightarrow}}</math>, soit, avec <math>\;\overline{SC}_{\leftarrow} = -\overline{SC}_{\rightarrow}</math>, on retrouve effectivement <math>\;G_t(C) = -1\;</math> <ref> Le centre est le seul point de l'espace objet d'un miroir sphérique en lequel un objet linéique transverse positionné en ce point admet une image linéique transverse inversée de même taille.</ref>. {{clr}} {{Al|5}}Tous les points du miroir sphérique étant des points doubles de ce dernier <ref> Chaque point du miroir jouant le rôle de sommet pour l'axe optique principal passant par ce point, c'est effectivement un point double.</ref>, un objet collé sur le miroir est donc sa propre image ; dans la mesure où l'objet est de petite taille, on peut négliger sa courbure et le considérer comme linéique transverse, son image étant alors également linéique transverse ; comme <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SA_o}\;</math> on en déduit, par définition, <math>\;G_t(S) = +1\;</math> <ref> Le sommet (et plus généralement tout point de la surface réfléchissante sphérique) est le seul point de l'espace objet d'un miroir sphérique en lequel un objet linéique transverse positionné en ce point admet une image linéique transverse droite de même taille.</ref>.}} ==== Construction de l'image par un miroir sphérique d'un objet linéique transverse ==== {{Al|5}}<u>Définitions préliminaires</u> : On appelle plan focal objet le plan transverse passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}plan focal image le plan transverse passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math> ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle axe optique secondaire tout axe passant par le centre <math>\;C</math> du miroir, il possède une partie incidence contenue dans l'espace objet réel se réfléchissant sur elle-même pour donner sa partie émergente contenue dans l'espace image réelle ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal objet et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}foyer secondaire image <math>\;\varphi_i\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal image. {{Al|5}}<u>Propriétés</u> : Justifier les propriétés des foyers secondaires objet et image associés à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : # le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour image le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)\big]</math>, # le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour antécédent le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}<u>Propriétés des foyers secondaires associés à un axe optique secondaire</u> : # foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet linéique transverse contenu dans le plan focal objet et de pied <math>\;F_o</math>, objet noté <math>\;F_o\varphi_o(\delta)</math>, <math>\;F_o\;</math> ayant pour image le point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et l'image étant linéique transverse, le point <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> a une image également située à l'infini sur la partie réfléchie de l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon incident issu de <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> se réfléchit sur lui-même, les parties incidente et réfléchie constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)</math>,</center> # foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet dont l'image associée est contenue dans le plan focal image et de pied <math>\;F_i</math>, image notée <math>\;F_i\varphi_i(\delta)</math>, <math>\;F_i\;</math> ayant pour antécédent le point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et le miroir étant aplanétique, le point <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> a un antécédent également situé à l'infini sur la partie incidente de l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon réfléchi issu de <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> s'est réfléchi sur lui-même, les parties incidente et réfléchie constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement<math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)</math>.</center>}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> réel, de pied <math>\;A_o\;</math> séparé du sommet <math>\;S\;</math> d'un miroir sphérique concave d'une distance supérieure au rayon non algébrisé du miroir, construire son image <math>\;A_iB_i\;</math> par le miroir de deux façons différentes : # en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> <math>\big[</math>choisis parmi les trois suivants : passant par <math>\;C</math>, passant par <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<math>\big]</math>, # en considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> <ref name="un seul rayon incident suffit"> Un seul rayon incident suffit car <math>\;A_o\;</math> appartenant à l'axe optique principal son image est sur cet axe.</ref> <math>\big[</math>choisi parmi les deux suivants : passant par <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\big]</math>. {{Al|5}}Refaire les constructions précédentes avec un miroir convexe. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - construction image.jpg|thumb|Construction de l'image par un miroir sphérique concave d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal]] # En considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> choisis parmi les trois suivants (voir schéma ci-contre) : <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;C\;</math> et se réfléchissant sur lui-même, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;F_o\;</math> foyer principal objet et se réfléchissant parallèlement à l'axe optique principal, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal et se réfléchissant en passant par le foyer principal image <math>\;F_i\;</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;B_i\;</math> étant à l'intersection des deux rayons réfléchis correspondant aux deux rayons incidents choisis, <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal. {{clr}} [[File:Miroir sphérique concave - construction image - bis.jpg|thumb|Construction de l'image par un miroir sphérique concave d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire]] # En considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> choisis parmi les deux suivants (voir schéma ci-contre) : <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par un foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection du rayon incident et du plan focal objet<math>\big]\;</math> et se réfléchissant parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> <math>\big[</math>c.-à-d., pour la partie incidente <math>\;C\varphi_o(\delta)</math>, la partie réfléchie se superposant à la partie incidente mais orientée en sens contraire<math>\big]</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à un axe optique secondaire a priori quelconque <math>\;(\delta)\;</math> et se réfléchissant en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection de l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> et du plan focal image<math>\big]</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;A_i\;</math> étant à l'intersection d'un des rayons réfléchis correspondant au rayon incident choisi et de l'axe optique principal, <math>\;B_i\;</math> s'obtenant comme intersection de l'axe optique secondaire passant par <math>\;B_o\;</math> et du plan transverse passant par <math>\;A_i</math>. {{clr}} {{Al|5}}Ci-dessous les constructions refaites sur un miroir sphérique convexe, en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> à gauche, en utilisant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> et la notion de foyers secondaires objet ou image à droite : <center> <gallery> Miroir sphérique convexe - construction image.jpg|Construction de l'image par un miroir sphérique convexe d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal Miroir sphérique convexe - construction image - bis.jpg|Construction de l'image par un miroir sphérique convexe d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire </gallery> </center>}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) sous conditions de Gauss === ==== Relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}On repère maintenant les points objet <math>\;A_o\;</math> et image <math>\;A_i\;</math> relativement au centre <math>\;C\;</math> du miroir sphérique en définissant * l'abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\;</math> et * l'abscisse image de Descartes (avec origine au centre) de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}</math> ; {{Al|5}}à partir de la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) s'écrit <center><math>\;\dfrac{1}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}} = -V\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C"> Cette relation est applicable à tout objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o \neq C</math>, le cas <math>\;A_o = C\;</math> conduisant à une forme indéterminée.</ref> ou <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = -V\;</math> avec <math>\;V\;</math> vergence du miroir.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Descartes (origine au centre) utilisent <math>\;C\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> ou un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} = \overline{SC}_{\rightarrow} + \overline{CA_o}_{\rightarrow}\;</math> ou <math>\;p_o = \overline{R} + \pi_o\;</math> et * l'abscisse image de Descartes (avec origine au centre) du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} = \overline{SC}_{\leftarrow} + \overline{CA_i}_{\leftarrow}\;</math> ou <math>\;p_i = -\overline{R} + \pi_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au centre) en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes précédemment définis, dans la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{-2}{\overline{R}}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{1}{\pi_i - \overline{R}} - \dfrac{1}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> ou <math>\;\dfrac{(\pi_o + \overline{R}) - (\pi_i - \overline{R})}{(\pi_i - \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R})} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens"> Quand on a l'égalité entre deux fractions <math>\;\dfrac{a}{b} = \dfrac{c}{d}\;</math> les grandeurs <math>\;(a\, ,\, d)\;</math> sont appelées « extrêmes » et <math>\;(b\, ,\, c)\;</math> « moyens », l'égalité des deux fractions étant équivalente à <math>\;a \; d = b \; c\;</math> c.-à-d. à l'égalité du produit des extrêmes et celui des moyens (on parle encore de l'égalité des produits en croix).</ref> <math>\;-2\, (\pi_i - \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R}) = (\pi_o - \pi_i + 2\, \overline{R})\, \overline{R}\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;-2\, \pi_o\, \pi_i + 2\, \overline{R}\, \pi_o - 2\, \overline{R}\, \pi_i + 2\, \overline{R}^2 =</math> <math>\pi_o\, \overline{R} - \pi_i\, \overline{R} + 2\, \overline{R}^2\;</math> soit, après simplification <math>\;-2\, \pi_o\, \pi_i + \overline{R}\, \pi_o - \overline{R}\, \pi_i = 0\;</math> ou <math>\;\overline{R}\, \pi_o - \overline{R}\, \pi_i = 2\, \pi_o\, \pi_i\;</math> et enfin, en divisant les deux membres de l'équation par <math>\;\pi_o\, \pi_i\, \overline{R}\;</math> <ref name="C.N."> Cela nécessite que <math>\;\pi_o \neq 0\;</math> et <math>\;\pi_i \neq 0\;</math> c.-à-d. <math>\;A_o \neq C</math>.</ref> <math>\;\big(</math>la raison en étant que l'on cherche à établir une équation faisant intervenir des inverses de longueur à partir d'une équation comportant des produits de deux longueurs<math>\big)\;</math> <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = \dfrac{2}{\overline{R}}</math> ; la <u>1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = -V\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du miroir ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS}_{\rightarrow} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS}_{\leftarrow} = \overline{R}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = \dfrac{2}{\overline{R}} = -V</math>.</ref> avec <math>\;V = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> vergence du miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\\ \pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}\end{array} \right\rbrace</math>.</center> }} [[File:Miroir sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes avec origine en C pour un miroir sphérique concave]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C" />. {{Al|5}}En utilisant le schéma ci-contre vérifier directement cette relation. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet"> Applicable en tout point <math>\;A_o \neq S</math>.</ref> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \pi_o + \overline{R} \\ p_i = \pi_i - \overline{R} \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\pi_i - \overline{R}}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}\left( \dfrac{1}{\overline{R}} - \dfrac{1}{\pi_i} \right)}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}} \left( \dfrac{1}{\overline{R}} + \dfrac{1}{\pi_o} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître des inverses de longueur comme celles de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = \dfrac{2}{\overline{R}} \Leftrightarrow \dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\overline{R}} = \dfrac{1}{\pi_o} + \dfrac{1}{\overline{R}}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}}}</math> ; la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du miroir ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS}_{\rightarrow} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS}_{\leftarrow} = \overline{R}\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = -(-1) = +1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature" /> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\\ \pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}\end{array} \right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfléchis correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;C\;</math> qui se réfléchit sur lui-même et le 2{{ème}} de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfléchit en <math>\;S\;</math> suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés"> Les angles précités étant non algébrisés.</ref> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oC\;</math> et <math>\;A_iB_iC\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o}) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> <ref name="hors centre"> On suppose <math>\;A_o \neq C\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oC\;</math> puisse être défini.</ref>, * <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i}) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_i}_{\leftarrow} < 0\;</math> <ref name="hors centre bis"> Ayant suppose <math>\;A_o \neq C\;</math> et <math>\;C\;</math> étant un point double on en déduit <math>\;A_i \neq C\;</math> ce qui définit le triangle <math>\;A_iB_iC</math>.</ref> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}} = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}}\;</math> d'où <center>la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes (avec origine au centre)</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq C\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\\ \pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\pi_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\pi_i = f_i + \overline{R}\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\pi_o = f_o - \overline{R}\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Newton sous conditions de Gauss === {{Al|5}}On repère maintenant le point objet <math>\;A_o\;</math> relativement au foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> du miroir sphérique et le point image <math>\;A_i\;</math> relativement au foyer principal image <math>\;F_i\;</math> du même miroir sphérique en définissant * l'abscisse objet de Newton de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\;</math> et * l'abscisse image de Newton de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}</math>. ==== Relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Newton s'écrit <center><math>\; \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\; \overline{F_oA_o}_{\rightarrow} = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\; \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Newton"> Applicable pour tout point objet <math>\;A_o \neq F_o</math> et <math>\;A_o \neq A_{o,\,\infty}</math>, ces cas conduisant à une forme indéterminée.</ref> ou <math>\;\sigma_i \; \sigma_o = f_i\; f_o\;</math> <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille"/> avec <math>\;f_i\;</math> et <math>\;f_o\;</math> distances focales image et objet du miroir.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Newton utilisent <math>\;F_o\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> comme origine pour repérer un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Newton du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o =</math> <math>\overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} = \overline{SF_o}_{\rightarrow} + \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\;</math> ou <math>\;p_o = f_o + \sigma_o = -f_i + \sigma_o\;</math> et * l'abscisse image de Newton du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i =</math> <math>\overline{SA_i}_{\leftarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} = \overline{SF_i}_{\leftarrow} + \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\;</math> ou <math>\;p_i = f_i + \sigma_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Newton en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes précédemment définis, dans la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{1}{\sigma_i + f_i} - \dfrac{1}{\sigma_o - f_i} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> ou <math>\;\dfrac{(\sigma_o - f_i) - (\sigma_i + f_i)}{(\sigma_i + f_i)\, (\sigma_o - f_i)} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens" /> <math>\;(\sigma_i + f_i)\, (\sigma_o - f_i)</math> <math>= (\sigma_o - \sigma_i - 2\, f_i)\, f_i\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;\sigma_o\, \sigma_i + f_i\, \sigma_o - f_i\, \sigma_i - f_i^2 =</math> <math>\sigma_o\, f_i - \sigma_i\, f_i - 2\, f_i^2\;</math> soit, après simplification <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = -f_i^2\;</math> et enfin, sachant que <math>\;f_o = -f_i\;</math> <ref> On remplacera une seule fois <math>\;f_i\;</math> par <math>\;-f_o\;</math> pour obtenir une forme symétrique de la relation.</ref>, <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> ; la <u>1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center> <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le foyer principal objet du miroir <math>\;\big(</math> en effet si <math>\;A_o\;</math> est en <math>\;F_o</math>, l'image <math>\;A_i\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal et on obtient une forme indéterminée avec <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> valant <math>\;\infty\big)</math> ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS}_{\rightarrow} = -f_o\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS}_{\leftarrow} = -f_i\;</math> d'où <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i</math>.</ref> avec <math>\;f_i = -f_o = -\dfrac{\overline{R}}{2}\;</math> distance focale image du miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\\ \sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\end{array} \right\rbrace</math>.</center>}} [[File:Miroir sphérique - grandissement transverse Newton.jpg|thumb|Schéma de démonstration des deux formes de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton pour un miroir sphérique concave]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Newton <ref name="deux formes de grandissement transverse de Newton"> Cette relation a deux formes possibles suivant qu'elle est exprimée en fonction de l'abscisse objet de Newton et de la distance focale objet ou en fonction de l'abscisse image de Newton et de la distance focale image.</ref> <ref name="Applicabilité relation de Newton" />. {{Al|5}}En utilisant le schéma ci-contre vérifier directement les deux formes de cette relation. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet" /> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \sigma_o - f_i \\ p_i = \sigma_i + f_i \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\sigma_i + f_i}{\sigma_o - f_i} = \dfrac{\sigma_i \left( 1 + \dfrac{f_i}{\sigma_i} \right)}{(-f_i) \left( 1 - \dfrac{\sigma_o}{f_i} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître, au numérateur et au dénominateur, deux grandeurs égales découlant de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_i\, f_o = -f_i^2 \Leftrightarrow \dfrac{\sigma_i}{f_i} = -\dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> ou encore <math>\;1 + \dfrac{\sigma_i}{f_i} = 1 - \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{\sigma_i}{f_o}</math> ; la 1{{ère}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{\sigma_i}{f_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton"> Applicable en tout point objet ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que cette forme de relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS}_{\rightarrow} = -f_o\;</math> <math>\;\big(</math>resp. <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS}_{\leftarrow} = -f_i\big)\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = +1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature" /> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}</math>.</center> {{Al|5}}comme la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton s'écrivant <math>\;\sigma_i\, \sigma_o = f_i\, f_o\;</math> est équivalente à <math>\;\dfrac{\sigma_i}{f_o} = \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> on en déduit aisément la 2{{ème}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o} = \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton" /> <ref name="indépendance de la nature" /> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfléchis correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;F_o\;</math> qui se réfléchit parallèlement à l'axe optique principal et le 2{{ème}} parallèle à l'axe optique principal qui se réfléchit en passant par <math>\;F_i</math>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_iS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_iB_iF_i\;</math> et <math>\;KF_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{F_iA_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> <ref name="hors foyer bis" > On suppose <math>\;A_i \neq F_i\;</math> c.-à-d. que <math>\;A_o\;</math> n'est pas le point à l'infini de l'axe optique principal, pour que le triangle <math>\;A_iB_iF_i\;</math> puisse être défini.</ref>, * <math>\;\tan(\widehat{KF_iS}) = \dfrac{\overline{SK}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;\overline{SK}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SK} = \overline{A_oB_o}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{KF_iS}) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_iS})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}} = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}\;</math> d'où <center>une 1{{ère}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\sigma_i}{f_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq A_{o,\,\infty}\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}</math>.</center> {{Al|5}}de même le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_oS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oF_o\;</math> et <math>\;HF_oS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o}) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{F_oA_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> <ref name="hors foyer"> On suppose <math>\;A_o \neq F_o\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oF_o\;</math> puisse être défini.</ref>, * <math>\;\tan(\widehat{HF_oS}) = \dfrac{\overline{SH}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;\overline{SH}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SH} = \overline{A_iB_i}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{HF_oS}) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_oS})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}} = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}}\;</math> d'où <center>une 2{{ème}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq F_o\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\sigma_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\sigma_i = 0\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de Lagrange - Helmholtz sous conditions de Gauss === [[File:Miroir sphérique - grandissement angulaire.jpg|thumb|Schéma de détermination du grandissement angulaire en repérage de Descartes (avec origine en S) pour un miroir sphérique concave]] ==== Expression de Descartes (avec origine au sommet) du grandissement angulaire d'un pinceau incident issu d'un point objet ==== {{Al|5}}On rappelle que le grandissement angulaire d'un pinceau lumineux incident issu d'un point objet <math>\;A_o\;</math>, de direction faisant un angle <math>\;\theta_o\;</math> avec la partie incidente de l'axe optique principal, le pinceau se réfléchissant sur le miroir en convergeant vers le point image <math>\;A_i\;</math>, avec une direction faisant un angle <math>\;\theta_i\;</math> avec la partie réfléchie de l'axe optique principal, est défini selon <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> <ref name="Angles petits"> Les angles <math>\;\theta_o\;</math> et <math>\;\theta_i\;</math> sont de valeur absolue petite c.-à-d. <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>.</ref> ; {{Al|5}}en utilisant le schéma ci-contre, établir l'expression du grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes (avec origine au sommet), respectivement <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> et <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}\;</math> <ref> L'expression du grandissement angulaire a été établie en utilisant un miroir sphérique concave mais elle reste applicable pour un miroir sphérique convexe.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}On détermine le grandissement angulaire par évaluation de <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> et <math>\;\tan(\theta_i)</math>, <math>\big(</math>tous deux <math>\;> 0\;</math> sur la figure ci-dessus<math>\big)</math> respectivement dans les triangles <math>\;A_oIS\;</math> et <math>\;A_iIS\;</math> <math>\big[</math>l'angle <math>\;\widehat{SA_iI}\;</math> étant égal à <math>\;\theta_i\big]</math> soit : * dans le triangle <math>\;A_oIS</math>, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} < 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_o| \ll 1</math>, <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}</math> ; * dans le triangle <math>\;A_iIS</math>, <math>\;\tan(\theta_i) = \dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} > 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_i) = \dfrac{\overline{SI}}{p_i}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>, <math>\;\theta_i \simeq \dfrac{\overline{SI}}{p_i}</math> ; {{Al|5}}on en déduit <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq \dfrac{\dfrac{\overline{SI}}{p_i}}{-\dfrac{\overline{SI}}{p_o}}\;</math> soit, en simplifiant par <math>\;\overline{SI}</math>, l'expression souhaitée du <center>grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq -\dfrac{p_o}{p_i}</math>.</center>}} ==== Établissement de la relation de Lagrange - Helmholtz ==== {{Al|5}}Á l'aide des relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) et de l'expression du grandissement angulaire dans le même repérage, vérifier la relation de Lagrange - Helmholtz <center> <math>\;G_t(A_o)\; G_a(A_o) = -1\;</math> <ref> Cette relation est différente de celle que l'on trouvera dans le chapitre suivant sur les lentilles minces, pour une lentille mince dans laquelle il n'y a aucune réflexion, la relation de Lagrange - Hemholtz sera <math>\;G_t(A_o)\; G_a(A_o) = +1</math>.</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Connaissant le grandissement transversal donné par la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) \simeq \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> et l'expression du grandissement angulaire précédemment trouvée <math>\;G_a(A_o) \simeq -\dfrac{p_o}{p_i}</math>, on en déduit le lien entre grandissements angulaire et transversal indépendant de la position du point objet <math>\;A_o</math>, <center><math>\;G_a(A_o)\; G_t(A_o) \simeq -\dfrac{p_o}{p_i}\; \dfrac{p_i}{p_o} = -1\;</math> ce qui constitue la relation de Lagrange - Helmholtz cherchée <ref> Il s'agit de la même relation de Lagrange - Helmholtz que celle explicitée pour un miroir plan mais contrairement à cette dernière dans laquelle les grandissements transverse et angulaire valent respectivement <math>\;+1\;</math> et <math>\;-1\;</math> quelle que soit la position du point objet <math>\;A_o</math>, dans un miroir sphérique les grandissements transverse et angulaire dépendent explicitement de la position de l'objet <math>\;A_o</math>, plus la valeur absolue du grandissement transverse est grande plus celle du grandissement angulaire est petite.</ref>.</center>}} == Stigmatisme et aplanétisme approchés d'un dioptre sphérique sous conditions de Gauss == {{Al|5}}Pour être défini, un dioptre sphérique nécessite la connaissance de : * sa nature « concave » ou « convexe », * son centre <math>\;C\;</math> (centre de courbure de la surface sphérique dioptrique <ref> Si le dioptre est « concave », <math>\;C\;</math> est réel, et si le dioptre est « convexe », <math>\;C\;</math> est virtuel.</ref>), * son rayon de courbure (non algébrisé) <math>\;R\;</math> (rayon de courbure de la surface sphérique dioptrique), * l'axe optique principal dont la partie incidente (ou son prolongement) passe par <math>\;C\;</math> et le point objet <math>\;A_o\;</math> (point objet dont on étudiera l'image éventuelle), * son sommet <math>\;S\;</math> (intersection de l'axe optique principal et de la surface dioptrique) et * l'indice de l'espace objet réel <math>\;n_o\;</math> ainsi que celui de l'espace image réelle <math>\;n_i</math>. {{Al|5}}Nous adoptons l'algébrisation physique de l'axe optique principal <ref name="orientation axe opt. princ. dioptre"> Supposant l'axe optique principal horizontal, l'espace objet réel étant situé à gauche du dioptre, la partie incidente de l'axe optique principal est orientée dans le sens <math>\;\rightarrow</math> et l'espace image réelle étant alors situé à droite du dioptre, la partie émergente est orientée dans le même sens <math>\;\rightarrow</math> ; il est donc inutile de préciser en indice le sens de l'orientation de l'axe optique principal contrairement à ce qui doit être fait dans le cas d'un miroir sphérique.</ref> et, pour unifier l'étude des dioptres sphériques, algébrisons le rayon de courbure du dioptre selon <math>\;\overline{R} = \overline{SC}\;</math> <ref name="orientation axe opt. princ. dioptre" /> avec pour conséquence la nature « concave » ou « convexe » du dioptre caractérisé par le signe du rayon de courbure algébrisé : * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC} > 0</math>, <math>\;C\;</math> étant à droite de <math>\;S\;</math> est un point de l'espace objet virtuel, correspondant à un dioptre « convexe », * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC} < 0</math>, <math>\;C\;</math> étant à gauche de <math>\;S\;</math> est un point de l'espace objet réel, correspondant à un dioptre « concave ». <center> <gallery> Dioptre sphérique concave verre - air.jpg|Justification du caractère convergent d'un dioptre sphérique concave faisant passer d'un milieu plus réfringent vers un milieu moins réfringent Dioptre sphérique concave air - verre.jpg|Justification du caractère divergent d'un dioptre sphérique concave faisant passer d'un milieu moins réfringent vers un milieu plus réfringent Dioptre sphérique convexe verre - air.jpg|Justification du caractère divergent d'un dioptre sphérique convexe faisant passer d'un milieu plus réfringent vers un milieu moins réfringent Dioptre sphérique convexe air - verre.jpg|Justification du caractère convergent d'un dioptre sphérique convexe faisant passer d'un milieu moins réfringent vers un milieu plus réfringent </gallery> Dans la suite nous supposerons le dioptre sphérique concave faisant passer d'un espace plus réfringent à un espace moins réfringent <ref> En précisant la modification des résultats pour un dioptre sphérique des trois autres types.</ref> et <br>admettrons qu'il n'y a pas stigmatisme rigoureux du dioptre sphérique <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> pour tous les points objets autres que <math>\;C\;</math> et tous les points du dioptre <ref name="Définition sommet dioptre"> Si le point objet <math>\;A_o\;</math> est sur le dioptre, l'axe optique principal associé à ce point objet ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, <math>\;A_o\;</math> joue le rôle de sommet <math>\;S\;</math> du miroir ; ainsi, dans la mesure où l'axe optique principal n'a pas été préalablement défini, tout point du dioptre peut être considéré comme un sommet.</ref>.</center> === Démonstration du stigmatisme approché d'un dioptre sphérique concave convergent sous conditions de Gauss === [[File:Dioptre sphérique concave convergent - stigmatisme approché.jpg|thumb|Schéma d'un dioptre sphérique concave convergent dans le but d'établir le stigmatisme approché du dioptre <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour tout point objet autre que C et S]] {{Al|5}}Considérant un point objet réel <math>\;A_o \neq C\;</math> et l'axe optique principal correspondant de support <math>\;(A_oC)\;</math> <ref> Dès lors que <math>\;A_o\;</math> est <math>\;\neq C</math>, l'axe optique principal est parfaitement défini ainsi que le sommet <math>\;S\;</math> qui est l'intersection de l'axe optique principal et du dioptre.</ref>, nous envisageons des rayons incidents issus de <math>\;A_o</math>, peu inclinés par rapport à l'axe optique principal, d'angle d'inclinaison <math>\;\theta_o\;</math> tel que <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et dont le point d'incidence <math>\;I\;</math> reste proche du sommet <math>\;S\;</math> c.-à-d. tel que l'angle que fait la normale au dioptre en <math>\;I\;</math> avec l'axe optique principal <math>\;\widehat{(\overrightarrow{CS}\, ;\, \vec{N})} = \omega\;</math> soit petit en valeur absolue <math>\;\big(|\omega| \ll 1\big)\;</math> <ref name="Paraxial" />. {{Al|5}}Le rayon incident <math>\;A_oI\;</math> donnant, par utilisation des lois de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de la réfraction <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réfraction"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_réflexion,_réfraction,_lois_de_Descartes#Deuxième_loi_de_Snell-Descartes_de_la_réfraction|2^ème loi de Snell - Descartes de la réfraction]] » du chap.<math>11</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>, le rayon émergent <math>\;IA_i\;</math> <math>\big(A_i \in</math> à l'axe optique principal<math>\big)</math>, appelons <math>\;\theta_i\;</math> l'angle d'inclinaison du rayon réfracté par rapport à l'axe optique principal ; nous nous proposons de démontrer que <math>\;A_i\;</math> est indépendant du rayon incident considéré <math>\big(</math>c.-à-d. indépendant de <math>\;\theta_o\;</math> et de <math>\;\omega\big)\;</math> dans la mesure où les conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" /> <math>\big(\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et <math>\;|\omega| \ll 1\big)\;</math> sont réalisées. ==== Établissement de la relation liant θ_o, θ_i, ω, n_o et n_i ==== # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIC\;</math> établir une première relation entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;i_o\;\big(</math>angle d'incidence du rayon incident en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIC\;</math> établir une deuxième relation entre <math>\;\theta_i</math>, <math>\;i_i\;\big(</math>angle de réfraction du rayon émergent en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en utilisant la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de la réfraction <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réfraction" /> sous conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> et les deux relations précédentes, déduire la relation suivante entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;\theta_i</math>, <math>\;\omega</math>, <math>\;n_o\;</math> et <math>\;n_i\;</math> : <center> <math>\;\omega = \dfrac{n_o\; \theta_o - n_i\; \theta_i}{n_o - n_i}\;\;(\mathfrak{a})\;</math>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Dans le triangle <math>\;A_oIC</math>, <math>\;\omega = \theta_o + (-i_o)\;</math> <ref name="relation dans un triangle" /> <ref> On remarque, sur le schéma, que <math>\;\omega\;</math> et <math>\;\theta_o\;</math> sont positifs mais <math>\;i_o\;</math> étant négatif, sa valeur absolue s'écrit <math>\;(-i_o)</math>.</ref> et <br>{{Al|5}}dans le triangle <math>\;A_iIC</math>, <math>\;-i_i = \omega - \theta_i\;</math> <ref name="relation dans un triangle" /> <ref> On remarque, sur le schéma, que <math>\;\omega\;</math> est positif mais <math>\;i_i\;</math> et et <math>\;\theta_i\;</math> étant négatifs, leur valeur absolue s'écrit <math>\;(-i_i)\;</math> et <math>\;(-\theta_i)</math>.</ref> ou, <br>{{Al|5}}en utilisation la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> pour la réfraction <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réfraction" /> et, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle d'incidence (et donc aussi de l'angle de réfraction en valeur absolue) <math>\;n_o\, i_0 = n_i\, i_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;i_i = \dfrac{n_o}{n_i}\, i_o</math>, la relation ci-dessus se réécrit <math>\; -\dfrac{n_o}{n_i}\, i_o = \omega - \theta_i</math> ; <br>{{Al|5}}on élimine alors <math>\;i_o\;</math> entre ces deux relations en formant la C.L. <math>\;\dfrac{n_o}{n_i}\; (\mathfrak{1}) + (\mathfrak{2})\;</math> soit : <math>\;\dfrac{n_o}{n_i}\; \omega = \dfrac{n_o}{n_i}\; \theta_o + \omega - \theta_i\;</math> ou <math>\;n_o\,\omega = n_o\, \theta_o + n_i\, \omega - n_i\, \theta_i\;</math> soit enfin, la relation <math>\;(\mathfrak{a}) \qquad \omega = \dfrac{n_o\, \theta_o - n_i\, \theta_i}{n_o - n_i}</math>.}} ==== Évaluation des angles θ_o, θ_i et ω en fonction des abscisses de A_o, A_i et C repérées relativement à H ==== {{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> et des conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" />, montrer que le rayon réfracté est aussi peu incliné relativement à l'axe optique principal c.-à-d. <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>. # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_o}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\theta_o</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\theta_i)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_i}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\theta_i</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\omega)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HC}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\omega</math>, # déduire des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math>, un lien entre <math>\;\overline{HA_o}</math>, <math>\;\overline{HA_i}\;</math> et <math>\;\overline{HC}\;</math> <math>\;\big[</math>relation <math>\;(\mathfrak{b})\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> écrite sous la forme <math>\;\theta_i = \dfrac{n_o}{n_i}\, \theta_o - \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, \omega\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;|\theta_i| \leqslant \dfrac{n_o}{n_i}\, |\theta_o| + \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, |\omega|\;</math> et des conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" /> <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}|\theta_o| \ll 1\\ |\omega| \ll 1 \end{array}\right\rbrace\;</math> dont on déduit <math>\;\dfrac{n_o}{n_i}\, |\theta_o| + \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, |\omega| \ll 1\;</math> d'où <math>\;|\theta_i| \leqslant \dfrac{n_o}{n_i}\, |\theta_o| + \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, |\omega| \ll 1\;</math> c.-à-d. que le rayon réfracté est aussi peu incliné relativement à l'axe optique principal. # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH</math>, <math>\;\tan(\theta_o) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HA_o}}\;</math> car sur le schéma <math>\;\theta_o > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_o) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_o} < 0\;</math> ou, <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_o) \simeq \theta_o\;</math> on en déduit <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_o}}</math> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH</math>, <math>\;\tan(\theta_i) = -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}}\;</math> car sur le schéma <math>\;\theta_i < 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_i) < 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_i} > 0\;</math> ou, <math>\;|\theta_i| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_i) \simeq \theta_i\;</math> on en déduit <math>\;\theta_i \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}}</math> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH</math>, <math>\;\tan(\omega) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HC}_\rightarrow}\;</math> car sur le schéma <math>\;\omega > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\omega) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HC} < 0\;</math> ou, <math>\;|\omega| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\omega) \simeq \omega\;</math> on en déduit <math>\;\omega \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HC}}</math> ; # des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> réécrite selon <math>\;(n_o - n_i)\, \omega = n_o\,\theta_o - n_i\, \theta_i</math>, on en déduit <math>\;\dfrac{-(n_o - n_i)\, \overline{HI}}{\overline{HC}} =</math> <math>\dfrac{n_i\, \overline{HI}}{\overline{HA_i}} - \dfrac{n_o\, \overline{HI}}{\overline{HA_o}}\;</math> ou, en simplifiant par <math>\;\overline{HI}</math>, on obtient la relation <math>\;(\mathfrak{b})\qquad \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{HC}} = \dfrac{n_i}{\overline{HA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{HA_o}}</math>.}} ==== Établissement de la confusion de H et de S à l'ordre un en ω ==== {{Al|5}}Établir que <math>\;H\;</math> <ref name="définition de H" /> peut être confondu avec le sommet <math>\;S\;</math> du miroir à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> <ref name="H et S confondus" /> et {{Al|5}}réécrire que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> en tenant compte de cette confusion. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Montrons que <math>\;H\;</math> peut être confondu avec <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> <ref name="ω infiniment petit d'ordre un" />, en évaluant <math>\;[CH]\;</math> puis <math>\;[HS] = [CS] - [CH]\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega</math>, on obtient : <math>\;[CH] = [CI]\, \cos(\omega) = R\, \cos(\omega) \simeq R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math> <math>\big(</math>revoir la remarque du paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable_au_voisinage_d'une_de_ses_valeurs#D.C3.A9veloppements_limit.C3.A9s_.C3.A0_l.27ordre_un_de_quelques_fonctions_usuelles|D.L. à l'ordre un de quelques fonctions usuelles]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « Outils mathématiques pour la physique (PCSI) »<math>\big)\;</math> d'où <math>\;[HS] = [CS] - [CH] \simeq R - R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega</math>, soit encore <math>\;[HS] \simeq R \dfrac{\omega^2}{2}\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math> ou finalement <center><math>\;[HS] \simeq 0\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega</math> ;</center> {{Al|5}}remplaçant <math>\;H\;</math> par <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{b})</math>, on peut, sous les conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" />, la réécrire selon <center><math>\;(\mathfrak{b})\; \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{SC}} = \dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}}\;</math> <ref> Sous cette forme la relation nécessite que le point objet <math>\;A_o\;</math> soit <math>\;\neq S\;</math> sommet du dioptre.</ref>.</center>}} ==== Conclusion : stigmatisme approché du dioptre sphérique (concave convergent) pour le point objet A_o et relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) ==== {{Al|5}}Vérifier que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> définit, pour un point objet <math>\;A_o\;</math> quelconque, un point image unique <math>\;A_i\;</math> et en déduire le stigmatisme approché du dioptre sphérique <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour le point objet <math>\;A_o</math> ; {{Al|5}}la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> pouvant être écrite selon <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}} = V\;</math> <ref name="indépendance de la nature dioptre"> Nous admettrons que cette relation (ou propriété) établie dans le cas d'un dioptre sphérique concave convergent est encore applicable, sans modification, à un dioptre sphérique concave divergent ou à un dioptre sphérique convexe convergent ou divergent.</ref> où <math>\;V\;</math> est une constante appelée « vergence » du dioptre sphérique exprimée en dioptries <math>\big(</math>de symbole <math>\;\delta\big)\;</math> dans la mesure où les abscisses le sont en <math>\;m\;\big(</math>la dioptrie étant liée au mètre par <math>\;1\, \delta = 1\,m^{-1}\big)</math>, exprimer <math>\;V\;</math> en fonction de <math>\;\overline{R} = \overline{SC}</math>, <math>\;n_o\;</math> et <math>\;n_i</math>. {{Al|5}}Par la suite notant l'abscisse de Descartes <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math><ref> Pour le repérage de Descartes dans un dioptre sphérique concave ou convexe, convergent ou divergent, il y a deux origines utilisées : l'origine au sommet qui est la plus fréquemment utilisée et l'origine au centre qui l'est beaucoup moins.</ref> du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Par la suite notant l'abscisse de Descartes <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>avec origine au sommet<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> }}celle du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}</math>, <br>{{Al|5}}la relation de conjugaison (approchée) de position [ou 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée)] de Descartes d'un dioptre sphérique se réécrit <center><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> établit le stigmatisme approché du dioptre sphérique <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour tout point objet <math>\;A_o\;</math> autre que <math>\;C\;</math> et <math>\;S\;</math> puisque, pour un point objet <math>\;A_o\;</math> fixé, le point image <math>\;A_i\;</math> est déterminé de façon unique <math>\big(</math>indépendamment des variations des petits angles <math>\;\theta_o\;</math> et <math>\;\omega\big)</math>. {{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> peut effectivement être écrite sous la forme <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}} = V\;</math> où <math>\;V\;</math> est une constante définissant la vergence du dioptre sphérique selon <center><math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{SC}} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> avec <math>\;\overline{R} = \overline{SC}\;</math> rayon algébrisé du dioptre.</center> {{Al|5}}Avec les abscisses de Descartes (avec origine au sommet) du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> et du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}</math>, la relation de conjugaison (approchée) de position [ou 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée)] de Descartes du dioptre sphérique se réécrit <center><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math>.</center>}} === Points pour lesquels la conjugaison du dioptre sphérique est rigoureuse et points doubles === {{Al|5}}Vérifier, par construction et pour une direction d'axe optique principal préalablement fixée, que le centre <math>\;C\;</math> et le sommet <math>\;S\;</math> <ref name="Définition sommet" /> du dioptre sont des points * pour lesquels le dioptre est stigmatique rigoureux et * dont l'image est confondue avec l'objet (c.-à-d. que ce sont des points doubles). {{Al|5}}Justifier la raison pour laquelle la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) est applicable à <math>\;C</math>, centre du dioptre, bien que la conjugaison soit rigoureuse ; {{Al|5}}vérifier, en utilisant cette relation, que <math>\;C\;</math> est effectivement un point double. {{Al|5}}Admettant que la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) reste applicable à <math>\;S</math>, sommet du dioptre, pour lequel il y a conjugaison rigoureuse <math>\big[</math>mais évidemment pas sous cette forme qui est indéterminée quand on l'applique à <math>\;S</math>, son abscisse objet <math>\;p_o\;</math> y étant nulle<math>\big]</math>, évaluer <math>\;p_i\;</math> en fonction de <math>\;p_o\;</math> et de <math>\;V\;</math> et vérifier, sur cette dernière forme, * que <math>\;S\;</math> est effectivement un point double et * qu'il n'y a pas d'autres points doubles que <math>\;S\;</math> et <math>\;C</math>. {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - points doubles.jpg|thumb|Schémas de vérification du fait que, pour C et S, le dioptre sphérique (concave convergent) est stigmatique rigoureux et que ce sont des points doubles]] {{Al|5}}Voir ci-contre les constructions prouvant les propriétés particulières d'un point objet en <math>\;C\;</math> ou <math>\;S\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent <ref name="indépendance de la nature dioptre"/> : * à gauche tout rayon d'un faisceau incident issu du centre <math>\;C\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent étant normal au dioptre poursuit son chemin sans changer de direction, donnant un ensemble de rayons transmis divergeant à partir d'un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, c.-à-d. prouvant que le dioptre sphérique est stigmatique rigoureux pour son centre ; de plus le point image de <math>\;C\;</math> étant <math>\;C\;</math> lui-même, ce dernier est un point double ; * à droite tout rayon d'un faisceau incident convergeant sur le sommet <math>\;S\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent se réfractant à partir du point d'incidence <math>\;S\;</math> lui-même <ref> En suivant une direction plus rapprochée de l'axe optique principal que ne l'est celle du rayon incident.</ref> et l'ensemble des rayons réfractés divergeant à partir d'un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, cela prouve le stigmatisme rigoureux du dioptre sphérique pour son sommet <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> ; de plus le point image de <math>\;S\;</math> étant <math>\;S\;</math> lui-même, ce dernier est un point double. {{Al|5}}Pour appliquer la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) à <math>\;C</math>, centre du dioptre, bien que la conjugaison soit rigoureuse, il suffit de ne considérer que les rayons paraxiaux du faisceau incident issu de <math>\;C\;</math> et d'ouverture quelconque <ref> Le fait que les autres rayons divergent également à partir de <math>\;C\;</math> ne modifient en rien la divergence des rayons transmis provenant de rayons incidents paraxiaux.</ref>, condition d'applicabilité de la relation de conjugaison de position de Descartes ; {{Al|5}}dans ce cas, si on appelle <math>\;C_i</math>, d'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(C_i) = \overline{SC_i}</math>, l'image du point objet <math>\;C</math>, d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(C) = \overline{SC} = \overline{R}</math>, nous obtenons, en remplaçant <math>\;V\;</math> par <math>\;\dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}</math>, <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(C_i)} - \dfrac{n_o}{\overline{R}} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(C_i)} = \dfrac{n_i}{\overline{R}}\;</math> ou <math>\;p_i(C_i) = \overline{R} = \overline{SC}</math> prouvant que <math>\;C_i\;</math> se confond avec <math>\;C\;</math> et par suite que <math>\;C\;</math> est un point double. <center>De <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math> on tire <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} = \dfrac{n_o}{p_o} + V = \dfrac{n_o + V\, p_o}{p_o}\;</math> soit <math>\;p_i = n_i\, \dfrac{p_o}{n_o + V\, p_o}</math> ;</center> {{Al|5}}sous cette forme on vérifie qu'un point objet en <math>\;S</math>, d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(S) = 0\;</math> a une image d'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i = 0</math>, c.-à-d. une image confondue avec <math>\;S\;</math> prouvant que <math>\;S\;</math> est bien un point double ; {{Al|5}}les points doubles <math>\;A_d\;</math> d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_d\;</math> étant tels que leurs abscisses images de Descartes (avec origine au sommet) s'écrivant <math>\;p_i(A_d) = \overline{SA_d} = p_d\;</math> avec <math>\;p_i(A_d) = n_i\, \dfrac{p_d}{n_o + V\, p_d}\;</math> obéissent à l'équation <math>\;p_d = n_i\, \dfrac{p_d}{n_o + V\, p_d}\;</math> qui se décompose en <math>\;\left\lbrace\begin{array}{c}p_d = 0\;\;\; \text{ou}\\ n_o + V\, p_d = n_i\end{array}\right\rbrace</math>, la 1{{ère}} solution donnant <math>\;S\;</math> point double et la 2{{ème}} équation conduisant à <math>\;p_d = \dfrac{n_i - n_o}{V} = \overline{R}\;</math> c.-à-d. <math>\;C\;</math> point double ; <center>le centre et le sommet d'un dioptre sphérique sont donc les seuls points doubles de ce dernier.</center>}} === Caractère focal d'un dioptre sphérique, position des foyers principaux objet et image, lien de la vergence et des distances focales objet et image, signe de la vergence === ==== Caractère focal d'un dioptre sphérique, définition des foyers principaux objet et image, lien de la vergence avec les distances focales objet et image ==== {{Al|5}}Vérifier, sur la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes d'un dioptre sphérique, que ce dernier est nécessairement « focal » <ref name="définition focal" /> puis déterminer * la position du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> c.-à-d. le point objet de l'axe optique principal ayant pour image le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;F_o\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; A_{i,\,\infty}\big]\;</math> et * la position du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> c.-à-d. le point image de l'axe optique principal ayant pour antécédent <ref name="Antécédent" /> le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;A_{o,\,\infty}\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; F_i\big]</math>. {{Al|5}}Définissant * la distance focale objet comme l'abscisse objet de Descartes du foyer principal objet (avec origine au sommet) soit <math>\;f_o = \overline{SF_o}\;</math> et * la distance focale image comme l'abscisse image de Descartes du foyer principal image (avec origine au sommet) soit <math>\;f_i = \overline{SF_i}\;</math>, {{Al|5}}déterminer le lien entre vergence <math>\;V</math>, distance focale objet <math>\;f_o</math>, distance focale image <math>\;f_i</math>, indice espace objet <math>\;n_o\;</math> et indice espace image <math>\,n_i</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Un dioptre sphérique est un « système focal », en effet pour qu'il soit « afocal », il faudrait que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, mais ayant établi que les seuls points doubles du dioptre sphérique sont <math>\;C\;</math> et <math>\;S</math>, et non le point à l'infini de l'axe optique principal on en déduit que le dioptre sphérique est bien un « système focal ». * Le foyer principal image <math>\;F_i</math>, repéré par l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(F_i) = \overline{SF_i}\;</math> étant l'image du point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(A_{o,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{n_o}{p_o(A_{o,\, \infty})} = 0</math>, on en déduit <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(F_i)} - 0 = V\;</math> soit <math>\;\overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math>. * Le foyer principal objet <math>\;F_o</math>, repéré par l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(F_o) = \overline{SF_o}\;</math> étant l'antécédent <ref name ="Antécédent"/> du point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(A_{i,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(A_{i,\, \infty})} = 0</math>, on en déduit <math>\;0 - \dfrac{n_o}{p_o(F_o)} = V\;</math> soit <math>\;\overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math>. <center><u>Notion de distances focales objet et image</u> :</center> * la distance focale image <math>\;f_i\;</math> étant définie par <math>\;f_i = \overline{SF_i}\;</math> est liée à la vergence par <math>\;f_i = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math> ; * la distance focale objet <math>\;f_o\;</math> étant définie par <math>\;f_o = \overline{SF_o}\;</math> est liée à la vergence par <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math> ; <center>on en déduit la relation <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}\;</math> <ref> Cette relation découle de la 1{{ère}} relation de conjugaison de position de Descartes du dioptre sphérique appliquée aux couples de points conjugués <math>\;(A_{o,\, \infty}\, , \,F_i)\;</math> et <math>\;(F_o\, , \,A_{i,\, \infty})</math>.</ref>.</center>}} ==== Signe de la vergence suivant la nature concave ou convexe du dioptre sphérique et de l'indice de l'espace objet comparé à celui de l'espace image, caractère convergent ou divergent du dioptre et nature réelle ou virtuelle des foyers principaux ==== {{Al|5}}Déterminer le signe de la vergence suivant la nature « concave » ou « convexe » du dioptre sphérique et du signe de <math>\;n_o - n_i\;</math> puis {{Al|5}}son caractère « convergent » ou « divergent » sachant qu'un système focal à « vergence positive » (respectivement « négative ») est dit « convergent » (respectivement « divergent ») et enfin {{Al|5}}la nature « réelle » ou « virtuelle » des foyers principaux. {{Al|5}}Pour terminer, on précisera, dans chacun des quatre cas possibles, les positions absolues des foyers principaux objet et image relativement au centre et au sommet du dioptre considéré. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> on en déduit que la vergence <math>\;V\;</math> est * de signe contraire au rayon de courbure algébrisé du dioptre si la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent <math>\;\big(n_o > n_i\big)</math>, * de même signe que le rayon de courbure algébrisé du dioptre si la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent <math>\;\big(n_o < n_i\big)</math> ; {{Al|5}}on en déduit les quatre possibilités suivant la nature du dioptre sphérique et le signe de <math>\;n_o - n_i</math> : * un dioptre sphérique <u>concave</u> ayant un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC} < 0\;</math> <ref name="nature de C dioptre"> Correspondant au caractère réel (resp. virtuel) du centre <math>\;C\;</math> d'un dioptre sphérique concave (resp. convexe).</ref>, a <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V > 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet eau, espace image air<math>\big)\;</math> c'est alors un système « <u>convergent</u> » et <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V < 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet air, espace image eau<math>\big)\;</math> c'est alors un système « <u>divergent</u> », * un dioptre sphérique <u>convexe</u> a un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC} > 0\;</math> <ref name="nature de C dioptre" />, a <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V < 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet eau, espace image air<math>\big)\;</math> c'est alors un système « <u>divergent</u> » et <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V > 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet air, espace image eau<math>\big)\;</math> c'est alors un système « <u>convergent</u> ». {{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}\;</math> on en déduit la nature (réelle ou virtuelle) des foyers principaux objet et image suivant la nature (convergente ou divergente) du dioptre sphérique : * pour un dioptre sphérique <u>concave convergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image"> La lumière passant d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent on a <math>\;n_o > n_i</math>.</ref> est <math>\;> 0\;</math> entraînant le caractère <u>réel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image" /> étant <math>\;< 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>réel</u>, * pour un dioptre sphérique <u>concave divergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image"> La lumière passant d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent on a <math>\;n_o < n_i</math>.</ref> est <math>\;< 0\;</math> entraînant le caractère <u>virtuel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image" /> étant <math>\;> 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>virtuel</u>, * pour un dioptre sphérique <u>convexe divergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image" /> est <math>\;< 0\;</math> entraînant le caractère <u>virtuel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image" /> étant <math>\;> 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>virtuel</u>, * pour un dioptre sphérique <u>convexe convergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image" /> est <math>\;> 0\;</math> entraînant le caractère <u>réel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image" /> étant <math>\;< 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>réel</u>. {{Al|5}}<u>Remarques</u> : Les distances focales objet et image étant, dans les quatre cas possibles, de signe contraire, les foyers principaux objet et image sont situés de part et d'autre de la surface dioptrique dans chacun des cas ; {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}pour un dioptre sphérique pour lequel la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent, <math>\;n_o\;</math> étant <math>\;>\;</math> à <math>\;n_i</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est situé à une distance <math>\;|f_o| = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> et le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> à une distance <math>\;|f_i| = \dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> avec <math>\;|f_i| < |f_o|\;</math> <math>\Rightarrow</math> le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est plus éloigné du sommet <math>\;S\;</math> que le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> <ref> Avec, pour un dioptre concave, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet réel (c.-à-d. usuellement à gauche) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image réelle (c.-à-d. usuellement à droite),<br><span style="color:#ffffff;"><small>....</small>Avec, </span>pour un dioptre convexe, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet virtuel (c.-à-d. usuellement à droite) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image virtuelle (c.-à-d. usuellement à gauche).</ref> ; {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}pour un dioptre sphérique pour lequel la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent, <math>\;n_o\;</math> étant <math>\;<\;</math> à <math>\;n_i</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est situé à une distance <math>\;|f_o| = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> et le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> à une distance <math>\;|f_i| = \dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> avec <math>\;|f_i| > |f_o|\;</math> <math>\Rightarrow</math> le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est moins éloigné du sommet <math>\;S\;</math> que le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> <ref> Avec, pour un dioptre concave, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet virtuel (c.-à-d. usuellement à droite) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image virtuelle (c.-à-d. usuellement à gauche),<br><span style="color:#ffffff;"><small>....</small>Avec, </span>pour un dioptre convexe, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet réel (c.-à-d. usuellement à gauche) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image réelle (c.-à-d. usuellement à droite).</ref>.}} === Aplanétisme approché d'un dioptre sphérique sous conditions de Gauss === {{Al|5}}Soit le dioptre sphérique concave convergent introduit à la 1{{ère}} question et un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o \neq C\;</math> <ref name="support axe optique principal" /> tel qu'il y ait stigmatisme approché du dioptre <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour tous les points <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> C.-à-d. que, pour un point quelconque <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o</math>, avec la définition de l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <math>\big(</math>cet axe jouant le rôle d'axe optique principal pour le point objet <math>\;M_o\;</math> est qualifié de secondaire relativement au point objet <math>\;A_o\big)</math>, les rayons incidents issus de <math>\;M_o\;</math> doivent être paraxiaux <math>\big[</math>peu inclinés relativement à l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> et à point d'incidence restant proche du sommet secondaire <math>\;S_{M_o}</math>, intersection de l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> avec le dioptre<math>\big]</math>.</ref> ; <br>{{Al|5}}cette dernière condition entraîne que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> admet une image « nette » <math>\;A_iB_i\;</math> <ref name="Nette" /> mais a priori cette image n'est <math>-</math> hors conditions de Gauss d'aplanétisme approché <math>-</math> ni « linéique » <ref name="Linéique" /> ni « transverse » ; {{Al|5}}Supposant que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> est, * quand l'objet n'est pas proche du dioptre, vu du sommet <math>\;S\;</math> du dioptre sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} S\big)\;</math> et * quand l'objet est proche du dioptre, vu du centre <math>\;C\;</math> du dioptre sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq S\big)</math>, {{Al|5}}ces deux conditions sont une première façon de définir les conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> pour un objet linéique transverse quelconque <ref> C'est cette façon qui a été vue en cours, <math>\;S\;</math> étant en effet le point de l'axe optique principal appartenant à la face d'entrée du dioptre.</ref>. {{Al|5}}Il existe une deuxième façon équivalente de définir les conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> pour un objet linéique transverse quelconque <math>\;A_oB_o\;</math> <ref name="façon plus simple" /> : * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> n'est pas proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre, l'objet doit être vu du centre <math>\;C\;</math> sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)\;</math> et * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math>, l'objet doit être vu du sommet <math>\;S\;</math> du dioptre sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq C\big)</math>. ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un dioptre sphérique concave convergent pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du dioptre et vu de ce centre sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant d'abord supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\alpha</math>, sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, l'angle <math>\;\beta</math> sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, n'étant pas nécessairement petit, la démarche pour établir l'aplanétisme du dioptre pour un tel objet est rendue plus aisée si on a établi auparavant la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Relation_de_conjugaison_de_position_.28ou_1.C3.A8re_relation_de_conjugaison.29_de_Descartes_.28avec_origine_au_centre.29|relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre)]] <ref name="méthode moins aisée" /> <center><math>\;\dfrac{n_o}{\overline{CA_i}} - \dfrac{n_i}{\overline{CA_o}} = V\;</math> où <math>\;V\;</math> est la vergence précédemment introduite :</center> {{Al|5}}la démarche peut alors être décomposée en les étapes suivantes : * montrer qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * en utilisant la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre), montrer alors que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et vérifier que l'angle au centre associé est encore <math>\;\alpha</math>, * conclure qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'image <math>\;A_iB_i\;</math> peut être confondue avec un segment perpendiculaire à l'axe optique principal c.-à-d. qu'elle est linéique transverse <ref> Nous aurons donc établi qu'il y a aplanétisme approché du dioptre sphérique pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du dioptre à condition qu'il soit vu de ce centre sous un petit angle.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq}\; C\big)</math>, avec l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, * le caractère transverse de l'objet linéique <math>\Rightarrow</math> la longueur <math>\;[CB_o]\;</math> est plus grande que la longueur <math>\;[CA_o]\;</math> <ref name="définition des côtés triangle rectangle" />, soit plus précisément <math>\;[CA_o] =</math> <math>[CB_o]\, \cos(\alpha) \simeq [CB_o] \left( 1 - \dfrac{\alpha^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\alpha\;</math> <ref name="DL du cosinus à l'ordre deux" /> ou finalement <math>\;[CA_o] \simeq [CB_o]\;</math> à l'ordre un en <math>\;\alpha\;</math> prouvant, qu'à cet ordre, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * tous les points objets <math>\;M_o\;</math> de l'arc de cercle <math>\;A_oB_o\;</math> de centre <math>\;C\;</math> ayant une abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <ref name="axe optique secondaire" />, l'application de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au centre) donne donc des points images <math>\;M_i\;</math> à abscisse image de Descartes (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)</math>, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est assimilable, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, à un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math>, * l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'arc de cercle <math>\;A_iB_i\;</math> est vu du centre <math>\;C\;</math> étant petit, on peut faire l'opération inverse de celle faite au premier paragraphe, c.-à-d. assimiler l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> à un segment choisi perpendiculaire à l'axe optique principal de support <math>\;(CA_i)\;</math> <ref name="justification choix" />, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, linéique transverse ; <center>l'<u>aplanétisme approché du dioptre sphérique</u> (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> a donc été établi <u>pour tout objet linéique de pied non proche du centre du dioptre</u>.</center>}} ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un dioptre sphérique concave convergent pour un objet linéique transverse de pied proche du centre du dioptre et vu du sommet de ce dernier sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> étant maintenant supposé proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\beta</math>, sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)</math> ; la démarche pour établir l'aplanétisme du miroir pour un tel objet nécessite l'utilisation de deux rayons paraxiaux issus de <math>\;M_o</math>, point objet quelconque de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> Le caractère paraxial étant indispensable pour satisfaire au stigmatisme approché du dioptre pour le point objet <math>\;M_o</math>, tous les rayons non paraxiaux issus de <math>\;M_o\;</math> seront arrêtés par un diaphragme centré sur <math>\;S</math> ;<br>{{Al|3}}on vérifie aisément que les rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> sont deux candidats respectant la paraxialité, par contre le rayon incident <math>\;M_oC\;</math> pouvant ne pas l'être car <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math> <math>\big(</math>et si tel était le cas il serait alors arrêté par le diaphragme centré en <math>\;S\big)</math>, nous ne l'utiliserons pas.</ref> et de montrer que le point image <math>\;M_i</math>, défini comme l'intersection des deux rayons réfractés, a pour projeté, sur l'axe optique principal, le point image <math>\;A_i</math> : * déterminer l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;p_i\;</math> en fonction de la distance focale image <math>\;f_i\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * déterminer la longueur algébrique <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> en fonction de <math>\;\beta\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * travaillant dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> <ref> L'axe <math>\;\overrightarrow{Sx}\;</math> étant porté par l'axe optique principal et l'axe <math>\;\overrightarrow{Sy}\;</math> étant porté par la représentation symbolique du dioptre orienté vers le haut, l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> étant lui aussi orienté vers le haut.</ref> déterminer l'équation des rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> <ref name="définition ε" />, * travaillant dans le même repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> déterminer les équations des rayons réfractés, puis leur intersection <math>\;M_i\;</math> ; * vérifier que l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal est égale à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, puis conclure à l'aplanétisme approché du dioptre sphérique (concave convergent) pour l'objet linéique <math>\;A_oB_o\;</math> de pied proche du centre du dioptre. {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - aplanétisme.jpg|thumb|Schéma positionnant un objet linéique transverse de pied proche du centre d'un dioptre sphérique concave convergent pour démontrer l'aplanétisme approché du dioptre pour cet objet <ref> Sur le schéma ci-dessus la distance focale objet vaut <math>\;\big(</math>avec <math>\;n_o \simeq 1,5\;</math> et <math>\;n_i \simeq 1,0\big)</math> <math>\;f_o = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\;\overline{R} = 3\;\overline{R} = -3\;R</math>, la distance focale image, quant à elle, valant <math>\;f_i = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\;\overline{R} = -2\;\overline{R} = 2\;R</math>.</ref>]] {{Al|5}}Soit <math>\;A_oB_o\;</math> un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o</math>, proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre sphérique concave convergent <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, vu du sommet <math>\;S\;</math> de ce dernier sous un angle <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)\;</math> correspondant à la condition de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> précitée ; # on détermine d'abord <math>\;p_i = \overline{SA_i}</math>, l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, image du point objet <math>\;A_o\;</math> d'abscisse objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}</math>, par utilisation de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes du dioptre sphérique (avec origine au sommet) de vergence <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i}</math>, <math>\;f_i = \overline{SF_i}\;</math> étant la distance focale image du dioptre d'où : <center><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = \dfrac{n_i}{f_i} \Rightarrow \dfrac{1}{p_i} = \dfrac{n_o}{n_i\, p_o} + \dfrac{1}{f_i} = \dfrac{n_o\, f_i + n_i\, p_o}{n_i\, p_o\, f_i}\;</math> soit <math>\;p_i = p_o\, \dfrac{n_i\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}</math>.</center> # <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> <math>\;> 0\;</math> avec <math>\;\beta\;</math> non algébrisé <math>\;\ll 1</math>, on en déduit <math>\;\tan(\beta) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{p_o}\;</math> avec <math>\;\tan(\beta) \simeq \beta\;</math> d'où <center><math>\;\overline{A_oB_o} \simeq -\beta\; p_o</math> ;</center> # dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})</math>, le rayon incident <math>\;M_oS\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = \varepsilon\, \overline{A_oB_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_S}{x_{M_o} - x_S} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o} = -\varepsilon\, \beta\;</math> a pour équation <math>\;y - y_S = -\varepsilon\, \beta \left( x - x_S \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = -\varepsilon\, \beta\, x\;</math> <ref name="vérification signes" />,</center> {{Transparent|dans le repère orthonormé <math>\;\color{transparent}{(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, }}le rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> et passant par le foyer principal objet du dioptre sphérique <math>\;F_o\;</math> de coordonnées <math>\;\left(x_{F_o} = f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\,f_i\, , \, y_{F_o} = 0\right)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_{F_o}}{x_{M_o} - x_{F_o}} =</math> <math>\dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + \dfrac{n_o}{n_i}\,f_i} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\,f_i}\;</math> a pour équation <math>\;y - y_{F_o} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} \left( x - x_{F_o} \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} \left( x + \dfrac{n_o}{n_i}\,f_i \right)</math> ;</center> # dans le même repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> le rayon réfracté sur le dioptre du rayon incident <math>\;M_oS\;</math> étant de direction déterminée par la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de la réfraction <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réfraction" /> (écrite pour de petits angles) est de pente <math>\;-\dfrac{n_o}{n_i}\,\varepsilon\, \beta\;</math> <ref> En effet le rayon réfracté de pente égale à la tangente de l'angle de réfraction c.-à-d. encore égale à l'angle de réfraction <math>\;i_i\;</math> et le rayon incident étant de pente égale à la tangente de l'angle d'incidence c.-à-d. encore égale à l'angle d'incidence <math>\;i_o</math>, l'utilisation de la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes de la réfraction (écrite pour de petits angles) conduisant à <math>\;n_i\, i_i = n_o\, i_o\;</math> d'où <math>\;i_i = \dfrac{n_o}{n_i}\, i_o</math>.</ref> d'où l'équation du rayon réfracté correspondant au rayon incident <math>\;M_oS\;</math> <center><math>\;y = -\dfrac{n_o}{n_i}\,\varepsilon\, \beta\, x\;</math> <ref name="vérification signes bis" />,</center> {{Transparent|dans le repère orthonormé <math>\;\color{transparent}{(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, }}le rayon réfracté sur le dioptre du rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> étant, à partir du point d'incidence <math>\;I\;</math> sur le dioptre, <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, son équation nécessite de déterminer au préalable l'ordonnée de <math>\;I\;</math> par <math>\;x_{I} = 0\;</math> dans l'équation du rayon incident soit <math>\;y(I) = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} \left[ x_I + \dfrac{n_o}{n_i}\,f_i \right) = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_o\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}\;</math> d'où l'équation du rayon réfracté correspondant au rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_o\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}</math> ;</center> {{Al|5}}l'intersection <math>\;M_i\;</math> de ces deux rayons réfractés a pour abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_o\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} = -\dfrac{n_o}{n_i}\,\varepsilon\, \beta\, x_{M_i}\;</math> soit <center><math>\;x_{M_i} = \dfrac{n_i\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}\;</math> identique à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du point image <math>\;A_i</math> ;</center> # l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal étant égale à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, on conclut à l'<u>aplanétisme approché du dioptre sphérique</u> (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <u>pour tout objet linéique</u> <math>\;A_oB_o\;</math> <u>de pied proche du centre du dioptre</u>.}} ==== Relation de conjugaison (approchée) de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) ==== {{Al|5}}Dès lors qu'un dioptre sphérique est utilisée sous conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme et d'aplanétisme approchés <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" />{{,}} <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" />, l'usage est de représenter ce dioptre sous une forme symbolique dans laquelle figurent l'axe optique principal, le centre <math>\;C</math>, les foyers principaux objet <math>\;F_o\;</math> et image <math>\;F_i</math>, le sommet <math>\;S\;</math> et la partie de dioptre perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal <ref> Cette partie de dioptre perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal est terminée par des bords inclinés vers la droite pour un dioptre convergent et vers la gauche pour un dioptre divergent.</ref> <center>voir ci-dessous en 1{{ère}} ligne les quatre types de dioptres sphériques et en 2{{ème}} ligne leur représentation symbolique <ref name="Foyers à ajouter" />. <gallery> Dioptre sphérique concave verre - air.jpg| Dioptre sphérique concave air - verre.jpg| Dioptre sphérique convexe verre - air.jpg| Dioptre sphérique convexe air - verre.jpg| </gallery> <gallery> Dioptre sphérique concave convergent - symbole.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique concave convergent Dioptre sphérique concave divergent - symbole.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique concave divergent Dioptre sphérique convexe divergent.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique convexe divergent Dioptre sphérique convexe convergent.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique convexe convergent </gallery> </center> [[File:Dioptre sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes avec origine en S pour un dioptre sphérique concave convergent]] {{Al|5}}Sur le schéma ci-contre on a construit l'image linéique transverse <math>\;A_iB_i\;</math> d'un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> <math>\;\neq S\;</math> et <math>\;\neq C\;</math> en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, l'un passant que le centre <math>\;C\;</math> du dioptre et qui poursuit dans l'espace image réel sans être dévié <ref> En effet le rayon émergent doit être issu du point d'incidence <math>\;I\;</math> du rayon incident et passer par l'image de <math>\;C\;</math> par le dioptre c.-à-d. <math>\;C\;</math> lui-même.</ref>, l'autre passant par le sommet <math>\;S\;</math> du dioptre et qui se réfracte en obéissant à la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" />{{,}} <ref> Attention le sommet <math>\;S\;</math> du dioptre est le seul point d'incidence en lequel on peut appliquer la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes en travaillant sur la représentation symbolique du dioptre car c'est le seul point pour lequel la direction de cette représentation symbolique se confond avec la direction réelle du dioptre <math>\big(</math>autrement dit c'est le seul point où la normale réelle est perpendiculaire à la représentation symbolique, par exemple le rayon incident <math>\;B_oC\;</math> qui se confond avec la normale réelle du dioptre en <math>\;I\;</math> n'est pas perpendiculaire à la représentation symbolique du dioptre en <math>\;I\big)</math>.</ref>, le point d'intersection de ces deux rayons émergents étant le point de convergence <math>\;B_i\;</math> de tous les rayons réfractés correspondant à tous les rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> sous conditions de Gauss <ref name="Gauss" />{{,}} <ref> Car le dioptre est stigmatique approché pour <math>\;B_o</math>.</ref> et <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal <ref> Car le dioptre est aplanétique approché pour <math>\;A_oB_o</math>.</ref>. {{Al|5}}En comparant les triangles rectangles <math>\;A_iB_iS\;</math> et <math>\;A_oB_oS</math>, déterminer le grandissement transverse par le dioptre de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}\\ p_i = \overline{SA_i} \end{array}\right\rbrace</math> ; <center>cette relation définit la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour tout objet linéique transverse de pied <math>\;A_o \neq S\;</math> <ref name="forme indéterminée" />, elle caractérise quantitativement la propriété d'aplanétisme approché du miroir sphérique pour l'objet linéique transverse de pied <math>\;A_o\;</math> <ref name="indépendance de la nature dioptre" />.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons émergents correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;C\;</math> qui est transmis sans déviation et le 2{{ème}} de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfracte en <math>\;S\;</math> suivant une direction faisant l'angle <math>\;i_i\;</math> par rapport à l'axe optique principal, la direction du rayon incident, quant à elle, faisant l'angle <math>\;i_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal telle que <math>n_i\,i_i = n_o\, i_o\;</math> <ref name="relation de Kepler"> On rappelle que les angles étant petits, la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes de la réfraction se réécrit en omettant les sinus (relation approchée de Kepler).</ref> <ref> Il est déconseillé de choisir ce rayon dans les constructions futures demandées car peu pratique <math>\;\big(</math>l'angle <math>\;i_o\;</math> devant être mesuré puis l'angle <math>\;i_i\;</math> calculé et enfin reporté par rapport à l'axe optique principal<math>\big)</math> ; ici nous l'utilisons dans la démonstration d'où ce choix.</ref>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(i_o)\;</math> et <math>\;\tan(i_i)\;</math> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oS\;</math> et <math>\;A_iB_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(i_o) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}}</math>, <math>\;i_o\;</math> étant <math>\;< 0</math>, <math>\;\overline{A_oB_o} > 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o} < 0\;</math> <ref> On suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oS\;</math> puisse être défini.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;i_o \simeq \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}}</math>, * <math>\;\tan(i_i) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}}</math>, <math>\;i_i\;</math> étant <math>\;< 0</math>, <math>\;\overline{A_iB_i} < 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_i} > 0\;</math> <ref> Ayant suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> et <math>\;S\;</math> étant un point double on en déduit <math>\;A_i \neq S\;</math> ce qui définit le triangle <math>\;A_iB_iS</math>.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;i_i \simeq \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}}</math> ; {{Al|5}}écrivant la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de la réfraction <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réfraction" /> pour les petits angles <math>\;n_i\, i_i \simeq n_o\, i_o\;</math> on en déduit : <math>\;n_o\, \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}} \simeq n_i\, \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} \simeq \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\overline{SA_i}}{\overline{SA_o}}\;</math> d'où <center>la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes (avec origine au sommet)</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\overline{SA_i}}{\overline{SA_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq S\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}\\ p_i = \overline{SA_i} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;p_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;p_i = f_i\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;p_o = f_o\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = C\;</math> <ref> Le dioptre sphérique n'est stigmatique rigoureux que pour le pied <math>\;C\;</math> de l'objet linéique, pour tous les autres points objets constituant ce dernier on suppose le stigmatisme approché du dioptre c.-à-d. l'utilisation de rayons incidents issus de <math>\;M_o\; (\neq C)\; \in A_oB_o\;</math> paraxiaux <math>\big(</math>ce qui peut être réalisé en pratique avec un diaphragme centré en <math>\;S\;</math> collé contre le dioptre<math>\big)</math>.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du dioptre pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> sous lequel l'objet est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\;\big(\beta \ll 1\big)</math>, * vérifier, par construction de l'image <math>\;A_iB_i</math> et utilisation de la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de réfraction <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réfraction" /> dans les conditions de Gauss <ref name="Gauss" />, qu'elle est se superpose à <math>\;A_oB_o\;</math> avec un cœfficient d'agrandissement dépendant du rapport des indices des espaces objet et image, * en déduire l'applicabilité de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = C</math>. {{Al|5}}Considérant maintenant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = S\;</math> <ref> L'objet, collé contre le dioptre sphérique, de pied <math>\;A_o = S</math>, l'axe optique principal ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, ne peut être rigoureusement linéique (c.-à-d. rectiligne) car il suit la courbure du dioptre mais, s'il est vu de <math>\;C\;</math> sous un petit angle non algébrisé <math>\;\alpha</math>, on peut confondre l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et le segment correspondant lui étant tangent à l'ordre un <math>\;\alpha</math>, raison pour laquelle l'objet est qualifié de « linéique transverse » ; <br>{{Al|3}}le dioptre sphérique est stigmatique rigoureux que pour les points de l'objet linéique car tous ces points, étant sur le dioptre, jouent le rôle de sommet (secondaire) pour lequel le dioptre est stigmatique rigoureux.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du dioptre pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'objet est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(\alpha \ll 1\big)\;</math> <ref> Qui est aussi la condition pour que l'objet collé sur le dioptre puisse être considéré comme linéique.</ref>, * vérifier que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> se superpose à <math>\;A_oB_o</math>, le caractère linéique transverse de l'objet entraînant celui de l'image et * en déduire la valeur du grandissement transverse <math>\;G_t(S)\;</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = S</math>. {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - grandissement transverse au centre.jpg|thumb|Construction de l'image d'un objet linéique transverse de pied au centre d'un dioptre sphérique concave convergent]] {{Al|5}}Le centre <math>\;C\;</math> du dioptre sphérique concave convergent ci-contre en étant un point double conjugué rigoureux, un objet linéique transverse <math>\;CB_o\;</math> a pour image, par le dioptre, une image linéique transverse de pied <math>\;C</math>, notée <math>\;CB_i</math> ; pour construire cette dernière il suffit de choisir pour rayon incident issu de <math>\;B_o</math>, le rayon passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> qui se propage dans l'espace image parallèlement à l'axe optique principal, le point image <math>\;B_i\;</math> étant alors l'intersection de ce rayon émergent avec le plan transverse passant par <math>\;C</math> ; on vérifierait graphiquement que <center> <math>\;\overline{CB_i} = \dfrac{n_o}{n_i}\, \overline{CB_o}\;</math> et par suite <math>\;G_t(C) = \dfrac{n_o}{n_i}</math> ;</center> {{Al|5}}l'application de la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au sommet) nous conduit à <math>\;G_t(C) =</math> <math>\dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\overline{SC}}{\overline{SC}}</math>, soit effectivement <math>\;G_t(C) = \dfrac{n_o}{n_i}</math>. {{Al|5}}Tous les points du dioptre sphérique étant des points doubles de ce dernier <ref> Chaque point du dioptre jouant le rôle de sommet pour l'axe optique principal passant par ce point, c'est effectivement un point double.</ref>, un objet collé sur le dioptre est donc sa propre image ; dans la mesure où l'objet est de petite taille, on peut négliger sa courbure et le considérer comme linéique transverse, son image étant alors également linéique transverse ; comme <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SA_o}\;</math> on en déduit, par définition, <math>\;G_t(S) = +1\;</math>.}} ==== Construction de l'image par un dioptre sphérique d'un objet linéique transverse ==== {{Al|5}}<u>Définitions préliminaires</u> : On appelle plan focal objet le plan transverse passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}plan focal image le plan transverse passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math> ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle axe optique secondaire tout axe passant par le centre <math>\;C</math> du dioptre, il possède une partie incidence contenue dans l'espace objet réel se prolongeant sans être dévié pour donner sa partie émergente contenue dans l'espace image réelle ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal objet et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}foyer secondaire image <math>\;\varphi_i\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal image. {{Al|5}}<u>Propriétés</u> : Justifier les propriétés des foyers secondaires objet et image associés à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : # le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour image le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)\big]</math>, # le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour antécédent le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}<u>Propriétés des foyers secondaires associés à un axe optique secondaire</u> : # foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet linéique transverse contenu dans le plan focal objet et de pied <math>\;F_o</math>, objet noté <math>\;F_o\varphi_o(\delta)</math>, <math>\;F_o\;</math> ayant pour image le point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et l'image étant linéique transverse, le point <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> a une image également située à l'infini sur l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon incident issu de <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> se prolonge dans l'espace image sans déviation, les parties incidente et émergente constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)</math>,</center> # foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet dont l'image associée est contenue dans le plan focal image et de pied <math>\;F_i</math>, image notée <math>\;F_i\varphi_i(\delta)</math>, <math>\;F_i\;</math> ayant pour antécédent le point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et le dioptre étant aplanétique, le point <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> a un antécédent également situé à l'infini sur la partie incidente de l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon émergent issu de <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> est le prolongement d'un rayon incident sans changement de direction, les parties incidente et émergente constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement<math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)</math>.</center>}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> réel, de pied <math>\;A_o\;</math> séparé du sommet <math>\;S\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent d'une distance supérieure au rayon non algébrisé du dioptre <ref> Pour la construction on prendra <math>\;n_o = 1,5\;</math> (indice du verre) et <math>\;n_i = 1,0\;</math> (indice de l'air).</ref>, construire son image <math>\;A_iB_i\;</math> par le dioptre de deux façons différentes : # en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> <math>\big[</math>choisis parmi les trois suivants : passant par <math>\;C</math>, passant par <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<math>\big]</math>, # en considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> <ref name="un seul rayon incident suffit" /> <math>\big[</math>choisi parmi les deux suivants : passant par <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\big]</math>. {{Al|5}}Refaire les constructions précédentes avec un miroir concave divergent (obtenu en permutant les espaces objet et image). {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - construction image.jpg|thumb|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave convergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal]] # En considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> choisis parmi les trois suivants (voir schéma ci-contre) : <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;C\;</math> et se prolongeant sans déviation, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;F_o\;</math> foyer principal objet et émergeant dans l'espace image parallèlement à l'axe optique principal, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal et émergeant dans l'espace image en passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;B_i\;</math> étant à l'intersection des deux rayons réfractés correspondant aux deux rayons incidents choisis, <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal. {{clr}} [[File:Dioptre sphérique concave convergent - construction image - bis.jpg|thumb|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave convergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire]] # En considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> choisis parmi les deux suivants (voir schéma ci-contre) : <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par un foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection du rayon incident et du plan focal objet<math>\big]\;</math> et émergeant parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> <math>\big[</math>c.-à-d., pour la partie incidente <math>\;C\varphi_o(\delta)</math>, la partie réfractée en étant le prolongement sans déviation<math>\big]</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à un axe optique secondaire a priori quelconque <math>\;(\delta)\;</math> et émergeant en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection de l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> et du plan focal image<math>\big]</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;A_i\;</math> étant à l'intersection d'un des rayons réfractés correspondant au rayon incident choisi et de l'axe optique principal, <math>\;B_i\;</math> s'obtenant comme intersection de l'axe optique secondaire passant par <math>\;B_o\;</math> et du plan transverse passant par <math>\;A_i</math>. {{clr}} {{Al|5}}Ci-dessous les constructions refaites sur un dioptre sphérique concave divergent, en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> à gauche puis en utilisant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> et la notion de foyers secondaires objet ou image à droite : <center> <gallery> Dioptre sphérique concave divergent - construction image.jpg|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave divergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal Dioptre sphérique concave divergent - construction image - bis.jpg|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave divergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire </gallery> </center>}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) sous conditions de Gauss === ==== Relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}On repère maintenant les points objet <math>\;A_o\;</math> et image <math>\;A_i\;</math> relativement au centre <math>\;C\;</math> du dioptre sphérique en définissant * l'abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}\;</math> et * l'abscisse image de Descartes (avec origine au centre) de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}</math> ; {{Al|5}}à partir de la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) s'écrit <center><math>\;\dfrac{n_o}{\overline{CA_i}} - \dfrac{n_i}{\overline{CA_o}} = V\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C" /> ou <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = V\;</math> avec <math>\;V\;</math> vergence du dioptre.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Descartes (origine au centre) utilisent <math>\;C\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> ou un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o} = \overline{SC} + \overline{CA_o}\;</math> ou <math>\;p_o = \overline{R} + \pi_o\;</math> et * l'abscisse image de Descartes (avec origine au centre) du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i = \overline{SA_i}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SC} + \overline{CA_i}\;</math> ou <math>\;p_i = \overline{R} + \pi_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au centre) en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes précédemment définis, dans la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = \dfrac{-(n_i - n_o)}{\overline{R}}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{n_i}{\pi_i + \overline{R}} - \dfrac{n_o}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> ou <math>\;\dfrac{n_i\,(\pi_o + \overline{R}) - n_o\, (\pi_i + \overline{R})}{(\pi_i + \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R})} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens" /> <math>\;-(n_o - n_i)\, (\pi_i + \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R}) = [n_i\, \pi_o - n_o\, \pi_i - (n_o - n_i)\, \overline{R}]\, \overline{R}\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;-(n_o - n_i)\, \pi_o\, \pi_i - (n_o - n_i)\, \overline{R}\, \pi_o - (n_o - n_i)\, \overline{R}\, \pi_i - (n_o - n_i)\, \overline{R}^2 = n_i\, \pi_o\, \overline{R} - n_o\, \pi_i\, \overline{R} - (n_o - n_i)\, \overline{R}^2\;</math> soit, après simplification <math>\;-(n_o - n_i)\, \pi_o\, \pi_i - n_o\, \overline{R}\, \pi_o + n_i\, \overline{R}\, \pi_i = 0\;</math> ou <math>\;n_o\, \overline{R}\, \pi_o - n_i\, \overline{R}\, \pi_i = -(n_o - n_i)\, \pi_o\, \pi_i\;</math> et enfin, en divisant les deux membres de l'équation par <math>\;\pi_o\, \pi_i\, \overline{R}\;</math> <ref name="C.N." /> <math>\;\big(</math>la raison en étant que l'on cherche à établir une équation faisant intervenir des inverses de longueur à partir d'une équation comportant des produits de deux longueurs<math>\big)\;</math> <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}</math> ; la <u>1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = V\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du dioptre ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}} = V</math>.</ref> avec <math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> vergence du dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}\\ \pi_i = \overline{CA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</center>}} [[File:Dioptre sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes avec origine en C pour un dioptre sphérique concave convergent]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}à partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C" />. {{Al|5}}En utilisant le schéma ci-contre vérifier directement cette relation. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet" /> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \pi_o + \overline{R} \\ p_i = \pi_i + \overline{R} \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\pi_i + \overline{R}}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}\left( \dfrac{1}{\overline{R}} + \dfrac{1}{\pi_i} \right)}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}} \left( \dfrac{1}{\overline{R}} + \dfrac{1}{\pi_o} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître des inverses de longueur comme celles de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}} \Leftrightarrow \dfrac{n_o}{\pi_i} + \dfrac{n_o}{\overline{R}} = \dfrac{n_i}{\pi_o} + \dfrac{n_i}{\overline{R}}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}}}</math> ; la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du dioptre ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = 1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}\\ \pi_i = \overline{CA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons émergents correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;C\;</math> qui est transmis sans déviation et le 2{{ème}} de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfracte en <math>\;S\;</math> suivant une direction faisant l'angle <math>\;i_i\;</math> par rapport à l'axe optique principal, la direction du rayon incident, quant à elle, faisant l'angle <math>\;i_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal telle que <math>n_i\,i_i = n_o\, i_o\;</math> <ref name="relation de Kepler" />, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oC\;</math> et <math>\;A_iB_iC\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o}) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_o} < 0\;</math> <ref name="hors centre" />, * <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_i} > 0\;</math> <ref name="hors centre bis" /> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}} = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{\overline{CA_i}}{\overline{CA_o}}\;</math> d'où <center>la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes (avec origine au centre)</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{CA_i}}{\overline{CA_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq C\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\pi_o = \overline{CA_o}\\ \pi_i = \overline{CA_i} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\pi_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\pi_i = f_i - \overline{R}\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\pi_o = f_o - \overline{R}\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Newton sous conditions de Gauss === {{Al|5}}On repère maintenant le point objet <math>\;A_o\;</math> relativement au foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> du dioptre sphérique et le point image <math>\;A_i\;</math> relativement au foyer principal image <math>\;F_i\;</math> du même dioptre sphérique en définissant * l'abscisse objet de Newton de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> et * l'abscisse image de Newton de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>. ==== Relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Newton s'écrit <center><math>\; \overline{F_iA_i}\; \overline{F_oA_o} = \overline{SF_i}\; \overline{SF_o}\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Newton" /> ou <math>\;\sigma_i \; \sigma_o = f_i\; f_o\;</math> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille"> On retrouve la forme commune vue pour un miroir sphérique et qui sera établie au chapitre suivant pour une lentille mince <math>\;\big(</math>à condition que les deux formes de la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton soient explicitées uniquement en fonction des abscisses objets ou des abscisses images et non simultanément des deux<math>\big)</math>.</ref> avec <math>\;f_i\;</math> et <math>\;f_o\;</math> distances focales image et objet du dioptre.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Newton utilisent <math>\;F_o\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> comme origine pour repérer un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Newton du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o =</math> <math>\overline{SA_o}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o} = \overline{SF_o} + \overline{F_oA_o}\;</math> ou <math>\;p_o = f_o + \sigma_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\, f_i + \sigma_o\;</math> <ref name="vergence dioptre"> On rappelle la vergence <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}\;</math> d'où <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\, f_i</math>.</ref> et * l'abscisse image de Newton du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i =</math> <math>\overline{SA_i}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SF_i} + \overline{F_iA_i}\;</math> ou <math>\;p_i = f_i + \sigma_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Newton en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes précédemment définis, dans la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = \dfrac{n_i}{f_i}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{n_i}{\sigma_i + f_i} - \dfrac{n_o}{\sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i} = \dfrac{n_i}{f_i}\;</math> ou <math>\;\dfrac{n_i \left( \sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i \right) - n_o\, (\sigma_i + f_i)}{(\sigma_i + f_i) \left( \sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i \right)} = \dfrac{n_i}{f_i}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens" /> <math>\;n_i\, (\sigma_i + f_i) \left( \sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i \right)</math> <math>= (n_i\, \sigma_o - n_o\, \sigma_i - 2\, n_o\, f_i)\, f_i\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;n_i\, \sigma_o\, \sigma_i + n_i\, f_i\, \sigma_o - n_o\, f_i\, \sigma_i - n_o\, f_i^2 =</math> <math>n_i\, \sigma_o\, f_i - n_o\, \sigma_i\, f_i - 2\, n_o\, f_i^2\;</math> soit, après simplification <math>\;n_i\, \sigma_o\, \sigma_i = -n_o\, f_i^2\;</math> et enfin, sachant que <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\, f_i</math> <ref> On remplacera une seule fois <math>\;n_o\, f_i\;</math> par <math>\;-n_i\, f_o\;</math> pour obtenir une forme symétrique de la relation puis on simplifiera l'équation obtenue par <math>\;n_i</math>.</ref>, <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> ; la <u>1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center> <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le foyer principal objet du dioptre <math>\;\big(</math> en effet si <math>\;A_o\;</math> est en <math>\;F_o</math>, l'image <math>\;A_i\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal et on obtient une forme indéterminée avec <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> valant <math>\;\infty\big)</math> ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS} = -f_o\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS} = -f_i\;</math> d'où <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i</math>.</ref> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille" /> <br>avec <math>\;f_i = -\dfrac{n_i}{n_o}\,f_o = -\dfrac{(n_o - n_i)}{n_i}\,\overline{R}\;</math> distance focale image du dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \sigma_o = \overline{F_oA_o}\\ \sigma_i = \overline{F_iA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</center>}} [[File:Dioptre sphérique - grandissement transverse Newton.jpg|thumb|Schéma de démonstration des deux formes de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton pour un dioptre sphérique concave convergent]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Newton <ref name="deux formes de grandissement transverse de Newton" /> <ref name="Applicabilité relation de Newton" />. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet" /> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \sigma_o + f_o \\ p_i = \sigma_i + f_i \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\sigma_i + f_i}{\sigma_o + f_o} = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\sigma_i \left( 1 + \dfrac{f_i}{\sigma_i} \right)}{f_o \left( 1 + \dfrac{\sigma_o}{f_o} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître, au numérateur et au dénominateur, deux grandeurs égales découlant de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_i\, f_o \Leftrightarrow \dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> ou encore <math>\;1 + \dfrac{\sigma_i}{f_i} = 1 + \dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\sigma_i}{f_o} =</math> <math>-\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <ref name="vergence dioptre" /> ; la 1{{ère}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton dioptre"> Applicable en tout point objet ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que cette forme de relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS} = -f_o\;</math> <math>\;\big(</math>resp. <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS} = -f_i\big)\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = +1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille" /> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>.</center> {{Al|5}}comme la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton s'écrivant <math>\;\sigma_i\, \sigma_o = f_i\, f_o\;</math> est équivalente à <math>\;\dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> on en déduit aisément la 2{{ème}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton" /> <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille" /> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfractés correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;F_o\;</math> qui émerge en <math>\;K\;</math> parallèlement à l'axe optique principal et le 2{{ème}} parallèle à l'axe optique principal qui se réfracte en <math>\;H\;</math> en passant par <math>\;F_i</math>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_iS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_iB_iF_i\;</math> et <math>\;HF_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{F_iA_i} < 0\;</math> <ref name="hors foyer bis" />, * <math>\;\tan(\widehat{HF_iS}) = \dfrac{\overline{SH}}{\overline{SF_i}}</math>, <math>\;\overline{SH}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SH} = \overline{A_oB_o}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{HF_iS}) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_iS})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}} = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{F_iA_i}}{\overline{SF_i}}\;</math> d'où <center>une 1{{ère}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\overline{F_iA_i}}{\overline{SF_i}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq A_{o,\,\infty}\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>.</center> {{Al|5}}de même le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_oS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oF_o\;</math> et <math>\;KF_oS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o}) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{F_oA_o} > 0\;</math> <ref name="hors foyer" />, * <math>\;\tan(\widehat{KF_oS}) = -\dfrac{\overline{SK}}{\overline{SF_o}}</math>, <math>\;\overline{SK}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_o} < 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SK} = \overline{A_iB_i}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{KF_oS}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_oS})</math>, on en déduit : <math>\;\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}} = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{SF_o}}{\overline{F_oA_o}}\;</math> d'où <center>une 2{{ème}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\overline{SF_o}}{\overline{F_oA_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq F_o\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\sigma_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\sigma_i = 0\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de Lagrange - Helmholtz sous conditions de Gauss === [[File:Dioptre sphérique - grandissement angulaire.jpg|thumb|Schéma de détermination du grandissement angulaire en repérage de Descartes (avec origine en S) pour un dioptre sphérique concave convergent]] ==== Expression de Descartes (avec origine au sommet) du grandissement angulaire d'un pinceau incident issu d'un point objet ==== {{Al|5}}On rappelle que le grandissement angulaire d'un pinceau lumineux incident issu d'un point objet <math>\;A_o\;</math>, de direction faisant un angle <math>\;\theta_o\;</math> avec l'axe optique principal, le pinceau se réfractant sur le dioptre en convergeant vers le point image <math>\;A_i\;</math>, avec une direction faisant un angle <math>\;\theta_i\;</math> avec l'axe optique principal, est défini selon <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> <ref name="Angles petits" /> ; {{Al|5}}en utilisant le schéma ci-contre, établir l'expression du grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes (avec origine au sommet), respectivement <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> et <math>\;p_i = \overline{SA_i}\;</math> <ref> L'expression du grandissement angulaire a été établie en utilisant un dioptre sphérique concave convergent mais elle reste applicable pour un dioptre sphérique des trois autres types.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}On détermine le grandissement angulaire par évaluation de <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> et <math>\;\tan(\theta_i)</math>, <math>\big(\theta_o\;</math> <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\theta_i < 0\;</math> sur la figure ci-dessus<math>\big)</math> respectivement dans les triangles <math>\;A_oIS\;</math> et <math>\;A_iIS\;</math> soit : * dans le triangle <math>\;A_oIS</math>, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_o}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} < 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_o| \ll 1</math>, <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}</math> ; * dans le triangle <math>\;A_iIS</math>, <math>\;\tan(\theta_i) = -\dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_i}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0</math>, <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> et <math>\;\theta_i < 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_i) = -\dfrac{\overline{SI}}{p_i}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>, <math>\;\theta_i \simeq -\dfrac{\overline{SI}}{p_i}</math> ; {{Al|5}}on en déduit <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq \dfrac{\dfrac{-\overline{SI}}{p_i}}{-\dfrac{\overline{SI}}{p_o}}\;</math> soit, en simplifiant par <math>\;\overline{SI}</math>, l'expression souhaitée du <center>grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq \dfrac{p_o}{p_i}</math>.</center>}} ==== Établissement de la relation de Lagrange - Helmholtz ==== {{Al|5}}Á l'aide des relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) et de l'expression du grandissement angulaire dans le même repérage, vérifier la relation de Lagrange - Helmholtz <center> <math>\;\dfrac{n_i}{n_o}\; G_t(A_o)\; G_a(A_o) = 1\;</math> <ref name="Lagrange - Helmholtz dioptre"> Cette relation est la même que celle que l'on trouvera dans le chapitre suivant sur les lentilles minces, dans le cas usuel d'une lentille mince l'espace image étant de même indice que l'espace objet</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Connaissant le grandissement transversal donné par la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) \simeq \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> et l'expression du grandissement angulaire précédemment trouvée <math>\;G_a(A_o) \simeq \dfrac{p_o}{p_i}</math>, on en déduit le lien entre grandissements angulaire et transversal indépendant de la position du point objet <math>\;A_o</math>, <math>\;G_a(A_o)\; G_t(A_o) \simeq \dfrac{p_o}{p_i} \times \dfrac{n_o}{n_i}\; \dfrac{p_i}{p_o} = \dfrac{n_o}{n_i}\;</math> soit finalement <center><math>\;\dfrac{n_i}{n_o}\; G_t(A_o)\; G_a(A_o) = 1\;</math> ce qui constitue la relation de Lagrange - Helmholtz cherchée <ref name="Lagrange - Helmholtz dioptre" />.</center>}} == Notes et références == <references /> {{Bas de page | idfaculté = physique | précédent = [[../Optique géométrique : miroir plan/]] | suivant = [[../Optique géométrique : lentilles minces/]] }} ajxvt27p9bzu3e6yw41kwb3nayracei 880710 880708 2022-07-24T11:52:05Z Phl7605 31541 wikitext text/x-wiki {{Exercice | titre = Optique géométrique : conditions de Gauss | idfaculté = physique | numéro = 13 | chapitre = [[../../Optique géométrique : conditions de Gauss/]] | précédent = [[../Optique géométrique : miroir plan/]] | suivant = [[../Optique géométrique : lentilles minces/]] | niveau = 14 }} __TOC__ {{clr}} == Stigmatisme et aplanétisme approchés d'un miroir sphérique sous conditions de Gauss == {{Al|5}}Pour être défini, un miroir sphérique nécessite la connaissance de : * sa nature « concave » ou « convexe », * son centre <math>\;C\;</math> <math>\big(</math>centre de courbure de la surface sphérique réfléchissante <ref> Si le miroir est « concave », <math>\;C\;</math> est réel, et si le miroir est « convexe », <math>\;C\;</math> est virtuel.</ref><math>\big)</math>, * son rayon de courbure <math>\;\big(</math>non algébrisé<math>\big)</math> <math>\;R\;</math> <math>\big(</math>rayon de courbure de la surface sphérique réfléchissante<math>\big)</math>, * l'axe optique principal dont la partie incidente <math>\;\big(</math>ou son prolongement<math>\big)\;</math> passe par <math>\;C\;</math> et le point objet <math>\;A_o\;</math> <math>\big(</math>point objet dont on étudiera l'image éventuelle<math>\big)\;</math> et * son sommet <math>\;S\;</math> <math>\big(</math>intersection de l'axe optique principal et de la surface réfléchissante<math>\big)</math>. {{Al|5}}Nous adoptons l'algébrisation physique de l'axe optique principal <ref name="orientation axe opt. princ."> Supposant l'axe optique principal horizontal, l'espace objet réel étant situé à gauche du miroir, la partie incidente de l'axe optique principal est donc orientée dans le sens <math>\;\rightarrow\;</math> et la partie réfléchie orientée dans le sens <math>\;\leftarrow</math>, voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Algébrisation_physique_de_l'axe_optique_principal_(associé_à_un_objet_ponctuel)|algébrisation physique de l'axe optique principal (associé à un objet ponctuel)]] » du chap.<math>12</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> et, pour unifier l'étude des miroirs sphériques, algébrisons le rayon de courbure du miroir selon <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow}\;</math> <ref name="orientation axe opt. princ." /> avec pour conséquence la nature « concave » ou « convexe » du miroir caractérisé par le signe du rayon de courbure algébrisé : * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} > 0</math>, <math>\;C\;</math> étant à droite de <math>\;S\;</math> est virtuel, correspondant à un miroir « convexe », * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} < 0</math>, <math>\;C\;</math> étant à gauche de <math>\;S\;</math> est réel, correspondant à un miroir « concave ». <center> <gallery mode="packed" heights="330px> Miroir sphérique convexe - algébrisation.jpg|Miroir sphérique convexe : algébrisation de l'axe optique principal, définitions du centre, du sommet et du rayon de courbure algébrisé Miroir sphérique concave - algébrisation.jpg|Miroir sphérique concave : algébrisation de l'axe optique principal, définitions du centre, du sommet et du rayon de courbure algébrisé </gallery> </center> {{Al|5}}Dans la suite nous supposerons le miroir sphérique concave <ref> En précisant la modification des résultats pour un miroir sphérique convexe.</ref> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Dans la suite nous }}admettrons qu'il n'y a pas stigmatisme rigoureux du miroir sphérique <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Stigmatisme_rigoureux_d'un_système_optique_pour_un_point_objet|stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point objet]] » du chap.<math>12</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> pour tous les points objets autres que <math>\;C\;</math> et tous les points du miroir <ref name="Définition sommet"> Si le point objet <math>\;A_o\;</math> est sur le miroir, l'axe optique principal associé à ce point objet ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, <math>\;A_o\;</math> joue le rôle de sommet <math>\;S\;</math> du miroir ; ainsi, dans la mesure où l'axe optique principal n'a pas été préalablement défini, tout point du miroir peut être considéré comme un sommet.</ref>. === Démonstration du stigmatisme approché d'un miroir sphérique concave sous conditions de Gauss === [[File:Miroir sphérique concave - stigmatisme approché.jpg|thumb|350px|Schéma d'un miroir sphérique concave dans le but d'établir le stigmatisme approché du miroir <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Stigmatisme_d'un_système_optique_pour_un_point_objet|stigmatisme d'un système optique pour un point objet]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> pour tout point objet autre que <math>\;C\;</math> et <math>\;S</math>]] {{Al|5}}Considérant un point objet réel <math>\;A_o \neq C\;</math> et l'axe optique principal correspondant de support <math>\;(A_oC)\;</math><ref> Dès lors que <math>\;A_o\;</math> est <math>\;\neq C</math>, l'axe optique principal est parfaitement défini ainsi que le sommet <math>\;S\;</math> qui est l'intersection de l'axe optique principal et du miroir ; <br>{{Al|3}}sur le schéma <math>\;[SA_o]\;</math> est <math>\;> [SC]</math>, ceci entraînant que <math>\;A_i</math>, l'image éventuelle de <math>\;A_o\;</math> par le miroir, est telle que <math>\;[SA_i]\;</math> est <math>\;< [SC]</math> ; <br>{{Al|3}}pour traiter le cas correspondant à <math>\;[SA_o] < [SC]</math>, ce qui entraînerait que <math>\;A_i</math>, l'image éventuelle de <math>\;A_o\;</math> par le miroir, serait telle que <math>\;[SA_i] > [SC]</math>, il suffirait de permuter l'objet et l'image pour retrouver le cas précédent aussi nous nous contenterons de traiter le cas du schéma <math>\;[SA_o] > [SC]</math>.</ref>, nous envisageons des rayons incidents issus de <math>\;A_o</math>, peu inclinés par rapport à l'axe optique principal, d'angle d'inclinaison <math>\;\theta_o\;</math> tel que <math>\;\vert \theta_o \vert \ll 1\;</math> et dont le point d'incidence <math>\;I\;</math> reste proche du sommet <math>\;S\;</math> c.-à-d. tel que l'angle que fait la normale au miroir en <math>\;I\;</math> dans le sens incident avec la partie incidente de l'axe optique principal <math>\;\widehat{(\overrightarrow{CS}\, ;\, \vec{N})} =</math> <math>\omega\;</math> est tel que <math>\;\vert \omega \vert \ll 1\;</math><ref name="Paraxial"> Les rayons incidents sont donc paraxiaux, conditions de Gauss <math>\;\big(</math>admises<math>\big)\;</math> pour que le système recevant ces rayons soit stigmatique approché pour le point objet considéré, voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Énoncé_des_conditions_de_Gauss_de_stigmatisme_approché_d'un_système_optique_«_centré_»|énoncé des conditions de Gauss de stigmatisme approché d'un système optique centré]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>. {{Al|5}}Le rayon incident <math>\;A_oI\;</math> donnant, par utilisation des lois de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes"> '''[[w:Willebrord_Snell|Willebrord Snell Van Royen]] ou Snellius (1580 - 1626)''' humaniste, mathématicien et physicien néerlandais, semble avoir découvert les lois portant son nom avant Descartes <math>\;\big(</math>sans que ce soit {{Nobr|assuré<math>\big)</math>.}} <br>{{Al|3}}'''[[w:René_Descartes|René Descartes]] (1596 - 1650)''' mathématicien, physicien et philosophe français, considéré comme l'un des fondateurs de la [[w:Philosophie_moderne|philosophie moderne]], en physique a contribué à l'[[w:Optique_géométrique|optique géométrique]] et en mathématiques est à l'origine de la [[w:Géométrie_analytique|géométrie analytique]].</ref> de la réflexion <ref name="1ère loi de Snell - Descartes de la réflexion"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_réflexion,_réfraction,_lois_de_Descartes#Première_loi_de_Snell-Descartes_de_la_réflexion|1^ère loi de Snell - Descartes de la réflexion]] » du chap.<math>11</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>{{,}} <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réflexion"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_réflexion,_réfraction,_lois_de_Descartes#Deuxième_loi_de_Snell-Descartes_de_la_réflexion|2^ème loi de Snell - Descartes de la réflexion]] » du chap.<math>11</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>, le rayon réfléchi <math>\;IA_i\;</math> <math>\big(A_i \in</math> à l'axe optique principal<math>\big)</math>, appelons <math>\;\theta_i\;</math> l'angle d'inclinaison du rayon réfléchi par rapport à la partie réfléchie de l'axe optique principal ; nous nous proposons de démontrer que <math>\;A_i\;</math> est indépendant du rayon incident considéré <math>\big(</math>c.-à-d. indépendant de <math>\;\theta_o\;</math> et de <math>\;\omega\big)\;</math> dans la mesure où les conditions de Gauss <ref name="Gauss"> En <math>\;1796</math>, '''[[w:Carl_Friedrich_Gauss|Gauss]]''', à l'âge de dix-neuf ans, caractérisa presque complètement tous les polygones réguliers constructibles à la règle et au compas et il demanda par la suite qu'un [[w:Heptadécagone|heptadécagone]] {{Nobr|<math>\;\big(</math>polygone}} régulier de <math>\;17\;</math> côtés<math>\big)\;</math> soit gravé sur son tombeau ; bien d'autres découvertes de mathématiques lui sont dues dont, en particulier, en <math>\;1801\;</math> la 1^ère démonstration de la loi de réciprocité quadratique conjecturée par '''[[w:Leonhard_Euler|Euler]]''' en <math>\;1772</math> <math>\;\big[</math>un nombre premier est congru à un carré de nombre entier modulo un autre nombre premier, par exemple <math>\;11 \equiv 3^2\!\! \pmod{2}\;</math> ou <math>\;19 \equiv 4^2\!\! \pmod{3}\;</math> ou encore <math>\;41 \equiv 6^2\!\! \pmod{5}\;</math> de même que <math>\;43 \equiv 6^2\!\! \pmod{7}\; \ldots\big]\;</math> <math>\{</math>'''[[w:Leonhard_Euler|Leonhard Euler]] (1707 - 1783)''' mathématicien et physicien suisse qui passa la plus grande partie de sa vie dans l'Empire russe et en Allemagne ; en mathématiques il fit d'importantes découvertes dans des domaines aussi variés que le [[w:Calcul_infinitésimal|calcul infinitésimal]] et la [[w:Théorie_des_graphes|théorie des graphes]], il introduisit également une grande partie de la terminologie et de la notation des mathématiques modernes, en particulier pour l'[[w:Analyse_(mathématiques)|analyse mathématique]], comme la notion de [[w:Fonction_(mathématiques)|fonction mathématique]] ; il est aussi connu pour ses travaux en mécanique, en dynamique des fluides, en optique et en astronomie<math>\}</math> ; <br>{{Al|3}}dans le domaine de l'astronomie '''[[w:Carl_Friedrich_Gauss|Gauss]]''' publia un travail très important sur le mouvement des corps célestes contenant le développement de la [[w:Méthode_des_moindres_carrés|méthode des moindres carrés]] ; auparavant, en <math>\;1801</math>, il développa une nouvelle méthode de calcul lui permettant de prédire où doit se trouver [[w:(1)_Cérès|Cérès]] <math>\;\big(</math>une planète naine de la ceinture des astéroïdes entre Mars et Jupiter<math>\big)</math> ; <br>{{Al|3}}dans le domaine de la physique il est l'auteur de deux des quatre équations de '''Maxwell''' gérant l'électromagnétisme <math>\;\{</math>'''[[w:James_Clerk_Maxwell|James Clerk Maxwell]] (1831 - 1879)''' physicien et mathématicien écossais, principalement connu pour ses équations unifiant l'électricité, le magnétisme et l'induction ainsi que pour l'établissement du caractère électromagnétique des ondes lumineuses, mais aussi pour sa distribution des vitesses utilisée dans une description statistique de la théorie cinétique des gaz ; le tire-bouchon fictif permettant de déterminer l'orientation à droite d'un espace tridimensionnel ou le caractère direct d'un triplet de vecteurs a été baptisé « tire-bouchon de Maxwell » en son honneur<math>\}</math>.</ref> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Énoncé_des_conditions_de_Gauss_de_stigmatisme_approché_d'un_système_optique_«_centré_»|énoncé des conditions de Gauss de stigmatisme approché d'un système optique centré]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> <math>\big(\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et <math>\;|\omega| \ll 1\big)\;</math> sont réalisées. ==== Établissement de la relation liant θ_o, θ_i et ω ==== # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIC\;</math> établir une première relation entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;i\;\big(</math>angle d'incidence du rayon incident en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIC\;</math> établir une deuxième relation entre <math>\;\theta_i</math>, <math>\;i'\;\big(</math>angle de réflexion du rayon réfléchi en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en utilisant la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de la réflexion <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réflexion" /> et les deux relations précédentes, déduire la relation suivante entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;\theta_i\;</math> et <math>\;\omega</math> : <center> <math>\;\omega = \dfrac{\theta_o + \theta_i}{2}\;\;(\mathfrak{a})\;</math> <ref> Cette relation reste applicable quels que soient les ordres de grandeur de <math>\;|\theta_o|\;</math> et <math>\;|\omega|</math>, elle ne nécessite donc pas de se placer dans les conditions de Gauss de stigmatisme approché.</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Dans le triangle <math>\;A_oIC</math>, <math>\;\omega = \theta_o + (-i)\;</math> <ref name="relation dans un triangle"> On utilise la propriété suivante : « dans un triangle, un angle extérieur est égal à la somme des deux autres angles intérieurs » (propriété utilisant des angles non algébrisés).</ref> <ref> On remarque, sur le schéma, que <math>\;\omega\;</math> et <math>\;\theta_o\;</math> sont positifs mais <math>\;i\;</math> étant négatif, sa valeur absolue s'écrit <math>\;(-i)</math>.</ref> et <br>{{Al|5}}dans le triangle <math>\;A_iIC</math>, <math>\;\theta_i = \omega + i'\;</math> <ref name="relation dans un triangle" /> <ref> On remarque, sur le schéma, que tous les angles <math>\;\theta_i</math>, <math>\;\omega\;</math> et <math>\;i'\;</math> sont positifs.</ref> ou, <br>{{Al|5}}en utilisant la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> pour la réflexion <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réflexion" /> <math>\;i' = -i</math>, la relation ci-dessus se réécrit <math>\;\theta_i = \omega - i</math> ; <br>{{Al|5}}on élimine alors <math>\;i\;</math> entre ces deux relations en faisant la différence soit : <math>\;\omega - \theta_i = \theta_o - \omega\;</math> ou <math>\;2\,\omega = \theta_o + \theta_i\;</math> soit enfin <center> <math>\;\omega = \dfrac{\theta_o + \theta_i}{2}\;\;(\mathfrak{a})</math>.</center>}} ==== Évaluation des angles θ_o, θ_i et ω en fonction des abscisses de A_o, A_i et C repérées relativement à H ==== {{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> et des conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" />, montrer que le rayon réfléchi est aussi peu incliné relativement à la partie réfléchie de l'axe optique principal c.-à-d. <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>. # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH\;</math> <ref name="définition de H"> <math>\;H\;</math> étant le projeté orthogonal du point d'incidence <math>\;I\;</math> sur l'axe optique principal.</ref> évaluer <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_o}_{\rightarrow}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\theta_o</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\theta_i)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_i}_{\leftarrow}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\theta_i</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\omega)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HC}_{\rightarrow}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\omega</math>, # déduire des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math>, un lien entre <math>\;\overline{HA_o}_{\rightarrow}</math>, <math>\;\overline{HA_i}_{\leftarrow}\;</math> et <math>\;\overline{HC}_{\rightarrow}\;</math> <math>\;\big[</math>relation <math>\,(\mathfrak{b})\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> écrite sous la forme <math>\;\theta_i = 2\, \omega - \theta_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;|\theta_i| \leqslant 2\, |\omega| + |\theta_o|\;</math> et des conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" /> <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}|\theta_o| \ll 1\\ |\omega| \ll 1 \end{array}\right\rbrace\;</math> dont on déduit <math>\;2\, |\omega| + |\theta_o| \ll 1\;</math> d'où <math>\;|\theta_i| \leqslant 2\, |\omega| + |\theta_o| \ll 1\;</math> c.-à-d. que le rayon réfléchi est aussi peu incliné relativement à la partie réfléchie de l'axe optique principal. # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH</math>, <math>\;\tan(\theta_o) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HA_o}_\rightarrow}\;</math> car sur le schéma <math>\;\theta_o > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_o) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_o}_\rightarrow < 0\;</math> ou, <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_o) \simeq \theta_o\;</math> on en déduit <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_o}_\rightarrow}</math> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH</math>, <math>\;\tan(\theta_i) = \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}_\leftarrow}\;</math> car sur le schéma <math>\;\theta_i > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_i) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_i}_\leftarrow > 0\;</math> ou, <math>\;|\theta_i| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_i) \simeq \theta_i\;</math> on en déduit <math>\;\theta_i \simeq \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}_\leftarrow}</math> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH</math>, <math>\;\tan(\omega) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HC}_\rightarrow}\;</math> car sur le schéma <math>\;\omega > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\omega) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HC}_\rightarrow < 0\;</math> ou, <math>\;|\omega| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\omega) \simeq \omega\;</math> on en déduit <math>\;\omega \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HC_\rightarrow}}</math> ; # des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> réécrite selon <math>\;2\, \omega = \theta_i + \theta_o</math>, on en déduit <math>\;\dfrac{-2\, \overline{HI}}{\overline{HC_\rightarrow}} = \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}_\leftarrow} - \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_o}_\rightarrow}\;</math> ou, en simplifiant par <math>\;\overline{HI}</math>, on obtient la relation <math>\;(\mathfrak{b})\qquad \dfrac{-2}{\overline{HC_\rightarrow}} = \dfrac{1}{\overline{{\mathrm{HA}_i}_\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{HA_o}_\rightarrow}</math>.}} ==== Établissement de la confusion de H et de S à l'ordre un en ω ==== {{Al|5}}Établir que <math>\;H\;</math> <ref name="définition de H" /> peut être confondu avec le sommet <math>\;S\;</math> du miroir à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> <ref name="H et S confondus"> Ceci nécessite que <math>\;[HS]\;</math> soit un infiniment petit au moins d'ordre deux en <math>\;\omega</math>.</ref> et {{Al|5}}réécrire que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> en tenant compte de cette confusion. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Montrons que <math>\;H\;</math> peut être confondu avec <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> <ref name="ω infiniment petit d'ordre un"> <math>\;|\omega|\;</math> étant considéré comme un infiniment petit d'ordre un.</ref>, en évaluant <math>\;[CH]\;</math> puis <math>\;[HS] = [CS] - [CH]\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega</math>, on obtient : <math>\;[CH] = [CI]\, \cos(\omega) = R\, \cos(\omega) \simeq R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math> <math>\big(</math>revoir la remarque du paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable_au_voisinage_d'une_de_ses_valeurs#D.C3.A9veloppements_limit.C3.A9s_.C3.A0_l.27ordre_un_de_quelques_fonctions_usuelles|D.L. à l'ordre un de quelques fonctions usuelles]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « Outils mathématiques pour la physique (PCSI) »<math>\big)\;</math> d'où <math>\;[HS] = [CS] - [CH] \simeq R - R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega</math>, soit encore <math>\;[HS] \simeq R \dfrac{\omega^2}{2}\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math> ou finalement <center><math>\;[HS] \simeq 0\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega</math> ;</center> {{Al|5}}remplaçant <math>\;H\;</math> par <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{b})</math>, on peut, sous les conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" />, la réécrire selon <center><math>\;(\mathfrak{b})\; \dfrac{-2}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = \dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math> <ref> Sous cette forme la relation nécessite que le point objet <math>\;A_o\;</math> soit <math>\;\neq S\;</math> sommet du miroir.</ref>.</center>}} ==== Conclusion : stigmatisme approché du miroir sphérique (concave) pour le point objet A_o et relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) ==== {{Al|5}}Vérifier que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> définit, pour un point objet <math>\;A_o\;</math> quelconque, un point image unique <math>\;A_i\;</math> et en déduire le stigmatisme approché du miroir sphérique <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour le point objet <math>\;A_o</math> ; {{Al|5}}la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> pouvant être écrite selon <math>\;\dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}} = V\;</math> <ref name="indépendance de la nature"> Nous admettrons que cette relation (ou propriété) établie dans le cas d'un miroir sphérique concave est encore applicable, sans modification, à un miroir sphérique convexe.</ref> où <math>\;V\;</math> est une constante appelée « vergence » du miroir sphérique exprimée en dioptries <math>\big(</math>de symbole <math>\;\delta\big)\;</math> dans la mesure où les abscisses le sont en <math>\;m\;\big(</math>la dioptrie étant liée au mètre par <math>\;1\, \delta = 1\,m^{-1}\big)</math>, exprimer <math>\;V\;</math> en fonction de <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow}</math>. {{Al|5}}Par la suite notant l'abscisse de Descartes <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math><ref> Pour le repérage de Descartes dans un miroir sphérique (concave ou convexe), il y a deux origines utilisées : l'origine au sommet qui est la plus fréquemment utilisée et l'origine au centre qui l'est beaucoup moins.</ref> du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Par la suite notant l'abscisse de Descartes <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>avec origine au sommet<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> }}celle du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}</math>, <br>{{Al|5}}la relation de conjugaison (approchée) de position [ou 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée)] de Descartes d'un miroir sphérique se réécrit <center><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille"> C.-à-d., comme cela sera vu au chapitre suivant, la même relation de conjugaison (approchée) de position (ou de grandissement transverse) de Descartes (ou de Newton) que celle d'une lentille mince (à condition que l'algébrisation de l'axe optique du miroir sphérique soit l'algébrisation physique adoptée dans ce cours).</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> établit le stigmatisme approché du miroir sphérique <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour tout point objet <math>\;A_o\;</math> autre que <math>\;C\;</math> et <math>\;S\;</math> puisque, pour un point objet <math>\;A_o\;</math> fixé, le point image <math>\;A_i\;</math> est déterminé de façon unique <math>\big(</math>indépendamment des variations des petits angles <math>\;\theta_o\;</math> et <math>\;\omega\big)</math>. {{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> peut effectivement être écrite sous la forme <math>\;\dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}} = V\;</math> où <math>\;V\;</math> est une constante définissant la vergence du miroir sphérique selon <center><math>\;V = \dfrac{-2}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> avec <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow}\;</math> rayon algébrisé du miroir.</center> {{Al|5}}Avec les abscisses de Descartes (avec origine au sommet) du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> et du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}</math>, la relation de conjugaison (approchée) de position [ou 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée)] de Descartes du miroir sphérique se réécrit <center><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille" />.</center>}} === Points pour lesquels la conjugaison du miroir sphérique est rigoureuse et points doubles === {{Al|5}}Vérifier, par construction et pour une direction d'axe optique principal préalablement fixée, que le centre <math>\;C\;</math> et le sommet <math>\;S\;</math> <ref name="Définition sommet" /> du miroir sont des points * pour lesquels le miroir est stigmatique rigoureux et * dont l'image est confondue avec l'objet (c.-à-d. que ce sont des points doubles). {{Al|5}}Justifier la raison pour laquelle la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) est applicable à <math>\;C</math>, centre du miroir, bien que la conjugaison soit rigoureuse ; {{Al|5}}vérifier, en utilisant cette relation, que <math>\;C\;</math> est effectivement un point double. {{Al|5}}Admettant que la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) reste applicable à <math>\;S</math>, sommet du miroir, pour lequel il y a conjugaison rigoureuse <math>\big[</math>mais évidemment pas sous cette forme qui est indéterminée quand on l'applique à <math>\;S</math>, son abscisse objet <math>\;p_o\;</math> y étant nulle<math>\big]</math>, évaluer <math>\;p_i\;</math> en fonction de <math>\;p_o\;</math> et de <math>\;V\;</math> et vérifier, sur cette dernière forme, * que <math>\;S\;</math> est effectivement un point double et * qu'il n'y a pas d'autres points doubles que <math>\;S\;</math> et <math>\;C</math>. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - points doubles.jpg|thumb|Schémas de vérification du fait que, pour C et S, le miroir sphérique (concave) est stigmatique rigoureux et que ce sont des points doubles]] {{Al|5}}Voir ci-contre les propriétés particulières d'un point objet en <math>\;C\;</math> ou <math>\;S\;</math> d'un miroir sphérique concave <ref name="indépendance de la nature"/> : * à gauche tout rayon d'un faisceau incident issu du centre <math>\;C\;</math> d'un miroir sphérique concave étant normal au miroir se réfléchit sur lui-même, donnant un ensemble de rayons réfléchis convergeant en un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, c.-à-d. prouvant que le miroir sphérique est stigmatique rigoureux pour son centre ; de plus le point image de <math>\;C\;</math> étant <math>\;C\;</math> lui-même, ce dernier est un point double ; * à droite tout rayon d'un faisceau incident convergeant sur le sommet <math>\;S\;</math> d'un miroir sphérique concave se réfléchissant en suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal et l'ensemble des rayons réfléchis divergeant à partir d'un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, cela prouve le stigmatisme rigoureux du miroir sphérique pour son sommet <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> ; de plus le point image de <math>\;S\;</math> étant <math>\;S\;</math> lui-même, ce dernier est un point double. {{Al|5}}Pour appliquer la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) à <math>\;C</math>, centre du miroir, bien que la conjugaison soit rigoureuse, il suffit de ne considérer que les rayons paraxiaux du faisceau incident issu de <math>\;C\;</math> et d'ouverture quelconque <ref> Le fait que les autres rayons convergent également en <math>\;C\;</math> ne modifient en rien la convergence des rayons réfléchis provenant de rayons incidents paraxiaux.</ref>, condition d'applicabilité de la relation de conjugaison de position de Descartes ; {{Al|5}}dans ce cas, si on appelle <math>\;C_i</math>, d'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(C_i) = \overline{SC_i}_{\leftarrow}</math>, l'image du point objet <math>\;C</math>, d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(C) = \overline{SC}_{\rightarrow} = \overline{R}</math>, nous obtenons, en remplaçant <math>\;V\;</math> par <math>\;\dfrac{-2}{\overline{R}}</math>, <math>\;\dfrac{1}{p_i(C_i)} - \dfrac{1}{\overline{R}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> d'où <math>\;p_i(C_i) = \overline{SC_i}_{\leftarrow}</math> <math>= -\overline{R}\;</math> soit encore <math>\;\overline{SC_i}_{\leftarrow} = -\overline{SC}_{\rightarrow}</math> ou, avec <math>\;\overline{SC_i}_{\rightarrow} = -\overline{SC_i}_{\leftarrow}</math>, <math>\;\overline{SC_i}_{\rightarrow} = \overline{SC}_{\rightarrow}\;</math> prouvant que <math>\;C_i\;</math> se confond avec <math>\;C\;</math> et par suite que <math>\;C\;</math> est un point double. <center>De <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> on tire <math>\;\dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{p_o} + V = \dfrac{1 + V\, p_o}{p_o}\;</math> soit <math>\;p_i = \dfrac{p_o}{1 + V\, p_o}</math> ;</center> {{Al|5}}sous cette forme on vérifie qu'un point objet en <math>\;S</math>, d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(S) = 0\;</math> a une image d'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i = 0</math>, c.-à-d. une image confondue avec <math>\;S\;</math> prouvant que <math>\;S\;</math> est bien un point double ; {{Al|5}}les points doubles <math>\;A_d\;</math> d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_d\;</math> étant tels que leurs abscisses images de Descartes (avec origine au sommet) s'écrivant <math>\;p_i(A_d) = \overline{SA_d}_{\leftarrow} = -\overline{SA_d}_{\rightarrow} = -p_d\;</math> avec <math>\;p_i(A_d) = \dfrac{p_d}{1 + V\, p_d}\;</math> obéissent à l'équation <math>\;-p_d = \dfrac{p_d}{1 + V\, p_d}\;</math> c.-à-d. <math>\;\left\lbrace\begin{array}{c}p_d = 0\;\;\; \text{ou}\\ 1 + V\, p_d = -1\end{array}\right\rbrace</math>, la 1{{ère}} solution donnant <math>\;S\;</math> point double et la 2{{ème}} équation conduisant à <math>\;p_d = \dfrac{-2}{V} = \overline{R}\;</math> c.-à-d. <math>\;C\;</math> point double ; <center>le centre et le sommet d'un miroir sphérique sont donc les seuls points doubles de ce dernier.</center>}} === Caractère focal d'un miroir sphérique, position des foyers principaux objet et image, lien de la vergence et des distances focales objet et image === {{Al|5}}Vérifier, sur la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes d'un miroir sphérique, que ce dernier est nécessairement « focal » <ref name="définition focal"> Un système « afocal » étant tel que le point à l'infini de l'axe optique principal est un point double, un système sera « focal » si le point à l'infini de l'axe optique principal est conjugué à un point de ce même axe optique principal à distance finie.</ref> puis déterminer * la position du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> c.-à-d. le point objet de l'axe optique principal ayant pour image le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;F_o\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; A_{i,\,\infty}\big]\;</math> et * la position du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> c.-à-d. le point image de l'axe optique principal ayant pour antécédent <ref name ="Antécédent"> C.-à-d. pour point objet.</ref> le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;A_{o,\,\infty}\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; F_i\big]</math> ; {{Al|5}}quelle particularité ces deux points possèdent-ils en ce qui concerne leurs positions absolues d'une part et leur position relative d'autre part ? {{Al|5}}Définissant * la distance focale objet comme l'abscisse objet de Descartes du foyer principal objet (avec origine au sommet) soit <math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> et * la distance focale image comme l'abscisse image de Descartes du foyer principal image (avec origine au sommet) soit <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math>, {{Al|5}}déterminer le lien entre vergence <math>\;V</math>, distance focale objet <math>\;f_o\;</math> et distance focale image <math>\;f_i</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Un miroir sphérique est un « système focal », en effet pour qu'il soit « afocal », il faudrait que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, mais ayant établi que les seuls points doubles du miroir sphérique sont <math>\;C\;</math> et <math>\;S</math>, et non le point à l'infini de l'axe optique principal on en déduit que le miroir sphérique est bien un « système focal ». * Le foyer principal image <math>\;F_i</math>, repéré par l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(F_i) = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> étant l'image du point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(A_{o,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{p_o(A_{o,\, \infty})} = 0</math>, on en déduit <math>\;\dfrac{1}{p_i(F_i)} - 0 = V\;</math> soit <math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} = \dfrac{1}{V} = -\dfrac{\overline{R}}{2}</math>. * Le foyer principal objet <math>\;F_o</math>, repéré par l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(F_o) = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> étant l'antécédent <ref name ="Antécédent"/> du point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(A_{i,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{p_i(A_{i,\, \infty})} = 0</math>, on en déduit <math>\;0 - \dfrac{1}{p_o(F_o)} = V\;</math> soit <math>\;\overline{SF_o}_{\rightarrow} = -\dfrac{1}{V} = \dfrac{\overline{R}}{2}</math> ; * les positions géométriques respectives des foyers principaux objet et image étant telles que <math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} = - \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> et le changement de sens d'algébrisation conduisant à <math>\;\overline{SF_i}_{\rightarrow} = -\overline{SF_i}_{\leftarrow}</math>, on en déduit <math>\;\overline{SF_i}_{\rightarrow} = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> c.-à-d. la <u>coïncidence des positions géométriques des foyers principaux objet et image</u> <ref> Cette coïncidence n'est que géométrique, car ce sont des points d'espaces optiques différents, l'un est dans un espace objet et l'autre dans un espace image.</ref> ; * <u>leur position géométrique commune</u> étant telle que <math>\;\overline{SF_o}_{\rightarrow} = \dfrac{\overline{R}}{2} = \dfrac{\overline{SC}_{\rightarrow}}{2}\;</math> on vérifie qu'elle <u>coïncide avec le milieu du segment joignant le sommet et le centre du miroir</u>. <center><u>Notion de distances focales objet et image</u> :</center> * la distance focale image <math>\;f_i\;</math> étant définie par <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> est liée à la vergence par <math>\;f_i = \dfrac{1}{V} = -\dfrac{\overline{R}}{2}</math> ; * la distance focale objet <math>\;f_o\;</math> étant définie par <math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> est liée à la vergence par <math>\;f_o = -\dfrac{1}{V} = \dfrac{\overline{R}}{2}</math> ; <center>on en déduit la relation <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> <ref> Pratiquement la vergence <math>\;V\;</math> est la valeur de l'invariant <math>\;\dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}</math>, appliquée au couple de points conjugués <math>\;(A_{o,\, \infty}\, , \,F_i)\;</math> on trouve <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} - 0\;</math> et appliquée au couple de points conjugués <math>\;(F_o\, , \,A_{i,\, \infty})</math>, <math>\;V = 0 - \dfrac{1}{f_o}</math> ; <br>{{Al|3}}pour mémoire, <math>\;C\;</math> étant un point double, l'invariant en <math>\;C\;</math> donne la valeur <math>\;V = \dfrac{1}{\overline{SC}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = -\dfrac{2}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}</math>.</ref>.</center>}} === Quelques propriétés découlant du caractère focal d'un miroir sphérique === ==== Signe de la vergence suivant la nature concave ou convexe du miroir sphérique, caractère convergent ou divergent du miroir et nature réelle ou virtuelle des foyers principaux ==== {{Al|5}}Déterminer le signe de la vergence suivant la nature « concave » ou « convexe » du miroir sphérique puis {{Al|5}}son caractère « convergent » ou « divergent » sachant qu'un système focal à « vergence positive » (respectivement « négative ») est dit « convergent » (respectivement « divergent ») et enfin {{Al|5}}la nature « réelle » ou « virtuelle » des foyers principaux. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> on en déduit que la vergence est de signe contraire au rayon de courbure algébrisé du miroir sphérique, ainsi : * un miroir <u>concave</u> a un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} < 0\;</math> <ref name="nature de C"> Correspondant au caractère réel (resp. virtuel) du centre <math>\;C\;</math> d'un miroir concave (resp. convexe).</ref>, donc une vergence <math>\;V > 0</math>, c'est un système « <u>convergent</u> », * un miroir <u>convexe</u> a un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} > 0\;</math> <ref name="nature de C" />, donc une vergence <math>\;V < 0</math>, c'est un système « <u>divergent</u> ». {{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> on en déduit la nature (réelle ou virtuelle) des foyers principaux objet et image suivant la nature (convergente ou divergente) du miroir sphérique : * un miroir <u>concave</u> étant convergent, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> est <math>\;> 0\;</math> entraînant le caractère <u>réel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> étant <math>\;< 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>réel</u> <ref name="nature des foyers"> Pour un miroir concave (resp. convexe) le caractère réel (resp. virtuel) du centre <math>\;C\;</math> avec le fait que la position géométrique commune des foyers principaux est le milieu du segment joignant le centre et le sommet, entraîne le caractère réel (resp. virtuel) des foyers principaux objet et image.</ref>, * un miroir <u>convexe</u> étant divergent, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> est <math>\;< 0\;</math> entraînant le caractère <u>virtuel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> étant <math>\;> 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>virtuel</u> <ref name="nature des foyers" />.}} ==== Démonstration de l'absence de conjugaison non rigoureuse du miroir sphérique (concave) pour le point objet à l'infini sur l'axe optique principal ==== {{Al|5}}En reprenant la démonstration faite à la 1{{ère}} question mais avec <math>\;A_o\;</math> situé à l'infini <math>\;\big(</math>ce qui correspond à <math>\;\theta_o = 0\big)\;</math> et en conservant les notations introduites dans la 1{{ère}} question <math>\;\big[</math>à l'exception de <math>\;A_i\;</math> qui sera noté <math>\;F_i(\omega)\;</math> <ref name="dépendance de ω"> Fonction de <math>\;\omega\;</math> car ce point <math>-</math> hors condition de Gauss <math>-</math> en dépend effectivement <math>\big[</math>c'est d'ailleurs, en ce qui concerne <math>\;F_i</math>, le but de cette question<math>\big]</math>.</ref> et de <math>\;H\;</math> qui sera noté <math>\;H(\omega)\;</math> <ref name="dépendance de ω" /><math>\big]</math>, {{Al|5}}déterminer la position de <math>\;F_i(\omega)\;</math> défini comme le point de l'axe optique principal par lequel passe le rayon réfléchi correspondant au rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, de point d'incidence <math>\;I(\omega)\;</math> <ref name="dépendance de ω" /> et {{Al|5}}vérifier que <math>\;F_i(\omega)\;</math> dépendant effectivement de <math>\;\omega</math>, il n'y a pas conjugaison rigoureuse du miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> pour le point situé à l'infini de l'axe optique principal. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - absence stigmatisme rigoureux.jpg|thumb|Schéma de démonstration de l'absence de stigmatisme rigoureux d'un miroir sphérique concave <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> pour le point objet à l'infini sur l'axe optique principal]] {{Al|5}}Montrons algébriquement qu'un miroir sphérique concave <ref name="indépendance de la nature" /> n'est pas rigoureusement stigmatique pour le point à l'infini <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math> de l'axe optique principal et pour cela il suffit de montrer qu'un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, de point d'incidence <math>\;I(\omega)\;</math> <ref name="dépendance de ω" />, repéré par l'angle <math>\;\omega\;</math> que fait le rayon incident avec <math>\;\overrightarrow{CI}(\omega)\;</math> tel que <math>\;|\omega|\; \cancel{\ll}\; 1\;</math>, donne un réfléchi qui recoupe l'axe optique principal en <math>\;F_i(\omega)\;</math> dépendant effectivement de <math>\;\omega\;</math> d'où l'absence de stigmatisme rigoureux du miroir pour <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math><ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> ; {{Al|5}}l'angle d'incidence étant <math>\;i = -\omega\;</math> <ref> En effet <math>\;i\;</math> est <math>\;< 0\;</math> sur le schéma alors que <math>\;\omega\;</math> est <math>\;> 0</math>.</ref>, l'angle de réflexion est donc <math>\;i' = -i = \omega\;</math> d'après la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de la réflexion <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réflexion" /> ; on en déduit alors <math>\;\widehat{\left\lbrace\overrightarrow{H(\omega)S}, \overrightarrow{F_i(\omega)I(\omega)}\right\rbrace} = 2\; \omega\;</math> et <math>\;\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow}\;</math> se détermine par <math>\;\tan(2\;\omega) = \dfrac{\overline{H(\omega)I(\omega)}}{\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow}}\;</math> <ref> Toutes les grandeurs étant positives sur le schéma.</ref> soit <math>\;\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{\overline{H(\omega)I(\omega)}\, \cos(2\; \omega)}{\sin(2\; \omega)}\;</math> ou, avec <math>\;\overline{H(\omega)I(\omega)} =</math> <math>CI(\omega)\; \sin(\omega) = R\; \sin(\omega)\;</math> et <math>\;\sin(2\; \omega) = 2\; \sin(\omega)\; \cos(\omega)</math>, <math>\;\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{R\, \cos(2\; \omega)}{2\; \cos(\omega)}</math> ; {{Al|5}}on peut alors évaluer <math>\;\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} = \overline{CH(\omega)}_{\rightarrow} - \overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow}\;</math> expression dans laquelle <math>\;\overline{CH(\omega)}_{\rightarrow} = R\; \cos(\omega)\;</math> d'où <math>\;\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} =</math> <math>R\; \cos(\omega) - \dfrac{R\, \cos(2\; \omega)}{2\; \cos(\omega)} = R\; \dfrac{2\; \cos^2(\omega)- \cos(2\; \omega)}{2\; \cos(\omega)}\;</math> ou, sachant que <math>\;\cos(2\; \omega) = 2\; \cos^2(\omega) - 1</math>, l'expression finale <center><math>\;\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{R}{2\; \cos(\omega)}\;</math> <ref> L'expression simple du résultat indique qu'il doit y avoir une méthode plus rapide pour sa détermination ; en effet les angles non algébrisés <math>\;\widehat{SCI(\omega)}\;</math> et <math>\;\widehat{CI(\omega)F_i(\omega)}\;</math> étant égaux <math>\;\big(</math>à <math>\;|\omega|\big)</math>, le triangle <math>\;F_i(\omega)CI(\omega)\;</math> est isocèle <math>\Rightarrow</math> la hauteur issue de <math>\;F_i(\omega)\;</math> est aussi médiatrice d'où, en notant <math>\;K(\omega)\;</math> son pied, <math>\;CK(\omega) = \dfrac{CI(\omega)}{2} = \dfrac{R}{2}\;</math> et <math>\;\dfrac{CK(\omega)}{\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow}} = \cos(\omega) \Rightarrow \overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{CK(\omega)}{\cos(\omega)} =</math> <math>\dfrac{R}{2\; \cos(\omega)}\;</math> ce qui est indéniablement plus rapide.</ref> établissant que <math>\;F_i\;</math> dépend effectivement de <math>\;\omega\;</math> <br>et par suite que le miroir sphérique concave <ref name="indépendance de la nature" /> n'est pas stigmatique rigoureux pour le point à l'infini <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math> de l'axe optique principal <ref> La démonstration de l'absence de stigmatisme rigoureux d'un miroir sphérique concave pour n'importe quel point objet (autre que le centre et le sommet) de l'axe optique principal pourrait être faite en suivant une démarche analogue.</ref>.</center>}} === Aplanétisme approché d'un miroir sphérique sous conditions de Gauss === {{Al|5}}On considère le miroir sphérique concave introduit à la 1{{ère}} question et un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o \neq C\;</math> <ref name="support axe optique principal"> Ce qui signifie que l'axe optique principal a pour support <math>\;(A_oC)</math>.</ref> tel qu'il y ait stigmatisme approché du miroir <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour tous les points <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> C.-à-d. que, pour un point quelconque <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o</math>, avec la définition de l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <math>\big(</math>cet axe jouant le rôle d'axe optique principal pour le point objet <math>\;M_o\;</math> est qualifié de secondaire relativement au point objet <math>\;A_o\big)</math>, les rayons incidents issus de <math>\;M_o\;</math> doivent être paraxiaux <math>\big[</math>peu inclinés relativement à l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> et à point d'incidence restant proche du sommet secondaire <math>\;S_{M_o}</math>, intersection de l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> avec le miroir<math>\big]</math>.</ref> ; <br>{{Al|5}}cette dernière condition entraîne que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> admet une image « nette » <math>\;A_iB_i\;</math> <ref name="Nette"> L'image est qualifiée de « nette » car tous les points objets <math>\;M_o\;</math> ont une image ponctuelle <math>\;M_i</math>.</ref> mais a priori cette image n'est <math>-</math> hors conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Conditions_supplémentaires_de_Gauss_d'aplanétisme_approché_d'un_système_optique_«_centré_»|conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> <math>-</math> ni « linéique » <ref name="Linéique"> Linéique signifiant « rectiligne ».</ref> ni « transverse ». {{Al|5}}Supposant que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> est, * quand l'objet n'est pas proche du miroir, vu du sommet <math>\;S\;</math> du miroir sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} S\big)\;</math> et * quand l'objet est proche du miroir, vu du centre <math>\;C\;</math> du miroir sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq S\big)</math>, {{Al|5}}ces deux conditions sont une première façon de définir les conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> pour un objet linéique transverse quelconque <ref> C'est cette façon qui a été vue en cours, <math>\;S\;</math> étant en effet le point de l'axe optique principal appartenant à la face d'entrée du miroir.</ref>. {{Al|5}}Il existe une deuxième façon équivalente de définir les conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> pour un objet linéique transverse quelconque <math>\;A_oB_o\;</math> <ref name="façon plus simple"> C'est cette façon que nous adopterons car elle conduit à une démonstration plus rapide de l'aplanétisme.</ref> : * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> n'est pas proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir, l'objet doit être vu du centre <math>\;C\;</math> sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)\;</math> et * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math>, l'objet doit être vu du sommet <math>\;S\;</math> du miroir sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq C\big)</math>. ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un miroir sphérique concave pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du miroir et vu de ce centre sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant d'abord supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\alpha</math>, sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, l'angle <math>\;\beta</math> sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, n'étant pas nécessairement petit, la démarche pour établir l'aplanétisme du miroir pour un tel objet est rendue plus aisée si on a établi auparavant la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Relation_de_conjugaison_de_position_.28ou_1.C3.A8re_relation_de_conjugaison.29_de_Descartes_.28avec_origine_au_centre.29|relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre)]] <ref name="méthode moins aisée"> Il est possible de se contenter de la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) mais la méthode est alors moins aisée.</ref> <center><math>\;\dfrac{1}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}} = -V\;</math> où <math>\;V\;</math> est la vergence précédemment introduite :</center> {{Al|5}}la démarche peut alors être décomposée en les étapes suivantes : * montrer qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * en utilisant la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre), montrer alors que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et vérifier que l'angle au centre associé est encore <math>\;\alpha</math>, * conclure qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'image <math>\;A_iB_i\;</math> peut être confondue avec un segment perpendiculaire à l'axe optique principal c.-à-d. qu'elle est linéique transverse <ref> Nous aurons donc établi qu'il y a aplanétisme approché du miroir sphérique pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du miroir à condition qu'il soit vu de ce centre sous un petit angle.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq}\; C\big)</math>, avec l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, * le caractère transverse de l'objet linéique <math>\Rightarrow</math> la longueur <math>\;[CB_o]\;</math> est plus grande que la longueur <math>\;[CA_o]\;</math> <ref name="définition des côtés triangle rectangle"> <math>\;[CB_o]\;</math> étant l'hypoténuse du triangle <math>\;A_oB_oC\;</math> rectangle en <math>\;A_o\;</math> et <math>\;[CA_o]\;</math> le côté adjacent à l'angle de mesure <math>\;\alpha</math>.</ref>, soit plus précisément <math>\;[CA_o] =</math> <math>[CB_o]\, \cos(\alpha) \simeq [CB_o] \left( 1 - \dfrac{\alpha^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\alpha\;</math> <ref name="DL du cosinus à l'ordre deux"> Revoir la remarque du paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable_au_voisinage_d'une_de_ses_valeurs#D.C3.A9veloppements_limit.C3.A9s_.C3.A0_l.27ordre_un_de_quelques_fonctions_usuelles|D.L. à l'ordre un de quelques fonctions usuelles]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « Outils mathématiques pour la physique (PCSI) ».</ref> ou finalement <math>\;[CA_o] \simeq [CB_o]\;</math> à l'ordre un en <math>\;\alpha\;</math> prouvant, qu'à cet ordre, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * tous les points objets <math>\;M_o\;</math> de l'arc de cercle <math>\;A_oB_o\;</math> de centre <math>\;C\;</math> ayant une abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <ref name="axe optique secondaire"> Cet axe optique secondaire relativement au point objet <math>\;A_o\;</math> est en fait un axe optique principal relativement au point objet <math>\;M_o</math>.</ref>, l'application de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au centre) donne donc des points images <math>\;M_i\;</math> à abscisse image de Descartes (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)</math>, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est assimilable, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, à un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math>, * l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'arc de cercle <math>\;A_iB_i\;</math> est vu du centre <math>\;C\;</math> étant petit, on peut faire l'opération inverse de celle faite au premier paragraphe, c.-à-d. assimiler l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> à un segment choisi perpendiculaire à l'axe optique principal de support <math>\,(CA_i)\,</math> <ref name="justification choix"> Il s'agit effectivement d'un choix car le segment aurait pu être choisi perpendiculaire à n'importe quel axe optique secondaire de support <math>\;(CM_i)</math>.</ref>, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, linéique transverse ; <center>nous avons donc établi l'<u>aplanétisme approché du miroir sphérique</u> (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <u>pour tout objet linéique de pied non proche du centre du miroir</u>.</center>}} ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un miroir sphérique concave pour un objet linéique transverse de pied proche du centre du miroir et vu du sommet de ce dernier sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> étant maintenant supposé proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\beta</math>, sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)</math> ; la démarche pour établir l'aplanétisme du miroir pour un tel objet nécessite l'utilisation de deux rayons paraxiaux issus de <math>\;M_o</math>, point objet quelconque de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> Le caractère paraxial étant indispensable pour satisfaire au stigmatisme approché du miroir pour le point objet <math>\;M_o</math>, tous les rayons non paraxiaux issus de <math>\;M_o\;</math> seront arrêtés par un diaphragme centré sur <math>\;S</math> ;<br>{{Al|3}}on vérifie aisément que les rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> sont deux candidats respectant la paraxialité, par contre le rayon incident <math>\;M_oC\;</math> pouvant ne pas l'être car <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math> <math>\big(</math>et si tel était le cas il serait alors arrêté par le diaphragme centré en <math>\;S\big)</math>, nous ne l'utiliserons pas.</ref> et de montrer que le point image <math>\;M_i</math>, défini comme l'intersection des deux rayons réfléchis, a pour projeté, sur l'axe optique principal, le point image <math>\;A_i</math> : * déterminer l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;p_i\;</math> en fonction de la distance focale image <math>\;f_i\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * déterminer la longueur algébrique <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> en fonction de <math>\;\beta\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * travaillant dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> <ref> L'axe <math>\;\overrightarrow{Sx}\;</math> étant porté par l'axe optique principal, orienté dans le sens incident et l'axe <math>\;\overrightarrow{Sy}\;</math> étant porté par la représentation symbolique du miroir orienté vers le haut, l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> étant lui aussi orienté vers le haut.</ref> déterminer l'équation des rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> <ref name="définition ε"> L'abscisse de <math>\;M_o\;</math> est évidemment celle de <math>\;B_o\;</math> et son ordonnée sera notée <math>\;\varepsilon \times\;</math> l'ordonnée de <math>\;B_o</math>, <math>\;\varepsilon\;</math> variant entre <math>\;0\;</math> et <math>\;1</math> ;<br>{{Al|3}}ici intervient une 1{{ère}} condition de Gauss d'aplanétisme approché <math>\;\beta \ll 1\;</math> qui assure que le point <math>\;M_o\;</math> est suffisamment proche de l'axe optique principal pour que deux rayons incidents judicieusement choisis travaillent dans les conditions de stigmatisme approché.</ref>, * travaillant dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> <ref> L'axe <math>\;\overrightarrow{Sx'}\;</math> étant porté par l'axe optique principal, orienté dans le sens réfléchi <math>\;\big(</math>donc de sens contraire à celui de l'axe <math>\;\overrightarrow{Sx}\big)\;</math> et l'axe <math>\;\overrightarrow{Sy}\;</math> étant le même que précédemment à savoir porté par la représentation symbolique du miroir et orienté vers le haut.</ref> déterminer les équations des rayons réfléchis, puis leur intersection <math>\;M_i\;</math> ; * vérifier que l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal est égale à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, puis conclure à l'aplanétisme approché du miroir sphérique pour l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied proche du centre du miroir. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - aplanétisme.jpg|thumb|Schéma positionnant un objet linéique transverse de pied proche du centre d'un miroir sphérique concave pour démontrer l'aplanétisme approché du miroir pour cet objet]] {{Al|5}}Soit <math>\;A_oB_o\;</math> un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o</math>, proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir sphérique concave <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, vu du sommet <math>\;S\;</math> de ce dernier sous un angle <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)\;</math> correspondant à la condition de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditons supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> précitée ; # on détermine d'abord <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}</math>, l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, image du point objet <math>\;A_o\;</math> d'abscisse objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}</math>, par utilisation de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes du miroir sphérique (avec origine au sommet) de vergence <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}</math>, <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> étant la distance focale image du miroir d'où : <center><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i} \Rightarrow \dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{p_o} + \dfrac{1}{f_i} = \dfrac{f_i + p_o}{p_o\, f_i}\;</math> soit finalement <math>\;p_i = p_o\, \dfrac{f_i}{p_o + f_i}</math>.</center> # <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> <math>\;> 0\;</math> avec <math>\;\beta\;</math> non algébrisé <math>\;\ll 1</math>, on en déduit <math>\;\tan(\beta) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{p_o}\;</math> avec <math>\;\tan(\beta) \simeq \beta\;</math> d'où <center><math>\;\overline{A_oB_o} \simeq -\beta\; p_o</math> ;</center> # dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})</math>, le rayon incident <math>\;M_oS\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = \varepsilon\, \overline{A_oB_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_S}{x_{M_o} - x_S} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o} = -\varepsilon\, \beta\;</math> a pour équation <math>\;y - y_S = -\varepsilon\, \beta \left( x - x_S \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = -\varepsilon\, \beta\, x\;</math> <ref name="vérification signes"> On vérifie sur le schéma que, lorsque <math>\;x\;</math> est <math>\;< 0</math>, <math>\;y\;</math> est <math>\;> 0</math>.</ref>,</center> {{Transparent|dans le repère orthonormé <math>\;\color{transparent}{(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, }}le rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> et passant par le foyer principal objet du miroir sphérique <math>\;F_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{F_o} = f_o = -f_i\, , \, y_{F_o} = 0)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_{F_o}}{x_{M_o} - x_{F_o}} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i}\;</math> a pour équation <math>\;y - y_{F_o} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i} \left( x - x_{F_o} \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i} \left( x + f_i \right)</math> ;</center> # dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> le rayon réfléchi sur le miroir du rayon incident <math>\;M_oS\;</math> étant de direction symétrique de celle de ce dernier relativement à l'axe optique principal est de même pente <math>\;-\varepsilon\, \beta\;</math> <ref> En effet le rayon réfléchi a une pente opposée à celle du rayon incident dans le repère <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> mais, quand on passe dans le repère <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> correspondant à une inversion du sens de l'axe des abscisses sans que celui de l'axe des ordonnées ne soit changé, la pente doit être multipliée par un facteur <math>\;(-1)\;</math> d'où le rayon réfléchi a une pente identique à celle du rayon incident (la raison étant que les pentes sont définies dans deux repères différents).</ref> d'où l'équation du rayon réfléchi correspondant au rayon incident <math>\;M_oS\;</math> <center><math>\;y = -\varepsilon\, \beta\, x'\;</math> <ref name="vérification signes bis"> On vérifie bien sur le schéma que, lorsque <math>\;x\;</math> est <math>\;> 0</math>, <math>\;y\;</math> est <math>\;< 0</math>.</ref>,</center>{{Transparent|dans le repère orthonormé <math>\;\color{transparent}{(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, }}le rayon réfléchi sur le miroir du rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> étant, à partir du point d'incidence <math>\;I\;</math> sur le miroir, <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, son équation nécessite de déterminer au préalable l'ordonnée de <math>\;I\;</math> par <math>\;x_{I} = 0\;</math> dans l'équation du rayon incident soit <math>\;y(I) = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i} \left[ x(I) + f_i \right] = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o\, f_i}{p_o + f_i}\;</math> d'où l'équation du rayon réfléchi correspondant au rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o\, f_i}{p_o + f_i}</math> ;</center> {{Al|5}}l'intersection <math>\;M_i\;</math> de ces deux rayons réfléchis a pour abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o\, f_i}{p_o + f_i} = -\varepsilon\, \beta\, {x'}_{M_i}\;</math> soit <center><math>\;{x'}_{M_i} = \dfrac{p_o\, f_i}{p_o + f_i}\;</math> identique à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du point image <math>\;A_i</math> ;</center> # l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal étant égale à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, on conclut à l'<u>aplanétisme approché du miroir sphérique</u> (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <u>pour tout objet linéique</u> <math>\;A_oB_o\;</math> <u>de pied proche du centre du miroir</u>.}} ==== Relation de conjugaison (approchée) de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) ==== [[File:Miroir sphérique - symbole.jpg|thumb|Représentation symbolique (sans les foyers) d'un miroir sphérique concave et d'un miroir sphérique convexe]] {{Al|5}}Dès lors qu'un miroir sphérique est utilisée sous conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme et d'aplanétisme approchés <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" />{{,}} <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" />, l'usage est de représenter ce miroir sous une forme symbolique dans laquelle figurent l'axe optique principal, le centre <math>\;C</math>, les foyers principaux objet <math>\;F_o\;</math> et image <math>\;F_i</math>, le sommet <math>\;S\;</math> et la partie de miroir perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal <ref> Cette partie de miroir perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal est terminée par des bords inclinés vers <math>\;C</math>, ainsi un miroir concave à centre <math>\;C\;</math> réel a des bords inclinés vers la gauche (c.-à-d. vers l'espace objet réel) et un miroir convexe à centre <math>\;C\;</math> virtuel a des bords inclinés vers la droite (c.-à-d. vers l'espace objet virtuel).</ref>, partie de miroir sur laquelle est rappelée l'algébrisation physique de l'axe optique principal <center>voir ci-contre à gauche pour un miroir concave et à droite pour un miroir convexe <ref name="Foyers à ajouter"> La position des foyers principaux seraient à ajouter une fois que vous les aurez déterminés.</ref>.</center> [[File:Miroir sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes avec origine en S pour un miroir sphérique concave]] {{Al|5}}Sur le schéma ci-contre on a construit l'image linéique transverse <math>\;A_iB_i\;</math> d'un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> <math>\;\neq S\;</math> et <math>\;\neq C\;</math> en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, l'un passant que le centre <math>\;C\;</math> du miroir et qui se réfléchit sur lui-même <ref> En effet le rayon réfléchi doit être issu du point d'incidence <math>\;I\;</math> du rayon incident et passer par l'image de <math>\;C\;</math> par le miroir c.-à-d. <math>\;C\;</math> lui-même.</ref>, l'autre passant par le sommet <math>\;S\;</math> du miroir et qui se réfléchit en obéissant à la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" />{{,}} <ref> Attention le sommet <math>\;S\;</math> du miroir est le seul point d'incidence en lequel on peut appliquer la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes en travaillant sur la représentation symbolique du miroir car c'est le seul point pour lequel la direction de cette représentation symbolique se confond avec la direction réelle du miroir <math>\big(</math>autrement dit c'est le seul point où la normale réelle est perpendiculaire à la représentation symbolique, par exemple le rayon incident <math>\;B_oC\;</math> qui se confond avec la normale réelle du miroir en <math>\;I\;</math> n'est pas perpendiculaire à la représentation symbolique du miroir en <math>\;I\big)</math>.</ref>, le point d'intersection de ces deux rayons réfléchis étant le point de convergence <math>\;B_i\;</math> de tous les rayons réfléchis correspondant à tous les rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> sous conditions de Gauss <ref name="Gauss" />{{,}} <ref> Car le miroir est stigmatique approché pour <math>\;B_o</math>.</ref> et <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal <ref> Car le miroir est aplanétique approché pour <math>\;A_oB_o</math>.</ref>. {{Al|5}}En comparant les triangles rectangles <math>\;A_iB_iS\;</math> et <math>\;A_oB_oS</math>, déterminer le grandissement transverse par le miroir de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\\ p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow} \end{array}\right\rbrace</math> ; <center>cette relation définit la relation de conjugaison (approchée) de grandissement transverse [ou 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée)] de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour tout objet linéique transverse de pied <math>\;A_o \neq S\;</math> <ref name="forme indéterminée"> Elle ne peut évidemment pas s'appliquer sous la forme indiquée pour <math>\;A_o = S\;</math> car elle correspondrait à une forme indéterminée, <br>{{Al|3}}mais on vérifie, dans le paragraphe suivant, qu'elle s'applique sous cette forme pour <math>\;A_o = C</math>.</ref> <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille" />, elle caractérise quantitativement la propriété d'aplanétisme approché du miroir sphérique pour l'objet linéique transverse de pied <math>\;A_o\;</math> <ref> Bien que démontrée sur un miroir sphérique concave elle reste applicable à un miroir sphérique convexe.</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfléchis correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;C\;</math> qui se réfléchit sur lui-même et le 2{{ème}} de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfléchit en <math>\;S\;</math> suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal <ref> Il est déconseillé de choisir ce rayon dans les constructions futures demandées car peu pratique <math>\;\big(</math>l'angle <math>\;i\;</math> devant être mesuré et reporté symétriquement par rapport à l'axe optique principal<math>\big)</math> ; ici nous l'utilisons dans la démonstration d'où ce choix.</ref>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(i)\;</math> et <math>\;\tan(-i)\;</math> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oS\;</math> et <math>\;A_iB_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(i) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;i\;</math> étant <math>\;< 0</math>, <math>\;\overline{A_oB_o} > 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> <ref> On suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oS\;</math> puisse être défini.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;i \simeq \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}</math>, * <math>\;\tan(-i) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;(-i)\;</math> étant <math>\;> 0</math>, <math>\;\overline{A_iB_i} < 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> <ref> Ayant suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> et <math>\;S\;</math> étant un point double on en déduit <math>\;A_i \neq S\;</math> ce qui définit le triangle <math>\;A_iB_iS</math>.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;-i \simeq -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}</math> ; {{Al|5}}égalant les deux expressions de <math>\;i</math>, on en déduit : <math>\;\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}} \simeq \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} \simeq \dfrac{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math> d'où <center>la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes (avec origine au sommet)</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq S\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\\ p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;p_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;p_i = f_i\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;p_o = f_o\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = C\;</math> <ref> Le miroir sphérique n'est stigmatique rigoureux que pour le pied <math>\;C\;</math> de l'objet linéique, pour tous les autres points objets constituant ce dernier on suppose le stigmatisme approché du miroir c.-à-d. l'utilisation de rayons incidents issus de <math>\;M_o\; (\neq C)\; \in A_oB_o\;</math> paraxiaux <math>\big(</math>ce qui peut être réalisé en pratique avec un diaphragme centré en <math>\;S\;</math> collé contre le miroir<math>\big)</math>.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du miroir pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> sous lequel l'objet est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\;\big(\beta \ll 1\big)</math>, * vérifier, par construction de l'image <math>\;A_iB_i</math>, qu'elle est symétrique de <math>\;A_oB_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal et * comparer au résultat donné par l'application de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = C</math>. {{Al|5}}Considérant maintenant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = S\;</math> <ref> L'objet, collé contre le miroir sphérique, de pied <math>\;A_o = S</math>, l'axe optique principal ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, ne peut être rigoureusement linéique (c.-à-d. rectiligne) car il suit la courbure du miroir mais, s'il est vu de <math>\;C\;</math> sous un petit angle non algébrisé <math>\;\alpha</math>, on peut confondre l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et le segment correspondant lui étant tangent à l'ordre un <math>\;\alpha</math>, raison pour laquelle l'objet est qualifié de « linéique transverse » ; <br>{{Al|3}}le miroir sphérique est stigmatique rigoureux que pour les points de l'objet linéique car tous ces points, étant sur le miroir, jouent le rôle de sommet (secondaire) pour lequel le miroir est stigmatique rigoureux.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du miroir pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'objet est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(\alpha \ll 1\big)\;</math> <ref> Qui est aussi la condition pour que l'objet collé sur le miroir puisse être considéré comme linéique.</ref>, * vérifier que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> se superpose à <math>\;A_oB_o</math>, le caractère linéique transverse de l'objet entraînant celui de l'image et * en déduire la valeur du grandissement transverse <math>\;G_t(S)\;</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = S</math>. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - grandissement transverse au centre.jpg|thumb|Construction de l'image d'un objet linéique transverse de pied au centre d'un miroir sphérique concave]] {{Al|5}}Le centre <math>\;C\;</math> du miroir sphérique concave ci-contre en étant un point double conjugué rigoureux, un objet linéique transverse <math>\;CB_o\;</math> a pour image, par le miroir, une image linéique transverse de pied <math>\;C</math>, notée <math>\;CB_i</math> ; pour obtenir cette dernière il suffit de choisir pour rayon incident issu de <math>\;B_o</math>, le rayon passant par le sommet <math>\;S\;</math> qui se réfléchit suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal et recoupe le plan transverse passant par <math>\;C\;</math> au point <math>\;B_i</math>, symétrique de <math>\;B_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal <center>d'où <math>\;\overline{CB_i} = -\overline{CB_o}\;</math> et par suite <math>\;G_t(C) = -1</math> ;</center> {{Al|5}}l'application de la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au sommet) nous conduit à <math>\;G_t(C) =</math> <math>\dfrac{\overline{SC}_{\leftarrow}}{\overline{SC}_{\rightarrow}}</math>, soit, avec <math>\;\overline{SC}_{\leftarrow} = -\overline{SC}_{\rightarrow}</math>, on retrouve effectivement <math>\;G_t(C) = -1\;</math> <ref> Le centre est le seul point de l'espace objet d'un miroir sphérique en lequel un objet linéique transverse positionné en ce point admet une image linéique transverse inversée de même taille.</ref>. {{clr}} {{Al|5}}Tous les points du miroir sphérique étant des points doubles de ce dernier <ref> Chaque point du miroir jouant le rôle de sommet pour l'axe optique principal passant par ce point, c'est effectivement un point double.</ref>, un objet collé sur le miroir est donc sa propre image ; dans la mesure où l'objet est de petite taille, on peut négliger sa courbure et le considérer comme linéique transverse, son image étant alors également linéique transverse ; comme <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SA_o}\;</math> on en déduit, par définition, <math>\;G_t(S) = +1\;</math> <ref> Le sommet (et plus généralement tout point de la surface réfléchissante sphérique) est le seul point de l'espace objet d'un miroir sphérique en lequel un objet linéique transverse positionné en ce point admet une image linéique transverse droite de même taille.</ref>.}} ==== Construction de l'image par un miroir sphérique d'un objet linéique transverse ==== {{Al|5}}<u>Définitions préliminaires</u> : On appelle plan focal objet le plan transverse passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}plan focal image le plan transverse passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math> ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle axe optique secondaire tout axe passant par le centre <math>\;C</math> du miroir, il possède une partie incidence contenue dans l'espace objet réel se réfléchissant sur elle-même pour donner sa partie émergente contenue dans l'espace image réelle ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal objet et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}foyer secondaire image <math>\;\varphi_i\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal image. {{Al|5}}<u>Propriétés</u> : Justifier les propriétés des foyers secondaires objet et image associés à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : # le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour image le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)\big]</math>, # le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour antécédent le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}<u>Propriétés des foyers secondaires associés à un axe optique secondaire</u> : # foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet linéique transverse contenu dans le plan focal objet et de pied <math>\;F_o</math>, objet noté <math>\;F_o\varphi_o(\delta)</math>, <math>\;F_o\;</math> ayant pour image le point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et l'image étant linéique transverse, le point <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> a une image également située à l'infini sur la partie réfléchie de l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon incident issu de <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> se réfléchit sur lui-même, les parties incidente et réfléchie constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)</math>,</center> # foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet dont l'image associée est contenue dans le plan focal image et de pied <math>\;F_i</math>, image notée <math>\;F_i\varphi_i(\delta)</math>, <math>\;F_i\;</math> ayant pour antécédent le point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et le miroir étant aplanétique, le point <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> a un antécédent également situé à l'infini sur la partie incidente de l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon réfléchi issu de <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> s'est réfléchi sur lui-même, les parties incidente et réfléchie constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement<math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)</math>.</center>}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> réel, de pied <math>\;A_o\;</math> séparé du sommet <math>\;S\;</math> d'un miroir sphérique concave d'une distance supérieure au rayon non algébrisé du miroir, construire son image <math>\;A_iB_i\;</math> par le miroir de deux façons différentes : # en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> <math>\big[</math>choisis parmi les trois suivants : passant par <math>\;C</math>, passant par <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<math>\big]</math>, # en considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> <ref name="un seul rayon incident suffit"> Un seul rayon incident suffit car <math>\;A_o\;</math> appartenant à l'axe optique principal son image est sur cet axe.</ref> <math>\big[</math>choisi parmi les deux suivants : passant par <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\big]</math>. {{Al|5}}Refaire les constructions précédentes avec un miroir convexe. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - construction image.jpg|thumb|Construction de l'image par un miroir sphérique concave d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal]] # En considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> choisis parmi les trois suivants (voir schéma ci-contre) : <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;C\;</math> et se réfléchissant sur lui-même, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;F_o\;</math> foyer principal objet et se réfléchissant parallèlement à l'axe optique principal, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal et se réfléchissant en passant par le foyer principal image <math>\;F_i\;</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;B_i\;</math> étant à l'intersection des deux rayons réfléchis correspondant aux deux rayons incidents choisis, <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal. {{clr}} [[File:Miroir sphérique concave - construction image - bis.jpg|thumb|Construction de l'image par un miroir sphérique concave d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire]] # En considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> choisis parmi les deux suivants (voir schéma ci-contre) : <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par un foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection du rayon incident et du plan focal objet<math>\big]\;</math> et se réfléchissant parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> <math>\big[</math>c.-à-d., pour la partie incidente <math>\;C\varphi_o(\delta)</math>, la partie réfléchie se superposant à la partie incidente mais orientée en sens contraire<math>\big]</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à un axe optique secondaire a priori quelconque <math>\;(\delta)\;</math> et se réfléchissant en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection de l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> et du plan focal image<math>\big]</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;A_i\;</math> étant à l'intersection d'un des rayons réfléchis correspondant au rayon incident choisi et de l'axe optique principal, <math>\;B_i\;</math> s'obtenant comme intersection de l'axe optique secondaire passant par <math>\;B_o\;</math> et du plan transverse passant par <math>\;A_i</math>. {{clr}} {{Al|5}}Ci-dessous les constructions refaites sur un miroir sphérique convexe, en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> à gauche, en utilisant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> et la notion de foyers secondaires objet ou image à droite : <center> <gallery> Miroir sphérique convexe - construction image.jpg|Construction de l'image par un miroir sphérique convexe d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal Miroir sphérique convexe - construction image - bis.jpg|Construction de l'image par un miroir sphérique convexe d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire </gallery> </center>}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) sous conditions de Gauss === ==== Relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}On repère maintenant les points objet <math>\;A_o\;</math> et image <math>\;A_i\;</math> relativement au centre <math>\;C\;</math> du miroir sphérique en définissant * l'abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\;</math> et * l'abscisse image de Descartes (avec origine au centre) de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}</math> ; {{Al|5}}à partir de la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) s'écrit <center><math>\;\dfrac{1}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}} = -V\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C"> Cette relation est applicable à tout objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o \neq C</math>, le cas <math>\;A_o = C\;</math> conduisant à une forme indéterminée.</ref> ou <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = -V\;</math> avec <math>\;V\;</math> vergence du miroir.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Descartes (origine au centre) utilisent <math>\;C\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> ou un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} = \overline{SC}_{\rightarrow} + \overline{CA_o}_{\rightarrow}\;</math> ou <math>\;p_o = \overline{R} + \pi_o\;</math> et * l'abscisse image de Descartes (avec origine au centre) du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} = \overline{SC}_{\leftarrow} + \overline{CA_i}_{\leftarrow}\;</math> ou <math>\;p_i = -\overline{R} + \pi_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au centre) en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes précédemment définis, dans la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{-2}{\overline{R}}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{1}{\pi_i - \overline{R}} - \dfrac{1}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> ou <math>\;\dfrac{(\pi_o + \overline{R}) - (\pi_i - \overline{R})}{(\pi_i - \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R})} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens"> Quand on a l'égalité entre deux fractions <math>\;\dfrac{a}{b} = \dfrac{c}{d}\;</math> les grandeurs <math>\;(a\, ,\, d)\;</math> sont appelées « extrêmes » et <math>\;(b\, ,\, c)\;</math> « moyens », l'égalité des deux fractions étant équivalente à <math>\;a \; d = b \; c\;</math> c.-à-d. à l'égalité du produit des extrêmes et celui des moyens (on parle encore de l'égalité des produits en croix).</ref> <math>\;-2\, (\pi_i - \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R}) = (\pi_o - \pi_i + 2\, \overline{R})\, \overline{R}\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;-2\, \pi_o\, \pi_i + 2\, \overline{R}\, \pi_o - 2\, \overline{R}\, \pi_i + 2\, \overline{R}^2 =</math> <math>\pi_o\, \overline{R} - \pi_i\, \overline{R} + 2\, \overline{R}^2\;</math> soit, après simplification <math>\;-2\, \pi_o\, \pi_i + \overline{R}\, \pi_o - \overline{R}\, \pi_i = 0\;</math> ou <math>\;\overline{R}\, \pi_o - \overline{R}\, \pi_i = 2\, \pi_o\, \pi_i\;</math> et enfin, en divisant les deux membres de l'équation par <math>\;\pi_o\, \pi_i\, \overline{R}\;</math> <ref name="C.N."> Cela nécessite que <math>\;\pi_o \neq 0\;</math> et <math>\;\pi_i \neq 0\;</math> c.-à-d. <math>\;A_o \neq C</math>.</ref> <math>\;\big(</math>la raison en étant que l'on cherche à établir une équation faisant intervenir des inverses de longueur à partir d'une équation comportant des produits de deux longueurs<math>\big)\;</math> <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = \dfrac{2}{\overline{R}}</math> ; la <u>1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = -V\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du miroir ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS}_{\rightarrow} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS}_{\leftarrow} = \overline{R}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = \dfrac{2}{\overline{R}} = -V</math>.</ref> avec <math>\;V = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> vergence du miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\\ \pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}\end{array} \right\rbrace</math>.</center> }} [[File:Miroir sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes avec origine en C pour un miroir sphérique concave]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C" />. {{Al|5}}En utilisant le schéma ci-contre vérifier directement cette relation. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet"> Applicable en tout point <math>\;A_o \neq S</math>.</ref> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \pi_o + \overline{R} \\ p_i = \pi_i - \overline{R} \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\pi_i - \overline{R}}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}\left( \dfrac{1}{\overline{R}} - \dfrac{1}{\pi_i} \right)}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}} \left( \dfrac{1}{\overline{R}} + \dfrac{1}{\pi_o} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître des inverses de longueur comme celles de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = \dfrac{2}{\overline{R}} \Leftrightarrow \dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\overline{R}} = \dfrac{1}{\pi_o} + \dfrac{1}{\overline{R}}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}}}</math> ; la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du miroir ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS}_{\rightarrow} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS}_{\leftarrow} = \overline{R}\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = -(-1) = +1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature" /> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\\ \pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}\end{array} \right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfléchis correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;C\;</math> qui se réfléchit sur lui-même et le 2{{ème}} de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfléchit en <math>\;S\;</math> suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés"> Les angles précités étant non algébrisés.</ref> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oC\;</math> et <math>\;A_iB_iC\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o}) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> <ref name="hors centre"> On suppose <math>\;A_o \neq C\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oC\;</math> puisse être défini.</ref>, * <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i}) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_i}_{\leftarrow} < 0\;</math> <ref name="hors centre bis"> Ayant suppose <math>\;A_o \neq C\;</math> et <math>\;C\;</math> étant un point double on en déduit <math>\;A_i \neq C\;</math> ce qui définit le triangle <math>\;A_iB_iC</math>.</ref> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}} = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}}\;</math> d'où <center>la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes (avec origine au centre)</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq C\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\\ \pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\pi_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\pi_i = f_i + \overline{R}\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\pi_o = f_o - \overline{R}\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Newton sous conditions de Gauss === {{Al|5}}On repère maintenant le point objet <math>\;A_o\;</math> relativement au foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> du miroir sphérique et le point image <math>\;A_i\;</math> relativement au foyer principal image <math>\;F_i\;</math> du même miroir sphérique en définissant * l'abscisse objet de Newton de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\;</math> et * l'abscisse image de Newton de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}</math>. ==== Relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Newton s'écrit <center><math>\; \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\; \overline{F_oA_o}_{\rightarrow} = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\; \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Newton"> Applicable pour tout point objet <math>\;A_o \neq F_o</math> et <math>\;A_o \neq A_{o,\,\infty}</math>, ces cas conduisant à une forme indéterminée.</ref> ou <math>\;\sigma_i \; \sigma_o = f_i\; f_o\;</math> <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille"/> avec <math>\;f_i\;</math> et <math>\;f_o\;</math> distances focales image et objet du miroir.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Newton utilisent <math>\;F_o\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> comme origine pour repérer un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Newton du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o =</math> <math>\overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} = \overline{SF_o}_{\rightarrow} + \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\;</math> ou <math>\;p_o = f_o + \sigma_o = -f_i + \sigma_o\;</math> et * l'abscisse image de Newton du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i =</math> <math>\overline{SA_i}_{\leftarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} = \overline{SF_i}_{\leftarrow} + \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\;</math> ou <math>\;p_i = f_i + \sigma_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Newton en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes précédemment définis, dans la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{1}{\sigma_i + f_i} - \dfrac{1}{\sigma_o - f_i} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> ou <math>\;\dfrac{(\sigma_o - f_i) - (\sigma_i + f_i)}{(\sigma_i + f_i)\, (\sigma_o - f_i)} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens" /> <math>\;(\sigma_i + f_i)\, (\sigma_o - f_i)</math> <math>= (\sigma_o - \sigma_i - 2\, f_i)\, f_i\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;\sigma_o\, \sigma_i + f_i\, \sigma_o - f_i\, \sigma_i - f_i^2 =</math> <math>\sigma_o\, f_i - \sigma_i\, f_i - 2\, f_i^2\;</math> soit, après simplification <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = -f_i^2\;</math> et enfin, sachant que <math>\;f_o = -f_i\;</math> <ref> On remplacera une seule fois <math>\;f_i\;</math> par <math>\;-f_o\;</math> pour obtenir une forme symétrique de la relation.</ref>, <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> ; la <u>1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center> <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le foyer principal objet du miroir <math>\;\big(</math> en effet si <math>\;A_o\;</math> est en <math>\;F_o</math>, l'image <math>\;A_i\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal et on obtient une forme indéterminée avec <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> valant <math>\;\infty\big)</math> ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS}_{\rightarrow} = -f_o\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS}_{\leftarrow} = -f_i\;</math> d'où <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i</math>.</ref> avec <math>\;f_i = -f_o = -\dfrac{\overline{R}}{2}\;</math> distance focale image du miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\\ \sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\end{array} \right\rbrace</math>.</center>}} [[File:Miroir sphérique - grandissement transverse Newton.jpg|thumb|Schéma de démonstration des deux formes de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton pour un miroir sphérique concave]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Newton <ref name="deux formes de grandissement transverse de Newton"> Cette relation a deux formes possibles suivant qu'elle est exprimée en fonction de l'abscisse objet de Newton et de la distance focale objet ou en fonction de l'abscisse image de Newton et de la distance focale image.</ref> <ref name="Applicabilité relation de Newton" />. {{Al|5}}En utilisant le schéma ci-contre vérifier directement les deux formes de cette relation. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet" /> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \sigma_o - f_i \\ p_i = \sigma_i + f_i \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\sigma_i + f_i}{\sigma_o - f_i} = \dfrac{\sigma_i \left( 1 + \dfrac{f_i}{\sigma_i} \right)}{(-f_i) \left( 1 - \dfrac{\sigma_o}{f_i} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître, au numérateur et au dénominateur, deux grandeurs égales découlant de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_i\, f_o = -f_i^2 \Leftrightarrow \dfrac{\sigma_i}{f_i} = -\dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> ou encore <math>\;1 + \dfrac{\sigma_i}{f_i} = 1 - \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{\sigma_i}{f_o}</math> ; la 1{{ère}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{\sigma_i}{f_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton"> Applicable en tout point objet ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que cette forme de relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS}_{\rightarrow} = -f_o\;</math> <math>\;\big(</math>resp. <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS}_{\leftarrow} = -f_i\big)\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = +1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature" /> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}</math>.</center> {{Al|5}}comme la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton s'écrivant <math>\;\sigma_i\, \sigma_o = f_i\, f_o\;</math> est équivalente à <math>\;\dfrac{\sigma_i}{f_o} = \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> on en déduit aisément la 2{{ème}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o} = \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton" /> <ref name="indépendance de la nature" /> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfléchis correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;F_o\;</math> qui se réfléchit parallèlement à l'axe optique principal et le 2{{ème}} parallèle à l'axe optique principal qui se réfléchit en passant par <math>\;F_i</math>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_iS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_iB_iF_i\;</math> et <math>\;KF_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{F_iA_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> <ref name="hors foyer bis" > On suppose <math>\;A_i \neq F_i\;</math> c.-à-d. que <math>\;A_o\;</math> n'est pas le point à l'infini de l'axe optique principal, pour que le triangle <math>\;A_iB_iF_i\;</math> puisse être défini.</ref>, * <math>\;\tan(\widehat{KF_iS}) = \dfrac{\overline{SK}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;\overline{SK}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SK} = \overline{A_oB_o}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{KF_iS}) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_iS})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}} = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}\;</math> d'où <center>une 1{{ère}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\sigma_i}{f_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq A_{o,\,\infty}\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}</math>.</center> {{Al|5}}de même le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_oS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oF_o\;</math> et <math>\;HF_oS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o}) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{F_oA_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> <ref name="hors foyer"> On suppose <math>\;A_o \neq F_o\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oF_o\;</math> puisse être défini.</ref>, * <math>\;\tan(\widehat{HF_oS}) = \dfrac{\overline{SH}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;\overline{SH}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SH} = \overline{A_iB_i}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{HF_oS}) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_oS})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}} = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}}\;</math> d'où <center>une 2{{ème}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq F_o\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\sigma_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\sigma_i = 0\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de Lagrange - Helmholtz sous conditions de Gauss === [[File:Miroir sphérique - grandissement angulaire.jpg|thumb|Schéma de détermination du grandissement angulaire en repérage de Descartes (avec origine en S) pour un miroir sphérique concave]] ==== Expression de Descartes (avec origine au sommet) du grandissement angulaire d'un pinceau incident issu d'un point objet ==== {{Al|5}}On rappelle que le grandissement angulaire d'un pinceau lumineux incident issu d'un point objet <math>\;A_o\;</math>, de direction faisant un angle <math>\;\theta_o\;</math> avec la partie incidente de l'axe optique principal, le pinceau se réfléchissant sur le miroir en convergeant vers le point image <math>\;A_i\;</math>, avec une direction faisant un angle <math>\;\theta_i\;</math> avec la partie réfléchie de l'axe optique principal, est défini selon <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> <ref name="Angles petits"> Les angles <math>\;\theta_o\;</math> et <math>\;\theta_i\;</math> sont de valeur absolue petite c.-à-d. <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>.</ref> ; {{Al|5}}en utilisant le schéma ci-contre, établir l'expression du grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes (avec origine au sommet), respectivement <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> et <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}\;</math> <ref> L'expression du grandissement angulaire a été établie en utilisant un miroir sphérique concave mais elle reste applicable pour un miroir sphérique convexe.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}On détermine le grandissement angulaire par évaluation de <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> et <math>\;\tan(\theta_i)</math>, <math>\big(</math>tous deux <math>\;> 0\;</math> sur la figure ci-dessus<math>\big)</math> respectivement dans les triangles <math>\;A_oIS\;</math> et <math>\;A_iIS\;</math> <math>\big[</math>l'angle <math>\;\widehat{SA_iI}\;</math> étant égal à <math>\;\theta_i\big]</math> soit : * dans le triangle <math>\;A_oIS</math>, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} < 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_o| \ll 1</math>, <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}</math> ; * dans le triangle <math>\;A_iIS</math>, <math>\;\tan(\theta_i) = \dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} > 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_i) = \dfrac{\overline{SI}}{p_i}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>, <math>\;\theta_i \simeq \dfrac{\overline{SI}}{p_i}</math> ; {{Al|5}}on en déduit <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq \dfrac{\dfrac{\overline{SI}}{p_i}}{-\dfrac{\overline{SI}}{p_o}}\;</math> soit, en simplifiant par <math>\;\overline{SI}</math>, l'expression souhaitée du <center>grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq -\dfrac{p_o}{p_i}</math>.</center>}} ==== Établissement de la relation de Lagrange - Helmholtz ==== {{Al|5}}Á l'aide des relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) et de l'expression du grandissement angulaire dans le même repérage, vérifier la relation de Lagrange - Helmholtz <center> <math>\;G_t(A_o)\; G_a(A_o) = -1\;</math> <ref> Cette relation est différente de celle que l'on trouvera dans le chapitre suivant sur les lentilles minces, pour une lentille mince dans laquelle il n'y a aucune réflexion, la relation de Lagrange - Hemholtz sera <math>\;G_t(A_o)\; G_a(A_o) = +1</math>.</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Connaissant le grandissement transversal donné par la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) \simeq \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> et l'expression du grandissement angulaire précédemment trouvée <math>\;G_a(A_o) \simeq -\dfrac{p_o}{p_i}</math>, on en déduit le lien entre grandissements angulaire et transversal indépendant de la position du point objet <math>\;A_o</math>, <center><math>\;G_a(A_o)\; G_t(A_o) \simeq -\dfrac{p_o}{p_i}\; \dfrac{p_i}{p_o} = -1\;</math> ce qui constitue la relation de Lagrange - Helmholtz cherchée <ref> Il s'agit de la même relation de Lagrange - Helmholtz que celle explicitée pour un miroir plan mais contrairement à cette dernière dans laquelle les grandissements transverse et angulaire valent respectivement <math>\;+1\;</math> et <math>\;-1\;</math> quelle que soit la position du point objet <math>\;A_o</math>, dans un miroir sphérique les grandissements transverse et angulaire dépendent explicitement de la position de l'objet <math>\;A_o</math>, plus la valeur absolue du grandissement transverse est grande plus celle du grandissement angulaire est petite.</ref>.</center>}} == Stigmatisme et aplanétisme approchés d'un dioptre sphérique sous conditions de Gauss == {{Al|5}}Pour être défini, un dioptre sphérique nécessite la connaissance de : * sa nature « concave » ou « convexe », * son centre <math>\;C\;</math> (centre de courbure de la surface sphérique dioptrique <ref> Si le dioptre est « concave », <math>\;C\;</math> est réel, et si le dioptre est « convexe », <math>\;C\;</math> est virtuel.</ref>), * son rayon de courbure (non algébrisé) <math>\;R\;</math> (rayon de courbure de la surface sphérique dioptrique), * l'axe optique principal dont la partie incidente (ou son prolongement) passe par <math>\;C\;</math> et le point objet <math>\;A_o\;</math> (point objet dont on étudiera l'image éventuelle), * son sommet <math>\;S\;</math> (intersection de l'axe optique principal et de la surface dioptrique) et * l'indice de l'espace objet réel <math>\;n_o\;</math> ainsi que celui de l'espace image réelle <math>\;n_i</math>. {{Al|5}}Nous adoptons l'algébrisation physique de l'axe optique principal <ref name="orientation axe opt. princ. dioptre"> Supposant l'axe optique principal horizontal, l'espace objet réel étant situé à gauche du dioptre, la partie incidente de l'axe optique principal est orientée dans le sens <math>\;\rightarrow</math> et l'espace image réelle étant alors situé à droite du dioptre, la partie émergente est orientée dans le même sens <math>\;\rightarrow</math> ; il est donc inutile de préciser en indice le sens de l'orientation de l'axe optique principal contrairement à ce qui doit être fait dans le cas d'un miroir sphérique.</ref> et, pour unifier l'étude des dioptres sphériques, algébrisons le rayon de courbure du dioptre selon <math>\;\overline{R} = \overline{SC}\;</math> <ref name="orientation axe opt. princ. dioptre" /> avec pour conséquence la nature « concave » ou « convexe » du dioptre caractérisé par le signe du rayon de courbure algébrisé : * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC} > 0</math>, <math>\;C\;</math> étant à droite de <math>\;S\;</math> est un point de l'espace objet virtuel, correspondant à un dioptre « convexe », * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC} < 0</math>, <math>\;C\;</math> étant à gauche de <math>\;S\;</math> est un point de l'espace objet réel, correspondant à un dioptre « concave ». <center> <gallery> Dioptre sphérique concave verre - air.jpg|Justification du caractère convergent d'un dioptre sphérique concave faisant passer d'un milieu plus réfringent vers un milieu moins réfringent Dioptre sphérique concave air - verre.jpg|Justification du caractère divergent d'un dioptre sphérique concave faisant passer d'un milieu moins réfringent vers un milieu plus réfringent Dioptre sphérique convexe verre - air.jpg|Justification du caractère divergent d'un dioptre sphérique convexe faisant passer d'un milieu plus réfringent vers un milieu moins réfringent Dioptre sphérique convexe air - verre.jpg|Justification du caractère convergent d'un dioptre sphérique convexe faisant passer d'un milieu moins réfringent vers un milieu plus réfringent </gallery> Dans la suite nous supposerons le dioptre sphérique concave faisant passer d'un espace plus réfringent à un espace moins réfringent <ref> En précisant la modification des résultats pour un dioptre sphérique des trois autres types.</ref> et <br>admettrons qu'il n'y a pas stigmatisme rigoureux du dioptre sphérique <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> pour tous les points objets autres que <math>\;C\;</math> et tous les points du dioptre <ref name="Définition sommet dioptre"> Si le point objet <math>\;A_o\;</math> est sur le dioptre, l'axe optique principal associé à ce point objet ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, <math>\;A_o\;</math> joue le rôle de sommet <math>\;S\;</math> du miroir ; ainsi, dans la mesure où l'axe optique principal n'a pas été préalablement défini, tout point du dioptre peut être considéré comme un sommet.</ref>.</center> === Démonstration du stigmatisme approché d'un dioptre sphérique concave convergent sous conditions de Gauss === [[File:Dioptre sphérique concave convergent - stigmatisme approché.jpg|thumb|Schéma d'un dioptre sphérique concave convergent dans le but d'établir le stigmatisme approché du dioptre <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour tout point objet autre que C et S]] {{Al|5}}Considérant un point objet réel <math>\;A_o \neq C\;</math> et l'axe optique principal correspondant de support <math>\;(A_oC)\;</math> <ref> Dès lors que <math>\;A_o\;</math> est <math>\;\neq C</math>, l'axe optique principal est parfaitement défini ainsi que le sommet <math>\;S\;</math> qui est l'intersection de l'axe optique principal et du dioptre.</ref>, nous envisageons des rayons incidents issus de <math>\;A_o</math>, peu inclinés par rapport à l'axe optique principal, d'angle d'inclinaison <math>\;\theta_o\;</math> tel que <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et dont le point d'incidence <math>\;I\;</math> reste proche du sommet <math>\;S\;</math> c.-à-d. tel que l'angle que fait la normale au dioptre en <math>\;I\;</math> avec l'axe optique principal <math>\;\widehat{(\overrightarrow{CS}\, ;\, \vec{N})} = \omega\;</math> soit petit en valeur absolue <math>\;\big(|\omega| \ll 1\big)\;</math> <ref name="Paraxial" />. {{Al|5}}Le rayon incident <math>\;A_oI\;</math> donnant, par utilisation des lois de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de la réfraction <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réfraction"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_réflexion,_réfraction,_lois_de_Descartes#Deuxième_loi_de_Snell-Descartes_de_la_réfraction|2^ème loi de Snell - Descartes de la réfraction]] » du chap.<math>11</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>, le rayon émergent <math>\;IA_i\;</math> <math>\big(A_i \in</math> à l'axe optique principal<math>\big)</math>, appelons <math>\;\theta_i\;</math> l'angle d'inclinaison du rayon réfracté par rapport à l'axe optique principal ; nous nous proposons de démontrer que <math>\;A_i\;</math> est indépendant du rayon incident considéré <math>\big(</math>c.-à-d. indépendant de <math>\;\theta_o\;</math> et de <math>\;\omega\big)\;</math> dans la mesure où les conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" /> <math>\big(\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et <math>\;|\omega| \ll 1\big)\;</math> sont réalisées. ==== Établissement de la relation liant θ_o, θ_i, ω, n_o et n_i ==== # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIC\;</math> établir une première relation entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;i_o\;\big(</math>angle d'incidence du rayon incident en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIC\;</math> établir une deuxième relation entre <math>\;\theta_i</math>, <math>\;i_i\;\big(</math>angle de réfraction du rayon émergent en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en utilisant la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de la réfraction <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réfraction" /> sous conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> et les deux relations précédentes, déduire la relation suivante entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;\theta_i</math>, <math>\;\omega</math>, <math>\;n_o\;</math> et <math>\;n_i\;</math> : <center> <math>\;\omega = \dfrac{n_o\; \theta_o - n_i\; \theta_i}{n_o - n_i}\;\;(\mathfrak{a})\;</math>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Dans le triangle <math>\;A_oIC</math>, <math>\;\omega = \theta_o + (-i_o)\;</math> <ref name="relation dans un triangle" /> <ref> On remarque, sur le schéma, que <math>\;\omega\;</math> et <math>\;\theta_o\;</math> sont positifs mais <math>\;i_o\;</math> étant négatif, sa valeur absolue s'écrit <math>\;(-i_o)</math>.</ref> et <br>{{Al|5}}dans le triangle <math>\;A_iIC</math>, <math>\;-i_i = \omega - \theta_i\;</math> <ref name="relation dans un triangle" /> <ref> On remarque, sur le schéma, que <math>\;\omega\;</math> est positif mais <math>\;i_i\;</math> et et <math>\;\theta_i\;</math> étant négatifs, leur valeur absolue s'écrit <math>\;(-i_i)\;</math> et <math>\;(-\theta_i)</math>.</ref> ou, <br>{{Al|5}}en utilisation la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> pour la réfraction <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réfraction" /> et, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle d'incidence (et donc aussi de l'angle de réfraction en valeur absolue) <math>\;n_o\, i_0 = n_i\, i_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;i_i = \dfrac{n_o}{n_i}\, i_o</math>, la relation ci-dessus se réécrit <math>\; -\dfrac{n_o}{n_i}\, i_o = \omega - \theta_i</math> ; <br>{{Al|5}}on élimine alors <math>\;i_o\;</math> entre ces deux relations en formant la C.L. <math>\;\dfrac{n_o}{n_i}\; (\mathfrak{1}) + (\mathfrak{2})\;</math> soit : <math>\;\dfrac{n_o}{n_i}\; \omega = \dfrac{n_o}{n_i}\; \theta_o + \omega - \theta_i\;</math> ou <math>\;n_o\,\omega = n_o\, \theta_o + n_i\, \omega - n_i\, \theta_i\;</math> soit enfin, la relation <math>\;(\mathfrak{a}) \qquad \omega = \dfrac{n_o\, \theta_o - n_i\, \theta_i}{n_o - n_i}</math>.}} ==== Évaluation des angles θ_o, θ_i et ω en fonction des abscisses de A_o, A_i et C repérées relativement à H ==== {{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> et des conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" />, montrer que le rayon réfracté est aussi peu incliné relativement à l'axe optique principal c.-à-d. <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>. # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_o}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\theta_o</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\theta_i)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_i}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\theta_i</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\omega)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HC}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\omega</math>, # déduire des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math>, un lien entre <math>\;\overline{HA_o}</math>, <math>\;\overline{HA_i}\;</math> et <math>\;\overline{HC}\;</math> <math>\;\big[</math>relation <math>\;(\mathfrak{b})\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> écrite sous la forme <math>\;\theta_i = \dfrac{n_o}{n_i}\, \theta_o - \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, \omega\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;|\theta_i| \leqslant \dfrac{n_o}{n_i}\, |\theta_o| + \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, |\omega|\;</math> et des conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" /> <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}|\theta_o| \ll 1\\ |\omega| \ll 1 \end{array}\right\rbrace\;</math> dont on déduit <math>\;\dfrac{n_o}{n_i}\, |\theta_o| + \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, |\omega| \ll 1\;</math> d'où <math>\;|\theta_i| \leqslant \dfrac{n_o}{n_i}\, |\theta_o| + \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, |\omega| \ll 1\;</math> c.-à-d. que le rayon réfracté est aussi peu incliné relativement à l'axe optique principal. # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH</math>, <math>\;\tan(\theta_o) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HA_o}}\;</math> car sur le schéma <math>\;\theta_o > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_o) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_o} < 0\;</math> ou, <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_o) \simeq \theta_o\;</math> on en déduit <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_o}}</math> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH</math>, <math>\;\tan(\theta_i) = -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}}\;</math> car sur le schéma <math>\;\theta_i < 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_i) < 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_i} > 0\;</math> ou, <math>\;|\theta_i| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_i) \simeq \theta_i\;</math> on en déduit <math>\;\theta_i \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}}</math> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH</math>, <math>\;\tan(\omega) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HC}_\rightarrow}\;</math> car sur le schéma <math>\;\omega > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\omega) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HC} < 0\;</math> ou, <math>\;|\omega| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\omega) \simeq \omega\;</math> on en déduit <math>\;\omega \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HC}}</math> ; # des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> réécrite selon <math>\;(n_o - n_i)\, \omega = n_o\,\theta_o - n_i\, \theta_i</math>, on en déduit <math>\;\dfrac{-(n_o - n_i)\, \overline{HI}}{\overline{HC}} =</math> <math>\dfrac{n_i\, \overline{HI}}{\overline{HA_i}} - \dfrac{n_o\, \overline{HI}}{\overline{HA_o}}\;</math> ou, en simplifiant par <math>\;\overline{HI}</math>, on obtient la relation <math>\;(\mathfrak{b})\qquad \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{HC}} = \dfrac{n_i}{\overline{HA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{HA_o}}</math>.}} ==== Établissement de la confusion de H et de S à l'ordre un en ω ==== {{Al|5}}Établir que <math>\;H\;</math> <ref name="définition de H" /> peut être confondu avec le sommet <math>\;S\;</math> du miroir à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> <ref name="H et S confondus" /> et {{Al|5}}réécrire que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> en tenant compte de cette confusion. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Montrons que <math>\;H\;</math> peut être confondu avec <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> <ref name="ω infiniment petit d'ordre un" />, en évaluant <math>\;[CH]\;</math> puis <math>\;[HS] = [CS] - [CH]\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega</math>, on obtient : <math>\;[CH] = [CI]\, \cos(\omega) = R\, \cos(\omega) \simeq R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math> <math>\big(</math>revoir la remarque du paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable_au_voisinage_d'une_de_ses_valeurs#D.C3.A9veloppements_limit.C3.A9s_.C3.A0_l.27ordre_un_de_quelques_fonctions_usuelles|D.L. à l'ordre un de quelques fonctions usuelles]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « Outils mathématiques pour la physique (PCSI) »<math>\big)\;</math> d'où <math>\;[HS] = [CS] - [CH] \simeq R - R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega</math>, soit encore <math>\;[HS] \simeq R \dfrac{\omega^2}{2}\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math> ou finalement <center><math>\;[HS] \simeq 0\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega</math> ;</center> {{Al|5}}remplaçant <math>\;H\;</math> par <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{b})</math>, on peut, sous les conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" />, la réécrire selon <center><math>\;(\mathfrak{b})\; \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{SC}} = \dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}}\;</math> <ref> Sous cette forme la relation nécessite que le point objet <math>\;A_o\;</math> soit <math>\;\neq S\;</math> sommet du dioptre.</ref>.</center>}} ==== Conclusion : stigmatisme approché du dioptre sphérique (concave convergent) pour le point objet A_o et relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) ==== {{Al|5}}Vérifier que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> définit, pour un point objet <math>\;A_o\;</math> quelconque, un point image unique <math>\;A_i\;</math> et en déduire le stigmatisme approché du dioptre sphérique <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour le point objet <math>\;A_o</math> ; {{Al|5}}la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> pouvant être écrite selon <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}} = V\;</math> <ref name="indépendance de la nature dioptre"> Nous admettrons que cette relation (ou propriété) établie dans le cas d'un dioptre sphérique concave convergent est encore applicable, sans modification, à un dioptre sphérique concave divergent ou à un dioptre sphérique convexe convergent ou divergent.</ref> où <math>\;V\;</math> est une constante appelée « vergence » du dioptre sphérique exprimée en dioptries <math>\big(</math>de symbole <math>\;\delta\big)\;</math> dans la mesure où les abscisses le sont en <math>\;m\;\big(</math>la dioptrie étant liée au mètre par <math>\;1\, \delta = 1\,m^{-1}\big)</math>, exprimer <math>\;V\;</math> en fonction de <math>\;\overline{R} = \overline{SC}</math>, <math>\;n_o\;</math> et <math>\;n_i</math>. {{Al|5}}Par la suite notant l'abscisse de Descartes <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math><ref> Pour le repérage de Descartes dans un dioptre sphérique concave ou convexe, convergent ou divergent, il y a deux origines utilisées : l'origine au sommet qui est la plus fréquemment utilisée et l'origine au centre qui l'est beaucoup moins.</ref> du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Par la suite notant l'abscisse de Descartes <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>avec origine au sommet<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> }}celle du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}</math>, <br>{{Al|5}}la relation de conjugaison (approchée) de position [ou 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée)] de Descartes d'un dioptre sphérique se réécrit <center><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> établit le stigmatisme approché du dioptre sphérique <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour tout point objet <math>\;A_o\;</math> autre que <math>\;C\;</math> et <math>\;S\;</math> puisque, pour un point objet <math>\;A_o\;</math> fixé, le point image <math>\;A_i\;</math> est déterminé de façon unique <math>\big(</math>indépendamment des variations des petits angles <math>\;\theta_o\;</math> et <math>\;\omega\big)</math>. {{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> peut effectivement être écrite sous la forme <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}} = V\;</math> où <math>\;V\;</math> est une constante définissant la vergence du dioptre sphérique selon <center><math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{SC}} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> avec <math>\;\overline{R} = \overline{SC}\;</math> rayon algébrisé du dioptre.</center> {{Al|5}}Avec les abscisses de Descartes (avec origine au sommet) du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> et du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}</math>, la relation de conjugaison (approchée) de position [ou 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée)] de Descartes du dioptre sphérique se réécrit <center><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math>.</center>}} === Points pour lesquels la conjugaison du dioptre sphérique est rigoureuse et points doubles === {{Al|5}}Vérifier, par construction et pour une direction d'axe optique principal préalablement fixée, que le centre <math>\;C\;</math> et le sommet <math>\;S\;</math> <ref name="Définition sommet" /> du dioptre sont des points * pour lesquels le dioptre est stigmatique rigoureux et * dont l'image est confondue avec l'objet (c.-à-d. que ce sont des points doubles). {{Al|5}}Justifier la raison pour laquelle la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) est applicable à <math>\;C</math>, centre du dioptre, bien que la conjugaison soit rigoureuse ; {{Al|5}}vérifier, en utilisant cette relation, que <math>\;C\;</math> est effectivement un point double. {{Al|5}}Admettant que la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) reste applicable à <math>\;S</math>, sommet du dioptre, pour lequel il y a conjugaison rigoureuse <math>\big[</math>mais évidemment pas sous cette forme qui est indéterminée quand on l'applique à <math>\;S</math>, son abscisse objet <math>\;p_o\;</math> y étant nulle<math>\big]</math>, évaluer <math>\;p_i\;</math> en fonction de <math>\;p_o\;</math> et de <math>\;V\;</math> et vérifier, sur cette dernière forme, * que <math>\;S\;</math> est effectivement un point double et * qu'il n'y a pas d'autres points doubles que <math>\;S\;</math> et <math>\;C</math>. {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - points doubles.jpg|thumb|Schémas de vérification du fait que, pour C et S, le dioptre sphérique (concave convergent) est stigmatique rigoureux et que ce sont des points doubles]] {{Al|5}}Voir ci-contre les constructions prouvant les propriétés particulières d'un point objet en <math>\;C\;</math> ou <math>\;S\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent <ref name="indépendance de la nature dioptre"/> : * à gauche tout rayon d'un faisceau incident issu du centre <math>\;C\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent étant normal au dioptre poursuit son chemin sans changer de direction, donnant un ensemble de rayons transmis divergeant à partir d'un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, c.-à-d. prouvant que le dioptre sphérique est stigmatique rigoureux pour son centre ; de plus le point image de <math>\;C\;</math> étant <math>\;C\;</math> lui-même, ce dernier est un point double ; * à droite tout rayon d'un faisceau incident convergeant sur le sommet <math>\;S\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent se réfractant à partir du point d'incidence <math>\;S\;</math> lui-même <ref> En suivant une direction plus rapprochée de l'axe optique principal que ne l'est celle du rayon incident.</ref> et l'ensemble des rayons réfractés divergeant à partir d'un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, cela prouve le stigmatisme rigoureux du dioptre sphérique pour son sommet <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> ; de plus le point image de <math>\;S\;</math> étant <math>\;S\;</math> lui-même, ce dernier est un point double. {{Al|5}}Pour appliquer la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) à <math>\;C</math>, centre du dioptre, bien que la conjugaison soit rigoureuse, il suffit de ne considérer que les rayons paraxiaux du faisceau incident issu de <math>\;C\;</math> et d'ouverture quelconque <ref> Le fait que les autres rayons divergent également à partir de <math>\;C\;</math> ne modifient en rien la divergence des rayons transmis provenant de rayons incidents paraxiaux.</ref>, condition d'applicabilité de la relation de conjugaison de position de Descartes ; {{Al|5}}dans ce cas, si on appelle <math>\;C_i</math>, d'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(C_i) = \overline{SC_i}</math>, l'image du point objet <math>\;C</math>, d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(C) = \overline{SC} = \overline{R}</math>, nous obtenons, en remplaçant <math>\;V\;</math> par <math>\;\dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}</math>, <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(C_i)} - \dfrac{n_o}{\overline{R}} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(C_i)} = \dfrac{n_i}{\overline{R}}\;</math> ou <math>\;p_i(C_i) = \overline{R} = \overline{SC}</math> prouvant que <math>\;C_i\;</math> se confond avec <math>\;C\;</math> et par suite que <math>\;C\;</math> est un point double. <center>De <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math> on tire <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} = \dfrac{n_o}{p_o} + V = \dfrac{n_o + V\, p_o}{p_o}\;</math> soit <math>\;p_i = n_i\, \dfrac{p_o}{n_o + V\, p_o}</math> ;</center> {{Al|5}}sous cette forme on vérifie qu'un point objet en <math>\;S</math>, d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(S) = 0\;</math> a une image d'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i = 0</math>, c.-à-d. une image confondue avec <math>\;S\;</math> prouvant que <math>\;S\;</math> est bien un point double ; {{Al|5}}les points doubles <math>\;A_d\;</math> d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_d\;</math> étant tels que leurs abscisses images de Descartes (avec origine au sommet) s'écrivant <math>\;p_i(A_d) = \overline{SA_d} = p_d\;</math> avec <math>\;p_i(A_d) = n_i\, \dfrac{p_d}{n_o + V\, p_d}\;</math> obéissent à l'équation <math>\;p_d = n_i\, \dfrac{p_d}{n_o + V\, p_d}\;</math> qui se décompose en <math>\;\left\lbrace\begin{array}{c}p_d = 0\;\;\; \text{ou}\\ n_o + V\, p_d = n_i\end{array}\right\rbrace</math>, la 1{{ère}} solution donnant <math>\;S\;</math> point double et la 2{{ème}} équation conduisant à <math>\;p_d = \dfrac{n_i - n_o}{V} = \overline{R}\;</math> c.-à-d. <math>\;C\;</math> point double ; <center>le centre et le sommet d'un dioptre sphérique sont donc les seuls points doubles de ce dernier.</center>}} === Caractère focal d'un dioptre sphérique, position des foyers principaux objet et image, lien de la vergence et des distances focales objet et image, signe de la vergence === ==== Caractère focal d'un dioptre sphérique, définition des foyers principaux objet et image, lien de la vergence avec les distances focales objet et image ==== {{Al|5}}Vérifier, sur la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes d'un dioptre sphérique, que ce dernier est nécessairement « focal » <ref name="définition focal" /> puis déterminer * la position du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> c.-à-d. le point objet de l'axe optique principal ayant pour image le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;F_o\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; A_{i,\,\infty}\big]\;</math> et * la position du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> c.-à-d. le point image de l'axe optique principal ayant pour antécédent <ref name="Antécédent" /> le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;A_{o,\,\infty}\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; F_i\big]</math>. {{Al|5}}Définissant * la distance focale objet comme l'abscisse objet de Descartes du foyer principal objet (avec origine au sommet) soit <math>\;f_o = \overline{SF_o}\;</math> et * la distance focale image comme l'abscisse image de Descartes du foyer principal image (avec origine au sommet) soit <math>\;f_i = \overline{SF_i}\;</math>, {{Al|5}}déterminer le lien entre vergence <math>\;V</math>, distance focale objet <math>\;f_o</math>, distance focale image <math>\;f_i</math>, indice espace objet <math>\;n_o\;</math> et indice espace image <math>\,n_i</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Un dioptre sphérique est un « système focal », en effet pour qu'il soit « afocal », il faudrait que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, mais ayant établi que les seuls points doubles du dioptre sphérique sont <math>\;C\;</math> et <math>\;S</math>, et non le point à l'infini de l'axe optique principal on en déduit que le dioptre sphérique est bien un « système focal ». * Le foyer principal image <math>\;F_i</math>, repéré par l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(F_i) = \overline{SF_i}\;</math> étant l'image du point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(A_{o,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{n_o}{p_o(A_{o,\, \infty})} = 0</math>, on en déduit <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(F_i)} - 0 = V\;</math> soit <math>\;\overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math>. * Le foyer principal objet <math>\;F_o</math>, repéré par l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(F_o) = \overline{SF_o}\;</math> étant l'antécédent <ref name ="Antécédent"/> du point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(A_{i,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(A_{i,\, \infty})} = 0</math>, on en déduit <math>\;0 - \dfrac{n_o}{p_o(F_o)} = V\;</math> soit <math>\;\overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math>. <center><u>Notion de distances focales objet et image</u> :</center> * la distance focale image <math>\;f_i\;</math> étant définie par <math>\;f_i = \overline{SF_i}\;</math> est liée à la vergence par <math>\;f_i = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math> ; * la distance focale objet <math>\;f_o\;</math> étant définie par <math>\;f_o = \overline{SF_o}\;</math> est liée à la vergence par <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math> ; <center>on en déduit la relation <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}\;</math> <ref> Cette relation découle de la 1{{ère}} relation de conjugaison de position de Descartes du dioptre sphérique appliquée aux couples de points conjugués <math>\;(A_{o,\, \infty}\, , \,F_i)\;</math> et <math>\;(F_o\, , \,A_{i,\, \infty})</math>.</ref>.</center>}} ==== Signe de la vergence suivant la nature concave ou convexe du dioptre sphérique et de l'indice de l'espace objet comparé à celui de l'espace image, caractère convergent ou divergent du dioptre et nature réelle ou virtuelle des foyers principaux ==== {{Al|5}}Déterminer le signe de la vergence suivant la nature « concave » ou « convexe » du dioptre sphérique et du signe de <math>\;n_o - n_i\;</math> puis {{Al|5}}son caractère « convergent » ou « divergent » sachant qu'un système focal à « vergence positive » (respectivement « négative ») est dit « convergent » (respectivement « divergent ») et enfin {{Al|5}}la nature « réelle » ou « virtuelle » des foyers principaux. {{Al|5}}Pour terminer, on précisera, dans chacun des quatre cas possibles, les positions absolues des foyers principaux objet et image relativement au centre et au sommet du dioptre considéré. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> on en déduit que la vergence <math>\;V\;</math> est * de signe contraire au rayon de courbure algébrisé du dioptre si la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent <math>\;\big(n_o > n_i\big)</math>, * de même signe que le rayon de courbure algébrisé du dioptre si la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent <math>\;\big(n_o < n_i\big)</math> ; {{Al|5}}on en déduit les quatre possibilités suivant la nature du dioptre sphérique et le signe de <math>\;n_o - n_i</math> : * un dioptre sphérique <u>concave</u> ayant un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC} < 0\;</math> <ref name="nature de C dioptre"> Correspondant au caractère réel (resp. virtuel) du centre <math>\;C\;</math> d'un dioptre sphérique concave (resp. convexe).</ref>, a <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V > 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet eau, espace image air<math>\big)\;</math> c'est alors un système « <u>convergent</u> » et <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V < 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet air, espace image eau<math>\big)\;</math> c'est alors un système « <u>divergent</u> », * un dioptre sphérique <u>convexe</u> a un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC} > 0\;</math> <ref name="nature de C dioptre" />, a <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V < 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet eau, espace image air<math>\big)\;</math> c'est alors un système « <u>divergent</u> » et <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V > 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet air, espace image eau<math>\big)\;</math> c'est alors un système « <u>convergent</u> ». {{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}\;</math> on en déduit la nature (réelle ou virtuelle) des foyers principaux objet et image suivant la nature (convergente ou divergente) du dioptre sphérique : * pour un dioptre sphérique <u>concave convergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image"> La lumière passant d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent on a <math>\;n_o > n_i</math>.</ref> est <math>\;> 0\;</math> entraînant le caractère <u>réel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image" /> étant <math>\;< 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>réel</u>, * pour un dioptre sphérique <u>concave divergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image"> La lumière passant d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent on a <math>\;n_o < n_i</math>.</ref> est <math>\;< 0\;</math> entraînant le caractère <u>virtuel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image" /> étant <math>\;> 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>virtuel</u>, * pour un dioptre sphérique <u>convexe divergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image" /> est <math>\;< 0\;</math> entraînant le caractère <u>virtuel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image" /> étant <math>\;> 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>virtuel</u>, * pour un dioptre sphérique <u>convexe convergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image" /> est <math>\;> 0\;</math> entraînant le caractère <u>réel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image" /> étant <math>\;< 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>réel</u>. {{Al|5}}<u>Remarques</u> : Les distances focales objet et image étant, dans les quatre cas possibles, de signe contraire, les foyers principaux objet et image sont situés de part et d'autre de la surface dioptrique dans chacun des cas ; {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}pour un dioptre sphérique pour lequel la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent, <math>\;n_o\;</math> étant <math>\;>\;</math> à <math>\;n_i</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est situé à une distance <math>\;|f_o| = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> et le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> à une distance <math>\;|f_i| = \dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> avec <math>\;|f_i| < |f_o|\;</math> <math>\Rightarrow</math> le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est plus éloigné du sommet <math>\;S\;</math> que le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> <ref> Avec, pour un dioptre concave, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet réel (c.-à-d. usuellement à gauche) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image réelle (c.-à-d. usuellement à droite),<br><span style="color:#ffffff;"><small>....</small>Avec, </span>pour un dioptre convexe, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet virtuel (c.-à-d. usuellement à droite) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image virtuelle (c.-à-d. usuellement à gauche).</ref> ; {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}pour un dioptre sphérique pour lequel la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent, <math>\;n_o\;</math> étant <math>\;<\;</math> à <math>\;n_i</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est situé à une distance <math>\;|f_o| = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> et le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> à une distance <math>\;|f_i| = \dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> avec <math>\;|f_i| > |f_o|\;</math> <math>\Rightarrow</math> le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est moins éloigné du sommet <math>\;S\;</math> que le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> <ref> Avec, pour un dioptre concave, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet virtuel (c.-à-d. usuellement à droite) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image virtuelle (c.-à-d. usuellement à gauche),<br><span style="color:#ffffff;"><small>....</small>Avec, </span>pour un dioptre convexe, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet réel (c.-à-d. usuellement à gauche) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image réelle (c.-à-d. usuellement à droite).</ref>.}} === Aplanétisme approché d'un dioptre sphérique sous conditions de Gauss === {{Al|5}}Soit le dioptre sphérique concave convergent introduit à la 1{{ère}} question et un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o \neq C\;</math> <ref name="support axe optique principal" /> tel qu'il y ait stigmatisme approché du dioptre <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour tous les points <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> C.-à-d. que, pour un point quelconque <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o</math>, avec la définition de l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <math>\big(</math>cet axe jouant le rôle d'axe optique principal pour le point objet <math>\;M_o\;</math> est qualifié de secondaire relativement au point objet <math>\;A_o\big)</math>, les rayons incidents issus de <math>\;M_o\;</math> doivent être paraxiaux <math>\big[</math>peu inclinés relativement à l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> et à point d'incidence restant proche du sommet secondaire <math>\;S_{M_o}</math>, intersection de l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> avec le dioptre<math>\big]</math>.</ref> ; <br>{{Al|5}}cette dernière condition entraîne que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> admet une image « nette » <math>\;A_iB_i\;</math> <ref name="Nette" /> mais a priori cette image n'est <math>-</math> hors conditions de Gauss d'aplanétisme approché <math>-</math> ni « linéique » <ref name="Linéique" /> ni « transverse » ; {{Al|5}}Supposant que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> est, * quand l'objet n'est pas proche du dioptre, vu du sommet <math>\;S\;</math> du dioptre sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} S\big)\;</math> et * quand l'objet est proche du dioptre, vu du centre <math>\;C\;</math> du dioptre sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq S\big)</math>, {{Al|5}}ces deux conditions sont une première façon de définir les conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> pour un objet linéique transverse quelconque <ref> C'est cette façon qui a été vue en cours, <math>\;S\;</math> étant en effet le point de l'axe optique principal appartenant à la face d'entrée du dioptre.</ref>. {{Al|5}}Il existe une deuxième façon équivalente de définir les conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> pour un objet linéique transverse quelconque <math>\;A_oB_o\;</math> <ref name="façon plus simple" /> : * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> n'est pas proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre, l'objet doit être vu du centre <math>\;C\;</math> sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)\;</math> et * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math>, l'objet doit être vu du sommet <math>\;S\;</math> du dioptre sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq C\big)</math>. ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un dioptre sphérique concave convergent pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du dioptre et vu de ce centre sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant d'abord supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\alpha</math>, sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, l'angle <math>\;\beta</math> sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, n'étant pas nécessairement petit, la démarche pour établir l'aplanétisme du dioptre pour un tel objet est rendue plus aisée si on a établi auparavant la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Relation_de_conjugaison_de_position_.28ou_1.C3.A8re_relation_de_conjugaison.29_de_Descartes_.28avec_origine_au_centre.29|relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre)]] <ref name="méthode moins aisée" /> <center><math>\;\dfrac{n_o}{\overline{CA_i}} - \dfrac{n_i}{\overline{CA_o}} = V\;</math> où <math>\;V\;</math> est la vergence précédemment introduite :</center> {{Al|5}}la démarche peut alors être décomposée en les étapes suivantes : * montrer qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * en utilisant la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre), montrer alors que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et vérifier que l'angle au centre associé est encore <math>\;\alpha</math>, * conclure qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'image <math>\;A_iB_i\;</math> peut être confondue avec un segment perpendiculaire à l'axe optique principal c.-à-d. qu'elle est linéique transverse <ref> Nous aurons donc établi qu'il y a aplanétisme approché du dioptre sphérique pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du dioptre à condition qu'il soit vu de ce centre sous un petit angle.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq}\; C\big)</math>, avec l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, * le caractère transverse de l'objet linéique <math>\Rightarrow</math> la longueur <math>\;[CB_o]\;</math> est plus grande que la longueur <math>\;[CA_o]\;</math> <ref name="définition des côtés triangle rectangle" />, soit plus précisément <math>\;[CA_o] =</math> <math>[CB_o]\, \cos(\alpha) \simeq [CB_o] \left( 1 - \dfrac{\alpha^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\alpha\;</math> <ref name="DL du cosinus à l'ordre deux" /> ou finalement <math>\;[CA_o] \simeq [CB_o]\;</math> à l'ordre un en <math>\;\alpha\;</math> prouvant, qu'à cet ordre, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * tous les points objets <math>\;M_o\;</math> de l'arc de cercle <math>\;A_oB_o\;</math> de centre <math>\;C\;</math> ayant une abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <ref name="axe optique secondaire" />, l'application de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au centre) donne donc des points images <math>\;M_i\;</math> à abscisse image de Descartes (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)</math>, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est assimilable, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, à un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math>, * l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'arc de cercle <math>\;A_iB_i\;</math> est vu du centre <math>\;C\;</math> étant petit, on peut faire l'opération inverse de celle faite au premier paragraphe, c.-à-d. assimiler l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> à un segment choisi perpendiculaire à l'axe optique principal de support <math>\;(CA_i)\;</math> <ref name="justification choix" />, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, linéique transverse ; <center>l'<u>aplanétisme approché du dioptre sphérique</u> (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> a donc été établi <u>pour tout objet linéique de pied non proche du centre du dioptre</u>.</center>}} ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un dioptre sphérique concave convergent pour un objet linéique transverse de pied proche du centre du dioptre et vu du sommet de ce dernier sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> étant maintenant supposé proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\beta</math>, sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)</math> ; la démarche pour établir l'aplanétisme du miroir pour un tel objet nécessite l'utilisation de deux rayons paraxiaux issus de <math>\;M_o</math>, point objet quelconque de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> Le caractère paraxial étant indispensable pour satisfaire au stigmatisme approché du dioptre pour le point objet <math>\;M_o</math>, tous les rayons non paraxiaux issus de <math>\;M_o\;</math> seront arrêtés par un diaphragme centré sur <math>\;S</math> ;<br>{{Al|3}}on vérifie aisément que les rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> sont deux candidats respectant la paraxialité, par contre le rayon incident <math>\;M_oC\;</math> pouvant ne pas l'être car <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math> <math>\big(</math>et si tel était le cas il serait alors arrêté par le diaphragme centré en <math>\;S\big)</math>, nous ne l'utiliserons pas.</ref> et de montrer que le point image <math>\;M_i</math>, défini comme l'intersection des deux rayons réfractés, a pour projeté, sur l'axe optique principal, le point image <math>\;A_i</math> : * déterminer l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;p_i\;</math> en fonction de la distance focale image <math>\;f_i\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * déterminer la longueur algébrique <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> en fonction de <math>\;\beta\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * travaillant dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> <ref> L'axe <math>\;\overrightarrow{Sx}\;</math> étant porté par l'axe optique principal et l'axe <math>\;\overrightarrow{Sy}\;</math> étant porté par la représentation symbolique du dioptre orienté vers le haut, l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> étant lui aussi orienté vers le haut.</ref> déterminer l'équation des rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> <ref name="définition ε" />, * travaillant dans le même repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> déterminer les équations des rayons réfractés, puis leur intersection <math>\;M_i\;</math> ; * vérifier que l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal est égale à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, puis conclure à l'aplanétisme approché du dioptre sphérique (concave convergent) pour l'objet linéique <math>\;A_oB_o\;</math> de pied proche du centre du dioptre. {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - aplanétisme.jpg|thumb|Schéma positionnant un objet linéique transverse de pied proche du centre d'un dioptre sphérique concave convergent pour démontrer l'aplanétisme approché du dioptre pour cet objet <ref> Sur le schéma ci-dessus la distance focale objet vaut <math>\;\big(</math>avec <math>\;n_o \simeq 1,5\;</math> et <math>\;n_i \simeq 1,0\big)</math> <math>\;f_o = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\;\overline{R} = 3\;\overline{R} = -3\;R</math>, la distance focale image, quant à elle, valant <math>\;f_i = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\;\overline{R} = -2\;\overline{R} = 2\;R</math>.</ref>]] {{Al|5}}Soit <math>\;A_oB_o\;</math> un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o</math>, proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre sphérique concave convergent <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, vu du sommet <math>\;S\;</math> de ce dernier sous un angle <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)\;</math> correspondant à la condition de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> précitée ; # on détermine d'abord <math>\;p_i = \overline{SA_i}</math>, l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, image du point objet <math>\;A_o\;</math> d'abscisse objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}</math>, par utilisation de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes du dioptre sphérique (avec origine au sommet) de vergence <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i}</math>, <math>\;f_i = \overline{SF_i}\;</math> étant la distance focale image du dioptre d'où : <center><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = \dfrac{n_i}{f_i} \Rightarrow \dfrac{1}{p_i} = \dfrac{n_o}{n_i\, p_o} + \dfrac{1}{f_i} = \dfrac{n_o\, f_i + n_i\, p_o}{n_i\, p_o\, f_i}\;</math> soit <math>\;p_i = p_o\, \dfrac{n_i\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}</math>.</center> # <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> <math>\;> 0\;</math> avec <math>\;\beta\;</math> non algébrisé <math>\;\ll 1</math>, on en déduit <math>\;\tan(\beta) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{p_o}\;</math> avec <math>\;\tan(\beta) \simeq \beta\;</math> d'où <center><math>\;\overline{A_oB_o} \simeq -\beta\; p_o</math> ;</center> # dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})</math>, le rayon incident <math>\;M_oS\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = \varepsilon\, \overline{A_oB_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_S}{x_{M_o} - x_S} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o} = -\varepsilon\, \beta\;</math> a pour équation <math>\;y - y_S = -\varepsilon\, \beta \left( x - x_S \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = -\varepsilon\, \beta\, x\;</math> <ref name="vérification signes" />,</center> {{Transparent|dans le repère orthonormé <math>\;\color{transparent}{(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, }}le rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> et passant par le foyer principal objet du dioptre sphérique <math>\;F_o\;</math> de coordonnées <math>\;\left(x_{F_o} = f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\,f_i\, , \, y_{F_o} = 0\right)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_{F_o}}{x_{M_o} - x_{F_o}} =</math> <math>\dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + \dfrac{n_o}{n_i}\,f_i} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\,f_i}\;</math> a pour équation <math>\;y - y_{F_o} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} \left( x - x_{F_o} \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} \left( x + \dfrac{n_o}{n_i}\,f_i \right)</math> ;</center> # dans le même repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> le rayon réfracté sur le dioptre du rayon incident <math>\;M_oS\;</math> étant de direction déterminée par la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de la réfraction <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réfraction" /> (écrite pour de petits angles) est de pente <math>\;-\dfrac{n_o}{n_i}\,\varepsilon\, \beta\;</math> <ref> En effet le rayon réfracté de pente égale à la tangente de l'angle de réfraction c.-à-d. encore égale à l'angle de réfraction <math>\;i_i\;</math> et le rayon incident étant de pente égale à la tangente de l'angle d'incidence c.-à-d. encore égale à l'angle d'incidence <math>\;i_o</math>, l'utilisation de la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes de la réfraction (écrite pour de petits angles) conduisant à <math>\;n_i\, i_i = n_o\, i_o\;</math> d'où <math>\;i_i = \dfrac{n_o}{n_i}\, i_o</math>.</ref> d'où l'équation du rayon réfracté correspondant au rayon incident <math>\;M_oS\;</math> <center><math>\;y = -\dfrac{n_o}{n_i}\,\varepsilon\, \beta\, x\;</math> <ref name="vérification signes bis" />,</center> {{Transparent|dans le repère orthonormé <math>\;\color{transparent}{(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, }}le rayon réfracté sur le dioptre du rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> étant, à partir du point d'incidence <math>\;I\;</math> sur le dioptre, <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, son équation nécessite de déterminer au préalable l'ordonnée de <math>\;I\;</math> par <math>\;x_{I} = 0\;</math> dans l'équation du rayon incident soit <math>\;y(I) = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} \left[ x_I + \dfrac{n_o}{n_i}\,f_i \right) = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_o\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}\;</math> d'où l'équation du rayon réfracté correspondant au rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_o\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}</math> ;</center> {{Al|5}}l'intersection <math>\;M_i\;</math> de ces deux rayons réfractés a pour abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_o\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} = -\dfrac{n_o}{n_i}\,\varepsilon\, \beta\, x_{M_i}\;</math> soit <center><math>\;x_{M_i} = \dfrac{n_i\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}\;</math> identique à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du point image <math>\;A_i</math> ;</center> # l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal étant égale à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, on conclut à l'<u>aplanétisme approché du dioptre sphérique</u> (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <u>pour tout objet linéique</u> <math>\;A_oB_o\;</math> <u>de pied proche du centre du dioptre</u>.}} ==== Relation de conjugaison (approchée) de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) ==== {{Al|5}}Dès lors qu'un dioptre sphérique est utilisée sous conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme et d'aplanétisme approchés <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" />{{,}} <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" />, l'usage est de représenter ce dioptre sous une forme symbolique dans laquelle figurent l'axe optique principal, le centre <math>\;C</math>, les foyers principaux objet <math>\;F_o\;</math> et image <math>\;F_i</math>, le sommet <math>\;S\;</math> et la partie de dioptre perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal <ref> Cette partie de dioptre perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal est terminée par des bords inclinés vers la droite pour un dioptre convergent et vers la gauche pour un dioptre divergent.</ref> <center>voir ci-dessous en 1{{ère}} ligne les quatre types de dioptres sphériques et en 2{{ème}} ligne leur représentation symbolique <ref name="Foyers à ajouter" />. <gallery> Dioptre sphérique concave verre - air.jpg| Dioptre sphérique concave air - verre.jpg| Dioptre sphérique convexe verre - air.jpg| Dioptre sphérique convexe air - verre.jpg| </gallery> <gallery> Dioptre sphérique concave convergent - symbole.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique concave convergent Dioptre sphérique concave divergent - symbole.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique concave divergent Dioptre sphérique convexe divergent.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique convexe divergent Dioptre sphérique convexe convergent.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique convexe convergent </gallery> </center> [[File:Dioptre sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes avec origine en S pour un dioptre sphérique concave convergent]] {{Al|5}}Sur le schéma ci-contre on a construit l'image linéique transverse <math>\;A_iB_i\;</math> d'un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> <math>\;\neq S\;</math> et <math>\;\neq C\;</math> en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, l'un passant que le centre <math>\;C\;</math> du dioptre et qui poursuit dans l'espace image réel sans être dévié <ref> En effet le rayon émergent doit être issu du point d'incidence <math>\;I\;</math> du rayon incident et passer par l'image de <math>\;C\;</math> par le dioptre c.-à-d. <math>\;C\;</math> lui-même.</ref>, l'autre passant par le sommet <math>\;S\;</math> du dioptre et qui se réfracte en obéissant à la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" />{{,}} <ref> Attention le sommet <math>\;S\;</math> du dioptre est le seul point d'incidence en lequel on peut appliquer la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes en travaillant sur la représentation symbolique du dioptre car c'est le seul point pour lequel la direction de cette représentation symbolique se confond avec la direction réelle du dioptre <math>\big(</math>autrement dit c'est le seul point où la normale réelle est perpendiculaire à la représentation symbolique, par exemple le rayon incident <math>\;B_oC\;</math> qui se confond avec la normale réelle du dioptre en <math>\;I\;</math> n'est pas perpendiculaire à la représentation symbolique du dioptre en <math>\;I\big)</math>.</ref>, le point d'intersection de ces deux rayons émergents étant le point de convergence <math>\;B_i\;</math> de tous les rayons réfractés correspondant à tous les rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> sous conditions de Gauss <ref name="Gauss" />{{,}} <ref> Car le dioptre est stigmatique approché pour <math>\;B_o</math>.</ref> et <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal <ref> Car le dioptre est aplanétique approché pour <math>\;A_oB_o</math>.</ref>. {{Al|5}}En comparant les triangles rectangles <math>\;A_iB_iS\;</math> et <math>\;A_oB_oS</math>, déterminer le grandissement transverse par le dioptre de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}\\ p_i = \overline{SA_i} \end{array}\right\rbrace</math> ; <center>cette relation définit la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour tout objet linéique transverse de pied <math>\;A_o \neq S\;</math> <ref name="forme indéterminée" />, elle caractérise quantitativement la propriété d'aplanétisme approché du miroir sphérique pour l'objet linéique transverse de pied <math>\;A_o\;</math> <ref name="indépendance de la nature dioptre" />.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons émergents correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;C\;</math> qui est transmis sans déviation et le 2{{ème}} de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfracte en <math>\;S\;</math> suivant une direction faisant l'angle <math>\;i_i\;</math> par rapport à l'axe optique principal, la direction du rayon incident, quant à elle, faisant l'angle <math>\;i_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal telle que <math>n_i\,i_i = n_o\, i_o\;</math> <ref name="relation de Kepler"> On rappelle que les angles étant petits, la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes de la réfraction se réécrit en omettant les sinus (relation approchée de Kepler).</ref> <ref> Il est déconseillé de choisir ce rayon dans les constructions futures demandées car peu pratique <math>\;\big(</math>l'angle <math>\;i_o\;</math> devant être mesuré puis l'angle <math>\;i_i\;</math> calculé et enfin reporté par rapport à l'axe optique principal<math>\big)</math> ; ici nous l'utilisons dans la démonstration d'où ce choix.</ref>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(i_o)\;</math> et <math>\;\tan(i_i)\;</math> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oS\;</math> et <math>\;A_iB_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(i_o) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}}</math>, <math>\;i_o\;</math> étant <math>\;< 0</math>, <math>\;\overline{A_oB_o} > 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o} < 0\;</math> <ref> On suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oS\;</math> puisse être défini.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;i_o \simeq \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}}</math>, * <math>\;\tan(i_i) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}}</math>, <math>\;i_i\;</math> étant <math>\;< 0</math>, <math>\;\overline{A_iB_i} < 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_i} > 0\;</math> <ref> Ayant suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> et <math>\;S\;</math> étant un point double on en déduit <math>\;A_i \neq S\;</math> ce qui définit le triangle <math>\;A_iB_iS</math>.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;i_i \simeq \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}}</math> ; {{Al|5}}écrivant la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de la réfraction <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réfraction" /> pour les petits angles <math>\;n_i\, i_i \simeq n_o\, i_o\;</math> on en déduit : <math>\;n_o\, \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}} \simeq n_i\, \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} \simeq \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\overline{SA_i}}{\overline{SA_o}}\;</math> d'où <center>la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes (avec origine au sommet)</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\overline{SA_i}}{\overline{SA_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq S\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}\\ p_i = \overline{SA_i} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;p_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;p_i = f_i\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;p_o = f_o\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = C\;</math> <ref> Le dioptre sphérique n'est stigmatique rigoureux que pour le pied <math>\;C\;</math> de l'objet linéique, pour tous les autres points objets constituant ce dernier on suppose le stigmatisme approché du dioptre c.-à-d. l'utilisation de rayons incidents issus de <math>\;M_o\; (\neq C)\; \in A_oB_o\;</math> paraxiaux <math>\big(</math>ce qui peut être réalisé en pratique avec un diaphragme centré en <math>\;S\;</math> collé contre le dioptre<math>\big)</math>.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du dioptre pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> sous lequel l'objet est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\;\big(\beta \ll 1\big)</math>, * vérifier, par construction de l'image <math>\;A_iB_i</math> et utilisation de la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de réfraction <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réfraction" /> dans les conditions de Gauss <ref name="Gauss" />, qu'elle est se superpose à <math>\;A_oB_o\;</math> avec un cœfficient d'agrandissement dépendant du rapport des indices des espaces objet et image, * en déduire l'applicabilité de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = C</math>. {{Al|5}}Considérant maintenant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = S\;</math> <ref> L'objet, collé contre le dioptre sphérique, de pied <math>\;A_o = S</math>, l'axe optique principal ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, ne peut être rigoureusement linéique (c.-à-d. rectiligne) car il suit la courbure du dioptre mais, s'il est vu de <math>\;C\;</math> sous un petit angle non algébrisé <math>\;\alpha</math>, on peut confondre l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et le segment correspondant lui étant tangent à l'ordre un <math>\;\alpha</math>, raison pour laquelle l'objet est qualifié de « linéique transverse » ; <br>{{Al|3}}le dioptre sphérique est stigmatique rigoureux que pour les points de l'objet linéique car tous ces points, étant sur le dioptre, jouent le rôle de sommet (secondaire) pour lequel le dioptre est stigmatique rigoureux.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du dioptre pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'objet est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(\alpha \ll 1\big)\;</math> <ref> Qui est aussi la condition pour que l'objet collé sur le dioptre puisse être considéré comme linéique.</ref>, * vérifier que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> se superpose à <math>\;A_oB_o</math>, le caractère linéique transverse de l'objet entraînant celui de l'image et * en déduire la valeur du grandissement transverse <math>\;G_t(S)\;</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = S</math>. {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - grandissement transverse au centre.jpg|thumb|Construction de l'image d'un objet linéique transverse de pied au centre d'un dioptre sphérique concave convergent]] {{Al|5}}Le centre <math>\;C\;</math> du dioptre sphérique concave convergent ci-contre en étant un point double conjugué rigoureux, un objet linéique transverse <math>\;CB_o\;</math> a pour image, par le dioptre, une image linéique transverse de pied <math>\;C</math>, notée <math>\;CB_i</math> ; pour construire cette dernière il suffit de choisir pour rayon incident issu de <math>\;B_o</math>, le rayon passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> qui se propage dans l'espace image parallèlement à l'axe optique principal, le point image <math>\;B_i\;</math> étant alors l'intersection de ce rayon émergent avec le plan transverse passant par <math>\;C</math> ; on vérifierait graphiquement que <center> <math>\;\overline{CB_i} = \dfrac{n_o}{n_i}\, \overline{CB_o}\;</math> et par suite <math>\;G_t(C) = \dfrac{n_o}{n_i}</math> ;</center> {{Al|5}}l'application de la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au sommet) nous conduit à <math>\;G_t(C) =</math> <math>\dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\overline{SC}}{\overline{SC}}</math>, soit effectivement <math>\;G_t(C) = \dfrac{n_o}{n_i}</math>. {{Al|5}}Tous les points du dioptre sphérique étant des points doubles de ce dernier <ref> Chaque point du dioptre jouant le rôle de sommet pour l'axe optique principal passant par ce point, c'est effectivement un point double.</ref>, un objet collé sur le dioptre est donc sa propre image ; dans la mesure où l'objet est de petite taille, on peut négliger sa courbure et le considérer comme linéique transverse, son image étant alors également linéique transverse ; comme <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SA_o}\;</math> on en déduit, par définition, <math>\;G_t(S) = +1\;</math>.}} ==== Construction de l'image par un dioptre sphérique d'un objet linéique transverse ==== {{Al|5}}<u>Définitions préliminaires</u> : On appelle plan focal objet le plan transverse passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}plan focal image le plan transverse passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math> ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle axe optique secondaire tout axe passant par le centre <math>\;C</math> du dioptre, il possède une partie incidence contenue dans l'espace objet réel se prolongeant sans être dévié pour donner sa partie émergente contenue dans l'espace image réelle ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal objet et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}foyer secondaire image <math>\;\varphi_i\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal image. {{Al|5}}<u>Propriétés</u> : Justifier les propriétés des foyers secondaires objet et image associés à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : # le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour image le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)\big]</math>, # le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour antécédent le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}<u>Propriétés des foyers secondaires associés à un axe optique secondaire</u> : # foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet linéique transverse contenu dans le plan focal objet et de pied <math>\;F_o</math>, objet noté <math>\;F_o\varphi_o(\delta)</math>, <math>\;F_o\;</math> ayant pour image le point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et l'image étant linéique transverse, le point <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> a une image également située à l'infini sur l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon incident issu de <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> se prolonge dans l'espace image sans déviation, les parties incidente et émergente constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)</math>,</center> # foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet dont l'image associée est contenue dans le plan focal image et de pied <math>\;F_i</math>, image notée <math>\;F_i\varphi_i(\delta)</math>, <math>\;F_i\;</math> ayant pour antécédent le point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et le dioptre étant aplanétique, le point <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> a un antécédent également situé à l'infini sur la partie incidente de l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon émergent issu de <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> est le prolongement d'un rayon incident sans changement de direction, les parties incidente et émergente constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement<math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)</math>.</center>}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> réel, de pied <math>\;A_o\;</math> séparé du sommet <math>\;S\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent d'une distance supérieure au rayon non algébrisé du dioptre <ref> Pour la construction on prendra <math>\;n_o = 1,5\;</math> (indice du verre) et <math>\;n_i = 1,0\;</math> (indice de l'air).</ref>, construire son image <math>\;A_iB_i\;</math> par le dioptre de deux façons différentes : # en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> <math>\big[</math>choisis parmi les trois suivants : passant par <math>\;C</math>, passant par <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<math>\big]</math>, # en considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> <ref name="un seul rayon incident suffit" /> <math>\big[</math>choisi parmi les deux suivants : passant par <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\big]</math>. {{Al|5}}Refaire les constructions précédentes avec un miroir concave divergent (obtenu en permutant les espaces objet et image). {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - construction image.jpg|thumb|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave convergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal]] # En considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> choisis parmi les trois suivants (voir schéma ci-contre) : <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;C\;</math> et se prolongeant sans déviation, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;F_o\;</math> foyer principal objet et émergeant dans l'espace image parallèlement à l'axe optique principal, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal et émergeant dans l'espace image en passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;B_i\;</math> étant à l'intersection des deux rayons réfractés correspondant aux deux rayons incidents choisis, <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal. {{clr}} [[File:Dioptre sphérique concave convergent - construction image - bis.jpg|thumb|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave convergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire]] # En considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> choisis parmi les deux suivants (voir schéma ci-contre) : <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par un foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection du rayon incident et du plan focal objet<math>\big]\;</math> et émergeant parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> <math>\big[</math>c.-à-d., pour la partie incidente <math>\;C\varphi_o(\delta)</math>, la partie réfractée en étant le prolongement sans déviation<math>\big]</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à un axe optique secondaire a priori quelconque <math>\;(\delta)\;</math> et émergeant en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection de l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> et du plan focal image<math>\big]</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;A_i\;</math> étant à l'intersection d'un des rayons réfractés correspondant au rayon incident choisi et de l'axe optique principal, <math>\;B_i\;</math> s'obtenant comme intersection de l'axe optique secondaire passant par <math>\;B_o\;</math> et du plan transverse passant par <math>\;A_i</math>. {{clr}} {{Al|5}}Ci-dessous les constructions refaites sur un dioptre sphérique concave divergent, en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> à gauche puis en utilisant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> et la notion de foyers secondaires objet ou image à droite : <center> <gallery> Dioptre sphérique concave divergent - construction image.jpg|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave divergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal Dioptre sphérique concave divergent - construction image - bis.jpg|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave divergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire </gallery> </center>}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) sous conditions de Gauss === ==== Relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}On repère maintenant les points objet <math>\;A_o\;</math> et image <math>\;A_i\;</math> relativement au centre <math>\;C\;</math> du dioptre sphérique en définissant * l'abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}\;</math> et * l'abscisse image de Descartes (avec origine au centre) de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}</math> ; {{Al|5}}à partir de la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) s'écrit <center><math>\;\dfrac{n_o}{\overline{CA_i}} - \dfrac{n_i}{\overline{CA_o}} = V\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C" /> ou <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = V\;</math> avec <math>\;V\;</math> vergence du dioptre.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Descartes (origine au centre) utilisent <math>\;C\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> ou un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o} = \overline{SC} + \overline{CA_o}\;</math> ou <math>\;p_o = \overline{R} + \pi_o\;</math> et * l'abscisse image de Descartes (avec origine au centre) du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i = \overline{SA_i}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SC} + \overline{CA_i}\;</math> ou <math>\;p_i = \overline{R} + \pi_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au centre) en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes précédemment définis, dans la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = \dfrac{-(n_i - n_o)}{\overline{R}}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{n_i}{\pi_i + \overline{R}} - \dfrac{n_o}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> ou <math>\;\dfrac{n_i\,(\pi_o + \overline{R}) - n_o\, (\pi_i + \overline{R})}{(\pi_i + \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R})} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens" /> <math>\;-(n_o - n_i)\, (\pi_i + \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R}) = [n_i\, \pi_o - n_o\, \pi_i - (n_o - n_i)\, \overline{R}]\, \overline{R}\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;-(n_o - n_i)\, \pi_o\, \pi_i - (n_o - n_i)\, \overline{R}\, \pi_o - (n_o - n_i)\, \overline{R}\, \pi_i - (n_o - n_i)\, \overline{R}^2 = n_i\, \pi_o\, \overline{R} - n_o\, \pi_i\, \overline{R} - (n_o - n_i)\, \overline{R}^2\;</math> soit, après simplification <math>\;-(n_o - n_i)\, \pi_o\, \pi_i - n_o\, \overline{R}\, \pi_o + n_i\, \overline{R}\, \pi_i = 0\;</math> ou <math>\;n_o\, \overline{R}\, \pi_o - n_i\, \overline{R}\, \pi_i = -(n_o - n_i)\, \pi_o\, \pi_i\;</math> et enfin, en divisant les deux membres de l'équation par <math>\;\pi_o\, \pi_i\, \overline{R}\;</math> <ref name="C.N." /> <math>\;\big(</math>la raison en étant que l'on cherche à établir une équation faisant intervenir des inverses de longueur à partir d'une équation comportant des produits de deux longueurs<math>\big)\;</math> <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}</math> ; la <u>1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = V\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du dioptre ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}} = V</math>.</ref> avec <math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> vergence du dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}\\ \pi_i = \overline{CA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</center>}} [[File:Dioptre sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes avec origine en C pour un dioptre sphérique concave convergent]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}à partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C" />. {{Al|5}}En utilisant le schéma ci-contre vérifier directement cette relation. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet" /> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \pi_o + \overline{R} \\ p_i = \pi_i + \overline{R} \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\pi_i + \overline{R}}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}\left( \dfrac{1}{\overline{R}} + \dfrac{1}{\pi_i} \right)}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}} \left( \dfrac{1}{\overline{R}} + \dfrac{1}{\pi_o} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître des inverses de longueur comme celles de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}} \Leftrightarrow \dfrac{n_o}{\pi_i} + \dfrac{n_o}{\overline{R}} = \dfrac{n_i}{\pi_o} + \dfrac{n_i}{\overline{R}}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}}}</math> ; la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du dioptre ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = 1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}\\ \pi_i = \overline{CA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons émergents correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;C\;</math> qui est transmis sans déviation et le 2{{ème}} de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfracte en <math>\;S\;</math> suivant une direction faisant l'angle <math>\;i_i\;</math> par rapport à l'axe optique principal, la direction du rayon incident, quant à elle, faisant l'angle <math>\;i_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal telle que <math>n_i\,i_i = n_o\, i_o\;</math> <ref name="relation de Kepler" />, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oC\;</math> et <math>\;A_iB_iC\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o}) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_o} < 0\;</math> <ref name="hors centre" />, * <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_i} > 0\;</math> <ref name="hors centre bis" /> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}} = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{\overline{CA_i}}{\overline{CA_o}}\;</math> d'où <center>la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes (avec origine au centre)</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{CA_i}}{\overline{CA_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq C\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\pi_o = \overline{CA_o}\\ \pi_i = \overline{CA_i} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\pi_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\pi_i = f_i - \overline{R}\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\pi_o = f_o - \overline{R}\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Newton sous conditions de Gauss === {{Al|5}}On repère maintenant le point objet <math>\;A_o\;</math> relativement au foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> du dioptre sphérique et le point image <math>\;A_i\;</math> relativement au foyer principal image <math>\;F_i\;</math> du même dioptre sphérique en définissant * l'abscisse objet de Newton de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> et * l'abscisse image de Newton de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>. ==== Relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Newton s'écrit <center><math>\; \overline{F_iA_i}\; \overline{F_oA_o} = \overline{SF_i}\; \overline{SF_o}\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Newton" /> ou <math>\;\sigma_i \; \sigma_o = f_i\; f_o\;</math> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille"> On retrouve la forme commune vue pour un miroir sphérique et qui sera établie au chapitre suivant pour une lentille mince <math>\;\big(</math>à condition que les deux formes de la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton soient explicitées uniquement en fonction des abscisses objets ou des abscisses images et non simultanément des deux<math>\big)</math>.</ref> avec <math>\;f_i\;</math> et <math>\;f_o\;</math> distances focales image et objet du dioptre.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Newton utilisent <math>\;F_o\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> comme origine pour repérer un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Newton du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o =</math> <math>\overline{SA_o}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o} = \overline{SF_o} + \overline{F_oA_o}\;</math> ou <math>\;p_o = f_o + \sigma_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\, f_i + \sigma_o\;</math> <ref name="vergence dioptre"> On rappelle la vergence <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}\;</math> d'où <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\, f_i</math>.</ref> et * l'abscisse image de Newton du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i =</math> <math>\overline{SA_i}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SF_i} + \overline{F_iA_i}\;</math> ou <math>\;p_i = f_i + \sigma_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Newton en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes précédemment définis, dans la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = \dfrac{n_i}{f_i}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{n_i}{\sigma_i + f_i} - \dfrac{n_o}{\sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i} = \dfrac{n_i}{f_i}\;</math> ou <math>\;\dfrac{n_i \left( \sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i \right) - n_o\, (\sigma_i + f_i)}{(\sigma_i + f_i) \left( \sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i \right)} = \dfrac{n_i}{f_i}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens" /> <math>\;n_i\, (\sigma_i + f_i) \left( \sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i \right)</math> <math>= (n_i\, \sigma_o - n_o\, \sigma_i - 2\, n_o\, f_i)\, f_i\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;n_i\, \sigma_o\, \sigma_i + n_i\, f_i\, \sigma_o - n_o\, f_i\, \sigma_i - n_o\, f_i^2 =</math> <math>n_i\, \sigma_o\, f_i - n_o\, \sigma_i\, f_i - 2\, n_o\, f_i^2\;</math> soit, après simplification <math>\;n_i\, \sigma_o\, \sigma_i = -n_o\, f_i^2\;</math> et enfin, sachant que <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\, f_i</math> <ref> On remplacera une seule fois <math>\;n_o\, f_i\;</math> par <math>\;-n_i\, f_o\;</math> pour obtenir une forme symétrique de la relation puis on simplifiera l'équation obtenue par <math>\;n_i</math>.</ref>, <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> ; la <u>1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center> <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le foyer principal objet du dioptre <math>\;\big(</math> en effet si <math>\;A_o\;</math> est en <math>\;F_o</math>, l'image <math>\;A_i\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal et on obtient une forme indéterminée avec <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> valant <math>\;\infty\big)</math> ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS} = -f_o\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS} = -f_i\;</math> d'où <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i</math>.</ref> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille" /> <br>avec <math>\;f_i = -\dfrac{n_i}{n_o}\,f_o = -\dfrac{(n_o - n_i)}{n_i}\,\overline{R}\;</math> distance focale image du dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \sigma_o = \overline{F_oA_o}\\ \sigma_i = \overline{F_iA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</center>}} [[File:Dioptre sphérique - grandissement transverse Newton.jpg|thumb|Schéma de démonstration des deux formes de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton pour un dioptre sphérique concave convergent]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Newton <ref name="deux formes de grandissement transverse de Newton" /> <ref name="Applicabilité relation de Newton" />. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet" /> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \sigma_o + f_o \\ p_i = \sigma_i + f_i \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\sigma_i + f_i}{\sigma_o + f_o} = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\sigma_i \left( 1 + \dfrac{f_i}{\sigma_i} \right)}{f_o \left( 1 + \dfrac{\sigma_o}{f_o} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître, au numérateur et au dénominateur, deux grandeurs égales découlant de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_i\, f_o \Leftrightarrow \dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> ou encore <math>\;1 + \dfrac{\sigma_i}{f_i} = 1 + \dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\sigma_i}{f_o} =</math> <math>-\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <ref name="vergence dioptre" /> ; la 1{{ère}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton dioptre"> Applicable en tout point objet ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que cette forme de relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS} = -f_o\;</math> <math>\;\big(</math>resp. <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS} = -f_i\big)\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = +1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille" /> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>.</center> {{Al|5}}comme la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton s'écrivant <math>\;\sigma_i\, \sigma_o = f_i\, f_o\;</math> est équivalente à <math>\;\dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> on en déduit aisément la 2{{ème}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton" /> <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille" /> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfractés correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;F_o\;</math> qui émerge en <math>\;K\;</math> parallèlement à l'axe optique principal et le 2{{ème}} parallèle à l'axe optique principal qui se réfracte en <math>\;H\;</math> en passant par <math>\;F_i</math>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_iS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_iB_iF_i\;</math> et <math>\;HF_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{F_iA_i} < 0\;</math> <ref name="hors foyer bis" />, * <math>\;\tan(\widehat{HF_iS}) = \dfrac{\overline{SH}}{\overline{SF_i}}</math>, <math>\;\overline{SH}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SH} = \overline{A_oB_o}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{HF_iS}) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_iS})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}} = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{F_iA_i}}{\overline{SF_i}}\;</math> d'où <center>une 1{{ère}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\overline{F_iA_i}}{\overline{SF_i}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq A_{o,\,\infty}\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>.</center> {{Al|5}}de même le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_oS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oF_o\;</math> et <math>\;KF_oS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o}) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{F_oA_o} > 0\;</math> <ref name="hors foyer" />, * <math>\;\tan(\widehat{KF_oS}) = -\dfrac{\overline{SK}}{\overline{SF_o}}</math>, <math>\;\overline{SK}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_o} < 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SK} = \overline{A_iB_i}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{KF_oS}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_oS})</math>, on en déduit : <math>\;\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}} = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{SF_o}}{\overline{F_oA_o}}\;</math> d'où <center>une 2{{ème}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\overline{SF_o}}{\overline{F_oA_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq F_o\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\sigma_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\sigma_i = 0\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de Lagrange - Helmholtz sous conditions de Gauss === [[File:Dioptre sphérique - grandissement angulaire.jpg|thumb|Schéma de détermination du grandissement angulaire en repérage de Descartes (avec origine en S) pour un dioptre sphérique concave convergent]] ==== Expression de Descartes (avec origine au sommet) du grandissement angulaire d'un pinceau incident issu d'un point objet ==== {{Al|5}}On rappelle que le grandissement angulaire d'un pinceau lumineux incident issu d'un point objet <math>\;A_o\;</math>, de direction faisant un angle <math>\;\theta_o\;</math> avec l'axe optique principal, le pinceau se réfractant sur le dioptre en convergeant vers le point image <math>\;A_i\;</math>, avec une direction faisant un angle <math>\;\theta_i\;</math> avec l'axe optique principal, est défini selon <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> <ref name="Angles petits" /> ; {{Al|5}}en utilisant le schéma ci-contre, établir l'expression du grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes (avec origine au sommet), respectivement <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> et <math>\;p_i = \overline{SA_i}\;</math> <ref> L'expression du grandissement angulaire a été établie en utilisant un dioptre sphérique concave convergent mais elle reste applicable pour un dioptre sphérique des trois autres types.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}On détermine le grandissement angulaire par évaluation de <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> et <math>\;\tan(\theta_i)</math>, <math>\big(\theta_o\;</math> <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\theta_i < 0\;</math> sur la figure ci-dessus<math>\big)</math> respectivement dans les triangles <math>\;A_oIS\;</math> et <math>\;A_iIS\;</math> soit : * dans le triangle <math>\;A_oIS</math>, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_o}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} < 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_o| \ll 1</math>, <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}</math> ; * dans le triangle <math>\;A_iIS</math>, <math>\;\tan(\theta_i) = -\dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_i}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0</math>, <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> et <math>\;\theta_i < 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_i) = -\dfrac{\overline{SI}}{p_i}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>, <math>\;\theta_i \simeq -\dfrac{\overline{SI}}{p_i}</math> ; {{Al|5}}on en déduit <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq \dfrac{\dfrac{-\overline{SI}}{p_i}}{-\dfrac{\overline{SI}}{p_o}}\;</math> soit, en simplifiant par <math>\;\overline{SI}</math>, l'expression souhaitée du <center>grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq \dfrac{p_o}{p_i}</math>.</center>}} ==== Établissement de la relation de Lagrange - Helmholtz ==== {{Al|5}}Á l'aide des relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) et de l'expression du grandissement angulaire dans le même repérage, vérifier la relation de Lagrange - Helmholtz <center> <math>\;\dfrac{n_i}{n_o}\; G_t(A_o)\; G_a(A_o) = 1\;</math> <ref name="Lagrange - Helmholtz dioptre"> Cette relation est la même que celle que l'on trouvera dans le chapitre suivant sur les lentilles minces, dans le cas usuel d'une lentille mince l'espace image étant de même indice que l'espace objet</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Connaissant le grandissement transversal donné par la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) \simeq \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> et l'expression du grandissement angulaire précédemment trouvée <math>\;G_a(A_o) \simeq \dfrac{p_o}{p_i}</math>, on en déduit le lien entre grandissements angulaire et transversal indépendant de la position du point objet <math>\;A_o</math>, <math>\;G_a(A_o)\; G_t(A_o) \simeq \dfrac{p_o}{p_i} \times \dfrac{n_o}{n_i}\; \dfrac{p_i}{p_o} = \dfrac{n_o}{n_i}\;</math> soit finalement <center><math>\;\dfrac{n_i}{n_o}\; G_t(A_o)\; G_a(A_o) = 1\;</math> ce qui constitue la relation de Lagrange - Helmholtz cherchée <ref name="Lagrange - Helmholtz dioptre" />.</center>}} == Notes et références == <references /> {{Bas de page | idfaculté = physique | précédent = [[../Optique géométrique : miroir plan/]] | suivant = [[../Optique géométrique : lentilles minces/]] }} nlnhao4061xel0jh0s64i783j8gzrgc 880711 880710 2022-07-24T11:54:13Z Phl7605 31541 /* Démonstration de l'aplanétisme approché d'un miroir sphérique concave pour un objet linéique transverse de pied proche du centre du miroir et vu du sommet de ce dernier sous un petit angle */ wikitext text/x-wiki {{Exercice | titre = Optique géométrique : conditions de Gauss | idfaculté = physique | numéro = 13 | chapitre = [[../../Optique géométrique : conditions de Gauss/]] | précédent = [[../Optique géométrique : miroir plan/]] | suivant = [[../Optique géométrique : lentilles minces/]] | niveau = 14 }} __TOC__ {{clr}} == Stigmatisme et aplanétisme approchés d'un miroir sphérique sous conditions de Gauss == {{Al|5}}Pour être défini, un miroir sphérique nécessite la connaissance de : * sa nature « concave » ou « convexe », * son centre <math>\;C\;</math> <math>\big(</math>centre de courbure de la surface sphérique réfléchissante <ref> Si le miroir est « concave », <math>\;C\;</math> est réel, et si le miroir est « convexe », <math>\;C\;</math> est virtuel.</ref><math>\big)</math>, * son rayon de courbure <math>\;\big(</math>non algébrisé<math>\big)</math> <math>\;R\;</math> <math>\big(</math>rayon de courbure de la surface sphérique réfléchissante<math>\big)</math>, * l'axe optique principal dont la partie incidente <math>\;\big(</math>ou son prolongement<math>\big)\;</math> passe par <math>\;C\;</math> et le point objet <math>\;A_o\;</math> <math>\big(</math>point objet dont on étudiera l'image éventuelle<math>\big)\;</math> et * son sommet <math>\;S\;</math> <math>\big(</math>intersection de l'axe optique principal et de la surface réfléchissante<math>\big)</math>. {{Al|5}}Nous adoptons l'algébrisation physique de l'axe optique principal <ref name="orientation axe opt. princ."> Supposant l'axe optique principal horizontal, l'espace objet réel étant situé à gauche du miroir, la partie incidente de l'axe optique principal est donc orientée dans le sens <math>\;\rightarrow\;</math> et la partie réfléchie orientée dans le sens <math>\;\leftarrow</math>, voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Algébrisation_physique_de_l'axe_optique_principal_(associé_à_un_objet_ponctuel)|algébrisation physique de l'axe optique principal (associé à un objet ponctuel)]] » du chap.<math>12</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> et, pour unifier l'étude des miroirs sphériques, algébrisons le rayon de courbure du miroir selon <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow}\;</math> <ref name="orientation axe opt. princ." /> avec pour conséquence la nature « concave » ou « convexe » du miroir caractérisé par le signe du rayon de courbure algébrisé : * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} > 0</math>, <math>\;C\;</math> étant à droite de <math>\;S\;</math> est virtuel, correspondant à un miroir « convexe », * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} < 0</math>, <math>\;C\;</math> étant à gauche de <math>\;S\;</math> est réel, correspondant à un miroir « concave ». <center> <gallery mode="packed" heights="330px> Miroir sphérique convexe - algébrisation.jpg|Miroir sphérique convexe : algébrisation de l'axe optique principal, définitions du centre, du sommet et du rayon de courbure algébrisé Miroir sphérique concave - algébrisation.jpg|Miroir sphérique concave : algébrisation de l'axe optique principal, définitions du centre, du sommet et du rayon de courbure algébrisé </gallery> </center> {{Al|5}}Dans la suite nous supposerons le miroir sphérique concave <ref> En précisant la modification des résultats pour un miroir sphérique convexe.</ref> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Dans la suite nous }}admettrons qu'il n'y a pas stigmatisme rigoureux du miroir sphérique <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Stigmatisme_rigoureux_d'un_système_optique_pour_un_point_objet|stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point objet]] » du chap.<math>12</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> pour tous les points objets autres que <math>\;C\;</math> et tous les points du miroir <ref name="Définition sommet"> Si le point objet <math>\;A_o\;</math> est sur le miroir, l'axe optique principal associé à ce point objet ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, <math>\;A_o\;</math> joue le rôle de sommet <math>\;S\;</math> du miroir ; ainsi, dans la mesure où l'axe optique principal n'a pas été préalablement défini, tout point du miroir peut être considéré comme un sommet.</ref>. === Démonstration du stigmatisme approché d'un miroir sphérique concave sous conditions de Gauss === [[File:Miroir sphérique concave - stigmatisme approché.jpg|thumb|350px|Schéma d'un miroir sphérique concave dans le but d'établir le stigmatisme approché du miroir <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Stigmatisme_d'un_système_optique_pour_un_point_objet|stigmatisme d'un système optique pour un point objet]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> pour tout point objet autre que <math>\;C\;</math> et <math>\;S</math>]] {{Al|5}}Considérant un point objet réel <math>\;A_o \neq C\;</math> et l'axe optique principal correspondant de support <math>\;(A_oC)\;</math><ref> Dès lors que <math>\;A_o\;</math> est <math>\;\neq C</math>, l'axe optique principal est parfaitement défini ainsi que le sommet <math>\;S\;</math> qui est l'intersection de l'axe optique principal et du miroir ; <br>{{Al|3}}sur le schéma <math>\;[SA_o]\;</math> est <math>\;> [SC]</math>, ceci entraînant que <math>\;A_i</math>, l'image éventuelle de <math>\;A_o\;</math> par le miroir, est telle que <math>\;[SA_i]\;</math> est <math>\;< [SC]</math> ; <br>{{Al|3}}pour traiter le cas correspondant à <math>\;[SA_o] < [SC]</math>, ce qui entraînerait que <math>\;A_i</math>, l'image éventuelle de <math>\;A_o\;</math> par le miroir, serait telle que <math>\;[SA_i] > [SC]</math>, il suffirait de permuter l'objet et l'image pour retrouver le cas précédent aussi nous nous contenterons de traiter le cas du schéma <math>\;[SA_o] > [SC]</math>.</ref>, nous envisageons des rayons incidents issus de <math>\;A_o</math>, peu inclinés par rapport à l'axe optique principal, d'angle d'inclinaison <math>\;\theta_o\;</math> tel que <math>\;\vert \theta_o \vert \ll 1\;</math> et dont le point d'incidence <math>\;I\;</math> reste proche du sommet <math>\;S\;</math> c.-à-d. tel que l'angle que fait la normale au miroir en <math>\;I\;</math> dans le sens incident avec la partie incidente de l'axe optique principal <math>\;\widehat{(\overrightarrow{CS}\, ;\, \vec{N})} =</math> <math>\omega\;</math> est tel que <math>\;\vert \omega \vert \ll 1\;</math><ref name="Paraxial"> Les rayons incidents sont donc paraxiaux, conditions de Gauss <math>\;\big(</math>admises<math>\big)\;</math> pour que le système recevant ces rayons soit stigmatique approché pour le point objet considéré, voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Énoncé_des_conditions_de_Gauss_de_stigmatisme_approché_d'un_système_optique_«_centré_»|énoncé des conditions de Gauss de stigmatisme approché d'un système optique centré]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>. {{Al|5}}Le rayon incident <math>\;A_oI\;</math> donnant, par utilisation des lois de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes"> '''[[w:Willebrord_Snell|Willebrord Snell Van Royen]] ou Snellius (1580 - 1626)''' humaniste, mathématicien et physicien néerlandais, semble avoir découvert les lois portant son nom avant Descartes <math>\;\big(</math>sans que ce soit {{Nobr|assuré<math>\big)</math>.}} <br>{{Al|3}}'''[[w:René_Descartes|René Descartes]] (1596 - 1650)''' mathématicien, physicien et philosophe français, considéré comme l'un des fondateurs de la [[w:Philosophie_moderne|philosophie moderne]], en physique a contribué à l'[[w:Optique_géométrique|optique géométrique]] et en mathématiques est à l'origine de la [[w:Géométrie_analytique|géométrie analytique]].</ref> de la réflexion <ref name="1ère loi de Snell - Descartes de la réflexion"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_réflexion,_réfraction,_lois_de_Descartes#Première_loi_de_Snell-Descartes_de_la_réflexion|1^ère loi de Snell - Descartes de la réflexion]] » du chap.<math>11</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>{{,}} <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réflexion"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_réflexion,_réfraction,_lois_de_Descartes#Deuxième_loi_de_Snell-Descartes_de_la_réflexion|2^ème loi de Snell - Descartes de la réflexion]] » du chap.<math>11</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>, le rayon réfléchi <math>\;IA_i\;</math> <math>\big(A_i \in</math> à l'axe optique principal<math>\big)</math>, appelons <math>\;\theta_i\;</math> l'angle d'inclinaison du rayon réfléchi par rapport à la partie réfléchie de l'axe optique principal ; nous nous proposons de démontrer que <math>\;A_i\;</math> est indépendant du rayon incident considéré <math>\big(</math>c.-à-d. indépendant de <math>\;\theta_o\;</math> et de <math>\;\omega\big)\;</math> dans la mesure où les conditions de Gauss <ref name="Gauss"> En <math>\;1796</math>, '''[[w:Carl_Friedrich_Gauss|Gauss]]''', à l'âge de dix-neuf ans, caractérisa presque complètement tous les polygones réguliers constructibles à la règle et au compas et il demanda par la suite qu'un [[w:Heptadécagone|heptadécagone]] {{Nobr|<math>\;\big(</math>polygone}} régulier de <math>\;17\;</math> côtés<math>\big)\;</math> soit gravé sur son tombeau ; bien d'autres découvertes de mathématiques lui sont dues dont, en particulier, en <math>\;1801\;</math> la 1^ère démonstration de la loi de réciprocité quadratique conjecturée par '''[[w:Leonhard_Euler|Euler]]''' en <math>\;1772</math> <math>\;\big[</math>un nombre premier est congru à un carré de nombre entier modulo un autre nombre premier, par exemple <math>\;11 \equiv 3^2\!\! \pmod{2}\;</math> ou <math>\;19 \equiv 4^2\!\! \pmod{3}\;</math> ou encore <math>\;41 \equiv 6^2\!\! \pmod{5}\;</math> de même que <math>\;43 \equiv 6^2\!\! \pmod{7}\; \ldots\big]\;</math> <math>\{</math>'''[[w:Leonhard_Euler|Leonhard Euler]] (1707 - 1783)''' mathématicien et physicien suisse qui passa la plus grande partie de sa vie dans l'Empire russe et en Allemagne ; en mathématiques il fit d'importantes découvertes dans des domaines aussi variés que le [[w:Calcul_infinitésimal|calcul infinitésimal]] et la [[w:Théorie_des_graphes|théorie des graphes]], il introduisit également une grande partie de la terminologie et de la notation des mathématiques modernes, en particulier pour l'[[w:Analyse_(mathématiques)|analyse mathématique]], comme la notion de [[w:Fonction_(mathématiques)|fonction mathématique]] ; il est aussi connu pour ses travaux en mécanique, en dynamique des fluides, en optique et en astronomie<math>\}</math> ; <br>{{Al|3}}dans le domaine de l'astronomie '''[[w:Carl_Friedrich_Gauss|Gauss]]''' publia un travail très important sur le mouvement des corps célestes contenant le développement de la [[w:Méthode_des_moindres_carrés|méthode des moindres carrés]] ; auparavant, en <math>\;1801</math>, il développa une nouvelle méthode de calcul lui permettant de prédire où doit se trouver [[w:(1)_Cérès|Cérès]] <math>\;\big(</math>une planète naine de la ceinture des astéroïdes entre Mars et Jupiter<math>\big)</math> ; <br>{{Al|3}}dans le domaine de la physique il est l'auteur de deux des quatre équations de '''Maxwell''' gérant l'électromagnétisme <math>\;\{</math>'''[[w:James_Clerk_Maxwell|James Clerk Maxwell]] (1831 - 1879)''' physicien et mathématicien écossais, principalement connu pour ses équations unifiant l'électricité, le magnétisme et l'induction ainsi que pour l'établissement du caractère électromagnétique des ondes lumineuses, mais aussi pour sa distribution des vitesses utilisée dans une description statistique de la théorie cinétique des gaz ; le tire-bouchon fictif permettant de déterminer l'orientation à droite d'un espace tridimensionnel ou le caractère direct d'un triplet de vecteurs a été baptisé « tire-bouchon de Maxwell » en son honneur<math>\}</math>.</ref> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Énoncé_des_conditions_de_Gauss_de_stigmatisme_approché_d'un_système_optique_«_centré_»|énoncé des conditions de Gauss de stigmatisme approché d'un système optique centré]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> <math>\big(\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et <math>\;|\omega| \ll 1\big)\;</math> sont réalisées. ==== Établissement de la relation liant θ_o, θ_i et ω ==== # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIC\;</math> établir une première relation entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;i\;\big(</math>angle d'incidence du rayon incident en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIC\;</math> établir une deuxième relation entre <math>\;\theta_i</math>, <math>\;i'\;\big(</math>angle de réflexion du rayon réfléchi en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en utilisant la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de la réflexion <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réflexion" /> et les deux relations précédentes, déduire la relation suivante entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;\theta_i\;</math> et <math>\;\omega</math> : <center> <math>\;\omega = \dfrac{\theta_o + \theta_i}{2}\;\;(\mathfrak{a})\;</math> <ref> Cette relation reste applicable quels que soient les ordres de grandeur de <math>\;|\theta_o|\;</math> et <math>\;|\omega|</math>, elle ne nécessite donc pas de se placer dans les conditions de Gauss de stigmatisme approché.</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Dans le triangle <math>\;A_oIC</math>, <math>\;\omega = \theta_o + (-i)\;</math> <ref name="relation dans un triangle"> On utilise la propriété suivante : « dans un triangle, un angle extérieur est égal à la somme des deux autres angles intérieurs » (propriété utilisant des angles non algébrisés).</ref> <ref> On remarque, sur le schéma, que <math>\;\omega\;</math> et <math>\;\theta_o\;</math> sont positifs mais <math>\;i\;</math> étant négatif, sa valeur absolue s'écrit <math>\;(-i)</math>.</ref> et <br>{{Al|5}}dans le triangle <math>\;A_iIC</math>, <math>\;\theta_i = \omega + i'\;</math> <ref name="relation dans un triangle" /> <ref> On remarque, sur le schéma, que tous les angles <math>\;\theta_i</math>, <math>\;\omega\;</math> et <math>\;i'\;</math> sont positifs.</ref> ou, <br>{{Al|5}}en utilisant la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> pour la réflexion <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réflexion" /> <math>\;i' = -i</math>, la relation ci-dessus se réécrit <math>\;\theta_i = \omega - i</math> ; <br>{{Al|5}}on élimine alors <math>\;i\;</math> entre ces deux relations en faisant la différence soit : <math>\;\omega - \theta_i = \theta_o - \omega\;</math> ou <math>\;2\,\omega = \theta_o + \theta_i\;</math> soit enfin <center> <math>\;\omega = \dfrac{\theta_o + \theta_i}{2}\;\;(\mathfrak{a})</math>.</center>}} ==== Évaluation des angles θ_o, θ_i et ω en fonction des abscisses de A_o, A_i et C repérées relativement à H ==== {{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> et des conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" />, montrer que le rayon réfléchi est aussi peu incliné relativement à la partie réfléchie de l'axe optique principal c.-à-d. <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>. # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH\;</math> <ref name="définition de H"> <math>\;H\;</math> étant le projeté orthogonal du point d'incidence <math>\;I\;</math> sur l'axe optique principal.</ref> évaluer <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_o}_{\rightarrow}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\theta_o</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\theta_i)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_i}_{\leftarrow}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\theta_i</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\omega)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HC}_{\rightarrow}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\omega</math>, # déduire des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math>, un lien entre <math>\;\overline{HA_o}_{\rightarrow}</math>, <math>\;\overline{HA_i}_{\leftarrow}\;</math> et <math>\;\overline{HC}_{\rightarrow}\;</math> <math>\;\big[</math>relation <math>\,(\mathfrak{b})\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> écrite sous la forme <math>\;\theta_i = 2\, \omega - \theta_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;|\theta_i| \leqslant 2\, |\omega| + |\theta_o|\;</math> et des conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" /> <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}|\theta_o| \ll 1\\ |\omega| \ll 1 \end{array}\right\rbrace\;</math> dont on déduit <math>\;2\, |\omega| + |\theta_o| \ll 1\;</math> d'où <math>\;|\theta_i| \leqslant 2\, |\omega| + |\theta_o| \ll 1\;</math> c.-à-d. que le rayon réfléchi est aussi peu incliné relativement à la partie réfléchie de l'axe optique principal. # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH</math>, <math>\;\tan(\theta_o) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HA_o}_\rightarrow}\;</math> car sur le schéma <math>\;\theta_o > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_o) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_o}_\rightarrow < 0\;</math> ou, <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_o) \simeq \theta_o\;</math> on en déduit <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_o}_\rightarrow}</math> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH</math>, <math>\;\tan(\theta_i) = \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}_\leftarrow}\;</math> car sur le schéma <math>\;\theta_i > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_i) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_i}_\leftarrow > 0\;</math> ou, <math>\;|\theta_i| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_i) \simeq \theta_i\;</math> on en déduit <math>\;\theta_i \simeq \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}_\leftarrow}</math> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH</math>, <math>\;\tan(\omega) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HC}_\rightarrow}\;</math> car sur le schéma <math>\;\omega > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\omega) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HC}_\rightarrow < 0\;</math> ou, <math>\;|\omega| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\omega) \simeq \omega\;</math> on en déduit <math>\;\omega \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HC_\rightarrow}}</math> ; # des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> réécrite selon <math>\;2\, \omega = \theta_i + \theta_o</math>, on en déduit <math>\;\dfrac{-2\, \overline{HI}}{\overline{HC_\rightarrow}} = \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}_\leftarrow} - \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_o}_\rightarrow}\;</math> ou, en simplifiant par <math>\;\overline{HI}</math>, on obtient la relation <math>\;(\mathfrak{b})\qquad \dfrac{-2}{\overline{HC_\rightarrow}} = \dfrac{1}{\overline{{\mathrm{HA}_i}_\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{HA_o}_\rightarrow}</math>.}} ==== Établissement de la confusion de H et de S à l'ordre un en ω ==== {{Al|5}}Établir que <math>\;H\;</math> <ref name="définition de H" /> peut être confondu avec le sommet <math>\;S\;</math> du miroir à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> <ref name="H et S confondus"> Ceci nécessite que <math>\;[HS]\;</math> soit un infiniment petit au moins d'ordre deux en <math>\;\omega</math>.</ref> et {{Al|5}}réécrire que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> en tenant compte de cette confusion. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Montrons que <math>\;H\;</math> peut être confondu avec <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> <ref name="ω infiniment petit d'ordre un"> <math>\;|\omega|\;</math> étant considéré comme un infiniment petit d'ordre un.</ref>, en évaluant <math>\;[CH]\;</math> puis <math>\;[HS] = [CS] - [CH]\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega</math>, on obtient : <math>\;[CH] = [CI]\, \cos(\omega) = R\, \cos(\omega) \simeq R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math> <math>\big(</math>revoir la remarque du paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable_au_voisinage_d'une_de_ses_valeurs#D.C3.A9veloppements_limit.C3.A9s_.C3.A0_l.27ordre_un_de_quelques_fonctions_usuelles|D.L. à l'ordre un de quelques fonctions usuelles]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « Outils mathématiques pour la physique (PCSI) »<math>\big)\;</math> d'où <math>\;[HS] = [CS] - [CH] \simeq R - R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega</math>, soit encore <math>\;[HS] \simeq R \dfrac{\omega^2}{2}\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math> ou finalement <center><math>\;[HS] \simeq 0\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega</math> ;</center> {{Al|5}}remplaçant <math>\;H\;</math> par <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{b})</math>, on peut, sous les conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" />, la réécrire selon <center><math>\;(\mathfrak{b})\; \dfrac{-2}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = \dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math> <ref> Sous cette forme la relation nécessite que le point objet <math>\;A_o\;</math> soit <math>\;\neq S\;</math> sommet du miroir.</ref>.</center>}} ==== Conclusion : stigmatisme approché du miroir sphérique (concave) pour le point objet A_o et relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) ==== {{Al|5}}Vérifier que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> définit, pour un point objet <math>\;A_o\;</math> quelconque, un point image unique <math>\;A_i\;</math> et en déduire le stigmatisme approché du miroir sphérique <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour le point objet <math>\;A_o</math> ; {{Al|5}}la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> pouvant être écrite selon <math>\;\dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}} = V\;</math> <ref name="indépendance de la nature"> Nous admettrons que cette relation (ou propriété) établie dans le cas d'un miroir sphérique concave est encore applicable, sans modification, à un miroir sphérique convexe.</ref> où <math>\;V\;</math> est une constante appelée « vergence » du miroir sphérique exprimée en dioptries <math>\big(</math>de symbole <math>\;\delta\big)\;</math> dans la mesure où les abscisses le sont en <math>\;m\;\big(</math>la dioptrie étant liée au mètre par <math>\;1\, \delta = 1\,m^{-1}\big)</math>, exprimer <math>\;V\;</math> en fonction de <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow}</math>. {{Al|5}}Par la suite notant l'abscisse de Descartes <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math><ref> Pour le repérage de Descartes dans un miroir sphérique (concave ou convexe), il y a deux origines utilisées : l'origine au sommet qui est la plus fréquemment utilisée et l'origine au centre qui l'est beaucoup moins.</ref> du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Par la suite notant l'abscisse de Descartes <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>avec origine au sommet<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> }}celle du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}</math>, <br>{{Al|5}}la relation de conjugaison (approchée) de position [ou 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée)] de Descartes d'un miroir sphérique se réécrit <center><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille"> C.-à-d., comme cela sera vu au chapitre suivant, la même relation de conjugaison (approchée) de position (ou de grandissement transverse) de Descartes (ou de Newton) que celle d'une lentille mince (à condition que l'algébrisation de l'axe optique du miroir sphérique soit l'algébrisation physique adoptée dans ce cours).</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> établit le stigmatisme approché du miroir sphérique <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour tout point objet <math>\;A_o\;</math> autre que <math>\;C\;</math> et <math>\;S\;</math> puisque, pour un point objet <math>\;A_o\;</math> fixé, le point image <math>\;A_i\;</math> est déterminé de façon unique <math>\big(</math>indépendamment des variations des petits angles <math>\;\theta_o\;</math> et <math>\;\omega\big)</math>. {{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> peut effectivement être écrite sous la forme <math>\;\dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}} = V\;</math> où <math>\;V\;</math> est une constante définissant la vergence du miroir sphérique selon <center><math>\;V = \dfrac{-2}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> avec <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow}\;</math> rayon algébrisé du miroir.</center> {{Al|5}}Avec les abscisses de Descartes (avec origine au sommet) du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> et du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}</math>, la relation de conjugaison (approchée) de position [ou 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée)] de Descartes du miroir sphérique se réécrit <center><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille" />.</center>}} === Points pour lesquels la conjugaison du miroir sphérique est rigoureuse et points doubles === {{Al|5}}Vérifier, par construction et pour une direction d'axe optique principal préalablement fixée, que le centre <math>\;C\;</math> et le sommet <math>\;S\;</math> <ref name="Définition sommet" /> du miroir sont des points * pour lesquels le miroir est stigmatique rigoureux et * dont l'image est confondue avec l'objet (c.-à-d. que ce sont des points doubles). {{Al|5}}Justifier la raison pour laquelle la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) est applicable à <math>\;C</math>, centre du miroir, bien que la conjugaison soit rigoureuse ; {{Al|5}}vérifier, en utilisant cette relation, que <math>\;C\;</math> est effectivement un point double. {{Al|5}}Admettant que la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) reste applicable à <math>\;S</math>, sommet du miroir, pour lequel il y a conjugaison rigoureuse <math>\big[</math>mais évidemment pas sous cette forme qui est indéterminée quand on l'applique à <math>\;S</math>, son abscisse objet <math>\;p_o\;</math> y étant nulle<math>\big]</math>, évaluer <math>\;p_i\;</math> en fonction de <math>\;p_o\;</math> et de <math>\;V\;</math> et vérifier, sur cette dernière forme, * que <math>\;S\;</math> est effectivement un point double et * qu'il n'y a pas d'autres points doubles que <math>\;S\;</math> et <math>\;C</math>. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - points doubles.jpg|thumb|Schémas de vérification du fait que, pour C et S, le miroir sphérique (concave) est stigmatique rigoureux et que ce sont des points doubles]] {{Al|5}}Voir ci-contre les propriétés particulières d'un point objet en <math>\;C\;</math> ou <math>\;S\;</math> d'un miroir sphérique concave <ref name="indépendance de la nature"/> : * à gauche tout rayon d'un faisceau incident issu du centre <math>\;C\;</math> d'un miroir sphérique concave étant normal au miroir se réfléchit sur lui-même, donnant un ensemble de rayons réfléchis convergeant en un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, c.-à-d. prouvant que le miroir sphérique est stigmatique rigoureux pour son centre ; de plus le point image de <math>\;C\;</math> étant <math>\;C\;</math> lui-même, ce dernier est un point double ; * à droite tout rayon d'un faisceau incident convergeant sur le sommet <math>\;S\;</math> d'un miroir sphérique concave se réfléchissant en suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal et l'ensemble des rayons réfléchis divergeant à partir d'un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, cela prouve le stigmatisme rigoureux du miroir sphérique pour son sommet <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> ; de plus le point image de <math>\;S\;</math> étant <math>\;S\;</math> lui-même, ce dernier est un point double. {{Al|5}}Pour appliquer la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) à <math>\;C</math>, centre du miroir, bien que la conjugaison soit rigoureuse, il suffit de ne considérer que les rayons paraxiaux du faisceau incident issu de <math>\;C\;</math> et d'ouverture quelconque <ref> Le fait que les autres rayons convergent également en <math>\;C\;</math> ne modifient en rien la convergence des rayons réfléchis provenant de rayons incidents paraxiaux.</ref>, condition d'applicabilité de la relation de conjugaison de position de Descartes ; {{Al|5}}dans ce cas, si on appelle <math>\;C_i</math>, d'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(C_i) = \overline{SC_i}_{\leftarrow}</math>, l'image du point objet <math>\;C</math>, d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(C) = \overline{SC}_{\rightarrow} = \overline{R}</math>, nous obtenons, en remplaçant <math>\;V\;</math> par <math>\;\dfrac{-2}{\overline{R}}</math>, <math>\;\dfrac{1}{p_i(C_i)} - \dfrac{1}{\overline{R}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> d'où <math>\;p_i(C_i) = \overline{SC_i}_{\leftarrow}</math> <math>= -\overline{R}\;</math> soit encore <math>\;\overline{SC_i}_{\leftarrow} = -\overline{SC}_{\rightarrow}</math> ou, avec <math>\;\overline{SC_i}_{\rightarrow} = -\overline{SC_i}_{\leftarrow}</math>, <math>\;\overline{SC_i}_{\rightarrow} = \overline{SC}_{\rightarrow}\;</math> prouvant que <math>\;C_i\;</math> se confond avec <math>\;C\;</math> et par suite que <math>\;C\;</math> est un point double. <center>De <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> on tire <math>\;\dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{p_o} + V = \dfrac{1 + V\, p_o}{p_o}\;</math> soit <math>\;p_i = \dfrac{p_o}{1 + V\, p_o}</math> ;</center> {{Al|5}}sous cette forme on vérifie qu'un point objet en <math>\;S</math>, d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(S) = 0\;</math> a une image d'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i = 0</math>, c.-à-d. une image confondue avec <math>\;S\;</math> prouvant que <math>\;S\;</math> est bien un point double ; {{Al|5}}les points doubles <math>\;A_d\;</math> d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_d\;</math> étant tels que leurs abscisses images de Descartes (avec origine au sommet) s'écrivant <math>\;p_i(A_d) = \overline{SA_d}_{\leftarrow} = -\overline{SA_d}_{\rightarrow} = -p_d\;</math> avec <math>\;p_i(A_d) = \dfrac{p_d}{1 + V\, p_d}\;</math> obéissent à l'équation <math>\;-p_d = \dfrac{p_d}{1 + V\, p_d}\;</math> c.-à-d. <math>\;\left\lbrace\begin{array}{c}p_d = 0\;\;\; \text{ou}\\ 1 + V\, p_d = -1\end{array}\right\rbrace</math>, la 1{{ère}} solution donnant <math>\;S\;</math> point double et la 2{{ème}} équation conduisant à <math>\;p_d = \dfrac{-2}{V} = \overline{R}\;</math> c.-à-d. <math>\;C\;</math> point double ; <center>le centre et le sommet d'un miroir sphérique sont donc les seuls points doubles de ce dernier.</center>}} === Caractère focal d'un miroir sphérique, position des foyers principaux objet et image, lien de la vergence et des distances focales objet et image === {{Al|5}}Vérifier, sur la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes d'un miroir sphérique, que ce dernier est nécessairement « focal » <ref name="définition focal"> Un système « afocal » étant tel que le point à l'infini de l'axe optique principal est un point double, un système sera « focal » si le point à l'infini de l'axe optique principal est conjugué à un point de ce même axe optique principal à distance finie.</ref> puis déterminer * la position du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> c.-à-d. le point objet de l'axe optique principal ayant pour image le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;F_o\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; A_{i,\,\infty}\big]\;</math> et * la position du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> c.-à-d. le point image de l'axe optique principal ayant pour antécédent <ref name ="Antécédent"> C.-à-d. pour point objet.</ref> le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;A_{o,\,\infty}\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; F_i\big]</math> ; {{Al|5}}quelle particularité ces deux points possèdent-ils en ce qui concerne leurs positions absolues d'une part et leur position relative d'autre part ? {{Al|5}}Définissant * la distance focale objet comme l'abscisse objet de Descartes du foyer principal objet (avec origine au sommet) soit <math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> et * la distance focale image comme l'abscisse image de Descartes du foyer principal image (avec origine au sommet) soit <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math>, {{Al|5}}déterminer le lien entre vergence <math>\;V</math>, distance focale objet <math>\;f_o\;</math> et distance focale image <math>\;f_i</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Un miroir sphérique est un « système focal », en effet pour qu'il soit « afocal », il faudrait que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, mais ayant établi que les seuls points doubles du miroir sphérique sont <math>\;C\;</math> et <math>\;S</math>, et non le point à l'infini de l'axe optique principal on en déduit que le miroir sphérique est bien un « système focal ». * Le foyer principal image <math>\;F_i</math>, repéré par l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(F_i) = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> étant l'image du point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(A_{o,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{p_o(A_{o,\, \infty})} = 0</math>, on en déduit <math>\;\dfrac{1}{p_i(F_i)} - 0 = V\;</math> soit <math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} = \dfrac{1}{V} = -\dfrac{\overline{R}}{2}</math>. * Le foyer principal objet <math>\;F_o</math>, repéré par l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(F_o) = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> étant l'antécédent <ref name ="Antécédent"/> du point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(A_{i,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{p_i(A_{i,\, \infty})} = 0</math>, on en déduit <math>\;0 - \dfrac{1}{p_o(F_o)} = V\;</math> soit <math>\;\overline{SF_o}_{\rightarrow} = -\dfrac{1}{V} = \dfrac{\overline{R}}{2}</math> ; * les positions géométriques respectives des foyers principaux objet et image étant telles que <math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} = - \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> et le changement de sens d'algébrisation conduisant à <math>\;\overline{SF_i}_{\rightarrow} = -\overline{SF_i}_{\leftarrow}</math>, on en déduit <math>\;\overline{SF_i}_{\rightarrow} = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> c.-à-d. la <u>coïncidence des positions géométriques des foyers principaux objet et image</u> <ref> Cette coïncidence n'est que géométrique, car ce sont des points d'espaces optiques différents, l'un est dans un espace objet et l'autre dans un espace image.</ref> ; * <u>leur position géométrique commune</u> étant telle que <math>\;\overline{SF_o}_{\rightarrow} = \dfrac{\overline{R}}{2} = \dfrac{\overline{SC}_{\rightarrow}}{2}\;</math> on vérifie qu'elle <u>coïncide avec le milieu du segment joignant le sommet et le centre du miroir</u>. <center><u>Notion de distances focales objet et image</u> :</center> * la distance focale image <math>\;f_i\;</math> étant définie par <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> est liée à la vergence par <math>\;f_i = \dfrac{1}{V} = -\dfrac{\overline{R}}{2}</math> ; * la distance focale objet <math>\;f_o\;</math> étant définie par <math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> est liée à la vergence par <math>\;f_o = -\dfrac{1}{V} = \dfrac{\overline{R}}{2}</math> ; <center>on en déduit la relation <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> <ref> Pratiquement la vergence <math>\;V\;</math> est la valeur de l'invariant <math>\;\dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}</math>, appliquée au couple de points conjugués <math>\;(A_{o,\, \infty}\, , \,F_i)\;</math> on trouve <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} - 0\;</math> et appliquée au couple de points conjugués <math>\;(F_o\, , \,A_{i,\, \infty})</math>, <math>\;V = 0 - \dfrac{1}{f_o}</math> ; <br>{{Al|3}}pour mémoire, <math>\;C\;</math> étant un point double, l'invariant en <math>\;C\;</math> donne la valeur <math>\;V = \dfrac{1}{\overline{SC}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = -\dfrac{2}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}</math>.</ref>.</center>}} === Quelques propriétés découlant du caractère focal d'un miroir sphérique === ==== Signe de la vergence suivant la nature concave ou convexe du miroir sphérique, caractère convergent ou divergent du miroir et nature réelle ou virtuelle des foyers principaux ==== {{Al|5}}Déterminer le signe de la vergence suivant la nature « concave » ou « convexe » du miroir sphérique puis {{Al|5}}son caractère « convergent » ou « divergent » sachant qu'un système focal à « vergence positive » (respectivement « négative ») est dit « convergent » (respectivement « divergent ») et enfin {{Al|5}}la nature « réelle » ou « virtuelle » des foyers principaux. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> on en déduit que la vergence est de signe contraire au rayon de courbure algébrisé du miroir sphérique, ainsi : * un miroir <u>concave</u> a un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} < 0\;</math> <ref name="nature de C"> Correspondant au caractère réel (resp. virtuel) du centre <math>\;C\;</math> d'un miroir concave (resp. convexe).</ref>, donc une vergence <math>\;V > 0</math>, c'est un système « <u>convergent</u> », * un miroir <u>convexe</u> a un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} > 0\;</math> <ref name="nature de C" />, donc une vergence <math>\;V < 0</math>, c'est un système « <u>divergent</u> ». {{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> on en déduit la nature (réelle ou virtuelle) des foyers principaux objet et image suivant la nature (convergente ou divergente) du miroir sphérique : * un miroir <u>concave</u> étant convergent, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> est <math>\;> 0\;</math> entraînant le caractère <u>réel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> étant <math>\;< 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>réel</u> <ref name="nature des foyers"> Pour un miroir concave (resp. convexe) le caractère réel (resp. virtuel) du centre <math>\;C\;</math> avec le fait que la position géométrique commune des foyers principaux est le milieu du segment joignant le centre et le sommet, entraîne le caractère réel (resp. virtuel) des foyers principaux objet et image.</ref>, * un miroir <u>convexe</u> étant divergent, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> est <math>\;< 0\;</math> entraînant le caractère <u>virtuel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> étant <math>\;> 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>virtuel</u> <ref name="nature des foyers" />.}} ==== Démonstration de l'absence de conjugaison non rigoureuse du miroir sphérique (concave) pour le point objet à l'infini sur l'axe optique principal ==== {{Al|5}}En reprenant la démonstration faite à la 1{{ère}} question mais avec <math>\;A_o\;</math> situé à l'infini <math>\;\big(</math>ce qui correspond à <math>\;\theta_o = 0\big)\;</math> et en conservant les notations introduites dans la 1{{ère}} question <math>\;\big[</math>à l'exception de <math>\;A_i\;</math> qui sera noté <math>\;F_i(\omega)\;</math> <ref name="dépendance de ω"> Fonction de <math>\;\omega\;</math> car ce point <math>-</math> hors condition de Gauss <math>-</math> en dépend effectivement <math>\big[</math>c'est d'ailleurs, en ce qui concerne <math>\;F_i</math>, le but de cette question<math>\big]</math>.</ref> et de <math>\;H\;</math> qui sera noté <math>\;H(\omega)\;</math> <ref name="dépendance de ω" /><math>\big]</math>, {{Al|5}}déterminer la position de <math>\;F_i(\omega)\;</math> défini comme le point de l'axe optique principal par lequel passe le rayon réfléchi correspondant au rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, de point d'incidence <math>\;I(\omega)\;</math> <ref name="dépendance de ω" /> et {{Al|5}}vérifier que <math>\;F_i(\omega)\;</math> dépendant effectivement de <math>\;\omega</math>, il n'y a pas conjugaison rigoureuse du miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> pour le point situé à l'infini de l'axe optique principal. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - absence stigmatisme rigoureux.jpg|thumb|Schéma de démonstration de l'absence de stigmatisme rigoureux d'un miroir sphérique concave <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> pour le point objet à l'infini sur l'axe optique principal]] {{Al|5}}Montrons algébriquement qu'un miroir sphérique concave <ref name="indépendance de la nature" /> n'est pas rigoureusement stigmatique pour le point à l'infini <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math> de l'axe optique principal et pour cela il suffit de montrer qu'un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, de point d'incidence <math>\;I(\omega)\;</math> <ref name="dépendance de ω" />, repéré par l'angle <math>\;\omega\;</math> que fait le rayon incident avec <math>\;\overrightarrow{CI}(\omega)\;</math> tel que <math>\;|\omega|\; \cancel{\ll}\; 1\;</math>, donne un réfléchi qui recoupe l'axe optique principal en <math>\;F_i(\omega)\;</math> dépendant effectivement de <math>\;\omega\;</math> d'où l'absence de stigmatisme rigoureux du miroir pour <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math><ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> ; {{Al|5}}l'angle d'incidence étant <math>\;i = -\omega\;</math> <ref> En effet <math>\;i\;</math> est <math>\;< 0\;</math> sur le schéma alors que <math>\;\omega\;</math> est <math>\;> 0</math>.</ref>, l'angle de réflexion est donc <math>\;i' = -i = \omega\;</math> d'après la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de la réflexion <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réflexion" /> ; on en déduit alors <math>\;\widehat{\left\lbrace\overrightarrow{H(\omega)S}, \overrightarrow{F_i(\omega)I(\omega)}\right\rbrace} = 2\; \omega\;</math> et <math>\;\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow}\;</math> se détermine par <math>\;\tan(2\;\omega) = \dfrac{\overline{H(\omega)I(\omega)}}{\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow}}\;</math> <ref> Toutes les grandeurs étant positives sur le schéma.</ref> soit <math>\;\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{\overline{H(\omega)I(\omega)}\, \cos(2\; \omega)}{\sin(2\; \omega)}\;</math> ou, avec <math>\;\overline{H(\omega)I(\omega)} =</math> <math>CI(\omega)\; \sin(\omega) = R\; \sin(\omega)\;</math> et <math>\;\sin(2\; \omega) = 2\; \sin(\omega)\; \cos(\omega)</math>, <math>\;\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{R\, \cos(2\; \omega)}{2\; \cos(\omega)}</math> ; {{Al|5}}on peut alors évaluer <math>\;\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} = \overline{CH(\omega)}_{\rightarrow} - \overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow}\;</math> expression dans laquelle <math>\;\overline{CH(\omega)}_{\rightarrow} = R\; \cos(\omega)\;</math> d'où <math>\;\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} =</math> <math>R\; \cos(\omega) - \dfrac{R\, \cos(2\; \omega)}{2\; \cos(\omega)} = R\; \dfrac{2\; \cos^2(\omega)- \cos(2\; \omega)}{2\; \cos(\omega)}\;</math> ou, sachant que <math>\;\cos(2\; \omega) = 2\; \cos^2(\omega) - 1</math>, l'expression finale <center><math>\;\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{R}{2\; \cos(\omega)}\;</math> <ref> L'expression simple du résultat indique qu'il doit y avoir une méthode plus rapide pour sa détermination ; en effet les angles non algébrisés <math>\;\widehat{SCI(\omega)}\;</math> et <math>\;\widehat{CI(\omega)F_i(\omega)}\;</math> étant égaux <math>\;\big(</math>à <math>\;|\omega|\big)</math>, le triangle <math>\;F_i(\omega)CI(\omega)\;</math> est isocèle <math>\Rightarrow</math> la hauteur issue de <math>\;F_i(\omega)\;</math> est aussi médiatrice d'où, en notant <math>\;K(\omega)\;</math> son pied, <math>\;CK(\omega) = \dfrac{CI(\omega)}{2} = \dfrac{R}{2}\;</math> et <math>\;\dfrac{CK(\omega)}{\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow}} = \cos(\omega) \Rightarrow \overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{CK(\omega)}{\cos(\omega)} =</math> <math>\dfrac{R}{2\; \cos(\omega)}\;</math> ce qui est indéniablement plus rapide.</ref> établissant que <math>\;F_i\;</math> dépend effectivement de <math>\;\omega\;</math> <br>et par suite que le miroir sphérique concave <ref name="indépendance de la nature" /> n'est pas stigmatique rigoureux pour le point à l'infini <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math> de l'axe optique principal <ref> La démonstration de l'absence de stigmatisme rigoureux d'un miroir sphérique concave pour n'importe quel point objet (autre que le centre et le sommet) de l'axe optique principal pourrait être faite en suivant une démarche analogue.</ref>.</center>}} === Aplanétisme approché d'un miroir sphérique sous conditions de Gauss === {{Al|5}}On considère le miroir sphérique concave introduit à la 1{{ère}} question et un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o \neq C\;</math> <ref name="support axe optique principal"> Ce qui signifie que l'axe optique principal a pour support <math>\;(A_oC)</math>.</ref> tel qu'il y ait stigmatisme approché du miroir <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour tous les points <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> C.-à-d. que, pour un point quelconque <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o</math>, avec la définition de l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <math>\big(</math>cet axe jouant le rôle d'axe optique principal pour le point objet <math>\;M_o\;</math> est qualifié de secondaire relativement au point objet <math>\;A_o\big)</math>, les rayons incidents issus de <math>\;M_o\;</math> doivent être paraxiaux <math>\big[</math>peu inclinés relativement à l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> et à point d'incidence restant proche du sommet secondaire <math>\;S_{M_o}</math>, intersection de l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> avec le miroir<math>\big]</math>.</ref> ; <br>{{Al|5}}cette dernière condition entraîne que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> admet une image « nette » <math>\;A_iB_i\;</math> <ref name="Nette"> L'image est qualifiée de « nette » car tous les points objets <math>\;M_o\;</math> ont une image ponctuelle <math>\;M_i</math>.</ref> mais a priori cette image n'est <math>-</math> hors conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Conditions_supplémentaires_de_Gauss_d'aplanétisme_approché_d'un_système_optique_«_centré_»|conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> <math>-</math> ni « linéique » <ref name="Linéique"> Linéique signifiant « rectiligne ».</ref> ni « transverse ». {{Al|5}}Supposant que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> est, * quand l'objet n'est pas proche du miroir, vu du sommet <math>\;S\;</math> du miroir sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} S\big)\;</math> et * quand l'objet est proche du miroir, vu du centre <math>\;C\;</math> du miroir sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq S\big)</math>, {{Al|5}}ces deux conditions sont une première façon de définir les conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> pour un objet linéique transverse quelconque <ref> C'est cette façon qui a été vue en cours, <math>\;S\;</math> étant en effet le point de l'axe optique principal appartenant à la face d'entrée du miroir.</ref>. {{Al|5}}Il existe une deuxième façon équivalente de définir les conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> pour un objet linéique transverse quelconque <math>\;A_oB_o\;</math> <ref name="façon plus simple"> C'est cette façon que nous adopterons car elle conduit à une démonstration plus rapide de l'aplanétisme.</ref> : * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> n'est pas proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir, l'objet doit être vu du centre <math>\;C\;</math> sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)\;</math> et * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math>, l'objet doit être vu du sommet <math>\;S\;</math> du miroir sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq C\big)</math>. ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un miroir sphérique concave pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du miroir et vu de ce centre sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant d'abord supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\alpha</math>, sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, l'angle <math>\;\beta</math> sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, n'étant pas nécessairement petit, la démarche pour établir l'aplanétisme du miroir pour un tel objet est rendue plus aisée si on a établi auparavant la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Relation_de_conjugaison_de_position_.28ou_1.C3.A8re_relation_de_conjugaison.29_de_Descartes_.28avec_origine_au_centre.29|relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre)]] <ref name="méthode moins aisée"> Il est possible de se contenter de la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) mais la méthode est alors moins aisée.</ref> <center><math>\;\dfrac{1}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}} = -V\;</math> où <math>\;V\;</math> est la vergence précédemment introduite :</center> {{Al|5}}la démarche peut alors être décomposée en les étapes suivantes : * montrer qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * en utilisant la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre), montrer alors que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et vérifier que l'angle au centre associé est encore <math>\;\alpha</math>, * conclure qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'image <math>\;A_iB_i\;</math> peut être confondue avec un segment perpendiculaire à l'axe optique principal c.-à-d. qu'elle est linéique transverse <ref> Nous aurons donc établi qu'il y a aplanétisme approché du miroir sphérique pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du miroir à condition qu'il soit vu de ce centre sous un petit angle.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq}\; C\big)</math>, avec l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, * le caractère transverse de l'objet linéique <math>\Rightarrow</math> la longueur <math>\;[CB_o]\;</math> est plus grande que la longueur <math>\;[CA_o]\;</math> <ref name="définition des côtés triangle rectangle"> <math>\;[CB_o]\;</math> étant l'hypoténuse du triangle <math>\;A_oB_oC\;</math> rectangle en <math>\;A_o\;</math> et <math>\;[CA_o]\;</math> le côté adjacent à l'angle de mesure <math>\;\alpha</math>.</ref>, soit plus précisément <math>\;[CA_o] =</math> <math>[CB_o]\, \cos(\alpha) \simeq [CB_o] \left( 1 - \dfrac{\alpha^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\alpha\;</math> <ref name="DL du cosinus à l'ordre deux"> Revoir la remarque du paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable_au_voisinage_d'une_de_ses_valeurs#D.C3.A9veloppements_limit.C3.A9s_.C3.A0_l.27ordre_un_de_quelques_fonctions_usuelles|D.L. à l'ordre un de quelques fonctions usuelles]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « Outils mathématiques pour la physique (PCSI) ».</ref> ou finalement <math>\;[CA_o] \simeq [CB_o]\;</math> à l'ordre un en <math>\;\alpha\;</math> prouvant, qu'à cet ordre, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * tous les points objets <math>\;M_o\;</math> de l'arc de cercle <math>\;A_oB_o\;</math> de centre <math>\;C\;</math> ayant une abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <ref name="axe optique secondaire"> Cet axe optique secondaire relativement au point objet <math>\;A_o\;</math> est en fait un axe optique principal relativement au point objet <math>\;M_o</math>.</ref>, l'application de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au centre) donne donc des points images <math>\;M_i\;</math> à abscisse image de Descartes (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)</math>, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est assimilable, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, à un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math>, * l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'arc de cercle <math>\;A_iB_i\;</math> est vu du centre <math>\;C\;</math> étant petit, on peut faire l'opération inverse de celle faite au premier paragraphe, c.-à-d. assimiler l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> à un segment choisi perpendiculaire à l'axe optique principal de support <math>\,(CA_i)\,</math> <ref name="justification choix"> Il s'agit effectivement d'un choix car le segment aurait pu être choisi perpendiculaire à n'importe quel axe optique secondaire de support <math>\;(CM_i)</math>.</ref>, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, linéique transverse ; <center>nous avons donc établi l'<u>aplanétisme approché du miroir sphérique</u> (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <u>pour tout objet linéique de pied non proche du centre du miroir</u>.</center>}} ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un miroir sphérique concave pour un objet linéique transverse de pied proche du centre du miroir et vu du sommet de ce dernier sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> étant maintenant supposé proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\beta</math>, sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)</math> ; la démarche pour établir l'aplanétisme du miroir pour un tel objet nécessite l'utilisation de deux rayons paraxiaux issus de <math>\;M_o</math>, point objet quelconque de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> Le caractère paraxial étant indispensable pour satisfaire au stigmatisme approché du miroir pour le point objet <math>\;M_o</math>, tous les rayons non paraxiaux issus de <math>\;M_o\;</math> seront arrêtés par un diaphragme centré sur <math>\;S</math> ;<br>{{Al|3}}on vérifie aisément que les rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> sont deux candidats respectant la paraxialité, par contre le rayon incident <math>\;M_oC\;</math> pouvant ne pas l'être car <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math> <math>\big(</math>et si tel était le cas il serait alors arrêté par le diaphragme centré en <math>\;S\big)</math>, nous ne l'utiliserons pas.</ref> et de montrer que le point image <math>\;M_i</math>, défini comme l'intersection des deux rayons réfléchis, a pour projeté, sur l'axe optique principal, le point image <math>\;A_i</math> : * déterminer l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;p_i\;</math> en fonction de la distance focale image <math>\;f_i\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * déterminer la longueur algébrique <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> en fonction de <math>\;\beta\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * travaillant dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> <ref> L'axe <math>\;\overrightarrow{Sx}\;</math> étant porté par l'axe optique principal, orienté dans le sens incident et l'axe <math>\;\overrightarrow{Sy}\;</math> étant porté par la représentation symbolique du miroir orienté vers le haut, l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> étant lui aussi orienté vers le haut.</ref> déterminer l'équation des rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> <ref name="définition ε"> L'abscisse de <math>\;M_o\;</math> est évidemment celle de <math>\;B_o\;</math> et son ordonnée sera notée <math>\;\varepsilon \times\;</math> l'ordonnée de <math>\;B_o</math>, <math>\;\varepsilon\;</math> variant entre <math>\;0\;</math> et <math>\;1</math> ;<br>{{Al|3}}ici intervient une 1{{ère}} condition de Gauss d'aplanétisme approché <math>\;\beta \ll 1\;</math> qui assure que le point <math>\;M_o\;</math> est suffisamment proche de l'axe optique principal pour que deux rayons incidents judicieusement choisis travaillent dans les conditions de stigmatisme approché.</ref>, * travaillant dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> <ref> L'axe <math>\;\overrightarrow{Sx'}\;</math> étant porté par l'axe optique principal, orienté dans le sens réfléchi <math>\;\big(</math>donc de sens contraire à celui de l'axe <math>\;\overrightarrow{Sx}\big)\;</math> et l'axe <math>\;\overrightarrow{Sy}\;</math> étant le même que précédemment à savoir porté par la représentation symbolique du miroir et orienté vers le haut.</ref> déterminer les équations des rayons réfléchis, puis leur intersection <math>\;M_i\;</math> ; * vérifier que l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal est égale à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, puis conclure à l'aplanétisme approché du miroir sphérique pour l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied proche du centre du miroir. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - aplanétisme.jpg|thumb|Schéma positionnant un objet linéique transverse de pied proche du centre d'un miroir sphérique concave pour démontrer l'aplanétisme approché du miroir pour cet objet]] {{Al|5}}Soit <math>\;A_oB_o\;</math> un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o</math>, proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir sphérique concave <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, vu du sommet <math>\;S\;</math> de ce dernier sous un angle <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)\;</math> correspondant à la condition de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> précitée ; # on détermine d'abord <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}</math>, l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, image du point objet <math>\;A_o\;</math> d'abscisse objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}</math>, par utilisation de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes du miroir sphérique (avec origine au sommet) de vergence <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}</math>, <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> étant la distance focale image du miroir d'où : <center><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i} \Rightarrow \dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{p_o} + \dfrac{1}{f_i} = \dfrac{f_i + p_o}{p_o\, f_i}\;</math> soit finalement <math>\;p_i = p_o\, \dfrac{f_i}{p_o + f_i}</math>.</center> # <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> <math>\;> 0\;</math> avec <math>\;\beta\;</math> non algébrisé <math>\;\ll 1</math>, on en déduit <math>\;\tan(\beta) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{p_o}\;</math> avec <math>\;\tan(\beta) \simeq \beta\;</math> d'où <center><math>\;\overline{A_oB_o} \simeq -\beta\; p_o</math> ;</center> # dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})</math>, le rayon incident <math>\;M_oS\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = \varepsilon\, \overline{A_oB_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_S}{x_{M_o} - x_S} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o} = -\varepsilon\, \beta\;</math> a pour équation <math>\;y - y_S = -\varepsilon\, \beta \left( x - x_S \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = -\varepsilon\, \beta\, x\;</math> <ref name="vérification signes"> On vérifie sur le schéma que, lorsque <math>\;x\;</math> est <math>\;< 0</math>, <math>\;y\;</math> est <math>\;> 0</math>.</ref>,</center> {{Transparent|dans le repère orthonormé <math>\;\color{transparent}{(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, }}le rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> et passant par le foyer principal objet du miroir sphérique <math>\;F_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{F_o} = f_o = -f_i\, , \, y_{F_o} = 0)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_{F_o}}{x_{M_o} - x_{F_o}} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i}\;</math> a pour équation <math>\;y - y_{F_o} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i} \left( x - x_{F_o} \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i} \left( x + f_i \right)</math> ;</center> # dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> le rayon réfléchi sur le miroir du rayon incident <math>\;M_oS\;</math> étant de direction symétrique de celle de ce dernier relativement à l'axe optique principal est de même pente <math>\;-\varepsilon\, \beta\;</math> <ref> En effet le rayon réfléchi a une pente opposée à celle du rayon incident dans le repère <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> mais, quand on passe dans le repère <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> correspondant à une inversion du sens de l'axe des abscisses sans que celui de l'axe des ordonnées ne soit changé, la pente doit être multipliée par un facteur <math>\;(-1)\;</math> d'où le rayon réfléchi a une pente identique à celle du rayon incident (la raison étant que les pentes sont définies dans deux repères différents).</ref> d'où l'équation du rayon réfléchi correspondant au rayon incident <math>\;M_oS\;</math> <center><math>\;y = -\varepsilon\, \beta\, x'\;</math> <ref name="vérification signes bis"> On vérifie bien sur le schéma que, lorsque <math>\;x\;</math> est <math>\;> 0</math>, <math>\;y\;</math> est <math>\;< 0</math>.</ref>,</center>{{Transparent|dans le repère orthonormé <math>\;\color{transparent}{(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, }}le rayon réfléchi sur le miroir du rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> étant, à partir du point d'incidence <math>\;I\;</math> sur le miroir, <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, son équation nécessite de déterminer au préalable l'ordonnée de <math>\;I\;</math> par <math>\;x_{I} = 0\;</math> dans l'équation du rayon incident soit <math>\;y(I) = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i} \left[ x(I) + f_i \right] = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o\, f_i}{p_o + f_i}\;</math> d'où l'équation du rayon réfléchi correspondant au rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o\, f_i}{p_o + f_i}</math> ;</center> {{Al|5}}l'intersection <math>\;M_i\;</math> de ces deux rayons réfléchis a pour abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o\, f_i}{p_o + f_i} = -\varepsilon\, \beta\, {x'}_{M_i}\;</math> soit <center><math>\;{x'}_{M_i} = \dfrac{p_o\, f_i}{p_o + f_i}\;</math> identique à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du point image <math>\;A_i</math> ;</center> # l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal étant égale à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, on conclut à l'<u>aplanétisme approché du miroir sphérique</u> (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <u>pour tout objet linéique</u> <math>\;A_oB_o\;</math> <u>de pied proche du centre du miroir</u>.}} ==== Relation de conjugaison (approchée) de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) ==== [[File:Miroir sphérique - symbole.jpg|thumb|Représentation symbolique (sans les foyers) d'un miroir sphérique concave et d'un miroir sphérique convexe]] {{Al|5}}Dès lors qu'un miroir sphérique est utilisée sous conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme et d'aplanétisme approchés <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" />{{,}} <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" />, l'usage est de représenter ce miroir sous une forme symbolique dans laquelle figurent l'axe optique principal, le centre <math>\;C</math>, les foyers principaux objet <math>\;F_o\;</math> et image <math>\;F_i</math>, le sommet <math>\;S\;</math> et la partie de miroir perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal <ref> Cette partie de miroir perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal est terminée par des bords inclinés vers <math>\;C</math>, ainsi un miroir concave à centre <math>\;C\;</math> réel a des bords inclinés vers la gauche (c.-à-d. vers l'espace objet réel) et un miroir convexe à centre <math>\;C\;</math> virtuel a des bords inclinés vers la droite (c.-à-d. vers l'espace objet virtuel).</ref>, partie de miroir sur laquelle est rappelée l'algébrisation physique de l'axe optique principal <center>voir ci-contre à gauche pour un miroir concave et à droite pour un miroir convexe <ref name="Foyers à ajouter"> La position des foyers principaux seraient à ajouter une fois que vous les aurez déterminés.</ref>.</center> [[File:Miroir sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes avec origine en S pour un miroir sphérique concave]] {{Al|5}}Sur le schéma ci-contre on a construit l'image linéique transverse <math>\;A_iB_i\;</math> d'un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> <math>\;\neq S\;</math> et <math>\;\neq C\;</math> en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, l'un passant que le centre <math>\;C\;</math> du miroir et qui se réfléchit sur lui-même <ref> En effet le rayon réfléchi doit être issu du point d'incidence <math>\;I\;</math> du rayon incident et passer par l'image de <math>\;C\;</math> par le miroir c.-à-d. <math>\;C\;</math> lui-même.</ref>, l'autre passant par le sommet <math>\;S\;</math> du miroir et qui se réfléchit en obéissant à la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" />{{,}} <ref> Attention le sommet <math>\;S\;</math> du miroir est le seul point d'incidence en lequel on peut appliquer la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes en travaillant sur la représentation symbolique du miroir car c'est le seul point pour lequel la direction de cette représentation symbolique se confond avec la direction réelle du miroir <math>\big(</math>autrement dit c'est le seul point où la normale réelle est perpendiculaire à la représentation symbolique, par exemple le rayon incident <math>\;B_oC\;</math> qui se confond avec la normale réelle du miroir en <math>\;I\;</math> n'est pas perpendiculaire à la représentation symbolique du miroir en <math>\;I\big)</math>.</ref>, le point d'intersection de ces deux rayons réfléchis étant le point de convergence <math>\;B_i\;</math> de tous les rayons réfléchis correspondant à tous les rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> sous conditions de Gauss <ref name="Gauss" />{{,}} <ref> Car le miroir est stigmatique approché pour <math>\;B_o</math>.</ref> et <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal <ref> Car le miroir est aplanétique approché pour <math>\;A_oB_o</math>.</ref>. {{Al|5}}En comparant les triangles rectangles <math>\;A_iB_iS\;</math> et <math>\;A_oB_oS</math>, déterminer le grandissement transverse par le miroir de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\\ p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow} \end{array}\right\rbrace</math> ; <center>cette relation définit la relation de conjugaison (approchée) de grandissement transverse [ou 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée)] de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour tout objet linéique transverse de pied <math>\;A_o \neq S\;</math> <ref name="forme indéterminée"> Elle ne peut évidemment pas s'appliquer sous la forme indiquée pour <math>\;A_o = S\;</math> car elle correspondrait à une forme indéterminée, <br>{{Al|3}}mais on vérifie, dans le paragraphe suivant, qu'elle s'applique sous cette forme pour <math>\;A_o = C</math>.</ref> <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille" />, elle caractérise quantitativement la propriété d'aplanétisme approché du miroir sphérique pour l'objet linéique transverse de pied <math>\;A_o\;</math> <ref> Bien que démontrée sur un miroir sphérique concave elle reste applicable à un miroir sphérique convexe.</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfléchis correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;C\;</math> qui se réfléchit sur lui-même et le 2{{ème}} de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfléchit en <math>\;S\;</math> suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal <ref> Il est déconseillé de choisir ce rayon dans les constructions futures demandées car peu pratique <math>\;\big(</math>l'angle <math>\;i\;</math> devant être mesuré et reporté symétriquement par rapport à l'axe optique principal<math>\big)</math> ; ici nous l'utilisons dans la démonstration d'où ce choix.</ref>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(i)\;</math> et <math>\;\tan(-i)\;</math> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oS\;</math> et <math>\;A_iB_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(i) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;i\;</math> étant <math>\;< 0</math>, <math>\;\overline{A_oB_o} > 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> <ref> On suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oS\;</math> puisse être défini.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;i \simeq \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}</math>, * <math>\;\tan(-i) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;(-i)\;</math> étant <math>\;> 0</math>, <math>\;\overline{A_iB_i} < 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> <ref> Ayant suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> et <math>\;S\;</math> étant un point double on en déduit <math>\;A_i \neq S\;</math> ce qui définit le triangle <math>\;A_iB_iS</math>.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;-i \simeq -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}</math> ; {{Al|5}}égalant les deux expressions de <math>\;i</math>, on en déduit : <math>\;\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}} \simeq \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} \simeq \dfrac{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math> d'où <center>la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes (avec origine au sommet)</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq S\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\\ p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;p_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;p_i = f_i\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;p_o = f_o\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = C\;</math> <ref> Le miroir sphérique n'est stigmatique rigoureux que pour le pied <math>\;C\;</math> de l'objet linéique, pour tous les autres points objets constituant ce dernier on suppose le stigmatisme approché du miroir c.-à-d. l'utilisation de rayons incidents issus de <math>\;M_o\; (\neq C)\; \in A_oB_o\;</math> paraxiaux <math>\big(</math>ce qui peut être réalisé en pratique avec un diaphragme centré en <math>\;S\;</math> collé contre le miroir<math>\big)</math>.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du miroir pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> sous lequel l'objet est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\;\big(\beta \ll 1\big)</math>, * vérifier, par construction de l'image <math>\;A_iB_i</math>, qu'elle est symétrique de <math>\;A_oB_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal et * comparer au résultat donné par l'application de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = C</math>. {{Al|5}}Considérant maintenant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = S\;</math> <ref> L'objet, collé contre le miroir sphérique, de pied <math>\;A_o = S</math>, l'axe optique principal ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, ne peut être rigoureusement linéique (c.-à-d. rectiligne) car il suit la courbure du miroir mais, s'il est vu de <math>\;C\;</math> sous un petit angle non algébrisé <math>\;\alpha</math>, on peut confondre l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et le segment correspondant lui étant tangent à l'ordre un <math>\;\alpha</math>, raison pour laquelle l'objet est qualifié de « linéique transverse » ; <br>{{Al|3}}le miroir sphérique est stigmatique rigoureux que pour les points de l'objet linéique car tous ces points, étant sur le miroir, jouent le rôle de sommet (secondaire) pour lequel le miroir est stigmatique rigoureux.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du miroir pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'objet est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(\alpha \ll 1\big)\;</math> <ref> Qui est aussi la condition pour que l'objet collé sur le miroir puisse être considéré comme linéique.</ref>, * vérifier que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> se superpose à <math>\;A_oB_o</math>, le caractère linéique transverse de l'objet entraînant celui de l'image et * en déduire la valeur du grandissement transverse <math>\;G_t(S)\;</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = S</math>. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - grandissement transverse au centre.jpg|thumb|Construction de l'image d'un objet linéique transverse de pied au centre d'un miroir sphérique concave]] {{Al|5}}Le centre <math>\;C\;</math> du miroir sphérique concave ci-contre en étant un point double conjugué rigoureux, un objet linéique transverse <math>\;CB_o\;</math> a pour image, par le miroir, une image linéique transverse de pied <math>\;C</math>, notée <math>\;CB_i</math> ; pour obtenir cette dernière il suffit de choisir pour rayon incident issu de <math>\;B_o</math>, le rayon passant par le sommet <math>\;S\;</math> qui se réfléchit suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal et recoupe le plan transverse passant par <math>\;C\;</math> au point <math>\;B_i</math>, symétrique de <math>\;B_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal <center>d'où <math>\;\overline{CB_i} = -\overline{CB_o}\;</math> et par suite <math>\;G_t(C) = -1</math> ;</center> {{Al|5}}l'application de la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au sommet) nous conduit à <math>\;G_t(C) =</math> <math>\dfrac{\overline{SC}_{\leftarrow}}{\overline{SC}_{\rightarrow}}</math>, soit, avec <math>\;\overline{SC}_{\leftarrow} = -\overline{SC}_{\rightarrow}</math>, on retrouve effectivement <math>\;G_t(C) = -1\;</math> <ref> Le centre est le seul point de l'espace objet d'un miroir sphérique en lequel un objet linéique transverse positionné en ce point admet une image linéique transverse inversée de même taille.</ref>. {{clr}} {{Al|5}}Tous les points du miroir sphérique étant des points doubles de ce dernier <ref> Chaque point du miroir jouant le rôle de sommet pour l'axe optique principal passant par ce point, c'est effectivement un point double.</ref>, un objet collé sur le miroir est donc sa propre image ; dans la mesure où l'objet est de petite taille, on peut négliger sa courbure et le considérer comme linéique transverse, son image étant alors également linéique transverse ; comme <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SA_o}\;</math> on en déduit, par définition, <math>\;G_t(S) = +1\;</math> <ref> Le sommet (et plus généralement tout point de la surface réfléchissante sphérique) est le seul point de l'espace objet d'un miroir sphérique en lequel un objet linéique transverse positionné en ce point admet une image linéique transverse droite de même taille.</ref>.}} ==== Construction de l'image par un miroir sphérique d'un objet linéique transverse ==== {{Al|5}}<u>Définitions préliminaires</u> : On appelle plan focal objet le plan transverse passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}plan focal image le plan transverse passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math> ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle axe optique secondaire tout axe passant par le centre <math>\;C</math> du miroir, il possède une partie incidence contenue dans l'espace objet réel se réfléchissant sur elle-même pour donner sa partie émergente contenue dans l'espace image réelle ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal objet et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}foyer secondaire image <math>\;\varphi_i\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal image. {{Al|5}}<u>Propriétés</u> : Justifier les propriétés des foyers secondaires objet et image associés à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : # le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour image le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)\big]</math>, # le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour antécédent le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}<u>Propriétés des foyers secondaires associés à un axe optique secondaire</u> : # foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet linéique transverse contenu dans le plan focal objet et de pied <math>\;F_o</math>, objet noté <math>\;F_o\varphi_o(\delta)</math>, <math>\;F_o\;</math> ayant pour image le point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et l'image étant linéique transverse, le point <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> a une image également située à l'infini sur la partie réfléchie de l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon incident issu de <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> se réfléchit sur lui-même, les parties incidente et réfléchie constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)</math>,</center> # foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet dont l'image associée est contenue dans le plan focal image et de pied <math>\;F_i</math>, image notée <math>\;F_i\varphi_i(\delta)</math>, <math>\;F_i\;</math> ayant pour antécédent le point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et le miroir étant aplanétique, le point <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> a un antécédent également situé à l'infini sur la partie incidente de l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon réfléchi issu de <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> s'est réfléchi sur lui-même, les parties incidente et réfléchie constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement<math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)</math>.</center>}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> réel, de pied <math>\;A_o\;</math> séparé du sommet <math>\;S\;</math> d'un miroir sphérique concave d'une distance supérieure au rayon non algébrisé du miroir, construire son image <math>\;A_iB_i\;</math> par le miroir de deux façons différentes : # en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> <math>\big[</math>choisis parmi les trois suivants : passant par <math>\;C</math>, passant par <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<math>\big]</math>, # en considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> <ref name="un seul rayon incident suffit"> Un seul rayon incident suffit car <math>\;A_o\;</math> appartenant à l'axe optique principal son image est sur cet axe.</ref> <math>\big[</math>choisi parmi les deux suivants : passant par <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\big]</math>. {{Al|5}}Refaire les constructions précédentes avec un miroir convexe. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - construction image.jpg|thumb|Construction de l'image par un miroir sphérique concave d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal]] # En considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> choisis parmi les trois suivants (voir schéma ci-contre) : <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;C\;</math> et se réfléchissant sur lui-même, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;F_o\;</math> foyer principal objet et se réfléchissant parallèlement à l'axe optique principal, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal et se réfléchissant en passant par le foyer principal image <math>\;F_i\;</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;B_i\;</math> étant à l'intersection des deux rayons réfléchis correspondant aux deux rayons incidents choisis, <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal. {{clr}} [[File:Miroir sphérique concave - construction image - bis.jpg|thumb|Construction de l'image par un miroir sphérique concave d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire]] # En considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> choisis parmi les deux suivants (voir schéma ci-contre) : <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par un foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection du rayon incident et du plan focal objet<math>\big]\;</math> et se réfléchissant parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> <math>\big[</math>c.-à-d., pour la partie incidente <math>\;C\varphi_o(\delta)</math>, la partie réfléchie se superposant à la partie incidente mais orientée en sens contraire<math>\big]</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à un axe optique secondaire a priori quelconque <math>\;(\delta)\;</math> et se réfléchissant en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection de l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> et du plan focal image<math>\big]</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;A_i\;</math> étant à l'intersection d'un des rayons réfléchis correspondant au rayon incident choisi et de l'axe optique principal, <math>\;B_i\;</math> s'obtenant comme intersection de l'axe optique secondaire passant par <math>\;B_o\;</math> et du plan transverse passant par <math>\;A_i</math>. {{clr}} {{Al|5}}Ci-dessous les constructions refaites sur un miroir sphérique convexe, en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> à gauche, en utilisant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> et la notion de foyers secondaires objet ou image à droite : <center> <gallery> Miroir sphérique convexe - construction image.jpg|Construction de l'image par un miroir sphérique convexe d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal Miroir sphérique convexe - construction image - bis.jpg|Construction de l'image par un miroir sphérique convexe d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire </gallery> </center>}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) sous conditions de Gauss === ==== Relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}On repère maintenant les points objet <math>\;A_o\;</math> et image <math>\;A_i\;</math> relativement au centre <math>\;C\;</math> du miroir sphérique en définissant * l'abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\;</math> et * l'abscisse image de Descartes (avec origine au centre) de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}</math> ; {{Al|5}}à partir de la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) s'écrit <center><math>\;\dfrac{1}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}} = -V\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C"> Cette relation est applicable à tout objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o \neq C</math>, le cas <math>\;A_o = C\;</math> conduisant à une forme indéterminée.</ref> ou <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = -V\;</math> avec <math>\;V\;</math> vergence du miroir.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Descartes (origine au centre) utilisent <math>\;C\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> ou un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} = \overline{SC}_{\rightarrow} + \overline{CA_o}_{\rightarrow}\;</math> ou <math>\;p_o = \overline{R} + \pi_o\;</math> et * l'abscisse image de Descartes (avec origine au centre) du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} = \overline{SC}_{\leftarrow} + \overline{CA_i}_{\leftarrow}\;</math> ou <math>\;p_i = -\overline{R} + \pi_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au centre) en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes précédemment définis, dans la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{-2}{\overline{R}}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{1}{\pi_i - \overline{R}} - \dfrac{1}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> ou <math>\;\dfrac{(\pi_o + \overline{R}) - (\pi_i - \overline{R})}{(\pi_i - \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R})} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens"> Quand on a l'égalité entre deux fractions <math>\;\dfrac{a}{b} = \dfrac{c}{d}\;</math> les grandeurs <math>\;(a\, ,\, d)\;</math> sont appelées « extrêmes » et <math>\;(b\, ,\, c)\;</math> « moyens », l'égalité des deux fractions étant équivalente à <math>\;a \; d = b \; c\;</math> c.-à-d. à l'égalité du produit des extrêmes et celui des moyens (on parle encore de l'égalité des produits en croix).</ref> <math>\;-2\, (\pi_i - \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R}) = (\pi_o - \pi_i + 2\, \overline{R})\, \overline{R}\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;-2\, \pi_o\, \pi_i + 2\, \overline{R}\, \pi_o - 2\, \overline{R}\, \pi_i + 2\, \overline{R}^2 =</math> <math>\pi_o\, \overline{R} - \pi_i\, \overline{R} + 2\, \overline{R}^2\;</math> soit, après simplification <math>\;-2\, \pi_o\, \pi_i + \overline{R}\, \pi_o - \overline{R}\, \pi_i = 0\;</math> ou <math>\;\overline{R}\, \pi_o - \overline{R}\, \pi_i = 2\, \pi_o\, \pi_i\;</math> et enfin, en divisant les deux membres de l'équation par <math>\;\pi_o\, \pi_i\, \overline{R}\;</math> <ref name="C.N."> Cela nécessite que <math>\;\pi_o \neq 0\;</math> et <math>\;\pi_i \neq 0\;</math> c.-à-d. <math>\;A_o \neq C</math>.</ref> <math>\;\big(</math>la raison en étant que l'on cherche à établir une équation faisant intervenir des inverses de longueur à partir d'une équation comportant des produits de deux longueurs<math>\big)\;</math> <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = \dfrac{2}{\overline{R}}</math> ; la <u>1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = -V\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du miroir ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS}_{\rightarrow} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS}_{\leftarrow} = \overline{R}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = \dfrac{2}{\overline{R}} = -V</math>.</ref> avec <math>\;V = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> vergence du miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\\ \pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}\end{array} \right\rbrace</math>.</center> }} [[File:Miroir sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes avec origine en C pour un miroir sphérique concave]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C" />. {{Al|5}}En utilisant le schéma ci-contre vérifier directement cette relation. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet"> Applicable en tout point <math>\;A_o \neq S</math>.</ref> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \pi_o + \overline{R} \\ p_i = \pi_i - \overline{R} \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\pi_i - \overline{R}}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}\left( \dfrac{1}{\overline{R}} - \dfrac{1}{\pi_i} \right)}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}} \left( \dfrac{1}{\overline{R}} + \dfrac{1}{\pi_o} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître des inverses de longueur comme celles de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = \dfrac{2}{\overline{R}} \Leftrightarrow \dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\overline{R}} = \dfrac{1}{\pi_o} + \dfrac{1}{\overline{R}}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}}}</math> ; la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du miroir ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS}_{\rightarrow} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS}_{\leftarrow} = \overline{R}\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = -(-1) = +1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature" /> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\\ \pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}\end{array} \right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfléchis correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;C\;</math> qui se réfléchit sur lui-même et le 2{{ème}} de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfléchit en <math>\;S\;</math> suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés"> Les angles précités étant non algébrisés.</ref> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oC\;</math> et <math>\;A_iB_iC\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o}) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> <ref name="hors centre"> On suppose <math>\;A_o \neq C\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oC\;</math> puisse être défini.</ref>, * <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i}) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_i}_{\leftarrow} < 0\;</math> <ref name="hors centre bis"> Ayant suppose <math>\;A_o \neq C\;</math> et <math>\;C\;</math> étant un point double on en déduit <math>\;A_i \neq C\;</math> ce qui définit le triangle <math>\;A_iB_iC</math>.</ref> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}} = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}}\;</math> d'où <center>la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes (avec origine au centre)</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq C\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\\ \pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\pi_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\pi_i = f_i + \overline{R}\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\pi_o = f_o - \overline{R}\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Newton sous conditions de Gauss === {{Al|5}}On repère maintenant le point objet <math>\;A_o\;</math> relativement au foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> du miroir sphérique et le point image <math>\;A_i\;</math> relativement au foyer principal image <math>\;F_i\;</math> du même miroir sphérique en définissant * l'abscisse objet de Newton de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\;</math> et * l'abscisse image de Newton de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}</math>. ==== Relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Newton s'écrit <center><math>\; \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\; \overline{F_oA_o}_{\rightarrow} = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\; \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Newton"> Applicable pour tout point objet <math>\;A_o \neq F_o</math> et <math>\;A_o \neq A_{o,\,\infty}</math>, ces cas conduisant à une forme indéterminée.</ref> ou <math>\;\sigma_i \; \sigma_o = f_i\; f_o\;</math> <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille"/> avec <math>\;f_i\;</math> et <math>\;f_o\;</math> distances focales image et objet du miroir.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Newton utilisent <math>\;F_o\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> comme origine pour repérer un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Newton du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o =</math> <math>\overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} = \overline{SF_o}_{\rightarrow} + \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\;</math> ou <math>\;p_o = f_o + \sigma_o = -f_i + \sigma_o\;</math> et * l'abscisse image de Newton du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i =</math> <math>\overline{SA_i}_{\leftarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} = \overline{SF_i}_{\leftarrow} + \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\;</math> ou <math>\;p_i = f_i + \sigma_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Newton en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes précédemment définis, dans la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{1}{\sigma_i + f_i} - \dfrac{1}{\sigma_o - f_i} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> ou <math>\;\dfrac{(\sigma_o - f_i) - (\sigma_i + f_i)}{(\sigma_i + f_i)\, (\sigma_o - f_i)} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens" /> <math>\;(\sigma_i + f_i)\, (\sigma_o - f_i)</math> <math>= (\sigma_o - \sigma_i - 2\, f_i)\, f_i\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;\sigma_o\, \sigma_i + f_i\, \sigma_o - f_i\, \sigma_i - f_i^2 =</math> <math>\sigma_o\, f_i - \sigma_i\, f_i - 2\, f_i^2\;</math> soit, après simplification <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = -f_i^2\;</math> et enfin, sachant que <math>\;f_o = -f_i\;</math> <ref> On remplacera une seule fois <math>\;f_i\;</math> par <math>\;-f_o\;</math> pour obtenir une forme symétrique de la relation.</ref>, <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> ; la <u>1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center> <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le foyer principal objet du miroir <math>\;\big(</math> en effet si <math>\;A_o\;</math> est en <math>\;F_o</math>, l'image <math>\;A_i\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal et on obtient une forme indéterminée avec <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> valant <math>\;\infty\big)</math> ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS}_{\rightarrow} = -f_o\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS}_{\leftarrow} = -f_i\;</math> d'où <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i</math>.</ref> avec <math>\;f_i = -f_o = -\dfrac{\overline{R}}{2}\;</math> distance focale image du miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\\ \sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\end{array} \right\rbrace</math>.</center>}} [[File:Miroir sphérique - grandissement transverse Newton.jpg|thumb|Schéma de démonstration des deux formes de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton pour un miroir sphérique concave]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Newton <ref name="deux formes de grandissement transverse de Newton"> Cette relation a deux formes possibles suivant qu'elle est exprimée en fonction de l'abscisse objet de Newton et de la distance focale objet ou en fonction de l'abscisse image de Newton et de la distance focale image.</ref> <ref name="Applicabilité relation de Newton" />. {{Al|5}}En utilisant le schéma ci-contre vérifier directement les deux formes de cette relation. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet" /> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \sigma_o - f_i \\ p_i = \sigma_i + f_i \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\sigma_i + f_i}{\sigma_o - f_i} = \dfrac{\sigma_i \left( 1 + \dfrac{f_i}{\sigma_i} \right)}{(-f_i) \left( 1 - \dfrac{\sigma_o}{f_i} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître, au numérateur et au dénominateur, deux grandeurs égales découlant de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_i\, f_o = -f_i^2 \Leftrightarrow \dfrac{\sigma_i}{f_i} = -\dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> ou encore <math>\;1 + \dfrac{\sigma_i}{f_i} = 1 - \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{\sigma_i}{f_o}</math> ; la 1{{ère}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{\sigma_i}{f_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton"> Applicable en tout point objet ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que cette forme de relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS}_{\rightarrow} = -f_o\;</math> <math>\;\big(</math>resp. <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS}_{\leftarrow} = -f_i\big)\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = +1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature" /> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}</math>.</center> {{Al|5}}comme la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton s'écrivant <math>\;\sigma_i\, \sigma_o = f_i\, f_o\;</math> est équivalente à <math>\;\dfrac{\sigma_i}{f_o} = \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> on en déduit aisément la 2{{ème}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o} = \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton" /> <ref name="indépendance de la nature" /> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfléchis correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;F_o\;</math> qui se réfléchit parallèlement à l'axe optique principal et le 2{{ème}} parallèle à l'axe optique principal qui se réfléchit en passant par <math>\;F_i</math>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_iS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_iB_iF_i\;</math> et <math>\;KF_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{F_iA_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> <ref name="hors foyer bis" > On suppose <math>\;A_i \neq F_i\;</math> c.-à-d. que <math>\;A_o\;</math> n'est pas le point à l'infini de l'axe optique principal, pour que le triangle <math>\;A_iB_iF_i\;</math> puisse être défini.</ref>, * <math>\;\tan(\widehat{KF_iS}) = \dfrac{\overline{SK}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;\overline{SK}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SK} = \overline{A_oB_o}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{KF_iS}) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_iS})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}} = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}\;</math> d'où <center>une 1{{ère}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\sigma_i}{f_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq A_{o,\,\infty}\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}</math>.</center> {{Al|5}}de même le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_oS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oF_o\;</math> et <math>\;HF_oS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o}) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{F_oA_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> <ref name="hors foyer"> On suppose <math>\;A_o \neq F_o\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oF_o\;</math> puisse être défini.</ref>, * <math>\;\tan(\widehat{HF_oS}) = \dfrac{\overline{SH}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;\overline{SH}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SH} = \overline{A_iB_i}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{HF_oS}) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_oS})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}} = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}}\;</math> d'où <center>une 2{{ème}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq F_o\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\sigma_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\sigma_i = 0\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de Lagrange - Helmholtz sous conditions de Gauss === [[File:Miroir sphérique - grandissement angulaire.jpg|thumb|Schéma de détermination du grandissement angulaire en repérage de Descartes (avec origine en S) pour un miroir sphérique concave]] ==== Expression de Descartes (avec origine au sommet) du grandissement angulaire d'un pinceau incident issu d'un point objet ==== {{Al|5}}On rappelle que le grandissement angulaire d'un pinceau lumineux incident issu d'un point objet <math>\;A_o\;</math>, de direction faisant un angle <math>\;\theta_o\;</math> avec la partie incidente de l'axe optique principal, le pinceau se réfléchissant sur le miroir en convergeant vers le point image <math>\;A_i\;</math>, avec une direction faisant un angle <math>\;\theta_i\;</math> avec la partie réfléchie de l'axe optique principal, est défini selon <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> <ref name="Angles petits"> Les angles <math>\;\theta_o\;</math> et <math>\;\theta_i\;</math> sont de valeur absolue petite c.-à-d. <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>.</ref> ; {{Al|5}}en utilisant le schéma ci-contre, établir l'expression du grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes (avec origine au sommet), respectivement <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> et <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}\;</math> <ref> L'expression du grandissement angulaire a été établie en utilisant un miroir sphérique concave mais elle reste applicable pour un miroir sphérique convexe.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}On détermine le grandissement angulaire par évaluation de <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> et <math>\;\tan(\theta_i)</math>, <math>\big(</math>tous deux <math>\;> 0\;</math> sur la figure ci-dessus<math>\big)</math> respectivement dans les triangles <math>\;A_oIS\;</math> et <math>\;A_iIS\;</math> <math>\big[</math>l'angle <math>\;\widehat{SA_iI}\;</math> étant égal à <math>\;\theta_i\big]</math> soit : * dans le triangle <math>\;A_oIS</math>, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} < 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_o| \ll 1</math>, <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}</math> ; * dans le triangle <math>\;A_iIS</math>, <math>\;\tan(\theta_i) = \dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} > 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_i) = \dfrac{\overline{SI}}{p_i}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>, <math>\;\theta_i \simeq \dfrac{\overline{SI}}{p_i}</math> ; {{Al|5}}on en déduit <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq \dfrac{\dfrac{\overline{SI}}{p_i}}{-\dfrac{\overline{SI}}{p_o}}\;</math> soit, en simplifiant par <math>\;\overline{SI}</math>, l'expression souhaitée du <center>grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq -\dfrac{p_o}{p_i}</math>.</center>}} ==== Établissement de la relation de Lagrange - Helmholtz ==== {{Al|5}}Á l'aide des relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) et de l'expression du grandissement angulaire dans le même repérage, vérifier la relation de Lagrange - Helmholtz <center> <math>\;G_t(A_o)\; G_a(A_o) = -1\;</math> <ref> Cette relation est différente de celle que l'on trouvera dans le chapitre suivant sur les lentilles minces, pour une lentille mince dans laquelle il n'y a aucune réflexion, la relation de Lagrange - Hemholtz sera <math>\;G_t(A_o)\; G_a(A_o) = +1</math>.</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Connaissant le grandissement transversal donné par la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) \simeq \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> et l'expression du grandissement angulaire précédemment trouvée <math>\;G_a(A_o) \simeq -\dfrac{p_o}{p_i}</math>, on en déduit le lien entre grandissements angulaire et transversal indépendant de la position du point objet <math>\;A_o</math>, <center><math>\;G_a(A_o)\; G_t(A_o) \simeq -\dfrac{p_o}{p_i}\; \dfrac{p_i}{p_o} = -1\;</math> ce qui constitue la relation de Lagrange - Helmholtz cherchée <ref> Il s'agit de la même relation de Lagrange - Helmholtz que celle explicitée pour un miroir plan mais contrairement à cette dernière dans laquelle les grandissements transverse et angulaire valent respectivement <math>\;+1\;</math> et <math>\;-1\;</math> quelle que soit la position du point objet <math>\;A_o</math>, dans un miroir sphérique les grandissements transverse et angulaire dépendent explicitement de la position de l'objet <math>\;A_o</math>, plus la valeur absolue du grandissement transverse est grande plus celle du grandissement angulaire est petite.</ref>.</center>}} == Stigmatisme et aplanétisme approchés d'un dioptre sphérique sous conditions de Gauss == {{Al|5}}Pour être défini, un dioptre sphérique nécessite la connaissance de : * sa nature « concave » ou « convexe », * son centre <math>\;C\;</math> (centre de courbure de la surface sphérique dioptrique <ref> Si le dioptre est « concave », <math>\;C\;</math> est réel, et si le dioptre est « convexe », <math>\;C\;</math> est virtuel.</ref>), * son rayon de courbure (non algébrisé) <math>\;R\;</math> (rayon de courbure de la surface sphérique dioptrique), * l'axe optique principal dont la partie incidente (ou son prolongement) passe par <math>\;C\;</math> et le point objet <math>\;A_o\;</math> (point objet dont on étudiera l'image éventuelle), * son sommet <math>\;S\;</math> (intersection de l'axe optique principal et de la surface dioptrique) et * l'indice de l'espace objet réel <math>\;n_o\;</math> ainsi que celui de l'espace image réelle <math>\;n_i</math>. {{Al|5}}Nous adoptons l'algébrisation physique de l'axe optique principal <ref name="orientation axe opt. princ. dioptre"> Supposant l'axe optique principal horizontal, l'espace objet réel étant situé à gauche du dioptre, la partie incidente de l'axe optique principal est orientée dans le sens <math>\;\rightarrow</math> et l'espace image réelle étant alors situé à droite du dioptre, la partie émergente est orientée dans le même sens <math>\;\rightarrow</math> ; il est donc inutile de préciser en indice le sens de l'orientation de l'axe optique principal contrairement à ce qui doit être fait dans le cas d'un miroir sphérique.</ref> et, pour unifier l'étude des dioptres sphériques, algébrisons le rayon de courbure du dioptre selon <math>\;\overline{R} = \overline{SC}\;</math> <ref name="orientation axe opt. princ. dioptre" /> avec pour conséquence la nature « concave » ou « convexe » du dioptre caractérisé par le signe du rayon de courbure algébrisé : * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC} > 0</math>, <math>\;C\;</math> étant à droite de <math>\;S\;</math> est un point de l'espace objet virtuel, correspondant à un dioptre « convexe », * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC} < 0</math>, <math>\;C\;</math> étant à gauche de <math>\;S\;</math> est un point de l'espace objet réel, correspondant à un dioptre « concave ». <center> <gallery> Dioptre sphérique concave verre - air.jpg|Justification du caractère convergent d'un dioptre sphérique concave faisant passer d'un milieu plus réfringent vers un milieu moins réfringent Dioptre sphérique concave air - verre.jpg|Justification du caractère divergent d'un dioptre sphérique concave faisant passer d'un milieu moins réfringent vers un milieu plus réfringent Dioptre sphérique convexe verre - air.jpg|Justification du caractère divergent d'un dioptre sphérique convexe faisant passer d'un milieu plus réfringent vers un milieu moins réfringent Dioptre sphérique convexe air - verre.jpg|Justification du caractère convergent d'un dioptre sphérique convexe faisant passer d'un milieu moins réfringent vers un milieu plus réfringent </gallery> Dans la suite nous supposerons le dioptre sphérique concave faisant passer d'un espace plus réfringent à un espace moins réfringent <ref> En précisant la modification des résultats pour un dioptre sphérique des trois autres types.</ref> et <br>admettrons qu'il n'y a pas stigmatisme rigoureux du dioptre sphérique <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> pour tous les points objets autres que <math>\;C\;</math> et tous les points du dioptre <ref name="Définition sommet dioptre"> Si le point objet <math>\;A_o\;</math> est sur le dioptre, l'axe optique principal associé à ce point objet ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, <math>\;A_o\;</math> joue le rôle de sommet <math>\;S\;</math> du miroir ; ainsi, dans la mesure où l'axe optique principal n'a pas été préalablement défini, tout point du dioptre peut être considéré comme un sommet.</ref>.</center> === Démonstration du stigmatisme approché d'un dioptre sphérique concave convergent sous conditions de Gauss === [[File:Dioptre sphérique concave convergent - stigmatisme approché.jpg|thumb|Schéma d'un dioptre sphérique concave convergent dans le but d'établir le stigmatisme approché du dioptre <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour tout point objet autre que C et S]] {{Al|5}}Considérant un point objet réel <math>\;A_o \neq C\;</math> et l'axe optique principal correspondant de support <math>\;(A_oC)\;</math> <ref> Dès lors que <math>\;A_o\;</math> est <math>\;\neq C</math>, l'axe optique principal est parfaitement défini ainsi que le sommet <math>\;S\;</math> qui est l'intersection de l'axe optique principal et du dioptre.</ref>, nous envisageons des rayons incidents issus de <math>\;A_o</math>, peu inclinés par rapport à l'axe optique principal, d'angle d'inclinaison <math>\;\theta_o\;</math> tel que <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et dont le point d'incidence <math>\;I\;</math> reste proche du sommet <math>\;S\;</math> c.-à-d. tel que l'angle que fait la normale au dioptre en <math>\;I\;</math> avec l'axe optique principal <math>\;\widehat{(\overrightarrow{CS}\, ;\, \vec{N})} = \omega\;</math> soit petit en valeur absolue <math>\;\big(|\omega| \ll 1\big)\;</math> <ref name="Paraxial" />. {{Al|5}}Le rayon incident <math>\;A_oI\;</math> donnant, par utilisation des lois de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de la réfraction <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réfraction"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_réflexion,_réfraction,_lois_de_Descartes#Deuxième_loi_de_Snell-Descartes_de_la_réfraction|2^ème loi de Snell - Descartes de la réfraction]] » du chap.<math>11</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>, le rayon émergent <math>\;IA_i\;</math> <math>\big(A_i \in</math> à l'axe optique principal<math>\big)</math>, appelons <math>\;\theta_i\;</math> l'angle d'inclinaison du rayon réfracté par rapport à l'axe optique principal ; nous nous proposons de démontrer que <math>\;A_i\;</math> est indépendant du rayon incident considéré <math>\big(</math>c.-à-d. indépendant de <math>\;\theta_o\;</math> et de <math>\;\omega\big)\;</math> dans la mesure où les conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" /> <math>\big(\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et <math>\;|\omega| \ll 1\big)\;</math> sont réalisées. ==== Établissement de la relation liant θ_o, θ_i, ω, n_o et n_i ==== # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIC\;</math> établir une première relation entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;i_o\;\big(</math>angle d'incidence du rayon incident en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIC\;</math> établir une deuxième relation entre <math>\;\theta_i</math>, <math>\;i_i\;\big(</math>angle de réfraction du rayon émergent en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en utilisant la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de la réfraction <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réfraction" /> sous conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> et les deux relations précédentes, déduire la relation suivante entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;\theta_i</math>, <math>\;\omega</math>, <math>\;n_o\;</math> et <math>\;n_i\;</math> : <center> <math>\;\omega = \dfrac{n_o\; \theta_o - n_i\; \theta_i}{n_o - n_i}\;\;(\mathfrak{a})\;</math>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Dans le triangle <math>\;A_oIC</math>, <math>\;\omega = \theta_o + (-i_o)\;</math> <ref name="relation dans un triangle" /> <ref> On remarque, sur le schéma, que <math>\;\omega\;</math> et <math>\;\theta_o\;</math> sont positifs mais <math>\;i_o\;</math> étant négatif, sa valeur absolue s'écrit <math>\;(-i_o)</math>.</ref> et <br>{{Al|5}}dans le triangle <math>\;A_iIC</math>, <math>\;-i_i = \omega - \theta_i\;</math> <ref name="relation dans un triangle" /> <ref> On remarque, sur le schéma, que <math>\;\omega\;</math> est positif mais <math>\;i_i\;</math> et et <math>\;\theta_i\;</math> étant négatifs, leur valeur absolue s'écrit <math>\;(-i_i)\;</math> et <math>\;(-\theta_i)</math>.</ref> ou, <br>{{Al|5}}en utilisation la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> pour la réfraction <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réfraction" /> et, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle d'incidence (et donc aussi de l'angle de réfraction en valeur absolue) <math>\;n_o\, i_0 = n_i\, i_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;i_i = \dfrac{n_o}{n_i}\, i_o</math>, la relation ci-dessus se réécrit <math>\; -\dfrac{n_o}{n_i}\, i_o = \omega - \theta_i</math> ; <br>{{Al|5}}on élimine alors <math>\;i_o\;</math> entre ces deux relations en formant la C.L. <math>\;\dfrac{n_o}{n_i}\; (\mathfrak{1}) + (\mathfrak{2})\;</math> soit : <math>\;\dfrac{n_o}{n_i}\; \omega = \dfrac{n_o}{n_i}\; \theta_o + \omega - \theta_i\;</math> ou <math>\;n_o\,\omega = n_o\, \theta_o + n_i\, \omega - n_i\, \theta_i\;</math> soit enfin, la relation <math>\;(\mathfrak{a}) \qquad \omega = \dfrac{n_o\, \theta_o - n_i\, \theta_i}{n_o - n_i}</math>.}} ==== Évaluation des angles θ_o, θ_i et ω en fonction des abscisses de A_o, A_i et C repérées relativement à H ==== {{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> et des conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" />, montrer que le rayon réfracté est aussi peu incliné relativement à l'axe optique principal c.-à-d. <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>. # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_o}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\theta_o</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\theta_i)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_i}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\theta_i</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\omega)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HC}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\omega</math>, # déduire des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math>, un lien entre <math>\;\overline{HA_o}</math>, <math>\;\overline{HA_i}\;</math> et <math>\;\overline{HC}\;</math> <math>\;\big[</math>relation <math>\;(\mathfrak{b})\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> écrite sous la forme <math>\;\theta_i = \dfrac{n_o}{n_i}\, \theta_o - \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, \omega\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;|\theta_i| \leqslant \dfrac{n_o}{n_i}\, |\theta_o| + \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, |\omega|\;</math> et des conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" /> <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}|\theta_o| \ll 1\\ |\omega| \ll 1 \end{array}\right\rbrace\;</math> dont on déduit <math>\;\dfrac{n_o}{n_i}\, |\theta_o| + \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, |\omega| \ll 1\;</math> d'où <math>\;|\theta_i| \leqslant \dfrac{n_o}{n_i}\, |\theta_o| + \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, |\omega| \ll 1\;</math> c.-à-d. que le rayon réfracté est aussi peu incliné relativement à l'axe optique principal. # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH</math>, <math>\;\tan(\theta_o) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HA_o}}\;</math> car sur le schéma <math>\;\theta_o > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_o) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_o} < 0\;</math> ou, <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_o) \simeq \theta_o\;</math> on en déduit <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_o}}</math> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH</math>, <math>\;\tan(\theta_i) = -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}}\;</math> car sur le schéma <math>\;\theta_i < 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_i) < 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_i} > 0\;</math> ou, <math>\;|\theta_i| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_i) \simeq \theta_i\;</math> on en déduit <math>\;\theta_i \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}}</math> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH</math>, <math>\;\tan(\omega) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HC}_\rightarrow}\;</math> car sur le schéma <math>\;\omega > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\omega) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HC} < 0\;</math> ou, <math>\;|\omega| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\omega) \simeq \omega\;</math> on en déduit <math>\;\omega \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HC}}</math> ; # des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> réécrite selon <math>\;(n_o - n_i)\, \omega = n_o\,\theta_o - n_i\, \theta_i</math>, on en déduit <math>\;\dfrac{-(n_o - n_i)\, \overline{HI}}{\overline{HC}} =</math> <math>\dfrac{n_i\, \overline{HI}}{\overline{HA_i}} - \dfrac{n_o\, \overline{HI}}{\overline{HA_o}}\;</math> ou, en simplifiant par <math>\;\overline{HI}</math>, on obtient la relation <math>\;(\mathfrak{b})\qquad \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{HC}} = \dfrac{n_i}{\overline{HA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{HA_o}}</math>.}} ==== Établissement de la confusion de H et de S à l'ordre un en ω ==== {{Al|5}}Établir que <math>\;H\;</math> <ref name="définition de H" /> peut être confondu avec le sommet <math>\;S\;</math> du miroir à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> <ref name="H et S confondus" /> et {{Al|5}}réécrire que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> en tenant compte de cette confusion. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Montrons que <math>\;H\;</math> peut être confondu avec <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> <ref name="ω infiniment petit d'ordre un" />, en évaluant <math>\;[CH]\;</math> puis <math>\;[HS] = [CS] - [CH]\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega</math>, on obtient : <math>\;[CH] = [CI]\, \cos(\omega) = R\, \cos(\omega) \simeq R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math> <math>\big(</math>revoir la remarque du paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable_au_voisinage_d'une_de_ses_valeurs#D.C3.A9veloppements_limit.C3.A9s_.C3.A0_l.27ordre_un_de_quelques_fonctions_usuelles|D.L. à l'ordre un de quelques fonctions usuelles]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « Outils mathématiques pour la physique (PCSI) »<math>\big)\;</math> d'où <math>\;[HS] = [CS] - [CH] \simeq R - R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega</math>, soit encore <math>\;[HS] \simeq R \dfrac{\omega^2}{2}\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math> ou finalement <center><math>\;[HS] \simeq 0\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega</math> ;</center> {{Al|5}}remplaçant <math>\;H\;</math> par <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{b})</math>, on peut, sous les conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" />, la réécrire selon <center><math>\;(\mathfrak{b})\; \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{SC}} = \dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}}\;</math> <ref> Sous cette forme la relation nécessite que le point objet <math>\;A_o\;</math> soit <math>\;\neq S\;</math> sommet du dioptre.</ref>.</center>}} ==== Conclusion : stigmatisme approché du dioptre sphérique (concave convergent) pour le point objet A_o et relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) ==== {{Al|5}}Vérifier que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> définit, pour un point objet <math>\;A_o\;</math> quelconque, un point image unique <math>\;A_i\;</math> et en déduire le stigmatisme approché du dioptre sphérique <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour le point objet <math>\;A_o</math> ; {{Al|5}}la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> pouvant être écrite selon <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}} = V\;</math> <ref name="indépendance de la nature dioptre"> Nous admettrons que cette relation (ou propriété) établie dans le cas d'un dioptre sphérique concave convergent est encore applicable, sans modification, à un dioptre sphérique concave divergent ou à un dioptre sphérique convexe convergent ou divergent.</ref> où <math>\;V\;</math> est une constante appelée « vergence » du dioptre sphérique exprimée en dioptries <math>\big(</math>de symbole <math>\;\delta\big)\;</math> dans la mesure où les abscisses le sont en <math>\;m\;\big(</math>la dioptrie étant liée au mètre par <math>\;1\, \delta = 1\,m^{-1}\big)</math>, exprimer <math>\;V\;</math> en fonction de <math>\;\overline{R} = \overline{SC}</math>, <math>\;n_o\;</math> et <math>\;n_i</math>. {{Al|5}}Par la suite notant l'abscisse de Descartes <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math><ref> Pour le repérage de Descartes dans un dioptre sphérique concave ou convexe, convergent ou divergent, il y a deux origines utilisées : l'origine au sommet qui est la plus fréquemment utilisée et l'origine au centre qui l'est beaucoup moins.</ref> du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Par la suite notant l'abscisse de Descartes <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>avec origine au sommet<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> }}celle du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}</math>, <br>{{Al|5}}la relation de conjugaison (approchée) de position [ou 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée)] de Descartes d'un dioptre sphérique se réécrit <center><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> établit le stigmatisme approché du dioptre sphérique <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour tout point objet <math>\;A_o\;</math> autre que <math>\;C\;</math> et <math>\;S\;</math> puisque, pour un point objet <math>\;A_o\;</math> fixé, le point image <math>\;A_i\;</math> est déterminé de façon unique <math>\big(</math>indépendamment des variations des petits angles <math>\;\theta_o\;</math> et <math>\;\omega\big)</math>. {{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> peut effectivement être écrite sous la forme <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}} = V\;</math> où <math>\;V\;</math> est une constante définissant la vergence du dioptre sphérique selon <center><math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{SC}} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> avec <math>\;\overline{R} = \overline{SC}\;</math> rayon algébrisé du dioptre.</center> {{Al|5}}Avec les abscisses de Descartes (avec origine au sommet) du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> et du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}</math>, la relation de conjugaison (approchée) de position [ou 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée)] de Descartes du dioptre sphérique se réécrit <center><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math>.</center>}} === Points pour lesquels la conjugaison du dioptre sphérique est rigoureuse et points doubles === {{Al|5}}Vérifier, par construction et pour une direction d'axe optique principal préalablement fixée, que le centre <math>\;C\;</math> et le sommet <math>\;S\;</math> <ref name="Définition sommet" /> du dioptre sont des points * pour lesquels le dioptre est stigmatique rigoureux et * dont l'image est confondue avec l'objet (c.-à-d. que ce sont des points doubles). {{Al|5}}Justifier la raison pour laquelle la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) est applicable à <math>\;C</math>, centre du dioptre, bien que la conjugaison soit rigoureuse ; {{Al|5}}vérifier, en utilisant cette relation, que <math>\;C\;</math> est effectivement un point double. {{Al|5}}Admettant que la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) reste applicable à <math>\;S</math>, sommet du dioptre, pour lequel il y a conjugaison rigoureuse <math>\big[</math>mais évidemment pas sous cette forme qui est indéterminée quand on l'applique à <math>\;S</math>, son abscisse objet <math>\;p_o\;</math> y étant nulle<math>\big]</math>, évaluer <math>\;p_i\;</math> en fonction de <math>\;p_o\;</math> et de <math>\;V\;</math> et vérifier, sur cette dernière forme, * que <math>\;S\;</math> est effectivement un point double et * qu'il n'y a pas d'autres points doubles que <math>\;S\;</math> et <math>\;C</math>. {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - points doubles.jpg|thumb|Schémas de vérification du fait que, pour C et S, le dioptre sphérique (concave convergent) est stigmatique rigoureux et que ce sont des points doubles]] {{Al|5}}Voir ci-contre les constructions prouvant les propriétés particulières d'un point objet en <math>\;C\;</math> ou <math>\;S\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent <ref name="indépendance de la nature dioptre"/> : * à gauche tout rayon d'un faisceau incident issu du centre <math>\;C\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent étant normal au dioptre poursuit son chemin sans changer de direction, donnant un ensemble de rayons transmis divergeant à partir d'un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, c.-à-d. prouvant que le dioptre sphérique est stigmatique rigoureux pour son centre ; de plus le point image de <math>\;C\;</math> étant <math>\;C\;</math> lui-même, ce dernier est un point double ; * à droite tout rayon d'un faisceau incident convergeant sur le sommet <math>\;S\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent se réfractant à partir du point d'incidence <math>\;S\;</math> lui-même <ref> En suivant une direction plus rapprochée de l'axe optique principal que ne l'est celle du rayon incident.</ref> et l'ensemble des rayons réfractés divergeant à partir d'un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, cela prouve le stigmatisme rigoureux du dioptre sphérique pour son sommet <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> ; de plus le point image de <math>\;S\;</math> étant <math>\;S\;</math> lui-même, ce dernier est un point double. {{Al|5}}Pour appliquer la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) à <math>\;C</math>, centre du dioptre, bien que la conjugaison soit rigoureuse, il suffit de ne considérer que les rayons paraxiaux du faisceau incident issu de <math>\;C\;</math> et d'ouverture quelconque <ref> Le fait que les autres rayons divergent également à partir de <math>\;C\;</math> ne modifient en rien la divergence des rayons transmis provenant de rayons incidents paraxiaux.</ref>, condition d'applicabilité de la relation de conjugaison de position de Descartes ; {{Al|5}}dans ce cas, si on appelle <math>\;C_i</math>, d'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(C_i) = \overline{SC_i}</math>, l'image du point objet <math>\;C</math>, d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(C) = \overline{SC} = \overline{R}</math>, nous obtenons, en remplaçant <math>\;V\;</math> par <math>\;\dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}</math>, <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(C_i)} - \dfrac{n_o}{\overline{R}} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(C_i)} = \dfrac{n_i}{\overline{R}}\;</math> ou <math>\;p_i(C_i) = \overline{R} = \overline{SC}</math> prouvant que <math>\;C_i\;</math> se confond avec <math>\;C\;</math> et par suite que <math>\;C\;</math> est un point double. <center>De <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math> on tire <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} = \dfrac{n_o}{p_o} + V = \dfrac{n_o + V\, p_o}{p_o}\;</math> soit <math>\;p_i = n_i\, \dfrac{p_o}{n_o + V\, p_o}</math> ;</center> {{Al|5}}sous cette forme on vérifie qu'un point objet en <math>\;S</math>, d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(S) = 0\;</math> a une image d'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i = 0</math>, c.-à-d. une image confondue avec <math>\;S\;</math> prouvant que <math>\;S\;</math> est bien un point double ; {{Al|5}}les points doubles <math>\;A_d\;</math> d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_d\;</math> étant tels que leurs abscisses images de Descartes (avec origine au sommet) s'écrivant <math>\;p_i(A_d) = \overline{SA_d} = p_d\;</math> avec <math>\;p_i(A_d) = n_i\, \dfrac{p_d}{n_o + V\, p_d}\;</math> obéissent à l'équation <math>\;p_d = n_i\, \dfrac{p_d}{n_o + V\, p_d}\;</math> qui se décompose en <math>\;\left\lbrace\begin{array}{c}p_d = 0\;\;\; \text{ou}\\ n_o + V\, p_d = n_i\end{array}\right\rbrace</math>, la 1{{ère}} solution donnant <math>\;S\;</math> point double et la 2{{ème}} équation conduisant à <math>\;p_d = \dfrac{n_i - n_o}{V} = \overline{R}\;</math> c.-à-d. <math>\;C\;</math> point double ; <center>le centre et le sommet d'un dioptre sphérique sont donc les seuls points doubles de ce dernier.</center>}} === Caractère focal d'un dioptre sphérique, position des foyers principaux objet et image, lien de la vergence et des distances focales objet et image, signe de la vergence === ==== Caractère focal d'un dioptre sphérique, définition des foyers principaux objet et image, lien de la vergence avec les distances focales objet et image ==== {{Al|5}}Vérifier, sur la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes d'un dioptre sphérique, que ce dernier est nécessairement « focal » <ref name="définition focal" /> puis déterminer * la position du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> c.-à-d. le point objet de l'axe optique principal ayant pour image le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;F_o\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; A_{i,\,\infty}\big]\;</math> et * la position du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> c.-à-d. le point image de l'axe optique principal ayant pour antécédent <ref name="Antécédent" /> le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;A_{o,\,\infty}\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; F_i\big]</math>. {{Al|5}}Définissant * la distance focale objet comme l'abscisse objet de Descartes du foyer principal objet (avec origine au sommet) soit <math>\;f_o = \overline{SF_o}\;</math> et * la distance focale image comme l'abscisse image de Descartes du foyer principal image (avec origine au sommet) soit <math>\;f_i = \overline{SF_i}\;</math>, {{Al|5}}déterminer le lien entre vergence <math>\;V</math>, distance focale objet <math>\;f_o</math>, distance focale image <math>\;f_i</math>, indice espace objet <math>\;n_o\;</math> et indice espace image <math>\,n_i</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Un dioptre sphérique est un « système focal », en effet pour qu'il soit « afocal », il faudrait que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, mais ayant établi que les seuls points doubles du dioptre sphérique sont <math>\;C\;</math> et <math>\;S</math>, et non le point à l'infini de l'axe optique principal on en déduit que le dioptre sphérique est bien un « système focal ». * Le foyer principal image <math>\;F_i</math>, repéré par l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(F_i) = \overline{SF_i}\;</math> étant l'image du point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(A_{o,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{n_o}{p_o(A_{o,\, \infty})} = 0</math>, on en déduit <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(F_i)} - 0 = V\;</math> soit <math>\;\overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math>. * Le foyer principal objet <math>\;F_o</math>, repéré par l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(F_o) = \overline{SF_o}\;</math> étant l'antécédent <ref name ="Antécédent"/> du point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(A_{i,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(A_{i,\, \infty})} = 0</math>, on en déduit <math>\;0 - \dfrac{n_o}{p_o(F_o)} = V\;</math> soit <math>\;\overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math>. <center><u>Notion de distances focales objet et image</u> :</center> * la distance focale image <math>\;f_i\;</math> étant définie par <math>\;f_i = \overline{SF_i}\;</math> est liée à la vergence par <math>\;f_i = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math> ; * la distance focale objet <math>\;f_o\;</math> étant définie par <math>\;f_o = \overline{SF_o}\;</math> est liée à la vergence par <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math> ; <center>on en déduit la relation <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}\;</math> <ref> Cette relation découle de la 1{{ère}} relation de conjugaison de position de Descartes du dioptre sphérique appliquée aux couples de points conjugués <math>\;(A_{o,\, \infty}\, , \,F_i)\;</math> et <math>\;(F_o\, , \,A_{i,\, \infty})</math>.</ref>.</center>}} ==== Signe de la vergence suivant la nature concave ou convexe du dioptre sphérique et de l'indice de l'espace objet comparé à celui de l'espace image, caractère convergent ou divergent du dioptre et nature réelle ou virtuelle des foyers principaux ==== {{Al|5}}Déterminer le signe de la vergence suivant la nature « concave » ou « convexe » du dioptre sphérique et du signe de <math>\;n_o - n_i\;</math> puis {{Al|5}}son caractère « convergent » ou « divergent » sachant qu'un système focal à « vergence positive » (respectivement « négative ») est dit « convergent » (respectivement « divergent ») et enfin {{Al|5}}la nature « réelle » ou « virtuelle » des foyers principaux. {{Al|5}}Pour terminer, on précisera, dans chacun des quatre cas possibles, les positions absolues des foyers principaux objet et image relativement au centre et au sommet du dioptre considéré. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> on en déduit que la vergence <math>\;V\;</math> est * de signe contraire au rayon de courbure algébrisé du dioptre si la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent <math>\;\big(n_o > n_i\big)</math>, * de même signe que le rayon de courbure algébrisé du dioptre si la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent <math>\;\big(n_o < n_i\big)</math> ; {{Al|5}}on en déduit les quatre possibilités suivant la nature du dioptre sphérique et le signe de <math>\;n_o - n_i</math> : * un dioptre sphérique <u>concave</u> ayant un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC} < 0\;</math> <ref name="nature de C dioptre"> Correspondant au caractère réel (resp. virtuel) du centre <math>\;C\;</math> d'un dioptre sphérique concave (resp. convexe).</ref>, a <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V > 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet eau, espace image air<math>\big)\;</math> c'est alors un système « <u>convergent</u> » et <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V < 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet air, espace image eau<math>\big)\;</math> c'est alors un système « <u>divergent</u> », * un dioptre sphérique <u>convexe</u> a un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC} > 0\;</math> <ref name="nature de C dioptre" />, a <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V < 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet eau, espace image air<math>\big)\;</math> c'est alors un système « <u>divergent</u> » et <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V > 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet air, espace image eau<math>\big)\;</math> c'est alors un système « <u>convergent</u> ». {{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}\;</math> on en déduit la nature (réelle ou virtuelle) des foyers principaux objet et image suivant la nature (convergente ou divergente) du dioptre sphérique : * pour un dioptre sphérique <u>concave convergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image"> La lumière passant d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent on a <math>\;n_o > n_i</math>.</ref> est <math>\;> 0\;</math> entraînant le caractère <u>réel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image" /> étant <math>\;< 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>réel</u>, * pour un dioptre sphérique <u>concave divergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image"> La lumière passant d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent on a <math>\;n_o < n_i</math>.</ref> est <math>\;< 0\;</math> entraînant le caractère <u>virtuel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image" /> étant <math>\;> 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>virtuel</u>, * pour un dioptre sphérique <u>convexe divergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image" /> est <math>\;< 0\;</math> entraînant le caractère <u>virtuel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image" /> étant <math>\;> 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>virtuel</u>, * pour un dioptre sphérique <u>convexe convergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image" /> est <math>\;> 0\;</math> entraînant le caractère <u>réel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image" /> étant <math>\;< 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>réel</u>. {{Al|5}}<u>Remarques</u> : Les distances focales objet et image étant, dans les quatre cas possibles, de signe contraire, les foyers principaux objet et image sont situés de part et d'autre de la surface dioptrique dans chacun des cas ; {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}pour un dioptre sphérique pour lequel la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent, <math>\;n_o\;</math> étant <math>\;>\;</math> à <math>\;n_i</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est situé à une distance <math>\;|f_o| = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> et le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> à une distance <math>\;|f_i| = \dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> avec <math>\;|f_i| < |f_o|\;</math> <math>\Rightarrow</math> le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est plus éloigné du sommet <math>\;S\;</math> que le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> <ref> Avec, pour un dioptre concave, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet réel (c.-à-d. usuellement à gauche) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image réelle (c.-à-d. usuellement à droite),<br><span style="color:#ffffff;"><small>....</small>Avec, </span>pour un dioptre convexe, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet virtuel (c.-à-d. usuellement à droite) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image virtuelle (c.-à-d. usuellement à gauche).</ref> ; {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}pour un dioptre sphérique pour lequel la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent, <math>\;n_o\;</math> étant <math>\;<\;</math> à <math>\;n_i</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est situé à une distance <math>\;|f_o| = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> et le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> à une distance <math>\;|f_i| = \dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> avec <math>\;|f_i| > |f_o|\;</math> <math>\Rightarrow</math> le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est moins éloigné du sommet <math>\;S\;</math> que le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> <ref> Avec, pour un dioptre concave, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet virtuel (c.-à-d. usuellement à droite) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image virtuelle (c.-à-d. usuellement à gauche),<br><span style="color:#ffffff;"><small>....</small>Avec, </span>pour un dioptre convexe, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet réel (c.-à-d. usuellement à gauche) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image réelle (c.-à-d. usuellement à droite).</ref>.}} === Aplanétisme approché d'un dioptre sphérique sous conditions de Gauss === {{Al|5}}Soit le dioptre sphérique concave convergent introduit à la 1{{ère}} question et un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o \neq C\;</math> <ref name="support axe optique principal" /> tel qu'il y ait stigmatisme approché du dioptre <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour tous les points <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> C.-à-d. que, pour un point quelconque <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o</math>, avec la définition de l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <math>\big(</math>cet axe jouant le rôle d'axe optique principal pour le point objet <math>\;M_o\;</math> est qualifié de secondaire relativement au point objet <math>\;A_o\big)</math>, les rayons incidents issus de <math>\;M_o\;</math> doivent être paraxiaux <math>\big[</math>peu inclinés relativement à l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> et à point d'incidence restant proche du sommet secondaire <math>\;S_{M_o}</math>, intersection de l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> avec le dioptre<math>\big]</math>.</ref> ; <br>{{Al|5}}cette dernière condition entraîne que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> admet une image « nette » <math>\;A_iB_i\;</math> <ref name="Nette" /> mais a priori cette image n'est <math>-</math> hors conditions de Gauss d'aplanétisme approché <math>-</math> ni « linéique » <ref name="Linéique" /> ni « transverse » ; {{Al|5}}Supposant que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> est, * quand l'objet n'est pas proche du dioptre, vu du sommet <math>\;S\;</math> du dioptre sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} S\big)\;</math> et * quand l'objet est proche du dioptre, vu du centre <math>\;C\;</math> du dioptre sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq S\big)</math>, {{Al|5}}ces deux conditions sont une première façon de définir les conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> pour un objet linéique transverse quelconque <ref> C'est cette façon qui a été vue en cours, <math>\;S\;</math> étant en effet le point de l'axe optique principal appartenant à la face d'entrée du dioptre.</ref>. {{Al|5}}Il existe une deuxième façon équivalente de définir les conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> pour un objet linéique transverse quelconque <math>\;A_oB_o\;</math> <ref name="façon plus simple" /> : * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> n'est pas proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre, l'objet doit être vu du centre <math>\;C\;</math> sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)\;</math> et * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math>, l'objet doit être vu du sommet <math>\;S\;</math> du dioptre sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq C\big)</math>. ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un dioptre sphérique concave convergent pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du dioptre et vu de ce centre sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant d'abord supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\alpha</math>, sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, l'angle <math>\;\beta</math> sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, n'étant pas nécessairement petit, la démarche pour établir l'aplanétisme du dioptre pour un tel objet est rendue plus aisée si on a établi auparavant la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Relation_de_conjugaison_de_position_.28ou_1.C3.A8re_relation_de_conjugaison.29_de_Descartes_.28avec_origine_au_centre.29|relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre)]] <ref name="méthode moins aisée" /> <center><math>\;\dfrac{n_o}{\overline{CA_i}} - \dfrac{n_i}{\overline{CA_o}} = V\;</math> où <math>\;V\;</math> est la vergence précédemment introduite :</center> {{Al|5}}la démarche peut alors être décomposée en les étapes suivantes : * montrer qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * en utilisant la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre), montrer alors que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et vérifier que l'angle au centre associé est encore <math>\;\alpha</math>, * conclure qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'image <math>\;A_iB_i\;</math> peut être confondue avec un segment perpendiculaire à l'axe optique principal c.-à-d. qu'elle est linéique transverse <ref> Nous aurons donc établi qu'il y a aplanétisme approché du dioptre sphérique pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du dioptre à condition qu'il soit vu de ce centre sous un petit angle.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq}\; C\big)</math>, avec l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, * le caractère transverse de l'objet linéique <math>\Rightarrow</math> la longueur <math>\;[CB_o]\;</math> est plus grande que la longueur <math>\;[CA_o]\;</math> <ref name="définition des côtés triangle rectangle" />, soit plus précisément <math>\;[CA_o] =</math> <math>[CB_o]\, \cos(\alpha) \simeq [CB_o] \left( 1 - \dfrac{\alpha^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\alpha\;</math> <ref name="DL du cosinus à l'ordre deux" /> ou finalement <math>\;[CA_o] \simeq [CB_o]\;</math> à l'ordre un en <math>\;\alpha\;</math> prouvant, qu'à cet ordre, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * tous les points objets <math>\;M_o\;</math> de l'arc de cercle <math>\;A_oB_o\;</math> de centre <math>\;C\;</math> ayant une abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <ref name="axe optique secondaire" />, l'application de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au centre) donne donc des points images <math>\;M_i\;</math> à abscisse image de Descartes (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)</math>, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est assimilable, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, à un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math>, * l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'arc de cercle <math>\;A_iB_i\;</math> est vu du centre <math>\;C\;</math> étant petit, on peut faire l'opération inverse de celle faite au premier paragraphe, c.-à-d. assimiler l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> à un segment choisi perpendiculaire à l'axe optique principal de support <math>\;(CA_i)\;</math> <ref name="justification choix" />, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, linéique transverse ; <center>l'<u>aplanétisme approché du dioptre sphérique</u> (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> a donc été établi <u>pour tout objet linéique de pied non proche du centre du dioptre</u>.</center>}} ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un dioptre sphérique concave convergent pour un objet linéique transverse de pied proche du centre du dioptre et vu du sommet de ce dernier sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> étant maintenant supposé proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\beta</math>, sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)</math> ; la démarche pour établir l'aplanétisme du miroir pour un tel objet nécessite l'utilisation de deux rayons paraxiaux issus de <math>\;M_o</math>, point objet quelconque de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> Le caractère paraxial étant indispensable pour satisfaire au stigmatisme approché du dioptre pour le point objet <math>\;M_o</math>, tous les rayons non paraxiaux issus de <math>\;M_o\;</math> seront arrêtés par un diaphragme centré sur <math>\;S</math> ;<br>{{Al|3}}on vérifie aisément que les rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> sont deux candidats respectant la paraxialité, par contre le rayon incident <math>\;M_oC\;</math> pouvant ne pas l'être car <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math> <math>\big(</math>et si tel était le cas il serait alors arrêté par le diaphragme centré en <math>\;S\big)</math>, nous ne l'utiliserons pas.</ref> et de montrer que le point image <math>\;M_i</math>, défini comme l'intersection des deux rayons réfractés, a pour projeté, sur l'axe optique principal, le point image <math>\;A_i</math> : * déterminer l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;p_i\;</math> en fonction de la distance focale image <math>\;f_i\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * déterminer la longueur algébrique <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> en fonction de <math>\;\beta\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * travaillant dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> <ref> L'axe <math>\;\overrightarrow{Sx}\;</math> étant porté par l'axe optique principal et l'axe <math>\;\overrightarrow{Sy}\;</math> étant porté par la représentation symbolique du dioptre orienté vers le haut, l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> étant lui aussi orienté vers le haut.</ref> déterminer l'équation des rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> <ref name="définition ε" />, * travaillant dans le même repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> déterminer les équations des rayons réfractés, puis leur intersection <math>\;M_i\;</math> ; * vérifier que l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal est égale à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, puis conclure à l'aplanétisme approché du dioptre sphérique (concave convergent) pour l'objet linéique <math>\;A_oB_o\;</math> de pied proche du centre du dioptre. {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - aplanétisme.jpg|thumb|Schéma positionnant un objet linéique transverse de pied proche du centre d'un dioptre sphérique concave convergent pour démontrer l'aplanétisme approché du dioptre pour cet objet <ref> Sur le schéma ci-dessus la distance focale objet vaut <math>\;\big(</math>avec <math>\;n_o \simeq 1,5\;</math> et <math>\;n_i \simeq 1,0\big)</math> <math>\;f_o = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\;\overline{R} = 3\;\overline{R} = -3\;R</math>, la distance focale image, quant à elle, valant <math>\;f_i = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\;\overline{R} = -2\;\overline{R} = 2\;R</math>.</ref>]] {{Al|5}}Soit <math>\;A_oB_o\;</math> un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o</math>, proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre sphérique concave convergent <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, vu du sommet <math>\;S\;</math> de ce dernier sous un angle <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)\;</math> correspondant à la condition de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> précitée ; # on détermine d'abord <math>\;p_i = \overline{SA_i}</math>, l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, image du point objet <math>\;A_o\;</math> d'abscisse objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}</math>, par utilisation de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes du dioptre sphérique (avec origine au sommet) de vergence <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i}</math>, <math>\;f_i = \overline{SF_i}\;</math> étant la distance focale image du dioptre d'où : <center><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = \dfrac{n_i}{f_i} \Rightarrow \dfrac{1}{p_i} = \dfrac{n_o}{n_i\, p_o} + \dfrac{1}{f_i} = \dfrac{n_o\, f_i + n_i\, p_o}{n_i\, p_o\, f_i}\;</math> soit <math>\;p_i = p_o\, \dfrac{n_i\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}</math>.</center> # <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> <math>\;> 0\;</math> avec <math>\;\beta\;</math> non algébrisé <math>\;\ll 1</math>, on en déduit <math>\;\tan(\beta) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{p_o}\;</math> avec <math>\;\tan(\beta) \simeq \beta\;</math> d'où <center><math>\;\overline{A_oB_o} \simeq -\beta\; p_o</math> ;</center> # dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})</math>, le rayon incident <math>\;M_oS\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = \varepsilon\, \overline{A_oB_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_S}{x_{M_o} - x_S} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o} = -\varepsilon\, \beta\;</math> a pour équation <math>\;y - y_S = -\varepsilon\, \beta \left( x - x_S \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = -\varepsilon\, \beta\, x\;</math> <ref name="vérification signes" />,</center> {{Transparent|dans le repère orthonormé <math>\;\color{transparent}{(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, }}le rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> et passant par le foyer principal objet du dioptre sphérique <math>\;F_o\;</math> de coordonnées <math>\;\left(x_{F_o} = f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\,f_i\, , \, y_{F_o} = 0\right)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_{F_o}}{x_{M_o} - x_{F_o}} =</math> <math>\dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + \dfrac{n_o}{n_i}\,f_i} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\,f_i}\;</math> a pour équation <math>\;y - y_{F_o} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} \left( x - x_{F_o} \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} \left( x + \dfrac{n_o}{n_i}\,f_i \right)</math> ;</center> # dans le même repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> le rayon réfracté sur le dioptre du rayon incident <math>\;M_oS\;</math> étant de direction déterminée par la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de la réfraction <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réfraction" /> (écrite pour de petits angles) est de pente <math>\;-\dfrac{n_o}{n_i}\,\varepsilon\, \beta\;</math> <ref> En effet le rayon réfracté de pente égale à la tangente de l'angle de réfraction c.-à-d. encore égale à l'angle de réfraction <math>\;i_i\;</math> et le rayon incident étant de pente égale à la tangente de l'angle d'incidence c.-à-d. encore égale à l'angle d'incidence <math>\;i_o</math>, l'utilisation de la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes de la réfraction (écrite pour de petits angles) conduisant à <math>\;n_i\, i_i = n_o\, i_o\;</math> d'où <math>\;i_i = \dfrac{n_o}{n_i}\, i_o</math>.</ref> d'où l'équation du rayon réfracté correspondant au rayon incident <math>\;M_oS\;</math> <center><math>\;y = -\dfrac{n_o}{n_i}\,\varepsilon\, \beta\, x\;</math> <ref name="vérification signes bis" />,</center> {{Transparent|dans le repère orthonormé <math>\;\color{transparent}{(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, }}le rayon réfracté sur le dioptre du rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> étant, à partir du point d'incidence <math>\;I\;</math> sur le dioptre, <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, son équation nécessite de déterminer au préalable l'ordonnée de <math>\;I\;</math> par <math>\;x_{I} = 0\;</math> dans l'équation du rayon incident soit <math>\;y(I) = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} \left[ x_I + \dfrac{n_o}{n_i}\,f_i \right) = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_o\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}\;</math> d'où l'équation du rayon réfracté correspondant au rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_o\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}</math> ;</center> {{Al|5}}l'intersection <math>\;M_i\;</math> de ces deux rayons réfractés a pour abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_o\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} = -\dfrac{n_o}{n_i}\,\varepsilon\, \beta\, x_{M_i}\;</math> soit <center><math>\;x_{M_i} = \dfrac{n_i\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}\;</math> identique à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du point image <math>\;A_i</math> ;</center> # l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal étant égale à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, on conclut à l'<u>aplanétisme approché du dioptre sphérique</u> (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <u>pour tout objet linéique</u> <math>\;A_oB_o\;</math> <u>de pied proche du centre du dioptre</u>.}} ==== Relation de conjugaison (approchée) de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) ==== {{Al|5}}Dès lors qu'un dioptre sphérique est utilisée sous conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme et d'aplanétisme approchés <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" />{{,}} <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" />, l'usage est de représenter ce dioptre sous une forme symbolique dans laquelle figurent l'axe optique principal, le centre <math>\;C</math>, les foyers principaux objet <math>\;F_o\;</math> et image <math>\;F_i</math>, le sommet <math>\;S\;</math> et la partie de dioptre perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal <ref> Cette partie de dioptre perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal est terminée par des bords inclinés vers la droite pour un dioptre convergent et vers la gauche pour un dioptre divergent.</ref> <center>voir ci-dessous en 1{{ère}} ligne les quatre types de dioptres sphériques et en 2{{ème}} ligne leur représentation symbolique <ref name="Foyers à ajouter" />. <gallery> Dioptre sphérique concave verre - air.jpg| Dioptre sphérique concave air - verre.jpg| Dioptre sphérique convexe verre - air.jpg| Dioptre sphérique convexe air - verre.jpg| </gallery> <gallery> Dioptre sphérique concave convergent - symbole.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique concave convergent Dioptre sphérique concave divergent - symbole.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique concave divergent Dioptre sphérique convexe divergent.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique convexe divergent Dioptre sphérique convexe convergent.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique convexe convergent </gallery> </center> [[File:Dioptre sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes avec origine en S pour un dioptre sphérique concave convergent]] {{Al|5}}Sur le schéma ci-contre on a construit l'image linéique transverse <math>\;A_iB_i\;</math> d'un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> <math>\;\neq S\;</math> et <math>\;\neq C\;</math> en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, l'un passant que le centre <math>\;C\;</math> du dioptre et qui poursuit dans l'espace image réel sans être dévié <ref> En effet le rayon émergent doit être issu du point d'incidence <math>\;I\;</math> du rayon incident et passer par l'image de <math>\;C\;</math> par le dioptre c.-à-d. <math>\;C\;</math> lui-même.</ref>, l'autre passant par le sommet <math>\;S\;</math> du dioptre et qui se réfracte en obéissant à la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" />{{,}} <ref> Attention le sommet <math>\;S\;</math> du dioptre est le seul point d'incidence en lequel on peut appliquer la 2{{ème}} loi de Snell - Descartes en travaillant sur la représentation symbolique du dioptre car c'est le seul point pour lequel la direction de cette représentation symbolique se confond avec la direction réelle du dioptre <math>\big(</math>autrement dit c'est le seul point où la normale réelle est perpendiculaire à la représentation symbolique, par exemple le rayon incident <math>\;B_oC\;</math> qui se confond avec la normale réelle du dioptre en <math>\;I\;</math> n'est pas perpendiculaire à la représentation symbolique du dioptre en <math>\;I\big)</math>.</ref>, le point d'intersection de ces deux rayons émergents étant le point de convergence <math>\;B_i\;</math> de tous les rayons réfractés correspondant à tous les rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> sous conditions de Gauss <ref name="Gauss" />{{,}} <ref> Car le dioptre est stigmatique approché pour <math>\;B_o</math>.</ref> et <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal <ref> Car le dioptre est aplanétique approché pour <math>\;A_oB_o</math>.</ref>. {{Al|5}}En comparant les triangles rectangles <math>\;A_iB_iS\;</math> et <math>\;A_oB_oS</math>, déterminer le grandissement transverse par le dioptre de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}\\ p_i = \overline{SA_i} \end{array}\right\rbrace</math> ; <center>cette relation définit la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour tout objet linéique transverse de pied <math>\;A_o \neq S\;</math> <ref name="forme indéterminée" />, elle caractérise quantitativement la propriété d'aplanétisme approché du miroir sphérique pour l'objet linéique transverse de pied <math>\;A_o\;</math> <ref name="indépendance de la nature dioptre" />.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons émergents correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;C\;</math> qui est transmis sans déviation et le 2{{ème}} de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfracte en <math>\;S\;</math> suivant une direction faisant l'angle <math>\;i_i\;</math> par rapport à l'axe optique principal, la direction du rayon incident, quant à elle, faisant l'angle <math>\;i_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal telle que <math>n_i\,i_i = n_o\, i_o\;</math> <ref name="relation de Kepler"> On rappelle que les angles étant petits, la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes de la réfraction se réécrit en omettant les sinus (relation approchée de Kepler).</ref> <ref> Il est déconseillé de choisir ce rayon dans les constructions futures demandées car peu pratique <math>\;\big(</math>l'angle <math>\;i_o\;</math> devant être mesuré puis l'angle <math>\;i_i\;</math> calculé et enfin reporté par rapport à l'axe optique principal<math>\big)</math> ; ici nous l'utilisons dans la démonstration d'où ce choix.</ref>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(i_o)\;</math> et <math>\;\tan(i_i)\;</math> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oS\;</math> et <math>\;A_iB_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(i_o) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}}</math>, <math>\;i_o\;</math> étant <math>\;< 0</math>, <math>\;\overline{A_oB_o} > 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o} < 0\;</math> <ref> On suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oS\;</math> puisse être défini.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;i_o \simeq \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}}</math>, * <math>\;\tan(i_i) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}}</math>, <math>\;i_i\;</math> étant <math>\;< 0</math>, <math>\;\overline{A_iB_i} < 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_i} > 0\;</math> <ref> Ayant suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> et <math>\;S\;</math> étant un point double on en déduit <math>\;A_i \neq S\;</math> ce qui définit le triangle <math>\;A_iB_iS</math>.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;i_i \simeq \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}}</math> ; {{Al|5}}écrivant la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de la réfraction <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réfraction" /> pour les petits angles <math>\;n_i\, i_i \simeq n_o\, i_o\;</math> on en déduit : <math>\;n_o\, \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}} \simeq n_i\, \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} \simeq \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\overline{SA_i}}{\overline{SA_o}}\;</math> d'où <center>la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes (avec origine au sommet)</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\overline{SA_i}}{\overline{SA_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq S\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}\\ p_i = \overline{SA_i} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;p_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;p_i = f_i\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;p_o = f_o\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = C\;</math> <ref> Le dioptre sphérique n'est stigmatique rigoureux que pour le pied <math>\;C\;</math> de l'objet linéique, pour tous les autres points objets constituant ce dernier on suppose le stigmatisme approché du dioptre c.-à-d. l'utilisation de rayons incidents issus de <math>\;M_o\; (\neq C)\; \in A_oB_o\;</math> paraxiaux <math>\big(</math>ce qui peut être réalisé en pratique avec un diaphragme centré en <math>\;S\;</math> collé contre le dioptre<math>\big)</math>.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du dioptre pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> sous lequel l'objet est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\;\big(\beta \ll 1\big)</math>, * vérifier, par construction de l'image <math>\;A_iB_i</math> et utilisation de la 2{{ème}} relation de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de réfraction <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réfraction" /> dans les conditions de Gauss <ref name="Gauss" />, qu'elle est se superpose à <math>\;A_oB_o\;</math> avec un cœfficient d'agrandissement dépendant du rapport des indices des espaces objet et image, * en déduire l'applicabilité de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = C</math>. {{Al|5}}Considérant maintenant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = S\;</math> <ref> L'objet, collé contre le dioptre sphérique, de pied <math>\;A_o = S</math>, l'axe optique principal ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, ne peut être rigoureusement linéique (c.-à-d. rectiligne) car il suit la courbure du dioptre mais, s'il est vu de <math>\;C\;</math> sous un petit angle non algébrisé <math>\;\alpha</math>, on peut confondre l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et le segment correspondant lui étant tangent à l'ordre un <math>\;\alpha</math>, raison pour laquelle l'objet est qualifié de « linéique transverse » ; <br>{{Al|3}}le dioptre sphérique est stigmatique rigoureux que pour les points de l'objet linéique car tous ces points, étant sur le dioptre, jouent le rôle de sommet (secondaire) pour lequel le dioptre est stigmatique rigoureux.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du dioptre pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'objet est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(\alpha \ll 1\big)\;</math> <ref> Qui est aussi la condition pour que l'objet collé sur le dioptre puisse être considéré comme linéique.</ref>, * vérifier que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> se superpose à <math>\;A_oB_o</math>, le caractère linéique transverse de l'objet entraînant celui de l'image et * en déduire la valeur du grandissement transverse <math>\;G_t(S)\;</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = S</math>. {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - grandissement transverse au centre.jpg|thumb|Construction de l'image d'un objet linéique transverse de pied au centre d'un dioptre sphérique concave convergent]] {{Al|5}}Le centre <math>\;C\;</math> du dioptre sphérique concave convergent ci-contre en étant un point double conjugué rigoureux, un objet linéique transverse <math>\;CB_o\;</math> a pour image, par le dioptre, une image linéique transverse de pied <math>\;C</math>, notée <math>\;CB_i</math> ; pour construire cette dernière il suffit de choisir pour rayon incident issu de <math>\;B_o</math>, le rayon passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> qui se propage dans l'espace image parallèlement à l'axe optique principal, le point image <math>\;B_i\;</math> étant alors l'intersection de ce rayon émergent avec le plan transverse passant par <math>\;C</math> ; on vérifierait graphiquement que <center> <math>\;\overline{CB_i} = \dfrac{n_o}{n_i}\, \overline{CB_o}\;</math> et par suite <math>\;G_t(C) = \dfrac{n_o}{n_i}</math> ;</center> {{Al|5}}l'application de la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au sommet) nous conduit à <math>\;G_t(C) =</math> <math>\dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\overline{SC}}{\overline{SC}}</math>, soit effectivement <math>\;G_t(C) = \dfrac{n_o}{n_i}</math>. {{Al|5}}Tous les points du dioptre sphérique étant des points doubles de ce dernier <ref> Chaque point du dioptre jouant le rôle de sommet pour l'axe optique principal passant par ce point, c'est effectivement un point double.</ref>, un objet collé sur le dioptre est donc sa propre image ; dans la mesure où l'objet est de petite taille, on peut négliger sa courbure et le considérer comme linéique transverse, son image étant alors également linéique transverse ; comme <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SA_o}\;</math> on en déduit, par définition, <math>\;G_t(S) = +1\;</math>.}} ==== Construction de l'image par un dioptre sphérique d'un objet linéique transverse ==== {{Al|5}}<u>Définitions préliminaires</u> : On appelle plan focal objet le plan transverse passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}plan focal image le plan transverse passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math> ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle axe optique secondaire tout axe passant par le centre <math>\;C</math> du dioptre, il possède une partie incidence contenue dans l'espace objet réel se prolongeant sans être dévié pour donner sa partie émergente contenue dans l'espace image réelle ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal objet et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}foyer secondaire image <math>\;\varphi_i\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal image. {{Al|5}}<u>Propriétés</u> : Justifier les propriétés des foyers secondaires objet et image associés à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : # le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour image le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)\big]</math>, # le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour antécédent le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}<u>Propriétés des foyers secondaires associés à un axe optique secondaire</u> : # foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet linéique transverse contenu dans le plan focal objet et de pied <math>\;F_o</math>, objet noté <math>\;F_o\varphi_o(\delta)</math>, <math>\;F_o\;</math> ayant pour image le point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et l'image étant linéique transverse, le point <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> a une image également située à l'infini sur l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon incident issu de <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> se prolonge dans l'espace image sans déviation, les parties incidente et émergente constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)</math>,</center> # foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet dont l'image associée est contenue dans le plan focal image et de pied <math>\;F_i</math>, image notée <math>\;F_i\varphi_i(\delta)</math>, <math>\;F_i\;</math> ayant pour antécédent le point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et le dioptre étant aplanétique, le point <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> a un antécédent également situé à l'infini sur la partie incidente de l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon émergent issu de <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> est le prolongement d'un rayon incident sans changement de direction, les parties incidente et émergente constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement<math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)</math>.</center>}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> réel, de pied <math>\;A_o\;</math> séparé du sommet <math>\;S\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent d'une distance supérieure au rayon non algébrisé du dioptre <ref> Pour la construction on prendra <math>\;n_o = 1,5\;</math> (indice du verre) et <math>\;n_i = 1,0\;</math> (indice de l'air).</ref>, construire son image <math>\;A_iB_i\;</math> par le dioptre de deux façons différentes : # en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> <math>\big[</math>choisis parmi les trois suivants : passant par <math>\;C</math>, passant par <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<math>\big]</math>, # en considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> <ref name="un seul rayon incident suffit" /> <math>\big[</math>choisi parmi les deux suivants : passant par <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\big]</math>. {{Al|5}}Refaire les constructions précédentes avec un miroir concave divergent (obtenu en permutant les espaces objet et image). {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - construction image.jpg|thumb|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave convergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal]] # En considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> choisis parmi les trois suivants (voir schéma ci-contre) : <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;C\;</math> et se prolongeant sans déviation, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;F_o\;</math> foyer principal objet et émergeant dans l'espace image parallèlement à l'axe optique principal, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal et émergeant dans l'espace image en passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;B_i\;</math> étant à l'intersection des deux rayons réfractés correspondant aux deux rayons incidents choisis, <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal. {{clr}} [[File:Dioptre sphérique concave convergent - construction image - bis.jpg|thumb|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave convergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire]] # En considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> choisis parmi les deux suivants (voir schéma ci-contre) : <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par un foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection du rayon incident et du plan focal objet<math>\big]\;</math> et émergeant parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> <math>\big[</math>c.-à-d., pour la partie incidente <math>\;C\varphi_o(\delta)</math>, la partie réfractée en étant le prolongement sans déviation<math>\big]</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à un axe optique secondaire a priori quelconque <math>\;(\delta)\;</math> et émergeant en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection de l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> et du plan focal image<math>\big]</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;A_i\;</math> étant à l'intersection d'un des rayons réfractés correspondant au rayon incident choisi et de l'axe optique principal, <math>\;B_i\;</math> s'obtenant comme intersection de l'axe optique secondaire passant par <math>\;B_o\;</math> et du plan transverse passant par <math>\;A_i</math>. {{clr}} {{Al|5}}Ci-dessous les constructions refaites sur un dioptre sphérique concave divergent, en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> à gauche puis en utilisant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> et la notion de foyers secondaires objet ou image à droite : <center> <gallery> Dioptre sphérique concave divergent - construction image.jpg|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave divergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal Dioptre sphérique concave divergent - construction image - bis.jpg|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave divergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire </gallery> </center>}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) sous conditions de Gauss === ==== Relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}On repère maintenant les points objet <math>\;A_o\;</math> et image <math>\;A_i\;</math> relativement au centre <math>\;C\;</math> du dioptre sphérique en définissant * l'abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}\;</math> et * l'abscisse image de Descartes (avec origine au centre) de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}</math> ; {{Al|5}}à partir de la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) s'écrit <center><math>\;\dfrac{n_o}{\overline{CA_i}} - \dfrac{n_i}{\overline{CA_o}} = V\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C" /> ou <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = V\;</math> avec <math>\;V\;</math> vergence du dioptre.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Descartes (origine au centre) utilisent <math>\;C\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> ou un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o} = \overline{SC} + \overline{CA_o}\;</math> ou <math>\;p_o = \overline{R} + \pi_o\;</math> et * l'abscisse image de Descartes (avec origine au centre) du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i = \overline{SA_i}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SC} + \overline{CA_i}\;</math> ou <math>\;p_i = \overline{R} + \pi_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au centre) en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes précédemment définis, dans la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = \dfrac{-(n_i - n_o)}{\overline{R}}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{n_i}{\pi_i + \overline{R}} - \dfrac{n_o}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> ou <math>\;\dfrac{n_i\,(\pi_o + \overline{R}) - n_o\, (\pi_i + \overline{R})}{(\pi_i + \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R})} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens" /> <math>\;-(n_o - n_i)\, (\pi_i + \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R}) = [n_i\, \pi_o - n_o\, \pi_i - (n_o - n_i)\, \overline{R}]\, \overline{R}\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;-(n_o - n_i)\, \pi_o\, \pi_i - (n_o - n_i)\, \overline{R}\, \pi_o - (n_o - n_i)\, \overline{R}\, \pi_i - (n_o - n_i)\, \overline{R}^2 = n_i\, \pi_o\, \overline{R} - n_o\, \pi_i\, \overline{R} - (n_o - n_i)\, \overline{R}^2\;</math> soit, après simplification <math>\;-(n_o - n_i)\, \pi_o\, \pi_i - n_o\, \overline{R}\, \pi_o + n_i\, \overline{R}\, \pi_i = 0\;</math> ou <math>\;n_o\, \overline{R}\, \pi_o - n_i\, \overline{R}\, \pi_i = -(n_o - n_i)\, \pi_o\, \pi_i\;</math> et enfin, en divisant les deux membres de l'équation par <math>\;\pi_o\, \pi_i\, \overline{R}\;</math> <ref name="C.N." /> <math>\;\big(</math>la raison en étant que l'on cherche à établir une équation faisant intervenir des inverses de longueur à partir d'une équation comportant des produits de deux longueurs<math>\big)\;</math> <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}</math> ; la <u>1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = V\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du dioptre ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}} = V</math>.</ref> avec <math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> vergence du dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}\\ \pi_i = \overline{CA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</center>}} [[File:Dioptre sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes avec origine en C pour un dioptre sphérique concave convergent]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}à partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C" />. {{Al|5}}En utilisant le schéma ci-contre vérifier directement cette relation. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet" /> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \pi_o + \overline{R} \\ p_i = \pi_i + \overline{R} \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\pi_i + \overline{R}}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}\left( \dfrac{1}{\overline{R}} + \dfrac{1}{\pi_i} \right)}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}} \left( \dfrac{1}{\overline{R}} + \dfrac{1}{\pi_o} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître des inverses de longueur comme celles de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}} \Leftrightarrow \dfrac{n_o}{\pi_i} + \dfrac{n_o}{\overline{R}} = \dfrac{n_i}{\pi_o} + \dfrac{n_i}{\overline{R}}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}}}</math> ; la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du dioptre ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = 1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}\\ \pi_i = \overline{CA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons émergents correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;C\;</math> qui est transmis sans déviation et le 2{{ème}} de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfracte en <math>\;S\;</math> suivant une direction faisant l'angle <math>\;i_i\;</math> par rapport à l'axe optique principal, la direction du rayon incident, quant à elle, faisant l'angle <math>\;i_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal telle que <math>n_i\,i_i = n_o\, i_o\;</math> <ref name="relation de Kepler" />, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oC\;</math> et <math>\;A_iB_iC\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o}) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_o} < 0\;</math> <ref name="hors centre" />, * <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_i} > 0\;</math> <ref name="hors centre bis" /> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}} = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{\overline{CA_i}}{\overline{CA_o}}\;</math> d'où <center>la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes (avec origine au centre)</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{CA_i}}{\overline{CA_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq C\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\pi_o = \overline{CA_o}\\ \pi_i = \overline{CA_i} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\pi_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\pi_i = f_i - \overline{R}\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\pi_o = f_o - \overline{R}\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Newton sous conditions de Gauss === {{Al|5}}On repère maintenant le point objet <math>\;A_o\;</math> relativement au foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> du dioptre sphérique et le point image <math>\;A_i\;</math> relativement au foyer principal image <math>\;F_i\;</math> du même dioptre sphérique en définissant * l'abscisse objet de Newton de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> et * l'abscisse image de Newton de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>. ==== Relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1{{ère}} relation de conjugaison) de Newton s'écrit <center><math>\; \overline{F_iA_i}\; \overline{F_oA_o} = \overline{SF_i}\; \overline{SF_o}\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Newton" /> ou <math>\;\sigma_i \; \sigma_o = f_i\; f_o\;</math> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille"> On retrouve la forme commune vue pour un miroir sphérique et qui sera établie au chapitre suivant pour une lentille mince <math>\;\big(</math>à condition que les deux formes de la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton soient explicitées uniquement en fonction des abscisses objets ou des abscisses images et non simultanément des deux<math>\big)</math>.</ref> avec <math>\;f_i\;</math> et <math>\;f_o\;</math> distances focales image et objet du dioptre.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Newton utilisent <math>\;F_o\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> comme origine pour repérer un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Newton du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o =</math> <math>\overline{SA_o}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o} = \overline{SF_o} + \overline{F_oA_o}\;</math> ou <math>\;p_o = f_o + \sigma_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\, f_i + \sigma_o\;</math> <ref name="vergence dioptre"> On rappelle la vergence <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}\;</math> d'où <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\, f_i</math>.</ref> et * l'abscisse image de Newton du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i =</math> <math>\overline{SA_i}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SF_i} + \overline{F_iA_i}\;</math> ou <math>\;p_i = f_i + \sigma_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Newton en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes précédemment définis, dans la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = \dfrac{n_i}{f_i}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{n_i}{\sigma_i + f_i} - \dfrac{n_o}{\sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i} = \dfrac{n_i}{f_i}\;</math> ou <math>\;\dfrac{n_i \left( \sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i \right) - n_o\, (\sigma_i + f_i)}{(\sigma_i + f_i) \left( \sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i \right)} = \dfrac{n_i}{f_i}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens" /> <math>\;n_i\, (\sigma_i + f_i) \left( \sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i \right)</math> <math>= (n_i\, \sigma_o - n_o\, \sigma_i - 2\, n_o\, f_i)\, f_i\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;n_i\, \sigma_o\, \sigma_i + n_i\, f_i\, \sigma_o - n_o\, f_i\, \sigma_i - n_o\, f_i^2 =</math> <math>n_i\, \sigma_o\, f_i - n_o\, \sigma_i\, f_i - 2\, n_o\, f_i^2\;</math> soit, après simplification <math>\;n_i\, \sigma_o\, \sigma_i = -n_o\, f_i^2\;</math> et enfin, sachant que <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\, f_i</math> <ref> On remplacera une seule fois <math>\;n_o\, f_i\;</math> par <math>\;-n_i\, f_o\;</math> pour obtenir une forme symétrique de la relation puis on simplifiera l'équation obtenue par <math>\;n_i</math>.</ref>, <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> ; la <u>1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center> <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le foyer principal objet du dioptre <math>\;\big(</math> en effet si <math>\;A_o\;</math> est en <math>\;F_o</math>, l'image <math>\;A_i\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal et on obtient une forme indéterminée avec <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> valant <math>\;\infty\big)</math> ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS} = -f_o\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS} = -f_i\;</math> d'où <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i</math>.</ref> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille" /> <br>avec <math>\;f_i = -\dfrac{n_i}{n_o}\,f_o = -\dfrac{(n_o - n_i)}{n_i}\,\overline{R}\;</math> distance focale image du dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \sigma_o = \overline{F_oA_o}\\ \sigma_i = \overline{F_iA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</center>}} [[File:Dioptre sphérique - grandissement transverse Newton.jpg|thumb|Schéma de démonstration des deux formes de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton pour un dioptre sphérique concave convergent]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2{{ème}} relation de conjugaison) de Newton <ref name="deux formes de grandissement transverse de Newton" /> <ref name="Applicabilité relation de Newton" />. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet" /> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \sigma_o + f_o \\ p_i = \sigma_i + f_i \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\sigma_i + f_i}{\sigma_o + f_o} = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\sigma_i \left( 1 + \dfrac{f_i}{\sigma_i} \right)}{f_o \left( 1 + \dfrac{\sigma_o}{f_o} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître, au numérateur et au dénominateur, deux grandeurs égales découlant de la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_i\, f_o \Leftrightarrow \dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> ou encore <math>\;1 + \dfrac{\sigma_i}{f_i} = 1 + \dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\sigma_i}{f_o} =</math> <math>-\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <ref name="vergence dioptre" /> ; la 1{{ère}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton dioptre"> Applicable en tout point objet ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que cette forme de relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS} = -f_o\;</math> <math>\;\big(</math>resp. <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS} = -f_i\big)\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = +1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille" /> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>.</center> {{Al|5}}comme la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton s'écrivant <math>\;\sigma_i\, \sigma_o = f_i\, f_o\;</math> est équivalente à <math>\;\dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> on en déduit aisément la 2{{ème}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton" /> <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille" /> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfractés correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1{{er}} passant par <math>\;F_o\;</math> qui émerge en <math>\;K\;</math> parallèlement à l'axe optique principal et le 2{{ème}} parallèle à l'axe optique principal qui se réfracte en <math>\;H\;</math> en passant par <math>\;F_i</math>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_iS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_iB_iF_i\;</math> et <math>\;HF_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{F_iA_i} < 0\;</math> <ref name="hors foyer bis" />, * <math>\;\tan(\widehat{HF_iS}) = \dfrac{\overline{SH}}{\overline{SF_i}}</math>, <math>\;\overline{SH}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SH} = \overline{A_oB_o}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{HF_iS}) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_iS})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}} = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{F_iA_i}}{\overline{SF_i}}\;</math> d'où <center>une 1{{ère}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\overline{F_iA_i}}{\overline{SF_i}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq A_{o,\,\infty}\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>.</center> {{Al|5}}de même le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_oS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oF_o\;</math> et <math>\;KF_oS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o}) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{F_oA_o} > 0\;</math> <ref name="hors foyer" />, * <math>\;\tan(\widehat{KF_oS}) = -\dfrac{\overline{SK}}{\overline{SF_o}}</math>, <math>\;\overline{SK}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_o} < 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SK} = \overline{A_iB_i}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{KF_oS}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_oS})</math>, on en déduit : <math>\;\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}} = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{SF_o}}{\overline{F_oA_o}}\;</math> d'où <center>une 2{{ème}} forme de la <u>2{{ème}} relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\overline{SF_o}}{\overline{F_oA_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq F_o\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\sigma_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\sigma_i = 0\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de Lagrange - Helmholtz sous conditions de Gauss === [[File:Dioptre sphérique - grandissement angulaire.jpg|thumb|Schéma de détermination du grandissement angulaire en repérage de Descartes (avec origine en S) pour un dioptre sphérique concave convergent]] ==== Expression de Descartes (avec origine au sommet) du grandissement angulaire d'un pinceau incident issu d'un point objet ==== {{Al|5}}On rappelle que le grandissement angulaire d'un pinceau lumineux incident issu d'un point objet <math>\;A_o\;</math>, de direction faisant un angle <math>\;\theta_o\;</math> avec l'axe optique principal, le pinceau se réfractant sur le dioptre en convergeant vers le point image <math>\;A_i\;</math>, avec une direction faisant un angle <math>\;\theta_i\;</math> avec l'axe optique principal, est défini selon <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> <ref name="Angles petits" /> ; {{Al|5}}en utilisant le schéma ci-contre, établir l'expression du grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes (avec origine au sommet), respectivement <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> et <math>\;p_i = \overline{SA_i}\;</math> <ref> L'expression du grandissement angulaire a été établie en utilisant un dioptre sphérique concave convergent mais elle reste applicable pour un dioptre sphérique des trois autres types.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}On détermine le grandissement angulaire par évaluation de <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> et <math>\;\tan(\theta_i)</math>, <math>\big(\theta_o\;</math> <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\theta_i < 0\;</math> sur la figure ci-dessus<math>\big)</math> respectivement dans les triangles <math>\;A_oIS\;</math> et <math>\;A_iIS\;</math> soit : * dans le triangle <math>\;A_oIS</math>, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_o}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} < 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_o| \ll 1</math>, <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}</math> ; * dans le triangle <math>\;A_iIS</math>, <math>\;\tan(\theta_i) = -\dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_i}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0</math>, <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> et <math>\;\theta_i < 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_i) = -\dfrac{\overline{SI}}{p_i}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>, <math>\;\theta_i \simeq -\dfrac{\overline{SI}}{p_i}</math> ; {{Al|5}}on en déduit <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq \dfrac{\dfrac{-\overline{SI}}{p_i}}{-\dfrac{\overline{SI}}{p_o}}\;</math> soit, en simplifiant par <math>\;\overline{SI}</math>, l'expression souhaitée du <center>grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq \dfrac{p_o}{p_i}</math>.</center>}} ==== Établissement de la relation de Lagrange - Helmholtz ==== {{Al|5}}Á l'aide des relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) et de l'expression du grandissement angulaire dans le même repérage, vérifier la relation de Lagrange - Helmholtz <center> <math>\;\dfrac{n_i}{n_o}\; G_t(A_o)\; G_a(A_o) = 1\;</math> <ref name="Lagrange - Helmholtz dioptre"> Cette relation est la même que celle que l'on trouvera dans le chapitre suivant sur les lentilles minces, dans le cas usuel d'une lentille mince l'espace image étant de même indice que l'espace objet</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Connaissant le grandissement transversal donné par la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) \simeq \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> et l'expression du grandissement angulaire précédemment trouvée <math>\;G_a(A_o) \simeq \dfrac{p_o}{p_i}</math>, on en déduit le lien entre grandissements angulaire et transversal indépendant de la position du point objet <math>\;A_o</math>, <math>\;G_a(A_o)\; G_t(A_o) \simeq \dfrac{p_o}{p_i} \times \dfrac{n_o}{n_i}\; \dfrac{p_i}{p_o} = \dfrac{n_o}{n_i}\;</math> soit finalement <center><math>\;\dfrac{n_i}{n_o}\; G_t(A_o)\; G_a(A_o) = 1\;</math> ce qui constitue la relation de Lagrange - Helmholtz cherchée <ref name="Lagrange - Helmholtz dioptre" />.</center>}} == Notes et références == <references /> {{Bas de page | idfaculté = physique | précédent = [[../Optique géométrique : miroir plan/]] | suivant = [[../Optique géométrique : lentilles minces/]] }} phqcyn5s6sw5f2psqyvlbm3gd56sj5k 0 66877 880662 773154 2022-07-23T13:16:08Z Slzbg 68495 masculin wikitext text/x-wiki __NOTOC__ <div id="moocwikiv"> =Mallette pédagogique Autisme= ===[[Menu-Mallette pédagogique Autisme|Menu-Mallette pédagogique Autisme]]=== </div> [[Fichier:Chrono-11'0.png|alt=Temps de visionnage : 11mn|droite|sans_cadre|150px]] == Synopsis == L’experte propose un aperçu du système PECS en expliquant son principe pour chacune des différentes phases. == Vidéo de la formation == [[File:1962-mod02-07-01-1080p.webm|750px|Vidéo canal autisme du module "Les outils de CAA - Approfondissement"]] == Pages du PowerPoint de l'experte == === Le PECS === * Picture Exchange Communication System ** Système de Communication par Echange d’Images ; ** Système conçu par Andy Bondy et Lori Frost dans les  années 1980 ; ** Repose sur les principes de l’ABA : enseignement des  demandes, guidances estompées progressivement,  renforcement des comportements appropriés,  apprentissage par essais distincts, utilisation de la  motivation. ==== Principes ==== * Échanger une image contre un objet, un aliment, une activité ; ** Les images sont stockées dans un classeur avec du  velcro, l’enfant les détache pour les donner ; ** On utilise les images correspondant au niveau de  représentation visuelle de l’enfant (ou de l’adulte) *** Photos ; *** Images *** Pictogrammes (y compris Makaton). ** On peut même utiliser le PECS avec des objets réels si le niveau de symbolisation est très bas ; ==== Phases d'apprentissage ==== * Enseignement des demandes ↔ l'interlocuteur a un objet apprécié, l’enfant doit demander en donnant une image. ** Il est guidé physiquement au début par une tierce personne (le facilitateur) ; ** Le système compte 6 phases d’apprentissage progressif ; ** Les premières phases concernent les demandes ; ** Toutes les personnes n’acquièrent pas les 6 phases. ===== Phase 1 : l'échange physique ===== [[Fichier:M3 GAMARD Diapo76.jpg|centré|vignette|750px|Télécharger l'image : 1. Cliquer sur l'image, une nouvelle page va s'ouvrir ; 2. Cliquer sur la flèche descendante en bas à droite de votre page.]] ===== Phase II : augmenter la spontanéité ===== [[Fichier:M3 GAMARD Diapo77.jpg|centré|vignette|750px|Télécharger l'image : 1. Cliquer sur l'image, une nouvelle page va s'ouvrir ; 2. Cliquer sur la flèche descendante en bas à droite de votre page.]] ===== Phase III : la discrimination ===== [[Fichier:M3 GAMARD Diapo78.jpg|centré|vignette|750px|Télécharger l'image : 1. Cliquer sur l'image, une nouvelle page va s'ouvrir ; 2. Cliquer sur la flèche descendante en bas à droite de votre page.]] ===== Phase IV ===== [[Fichier:M3 GAMARD Diapo79.jpg|centré|vignette|750px|Télécharger l'image : 1. Cliquer sur l'image, une nouvelle page va s'ouvrir ; 2. Cliquer sur la flèche descendante en bas à droite de votre page.]] ===== Phase V : répondre à la question "Qu’est-ce que tu veux ?" ===== ===== Phase VI : apprentissage des commentaires (tacts) ===== * Je vois… * J’entends… * Je sens… ===== Pour aller plus loin ===== * L’apprentissage de la communication ne s’arrête pas à la phase VI ** Si les 6 phases sont acquises,  il faut poursuivre le <strong>développement de la syntaxe</strong> par d’autres stratégies. ==== Ce que n'est pas le PECS ==== * Ce n'est pas une méthode éducative ; * Ce n'est pas un programme de communication ; * Ce n'est pas une banque d'images forcément associées ; * Ce n'est pas un outil exclusif. ==== Ce qu'est le PECS ==== * Un ensemble de procédures basées sur le comportementalisme : guidances, façonnement, ... * Surtout destiné aux personnes non verbales ; * Intéressant pour enseigner le spontanéité et les demandes. <div style="text-align: right"> [[Autisme_CAA_Approfondissement_Les procedures de mise en place|< Précédent]]|[[Autisme_CAA_Approfondissement_Utiliser les outils de CAA à l_ecole| Suivant >]]</div> [[Catégorie:Mallette autisme]] fx4sga1dxh6dvnvhqk292qudix5vynu 0 69750 880700 825872 2022-07-24T10:22:39Z Anne Bauval 6580 /* Exercice 2 */ +grosse généralisation : lien entre noyau et image d'une a.l. et ceux de sa transposée wikitext text/x-wiki {{Exercice | idfaculté = mathématiques | numéro = 1 | chapitre = [[../../Propriétés/]] | niveau = 15 | précédent = [[../../|Sommaire]] | suivant = [[../../|Sommaire]] }} ==Exercice 1== Sur l'espace vectoriel ''E'' des suites réelles convergentes, soit <math>\left(\varphi_i\right)_{i\in\N\cup\{\infty\}}</math> la famille de formes linéaires définie par <math>\varphi_n(x)=x_n</math> si <math>n\in\N</math> et <math>\varphi_\infty=\lim</math>. #Vérifier que cette famille est libre. #Donner un exemple de famille <math>\left(\lambda_i\right)_{i\in\N\cup\{\infty\}}</math> de réels telle qu'il n'existe aucune suite <math>x\in E</math> vérifiant <math>\forall i\in\N\cup\{\infty\}\quad\varphi_i(x)=\lambda_i</math>. {{Solution|contenu= #La sous-famille <math>\left(\varphi_i\right)_{i\in\N}</math> est libre d'après la remarque préliminaire de ce chapitre, puisque <math>\forall i,j\in\N\quad \varphi_i\left(\delta_{j,\cdot}\right)=\delta_{i,j}</math>. Elle n'engendre pas <math>\varphi_\infty</math> car la donnée d'un nombre fini de termes d'une suite convergente ne détermine pas sa limite. #<math>\lambda_i:=\delta_{\infty,i}</math> convient, puisque la suite réelle nulle n'a pas pour limite <math>1</math>. }} ==Exercice 2== #Montrer (par récurrence sur <math>n</math>) que si <math>\left(\varphi_1,\dots,\varphi_n\right)</math> est une famille libre ''finie'' de formes (linéaires) sur un ''K''-espace vectoriel ''E'', il existe des vecteurs <math>x_1,\dots,x_n</math> tels que <math>\forall i,j\le n\quad\varphi_i\left(x_j\right)=\delta_{i,j}</math> (autrement dit : l'application linéaire <math>\left(\varphi_1,\dots,\varphi_n\right):E\to K^n</math> est surjective). #Retrouver ainsi (cf. [[Application linéaire/Exercices/Rang#Exercice 3-2]]) qu'une forme est combinaison linéaire d'un ensemble fini de formes données si (et seulement si) son noyau contient l'intersection des leurs. {{Solution|contenu= #Pour <math>n=0</math>, il n'y a rien à faire. Supposons donc, pour un certain <math>n>0</math>, <math>\left(x_1,\dots,x_{n-1}\right)</math> déjà construite (et vérifiant les équations jusqu'à <math>n-1</math>) et construisons une nouvelle famille <math>\left(x'_1,\dots,x'_n\right)</math> vérifiant les équations jusqu'à <math>n</math>. Puisque la forme <math>\psi:=\varphi_n-\sum_{i<n}\varphi_n\left(x_i\right)\varphi_i</math> est non nulle, il existe un vecteur <math>y</math> tel que <math>\psi(y)=1</math>. Les vecteurs <math>x'_n:=y-\sum_{i<n}\varphi_i\left(y\right)x_i</math> et <math>\forall i<n\quad x'_i:=x_i-\varphi_n(x_i)x'_n</math> vérifient alors les équations voulues. #Soient <math>\varphi_1,\dots,\varphi_n\in E^*</math> telles que <math>\cap_{i<n}\ker\varphi_i\subset\ker\varphi_n</math>, montrons que <math>\varphi_n</math> est combinaison linéaire de la famille <math>\left(\varphi_1,\dots,\varphi_{n-1}\right)</math>. Quitte à ôter de cette famille chaque forme qui est combinaison linéaire des précédentes (ce qui ne modifie pas l'intersection des noyaux), on peut la supposer libre. D'après la question 1, si <math>\varphi_n</math> n'était pas combinaison linéaire de cette famille libre, il existerait <math>x\in E</math> tel que <math>\forall i\le n\quad\varphi_i\left(x\right)=\delta_{i,n}</math>, ce qui contredirait l'hypothèse <math>\cap_{i<n}\ker\varphi_i\subset\ker\varphi_n</math>. Référence : {{Ouvrage|auteur=[[w:de:Helmut H. Schaefer|Helmut H. Schaefer]]|titre=Topological Vector Spaces|collection=[[w:Graduate Texts in Mathematics|GTM]]|numéro dans collection=3|année=1999|numéro d'édition=2|année première édition=1966|url=https://books.google.fr/books?id=apHaBwAAQBAJ&pg=PA124|passage=124}}. Voir aussi : *{{Ouvrage|auteur=Dany-Jack Mercier|titre=Cours de géométrie: préparation au CAPES et à l'agrégation|éditeur=Publibook|année=2005|url=https://books.google.fr/books?id=NsqHf22j9AkC&pg=PA54|passage=54}}, th. 25 ; *{{Ouvrage|auteur=[[w:Claude Chevalley|Claude Chevalley]]|titre=Fundamental Concepts of Algebra|éditeur=Academic Press|année=1957|url=https://books.google.fr/books?id=vv7zkx_cSqYC&pg=PA109|passage=109}}, th. 60. }} {{Wikipédia|Application transposée}} Soient <math>E,F</math> deux espaces vectoriels. Soit <math>L:E\to F</math> une application linéaire. Son application linéaire transposée est notée <math>L^t</math> (<math>L^t:F^*\to E^*,\varphi\mapsto\varphi\circ L</math>). Pour tout s.e.v. <math>G</math> de <math>E</math> on note <math>G^\circ</math> le s.e.v. de <math>E^*</math> constitué des formes linéaires qui s'annulent sur <math>G</math> (de même, pour tout s.e.v. <math>H</math> de <math>F</math>, on note <math>H^\circ\dots</math>). #Démontrer que <math>\ker(L^t)=(\operatorname{im} L)^\circ</math>. #En déduire que <math>L^t</math> est injective si et seulement si <math>L</math> est surjective. #Démontrer que <math>\operatorname{im}(L^t)=(\ker L)^\circ</math>. #En déduire que <math>L^t</math> est surjective si et seulement si <math>L</math> est injective. #On suppose désormais <math>F=\R^m</math>, et l'on note <math>L_i</math> les composantes de <math>L</math>. Déduire de 2) que <math>L</math> est surjective si et seulement si <math>(L_1,\dots,L_m)</math> est libre. Déduire de 4) que <math>L</math> est injective si et seulement si <math>(L_1,\dots,L_m)</math> engendre <math>E^*</math>. {{Solution|contenu= #Soit <math>\varphi\in F^*</math>. On a <math>\varphi\in\ker(L^t)\Leftrightarrow\varphi\circ L=0\Leftrightarrow\varphi</math> s'annule sur <math>\operatorname{im}L\Leftrightarrow\varphi\in(\operatorname{im} L)^\circ</math>. #D'après 1), <math>L^t</math> est injective si et seulement si <math>(\operatorname{im}L)^\circ=\{0\}</math>, [[wikt:c.-à-d.|c.-à-d.]] si et seulement si la seule forme linéaire sur <math>F</math> qui s'annule sur le s.e.v. <math>\operatorname{im}L</math> est la forme nulle, c.-à-d. ce qui équivaut à <math>\operatorname{im}L=F</math> (l'implication dans un sens est claire, et pour la réciproque il suffit, si <math>\operatorname{im}L\ne F</math>, de choisir un hyperplan contenant <math>\operatorname{im}L</math> et une forme dont le noyau est cet hyperplan). #Soit <math>\psi\in E^*</math>. On a <math>\psi\in\operatorname{im}(L^t)</math> si et seulement si <math>\psi</math> est de la forme <math>\varphi\circ L</math> pour un certain <math>\varphi\in F^*</math>. Ceci implique évidemment que <math>\psi</math> est nulle sur <math>\ker L</math> (autrement dit, que <math>\psi\in(\ker L)^\circ</math>), mais réciproquement, si <math>\ker L\subset\ker\psi</math> alors <math>\psi</math> est de la forme <math>\varphi\circ L</math> pour un certain <math>\varphi\in F^*</math> : pour construire un tel <math>\varphi</math> il suffit de noter <math>\alpha</math> la forme linéaire sur <math>\operatorname{im} L</math> définie par <math>\alpha(L(x))=\psi(x)</math> (cette définition est non ambigue car si <math>L(x)=L(y)</math> alors <math>x-y\in\ker L\subset\ker\psi</math>), de choisir arbitrairement un supplémentaire <math>V</math> de <math>\operatorname{im} L</math> dans <math>F</math> et une forme linéaire <math>\beta</math> sur ce <math>V</math> (par exemple <math>\beta=0</math>), et de poser <math>\varphi(u+v)=\alpha(u)+\beta(v)</math> pour <math>u\in\operatorname{im}L</math> et <math>v\in V</math>. #D'après 3), <math>L^t</math> est surjective si et seulement si <math>(\ker L)^\circ=E^*</math>, c.-à-d. si et seulement si toute forme linéaire sur <math>E</math> s'annule sur le s.e.v. <math>\ker L</math>, c.-à-d. si et seulement si <math>\ker L=\{0\}</math>. #Notons <math>p_1,\dots,p_m:F\to\R</math> les <math>m</math> projections canoniques (qui forment une base de <math>F^*</math>), alors <math>L_i=L^t(p_i)</math> donc les <math>L_i</math> forment un système libre si et seulement si <math>L^t</math> est injective, c.-à-d. d'après 2) si et seulement si <math>L</math> est surjective. De même les <math>L_i</math> forment un système générateur (de <math>E^*</math>) si et seulement si <math>L^t</math> est surjective, c.-à-d. d'après d) si et seulement si <math>L</math> est injective. }} ==Exercice 3== '''1.''' Montrer que les trois vecteurs <math>e_1=(1,2,4)</math>, <math>e_2=(0,1,1)</math> et <math>e_3=(1,1,1)</math> forment une base de <math>\R^3</math> et trouver la base duale. {{Solution|contenu= Il suffit de trouver trois formes linéaires <math>\varphi_1</math>, <math>\varphi_2</math> et <math>\varphi_3</math> telles que <math>\varphi_i(e_j)=\delta_{i,j}</math> : cela prouvera que les trois vecteurs sont linéairement indépendants donc forment une base de <math>\R^3</math>, et cela fournira en même temps la base duale. [<math>\varphi_1(x,y,z)=ax+by+cz</math> avec <math>a,b,c</math> tels que <math>a+2b+4c=1</math>, <math>b+c=0</math> et <math>a+b+c=0</math>] équivaut à : [<math>a=0</math>, <math>b=-\frac12</math> et <math>c=\frac12</math>], soit <math>\varphi_1(x,y,z)=\frac{z-y}2</math>. Par la même méthode, on trouve <math>\varphi_2(x,y,z)=-\frac{-2x+3y-z}2</math> et <math>\varphi_3(x,y,z)=\frac{2x+y-z}2</math>. }} '''2.''' Soient <math>E</math> un <math>\R</math>-espace vectoriel de dimension 3 et <math>(e_1,e_2,e_3)</math> une base de <math>E</math> et <math>(e_1^{\ast}, e_2^{\ast}, e_3^{\ast})</math> la base duale de <math>E^*</math>. Soient :<math>\varphi_1=2e_1^*+e_2^*+e_3^*,\quad\varphi_2=-e_1^*+2e_3^*,\quad\varphi_3=e_1^*+3e_2^*</math>. Montrer que <math>\left(\varphi_1,\varphi_2,\varphi_3\right)</math> est une base de <math>E^*</math> et déterminer sa base préduale, [[wikt:c.-à-d.|c.-à-d.]] la base <math>\left(f_1,f_2,f_3\right)</math> de <math>E</math> dont elle est la base duale. {{Solution|contenu= Par le même raisonnement que dans la première partie de l'exercice, il suffit — puisque <math>\dim(E^*)=3</math> — de construire trois vecteurs <math>f_1,f_2,f_3\in E</math> tels que <math>\varphi_i(f_j)=\delta_{i,j}</math>. [<math>f_1=ae_1+be_2+ce_3</math> avec <math>a,b,c</math> tels que <math>2a+b+c=1</math>, <math>-a+2c=0</math> et <math>a+3b=0</math>] équivaut à : [<math>a=\frac6{13}</math>, <math>b=-\frac2{13}</math> et <math>c=\frac3{13}</math>], soit <math>f_1=\frac{6e_1-2e_2+3e_3}{13}</math>. Par la même méthode, on trouve <math>f_2=\frac{-3e_1+e_2+5e_3}{13}</math> et <math>f_3=\frac{-2e_1+5e_2-e_3}{13}</math>. }} '''3.''' Sur <math>E=\R_3[X]</math>, on considère les cinq formes linéaires <math>\varphi_1</math>, <math>\varphi_2</math>, <math>\varphi_3</math>, <math>\varphi_4</math> et <math>\psi</math> définies par : :<math>\varphi_1(P)=P(0),\quad\varphi_2(P)= P'(0),\quad\varphi_3(P)=P(1),\quad\varphi_4(P)= P'(1),\quad\psi(P)=\int_0^1 P</math> (pour tout <math>P\in E</math>). #Montrer que <math>\left(\varphi_1,\varphi_2,\varphi_3,\varphi_4\right)</math> est une base de <math>E^*</math> et déterminer sa base préduale <math>\left(H_1,H_2,H_3,H_4\right)</math>. #Déterminer les coordonnées de <math>\psi</math> dans la base <math>\left(\varphi_1,\varphi_2,\varphi_3,\varphi_4\right)</math>. {{Solution|contenu= #Même raisonnement que ci-dessus.<br>[<math>H_1=aX^3+bX^2+cX+d</math> avec <math>a,b,c,d</math> tels que <math>d=1</math>, <math>c=0</math>, <math>a+b+c+d=0</math> et <math>3a+2b+c=0</math>] équivaut à : [<math>a=2</math>, <math>b=-3</math>, <math>c=0</math> et <math>d=1</math>], soit <math>H_1=2X^3-3X^2+1</math>.<br>Par la même méthode, on trouve <math>H_2=X^3-2X^2+X</math>, <math>H_3=-2X^3+3X^2</math> et <math>H_4=X^3-X^2</math>. #Soit <math>\left(x,y,z,t\right)\in\R^4</math> tel que <math>\psi=x\varphi_1+y\varphi_2+z\varphi_3+t\varphi_4</math> Alors,<br><math>x=\psi(H_1)=\frac12,\quad y=\psi(H_2)=\frac1{12},\quad z=\psi(H_3)=\frac12,\quad t=\psi(H_4)=-\frac1{12}</math>. }} ==Exercice 4== Soient <math>E=\R_n[X]</math> et pour tout <math>k\in\{0,\dots,n\}</math> et <math>P\in E</math>, <math>T_k(P)=\frac{P^{(k)}(0)}{k!}</math>. #Justifier que pour tout <math>k\in\{0,\dots,n\}</math>, <math>T_k</math> est une forme linéaire sur <math>E</math>. #Montrer que la famille <math>(T_0,\dots,T_n)</math> est la base duale de la base canonique de <math>E</math>. {{Solution|contenu= #L'application <math>P\mapsto P'</math> est linéaire donc par composition, <math>P\mapsto P^{(k)}</math> aussi. De plus, l'évaluation en <math>0</math> et la division par une constante (<math>k!</math>) sont linéaires donc (à nouveau par composition) <math>T_k</math> est linéaire. Puisqu'elle va de <math>E</math> dans <math>\R</math>, c'est donc une forme linéaire sur <math>E</math>. #Si <math>k<i</math>, <math>(X^i)^{(k)}=\frac{i!}{(i-k)!}X^{i-k}</math> s'annule en <math>0</math>. Si <math>k>i</math>, <math>(X^i)^{(k)}</math> est le polynôme nul. Donc si <math>k\ne i</math>, <math>T_k(X^i)=0</math>. Quant à <math>T_i(X^i)</math>, il vaut bien <math>1</math> car <math>(X^i)^{(i)}</math> est le polynôme constant <math>i!</math>. }} {{Bas de page | idfaculté = mathématiques | précédent = [[../../|Sommaire]] | suivant = [[../../|Sommaire]] }} bni72ibv3tzz7d8ve70uvs8k587vs8b 880709 880700 2022-07-24T11:50:23Z Anne Bauval 6580 /* Exercice 2 */ notation \perp plutôt que \circ wikitext text/x-wiki {{Exercice | idfaculté = mathématiques | numéro = 1 | chapitre = [[../../Propriétés/]] | niveau = 15 | précédent = [[../../|Sommaire]] | suivant = [[../../|Sommaire]] }} ==Exercice 1== Sur l'espace vectoriel ''E'' des suites réelles convergentes, soit <math>\left(\varphi_i\right)_{i\in\N\cup\{\infty\}}</math> la famille de formes linéaires définie par <math>\varphi_n(x)=x_n</math> si <math>n\in\N</math> et <math>\varphi_\infty=\lim</math>. #Vérifier que cette famille est libre. #Donner un exemple de famille <math>\left(\lambda_i\right)_{i\in\N\cup\{\infty\}}</math> de réels telle qu'il n'existe aucune suite <math>x\in E</math> vérifiant <math>\forall i\in\N\cup\{\infty\}\quad\varphi_i(x)=\lambda_i</math>. {{Solution|contenu= #La sous-famille <math>\left(\varphi_i\right)_{i\in\N}</math> est libre d'après la remarque préliminaire de ce chapitre, puisque <math>\forall i,j\in\N\quad \varphi_i\left(\delta_{j,\cdot}\right)=\delta_{i,j}</math>. Elle n'engendre pas <math>\varphi_\infty</math> car la donnée d'un nombre fini de termes d'une suite convergente ne détermine pas sa limite. #<math>\lambda_i:=\delta_{\infty,i}</math> convient, puisque la suite réelle nulle n'a pas pour limite <math>1</math>. }} ==Exercice 2== #Montrer (par récurrence sur <math>n</math>) que si <math>\left(\varphi_1,\dots,\varphi_n\right)</math> est une famille libre ''finie'' de formes (linéaires) sur un ''K''-espace vectoriel ''E'', il existe des vecteurs <math>x_1,\dots,x_n</math> tels que <math>\forall i,j\le n\quad\varphi_i\left(x_j\right)=\delta_{i,j}</math> (autrement dit : l'application linéaire <math>\left(\varphi_1,\dots,\varphi_n\right):E\to K^n</math> est surjective). #Retrouver ainsi (cf. [[Application linéaire/Exercices/Rang#Exercice 3-2]]) qu'une forme est combinaison linéaire d'un ensemble fini de formes données si (et seulement si) son noyau contient l'intersection des leurs. {{Solution|contenu= #Pour <math>n=0</math>, il n'y a rien à faire. Supposons donc, pour un certain <math>n>0</math>, <math>\left(x_1,\dots,x_{n-1}\right)</math> déjà construite (et vérifiant les équations jusqu'à <math>n-1</math>) et construisons une nouvelle famille <math>\left(x'_1,\dots,x'_n\right)</math> vérifiant les équations jusqu'à <math>n</math>. Puisque la forme <math>\psi:=\varphi_n-\sum_{i<n}\varphi_n\left(x_i\right)\varphi_i</math> est non nulle, il existe un vecteur <math>y</math> tel que <math>\psi(y)=1</math>. Les vecteurs <math>x'_n:=y-\sum_{i<n}\varphi_i\left(y\right)x_i</math> et <math>\forall i<n\quad x'_i:=x_i-\varphi_n(x_i)x'_n</math> vérifient alors les équations voulues. #Soient <math>\varphi_1,\dots,\varphi_n\in E^*</math> telles que <math>\cap_{i<n}\ker\varphi_i\subset\ker\varphi_n</math>, montrons que <math>\varphi_n</math> est combinaison linéaire de la famille <math>\left(\varphi_1,\dots,\varphi_{n-1}\right)</math>. Quitte à ôter de cette famille chaque forme qui est combinaison linéaire des précédentes (ce qui ne modifie pas l'intersection des noyaux), on peut la supposer libre. D'après la question 1, si <math>\varphi_n</math> n'était pas combinaison linéaire de cette famille libre, il existerait <math>x\in E</math> tel que <math>\forall i\le n\quad\varphi_i\left(x\right)=\delta_{i,n}</math>, ce qui contredirait l'hypothèse <math>\cap_{i<n}\ker\varphi_i\subset\ker\varphi_n</math>. Référence : {{Ouvrage|auteur=[[w:de:Helmut H. Schaefer|Helmut H. Schaefer]]|titre=Topological Vector Spaces|collection=[[w:Graduate Texts in Mathematics|GTM]]|numéro dans collection=3|année=1999|numéro d'édition=2|année première édition=1966|url=https://books.google.fr/books?id=apHaBwAAQBAJ&pg=PA124|passage=124}}. Voir aussi : *{{Ouvrage|auteur=Dany-Jack Mercier|titre=Cours de géométrie: préparation au CAPES et à l'agrégation|éditeur=Publibook|année=2005|url=https://books.google.fr/books?id=NsqHf22j9AkC&pg=PA54|passage=54}}, th. 25 ; *{{Ouvrage|auteur=[[w:Claude Chevalley|Claude Chevalley]]|titre=Fundamental Concepts of Algebra|éditeur=Academic Press|année=1957|url=https://books.google.fr/books?id=vv7zkx_cSqYC&pg=PA109|passage=109}}, th. 60. }} {{Wikipédia|Application transposée}} Soient <math>E,F</math> deux espaces vectoriels. Soit <math>L:E\to F</math> une application linéaire. Son application linéaire transposée est notée <math>L^t</math> (<math>L^t:F^*\to E^*,\varphi\mapsto\varphi\circ L</math>). Pour tout s.e.v. <math>G</math> de <math>E</math> on note <math>G^\bot</math> le s.e.v. de <math>E^*</math> constitué des formes linéaires qui s'annulent sur <math>G</math> (de même, pour tout s.e.v. <math>H</math> de <math>F</math>, on note <math>H^\bot</math>…). #Démontrer que <math>\ker(L^t)=(\operatorname{im} L)^\bot</math>. #En déduire que <math>L^t</math> est injective si et seulement si <math>L</math> est surjective. #Démontrer que <math>\operatorname{im}(L^t)=(\ker L)^\bot</math>. #En déduire que <math>L^t</math> est surjective si et seulement si <math>L</math> est injective. #On suppose désormais <math>F=\R^m</math>, et l'on note <math>L_i</math> les composantes de <math>L</math>. Déduire de 2) que <math>L</math> est surjective si et seulement si <math>(L_1,\dots,L_m)</math> est libre. Déduire de 4) que <math>L</math> est injective si et seulement si <math>(L_1,\dots,L_m)</math> engendre <math>E^*</math>. {{Solution|contenu= #Soit <math>\varphi\in F^*</math>. On a <math>\varphi\in\ker(L^t)\Leftrightarrow\varphi\circ L=0\Leftrightarrow\varphi</math> s'annule sur <math>\operatorname{im}L\Leftrightarrow\varphi\in(\operatorname{im} L)^\bot</math>. #D'après 1), <math>L^t</math> est injective si et seulement si <math>(\operatorname{im}L)^\bot=\{0\}</math>, [[wikt:c.-à-d.|c.-à-d.]] si et seulement si la seule forme linéaire sur <math>F</math> qui s'annule sur le s.e.v. <math>\operatorname{im}L</math> est la forme nulle, c.-à-d. ce qui équivaut à <math>\operatorname{im}L=F</math> (l'implication dans un sens est claire, et pour la réciproque il suffit, si <math>\operatorname{im}L\ne F</math>, de choisir un hyperplan contenant <math>\operatorname{im}L</math> et une forme dont le noyau est cet hyperplan). #Soit <math>\psi\in E^*</math>. On a <math>\psi\in\operatorname{im}(L^t)</math> si et seulement si <math>\psi</math> est de la forme <math>\varphi\circ L</math> pour un certain <math>\varphi\in F^*</math>. Ceci implique évidemment que <math>\psi</math> est nulle sur <math>\ker L</math> (autrement dit, que <math>\psi\in(\ker L)^\bot</math>), mais réciproquement, si <math>\ker L\subset\ker\psi</math> alors <math>\psi</math> est de la forme <math>\varphi\circ L</math> pour un certain <math>\varphi\in F^*</math> : pour construire un tel <math>\varphi</math> il suffit de noter <math>\alpha</math> la forme linéaire sur <math>\operatorname{im} L</math> définie par <math>\alpha(L(x))=\psi(x)</math> (cette définition est non ambigue car si <math>L(x)=L(y)</math> alors <math>x-y\in\ker L\subset\ker\psi</math>), de choisir arbitrairement un supplémentaire <math>V</math> de <math>\operatorname{im} L</math> dans <math>F</math> et une forme linéaire <math>\beta</math> sur ce <math>V</math> (par exemple <math>\beta=0</math>), et de poser <math>\varphi(u+v)=\alpha(u)+\beta(v)</math> pour <math>u\in\operatorname{im}L</math> et <math>v\in V</math>. #D'après 3), <math>L^t</math> est surjective si et seulement si <math>(\ker L)^\bot=E^*</math>, c.-à-d. si et seulement si toute forme linéaire sur <math>E</math> s'annule sur le s.e.v. <math>\ker L</math>, c.-à-d. si et seulement si <math>\ker L=\{0\}</math>. #Notons <math>p_1,\dots,p_m:F\to\R</math> les <math>m</math> projections canoniques (qui forment une base de <math>F^*</math>), alors <math>L_i=L^t(p_i)</math> donc les <math>L_i</math> forment un système libre si et seulement si <math>L^t</math> est injective, c.-à-d. d'après 2) si et seulement si <math>L</math> est surjective. De même les <math>L_i</math> forment un système générateur (de <math>E^*</math>) si et seulement si <math>L^t</math> est surjective, c.-à-d. d'après d) si et seulement si <math>L</math> est injective. }} ==Exercice 3== '''1.''' Montrer que les trois vecteurs <math>e_1=(1,2,4)</math>, <math>e_2=(0,1,1)</math> et <math>e_3=(1,1,1)</math> forment une base de <math>\R^3</math> et trouver la base duale. {{Solution|contenu= Il suffit de trouver trois formes linéaires <math>\varphi_1</math>, <math>\varphi_2</math> et <math>\varphi_3</math> telles que <math>\varphi_i(e_j)=\delta_{i,j}</math> : cela prouvera que les trois vecteurs sont linéairement indépendants donc forment une base de <math>\R^3</math>, et cela fournira en même temps la base duale. [<math>\varphi_1(x,y,z)=ax+by+cz</math> avec <math>a,b,c</math> tels que <math>a+2b+4c=1</math>, <math>b+c=0</math> et <math>a+b+c=0</math>] équivaut à : [<math>a=0</math>, <math>b=-\frac12</math> et <math>c=\frac12</math>], soit <math>\varphi_1(x,y,z)=\frac{z-y}2</math>. Par la même méthode, on trouve <math>\varphi_2(x,y,z)=-\frac{-2x+3y-z}2</math> et <math>\varphi_3(x,y,z)=\frac{2x+y-z}2</math>. }} '''2.''' Soient <math>E</math> un <math>\R</math>-espace vectoriel de dimension 3 et <math>(e_1,e_2,e_3)</math> une base de <math>E</math> et <math>(e_1^{\ast}, e_2^{\ast}, e_3^{\ast})</math> la base duale de <math>E^*</math>. Soient :<math>\varphi_1=2e_1^*+e_2^*+e_3^*,\quad\varphi_2=-e_1^*+2e_3^*,\quad\varphi_3=e_1^*+3e_2^*</math>. Montrer que <math>\left(\varphi_1,\varphi_2,\varphi_3\right)</math> est une base de <math>E^*</math> et déterminer sa base préduale, [[wikt:c.-à-d.|c.-à-d.]] la base <math>\left(f_1,f_2,f_3\right)</math> de <math>E</math> dont elle est la base duale. {{Solution|contenu= Par le même raisonnement que dans la première partie de l'exercice, il suffit — puisque <math>\dim(E^*)=3</math> — de construire trois vecteurs <math>f_1,f_2,f_3\in E</math> tels que <math>\varphi_i(f_j)=\delta_{i,j}</math>. [<math>f_1=ae_1+be_2+ce_3</math> avec <math>a,b,c</math> tels que <math>2a+b+c=1</math>, <math>-a+2c=0</math> et <math>a+3b=0</math>] équivaut à : [<math>a=\frac6{13}</math>, <math>b=-\frac2{13}</math> et <math>c=\frac3{13}</math>], soit <math>f_1=\frac{6e_1-2e_2+3e_3}{13}</math>. Par la même méthode, on trouve <math>f_2=\frac{-3e_1+e_2+5e_3}{13}</math> et <math>f_3=\frac{-2e_1+5e_2-e_3}{13}</math>. }} '''3.''' Sur <math>E=\R_3[X]</math>, on considère les cinq formes linéaires <math>\varphi_1</math>, <math>\varphi_2</math>, <math>\varphi_3</math>, <math>\varphi_4</math> et <math>\psi</math> définies par : :<math>\varphi_1(P)=P(0),\quad\varphi_2(P)= P'(0),\quad\varphi_3(P)=P(1),\quad\varphi_4(P)= P'(1),\quad\psi(P)=\int_0^1 P</math> (pour tout <math>P\in E</math>). #Montrer que <math>\left(\varphi_1,\varphi_2,\varphi_3,\varphi_4\right)</math> est une base de <math>E^*</math> et déterminer sa base préduale <math>\left(H_1,H_2,H_3,H_4\right)</math>. #Déterminer les coordonnées de <math>\psi</math> dans la base <math>\left(\varphi_1,\varphi_2,\varphi_3,\varphi_4\right)</math>. {{Solution|contenu= #Même raisonnement que ci-dessus.<br>[<math>H_1=aX^3+bX^2+cX+d</math> avec <math>a,b,c,d</math> tels que <math>d=1</math>, <math>c=0</math>, <math>a+b+c+d=0</math> et <math>3a+2b+c=0</math>] équivaut à : [<math>a=2</math>, <math>b=-3</math>, <math>c=0</math> et <math>d=1</math>], soit <math>H_1=2X^3-3X^2+1</math>.<br>Par la même méthode, on trouve <math>H_2=X^3-2X^2+X</math>, <math>H_3=-2X^3+3X^2</math> et <math>H_4=X^3-X^2</math>. #Soit <math>\left(x,y,z,t\right)\in\R^4</math> tel que <math>\psi=x\varphi_1+y\varphi_2+z\varphi_3+t\varphi_4</math> Alors,<br><math>x=\psi(H_1)=\frac12,\quad y=\psi(H_2)=\frac1{12},\quad z=\psi(H_3)=\frac12,\quad t=\psi(H_4)=-\frac1{12}</math>. }} ==Exercice 4== Soient <math>E=\R_n[X]</math> et pour tout <math>k\in\{0,\dots,n\}</math> et <math>P\in E</math>, <math>T_k(P)=\frac{P^{(k)}(0)}{k!}</math>. #Justifier que pour tout <math>k\in\{0,\dots,n\}</math>, <math>T_k</math> est une forme linéaire sur <math>E</math>. #Montrer que la famille <math>(T_0,\dots,T_n)</math> est la base duale de la base canonique de <math>E</math>. {{Solution|contenu= #L'application <math>P\mapsto P'</math> est linéaire donc par composition, <math>P\mapsto P^{(k)}</math> aussi. De plus, l'évaluation en <math>0</math> et la division par une constante (<math>k!</math>) sont linéaires donc (à nouveau par composition) <math>T_k</math> est linéaire. Puisqu'elle va de <math>E</math> dans <math>\R</math>, c'est donc une forme linéaire sur <math>E</math>. #Si <math>k<i</math>, <math>(X^i)^{(k)}=\frac{i!}{(i-k)!}X^{i-k}</math> s'annule en <math>0</math>. Si <math>k>i</math>, <math>(X^i)^{(k)}</math> est le polynôme nul. Donc si <math>k\ne i</math>, <math>T_k(X^i)=0</math>. Quant à <math>T_i(X^i)</math>, il vaut bien <math>1</math> car <math>(X^i)^{(i)}</math> est le polynôme constant <math>i!</math>. }} {{Bas de page | idfaculté = mathématiques | précédent = [[../../|Sommaire]] | suivant = [[../../|Sommaire]] }} nvxmjk9r31k5bmm8uybnm519b53kfu3 1 69752 880712 720146 2022-07-24T11:54:33Z Anne Bauval 6580 /* Cette page est liée sur Wikipédia */ +[[w:Application transposée]] wikitext text/x-wiki ==Cette page est liée sur Wikipédia== dans [[w:Forme linéaire]] et [[w:Application transposée]]. Merci d'en tenir compte en cas de renommage. [[Discussion utilisateur:Anne Bauval|Anne]], 24/7/2022 lyzmvdb4ueeoayw9ehf4lyt7yqq640s 0 71129 880661 831728 2022-07-23T12:11:10Z Slzbg 68495 ortho wikitext text/x-wiki {{Chapitre | idfaculté = droit | précédent = [[../La responsabilité du fait des produits défectueux/]] | suivant = | numéro = 15 | niveau = 15 }} La '''responsabilité médicale''' est une responsabilité engagée par la victime à l'encontre d'un laboratoire ou d'un établissement de santé, à cause d'un geste du médecin ou d'un médicament. La loi du 4 mars 2002<ref>[https://www.legifrance.gouv.fr/affichTexte.do?cidTexte=JORFTEXT000000227015 Loi n° 2002-303 du 4 mars 2002 relative aux droits des malades et à la qualité du système de santé] via Legifrance.</ref> est ce qui explique actuellement, ce que l'on entend par responsabilité médicale. == Spécialisation de la responsabilité médicale == === Situation antérieure à la loi du 4 mars 2002 === ==== Existence d'un contrat ==== La chambre des requêtes dans un arrêt du 18 juin 1835 nommé ''Thouret-Noroy'' précise que le médecin est responsable dans l'exercice de son métier. On se fonde donc sur la [[Responsabilité délictuelle/Définition de la responsabilité délictuelle|responsabilité délictuelle]]<ref>{{pdf}} [https://actu.dalloz-etudiant.fr/fileadmin/actualites/pdfs/JANVIER2012BIS/D2010-1522.pdf Recueil Dalloz 2010 {{p.|1522}}].</ref>. Il y a une contractualisation avec l'arrêt de chambre civile du 20 mai 1936 nommé ''Mercier'', qui dit que le médecin engage sa responsabilité contractuelle d'une obligation de soin vu qu'un contrat est formé entre ce médecin et le patient<ref>[https://www.revuegeneraledudroit.eu/blog/decisions/cour-de-cassation-civ-20-mai-1936-mercier/ Arrêt de chambre civile du 20 mai 1936, Mercier] via Revue générale du droit.</ref>. Lorsqu'il y avait le contrat, on était donc dans une obligation de moyen, c'est-à-dire l'obligation du médecin de faire le maximum pour soigner et soulager son patient. ==== Diversification ==== Selon l'arrêt du 28 janvier 1942 nommé ''Teyssier'' où le respect de la personne humaine impose au médecin d’avoir le consentement du patient avant une opération, il y a donc une obligation d’information<ref>{{pdf}} [http://www.biusante.parisdescartes.fr/sfhm/hsm/HSMx2001x035x003/HSMx2001x035x003x0299.pdf Arrêt Teyssier de la Cour de Cassation, 28 janvier 1942 : quelques remarques sur une décision "oubliée"] de Bernard Hoerni et J.P Bouscharai.</ref>. Il s'agit d'une obligation de résultat, donc le médecin avait l'obligation de soigner le patient. === Apports de la loi du 4 mars 2002 === ==== Obligation d'information ==== Dans l'arrêt de la première chambre civile du 9 octobre 2001, on assiste à un revirement de jurisprudence, car le devoir d’information préalablement nécessaire au consentement se base sur l’exigence du principe constitutionnel de sauvegarder la dignité humaine<ref>[https://www.legifrance.gouv.fr/affichJuriJudi.do?oldAction=rechJuriJudi&idTexte=JURITEXT000007045569&fastReqId=687161062&fastPos=1 Arrêt de la première chambre civile du 9 octobre 2001] via Legifrance.</ref>. Selon l'article 16-3 du code civil, seule la nécessité médicale autorise le médecin à porter atteinte à l'intégrité corporelle du patienr ou bien dans l'intérêt thérapeutique d'autrui quand il n'est pas à même de consentir à l'acte nécessaire à sa survie<ref>[https://www.legifrance.gouv.fr/affichCodeArticle.do;jsessionid=449AD9AD0850EF1CB3152FF308FDCD17.tplgfr33s_2?idArticle=LEGIARTI000006419297&cidTexte=LEGITEXT000006070721&dateTexte=20180907 Article 16-3 du code civil] via Legifrance.</ref>. L'article L 1111-2 du code de la santé publique dispose que toute personne a le droit d'être informée sur son état de santé. Cette information porte sur les différentes investigations, traitements ou actions de prévention qui sont proposés, leur utilité, leur urgence éventuelle, leurs conséquences, les risques fréquents ou graves normalement prévisibles qu'ils comportent ainsi que sur les autres solutions possibles et sur les conséquences prévisibles en cas de refus<ref>[https://www.legifrance.gouv.fr/affichCodeArticle.do;jsessionid=449AD9AD0850EF1CB3152FF308FDCD17.tplgfr33s_2?idArticle=LEGIARTI000031927568&cidTexte=LEGITEXT000006072665&dateTexte=20180907 Article L 1111-2 du code de la santé publique] via Legifrance.</ref>. ==== Obligation de soin ==== Selon l'article L 1142-1 du code de la santé publique, le médecin est responsable qu’en cas de faute et la prescription de l’action est de 10 ans à compter de la consolidation du dommage<ref name="L1142-1 CSP">[https://www.legifrance.gouv.fr/affichCodeArticle.do;jsessionid=449AD9AD0850EF1CB3152FF308FDCD17.tplgfr33s_2?idArticle=LEGIARTI000020628252&cidTexte=LEGITEXT000006072665&dateTexte=20180907 Article L 1142-1 du code de la santé publique] via Legifrance.</ref>. La première chambre civile, en 2015, précise que le médecin a le devoir de se renseigner sur l’état de santé du patient afin d’évaluer les risques et lui donner, ainsi, un consentement éclairé. ==== Défaut du produit médical ==== Le régime de la [[Responsabilité délictuelle/La responsabilité du fait des produits défectueux|responsabilité du fait des produits défectueux]] s'applique pour les vaccins par exemple et le médecin ne sera responsable que s'il commet une faute dans l'utilisation du produit. ==== Erreur médicale ==== Il existe un '''aléa thérapeutique''', c'est-à-dire qu'il n'y a pas de faute du médecin ni de l’établissement mais le patient a subi un dommage. La loi de 2002 se fonde sur la solidarité nationale pour indemniser la victime suite à un accident médical ou une infection nosocomiale et si le médecin ou le produit n'ont pas commis de faute selon l'article<ref name="L1142-1 CSP"/> . == Responsabilité civile des laboratoires == === Causalité === La question est difficile, car on ignore réellement ce qui se serait passé si l'accident n'avait pas lieu : La victime irait-elle mieux ? La victime serait-elle morte ? Donc, il est difficile d'apporter une preuve, on parle donc d''''embarras causaliste'''. Lorsqu'il existe un doute sur le lien de causalité, on veut quand même indemniser et on se base sur la '''[[Responsabilité délictuelle/Le dommage#Perte de chance|perte de chance]]'''. Mais il est possible aussi de recourir à la '''[[Responsabilité délictuelle/L'appréciation du lien de causalité et sa destruction#Cause alternative|causalité alternative]]''' par faveur pour les victimes ou biens aux '''[[Responsabilité délictuelle/L'appréciation du lien de causalité et sa destruction#Preuve par présomption|présomptions de causalité]]''' posées par la loi ou la jurisprudence : le droit médical conduit à des arrangements pour permette l’indemnisation des victimes où, dans des hypothèses de droit commun, elles n’auraient pas étés indemnisées. === Préjudice === On cherche à indemniser la personne, c'est la '''psychologisation du dommage''', car lorsque l'on va se faire soigner, on espère sortir de chez le médecin en bonne santé et pas pire qu'avant les soins. De plus, le '''préjudice d'anxiété''' est indemnisé, il s'agit du fait d'avoir peur de tomber malade comme le cas de certains travailleurs, ceux en contact avec l'amiante. Il existe aussi un '''préjudice d'impréparation''', c'est un préjudice issu d'un manquement d'information de la part du médecin et qui n'a pas permis à la victime de se préparer psychologiquement aux risques encourus à l'idée de subir un acte qui aurait pu porter atteinte à son intégrité corporelle. Néanmoins, aucune faute ne sera tenue à l'encontre du médecin, donc pas d'indemnisation, si l'acte médical comme l'opération était inévitable. == Sources == {{Références|colonnes = 2}} {{Bas de page | idfaculté = droit | précédent = [[../La responsabilité du fait des produits défectueux/]] | suivant = }} rf0vwxvdzxk006bxistysn5ixqk5ax6 104 75146 880665 880658 2022-07-23T14:55:27Z Mekkiwik 5298 /* pub données intercalaires */ wikitext text/x-wiki {{Annexe | idfaculté = biologie | numéro = 12 | niveau = | précédent = [[../archeo/]] | suivant = [[../Apmq/]] }} __TOC__ ==bacilli== ===Bacillus subtilis=== ====bsu==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#Bacillus subtilis|bsu]] <pre> Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168;;;; 43.6%GC;7.3.19 Paris;86;doubles;intercal ;;;; ;9810..11364;16s;@2;99 ;11464..11540;atc;;11 ;11552..11627;gca;;81 ;11709..14636;23s;;55 ;14692..14810;5s;; ;;;; ; 22292..22384;tca;; ;;;; ;30279..31832;16s;;99 ;31932..32008;atc;;11 ;32020..32095;gca;;81 ;32177..35103;23s;;133 ;35237..35355;5s;; ;;;; ;70181..70257;atg;;9 ;70267..70338;gaa;; ;;;; ;90536..92089;16s;@1;164 ;92254..95181;23s;;55 ;95237..95354;5s;;20 ;95375..95450;gta;;4 ;95455..95530;aca;;36 ;95567..95642;aaa;;6 ;95649..95731;cta;;40 ;95772..95846;ggc;;14 ;95861..95946;tta;;9 ;95956..96032;cgt;;27 ;96060..96136;cca;;9 ;96146..96221;gca;;170 ;96392..97945;16s;;164 ;98110..101037;23s;;55 ;101093..101211;5s;; ;;;; ;160893..162445;16s;;164 ;162610..165535;23s;;55 ;165591..165707;5s;;46 ;165754..165825;aac;;4 ;165830..165902;acc;;56 ;165959..166033;ggc;;30 ;166064..166140;cgt;;27 ;166168..166244;cca;;8 ;166253..166328;gca;;171 ;166500..168053;16s;;164 ;168218..171141;23s;;55 ;171197..171314;5s;;183 ;171498..173049;16s;;164 ;173214..176141;23s;;55 ;176197..176315;5s;; ;;;; ;194205..194279;gaa;;3 ;194283..194358;gta;;4 ;194363..194435;aca;;22 ;194458..194542;tac;;4 ;194547..194621;caa;; ;;;; ;528704..528778;aac;;4 ;528783..528873;agc;;29 ;528903..528974;gaa;;11 ;528986..529060;caa;;26 ;529087..529162;aaa;;11 ;529174..529255;cta;;80 ;529336..529422;ctc;; ;;;; ;635110..635186;cgt;;13 ;635200..635273;gga;;159 ;635433..636987;16s;;167 ;637155..640082;23s;;55 ;640138..640254;5s;;13 ;640268..640344;atgf;;60 ;640405..640481;gac;; ;;;; ;946696..948250;16s;;167 ;948418..951345;23s;;111 ;951457..951572;5s;;9 ;951582..951656;aac;;5 ;951662..951753;tcc;;34 ;951788..951859;gaa;;9 ;951869..951944;gta;;9 ;951954..952030;atgf;;11 ;952042..952118;gac;;12 ;952131..952206;ttc;;5 ;952212..952284;aca;;22 ;952307..952391;tac;;5 ;952397..952470;tgg;;24 ;952495..952570;cac;;9 ;952580..952651;caa;;49 ;952701..952775;ggc;;5 ;952781..952851;tgc;;7 ;952859..952947;tta;@3;265 ;953213..953294;ttg;; ;;;; ;967065..967138;gga;; ;;;; ;1262789..1262861;gtc;; ;;;; comp;2003276..2003348;agg;; ;;;; ;2563889..2563959;caa;; ;;;; comp;2899816..2899889;aga;; ;;;; comp;3171879..3171950;gaa;;25 comp;3171976..3172066;agc;;3 comp;3172070..3172144;aac;;10 comp;3172155..3172231;atc;;15 comp;3172247..3172320;gga;;10 comp;3172331..3172406;cac;;17 comp;3172424..3172499;ttc;;12 comp;3172512..3172588;gac;;11 comp;3172600..3172676;atgf;;17 comp;3172694..3172786;tca;;6 comp;3172793..3172869;atgi;;2 comp;3172872..3172948;atgj;;19 comp;3172968..3173040;gca;;5 comp;3173046..3173122;cca;;15 comp;3173138..3173214;cgt;;9 comp;3173224..3173309;tta;;14 comp;3173324..3173398;ggc;;5 comp;3173404..3173490;ctg;;10 comp;3173501..3173576;aaa;;37 comp;3173614..3173689;aca;;32 comp;3173722..3173797;gta;;20 comp;3173818..3173935;5s;;55 comp;3173991..3176918;23s;;167 comp;3177086..3178640;16s;; ;;;; comp;3194455..3194527;gcc;; ;;;; comp;3545889..3545964;cgg;; ;;;; comp;4154787..4154859;ttc;;35 comp;4154895..4154971;gac;;81 comp;4155053..4155124;gaa;;9 comp;4155134..4155209;aaa;; </pre> ====bsu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_blocs|bsu blocs]] <pre> bsu blocs;;;;;;;;; Types;;;;;;;;; I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2;II3 16s;167;167;164;164;;16s;164;164;164 23s;111;55;55;55;;23s;55;55;55 5s;9;20;46;20;;5s;;; ;5;32;4;4;;;;; ;aac;gta;aac;gta;;;;; ;**15aas;**20aas;**5aas;** 8aas;;;;; III;;;;;;IV;;; 16s;99;99;;;;cgt;13;; atc;11;11;;;;gga;159;; gca;81;81;;;;16s;167;; 23s;55;133;;;;23s;55;; 5s;;;;;;5s;13;; ;;;;;;atgf;60;; ;;;;;;gac;;; Groupes;;;;;;;;; ;16s;164;;;;16s;164;; I3;23s;55;;;I4;23s;55;; ;5s;46;;;;5s;20;; ;aac;4;;;;gta;4;; ;**4aas;8;;;;** 7aas;9;; ;gca;171;;;;gca;170;; II1;16s;164;;;II3;16s;164;; ;23s;55;;;;23s;55;; II2;5s;183;;;;5s;;; ;16s;164;;;;;;; ;23s;55;;;;;;; ;5s;;;;;;;; </pre> ====bsu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_données_intercalaires|bsu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;bsu;fx;fc;bsu;fx40;fc40;bsu;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;25;0;2;25;-1;0;72;134;111;tRNA 16s;;;tRNA tRNA;;contig ;0;10;28;231;1;3;41;-2;0;4;168;179;170;;gca;4;;gta ;0;20;46;398;2;2;31;-3;0;0;199;82;171;;gca;36;;aca ;0;30;70;185;3;3;34;-4;14;229;227;333;159;;gga;6;;aaa ;0;40;158;121;4;2;27;-5;0;0;122;78;16s tRNA;;;40;;cta ;0;50;81;84;5;3;19;-6;2;0;180;193;2* 99;;atc;14;;ggc 1;1;60;22;92;6;0;21;-7;1;11;52;90;tRNA 23s;;;9;;tta ;0;70;21;119;7;5;16;-8;1;75;130;172;2* 81;;gca;27;;cgt ;0;80;32;121;8;3;7;-9;1;0;232;840;5s tRNA;;;9;;cca ;0;90;22;112;9;3;16;-10;1;5;107;93;2* 20;;gta;**;;gca ;0;100;25;91;10;4;19;-11;1;43;383;86;46;;aac;4;;aac 1;1;110;24;106;11;0;32;-12;0;0;223;66;13;;atgf;56;;acc ;0;120;39;87;12;3;53;-13;0;6;;63;9;;aac;30;;ggc 2;2;130;41;86;13;5;46;-14;1;19;;106;tRNA tRNA;;intra;27;;cgt 1;1;140;27;66;14;12;47;-15;0;0;;284;2* 11;;atc gca;8;;cca ;0;150;42;68;15;4;52;-16;1;5;;269;tRNA tRNA;;;**;;gca ;0;160;34;66;16;3;31;-17;0;18;CDS 16s;;9;;atgj;13;;cgt 1;1;170;33;58;17;6;41;-18;0;0;350;349;**;;gaa;**;;gga 1;1;180;29;53;18;5;44;-19;1;4;243;;3;;gaa;60;;atgf ;0;190;25;34;19;5;23;-20;1;11;309;;4;;gta;**;;gac 1;1;200;19;34;20;3;29;-21;0;0;291;;22;;aca;5;;aac ;0;210;28;30;21;2;25;-22;0;2;5s 16s;;4;;tac;34;;tcc ;0;220;17;14;22;2;29;-23;0;8;183;;**;;caa;9;;gaa 2;2;230;24;20;23;3;22;-24;0;0;16s 23s;;4;;aac;9;;gta 1;1;240;16;27;24;7;24;-25;1;1;5* 164;;29;;agc;11;;atgf ;0;250;16;18;25;4;15;-26;0;8;3* 167;;11;;gaa;12;;gac ;0;260;13;13;26;13;12;-27;0;0;23s 5s;;26;;caa;5;;ttc ;0;270;19;16;27;12;12;-28;0;0;8* 55;;11;;aaa;22;;aca ;0;280;13;16;28;3;14;-29;0;6;133;;80;;cta;5;;tac ;0;290;13;6;29;10;17;-30;0;0;111;;**;;ctc;24;;tgg ;0;300;6;9;30;14;15;-31;0;1;5s CDS;;35;;ttc;9;;cac ;0;310;8;8;31;9;16;-32;0;2;175;36;81;;gac;49;;caa ;0;320;5;6;32;10;12;-33;0;0;237;;9;;gaa;5;;ggc ;0;330;1;8;33;16;18;-34;0;1;767;;**;;aaa;7;;tgc ;0;340;8;9;34;11;7;-35;0;3;;;;;;265;;tta ;0;350;5;6;35;16;11;-36;0;0;;;;;;**;;ttg ;0;360;4;4;36;19;13;-37;0;1;;;;;;25;;gaa ;0;370;4;2;37;13;5;-38;0;2;;;;;;3;;agc ;0;380;4;7;38;17;11;-39;0;0;;;;;;10;;aac 1;1;390;5;8;39;26;21;-40;1;1;;;;;;15;;atc ;0;400;1;2;40;21;7;-41;0;8;;;;;;10;;gga ;0;reste;60;49;reste;786;1555;-42;1;0;;;;;;17;;cac 12;12;total;1090;2515;total;1090;2515;-43;0;3;;;;;;12;;ttc 12;12;diagr;1028;2441;diagr;302;935;-44;0;2;;;;;;11;;gac 0;0; t30;144;814;;;;-45;0;0;;;;;;17;;atgf ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;6;;tca ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;;2;;atgi ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;19;;atgj ;x;1088;35;2;1125;;;-49;0;1;;;;;;5;;gca ;c;2490;573;25;3088;;;-50;0;2;;;;;;15;;cca ;;;;;4213;324;;reste;7;17;;;;;;9;;cgt ;;;;;;4537;;total;35;573;;;;;;14;;tta ;;;;;;;;;;;;;;;;5;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;10;;ctg ;;;;;;;;;;;;;;;;37;;aaa ;;;;;;;;;;;;;;;;32;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta </pre> =====bsu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires_aas|bsu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> ;autres intercalaires;;bsu;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;6994;350;; ;rRNA;9810;99;;16s ;tRNA;11464;11;;atc ;tRNA;11552;81;;gca ;rRNA;11709;55;;23s ;rRNA;14692;36;;5s fin;CDS;14847;;comp; deb;CDS;19968;52;; ;misc_RNA;20611;56;; deb;CDS;20880;134;; ;tRNA;22292;111;;tca fin;CDS;22496;;comp; deb;CDS;25852;41;; ;misc_RNA;26379;81;; fin;CDS;26814;;; deb;CDS;29772;243;; ;rRNA;30279;99;;16s ;tRNA;31932;11;;atc ;tRNA;32020;81;;gca ;rRNA;32177;133;;23s ;rRNA;35237;175;;5s fin;CDS;35531;;; deb;CDS;69626;168;; ;tRNA;70181;9;;atgj ;tRNA;70267;199;;gaa fin;CDS;70538;;; deb;CDS;88727;309;; ;rRNA;90536;164;;16s ;rRNA;92254;55;;23s ;rRNA;95237;20;;5s ;tRNA;95375;4;;gta ;tRNA;95455;36;;aca ;tRNA;95567;6;;aaa ;tRNA;95649;40;;cta ;tRNA;95772;14;;ggc ;tRNA;95861;9;;tta ;tRNA;95956;27;;cgt ;tRNA;96060;9;;cca ;tRNA;96146;170;;gca ;rRNA;96392;164;;16s ;rRNA;98110;55;;23s ;rRNA;101093;237;;5s fin;CDS;101449;;; deb;CDS;119111;45;; 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deb;CDS;4169166;189;; ;misc_RNA;4169802;125;; fin;CDS;4170045;;; </pre> ====bsu intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_entre_cds|bsu intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> 23.2.22;;;;;;;;;; bsu;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;608;14.4;'''négatif ;-12;19;-1 à -164;'''4 215 606;-1;608 ;'''zéro;27;0.6;;;;;'''intercals;0;27 ;'''1 à 200;3030;71.9;'''0 à 200;72;56;;'''401 590;5;165 ;'''201 à 370;412;9.8;'''201 à 370;258;44;;'''9.5%;10;94 ;'''371 à 600;118;2.8;'''371 à 600;458;67;;;15;254 ;'''601 à max;18;0.4;'''601 à 1021;755;132;;;20;190 ;'''total 4213;<201;87.0;'''total 4207;92;113;-164 à 1021;;25;133 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;122 390880;7511;-1;608;-70;19;;0;27;35;126 3671416;1306;0;27;-60;2;;-1;°72;40;153 2160565;1021;1;°44;-50;5;;-2;4;45;100 2221061;952;2;33;-40;19;;-3;0;50;65 2226176;950;3;37;-30;10;'''min à -1;-4;°243;55;54 1886057;824;4;°29;-20;38;608;-5;0;60;60 2733772;809;5;22;-10;105;14.4%;-6;2;65;62 785543;783;6;21;0;437;;-7;12;70;78 3699446;783;7;21;10;259;;-8;°76;75;84 2060817;777;8;10;20;444;;-9;1;80;69 875428;731;9;19;30;255;;-10;6;85;83 1446317;682;10;23;40;279;'''1 à 100;-11;°44;90;51 2051329;669;11;32;50;165;2059;-12;0;95;59 2054599;627;12;°56;60;114;48.9%;-13;6;100;57 873402;625;13;°51;70;140;;-14;°20;105;57 1872812;623;14;°59;80;153;;-15;0;110;73 1278565;619;15;°56;90;134;;-16;6;115;65 1900080;602;16;34;100;116;;-17;°18;120;61 1944113;594;17;°47;110;130;;-18;0;125;66 2091705;594;18;°49;120;126;;-19;5;130;61 548710;588;19;28;130;127;;-20;°12;135;51 674832;584;20;°32;140;93;;-21;0;140;42 554669;582;21;27;150;110;;-22;2;145;62 2708943;582;22;31;160;100;;-23;°8;150;48 4172387;577;23;25;170;91;'''1 à 200;-24;0;155;54 376032;573;24;°31;180;82;3030;-25;2;160;46 661630;573;25;19;190;59;71.9%;-26;°8;165;53 820867;572;26;25;200;53;;-27;0;170;38 560151;567;27;°24;210;58;;-28;0;175;42 2225337;560;28;17;220;31;;-29;°6;180;40 1883166;559;29;27;230;44;;-30;0;185;32 1441291;558;30;°29;240;43;;-31;1;190;27 3977791;555;31;25;250;34;'''0 à 200;-32;°2;195;32 552616;552;32;22;260;26;3057;;583;200;21 1269733;550;33;°34;270;35;;reste;52;205;34 2465966;548;34;18;280;29;;total;635;210;24 2763025;546;35;27;290;19;;;;215;15 2701979;544;36;°32;300;15;;;;220;16 3534118;538;37;18;310;16;;'''intercal;'''<u>frequencef;225;17 4128119;533;38;28;320;11;;600;4195;230;27 599107;531;39;°47;330;9;;620;2;235;24 ;;40;28;340;17;'''201 à 370;640;3;240;19 ;;reste;2341;350;11;412;660;0;245;19 ;;total;4213;360;8;9.8%;680;1;250;15 ;;1-40;1237;370;6;;700;1;255;15 ;;;;380;11;;720;0;260;11 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;13;;740;1;265;20 387744;-7616;cont;'''141;400;3;;760;0;270;15 3717238;-500;cont;'''480;410;11;;780;1;275;17 2909520;-492;cont;492;420;7;;800;2;280;12 2601528;-361;comp’;'''297;430;9;;820;1;285;11 1252815;-164;cont;164;440;3;;840;1;290;8 2466721;-154;cont;154;450;7;;860;0;295;7 1916663;-143;cont;143;460;1;;880;0;300;8 3666841;-127;comp’;'''84;470;5;;900;0;305;8 2693597;-119;cont;119;480;5;;920;0;310;8 538322;-113;cont;113;490;8;;940;0;315;4 1322014;-101;cont;101;500;3;;960;2;320;7 238164;-95;cont;95;510;2;;980;0;325;5 1526859;-94;cont;94;520;4;;1000;0;330;4 2652993;-93;comp’;93;530;3;;1020;0;335;12 2758043;-92;cont;92;540;3;'''371 à 600;1040;1;340;5 3755967;-91;cont;91;550;4;118;;16;345;6 2154781;-86;cont;86;560;5;2.8%;;;350;5 2705398;-82;cont;82;570;1;;;;355;6 2154705;-71;cont;71;580;4;'''601 à max;;;360;2 989712;-69;comp’;69;590;4;18;;;365;4 2413585;-65;cont;65;600;2;0.4%;;;370;2 2381919;-59;cont;59;reste;18;;reste;2;reste;136 ;;;;total;4213;;total;4213;total;4213 </pre> ====bsu intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> bsu Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; bsu;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-6.4;69;-338;67;458;359;max40;&-41;352;-1040;112;790;286;min50 51 à 400;48;-359;711;-11;861;249;2 parties;&12;-27;-230;64;954;75;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;152;56;-;440;dte;18;max40;&211;68;;617;poly;173;SF 51 à 400;94;40;-;694;poly;167;tF;&145;50;-;850;poly;104;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.432;;;;;; 41-n;0.660;0.008;0.283;;;;;;;;;;; 1-n;0.471;0.152;0.258;;;;;;;;;20.2.22;; bsu;fx;fc;;bsu;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;bsu;Sx-;Sc- 0;2;25;;0;2;10;0;2;25;>0;1088;-1;0;72 10;28;231;;10;27;95;1;3;41;<0;35;-2;0;4 20;46;398;;20;45;163;2;2;31;zéro;2;-3;0;0 30;70;185;;30;68;76;3;3;34;total;1125;-4;14;229 40;158;121;;40;154;50;4;2;27;;c;-5;0;0 50;81;84;;50;79;34;5;3;19;>0;2490;-6;2;0 60;22;92;;60;21;38;6;0;21;<0;573;-7;1;11 70;21;119;;70;20;49;7;5;16;zéro;25;-8;1;75 80;32;121;;80;31;50;8;3;7;;3088;-9;1;0 90;22;112;;90;21;46;9;3;16;;;-10;1;5 100;25;91;;100;24;37;10;4;19;total;4213;-11;1;43 110;24;106;;110;23;43;11;0;32;;;-12;0;0 120;39;87;;120;38;36;12;3;53;;;-13;0;6 130;41;86;;130;40;35;13;5;46;;;-14;1;19 140;27;66;;140;26;27;14;12;47;;;-15;0;0 150;42;68;;150;41;28;15;4;52;;;-16;1;5 160;34;66;;160;33;27;16;3;31;;;-17;0;18 170;33;58;;170;32;24;17;6;41;;;-18;0;0 180;29;53;;180;28;22;18;5;44;;;-19;1;4 190;25;34;;190;24;14;19;5;23;;;-20;1;11 200;19;34;;200;18;14;20;3;29;;;-21;0;0 210;28;30;;210;27;12;21;2;25;;;-22;0;2 220;17;14;;220;17;6;22;2;29;;;-23;0;8 230;24;20;;230;23;8;23;3;22;;;-24;0;0 240;16;27;;240;16;11;24;7;24;;;-25;1;1 250;16;18;;250;16;7;25;4;15;;;-26;0;8 260;13;13;;260;13;5;26;13;12;;;-27;0;0 270;19;16;;270;18;7;27;12;12;;;-28;0;0 280;13;16;;280;13;7;28;3;14;;;-29;0;6 290;13;6;;290;13;2;29;10;17;;;-30;0;0 300;6;9;;300;6;4;30;14;15;;;-31;0;1 310;8;8;;310;8;3;31;9;16;;;-32;0;2 320;5;6;;320;5;2;32;10;12;;;-33;0;0 330;1;8;;330;1;3;33;16;18;;;-34;0;1 340;8;9;;340;8;4;34;11;7;;;-35;0;3 350;5;6;;350;5;2;35;16;11;;;-36;0;0 360;4;4;;360;4;2;36;19;13;;;-37;0;1 370;4;2;;370;4;1;37;13;5;;;-38;0;2 380;4;7;;380;4;3;38;17;11;;;-39;0;0 390;5;8;;390;5;3;39;26;21;;;-40;1;1 400;1;2;;400;1;1;40;21;7;;;-41;0;8 reste;60;49;;;;;reste;786;1555;;;-42;1;0 total;1090;2515;;t30;140;333;total;1090;2515;;;-43;0;3 diagr;1028;2441;;t50;373;417;diagr;302;935;;;-44;0;2 - t30;884;1627;;;;;;;;;;-45;0;0 - t50;645;1422;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;2 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;;reste;7;17 ;;;;;;;;;;;;total;35;573 </pre> ====bsu intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_négatifs_S-|bsu intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;10;;2;1;1;1;;1;;;1;;1;;;1;1;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;7;30 continu;72;4;0;233;0;0;11;75;0;6;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;578 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;14;0;2;1;1;1;1;1;0;0;1;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;7;35 ;Sc-;72;4;0;229;0;0;11;75;0;5;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;573 </pre> ====bsu autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires|bsu autres intercalaires]] <pre> 23.2.22;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; bsu;autres intercalaires;;adresses1;;;bsu;autres intercalaires;;adresses2;;;bsu;autres intercalaires;;adresses3;;;bsu;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;6994;350;;;deb;°CDS;634651;333;comp;;deb;°CDS;1629320;144;;;deb;°CDS;2909520;125; ;$rRNA;9810;99;;;;&tRNA;635110;13;;;;misc_R;1630115;161;;;;misc_R;2910872;64; ;&tRNA;11464;11;;;;&tRNA;635200;159;;;fin;°CDS;1630382;;;;fin;°CDS;2911116;; ;&tRNA;11552;81;;;;$rRNA;635433;167;;;deb;°CDS;1675171;78;;;deb;°CDS;2952828;61; ;$rRNA;11709;55;;;;$rRNA;637155;55;;;;misc_R;1675981;19;;;;misc_R;2953411;244; ;$rRNA;14692;36;;;;$rRNA;640138;13;;;fin;°CDS;1676042;;;;fin;°CDS;2953795;; fin;°CDS;14847;;comp;;;&tRNA;640268;60;;;deb;°CDS;1727133;10;;;deb;°CDS;2959257;43; deb;°CDS;19968;52;;;;&tRNA;640405;180;;;;misc_R;1731457;101;;;;misc_R;2961232;106; ;misc_R;20611;56;;;fin;°CDS;640662;;;;fin;°CDS;1731776;;;;fin;°CDS;2961586;; deb;°CDS;20880;134;;;deb;°CDS;692740;143;;;deb;°CDS;1778337;183;;;deb;°CDS;3033696;153; ;&tRNA;22292;111;;;;misc_R;694425;134;;;;misc_R;1780404;63;;;;misc_R;3035589;8; fin;°CDS;22496;;comp;;fin;°CDS;694662;;;;fin;°CDS;1780618;;;;fin;°CDS;3035730;; deb;°CDS;25852;41;;;deb;°CDS;698092;79;;;deb;°CDS;1914630;-4;;;deb;°CDS;3036603;23; ;misc_R;26379;81;;;;misc_R;698369;140;;;;misc_R;1914992;-52;;;;misc_R;3037895;44; fin;°CDS;26814;;;;fin;°CDS;698612;;;;fin;°CDS;1915221;;;;fin;°CDS;3038213;; deb;°CDS;29772;243;;;deb;°CDS;945520;291;;;deb;°CDS;1916955;198;;;deb;°CDS;3102629;109; ;$rRNA;30279;99;;;;$rRNA;946696;167;;;;misc_R;1917501;58;;;;misc_R;3105153;102; ;&tRNA;31932;11;;;;$rRNA;948418;111;;;fin;°CDS;1917639;;;;fin;°CDS;3105470;; ;&tRNA;32020;81;;;;$rRNA;951457;9;;;deb;°CDS;2002637;93;;;deb;°CDS;3127825;167; ;$rRNA;32177;133;;;;&tRNA;951582;5;;;;&tRNA;2003276;52;comp;;;misc_R;3129195;196; ;$rRNA;35237;175;;;;&tRNA;951662;34;;;fin;°CDS;2003401;;comp;;fin;°CDS;3129530;; fin;°CDS;35531;;;;;&tRNA;951788;9;;;deb;°CDS;2024042;83;;;deb;°CDS;3169763;232;comp deb;°CDS;69626;168;;;;&tRNA;951869;9;;;;misc_R;2025160;148;;;;&tRNA;3171879;25;comp ;&tRNA;70181;9;;;;&tRNA;951954;11;;;fin;°CDS;2025400;;;;;&tRNA;3171976;3;comp ;&tRNA;70267;199;;;;&tRNA;952042;12;;;deb;°CDS;2069262;170;;;;&tRNA;3172070;10;comp fin;°CDS;70538;;;;;&tRNA;952131;5;;;;misc_R;2069732;-233;;;;&tRNA;3172155;15;comp deb;°CDS;88727;309;;;;&tRNA;952212;22;;;fin;°CDS;2069883;;;;;&tRNA;3172247;10;comp ;$rRNA;90536;164;;;;&tRNA;952307;5;;;deb;°CDS;2076206;469;;;;&tRNA;3172331;17;comp ;$rRNA;92254;55;;;;&tRNA;952397;24;;;;misc_R;2079096;10;;;;&tRNA;3172424;12;comp ;$rRNA;95237;20;;;;&tRNA;952495;9;;;fin;°CDS;2079214;;;;;&tRNA;3172512;11;comp ;&tRNA;95375;4;;;;&tRNA;952580;49;;;deb;°CDS;2094010;123;;;;&tRNA;3172600;17;comp ;&tRNA;95455;36;;;;&tRNA;952701;5;;;;misc_R;2095909;238;;;;&tRNA;3172694;6;comp ;&tRNA;95567;6;;;;&tRNA;952781;7;;;fin;°CDS;2096350;;;;;&tRNA;3172793;2;comp ;&tRNA;95649;40;;;;&tRNA;952859;265;;;deb;°CDS;2159981;-1389;;;;&tRNA;3172872;19;comp ;&tRNA;95772;14;;;;&tRNA;953213;78;;;;misc_R;2160390;-630;;;;&tRNA;3172968;5;comp ;&tRNA;95861;9;;;fin;°CDS;953373;;comp;;fin;°CDS;2160565;;;;;&tRNA;3173046;15;comp ;&tRNA;95956;27;;;deb;°CDS;954893;69;;;deb;°CDS;2162108;-2547;;;;&tRNA;3173138;9;comp ;&tRNA;96060;9;;;;misc_R;955655;132;;;;misc_f;2163068;420;;;;&tRNA;3173224;14;comp ;&tRNA;96146;170;;;fin;°CDS;955895;;;;;misc_R;2164643;682;;;;&tRNA;3173324;5;comp ;$rRNA;96392;164;;;deb;°CDS;966671;193;comp;;fin;°CDS;2165577;;;;;&tRNA;3173404;10;comp ;$rRNA;98110;55;;;;&tRNA;967065;90;;;deb;°CDS;2208328;61;;;;&tRNA;3173501;37;comp ;$rRNA;101093;237;;;fin;°CDS;967229;;comp;;;ncRNA;2208590;-26;;;;&tRNA;3173614;32;comp fin;°CDS;101449;;;;deb;°CDS;1178757;89;;;fin;°CDS;2208855;;;;;&tRNA;3173722;20;comp deb;°CDS;119111;45;;;;misc_R;1180685;106;;;deb;°CDS;2219514;-23;;;;$rRNA;3173818;55;comp ;misc_R;119855;65;;;fin;°CDS;1180909;;;;;misc_R;2219743;-66;;;;$rRNA;3173991;167;comp fin;°CDS;120061;;;;deb;°CDS;1218113;58;;;fin;°CDS;2219784;;;;;$rRNA;3177086;464;comp deb;°CDS;152937;56;;;;misc_R;1219164;470;;;deb;°CDS;2273594;-6;;;;misc_R;3179105;99; ;misc_R;153737;48;;;fin;°CDS;1219849;;;;;misc_R;2273705;104;;;fin;°CDS;3179306;; fin;°CDS;153842;;;;deb;°CDS;1233133;104;;;fin;°CDS;2273989;;;;deb;°CDS;3187503;124; deb;°CDS;159779;349;comp;;;misc_R;1233405;70;;;deb;°CDS;2319440;88;;;;misc_R;3188173;72; ;$rRNA;160893;164;;;fin;°CDS;1233614;;;;;misc_R;2320113;141;;;fin;°CDS;3188414;; ;$rRNA;162610;55;;;deb;°CDS;1240356;61;;;fin;°CDS;2320355;;;;deb;°CDS;3193863;106; ;$rRNA;165591;46;;;;misc_R;1242262;78;;;deb;°CDS;2330075;87;;;;&tRNA;3194455;107;comp ;&tRNA;165754;4;;;fin;°CDS;1242449;;;;;misc_R;2331320;58;;;fin;°CDS;3194635;;comp ;&tRNA;165830;56;;;deb;°CDS;1257414;167;;;fin;°CDS;2331779;;;;deb;°CDS;3334646;423; ;&tRNA;165959;30;;;;misc_R;1258304;67;;;deb;°CDS;2410017;-9;;;;ncRNA;3335414;205; ;&tRNA;166064;27;;;fin;°CDS;1258492;;;;;misc_R;2410581;197;;;fin;°CDS;3335751;; ;&tRNA;166168;8;;;deb;°CDS;1261426;172;comp;;fin;°CDS;2411086;;;;deb;°CDS;3359995;156; ;&tRNA;166253;171;;;;&tRNA;1262789;840;;;deb;°CDS;2430258;129;;;;misc_R;3360937;-211; ;$rRNA;166500;164;;;fin;°CDS;1263702;;comp;;;misc_R;2431473;119;;;fin;°CDS;3360974;; ;$rRNA;168218;55;;;deb;°CDS;1375777;32;;;fin;°CDS;2431737;;;;deb;°CDS;3363266;105; ;$rRNA;171197;183;;;;misc_R;1376328;77;;;deb;°CDS;2471787;133;;;;misc_R;3364397;114; ;$rRNA;171498;164;;;fin;°CDS;1376517;;;;;misc_R;2472880;25;;;fin;°CDS;3364618;; ;$rRNA;173214;55;;;deb;°CDS;1377243;87;;;fin;°CDS;2473151;;;;deb;°CDS;3403493;108; ;$rRNA;176197;767;;;;misc_R;1378233;52;;;deb;°CDS;2548245;73;;;;misc_R;3404546;158; fin;°CDS;177083;;;;fin;°CDS;1378496;;;;;misc_R;2549407;168;;;fin;°CDS;3404835;; deb;°CDS;193570;179;comp;;deb;°CDS;1383320;127;;;fin;°CDS;2549775;;;;deb;°CDS;3419656;103; ;&tRNA;194205;3;;;;misc_R;1385736;132;;;deb;°CDS;2562966;86;comp;;;misc_R;3421169;116; ;&tRNA;194283;4;;;fin;°CDS;1386024;;;;;&tRNA;2563889;66;;;fin;°CDS;3421465;; ;&tRNA;194363;22;;;deb;°CDS;1391040;96;;;fin;°CDS;2564026;;comp;;deb;°CDS;3449732;185; ;&tRNA;194458;4;;;;misc_R;1391739;101;;;deb;°CDS;2607762;82;;;;misc_R;3450712;176; ;&tRNA;194547;227;;;fin;°CDS;1391953;;;;;misc_R;2608732;39;;;fin;°CDS;3451248;; fin;°CDS;194849;;;;deb;°CDS;1395371;113;;;fin;°CDS;2608946;;;;deb;°CDS;3489910;68; deb;°CDS;198497;173;;;;misc_R;1395622;237;;;deb;°CDS;2624785;39;;;;misc_R;3491322;97; ;misc_R;200017;89;;;fin;°CDS;1396013;;;;;misc_R;2625952;69;;;fin;°CDS;3491655;; fin;°CDS;200277;;;;deb;°CDS;1409912;55;;;fin;°CDS;2626112;;;;deb;°CDS;3544642;284; deb;°CDS;275838;56;;;;misc_R;1410633;-113;;;deb;°CDS;2646594;292;;;;&tRNA;3545889;269;comp ;misc_R;276815;97;;;fin;°CDS;1410654;;;;;misc_R;2647405;-208;;;fin;°CDS;3546234;; fin;°CDS;277160;;;;deb;°CDS;1423241;92;;;fin;°CDS;2647456;;;;deb;°CDS;3854256;53; deb;°CDS;473803;103;;;;misc_R;1424527;83;;;deb;°CDS;2678240;-77;;;;misc_R;3856226;31; ;misc_R;474329;133;;;fin;°CDS;1424767;;;;;misc_R;2678343;233;;;;misc_R;3856479;81; fin;°CDS;474731;;;;deb;°CDS;1425641;38;;;deb;°CDS;2678799;-13;;;fin;°CDS;3856782;; deb;°CDS;483845;135;;;;misc_R;1426876;84;;;;misc_R;2678876;127;;;deb;°CDS;3946394;0; ;misc_R;486092;196;;;fin;°CDS;1427061;;;;fin;°CDS;2679142;;;;;misc_R;3946910;41; fin;°CDS;486432;;;;deb;°CDS;1438092;138;;;deb;°CDS;2773356;136;;;fin;°CDS;3947158;; deb;°CDS;528129;122;;;;misc_R;1439274;129;;;;misc_R;2773783;6;;;deb;°CDS;3987927;76;comp ;&tRNA;528704;4;;;fin;°CDS;1439448;;;;fin;°CDS;2773890;;;;;misc_R;3988840;388;comp ;&tRNA;528783;29;;;deb;°CDS;1456092;46;;;deb;°CDS;2798174;79;comp;;fin;°CDS;3989331;; ;&tRNA;528903;11;;;;misc_R;1457005;30;;;;misc_R;2800890;43;comp;;deb;°CDS;3997221;65; ;&tRNA;528986;26;;;fin;°CDS;1457187;;;;fin;°CDS;2801141;;comp;;;misc_R;3997775;82; ;&tRNA;529087;11;;;deb;°CDS;1482248;85;;;deb;°CDS;2813643;83;;;deb;°CDS;3997964;68; ;&tRNA;529174;80;;;;misc_R;1483557;476;;;;misc_R;2814491;51;;;;misc_R;3999166;77; ;&tRNA;529336;82;;;fin;°CDS;1484117;;;;fin;°CDS;2814743;;;;fin;°CDS;3999350;; fin;°CDS;529505;;comp;;deb;°CDS;1533327;368;;;deb;°CDS;2816535;89;;;deb;°CDS;4004288;386; deb;°CDS;532292;30;;;;misc_R;1534070;-161;;;;misc_R;2817899;59;;;;misc_R;4005523;126; ;misc_R;532583;115;;;fin;°CDS;1534120;;;;fin;°CDS;2818191;;;;fin;°CDS;4005752;; fin;°CDS;532758;;;;deb;°CDS;1568924;2;;;deb;°CDS;2855518;13;;;deb;°CDS;4095915;89; deb;°CDS;559264;67;;;;misc_R;1569199;199;;;;misc_R;2855840;57;;;;misc_R;4096997;6; ;misc_R;559532;540;;;fin;°CDS;1569519;;;;fin;°CDS;2855973;;;;fin;°CDS;4097416;; fin;°CDS;560151;;;;deb;°CDS;1606560;12;;;deb;°CDS;2866664;59;;;deb;°CDS;4153696;383;comp deb;°CDS;625125;54;;;;misc_R;1607367;87;;;;misc_R;2869366;165;;;;&tRNA;4154787;35;comp ;misc_R;626346;175;;;fin;°CDS;1607556;;;;fin;°CDS;2869754;;;;;&tRNA;4154895;81;comp fin;°CDS;626622;;;;deb;°CDS;1612521;62;;;deb;°CDS;2895248;121;;;;&tRNA;4155053;9;comp &emsp*;;;;;;;misc_R;1613078;52;;;;misc_R;2897094;447;;;;&tRNA;4155134;223;comp &emsp*;;;;;;fin;°CDS;1613357;;;;fin;°CDS;2897788;;;;fin;°CDS;4155433;;comp &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1617210;39;;;deb;°CDS;2898931;63;;;deb;°CDS;4169166;189; &emsp*;;;;;;;misc_R;1618161;26;;;;&tRNA;2899816;130;comp;;;misc_R;4169802;125; &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1618304;3;;;fin;°CDS;2900020;;comp;;fin;°CDS;4170045;; &emsp*;;;;;;;misc_R;1618853;52;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1619023;0;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;;misc_R;1620331;30;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;fin;°CDS;1620476;;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; </pre> ====bsu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_distribution|bsu distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; avant 16s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; cgt;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; gga;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1 ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;3;agc;1 après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;3 atgf;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4 gac;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;1;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga; ;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;2;cga;;;;;;;;;;;;cta;1;cca;3;caa;1;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;4;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;3;gaa;2;gga;1 ;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 ;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;bsu;;8;;;;;8;;bsu;18;;;;;;18;;;;;;;;;;;bsu;;;;52;2;;56 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;;; </pre> ====bsu lmo==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_lmo|bsu lmo]] <pre> bsu-lmo comparaison;;10.11.19 Tanger;;;comparaisons internes bsu, lmo;;;; bsu;intercal;lmo;intercal;diff;bsu;intercal;bsu;intercal;diff gaa;25;gaa;5;-20;16s;167;16s;167; agc;3;agc;34;31;23s;55;23s;111; aac;10;aac;6;-4;5s;20;5s;9; atc;15;atc;25;10;gta;32;aac;5; gga;10;gga;23;13;aca;37;tcc;34; cac;17;cac;28;11;aaa;10;gaa;9; ttc;12;ttc;4;-8;ctg;5;gta;9; gac;11;gac;4;-7;ggc;14;atgf;11;0 atgf;17;atgf;42;25;tta;9;gac;12;0 tca;6;tca;22;16;cgt;15;ttc;5; atgi;2;atgi;11;9;cca;5;aca;22; atgj;19;atgj;42;23;gca;19;tac;5; gca;5;gca;22;17;atgj;2;tgg;24; cca;15;cca;10;-5;atgi;6;cac;9; cgt;9;cgt;9;0;tca;17;caa;49; tta;14;tta;14;0;atgf;11;ggc;5; ggc;5;ggc;15;10;gac;12;tgc;7; ctg;10;cta;5;-5;ttc;17;tta;265; aaa;37;aaa;41;4;cac;10;ttg;; aca;32;aca;8;-24;gga;15;;; gta;20;gta;13;;atc;10;16s;164; 5s;55;5s;81;;aac;3;23s;55; 23s;167;23s;244;;agc;25;5s;20; 16s;;16s;;;gaa;;gta;4;-28 ;;;;;;;aca;36;-1 16s;167;16s;127;;;;aaa;6;-4 23s;111;atc;46;;;;cta;40;35 5s;9;gca;172;;;;ggc;14;0 aac;5;23s;80;;;;tta;9;0 tcc;34;5s;14;;;;cgt;27;12 gaa;9;aac;6;1;;;cca;9;4 gta;9;tcc;33;-1;;;gca;170; atgf;11;gaa;56;47;;;;; gac;12;gta;21;12;lmo;intercal;lmo;intercal;diff ttc;5;atgf;6;-5;16s;244;16s;127; aca;22;gac;4;-8;23s;81;atc;46; tac;5;ttc;20;;5s;13;gca;172; tgg;24;tac;7;2;gta;8;23s;80; cac;9;tgg;15;-9;aca;41;5s;14; caa;49;cac;29;20;aaa;5;aac;6; ggc;5;caa;5;-44;cta;15;tcc;33; tgc;7;ggc;19;14;ggc;14;gaa;56; tta;265;tgc;45;;tta;9;gta;21; ttg;;ttg;;;cgt;10;atgf;6;2 ;;;;;cca;22;gac;4;0 16s;164;16s;244;;gca;42;ttc;20; 23s;55;23s;80;;atgj;11;tac;7; 5s;20;5s;13;;atgi;22;tgg;15; gta;4;gta;8;4;tca;42;cac;29; aca;36;aca;41;5;atgf;4;caa;5; aaa;6;aaa;5;-1;gac;4;ggc;19; cta;40;cta;14;-26;ttc;28;tgc;45; ggc;14;ggc;21;7;cac;23;ttg;; tta;9;tta;12;3;gga;25;;; cgt;27;cgt;10;-17;atc;6;16s;244; cca;9;cca;19;10;aac;34;23s;80; gca;170;gca;341;;agc;5;5s;13; ;;;;;gaa;;gta;8;0 ;;;;;;;aca;41;0 ;;;;;;;aaa;5;0 ;;;;;;;cta;14;-1 ;;;;;;;ggc;21;7 ;;;;;;;tta;12;3 ;;;;;;;cgt;10;0 ;;;;;;;cca;19;-3 ;;;;;;;gca;341; ;;;;;;;;; bsu;intercal;lmo;intercal;diff;entre génomes;;;intra génome; gaa;3;gaa;157;;gamme;fréquence;;gamme;fréquence gta;4;acg;9;;-15;5;;-7;1 aca;22;tac;11;;-14;;;-6; tac;4;caa;6;;-13;;;-5; caa;;aaa;;;-12;;;-4;1 ;;;;;-11;;;-3;1 aga;;aga;;;-10;;;-2; ;;;;;-9;1;;-1;2 cgg;;cgg;;;-8;2;;0;9 ;;;;;-7;1;;1; gga;;gga;;;-6;;;2;1 ;;;;;-5;3;;3;1 gtc;;gtc;;;-4;1;;4;1 ;;;;;-3;;;5; agg;;cgt;;;-2;;;6; ;;;;;-1;2;;7;1 caa;;ctc;;;0;2;;;2 ;;;;;1;1;;total;20 gcc;;tcg;;;2;1;; -2+2;11 ;;;;;3;1;;; tca;;;;;4;2;;; ;;;;;5;1;;; atg;9;aac;3;;6;;;; gaa;;agc;;;7;1;;; ;;;;;8;;;; ;;gaa;27;;9;1;;; ;;gac;;;10;3;;; ;;;;;11;1;;; cgt;13;16s;127;;12;1;;; gga;159;atc;46;;13;1;;; 16s;167;gca;172;;14;1;;; 23s;55;23s;80;;15;;;; 5s;13;5s;14;;;7;;; atgf;60;aac;24;;total;39;;; gac;;acc;;; -2+2;6;;; </pre> ===Listeria monocytogenes=== ====lmo==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo opérons|lmo]] <pre> Listeria monocytogenes EGD-e;;;; 37.9%GC;7.3.19 Paris;67;doubles;intercal ;82705..82777;aag;; ;237466..239020;16s;@1;244 ;239265..242195;23s;;80 ;242276..242385;5s;;13 ;242399..242471;gta;;8 ;242480..242555;aca;;41 ;242597..242669;aaa;;5 ;242675..242756;cta;;14 ;242771..242842;ggc;;21 ;242864..242949;tta;;12 ;242962..243035;cgt;;10 ;243046..243119;cca;;19 ;243139..243214;gca;;341 ;243556..245041;16s;;244 ;245286..248216;23s;;80 ;248297..248406;5s;; ;;;; ;677464..677553;tcg;; ;;;; ;936656..936728;aac;;3 ;936732..936819;agc;; ;;;; ;940017..940088;gaa;;27 ;940116..940188;gac;; ;;;; ;970867..970937;gga;; ;;;; ;1266675..1266748;aga;; ;;;; comp;1740916..1740987;gaa;;5 comp;1740993..1741083;agc;;34 comp;1741118..1741190;aac;;6 comp;1741197..1741270;atc;;25 comp;1741296..1741366;gga;;23 comp;1741390..1741462;cac;;28 comp;1741491..1741563;ttc;;4 comp;1741568..1741643;gac;;4 comp;1741648..1741721;atgf;;42 comp;1741764..1741853;tca;;22 comp;1741876..1741949;atgi;;11 comp;1741961..1742034;atgj;;42 comp;1742077..1742149;gca;;22 comp;1742172..1742245;cca;;10 comp;1742256..1742329;cgt;;9 comp;1742339..1742424;tta;;14 comp;1742439..1742513;ggc;;15 comp;1742529..1742610;cta;;5 comp;1742616..1742688;aaa;;41 comp;1742730..1742805;aca;;8 comp;1742814..1742886;gta;;13 comp;1742900..1743009;5s;;81 comp;1743091..1746021;23s;;244 comp;1746266..1747811;16s;; ;;;; ;1776112..1776183;cgt;; ;;;; comp;1848821..1848930;5s;;81 comp;1849012..1851942;23s;;244 comp;1852187..1853732;16s;; ;;;; ;2162187..2162273;ctc;; ;;;; ;2215375..2215446;gaa;;157 ;2215604..2215677;acg;;9 ;2215687..2215770;tac;;11 ;2215782..2215856;caa;;6 ;2215863..2215935;aaa;; ;;;; comp;2436493..2436576;ttg;;45 comp;2436622..2436695;tgc;;19 comp;2436715..2436786;ggc;;5 comp;2436792..2436863;caa;;29 comp;2436893..2436965;cac;;15 comp;2436981..2437054;tgg;;7 comp;2437062..2437145;tac;;20 comp;2437166..2437238;ttc;;4 comp;2437243..2437318;gac;;6 comp;2437325..2437398;atgf;;21 comp;2437420..2437495;gta;;56 comp;2437552..2437623;gaa;;33 comp;2437657..2437745;tcc;;6 comp;2437752..2437827;aac;;14 comp;2437842..2437951;5s;;80 comp;2438032..2440962;23s;;172 comp;2441135..2441210;gca;;46 comp;2441257..2441330;atc;;127 comp;2441458..2443003;16s;@2; ;;;; comp;2540230..2540301;cgg;; ;;;; comp;2672664..2672736;acc;;24 comp;2672761..2672836;aac;;14 comp;2672851..2672960;5s;;80 comp;2673041..2675971;23s;;172 comp;2676144..2676219;gca;;46 comp;2676266..2676339;atc;;127 comp;2676467..2678012;16s;; ;;;; ;2930362..2930434;gtc;; </pre> ====lmo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_distribution|lmo distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; aac;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1 ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;0;aac;2;agc;1 ;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2 ;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;2;tca;1;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga; ;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;2;caa;1;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;2;gaa;2;gga;1 ;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 ;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;lmo;;8;;;;;8;;lmo;9;;;;;;9;;;;;;;;;;;lmo;;;;44;;;44 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;;; </pre> ====lmo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_données_intercalaires|lmo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;lmo;fx;fc;lmo;fx40;fc40;lmo;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;27;0;1;27;-1;;61;87;68;tRNA 16s;;;tRNA tRNA;;contig ;0;10;10;183;1;1;32;-2;;0;181;940;341;;gca;5;;gaa ;0;20;20;345;2;2;40;-3;;0;52;370;16s tRNA;;;34;;agc ;1;30;20;147;3;1;33;-4;3;173;382;73;2* 127;;atc;6;;aac ;0;40;80;64;4;0;11;-5;;0;197;132;tRNA 23s;;;25;;atc 2;0;50;79;45;5;2;19;-6;;0;127;49;2* 172;;gca;23;;gga 1;1;60;21;46;6;0;16;-7;;0;99;333;5s tRNA;;;28;;cac 1;1;70;12;69;7;0;5;-8;;57;110;118;2* 13;;gta;4;;ttc 1;0;80;13;69;8;3;5;-9;;0;366;56;2* 14;;aac;4;;gac ;1;90;10;69;9;1;13;-10;1;3;66;44;tRNA tRNA;;intra;42;;atgf ;1;100;9;54;10;0;9;-11;2;22;128;;8;;gta;22;;tca ;1;110;9;88;11;1;26;-12;;0;351;;41;;aca;11;;atgi 1;1;120;14;74;12;2;52;-13;;3;119;;5;;aaa;42;;atgj ;2;130;21;57;13;3;31;-14;;14;152;;14;;cta;22;;gca 1;0;140;14;52;14;0;36;-15;;0;21;;21;;ggc;10;;cca ;0;150;13;48;15;4;46;-16;1;2;CDS 16s;;12;;tta;9;;cgt ;1;160;26;42;16;0;42;-17;;13;445;;10;;cgt;14;;tta ;0;170;15;28;17;2;21;-18;1;0;451;;19;;cca;15;;ggc ;0;180;11;30;18;3;43;-19;;2;344;;**;;gca;5;;cta ;1;190;10;25;19;3;26;-20;;7;364;;2* 46;;gca;41;;aaa ;1;200;19;35;20;2;22;-21;;0;289;;**;;atc;8;;aca ;0;210;13;23;21;0;30;-22;;2;16s 23s;;24;;acc;**;;gta ;0;220;14;14;22;3;25;-23;;6;4* 244;;**;;aac;45;;ttg ;0;230;9;16;23;2;16;-24;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;;19;;tgc ;0;240;11;16;24;5;18;-25;;1;4* 80;;3;;aac;5;;ggc ;0;250;11;10;25;1;9;-26;;4;2* 81;;**;;agc;29;;caa ;0;260;9;16;26;2;10;-27;;0;5s CDS;;27;;gaa;15;;cac ;0;270;6;5;27;1;16;-28;;1;148;;**;;gac;7;;tgg ;0;280;3;17;28;0;8;-29;;4;130;;157;;gaa;20;;tac ;0;290;1;14;29;1;6;-30;;0;;;9;;acg;4;;ttc ;0;300;7;12;30;5;9;-31;1;0;;;11;;tac;6;;gac ;0;310;6;5;31;6;8;-32;;1;;;6;;caa;21;;atgf ;0;320;5;7;32;7;5;-33;;0;;;**;;aaa;56;;gta ;0;330;5;9;33;2;9;-34;;0;;;;;;33;;gaa 1;0;340;4;7;34;7;7;-35;;1;;;;;;6;;tcc ;0;350;2;5;35;6;10;-36;;0;;;;;;**;;aac ;1;360;2;5;36;8;9;-37;;1;;;;;;;; 1;1;370;3;9;37;7;3;-38;;1;;;;;;;; ;0;380;1;3;38;14;0;-39;;0;;;;;;;; ;1;390;8;6;39;10;6;-40;;1;;;;;;;; ;0;400;3;2;40;13;7;-41;;2;;;;;;;; 1;0;reste;37;51;reste;456;1082;-42;;0;;;;;;;; 10;15;total;587;1849;total;587;1848;-43;;0;;;;;;;; 9;15;diagr;549;1771;diagr;130;739;-44;;2;;;;;;;; 0;1; t30;50;675;;;;-45;;0;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;1;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;; ;x;586;10;1;597;;;-49;;1;;;;;;;; ;c;1822;393;27;2242;;;-50;;0;;;;;;;; ;;;;;2839;101;;reste;1;7;;;;;;;; ;;;;;;2940;;total;10;393;;;;;;;; </pre> =====lmo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Construction: remarque sur les nombreux regulatory <pre> autres intercalaires;;lmo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;81661;82617;87;*; ;;tRNA;82705;82777;181;*;aag fin;;CDS;82959;84437;;; deb;;CDS;235524;237020;445;*; ;;rRNA;237466;239020;244;*;1555 ;;rRNA;239265;242195;80;*;2931 ;;rRNA;242276;242385;13;*;110 ;;tRNA;242399;242471;8;*;gta ;;tRNA;242480;242555;41;*;aca ;;tRNA;242597;242669;5;*;aaa ;;tRNA;242675;242756;14;*;cta ;;tRNA;242771;242842;21;*;ggc ;;tRNA;242864;242949;12;*;tta ;;tRNA;242962;243035;10;*;cgt ;;tRNA;243046;243119;19;*;cca ;;tRNA;243139;243214;341;*;gca ;;rRNA;243556;245041;244;*;1486 ;;rRNA;245286;248216;80;*;2931 ;;rRNA;248297;248406;148;*;110 fin;;CDS;248555;249013;;; deb;;CDS;676802;677395;68;*; ;comp;tRNA;677464;677553;940;*;tcg fin;;CDS;678494;679123;;; deb;;CDS;936136;936603;52;*; ;;tRNA;936656;936728;3;*;aac ;;tRNA;936732;936819;382;*;agc fin;;CDS;937202;937594;;; deb;;CDS;939106;939819;197;*; ;;tRNA;940017;940088;27;*;gaa ;;tRNA;940116;940188;127;*;gac fin;;CDS;940316;940696;;; deb;comp;CDS;969549;970496;370;*; ;;tRNA;970867;970937;99;*;gga fin;;CDS;971037;972176;;; deb;;CDS;1266040;1266564;110;*; ;;tRNA;1266675;1266748;366;*;aga fin;;CDS;1267115;1268473;;0; deb;comp;CDS;1739674;1740849;66;*; ;comp;tRNA;1740916;1740987;5;*;gaa ;comp;tRNA;1740993;1741083;34;*;agc ;comp;tRNA;1741118;1741190;6;*;aac ;comp;tRNA;1741197;1741270;25;*;atc ;comp;tRNA;1741296;1741366;23;*;gga ;comp;tRNA;1741390;1741462;28;*;cac ;comp;tRNA;1741491;1741563;4;*;ttc ;comp;tRNA;1741568;1741643;4;*;gac ;comp;tRNA;1741648;1741721;42;*;atgf ;comp;tRNA;1741764;1741853;22;*;tca ;comp;tRNA;1741876;1741949;11;*;atgi ;comp;tRNA;1741961;1742034;42;*;atgj ;comp;tRNA;1742077;1742149;22;*;gca ;comp;tRNA;1742172;1742245;10;*;cca ;comp;tRNA;1742256;1742329;9;*;cgt ;comp;tRNA;1742339;1742424;14;*;tta ;comp;tRNA;1742439;1742513;15;*;ggc ;comp;tRNA;1742529;1742610;5;*;cta ;comp;tRNA;1742616;1742688;41;*;aaa ;comp;tRNA;1742730;1742805;8;*;aca ;comp;tRNA;1742814;1742886;13;*;gta ;comp;rRNA;1742900;1743009;81;*;110 ;comp;rRNA;1743091;1746021;244;*;2931 ;comp;rRNA;1746266;1747811;451;*;1546 fin;comp;CDS;1748263;1748709;;; deb;;CDS;1774991;1775983;128;*; ;;tRNA;1776112;1776183;73;*;cgt fin;comp;CDS;1776257;1776829;;; deb;comp;CDS;1848166;1848690;130;*; ;comp;rRNA;1848821;1848930;81;*;110 ;comp;rRNA;1849012;1851942;244;*;2931 ;comp;rRNA;1852187;1853732;344;*;1546 fin;comp;CDS;1854077;1854682;;0; deb;comp;CDS;2161161;2162054;132;*; ;;tRNA;2162187;2162273;49;*;ctc fin;comp;CDS;2162323;2164011;;; deb;comp;CDS;2213218;2215041;333;*; ;;tRNA;2215375;2215446;157;*;gaa ;;tRNA;2215604;2215677;9;*;acg ;;tRNA;2215687;2215770;11;*;tac ;;tRNA;2215782;2215856;6;*;caa ;;tRNA;2215863;2215935;118;*;aaa fin;comp;CDS;2216054;2216743;;0; deb;comp;CDS;2435023;2436141;351;*; ;comp;tRNA;2436493;2436576;45;*;ttg ;comp;tRNA;2436622;2436695;19;*;tgc ;comp;tRNA;2436715;2436786;5;*;ggc ;comp;tRNA;2436792;2436863;29;*;caa ;comp;tRNA;2436893;2436965;15;*;cac ;comp;tRNA;2436981;2437054;7;*;tgg ;comp;tRNA;2437062;2437145;20;*;tac ;comp;tRNA;2437166;2437238;4;*;ttc ;comp;tRNA;2437243;2437318;6;*;gac ;comp;tRNA;2437325;2437398;21;*;atgf ;comp;tRNA;2437420;2437495;56;*;gta ;comp;tRNA;2437552;2437623;33;*;gaa ;comp;tRNA;2437657;2437745;6;*;tcc ;comp;tRNA;2437752;2437827;14;*;aac ;comp;rRNA;2437842;2437951;80;*;110 ;comp;rRNA;2438032;2440962;172;*;2931 ;comp;tRNA;2441135;2441210;46;*;gca ;comp;tRNA;2441257;2441330;127;*;atc ;comp;rRNA;2441458;2443003;364;*;1546 fin;comp;CDS;2443368;2444126;;; deb;;CDS;2539838;2540173;56;*; ;comp;tRNA;2540230;2540301;119;*;cgg fin;comp;CDS;2540421;2541857;;0; deb;comp;CDS;2671624;2672511;152;*; ;comp;tRNA;2672664;2672736;24;*;acc ;comp;tRNA;2672761;2672836;14;*;aac ;comp;rRNA;2672851;2672960;80;*;110 ;comp;rRNA;2673041;2675971;172;*;2931 ;comp;tRNA;2676144;2676219;46;*;gca ;comp;tRNA;2676266;2676339;127;*;atc ;comp;rRNA;2676467;2678012;289;*;1546 fin;comp;CDS;2678302;2679330;;0; deb;;CDS;2929315;2930340;21;*; ;;tRNA;2930362;2930434;44;*;gtc fin;comp;CDS;2930479;2932473;;; </pre> ====lmo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_blocs|lmo blocs]] <pre> lmo blocs;;;;;;;; Types;;;;;;;; I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2 16s;;244;;244;;16s;244;244 23s;;81;;80;;23s;80;81 5s;;13;;13;;5s;; ;;8;;8;;;; ;;gta;;gta;;;; ;;**20aas;;**8aas;;;; III;;;;;;IV;; 16s;127;127;;;;;; atc;46;46;;;;;; gca;172;172;;;;;; 23s;80;80;;;;;; 5s;14;14;;;;;; ;6;24;;;;;; ;aac;aac;;;;;; ;**13aas;acc;;;;;; Groupes;;;;;;;; ;;;;;;16s;244; ;;;;;I4;23s;80; ;;;;;;5s;13; ;;;;;;gta;8; ;;;;;;**7aas;19; ;;;;;;gca;341; ;;;;;;16s;244; ;;;;;II1;23s;80; ;;;;;;5s;; </pre> ===lam=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_opérons|lam]] <pre> ;Lactobacillus amylovorus strain 30SC;;; 38%GC;30.6.19 Paris;63;doubles;intercal ;447399..448972;16s;@1;125 ;449098..449172;atc;;52 ;449225..449297;gca;;115 ;449413..452324;23s;;68 ;452393..452509;5s;;4 ;452514..452586;gta;;2 ;452589..452661;aaa;;13 ;452675..452756;cta;;23 ;452780..452852;aca;;10 ;452863..452934;ggc;;11 ;452946..453031;tta;;8 ;453040..453113;cgt;;5 ;453119..453192;cca;;29 ;453222..453295;atg;;12 ;453308..453381;atgi;;27 ;453409..453482;atgf;;3 ;453486..453559;gac;;6 ;453566..453638;ttc;;19 ;453658..453728;gga;;5 ;453734..453808;atc;;2 ;453811..453900;agc;; ;;;; ;57091..58664;16s;;125 ;58790..58864;atc;;52 ;58917..58989;gca;;115 ;59105..62016;23s;;68 ;62085..62201;5s;;13 ;62215..62287;aac;; ;;;; ;469566..471139;16s;@2;9 ;471149..471334;cds1; hp 186;-3 ;471332..474243;23s;;68 ;474312..474428;5s;;13 ;474442..474514;aac;; ;;;; comp;1709284..1709374;tcc;;10 comp;1709385..1709457;aac;;13 comp;1709471..1709587;5s;;68 comp;1709656..1712567;23s;;-3 comp;1712565..1712750;cds2;hp 186;9 comp;1712760..1714333;16s;; ;;;; comp;79386..79458;aag;; ;;;; comp;79913..79985;aag;; ;;;; ;193922..193994;acc;; ;;;; comp;210866..210939;ggg;; ;;;; ;287678..287752;ggc;+;111 ;287864..287938;ggc;3 ggc;109 ;288048..288122;ggc;;35 ;288158..288231;ccg;; ;;;; ;457611..457682;gaa;;35 ;457718..457804;tca;;9 ;457814..457887;atgf;;3 ;457891..457964;gac;;6 ;457971..458046;ttc;;4 ;458051..458132;tac;;4 ;458137..458207;tgg;;12 ;458220..458295;cac;;4 ;458300..458371;caa;;23 ;458395..458465;tgc;;40 ;458506..458590;ttg;; ;;;; ;474442..474514;aac;; ;;;; ;507688..507760;acg;; ;;;; ;526886..526957;caa;; ;;;; ;551550..551631;tac;;34 ;551666..551737;caa;; ;;;; ;567329..567416;ctt;; ;;;; ;583327..583413;tca;;6 ;583420..583493;gac;;7 ;583501..583576;cac;;4 ;583581..583653;gta;; ;;;; ;642034..642106;agg;; ;;;; comp;729370..729441;cgg;; ;;;; ;784793..784864;gag;; ;;;; ;917887..917975;tcg;; ;;;; ;1456724..1456800;aga;; ;;;; ;1681218..1681301;ctg;; ;;;; comp;1707998..1708070;gta;;5 comp;1708076..1708147;gaa;; ;;;; ;1987190..1987263;cgt;;8 ;1987272..1987345;cca;; </pre> ===lam blocs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_blocs|lam blocs]] <pre> lam blocs;;;;; 16s;125;1574;16s;9;1574 atc;52;;cds1;-3;62 gca;115;;23s;68;2912 23s;68;2912;5s;13;117 5s;4;117;aac;; gta;;;;; ;;;;; 16s;125;1574;16s;9;1574 atc;52;;cds2;-3;62 gca;115;;23s;68;2912 23s;68;2912;5s;13;117 5s;13;117;aac;; aac;;;;; </pre> ====lam distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_distribution|lam distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; après 5s;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; 3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; tcc;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc; ;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;;aac;;agc;1 >1aa;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1 ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga; ;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1 ;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; ;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;lam;;14;;;;;14;;lam;22;;;;;;22;;lam;3;;;;;;3;;lam;;;;16;;;16 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;; </pre> ====lam données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_données_intercalaires|lam données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;lam;fx;fc;lam;fx40;fc40;lam;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;16;0;2;16;-1;;96;222;163;16s tRNA;; ;0;10;8;202;1;1;30;-2;;0;169;85;2* 133;;atc ;0;20;3;162;2;1;38;-3;;0;114;135;tRNA 23s;; ;0;30;12;70;3;2;28;-4;8;49;118;59;2* 118;;gca 1;1;40;27;36;4;0;13;-5;;0;139;212;5s tRNA;; ;0;50;36;39;5;0;11;-6;;0;71;59;3* 13;;aac 3;3;60;39;55;6;0;13;-7;;1;41;39;4;;gta ;0;70;29;66;7;2;7;-8;;38;76;117;tRNA tRNA;;intra ;0;80;17;56;8;2;16;-9;;0;168;239;2* 52;;atc gca 3;3;90;12;43;9;0;23;-10;1;2;222;88;tRNA tRNA;;contig 1;1;100;29;57;10;0;23;-11;1;20;121;129;2;;gta ;0;110;13;57;11;0;23;-12;;0;337;150;13;;aaa 1;1;120;16;43;12;2;17;-13;;1;57;99;23;;cta 1;1;130;15;34;13;0;16;-14;;12;181;82;10;;aca 1;1;140;14;29;14;0;16;-15;;0;278;58;11;;ggc 1;1;150;19;22;15;0;21;-16;;0;65;;8;;tta ;0;160;18;18;16;0;19;-17;1;9;202;;5;;cgt 1;1;170;16;17;17;1;13;-18;;0;81;;29;;cca ;0;180;13;19;18;0;14;-19;;1;86;;12;;atgj ;0;190;12;24;19;0;11;-20;;9;101;;27;;atgi ;0;200;14;13;20;0;12;-21;;0;71;;3;;atgf ;0;210;10;13;21;0;11;-22;;1;57;;6;;gac 1;1;220;8;9;22;0;8;-23;1;3;33;;19;;ttc ;0;230;7;15;23;3;4;-24;;0;134;;5;;gga 1;1;240;6;15;24;2;10;-25;;3;161;;2;;atc ;0;250;4;9;25;2;7;-26;1;4;141;;**;;agc ;0;260;9;8;26;2;11;-27;;0;107;;10;;tcc ;0;270;5;11;27;0;5;-28;;0;213;;**;;aac ;0;280;5;2;28;0;9;-29;1;3;CDS 16s;;tRNA tRNA;; ;0;290;5;7;29;0;4;-30;;0;562;513;111;;ggc ;0;300;4;7;30;3;1;-31;;1;744;649;112;;ggc ;0;310;7;4;31;4;5;-32;;4;16s 23s;;35;;ggc ;0;320;4;5;32;6;0;-33;;0;2* 203;;**;;ccg ;0;330;2;11;33;5;7;-34;;0;23s 5s;;35;;gaa ;0;340;3;2;34;1;4;-35;;1;4* 69;;9;;tca ;0;350;2;4;35;3;4;-36;;0;;;3;;atgf ;0;360;4;7;36;1;3;-37;;2;;;6;;gac ;0;370;2;4;37;2;6;-38;;1;;;7;;ttc ;0;380;1;7;38;1;2;-39;;0;;;4;;tac ;0;390;4;3;39;0;2;-40;;0;;;12;;tgg ;0;400;0;2;40;4;3;-41;;0;;;7;;cac ;0;reste;27;25;reste;431;762;-42;;0;;;23;;caa 15;15;total;483;1248;total;483;1248;-43;;0;;;40;;tgc 15;15;diagr;454;1207;diagr;50;470;-44;;1;;;**;;ttg 0;0; t30;23;434;;;;-45;;0;;;6;;tca ;;;;;;;;-46;;1;;;7;;gac ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;6;;;4;;cac ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;**;;gta ;x;481;15;2;498;;;-49;;0;;;5;;gta ;c;1232;272;16;1520;;;-50;1;3;;;**;;gaa ;;;;;2018;152;;reste;;0;;;8;;cgt ;;;;;;2170;;total;15;272;;;**;;cca </pre> =====lam autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_autres_intercalaires_aas|lam autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;lam;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;19323;20024;163;*; ;;tRNA;20188;20261;222;*;act fin;;CDS;20484;21764;;; deb;;CDS;56117;56530;562;*; ;;rRNA;57093;58656;133;*;1564 ;;tRNA;58790;58864;52;*;atc ;;tRNA;58917;58989;118;*;gca ;;rRNA;59108;62015;69;*;2908 ;;rRNA;62085;62201;13;*;117 ;;tRNA;62215;62287;85;*;aac fin;comp;CDS;62373;63296;;0; deb;comp;CDS;78479;79216;169;*; ;comp;tRNA;79386;79458;114;*;aag deb;comp;CDS;79573;79794;118;*; ;comp;tRNA;79913;79985;135;*;aag fin;;CDS;80121;80837;;; deb;comp;CDS;108050;109663;110;*; ;comp;regulatory;109774;109947;47;*; fin;comp;CDS;109995;110627;;0; deb;;CDS;193447;193782;139;*; ;;tRNA;193922;193994;71;*;acc fin;;CDS;194066;195379;;; deb;;CDS;210147;210809;59;*; ;comp;tRNA;210869;210939;41;*;ggg fin;comp;CDS;210981;211580;;0; deb;;CDS;213163;213804;53;*; ;;regulatory;213858;214021;76;*; fin;;CDS;214098;216761;;; deb;comp;CDS;243078;243656;73;*; ;comp;regulatory;243730;243827;60;*; fin;comp;CDS;243888;244490;;1; deb;comp;CDS;287010;287465;212;*; ;;tRNA;287678;287752;111;*;ggc ;;tRNA;287864;287935;112;*;ggc ;;tRNA;288048;288122;35;*;ggc ;;tRNA;288158;288231;76;*;ccg fin;;CDS;288308;288763;;; deb;comp;CDS;363306;363677;90;*; ;;misc_f;363768;363889;43;*; fin;;CDS;363933;364445;;; deb;;CDS;366810;367316;45;*; ;;ncRNA;367362;367456;54;*; fin;;CDS;367511;369319;;; deb;comp;CDS;445892;446887;513;*; ;;rRNA;447401;448964;133;*;1564 ;;tRNA;449098;449172;52;*;atc ;;tRNA;449225;449297;118;*;gca ;;rRNA;449416;452323;69;*;2908 ;;rRNA;452393;452509;4;*;117 ;;tRNA;452514;452586;2;*;gta ;;tRNA;452589;452661;13;*;aaa ;;tRNA;452675;452756;23;*;cta ;;tRNA;452780;452852;10;*;aca ;;tRNA;452863;452934;11;*;ggc ;;tRNA;452946;453031;8;*;tta ;;tRNA;453040;453113;5;*;cgt ;;tRNA;453119;453192;29;*;cca ;;tRNA;453222;453295;12;*;atgj ;;tRNA;453308;453381;27;*;atgi ;;tRNA;453409;453482;3;*;atgf ;;tRNA;453486;453559;6;*;gac ;;tRNA;453566;453638;19;*;ttc ;;tRNA;453658;453728;5;*;gga ;;tRNA;453734;453808;2;*;atc ;;tRNA;453811;453900;168;*;agc fin;;CDS;454069;454491;;; deb;;CDS;454491;457388;222;*; ;;tRNA;457611;457682;35;*;gaa ;;tRNA;457718;457804;9;*;tca ;;tRNA;457814;457887;3;*;atgf ;;tRNA;457891;457964;6;*;gac ;;tRNA;457971;458043;7;*;ttc ;;tRNA;458051;458132;4;*;tac ;;tRNA;458137;458207;12;*;tgg ;;tRNA;458220;458292;7;*;cac ;;tRNA;458300;458371;23;*;caa ;;tRNA;458395;458465;40;*;tgc ;;tRNA;458506;458590;121;*;ttg fin;;CDS;458712;459875;;; deb;;CDS;467495;468823;744;*; ;;rRNA;469568;471131;203;*;1564 ;;rRNA;471335;474242;69;*;2908 ;;rRNA;474312;474428;13;*;117 ;;tRNA;474442;474514;337;*;aac fin;;CDS;474852;475862;;; deb;;CDS;507082;507630;57;*; ;;tRNA;507688;507760;59;*;acg fin;comp;CDS;507820;509192;;0; deb;;CDS;526021;526704;181;*; ;;tRNA;526886;526957;278;*;caa fin;;CDS;527236;528015;;; deb;;CDS;528027;528719;574;*; ;;regulatory;529294;529457;80;*; fin;;CDS;529538;532225;;; deb;comp;CDS;546953;548239;77;*; ;comp;regulatory;548317;548377;91;*; fin;comp;CDS;548469;548831;;; deb;;CDS;551035;551484;65;*; ;;tRNA;551550;551631;34;*;tac ;;tRNA;551666;551737;202;*;caa fin;;CDS;551940;553055;;; deb;;CDS;566792;567247;81;*; ;;tRNA;567329;567413;86;*;ctt fin;;CDS;567500;568147;;; deb;;CDS;582725;583225;101;*; ;;tRNA;583327;583413;6;*;tca ;;tRNA;583420;583493;7;*;gac ;;tRNA;583501;583576;4;*;cac ;;tRNA;583581;583653;71;*;gta fin;;CDS;583725;585191;;0; deb;;CDS;606557;608326;26;*; ;;regulatory;608353;608445;50;*; fin;;CDS;608496;609074;;; deb;comp;CDS;609745;610383;156;*; ;;misc_b;610540;610782;243;*; fin;;CDS;611026;611766;;; deb;;CDS;640648;641976;57;*; ;;tRNA;642034;642106;39;*;agg fin;comp;CDS;642146;642334;;0; deb;;CDS;728387;729252;117;*; ;comp;tRNA;729370;729441;239;*;cgg fin;;CDS;729681;730712;;; deb;;CDS;770203;771387;52;*; ;;tmRNA;771440;771806;177;*; fin;;CDS;771984;772877;;; deb;comp;CDS;783691;784704;88;*; ;;tRNA;784793;784864;33;*;gag fin;;CDS;784898;784993;;0; deb;comp;CDS;877491;878846;218;*; ;;regulatory;879065;879235;91;*; fin;;CDS;879327;880637;;; deb;comp;CDS;916780;917757;129;*; ;;tRNA;917887;917975;134;*;tcg fin;;CDS;918110;919498;;; deb;comp;CDS;923642;924574;136;*; ;;misc_b;924711;924950;42;*; fin;;CDS;924993;925847;;; deb;;CDS;982901;983617;27;*; ;;regulatory;983645;983759;77;*; fin;;CDS;983837;984526;;; deb;comp;CDS;1011692;1012501;102;*; ;;regulatory;1012604;1012662;43;*; fin;;CDS;1012706;1013095;;; deb;;CDS;1095103;1095633;116;*; ;;misc_b;1095750;1096001;60;*; fin;;CDS;1096062;1097180;;; deb;;CDS;1152540;1155044;66;*; ;;misc_b;1155111;1155358;64;*; fin;;CDS;1155423;1156802;;; deb;comp;CDS;1212112;1213236;72;*; ;comp;ncRNA;1213309;1213675;26;*; fin;comp;CDS;1213702;1214121;;; deb;;CDS;1322695;1324020;55;*; ;;misc_b;1324076;1324319;57;*; fin;;CDS;1324377;1325738;;0; deb;comp;CDS;1449420;1449731;14;*; ;comp;misc_f;1449746;1449826;68;*; fin;comp;CDS;1449895;1451271;;0; deb;comp;CDS;1455677;1456573;150;*; ;;tRNA;1456724;1456800;99;*;aga fin;comp;CDS;1456900;1458480;;; deb;comp;CDS;1593167;1594216;37;*; ;comp;misc_b;1594254;1594461;38;*; fin;comp;CDS;1594500;1594850;;; deb;comp;CDS;1606331;1606858;26;*; ;comp;misc_f;1606885;1606996;53;*; fin;comp;CDS;1607050;1608747;;; deb;comp;CDS;1679837;1681135;82;*; ;;tRNA;1681218;1681301;161;*; fin;;CDS;1681463;1681780;;;ctg deb;comp;CDS;1706640;1707839;-3;*; ;comp;regulatory;1707837;1707930;67;*; ;comp;tRNA;1707998;1708070;5;*;gta ;comp;tRNA;1708076;1708147;141;*;gaa deb;comp;CDS;1708289;1709176;107;*; ;comp;tRNA;1709284;1709374;10;*;tcc ;comp;tRNA;1709385;1709457;13;*;aac ;;rRNA;1709471;1709587;69;*;117 ;;rRNA;1709657;1712564;203;*;2908 ;;rRNA;1712768;1714331;649;*;1564 fin;comp;CDS;1714981;1716288;;; deb;comp;CDS;1765715;1766362;152;*; ;comp;misc_b;1766515;1766748;43;*; fin;comp;CDS;1766792;1769098;;0; deb;;CDS;1985984;1986976;213;*; ;;tRNA;1987190;1987263;8;*;cgt ;;tRNA;1987272;1987345;58;*;cca deb;comp;CDS;1987404;1988462;121;*; ;;misc_b;1988584;1988828;71;*; fin;;CDS;1988900;1989913;;0; deb;;CDS;2017560;2019416;56;*; ;;misc_f;2019473;2019530;40;*; fin;;CDS;2019571;2020740;;; deb;;CDS;2039362;2040669;131;*; ;;regulatory;2040801;2040898;72;*; fin;;CDS;2040971;2042281;;; deb;;CDS;2043158;2043412;56;*; ;;misc_b;2043469;2043702;76;*; fin;;CDS;2043779;2045407;;0; </pre> ===ppm=== ====opérons==== =====ppm chromosome===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm opérons|ppm opérons]] *Chromosome<br> <pre> 45.5%GC;26.7.19 Paris;16s 13;110;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;; ;10545..11633;;CDS;;327;327;;;363; ;11961..13519;;16s;;280;;;;; ;13800..16728;;23s;;143;;;;; ;16872..16988;;5s;;232;232;;;;232 ;17221..17640;;CDS;;93 855;;;;140; ;;;;;;;;;; comp;111496..112530;;CDS;;616;;;;345; ;113147..114705;;16s;;207;;;;; ;114913..117843;;23s;;76;;;;; ;117920..118036;;5s;;343;343;;;; ;118380..119837;;CDS;;3 348;;;;486; ;;;;;;;;;; ;123186..124469;;CDS;;90;90;;;428;90 ;124560..124648;;tca;;145;145;;;; ;124794..125135;;CDS;;55 592;;;;114; ;;;;;;;;;; ;180728..181003;;CDS;;412;;;;92; ;181416..182974;;16s;;108;;;;; ;183083..183199;;5s;@1;39;;;;; ;183239..183315;;atc;;20;;;20;; ;183336..183411;;gca;;128;;;;; ;183540..186468;;23s;;130;;;;; ;186599..186690;;agc;;28;;;28;; ;186719..186795;;atgj;;10;;;10;; ;186806..186881;;gta;;4;;;4;; ;186886..186961;;aca;;19;;;19;; ;186981..187057;;gac;;77;;;77;; ;187135..187210;;ttc;;6;;;6;; ;187217..187302;;tac;;7;;;7;; ;187310..187385;;aaa;;154;154;;;;154 ;187540..188682;;CDS;;24 062;;;;381; ;;;;;;;;;; comp;212745..213341;;CDS;;211;211;;;199;211 comp;213553..213624;;cgg;;259;259;;;; ;213884..214921;;CDS;;238 832;;;;346; ;;;;;;;;;; ;453754..455364;;CDS;;392;;;;537; ;455757..457315;;16s;;207;;;;; ;457523..460453;;23s;;76;;;;; ;460530..460646;;5s;;34;;;;; ;460681..460757;;atc;;22;;;22;; ;460780..460855;;gca;;4;;;4;; ;460860..460935;;aac;;34;;;34;; ;460970..461043;;atgj;;3;;;3;; ;461047..461138;;agc;;31;;;31;; ;461170..461241;;gaa;;6;;;6;; ;461248..461323;;gta;;10;;;10;; ;461334..461407;;atgf;;25;;;25;; ;461433..461509;;gac;;50;;;50;; ;461560..461635;;ttc;;22;;;22;; ;461658..461733;;aca;;5;;;5;; ;461739..461824;;tac;;16;;;16;; ;461841..461913;;cac;;18;;;18;; ;461932..462006;;caa;;4;;;4;; ;462011..462086;;aaa;;15;;;15;; ;462102..462189;;ctg;;6;;;6;; ;462196..462270;;ggc;;10;;;10;; ;462281..462351;;tgc;;26;;;26;; ;462378..462454;;cgt;;22;;;22;; ;462477..462550;;cca;;9;;;9;; ;462560..462630;;gga;;204;204;;;;204 comp;462835..463938;;CDS;;1 537;;;;368; ;;;;;;;;;; ;465476..466216;;CDS;;524;;;;247; ;466741..468299;;16s;;207;;;;; ;468507..471434;;23s;;76;;;;; ;471511..471627;;5s;;629;;;;; ;472257..473588;;CDS;;103 459;;;;444; ;;;;;;;;;; ;577048..577794;;CDS;;1 116;;;;249; ;578911..580469;;16s;;207;;;;; ;580677..583607;;23s;;76;;;;; ;583684..583800;;5s;;82;;;;; ;583883..583958;;gca;;4;;;4;; ;583963..584038;;aac;;3;;;3;; ;584042..584133;;tcc;;19;;;19;; ;584153..584224;;gaa;;9;;;9;; ;584234..584309;;gta;;29;;;29;; ;584339..584412;;atgf;;25;;;25;; ;584438..584514;;gac;;13;;;13;; ;584528..584603;;aca;;4;;;4;; ;584608..584693;;tac;;102;;;102;; ;584796..584870;;caa;;4;;;4;; ;584875..584950;;aaa;;12;;;12;; ;584963..585043;;cta;;10;;;10;; ;585054..585128;;ggc;;5;;;5;; ;585134..585210;;cgt;;12;;;12;; ;585223..585302;;ttg;;7;;;7;; ;585310..585386;;cca;;7;;;7;; ;585394..585464;;gga;;1 133;;;;; ;586598..587560;;CDS;;22 016;;;;321; ;;;;;;;;;; ;609577..609924;;CDS;;73;73;;;116;73 ;609998..610069;;acg;;1 613;;;;; comp;611683..612030;;CDS;;140 810;;;;116; ;;;;;;;;;; ;752841..754124;;CDS;;611;;;;428; ;754736..756294;;16s;;208;;;;; ;756503..759431;;23s;;75;;;;; ;759507..759623;;5s;;183;183;;;;183 comp;759807..760232;;CDS;;173 078;;;;142; ;;;;;;;;;; ;933311..934681;;CDS;;449;;;;457; ;935131..936689;;16s;;221;;;;; ;936911..939839;;23s;;76;;;;; ;939916..940032;;5s;;216;216;;;;216 ;940249..941241;;CDS;;521 183;;;;331; ;;;;;;;;;; ;1462425..1462937;;CDS;;44;44;;;171;44 ;1462982..1463057;;aac;;1;;1;;; ;1463059..1463147;;agc;;122;122;;;; comp;1463270..1464145;;CDS;;74;;;;292; ;;;;;;;;;; comp;1464220..1464981;;CDS;;246;246;;;254; ;1465228..1465299;;gaa;;86;;86;;; ;1465386..1465461;;aaa;;15;;15;;; ;1465477..1465562;;ctc;;162;162;;;;162 ;1465725..1466180;;CDS;;1 667;;;;152; ;;;;;;;;;; comp;1467848..1468585;;CDS;;262;262;;;246; ;1468848..1468930;;ctc;;148;148;;;;148 comp;1469079..1469564;;CDS;;112 990;;;;162; ;;;;;;;;;; ;1582555..1583361;;CDS;;490;;;;269; ;1583852..1583925;;ccc;;244;244;;;; comp;1584170..1585441;;CDS;;32 099;;;;424; ;;;;;;;;;; ;1617541..1619682;;CDS;;107;107;;;714;107 ;1619790..1619860;;gga;;265;265;;;; ;1620126..1621163;;CDS;;254 529;;;;346; ;;;;;;;;;; ;1875693..1876160;;CDS;;129;129;;;156;129 ;1876290..1876365;;gcc;;11;;11;;; ;1876377..1876449;;aag;;520;;;;; comp;1876970..1877974;;CDS;;55 215;;;;335; ;;;;;;;;;; comp;1933190..1933630;;CDS;;381;;;;147; ;1934012..1934096;;ctg;;91;91;;;;91 comp;1934188..1934718;;CDS;;74 847;;;;177; ;;;;;;;;;; comp;2009566..2010102;;CDS;;222;222;;;179; ;2010325..2010409;;ctg;;213;213;;;; ;2010623..2011135;;CDS;;432 608;;;;171; ;;;;;;;;;; ;2443744..2448333;;CDS;;540;;;;1530; ;2448874..2450432;;16s;;400;;;;; ;2450833..2453761;;23s;;143;;;;; ;2453905..2454021;;5s;;236;236;;;;236 comp;2454258..2455367;;CDS;;186 804;;;;370; ;;;;;;;;;; ;2642172..2643329;;CDS;;426;;;;386; ;2643756..2645314;;16s;;343;;;;; ;2645658..2648586;;23s;;144;;;;; ;2648731..2648847;;5s;;156;156;;;;156 ;2649004..2649228;;CDS;;884 577;;;;75; ;;;;;;;;;; comp;3533806..3534249;;CDS;;139;139;;;148;139 ;3534389..3534460;;gtc;;279;279;;;; comp;3534740..3535069;;CDS;;103 837;;;;110; ;;;;;;;;;; ;3638907..3639338;;CDS;;728;;;;144; comp;3640067..3640152;;tta;;249;249;;;;249 ;3640402..3640560;;CDS;;28 092;;;;53; ;;;;;;;;;; ;3668653..3669450;;CDS;;247;247;;;266; comp;3669698..3669766;;atg;;267;267;;;; comp;3670034..3670234;;CDS;;54 456;;;;67; ;;;;;;;;;; ;3724691..3725086;;CDS;;122;122;;;132;122 comp;3725209..3725282;;atgi;;435;;;;; comp;3725718..3726359;;CDS;;612 148;;;;214; ;;;;;;;;;; comp;4338508..4339209;;CDS;;107;107;;;234;107 comp;4339317..4339390;;cca;;7;;;7;; comp;4339398..4339477;;ttg;;12;;;12;; comp;4339490..4339566;;cgt;;5;;;5;; comp;4339572..4339646;;ggc;;35;;;35;; comp;4339682..4339757;;aaa;;28;;;28;; comp;4339786..4339862;;gac;;26;;;26;; comp;4339889..4339965;;atgf;;30;;;30;; comp;4339996..4340071;;gta;;9;;;9;; comp;4340081..4340152;;gaa;;17;;;17;; comp;4340170..4340261;;tcc;;3;;;3;; comp;4340265..4340340;;aac;;18;;;;; comp;4340359..4340475;;5s;;76;;;;; comp;4340552..4343482;;23s;;400;;;;; comp;4343883..4345441;;16s;;493;;;;; comp;4345935..4347563;;CDS;;46 596;;;;543; ;;;;;;;;;; comp;4394160..4395092;;CDS;;238;238;;;311; ;4395331..4395404;;aga;;214;214;;;; ;4395619..4396383;;CDS;;49 894;;;;255; ;;;;;;;;;; ;4446278..4447621;;CDS;;207;207;;;448; comp;4447829..4447902;;aga;;174;174;;;; ;4448077..4448370;;CDS;;256 556;;;;98; ;;;;;;;;;; ;4704927..4705187;;CDS;;361;;;;87; comp;4705549..4705627;;ttg;;11;;11;;; comp;4705639..4705713;;tgc;;11;;11;;; comp;4705725..4705796;;ggc;;6;;6;;; comp;4705803..4705877;;caa;;9;;9;;; comp;4705887..4705959;;cac;;17;;17;;; comp;4705977..4706050;;tgg;;7;;7;;; comp;4706058..4706143;;tac;;4;;4;;; comp;4706148..4706223;;aca;;22;;22;;; comp;4706246..4706318;;ttc;;35;;35;;; comp;4706354..4706430;;gac;;15;;15;;; comp;4706446..4706522;;atgf;;25;;25;;; comp;4706548..4706623;;gta;;58;;58;;; comp;4706682..4706753;;gaa;;17;;17;;; comp;4706771..4706862;;tcc;;3;;3;;; comp;4706866..4706941;;aac;;326;326;;;; comp;4707268..4707597;;CDS;;279 544;;;;110; ;;;;;;;;;; comp;4987142..4989934;;CDS;;726;;;;931; comp;4990661..4990731;;gga;;9;;;9;; comp;4990741..4990814;;cca;;22;;;22;; comp;4990837..4990913;;cgt;;5;;;5;; comp;4990919..4990993;;ggc;;10;;;10;; comp;4991004..4991084;;cta;;11;;;11;; comp;4991096..4991171;;aaa;;4;;;4;; comp;4991176..4991250;;caa;;55;;;55;; comp;4991306..4991381;;gta;;11;;;11;; comp;4991393..4991464;;gaa;;11;;;11;; comp;4991476..4991548;;acc;;3;;;3;; comp;4991552..4991627;;aac;;18;;;;; comp;4991646..4991762;;5s;;76;;;;; comp;4991839..4994768;;23s;;129;;;;; comp;4994898..4994973;;gca;;20;;;20;; comp;4994994..4995070;;atc;;38;;;;; comp;4995109..4995225;;5s;;93;;;;; comp;4995319..4996877;;16s;;367;;;;; comp;4997245..4997475;;CDS;;60 140;;;;77; ;;;;;;;;;; comp;5057616..5058803;;CDS;;163;163;;;396;163 comp;5058967..5059083;;5s;;76;;;;; comp;5059160..5062089;;23s;;185;;;;; comp;5062275..5062350;;gca;;89;;;;; comp;5062440..5063998;;16s;;380;;;;; comp;5064379..5066394;;CDS;;647 899;;;;672; ;;;;;;;;;; ;5714294..5714611;;CDS;;206;206;;;106; comp;5714818..5714908;;tcg;;77;77;;;;77 comp;5714986..5715210;;CDS;;;;;;75; </pre> =====ppm plasmide===== *Plasmide<br> <pre> plasmide;pSC2;37.6%GC;51;;;;;;; ;;;;;;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé ;3920..4174;;CDS;;536;536;;;85; ;4711..4803;;agc;+;5;;5;;; ;4809..4883;;tgc;3 aac;63;;63;;; ;4947..5021;;gaa;2 atc;7;;7;;; ;5029..5105;;ctt;2 caa;6;;6;;; ;5112..5186;;cca;2 cca;101;;101;;; ;5288..5361;;tgg;2 cga;4;;4;;; ;5366..5444;;tac;2 gaa;4;;4;;; ;5449..5522;;caa;2 tac;6;;6;;; ;5529..5605;;cac;3 tgg;5;;5;;; ;5611..5686;;gac;;125;;125;;; ;5812..5887;;gga;;10;;10;;; ;5898..5973;;aac;@1;4;;4;;; ;5978..6066;;tac;ctt;9;;9;;; ;6076..6153;;ata;ata;4;;4;;; ;6158..6231;;caa;;4;;4;;; ;6236..6311;;atgi;;5;;5;;; ;6317..6392;;aac;;4;;4;;; ;6397..6470;;tgg;;131;;131;;; ;6602..6678;;gaa;;5;;5;;; ;6684..6757;;ggc;;55;;55;;; ;6813..6885;;ttc;;22;;22;;; ;6908..6983;;cga;;4;;4;;; ;6988..7065;;cca;;5;;5;;; ;7071..7155;;ttg;;5;;5;;; ;7161..7235;;atc;;5;;5;;; ;7241..7317;;atgf;;5;;5;;; ;7323..7398;;gca;;109;;109;;; ;7508..7584;;cga;;3;;3;;; ;7588..7668;;cta;;13;;13;;; ;7682..7758;;atc;;8;;8;;; ;7767..7841;;aac;;4;;4;;; ;7846..7919;;tgg;;33;33;;;;33 ;7953..8324;;CDS;@4;-24;-24;;;124; ;8301..8378;;gac;;8;;8;;; ;8387..8473;;tac;;86;;86;;; ;8560..8632;;aaa;;14;;14;;; ;8647..8720;;gga;;4;;4;;; ;8725..8800;;ttc;;7;;7;;; ;8808..8882;;acg;@2;100;100;;;; comp;8983..9600;;CDS;acg;89;89;;;206; ;9690..9771;;tta;;3;;3;;; ;9775..9849;;aca;;35;35;;;;35 comp;9885..10169;;CDS;;150;;;;95; ;;;;;;;;;; comp;10320..10622;;CDS;;116;116;;;101; ;10739..10813;;aca;;18;18;;;;18 comp;10832..11146;;CDS;;216;;;;105; ;;;;;;;;;; comp;11363..11599;;CDS;;94;94;;;79;94 ;11694..11768;;aga;;103;103;;;; ;11872..12312;;CDS;;195;;;;147; ;;;;;;;;;; comp;12508..12756;;CDS;;293;293;;;83; ;13050..13126;;atc;;72;72;;;;72 ;13199..14083;;CDS;;226;226;;;295; ;;;;;;;;;; ;14310..14385;;tcg;+;8;;8;;; ;14394..14481;;tcc;2 tcg;7;;7;;; ;14489..14563;;ctt;@3;3;;3;;; ;14567..14654;;tcg;tcg;5;;5;;; ;14660..14751;;tca;ctt;119;119;;;;119 ;14871..15080;;CDS;;212044;;;;70; ;;;;;;;;;; comp;227125..227388;;CDS;;444;444;;;88; comp;227833..227903;;gga;;248;248;;;;248 comp;228152..228391;;CDS;;1401;;;;80; ;;;;;;;;;; comp;229793..229999;;CDS;;24;24;;;69;24 comp;230024..230108;;tca;;289;289;;;; comp;230398..230640;;CDS;;231;;;;81; ;;;;;;;;;; comp;230872..231393;;CDS;;161;161;;;174;161 comp;231555..231640;;tta;;977;977;;;; ;232618..233067;;CDS;;277050;;;;150; ;510118..1;;;;;;;;; </pre> =====ppm plasmide MAJ===== <pre> plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2 MAJ;;;plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2;;; 23.10.19 Tanger;;;;;;26.7.19 Paris;;;; ;;49 aas;doubles;intercalaires;;;;51 aas;doubles;intercalaires 3920..4174;;cds hp;;;;3920..4174;;CDS;;536 4711..4803;;agc;+;;;4711..4803;;agc;+;5 4809..4883;;tgc;3 aac;;;4809..4883;;tgc;3 aac;63 4947..5021;;gaa;2 atc;;;4947..5021;;gaa;2 atc;7 5029..5105;;ctt;2 cca;;;5029..5105;;ctt;2 caa;6 5112..5186;;cca;2 cga;;;5112..5186;;cca;2 cca;101 5288..5361;;tgg;2 gaa;;;5288..5361;;tgg;2 cga;4 5366..5441;;tat;3 tgg;7;;5366..5444;;tac;2 gaa;4 5449..5522;;caa;;;;5449..5522;;caa;2 tac;6 5529..5605;;cac;;;;5529..5605;;cac;3 tgg;5 5611..5686;;gac;;;;5611..5686;;gac;;125 5812..5887;;gga;;;;5812..5887;;gga;;10 5898..5973;;aac;@1;;;5898..5973;;aac;@1;4 5978..6066;;tac;ctt;;;5978..6066;;tac;ctt;9 6076..6153;;ata;ata;82;;6076..6153;;ata;ata;4 ;;****;tat;;;6158..6231;;caa;;4 6236..6311;;atgi;;;;6236..6311;;atgi;;5 6317..6392;;aac;;;;6317..6392;;aac;;4 6397..6470;;tgg;;;;6397..6470;;tgg;;131 6602..6678;;gaa;;;;6602..6678;;gaa;;5 6684..6757;;ggc;;;;6684..6757;;ggc;;55 6813..6885;;ttc;;;;6813..6885;;ttc;;22 6908..6980;;cga;;7;;6908..6983;;cga;;4 6988..7065;;cca;;;;6988..7065;;cca;;5 7071..7155;;ttg;;;;7071..7155;;ttg;;5 7161..7235;;atc;;4;;7161..7235;;atc;;5 7240..7317;;atgf;;;;7241..7317;;atgf;;5 7323..7398;;gca;;;;7323..7398;;gca;;109 7508..7584;;cga;;;;7508..7584;;cga;;3 7588..7668;;cta;;;;7588..7668;;cta;;13 7682..7758;;atc;;;;7682..7758;;atc;;8 7767..7841;;aac;;;;7767..7841;;aac;;4 7846..7919;;tgg;;;;7846..7919;;tgg;;33 7953..8324;;cds hp;;;;7953..8324;;CDS;@4;-24 8301..8378;;gac;;;;8301..8378;;gac;;8 8387..8473;;tac;;;;8387..8473;;tac;;86 8560..8632;;aaa;;;;8560..8632;;aaa;;14 8647..8720;;gga;;;;8647..8720;;gga;;4 8725..8800;;ttc;;;;8725..8800;;ttc;;7 8808..8882;;acg;@2;;;8808..8882;;acg;@2;100 8983..9600;;cds hp;acg;;comp;8983..9600;;CDS;acg;89 9690..9771;;tta;;;;9690..9771;;tta;;3 9775..9849;;aca;;;;9775..9849;;aca;;35 9885..10169;;cds hp;;;comp;9885..10169;;CDS;;150 ;;;;;;;;;; 10320..10622;;cds hp;;;comp;10320..10622;;CDS;;116 10739..10813;;aca;;;;10739..10813;;aca;;18 10832..11146;;cds hp;;;comp;10832..11146;;CDS;;216 ;;;;;;;;;; 11363..11599;;cds hp;;;comp;11363..11599;;CDS;;94 11694..11765;;aga;;85;;11694..11768;;aga;;103 11851..12312;;cds rev-trans;;;;11872..12312;;CDS;;195 ;;;;;;;;;; 12508..12756;;cds trans-rg;;442;comp;12508..12756;;CDS;;293 ****;;****;;;;13050..13126;;atc;;72 13199..14083;;cds hp;;;;13199..14083;;CDS;;226 ;;;;;;;;;; 14310..14385;;tcg;+;;;14310..14385;;tcg;+;8 14394..14481;;tcc;2 tcg;;;14394..14481;;tcc;2 tcg;7 14489..14560;;ctt;@3;6;;14489..14563;;ctt;@3;3 14567..14654;;tcg;tcg;;;14567..14654;;tcg;tcg;5 14660..14751;;tca;ctt;;;14660..14751;;tca;ctt;119 14871..15080;;cds hp;;;;14871..15080;;CDS;;212044 ;;;;;;;;;; 227125..227388;;cds hp;;;comp;227125..227388;;CDS;;444 227833..227903;;gga;;;comp;227833..227903;;gga;;248 228152..228391;;cds hp;;;comp;228152..228391;;CDS;;1401 ;;;;;;;;;; 229793..229999;;cds hp;;;comp;229793..229999;;CDS;;24 230024..230108;;tca;;783;comp;230024..230108;;tca;;289 ****;;****;;;comp;230398..230640;;CDS;;231 ;;;;;;;;;; 230872..231393;;;cds hp;;comp;230872..231393;;CDS;;161 231558..231640;;tta;;;comp;231555..231640;;tta;;977 232618..233067;;cds hp;;;;232618..233067;;CDS;;277050 510118..1;;;;;;510118..1;;;; </pre> ====ppm cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_cumuls|ppm cumuls]] *Chromosome<br> <pre> Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; ;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;; ;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd avec rRNA;opérons;13;1;1;0;1;0;100;8;5;40;0 ;16 23 5s 0;7;20;12;46;50;1;200;20;17;60;1 ;16 5 atc gca;2;40;3;15;100;4;300;10;6;80;2 ;16 23 5s a;3;60;1;2;150;8;400;13;9;100;2 ;max a;21;80;0;1;200;6;500;7;4;120;2 ;a doubles;0;100;1;0;250;15;600;2;0;140;3 ;16 gca 23 5s ;1;120;0;1;300;5;700;1;0;160;3 ;total aas;73;140;0;0;350;3;800;1;1;180;2 sans ;opérons;19;160;0;0;400;5;900;0;0;200;1 ;1 aa;15;180;0;0;450;4;1000;1;0;220;3 ;max a;15;200;0;0;500;2;1100;0;0;240;2 ;a doubles;0;;0;0;;11;;1;0;;1 ;total aas;37;;18;65;;64;;64;42;;22 total aas;;110;moyenne;20;17;;193;;292;229;;150 remarques;;1;variance;21;17;;73;;234;123;;58 jaune;;;;;;;sans;;;sans;; </pre> *Plasmide<br> <pre> Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;; plasmide;;;;;;;;;;;; ;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;; ;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd avec rRNA;opérons;0;1;0;;1;1;60;0;;40;4 ;16 23 5s 0;;20;33;;50;4;80;4;;60;0 ;16 5 atc gca;;40;1;;100;4;100;5;;80;1 ;16 23 5s a;;60;1;;150;3;120;2;;100;1 ;max a;;80;1;;200;1;140;1;;120;1 ;a doubles;;100;1;;250;2;160;2;;140;0 ;16 gca 23 5s ;;120;2;;300;2;180;1;;160;0 ;total aas;;140;2;;350;0;200;0;;180;1 sans ;opérons;10;160;0;;400;0;220;1;;200;0 ;1 aa;6;180;0;;450;1;240;0;;220;0 ;max a;32;200;0;;500;0;260;0;;240;0 ;a doubles;2;;0;;;2;;1;;;1 ;total aas;51;;41;;;20;;17;;;9 total aas;;51;moyenne;6;;;126;;102;;;89 remarques;;3;variance;3;;;92;;32;;;77 ;jaune;;;sans;;;sans;;sans;;; </pre> ====ppm blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_blocs|ppm blocs]] <pre> ppm blocs;;;;;;; cds;392;;cds;1116;;cds;493 $16s;207;;$16s;207;;$16s;400 $23s;76;;$23s;76;;$23s;76 $5s;34;;$5s;82;;$5s;18 atc;22;;gca;4;;aac;3 19aas;*;;15aas;*;;9aas;* gga;'''204’;;gga;1133;;cca;107 cds;;;cds;;;cds; ;;;;;;; cds;367;;cds;412;;cds;380 $16s;93;;$16s;108;;$16s;89 $5s;38;;$5s;39;;gca;185 atc;20;;atc;20;;$23s;76 gca;129;;gca;128;;$5s;163 $23s;76;;$23s;130;;cds; $5s;18;;agc;28;;; aac;3;;6aas;*;;; 9aas;*;;aaa;154;;; gga;726;;cds;;;; cds;;;;;;; ;;;;;;; cds;327;'''616’;524;611;449;540;426 $16s;280;207;207;208;221;400;343 $23s;143;76;76;75;76;143;144 $5s;232;343;629;'''183’;216;'''236’;156 cds;;;;;;; ;;;;;;; $5s;constant;39 aas;117 pbs;;;; </pre> ====ppm distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_distribution|ppm distribution]] *Chromosome <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;2;tac;3;tgc;1 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;4;agc;2 ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;4 gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;4 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;5;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;2;gaa;4;gga;3 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;;;;;;;;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ppm;;15;;;;;15;;ppm;22;;;;;;22;;;;;;;;;;;ppm;;;;68;;;68 </pre> *Plasmide <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;3;tgc;1 atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;3;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;2 gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;2;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ppm;;6;;;;;6;;ppm;45;;;;;;45 </pre> ====ppm données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_données_intercalaires|ppm données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ppm;fx;fc;ppm;fx40;fc40;ppm;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;19;0;0;19;-1;0;59;90;259;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;16;226;1;0;46;-2;0;0;145;204;98;;gca;28;;agc;7;;cca ;0;20;20;240;2;2;33;-3;0;0;157;94;tRNA 23s;;;10;;atgj;12;;ttg ;0;30;11;212;3;0;22;-4;7;229;226;122;129;;gca;4;;gta;5;;cgt ;0;40;16;141;4;2;28;-5;0;0;1133;246;130;;gca;19;;aca;38;;ggc ;1;50;22;136;5;4;25;-6;0;0;73;262;186;;gca;77;;gac;28;;aaa ;0;60;16;103;6;3;17;-7;0;6;44;148;5s tRNA;;;9;;ttc;26;;gac ;0;70;33;103;7;0;14;-8;2;76;165;130;39;;atc;7;;tac;30;;atgf ;2;80;46;105;8;3;12;-9;1;0;107;244;34;;atc;**;;aaa;9;;gta ;1;90;60;114;9;0;13;-10;1;4;265;520;82;;gca;22;;atc;17;;gaa 2;0;100;49;98;10;2;16;-11;2;27;129;381;2* 18;;aac;4;;gca;3;;tcc ;2;110;51;110;11;3;12;-12;1;0;213;91;38;;atc;34;;aac;**;;aac ;0;120;58;96;12;2;31;-13;1;1;270;222;23s tRNA;;;3;;atgj;9;;gga 3;2;130;54;91;13;2;25;-14;0;22;123;139;131;;agc;31;;agc;22;;cca 1;0;140;45;93;14;2;30;-15;0;0;107;279;tRNA tRNA;;intra;6;;gaa;5;;cgt 1;1;150;53;69;15;2;23;-16;1;1;214;504;2* 20;;atc gca;10;;gta;10;;ggc ;1;160;43;87;16;2;29;-17;1;18;1861;249;tRNA tRNA;;;25;;atgf;11;;cta ;1;170;40;88;17;3;21;-18;0;0;2208;247;1;;aac;50;;gac;4;;aaa 1;0;180;29;79;18;1;22;-19;0;1;726;122;**;;agc;25;;ttc;55;;caa ;0;190;32;84;19;1;21;-20;1;15;77;238;86;;gaa;5;;aca;11;;gta ;0;200;35;74;20;2;26;-21;0;0;;207;15;;aaa;16;;tac;11;;gaa 3;0;210;40;54;21;1;20;-22;0;1;;174;**;;ctc;18;;cac;3;;acc ;2;220;35;56;22;0;21;-23;0;11;;206;11;;gcc;4;;caa;**;;aac 1;1;230;36;62;23;1;22;-24;0;1;CDS 16s;;**;;aag;15;;aaa;;; 1;0;240;28;45;24;0;19;-25;0;5;323;612;11;;ttg;6;;ctg;;; 4;0;250;37;44;25;3;16;-26;1;10;408;570;11;;tgc;10;;ggc;;; 1;0;260;16;36;26;0;24;-27;0;0;388;;6;;ggc;26;;tgc;;; 1;2;270;22;28;27;2;25;-28;0;1;520;;9;;caa;22;;cgt;;; 1;0;280;28;44;28;4;20;-29;0;6;607;;17;;cac;9;;cca;;; ;0;290;19;28;29;0;21;-30;0;0;445;;7;;tgg;**;;gga;;; ;0;300;20;22;30;0;24;-31;0;0;536;;4;;tac;4;;gca;;; ;0;310;15;23;31;3;14;-32;2;3;422;;22;;aca;3;;aac;;; ;0;320;14;20;32;1;19;-33;1;0;489;;35;;ttc;19;;tcc;;; ;0;330;10;21;33;2;16;-34;0;1;363;;15;;gac;9;;gaa;;; ;0;340;14;15;34;0;15;-35;0;4;376;;25;;atgf;29;;gta;;; ;0;350;12;22;35;1;14;-36;0;0;16s 23s;;58;;gta;25;;atgf;;; ;0;360;11;20;36;0;20;-37;0;0;290;;17;;gaa;13;;gac;;; ;0;370;11;8;37;2;8;-38;1;1;4* 217;;3;;tcc;4;;aca;;; ;0;380;6;14;38;3;14;-39;0;0;218;;**;;aac;102;;tac;;; 1;0;390;4;18;39;3;12;-40;0;2;231;;;;;4;;caa;;; ;0;400;9;7;40;1;9;-41;1;2;2* 410;;;;;12;;aaa;;; 2;4;reste;151;221;reste;1196;2338;-42;0;0;353;;;;;10;;cta;;; 23;20;total;1267;3176;total;1259;3176;-43;0;0;23s 5s;;;;;5;;ggc;;; 21;16;diagr;1116;2936;diagr;63;819;-44;0;4;6* 77;;;;;12;;cgt;;; 0;0; t30;47;678;;;;-45;1;0;3* 78;;;;;7;;ttg;;; ;;;;;;;;-46;0;0;144;;;;;7;;cca;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;2* 145;;;;;**;;gga;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;16s 5s;;;;;;;;;; ;x;1267;29;0;1296;;;-49;0;1;117;;;;;;;;;; ;c;3157;523;19;3699;;;-50;0;2;102;;;;;;;;;; ;;;;;4995;190;;reste;3;7;5s CDS;;;;;;;;;; ;;;;;;5185;;total;29;523;232;176;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;343;183;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;216;236;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;383;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;163;;;;;;;;;; </pre> =====ppm autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_autres_intercalaires_aas|ppm autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;ppm;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;10545;11633;323;*; ;;rRNA;11957;13510;290;*;1554 ;;rRNA;13801;16726;145;*;2926 ;;rRNA;16872;16988;232;*;117 fin;;CDS;17221;17640;;0; deb;comp;CDS;111496;112530;612;*; ;;rRNA;113143;114696;217;*;1554 ;;rRNA;114914;117842;77;*;2929 ;;rRNA;117920;118036;343;*;117 fin;;CDS;118380;119837;;; deb;;CDS;123186;124469;90;*; ;;tRNA;124560;124648;145;*;tca fin;;CDS;124794;125135;;; deb;;CDS;176747;176944;111;*; ;;ncRNA;177056;177322;155;*; fin;;CDS;177478;179229;;; deb;;CDS;180728;181003;408;*; ;;rRNA;181412;182965;117;*;1554 ;;rRNA;183083;183199;39;*;117 ;;tRNA;183239;183315;20;*;atc ;;tRNA;183336;183411;129;*;gca ;;rRNA;183541;186467;131;*;2927 ;;tRNA;186599;186690;28;*;agc ;;tRNA;186719;186795;10;*;atgj ;;tRNA;186806;186881;4;*;gta ;;tRNA;186886;186961;19;*;aca ;;tRNA;186981;187057;77;*;gac ;;tRNA;187135;187207;9;*;ttc ;;tRNA;187217;187302;7;*;tac ;;tRNA;187310;187382;157;*;aaa fin;;CDS;187540;188682;;; deb;comp;CDS;212745;213326;226;*; ;comp;tRNA;213553;213624;259;*;cgg fin;;CDS;213884;214921;;; deb;;CDS;224658;225137;255;*; ;;tmRNA;225393;225757;618;*; fin;;CDS;226376;227050;;; deb;;CDS;453754;455364;388;*; ;;rRNA;455753;457306;217;*;1554 ;;rRNA;457524;460452;77;*;2929 ;;rRNA;460530;460646;34;*;117 ;;tRNA;460681;460757;22;*;atc ;;tRNA;460780;460855;4;*;gca ;;tRNA;460860;460935;34;*;aac ;;tRNA;460970;461043;3;*;atgj ;;tRNA;461047;461138;31;*;agc ;;tRNA;461170;461241;6;*;gaa ;;tRNA;461248;461323;10;*;gta ;;tRNA;461334;461407;25;*;atgf ;;tRNA;461433;461509;50;*;gac ;;tRNA;461560;461632;25;*;ttc ;;tRNA;461658;461733;5;*;aca ;;tRNA;461739;461824;16;*;tac ;;tRNA;461841;461913;18;*;cac ;;tRNA;461932;462006;4;*;caa ;;tRNA;462011;462086;15;*;aaa ;;tRNA;462102;462189;6;*;ctg ;;tRNA;462196;462270;10;*;ggc ;;tRNA;462281;462351;26;*;tgc ;;tRNA;462378;462454;22;*;cgt ;;tRNA;462477;462550;9;*;cca ;;tRNA;462560;462630;204;*;gga fin;comp;CDS;462835;463938;;; deb;;CDS;465476;466216;520;*; ;;rRNA;466737;468290;217;*;1554 ;;rRNA;468508;471432;78;*;2925 ;;rRNA;471511;471627;176;*;117 fin;comp;CDS;471804;471962;;0; deb;comp;CDS;578235;578336;570;*; ;;rRNA;578907;580460;217;*;1554 ;;rRNA;580678;583605;78;*;2928 ;;rRNA;583684;583800;82;*;117 ;;tRNA;583883;583958;4;*;gca ;;tRNA;583963;584038;3;*;aac ;;tRNA;584042;584133;19;*;tcc ;;tRNA;584153;584224;9;*;gaa ;;tRNA;584234;584309;29;*;gta ;;tRNA;584339;584412;25;*;atgf ;;tRNA;584438;584514;13;*;gac ;;tRNA;584528;584603;4;*;aca ;;tRNA;584608;584693;102;*;tac ;;tRNA;584796;584870;4;*;caa ;;tRNA;584875;584950;12;*;aaa ;;tRNA;584963;585043;10;*;cta ;;tRNA;585054;585128;5;*;ggc ;;tRNA;585134;585210;12;*;cgt ;;tRNA;585223;585302;7;*;ttg ;;tRNA;585310;585386;7;*;cca ;;tRNA;585394;585464;1133;*;gga fin;;CDS;586598;587560;;0; deb;;CDS;609577;609924;73;*; ;;tRNA;609998;610069;94;*;acg fin;comp;CDS;610164;610445;;; deb;;CDS;752841;754124;607;*; ;;rRNA;754732;756285;218;*;1554 ;;rRNA;756504;759429;77;*;2926 ;;rRNA;759507;759623;183;*;117 fin;comp;CDS;759807;760232;;0; deb;;CDS;933311;934681;445;*; ;;rRNA;935127;936680;231;*;1554 ;;rRNA;936912;939838;77;*;2927 ;;rRNA;939916;940032;216;*;117 fin;;CDS;940249;941241;;; deb;;CDS;1462425;1462937;44;*; ;;tRNA;1462982;1463057;1;*;aac ;;tRNA;1463059;1463147;122;*;agc fin;comp;CDS;1463270;1464145;;; deb;comp;CDS;1464220;1464981;246;*; ;;tRNA;1465228;1465299;86;*;gaa ;;tRNA;1465386;1465461;15;*;aaa ;;tRNA;1465477;1465559;165;*;ctc fin;;CDS;1465725;1466180;;; deb;comp;CDS;1467848;1468585;262;*; ;;tRNA;1468848;1468930;148;*;ctc fin;comp;CDS;1469079;1469564;;0; deb;comp;CDS;1583500;1583721;130;*; ;;tRNA;1583852;1583925;244;*;ccc fin;comp;CDS;1584170;1585441;;0; deb;;CDS;1617541;1619682;107;*; ;;tRNA;1619790;1619860;265;*;gga fin;;CDS;1620126;1621163;;; deb;;CDS;1875693;1876160;129;*; ;;tRNA;1876290;1876365;11;*;gcc ;;tRNA;1876377;1876449;520;*;aag fin;comp;CDS;1876970;1877974;;; deb;comp;CDS;1933190;1933630;381;*; ;;tRNA;1934012;1934096;91;*;ctg fin;comp;CDS;1934188;1934718;;0; deb;;CDS;1982038;1982799;58;*; ;;ncRNA;1982858;1983052;216;*; fin;;CDS;1983269;1983661;;0; deb;comp;CDS;2009566;2010102;222;*; ;;tRNA;2010325;2010409;213;*;ctg fin;;CDS;2010623;2011135;;; deb;;CDS;2443744;2448333;536;*; ;;rRNA;2448870;2450423;410;*;1554 ;;rRNA;2450834;2453760;144;*;2927 ;;rRNA;2453905;2454021;236;*;117 fin;comp;CDS;2454258;2455367;;; deb;;CDS;2642172;2643329;422;*; ;;rRNA;2643752;2645305;353;*;1554 ;;rRNA;2645659;2648585;145;*;2927 ;;rRNA;2648731;2648847;383;*;117 fin;;CDS;2649231;2650082;;; deb;comp;CDS;3533806;3534249;139;*; ;;tRNA;3534389;3534460;279;*;gtc fin;comp;CDS;3534740;3535069;;; deb;;CDS;3639395;3639562;504;*; ;comp;tRNA;3640067;3640152;249;*;tta fin;;CDS;3640402;3640560;;; deb;;CDS;3668653;3669450;247;*; ;comp;tRNA;3669698;3669763;270;*;atgj fin;comp;CDS;3670034;3670234;;; deb;;CDS;3724691;3725086;122;*; ;comp;tRNA;3725209;3725282;123;*;atgi fin;comp;CDS;3725406;3725570;;; deb;;CDS;3796407;3797627;286;*; ;comp;ncRNA;3797914;3798312;79;*; fin;comp;CDS;3798392;3798958;;; deb;comp;CDS;4338508;4339209;107;*; ;comp;tRNA;4339317;4339390;7;*;cca ;comp;tRNA;4339398;4339477;12;*;ttg ;comp;tRNA;4339490;4339566;5;*;cgt ;comp;tRNA;4339572;4339646;38;*;ggc ;comp;tRNA;4339685;4339757;28;*;aaa ;comp;tRNA;4339786;4339862;26;*;gac ;comp;tRNA;4339889;4339965;30;*;atgf ;comp;tRNA;4339996;4340071;9;*;gta ;comp;tRNA;4340081;4340152;17;*;gaa ;comp;tRNA;4340170;4340261;3;*;tcc ;comp;tRNA;4340265;4340340;18;*;aac ;comp;rRNA;4340359;4340475;78;*;117 ;comp;rRNA;4340554;4343481;410;*;2928 ;comp;rRNA;4343892;4345445;489;*;1554 fin;comp;CDS;4345935;4347563;;; deb;comp;CDS;4394160;4395092;238;*; ;;tRNA;4395331;4395404;214;*;aga fin;;CDS;4395619;4396383;;0; deb;;CDS;4446278;4447621;207;*; ;comp;tRNA;4447829;4447902;174;*;aga fin;;CDS;4448077;4448370;;0; deb;comp;CDS;4703166;4703687;1861;*; ;comp;tRNA;4705549;4705627;11;*;ttg ;comp;tRNA;4705639;4705713;11;*;tgc ;comp;tRNA;4705725;4705796;6;*;ggc ;comp;tRNA;4705803;4705877;9;*;caa ;comp;tRNA;4705887;4705959;17;*;cac ;comp;tRNA;4705977;4706050;7;*;tgg ;comp;tRNA;4706058;4706143;4;*;tac ;comp;tRNA;4706148;4706223;22;*;aca ;comp;tRNA;4706246;4706318;35;*;ttc ;comp;tRNA;4706354;4706430;15;*;gac ;comp;tRNA;4706446;4706522;25;*;atgf ;comp;tRNA;4706548;4706623;58;*;gta ;comp;tRNA;4706682;4706753;17;*;gaa ;comp;tRNA;4706771;4706862;3;*;tcc ;comp;tRNA;4706866;4706941;2208;*;aac fin;comp;CDS;4709150;4710085;;; deb;comp;CDS;4987142;4989934;726;*; ;comp;tRNA;4990661;4990731;9;*;gga ;comp;tRNA;4990741;4990814;22;*;cca ;comp;tRNA;4990837;4990913;5;*;cgt ;comp;tRNA;4990919;4990993;10;*;ggc ;comp;tRNA;4991004;4991084;11;*;cta ;comp;tRNA;4991096;4991171;4;*;aaa ;comp;tRNA;4991176;4991250;55;*;caa ;comp;tRNA;4991306;4991381;11;*;gta ;comp;tRNA;4991393;4991464;11;*;gaa ;comp;tRNA;4991476;4991548;3;*;acc ;comp;tRNA;4991552;4991627;18;*;aac ;comp;rRNA;4991646;4991762;77;*;117 ;comp;rRNA;4991840;4994767;130;*;2928 ;comp;tRNA;4994898;4994973;20;*;gca ;comp;tRNA;4994994;4995070;38;*;atc ;comp;rRNA;4995109;4995225;102;*;117 ;comp;rRNA;4995328;4996881;363;*;1554 fin;comp;CDS;4997245;4997475;;; deb;comp;CDS;5057616;5058803;163;*; ;comp;rRNA;5058967;5059083;77;*;117 ;comp;rRNA;5059161;5062088;186;*;2928 ;comp;tRNA;5062275;5062350;98;*;gca ;comp;rRNA;5062449;5064002;376;*;1554 fin;comp;CDS;5064379;5066394;;; deb;;CDS;5714294;5714611;206;*; ;comp;tRNA;5714818;5714908;77;*;tcg fin;comp;CDS;5714986;5715210;;; </pre> ===pmq=== ====pmq opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq opérons|pmq opérons]] <pre> 58.3%GC;24.7.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Paenibacillus mucilaginosus 3016;;;;;;;;; ;9206..10276;CDS;;322;322;;;357; ;10599..12139;16s;;269;;;;; ;12409..15343;23s;;95;;;;; ;15439..15555;5s;;178;178;;;;178 ;15734..17190;CDS;;3061;;;;486; ;;;;;;;;; ;20252..21532;CDS;;47;47;;;427;47 ;21580..21666;tca;;140;140;;;; ;21807..22157;CDS hp;@1;17;;;;117; ;22175..22357;CDS hp;;23;;;;*61; ;22381..22524;CDS hp;;86;;;;*48; comp;22611..22796;CDS hp;;138;;;;*62; comp;22935..25265;CDS replicase;;156;;;;*777; ;;;;;;;;; ;25422..26165;CDS;;220;220;;;248; comp;26386..26460;cgg;;183;183;;;;183 ;26644..27168;CDS;;151287;;;;175; ;;;;;;;;; ;178456..179454;CDS;;298;298;;;333; ;179753..181299;16s;;254;;;;; ;181554..184488;23s;;168;;;;; ;184657..184773;5s;;15;;;;; ;184789..184876;agc;;29;;;29;; ;184906..184982;atgj;;39;;;39;; ;185022..185097;gta;;15;;;15;; ;185113..185189;atgf;;14;;;14;; ;185204..185280;gac;;48;;;48;; ;185329..185404;ttc;;5;;;5;; ;185410..185485;aca;;9;;;9;; ;185495..185579;tac;;15;;;15;; ;185595..185670;aaa;;183;183;;;;183 comp;185854..187104;CDS;;30460;;;;417; ;;;;;;;;; comp;217565..218146;CDS;;129;129;;;194;129 comp;218276..218350;cgg;;261;261;;;; ;218612..219643;CDS;;34238;;;;344; ;;;;;;;;; ;253882..254526;CDS;;677;*677;;;215; ;255204..256745;16s;;268;;;;; ;257014..259948;23s;;95;;;;; ;260044..260160;5s;;55;;;;; ;260216..260292;atc;;19;;;19;; ;260312..260387;gca;+;16;;;16;; ;260404..260475;gaa;2 gca;9;;;9;; ;260485..260569;tac;;20;;;20;; ;260590..260665;aac;;3;;;3;; ;260669..260744;gta;;19;;;19;; ;260764..260840;gac;;20;;;20;; ;260861..260933;ttc;;15;;;15;; ;260949..261021;aaa;;10;;;10;; ;261032..261118;ctg;;3;;;3;; ;261122..261196;ggc;;12;;;12;; ;261209..261280;tgc;;15;;;15;; ;261296..261369;cgt;;5;;;5;; ;261375..261448;cca;;158;;;*158;; ;261607..261682;gca;;4;;;4;; ;261687..261759;acc;;5;;;5;; ;261765..261854;tcg;;19;;;19;; ;261874..261961;agc;;17;;;17;; ;261979..262054;gtc;;5;;;5;; ;262060..262134;acg;;39;;;39;; ;262174..262262;tcc;;41;;;41;; ;262304..262386;ctc;;283;283;;;;*283 ;262670..263515;CDS;;314679;;;;282; ;;;;;;;;; ;578195..579055;CDS;;324;324;;;287; ;579380..580921;16s;;258;;;;; ;581180..584114;23s;;166;;;;; ;584281..584397;5s;;31;;;;; ;584429..584505;aac;;6;;;6;; ;584512..584600;tcc;;38;;;38;; ;584639..584710;gaa;;11;;;11;; ;584722..584797;gta;;17;;;17;; ;584815..584891;atgf;;15;;;15;; ;584907..584983;gac;;67;;;67;; ;585051..585125;acg;;11;;;11;; ;585137..585212;cac;;10;;;10;; ;585223..585297;caa;;5;;;5;; ;585303..585378;aaa;;17;;;17;; ;585396..585470;ggc;+;40;;;40;; ;585511..585585;ggc;2 ggc;24;;;24;; ;585610..585692;ttg;;5;;;5;; ;585698..585774;cca;;19;;;19;; ;585794..585867;gga;;1;;;1;; ;585869..585942;aga;;187;187;;;;187 ;586130..586885;CDS;;85587;;;;252; ;;;;;;;;; ;672473..672949;CDS;;18;18;;;159;18 ;672968..673043;aac;;7;;7;;; ;673051..673138;agc;@2;297;;297;;; ;673436..673507;gaa;;9;;9;;; ;673517..673599;ctc;;180;180;;;; ;673780..674199;CDS;;182;;;;140; ;;;;;;;;; ;674382..675278;CDS;;159;159;;;299; ;675438..675520;ctc;;64;64;;;;64 ;675585..675833;CDS;;18450;;;;83; ;;;;;;;;; ;694284..695636;CDS;;797;*797;;;451; ;696434..697974;16s;;261;;;;; ;698236..701170;23s;;94;;;;; ;701265..701381;5s;;43;;;;; ;701425..701498;atc;;11;;;11;; ;701510..701584;gaa;;5;;;5;; ;701590..701665;gtc;;5;;;5;; ;701671..701747;atgf;;4;;;4;; ;701752..701825;tgg;;9;;;9;; ;701835..701909;caa;;8;;;8;; ;701918..701990;aaa;;18;;;18;; ;702009..702095;ctg;;4;;;4;; ;702100..702174;ggc;;11;;;11;; ;702186..702259;cgt;;12;;;12;; ;702272..702348;cca;;577;*577;;;;*577 ;702926..703120;CDS;;370320;;;;65; ;;;;;;;;; ;1073441..1074214;CDS;;373;373;;;258; ;1074588..1076136;16s;;260;;;;; ;1076397..1079331;23s;;168;;;;; ;1079500..1079616;5s;;9;;;;; ;1079626..1079701;aac;;6;;;6;; ;1079708..1079796;tcc;;38;;;38;; ;1079835..1079906;gaa;;11;;;11;; ;1079918..1079993;gta;;17;;;17;; ;1080011..1080087;atgf;;13;;;13;; ;1080101..1080177;gac;;49;;;49;; ;1080227..1080302;ttc;;4;;;4;; ;1080307..1080382;aca;;13;;;13;; ;1080396..1080481;tac;;8;;;8;; ;1080490..1080560;tgg;;13;;;13;; ;1080574..1080649;cac;;26;;;26;; ;1080676..1080747;caa;;9;;;9;; ;1080757..1080831;ggc;;12;;;12;; ;1080844..1080917;tgc;;10;;;10;; ;1080928..1081016;tta;;20;;;20;; ;1081037..1081113;cgt;;3;;;3;; ;1081117..1081199;ttg;;147;147;;;;147 ;1081347..1081973;CDS;;128630;;;;209; ;;;;;;;;; ;1210604..1213519;CDS;;354;354;;;972; ;1213874..1213949;gca;;16;;16;;; ;1213966..1214037;gaa;;12;;12;;; ;1214050..1214125;gta;;16;;16;;; ;1214142..1214218;gac;;17;;17;;; ;1214236..1214311;cac;;9;;9;;; ;1214321..1214395;caa;;9;;9;;; ;1214405..1214477;aaa;;8;;8;;; ;1214486..1214572;ctg;;3;;3;;; ;1214576..1214647;ggc;;169;169;;;;169 comp;1214817..1215602;CDS;;378784;;;;262; ;;;;;;;;; ;1594387..1594665;CDS;;537;*537;;;93; ;1595203..1596743;16s;;252;;;;; ;1596996..1599930;23s;;94;;;;; ;1600025..1600141;5s;;43;;;;; ;1600185..1600261;atc;;19;;;19;; ;1600281..1600356;gca;;17;;;17;; ;1600374..1600445;gaa;;8;;;8;; ;1600454..1600529;gta;+;5;;;5;; ;1600535..1600610;aca;2 gta;10;;;10;; ;1600621..1600705;tac;;18;;;18;; ;1600724..1600799;aac;;4;;;4;; ;1600804..1600879;gta;;21;;;21;; ;1600901..1600977;atgf;;12;;;12;; ;1600990..1601066;gac;;34;;;34;; ;1601101..1601176;cac;;13;;;13;; ;1601190..1601264;caa;;8;;;8;; ;1601273..1601345;aaa;;17;;;17;; ;1601363..1601448;ctc;;13;;;13;; ;1601462..1601548;ctg;;5;;;5;; ;1601554..1601628;ggc;;14;;;14;; ;1601643..1601713;tgc;;10;;;10;; ;1601724..1601797;cgt;;5;;;5;; ;1601803..1601876;cca;;105;105;;;;105 ;1601982..1602245;CDS;;232535;;;;88; ;;;;;;;;; ;1834781..1835260;CDS;;106;106;;;160;106 ;1835367..1835439;gcc;;137;137;;;; comp;1835577..1835978;CDS;;371114;;;;134; ;;;;;;;;; comp;2207093..2208091;CDS;;192;192;;;333;192 ;2208284..2208367;ctg;+;49;;49;;; ;2208417..2208500;ctg;2 ctg;315;315;;;; ;2208816..2209952;CDS;;1246561;;;;379; ;;;;;;;;; ;3456514..3456786;CDS;;256;256;;;91; ;3457043..3457119;ccc;;142;142;;;;142 ;3457262..3457483;CDS;;1547757;;;;74; ;;;;;;;;; comp;5005241..5005426;CDS;;127;127;;;62;127 comp;5005554..5005636;ctc;;40;;40;;; comp;5005677..5005765;tcc;;13;;13;;; comp;5005779..5005852;atg;;19;;19;;; comp;5005872..5005958;tcg;;167;167;;;; ;5006126..5006220;ncRNA;;1377035;;;;32; ;;;;;;;;; comp;6383256..6384173;CDS;;228;228;;;306; ;6384402..6384477;gtc;;69;69;;;;69 comp;6384547..6385458;CDS;;5453;;;;304; ;;;;;;;;; comp;6390912..6391130;CDS;;142;142;;;73;142 comp;6391273..6391358;tta;;7;;7;;; comp;6391366..6391442;atgi;;19;;19;;; comp;6391462..6391538;atgf;;370;370;;;; comp;6391909..6392460;CDS;;962046;;;;184; ;;;;;;;;; ;7354507..7354737;CDS;;342;342;;;77;*342 comp;7355080..7355162;ctc;;28;;;28;; comp;7355191..7355279;tcc;;12;;;12;; comp;7355292..7355368;atgf;;14;;;14;; comp;7355383..7355459;atgj;;14;;;14;; comp;7355474..7355561;agc;;8;;;8;; comp;7355570..7355659;tcg;;4;;;4;; comp;7355664..7355736;acc;;4;;;4;; comp;7355741..7355816;gca;;119;;;;; ;7355936..7356030;ncRNA;@3;36;;;;; comp;7356067..7356140;cca;;6;;;6;; comp;7356147..7356220;cgt;;104;;;*104;; comp;7356325..7356396;ggc;;7;;;7;; comp;7356404..7356490;ctg;;9;;;9;; comp;7356500..7356572;aaa;;9;;;9;; comp;7356582..7356656;caa;;9;;;9;; comp;7356666..7356741;cac;;17;;;17;; comp;7356759..7356835;gac;;12;;;12;; comp;7356848..7356923;gta;;4;;;4;; comp;7356928..7357003;aac;;15;;;15;; comp;7357019..7357103;tac;;8;;;8;; comp;7357112..7357187;aca;;5;;;5;; comp;7357193..7357264;gaa;;15;;;15;; comp;7357280..7357355;gcc;;9;;;9;; comp;7357365..7357438;atc;;54;;;;; comp;7357493..7357609;5s;;112;;;;; comp;7357722..7360655;23s;;258;;;;; comp;7360914..7362454;16s;;403;*403;;;; ;7362858..7363397;CDS;;254752;;;;180; ;;;;;;;;; ;7618150..7618842;CDS;;280;280;;;231;*280 comp;7619123..7619193;ggg;;335;335;;;; ;7619529..7620461;CDS;;46171;;;;311; ;;;;;;;;; comp;7666633..7668069;CDS;;104;104;;;479;104 comp;7668174..7668244;ggg;;5;;;5;; comp;7668250..7668326;cca;;106;;;*106;; comp;7668433..7668506;cgt;;11;;;11;; comp;7668518..7668592;ggc;;5;;;5;; comp;7668598..7668684;ctg;;13;;;13;; comp;7668698..7668783;ctc;;16;;;16;; comp;7668800..7668872;aaa;;10;;;10;; comp;7668883..7668967;tac;;28;;;28;; comp;7668996..7669071;ttc;;12;;;;; comp;7669084..7669200;5s;;159;;;;; comp;7669360..7672297;23s;;256;;;;; comp;7672554..7674095;16s;;537;*537;;;; ;7674633..7675382;CDS;;177794;;;;250; ;;;;;;;;; comp;7853177..7853761;CDS;;57;57;;;195;57 comp;7853819..7853892;cac;;230;;230;;; comp;7854123..7854196;cac;;404;*404;;;; comp;7854601..7854801;CDS;;245639;;;;67; ;;;;;;;;; comp;8100441..8100854;CDS;;123;123;;;138;123 comp;8100978..8101094;5s;;167;;;;; comp;8101262..8104180;23s;;248;;;;; comp;8104429..8105969;16s;;325;325;;;; comp;8106295..8106636;CDS;;45281;;;;114; ;;;;;;;;; comp;8151918..8152448;CDS;;460;*460;;;177;*460 comp;8152909..8153031;5s;;94;;;;; comp;8153126..8156060;23s;;258;;;;; comp;8156319..8157859;16s;;456;*456;;;; ;8158316..8158642;CDS;;98285;;;;109; ;;;;;;;;; ;8256928..8257746;CDS;;83;83;;;273;83 comp;8257830..8257903;gga;;5;;;5;; comp;8257909..8257985;cca;;16;;;16;; comp;8258002..8258078;cgt;;4;;;4;; comp;8258083..8258157;ggc;;8;;;8;; comp;8258166..8258248;cta;;42;;;42;; comp;8258291..8258366;aaa;;8;;;8;; comp;8258375..8258449;caa;;9;;;9;; comp;8258459..8258532;tgg;;4;;;4;; comp;8258537..8258613;atgf;;5;;;5;; comp;8258619..8258694;gtc;;5;;;5;; comp;8258700..8258774;gaa;;11;;;11;; comp;8258786..8258859;atc;;43;;;;; comp;8258903..8259019;5s;;94;;;;; comp;8259114..8262048;23s;;255;;;;; comp;8262304..8263845;16s;;306;306;;;; comp;8264152..8264370;CDS;;58373;;;;73; ;;;;;;;;; comp;8322744..8323205;CDS;;393;393;;;154;*393 comp;8323599..8323715;5s;;94;;;;; comp;8323810..8326748;23s;;258;;;;; comp;8327007..8328547;16s;;369;369;;;; comp;8328917..8330413;CDS;;21505;;;;499; ;;;;;;;;; comp;8351919..8354414;CDS;;396;396;;;832; comp;8354811..8354884;atg;;149;149;;;;149 comp;8355034..8355537;CDS;;34450;;;;168; ;;;;;;;;; ;8389988..8390512;CDS;;296;296;;;175;*296 comp;8390809..8390925;5s;;94;;;;; comp;8391020..8393954;23s;;259;;;;; comp;8394214..8395754;16s;;234;234;;;; comp;8395989..8396255;CDS;;220222;;;;89; ;;;;;;;;; comp;8616478..8616924;CDS;;417;*417;;;149; ;8617342..8617418;gac;;157;157;;;;157 ;8617576..8618541;CDS;;105821;;;;322; ;;;;;;;;; ;8724363..8724614;CDS;;455;*455;;;84; comp;8725070..8725160;tcg;;165;165;;;;165 comp;8725326..8725559;CDS;;9205;;;;78; ;;opéron;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd </pre> ====pmq cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_cumuls|pmq cumuls]] <pre> pmq;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cds dirigé;gammes;cdsa;cdsd avec rRNA;opérons;14;1;0;1;1;0;1;0;100;15;8 ;16 23 5s 0;5;20;14;107;50;3;20;1;200;18;10 ;16 atc gca;0;40;1;12;100;4;40;0;300;12;6 ;16 23 5s a;9;60;1;4;150;11;60;2;400;9;3 ;max a;23;80;0;1;200;11;80;2;500;6;4 ;a doubles;3;100;0;0;250;3;100;1;600;0;0 ;spéciaux;0;120;0;2;300;6;120;3;700;0;0 ;total aas;138;140;0;0;350;7;140;3;800;0;0 sans ;opérons;17;160;0;1;400;6;160;5;900;1;0 ;1 aa;11;180;0;0;450;3;180;3;1000;1;0 ;max a;9;200;0;0;500;3;200;4;1100;0;0 ;a doubles;1;;2;0;;5;;7;;0;0 ;total aas;35;;18;128;;62;;31;;62;31 total aas;;173;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;16;;;;;;235;213 ;;;variance;;20;;;;;;184;122 sans jaune;;;moyenne;16;14;;207;;126;;; ;;;variance;12;11;;106;;49;;; </pre> ====pmq blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_blocs|pmq blocs]] <pre> Les blocs à rRNAs pmq;;;;; CDS;298;324;373;12; 16s;254;258;260;159; 23s;168;166;168;256; 5s;15;31;9;537; 1er aa;agc;aac;aac;ttc; aas;9;16;17;9; CDS;183;187;147;104; ;;;;; CDS;677;797;537;54;43 16s;268;261;252;112;94 23s;95;94;94;258;255 5s;55;43;43;403;306 atc / aas;22;11;19;23;12 CDS;283;577;105;342;83 ;;;;; CDS;322;123;460;393;296 16s;269;167;94;94;94 23s;95;248;258;258;259 5s;178;325;456;369;234 </pre> ====pmq distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_distribution|pmq distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ggc2 5s;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;4;tac;6;tgc;3 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;2;aac;5;agc;3 ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;4;cgt;7 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;3;gcc;1;gac;6;ggc;9 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;8;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;7;caa;6;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;1;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;4;gaa;7;gga;2 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;2;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total pmq;;11;;;;;11;;pmq;22;;;;;;22;;pmq;2;;;;;;2;;pmq;;;;138;;;138 </pre> ====pmq données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_données_intercalaires|pmq données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;pmq;fx;fc;pmq;fx40;fc40;pmq;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;5;26;0;5;26;-1;0;80;47;222;23s 5s;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;15;298;1;1;52;-2;3;0;137;183;2* 97;;;29;;agc;11;;atc;28;;ctc ;1;20;15;336;2;1;46;-3;0;1;129;183;2* 170;;;39;;atgj;5;;gaa;12;;tcc ;0;30;22;273;3;1;35;-4;11;384;283;261;168;;;15;;gta;5;;gtc;14;;atgf ;0;40;16;249;4;1;34;-5;0;1;187;169;6* 96;;;14;;atgf;4;;atgf;14;;atgj ;1;50;22;194;5;1;28;-6;3;1;18;137;113;;;48;;gac;9;;tgg;8;;agc ;0;60;24;156;6;1;32;-7;0;5;180;192;161;;;5;;ttc;8;;caa;4;;tcg ;1;70;32;142;7;2;28;-8;0;76;159;228;169;;;9;;aca;18;;aaa;4;;acc 1;1;80;47;168;8;2;12;-9;1;0;64;72;5s CDS;;;15;;tac;7;;ctg;;119;gca 1;1;90;44;163;9;4;10;-10;1;8;577;342;178;296;;**;;aaa;11;;ggc;;36;ncRNA ;0;100;53;148;10;1;21;-11;2;32;150;280;123;;;19;;atc;12;;cgt;6;;cca ;3;110;53;123;11;1;23;-12;0;0;354;335;460;;;16;;gca;**;;cca;104;;cgt ;0;120;61;117;12;0;38;-13;0;7;105;86;393;;;9;;gaa;6;;aac;7;;ggc ;1;130;77;120;13;1;43;-14;2;27;106;417;5s tRNA;;;20;;tac;38;;tcc;9;;ctg 1;1;140;60;95;14;1;45;-15;0;0;315;455;15;;agc;3;;aac;11;;gaa;9;;aaa ;4;150;64;119;15;3;39;-16;0;5;256;;55;;atc;19;;gta;17;;gta;9;;caa ;2;160;67;87;16;2;34;-17;2;17;142;;54;;atc;20;;gac;13;;atgf;17;;cac 1;1;170;75;94;17;1;25;-18;0;0;394;;3* 43;;atc;15;;ttc;49;;gac;12;;gac ;1;180;66;111;18;3;36;-19;0;1;142;;9;;aac;10;;aaa;4;;ttc;4;;gta 2;1;190;81;93;19;3;29;-20;1;14;75;;31;;aac;3;;ctg;13;;aca;15;;aac 1;0;200;65;94;20;0;24;-21;0;0;104;;12;;ttc;12;;ggc;8;;tac;8;;tac ;0;210;65;86;21;6;37;-22;1;5;84;;tRNA tRNA;;;15;;tgc;13;;tgg;5;;aca ;0;220;58;86;22;1;32;-23;0;13;404;;7;;aac;5;;cgt;26;;cac;15;;gaa 2;0;230;52;79;23;3;23;-24;0;0;396;;297;;agc;158;;cca;9;;caa;9;;gcc ;0;240;54;87;24;2;45;-25;1;3;149;;9;;gaa;4;;gca;12;;ggc;**;;atc ;0;250;47;74;25;0;28;-26;3;13;157;;**;;ctc;5;;acc;10;;tgc;5;;ggg ;1;260;41;66;26;5;15;-27;0;0;165;;16;;gca;19;;tcg;20;;tta;106;;cca 1;0;270;43;60;27;2;24;-28;0;0;CDS 16s;;12;;gaa;17;;agc;3;;cgt;11;;cgt 1;0;280;35;59;28;2;14;-29;0;8;318;399;16;;gta;5;;gtc;**;;ttg;5;;ggc ;1;290;30;44;29;0;25;-30;0;0;299;533;17;;gac;39;;acg;19;;atc;13;;ctg ;0;300;23;35;30;1;30;-31;0;2;673;;9;;cac;41;;tcc;17;;gca;16;;ctc ;0;310;35;45;31;0;26;-32;1;8;320;;9;;caa;**;;ctc;8;;gaa;10;;aaa ;1;320;28;32;32;2;20;-33;0;0;793;;8;;aaa;10;;aac;5;;gta;28;;tac ;0;330;28;41;33;1;26;-34;1;2;377;;3;;ctg;38;;tcc;10;;aca;**;;ttc 1;0;340;21;27;34;3;20;-35;1;6;533;;**;;ggc;11;;gaa;18;;tac;5;;gga 1;0;350;25;33;35;1;31;-36;2;0;321;;49;;ctg;17;;gta;4;;aac;16;;cca ;1;360;19;22;36;1;23;-37;0;2;272;;**;;ctg;15;;atgf;21;;gta;4;;cgt ;0;370;14;26;37;3;24;-38;0;2;302;;40;;ctc;67;;gac;12;;atgf;8;;ggc ;0;380;12;32;38;1;24;-39;0;0;365;;13;;tcc;11;;acg;34;;gac;42;;cta ;0;390;15;24;39;2;27;-40;0;1;230;;19;;atgj;10;;cac;13;;cac;8;;aaa ;2;400;10;26;40;2;28;-41;0;5;16s 23s;;**;;tcg;5;;caa;8;;caa;9;;caa 2;2;reste;266;353;reste;1812;3361;-42;0;0;2* 280;;7;;tta;17;;aaa;17;;aaa;4;;tgg 15;27;total;1885;4543;total;1885;4543;-43;0;0;266;;19;;atgi;40;;ggc;13;;ctc;5;;atgf 13;25;diagr;1614;4164;diagr;68;1156;-44;1;3;272;;**;;atgf;24;;ggc;5;;ctg;5;;gtc 0;1; t30;52;907;;;;-45;0;0;271;;230;;cac;8;;ttg;14;;ggc;11;;gaa ;;;;;;;;-46;0;1;263;;**;;cac;19;;cca;10;;tgc;**;;atc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;4* 269;;;;;1;;gga;5;;cgt;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;268;;;;;**;;aga;**;;cca;;; ;x;1880;42;5;1927;;;-49;0;2;259;;;;;;;;;;;;; ;c;4517;753;26;5296;;;-50;0;1;267;;;;;;;;;;;;; ;;;;;7223;256;;reste;5;16;270;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;7479;;total;42;753;;;;;;;;;;;;;; </pre> =====pmq autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires_aas|pmq autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;pmq;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;9206;318;; ;rRNA;10595;280;;16s ;rRNA;12412;97;;23s ;rRNA;15439;178;;5s fin;CDS;15734;;; deb;CDS;20252;47;; ;tRNA;21580;137;;tca fin;CDS;21807;;; deb;CDS;25422;222;; ;tRNA;26388;183;comp;cgg fin;CDS;26644;;; deb;CDS;178456;299;; ;rRNA;179754;266;;16s ;rRNA;181557;170;;23s ;rRNA;184657;15;;5s ;tRNA;184789;29;;agc ;tRNA;184906;39;;atgj ;tRNA;185022;15;;gta ;tRNA;185113;14;;atgf ;tRNA;185204;48;;gac ;tRNA;185329;5;;ttc ;tRNA;185410;9;;aca ;tRNA;185495;15;;tac ;tRNA;185595;183;;aaa fin;CDS;185854;;comp; deb;CDS;217565;129;comp; ;tRNA;218276;261;comp;cgg fin;CDS;218612;;; deb;CDS;230970;186;; ;tmRNA;231642;140;; fin;CDS;232145;;; deb;CDS;253921;673;; ;rRNA;255200;280;;16s ;rRNA;257017;97;;23s ;rRNA;260044;55;;5s ;tRNA;260216;19;;atc ;tRNA;260312;16;;gca ;tRNA;260404;9;;gaa ;tRNA;260485;20;;tac ;tRNA;260590;3;;aac ;tRNA;260669;19;;gta ;tRNA;260764;20;;gac ;tRNA;260861;15;;ttc ;tRNA;260949;10;;aaa ;tRNA;261032;3;;ctg ;tRNA;261122;12;;ggc ;tRNA;261209;15;;tgc ;tRNA;261296;5;;cgt ;tRNA;261375;158;;cca ;tRNA;261607;4;;gca ;tRNA;261687;5;;acc ;tRNA;261765;19;;tcg ;tRNA;261874;17;;agc ;tRNA;261979;5;;gtc ;tRNA;262060;39;;acg ;tRNA;262174;41;;tcc ;tRNA;262304;283;;ctc fin;CDS;262670;;; deb;CDS;578195;320;; ;rRNA;579376;269;;16s ;rRNA;581183;168;;23s ;rRNA;584281;31;;5s ;tRNA;584429;10;;aac ;tRNA;584512;38;;tcc ;tRNA;584639;11;;gaa ;tRNA;584722;17;;gta ;tRNA;584815;15;;atgf ;tRNA;584907;67;;gac ;tRNA;585051;11;;acg ;tRNA;585137;10;;cac ;tRNA;585223;5;;caa ;tRNA;585303;17;;aaa ;tRNA;585396;40;;ggc ;tRNA;585511;24;;ggc ;tRNA;585610;8;;ttg ;tRNA;585698;19;;cca ;tRNA;585794;1;;gga ;tRNA;585869;187;;aga fin;CDS;586130;;; deb;CDS;672473;18;; ;tRNA;672968;7;;aac ;tRNA;673051;297;;agc ;tRNA;673436;9;;gaa ;tRNA;673517;180;;ctc fin;CDS;673780;;; deb;CDS;674382;159;; ;tRNA;675438;64;;ctc fin;CDS;675585;;; deb;CDS;694284;793;; ;rRNA;696430;272;;16s ;rRNA;698239;96;;23s ;rRNA;701265;43;;5s ;tRNA;701425;11;;atc ;tRNA;701510;5;;gaa ;tRNA;701590;5;;gtc ;tRNA;701671;4;;atgf ;tRNA;701752;9;;tgg ;tRNA;701835;8;;caa ;tRNA;701918;18;;aaa ;tRNA;702009;7;;ctg ;tRNA;702100;11;;ggc ;tRNA;702186;12;;cgt ;tRNA;702272;577;;cca fin;CDS;702926;;; deb;CDS;1073441;377;; ;rRNA;1074592;271;;16s ;rRNA;1076400;170;;23s ;rRNA;1079500;9;;5s ;tRNA;1079626;6;;aac ;tRNA;1079708;38;;tcc ;tRNA;1079835;11;;gaa ;tRNA;1079918;17;;gta ;tRNA;1080011;13;;atgf ;tRNA;1080101;49;;gac ;tRNA;1080227;4;;ttc ;tRNA;1080307;13;;aca ;tRNA;1080396;8;;tac ;tRNA;1080490;13;;tgg ;tRNA;1080574;26;;cac ;tRNA;1080676;9;;caa ;tRNA;1080757;12;;ggc ;tRNA;1080844;10;;tgc ;tRNA;1080928;20;;tta ;tRNA;1081037;3;;cgt ;tRNA;1081117;150;;ttg fin;CDS;1081347;;; deb;CDS;1210625;354;; ;tRNA;1213874;16;;gca ;tRNA;1213966;12;;gaa ;tRNA;1214050;16;;gta ;tRNA;1214142;17;;gac ;tRNA;1214236;9;;cac ;tRNA;1214321;9;;caa ;tRNA;1214405;8;;aaa ;tRNA;1214486;3;;ctg ;tRNA;1214576;169;;ggc fin;CDS;1214817;;comp; deb;CDS;1594387;533;; ;rRNA;1595199;263;;16s ;rRNA;1596999;96;;23s ;rRNA;1600025;43;;5s ;tRNA;1600185;19;;atc ;tRNA;1600281;17;;gca ;tRNA;1600374;8;;gaa ;tRNA;1600454;5;;gta ;tRNA;1600535;10;;aca ;tRNA;1600621;18;;tac ;tRNA;1600724;4;;aac ;tRNA;1600804;21;;gta ;tRNA;1600901;12;;atgf ;tRNA;1600990;34;;gac ;tRNA;1601101;13;;cac ;tRNA;1601190;8;;caa ;tRNA;1601273;17;;aaa ;tRNA;1601363;13;;ctc ;tRNA;1601462;5;;ctg ;tRNA;1601554;14;;ggc ;tRNA;1601643;10;;tgc ;tRNA;1601724;5;;cgt ;tRNA;1601803;105;;cca fin;CDS;1601982;;; deb;CDS;1834781;106;; ;tRNA;1835367;137;;gcc fin;CDS;1835577;;comp; deb;CDS;2147627;89;; ;ncRNA;2148556;114;; fin;CDS;2148850;;; deb;CDS;2207093;192;comp; ;tRNA;2208284;49;;ctg ;tRNA;2208417;315;;ctg fin;CDS;2208816;;; deb;CDS;3456514;256;; ;tRNA;3457043;142;;ccc fin;CDS;3457262;;; deb;CDS;5004536;394;comp; ;tRNA;5005554;40;comp;ctc ;tRNA;5005677;13;comp;tcc ;tRNA;5005779;19;comp;atgj ;tRNA;5005872;167;comp;tcg ;ncRNA;5006126;132;; fin;CDS;5006353;;; deb;CDS;6383256;228;comp; ;tRNA;6384402;72;;gtc fin;CDS;6384547;;comp; deb;CDS;6390912;142;comp; ;tRNA;6391273;7;comp;tta ;tRNA;6391366;19;comp;atgi ;tRNA;6391462;75;comp;atgf fin;CDS;6391614;;comp; deb;CDS;6561157;118;; ;ncRNA;6563228;95;comp; fin;CDS;6563744;;comp; deb;CDS;7354507;342;; ;tRNA;7355080;28;comp;ctc ;tRNA;7355191;12;comp;tcc ;tRNA;7355292;14;comp;atgf ;tRNA;7355383;14;comp;atgj ;tRNA;7355474;8;comp;agc ;tRNA;7355570;4;comp;tcg ;tRNA;7355664;4;comp;acc ;tRNA;7355741;119;comp;gca ;ncRNA;7355936;36;; ;tRNA;7356067;6;comp;cca ;tRNA;7356147;104;comp;cgt ;tRNA;7356325;7;comp;ggc ;tRNA;7356404;9;comp;ctg ;tRNA;7356500;9;comp;aaa ;tRNA;7356582;9;comp;caa ;tRNA;7356666;17;comp;cac ;tRNA;7356759;12;comp;gac ;tRNA;7356848;4;comp;gta ;tRNA;7356928;15;comp;aac ;tRNA;7357019;8;comp;tac ;tRNA;7357112;5;comp;aca ;tRNA;7357193;15;comp;gaa ;tRNA;7357280;9;comp;gcc ;tRNA;7357365;54;comp;atc ;rRNA;7357493;113;comp;5s ;rRNA;7357723;269;comp;23s ;rRNA;7360922;399;comp;16s fin;CDS;7362858;;; deb;CDS;7618150;280;; ;tRNA;7619123;335;comp;ggg fin;CDS;7619529;;; deb;CDS;7666633;104;comp; ;tRNA;7668174;5;comp;ggg ;tRNA;7668250;106;comp;cca ;tRNA;7668433;11;comp;cgt ;tRNA;7668518;5;comp;ggc ;tRNA;7668598;13;comp;ctg ;tRNA;7668698;16;comp;ctc ;tRNA;7668800;10;comp;aaa ;tRNA;7668883;28;comp;tac ;tRNA;7668996;12;comp;ttc ;rRNA;7669084;161;comp;5s ;rRNA;7669362;268;comp;23s ;rRNA;7672563;533;comp;16s fin;CDS;7674633;;; deb;CDS;7853177;84;comp; ;tRNA;7853819;230;comp;cac ;tRNA;7854123;404;comp;cac fin;CDS;7854601;;comp; deb;CDS;8100441;123;comp; ;rRNA;8100978;169;comp;5s ;rRNA;8101264;259;comp;23s ;rRNA;8104437;321;comp;16s fin;CDS;8106295;;comp; deb;CDS;8151918;460;comp; ;rRNA;8152909;96;comp;5s ;rRNA;8153128;269;comp;23s ;rRNA;8156327;272;comp;16s fin;CDS;8158136;;comp; deb;CDS;8256928;86;; ;tRNA;8257833;5;comp;gga ;tRNA;8257909;16;comp;cca ;tRNA;8258002;4;comp;cgt ;tRNA;8258083;8;comp;ggc ;tRNA;8258166;42;comp;cta ;tRNA;8258291;8;comp;aaa ;tRNA;8258375;9;comp;caa ;tRNA;8258459;4;comp;tgg ;tRNA;8258537;5;comp;atgf ;tRNA;8258619;5;comp;gtc ;tRNA;8258700;11;comp;gaa ;tRNA;8258786;43;comp;atc ;rRNA;8258903;96;comp;5s ;rRNA;8259116;267;comp;23s ;rRNA;8262313;302;comp;16s fin;CDS;8264152;;comp; deb;CDS;8322744;393;comp; ;rRNA;8323599;96;comp;5s ;rRNA;8323812;269;comp;23s ;rRNA;8327015;365;comp;16s fin;CDS;8328917;;comp; deb;CDS;8351919;396;comp; ;tRNA;8354811;149;comp;atgj fin;CDS;8355034;;comp; deb;CDS;8389988;296;; ;rRNA;8390809;96;comp;5s ;rRNA;8391022;270;comp;23s ;rRNA;8394222;230;comp;16s fin;CDS;8395989;;comp; deb;CDS;8399622;208;comp; ;ncRNA;8400892;47;comp; fin;CDS;8401203;;comp; deb;CDS;8616478;417;comp; ;tRNA;8617342;157;;gac fin;CDS;8617576;;; deb;CDS;8724363;455;; ;tRNA;8725070;165;comp;tcg fin;CDS;8725326;;comp; </pre> ====pmq intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_entre_cds|pmq intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> ;;;pmq 9.11.20;;;;;;;;; pmq;8.2.21 Paris;;pmq 7.2.21;;;;;;;;; pmq;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquence5;intercal;<u>fréquencez ;'''négatif;795;11.0;'''négatif ;-11;16;-1 à -119;'''8 739 048;-1;795;610;15 ;'''zéro;31;0.4;;;;;'''intercals;0;31;620;10 ;'''1 à 200;4139;57.3;'''0 à 200;88;60;;'''1 202 544;5;200;630;6 ;'''201 à 370;1520;21.0;'''201 à 370;266;46;;'''13.8%;10;113;640;6 ;'''371 à 600;506;7.0;'''371 à 600;460;65;;;15;194;650;10 ;'''601 à max;232;3.2;'''601 à 1028;861;248;;;20;157;660;8 ;'''total 7223;<201;68.7;'''total 7223;165;188;-119 à 1742;;25;177;670;5 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;118;680;5 6589209;1742;-1;795;-70;13;;0;31;35;130;690;6 6004770;1651;0;31;-60;3;;-1;°80;40;135;700;4 4375163;1613;1;°53;-50;6;;-2;3;45;110;710;5 3234976;1576;2;°47;-40;14;;-3;1;50;106;720;5 1433663;1551;3;36;-30;27;'''min à -1;-4;°395;55;93;730;5 1961332;1546;4;35;-20;62;795;-5;1;60;87;740;5 1948392;1534;5;29;-10;104;11.0%;-6;4;65;99;750;4 8025788;1532;6;°33;0;597;;-7;5;70;75;760;6 6672573;1521;7;°30;10;313;;-8;°76;75;106;770;5 4064508;1497;8;14;20;351;;-9;1;80;109;780;4 1735863;1428;9;14;30;295;;-10;9;85;99;790;3 4067449;1378;10;22;40;265;'''1 à 100;-11;°34;90;108;800;5 2875626;1352;11;24;50;216;2448;-12;0;95;98;810;3 896926;1351;12;°38;60;180;33.9%;-13;7;100;103;820;5 6351796;1318;13;°44;70;174;;-14;°29;105;92;830;6 2069562;1279;14;°46;80;215;;-15;0;110;84;840;1 1529184;1277;15;°42;90;207;;-16;5;115;93;850;1 1897252;1277;16;36;100;201;;-17;°19;120;85;860;7 2910237;1276;17;26;110;176;;-18;0;125;100;870;2 3749065;1276;18;°39;120;178;;-19;1;130;97;880;2 4906359;1270;19;32;130;197;;-20;°15;135;72;890;3 1921516;1263;20;24;140;155;;-21;0;140;83;900;3 880003;1252;21;°43;150;183;;-22;6;145;89;910;3 5858747;1240;22;33;160;154;;-23;°13;150;94;920;2 5950046;1211;23;26;170;169;'''1 à 200;-24;0;155;77;930;4 8085655;1206;24;°47;180;177;4139;-25;4;160;77;940;5 7588882;1203;25;28;190;174;57.3%;-26;°16;165;84;950;2 7315024;1200;26;20;200;159;;-27;0;170;85;960;2 5662979;1189;27;°26;210;151;;-28;0;175;91;970;2 8557915;1186;28;16;220;144;;-29;°8;180;86;980;0 359256;1184;29;25;230;131;;-30;0;185;87;990;2 7839445;1169;30;°31;240;141;;-31;2;190;87;1000;2 1773925;1157;31;26;250;121;'''0 à 200;-32;°9;195;80;1010;2 3687367;1141;32;22;260;107;4170;;774;200;79;1020;1 1886363;1109;33;°27;270;103;;reste;52;205;81;1030;2 7335994;1095;34;23;280;94;;total;826;210;70;1040;2 5259590;1088;35;°32;290;74;;;;215;82;1050;2 3089348;1087;36;24;300;58;;;;220;62;1060;4 3287601;1084;37;27;310;80;;'''intercal;'''<u>fréquence5;225;65;1070;0 933373;1077;38;25;320;60;;600;6991;230;66;1080;1 8231158;1055;39;°29;330;69;;650;47;235;68;1090;3 1233491;1054;40;°30;340;48;'''201 à 370;700;28;240;73;1100;1 1379835;1052;reste;5173;350;58;1520;750;24;245;59;1110;1 1438197;1052;total;7223;360;41;21.0%;800;23;250;62;1120;0 2970387;1045;;;370;40;;850;16;255;55;1130;0 5913926;1042;;;380;44;;900;17;260;52;1140;0 7192953;1040;;;390;39;;950;16;265;51;1150;1 247705;1038;;;400;36;;1000;8;270;52;1160;1 1687282;1027;;;410;29;;1050;9;275;42;1170;1 7301491;1024;;;420;25;;1100;9;280;52;1180;0 2362680;1013;;;430;35;;1150;2;285;35;1190;3 ;;;;440;31;;1200;6;290;39;1200;1 ;;;;450;19;;1250;4;295;29;;205 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;460;25;;1300;8;300;29;reste;27 4544722;-119;shift 2;16105;470;17;;1350;1;305;45;total;232 5318942;-119;shift 3;18655;480;21;;1400;3;310;35;; 1976860;-116;shift 4;1615;490;20;;1450;1;315;33;; 5337597;-115;shift 5;1973;500;26;;1500;1;320;27;; 3673911;-113;shift 6;419;510;13;;1550;4;325;30;; 5433750;-101;shift 7;5002;520;14;;1600;2;330;39;; 7350606;-101;shift 8;832;530;14;;1650;1;335;28;; 2131496;-95;shift 9;1189;540;19;'''371 à 600;;230;340;20;; 4669248;-95;;;550;20;506;;;345;34;; 2553569;-89;;;560;12;7.0%;;;350;24;; 2198194;-75;;;570;15;;;;355;28;; 1029214;-74;;;580;9;'''601 à max;;;360;13;; 7372543;-73;;;590;11;232;;;365;21;; 1297148;-65;;;600;12;3.2%;;;370;19;; 3921139;-65;;;reste;232;;reste;2;reste;738;; 6624824;-65;;;total;7223;;total;7223;total;7223;; </pre> ====pmq intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;; pmq Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; pmq;min10;1614;4164;5778;458;-832;-651;181;-866;-825;-61;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; 32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pmq;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;31;-283;664;-7.0;878;304;max190;&-29;229;-645;79;946;263;min70 31 à 400;;;;;;;2 parties;&-13;112;-388;63;937;287;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;28;31;-;65;poly;813;tF;&143;54;;806;poly;140;SF 31 à 400;;;;;;;;&113;46;-;886;dte;51;Sf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.207;;24.1.22 Paris;;;; 41-n;0.458;-0.832;-0.651;;;;;;;;;;; 1-n;-0.061;-0.866;-0.825;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; pmq;fx;fc;;pmq;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;pmq;Sx-;Sc- 0;5;26;;0;3;6;0;5;26;>0;1880;-1;0;80 10;15;298;;10;9;72;1;1;52;<0;42;-2;3;0 20;15;336;;20;9;81;2;1;46;zéro;5;-3;0;1 30;22;273;;30;14;66;3;1;35;total;1927;-4;11;384 40;16;249;;40;10;60;4;1;34;;c;-5;0;1 50;22;194;;50;14;47;5;1;28;>0;4517;-6;3;1 60;24;156;;60;15;37;6;1;32;<0;753;-7;0;5 70;32;142;;70;20;34;7;2;28;zéro;26;-8;0;76 80;47;168;;80;29;40;8;2;12;total;5296;-9;1;0 90;44;163;;90;27;39;9;4;10;;;-10;1;8 100;53;148;;100;33;36;10;1;21;total;7223;-11;2;32 110;53;123;;110;33;30;11;1;23;;;-12;0;0 120;61;117;;120;38;28;12;0;38;;;-13;0;7 130;77;120;;130;48;29;13;1;43;;;-14;2;27 140;60;95;;140;37;23;14;1;45;;;-15;0;0 150;64;119;;150;40;29;15;3;39;;;-16;0;5 160;67;87;;160;42;21;16;2;34;;;-17;2;17 170;75;94;;170;46;23;17;1;25;;;-18;0;0 180;66;111;;180;41;27;18;3;36;;;-19;0;1 190;81;93;;190;50;22;19;3;29;;;-20;1;14 200;65;94;;200;40;23;20;0;24;;;-21;0;0 210;65;86;;210;40;21;21;6;37;;;-22;1;5 220;58;86;;220;36;21;22;1;32;;;-23;0;13 230;52;79;;230;32;19;23;3;23;;;-24;0;0 240;54;87;;240;33;21;24;2;45;;;-25;1;3 250;47;74;;250;29;18;25;0;28;;;-26;3;13 260;41;66;;260;25;16;26;5;15;;;-27;0;0 270;43;60;;270;27;14;27;2;24;;;-28;0;0 280;35;59;;280;22;14;28;2;14;;;-29;0;8 290;30;44;;290;19;11;29;0;25;;;-30;0;0 300;23;35;;300;14;8;30;1;30;;;-31;0;2 310;35;45;;310;22;11;31;0;26;;;-32;1;8 320;28;32;;320;17;8;32;2;20;;;-33;0;0 330;28;41;;330;17;10;33;1;26;;;-34;1;2 340;21;27;;340;13;6;34;3;20;;;-35;1;6 350;25;33;;350;15;8;35;1;31;;;-36;2;0 360;19;22;;360;12;5;36;1;23;;;-37;0;2 370;14;26;;370;9;6;37;3;24;;;-38;0;2 380;12;32;;380;7;8;38;1;24;;;-39;0;0 390;15;24;;390;9;6;39;2;27;;;-40;0;1 400;10;26;;400;6;6;40;2;28;;;-41;0;5 reste;266;353;;;;;reste;1812;3361;;;-42;0;0 total;1885;4543;;t30;32;218;total;1885;4543;;;-43;0;0 diagr;1614;4164;;;;;diagr;68;1156;;;-44;1;3 - t30;1562;3257;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;2 ;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;reste;5;16 ;;;;;;;;;;;;total;42;753 </pre> ====pmq intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_négatifs_S-|pmq intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;;à partir de 51 comp’;0;3;0;8;0;3;0;0;1;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;34;4 continu;80;0;1;387;1;1;5;76;0;9;32;0;7;27;0;5;18;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;3;7;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;0;0;1;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;7;761;17 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;11;0;3;0;0;1;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;1;1;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;5;42 ;Sc-;80;0;1;384;1;1;5;76;0;8;32;0;7;27;0;5;17;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;2;6;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;16;753 </pre> ====pmq autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires|pmq autres intercalaires]] <pre> pmq;autres intercalaires;;adresses1;;;pmq;autres intercalaires;;adresses2;;;pmq;autres intercalaires;;adresses3;;;pmq;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;9206;318;;;deb;°CDS;672473;18;;;deb;°CDS;1834781;106;;;deb;°CDS;7666633;104;comp ;$rRNA;10595;280;;;;&tRNA;672968;7;;;;&tRNA;1835367;137;;;;&tRNA;7668174;5;comp ;$rRNA;12412;97;;;;&tRNA;673051;297;;;fin;°CDS;1835577;;comp;;;&tRNA;7668250;106;comp ;$rRNA;15439;178;;;;&tRNA;673436;9;;;deb;°CDS;2147627;89;;;;&tRNA;7668433;11;comp fin;°CDS;15734;;;;;&tRNA;673517;180;;;;ncRNA;2148556;114;;;;&tRNA;7668518;5;comp deb;°CDS;20252;47;;;fin;°CDS;673780;;;;fin;°CDS;2148850;;;;;&tRNA;7668598;13;comp ;&tRNA;21580;137;;;deb;°CDS;674382;159;;;deb;°CDS;2207093;192;comp;;;&tRNA;7668698;16;comp fin;°CDS;21807;;;;;&tRNA;675438;64;;;;&tRNA;2208284;49;;;;&tRNA;7668800;10;comp deb;°CDS;25422;222;;;fin;°CDS;675585;;;;;&tRNA;2208417;315;;;;&tRNA;7668883;28;comp ;&tRNA;26388;183;comp;;deb;°CDS;694284;793;;;fin;°CDS;2208816;;;;;&tRNA;7668996;12;comp fin;°CDS;26644;;;;;$rRNA;696430;272;;;deb;°CDS;3456514;256;;;;$rRNA;7669084;161;comp deb;°CDS;178456;299;;;;$rRNA;698239;96;;;;&tRNA;3457043;142;;;;$rRNA;7669362;268;comp ;$rRNA;179754;266;;;;$rRNA;701265;43;;;fin;°CDS;3457262;;;;;$rRNA;7672563;533;comp ;$rRNA;181557;170;;;;&tRNA;701425;11;;;deb;°CDS;5004536;394;comp;;fin;°CDS;7674633;; ;$rRNA;184657;15;;;;&tRNA;701510;5;;;;&tRNA;5005554;40;comp;;deb;°CDS;7853177;84;comp ;&tRNA;184789;29;;;;&tRNA;701590;5;;;;&tRNA;5005677;13;comp;;;&tRNA;7853819;230;comp ;&tRNA;184906;39;;;;&tRNA;701671;4;;;;&tRNA;5005779;19;comp;;;&tRNA;7854123;404;comp ;&tRNA;185022;15;;;;&tRNA;701752;9;;;;&tRNA;5005872;167;comp;;fin;°CDS;7854601;;comp ;&tRNA;185113;14;;;;&tRNA;701835;8;;;;ncRNA;5006126;132;;;deb;°CDS;8100441;123;comp ;&tRNA;185204;48;;;;&tRNA;701918;18;;;fin;°CDS;5006353;;;;;$rRNA;8100978;169;comp ;&tRNA;185329;5;;;;&tRNA;702009;7;;;deb;°CDS;6383256;228;comp;;;$rRNA;8101264;259;comp ;&tRNA;185410;9;;;;&tRNA;702100;11;;;;&tRNA;6384402;72;;;;$rRNA;8104437;321;comp ;&tRNA;185495;15;;;;&tRNA;702186;12;;;fin;°CDS;6384547;;comp;;fin;°CDS;8106295;;comp ;&tRNA;185595;183;;;;&tRNA;702272;577;;;deb;°CDS;6390912;142;comp;;deb;°CDS;8151918;460;comp fin;°CDS;185854;;comp;;fin;°CDS;702926;;;;;&tRNA;6391273;7;comp;;;$rRNA;8152909;96;comp deb;°CDS;217565;129;comp;;deb;°CDS;1073441;377;;;;&tRNA;6391366;19;comp;;;$rRNA;8153128;269;comp ;&tRNA;218276;261;comp;;;$rRNA;1074592;271;;;;&tRNA;6391462;75;comp;;;$rRNA;8156327;272;comp fin;°CDS;218612;;;;;$rRNA;1076400;170;;;fin;°CDS;6391614;;comp;;fin;°CDS;8158136;;comp deb;°CDS;230970;186;;;;$rRNA;1079500;9;;;deb;°CDS;6561157;118;;;deb;°CDS;8256928;86; ;tmRNA;231642;140;;;;&tRNA;1079626;6;;;;ncRNA;6563228;95;comp;;;&tRNA;8257833;5;comp fin;°CDS;232145;;;;;&tRNA;1079708;38;;;fin;°CDS;6563744;;comp;;;&tRNA;8257909;16;comp deb;°CDS;253921;673;;;;&tRNA;1079835;11;;;deb;°CDS;7354507;342;;;;&tRNA;8258002;4;comp ;$rRNA;255200;280;;;;&tRNA;1079918;17;;;;&tRNA;7355080;28;comp;;;&tRNA;8258083;8;comp ;$rRNA;257017;97;;;;&tRNA;1080011;13;;;;&tRNA;7355191;12;comp;;;&tRNA;8258166;42;comp ;$rRNA;260044;55;;;;&tRNA;1080101;49;;;;&tRNA;7355292;14;comp;;;&tRNA;8258291;8;comp ;&tRNA;260216;19;;;;&tRNA;1080227;4;;;;&tRNA;7355383;14;comp;;;&tRNA;8258375;9;comp ;&tRNA;260312;16;;;;&tRNA;1080307;13;;;;&tRNA;7355474;8;comp;;;&tRNA;8258459;4;comp ;&tRNA;260404;9;;;;&tRNA;1080396;8;;;;&tRNA;7355570;4;comp;;;&tRNA;8258537;5;comp ;&tRNA;260485;20;;;;&tRNA;1080490;13;;;;&tRNA;7355664;4;comp;;;&tRNA;8258619;5;comp ;&tRNA;260590;3;;;;&tRNA;1080574;26;;;;&tRNA;7355741;119;comp;;;&tRNA;8258700;11;comp ;&tRNA;260669;19;;;;&tRNA;1080676;9;;;;ncRNA;7355936;36;;;;&tRNA;8258786;43;comp ;&tRNA;260764;20;;;;&tRNA;1080757;12;;;;&tRNA;7356067;6;comp;;;$rRNA;8258903;96;comp ;&tRNA;260861;15;;;;&tRNA;1080844;10;;;;&tRNA;7356147;104;comp;;;$rRNA;8259116;267;comp ;&tRNA;260949;10;;;;&tRNA;1080928;20;;;;&tRNA;7356325;7;comp;;;$rRNA;8262313;302;comp ;&tRNA;261032;3;;;;&tRNA;1081037;3;;;;&tRNA;7356404;9;comp;;fin;°CDS;8264152;;comp ;&tRNA;261122;12;;;;&tRNA;1081117;150;;;;&tRNA;7356500;9;comp;;deb;°CDS;8322744;393;comp ;&tRNA;261209;15;;;fin;°CDS;1081347;;;;;&tRNA;7356582;9;comp;;;$rRNA;8323599;96;comp ;&tRNA;261296;5;;;deb;°CDS;1210625;354;;;;&tRNA;7356666;17;comp;;;$rRNA;8323812;269;comp ;&tRNA;261375;158;;;;&tRNA;1213874;16;;;;&tRNA;7356759;12;comp;;;$rRNA;8327015;365;comp ;&tRNA;261607;4;;;;&tRNA;1213966;12;;;;&tRNA;7356848;4;comp;;fin;°CDS;8328917;;comp ;&tRNA;261687;5;;;;&tRNA;1214050;16;;;;&tRNA;7356928;15;comp;;deb;°CDS;8351919;396;comp ;&tRNA;261765;19;;;;&tRNA;1214142;17;;;;&tRNA;7357019;8;comp;;;&tRNA;8354811;149;comp ;&tRNA;261874;17;;;;&tRNA;1214236;9;;;;&tRNA;7357112;5;comp;;fin;°CDS;8355034;;comp ;&tRNA;261979;5;;;;&tRNA;1214321;9;;;;&tRNA;7357193;15;comp;;deb;°CDS;8389988;296; ;&tRNA;262060;39;;;;&tRNA;1214405;8;;;;&tRNA;7357280;9;comp;;;$rRNA;8390809;96;comp ;&tRNA;262174;41;;;;&tRNA;1214486;3;;;;&tRNA;7357365;54;comp;;;$rRNA;8391022;270;comp ;&tRNA;262304;283;;;;&tRNA;1214576;169;;;;$rRNA;7357493;113;comp;;;$rRNA;8394222;230;comp fin;°CDS;262670;;;;fin;°CDS;1214817;;comp;;;$rRNA;7357723;269;comp;;fin;°CDS;8395989;;comp deb;°CDS;578195;320;;;deb;°CDS;1594387;533;;;;$rRNA;7360922;399;comp;;deb;°CDS;8399622;208;comp ;$rRNA;579376;269;;;;$rRNA;1595199;263;;;fin;°CDS;7362858;;;;;ncRNA;8400892;47;comp ;$rRNA;581183;168;;;;$rRNA;1596999;96;;;deb;°CDS;7618150;280;;;fin;°CDS;8401203;;comp ;$rRNA;584281;31;;;;$rRNA;1600025;43;;;;&tRNA;7619123;335;comp;;deb;°CDS;8616478;417;comp ;&tRNA;584429;10;;;;&tRNA;1600185;19;;;fin;°CDS;7619529;;;;;&tRNA;8617342;157; ;&tRNA;584512;38;;;;&tRNA;1600281;17;;;;;;;;;fin;°CDS;8617576;; ;&tRNA;584639;11;;;;&tRNA;1600374;8;;;;;;;;;deb;°CDS;8724363;455; ;&tRNA;584722;17;;;;&tRNA;1600454;5;;;;;;;;;;&tRNA;8725070;165;comp ;&tRNA;584815;15;;;;&tRNA;1600535;10;;;;;;;;;fin;°CDS;8725326;;comp ;&tRNA;584907;67;;;;&tRNA;1600621;18;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585051;11;;;;&tRNA;1600724;4;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585137;10;;;;&tRNA;1600804;21;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585223;5;;;;&tRNA;1600901;12;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585303;17;;;;&tRNA;1600990;34;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585396;40;;;;&tRNA;1601101;13;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585511;24;;;;&tRNA;1601190;8;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585610;8;;;;&tRNA;1601273;17;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585698;19;;;;&tRNA;1601363;13;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585794;1;;;;&tRNA;1601462;5;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585869;187;;;;&tRNA;1601554;14;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;586130;;;;;&tRNA;1601643;10;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1601724;5;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1601803;105;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1601982;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====pmq intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_tRNA-cds|pmq intercalaires tRNA-cds]] <pre> pmq;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;47;;137;;18;64;'''deb; comp’;222;comp’;183;;47;75;<201;8 ;;comp’;183;;84;105;total;12 ;129;comp’;261;;104;137;taux;67% ;;;283;;106;142;'''fin; ;;;187;;129;149;<201;11 ;18;;180;;142;150;total;15 ;159;;64;;159;157;taux;73% ;;;577;;256;165;; ;;;150;;354;180;'''total; ;354;comp’;169;;394;187;<201;19 ;;;105;;396;283;total;27 ;106;comp’;137;;'''-;315;taux;70% comp’;192;;315;;'''-;404;; ;256;;142;;'''-;577;'''comp’;'''cumuls ;394;;;;86;72;; comp’;228;comp’;72;;192;137;'''deb;2 ;142;;75;;222;169;;8 comp’;342;;;;228;183;; comp’;280;comp’;335;;280;183;'''fin;5 ;104;;;;342;261;;7 ;84;;404;;417;335;'''total; comp’;86;;;;455;'''-;<201;7 ;396;;149;;;;total;15 comp’;417;;157;;;;taux;47% comp’;455;;165;;;;; ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;; <201;10;16;26;;;;; total;20;22;42;;;;; taux;50%;73%;62%;;;;; </pre> ===lbu=== ====lbu opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_opérons|lbu opérons]] <pre> 49.8%GC;29.7.19 Paris;16s 8;;;;;;;; Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC BAA-365 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé comp;18533..19237;CDS;;128;128;;;235;128 ;19366..19438;act;@1;195;195;;;; ;19634..20371;CDS;;6912;;;;246; ;;;;;;;;; ;27284..29785;CDS;;276;276;;;*834; ;30062..30134;act;;134;134;;;;134 ;30269..30907;CDS;;11768;;;;213; ;;;;;;;;; ;42676..43248;cds hp;;451;*451;;;*191; ;43700..45271;16s;;209;;;;; ;45481..48391;23s;;69;;;;; ;48461..48577;5s;;275;275;;;;275 ;48853..49091;cds hp;;56679;;;;80; ;;;;;;;;; comp;105771..106547;CDS;;56;56;;;259;56 comp;106604..106679;aag;;125;125;;;; ;106805..107533;CDS;;103754;;;;243; ;;;;;;;;; ;211288..212553;CDS;;94;94;;;422; ;212648..212720;acc;;23;23;;;;23 comp<;212744..213262;CDS;;64997;;;;173; ;;;;;;;;; ;278260..278928;CDS;;69;69;;;223;69 comp;278998..279068;ggg;;181;181;;;; ;279250..280275;CDS;;44047;;;;342; ;;;;;;;;; comp;324323..324949;CDS;;117;117;;;209;117 ;325067..325138;ggc;+;4;;4;;; ;325143..325216;ccg;2 ggc;108;;;;; ;325325..325399;ggc;;155;155;;;; ;325555..326016;CDS;;37886;;;;154; ;;;;;;;;; ;363903..364394;CDS;;98;98;;;164;98 ;364493..364564;caa;;614;*614;;;; ;365179..366360;CDS;;-14;;;;*394; ;;;;;;;;; ;366347..367402;CDS;;75;75;;;352; ;367478..367559;tac;;5;;5;;; ;367565..367636;caa;;62;62;;;;62 <;367699..368318;CDS;;14127;;;;207; ;;;;;;;;; ;382446..382907;CDS;;30;30;;;154;30 ;382938..383026;ctt;;118;118;;;; ;383145..383768;CDS;;70441;;;;208; ;;;;;;;;; ;454210..455529;CDS;;61;61;;;440;61 ;455591..455665;agg;;341;341;;;; ;456007..457035;CDS;;75557;;;;343; ;;;;;;;;; ;532593..533285;CDS;;82;82;;;231;82 comp;533368..533442;cgg;;296;296;;;; ;533739..534782;CDS;;48963;;;;348; ;;;;;;;;; ;583746..584728;CDS;;57;57;;;328;57 comp;584786..584858;cag;;5;;5;;; comp;584864..584935;gag;;170;170;;;; ;585106..586110;CDS;;94988;;;;335; ;;;;;;;;; ;681099..682741;CDS;;518;*518;;;*548; ;683260..684831;16s;;106;;;;; ;684938..685011;atc;;69;;;69;; ;685081..685153;gca;;127;;;;; ;685281..688191;23s;;68;;;;; ;688260..688376;5s;;208;208;;;;208 comp;688585..689801;CDS;;55794;;;;406; ;;;;;;;;; comp;745596..745821;CDS;;134;134;;;75;134 comp;745956..746044;tcg;;787;*787;;;; ;746832..749597;CDS;;36741;;;;*922; ;;;;;;;;; ;786339..787004;CDS;;54;54;;;222;54 ;787059..787142;ctg;;109;109;;;; comp;787252..787872;CDS;;2072;;;;207; ;;;;;;;;; comp;789945..791867;CDS;;613;*613;;;*641; ;792481..794052;16s;;105;;;;; ;794158..794231;atc;;69;;;69;; ;794301..794373;gca;;126;;;;; ;794500..797410;23s;;69;;;;; ;797480..797596;5s;;87;87;;;;87 ;797684..798559;CDS;;36;;;;292; ;;;;;;;;; comp;798596..800178;CDS;;530;*530;;;*528; ;800709..800781;aac;@2;3;;3;;; ;800785..800858;cca;;24;;24;;; ;800883..800954;ggc;;30;;30;;; ;800985..801058;cgt;;2;;2;;; ;801061..801133;gta;;3;;3;;; ;801137..801208;gaa;;42;;42;;; ;801251..801338;tca;;9;;9;;; ;801348..801421;atgf;;3;;3;;; ;801425..801498;gac;;6;;6;;; ;801505..801577;ttc;;8;;8;;; ;801586..801667;tac;;4;;4;;; ;801672..801742;tgg;;13;;13;;; ;801756..801831;cac;;26;;26;;; ;801858..801928;tgc;;28;;28;;; ;801957..802041;ttg;;356;356;;;;356 ;802398..802961;CDS;;284259;;;;188; ;;;;;;;;; comp;1087221..1088531;CDS;;157;157;;;437;157 comp;1088689..1088760;caa;;656;*656;;;; comp;1089417..1090313;CDS;;173317;;;;*299; ;;;;;;;;; comp;1263631..1265769;CDS;;188;188;;;*713;188 comp;1265958..1266031;aga;;222;222;;;; ;1266254..1268632;CDS;;84103;;;;*793; ;;;;;;;;; comp;1352736..1354022;CDS;;98;98;;;429;98 ;1354121..1354204;ctg;;204;204;;;; comp;1354409..1354928;CDS;;13182;;;;173; ;;;;;;;;; comp;1368111..1369307;CDS;;161;161;;;399;161 comp;1369469..1369541;gta;;3;;;3;; comp;1369545..1369616;gaa;;138;;;*138;; comp;1369755..1369828;atgj;;6;;;6;; comp;1369835..1369925;tcc;;8;;;8;; comp;1369934..1370006;aac;;7;;;;; comp;1370014..1370130;5s;;69;;;;; comp;1370200..1373111;23s;;126;;;;; comp;1373238..1373310;gca;;69;;;69;; comp;1373380..1373453;atc;;105;;;;; comp;1373559..1375130;16s;;547;*547;;;; ;1375678..1376604;CDS;;102845;;;;*309; ;;;;;;;;; comp;1479450..1479824;CDS;;200;200;;;125; comp;1480025..1480101;gac;;26;;;26;; comp;1480128..1480199;gaa;;3;;;3;; comp;1480203..1480275;gta;;2;;;2;; comp;1480278..1480351;cgt;;35;;;35;; comp;1480387..1480458;ggc;;36;;;;; comp;1480495..1480611;5s;;68;;;;; comp;1480680..1483590;23s;;208;;;;; comp;1483799..1485370;16s;;153;153;;;;153 comp;1485524..1485716;CDS;;20944;;;;64; ;;;;;;;;; comp;1506661..1507464;CDS;;270;270;;;268; comp;1507735..1507807;aag;+;34;;34;;; comp;1507842..1507914;aag;5 aag;33;;33;;; comp;1507948..1508020;aag;;33;;33;;; comp;1508054..1508126;aag;@3;33;;33;;; comp;1508160..1508232;aag;;130;130;;;;130 comp;1508363..1509226;CDS;;167;;;;288; ;;;;;;;;; ;1509394..1510872;CDS;;106;106;;;493;106 comp;1510979..1511051;gta;;3;;3;;; comp;1511055..1511126;gaa;;151;;*151;;; ;1511278..1511366;ctt;;113;113;;;; ;1511480..1512010;CDS;;21195;;;;177; ;;;;;;;;; comp;1533206..1534129;CDS;;355;355;;;308; comp;1534485..1534557;acg;;154;154;;;;154 comp;1534712..1535950;CDS;;18502;;;;413; ;;;;;;;;; ;1554453..1554638;CDS;;303;303;;;62;303 comp;1554942..1555029;agc;;673;*673;;;; comp;1555703..1556203;CDS;;595;;;;*167; ;;;;;;;;; ;1556799..1558178;CDS;;277;277;;;460; comp;1558456..1558572;5s;;68;;;;; comp;1558641..1561551;23s;;126;;;;; comp;1561678..1561750;gca;;69;;;69;; comp;1561820..1561893;atc;;105;;;;; comp;1561999..1563570;16s;;189;189;;;;189 ;1563760..1563948;CDS;;19274;;;;63; ;;;;;;;;; comp;1583223..1584392;CDS;;151;151;;;390;151 comp;1584544..1584628;ttg;+;17;;17;;; comp;1584646..1584730;ttg;2 ttg;28;;28;;; comp;1584759..1584829;tgc;2 ttc;26;;26;;; comp;1584856..1584931;cac;2 atgf;13;;13;;; comp;1584945..1585015;tgg;;4;;4;;; comp;1585020..1585101;tac;;8;;8;;; comp;1585110..1585182;ttc;;6;;6;;; comp;1585189..1585262;gac;;3;;3;;; comp;1585266..1585339;atgf;;9;;9;;; comp;1585349..1585436;tca;;42;;42;;; comp;1585479..1585550;gaa;;258;;*258;;; comp;1585809..1585899;agc;;2;;2;;; comp;1585902..1585975;atc;;3;;3;;; comp;1585979..1586049;gga;;14;;14;;; comp;1586064..1586136;ttc;;17;;17;;; comp;1586154..1586227;atgf;;11;;11;;; comp;1586239..1586312;atgi;;12;;12;;; comp;1586325..1586398;atg;;36;;36;;; comp;1586435..1586508;cca;;6;;6;;; comp;1586515..1586588;cgt;;5;;5;;; comp;1586594..1586679;tta;;15;;15;;; comp;1586695..1586766;ggc;;4;;4;;; comp;1586771..1586843;aca;;11;;11;;; comp;1586855..1586936;cta;;12;;12;;; comp;1586949..1587021;aaa;;2;;2;;; comp;1587024..1587096;gta;;157;157;;;; comp;1587254..1588681;CDS;;539;;;;476; ;;;;;;;;; comp;1589221..1590557;CDS;;156;156;;;446;156 comp;1590714..1590830;5s;;68;;;;; comp;1590899..1593809;23s;;126;;;;; comp;1593936..1594008;gca;;69;;;69;; comp;1594078..1594151;atc;;105;;;;; comp;1594257..1595828;16s;;581;*581;;;; comp;1596410..1597276;CDS;;189853;;;;*289; ;;;;;;;;; comp;1787130..1788440;CDS;;298;298;;;437;298 comp;1788739..1788855;5s;;68;;;;; comp;1788924..1791834;23s;@4;208;;;;; comp;1792043..1793614;16s;;436;*436;;;; comp;1794051..1794596;CDS;;-8;;;;*182; comp;1794589..1795436;CDS;;138;138;;;283;138 comp;1795575..1795648;gac;;3;;;3;; comp;1795652..1795724;gta;;2;;;2;; comp;1795727..1795800;cgt;;35;;;35;; comp;1795836..1795907;ggc;;19;;;19;; comp;1795927..1796000;cca;;3;;;3;; comp;1796004..1796076;aac;;7;;;;; comp;1796084..1796200;5s;;68;;;;; comp;1796269..1799179;23s;;208;;;;; comp;1799388..1800959;16s;;501;*501;;;; comp;1801461..1802087;CDS;;;;;;*209; </pre> ====lbu cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_cumuls|lbu cumuls]] <pre> lbu cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;0;1;0;100;5 ;16 23 5s 0;2;20;33;9;50;2;20;0;200;11 ;16 atc gca;5;40;11;3;100;12;40;2;300;19 ;16 23 5s a;2;60;2;0;150;11;60;3;400;11 ;max a;7;80;0;5;200;14;80;3;500;11 ;a doubles;0;100;0;0;250;3;100;4;600;2 ;autres;0;120;0;0;300;6;120;2;700;1 ;total aas;26;140;0;1;350;2;140;5;800;2 sans ;opérons;23;160;1;0;400;2;160;5;900;1 ;1 aa;16;180;0;0;450;1;180;1;1000;1 ;max a;26;200;0;0;500;1;200;2;1100;0 ;a doubles;3;;1;0;;10;;5;;0 ;total aas;72;;48;18;;64;;32;;64 total aas;;98;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;138;;320 ;;;variance;;;;;;81;;182 sans jaune;;;moyenne;14;29;;159;;114;;275 ;;;variance;12;29;;85;;50;;122 </pre> ====lbu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_blocs|lbu blocs]] <pre> lbu blocs;;;;;;; cds;'''277’;;cds;156;;cds;298 $5s;68;;$5s;68;;$5s;68 $23s;126;;$23s;126;;$23s;208 gca;69;;gca;69;;$16s;436 atc;105;;atc;105;;cds;-8 $16s;'''189’;;$16s;581;;cds;138 cds;;;cds;;;gac;3 ;;;;;;4aas;* cds;518;;cds;'''613’;;aac;7 $16s;106;;$16s;105;;$5s;68 atc;69;;atc;69;;$23s;208 gca;127;;gca;126;;$16s;501 $23s;68;;$23s;69;;cds; $5s;'''208’;;$5s;87;;; cds;;;cds;;;; ;;;;;;; cds;161;;cds hp;451;;cds;200 gta;3;;$16s;209;;gac;26 3aas;*;;$23s;69;;3aas;* aac;7;;$5s;275;;ggc;36 $5s;69;;cds hp;;;$5s;68 $23s;126;;;;;$23s;208 gca;69;;;;;$16s;153 atc;105;;;;;cds; $16s;'''547’;;;;;; cds;;;;;;; </pre> ====lbu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_distribution|lbu distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttg2;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;aag5;atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;2;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;3;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;2;gga; ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total lbu;;16;;;;;16;;lbu;49;;;;;;49;;lbu;7;;;;;;7;;lbu;;;;16;;;16 </pre> ====lbu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_données_intercalaires|lbu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;lbu;fx;fc;lbu;fx40;fc40;lbu;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;10;0;2;10;-1;1;80;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;1;142;1;0;24;-2;1;0;195;128;114;;atc;4;;ggc 1;0;20;2;128;2;0;36;-3;;1;95;125;4* 113;;atc;108;;ccg ;1;30;9;78;3;0;15;-4;4;55;134;11;tRNA 23s;;;**;;ggc ;0;40;17;35;4;0;10;-5;;0;59;69;128;;gca;5;;tac ;0;50;22;43;5;0;11;-6;;0;94;181;4* 127;;gca;**;;caa 1;2;60;27;43;6;0;5;-7;;3;158;117;5s tRNA;;;5;;cag 1;1;70;31;40;7;0;3;-8;1;38;98;85;2* 7;;aac;**;;gag ;1;80;26;34;8;0;4;-9;;0;119;296;36;;ggc;3;;aac 1;0;90;19;33;9;1;17;-10;;1;75;57;tRNA tRNA;;intra;24;;cca 1;3;100;21;39;10;0;17;-11;;24;137;170;5* 69;;atc gca;30;;ggc 2;1;110;15;43;11;0;15;-12;;0;30;787;tRNA tRNA;;contigu;2;;cgt 1;2;120;8;37;12;1;16;-13;;1;121;109;3;;gta;3;;gta 2;3;130;14;25;13;0;12;-14;1;17;61;530;138;;gaa;42;;gaa ;2;140;20;32;14;0;15;-15;2;0;341;222;6;;atgj;9;;tca ;0;150;10;25;15;0;16;-16;;0;204;98;8;;tcc;3;;atgf ;5;160;6;34;16;0;12;-17;;7;54;204;**;;aac;6;;gac 1;0;170;8;29;17;0;10;-18;;1;356;106;26;;gac;8;;ttc ;0;180;15;21;18;1;11;-19;;1;157;303;3;;gaa;4;;tac 1;1;190;8;16;19;0;12;-20;;5;126;;2;;gta;13;;tgg ;1;200;11;14;20;0;9;-21;;0;188;;35;;cgt;29;;cac 1;2;210;7;16;21;0;11;-22;;3;203;;**;;ggc;28;;tgc ;0;220;8;14;22;1;17;-23;;3;270;;2;;gta;**;;ttg 1;0;230;7;11;23;1;7;-24;;0;130;;35;;cgt;34;;aag ;0;240;5;13;24;1;5;-25;;2;113;;19;;ggc;33;;aag ;0;250;10;9;25;1;7;-26;;4;355;;3;;cca;33;;aag ;0;260;7;7;26;1;8;-27;;0;154;;**;;aac;33;;aag ;1;270;5;8;27;1;6;-28;;2;673;;;;;**;;aag ;0;280;7;7;28;1;5;-29;2;3;151;;;;;3;;gta ;0;290;2;12;29;2;5;-30;;0;157;;;;;-;151;gaa 1;0;300;1;5;30;0;7;-31;;2;102;;;;;**;;ctt 1;0;310;4;8;31;1;4;-32;;4;CDS 16s;;;;;17;;ttg ;0;320;7;2;32;0;4;-33;;0;451;613;;;;28;;ttg ;0;330;6;8;33;1;6;-34;;0;518;547;;;;29;;tgc ;0;340;5;2;34;1;2;-35;;3;510;295;;;;13;;cac ;1;350;0;4;35;0;3;-36;;0;258;;;;;4;;tgg ;2;360;1;2;36;1;4;-37;;0;298;;;;;8;;tac ;0;370;1;5;37;1;2;-38;;0;501;;;;;6;;ttc ;0;380;0;3;38;1;2;-39;1;0;23s 5s;;;;;3;;gac ;0;390;1;7;39;5;6;-40;;1;3* 71;;;;;9;;atgf ;0;400;3;3;40;6;2;-41;;0;6* 701;;;;;42;;tca 2;1;reste;32;51;reste;380;705;-42;;0;16s 23s;;;;;261;;gaa 18;30;total;411;1098;total;411;1098;-43;;0;218;;;;;2;;agc 16;29;diagr;377;1037;diagr;29;383;-44;1;0;3* 217;;;;;3;;atc 1;1; t30;12;348;;;;-45;;0;5s CDS;;;;;14;;gga ;;;;;;;;-46;;2;308;208;;;;17;;ttc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;87;277;;;;11;;atgf ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;156;;;;;12;;atgi ;x;409;20;2;431;;;-49;;1;298;;;;;36;;atgj ;c;1088;280;10;1378;;;-50;;15;;;;;;6;;cca ;;;;;1809;198;;reste;6;0;;;;;;5;;cgt ;;;;;;2007;;total;20;280;;;;;;15;;tta ;;;;;;;;;;;;;;;;4;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;11;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;12;;cta ;;;;;;;;;;;;;;;;2;;aaa ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta </pre> =====lbu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_autres_intercalaires_aas|lbu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;lbu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;18533;19237;128;*; ;;tRNA;19366;19438;195;*;act fin;;CDS;19634;20371;;; deb;;CDS;29805;29966;95;*; ;;tRNA;30062;30134;134;*;act fin;;CDS;30269;30907;;; deb;;CDS;42676;43248;451;*; ;;rRNA;43700;45263;218;*;1564 ;;rRNA;45482;48389;71;*;2908 ;;rRNA;48461;48577;308;*;117 fin;;CDS;48886;49215;;; deb;;CDS;64875;65066;71;*; ;;misc_b;65138;65377;147;*; fin;;CDS;65525;65743;;; deb;comp;CDS;105771;106547;59;*; ;comp;tRNA;106607;106679;125;*;aag fin;;CDS;106805;107533;;; deb;comp;CDS;118390;119745;29;*; ;comp;regulatory;119775;119862;185;*; fin;;CDS;120048;121523;;; deb;comp;CDS;134737;136320;120;*; ;comp;regulatory;136441;136616;92;*; fin;comp;CDS;136709;137335;;0; deb;;CDS;211288;212553;94;*; ;;tRNA;212648;212720;11;*;acc fin;comp;CDS;212732;213079;;; deb;;CDS;215354;216541;50;*; ;;misc_b;216592;216828;95;*; fin;;CDS;216924;217778;;; deb;comp;CDS;242936;243505;67;*; ;comp;regulatory;243573;243670;189;*; fin;;CDS;243860;245017;;; deb;;CDS;278260;278928;69;*; ;comp;tRNA;278998;279068;181;*;ggg fin;;CDS;279250;280275;;; deb;;CDS;280740;281354;106;*; ;;regulatory;281461;281624;89;*; fin;;CDS;281714;284404;;; deb;comp;CDS;324323;324949;117;*; ;;tRNA;325067;325138;4;*;ggc ;;tRNA;325143;325216;108;*;ccg ;;tRNA;325325;325396;158;*;ggc fin;;CDS;325555;326016;;; deb;;CDS;363903;364394;98;*; ;;tRNA;364493;364564;119;*;caa fin;;CDS;364684;364854;;; deb;;CDS;366347;367402;75;*; ;;tRNA;367478;367559;5;*;tac ;;tRNA;367565;367636;137;*;caa fin;;CDS;367774;368166;;; deb;;CDS;382446;382907;30;*; ;;tRNA;382938;383023;121;*;ctt fin;;CDS;383145;383768;;; deb;;CDS;425577;426662;66;*; ;;regulatory;426729;426825;44;*; fin;;CDS;426870;427439;;0; deb;;CDS;454210;455529;61;*; ;;tRNA;455591;455665;341;*;agg fin;;CDS;456007;457035;;; deb;;CDS;532593;533285;85;*; ;comp;tRNA;533371;533442;296;*;cgg fin;;CDS;533739;534782;;; deb;;CDS;574078;575265;66;*; ;;tmRNA;575332;575693;294;*; fin;;CDS;575988;576143;;; deb;;CDS;583246;584728;57;*; ;comp;tRNA;584786;584858;5;*;cag ;comp;tRNA;584864;584935;170;*;gag fin;;CDS;585106;586110;;; deb;;CDS;673933;676341;66;*; ;;misc_b;676408;676655;83;*; fin;;CDS;676739;677599;;; deb;;CDS;681099;682741;518;*; ;;rRNA;683260;684823;114;*;1564 ;;tRNA;684938;685011;69;*;atc ;;tRNA;685081;685153;128;*;gca ;;rRNA;685282;688189;70;*;2908 ;;rRNA;688260;688376;208;*;117 fin;comp;CDS;688585;689738;;; deb;;CDS;727702;728421;27;*; ;;regulatory;728449;728564;80;*; fin;;CDS;728645;729349;;; deb;comp;CDS;745596;745751;204;*; ;comp;tRNA;745956;746044;787;*;tcg fin;;CDS;746832;749597;;; deb;;CDS;755313;756185;29;*; ;;repeat_region;756215;757463;258;*; fin;;CDS;757722;758336;;; deb;;CDS;786339;787004;54;*; ;;tRNA;787059;787142;109;*;ctg fin;comp;CDS;787252;787872;;0; deb;comp;CDS;789978;791867;613;*; ;;rRNA;792481;794044;113;*;1564 ;;tRNA;794158;794231;69;*;atc ;;tRNA;794301;794373;127;*;gca ;;rRNA;794501;797408;71;*;2908 ;;rRNA;797480;797596;87;*;117 fin;;CDS;797684;798559;;0; deb;comp;CDS;798596;800178;530;*; ;;tRNA;800709;800781;3;*;aac ;;tRNA;800785;800858;24;*;cca ;;tRNA;800883;800954;30;*;ggc ;;tRNA;800985;801058;2;*;cgt ;;tRNA;801061;801133;3;*;gta ;;tRNA;801137;801208;42;*;gaa ;;tRNA;801251;801338;9;*;tca ;;tRNA;801348;801421;3;*;atgf ;;tRNA;801425;801498;6;*;gac ;;tRNA;801505;801577;8;*;ttc ;;tRNA;801586;801667;4;*;tac ;;tRNA;801672;801742;13;*;tgg ;;tRNA;801756;801828;29;*;cac ;;tRNA;801858;801928;28;*;tgc ;;tRNA;801957;802041;356;*;ttg fin;;CDS;802398;804017;;; deb;;CDS;862229;862693;29;*; ;;ncRNA;862723;863083;125;*; fin;;CDS;863209;864333;;; deb;comp;CDS;905582;905794;173;*; ;comp;misc_b;905968;906185;390;*; fin;;CDS;906576;907085;;0; deb;comp;CDS;952333;952842;390;*; ;;misc_b;953233;953450;173;*; fin;;CDS;953624;953836;;; deb;comp;CDS;1087221;1088531;157;*; ;comp;tRNA;1088689;1088760;126;*;caa fin;comp;CDS;1088887;1089033;;; deb;comp;CDS;1242851;1243162;16;*; ;comp;misc_f;1243179;1243255;147;*; fin;;CDS;1243403;1243759;;0; deb;comp;CDS;1263631;1265769;188;*; ;comp;tRNA;1265958;1266031;222;*;aga fin;;CDS;1266254;1268632;;; deb;comp;CDS;1297694;1298743;37;*; ;comp;misc_b;1298781;1298982;42;*; fin;comp;CDS;1299025;1299375;;; deb;comp;CDS;1309324;1309845;47;*; ;comp;misc_f;1309893;1310004;394;*; fin;;CDS;1310399;1311799;;0; deb;comp;CDS;1352736;1354022;98;*; ;;tRNA;1354121;1354204;204;*;ctg fin;comp;CDS;1354409;1355976;;; deb;comp;CDS;1368111;1369307;-3;*; ;comp;regulatory;1369305;1369392;76;*; ;comp;tRNA;1369469;1369541;3;*;gta ;comp;tRNA;1369545;1369616;138;*;gaa ;comp;tRNA;1369755;1369828;6;*;atgj ;comp;tRNA;1369835;1369925;8;*;tcc ;comp;tRNA;1369934;1370006;7;*;aac ;comp;rRNA;1370014;1370130;71;*;117 ;comp;rRNA;1370202;1373110;127;*;2909 ;comp;tRNA;1373238;1373310;69;*;gca ;comp;tRNA;1373380;1373453;113;*;atc ;comp;rRNA;1373567;1375130;547;*;1564 fin;;CDS;1375678;1376604;;; deb;comp;CDS;1418883;1420661;53;*; ;comp;ncRNA;1420715;1420811;9;*; fin;comp;CDS;1420821;1421330;;; deb;comp;CDS;1434541;1435050;33;*; ;comp;misc_f;1435084;1435213;440;*; fin;;CDS;1435654;1436972;;; deb;comp;CDS;1479450;1479824;203;*; ;comp;tRNA;1480028;1480101;26;*;gac ;comp;tRNA;1480128;1480199;3;*;gaa ;comp;tRNA;1480203;1480275;2;*;gta ;comp;tRNA;1480278;1480351;35;*;cgt ;comp;tRNA;1480387;1480458;36;*;ggc ;comp;rRNA;1480495;1480611;70;*;117 ;comp;rRNA;1480682;1483589;217;*;2908 ;comp;rRNA;1483807;1485370;510;*;1564 fin;comp;CDS;1485881;1487044;;; deb;comp;CDS;1506661;1507464;270;*; ;comp;tRNA;1507735;1507807;34;*;aag ;comp;tRNA;1507842;1507914;33;*;aag ;comp;tRNA;1507948;1508020;33;*;aag ;comp;tRNA;1508054;1508126;33;*;aag ;comp;tRNA;1508160;1508232;130;*;aag fin;comp;CDS;1508363;1509226;;0; deb;;CDS;1509394;1510872;106;*; ;comp;tRNA;1510979;1511051;3;*;gta ;comp;tRNA;1511055;1511126;151;*;gaa ;;tRNA;1511278;1511366;113;*;ctt fin;;CDS;1511480;1512010;;0; deb;comp;CDS;1533206;1534129;355;*; ;comp;tRNA;1534485;1534557;154;*;acg fin;comp;CDS;1534712;1535950;;0; deb;;CDS;1554441;1554638;303;*; ;comp;tRNA;1554942;1555029;673;*;agc fin;comp;CDS;1555703;1556164;;0; deb;;CDS;1556799;1558178;277;*; ;comp;rRNA;1558456;1558572;70;*;117 ;comp;rRNA;1558643;1561550;127;*;2908 ;comp;tRNA;1561678;1561750;69;*;gca ;comp;tRNA;1561820;1561893;113;*;act ;comp;rRNA;1562007;1563570;258;*;1564 fin;comp;CDS;1563829;1564131;;0; deb;comp;CDS;1583223;1584392;151;*; ;comp;tRNA;1584544;1584628;17;*;ttg ;comp;tRNA;1584646;1584730;28;*;ttg ;comp;tRNA;1584759;1584829;29;*;tgc ;comp;tRNA;1584859;1584931;13;*;cac ;comp;tRNA;1584945;1585015;4;*;tgg ;comp;tRNA;1585020;1585101;8;*;tac ;comp;tRNA;1585110;1585182;6;*;ttc ;comp;tRNA;1585189;1585262;3;*;gac ;comp;tRNA;1585266;1585339;9;*;atgf ;comp;tRNA;1585349;1585436;42;*;tca ;comp;tRNA;1585479;1585550;261;*;gaa ;comp;tRNA;1585812;1585899;2;*;agc ;comp;tRNA;1585902;1585975;3;*;atc ;comp;tRNA;1585979;1586049;14;*;gga ;comp;tRNA;1586064;1586136;17;*;ttc ;comp;tRNA;1586154;1586227;11;*;atgf ;comp;tRNA;1586239;1586312;12;*;atgi ;comp;tRNA;1586325;1586398;36;*;atgj ;comp;tRNA;1586435;1586508;6;*;cca ;comp;tRNA;1586515;1586588;5;*;cgt ;comp;tRNA;1586594;1586679;15;*;tta ;comp;tRNA;1586695;1586766;4;*;ggc ;comp;tRNA;1586771;1586843;11;*;aca ;comp;tRNA;1586855;1586936;12;*;cta ;comp;tRNA;1586949;1587021;2;*;aaa ;comp;tRNA;1587024;1587096;157;*;gta fin;comp;CDS;1587254;1588681;;; 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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP009902;ban*;;genome;;;;;;aas;cds dirigé 35.1%GC;15.8.19 Paris;16s 11;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Bacillus anthracis strain 2002013094;;;;;;;;;; ;618142..618366;;CDS;;188;188;;;75;188 ;618555..618627;;gtc;;419;*419;;;; comp;619047..619235;;CDS;;;;;;63; ;;;;;;;;;; comp;1102183..1102602;;CDS;;130;130;;;140;130 comp;1102733..1102804;;gaa;+;1;;;1;; comp;1102806..1102880;;aac;2 aca;8;;;8;; comp;1102889..1102965;;atc;2 tca;11;;;11;; comp;1102977..1103047;;tgg;;6;;;6;; comp;1103054..1103126;;aca;;9;;;9;; comp;1103136..1103211;;ttc;;9;;;9;; comp;1103221..1103296;;gac;;4;;;4;; comp;1103301..1103377;;atgf;;20;;;20;; comp;1103398..1103490;;tca;;54;;;54;; comp;1103545..1103637;;tca;;20;;;20;; comp;1103658..1103730;;gca;;16;;;16;; comp;1103747..1103820;;cca;;10;;;10;; comp;1103831..1103904;;cgt;;3;;;3;; comp;1103908..1103996;;tta;;16;;;16;; comp;1104013..1104087;;ggc;;29;;;29;; comp;1104117..1104197;;cta;;22;;;22;; comp;1104220..1104295;;cac;;9;;;9;; 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;;;;;;;;;; comp;1702642..1703788;;CDS;;114;114;;;382;114 comp;1703903..1703975;;gca;;10;;;10;; comp;1703986..1704057;;ggc;;5;;;5;; comp;1704063..1704138;;aaa;;5;;;5;; comp;1704144..1704218;;caa;;65;;;65;; comp;1704284..1704366;;tac;;17;;;17;; comp;1704384..1704459;;gta;;5;;;5;; comp;1704465..1704539;;gaa;;24;;;24;; comp;1704564..1704636;;acc;;4;;;4;; comp;1704641..1704715;;aac;;9;;;;; comp;1704725..1704840;;5s;;82;;;;; comp;1704923..1707851;;23s;;141;;;;; comp;1707993..1709545;;16s;;223;223;;;; comp;1709769..1709987;;CDS;;;;;;73; ;;;;;;;;;; comp;1767157..1767618;;CDS;;206;206;;;154;206 comp;1767825..1767940;;5s;;45;;;;; comp;1767986..1770913;;23s;;141;;;;; comp;1771055..1772608;;16s;;372;*372;;;; comp;1772981..1774480;;CDS;;;;;;*500; ;;;;;;;;;; comp;1787717..1790188;;CDS;;259;259;;;*824; comp;1790448..1790519;;gaa;;13;;13;;; comp;1790533..1790606;;atgj;@2;160;160;;;;160 comp;1790767..1791249;;CDS;;;;;;161; ;;;;;;;;;; comp;1820538..1820717;;CDS;;190;190;;;60;190 comp;1820908..1821023;;5s;;44;;;;; comp;1821068..1823996;;23s;;77;;;;; comp;1824074..1824149;;gca;;8;;;8;; comp;1824158..1824234;;atc;;130;;;;; comp;1824365..1825919;;16s;;217;217;;;; comp;1826137..1826406;;CDS;;;;;;90; ;;;;;;;;;; comp;1832600..1832992;;CDS;;166;166;;;131; comp;1833159..1833251;;tca;;156;156;;;;156 comp;1833408..1834682;;CDS;;;;;;425; ;;;;;;;;;; ;1839668..1840669;;CDS;;34;34;;;334;34 comp;1840704..1840819;;5s;;44;;;;; comp;1840864..1843791;;23s;;76;;;;; comp;1843868..1843943;;gca;;8;;;8;; comp;1843952..1844028;;atc;;130;;;;; comp;1844159..1845713;;16s;;240;240;;;; comp;1845954..1848425;;CDS;;;;;;*824; ;;;;;;;;;; ;1873838..1875127;;CDS;;139;139;;;430;139 ;1875267..1875342;;aaa;;13;;13;;; ;1875356..1875427;;gaa;;21;;21;;; ;1875449..1875524;;gac;;41;;41;;; ;1875566..1875638;;ttc;;403;*403;;;; ;1876042..1876749;;CDS;;;;;;236; ;;;;;;;;;; comp;2217640..2217846;;CDS;;205;205;;;69;205 ;2218052..2218130;;cgg;;255;255;;;; ;2218386..2219693;;CDS;;;;;;436; ;;;;;;;;;; comp;2428815..2429495;;CDS;;404;*404;;;227; ;2429900..2431456;;16s;;139;;;;; ;2431596..2434524;;23s;;97;;;;; ;2434622..2434737;;5s;;4;;;;; ;2434742..2434817;;gta;+;4;;;4;; ;2434822..2434897;;aca;2 cta;9;;;9;; ;2434907..2434982;;cac;2 aca;22;;;22;; ;2435005..2435085;;cta;;29;;;29;; ;2435115..2435189;;ggc;;16;;;16;; ;2435206..2435294;;tta;;3;;;3;; ;2435298..2435371;;cgt;;10;;;10;; ;2435382..2435455;;cca;;16;;;16;; ;2435472..2435544;;gca;;20;;;20;; ;2435565..2435657;;tca;;54;;;54;; ;2435712..2435805;;cta;;20;;;20;; ;2435826..2435902;;atgf;;1;;;1;; ;2435904..2435979;;gac;;12;;;12;; ;2435992..2436067;;ttc;;14;;;14;; ;2436082..2436157;;aca;;10;;;10;; ;2436168..2436243;;aaa;;13;;;13;; ;2436257..2436327;;gga;;10;;;10;; ;2436338..2436414;;atc;;7;;;7;; ;2436422..2436496;;aac;;7;;;7;; ;2436504..2436594;;agc;;6;;;6;; ;2436601..2436672;;gaa;;59;59;;;;59 ;2436732..2436842;;CDS;;;;;;37; ;;;;;;;;;; ;2798971..2799474;;CDS;;109;109;;;168;109 ;2799584..2799657;;gga;;1;;1;;; ;2799659..2799735;;aga;;407;*407;;;; ;2800143..2800343;;CDS;;;;;;67; ;;;;;;;;;; comp;2991608..2992366;;CDS;;242;242;;;253; ;2992609..2992682;;atgi;;221;221;;;;221 ;2992904..2993515;;CDS;;;;;;204; </pre> ====ban cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_cumuls|ban cumuls]] <pre> ban* cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;3;2;1;0;1;0;100;10 ;16 23 5s 0;4;20;25;47;50;2;20;1;200;9 ;16 atc gca;2;40;3;6;100;3;40;1;300;6 ;16 23 5s a;5;60;4;2;150;6;60;2;400;4 ;max a;21;80;0;2;200;7;80;0;500;4 ;a doubles;2;100;2;0;250;8;100;1;600;1 ;autres;0;120;0;0;300;3;120;4;700;1 ;total aas;66;140;0;0;350;0;140;2;800;0 sans ;opérons;9;160;0;0;400;2;160;2;900;2 ;1 aa;5;180;0;0;450;3;180;0;1000;0 ;max a;33;200;0;0;500;0;200;2;1100;1 ;a doubles;1;;0;0;;0;;4;;0 ;total aas;46;;37;59;;34;;19;;38 total aas;;112;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;18;15;;232;;132;;274 ;;;variance;21;14;;143;;62;;238 sans jaune;;;moyenne;14;;;165;;;;191 ;;;variance;14;;;71;;;;124 </pre> ====ban blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_blocs|ban blocs]] <pre> ban intercalaires des 11 clusters à rrnas;;;;;;;; cds;694’;;cds;386’;;cds;114; 16s;141;;16s;141;;aac;*; 23s;97;;23s;96;;31aas;1; 5s;4;;5s;9;;gga;75; gta;*;;aac;*;;16s;141; 17aas;1;;9aas;10;;23s;46; gaa;130;;ttg;207’;;5s;12; cds;;;cds;;;atgf;3; ;;;;;;gac;174; cds;223;;cds;404’;;cds;; 16s;141;;16s;139;;;; 23s;82;;23s;97;;cds;217;240 5s;9;;5s;4;;16s;130;130 aac;*;;gta;4;;atc;8;8 7aas;10;;19aas;*;;gca;77;76 gca;114;;gaa;59;;23s;44;44 cds;;;cds;;;5s;190;34’ ;;;;;;cds;; cds;476’;451’;294;372;;;; 16s;173;142;153;141;;;; 23s;49;46;45;45;;;; 5s;57’;99’;14’;206;;;; cds;;;;;;;; </pre> ====ban distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_distribution|ban distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;tca2 5s;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;2;tgc;1 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;3;acc;2;aac;6;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;4 gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;6 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;4;tca;5;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;5;aaa;4;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;5;cca;4;caa;4;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;6;gca;4;gaa;6;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ban;;5;;;;;5;;ban;8;;;;;;8;;;;;;;;;;;ban;;;;93;;;93 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;33 -16s;; </pre> ====ban données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_données_intercalaires|ban données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ban;fx;fc;ban;fx40;fc40;ban;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;33;0;0;33;-1;;73;188;419;16s tRNA;;;tRNA tRNA;suite;contigu;tRNA tRNA;suite;contigu ;0;10;16;234;1;1;38;-2;;1;130;210;2* 132;;atc;14;;tgc;10;;gca ;0;20;41;427;2;2;35;-3;;0;198;205;;;;5;;ggc;5;;ggc ;0;30;81;192;3;2;40;-4;3;241;115;242;tRNA 16s;;;63;;caa;5;;aaa ;0;40;134;137;4;3;33;-5;;0;174;;76;;gaa;19;;cac;65;;caa ;0;50;84;97;5;1;20;-6;;0;114;;tRNA 23s;;gca;7;;tgg;17;;tac ;0;60;75;97;6;0;22;-7;;3;114;;80;;;17;;tac;5;;gta ;0;70;35;120;7;3;10;-8;1;84;259;;79;;;5;;gta;24;;gaa ;0;80;36;127;8;1;7;-9;2;0;160;;5s tRNA;;;24;;gaa;4;;acc ;0;90;38;94;9;0;12;-10;;3;166;;2* 4;;gta;4;;acc;**;;aac ;0;100;57;108;10;3;17;-11;1;30;156;;2* 9;;aac;**;;aac;4;;gta ;1;110;44;135;11;3;31;-12;1;0;139;;12;;atgf;3;;gac;9;;aca ;3;120;52;132;12;2;63;-13;;10;403;;tRNA tRNA;;intra;**;;atgf;22;;cac ;1;130;45;108;13;4;42;-14;1;19;258;;2* 8;;atc gca;1;;gga;29;;cta ;1;140;38;89;14;6;50;-15;;0;657;;tRNA tRNA;;;4;;cca;16;;ggc ;0;150;55;94;15;2;62;-16;;5;109;;13;;gaa;3;;cgt;3;;tta ;2;160;37;82;16;4;37;-17;;15;410;;**;;atgj;16;;tta;10;;cgt ;1;170;45;66;17;4;39;-18;;0;221;;139;;;29;;ggc;16;;cca ;1;180;39;55;18;5;40;-19;;3;CDS 16s;;13;;aaa;14;;cta;20;;gca ;1;190;42;62;19;3;31;-20;;15;295;695;21;;gaa;5;;aaa;54;;tca ;1;200;42;51;20;8;32;-21;;0;224;387;41;;gac;87;;caa;20;;cta 2;0;210;34;65;21;1;29;-22;;3;373;477;**;;ttc;46;;gac;1;;atgf ;0;220;25;48;22;6;21;-23;;10;218;452;1;;gga;4;;gta;12;;gac ;1;230;30;43;23;7;29;-24;;0;241;404;**;;aga;1;;gaa;14;;ttc ;0;240;28;35;24;10;21;-25;1;5;23s 5s;;tRNA tRNA;;contigu;8;;aac;10;;aca 1;0;250;22;30;25;6;16;-26;;10;2* 101;;1;;gaa;11;;atc;13;;aaa ;2;260;25;25;26;6;18;-27;;0;100;;8;;aac;6;;tgg;10;;gga ;0;270;22;36;27;9;20;-28;1;3;3* 50;;11;;atc;9;;aca;7;;atc ;0;280;26;29;28;13;12;-29;;2;2* 49;;6;;tgg;8;;ttc;7;;aac ;0;290;15;28;29;13;16;-30;;0;86;;9;;aca;4;;gac;6;;agc ;0;300;20;28;30;10;10;-31;;1;2* 48;;9;;ttc;20;;atgf;**;;gaa ;0;310;12;32;31;10;22;-32;;6;16s 23s;;4;;gac;54;;tca;;; ;0;320;17;19;32;5;13;-33;;0;5* 146;;20;;atgf;20;;tca;;; ;0;330;11;26;33;15;17;-34;;1;147;;54;;tca;16;;gca;;; ;0;340;22;28;34;10;12;-35;;6;177;;20;;tca;10;;cca;;; ;0;350;8;27;35;18;12;-36;;0;158;;16;;gca;3;;cgt;;; ;0;360;19;17;36;12;16;-37;;2;144;;10;;cca;16;;tta;;; ;0;370;11;17;37;11;13;-38;;2;5s CDS;;3;;cgt;29;;ggc;;; ;0;380;13;13;38;12;13;-39;;0;190;57;16;;tta;13;;cta;;; ;0;390;10;20;39;19;11;-40;;0;206;99;29;;ggc;5;;aaa;;; ;0;400;10;15;40;22;8;-41;;0;;14;22;;cta;87;;caa;;; 1;3;reste;163;168;reste;1307;2266;-42;1;0;;34;9;;cac;46;;gac;;; 4;18;total;1579;3289;total;1579;3289;-43;;0;;;4;;aca;4;;gta;;; 3;15;diagr;1416;3088;diagr;272;990;-44;;2;;;**;;gta;8;;gaa;;; 0;0; t30;138;853;;;;-45;;0;;;;;;3;;agc;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;**;;aac;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;; ;x;1579;13;0;1592;;;-49;;1;;;;;;;;;;; ;c;3256;564;33;3853;;;-50;;8;;;;;;;;;;; ;;;;;5445;173;;reste;1;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;5618;;total;13;564;;;;;;;;;;; </pre> =====ban autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_autres_intercalaires_aas|ban autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ban;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;342504;342953;175;*; ;comp;ncRNA;343129;343312;21;*; ;comp;ncRNA;343334;343516;116;*; fin;comp;CDS;343633;344466;;; deb;comp;CDS;359943;361082;180;*; ;comp;ncRNA;361263;361653;87;*; fin;comp;CDS;361741;362079;;; deb;;CDS;618142;618366;188;*; ;;tRNA;618555;618627;419;*;gtc fin;comp;CDS;619047;619235;;; deb;comp;CDS;1102183;1102602;130;*; ;comp;tRNA;1102733;1102804;1;*;gaa ;comp;tRNA;1102806;1102880;8;*;aac ;comp;tRNA;1102889;1102965;11;*;atc ;comp;tRNA;1102977;1103047;6;*;tgg ;comp;tRNA;1103054;1103126;9;*;aca ;comp;tRNA;1103136;1103211;9;*;ttc ;comp;tRNA;1103221;1103296;4;*;gac ;comp;tRNA;1103301;1103377;20;*;atgf ;comp;tRNA;1103398;1103490;54;*;tca ;comp;tRNA;1103545;1103637;20;*;tca ;comp;tRNA;1103658;1103730;16;*;gca ;comp;tRNA;1103747;1103820;10;*;cca ;comp;tRNA;1103831;1103904;3;*;cgt ;comp;tRNA;1103908;1103996;16;*;tta ;comp;tRNA;1104013;1104087;29;*;ggc ;comp;tRNA;1104117;1104197;22;*;cta ;comp;tRNA;1104220;1104295;9;*;cac ;comp;tRNA;1104305;1104380;4;*;aca ;comp;tRNA;1104385;1104460;4;*;gta ;comp;rRNA;1104465;1104580;101;*;116 ;comp;rRNA;1104682;1107601;146;*;2920 ;comp;rRNA;1107748;1109298;695;*;1551 fin;;CDS;1109994;1113038;;0; deb;comp;CDS;1306706;1307848;198;*; ;comp;tRNA;1308047;1308120;115;*;gga fin;comp;CDS;1308236;1308889;;; deb;;CDS;1312025;1312345;210;*; ;comp;tRNA;1312556;1312637;10;*;ttg ;comp;tRNA;1312648;1312718;14;*;tgc ;comp;tRNA;1312733;1312807;5;*;ggc ;comp;tRNA;1312813;1312887;63;*;caa ;comp;tRNA;1312951;1313026;19;*;cac ;comp;tRNA;1313046;1313119;7;*;tgg ;comp;tRNA;1313127;1313210;17;*;tac ;comp;tRNA;1313228;1313303;5;*;gta ;comp;tRNA;1313309;1313383;24;*;gaa ;comp;tRNA;1313408;1313480;4;*;acc ;comp;tRNA;1313485;1313559;9;*;aac ;comp;rRNA;1313569;1313684;100;*;116 ;comp;rRNA;1313785;1316706;146;*;2922 ;comp;rRNA;1316853;1318404;387;*;1552 fin;;CDS;1318792;1319148;;0; deb;;CDS;1556278;1556507;57;*; ;comp;rRNA;1556565;1556680;50;*;116 ;comp;rRNA;1556731;1560125;177;*;3395 ;comp;rRNA;1560303;1562131;477;*;1829 fin;;CDS;1562609;1563322;;; deb;;CDS;1566949;1567219;99;*; ;comp;rRNA;1567319;1567434;50;*;116 ;comp;rRNA;1567485;1570406;147;*;2922 ;comp;rRNA;1570554;1572114;452;*;1561 fin;;CDS;1572567;1574498;;; deb;;CDS;1579539;1580615;14;*; ;comp;rRNA;1580630;1580745;49;*;116 ;comp;rRNA;1580795;1583909;158;*;3115 ;comp;rRNA;1584068;1585719;295;*;1652 fin;comp;CDS;1586015;1587520;;; deb;comp;CDS;1600693;1601166;174;*; ;comp;tRNA;1601341;1601416;3;*;gac ;comp;tRNA;1601420;1601496;12;*;atgf ;comp;rRNA;1601509;1601624;50;*;116 ;comp;rRNA;1601675;1604595;146;*;2921 ;comp;rRNA;1604742;1606293;76;*;1552 ;comp;tRNA;1606370;1606440;1;*;gga ;comp;tRNA;1606442;1606518;4;*;cca ;comp;tRNA;1606523;1606599;3;*;cgt ;comp;tRNA;1606603;1606691;16;*;tta ;comp;tRNA;1606708;1606782;29;*;ggc ;comp;tRNA;1606812;1606892;14;*;cta ;comp;tRNA;1606907;1606982;5;*;aaa ;comp;tRNA;1606988;1607062;87;*;caa ;comp;tRNA;1607150;1607225;46;*;gac ;comp;tRNA;1607272;1607347;4;*;gta ;comp;tRNA;1607352;1607426;1;*;gaa ;comp;tRNA;1607428;1607502;8;*;aac ;comp;tRNA;1607511;1607587;11;*;atc ;comp;tRNA;1607599;1607669;6;*;tgg ;comp;tRNA;1607676;1607748;9;*;aca ;comp;tRNA;1607758;1607833;8;*;ttc ;comp;tRNA;1607842;1607917;4;*;gac ;comp;tRNA;1607922;1607998;20;*;atgf ;comp;tRNA;1608019;1608111;54;*;tca ;comp;tRNA;1608166;1608258;20;*;tca ;comp;tRNA;1608279;1608351;16;*;gca ;comp;tRNA;1608368;1608441;10;*;cca ;comp;tRNA;1608452;1608525;3;*;cgt ;comp;tRNA;1608529;1608617;16;*;tta ;comp;tRNA;1608634;1608708;29;*;ggc ;comp;tRNA;1608738;1608818;13;*;cta ;comp;tRNA;1608832;1608907;5;*;aaa ;comp;tRNA;1608913;1608987;87;*;caa ;comp;tRNA;1609075;1609150;46;*;gac ;comp;tRNA;1609197;1609272;4;*;gta ;comp;tRNA;1609277;1609351;8;*;gaa ;comp;tRNA;1609360;1609450;3;*;agc ;comp;tRNA;1609454;1609528;114;*;aac fin;comp;CDS;1609643;1610101;;0; deb;comp;CDS;1702642;1703788;114;*; ;comp;tRNA;1703903;1703975;10;*;gca ;comp;tRNA;1703986;1704057;5;*;ggc ;comp;tRNA;1704063;1704138;5;*;aaa ;comp;tRNA;1704144;1704218;65;*;caa ;comp;tRNA;1704284;1704366;17;*;tac ;comp;tRNA;1704384;1704459;5;*;gta ;comp;tRNA;1704465;1704539;24;*;gaa ;comp;tRNA;1704564;1704636;4;*;acc ;comp;tRNA;1704641;1704715;9;*;aac ;comp;rRNA;1704725;1704840;86;*;116 ;comp;rRNA;1704927;1707848;146;*;2922 ;comp;rRNA;1707995;1709544;224;*;1550 fin;comp;CDS;1709769;1709987;;0; deb;comp;CDS;1767157;1767618;206;*; ;comp;rRNA;1767825;1767940;49;*;116 ;comp;rRNA;1767990;1770910;146;*;2921 ;comp;rRNA;1771057;1772607;373;*;1551 fin;comp;CDS;1772981;1774480;;; deb;comp;CDS;1787717;1790188;259;*; ;comp;tRNA;1790448;1790519;13;*;gaa ;comp;tRNA;1790533;1790606;160;*;atgj fin;comp;CDS;1790767;1791249;;; deb;comp;CDS;1820538;1820717;190;*; ;comp;rRNA;1820908;1821023;48;*;116 ;comp;rRNA;1821072;1823993;80;*;2922 ;comp;tRNA;1824074;1824149;8;*;gca ;comp;tRNA;1824158;1824234;132;*;atc ;comp;rRNA;1824367;1825918;218;*;1552 fin;comp;CDS;1826137;1826406;;; deb;comp;CDS;1827820;1829508;132;*; ;comp;ncRNA;1829641;1829905;79;*; fin;comp;CDS;1829985;1830485;;0; deb;comp;CDS;1832600;1832992;166;*; ;comp;tRNA;1833159;1833251;156;*;tca fin;comp;CDS;1833408;1834682;;; deb;;CDS;1839668;1840669;34;*; ;comp;rRNA;1840704;1840819;48;*;116 ;comp;rRNA;1840868;1843788;79;*;2921 ;comp;tRNA;1843868;1843943;8;*;gca ;comp;tRNA;1843952;1844028;132;*;atc ;comp;rRNA;1844161;1845712;241;*;1552 fin;comp;CDS;1845954;1848425;;; deb;;CDS;1873838;1875127;139;*; ;;tRNA;1875267;1875342;13;*;aaa ;;tRNA;1875356;1875427;21;*;gaa ;;tRNA;1875449;1875524;41;*;gac ;;tRNA;1875566;1875638;403;*;ttc fin;;CDS;1876042;1876749;;; deb;comp;CDS;2217640;2217846;205;*; ;;tRNA;2218052;2218127;258;*;cgg fin;;CDS;2218386;2219693;;; deb;;CDS;2250178;2250645;126;*; ;;tmRNA;2250772;2251126;407;*; fin;;CDS;2251534;2252211;;; deb;comp;CDS;2428815;2429495;404;*; ;;rRNA;2429900;2431454;144;*;1555 ;;rRNA;2431599;2434520;101;*;2922 ;;rRNA;2434622;2434737;4;*;116 ;;tRNA;2434742;2434817;4;*;gta ;;tRNA;2434822;2434897;9;*;aca ;;tRNA;2434907;2434982;22;*;cac ;;tRNA;2435005;2435085;29;*;cta ;;tRNA;2435115;2435189;16;*;ggc ;;tRNA;2435206;2435294;3;*;tta ;;tRNA;2435298;2435371;10;*;cgt ;;tRNA;2435382;2435455;16;*;cca ;;tRNA;2435472;2435544;20;*;gca ;;tRNA;2435565;2435657;54;*;tca ;;tRNA;2435712;2435805;20;*;cta ;;tRNA;2435826;2435902;1;*;atgf ;;tRNA;2435904;2435979;12;*;gac ;;tRNA;2435992;2436067;14;*;ttc ;;tRNA;2436082;2436157;10;*;aca ;;tRNA;2436168;2436243;13;*;aaa ;;tRNA;2436257;2436327;10;*;gga ;;tRNA;2436338;2436414;7;*;atc ;;tRNA;2436422;2436496;7;*;aac ;;tRNA;2436504;2436594;6;*;agc ;;tRNA;2436601;2436672;657;*;gaa fin;;CDS;2437330;2438274;;0; deb;;CDS;2798971;2799474;109;*; ;;tRNA;2799584;2799657;1;*;gga ;;tRNA;2799659;2799732;410;*;aga fin;;CDS;2800143;2800343;;0; deb;comp;CDS;2991608;2992366;242;*; ;;tRNA;2992609;2992682;221;*;atgi fin;;CDS;2992904;2993515;;; </pre> ====ban séquences==== <pre> 33 aas;inter;21 aas;inter;19 aas;inter;11 aas;inter ;;;;;;; gga;1;;;;;ttg;10 cca;4;;;;;tgc;14 cgt;3;;;;;ggc;5 tta;16;;;;;caa;63 ggc;29;;;;;cac;19 cta;14;;;;;tgg;7 aaa;5;;;;;tac;17 caa;87;;;;;gta;5 gac;46;gaa;6;;;gaa;24 gta;4;agc;7;;;acc;4 gaa;1;aac;7;gaa;1;aac; aac;8;atc;10;aac;8;; atc;11;gga;13;atc;11;; tgg;6;aaa;10;tgg;6;; aca;9;aca;14;aca;9;; ttc;8;ttc;12;ttc;9;; gac;4;gac;1;gac;4;; atgf;20;atgf;20;atgf;20;; tca;54;cta;54;tca;54;9 aas;inter tca;20;tca;20;tca;20;; gca;16;gca;16;gca;16;gca;10 cca;10;cca;10;cca;10;ggc;5 cgt;3;cgt;3;cgt;3;aaa;5 tta;16;tta;16;tta;16;caa;65 ggc;29;ggc;29;ggc;29;tac;17 cta;13;cta;22;cta;22;gta;5 aaa;5;cac;9;cac;9;gaa;24 caa;87;aca;4;aca;4;acc;4 gac;46;gta;;gta;;aac; gta;4;;;;;; gaa;8;;;;;; agc;3;;;;;; aac;;;;;;; </pre> ===bacilli synthèse=== ====bacilli distribution par génome==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_génome|bacilli distribution par génome]] <pre> baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total bsu;18;8;;52;2;4;;2;86 lmo;9;8;;44;;4;;2;67 lam;22;14;;16;;4;3;4;63 ppm;67;21;;68;;5;;;161 pmq;22;11;;138;;0;2;;173 lbu;49;16;;16;;10;7;;98 ban;8;5;;60;33;4;;2;112 ;;;;;;;;; total;195;83;0;394;35;31;12;10;760 </pre> ====bacilli distribution du total==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_du_total|bacilli distribution du total]] <pre> baci8;Sans 2 16s, 10 13aas et 31 +16s;;;;;;717;;baci8;Le reste;;;;;;43 atgi;8;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc; atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;15;acc;1;aac;4;agc; ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1 gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3 tta;16;tca;17;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;16;gaa;;gga;1 ttg;13;tcg;10;tag;;tgg;15;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg; atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;;acg;;aag;5;agg; ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total type;207;83;0;394;33;0;717;;type;12;;;10;2;31;43 </pre> ====bacilli distribution par type==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_type|bacilli distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> baci8;;;;;;;717;;baci8;;;;;;;83;;baci8;;;;;;;195;;baci8;;;;;;;12;;baci8;;;;;;;427 atgi;8;tct;0;tat;0;atgf;25;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;18 att;0;act;2;aat;0;agt;0;;att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;5;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;0;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;14;tcc;9;tac;13;tgc;7 atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;1;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;3;acc;;aac;9;agc;6;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;12;acc;6;aac;22;agc;10 ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;3;ccc;2;cac;;cgt;1;;ctc;4;ccc;;cac;9;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;23 gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;5;gcc;2;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;11;ggc;7;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;3;gcc;1;gac;22;ggc;29 tta;16;tca;17;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;5;taa;;tga;;;tta;3;tca;5;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;11;tca;7;taa;;tga; ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;1;aaa;;aga;7;;ata;1;aca;4;aaa;8;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;18;aaa;22;aga;1 cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;3;cca;5;caa;10;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;12;cca;22;caa;15;cga; gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;;gaa;;gga;5;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;28;gca;15;gaa;23;gga;10 ttg;13;tcg;10;tag;0;tgg;15;;ttg;;tcg;5;tag;;tgg;;;ttg;4;tcg;3;tag;;tgg;7;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;8 atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;2;acg;3;aag;4;agg;3;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;8;acg;2;aag;;agg; ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;1;ccg;2;cag;1;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====bacilli par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacilli par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;43;21;5;13;;;82; 16;moyen;27;59;4;135;2;31;227; 14;fort;13;115;3;279;8;2;418; ; ;83;195;12;427;10;33;760; 10;g+cga;16;12;5;5;;;38; 2;agg+cgg;11;0;;;;;11; 4;carre ccc;12;5;;8;;;25; 5;autres;4;4;;;;;8; ;;43;21;5;13;;;82; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;baci ‰;ref. ‰ 21;faible;57;28;7;17;;;108;26 16;moyen;36;78;5;178;3;41;299;324 14;fort;17;151;4;367;11;3;550;650 ;;109;257;16;562;13;43;760;729 10;g+cga;21;16;7;7;;;50;10 2;agg+cgg;14;;;;;;14; 4;carre ccc;16;7;;11;;;33;16 5;autres;5;5;;;;;11; ;;57;28;7;17;;;108; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;148;72;17;238;26;52;11; 16;moyen;93;203;14;310;324;33;30; 14;fort;45;397;10;452;650;16;59; ;;286;672;41;290;729;83;195; 10;g+cga;55;41;17;114;;37;; 2;agg+cgg;38;;;38;;26;; 4;carre ccc;41;17;;59;;28;; 5;autres;14;14;;28;;9;; ;;148;72;17;238;;43;; </pre> ====bacilli, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli,_estimation_des_-rRNAs|bacilli, estimation des -rRNAs]] <pre> ;;;;;;;;bacilli;;;;;;;;;;;;;;;;; 32 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;32;1889;0;0;;indices;;;;32;5903;0;0;;baci7;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;290 atgi;20;tct;;tat;;atgf;91;;atgi;63;tct;;tat;;atgf;284;;atgi;5;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;2;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;5;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;63;tcc;30;tac;56;tgc;30;;ttc;197;tcc;94;tac;175;tgc;94;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5 atc;92;acc;27;aac;99;agc;38;;atc;288;acc;84;aac;309;agc;119;;atc;4;acc;2;aac;10;agc;7 ctc;15;ccc;;cac;53;cgt;82;;ctc;47;ccc;;cac;166;cgt;256;;ctc;7;ccc;2;cac;9;cgt;4 gtc;3;gcc;1;gac;106;ggc;101;;gtc;9.4;gcc;3.1;gac;331;ggc;316;;gtc;5;gcc;3;gac;12;ggc;10 tta;59;tca;49;taa;;tga;;;tta;184;tca;153;taa;;tga;;;tta;5;tca;10;taa;;tga; ata;;aca;87;aaa;84;aga;1;;ata;0;aca;272;aaa;263;aga;3.1;;ata;1;aca;5;aaa;8;aga;8 cta;54;cca;77;caa;69;cga;;;cta;169;cca;241;caa;216;cga;;;cta;3;cca;5;caa;14;cga;2 gta;113;gca;122;gaa;94;gga;49;;gta;353;gca;381;gaa;294;gga;153;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;9 ttg;32;tcg;2;tag;;tgg;42;;ttg;100;tcg;6.3;tag;;tgg;131;;ttg;6;tcg;8;tag;;tgg;7 atgj;32;acg;3;aag;;agg;;;atgj;100;acg;9.4;aag;;agg;;;atgj;6;acg;5;aag;10;agg;3 ctg;12;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;37.5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;2;cag;1;cgg;8 gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3.1;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg;3 ;;693;;1171;;25;1889;;;;2166;;3659;;78;5903;;;;90;;131;;69;290 29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;49366;0,2;0;;indices;sans +16s;;;618;49366;0,2;0;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;84;tct;0.3;tat;0.5;atgf;1;;atgi;146;tct;0.3;tat;0.5;atgf;285;;atgi;71;tct;;tat;;atgf;100 att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;;act;29;aat;;agt; ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;71;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;75;tcc;26;tac;64;tgc;23;;ttc;272;tcc;120;tac;239;tgc;117;;ttc;129;tcc;43;tac;157;tgc;71 atc;23;acc;8;aac;69;agc;40;;atc;310;acc;92;aac;378;agc;159;;atc;57;acc;29;aac;143;agc;100 ctc;28;ccc;6.1;cac;20;cgt;32;;ctc;75;ccc;6.1;cac;186;cgt;288;;ctc;100;ccc;29;cac;129;cgt;57 gtc;44;gcc;27;gac;55;ggc;-6;;gtc;53;gcc;30;gac;386;ggc;310;;gtc;71;gcc;43;gac;171;ggc;143 tta;27;tca;91;taa;1.1;tga;1.8;;tta;211;tca;244;taa;1.1;tga;1.8;;tta;71;tca;143;taa;;tga; ata;2.1;aca;22;aaa;78;aga;116;;ata;2.1;aca;294;aaa;340;aga;119;;ata;14;aca;71;aaa;114;aga;114 cta;30;cca;2;caa;83;cga;6.3;;cta;199;cca;243;caa;299;cga;6.3;;cta;43;cca;71;caa;200;cga;29 gta;44;gca;62;gaa;174;gga;152;;gta;397;gca;443;gaa;468;gga;305;;gta;114;gca;29;gaa;271;gga;129 ttg;25;tcg;41;tag;0.8;tgg;6;;ttg;125;tcg;47;tag;0.8;tgg;137;;ttg;86;tcg;114;tag;;tgg;100 atgj;52;acg;38;aag;73;agg;72;;atgj;152;acg;47;aag;73;agg;72;;atgj;86;acg;71;aag;143;agg;43 ctg;22.5;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;60;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;114;ccg;29;cag;14;cgg;114 gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;15;;gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;18;;gtg;;gcg;;gag;29;ggg;43 ;;654;;845;;582;2081;;;;2820;;4504;;660;7984;;;;1286;;1871;;986;4143 rapports;;23;;19;;88;26;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;57;tct;;tat;;atgf;0.2;;fiches;28.90625;;;fréquences;;;;;atgi;14;tct;100;tat;100;atgf;99 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;925;;;0/0;0;;;;att;100;act;62;aat;100;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;1902;;;10;2;;;;ctt;34;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;32;;;20;3;;;;gtt;100;gct;100;gat;;ggt; ttc;28;tcc;22;tac;27;tgc;20;;;;;;30;1;;;;ttc;42;tcc;39;tac;59;tgc;67 atc;7;acc;8;aac;18;agc;25;;baci7;41.429;;;40;9;;;;atc;61;acc;73;aac;52;agc;60 ctc;38;ccc;100;cac;11;cgt;11;;sans;290;;;50;6;21;;;ctc;72;ccc;79;cac;84;cgt;44 gtc;82;gcc;90;gac;14;ggc;-2;;avec;470;;;60;5;;;;gtc;39;gcc;37;gac;68;ggc;104 tta;13;tca;37;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;9;;;;tta;63;tca;36;taa;100;tga;100 ata;100;aca;8;aaa;23;aga;97;;;;;;80;5;;;;ata;85;aca;69;aaa;32;aga;1 cta;15;cca;1.0;caa;28;cga;100;;L’estimation par baci7;;;;90;3;;;;cta;29;cca;97;caa;58;cga;78 gta;11;gca;14;gaa;37;gga;50;;est 43 % au dessus;;;;100;6;;;;gta;62;gca;54;gaa;36;gga;15 ttg;20;tcg;87;tag;;tgg;4;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;71;tcg;64;tag;100;tgg;94 atgj;34;acg;80;aag;100;agg;100;;32;;100;;;50;;;;atgj;39;acg;47;aag;49;agg;40 ctg;38;ccg;100;cag;100;cgg;100;;atc;45;310;;;;;;;ctg;80;ccg;34;cag;16;cgg;5 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;83;;gca;59;443;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;44;ggg;65 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;867;;838;;850;2554 </pre> ==clostridia== ===psor=== ====psor opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_opérons|psor opérons]] <pre> 27.3%GC;8.8.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Paeniclostridium sordellii AM370;;;;;;;;; ;9847..10620;CDS;;205;205;;;258; ;10826..12332;16s;;196;;;;; ;12529..15445;23s;;78;;;;; ;15524..15640;5s;;85;85;;;;85 ;15726..15947;CDS;;;;;;74; ;;;;;;;;; ;18845..19297;CDS;;3;3;;;151;3 ;19301..19393;tcc;;27;;;;; ;19421..19685;ncRNA;;152;152;;;; ;19838..21478;CDS;;;;;;*547; ;;;;;;;;; ;24343..24570;CDS;;309;309;;;76; ;24880..26386;16s;;196;;;;; ;26583..29499;23s;;122;;;;; ;29622..29738;5s;;5;;;5;; ;29744..29832;tta;+;13;;;13;; ;29846..29921;atgf;3 aaa;15;;;15;; ;29937..30011;gaa;6 atg;9;;;9;; ;30021..30094;gga;3 gta;6;;;6;; ;30101..30176;gta;1 cgt;5;;;5;; ;30182..30258;gac;1 ggc;16;;;16;; ;30275..30350;aac;2 fois suite;4;;;4;; ;30355..30429;aca;aac aca aga;4;;;4;; ;30434..30518;tac;caa cac cca;15;;;15;; ;30534..30617;cta;cta gaa gac;14;;;14;; ;30632..30708;aga;gga tac tca;7;;;7;; ;30716..30791;caa;tgc tta ttc;11;;;11;; ;30803..30878;aaa;;6;;;6;; ;30885..30973;tca;;3;;;3;; ;30977..31052;ttc;;9;;;9;; ;31062..31138;atgj;;8;;;8;; ;31147..31223;atgi;;21;;;21;; ;31245..31321;cca;;6;;;6;; ;31328..31404;cac;;4;;;4;; ;31409..31482;tgc;;25;;;25;; ;31508..31596;tta;;13;;;13;; ;31610..31685;atgf;;15;;;15;; ;31701..31775;gaa;;9;;;9;; ;31785..31858;gga;;6;;;6;; ;31865..31940;gta;;5;;;5;; ;31946..32022;gac;;16;;;16;; ;32039..32114;aac;;4;;;4;; ;32119..32193;aca;;4;;;4;; ;32198..32282;tac;;15;;;15;; ;32298..32381;cta;;11;;;11;; ;32393..32467;ggc;;13;;;13;; ;32481..32557;aga;;7;;;7;; ;32565..32640;caa;;11;;;11;; ;32652..32727;aaa;;6;;;6;; ;32734..32822;tca;;3;;;3;; ;32826..32901;ttc;;9;;;9;; ;32911..32987;atgj;;8;;;8;; ;32996..33072;atgi;;21;;;21;; ;33094..33170;cca;;6;;;6;; ;33177..33253;cac;;9;;;9;; ;33263..33338;aaa;;21;;;21;; ;33360..33433;tgc;;6;;;6;; ;33440..33516;cgt;;10;;;;; ;33527..33602;gta;;162;162;;;;162 ;33765..34016;CDS;;;;;;84; ;;;;;;;;; ;34042..34455;CDS;;249;249;;;138; ;34705..36211;16s;;196;;;;; ;36408..39324;23s;;78;;;;; ;39403..39519;5s;;402;*402;;;; comp;39922..40113;CDS;;348;348;;;64; ;40462..41968;16s;;196;;;;; ;42165..45081;23s;;78;;;;; ;45160..45276;5s;;180;180;;;;*180 ;45457..47394;CDS;;;;;;*646; ;;;;;;;;; ;101428..102144;CDS;;276;276;;;239; ;102421..103927;16s;;54;;;;; ;103982..104057;gca;;114;;;;; ;104172..107096;23s;;41;;;;; ;107138..107211;gga;;11;;;;; ;107223..107339;5s;;99;99;;;;99 comp;107439..108617;CDS;;;;;;393; ;;;;;;;;; ;111345..111884;CDS;;431;*431;;;180; ;112316..113822;16s;;54;;;;; ;113877..113952;gca;;114;;;;; ;114067..116982;23s;;193;;;;; ;117176..117292;5s;;5;;;;; ;117298..117386;tta;;9;;;9;; ;117396..117472;atgi;;123;;;;; ;117596..119102;16s;;54;;;;; ;119157..119232;gca;;114;;;;; ;119347..122263;23s;;193;;;;; ;122457..122573;5s;;5;;;;; ;122579..122667;tta;;9;;;9;; ;122677..122753;atgi;;123;;;;; ;122877..124383;16s;;54;;;;; ;124438..124513;gca;;114;;;;; ;124628..127549;23s;;78;;;;; ;127628..127744;5s;;100;100;;;;100 ;127845..129260;CDS;;;;;;472; ;;;;;;;;; ;215388..216260;CDS;;264;264;;;291; ;216525..218030;16s;;123;;;;; ;218154..218229;gca;;152;;;;; ;218382..221296;23s;;50;;;;; ;221347..221420;gga;;12;;;;; ;221433..221549;5s;;109;109;;;;109 ;221659..221940;CDS;;525;*525;;;94; ;222466..223972;16s;;196;;;;; ;224169..227083;23s;;144;;;;; ;227228..227344;5s;;228;228;;;;*228 ;227573..227989;CDS;;;;;;139; ;;;;;;;;; ;449964..450266;CDS;;253;253;;;101; ;450520..452026;16s;;196;;;;; ;452223..455139;23s;;144;;;;; ;455284..455400;5s;;112;112;;;;112 comp;455513..456616;CDS;;;;;;368; ;;;;;;;;; ;498418..499074;CDS;;189;189;;;219; ;499264..500770;16s;;118;;;;; ;500889..500964;gca;;95;;;;; ;501060..503976;23s;;144;;;;; ;504121..504237;5s;;131;131;;;;131 ;504369..504551;CDS;;;;;;61; ;;;;;;;;; ;546886..550416;CDS;;41;41;;;*1177;*41 comp;550458..550544;ttg;;138;138;;;; ;550683..553325;CDS;;;;;;*881; ;;;;;;;;; ;608009..608683;CDS;;195;195;;;225; ;608879..608975;tga;;37;37;;;;37 comp;609013..609732;CDS;;;;;;240; ;;;;;;;;; ;815939..816655;CDS;;71;71;;;239;71 ;816727..816800;tgc;;12;;12;;; ;816813..816888;aac;;3;;3;;; ;816892..816966;aca;;285;285;;;; ;817252..818727;CDS;;;;;;492; ;;;;;;;;; ;1284870..1288097;CDS;;111;111;;;*1076;*111 ;1288209..1288297;cta;;426;*426;;;; ;1288724..1290853;CDS;;;;;;*710; ;;;;;;;;; ;1445161..1445664;CDS;;135;135;;;168;135 ;1445800..1445868;other;@1;258;258;;;; ;1446127..1446813;CDS;;;;;;229; ;;;;;;;;; ;2267513..2267698;CDS;@2;306;306;;;62;*306 comp;2268005..2268088;cta;;404;*404;;;; ;2268493..2269758;CDS;;;;;;422; ;;;;;;;;; ;3094098..3094784;CDS;;40;40;;;229;40 comp;3094825..3094941;5s;;78;;;;; comp;3095020..3097936;23s;;194;;;;; comp;3098131..3099637;16s;;276;276;;;; comp;3099914..3101161;CDS;;;;;;416; ;;;;;;;;; ;3159922..3160827;CDS;;37;37;;;302;37 comp;3160865..3160956;agc;;120;120;;;; comp;3161077..3161376;CDS;;;;;;100; ;;;;;;;;; comp;3274188..3274733;CDS;;245;245;;;182;*245 comp;3274979..3275095;5s;@3;12;;;;; comp;3275108..3275181;gga;;107;;;;; comp;3275289..3278214;23s;;137;;;;; comp;3278352..3279858;16s;;253;253;;;; comp;3280112..3280690;CDS;;;;;;193; ;;;;;;;;; comp;3303104..3304150;CDS;;124;124;;;349;124 comp;3304275..3304459;riboswitch;@4;96;;;;; comp;3304556..3304672;5s;;11;;;;; comp;3304684..3304758;aca;;116;;;;; comp;3304875..3307789;23s;;196;;;;; comp;3307986..3309492;16s;;364;*364;;;; ;3309857..3310504;CDS;;;;;;216; ;;;;;;;;; comp;3438683..3439531;CDS;;142;142;;;283;142 comp;3439674..3439750;aga;;7;;;7;; comp;3439758..3439832;ggc;;9;;;9;; comp;3439842..3439918;gac;;5;;;5;; comp;3439924..3439999;gta;;8;;;8;; comp;3440008..3440082;gaa;;5;;;;; comp;3440088..3440204;5s;;40;;;;; comp;3440245..3443168;23s;;112;;;;; comp;3443281..3443356;gca;;109;;;;; comp;3443466..3444972;16s;;138;;;;; comp;3445111..3445187;atgj;+;13;;;13;; comp;3445201..3445276;ttc;3 atg;6;;;6;; comp;3445283..3445359;atc;2 cca;6;;;6;; comp;3445366..3445442;cca;2 gga;31;;;31;; comp;3445474..3445549;tgg;2 aac;11;;;11;; comp;3445561..3445637;atgi;;6;;;6;; comp;3445644..3445720;cca;;6;;;6;; comp;3445727..3445817;agc;;11;;;11;; comp;3445829..3445917;tca;;6;;;6;; comp;3445924..3445999;aaa;;12;;;12;; comp;3446012..3446087;caa;;6;;;6;; comp;3446094..3446170;aga;;19;;;19;; comp;3446190..3446263;gga;;11;;;11;; comp;3446275..3446359;tac;;4;;;4;; comp;3446364..3446438;aca;;4;;;4;; comp;3446443..3446518;aac;;31;;;31;; comp;3446550..3446625;aac;;16;;;16;; comp;3446642..3446718;gac;;5;;;5;; comp;3446724..3446799;gta;;6;;;6;; comp;3446806..3446879;gga;;9;;;9;; comp;3446889..3446963;gaa;;15;;;15;; comp;3446979..3447054;atgf;;13;;;13;; comp;3447068..3447156;tta;;5;;;;; comp;3447162..3447278;5s;;213;;;;; comp;3447492..3450406;23s;;196;;;;; comp;3450603..3452109;16s;;239;239;;;; comp;3452349..3452552;CDS;;;;;;68; ;;;;;;;;; comp;3523330..3524046;CDS;;129;129;;;239;129 comp;3524176..3524251;gta;+;8;;8;;; comp;3524260..3524334;gaa;2 fois;20;;20;;; comp;3524355..3524430;aaa;gta gaa aaa;10;;10;;; comp;3524441..3524515;aca;;10;;10;;; comp;3524526..3524602;gac;;7;;7;;; comp;3524610..3524685;gta;;9;;9;;; comp;3524695..3524769;gaa;;5;;5;;; comp;3524775..3524850;aaa;;289;289;;;; ;3525140..3526039;CDS;;;;;;300; </pre> ====psor cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_cumuls|psor cumuls]] <pre> psor cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;17;1;0;0;1;0;1;0;100;9 ;16 23 5s 0;6;20;9;65;50;5;20;1;200;8 ;16 atc gca;0;40;0;6;100;4;40;3;300;13 ;16 23 5s a;2;60;0;0;150;10;60;1;400;4 ;max a;44;80;0;0;200;5;80;1;500;4 ;a doubles;2;100;0;0;250;5;100;3;600;1 ;autres;9;120;0;0;300;8;120;3;700;1 ;total aas;87;140;0;0;350;3;140;4;800;1 sans ;opérons;8;160;0;0;400;1;160;1;900;1 ;1 aa;6;180;0;0;450;4;180;2;1000;0 ;max a;8;200;0;0;500;0;200;0;1100;1 ;a doubles;1;;0;0;;1;;3;;1 ;total aas;17;;9;71;;46;;22;;44 total aas;;104;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;9;10;;206;;119;;304 ;;;variance;5;6;;121;;73;;257 sans jaune;;;moyenne;;;;173;;95;;220 ;;;variance;;;;90;;45;;121 </pre> ====psor blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_blocs|psor blocs]] <pre> I;;I2;I3;I4;;;II;;III;;IV;IV1;IV2 ;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;CDS;124;;; ;;;;;;;CDS;245;riboswitch;96;;; CDS;205;249;348;525;253;40;5s;12;5s;11;CDS;309;5 16s;196;196;196;196;196;78;gga;107;aca;116;16s;196;213 23s;78;78;78;144;144;194;23s;137;23s;196;23s;122;196 5s;85;402;180;228;112;276;16s;253;16s;364;5s;5;239 CDS;;;;;;;CDS;;CDS;;tta;; V;;V2;VI;VI1;VII;VII1;VIII;VIII1;IX;;X;X1; ;;;;;;;;;;;;; CDS;276;264;CDS;431;;;;;CDS;189;gaa;5; 16s;54;123;16s;54;16s;54;16s;54;16s;118;5s;40; gca;114;152;gca;114;gca;114;gca;114;gca;95;23s;112; 23s;41;50;23s;193;23s;193;23s;78;23s;144;gca;109; gga;11;12;5s;5;5s;5;5s;100;5s;131;16s;138; 5s;99;109;tta;9;tta;9;CDS;;CDS;;atgj;; CDS;;;atgi;123;atgi;123;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;; ;CDS;431;;CDS;309;;CDS;142;;CDS;264;; VI;16s;54;IV1;16s;196;;* * * *4aas;8;V2;16s;123;; ;gca;114;;23s;122;;gaa;5;;gca;152;; ;23s;193;;5s;5;;5s;40;;23s;50;; ;5s;5;;tta;13;;23s;112;;gga;12;; ;tta;9;;* * * * 42aas;10;;gca;109;;5s;109;; ;atgi;123;;gta;162;X1;16s;138;;CDS;525;; VII;16s;54;;CDS;25;;atgj;13;I4;16s;196;; ;gca;114;;CDS;249;;* * * *21aas;13;;23s;144;; ;23s;193;I2;16s;196;;tta;5;;5s;228;; ;5s;5;;23s;78;;5s;213;;CDS;;; ;tta;9;;5s;402;;23s;196;;;;; ;atgi;123;;CDS;348;IV2;16s;239;;;;; VIII;16s;54;I3;16s;196;;CDS;;;;;; ;gca;114;;23s;78;;;;;;;; ;23s;78;;5s;180;;;;;;;; ;5s;100;;CDS;;;;;;;;; ;CDS;;;;;;;;;;;; </pre> ====psor distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_distribution|psor distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;3 gga;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca ;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;;;;;;;;;1-3 aas;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;;;;;;;;;2 tta;atc;1;acc;;aac;4;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;2 atgi;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4 cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total psor;;5 *;;;;;5;;psor;12;;;;;;12;;;;;;;;;;;psor;;;4;72;;7;87 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3 aas;;; </pre> ====psor données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_données_intercalaires|psor données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;psor;fx;fc;psor;fx40;fc40;psor;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;23;0;0;23;-1;;52;3;41;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;1;10;8;223;1;1;40;-2;;0;162;138;4* 54;;gca;13;;tta;13;;atgj ;0;20;16;347;2;0;52;-3;;0;195;37;123;;gca;15;;atgf;6;;ttc ;0;30;42;182;3;0;19;-4;1;23;71;306;118;;gca;9;;gaa;6;;atc 2;0;40;52;86;4;0;22;-5;;3;285;404;109;;gca;6;;gga;31;;cca 1;0;50;45;48;5;1;15;-6;;0;111;37;tRNA 23s;;;5;;gta;11;;tgg ;0;60;21;74;6;1;3;-7;;18;426;289;4* 114;;gca;16;;gac;6;;atgi ;0;70;28;60;7;1;4;-8;;50;135;;152;;gca;4;;aac;6;;cca ;1;80;19;87;8;1;15;-9;;0;258;;95;;gca;4;;aca;11;;agc ;0;90;19;67;9;3;24;-10;;2;120;;109;;gca;15;;tac;6;;tca ;0;100;9;76;10;0;29;-11;1;31;142;;23s tRNA;;;14;;cta;12;;aaa ;0;110;18;75;11;2;44;-12;;0;129;;41;;gga;7;;aga;6;;caa ;2;120;15;85;12;1;46;-13;;1;CDS 16s;;50;;gga;11;;caa;19;;aga ;1;130;12;65;13;1;34;-14;;19;205;348;107;;gga;6;;aaa;11;;gga 1;1;140;24;68;14;1;41;-15;;0;309;264;116;;aca;3;;tca;4;;tac ;1;150;17;63;15;1;31;-16;;3;249;364;5s tRNA;;;9;;ttc;4;;aca ;0;160;27;59;16;1;30;-17;;7;276;;4* 5;;tta;8;;atgj;31;;aac ;1;170;26;62;17;2;34;-18;;0;431;;5;;gaa;21;;atgi;16;;aac ;0;180;19;44;18;1;36;-19;;1;525;;tRNA 5s;;;6;;cca;5;;gac ;0;190;24;48;19;3;26;-20;;7;253;;11;;gga;4;;cac;6;;gta ;1;200;22;36;20;3;25;-21;;0;189;;2* 12;;gga;25;;tgc;9;;gga ;0;210;20;40;21;2;20;-22;;1;276;;11;;aca;13;;tta;15;;gaa ;0;220;13;35;22;1;19;-23;;2;253;;tRNA tRNA;;intra;15;;atgf;13;;atgf ;0;230;18;25;23;3;22;-24;;0;239;;2* 9;;tta atgi;9;;gaa;**;;tta ;0;240;15;28;24;2;24;-25;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;;6;;gga;;; ;0;250;7;18;25;3;19;-26;;4;5* 78;;12;;tgc;5;;gta;;; ;1;260;13;24;26;6;16;-27;;0;122;;3;;aac;16;;gac;;; ;0;270;8;15;27;6;18;-28;;0;2* 193;;**;;aca;4;;aac;;; ;0;280;7;22;28;6;14;-29;;3;3* 144;;8;;gta;4;;aca;;; 1;1;290;9;14;29;4;10;-30;;0;40;;20;;gaa;15;;tac;;; ;0;300;13;15;30;9;20;-31;;1;213;;10;;aaa;11;;cta;;; 1;0;310;3;19;31;4;14;-32;;1;16s 23s;;10;;aca;13;;ggc;;; ;0;320;9;11;32;3;12;-33;;0;8* 196;;7;;gac;7;;aga;;; ;0;330;6;14;33;5;8;-34;;0;194;;9;;gta;11;;caa;;; ;0;340;6;10;34;5;5;-35;;0;137;;5;;gaa;6;;aaa;;; ;0;350;4;9;35;7;13;-36;;0;5s CDS;;**;;aaa;3;;tca;;; ;0;360;4;10;36;5;8;-37;;0;85;402;;;;9;;ttc;;; ;0;370;6;8;37;5;2;-38;;0;180;99;;;;8;;atgj;;; ;0;380;2;9;38;8;8;-39;;0;100;112;;;;21;;atgi;;; ;0;390;1;8;39;2;7;-40;;0;109;40;;;;6;;cca;;; ;0;400;2;7;40;8;9;-41;;1;228;;;;;9;;cac;;; 1;1;reste;63;131;reste;574;1489;-42;;0;131;;;;;21;;aaa;;; 7;12;total;692;2350;total;692;2350;-43;;0;245;;;;;6;;tgc;;; 6;11;diagr;629;2196;diagr;118;838;-44;;0;;;;;;10;;cgt;;; 0;1; t30;66;752;;;;-45;;0;;;;;;**;;gta;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;7;;aga;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;9;;ggc;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;5;;gac;;; ;x;692;3;0;695;;;-49;;0;;;;;;8;;gta;;; ;c;2327;235;23;2585;;;-50;;1;;;;;;**;;gaa;;; ;;;;;3280;227;;reste;1;1;;;;;;;;;;; ;;;;;;3507;;total;3;235;;;;;;;;;;; </pre> =====psor autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_autres_intercalaires_aas|psor autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;psor;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas fin;;CDS;1;1332;; deb;;CDS;9847;10620;205; ;;rRNA;10826;12332;196;1507 ;;rRNA;12529;15445;78;2917 ;;rRNA;15524;15640;85;117 fin;;CDS;15726;15947;; deb;;CDS;18845;19297;3; ;;tRNA;19301;19393;27;tcc ;;ncRNA;19421;19685;152; fin;;CDS;19838;21478;; deb;;CDS;24343;24570;309; ;;rRNA;24880;26386;196;1507 ;;rRNA;26583;29499;122;2917 ;;rRNA;29622;29738;5;117 ;;tRNA;29744;29832;13;tta ;;tRNA;29846;29921;15;atgf ;;tRNA;29937;30011;9;gaa ;;tRNA;30021;30094;6;gga ;;tRNA;30101;30176;5;gta ;;tRNA;30182;30258;16;gac ;;tRNA;30275;30350;4;aac ;;tRNA;30355;30429;4;aca ;;tRNA;30434;30518;15;tac ;;tRNA;30534;30617;14;cta ;;tRNA;30632;30708;7;aga ;;tRNA;30716;30791;11;caa ;;tRNA;30803;30878;6;aaa ;;tRNA;30885;30973;3;tca ;;tRNA;30977;31052;9;ttc ;;tRNA;31062;31138;8;atgj ;;tRNA;31147;31223;21;atgi ;;tRNA;31245;31321;6;cca ;;tRNA;31328;31404;4;cac ;;tRNA;31409;31482;25;tgc ;;tRNA;31508;31596;13;tta ;;tRNA;31610;31685;15;atgf ;;tRNA;31701;31775;9;gaa ;;tRNA;31785;31858;6;gga ;;tRNA;31865;31940;5;gta ;;tRNA;31946;32022;16;gac ;;tRNA;32039;32114;4;aac ;;tRNA;32119;32193;4;aca ;;tRNA;32198;32282;15;tac ;;tRNA;32298;32381;11;cta ;;tRNA;32393;32467;13;ggc ;;tRNA;32481;32557;7;aga ;;tRNA;32565;32640;11;caa ;;tRNA;32652;32727;6;aaa ;;tRNA;32734;32822;3;tca ;;tRNA;32826;32901;9;ttc ;;tRNA;32911;32987;8;atgj ;;tRNA;32996;33072;21;atgi ;;tRNA;33094;33170;6;cca ;;tRNA;33177;33253;9;cac ;;tRNA;33263;33338;21;aaa ;;tRNA;33360;33433;6;tgc ;;tRNA;33440;33516;10;cgt ;;tRNA;33527;33602;162;gta fin;;CDS;33765;34016;; deb;;CDS;34042;34455;249; ;;rRNA;34705;36211;196;1507 ;;rRNA;36408;39324;78;2917 ;;rRNA;39403;39519;402;117 deb;comp;CDS;39922;40113;348; ;;rRNA;40462;41968;196;1507 ;;rRNA;42165;45081;78;2917 ;;rRNA;45160;45276;180;117 fin;;CDS;45457;47394;; deb;;CDS;101428;102144;276; ;;rRNA;102421;103927;54;1507 ;;tRNA;103982;104057;114;gca ;;rRNA;104172;107096;41;2925 ;;tRNA;107138;107211;11;gga ;;rRNA;107223;107339;99;117 fin;comp;CDS;107439;108617;; deb;;CDS;111345;111884;431; ;;rRNA;112316;113822;54;1507 ;;tRNA;113877;113952;114;gca ;;rRNA;114067;116982;193;2916 ;;rRNA;117176;117292;5;117 ;;tRNA;117298;117386;9;tta ;;tRNA;117396;117472;123;atgi ;;rRNA;117596;119102;54;1507 ;;tRNA;119157;119232;114;gca ;;rRNA;119347;122263;193;2917 ;;rRNA;122457;122573;5;117 ;;tRNA;122579;122667;9;tta ;;tRNA;122677;122753;123;atgi ;;rRNA;122877;124383;54;1507 ;;tRNA;124438;124513;114;gca ;;rRNA;124628;127549;78;2922 ;;rRNA;127628;127744;100;117 fin;;CDS;127845;129260;; deb;;CDS;157173;157352;467; ;;regulatory;157820;157903;46; fin;;CDS;157950;158441;; deb;comp;CDS;215388;216260;264; ;;rRNA;216525;218030;123;1506 ;;tRNA;218154;218229;152;gca ;;rRNA;218382;221296;50;2915 ;;tRNA;221347;221420;12;gga ;;rRNA;221433;221549;109;117 deb;;CDS;221659;221940;525; ;;rRNA;222466;223972;196;1507 ;;rRNA;224169;227083;144;2915 ;;rRNA;227228;227344;228;117 fin;;CDS;227573;227989;; deb;;CDS;349139;349594;119; ;;tmRNA;349714;350063;508; fin;;CDS;350572;351813;; deb;;CDS;449964;450266;253; ;;rRNA;450520;452026;196;1507 ;;rRNA;452223;455139;144;2917 ;;rRNA;455284;455400;112;117 fin;comp;CDS;455513;456616;; deb;;CDS;498418;499074;189; ;;rRNA;499264;500770;118;1507 ;;tRNA;500889;500964;95;gca ;;rRNA;501060;503976;144;2917 ;;rRNA;504121;504237;131;117 fin;;CDS;504369;504551;; deb;;CDS;535194;536090;85; ;;ncRNA;536176;536362;27; fin;comp;CDS;536390;537400;; deb;;CDS;546886;550416;41; ;comp;tRNA;550458;550544;138;ttg fin;;CDS;550683;553325;; deb;;CDS;608009;608683;195; ;;tRNA;608879;608975;37;tga fin;comp;CDS;609013;609732;; deb;;CDS;664519;665208;281; 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dir ;378341..380728;;cds;;583;*583;2388;;796;;cadmium-translocating P-type ATPase dir ;381312..382819;;16s;;311;;1508;;;; dir ;383131..386030;;23s;;126;;2900;;;; dir ;386157..386273;;5s;;177;177;117;;;177; dir ;386451..387059;;cds;;;;609;;203;;DedA family protein ;;;;;;;;;;; comp;833130..833894;;cds;;258;258;765;;255;;DeoR/GlpR transcriptional regulator dir ;834153..834243;;agc;;87;87;91;;;87; dir ;834331..835119;;cds;;;;789;;263;;flagellar motor protein ;;;;;;;;;;; dir ;1089165..1090139;;cds;;239;239;975;;325;239;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase dir ;1090379..1091886;;16s;;320;;1508;;;; dir ;1092207..1095106;;23s;;91;;2900;;;; dir ;1095198..1095271;;gga;@2;8;;74;;;; dir ;1095280..1095396;;5s;;273;273;117;;;; dir ;1095670..1097688;;cds;;;;2019;;673;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase ;;;;;;;;;;; comp;1181549..1182958;;cds;;1374;*1374;1410;;470;;MBOAT family protein comp;1184333..1184415;;ttg;;318;318;83;;;318; dir ;1184734..1187382;;cds;;;;2649;;883;;DNA polymerase I ;;;;;;;;;;; dir ;1835768..1837498;;cds;;109;109;1731;;577;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein dir ;1837608..1837688;;cta;;231;231;81;;;; <dir ;1837920..1838093;;cds;;;;174;;58;;HXXEE domain-containing protein ;;;;;;;;;;; dir ;2981767..2982444;;cds;;159;159;678;;226;159;sortase SrtB comp;2982604..2982678;;aca;@3;94;;75;;;; comp;2982773..2985672;;23s;;184;;2900;;;; comp;2985857..2987364;;16s;;340;340;1508;;;; dir ;2987705..2988643;;cds;;;;939;;313;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase ;;;;;;;;;;; comp;3787361..3788431;;cds;;454;*454;1071;;357;;ABC transporter ATP-binding protein comp;3788886..3789002;;5s;;126;;117;;;; comp;3789129..3792028;;23s;;281;;2900;;;; comp;3792310..3793817;;16s;;191;191;1508;;;191; comp;3794009..3794587;;cds;;;;579;;193;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase ;;;;;;;;;;; comp;3944262..3944453;;cds;;119;119;192;;64;119;DUF378 domain-containing protein comp;3944573..3944689;;5s;;126;;117;;;; comp;3944816..3947715;;23s;;217;;2900;;;; comp;3947933..3949440;;16s;;282;282;1508;;;; comp;3949723..3950004;;cds;;221;221;282;;94;;hp comp;3950226..3951755;;cds;;;;1530;;510;;lysine--tRNA ligase ;;;;;;;;;;; dir ;4084445..4085437;;cds;;382;*382;993;;331;;DNA replication protein DnaC comp;4085820..4085894;;aca;;33;;75;;;; comp;4085928..4086003;;gta;;4;;76;;;; comp;4086008..4086082;;gaa;;6;;75;;;; comp;4086089..4086164;;aaa;;326;326;76;;;326; comp;4086491..4087780;;cds;;;;1290;;430;;adenylosuccinate synthase </pre> ====cdc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_cumuls|cdc cumuls]] <pre> cdc cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;;0;1;1;1;1;100;3 ;16 23 5s 0;3;20;2;61;50;1;20;0;200;5 ;16 gca 235;3;40;1;4;100;3;40;0;300;7 ;16 23 5s a;2;60;;1;150;3;60;0;400;5 ;max a;43;80;;0;200;4;80;1;500;3 ;a doubles;2;100;;2;250;4;100;1;600;3 ;autres;2;120;;0;300;4;120;2;700;1 ;total aas;75;140;;0;350;4;140;1;800;2 sans ;opérons;5;160;;0;400;2;160;1;900;1 ;1 aa;4;180;;0;450;0;180;1;1000;0 ;max a;4;200;;0;500;1;200;1;1100;0 ;a doubles;0;;;0;;5;;4;;1 ;total aas;8;;3;68;;32;;13;;31 total aas;;83;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;14;12;;313;;165;;378 ;;;variance;;15;;283;;94;;259 sans jaune;;;moyenne;;9;;206;;;;286 ;;;variance;;5;;107;;;;144 </pre> ====cdc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_blocs|cdc blocs]] <pre> 7.11.19 Tanger;;;;;;;;;;;;;; cdc blocs;groupes;;types;;;;absents;;;;;;; ;cds;281;I;;;;;II;;III;;IV;IV1;IV2 IV2;16s;279;;;;;;;;;;;; ;23s;131;CDS;583;454;119;;cds;239;;;;; ;5s;6;16s;311;126;126;;16s;320;cds;159;cds;505;281 ;aac;4;23s;126;281;217;;23s;91;aca;94;16s;279;279 ;**16aas;3;5s;177;191;282;;gga;8;23s;184;23s;180;131 ;ttc;7;CDS;;;;;5s;273;16s;340;5s;6;6 ;atgj;114;;;;;;cds;;cds;;aac;6;4 VIII1;16s;68;;;;;;;;;;;; ;gca;271;;;;;;V;;V2;VI;VI1;VII;VII1 ;23s;126;;;;;;;;;;;; ;5s;213;;;;;;;;;;;; ;cds;372;;;;;;;;;;;; ;cds;21;;;;;;VIII;VIII1;IX;;X;X1; ;cds;776;;;;;;;;;;cds;21; X1;16s;52;;;;;;atgj;114;cds;179;cds;776; ;gca;373;;;;;;16s;68;16s;52;16s;52; ;23s;126;;;;;;gca;271;gca;249;gca;373; ;5s;7;;;;;;23s;126;23s;111;23s;126; ;aac;5;;;;;;5s;213;5s;126;5s;7; ;**7aas;9;;;;;;cds;372;cds;;aac;5; ;aga;975;;;;;;;;;;;; ;cds;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cdc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_distribution|cdc distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;2;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;gga 1;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca 1;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;1;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4 cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;3;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cdc;;4 *;;;;;4;;cdc;4;;;;;;4;;;;;;;;;;;cdc;;;2 *;70;;3;75 </pre> ====cdc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_données_intercalaires|cdc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cdc;fx;fc;cdc;fx40;fc40;cdc;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;0;37;0;0;37;-1;;59;0;258;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;3;242;1;0;52;-2;;0;75;318;3* 55;;gca;6;;aac;4;;aac ;0;20;0;311;2;0;55;-3;;1;975;159;tRNA 16s;;;15;;tta;5;;gaa ;0;30;0;210;3;1;21;-4;1;44;87;382;116;;atgj;7;;atgf;5;;gta ;0;40;1;134;4;2;26;-5;;0;1374;;tRNA 23s;;;9;;gaa;10;;gac ;0;50;2;79;5;0;15;-6;;0;109;;250;;gca;5;;gga;14;;aca ;0;60;7;80;6;0;6;-7;;16;150;;272;;;5;;gta;9;;tac ;0;70;7;66;7;0;11;-8;;61;242;;374;;;9;;gac;10;;gga ;1;80;10;68;8;0;12;-9;;0;326;;23s tRNA;;;14;;aca;9;;aga ;1;90;17;63;9;0;20;-10;;3;CDS 16s;;92;;gga;8;;tac;11;;caa ;0;100;17;67;10;0;24;-11;;30;181;507;95;;aca;29;;cta;2;;aaa ;1;110;13;85;11;0;35;-12;;0;283;342;5s tRNA;;;7;;aga;17;;tca ;0;120;25;74;12;0;45;-13;;7;778;;2* 6;;aac;88;;caa;8;;agc ;0;130;22;55;13;0;25;-14;;17;585;;7;;aac;3;;tca;85;;cca ;0;140;20;44;14;0;41;-15;;0;241;;tRNA 5s;;;6;;ttc;60;;tgg ;1;150;16;50;15;0;30;-16;;2;193;;8;;gga;14;;atgj;6;;cca 1;0;160;25;41;16;0;26;-17;;12;284;;tRNA tRNA;;;23;;atgi;3;;atc ;0;170;23;34;17;0;35;-18;;0;23s 5s;;33;;aca;7;;cca;7;;ttc ;0;180;19;39;18;0;29;-19;;1;114;;4;;gta;8;;cac;**;;atgj ;0;190;24;46;19;0;21;-20;;8;181;;6;;gaa;7;;aaa;5;;aac ;0;200;13;39;20;0;24;-21;;0;132;;**;;aaa;6;;tgc;15;;tta ;0;210;20;29;21;0;25;-22;;0;5* 127;;;;;5;;aac;7;;atgf ;0;220;27;40;22;0;18;-23;;5;16s 23s;;;;;15;;tta;14;;gaa ;0;230;16;32;23;0;24;-24;;1;2* 283;;;;;7;;atgf;5;;gga ;0;240;8;27;24;0;22;-25;;1;315;;;;;9;;gaa;5;;gta ;1;250;12;28;25;0;22;-26;;5;324;;;;;5;;gga;10;;gac 1;0;260;18;32;26;0;17;-27;;0;188;;;;;5;;gta;9;;ggc ;0;270;19;31;27;0;18;-28;;0;285;;;;;9;;gac;**;;aga ;0;280;16;22;28;0;23;-29;;6;221;;;;;14;;aca;;; ;0;290;12;34;29;0;23;-30;;0;5s CDS;;;;;9;;tac;;; ;0;300;14;24;30;0;18;-31;;0;126;213;;;;23;;cta;;; ;0;310;8;24;31;0;21;-32;;5;177;;;;;24;;ggc;;; 1;0;320;14;24;32;0;17;-33;;0;273;;;;;9;;aga;;; ;1;330;12;24;33;0;12;-34;;0;454;;;;;8;;caa;;; ;0;340;13;17;34;0;12;-35;;1;119;;;;;2;;aaa;;; ;0;350;6;15;35;0;18;-36;;0;;;;;;3;;tca;;; ;0;360;11;15;36;0;14;-37;;1;;;;;;6;;ttc;;; ;0;370;9;17;37;0;10;-38;;0;;;;;;14;;atgj;;; ;0;380;6;16;38;0;11;-39;;0;;;;;;17;;atgi;;; 1;0;390;7;16;39;0;10;-40;;1;;;;;;8;;cac;;; ;0;400;3;12;40;1;9;-41;;0;;;;;;7;;aaa;;; ;2;reste;125;246;reste;636;1655;-42;;0;;;;;;7;;tgc;;; 4;9;total;640;2589;total;640;2589;-43;;0;;;;;;12;;cgt;;; 4;6;diagr;515;2306;diagr;4;897;-44;;1;;;;;;**;;gta;;; 0;0; t30;3;763;;;;-45;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;; ;x;640;2;0;642;;;-49;;0;;;;;;;;;;; ;c;2552;296;37;2885;;;-50;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;3527;282;;reste;1;5;;;;;;;;;;; ;;;;;;3809;;total;2;296;;;;;;;;;;; </pre> =====cdc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_autres_intercalaires_aas|cdc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cdc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;9857;10630;181;*; ;;rRNA;10812;12314;55;*;1503 ;;tRNA;12370;12445;250;*;gca ;;rRNA;12696;15593;114;*;2898 ;;rRNA;15708;15824;126;*;117 fin;;CDS;15951;16460;;; deb;;CDS;16472;17353;126;*; ;;misc_b;17480;17686;124;*; fin;;CDS;17811;19082;;; deb;;CDS;19402;19857;0;*; ;;tRNA;19858;19949;37;*;tcc ;;ncRNA;19987;20251;76;*; fin;;CDS;20328;21965;;; deb;comp;CDS;23419;24624;507;*; ;;rRNA;25132;26634;283;*;1503 ;;rRNA;26918;29815;181;*;2898 ;;rRNA;29997;30113;6;*;117 ;;tRNA;30120;30194;6;*;aac ;;tRNA;30201;30286;15;*;tta ;;tRNA;30302;30377;7;*;atgf ;;tRNA;30385;30459;9;*;gaa ;;tRNA;30469;30542;5;*;gga ;;tRNA;30548;30623;5;*;gta ;;tRNA;30629;30705;9;*;gac ;;tRNA;30715;30789;14;*;aca ;;tRNA;30804;30888;8;*;tac ;;tRNA;30897;30980;29;*;cta ;;tRNA;31010;31086;7;*;aga ;;tRNA;31094;31169;88;*;caa ;;tRNA;31258;31346;3;*;tca ;;tRNA;31350;31425;6;*;ttc ;;tRNA;31432;31505;14;*;atgj ;;tRNA;31520;31596;23;*;atgi ;;tRNA;31620;31696;7;*;cca ;;tRNA;31704;31780;8;*;cac ;;tRNA;31789;31864;7;*;aaa ;;tRNA;31872;31945;6;*;tgc ;;tRNA;31952;32026;5;*;aac ;;tRNA;32032;32117;15;*;tta ;;tRNA;32133;32208;7;*;atgf ;;tRNA;32216;32290;9;*;gaa ;;tRNA;32300;32373;5;*;gga ;;tRNA;32379;32454;5;*;gta ;;tRNA;32460;32536;9;*;gac ;;tRNA;32546;32620;14;*;aca ;;tRNA;32635;32719;9;*;tac ;;tRNA;32729;32812;23;*;cta ;;tRNA;32836;32910;24;*;ggc ;;tRNA;32935;33011;9;*;aga ;;tRNA;33021;33096;8;*;caa ;;tRNA;33105;33180;2;*;aaa ;;tRNA;33183;33271;3;*;tca ;;tRNA;33275;33350;6;*;ttc ;;tRNA;33357;33430;14;*;atgj ;;tRNA;33445;33521;17;*;atgi ;;tRNA;33539;33615;8;*;cac ;;tRNA;33624;33699;7;*;aaa ;;tRNA;33707;33780;7;*;tgc ;;tRNA;33788;33864;12;*;cgt ;;tRNA;33877;33952;75;*;gta fin;;CDS;34028;34441;;; deb;;CDS;72345;72830;94;*; ;;misc_b;72925;73133;63;*; fin;;CDS;73197;74912;;; deb;;CDS;90506;91204;51;*; ;;misc_f;91256;91384;42;*; fin;;CDS;91427;91933;;; deb;;CDS;127011;127715;283;*; ;;rRNA;127999;129502;283;*;1504 ;;rRNA;129786;132684;132;*;2899 ;;rRNA;132817;132933;6;*;117 ;;tRNA;132940;133014;4;*;aac ;;tRNA;133019;133093;5;*;gaa ;;tRNA;133099;133174;5;*;gta ;;tRNA;133180;133256;10;*;gac ;;tRNA;133267;133341;14;*;aca ;;tRNA;133356;133440;9;*;tac ;;tRNA;133450;133523;10;*;gga ;;tRNA;133534;133610;9;*;aga ;;tRNA;133620;133695;11;*;caa ;;tRNA;133707;133782;2;*;aaa ;;tRNA;133785;133873;17;*;tca ;;tRNA;133891;133981;8;*;agc ;;tRNA;133990;134066;85;*;cca ;;tRNA;134152;134227;60;*;tgg ;;tRNA;134288;134364;6;*;cca ;;tRNA;134371;134447;3;*;atc ;;tRNA;134451;134526;7;*;ttc ;;tRNA;134534;134610;116;*;atgj ;;rRNA;134727;136128;55;*;1402 ;;tRNA;136184;136259;272;*;gca ;;rRNA;136532;139429;127;*;2898 ;;rRNA;139557;139673;213;*;117 fin;comp;CDS;139887;141071;;0; deb;;CDS;143817;144356;778;*; ;;rRNA;145135;146637;55;*;1503 ;;tRNA;146693;146768;374;*;gca ;;rRNA;147143;150040;127;*;2898 ;;rRNA;150168;150284;7;*;117 ;;tRNA;150292;150366;5;*;aac ;;tRNA;150372;150457;15;*;tta ;;tRNA;150473;150548;7;*;atgf ;;tRNA;150556;150630;14;*;gaa ;;tRNA;150645;150718;5;*;gga ;;tRNA;150724;150799;5;*;gta ;;tRNA;150805;150881;10;*;gac ;;tRNA;150892;150966;9;*;ggc ;;tRNA;150976;151049;975;*;aga fin;;CDS;152025;152864;;; deb;comp;CDS;171557;172066;188;*; ;;regulatory;172255;172358;136;*; fin;;CDS;172495;173688;;; deb;;CDS;193614;194780;59;*; ;;regulatory;194840;194957;124;*; fin;;CDS;195082;195687;;; deb;;CDS;253195;254327;59;*; ;;regulatory;254387;254488;220;*; fin;;CDS;254709;256244;;; deb;;CDS;309184;310275;308;*; ;;regulatory;310584;310674;406;*; fin;;CDS;311081;311398;;; deb;;CDS;378341;380728;585;*; ;;rRNA;381314;382816;315;*;1503 ;;rRNA;383132;386029;127;*;2898 ;;rRNA;386157;386273;177;*;117 fin;;CDS;386451;387059;;0; deb;;CDS;393173;394945;131;*; ;;regulatory;395077;395269;188;*; fin;;CDS;395458;396210;;; deb;comp;CDS;518815;519642;205;*; ;;regulatory;519848;519954;69;*; fin;;CDS;520024;520344;;0; deb;;CDS;601016;601618;560;*; ;;misc_b;602179;602417;63;*; fin;;CDS;602481;604400;;; deb;;CDS;703255;703989;800;*; ;;regulatory;704790;704866;264;*; fin;;CDS;705131;706387;;; deb;;CDS;774245;775042;343;*; ;;misc_b;775386;775620;49;*; fin;;CDS;775670;776689;;; deb;comp;CDS;833130;833894;258;*; ;;tRNA;834153;834243;87;*;agc fin;;CDS;834331;835119;;; deb;;CDS;840990;843056;591;*; ;;misc_b;843648;843858;225;*; fin;;CDS;844084;844899;;; deb;;CDS;1027707;1028153;147;*; ;;misc_b;1028301;1028547;123;*; fin;;CDS;1028671;1030413;;; deb;;CDS;1089165;1090139;241;*; ;;rRNA;1090381;1091883;324;*;1503 ;;rRNA;1092208;1095105;92;*;2898 ;;tRNA;1095198;1095271;8;*;gga ;;rRNA;1095280;1095396;273;*;117 fin;;CDS;1095670;1097688;;; deb;;CDS;1140023;1140928;114;*; ;;ncRNA;1141043;1141223;182;*; fin;;CDS;1141406;1142623;;0; deb;comp;CDS;1181549;1182958;1374;*; ;comp;tRNA;1184333;1184415;318;*;ttg fin;;CDS;1184734;1187382;;; deb;;CDS;1221766;1222134;91;*; ;;regulatory;1222226;1222332;102;*; fin;;CDS;1222435;1223640;;0; deb;;CDS;1292920;1293819;907;*; ;;repeat_region;1294727;1295680;1216;*; fin;;CDS;1296897;1297052;;; deb;;CDS;1347580;1348659;142;*; ;;misc_b;1348802;1349040;67;*; fin;;CDS;1349108;1351747;;; deb;;CDS;1503182;1503538;530;*; ;;repeat_region;1504069;1504755;391;*; fin;comp;CDS;1505147;1506880;;; deb;comp;CDS;1512381;1512557;53;*; ;comp;regulatory;1512611;1512707;354;*; fin;comp;CDS;1513062;1513736;;; deb;;CDS;1583597;1584714;449;*; ;;regulatory;1585164;1585270;105;*; fin;;CDS;1585376;1586341;;; deb;;CDS;1612685;1614778;660;*; ;;repeat_region;1615439;1615732;167;*; fin;comp;CDS;1615900;1616184;;0; deb;;CDS;1620655;1621623;151;*; ;;misc_b;1621775;1622027;71;*; fin;;CDS;1622099;1623307;;0; deb;;CDS;1668527;1669288;160;*; ;;misc_b;1669449;1669706;112;*; fin;;CDS;1669819;1670058;;; deb;;CDS;1708973;1709134;741;*; ;;repeat_region;1709876;1710232;238;*; fin;;CDS;1710471;1710659;;; deb;;CDS;1710778;1711644;452;*; ;;repeat_region;1712097;1712386;122;*; fin;;CDS;1712509;1713036;;; deb;;CDS;1745654;1747510;82;*; ;;misc_b;1747593;1747833;65;*; ;;misc_b;1747899;1748134;84;*; fin;;CDS;1748219;1749436;;; deb;;CDS;1770800;1771111;92;*; ;;regulatory;1771204;1771296;99;*; fin;;CDS;1771396;1772190;;; deb;comp;CDS;1833191;1833988;112;*; ;comp;regulatory;1834101;1834206;91;*; deb;comp;CDS;1834298;1835284;163;*; ;;regulatory;1835448;1835624;143;*; deb;;CDS;1835768;1837498;109;*; ;;tRNA;1837608;1837688;896;*;cta ;;regulatory;1838585;1838689;209;*; fin;;CDS;1838899;1839933;;; deb;comp;CDS;1847745;1849016;646;*; ;;repeat_region;1849663;1850878;408;*; fin;;CDS;1851287;1851574;;0; deb;comp;CDS;1869839;1870468;364;*; ;;regulatory;1870833;1870876;100;*; fin;;CDS;1870977;1871945;;; deb;comp;CDS;1886422;1887495;161;*; ;comp;regulatory;1887657;1887778;188;*; deb;;CDS;1887967;1890450;87;*; ;;regulatory;1890538;1890649;141;*; fin;;CDS;1890791;1892092;;; deb;;CDS;1903300;1903731;430;*; ;;misc_b;1904162;1904373;162;*; fin;;CDS;1904536;1905825;;; deb;;CDS;1963260;1964567;85;*; ;;misc_b;1964653;1964915;125;*; fin;;CDS;1965041;1965844;;; deb;;CDS;1974995;1975732;110;*; ;;misc_b;1975843;1976050;252;*; fin;;CDS;1976303;1977502;;; deb;;CDS;2015338;2017995;53;*; ;;regulatory;2018049;2018151;109;*; fin;;CDS;2018261;2019526;;; deb;comp;CDS;2142818;2143108;130;*; ;comp;regulatory;2143239;2143338;619;*; ;;regulatory;2143958;2144047;52;*; fin;;CDS;2144100;2144276;;0; deb;comp;CDS;2153631;2154182;150;*; ;comp;misc_b;2154333;2154596;435;*; fin;comp;CDS;2155032;2155430;;; deb;comp;CDS;2155785;2156270;82;*; ;comp;regulatory;2156353;2156446;556;*; deb;comp;CDS;2157003;2157185;226;*; ;;regulatory;2157412;2157509;54;*; fin;;CDS;2157564;2157740;;; deb;comp;CDS;2192160;2193194;253;*; ;comp;misc_b;2193448;2193661;222;*; fin;comp;CDS;2193884;2194648;;0; deb;comp;CDS;2199791;2200075;110;*; ;;repeat_region;2200186;2200869;830;*; fin;comp;CDS;2201700;2202572;;; deb;comp;CDS;2207935;2209128;81;*; ;comp;regulatory;2209210;2209378;110;*; fin;comp;CDS;2209489;2210106;;; deb;comp;CDS;2274866;2276242;93;*; ;comp;regulatory;2276336;2276438;249;*; fin;;CDS;2276688;2278034;;; deb;comp;CDS;2289838;2290746;801;*; ;;misc_b;2291548;2291779;107;*; fin;;CDS;2291887;2293368;;; deb;comp;CDS;2432824;2434221;76;*; ;comp;misc_b;2434298;2434531;168;*; fin;comp;CDS;2434700;2434903;;; deb;comp;CDS;2473840;2475960;427;*; ;;regulatory;2476388;2476476;189;*; fin;;CDS;2476666;2478033;;0; deb;comp;CDS;2501260;2501931;184;*; ;;regulatory;2502116;2502205;53;*; fin;;CDS;2502259;2502435;;; deb;comp;CDS;2524251;2524823;182;*; ;comp;regulatory;2525006;2525107;105;*; fin;comp;CDS;2525213;2526364;;; deb;comp;CDS;2555495;2555866;103;*; ;comp;regulatory;2555970;2556080;331;*; fin;comp;CDS;2556412;2558106;;0; deb;comp;CDS;2595509;2596213;63;*; ;comp;regulatory;2596277;2596371;195;*; fin;comp;CDS;2596567;2597583;;; deb;comp;CDS;2695506;2696213;150;*; ;comp;tRNA;2696364;2696460;242;*;tga fin;comp;CDS;2696703;2697542;;; deb;comp;CDS;2719492;2720808;86;*; ;comp;misc_b;2720895;2721106;78;*; fin;comp;CDS;2721185;2721980;;0; deb;comp;CDS;2845118;2845816;42;*; ;comp;misc_b;2845859;2846099;90;*; fin;comp;CDS;2846190;2847593;;0; deb;comp;CDS;2854480;2857587;92;*; ;comp;misc_b;2857680;2857912;174;*; fin;comp;CDS;2858087;2858614;;; deb;comp;CDS;2947183;2948184;58;*; ;comp;misc_b;2948243;2948498;133;*; fin;comp;CDS;2948632;2949822;;; deb;comp;CDS;2957885;2958538;329;*; ;;regulatory;2958868;2958969;72;*; fin;;CDS;2959042;2960385;;; deb;comp;CDS;2978480;2981023;277;*; ;comp;ncRNA;2981301;2981635;131;*; deb;;CDS;2981767;2982444;159;*; ;comp;tRNA;2982604;2982678;95;*;aca ;comp;rRNA;2982774;2985671;188;*;2898 ;comp;rRNA;2985860;2987362;342;*;1503 fin;;CDS;2987705;2988643;;0; deb;comp;CDS;3090012;3095975;123;*; ;comp;regulatory;3096099;3096184;171;*; fin;comp;CDS;3096356;3097759;;; deb;comp;CDS;3135811;3136473;99;*; ;comp;regulatory;3136573;3136658;185;*; deb;comp;CDS;3136844;3139798;112;*; ;comp;regulatory;3139911;3139996;125;*; fin;comp;CDS;3140122;3141300;;0; deb;comp;CDS;3244007;3244435;189;*; ;;repeat_region;3244625;3246042;183;*; fin;comp;CDS;3246226;3246492;;; deb;comp;CDS;3274824;3275954;227;*; ;comp;regulatory;3276182;3276363;52;*; fin;comp;CDS;3276416;3277309;;; deb;comp;CDS;3405889;3407280;143;*; ;comp;regulatory;3407424;3407603;271;*; fin;comp;CDS;3407875;3409527;;; deb;comp;CDS;3489429;3490850;579;*; ;;repeat_region;3491430;3492052;252;*; fin;comp;CDS;3492305;3494290;;; deb;;CDS;3508604;3509509;673;*; ;comp;tmRNA;3510183;3510532;157;*; fin;comp;CDS;3510690;3511145;;0; deb;;CDS;3600566;3601447;77;*; ;;regulatory;3601525;3601699;172;*; fin;;CDS;3601872;3602873;;; deb;comp;CDS;3636881;3639547;75;*; ;comp;misc_b;3639623;3639885;300;*; fin;comp;CDS;3640186;3641013;;; deb;comp;CDS;3654516;3655193;579;*; ;comp;regulatory;3655773;3655856;232;*; fin;comp;CDS;3656089;3656931;;; deb;comp;CDS;3689422;3690501;287;*; ;;regulatory;3690789;3690904;174;*; fin;;CDS;3691079;3692449;;0; deb;comp;CDS;3749041;3749442;795;*; ;;regulatory;3750238;3750334;53;*; fin;;CDS;3750388;3750564;;; deb;comp;CDS;3787361;3788431;454;*; ;comp;rRNA;3788886;3789002;127;*;117 ;comp;rRNA;3789130;3792027;285;*;2898 ;comp;rRNA;3792313;3793815;193;*;1503 fin;comp;CDS;3794009;3794587;;; deb;comp;CDS;3810367;3811866;129;*; ;comp;regulatory;3811996;3812175;66;*; fin;comp;CDS;3812242;3812856;;; deb;comp;CDS;3905129;3905650;161;*; ;comp;regulatory;3905812;3905897;839;*; fin;comp;CDS;3906737;3907687;;; deb;comp;CDS;3931996;3933933;83;*; ;comp;misc_b;3934017;3934263;65;*; fin;comp;CDS;3934329;3934850;;; deb;comp;CDS;3944262;3944453;119;*; ;comp;rRNA;3944573;3944689;127;*;117 ;comp;rRNA;3944817;3947714;221;*;2898 ;comp;rRNA;3947936;3949438;284;*;1503 fin;comp;CDS;3949723;3949917;;; deb;;CDS;4084445;4085437;382;*; ;comp;tRNA;4085820;4085894;33;*;aca ;comp;tRNA;4085928;4086003;4;*;gta ;comp;tRNA;4086008;4086082;6;*;gaa ;comp;tRNA;4086089;4086164;326;*;aaa fin;comp;CDS;4086491;4087780;;; </pre> ====cdc psor==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_psor|cdc psor]] <pre> cdc-psor comparaison;;7.11.19 Tanger;;;comparaisons internes cdc, psor;;;; cdc;intercal;psor;intercal;diff;cdc;intercal;cdc;intercal;diff cds;505;CDS;309;;cds;505;cds;281; 16s;279;16s;196;;16s;279;16s;279; 23s;180;23s;122;;23s;180;23s;131; 5s;6;5s;5;;5s;6;5s;6; aac;6;tta;13;;aac;6;aac;4; tta;15;atg;15;-2;tta;15;gaa;5; atgf;7;gaa;9;8;atgf;7;gta;5; gaa;9;gga;6;0;gaa;9;gac;10; gga;5;gta;5;1;gga;5;aca;14; gta;5;gac;16;;gta;5;tac;9;0 gac;9;aac;4;;gac;9;gga;10;1 aca;14;aca;4;-10;aca;14;aga;9;0 tac;8;tac;15;7;tac;8;caa;11; cta;29;cta;14;-15;cta;29;aaa;2; aga;7;aga;7;0;aga;7;tca;17;2 caa;88;caa;11;;caa;88;agc;8; tca;3;aaa;6;;tca;3;cca;85; ttc;6;tca;3;0;ttc;6;tgg;60; atgj;11;ttc;9;3;atgj;11;cca;6; atgi;23;atg;8;-3;atgi;23;atc;3; cca;7;atg;21;-2;cca;7;ttc;7; cac;8;cca;6;-1;cac;8;atgj;114; aaa;7;cac;4;;aaa;7;16s;; tgc;6;tgc;25;;tgc;6;cds;776; aac;5;tta;13;-2;aac;5;16s;52; tta;15;atg;15;8;tta;15;gca;373; atgf;7;gaa;9;0;atgf;7;23s;126; gaa;9;gga;6;1;gaa;9;5s;7; gga;5;gta;5;0;gga;5;aac;5; gta;5;gac;16;;gta;5;tta;15;0 gac;9;aac;4;;gac;9;atgf;7;1 aca;14;aca;4;-10;aca;14;gaa;14;0 tac;9;tac;15;6;tac;9;gga;5; cta;23;cta;11;-12;cta;23;gta;5; ggc;24;ggc;13;-11;ggc;24;gac;10; aga;9;aga;7;-2;aga;9;ggc;9;0 caa;8;caa;11;3;caa;8;aga;975;3 aaa;2;aaa;6;4;aaa;2;cds;;0 tca;3;tca;3;0;tca;3;;; ttc;6;ttc;9;3;ttc;6;;; atgj;11;atg;8;-3;atgj;11;;; atgi;17;atg;21;;atgi;17;;; cac;8;cca;6;;cac;8;;; aaa;7;cac;9;1;aaa;7;;; tgc;7;aaa;21;14;tgc;7;;; cgt;12;tgc;6;-1;cgt;12;;; gta;75;cgt;10;-2;gta;75;;; cds;;gta;162;;cds;;;; ;;CDS;;;;;;; ;;;;;psor;;psor;intercal;diff cds;776;;;;CDS;309;CDS;239; 16s;52;;;;16s;196;16s;196; gca;373;;;;23s;122;23s;213; 23s;126;;;;5s;5;5s;5; 5s;7;atg;138;;tta;13;tta;13;0 aac;5;16s;109;;atg;15;atg;15;0 tta;15;gca;112;;gaa;9;gaa;9;0 atgf;7;23s;40;;gga;6;gga;6;0 gaa;14;5s;5;;gta;5;gta;5;0 gga;5;gaa;8;;gac;16;gac;16;0 gta;5;gta;5;0;aac;4;aac;31; gac;10;gac;9;-1;aca;4;aac;4; ggc;9;ggc;7;-2;tac;15;aca;4;0 aga;975;aga;142;;cta;14;tac;11;-4 cds;;CDS;;;aga;7;gga;19;5 ;;;;;caa;11;aga;6;-1 cds;281;CDS;239;;aaa;6;caa;12;1 16s;279;16s;196;;tca;3;aaa;6;0 23s;131;23s;213;;ttc;9;tca;11; 5s;6;5s;5;;atg;8;agc;6; aac;4;tta;13;;atg;21;cca;6; gaa;5;atg;15;;cca;6;atg;11; gta;5;gaa;9;;cac;4;tgg;31; gac;10;gga;6;;tgc;25;cca;6; aca;14;gta;5;;tta;13;atc;6;0 tac;9;gac;16;;atg;15;ttc;13;0 gga;10;aac;31;;gaa;9;atg;138;0 aga;9;aac;4;;gga;6;16s;;0 caa;11;aca;4;-10;gta;5;atg;138;0 aaa;2;tac;11;2;gac;16;16s;109;0 tca;17;gga;19;9;aac;4;gca;112; agc;8;aga;6;-3;aca;4;23s;40;0 cca;85;caa;12;1;tac;15;5s;5; tgg;60;aaa;6;4;cta;11;gaa;8; cca;6;tca;11;-6;ggc;13;gta;5; atc;3;agc;6;-2;aga;7;gac;9;-1 ttc;7;cca;6;;caa;11;ggc;7;1 atgj;114;atg;11;;aaa;6;aga;142;0 16s;;tgg;31;-29;tca;3;CDS;; ;;cca;6;0;ttc;9;;; ;;atc;6;3;atg;8;;; ;;ttc;13;6;atg;21;;; ;;atg;138;;cca;6;;; ;;16s;;;cac;9;;; ;;;;;aaa;21;;; ;;CDS;129;;tgc;6;;; ;;gta;8;;cgt;10;;; ;;gaa;20;;gta;162;;; ;;aaa;10;;CDS;;;; cds;382;aca;10;;;;;; aca;33;gac;7;;;;;; gta;4;gta;9;5;;;;; gaa;6;gaa;5;-1;;;;; aaa;326;aaa;289;;;;;; cds;;CDS;;;;;;; ;;;;;;;;; cdc-psor coservation des cds;;;;;fréquence des diff psor-cdc des intercalaires;;;; cdc;intercal;psor;intercal;protéines;;gamme;fréquence;; cds;0;CDS;3;151 – 152;;-15;2;; tcc;37;tcc;27;;;-14;;; ncRNA;76;ncRNA;152;547 – 546;;-13;;; cds;;CDS;;;;-12;1;; ;;;;;;-11;1;; cds;1374;CDS;41;470 – 1177;;-10;3;; ttg;318;ttg;138;883 – 881;;-9;;; cds;;CDS;;;;-8;;; ;;;;;;-7;;; cds;109;CDS;111;577 – 1076;;-6;1;; cta;231;cta;426;;;-5;;; cds;;CDS;;58 – 577;;-4;;; ;;;;;;-3;3;; cds;258;CDS;37;255 – 302;;-2;7;; agc;87;agc;120;;;-1;4;; cds;;CDS;;263 – 100;;0;8;; ;;;;;;1;4;; ;;CDS;306;62;;2;1;; ;;cta;404;422;;3;4;; ;;CDS;;;;4;2;; ;;;;;;5;1;; ;;CDS;135;;;6;2;; ;;other;258;;;7;1;; ;;CDS;;;;8;2;; ;;;;;;9;1;; ;;CDS;195;;;10;;; ;;tga;37;;;11;;; ;;CDS;;;;12;;; ;;;;;;13;;; ;;CDS;71;;;14;1;; ;;tgc;12;;;15;;; ;;aac;3;;;;;; ;;aca;285;;;total;49;; ;;CDS;;;;sous t. -2+2;24;; </pre> ===cdc8=== ====cdc8 opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_opérons|cdc8 opérons]] <pre> 28.6%GC;11.9.19 Paris;16s 16 ;110 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;pbs;CDS dirigé;protéines Peptoclostridium difficile M68;;;;;;;;;;; dir ;4299490..4300134;;cds;;214;214;;;645;;tyrosine-type recombinase/integrase dir ;4300349..4300807;;cds;@1;554;*554;;;459;;helix-turn-helix domain-containing protein dir ;4301362..4303101;;cds;;0;0;;;*1740;;hypothetical protein dir ;4303102..4303305;;cds;;167;167;;;204;;hp dir ;4303473..4304299;;23s°;;132;;;;827;; dir ;4304432..4304548;;5s;+;6;;;;117;; dir ;4304555..4304629;;aac;;4;;;4;75;; dir ;4304634..4304708;;gaa;2 cca;5;;;5;75;; dir ;4304714..4304789;;gta;;5;;;5;76;; dir ;4304795..4304871;;gac;;11;;;11;77;; dir ;4304883..4304957;;aca;;14;;;14;75;; dir ;4304972..4305056;;tac;;9;;;9;85;; dir ;4305066..4305139;;gga;;10;;;10;74;; dir ;4305150..4305226;;aga;;9;;;9;77;; dir ;4305236..4305311;;caa;;11;;;11;76;; dir ;4305323..4305398;;aaa;;2;;;2;76;; dir ;4305401..4305489;;tca;;18;;;18;89;; dir ;4305508..4305598;;agc;;8;;;8;91;; dir ;4305607..4305683;;cca;;85;;;*85;77;; dir ;4305769..4305844;;tgg;;60;;;*60;76;; dir ;4305905..4305981;;cca;;5;;;5;77;; dir ;4305987..4306063;;atc;;3;;;3;77;; dir ;4306067..4306142;;ttc;;7;;;7;76;; dir ;4306150..4306226;;atgj;;114;;;;77;; dir ;4306341..4307538;;16s;;0;0;;;1198;0; dir ;4307539..4308225;;cds;;100;100;;;687;;xylose isomerase dir ;1..796;4308325;23s°;;181;;;;796;; dir ;978..1094;;5s;;6;;;;117;; dir ;1101..1175;;aac;+;6;;;6;75;; dir ;1182..1267;;tta;3 aaa;15;;;15;86;; dir ;1283..1358;;atgf;3 gta;7;;;7;76;; dir ;1366..1440;;gaa;;9;;;9;75;; dir ;1450..1523;;gga;;5;;;5;74;; dir ;1529..1604;;gta;;5;;;5;76;; dir ;1610..1686;;gac;;9;;;9;77;; dir ;1696..1770;;aca;;14;;;14;75;; dir ;1785..1869;;tac;;10;;;10;85;; 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dir ;4615..4690;;aaa;;7;;;7;76;; dir ;4698..4771;;tgc;;7;;;7;74;; dir ;4779..4855;;cgt;;12;;;12;77;; dir ;4868..4943;;gta;;75;75;;;76;75; dir ;5019..5432;;cds;;308;308;;;414;;hp dir ;5741..9172;;cds;;;;;;*3432;;pyruvate carboxylase ;;;;;;;;;;; dir ;94032..94736;;cds;;281;281;;;705;281;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD dir ;95018..95994;;16s°;;100;;;;977;; dir ;96095..97613;;23s°;;126;;;;1519;; dir ;97740..97856;;5s;;7;;;;117;; dir ;97864..97938;;aac;;6;;;6;75;; dir ;97945..98030;;tta;;15;;;15;86;; dir ;98046..98121;;atgf;;7;;;7;76;; dir ;98129..98203;;gaa;;8;;;8;75;; dir ;98212..98285;;gga;;4;;;4;74;; dir ;98290..98365;;gta;;5;;;5;76;; dir ;98371..98447;;gac;;10;;;10;77;; dir ;98458..98532;;ggc;;9;;;9;75;; dir ;98542..98615;;aga;;954;*954;;;74;; dir ;99570..100409;;cds;;;;;;840;;TIGR00159 family protein ;;;;;;;;;;; dir ;306829..309216;;cds;;733;;;;*2388;;cadmium-translocating P-type ATPase <> comp;309950..310076;;cds;;1;1;;;127;1;glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A dir ;310078..311313;;23s°;;126;;;;1236;; dir ;311440..311556;;5s;;177;177;;;117;; dir ;311734..312342;;cds;;;;;;609;;DedA family protein ;;;;;;;;;;; comp;861856..862620;;cds;;258;258;;;765;;DeoR/GlpR transcriptional regulator dir ;862879..862969;;agc;;87;87;;;91;87; dir ;863057..863845;;cds;;;;;;789;;flagellar motor protein ;;;;;;;;;;; dir ;1106477..1107451;;cds;;238;238;;;975;238;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase dir ;1107690..1109197;;16s;@2;320;;;;1508;; dir ;1109518..1112416;;23s;;91;;;;2899;; dir ;1112508..1112581;;gga;;8;;;;74;; dir ;1112590..1112706;;5s;;273;273;;;117;; dir ;1112980..1114998;;cds;;;;;;*2019;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase ;;;;;;;;;;; comp;1196804..1198213;;cds;;1378;*1378;;;*1410;;MBOAT family protein comp;1199592..1199674;;ttg;;318;318;;;83;318; dir ;1199993..1202641;;cds;;;;;;*2649;;DNA polymerase I ;;;;;;;;;;; dir ;1850896..1852626;;cds;;109;109;;;*1731;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein dir ;1852736..1852816;;cta;;334;334;;;81;; dir ;1853151..1853666;;cds;;;;;;516;;HXXEE domain-containing protein ;;;;;;;;;;; dir ;3024038..3024715;;cds;;150;150;;;678;150;sortase SrtB comp;3024866..3024940;;aca;@3;93;;;;75;; comp;3025034..3027933;;23s;;184;;;;2900;; comp;3028118..3029625;;16s;;374;374;;;1508;; dir ;3030000..3030938;;cds;;;;;;939;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase ;;;;;;;;;;; dir ;3805298..3806743;;cds;;208;208;;;*1446;;tyrosine-type recombinase/integrase comp;3806952..3807028;;agg;;61;61;;;77;61; <comp;3807090..3808790;;cds;;;;;;*1701;;formate dehydrogenase subunit alpha ;;;;;;;;;;; comp;3875816..3876886;;cds;;452;*452;;;1071;;ABC transporter ATP-binding protein comp;3877339..3877455;;5s;;125;;;;117;; comp;3877581..3880480;;23s;;261;;;;2900;; comp;3880742..3882249;;16s;;190;190;;;1508;190; comp;3882440..3883018;;cds;;;;;;579;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase ;;;;;;;;;;; comp;4017523..4017714;;cds;;118;118;;;192;118;DUF378 domain-containing protein comp;4017833..4017949;;5s;;126;;;;117;; comp;4018076..4020975;;23s;;321;;;;2900;; comp;4021297..4022804;;16s;;292;292;;;1508;; 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comp;4217110..4218529;;23s°;;250;;;;1420;; comp;4218780..4218855;;gca;;52;;;;76;; comp;4218908..4219471;;16s°;;100;;;;564;; comp;4219572..4219856;;23s°;;217;;;;285;; comp;4220074..4221581;;16s;;179;179;;;1508;179; >comp;4221761..4222206;;cds;;386;386;;;446;386;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor dir ;4222593..4224100;;16s;;321;;;;1508;; dir ;4224422..4227321;;23s;;181;;;;2900;; dir ;4227503..4227619;;5s;;6;;;;117;; dir ;4227626..4227700;;aac;;6;;;6;75;; dir ;4227707..4227792;;tta;;15;;;15;86;; dir ;4227808..4227883;;atgf;;7;;;7;76;; dir ;4227891..4227965;;gaa;;9;;;9;75;; dir ;4227975..4228048;;gga;;5;;;5;74;; dir ;4228054..4228129;;gta;;5;;;5;76;; dir ;4228135..4228211;;gac;;9;;;9;77;; dir ;4228221..4228295;;aca;;14;;;14;75;; dir ;4228310..4228394;;tac;;10;;;10;85;; dir ;4228405..4228488;;cta;;28;;;28;84;; dir ;4228517..4228593;;aga;;7;;;7;77;; dir ;4228601..4228676;;caa;;89;;;*89;76;; dir ;4228766..4228854;;tca;;3;;;3;89;; dir ;4228858..4228933;;ttc;;6;;;6;76;; dir ;4228940..4229016;;atgj;;11;;;11;77;; 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comp;4253521..4253596;;gca;;52;;;;76;; comp;4253649..4254226;;16s°;;282;282;;;578;; dir ;4254509..4254712;;cds;;12;12;;;204;;hp dir ;4254725..4256002;;cds;;;;;;*1278;;phage portal protein </pre> ====cdc8 cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cumuls|cdc8 cumuls]] <pre> cdc8 cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;21;1;;0;1;4;1;3;100;6 ;16 23 5s 0;4;20;2;77;50;2;20;0;200;8 ;16 gca 235;2;40;1;6;100;7;40;0;300;11 ;16 23 5s a;5;60;;0;150;5;60;0;400;5 ;max a;43;80;;1;200;5;80;2;500;5 ;a doubles;2;100;;3;250;6;100;3;600;5 ;autres;10;120;;0;300;5;120;3;700;1 ;total aas;98;140;;0;350;4;140;1;800;1 sans ;opérons;6;160;;0;400;4;160;1;900;1 ;1 aa;5;180;;0;450;0;180;1;1000;0 ;max a;4;200;;0;500;2;200;1;1100;0 ;a doubles;0;;;0;;4;;7;;1 ;total aas;9;;3;87;;48;;22;;44 total aas;;108;;;;;;;;; remarques;;7;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;14;14;;256;;155;;330 ;;;variance;;16;;252;;109;;234 sans jaune;;;moyenne;;10;;182;;;;208 ;;;variance;;6;;117;;;;97 </pre> ====cdc8 blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_blocs|cdc8 blocs]] <pre> cdc8 blocs;;;;;;;; Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupe;intercal ;cds;554;;cds;150;;cds;496 ;cds;0;;aca;93;;16s;321 ;cds;168;;23s;184;;23s°;100 ;23s°;133;III;16s;374;;cds;111 IV2;5s;7;;cds;;;cds;228 ;aac;5;;;;;16s;321 ;**16aas;8;;cds;452;;23s°;101 ;atgj;115;;5s;125;;23s°;250 IV1;16s;1;;23s;261;;gca;52 ;cds;100;I2;16s;190;;16s°;100 ;23s°;182;;cds;;;23s°;217 ;5s;7;;;;;16s;179 ;aac;7;;cds;118;;cds;386 ;**41aas;13;;5s;126;IV3;16s;321 ;gta;76;;23s;321;;23s;181 ;cds;308;I3;16s;292;;5s;6 ;cds;;;cds;;;aac;6 ;;;;;;;**17aas;8 ;cds;281;;cds;179;;aaa;353 ;16s°;100;;16s;161;;5s;126 ;23s°;126;;5s;201;;23s;582 X1;5s;7;I1;23s;217;I4;16s;217 ;aac;6;;16s;108;;23s;126 ;**7aas;9;;atgi;11;;5s;216 ;aga;954;;tta;5;;cds;372 ;cds;;;5s;201;;cds;21 ;;;;23s;375;;cds;778 ;cds;733;VII1;gca;52;IV4;16s;261 ;cds;1;;16s’;100;;23s;201 ;23s°;126;;16s’;52;;5s;5 ;5s;177;;gca;248;;tta;11 ;cds;;;23s°;100;;atgi;108 ;;;;16s°;321;;16s;184 ;cds;238;;23s;100;;23s°;100 II;16s;320;;16s°;320;;cds;112 ;23s;91;;23s°;100;;23s’;375 ;gga;8;;23s’;126;;gca;52 ;5s;273;;5s;127;;16s°;282 ;cds;;;cds;;;cds; </pre> ====cdc8 cdc psor 43==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_43|cdc8 cdc psor 43]] <pre> cdc8;43aas;cdc;43aas;;;cdc8;43aas;psor;44aas; 16s;1;;;;;16s;1;;; cds;100;16s;279;;;cds;100;16s;196; 23s°;181;23s;180;-1;;23s°;181;23s;122; 5s;6;5s;6;0;;5s;6;5s;5; aac;6;aac;6;0;;aac;6;tta;13;-2 tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8 atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0 gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1 gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0 gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16; gac;9;gac;9;0;;gac;9;aac;4; aca;14;aca;14;0;;aca;14;aca;4;-10 tac;10;tac;8;-2;;tac;10;tac;15;5 cta;28;cta;29;1;;cta;28;cta;14;-14 aga;7;aga;7;0;;aga;7;aga;7;0 caa;89;caa;88;-1;;caa;89;caa;11; tca;3;tca;3;0;;tca;3;aaa;6; ttc;6;ttc;6;0;;ttc;6;tca;3;0 atgj;11;atgj;11;0;;atgj;11;ttc;9;3 atgi;29;atgi;23;-6;;atgi;29;atg;8;-3 cca;7;cca;7;0;;cca;7;atg;21;-8 cac;8;cac;8;0;;cac;8;cca;6;-1 aaa;7;aaa;7;0;;aaa;7;cac;4; tgc;6;tgc;6;0;;tgc;6;tgc;25; aac;6;aac;5;-1;;aac;6;tta;13;-2 tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8 atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0 gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1 gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0 gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16; 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;comp;3882440..3883018;cds;;579;precorrin;;;dir ;4237342..4237458;5s;216;117;;;;;; ;;;;;;;;;comp;4237675..4238859;cds;372;1185;B6;;;;; ;comp;4017523..4017714;cds;118;192;DUF378;;5;dir ;4239232..4241583;cds;21;2352;Art-red;;;;; ;comp;4017833..4017949;5s;126;117;;;;dir ;4241605..4242144;cds;778;540;Art-reda;;;;; 14;comp;4018076..4020975;23s;321;2900;;;insert;dir ;4242923..4244459;16s;261;1537;;;;;; ;comp;4021297..4022804;16s;292;1508;;;insert;dir ;4244721..4247619;23s;201;2899;;;;;; ;comp;4023097..4023378;cds;221;282;hp-282;;insert;dir ;4247821..4247937;5s;5;117;;111345..111884;CDS;431;540;Art-reda ;comp;4023600..4025129;cds;;1530;K-ligase;;insert;dir ;4247943..4248031;tta;11;89;;112316..113822;16s;54;; ;;;;;;;;insert;dir ;4248043..4248119;atgi;108;77;;113877..113952;gca;114;; ;dir ;4135881..4136873;cds;383;993; DnaC;;insert;dir ;4248228..4249735;16s;184;1508;;114067..116982;23s;193;; ;comp;4137257..4137331;aca;33;75;;;insert;dir ;4249920..4250564;23s°;100;645;;117176..117292;5s;5;; 15;comp;4137365..4137440;gta;4;76;;;insert;<dir ;4250665..4250923;cds;112;259;hp-259;117298..117386;tta;9;; 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;cdc8;pbs;cdc;pbs;psor;pbs seleno A;309950..310076;127;0;;-; Y-r;457663..457878;216;457207..457422;216;-; ;1237414..1237986;573;1223841..1224413;573;; ;1291413..1292327;915;1277836..1278750;915;; ;1418672..1419580;909;1405262..1406170;909;; ;2120221..2121348;1128;;;; ;2785863..2786042;180;;;; ;3564835..3565434;600;;;; Y-r2;3805298..3806743;1446;;;; Y-r1;4299490..4300134;645;;;; Helix;351106..351336;231;391813..392001;189;-; ;379952..380503;552;429510..430061;552;; ;456588..456776;189;461727..462398;672;; ;1187185..1187736;552;1169984..1170535;552;; ;1466364..1466783;420;1292255..1292926;672;; ;1467749..1468147;399;1454375..1454773;399;; ;1605760..1606344;585;1517855..1518619;765;; ;1694358..1694750;393;1592306..1592890;585;; ;1936722..1937267;546;1682266..1682658;393;; ;2105662..2106711;1050;1695592..1696284;693;; ;2196549..2198204;1656;1916424..1916630;207;; ;2342487..2342690;204;1922813..1923358;546;; ;2353934..2354578;645;2164151..2165806;1656;; ;2378761..2379891;1131;2308386..2308589;204;; ;2721795..2722316;522;2319833..2320477;645;; ;3485137..3486024;888;2344477..2345607;1131;; ;3570953..3571183;231;2501260..2501931;672;; ;3571660..3571878;219;2688255..2688776;522;; ;3804379..3804627;249;3459701..3460588;888;; ;3804878..3805279;402;3475449..3475589;141;; ;4286854..4287222;369;;;; ;4288799..4289518;720;;;; ;4300349..4300807;459;;;; xylose;3383443..3384780;1338;3349843..3351180;1338;0; ;<4307539..4308225;687;;;; CHAP;<4213228..>4213849;622;0;;-; A-1chlor;4213961..4214620;660;0;;0; SigB2;4221761..4222206;446;0;;0; fdHa;4221761..4222206;1701;3711229..3713373;2145;-; R-deca;0;;0;;127845..129260;1416 ;;;;;876023..877522;1500 phagePP;1448919..1449983;1065;1435547..1436611;1065;1489507..1490769;1263 ;1450539..1450985;447;1437167..1437613;447;; ;1709611..1711050;1440;1697521..1698963;1443;; ;1718404..1718844;441;1708192..1708632;441;; ;3560756..3561910;1155;3841162..3842367;1206;; ;4254725..4256002;1278;;;; ;4260531..4261586;1056;;;; ;4262058..4262474;417;;;; hp-204;4254509..4254712;204;;;; phagePP;4254725..4256002;1278;;;; phageHM;4255980..4256741;762;;;; hp;;;3840525..3841067;543;; phagePP;;;3841162..3842367;1206;; hydrolase;;;3842345..3842512;168;; terminase;;;;;1487770..1489491;1722 phagePP;;;;;1489507..1490769;1263 Clp;;;;;1490762..1491607;846 </pre> ====cdc8 cdc abrégé protéines==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_abrégé_protéines|cdc8 cdc abrégé protéines]] <pre> A-1chlor;type A-1 chloramphenicol O-acetyltransferase ABC;ABC transporter ATP-binding protein Ala amid;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase Art-red;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase Art-reda;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein B6;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase cad;cadmium-translocating P-type ATPase CHAP;CHAP domain-containing protein CwlD;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD DedA;DedA family protein DeoR;DeoR/GlpR transcriptional regulator DnaC;DNA replication protein DnaC DUF378;DUF378 domain-containing protein fdHa;formate dehydrogenase subunit alpha flagellar;flagellar motor protein Glyco-tr;glycosyl transferase Helix;helix-turn-helix domain-containing protein hp-1740;hp-1740 hp-204;hp-204 hp-282;hp-282 hp-414;hp-414 HXXEE;HXXEE domain-containing protein III-tau;DNA polymerase III subunit gamma/tau K-ligase;lysine--tRNA ligase S-ligase;serine--tRNA ligase lactam;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase Mannosyl;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase MBOAT;MBOAT family protein mecano;mechanosensitive ion channel NadR;transcription repressor NadR NhaC;Na+/H+ antiporter NhaC family protein Nuc-de;nucleoside deaminase phagePP;phage portal protein PolyI;DNA polymerase I precorrin;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase pyruvate;pyruvate carboxylase R-deca;arginine decarboxylase seleno;glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A SigB;SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor SigB2;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor SrtB;sortase SrtB succinate;adenylosuccinate synthase TIGR;TIGR00159 family protein xylose;xylose isomerase Y-r1;tyrosine-type recombinase/integrase – 1 Y-r2;tyrosine-type recombinase/integrase – 2 </pre> ====cdc8 cdc psor stats==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_stats|cdc8 cdc psor stats]] <pre> NCBI du 13.11.19;cdc8;cdc;psor date;15-MAR-2017;18-MAY-2017;08-JAN-2018 DNA circulaire;4 308 325;4 110 554;3 550 458 Genes (total) ;4 025;3 807;3 528 CDS (total) ;3 870;3 691;3 368 Genes (coding) ;3 763;3 615;3 327 CDS (coding) ;3 763;3 615;3 327 Genes (RNA) ;155;116;160 RRNAs (5S, 16S, 23S); 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17 complete rRNAs ; 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17 tRNAs ;108;83;105 ncRNAs ;4;4;4 Pseudo Genes (total) ;107;76;41 Pseudo Genes (ambiguous residues) ; 0 of 107; 0 of 76; 0 of 41 Pseudo Genes (frameshifted) ; 60 of 107; 42 of 76; 4 of 41 Pseudo Genes (incomplete) ; 35 of 107; 30 of 76; 18 of 41 Pseudo Genes (internal stop) ; 31 of 107; 18 of 76; 22 of 41 Pseudo Genes (multiple problems) ; 18 of 107; 12 of 76; 3 of 41 CRISPR Arrays ;4;9; - ;;; Décompte du 19.11.19;;; hypothetical protein;609;523;1 256 hp / cds (total);0,16;0,14;0,37 </pre> ====cdc8 distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_distribution|cdc8 distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga; cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cdc8;;5;;;;;5;;cdc8;4;;;;;;9 </pre> ====cdc8 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_données_intercalaires|cdc8 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cdc8;fx;fc;cdc8;fx40;fc40;cdc8;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;0;39;0;0;39;-1;;71;75;258;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;5;241;1;0;48;-2;;0;954;318;55;;gca;6;;aac;6;;aac ;0;20;3;344;2;0;53;-3;;1;87;150;tRNA 16s;;;15;;tta;15;;tta ;0;30;4;232;3;1;24;-4;1;51;1378;208;2* 110;;atgi;7;;atgf;7;;atgf ;0;40;0;138;4;2;29;-5;;0;109;383;116;;atgj;9;;gaa;9;;gaa ;0;50;4;89;5;0;15;-6;;0;334;;tRNA 23s;;;5;;gga;5;;gga ;0;60;9;87;6;0;7;-7;;15;150;;376;;gca;5;;gta;5;;gta ;1;70;6;73;7;0;11;-8;1;68;264;;23s tRNA;;;9;;gac;9;;gac ;1;80;11;66;8;0;13;-9;;0;67;;94;;aca;14;;aca;14;;aca ;1;90;15;73;9;1;21;-10;;2;331;;8;;gga;10;;tac;10;;tac ;0;100;21;72;10;1;20;-11;;32;0;;5s tRNA;;;28;;cta;28;;cta ;1;110;16;84;11;0;38;-12;;0;CDS 16s;;3* 6;;aac;7;;aga;7;;aga ;0;120;23;86;12;0;46;-13;;7;240;376;7;;aac;89;;caa;89;;caa ;0;130;25;53;13;1;30;-14;;15;192;498;2* 5;;tta;3;;tca;3;;tca ;0;140;21;49;14;0;39;-15;;0;294;81;-;353;aaa;6;;ttc;6;;ttc 1;1;150;15;53;15;0;36;-16;;2;181;388;tRNA tRNA;;intra;14;;atgj;14;;atgj ;0;160;23;44;16;0;28;-17;1;14;181;;2* 11;;atgi;29;;atgi;29;;atgi ;0;170;24;38;17;1;45;-18;;0;780;;**;;tta;7;;cca;7;;cca ;0;180;22;44;18;1;31;-19;;1;16s 23s;;tRNA tRNA;;;8;;cac;8;;cac ;0;190;26;43;19;0;27;-20;;7;324;;33;;aca;7;;aaa;**;;aaa ;0;200;18;43;20;0;24;-21;;0;188;;4;;gta;6;;tgc;4;;aac 1;0;210;22;36;21;1;24;-22;1;0;2* 265;;6;;gaa;6;;aac;5;;gaa ;0;220;25;39;22;0;22;-23;;6;2* 325;;**;;aaa;15;;tta;5;;gta ;0;230;14;30;23;0;28;-24;;1;2* 221;;;;;7;;atgf;11;;gac ;0;240;9;27;24;0;21;-25;;0;23s 5s;;;;;9;;gaa;14;;aca ;0;250;15;30;25;1;27;-26;;6;126;;;;;5;;gga;9;;tac 1;0;260;15;30;26;1;19;-27;;0;2* 127;;;;;5;;gta;10;;gga ;1;270;18;30;27;0;19;-28;;1;3* 202;;;;;9;;gac;9;;aga ;0;280;12;19;28;1;26;-29;;8;182;;;;;14;;aca;11;;caa ;0;290;16;38;29;0;24;-30;;0;5s CDS;;;;;9;;tac;2;;aaa ;0;300;17;23;30;0;22;-31;;1;177;216;;;;24;;cta;18;;tca ;0;310;7;29;31;0;20;-32;;5;273;;;;;24;;ggc;8;;agc 1;0;320;18;22;32;0;18;-33;;0;452;;;;;9;;aga;85;;cca ;0;330;14;30;33;0;13;-34;;0;118;;;;;8;;caa;60;;tgg ;2;340;9;13;34;0;12;-35;;2;127;;;;;2;;aaa;5;;cca ;0;350;6;15;35;0;17;-36;;0;5s 16s;;;;;3;;tca;3;;atc ;0;360;16;18;36;0;14;-37;;0;-;161;;;;6;;ttc;7;;ttc ;0;370;7;16;37;0;13;-38;;1;;;;;;14;;atgj;**;;atgj ;0;380;6;17;38;0;11;-39;;0;;;;;;17;;atgi;;; 1;0;390;7;14;39;0;10;-40;;1;;;;;;8;;cac;;; ;0;400;4;18;40;0;10;-41;;0;;;;;;7;;aaa;;; ;2;reste;138;242;reste;674;1733;-42;;0;;;;;;7;;tgc;;; 5;11;total;686;2727;total;686;2727;-43;;0;;;;;;12;;cgt;;; 5;8;diagr;548;2446;diagr;12;955;-44;;1;;;;;;**;;gta;;; 0;0; t30;12;817;;;;-45;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;; ;x;686;4;0;690;;;-49;;0;;;;;;;;;;; ;c;2688;326;39;3053;;;-50;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;3743;348;;reste;;5;;;;;;;;;;; ;;;;;;4091;;total;4;326;;;;;;;;;;; </pre> =====cdc8 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_autres_intercalaires_aas|cdc8 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cdc8;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;;misc_f;1;795;182;*; ;;rRNA;978;1094;6;*;117 ;;tRNA;1101;1175;6;*;aac ;;tRNA;1182;1267;15;*;tta ;;tRNA;1283;1358;7;*;atgf ;;tRNA;1366;1440;9;*;gaa ;;tRNA;1450;1523;5;*;gga ;;tRNA;1529;1604;5;*;gta ;;tRNA;1610;1686;9;*;gac ;;tRNA;1696;1770;14;*;aca ;;tRNA;1785;1869;10;*;tac ;;tRNA;1880;1963;28;*;cta ;;tRNA;1992;2068;7;*;aga ;;tRNA;2076;2151;89;*;caa ;;tRNA;2241;2329;3;*;tca ;;tRNA;2333;2408;6;*;ttc ;;tRNA;2415;2488;14;*;atgj ;;tRNA;2503;2579;29;*;atgi ;;tRNA;2609;2685;7;*;cca ;;tRNA;2693;2769;8;*;cac ;;tRNA;2778;2853;7;*;aaa ;;tRNA;2861;2934;6;*;tgc ;;tRNA;2941;3015;6;*;aac ;;tRNA;3022;3107;15;*;tta ;;tRNA;3123;3198;7;*;atgf ;;tRNA;3206;3280;9;*;gaa ;;tRNA;3290;3363;5;*;gga ;;tRNA;3369;3444;5;*;gta ;;tRNA;3450;3526;9;*;gac ;;tRNA;3536;3610;14;*;aca ;;tRNA;3625;3709;9;*;tac ;;tRNA;3719;3802;24;*;cta ;;tRNA;3827;3901;24;*;ggc ;;tRNA;3926;4002;9;*;aga ;;tRNA;4012;4087;8;*;caa ;;tRNA;4096;4171;2;*;aaa ;;tRNA;4174;4262;3;*;tca ;;tRNA;4266;4341;6;*;ttc ;;tRNA;4348;4421;14;*;atgj ;;tRNA;4436;4512;17;*;atgi ;;tRNA;4530;4606;8;*;cac ;;tRNA;4615;4690;7;*;aaa ;;tRNA;4698;4771;7;*;tgc ;;tRNA;4779;4855;12;*;cgt ;;tRNA;4868;4943;75;*;gta fin;;CDS;5019;5432;;; deb;;CDS;43312;43797;94;*; ;;misc_b;43892;44100;63;*; fin;;CDS;44164;45882;;; deb;;CDS;57549;58247;51;*; ;;misc_f;58299;58427;42;*; fin;;CDS;58470;58976;;; deb;;CDS;93984;94736;291;*; ;;misc_f;95028;95862;232;*; ;;misc_f;96095;96344;50;*; ;;misc_f;96395;96725;9;*; ;;misc_f;96735;97600;139;*; ;;rRNA;97740;97856;7;*;117 ;;tRNA;97864;97938;6;*;aac ;;tRNA;97945;98030;15;*;tta ;;tRNA;98046;98121;7;*;atgf ;;tRNA;98129;98203;8;*;gaa ;;tRNA;98212;98285;4;*;gga ;;tRNA;98290;98365;5;*;gta ;;tRNA;98371;98447;10;*;gac ;;tRNA;98458;98532;9;*;ggc ;;tRNA;98542;98615;954;*;aga fin;;CDS;99570;100409;;; deb;comp;CDS;119142;119651;188;*; ;;regulatory;119840;119943;135;*; fin;;CDS;120079;121272;;; deb;;CDS;141169;142335;59;*; ;;regulatory;142395;142512;124;*; fin;;CDS;142637;143242;;; deb;;CDS;192887;194019;59;*; ;;regulatory;194079;194180;220;*; fin;;CDS;194401;195936;;; deb;;CDS;240412;241887;526;*; ;;regulatory;242414;242504;406;*; fin;;CDS;242911;243228;;; deb;comp;CDS;309950;310076;16;*; ;;misc_f;310093;310425;9;*; ;;misc_f;310435;311300;139;*; ;;rRNA;311440;311556;177;*;117 fin;;CDS;311734;312342;;0; deb;;CDS;318620;320392;131;*; ;;regulatory;320524;320716;181;*; fin;;CDS;320898;321650;;; deb;comp;CDS;522666;523493;205;*; ;;regulatory;523699;523805;69;*; fin;;CDS;523875;524195;;0; deb;;CDS;605941;606543;375;*; ;;misc_b;606919;607151;63;*; fin;;CDS;607215;609134;;; deb;;CDS;727895;728629;644;*; ;;regulatory;729274;729350;262;*; fin;;CDS;729613;730869;;; deb;;CDS;801271;802068;383;*; ;;misc_b;802452;802685;49;*; fin;;CDS;802735;803754;;; deb;comp;CDS;861856;862620;258;*; ;;tRNA;862879;862969;87;*;agc fin;;CDS;863057;863845;;; deb;;CDS;869869;871935;594;*; ;;misc_b;872530;872740;225;*; fin;;CDS;872966;873781;;; deb;;CDS;1044480;1044926;147;*; ;;misc_b;1045074;1045320;122;*; fin;;CDS;1045443;1047185;;; deb;;CDS;1106477;1107451;240;*; ;;rRNA;1107692;1109194;324;*;1503 ;;rRNA;1109519;1112415;92;*;2897 ;;tRNA;1112508;1112581;8;*;gga ;;rRNA;1112590;1112706;273;*;117 fin;;CDS;1112980;1114998;;; deb;;CDS;1157234;1158145;114;*; ;;ncRNA;1158260;1158440;182;*; fin;;CDS;1158623;1159840;;0; deb;comp;CDS;1196804;1198213;1378;*; ;comp;tRNA;1199592;1199674;318;*;ttg fin;;CDS;1199993;1202641;;; deb;;CDS;1235339;1235707;91;*; ;;regulatory;1235799;1235905;102;*; fin;;CDS;1236008;1237213;;0; deb;;CDS;1360996;1362075;141;*; ;;misc_b;1362217;1362455;67;*; fin;;CDS;1362523;1365162;;; deb;comp;CDS;1527009;1527185;53;*; ;comp;regulatory;1527239;1527335;341;*; fin;comp;CDS;1527677;1528351;;; deb;;CDS;1597387;1598331;288;*; ;;regulatory;1598620;1598726;105;*; fin;;CDS;1598832;1599797;;; deb;;CDS;1625872;1627965;660;*; ;;repeat_region;1628626;1629050;897;*; fin;;CDS;1629948;1630766;;0; deb;;CDS;1634212;1635180;151;*; ;;misc_b;1635332;1635584;72;*; fin;;CDS;1635657;1636865;;0; deb;;CDS;1682039;1682800;159;*; ;;misc_b;1682960;1683217;112;*; fin;;CDS;1683330;1683569;;; deb;;CDS;1719185;1719346;735;*; ;;repeat_region;1720082;1720376;117;*; fin;;CDS;1720494;1721246;;; deb;;CDS;1767472;1769328;81;*; ;;misc_b;1769410;1769650;65;*; ;;misc_b;1769716;1769951;84;*; fin;;CDS;1770036;1771253;;; deb;;CDS;1792609;1792920;92;*; ;;regulatory;1793013;1793105;99;*; fin;;CDS;1793205;1793999;;; deb;comp;CDS;1848320;1849117;112;*; ;comp;regulatory;1849230;1849335;91;*; deb;comp;CDS;1849427;1850413;163;*; ;;regulatory;1850577;1850753;142;*; deb;;CDS;1850896;1852626;109;*; ;;tRNA;1852736;1852816;334;*;cta deb;;CDS;1853151;1853666;475;*; ;;regulatory;1854142;1854246;209;*; fin;;CDS;1854456;1855490;;; deb;comp;CDS;1862461;1863732;644;*; ;;repeat_region;1864377;1864796;406;*; fin;;CDS;1865203;1865490;;0; deb;comp;CDS;1883751;1884380;364;*; ;;regulatory;1884745;1884788;100;*; fin;;CDS;1884889;1885857;;; deb;comp;CDS;1900325;1901437;131;*; ;comp;regulatory;1901569;1901690;188;*; deb;;CDS;1901879;1904362;88;*; ;;regulatory;1904451;1904562;141;*; fin;;CDS;1904704;1906005;;; deb;;CDS;1917211;1917642;430;*; ;;misc_b;1918073;1918284;162;*; fin;;CDS;1918447;1919736;;; deb;;CDS;1979975;1981282;85;*; ;;misc_b;1981368;1981630;125;*; fin;;CDS;1981756;1982559;;; deb;;CDS;1991720;1992457;110;*; ;;misc_b;1992568;1992775;252;*; fin;;CDS;1993028;1994227;;; deb;;CDS;2033932;2036589;53;*; ;;regulatory;2036643;2036745;109;*; fin;;CDS;2036855;2038120;;; deb;comp;CDS;2174937;2175227;130;*; ;comp;regulatory;2175358;2175457;617;*; ;;regulatory;2176075;2176164;52;*; fin;;CDS;2176217;2176393;;0; deb;comp;CDS;2183867;2184418;151;*; ;comp;misc_b;2184570;2184833;435;*; fin;comp;CDS;2185269;2185667;;; deb;comp;CDS;2186020;2186505;82;*; ;comp;regulatory;2186588;2186681;177;*; fin;;CDS;2186859;2186990;;0; deb;comp;CDS;2226535;2227569;253;*; ;comp;misc_b;2227823;2228036;218;*; fin;comp;CDS;2228255;2229019;;0; deb;comp;CDS;2242205;2243398;81;*; ;comp;regulatory;2243480;2243648;110;*; fin;comp;CDS;2243759;2244376;;; deb;comp;CDS;2309004;2310380;93;*; ;comp;regulatory;2310474;2310576;248;*; fin;;CDS;2310825;2312171;;; deb;comp;CDS;2323975;2324883;801;*; ;;misc_b;2325685;2325916;107;*; fin;;CDS;2326024;2327505;;; deb;comp;CDS;2460052;2461448;76;*; ;comp;misc_b;2461525;2461758;168;*; fin;comp;CDS;2461927;2462130;;; 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deb;;CDS;4241605;4242144;780;*; ;;rRNA;4242925;4244456;265;*;1532 ;;rRNA;4244722;4247618;202;*;2897 ;;rRNA;4247821;4247937;5;*;117 ;;tRNA;4247943;4248031;11;*;tta ;;tRNA;4248043;4248119;110;*;atgi ;;rRNA;4248230;4249732;202;*;1503 ;;misc_f;4249935;4250480;184;*; fin;;CDS;4250665;4250923;;; deb;;CDS;4250940;4251038;87;*; ;comp;rRNA;4251126;4253130;390;*;2005 ;comp;tRNA;4253521;4253596;68;*;gca ;comp;misc_f;4253665;4253797;18;*; ;comp;misc_f;4253816;4254229;294;*; fin;;CDS;4254524;4254712;;; deb;;CDS;4303117;4303305;167;*; ;;misc_f;4303473;4304013;15;*; ;;misc_f;4304029;4304286;145;*; ;;rRNA;4304432;4304548;6;*;117 ;;tRNA;4304555;4304629;4;*;aac ;;tRNA;4304634;4304708;5;*;gaa ;;tRNA;4304714;4304789;5;*;gta ;;tRNA;4304795;4304871;11;*;gac ;;tRNA;4304883;4304957;14;*;aca ;;tRNA;4304972;4305056;9;*;tac ;;tRNA;4305066;4305139;10;*;gga ;;tRNA;4305150;4305226;9;*;aga ;;tRNA;4305236;4305311;11;*;caa ;;tRNA;4305323;4305398;2;*;aaa ;;tRNA;4305401;4305489;18;*;tca ;;tRNA;4305508;4305598;8;*;agc ;;tRNA;4305607;4305683;85;*;cca ;;tRNA;4305769;4305844;60;*;tgg ;;tRNA;4305905;4305981;5;*;cca ;;tRNA;4305987;4306063;3;*;atc ;;tRNA;4306067;4306142;7;*;ttc ;;tRNA;4306150;4306226;116;*;atgj ;;rRNA;4306343;4307677;2;*;1335 deb;;CDS;4307680;4308225;0;*; </pre> ===cbc=== ====cbc opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_opérons|cbc* opérons]] <pre> 28%GC;30.6.19 Paris;16s 5;;52;doubles;intercalaires Clostridium botulinum CDC_297;;;NCBI;gtRNAdb;; comp;1309334..1309408;;Glu;gag;; ;;;;;; comp;1385938..1386012;;Asn;aac;;8 comp;1386021..1386134;;5s;;;108 comp;1386243..1389140;;23s;;;228 comp;1389369..1390866;;16s;;@1; ;;;;;; comp;1392997..1393072;;Phe;ttc;;7 comp;1393080..1393193;;5s;;;108 comp;1393302..1396199;;23s;;;228 comp;1396428..1397925;;16s;;; ;;;;;; comp;1408673..1408762;;Ser;tcc;; ;;;;;; comp;1412183..1412259;;Arg;agg;; ;;;;;; comp;1415464..1415540;;Arg;cgt;;84 comp;1415625..1415715;;Ser;agc;+;20 comp;1415736..1415826;;Ser;tca;2 agc;306 comp;1416133..1416223;;Ser;agc;2 tca;20 comp;1416244..1416334;;Ser;tca;@4; ;;;;;; comp;1425969..1426044;;Ala;gca;;3 comp;1426048..1426124;;Met;atgi;;8 comp;1426133..1426246;;5s;;;79 comp;1426326..1427823;;16s;;@2;117 comp;1427941..1428051;;MNEGCDRILIVVARWQVSKNKKMLTKIKKRATIIKH;CDS 108pb;; ;;;;;; ;1694943..1695017;;Gln;cag;; ;;;;;; comp;1722580..1722664;;Tyr;tac;;5 comp;1722670..1722745;;Thr;aca;; ;;;;;; comp;1841437..1841510;;Cys;tgc;; ;;;;;; comp;1842698..1842811;;5s;;;108 comp;1842920..1845817;;23s;;;228 comp;1846046..1847543;;16s;;; ;;;;;; ;1890534..1890608;;Glu;gaa;+;17 ;1890626..1890701;;Val;gta;3 gaa;9 ;1890711..1890787;;Asp;gac;3 gta;4 ;1890792..1890867;;Thr;aca;3 gac;5 ;1890873..1890947;;Glu;gaa;2 aca;18 ;1890966..1891041;;Val;gta;;7 ;1891049..1891125;;Asp;gac;;57 ;1891183..1891257;;Glu;gaa;;17 ;1891275..1891350;;Val;gta;;9 ;1891360..1891436;;Asp;gac;;4 ;1891441..1891516;;Thr;aca;; ;;;;;; comp;1948153..1948228;;Pro;cca;; ;;;;;; ;1969157..1969245;;Leu;tta;;4 ;1969250..1969325;;Met;atgf;+;53 ;1969379..1969454;;Met;atgf;2 atgf;10 ;1969465..1969541;;Met;atg;; ;;;;;; ;1987541..1989040;;16s;;@3;226 ;1989267..1992166;;23s;;;93 ;1992260..1992375;;5s;;;7 ;1992383..1992457;;Asn;aac;+;27 ;1992485..1992559;;Asn;aac;; ;;;;;; ;2013239..2013313;;Gly;ggg;;18 ;2013332..2013407;;Thr;acc;; ;;;;;; ;2222515..2222590;;Trp;tgg;; ;;;;;; ;2294767..2294842;;Pro;cca;+;7 ;2294850..2294923;;Gly;gga;2 cca;6 ;2294930..2295006;;Arg;aga;2 gga;5 ;2295012..2295087;;Lys;aag;;26 ;2295114..2295189;;Pro;cca;;29 ;2295219..2295292;;Gly;gga;;24 ;2295317..2295393;;Arg;cga;; ;;;;;; ;2402556..2402631;;Val;gta;;5 ;2402637..2402713;;Asp;gac;;3 ;2402717..2402792;;Phe;ttc;;4 ;2402797..2402871;;Gly;ggc;;9 ;2402881..2402954;;Cys;tgc;; ;;;;;; ;2517305..2517391;;Leu;ttg;; ;;;;;; ;2548708..2548792;;Leu;ctc;; ;;;;;; ;2583298..2583388;;SeC;tga;; </pre> ====cbc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_cumuls|cbc* cumuls]] <pre> cbc* cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;5;1;0;0 ;16 23 5s 0;1;20;22;1 ;16 atc gca;0;40;3;1 ;16 23 5s a;3;60;2;0 ;max a;2;80;0;0 ;a doubles;1;100;1;0 ;spéciaux;1;120;0;0 ;total aas;6;140;0;0 sans ;opérons;17;160;0;0 ;1 aa;10;180;0;0 ;max a;11;200;0;0 ;a doubles;4;;0;0 ;total aas;46;;28;2 total aas;;52;;; remarques;;4;;; avec jaune;;;moyenne;17;15 ;;;variance;19; sans jaune;;;moyenne;15; ;;;variance;14; </pre> ====cbc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_blocs|cbc* blocs]] <pre> cbc* blocs;;;; aac;8;7;-; 5s;108;108;108;226 23s;228;228;228;93 16s;;;-;7 ;;;; gca;3;;; atgi;8;;; 5s;79;;; 16s;;;; </pre> ====cbc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_distribution|cbc distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;1-3 aas att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;gca ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;atgi gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aac ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttc atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;aac2 ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;>1aa tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;atgf2 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;; atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;; ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total; cbc*;;10;;;;;10;;cbc*;36;;;;;;34;;cbc*;2;;;;;;2; </pre> ====cbc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_données_intercalaires|cbc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;cbc;fx;fc;cbc;fx40;fc40;cbc;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;24;0;1;24;-1;;72;1018;103;5s tRNA;; ;0;10;5;198;1;1;55;-2;;0;419;184;8;;aac ;0;20;2;293;2;2;38;-3;;0;732;35;7;;ttc 1;0;30;11;166;3;0;14;-4;3;58;389;227;8;;atgi 1;0;40;15;108;4;1;18;-5;;0;156;30;7;;aac ;0;50;9;61;5;0;15;-6;1;0;164;90;tRNA tRNA;;contig ;2;60;11;83;6;0;11;-7;;4;276;431;3;;gca ;2;70;13;65;7;0;3;-8;;40;162;584;**;;atgi ;2;80;12;73;8;1;18;-9;;0;53;;27;;aac 1;1;90;12;68;9;0;10;-10;;8;170;;**;;aac ;2;100;16;58;10;0;16;-11;;25;318;;tRNA tRNA;; 1;0;110;18;52;11;0;28;-12;;0;80;;84;;cgt ;0;120;19;66;12;0;44;-13;;3;172;;20;;agc ;0;130;19;59;13;0;28;-14;;13;92;;306;;tca ;0;140;16;61;14;0;32;-15;;0;77;;20;;agc ;2;150;15;64;15;0;36;-16;;1;142;;**;;tca ;1;160;19;48;16;0;21;-17;;11;328;;9;;gta ;3;170;15;48;17;0;26;-18;;0;187;;4;;gac ;1;180;17;46;18;1;30;-19;1;4;64;;5;;aca 1;1;190;19;32;19;0;24;-20;;11;82;;18;;gaa ;0;200;20;39;20;1;24;-21;;0;51;;7;;gta ;0;210;17;44;21;2;17;-22;;2;239;;57;;gac ;0;220;16;31;22;1;21;-23;;8;145;;17;;gaa 1;0;230;15;40;23;1;14;-24;;0;387;;9;;gta ;1;240;7;36;24;0;20;-25;;1;64;;4;;gac ;0;250;15;18;25;0;22;-26;;6;313;;**;;aca ;0;260;12;22;26;1;13;-27;;0;97;;4;;tta ;0;270;14;35;27;3;17;-28;;2;556;;53;;atgf ;1;280;15;31;28;0;18;-29;;2;754;;10;;atgf ;0;290;12;29;29;2;12;-30;;0;745;;**;;atgj ;0;300;18;27;30;1;12;-31;;2;CDS 16s;;18;;ggg ;0;310;11;29;31;2;9;-32;;3;909;;**;;acc ;2;320;16;21;32;0;9;-33;;0;387;;7;;cca ;1;330;23;18;33;1;12;-34;;1;117;;6;;gga ;0;340;12;14;34;3;13;-35;;1;416;;5;;aga ;0;350;9;25;35;1;13;-36;;0;570;;26;;aag ;0;360;10;27;36;4;12;-37;;0;16s 23s;;29;;cca ;0;370;13;24;37;1;11;-38;;3;3* 228;;24;;gga ;0;380;12;22;38;1;6;-39;;0;226;;**;;cga ;2;390;8;19;39;2;12;-40;;0;23s 5s;;5;;gta ;0;400;8;22;40;0;11;-41;;0;3* 108;;3;;gac 2;6;reste;172;326;reste;685;1783;-42;;0;93;;4;;ttc 8;30;total;719;2572;total;719;2572;-43;;0;16s 5s;;9;;ggc 6;24;diagr;546;2222;diagr;33;765;-44;1;1;79;;**;;tgc 1;0; t30;18;657;;;;-45;;0;5s CDS;;;; ;;;;;;;;-46;;0;363;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;; ;x;718;7;1;726;;;-49;;0;;;;; ;c;2548;288;24;2860;;;-50;;1;;;;; ;;;;;3586;88;;reste;1;4;;;;; ;;;;;;3674;;total;7;288;;;;; </pre> =====cbc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_autres_intercalaires_aas|cbc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;1307968;1308315;1018;*; ;comp;tRNA;1309334;1309408;419;*;gag fin;comp;CDS;1309828;1312056;;; deb;;CDS;1384971;1385834;103;*; ;comp;tRNA;1385938;1386012;8;*;aac ;comp;rRNA;1386021;1386134;108;*;114 ;comp;rRNA;1386243;1389140;228;*;2898 ;comp;rRNA;1389369;1390866;909;*;1498 deb;comp;CDS;1391776;1392264;732;*; ;comp;tRNA;1392997;1393072;7;*;ttc ;comp;rRNA;1393080;1393193;108;*;114 ;comp;rRNA;1393302;1396199;228;*;2898 ;comp;rRNA;1396428;1397925;387;*;1498 fin;comp;CDS;1398313;1399257;;; deb;comp;CDS;1406658;1408283;389;*; ;comp;tRNA;1408673;1408762;156;*;tcc fin;comp;CDS;1408919;1409365;;; deb;comp;CDS;1411833;1412018;164;*; ;comp;tRNA;1412183;1412259;184;*;agg fin;;CDS;1412444;1412764;;; deb;;CDS;1414541;1415428;35;*; ;comp;tRNA;1415464;1415540;84;*;cgt ;comp;tRNA;1415625;1415715;20;*;agc ;comp;tRNA;1415736;1415826;306;*;tca ;comp;tRNA;1416133;1416223;20;*;agc ;comp;tRNA;1416244;1416334;276;*;tca fin;comp;CDS;1416611;1417891;;; deb;comp;CDS;1425354;1425806;162;*; ;comp;tRNA;1425969;1426044;3;*;gca ;comp;tRNA;1426048;1426124;8;*;atgi ;comp;rRNA;1426133;1426246;79;*;114 ;comp;rRNA;1426326;1427823;117;*;1498 fin;comp;CDS;1427941;1428051;;; deb;;CDS;1694365;1694889;53;*; ;;tRNA;1694943;1695017;170;*;cag fin;;CDS;1695188;1695592;;; deb;comp;CDS;1721086;1722261;318;*; ;comp;tRNA;1722580;1722664;5;*;tac ;comp;tRNA;1722670;1722745;227;*;aca fin;;CDS;1722973;1723695;;; deb;;CDS;1840498;1841406;30;*; ;comp;tRNA;1841437;1841510;80;*;tgc deb;comp;CDS;1841591;1842334;363;*; ;comp;rRNA;1842698;1842811;108;*;114 ;comp;rRNA;1842920;1845817;228;*;2898 ;comp;rRNA;1846046;1847543;416;*;1498 fin;comp;CDS;1847960;1850440;;; deb;;CDS;1889552;1890361;172;*; ;;tRNA;1890534;1890608;17;*;gaa ;;tRNA;1890626;1890701;9;*;gta ;;tRNA;1890711;1890787;4;*;gac ;;tRNA;1890792;1890867;5;*;aca ;;tRNA;1890873;1890947;18;*;gaa ;;tRNA;1890966;1891041;7;*;gta ;;tRNA;1891049;1891125;57;*;gac ;;tRNA;1891183;1891257;17;*;gaa ;;tRNA;1891275;1891350;9;*;gta ;;tRNA;1891360;1891436;4;*;gac ;;tRNA;1891441;1891516;90;*;aca fin;comp;CDS;1891607;1892584;;; deb;comp;CDS;1946711;1948060;92;*; ;comp;tRNA;1948153;1948228;77;*;cca fin;comp;CDS;1948306;1948614;;; deb;;CDS;1968610;1969014;142;*; ;;tRNA;1969157;1969245;4;*;tta ;;tRNA;1969250;1969325;53;*;atgf ;;tRNA;1969379;1969454;10;*;atgf ;;tRNA;1969465;1969541;328;*;atgj fin;;CDS;1969870;1972257;;; deb;;CDS;1985594;1986970;570;*; ;;rRNA;1987541;1989040;226;*;1500 ;;rRNA;1989267;1992166;93;*;2900 ;;rRNA;1992260;1992375;7;*;116 ;;tRNA;1992383;1992457;27;*;aac ;;tRNA;1992485;1992559;187;*;aac fin;;CDS;1992747;1994819;;; deb;;CDS;2012533;2013174;64;*; ;;tRNA;2013239;2013313;18;*;ggg ;;tRNA;2013332;2013407;82;*;acc fin;;CDS;2013490;2014683;;; deb;;CDS;2222077;2222463;51;*; ;;tRNA;2222515;2222590;239;*;tgg fin;;CDS;2222830;2224086;;0; deb;;CDS;2294151;2294621;145;*; ;;tRNA;2294767;2294842;7;*;cca ;;tRNA;2294850;2294923;6;*;gga ;;tRNA;2294930;2295006;5;*;aga ;;tRNA;2295012;2295087;26;*;aag ;;tRNA;2295114;2295189;29;*;cca ;;tRNA;2295219;2295292;24;*;gga ;;tRNA;2295317;2295393;387;*;cga fin;;CDS;2295781;2297040;;; deb;;CDS;2401601;2402491;64;*; ;;tRNA;2402556;2402631;5;*;gta ;;tRNA;2402637;2402713;3;*;gac ;;tRNA;2402717;2402792;4;*;ttc ;;tRNA;2402797;2402871;9;*;ggc ;;tRNA;2402881;2402954;313;*;tgc fin;;CDS;2403268;2403963;;; deb;comp;CDS;2515386;2516873;431;*; ;;tRNA;2517305;2517391;584;*;ttg fin;comp;CDS;2517976;2518125;;; deb;;CDS;2548065;2548610;97;*; ;;tRNA;2548708;2548792;556;*;ctc fin;;CDS;2549349;2549786;;0; deb;;CDS;2580636;2582543;754;*; ;;tRNA;2583298;2583388;745;*;tga fin;;CDS;2584134;2585648;;; </pre> ===cbn=== ====cbn opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_opérons|cbn opérons]] <pre> 28%GC;30.6.19 Paris;16s 10;86;doubles;intercal;aa;avec aa ;Clostridium botulinum BKT015925;;;;;; ;20666..20741;;acg;;;; ;;;;;;; ;36413..36487;;gaa;+;12;12; ;36500..36575;;gta;2 gaa;13;13; ;36589..36665;;gac;2 gta;5;5; ;36671..36746;;aca;2 gac;18;18; ;36765..36839;;gaa;2 aca;12;12; ;36852..36927;;gta;;13;13; ;36941..37017;;gac;;5;5; ;37023..37098;;aca;;;; ;;;;;;; ;137366..137441;;cca;;;; ;;;;;;; ;161964..162052;;tta;+;5;5; ;162058..162133;;atgf;3 tta;5;5; ;162139..162215;;atgj;3 atgf;46;46; ;162262..162350;;tta;2 atgj;5;5; ;162356..162431;;atgf;;30;30; ;162462..162538;;atgj;;46;46; ;162585..162673;;tta;;5;5; ;162679..162754;;atgf;;;; ;;;;;;; ;76258..176332;;aac;;;; ;;;;;;; ;180177..181695;;16s;@5;233;; ;181929..184836;;23s;;45;; ;184882..184956;;aac;+;14;; ;184971..185087;;5s;;7;; ;185095..185169;;aac;2 aac;;; ;;;;;;; ;222409..222484;;acc;;;; ;;;;;;; comp;578417..578492;;cag;;;; ;;;;;;; comp;944747..944833;;ttg;;;; ;;;;;;; ;955546..955630;;ctt;;;; ;;;;;;; ;1026946..1027021;;gta;;17;17;17 ;1027039..1027115;;gac;;14;14;14 ;1027130..1027205;;ttc;;4;4;4 ;1027210..1027284;;ggc;;8;8;8 ;1027293..1027367;;tgc;+;57;57;57 ;1027425..1027499;;tgc;2 tgc;;; ;;;;;;; comp;2030816..2030890;;aac;;45;; comp;2030936..2033842;;23s;;96;; comp;2033939..2034015;;atc;;7;;7 comp;2034023..2034098;;gca;;121;; comp;2034220..2035734;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2283768..2283884;;5s;;95;; comp;2283980..2286886;;23s;;233;; comp;2287120..2288638;;16s;@3;464;; comp;2289103..2289176;;gga;;15;;15 comp;2289192..2289268;;atc;;7;;7 comp;2289276..2289351;;gca;;;; ;;;;;;; comp;2350598..2350674;;cga;+;21;21; comp;2350696..2350769;;gga;4 gga;28;28; comp;2350798..2350873;;aaa;2 aaa;4;4; comp;2350878..2350952;;caa;2 caa;4;4; comp;2350957..2351032;;cac;2 cac;5;5; comp;2351038..2351112;;aag;3 aag;3;3; comp;2351116..2351192;;aga;3 aga;6;6; comp;2351199..2351272;;gga;2 cca;4;4; comp;2351277..2351352;;cca;2 ggc;21;21; comp;2351374..2351449;;aag;;5;5; comp;2351455..2351531;;aga;;5;5; comp;2351537..2351610;;gga;;5;5; comp;2351616..2351690;;ggc;;3;3; comp;2351694..2351777;;cta;;22;22; comp;2351800..2351875;;aaa;;4;4; comp;2351880..2351954;;caa;;4;4; comp;2351959..2352034;;cac;;5;5; comp;2352040..2352115;;aag;;5;5; comp;2352121..2352197;;aga;;5;5; comp;2352203..2352276;;gga;;5;5; comp;2352282..2352356;;ggc;;6;6; comp;2352363..2352438;;cca;;;; ;;;;;;; comp;2432784..2432859;;tgg;;;; ;;;;;;; comp;2454880..2454964;;tac;+;39;39; comp;2455004..2455079;;gta;2 tac;8;8; comp;2455088..2455172;;tac;;4;4; comp;2455177..2455252;;aca;;;; ;;;;;;; comp;2697795..2697911;;5s;@1;31;; comp;2697943..2700847;;23s;;233;; comp;2701081..2702599;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2703946..2704021;;aaa;;311;;311 comp;2704333..2704408;;ttc;;5;; comp;2704414..2704530;;5s;;336;; comp;2704867..2704942;;ttc;;5;; comp;2704948..2705064;;5s;;97;; comp;2705162..2708066;;23s;;233;; comp;2708300..2709814;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2721253..2721328;;aaa;@2;5;; comp;2721334..2721450;;5s;;95;; comp;2721546..2724452;;23s;;233;; comp;2724686..2726203;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2731902..2731976;;gag;;61;;61 comp;2732038..2732112;;caa;;6;;6 comp;2732119..2732195;;aga;;4;;4 comp;2732200..2732273;;gga;;19;;19 comp;2732293..2732376;;cta;;16;;16 comp;2732393..2732467;;gaa;;4;; comp;2732472..2732588;;5s;;97;; comp;2732686..2735592;;23s;@4;94;; comp;2735687..2735763;;atc;;3;; comp;2735767..2735842;;gca;;74;; comp;2735917..2737435;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2742262..2742351;;tcc;;;; ;;;;;;; comp;2743220..2743312;;tcg;;;; ;;;;;;; comp;2743891..2743967;;agg;;;; ;;;;;;; comp;2748534..2748610;;cgt;;144;144; comp;2748755..2748845;;agc;;23;23; comp;2748869..2748959;;tca;+;69;69; comp;2749029..2749119;;tca;2 tca;;; ;;;;;;; comp;2758688..2758763;;gca;;4;;4 comp;2758768..2758844;;atgi;;3;; comp;2758848..2758964;;5s;;73;; comp;2759038..2761942;;23s;;233;; comp;2762176..2763694;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2150504..2150620;;5s;;31;; comp;2150652..2153560;;23s;;233;; comp;2153794..2155308;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2169525..2169641;;5s;;32;; comp;2169674..2172579;;23s;;233;; comp;2172813..2174331;;16s;;;; ;;;;;;; sur plasmide;;;tgg;;;; </pre> ====cbn cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_cumuls|cbn cumuls]] <pre> cbn cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;10;1;0;0 ;16 23 5s 0;3;20;34;9 ;16 gca atc;2;40;7;0 ;16 23 5s a;4;60;3;0 ;max a;8;80;1;1 ;a doubles;1;100;0;0 ;spéciaux;1;120;0;0 ;total aas;22;140;0;0 sans ;opérons;18;160;1;0 ;1 aa;12;180;0;0 ;max a;22;200;0;0 ;a doubles;6;;0;0 ;total aas;64;;46;10 total aas;;86;;; remarques;;5;;; avec jaune;;;moyenne;17; ;;;variance;25; sans jaune;;;moyenne;14;14 ;;;variance;15;17 </pre> ====cbn blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_blocs|cbn blocs]] <pre> cbn blocs;;;;;; 5s;31;31;32;;; 23s;233;233;233;;; 16s;;;;;; ;;;;;ttc;5 ;;;;;5s;336 aaa;5;3;;;ttc;5 5s;95;73;5s;95;5s;97 23s;233;233;23s;233;23s;233 16s;aaa;atgi;16s;464;16s; ;;;gga;15;; 16s;233;;;;; 23s;45;;;;; aac;14;;;;; 5s;7;;;;; aac;;;;;; gaa;4;;;;; 5s;97;aac;45;;; 23s;94;23s;96;;; atc;3;atc;7;;; gca;74;gca;121;;; 16s;;16s;;;; </pre> ====cbn distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_distribution|cbn distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;avant 5s;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;2 aac;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;4-8 aas;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;gag;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;caa;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;aga;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;gga;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga;3;;ata;;aca;;aaa;;aga;;cta;ata;;aca;;aaa;;aga;1 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa;cta;1;cca;;caa;1;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;>1aa;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;3;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgc2;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;tca2;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cbn;;12;;;;;12;;cbn;48;;;;;;48;;cbn;4;;;;;;4;;cbn;;;;6;;;6 </pre> ====cbn données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_données_intercalaires|cbn données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cbn;fx;fc;cbn;fx40;fc40;cbn;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;10;0;1;10;-1;;34;214;206;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;10;172;1;1;37;-2;;0;168;307;124;;gca;12;;gaa ;0;20;3;211;2;1;31;-3;;0;131;106;77;;gca;13;;gta ;0;30;19;147;3;2;13;-4;;28;158;480;tRNA 23s;;;5;;gac ;0;40;24;90;4;2;12;-5;;0;115;435;97;;atc;18;;aca ;0;50;34;60;5;0;17;-6;1;0;275;60;95;;atc;12;;gaa 1;2;60;28;67;6;0;13;-7;;5;140;348;23s tRNA;;;13;;gta ;5;70;26;71;7;1;11;-8;1;30;106;104;2* 48;;aac;5;;gac ;2;80;17;53;8;0;9;-9;1;0;67;255;5s tRNA;;;**;;aca ;1;90;13;59;9;1;10;-10;;6;261;130;7;;aac;5;;tta ;1;100;18;68;10;2;19;-11;2;13;59;;13;;ttc;5;;atgf 2;1;110;12;42;11;0;22;-12;1;0;82;;15;;ttc;46;;atgj ;3;120;16;50;12;0;32;-13;;2;379;;5;;aaa;5;;tta 1;1;130;24;50;13;0;22;-14;;7;265;;4;;gaa;30;;atgf ;2;140;4;50;14;0;22;-15;;0;117;;3;;atgi;46;;atgj ;0;150;12;49;15;0;23;-16;;3;233;;tRNA 5s;;;5;;tta ;1;160;7;45;16;1;20;-17;1;10;199;;336;;ttc;**;;atgf ;1;170;16;48;17;1;16;-18;;0;73;;tRNA tRNA;;intra;17;;gta ;0;180;16;36;18;0;20;-19;;2;295;;7;;gca atc;14;;gac ;1;190;12;42;19;1;14;-20;;7;58;;3;;gca atc;4;;ttc ;1;200;15;31;20;0;20;-21;1;0;324;;tRNA tRNA;;contig;8;;ggc 1;0;210;11;27;21;0;20;-22;;1;183;;311;;aaa;57;;tgc ;1;220;12;29;22;1;17;-23;;2;80;;**;;ttc;**;;tgc ;0;230;11;30;23;3;12;-24;;0;245;;61;;gag;15;;gga ;1;240;15;19;24;1;13;-25;;1;408;;6;;caa;7;;atc ;1;250;14;14;25;1;19;-26;;2;111;;4;;aga;**;;gca 1;0;260;14;16;26;2;10;-27;1;0;64;;19;;gga;21;;cga ;2;270;11;10;27;3;17;-28;;1;69;;16;;cta;28;;gga ;1;280;6;8;28;3;13;-29;;5;65;;**;;gaa;4;;aaa ;0;290;9;10;29;2;12;-30;;0;95;;4;;gca;4;;caa ;1;300;11;21;30;3;14;-31;;1;61;;**;;atgi;5;;cac 1;0;310;4;7;31;2;11;-32;;1;125;;;;;3;;aag ;0;320;5;7;32;2;5;-33;;0;CDS 16s;;;;;6;;aga ;1;330;5;11;33;4;11;-34;;0;453;111;;;;4;;gga ;0;340;11;5;34;0;8;-35;;2;423;;;;;21;;cca 1;0;350;4;9;35;1;6;-36;;0;424;;;;;5;;aag ;0;360;2;12;36;3;8;-37;;0;111;;;;;5;;aga ;0;370;6;8;37;2;11;-38;;0;423;;;;;5;;gga ;1;380;6;7;38;1;8;-39;;0;346;;;;;3;;ggc ;0;390;1;6;39;7;10;-40;;0;393;;;;;22;;cta ;0;400;5;4;40;2;12;-41;;1;402;;;;;4;;aaa 2;1;reste;54;62;reste;485;1143;-42;;0;369;;;;;4;;caa 10;32;total;544;1773;total;542;1773;-43;;0;16s 23s;;;;;5;;cac 8;31;diagr;489;1701;diagr;56;620;-44;;1;8* 237;;;;;5;;aag 0;0; t30;32;530;;;;-45;;0;23s 5s;;;;;5;;aga ;;;;;;;;-46;;1;2* 34;;;;;5;;gga ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;35;;;;;6;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;2* 98;;;;;**;;cca ;x;541;9;1;551;;;-49;;0;2* 100;;;;;39;;tac ;c;1763;167;10;1940;;;-50;;0;76;;;;;8;;gta ;;;;;2491;147;;reste;0;0;5s CDS;;;;;4;;tac ;;;;;;2638;;total;9;167;128;590;;;;**;;aca ;;;;;;;;;;;138;144;;;;144;;cgt ;;;;;;;;;;;;;;;;23;;agc ;;;;;;;;;;;;;;;;69;;tca ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tca </pre> =====cbn autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires_aas|cbn autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbn;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;20118;206;comp; ;tRNA;20666;214;;acg fin;CDS;20956;;; deb;CDS;34861;307;comp; ;tRNA;36413;12;;gaa ;tRNA;36500;13;;gta ;tRNA;36589;5;;gac ;tRNA;36671;18;;aca ;tRNA;36765;12;;gaa ;tRNA;36852;13;;gta ;tRNA;36941;5;;gac ;tRNA;37023;106;;aca fin;CDS;37205;;comp; deb;CDS;135851;168;comp; ;tRNA;137366;131;comp;cca fin;CDS;137573;;comp; deb;CDS;161395;158;; ;tRNA;161964;5;;tta ;tRNA;162058;5;;atgf ;tRNA;162139;46;;atgj ;tRNA;162262;5;;tta ;tRNA;162356;30;;atgf ;tRNA;162462;46;;atgj ;tRNA;162585;5;;tta ;tRNA;162679;480;;atgf fin;CDS;163235;;comp; deb;CDS;174610;115;; ;tRNA;176258;275;;aac fin;CDS;176608;;; deb;CDS;178351;453;; ;rRNA;180181;237;;16s ;rRNA;181930;48;;23s ;tRNA;184882;14;;aac ;rRNA;184971;7;;5s ;tRNA;185095;435;;aac fin;CDS;185605;;comp; deb;CDS;221558;140;; ;tRNA;222409;106;;aac fin;CDS;222591;;; deb;CDS;577193;60;; ;tRNA;578417;67;comp;cag fin;CDS;578560;;comp; deb;CDS;943937;261;comp; ;tRNA;944747;348;comp;ttg fin;CDS;945182;;; deb;CDS;954881;59;; ;tRNA;955546;82;;ctt fin;CDS;955713;;; deb;CDS;1025682;379;; ;tRNA;1026946;17;;gta ;tRNA;1027039;14;;gac ;tRNA;1027130;4;;ttc ;tRNA;1027210;8;;ggc ;tRNA;1027293;57;;tgc ;tRNA;1027425;265;;tgc fin;CDS;1027765;;; deb;CDS;1679540;6;; ;gene;1680008;128;comp; fin;CDS;1681704;;comp; deb;CDS;1865810;45;; ;gene;1866395;88;; fin;CDS;1867620;;comp; deb;CDS;2029941;104;; ;tRNA;2030816;48;comp;aac ;rRNA;2030939;97;comp;23s ;tRNA;2033939;7;comp;atc ;tRNA;2034023;124;comp;gca ;rRNA;2034223;423;comp;16s fin;CDS;2036154;;comp; deb;CDS;2149914;128;comp; ;rRNA;2150504;34;comp;5s ;rRNA;2150655;237;comp;23s ;rRNA;2153797;424;comp;16s fin;CDS;2155729;;comp; deb;CDS;2168490;590;; ;rRNA;2169533;35;comp;5s ;rRNA;2169677;237;comp;23s ;rRNA;2172816;111;comp;16s fin;CDS;2174439;;; deb;CDS;2281037;144;; ;rRNA;2283779;98;comp;5s ;rRNA;2283983;237;comp;23s ;rRNA;2287123;111;comp;16s deb;CDS;2288746;117;comp; ;tRNA;2289103;15;comp;gga ;tRNA;2289192;7;comp;atc ;tRNA;2289276;233;comp;gca fin;CDS;2289585;;comp; deb;CDS;2349136;199;comp; ;tRNA;2350598;21;comp;cga ;tRNA;2350696;28;comp;gga ;tRNA;2350798;4;comp;aaa ;tRNA;2350878;4;comp;caa ;tRNA;2350957;5;comp;cac ;tRNA;2351038;3;comp;aag ;tRNA;2351116;6;comp;aga ;tRNA;2351199;4;comp;gga ;tRNA;2351277;21;comp;cca ;tRNA;2351374;5;comp;aag ;tRNA;2351455;5;comp;aga ;tRNA;2351537;5;comp;gga ;tRNA;2351616;3;comp;ggc ;tRNA;2351694;22;comp;cta ;tRNA;2351800;4;comp;aaa ;tRNA;2351880;4;comp;caa ;tRNA;2351959;5;comp;cac ;tRNA;2352040;5;comp;aag ;tRNA;2352121;5;comp;aga ;tRNA;2352203;5;comp;gga ;tRNA;2352282;6;comp;ggc ;tRNA;2352363;73;comp;cca fin;CDS;2352512;;comp; deb;CDS;2430767;295;comp; ;tRNA;2432784;58;comp;tgg fin;CDS;2432918;;comp; deb;CDS;2453380;324;comp; ;tRNA;2454880;39;comp;tac ;tRNA;2455004;8;comp;gta ;tRNA;2455088;4;comp;tac ;tRNA;2455177;255;comp;aca fin;CDS;2455508;;; deb;CDS;2696774;138;comp; ;rRNA;2697803;34;comp;5s ;rRNA;2697946;237;comp;23s ;rRNA;2701084;423;comp;16s deb;CDS;2703019;183;comp; ;tRNA;2703946;311;comp;aaa ;tRNA;2704333;13;comp;ttc ;rRNA;2704422;336;comp;5s ;tRNA;2704867;15;comp;ttc ;rRNA;2704958;100;comp;5s ;rRNA;2705165;237;comp;23s ;rRNA;2708303;346;comp;16s fin;CDS;2710157;;comp; deb;CDS;2720030;80;comp; ;tRNA;2721253;5;comp;aaa ;rRNA;2721334;98;comp;5s ;rRNA;2721549;237;comp;23s ;rRNA;2724689;393;comp;16s fin;CDS;2726593;;comp; deb;CDS;2730964;245;comp; ;tRNA;2731902;61;comp;gag ;tRNA;2732038;6;comp;caa ;tRNA;2732119;4;comp;aga ;tRNA;2732200;19;comp;gga ;tRNA;2732293;16;comp;cta ;tRNA;2732393;4;comp;gaa ;rRNA;2732472;100;comp;5s ;rRNA;2732689;95;comp;23s ;tRNA;2735687;3;comp;atc ;tRNA;2735767;77;comp;gca ;rRNA;2735920;402;comp;16s fin;CDS;2737834;;comp; deb;CDS;2740228;408;comp; ;tRNA;2742262;111;comp;tcc deb;CDS;2742463;64;comp; ;tRNA;2743220;69;comp;tcg deb;CDS;2743382;65;comp; ;tRNA;2743891;130;comp;agg fin;CDS;2744098;;; deb;CDS;2746633;95;comp; ;tRNA;2748534;144;comp;cgt ;tRNA;2748755;23;comp;agc ;tRNA;2748869;69;comp;tca ;tRNA;2749029;61;comp;tca fin;CDS;2749181;;comp; deb;CDS;2758098;125;comp; ;tRNA;2758688;4;comp;gca ;tRNA;2758768;3;comp;atgi ;rRNA;2758848;76;comp;5s ;rRNA;2759041;237;comp;23s ;rRNA;2762179;369;comp;16s fin;CDS;2764060;;comp; </pre> ====cbn intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_entre_cds|cbn intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> cbn;2.2.21 Paris;;cbn 31.1.14;;;;;;; cbn;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;176;7.1;'''négatif ;-11;10;-1 à -47;'''2 773 157;-1;176 ;'''zéro;11;0.4;;;;;'''intercals;0;11 ;'''1 à 200;1767;70.9;'''0 à 200;71;60;;'''313 764;5;116 ;'''201 à 370;394;15.8;'''201 à 370;266;48;;'''11.3%;10;66 ;'''371 à 600;117;4.7;'''371 à 600;464;65;;;15;121 ;'''601 à max;26;1.0;'''601 à 1028;810;204;;;20;93 ;'''total 2491;<201;78.4;'''total 2491;125;141;-47 à 1443;;25;87 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;79 624731;1443;-1;176;-70;0;;0;11;35;50 834812;1270;0;11;-60;0;;-1;°34;40;64 1909773;1149;1;°38;-50;0;;-2;0;45;44 1395656;1025;2;°32;-40;4;;-3;0;50;50 1366434;952;3;15;-30;4;'''min à -1;-4;°28;55;60 2662601;856;4;14;-20;21;176;-5;0;60;35 1385645;836;5;°17;-10;47;7.1%;-6;1;65;56 754437;826;6;13;0;111;;-7;5;70;41 1803918;777;7;12;10;182;;-8;°31;75;32 1826878;759;8;9;20;214;;-9;1;80;38 1307165;753;9;11;30;166;;-10;6;85;35 627889;751;10;°21;40;114;'''1 à 100;-11;°15;90;37 1388755;748;11;22;50;94;1190;-12;1;95;40 2579132;747;12;°32;60;95;47.8%;-13;2;100;46 1789056;745;13;22;70;97;;-14;°7;105;28 1830367;730;14;22;80;70;;-15;0;110;26 841754;723;15;°23;90;72;;-16;3;115;35 1855513;710;16;21;100;86;;-17;°11;120;31 2136552;703;17;17;110;54;;-18;0;125;41 390878;696;18;°20;120;66;;-19;2;130;33 943107;680;19;15;130;74;;-20;°7;135;25 2674137;655;20;20;140;54;;-21;1;140;29 1095841;652;21;°20;150;61;;-22;1;145;30 2644575;626;22;18;160;52;;-23;°2;150;31 261153;625;23;15;170;64;'''1 à 200;-24;0;155;21 1887215;619;24;14;180;52;1767;-25;1;160;31 2676061;600;25;°20;190;54;70.9%;-26;°2;5;34 2443011;582;26;12;200;46;;-27;1;170;30 1811650;581;27;°20;210;38;;-28;1;175;27 1933429;576;28;16;220;41;;-29;°5;180;25 1797999;574;29;14;230;41;;-30;0;185;23 2550424;574;30;°17;240;34;;-31;1;190;31 2050753;573;31;13;250;28;;-32;1;195;23 923904;572;32;7;260;30;'''0 à 200;;181;200;23 313619;570;33;°15;270;21;1778;reste;6;205;19 1471664;569;34;8;280;14;;total;187;210;19 1133306;567;35;7;290;19;;;;215;17 262285;563;36;11;300;32;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;24 ;;37;°13;310;11;;600;2465;225;25 ;;38;9;320;12;;620;1;230;16 ;;39;°17;330;16;;640;2;235;17 ;;40;14;340;16;'''201 à 370;660;2;240;17 ;;reste;1628;350;13;394;680;1;245;15 ;;total;2491;360;14;15.8%;700;1;250;13 ;;;;370;14;;720;2;255;15 ;;;;380;13;;740;2;260;15 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;7;;760;6;265;10 1144166;-47;shift 2;1795;400;9;;780;1;270;11 369225;-46;shift 2;3395;410;5;;800;0;275;9 1579583;-44;shift 2;487;420;6;;820;0;280;5 430053;-41;;;430;3;;840;2;285;9 1494403;-35;;;440;2;;860;1;290;10 1957540;-35;;;450;8;;880;0;295;15 733250;-32;;;460;6;;900;0;300;17 271633;-31;;;470;5;;920;0;305;6 913392;-29;;;480;5;;940;0;310;5 1503608;-29;;;490;6;;960;1;315;9 1620962;-29;;;500;7;;980;0;320;3 1725747;-29;;;510;6;;1000;0;325;13 1823162;-29;;;520;1;;1020;0;330;3 2449289;-28;;;530;1;'''371 à 600;1040;1;335;5 1086603;-27;;;540;11;117;1060;0;340;11 783920;-26;;;550;2;4.7%;1080;0;345;4 2471206;-26;;;560;2;;1100;0;350;9 2107067;-25;;;570;4;'''601 à max;1120;0;355;10 292336;-23;;;580;5;26;1140;0;360;4 2553714;-23;;;590;2;1.0%;1160;1;365;8 2686151;-22;;;600;1;;;24;370;6 1577865;-21;;;reste;26;;reste;2;reste;143 500363;-20;;;total;2491;;total;2491;total;2491 </pre> ====cbn intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cbn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; cbn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;15;-107;126;33;450;238;max50;&-50;394;-1048;106;855;263;min50 31 à 400;;;;;;;;&8.8;-32;-123;49;932;121;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;86;43;-;424;dte;26;tf;&184;63;-;652;poly;203;SF 31 à 400;;;-;;;;;&120;45;-;891;dte;41;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.731;0.543;0.505;;;;;-0.382;;;;;; 1-n;0.271;-0.222;-0.114;;;;;;;;;14.8.21 paris;; cbn;fx;fc;;cbn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbn;Sx-;Sc- 0;1;10;;0;2;6;0;1;10;>0;543;-1;0;34 10;10;172;;10;20;101;1;1;37;<0;9;-2;0;0 20;3;211;;20;6;124;2;1;31;zéro;1;-3;0;0 30;19;147;;30;39;86;3;2;13;total;553;-4;0;28 40;24;90;;40;49;53;4;2;12;;c;-5;0;0 50;34;60;;50;70;35;5;0;17;>0;1763;-6;1;0 60;28;67;;60;57;39;6;0;13;<0;167;-7;0;5 70;26;71;;70;53;42;7;1;11;zéro;10;-8;1;30 80;17;53;;80;35;31;8;0;9;total;1940;-9;1;0 90;13;59;;90;27;35;9;1;10;;;-10;0;6 100;18;68;;100;37;40;10;2;19;total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reste;54;62;;;;;reste;487;1143;;;-42;0;0 total;544;1773;;t30;65;312;total;544;1773;;;-43;0;0 diagr;489;1701;;;;;diagr;56;620;;;-44;0;1 - t30;457;1171;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;0;0 ;;;;;;;;;;;;total;9;167 </pre> ====cbn intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_négatifs_S-|cbn intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;;;1;;;1;;2;1;;;;;1;;;;1;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;0;8 continu;34;0;0;28;0;0;5;31;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;168 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;0;0;1;0;1;1;0;2;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9 ;Sc-;34;0;0;28;0;0;5;30;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;167 </pre> ====cbn autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires|cbn autres intercalaires]] <pre> deb;°CDS;20118;206;comp;;deb;°CDS;1865810;45;;;deb;°CDS;2453380;324;comp ;&tRNA;20666;214;;;;gene;1866395;88;;;;&tRNA;2454880;39;comp fin;°CDS;20956;;;;fin;°CDS;1867620;;comp;;;&tRNA;2455004;8;comp deb;°CDS;34861;307;comp;;deb;°CDS;2029941;104;;;;&tRNA;2455088;4;comp ;&tRNA;36413;12;;;;&tRNA;2030816;48;comp;;;&tRNA;2455177;255;comp ;&tRNA;36500;13;;;;$rRNA;2030939;97;comp;;fin;°CDS;2455508;; ;&tRNA;36589;5;;;;&tRNA;2033939;7;comp;;deb;°CDS;2696774;138;comp ;&tRNA;36671;18;;;;&tRNA;2034023;124;comp;;;$rRNA;2697803;34;comp ;&tRNA;36765;12;;;;$rRNA;2034223;423;comp;;;$rRNA;2697946;237;comp ;&tRNA;36852;13;;;fin;°CDS;2036154;;comp;;;$rRNA;2701084;423;comp ;&tRNA;36941;5;;;deb;°CDS;2149914;128;comp;;deb;°CDS;2703019;183;comp ;&tRNA;37023;106;;;;$rRNA;2150504;34;comp;;;&tRNA;2703946;311;comp fin;°CDS;37205;;comp;;;$rRNA;2150655;237;comp;;;&tRNA;2704333;13;comp deb;°CDS;135851;168;comp;;;$rRNA;2153797;424;comp;;;$rRNA;2704422;336;comp ;&tRNA;137366;131;comp;;fin;°CDS;2155729;;comp;;;&tRNA;2704867;15;comp fin;°CDS;137573;;comp;;deb;°CDS;2168490;590;;;;$rRNA;2704958;100;comp deb;°CDS;161395;158;;;;$rRNA;2169533;35;comp;;;$rRNA;2705165;237;comp ;&tRNA;161964;5;;;;$rRNA;2169677;237;comp;;;$rRNA;2708303;346;comp ;&tRNA;162058;5;;;;$rRNA;2172816;111;comp;;fin;°CDS;2710157;;comp ;&tRNA;162139;46;;;fin;°CDS;2174439;;;;deb;°CDS;2720030;80;comp ;&tRNA;162262;5;;;deb;°CDS;2281037;144;;;;&tRNA;2721253;5;comp ;&tRNA;162356;30;;;;$rRNA;2283779;98;comp;;;$rRNA;2721334;98;comp ;&tRNA;162462;46;;;;$rRNA;2283983;237;comp;;;$rRNA;2721549;237;comp ;&tRNA;162585;5;;;;$rRNA;2287123;111;comp;;;$rRNA;2724689;393;comp ;&tRNA;162679;480;;;deb;°CDS;2288746;117;comp;;fin;°CDS;2726593;;comp fin;°CDS;163235;;comp;;;&tRNA;2289103;15;comp;;deb;°CDS;2730964;245;comp deb;°CDS;174610;115;;;;&tRNA;2289192;7;comp;;;&tRNA;2731902;61;comp ;&tRNA;176258;275;;;;&tRNA;2289276;233;comp;;;&tRNA;2732038;6;comp fin;°CDS;176608;;;;fin;°CDS;2289585;;comp;;;&tRNA;2732119;4;comp deb;°CDS;178351;453;;;deb;°CDS;2349136;199;comp;;;&tRNA;2732200;19;comp ;$rRNA;180181;237;;;;&tRNA;2350598;21;comp;;;&tRNA;2732293;16;comp ;$rRNA;181930;48;;;;&tRNA;2350696;28;comp;;;&tRNA;2732393;4;comp ;&tRNA;184882;14;;;;&tRNA;2350798;4;comp;;;$rRNA;2732472;100;comp ;$rRNA;184971;7;;;;&tRNA;2350878;4;comp;;;$rRNA;2732689;95;comp ;&tRNA;185095;435;;;;&tRNA;2350957;5;comp;;;&tRNA;2735687;3;comp fin;°CDS;185605;;comp;;;&tRNA;2351038;3;comp;;;&tRNA;2735767;77;comp deb;°CDS;221558;140;;;;&tRNA;2351116;6;comp;;;$rRNA;2735920;402;comp ;&tRNA;222409;106;;;;&tRNA;2351199;4;comp;;fin;°CDS;2737834;;comp fin;°CDS;222591;;;;;&tRNA;2351277;21;comp;;deb;°CDS;2740228;408;comp deb;°CDS;577193;60;;;;&tRNA;2351374;5;comp;;;&tRNA;2742262;111;comp ;&tRNA;578417;67;comp;;;&tRNA;2351455;5;comp;;deb;°CDS;2742463;64;comp fin;°CDS;578560;;comp;;;&tRNA;2351537;5;comp;;;&tRNA;2743220;69;comp deb;°CDS;943937;261;comp;;;&tRNA;2351616;3;comp;;deb;°CDS;2743382;65;comp ;&tRNA;944747;348;comp;;;&tRNA;2351694;22;comp;;;&tRNA;2743891;130;comp fin;°CDS;945182;;;;;&tRNA;2351800;4;comp;;fin;°CDS;2744098;; deb;°CDS;954881;59;;;;&tRNA;2351880;4;comp;;deb;°CDS;2746633;95;comp ;&tRNA;955546;82;;;;&tRNA;2351959;5;comp;;;&tRNA;2748534;144;comp fin;°CDS;955713;;;;;&tRNA;2352040;5;comp;;;&tRNA;2748755;23;comp deb;°CDS;1025682;379;;;;&tRNA;2352121;5;comp;;;&tRNA;2748869;69;comp ;&tRNA;1026946;17;;;;&tRNA;2352203;5;comp;;;&tRNA;2749029;61;comp ;&tRNA;1027039;14;;;;&tRNA;2352282;6;comp;;fin;°CDS;2749181;;comp ;&tRNA;1027130;4;;;;&tRNA;2352363;73;comp;;deb;°CDS;2758098;125;comp ;&tRNA;1027210;8;;;fin;°CDS;2352512;;comp;;;&tRNA;2758688;4;comp ;&tRNA;1027293;57;;;deb;°CDS;2430767;295;comp;;;&tRNA;2758768;3;comp ;&tRNA;1027425;265;;;;&tRNA;2432784;58;comp;;;$rRNA;2758848;76;comp fin;°CDS;1027765;;;;fin;°CDS;2432918;;comp;;;$rRNA;2759041;237;comp deb;°CDS;1679540;6;;;;;;;;;;$rRNA;2762179;369;comp ;gene;1680008;128;comp;;;;;;;;fin;°CDS;2764060;;comp fin;°CDS;1681704;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====cbn intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_tRNA-cds|cbn intercalaires tRNA-cds]] <pre> cbn;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls comp’;206;;214;;59;58;; comp’;307;comp’;106;;64;61;'''deb; ;168;;131;;65;67;<201;12 ;158;comp’;480;;80;69;total;18 ;115;;275;;98;73;taux;67% ;;comp’;435;;115;82;; ;140;;106;;125;106;'''fin; comp’;60;;67;;140;111;<201;9 ;261;comp’;348;;158;131;total;12 ;59;;82;;168;214;taux;75% ;379;;265;;183;265;; comp’;104;;;;199;275;'''total; ;199;;73;;245;;<201;21 ;295;;58;;261;;total;30 ;324;comp’;255;;295;;taux;70% ;183;;;;324;;; ;80;;;;379;;; ;245;;;;408;;'''comp’;'''cumuls ;408;;111;;60;106;'''deb;2 ;64;;69;;104;130;;4 ;65;comp’;130;;206;255;'''fin;2 ;98;;61;;307;348;;6 ;125;;;;'''-;435;'''total; ;;;;;'''-;480;<201;4 ;;;;;;;total;10 ;;;;;;;taux;40% ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;; ;<201;14;11;25;;;; ;total;22;18;40;;;; ;taux;64%;61%;63%;;;; </pre> ===cle=== ====cle opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_opérons|cle opérons]] <pre> 34.3%GC;30.6.19 Paris;16s 11;104;doubles;intercalaires;; ;Clostridium lentocellum DSM 5427;;;;;; ;10157..10246;;agc;@1;202;; ;10449..11981;;16s;;72;; ;12054..12171;;5s;;4;; ;12176..12248;;gca;;262;; ;12511..15414;;23s;;55;; ;15470..15543;;gac;;61;;61 ;15605..15677;;gta;;7;;7 ;15685..15757;;aca;;34;;34 ;15792..15872;;tac;;12;;12 ;15885..15961;;atgj;;3;;3 ;15965..16040;;ttc;;3;;3 ;16044..16116;;aaa;;;; ;;;;;30118;; ;46235..47767;;16s;@3;21284;; ;;;;;;; ;69052..71964;;23s;;;; ;;;;;4873;; ;76838..78371;;16s;;72;; ;78444..78561;;5s;;5;; ;78567..78639;;gca;;282;; ;78922..81829;;23s;;;; ;;;;;904;; ;82734..82851;;5s;;4;; ;82856..82928;;ggc;;;; ;;;;;1463;; ;84392..85929;;16s;;72;; ;86002..86119;;5s;;4;; ;86124..86196;;gca;;280;; ;86477..89386;;23s;;;; ;;;;;7380;; ;96767..96884;;5s;;89;; ;96974..97047;;ggc;;;; ;;;;;5082;; ;102130..102204;;cag;;;; ;;;;;;; ;104716..104799;;tta;;13;13; ;104813..104898;;tca;;;; ;;;;;;; ;141499..143034;;16s;;138;; ;143173..143290;;5s;;7;; ;143298..143374;;atc; ;258;; ;143633..146538;;23s;;;; ;;;;;;; ;150968..151085;;5s;@4;4;; ;151090..151161;;gaa;;457;; ;151619..153160;;16s;;605;; ;153766..156671;;23s;;475;; ;157147..157219;;aaa;;9;;9 ;157229..157299;;gga;;6;;6 ;157306..157379;;aga;;;; ;;;;;4223;; ;161603..161720;;5s;;4;; ;161725..161797;;ggc;;;; ;;;;;11104;; ;172902..172973;;gaa;;23;23; ;172997..173071;;cca;;45;45; ;173117..173189;;aaa;;11;11; ;173201..173274;;gac;;56;56; ;173331..173403;;gta;;7;7; ;173411..173494;;tta;;187;187; ;173682..173754;;aca;;26;26; ;173781..173861;;tac;;10;10; ;173872..173948;;atgj;;31;31; ;173980..174052;;ttc;;;; ;;;;;248498;; ;422551..424086;;16s;;;; ;;;;;113898;; ;537985..540890;;23s;;;; ;;;;;25153;; ;566044..566117;;cac;;23;23; ;566141..566212;;caa;;32;32; ;566245..566330;;tca;;;; ;;;;;;; ;571984..573519;;16s;;72;; ;573592..573709;;5s;;4;; ;573714..573786;;gca;;282;; ;574069..576975;;23s;;;; ;;;;;25302;; ;602278..603812;;16s;;137;; ;603950..604067;;5s;;;; ;;;;;11014;; ;615082..617987;;23s;;;; ;;;;;21159;; ;639147..639362;;16s°;@5;;; ;;;;;98139;; ;737502..737619;;5s;;4;; ;737624..737696;;ggc;;;; ;;;;;3291;; ;740988..741058;;gga;;;; ;;;;;;; ;759839..759920;;cta;;;; ;;;;;;; ;911999..912083;;ctt;+;148;148; ;912232..912316;;ctt;2 ctt;;; ;;;;;;; ;1035192..1035265;;cga;;;; ;;;;;;; ;1061152..1061225;;agg;;;; ;;;;;;; comp;1136376..1136448;;ccc;;;; ;;;;;;; ;1229184..1230718;;16s;@2;72;; ;1230791..1230908;;5s;;7;; ;1230916..1230989;;atc;;53;;53 ;1231043..1231115;;gca;;261;; ;1231377..1234282;;23s;;110;; ;1234393..1234464;;aac;+;9;;9 ;1234474..1234545;;gaa;2 tgc ;6;;6 ;1234552..1234622;;tgc;2 aac;23;;23 ;1234646..1234717;;aac;;58;;58 ;1234776..1234846;;tgc;;;; ;;;;;;; ;1280211..1280283;;atgf;;;; ;;;;;;; ;1283250..1283320;;gga;+;5;5; ;1283326..1283399;;aga;2 gga;5;5; ;1283405..1283478;;cac;2 aga;31;31; ;1283510..1283581;;caa;2 caa;23;23; ;1283605..1283677;;aaa;;30;30; ;1283708..1283792;;cta;;23;23; ;1283816..1283886;;gga;;5;5; ;1283892..1283965;;aga;;6;6; ;1283972..1284043;;caa;;;; ;;;;;;; ;1299560..1299632;;ggc;;4;4; ;1299637..1299711;;cca;;;; ;;;;;;; ;1346208..1346290;;ctg;;;; ;;;;;;; ;1363346..1363428;;ctg;;;; ;;;;;;; ;1515234..1515305;;gaa;;62;62; ;1515368..1515442;;cca;;22;22; ;1515465..1515537;;aaa;;;; ;;;;;;; ;1597292..1597364;;acg;;;; ;;;;;;; ;1611976..1612042;;acg;;;; ;;;;;;; ;2065352..2065425;;ata;;;; ;;;;;;; comp;2090478..2090550;;acc;;;; ;;;;;;; ;2394421..2394501;;tac;;3;3; ;2394505..2394577;;ttc;;;; ;;;;;;; ;2592342..2592422;;ttg;;;; ;;;;;;; ;2606024..2606104;;ttg;;;; ;;;;;;; comp;2737232..2737304;;gcc;;;; ;;;;;;; comp;2798802..2798874;;aag;;;; ;;;;;;; comp;2881571..2881642;;gag;;;; ;;;;;;; comp;3215471..3215545;;cca;;;; ;;;;;;; comp;3252582..3252655;;atgj;;7;7; comp;3252663..3252735;;gta;;4;4; comp;3252740..3252813;;gac;;10;10; comp;3252824..3252896;;tgg;;20;20; comp;3252917..3252988;;aac;;;; ;;;;;683;; comp;3253672..3253748;;atgj;;7;;7 comp;3253756..3253828;;gta;;9;;9 comp;3253838..3253910;;tgg;;18;;18 comp;3253929..3254000;;aac;;60;; comp;3254061..3256967;;23s;;;; ;;;;;362637;; comp;3619605..3619677;;aca;+;4;;4 comp;3619682..3619755;;cgt;2 cgt;50;;50 comp;3619806..3619879;;cgt;2 aca;27;;27 comp;3619907..3619990;;tta;;3;;3 comp;3619994..3620069;;gta;;47;;47 comp;3620117..3620190;;gac;;22;;22 comp;3620213..3620289;;atgi;;23;;23 comp;3620313..3620385;;aca;;14;;14 comp;3620400..3620471;;gaa;;9;;9 comp;3620481..3620552;;aac;;110;; comp;3620663..3623568;;23s;;261;; comp;3623830..3623902;;gca;;53;;53 comp;3623956..3624029;;atc;;7;; comp;3624037..3624154;;5s;;72;; comp;3624227..3625761;;16s;;149;; comp;3625911..3625999;;tcc;;33;;33 comp;3626033..3626118;;tca;;;; ;;;;;;; comp;3714637..3714709;;gta;;1;1; comp;3714711..3714787;;atgj;;;; </pre> ====cle cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_cumuls|cle cumuls]] <pre> cle cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;19;1;1;0 ;16 5 aa 23;5;20;14;15 ;16 5 atc gca;2;40;10;6 ;solo;11;60;2;5 ;max a;14;80;1;1 ;a doubles;2;100;0;0 ;indéterminé;1;120;0;0 ;total aas;46;140;0;0 sans ;opérons;29;160;1;0 ;1 aa;19;180;0;0 ;max a;10;200;1;0 ;a doubles;2;;0;0 ;total aas;59;;30;27 total aas;;105;;; remarques;;5;;; avec jaune;;;moyenne;29; ;;;variance;41; sans jaune;;;moyenne;19;22 ;;;variance;16;19 </pre> ====cle blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_blocs|cle blocs]] <pre> cle blocs;;; Solitaires;;; 16s;*2;16s°;@5 ;;; 23s;*3;; ;;; 5s;3*4;89; ggc;;; ;;; aac;60;; 23s;;; ;;; 16s;137;; 5s;;; ;;; 16s;72;72;72 5s;5;4;4 gca;282;280;282 23s;;; ;;; ;;agc;202 16s;138;16s;72 5s;7;5s;4 atc;258;gca;262 23s;;23s;55 ;;gac;61 ;;; ;;; ;;aac;110 16s;72;23s;261 5s;7;gca;53 atc;53;atc;7 gca;261;5s;72 23s;110;16s;149 aac;9;tcc;33 ;;; ;;; 5s;4;;@4 gaa;457;; 16s;605;; 23s;475;; aaa;9;; </pre> ====cle distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_distribution|cle distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;après 16s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;1-3;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;(atcgca)2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;aaa;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gca4;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aga;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;atc1;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;gga;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;4;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;16s5saa23s;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;4 ggc;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;gaa;tta;1;tca;;taa;;tga; ata;1;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;1;;cta;1;cca;3;caa;3;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;cgt2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;3;gca;;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;ctt2;gta;3;gca;;gaa;2;gga; ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;2;aag;1;agg;1;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;16s5saa23s;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cle;;19;;;;;19;;cle;38;;;;;;38;;cle;2;;;;;;2;;cle;;;;26;3;9;26 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;8 1-3aas;;; </pre> ====cle données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_données_intercalaires|cle données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cle;fx;fc;cle;fx40;fc40;cle;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;35;0;0;35;-1;0;78;421;212;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;; ;0;10;9;278;1;0;56;-2;0;0;121;409;437;347;;61;;gac;13;;tta ;0;20;6;387;2;0;50;-3;0;0;275;214;643;;;7;;gta;**;;tca ;1;30;5;213;3;0;36;-4;8;107;757;50;302;;;34;;aca;23;;gaa ;0;40;12;144;4;2;24;-5;0;1;262;622;325;;;12;;tac;45;;cca 1;1;50;21;85;5;2;20;-6;1;0;487;66;602;;;3;;atgj;11;;aaa ;1;60;27;93;6;1;8;-7;0;10;207;224;331;;;3;;ttc;56;;gac 1;1;70;20;88;7;1;7;-8;1;72;92;142;323;;;**;;aaa;7;;gta ;1;80;37;104;8;2;12;-9;0;0;289;264;16s CDS;;;9;;aaa;187;;tta 1;0;90;35;84;9;1;30;-10;0;5;489;142;695;228;;6;;gga;26;;aca ;4;100;29;82;10;0;35;-11;1;41;125;405;16s 5s;;;**;;aga;10;;tac ;1;110;24;80;11;2;55;-12;0;0;322;227;6* 79;;;9;;aac;31;;atgj ;3;120;17;65;12;0;64;-13;1;7;121;454;146;;;6;;gaa;**;;ttc 1;5;130;26;79;13;2;39;-14;1;28;342;139;144;;;23;;tgc;23;;cac 1;1;140;21;63;14;0;32;-15;1;0;44;445;16s 23s;;;58;;aac;32;;caa 3;2;150;21;79;15;1;42;-16;1;2;61;195;613;;;**;;tgc;**;;tca 1;1;160;31;72;16;0;37;-17;0;12;231;154;CDS 5s;;;7;;atgj;148;;ctt ;0;170;26;55;17;0;36;-18;0;0;132;201;335;228;;9;;gta;**;;ctt ;2;180;21;50;18;1;28;-19;0;2;75;527;;343;;18;;tgg;5;;gga ;0;190;39;58;19;0;34;-20;1;14;125;409;;184;;**;;aac;5;;aga 1;1;200;22;50;20;0;20;-21;0;0;112;149;;301;;4;;aca;31;;cac 1;2;210;24;48;21;0;25;-22;1;2;91;87;5s CDS;;;50;;cgt;23;;caa 2;1;220;20;42;22;0;21;-23;0;8;53;125;301;;;27;;cgt;30;;aaa 2;1;230;25;28;23;0;24;-24;0;0;124;;tRNA 16s;;;6;;tta;26;;cta ;2;240;13;30;24;0;24;-25;0;5;473;;204;;agc;47;;gta;5;;gga ;1;250;17;32;25;2;18;-26;1;9;141;;459;;gaa;25;;gac;6;;aga ;0;260;15;41;26;0;18;-27;0;0;174;;151;;tcc;23;;atgi;**;;caa 1;2;270;17;35;27;1;31;-28;0;1;198;;23s tRNA;;;14;;aca;4;;ggc ;1;280;14;26;28;0;18;-29;0;8;101;;56;;gac;9;;gaa;**;;cca ;1;290;14;22;29;0;16;-30;0;0;238;;476;;aaa;**;;aac;62;;gaa ;0;300;14;29;30;2;18;-31;0;1;29;;2* 111;;aac;33;;tcc;22;;cca ;1;310;10;21;31;3;21;-32;2;8;93;;61;;aac;**;;tca;**;;aaa ;0;320;8;20;32;2;26;-33;0;0;223;;tRNA 23s;;;;;;3;;tac ;2;330;5;7;33;0;10;-34;0;1;112;;263;;gca;;;;**;;ttc ;0;340;11;14;34;2;7;-35;0;2;95;;2* 283;;gca;;;;7;;atgj ;1;350;4;12;35;2;9;-36;0;0;155;;284;;gca;;;;4;;gta ;0;360;10;22;36;1;13;-37;0;0;523;;262;;atc;;;;10;;gac ;0;370;6;14;37;1;19;-38;0;2;178;;2* 262;;gca;;;;20;;tgg ;0;380;10;9;38;1;15;-39;0;0;141;;5s tRNA;;;;;;**;;aac ;0;390;4;13;39;0;13;-40;0;0;116;;3* 4;;gca;;;;4;;gta ;0;400;6;6;40;0;11;-41;0;2;212;;5;;gca;;;;**;;atgj 7;6;reste;83;185;reste;747;1843;-42;0;0;209;;89;;ggc;;;;;; 23;46;total;779;2900;total;779;2900;-43;0;0;329;;3* 7;;atc;;;;;; 16;40;diagr;696;2680;diagr;32;1022;-44;1;0;267;;4;;gaa;;;;;; 0;1; t30;20;878;;;;-45;0;0;249;;3* 4;;ggc;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;310;;tRNA tRNA;;intra;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;2* 53;;atc;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;**;;gca;;;;;; ;x;779;21;0;800;;;-49;0;0;;;;;;;;;;; ;c;2865;441;35;3341;;;-50;0;1;;;;;;;;;;; ;;;;;4141;273;;reste;0;10;;;;;;;;;;; ;;;;;;4414;;total;21;441;;;;;;;;;;; </pre> =====cle autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_autres_intercalaires_aas|cle autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cle;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;8716;9735;421;*; ;;tRNA;10157;10246;204;*;agc ;;rRNA;10451;11974;79;*;1524 ;;rRNA;12054;12171;4;*;118 ;;tRNA;12176;12248;263;*;gca ;;rRNA;12512;15413;56;*;2902 ;;tRNA;15470;15543;61;*;gac ;;tRNA;15605;15677;7;*;gta ;;tRNA;15685;15757;34;*;aca ;;tRNA;15792;15872;12;*;tac ;;tRNA;15885;15961;3;*;atgj ;;tRNA;15965;16040;3;*;ttc ;;tRNA;16044;16116;121;*;aaa fin;;CDS;16238;16705;;; deb;;CDS;44432;45799;437;*; ;;rRNA;46237;47760;695;*;1524 fin;;CDS;48456;50240;;0; deb;;CDS;66902;68521;531;*; ;;rRNA;69053;71963;313;*;2911 fin;;CDS;72277;72981;;; deb;;CDS;72981;76196;643;*; ;;rRNA;76840;78364;79;*;1525 ;;rRNA;78444;78561;5;*;118 ;;tRNA;78567;78639;283;*;gca ;;rRNA;78923;81828;188;*;2906 deb;comp;CDS;82017;82505;228;*; ;;rRNA;82734;82851;4;*;118 ;;tRNA;82856;82928;275;*;ggc deb;;CDS;83204;84091;302;*; ;;rRNA;84394;85922;79;*;1529 ;;rRNA;86002;86119;4;*;118 ;;tRNA;86124;86196;284;*;gca ;;rRNA;86481;89385;237;*;2905 fin;;CDS;89623;90231;;; deb;comp;CDS;94411;96423;343;*; ;;rRNA;96767;96884;89;*;118 ;;tRNA;96974;97044;757;*;ggc fin;;CDS;97802;98497;;; deb;comp;CDS;101240;101917;212;*; ;;tRNA;102130;102201;409;*;cag fin;comp;CDS;102611;103510;;; deb;comp;CDS;103635;104501;214;*; ;;tRNA;104716;104799;13;*;tta ;;tRNA;104813;104898;262;*;tca fin;;CDS;105161;106408;;; deb;comp;CDS;135278;135838;80;*; ;comp;regulatory;135919;136018;495;*; fin;;CDS;136514;138715;;; deb;;CDS;140906;141175;325;*; ;;rRNA;141501;143026;146;*;1526 ;;rRNA;143173;143290;7;*;118 ;;tRNA;143298;143371;262;*;atc ;;rRNA;143634;146537;299;*;2904 fin;;CDS;146837;147139;;0; deb;;CDS;149226;150632;335;*; ;;rRNA;150968;151085;4;*;118 ;;tRNA;151090;151161;459;*;gaa ;;rRNA;151621;153153;613;*;1533 ;;rRNA;153767;156670;476;*;2904 ;;tRNA;157147;157219;9;*;aaa ;;tRNA;157229;157299;6;*;gga ;;tRNA;157306;157379;487;*;aga fin;;CDS;157867;158490;;; deb;comp;CDS;160912;161418;184;*; ;;rRNA;161603;161720;4;*;118 ;;tRNA;161725;161797;50;*;ggc fin;comp;CDS;161848;162624;;; deb;comp;CDS;162740;165070;522;*; ;;misc_b;165593;165910;56;*; fin;;CDS;165967;167493;;; deb;comp;CDS;171336;172279;622;*; ;;tRNA;172902;172973;23;*;gaa ;;tRNA;172997;173071;45;*;cca ;;tRNA;173117;173189;11;*;aaa ;;tRNA;173201;173274;56;*;gac ;;tRNA;173331;173403;7;*;gta ;;tRNA;173411;173494;187;*;tta ;;tRNA;173682;173754;26;*;aca ;;tRNA;173781;173861;10;*;tac ;;tRNA;173872;173948;31;*;atgj ;;tRNA;173980;174052;207;*;ttc fin;;CDS;174260;174673;;; deb;comp;CDS;190039;190368;288;*; ;;misc_b;190657;190881;79;*; fin;;CDS;190961;192721;;; deb;comp;CDS;421861;422205;347;*; ;;rRNA;422553;424078;228;*;1526 fin;comp;CDS;424307;425017;;0; deb;;CDS;459976;460971;367;*; ;;regulatory;461339;461464;137;*; fin;;CDS;461602;462906;;0; deb;comp;CDS;473892;474338;416;*; ;;regulatory;474755;474880;137;*; fin;;CDS;475018;476358;;; deb;;CDS;536211;537422;563;*; ;;rRNA;537986;540889;357;*;2904 fin;;CDS;541247;541735;;0; deb;;CDS;564995;565951;92;*; ;;tRNA;566044;566117;23;*;cac ;;tRNA;566141;566212;32;*;caa ;;tRNA;566245;566330;289;*;tca fin;;CDS;566620;567750;;; deb;;CDS;570670;571383;602;*; ;;rRNA;571986;573512;79;*;1527 ;;rRNA;573592;573709;4;*;118 ;;tRNA;573714;573786;283;*;gca ;;rRNA;574070;576974;187;*;2905 fin;;CDS;577162;578526;;; deb;;CDS;601262;601948;331;*; ;;rRNA;602280;603805;144;*;1526 ;;rRNA;603950;604067;301;*;118 fin;;CDS;604369;605106;;; deb;;CDS;614484;614675;407;*; ;;rRNA;615083;617986;260;*;2904 fin;comp;CDS;618247;619251;;0; deb;;CDS;685823;686155;210;*; ;;misc_b;686366;686632;51;*; fin;;CDS;686684;686965;;; deb;comp;CDS;736286;737200;301;*; ;;rRNA;737502;737619;4;*;118 ;;tRNA;737624;737696;489;*;ggc fin;;CDS;738186;738905;;; deb;;CDS;740293;740862;125;*; ;;tRNA;740988;741058;322;*;gga fin;;CDS;741381;742271;;; deb;;CDS;757105;759717;121;*; ;;tRNA;759839;759920;66;*;cta fin;comp;CDS;759987;760835;;0; deb;;CDS;786859;787458;71;*; ;;misc_b;787530;787823;195;*; fin;;CDS;788019;789995;;; deb;;CDS;825593;830971;885;*; ;;regulatory;831857;832030;230;*; fin;;CDS;832261;833262;;; deb;comp;CDS;910521;911774;224;*; ;;tRNA;911999;912083;148;*;ctt ;;tRNA;912232;912316;342;*;ctt fin;;CDS;912659;914539;;0; deb;;CDS;1015700;1016551;80;*; ;;misc_b;1016632;1016837;131;*; fin;;CDS;1016969;1018252;;0; deb;;CDS;1034743;1035147;44;*; ;;tRNA;1035192;1035265;142;*;cga fin;comp;CDS;1035408;1036631;;; deb;;CDS;1060209;1061090;61;*; ;;tRNA;1061152;1061225;231;*;agg fin;;CDS;1061457;1061942;;0; deb;;CDS;1135668;1136111;264;*; ;comp;tRNA;1136376;1136448;142;*;ccc fin;;CDS;1136591;1137205;;; deb;;CDS;1181242;1181676;81;*; ;;ncRNA;1181758;1182021;95;*; fin;comp;CDS;1182117;1183028;;; deb;;CDS;1228173;1228862;323;*; ;;rRNA;1229186;1230711;79;*;1526 ;;rRNA;1230791;1230908;7;*;118 ;;tRNA;1230916;1230989;53;*;atc ;;tRNA;1231043;1231115;262;*;gca ;;rRNA;1231378;1234281;111;*;2904 ;;tRNA;1234393;1234464;9;*;aac ;;tRNA;1234474;1234545;6;*;gaa ;;tRNA;1234552;1234622;23;*;tgc ;;tRNA;1234646;1234717;58;*;aac ;;tRNA;1234776;1234846;132;*;tgc fin;;CDS;1234979;1235152;;; deb;;CDS;1279854;1280135;75;*; ;;tRNA;1280211;1280283;125;*;atgf fin;;CDS;1280409;1281519;;; deb;;CDS;1282595;1283137;112;*; ;;tRNA;1283250;1283320;5;*;gga ;;tRNA;1283326;1283399;5;*;aga ;;tRNA;1283405;1283478;31;*;cac ;;tRNA;1283510;1283581;23;*;caa ;;tRNA;1283605;1283677;30;*;aaa ;;tRNA;1283708;1283789;26;*;cta ;;tRNA;1283816;1283886;5;*;gga ;;tRNA;1283892;1283965;6;*;aga ;;tRNA;1283972;1284043;405;*;caa fin;comp;CDS;1284449;1284907;;0; deb;;CDS;1298530;1299468;91;*; ;;tRNA;1299560;1299632;4;*;ggc ;;tRNA;1299637;1299711;227;*;cca fin;comp;CDS;1299939;1300463;;; deb;;CDS;1317893;1318795;58;*; ;;misc_b;1318854;1319058;143;*; fin;;CDS;1319202;1320467;;; deb;;CDS;1330208;1331050;68;*; ;;regulatory;1331119;1331225;168;*; fin;;CDS;1331394;1332701;;; deb;;CDS;1344739;1346154;53;*; ;;tRNA;1346208;1346290;124;*;ctg fin;;CDS;1346415;1347350;;; deb;;CDS;1361763;1362872;473;*; ;;tRNA;1363346;1363428;454;*;ctg fin;comp;CDS;1363883;1365469;;; deb;;CDS;1501342;1502331;88;*; ;;misc_b;1502420;1502635;130;*; fin;;CDS;1502766;1505162;;0; deb;;CDS;1514802;1515092;141;*; ;;tRNA;1515234;1515305;62;*;gaa ;;tRNA;1515368;1515442;22;*;cca ;;tRNA;1515465;1515537;174;*;aaa fin;;CDS;1515712;1516611;;; deb;comp;CDS;1536473;1538146;169;*; ;;misc_b;1538316;1538527;148;*; fin;;CDS;1538676;1539512;;; deb;;CDS;1558609;1559226;150;*; ;;ncRNA;1559377;1559568;105;*; fin;;CDS;1559674;1560162;;; deb;comp;CDS;1596655;1597152;139;*; ;;tRNA;1597292;1597364;198;*;acg fin;;CDS;1597563;1600298;;0; deb;;CDS;1776389;1777042;54;*; ;;regulatory;1777097;1777202;89;*; fin;;CDS;1777292;1778305;;; deb;;CDS;1809551;1811686;53;*; ;;regulatory;1811740;1811862;110;*; fin;;CDS;1811973;1812599;;0; deb;;CDS;1897547;1898221;77;*; ;;misc_b;1898299;1898549;46;*; fin;;CDS;1898596;1899603;;; deb;;CDS;2051328;2051531;445;*; ;comp;tRNA;2051977;2052063;101;*;acc fin;comp;CDS;2052165;2053262;;; deb;;CDS;2064667;2065113;238;*; ;;tRNA;2065352;2065425;29;*;ata fin;;CDS;2065455;2066012;;; deb;;CDS;2089815;2090282;195;*; ;comp;tRNA;2090478;2090550;93;*;acc fin;comp;CDS;2090644;2091279;;0; deb;;CDS;2125666;2126805;19;*; ;;misc_b;2126825;2127056;63;*; fin;;CDS;2127120;2127326;;; deb;comp;CDS;2290223;2291446;61;*; ;comp;misc_b;2291508;2291704;185;*; fin;;CDS;2291890;2293848;;0; deb;;CDS;2378236;2379462;104;*; ;;misc_b;2379567;2379785;50;*; fin;;CDS;2379836;2380420;;; deb;comp;CDS;2393679;2394266;154;*; ;;tRNA;2394421;2394501;3;*;tac ;;tRNA;2394505;2394577;223;*;ttc fin;;CDS;2394801;2396147;;; deb;comp;CDS;2447012;2447701;85;*; ;comp;regulatory;2447787;2447882;852;*; fin;comp;CDS;2448735;2450363;;; deb;comp;CDS;2573684;2574703;297;*; ;;ncRNA;2575001;2575351;65;*; fin;comp;CDS;2575417;2577075;;; deb;comp;CDS;2589039;2590424;65;*; ;comp;misc_b;2590490;2590663;90;*; fin;comp;CDS;2590754;2591524;;; deb;comp;CDS;2591541;2592140;201;*; ;;tRNA;2592342;2592422;112;*;ttg fin;;CDS;2592535;2593464;;0; deb;comp;CDS;2603463;2605496;527;*; ;;tRNA;2606024;2606100;409;*;ttg fin;comp;CDS;2606510;2606668;;; deb;comp;CDS;2735781;2737136;95;*; ;comp;tRNA;2737232;2737304;155;*;gcc fin;comp;CDS;2737460;2738386;;0; deb;comp;CDS;2797787;2798278;523;*; ;comp;tRNA;2798802;2798874;178;*;aag fin;comp;CDS;2799053;2800327;;; deb;comp;CDS;2820846;2822237;109;*; ;comp;misc_b;2822347;2822575;116;*; fin;comp;CDS;2822692;2823483;;; deb;comp;CDS;2848560;2849579;82;*; ;comp;misc_b;2849662;2849892;105;*; fin;comp;CDS;2849998;2851539;;; deb;comp;CDS;2880836;2881429;141;*; ;comp;tRNA;2881571;2881642;116;*;gag fin;comp;CDS;2881759;2882100;;; deb;comp;CDS;2978303;2979394;255;*; ;comp;regulatory;2979650;2979765;74;*; fin;comp;CDS;2979840;2980706;;; deb;comp;CDS;3048813;3049790;231;*; ;comp;tmRNA;3050022;3050370;186;*; fin;comp;CDS;3050557;3051027;;0; deb;comp;CDS;3096224;3097831;76;*; ;comp;misc_b;3097908;3098167;611;*; fin;comp;CDS;3098779;3100596;;0; deb;comp;CDS;3190635;3191126;123;*; ;comp;misc_f;3191250;3191389;88;*; deb;comp;CDS;3191478;3193451;103;*; ;comp;misc_b;3193555;3193827;401;*; fin;comp;CDS;3194229;3194576;;; deb;comp;CDS;3214425;3215258;212;*; ;comp;tRNA;3215471;3215545;209;*;cca fin;comp;CDS;3215755;3217302;;; deb;comp;CDS;3252067;3252252;329;*; ;comp;tRNA;3252582;3252655;7;*;atgj ;comp;tRNA;3252663;3252735;4;*;gta ;comp;tRNA;3252740;3252813;10;*;gac ;comp;tRNA;3252824;3252896;20;*;tgg ;comp;tRNA;3252917;3252988;149;*;aac deb;;CDS;3253138;3253587;87;*; ;comp;tRNA;3253675;3253748;7;*;atgj ;comp;tRNA;3253756;3253828;9;*;gta ;comp;tRNA;3253838;3253910;18;*;tgg ;comp;tRNA;3253929;3254000;61;*;aac ;comp;rRNA;3254062;3256966;336;*;2905 fin;comp;CDS;3257303;3257995;;0; deb;comp;CDS;3407358;3408182;69;*; ;comp;regulatory;3408252;3408361;113;*; fin;comp;CDS;3408475;3410325;;; deb;comp;CDS;3489519;3490856;58;*; ;comp;regulatory;3490915;3491016;261;*; fin;;CDS;3491278;3492633;;0; deb;;CDS;3618295;3619479;125;*; ;comp;tRNA;3619605;3619677;4;*;aca ;comp;tRNA;3619682;3619755;50;*;cgt ;comp;tRNA;3619806;3619879;27;*;cgt ;comp;tRNA;3619907;3619990;6;*;tta ;comp;tRNA;3619997;3620069;47;*;gta ;comp;tRNA;3620117;3620190;25;*;gac ;comp;tRNA;3620216;3620289;23;*;atgi ;comp;tRNA;3620313;3620385;14;*;aca ;comp;tRNA;3620400;3620471;9;*;gaa ;comp;tRNA;3620481;3620552;111;*;aac ;comp;rRNA;3620664;3623567;262;*;2904 ;comp;tRNA;3623830;3623902;53;*;gca ;comp;tRNA;3623956;3624029;7;*;atc ;comp;rRNA;3624037;3624154;79;*;118 ;comp;rRNA;3624234;3625759;151;*;1526 ;comp;tRNA;3625911;3625999;33;*;tcc ;comp;tRNA;3626033;3626118;267;*;tca fin;comp;CDS;3626386;3627084;;0; deb;comp;CDS;3713386;3714387;249;*; ;comp;tRNA;3714637;3714709;4;*;gta ;comp;tRNA;3714714;3714787;310;*;atgj fin;comp;CDS;3715098;3715457;;; deb;comp;CDS;3740094;3741623;336;*; ;comp;regulatory;3741960;3742137;71;*; fin;comp;CDS;3742209;3742868;;; deb;comp;CDS;3876932;3877417;18;*; ;comp;misc_f;3877436;3877575;59;*; fin;comp;CDS;3877635;3878774;;; deb;comp;CDS;3921947;3923137;87;*; ;comp;regulatory;3923225;3923325;65;*; fin;comp;CDS;3923391;3923816;;; deb;comp;CDS;3971663;3972166;188;*; ;;misc_b;3972355;3972601;74;*; fin;;CDS;3972676;3975807;;0; deb;comp;CDS;4298681;4299859;146;*; ;comp;misc_b;4300006;4300267;210;*; fin;;CDS;4300478;4301533;;0; deb;comp;CDS;4552288;4553814;82;*; ;comp;misc_b;4553897;4554160;196;*; fin;;CDS;4554357;4554878;;0; deb;comp;CDS;4592703;4593860;153;*; ;comp;regulatory;4594014;4594127;357;*; fin;;CDS;4594485;4595609;;; deb;comp;CDS;4661871;4663577;550;*; ;;regulatory;4664128;4664228;86;*; fin;;CDS;4664315;4664980;;0; deb;comp;CDS;4694284;4695744;237;*; ;comp;regulatory;4695982;4696073;275;*; fin;comp;CDS;4696349;4697491;;0; </pre> ===hmo=== ====hmo opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_opérons|hmo opérons]] <pre> 57%GC;24.7.19 Paris;16s ;109;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé Heliobacterium modesticaldum Ice1 ATCC 51547 ;;;;;;;;;; ;103699..104088;;CDS;;380;;;;130; ;;;;;;;;;; ;104469..105695;;CDS;;186;186;;;409;186 comp;105882..105956;;ggc;;1;;1;;; comp;105958..106044;;ctg;;321;321;;;; comp;106366..106929;;CDS;@1;241;241;;;188;241 comp;107171..107246;;aca;;202;202;;;;202 comp;107449..108183;;CDS;;111772;;;;245; ;;;;;;;;;; comp;219956..220483;;CDS;;260;260;;;176;260 comp;220744..220820;;gac;;5;;;5;; comp;220826..220901;;gta;;10;;;10;; comp;220912..220987;;gaa;;4;;;4;; comp;220992..221067;;aaa;;18;;;18;; comp;221086..221160;;caa;;103;;;;; comp;221264..224182;;23s;;237;;;;; comp;224420..224495;;gcc;;64;;;;; comp;224560..224676;;5s;@2;328;;;;; comp;225005..226536;;16s;;651;651;;;; comp;227188..228162;;CDS;;98792;;;;325; ;;;;;;;;;; comp;326955..328340;;CDS;;178;178;;;462;178 comp;328519..328601;;cta;;65;;65;;; comp;328667..328743;;aga;;60;;60;;; comp;328804..328880;;cca;;568;568;;;; comp;329449..330090;;CDS;;57730;;;;214; ;;;;;;;;;; comp;387821..388105;;CDS;;135;135;;;95; ;388241..388317;;ccc;;7;;7;;; ;388325..388410;;tac;;47;47;;;;47 comp;388458..388742;;CDS;;588493;;;;95; ;;;;;;;;;; comp;977236..978504;;CDS;;439;439;;;423; comp;978944..981860;;23s;;237;;;;; comp;982098..982173;;gcc;;64;;;;; comp;982238..982354;;5s;;328;;;;; comp;982683..984208;;16s;;460;;;;; comp;984669..984744;;tgg;@3;5;;;5;; comp;984750..984824;;cgg;;207;207;;;;207 comp;985032..987656;;CDS;;26258;;;;875; ;;;;;;;;;; comp;1013915..1014760;;CDS;;105;105;;;282;105 comp;1014866..1014942;;gac;;75;;75;;; comp;1015018..1015093;;gaa;;265;265;;;; comp;1015359..1016642;;CDS;;40115;;;;428; ;;;;;;;;;; ;1056758..1058014;;CDS;;121;121;;;419;121 comp;1058136..1058233;;tga;;173;173;;;; ;1058407..1058733;;CDS;;62951;;;;109; ;;;;;;;;;; ;1121685..1122878;;CDS;;588;588;;;398; ;1123467..1124998;;16s;;328;;;;; ;1125327..1125443;;5s;;64;;;;; ;1125508..1125583;;gcc;;233;;;;; ;1125817..1128734;;23s;;337;337;;;;337 >;1129072..1129785;;CDS;;24938;;;;238; ;;;;;;;;;; ;1154724..1155224;;CDS;;99;99;;;167; ;1155324..1155413;;tca;;56;56;;;;56 comp;1155470..1156627;;CDS;;13350;;;;386; ;;;;;;;;;; ;1169978..1171828;;CDS;;129;129;;;617;129 ;1171958..1172034;;cgt;;85;;85;;; ;1172120..1172196;;agg;;181;181;;;; ;1172378..1172812;;CDS;;62;62;;;145;62 ;1172875..1172966;;tcg;;548;548;;;; ;1173515..1174330;;CDS;;6655;;;;272; ;;;;;;;;;; comp;1180986..1182974;;CDS;;444;444;;;663; ;1183419..1183512;;tcc;;39;39;;;;39 ;1183552..1183817;;ncRNA;;11908;;;;89; ;;;;;;;;;; ;1195726..1195998;;CDS;;181;181;;;91; ;1196180..1196255;;gcg;;151;151;;;;151 ;1196407..1197051;;CDS;;86894;;;;215; ;;;;;;;;;; comp;1283946..1285331;;CDS;;177;177;;;462;177 ;1285509..1285584;;atgf;;5;;5;;; ;1285590..1285667;;atgj;;7;;7;;; ;1285675..1285750;;gaa;;542;542;;;; ;1286293..1287630;;CDS;;63447;;;;446; ;;;;;;;;;; ;1351078..1352549;;CDS;;704;704;;;491; ;1353254..1354786;;16s;;252;;;;; ;1355039..1355155;;5s;;64;;;;; ;1355220..1355296;;atc;;194;;;;; ;1355491..1358408;;23s;;112;;;;; ;1358521..1358595;;aac;;109;109;;;;109 comp;1358705..1358926;;CDS;;139555;;;;74; ;;;;;;;;;; ;1498482..1498898;;CDS;;535;535;;;139; comp;1499434..1499509;;acg;;238;238;;;;238 ;1499748..1500836;;CDS;;262182;;;;363; ;;;;;;;;;; ;1763019..1763858;;CDS;;68;68;;;280;68 ;1763927..1764003;;gac;;4;;4;;; ;1764008..1764083;;ttc;;3;;3;;; ;1764087..1764161;;ggc;;92;92;;;; comp;1764254..1764493;;CDS;;72;72;;;80;72 ;1764566..1764641;;tgc;;18;;18;;; ;1764660..1764746;;tta;;253;253;;;; comp;1765000..1765467;;CDS;;52131;;;;156; ;;;;;;;;;; ;1817599..1818318;;CDS;;487;487;;;240; ;1818806..1820337;;16s;;252;;;;; ;1820590..1820706;;5s;;64;;;;; ;1820771..1820847;;atc;;6;;;6;; ;1820854..1820929;;gca;;229;;;;; ;1821159..1824076;;23s;;112;;;;; ;1824189..1824263;;aac;;6;;;6;; ;1824270..1824345;;atgf;;243;243;;;;243 ;1824589..1825014;;CDS;;168198;;;;142; ;;;;;;;;;; ;1993213..1994328;;CDS;;99;99;;;372; ;1994428..1994502;;atgi;;41;41;;;;41 ;1994544..1995368;;CDS;;284281;;;;275; ;;;;;;;;;; ;2279650..2279997;;CDS ;;541;541;;;116; ;2280539..2282070;;16s;;253;;;;; ;2282324..2282440;;5s;;64;;;;; ;2282505..2282580;;gcc;;234;;;;; ;2282815..2285735;;23s;;119;;;;; ;2285855..2285948;;tcc;;6;;;6;; ;2285955..2286031;;ccg;;10;;;10;; ;2286042..2286115;;gga;;14;;;14;; ;2286130..2286205;;cac;;1;;;1;; ;2286207..2286281;;tgc;;9;;;9;; ;2286291..2286367;;gtc;;3;;;3;; ;2286371..2286446;;ttc;;6;;;6;; ;2286453..2286537;;tac;;4;;;4;; ;2286542..2286616;;caa;;17;;;17;; ;2286634..2286709;;aaa;;4;;;4;; ;2286714..2286789;;gaa;;5;;;5;; ;2286795..2286870;;gta;;5;;;5;; ;2286876..2286952;;gac;;7;;;7;; ;2286960..2287050;;agc;;43;;;43;; ;2287094..2287170;;ccc;;30;;;30;; ;2287201..2287287;;ctg;;3;;;3;; ;2287291..2287365;;ggc;;4;;;4;; ;2287370..2287446;;cgt;;4;;;4;; ;2287451..2287526;;acc;;352;352;;;;352 ;2287879..2288343;;CDS ;;33184;;;;155; ;;;;;;;;;; comp;2321528..2322544;;CDS ;;268;268;;;339; comp;2322813..2322889;;gtc;;9;;9;;; comp;2322899..2322973;;cgg;;81;81;;;;81 comp;2323055..2323243;;CDS ;;3375;;;;63; ;;;;;;;;;; ;2326619..2327947;;CDS ;;464;464;;;443;464 ;2328412..2329943;;16s;;327;;;;; ;2330271..2330387;;5s;;226;;;;; ;2330614..2333532;;23s;;98;;;;; ;2333631..2333706;;aaa;;4;;;4;; ;2333711..2333786;;acc;;8;;;8;; ;2333795..2333877;;ctc;;89;89;;;;89 comp;2333967..2334704;;CDS;;7389;;;;246; ;;;;;;;;;; ;2342094..2342804;;CDS;;155;155;;;237;155 comp;2342960..2343030;;ttc;;213;213;;;; ;2343244..2343936;;CDS;;563;563;;;231; ;2344500..2346025;;16s;;252;;;;; ;2346278..2346394;;5s;;64;;;;; ;2346459..2346535;;atc;;141;;;;; ;2346677..2349594;;23s;;100;;;;; ;2349695..2349769;;aac;;6;;;6;; ;2349776..2349851;;atgf;;102;102;;;;102 ;2349954..2350976;;CDS;;113601;;;;341; ;;;;;;;;;; ;2464578..2465114;;CDS;;271;271;;;179;271 comp;2465386..2465461;;aca;;432;432;;;; ;2465894..2466226;;CDS;;4722;;;;111; ;;;;;;;;;; ;2470949..2471977;;CDS;;69;69;;;343;69 ;2472047..2472133;;ctg;;678;678;;;; ;2472812..2473192;;CDS;;22232;;;;127; ;;;;;;;;;; ;2495425..2496048;;CDS;;402;402;;;208; comp;2496451..2496527;;gtc;;4;;4;;; comp;2496532..2496609;;atgj;;175;175;;;;175 ;2496785..2497120;;CDS;;217;217;;;112; comp;2497338..2497420;;ctc;;7;;7;;; comp;2497428..2497503;;acc;;18;;18;;; comp;2497522..2497596;;tgg;;14;;14;;; comp;2497611..2497684;;ggg;;19;;19;;; comp;2497704..2497778;;ggc;;7;;7;;; comp;2497786..2497873;;ttg;;8;;8;;; comp;2497882..2497958;;gtg;;-10;-10;;;;-10 comp;2497949..2498185;;CDS;;66;66;;;79;66 ;2498252..2498328;;ccg;;314;314;;;; comp;2498643..2499506;;CDS;;55292;;;;288; ;;;;;;;;;; ;2554799..2554984;;CDS;;109;109;;;62;109 ;2555094..2555169;;gaa;;2;;2;;; ;2555172..2555247;;ttc;;6;;6;;; ;2555254..2555338;;tac;;4;;4;;; ;2555343..2555417;;caa;;18;;18;;; ;2555436..2555511;;aaa;;4;;4;;; ;2555516..2555590;;ggc;;9;;9;;; ;2555600..2555675;;cac;;117;117;;;; comp;2555793..2557049;;CDS;;235940;;;;419; ;;;;;;;;;; comp;2792990..2793442;;CDS;;219;219;;;151;219 comp;2793662..2796583;;23s;;236;;;;; comp;2796820..2796895;;gca;;6;;;6;; comp;2796902..2796978;;atc;;64;;;;; comp;2797043..2797159;;5s;;328;;;;; comp;2797488..2799019;;16s;;505;;;;; comp;2799525..2799599;;ggc;+;1;;;1;; comp;2799601..2799687;;ctg;2 ggc;32;;;32;; comp;2799720..2799796;;ccc;;42;;;42;; comp;2799839..2799915;;cgt;;4;;;4;; comp;2799920..2799994;;ggc;;120;;;120;; comp;2800115..2800192;;atgj;;42;;;42;; comp;2800235..2800325;;agc;;16;;;16;; comp;2800342..2800417;;atgf;;6;;;6;; comp;2800424..2800498;;aac;;7;;;7;; comp;2800506..2800581;;gaa;;4;;;4;; comp;2800586..2800661;;aaa;;18;;;18;; comp;2800680..2800754;;caa;;4;;;4;; comp;2800759..2800843;;tac;;91;;;91;; comp;2800935..2801011;;gtc;;7;;;7;; comp;2801019..2801093;;tgc;;325;325;;;; ;2801419..2801724;;CDS;;230813;;;;102; ;;;;;;;;;; ;3032538..3032729;;CDS;;109;109;;;64;109 comp;3032839..3035757;;23s;;233;;;;; comp;3035991..3036066;;gcc;;64;;;;; comp;3036131..3036247;;5s;;253;;;;; comp;3036501..3038026;;16s;;779;779;;;; comp;3038806..3040017;;CDS;;232;;;;404; ;;;;;;;;;; comp;3040250..3042013;;CDS;;;;;;588; </pre> ====hmo cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_cumuls|hmo cumuls]] <pre> hmo cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;1;2;1;1;40;1;100;10 ;16 5s gcc 23;5;20;20;34;50;3;80;8;200;16 ;16 5s atc 23;2;40;0;2;100;11;120;7;300;14 ;16 5 23s a;1;60;1;3;150;9;160;4;400;8 ;max a;20;80;2;0;200;9;200;4;500;11 ;a doubles;1;100;1;1;250;8;240;4;600;0 ;16 5s atc gca;2;120;0;1;300;5;280;4;700;2 ;total aas;60;140;0;0;350;4;320;0;800;0 sans ;opérons;24;160;0;0;400;1;360;2;900;1 ;1 aa;12;180;0;0;450;4;400;0;1000;0 ;max a;7;200;0;0;500;2;440;0;1100;0 ;a doubles;0;;0;0;;11;;1;;0 ;total aas;49;;25;43;;68;;35;;62 total aas;;109;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;8;8;;196;;137;;230 ;;;variance;6;7;;120;;71;;128 </pre> ====hmo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_blocs|hmo blocs]] <pre> hmo blocs;;;;;tgg CDS ;541;651;588;779;460 16s;253;328;328;253;328 5s;64;64;64;64;64 gcc;234;237;233;233;237 23s;119;103;337;109;439 tcc;tcc;caa;cds;cds;cds ;;;;; CDS;704;563;;CDS ;464 16s;252;252;;16s;327 5s;64;64;;5s;226 atc;194;141;;23s;98 23s;112;100;;aaa; aac;aac;aac;;; ;;;;; ;;ggc;;; CDS;487;505;;; 16s;252;328;;; 5s;64;64;;; atc;6;6;;; gca;229;236;;; 23s;112;219;;; aac;aac;cds;;; </pre> ====hmo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_distribution|hmo distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;1-3 aas;atgi;;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;ctc;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;acc;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;1;;;;;;;;;;aaa;ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;;;;;;;;;2 atgf;atc;;acc;1;aac;1;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;;;;;;;;;tgg;ctc;;ccc;2;cac;1;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;4;;;;;;;;;;cgg;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;3 tta;;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;3;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;;;;;;;;;;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;1 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;1;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;;;;;;;;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;1;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total hmo;;12;;;;;12;;hmo;37;;;;;;37;;;;;;;;;;;hmo;;;;39;;11;39 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;10 1-3 aas;;; </pre> ====hmo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_données_intercalaires|hmo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;hmo;fx;fc;hmo;fx40;fc40;hmo;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;17;0;0;17;-1;0;36;321;186;23s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;; ;0;10;9;183;1;1;21;-2;1;0;268;135;103;;caa;5;;gac;1;;ggc ;0;20;10;167;2;3;38;-3;0;0;202;121;2* 112;;aac;10;;gta;**;;ctg ;0;30;4;109;3;0;37;-4;3;149;260;173;119;;tcc;4;;gaa;65;;cta ;0;40;6;77;4;0;21;-5;0;0;268;56;98;;aaa;18;;aaa;60;;aga ;0;50;9;70;5;0;18;-6;0;0;176;444;100;;aac;**;;caa;**;;cca 1;0;60;9;64;6;2;9;-7;0;11;1012;159;tRNA 23s;;;6;;aac;7;;ccc ;3;70;8;66;7;0;8;-8;0;23;159;535;2* 241;;gcc;**;;atgf;**;;tac 1;0;80;12;71;8;0;7;-9;0;1;207;238;2* 237;;gcc;6;;tcc;5;;tgg 1;1;90;27;71;9;3;11;-10;0;7;165;92;198;;atc;10;;ccg;**;;cgg 1;2;100;7;68;10;0;13;-11;0;17;265;72;233;;gca;14;;gga;75;;gac ;1;110;18;66;11;1;15;-12;0;0;99;253;238;;gcc;1;;cac;**;;gaa 1;1;120;18;53;12;1;16;-13;1;8;129;89;145;;atc;9;;tgc;85;;cgt 1;2;130;16;56;13;1;24;-14;0;15;157;158;240;;gca;3;;gtc;**;;agg 1;0;140;16;47;14;0;23;-15;1;0;62;222;5s tRNA;;;6;;ttc;5;;atgf ;1;150;16;57;15;0;15;-16;0;0;551;271;5* 64;;gcc;4;;tac;7;;atgj 2;2;160;12;43;16;0;13;-17;0;12;181;432;4* 64;;atc;17;;caa;**;;gaa ;1;170;10;46;17;1;16;-18;0;0;205;402;tRNA tRNA;;intra;4;;aaa;4;;gac 2;1;180;16;36;18;1;18;-19;0;3;542;175;2* 6;;atc;5;;gaa;3;;ttc 1;1;190;10;32;19;3;11;-20;0;8;431;217;**;;gca;5;;gta;**;;ggc ;0;200;7;31;20;2;16;-21;0;0;68;314;;;;7;;gac;18;;tgc ;3;210;14;24;21;2;16;-22;0;2;243;117;;;;43;;agc;**;;tta 1;0;220;8;32;22;0;6;-23;0;5;99;325;;;;30;;ccc;9;;gtc 1;0;230;15;20;23;0;9;-24;0;0;116;;;;;3;;ctg;**;;cgg 1;0;240;16;27;24;0;12;-25;0;4;352;;;;;4;;ggc;4;;gtc ;1;250;15;30;25;0;4;-26;0;2;268;;;;;4;;cgt;**;;atgj 1;1;260;10;23;26;0;12;-27;0;0;81;;;;;**;;acc;7;;ctc ;4;270;7;17;27;0;19;-28;0;2;126;;;;;4;;aaa;18;;acc 1;0;280;7;21;28;1;13;-29;0;1;69;;;;;8;;acc;14;;tgg ;0;290;7;20;29;0;8;-30;0;0;148;;;;;**;;ctc;19;;ggg ;0;300;6;16;30;1;10;-31;0;1;109;;;;;6;;aac;7;;ggc ;0;310;5;13;31;1;11;-32;1;3;CDS 16s;;;;;**;;atgf;8;;ttg 1;0;320;7;10;32;1;8;-33;0;0;652;;;;;1;;ggc;-;293;gtg 1;1;330;12;12;33;0;14;-34;1;1;20;;;;;32;;ctg;**;;ccg ;0;340;1;11;34;0;6;-35;0;1;559;;;;;42;;ccc;2;;gaa ;0;350;6;6;35;1;6;-36;0;0;705;;;;;4;;cgt;6;;ttc ;1;360;3;10;36;1;11;-37;0;2;488;;;;;120;;ggc;4;;tac ;0;370;12;13;37;0;7;-38;0;2;542;;;;;42;;atgj;18;;caa ;0;380;3;11;38;1;4;-39;0;0;459;;;;;16;;agc;4;;aaa ;0;390;6;7;39;0;4;-40;1;0;558;;;;;6;;atgf;9;;ggc ;0;400;2;6;40;1;6;-41;0;0;506;;;;;7;;aac;**;;cac 4;4;reste;58;108;reste;431;1314;-42;0;0;774;;;;;4;;gaa;;; 23;31;total;460;1867;total;460;1867;-43;0;0;5s 23s;;;;;18;;aaa;;; 19;27;diagr;402;1742;diagr;29;536;-44;0;0;230;;;;;4;;caa;;; 0;0; t30;23;459;;;;-45;0;0;16s 5s;;;;;91;;tac;;; ;;;;;;;;-46;0;0;4* 337;;;;;7;;gtc;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;3* 261;;;;;**;;tgc;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;2* 262;;;;;;;;;; ;x;460;11;0;471;;;-49;0;0;336;;;;;;;;;; ;c;1850;332;17;2199;;;-50;0;15;23s CDS;;;;;;;;;; ;;;;;2670;223;;reste;2;0;463;109;;;;;;;;; ;;;;;;2893;;total;11;332;322;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;223;;;;;;;;;; </pre> =====hmo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_autres_intercalaires_aas|hmo autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;hmo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;83932;85227;106;*; ;comp;regulatory;85334;85456;283;*; fin;;CDS;85740;86651;;; deb;;CDS;104469;105695;186;*; ;comp;tRNA;105882;105956;1;*;ggc ;comp;tRNA;105958;106044;321;*;ctg deb;comp;CDS;106366;106902;268;*; ;comp;tRNA;107171;107246;202;*;aca fin;comp;CDS;107449;108138;;; deb;comp;CDS;119439;119855;458;*; ;comp;regulatory;120314;120402;165;*; fin;comp;CDS;120568;129390;;; deb;comp;CDS;219956;220483;260;*; ;comp;tRNA;220744;220820;5;*;gac ;comp;tRNA;220826;220901;10;*;gta ;comp;tRNA;220912;220987;4;*;gaa ;comp;tRNA;220992;221067;18;*;aaa ;comp;tRNA;221086;221160;103;*;caa ;comp;rRNA;221264;224178;241;*;2915 ;comp;tRNA;224420;224495;64;*;gcc ;comp;rRNA;224560;224676;337;*;117 ;comp;rRNA;225014;226535;652;*;1522 fin;comp;CDS;227188;228162;;; deb;;CDS;268169;269791;139;*; ;;repeat_region;269931;271232;197;*; fin;comp;CDS;271430;272362;;; deb;comp;CDS;326955;328250;268;*; ;comp;tRNA;328519;328601;65;*;cta ;comp;tRNA;328667;328743;60;*;aga ;comp;tRNA;328804;328880;176;*;cca fin;comp;CDS;329057;329254;;; deb;;CDS;377234;378433;102;*; ;;ncRNA;378536;378894;134;*; fin;;CDS;379029;380159;;; deb;;CDS;384528;384812;140;*; ;;misc_b;384953;385256;391;*; fin;;CDS;385648;387258;;0; deb;comp;CDS;387821;388105;135;*; ;;tRNA;388241;388317;7;*;ccc ;;tRNA;388325;388410;1012;*;tac fin;;CDS;389423;390235;;0; deb;comp;CDS;562422;562793;296;*; ;;regulatory;563090;563272;296;*; fin;;CDS;563569;564243;;; deb;comp;CDS;574512;575822;83;*; ;comp;regulatory;575906;576021;352;*; fin;;CDS;576374;577480;;0; deb;comp;CDS;600853;602214;294;*; ;;repeat_region;602509;603596;212;*; fin;comp;CDS;603809;605377;;; deb;;CDS;644127;645932;398;*; ;comp;tmRNA;646331;646683;325;*; fin;;CDS;647009;648202;;0; deb;comp;CDS;977236;978480;463;*; ;comp;rRNA;978944;981856;241;*;2913 ;comp;tRNA;982098;982173;64;*;gcc ;comp;rRNA;982238;982354;337;*;117 ;comp;rRNA;982692;984213;20;*;1522 deb;comp;CDS;984234;984509;159;*; ;comp;tRNA;984669;984744;5;*;tgg ;comp;tRNA;984750;984824;207;*;cgg fin;comp;CDS;985032;987656;;; deb;comp;CDS;1013915;1014700;165;*; ;comp;tRNA;1014866;1014942;75;*;gac ;comp;tRNA;1015018;1015093;265;*;gaa fin;comp;CDS;1015359;1016642;;0; deb;;CDS;1056587;1058014;121;*; ;comp;tRNA;1058136;1058233;173;*;tga fin;;CDS;1058407;1058733;;; deb;;CDS;1121685;1122878;589;*; ;;rRNA;1123468;1124989;337;*;1522 ;;rRNA;1125327;1125443;64;*;117 ;;tRNA;1125508;1125583;237;*;gcc ;;rRNA;1125821;1128734;322;*;2914 fin;;CDS;1129057;1129959;;; deb;;CDS;1145930;1146832;103;*; ;;misc_b;1146936;1147145;99;*; fin;;CDS;1147245;1148408;;; deb;;CDS;1154724;1155224;99;*; ;;tRNA;1155324;1155413;56;*;tca fin;comp;CDS;1155470;1156627;;; deb;;CDS;1169978;1171828;129;*; ;;tRNA;1171958;1172034;85;*;cgt ;;tRNA;1172120;1172196;157;*;agg deb;;CDS;1172354;1172812;62;*; ;;tRNA;1172875;1172966;551;*;tcg fin;;CDS;1173518;1174330;;; deb;comp;CDS;1180986;1182974;444;*; ;;tRNA;1183419;1183512;39;*;tcc ;;ncRNA;1183552;1183817;122;*; fin;;CDS;1183940;1185760;;0; deb;;CDS;1195726;1195998;181;*; ;;tRNA;1196180;1196255;205;*;gcg fin;;CDS;1196461;1197051;;; deb;comp;CDS;1202248;1202961;83;*; ;comp;regulatory;1203045;1203106;414;*; fin;;CDS;1203521;1205617;;; deb;comp;CDS;1283946;1285349;159;*; ;;tRNA;1285509;1285584;5;*;atgf ;;tRNA;1285590;1285667;7;*;atgj ;;tRNA;1285675;1285750;542;*;gaa fin;;CDS;1286293;1287630;;0; deb;;CDS;1351078;1352549;705;*; ;;rRNA;1353255;1354777;261;*;1523 ;;rRNA;1355039;1355155;64;*;117 ;;tRNA;1355220;1355296;198;*;atc ;;rRNA;1355495;1358408;112;*;2914 ;;tRNA;1358521;1358595;431;*;aac fin;;CDS;1359027;1360454;;0; deb;;CDS;1387701;1388411;58;*; ;;misc_f;1388470;1388647;25;*; fin;;CDS;1388673;1389203;;; deb;;CDS;1498482;1498898;535;*; ;comp;tRNA;1499434;1499509;238;*;acg fin;;CDS;1499748;1500836;;0; deb;comp;CDS;1553617;1554957;296;*; ;;regulatory;1555254;1555354;211;*; fin;;CDS;1555566;1556966;;0; deb;;CDS;1733682;1734398;211;*; ;;regulatory;1734610;1734715;150;*; fin;;CDS;1734866;1736005;;; deb;;CDS;1763019;1763858;68;*; ;;tRNA;1763927;1764003;4;*;gac ;;tRNA;1764008;1764083;3;*;ttc ;;tRNA;1764087;1764161;92;*;ggc deb;comp;CDS;1764254;1764493;72;*; ;;tRNA;1764566;1764641;18;*;tgc ;;tRNA;1764660;1764746;253;*;tta fin;comp;CDS;1765000;1765479;;0; deb;;CDS;1817623;1818318;488;*; ;;rRNA;1818807;1820328;261;*;1522 ;;rRNA;1820590;1820706;64;*;117 ;;tRNA;1820771;1820847;6;*;atc ;;tRNA;1820854;1820929;233;*;gca ;;rRNA;1821163;1824076;112;*;2914 ;;tRNA;1824189;1824263;6;*;aac ;;tRNA;1824270;1824345;243;*;atgf fin;;CDS;1824589;1825014;;; deb;;CDS;1854540;1855880;78;*; ;;regulatory;1855959;1856148;170;*; ;;regulatory;1856319;1856511;32;*; fin;;CDS;1856544;1857368;;; deb;;CDS;1882378;1883172;126;*; ;;regulatory;1883299;1883521;158;*; fin;;CDS;1883680;1884993;;; deb;;CDS;1993213;1994328;99;*; ;;tRNA;1994428;1994502;116;*;atgi fin;;CDS;1994619;1995368;;; deb;comp;CDS;2030610;2030810;83;*; ;comp;regulatory;2030894;2030999;259;*; fin;comp;CDS;2031259;2032233;;0; deb;;CDS;2073488;2074249;237;*; ;;regulatory;2074487;2074659;123;*; fin;;CDS;2074783;2076180;;; deb;;CDS;2145684;2146346;57;*; ;;regulatory;2146404;2146520;136;*; fin;;CDS;2146657;2147781;;; deb;;CDS;2279650;2279997;542;*; ;;rRNA;2280540;2282061;262;*;1522 ;;rRNA;2282324;2282440;64;*;117 ;;tRNA;2282505;2282580;238;*;gcc ;;rRNA;2282819;2285735;119;*;2917 ;;tRNA;2285855;2285948;6;*;tcc ;;tRNA;2285955;2286031;10;*;ccg ;;tRNA;2286042;2286115;14;*;gga ;;tRNA;2286130;2286205;1;*;cac ;;tRNA;2286207;2286281;9;*;tgc ;;tRNA;2286291;2286367;3;*;gtc ;;tRNA;2286371;2286446;6;*;ttc ;;tRNA;2286453;2286537;4;*;tac ;;tRNA;2286542;2286616;17;*;caa ;;tRNA;2286634;2286709;4;*;aaa ;;tRNA;2286714;2286789;5;*;gaa ;;tRNA;2286795;2286870;5;*;gta ;;tRNA;2286876;2286952;7;*;gac ;;tRNA;2286960;2287050;43;*;agc ;;tRNA;2287094;2287170;30;*;ccc ;;tRNA;2287201;2287287;3;*;ctg ;;tRNA;2287291;2287365;4;*;ggc ;;tRNA;2287370;2287446;4;*;cgt ;;tRNA;2287451;2287526;352;*;acc fin;;CDS;2287879;2288343;;; deb;;CDS;2303367;2303639;73;*; ;;regulatory;2303713;2303896;104;*; fin;;CDS;2304001;2304804;;; deb;comp;CDS;2321528;2322544;268;*; ;comp;tRNA;2322813;2322889;9;*;gtc ;comp;tRNA;2322899;2322973;81;*;cgg fin;comp;CDS;2323055;2323441;;0; deb;;CDS;2326619;2327947;459;*; ;;rRNA;2328407;2329934;336;*;1528 ;;rRNA;2330271;2330387;230;*;117 ;;rRNA;2330618;2333532;98;*;2915 ;;tRNA;2333631;2333706;4;*;aaa ;;tRNA;2333711;2333786;8;*;acc ;;tRNA;2333795;2333877;89;*;ctc fin;comp;CDS;2333967;2334704;;; deb;;CDS;2342094;2342804;158;*; ;comp;tRNA;2342963;2343030;222;*;ttc deb;;CDS;2343253;2343936;558;*; ;;rRNA;2344495;2346016;261;*;1522 ;;rRNA;2346278;2346394;64;*;117 ;;tRNA;2346459;2346535;145;*;atc ;;rRNA;2346681;2349594;100;*;2914 ;;tRNA;2349695;2349769;6;*;aac ;;tRNA;2349776;2349851;126;*;atgf fin;;CDS;2349978;2350976;;; deb;;CDS;2375597;2375872;14;*; ;;regulatory;2375887;2376057;106;*; fin;;CDS;2376164;2377375;;; deb;;CDS;2464578;2465114;271;*; ;comp;tRNA;2465386;2465461;432;*;aca fin;;CDS;2465894;2466226;;0; deb;;CDS;2471030;2471977;69;*; ;;tRNA;2472047;2472133;148;*;ctg fin;;CDS;2472282;2472431;;; deb;;CDS;2478637;2479455;61;*; ;;misc_b;2479517;2479758;48;*; fin;;CDS;2479807;2480301;;; deb;comp;CDS;2488189;2488956;8;*; ;comp;regulatory;2488965;2489129;204;*; fin;;CDS;2489334;2491055;;; deb;;CDS;2495461;2496048;402;*; ;comp;tRNA;2496451;2496527;4;*;gtc ;comp;tRNA;2496532;2496609;175;*;atgj deb;;CDS;2496785;2497120;217;*; ;comp;tRNA;2497338;2497420;7;*;ctc ;comp;tRNA;2497428;2497503;18;*;acc ;comp;tRNA;2497522;2497596;14;*;tgg ;comp;tRNA;2497611;2497684;19;*;ggg ;comp;tRNA;2497704;2497778;7;*;ggc ;comp;tRNA;2497786;2497873;8;*;ttg ;comp;tRNA;2497882;2497958;293;*;gtg ;;tRNA;2498252;2498328;314;*;ccg fin;comp;CDS;2498643;2499167;;0; deb;;CDS;2525576;2528362;87;*; ;;ncRNA;2528450;2528627;152;*; fin;;CDS;2528780;2529436;;; deb;;CDS;2554799;2554984;109;*; ;;tRNA;2555094;2555169;2;*;gaa ;;tRNA;2555172;2555247;6;*;ttc ;;tRNA;2555254;2555338;4;*;tac ;;tRNA;2555343;2555417;18;*;caa ;;tRNA;2555436;2555511;4;*;aaa ;;tRNA;2555516;2555590;9;*;ggc ;;tRNA;2555600;2555675;117;*;cac fin;comp;CDS;2555793;2557220;;; deb;comp;CDS;2792990;2793442;223;*; ;comp;rRNA;2793666;2796579;240;*;2914 ;comp;tRNA;2796820;2796895;6;*;gca ;comp;tRNA;2796902;2796978;64;*;atc ;comp;rRNA;2797043;2797159;337;*;117 ;comp;rRNA;2797497;2799018;506;*;1522 ;comp;tRNA;2799525;2799599;1;*;ggc ;comp;tRNA;2799601;2799687;32;*;ctg ;comp;tRNA;2799720;2799796;42;*;ccc ;comp;tRNA;2799839;2799915;4;*;cgt ;comp;tRNA;2799920;2799994;120;*;ggc ;comp;tRNA;2800115;2800192;42;*;atgj ;comp;tRNA;2800235;2800325;16;*;agc ;comp;tRNA;2800342;2800417;6;*;atgf ;comp;tRNA;2800424;2800498;7;*;aac ;comp;tRNA;2800506;2800581;4;*;gaa ;comp;tRNA;2800586;2800661;18;*;aaa ;comp;tRNA;2800680;2800754;4;*;caa ;comp;tRNA;2800759;2800843;91;*;tac ;comp;tRNA;2800935;2801011;7;*;gtc ;comp;tRNA;2801019;2801093;325;*;tgc fin;;CDS;2801419;2801724;;; deb;;CDS;3032538;3032729;109;*; ;comp;rRNA;3032839;3035753;237;*;2915 ;comp;tRNA;3035991;3036066;64;*;gcc ;comp;rRNA;3036131;3036247;262;*;117 ;comp;rRNA;3036510;3038031;774;*;1522 fin;comp;CDS;3038806;3040017;;; </pre> ===cbei=== ====cbei opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_opérons|cbei opérons]] <pre> 29.65%GC;29.7.19 Paris;16s 16 ;;;;;;;; Clostridium beijerinckii strain NCIMB 14988;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé ;6477551..6480031;;CDS;;496;496;;;827; ;6480528..6482044;;16s;;213;;;;; ;6482258..6485171;;23s;;108;;;;; ;6485280..6485394;;5s;;14;;;;; ;15..91;;atgi;;1;;;1;; ;93..168;;gca;;85;85;;;;85 ;254..769;;CDS;;1940;;;;172; ;;;;;;;;;; ;2710..2937;;CDS;;119;119;;;76;119 ;3057..3147;;tca;+;30;;30;;; ;3178..3268;;agc;2 tca;241;;*241;;; ;3510..3600;;tca;2 agc;18;;18;;; ;3619..3709;;agc;;125;125;;;; ;3835..4350;;CDS;;9470;;;;172; ;;;;;;;;;; ;13821..14726;;CDS;;187;187;;;302; ;14914..14988;;cgt;;34;34;;;;34 comp;15023..15913;;CDS;;109014;;;;297; ;;;;;;;;;; ;124928..125338;;CDS;;275;275;;;137;275 ;125614..125702;;tta;+;20;;20;;; ;125723..125798;;atgf;4 tta;7;;7;;; ;125806..125882;;atgj;4 atgf;6;;6;;; ;125889..125977;;tta;2 atgj;22;;22;;; ;126000..126075;;atgf;;7;;7;;; ;126083..126159;;atgj;;6;;6;;; ;126166..126254;;tta;;21;;21;;; ;126276..126351;;atgf;;70;;70;;; ;126422..126510;;tta;;21;;21;;; ;126532..126607;;atgf;;664;664;;;; ;127272..129683;;CDS;;8954;;;;804; ;;;;;;;;;; ;138638..140143;;CDS;;307;307;;;502; ;140451..140525;;aac;+;234;;*234;;; ;140760..140834;;aac;3 aac;439;;*439;;; ;141274..141348;;aac;@6;299;299;;;;299 ;141648..143039;;CDS;;1587;;;;464; ;;;;;;;;;; comp;144627..145649;;CDS;;543;543;;;341; ;146193..147709;;16s;;140;;;;; ;147850..147925;;gca;;3;;;3;; ;147929..148005;;atc;;111;;;;; ;148117..151030;;23s;;70;;;;; ;151101..151217;;5s;;5;;;5;; ;151223..151298;;ttc;;4;;;;; ;151303..151377;;tgc;;167;167;;;;167 ;151545..151841;;CDS;;25608;;;;99; ;;;;;;;;;; ;177450..178097;;CDS;;76;76;;;216; ;178174..178249;;acc;;65;65;;;;65 ;178315..179508;;CDS;;134221;;;;398; ;;;;;;;;;; ;313730..316207;;CDS;;90;90;;;826;90 ;316298..316382;;cta;;4;;4;;; ;316387..316461;;ggg;;120;120;;;; comp;316582..316986;;CDS;;85487;;;;135; ;;;;;;;;;; ;402474..402953;;CDS;;125;125;;;160;125 ;403079..403154;;cca;+;17;;17;;; ;403172..403245;;gga;2x;149;;*149;;; ;403395..403471;;aga;cca gga aga;6;;6;;; ;403478..403553;;cca;;16;;16;;; ;403570..403643;;gga;;35;;35;;; ;403679..403755;;aga;;5;;5;;; ;403761..403836;;cac;;3;;3;;; ;403840..403914;;caa;2x;7;;7;;; ;403922..403997;;aaa;caa aaa cta ;18;;18;;; ;404016..404100;;cta;ggc gga ;5;;5;;; ;404106..404180;;ggc;;25;;25;;; ;404206..404279;;gga;;5;;5;;; ;404285..404360;;aag;;57;;57;;; ;404418..404492;;caa;;7;;7;;; ;404500..404575;;aaa;;18;;18;;; ;404594..404678;;cta;;5;;5;;; ;404684..404758;;ggc;;25;;25;;; ;404784..404857;;gga;;46;;46;;; ;404904..404980;;cga;;325;325;;;; <;405306..405467;;CDS;;8393;;;;54; ;;;;;;;;;; ;413861..415921;;CDS;;385;385;;;687; ;416307..417823;;16s;@5;132;;;;; ;417956..418032;;atc;;84;;;;; ;418117..421031;;23s;;71;;;;; ;421103..421177;;aac;;345;345;;;;345 ;421523..422449;;CDS;;63814;;;;309; ;;;;;;;;;; ;486264..486668;;CDS;;159;159;;;135;159 ;486828..486912;;tac;+;9;;9;;; ;486922..486997;;gta;3 tac;27;;27;;; ;487025..487099;;aca;2 gta;12;;12;;; ;487112..487196;;tac;2 aca;9;;9;;; ;487206..487281;;gta;;30;;30;;; ;487312..487386;;aca;;12;;12;;; ;487399..487483;;tac;;451;451;;;; ;487935..489110;;CDS;;50956;;;;392; ;;;;;;;;;; ;540067..540969;;CDS;;187;187;;;301;187 ;541157..541231;;tgg;;208;208;;;; ;541440..541820;;CDS;;97;;;;127; ;;;;;;;;;; comp;541918..542985;;CDS;;252;252;;;356;252 ;543238..543312;;tgg;;354;354;;;; ;543667..544683;;CDS;;347735;;;;339; ;;;;;;;;;; ;892419..893339;;CDS;;560;560;;;307; ;893900..895416;;16s;;137;;;;; ;895554..895629;;gca;;118;;;;; ;895748..898661;;23s;;204;;;;; ;898866..898982;;5s;;552;552;;;;*552 ;899535..900446;;CDS;;351;;;;304; ;;;;;;;;;; ;900798..902048;;CDS;;704;704;;;417; ;902753..904269;;16s;;339;;;;; ;904609..907522;;23s;;273;;;;; ;907796..907912;;5s;;69;69;;;;69 comp;907982..908449;;CDS;;43545;;;;156; ;;;;;;;;;; ;951995..952630;;CDS;;97;97;;;212;97 ;952728..952813;;ctc;;396;396;;;; ;953210..954919;;CDS;;784414;;;;570; ;;;;;;;;;; ;1739334..1739933;;CDS;;380;380;;;200;380 ;1740314..1740389;;cac;;3;;3;;; ;1740393..1740467;;cag;;5;;5;;; ;1740473..1740548;;aaa;;443;443;;;; comp;1740992..1742350;;CDS;;151829;;;;453; ;;;;;;;;;; ;1894180..1895406;;CDS;;34;34;;;409;34 comp;1895441..1895527;;ttg;;574;574;;;; ;1896102..1896794;;CDS;;200701;;;;231; ;;;;;;;;;; ;2097496..2097915;;CDS;;722;722;;;140; ;2098638..2100154;;16s;;502;;;;; ;2100657..2103569;;23s;;205;;;;; ;2103775..2103891;;5s;;315;315;;;;315 ;2104207..2104905;;CDS;;234313;;;;233; ;;;;;;;;;; ;2339219..2340322;;CDS;;662;662;;;368; ;2340985..2342501;;16s;;338;;;;; ;2342840..2345755;;23s;;140;;;;; ;2345896..2345970;;aac;;3;;;;; ;2345974..2346090;;5s;;429;429;;;;429 ;2346520..2348088;;CDS;;3574;;;;523; ;;;;;;;;;; ;2351663..2352139;;CDS;;568;568;;;159; ;2352708..2354224;;16s;;338;;;;; ;2354563..2357477;;23s;;140;;;;; ;2357618..2357692;;aac;;3;;;;; ;2357696..2357812;;5s;;90;90;;;;90 ;2357903..2358316;;CDS;;406783;;;;138; ;;;;;;;;;; ;2765100..2765525;;CDS;;625;625;;;142; ;2766151..2767667;;16s;;503;;;;; ;2768171..2771082;;23s;;202;;;;; ;2771285..2771401;;5s;;5;;;;; ;2771407..2771482;;ttc;;6;;;6;; ;2771489..2771565;;gac;;25;;;25;; ;2771591..2771665;;gaa;;448;448;;;;448 ;2772114..2774864;;CDS;;781818;;;;917; ;;;;;;;;;; ;3556683..3557051;;CDS;;565;565;;;123;*565 ;3557617..3557691;;gag;;925;925;;;; comp;3558617..3559759;;CDS;;192275;;;;381; ;;;;;;;;;; comp;3752035..3752652;;CDS;;245;245;;;206;245 comp;3752898..3752985;;agt;@1;711;711;;;; comp;3753697..3755112;;CDS;;501326;;;;472; ;;;;;;;;;; comp;4256439..4258403;;CDS;;267;267;;;655;267 comp;4258671..4258746;;aaa;;79;;79;;; comp;4258826..4258901;;cac;;7;;7;;; comp;4258909..4258985;;aga;;35;;35;;; comp;4259021..4259094;;gga;;752;752;;;; ;4259847..4260392;;CDS;;619853;;;;182; ;;;;;;;;;; comp;4880246..4880488;;CDS;;508;508;;;81;*508 comp;4880997..4881113;;5s;;274;;;;; comp;4881388..4884300;;23s;;578;;;;; comp;4884879..4886395;;16s;;703;703;;;; comp;4887099..4888034;;CDS;;1272704;;;;312; ;;;;;;;;;; comp;6160739..6161977;;CDS;;343;343;;;413; ;6162321..6162396;;cca;;242;242;;;;242 ;6162639..6163283;;CDS;;2040;;;;215; ;;;;;;;;;; ;6165324..6165734;;CDS;;222;222;;;137; comp;6165957..6166032;;ttc;;5;;;;; comp;6166038..6166154;;5s;@2;188;188;;;;188 ;6166343..6167074;;CDS;;8085;;;;244; ;;;;;;;;;; comp;6175160..6175597;;CDS;;249;249;;;146;249 comp;6175847..6175922;;gca;;1;;;1;; comp;6175924..6176000;;atgi;;44;;;;; comp;6176045..6176161;;5s;;138;;;;; comp;6176300..6179216;;23s;;339;;;;; comp;6179556..6181072;;16s;;567;567;;;; comp;6181640..6182446;;CDS;;223;;;;269; ;;;;;;;;;; ;6182670..6183419;;CDS;;190;190;;;250;190 comp;6183610..6183685;;aaa;+;5;;;;; comp;6183691..6183807;;5s;2 aaa;159;159;;;;159 comp;6183967..6184914;;CDS;@3;294;294;;;316;294 comp;6185209..6185284;;aaa;;7;;;;; comp;6185292..6185408;;5s;;138;;;;; comp;6185547..6188463;;23s;;339;;;;; comp;6188803..6190319;;16s;;771;771;;;; comp;6191091..6192203;;CDS;;7306;;;;371; ;;;;;;;;;; comp;6199510..6202059;;CDS;;661;661;;;850; comp;6202721..6202837;;5s;@4;139;;;;; comp;6202977..6205893;;23s;;339;;;;; comp;6206233..6207749;;16s;;1102;;;;; comp;6208852..6208968;;5s;;138;;;;; comp;6209107..6212023;;23s;;339;;;;; comp;6212363..6213879;;16s;;502;502;;;;*502 comp;6214382..6215329;;CDS;;90019;;;;316; ;;;;;;;;;; comp;6305349..6306314;;CDS;;123;123;;;322;123 comp;6306438..6306527;;tcc;;281;281;;;; comp;6306809..6307984;;CDS;;66527;;;;392; ;;;;;;;;;; ;6374512..6375684;;CDS;;125;125;;;391;125 comp;6375810..6375884;;agg;;303;303;;;; comp;6376188..6378578;;CDS;;13398;;;;797; ;;;;;;;;;; comp;6391977..6392753;;CDS;;114;114;;;259;114 comp;6392868..6392984;;5s;;134;;;;; comp;6393119..6396033;;23s;;214;;;;; comp;6396248..6397764;;16s;;1120;;;;; comp;6398885..6399001;;5s;;139;;;;; comp;6399141..6402055;;23s;;214;;;;; comp;6402270..6403786;;16s;;748;748;;;; comp;6404535..6405107;;CDS;;31702;;;;191; ;;;;;;;;;; ;6436810..6437790;;CDS;;192;192;;;327; comp;6437983..6438059;;gac;+;6;;6;;; comp;6438066..6438141;;gta;3x;14;;14;;; comp;6438156..6438230;;gaa;gac gta ;29;;29;;; comp;6438260..6438334;;aca;gaa aca – 1;10;;10;;; comp;6438345..6438421;;gac;;6;;6;;; comp;6438428..6438503;;gta;;16;;16;;; comp;6438520..6438594;;gaa;;29;;29;;; comp;6438624..6438698;;aca;;10;;10;;; comp;6438709..6438785;;gac;;6;;6;;; comp;6438792..6438867;;gta;;14;;14;;; comp;6438882..6438956;;gaa;;162;162;;;;162 comp;6439119..6439685;;CDS;;37865;;;;189; </pre> ====cbei cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_cumuls|cbei cumuls]] <pre> cbei cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;17;1;0;2;1;0;1;0;100;4 ;16 23 5s 0;7;20;34;3;50;2;50;2;200;19 ;16 atc gca;1;40;12;1;100;7;100;6;300;11 ;16 23 5s a;4;60;2;0;150;7;150;5;400;20 ;max a;4;80;2;0;200;9;200;7;500;6 ;a doubles;1;100;0;0;250;5;250;3;600;3 ;autres;6;120;0;0;300;6;300;5;700;2 ;total aas;19;140;0;0;350;6;350;2;800;1 sans ;opérons;20;160;1;0;400;4;400;1;900;4 ;1 aa;11;180;0;0;450;3;450;2;1000;1 ;max a;19;200;0;0;500;2;500;0;1100;0 ;a doubles;5;;3;0;;21;;4;;0 ;total aas;74;;54;6;;72;;37;;71 total aas;;93;;;;;;;;; remarques;;6;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;18;7;;350;;195;;328 ;;;variance;17;9;;225;;111;;206 </pre> ====cbei blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_blocs|cbei blocs]] <pre> cbei blocs;;;; 16s;213;503;339; 23s;108;202;138; 5s;14;5;44; atgi;atgi;ttc;atgi; ;;;; 16s;339;502;578; 23s;273;205;274; 5s;;;; ;;;; aaa;5;;; 5s;159;5s;139;134 cds;294;23s;339;214 aaa;7;16s;1102;1120 5s;138;5s;138;139 23s;339;23s;339;214 16s;;16s;; ;;;; 16s;338;338;16s;140 23s;140;140;gca;3 aac;3;3;atc;111 5s;aac;aac;23s;70 ;;;5s;5 ;;;ttc; ;;;; 16s;137;;16s;132 gca;118;;atc;84 23s;204;;23s;71 5s;;;aac; ;;;; ttc;5;;; 5s;;;; </pre> ====cbei distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_distribution|cbei distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4 aac 3 -5 et 3 >1;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt; aaa 2 +5 et 4 >1;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gca 2+16s, 2+5s;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;3;tgc; les +5s sont;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;3;agc;2 des 1-3aas;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt; ;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;2 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;2;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;3 ;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;1 ;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;3;gga;5 ;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; ;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;1;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 ;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;cbei;;11;;;;;11;;cbei;63;;;;;;63 </pre> ====cbei données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_données_intercalaires|cbei données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cbei;fx;fc;cbei;fx40;fc40;cbei;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;19;0;0;19;-1;;71;85;34;5s 16s;;;tRNA tRNA;;intra;tRNA tRNA;suite; ;0;10;6;249;1;3;55;-2;;0;119;120;1107;;;3;;gca atc;17;;cca ;1;20;12;375;2;1;39;-3;;0;125;252;1125;;;tRNA tRNA;;contig;149;;gga ;0;30;7;204;3;0;23;-4;2;83;187;443;5s CDS;;;1;;atgi;6;;aga 2;0;40;10;126;4;0;36;-5;1;0;275;34;552;69;;**;;gca;16;;cca ;0;50;10;119;5;0;17;-6;;0;664;574;315;188;;4;;ttc;35;;gga ;0;60;24;126;6;1;16;-7;;8;307;505;429;114;;**;;tgc;5;;aga ;1;70;30;98;7;0;8;-8;1;72;299;752;90;;;6;;ttc;3;;cac ;1;80;25;95;8;0;15;-9;;0;681;343;508;;;25;;gac;7;;caa ;2;90;19;100;9;0;23;-10;;5;76;222;159;;;**;;gaa;18;;aaa ;1;100;33;101;10;1;17;-11;;38;65;190;661;;;1;;gca;5;;cta ;0;110;34;103;11;3;48;-12;;0;90;125;23s 5s;;;**;;atgi;25;;ggc 1;1;120;29;89;12;2;51;-13;;4;125;192;70;;;tRNA tRNA;;;5;;gga 1;2;130;34;79;13;0;41;-14;;21;325;;204;;;30;;tca;57;;aag ;1;140;38;85;14;0;47;-15;;0;345;;273;;;241;;agc;7;;caa ;0;150;31;103;15;1;43;-16;;3;159;;205;;;18;;tca;18;;aaa ;1;160;47;86;16;2;29;-17;;21;451;;202;;;**;;agc;5;;cta ;1;170;32;86;17;0;25;-18;;0;187;;274;;;20;;tta;25;;ggc ;0;180;30;78;18;0;38;-19;;2;208;;138;;;7;;atgf;46;;gga 1;2;190;33;68;19;2;23;-20;;11;354;;138;;;6;;atgj;**;;cga 1;0;200;24;79;20;2;30;-21;1;0;97;;139;;;22;;tta;9;;tac ;1;210;38;63;21;2;32;-22;;1;396;;138;;;7;;atgf;27;;gta ;0;220;23;76;22;0;25;-23;;9;380;;134;;;6;;atgj;12;;aca 1;0;230;28;60;23;0;18;-24;;0;448;;139;;;21;;tta;9;;tac ;0;240;25;61;24;0;21;-25;1;1;565;;108;;;70;;atgf;30;;gta ;3;250;35;47;25;0;23;-26;1;10;248;;16s tRNA;;;21;;tta;12;;aca 1;0;260;23;60;26;1;22;-27;;0;13;;140;;gca;**;;atgf;**;;tac ;1;270;17;62;27;0;18;-28;;4;267;;132;;atc;234;;aac;3;;cac ;1;280;21;62;28;1;11;-29;;5;242;;137;;gca;439;;aac;5;;cag ;1;290;18;48;29;2;16;-30;;0;249;;tRNA 23s;;;**;;aac;**;;aaa ;2;300;26;53;30;1;18;-31;;0;294;;111;;atc;3;;gca;79;;aaa ;2;310;21;38;31;0;18;-32;;0;135;;84;;atc;**;;atc;7;;cac ;0;320;24;38;32;1;13;-33;;0;281;;71;;aac;4;;cta;35;;aga ;1;330;23;46;33;1;11;-34;;0;303;;118;;gca;**;;ggg;**;;gga ;0;340;17;36;34;2;12;-35;;4;162;;140;;aac;;;;6;;gac 1;1;350;18;40;35;0;13;-36;;0;CDS 16s;;140;;aac;;;;14;;gta ;1;360;15;28;36;1;9;-37;;1;548;;5s tRNA;;;;;;29;;gaa ;0;370;15;35;37;0;8;-38;1;4;390;;5;;ttc;;;;10;;aca ;1;380;18;35;38;2;11;-39;;0;565;;3;;aac;;;;6;;gac ;0;390;20;37;39;2;15;-40;;1;709;;3;;aac;;;;16;;gta ;1;400;13;25;40;1;16;-41;;1;727;;5;;ttc;;;;29;;gaa 4;5;reste;262;597;reste;1177;3037;-42;;0;667;;5;;ttc;;;;10;;aca 13;35;total;1208;4015;total;1212;4010;-43;;1;573;;44;;atgi;;;;6;;gac 9;30;diagr;946;3399;diagr;35;954;-44;;2;282;;5;;aaa;;;;14;;gta 0;1; t30;25;828;;;;-45;;0;703;;7;;aaa;;;;**;;gaa ;;;;;;;;-46;1;0;572;;14;;atgi;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;776;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;507;;;;;;;;;; ;x;1212;10;0;1222;;;-49;;1;753;;;;;;;;;; ;c;3991;390;19;4400;;;-50;;1;501;;;;;;;;;; ;;;;;5622;192;;reste;1;4;;;;;;;;;;; ;;;;;;5814;;total;10;390;;;;;;;;;;; </pre> =====cbei autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires_aas|cbei autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbei;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas ;tRNA;15;1;;atgi ;tRNA;93;85;;gca fin;CDS;254;;; deb;CDS;2710;119;; ;tRNA;3057;30;;tca ;tRNA;3178;241;;agc ;tRNA;3510;18;;tca ;tRNA;3619;125;;agc fin;CDS;3835;;; deb;CDS;13821;187;; ;tRNA;14914;34;;cgt fin;CDS;15023;;comp; deb;CDS;124928;275;; ;tRNA;125614;20;;tta ;tRNA;125723;7;;atgf ;tRNA;125806;6;;atgj ;tRNA;125889;22;;tta ;tRNA;126000;7;;atgf ;tRNA;126083;6;;atgj ;tRNA;126166;21;;tta ;tRNA;126276;70;;atgf ;tRNA;126422;21;;tta ;tRNA;126532;664;;atgf fin;CDS;127272;;; deb;CDS;138638;307;; ;tRNA;140451;234;;aac ;tRNA;140760;439;;aac ;tRNA;141274;299;;aac fin;CDS;141648;;; deb;CDS;144627;548;; 16s;rRNA;146198;140;; ;tRNA;147850;3;;gca ;tRNA;147929;111;;atc 23s;rRNA;148117;70;; 5s;rRNA;151101;5;; ;tRNA;151223;4;;ttc ;tRNA;151303;681;;tgc fin;CDS;152059;;; deb;CDS;177450;76;; ;tRNA;178174;65;;acc fin;CDS;178315;;; deb;CDS;313730;90;; ;tRNA;316298;4;;cta ;tRNA;316387;120;;ggg fin;CDS;316582;;comp; deb;CDS;402474;125;; ;tRNA;403079;17;;cca ;tRNA;403172;149;;gga ;tRNA;403395;6;;aga ;tRNA;403478;16;;cca ;tRNA;403570;35;;gga ;tRNA;403679;5;;aga ;tRNA;403761;3;;cac ;tRNA;403840;7;;caa ;tRNA;403922;18;;aaa ;tRNA;404016;5;;cta ;tRNA;404106;25;;ggc ;tRNA;404206;5;;gga ;tRNA;404285;57;;aag ;tRNA;404418;7;;caa ;tRNA;404500;18;;aaa ;tRNA;404594;5;;cta ;tRNA;404684;25;;ggc ;tRNA;404784;46;;gga ;tRNA;404904;325;;cga fin;CDS;405306;;; deb;CDS;413861;390;; 16s;rRNA;416312;132;; ;tRNA;417956;84;;atc 23s;rRNA;418117;71;; ;tRNA;421103;345;;aac fin;CDS;421523;;; deb;CDS;486264;159;; ;tRNA;486828;9;;tac ;tRNA;486922;27;;gta ;tRNA;487025;12;;aca ;tRNA;487112;9;;tac ;tRNA;487206;30;;gta ;tRNA;487312;12;;aca ;tRNA;487399;451;;tac fin;CDS;487935;;; deb;CDS;540067;187;; ;tRNA;541157;208;;tgg fin;CDS;541440;;; deb;CDS;541918;252;comp; ;tRNA;543238;354;; fin;CDS;543667;;; deb;CDS;772270;262;; ;tmRNA;774356;871;; fin;CDS;775585;;; deb;CDS;892419;565;; 16s;rRNA;893905;137;; ;tRNA;895554;118;;gca 23s;rRNA;895748;204;; 5s;rRNA;898866;552;; fin;CDS;899535;;; deb;CDS;900798;709;; 16s;rRNA;902758;339;; 23s;rRNA;904609;273;; 5s;rRNA;907796;69;; fin;CDS;907982;;comp; deb;CDS;951995;97;; ;tRNA;952728;396;;ctc fin;CDS;953210;;; deb;CDS;1017389;70;; ;ncRNA;1017765;758;; fin;CDS;1018872;;; deb;CDS;1646835;56;; ;ncRNA;1647290;182;; fin;CDS;1647666;;comp; deb;CDS;1739334;380;; ;tRNA;1740314;3;;cac ;tRNA;1740393;5;;cag ;tRNA;1740473;443;;aaa fin;CDS;1740992;;comp; deb;CDS;1846157;-183;; ;gene;1847876;588;; fin;CDS;1848647;;; deb;CDS;1894180;34;; ;tRNA;1895441;574;comp;ttg fin;CDS;1896102;;; deb;CDS;2097496;727;; 16s;rRNA;2098643;502;; 23s;rRNA;2100657;205;; 5s;rRNA;2103775;315;; fin;CDS;2104207;;; deb;CDS;2296804;104;; ;ncRNA;2297577;380;comp; fin;CDS;2298150;;; deb;CDS;2305297;275;; ;ncRNA;2306778;230;comp; fin;CDS;2307274;;; deb;CDS;2339219;667;; 16s;rRNA;2340990;338;; 23s;rRNA;2342840;140;; ;tRNA;2345896;3;;aac 5s;rRNA;2345974;429;; fin;CDS;2346520;;; deb;CDS;2351663;573;; 16s;rRNA;2352713;338;; 23s;rRNA;2354563;140;; ;tRNA;2357618;3;;aac 5s;rRNA;2357696;90;; fin;CDS;2357903;;; deb;CDS;2765706;282;; 16s;rRNA;2766156;503;; 23s;rRNA;2768171;202;; 5s;rRNA;2771285;5;; ;tRNA;2771407;6;;ttc ;tRNA;2771489;25;;gac ;tRNA;2771591;448;;gaa fin;CDS;2772114;;; deb;CDS;3556683;565;; ;tRNA;3557617;505;;gag fin;CDS;3558197;;comp; deb;CDS;3752035;248;comp; ;tRNA;3752901;13;comp;agt fin;CDS;3752999;;comp; deb;CDS;4256439;267;comp; ;tRNA;4258671;79;comp;aaa ;tRNA;4258826;7;comp;cac ;tRNA;4258909;35;comp;aga ;tRNA;4259021;752;comp;gga fin;CDS;4259847;;; deb;CDS;4880246;508;comp; 5s;rRNA;4880997;274;comp; 23s;rRNA;4881388;578;comp; 16s;rRNA;4884879;703;comp; fin;CDS;4887099;;comp; deb;CDS;6160739;343;comp; ;tRNA;6162321;242;;cca fin;CDS;6162639;;; deb;CDS;6165324;222;; ;tRNA;6165957;5;comp;ttc 5s;rRNA;6166038;188;comp; fin;CDS;6166343;;; deb;CDS;6175160;249;comp; ;tRNA;6175847;1;comp;gca ;tRNA;6175924;44;comp;atgi 5s;rRNA;6176045;138;comp; 23s;rRNA;6176300;339;comp; 16s;rRNA;6179556;572;comp; fin;CDS;6181640;;comp; deb;CDS;6182670;190;; ;tRNA;6183610;5;comp;aaa 5s;rRNA;6183691;159;comp; deb;CDS;6183967;294;comp; ;tRNA;6185209;7;comp;aaa 5s;rRNA;6185292;138;comp; 23s;rRNA;6185547;339;comp; 16s;rRNA;6188803;776;comp; fin;CDS;6191091;;comp; deb;CDS;6199510;661;comp; 5s;rRNA;6202721;139;comp; 23s;rRNA;6202977;339;comp; 16s;rRNA;6206233;1107;comp; 5s;rRNA;6208852;138;comp; 23s;rRNA;6209107;339;comp; 16s;rRNA;6212363;507;comp; fin;CDS;6214382;;comp; deb;CDS;6256716;154;; ;ncRNA;6257755;316;comp; fin;CDS;6258338;;comp; deb;CDS;6305349;135;comp; ;tRNA;6306438;281;comp;tcc fin;CDS;6306809;;comp; deb;CDS;6374512;125;; ;tRNA;6375810;303;comp;agg fin;CDS;6376188;;comp; deb;CDS;6391977;114;comp; 5s;rRNA;6392868;134;comp; 23s;rRNA;6393119;214;comp; 16s;rRNA;6396248;1125;comp; 5s;rRNA;6398885;139;comp; 23s;rRNA;6399141;214;comp; 16s;rRNA;6402270;753;comp; fin;CDS;6404535;;comp; deb;CDS;6436810;192;; ;tRNA;6437983;6;comp;gac ;tRNA;6438066;14;comp;gta ;tRNA;6438156;29;comp;gaa ;tRNA;6438260;10;comp;aca ;tRNA;6438345;6;comp;gac ;tRNA;6438428;16;comp;gta ;tRNA;6438520;29;comp;gaa ;tRNA;6438624;10;comp;aca ;tRNA;6438709;6;comp;gac ;tRNA;6438792;14;comp;gta ;tRNA;6438882;162;comp;gaa fin;CDS;6439119;;comp; deb;CDS;6477551;501;; 16s;rRNA;6480533;213;; 23s;rRNA;6482258;108;; 5s;rRNA;6485280;14;; </pre> ====cbei intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_entre_cds|cbei intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> cbei;2.2.21 Paris;;cbei 31.7.20;;;;;;;;; cbei;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;400;7.1;'''négatif ;-11;12;-1 à -64;'''6 485 394;-1;400;610;14 ;'''zéro;19;0.3;;;;;'''intercals;0;19;620;19 ;'''1 à 200;2957;52.6;'''0 à 200;83;61;;'''1 159 420;5;174;630;8 ;'''201 à 370;1240;22.1;'''201 à 370;275;48;;'''17.9%;10;81;640;14 ;'''371 à 600;713;12.7;'''371 à 600;464;66;;;15;236;650;10 ;'''601 à max;293;5.2;'''601 à 1028;808;203;;;20;151;660;8 ;'''total 5623;<201;60.0;'''total 5620;205;211;-64 à 1555;;25;121;670;13 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;90;680;7 1860894;2121;-1;400;-70;1;;0;19;35;71;690;9 1898453;1881;0;19;-60;4;;-1;°71;40;65;700;14 4639922;1555;1;°58;-50;1;;-2;0;45;61;710;7 6361933;1545;2;°40;-40;8;;-3;0;50;68;720;8 5176736;1499;3;23;-30;10;'''min à -1;-4;°85;55;81;730;6 2532196;1482;4;36;-20;44;400;-5;1;60;69;740;12 3181990;1469;5;17;-10;94;7.1%;-6;0;65;68;750;5 4033167;1431;6;17;0;257;;-7;8;70;60;760;6 4590435;1429;7;8;10;255;;-8;°73;75;70;770;7 3571512;1391;8;15;20;387;;-9;0;80;50;780;4 4428508;1372;9;23;30;211;;-10;5;85;61;790;8 5504697;1348;10;18;40;136;;-11;°38;90;58;800;4 1486045;1326;11;°51;50;129;;-12;0;95;76;810;2 2570075;1302;12;°53;60;150;;-13;4;100;58;820;6 4602139;1289;13;41;70;128;'''1 à 100;-14;°21;105;68;830;5 3981561;1239;14;°47;80;120;1769;-15;0;110;69;840;5 4621836;1226;15;°44;90;119;31.5%;-16;3;115;53;850;3 4088892;1221;16;31;100;134;;-17;°21;120;65;860;2 4296061;1207;17;25;110;137;;-18;0;125;48;870;2 6061011;1205;18;°38;120;118;;-19;2;130;65;880;5 2648455;1201;19;25;130;113;;-20;°11;135;65;890;2 4064421;1178;20;32;140;123;;-21;1;140;58;900;4 4839562;1176;21;°34;150;134;;-22;1;145;67;910;4 3909835;1173;22;25;160;133;;-23;°9;150;67;920;4 2456047;1153;23;18;170;118;'''1 à 200;-24;0;155;65;930;1 3569689;1127;24;21;180;108;2957;-25;2;160;68;940;2 3023607;1112;25;°23;190;101;52.6%;-26;°11;165;64;950;0 4726206;1107;26;°23;200;103;;-27;0;170;54;960;3 1550735;1102;27;18;210;101;;-28;4;175;53;970;3 4395515;1078;28;12;220;99;;-29;°5;180;55;980;1 1099864;1072;29;18;230;88;;-30;0;185;44;990;2 3075992;1065;30;°19;240;86;;-31;0;190;57;1000;4 3857530;1064;31;°18;250;82;'''0 à 200;-32;0;195;51;1010;3 776201;1058;32;14;260;83;2976;;395;200;52;1020;4 2291086;1058;33;12;270;79;;reste;24;205;53;1030;2 5939293;1054;34;°14;280;83;;total;419;210;48;1040;3 2680682;1051;35;°13;290;66;;;;215;38;1050;0 3035780;1051;36;10;300;79;;;;220;61;1060;5 4035399;1040;37;8;310;59;;'''intercal;'''<u>frequencef;225;45;1070;2 6351672;1032;38;13;320;62;;600;5330;230;43;1080;2 2453621;1031;39;°17;330;69;;650;65;235;40;1090;0 5871985;1027;40;°17;340;53;'''201 à 370;700;51;240;46;1100;0 5197163;1021;reste;4215;350;58;1240;750;38;245;39;1110;2 ;;total;5623;360;43;22.1%;800;29;250;43;1120;1 ;;;;370;50;;850;21;255;46;1130;1 ;;;;380;53;;900;15;260;37;1140;0 ;;;;390;57;;950;11;265;38;1150;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;38;;1000;13;270;41;1160;1 4624137;-110;shift 2;673;410;48;;1050;12;275;48;1170;0 1868484;-64;shift 2;608;420;44;;1100;9;280;35;1180;3 3204859;-64;shift 2;665;430;32;;1150;4;285;37;1190;0 2485518;-62;shift 2;184;440;36;;1200;4;290;29;1200;0 3963063;-60;;;450;42;;1250;6;295;41;reste;21 2029018;-50;;;460;39;;1300;1;300;38;total;293 5912545;-49;;;470;28;;1350;3;305;30;; 5354783;-47;;;480;27;;1400;2;310;29;; 1515675;-46;;;490;24;;1450;2;315;28;; 4067020;-44;;;500;28;;1500;3;320;34;; 5920392;-44;;;510;23;;1550;1;325;33;; 1552479;-43;;;520;19;;1600;1;330;36;; 330305;-41;;;530;23;;;291;335;26;; 4488902;-40;;;540;27;'''371 à 600;;;340;27;; 2489800;-38;;;550;18;714;;;345;33;; 2856876;-38;;;560;27;12.7%;;;350;25;; 4401424;-38;;;570;21;;;;355;26;; 4678887;-38;;;580;20;'''601 à max;;;360;17;; 5785183;-38;;;590;20;293;;;365;28;; 3964014;-37;;;600;20;5.2%;;;370;22;; 1257344;-35;;;reste;293;;reste;2;reste;1007;; 4675094;-35;;;total;5623;;total;5623;total;5623;; </pre> ====cbei intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cbei Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;20.2.22; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; pmq;min10;1613;4170;5783;455;-834;-652;182;-867;-826;-61;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; 32;217;0.15;1926;5302;3;5;22;142;68;1155;-203;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; cbei;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;32;-258;570;-3.2;723;269;max160;&-46;339;-824;83;780;246;min50 31 à 400;12.7;-134;357;3.5;790;352;*;&-1.4;16;-123;40;937;391;1 partie droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;5;26;-;4;poly;708;tF;&123;50;-;566;poly;214;SF 31 à 400;36;30;-;345;poly;445;tF *;&75;37;-;929;dte;8;Sf * diagramme en effectifs de 1 à 600;;;;;;;;;;;;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélation et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;;;;; 41-n;0.402;-0.509;-0.375;;;;;0.272;;;;;;;;complément à 800;; 1-n;-0.290;-0.649;-0.648;;;;;;;;;20.2.22;;;;effectifs;; cbei;fx;fc;;cbei;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbei;Sx-;Sc-;;cbei;fx;fc 0;0;19;;0;0;6;0;0;19;>0;1212;-1;;71;;410;17;31 10;6;249;;10;6;73;1;3;55;<0;10;-2;;0;;420;12;32 20;12;375;;20;13;110;2;1;39;zéro;0;-3;;0;;430;6;26 30;7;204;;30;7;60;3;0;23;total;1222;-4;2;83;;440;11;25 40;10;126;;40;11;37;4;0;36;;c;-5;1;0;;450;19;23 50;10;119;;50;11;35;5;0;17;>0;3991;-6;;0;;460;13;26 60;24;126;;60;25;37;6;1;16;<0;390;-7;;8;;470;11;17 70;30;98;;70;32;29;7;0;8;zéro;19;-8;1;72;;480;6;21 80;25;95;;80;26;28;8;0;15;total;4400;-9;;0;;490;9;15 90;19;100;;90;20;29;9;0;23;;;-10;;5;;500;10;18 100;33;101;;100;35;30;10;1;17;total;5622;-11;;38;;510;6;16 110;34;103;;110;36;30;11;3;48;;;-12;;0;;520;2;17 120;29;89;;120;31;26;12;2;51;;;-13;;4;;530;5;18 130;34;79;;130;36;23;13;0;41;;5203;-14;;21;;540;7;20 140;38;85;;140;40;25;14;0;47;;;-15;;0;;550;5;13 150;32;102;;150;34;30;15;1;43;;;-16;;3;;560;12;15 160;47;86;;160;49;25;16;2;29;;;-17;;21;;570;7;14 170;33;85;;170;35;25;17;0;25;;;-18;;0;;580;4;16 180;30;78;;180;32;23;18;0;38;;;-19;;2;;590;9;11 190;33;68;;190;35;20;19;2;23;;;-20;;11;;600;9;11 200;24;79;;200;25;23;20;2;30;;;-21;1;0;;610;2;12 210;38;63;;210;40;19;21;2;32;;;-22;;1;;620;4;15 220;24;75;;220;25;22;22;0;25;;;-23;;9;;630;3;5 230;28;60;;230;29;18;23;0;18;;;-24;;0;;640;4;10 240;25;61;;240;26;18;24;0;21;;;-25;1;1;;650;2;8 250;35;47;;250;37;14;25;0;23;;;-26;1;10;;660;3;5 260;23;60;;260;24;18;26;1;22;;;-27;;0;;670;3;10 270;18;61;;270;19;18;27;0;18;;;-28;;4;;680;4;3 280;21;62;;280;22;18;28;1;11;;;-29;;5;;690;1;8 290;18;48;;290;19;14;29;2;16;;;-30;;0;;700;6;8 300;26;53;;300;27;16;30;1;18;;;-31;;0;;710;3;4 310;21;38;;310;22;11;31;0;18;;;-32;;0;;720;2;6 320;24;38;;320;25;11;32;1;13;;;-33;;0;;730;3;3 330;23;46;;330;24;14;33;1;11;;;-34;;0;;740;5;7 340;17;36;;340;18;11;34;2;12;;;-35;;4;;750;2;3 350;18;40;;350;19;12;35;0;13;;;-36;;0;;760;1;5 360;15;28;;360;16;8;36;1;9;;;-37;;1;;770;1;6 370;15;35;;370;16;10;37;0;8;;;-38;1;4;;780;1;3 380;18;35;;380;19;10;38;2;11;;;-39;;0;;790;0;8 390;20;37;;390;21;11;39;2;15;;;-40;;1;;800;1;3 400;13;25;;400;14;7;40;1;16;;;-41;;1;;reste;31;79 reste;262;596;;;;;reste;1177;3037;;;-42;;0;;total;231;517 total;1212;4010;;t30;26;244;total;1212;4010;;;-43;;1;;;; diagr;950;3395;;;;;diagr;35;954;;;-44;;2;;;; - t30;925;2567;;;;;;;;;;-45;;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-46;1;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-47;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;-48;;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-49;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;-50;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;reste;1;4;;;; ;;;;;;;;;;;;total;10;390;;;; </pre> ====cbei intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_négatifs_S-|cbei intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;3;1;;;1;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;;;;;1;11 continu;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;total ;Sx-;0;0;0;3;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;11 ;Sc-;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389 </pre> ====cbei autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires|cbei autres intercalaires]] <pre> cbei;autres intercalaires;;adresses1;;;cbei;autres intercalaires;;adresses2;;;cbei;autres intercalaires;;adresses3;; ;&tRNA;15;1;;;deb;°CDS;540067;187;;;deb;°CDS;4256439;267;comp; ;&tRNA;93;85;;;;&tRNA;541157;208;;;;&tRNA;4258671;79;comp; fin;°CDS;254;;;;fin;°CDS;541440;;;;;&tRNA;4258826;7;comp; deb;°CDS;2710;119;;;deb;°CDS;541918;252;comp;;;&tRNA;4258909;35;comp; ;&tRNA;3057;30;;;;&tRNA;543238;354;;;;&tRNA;4259021;752;comp; ;&tRNA;3178;241;;;fin;°CDS;543667;;;;fin;°CDS;4259847;;; ;&tRNA;3510;18;;;deb;°CDS;772270;262;;;deb;°CDS;4880246;508;comp; ;&tRNA;3619;125;;;;tmRNA;774356;871;;;;$rRNA;4880997;274;comp; fin;°CDS;3835;;;;fin;°CDS;775585;;;;;$rRNA;4881388;578;comp; deb;°CDS;13821;187;;;deb;°CDS;892419;565;;;;$rRNA;4884879;703;comp; ;&tRNA;14914;34;;;;$rRNA;893905;137;;;fin;°CDS;4887099;;comp; fin;°CDS;15023;;comp;;;&tRNA;895554;118;;;deb;°CDS;6160739;343;comp; deb;°CDS;124928;275;;;;$rRNA;895748;204;;;;&tRNA;6162321;242;; ;&tRNA;125614;20;;;;$rRNA;898866;552;;;fin;°CDS;6162639;;; ;&tRNA;125723;7;;;fin;°CDS;899535;;;;deb;°CDS;6165324;222;; ;&tRNA;125806;6;;;deb;°CDS;900798;709;;;;&tRNA;6165957;5;comp; ;&tRNA;125889;22;;;;$rRNA;902758;339;;;;$rRNA;6166038;188;comp; ;&tRNA;126000;7;;;;$rRNA;904609;273;;;fin;°CDS;6166343;;; ;&tRNA;126083;6;;;;$rRNA;907796;69;;;deb;°CDS;6175160;249;comp; ;&tRNA;126166;21;;;fin;°CDS;907982;;comp;;;&tRNA;6175847;1;comp; ;&tRNA;126276;70;;;deb;°CDS;951995;97;;;;&tRNA;6175924;44;comp; ;&tRNA;126422;21;;;;&tRNA;952728;396;;;;$rRNA;6176045;138;comp; ;&tRNA;126532;664;;;fin;°CDS;953210;;;;;$rRNA;6176300;339;comp; fin;°CDS;127272;;;;deb;°CDS;1017389;70;;;;$rRNA;6179556;572;comp; deb;°CDS;138638;307;;;;ncRNA;1017765;758;;;fin;°CDS;6181640;;comp; ;&tRNA;140451;234;;;fin;°CDS;1018872;;;;deb;°CDS;6182670;190;; ;&tRNA;140760;439;;;deb;°CDS;1646835;56;;;;&tRNA;6183610;5;comp; ;&tRNA;141274;299;;;;ncRNA;1647290;182;;;;$rRNA;6183691;159;comp; fin;°CDS;141648;;;;fin;°CDS;1647666;;comp;;deb;°CDS;6183967;294;comp; deb;°CDS;144627;548;;;deb;°CDS;1739334;380;;;;&tRNA;6185209;7;comp; ;$rRNA;146198;140;;;;&tRNA;1740314;3;;;;$rRNA;6185292;138;comp; ;&tRNA;147850;3;;;;&tRNA;1740393;5;;;;$rRNA;6185547;339;comp; ;&tRNA;147929;111;;;;&tRNA;1740473;443;;;;$rRNA;6188803;776;comp; ;$rRNA;148117;70;;;fin;°CDS;1740992;;comp;;fin;°CDS;6191091;;comp; ;$rRNA;151101;5;;;deb;°CDS;1846157;-183;;;deb;°CDS;6199510;661;comp; ;&tRNA;151223;4;;;;gene;1847876;588;;;;$rRNA;6202721;139;comp; ;&tRNA;151303;681;;;fin;°CDS;1848647;;;;;$rRNA;6202977;339;comp; fin;°CDS;152059;;;;deb;°CDS;1894180;34;;;;$rRNA;6206233;1107;comp; deb;°CDS;177450;76;;;;&tRNA;1895441;574;comp;;;$rRNA;6208852;138;comp; ;&tRNA;178174;65;;;fin;°CDS;1896102;;;;;$rRNA;6209107;339;comp; fin;°CDS;178315;;;;deb;°CDS;2097496;727;;;;$rRNA;6212363;507;comp; deb;°CDS;313730;90;;;;$rRNA;2098643;502;;;fin;°CDS;6214382;;comp; ;&tRNA;316298;4;;;;$rRNA;2100657;205;;;deb;°CDS;6256716;154;; ;&tRNA;316387;120;;;;$rRNA;2103775;315;;;;ncRNA;6257755;316;comp; fin;°CDS;316582;;comp;;fin;°CDS;2104207;;;;fin;°CDS;6258338;;comp; deb;°CDS;402474;125;;;deb;°CDS;2296804;104;;;deb;°CDS;6305349;135;comp; ;&tRNA;403079;17;;;;ncRNA;2297577;380;comp;;;&tRNA;6306438;281;comp; ;&tRNA;403172;149;;;fin;°CDS;2298150;;;;fin;°CDS;6306809;;comp; ;&tRNA;403395;6;;;deb;°CDS;2305297;275;;;deb;°CDS;6374512;125;; ;&tRNA;403478;16;;;;ncRNA;2306778;230;comp;;;&tRNA;6375810;303;comp; ;&tRNA;403570;35;;;fin;°CDS;2307274;;;;fin;°CDS;6376188;;comp; ;&tRNA;403679;5;;;deb;°CDS;2339219;667;;;deb;°CDS;6391977;114;comp; ;&tRNA;403761;3;;;;$rRNA;2340990;338;;;;$rRNA;6392868;134;comp; ;&tRNA;403840;7;;;;$rRNA;2342840;140;;;;$rRNA;6393119;214;comp; ;&tRNA;403922;18;;;;&tRNA;2345896;3;;;;$rRNA;6396248;1125;comp; ;&tRNA;404016;5;;;;$rRNA;2345974;429;;;;$rRNA;6398885;139;comp; ;&tRNA;404106;25;;;fin;°CDS;2346520;;;;;$rRNA;6399141;214;comp; ;&tRNA;404206;5;;;deb;°CDS;2351663;573;;;;$rRNA;6402270;753;comp; ;&tRNA;404285;57;;;;$rRNA;2352713;338;;;fin;°CDS;6404535;;comp; ;&tRNA;404418;7;;;;$rRNA;2354563;140;;;deb;°CDS;6436810;192;; ;&tRNA;404500;18;;;;&tRNA;2357618;3;;;;&tRNA;6437983;6;comp; ;&tRNA;404594;5;;;;$rRNA;2357696;90;;;;&tRNA;6438066;14;comp; ;&tRNA;404684;25;;;fin;°CDS;2357903;;;;;&tRNA;6438156;29;comp; ;&tRNA;404784;46;;;deb;°CDS;2765706;282;;;;&tRNA;6438260;10;comp; ;&tRNA;404904;325;;;;$rRNA;2766156;503;;;;&tRNA;6438345;6;comp; fin;°CDS;405306;;;;;$rRNA;2768171;202;;;;&tRNA;6438428;16;comp; deb;°CDS;413861;390;;;;$rRNA;2771285;5;;;;&tRNA;6438520;29;comp; ;$rRNA;416312;132;;;;&tRNA;2771407;6;;;;&tRNA;6438624;10;comp; ;&tRNA;417956;84;;;;&tRNA;2771489;25;;;;&tRNA;6438709;6;comp; ;$rRNA;418117;71;;;;&tRNA;2771591;448;;;;&tRNA;6438792;14;comp; ;&tRNA;421103;345;;;fin;°CDS;2772114;;;;;&tRNA;6438882;162;comp; fin;°CDS;421523;;;;deb;°CDS;3556683;565;;;fin;°CDS;6439119;;comp; deb;°CDS;486264;159;;;;&tRNA;3557617;505;;;deb;°CDS;6477551;501;;erreur à corriger ;&tRNA;486828;9;;;fin;°CDS;3558197;;comp;;;$rRNA;6480533;213;; ;&tRNA;486922;27;;;deb;°CDS;3752035;248;comp;;;$rRNA;6482258;108;; ;&tRNA;487025;12;;;;&tRNA;3752901;13;comp;;;$rRNA;6485280;14;; ;&tRNA;487112;9;;;fin;°CDS;3752999;;comp;;;;;;; ;&tRNA;487206;30;;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;487312;12;;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;487399;451;;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;487935;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cbei intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_tRNA-cds|cbei intercalaires tRNA-cds]] <pre> cbei;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;85;;76;13;; ;119;;125;;90;65;deb; ;187;comp’;34;;97;85;<201;9 ;275;;664;;119;125;total;17 ;307;;299;;125;162;taux;53% ;;;681;;135;208;; ;76;;65;;159;242;fin; ;90;comp’;120;;187;281;<201;5 ;125;;325;;187;299;total;18 ;;;345;;248;303;taux;28% ;159;;451;;249;325;; ;187;;208;;267;345;total; comp’;252;;354;;275;354;<201;14 ;97;;396;;294;396;total;35 ;380;comp’;443;;307;448;taux;40% comp’;34;comp’;574;;380;451;; ;;;448;;565;664;; ;565;comp’;505;;-;681;comp’;cumuls ;248;;13;;34;120;deb;4 ;267;comp’;752;;125;443;;7 comp’;343;;242;;190;505;fin;1 comp’;222;;;;192;574;;5 ;249;;;;222;752;total; comp’;190;;;;252;-;<201;5 ;294;;;;343;-;total;12 ;135;;281;;;;taux;42% comp’;125;;303;;;;; comp’;192;;162;;;;; ;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;; ;<201;13;6;19;;;; ;total;24;23;47;;;; ;taux;54%;26%;40%;;;; </pre> ===afn=== ====afn opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_opérons|afn opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Acid_ferm_DSM_20731/;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_013740.1;afn;;;; 56%GC;30.6.19 Paris;16s 6;60;doubles;intercalaires ;Acidaminococcus fermentans DSM 20731;;;; ;24678..26242;;16s;@1;359 ;26602..29507;;23s;;228 ;29736..29852;;5s;; ;;;;; ;36819..36894;;acg;; ;;;;; ;57713..59277;;16s;;359 ;59637..62543;;23s;;228 ;62772..62888;;5s;; ;;;;; ;169459..169534;;gcc;; ;;;;; ;249791..249867;;agg;; ;;;;; comp;274627..274703;;cgt;; ;;;;; ;311123..311198;;aca;;22 ;311221..311305;;tac;;5 ;311311..311386;;atg;;3 ;311390..311465;;acc;;6 ;311472..311548;;atgf;; ;;;;; ;380482..382046;;16s;;251 ;382298..385204;;23s;;229 ;385434..385550;;5s;; ;;;;; ;461553..461627;;aac;;3 ;461631..461705;;gaa;;8 ;461714..461789;;gta;;50 ;461840..461916;;cca;;11 ;461928..462001;;gga;;8 ;462010..462086;;aga;; ;;;;; ;526984..527070;;ctg;+;30 ;527101..527186;;ctc;2 ctg;52 ;527239..527325;;ctg;; ;;;;; ;578049..578123;;ggc;; ;;;;; ;636984..638548;;16s;@2;94 ;638643..638719;;atc;;66 ;638786..638861;;gca;;273 ;639135..642040;;23s;;139 ;642180..642296;;5s;; ;;;;; ;712229..712304;;cac;;18 ;712323..712398;;caa;;3 ;712402..712477;;aaa;;16 ;712494..712577;;cta;; ;;;;; comp;724421..724497;;gtc;; ;;;;; ;774880..774956;;gac;;4 ;774961..775036;;ttc;;8 ;775045..775119;;ggc;;9 ;775129..775202;;tgc;;13 ;775216..775304;;tta;; ;;;;; ;796654..796728;;cgg;; ;;;;; ;842393..842469;;gac;;2 ;842472..842547;;ttc;;8 ;842556..842630;;ggc;;9 ;842640..842713;;tgc;; ;;;;; ;889670..889746;;ccc;; ;;;;; ;906136..906210;;aac;; ;;;;; ;1022783..1022859;;gac;;2 ;1022862..1022936;;ggc;;1 ;1022938..1023011;;tgg;; ;;;;; ;1555201..1555277;;ccg;; ;;;;; comp;1567911..1567999;;tca;; ;;;;; comp;1613773..1613863;;agc;; ;;;;; ;1702659..1702744;;ttg;; ;;;;; comp;1711770..1711886;;5s;;228 comp;1712115..1715021;;23s;;359 comp;1715381..1716945;;16s;; ;;;;; comp;1823852..1823927;;gta;;6 comp;1823934..1824008;;gaa;;8 comp;1824017..1824092;;aag;; ;;;;; ;1909446..1909536;;tcc;; ;;;;; comp;1911342..1911429;;tcg;; ;;;;; comp;1974984..1975058;;atgi;; ;;;;; comp;1984782..1984856;;gag;;12 comp;1984869..1984942;;cag;+;111 comp;1985054..1985127;;cag;2 cag; ;;;;; comp;2072279..2072395;;5s;;228 comp;2072624..2075529;;23s;;298 comp;2075828..2075903;;gca;;66 comp;2075970..2076046;;atc;;94 comp;2076141..2077705;;16s;; ;;;;; ;2148343..2148418;;gcg;; ;;;;; comp;2287117..2287192;;aaa;; ;;;;; comp;2303018..2303094;;gtg;; ;;;;; comp;2323563..2323636;;ggg;; </pre> ====afn cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_cumuls|afn cumuls]] <pre> afn cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;6;1;1;- ;16 23 5s 0;4;20;21; ;16 atc gca;2;40;2; ;16 23 5s a;0;60;2; ;max a;2;80;0; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;1; ;total aas;4;140;0; sans ;opérons;29;160;0; ;1 aa;20;180;0; ;max a;6;200;0; ;a doubles;2;;0; ;total aas;56;;27;0 total aas;;60;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;16; ;;;variance;23; sans jaune;;;moyenne;12; ;;;variance;13; </pre> ====afn blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_blocs|afn blocs]] <pre> afn blocs;;;;;; 16s;359;1565;359;1565;251;1565 23s;228;2906;228;2907;229;2907 5s;;117;;117;;117 ;;;;;; 16s;94;1565;;5s;228;117 atc;66;;;23s;298;2906 gca;273;;;gca;66; 23s;139;2906;;atc;94; 5s;;117;;16s;;1565 ;;;;;; 5s;228;117;;;; 23s;359;2907;;;; 16s;;1565;;;; </pre> ====afn remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_remarques|afn remarques]] <pre> afn;;;;;;;60 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;2;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====negativicutes distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes_distribution|negativicutes distribution]] <pre> 22.1.21 Paris;;tRNAs total des negatives;;;;;;;;;;;;;; genomes;;total;;;total;ttt;tgt;;1-3aas;;;;total;;ttt;tgt 9;;582;;;571;;;;;;;;58;;; atgi;8;tct;;tat;;atgf;15;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;17;tcc;10;tac;16;tgc;13;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;17;acc;11;aac;26;agc;11;;atc;18;acc;;aac;6;agc;1 ctc;11;ccc;7;cac;10;cgt;16;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;8;gcc;7;gac;24;ggc;33;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;11;tca;10;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;13;aaa;20;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;9;cca;11;caa;13;cga;2;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;24;gca;21;gaa;25;gga;10;;gta;;gca;21;gaa;1;gga; ttg;11;tcg;9;tag;;tgg;13;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4 atgj;12;acg;9;aag;10;agg;9;;atgj;;acg;1;aag;;agg; ctg;10;ccg;7;cag;11;cgg;9;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;186;;263;;122;571;;;;7;;11;;1;19 9-23;;;;total;;ttt;tgt;;-rRNA;;;;total;;ttt;tgt ;;;;92;;;;;attention au -2;;;;421;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;7;tct;;tat;;atgf;12 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;2;tac;3;tgc;2;;ttc;11;tcc;8;tac;12;tgc;11 atc;1;acc;;aac;5;agc;2;;atc;-2;acc;11;aac;15;agc;8 ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;4;;ctc;9;ccc;7;cac;5;cgt;10 gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;8;gcc;7;gac;17;ggc;30 tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;7;tca;9;taa;;tga;1 ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;8;aaa;15;aga;9 cta;1;cca;2;caa;5;cga;;;cta;8;cca;9;caa;7;cga;2 gta;7;gca;;gaa;5;gga;4;;gta;17;gca;0;gaa;19;gga;6 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;9;tcg;9;tag;;tgg;7 atgj;1;acg;;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;8;aag;8;agg;9 ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;7;cag;11;cgg;9 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8 ;;24;;64;;4;92;;;;118;;188;;117;423 ;;;;;;;;;;;116;;188;;117;421 </pre> ====afn distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_distribution|afn distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total afn;;20;;;;;20;;afn;34;;;;;;34;;afn;2;;;;;;2 </pre> ====afn données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_données_intercalaires|afn données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;afn;fx;fc;afn;fx40;fc40;afn;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;9;0;2;9;-1;0;38;105;361;16s 23s;;;tRNA tRNA;;intra ;0;10;4;180;1;1;38;-2;0;0;105;51;3* 359;;;2* 66;;atc gca ;0;20;3;248;2;2;25;-3;0;0;122;188;251;;;tRNA tRNA;; ;3;30;7;105;3;0;20;-4;1;129;195;268;23s 5s;;;22;;aca ;1;40;21;48;4;0;28;-5;0;0;200;61;4* 228;;;5;;tac ;2;50;15;38;5;0;13;-6;0;1;131;80;229;;;3;;atgj 1;2;60;16;44;6;0;9;-7;0;6;74;134;139;;;6;;acc 2;0;70;5;42;7;0;5;-8;0;41;266;393;5s CDS;;;**;;atgf 1;4;80;8;41;8;0;7;-9;0;1;145;158;286;266;;3;;aac ;1;90;8;45;9;1;19;-10;0;1;54;91;296;262;;8;;gaa 1;3;100;11;34;10;0;16;-11;0;19;131;70;;512;;50;;gta ;4;110;10;32;11;1;28;-12;0;0;194;196;;193;;11;;cca ;3;120;8;42;12;0;46;-13;0;5;96;;16s tRNA;;;8;;gga ;3;130;15;43;13;1;29;-14;0;8;214;;2* 94;;atc;**;;aga 1;4;140;21;34;14;0;22;-15;0;0;111;;tRNA 23s;;;30;;ctg ;1;150;13;29;15;0;37;-16;0;3;73;;273;;gca;52;;ctc 1;2;160;14;27;16;0;24;-17;0;10;159;;298;;gca;**;;ctg ;0;170;10;28;17;0;10;-18;0;0;119;;;;;18;;cac ;0;180;2;22;18;0;25;-19;0;2;127;;;;;3;;caa 1;1;190;13;13;19;1;12;-20;0;6;71;;;;;16;;aaa 1;3;200;13;12;20;0;15;-21;0;0;156;;;;;**;;cta ;0;210;10;15;21;1;20;-22;0;0;58;;;;;4;;gac ;2;220;12;20;22;1;13;-23;0;4;102;;;;;8;;ttc ;1;230;9;25;23;0;11;-24;0;0;137;;;;;9;;ggc ;0;240;12;21;24;1;9;-25;0;0;112;;;;;13;;tgc ;0;250;6;12;25;0;9;-26;0;4;24;;;;;**;;tta ;0;260;7;9;26;0;6;-27;0;0;21;;;;;2;;gac 1;1;270;5;16;27;1;14;-28;0;0;93;;;;;8;;ttc ;0;280;6;10;28;0;10;-29;0;3;215;;;;;9;;ggc ;0;290;5;6;29;2;3;-30;0;0;76;;;;;**;;tgc ;0;300;8;9;30;1;10;-31;0;2;379;;;;;2;;gac ;0;310;4;11;31;2;5;-32;0;2;83;;;;;1;;ggc ;0;320;4;4;32;2;5;-33;0;0;182;;;;;**;;tgg ;0;330;5;8;33;2;3;-34;0;0;136;;;;;6;;gta ;0;340;1;8;34;5;5;-35;0;3;23;;;;;8;;gaa ;0;350;3;9;35;2;6;-36;0;0;222;;;;;**;;aag ;0;360;2;8;36;3;3;-37;0;1;39;;;;;12;;gag 1;0;370;4;10;37;0;8;-38;0;2;122;;;;;111;;cag ;1;380;4;4;38;3;3;-39;0;0;106;;;;;**;;cag ;0;390;3;4;39;2;6;-40;1;0;91;;;;;;; 1;1;400;1;6;40;0;4;-41;0;1;451;;;;;;; ;2;reste;16;54;reste;309;795;-42;0;0;45;;;;;;; 12;45;total;346;1385;total;346;1385;-43;0;0;486;;;;;;; 12;43;diagr;328;1322;diagr;35;581;-44;0;1;45;;;;;;; 0;3; t30;14;533;;;;-45;1;0;393;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;CDS 16s;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;319;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;346;;;;;;; ;x;344;4;2;350;;;-49;0;0;485;;;;;;; ;c;1376;303;9;1688;;;-50;0;1;300;;;;;;; ;;;;;2038;154;;reste;1;9;391;;;;;;; ;;;;;;2192;;total;4;303;265;;;;;;; </pre> =====afn autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires_aas|afn autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *contrôlé le 21.7.22 <pre> autres intercalaires;;afn;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;23699;24358;319;*; ;;rRNA;24678;26242;359;*;16s ;;rRNA;26602;29507;228;*;23s ;;rRNA;29736;29852;286;*;5s fin;;CDS;30139;30339;;0; deb;;CDS;35919;36713;105;*; ;;tRNA;36819;36894;105;*;acg fin;;CDS;37000;37914;;; deb;;CDS;56077;57366;346;*; ;;rRNA;57713;59277;359;*;16s ;;rRNA;59637;62543;228;*;23s ;;rRNA;62772;62888;266;*;5s fin;comp;CDS;63155;64390;;0; deb;;CDS;168443;169336;122;*; ;;tRNA;169459;169534;361;*;gcc fin;comp;CDS;169896;170894;;; deb;comp;CDS;181646;182656;89;*; ;comp;misc_b;182746;182986;130;*; fin;comp;CDS;183117;183803;;; deb;comp;CDS;183775;185160;510;*; ;;misc_b;185671;185909;146;*; fin;;CDS;186056;187753;;; deb;;CDS;249164;249595;195;*; ;;tRNA;249791;249867;51;*;agg fin;comp;CDS;249919;250062;;; deb;;CDS;253385;254824;90;*; ;;misc_b;254915;255170;84;*; fin;;CDS;255255;256238;;; deb;comp;CDS;273899;274426;200;*; ;comp;tRNA;274627;274703;188;*;cgt fin;;CDS;274892;276166;;; deb;;CDS;310188;310991;131;*; ;;tRNA;311123;311198;22;*;aca ;;tRNA;311221;311305;5;*;tac ;;tRNA;311311;311386;3;*;atgj ;;tRNA;311390;311465;6;*;acc ;;tRNA;311472;311548;74;*;atgf fin;;CDS;311623;312816;;; deb;;CDS;359181;360227;58;*; ;;regulatory;360286;360394;52;*; fin;;CDS;360447;361625;;; deb;;CDS;378908;379996;485;*; ;;rRNA;380482;382046;251;*;16s ;;rRNA;382298;385204;229;*;23s ;;rRNA;385434;385550;262;*;5s fin;comp;CDS;385813;386838;;; deb;;CDS;414288;416231;246;*; ;;regulatory;416478;416590;98;*; fin;;CDS;416689;417768;;; deb;;CDS;460654;461286;266;*; ;;tRNA;461553;461627;3;*;aac ;;tRNA;461631;461705;8;*;gaa ;;tRNA;461714;461789;50;*;gta ;;tRNA;461840;461916;11;*;cca ;;tRNA;461928;462001;8;*;gga ;;tRNA;462010;462086;145;*;aga fin;;CDS;462232;463230;;; deb;;CDS;466993;468717;232;*; ;;misc_b;468950;469148;36;*; fin;;CDS;469185;471839;;; deb;;CDS;526396;526929;54;*; ;;tRNA;526984;527070;30;*;ctg ;;tRNA;527101;527186;52;*;ctc ;;tRNA;527239;527325;268;*;ctg fin;comp;CDS;527594;528586;;0; deb;comp;CDS;570200;571507;65;*; ;comp;regulatory;571573;571669;209;*; fin;;CDS;571879;575394;;; deb;;CDS;577378;577917;131;*; ;;tRNA;578049;578123;194;*;ggc fin;;CDS;578318;579067;;; deb;;CDS;635289;636683;300;*; ;;rRNA;636984;638548;94;*;16s ;;tRNA;638643;638719;66;*;atc ;;tRNA;638786;638861;273;*;gca ;;rRNA;639135;642040;139;*;23s ;;rRNA;642180;642296;296;*;5s fin;;CDS;642593;643381;;0; deb;;CDS;677296;678177;181;*; ;;misc_f;678359;678410;368;*; fin;;CDS;678779;679798;;; deb;;CDS;711704;712132;96;*; ;;tRNA;712229;712304;18;*;cac ;;tRNA;712323;712398;3;*;caa ;;tRNA;712402;712477;16;*;aaa ;;tRNA;712494;712577;61;*;cta fin;comp;CDS;712639;712809;;0; deb;;CDS;723480;724340;80;*; ;comp;tRNA;724421;724497;134;*;gtc fin;;CDS;724632;725645;;; deb;;CDS;774399;774665;214;*; ;;tRNA;774880;774956;4;*;gac ;;tRNA;774961;775036;8;*;ttc ;;tRNA;775045;775119;9;*;ggc ;;tRNA;775129;775202;13;*;tgc ;;tRNA;775216;775304;111;*;tta fin;;CDS;775416;776684;;; deb;;CDS;796146;796580;73;*; ;;tRNA;796654;796728;159;*;cgg fin;;CDS;796888;797310;;; deb;;CDS;841590;842273;119;*; ;;tRNA;842393;842469;2;*;gac ;;tRNA;842472;842547;8;*;ttc ;;tRNA;842556;842630;9;*;ggc ;;tRNA;842640;842713;127;*;tgc fin;;CDS;842841;843362;;; deb;;CDS;881739;882029;121;*; ;;repeat_reg;882151;886170;278;*; fin;;CDS;886449;887618;;; deb;;CDS;889017;889598;71;*; ;;tRNA;889670;889746;156;*;ccc fin;;CDS;889903;891513;;; deb;;CDS;905286;906077;58;*; ;;tRNA;906136;906210;102;*;aac fin;;CDS;906313;907125;;; deb;;CDS;913707;915986;78;*; ;;regulatory;916065;916164;91;*; fin;;CDS;916256;917077;;; deb;;CDS;947642;948565;32;*; ;;ncRNA;948598;948943;38;*; fin;;CDS;948982;949302;;; deb;comp;CDS;1017827;1018843;92;*; ;;misc_b;1018936;1019130;36;*; fin;;CDS;1019167;1020189;;; deb;;CDS;1020207;1022645;137;*; ;;tRNA;1022783;1022859;2;*;gac ;;tRNA;1022862;1022936;1;*;ggc ;;tRNA;1022938;1023011;112;*;tgg fin;;CDS;1023124;1023423;;; deb;comp;CDS;1111497;1112716;73;*; ;comp;misc_b;1112790;1113035;267;*; fin;;CDS;1113303;1114085;;; deb;;CDS;1305277;1306137;298;*; ;;regulatory;1306436;1306545;70;*; fin;;CDS;1306616;1307653;;; deb;;CDS;1328649;1328930;26;*; ;;tmRNA;1328957;1329305;406;*; fin;comp;CDS;1329712;1332120;;; deb;comp;CDS;1403493;1404494;52;*; ;comp;misc_b;1404547;1404789;111;*; fin;comp;CDS;1404901;1406295;;; deb;comp;CDS;1485384;1487072;59;*; ;comp;misc_b;1487132;1487376;146;*; fin;comp;CDS;1487523;1488698;;; deb;;CDS;1536256;1537929;68;*; ;;regulatory;1537998;1538074;113;*;erreur fin;;CDS;1538188;1539855;;0; deb;;CDS;1553542;1555176;24;*; ;;tRNA;1555201;1555277;393;*;ccg fin;comp;CDS;1555671;1556342;;; deb;comp;CDS;1567689;1567889;21;*; ;comp;tRNA;1567911;1567999;93;*;tca fin;comp;CDS;1568093;1568569;;; deb;;CDS;1612826;1613614;158;*; ;comp;tRNA;1613773;1613863;215;*;agc fin;comp;CDS;1614079;1614846;;0; deb;comp;CDS;1668440;1668919;42;*; ;comp;ncRNA;1668962;1669144;51;*; fin;comp;CDS;1669196;1669855;;0; deb;;CDS;1701767;1702582;76;*; ;;tRNA;1702659;1702744;91;*;ttg fin;comp;CDS;1702836;1703666;;; deb;;CDS;1710214;1711257;512;*; ;comp;rRNA;1711770;1711886;228;*;5s ;comp;rRNA;1712115;1715021;359;*;23s ;comp;rRNA;1715381;1716945;391;*;16s fin;comp;CDS;1717337;1718857;;; deb;comp;CDS;1823002;1823472;379;*; ;comp;tRNA;1823852;1823927;6;*;gta ;comp;tRNA;1823934;1824008;8;*;gaa ;comp;tRNA;1824017;1824092;83;*;aag fin;comp;CDS;1824176;1825210;;; deb;comp;CDS;1907578;1909263;182;*; ;;tRNA;1909446;1909536;53;*;tcc ;;ncRNA;1909590;1909689;115;*; deb;comp;CDS;1909805;1911205;136;*; ;comp;tRNA;1911342;1911429;23;*;tcg fin;comp;CDS;1911453;1911932;;; deb;comp;CDS;1912058;1912981;43;*; ;comp;misc_b;1913025;1913256;130;*; fin;;CDS;1913387;1914049;;; deb;comp;CDS;1973889;1974761;222;*; ;comp;tRNA;1974984;1975058;39;*;atgi fin;comp;CDS;1975098;1976867;;; deb;comp;CDS;1983694;1984659;122;*; ;comp;tRNA;1984782;1984856;12;*;gag ;comp;tRNA;1984869;1984942;111;*;cag ;comp;tRNA;1985054;1985127;106;*;cag fin;comp;CDS;1985234;1985980;;; deb;;CDS;2070538;2072085;193;*; ;comp;rRNA;2072279;2072395;228;*;5s ;comp;rRNA;2072624;2075529;298;*;23s ;comp;tRNA;2075828;2075903;66;*;gca ;comp;tRNA;2075970;2076046;94;*;atc ;comp;rRNA;2076141;2077705;265;*;16s fin;comp;CDS;2077971;2079029;;; deb;;CDS;2147697;2148251;91;*; ;;tRNA;2148343;2148418;70;*;gcg fin;comp;CDS;2148489;2148716;;; deb;comp;CDS;2285667;2286665;451;*; ;comp;tRNA;2287117;2287192;45;*;aaa fin;comp;CDS;2287238;2288464;;; deb;comp;CDS;2301950;2302531;486;*; ;comp;tRNA;2303018;2303094;45;*;gtg fin;comp;CDS;2303140;2303844;;; deb;comp;CDS;2322585;2323169;393;*; ;comp;tRNA;2323563;2323636;196;*;ggg fin;;CDS;2323833;2328641;;0; </pre> ====afn intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_entre_cds|afn intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> afn;23.2.22 Paris;;afn 30.8.20;;;;;;; afn;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquenceffrequence5 ;'''négatif;307;15.1;'''négatif ;-10;14;-1 à -83;'''2 329 769;-1;307 ;'''zéro;11;0.5;;;;;'''intercals;0;11 ;'''1 à 200;1324;65.0;'''0 à 200;66;58;;'''220 467;5;127 ;'''201 à 370;304;14.9;'''201 à 370;267;49;;'''9.5%;10;57 ;'''371 à 600;69;3.4;'''371 à 600;449;59;;;15;164 ;'''601 à max;23;1.1;'''601 à 992;743;108;;;20;87 ;'''total 2038;<201;80.6;'''total 2034;105;133;-83 à 992;;25;65 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquenceffréquence6;cumul et %;intercal;<u>fréquenceffréquence-1;30;47 1555671;2261;-1;307;-70;5;;0;11;35;37 1949615;1154;0;11;-60;3;;-1;°38;40;32 1841522;1130;1;°39;-50;3;;-2;0;45;25 1001677;992;2;27;-40;4;;-3;0;50;28 434858;957;3;20;-30;10;'''min à -1;-4;°130;55;31 865205;922;4;°28;-20;17;307;-5;0;60;29 463581;845;5;13;-10;48;15.1%;-6;1;65;23 1969579;795;6;9;0;228;;-7;6;70;24 1287774;772;7;5;10;184;;-8;°41;75;32 843665;744;8;7;20;251;;-9;1;80;17 1081454;736;9;°20;30;112;;-10;1;85;25 34;721;10;16;40;69;;-11;°19;90;28 1347444;718;11;29;50;53;;-12;0;95;16 2155062;701;12;°46;60;60;;-13;5;100;29 1227328;693;13;30;70;48;;-14;°8;105;20 893831;683;14;22;80;49;;-15;0;110;22 1185969;679;15;°37;90;53;'''1 à 100;-16;3;115;28 1657318;677;16;24;100;45;923;-17;°10;120;22 1282010;667;17;10;110;42;45.3%;-18;0;125;29 872797;649;18;°25;120;50;;-19;2;130;29 1240102;647;19;13;130;58;;-20;°6;135;24 1246797;636;20;15;140;55;;-21;0;140;31 117980;628;21;°21;150;42;;-22;0;145;20 867763;580;22;14;160;41;;-23;°4;150;22 406827;567;23;11;170;38;'''1 à 200;-24;0;155;18 1121221;551;24;°10;180;24;1324;-25;0;160;23 2231462;551;25;9;190;26;65%;-26;4;165;21 901417;550;26;6;200;25;;-27;0;170;17 39288;548;27;°15;210;25;;-28;0;175;11 791634;544;28;10;220;32;;-29;°3;180;13 1481233;542;29;5;230;34;;-30;0;185;8 691218;519;30;°11;240;33;'''0 à 200;-31;2;190;18 1388835;517;31;7;250;18;1335;-32;2;195;16 2163709;515;32;7;260;16;;total;297;200;9 1189403;513;33;5;270;21;;reste;21;205;15 1783994;508;34;°10;280;16;;;318;210;10 1749779;507;35;8;290;11;;;;215;18 847959;503;36;6;300;17;;intercal;<u>fréquencef;220;14 1268481;502;37;8;310;15;;600;2015;225;23 ;;38;6;320;8;;620;;230;11 ;;39;8;330;13;;640;2;235;14 ;;40;4;340;9;'''201 à 370;660;2;240;19 ;;reste;1104;350;12;304;680;3;245;7 ;;total;2038;360;10;14.9%;700;2;250;11 ;;;;370;14;;720;2;255;5 2109623;-113;shift2;425;380;8;;740;2;260;11 598105;-83;comp;;390;7;;760;1;265;7 1667526;-79;shift2;915;400;7;;780;1;270;14 2031132;-74;shift2;614;410;1;;800;1;275;5 935587;-71;shift2;518;420;5;;820;;280;11 2283155;-68;shift2;1952;430;2;;840;;285;8 846262;-67;shift2;132;440;4;;860;1;290;3 1528664;-67;shift2;108;450;4;;880;;295;7 1794682;-59;shift2;1601;460;3;;900;;300;10 808710;-53;shift2;1034;470;1;;920;;305;10 1101239;-50;shift2;2423;480;5;;940;1;310;5 287845;-45;;;490;1;;960;1;315;4 532761;-44;;;500;5;;980;;320;4 50634;-41;;;510;4;;1000;1;325;8 434100;-40;;;520;4;;1020;;330;5 276227;-38;;;530;0;;1040;;335;3 629222;-38;;;540;0;'''371 à 600;1060;;340;6 1090320;-37;;;550;4;69;1080;;345;9 503812;-35;;;560;2;3.4%;1100;;350;3 1225885;-35;;;570;1;;1120;;355;3 1260789;-35;;;580;1;'''601 à max;1140;1;360;7 706234;-32;;;590;0;23;1160;1;365;8 2148489;-32;;;600;0;1.1%;;22;370;6 460032;-31;;;reste;23;;reste;1;reste;92 1743849;-31;;;total;2038;;total;2038;total;2038 </pre> ====afn intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> afn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; 46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; afn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;29;-227;419;16;486;261;max40,140;&-95;712;-1690;137;722;250;min50 31 à 400;;;;;;;2 parties;&9.5;-42;-63;38;904;147;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;75;40;-;303;poly;183;tF;&197;65;;425;poly;297;SF 31 à 400;;;;;;;;&92;36;-;859;dte;45;tm </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.607;-0.017;0.108;;;;;-0.369;;;;;; 1-n;-0.008;-0.467;-0.407;;;;;;;;;14.8.21 paris;; afn;fx;fc;;afn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;afn;Sx-;Sc- 0;2;9;;0;6;7;0;2;9;>0;344;-1;0;38 10;4;180;;10;12;136;1;1;38;<0;4;-2;0;0 20;3;248;;20;9;188;2;2;25;zéro;2;-3;0;0 30;8;104;;30;24;79;3;0;20;total;350;-4;1;129 40;21;48;;40;64;36;4;0;28;;c;-5;0;0 50;15;38;;50;46;29;5;0;13;>0;1376;-6;0;1 60;16;44;;60;49;33;6;0;9;<0;303;-7;0;6 70;5;42;;70;15;32;7;0;5;zéro;9;-8;0;41 80;8;41;;80;24;31;8;0;7;total;1688;-9;0;1 90;8;45;;90;24;34;9;1;19;;;-10;0;1 100;11;34;;100;34;26;10;0;16;total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reste;16;54;;;;;reste;308;796;;;-42;0;0 total;346;1385;;t30;46;402;total;346;1385;;;-43;0;0 diagr;328;1322;;;;;diagr;36;580;;;-44;0;1 - t30;313;790;;;;;;;;;;-45;1;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;reste;1;9 ;;;;;;;;;;;;total;4;303 </pre> ====afn intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_négatifs_S-|afn intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;1;;;;;;1;4 continu;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303 </pre> 14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;4 ;Sc-;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303 </pre> ====afn autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires|afn autres intercalaires]] <pre> afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1; deb;°CDS;23699;319;;;deb;°CDS;635289;300;;;deb;°CDS;1485384;59;comp ;$rRNA;24678;359;;;;$rRNA;636984;94;;;;misc_binding;1487132;146;comp ;$rRNA;26602;228;;;;&tRNA;638643;66;;;fin;°CDS;1487523;;comp ;$rRNA;29736;286;;;;&tRNA;638786;273;;;deb;°CDS;1536256;68; fin;°CDS;30139;;;;;$rRNA;639135;139;;;;regulatory;1537998;113; deb;°CDS;35919;105;;;;$rRNA;642180;296;;;fin;°CDS;1538188;; ;&tRNA;36819;105;;;fin;°CDS;642593;;;;deb;°CDS;1553542;24; fin;°CDS;37000;;;;deb;°CDS;677296;181;;;;&tRNA;1555201;393; deb;°CDS;56077;346;;;;misc_feature;678359;368;;;fin;°CDS;1555671;;comp ;$rRNA;57713;359;;;fin;°CDS;678779;;;;deb;°CDS;1567689;21;comp ;$rRNA;59637;228;;;deb;°CDS;711704;96;;;;&tRNA;1567911;93;comp ;$rRNA;62772;266;;;;&tRNA;712229;18;;;fin;°CDS;1568093;;comp fin;°CDS;63155;;comp;;;&tRNA;712323;3;;;deb;°CDS;1612826;158; deb;°CDS;168443;122;;;;&tRNA;712402;16;;;;&tRNA;1613773;215;comp ;&tRNA;169459;361;;;;&tRNA;712494;61;;;fin;°CDS;1614079;;comp fin;°CDS;169896;;comp;;fin;°CDS;712639;;comp;;deb;°CDS;1668440;42;comp deb;°CDS;181646;89;comp;;deb;°CDS;723480;80;;;;ncRNA;1668962;51;comp ;misc_binding;182746;130;comp;;;&tRNA;724421;134;comp;;fin;°CDS;1669196;;comp fin;°CDS;183117;;comp;;fin;°CDS;724632;;;;deb;°CDS;1701767;76; deb;°CDS;183775;510;comp;;deb;°CDS;774399;214;;;;&tRNA;1702659;91; ;misc_binding;185671;146;;;;&tRNA;774880;4;;;fin;°CDS;1702836;;comp fin;°CDS;186056;;;;;&tRNA;774961;8;;;deb;°CDS;1710214;512; deb;°CDS;249164;195;;;;&tRNA;775045;9;;;;$rRNA;1711770;228;comp ;&tRNA;249791;51;;;;&tRNA;775129;13;;;;$rRNA;1712115;359;comp fin;°CDS;249919;;comp;;;&tRNA;775216;111;;;;$rRNA;1715381;391;comp deb;°CDS;253385;90;;;fin;°CDS;775416;;;;fin;°CDS;1717337;;comp ;misc_binding;254915;84;;;deb;°CDS;796146;73;;;deb;°CDS;1823002;379;comp fin;°CDS;255255;;;;;&tRNA;796654;159;;;;&tRNA;1823852;6;comp deb;°CDS;273899;200;comp;;fin;°CDS;796888;;;;;&tRNA;1823934;8;comp ;&tRNA;274627;188;comp;;deb;°CDS;841590;119;;;;&tRNA;1824017;83;comp fin;°CDS;274892;;;;;&tRNA;842393;2;;;fin;°CDS;1824176;;comp deb;°CDS;310188;131;;;;&tRNA;842472;8;;;deb;°CDS;1907578;182;comp ;&tRNA;311123;22;;;;&tRNA;842556;9;;;;&tRNA;1909446;53;comp ;&tRNA;311221;5;;;;&tRNA;842640;127;;;;ncRNA;1909590;115; ;&tRNA;311311;3;;;fin;°CDS;842841;;;;deb;°CDS;1909805;136; ;&tRNA;311390;6;;;deb;°CDS;881739;121;;;;&tRNA;1911342;23; ;&tRNA;311472;74;;;;repeat_region;882151;278;;;fin;°CDS;1911453;; fin;°CDS;311623;;;;fin;°CDS;886449;;;;deb;°CDS;1912058;43;comp deb;°CDS;359181;58;;;deb;°CDS;889017;71;;;;misc_binding;1913025;130;comp ;regulatory;360286;52;;;;&tRNA;889670;156;;;fin;°CDS;1913387;; fin;°CDS;360447;;;;fin;°CDS;889903;;;;deb;°CDS;1973889;222;comp deb;°CDS;378908;485;;;deb;°CDS;905286;58;;;;&tRNA;1974984;39;comp ;$rRNA;380482;251;;;;&tRNA;906136;102;;;fin;°CDS;1975098;;comp ;$rRNA;382298;229;;;fin;°CDS;906313;;;;deb;°CDS;1983694;122;comp ;$rRNA;385434;262;;;deb;°CDS;913707;78;;;;&tRNA;1984782;12;comp fin;°CDS;385813;;comp;;;regulatory;916065;91;;;;&tRNA;1984869;111;comp deb;°CDS;414288;246;;;fin;°CDS;916256;;;;;&tRNA;1985054;106;comp ;regulatory;416478;98;;;deb;°CDS;947642;32;;;fin;°CDS;1985234;;comp fin;°CDS;416689;;;;;ncRNA;948598;38;;;deb;°CDS;2070538;193; deb;°CDS;460654;266;;;fin;°CDS;948982;;;;;$rRNA;2072279;228;comp ;&tRNA;461553;3;;;deb;°CDS;1017827;92;comp;;;$rRNA;2072624;298;comp ;&tRNA;461631;8;;;;misc_binding;1018936;36;;;;&tRNA;2075828;66;comp ;&tRNA;461714;50;;;fin;°CDS;1019167;;;;;&tRNA;2075970;94;comp ;&tRNA;461840;11;;;deb;°CDS;1020207;137;;;;$rRNA;2076141;265;comp ;&tRNA;461928;8;;;;&tRNA;1022783;2;;;fin;°CDS;2077971;;comp ;&tRNA;462010;145;;;;&tRNA;1022862;1;;;deb;°CDS;2147697;91; fin;°CDS;462232;;;;;&tRNA;1022938;112;;;;&tRNA;2148343;70; deb;°CDS;466993;232;;;fin;°CDS;1023124;;;;fin;°CDS;2148489;;comp ;misc_binding;468950;36;;;deb;°CDS;1111497;73;comp;;deb;°CDS;2285667;451;comp fin;°CDS;469185;;;;;misc_binding;1112790;267;comp;;;&tRNA;2287117;45;comp deb;°CDS;526396;54;;;fin;°CDS;1113303;;;;fin;°CDS;2287238;;comp ;&tRNA;526984;30;;;deb;°CDS;1305277;298;;;deb;°CDS;2301950;486;comp ;&tRNA;527101;52;;;;regulatory;1306436;70;;;;&tRNA;2303018;45;comp ;&tRNA;527239;268;;;fin;°CDS;1306616;;;;fin;°CDS;2303140;;comp fin;°CDS;527594;;comp;;deb;°CDS;1328649;26;;;deb;°CDS;2322585;393;comp deb;°CDS;570200;65;comp;;;tmRNA;1328957;406;;;;&tRNA;2323563;196;comp ;regulatory;571573;209;comp;;fin;°CDS;1329712;;comp;;fin;°CDS;2323833;; fin;°CDS;571879;;;;deb;°CDS;1403493;52;comp;;;;;; deb;°CDS;577378;131;;;;misc_binding;1404547;111;comp;;;;;; ;&tRNA;578049;194;;;fin;°CDS;1404901;;comp;;;;;; fin;°CDS;578318;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====afn intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_tRNA|afn intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;105;;105;;21;23;deb; ;;;122;comp’;361;;24;39;<201;20 ;;;195;comp’;51;;54;45;total;25 ;3 8 50 11 8;;200;comp’;188;;58;70;%;80% ;;;131;;145;;71;83;; ;30 52;;54;comp’;268;;73;93;fin; ;;;131;;194;;76;102;<201;17 ;18 3 16;;96;comp’;61;;91;105;total;18 ;;comp’;80;comp’;134;;96;106;%;94% ;4 8 9 13;;214;;111;;105;111;; ;;;73;;159;;119;112;total; ;2 8 9;;119;;127;;122;127;<201;37 ;;;71;;156;;122;145;total;43 ;;;58;;102;;131;156;%;86% ;2 1;;137;;112;;131;159;; ;;;24;comp’;393;;136;194;; ;;;21;;93;;137;196;; ;;comp’;158;;215;;182;215;; ;;;76;comp’;91;;195;;; ;6 8;;379;;83;;200;;; ;;;182;;;;214;;; ;;;136;;23;;222;;; ;;;222;;39;;379;;; ;12 111;;122;;106;;393;;; ;;;91;comp’;70;;451;;comp’;cumuls ;;;451;;45;;80;51;deb;2 ;;;393;comp’;196;;158;61;<201;100% ;;;;;;;;91;fin; ;;;;;;;;134;<201;5 ;deb;fin;total;;;;;188;total;8 <201;22;22;44;;;;;268;%;63% total;27;26;53;;;;;361;total;10 taux;81%;85%;83%;;;;;393;<201;70% </pre> ====afn par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_par_rapport_au_groupe_de_référence|afn par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;11;3;2;;;;16; 16;moyen;5;12;;;;4;21; 14;fort;4;19;;;;;23; ; ;20;34;2;;;4;60; 10;g+cga;6;2;2;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;3;1;;;;;4; 5;autres;;;;;;;; ;;11;3;2;;;;16; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;183;50;33;;;;267;26 16;moyen;83;200;0;;;67;350;324 14;fort;67;317;0;;;;383;650 ; ;333;567;33;;;67;60;729 10;g+cgg;100;33;33;;;;167;10 2;agg+cga;33;;;;;;33; 4;carre ccc;50;17;;;;;67;16 5;autres;;;;;;;; ;;183;50;33;;;;267; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;afn;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;196;54;36;286;26;55;9; 16;moyen;89;214;;304;324;25;35; 14;fort;71;339;;411;650;20;56; ; ;357;607;36;56;729;20;34; 10;g+cgg;107;36;36;179;10;55;; 2;agg+cga;36;;;36;;18;; 4;carre ccc;54;18;;71;16;27;; 5;autres;;;;;;;; ;;196;54;36;286;;11;; </pre> ===negativicutes, estimation des -rRNAs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes,_estimation_des_-rRNAs|negativicutes, estimation des -rRNAs]] <pre> negativicutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 9 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;9;149; ; ;;indices;;;;9;1656;0;0;;neg1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;56 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;33;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;2;tac;4;tgc;2;;ttc;67;tcc;22;tac;44;tgc;22;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;18;acc;;aac;11;agc;3;;atc;200;acc;;aac;122;agc;33;;atc;;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;6;;ctc;22;ccc;;cac;56;cgt;67;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;78;ggc;33;;gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4 tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;44;tca;11;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;56;aaa;56;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;2;caa;6;cga;;;cta;11;cca;22;caa;67;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;7;gca;21;gaa;6;gga;4;;gta;78;gca;233;gaa;67;gga;44;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;6;;ttg;22;tcg;;tag;;tgg;67;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;11;aag;22;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;22;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;69;;75;;5;149;;;;767;;833;;56;1656;;;;16;;24;;16;56 11.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;22.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;9;571;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;5600 atgi;78;tct;;tat;;atgf;133;;atgi;89;tct;;tat;;atgf;167;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;89;tac;133;tgc;122;;ttc;189;tcc;111;tac;178;tgc;144;;ttc;200;tcc;100;tac;100;tgc;200 atc;-11;acc;122;aac;167;agc;89;;atc;189;acc;122;aac;289;agc;122;;atc;;acc;100;aac;200;agc;100 ctc;100;ccc;78;cac;56;cgt;111;;ctc;122;ccc;78;cac;111;cgt;178;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100 gtc;89;gcc;78;gac;189;ggc;333;;gtc;89;gcc;78;gac;267;ggc;367;;gtc;100;gcc;100;gac;300;ggc;400 tta;78;tca;100;taa;;tga;11;;tta;122;tca;111;taa;;tga;11;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;;aca;89;aaa;167;aga;100;;ata;;aca;144;aaa;222;aga;100;;ata;;aca;100;aaa;200;aga;100 cta;89;cca;100;caa;78;cga;22;;cta;100;cca;122;caa;144;cga;22;;cta;100;cca;100;caa;100;cga; gta;189;gca;0;gaa;211;gga;67;;gta;267;gca;233;gaa;278;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;200;gga;100 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;78;;ttg;122;tcg;100;tag;;tgg;144;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;122;acg;89;aag;89;agg;100;;atgj;133;acg;100;aag;111;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;89;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;111;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;200;ccg;100;cag;200;cgg;100 gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1300;;2089;;1300;4689;;;;2067;;2922;;1356;6344;;;;1600;;2400;;1600;5600 rapports;;63;;71;;96;74;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;88;tct;;tat;;atgf;80;;fiches;50.667;;;fréquences;;;;;atgi;22;tct;;tat;;atgf;25 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;456;;;0/0;2;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;152;;;10;11;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;9;;;20;13;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;65;tcc;80;tac;75;tgc;85;;;;;;30;9;;;;ttc;39;tcc;11;tac;25;tgc;39 atc;-6;acc;100;aac;58;agc;73;;neg1;56;;;40;5;;;;atc;100;acc;18;aac;17;agc;11 ctc;82;ccc;100;cac;50;cgt;63;;sans;56;;;50;3;41;;;ctc;0;ccc;22;cac;44;cgt;10 gtc;100;gcc;100;gac;71;ggc;91;;avec;4;;;60;2;;;;gtc;11;gcc;22;gac;37;ggc;17 tta;64;tca;90;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;22;tca;0;taa;;tga;100 ata;;aca;62;aaa;75;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;11;aaa;17;aga;0 cta;89;cca;82;caa;54;cga;100;;L’estimation par nega;;;;90;0;;;;cta;11;cca;0;caa;22;cga;100 gta;71;gca;0;gaa;76;gga;60;;est 10% au dessus;;;;100;3;;;;gta;6;gca;;gaa;5;gga;33 ttg;82;tcg;100;tag;;tgg;54;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;0;tag;;tgg;22 atgj;92;acg;89;aag;80;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;18;acg;11;aag;11;agg;0 ctg;80;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;56;ccg;22;cag;39;cgg;0 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;56;gcg;44;gag;44;ggg;11 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;275;;263;;294;832 </pre> ===clostridia synthèse=== ====clostridia distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_génome|clostridia distribution par génome]] <pre> clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total psor;12;5;4;72;;7;;4;104 cdc;4;4;2;70;;3;;;83 cdc8;4;5;2;89;;4;;4;108 cbc*;36;10;;0;;0;;6;52 cbn;52;12;2;6;3;4;;7;86 cle;40;19;;26;3;9;;8;105 hmo;37;12;;39;;11;;10;109 cbei;63;11;3;0;;4;;12;93 ;;;;;;;;; total;248;78;13;302;6;42;0;51;740 </pre> ====clostridia distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_du_total|clostridia distribution du total]] <pre> clos8;;;;;;;628;;;;;;;;;57;;;;;;;;;55 atgi;10;tct;;tat;;atgf;22;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;1;acc;1;aac;7;agc;1;;atc;11;acc;;aac;5;agc; ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;4;;gtc;;gcc;5;gac;;ggc; tta;22;tca;19;taa;;tga;3;;tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;;aga; cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;41;gca;;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;5;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;26;gaa;;gga;5 ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;11;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;248;78;13;302;6;42;740;;;;;;51;6;;57;;total;8;;13;;;42;55 ;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;;;;;;;;; </pre> ====clostridia distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_type|clostridia distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> clos8;;;;;;;628;;clos8;1208;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302 atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11 att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;1;tcc;6;tac;;tgc;1;;ttc;6;tcc;;tac;10;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;12;tcc;1;tac;13;tgc;10 atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;;acc;3;aac;1;agc;3;;atc;;acc;3;aac;5;agc;5;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;3;acc;3;aac;16;agc;5 ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;8;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;2;cac;8;cgt;7 gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;15;ggc;11;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;17;ggc;9 tta;22;tca;19;taa;0;tga;3;;tta;;tca;1;taa;;tga;3;;tta;11;tca;6;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;11;tca;10;taa;;tga; ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;1;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;15;aaa;14;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;13;aaa;17;aga;14 cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;5;cca;4;caa;;cga;1;;cta;6;cca;10;caa;8;cga;3;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;11;caa;14;cga; gta;41;gca;0;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;13;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;21;gca;;gaa;19;gga;15 ttg;9;tcg;2;tag;0;tgg;11;;ttg;8;tcg;2;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4 atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;4;aag;1;agg;5;;atgj;10;acg;;aag;5;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;13;acg;;aag;;agg; ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;3;ccg;1;cag;3;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;1;gag;3;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;248;78;13;302;6;42;740;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====clostridia par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_par_rapport_au_groupe_de_référence|clostridia par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;31;19;2;6;2;5;65; 16;moyen;36;66;4;101;20;42;269; 14;fort;11;155;2;195;29;14;406; ; ;78;240;8;302;51;61;740; 10;g+cga;16;13;;2;;;31; 2;agg+cgg;5;2;;;1;;8; 4;carre ccc;4;4;;4;1;5;13; 5;autres;6;;2;;;;8; ;;31;19;2;6;2;5;65; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;42;26;3;8;3;7;88;26 16;moyen;49;89;5;136;27;57;364;324 14;fort;15;209;3;264;39;19;549;650 ; ;105;324;11;408;69;82;740;729 10;g+cga;22;18;;3;;;42;10 2;agg+cgg;7;3;;;1;;11; 4;carre ccc;5;5;;5;1;7;18;16 5;autres;8;0;3;0;;;11; ;;42;26;3;8;3;7;88; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;95;58;6;160;26;40;8; 16;moyen;110;202;12;325;324;46;28; 14;fort;34;475;6;515;650;14;65; ; ;239;736;25;326;729;78;240; 10;g+cga;49;40;;89;10;52;; 2;agg+cgg;15;6;;21;;16;; 4;carre ccc;12;12;;25;16;13;; 5;autres;18;;6;25;;19;; ;;95;58;6;160;;31;; </pre> ====clostridia, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia,_estimation_des_-rRNAs|clostridia, estimation des -rRNAs]] <pre> clostridia;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 43 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;43;856; ; ;;indices;;;;43;1991;;;;clos8;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;326 atgi;29;tct;;tat;;atgf;30;;atgi;67;tct;;tat;;atgf;70;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;1 ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;44;tcc;1;tac;26;tgc;16;;ttc;102;tcc;2.3;tac;60;tgc;37;;ttc;7;tcc;6;tac;10;tgc;6 atc;72;acc;10;aac;64;agc;11;;atc;167;acc;23;aac;149;agc;26;;atc;;acc;6;aac;6;agc;8 ctc;2;ccc;3;cac;12;cgt;8;;ctc;4.7;ccc;7.0;cac;28;cgt;19;;ctc;3;ccc;2;cac;8;cgt;4 gtc;4;gcc;12;gac;40;ggc;23;;gtc;9.3;gcc;28;gac;93;ggc;53;;gtc;2;gcc;1;gac;15;ggc;11 tta;19;tca;13;taa;;tga;;;tta;44;tca;30;taa;;tga;;;tta;11;tca;9;taa;;tga;3 ata;;aca;29;aaa;48;aga;21;;ata;;aca;67;aaa;112;aga;49;;ata;1;aca;17;aaa;14;aga;10 cta;18;cca;17;caa;25;cga;1;;cta;42;cca;40;caa;58;cga;2.3;;cta;11;cca;14;caa;8;cga;4 gta;38;gca;92;gaa;45;gga;31;;gta;88;gca;214;gaa;105;gga;72;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;14 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;9;;ttg;;tcg;2.3;tag;;tgg;21;;ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;7 atgj;18;acg;3;aag;2;agg;1;;atgj;42;acg;7.0;aag;4.7;agg;2.3;;atgj;10;acg;4;aag;6;agg;6 ctg;5;ccg;2;cag;1;cgg;3;;ctg;12;ccg;4.7;cag;2.3;cgg;7.0;;ctg;4;ccg;1;cag;4;cgg;1 gtg;1;gcg;;gag;4;ggg;2;;gtg;2.3;gcg;;gag;9.3;ggg;4.7;;gtg;1;gcg;1;gag;3;ggg;3 ;;346;;468;;42;856;;;;805;;1088;;98;1991;;;;107;;168;;51;326 27.5.20 Tanger;;;;clos;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;clos8;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;11144;4.0;0.6;;indices;sans +16s;;;174;11144;4.0;0.6;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;92;tct;1.1;tat;;atgf;117;;atgi;159;tct;1.1;tat;;atgf;187;;atgi;13;tct;;tat;;atgf;138 att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;;act;;aat;;agt;13 ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;38;cct;;cat;;cgc; gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;104;tcc;101;tac;127;tgc;114;;ttc;206;tcc;103;tac;187;tgc;151;;ttc;88;tcc;75;tac;125;tgc;75 atc;-15;acc;79;aac;99;agc;107;;atc;152;acc;102;aac;248;agc;133;;atc;;acc;75;aac;75;agc;100 ctc;76;ccc;55;cac;112;cgt;97;;ctc;81;ccc;62;cac;140;cgt;116;;ctc;38;ccc;25;cac;100;cgt;50 gtc;44;gcc;33;gac;149;ggc;167;;gtc;53;gcc;61;gac;242;ggc;220;;gtc;25;gcc;13;gac;188;ggc;138 tta;128;tca;112;taa;1.1;tga;55;;tta;172;tca;142;taa;1.1;tga;55;;tta;138;tca;113;taa;;tga;38 ata;2.9;aca;151;aaa;159;aga;125;;ata;2.9;aca;218;aaa;271;aga;174;;ata;13;aca;213;aaa;175;aga;125 cta;106;cca;123;caa;98;cga;46;;cta;148;cca;163;caa;156;cga;48;;cta;138;cca;175;caa;100;cga;50 gta;198;gca;5;gaa;134;gga;171;;gta;286;gca;219;gaa;239;gga;243;;gta;250;gca;;gaa;213;gga;175 ttg;108;tcg;81;tag;2.3;tgg;99;;ttg;108;tcg;83;tag;2.3;tgg;120;;ttg;113;tcg;25;tag;;tgg;88 atgj;90;acg;70;aag;115;agg;94;;atgj;132;acg;77;aag;120;agg;96;;atgj;125;acg;50;aag;75;agg;75 ctg;64;ccg;59;cag;75;cgg;53;;ctg;76;ccg;64;cag;77;cgg;60;;ctg;50;ccg;13;cag;50;cgg;13 gtg;32;gcg;35;gag;74;ggg;65;;gtg;34;gcg;35;gag;83;ggg;70;;gtg;13;gcg;13;gag;38;ggg;38 ;;1426;;1894;;1080;4400;;;;2231;;2982;;1177;6390;;;;1325;;2100;;638;4063 rapports;;64;;64;;92;69;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;58;tct;;tat;;atgf;63;;fiches;47.674;;;fréquences;;;;;atgi;86;tct;100;tat;;atgf;15 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2050;;;0/0;;;;;att;100;act;;aat;;agt;95 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;888;;;10;11;;;;ctt;59;cct;100;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;43;;;20;6;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt; ttc;50;tcc;98;tac;68;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;16;tcc;26;tac;1;tgc;34 atc;-10;acc;77;aac;40;agc;81;;clos8;40.75;;;40;5;;;;atc;100;acc;5;aac;24;agc;7 ctc;94;ccc;89;cac;80;cgt;84;;sans;326;;;50;4;36;;;ctc;51;ccc;55;cac;11;cgt;49 gtc;82;gcc;54;gac;62;ggc;76;;avec;752;;;60;3;;;;gtc;43;gcc;62;gac;21;ggc;17 tta;74;tca;79;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;4;;;;tta;7;tca;1;taa;100;tga;32 ata;100;aca;69;aaa;59;aga;72;;;;;;80;3;;;;ata;77;aca;29;aaa;9;aga;0 cta;72;cca;75.7;caa;63;cga;95;;L’estimation par clos8;;;;90;1;;;;cta;23;cca;29;caa;2;cga;9 gta;69;gca;2;gaa;56;gga;70;;est 15 % en dessous;;;;100;2;;;;gta;21;gca;100;gaa;37;gga;2 ttg;100;tcg;97;tag;;tgg;83;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;4;tcg;69;tag;100;tgg;12 atgj;68;acg;91;aag;96;agg;98;;43;;100;;;49;;;;atgj;28;acg;29;aag;35;agg;20 ctg;85;ccg;93;cag;97;cgg;88;;atc;59;152;;;;;;;ctg;22;ccg;79;cag;33;cgg;76 gtg;93;gcg;100;gag;89;ggg;93;;gca;73;219;;;;;;;gtg;61;gcg;64;gag;49;ggg;43 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;265;;272;;944;1481 </pre> ==gamma== ===Shewanella=== ====spl opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_opérons|spl opérons]] <pre> 39.1%GC;30.6.19 Paris;16s 11;147;doubles;intercalaires ;Shewanella pealeana;;;; ;45136..46685;;16s;@1;339 ;47025..49946;;23s;;112 ;50059..50174;;5s;; ;;;;; ;51490..53039;;16s;;339 ;53379..56298;;23s;;114 ;56413..56528;;5s;; ;;;;; ;182271..183820;;16s;@2;71 ;183892..183968;;atc;;65 ;184034..184109;;gca;;364 ;184474..187395;;23s;;112 ;187508..187623;;5s;;100 ;187724..187800;;gac;; ;;;;; ;191614..191689;;aca;;8 ;191698..191782;;tac;;35 ;191818..191891;;gga;; ;;;;; ;235182..236731;;16s;;374 ;237106..240025;;23s;;114 ;240140..240255;;5s;; ;;;;; ;243631..245180;;16s;;338 ;245519..248440;;23s;;113 ;248554..248669;;5s;;68 ;248738..248813;;acc;;17 ;248831..248946;;5s;; ;;;;; ;416766..416842;;cgg;;39 ;416882..416957;;cac;;41 ;416999..417075;;cca;+;58 ;417134..417210;;cca;2 cca; ;;;;; ;493711..495260;;16s;;339 ;495600..498519;;23s;;114 ;498634..498749;;5s;; ;;;;; ;641376..641466;;tca;@3;1172 ;642639..642729;;tca;; ;;;;; ;645847..647396;;16s;;71 ;647468..647544;;atc;;65 ;647610..647685;;gca;;329 ;648015..650937;;23s;;156 ;651094..651209;;5s;; ;;;;; ;728115..728199;;ttg;; ;;;;; comp;1168942..1169018;;atgi;; ;;;;; comp;1339706..1339781;;aca;+;52 comp;1339834..1339909;;ttc;2 ttc;539 comp;1340449..1340524;;aca;2 aca;52 comp;1340577..1340652;;ttc;; ;;;;; comp;1342467..1342542;;aca;;52 comp;1342595..1342670;;ttc;; ;;;;; ;1456724..1456815;;agc;;21 ;1456837..1456913;;cgt;+;30 ;1456944..1457020;;cgt;7 cgt;32 ;1457053..1457129;;cgt;3 agc;30 ;1457160..1457236;;cgt;;33 ;1457270..1457346;;cgt;;9 ;1457356..1457447;;agc;;76 ;1457524..1457600;;cgt;;35 ;1457636..1457712;;cgt;;9 ;1457722..1457813;;agc;; ;;;;; comp;1627363..1627438;;agg;; ;;;;; comp;1770483..1770558;;gta;+;37 comp;1770596..1770671;;gta;11 gta;37 comp;1770709..1770784;;gta;;37 comp;1770822..1770897;;gta;;37 comp;1770935..1771010;;gta;;37 comp;1771048..1771123;;gta;;37 comp;1771161..1771236;;gta;;37 comp;1771274..1771349;;gta;;37 comp;1771387..1771462;;gta;;37 comp;1771500..1771575;;gta;;39 comp;1771615..1771690;;gta;; ;;;;; ;1773910..1773985;;gcc;+;80 ;1774066..1774141;;gaa;13 gaa;102 ;1774244..1774319;;gaa;2 gcc;102 ;1774422..1774497;;gaa;;102 ;1774600..1774675;;gaa;;102 ;1774778..1774853;;gaa;;102 ;1774956..1775031;;gaa;;102 ;1775134..1775209;;gaa;;102 ;1775312..1775387;;gaa;;253 ;1775641..1775716;;gaa;;102 ;1775819..1775894;;gaa;;102 ;1775997..1776072;;gaa;;102 ;1776175..1776250;;gaa;;102 ;1776353..1776428;;gaa;;47 ;1776476..1776551;;gcc;; ;;;;; ;2081297..2082846;;16s;;338 ;2083185..2086104;;23s;;114 ;2086219..2086334;;5s;; ;;;;; comp;2143274..2143350;;ccc;; ;;;;; comp;2366164..2366240;;atgf;+;40 comp;2366281..2366357;;atgf;4 atgf;40 comp;2366398..2366474;;atgf;;40 comp;2366515..2366591;;atgf;; ;;;;; ;2376218..2376308;;tca;; ;;;;; ;2379767..2379842;;ggc;;13 ;2379856..2379929;;tgc;;85 ;2380015..2380100;;tta;; ;;;;; ;2550857..2550932;;ggc;;13 ;2550946..2551019;;tgc;+;95 ;2551115..2551200;;tta;3 tgc;634 ;2551835..2551908;;tgc;3 tta;95 ;2552004..2552089;;tta;;479 ;2552569..2552642;;tgc;;132 ;2552775..2552860;;tta;; ;;;;; ;2558019..2558109;;tca;; ;;;;; comp;2717566..2717655;;tcc;; ;;;;; comp;2759730..2759806;;atgf;+;189 comp;2759996..2760072;;atgf;4 atgf;45 comp;2760118..2760194;;gtc;2 gtc;2 comp;2760197..2760273;;atgf;;35 comp;2760309..2760385;;gtc;;13 comp;2760399..2760475;;atgf;; ;;;;; ;2858823..2858907;;tac;+;30 ;2858938..2859022;;tac;5 tac;85 ;2859108..2859192;;tac;;107 ;2859300..2859384;;tac;;107 ;2859492..2859576;;tac;; ;;;;; ;2866268..2866343;;aac;+;45 ;2866389..2866464;;aac;7aac;41 ;2866506..2866581;;aac;;26 ;2866608..2866683;;aac;;32 ;2866716..2866791;;aac;;33 ;2866825..2866900;;aac;;40 ;2866941..2867016;;aac;; ;;;;; comp;2929429..2929505;;gac;+;97 comp;2929603..2929679;;gac;4 gac;97 comp;2929777..2929853;;gac;;83 comp;2929937..2930013;;gac;; ;;;;; comp;3120289..3120364;;aaa;+;58 comp;3120423..3120498;;aaa;12 aaa;58 comp;3120557..3120632;;aaa;;58 comp;3120691..3120766;;aaa;;59 comp;3120826..3120901;;aaa;;57 comp;3120959..3121034;;aaa;;58 comp;3121093..3121168;;aaa;;58 comp;3121227..3121302;;aaa;;59 comp;3121362..3121437;;aaa;;58 comp;3121496..3121571;;aaa;;59 comp;3121631..3121706;;aaa;;59 comp;3121766..3121841;;aaa;; ;;;;; comp;3269860..3269935;;cac;;8 comp;3269944..3270020;;aga;;63 comp;3270084..3270160;;cca;; ;;;;; comp;3757983..3758059;;atgf;; comp;3758163..3758249;;ctc;; ;;;;; comp;3835257..3835331;;caa;+;51 comp;3835383..3835467;;cta;5 caa;131 comp;3835599..3835673;;caa;5 cta;20 comp;3835694..3835778;;cta;3 atg;96 comp;3835875..3835949;;caa;;49 comp;3835999..3836083;;cta;;211 comp;3836295..3836371;;atg;;5 comp;3836377..3836451;;caa;;47 comp;3836499..3836583;;cta;;55 comp;3836639..3836715;;atg;;5 comp;3836721..3836795;;caa;;47 comp;3836843..3836927;;cta;;55 comp;3836983..3837059;;atg;; ;;;;; comp;3862885..3862961;;tgg;+;167 comp;3863129..3863205;;tgg;2 tgg; ;;;;; comp;3867049..3867164;;5s;;114 comp;3867279..3870198;;23s;;338 comp;3870537..3872086;;16s;; ;;;;; ;3882154..3882229;;ttc;; ;;;;; comp;4331488..4331563;;ggc;+;130 comp;4331694..4331769;;ggc;6 ggc;47 comp;4331817..4331892;;ggc;;162 comp;4332055..4332130;;ggc;;16 comp;4332147..4332222;;ggc;;48 comp;4332271..4332346;;ggc;; ;;;;; comp;4616881..4616996;;5s;;112 comp;4617109..4620030;;23s;;364 comp;4620395..4620470;;gca;;65 comp;4620536..4620612;;atc;;71 comp;4620684..4622233;;16s;; ;;;;; comp;5129770..5129846;;gac;;100 comp;5129947..5130062;;5s;;115 comp;5130178..5133097;;23s; ;339 comp;5133437..5134986;;16s;; </pre> ====spl cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_cumuls|spl cumuls]] <pre> spl cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;0;;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;6;20;12;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;27;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;2;60;28;;150;;60;;400; ;max a;3;80;3;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;8;;250;;100;;600; ;spéciaux;0;120;13;;300;;120;;700; ;total aas;9;140;3;;350;;140;;800; sans ;opérons;29;160;0;;400;;160;;900; ;1 aa;8;180;2;;450;;180;;1000; ;max a;15;200;1;;500;;200;;1100; ;a doubles;15;;6;;;;;;; ;total aas;133;;103;;;0;;0;;0 total aas;;142;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;88;;;;;;; ;;;variance;143;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;58;;;;;;; ;;;variance;35;;;;;;; </pre> ====spl blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_blocs|spl blocs]] <pre> spl blocs;;;;;;; 16s;339;339;374;339;338;338; 23s;112;114;114;114;114;114; 5s;;;;;;; ;;;;;;; 16s;71;71;71;16s;338;16s;339 atc;65;65;65;23s;113;23s;115 gca;364;329;364;5s;68;5s;100 23s;112;156;112;acc;17;gac; 5s;100;;;5s;;; gac;;;;;;; </pre> ====spl distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_distribution|spl distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;2 gac;ttc;3;tcc;;tac;;tgc;4;cca2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;cca2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;3;tac5;atc;;acc;;aac;7;agc;;tac5;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;7;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;séquences;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;8;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;(aca ttc)2;tta;4;tca;;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;2;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;(tgc tta)3;ata;;aca;4;aaa;;aga;1;gaa13;ata;;aca;;aaa;12;aga;;gaa13;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;(atf gtc)2;cta;5;cca;1;caa;5;cga;;atgf4+2;cta;;cca;2;caa;;cga;;atgf4+2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;(caa cta atgj)3 ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;cgt5+2;gta;11;gca;;gaa;13;gga;;cgt5+2;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;ou;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;1;(caa cta)5;atgj;3;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total spl;;8;;;;;8;;spl;46;;;;;;46;;spl;79;;;;;;79;;spl;;;;3;;;3 </pre> ====spl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_données_intercalaires|spl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;5s CDS;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;spl;fx;fc;spl;fx40;fc40;spl;x-;c-;c;x;c;x;;c;x;;c;x; 1;0;0;1;17;0;1;17;-1;;126;606;234;16s 23s;;;tRNA tRNA;;suite;tRNA tRNA;;suite ;0;10;8;284;1;0;46;-2;2;0;195;236;4* 349;;;37;;gta;45;;aac ;0;20;19;193;2;0;53;-3;;0;155;320;384;;;37;;gta;41;;aac ;0;30;13;120;3;1;29;-4;5;136;789;-23;3* 348;;;37;;gta;26;;aac 1;0;40;29;86;4;0;22;-5;;0;695;286;5s CDS;;;37;;gta;32;;aac ;0;50;17;74;5;1;16;-6;;0;220;330;703;339;;37;;gta;33;;aac ;0;60;39;80;6;2;13;-7;;10;441;117;727;454;;37;;gta;40;;aac ;0;70;50;72;7;2;14;-8;2;46;913;500;;768;;37;;gta;**;;aac ;0;80;68;100;8;1;29;-9;;0;1058;545;;304;;37;;gta;97;;gac ;1;90;53;92;9;1;29;-10;;8;581;34;;454;;37;;gta;97;;gac 1;0;100;56;90;10;0;33;-11;;28;176;705;;798;;39;;gta;83;;gac ;1;110;38;64;11;2;27;-12;;0;257;977;16s tRNA;;;**;;gta;**;;gac 1;2;120;54;73;12;1;35;-13;;5;104;136;3* 74;;atc;80;;gcc;58;;aaa ;1;130;44;84;13;3;20;-14;;15;134;383;tRNA 23s;;;102;;gaa;58;;aaa 1;1;140;26;56;14;1;29;-15;1;0;455;254;371;;gca;102;;gaa;58;;aaa ;0;150;27;51;15;5;15;-16;;3;216;545;336;;gca;102;;gaa;59;;aaa ;4;160;30;52;16;0;10;-17;1;8;152;184;371;;gca;102;;gaa;57;;aaa ;1;170;31;49;17;3;13;-18;;0;530;98;5s tRNA;;;102;;gaa;58;;aaa ;3;180;36;53;18;2;20;-19;;1;595;291;100;;gac;102;;gaa;58;;aaa 2;1;190;24;43;19;1;14;-20;;7;89;1011;68;;acc;102;;gaa;59;;aaa ;3;200;34;36;20;1;10;-21;;0;178;465;100;;gac;253;;gaa;58;;aaa ;0;210;24;37;21;2;12;-22;;0;192;289;tRNA 5s;;;102;;gaa;59;;aaa ;2;220;25;39;22;1;12;-23;;4;353;187;17;;acc;102;;gaa;59;;aaa ;0;230;25;33;23;0;13;-24;;0;315;;tRNA tRNA;;intra;102;;gaa;**;;aaa 2;0;240;27;32;24;4;19;-25;;0;187;;3* 65;;atc gca;102;;gaa;8;;cac ;0;250;23;25;25;3;3;-26;;2;572;;tRNA tRNA;;;47;;gaa;63;;aga 1;2;260;22;30;26;0;9;-27;;0;124;;8;;aca;**;;gcc;**;;cca ;0;270;23;31;27;2;21;-28;;1;830;;35;;tac;40;;atgf;103;;atgf ;0;280;24;23;28;0;9;-29;;2;193;;**;;gga;40;;atgf;**;;ctc 2;0;290;27;29;29;1;11;-30;;0;255;;39;;cgg;40;;atgf;51;;caa 1;0;300;21;23;30;0;11;-31;;0;157;;41;;cac;**;;atgf;131;;cta ;0;310;18;18;31;3;17;-32;;3;114;;58;;cca;13;;ggc;20;;caa 1;1;320;16;19;32;4;9;-33;;0;162;;**;;cca;85;;tgc;96;;cta 1;0;330;11;18;33;3;8;-34;;1;495;;1172;;tca;**;;tta;49;;caa ;0;340;16;20;34;5;9;-35;;0;180;;**;;tca;13;;ggc;211;;cta ;0;350;13;17;35;2;8;-36;;0;160;;52;;aca;95;;tgc;5;;atgj ;1;360;14;16;36;1;6;-37;;0;663;;539;;ttc;634;;tta;47;;caa ;0;370;15;22;37;4;6;-38;;1;113;;52;;aca;95;;tgc;55;;cta ;0;380;10;9;38;5;10;-39;;0;427;;**;;ttc;479;;tta;5;;atgj 1;0;390;14;10;39;1;7;-40;;0;CDS 16s ;;52;;aca;132;;tgc;47;;caa ;0;400;10;9;40;1;6;-41;;1;647;614;**;;ttc;**;;tta;55;;cta 7;15;reste;230;253;reste;1235;1782;-42;;0;988;687;21;;agc;128;;cat;**;;atgj 23;39;total;1305;2482;total;1305;2482;-43;;1;876;1908;30;;cgt;128;;cat;167;;tgg 15;24;diagr;1074;2212;diagr;69;683;-44;;0;206;1178;32;;cgt;189;;atgf;**;;tgg 0;0; t30;40;597;;;;-45;;0;611;807;30;;cgt;45;;atgf;20;;ggc ;;;;;;;;-46;;0;5s 16s;;33;;cgt;2;;gtc;13;;ggt ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;1319;;9;;cgt;35;;atgf;47;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;23s 5s;;76;;agc;13;;gtc;47;;ggc ;x;1304;12;1;1317;;;-49;;0;8* 132;;35;;cgt;**;;atgf;15;;ggt ;c;2465;414;17;2896;;;-50;;0;2* 133;;9;;cgt;30;;tac;16;;ggc ;;;;;4213;253;;reste;1;5;177;;**;;agc;85;;tac;48;;ggc ;;;;;;4466;;total;12;414;;;;;;107;;tac;**;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;107;;tac;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tac;;; </pre> =====spl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires_aas|spl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;spl;;;;; deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;43968;44525;614;*; ;;rRNA;45140;46682;349;*;16s ;;rRNA;47032;49926;132;*;23s ;;rRNA;50059;50174;1319;*;5s ;;rRNA;51494;53036;349;*;16s ;;rRNA;53386;56280;132;*;23s ;;rRNA;56413;56528;339;*;5s fin;comp;CDS;56868;57011;;; deb;comp;CDS;146328;146498;-16;*; ;comp;regulatory;146483;146744;188;*; fin;;CDS;146933;149083;;; deb;comp;CDS;181132;181587;687;*; ;;rRNA;182275;183817;74;*;16s ;;tRNA;183892;183968;65;*;atc ;;tRNA;184034;184109;371;*;gca ;;rRNA;184481;187375;132;*;23s ;;rRNA;187508;187623;100;*;5s ;;tRNA;187724;187800;606;*;gac fin;;CDS;188407;189432;;; deb;comp;CDS;190429;191379;234;*; ;;tRNA;191614;191689;8;*;aca ;;tRNA;191698;191782;35;*;tac ;;tRNA;191818;191891;195;*;gga fin;;CDS;192087;193271;;; deb;;CDS;233942;234538;647;*; ;;rRNA;235186;236728;384;*;16s ;;rRNA;237113;240007;132;*;23s ;;rRNA;240140;240255;454;*;5s deb;comp;CDS;240710;241726;1908;*; ;;rRNA;243635;245177;348;*;16s ;;rRNA;245526;248420;133;*;23s ;;rRNA;248554;248669;68;*;5s ;;tRNA;248738;248813;17;*;acc ;;rRNA;248831;248946;703;*;5s fin;;CDS;249650;250924;;0; deb;;CDS;282426;283268;135;*; ;;ncRNA;283404;283755;313;*; fin;comp;CDS;284069;285322;;; deb;comp;CDS;413908;416529;236;*; ;;tRNA;416766;416842;39;*;cgg ;;tRNA;416882;416957;41;*;cac ;;tRNA;416999;417075;58;*;cca ;;tRNA;417134;417210;320;*;cca fin;comp;CDS;417531;419450;;; deb;comp;CDS;492003;492536;1178;*; ;;rRNA;493715;495257;349;*;16s ;;rRNA;495607;498501;132;*;23s ;;rRNA;498634;498749;768;*;5s fin;comp;CDS;499518;500534;;; deb;;CDS;550745;552652;-23;*; ;comp;tRNA;552630;552724;286;*;tga fin;;CDS;553011;553874;;; deb;;CDS;640018;641220;155;*; ;;tRNA;641376;641466;1172;*;tca ;;tRNA;642639;642729;789;*;tca deb;;CDS;643519;644862;988;*; ;;rRNA;645851;647393;74;*;16s ;;tRNA;647468;647544;65;*;atc ;;tRNA;647610;647685;336;*;gca ;;rRNA;648022;650916;177;*;23s ;;rRNA;651094;651209;727;*;5s fin;;CDS;651937;653757;;0; deb;comp;CDS;727650;727784;330;*; ;;tRNA;728115;728199;695;*;ttg fin;;CDS;728895;730808;;0; deb;;CDS;878528;879232;406;*; ;;regulatory;879639;879784;204;*; fin;;CDS;879989;881359;;; deb;;CDS;1166653;1168824;117;*; ;comp;tRNA;1168942;1169018;220;*;atgi fin;comp;CDS;1169239;1171089;;; deb;;CDS;1284512;1284730;-193;*; ;comp;misc_f;1284538;1284656;121;*; fin;comp;CDS;1284778;1285140;;0; deb;;CDS;1337892;1339205;500;*; ;comp;tRNA;1339706;1339781;52;*;aca ;comp;tRNA;1339834;1339909;539;*;ttc ;comp;tRNA;1340449;1340524;52;*;aca ;comp;tRNA;1340577;1340652;545;*;ttc deb;;CDS;1341198;1342432;34;*; ;comp;tRNA;1342467;1342542;52;*;aca ;comp;tRNA;1342595;1342670;441;*;ttc fin;comp;CDS;1343112;1343390;;; deb;;CDS;1455613;1455810;913;*; ;;tRNA;1456724;1456815;21;*;agc ;;tRNA;1456837;1456913;30;*;cgt ;;tRNA;1456944;1457020;32;*;cgt ;;tRNA;1457053;1457129;30;*;cgt ;;tRNA;1457160;1457236;33;*;cgt ;;tRNA;1457270;1457346;9;*;cgt ;;tRNA;1457356;1457447;76;*;agc ;;tRNA;1457524;1457600;35;*;cgt ;;tRNA;1457636;1457712;9;*;cgt ;;tRNA;1457722;1457813;1058;*;agc fin;;CDS;1458872;1459117;;; deb;comp;CDS;1564741;1565973;165;*; ;comp;tmRNA;1566139;1566494;110;*; fin;comp;CDS;1566605;1567099;;0; deb;comp;CDS;1625951;1626781;581;*; ;comp;tRNA;1627363;1627438;176;*;agg fin;comp;CDS;1627615;1628784;;0; deb;comp;CDS;1769998;1770225;257;*; ;comp;tRNA;1770483;1770558;37;*;gta ;comp;tRNA;1770596;1770671;37;*;gta ;comp;tRNA;1770709;1770784;37;*;gta ;comp;tRNA;1770822;1770897;37;*;gta ;comp;tRNA;1770935;1771010;37;*;gta ;comp;tRNA;1771048;1771123;37;*;gta ;comp;tRNA;1771161;1771236;37;*;gta ;comp;tRNA;1771274;1771349;37;*;gta ;comp;tRNA;1771387;1771462;37;*;gta ;comp;tRNA;1771500;1771575;39;*;gta ;comp;tRNA;1771615;1771690;705;*;gta deb;;CDS;1772396;1773805;104;*; ;;tRNA;1773910;1773985;80;*;gcc ;;tRNA;1774066;1774141;102;*;gaa ;;tRNA;1774244;1774319;102;*;gaa ;;tRNA;1774422;1774497;102;*;gaa ;;tRNA;1774600;1774675;102;*;gaa ;;tRNA;1774778;1774853;102;*;gaa ;;tRNA;1774956;1775031;102;*;gaa ;;tRNA;1775134;1775209;102;*;gaa ;;tRNA;1775312;1775387;253;*;gaa ;;tRNA;1775641;1775716;102;*;gaa ;;tRNA;1775819;1775894;102;*;gaa ;;tRNA;1775997;1776072;102;*;gaa ;;tRNA;1776175;1776250;102;*;gaa ;;tRNA;1776353;1776428;47;*;gaa ;;tRNA;1776476;1776551;977;*;gcc fin;comp;CDS;1777529;1779358;;0; deb;comp;CDS;1928606;1930189;113;*; ;comp;misc_f;1930303;1930412;474;*; fin;;CDS;1930887;1931621;;; deb;;CDS;2079870;2080424;876;*; ;;rRNA;2081301;2082843;348;*;16s ;;rRNA;2083192;2086086;132;*;23s ;;rRNA;2086219;2086334;304;*;5s fin;comp;CDS;2086639;2087564;;; deb;;CDS;2142913;2143137;136;*; ;comp;tRNA;2143274;2143350;134;*;ccc fin;comp;CDS;2143485;2145269;;; deb;;CDS;2225993;2226382;125;*; ;;regulatory;2226508;2226638;52;*; fin;;CDS;2226691;2228829;;; deb;comp;CDS;2365103;2365708;455;*; ;comp;tRNA;2366164;2366240;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366281;2366357;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366398;2366474;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366515;2366591;383;*;atgf fin;;CDS;2366975;2369110;;; deb;comp;CDS;2374251;2375963;254;*; ;;tRNA;2376218;2376308;216;*;tca fin;;CDS;2376525;2377169;;; deb;;CDS;2379066;2379614;152;*; ;;tRNA;2379767;2379842;13;*;ggc ;;tRNA;2379856;2379929;85;*;tgc ;;tRNA;2380015;2380100;530;*;tta fin;;CDS;2380631;2381200;;; deb;;CDS;2548825;2550261;595;*; ;;tRNA;2550857;2550932;13;*;ggc ;;tRNA;2550946;2551019;95;*;tgc ;;tRNA;2551115;2551200;634;*;tta ;;tRNA;2551835;2551908;95;*;tgc ;;tRNA;2552004;2552089;479;*;tta ;;tRNA;2552569;2552642;132;*;tgc ;;tRNA;2552775;2552860;545;*;tta fin;comp;CDS;2553406;2553735;;; deb;;CDS;2556685;2557929;89;*; ;;tRNA;2558019;2558109;184;*;tca fin;comp;CDS;2558294;2559073;;; deb;;CDS;2716829;2717467;98;*; ;comp;tRNA;2717566;2717655;178;*;tcc fin;comp;CDS;2717834;2719828;;; deb;comp;CDS;2758794;2759069;192;*; ;comp;tRNA;2759262;2759367;128;*;cat ;comp;tRNA;2759496;2759601;128;*;cat ;comp;tRNA;2759730;2759806;189;*;atgf ;comp;tRNA;2759996;2760072;45;*;atgf ;comp;tRNA;2760118;2760194;2;*;gtc ;comp;tRNA;2760197;2760273;35;*;atgf ;comp;tRNA;2760309;2760385;13;*;gtc ;comp;tRNA;2760399;2760475;353;*;atgf fin;comp;CDS;2760829;2762043;;; deb;comp;CDS;2858049;2858531;291;*; ;;tRNA;2858823;2858907;30;*;tac ;;tRNA;2858938;2859022;85;*;tac ;;tRNA;2859108;2859192;107;*;tac ;;tRNA;2859300;2859384;107;*;tac ;;tRNA;2859492;2859576;315;*;tac fin;;CDS;2859892;2860968;;0; deb;comp;CDS;2863253;2865256;1011;*; ;;tRNA;2866268;2866343;45;*;aac ;;tRNA;2866389;2866464;41;*;aac ;;tRNA;2866506;2866581;26;*;aac ;;tRNA;2866608;2866683;32;*;aac ;;tRNA;2866716;2866791;33;*;aac ;;tRNA;2866825;2866900;40;*;aac ;;tRNA;2866941;2867016;187;*;aac fin;;CDS;2867204;2869120;;; deb;comp;CDS;2904901;2906862;188;*; ;comp;regulatory;2907051;2907149;230;*; fin;comp;CDS;2907380;2908291;;0; deb;comp;CDS;2926979;2928856;572;*; ;comp;tRNA;2929429;2929505;97;*;gac ;comp;tRNA;2929603;2929679;97;*;gac ;comp;tRNA;2929777;2929853;83;*;gac ;comp;tRNA;2929937;2930013;124;*;gac fin;comp;CDS;2930138;2931472;;; deb;comp;CDS;3118298;3119458;830;*; ;comp;tRNA;3120289;3120364;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120423;3120498;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120557;3120632;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120691;3120766;59;*;aaa ;comp;tRNA;3120826;3120901;57;*;aaa ;comp;tRNA;3120959;3121034;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121093;3121168;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121227;3121302;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121362;3121437;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121496;3121571;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121631;3121706;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121766;3121841;193;*;aaa fin;comp;CDS;3122035;3122760;;; deb;;CDS;3243130;3243747;634;*; ;comp;ncRNA;3244382;3244478;176;*; fin;comp;CDS;3244655;3244972;;0; deb;comp;CDS;3268300;3269604;255;*; ;comp;tRNA;3269860;3269935;8;*;cac ;comp;tRNA;3269944;3270020;63;*;aga ;comp;tRNA;3270084;3270160;465;*;cca fin;;CDS;3270626;3271480;;0; deb;comp;CDS;3757370;3757825;157;*; ;comp;tRNA;3757983;3758059;103;*;atgf ;comp;tRNA;3758163;3758249;114;*;ctc fin;comp;CDS;3758364;3758699;;; deb;comp;CDS;3834636;3835094;162;*; ;comp;tRNA;3835257;3835331;51;*;caa ;comp;tRNA;3835383;3835467;131;*;cta ;comp;tRNA;3835599;3835673;20;*;caa ;comp;tRNA;3835694;3835778;96;*;cta ;comp;tRNA;3835875;3835949;49;*;caa ;comp;tRNA;3835999;3836083;211;*;cta ;comp;tRNA;3836295;3836371;5;*;atgj ;comp;tRNA;3836377;3836451;47;*;caa ;comp;tRNA;3836499;3836583;55;*;cta ;comp;tRNA;3836639;3836715;5;*;atgj ;comp;tRNA;3836721;3836795;47;*;caa ;comp;tRNA;3836843;3836927;55;*;cta ;comp;tRNA;3836983;3837059;495;*;atgj fin;comp;CDS;3837555;3838646;;; deb;comp;CDS;3862357;3862704;180;*; ;comp;tRNA;3862885;3862961;167;*;tgg ;comp;tRNA;3863129;3863205;160;*;tgg fin;comp;CDS;3863366;3864334;;; deb;;CDS;3865578;3866594;454;*; ;comp;rRNA;3867049;3867164;132;*;5s ;comp;rRNA;3867297;3870191;348;*;23s ;comp;rRNA;3870540;3872082;807;*;16s fin;;CDS;3872890;3873405;;0; deb;comp;CDS;3879732;3881864;289;*; ;;tRNA;3882154;3882229;187;*;ttc fin;comp;CDS;3882417;3884279;;0; deb;comp;CDS;3930329;3932182;122;*; ;comp;regulatory;3932305;3932527;233;*; fin;comp;CDS;3932761;3933408;;0; deb;;CDS;4051244;4051564;82;*; ;;ncRNA;4051647;4051828;251;*; fin;comp;CDS;4052080;4052250;;; deb;comp;CDS;4130284;4131048;211;*; ;comp;regulatory;4131260;4131412;506;*; fin;comp;CDS;4131919;4132536;;0; deb;;CDS;4146436;4146708;183;*; ;;regulatory;4146892;4146991;94;*; fin;;CDS;4147086;4148081;;0; deb;comp;CDS;4330369;4330824;663;*; ;comp;tRNA;4331488;4331563;20;*;ggc ;comp;tRNA;4331584;4331680;13;*;ggt ;comp;tRNA;4331694;4331769;47;*;ggc ;comp;tRNA;4331817;4331892;47;*;ggc ;comp;tRNA;4331940;4332039;15;*;ggt ;comp;tRNA;4332055;4332130;16;*;ggc ;comp;tRNA;4332147;4332222;48;*;ggc ;comp;tRNA;4332271;4332346;113;*;ggc fin;comp;CDS;4332460;4333005;;0; deb;comp;CDS;4446808;4448991;66;*; ;comp;regulatory;4449058;4449140;441;*; fin;;CDS;4449582;4449893;;; deb;comp;CDS;4452358;4453668;212;*; ;;regulatory;4453881;4453980;104;*; fin;;CDS;4454085;4455455;;0; deb;;CDS;4615072;4616082;798;*; ;comp;rRNA;4616881;4616996;132;*;5s ;comp;rRNA;4617129;4620023;371;*;23s ;comp;tRNA;4620395;4620470;65;*;gca ;comp;tRNA;4620536;4620612;74;*;atc ;comp;rRNA;4620687;4622229;206;*;16s fin;comp;CDS;4622436;4623133;;; deb;comp;CDS;5003438;5004418;-13;*; ;comp;regulatory;5004406;5004542;257;*; fin;;CDS;5004800;5006449;;0; deb;comp;CDS;5129088;5129342;427;*; ;comp;tRNA;5129770;5129846;100;*;gac ;comp;rRNA;5129947;5130062;133;*;5s ;comp;rRNA;5130196;5133090;349;*;23s ;comp;rRNA;5133440;5134982;611;*;16s fin;comp;CDS;5135594;5137015;;0; </pre> ====spl intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_entre_cds|spl intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> spl;31.1.21 Paris;NCBI;spl 24-9-2020;;;;;;;;; spl;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;426;10.1;'''négatif ;-7;10;-1 à -98;'''5 174 581;-1;426;610;5 ;'''zéro;18;0.4;;;;;'''intercals;0;18;620;10 ;'''1 à 200;2448;58.1;'''0 à 200;82;58;;'''730 981;5;168;630;7 ;'''201 à 370;776;18.4;'''201 à 370;274;48;;'''14.1%;10;124;640;6 ;'''371 à 600;378;9.0;'''371 à 600;462;62;;;15;138;650;6 ;'''601 à max;167;4.0;'''601 à 1028;849;331;;;20;74;660;6 ;'''total 4213;<201;68.6;'''total 4213;173;207;-98 à 3180;;25;69;670;7 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;64;680;6 3787762;3180;-1;426;-70;2;;0;18;35;68;690;3 2676990;2727;0;18;-60;0;;-1;°126;40;47;700;5 4795292;1942;1;°46;-50;4;;-2;2;45;49;710;6 3628609;1722;2;°53;-40;2;;-3;0;50;42;720;6 1384243;1674;3;°30;-30;5;'''min à -1;-4;°141;55;52;730;2 5168395;1593;4;22;-20;16;426;-5;0;60;67;740;7 1692692;1489;5;17;-10;70;10.1%;-6;0;65;56;750;4 4989087;1401;6;15;0;345;;-7;10;70;66;760;1 5017524;1331;7;16;10;292;;-8;°48;75;77;770;3 1530827;1329;8;°30;20;212;;-9;0;80;91;780;3 4000859;1318;9;°30;30;133;;-10;8;85;67;790;4 1999942;1254;10;°33;40;115;'''1 à 100;-11;°28;90;78;800;4 1605218;1225;11;°29;50;91;1561;-12;0;95;65;810;2 897237;1221;12;°36;60;119;37.1%;-13;5;100;81;820;3 1570703;1178;13;23;70;122;;-14;°15;105;41;830;1 4927424;1166;14;°30;80;168;;-15;1;110;61;840;3 1817514;1161;15;20;90;145;;-16;3;115;52;850;2 3532660;1157;16;10;100;146;;-17;°9;120;75;860;1 1716642;1154;17;16;110;102;;-18;0;125;64;870;4 1413389;1150;18;°22;120;127;;-19;1;130;64;880;2 2276940;1141;19;15;130;128;;-20;°7;135;37;890;3 600202;1140;20;11;140;82;;-21;0;140;45;900;1 1996502;1103;21;°14;150;78;;-22;0;145;45;910;2 3325479;1046;22;13;160;82;;-23;°4;150;33;920;2 223647;1016;23;13;170;80;'''1 à 200;-24;0;155;43;930;1 3589524;1016;24;°23;180;89;2448;-25;0;160;39;940;3 967539;1009;25;6;190;67;58.1%;-26;°2;165;42;950;3 4112640;1007;26;9;200;70;;-27;0;170;38;960;3 4903734;975;27;°23;210;61;;-28;1;175;45;970;1 3472661;968;28;9;220;64;;-29;°2;180;44;980;1 750412;959;29;12;230;58;;-30;0;185;34;990;0 2804938;959;30;11;240;59;;-31;0;190;33;1000;0 2670476;957;31;°20;250;48;;-32;°3;195;35;1010;2 2620635;946;32;13;260;52;;;434;200;35;1020;2 2967190;944;33;11;270;54;;reste;10;205;33;1030;0 4243039;944;34;°14;280;47;'''0 à 200;total;444;210;28;1040;0 2002234;937;35;10;290;56;2466;;;215;23;1050;1 3578230;936;36;7;300;44;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;41;1060;0 4121391;933;37;°10;310;36;;600;4046;225;35;1070;0 1500535;926;38;°15;320;35;;650;34;230;23;1080;0 4952031;915;39;8;330;29;;700;27;235;32;1090;0 2490814;912;40;7;340;36;'''201 à 370;750;25;240;27;1100;0 2028503;909;reste;3017;350;30;776;800;15;245;25;1110;1 4150415;904;total;4213;360;30;18.4%;850;11;250;23;1120;0 2127775;897;;;370;37;;900;11;255;26;1130;0 1003095;887;;;380;19;;950;11;260;26;1140;1 2921392;885;;;390;24;;1000;5;265;31;1150;2 2262088;884;;;400;19;;1050;5;270;23;1160;2 2877064;877;;;410;32;;1100;0;275;24;1170;2 4984821;874;;;420;31;;1150;4;280;23;1180;1 4474909;866;;;430;24;;1200;5;285;30;1190;0 1417740;865;;;440;20;;1250;2;290;26;1200;0 4759907;862;;;450;20;;1300;1;295;19;reste;14 3297697;861;;;460;20;;1350;3;300;25;total;167 ;;;;470;19;;1400;0;305;20;; ;;;;480;12;;1450;1;310;16;; '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;490;12;;1500;1;315;20;; 4734113;-98;shift2;629;500;19;;1550;0;320;15;; 4557422;-77;shift2;764;510;13;;1600;1;325;15;; 2893452;-56;shift2;1688;520;14;;1650;0;330;14;; 4567483;-53;shift2;4142;530;12;;1700;1;335;17;; 5067715;-53;shift2;2369;540;12;'''371 à 600;1750;1;340;19;; 4015714;-52;comp;;550;9;378;1800;0;345;15;; 1735201;-43;shift2;;560;11;9.0%;1850;0;350;15;; 1578876;-41;shift2;;570;15;;1900;0;355;15;; 164778;-38;shift2;;580;7;'''601 à max;1950;1;360;15;; 5173629;-34;shift2;;590;7;167;;165;365;19;; 73781;-32;shift2;;600;7;4.0%;;;370;18;; 2497076;-32;shift2;;reste;167;;reste;2;reste;545;; 2892533;-32;shift2;;total;4213;;total;4213;total;4213;; </pre> ====spl intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> spl. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; ;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; spl;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;47;-333;594;7.7;611;236;max80;-47;363;-934;95;806;257;min50 31 à 400;-;-;-;-;-;-;;10.3;-50;-57;43;915;162;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;59;37;-;275;poly;336;tF;158;57;;614;poly;192;SF 31 à 400;;;;;;;;106;43;-;885;dte;30;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;-0.342;;;;; 41-n;0.884;0.735;0.784;;;;;;;;;;; 1-n;0.172;-0.353;-0.202;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; spl;fx;fc;;spl;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;spl;Sx-;Sc- 0;1;17;;0;1;8;0;1;17;>0;1300;-1;0;126 10;8;284;;10;7;128;1;0;46;<0;12;-2;2;0 20;19;193;;20;18;87;2;0;53;zéro;1;-3;0;0 30;13;120;;30;12;54;3;1;29;total;1313;-4;5;136 40;29;86;;40;27;39;4;0;22;;c;-5;0;0 50;16;75;;50;15;34;5;1;16;>0;2469;-6;0;0 60;39;80;;60;36;36;6;2;13;<0;414;-7;0;10 70;50;72;;70;47;33;7;2;14;zéro;17;-8;2;46 80;67;101;;80;63;46;8;1;29;total;2900;-9;0;0 90;52;93;;90;49;42;9;1;29;;;-10;0;8 100;56;90;;100;52;41;10;0;33;;;-11;0;28 110;38;64;;110;35;29;11;2;27;;;-12;0;0 120;54;73;;120;50;33;12;1;35;;;-13;0;5 130;44;84;;130;41;38;13;3;20;;;-14;0;15 140;26;56;;140;24;25;14;1;29;;;-15;1;0 150;27;51;;150;25;23;15;5;15;;;-16;0;3 160;30;52;;160;28;23;16;0;10;;;-17;1;8 170;30;50;;170;28;23;17;3;13;;;-18;0;0 180;36;53;;180;34;24;18;2;20;;;-19;0;1 190;24;43;;190;22;19;19;1;14;;;-20;0;7 200;33;37;;200;31;17;20;1;10;;;-21;0;0 210;24;37;;210;22;17;21;2;12;;;-22;0;0 220;25;39;;220;23;18;22;1;12;;;-23;0;4 230;25;33;;230;23;15;23;0;13;;;-24;0;0 240;28;31;;240;26;14;24;4;19;;;-25;0;0 250;23;25;;250;21;11;25;3;3;;;-26;0;2 260;22;30;;260;21;14;26;0;9;;;-27;0;0 270;23;31;;270;21;14;27;2;21;;;-28;0;1 280;25;22;;280;23;10;28;0;9;;;-29;0;2 290;27;29;;290;25;13;29;1;11;;;-30;0;0 300;20;24;;300;19;11;30;0;11;;;-31;0;0 310;18;18;;310;17;8;31;3;17;;;-32;0;3 320;16;19;;320;15;9;32;4;9;;;-33;0;0 330;11;18;;330;10;8;33;3;8;;;-34;0;1 340;16;20;;340;15;9;34;5;9;;;-35;0;0 350;13;17;;350;12;8;35;2;8;;;-36;0;0 360;14;16;;360;13;7;36;1;6;;;-37;0;0 370;15;22;;370;14;10;37;4;6;;;-38;0;1 380;10;9;;380;9;4;38;5;10;;;-39;0;0 390;14;10;;390;13;5;39;1;7;;;-40;0;0 400;11;8;;400;10;4;40;1;6;;;-41;0;1 reste;229;254;;;;;reste;1231;1786;;;-42;0;0 total;1301;2486;;t30;37;270;total;1301;2486;;;-43;0;1 diagr;1071;2215;;t60;116;378;diagr;69;683;;;-44;0;0 - t30;1031;1618;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;947;1377;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;5 ;;;;;;;;;;;;total;12;414 ;;;;;;;;;;;;-52;1; </pre> ====spl intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_négatifs_S-|spl intercalaires négatifs S-]] 9.6.21 Paris <pre> spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;2;;5;;;;2;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;12 continu;126;0;0;136;0;0;10;46;0;8;28;0;5;15;0;3;8;0;1;7;0;0;4;0;0;2;0;1;2;0;0;3;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;5;414 </pre> *14.8.21 Paris <pre> 14.8.21 Paris;spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;5;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;12 ;Sc-;126;0;0;136;0;0;10;46;0;8;28;0;5;15;0;3;8;0;1;7;0;0;4;0;0;2;0;1;2;0;0;3;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;5;414 </pre> ====spl autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires|spl autres intercalaires]] <pre> spl;autres intercalaires;;adresses1;;;spl;autres intercalaires;;adresses2;;;spl;autres intercalaires;;adresses3;;;spl;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;43968;614;comp;;deb;°CDS;1337892;500;;;deb;°CDS;2379066;152;;;deb;°CDS;3757370;157;comp ;$rRNA;45140;349;;;;&tRNA;1339706;52;comp;;;&tRNA;2379767;13;;;;&tRNA;3757983;103;comp ;$rRNA;47032;132;;;;&tRNA;1339834;539;comp;;;&tRNA;2379856;85;;;;&tRNA;3758163;114;comp ;$rRNA;50059;1319;;;;&tRNA;1340449;52;comp;;;&tRNA;2380015;530;;;fin;°CDS;3758364;;comp ;$rRNA;51494;349;;;;&tRNA;1340577;545;comp;;fin;°CDS;2380631;;;;deb;°CDS;3834636;162;comp ;$rRNA;53386;132;;;deb;°CDS;1341198;34;;;deb;°CDS;2548825;595;;;;&tRNA;3835257;51;comp ;$rRNA;56413;339;;;;&tRNA;1342467;52;comp;;;&tRNA;2550857;13;;;;&tRNA;3835383;131;comp fin;°CDS;56868;;comp;;;&tRNA;1342595;441;comp;;;&tRNA;2550946;95;;;;&tRNA;3835599;20;comp deb;°CDS;146328;-16;comp;;fin;°CDS;1343112;;comp;;;&tRNA;2551115;634;;;;&tRNA;3835694;96;comp ;regulatory;146483;188;comp;;deb;°CDS;1455613;913;;;;&tRNA;2551835;95;;;;&tRNA;3835875;49;comp fin;°CDS;146933;;;;;&tRNA;1456724;21;;;;&tRNA;2552004;479;;;;&tRNA;3835999;211;comp deb;°CDS;181132;687;comp;;;&tRNA;1456837;30;;;;&tRNA;2552569;132;;;;&tRNA;3836295;5;comp ;$rRNA;182275;74;;;;&tRNA;1456944;32;;;;&tRNA;2552775;545;;;;&tRNA;3836377;47;comp ;&tRNA;183892;65;;;;&tRNA;1457053;30;;;fin;°CDS;2553406;;comp;;;&tRNA;3836499;55;comp ;&tRNA;184034;371;;;;&tRNA;1457160;33;;;deb;°CDS;2556685;89;;;;&tRNA;3836639;5;comp ;$rRNA;184481;132;;;;&tRNA;1457270;9;;;;&tRNA;2558019;184;;;;&tRNA;3836721;47;comp ;$rRNA;187508;100;;;;&tRNA;1457356;76;;;fin;°CDS;2558294;;comp;;;&tRNA;3836843;55;comp ;&tRNA;187724;606;;;;&tRNA;1457524;35;;;deb;°CDS;2716829;98;;;;&tRNA;3836983;495;comp fin;°CDS;188407;;;;;&tRNA;1457636;9;;;;&tRNA;2717566;178;;;fin;°CDS;3837555;;comp deb;°CDS;190429;234;comp;;;&tRNA;1457722;1058;;;fin;°CDS;2717834;;comp;;deb;°CDS;3862357;180;comp ;&tRNA;191614;8;;;fin;°CDS;1458872;;;;deb;°CDS;2758794;192;comp;;;&tRNA;3862885;167;comp ;&tRNA;191698;35;;;deb;°CDS;1564741;165;comp;;;&tRNA;2759262;128;comp;;;&tRNA;3863129;160;comp ;&tRNA;191818;195;;;;tmRNA;1566139;110;comp;;;&tRNA;2759496;128;comp;;fin;°CDS;3863366;;comp fin;°CDS;192087;;;;fin;°CDS;1566605;;comp;;;&tRNA;2759730;189;comp;;deb;°CDS;3865578;454; deb;°CDS;233942;647;;;deb;°CDS;1625951;581;comp;;;&tRNA;2759996;45;comp;;;$rRNA;3867049;132;comp ;$rRNA;235186;384;;;;&tRNA;1627363;176;comp;;;&tRNA;2760118;2;comp;;;$rRNA;3867297;348;comp ;$rRNA;237113;132;;;fin;°CDS;1627615;;comp;;;&tRNA;2760197;35;comp;;;$rRNA;3870540;807;comp ;$rRNA;240140;454;;;deb;°CDS;1769998;257;comp;;;&tRNA;2760309;13;comp;;fin;°CDS;3872890;; deb;°CDS;240710;1908;comp;;;&tRNA;1770483;37;;;;&tRNA;2760399;353;comp;;deb;°CDS;3879732;289;comp ;$rRNA;243635;348;;;;&tRNA;1770596;37;;;fin;°CDS;2760829;;comp;;;&tRNA;3882154;187; ;$rRNA;245526;133;;;;&tRNA;1770709;37;;;deb;°CDS;2858049;291;comp;;fin;°CDS;3882417;;comp ;$rRNA;248554;68;;;;&tRNA;1770822;37;;;;&tRNA;2858823;30;;;deb;°CDS;3930329;122;comp ;&tRNA;248738;17;;;;&tRNA;1770935;37;;;;&tRNA;2858938;85;;;;regulatory;3932305;233;comp ;$rRNA;248831;703;;;;&tRNA;1771048;37;;;;&tRNA;2859108;107;;;fin;°CDS;3932761;;comp fin;°CDS;249650;;;;;&tRNA;1771161;37;;;;&tRNA;2859300;107;;;deb;°CDS;4051244;82; deb;°CDS;282426;135;;;;&tRNA;1771274;37;;;;&tRNA;2859492;315;;;;ncRNA;4051647;251; ;ncRNA;283404;313;;;;&tRNA;1771387;37;;;fin;°CDS;2859892;;;;fin;°CDS;4052080;;comp fin;°CDS;284069;;comp;;;&tRNA;1771500;39;;;deb;°CDS;2863253;1011;comp;;deb;°CDS;4130284;211;comp deb;°CDS;413908;236;comp;;;&tRNA;1771615;705;;;;&tRNA;2866268;45;;;;regulatory;4131260;506;comp ;&tRNA;416766;39;;;deb;°CDS;1772396;104;;;;&tRNA;2866389;41;;;fin;°CDS;4131919;;comp ;&tRNA;416882;41;;;;&tRNA;1773910;80;;;;&tRNA;2866506;26;;;deb;°CDS;4146436;183; ;&tRNA;416999;58;;;;&tRNA;1774066;102;;;;&tRNA;2866608;32;;;;regulatory;4146892;94; ;&tRNA;417134;320;;;;&tRNA;1774244;102;;;;&tRNA;2866716;33;;;fin;°CDS;4147086;; fin;°CDS;417531;;comp;;;&tRNA;1774422;102;;;;&tRNA;2866825;40;;;deb;°CDS;4330369;663;comp deb;°CDS;492003;1178;comp;;;&tRNA;1774600;102;;;;&tRNA;2866941;187;;;;&tRNA;4331488;20;comp ;$rRNA;493715;349;;;;&tRNA;1774778;102;;;fin;°CDS;2867204;;;;;&tRNA;4331584;13;comp ;$rRNA;495607;132;;;;&tRNA;1774956;102;;;deb;°CDS;2904901;188;comp;;;&tRNA;4331694;47;comp ;$rRNA;498634;768;;;;&tRNA;1775134;102;;;;regulatory;2907051;230;comp;;;&tRNA;4331817;47;comp fin;°CDS;499518;;comp;;;&tRNA;1775312;253;;;fin;°CDS;2907380;;comp;;;&tRNA;4331940;15;comp deb;°CDS;550745;-23;;;;&tRNA;1775641;102;;;deb;°CDS;2926979;572;comp;;;&tRNA;4332055;16;comp ;&tRNA;552630;286;comp;;;&tRNA;1775819;102;;;;&tRNA;2929429;97;comp;;;&tRNA;4332147;48;comp fin;°CDS;553011;;;;;&tRNA;1775997;102;;;;&tRNA;2929603;97;comp;;;&tRNA;4332271;113;comp deb;°CDS;640018;155;;;;&tRNA;1776175;102;;;;&tRNA;2929777;83;comp;;fin;°CDS;4332460;;comp ;&tRNA;641376;1172;;;;&tRNA;1776353;47;;;;&tRNA;2929937;124;comp;;deb;°CDS;4446808;66;comp ;&tRNA;642639;789;;;;&tRNA;1776476;977;;;fin;°CDS;2930138;;comp;;;regulatory;4449058;441;comp deb;°CDS;643519;988;;;fin;°CDS;1777529;;comp;;deb;°CDS;3118298;830;comp;;fin;°CDS;4449582;; 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aa1;aa2;aa3;;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls &234;&455;&830;;;;;606;;89;113;; 8;40*3;58*3;;comp’;&234;;195;;98;114;'''deb; 35;&152;59;;comp’;&236;comp’;320;;104;124;<201;9 &236;13;57;;comp’;-23;comp’;286;;152;134;total;18 39;85;58*2;;;&155;;789;;155;160;taux;50% 41;&595;59;;comp’;330;;695;;157;176;; 58;13;58;;comp’;117;;220;;162;187;'''fin; &155;95;59*2;;comp’;&500;comp’;545;;180;193;<201;9 1172;634;&255;;comp’;&34;;441;;192;195;total;21 &500;95;8;;;&913;;1058;;255;216;taux;43% 52;479;63;;;581;;176;;427;220;; 539;132;&157;;comp’;&257;;705;;455;315;'''total; 52;&192;103;;;&104;comp’;977;;572;353;<201;18 &34;128*2;&162;;comp’;136;;134;;581;441;total;39 52;189;51;;;&455;comp’;383;;595;495;taux;46% &913;45;131;;comp’;254;;216;;663;530;; 21;2;20;;;&152;;530;;830;606;; 30;35;96;;;89;comp’;184;;913;695;; 32;13;49;;;98;;178;;'''-;705;; 30;&291;211;;;&595;comp’;545;;'''-;789;; 33;30;5;;;&192;;353;;'''-;1058;'''comp’;'''cumuls 9;85;47;;comp’;&291;;315;;-23;178;'''deb; 76;107*2;55;;comp’;&1011;;187;;34;184;<201;4 35;&1011;5;;;&572;;124;;117;187;total;13 9;45;47;;;&830;;193;;136;286;taux;31% &257;41;55;;;&255;comp’;465;;234;320;'''fin; 37*9;26;&180;;;&157;;114;;236;383;<201;3 39;32;167;;;&162;;495;;254;465;total;10 &104;33;&663;;;&180;;160;;257;545;taux;30% 80;40;20;;comp’;289;comp’;187;;289;545;; 102*7;&572;13;;;&663;;113;;291;977;'''total; 253;97*2;47*2;;;427;;;;330;'''-;<201;7 102*4;83;15;;;;;;;500;'''-;total;23 47;;16;;;;;;;1011;'''-;taux;30% ;;48;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;deb;fin;total ;;;;;;;;;<201;13;12;25 ;;;;;;;;;total;31;31;62 ;;;;;;;;;taux;42%;39%;40% </pre> ===Vibrio parahaemolyticus=== ====vpb opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_opérons|vpb opérons]] <pre> 45.3%GC;6.7.19 Paris;16s 11 ;126;doubles;intercalaires Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr1;; ;33614..35175;;16s;@4;80 ;35256..35331;;gaa;;2 ;35334..35409;;aaa;;30 ;35440..35515;;gta;;55 comp;35571..35768;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;59 ;35828..38743;;23s;;73 ;38817..38932;;5s;; ;;;;; ;49997..50073;;cgg;;32 ;50106..50181;;cac;+;72 ;50254..50330;;cca;2 cac;49 ;50380..50455;;cac;2 cca;24 ;50480..50556;;cca;; ;;;;; comp;400045..400120;;atgi;; ;;;;; ;577971..579532;;16s;;88 ;579621..579696;;gcc;;12 ;579709..579784;;gaa;;258 ;580043..582958;;23s;;73 ;583032..583147;;5s;;30 ;583178..583254;;gac;;35 ;583290..583366;;tgg;; ;;;;; comp;769649..769733;;cta;+;29 comp;769763..769847;;cta;10 cta;47 comp;769895..769971;;atg;4 atg;24 comp;769996..770080;;cta;5 caa;52 comp;770133..770207;;caa;;29 comp;770237..770321;;cta;;53 comp;770375..770451;;atg;;24 comp;770476..770560;;cta;;52 comp;770613..770687;;caa;;29 comp;770717..770801;;cta;;54 comp;770856..770930;;caa;;29 comp;770960..771044;;cta;;35 comp;771080..771154;;caa;;48 comp;771203..771287;;cta;;31 comp;771319..771403;;cta;;77 comp;771481..771557;;atg;;77 comp;771635..771709;;caa;;31 comp;771741..771825;;cta;;40 comp;771866..771942;;atg;; ;;;;; ;786939..787015;;cca;; ;;;;; comp;802315..802391;;agg;; ;;;;; ;910219..910295;;aga;; ;;;;; comp;982089..982173;;tac;+;81 comp;982255..982339;;tac;4 tac;81 comp;982421..982505;;tac;;81 comp;982587..982671;;tac;; ;;;;; ;1124715..1124802;;tcc;; ;;;;; ;1418321..1418397;;gtc;+;32 ;1418430..1418506;;gtc;2gtc; ;;;;; comp;1988127..1988202;;ggc;+;10 comp;1988213..1988299;;tta;2 ggc;76 comp;1988376..1988451;;ggc;;20 comp;1988472..1988545;;tgc;; ;;;;; ;2164082..2164157;;aac;; ;;;;; ;2193593..2193683;;tca;; ;;;;; comp;2547884..2547960;;atgf;;56 comp;2548017..2548100;;ctc;; ;;;;; ;2652092..2652168;;cgt;+;56 comp;2652225..2652301;;cgt;9 cgt;57 comp;2652359..2652435;;cgt;2 agc;57 comp;2652493..2652569;;cgt;;57 comp;2652627..2652703;;cgt;;57 comp;2652761..2652837;;cgt;;56 comp;2652894..2652970;;cgt;;210 comp;2653181..2653257;;cgt;;31 comp;2653289..2653380;;agc;@5;320 comp;2653701..2653777;;cgt;;31 comp;2653809..2653900;;agc;; ;;;;; ;2735697..2735772;;ttc;+;64 ;2735837..2735912;;aca;3 ttc;7 ;2735920..2735995;;ttc;2 aca;70 ;2736066..2736141;;aac;2 aac;71 ;2736213..2736288;;aca;;7 ;2736296..2736371;;ttc;;43 ;2736415..2736490;;aac;; ;;;;; ;2738623..2738698;;ttc;;51 ;2738750..2738825;;aca;+;21 ;2738847..2738922;;aac;2 aca;39 ;2738962..2739037;;aca;2 aac;15 ;2739053..2739128;;aac;; ;;;;; comp;2741263..2741339;;gac;;31 comp;2741371..2741487;;5s;;57 comp;2741545..2741620;;acc;;100 comp;2741721..2741836;;5s;;73 comp;2741910..2744825;;23s;;257 comp;2745083..2745158;;gca;;41 comp;2745200..2745276;;atc;;56 comp;2745333..2746894;;16s;; ;;;;; comp;2755928..2756012;;ttg;; ;;;;; comp;2847646..2847722;;tgg;;68 comp;2847791..2847867;;gac;;30 comp;2847898..2848013;;5s;;73 comp;2848087..2851002;;23s;;258 comp;2851261..2851336;;gaa;;80 comp;2851417..2852978;;16s;; ;;;;; comp;2987485..2987561;;atgf;+;56 comp;2987618..2987693;;ggc;5 atgf;18 comp;2987712..2987788;;atgf;8 ggc;35 comp;2987824..2987899;;ggc;;50 comp;2987950..2988025;;ggc;;49 comp;2988075..2988150;;ggc;;49 comp;2988200..2988275;;ggc;;30 comp;2988306..2988382;;atgf;;55 comp;2988438..2988513;;ggc;;30 comp;2988544..2988620;;atgf;;39 comp;2988660..2988735;;ggc;;19 comp;2988755..2988831;;atgf;;35 comp;2988867..2988942;;ggc;; ;;;;; comp;3060924..3061000;;tgg;;68 comp;3061069..3061145;;gac;;30 comp;3061176..3061291;;5s;;73 comp;3061365..3064280;;23s;;257 comp;3064538..3064613;;gta;;14 comp;3064628..3064703;;gca;;32 comp;3064736..3064811;;aaa;;2 comp;3064814..3064889;;gaa;;80 comp;3064970..3066531;;16s;@3;319 comp;3066851..3066966;;5s;;73 comp;3067040..3069955;;23s;;261 comp;3070217..3071778;;16s;; ;;;;; comp;3105094..3105169;;acc;;13 comp;3105183..3105257;;gga;;35 comp;3105293..3105377;;tac;;36 comp;3105414..3105489;;aca;; ;;;;; comp;3111073..3111149;;gac;;30 comp;3111180..3111295;;5s;;73 comp;3111369..3114284;;23s;;261 comp;3114546..3116107;;16s;@1;317 comp;3116425..3116540;;5s;;73 comp;3116614..3119529;;23s;;261 comp;3119791..3121352;;16s;; ;;;;; comp;3175944..3176034;;tca;;69 comp;3176104..3176219;;5s;;73 comp;3176293..3179211;;23s;;257 comp;3179469..3179544;;gca;;41 comp;3179586..3179662;;atc;;56 comp;3179719..3181280;;16s;@2; ;;;;; comp;3217187..3217263;;gac;;30 comp;3217294..3217409;;5s;;73 comp;3217483..3220398;;23s;;59 ;3220458..3220655;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;55 comp;3220711..3220786;;gta;;30 comp;3220817..3220892;;aaa;;2 comp;3220895..3220970;;gaa;;80 comp;3221051..3222612;;16s;; Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr2;; ;132908..134469;;16s;;80 ;134550..134625;;gaa;;2 ;134628..134703;;aaa;;16 ;134720..134795;;gca;;14 ;134810..134885;;gta;;54 comp;134940..135122;;MTSHQSCLQFLNMMQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKLLKS;CDS 180;19 ;135142..138059;;23s;;73 ;138133..138248;;5s;;69 ;138318..138408;;tca;; ;;;;; comp;192886..192969;;ctc;; ;;;;; comp;591931..592021;;tca;; ;;;;; comp;1009457..1009530;;tgc;;73 comp;1009604..1009690;;tta;; ;;;;; comp;1021568..1021641;;tgc;;73 comp;1021715..1021801;;tta;; ;;;;; comp;1029973..1030048;;ggc;;3 comp;1030052..1030125;;tgc;; </pre> ====vpb cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_cumuls|vpb cumuls]] <pre> vpb cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;9;8;50;;20;;200; ;16 atc gca;2;40;24;4;100;;40;;300; ;16 23 5s a;1;60;21;2;150;;60;;400; ;max a;6;80;9;2;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;3;0;250;;100;;600; ;spéciaux;6;120;0;0;300;;120;;700; ;total aas;33;140;0;0;350;;140;;800; sans ;opérons;25;160;0;0;400;;160;;900; ;1 aa;11;180;0;0;450;;180;;1000; ;max a;19;200;0;0;500;;200;;1100; ;a doubles;8;;1;0;;;;;; ;total aas;93;;67;16;;0;;0;;0 total aas;;126;;;;;;;;; remarques;;5;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;46;26;;;;;; ;;;variance;29;22;;;;;; sans jaune;;;moyenne;43;;;;;;; ;;;variance;17;;;;;;; </pre> ====vpb blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_blocs|vpb blocs]] <pre> vpb blocs;;;;;;; 16s;80;16s;80;16s;80;; gaa;2;gaa;2;gaa;2;; aaa;30;aaa;30;aaa;16;; gta;55;gta;55;gca;14;; cds 198;59;cds 198;59;gta;54;; 23s;73;23s;73;cds 180;19;; 5s;;5s;30;23s;73;; ;;gac;;5s;69;; ;;;;tca;;; ;;;;;;; 16s;56;16s;56;16s;88;16s;80 atc;41;atc;41;gcc;12;gaa;258 gca;257;gca;257;gaa;258;23s;73 23s;73;23s;73;23s;73;5s;30 5s;100;5s;69;5s;30;gac; acc;57;tca;;gac;;; 5s;31;;;;;; gac;;;;;;; ;;;;;;; 16s;261;16s;261;;;; 23s;73;23s;73;;;; 5s;319;5s;317;;;; 16s;80;16s;261;;;; gaa;2;23s;73;;;; aaa;32;5s;30;;;; gca;14;gac;;;;; gta;257;;;;;; 23s;73;;;;;; 5s;30;;;;;; gac;;;;;;; </pre> ====vpb distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_distribution|vpb distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;ggc4;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;4;ggc4;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;;ggc4;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;acc 5s + 1 >a;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;8;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;7;tca 2 5s+ 2 a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;4;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;6;cca;2;caa;5;cga;;;cta;4;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;4;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total vpb;;11;;;;;11;;vpb;60;;;;;;60;;vpb;22;;;;;;22;;vpb;;;;12;;;12 </pre> ====vpb1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_données_intercalaires|vpb1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;vpb1;fx;fc;vpb1;fx40;fc40;vpb1;x-;c-;c;x;c;x;;c;x;;c;x; ;0;0;1;9;0;1;9;-1;;83;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;suite; ;0;10;12;254;1;2;25;-2;;0;284;337;97;;gcc;32;;cgg;64;;ttc ;3;20;12;187;2;1;45;-3;;0;140;243;2* 65;;atc;72;;cac;7;;aca ;0;30;9;114;3;2;36;-4;2;115;366;139;4* 89;;gaa;49;;cac;70;;ttc ;0;40;16;74;4;1;16;-5;;0;18;259;tRNA 23s;;;24;;cac;71;;aac ;1;50;26;58;5;0;24;-6;1;0;268;290;2* 264;;gca;**;;cac;7;;aca ;0;60;35;45;6;1;8;-7;;7;179;203;2* 265;;gaa;29;;cta;43;;ttc ;0;70;57;54;7;1;15;-8;1;41;50;477;264;;gta;47;;cta;**;;aac ;0;80;56;57;8;2;21;-9;;0;144;282;2* 319;;gta;24;;atgj;51;;ttc ;0;90;48;57;9;1;44;-10;;4;457;95;5s tRNA;;;52;;cta;21;;aca 3;1;100;36;48;10;1;20;-11;2;29;179;587;5* 30;;gac;29;;caa;39;;aac ;1;110;36;60;11;1;25;-12;;0;736;168;31;;gac;53;;cta;15;;aca ;0;120;20;53;12;0;31;-13;;3;390;135;100;;acc;24;;atgj;**;;aac ;0;130;33;50;13;0;21;-14;;21;327;302;69;;tca;52;;cta;56;;atgf 2;1;140;22;38;14;1;23;-15;1;0;153;456;tRNA 5s;;;29;;caa;18;;ggc ;1;150;15;47;15;2;18;-16;;1;227;620;57;;acc;54;;cta;35;;atgf ;2;160;13;47;16;0;9;-17;;12;15;96;tRNA tRNA;intra;;29;;caa;50;;ggc 1;0;170;16;47;17;1;19;-18;;0;569;206;2;;gaa;35;;cta;49;;ggc ;2;180;11;42;18;3;17;-19;;2;243;497;30;;aaa;48;;caa;49;;ggc ;1;190;18;31;19;2;8;-20;;10;11;964;**;;gta;31;;cta;30;;ggc ;0;200;16;31;20;2;16;-21;1;0;243;93;12;;gcc;77;;cta;55;;atgf 2;0;210;9;26;21;2;14;-22;1;2;100;;**;;gaa;77;;atgj;30;;ggc ;0;220;15;21;22;0;8;-23;;5;272;;41;;gca;31;;caa;39;;atgf ;1;230;14;26;23;0;9;-24;;0;234;;**;;atc;40;;cta;19;;ggc ;1;240;8;21;24;1;20;-25;;1;565;;14;;gta;**;;atgj;35;;atgf 1;2;250;8;22;25;0;10;-26;;1;190;;32;;gca;81;;tac;**;;ggc 1;0;260;12;15;26;1;15;-27;;0;156;;2;;aaa;81;;tac;13;;acc ;1;270;15;17;27;1;6;-28;;0;103;;**;;gaa;81;;tac;35;;gga ;1;280;8;12;28;1;18;-29;;2;CDS 16s;;41;;gca;**;;tac;36;;tac 2;1;290;12;15;29;2;5;-30;;0;454;556;**;;atc;32;;gtc;**;;aca ;0;300;9;19;30;1;9;-31;;0;504;496;30;;gta;**;;gtc;;; 1;0;310;7;18;31;1;11;-32;;1;487;;2;;aaa;10;;ggc;;; ;0;320;12;6;32;1;11;-33;;0;575;;**;;gaa;76;;tta;;; ;1;330;6;8;33;3;6;-34;;1;817;;tRNA tRNA;contig;;20;;ggc;;; 1;0;340;4;6;34;4;9;-35;;2;472;;35;;gac;**;;tgc;;; ;0;350;11;8;35;0;5;-36;;0;5s 16s;;**;;tgg;56;;atgf;;; ;0;360;7;4;36;0;10;-37;;0;319;;2* 68;;tgg;**;;ctc;;; ;1;370;8;6;37;2;6;-38;;0;317;;**;;gac;56;;cgt;;; ;0;380;5;4;38;1;6;-39;;0;16s 23s;;;;;57;;cgt;;; ;1;390;7;3;39;2;6;-40;;0;3* 277;;;;;57;;cgt;;; ;0;400;7;4;40;2;4;-41;1;0;23s 5s;;;;;57;;cgt;;; 6;4;reste;90;93;reste;732;1119;-42;;0;10* 91;;;;;57;;cgt;;; 20;27;total;782;1757;total;782;1757;-43;;0;5s CDS;;;;;56;;cgt;;; 14;23;diagr;691;1655;diagr;49;629;-44;1;0;;110;;;;210;;cgt;;; 0;3;t30;33;555;;;;-45;;0;;;;;;31;;cgt;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;**;;agc;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;;;;;;31;;cgt;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;**;;agc;;; ;x;781;13;1;795;;;-49;;0;;;;;;;;;;; ;c;1748;344;9;2101;;;-50;;1;;;;;;;;;;; ;;;;;2896;203;;reste;1;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;3099;;total;13;344;;;;;;;;;;; </pre> ====vpb2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_données_intercalaires|vpb2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;vpb2;fx;fc;vpb2;fx40;fc40;vpb2;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;11;0;1;11;-1;;50;32;501;16s tRNA;; ;0;10;11;116;1;0;18;-2;1;0;843;563;89;;gaa ;0;20;6;71;2;1;16;-3;;0;356;24;tRNA 23s;; 1;0;30;11;46;3;2;7;-4;4;53;221;329;263;;gta 1;1;40;8;27;4;1;6;-5;;0;222;678;5s tRNA;; ;0;50;17;21;5;0;4;-6;1;0;;537;69;;tca ;0;60;14;28;6;0;6;-7;;1;;314;tRNA tRNA;intra; ;0;70;29;30;7;1;4;-8;;23;;34;2;;gaa ;0;80;39;25;8;1;8;-9;;0;CDS 16s;;16;;aaa ;0;90;32;33;9;3;29;-10;;1;468;;14;;gca ;0;100;28;24;10;2;18;-11;1;11;;;**;;gta ;0;110;24;18;11;0;14;-12;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;; ;0;120;29;19;12;1;13;-13;;1;91;;73;;tgc ;0;130;18;17;13;1;5;-14;3;6;;;**;;tta ;0;140;11;16;14;0;6;-15;;0;;;73;;tgc ;0;150;16;15;15;1;8;-16;;0;;;**;;tta ;0;160;15;30;16;0;4;-17;;6;;;3;;ggc ;0;170;10;19;17;0;2;-18;;0;;;**;;tgc ;0;180;8;23;18;1;9;-19;;1;;;;; ;0;190;11;17;19;2;3;-20;;2;;;;; ;0;200;7;3;20;0;7;-21;;0;;;;; ;0;210;14;16;21;1;7;-22;;0;;;;; ;0;220;9;14;22;1;6;-23;1;2;;;;; ;2;230;9;13;23;0;4;-24;;0;;;;; ;0;240;13;18;24;0;5;-25;;0;;;;; ;0;250;14;9;25;1;4;-26;;4;;;;; ;0;260;12;7;26;1;4;-27;;0;;;;; ;0;270;11;9;27;3;4;-28;;0;;;;; ;0;280;6;8;28;2;6;-29;;2;;;;; ;0;290;7;6;29;0;3;-30;;0;;;;; ;0;300;3;9;30;2;3;-31;;0;;;;; ;0;310;2;6;31;0;3;-32;;1;;;;; 1;0;320;6;3;32;0;5;-33;;0;;;;; 1;0;330;8;3;33;1;3;-34;;0;;;;; ;0;340;5;8;34;1;2;-35;;1;;;;; ;0;350;1;8;35;1;2;-36;;0;;;;; ;1;360;6;8;36;1;1;-37;;0;;;;; ;0;370;5;2;37;1;3;-38;;1;;;;; ;0;380;7;2;38;1;1;-39;1;0;;;;; ;0;390;3;5;39;2;2;-40;;1;;;;; ;0;400;4;2;40;0;5;-41;;0;;;;; 4;1;reste;71;63;reste;524;557;-42;;0;;;;; 8;5;total;561;828;total;561;828;-43;;0;;;;; 4;4;diagr;489;754;diagr;36;260;-44;;0;;;;; 1;0;t30;28;233;;;;-45;;0;;;;; ;;;;;;;;-46;;1;;;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;; ;x;560;14;1;575;;;-49;;0;;;;; ;c;817;171;11;999;;;-50;;3;;;;; ;;;;;1574;32;;reste;1;0;;;;; ;;;;;;1606;;total;14;171;;;;; </pre> =====vpb1 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_autres_intercalaires_aas|vpb1 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vpb1;;;;; deb;;CDS;32632;33159;454;*; ;;rRNA;33614;35166;89;*;1553 ;;tRNA;35256;35331;2;*;gaa ;;tRNA;35334;35409;30;*;aaa ;;tRNA;35440;35515;319;*;gta ;;rRNA;35835;38725;91;*;2891 ;;rRNA;38817;38932;110;*;116 fin;comp;CDS;39043;39933;;0; deb;comp;CDS;49246;49659;337;*; ;;tRNA;49997;50073;32;*;cgg ;;tRNA;50106;50181;72;*;cac ;;tRNA;50254;50330;49;*;cac ;;tRNA;50380;50455;24;*;cac ;;tRNA;50480;50556;243;*;cac fin;comp;CDS;50800;51525;;0; deb;;CDS;330209;330847;37;*; ;;regulatory;330885;331020;72;*; fin;;CDS;331093;332085;;; deb;comp;CDS;398957;399760;284;*; ;comp;tRNA;400045;400120;140;*;atgi fin;comp;CDS;400261;402123;;; deb;;CDS;447282;448145;166;*; ;;ncRNA;448312;448741;175;*; fin;;CDS;448917;449867;;; deb;comp;CDS;503781;504251;439;*; ;;misc_f;504691;504810;54;*; fin;;CDS;504865;507324;;; deb;comp;CDS;568478;569656;13;*; ;comp;misc_f;569670;569792;107;*; fin;comp;CDS;569900;570226;;; deb;;CDS;574893;577466;504;*; ;;rRNA;577971;579523;97;*;1553 ;;tRNA;579621;579696;12;*;gcc ;;tRNA;579709;579784;265;*;gaa ;;rRNA;580050;582940;91;*;2891 ;;rRNA;583032;583147;30;*;116 ;;tRNA;583178;583254;35;*;gac ;;tRNA;583290;583366;366;*;tgg fin;;CDS;583733;584065;;; deb;comp;CDS;670277;672010;111;*; ;comp;tmRNA;672122;672489;67;*; fin;comp;CDS;672557;673042;;0; deb;;CDS;768334;769509;139;*; ;comp;tRNA;769649;769733;29;*;cta ;comp;tRNA;769763;769847;47;*;cta ;comp;tRNA;769895;769971;24;*;atgj ;comp;tRNA;769996;770080;52;*;cta ;comp;tRNA;770133;770207;29;*;caa ;comp;tRNA;770237;770321;53;*;cta ;comp;tRNA;770375;770451;24;*;atgj ;comp;tRNA;770476;770560;52;*;cta ;comp;tRNA;770613;770687;29;*;caa ;comp;tRNA;770717;770801;54;*;cta ;comp;tRNA;770856;770930;29;*;caa ;comp;tRNA;770960;771044;35;*;cta ;comp;tRNA;771080;771154;48;*;caa ;comp;tRNA;771203;771287;31;*;cta ;comp;tRNA;771319;771403;77;*;cta ;comp;tRNA;771481;771557;77;*;atgj ;comp;tRNA;771635;771709;31;*;caa ;comp;tRNA;771741;771825;40;*;cta ;comp;tRNA;771866;771942;18;*;atgj fin;comp;CDS;771961;772221;;; deb;comp;CDS;786539;786679;259;*; ;;tRNA;786939;787015;290;*;cca fin;comp;CDS;787306;788178;;0; deb;comp;CDS;801540;802046;268;*; ;comp;tRNA;802315;802391;179;*;agg fin;comp;CDS;802571;803704;;0; deb;comp;CDS;909155;910015;203;*; ;;tRNA;910219;910295;50;*;aga fin;;CDS;910346;910864;;; deb;;CDS;980739;981611;477;*; ;comp;tRNA;982089;982173;81;*;tac ;comp;tRNA;982255;982339;81;*;tac ;comp;tRNA;982421;982505;81;*;tac ;comp;tRNA;982587;982671;282;*;tac fin;;CDS;982954;984048;;; deb;;CDS;997215;999218;137;*; ;;ncRNA;999356;999452;132;*; fin;;CDS;999585;1000319;;0; deb;comp;CDS;1081601;1082191;116;*; ;comp;regulatory;1082308;1082397;266;*; fin;comp;CDS;1082664;1083668;;; deb;;CDS;1124121;1124570;144;*; ;;tRNA;1124715;1124802;457;*;tcc fin;;CDS;1125260;1126897;;; deb;comp;CDS;1170475;1170882;597;*; ;;regulatory;1171480;1171660;113;*; fin;;CDS;1171774;1173375;;0; deb;comp;CDS;1176029;1176982;364;*; ;;misc_f;1177347;1177484;54;*; fin;;CDS;1177539;1178435;;; deb;;CDS;1417803;1418141;179;*; ;;tRNA;1418321;1418397;32;*;gtc ;;tRNA;1418430;1418506;95;*;gtc fin;comp;CDS;1418602;1419771;;; deb;comp;CDS;1803089;1803247;528;*; ;;regulatory;1803776;1803877;118;*; fin;;CDS;1803996;1805372;;0; deb;comp;CDS;1984514;1987390;736;*; ;comp;tRNA;1988127;1988202;10;*;ggc ;comp;tRNA;1988213;1988299;76;*;tta ;comp;tRNA;1988376;1988451;20;*;ggc ;comp;tRNA;1988472;1988545;390;*;tgc fin;comp;CDS;1988936;1989493;;; deb;;CDS;2000638;2000763;-54;*; ;;misc_f;2000710;2000813;125;*; fin;;CDS;2000939;2002516;;; deb;comp;CDS;2157175;2158164;-12;*; ;comp;regulatory;2158153;2158286;173;*; fin;;CDS;2158460;2159353;;0; deb;comp;CDS;2161464;2163494;587;*; ;;tRNA;2164082;2164157;327;*;aac fin;;CDS;2164485;2165063;;; deb;;CDS;2191631;2193439;153;*; ;;tRNA;2193593;2193683;168;*;tca fin;comp;CDS;2193852;2194760;;0; deb;comp;CDS;2547201;2547656;227;*; ;comp;tRNA;2547884;2547960;56;*;atgf ;comp;tRNA;2548017;2548100;15;*;ctc fin;comp;CDS;2548116;2548454;;; deb;comp;CDS;2651265;2651522;569;*; ;comp;tRNA;2652092;2652168;56;*;cgt ;comp;tRNA;2652225;2652301;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652359;2652435;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652493;2652569;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652627;2652703;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652761;2652837;56;*;cgt ;comp;tRNA;2652894;2652970;210;*;cgt ;comp;tRNA;2653181;2653257;31;*;cgt ;comp;tRNA;2653289;2653380;243;*;agc deb;comp;CDS;2653624;2653689;11;*; ;comp;tRNA;2653701;2653777;31;*;cgt ;comp;tRNA;2653809;2653900;243;*;agc fin;comp;CDS;2654144;2654341;;; deb;;CDS;2699087;2699395;8;*; ;;ncRNA;2699404;2699588;4;*; fin;;CDS;2699593;2700186;;; deb;;CDS;2734457;2735596;100;*; ;;tRNA;2735697;2735772;64;*;ttc ;;tRNA;2735837;2735912;7;*;aca ;;tRNA;2735920;2735995;70;*;ttc ;;tRNA;2736066;2736141;71;*;aac ;;tRNA;2736213;2736288;7;*;aca ;;tRNA;2736296;2736371;43;*;ttc ;;tRNA;2736415;2736490;272;*;aac deb;;CDS;2736763;2738388;234;*; ;;tRNA;2738623;2738698;51;*;ttc ;;tRNA;2738750;2738825;21;*;aca ;;tRNA;2738847;2738922;39;*;aac ;;tRNA;2738962;2739037;15;*;aca ;;tRNA;2739053;2739128;135;*;aac deb;comp;CDS;2739264;2740697;565;*; ;comp;tRNA;2741263;2741339;31;*;gac ;comp;rRNA;2741371;2741487;57;*;117 ;comp;tRNA;2741545;2741620;100;*;acc ;comp;rRNA;2741721;2741836;91;*;116 ;comp;rRNA;2741928;2744818;264;*;2891 ;comp;tRNA;2745083;2745158;41;*;gca ;comp;tRNA;2745200;2745276;65;*;atc ;comp;rRNA;2745342;2746894;487;*;1553 fin;comp;CDS;2747382;2748635;;; deb;;CDS;2754342;2755625;302;*; ;comp;tRNA;2755928;2756012;190;*;ttg fin;comp;CDS;2756203;2756868;;0; deb;comp;CDS;2838215;2839336;326;*; ;;regulatory;2839663;2839841;102;*; fin;;CDS;2839944;2841296;;0; deb;;CDS;2847001;2847189;456;*; ;comp;tRNA;2847646;2847722;68;*;tgg ;comp;tRNA;2847791;2847867;30;*;gac ;comp;rRNA;2847898;2848013;91;*;116 ;comp;rRNA;2848105;2850995;265;*;2891 ;comp;tRNA;2851261;2851336;89;*;gaa ;comp;rRNA;2851426;2852978;575;*;1553 fin;comp;CDS;2853554;2854333;;; deb;;CDS;2985737;2986864;620;*; ;comp;tRNA;2987485;2987561;56;*;atgf ;comp;tRNA;2987618;2987693;18;*;ggc ;comp;tRNA;2987712;2987788;35;*;atgf ;comp;tRNA;2987824;2987899;50;*;ggc ;comp;tRNA;2987950;2988025;49;*;ggc ;comp;tRNA;2988075;2988150;49;*;ggc ;comp;tRNA;2988200;2988275;30;*;ggc ;comp;tRNA;2988306;2988382;55;*;atgf ;comp;tRNA;2988438;2988513;30;*;ggc ;comp;tRNA;2988544;2988620;39;*;atgf ;comp;tRNA;2988660;2988735;19;*;ggc ;comp;tRNA;2988755;2988831;35;*;atgf ;comp;tRNA;2988867;2988942;156;*;ggc fin;comp;CDS;2989099;2989644;;0; deb;;CDS;3060116;3060827;96;*; ;comp;tRNA;3060924;3061000;68;*;tgg ;comp;tRNA;3061069;3061145;30;*;gac ;comp;rRNA;3061176;3061291;91;*;116 ;comp;rRNA;3061383;3064273;264;*;2891 ;comp;tRNA;3064538;3064613;14;*;gta ;comp;tRNA;3064628;3064703;32;*;gca ;comp;tRNA;3064736;3064811;2;*;aaa ;comp;tRNA;3064814;3064889;89;*;gaa ;comp;rRNA;3064979;3066531;319;*;1553 ;comp;rRNA;3066851;3066966;91;*;116 ;comp;rRNA;3067058;3069948;277;*;2891 ;comp;rRNA;3070226;3071778;817;*;1553 fin;comp;CDS;3072596;3074731;;; deb;comp;CDS;3103806;3104990;103;*; ;comp;tRNA;3105094;3105169;13;*;acc ;comp;tRNA;3105183;3105257;35;*;gga ;comp;tRNA;3105293;3105377;36;*;tac ;comp;tRNA;3105414;3105489;206;*;aca fin;;CDS;3105696;3106619;;0; deb;;CDS;3109235;3110575;497;*; ;comp;tRNA;3111073;3111149;30;*;gac ;comp;rRNA;3111180;3111295;91;*;116 ;comp;rRNA;3111387;3114277;277;*;2891 ;comp;rRNA;3114555;3116107;317;*;1553 ;comp;rRNA;3116425;3116540;91;*;116 ;comp;rRNA;3116632;3119522;277;*;2891 ;comp;rRNA;3119800;3121352;556;*;1553 fin;;CDS;3121909;3122364;;1; deb;comp;CDS;3123914;3125749;55;*; ;comp;regulatory;3125805;3126005;184;*; fin;;CDS;3126190;3127299;;0; deb;;CDS;3173798;3174979;964;*; ;comp;tRNA;3175944;3176034;69;*;tca ;comp;rRNA;3176104;3176219;91;*;116 ;comp;rRNA;3176311;3179204;264;*;2894 ;comp;tRNA;3179469;3179544;41;*;gca ;comp;tRNA;3179586;3179662;65;*;atc ;comp;rRNA;3179728;3181280;472;*;1553 fin;comp;CDS;3181753;3182466;;; deb;comp;CDS;3213224;3215164;168;*; ;comp;regulatory;3215333;3215431;61;*; fin;comp;CDS;3215493;3215876;;0; deb;;CDS;3216111;3217093;93;*; ;comp;tRNA;3217187;3217263;30;*;gac ;comp;rRNA;3217294;3217409;91;*;116 ;comp;rRNA;3217501;3220391;319;*;2891 ;comp;tRNA;3220711;3220786;30;*;gta ;comp;tRNA;3220817;3220892;2;*;aaa ;comp;tRNA;3220895;3220970;89;*;gaa ;comp;rRNA;3221060;3222612;496;*;1553 fin;;CDS;3223109;3223657;;0; </pre> =====vpb2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_autres_intercalaires_aas|vpb2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vpb2;;;;; deb;comp;CDS;126972;127829;96;*; ;comp;regulatory;127926;128033;312;*; fin;;CDS;128346;129731;;; deb;;CDS;131915;132439;468;*; ;;rRNA;132908;134460;89;*;1553 ;;tRNA;134550;134625;2;*;gaa ;;tRNA;134628;134703;16;*;aaa ;;tRNA;134720;134795;14;*;gca ;;tRNA;134810;134885;263;*;gta ;;rRNA;135149;138041;91;*;2893 ;;rRNA;138133;138248;69;*;116 ;;tRNA;138318;138408;501;*;tca fin;comp;CDS;138910;139266;;; deb;comp;CDS;192242;192853;32;*; ;comp;tRNA;192886;192969;563;*;ctc fin;;CDS;193533;194741;;0; deb;;CDS;590953;591906;24;*; ;comp;tRNA;591931;592021;329;*;tca fin;;CDS;592351;593031;;0; deb;comp;CDS;1006811;1008613;843;*; ;comp;tRNA;1009457;1009530;73;*;tgc ;comp;tRNA;1009604;1009690;678;*;tta fin;;CDS;1010369;1012618;;0; deb;comp;CDS;1019688;1021211;356;*; ;comp;tRNA;1021568;1021641;73;*;tgc ;comp;tRNA;1021715;1021801;537;*;tta fin;;CDS;1022339;1023970;;; deb;comp;CDS;1028849;1029751;221;*; ;comp;tRNA;1029973;1030048;3;*;ggc ;comp;tRNA;1030052;1030125;222;*;tgc fin;comp;CDS;1030348;1031802;;; deb;comp;CDS;1124360;1124878;314;*; ;;tRNA;1125193;1125267;34;*;gga fin;comp;CDS;1125302;1126159;;; deb;;CDS;1291846;1292463;104;*; ;;regulatory;1292568;1292708;113;*; fin;;CDS;1292822;1293478;;; deb;;CDS;1311512;1311652;298;*; ;;regulatory;1311951;1312050;89;*; fin;;CDS;1312140;1313153;;; deb;;CDS;1632173;1633153;424;*; ;;regulatory;1633578;1633682;100;*; fin;;CDS;1633783;1635246;;0; </pre> ===Escherichia albertii=== ====eal opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal opérons]] <pre> 49.6%GC;10.3.19 Paris;16s 7;89;doubles;intercalaires Escherichia albertii;;;;; ;219063..219144;;tac;+;212 ;219357..219438;;tac;2 tac; ;;;;; ;413135..413219;;tcc;; ;;;;; ;462888..462972;;tca;; ;;;;; comp;489120..489191;;gga;;6 comp;489198..489270;;aca;; ;;;;; ;615149..615233;;tcc;; ;;;;; comp;756823..756895;;aaa;+;5 comp;756901..756973;;gta;3 aaa ;48 comp;757022..757094;;aaa;2 gta;5 comp;757100..757172;;gta;;48 comp;757221..757293;;aaa;; ;;;;; ;834529..834602;;atgj;+;10 ;834613..834694;;cta;2atgj ;26 ;834721..834792;;caa;2caa ;37 ;834830..834901;;caa;2 cag;18 ;834920..834993;;atgj;;51 ;835045..835116;;cag;;35 ;835152..835223;;cag;; ;;;;; comp;968958..969031;;aga;; ;;;;; comp;1192416..1192488;;acg;; ;;;;; comp;1269526..1269599;;gac;; ;;;;; comp;1277040..1277113;;gac;;52 comp;1277166..1277285;;5s;@1;169 comp;1277455..1280377;;23s;;186 comp;1280564..1280636;;gca;;45 comp;1280682..1280755;;atc;;70 comp;1280826..1282367;;16s;; ;;;;; ;1567231..1567314;;ctg;+;31 ;1567346..1567429;;ctg;3 ctg;35 ;1567465..1567548;;ctg;; ;;;;; comp;1657309..1657390;;ttg;; ;;;;; comp;1765401..1765473;;ggc;+;159 comp;1765633..1765705;;ggc;2 ggc; ;;;;; ;1795516..1795588;;ttc;; ;;;;; comp;2006002..2006121;;5s;;169 comp;2006291..2009214;;23s;;186 comp;2009401..2009473;;gca;;45 comp;2009519..2009592;;atc;;70 comp;2009663..2011202;;16s;; ;;;;; comp;2042057..2043241;;tuf1;CDS 1185pb;117 comp;2043359..2043431;;acc;;9 comp;2043441..2043512;;gga;;119 comp;2043632..2043713;;tac;;11 comp;2043725..2043797;;aca;@3; ;;;;; comp;2047429..2047548;;5s;;169 comp;2047718..2050648;;23s;;186 comp;2050835..2050907;;gca;;45 comp;2050953..2051026;;atc;;68 comp;2051095..2052636;;16s;; ;;;;; comp;2208305..2208424;;5s;@2;169 comp;2208594..2211517;;23s;;198 comp;2211716..2211788;;gaa;;85 comp;2211874..2213418;;16s;; ;;;;; comp;2267554..2267627;;cca;;43 comp;2267671..2267754;;ctg;;23 comp;2267778..2267850;;cac;;61 comp;2267912..2267985;;cgg;; ;;;;; comp;2305358..2305430;;tgg;;11 comp;2305442..2305515;;gac;;52 comp;2305568..2305687;;5s;;169 comp;2305857..2308779;;23s;;198 comp;2308978..2309050;;gaa;;85 comp;2309136..2310676;;16s;; ;;;;; comp;2426158..2426248;;tga;; ;;;;; ;2556305..2556378;;ccg;; ;;;;; ;2810766..2812307;;16s;;85 ;2812393..2812465;;gaa;;198 ;2812664..2815586;;23s;;169 ;2815756..2815875;;5s;;151 ;2816027..2816099;;acc;;40 ;2816140..2816259;;5s;; ;;;;; ;2911129..2911212;;ctc;; ;;;;; ; 2913088..2913161;;atgf;; ;;;;; comp;3010332..3010404;;atgi;; ;;;;; comp;3177717..3177789;;ttc;; ;;;;; ;3301617..3301687;;ggg;; ;;;;; comp;3366868..3366941;;atgf;+;37 comp;3366979..3367052;;atgf;3 atgf;37 comp;3367090..3367163;;atgf;; ;;;;; ;3469914..3470003;;agc;;6 ;3470010..3470083;;cgt;+;201 ;3470285..3470358;;cgt;3 cgt;200 ; 3470559..3470632;;cgt;; ;;;;; ;3505321..3505393;;atgi;; ;;;;; ;3563056..3564598;;16s;;85 ;3564684..3564756;;gaa;;198 ;3564955..3567876;;23s;;169 ;3568046..3568165;;5s;; ;;;;; comp;3779750..3779822;;aaa;;7 comp;3779830..3779902;;gta;+;47 comp;3779950..3780022;;gta;2 gta; ;;;;; ;3782718..3782790;;gcc;+;42 ;3782833..3782905;;gcc;2 gcc; ;;;;; comp;3810369..3810440;;agg;; ;;;;; comp;3993500..3993573;;ccc;; ;;;;; comp;4232176..4232248;;aac;; ;;;;; ;4233996..4234068;;aac;; ;;;;; comp;4242952..4243024;;aac;; ;;;;; comp;4248342..4248414;;aac;; ;;;;; ;4249406..4249492;;tcg;; ;;;;; ;4256696..4256768;;atgi;;100 ;4256869..4256942;;aga;; ;;;;; ;4317980..4318052;;ggc;;56 ;4318109..4318179;;tgc;;14 ;4318194..4318277;;tta;; ;;;;; comp;4556753..4556826;;gtc;+;7 comp;4556834..4556907;;gtc;2 gtc; </pre> ====eal cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_cumuls|eal cumuls]] <pre> eal cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;8;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;0;60;7;;150;;60;;400; ;max a;3;80;1;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;1;;250;;100;;600; ;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700; ;total aas;13;140;0;;350;;140;;800; sans ;opérons;38;160;1;;400;;160;;900; ;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000; ;max a;7;200;1;;500;;200;;1100; ;a doubles;10;;2;;;;;;; ;total aas;71;;33;0;;0;;0;;0 total aas;;84;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;53;;;;;;; ;;;variance;59;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; </pre> ====eal blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_blocs|eal blocs]] <pre> eal blocs;;; 16s;70;70;68 atc;45;45;45 gca;186;186;186 23s;169;169;169 5s;52;; gac;;; ;;; 16s;85;85;85 gaa;198;198;198 23s;169;169;169 5s;52;; gac;;; ;;; 16s;85;; gaa;198;; 23s;169;; 5s;151;; acc;40;; 5s;;; </pre> ====eal distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_distribution|eal distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;atgi 2a+>a;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;2;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;1;caa2;tta;1;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;cag2;ata;;aca;2;aaa;4;aga;1;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;atgf3;cta;1;cca;1;caa;;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;2;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;2;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;aaa (gta aaa)2;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total eal;;23;;;;;23;;eal;25;;;;;;25;;eal;23;;;;;;23;;eal;;;;4;;;4 </pre> ====eal données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_données_intercalaires|eal données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;eal;fx;fc;eal;fx40;fc40;eal;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;12;18;0;12;18;-1;0;157;158;376;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;45;323;1;5;35;-2;4;0;294;233;2* 70;;atc;212;;tac 1;1;20;26;264;2;8;39;-3;0;0;162;276;68;;atc;**;;tac ;0;30;28;126;3;10;50;-4;39;250;479;441;4* 85;;gaa;6;;gga 1;0;40;60;94;4;4;29;-5;0;0;284;601;tRNA 23s;;;**;;aca 2;1;50;80;91;5;1;17;-6;2;0;170;156;3* 186;;gca;5;;aaa 3;0;60;55;106;6;4;15;-7;2;13;164;256;4* 198;;gaa;48;;gta ;0;70;43;83;7;2;18;-8;1;58;223;248;5s tRNA;;;5;;aaa 2;1;80;31;75;8;3;18;-9;3;0;114;17;2* 52;;gac;48;;gta ;0;90;42;75;9;3;47;-10;2;6;437;41;151;;acc;**;;aaa 2;3;100;38;74;10;5;55;-11;0;37;132;195;tRNA 5s;;;10;;atgj 1;3;110;40;77;11;2;42;-12;1;0;165;272;40;;acc;26;;cta 1;3;120;27;61;12;2;36;-13;0;2;189;120;tRNA tRNA;intra;;37;;caa 1;1;130;37;57;13;2;19;-14;10;17;189;37;3* 45;;atc gca;18;;caa 1;1;140;33;55;14;1;47;-15;1;0;210;92;tRNA tRNA;contig;;51;;atgj ;3;150;34;50;15;6;26;-16;2;2;106;184;11;;tgg;35;;cag 1;2;160;38;45;16;3;25;-17;3;8;117;347;**;;gac;**;;cag 1;5;170;26;31;17;3;18;-18;2;0;150;59;;;;31;;ctg ;0;180;24;37;18;4;14;-19;1;5;102;125;;;;35;;ctg 1;2;190;43;31;19;1;17;-20;2;10;167;78;;;;**;;ctg 1;2;200;21;30;20;2;20;-21;0;0;398;237;;;;159;;ggc ;2;210;24;30;21;2;18;-22;1;1;91;510;;;;**;;ggc ;0;220;36;33;22;3;18;-23;1;7;408;367;;;;9;;acc ;1;230;21;23;23;0;11;-24;3;0;14;235;;;;119;;gga 3;0;240;13;19;24;3;17;-25;2;4;203;135;;;;11;;tac 2;0;250;15;25;25;4;9;-26;4;6;200;243;;;;**;;aca 1;0;260;19;27;26;5;7;-27;1;0;105;102;;;;43;;cca ;0;270;18;25;27;2;12;-28;1;3;144;58;;;;23;;ctc 2;0;280;14;22;28;5;4;-29;2;6;345;162;;;;61;;cac ;2;290;10;23;29;3;8;-30;3;0;315;71;;;;**;;cgg 1;1;300;7;19;30;1;22;-31;1;2;283;324;;;;37;;atgf ;0;310;11;16;31;6;8;-32;0;5;150;41;;;;37;;atgf ;1;320;15;10;32;4;7;-33;2;0;123;93;;;;**;;atgf 1;0;330;13;12;33;3;11;-34;1;0;192;55;;;;6;;agc ;0;340;9;5;34;5;10;-35;1;5;74;298;;;;201;;cgt 1;1;350;3;12;35;3;8;-36;0;0;100;;;;;200;;cgt ;0;360;6;14;36;6;11;-37;0;0;655;;;;;**;;cgt 1;0;370;13;8;37;5;11;-38;1;2;100;;;;;7;;aaa 1;0;380;15;10;38;11;9;-39;2;0;49;;;;;47;;gta ;0;390;10;3;39;14;9;-40;0;1;502;;;;;**;;gta ;1;400;8;9;40;3;10;-41;2;2;151;;;;;42;;gcc 3;5;reste;122;138;reste;1014;1461;-42;0;0;111;;;;;**;;gcc 35;42;total;1185;2286;total;1185;2286;-43;0;2;CDS 16s;;;;;100;;atgi 32;37;diagr;1051;2130;diagr;159;807;-44;0;1;364;339;;;;**;;aga 1;1;t30;99;713;;;;-45;0;0;370;477;;;;56;;ggc ;;;;;;;;-46;1;1;161;467;;;;14;;tgc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;2;0;;264;;;;**;;tta ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;3;0;23s 5s;;;;;7;;gtc ;x;1173;119;12;1304;;;-49;2;0;7* 169;;;;;**;;gtc ;c;2268;617;18;2903;;;-50;1;0;5s CDS;;;;;;; ;;;;;4207;537;;reste;7;4;300;113;;;;;; ;;;;;;4744;;total;119;617;56;98;;;;;; ;;;;;;;;;;;;460;;;;;; </pre> =====eal autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_autres_intercalaires_aas|eal autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;eal;;;;; deb;;CDS;1006;1392;99;*; ;comp;gene;1492;5941;-3070;*; fin;;CDS;2872;2988;;; deb;;CDS;3611;3976;-366;*; ;;mobile_el;3611;4839;-906;*; fin;;CDS;3934;4839;;; deb;;CDS;14985;15332;-348;*; ;;mobile_el;14985;16921;-1540;*; ;;gene;15382;16569;549;*; fin;;CDS;17119;18501;;; deb;comp;CDS;34568;34681;26;*; ;;gene;34708;38448;-4;*; fin;;CDS;38445;39989;;; deb;comp;CDS;99647;99793;-25;*; ;;gene;99769;99909;51;*; fin;;CDS;99961;100896;;0; deb;comp;CDS;102850;103833;195;*; ;;gene;104029;105320;30;*; fin;comp;CDS;105351;105914;;0; deb;;CDS;191840;192184;85;*; ;comp;gene;192270;193340;282;*; fin;comp;CDS;193623;194339;;0; deb;;CDS;199369;199794;-426;*; ;;mobile_el;199369;201785;-1995;*; fin;;CDS;199791;200141;;; deb;;CDS;218062;218904;158;*; ;;tRNA;219063;219144;212;*;tac ;;tRNA;219357;219438;376;*;tac fin;comp;CDS;219815;220912;;; deb;comp;CDS;239027;239722;104;*; ;comp;gene;239827;239964;271;*; fin;;CDS;240236;241336;;0; deb;comp;CDS;242534;244144;22;*; ;comp;gene;244167;244856;122;*; deb;;CDS;244979;245305;-327;*; ;;mobile_el;244979;246192;-891;*; fin;;CDS;245302;246192;;0; deb;;CDS;277602;278456;130;*; ;;gene;278587;280453;49;*; fin;comp;CDS;280503;280757;;0; deb;comp;CDS;285209;286279;9;*; ;comp;gene;286289;287587;329;*; fin;;CDS;287917;289449;;0; deb;comp;CDS;297458;298864;-1407;*; ;comp;mobile_el;297458;299261;-348;*; fin;comp;CDS;298914;299261;;; deb;comp;CDS;300053;300712;71;*; ;comp;gene;300784;300984;220;*; fin;;CDS;301205;301894;;; deb;comp;CDS;303386;307822;-3485;*; ;;repeat_reg;304338;304360;-23;*; ;;misc_f;304338;304432;-72;*; ;;repeat_reg;304361;304409;0;*; ;;repeat_reg;304410;304432;3985;*; fin;;CDS;308418;308762;;; deb;;CDS;309802;310167;-366;*; ;;mobile_el;309802;311030;-906;*; fin;;CDS;310125;311030;;; deb;;CDS;313323;313712;-232;*; ;;repeat_reg;313481;313501;-21;*; ;;misc_f;313481;313581;-93;*; ;;repeat_reg;313489;313509;-13;*; ;;repeat_reg;313497;313517;-16;*; ;;repeat_reg;313502;313520;-11;*; ;;repeat_reg;313510;313528;276;*; fin;comp;CDS;313805;314563;;; deb;comp;CDS;316137;316262;245;*; ;;gene;316508;316948;113;*; fin;comp;CDS;317062;318312;;1; deb;;CDS;332934;333359;-426;*; ;;mobile_el;332934;335350;-1995;*; fin;;CDS;333356;333706;;; deb;comp;CDS;411963;412901;233;*; ;;tRNA;413135;413219;276;*;tcc fin;comp;CDS;413496;414182;;; deb;;CDS;422060;426022;39;*; ;comp;gene;426062;426701;264;*; fin;;CDS;426966;427097;;; deb;comp;CDS;461328;462446;441;*; ;;tRNA;462888;462972;601;*;tca fin;comp;CDS;463574;463717;;0; deb;;CDS;463890;464255;-366;*; ;;mobile_el;463890;465118;-906;*; fin;;CDS;464213;465118;;; deb;comp;CDS;488610;488825;294;*; ;comp;tRNA;489120;489191;6;*;gga ;comp;tRNA;489198;489270;162;*;aca fin;comp;CDS;489433;489567;;; deb;comp;CDS;522240;523853;-1614;*; ;comp;mobile_el;522240;524454;-605;*; ;comp;gene;523850;524032;-4;*; fin;comp;CDS;524029;524454;;; deb;comp;CDS;545508;546056;180;*; ;comp;gene;546237;548084;260;*; fin;comp;CDS;548345;552805;;; deb;;CDS;590349;590696;-348;*; ;;mobile_el;590349;592284;-1539;*; fin;;CDS;590746;592284;;0; deb;comp;CDS;603716;607669;-1361;*; ;;repeat_reg;606309;606328;-20;*; ;;misc_f;606309;606445;-117;*; ;;repeat_reg;606329;606347;0;*; ;;repeat_reg;606348;606367;0;*; ;;repeat_reg;606368;606386;0;*; ;;repeat_reg;606387;606406;0;*; ;;repeat_reg;606407;606425;0;*; ;;repeat_reg;606426;606445;1358;*; fin;comp;CDS;607804;608298;;0; deb;;CDS;614451;614669;479;*; ;;tRNA;615149;615233;284;*;tcc fin;;CDS;615518;615646;;0; deb;;CDS;625353;625628;-276;*; ;;mobile_el;625353;626050;-504;*; fin;;CDS;625547;626050;;; deb;comp;CDS;660139;661350;273;*; ;;gene;661624;662214;34;*; fin;comp;CDS;662249;662533;;0; deb;;CDS;664227;664940;-14;*; ;comp;gene;664927;666254;7;*; fin;comp;CDS;666262;668610;;; deb;comp;CDS;730722;731225;-504;*; ;comp;mobile_el;730722;731371;-228;*; fin;comp;CDS;731144;731419;;0; deb;comp;CDS;747736;748551;79;*; ;comp;gene;748631;749979;68;*; fin;comp;CDS;750048;750362;;0; deb;comp;CDS;756185;756652;170;*; ;comp;tRNA;756823;756895;5;*;aaa ;comp;tRNA;756901;756973;48;*;gta ;comp;tRNA;757022;757094;5;*;aaa ;comp;tRNA;757100;757172;48;*;gta ;comp;tRNA;757221;757293;164;*;aaa fin;comp;CDS;757458;758249;;; deb;;CDS;782199;782768;47;*; ;;gene;782816;785265;13;*; fin;;CDS;785279;786010;;; deb;comp;CDS;797253;797513;3;*; ;comp;gene;797517;798173;1830;*; fin;comp;CDS;800004;803876;;; deb;;CDS;832389;834305;223;*; ;;tRNA;834529;834602;10;*;atgj ;;tRNA;834613;834694;26;*;cta ;;tRNA;834721;834792;37;*;caa ;;tRNA;834830;834901;18;*;caa ;;tRNA;834920;834993;51;*;atgj ;;tRNA;835045;835116;35;*;cag ;;tRNA;835152;835223;156;*;cag fin;comp;CDS;835380;836555;;0; deb;comp;CDS;849004;850455;-4;*; ;comp;gene;850452;851159;103;*; fin;;CDS;851263;851817;;0; deb;comp;CDS;957178;958083;-906;*; ;comp;mobile_el;957178;958406;-366;*; fin;comp;CDS;958041;958406;;; deb;comp;CDS;958518;960056;-1539;*; ;comp;mobile_el;958518;960453;-348;*; deb;comp;CDS;960106;960453;867;*; ;;gene;961321;961434;545;*; fin;;CDS;961980;962675;;; 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K-12 substr. MG1655;;;;;;; 50.6%GC;10.3.19 Paris;16s 7 ;89;doubles;interca;EcoCyc;adIP ;223771..225312;;16s;;68;opéron; ;225381..225457;;atc;;42;ileV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30045] ;225500..225575;;gca;;183;« ; ;225759..228662;;23s;;93;« ; ;228756..228875;;5s;@1;52;« ; ;228928..229004;;gac;;;aspU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30024] ;;;;;;; ;236931..237007;;gac;;;; ;;;;;;; ;262871..262946;;acg;;;; ;;;;;;; ;564723..564799;;aga;;;; ;;;;;;; comp;696430..696504;;cag;+;37;opéron; comp;696542..696616;;cag;2 cag;47;glnT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30029] comp;696664..696740;;atg;2 atg;15;« ; comp;696756..696830;;caa;2 caa;34;« ; comp;696865..696939;;caa;;23;« ; comp;696963..697047;;cta;;9;« ; comp;697057..697133;;atg;;;; ;;;;;;; ;780554..780629;;aaa;+;135;lysT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30055] ;780765..780840;;gta;5 aaa;2;opéron; ;780843..780918;;aaa;2 gta;149;« ; ;781068..781143;;gta;;3;valZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6389] ;781147..781222;;aaa;;146;opéron; ;781369..781444;;aaa;;132;lysZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6391] ;781577..781652;;aaa;;;lysQ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6392] ;;;;;;EcoCyc;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30055&chromosome=COLI-K12] comp;925884..925971;;tcc;;;InfA-serW;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30096&chromosome=COLI-K12] ;;;;;;; comp;1031625..1031712;;tca;;;; ;;;;;;; comp;1097565..1097652;;tcc;;;; ;;;;;;; comp;1287087..1287176;;tpr ;cds 90pb;67;tpr; comp;1287244..1287328;;tac;+;209;opéron; comp;1287538..1287622;;tac;2 tac;;tyrT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30106] ;;;;;;; ; 1746435..1746511;;gtc;+;4;valV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30111] ; 1746516..1746592;;gtc;2 gtc;;opéron; ;;;;;;«RNA 67pb; comp;1991815..1991901;;tta;;12;leuZ;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1983402/2000314] comp;1991914..1991987;;tgc;;54;« ; comp;1992042..1992117;;ggc;;;opéron; ;;;;;;; comp;2043468..2043557;;tcg;;;; ;;;;;;; ;2044549..2044624;;aac;;;; ;;;;;;; comp;2058027..2058102;;aac;;;; ;;;;;;; ; 2059851..2059926;;aac;;;; ;;;;;;; ;2062260..2062335;;aac;;;; ;;;;;;; ;2286211..2286287;;ccc;;;; ;;;;;;; ;2466309..2466383;;agg;;;; ;;;;;;; comp;2518041..2518116;;gcc;+;39;alaX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30012] comp;2518156..2518231;;gcc;2 gcc;;opéron; ;;;;;;; ;2520931..2521006;;gta;+;44;valU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30110] ;2521051..2521126;;gta;3gta;46;opéron; ;2521173..2521248;;gta;;4;« ; ;2521253..2521328;;aaa;;;« ; ;;;;;;; comp;2726069..2726188;;5s;@2;92;opéron; comp;2726281..2729184;;23s;;184;; comp;2729369..2729444;;gaa;;171;; comp;2729616..2731157;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2785762..2785837;;atgi;;;; ;;;;;;; comp;2817784..2817860;;cgt;+;198;« ; comp;2818059..2818135;;cgt;4 cgt;62;« ; comp;2818198..2818274;;cgt;;198;« ; comp;2818473..2818549;;cgt;;3;opéron; comp;2818553..2818645;;agc;;;serV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30013] ;;;;;;; ;2947387..2947463;;atgf;+;33;opéron; ;2947497..2947573;;atgf;3 atgf;33;metW;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG31117] ;2947607..2947683;;atgf;;;« ; ;;;;;;; comp;2998984..2999057;;ggg;;;; ;;;;;;; ;3110366..3110441;;ttc;;;; ;;;;;;; ;3215598..3215673;;atgi;;;; ;;;;;;; comp;3318213..3318289;;atgf;;;; ;;;;;;; comp;3322072..3322158;;ctc;;;; ;;;;;;; comp;3423423..3423542;;5s;;37;« ; comp;3423580..3423655;;acc;;12;« ; comp;3423668..3423787;;5s;;92;« ; comp;3423880..3426783;;23s;;174;« ; comp;3426958..3427033;;gca;;42;« ; comp;3427076..3427152;;atc;;68;ileU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30044] comp;3427221..3428762;;16s;;;opéron; ;;;;;;; comp;3708616..3708692;;ccg;;;; ;;;;;;; ;3836222..3836316;;tga;;;; ;;;;;;ecoliwiki;[https://ecoliwiki.org/colipedia/index.php/Category:rRNA_operons] ;3941808..3943349;;16s;;85;gltU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30033] ;3943435..3943510;;gaa;;193;opéron; ;3943704..3946607;;23s;;92;« ; ;3946700..3946819;;5s;;52;« ; ;3946872..3946948;;gac;;8;aspT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30023] ;3946957..3947032;;tgg;;;trpT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30105] ;;;;;;; ;3982375..3982451;;cgg;;57;argX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30017] ;3982509..3982585;;cac;;20;opéron; ;3982606..3982692;;ctg;;42;« ; ;3982735..3982811;;cca;;;« ; ;;;;;;; ;4035531..4037072;;16s;;68;opéron; ;4037141..4037217;;atc;;42;ileT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30043] ;4037260..4037335;;gca;;183;« ; ;4037519..4040423;;23s;;93;« ; ;4040517..4040636;;5s;;;« ; ;;;;;;; ;4166659..4168200;;16s;;171;opéron; ;4168372..4168447;;gaa;;193;; ;4168641..4171544;;23s;;92;; ;4171637..4171756;;5s;;;; ;;;;;;; ;4175388..4175463;;aca;@3;8;thrU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30101] ;4175472..4175556;;tac;;116;opéron; ;4175673..4175747;;gga;;6;« ; ;4175754..4175829;;acc;;114;« ; ;4175944..4177128;;tufb;cds 1185 pb;;« ; ;;;;;;; ;4208147..4209688;;16s;;85;opéron; ;4209774..4209849;;gaa;;193;; ;4210043..4212946;;23s;;93;; ;4213040..4213159;;5s;;;; ;;;;;;; comp;4362551..4362626;;ttc;;;; ;;;;;;; ;4392360..4392435;;ggc;+;36;opéron; ;4392472..4392547;;ggc;3 ggc;35;glyX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30040] ;4392583..4392658;;ggc;;;« ; ;;;;;;; ;4496405..4496489;;ttg;;;; ;;;;;;; comp;4606079..4606165;;ctg;+;34;opéron; comp;4606200..4606286;;ctg;3 ctg;28;leuV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30051] comp;4606315..4606401;;ctg;;;« ; </pre> ====eco cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cumuls|eco cumuls]] <pre> eco cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;10;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;0;60;6;;150;;60;;400; ;max a;3;80;1;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;0;;250;;100;;600; ;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700; ;total aas;14;140;2;;350;;140;;800; sans ;opérons;36;160;2;;400;;160;;900; ;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000; ;max a;7;200;2;;500;;200;;1100; ;a doubles;10;;1;;;;;;; ;total aas;72;;36;0;;0;;0;;0 total aas;;86;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;57;;;;;;; ;;;variance;60;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; </pre> ====eco cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cds|eco cds]] <pre> les CDS eco pour opérons;;;;;;;;; clusters;6.8.19 Paris ;;;interca;cdsa;promoteur;terminateur;notes; ;222833..223408;;cds;362;192;sigma FIS;;; ;223771..225312;;16s;68;;;;; ;225381..225457;;atc;42;;;;; ;225500..225575;;gca;183;;;;; ;225759..228662;;23s;93;;;;; ;228756..228875;;5s;52;;;;; ;228928..229004;;gac;162;;Terminateur;+ sigma;; ;229167..229970;;cds;;268;;;; ;;;;;;;;; comp;2724448..2725746;;cds;322;433;rien;début opéron ;rien; comp;2726069..2726188;;5s;92;;;;; comp;2726281..2729184;;23s;184;;;;; comp;2729369..2729444;;gaa;171;;;;; comp;2729616..2731157;;16s;442;;sigma FIS;;; comp;2731600..2734173;;cds;;858;;;; ;;;;;;;;; ;3422436..3423194;;cds;228;253;Terminateur;fin opéron ;rien; comp;3423423..3423542;;5s;37;;;;; comp;3423580..3423655;;acc;12;;;;; comp;3423668..3423787;;5s;92;;;;; comp;3423880..3426783;;23s;174;;;;; comp;3426958..3427033;;gca;42;;;;; comp;3427076..3427152;;atc;68;;;;; comp;3427221..3428762;;16s;473;;sigma FIS;;; ;3429236..3429790;;cds;;185;;;; ;;;;;;;;; comp;3940635..3941327;;cds;480;231;sigma FIS;;; ;3941808..3943349;;16s;85;;;;; ;3943435..3943510;;gaa;193;;;;; ;3943704..3946607;;23s;92;;;;; ;3946700..3946819;;5s;52;;;;; ;3946872..3946948;;gac;8;;;;; ;3946957..3947032;;tgg;95;;Terminateur;fin opéron ;rien; comp;3947128..3947967;;cds;;280;;;; ;;;;;;;;; ;4034608..4035153;;cds;377;182;Sigma Lrp-leu;;; ;4035531..4037072;;16s;68;;;;; ;4037141..4037217;;atc;42;;;;; ;4037260..4037335;;gca;183;;;;; ;4037519..4040423;;23s;93;;;;; ;4040517..4040636;;5s;228;;;;; ;4040865..4040900;;rprg;5;;pas de Term;fin opéron ;rien; comp;4040906..4041433;;cds;;176;;;; ;;;;;;;;; ;4165428..4166285;;cds;373;286;Sigma Lrp-leu;;; ;4166659..4168200;;16s;171;;;;; ;4168372..4168447;;gaa;193;;;;; ;4168641..4171544;;23s;92;;;;; ;4171637..4171756;;5s;300;;Terminateur;début opéron ;rien; ;4172057..4173085;;cds;;343;;;; ;;;;;;;;; comp;4205943..4207532;;cds;614;530;sigma FIS;;; ;4208147..4209688;;16s;85;;;;; ;4209774..4209849;;gaa;193;;;;; ;4210043..4212946;;23s;93;;;;; ;4213040..4213159;;5s;74;;Terminateur;début opéron ;rien; ;4213234..4213617;;cds;;128;;;; ;;;;;;;;; ;695101..696276;;cds;31;392;;;; comp;696308..696378;;rprg;51;;Terminateur;fin opéron;rien; comp;696430..696504;;cag;37;;;;; comp;696542..696616;;cag;47;;;;; comp;696664..696740;;atg;15;;;;; comp;696756..696830;;caa;34;;;;; comp;696865..696939;;caa;23;;;;; comp;696963..697047;;cta;9;;;;; comp;697057..697133;;atg;379;;sigma FIS;fin opéron;rien; comp;697513..699177;;cds;;555;;;; ;;;;;;;;; ;779598..780389;;cds;164;264;sigma FIS;fin opéron;rien; ;780554..780629;;aaa;135;;;;; ;780765..780840;;gta;2;;;;; ;780843..780918;;aaa;149;;;;; ;781068..781143;;gta;3;;;;; ;781147..781222;;aaa;146;;;;; ;781369..781444;;aaa;132;;;;; ;781577..781652;;aaa;432;;Terminateur;début opéron;NadR pas sigma; ;782085..783128;;cds;;348;;;; ;;;;;;;;; ;1286709..1286984;;cds;81;92;Terminateur;;; comp;1287066..1287236;;ncRNA;-150;;;;; comp;1287087..1287176;;tpr ;67;30;;;; comp;1287244..1287328;;tac;209;;;;; comp;1287538..1287622;;tac;159;;sigma FIS;;; comp;1287782..1288624;;cds;;281;;;; ;;;;;;;;; solitaires;;;;promoteur;terminateur;interc avant;interc après;protéines;lien ;236931..237007;;gac;sigma FIS;Term 1;133;328;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=228513/245425] ;262871..262946;;acg;sigma FIS;rien;115;204;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=262297/263521] ;564723..564799;;aga;sigma FIS;rien;243;16;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=564149/565373] comp;925884..925971;;InfA-tcc;sigma FIS;Term 1;344;254;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30096&chromosome=COLI-K12] comp;1031625..1031712;;tca;sigma FIS;Term 2;207;427;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1023213/1040125] comp;1097565..1097652;;tcc;sigma FIS;Term 4;736;234;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1089153/1106065] comp;2043468..2043557;;tcg;sigma -;Term 1;570;94;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2035057/2051969] ;2044549..2044624;;aac;sigma -;Term 1;101;314;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2036131/2053043] comp;2058027..2058102;;aac;sigma -;Term 1;453;101;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2049609/2066521] ; 2059851..2059926;;aac;sigma -;Term 1;5;38;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2051433/2068345] ;2062260..2062335;;aac;sigma NtrC;rien;327;56;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2053842/2070754] ;2286211..2286287;;ccc;sigma FIS;Term 1;75;103;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2277793/2294705] ;2466309..2466383;;agg;sigma -;Term 1;76;162;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2457890/2474802] comp;2785762..2785837;;atgi;rien;rien;410;-37;évidence faible1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2777344/2794256] comp;2998984..2999057;;ggg;sigma FIS;rien;156;79;évidence faible;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2990565/3007477] ;3110366..3110441;;ttc;sigma FIS;Term 1;106;149;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3101948/3118860] ;3215598..3215673;;atgi;sigma -;Term 1;125;54;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3207180/3224092] comp;3318213..3318289;;atgf;sigma FIS;Term 2;207;348;protéines1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3309795/3326707] comp;3322072..3322158;;ctc;sigma -;Term 1;459;15;protéine2;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3313659/3330571] comp;3708616..3708692;;ccg;sigma FIS;Term 2;911;92;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3700198/3717110] ;3836222..3836316;;tga;sigma -;rien;293;109;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3827813/3844725] comp;4362551..4362626;;ttc;sigma FIS;Term 1;198;107;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4354133/4371045] ;4496405..4496489;;ttg;sigma FIS;Term 1;196;261;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4487991/4504903] </pre> ====eco blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_blocs|eco blocs]] <pre> eco blocs;;;; 16s;68;16s;68;68 atc;42;atc;42;42 gca;174;gca;183;183 23s;92;23s;93;93 5s;12;5s;52; acc;37;gac;; 5s;;;; ;;;; 16s;85;171;171;85 gaa;193;184;193;193 23s;92;92;92;93 5s;52;;; gac;;;; </pre> ====eco distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_distribution|eco distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta3;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;3;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;;23;;4;;;29;;eco;;;;4;;;4 </pre> ====eco données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_données_intercalaires|eco données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;eco;fx;fc;eco;fx40;fc40;eco;c-;x-;c;x;c;x;;c;x; ;0;0;13;16;0;13;16;-1;162;0;162;242;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; 1;0;10;35;345;1;4;43;-2;0;2;132;153;2* 171;;gaa;37;;cag ;1;20;10;265;2;6;51;-3;0;0;327;343;3* 68;;atc;47;;cag ;0;30;18;135;3;10;44;-4;260;43;114;426;2* 85;;gaa;15;;atgj 2;0;40;63;79;4;5;27;-5;0;0;379;735;tRNA 23s;;;34;;caa ;0;50;78;73;5;1;14;-6;0;0;164;233;184;;gaa;23;;caa 2;0;60;51;104;6;3;13;-7;14;1;432;307;174;;gca;9;;cta ;1;70;37;89;7;3;24;-8;59;1;253;569;3* 193;;gaa;**;;atgj 1;3;80;21;88;8;1;15;-9;0;2;206;93;2* 183;;gca;135;;aaa ;0;90;29;67;9;2;56;-10;6;0;67;452;5s tRNA;;;2;;gta 2;3;100;34;82;10;0;58;-11;34;0;159;4;12;;acc;149;;aaa ;4;110;36;83;11;2;48;-12;0;1;107;37;2* 52;;gac;3;;gta ;2;120;32;58;12;3;39;-13;3;0;151;326;tRNA 5s;;;146;;aaa 1;0;130;33;52;13;0;23;-14;14;5;100;55;37;;acc;132;;aaa ;1;140;39;51;14;0;37;-15;0;0;313;235;tRNA tRNA;;intra;**;;aaa 1;1;150;28;50;15;1;23;-16;2;1;100;258;3* 42;;atc gca;209;;tac 1;3;160;39;41;16;2;20;-17;10;0;74;264;;;;**;;tac ;2;170;32;41;17;1;19;-18;0;2;75;208;;;;4;;gtc ;0;180;22;41;18;0;19;-19;4;1;208;73;;;;**;;gtc ;0;190;30;37;19;0;14;-20;9;1;750;148;;;;12;;tta 1;0;200;29;31;20;1;23;-21;0;2;280;124;;;;54;;tgc 1;4;210;35;36;21;1;17;-22;3;0;315;53;;;;**;;ggc ;0;220;29;37;22;0;18;-23;6;1;155;347;;;;39;;ggc ;0;230;20;20;23;1;13;-24;0;2;78;292;;;;**;;ggc 2;1;240;24;18;24;6;19;-25;2;2;105;95;;;;44;;gta 1;0;250;24;17;25;0;10;-26;7;1;206;361;;;;46;;gta 1;1;260;22;26;26;1;14;-27;0;1;458;195;;;;4;;gta 1;1;270;14;14;27;0;14;-28;3;1;14;38;;;;**;;aaa ;1;280;21;16;28;4;8;-29;4;1;910;;;;;198;;cgt ;0;290;17;21;29;2;9;-30;0;1;91;;;;;62;;cgt 1;0;300;9;17;30;3;13;-31;1;0;102;;;;;198;;cgt 1;0;310;9;13;31;3;6;-32;5;1;146;;;;;3;;cgt ;2;320;16;12;32;3;7;-33;0;1;114;;;;;**;;agc 1;1;330;7;11;33;2;7;-34;0;0;106;;;;;33;;atgf ;0;340;11;6;34;7;8;-35;1;3;210;;;;;33;;atgf 2;0;350;2;9;35;5;7;-36;0;0;233;;;;;**;;atgf ;0;360;11;10;36;4;15;-37;1;0;267;;;;;8;;gac 1;0;370;7;12;37;11;7;-38;1;1;CDS 16s ;;;;;**;;tgg ;1;380;18;4;38;6;7;-39;0;1;362;473;;;;57;;cgg ;0;390;6;3;39;14;8;-40;0;0;442;480;;;;20;;cac ;0;400;6;10;40;8;7;-41;0;1;377;614;;;;42;;ctg 5;4;reste;57;64;reste;935;1364;-42;0;0;373;;;;;**;;cca 29;37;total;1074;2204;total;1074;2204;-43;8;0;23s 5s;;;;;8;;aca 24;33;diagr;1004;2124;diagr;126;824;-44;1;1;3* 93;;;;;116;;tac 1;1;t30;63;745;;;;-45;0;0;4* 92;;;;;6;;gga ;;;;;;;;-46;0;0;5s CDS;;;;;**;;acc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;300;81;;;;36;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;1;74;228;;;;35;;ggc ;x;1061;95;13;1169;;;-49;1;0;;269;;;;**;;ggc ;c;2188;647;16;2851;;;-50;1;0;;;;;;34;;ctg ;;;;;4020;712;;reste;25;13;;;;;;28;;ctg ;;;;;;4732;;total;647;95;;;;;;**;;ctg </pre> =====eco autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires_aas|eco autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> ;autres intercalaires;;eco27622;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre inter;aas deb;;CDS;14168;15298;88;; ;;mobile_el;15387;16731;-1287;*; fin;;CDS;15445;16557;;; deb;comp;CDS;16751;16960;-9;; ;;ncRNA;16952;17010;478;*; fin;;CDS;17489;18655;;; deb;;CDS;18715;19620;175;; ;comp;mobile_el;19796;20563;-753;*; fin;comp;CDS;19811;20314;;; deb;comp;CDS;74497;75480;35;; ;comp;ncRNA;75516;75608;35;*; deb;comp;CDS;75644;77299;67;; ;;ncRNA;77367;77593;-206;*; fin;;CDS;77388;77519;;; deb;;CDS;91413;93179;-695;; ;;ncRNA;92485;92658;507;*; fin;;CDS;93166;94653;;; deb;comp;CDS;188712;189506;205;; ;;ncRNA;189712;189847;26;*; fin;;CDS;189874;190599;;; deb;;CDS;193521;194717;66;; ;;ncRNA;194784;194844;58;*; fin;;CDS;194903;195664;;; deb;;CDS;222833;223408;362;; 16s;;rRNA;223771;225312;68;*; ;;tRNA;225381;225457;42;*;atc 23s;;tRNA;225500;225575;183;*;gca 5s;;rRNA;225759;228662;93;*; ;;rRNA;228756;228875;52;*; ;;tRNA;228928;229004;162;*;gac fin;;CDS;229167;229970;;; deb;;CDS;236067;236798;132;; ;;tRNA;236931;237007;327;*;gac fin;;CDS;237335;238120;;; deb;comp;CDS;238257;238736;9;; ;comp;gene;238746;239084;105;*; ;;gene;239190;239378;40;*; fin;comp;CDS;239419;240189;;; deb;;CDS;247637;248134;223;; ;comp;gene;248358;250070;1;*; ;;gene;250072;250827;70;*; fin;;CDS;250898;251953;;; deb;;CDS;252709;253161;305;; ;;gene;253467;253733;-32;*; ;;gene;253702;254202;56;*; fin;comp;CDS;254259;255716;;; deb;;CDS;256527;257771;57;; ;;misc_f;257829;257899;8;*; ;comp;mobile_el;257908;258675;-753;*; fin;comp;CDS;257923;258426;;; deb;comp;CDS;258345;258620;55;; ;;misc_f;258676;259006;38;*; fin;comp;CDS;259045;260100;;; deb;;CDS;261503;262756;114;; ;;tRNA;262871;262946;-49;*;acg ;;misc_f;262898;297205;-34056;*; ;comp;gene;263150;263212;115;*; fin;comp;CDS;263328;263669;;; deb;comp;CDS;266110;266553;-1;; ;comp;gene;266553;266774;1;*; ;comp;gene;266776;266967;216;*; fin;comp;CDS;267184;268005;;; deb;comp;CDS;269289;270182;23;; ;;mobile_el;270206;270540;-263;*; ;;misc_f;270278;270540;0;*; ;;mobile_el;270541;271761;-1159;*; deb;;CDS;270603;271754;7;; ;;mobile_el;271762;272190;-427;*; ;;misc_f;271764;272190;389;*; ;;ncRNA;272580;272654;192;*; deb;;CDS;272847;273992;-38;; ;comp;mobile_el;273955;275149;-1049;*; fin;comp;CDS;274101;275081;;; deb;comp;CDS;277756;278802;11;; ;comp;gene;278814;279162;0;*; ;comp;mobile_el;279163;279930;-753;*; fin;comp;CDS;279178;279681;;; deb;comp;CDS;279600;279875;55;; ;;gene;279931;280104;-174;*; ;;mobile_el;279931;280111;2;*; ;comp;gene;280114;280362;-249;*; ;comp;mobile_el;280114;280425;-41;*; fin;comp;CDS;280385;280735;;; deb;;CDS;290510;290638;-5;; ;comp;mobile_el;290634;291401;-753;*; fin;comp;CDS;290649;291152;;; deb;comp;CDS;313141;313242;473;; ;comp;gene;313716;313805;551;*; ;;gene;314357;315244;-16;*; ;;mobile_el;315229;316483;-1193;*; fin;;CDS;315291;315590;;; deb;;CDS;315587;316453;-4;; ;comp;gene;316450;317136;302;*; ;;gene;317439;317567;158;*; fin;comp;CDS;317726;318319;;; deb;comp;CDS;380069;380842;1;; ;comp;misc_f;380844;381260;-1;*; ;;mobile_el;381260;382590;-1240;*; fin;;CDS;381351;381716;;; deb;;CDS;381674;382579;11;; ;comp;misc_f;382591;382872;-134;*; fin;comp;CDS;382739;383935;;; deb;comp;CDS;388753;389727;523;; ;;misc_f;390251;391708;-117;*; deb;comp;CDS;391592;391648;60;; ;comp;mobile_el;391709;392966;-1228;*; fin;comp;CDS;391739;392605;;; deb;comp;CDS;392602;392901;68;; ;;misc_f;392970;394418;87;*; fin;;CDS;394506;395129;;; deb;;CDS;408177;408461;147;; ;;gene;408609;408950;-4;*; fin;;CDS;408947;409030;;; deb;comp;CDS;475982;476371;76;; ;;ncRNA;476448;476561;110;*; fin;;CDS;476672;477025;;; deb;comp;CDS;506603;507082;121;; ;;ncRNA;507204;507287;-2;*; fin;comp;CDS;507286;508080;;; deb;;CDS;527581;527949;-1;; ;;gene;527949;528659;-20;*; ;;gene;528640;529130;366;*; ;;gene;529497;529592;52;*; fin;comp;CDS;529645;530016;;; deb;;CDS;533011;533826;-198;; ;;ncRNA;533629;533863;52;*; fin;;CDS;533916;535697;;; deb;comp;CDS;563848;564480;242;; ;;tRNA;564723;564799;-45;*;aga ;;misc_f;564755;586056;-21242;*; deb;comp;CDS;564815;565978;-121;; ;comp;gene;565858;566079;18;*; ;comp;gene;566098;566361;14;*; ;;gene;566376;566687;-4;*; ;;misc_f;566684;566776;0;*; ;;mobile_el;566777;568034;-1193;*; fin;;CDS;566842;567141;;; deb;;CDS;567138;568004;30;; ;;misc_f;568035;568247;67;*; fin;;CDS;568315;568647;;; deb;;CDS;573956;574339;189;; ;comp;misc_f;574529;574586;4;*; ;comp;mobile_el;574591;575785;-1049;*; deb;comp;CDS;574737;575717;68;; ;comp;misc_f;575786;576825;572;*; fin;;CDS;577398;577613;;; deb;;CDS;580834;581379;-26;; ;;gene;581354;581662;-129;*; deb;;CDS;581534;582097;54;; ;comp;gene;582152;582806;68;*; fin;;CDS;582875;583060;;; deb;comp;CDS;606265;607383;349;; ;comp;ncRNA;607733;607792;43;*; deb;;CDS;607836;607988;18;; ;;mobile_el;608007;609351;-1287;*; fin;;CDS;608065;609177;;; deb;comp;CDS;657555;657938;92;; ;;gene;658031;658818;128;*; fin;;CDS;658947;659150;;; deb;comp;CDS;685929;686669;11;; ;comp;ncRNA;686681;686843;-5;*; deb;comp;CDS;686839;687747;103;; ;comp;mobile_el;687851;689045;-1049;*; fin;comp;CDS;687997;688977;;; deb;;CDS;695101;696276;153;; ;comp;tRNA;696430;696504;37;*;cag ;comp;tRNA;696542;696616;47;*;cag ;comp;tRNA;696664;696740;15;*;atgj ;comp;tRNA;696756;696830;34;*;caa ;comp;tRNA;696865;696939;23;*;caa ;comp;tRNA;696963;697047;9;*;cta ;comp;tRNA;697057;697133;379;*;atgj fin;comp;CDS;697513;699177;;; deb;;CDS;706093;707757;478;; ;;ncRNA;708236;708333;0;*; fin;;CDS;708334;709740;;; deb;;CDS;715412;715906;40;; ;comp;gene;715947;716597;123;*; ;comp;gene;716721;716870;75;*; fin;comp;CDS;716946;718265;;; deb;;CDS;733776;734102;117;; ;;gene;734220;735653;-4;*; fin;;CDS;735650;736219;;; deb;;CDS;736445;736699;200;; ;;gene;736900;737961;130;*; fin;;CDS;738092;738853;;; deb;;CDS;764180;765049;0;; ;;ncRNA;765050;765150;2;*; fin;comp;CDS;765153;765875;;; deb;;CDS;779598;780389;164;; ;;tRNA;780554;780629;135;*;aaa ;;tRNA;780765;780840;2;*;gta ;;tRNA;780843;780918;149;*;aaa ;;tRNA;781068;781143;3;*;gta ;;tRNA;781147;781222;146;*;aaa ;;tRNA;781369;781444;132;*;aaa ;;tRNA;781577;781652;432;*;aaa fin;;CDS;782085;783128;;; deb;;CDS;836351;837436;-2;; ;comp;ncRNA;837435;837531;-29;*; fin;;CDS;837503;837562;;; deb;comp;CDS;851014;852597;127;; ;comp;ncRNA;852725;853064;-196;*; fin;comp;CDS;852869;852997;;; deb;;CDS;887423;887959;19;; ;comp;ncRNA;887979;888057;76;*; fin;comp;CDS;888134;889819;;; deb;;CDS;923264;925540;343;; ;comp;tRNA;925884;925971;253;*;tcc fin;comp;CDS;926225;926443;;; deb;comp;CDS;1030759;1031418;206;; ;comp;tRNA;1031625;1031712;426;*;tca fin;;CDS;1032139;1033257;;; deb;comp;CDS;1049439;1049744;33;; ;;mobile_el;1049778;1050545;-713;*; fin;;CDS;1049833;1050108;;; deb;;CDS;1079305;1080813;542;; ;;gene;1081356;1082185;57;*; fin;;CDS;1082243;1083370;;; deb;;CDS;1092876;1094234;10;; ;comp;mobile_el;1094245;1095502;-1228;*; fin;comp;CDS;1094275;1095141;;; deb;comp;CDS;1095138;1095437;106;; ;;gene;1095544;1095846;-4;*; deb;;CDS;1095843;1096829;735;; ;comp;tRNA;1097565;1097652;233;*;tcc fin;;CDS;1097886;1098824;;; deb;;CDS;1140033;1140986;-1;; ;;ncRNA;1140986;1141063;118;*; fin;comp;CDS;1141182;1144367;;; 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deb;;CDS;4156850;4158223;54;; ;comp;ncRNA;4158278;4158394;95;*; fin;;CDS;4158490;4159407;;; deb;;CDS;4165428;4166285;373;; 16s;;rRNA;4166659;4168200;171;*; ;;tRNA;4168372;4168447;193;*;gaa 23s;;rRNA;4168641;4171544;92;*; 5s;;rRNA;4171637;4171756;300;*; fin;;CDS;4172057;4173085;;; deb;comp;CDS;4174076;4175026;361;; ;;tRNA;4175388;4175463;8;*;aca ;;tRNA;4175472;4175556;116;*;tac ;;tRNA;4175673;4175747;6;*;gga ;;tRNA;4175754;4175829;114;*;acc fin;;CDS;4175944;4177128;;; deb;;CDS;4189786;4190325;1;; ;comp;ncRNA;4190327;4190487;247;*; fin;comp;CDS;4190735;4191868;;; deb;comp;CDS;4205943;4207532;614;; 16s;;rRNA;4208147;4209688;85;*; ;;tRNA;4209774;4209849;193;*;gaa 23s;;rRNA;4210043;4212946;93;*; 5s;;rRNA;4213040;4213159;74;*; fin;;CDS;4213234;4213617;;; deb;;CDS;4218596;4220332;-1454;; ;;ncRNA;4218879;4218963;1337;*; fin;comp;CDS;4220301;4222487;;; deb;comp;CDS;4240779;4242254;276;; ;comp;ncRNA;4242531;4242633;-8;*; fin;comp;CDS;4242626;4243516;;; deb;;CDS;4249554;4250474;228;; ;;gene;4250703;4252283;222;*; fin;;CDS;4252506;4253003;;; deb;;CDS;4262840;4263082;56;; ;;ncRNA;4263139;4263249;-2;*; fin;comp;CDS;4263248;4264231;;; deb;;CDS;4277469;4277933;-8;; ;comp;ncRNA;4277926;4278066;412;*; fin;;CDS;4278479;4279828;;; deb;comp;CDS;4321697;4322422;20;; ;comp;gene;4322443;4323281;54;*; fin;comp;CDS;4323336;4324352;;; deb;comp;CDS;4360396;4361934;256;; ;comp;gene;4362191;4362353;197;*; ;comp;tRNA;4362551;4362626;106;*;ttc fin;comp;CDS;4362733;4363308;;; deb;comp;CDS;4365472;4366773;65;; ;comp;ncRNA;4366839;4366951;-61;*; fin;comp;CDS;4366891;4368327;;; deb;;CDS;4391604;4392149;210;; ;;tRNA;4392360;4392435;36;*;ggc ;;tRNA;4392472;4392547;35;*;ggc ;;tRNA;4392583;4392658;233;*;ggc fin;;CDS;4392892;4392945;;; deb;comp;CDS;4426628;4427422;271;; ;;gene;4427694;4428095;-17;*; fin;comp;CDS;4428079;4428717;;; deb;;CDS;4457959;4459311;176;; ;;gene;4459488;4459855;44;*; fin;comp;CDS;4459900;4460364;;; deb;comp;CDS;4495190;4496209;195;; ;;tRNA;4496405;4496489;185;*;ttg ;;misc_f;4496675;4497940;-1191;*; ;;gene;4496750;4497940;240;*; ;;mobile_el;4498181;4499511;-1240;*; fin;;CDS;4498272;4498637;;; deb;;CDS;4498595;4499500;92;; ;comp;gene;4499593;4500791;468;*; deb;;CDS;4501260;4501589;500;; ;comp;mobile_el;4502090;4503515;-1413;*; fin;comp;CDS;4502103;4503431;;; deb;;CDS;4506448;4506573;52;; ;comp;gene;4506626;4506856;4;*; ;;gene;4506861;4507109;15;*; ;;mobile_el;4507125;4507458;-262;*; ;;misc_f;4507197;4507451;7;*; ;comp;mobile_el;4507459;4508679;-1214;*; deb;comp;CDS;4507466;4508617;62;; ;comp;mobile_el;4508680;4509006;-323;*; ;comp;gene;4508684;4508942;64;*; ;;mobile_el;4509007;4509801;-793;*; ;;misc_f;4509009;4509479;-1;*; ;;misc_f;4509479;4509793;10;*; ;;gene;4509804;4510133;556;*; fin;comp;CDS;4510690;4511457;;; deb;;CDS;4518372;4518440;31;; ;;mobile_el;4518472;4519239;-713;*; deb;;CDS;4518527;4518802;-82;; ;;gene;4518721;4519224;113;*; fin;comp;CDS;4519338;4520324;;; deb;comp;CDS;4527549;4527980;-4;; ;;ncRNA;4527977;4528066;44;*; fin;comp;CDS;4528111;4528917;;; deb;comp;CDS;4530530;4531651;398;; ;comp;gene;4532050;4532310;126;*; fin;comp;CDS;4532437;4533183;;; deb;comp;CDS;4533796;4534053;376;; ;comp;gene;4534430;4534675;339;*; ;;gene;4535015;4536031;565;*; fin;;CDS;4536597;4536695;;; deb;comp;CDS;4568692;4568727;270;; ;;gene;4568998;4569918;243;*; fin;comp;CDS;4570162;4571574;;; deb;;CDS;4572414;4573931;203;; ;;gene;4574135;4576855;56;*; fin;comp;CDS;4576912;4577958;;; deb;comp;CDS;4579499;4579840;-6;; ;;ncRNA;4579835;4579911;156;*; fin;comp;CDS;4580068;4581462;;; deb;;CDS;4605804;4606040;38;; ;comp;tRNA;4606079;4606165;34;*;ctg ;comp;tRNA;4606200;4606286;28;*;ctg ;comp;tRNA;4606315;4606401;267;*;ctg fin;comp;CDS;4606669;4607700;;; </pre> ====eco intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_entre_cds|eco intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> eco;6.2.21 Paris;;eco 23-9-2020;;;;;;; eco;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;738;18.3;'''négatif ;-9;14;-1 à -89;'''4 641 652;-1;738 ;'''zéro;29;0.7;;;;;'''intercals;0;29 ;'''1 à 200;2511;62.4;'''0 à 200;72;58;;'''421 229;5;203 ;'''201 à 370;572;14.2;'''201 à 370;264;47;;'''9.1%;10;174 ;'''371 à 600;142;3.5;'''371 à 600;440;60;;;15;176 ;'''601 à max;32;0.8;'''601 à 1028;693;97;;;20;99 ;'''total 4024;<201;81.5;'''total 4004;103;126;-89 à 950;;25;85 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;67 4538785;1455;-1;738;-70;30;;0;29;35;56 2901896;1372;0;29;-60;2;;-1;°163;40;87 2876581;950;1;°47;-50;2;;-2;2;45;80 2405703;919;2;°57;-40;12;;-3;0;50;72 4077449;852;3;°54;-30;18;'''min à -1;-4;°303;55;82 767978;846;4;°31;-20;45;738;-5;0;60;72 1985139;796;5;14;-10;84;18.3%;-6;0;65;66 310746;775;6;16;0;574;;-7;15;70;60 1253085;768;7;°26;10;377;;-8;°60;75;57 1102546;754;8;16;20;275;;-9;2;80;52 3111266;728;9;°58;30;152;;-10;6;85;50 2303905;714;10;°58;40;143;'''1 à 100;-11;°34;90;49 2455083;680;11;°50;50;152;1701;-12;1;95;58 3353121;674;12;42;60;154;42.3%;-13;3;100;56 1907448;669;13;23;70;126;;-14;°20;105;56 2798091;668;14;°37;80;109;;-15;0;110;64 83622;659;15;24;90;99;;-16;3;115;40 2136104;658;16;22;100;114;;-17;°10;120;51 4325298;657;17;20;110;120;;-18;2;125;34 4294481;641;18;19;120;91;;-19;5;130;53 1299567;634;19;14;130;87;;-20;°9;135;41 2404629;630;20;°24;140;90;;-21;2;140;49 4502103;626;21;18;150;78;;-22;3;145;26 582875;620;22;18;160;81;;-23;°7;150;52 4602088;618;23;14;170;72;'''1 à 200;-24;2;155;51 3922060;616;24;°25;180;62;2511;-25;4;160;30 384059;615;25;10;190;68;62.4%;-26;°8;165;36 3550080;611;26;15;200;61;;-27;1;170;36 1711523;610;27;14;210;72;;-28;4;175;34 1292509;604;28;12;220;66;;-29;°5;180;28 985894;602;29;11;230;40;;-30;1;185;36 88028;601;30;15;240;41;'''0 à 200;-31;1;190;32 4150447;597;31;9;250;41;2540;-32;°7;195;31 654583;588;32;10;260;47;;;712;200;30 1089866;586;33;10;270;27;;reste;55;205;39 ;;34;15;280;37;;total;767;210;33 ;;35;12;290;38;;;;215;29 ;;36;°19;300;26;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;37 ;;37;18;310;22;;600;3992;225;16 ;;38;13;320;29;;610;4;230;24 ;;39;°22;330;18;;620;5;235;19 ;;40;15;340;18;'''201 à 370;630;2;240;22 ;;reste;2310;350;11;572;640;1;245;24 ;;total;4024;360;20;14.2%;650;1;250;17 ;;;;370;19;;660;3;255;19 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;23;;670;2;260;28 164730;-2400;cont;2400;390;9;;680;2;265;15 2731600;-2130;cont;2130;400;18;;690;0;270;12 492092;-1295;cont;1295;410;10;;700;0;275;23 4577958;-897;cont;897;420;7;;710;0;280;14 1179520;-729;cont;729;430;13;;720;1;285;21 3111128;-723;comp';'''20;440;8;;730;1;290;17 3838248;-530;comp';'''20;450;3;;740;0;295;17 10643;-527;comp';'''486;460;8;;750;0;300;9 1639030;-448;cont;'''255;470;4;;760;1;305;10 3796948;-436;comp';'''75;480;6;;770;1;310;12 578107;-242;cont;'''123;490;3;;780;1;315;14 508875;-212;cont;212;500;4;;790;0;320;15 3993739;-210;comp';210;510;1;;800;1;325;8 16751;-153;cont;153;520;5;;810;0;330;10 1240260;-129;comp';129;530;3;;820;0;335;10 4011076;-113;comp';113;540;3;'''371 à 600;830;0;340;8 1491922;-110;cont;110;550;4;142;840;0;345;7 3086145;-102;comp';102;560;3;3.5%;850;1;350;4 3519465;-89;cont;89;570;1;;860;1;355;13 1529922;-86;comp';86;580;3;'''601 à max;total;28;360;7 2475873;-85;cont;85;590;2;32;;;365;13 19811;-82;cont;82;600;1;0.8%;;;370;6 257923;-82;cont;82;reste;32;;reste;4;reste;174 279178;-82;cont;82;total;4024;;total;4024;total;4024 </pre> ====eco intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> eco Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; eco;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;22;-151;195;32;532;230;max50;-74;565;-1405;124;805;255;min50 31 à 400;;;;;;;;7.6;-18;-162;50;934;79;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;94;44;-;489;dte;43;tm;197;65;-;540;poly;265;SF 31 à 400;;;;;;;;117;43;-;873;poly;61;tm </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> 25.1.22 Paris;;;;;;;;;;;;; ;400;200;250;;corrélation;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;-0.119;;;;;;;; 41-n;0.735;0.296;0.440;;;;;;;;;; 1-n;0.287;-0.178;-0.064;;;;;;;;25.1.22 Paris;; eco;fx;fc;;fx40;fc40;eco;fx%;fc%;;x;eco;Sx-;Sc- 0;13;16;0;13;16;0;13;8;>0;1062;-1;0;163 10;36;341;1;4;43;10;36;160;<0;94;-2;2;0 20;11;264;2;6;51;20;11;124;zéro;13;-3;0;0 30;16;136;3;10;44;30;16;64;total;1169;-4;43;260 40;63;80;4;5;26;40;63;38;;c;-5;0;0 50;79;73;5;1;13;50;79;34;>0;2195;-6;0;0 60;51;103;6;4;12;60;51;48;<0;644;-7;1;14 70;37;89;7;3;23;70;37;42;zéro;16;-8;1;59 80;20;89;8;1;15;80;20;42;total;2855;-9;2;0 90;30;69;9;2;56;90;30;32;;;-10;0;6 100;32;82;10;0;58;100;32;38;total;4024;-11;0;34 110;36;84;11;2;48;110;36;39;;;-12;1;0 120;32;59;12;3;39;120;32;28;;;-13;0;3 130;34;53;13;1;22;130;34;25;;;-14;5;15 140;39;51;14;0;37;140;39;24;;;-15;0;0 150;29;49;15;1;23;150;29;23;;;-16;1;2 160;39;42;16;2;20;160;39;20;;;-17;0;10 170;32;40;17;1;19;170;32;19;;;-18;2;0 180;22;40;18;0;19;180;22;19;;;-19;1;4 190;30;38;19;0;14;190;30;18;;;-20;1;8 200;29;32;20;1;23;200;29;15;;;-21;2;0 210;35;37;21;1;17;210;35;17;;;-22;0;3 220;29;37;22;0;18;220;29;17;;;-23;1;6 230;21;19;23;1;13;230;21;9;;;-24;2;0 240;23;18;24;6;19;240;23;8;;;-25;2;2 250;24;17;25;0;10;250;24;8;;;-26;1;7 260;22;25;26;1;14;260;22;12;;;-27;1;0 270;12;15;27;0;14;270;12;7;;;-28;1;3 280;20;17;28;4;8;280;20;8;;;-29;1;4 290;17;21;29;2;9;290;17;10;;;-30;1;0 300;9;17;30;1;14;300;9;8;;;-31;0;1 310;9;13;31;2;7;310;9;6;;;-32;2;5 320;16;13;32;3;7;320;16;6;;;-33;1;0 330;8;10;33;3;7;330;8;5;;;-34;0;0 340;12;6;34;7;8;340;12;3;;;-35;3;1 350;2;9;35;5;7;350;2;4;;;-36;0;0 360;10;10;36;4;15;360;10;5;;;-37;0;1 370;6;13;37;11;7;370;6;6;;;-38;1;1 380;18;5;38;6;7;380;18;2;;;-39;1;0 390;6;3;39;14;8;390;6;1;;;-40;0;0 400;7;11;40;8;7;400;7;5;;;-41;1;0 reste;59;65;reste;936;1374;;;;;;-42;0;0 total;1075;2211;total;1075;2211;t30;63;348;;;-43;0;8 diagr;1003;2130;diagr;126;821;t60;218;302;;;-44;1;1 - t30;940;1389;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;747;1133;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;-48;1;0 ;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;reste;11;21 ;;;;;;;;;;;total;94;644 </pre> ====eco intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_négatifs_S-|eco intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;; comp’;0;2;0;42;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;0;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;8;91;11 continu;163;0;0;261;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;1;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;7;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;10;647;22 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;43;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;1;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;11;94 ;Sc-;163;0;0;260;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;0;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;22;644 </pre> ====eco autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires|eco autres intercalaires]] <pre> eco;autres intercalaires;;adresses1;;;eco;autres intercalaires;;adresses2;;;eco;autres intercalaires;;adresses3;;;eco;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;14168;88;;;deb;°CDS;1205731;-74;;;deb;°CDS;2170532;30;;;deb;°CDS;3579768;116; ;mobile;15387;-1287;;;;gene;1206131;-10;;;;misc_f;2171429;105;;;;ncRNA;3580922;121; fin;°CDS;15445;;;;fin;°CDS;1206913;;;;deb;°CDS;2171833;47;;;fin;°CDS;3581138;; deb;°CDS;16751;-9;;;deb;°CDS;1208517;-1;;;;gene;2172921;3;;;deb;°CDS;3581863;-4; ;ncRNA;16952;482;;;;gene;1209119;29;;;fin;°CDS;2174282;;;;;misc_f;3583038;0; fin;°CDS;17489;;;;fin;°CDS;1209685;;;;deb;°CDS;2196474;111;;;;mobile;3583428;-713; deb;°CDS;18715;175;;;deb;°CDS;1210346;233;;;;gene;2197410;9;;;fin;°CDS;3583483;; ;mobile;19796;-753;;;;gene;1211413;102;;;fin;°CDS;2200279;;;;deb;°CDS;3583677;24; fin;°CDS;19811;;;;fin;°CDS;1211680;;;;deb;°CDS;2226509;52;;;;misc_f;3584205;94; deb;°CDS;74497;35;;;deb;°CDS;1218983;399;;;;gene;2227323;223;;;fin;°CDS;3584404;; ;ncRNA;75516;35;;;;gene;1219601;56;;;fin;°CDS;2228982;;;;deb;°CDS;3623399;104; deb;°CDS;75644;67;;;fin;°CDS;1222305;;;;deb;°CDS;2284376;74;;;;gene;3623887;245; ;ncRNA;77367;-206;;;deb;°CDS;1223264;114;;;;&tRNA;2286211;102;;;fin;°CDS;3624378;; fin;°CDS;77388;;;;;gene;1223564;371;;;;misc_f;2286390;4;;;deb;°CDS;3630968;261; deb;°CDS;188712;205;;;fin;°CDS;1224279;;;;;mobile;2288919;-1049;;;;gene;3632852;382; ;ncRNA;189712;26;;;deb;°CDS;1238879;238;;;deb;°CDS;2289065;68;;;fin;°CDS;3634841;; fin;°CDS;189874;;;;;mobile;1240188;-30;;;;misc_f;2290114;319;;;deb;°CDS;3647705;274; deb;°CDS;222833;362;;;fin;°CDS;1240260;;;;fin;°CDS;2290500;;;;;ncRNA;3648063;149; ;$rRNA;223771;68;;;deb;°CDS;1269168;47;;;deb;°CDS;2311646;334;;;;ncRNA;3648294;152; ;&tRNA;225381;42;;;;ncRNA;1269323;313;;;;ncRNA;2313084;311;;;fin;°CDS;3648528;; ;&tRNA;225500;183;;;deb;°CDS;1269703;47;;;fin;°CDS;2313488;;;;deb;°CDS;3650237;628; ;$rRNA;225759;93;;;;ncRNA;1269858;314;;;deb;°CDS;2328148;0;;;;misc_f;3651291;-1; ;$rRNA;228756;52;;;deb;°CDS;1270238;47;;;;gene;2329798;-67;;;;mobile;3652036;-1049; ;&tRNA;228928;162;;;;ncRNA;1270393;288;;;fin;°CDS;2334336;;;;deb;°CDS;3652182;73; fin;°CDS;229167;;;;fin;°CDS;1270749;;;;deb;°CDS;2348822;214;;;;misc_f;3653236;247; deb;°CDS;236067;132;;;deb;°CDS;1286709;81;;;;gene;2349687;41;;;fin;°CDS;3653961;; ;&tRNA;236931;327;;;;ncRNA;1287066;-150;;;fin;°CDS;2349935;;;;deb;°CDS;3656995;417; fin;°CDS;237335;;;;deb;°CDS;1287087;67;comp;;deb;°CDS;2356904;12;;;;ncRNA;3657985;311; deb;°CDS;238257;9;;;;&tRNA;1287244;209;comp;;;gene;2357816;40;;;deb;°CDS;3658366;98; ;gene;238746;105;;;;&tRNA;1287538;159;comp;;fin;°CDS;2358042;;;;;ncRNA;3658992;149; ;gene;239190;40;;;fin;°CDS;1287782;;comp;;deb;°CDS;2451584;19;;;fin;°CDS;3659232;; fin;°CDS;239419;;;;deb;°CDS;1293527;281;;;;gene;2452356;81;;;deb;°CDS;3663890;245; deb;°CDS;247637;223;;;;gene;1294426;-897;;;fin;°CDS;2455083;;;;;ncRNA;3664864;16; ;gene;248358;1;;;;mobile;1294426;40;;;deb;°CDS;2465301;75;;;fin;°CDS;3664986;; ;gene;250072;70;;;fin;°CDS;1295446;;;;;&tRNA;2466309;-15;;;deb;°CDS;3692618;-4; fin;°CDS;250898;;;;deb;°CDS;1298598;253;;;;misc_f;2466369;-10039;;;;gene;3695233;11; deb;°CDS;252709;305;;;;mobile;1299499;-1127;;;fin;°CDS;2466545;;;;fin;°CDS;3695997;; ;gene;253467;-32;;;fin;°CDS;1299567;;;;deb;°CDS;2470497;159;;;deb;°CDS;3699980;48; ;gene;253702;56;;;deb;°CDS;1380148;13;;;;gene;2470803;-29;;;;ncRNA;3700136;363; fin;°CDS;254259;;;;;gene;1380821;-1;;;deb;°CDS;2471077;26;;;fin;°CDS;3700563;; deb;°CDS;256527;57;;;;gene;1381789;44;;;;gene;2471544;49;;;deb;°CDS;3706098;910;comp ;misc_f;257829;8;;;fin;°CDS;1381947;;;;fin;°CDS;2472112;;;;;&tRNA;3708616;91;comp ;mobile;257908;-753;;;deb;°CDS;1394891;121;;;deb;°CDS;2476310;73;;;fin;°CDS;3708784;;comp fin;°CDS;257923;;;;;mobile;1396044;-1127;;;;gene;2476584;95;;;deb;°CDS;3720448;-153; deb;°CDS;258345;55;;;fin;°CDS;1396112;;;;fin;°CDS;2476694;;;;;gene;3720448;0; ;misc_f;258676;38;;;deb;°CDS;1404741;8;;;deb;°CDS;2513042;28;;;;mobile;3720633;-1396; fin;°CDS;259045;;;;;ncRNA;1405658;227;;;;mobile;2514273;-1287;;;fin;°CDS;3720680;; deb;°CDS;261503;114;;;fin;°CDS;1405979;;;;fin;°CDS;2514331;;;;deb;°CDS;3721198;26; ;&tRNA;262871;-49;;;deb;°CDS;1408050;95;;;deb;°CDS;2515643;208;;;;gene;3722076;222; ;misc_f;262898;-34056;;;;ncRNA;1409129;57;;;;&tRNA;2518041;39;comp;;fin;°CDS;3722328;; 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;&tRNA;1097565;233;comp;;deb;°CDS;2152469;182;;;fin;°CDS;3420134;;;;fin;°CDS;4536597;; fin;°CDS;1097886;;;;;ncRNA;2153311;-106;;;deb;°CDS;3422436;228;;;deb;°CDS;4567287;478; deb;°CDS;1146011;-7;;;deb;°CDS;2153349;237;;;;$rRNA;3423423;37;;;;gene;4568998;243; ;ncRNA;1146589;36;;;;ncRNA;2153646;-101;;;;&tRNA;3423580;12;;;fin;°CDS;4570162;; fin;°CDS;1146794;;;;fin;°CDS;2153681;;;;;$rRNA;3423668;92;;;deb;°CDS;4572414;203; deb;°CDS;1195123;-165;;;deb;°CDS;2165668;84;;;;$rRNA;3423880;174;;;;gene;4574135;56; ;misc_f;1196209;-14546;;;;ncRNA;2167114;-18;;;;&tRNA;3426958;42;;;fin;°CDS;4576912;; fin;°CDS;1196867;;;;;misc_f;2167183;-510;;;;&tRNA;3427076;68;;;deb;°CDS;4579499;-6; deb;°CDS;1203822;9;;;deb;°CDS;2167302;81;;;;$rRNA;3427221;473;;;;ncRNA;4579835;156; ;gene;1204170;-234;;;;gene;2167602;168;;;fin;°CDS;3429236;;;;fin;°CDS;4580068;; deb;°CDS;1204170;-1137;;;fin;°CDS;2167989;;;;deb;°CDS;3558268;-19;;;deb;°CDS;4605804;38; ;gene;1204401;11;;;deb;°CDS;2168712;81;;;;gene;3559848;16;;;;&tRNA;4606079;34;comp fin;°CDS;1205549;;;;;misc_f;2169693;3;;;fin;°CDS;3560622;;;;;&tRNA;4606200;28;comp ;;;;;;;mobile;2170171;-1193;;;;;;;;;;&tRNA;4606315;267;comp ;;;;;;fin;°CDS;2170236;;;;;;;;;;fin;°CDS;4606669;;comp </pre> ====eco intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_tRNA|eco intercalaires tRNA]] <pre> eco;intercalaires tRNAs;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;162;;67;14;; ;;;132;;327;;74;78;; ;;;114;;;;75;91;'''deb; ;;comp’;242;;;;100;100;<201;10 6 aas;37 47 15 34 23 9;comp’;153;;379;;102;106;total;17 6 aas;135 2 149 3 146 132;;164;;432;;105;107;taux;59% ;;comp’;343;;253;;114;114;; ;;;206;comp’;426;;128;146;'''fin; ;;comp’;735;comp’;233;;132;151;<201;11 ;209;;67;;159;;155;159;total;20 ;4;comp’;307;;107;;164;162;taux;55% ;12 54;;-;;151;;206;235;; ;;comp’;569;comp’;93;;206;253;'''total; ;;;100;;313;;210;267;<201;21 ;;comp’;452;;100;;280;313;total;37 ;;comp’;4;comp’;37;;458;315;taux;57% ;;comp’;326;comp’;55;;750;327;; ;;;74;;;;910;379;; ;;;75;;;;233;432;comp’;cumuls ;39;comp’;208;;235;;4;37;; ;44 46 4;comp’;258;comp’;264;;38;53;; ;;;750;;;;124;55;'''deb; 4 aas;198 62 198 3;;280;;315;;153;73;<201;5 ;;comp’;208;comp’;73;;195;93;total;17 ;33 33;;155;;78;;208;95;taux;29% ;;;105;comp’;148;;208;148;; ;;comp’;124;comp’;53;;242;233;'''fin; ;;;206;comp’;347;;258;264;<201;7 ;;;458;;14;;292;347;total;11 ;;;910;;91;;307;426;taux;64% ;;comp’;292;;;;326;'''-;; ;8;;;comp’;95;;343;'''-;'''total; ;57 20 42;;102;;146;;361;'''-;<201;12 ;8 116 6;comp’;361;;114;;452;'''-;total;28 ;;;;;106;;569;'''-;taux;43% ;36 35;;210;;233;;735;'''-;; ;;comp’;195;;;;;;; ;34 28;comp’;38;;267;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;deb;fin;total ;;;;;;;<201;15;18;33 ;;;;;;;total;34;31;65 ;;;;;;;taux;44%;58%;51% </pre> ===Escherichia coli Nissle 1917=== ====ecoN opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_opérons|ecoN opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Esch_coli_Nissle_1917/eschColi_NISSLE_1917-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP007799.1;ecoN;;genome;;;;;;;;; 50%GC;21.8.19 Paris;16s 10 ;123 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;; Escherichia coli Nissle 1917 ;;;;;;;;;;;; ;231864..232436;;CDS;;365;365;;;191;;D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase;* ;232802..234321;;16s;;73;;;;1520;;; ;234395..234471;;gaa;;12;;;12;;;; ;234484..234557;;gca;;174;;;;;;; ;234732..237319;;23s;;83;;;;2588;;; ;237403..237518;;5s;;54;;;;116;;; ;237573..237649;;gac;;162;162;;;;162;; ;237812..238615;;CDS;;;;;;268;;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;* ;;;;;;;;;;;; ;244934..245665;;CDS;;132;132;;;244;;DNA polymerase III subunit epsilon;* ;245798..245874;;gac;;120;120;;;;120;; comp;245995..246852;;CDS;;;;;;286;;DUF4942 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;367329..368582;;CDS;;114;114;;;418;114;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;* ;368697..368772;;acg;;154;154;;;;;; ;368927..369265;;CDS;;;;;;113;;DUF4102 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;631149..632015;;CDS;;270;270;;;289;;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;* ;632286..632362;;aga;;15;15;;;;15;; comp;632378..632997;;CDS;;;;;;207;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;733188..734363;;CDS;;153;153;;;392;153;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;* comp;734517..734591;;cag;+;37;;37;;;;; comp;734629..734703;;cag;2 cag;48;;48;;;;; comp;734752..734828;;atgj;2 atgj;15;;15;;;;; comp;734844..734918;;caa;2 caa;34;;34;;;;; comp;734953..735027;;caa;;23;;23;;;;; comp;735051..735135;;cta;;10;;10;;;;; comp;735146..735222;;atgj;;380;380;;;;;; comp;735603..737267;;CDS;;;;;;555;;asparagine synthase B;* ;;;;;;;;;;;; ;807377..808169;;CDS;;164;164;;;264;164;Pseudo, cell division protein CpoB;* ;808334..808409;;aaa;+;35;;35;;;;; ;808445..808520;;gta;5 aaa;2;;2;;;;; ;808523..808598;;aaa;2 gta;51;;51;;;;; ;808650..808725;;gta;;3;;3;;;;; ;808729..808804;;aaa;;48;;48;;;;; ;808853..808928;;aaa;;33;;33;;;;; ;808962..809037;;aaa;;277;277;;;;;; ;809315..810358;;CDS;;;;;;348;;quinolinate synthase NadA;* ;;;;;;;;;;;; ;950069..952345;;CDS;;343;343;;;*759;343;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;* comp;952689..952776;;tcc;;253;253;;;;;; comp;953030..953248;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;* ;;;;;;;;;;;; comp;1047224..1047883;;CDS;;206;206;;;220;206;FtsH protease modulator YccA;* comp;1048090..1048177;;tca;;426;*426;;;;;; ;1048604..1049722;;CDS;;;;;;373;;hydrogenase 1 small subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;1183656..1184018;;CDS;;463;*463;;;121;;hp;* ;1184482..1184558;;aga;;278;278;;;;278;; > comp;1184837..1185786;;CDS;;;;;;317;;Pseudo, IS4 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;1213982..1214809;;CDS;;165;165;;;276;165;DUF4942 domain-containing protein;* comp;1214975..1215062;;tcc;;233;233;;;;;; ;1215296..1216234;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;* ;;;;;;;;;;;; ;1216817..1217098;;CDS;;165;165;;;94;165;DUF4942 domain-containing protein;* comp;1217264..1217351;;tcc;;234;234;;;;;; ;1217586..1218524;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;* ;;;;;;;;;;;; ;1457038..1458129;;CDS;;16;16;;;364;16;acyl-CoA desaturase;* comp;1458146..1458277;;ncRNA;;46;;;;44;;RtT sRNA; comp;1458324..1458408;;tac;+;33;;33;;;;; comp;1458442..1458526;;tac;2 tac;159;159;;;;;; comp;1458686..1459528;;CDS;;;;;;281;;formyltetrahydrofolate deformylase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1829066..1830322;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1830630..1830706;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1830711..1830787;;gtc;2 gtc;6;6;;;;6;; <;1830794..1831177;;CDS;@4;;;;;128;;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;* ;;;;;;;;;;;; comp;1831218..1832474;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1832782..1832858;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1832863..1832939;;gtc;2 gtc;8;8;;;;8;; <;1832948..1833280;;CDS;;;;;;111;;Pseudo, MATE family efflux transporter;* ;;;;;;;;;;;; comp;1833321..1834577;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1834885..1834961;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1834966..1835042;;gtc;2 gtc;108;108;;;;108;; ;1835151..1835456;;CDS;;;;;;102;;monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2115794..2116459;;CDS;;195;195;;;222;;UPF0149 family protein YecA;* comp;2116655..2116741;;tta;;12;;12;;;;; comp;2116754..2116827;;tgc;;53;;53;;;;; comp;2116881..2116956;;ggc;;151;151;;;;151;; comp;2117108..2117656;;CDS;;;;;;183;;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2191451..2192287;;CDS;;278;278;;;279;;hp;* comp;2192566..2192655;;tcg;;93;93;;;;93;; ;2192749..2193546;;CDS;;100;100;;;266;100;DgsA anti-repressor MtfA;* ;2193647..2193722;;aac;;161;161;;;;;; ;2193884..2195146;;CDS;;;;;;421;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;2232607..2233323;;CDS;;453;*453;;;239;;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;* comp;2233777..2233852;;acc;;326;326;;;;326;; ;2234179..2235096;;CDS;;;;;;306;;nitrogen assimilation transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; ;2235198..2236148;;CDS;;37;37;;;317;;HTH-type transcriptional regulator Cbl;* comp;2236186..2236261;;aac;;4;4;;;;4;; ;2236266..2237909;;CDS;;100;100;;;548;100;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;* ;2238010..2238085;;aac;;161;161;;;;;; ;2238247..2239518;;CDS;;;;;;424;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;2546968..2548728;;CDS;;74;74;;;587;74;cardiolipin transport protein PbgA;* ;2548803..2548879;;ccc;;101;101;;;;;; comp;2548981..2549136;;CDS;;;;;;52;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;2717780..2718712;;CDS;;75;75;;;311;75;formate/nitrite transporter family protein;* ;2718788..2718862;;agg;;437;*437;;;;;; comp;2719300..2719830;;CDS;;;;;;177;;OmpH family outer membrane protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2768744..2770933;;CDS;;206;206;;;*730;206;sensor domain-containing phosphodiesterase;* comp;2771140..2771215;;gcc;+;39;;39;;;;; comp;2771255..2771330;;gcc;2 gcc;220;220;;;;;; ;2771551..2771910;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;2772355..2773770;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;* ;2774029..2774104;;gta;+;43;;43;;;;; ;2774148..2774223;;gta;3 gta;46;;46;;;;; ;2774270..2774345;;gta;;4;;4;;;;; ;2774350..2774425;;aaa;;110;110;;;;110;; comp;2774536..2775420;;CDS;;;;;;295;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;2959205..2960503;;CDS;;323;323;;;433;323;alpha-ketoglutarate permease;* comp;2960827..2960942;;5s;;83;;;;116;;; comp;2961026..2965477;;23s;;184;;;;4452;;; comp;2965662..2965737;;gaa;;431;;;;;;; comp;2966169..2967720;;16s;;441;*441;;;1552;;; comp;2968162..2970735;;CDS;;;;;;*858;;ATP-dependent chaperone ClpB;* ;;;;;;;;;;;; comp;3027207..3027773;;CDS;;280;280;;;189;280;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;* comp;3028054..3028130;;cgt;+;63;;63;;;;; comp;3028194..3028270;;cgt;5 cgt;62;;62;;;;; comp;3028333..3028409;;cgt;;62;;62;;;;; comp;3028472..3028548;;cgt;;64;;64;;;;; comp;3028613..3028689;;cgt;;3;;3;;;;; comp;3028693..3028785;;agc;;315;315;;;;;; comp;3029101..3029286;;CDS;;;;;;62;;carbon storage regulator CsrA;* ;;;;;;;;;;;; comp;3157337..3158434;;CDS;;208;208;;;366;208;murein transglycosylase A;* ;3158643..3158719;;atgf;+;33;;33;;;;; ;3158753..3158829;;atgf;3 atgf;33;;33;;;;; ;3158863..3158939;;atgf;;635;*635;;;;;; ;3159575..3160075;;CDS;;;;;;167;;type VI secretion system contractile sheath small subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;3230172..3231401;;CDS;;316;316;;;410;;HAAAP family serine/threonine permease;* comp;3231718..3231791;;ggg;;78;78;;;;78;; comp;3231870..3232625;;CDS;;;;;;252;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;;;;;;;;;;;; ;3341048..3341755;;CDS;;105;105;;;236;105;DUF554 domain-containing protein;* ;3341861..3341936;;ttc;;197;197;;;;;; ;3342134..3343399;;CDS;;;;;;422;;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;3569308..3569814;;CDS;;124;124;;;169;;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;* ;3569939..3570014;;atgi;;53;53;;;;53;; comp;3570068..3570832;;CDS;;;;;;255;;NADPH-dependent ferric chelate reductase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3670227..3670679;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3670886..3670962;;atgf;;347;347;;;;;; >;3671310..3672155;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3673935..3674387;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3674594..3674670;;atgf;;347;347;;;;;; >;3675018..3675869;;CDS;;;;;;284;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3677794..3678246;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3678453..3678529;;atgf;;347;347;;;;;; >;3678877..3679722;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3681532..3681984;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3682191..3682267;;atgf;;347;347;;;;;; ;3682615..3683958;;CDS;;;;;;448;;argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3683966..3685591;;CDS;;456;*456;;;542;;phosphoethanolamine transferase;* comp;3686048..3686134;;ctc;;14;14;;;;14;; comp;3686149..3686481;;CDS;;;;;;111;;preprotein translocase subunit SecG;* ;;;;;;;;;;;; ;3784553..3785311;;CDS;;62;62;;;253;62;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;* comp;3785374..3785489;;5s;@3;39;;;;116;;; comp;3785529..3785605;;acc;;14;;;;;;; comp;3785620..3785735;;5s;;777;;;;116;;; comp;3786513..3786588;;acc;;14;;;;;;; comp;3786603..3786718;;5s;;1834;;;;116;;; comp;3788553..3788628;;gaa;;1360;*1360;;;;;; ;3789989..3790543;;CDS;;;;;;185;;gamma carbonic anhydrase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;4078635..4080242;;CDS;;743;*743;;;536;;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;* comp;4080986..4081062;;ccg;;91;91;;;;91;; comp;4081154..4082845;;CDS;;;;;;564;;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;4205966..4207348;;CDS;;292;292;;;461;292;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;* ;4207641..4207735;;tga;;300;300;;;;;; >;4208036..4208857;;CDS;;;;;;274;;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;4338643..4339335;;CDS;;479;*479;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;4339815..4341342;;16s;;73;;;;1528;;; ;4341416..4341491;;gaa;;184;;;;;;; ;4341676..4344286;;23s;;83;;;;2611;;; ;4344370..4344485;;5s;;53;;;;116;;; ;4344539..4344615;;gac;;8;;;;;;; ;4344624..4344699;;tgg;;95;95;;;;95;; comp;4344795..4345634;;CDS;;;;;;280;;HTH-type transcriptional regulator HdfR;* ;;;;;;;;;;;; ;4377681..4379066;;CDS;;102;102;;;462;102;amino acid permease;* ;4379169..4379245;;cgg;;58;;58;;;;; ;4379304..4379379;;cac;;20;;20;;;;; ;4379400..4379486;;ctg;;42;;42;;;;; ;4379529..4379605;;cca;;146;146;;;;;; ;4379752..4380987;;CDS;;;;;;412;;anaerobic sulfatase maturase;* ;;;;;;;;;;;; ;4460971..4461516;;CDS;;377;377;;;182;;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;* ;4461894..4463631;;16s;;56;;;;1738;;; ;4463688..4463764;;atc;;42;;;42;;;; ;4463807..4463882;;gca;;165;;;;;;; ;4464048..4467338;;23s;;83;;;;3291;;; ;4467422..4467537;;5s;;104;104;;;116;104;; comp;4467642..4468169;;CDS;;;;;;176;;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;* ;;;;;;;;;;;; ;4605577..4606434;;CDS;;374;374;;;286;;glutamate racemase;* ;4606809..4608362;;16s;;363;;;;1554;;; ;4608726..4608801;;gaa;;1112;;;;;;; ;4609914..4610029;;5s;;136;136;;;116;136;; ;4610166..4611194;;CDS;;;;;;343;;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;* ;;;;;;;;;;;; comp;4612185..4613135;;CDS;;361;361;;;317;;type I pantothenate kinase;* ;4613497..4613572;;aca;;8;;8;;;;; ;4613581..4613665;;tac;;116;;*116;;;;; ;4613782..4613856;;gga;;6;;6;;;;; ;4613863..4613938;;acc;;114;114;;;;114;; ;4614053..4615237;;CDS;;;;;;395;;elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;; comp;4642984..4644573;;CDS;;616;*616;;;530;;bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;* ;4645190..4646378;;16s’;@1;83;83;;;1189;83;; ;4646462..4648150;;CDS;;436;*436;;;563;;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;* ;4648587..4648662;;gaa;;185;;;;;;; ;4648848..4651319;;23s;;83;;;;2472;;; ;4651403..4651518;;5s;;76;76;;;116;76;; ;4651595..4651978;;CDS;;;;;;128;;hypothetical protein;* ;;;;;;;;;;;; < comp;4834504..4834961;;CDS;;197;197;;;153;;pseudo, integrase;* comp;4835159..4835234;;ttc;;106;106;;;;106;; comp;4835341..4835916;;CDS;;;;;;192;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; ;4864628..4865173;;CDS;;210;210;;;182;210;oligoribonuclease;* ;4865384..4865459;;ggc;+;36;;36;;;;; ;4865496..4865571;;ggc;3 ggc;35;;35;;;;; ;4865607..4865682;;ggc;;233;233;;;;;; ;4865916..4865969;;CDS;;;;;;18;;hp;* ;;;;;;;;;;;; comp;4974178..4975197;;CDS;;195;195;;;340;;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;* ;4975393..4975477;;ttg;;39;39;;;;39;; <> comp;4975517..4976055;;CDS;;;;;;180;;pseudo, IS630 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;5042527..5042763;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;* comp;5042802..5042888;;ctg;+;34;;34;;;;; comp;5042923..5043009;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;; comp;5043038..5043124;;ctg;;290;290;;;;;; comp;5043415..5044446;;CDS;;;;;;344;;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;* ;;;;;;;;;;;; comp;5079375..5079581;;CDS;;117;117;;;69;117;AlpA family transcriptional regulator;* ;5079699..5081218;;16s;;73;;;;1520;;; ;5081292..5081368;;gaa;;12;;;12;;;; ;5081381..5081454;;gca;;366;366;;;;;; ;5081821..5082018;;CDS;;524;*524;;;66;;hypothetical protein;* comp;5082543..5082754;;CDS;;;;;;71;;hypothetical protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;5090325..5090876;;CDS;;1808;*1808;;;184;;MarR family transcriptional regulator;* comp;5092685..5092760;;gaa;;588;*588;;;;*588;; < comp ;5093349..5093474;;CDS;;592;*592;;;42;;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;* ;5094067..5094142;;gaa;+;1472;;;*1472;;;; ;5095615..5095691;;atc;3 gaa;42;;;42;;;; ;5095734..5095809;;atc;2 atc;1130;;;*1130;;;; ;5096940..5097015;;gaa;;1145;;;*1145;;;; ;5098161..5098236;;gaa;;185;;;;;;; ;5098422..5100893;;23s;;83;;;;2472;;; ;5100977..5101092;;5s;;76;76;;;116;76;; ;5101169..5101552;;CDS;;63;63;;;128;;hypothetical protein;* comp;5101616..5102059;;CDS;;;;;;148;;acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;5124754..5125197;;CDS;;63;63;;;148;;acetyltransferase;* comp;5125261..5125644;;CDS;;76;76;;;128;;hypothetical protein;* comp;5125721..5125836;;5s;;83;;;;116;;; comp;5125920..5128366;;23s’;@2;-10;*-10;;;2447;*-10;; <;5128357..5128479;;CDS;;;;;;41;;pilus assembly protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;5252659..5253870;;CDS;;300;300;;;404;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;5254171..5254249;;tga;;292;292;;;;292;; >;5254542..5255171;;CDS;;;;;;210;;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;* ;;;;;;;;;;;; > comp;5305902..5306228;;CDS;;0;0;;;109;0;pseudo, hp;* comp;5306229..5306302;;atc;;1096;*1096;;;;;; ;5307399..5308450;;CDS;;;;;;351;;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;* ;;;;;;;;;;;; comp;5321144..5321869;;CDS;;206;206;;;242;206;pseudo, histidine kinase;* comp;5322076..5322151;;gcc;+;39;;39;;;;; comp;5322191..5322266;;gcc;3 gcc;39;;39;;;;; comp;5322306..5322381;;gcc;;220;220;;;;;; ;5322602..5322961;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;5323406..5324821;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;* ;5325080..5325155;;gta;+;44;;44;;;;; ;5325200..5325275;;gta;2 gta;0;0;;;;0;; <;5325276..5325389;;CDS;;;;;;38;;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; >;5375524..5376270;;CDS;;891;*891;;;249;*891;pseudo, AI-2E family transporter;* ;5377162..5377237;;gaa;;1047;*1047;;;;;; comp;5378285..5379589;;CDS;;;;;;435;;isocitrate lyase;* ;;;;;;;;;;;; comp >;5341397..5341492;;CDS;;-2;*-2;;;32;*-2;ABC transporter ATP-binding protein;* comp;5341491..5344303;;23s;;174;;;;2813;;; comp;5344478..5344553;;gca;;42;;;42;;;; comp;5344596..5344672;;atc;;56;;;;;;; comp;5344729..5346282;;16s;;1063;;;;1554;;; comp;5347346..5347421;;gca;;42;;;42;;;; comp;5347464..5347540;;atc;;56;;;;;;; comp;5347597..5349150;;16s;;365;365;;;1554;;; comp;5349516..5350088;;CDS;;187;187;;;191;;D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase;* >;5350276..5350914;;CDS;;;;;;213;;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;* ;;;;;;;;;;;; > comp;5359583..5360512;;CDS;;120;120;;;310;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;5360633..5360708;;gca;;42;;;;;;; comp;5360751..5360827;;atc;;56;;;;;;; comp;5360884..5362138;;16s’;;1;1;;;1255;1;; < comp;5362140..5363543;;CDS;;;;;;468;;IS66 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;5425965..5426201;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;* comp;5426240..5426325;;ctg;+;26;;26;;;;a disparu le 20.12.19;* comp;5426352..5426438;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;; comp;5426467..5426553;;ctg;;63;63;;;;;; < comp;5426617..5427150;;CDS;;;;;;178;;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; >;5433568..5433687;;CDS;;39;39;;;40;39;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;* comp;5433727..5433814;;tcc;;253;253;;;;;; comp;5434068..5434286;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;* </pre> ====ecoN cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_cumuls|ecoN cumuls]] <pre> ecoN cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;12;1;0;;1;5;1;5;100;16;1;0 ;16 23 5s;0;20;13;2;50;11;40;10;200;34;30;1 ;16 atc gca;2;40;17;;100;17;80;7;300;29;60;6 ;16 gaa 235;2;60;9;4;150;16;120;16;400;18;90;8 ;max a;5;80;4;;200;15;160;3;500;18;120;8 ;a doubles;1;100;0;;250;14;200;4;600;8;150;7 ;spéciaux;8;120;1;;300;14;240;9;700;0;180;11 ;total aas;27;140;0;;350;12;280;2;800;2;210;11 sans ;opérons;50;160;0;;400;7;320;2;900;1;240;6 ;1 aa;32;180;0;;450;4;360;3;1000;0;270;9 ;max a;7;200;0;;500;4;400;0;1100;0;300;12 ;a doubles;15;;0;;;11;;2;;0;;0 ;total aas;94;;44;6;;130;;63;;126;;79 total aas;;121;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;33;32;;253;;142;;272;;172 ;;;variance;23;15;;258;;145;;162;;79 sans jaune;;;moyenne;31;;;178;;127;;260;; ;;;variance;19;;;109;;91;;142;; </pre> ====ecoN blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_blocs|ecoN blocs]] <pre> ecoN blocs;;;;;;;;;;;; gène;interca;pbs;cdsa;;;gène;interca;pbs;cdsa;;;rRNAs cds;365;;191;D-glycero;;cds;374;;286;Glu race;;16s 16s;73;1520;;;;16s;363;1554;;;;1189 gaa;12;;;;;gaa;1112;;;;;1255 gca;174;;;;;5s;136;116;;;;1520 23s;83;2588;;;;cds;;;343;UDP-N;;1520 5s;54;116;;;;;;;;;;1528 gac;162;;;;;cds;117;;69;tr AlpA;;1552 cds;;;268;gluDkgB;;16s;73;1520;;;;1554 ;;;;;;gaa;12;;;;;1554 cds;323;;433;glutarate pm;;gca;366;;;;;1554 5s;83;116;;;;cds;524;;66;hp-66;;1738 23s;184;4452;;;;cds;;;71;hp-71;; gaa;431;;;;;;;;;;; 16s;441;1552;;;;cds;-2;;32;ABC 32;;23s cds;;;858;ClpB dep;;23s;174;2813;;;;2447 ;;;;;;gca;42;;;;;2472 cds;616;;530;AICAR2;;atc;56;;;;;2472 16s’;83;1189;;;;16s;1063;1554;;;;2588 cds;436;;563;kinase isocit;;gca;42;;;;;2611 gaa;185;;;;;atc;56;;;;;2813 23s;83;2472;;;;16s;365;1554;;;;3291 5s;76;116;;;;cds;187;;191;D-glycero;;4452 cds;;;128;hp-128;;cds;;;213;ABC MetN;; ;;;;;;;;;;;;5s cds;62;;253;pu-ABC;;cds;120;;310;Tyr recb 310;;116 x 11 5s;39;116;;;;gca;42;;;;; acc;14;;;;;atc;56;;;;; 5s;777;116;;;;16s’;1;1255;;;; acc;14;;;;;cds;;;468;IS66;; 5s;1834;116;;;;;;;;;; gaa;1360;;;;;cds;63;;148;transferase;; cds;;;185;gc anhydrase;;cds;76;;128;hp-128;; ;;;;;;5s;83;116;;;; cds;377;;182;porphyrine M;;23s’;-10;2447;;;; 16s;56;1738;;;;cds;;;41;pilus;; atc;42;;;;;;;;;;; gca;165;;;;;cds;1808;;184;MarR ;; 23s;83;3291;;;;gaa;588;;;;; 5s;104;116;;;;cds;592;;42;sn-glycerol;; cds;;;176;Mlb pB;;gaa;1472;;;;; ;;;;;;atc;42;;;;; cds;479;;231;FadR tr ;;atc;1130;;;;; 16s;73;1528;;;;gaa;1145;;;;; gaa;184;;;;;gaa;185;;;;; 23s;83;2611;;;;23s;83;2472;;;; 5s;53;116;;;;5s;76;116;;;; gac;8;;;;;cds;63;;128;hp-128;; tgg;95;;;;;cds;;;148;transferase;; cds;;;280;HdfR HTH;;;;;;;; </pre> ====ecoN distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_distribution|ecoN distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;atc;;acc;2;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;1;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s >aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;ecoN;;;;6;;;6 </pre> ====ecoN eco==== =====ecoN eco tableaux===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_eco_tableaux|ecoN eco tableaux]] <pre> ;;;;;;rouge;ff6600;$;jaune;ffff00;#;;;;;;;;;;; ;;eco ecoN;;;;orange;ffcc00;&;cyan;66ffff;°;gris2;dddddd;];;;;;;;; ;;;;;;jaunev;ccff66;@;turquoise;33ff99;%;Jaunev 5;669900;(;;;;;;;; ;19.12.19 Paris;;pour les cds;;;bleu;00ccff;§;gris1;eeeeee;[;;;;;;;;;;; ;Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;eco;;;;;;;;ecoN;;;;;;;;;;;;; cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;ecoN suite;sens;;gènes;interca;cdsa;cds eco1;;222833..223408;cds;362;192;@D-glycero;;ecoN1;;231864..232436;CDS;365;191;@D-glycero;;EcoN 48;comp;5079375..5079581;CDS;117;69;tr AlpA ;;223771..225312;$16s;68;&1542;;;;;232802..234321;$16s;73;&1520;;;ok;;5079699..5081218;$16s;73;&1520; ;;225381..225457;atc;42;;;;;;234395..234471;gaa;12;;;;;;5081292..5081368;gaa;12;; ;;225500..225575;gca;183;;;;;;234484..234557;gca;174;;;;;;5081381..5081454;gca;366;; ;;225759..228662;$23s;93;&2904;;;;;234732..237319;$23s;83;&2588;;;;;5081821..5082018;CDS;524;66;hp-66 ;;228756..228875;$5s;52;&120;;;;;237403..237518;$5s;54;&116;;;;comp;5082543..5082754;CDS;;71;hp-71 ;;228928..229004;gac;162;;;;;;237573..237649;gac;162;;;;;;;;;; ;;229167..229970;cds;;268;@metDkgB;;;;237812..238615;CDS;;268;@gluDkgB;;eco1;;222833..223408;cds;[362;192;]D-glycero ;;;;;;;;;;;;;;;;;;223771..225312;$16s;[68;&1542; eco2;;236067..236798;cds;132;244;@DNAIIIe;;ecoN2;;244934..245665;CDS;132;244;@DNAIIIe;;;;225381..225457;atc;[42;; ;;236931..237007;gac;327;;;;;;245798..245874;gac;120;;;;;;225500..225575;gca;[183;; ;;237335..238120;cds;;262;§lipo YafT;;;comp;245995..246852;CDS;;286;§DUF4942;;;;225759..228662;$23s;93;&2904; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;228756..228875;$5s;52;&120; eco3;;261503..262756;cds;114;418;@glu5dH;;ecoN3;;367329..368582;CDS;114;418;@glu5dH;;;;228928..229004;gac;162;; ;;262871..262946;acg;203;;;;;;368697..368772;acg;154;;;;;;229167..229970;cds;;268;@metDkgB ;comp;263150..263212;cds;;21;§YdiA;;;;368927..369265;CDS;;113;§DUF4102;;EcoN 56;comp >;5341397..5341492;CDS;-2;32;]ABC 32 ;;262898..297205;#phage;;11436;pp CP4-6;;;;;;;;;;ok;comp;5341491..5344303;$23s;]174;&2813; ;;;;;;;;;;;;;;;;;comp;5344478..5344553;gca;]42;; eco4;comp;563848..564480;cds;242;211;§put FimZ;;ecoN4;comp;631149..632015;CDS;270;289;§cyclo FolD;;;comp;5344596..5344672;atc;]56;; 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XapR;DNA-binding transcriptional activator XapR;;;;;* permease;aa permease;amino acid permease;;;;;* ABC bind;ABC 32;ABC transporter ATP-binding protein;;;;;* ABC bind;ABC MetN;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;;;;;* desaturase;acyl-CoA ;acyl-CoA desaturase;;;;;* adhesin;adhes YdhQ;adhesin-like autotransporter YdhQ;;;;;* adhesin;adhes YejO;adhesin-like autotransporter YejO, gene fragment 2 of yejO, misc_feature ;;;;;* hydrolase ;AICAR1;bifunctional AICAR transformylase/IMP cyclohydrolase;;;;;* hydrolase ;AICAR2;bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;;;;;* amidase;Ala C;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase C;;;;;* maturase;ans maturase;anaerobic sulfatase maturase;;;;;* synthetase;Arg-suc;argininosuccinate synthetase;;;;;* integrase;arm-type;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;;;;;* synthetase;Asn B;asparagine synthetase B;;;;;* protease b;ATP ClpA;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;;;;;* kinase;B5 kinase;pantothenate kinase;;;;;* kinase;B5 kinase I;type I pantothenate kinase;;;;;* transporter;barrel;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;;;;;* tr-regulator;CadC;DNA-binding transcriptional activator CadC;;;;;* cardiolipin ;cardiolipine;cardiolipin transport protein PbgA;;;;;* transferase;CDP-diacyl;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;;;;;* division;cell CpoB;cell division coordinator CpoB;;;;;* chaperone;ClpB;ClpB chaperone;;;;;* chaperone;ClpB dep;ATP-dependent chaperone ClpB;;;;;* storage;Csr;carbon storage regulator;;;;;* storage;CsrA;carbon storage regulator CsrA;;;;;* hydrolase ;cyclo FolD;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;;;;;* phosphatase;D-glycero;D-glycero-beta-D-manno-heptose-1,7-bisphosphate 7-phosphatase;;;;;* ABC bind;dip ABC;dipeptide ABC transporter periplasmic binding protein;;;;;* polymerase;DNAIIIe;DNA polymerase III subunit epsilon;;;;;* ABC bind;DppA;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;;;;;* DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF4102;DUF4102 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF4942;DUF4942 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF5507;DUF5507 domain-containing protein YpjC;;;;;* DUF;DUF554 ;DUF554 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF554 Yqg;DUF554 domain-containing protein YqgA;;;;;* peptidase;ErfK;L,D-transpeptidase ErfK;;;;;* exporter;exporter;FMN/FAD exporter;;;;;* tr-regulator;FadR tr ;FadR family transcriptional regulator;;;;;* reductase;ferric ;NADPH-dependent ferric chelate reductase;;;;;* phosphatase;fructose;fructose-1-phosphatase;;;;;* phosphatase;fructose 6;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;;;;;* deformylase;fTHF;formyltetrahydrofolate deformylase;;;;;* protase;FtsH;modulator of FtsH protease;;;;;* protease;FtsH YccA;FtsH protease modulator YccA;;;;;* glycosylase;G/U;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;;;;;* glycosylase;G/U station;stationary phase mismatch/uracil DNA glycosylase;;;;;* transferase;G1207;16S rRNA m(2)G1207 methyltransferase;;;;;* transferase;G1207 RsmC;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;;;;;* anhydrase;gc anhydrase;gamma carbonic anhydrase family protein;;;;;* ligase;Glu ligase;glutamate--tRNA ligase;;;;;* racemase;Glu race;glutamate racemase;;;;;* dehydrogenase;glu5dH;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;;;;;* reductase;gluDkgB;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;;;;;* permease;glutarate pm;alpha-ketoglutarate permease;;;;;* symporter;glutarate sm;alpha-ketoglutarate:H(+) symporter;;;;;* peptidase;glycan DD;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;;;;* synthetase;glycerolP;phosphatidylglycerophosphate synthase;;;;;* transporter;glycoside-p5;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;* reductase;glyoxyl A;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A;;;;;* reductase;glyoxyl GhrA;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;;;;;* permease;HAAAP;HAAAP family serine/threonine permease;;;;;* tr-regulator;HdfR;DNA-binding transcriptional dual regulator HdfR;;;;;* tr-regulator;HdfR HTH;HTH-type transcriptional regulator HdfR;;;;;* hydrogenase;Hnase1;hydrogenase 1 small subunit;;;;;* hp;hp-121;hp-121;;;;; hp;hp-128;hypothetical protein;;;;;* hp;hp-18;hp-18;;;;;* adhesin;Inv-adhesin;inverse autotransporter adhesin;;;;;* transposase;IS66;IS66 family transposase;;;;;* lyase;isocitrate;isocitrate lyase;;;;;* transferase;kdo2;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;;;;;* kinase/Pase;kinase isocit;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;;;;;* prophage;KpLE1;CPS-53 (KpLE1) prophage, prophage CPS-53 integrase;;;;;* lipoprotein;lipo YafT;lipoprotein YafT;;;;;* tr-regulator;LysR;LysR family transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;MarR;MarR family transcriptional regulator;;;;;* reductase;metDkgB;methylglyoxal reductase DkgB;;;;;* GDP;Mlb adapt;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis adaptor protein;;;;;* GDP;Mlb pB;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;;;;;* oxygenase;mono-O2;monooxygenase;;;;;* titration;Mtf;Mlc titration factor;;;;;* tr-regulator;MtfA;DgsA anti-repressor MtfA;;;;;* glycosylase;murein;murein transglycosylase A;;;;;* glycosylase;murein lytic;membrane-bound lytic murein transglycosylase A;;;;;* reductase;NADPH- Ah;aldehyde reductase, NADPH-dependent;;;;;* reductase;NADPH- Ahr;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;;;;;* transporter;nitrite;formate/nitrite transporter family protein;;;;;* hydroxylase;octaprenyl;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;;;;;* rnase;oligo-rnase;oligoribonuclease;;;;;* protein;OmpH;OmpH family outer membrane protein;;;;;* transferase;p-Ada;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;;;;;* transporter;p-AI-2E;pseudo, AI-2E family transporter;;;;;* synthetase;p-Arg-sc 282;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;* synthetase;p-Arg-sc 284;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;* division;p-cell CpoB;Pseudo, cell division protein CpoB;;;;;* DUF;p-DUF4102;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;;;;;* transporter;p-glycoside;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;* kinase;p-His kinase;pseudo, histidine kinase;;;;;* hp;p-hp;pseudo, hp 109;;;;;* integrase;p-integrase;pseudo, integrase;;;;;* transposase;p-IS4;Pseudo, IS4 family transposase;;;;;* transposase;p-IS630 ;pseudo, IS630 family transposase;;;;;* transporter;p-MATE;Pseudo, MATE family efflux transporter;;;;;* transporter;p-MdtK;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;;;;;* amidase;p-Nam;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;;;;;* tr-regulator;p-pu-tr 38;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* protein;p-un-YchS;putative uncharacterized protein YchS;;;;;* gene;p-yicT;p-yicT;;;;;* transferase;Pet;phosphoethanolamine transferase;;;;;* protein;pilus;pilus assembly protein;;;;;* dehydrogenase;porphyrine M;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;;;;;* oxidase;porphyrine O;protoporphyrinogen oxidase;;;;;* prophage;pp CP4-6;note="cryptic prophage CP4-6" misc_feature;;;;;* prophage;pp CPS-53;cryptic prophage CPS-53, misc_feature;;;;;* prophage;pp DLP12;note="cryptic prophage DLP12" misc_feature;;;;;* prophage;pp PR-Y;cryptic prophage PR-Y;;;;;* protein;protein YjjZ;protein YjjZ;;;;;* protein;protein YrdA;protein YrdA;;;;;* tr-regulator;pu- YfeC;putative DNA-binding transcriptional regulator YfeC;;;;;* ABC bind;pu-ABC;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;;;;;* exporter;pu-arabi;putative arabinose exporter;;;;;* sulfatase;pu-AslB;putative anaerobic sulfatase maturation enzyme AslB;;;;;* cardiolipin ;pu-cardiolip;putative cardiolipin transport protein;;;;;* cytochrome;pu-cytochrom;putative cytochrome;;;;;* hydrolase;pu-hydrolase;putative hydrolase, inner membrane;;;;;* integrase;pu-KpLE2;KpLE2 phage-like element putative integrase;;;;;* peptidase;pu-LysM;LysM domain-containing putative peptidase lipoprotein YgeR;;;;;* GMP;pu-sensor;putative c-di-GMP phosphodiesterase PdeA;;;;;* protein;Pu-ssM;putative type II secretion system M-type protein;;;;;* tr-regulator;pu-tr 120;putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;pu-tr YieP;putative transcriptional regulator YieP;;;;;* tr-regulator;pu-tr YjdC;putative DNA-binding transcriptional regulator YjdC;;;;;* tr-regulator;pu-tr-YeeN;putative transcriptional regulator YeeN;;;;;* protein;pu-unYgaQ;putative uncharacterized protein YgaQ;;;;;* oxygenase;pu-YdhR;putative monooxygenase YdhR;;;;;* ABC bind;pu-YhdZ;putative ABC transporter ATP-binding subunit YhdZ;;;;;* transporter;pu-YicJ;putative xyloside transporter YicJ;;;;;* transporter;pu-YifK;putative transporter YifK;;;;;* prophage;put DLP12;DLP12 prophage putative integrase;;;;;* tr-regulator;put FimZ;putative LuxR family transcriptional regulator FimZ;;;;;* synthetase;quino;quinolinate synthase;;;;;* synthetase;quino NadA;quinolinate synthase NadA;;;;;* ribosome;RimP;ribosome maturation factor RimP;;;;;* rpt;rpt-29;rpt-29;;;;; rpt;rpt-34;rpt_type=other;;;;;* rpt;rpt-36;rpt_type=other;;;;;* rpt;rpt71;rpt_type=other 71;;;;;* sRNA;RttR sRNA;small RNA RttR;;;;;* translocase;SecE;Sec translocon subunit SecE;;;;;* translocase;SecG-p;preprotein translocase subunit SecG;;;;;* translocase;SecG-t;Sec translocon subunit SecG;;;;;* esterase;sensor;sensor domain-containing phosphodiesterase;;;;;* ABC bind;sn-glycerol;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;;;;;* protein;sscs VI;type VI secretion system contractile sheath small subunit;;;;;* protein;stress;stress response protein;;;;;* tr-regulator;tact Cbl;DNA-binding transcriptional activator Cbl;;;;;* translation;tif IF-1;translation initiation factor IF-1;;;;;* protein;tpr;protamine-like protein;;;;;* tr-regulator;tr 192;transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr AlpA;AlpA family transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr-Cbl;HTH-type transcriptional regulator Cbl;;;;;* tr-regulator;tr-Nac;DNA-binding transcriptional dual regulator Nac;;;;;* tr-regulator;tr-nitrogen;nitrogen assimilation transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr-YebC;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* transferase;transferase;acetyltransferase;;;;;* transporter;trp-YeeO;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;;;;;* translation;tuf;elongation factor Tu;;;;;* translation;tufb;tufb, translation elongation factor Tu 2;;;;;* integrase;Tyr recb 207;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 404;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 421;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 424;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* reductase;UDP-N;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;;;;;* protein;un-YcdU;uncharacterized protein YcdU;;;;;* protein;un-YjeV;uncharacterized protein YjeV;;;;;* protein;UPF0149 YecA;UPF0149 family protein YecA;;;;;* protein;YdiA;YdiA family protein;;;;;* protein;YfdC;inner membrane protein YfdC;;;;;* protein;YgeQ;protein YgeQ;;;;;* gene;yjdQ;gene="yjdQ";;;;;* DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;* transposase;p-IS630;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;;;;;* </pre> ====ecoN données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_données_intercalaires|ecoN données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;ecoN;fx;fc;ecoN;fx40;fc40;ecoN;x-;c-;c;x;c;x;;c;x; ;2;0;18;29;0;18;29;-1;2;173;162;120;CDS 16s ;;;tRNA tRNA;;suite 1;2;10;44;403;1;10;51;-2;4;5;132;15;385;479;;4;;gtc 1;1;20;22;337;2;9;61;-3;2;0;114;153;441;117;;**;;gtc ;0;30;23;182;3;9;58;-4;39;328;154;343;377;;;4;;gtc 4;1;40;90;109;4;3;27;-5;2;2;32;426;374;;;**;;gtc ;0;50;95;113;5;2;18;-6;0;0;380;278;365;;;12;;tta 1;0;60;69;147;6;4;17;-7;1;16;164;165;672;;;53;;tgc ;1;70;48;109;7;3;24;-8;2;81;277;233;23s 5s;;;**;;ggc ;3;80;36;110;8;1;16;-9;3;2;253;165;6* 95;;;39;;gcc ;0;90;39;112;9;1;66;-10;0;7;206;234;1881;;;**;;gcc 2;3;100;43;99;10;2;65;-11;1;48;463;307;23s CDS;;;43;;gta 1;4;110;36;96;11;1;53;-12;2;3;159;307;331;;;46;;gta 1;3;120;38;70;12;7;53;-13;1;6;6;307;385;;;4;;gta 2;0;130;37;63;13;0;29;-14;5;23;8;93;5s CDS;;;**;;aaa ;1;140;43;52;14;0;38;-15;0;0;108;453;323;62;;63;;cgt 1;1;150;29;68;15;2;39;-16;1;3;195;326;136;104;;62;;cgt 1;3;160;44;50;16;6;29;-17;1;11;151;37;3* 76;;;62;;cgt 2;4;170;27;45;17;4;21;-18;3;0;278;4;16s tRNA;;;64;;cgt ;0;180;28;42;18;0;34;-19;2;4;100;125;3* 85;;gaa;3;;cgt ;0;190;38;44;19;1;18;-20;1;9;161;437;443;;gaa;**;;agc 1;3;200;34;36;20;1;23;-21;0;0;100;220;375;;gaa;33;;atgf 1;8;210;31;36;21;1;24;-22;0;3;161;258;4* 68;;atc;33;;atgf 2;0;220;35;43;22;0;23;-23;0;8;74;110;tRNA 16s;;;**;;atgf ;0;230;26;30;23;2;11;-24;2;0;75;208;1063;;gca;8;;gac 2;1;240;21;25;24;4;27;-25;2;2;206;316;tRNA 23s;;;**;;tgg ;0;250;27;18;25;0;19;-26;1;9;280;124;269;;gaa;58;;cgg 2;2;260;27;24;26;1;15;-27;1;0;315;53;2* 193;;gaa;20;;cac ;0;270;18;23;27;2;25;-28;1;3;635;347;2* 194;;gaa;42;;ctg 1;3;280;24;20;28;4;8;-29;4;5;78;347;174;;gca;**;;cca ;1;290;19;18;29;5;14;-30;4;0;105;347;183;;;8;;aca 2;2;300;9;15;30;4;16;-31;0;0;197;347;5s tRNA;;;116;;tac 3;0;310;13;17;31;4;13;-32;1;7;206;1360;54;;gac;6;;gga 1;1;320;22;12;32;3;12;-33;0;0;206;292;2* 14;;acc;**;;acc 1;0;330;11;16;33;7;9;-34;0;0;206;95;53;;gac;36;;ggc ;0;340;14;8;34;9;17;-35;2;4;206;361;tRNA 5s;;;35;;ggc 5;0;350;5;15;35;11;8;-36;0;0;456;195;39;;acc;**;;ggc ;0;360;9;12;36;4;15;-37;1;3;14;39;777;;acc;34;;ctg 1;0;370;10;14;37;10;5;-38;2;1;743;38;1360;;gaa;28;;ctg ;1;380;19;12;38;12;7;-39;2;0;91;1174;1112;;gaa;**;;ctg ;0;390;10;9;39;13;10;-40;1;1;300;592;tRNA tRNA;;intra;1472;;gaa ;0;400;9;14;40;17;13;-41;1;1;102;292;4* 42;;atc gca;42;;atc 7;7;reste;142;125;reste;1185;1762;-42;0;0;146;1096;tRNA tRNA;;début;2351;;atc 46;58;total;1382;2822;total;1382;2822;-43;0;3;114;220;37;;cag;**;;gaa 39;49;diagr;1222;2668;diagr;179;1031;-44;1;0;436;258;48;;cag;39;;gcc 2;3;t30;89;922;;;;-45;0;0;197;150;15;;atgj;39;;gcc ;;;;;;;;-46;0;0;106;39;34;;caa;**;;gcc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;210;;23;;caa;44;;gta ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;233;;10;;cta;**;;gta ;x;1364;105;18;1487;;;-49;0;0;290;;**;;atgj;28;;ctg ;c;2793;782;29;3604;;;-50;0;1;1537;;35;;aaa;**;;ctg ;;;;;5091;217;;reste;5;10;588;;2;;gta;;; ;;;;;;5308;;total;105;782;300;;51;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;0;;3;;gta;;; ;;;;;;;;;;;206;;48;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;0;;33;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;120;;**;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;63;;33;;tac;;; ;;;;;;;;;;;253;;**;;tac;;; </pre> =====ecoN autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_autres_intercalaires_aas|ecoN autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ecoN;;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas;longueur fin;;CDS;190;255;;;; deb;;CDS;231864;232436;365;*;; ;;rRNA;232802;234309;85;*;16s;1508 ;;tRNA;234395;234471;269;*;gaa; ;;rRNA;234741;237307;95;*;23s;2567 ;;rRNA;237403;237518;54;*;5s;116 ;;tRNA;237573;237649;162;*;gac; fin;;CDS;237812;238615;;1;; deb;;CDS;244934;245665;132;*;; ;;tRNA;245798;245874;120;*;gac; fin;comp;CDS;245995;246852;;0;; deb;;CDS;367329;368582;114;*;; ;;tRNA;368697;368772;154;*;acg; fin;;CDS;368927;369265;;0;; deb;comp;CDS;555847;556158;162;*;; ;;ncRNA;556321;556417;119;*;; fin;;CDS;556537;556890;;0;; deb;;CDS;632056;632253;32;*;; ;;tRNA;632286;632362;15;*;aga; fin;comp;CDS;632378;632979;;0;; deb;;CDS;733188;734363;153;*;; ;comp;tRNA;734517;734591;37;*;cag; ;comp;tRNA;734629;734703;48;*;cag; ;comp;tRNA;734752;734828;15;*;atgj; ;comp;tRNA;734844;734918;34;*;caa; ;comp;tRNA;734953;735027;23;*;caa; 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fin;comp;CDS;1458686;1459528;;;; deb;comp;CDS;1829066;1830322;307;*;; ;;tRNA;1830630;1830706;4;*;gtc; ;;tRNA;1830711;1830787;6;*;gtc; fin;;CDS;1830794;1831177;;0;; deb;comp;CDS;1831218;1832474;307;*;; ;;tRNA;1832782;1832858;4;*;gtc; ;;tRNA;1832863;1832939;8;*;gtc; fin;;CDS;1832948;1833280;;0;; deb;comp;CDS;1833321;1834577;307;*;; ;;tRNA;1834885;1834961;4;*;gtc; ;;tRNA;1834966;1835042;108;*;gtc; fin;;CDS;1835151;1835456;;;; deb;;CDS;1857352;1858464;185;*;; ;;ncRNA;1858650;1858757;135;*;; fin;;CDS;1858893;1859249;;;; deb;comp;CDS;2115794;2116459;195;*;; ;comp;tRNA;2116655;2116741;12;*;tta; ;comp;tRNA;2116754;2116827;53;*;tgc; ;comp;tRNA;2116881;2116956;151;*;ggc; fin;comp;CDS;2117108;2117656;;;; deb;comp;CDS;2191451;2192287;278;*;; ;comp;tRNA;2192566;2192655;93;*;tcg; deb;;CDS;2192749;2193546;100;*;; ;;tRNA;2193647;2193722;161;*;aac; fin;;CDS;2193884;2195146;;0;; deb;;CDS;2232607;2233323;453;*;; ;comp;tRNA;2233777;2233852;326;*;acc; fin;;CDS;2234179;2235096;;;; deb;;CDS;2235198;2236148;37;*;; 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comp;106004..106079;;ggc;7 ggc;35;;35;;; comp;106115..106190;;ggc;5 atgf;35;;35;;; comp;106226..106301;;ggc;;18;;18;;; comp;106320..106396;;atgf;;39;;39;;; comp;106436..106511;;ggc;;90;;90;;; comp;106602..106678;;atgf;;39;;39;;; comp;106718..106793;;ggc;;18;;18;;; comp;106812..106888;;atgf;;39;;39;;; comp;106928..107003;;ggc;;18;;18;;; comp;107022..107098;;atgf;;39;;39;;; comp;107138..107213;;ggc;;156;156;;;;156 comp;107370..107915;;CDS;;81764;;;;182; ;;;;;;;;;; ;189680..190715;;CDS;;101;101;;;345;101 comp;190817..190933;;5s;;107;;;;; comp;191041..193955;;23s;;290;;;;; comp;194246..194321;;gca;;43;;;43;; comp;194365..194441;;atc;;97;;;;; comp;194539..196096;;16s;@2;371;;;;; comp;196468..196584;;5s;;77;;;;; comp;196662..199576;;23s;;290;;;;; comp;199867..199942;;gca;;43;;;43;; comp;199986..200062;;atc;;97;;;;; comp;200160..201717;;16s;;853;*853;;;;*853 comp;202571..204706;;CDS;;29595;;;;*712; ;;;;;;;;;; comp;234302..235486;;CDS;;101;101;;;395;101 comp;235588..235663;;acc;;13;;13;;; comp;235677..235751;;gga;;35;;35;;; comp;235787..235871;;tac;;52;;52;;; comp;235924..235999;;aca;;206;206;;;; ;236206..237129;;CDS;;4144;;;;308; ;;;;;;;;;; comp;241274..242467;;CDS;;546;*546;;;*398;*546 comp;243014..243090;;tgg;;68;;;68;; comp;243159..243235;;gac;;32;;;;; comp;243268..243384;;5s;;117;;;;; comp;243502..246404;;23s;;310;;;;; comp;246715..246790;;gta;;30;;;30;; comp;246821..246896;;aaa;;2;;;2;; comp;246899..246974;;gaa;;122;;;;; comp;247097..248654;;16s;;554;*554;;;;*554 ;249209..249664;;CDS;;60596;;;;*152; ;;;;;;;;;; ;310261..311296;;CDS;;121;121;;;345;121 comp;311418..311508;;tca;;91;;;;; comp;311600..311716;;5s;;108;;;;; comp;311825..314739;;23s;;289;;;;; comp;315029..315104;;gca;;43;;;43;; comp;315148..315224;;atc;;56;;;;; comp;315281..316842;;16s;;471;*471;;;;*471 comp;317314..318027;;CDS;;40242;;;;*238; ;;;;;;;;;; ;358270..359305;;CDS;;147;147;;;345; comp;359453..359529;;gac;;31;;;;; comp;359561..359677;;5s;;108;;;;; comp;359786..362700;;23s;;310;;;;; comp;363011..363086;;gta;;30;;;30;; comp;363117..363192;;aaa;;2;;;2;; comp;363195..363270;;gaa;;82;;;;; comp;363353..364914;;16s;;83;83;;;;83 comp;364998..365133;;CDS;;84252;;;;45; ;;;;;;;;;; ;449386..449521;;CDS;;83;83;;;45;83 ;449605..451162;;16s;;122;;;;; ;451285..451360;;gaa;;2;;;2;; ;451363..451438;;aaa;;9;;;9;; ;451448..451523;;gca;;37;;;37;; ;451561..451636;;gta;;51;51;;;;51 comp;451688..451873;;CDS;;16;16;;;62;16 ;451890..454804;;23s;;77;;;;; ;454882..454998;;5s;;32;;;;; ;455031..455107;;gac;;162;162;;;; comp;455270..455533;;CDS;;11718;;;;88; ;;;;;;;;;; comp;467252..467665;;CDS;;361;361;;;138; ;468027..468103;;cgg;;35;;35;;; ;468139..468214;;cac;;76;;76;;; ;468291..468367;;cca;;46;;46;;; ;468414..468489;;cac;;64;;64;;; ;468554..468630;;cca;;194;194;;;;194 comp;468825..469550;;CDS;;365688;;;;242; ;;;;;;;;;; comp;835239..835550;;CDS;;138;138;;;104;138 comp;835689..835764;;atgi;;145;145;;;; comp;835910..837772;;CDS;;182191;;;;621; ;;;;;;;;;; ;1019964..1020128;;CDS;;119;119;;;55; ;1020248..1021805;;16s;;129;;;;; ;1021935..1022010;;gcc;;41;;;41;; ;1022052..1022127;;gaa;;55;55;;;;55 comp;1022183..1022368;;CDS;;16;16;;;62;16 ;1022385..1025299;;23s;;111;;;;; ;1025411..1025527;;5s;;31;;;;; ;1025559..1025635;;gac;;35;;;35;; ;1025671..1025747;;tgg;;3;3;;;;3 comp;1025751..1025933;;CDS;;225465;;;;61; ;;;;;;;;;; ;1251399..1252574;;CDS;;158;158;;;392; comp;1252733..1252817;;cta;+;54;;54;;; comp;1252872..1252946;;caa;5 cta;46;;46;;; comp;1252993..1253077;;cta;3 atgj;21;;21;;; comp;1253099..1253183;;cta;2 caa;18;;18;;; comp;1253202..1253278;;atgj;;23;;23;;; comp;1253302..1253386;;cta;;70;;70;;; comp;1253457..1253533;;atgj;;79;;79;;; comp;1253613..1253687;;caa;;31;;31;;; comp;1253719..1253803;;cta;;39;;39;;; comp;1253843..1253919;;atgj;;26;26;;;;26 comp;1253946..1254157;;CDS;;14564;;;;71; ;;;;;;;;;; comp;1268722..1268862;;CDS;;260;260;;;47; ;1269123..1269199;;cca;;243;243;;;;*243 comp;1269443..1269628;;CDS;;16361;;;;62; ;;;;;;;;;; ;1285990..1286571;;CDS;;88;88;;;194; comp;1286660..1286736;;agg;;68;68;;;;68 comp;1286805..1287938;;CDS;;116753;;;;378; ;;;;;;;;;; comp;1404692..1405552;;CDS;;204;204;;;287;*204 ;1405757..1405833;;aga;;244;244;;;; ;1406078..1407685;;CDS;;49950;;;;536; ;;;;;;;;;; ;1457636..1458508;;CDS;;407;407;;;291; comp;1458916..1459000;;tac;+;100;;100;;; comp;1459101..1459185;;tac;4 tac;100;;100;;; comp;1459286..1459370;;tac;@7;100;;100;;; comp;1459471..1459555;;tac;;282;282;;;;*282 ;1459838..1460935;;CDS;;170368;;;;366; ;;;;;;;;;; ;1631304..1631753;;CDS;;144;144;;;150;144 ;1631898..1631985;;tcc;;312;312;;;; ;1632298..1632684;;CDS;;550413;;;;129; ;;;;;;;;;; ;2183098..2183436;;CDS;;179;179;;;113; ;2183616..2183692;;gtc;+;46;;46;;; ;2183739..2183815;;gtc;2 gtc;149;149;;;;149 ;2183965..2185344;;CDS;;578546;;;;460; ;;;;;;;;;; comp;2763891..2766782;;CDS;;763;*763;;;*964;*763 comp;2767546..2767621;;ggc;+;11;;11;;; comp;2767633..2767719;;tta;2 ggc;78;;78;;; comp;2767798..2767873;;ggc;;37;;37;;; comp;2767911..2767984;;tgc;;400;400;;;;*400 comp;2768385..2768942;;CDS;;82481;;;;186; ;;;;;;;;;; ;2851424..2851855;;CDS;;62;62;;;144;62 ;2851918..2851992;;gga;;333;333;;;; ;2852326..2852970;;CDS;;133282;;;;215; ;;;;;;;;;; comp;2986253..2986402;;CDS;;1;*1;;;50;1 ;2986404..2986479;;aac;;372;372;;;; ;2986852..2989149;;CDS;;60873;;;;766; ;;;;;;;;;; ;3050023..3051831;;CDS;;139;139;;;603;139 ;3051971..3052061;;tca;;321;321;;;; ;3052383..3053693;;CDS;;384243;;;;437; ;;;;;;;;;; comp;3437937..3438392;;CDS;;233;233;;;152; comp;3438626..3438702;;atgf;;56;;56;;; comp;3438759..3438842;;ctc;;18;18;;;;18 comp;3438861..3439199;;CDS;;113972;;;;113; ;;;;;;;;;; comp;3553172..3554167;;CDS;;189;189;;;332;189 comp;3554357..3554433;;cgt;+;59;;59;;; comp;3554493..3554569;;cgt;7 cgt;57;;57;;; comp;3554627..3554703;;cgt;2 agc;57;;57;;; comp;3554761..3554837;;cgt;;57;;57;;; comp;3554895..3554971;;cgt;;57;;57;;; comp;3555029..3555105;;cgt;;85;;85;;; comp;3555191..3555282;;agc;;29;;29;;; comp;3555312..3555388;;cgt;;31;;31;;; comp;3555420..3555511;;agc;;243;243;;;; comp;3555755..3555952;;CDS;;83212;;;;66; ;;;;;;;;;; ;3639165..3640295;;CDS;;108;108;;;377;108 ;3640404..3640479;;ttc;+;51;;51;;; ;3640531..3640606;;aca;3 ttc;7;;7;;; ;3640614..3640689;;ttc;2 aca;43;;43;;; ;3640733..3640808;;aac;2 aac;69;;69;;; ;3640878..3640953;;aca;;10;;10;;; ;3640964..3641039;;ttc;;42;;42;;; ;3641082..3641158;;aac;;292;292;;;; ;3641451..3643076;;CDS;;233;233;;;542; ;3643310..3643385;;ttc;;51;;51;;; ;3643437..3643512;;aca;+;21;;21;;; ;3643534..3643609;;aac;2 aca;39;;39;;; ;3643649..3643724;;aca;2 aac;15;;15;;; ;3643740..3643815;;aac;;156;156;;;;156 comp;3643972..3645405;;CDS;;561;*561;;;*478;*561 comp;3645967..3646043;;gac;;31;;;;; comp;3646075..3646191;;5s;;57;;;;; comp;3646249..3646324;;acc;;100;;;;; comp;3646425..3646541;;5s;;111;;;;; comp;3646653..3649567;;23s;;-13;*-13;;;;*-13 comp;3649555..3649797;;CDS;@3;35;35;;;81;35 comp;3649833..3649908;;gca;;43;;;43;; comp;3649952..3650028;;atc;;97;;;;; comp;3650126..3651683;;16s;;557;*557;;;;*557 comp;3652241..3653491;;CDS;;9514;;;;*417; ;;;;;;;;;; comp;3663006..3663598;;CDS;;181;181;;;198; comp;3663780..3663864;;ttg;;177;177;;;;177 comp;3664042..3664707;;CDS;;93515;;;;222; ;;;;;;;;;; ;3758223..3759258;;CDS;;578;*578;;;*345;*578 comp;3759837..3759913;;gac;;68;;;;; comp;3759982..3760098;;5s;;111;;;;; comp;3760210..3763124;;23s;;290;;;;; comp;3763415..3763490;;gca;;43;;;43;; comp;3763534..3763610;;atc;;97;;;;; comp;3763708..3765265;;16s;;86;;;;; comp;3765351;;16s;début;;;;;; Chromosome II;;;;;;;;;; comp;673782..674186;;CDS;;358;358;;;135; comp;674545..674635;;tca;;329;329;;;;*329 ;674965..675645;;CDS;;205537;;;;227; ;;;;;;;;;; ;881183..882640;;CDS;;244;244;;;486;*244 ;882885..882958;;tgc;;302;302;;;; ;883261..883725;;CDS;;1229;;;;155; ;;;;;;;;;; ;884955..886649;;CDS;;245;245;;;565;*245 ;886895..886981;;tta;;97;;97;;; ;887079..887154;;ggc;;5;;5;;; ;887160..887233;;tgc;;317;317;;;; ;887551..889074;;CDS;;465;;;;508; ;;;;;;;;;; comp;889540..890328;;CDS;;386;386;;;263; ;890715..890801;;tta;+;53;;53;;; ;890855..890928;;tgc;2 tgc;181;;*181;;; ;891110..891183;;tgc;;366;366;;;;*366 ;891550..891891;;CDS;;443950;;;;114; ;;;;;;;;;; ;1335842..1336042;;CDS;;17;17;;;;17 ;1336060..1336134;;gga;;272;272;;;; comp;1336407..1337222;;CDS;;505333;;;;272; ;;;;;;;;;; ;1842556..1842741;;CDS;;-36;*-36;;;62;*-36 ;1842706..1842789;;ctc;;29;29;;;;29 ;1842819..1843430;;CDS;;77699;;;;204; ;;;;;;;;;; ;1921130..1921561;;CDS;;62;62;;;144;62 ;1921624..1921698;;gga;;337;337;;;; comp;1922036..1922209;;CDS;;15660;;;;58; ;;;;;;;;;; comp;1937870..1939129;;CDS;;84;84;;;420; comp;1939214..1939304;;tca;;90;;;;; comp;1939395..1939511;;5s;;77;;;;; comp;1939589..1942503;;23s;;306;;;;; comp;1942810..1942885;;gta;;35;;;35;; comp;1942921..1942996;;gca;;24;;;24;; comp;1943021..1943096;;aaa;;2;;;2;; comp;1943099..1943174;;gaa;;114;;;;; comp;1943289..1944850;;16s;;83;83;;;;83 comp;1944934..1945071;;CDS;;;;;;46; </pre> ====vha cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_cumuls|vha cumuls]] <pre> vha cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;0;0;1;3;1;1;100;17 ;16 aas 23 5s ;3;20;10;5;50;8;20;5;200;17 ;16 atc gca;4;40;17;6;100;10;40;3;300;10 ;16 cds 23 5s ;3;60;16;6;150;12;60;2;400;13 ;max a;5;80;6;1;200;9;80;3;500;6 ;a doubles;0;100;6;0;250;9;100;3;600;4 ;spéciaux;1;120;0;0;300;4;120;3;700;2 ;total aas;37;140;0;0;350;7;140;3;800;2 sans ;opérons;27;160;1;0;400;6;160;4;900;0 ;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;1;1000;1 ;max a;12;200;1;0;500;1;200;2;1100;0 ;a doubles;10;;0;0;;8;;8;;0 ;total aas;84;;57;18;;78;;38;;72 total aas;;121;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;30;;;;;;266 ;;;variance;;19;;;;;;199 sans jaune;;;moyenne;46;;;183;;86;;240 ;;;variance;25;;;114;;59;;178 </pre> ====vha blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_blocs|vha blocs]] <pre> vha blocs;;;;;;; cds;853;cds;471;cds;103 $16s;97;$16s;56;$16s;<u>86 atc;43;atc;43;$16s;97 gca;290;gca;289;atc;43 $23s;77;$23s;108;gca;290 $5s;<u>371;$5s;91;$23s;111 $16s;97;tca;121;$5s;68 atc;43;cds;;gac;578 gca;290;;;cds; $23s;107;;;; $5s;101;;;; cds;;;;; ;;;;; cds;554;cds;83;cds;119 $16s;122;$16s;82;$16s;129 gaa;2;gaa;2;gcc;41 aaa;30;aaa;30;gaa;55 gta;310;gta;310;&cds;16 $23s;117;$23s;108;$23s;111 $5s;32;$5s;31;$5s;31 gac;68;gac;147;gac;35 tgg;546;cds;;tgg;3 cds;;;;cds; ;;;;; cds;83;cds;83;cds;557 $16s;114;$16s;122;$16s;97 gaa;2;gaa;2;atc;43 aaa;24;aaa;9;gca;35 gca;35;gca;37;&cds;-13 gta;306;gta;51;$23s;111 $23s;77;&cds;16;$5s;100 $5s;90;$23s;77;acc;57 tca;84;$5s;32;$5s;31 cds;;gac;162;gac;561 ;;cds;;cds; </pre> ====vha distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_distribution|vha distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;cgt6;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;ggc3;atc;;acc;;aac;;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;6;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;acc 5s + 1 >a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;3;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;3;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;gga 1>a + 3a;ata;;aca;5;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;3;séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2 atgj;;acg;;aag;;agg;1;(cac cca)2;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total vha;;14;;;;;14;ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;51;;;;;;51;;vha;19;;;;;;19;;vha;;;;11;;;11 </pre> ====vha1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_données_intercalaires|vha1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;vha1;fx;fc;vha1;fx40;fc40;vha1;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;3;9;0;3;9;-1;0;98;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;0;10;11;246;1;1;30;-2;0;0;156;529;4* 102;;atc;13;;acc ;1;20;16;193;2;1;40;-3;0;2;101;206;65;;atc;35;;gga ;0;30;16;96;3;2;39;-4;9;141;546;121;2* 127;;gaa;52;;tac ;0;40;29;76;4;0;17;-5;0;1;138;147;91;;gaa;**;;aca ;0;50;22;55;5;1;25;-6;1;0;145;162;134;;gcc;35;;cgg ;0;60;37;90;6;0;11;-7;0;10;284;361;tRNA 23s;;;76;;cac ;2;70;64;61;7;1;13;-8;1;37;497;194;3* 297;;gca;46;;cca ;0;80;43;62;8;2;16;-9;1;0;68;260;2* 317;;gta;64;;cac 1;0;90;46;56;9;0;31;-10;0;2;159;158;296;;gca;**;;cca ;0;100;41;55;10;3;24;-11;1;26;144;260;272;;gca;54;;cta ;2;110;40;59;11;0;21;-12;0;0;312;88;260;;gta;46;;caa ;0;120;28;67;12;0;32;-13;0;4;179;204;264;;gaa;21;;cta 1;0;130;23;55;13;1;27;-14;0;20;149;407;5s tRNA;;;18;;cta ;2;140;24;54;14;2;27;-15;2;0;763;282;2* 32;;gac;23;;atgj 1;3;150;24;51;15;0;13;-16;0;3;400;558;3* 31;;gac;70;;cta 2;2;160;28;54;16;3;9;-17;0;11;62;321;68;;gac;79;;atgj 1;0;170;20;38;17;2;18;-18;0;0;363;156;91;;tca;31;;caa ;2;180;22;45;18;1;22;-19;0;4;372;578;100;;acc;39;;cta ;2;190;18;35;19;2;11;-20;0;13;139;;tRNA 5s;;;**;;atgj 1;0;200;17;30;20;5;13;-21;1;0;233;;57;;acc;100;;tac 2;0;210;15;38;21;1;15;-22;1;1;18;;tRNA tRNA;;intra;100;;tac ;0;220;17;25;22;4;8;-23;0;5;189;;5* 43;;gca;100;;tac ;0;230;15;27;23;1;11;-24;0;0;243;;**;;atc;**;;tac ;2;240;21;26;24;3;9;-25;0;1;108;;2* 30;;gta;46;;gtc ;1;250;10;21;25;0;9;-26;0;2;292;;2;;aaa;**;;gtc 2;0;260;16;22;26;1;8;-27;0;0;233;;**;;gaa;11;;ggc ;0;270;10;16;27;2;12;-28;0;0;558;;2;;gaa;78;;tta ;0;280;14;16;28;2;8;-29;0;1;181;;9;;aaa;37;;ggc 1;1;290;12;15;29;1;7;-30;0;0;177;;37;;gca;**;;tgc ;1;300;15;17;30;1;9;-31;0;0;CDS 16s;;**;;gta;56;;atgf ;0;310;8;20;31;3;11;-32;1;5;631;554;41;;gcc;**;;ctc ;1;320;7;13;32;3;6;-33;0;0;853;492;**;;gaa;59;;cgt 1;0;330;15;9;33;3;6;-34;0;1;471;;tRNA tRNA;;contig;57;;cgt ;0;340;8;9;34;3;8;-35;0;5;451;;68;;tgg;57;;cgt ;0;350;15;7;35;1;6;-36;0;0;543;;**;;gac;57;;cgt ;0;360;7;7;36;1;8;-37;0;0;557;;35;;gac;57;;cgt 1;1;370;7;6;37;5;5;-38;1;3;16s 16s;;**;;tgg;85;;cgt ;1;380;4;7;38;5;9;-39;0;0;0;deb fin chr c;tRNA tRNA;;;29;;agc ;0;390;7;7;39;2;7;-40;0;1;5s 16s;;158;;atgf;31;;cgt ;1;400;14;4;40;3;10;-41;1;0;371;;35;;ggc;**;;agc 4;4;reste;125;146;reste;859;1325;-42;0;0;23s 5s;;35;;ggc;51;;ttc 18;29;total;934;1945;total;934;1945;-43;0;0;125;;18;;ggc;7;;aca 14;25;diagr;806;1790;diagr;72;611;-44;1;2;2* 95;;39;;atgf;43;;ttc 0;1;t30;43;535;;;;-45;0;0;135;;90;;ggc;69;;aac ;;;;;;;;-46;0;0;2* 126;;39;;atgf;10;;aca ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;3* 129;;18;;ggc;42;;ttc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;5s CDS;;39;;atgf;**;;aac ;x;931;25;3;959;;;-49;0;0;;101;18;;ggc;51;;ttc ;c;1936;402;9;2347;;;-50;2;3;;;39;;atgf;21;;aca ;;;;;3306;190;;reste;0;0;;;**;;ggc;39;;aac ;;;;;;3496;;total;25;402;;;;;;15;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;aac </pre> ====vha1 autres intercalaires aas==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vha1;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;comp;rRNA;1;1384;631;*;1384 fin;comp;CDS;2016;2795;;; deb;;CDS;104112;105239;529;*; ;comp;tRNA;105769;105845;158;*;atgf ;comp;tRNA;106004;106079;35;*;ggc ;comp;tRNA;106115;106190;35;*;ggc ;comp;tRNA;106226;106301;18;*;ggc ;comp;tRNA;106320;106396;39;*;atgf ;comp;tRNA;106436;106511;90;*;ggc ;comp;tRNA;106602;106678;39;*;atgf ;comp;tRNA;106718;106793;18;*;ggc ;comp;tRNA;106812;106888;39;*;atgf ;comp;tRNA;106928;107003;18;*;ggc ;comp;tRNA;107022;107098;39;*;atgf ;comp;tRNA;107138;107213;156;*;ggc fin;comp;CDS;107370;107915;;0; deb;;CDS;189680;190715;101;*; ;comp;rRNA;190817;190933;125;*;117 ;comp;rRNA;191059;193948;297;*;2890 ;comp;tRNA;194246;194321;43;*;gca ;comp;tRNA;194365;194441;102;*;atc ;comp;rRNA;194544;196096;371;*;1553 ;comp;rRNA;196468;196584;95;*;117 ;comp;rRNA;196680;199569;297;*;2890 ;comp;tRNA;199867;199942;43;*;gca ;comp;tRNA;199986;200062;102;*;atc ;comp;rRNA;200165;201717;853;*;1553 fin;comp;CDS;202571;204706;;; deb;comp;CDS;234302;235486;101;*; ;comp;tRNA;235588;235663;13;*;acc ;comp;tRNA;235677;235751;35;*;gga ;comp;tRNA;235787;235871;52;*;tac ;comp;tRNA;235924;235999;206;*;aca fin;;CDS;236206;237129;;0; deb;comp;CDS;241274;242467;546;*; ;comp;tRNA;243014;243090;68;*;tgg ;comp;tRNA;243159;243235;32;*;gac ;comp;rRNA;243268;243384;135;*;117 ;comp;rRNA;243520;246397;317;*;2878 ;comp;tRNA;246715;246790;30;*;gta ;comp;tRNA;246821;246896;2;*;aaa ;comp;tRNA;246899;246974;127;*;gaa ;comp;rRNA;247102;248654;554;*;1553 fin;;CDS;249209;249664;;1; deb;comp;CDS;251637;253490;57;*; ;comp;regulatory;253548;253749;184;*; fin;;CDS;253934;255043;;0; deb;;CDS;310261;311296;121;*; ;comp;tRNA;311418;311508;91;*;tca ;comp;rRNA;311600;311716;126;*;117 ;comp;rRNA;311843;314732;296;*;2890 ;comp;tRNA;315029;315104;43;*;gca ;comp;tRNA;315148;315224;65;*;atc ;comp;rRNA;315290;316842;471;*;1553 fin;comp;CDS;317314;318027;;; deb;comp;CDS;352647;354587;165;*; ;comp;regulatory;354753;354851;61;*; fin;comp;CDS;354913;355296;;; deb;;CDS;358270;359305;147;*; ;comp;tRNA;359453;359529;31;*;gac ;comp;rRNA;359561;359677;126;*;117 ;comp;rRNA;359804;362693;317;*;2890 ;comp;tRNA;363011;363086;30;*;gta ;comp;tRNA;363117;363192;2;*;aaa ;comp;tRNA;363195;363270;91;*;gaa ;comp;rRNA;363362;364914;492;*;1553 fin;;CDS;365407;365958;;0; deb;;CDS;448626;449153;451;*; ;;rRNA;449605;451157;127;*;1553 ;;tRNA;451285;451360;2;*;gaa ;;tRNA;451363;451438;9;*;aaa ;;tRNA;451448;451523;37;*;gca ;;tRNA;451561;451636;260;*;gta ;;rRNA;451897;454786;95;*;2890 ;;rRNA;454882;454998;32;*;117 ;;tRNA;455031;455107;162;*;gac fin;comp;CDS;455270;455566;;; deb;comp;CDS;467252;467665;361;*; ;;tRNA;468027;468103;35;*;cgg ;;tRNA;468139;468214;76;*;cac ;;tRNA;468291;468367;46;*;cca ;;tRNA;468414;468489;64;*;cac ;;tRNA;468554;468630;194;*;cca fin;comp;CDS;468825;469550;;0; deb;;CDS;769806;770444;32;*; ;;regulatory;770477;770626;68;*; fin;;CDS;770695;771687;;; deb;comp;CDS;835239;835550;138;*; ;comp;tRNA;835689;835764;145;*;atgi fin;comp;CDS;835910;837772;;; deb;;CDS;883125;883988;533;*; ;;ncRNA;884522;884950;176;*; fin;;CDS;885127;886077;;; deb;comp;CDS;941166;941636;439;*; ;;misc_f;942076;942195;53;*; fin;;CDS;942249;944708;;; deb;comp;CDS;1010675;1011853;13;*; ;comp;misc_f;1011867;1011988;108;*; fin;comp;CDS;1012097;1012423;;; deb;;CDS;1017131;1019704;543;*; ;;rRNA;1020248;1021800;134;*;1553 ;;tRNA;1021935;1022010;41;*;gcc ;;tRNA;1022052;1022127;264;*;gaa ;;rRNA;1022392;1025281;129;*;2890 ;;rRNA;1025411;1025527;31;*;117 ;;tRNA;1025559;1025635;35;*;gac ;;tRNA;1025671;1025747;260;*;tgg fin;comp;CDS;1026008;1026983;;0; deb;comp;CDS;1138561;1139793;183;*; ;comp;tmRNA;1139977;1140344;68;*; fin;comp;CDS;1140413;1140898;;0; deb;;CDS;1251399;1252574;158;*; ;comp;tRNA;1252733;1252817;54;*;cta ;comp;tRNA;1252872;1252946;46;*;caa ;comp;tRNA;1252993;1253077;21;*;cta ;comp;tRNA;1253099;1253183;18;*;cta ;comp;tRNA;1253202;1253278;23;*;atgj ;comp;tRNA;1253302;1253386;70;*;cta ;comp;tRNA;1253457;1253533;79;*;atgj ;comp;tRNA;1253613;1253687;31;*;caa ;comp;tRNA;1253719;1253803;39;*;cta ;comp;tRNA;1253843;1253919;284;*;atgj fin;comp;CDS;1254204;1255295;;; deb;comp;CDS;1268722;1268862;260;*; ;;tRNA;1269123;1269199;497;*;cca fin;;CDS;1269697;1270497;;0; deb;;CDS;1286065;1286571;88;*; ;comp;tRNA;1286660;1286736;68;*;agg fin;comp;CDS;1286805;1287938;;0; deb;comp;CDS;1404692;1405552;204;*; ;;tRNA;1405757;1405833;159;*;aga fin;;CDS;1405993;1407685;;; deb;;CDS;1457636;1458508;407;*; ;comp;tRNA;1458916;1459000;100;*;tac ;comp;tRNA;1459101;1459185;100;*;tac ;comp;tRNA;1459286;1459370;100;*;tac ;comp;tRNA;1459471;1459555;282;*;tac fin;;CDS;1459838;1460935;;; deb;;CDS;1470331;1472328;142;*; ;;ncRNA;1472471;1472567;143;*; fin;;CDS;1472711;1473337;;; deb;comp;CDS;1587286;1587876;116;*; ;comp;regulatory;1587993;1588082;279;*; fin;comp;CDS;1588362;1589366;;; deb;;CDS;1631304;1631753;144;*; ;;tRNA;1631898;1631985;312;*;tcc fin;;CDS;1632298;1632684;;; deb;;CDS;1842140;1843741;180;*; ;;misc_f;1843922;1844060;53;*; fin;;CDS;1844114;1845010;;; deb;;CDS;2183098;2183436;179;*; ;;tRNA;2183616;2183692;46;*;gtc ;;tRNA;2183739;2183815;149;*;gtc fin;;CDS;2183965;2185344;;; deb;comp;CDS;2484550;2484708;529;*; ;;regulatory;2485238;2485339;116;*; fin;;CDS;2485456;2486832;;; deb;comp;CDS;2763891;2766782;763;*; ;comp;tRNA;2767546;2767621;11;*;ggc ;comp;tRNA;2767633;2767719;78;*;tta ;comp;tRNA;2767798;2767873;37;*;ggc ;comp;tRNA;2767911;2767984;400;*;tgc fin;comp;CDS;2768385;2768942;;; deb;;CDS;2780030;2780155;-54;*; ;;misc_f;2780102;2780205;125;*; fin;;CDS;2780331;2781896;;; deb;;CDS;2851424;2851855;62;*; ;;tRNA;2851918;2851992;363;*;gga fin;;CDS;2852356;2852970;;0; deb;comp;CDS;2977057;2978046;-12;*; ;comp;regulatory;2978035;2978168;175;*; fin;;CDS;2978344;2979249;;0; deb;comp;CDS;2983815;2985845;558;*; ;;tRNA;2986404;2986479;372;*;aac fin;;CDS;2986852;2989149;;; deb;;CDS;3050023;3051831;139;*; ;;tRNA;3051971;3052061;321;*;tca fin;comp;CDS;3052383;3053693;;; deb;comp;CDS;3437937;3438392;233;*; ;comp;tRNA;3438626;3438702;56;*;atgf ;comp;tRNA;3438759;3438842;18;*;ctc fin;comp;CDS;3438861;3439199;;; deb;comp;CDS;3553172;3554167;189;*; ;comp;tRNA;3554357;3554433;59;*;cgt ;comp;tRNA;3554493;3554569;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554627;3554703;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554761;3554837;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554895;3554971;57;*;cgt ;comp;tRNA;3555029;3555105;85;*;cgt ;comp;tRNA;3555191;3555282;29;*;agc ;comp;tRNA;3555312;3555388;31;*;cgt ;comp;tRNA;3555420;3555511;243;*;agc fin;comp;CDS;3555755;3555952;;; deb;;CDS;3603439;3603747;8;*; ;;ncRNA;3603756;3603940;5;*; fin;;CDS;3603946;3604539;;; deb;;CDS;3639165;3640295;108;*; ;;tRNA;3640404;3640479;51;*;ttc ;;tRNA;3640531;3640606;7;*;aca ;;tRNA;3640614;3640689;43;*;ttc ;;tRNA;3640733;3640808;69;*;aac ;;tRNA;3640878;3640953;10;*;aca ;;tRNA;3640964;3641039;42;*;ttc ;;tRNA;3641082;3641158;292;*;aac deb;;CDS;3641451;3643076;233;*; ;;tRNA;3643310;3643385;51;*;ttc ;;tRNA;3643437;3643512;21;*;aca ;;tRNA;3643534;3643609;39;*;aac ;;tRNA;3643649;3643724;15;*;aca ;;tRNA;3643740;3643815;156;*;aac deb;comp;CDS;3643972;3645408;558;*; ;comp;tRNA;3645967;3646043;31;*;gac ;comp;rRNA;3646075;3646191;57;*;117 ;comp;tRNA;3646249;3646324;100;*;acc ;comp;rRNA;3646425;3646541;129;*;117 ;comp;rRNA;3646671;3649560;272;*;2890 ;comp;tRNA;3649833;3649908;43;*;gca ;comp;tRNA;3649952;3650028;102;*;atc ;comp;rRNA;3650131;3651683;557;*;1553 fin;comp;CDS;3652241;3653491;;; deb;comp;CDS;3663006;3663598;181;*; ;comp;tRNA;3663780;3663864;177;*;ttg fin;comp;CDS;3664042;3664707;;0; deb;;CDS;3758223;3759258;578;*; ;comp;tRNA;3759837;3759913;68;*;gac ;comp;rRNA;3759982;3760098;129;*;117 ;comp;rRNA;3760228;3763117;297;*;2890 ;comp;tRNA;3763415;3763490;43;*;gca ;comp;tRNA;3763534;3763610;102;*;atc ;comp;rRNA;3763713;3765265;0;*;1553 autres intercalaires;;vha1;;;;; ;;;;;;; ;;;;;;; ;;;;;;; ;;;;;;; ;comp;rRNA;1;1384;631;*;1384 fin;comp;CDS;2016;2795;;; deb;;CDS;104112;105239;529;*; ;comp;tRNA;105769;105845;158;*;atgf ;comp;tRNA;106004;106079;35;*;ggc ;comp;tRNA;106115;106190;35;*;ggc ;comp;tRNA;106226;106301;18;*;ggc ;comp;tRNA;106320;106396;39;*;atgf ;comp;tRNA;106436;106511;90;*;ggc ;comp;tRNA;106602;106678;39;*;atgf ;comp;tRNA;106718;106793;18;*;ggc ;comp;tRNA;106812;106888;39;*;atgf ;comp;tRNA;106928;107003;18;*;ggc ;comp;tRNA;107022;107098;39;*;atgf ;comp;tRNA;107138;107213;156;*;ggc fin;comp;CDS;107370;107915;;0; deb;;CDS;189680;190715;101;*; ;comp;rRNA;190817;190933;125;*;117 ;comp;rRNA;191059;193948;297;*;2890 ;comp;tRNA;194246;194321;43;*;gca ;comp;tRNA;194365;194441;102;*;atc ;comp;rRNA;194544;196096;371;*;1553 ;comp;rRNA;196468;196584;95;*;117 ;comp;rRNA;196680;199569;297;*;2890 ;comp;tRNA;199867;199942;43;*;gca ;comp;tRNA;199986;200062;102;*;atc ;comp;rRNA;200165;201717;853;*;1553 fin;comp;CDS;202571;204706;;; deb;comp;CDS;234302;235486;101;*; ;comp;tRNA;235588;235663;13;*;acc ;comp;tRNA;235677;235751;35;*;gga ;comp;tRNA;235787;235871;52;*;tac ;comp;tRNA;235924;235999;206;*;aca fin;;CDS;236206;237129;;0; deb;comp;CDS;241274;242467;546;*; ;comp;tRNA;243014;243090;68;*;tgg ;comp;tRNA;243159;243235;32;*;gac ;comp;rRNA;243268;243384;135;*;117 ;comp;rRNA;243520;246397;317;*;2878 ;comp;tRNA;246715;246790;30;*;gta ;comp;tRNA;246821;246896;2;*;aaa ;comp;tRNA;246899;246974;127;*;gaa ;comp;rRNA;247102;248654;554;*;1553 </pre> ====vha2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_données_intercalaires|vha2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;vha2;fx;fc;vha2;fx40;fc40;vha2;x-;c-;c;x;c;x;aa ;1;0;1;16;0;1;16;-1;0;62;412;329;16s tRNA;; ;0;10;14;120;1;0;14;-2;2;0;244;386;123;;gaa ;0;20;14;97;2;2;14;-3;0;0;302;325;tRNA 23s;; ;1;30;14;53;3;0;13;-4;3;77;245;272;313;;gta ;0;40;15;19;4;1;13;-5;0;1;317;337;5s tRNA;; ;0;50;15;35;5;2;6;-6;2;0;366;;90;;tca ;0;60;25;50;6;1;5;-7;0;4;-36;;tRNA tRNA;;intra ;1;70;33;42;7;2;2;-8;0;22;29;;35;;gta ;0;80;38;39;8;1;11;-9;1;0;62;;24;;gca ;1;90;31;35;9;2;27;-10;0;2;84;;2;;aaa ;0;100;31;34;10;3;15;-11;4;17;CDS 16s;;**;;gaa ;0;110;26;25;11;1;18;-12;0;0;448;;tRNA tRNA;; ;0;120;31;48;12;2;25;-13;0;2;23s 5s;;97;;tta ;0;130;20;32;13;0;7;-14;0;11;95;;5;;ggc ;0;140;20;30;14;2;12;-15;1;0;;;**;;tgc ;0;150;21;24;15;1;8;-16;0;1;;;53;;tta ;0;160;12;21;16;0;7;-17;0;8;;;181;;tgc ;0;170;13;23;17;2;4;-18;0;0;;;**;;tgc ;0;180;13;21;18;0;6;-19;0;1;;;;; ;0;190;14;15;19;4;7;-20;1;1;;;;; ;0;200;13;11;20;2;3;-21;0;0;;;;; ;0;210;11;20;21;1;9;-22;0;0;;;;; ;0;220;12;20;22;2;10;-23;0;2;;;;; ;0;230;11;15;23;3;5;-24;0;0;;;;; ;0;240;15;14;24;1;3;-25;0;0;;;;; ;2;250;9;9;25;1;2;-26;0;3;;;;; ;0;260;11;12;26;2;9;-27;0;0;;;;; ;0;270;9;17;27;1;3;-28;0;0;;;;; 1;0;280;8;10;28;0;4;-29;1;2;;;;; ;0;290;13;13;29;3;4;-30;0;0;;;;; ;0;300;6;13;30;0;4;-31;1;1;;;;; ;1;310;14;7;31;0;3;-32;3;1;;;;; ;1;320;6;5;32;2;6;-33;0;0;;;;; 2;0;330;7;6;33;3;2;-34;0;1;;;;; 1;0;340;7;7;34;2;1;-35;0;4;;;;; ;0;350;7;5;35;3;2;-36;0;0;;;;; ;0;360;4;4;36;1;1;-37;0;0;;;;; ;1;370;9;5;37;2;1;-38;0;1;;;;; ;0;380;10;7;38;0;1;-39;1;0;;;;; 1;0;390;5;4;39;1;1;-40;0;0;;;;; ;0;400;5;8;40;1;1;-41;0;0;;;;; ;1;reste;96;84;reste;631;770;-42;0;0;;;;; 5;10;total;689;1075;total;689;1075;-43;0;0;;;;; 5;8;diagr;592;975;diagr;57;289;-44;0;0;;;;; 0;1;t30;42;270;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;;;;; ;x;688;25;1;714;;;-49;0;0;;;;; ;c;1059;227;16;1302;;;-50;3;3;;;;; ;;;;;2016;33;;reste;0;0;;;;; ;;;;;;2049;;total;25;227;;;;; </pre> =====vha2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_autres_intercalaires_aas|vha2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vha2;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;545001;545657;173;*; ;comp;regulatory;545831;545971;122;*; fin;comp;CDS;546094;546711;;; deb;comp;CDS;673809;674132;412;*; ;comp;tRNA;674545;674635;329;*;tca fin;;CDS;674965;675645;;; deb;;CDS;881183;882640;244;*; ;;tRNA;882885;882958;302;*;tgc fin;;CDS;883261;883725;;; deb;;CDS;884955;886649;245;*; ;;tRNA;886895;886981;97;*;tta ;;tRNA;887079;887154;5;*;ggc ;;tRNA;887160;887233;317;*;tgc fin;;CDS;887551;889074;;; deb;comp;CDS;889540;890328;386;*; ;;tRNA;890715;890801;53;*;tta ;;tRNA;890855;890928;181;*;tgc ;;tRNA;891110;891183;366;*;tgc fin;;CDS;891550;891992;;; deb;comp;CDS;1335216;1335734;325;*; ;;tRNA;1336060;1336134;272;*;gga fin;comp;CDS;1336407;1337222;;; deb;;CDS;1582077;1582217;305;*; ;;regulatory;1582523;1582622;100;*; fin;;CDS;1582723;1583730;;; deb;;CDS;1842556;1842741;-36;*; ;;tRNA;1842706;1842789;29;*;ctc fin;;CDS;1842819;1843430;;0; deb;;CDS;1921130;1921561;62;*; ;;tRNA;1921624;1921698;337;*;gga fin;comp;CDS;1922036;1922209;;; deb;comp;CDS;1937870;1939129;84;*; ;comp;tRNA;1939214;1939304;90;*;tca ;comp;rRNA;1939395;1939511;95;*;117 ;comp;rRNA;1939607;1942496;313;*;2890 ;comp;tRNA;1942810;1942885;35;*;gta ;comp;tRNA;1942921;1942996;24;*;gca ;comp;tRNA;1943021;1943096;2;*;aaa ;comp;tRNA;1943099;1943174;123;*;gaa ;comp;rRNA;1943298;1944850;468;*;1553 fin;comp;CDS;1945319;1945843;;0; deb;comp;CDS;1948023;1949408;356;*; ;;regulatory;1949765;1949875;108;*; fin;;CDS;1949984;1950871;;; </pre> ===Aeromonas media WS=== ====amed opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed opérons]] <pre> 61.2%GC;25.7.19 Paris;16s ;126;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd Aeromonas media WS;;;;;;;;;; ;6590..7159;;CDS;;3;;;;190; ;;;;;;;;;; comp;7163..8359;;CDS;;512;*512;;;399; ;8872..10421;;16s;;66;;;;; ;10488..10564;;atc;;10;;;10;; ;10575..10650;;gca;;231;;;;; ;10882..13800;;23s;;98;;;;; ;13899..14013;;5s;;386;*386;;;;*386 ;14400..14717;;CDS;;102422;;;;106; ;;;;;;;;;; ;117140..117850;;CDS;;47;47;;;237;47 ;117898..117973;;ttc;;52;;52;;; ;118026..118101;;aca;;3;;3;;; ;118105..118180;;ttc;;45;;45;;; ;118226..118301;;aac;;252;252;;;; ;118554..119573;;CDS;;50489;;;;340; ;;;;;;;;;; comp;170063..170329;;CDS;;103;103;;;89;103 comp;170433..170518;;ctg;+;71;;71;;; comp;170590..170675;;ctg;5 ctg;46;;46;;; comp;170722..170807;;ctg;;46;;46;;; comp;170854..170939;;ctg;;51;;51;;; comp;170991..171076;;ctg;;116;116;;;; comp;171193..172653;;CDS;;146173;;;;487; ;;;;;;;;;; ;318827..320692;;CDS;;190;190;;;622;190 ;320883..320959;;atgi;;244;244;;;; comp;321204..323780;;CDS;;62601;;;;*859; ;;;;;;;;;; ;386382..386732;;CDS;;514;*514;;;117; ;387247..388802;;16s;;268;;;;; ;389071..389146;;gaa;;245;;;;; ;389392..392312;;23s;;104;;;;; ;392417..392531;;5s;;268;268;;;;268 comp;392800..394413;;CDS;;81847;;;;538; ;;;;;;;;;; ;476261..476482;;CDS;;64;64;;;74;64 comp;476547..476622;;aac;;5;;5;;; comp;476628..476703;;ttc;;622;*622;;;; ;477326..477547;;CDS;;22721;;;;*74; ;;;;;;;;;; ;500269..500814;;CDS;;177;177;;;182;177 ;500992..501067;;ggc;+;24;;24;;; ;501092..501167;;ggc;6 ggc;29;;29;;; ;501197..501272;;ggc;;38;;38;;; ;501311..501386;;ggc;;25;;25;;; ;501412..501487;;ggc;;23;;23;;; ;501511..501586;;ggc;;363;*363;;;; comp;501950..502159;;CDS;;4810;;;;70; ;;;;;;;;;; ;506970..507110;;CDS;;236;236;;;47;236 ;507347..507422;;gcc;+;28;;28;;; ;507451..507526;;gcc;5 gcc;66;;66;;; ;507593..507668;;gcc;;58;;58;;; ;507727..507802;;gcc;;40;;40;;; ;507843..507918;;gcc;;471;*471;;;; ;508390..508473;;riboswitch;@1;134002;;;;28; ;;;;;;;;;; ;642476..642802;;CDS;;9;9;;;109;9 ;642812..642896;;ctc;;91;;91;;; ;642988..643064;;atgf;;166;166;;;; ;643231..643689;;CDS;;128528;;;;153; ;;;;;;;;;; ;772218..774050;;CDS;;195;195;;;611;195 comp;774246..774329;;cta;+;8;;8;;; comp;774338..774414;;atg;3 atg;38;;38;;; comp;774453..774527;;caa;4 caa;47;;47;;; comp;774575..774649;;caa;;17;;17;;; comp;774667..774743;;atg;;35;;35;;; comp;774779..774853;;caa;;47;;47;;; comp;774901..774975;;caa;;13;;13;;; comp;774989..775065;;atg;;235;235;;;; comp;775301..776392;;CDS;;3148;;;;364; ;;;;;;;;;; comp;779541..780557;;CDS;;104;104;;;339;104 comp;780662..780736;;caa;;-21;*-21;;;;*-21 comp;780716..781612;;CDS;;373301;;;;299; ;;;;;;;;;; comp;1154914..1155384;;CDS;;131;131;;;157;131 comp;1155516..1155592;;ccc;;226;226;;;; comp;1155819..1157162;;CDS;;67691;;;;448; ;;;;;;;;;; comp;1224854..1226290;;CDS;;301;301;;;479; comp;1226592..1226667;;aac;;2;;2;;; comp;1226670..1226744;;gga;;164;164;;;;164 comp;1226909..1227181;;CDS;;13604;;;;91; ;;;;;;;;;; comp;1240786..1241733;;CDS;;350;*350;;;316; comp;1242084..1242156;;aac;+;2;;2;;; comp;1242159..1242234;;aac;2 aac;49;49;;;;49 ;1242284..1242496;;CDS;;294;;;;71; ;;;;;;;;;; ;1242791..1244527;;CDS;;181;181;;;579;181 ;1244709..1244796;;tcc;;407;*407;;;; ;1245204..1246064;;CDS;;161293;;;;287; ;;;;;;;;;; comp;1407358..1408338;;CDS;;410;*410;;;327; comp;1408749..1408836;;tcc;;177;177;;;;177 comp;1409014..1409631;;CDS;;34595;;;;206; ;;;;;;;;;; ;1444227..1444688;;CDS;;146;146;;;154; ;1444835..1444922;;tcc;;127;127;;;;127 ;1445050..1446834;;CDS;;14349;;;;595; ;;;;;;;;;; comp;1461184..1462401;;CDS;;163;163;;;406;163 comp;1462565..1462640;;cac;;124;;124;;; comp;1462765..1462838;;aga;;240;240;;;; comp;1463079..1464389;;CDS;;61984;;;;437; ;;;;;;;;;; comp;1526374..1527606;;CDS;;151;151;;;411;151 comp;1527758..1527833;;cac;;123;;123;;; comp;1527957..1528033;;aga;;36;;36;;; comp;1528070..1528146;;cca;;203;203;;;; ;1528350..1529207;;CDS;;60230;;;;286; ;;;;;;;;;; ;1589438..1589644;;CDS;;138;138;;;69; comp;1589783..1589858;;aac;;132;132;;;;132 ;1589991..1592003;;CDS;;57434;;;;671; ;;;;;;;;;; ;1649438..1651867;;CDS;;104;104;;;*810;104 comp;1651972..1652048;;gtc;+;36;;36;;; comp;1652085..1652161;;gtc;5 gtc;26;;26;;; comp;1652188..1652264;;gtc;;15;;15;;; comp;1652280..1652356;;gtc;;11;;11;;; comp;1652368..1652444;;gtc;;170;170;;;; comp;1652615..1653994;;CDS;;277443;;;;460; ;;;;;;;;;; comp;1931438..1932934;;CDS;;145;145;;;499;145 comp;1933080..1933156;;atgf;+;110;;110;;; comp;1933267..1933343;;atgf;9 atgf;102;;102;;; comp;1933446..1933522;;atgf;@2;101;;101;;; comp;1933624..1933700;;atgf;;101;;101;;; comp;1933802..1933877;;atgf;;103;;103;;; comp;1933981..1934057;;atgf;;102;;102;;; comp;1934160..1934236;;atgf;;102;;102;;; comp;1934339..1934415;;atgf;;92;;92;;; comp;1934508..1934584;;atgf;;268;268;;;; comp;1934853..1935572;;CDS;;490897;;;;240; ;;;;;;;;;; comp;2426470..2427675;;CDS;;350;350;;;402; comp;2428026..2428112;;tta;;40;;40;;; comp;2428153..2428226;;tgc;;35;;35;;; comp;2428262..2428337;;ggc;;181;181;;;;181 comp;2428519..2429073;;CDS;;117921;;;;185; ;;;;;;;;;; comp;2546995..2547534;;CDS;;271;271;;;180;271 ;2547806..2547882;;ccc;;1103;*1103;;;; ;2548986..2550593;;CDS;;107760;;;;*536; ;;;;;;;;;; ;2658354..2659094;;CDS;;87;87;;;247;87 ;2659182..2659257;;acg;;108;108;;;; < comp;2659366..2659705;;CDS;;198821;;;;113; ;;;;;;;;;; comp;2858527..2859036;;CDS;;126;126;;;170; ;2859163..2859247;;tac;+;30;;30;;; ;2859278..2859362;;tac;2 tac;121;121;;;;121 comp;2859484..2863335;;CDS;;115303;;;;*1284; ;;;;;;;;;; ;2978639..2979358;;CDS;;119;119;;;240;119 comp;2979478..2979552;;gga;;104;;104;;; comp;2979657..2979730;;ggg;;201;201;;;; ;2979932..2981701;;CDS;;41492;;;;590; ;;;;;;;;;; ;3023194..3023487;;CDS;;75;75;;;98;75 comp;3023563..3023636;;tgc;;57;;57;;; comp;3023694..3023769;;ggc;;248;248;;;; ;3024018..3027455;;CDS;;17375;;;;*1146; ;;;;;;;;;; ;3044831..3045361;;CDS;;133;133;;;177;133 comp;3045495..3045584;;tcg;;380;*380;;;; ;3045965..3046882;;CDS;;221147;;;;306; ;;;;;;;;;; comp;3268030..3268398;;CDS;;318;318;;;123; comp;3268717..3268804;;tca;;198;198;;;;198 ;3269003..3269752;;CDS;;20717;;;;250; ;;;;;;;;;; ;3290470..3291624;;CDS;;50;50;;;385;50 ;3291675..3291751;;agg;;126;126;;;; comp;3291878..3292804;;CDS;;41865;;;;309; ;;;;;;;;;; ;3334670..3335758;;CDS;;230;230;;;363; ;3335989..3336073;;tac;+;32;;32;;; ;3336106..3336190;;tac;3 tac;45;;45;;; ;3336236..3336320;;tac;;135;135;;;;135 ;3336456..3336731;;CDS;;169091;;;;92; ;;;;;;;;;; comp;3505823..3506272;;CDS;;275;275;;;150;275 comp;3506548..3506662;;5s;;101;;;;; comp;3506764..3509682;;23s;;229;;;;; comp;3509912..3509987;;gaa;;218;;;;; comp;3510206..3511760;;16s;;592;*592;;;; ;3512353..3515220;;CDS;;161083;;;;*956; ;;;;;;;;;; comp;3676304..3677323;;CDS;;113;113;;;340; comp;3677437..3677521;;ttg;;49;49;;;;49 ;3677571..3678182;;CDS;;9862;;;;204; ;;;;;;;;;; ;3688045..3688872;;CDS;;369;*369;;;276; comp;3689242..3689318;;cgt;+;25;;25;;; comp;3689344..3689420;;cgt;5 cgt;25;;25;;; comp;3689446..3689522;;cgt;;26;;26;;; comp;3689549..3689625;;cgt;;98;;98;;; comp;3689724..3689800;;cgt;;4;;4;;; comp;3689805..3689897;;agc;;213;213;;;;213 comp;3690111..3690299;;CDS;;196546;;;;63; ;;;;;;;;;; ;3886846..3887601;;CDS;;302;302;;;252;302 comp;3887904..3887980;;gac;;98;;;;; comp;3888079..3888193;;5s;;105;;;;; comp;3888299..3891217;;23s;;231;;;;; comp;3891449..3891524;;gca;;10;;;10;; comp;3891535..3891611;;atc;;66;;;;; comp;3891678..3893232;;16s;;420;*420;;;; comp;3893653..3894195;;CDS;;18750;;;;181; ;;;;;;;;;; comp;3912946..3913317;;CDS;;60;60;;;124; comp;3913378..3913454;;tgg;;52;52;;;;52 comp;3913507..3914691;;CDS;@3;171;171;;;395;171 comp;3914863..3914937;;gga;;38;;38;;; comp;3914976..3915060;;tac;;263;263;;;; ;3915324..3916262;;CDS;;45900;;;;313; ;;;;;;;;;; comp;3962163..3963533;;CDS;;306;306;;;457; comp;3963840..3963916;;tgg;;202;202;;;;202 ;3964119..3964703;;CDS;;59641;;;;195; ;;;;;;;;;; comp;4024345..4026816;;CDS;;658;*658;;;*824; comp;4027475..4027551;;ccg;;140;140;;;;140 comp;4027692..4028417;;CDS;;80995;;;;242; ;;;;;;;;;; ;4109413..4111986;;CDS;;99;99;;;*858; comp;4112086..4112200;;5s;;101;;;;; comp;4112302..4115220;;23s;;231;;;;; comp;4115452..4115527;;gaa;;192;;;;; comp;4115720..4117273;;16s;;94;94;;;;94 comp;4117368..4117547;;CDS;;32227;;;;60; ;;;;;;;;;; comp;4149775..4150248;;CDS;;204;204;;;158;204 comp;4150453..4150529;;cca;;58;;58;;; comp;4150588..4150673;;ctg;;20;;20;;; comp;4150694..4150769;;cac;;49;;49;;; comp;4150819..4150895;;cgg;;258;258;;;; ;4151154..4151744;;CDS;;74862;;;;197; ;;;;;;;;;; ;4226607..4227725;;CDS;;428;*428;;;373; ;4228154..4229708;;16s;;192;;;;; ;4229901..4229976;;gaa;;229;;;;; ;4230206..4233124;;23s;;104;;;;; ;4233229..4233343;;5s;;106;;;;; ;4233450..4233525;;acc;;23;;;;; ;4233549..4233663;;5s;;164;164;;;;164 ;4233828..4234793;;CDS;;119351;;;;322; ;;;;;;;;;; comp;4354145..4355686;;CDS;;622;*622;;;*514; ;4356309..4357863;;16s;;268;;;;; ;4358132..4358207;;gaa;;230;;;;; ;4358438..4361364;;23s;;102;;;;; ;4361467..4361581;;5s;;106;;;;; ;4361688..4361763;;acc;;233;233;;;;233 ;4361997..4363241;;CDS;;71363;;;;415; ;;;;;;;;;; ;4434605..4435198;;CDS;;465;*465;;;198; ;4435664..4437217;;16s;;219;;;;; ;4437437..4437512;;gaa;;229;;;;; ;4437742..4440657;;23s;;103;;;;; ;4440761..4440875;;5s;;98;;;;; ;4440974..4441050;;gac;;167;167;;;;167 ;4441218..4442054;;CDS;;39919;;;;279; ;;;;;;;;;; comp;4481974..4482513;;CDS;;477;*477;;;180; ;4482991..4484545;;16s;;513;;;;; ;4485059..4485549;;23s°;;37;;;;; comp;4485587..4486115;;23s°;;229;;;;; comp;4486345..4486419;;gaa;;218;;;;; comp;4486638..4488193;;16s;;94;94;;;;94 comp;4488288..4488509;;CDS;;72132;;;;74; ;;;;;;;;;; comp;4560642..4561676;;CDS;;192;192;;;345; comp;4561869..4561944;;gta;+;18;;18;;; comp;4561963..4562038;;aaa;7 gta;34;;34;;; comp;4562073..4562148;;gta;5 aaa;18;;18;;; comp;4562167..4562242;;aaa;2 aag;23;;23;;; comp;4562266..4562341;;gta;;18;;18;;; comp;4562360..4562435;;aaa;;23;;23;;; comp;4562459..4562534;;gta;;18;;18;;; comp;4562553..4562628;;aaa;;34;;34;;; comp;4562663..4562738;;gta;;22;;22;;; comp;4562761..4562836;;aag;;46;;46;;; comp;4562883..4562958;;gta;;22;;22;;; comp;4562981..4563056;;aag;;46;;46;;; comp;4563103..4563178;;gta;;32;;32;;; comp;4563211..4563286;;aaa;;174;174;;;;174 comp;4563461..4564276;;CDS;;70895;;;;272; ;;;;;;;;;; comp;4635172..4636173;;CDS;;275;275;;;334;275 comp;4636449..4636525;;gac;;95;;;;; comp;4636621..4636735;;5s;;101;;;;; comp;4636837..4639756;;23s;;231;;;;; comp;4639988..4640063;;gca;;10;;;10;; comp;4640074..4640150;;atc;;66;;;;; comp;4640217..4641771;;16s;;512;*512;;;; ;4642284..4643480;;CDS;;3;;;;399; ;;;;;;;;;; comp;4643484..4644053;;CDS;;;;;;190; </pre> ====amed cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_cumuls|amed cumuls]] <pre> amed cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;0;-;1;1;40;1;100;14 ;16 gaa 23 5s ;6;20;15;;50;5;60;5;200;21 ;16 atc gca;3;40;27;;100;8;80;2;300;15 ;16 23 5s ;0;60;14;;150;19;100;3;400;18 ;max a;3;80;2;;200;17;120;4;500;11 ;a doubles;0;100;3;;250;13;140;7;600;6 ;spéciaux;1;120;8;;300;8;160;2;700;3 ;total aas;18;140;2;;350;6;180;8;800;0 sans ;opérons;38;160;0;;400;4;200;5;900;4 ;1 aa;16;180;0;;450;4;220;3;1000;1 ;max a;14;200;0;;500;3;240;2;1100;0 ;a doubles;12;;0;;;8;;6;;2 ;total aas;109;;71;0;;96;;48;;95 total aas;;127;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;49;;;;;156;; ;;;variance;34;;;;;77;; sans jaune;;;moyenne;;;;214;;;;274 ;;;variance;;;;122;;;;157 </pre> ====amed blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_blocs|amed blocs]] <pre> amed blocs;;;;; cds;512;cds;302;cds;275 16s;66;gac;98;gac;95 atc;10;5s;105;5s;101 gca;231;23s;231;23s;231 23s;98;gca;10;gca;10 5s;386;atc;66;atc;66 ;;16s;420;16s;512 ;;;;; cds;514;275;99;; 16s;268;101;101;; gaa;245;229;231;; 23s;104;218;192;; 5s;268;592;94;; ;;;;; cds;428;CDS;622;cds;465 16s;192;16s;268;16s;219 gaa;229;gaa;230;gaa;229 23s;104;23s;102;23s;103 5s;106;5s;106;5s;98 acc;23;acc;233;gac;167 5s;164;;;; </pre> ====amed distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_distribution|amed distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;9;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;3;tac;;tgc;;tac3+2;ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;2;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;aac2;atc;;acc;;aac;3;agc;1;aac2;atc;;acc;;aac;2;agc;;aac2;atc;;acc;2;aac;;agc; ctc;;ccc;2;cac;;cgt;;caa2+2;ctc;1;ccc;;cac;3;cgt;;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;atgf9;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;atgf9;gtc;5;gcc;5;gac;;ggc;6;atgf9;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;cgt5;tta;1;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;1;aaa;5;aga;2;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;;gaa;;gga;3;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;séquences;atgj;3;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;(atgj caa2)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total amed;;16;;;;;16;;amed;47;;;;;;47;;amed;46;;;;;;46;;amed;;;;5;;;5 </pre> ====amed autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_autres_intercalaires|amed autres intercalaires]] <pre> autres intercalaires;;amed;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7163;8359;516;*; ;;rRNA;8876;10415;72;*;1540 ;;tRNA;10488;10564;10;*;atc ;;tRNA;10575;10650;238;*;gca ;;rRNA;10889;13778;120;*;2890 ;;rRNA;13899;14013;386;*;115 fin;;CDS;14400;14717;;; deb;;CDS;45743;46576;187;*; ;;ncRNA;46764;47150;46;*; fin;;CDS;47197;48777;;0; deb;;CDS;117188;117850;47;*; ;;tRNA;117898;117973;52;*;ttc ;;tRNA;118026;118101;3;*;aca ;;tRNA;118105;118180;45;*;ttc ;;tRNA;118226;118301;252;*;aac fin;;CDS;118554;119573;;; deb;comp;CDS;170063;170329;103;*; ;comp;tRNA;170433;170518;71;*;ctg ;comp;tRNA;170590;170675;46;*;ctg ;comp;tRNA;170722;170807;46;*;ctg ;comp;tRNA;170854;170939;51;*;ctg ;comp;tRNA;170991;171076;116;*;ctg fin;comp;CDS;171193;172653;;; deb;;CDS;318836;320692;190;*; ;;tRNA;320883;320959;244;*;atgi fin;comp;CDS;321204;323780;;; deb;;CDS;386382;386732;518;*; ;;rRNA;387251;388796;274;*;1546 ;;tRNA;389071;389146;252;*;gaa ;;rRNA;389399;392290;126;*;2892 ;;rRNA;392417;392531;268;*;115 fin;comp;CDS;392800;394413;;0; deb;;CDS;476261;476482;64;*; ;comp;tRNA;476547;476622;5;*;aac ;comp;tRNA;476628;476703;881;*;ttc fin;comp;CDS;477585;478565;;; deb;;CDS;500269;500814;177;*; ;;tRNA;500992;501067;24;*;ggc ;;tRNA;501092;501167;29;*;ggc ;;tRNA;501197;501272;38;*;ggc ;;tRNA;501311;501386;25;*;ggc ;;tRNA;501412;501487;23;*;ggc ;;tRNA;501511;501586;363;*;ggc fin;comp;CDS;501950;502159;;; deb;;CDS;505552;507110;236;*; ;;tRNA;507347;507422;28;*;gcc ;;tRNA;507451;507526;66;*;gcc ;;tRNA;507593;507668;58;*;gcc ;;tRNA;507727;507802;40;*;gcc ;;tRNA;507843;507918;471;*;gcc ;;regulatory;508390;508473;148;*; fin;;CDS;508622;511627;;0; deb;;CDS;642476;642802;9;*; ;;tRNA;642812;642896;91;*;ctc ;;tRNA;642988;643064;166;*;atgf fin;;CDS;643231;643689;;; deb;;CDS;772218;774050;195;*; ;comp;tRNA;774246;774329;8;*;cta ;comp;tRNA;774338;774414;38;*;atgj ;comp;tRNA;774453;774527;47;*;caa ;comp;tRNA;774575;774649;17;*;caa ;comp;tRNA;774667;774743;35;*;atgj ;comp;tRNA;774779;774853;47;*;caa ;comp;tRNA;774901;774975;13;*;caa ;comp;tRNA;774989;775065;235;*;atgj fin;comp;CDS;775301;776392;;; deb;comp;CDS;779541;780488;173;*; ;comp;tRNA;780662;780736;-21;*;caa fin;comp;CDS;780716;781630;;; deb;comp;CDS;1154914;1155384;131;*; ;comp;tRNA;1155516;1155592;226;*;ccc fin;comp;CDS;1155819;1157162;;0; deb;comp;CDS;1224854;1226290;301;*; ;comp;tRNA;1226592;1226667;2;*;aac ;comp;tRNA;1226670;1226744;460;*;gga fin;comp;CDS;1227205;1228818;;; deb;comp;CDS;1240786;1241733;425;*; ;comp;tRNA;1242159;1242234;556;*;aac deb;;CDS;1242791;1244527;181;*; ;;tRNA;1244709;1244796;83;*;tcc fin;;CDS;1244880;1246145;;0; deb;comp;CDS;1407358;1408665;83;*; ;comp;tRNA;1408749;1408836;177;*;tcc fin;comp;CDS;1409014;1409631;;; deb;;CDS;1444233;1444688;146;*; ;;tRNA;1444835;1444922;127;*;tcc fin;;CDS;1445050;1446834;;; deb;comp;CDS;1461184;1462401;163;*; ;comp;tRNA;1462565;1462640;438;*;cac fin;comp;CDS;1463079;1464389;;; deb;comp;CDS;1526374;1527606;151;*; ;comp;tRNA;1527758;1527833;123;*;cac ;comp;tRNA;1527957;1528033;36;*;aga ;comp;tRNA;1528070;1528146;203;*;cca fin;;CDS;1528350;1529207;;0; deb;comp;CDS;1587325;1589010;772;*; ;comp;tRNA;1589783;1589858;132;*;aac fin;;CDS;1589991;1592003;;; deb;;CDS;1649438;1651867;104;*; ;comp;tRNA;1651972;1652048;36;*;gtc ;comp;tRNA;1652085;1652161;26;*;gtc ;comp;tRNA;1652188;1652264;15;*;gtc ;comp;tRNA;1652280;1652356;11;*;gtc ;comp;tRNA;1652368;1652444;170;*;gtc fin;comp;CDS;1652615;1653994;;; deb;comp;CDS;1734629;1735525;28;*; ;comp;misc_f;1735554;1735678;185;*; fin;;CDS;1735864;1736109;;; deb;comp;CDS;1931438;1932934;145;*; ;comp;tRNA;1933080;1933156;110;*;atgf ;comp;tRNA;1933267;1933343;102;*;atgf ;comp;tRNA;1933446;1933522;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933624;1933700;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933802;1933877;103;*;atgf ;comp;tRNA;1933981;1934057;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934160;1934236;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934339;1934415;92;*;atgf ;comp;tRNA;1934508;1934584;268;*;atgf fin;comp;CDS;1934853;1935572;;; deb;;CDS;1977322;1978332;353;*; ;comp;ncRNA;1978686;1978779;94;*; fin;;CDS;1978874;1979143;;0; deb;comp;CDS;1980394;1981206;97;*; ;comp;ncRNA;1981304;1981397;269;*; fin;;CDS;1981667;1981849;;0; deb;comp;CDS;1997119;1998258;85;*; ;comp;ncRNA;1998344;1998440;102;*; fin;comp;CDS;1998543;1999331;;; deb;;CDS;2154455;2154631;277;*; ;;ncRNA;2154909;2155037;-9;*; fin;comp;CDS;2155029;2155319;;0; deb;;CDS;2234810;2235142;16;*; ;;ncRNA;2235159;2235341;133;*; fin;comp;CDS;2235475;2236674;;; deb;comp;CDS;2426470;2427675;350;*; ;comp;tRNA;2428026;2428112;40;*;tta ;comp;tRNA;2428153;2428226;35;*;tgc ;comp;tRNA;2428262;2428337;181;*;ggc fin;comp;CDS;2428519;2429073;;; deb;comp;CDS;2546995;2547534;271;*; ;;tRNA;2547806;2547882;259;*;ccc fin;;CDS;2548142;2548282;;; deb;;CDS;2658354;2659094;87;*; ;;tRNA;2659182;2659257;114;*;acg fin;;CDS;2659372;2659665;;0; deb;comp;CDS;2827175;2828170;-13;*; ;comp;regulatory;2828158;2828297;79;*; fin;;CDS;2828377;2830089;;; deb;comp;CDS;2858527;2859036;126;*; ;;tRNA;2859163;2859247;30;*;tac ;;tRNA;2859278;2859362;121;*;tac fin;comp;CDS;2859484;2863335;;; deb;;CDS;2953473;2953961;121;*; ;;tmRNA;2954083;2954442;177;*; fin;;CDS;2954620;2955903;;; deb;;CDS;2978639;2979358;119;*; ;comp;tRNA;2979478;2979552;104;*;gga ;comp;tRNA;2979657;2979730;201;*;ggg fin;;CDS;2979932;2981701;;; deb;;CDS;3023194;3023487;75;*; ;comp;tRNA;3023563;3023636;57;*;tgc ;comp;tRNA;3023694;3023769;248;*;ggc fin;;CDS;3024018;3027455;;0; deb;;CDS;3044891;3045361;133;*; ;comp;tRNA;3045495;3045584;380;*;tcg fin;;CDS;3045965;3046882;;; deb;comp;CDS;3052964;3053617;105;*; ;comp;regulatory;3053723;3053869;209;*; fin;;CDS;3054079;3054915;;0; deb;comp;CDS;3093394;3094776;249;*; ;comp;regulatory;3095026;3095141;508;*; fin;;CDS;3095650;3096798;;0; deb;comp;CDS;3268030;3268398;318;*; ;comp;tRNA;3268717;3268804;198;*;tca fin;;CDS;3269003;3269752;;0; deb;comp;CDS;3286866;3287465;164;*; ;;misc_f;3287630;3287752;38;*; fin;;CDS;3287791;3288963;;0; deb;;CDS;3290470;3291624;50;*; ;;tRNA;3291675;3291751;126;*;agg fin;comp;CDS;3291878;3292798;;0; deb;;CDS;3334670;3335758;230;*; ;;tRNA;3335989;3336073;32;*;tac ;;tRNA;3336106;3336190;45;*;tac ;;tRNA;3336236;3336320;135;*;tac fin;;CDS;3336456;3336731;;; deb;comp;CDS;3382564;3385161;111;*; ;comp;regulatory;3385273;3385359;203;*; fin;comp;CDS;3385563;3389024;;; deb;comp;CDS;3497173;3497463;91;*; ;;regulatory;3497555;3497645;99;*; fin;;CDS;3497745;3498725;;; deb;comp;CDS;3505823;3506272;275;*; ;comp;rRNA;3506548;3506662;123;*;115 ;comp;rRNA;3506786;3509675;236;*;2890 ;comp;tRNA;3509912;3509987;224;*;gaa ;comp;rRNA;3510212;3511756;596;*;1545 fin;;CDS;3512353;3515220;;; deb;comp;CDS;3676304;3677323;113;*; ;comp;tRNA;3677437;3677521;142;*;ttg fin;;CDS;3677664;3678182;;0; deb;;CDS;3688045;3688872;369;*; ;comp;tRNA;3689242;3689318;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689344;3689420;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689446;3689522;26;*;cgt ;comp;tRNA;3689549;3689625;98;*;cgt ;comp;tRNA;3689724;3689800;4;*;cgt ;comp;tRNA;3689805;3689897;213;*;agc fin;comp;CDS;3690111;3690299;;; deb;;CDS;3886846;3887601;302;*; ;comp;tRNA;3887904;3887980;98;*;gac ;comp;rRNA;3888079;3888193;127;*;115 ;comp;rRNA;3888321;3891210;238;*;2890 ;comp;tRNA;3891449;3891524;10;*;gca ;comp;tRNA;3891535;3891611;72;*;atc ;comp;rRNA;3891684;3893228;424;*;1545 fin;comp;CDS;3893653;3894195;;; deb;comp;CDS;3912946;3913317;60;*; ;comp;tRNA;3913378;3913454;52;*;tgg deb;comp;CDS;3913507;3914691;171;*; ;comp;tRNA;3914863;3914937;38;*;gga ;comp;tRNA;3914976;3915060;263;*;tac fin;;CDS;3915324;3916262;;0; deb;comp;CDS;3962163;3963533;306;*; ;comp;tRNA;3963840;3963916;202;*;tgg fin;;CDS;3964119;3964703;;; deb;comp;CDS;4024345;4026816;658;*; ;comp;tRNA;4027475;4027551;140;*;ccg fin;comp;CDS;4027692;4028417;;; deb;;CDS;4109413;4111986;99;*; ;comp;rRNA;4112086;4112200;123;*;115 ;comp;rRNA;4112324;4115213;238;*;2890 ;comp;tRNA;4115452;4115527;198;*;gaa ;comp;rRNA;4115726;4117269;627;*;1544 fin;;CDS;4117897;4118388;;0; deb;comp;CDS;4119290;4121155;51;*; ;comp;regulatory;4121207;4121385;207;*; fin;;CDS;4121593;4122102;;; deb;comp;CDS;4149775;4150278;174;*; ;comp;tRNA;4150453;4150529;58;*;cca ;comp;tRNA;4150588;4150673;20;*;ctg ;comp;tRNA;4150694;4150769;49;*;cac ;comp;tRNA;4150819;4150895;258;*;cgg fin;;CDS;4151154;4151744;;; deb;;CDS;4226547;4227725;432;*; ;;rRNA;4228158;4229702;198;*;1545 ;;tRNA;4229901;4229976;236;*;gaa ;;rRNA;4230213;4233102;126;*;2890 ;;rRNA;4233229;4233343;106;*;115 ;;tRNA;4233450;4233525;23;*;acc ;;rRNA;4233549;4233663;164;*;115 fin;;CDS;4233828;4234793;;; deb;comp;CDS;4354145;4355686;626;*; ;;rRNA;4356313;4357857;274;*;1545 ;;tRNA;4358132;4358207;237;*;gaa ;;rRNA;4358445;4361342;124;*;2898 ;;rRNA;4361467;4361581;106;*;115 ;;tRNA;4361688;4361763;233;*;acc fin;;CDS;4361997;4363241;;; deb;;CDS;4434674;4435198;469;*; ;;rRNA;4435668;4437211;225;*;1544 ;;tRNA;4437437;4437512;236;*;gaa ;;rRNA;4437749;4440638;122;*;2890 ;;rRNA;4440761;4440875;98;*;115 ;;tRNA;4440974;4441050;167;*;gac fin;;CDS;4441218;4442054;;0; deb;comp;CDS;4481974;4482513;481;*; ;;rRNA;4482995;4484539;547;*;1545 ;;misc_f;4485087;4486108;236;*; ;comp;tRNA;4486345;4486419;224;*;gaa ;comp;rRNA;4486644;4488189;559;*;1546 fin;comp;CDS;4488749;4489795;;; deb;comp;CDS;4560642;4561715;153;*; ;comp;tRNA;4561869;4561944;18;*;gta ;comp;tRNA;4561963;4562038;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562073;4562148;18;*;gta ;comp;tRNA;4562167;4562242;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562266;4562341;18;*;gta ;comp;tRNA;4562360;4562435;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562459;4562534;18;*;gta ;comp;tRNA;4562553;4562628;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562663;4562738;22;*;gta ;comp;tRNA;4562761;4562836;46;*;aag ;comp;tRNA;4562883;4562958;22;*;gta ;comp;tRNA;4562981;4563056;46;*;aag ;comp;tRNA;4563103;4563178;32;*;gta ;comp;tRNA;4563211;4563286;174;*;aaa fin;comp;CDS;4563461;4564267;;; deb;;CDS;4626091;4627785;262;*; ;;regulatory;4628048;4628133;65;*; fin;;CDS;4628199;4629623;;; deb;comp;CDS;4635172;4636104;344;*; ;comp;tRNA;4636449;4636525;95;*;gac ;comp;rRNA;4636621;4636735;120;*;115 ;comp;rRNA;4636856;4639749;238;*;2894 ;comp;tRNA;4639988;4640063;10;*;gca ;comp;tRNA;4640074;4640150;72;*;atc ;comp;rRNA;4640223;4641767;516;*;1545 fin;;CDS;4642284;4643480;;0; deb;comp;CDS;4698779;4700680;360;*; ;comp;regulatory;4701041;4701154;88;*; fin;;CDS;4701243;4702160;;; </pre> ====amed données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_données_intercalaires|amed données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;amed;fx;fc;amed;fx40;fc40;amed;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;2;12;0;2;12;-1;0;91;47;244;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;1;10;38;225;1;2;26;-2;1;0;252;64;518;516;;52;;ttc;40;;tta ;0;20;20;167;2;0;41;-3;0;0;103;363;424;596;;3;;aca;35;;tgc ;0;30;23;110;3;4;34;-4;8;212;116;195;432;627;;45;;ttc;**;;ggc ;0;40;34;92;4;9;18;-5;0;0;190;556;469;626;;**;;aac;30;;tac ;2;50;43;75;5;0;12;-6;1;0;881;203;599;481;;71;;ctg;**;;tac ;2;60;76;92;6;6;6;-7;0;10;177;132;;516;;46;;ctg;104;;gga 1;0;70;90;111;7;4;12;-8;3;47;236;104;23s 5s;;;46;;ctg;**;;ggg 1;0;80;100;99;8;6;17;-9;1;0;9;271;2* 120;;;51;;ctg;57;;tgc ;3;90;59;120;9;3;34;-10;0;2;166;126;2* 126;;;**;;ctg;**;;ggc ;0;100;54;90;10;4;25;-11;2;31;235;121;2* 123;;;5;;aac;32;;tac 1;1;110;58;112;11;1;21;-12;0;0;173;119;127;;;**;;ttc;45;;tac 1;3;120;50;96;12;3;18;-13;2;6;-21;201;124;;;24;;ggc;**;;tac 3;1;130;35;81;13;2;20;-14;1;7;131;75;122;;;29;;ggc;25;;cgt 2;3;140;30;74;14;2;22;-15;1;0;226;248;5s CDS;;;38;;ggc;25;;cgt 1;2;150;25;72;15;1;14;-16;0;8;301;133;386;268;;25;;ggc;26;;cgt ;2;160;33;70;16;3;13;-17;0;4;460;380;275;99;;23;;ggc;98;;cgt ;4;170;29;32;17;2;20;-18;1;0;425;198;164;;;**;;ggc;4;;cgt ;6;180;35;50;18;1;17;-19;1;1;181;126;16s tRNA;;;28;;gcc;**;;agc ;3;190;25;44;19;2;6;-20;1;7;83;142;3* 72;;atc;66;;gcc;38;;gga 2;0;200;37;53;20;3;16;-21;1;0;83;369;2* 274;;gaa;58;;gcc;**;;tac 3;0;210;39;48;21;3;11;-22;2;1;177;302;2* 198;;gaa;40;;gcc;58;;cca ;1;220;25;34;22;0;8;-23;0;1;146;263;224;;gaa;**;;gcc;20;;ctg ;2;230;30;26;23;1;16;-24;0;0;127;202;225;;gaa;91;;ctc;49;;cac ;3;240;26;30;24;3;10;-25;1;2;163;258;tRNA 23s;;;**;;atgf;**;;cgg 2;0;250;20;26;25;3;13;-26;0;1;438;;3* 238;;gca;8;;cta;18;;gta 1;2;260;21;25;26;1;7;-27;0;0;151;;252;;gaa;38;;atgj;34;;aaa 1;1;270;22;36;27;4;10;-28;0;0;772;;3* 236;;gaa;47;;caa;18;;gta 1;0;280;25;28;28;2;11;-29;1;1;170;;237;;gaa;17;;caa;23;;aaa ;0;290;13;24;29;2;15;-30;0;0;145;;238;;gaa;35;;atgj;18;;gta ;0;300;8;14;30;4;9;-31;0;1;268;;5s tRNA;;;47;;caa;23;;aaa 1;2;310;19;17;31;3;9;-32;0;0;350;;98;;gac;13;;caa;18;;gta ;1;320;12;14;32;3;11;-33;2;0;181;;2* 106;;acc;**;;atgj;34;;aaa ;0;330;8;15;33;4;11;-34;0;2;259;;98;;gac;2;;aac;22;;gta ;0;340;9;8;34;1;9;-35;2;2;87;;95;;gac;**;;gga;46;;aag ;2;350;13;13;35;1;12;-36;1;0;114;;tRNA 5s;;;123;;cac;22;;gta ;0;360;15;8;36;1;5;-37;0;0;318;;23;;acc;36;;aga;46;;aag 2;0;370;7;5;37;5;4;-38;1;0;50;;tRNA tRNA;;intra;**;;cca;32;;gta 1;0;380;8;7;38;7;13;-39;0;0;230;;3* 10;;atc;36;;gtc;**;;aaa ;0;390;7;9;39;7;10;-40;0;0;135;;**;;gca;26;;gtc;;; ;0;400;10;9;40;2;8;-41;0;0;113;;;;;15;;gtc;;; 1;6;reste;110;109;reste;1226;1776;-42;0;0;213;;;;;11;;gtc;;; 25;54;total;1343;2382;total;1343;2382;-43;0;0;60;;;;;**;;gtc;;; 24;47;diagr;1231;2261;diagr;115;594;-44;0;1;52;;;;;110;;atgf;;; 0;1;t30;81;502;;;;-45;0;0;171;;;;;102;;atgf;;; ;;;;;;;;-46;3;0;306;;;;;101;;atgf;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;658;;;;;101;;atgf;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;140;;;;;103;;atgf;;; ;x;1341;42;2;1385;;;-49;0;0;174;;;;;102;;atgf;;; ;c;2370;444;12;2826;;;-50;1;0;233;;;;;102;;atgf;;; ;;;;;4211;239;;reste;4;6;167;;;;;92;;atgf;;; ;;;;;;4450;;total;42;444;153;;;;;**;;atgf;;; ;;;;;;;;;;;174;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;344;;;;;;;;;; </pre> ===gamma synthèse=== ====gamma distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_génome|gamma distribution par génome]] <pre> gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total spl;46;8;;;;6;79;3;142 vpb;60;11;;;;21;22;12;126 vha;51;14;;;;26;19;11;121 amed;47;16;;;;13;46;5;127 eal;25;23;;;;10;23;4;85 eco;20;23;;;;10;29;4;86 ecoN;20;34;;;;17;44;6;121 ;;;;;;;;; total;269;129;0;0;0;103;262;45;808 </pre> ====gamma distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_du_total|gamma distribution du total]] <pre> gama7;;;;;;;660;;gamma7;;;;;;;148 atgi;11;tct;;tat;;atgf;48;;atgi;;tct;;tat;;atgf;0 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;23;acc;9;aac;;agc; ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;2;gac;23;ggc; tta;14;tca;12;taa;;tga;4;;tta;;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;8;aga; cta;24;cca;14;caa;23;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;34;gca;;gaa;17;gga;14;;gta;8;gca;29;gaa;34;gga; ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8 atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;531;129;0;0;0;0;660;;1-3aas;;;;45;;103;148 </pre> ====gamma distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_type|gamma distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> gama7;;;;;;;660;;gama7;;;;;;;129;;gama7;;;;;;;269;;gama7;;;;;;;262;;gama7;;;;;;;45 atgi;11;tct;0;tat;0;atgf;48;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;18;;atgi;;tct;;tat;;atgf;24;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;7;tcc;14;tac;;tgc;1;;ttc;14;tcc;;tac;6;tgc;15;;ttc;;tcc;;tac;24;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;1;acc;1;aac;14;agc;;;atc;;acc;5;aac;11;agc;11;;atc;2;acc;;aac;9;agc;;;atc;;acc;9;aac;;agc; ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;5;ccc;6;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;38;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;17;;gtc;19;gcc;14;gac;4;ggc;29;;gtc;;gcc;;gac;23;ggc; tta;14;tca;12;taa;0;tga;4;;tta;;tca;10;taa;;tga;4;;tta;14;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;4;taa;;tga; ata;0;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;6;;ata;;aca;19;aaa;15;aga;4;;ata;;aca;;aaa;18;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;24;cca;14;caa;23;cga;0;;cta;;cca;2;caa;1;cga;;;cta;18;cca;10;caa;12;cga;;;cta;6;cca;2;caa;10;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;34;gca;0;gaa;17;gga;14;;gta;;gca;;gaa;4;gga;4;;gta;13;gca;;gaa;;gga;10;;gta;21;gca;;gaa;13;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga; ttg;7;tcg;4;tag;0;tgg;4;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8 atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;4;aag;;agg;7;;atgj;19;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;4;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;;cag;;cgg;7;;ctg;17;ccg;;cag;6;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;45;;; </pre> ====gamma par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_par_rapport_au_groupe_de_référence|gamma par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;37;18;39;;;2;96; 16;moyen;51;104;31;;21;52;259; 14;fort;41;147;192;;24;49;453; ; ;129;269;262;;45;103;808; 10;g+cga;15;3;6;;;;24; 2;agg+cgg;7;7;;;;;14; 4;carre ccc;11;8;33;;;2;54; 5;autres;4;;;;;;4; ;;37;18;39;;;2;96; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;gama ‰;ref. ‰ 21;faible;46;22;48;;;2;119;26 16;moyen;63;129;38;;26;64;321;324 14;fort;51;182;238;;30;61;561;650 ;;160;333;324;;56;127;808;729 10;g+cga;19;4;7;;;;30;10 2;agg+cgg;9;9;;;;;17; 4;carre ccc;14;10;41;;;2;67;16 5;autres;5;;;;;;5; ;;46;22;48;;;2;119; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;56;27;59;142;26;29;7;15 16;moyen;77;158;47;282;324;40;39;12 14;fort;62;223;291;576;650;32;55;73 ;;195;408;397;660;729;129;269;262 10;g+cga;23;5;9;36;10;41;;15 2;agg+cgg;11;11;;21;;19;; 4;carre ccc;17;12;50;79;16;30;;85 5;autres;6;;;6;;11;; ;;56;27;59;142;;37;;39 </pre> ====gamma, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma,_estimation_des_-rRNAs|gamma, estimation des -rRNAs]] <pre> gamma;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 144 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;144;1536; ; ;;indices;;;;144;1067;0;0;;gama7;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;660 atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;48 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18 atc;373;acc;57;aac;;agc;3;;atc;259;acc;40;aac;;agc;2;;atc;3;acc;6;aac;34;agc;11 ctc;;ccc;;cac;10;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;7;cgt;;;ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40 gtc;;gcc;3;gac;151;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;105;ggc;;;gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46 tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;14;tca;12;taa;;tga;4 ata;;aca;;aaa;13;aga;;;ata;;aca;;aaa;9;aga;;;ata;;aca;19;aaa;33;aga;10 cta;;cca;14;caa;;cga;;;cta;;cca;10;caa;;cga;;;cta;24;cca;14;caa;23;cga; gta;14;gca;378;gaa;423;gga;;;gta;10;gca;263;gaa;294;gga;;;gta;34;gca;;gaa;17;gga;14 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;73;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;51;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4 atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7 ctg;;ccg;;cag;;cgg;11;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;4 ;;900;;622;;14;1536;;;;625;;432;;10;1067;;;;186;;380;;94;660 27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;86713;1.5;0;;avec +16s;;;;1183;86713;1.5;0;;gama7;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;290;;atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;292;;atgi;157;tct;;tat;;atgf;686 att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;173;tcc;152;tac;226;tgc;114;;ttc;175;tcc;152;tac;227;tgc;114;;ttc;300;tcc;200;tac;429;tgc;257 atc;26;acc;115;aac;311;agc;104;;atc;285;acc;155;aac;311;agc;106;;atc;43;acc;86;aac;486;agc;157 ctc;102;ccc;86;cac;108;cgt;298;;ctc;102;ccc;86;cac;115;cgt;298;;ctc;129;ccc;86;cac;171;cgt;571 gtc;173;gcc;165;gac;184;ggc;351;;gtc;173;gcc;167;gac;289;ggc;351;;gtc;300;gcc;229;gac;100;ggc;657 tta;119;tca;138;taa;1.0;tga;64;;tta;120;tca;140;taa;1.0;tga;64;;tta;200;tca;171;taa;;tga;57 ata;0.8;aca;141;aaa;368;aga;151;;ata;0.8;aca;141;aaa;377;aga;151;;ata;;aca;271;aaa;471;aga;143 cta;128;cca;131;caa;189;cga;13;;cta;128;cca;141;caa;189;cga;13;;cta;343;cca;200;caa;329;cga; gta;311;gca;21;gaa;30;gga;114;;gta;321;gca;283;gaa;324;gga;114;;gta;486;gca;;gaa;243;gga;200 ttg;102;tcg;83;tag;2.7;tgg;62;;ttg;103;tcg;83;tag;2.7;tgg;113;;ttg;100;tcg;57;tag;;tgg;57 atgj;169;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;170;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;271;acg;57;aag;29;agg;100 ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;92;;ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;100;;ctg;300;ccg;57;cag;86;cgg;100 gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;57 ;;1892;;3118;;1244;6254;;;;2517;;3550;;1254;7321;;;;2657;;5429;;1343;9429 rapports;;75;;88;;99;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;gama7;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;99;;fiches;57.882;;;fréquences;;;;;atgi;17;tct;100;tat;100;atgf;58 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;8335;;;0/0;;;;;att;100;act;100;aat;100;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;1401;;;10;7;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;144;;;20;7;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt;100 ttc;99;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;42;tcc;24;tac;47;tgc;56 atc;9;acc;74;aac;100;agc;98;;gama7;94.2857142857143;;;40;8;;;;atc;39;acc;26;aac;36;agc;34 ctc;100;ccc;100;cac;94;cgt;100;;sans;660;;;50;10;38;;;ctc;21;ccc;0;cac;37;cgt;48 gtc;100;gcc;99;gac;64;ggc;100;;avec;148;;;60;2;;;;gtc;42;gcc;28;gac;46;ggc;47 tta;99;tca;99;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;1;;;;tta;40;tca;20;taa;100;tga;11 ata;100;aca;100;aaa;98;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;48;aaa;22;aga;5 cta;100;cca;93;caa;100;cga;100;;L’estimation par gama7;;;;90;1;;;;cta;63;cca;34;caa;42;cga;100 gta;97;gca;7;gaa;9;gga;100;;est 62% au dessus;;;;100;6;;;;gta;36;gca;100;gaa;88;gga;43 ttg;99;tcg;100;tag;100;tgg;55;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;31;tag;100;tgg;8 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;38;acg;20;aag;16;agg;9 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;92;;;;;;;;;;;ctg;16;ccg;8;cag;16;cgg;8 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;21 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;425;;656;;229;1310 </pre> ==alpha== ===rtb=== ====rtb opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_opérons|rtb opérons]] <pre> 29.0%GC;31.12.19 Paris;16s 1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rickettsia typhi str. B9991CWPP ;;;;;;;;;;;; comp;7429..8469;;cds;;381;381;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;* comp;8851..8926;;ttc;;368;368;;;;;;* ;9295..10278;;cds;;;;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;* ;;;;;;;;;;;;* ;14663..18055;;cds;;108;108;;;1131;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;18164..18238;;gaa;;1394;*1394;;;;;;* comp;19633..20106;;cds;;;;;;158;;crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;48065..48709;;cds;;278;278;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;* comp;48988..49064;;atgf;;110;110;;;;;;* comp;49175..49411;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;* ;;;;;;;;;;;;* comp;73627..73929;;cds;;17;17;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;* comp;73947..74021;;acc;;139;139;;;;;;* comp;74161..75417;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* ;155064..157163;;cds;;143;143;;;700;;elongation factor G;* ;157307..157382;;tgg;;167;167;;;;;;* ;157550..157750;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* ;189197..189400;;cds;;889;*889;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;* comp;190290..190365;;acg;;142;142;;;;;;* comp;190508..192814;;cds;;;;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;* ;;;;;;;;;;;;* ;255010..255921;;cds;;732;*732;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;* ;256654..259439;;23s;;206;;;;2786;;;* ;259646..259760;;5s;;173;173;;;115;;;* comp;259934..261007;;cds;;;;;;358;;cell division protein ZapE;* ;;;;;;;;;;;;* ;291358..291843;;cds;;35;35;;;162;;30S ribosomal protein S9;* ;291879..291955;;atgj;;1364;*1364;;;;;;* comp;293320..293805;;cds;;;;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;335194..336996;;cds;;402;402;;;601;;elongation factor 4;* ;337399..337473;;aac;;633;*633;;;;;;* comp;338107..338793;;cds;;;;;;229;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;440466..440933;;cds;;496;496;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;* ;441430..441504;;tgc;;31;31;;;;;;* ;441536..442456;;cds;;;;;;307;;site-specific tyrosine recombinase XerD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;469056..469781;;cds;;218;218;;;242;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;* ;470000..470075;;aaa;;15;;15;;;;;* ;470091..470167;;atc;;1922;*1922;;;;;;* ;472090..472662;;cds;;;;;;191;;GTP cyclohydrolase I FolE;* ;;;;;;;;;;;;* comp;564534..565562;;cds;;1530;*1530;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;* comp;567093..567180;;tcc;;218;218;;;;;;* comp;567399..568145;;cds;;;;;;249;;NTP transferase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;583250..584149;;cds;;1278;*1278;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;* comp;585428..585518;;tca;;58;58;;;;;;* comp;585577..586569;;cds;;;;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;;* ;598723..599706;;cds;;26;26;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;* ;599733..599809;;cgg;;60;;60;;;;;* comp;599870..599944;;caa;;62;62;;;;;;* comp;600007..601779;;cds;;;;;;591;;aminopeptidase P family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;644357..644745;;cds;;499;499;;;130;;p-ribosome-associated translation inhibitor RaiA;* ;645245..645321;;gac;@1;1051;;1051;;;;;* comp;646373..646448;;gcc;;222;222;;;;;;* comp;646671..647276;;cds;;;;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;* ;;;;;;;;;;;;* comp;649389..650048;;cds;;452;452;;;220;;(d)CMP kinase;* ;650501..650577;;gtc;;1274;*1274;;;;;;* comp;651852..652094;;cds;;;;;;81;;HU family DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;696163..697398;;cds;;1535;*1535;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;* ;698934..699010;;cgt;;1028;*1028;;;;;;* ;700039..705720;;cds;;;;;;1894;;alpha-2-macroglobulin family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;727560..728087;;cds;;1164;*1164;;;176;;copper chaperone Pcu(A)C;* comp;729252..729326;;gca;;32;32;;;;;;* comp;729359..729574;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;739215..740075;;cds;;181;181;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;* ;740257..740343;;ctc;;246;246;;;;;;* ;740590..741960;;cds;;1199;*1199;;;457;;magnesium transporter;* ;743160..743234;;ggc;;1090;*1090;;;;;;* ;744325..744753;;cds;;;;;;143;;preprotein translocase subunit YajC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;775944..777866;;cds;;2465;*2465;;;641;;hp;* comp;780332..781831;;16s;;1854;*1854;;;1500;;;* comp;783686..785485;;cds;;;;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;814590..814823;;cds;;349;349;;;78;;hp;* comp;815173..815248;;gta;;68;68;;;;;;* comp;815317..815589;;cds;;;;;;91;;30S ribosomal protein S20;* ;;;;;;;;;;;;* comp;829300..830484;;cds;;82;82;;;395;;elongation factor Tu;* comp;830567..830640;;gga;;95;;95;;;;;* comp;830736..830821;;tac;;183;183;;;;;;* ;831005..831733;;cds;;;;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* ;839841..839969;;cds;;145;145;;;43;;dimethyladenosine transferase;* ;840115..840200;;tta;;2009;*2009;;;;;;* ;842210..842446;;cds;;;;;;79;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;876906..877589;;cds;;401;401;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;* ;877991..878067;;cac;;145;145;;;;;;* ;878213..879943;;cds;;;;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;918938..919882;;cds;;951;*951;;;315;;ACP S-malonyltransferase;* ;920834..920925;;agc;;1945;*1945;;;;;;* comp;922871..924049;;cds;;;;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;961209..962297;;cds;;41;41;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;* comp;962339..962415;;atgi;;390;390;;;;;;* comp;962806..963273;;cds;;;;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* ;;;;;;;;;;;;* ;1023375..1023626;;cds;;1585;*1585;;;84;;BolA family transcriptional regulator;* ;1025212..1025288;;cca;;17;17;;;;;;* ;1025306..1025521;;cds;;;;;;72;;translation initiation factor IF-1;* ;;;;;;;;;;;;* ;1053321..1054139;;cds;;2191;*2191;;;273;;alpha/beta hydrolase;* comp;1056331..1056407;;aga;;98;98;;;;;;* ;1056506..1056823;;cds;;;;;;106;;DUF167 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1098776..1099240;;cds;;40;40;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;* comp;1099281..1099365;;cta;;145;145;;;;;;* comp;1099511..1100662;;cds;;;;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1102351..1102980;;cds;;475;475;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* comp;1103456..1103530;;aca;;130;130;;;;;;* comp;1103661..1103996;;cds;;;;;;112;;30S ribosomal protein S16;* </pre> ====rtb cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_cumuls|rtb cumuls]] <pre> rtb cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;11;30;0 ;23s5s;1;20;1;;50;8;40;;200;13;60;1 ;16s;1;40;;;100;5;80;;300;12;90;9 ;16s23s;0;60;1;;150;9;120;;400;13;120;4 ;max a;0;80;;;200;4;160;;500;3;150;2 ;a doubles;0;100;1;;250;4;200;;600;3;180;7 ;spéciaux;0;120;;;300;1;240;;700;3;210;3 ;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;4 sans ;opérons;29;160;;;400;3;320;;900;0;270;3 ;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;3 ;max a;2;200;;;500;4;400;;1100;0;330;5 ;a doubles;0;;1;;;21;;;;2;;20 ;total aas;33;;4;0;;62;;0;;61;;61 total aas;;33;;;;21;1430;;;;;; remarques;;1;;;;;491;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;612;;;;310;; ;;;variance;;;;665;;;;291;; sans jaune;;;moyenne;57;;;193;;;;269;;176 ;;;variance;40;;;148;;;;176;;86 </pre> ====rtb blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_blocs|rtb blocs]] ====rtb distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_distribution|rtb distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rtb;;25;;;;;25;;rtb;8;;;;;;8 </pre> ====rtb données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_données_intercalaires|rtb données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;rtb;fx;fc;rtb;fx40;fc40;rtb;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;4;0;1;4;-1;0;10;381;368;tRNA tRNA;; ;0;10;2;64;1;0;10;-2;1;0;108;1394;15;;aaa ;2;20;3;37;2;0;7;-3;0;0;278;411;**;;atc ;1;30;1;17;3;0;8;-4;0;33;110;633;60;;cgg ;4;40;2;13;4;0;13;-5;0;0;17;496;**;;caa ;1;50;3;7;5;2;2;-6;0;0;139;218;1051;;gac ;1;60;4;9;6;0;5;-7;0;2;143;1278;**;;gcc ;2;70;6;16;7;0;3;-8;0;16;167;499;95;;gga ;0;80;12;9;8;0;7;-9;0;0;142;452;**;;tac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reste;66;100;reste;176;371;-42;0;0;130;;;; 16;42;total;186;505;total;185;506;-43;0;0;CDS 16s;;;; 4;30;diagr;118;402;diagr;8;131;-44;0;0;1854;;;; 0;3; t30;6;118;;;;-45;0;0;16s CDS;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;2466;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;CDS 23s;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;736;;;; ;x;185;4;1;190;;;-49;0;0;23s 5s;;;; ;c;501;98;4;603;;;-50;1;0;228;;;; ;;;;;793;75;;reste;0;0;5s CDS;;;; ;;;;;;868;;total;4;98;;173;;; </pre> =====rtb autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires_aas|rtb autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;rtb;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7429;8469;381;*; ;comp;tRNA;8851;8926;368;*;ttc fin;;CDS;9295;10278;;; deb;;CDS;14663;18055;108;*; ;;tRNA;18164;18238;1394;*;gaa fin;comp;CDS;19633;20106;;; deb;comp;CDS;48065;48709;278;*; ;comp;tRNA;48988;49064;110;*;atgf fin;comp;CDS;49175;49411;;; deb;comp;CDS;73627;73929;17;*; ;comp;tRNA;73947;74021;139;*;acc fin;comp;CDS;74161;75417;;; deb;;CDS;155064;157163;143;*; ;;tRNA;157307;157382;167;*;tgg fin;;CDS;157550;157750;;; deb;comp;CDS;189738;189878;411;*; ;comp;tRNA;190290;190365;142;*;acg fin;comp;CDS;190508;192814;;; deb;;CDS;255010;255921;736;*; ;;rRNA;256658;259417;228;*;23s ;;rRNA;259646;259760;173;*;5s fin;comp;CDS;259934;261007;;; deb;;CDS;291358;291843;35;*; ;;tRNA;291879;291955;1364;*;atgj fin;comp;CDS;293320;293805;;; deb;;CDS;335194;336996;402;*; ;;tRNA;337399;337473;633;*;aac fin;comp;CDS;338107;338793;;; deb;comp;CDS;440466;440933;496;*; ;;tRNA;441430;441504;31;*;tgc fin;;CDS;441536;442456;;; deb;comp;CDS;469056;469781;218;*; ;;tRNA;470000;470075;15;*;aaa ;;tRNA;470091;470167;1922;*;atc fin;;CDS;472090;472662;;; deb;comp;CDS;564534;565562;1530;*; ;comp;tRNA;567093;567180;218;*;tcc fin;comp;CDS;567399;568145;;; deb;;CDS;583250;584149;1278;*; ;comp;tRNA;585428;585518;58;*;tca fin;comp;CDS;585577;586569;;0; deb;;CDS;598723;599706;26;*; ;;tRNA;599733;599809;60;*;cgg ;comp;tRNA;599870;599944;62;*;caa fin;comp;CDS;600007;601779;;; deb;comp;CDS;608541;609209;176;*; ;comp;ncRNA;609386;609769;248;*; fin;;CDS;610018;612660;;; deb;comp;CDS;644395;644745;499;*; ;;tRNA;645245;645321;1051;*;gac ;comp;tRNA;646373;646448;222;*;gcc fin;comp;CDS;646671;647276;;; deb;comp;CDS;649389;650048;452;*; ;;tRNA;650501;650577;1274;*;gtc fin;comp;CDS;651852;652094;;; deb;comp;CDS;696163;697398;1535;*; ;;tRNA;698934;699010;1028;*;cgt fin;;CDS;700039;705720;;0; deb;comp;CDS;727560;728087;1164;*; ;comp;tRNA;729252;729326;32;*;cga fin;comp;CDS;729359;729574;;; deb;;CDS;739215;740075;181;*; ;;tRNA;740257;740343;246;*;ctc deb;;CDS;740590;741960;1199;*; ;;tRNA;743160;743234;1090;*;ggc fin;;CDS;744325;744753;;; deb;comp;CDS;775944;777866;2466;*; ;comp;rRNA;780333;781831;1854;*;16s fin;comp;CDS;783686;785485;;; deb;comp;CDS;814590;814823;349;*; ;comp;tRNA;815173;815248;68;*;gta fin;comp;CDS;815317;815589;;; deb;comp;CDS;829300;830484;82;*; ;comp;tRNA;830567;830640;95;*;gga ;comp;tRNA;830736;830821;183;*;tac fin;;CDS;831005;831733;;; deb;comp;CDS;839520;839732;382;*; ;;tRNA;840115;840200;2009;*;tta fin;;CDS;842210;842446;;; deb;comp;CDS;876906;877589;401;*; ;;tRNA;877991;878067;145;*;cac fin;;CDS;878213;879943;;; deb;comp;CDS;911079;911558;179;*; ;comp;tmRNA;911738;912287;74;*; fin;;CDS;912362;913186;;; deb;;CDS;918938;919882;951;*; ;;tRNA;920834;920925;1945;*;agc fin;comp;CDS;922871;924049;;; deb;comp;CDS;941489;942730;156;*; ;comp;ncRNA;942887;943045;9;*; fin;comp;CDS;943055;943372;;; deb;comp;CDS;961209;962297;41;*; ;comp;tRNA;962339;962415;390;*;atgi fin;comp;CDS;962806;963273;;; deb;;CDS;1023375;1023626;1585;*; ;;tRNA;1025212;1025288;17;*;cca fin;;CDS;1025306;1025521;;; deb;;CDS;1053321;1054139;2191;*; ;comp;tRNA;1056331;1056407;98;*;aga fin;;CDS;1056506;1056823;;; deb;;CDS;1090984;1091625;14;*; ;;ncRNA;1091640;1091733;152;*; fin;;CDS;1091886;1093411;;; deb;comp;CDS;1098776;1099240;40;*; ;comp;tRNA;1099281;1099365;145;*;cta fin;comp;CDS;1099511;1100662;;; deb;comp;CDS;1102351;1102980;475;*; ;comp;tRNA;1103456;1103530;130;*;aca fin;comp;CDS;1103661;1103996;;; </pre> ====rtb intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_entre_cds|rtb intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> rtb;28.1.21 Paris;NCBI;7.12.2020;;;;;;;;; rtb;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5;intercal;frequencez ;'''négatif;102;12.9;'''négatif ;-11;10;-50 à -1;'''1 112 957;-1;102;610;1 ;'''zéro;5;0.6;;;;;'''intercals;0;5;620;2 ;'''1 à 200;430;54.2;'''0 à 200;85;61;;'''224 467;5;42;630;1 ;'''201 à 370;84;10.6;'''201 à 370;261;43;;'''20.2%;10;24;640;3 ;'''371 à 600;52;6.6;'''371 à 600;481;63;;;15;24;650;2 ;'''601 à max;120;15.1;'''601 à 1028;1173;515;;;20;16;660;3 ;'''total 793;<201;67.7;'''total 793;282;445;-50 à 3216;;25;12;670;0 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul, %;intercal;fréquence;30;6;680;7 665700;3216;-1;102;-70;0;;0;5;35;7;690;0 1032528;3065;0;5;-60;0;;-1;°10;40;8;700;1 506416;2624;1;°10;-50;1;;-2;1;45;2;710;1 64385;2360;2;7;-40;1;;-3;0;50;8;720;2 801292;2313;3;8;-30;5;'''min à -1;-4;°33;55;5;730;2 272796;2262;4;°13;-20;12;102;-5;0;60;8;740;0 131965;2171;5;4;-10;21;12.9%;-6;0;65;10;750;1 763244;2078;6;5;0;67;;-7;2;70;12;760;1 101695;2071;7;3;10;66;;-8;°16;75;9;770;2 446016;1893;8;°7;20;40;;-9;0;80;12;780;2 905133;1870;9;°7;30;18;;-10;1;85;9;790;0 141270;1858;10;2;40;15;'''1 à 100;-11;°2;90;4;800;1 570117;1846;11;°6;50;10;243;-12;0;95;10;810;3 129767;1794;12;5;60;13;30.6%;-13;3;100;15;820;0 378376;1765;13;3;70;22;;-14;°7;105;11;830;4 232652;1743;14;5;80;21;;-15;0;110;12;840;0 871293;1715;15;5;90;13;;-16;1;115;10;850;1 998041;1656;16;°6;100;25;;-17;°7;120;10;860;1 359936;1637;17;1;110;23;;-18;0;125;13;870;0 1014216;1621;18;3;120;20;;-19;0;130;8;880;1 847537;1581;19;3;130;21;;-20;°2;135;16;890;1 338816;1539;20;3;140;26;;-21;0;140;10;900;1 808693;1532;21;2;150;17;;-22;1;145;10;910;2 950532;1524;22;2;160;17;'''1 à 200;-23;°3;150;7;920;1 969491;1524;23;1;170;21;430;-24;0;155;8;930;1 706435;1485;24;°4;180;16;54%;-25;1;160;9;940;1 536071;1468;25;3;190;15;;-26;°5;165;12;950;3 638208;1464;26;2;200;11;;-27;0;170;9;960;0 597131;1463;27;0;210;7;;;100;175;9;970;0 544938;1446;28;2;220;7;;reste;7;180;7;980;1 235220;1444;29;2;230;11;;total;107;185;8;990;0 90984;1401;30;0;240;8;;;;190;7;1000;1 693395;1374;31;0;250;9;;'''intercal;'''<u>fréquencef;195;6;1010;1 422301;1373;32;3;260;9;'''0 à 200;600;673;200;5;1020;1 678698;1370;33;3;270;6;435;650;9;205;3;1030;1 476675;1354;34;0;280;3;;700;11;210;4;1040;1 1079428;1335;35;1;290;6;;750;6;215;3;1050;2 270767;1318;36;1;300;1;;800;6;220;4;1060;2 687447;1302;37;2;310;3;;850;8;225;5;1070;1 49408;1282;38;0;320;3;;900;4;230;6;1080;1 247450;1266;39;2;330;2;;950;8;235;5;1090;0 398128;1260;40;3;340;2;;1000;2;240;3;1100;0 577310;1255;reste;547;350;3;;1050;6;245;6;1110;2 676898;1227;total;793;360;2;'''201 à 370;1100;4;250;3;1120;2 425653;1184;;;370;2;84;1150;7;255;5;1130;1 915284;1182;;;380;0;10.6%;1200;5;260;4;1140;0 ;;;;390;1;;1250;1;265;4;1150;2 ;;;;400;5;;1300;4;270;2;1160;0 ;;;;410;4;;1350;3;275;1;1170;2 ;;;;420;3;;1400;4;280;2;1180;1 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;2;;1450;3;285;3;1190;2 384083;-50;comp;;440;2;;1500;4;290;3;1200;0 523034;-41;shift2;646;450;3;;1550;4;295;1;reste;44 362986;-38;shift2;850;460;2;;1600;1;300;0;total;793 864784;-38;shift2;2407;470;1;;1650;2;305;3;; 628502;-35;shift2;571;480;2;;1700;1;310;0;; 1068153;-35;comp;;490;3;;1750;2;315;1;; 1110540;-32;shift2;997;500;3;;1800;2;320;2;; 511489;-26;shift2;;510;4;'''371 à 600;1850;1;325;2;; 661241;-26;shift2;;520;3;52;1900;3;330;0;; 710083;-26;shift2;;530;3;6.6%;1950;0;335;1;; 899806;-26;shift2;;540;0;;2000;0;340;1;; 1089393;-26;shift2;;550;0;;2050;0;345;2;; 417665;-25;shift2;;560;3;;2100;2;350;1;; 276966;-23;shift2;;570;3;;2150;0;355;1;; 480829;-23;shift2;;580;1;'''601 à max;2200;1;360;1;; 981350;-23;shift2;;590;1;120;;114;365;1;; 110015;-22;shift2;;600;3;15.1%;;;370;1;; 415433;-20;shift2;;reste;120;;reste;6;reste;172;; 748256;-20;shift2;;total;793;;total;793;total;793;; </pre> ====rtb intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> rtb Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; afn;min10;328;1323;1651;603;-26;101;127;-468;-407;-9;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; 46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; rtb;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;45;-332;590;12;496;246;max80;&-36;279;-782;91;569;258;min50 31 à 400;;;;;;;;&70;-478;827;-4.5;788;228;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;91;44;-;304;poly;191;tF;&174;61;-;487;poly;82;Sm 31 à 400;;;;;;;;&-36;44;-;598;poly;190;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.536;-0.105;0.148;;;;;-0.081;;;;;; 1-n;0.202;-0.277;-0.165;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; rtb;fx;fc;;rtb;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rtb;Sx-;Sc- 0;1;4;;0;8;10;0;1;4;>0;184;-1;0;10 10;2;64;;10;17;159;1;0;10;<0;4;-2;1;0 20;3;37;;20;25;92;2;0;7;zéro;1;-3;0;0 30;1;17;;30;8;42;3;0;8;total;189;-4;0;33 40;2;13;;40;17;32;4;0;13;;c;-5;0;0 50;3;7;;50;25;17;5;2;2;>0;502;-6;0;0 60;4;9;;60;34;22;6;0;5;<0;98;-7;0;2 70;6;16;;70;51;40;7;0;3;zéro;4;-8;0;16 80;12;9;;80;102;22;8;0;7;total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reste;66;100;;;;;reste;176;371;;;-42;0;0 total;185;506;;t30;51;294;total;185;506;;;-43;0;0 diagr;118;402;;;;;diagr;8;131;;;-44;0;0 - t30;112;284;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;reste;0;0 ;;;;;;;;;;;;total;4;98 </pre> ====rtb intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_négatifs_S-|rtb intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;0;3 continu;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;99 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;4 ;Sc-;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;98 </pre> ====rtb autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires|rtb autres intercalaires]] <pre> rtb;les autres intercalaires;;adresses1;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses2;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses3; deb; °CDS;7429;381;comp;;deb; °CDS;564534;1530;comp;;deb; °CDS;829300;82;comp ; &tRNA;8851;368;comp;;; &tRNA;567093;218;comp;;; &tRNA;830567;95;comp fin; °CDS;9295;;;;fin; °CDS;567399;;comp;;; &tRNA;830736;183;comp deb; °CDS;14663;108;;;deb; °CDS;583250;1278;;;fin; °CDS;831005;; ; &tRNA;18164;1394;;;; &tRNA;585428;58;comp;;deb; °CDS;839520;382; fin; °CDS;19633;;comp;;fin; °CDS;585577;;comp;;; &tRNA;840115;2009; deb; °CDS;48065;278;comp;;deb; °CDS;598723;26;;;fin; °CDS;842210;; ; &tRNA;48988;110;comp;;; &tRNA;599733;60;;;deb; °CDS;876906;401;comp fin; °CDS;49175;;comp;;; &tRNA;599870;62;comp;;; &tRNA;877991;145; deb; °CDS;73627;17;comp;;fin; °CDS;600007;;comp;;fin; °CDS;878213;; ; &tRNA;73947;139;comp;;deb; °CDS;608541;176;comp;;deb; °CDS;911079;179;comp fin; °CDS;74161;;comp;;; ncRNA;609386;248;comp;;; tmRNA;911738;74;comp deb; °CDS;155064;143;;;fin; °CDS;610018;;;;fin; °CDS;912362;; ; &tRNA;157307;167;;;deb; °CDS;644395;499;comp;;deb; °CDS;918938;951; fin; °CDS;157550;;;;; &tRNA;645245;1051;;;; &tRNA;920834;1945; deb; °CDS;189738;411;;;; &tRNA;646373;222;comp;;fin; °CDS;922871;;comp ; &tRNA;190290;142;comp;;fin; °CDS;646671;;comp;;deb; °CDS;941489;156;comp fin; °CDS;190508;;comp;;deb; °CDS;649389;452;comp;;; ncRNA;942887;9;comp deb; °CDS;255010;736;;;; &tRNA;650501;1274;;;fin; °CDS;943055;;comp 23s; $rRNA;256658;228;;;fin; °CDS;651852;;comp;;deb; °CDS;961209;41;comp 5s; $rRNA;259646;173;;;deb; °CDS;696163;1535;comp;;; &tRNA;962339;390;comp fin; °CDS;259934;;comp;;; &tRNA;698934;1028;;;fin; °CDS;962806;;comp deb; °CDS;291358;35;;;fin; °CDS;700039;;;;deb; °CDS;1023375;1585; ; &tRNA;291879;1364;;;deb; °CDS;727560;1164;comp;;; &tRNA;1025212;17; fin; °CDS;293320;;;;; &tRNA;729252;32;comp;;fin; °CDS;1025306;; deb; °CDS;335194;402;;;fin; °CDS;729359;;comp;;deb; °CDS;1053321;2191; ; &tRNA;337399;633;;;deb; °CDS;739215;181;;;; &tRNA;1056331;98;comp fin; °CDS;338107;;comp;;; &tRNA;740257;246;;;fin; °CDS;1056506;; deb; °CDS;440466;496;comp;;deb; °CDS;740590;1199;;;deb; °CDS;1090984;14; ; &tRNA;441430;31;;;; &tRNA;743160;1090;;;; ncRNA;1091640;152; fin; °CDS;441536;;;;fin; °CDS;744325;;;;fin; °CDS;1091886;; deb; °CDS;469056;218;comp;;deb; °CDS;775944;2466;comp;;deb; °CDS;1098776;40;comp ; &tRNA;470000;15;;;16s; $rRNA;780333;1854;comp;;; &tRNA;1099281;145;comp ; &tRNA;470091;1922;;;fin; °CDS;783686;;comp;;fin; °CDS;1099511;;comp fin; °CDS;472090;;;;deb; °CDS;814590;349;comp;;deb; °CDS;1102351;475;comp ;;;;;;; &tRNA;815173;68;comp;;; &tRNA;1103456;130;comp ;;;;;;fin; °CDS;815317;;comp;;fin; °CDS;1103661;;comp </pre> ====rtb intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_tRNA|rtb intercalaires tRNA]] <pre> ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;; ;;;;;;;;;; ;15;;381;comp’;368;;17;31;'''deb; comp’;60;;108;comp’;1394;;26;32;<201;9 comp’;1051;;278;;110;;35;58;total;19 ;95;;17;;139;;40;62;taux;47% ;;;143;;167;;82;68;; ;;comp’;411;;142;;108;110;'''fin; ;;;;;;;143;130;<201;12 ;;;35;;1364;;176;139;total;21 ;;;402;comp’;633;;181;142;taux;57% ;;comp’;496;;31;;278;145;; ;;comp’;218;;1922;;349;145;'''total; ;;;1530;;218;;381;167;<201;21 ;;comp’;1278;;58;;382;218;total;40 ;;;26;;62;;402;222;taux;53% ;;;176;;248;;475;246;; ;;comp’;499;;222;;951;248;; ;;comp’;452;comp’;1274;;1164;1028;; ;;comp’;1535;;1028;;1199;1090;; ;;;1164;;32;;1530;1364;; ;;;181;;246;;'''-;1922;; ;;;1199;;1090;;'''-;2009;'''comp’;'''cumuls ;;;349;;68;;218;98;'''deb;9 ;;;82;comp’;183;;401;183;<201;0 ;;;382;;2009;;411;368;'''fin;7 ;;comp’;401;;145;;452;633;<201;2 ;;;951;comp’;1945;;496;1274;; ;;comp’;2191;comp’;98;;499;1394;'''total; ;;;40;;145;;1278;1945;<201;2 ;;;475;;130;;1535;'''-;total;16 ;;;;;;;2191;'''-;taux;13% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;9;14;23;;;;; ;;total;28;28;56;;;;; ;;taux;32%;50%;41%;;;;; </pre> ===rpl=== ====rpl opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_opérons|rpl opérons]] <pre> 29.0%GC;30.12.19 Paris;16s 1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rickettsia prowazekii str. Breinl ;;;;;;;;;;;; comp;31462..31892;;cds;;263;263;;;144;;p-preprotein translocase subunit YajC;* comp;32156..32181;;rpr;;870;870;;;26;;tandem;* comp;33052..33126;;ggc;;1253;1253;;;;;;* comp;34380..35750;;cds;;256;256;;;;;magnesium transporter;* comp;36007..36093;;ctc;;190;190;;;;;;* comp;36284..37144;;cds;;;;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;46825..47040;;cds;;31;31;;;72;;hp;* ;47072..47146;;gca;;1964;1964;;;;;;* ;49111..49650;;cds;;;;;;180;;copper chaperone Pcu(A)C;* ;;;;;;;;;;;;* comp;71150..76816;;cds;;933;933;;;1889;;alpha-2-macroglobulin family protein;* comp;77750..77826;;cgt;;1179;1179;;;;;;* ;79006..80241;;cds;;;;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;;* ;121704..121946;;cds;;984;984;;;81;;HU family DNA-binding protein;* comp;122931..123007;;gtc;;446;446;;;;;;* ;123454..124113;;cds;;;;;;220;;(d)CMP kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;126222..126827;;cds;;236;236;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;* ;127064..127139;;gcc;@1;830;;830;;;;;* comp;127970..128046;;gac;;365;365;;;;;;* ;128412..128843;;cds;;;;;;144;;ribosome-associated translation inhibitor RaiA;* ;;;;;;;;;;;;* ;171237..173012;;cds;;50;50;;;592;;aminopeptidase P family protein;* ;173063..173137;;caa;;49;;49;;;;;* comp;173187..173263;;cgg;;18;18;;;;;;* comp;173282..174265;;cds;;;;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;186344..187336;;cds;;58;58;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;* ;187395..187484;;tca;;354;354;;;;;;* comp;187839..188738;;cds;;;;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;* ;;;;;;;;;;;;* ;203097..203846;;cds;;219;219;;;250;;bifunctional N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase/glucosamine-1-phosphate acetyltransferase;* ;204066..204153;;tcc;;1457;1457;;;;;;* ;205611..206639;;cds;;;;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;299321..300853;;cds;;419;419;;;511;;hp;* comp;301273..301349;;atc;;15;;15;;;;;* comp;301365..301440;;aaa;;219;219;;;;;;* ;301660..302400;;cds;;;;;;247;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;328700..329635;;cds;;22;22;;;312;;site-specific tyrosine recombinase XerD;* comp;329658..329732;;tgc;;499;499;;;;;;* ;330232..330699;;cds;;;;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;429121..429807;;cds;;723;723;;;229;;hp;* comp;430531..430605;;aac;;359;359;;;;;;* comp;430965..432767;;cds;;;;;;601;;elongation factor 4;* ;;;;;;;;;;;;* ;473867..474352;;cds;;928;928;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;* comp;475281..475357;;atgj;;40;40;;;;;;* comp;475398..475883;;cds;;;;;;162;;30S ribosomal protein S9;* ;;;;;;;;;;;;* ;506934..508007;;cds;;183;183;;;358;;cell division protein ZapE;* comp;508191..508305;;5s;;240;;;;115;;;* comp;508546..511330;;23s;;716;716;;;2785;;;* comp;512047..512958;;cds;;;;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;577419..579725;;cds;;138;138;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;* ;579864..579939;;acg;;1026;1026;;;;;;* comp;580966..581169;;cds;;;;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;612439..612639;;cds;;143;143;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;612783..612858;;tgg;;143;143;;;;;;* comp;613002..615101;;cds;;;;;;700;;elongation factor G;* ;;;;;;;;;;;;* comp;656226..656870;;cds;;296;296;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;* comp;657167..657243;;atgf;;119;119;;;;;;* comp;657363..657599;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;* ;;;;;;;;;;;;* comp;678911..679213;;cds;;19;19;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;* comp;679233..679307;;acc;;159;159;;;;;;* comp;679467..680723;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;746326..746529;;cds;;1664;1664;;;68;;hp;* comp;748194..748268;;gaa;;109;109;;;;;;* comp;748378..749421;;cds;;;;;;348;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;756703..757686;;cds;;363;363;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;* ;758050..758125;;ttc;;564;564;;;;;;* ;758690..759730;;cds;;;;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;776202..776537;;cds;;154;154;;;112;;30S ribosomal protein S16;* ;776692..776766;;aca;;467;467;;;;;;* ;777234..777863;;cds;;;;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;779197..780348;;cds;;140;140;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;* ;780489..780573;;cta;;37;37;;;;;;* ;780611..781075;;cds;;;;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;* ;;;;;;;;;;;;* comp;823242..823559;;cds;;98;98;;;106;;DUF167 domain-containing protein;* ;823658..823734;;aga;;1364;1364;;;;;;* comp;825099..825230;;cds;;;;;;44;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;854241..854456;;cds;;17;17;;;72;;translation initiation factor IF-1;* comp;854474..854550;;cca;;1573;1573;;;;;;* comp;856124..856357;;cds;;;;;;78;;BolA family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;915034..915501;;cds;;391;391;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* ;915893..915969;;atgi;;41;41;;;;;;* ;916011..917099;;cds;;;;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;* ;;;;;;;;;;;;* ;953564..954742;;cds;;696;696;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* comp;955439..955530;;agc;;898;898;;;;;;* comp;956429..957373;;cds;;;;;;315;;ACP S-malonyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1009435..1011165;;cds;;142;142;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* comp;1011308..1011384;;cac;;346;346;;;;;;* ;1011731..1012414;;cds;;;;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1045414..1045656;;cds;;2381;2381;;;81;;hp;* comp;1048038..1048123;;tta;;135;135;;;;;;* comp;1048259..1048387;;cds;;;;;;43;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1056245..1056973;;cds;;188;188;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;1057162..1057247;;tac;;105;;105;;;;;* ;1057353..1057426;;gga;;82;82;;;;;;* ;1057509..1058693;;cds;;;;;;395;;elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;;* ;1072391..1072663;;cds;;62;62;;;91;;30S ribosomal protein S20;* ;1072726..1072801;;gta;;1181;1181;;;;;;* comp;1073983..1074648;;cds;;;;;;222;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1102136..1103935;;cds;;1458;1462;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;1105394..1106893;;16s;;1462;1462;;;1500;;;* ;1108356..1109301,1..184;;cds;;;;;;377;;P-hp;* </pre> ====rpl cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_cumuls|rpl cumuls]] <pre> rpl cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;12;30;0 ;23s5s;1;20;1;;50;9;40;;200;11;60;2 ;16s;1;40;;;100;4;80;;300;12;90;9 ;16s23s;0;60;1;;150;8;120;;400;15;120;4 ;max a;0;80;;;200;5;160;;500;2;150;2 ;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;4;180;6 ;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;2;210;2 ;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;5 sans ;opérons;29;160;;;400;5;320;;900;0;270;3 ;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;2 ;max a;2;200;;;500;2;400;;1100;0;330;5 ;a doubles;0;;1;;;21;;;;1;;20 ;total aas;33;;4;0;;63;;0;;60;;60 total aas;;33;;;;21;1204;;;;;; remarques;;1;;;;;453;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;528;;;;293;; ;;;variance;;;;558;;;;271;; sans jaune;;;moyenne;56;;;191;;;;243;;172 ;;;variance;45;;;140;;;;145;;89 </pre> ====rpl blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_blocs|rpl blocs]] ====rpl distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_distribution|rpl distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rpl;;25;;;;;25;;rpl;8;;;;;;8 </pre> ====rpl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_données_intercalaires|rpl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;rpl;fx;fc;rpl;fx40;fc40;rpl;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;0;5;0;0;5;-1;;10;1159;1179;tRNA tRNA;; ;0;10;2;64;1;0;8;-2;1;0;1253;984;;830;gcc ;3;20;4;35;2;0;10;-3;;0;256;446;**;;gac ;1;30;2;19;3;0;9;-4;;35;190;365;;49;caa ;3;40;4;11;4;0;11;-5;;0;31;354;**;;cgg ;2;50;1;8;5;2;4;-6;;0;1964;219;15;;atc ;1;60;4;10;6;0;4;-7;;2;933;499;**;;aaa ;1;70;5;14;7;0;3;-8;;17;236;723;105;;tac ;0;80;12;13;8;0;6;-9;;0;50;928;**;;gga ;1;90;7;18;9;0;6;-10;;1;18;1026;;; 1;0;100;4;16;10;0;3;-11;;2;58;1999;;; ;1;110;3;19;11;0;3;-12;;0;219;363;;; ;1;120;7;17;12;1;7;-13;;3;1457;98;;; ;0;130;4;21;13;0;3;-14;1;7;419;1971;;; ;2;140;3;17;14;1;2;-15;;0;22;696;;; ;3;150;3;14;15;1;3;-16;;1;359;346;;; ;2;160;3;22;16;1;4;-17;;6;40;373;;; ;0;170;4;16;17;0;2;-18;;0;138;188;;; ;0;180;6;8;18;0;4;-19;;0;143;1181;;; 1;1;190;4;10;19;0;4;-20;;1;143;;;; ;0;200;2;9;20;0;3;-21;;0;296;;;; ;0;210;3;4;21;0;5;-22;;1;119;;;; 1;1;220;6;5;22;0;1;-23;;5;19;;;; ;0;230;3;9;23;1;1;-24;;0;159;;;; ;1;240;0;5;24;0;6;-25;;1;109;;;; ;0;250;5;8;25;0;3;-26;;4;564;;;; ;1;260;4;5;26;0;1;-27;;0;154;;;; ;0;270;4;1;27;1;0;-28;;0;467;;;; ;0;280;0;4;28;0;1;-29;;0;140;;;; ;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;37;;;; ;1;300;1;0;30;0;1;-31;;0;17;;;; ;0;310;1;3;31;0;0;-32;;1;1573;;;; ;0;320;1;3;32;1;4;-33;;0;391;;;; ;0;330;0;1;33;1;3;-34;;0;41;;;; ;0;340;0;0;34;0;2;-35;1;1;898;;;; 1;0;350;3;4;35;1;0;-36;;0;142;;;; 1;1;360;0;1;36;0;0;-37;;0;2381;;;; 2;0;370;1;4;37;0;1;-38;;3;82;;;; 1;0;380;2;1;38;0;0;-39;;0;62;;;; ;0;390;4;1;39;1;1;-40;;0;CDS 16s;;;; ;1;400;1;0;40;0;0;-41;;1;1458;;;; 11;11;reste;59;102;reste;171;393;-42;;0;16s CDS;;;; 19;39;total;183;527;total;183;527;-43;;0;1463;;;; 8;28;diagr;124;420;diagr;12;129;-44;;1;CDS 23s;;;; 0;4; t30;8;118;;;;-45;;0;719;;;; ;;;;;;;;-46;;0;23s 5s;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;261;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;5s CDS;;;; ;x;183;5;0;188;;;-49;;0;-;183;;; ;c;522;103;5;630;;;-50;1;0;;;;; ;;;;;818;75;;reste;1;0;;;;; ;;;;;;893;;total;5;103;;;;; </pre> =====rpl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_autres_intercalaires_aas|rpl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;rpl;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;31462;31892;1159;*; ;comp;tRNA;33052;33126;1253;*;ggc deb;comp;CDS;34380;35750;256;*; ;comp;tRNA;36007;36093;190;*;ctc fin;comp;CDS;36284;37144;;0; deb;;CDS;46825;47040;31;*; ;;tRNA;47072;47146;1964;*;gca fin;;CDS;49111;49650;;; deb;comp;CDS;71150;76816;933;*; ;comp;tRNA;77750;77826;1179;*;cgt fin;;CDS;79006;80241;;; deb;;CDS;121704;121946;984;*; ;comp;tRNA;122931;123007;446;*;gtc fin;;CDS;123454;124113;;; deb;;CDS;126222;126827;236;*; ;;tRNA;127064;127139;830;*;gcc ;comp;tRNA;127970;128046;365;*;gac fin;;CDS;128412;128915;;; deb;comp;CDS;160532;163174;244;*; ;;ncRNA;163419;163803;171;*; fin;;CDS;163975;164643;;; deb;;CDS;171237;173012;50;*; ;;tRNA;173063;173137;49;*;caa ;comp;tRNA;173187;173263;18;*;cgg fin;comp;CDS;173282;174265;;; deb;;CDS;186344;187336;58;*; ;;tRNA;187395;187484;354;*;tca fin;comp;CDS;187839;188738;;; deb;;CDS;203097;203846;219;*; ;;tRNA;204066;204153;1457;*;tcc fin;;CDS;205611;206639;;0; deb;comp;CDS;299321;300853;419;*; ;comp;tRNA;301273;301349;15;*;atc ;comp;tRNA;301365;301440;219;*;aaa fin;;CDS;301660;302400;;; deb;comp;CDS;328700;329635;22;*; ;comp;tRNA;329658;329732;499;*;tgc fin;;CDS;330232;330699;;; deb;;CDS;429121;429807;723;*; ;comp;tRNA;430531;430605;359;*;aac fin;comp;CDS;430965;432767;;0; deb;;CDS;473867;474352;928;*; ;comp;tRNA;475281;475357;40;*;atgj fin;comp;CDS;475398;475883;;; deb;;CDS;506934;508007;183;*; ;comp;rRNA;508191;508305;261;*;115 ;comp;rRNA;508567;511327;719;*;2761 fin;comp;CDS;512047;512958;;; deb;;CDS;577419;579725;138;*; ;;tRNA;579864;579939;1026;*;acg fin;comp;CDS;580966;581169;;0; deb;comp;CDS;612439;612639;143;*; ;comp;tRNA;612783;612858;143;*;tgg fin;comp;CDS;613002;615101;;; deb;comp;CDS;656226;656870;296;*; ;comp;tRNA;657167;657243;119;*;atgf fin;comp;CDS;657363;657599;;; deb;comp;CDS;678911;679213;19;*; ;comp;tRNA;679233;679307;159;*;acc fin;comp;CDS;679467;680723;;; deb;;CDS;745691;746194;1999;*; ;comp;tRNA;748194;748268;109;*;gaa fin;comp;CDS;748378;749594;;; deb;comp;CDS;756703;757686;363;*; ;;tRNA;758050;758125;564;*;ttc fin;;CDS;758690;759730;;; deb;;CDS;776202;776537;154;*; ;;tRNA;776692;776766;467;*;aca fin;;CDS;777234;777863;;; deb;;CDS;779197;780348;140;*; ;;tRNA;780489;780573;37;*;cta fin;;CDS;780611;781075;;0; deb;comp;CDS;786459;787982;143;*; ;comp;ncRNA;788126;788219;14;*; fin;comp;CDS;788234;788875;;0; deb;comp;CDS;823242;823559;98;*; ;;tRNA;823658;823734;1971;*;aga fin;comp;CDS;825706;826527;;; deb;comp;CDS;854241;854456;17;*; ;comp;tRNA;854474;854550;1573;*;cca fin;comp;CDS;856124;856357;;0; deb;;CDS;915034;915501;391;*; ;;tRNA;915893;915969;41;*;atgi fin;;CDS;916011;917099;;; deb;;CDS;934616;934933;9;*; ;;ncRNA;934943;935101;153;*; fin;;CDS;935255;936496;;0; deb;;CDS;953564;954742;696;*; ;comp;tRNA;955439;955530;898;*;agc fin;comp;CDS;956429;957373;;; deb;comp;CDS;963044;963856;74;*; ;;tmRNA;963931;964460;185;*; fin;;CDS;964646;965125;;; deb;comp;CDS;1009435;1011165;142;*; ;comp;tRNA;1011308;1011384;346;*;cac fin;;CDS;1011731;1012414;;; deb;comp;CDS;1045414;1045656;2381;*; ;comp;tRNA;1048038;1048123;373;*;tta fin;;CDS;1048497;1048709;;; deb;comp;CDS;1056245;1056973;188;*; ;;tRNA;1057162;1057247;105;*;tac ;;tRNA;1057353;1057426;82;*;gga fin;;CDS;1057509;1058693;;; deb;;CDS;1072391;1072663;62;*; ;;tRNA;1072726;1072801;1181;*;gta fin;comp;CDS;1073983;1074648;;; deb;;CDS;1102136;1103935;1458;*; ;;rRNA;1105394;1106892;1463;*;1499 fin;;CDS;1108356;17;;; </pre> ===rpm=== ====rpm opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm opérons]] <pre> ;20 m23s;17 m16s;;;;;;;;;; ;;9 m16s seuls;;;;;;;;;; http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_phot_DSM_122/rhodPhot_DSM122-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017059.1;rpm;;genome;24.12.19;;;;;;;; 64.7%GC;26.12.19 Paris;16s 7;95 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rhodospirillum photometricum DSM 122;;;;;;;;;;;; comp;3322..4194;;cds;;30;30;;;291;;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein;* comp;4225..4821;;23s°;@1;196;;;;595;;;* comp;5018..5093;;gca;;182;;;;;;;* comp;5276..5684;;16s°;;38;38;;;407;;;* ;5723..6664;;cds;;;;;;314;;SEL1-like repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp <;12458..13198;;cds;;242;242;;;247;;p-transposase;* comp;13441..13555;;5s;@2;72;;;;113;;;* comp;13628..13880;;23s°;;-7;*-7;;;251;;;* comp;13874..15127;;cds;;;;;;418;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;21325..22362;;cds;;586;*586;;;346;;hp;* ;22949..23237;;16s°;;85;85;;;287;;;* comp;23323..23490;;cds;;;;;;56;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;24015..24287;;cds;;250;250;;;91;;TraYdomain-containingprotein;* comp;24538..24652;;5s;;71;;;;113;;;* comp;24724..27490;;23s;;212;;;;2765;;;* comp;27703..27779;;atc;;112;;;;;;;* comp;27892..28378;;16s°;;18;18;;;485;;;* <>;28397..29119;;cds;;;;;;241;;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;32782..33759;;cds;;190;190;;;326;;glycosyltransferase;* ;33950..34357;;16s°;;112;;;;406;;;* ;34470..34546;;atc;;216;;;;;;;* ;34763..35591;;23s°;;44;;;;827;;;* comp;35636..35750;;5s;;72;;;;113;;;* comp;35823..38589;;23s;;215;;;;2765;;;* comp;38805..38881;;atc;;112;;;;;;;* comp;38994..40502;;16s;;260;;;;1507;;;* comp;40763..42629;;23s°;;-15;;;;1865;;;* ;42615..42903;;16s°;;112;;;;287;;;* ;43016..43092;;atc;;213;;;;;;;* ;43306..44132;;23s°;;-1;;;;825;;;* comp;44132..44835;;23s°;;-5;*-5;;;702;;;* ;44831..45121;;cds;;;;;;97;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* <;45496..45768;;cds;;553;*553;;;91;;p-glycosyl transferase family 1;* ;46322..47040;;16s°;;0;*0;;;717;;;* comp;47041..47433;;cds;;;;;;131;;winged helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;49761..51017;;cds;;128;128;;;419;;glycosyltransferase;* comp;51146..51221;;23s°;;214;;;;74;;;* comp;51436..51512;;atc;;112;;;;;;;* comp;51625..52017;;16s°;;-7;;;;391;;;* ;52011..52881;;23s°;;106;106;;;869;;;* ;52988..53464;;cds;;-37;*-37;;;159;;hp;* >;53428..53694;;cds;;86;86;;;89;;p-glycosyltransferase;* comp;53781..54709;;23s°;;26;;;;927;;;* ;54736..54898;;16s°;;112;;;;161;;;* ;55011..55087;;atc;;216;;;;;;;* ;55304..55741;;23s°;;438;*438;;;436;;;* ;56180..56440;;cds;;;;;;87;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;82891..83088;;cds;;116;116;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;83205..83280;;tgg;;199;199;;;;;;* >comp;83480..84178;;cds;;;;;;233;;p-elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;;* ;417242..417412;;cds;;142;142;;;57;;tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase;* ;417555..417631;;atgj;+;24;;24;;;;;* ;417656..417732;;atgj;2 atgj;38;38;;;;;;* comp;417771..418796;;cds;;;;;;342;;tRNA epoxyqueuosine(34) reductase QueG;* ;;;;;;;;;;;;* ;434306..435142;;cds;;512;*512;;;279;;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase;* ;435655..435842;;16s°;;-6;;;;186;;;* ;435837..436075;;23s°;;72;;;;237;;;* ;436148..436262;;5s;;51;;;;113;;;* ;436314..436390;;atgf;;196;196;;;;;;* ;436587..436883;;cds;;;;;;99;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;467261..468370;;cds;;167;167;;;370;;3-isopropylmalate dehydrogenase;* ;468538..468667;;23s°;;72;;;;128;;;* ;468740..468854;;5s;;51;;;;113;;;* ;468906..468982;;atgf;;125;125;;;;;;* ;469108..469863;;cds;;;;;;252;;SAM-dependent chlorinase/fluorinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;534521..536161;;cds;;367;367;;;547;;glucose-6-phosphate isomerase;* ;536529..536603;;acg;;92;92;;;;;;* comp;536696..537778;;cds;;;;;;361;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;658467..658931;;cds;;110;110;;;155;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;659042..659116;;gtc;;155;155;;;;;;* ;659272..660159;;cds;;106;106;;;296;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;660266..660340;;gtc;;648;*648;;;;;;* comp;660989..661800;;cds;;;;;;271;;p-N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* 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;875638..876117;;cds;;;;;;160;;CreA family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;885688..886299;;cds;;176;176;;;204;;LysE family translocator;* ;886476..886552;;ccc;;144;144;;;;;;* comp;886697..887233;;cds;;;;;;179;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;932708..934243;;cds;;93;93;;;512;;Fic family protein;* comp;934337..934413;;cgt;+;35;;35;;;;;* comp;934449..934525;;cgt;3 cgt;44;;44;;;;;* comp;934570..934646;;cgt;;449;*449;;;;;;* ;935096..936175;;cds;;;;;;360;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;978995..979396;;cds;;138;138;;;134;;MFS transporter;* comp;979535..979609;;ggc;+;23;;23;;;;;* comp;979633..979707;;ggc;4 ggc;45;;45;;;;;* comp;979753..979827;;ggc;;29;;29;;;;;* comp;979857..979931;;ggc;;206;206;;;;;;* ;980138..981679;;cds;;;;;;514;;murein biosynthesis integral membrane protein MurJ;* ;;;;;;;;;;;;* ;997575..997898;;cds;;95;95;;;108;;DUF1476 domain-containing protein;* comp;997994..998067;;cag;+;54;;54;;;;;* comp;998122..998195;;cag;2 cag;168;168;;;;;;* ;998364..999509;;cds;;;;;;382;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1050081..1051028;;cds;;60;60;;;316;;NnrS family protein;* comp;1051089..1051163;;acc;+;16;;16;;;;;* comp;1051180..1051254;;acc;3 acc;18;;18;;;;;* comp;1051273..1051347;;acc;;170;170;;;;;;* comp;1051518..1053305;;cds;;;;;;596;;EAL domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1197836..1199341;;cds;;197;197;;;502;;aldehyde dehydrogenase;* ;1199539..1199623;;cta;;126;126;;;;;;* ;1199750..1201090;;cds;;;;;;447;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1206196..1206501;;cds;;93;93;;;102;;HU family DNA-binding protein;* ;1206595..1206670;;gta;;50;50;;;;;;* ;1206721..1207092;;cds;;;;;;124;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1213113..1214459;;cds;;210;210;;;449;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit;* comp;1214670..1214874;;16s°;;600;*600;;;203;;;* comp;1215475..1216716;;cds;;;;;;414;;polyphosphate kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1349719..1350132;;cds;;109;109;;;138;;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha;* comp;1350242..1350608;;23s°;;212;;;;365;;;* comp;1350821..1350897;;atc;;115;;;;;;;* comp;1351013..1351438;;16s°;;23;23;;;424;;;* < comp;1351462..1352160;;cds;;;;;;233;;p-tetratricopeptide repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1359745..1360302;;cds;;176;176;;;186;;hp;* ;1360479..1360555;;gac;+;37;;37;;;;;* ;1360593..1360669;;gac;2 gac;274;274;;;;;;* ;1360944..1361204;;cds;;;;;;87;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1416615..1417769;;cds;;214;214;;;385;;glycosyltransferase family 61 protein;* ;1417984..1418074;;tcc;;154;154;;;;;;* comp;1418229..1419095;;cds;;;;;;289;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1472421..1473403;;cds;;250;250;;;328;;biotin synthase BioB;* comp;1473654..1473740;;ttg;;77;77;;;;;;* comp;1473818..1474678;;cds;;;;;;287;;homocysteine S-methyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1735298..1736380;;cds;;209;209;;;361;;DUF262 domain-containing protein;* ;1736590..1736859;;23s°;;72;;;;268;;;* ;1736932..1737046;;5s;;52;;;;113;;;* ;1737099..1737175;;atgf;;93;93;;;;;;* comp;1737269..1737694;;cds;;;;;;142;;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1812365..1813924;;cds;;894;*894;;;520;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;1814819..1815040;;16s°;;-7;*-7;;;222;;;* <comp;1815034..1815837;;cds;;80;80;;;268;;p-elongation factor Tu;* comp;1815918..1815991;;gga;;34;;34;;;;;* comp;1816026..1816111;;tac;;144;144;;;;;;* ;1816256..1817143;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1833109..1833603;;cds;;83;83;;;165;;MBL fold metallo-hydrolase;* comp;1833687..1833762;;aag;+;24;;24;;;;;* comp;1833787..1833862;;aag;2 aag;198;198;;;;;;* comp;1834061..1835224;;cds;;;;;;388;;rod shape-determining protein RodA;* ;;;;;;;;;;;;* >;1941413..1943059;;cds;;-30;*-30;;;549;;p-recombinase family protein;* comp;1943030..1943121;;agc;;160;160;;;;;;* comp;1943282..1944133;;cds;;;;;;284;;FAD-dependent thymidylate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2087696..2090938;;cds;;705;*705;;;1081;;PAS domain-containing protein;* ;2091644..2091826;;16s°;;7;7;;;181;;;* ;2091834..2092247;;cds;;;;;;138;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2095044..2095490;;cds;;48;48;;;149;;hp;* comp;2095539..2095733;;16s°;;614;*614;;;193;;;* comp;2096348..2097337;;cds;;;;;;330;;trypsin-like serine protease;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2113248..2114603;;cds;;219;219;;;452;;hp;* comp;2114823..2114899;;aga;;55;55;;;;;;* comp;2114955..2115251;;cds;;71;71;;;99;;ETC complex I subunit;* comp;2115323..2115399;;cca;;261;261;;;;;;* comp;2115661..2115960;;cds;;;;;;100;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2144042..2146288;;cds;;308;308;;;749;;HAMP domain-containing protein;* ;2146597..2147256;;23s°;;72;;;;658;;;* ;2147329..2147443;;5s;;52;;;;113;;;* ;2147496..2147572;;atgf;;645;*645;;;;;;* comp;2148218..2148664;;cds;;;;;;149;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2268003..2268461;;cds;;87;87;;;153;;23S rRNA (pseudouridine(1915)-N(3))-methyltransferase RlmH;* comp;2268549..2268625;;ccg;+;165;;*165;;;;;* comp;2268791..2268867;;ccg;2 ccg;56;56;;;;;;* comp;2268924..2269910;;cds;;;;;;329;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2321621..2322145;;cds;;332;332;;;175;;hp;* ;2322478..2322554;;ccc;;225;225;;;;;;* ;2322780..2322974;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2393295..2396009;;cds;@3;1003;*1003;;;905;;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3;* ;2397013..2397919;;16s°;;2;2;;;905;;;* ;2397922..2400888;;cds;;;;;;989;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2517845..2520559;;cds;;229;229;;;905;;phosphoenolpyruvate carboxylase;* comp;2520789..2520903;;5s;;72;;;;113;;;* comp;2520976..2521339;;23s°;;189;189;;;362;;;* comp;2521529..2522152;;cds;;;;;;208;;3-isopropylmalate dehydratase small subunit;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2596508..2596738;;cds;;989;989;;;77;;motility twitching protein PilT;* comp;2597728..2597815;;tca;;194;194;;;;;;* ;2598010..2599204;;cds;;;;;;398;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2621435..2622058;;cds;;106;106;;;208;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* comp;2622165..2622251;;ctc;;202;202;;;;;;* ;2622454..2623107;;cds;;;;;;218;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;2631201..2631554;;cds;;192;192;;;118;;hp;* ;2631747..2631822;;gcc;+;70;;70;;;;;* ;2631893..2631968;;gcc;4 gcc;69;;69;;;;;* ;2632038..2632113;;gcc;;57;;57;;;;;* ;2632171..2632246;;gcc;;166;166;;;;;;* <;2632413..2632965;;cds;;-41;*-41;;;184;;p-IS256 family transposase;* ;2632925..2633473;;cds;;30;30;;;183;;hp;* comp;2633504..2633579;;aca;;93;93;;;;;;* comp;2633673..2634200;;cds;;271;271;;;176;;N-acetyltransferase;* comp;2634472..2634561;;tcg;;155;155;;;;;;* ;2634717..2635742;;cds;;;;;;342;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2655872..2656489;;cds;;182;182;;;206;;YitT family protein;* comp;2656672..2656747;;gag;;141;141;;;;;;* comp;2656889..2657674;;cds;;;;;;262;;MetQ/NlpA family ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2758160..2758312;;cds;;110;110;;;51;;light-harvesting protein;* comp;2758423..2758509;;tta;;94;94;;;;;;* comp;2758604..2759899;;cds;;;;;;432;;bifunctional folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* >;2768823..2769518;;cds;;-12;*-12;;;232;;methyltransferase;* ;2769507..2769776;;23s°;;71;;;;268;;;* ;2769848..2769962;;5s;;118;118;;;113;;;* comp;2770081..2771016;;cds;;;;;;312;;tetratricopeptide repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2792922..2794778;;cds;;129;129;;;619;;glutathione-regulated potassium-efflux system protein KefB;* ;2794908..2794982;;caa;;92;92;;;;;;* comp;2795075..2795686;;cds;;;;;;204;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2862755..2862982;;cds;;123;123;;;76;;hp;* ;2863106..2863182;;cca;;117;;*117;;;;;* ;2863300..2863374;;atgi;;373;;*373;;;;;* ;2863748..2863823;;gca;;157;;*157;;;;;* ;2863981..2864056;;aca;;15;;;;;;;* ;2864072..2864317;;cds;;8;;;;82;;DUF2829 domain-containing protein;* ;2864326..2864401;;aaa;;250;250;;;;;;* >;2864652..2865041;;cds;;;;;;130;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2867066..2868112;;cds;;76;76;;;349;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;2868189..2868264;;aaa;;99;99;;;;;;* comp;2868364..2868870;;cds;;;;;;169;;peptidylprolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2893891..2894430;;cds;;25;25;;;180;;phage portal protein;* ;2894456..2894570;;5s;;51;;;;113;;;* ;2894622..2894698;;atgf;;285;285;;;;;;* ;2894984..2895400;;cds;;;;;;139;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3034652..3035092;;cds;;250;250;;;147;;hp;* comp;3035343..3035418;;aaa;;8;8;;;;;;* comp;3035427..3035986;;cds;;;;;;187;;DUF2829 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3305068..3306534;;cds;;379;*379;;;489;;S8 family serine peptidase;* comp;3306914..3306989;;ttc;+;29;;29;;;;;* comp;3307019..3307094;;ttc;4 ttc;34;;34;;;;;* comp;3307129..3307204;;ttc;;33;;33;;;;;* comp;3307238..3307313;;ttc;;60;60;;;;;;* comp;3307374..3308864;;cds;;;;;;497;;RimK family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3332977..3334356;;cds;;54;54;;;460;;type II secretion system protein;* ;3334411..3334487;;cgg;;176;176;;;;;;* < comp;3334664..3335983;;cds;;;;;;440;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3408217..3409026;;cds;;91;91;;;270;;hp;* comp;3409118..3409232;;5s;;71;;;;113;;;* comp;3409304..3409410;;23s°;;1;*1;;;105;;;* <;3409412..3409711;;cds;;;;;;100;;p-IS5/IS1182 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3456276..3461666;;cds;;387;*387;;;1797;;alpha-2-macroglobulin family protein;* ;3462054..3462130;;agg;;29;29;;;;;;* ;3462160..3462951;;cds;;;;;;264;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3500025..3500675;;cds;;210;210;;;217;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;3500886..3500959;;tgc;+;27;;27;;;;;* ;3500987..3501061;;aac;2 aac;31;;31;;;;;* ;3501093..3501167;;aac;;84;84;;;;;;* comp;3501252..3501659;;cds;;;;;;136;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3639978..3641276;;cds;;172;172;;;433;;outer membrane efflux protein;* ;3641449..3641525;;gcg;+;70;;70;;;;;* ;3641596..3641671;;gcg;3 gcg;33;;33;;;;;* ;3641705..3641780;;gcg;;389;*389;;;;;;* ;3642170..3644392;;cds;;;;;;741;;sigma-54-dependent Fis family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;3651524..3652711;;cds;;55;55;;;396;;aminotransferase;* ;3652767..3652843;;cac;;202;202;;;;;;* <comp;3653046..3653543;;cds;;;;;;166;;arsenical-resistance protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;3710072..3710840;;cds;;126;126;;;256;;TonB family protein;* comp;3710967..3711042;;gaa;+;214;;*214;;;;;* comp;3711257..3711332;;gaa;2 gaa;125;125;;;;;;* comp;3711458..3711664;;cds;;;;;;69;;cold-shock protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3727874..3729085;;cds;;828;*828;;;404;;hp;* ;3729914..3730068;;16s°;;87;87;;;153;;;* ;3730156..3730545;;cds;;;;;;130;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3804728..3805231;;cds;;118;118;;;168;;response regulator;* comp;3805350..3805425;;gag;;241;241;;;;;;* comp;3805667..3806140;;cds;;;;;;158;;transcription elongation factor GreA;* ;;;;;;;;;;;;* ;3813820..3815895;;cds;;138;138;;;692;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;3816034..3816109;;atgi;;94;94;;;;;;* ;3816204..3818993;;cds;;;;;;930;;diguanylate cyclase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3827982..3828878;;cds;;90;90;;;299;;phosphoserine phosphatase SerB;* comp;3828969..3829042;;ggg;@5;292;292;;;;;;* ;3829335..3830670;;cds;;;;;;445;;chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3832305..3833264;;cds;;311;311;;;320;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;3833576..3833662;;ctg;+;47;;47;;;;;* ;3833710..3833796;;ctg;5 ctg;153;;*153;;;;;* ;3833950..3834036;;ctg;;48;;48;;;;;* ;3834085..3834171;;ctg;;47;;47;;;;;* ;3834219..3834305;;ctg;;113;113;;;;;;* ;3834419..3835039;;cds;;;;;;207;;ribonuclease D;* </pre> ====rpm cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_cumuls|rpm cumuls]] <pre> rpm cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300 avec rRNA;opérons;27;1;0;;1;9;1;;100;20;1;0 ;16s°atc23s°;7;20;2;;50;15;40;;200;35;30;0 ;16s°gca23s°;1;40;14;;100;30;80;;300;30;60;3 ;16s°23s°;1;60;7;;150;24;120;;400;23;90;10 ;max a;1;80;3;;200;23;160;;500;14;120;10 ;a doubles;0;100;0;;250;16;200;;600;7;150;14 ;spéciaux;18;120;1;;300;5;240;;700;2;180;13 ;total aas;13;140;0;;350;4;280;;800;3;210;11 sans ;opérons;47;160;2;;400;5;320;;900;0;240;6 ;1 aa;30;180;1;;450;2;360;;1000;4;270;9 ;max a;5;200;0;;500;0;400;;1100;1;300;9 ;a doubles;15;;2;;;14;;;;2;;56 ;total aas;79;;32;0;;147;;0;;141;;141 total aas;;92;;;;;;;;;;; remarques;;5;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;69;;;194;;;;310;; ;;;variance;75;;;197;;;;248;; sans jaune;;;moyenne;39;;;147;;;;252;;170 ;;;variance;16;;;112;;;;134;;71 </pre> ====rpm blocs==== ====rpm blocs protéines==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_protéines|rpm blocs protéines]] <pre> 23s;23s rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB 3-isop;3-isopropylmalate dehydrogenase 3-isop-sub;3-isopropylmalate dehydratase small subunit acetyl;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit cas3;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3 CDP;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase ComF;ComF family protein CRISPR;CRISPR DUF262;DUF262 domain-containing protein FeFe;[FeFe] hydrogenase H-cluster radical SAM maturase HydE glyco;glycosyltransferase HAMP;HAMP domain-containing protein LysM ;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein methyl;methyltransferase NAD;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha p-elon;p-elongation factor Tu p-EscV;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein p-glyco;p-glycosyltransferase P-glyco1;p-glycosyl transferase family 1 p-IS5;p-IS5/IS1182 family transposase p-tetra;p-tetratricopeptide repeat protein p-trans;p-transposase PAS;PAS domain-containing protein peptido;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein phage;phage portal protein phospho;phosphoenolpyruvate carboxylase polypho;polyphosphate kinase respons;response regulator SAM;SAM-dependent chlorinase/fluorinase SEL1;SEL1-like repeat protein tetra;tetratricopeptide repeat protein TraY;TraY domain-containing protein trypsin;trypsin-like serine protease type II;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin VWA;VWA domain-containing protein winged ;winged helix-turn-helix domain-containing protein </pre> ====rpm blocs construits==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_construits|rpm blocs construits]] *Notes: J'ai gardé les symboles de coloration. Il suffit de les rechercher et les remplacer et sans désélectionner colorer comme suite: *: - '''*''' jaune, ffff00 *: - '''$''' orange, ff6600 *: - '''?''' cyan, 66ffff *: - '''§''' vert, 99ff33 *: - '''&''' bleu, 00ccff *: - '''(''' gris, dddddd *: - enlever le '''gras''', et <u>surligne</u>. <pre> rpm blocs;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;9 blocs 16s° solitaires, 6 blocs atc gca;;;;;;;;;;9 blocs 23s°5s, 3 blocs complets;;;;;; sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait;;sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait ;21325..22362;;cds;586;346;hp;1493;;;comp;13874..15127;;cds;-7;418;hp;1505; ;22949..23237;;*16s°;85;§287;;;;;comp;13628..13880;;*23s°;?72;§251;;; comp;23323..23490;;cds;;56;hp;;b3;;comp;13441..13555;;$5s;242;§113;;; ;;;;;;;;;;comp <;12458..13198;;cds;;247;p-trans;;b5 <;45496..45768;;cds;553;91;p-glyco1;1383;;;;;;;;;;; ;46322..47040;;*16s°;0;§717;;;;;comp;691078..691773;;cds;4;232;ComF;814; comp;47041..47433;;cds;;131;winged ;;b4;;;691778..691897;;*23s°;?72;§118;;; 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ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;atgj2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;cag2;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;;ccg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;;gac;;ggc;;cgt3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;ctg5;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;3;aga;1;gaa2;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;gac2;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;gcc4;gta;;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;gcg3;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc4;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;gtg2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;2;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;2;ggg;1;ttc4;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;3;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;gca >1 16s;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rpm;;30;;;;;30;;rpm;7;;;;;;7;;rpm;42;;;;;;42;;rpm;;;;5;;;5 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;5 1-3aas;;; </pre> ====rpm données intercalaires==== autres intercalaires aas *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_données_intercalaires|rpm données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;rpm;fx;fc;rpm;fx40;fc40;rpm;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;4;9;0;4;16;-1;0;65;418;38; CDS 16s;;;tRNA tRNA;; ;2;10;14;213;1;2;30;-2;3;1;116;367;néant;;;24;;atgj ;1;20;6;171;2;1;36;-3;0;0;199;92;5s CDS;;;**;;atgj ;1;30;8;116;3;2;23;-4;7;338;142;155;173;114;;25;;gtg 1;0;40;27;74;4;2;31;-5;0;0;196;648;250;161;;**;;gtg ;1;50;95;61;5;2;22;-6;0;0;125;195;229;118;;35;;cgt 2;4;60;78;63;6;1;8;-7;0;3;110;144;25;91;;44;;cgt ;0;70;47;80;7;0;11;-8;1;40;106;93;23s 5s;;;**;;cgt 2;3;80;30;75;8;2;18;-9;1;0;350;449;68;;;23;;ggc 2;4;90;21;68;9;0;20;-10;0;6;88;206;16s tRNA;;;45;;ggc 5;4;100;27;59;10;2;14;-11;0;18;81;95;116;;atc;29;;ggc 1;3;110;24;54;11;0;18;-12;0;0;176;168;tRNA 23s;;;**;;ggc ;3;120;25;53;12;1;29;-13;1;8;138;60;240;;atc;54;;cag 1;5;130;18;63;13;0;19;-14;1;20;170;154;243;;atc;**;;cag ;2;140;25;50;14;2;16;-15;0;0;197;93;5s tRNA;;;16;;acc 1;3;150;21;57;15;1;22;-16;0;2;126;195;51;;atgf;18;;acc 3;1;160;16;56;16;0;21;-17;0;10;93;645;51;;atgf;**;;acc 1;2;170;16;42;17;1;16;-18;3;0;50;87;52;;atgf;37;;gac 1;3;180;18;38;18;1;12;-19;1;3;176;74;52;;atgf;**;;gac 1;1;190;16;37;19;0;13;-20;1;5;274;194;51;;atgf;34;;gga 3;5;200;19;32;20;0;5;-21;0;0;214;205;;;;**;;tac 3;0;210;19;37;21;1;17;-22;0;1;250;538;;;;24;;aag ;3;220;8;25;22;0;13;-23;0;5;77;155;;;;**;;aag ;1;230;21;27;23;1;11;-24;0;0;80;110;;;;165;;ccg ;0;240;12;29;24;1;13;-25;0;1;83;92;;;;**;;ccg ;4;250;13;36;25;1;11;-26;3;5;198;76;;;;70;;gcc ;0;260;17;12;26;0;9;-27;0;0;141;54;;;;69;;gcc ;1;270;15;16;27;0;8;-28;0;2;160;176;;;;57;;gcc ;2;280;26;10;28;1;14;-29;2;5;219;387;;;;**;;gcc ;1;290;14;13;29;1;12;-30;0;0;55;210;;;;117;;cca 1;0;300;13;11;30;2;8;-31;0;5;71;84;;;;373;;atgi ;0;310;15;12;31;0;7;-32;0;2;261;184;;;;157;;gca 1;0;320;9;9;32;2;10;-33;0;0;56;126;;;;**;;aca ;0;330;8;12;33;1;12;-34;0;3;225;292;;;;29;;ttc ;0;340;8;8;34;5;4;-35;0;1;989;311;;;;34;;ttc ;1;350;9;8;35;0;4;-36;0;0;106;;;;;33;;ttc ;0;360;6;8;36;3;9;-37;0;2;192;;;;;**;;ttc 1;0;370;8;9;37;3;10;-38;0;5;166;;;;;27;;tgc ;1;380;4;5;38;5;5;-39;0;0;93;;;;;31;;aac 1;1;390;6;8;39;4;6;-40;0;1;271;;;;;**;;aac ;0;400;13;4;40;4;7;-41;0;2;182;;;;;70;;gcg 4;2;reste;99;76;reste;847;1263;-42;1;0;141;;;;;33;;gcg 35;65;total;898;1846;total;906;1853;-43;0;4;94;;;;;**;;gcg 31;63;diagr;795;1761;diagr;55;574;-44;1;2;129;;;;;214;;gaa 0;4; t30;28;500;;;;-45;0;0;123;;;;;**;;gaa ;;;;;;;;-46;0;0;15;;;;;47;;ctg ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;2;8;;;;;153;;ctg ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;250;;;;;48;;ctg ;x;902;46;4;952;;;-49;2;2;99;;;;;47;;ctg ;c;1837;603;9;2449;;;-50;0;2;285;;;;;**;;ctg ;;;;;3401;244;;reste;16;32;250;;;;;;; ;;;;;;3645;;total;46;603;8;;;;;;; ;;;;;;;;;;;379;;;;;;; ;;;;;;;;;;;60;;;;;;; ;;;;;;;;;;;29;;;;;;; ;;;;;;;;;;;172;;;;;;; ;;;;;;;;;;;389;;;;;;; ;;;;;;;;;;;55;;;;;;; ;;;;;;;;;;;125;;;;;;; ;;;;;;;;;;;118;;;;;;; ;;;;;;;;;;;241;;;;;;; ;;;;;;;;;;;138;;;;;;; ;;;;;;;;;;;220;;;;;;; ;;;;;;;;;;;90;;;;;;; ;;;;;;;;;;;113;;;;;;; </pre> =====rpm autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_autres_intercalaires_aas|rpm autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;rpm;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas deb;comp;CDS;3322;4086;198; ;comp;misc_f;4285;4778;239; ;comp;tRNA;5018;5093;199;gca ;comp;misc_f;5293;5425;62; ;comp;misc_f;5488;5583;7; fin;;CDS;5591;6664;; deb;comp;CDS;12473;13267;173; ;comp;rRNA;13441;13555;82;115 ;comp;misc_f;13638;13881;-8; fin;comp;CDS;13874;15127;; deb;;CDS;21325;22362;656; ;;misc_f;23019;23290;32; fin;comp;CDS;23323;23490;; deb;comp;CDS;24015;24287;250; ;comp;rRNA;24538;24652;68;115 ;comp;rRNA;24721;27462;240;2742 ;comp;tRNA;27703;27779;129;atc ;comp;misc_f;27909;28041;5; ;comp;misc_f;28047;28494;-14; fin;;CDS;28481;29194;; deb;comp;CDS;32782;33759;290; ;;misc_f;34050;34145;62; ;;misc_f;34208;34340;129; ;;tRNA;34470;34546;259;atc ;;misc_f;34806;35299;7; ;comp;misc_f;35307;35750;69; ;comp;rRNA;35820;38561;243;2742 ;comp;tRNA;38805;38881;116;atc ;comp;rRNA;38998;40479;268;1482 ;;misc_f;40748;45159;-2406; ;;misc_f;42754;42886;129; ;;tRNA;43016;43092;256;atc ;;misc_f;43349;43842;7; ;;misc_f;43850;44142;601; fin;;CDS;44744;45121;; deb;;CDS;45496;45768;576; ;;misc_f;46345;47084;10; fin;comp;CDS;47095;47433;; deb;comp;CDS;49761;51017;418; ;comp;tRNA;51436;51512;129;atc ;comp;misc_f;51642;51774;62; ;comp;misc_f;51837;51932;84; ;;misc_f;52017;52217;76; ;;misc_f;52294;52918;69; fin;;CDS;52988;53464;; deb;;CDS;53428;53694;87; ;comp;misc_f;53782;53921;72; ;comp;misc_f;53994;54619;90; ;;misc_f;54710;54881;129; ;;tRNA;55011;55087;289;atc ;;misc_f;55377;55746;433; fin;;CDS;56180;56440;; deb;comp;CDS;82891;83088;116; ;comp;tRNA;83205;83280;199;tgg fin;comp;CDS;83480;84178;; deb;;CDS;417242;417412;142; ;;tRNA;417555;417631;24;atgj ;;tRNA;417656;417732;38;atgj fin;comp;CDS;417771;418820;; deb;;CDS;434306;435142;672; ;;misc_f;435815;436065;82; ;;rRNA;436148;436262;51;115 ;;tRNA;436314;436390;196;atgf fin;;CDS;436587;436883;; deb;comp;CDS;467261;468367;193; ;;misc_f;468561;468657;82; ;;rRNA;468740;468854;51;115 ;;tRNA;468906;468982;125;atgf fin;;CDS;469108;469863;; deb;comp;CDS;534521;536161;367; ;;tRNA;536529;536603;92;acg fin;comp;CDS;536696;537778;; deb;;CDS;619174;620157;82; ;;regulatory;620240;620316;45; fin;;CDS;620362;621558;; deb;comp;CDS;658467;658931;110; ;comp;tRNA;659042;659116;155;gtc deb;;CDS;659272;660159;106; ;;tRNA;660266;660340;648;gtc fin;comp;CDS;660989;661800;; deb;comp;CDS;684188;685114;350; ;comp;tRNA;685465;685539;25;gtg ;comp;tRNA;685565;685639;195;gtg fin;;CDS;685835;686251;; deb;comp;CDS;691078;691803;-14; ;;misc_f;691790;691887;82; ;;rRNA;691970;692084;114;115 fin;comp;CDS;692199;694505;; deb;;CDS;750262;751398;161; ;comp;rRNA;751560;751674;82;115 ;comp;misc_f;751757;752004;598; ;;repeat_region;752603;752814;388; fin;;CDS;753203;753760;; deb;comp;CDS;839402;839962;163; ;comp;misc_f;840126;840415;631; fin;comp;CDS;841047;844388;; deb;;CDS;874585;875391;88; ;;tRNA;875480;875556;81;cac fin;;CDS;875638;876117;; deb;;CDS;885688;886299;176; 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gtt;0.52;gct;0;gat;0;ggt;0.52 ttc;179;tcc;155;tac;231;tgc;116 atc;290;acc;158;aac;317;agc;108 ctc;104;ccc;87;cac;118;cgt;303 gtc;176;gcc;170;gac;295;ggc;358 tta;122;tca;143;taa;1.03;tga;66 ata;0.86;aca;143;aaa;384;aga;154 cta;131;cca;144;caa;193;cga;13.4 gta;327;gca;288;gaa;330;gga;116 ttg;105;tcg;85;tag;2.76;tgg;115 atg;604;acg;73;aag;24.3;agg;112 ctg;256;ccg;63;cag;104;cgg;102 gtg;8.4;gcg;7.1;gag;7.8;ggg;74 </pre> ===rru=== ====rru opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_rubr_ATCC_11170/rhodRubr_ATCC11170-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007643.1;rru;;genome;3.8.16;;;;;;;; 64.97%GC;26.12.19 Paris;16s 4 ;55 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rhodospirillum rubrum ATCC 11170;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; comp;16232..16852;;cds;;163;163;;;207;;3'-5' exonuclease;* comp;17016..17102;;ctg;;253;253;;;;;;* ;17356..18378;;cds;;;;;;341;;3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;117072..117287;;cds;;37;37;;;72;;slyX;* comp;117325..117401;;agg;;341;341;;;;;;* ;117743..123022;;cds;;;;;;*1760;;alpha-2-macroglobulin-like protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;149921..151015;;cds;;225;225;;;365;;hp;* ;151241..151317;;cgg;;136;136;;;;;;* comp;151454..152929;;cds;;;;;;492;;chemotaxis sensory transducer protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;189941..191668;;cds;;859;*859;;;576;;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;* ;192528..194004;;16s;;184;;;;1477;;;* ;194189..194265;;atc;;66;;;66;;;;* ;194332..194407;;gca;;362;;;;;;;* ;194770..197527;;23s;;119;;;;2758;;;* ;197647..197761;;5s;;96;;;;115;;;* ;197858..197934;;atgf;;287;287;;;;;;* comp;198222..198455;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;305449..306648;;cds;;257;257;;;400;;Ppx/GppA phosphatase;* ;306906..306979;;cag;;319;319;;;;;;* comp;307299..308303;;cds;;;;;;335;;LacI family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;322896..323807;;cds;;292;292;;;304;;hp;* comp;324100..324174;;caa;;98;98;;;;;;* comp;324273..325601;;cds;;;;;;443;;chemotaxis sensory transducer protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;362552..362881;;cds;;224;224;;;110;;hp;* ;363106..363181;;gcc;+;202;;202;;;;;* ;363384..363459;;gcc;2 gcc;43;43;;;;;;* comp;363503..364531;;cds;;;;;;343;;esterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;407067..407606;;cds;;92;92;;;180;;YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;407699..407790;;agc;;141;141;;;;;;* ;407932..408774;;cds;;;;;;281;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;466945..467925;;cds;;115;115;;;327;;hp;* comp;468041..468126;;tta;;83;83;;;;;;* comp;468210..468458;;cds;;;;;;83;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;559038..559610;;cds;;86;86;;;191;;OsmC-like protein;* ;559697..559772;;aag;;140;140;;;;;;* ;559913..560608;;cds;;;;;;232;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;794877..795188;;cds;;-81;*-81;;;104;;hp;* comp;795108..795188;;Sig-pep;;217;217;;;27;;hp;* ;795406..795496;;tcc;;44;44;;;;;;* ;795541..795846;;cds;;;;;;102;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;908584..910185;;cds;;-102;*-102;;;534;;peptidase M23B;* comp;910084..910185;;Sig-pep;@1;1212;*1212;;;34;;hp;* ;911398..912874;;16s;;182;;;;1477;;;* ;913057..913133;;atc;;66;;;66;;;;* ;913200..913275;;gca;;361;;;;;;;* ;913637..916394;;23s;;118;;;;2758;;;* ;916513..916627;;5s;;95;;;;115;;;* ;916723..916799;;atgf;;573;*573;;;;;;* ;917373..921860;;cds;;;;;;*1496;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1159249..1160091;;cds;;71;71;;;281;;Linocin_M18 bacteriocin protein;* ;1160163..1160238;;gag;;117;117;;;;;;* ;1160356..1160613;;cds;;;;;;86;;prevent-host-death protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1464820..1465122;;cds;;283;283;;;101;;50S ribosomal protein L21;* ;1465406..1465495;;tcg;;139;139;;;;;;* comp;1465635..1466303;;cds;;;;;;223;;cytochrome B561;* ;;;;;;;;;;;;* ;1791953..1792159;;cds;;116;116;;;69;;hp;* comp;1792276..1792351;;gaa;;131;131;;;;;;* comp;1792483..1792689;;cds;;;;;;69;;cold-shock DNA-binding protein family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1824302..1825738;;cds;;98;98;;;479;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;1825837..1825921;;cta;;102;102;;;;;;* ;1826024..1827415;;cds;;;;;;464;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1833133..1833408;;cds;;284;284;;;92;;histone-like DNA-binding protein;* ;1833693..1833768;;gta;;70;70;;;;;;* comp;1833839..1835326;;cds;;;;;;496;;methyl-accepting chemotaxis sensory transducer;* ;;;;;;;;;;;;* ;1933506..1934138;;cds;;-633;*-633;;;211;;hp;* ;1933506..1933652;;Sig-pep;;571;*571;;;49;;hp;* ;1934224..1934300;;cca;;63;63;;;;;;* ;1934364..1934663;;cds;;12;12;;;100;;ETC complex I subunit region;* ;1934676..1934752;;aga;;396;*396;;;;;;* ;1935149..1939624;;cds;;;;;;*1492;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1959133..1959858;;cds;;175;175;;;242;;MerR family transcriptional regulator;* ;1960034..1960110;;ccc;@2;1062;*1062;;;;;;* ;1961173..1961367;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1996760..1998124;;cds;;-120;*-120;;;455;;lytic murein transglycosylase;* comp;1998005..1998124;;Sig-pep;;119;119;;;40;;hp;* ;1998244..1998333;;tca;;927;*927;;;;;;* comp;1999261..1999929;;cds;;;;;;223;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2032027..2032863;;cds;;123;123;;;279;;phage integrase;* comp;2032987..2033062;;aaa;;186;186;;;;;;* comp;2033249..2033755;;cds;;;;;;169;;peptidyl-prolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2093327..2093977;;cds;;295;295;;;217;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;* ;2094273..2094346;;tgc;;81;;81;;;;;* ;2094428..2094502;;aac;;150;150;;;;;;* ;2094653..2094916;;cds;;;;;;88;;prevent-host-death protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2304404..2305834;;cds;;89;89;;;477;;divalent cation transporter;* comp;2305924..2306010;;ctc;;178;178;;;;;;* ;2306189..2306839;;cds;;;;;;217;;lipoate-protein ligase B;* ;;;;;;;;;;;;* ;2331183..2331521;;cds;;73;73;;;113;;hp;* ;2331595..2331671;;atgj;;126;126;;;;;;* comp;2331798..2332040;;cds;;;;;;81;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2411337..2411804;;cds;;-72;*-72;;;156;;CreA;* comp;2411733..2411804;;Sig-pep;;202;202;;;24;;hp;* comp;2412007..2412083;;cac;;75;75;;;;;;* comp;2412159..2413343;;cds;;;;;;395;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2729598..2731271;;cds;;449;*449;;;558;;macrocin-O-methyltransferase;* comp;2731721..2731797;;atgf;;95;;;;;;;* comp;2731893..2732007;;5s;;119;;;115;;;;* comp;2732127..2734884;;23s;;362;;;2758;;;;* comp;2735247..2735322;;gca;;66;;;66;;;;* comp;2735389..2735465;;atc;;184;;;;;;;* comp;2735650..2737126;;16s;;606;*606;;1477;;;;* comp;2737733..2738110;;cds;;;;;;126;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2959802..2961874;;cds;;354;*354;;;*691;;chemotaxis sensory transducer protein;* comp;2962229..2962303;;gtc;;123;123;;;;;;* ;2962427..2963359;;cds;;;;;;311;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3124836..3125033;;cds;;151;151;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;3125185..3125260;;tgg;;343;343;;;;;;* comp;3125604..3126794;;cds;;93;93;;;397;;elongation factor Tu;* comp;3126888..3126961;;gga;;27;;27;;;;;* comp;3126989..3127074;;tac;;37;37;;;;;;* ;3127112..3128158;;cds;;57;57;;;349;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;3128216..3128291;;aca;;127;127;;;;;;* ;3128419..3128652;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3193350..3194507;;cds;;430;*430;;;386;;acyltransferase;* comp;3194938..3195013;;ttc;;103;103;;;;;;* comp;3195117..3195635;;cds;;;;;;173;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3320745..3322115;;cds;;-1371;*-1371;;;457;;virulence protein;* ;3320745..3320816;;Sig-pep;;1389;*1389;;;24;;hp;* comp;3322206..3322281;;atgi;;60;60;;;;;;* comp;3322342..3324432;;cds;;;;;;*697;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3377932..3378114;;cds;;140;140;;;61;;hp;* ;3378255..3378329;;acc;+;165;;165;;;;;* ;3378495..3378569;;acc;2 acc;237;237;;;;;;* ;3378807..3379370;;cds;;234;234;;;188;;hp;* ;3379605..3379681;;gac;;77;77;;;;;;* comp;3379759..3380517;;cds;;;;;;253;;diguanylate phosphodiesterase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3399207..3399494;;cds;;262;262;;;96;;hp;* comp;3399757..3399833;;ccg;;56;56;;;;;;* comp;3399890..3400972;;cds;;;;;;361;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3490378..3491148;;cds;;84;84;;;257;;2-phosphoglycolate phosphatase;* ;3491233..3491307;;gtg;;407;*407;;;;;;* ;3491715..3492080;;cds;;;;;;122;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3719367..3719753;;cds;;163;163;;;129;;hp;* comp;3719917..3719990;;ggg;;95;95;;;;;;* comp;3720086..3720859;;cds;;;;;;258;;enoyl-ACP reductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3805869..3806813;;cds;;130;130;;;315;;inner-membrane translocator;* comp;3806944..3807058;;5s;;116;;;;115;;;* comp;3807175..3809932;;23s;;362;;;;2758;;;* comp;3810295..3810370;;gca;;66;;;66;;;;* comp;3810437..3810513;;atc;;184;;;;;;;* comp;3810698..3812174;;16s;;1227;*1227;;;1477;;;* ;3813402..3814118;;cds;;;;;;239;;transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3824154..3825854;;cds;;76;76;;;567;;phage integrase;* comp;3825931..3826007;;cgt;;387;*387;;;;;;* ;3826395..3827531;;cds;;;;;;379;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4021982..4023163;;cds;;27;27;;;394;;diguanylate phosphodiesterase;* comp;4023191..4023277;;ttg;;224;224;;;;;;* ;4023502..4023855;;cds;;;;;;118;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4058818..4059117;;cds;;187;187;;;100;;hp;* ;4059305..4059380;;gcg;;179;179;;;;;;* comp;4059560..4060126;;cds;;;;;;189;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4105626..4107317;;cds;;-114;*-114;;;564;;chemotaxis sensory transducer;* comp;4107204..4107317;;Sig-pep;;721;*721;;;38;;hp;* comp;4108039..4108113;;acg;;148;148;;;;;;* ;4108262..4108843;;cds;;;;;;194;;D-alpha,beta-D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4261100..4262038;;cds;;269;269;;;313;;thioredoxin-like protein;* ;4262308..4262382;;ggc;;118;118;;;;;;* ;4262501..4263136;;cds;;;;;;212;;lysine exporter protein LysE/YggA;* </pre> ====rru cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_cumuls|rru cumuls]] <pre> rru cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300 avec rRNA;opérons;4;1;;;1;7;1;;100;23;1;0 ;16atcgca235;1;20;;;50;6;40;;200;17;30;3 ;Id-atgf;3;40;1;;100;19;80;;300;16;60;4 ;-;;60;;;150;20;120;;400;17;90;12 ;max a;3;80;;4;200;8;160;;500;8;120;10 ;a doubles;0;100;1;;250;7;200;;600;5;150;3 ;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;2;180;4 ;total aas;11;140;;;350;3;280;;800;0;210;5 sans ;opérons;40;160;;;400;3;320;;900;0;240;8 ;1 aa;36;180;1;;450;3;360;;1000;0;270;4 ;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;300;3 ;a doubles;2;;1;;;10;;;;3;;35 ;total aas;44;;4;4;;95;;0;;91;;91 total aas;;55;;;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;119;66;;208;;;;292;; ;;;variance;79;0;;333;;;;187;; sans jaune;;;moyenne;;;;148;;;;237;;140 ;;;variance;;;;83;;;;132;;69 </pre> ====rru blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_blocs|rru blocs]] <pre> rru blocs;;;;;;; cds;859;576;sulfate;cds;606;126;hp 16s;184;1477;;16s;184;1477; atc;66;;;atc;66;; gca;362;;;gca;362;; 23s;119;2758;;23s;119;2758; 5s;96;115;;5s;95;115; atgf;287;;;atgf;449;; cds;;78;hp;cds;;558;macrocin ;;;;;;; cds;-102;534;peptidase;;;; Sig-pep;1212;34;hp;cds;1227;239;transposase 16s;182;1477;;16s;184;1477; atc;66;;;atc;66;; gca;361;;;gca;362;; 23s;118;2758;;23s;116;2758; 5s;95;115;;5s;130;115; atgf;573;;;cds;;315;inner cds;;1496;hp;;;; ;;;;;;; sulfate;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;;;;;; inner;inner-membrane translocator;;;;;; macrocin;macrocin-O-methyltransferase;;;;;; peptidase;peptidase M23B;;;;;; </pre> ====rru distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_distribution|rru distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rru;;36;;;;;36;;rru;4;;;;;;4;;rru;4;;;;;;4;;rru;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====rru données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_données_intercalaires|rru données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;rru;fx;fc;rru;fx40;fc40;rru;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;81;163;253;CDS 16s ;; ;0;10;47;242;1;4;21;-2;1;0;406;37;841;1193; ;1;20;50;189;2;3;31;-3;0;0;98;299;972;999; 1;0;30;51;116;3;3;38;-4;27;394;224;147;5s CDS;; 1;0;40;27;83;4;4;43;-5;0;0;92;136;;130; 1;0;50;23;99;5;4;29;-6;2;0;141;287;23s 5s;; ;3;60;34;100;6;2;18;-7;0;5;83;257;2* 119;; 1;1;70;31;82;7;5;11;-8;0;42;170;319;118;; 1;3;80;24;87;8;5;22;-9;0;0;86;43;116;; 1;5;90;29;93;9;6;14;-10;3;6;738;115;16s tRNA;;atc ;5;100;30;96;10;11;15;-11;4;22;71;239;180;; ;2;110;38;64;11;7;34;-12;0;0;117;217;178;; 2;2;120;27;67;12;7;30;-13;0;4;131;283;180;; 2;1;130;30;59;13;2;26;-14;2;11;98;139;180;; 3;1;140;25;67;14;2;26;-15;1;0;150;116;tRNA 23s;;gca 2;3;150;28;55;15;8;13;-16;1;2;284;70;347;; ;1;160;27;60;16;3;13;-17;3;11;85;164;346;; 2;3;170;28;64;17;9;16;-18;0;0;63;261;347;; 3;1;180;16;46;18;7;9;-19;1;4;12;123;347;; 1;1;190;32;36;19;3;10;-20;4;3;396;295;5s tRNA;; ;0;200;23;43;20;2;12;-21;1;0;175;178;96;;atgf ;1;210;18;27;21;8;5;-22;1;0;215;126;95;;atgf 1;1;220;21;35;22;8;12;-23;1;1;186;449;95;;atgf 1;1;230;15;32;23;4;11;-24;0;0;150;171;tRNA tRNA;;intra 1;2;240;15;24;24;7;10;-25;1;1;89;166;4*66;;atc gca ;0;250;16;23;25;5;16;-26;2;2;73;90;tRNA tRNA;; 2;0;260;16;27;26;2;8;-27;1;0;202;140;202;;gcc 2;1;270;18;15;27;5;13;-28;0;0;75;77;**;;gcc ;0;280;13;20;28;4;16;-29;1;2;354;387;81;;tgc 2;1;290;17;14;29;3;14;-30;0;0;151;27;**;;aac 2;0;300;17;12;30;5;11;-31;0;2;343;224;27;;gga ;0;310;15;18;31;1;9;-32;0;1;93;187;**;;tac 1;0;320;14;8;32;4;10;-33;0;0;57;179;165;;acc ;0;330;9;6;33;3;7;-34;0;1;127;148;**;;acc ;0;340;7;12;34;2;11;-35;1;0;430;269;;; ;1;350;10;7;35;3;4;-36;0;0;103;;;; ;1;360;11;3;36;3;7;-37;0;0;60;;;; ;0;370;10;10;37;3;10;-38;1;0;237;;;; ;0;380;3;6;38;5;6;-39;0;0;234;;;; 1;0;390;4;5;39;1;9;-40;2;0;262;;;; ;1;400;5;4;40;2;10;-41;1;2;56;;;; 1;5;reste;88;72;reste;787;1498;-42;0;0;84;;;; 35;48;total;963;2140;total;963;2140;-43;0;1;407;;;; 34;43;diagr;874;2056;diagr;175;630;-44;0;0;163;;;; 1;1; t30;148;547;;;;-45;1;0;95;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;103;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;721;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;118;;;; ;x;962;74;1;1037;;;-49;1;0;;;;; ;c;2128;609;12;2749;;;-50;1;0;;;;; ;;;;;3786;160;;reste;9;11;;;;; ;;;;;;3946;;total;74;609;;;;; </pre> =====rru autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_autres_intercalaires_aas|rru autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;rru;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;16232;163;comp; ;tRNA;17016;253;comp;ctg fin;CDS;17356;;; deb;CDS;117072;37;; ;tRNA;117325;299;comp;agg fin;CDS;117701;;; deb;CDS;149921;147;comp; ;tRNA;151241;136;;cgg fin;CDS;151454;;comp; deb;CDS;189941;841;; 16s;rRNA;192510;180;;1477 ;tRNA;194189;66;;atc ;tRNA;194332;347;;gca 23s;rRNA;194755;119;;2758 5s;rRNA;197647;96;;115 ;tRNA;197858;287;;atgf deb;CDS;198222;222;comp; ;repeat_region;198678;145;; fin;CDS;200012;;comp; deb;CDS;211593;261;comp; ;repeat_region;213597;128;; fin;CDS;214303;;comp; deb;CDS;305449;257;comp; ;tRNA;306906;319;;cag fin;CDS;307299;;comp; deb;CDS;322896;406;comp; ;tRNA;324100;98;comp;caa fin;CDS;324273;;comp; deb;CDS;362552;224;; ;tRNA;363106;202;;gcc ;tRNA;363384;43;;gcc fin;CDS;363503;;comp; deb;CDS;407067;92;; ;tRNA;407699;141;;agc fin;CDS;407932;;; deb;CDS;419952;57;; ;repeat_region;420333;228;; fin;CDS;423032;;comp; deb;CDS;466945;115;; ;tRNA;468041;83;comp;tta fin;CDS;468210;;comp; deb;CDS;529650;67;; ;repeat_region;530056;180;; fin;CDS;530734;;comp; deb;CDS;536858;111;comp; ;regulatory;537266;38;; fin;CDS;537511;;; deb;CDS;559038;239;comp; ;tRNA;559697;170;;aag fin;CDS;559943;;; deb;CDS;571949;20;; ;regulatory;572902;194;; fin;CDS;573329;;; deb;CDS;794877;217;comp; ;tRNA;795406;86;;tcc fin;CDS;795583;;; deb;CDS;908584;1193;comp; 16s;rRNA;911379;178;;1477 ;tRNA;913057;66;;atc ;tRNA;913200;346;;gca 23s;rRNA;913622;118;;2758 5s;rRNA;916513;95;;115 ;tRNA;916723;738;;atgf fin;CDS;917538;;; deb;CDS;988887;204;; ;repeat_region;989382;533;; fin;CDS;992381;;comp; deb;CDS;1144656;314;comp; ;ncRNA;1145438;15;comp; fin;CDS;1145882;;comp; deb;CDS;1159249;71;; ;tRNA;1160163;117;;gag fin;CDS;1160356;;; deb;CDS;1339162;168;; ;regulatory;1340533;238;; fin;CDS;1340988;;; deb;CDS;1362782;177;comp; ;repeat_region;1363865;208;; fin;CDS;1364648;;comp; deb;CDS;1464820;283;comp; ;tRNA;1465406;139;;tcg fin;CDS;1465635;;comp; 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;tRNA;2305924;178;comp;ctc fin;CDS;2306189;;; deb;CDS;2318681;138;comp; ;regulatory;2319857;73;; fin;CDS;2320063;;; deb;CDS;2331183;73;; ;tRNA;2331595;126;;atgj fin;CDS;2331798;;comp; deb;CDS;2411337;202;comp; ;tRNA;2412007;75;comp;cac fin;CDS;2412159;;comp; deb;CDS;2550773;186;comp; ;regulatory;2551172;147;; fin;CDS;2551477;;; deb;CDS;2559473;36;; ;tmRNA;2560658;131;; fin;CDS;2561126;;; deb;CDS;2667051;354;; ;repeat_region;2668113;204;; fin;CDS;2669862;;comp; deb;CDS;2714978;129;; ;repeat_region;2715965;262;; fin;CDS;2716563;;; deb;CDS;2729598;449;; ;tRNA;2731721;95;comp;atgf 5s;rRNA;2731893;119;comp;115 23s;rRNA;2732127;347;comp;2758 ;tRNA;2735247;66;comp;gca ;tRNA;2735389;180;comp;atc 16s;rRNA;2735646;972;comp;1477 fin;CDS;2738117;;comp; deb;CDS;2959802;354;comp; ;tRNA;2962229;171;comp;gtc fin;CDS;2962475;;; deb;CDS;3124836;151;comp; ;tRNA;3125185;343;comp;tgg deb;CDS;3125604;93;comp; ;tRNA;3126888;27;comp;gga ;tRNA;3126989;166;comp;tac deb;CDS;3127241;57;; ;tRNA;3128216;127;;aca fin;CDS;3128419;;; deb;CDS;3193350;430;comp; ;tRNA;3194938;103;comp;ttc fin;CDS;3195117;;comp; deb;CDS;3320745;90;; ;tRNA;3322206;60;comp;atgi fin;CDS;3322342;;comp; deb;CDS;3377932;140;comp; ;tRNA;3378255;165;;acc ;tRNA;3378495;237;;acc deb;CDS;3378807;234;; ;tRNA;3379605;77;;gac fin;CDS;3379759;;comp; deb;CDS;3399207;262;comp; ;tRNA;3399757;56;comp;ccg fin;CDS;3399890;;comp; deb;CDS;3490378;84;; ;tRNA;3491233;407;;gtg fin;CDS;3491715;;; deb;CDS;3514107;56;comp; ;regulatory;3515291;4;comp; ;regulatory;3515401;88;comp; fin;CDS;3515601;;comp; deb;CDS;3523910;371;; ;repeat_region;3524497;79;; fin;CDS;3525452;;comp; deb;CDS;3705744;56;comp; ;regulatory;3707042;399;comp; fin;CDS;3707518;;; deb;CDS;3719367;163;comp; ;tRNA;3719917;95;comp;ggg fin;CDS;3720086;;comp; deb;CDS;3805869;130;; 5s;rRNA;3806944;116;comp;115 23s;rRNA;3807175;347;comp;2758 ;tRNA;3810295;66;comp;gca ;tRNA;3810437;180;comp;atc 16s;rRNA;3810694;999;comp;1477 fin;CDS;3813192;;; deb;CDS;3824154;103;comp; ;tRNA;3825931;387;comp;cgt fin;CDS;3826395;;; deb;CDS;3996560;58;comp; ;ncRNA;3998598;106;comp; fin;CDS;3998802;;comp; deb;CDS;4021982;27;; ;tRNA;4023191;224;comp;ttg fin;CDS;4023502;;; deb;CDS;4058818;187;comp; ;tRNA;4059305;179;;gcg fin;CDS;4059560;;comp; deb;CDS;4105626;721;comp; ;tRNA;4108039;148;comp;acg fin;CDS;4108262;;; deb;CDS;4261100;269;comp; ;tRNA;4262308;118;;ggc fin;CDS;4262501;;; </pre> ====rru intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_entre_cds|rru intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> rru;27.1.21 paris;NCBI;10.3.20;;;;;;;;; rru;intercalaires;total;%;intercalaires;moyennes;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;683;18.0;'''négatif ;-8;15;-73 à -1;'''4 352 825;-1;683;610;1 ;'''zéro;13;0.3;;;;;'''intercals;0;13;620;0 ;'''1 à 200;2368;62.5;'''0 à 200;78;58;;'''429 144;5;180;630;5 ;'''201 à 370;535;14.1;'''201 à 370;268;46;;'''9.9%;10;109;640;6 ;'''371 à 600;139;3.7;'''371 à 600;453;60;;;15;155;650;1 ;'''601 à max;48;1.3;'''601 à 1028;733;105;;;20;84;660;4 ;'''total 3786;<201;80.9;'''total 3779;112;136;-73 à 995;;25;86;670;3 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;81;680;1 3818575;1469;-1;683;-70;8;;0;13;35;54;690;2 844364;995;0;13;-60;5;;-1;°81;40;56;700;1 3816901;954;1;25;-50;8;;-2;1;45;59;710;1 3134490;938;2;34;-40;8;;-3;0;50;63;720;0 3477618;929;3;°41;-30;6;'''min à -1;-4;°421;55;67;730;0 1097019;885;4;°47;-20;21;683;-5;0;60;67;740;3 3856065;884;5;°33;-10;75;18.0%;-6;2;65;61;750;0 566184;881;6;20;0;565;;-7;5;70;52;760;1 1833839;873;7;16;10;289;;-8;°42;75;59;770;2 3136049;866;8;°27;20;239;;-9;0;80;52;780;3 2475546;802;9;20;30;167;;-10;9;85;58;790;3 93164;788;10;26;40;110;;-11;°26;90;64;800;0 409696;787;11;°41;50;122;;-12;0;95;51;810;1 400635;785;12;37;60;134;;-13;4;100;75;820;0 1366462;777;13;28;70;113;;-14;°13;105;49;830;0 3456663;777;14;°28;80;111;;-15;1;110;53;840;0 3312945;771;15;21;90;122;'''1 à 100;-16;3;115;49;850;0 550038;769;16;16;100;126;1533;-17;°14;120;45;860;0 2493887;767;17;°25;110;102;41%;-18;0;125;44;870;1 1410707;755;18;16;120;94;;-19;5;130;45;880;1 1423514;739;19;13;130;89;;-20;°7;135;48;890;3 2688282;734;20;°14;140;92;;-21;1;140;44;900;0 3627241;732;21;13;150;83;;-22;1;145;41;910;0 2706640;702;22;°20;160;87;;-23;°2;150;42;920;0 3937050;697;23;15;170;92;;-24;0;155;44;930;1 1011650;686;24;17;180;62;;-25;2;160;43;940;1 742860;682;25;°21;190;68;'''1 à 200;-26;°4;165;42;950;0 3424033;675;26;10;200;66;2368;-27;1;170;50;960;1 139185;669;27;18;210;45;62.5%;-28;0;175;31;970;0 880072;663;28;°20;220;56;;-29;°3;180;31;980;0 1976647;662;29;17;230;47;;-30;0;185;28;990;0 2640270;659;30;16;240;39;;-31;2;190;40;1000;1 90214;657;31;10;250;39;;-32;1;195;39;1010;0 961964;656;32;°14;260;43;;;664;200;27;1020;0 1209394;652;33;10;270;33;'''0 à 200;reste;32;205;19;1030;0 2536913;650;34;13;280;33;2381;total;696;210;26;1040;0 2591508;639;35;7;290;31;;;;215;25;1050;0 55947;637;36;10;300;29;;intercal;<u>frequencef;220;31;1060;0 1786743;636;37;°13;310;33;;600;3738;225;25;1070;0 2231609;636;38;11;320;22;;620;1;230;22;1080;0 3609912;633;39;10;330;15;;640;11;235;18;1090;0 3187318;631;40;°12;340;19;;660;5;240;21;1100;0 ;;reste;2285;350;17;;680;4;245;24;1110;0 ;;total;3786;360;14;'''201 à 370;700;3;250;15;1120;0 ;;;;370;20;535;720;1;255;21;1130;0 ;;;;380;9;14.1%;740;3;260;22;1140;0 ;;;;390;9;;760;1;265;23;1150;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;9;;780;5;270;10;1160;0 2068001;-137;shift2;1009;410;14;;800;3;275;15;1170;0 651352;-122;comp;;420;14;;820;1;280;18;1180;0 2462962;-120;comp;;430;9;;840;0;285;13;1190;0 1155908;-106;comp;;440;4;;860;0;290;18;1200;0 2381188;-104;comp;;450;15;;880;2;295;14;reste;1 3871151;-104;comp;;460;5;;900;3;300;15;total;3786 4292550;-73;shift2;662;470;5;'''371 à 600;920;0;305;18;; 664620;-70;comp;;480;4;139;940;2;310;15;; 3822351;-68;shift2;682;490;4;3.7%;960;1;315;10;; 3867765;-65;shift2;451;500;5;;980;0;320;12;; 1091959;-64;shift2;1268;510;7;;1000;1;325;8;; 3289914;-62;shift2;;520;1;;;47;330;7;; 1568904;-61;shift2;;530;3;;;;335;11;; 465562;-59;comp;;540;4;;;;340;8;; 2309068;-59;shift2;;550;7;;;;345;12;; 780196;-58;shift2;;560;2;;;;350;5;; 2759874;-55;comp;;570;1;;;;355;7;; 3267314;-53;shift2;;580;5;'''601 à max;;;360;7;; 210683;-52;shift2;;590;1;48;;;365;7;; 1365051;-52;shift2;;600;2;1.3%;;;370;13;; 622208;-50;comp;;reste;48;;reste;1;reste;187;; 2342888;-49;comp;;total;3786;;total;3786;total;3786;; </pre> ====rru intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru intercalaires positifs S+]] *Légende: *Tableaux <pre> rru. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; rru;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-13;90;-272;53;818;231;min50;-34;275;-804;94;878;270;min40 31 à 400;12;-97;135;28;833;269;2 parties;13;-61;-91;52;957;156;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;103;46;-;798;dte;20;Sf;181;62;-;739;poly;139;SF 31 à 400;86;41;-;797;dte;36;tf;137;50;-;916;dte;41;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.017;;;;; 41-n;0.829;0.193;0.611;;;;;;;;;;; 1-n;0.861;0.722;0.792;;;;;;;;;14.8.21 Paqris;; rru;fx;fc;;rru;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rru;Sx-;Sc- 0;1;12;;0;1;6;0;1;12;>0;962;-1;0;81 10;47;242;;10;54;118;1;4;21;<0;74;-2;1;0 20;50;189;;20;57;92;2;3;31;zéro;1;-3;0;0 30;51;116;;30;58;56;3;3;38;total;1037;-4;27;394 40;27;83;;40;31;40;4;4;43;;c;-5;0;0 50;23;99;;50;26;48;5;4;29;>0;2128;-6;2;0 60;34;100;;60;39;49;6;2;18;<0;609;-7;0;5 70;31;82;;70;35;40;7;5;11;zéro;12;-8;0;42 80;24;87;;80;27;42;8;5;22;total;2749;-9;0;0 90;29;93;;90;33;45;9;6;14;;;-10;3;6 100;30;96;;100;34;47;10;11;15;;;-11;4;22 110;38;64;;110;43;31;11;7;34;;;-12;0;0 120;27;67;;120;31;33;12;7;30;;;-13;0;4 130;30;59;;130;34;29;13;2;26;;;-14;2;11 140;25;67;;140;29;33;14;2;26;;;-15;1;0 150;28;55;;150;32;27;15;8;13;;;-16;1;2 160;27;60;;160;31;29;16;3;13;;;-17;3;11 170;28;64;;170;32;31;17;9;16;;;-18;0;0 180;16;46;;180;18;22;18;7;9;;;-19;1;4 190;32;36;;190;37;18;19;3;10;;;-20;4;3 200;23;43;;200;26;21;20;2;12;;;-21;1;0 210;18;27;;210;21;13;21;8;5;;;-22;1;0 220;21;35;;220;24;17;22;8;12;;;-23;1;1 230;15;32;;230;17;16;23;4;11;;;-24;0;0 240;15;24;;240;17;12;24;7;10;;;-25;1;1 250;16;23;;250;18;11;25;5;16;;;-26;2;2 260;16;27;;260;18;13;26;2;8;;;-27;1;0 270;18;15;;270;21;7;27;5;13;;;-28;0;0 280;13;20;;280;15;10;28;4;16;;;-29;1;2 290;17;14;;290;19;7;29;3;14;;;-30;0;0 300;17;12;;300;19;6;30;5;11;;;-31;0;2 310;15;18;;310;17;9;31;1;9;;;-32;0;1 320;14;8;;320;16;4;32;4;10;;;-33;0;0 330;9;6;;330;10;3;33;3;7;;;-34;0;1 340;7;12;;340;8;6;34;2;11;;;-35;1;0 350;10;7;;350;11;3;35;3;4;;;-36;0;0 360;11;3;;360;13;1;36;3;7;;;-37;0;0 370;10;10;;370;11;5;37;3;10;;;-38;1;0 380;3;6;;380;3;3;38;5;6;;;-39;0;0 390;4;5;;390;5;2;39;1;9;;;-40;2;0 400;5;4;;400;6;2;40;2;10;;;-41;1;2 reste;88;72;;;;;reste;787;1498;;;-42;0;0 total;963;2140;;t30;169;266;total;963;2140;;;-43;0;1 diagr;874;2056;;;;;diagr;175;630;;;-44;0;0 - t30;726;1509;;;;;;;;;;-45;1;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;reste;9;11 ;;;;;;;;;;;;total;74;609 </pre> ====rru intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_négatifs_S-|rru intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> rru;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;;; comp’;0;1;0;25;0;2;0;0;0;3;4;0;0;2;1;1;3;0;1;4;1;1;0;0;1;2;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;4;69;7 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fin;°CDS;1145882;;comp;;deb;°CDS;2714978;129;;;deb;°CDS;4105626;721;comp deb;°CDS;1159249;71;;;;repeat_region;2715965;262;;;;&tRNA;4108039;148;comp ;&tRNA;1160163;117;;;fin;°CDS;2716563;;;;fin;°CDS;4108262;; fin;°CDS;1160356;;;;;;;;;;deb;°CDS;4261100;269;comp deb;°CDS;1339162;168;;;;;;;;;;&tRNA;4262308;118; ;regulatory;1340533;238;;;;;;;;;fin;°CDS;4262501;; fin;°CDS;1340988;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====rru intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_tRNA|rru intercalaires tRNA]] <pre> rru;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;; ;;;;;;;;;; ;66;;163;comp’;253;;12;56;'''deb; ;202;comp’;37;comp’;299;;57;60;<201;15 ;66;comp’;147;comp’;136;;71;63;total;24 ;81;;;;287;;73;75;taux;63% ;66;comp’;257;comp’;319;;84;83;; ;27;;406;;98;;85;86;'''fin; ;165;;224;comp’;43;;89;95;<201;18 ;66;;92;;141;;92;98;total;25 ;;comp’;115;;83;;93;103;taux;72% ;;comp’;239;;170;;98;117;; 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;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;25;29;54;;;;; ;;total;41;42;83;;;;; ;;taux;61%;69%;65%;;;;; </pre> ===oan=== ====oan opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;oan;;genome;;;;;;;;; 56.1%GC;27.12.19 Paris;16s 4 ;61 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 ;;;;;;;;;;;; chromosom1;;;;;;;;;;;; ;34057..34446;;cds;;224;224;;;130;;TIGR02300 family protein;* ;34671..34746;;gcc;@1;-40;*-40;;;;;;* ;34707..35480;;cds;;;;;;258;;glutathione S-transferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;223549..224394;;cds;;164;164;;;282;;3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase CysQ;* ;224559..224635;;ccg;;109;109;;;;;;* comp;224745..225806;;cds;;;;;;354;;site-specific integrase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;337757..338197;;cds;;158;158;;;147;;DMT family transporter;* comp;338356..338431;;ttc;;171;171;;;;;;* comp;338603..338818;;cds;;;;;;72;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;;;;;;;;;;;;* comp;344419..344598;;cds;;147;147;;;60;;hp;* ;344746..344820;;acc;;397;397;;;;;;* ;345218..346030;;cds;;;;;;271;;DUF2189 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;351922..353328;;cds;;167;167;;;469;;deoxyribodipyrimidine photo-lyase;* comp;353496..353572;;cgt;;159;159;;;;;;* comp;353732..355285;;cds;;;;;;*518;;HAMP domain-containing histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;725472..726479;;cds;;219;219;;;336;;glycosyltransferase family 4 protein;* ;726699..726773;;caa;;61;61;;;;;;* comp;726835..727413;;cds;;;;;;193;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;934613..934987;;cds;;333;333;;;125;;transposase;* comp;935321..935397;;agg;;114;114;;;;;;* comp;935512..936675;;cds;;;;;;388;;amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1049919..1051202;;cds;;24;24;;;428;;cystathionine gamma-synthase family protein;* comp;1051227..1051311;;ttg;@2;593;*593;;;;;;* comp;1051905..1053539;;cds;;;;;;*545;;phosphoethanolamine transferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1081066..1083021;;cds;;998;*998;;;*652;;M23 family metallopeptidase;* ;1084020..1085508;;16s;;268;;;;1489;;;* ;1085777..1085853;;atc;;11;;;11;;;;* ;1085865..1085940;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;1085980..1086168;;cds;@3;38;38;;;63;;P-hp;* ;1086207..1089125;;23s;;186;;;;2919;;;* ;1089312..1089426;;5s;;54;;;;115;;;* ;1089481..1089557;;atgf;;363;363;;;;;;* ;1089921..1090091;;cds;;;;;;57;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1096454..1096912;;cds;;7;7;;;153;;hp;* comp;1096920..1097009;;tcg;;352;352;;;;;;* ;1097362..1097751;;cds;;;;;;130;;50S ribosomal protein L21;* ;;;;;;;;;;;;* ;1311344..1311823;;cds;;211;211;;;160;;hp;* ;1312035..1312109;;gag;;88;88;;;;;;* ;1312198..1312467;;cds;;;;;;90;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1344750..1345565;;cds;;677;*677;;;272;;IclR family transcriptional regulator;* ;1346243..1347731;;16s;;268;;;;1489;;;* ;1348000..1348076;;atc;;11;;;11;;;;* ;1348088..1348163;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;1348203..1348391;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;* ;1348430..1351348;;23s;;186;;;;2919;;;* ;1351535..1351649;;5s;;54;;;;115;;;* ;1351704..1351780;;atgf;;360;360;;;;;;* ;1352141..1353082;;cds;;;;;;314;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1354558..1355604;;cds;;85;85;;;349;;polysaccharide deacetylase family protein;* comp;1355690..1355764;;ggc;;136;136;;;;;;* comp;1355901..1357280;;cds;;;;;;460;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1386666..1387982;;cds;;819;*819;;;439;;hp;* comp;1388802..1388891;;tcc;;374;374;;;;;;* ;1389266..1389589;;cds;;;;;;108;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1405236..1405859;;cds;;139;139;;;208;;5,6-dimethylbenzimidazole synthase;* comp;1405999..1406085;;ctg;;146;146;;;;;;* comp;1406232..1406852;;cds;;;;;;207;;2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1604615..1604854;;cds;;26;26;;;80;;hp;* comp;1604881..1604958;;atgj;;10;10;;;;;;* comp;1604969..1605214;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1639492..1640289;;cds;;-44;*-44;;;266;;hp;* comp;1640246..1640322;;atgj;;55;55;;;;;;* ;1640378..1640572;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1778816..1779571;;cds;;385;385;;;252;;SIMPL domain-containing protein;* ;1779957..1780033;;atgi;;265;265;;;;;;* ;1780299..1780844;;cds;;;;;;182;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* ;;;;;;;;;;;;* >;1945985..1946374;;cds;;721;*721;;;130;;P-hp;* comp;1947096..1947171;;aag;;-38;*-38;;;;;;* comp;1947134..1947319;;cds;;;;;;62;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2014813..2015097;;cds;;103;103;;;95;;DUF2218 domain-containing protein;* comp;2015201..2015275;;gaa;+;146;;146;;;;;* comp;2015422..2015496;;gaa;2 gaa;200;200;;;;;;* comp;2015697..2016962;;cds;;;;;;422;;DUF882 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2040234..2040453;;cds;;91;91;;;73;;hp;* ;2040545..2040629;;tac;;24;;24;;;;;* ;2040654..2040727;;gga;;6;6;;;;;;* comp;2040734..2040916;;cds;;-50;*-50;;;61;;hp;* ;2040867..2042042;;cds;;65;65;;;392;;elongation factor Tu;* ;2042108..2042183;;tgg;;420;*420;;;;;;* ;2042604..2042804;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* ;2168416..2168658;;cds;;28;28;;;81;;PepSY domain-containing protein;* comp;2168687..2168760;;ggg;;289;289;;;;;;* ;2169050..2169946;;cds;;;;;;299;;lipid kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2244184..2245050;;cds;;112;112;;;289;;mechanosensitive ion channel;* comp;2245163..2245248;;tta;;200;200;;;;;;* ;2245449..2246705;;cds;;;;;;419;;threonine ammonia-lyase IlvA;* ;;;;;;;;;;;;* ;2267888..2268835;;cds;;305;305;;;316;;patatin family protein;* ;2269141..2269225;;ctc;;66;66;;;;;;* comp;2269292..2270185;;cds;;;;;;298;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2332394..2333530;;cds;;393;393;;;379;;glycosyltransferase family 2 protein;* comp;2333924..2334000;;cgg;;169;169;;;;;;* comp;2334170..2335792;;cds;;;;;;*541;;ABC-F family ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2339396..2340514;;cds;;1650;*1650;;;373;;porin;* comp;2342165..2342239;;gtg;;178;178;;;;;;* comp;2342418..2344424;;cds;;;;;;*669;;murein L,D-transpeptidase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2369668..2370441;;cds;;152;152;;;258;;NAD kinase;* ;2370594..2370669;;aca;;987;*987;;;;;;* comp;2371657..2372076;;cds;;;;;;140;;SUF system Fe-S cluster assembly protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2442729..2443145;;cds;;299;299;;;139;;hp;* comp;2443445..2443519;;atgf;;70;70;;;;;;* <comp;2443590..2443799;;cds;;;;;;70;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2449947..2451311;;cds;;156;156;;;455;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;2451468..2451550;;cta;;236;236;;;;;;* comp;2451787..2452356;;cds;;;;;;190;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2548914..2550098;;cds;;513;*513;;;395;;alpha/beta hydrolase;* comp;2550612..2550688;;gac;+;245;;245;;;;;* comp;2550934..2551010;;gac;2 gac;328;328;;;;;;* ;2551339..2551956;;cds;;;;;;206;;TetR/AcrR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;2604616..2605908;;cds;;824;*824;;;431;;FAD-binding oxidoreductase;* comp;2606733..2606808;;gta;;264;264;;;;;;* comp;2607073..2607996;;cds;;;;;;308;;sugar kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2641040..2641360;;cds;;97;97;;;107;;YnfA family protein;* ;2641458..2641534;;ccc;;94;94;;;;;;* ;2641629..2642357;;cds;;;;;;243;;SDR family oxidoreductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2696299..2697183;;cds;;54;54;;;295;;transcriptional regulator GcvA;* comp;2697238..2697314;;aga;;123;123;;;;;;* comp;2697438..2697743;;cds;;156;156;;;102;;ETC complex I subunit;* comp;2697900..2697976;;cca;;186;186;;;;;;* ;2698163..2698309;;cds;;;;;;49;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2771579..2772697;;cds;;584;*584;;;373;;porin;* ;2773282..2773372;;agc;;203;203;;;;;;* ;2773576..2774643;;cds;;;;;;356;;porin;* chromosom2;;;;;;;;;;;;* ;149537..151504;;cds;;355;355;;;*656;;selenocysteine-specific translation elongation factor;* ;151860..151955;;tga;;14;14;;;;;;* comp;151970..152605;;cds;;;;;;212;;lipase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;298403..299422;;cds;;300;300;;;340;;TerC family protein;* comp;299723..299796;;cag;;361;361;;;;;;* comp;300158..300460;;cds;;;;;;101;;DUF1127 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;455428..456111;;cds;;713;*713;;;228;;FkbM family methyltransferase;* ;456825..458313;;16s;;268;;;;1489;;;* ;458582..458658;;atc;;11;;;11;;;;* ;458670..458745;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;458785..458973;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;* ;459012..461930;;23s;;186;;;;2919;;;* ;462117..462231;;5s;;54;;;;115;;;* ;462286..462362;;atgf;;-44;*-44;;;;;;* comp;462319..463974;;cds;;;;;;*552;;recombinase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;572059..572721;;cds;;545;*545;;;221;;response regulator transcription factor;* comp;573267..573357;;other;@4;620;*620;;;;;;* comp;573978..575285;;cds;;;;;;436;;SidA/IucD/PvdA family monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;611464..611742;;cds;;88;88;;;93;;hp;* comp;611831..611905;;ggc;;387;387;;;;;;* ;612293..612814;;cds;;;;;;174;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;991265..991999;;cds;;217;217;;;245;;alpha/beta hydrolase;* comp;992217..992306;;tca;;323;323;;;;;;* ;992630..992884;;cds;;;;;;85;;DUF2171 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1031528..1032946;;cds;;607;*607;;;473;;PepSY domain-containing protein;* comp;1033554..1033629;;aaa;;327;327;;;;;;* ;1033957..1035651;;cds;;;;;;*565;;membrane protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1067405..1068742;;cds;;131;131;;;446;;DNA polymerase IV;* ;1068874..1068947;;tgc;;739;*739;;;;;;* ;1069687..1069905;;cds;;;;;;73;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1081639..1082031;;cds;;103;103;;;131;;hp;* comp;1082135..1082209;;aac;;168;168;;;;;;* ;1082378..1082653;;cds;;;;;;92;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1333375..1333587;;cds;;209;209;;;71;;hp;* comp;1333797..1333873;;cac;;352;352;;;;;;* ;1334226..1337393;;cds;;;;;;*1056;;PAS domain S-box protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1473437..1474405;;cds;;269;269;;;323;;nitronate monooxygenase;* ;1474675..1474750;;acg;;156;156;;;;;;* >comp;1474907..1475239;;cds;;;;;;111;;DNA adenine methylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1597496..1597666;;cds;;363;363;;;57;;LysR family transcriptional regulator;* comp;1598030..1598106;;atgf;;54;;;;;;;* comp;1598161..1598275;;5s;;186;;;;115;;;* comp;1598462..1601380;;23s;;38;38;;;2919;;;* <;1601419..1601607;;cds;;39;39;;;63;;P-hp;* comp;1601647..1601722;;gca;;11;;;11;;;;* comp;1601734..1601810;;atc;;268;;;;;;;* comp;1602079..1603567;;16s;;743;*743;;;1489;;;* ;1604311..1605192;;cds;;;;;;294;;ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1720169..1720531;;cds;;113;113;;;121;;response regulator;* ;1720645..1720719;;gtc;;465;*465;;;;;;* ;1721185..1721838;;cds;;;;;;218;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;* </pre> ====oan cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_cumuls|oan cumuls]] <pre> oan cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;4;1;;4;1;5;1;;100;25;1;0 ;16atcgca-cds;4;20;;;50;15;40;;200;20;30;0 ;-;;40;1;;100;12;80;;300;21;60;4 ;-;;60;;;150;12;120;;400;15;90;18 ;max a;3;80;;;200;15;160;;500;11;120;8 ;a doubles;0;100;;;250;7;200;;600;5;150;9 ;spéciaux;0;120;;;300;6;240;;700;3;180;3 ;total aas;12;140;;;350;5;280;;800;0;210;6 sans ;opérons;45;160;1;;400;12;320;;900;0;240;4 ;1 aa;42;180;;;450;1;360;;1000;0;270;6 ;max a;2;200;;;500;1;400;;1100;1;300;8 ;a doubles;2;;1;;;16;;;;0;;35 ;total aas;48;;3;4;;107;;0;;101;;101 total aas;;60;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;138;11;;258;;;;256;; ;;;variance;111;0;;268;;;;180;; sans jaune;;;moyenne;;;;174;;;;218;;150 ;;;variance;;;;117;;;;132;;81 </pre> ====oan blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_blocs|oan blocs]] <pre> oan blocs;;;; Constantes;;;; cds;;intercal;cdsa; 16s;;268;1489; atc;;11;; gca;;39;; cds;;38;63;P-hp 23s;;186;2919; 5s;;54;115; atgf;;;; cds;;;; Variations;;;; blocs 16s;;intercal;cdsa; 1084020..1085508;;998;652;M23 family metallopeptidase ;;363;57;LysR family transcriptional regulator ;;;; 1346243..1347731;;677;272;IclR family transcriptional regulator ;;360;314;LysR family transcriptional regulator ;;;; 456825..458313;;713;228;FkbM family methyltransferase ;;-44;552;recombinase family protein ;;;; 1602079..1603567;;743;294;ATPase ;;363;57;LysR family transcriptional regulator </pre> *Détails <pre> cds;743’;713;677;998’ 16s;268;268;268;268 atc;11;11;11;11 gca;39’;39’;39’;39’ cds;38’;38’;38’;38’ 23s;186;186;186;186 5s;54;54;54;54 atgf;363;-44';360;363 cds;;;; </pre> ====oan distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_distribution|oan distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total oan;;41;;;;;41;;oan;6;;;;;;6;;;;;;;;;;;oan;;;;4;;;4 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;; </pre> ====oan1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_données_intercalaires|oan1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;oan1;fx;fc;oan1;fx40;fc40;oan1;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;12;9;0;12;9;-1;0;93;224;109;CDS 16s;; 1;1;10;42;226;1;3;24;-2;1;0;95;147;678;999; ;0;20;29;119;2;4;45;-3;0;0;164;219;23s 5s;; 2;1;30;16;70;3;5;30;-4;22;215;158;24;2* 194;; ;0;40;21;48;4;4;22;-5;0;0;171;7;16s tRNA;; ;0;50;33;45;5;5;21;-6;1;0;397;352;2*273;;atc 1;0;60;43;49;6;5;12;-7;4;3;167;85;tRNA 23s;; 1;2;70;31;61;7;5;10;-8;2;27;159;374;2* 270;;gca ;0;80;28;67;8;3;20;-9;1;0;172;-44;5s tRNA;; 1;1;90;23;42;9;4;14;-10;1;3;333;186;2* 54;;atgf ;3;100;25;51;10;4;28;-11;2;20;114;385;tRNA tRNA;;intra 1;1;110;20;43;11;4;16;-12;2;0;593;721;2* 11;;atc gca ;2;120;12;52;12;2;16;-13;3;3;363;578;tRNA tRNA;; ;1;130;13;45;13;3;15;-14;2;9;211;318;146;;gaa ;3;140;25;36;14;4;19;-15;3;0;88;28;**;;gaa 1;1;150;23;48;15;1;13;-16;0;1;363;289;24;;tac 1;4;160;24;32;16;3;9;-17;2;4;136;197;**;;gga ;3;170;27;33;17;3;9;-18;1;0;819;66;245;;gac ;3;180;14;34;18;3;12;-19;0;1;139;393;**;;gac 2;0;190;24;30;19;4;4;-20;1;6;146;152;;; 1;1;200;12;32;20;2;6;-21;0;1;26;987;;; ;1;210;14;29;21;2;10;-22;0;2;10;328;;; 1;1;220;22;20;22;3;6;-23;0;2;265;824;;; ;1;230;18;19;23;1;11;-24;0;0;103;54;;; ;1;240;15;27;24;2;6;-25;0;0;200;186;;; ;0;250;15;15;25;1;5;-26;1;4;139;584;;; ;0;260;6;12;26;1;4;-27;0;1;65;;;; ;2;270;12;17;27;3;6;-28;0;0;420;;;; ;0;280;8;16;28;0;6;-29;0;2;112;;;; 1;0;290;9;7;29;1;9;-30;0;0;305;;;; ;1;300;12;17;30;2;7;-31;2;0;169;;;; ;1;310;8;12;31;1;3;-32;0;0;1650;;;; 1;0;320;8;5;32;1;4;-33;0;0;178;;;; 1;0;330;13;14;33;1;8;-34;0;0;299;;;; ;1;340;7;14;34;1;9;-35;0;0;70;;;; ;0;350;9;16;35;2;6;-36;1;0;156;;;; 1;0;360;6;5;36;3;2;-37;0;0;236;;;; ;2;370;6;7;37;3;3;-38;0;1;513;;;; 1;0;380;5;8;38;2;9;-39;0;0;264;;;; 1;0;390;7;5;39;4;1;-40;0;0;97;;;; 1;1;400;4;9;40;3;3;-41;0;0;94;;;; 5;5;reste;70;70;reste;651;1044;-42;0;0;123;;;; 26;44;total;771;1516;total;771;1516;-43;0;0;156;;;; 20;39;diagr;689;1437;diagr;108;463;-44;0;0;203;;;; 3;2; t30;87;415;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;759;55;12;826;;;-49;0;0;;;;; ;c;1507;402;9;1918;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;2744;106;;reste;3;4;;;;; ;;;;;;2850;;total;55;402;;;;; </pre> =====oan1 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_autres_intercalaires_aas|oan1 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;oan1;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas fin;;CDS;85;261;; deb;comp;CDS;20987;21391;93; ;;ncRNA;21485;21582;117; fin;;CDS;21700;23517;; deb;;CDS;34057;34446;224; ;;tRNA;34671;34746;95;gcc fin;;CDS;34842;35480;; deb;comp;CDS;36750;37604;244; ;comp;regulatory;37849;38001;259; fin;;CDS;38261;40249;; deb;;CDS;223549;224394;164; ;;tRNA;224559;224635;109;ccg fin;comp;CDS;224745;225806;; deb;comp;CDS;295366;296238;86; ;comp;regulatory;296325;296481;233; fin;;CDS;296715;298838;; deb;comp;CDS;337757;338197;158; ;comp;tRNA;338356;338431;171;ttc fin;comp;CDS;338603;338818;; deb;comp;CDS;344419;344598;147; ;;tRNA;344746;344820;397;acc fin;;CDS;345218;346030;; deb;comp;CDS;351922;353328;167; ;comp;tRNA;353496;353572;159;cgt fin;comp;CDS;353732;355285;; deb;comp;CDS;424109;425302;91; ;comp;regulatory;425394;425473;298; fin;;CDS;425772;426863;; deb;comp;CDS;725472;726479;219; ;;tRNA;726699;726773;172;caa fin;;CDS;726946;729048;; deb;comp;CDS;934613;934987;333; ;comp;tRNA;935321;935397;114;agg fin;comp;CDS;935512;936675;; deb;;CDS;1049919;1051202;24; ;comp;tRNA;1051227;1051311;593;ttg fin;comp;CDS;1051905;1053539;; deb;comp;CDS;1081066;1083021;999; ;;rRNA;1084021;1085503;273;1483 ;;tRNA;1085777;1085853;11;atc ;;tRNA;1085865;1085940;270;gca ;;rRNA;1086211;1089117;194;2907 ;;rRNA;1089312;1089426;54;115 ;;tRNA;1089481;1089557;363;atgj f fin;;CDS;1089921;1090091;; deb;;CDS;1096454;1096912;7; ;comp;tRNA;1096920;1097009;352;tcg fin;;CDS;1097362;1097751;; deb;comp;CDS;1202605;1203609;41; ;comp;regulatory;1203651;1203765;95; fin;;CDS;1203861;1204517;; deb;;CDS;1263516;1263881;88; ;;ncRNA;1263970;1264128;99; fin;;CDS;1264228;1265223;; deb;;CDS;1311344;1311823;211; ;;tRNA;1312035;1312109;88;gag fin;;CDS;1312198;1312467;; deb;;CDS;1344750;1345565;678; ;;rRNA;1346244;1347726;273;1483 ;;tRNA;1348000;1348076;11;atc ;;tRNA;1348088;1348163;270;gca ;;rRNA;1348434;1351340;194;2907 ;;rRNA;1351535;1351649;54;115 ;;tRNA;1351704;1351780;363;atgj f fin;;CDS;1352144;1353082;; deb;;CDS;1354558;1355604;85; ;comp;tRNA;1355690;1355764;136;ggc fin;comp;CDS;1355901;1357280;; deb;comp;CDS;1386666;1387982;819; ;comp;tRNA;1388802;1388891;374;tcc fin;;CDS;1389266;1389589;; deb;comp;CDS;1405236;1405859;139; ;comp;tRNA;1405999;1406085;146;ctg fin;comp;CDS;1406232;1406852;; deb;comp;CDS;1604615;1604854;26; ;comp;tRNA;1604881;1604958;10;atgj j fin;comp;CDS;1604969;1605214;; deb;;CDS;1639492;1640289;-44; ;comp;tRNA;1640246;1640322;186;atgj j fin;;CDS;1640509;1641465;; deb;comp;CDS;1778816;1779571;385; ;;tRNA;1779957;1780033;265;atgi fin;;CDS;1780299;1780844;; deb;;CDS;1818096;1818755;175; ;;ncRNA;1818931;1819358;205; fin;;CDS;1819564;1820313;; deb;;CDS;1881047;1881754;33; ;comp;tmRNA;1881788;1882155;188; fin;;CDS;1882344;1882655;; deb;;CDS;1917737;1918849;108; ;;regulatory;1918958;1919182;154; fin;;CDS;1919337;1921202;; deb;;CDS;1945985;1946374;721; ;comp;tRNA;1947096;1947171;578;aag fin;;CDS;1947750;1948412;; deb;;CDS;1973835;1975286;48; ;;regulatory;1975335;1975573;50; fin;;CDS;1975624;1975812;; deb;comp;CDS;2014813;2015097;103; ;comp;tRNA;2015201;2015275;146;gaa ;comp;tRNA;2015422;2015496;200;gaa fin;comp;CDS;2015697;2016962;; deb;comp;CDS;2039366;2040226;318; ;;tRNA;2040545;2040629;24;tac ;;tRNA;2040654;2040727;139;gga deb;;CDS;2040867;2042042;65; ;;tRNA;2042108;2042183;420;tgg fin;;CDS;2042604;2042804;; deb;;CDS;2168416;2168658;28; ;comp;tRNA;2168687;2168760;289;ggg fin;;CDS;2169050;2169946;; deb;comp;CDS;2244184;2245050;112; ;comp;tRNA;2245163;2245248;197;tta fin;;CDS;2245446;2246705;; deb;;CDS;2267888;2268835;305; ;;tRNA;2269141;2269225;66;ctc fin;comp;CDS;2269292;2270185;; deb;;CDS;2332394;2333530;393; ;comp;tRNA;2333924;2334000;169;cgg fin;comp;CDS;2334170;2335792;; deb;comp;CDS;2339396;2340514;1650; ;comp;tRNA;2342165;2342239;178;gtg fin;comp;CDS;2342418;2344424;; deb;comp;CDS;2369668;2370441;152; ;;tRNA;2370594;2370669;987;aca fin;comp;CDS;2371657;2372076;; deb;comp;CDS;2442729;2443145;299; ;comp;tRNA;2443445;2443519;70;atgj f fin;comp;CDS;2443590;2443781;; deb;comp;CDS;2449947;2451311;156; ;comp;tRNA;2451468;2451550;236;cta fin;comp;CDS;2451787;2452356;; deb;comp;CDS;2548914;2550098;513; ;comp;tRNA;2550612;2550688;245;gac ;comp;tRNA;2550934;2551010;328;gac fin;;CDS;2551339;2551956;; deb;;CDS;2604616;2605908;824; ;comp;tRNA;2606733;2606808;264;gta fin;comp;CDS;2607073;2607996;; deb;;CDS;2641040;2641360;97; ;;tRNA;2641458;2641534;94;ccc fin;;CDS;2641629;2642357;; deb;;CDS;2696299;2697183;54; ;comp;tRNA;2697238;2697314;123;aga deb;comp;CDS;2697438;2697743;156; ;comp;tRNA;2697900;2697976;186;cca fin;;CDS;2698163;2698309;; deb;comp;CDS;2771579;2772697;584; ;;tRNA;2773282;2773372;203;agc fin;;CDS;2773576;2774643;; deb;;CDS;2886536;2887183;84; </pre> ====oan2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_données_intercalaires|oan2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;oan2;fx;fc;oan2;fx40;fc40;oan2;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;2;1;0;2;1;-1;0;48;355;14;CDS 16s ;; ;0;10;29;159;1;2;26;-2;1;0;300;-44;714;744; 1;0;20;25;104;2;3;23;-3;1;0;361;387;23s 5s;; ;0;30;9;49;3;8;18;-4;12;195;545;217;2* 194;; ;0;40;21;49;4;4;17;-5;0;0;620;323;16s tRNA;; ;0;50;15;25;5;2;14;-6;0;0;88;327;2* 273;;atc ;0;60;17;29;6;3;4;-7;0;2;607;103;tRNA 23s;; ;0;70;13;45;7;5;8;-8;1;16;131;168;2* 270;;gca ;0;80;13;35;8;1;15;-9;0;0;739;352;5s tRNA;; ;1;90;18;32;9;1;12;-10;0;2;209;156;2* 54;;atgf ;0;100;13;31;10;0;22;-11;0;8;269;;tRNA tRNA;;intra 1;0;110;25;29;11;4;26;-12;1;0;363;;2* 11;;atc gca ;1;120;7;32;12;4;19;-13;1;0;113;;;; ;0;130;16;20;13;2;12;-14;0;6;465;;;; ;1;140;12;30;14;2;10;-15;0;0;;;;; ;0;150;10;17;15;2;6;-16;2;0;;;;; 1;0;160;15;20;16;0;6;-17;0;1;;;;; 1;0;170;13;14;17;4;3;-18;1;0;;;;; ;0;180;13;12;18;3;4;-19;1;0;;;;; ;0;190;11;18;19;2;8;-20;0;3;;;;; ;0;200;10;10;20;2;10;-21;1;0;;;;; ;1;210;9;7;21;1;6;-22;0;0;;;;; 1;0;220;10;10;22;2;5;-23;0;1;;;;; ;0;230;5;16;23;0;7;-24;0;0;;;;; ;0;240;6;10;24;2;7;-25;0;1;;;;; ;0;250;7;12;25;1;1;-26;0;0;;;;; ;0;260;6;7;26;0;9;-27;1;0;;;;; ;1;270;5;8;27;0;4;-28;0;1;;;;; ;0;280;6;2;28;3;1;-29;0;1;;;;; ;0;290;2;7;29;0;3;-30;0;0;;;;; ;1;300;6;3;30;0;6;-31;0;0;;;;; ;0;310;8;7;31;0;4;-32;0;2;;;;; ;0;320;3;7;32;1;4;-33;0;0;;;;; 2;0;330;7;4;33;3;7;-34;0;0;;;;; ;0;340;4;5;34;0;3;-35;0;1;;;;; ;0;350;8;1;35;1;5;-36;0;0;;;;; 1;1;360;3;4;36;2;9;-37;0;0;;;;; ;2;370;7;3;37;4;6;-38;0;0;;;;; ;0;380;6;2;38;3;3;-39;0;0;;;;; 1;0;390;3;5;39;4;6;-40;0;0;;;;; ;0;400;2;1;40;3;2;-41;2;0;;;;; ;5;reste;40;32;reste;374;552;-42;0;0;;;;; 10;14;total;460;914;total;460;914;-43;0;0;;;;; 9;9;diagr;418;881;diagr;84;361;-44;0;0;;;;; 1;0; t30;63;312;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;458;28;2;488;;;-49;0;0;;;;; ;c;913;292;1;1206;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1694;46;;reste;2;2;;;;; ;;;;;;1740;;total;28;292;;;;; </pre> =====oan2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_autres_intercalaires_aas|oan2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;oan2;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;149537;151504;355;*; ;;tRNA;151860;151955;14;*;tga fin;comp;CDS;151970;152605;;; deb;;CDS;249965;250795;64;*; ;;regulatory;250860;251074;365;*; fin;;CDS;251440;251661;;; deb;comp;CDS;298403;299422;300;*; ;comp;tRNA;299723;299796;361;*;cag fin;comp;CDS;300158;300460;;; deb;;CDS;455428;456111;714;*; ;;rRNA;456826;458308;273;*;1483 ;;tRNA;458582;458658;11;*;atc ;;tRNA;458670;458745;270;*;gca ;;rRNA;459016;461922;194;*;2907 ;;rRNA;462117;462231;54;*;115 ;;tRNA;462286;462362;-44;*;atgf fin;comp;CDS;462319;463974;;; deb;comp;CDS;572059;572721;545;*; ;comp;tRNA;573267;573357;620;*;other fin;comp;CDS;573978;575285;;; deb;comp;CDS;611464;611742;88;*; ;comp;tRNA;611831;611905;387;*;ggc fin;;CDS;612293;612814;;; deb;;CDS;850872;851594;138;*; ;;regulatory;851733;851842;43;*; fin;;CDS;851886;852806;;; deb;;CDS;991265;991999;217;*; ;comp;tRNA;992217;992306;323;*;tca fin;;CDS;992630;992884;;; deb;comp;CDS;1031528;1032946;607;*; ;comp;tRNA;1033554;1033629;327;*;aaa fin;;CDS;1033957;1035651;;; deb;;CDS;1067405;1068742;131;*; ;;tRNA;1068874;1068947;739;*;tgc fin;;CDS;1069687;1069905;;; deb;;CDS;1081639;1082031;103;*; ;comp;tRNA;1082135;1082209;168;*;aac fin;;CDS;1082378;1082653;;; deb;comp;CDS;1215924;1217189;597;*; ;;regulatory;1217787;1217947;76;*; fin;;CDS;1218024;1218500;;; deb;comp;CDS;1273601;1274704;142;*; ;comp;regulatory;1274847;1274930;495;*; fin;;CDS;1275426;1275572;;; deb;comp;CDS;1327333;1328361;180;*; ;comp;regulatory;1328542;1328776;221;*; fin;;CDS;1328998;1329948;;; deb;comp;CDS;1333375;1333587;209;*; ;comp;tRNA;1333797;1333873;352;*;cac fin;;CDS;1334226;1337393;;; deb;;CDS;1473437;1474405;269;*; ;;tRNA;1474675;1474750;156;*;acg fin;comp;CDS;1474907;1475239;;; deb;comp;CDS;1597496;1597666;363;*; ;comp;tRNA;1598030;1598106;54;*;atgf ;comp;rRNA;1598161;1598275;194;*;115 ;comp;rRNA;1598470;1601376;270;*;2907 ;comp;tRNA;1601647;1601722;11;*;gca ;comp;tRNA;1601734;1601810;273;*;atc ;comp;rRNA;1602084;1603566;744;*;1483 fin;;CDS;1604311;1605192;;; deb;;CDS;1720169;1720531;113;*; ;;tRNA;1720645;1720719;465;*;gtc fin;;CDS;1721185;1721838;;; </pre> ===abq=== ====abq opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_opérons|abq opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;abq;;genome;;;;;;;;; 68.45%GC;29.12.19 Paris;16s 9 ;88 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; ;125527..126444;;cds;;127;127;;;306;;restriction endonuclease;* comp;126572..126647;;gcg;;206;206;;;;;;* ;126854..127138;;cds;;;;;;95;;YggT family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;163237..164982;;cds;;175;175;;;582;;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;* ;165158..165234;;agg;;59;59;;;;;;* ;165294..166022;;cds;;;;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;188235..189860;;cds;;42;42;;;542;;glycosyltransferase;* comp;189903..189977;;acg;;81;81;;;;;;* comp;190059..191987;;cds;;;;;;643;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;250833..251111;;cds;;169;169;;;93;;hp;* comp;251281..251356;;gcc;;141;141;;;;;;* comp;251498..251893;;cds;;;;;;132;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;458142..458459;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;* ;458669..458758;;tcg;;63;63;;;;;;* comp;458822..459664;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;496776..497171;;cds;;162;162;;;132;;cupin domain-containing protein;* comp;497334..497420;;ttg;;137;137;;;;;;* ;497558..498085;;cds;;;;;;176;;disulfide bond formation protein B;* ;;;;;;;;;;;;* comp;615937..616350;;cds;;121;121;;;138;;hp;* comp;616472..616548;;ccg;+;206;;206;;;;;* comp;616755..616831;;ccg;2 ccg;109;109;;;;;;* comp;616941..617957;;cds;;;;;;339;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;748703..749161;;cds;;38;38;;;153;;hp;* comp;749200..749275;;aca;;91;91;;;;;;* comp;749367..750221;;cds;;144;144;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;750366..750451;;tac;;60;;60;;;;;* ;750512..750585;;gga;;81;81;;;;;;* ;750667..751857;;cds;;153;153;;;397;;elongation factor Tu;* ;752011..752086;;tgg;;69;69;;;;;;* ;752156..752353;;cds;;;;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* comp;794457..795983;;cds;;296;296;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;* ;796280..796355;;aag;+;76;;76;;;;;* ;796432..796507;;aag;2 aag;109;109;;;;;;* comp;796617..797057;;cds;;;;;;147;;MaoC family dehydratase;* ;;;;;;;;;;;;* ;870412..872373;;cds;;159;159;;;654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;872533..872608;;atgi;;5;5;;;;;;* comp;872614..873093;;cds;;134;134;;;160;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;873228..873304;;cgt;;212;212;;;;;;* ;873517..874023;;cds;;;;;;169;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;931962..933011;;cds;;68;68;;;350;;low specificity L-threonine aldolase;* ;933080..933155;;gag;+;38;;38;;;;;* ;933194..933269;;gag;2 gag;72;72;;;;;;* comp;933342..934340;;cds;;;;;;333;;transglycosylase SLT domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;997881..998357;;cds;;246;246;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* comp;998604..998678;;acc;;175;175;;;;;;* comp;998854..1000815;;cds;;;;;;654;;polysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1164137..1165048;;cds;;159;159;;;304;;DUF3108 domain-containing protein;* ;1165208..1165282;;gtg;+;132;;132;;;;;* ;1165415..1165489;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;* ;1165721..1165885;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1242416..1242919;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;* ;1243005..1243081;;ccc;;139;139;;;;;;* comp;1243221..1244999;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1353398..1353895;;cds;;118;118;;;166;;hp;* ;1354014..1354091;;cca;;49;49;;;;;;* ;1354141..1354437;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;* ;1354448..1354524;;aga;;443;*443;;;;;;* ;1354968..1355213;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1370270..1370500;;cds;;196;196;;;77;;hp;* comp;1370697..1370772;;aac;@2;220;;220;;;;;* comp;1370993..1371066;;tgc;;218;218;;;;;;* ;1371285..1371941;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1427443..1427733;;cds;;236;236;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;1427970..1428085;;5s;;129;;;;116;;;* comp;1428215..1430967;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;1431234..1431309;;gca;;30;;;30;;;;* comp;1431340..1431416;;atc;;108;;;;;;;* comp;1431525..1433015;;16s;;779;*779;;;1491;;;* ;1433795..1437778;;cds;;;;;;1328;;non-ribosomal peptide synthetase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1576457..1577296;;cds;;243;243;;;280;;aldo/keto reductase;* comp;1577540..1577615;;gaa;;123;123;;;;;;* comp;1577739..1579538;;cds;;;;;;600;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1723089..1723457;;cds;;344;344;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* comp;1723802..1723878;;gac;;164;;164;;;;;* comp;1724043..1724117;;gta;;106;106;;;;;;* comp;1724224..1724496;;cds;;;;;;91;;HU family DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1730385..1731719;;cds;;91;91;;;445;;trigger factor;* comp;1731811..1731895;;cta;;173;173;;;;;;* comp;1732069..1733634;;cds;;;;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1733741..1735207;;cds;;129;129;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;* comp;1735337..1735412;;cac;+;109;;109;;;;;* comp;1735522..1735597;;cac;2 cac;337;337;;;;;;* ;1735935..1736273;;cds;;;;;;113;;P-II family nitrogen regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1951126..1951752;;cds;;149;149;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;* ;1951902..1951987;;tac;;74;74;;;;;;* comp;1952062..1952424;;cds;;;;;;121;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1996903..1997244;;cds;;595;*595;;;114;;hp;* comp;1997840..1997914;;atgj;;131;131;;;;;;* comp;1998046..1999179;;cds;;;;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;;* ;2086487..2088658;;cds;;156;156;;;724;;malate synthase G;* comp;2088815..2088889;;gtc;;234;234;;;;;;* ;2089124..2090002;;cds;;;;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2303404..2303880;;cds;;414;*414;;;159;;bacterioferritin;* comp;2304295..2304377;;tta;;406;*406;;;;;;* comp;2304784..2305029;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2482875..2484518;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;* comp;2484884..2484974;;tcc;;120;120;;;;;;* comp;2485095..2485898;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2640759..2641325;;cds;;149;149;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;2641475..2641549;;ggc;;688;*688;;;;;;* ;2642238..2642915;;cds;;;;;;226;;dimethylmenaquinone methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2764482..2765567;;cds;;659;*659;;;362;;hp;* comp;2766227..2766300;;ggg;;35;35;;;;;;* comp;2766336..2766995;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2781933..2783774;;cds;;187;187;;;614;;EAL and GGDEF domain-containing protein;* comp;2783962..2784077;;5s;;129;;;;116;;;* comp;2784207..2786959;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;2787215..2787290;;gca;;30;;;30;;;;* comp;2787321..2787397;;atc;;108;;;;;;;* comp;2787506..2789006;;16s;;496;*496;;;1501;;;* comp;2789503..2790207;;cds;;;;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2843264..2843443;;cds;;77;77;;;60;;hp;* comp;2843521..2843597;;cgt;;170;170;;;;;;* ;2843768..2844268;;cds;;;;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;* plasmide2;;;;;;;;;;;;* comp;51090..51836;;cds;;481;*481;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* comp;52318..52393;;tgg;;363;*363;;;;;;* ;52757..53587;;cds;;;;;;277;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;809229..810019;;cds;;870;*870;;;264;;IS5 family transposase;* comp;810890..810966;;atgf;;96;;;;;;;* comp;811063..811178;;5s;;127;;;;116;;;* comp;811306..814058;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;814325..814400;;gca;;30;;;30;;;;* comp;814431..814507;;atc;;108;;;;;;;* comp;814616..816106;;16s;;452;*452;;;1491;;;* comp;816559..817443;;cds;;;;;;295;;helix-turn-helix domain-containing protein;* plasmide4;;;;;;;;;;;;* ;196992..199346;;cds;;148;148;;;785;;mechanosensitive ion channel;* ;199495..199581;;ctg;;30;;30;;;;;* ;199612..199687;;gcc;;188;188;;;;;;* ;199876..201333;;cds;;;;;;486;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;237538..238578;;cds;;92;92;;;347;;response regulator;* comp;238671..238747;;cgg;;96;96;;;;;;* comp;238844..239821;;cds;;;;;;326;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;257739..258470;;cds;;125;125;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;258596..258682;;ctc;;123;123;;;;;;* comp;258806..259108;;cds;;;;;;101;;STAS domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;399367..400527;;cds;;278;278;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;* comp;400806..400921;;5s;;129;;;;116;;;* comp;401051..403803;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;404059..404134;;gca;;30;;;30;;;;* comp;404165..404241;;atc;;108;;;;;;;* comp;404350..405850;;16s;;502;*502;;;1501;;;* comp;406353..406547;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;504531..504893;;cds;;82;82;;;121;;response regulator;* ;504976..505051;;aac;;3;;3;;;;;* ;505055..505131;;gac;;4;;4;;;;;* ;505136..505210;;ggc;;102;102;;;;;;* comp;505313..506080;;cds;;83;83;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;506164..506790;;cds;;202;202;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;* comp;506993..507108;;5s;;127;;;;116;;;* comp;507236..509988;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;510255..510330;;gca;;30;;;30;;;;* comp;510361..510437;;atc;;110;;;;;;;* comp;510548..512038;;16s;;615;*615;;;1491;;;* ;512654..513568;;cds;;;;;;305;;lytic transglycosylase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;588108..590768;;cds;;340;340;;;887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;* ;591109..591184;;ttc;;286;286;;;;;;* ;591471..592979;;cds;;;;;;503;;FAD-binding oxidoreductase;* plasmide5;;;;;;;;;;;;* ;86421..87089;;cds;;455;*455;;;223;;RraA family protein;* ;87545..87619;;ggc;;193;193;;;;;;* ;87813..88865;;cds;;;;;;351;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);* plasmide1;;;;@3;;;;;;;;* >comp;115594..115896;;cds;;394;*394;;;101;;P-IS5/IS1182 family transposase;* comp;116291..116367;;atgf;;96;;;;;;;* comp;116464..116579;;5s;;129;;;;116;;;* comp;116709..119461;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;119717..119792;;gca;;30;;;30;;;;* comp;119823..119899;;atc;;108;;;;;;;* comp;120008..121498;;16s;;740;*740;;;1491;;;* ;122239..123597;;cds;;;;;;453;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;217550..218176;;cds;;123;123;;;209;;ribonuclease D;* comp;218300..218386;;ctg;;228;228;;;;;;* ;218615..219604;;cds;;;;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;300477..301733;;cds;;472;*472;;;419;;exonuclease subunit SbcD;* ;302206..303696;;16s;;108;;;;1491;;;* ;303805..303881;;atc;;30;;;30;;;;* ;303912..303987;;gca;;255;;;;;;;* ;304243..306995;;23s;;129;;;;2753;;;* ;307125..307240;;5s;;96;;;;116;;;* ;307337..307413;;atgf;;161;161;;;;;;* <comp;307575..307805;;cds;;;;;;77;;p-ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;466493..467710;;cds;;231;231;;;406;;site-specific integrase;* comp;467942..468031;;tca;;205;205;;;;;;* comp;468237..468809;;cds;;;;;;191;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;512242..512790;;cds;;136;136;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;* ;512927..513002;;aaa;;209;209;;;;;;* ;513212..514036;;cds;;;;;;275;;DUF3618 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;931813..933912;;cds;;79;79;;;700;;membrane protein;* ;933992..934066;;caa;;382;*382;;;;;;* comp;934449..935270;;cds;;;;;;274;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;948715..949743;;cds;;199;199;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;949943..950016;;cag;;246;246;;;;;;* comp;950263..950829;;cds;;;;;;189;;IS3 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* >;971260..971532;;cds;;493;*493;;;91;;P-hp;* comp;972026..972119;;agc;;197;197;;;;;;* ;972317..972550;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1302373..1303350;;cds;;166;166;;;326;;alpha-1,3-fucosyltransferase;* comp;1303517..1303592;;ttc;;98;98;;;;;;* comp;1303691..1303876;;cds;;;;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;;;;;;;;;;;;* ;1349823..1350929;;cds;;145;145;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;1351075..1353828;;23s;;262;;;;2754;;;* comp;1354091..1355591;;16s;@1;676;*676;;;1501;;;* ;1356268..1356726;;cds;;;;;;153;;MarR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1441708..1443066;;cds;;153;153;;;453;;hp;* ;1443220..1443294;;acc;;1;;1;;;;;* ;1443296..1443371;;gcg;;99;;99;;;;;* ;1443471..1443547;;gac;;44;;44;;;;;* ;1443592..1443666;;gtc;;1;;1;;;;;* ;1443668..1443741;;cag;;137;137;;;;;;* comp;1443879..1446428;;cds;;;;;;850;;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1566394..1566612;;cds;;193;193;;;73;;hp;* comp;1566806..1566921;;5s;;128;;;;116;;;* comp;1567050..1569802;;23s;;254;;;;2753;;;* comp;1570057..1570132;;gca;;30;;;30;;;;* comp;1570163..1570239;;atc;;94;;;;;;;* comp;1570334..1571834;;16s;;444;*444;;;1501;;;* comp;1572279..1572707;;cds;;;;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1723583..1724962;;cds;;94;94;;;460;;hp;* comp;1725057..1725143;;ctc;;475;*475;;;;;;* ;1725619..1726311;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1757680..1760568;;cds;;308;308;;;963;;PAS domain-containing protein;* ;1760877..1760963;;ctg;;29;;29;;;;;* ;1760993..1761068;;gcc;;247;247;;;;;;* comp;1761316..1761840;;cds;;;;;;175;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1854042..1855049;;cds;;135;135;;;336;;inorganic phosphate transporter;* comp;1855185..1855259;;ggc;;243;243;;;;;;* ;1855503..1858685;;cds;;;;;;1061;;AAA family ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;1883235..1883816;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;* ;1884027..1884102;;aac;;4;;4;;;;;* ;1884107..1884183;;gac;;32;32;;;;;;* comp;1884216..1884821;;cds;;;;;;202;;hp;* </pre> ====abq cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_cumuls|abq cumuls]] <pre> abq cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300; avec rRNA;opérons;9;1;2;;1;0;1;;100;17;1;0 ;16atcgca235;5;20;3;;50;7;40;;200;29;30;0 ;Id-atgf;3;40;3;8;100;19;80;;300;24;60;2 ;16s23s;1;60;2;;150;26;120;;400;18;90;9 ;max a;3;80;1;;200;20;160;;500;8;120;11 ;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;8;150;8 ;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;5;180;11 ;total aas;19;140;1;;350;4;280;;800;2;210;9 sans ;opérons;51;160;0;;400;4;320;;900;2;240;6 ;1 aa;38;180;1;;450;4;360;;1000;1;270;6 ;max a;5;200;0;;500;7;400;;1100;1;300;8 ;a doubles;5;;2;;;9;;;;1;;46 ;total aas;68;;17;8;;121;;0;;116;;116 total aas;;87;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;72;30;;227;;;;308;; ;;;variance;72;0;;175;;;;230;; sans jaune;;;moyenne;;;;153;;;;249;;166 ;;;variance;;;;74;;;;142;;71 </pre> ====abq blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_blocs|abq blocs]] <pre> abq blocs;;;;;;;;;;;;;;; bloc;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa; cds;779;1328;non ribosom;496;235;PAP2 fam;502;65;hp;615;305;lytic dom;444;143;DUF1489 $16s;108;§1491;;108;§1501;;108;§1501;;110;1491;;94;§1501; atc;30;;;30;;;30;;;30;;;30;; gca;266;;;255;;;255;;;266;;;254;; $23s;129;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;127;2753;;128;§2753; $5s;236;§116;;187;§116;;278;§116;;202;116;;193;§116; cds;;97;YkgJ fam;;614;EAL & GGDEF;;387;PQQ;;209;pyridoxamine;;73;hp ;;;;;;;;;;;;;;; cds;452;295;Hx-t-Hx;740;453;peptido fam;472;419;exo SbcD;;;;;; $16s;108;§1491;;108;§1491;;108;§1491;;;;;;; atc;30;;;30;;;30;;;;;;;; gca;266;;;255;;;255;;;;cds;676;153;MarR fam; $23s;127;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;;$16s;262;§1501;; $5s;96;§116;;96;§116;;96;§116;;;$23s;145;§2754;; atgf;870;;;394;;;161;;;;cds;;369;GNAT fam; cds;;264;IS5 fam;;101;p-IS5/IS1182;;77;p-ATP-bind;;;;;; </pre> ====abq distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_distribution|abq distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;aag2;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;cac2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;ccg2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;gag2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;gtg2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;ggc;gtc;1;gcc;2;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;3 1aa;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;1 >1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total abq;;38;;;;;38;;abq;20;;;;;;20;;abq;10;;;;;;10;;abq;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====abq données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_données_intercalaires|abq données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abq;fx;fc;abq;fx40;fc40;abq;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;4;0;2;4;-1;0;61;59;127;16s tRNA;; 1;1;10;65;170;1;4;13;-2;1;0;42;206;2* 114;;atc ;0;20;54;138;2;4;15;-3;0;0;81;175;tRNA 23s;; ;0;30;57;90;3;10;20;-4;6;199;169;209;267;;gca ;2;40;17;65;4;11;26;-5;0;0;141;63;256;;gca ;2;50;24;74;5;6;24;-6;1;0;162;137;tRNA tRNA;;intra ;1;60;21;59;6;7;12;-7;1;1;121;144;2* 30;;atc gca 1;2;70;24;47;7;8;15;-8;1;20;109;296;tRNA tRNA;; 3;0;80;31;67;8;4;16;-9;0;0;38;109;206;;ccg ;3;90;24;68;9;6;8;-10;1;1;91;5;**;;ccg ;2;100;29;70;10;5;21;-11;1;6;81;212;60;;tac 1;2;110;29;61;11;3;17;-12;0;0;153;72;**;;gga 1;1;120;23;59;12;6;14;-13;0;4;69;246;76;;aag 1;3;130;26;56;13;6;22;-14;1;3;159;165;**;;aag 2;2;140;21;50;14;2;21;-15;0;0;134;139;38;;gag 2;2;150;27;44;15;8;14;-16;0;1;68;118;**;;gag 1;2;160;25;47;16;11;14;-17;3;2;175;218;132;;gtg 2;2;170;33;37;17;1;8;-18;0;1;231;337;**;;gtg 1;2;180;15;41;18;3;7;-19;0;1;85;74;220;;aac 1;0;190;22;24;19;8;13;-20;0;7;49;595;**;;tgc ;1;200;24;36;20;6;8;-21;0;0;10;156;164;;gac 2;0;210;27;24;21;10;8;-22;0;0;443;234;**;;gta 2;0;220;13;24;22;9;8;-23;3;3;196;187;109;;cac ;0;230;18;16;23;5;3;-24;1;0;243;365;**;;cac 1;1;240;17;19;24;4;9;-25;0;1;123;149;;; 1;1;250;14;17;25;7;11;-26;1;2;344;77;;; ;0;260;16;15;26;6;13;-27;0;0;106;170;;; ;0;270;19;17;27;5;11;-28;0;0;91;;;; ;0;280;15;7;28;3;8;-29;3;2;173;;;; ;0;290;9;2;29;0;8;-30;0;0;129;;;; 1;0;300;6;8;30;8;11;-31;0;4;149;;;; ;0;310;7;9;31;0;11;-32;1;0;131;;;; ;0;320;9;7;32;3;5;-33;0;0;414;;;; ;0;330;8;5;33;2;8;-34;0;0;120;;;; 1;0;340;9;3;34;5;6;-35;0;0;688;;;; ;1;350;3;3;35;3;7;-36;0;0;659;;;; ;0;360;5;3;36;1;9;-37;0;0;35;;;; 1;0;370;8;9;37;1;5;-38;3;0;CDS 16s;;;; ;0;380;6;2;38;0;3;-39;0;0;496;779;;; ;0;390;2;7;39;1;4;-40;0;0;23s 5s;;;; ;0;400;4;4;40;1;7;-41;2;1;2* 134;;;; 1;4;reste;82;57;reste;695;1098;-42;0;0;5s CDS;;;; 27;37;total;890;1565;total;890;1565;-43;0;1;236;187;;; 26;33;diagr;806;1504;diagr;193;463;-44;0;0;;;;; 1;1; t30;176;398;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;888;37;2;927;;;-49;1;0;;;;; ;c;1561;330;4;1895;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;2822;104;;reste;5;7;;;;; ;;;;;;2926;;total;37;330;;;;; </pre> =====abq autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_autres_intercalaires_aas|abq autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abq;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;125527;126444;127;*; ;comp;tRNA;126572;126647;206;*;gcg fin;;CDS;126854;127138;;; deb;comp;CDS;163237;164982;175;*; ;;tRNA;165158;165234;59;*;agg fin;;CDS;165294;166022;;; deb;comp;CDS;188235;189860;42;*; ;comp;tRNA;189903;189977;81;*;acg fin;comp;CDS;190059;191987;;; deb;comp;CDS;250833;251111;169;*; ;comp;tRNA;251281;251356;141;*;gcc fin;comp;CDS;251498;251893;;0; deb;;CDS;409912;410451;134;*; ;;ncRNA;410586;410683;99;*; fin;;CDS;410783;412645;;; deb;comp;CDS;458142;458459;209;*; ;;tRNA;458669;458758;63;*;tcg fin;comp;CDS;458822;459664;;; deb;comp;CDS;496776;497171;162;*; ;comp;tRNA;497334;497420;137;*;ttg fin;;CDS;497558;498085;;; deb;comp;CDS;599094;599591;554;*; ;comp;ncRNA;600146;600563;62;*; fin;comp;CDS;600626;601336;;; deb;comp;CDS;615937;616350;121;*; ;comp;tRNA;616472;616548;206;*;ccg ;comp;tRNA;616755;616831;109;*;ccg fin;comp;CDS;616941;617957;;0; deb;comp;CDS;748703;749161;38;*; ;comp;tRNA;749200;749275;91;*;aca deb;comp;CDS;749367;750221;144;*; ;;tRNA;750366;750451;60;*;tac ;;tRNA;750512;750585;81;*;gga deb;;CDS;750667;751857;153;*; ;;tRNA;752011;752086;69;*;tgg fin;;CDS;752156;752353;;; deb;comp;CDS;794457;795983;296;*; ;;tRNA;796280;796355;76;*;aag ;;tRNA;796432;796507;109;*;aag fin;comp;CDS;796617;797057;;; deb;;CDS;870412;872373;159;*; ;;tRNA;872533;872608;5;*;atgi deb;comp;CDS;872614;873093;134;*; ;comp;tRNA;873228;873304;212;*;cgt fin;;CDS;873517;874023;;; deb;;CDS;931977;933011;68;*; ;;tRNA;933080;933155;38;*;gag ;;tRNA;933194;933269;72;*;gag fin;comp;CDS;933342;934340;;0; deb;;CDS;965995;966240;85;*; ;;regulatory;966326;966425;175;*; fin;;CDS;966601;967713;;; deb;;CDS;987790;988104;13;*; ;;ncRNA;988118;988277;39;*; fin;;CDS;988317;988940;;; deb;;CDS;997881;998357;246;*; ;comp;tRNA;998604;998678;175;*;acc fin;comp;CDS;998854;1000815;;; deb;comp;CDS;1164137;1165042;165;*; ;;tRNA;1165208;1165282;132;*;gtg ;;tRNA;1165415;1165489;231;*;gtg fin;;CDS;1165721;1165885;;; deb;;CDS;1242416;1242919;85;*; ;;tRNA;1243005;1243081;139;*;ccc fin;comp;CDS;1243221;1244972;;0; deb;comp;CDS;1353398;1353895;118;*; ;;tRNA;1354014;1354091;49;*;cca deb;;CDS;1354141;1354437;10;*; ;;tRNA;1354448;1354524;443;*;aga fin;;CDS;1354968;1355213;;0; deb;comp;CDS;1370270;1370500;196;*; ;comp;tRNA;1370697;1370772;220;*;aac ;comp;tRNA;1370993;1371066;218;*;tgc fin;;CDS;1371285;1371941;;; deb;comp;CDS;1427443;1427733;236;*; ;comp;rRNA;1427970;1428085;134;*;116 ;comp;rRNA;1428220;1430966;267;*;2747 ;comp;tRNA;1431234;1431309;30;*;gca ;comp;tRNA;1431340;1431416;114;*;atc ;comp;rRNA;1431531;1433015;779;*;1485 fin;;CDS;1433795;1437778;;; deb;comp;CDS;1553335;1555176;116;*; ;comp;regulatory;1555293;1555405;204;*; fin;;CDS;1555610;1555798;;0; deb;comp;CDS;1576457;1577296;243;*; ;comp;tRNA;1577540;1577615;123;*;gaa fin;comp;CDS;1577739;1579538;;; deb;comp;CDS;1723089;1723457;344;*; ;comp;tRNA;1723802;1723878;164;*;gac ;comp;tRNA;1724043;1724117;106;*;gta fin;comp;CDS;1724224;1724496;;; deb;comp;CDS;1730385;1731719;91;*; ;comp;tRNA;1731811;1731895;173;*;cta fin;comp;CDS;1732069;1733634;;; deb;comp;CDS;1733741;1735207;129;*; ;comp;tRNA;1735337;1735412;109;*;cac ;comp;tRNA;1735522;1735597;337;*;cac fin;;CDS;1735935;1736273;;; deb;comp;CDS;1819331;1820473;69;*; ;comp;regulatory;1820543;1820640;161;*; fin;;CDS;1820802;1821179;;0; deb;comp;CDS;1862505;1863443;95;*; ;;tmRNA;1863539;1863915;31;*; fin;;CDS;1863947;1864516;;; deb;;CDS;1951126;1951752;149;*; ;;tRNA;1951902;1951987;74;*;tac fin;comp;CDS;1952062;1952424;;; deb;;CDS;1996903;1997244;595;*; ;comp;tRNA;1997840;1997914;131;*;atgj fin;comp;CDS;1998046;1999179;;; deb;;CDS;2086487;2088658;156;*; ;comp;tRNA;2088815;2088889;234;*;gtc fin;;CDS;2089124;2090002;;; deb;comp;CDS;2281336;2282022;151;*; ;comp;regulatory;2282174;2282326;63;*; fin;comp;CDS;2282390;2284078;;0; deb;comp;CDS;2303404;2303880;414;*; ;comp;tRNA;2304295;2304377;187;*;tta fin;;CDS;2304565;2304732;;0; deb;;CDS;2482875;2484518;365;*; ;comp;tRNA;2484884;2484974;120;*;tcc fin;comp;CDS;2485095;2485898;;0; deb;;CDS;2526814;2528505;73;*; ;;regulatory;2528579;2528683;49;*; fin;;CDS;2528733;2529680;;1; deb;comp;CDS;2640759;2641325;149;*; ;;tRNA;2641475;2641549;688;*;ggc fin;;CDS;2642238;2642915;;; deb;comp;CDS;2764482;2765567;659;*; ;comp;tRNA;2766227;2766300;35;*;ggg fin;comp;CDS;2766336;2766995;;0; deb;;CDS;2781933;2783774;187;*; ;comp;rRNA;2783962;2784077;134;*;116 ;comp;rRNA;2784212;2786958;256;*;2747 ;comp;tRNA;2787215;2787290;30;*;gca ;comp;tRNA;2787321;2787397;114;*;atc ;comp;rRNA;2787512;2789006;496;*;1495 fin;comp;CDS;2789503;2790207;;; deb;;CDS;2843264;2843443;77;*; ;comp;tRNA;2843521;2843597;170;*;cgt fin;;CDS;2843768;2844268;;0; deb;comp;CDS;2886497;2887705;76;*; ;comp;regulatory;2887782;2887861;126;*; fin;;CDS;2887988;2888500;;; </pre> ====abqp données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_données_intercalaires|abqp données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abqp;fx;fc;abqp;fx40;fc40;abqp;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;30;394;228;16s tRNA;;atc ;0;10;35;82;1;7;10;-2;1;0;123;161;2* 114;; 1;0;20;32;85;2;0;10;-3;0;0;231;382;100;; ;0;30;28;64;3;2;10;-4;1;143;205;199;tRNA 23s;;gca 1;0;40;5;60;4;3;10;-5;0;0;136;246;2* 256;; ;0;50;16;34;5;2;7;-6;0;0;209;19;255;; ;0;60;13;39;6;3;8;-7;0;4;79;197;5s tRNA;; ;0;70;14;41;7;4;8;-8;1;11;166;177;2* 96;;atgf ;1;80;16;38;8;1;7;-9;0;0;98;137;tRNA tRNA;;intra ;0;90;9;28;9;2;6;-10;1;1;308;94;3* 30;;atc gca 1;1;100;15;40;10;11;6;-11;2;12;;418;tRNA tRNA;; ;0;110;15;33;11;2;14;-12;1;0;;247;29;;ctg ;0;120;14;24;12;4;6;-13;0;2;;135;**;;gcc ;1;130;15;23;13;9;15;-14;0;3;;351;4;;aac 2;1;140;17;32;14;0;12;-15;0;1;;213;**;;gac ;0;150;21;29;15;2;5;-16;1;2;;32;1;;acc ;0;160;13;30;16;3;10;-17;1;3;CDS 16s;;99;;gcg 1;1;170;20;25;17;2;6;-18;0;0;444;734;44;;gac 1;0;180;11;15;18;3;9;-19;0;1;;472;1;;gtc ;0;190;14;17;19;4;6;-20;0;1;;643;**;;cag 2;0;200;8;17;20;3;2;-21;0;0;5s CDS;;;; ;2;210;9;16;21;5;8;-22;0;1;-;193;;; 1;0;220;12;19;22;5;5;-23;1;3;23s CDS;;;; 1;0;230;6;10;23;4;5;-24;0;0;-;151;;; ;1;240;8;11;24;1;6;-25;0;1;23s 5s;;;; 2;0;250;14;6;25;3;6;-26;1;4;2* 134;;;; ;0;260;8;7;26;0;8;-27;0;0;133;;;; ;0;270;8;3;27;4;7;-28;1;1;;;;; ;0;280;8;6;28;3;7;-29;0;3;;;;; ;0;290;7;5;29;2;7;-30;0;0;;;;; ;0;300;6;6;30;1;5;-31;1;0;;;;; ;1;310;4;4;31;2;9;-32;1;0;;;;; ;0;320;5;3;32;0;7;-33;1;0;;;;; ;0;330;4;6;33;2;5;-34;0;0;;;;; ;0;340;5;6;34;0;4;-35;0;0;;;;; ;0;350;6;0;35;0;11;-36;0;0;;;;; 1;0;360;4;2;36;0;5;-37;1;0;;;;; ;0;370;1;3;37;0;1;-38;0;0;;;;; ;0;380;1;1;38;0;8;-39;0;0;;;;; 1;0;390;1;3;39;0;5;-40;0;0;;;;; ;1;400;5;0;40;1;5;-41;1;0;;;;; 1;0;reste;43;46;reste;396;628;-42;0;0;;;;; 16;10;total;497;921;total;497;921;-43;1;0;;;;; 15;10;diagr;453;873;diagr;100;291;-44;1;0;;;;; 1;0; t30;95;231;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;496;26;1;523;;;-49;0;1;;;;; ;c;919;235;2;1156;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1679;65;;reste;6;7;;;;; ;;;;;;1744;;total;26;235;;;;; </pre> =====abqp autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_autres_intercalaires_aas|abqp autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abqp;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;115594;115896;394;*; ;comp;tRNA;116291;116367;96;*;atgf ;comp;rRNA;116464;116579;134;*;116 ;comp;rRNA;116714;119460;256;*;2747 ;comp;tRNA;119717;119792;30;*;gca ;comp;tRNA;119823;119899;114;*;atc ;comp;rRNA;120014;121498;734;*;1485 fin;;CDS;122233;123597;;0; deb;;CDS;138420;138878;54;*; ;;regulatory;138933;139152;115;*; fin;;CDS;139268;141196;;; deb;comp;CDS;217550;218176;123;*; ;comp;tRNA;218300;218386;228;*;ctg fin;;CDS;218615;219604;;; deb;comp;CDS;241293;242384;76;*; ;comp;regulatory;242461;242590;232;*; fin;comp;CDS;242823;243398;;; deb;comp;CDS;300477;301733;472;*; ;;rRNA;302206;303690;114;*;1485 ;;tRNA;303805;303881;30;*;atc ;;tRNA;303912;303987;256;*;gca ;;rRNA;304244;306990;134;*;2747 ;;rRNA;307125;307240;96;*;116 ;;tRNA;307337;307413;161;*;atgf fin;comp;CDS;307575;307805;;0; deb;;CDS;353736;354107;193;*; ;;regulatory;354301;354527;305;*; fin;;CDS;354833;355231;;; deb;comp;CDS;358353;360380;175;*; ;;regulatory;360556;360807;103;*; fin;;CDS;360911;361297;;0; deb;;CDS;366313;366825;113;*; ;;regulatory;366939;367191;109;*; fin;;CDS;367301;369220;;; deb;comp;CDS;466493;467710;231;*; ;comp;tRNA;467942;468031;205;*;tca fin;comp;CDS;468237;468809;;; deb;;CDS;512242;512790;136;*; ;;tRNA;512927;513002;209;*;aaa fin;;CDS;513212;514036;;; deb;;CDS;931813;933912;79;*; ;;tRNA;933992;934066;382;*;caa fin;comp;CDS;934449;935270;;; deb;comp;CDS;948715;949743;199;*; ;;tRNA;949943;950016;246;*;cag fin;comp;CDS;950263;950616;;; deb;;CDS;970933;972006;19;*; ;comp;tRNA;972026;972119;197;*;agc fin;;CDS;972317;972550;;0; deb;comp;CDS;1161686;1162450;290;*; ;;regulatory;1162741;1162957;38;*; fin;;CDS;1162996;1164069;;; deb;comp;CDS;1302373;1303350;166;*; ;comp;tRNA;1303517;1303592;98;*;ttc fin;comp;CDS;1303691;1303876;;; deb;;CDS;1349865;1350929;151;*; ;comp;rRNA;1351081;1353827;269;*;2747 ;comp;rRNA;1354097;1355591;643;*;1495 fin;;CDS;1356235;1356726;;; deb;comp;CDS;1441708;1443042;177;*; ;;tRNA;1443220;1443294;1;*;acc ;;tRNA;1443296;1443371;99;*;gcg ;;tRNA;1443471;1443547;44;*;gac ;;tRNA;1443592;1443666;1;*;gtc ;;tRNA;1443668;1443741;137;*;cag fin;comp;CDS;1443879;1444727;;; deb;;CDS;1566394;1566612;193;*; ;comp;rRNA;1566806;1566921;133;*;116 ;comp;rRNA;1567055;1569801;255;*;2747 ;comp;tRNA;1570057;1570132;30;*;gca ;comp;tRNA;1570163;1570239;100;*;atc ;comp;rRNA;1570340;1571834;444;*;1495 fin;comp;CDS;1572279;1572707;;; deb;;CDS;1722755;1724962;94;*; ;comp;tRNA;1725057;1725143;418;*;ctc fin;;CDS;1725562;1726311;;; deb;;CDS;1757680;1760568;308;*; ;;tRNA;1760877;1760963;29;*;ctg ;;tRNA;1760993;1761068;247;*;gcc fin;comp;CDS;1761316;1761840;;0; deb;;CDS;1854042;1855049;135;*; ;comp;tRNA;1855185;1855259;351;*;ggc fin;;CDS;1855611;1858685;;0; deb;comp;CDS;1883235;1883813;213;*; ;;tRNA;1884027;1884102;4;*;aac ;;tRNA;1884107;1884183;32;*;gac fin;comp;CDS;1884216;1884821;;; </pre> ===abs=== ====abs opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_opérons|abs opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;abs;;genome;;;;;;;;; 68.45%GC;10.1.20 Paris;16s 5 ;80 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; comp;16414..16980;;cds;;163;163;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;17144..17218;;ggc;;670;*670;;;;;;* ;17889..18566;;cds;;;;;;226;;demethylmenaquinone methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;84790..85017;;cds;;114;114;;;76;;osmotically-inducible lipoprotein B;* comp;85132..85205;;ggg;;35;35;;;;;;* comp;85241..85900;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;93530..94258;;cds;;60;60;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;* comp;94319..94395;;agg;;175;175;;;;;;* ;94571..96262;;cds;;;;;;564;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;131833..132117;;cds;;206;206;;;95;;YggT family protein;* ;132324..132399;;gcg;;140;140;;;;;;* comp;132540..133586;;cds;;;;;;349;;DMT family transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;483582..484082;;cds;;170;170;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;* ;484253..484329;;cgt;;77;77;;;;;;* comp;484407..484586;;cds;;;;;;60;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;536869..537573;;cds;;495;*495;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;* ;538069..539152;;16s’;@1;189;;;;1084;;;* ;539342..540019;;23s°;;127;;;;678;;;* ;540147..540262;;5s;;153;153;;;116;;;* comp;540416..542290;;cds;;;;;;*625;;GGDEF domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;600048..601079;;cds;;79;79;;;344;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;601159..601233;;acg;;81;81;;;;;;* comp;601315..603243;;cds;;;;;;*643;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;656242..656520;;cds;;169;169;;;93;;hp;* comp;656690..656765;;gcc;;141;141;;;;;;* comp;656907..657305;;cds;;;;;;133;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;864141..864458;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;* ;864668..864757;;tcg;;79;79;;;;;;* comp;864837..865679;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;927651..927896;;cds;;392;*392;;;82;;hp;* ;928289..928371;;tta;;175;175;;;;;;* ;928547..929164;;cds;;;;;;206;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1148345..1149223;;cds;;234;234;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;1149458..1149532;;gtc;;106;106;;;;;;* comp;1149639..1151516;;cds;;;;;;*626;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1243974..1245108;;cds;;131;131;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;1245240..1245314;;atgj;;354;*354;;;;;;* comp;1245669..1246637;;cds;;;;;;323;;NAD(+) diphosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1279875..1280237;;cds;;74;74;;;121;;hp;* comp;1280312..1280397;;tac;;148;148;;;;;;* comp;1280546..1281172;;cds;;;;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1500772..1501110;;cds;;338;338;;;113;;P-II family nitrogen regulator;* ;1501449..1501524;;cac;+;109;;109;;;;;* ;1501634..1501709;;cac;2 cac;129;129;;;;;;* ;1501839..1503305;;cds;;106;106;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;* ;1503412..1504977;;cds;;173;173;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;1505151..1505235;;cta;;91;91;;;;;;* ;1505327..1506661;;cds;;;;;;445;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1511745..1512017;;cds;;105;105;;;91;;HU family DNA-binding protein;* ;1512123..1512197;;gta;;163;;163;;;;;* ;1512361..1512437;;gac;;344;344;;;;;;* ;1512782..1513150;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;;* ;1657596..1659397;;cds;;123;123;;;*601;;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;1659521..1659596;;gaa;;234;234;;;;;;* ;1659831..1660671;;cds;;;;;;280;;aldo/keto reductase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1808199..1808735;;cds;;79;79;;;179;;hp;* ;1808815..1808892;;cca;;49;49;;;;;;* ;1808942..1809238;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;* ;1809249..1809325;;aga;;442;*442;;;;;;* ;1809768..1810013;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1825075..1825305;;cds;;210;210;;;77;;hp;* comp;1825516..1825591;;aac;@2;219;;219;;;;;* comp;1825811..1825884;;tgc;;217;217;;;;;;* ;1826102..1826758;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1878424..1878714;;cds;;244;244;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;1878959..1879074;;5s;;123;;;;116;;;* comp;1879198..1881950;;23s;;272;;;;2753;;;* comp;1882223..1882298;;gca;;32;;;32;;;;* comp;1882331..1882407;;atc;;110;;;;;;;* comp;1882518..1883224;;16s°;;100;100;;;707;;;* <comp;1883325..1883763;;cds;;;;;;146;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1896604..1897080;;cds;;192;192;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* comp;1897273..1897347;;acc;;162;162;;;;;;* comp;1897510..1899495;;cds;;;;;;*662;;polysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2032701..2033588;;cds;;165;165;;;296;;DUF3108 domain-containing protein;* ;2033754..2033828;;gtg;+;132;;132;;;;;* ;2033961..2034035;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;* ;2034267..2034431;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2113098..2113601;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;* ;2113687..2113763;;ccc;;140;140;;;;;;* comp;2113904..2115682;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2163405..2167388;;cds;;775;*775;;;*1328;;non-ribosomal peptide synthetase;* ;2168164..2168552;;16s°;;100;;;;389;;;* comp;2168653..2169323;;16s°;;522;*522;;;671;;;* comp;2169846..2170325;;cds;;;;;;160;;DUF2141 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2176963..2177427;;cds;;107;107;;;155;;membrane protein;* comp;2177535..2177610;;gcc;;30;;30;;;;;* comp;2177641..2177727;;ctg;;135;135;;;;;;* comp;2177863..2180208;;cds;;;;;;*782;;mechanosensitive ion channel;* ;;;;;;;;;;;;* ;2233677..2234435;;cds;;92;92;;;253;;hp;* comp;2234528..2234603;;gag;+;38;;38;;;;;* comp;2234642..2234717;;gag;2 gag;68;68;;;;;;* comp;2234786..2235836;;cds;;;;;;350;;p-low specificity L-threonine aldolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2293087..2293593;;cds;;211;211;;;169;;hp;* ;2293805..2293881;;cgt;;137;137;;;;;;* ;2294019..2294495;;cds;;5;5;;;159;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;2294501..2294576;;atgi;;145;145;;;;;;* comp;2294722..2296683;;cds;;;;;;*654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;;* ;2372946..2373401;;cds;;86;86;;;152;;MaoC family dehydratase;* comp;2373488..2373563;;aag;+;74;;74;;;;;* comp;2373638..2373713;;aag;2 aag;309;309;;;;;;* ;2374023..2375549;;cds;;;;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2418203..2418400;;cds;;69;69;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2418470..2418545;;tgg;;152;152;;;;;;* comp;2418698..2419888;;cds;;81;81;;;397;;elongation factor Tu;* comp;2419970..2420043;;gga;;60;;60;;;;;* comp;2420104..2420189;;tac;;144;144;;;;;;* ;2420334..2421188;;cds;;91;91;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;2421280..2421355;;aca;;137;137;;;;;;* ;2421493..2423187;;cds;;;;;;565;;site-specific integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2561207..2562223;;cds;;109;109;;;339;;farnesyltranstransferase;* ;2562333..2562409;;ccg;+;205;;205;;;;;* ;2562615..2562691;;ccg;2 ccg;136;136;;;;;;* ;2562828..2563241;;cds;;;;;;138;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2680406..2680930;;cds;;140;140;;;175;;disulfide bond formation protein B;* ;2681071..2681157;;ttg;;162;162;;;;;;* ;2681320..2681715;;cds;;;;;;132;;cupin domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2856509..2858152;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;* comp;2858518..2858608;;tcc;;118;118;;;;;;* comp;2858727..2859530;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;* plasmide1;;;@3;;;;;;;;;* ;198109..199200;;cds;;84;84;;;364;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;199285..199360;;aaa;;135;135;;;;;;* comp;199496..200044;;cds;;;;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;243776..244348;;cds;;205;205;;;191;;hp;* ;244554..244643;;tca;;143;143;;;;;;* ;244787..245683;;cds;;;;;;299;;diguanylate cyclase;* ;;;;;;;;;;;;* ;338004..339383;;cds;;116;116;;;460;;hp;* comp;339500..339586;;ctc;;257;257;;;;;;* comp;339844..340836;;cds;;;;;;331;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;364473..365501;;cds;;200;200;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;365702..365775;;cag;;746;*746;;;;;;* ;366522..367214;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;474173..477079;;cds;;298;298;;;*969;;PAS domain-containing protein;* ;477378..477464;;ctg;;30;;30;;;;;* ;477495..477570;;gcc;;238;238;;;;;;* ;477809..478123;;cds;;;;;;105;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;599223..600230;;cds;;245;245;;;336;;inorganic phosphate transporter;* comp;600476..600550;;ggc;;351;*351;;;;;;* ;600902..602071;;cds;;;;;;390;;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;629856..631229;;cds;;154;154;;;458;;tetratricopeptide repeat protein;* ;631384..631458;;acc;;1;;1;;;;;* ;631460..631535;;gcg;;99;;99;;;;;* ;631635..631711;;gac;;35;;35;;;;;* ;631747..631821;;gtc;;1;;1;;;;;* ;631823..631896;;cag;;153;153;;;;;;* ;632050..632259;;cds;;;;;;70;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;699265..699846;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;* ;700057..700132;;aac;;4;;4;;;;;* ;700137..700213;;gac;;32;32;;;;;;* comp;700246..700851;;cds;;;;;;202;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;909530..909766;;cds;;153;153;;;79;;hp;* comp;909920..910035;;5s;;127;;;;116;;;* comp;910163..912915;;23s;;271;;;;2753;;;* comp;913187..913262;;gca;;30;;;30;;;;* comp;913293..913369;;atc;;110;;;;;;;* comp;913480..914970;;16s;;486;*486;;;1491;;;* ;915457..916713;;cds;;;;;;419;;exonuclease subunit SbcD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;998160..999149;;cds;;229;229;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;999379..999465;;ctg;;123;123;;;;;;* ;999589..1000215;;cds;;;;;;209;;ribonuclease D;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1098197..1098655;;cds;;675;*675;;;153;;MarR family transcriptional regulator;* ;1099331..1100821;;16s;;107;;;;1491;;;* ;1100929..1101005;;atc;;31;;;31;;;;* ;1101037..1101112;;gca;;271;;;;;;;* ;1101384..1104136;;23s;;147;147;;;2753;;;* comp;1104284..1105390;;cds;;;;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1157171..1157356;;cds;;98;98;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;1157455..1157530;;ttc;;178;178;;;;;;* ;1157709..1158686;;cds;;;;;;326;;alpha-(1,3)-fucosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1394614..1396740;;cds;;453;*453;;;*709;;PAS domain S-box protein;* ;1397194..1397287;;agc;;52;52;;;;;;* comp;1397340..1397858;;cds;;;;;;173;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1399009..1399830;;cds;;301;301;;;274;;hp;* comp;1400132..1400206;;caa;;79;79;;;;;;* comp;1400286..1402379;;cds;;;;;;*698;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1577667..1578095;;cds;;457;*457;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;* ;1578553..1580043;;16s;;110;;;;1491;;;* ;1580154..1580230;;atc;;31;;;31;;;;* ;1580262..1580337;;gca;;269;;;;;;;* ;1580607..1581986;;23s°;;100;;;;1380;;;* ;1582087..1582616;;23s°;;123;;;;530;;;* ;1582740..1582855;;5s;;100;;;;116;;;* ;1582956..1583032;;atgf;;706;*706;;;;;;* ;1583739..1585157;;cds;;;;;;473;;pyruvate kinase;* plasmide2;;;;;;;;;;;;* ;271302..272090;;cds;;529;*529;;;263;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;272620..272695;;tgg;;480;*480;;;;;;* ;273176..273922;;cds;;;;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;449562..450338;;cds;;465;*465;;;259;;IclR family transcriptional regulator;* ;450804..452289;;16s;;584;;;;1486;;;* ;452874..453640;;23s°;;128;;;;767;;;* ;453769..453884;;5s;;101;;;;116;;;* ;453986..454062;;atgf;;359;*359;;;;;;* comp;454422..457751;;cds;;;;;;*1110;;NERD domain-containing protein;* plasmide4;;;;;;;;;;;;* >comp;131140..131621;;cds;;193;193;;;161;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;* ;131815..131891;;atgf;;202;202;;;;;;* comp;132094..132276;;cds;;;;;;61;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;197300..198643;;cds;;738;*738;;;448;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;199382..199953;;16s°;;193;;;;572;;;* ;200147..200223;;atgf;;437;*437;;;;;;* comp;200661..202571;;cds;;;;;;*637;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;246777..248687;;cds;;208;208;;;*637;;RNA-directed DNA polymerase;* comp;248896..248972;;cgg;;96;96;;;;;;* comp;249069..249983;;cds;;;;;;305;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;319641..319943;;cds;;134;134;;;101;;STAS domain-containing protein;* comp;320078..320164;;ctc;;125;125;;;;;;* ;320290..321018;;cds;;;;;;243;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* comp;401067..402227;;cds;;281;281;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;* comp;402509..402624;;5s;;129;;;;116;;;* comp;402754..403402;;23s°;;106;;;;649;;;* comp;403509..403880;;16s°;;502;*502;;;372;;;* comp;404383..404577;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;501394..501756;;cds;;95;95;;;121;;response regulator;* ;501852..501927;;aac;;4;;4;;;;;* ;501932..502008;;gac;;4;;4;;;;;* ;502013..502087;;ggc;;102;102;;;;;;* comp;502190..502957;;cds;;;;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;503041..503667;;cds;;249;249;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;* comp;503917..504474;;16s°;;547;*547;;;558;;;* ;505022..506005;;cds;;;;;;328;;lytic transglycosylase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;601019..603679;;cds;;358;*358;;;*887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;* ;604038..604113;;ttc;;318;318;;;;;;* >;604432..605613;;cds;;;;;;394;;site-specific integrase;* plasmide6;;;;;;;;;;;;* ;88804..89472;;cds;;397;*397;;;223;;RraA family protein;* ;89870..89944;;ggc;;249;249;;;;;;* ;90194..91186;;cds;;;;;;331;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);* </pre> ====abs cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_cumuls|abs cumuls]] <pre> abs cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300; avec rRNA;opérons;10;1;2;;1;0;1;;100;18;1;0 ;16atcgca235;1;20;3;;50;5;40;;200;29;30;0 ;Id-23s°-atgf;1;40;4;4;100;22;80;;300;26;60;3 ;1623s°5atgf;1;60;1;;150;29;120;;400;20;90;10 ;max a;3;80;1;;200;18;160;;500;7;120;9 ;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;6;150;8 ;autres;7;120;1;;300;3;240;;700;9;180;13 ;total aas;10;140;1;;350;5;280;;800;2;210;9 sans ;opérons;51;160;0;;400;7;320;;900;1;240;6 ;1 aa;39;180;1;;450;2;360;;1000;1;270;8 ;max a;5;200;0;;500;6;400;;1100;0;300;7 ;a doubles;5;;2;;;10;;;;2;;48 ;total aas;67;;17;4;;125;;0;;121;;121 total aas;;;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;71;31;;221;;;;308;; ;;;variance;72;1;;168;;;;230;; sans jaune;;;moyenne;;;;151;;;;242;;166 ;;;variance;;;;72;;;;137;;72 </pre> ====abs blocs==== =====abs blocs abrégé===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_abrégé|abs blocs abrégé]] <pre> abs abq;;; abrégé;nom;; 23s RlmB;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;;* 50s L21;50S ribosomal protein L21;;* AAA fam;AAA family ATPase;;* ab hydrolase;alpha/beta hydrolase;;* ab hydrolase f;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;;* AG cyclase;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;;* ak reductase;aldo/keto reductase;;* ATP bind;ATP-binding cassette domain-containing protein;;* bacteriofer;bacterioferritin;;* bif CoA;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;;* bif NAD;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;;* chemotaxis p;methyl-accepting chemotaxis protein;;* cupin dom;cupin domain-containing protein;;* cyclicN bind;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;;* diG cyclase;diguanylate cyclase;;* dip ABC;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;;* disulfide;disulfide bond formation protein B;;* DMT fam;DMT family transporter;;* DUF1489;DUF1489 domain-containing protein;;* DUF2141;DUF2141 domain-containing protein;;* DUF3108;DUF3108 domain-containing protein;;* DUF3618;DUF3618 domain-containing protein;;* EAL & GGDEF;EAL and GGDEF domain-containing protein;;* elonga Tu;elongation factor Tu;;* ETC complex;ETC complex I subunit;;* exo SbcD;exonuclease subunit SbcD;;* FAD bind;FAD-binding oxidoreductase;;* FadR fam;FadR family transcriptional regulator;;* farnesyl;farnesyltranstransferase;;* fucosyl;alpha-1,3-fucosyltransferase;;* GGDEF dom;GGDEF domain-containing protein;;* glycosyl;glycosyltransferase;;* GNAT fam;GNAT family N-acetyltransferase;;* gyrase YacG;DNA gyrase inhibitor YacG;;* Hase HypA;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;;* helicas RecQ;DNA helicase RecQ;;* HU bind;HU family DNA-binding protein;;* Hx-t-Hx;helix-turn-helix transcriptional regulator;;* Hx-t-Hx dom;helix-turn-helix domain-containing protein;;* IclR fam;IclR family transcriptional regulator;;* inorganic P;inorganic phosphate transporter;;* IS3 fam;IS3 family transposase;;* IS5 fam;IS5 family transposase;;* L-iso-Asp;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;;* lipoyl LipB;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;;* low Thr;low specificity L-threonine aldolase;;* lytic dom;lytic transglycosylase domain-containing protein;;* malate G;malate synthase G;;* malonyl CoA;malonyl-CoA decarboxylase;;* MaoC fam;MaoC family dehydratase;;* MarR fam;MarR family transcriptional regulator;;* mecano ion;mechanosensitive ion channel;;* membrane p;membrane protein;;* menaquinone;dimethylmenaquinone methyltransferase;;* MerR fam;MerR family transcriptional regulator;;* methyl trans;methyltransferase domain-containing protein;;* N-acetyl trans;N-acetyltransferase;;* N-formyl Glu;N-formylglutamate amidohydrolase;;* NAD diP;NAD(+) diphosphatase;;* NADH-quinone;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;;* NDUFA9;complex I NDUFA9 subunit family protein;;* NERD dom;NERD domain-containing protein;;* nitrogen NifQ;nitrogen fixation protein NifQ;;* non ribosom;non-ribosomal peptide synthetase;;* osmose LipB;osmotically-inducible lipoprotein B;;* p-ATP-bind;p-ATP-binding protein;;* p-erythrose;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;;* P-II nitrogen;P-II family nitrogen regulator;;* p-IS5/IS1182;P-IS5/IS1182 family transposase;;* p-low Thr;p-low specificity L-threonine aldolase;;* p-ssDNA exo;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;* pantetheine;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;;* PAP2 fam;phosphatase PAP2 family protein;;* PAS dom;PAS domain-containing protein;;* PAS kinase;PAS domain-containing sensor histidine kinase;;* PAS S-box;PAS domain S-box protein;;* peptido fam;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;* peptido Pal;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;;* polymerase;RNA-directed DNA polymerase;;* polysacchard;polysaccharide biosynthesis protein;;* Ppx/GppA;Ppx/GppA family phosphatase;;* PQQ;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;;* Prolyl-tRNA;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;;* pyridoxamine;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;;* pyruvate kin;pyruvate kinase;;* recombinase;recombinase family protein;;* response reg;response regulator;;* restriction end;restriction endonuclease;;* ribonucleaseD;ribonuclease D;;* RraA fam;RraA family protein;;* SDR fam;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;;* sigma RpoD;RNA polymerase sigma factor RpoD;;* sigma-70 fam;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;;* SLT dom;transglycosylase SLT domain-containing protein;;* ss integrase;site-specific integrase;;* Ss-DNA;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;* STAS dom;STAS domain-containing protein;;* subunit SecE;preprotein translocase subunit SecE;;* tetratricopep;tetratricopeptide repeat protein;;* TIGR02300;TIGR02300 family protein;;* trigger factor;trigger factor;;* tRNA MnmA;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;;* Tyr rec/int;tyrosine-type recombinase/integrase;;* UDP-N-acetyl;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);;* xanthine;xanthine phosphoribosyltransferase;;* YggT fam;YggT family protein;;* YkgJ fam;YkgJ family cysteine cluster protein;;* </pre> =====abs blocs tableau===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_tableau|abs blocs tableau]] <pre> abs blocs;;;;;;;;;;; gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé cds;486;419;SbcD;cds;100;146;P-eryt;cds;675;153;MarR 16s;110;1491;;16s°;110;707;;16s;107;1491; atc;30;;;atc;32;;;atc;31;; gca;271;;;gca;272;;;gca;271;; 23s;127;2753;;23s;123;2753;;23s;147;2753; 5s;153;116;;5s;244;116;;cds;;369;GNAT cds;;79;hp;cds;;97;YkgJ;;;; ;;;;;;;;;;; cds;457;143;DUF1489;;;;;;;; 16s;110;1491;;;;;;;;; atc;31;;;;;;;;;; gca;269;;;;;10 cds < 259 sur 20;;;;; 23s°;100;1380;;;;Dont 2 hp + 1 p;;;;; 23s°;123;530;;;;;;;;; 5s;100;116;;;;;;;;; atgf;706;;;;;;;;;; cds;;473;pyruvat;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; cds;465;259;IclR;cds;502;65;hp;cds;495;235;PAP2 16s;584;1486;;16s°;106;372;;16s’;189;1084; 23s°;128;767;;23s°;129;649;;23s°;127;678; 5s;101;116;;5s;281;116;;5s;153;116; atgf;359;;;cds;;387;PQQ;cds;;625;GGDEF cds;;1110;NERD;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; 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(d'où?) 3 fois <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;gtRNAdb;;;;; ;abs;genome;;;;;;;;;abq;genome;;;; 68.45%GC;10.1.20 Paris;80 aas;intercalaires;cdsa;protéines;;;;;68.45%GC;29.12.19 Paris;88 aas;intercalaires;cdsa;protéines; Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;chromosome;;;;;; ;2856509..2858152;cds;365;548;recombinase;* CHA1;;* comp;;;2482875..2484518;cds;365;548;recombinase;* CHA1 comp;2858518..2858608;tcc;118;;;*;;* hp caracter;;comp;2484884..2484974;tcc;120;;;* comp;2858727..2859530;cds;;268;ab hydrolase;* ;;* modif;;comp;2485095..2485898;cds;;268;ab hydrolase;* ;;;;;;;;* déplacé;;;;;;;;* comp;16414..16980;cds;163;189;Prolyl-tRNA;* ;;* d’où?;;comp;2640759..2641325;cds;149;189;Prolyl-tRNA;* ;17144..17218;ggc;670;;;*;;* recomb;;;2641475..2641549;ggc;688;;;* ;17889..18566;cds;;226;menaquinone;*;;* insertion;;;2642238..2642915;cds;;226;menaquinone;* ;;;;;;*;;* bloc?;;;;;;;;* ;84790..85017;cds;114;76;@osmose LipB;* comp;;* réunion;;comp;2764482..2765567;cds;659;362;@hp;* comp;85132..85205;ggg;35;;;*;;* recombi;;comp;2766227..2766300;ggg;35;;;* comp;85241..85900;cds;;220;N-acetyl trans;*;;;;comp;2766336..2766995;cds;;220;N-acetyl trans;* ;;;;;;;;;;;;;;;; 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ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;cac2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;ccg2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;gag2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;gtg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;;gtc;1;gcc;2;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;ggc;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;3 1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;1 >1aa;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total abs;;39;;;;;;;abs;20;;;;;;20;;abs;10;;;;;;10;;abs;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====abs données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_données_intercalaires|abs données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abs;fx;fc;abs;fx40;fc40;abs;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;55;670;163;tRNA 23s;; 1;1;10;65;167;1;4;12;-2;1;0;35;114;272;;gca ;0;20;41;134;2;1;18;-3;0;0;60;175;tRNA tRNA;;contig ;0;30;61;89;3;13;20;-4;3;194;81;206;32;;atc gca ;1;40;24;76;4;13;21;-5;0;0;169;140;tRNA tRNA;; ;1;50;27;62;5;2;24;-6;1;0;141;170;109;;cac ;1;60;25;63;6;14;9;-7;1;4;175;77;**;;cac ;2;70;16;52;7;9;14;-8;0;23;131;79;163;;gta 5;0;80;34;64;8;1;17;-9;0;0;148;209;**;;gac 1;3;90;28;70;9;6;11;-10;1;2;129;79;219;;aac 1;2;100;32;71;10;2;21;-11;0;7;173;187;**;;tgc 2;2;110;29;52;11;3;20;-12;0;0;91;234;132;;gtg 1;1;120;22;59;12;5;13;-13;0;3;105;106;**;;gtg ;2;130;24;59;13;4;23;-14;0;4;344;354;30;;gcc 3;5;140;25;54;14;4;15;-15;1;0;123;74;**;;ctg 1;3;150;21;52;15;4;17;-16;0;1;234;338;38;;gag ;1;160;29;37;16;4;9;-17;4;2;49;79;**;;gag 3;3;170;30;36;17;1;6;-18;0;1;10;217;74;;aag 1;2;180;24;43;18;5;6;-19;1;1;442;192;**;;aag 1;0;190;19;35;19;9;13;-20;1;4;210;165;60;;gga 1;0;200;17;34;20;2;12;-21;0;1;162;140;**;;tac 2;1;210;13;17;21;12;5;-22;0;0;231;107;205;;ccg 2;0;220;23;23;22;12;7;-23;2;3;85;92;**;;ccg ;0;230;13;22;23;3;7;-24;1;0;135;211;;; 1;2;240;13;15;24;9;11;-25;1;2;68;5;;; ;0;250;17;15;25;6;11;-26;0;2;134;86;;; ;0;260;9;15;26;0;9;-27;0;0;145;309;;; ;0;270;18;18;27;5;10;-28;0;0;69;144;;; ;0;280;10;11;28;6;12;-29;5;1;152;140;;; ;0;290;9;10;29;2;9;-30;0;0;81;365;;; ;0;300;10;7;30;6;8;-31;1;2;91;;;; 1;0;310;6;10;31;1;11;-32;1;0;137;;;; ;0;320;7;9;32;1;7;-33;0;0;109;;;; ;0;330;10;3;33;4;10;-34;0;0;136;;;; 1;0;340;11;2;34;4;5;-35;1;1;162;;;; ;1;350;4;2;35;4;6;-36;0;0;118;;;; 1;0;360;5;5;36;1;5;-37;0;0;23s 5s;;;; 1;0;370;8;7;37;6;8;-38;1;0;128;;;; ;0;380;2;3;38;1;8;-39;0;0;5s CDS;;;; ;0;390;4;2;39;2;10;-40;0;0;244;153;;; ;0;400;6;4;40;0;6;-41;0;0;;;;; ;2;reste;90;55;reste;690;1098;-42;0;0;;;;; 30;36;total;883;1570;total;883;1570;-43;0;0;;;;; 30;34;diagr;791;1509;diagr;191;466;-44;0;0;;;;; 1;1; t30;167;390;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;881;34;2;917;;;-49;1;0;;;;; ;c;1564;324;6;1894;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;2811;110;;reste;3;11;;;;; ;;;;;;2921;;total;34;324;;;;; </pre> =====abs autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_autres_intercalaires_aas|abs autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abs;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;16414;16980;163;*; ;;tRNA;17144;17218;670;*;ggc fin;;CDS;17889;18566;;; deb;;CDS;84790;85017;114;*; ;comp;tRNA;85132;85205;35;*;ggg fin;comp;CDS;85241;85900;;0; deb;comp;CDS;93530;94258;60;*; ;comp;tRNA;94319;94395;175;*;agg fin;;CDS;94571;96262;;0; deb;comp;CDS;131833;132117;206;*; ;;tRNA;132324;132399;140;*;gcg fin;comp;CDS;132540;133586;;; deb;comp;CDS;440193;440705;127;*; ;;regulatory;440833;440912;76;*; fin;;CDS;440989;442197;;; deb;comp;CDS;483582;484082;170;*; ;;tRNA;484253;484329;77;*;cgt fin;comp;CDS;484407;484586;;0; deb;;CDS;536869;537573;506;*; ;;misc_f;538080;538894;491;*; ;;misc_f;539386;539554;19;*; ;;misc_f;539574;539733;19;*; ;;misc_f;539753;540001;145;*; ;;rRNA;540147;540262;153;*;116 fin;comp;CDS;540416;542290;;0; deb;;CDS;600048;601079;79;*; ;comp;tRNA;601159;601233;81;*;acg fin;comp;CDS;601315;603243;;; deb;comp;CDS;656242;656520;169;*; ;comp;tRNA;656690;656765;141;*;gcc fin;comp;CDS;656907;657305;;0; deb;;CDS;815905;816444;135;*; ;;ncRNA;816580;816677;99;*; fin;;CDS;816777;818633;;; deb;comp;CDS;864141;864458;209;*; ;;tRNA;864668;864757;79;*;tcg fin;comp;CDS;864837;865679;;; deb;comp;CDS;927934;928101;187;*; ;;tRNA;928289;928371;175;*;tta fin;;CDS;928547;929164;;; deb;;CDS;946069;947757;64;*; ;;regulatory;947822;947974;151;*; fin;;CDS;948126;948812;;; deb;comp;CDS;1148345;1149223;234;*; ;;tRNA;1149458;1149532;106;*;gtc fin;comp;CDS;1149639;1151516;;; deb;;CDS;1244040;1245108;131;*; ;;tRNA;1245240;1245314;354;*;atgj fin;comp;CDS;1245669;1246637;;; deb;;CDS;1279875;1280237;74;*; ;comp;tRNA;1280312;1280397;148;*;tac fin;comp;CDS;1280546;1281172;;; deb;comp;CDS;1369782;1370351;31;*; ;comp;tmRNA;1370383;1370759;95;*; fin;;CDS;1370855;1371793;;; deb;comp;CDS;1414313;1414690;160;*; ;;regulatory;1414851;1414948;69;*; fin;;CDS;1415018;1416172;;; deb;comp;CDS;1500772;1501110;338;*; ;;tRNA;1501449;1501524;109;*;cac ;;tRNA;1501634;1501709;129;*;cac fin;;CDS;1501839;1503305;;; deb;;CDS;1503412;1504977;173;*; ;;tRNA;1505151;1505235;91;*;cta fin;;CDS;1505327;1506661;;; deb;;CDS;1511745;1512017;105;*; ;;tRNA;1512123;1512197;163;*;gta ;;tRNA;1512361;1512437;344;*;gac fin;;CDS;1512782;1513150;;; deb;;CDS;1657596;1659397;123;*; ;;tRNA;1659521;1659596;234;*;gaa fin;;CDS;1659831;1660671;;; deb;comp;CDS;1671855;1672043;204;*; ;;regulatory;1672248;1672360;116;*; fin;;CDS;1672477;1674318;;0; deb;comp;CDS;1808199;1808735;79;*; ;;tRNA;1808815;1808892;49;*;cca deb;;CDS;1808942;1809238;10;*; ;;tRNA;1809249;1809325;442;*;aga fin;;CDS;1809768;1810013;;0; deb;comp;CDS;1825075;1825305;210;*; ;comp;tRNA;1825516;1825591;219;*;aac ;comp;tRNA;1825811;1825884;217;*;tgc fin;;CDS;1826102;1826758;;; deb;comp;CDS;1878424;1878714;244;*; ;comp;rRNA;1878959;1879074;128;*;116 ;comp;rRNA;1879203;1881950;272;*;2748 ;comp;tRNA;1882223;1882298;32;*;gca ;comp;tRNA;1882331;1882407;129;*;atc ;comp;misc_f;1882537;1883185;139;*; fin;comp;CDS;1883325;1883763;;; deb;;CDS;1886482;1886796;13;*; ;;ncRNA;1886810;1886969;39;*; fin;;CDS;1887009;1887617;;; deb;;CDS;1896604;1897080;192;*; ;comp;tRNA;1897273;1897347;162;*;acc fin;comp;CDS;1897510;1899495;;; deb;comp;CDS;2032701;2033588;165;*; ;;tRNA;2033754;2033828;132;*;gtg ;;tRNA;2033961;2034035;231;*;gtg fin;;CDS;2034267;2034431;;; deb;;CDS;2113098;2113601;85;*; ;;tRNA;2113687;2113763;140;*;ccc fin;comp;CDS;2113904;2115682;;0; deb;comp;CDS;2163405;2167388;813;*; ;;misc_f;2168202;2168532;294;*; ;comp;misc_f;2168827;2169315;530;*; fin;comp;CDS;2169846;2170325;;; deb;;CDS;2176963;2177427;107;*; ;comp;tRNA;2177535;2177610;30;*;gcc ;comp;tRNA;2177641;2177727;135;*;ctg fin;comp;CDS;2177863;2180208;;0; deb;comp;CDS;2197944;2199056;175;*; ;comp;regulatory;2199232;2199345;72;*; fin;comp;CDS;2199418;2199663;;0; deb;;CDS;2233677;2234435;92;*; ;comp;tRNA;2234528;2234603;38;*;gag ;comp;tRNA;2234642;2234717;68;*;gag fin;comp;CDS;2234786;2235821;;; deb;comp;CDS;2293087;2293593;211;*; ;;tRNA;2293805;2293881;134;*;cgt deb;;CDS;2294016;2294495;5;*; ;comp;tRNA;2294501;2294576;145;*;atgi fin;comp;CDS;2294722;2296683;;; deb;;CDS;2372946;2373401;86;*; ;comp;tRNA;2373488;2373563;74;*;aag ;comp;tRNA;2373638;2373713;309;*;aag fin;;CDS;2374023;2375549;;1; deb;comp;CDS;2418203;2418400;69;*; ;comp;tRNA;2418470;2418545;152;*;tgg deb;comp;CDS;2418698;2419888;81;*; ;comp;tRNA;2419970;2420043;60;*;gga ;comp;tRNA;2420104;2420189;144;*;tac deb;;CDS;2420334;2421188;91;*; ;;tRNA;2421280;2421355;137;*;aca fin;;CDS;2421493;2423187;;; deb;;CDS;2561207;2562223;109;*; ;;tRNA;2562333;2562409;205;*;ccg ;;tRNA;2562615;2562691;136;*;ccg fin;;CDS;2562828;2563241;;0; deb;;CDS;2577826;2578533;62;*; ;;ncRNA;2578596;2578998;554;*; fin;;CDS;2579553;2580050;;; deb;comp;CDS;2680406;2680930;140;*; ;;tRNA;2681071;2681157;162;*;ttg fin;;CDS;2681320;2681715;;; deb;;CDS;2856509;2858152;365;*; ;comp;tRNA;2858518;2858608;118;*;tcc fin;comp;CDS;2858727;2859530;;0; deb;;CDS;2940550;2940948;67;*; ;;regulatory;2941016;2941120;49;*; fin;;CDS;2941170;2942093;;0; </pre> ====absp données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_données_intercalaires|absp données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;absp;fx;fc;absp;fx40;fc40;absp;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;0;0;0;0;0;-1;0;26;135;84;16s tRNA;; ;0;10;38;87;1;4;8;-2;2;0;205;116;2* 116;;atc ;0;20;28;81;2;1;9;-3;0;0;143;200;113;;atc ;0;30;27;59;3;4;16;-4;2;124;257;245;tRNA 23s;; 1;0;40;12;44;4;7;10;-5;0;0;746;351;272;;gca ;0;50;15;38;5;3;7;-6;0;0;298;178;270;;gca 1;0;60;8;39;6;2;3;-7;0;1;238;213;5s tRNA;; ;0;70;14;33;7;7;7;-8;1;12;153;32;100;;atgf ;1;80;15;31;8;0;11;-9;0;0;123;229;tRNA tRNA;;intra 1;0;90;14;23;9;2;5;-10;1;0;98;52;30;;atc gca ;1;100;9;41;10;8;11;-11;1;6;178;301;2* 31;;atc gca ;0;110;13;29;11;1;7;-12;1;0;453;;tRNA tRNA;; 1;0;120;18;28;12;0;6;-13;0;2;79;;30;;ctg ;1;130;12;24;13;5;14;-14;0;4;706;;**;;gcc ;1;140;15;34;14;1;15;-15;0;0;CDS 16s;;1;;acc ;1;150;18;25;15;3;3;-16;1;1;457;486;99;;gcg ;1;160;8;22;16;4;9;-17;0;2;;642;35;;gac ;0;170;26;30;17;3;6;-18;0;0;23s 5s;;1;;gtc 1;1;180;8;19;18;4;10;-19;0;1;128;;**;;cag ;0;190;10;14;19;3;7;-20;3;1;132;;4;;aac 1;0;200;6;12;20;4;4;-21;0;0;23s CDS;;**;;gac ;1;210;6;10;21;1;6;-22;0;0;-;151;;; 1;0;220;12;17;22;8;3;-23;0;1;5s CDS;;;; 1;0;230;6;9;23;5;5;-24;0;0;-;153;;; ;1;240;12;11;24;1;3;-25;0;1;;;;; 1;0;250;6;13;25;4;9;-26;1;2;;;;; ;1;260;6;8;26;4;9;-27;0;0;;;;; ;0;270;11;9;27;1;8;-28;1;1;;;;; ;0;280;9;5;28;1;8;-29;0;1;;;;; ;0;290;4;3;29;2;4;-30;0;0;;;;; ;1;300;5;5;30;0;4;-31;1;0;;;;; 1;0;310;2;3;31;1;3;-32;0;0;;;;; ;0;320;6;3;32;2;3;-33;0;0;;;;; ;0;330;4;2;33;1;3;-34;0;0;;;;; ;0;340;5;7;34;2;7;-35;0;2;;;;; ;0;350;6;1;35;1;8;-36;0;0;;;;; 1;0;360;2;3;36;1;4;-37;1;0;;;;; ;0;370;1;4;37;1;3;-38;0;2;;;;; ;0;380;0;1;38;0;5;-39;0;0;;;;; ;0;390;1;0;39;2;6;-40;0;0;;;;; ;0;400;2;2;40;1;2;-41;1;1;;;;; ;3;reste;52;44;reste;367;602;-42;0;0;;;;; 11;14;total;472;873;total;472;873;-43;1;0;;;;; 11;11;diagr;420;829;diagr;105;271;-44;1;0;;;;; 0;0; t30;93;227;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;472;25;0;497;;;-49;0;1;;;;; ;c;873;206;0;1079;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1576;54;;reste;5;14;;;;; </pre> =====absp autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_autres_intercalaires_aas|absp autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;absp;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;198109;199200;84;*; ;comp;tRNA;199285;199360;135;*;aaa fin;comp;CDS;199496;200044;;; deb;;CDS;243776;244348;205;*; ;;tRNA;244554;244643;143;*;tca fin;;CDS;244787;245683;;0; deb;;CDS;338004;339383;116;*; ;comp;tRNA;339500;339586;257;*;ctc fin;comp;CDS;339844;340836;;; deb;comp;CDS;364473;365501;200;*; ;;tRNA;365702;365775;746;*;cag fin;;CDS;366522;367214;;; deb;;CDS;474173;477079;298;*; ;;tRNA;477378;477464;30;*;ctg ;;tRNA;477495;477570;238;*;gcc fin;;CDS;477809;478123;;; deb;comp;CDS;496623;497399;289;*; ;;regulatory;497689;497905;38;*; fin;;CDS;497944;499011;;; deb;;CDS;599223;600230;245;*; ;comp;tRNA;600476;600550;351;*;ggc fin;;CDS;600902;602071;;; deb;comp;CDS;629856;631205;178;*; ;;tRNA;631384;631458;1;*;acc ;;tRNA;631460;631535;99;*;gcg ;;tRNA;631635;631711;35;*;gac ;;tRNA;631747;631821;1;*;gtc ;;tRNA;631823;631896;153;*;cag fin;;CDS;632050;632259;;; deb;comp;CDS;699265;699843;213;*; ;;tRNA;700057;700132;4;*;aac ;;tRNA;700137;700213;32;*;gac fin;comp;CDS;700246;700851;;; deb;;CDS;909530;909766;153;*; ;comp;rRNA;909920;910035;132;*;116 ;comp;rRNA;910168;912914;272;*;2747 ;comp;tRNA;913187;913262;30;*;gca ;comp;tRNA;913293;913369;116;*;atc ;comp;rRNA;913486;914970;486;*;1485 fin;;CDS;915457;916713;;; deb;comp;CDS;975367;977091;141;*; ;;regulatory;977233;977362;74;*; fin;;CDS;977437;978516;;; deb;comp;CDS;998160;999149;229;*; ;;tRNA;999379;999465;123;*;ctg fin;;CDS;999589;1000215;;; deb;comp;CDS;1066729;1068657;115;*; ;comp;regulatory;1068773;1068992;54;*; fin;comp;CDS;1069047;1069505;;0; deb;comp;CDS;1098197;1098688;642;*; ;;rRNA;1099331;1100815;113;*;1485 ;;tRNA;1100929;1101005;31;*;atc ;;tRNA;1101037;1101112;272;*;gca ;;rRNA;1101385;1104132;151;*;2748 fin;comp;CDS;1104284;1105390;;; deb;;CDS;1157171;1157356;98;*; ;;tRNA;1157455;1157530;178;*;ttc fin;;CDS;1157709;1158686;;; deb;;CDS;1394614;1396740;453;*; ;;tRNA;1397194;1397287;52;*;agc fin;comp;CDS;1397340;1397858;;; deb;;CDS;1399009;1399830;301;*; ;comp;tRNA;1400132;1400206;79;*;caa fin;comp;CDS;1400286;1402385;;; deb;;CDS;1577667;1578095;457;*; ;;rRNA;1578553;1580037;116;*;1485 ;;tRNA;1580154;1580230;31;*;atc ;;tRNA;1580262;1580337;270;*;gca ;;rRNA;1580608;1582611;128;*;2004 ;;rRNA;1582740;1582855;100;*;116 ;;tRNA;1582956;1583032;706;*;atgf fin;;CDS;1583739;1585157;;0; </pre> ===agr=== ====agr opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_opérons|agr opérons]] <pre> 59.3%GC;29.12.19 Paris;16s 5 ;58 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Agrobacterium sp. H13-3 ;;;;;;;;;;;; chromosoml;;;;;;;;;;;; comp;1064633..1065274;;cds;;296;296;;;214;;hp;* ;1065571..1065655;;ttg;;266;266;;;;;;* ;1065922..1066437;;cds;;;;;;172;;disulfide bond formation protein B;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1178605..1179114;;cds;;256;256;;;170;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;1179371..1179445;;ggc;@1;793;;793;;;;;* comp;1180239..1180315;;atgj;;135;135;;;;;;* comp;1180451..1181647;;cds;;;;;;399;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1320644..1321006;;cds;;318;318;;;121;;hp;* comp;1321325..1321414;;tcg;;197;197;;;;;;* comp;1321612..1322493;;cds;;;;;;294;;dihydrodipicolinate synthase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1361929..1362942;;cds;;554;*554;;;338;;sugar ABC transporter substrate-binding protein;* comp;1363497..1363571;;gtc;;81;81;;;;;;* comp;1363653..1364015;;cds;;;;;;121;;response regulator;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1426814..1427137;;cds;;105;105;;;108;;hp;* ;1427243..1428733;;16s;;337;;;;1491;;;* ;1429071..1429147;;atc;;59;;;59;;;;* ;1429207..1429282;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;1429429..1429626;;cds;@2;241;241;;;66;;P-hp;* ;1429868..1432681;;23s;;242;;;;2814;;;* ;1432924..1433038;;5s;;257;;;;115;;;* ;1433296..1433372;;atgf;;311;311;;;;;;* ;1433684..1434118;;cds;;;;;;145;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;* ;;;;;;;;;;;;* ;1503534..1504520;;cds;;122;122;;;329;;beta-ketoacyl-ACP synthase III;* comp;1504643..1504716;;cag;;123;123;;;;;;* comp;1504840..1505277;;cds;;;;;;146;;Lrp/AsnC family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1605356..1605856;;cds;;71;71;;;167;;hp;* comp;1605928..1606003;;gcc;;152;152;;;;;;* comp;1606156..1606545;;cds;;;;;;130;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1687683..1688015;;cds;;105;105;;;111;;hp;* ;1688121..1689611;;16s;;337;;;;1491;;;* ;1689949..1690025;;atc;;59;;;59;;;;* ;1690085..1690160;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;1690307..1690504;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;1690746..1693559;;23s;;242;;;;2814;;;* ;1693802..1693916;;5s;;257;;;;115;;;* ;1694174..1694250;;atgf;;203;203;;;;;;* comp;1694454..1694645;;cds;;;;;;64;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;2103153..2103404;;cds;;105;105;;;84;;P-hp;* ;2103510..2105000;;16s;;337;;;;1491;;;* ;2105338..2105414;;atc;;59;;;59;;;;* ;2105474..2105549;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;2105696..2105893;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;2106135..2108948;;23s;;242;;;;2814;;;* ;2109191..2109305;;5s;;257;;;;115;;;* ;2109563..2109639;;atgf;;633;*633;;;;;;* ;2110273..2110680;;cds;;;;;;136;;membrane protein;* chromosomc;;;;;;;;;;;;* <comp;56862..57137;;cds;;105;105;;;92;;P-hp;* ;57243..58733;;16s;;337;;;;1491;;;* ;59071..59147;;atc;;59;;;59;;;;* ;59207..59282;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;59429..59626;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;59868..62681;;23s;;242;;;;2814;;;* ;62924..63038;;5s;;257;;;;115;;;* ;63296..63372;;atgf;;196;196;;;;;;* ;63569..65377;;cds;;;;;;*603;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;125821..127722;;cds;;287;287;;;*634;;molecular chaperone DnaK;* comp;128010..128099;;tcc;;220;220;;;;;;* ;128320..128637;;cds;;;;;;106;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;227621..228004;;cds;;240;240;;;128;;membrane protein;* comp;228245..228331;;ctg;;120;120;;;;;;* comp;228452..228757;;cds;;;;;;102;;SelT/SelW/SelH family protein;* ;;;;;;;;;;;;* >;378307..378396;;cds;;40;40;;;30;;P-hp;* ;378437..378513;;cgt;;174;174;;;;;;* ;378688..379500;;cds;;;;;;271;;class I SAM-dependent methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;407277..407435;;cds;;167;167;;;53;;YqaE/Pmp3 family membrane protein;* comp;407603..407678;;acg;;137;137;;;;;;* comp;407816..408778;;cds;;;;;;321;;nitronate monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;425990..427087;;cds;;56;56;;;366;;2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase;* ;427144..427217;;ggg;;154;154;;;;;;* ;427372..428058;;cds;;;;;;229;;aquaporin Z;* ;;;;;;;;;;;;* ;458659..459081;;cds;;285;285;;;141;;hp;* ;459367..459442;;ttc;;246;246;;;;;;* comp;459689..460033;;cds;;;;;;115;;cation:proton antiporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;493759..494025;;cds;;155;155;;;89;;hp;* ;494181..494255;;acc;;195;195;;;;;;* comp;494451..495686;;cds;;;;;;412;;flagellin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;564938..568684;;cds;;361;*361;;;*1249;;PAS domain S-box protein;* ;569046..569122;;cac;;79;79;;;;;;* ;569202..570920;;cds;;;;;;573;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;763448..764356;;cds;;202;202;;;303;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;764559..764633;;caa;;263;263;;;;;;* comp;764897..766549;;cds;;;;;;551;;malate dehydrogenase (quinone);* ;;;;;;;;;;;;* comp;767020..767439;;cds;;264;264;;;140;;hp;* ;767704..767780;;ccg;;159;159;;;;;;* comp;767940..768260;;cds;;;;;;107;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;960360..960701;;cds;;163;163;;;114;;hp;* ;960865..960955;;agc;;500;*500;;;;;;* comp;961456..961671;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1123408..1124136;;cds;;141;141;;;243;;hp;* ;1124278..1124363;;tta;;241;241;;;;;;* ;1124605..1127115;;cds;;;;;;*837;;copper-translocating P-type ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1154411..1154803;;cds;;91;91;;;131;;DUF2934 domain-containing protein;* comp;1154895..1154969;;aac;;176;176;;;;;;* ;1155146..1155424;;cds;;;;;;93;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1162767..1163027;;cds;;138;138;;;87;;hp;* comp;1163166..1163242;;ccc;;218;218;;;;;;* ;1163461..1163997;;cds;;;;;;179;;DUF1269 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1192452..1194650;;cds;;660;*660;;;*733;;esterase-like activity of phytase family protein;* comp;1195311..1195386;;gta;+;446;;446;;;;;* ;1195833..1195909;;gac;2 gac;41;;41;;;;;* ;1195951..1196027;;gac;;435;*435;;;;;;* ;1196463..1196828;;cds;;;;;;122;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;;* ;1421863..1422201;;cds;;134;134;;;113;;hp;* comp;1422336..1422425;;tca;;88;88;;;;;;* comp;1422514..1422678;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1468229..1469110;;cds;;180;180;;;294;;HNH endonuclease;* comp;1469291..1469367;;atgf;;132;132;;;;;;* comp;1469500..1470450;;cds;;;;;;317;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1508458..1508883;;cds;;558;*558;;;142;;PAS domain-containing protein;* comp;1509442..1509526;;ctc;;189;189;;;;;;* ;1509716..1510447;;cds;;;;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;1531160..1531933;;cds;;447;*447;;;258;;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;* ;1532381..1532455;;gaa;;121;121;;;;;;* ;1532577..1532818;;cds;;89;89;;;81;;P-hp;* ;1532908..1532982;;gaa;;129;129;;;;;;* comp;1533112..1534920;;cds;;;;;;*603;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;;;;;;;;;;;;* ;1584509..1584763;;cds;;155;155;;;85;;GlsB/YeaQ/YmgE family stress response membrane protein;* ;1584919..1584994;;aag;;134;134;;;;;;* comp;1585129..1585575;;cds;;;;;;149;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1612420..1613898;;cds;;240;240;;;493;;trigger factor;* comp;1614139..1614221;;cta;;447;*447;;;;;;* <;1614669..1614876;;cds;;;;;;69;;P-hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1672216..1672887;;cds;;245;245;;;224;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* comp;1673133..1673206;;tgc;;240;240;;;;;;* comp;1673447..1673599;;cds;;;;;;51;;DUF3309 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1744688..1745434;;cds;;341;341;;;249;;cytochrome c biogenesis protein CcdA;* ;1745776..1745851;;aaa;;310;310;;;;;;* ;1746162..1746743;;cds;;;;;;194;;DUF1003 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1770727..1772280;;cds;;91;91;;;518;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;1772372..1772448;;cca;;265;265;;;;;;* ;1772714..1773019;;cds;;51;51;;;102;;ETC complex I subunit;* ;1773071..1773147;;aga;;7;7;;;;;;* comp;1773155..1773892;;cds;;;;;;246;;DUF429 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1902337..1902537;;cds;;184;184;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;1902722..1902797;;tgg;;241;241;;;;;;* comp;1903039..1903845;;cds;;;;;;269;;glycosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1908698..1908892;;cds;;70;70;;;65;;hp;* comp;1908963..1909036;;gga;;26;26;26;;;;;* comp;1909063..1909147;;tac;;209;209;;;;;;* ;1909357..1910244;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* ;1922447..1922800;;cds;;55;55;;;118;;hp;* comp;1922856..1922931;;aca;;207;207;;;;;;* ;1923139..1924878;;cds;;;;;;580;;GGDEF domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2079925..2080287;;cds;;156;156;;;121;;hp;* comp;2080444..2080519;;atgi;;178;178;;;;;;* ;2080698..2081441;;cds;;;;;;248;;SIMPL domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2275632..2276138;;cds;;522;*522;;;169;;winged helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;2276661..2276737;;cgg;;287;287;;;;;;* ;2277025..2277264;;cds;;;;;;80;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2388300..2388497;;cds;;87;87;;;66;;hp;* ;2388585..2388659;;ggc;;361;*361;;;;;;* ;2389021..2391024;;cds;;;;;;*668;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2490745..2491854;;cds;;535;*535;;;370;;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;* comp;2492390..2492466;;atgf;;287;;;;115;;;* comp;2492754..2492868;;5s;;242;;;;2814;;;* comp;2493111..2495924;;23s;;241;241;;;;;;* >;2496166..2496363;;cds;;146;146;;;66;;P-hp;* comp;2496510..2496585;;gca;;59;;;59;;;;* comp;2496645..2496721;;atc;;337;;;;;;;* comp;2497059..2498549;;16s;;105;105;;;1491;;;* >;2498655..2498930;;cds;;;;;;92;;P-hp;* </pre> ====agr cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_cumuls|agr cumuls]] <pre> agr cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;5;1;;;1;0;1;;100;24;1;0 ;16atcgca235;0;20;;;50;3;40;;200;30;30;1 ;Id-atgf;5;40;1;;100;12;80;;300;14;60;3 ;16s23s;0;60;1;5;150;22;120;;400;8;90;17 ;max a;3;80;;;200;17;160;;500;2;120;13 ;a doubles;0;100;;;250;18;200;;600;4;150;14 ;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;4;180;5 ;total aas;15;140;;;350;4;280;;800;1;210;1 sans ;opérons;38;160;;;400;2;320;;900;1;240;3 ;1 aa;35;180;;;450;3;360;;1000;0;270;7 ;max a;3;200;;;500;1;400;;1100;0;300;4 ;a doubles;1;;2;;;6;;;;1;;21 ;total aas;42;;4;5;;97;;0;;89;;89 total aas;;57;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;59;;213;;;;230;; ;;;variance;;0;;134;;;;209;; sans jaune;;;moyenne;33;;;172;;;;185;;137 ;;;variance;;;;76;;;;131;;71 </pre> ====agr blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_blocs|agr blocs]] <pre> agr blocs;;;;;;;;; chromoml;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa; cds;105;108;hp;105;111;hp;105;84;P-hp 16s;337;1491;;337;1491;;337;1491; atc;59;;;59;;;59;; gca;146;;;146;;;146;; cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;241;66;P-hp 23s;242;2814;;242;2814;;242;2814; 5s;257;115;;257;115;;257;115; atgf;311;;;203;;;633;; cds;;145;CoA;;64;hp;;136;membrane chromosomc;;;;;;;;; cds;105;92;P-hp;105;92;P-hp;;; 16s;337;1491;;337;1491;;;; atc;59;;;59;;;;; gca;146;;;146;;;;; cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;;; 23s;242;2814;;242;2814;;;; 5s;257;115;;287;115;;;; atgf;196;;;535;;;;; cds;;603;helicase;;370;2Fe-2S;;; ;;;;;;;;; ;;;;;;;;; CoA;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;;;;;;;; helicase;DNA helicase RecQ;;;;;;;; 2Fe-2S;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;;;;;;;; membrane;membrane protein;;;;;;;; </pre> ====agr distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_distribution|agr distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total agr;;35;;;;;35;;agr;5;;;;;;5;;agr;2;;;;;;;;agr;;;;5;;;5 </pre> ====agrc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_données_intercalaires|agrc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;agrc;fx;fc;agrc;fx40;fc40;agrc;x-;c-;cont;x;cont;x;aa ;0;0;9;3;0;9;3;-1;;57;196;220;16s tRNA;; 1;0;10;42;173;1;2;26;-2;5;0;287;240;2* 342;;atc ;0;20;36;142;2;2;20;-3;;0;120;246;tRNA 23s;; ;0;30;28;69;3;11;32;-4;6;226;217;155;2* 585;;gca ;0;40;22;56;4;6;26;-5;;1;174;195;5s tRNA;; 1;0;50;31;39;5;2;11;-6;;0;167;361;257;;atgf 1;2;60;41;42;6;6;14;-7;;2;137;202;287;;atgf 1;0;70;30;63;7;5;8;-8;3;21;56;263;tRNA tRNA;;intra ;0;80;33;53;8;0;6;-9;1;0;154;264;2* 59;;atc gca ;0;90;17;62;9;6;13;-10;;2;285;159;tRNA tRNA;; 1;1;100;21;54;10;2;17;-11;;14;166;163;41;;gac ;0;110;30;55;11;3;25;-12;;0;778;91;**;;gac ;1;120;23;65;12;5;28;-13;;3;141;176;452;;gaa 1;1;130;23;56;13;4;10;-14;1;3;247;218;**;;gaa 2;3;140;21;47;14;3;17;-15;;0;138;41;26;;gga ;1;150;32;41;15;6;13;-16;;0;311;134;**;;tac 3;2;160;16;50;16;4;13;-17;1;5;123;189;;; 1;2;170;19;43;17;1;11;-18;;0;435;129;;; 2;1;180;23;21;18;4;4;-19;3;0;584;134;;; 1;1;190;16;36;19;4;10;-20;1;2;1054;657;;; 1;1;200;17;35;20;2;11;-21;;0;132;341;;; 2;0;210;24;25;21;4;13;-22;1;1;597;265;;; 2;1;220;16;26;22;5;6;-23;1;1;447;7;;; ;0;230;18;15;23;2;8;-24;;0;155;70;;; 1;2;240;19;19;24;3;5;-25;1;0;240;209;;; 1;3;250;13;16;25;2;4;-26;;1;245;55;;; ;0;260;15;11;26;4;9;-27;;0;240;270;;; 4;0;270;12;20;27;4;7;-28;;0;310;156;;; ;0;280;11;11;28;2;4;-29;;1;91;178;;; ;3;290;10;7;29;1;6;-30;1;0;51;522;;; ;0;300;8;16;30;1;7;-31;;0;184;373;;; ;1;310;10;10;31;4;10;-32;1;1;241;;;; ;1;320;10;3;32;2;3;-33;;0;287;;;; ;0;330;5;6;33;2;9;-34;1;0;403;;;; ;0;340;10;6;34;1;8;-35;1;1;535;;;; 1;0;350;6;5;35;2;2;-36;;;CDS 16s;;;; ;0;360;5;5;36;0;9;-37;;;;689;;; 1;0;370;5;5;37;3;5;-38;;;;585;;; 1;0;380;3;7;38;3;1;-39;;;23s 5s;;;; ;0;390;4;9;39;2;3;-40;;;2* 249;;;; ;0;400;5;5;40;3;6;-41;1;1;;;;; 2;8;reste;57;34;reste;659;1023;-42;;;;;;; 31;35;total;796;1466;total;796;1466;-43;;;;;;; 29;27;diagr;730;1429;diagr;128;440;-44;;;;;;; 1;0; t30;106;384;;;;-45;1;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;;;;;; ;x;787;35;9;831;;;-49;1;;;;;; ;c;1463;345;3;1811;;;-50;;;;;;; ;;;;;2642;109;;reste;1;2;;;;; ;;;;;;2751;;total;35;345;;;;; </pre> =====agrc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_autres_intercalaires_aas|agrc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;agr-c;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;54088;56574;669;*; ;;rRNA;57244;58728;342;*;1485 ;;tRNA;59071;59147;59;*;atc ;;tRNA;59207;59282;585;*;gca ;;rRNA;59868;62674;249;*;2807 ;;rRNA;62924;63038;257;*;115 ;;tRNA;63296;63372;196;*;atgf fin;;CDS;63569;65377;;; deb;;CDS;70038;70667;131;*; ;;regulatory;70799;71023;255;*; fin;;CDS;71279;71500;;; deb;comp;CDS;99269;101146;162;*; ;comp;ncRNA;101309;101405;77;*; fin;;CDS;101483;101899;;; deb;comp;CDS;125821;127722;287;*; ;comp;tRNA;128010;128099;220;*;tcc fin;;CDS;128320;128637;;; deb;;CDS;227621;228004;240;*; ;comp;tRNA;228245;228331;120;*;ctg fin;comp;CDS;228452;228757;;; deb;;CDS;376801;378219;217;*; ;;tRNA;378437;378513;174;*;cgt fin;;CDS;378688;379500;;; deb;comp;CDS;407277;407435;167;*; ;comp;tRNA;407603;407678;137;*;acg fin;comp;CDS;407816;408778;;; deb;comp;CDS;424611;425795;42;*; ;comp;regulatory;425838;425916;73;*; deb;;CDS;425990;427087;56;*; ;;tRNA;427144;427217;154;*;ggg fin;;CDS;427372;428058;;; deb;;CDS;458659;459081;285;*; ;;tRNA;459367;459442;246;*;ttc fin;comp;CDS;459689;460033;;; deb;comp;CDS;493759;494025;155;*; ;;tRNA;494181;494255;195;*;acc fin;comp;CDS;494451;495686;;; deb;comp;CDS;564938;568684;361;*; ;;tRNA;569046;569122;166;*;cac fin;;CDS;569289;570920;;; deb;comp;CDS;763448;764356;202;*; ;;tRNA;764559;764633;263;*;caa fin;comp;CDS;764897;766630;;; deb;comp;CDS;767020;767439;264;*; ;;tRNA;767704;767780;159;*;ccg fin;comp;CDS;767940;768260;;; deb;;CDS;829597;830517;91;*; ;;regulatory;830609;830834;165;*; fin;;CDS;831000;831182;;; deb;comp;CDS;960360;960701;163;*; ;;tRNA;960865;960955;778;*;agc fin;;CDS;961734;962801;;; deb;;CDS;1095507;1096961;76;*; ;;misc_f;1097038;1097093;74;*; fin;;CDS;1097168;1098649;;; deb;;CDS;1123408;1124136;141;*; ;;tRNA;1124278;1124363;247;*;tta fin;;CDS;1124611;1127115;;; deb;;CDS;1154411;1154803;91;*; ;comp;tRNA;1154895;1154969;176;*;aac fin;;CDS;1155146;1155424;;; deb;comp;CDS;1162767;1163027;138;*; ;comp;tRNA;1163166;1163242;218;*;ccc fin;;CDS;1163461;1163997;;; deb;comp;CDS;1194859;1194999;311;*; ;comp;tRNA;1195311;1195386;41;*;gta deb;;CDS;1195428;1195709;123;*; ;;tRNA;1195833;1195909;41;*;gac ;;tRNA;1195951;1196027;435;*;gac fin;;CDS;1196463;1196828;;; deb;comp;CDS;1367095;1368234;154;*; ;comp;regulatory;1368389;1368476;124;*; fin;comp;CDS;1368601;1368786;;; deb;;CDS;1421863;1422201;134;*; ;comp;tRNA;1422336;1422425;584;*;tca fin;comp;CDS;1423010;1423237;;; deb;;CDS;1440191;1441231;40;*; ;comp;regulatory;1441272;1441350;365;*; fin;;CDS;1441716;1441916;;; deb;comp;CDS;1467928;1468236;1054;*; ;comp;tRNA;1469291;1469367;132;*;atgf fin;comp;CDS;1469500;1470450;;; deb;comp;CDS;1508458;1508844;597;*; ;comp;tRNA;1509442;1509526;189;*;ctc fin;;CDS;1509716;1510447;;; deb;;CDS;1531160;1531933;447;*; ;;tRNA;1532381;1532455;452;*;gaa ;;tRNA;1532908;1532982;129;*;gaa fin;comp;CDS;1533112;1534914;;; deb;;CDS;1584509;1584763;155;*; ;;tRNA;1584919;1584994;134;*;aag fin;comp;CDS;1585129;1585674;;; deb;comp;CDS;1600224;1600940;97;*; ;comp;regulatory;1601038;1601224;128;*; fin;comp;CDS;1601353;1602183;;; deb;comp;CDS;1612420;1613898;240;*; ;comp;tRNA;1614139;1614221;657;*;cta fin;;CDS;1614879;1615025;;; deb;comp;CDS;1672216;1672887;245;*; ;comp;tRNA;1673133;1673206;240;*;tgc fin;comp;CDS;1673447;1673599;;; deb;comp;CDS;1744688;1745434;341;*; ;;tRNA;1745776;1745851;310;*;aaa fin;;CDS;1746162;1746743;;; deb;comp;CDS;1770727;1772280;91;*; ;comp;tRNA;1772372;1772448;265;*;cca deb;;CDS;1772714;1773019;51;*; ;;tRNA;1773071;1773147;7;*;aga fin;comp;CDS;1773155;1773892;;; deb;comp;CDS;1902337;1902537;184;*; ;comp;tRNA;1902722;1902797;241;*;tgg fin;comp;CDS;1903039;1903845;;; deb;;CDS;1908698;1908892;70;*; ;comp;tRNA;1908963;1909036;26;*;gga ;comp;tRNA;1909063;1909147;209;*;tac fin;;CDS;1909357;1910244;;; deb;;CDS;1922447;1922800;55;*; ;comp;tRNA;1922856;1922931;270;*;aca fin;;CDS;1923202;1924878;;; deb;comp;CDS;1963129;1963437;141;*; ;;tmRNA;1963579;1963951;229;*; fin;;CDS;1964181;1964693;;; deb;comp;CDS;2025879;2026319;399;*; ;comp;ncRNA;2026719;2027124;56;*; fin;comp;CDS;2027181;2028371;;; deb;;CDS;2079925;2080287;156;*; ;comp;tRNA;2080444;2080519;178;*;atgi fin;;CDS;2080698;2081441;;; deb;comp;CDS;2275632;2276138;522;*; ;;tRNA;2276661;2276737;287;*;cgg fin;;CDS;2277025;2277264;;; deb;comp;CDS;2387990;2388211;373;*; ;;tRNA;2388585;2388659;403;*;ggc fin;;CDS;2389063;2391024;;; deb;comp;CDS;2490745;2491854;535;*; ;comp;tRNA;2492390;2492466;287;*;atgf ;comp;rRNA;2492754;2492868;249;*;115 ;comp;rRNA;2493118;2495924;585;*;2807 ;comp;tRNA;2496510;2496585;59;*;gca ;comp;tRNA;2496645;2496721;342;*;atc ;comp;rRNA;2497064;2498548;585;*;1485 fin;;CDS;2499134;2500084;;; deb;comp;CDS;2519640;2521463;94;*; ;comp;regulatory;2521558;2521669;180;*; fin;;CDS;2521850;2522101;;; deb;comp;CDS;2681110;2682123;37;*; ;comp;regulatory;2682161;2682271;45;*; fin;comp;CDS;2682317;2682709;;; deb;comp;CDS;2684632;2685285;90;*; ;;regulatory;2685376;2685452;82;*; fin;;CDS;2685535;2686461;;; deb;comp;CDS;2791781;2792167;154;*; ;comp;regulatory;2792322;2792537;127;*; fin;;CDS;2792665;2793282;;; </pre> ====agrl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_données_intercalaires|agrl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;agrl;fx;fc;agrl;fx40;fc40;agrl;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;46;266;296;16s tRNA;; ;0;10;21;151;1;1;25;-2;1;0;135;256;3* 342;;atc ;0;20;19;126;2;1;19;-3;0;0;318;122;tRNA 23s;; ;0;30;20;63;3;5;18;-4;9;199;197;71;3* 585;;gca ;0;40;19;34;4;4;24;-5;0;0;554;203;5s tRNA;; ;0;50;19;39;5;2;12;-6;1;0;81;;3* 257;;atgf ;0;60;20;50;6;3;8;-7;2;4;311;;tRNA tRNA;;intra ;0;70;18;56;7;1;10;-8;0;23;123;;3* 59;;atc gca 1;0;80;12;39;8;2;11;-9;0;0;152;;tRNA tRNA;; ;1;90;20;30;9;0;8;-10;1;1;633;;-;793;ggc ;0;100;20;32;10;2;16;-11;0;9;CDS 16s;;**;;atgj ;0;110;11;29;11;2;14;-12;0;0;581;714;;; ;0;120;20;30;12;4;20;-13;0;1;2136;;;; 1;1;130;13;27;13;0;20;-14;2;8;23s 5s;;;; ;1;140;15;26;14;1;10;-15;0;0;3* 249;;;; ;0;150;10;26;15;3;9;-16;0;2;;;;; ;1;160;9;21;16;2;10;-17;0;3;;;;; ;0;170;7;20;17;0;13;-18;1;0;;;;; ;0;180;16;14;18;3;15;-19;0;0;;;;; ;0;190;10;19;19;3;11;-20;0;4;;;;; ;1;200;18;17;20;1;4;-21;0;0;;;;; 1;0;210;11;17;21;4;4;-22;0;1;;;;; ;0;220;16;19;22;0;8;-23;0;4;;;;; ;0;230;7;11;23;2;7;-24;0;0;;;;; ;0;240;9;14;24;5;5;-25;0;0;;;;; ;0;250;10;9;25;2;6;-26;0;1;;;;; 1;0;260;7;9;26;1;6;-27;0;0;;;;; ;1;270;10;11;27;1;4;-28;1;0;;;;; ;0;280;3;3;28;1;5;-29;1;1;;;;; ;0;290;7;6;29;2;7;-30;0;0;;;;; 1;0;300;5;11;30;2;11;-31;1;0;;;;; ;0;310;9;5;31;4;5;-32;2;0;;;;; ;2;320;9;5;32;0;4;-33;1;0;;;;; ;0;330;6;3;33;1;1;-34;0;0;;;;; ;0;340;5;5;34;1;3;-35;0;0;;;;; ;0;350;4;1;35;0;5;-36;0;0;;;;; ;0;360;3;2;36;2;3;-37;1;0;;;;; ;0;370;3;6;37;2;8;-38;0;0;;;;; ;0;380;5;6;38;5;5;-39;1;0;;;;; ;0;390;5;2;39;0;0;-40;0;0;;;;; ;0;400;5;3;40;4;0;-41;0;0;;;;; ;2;reste;42;41;reste;419;664;-42;0;0;;;;; 5;10;total;499;1040;total;499;1040;-43;0;0;;;;; 5;8;diagr;456;997;diagr;79;374;-44;0;0;;;;; 0;0; t30;60;340;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;498;25;1;524;;;-49;0;0;;;;; ;c;1038;307;2;1347;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1871;41;;reste;0;0;;;;; ;;;;;;1912;;total;25;307;;;;; </pre> =====agrl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_autres_intercalaires_aas|agrl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;agrl;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;784904;786193;181;*; ;;regulatory;786375;786477;128;*; fin;;CDS;786606;787391;;; deb;comp;CDS;928915;929946;164;*; ;comp;regulatory;930111;930346;39;*; fin;comp;CDS;930386;931264;;0; deb;comp;CDS;1064633;1065274;296;*; ;;tRNA;1065571;1065655;266;*;ttg fin;;CDS;1065922;1066437;;0; deb;comp;CDS;1178605;1179114;256;*; ;;tRNA;1179371;1179445;793;*;ggc ;comp;tRNA;1180239;1180315;135;*;atgj fin;comp;CDS;1180451;1181647;;; deb;comp;CDS;1212291;1213553;234;*; ;comp;ncRNA;1213788;1213946;78;*; fin;comp;CDS;1214025;1214402;;; deb;comp;CDS;1320644;1321006;318;*; ;comp;tRNA;1321325;1321414;197;*;tcg fin;comp;CDS;1321612;1322493;;; deb;comp;CDS;1361929;1362942;554;*; ;comp;tRNA;1363497;1363571;81;*;gtc fin;comp;CDS;1363653;1364015;;0; deb;;CDS;1425957;1426682;561;*; ;;rRNA;1427244;1428728;342;*;1485 ;;tRNA;1429071;1429147;59;*;atc ;;tRNA;1429207;1429282;585;*;gca ;;rRNA;1429868;1432674;249;*;2807 ;;rRNA;1432924;1433038;257;*;115 ;;tRNA;1433296;1433372;311;*;atgf fin;;CDS;1433684;1434118;;; deb;;CDS;1503534;1504520;122;*; ;comp;tRNA;1504643;1504716;123;*;cag fin;comp;CDS;1504840;1505277;;0; deb;;CDS;1605356;1605856;71;*; ;comp;tRNA;1605928;1606003;152;*;gcc fin;comp;CDS;1606156;1606545;;0; deb;comp;CDS;1685461;1687407;714;*; ;;rRNA;1688122;1689606;342;*;1485 ;;tRNA;1689949;1690025;59;*;atc ;;tRNA;1690085;1690160;585;*;gca ;;rRNA;1690746;1693552;249;*;2807 ;;rRNA;1693802;1693916;257;*;115 ;;tRNA;1694174;1694250;203;*;atgf fin;comp;CDS;1694454;1694645;;; deb;;CDS;2101066;2101374;2136;*; ;;rRNA;2103511;2104995;342;*;1485 ;;tRNA;2105338;2105414;59;*;atc ;;tRNA;2105474;2105549;585;*;gca ;;rRNA;2106135;2108941;249;*;2807 ;;rRNA;2109191;2109305;257;*;115 ;;tRNA;2109563;2109639;633;*;atgf fin;;CDS;2110273;2110680;;; </pre> ===aua=== ====aua opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_opérons|aua opérons]] <pre> https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP006367.1;aua;;genome;;pau20rrn;;;;;;; 67%GC;8.8.19 Paris;16s 1;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;cdsd;protéines; Aureimonas sp. AU20;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;; pAU20rrn;;;;;;;;;;;; ;324..1028;;CDS rep;;461;;;;235;;replication initiation protein;* comp;1490..1604;;5s;@1;82;;;;115;;; comp;1687..4515;;23s;;-15;;;;2829;;; comp;4501..4851;;CDS hp;;142;;;;117;;hp; comp;4994..5069;;gca;;33;;;33;;;; comp;5103..5179;;atc;;233;;;;;;; comp;5413..6898;;16s;;1752;;;;1486;;; comp;8651..9109;;CDS hp;;;;;;153;;hp; ;;;;;;;;;;;; Chromosome;;;;;;;;;;;; comp;170900..171925;;CDS;;368;368;;;342;;; ;172294..172378;;ctg;;130;130;;;;130;; ;172509..172772;;CDS;;;;;;88;;; ;;;;;;;;;;;; comp;330094..330690;;CDS;;338;338;;;199;;; ;331029..331103;;ggc;@2;404;;*404;;;;; comp;331508..331584;;atgf;+;44;;44;;;;; comp;331629..331705;;atgf;2 atg;255;255;;;;255;; comp;331961..333217;;CDS;;;;;;419;;; ;;;;;;;;;;;; ;344949..346025;;CDS;;589;589;;;359;589;; ;346615..346704;;tcg;;609;609;;;;;; ;347314..348471;;CDS;;;;;;386;;; ;;;;;;;;;;;; comp;393335..395356;;CDS;;800;*800;;;*674;;; comp;396157..396232;;gcc;;439;439;;;;439;; comp;396672..397094;;CDS;;;;;;141;;; ;;;;;;;;;;;; ;635177..637537;;CDS;;640;640;;;*787;;; comp;638178..638253;;gcg;;182;182;;;;182;; ;638436..638738;;CDS;;;;;;101;;; ;;;;;;;;;;;; comp;924507..925466;;CDS;;529;529;;;320;;; comp;925996..926085;;tcc;;349;349;;;;349;; ;926435..926767;;CDS;;;;;;111;;; ;;;;;;;;;;;; ;1216789..1217439;;CDS;;60;60;;;217;60;; ;1217500..1217576;;agg;;68;68;;;;;; comp;1217645..1218760;;CDS;;;;;;372;;; ;;;;;;;;;;;; ;1350534..1352180;;CDS;@4;-30;*-30;;;*549;;; comp;1352151..1352227;;cgt;+;51;;51;;;;; comp;1352279..1352355;;cgt;2 cgt;169;169;;;;;; comp;1352525..1353967;;CDS;;;;;;*481;;; ;;;;;;;;;;;; ;1401921..1402442;;CDS;;142;142;;;174;142;; ;1402585..1402661;;cac;;585;585;;;;;; ;1403247..1404875;;CDS;;;;;;*543;;; ;;;;;;;;;;;; ;1544580..1546277;;CDS;;455;455;;;*566;;; comp;1546733..1546808;;ttc;@2;161;;161;;;;; ;1546970..1547044;;acc;;414;414;;;;414;; ;1547459..1549516;;CDS;;;;;;*686;;; ;;;;;;;;;;;; ;1609269..1610216;;CDS;;278;278;;;316;;; comp;1610495..1610571;;cgg;;121;121;;;;121;; comp;1610693..1611427;;CDS;;;;;;245;;; ;;;;;;;;;;;; >;1683255..1683581;;CDS;;209;209;;;109;209;; comp;1683791..1683864;;cag;;580;580;;;;;; ;1684445..1685734;;CDS;;;;;;430;;; ;;;;;;;;;;;; ;1700827..1701852;;CDS;;300;300;;;342;;; comp;1702153..1702227;;gtc;+;128;;128;;;;; comp;1702356..1702430;;gtc;3 gtc;186;;186;;;;; comp;1702617..1702691;;gtc;;68;68;;;;68;; comp;1702760..1703125;;CDS;;;;;;122;;; ;;;;;;;;;;;; ;1946715..1946936;;CDS;;6;6;;;74;6;; comp;1946943..1947018;;atgi;;105;105;;;;;; ;1947124..1947345;;CDS;;;;;;74;;; ;;;;;;;;;;;; ;1981934..1983139;;CDS;;139;139;;;402;139;; ;1983279..1983368;;agc;;825;*825;;;;;; ;1984194..1985339;;CDS;;;;;;382;;; ;;;;;;;;;;;; ;1996083..1997171;;CDS;;243;243;;;363;;; comp;1997415..1997490;;acg;;112;112;;;;112;; comp;1997603..1998583;;CDS;;;;;;327;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2263930..2264781;;CDS;;30;30;;;284;30;; comp;2264812..2264886;;gtg;;111;111;;;;;; comp;2264998..2265768;;CDS;;;;;;257;;; ;;;;;;;;;;;; ;2363764..2364786;;CDS;;18;18;;;341;18;; comp;2364805..2364879;;gaa;+;140;;140;;;;; comp;2365020..2365094;;gaa;2 gaa;69;69;;;;69;; comp;2365164..2366144;;CDS;;;;;;327;;; ;;;;;;;;;;;; ;2367774..2368247;;CDS;;105;105;;;158;;; ;2368353..2368429;;cca;@3;43;43;;;;43;; ;2368473..2368778;;CDS;;36;36;;;102;36;; ;2368815..2368890;;aga;;448;448;;;;;; ;2369339..2369929;;CDS;;;;;;197;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2401620..2402732;;CDS;;155;155;;;371;155;; comp;2402888..2402963;;aaa;;169;169;;;;;; ;2403133..2403870;;CDS;;;;;;246;;; ;;;;;;;;;;;; ;2419689..2420852;;CDS;;13;13;;;388;13;; ;2420866..2420955;;tca;;238;238;;;;;; ;2421194..2421934;;CDS;;;;;;247;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2601493..2601858;;CDS;;287;287;;;122;287;; comp;2602146..2602222;;gac;+;58;;58;;;;; comp;2602281..2602357;;gac;2 gac;270;;270;;;;; ;2602628..2602703;;gta;@2;330;330;;;;;; comp;2603034..2603312;;CDS;;;;;;93;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2608494..2609852;;CDS;;73;73;;;*453;73;; comp;2609926..2610009;;cta;;307;307;;;;;; ;2610317..2610460;;CDS;;;;;;48;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2641174..2641824;;CDS;@3;125;125;;;217;125;; comp;2641950..2642023;;tgc;;153;153;;;;;; comp <;2642177..2642443;;CDS;;296;296;;;89;;; ;2642740..2642814;;aac;;269;269;;;;269;; ;2643084..2644127;;CDS;;;;;;348;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2651145..2652935;;CDS;;239;239;;;*597;239;; ;2653175..2653259;;tta;;265;265;;;;;; ;2653525..2653725;;CDS;;;;;;67;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2749758..2750318;;CDS;;3102;*3102;;;187;;; comp;2753421..2753497;;atgf;;83;83;;;;83;; comp;2753581..2754180;;CDS;;;;;;200;;; ;;;;;;;;;;;; ;2768127..2769224;;CDS;;63;63;;;366;63;; comp;2769288..2769364;;ccg;@2;173;;173;;;;; ;2769538..2769612;;caa;;528;528;;;;;; comp;2770141..2770566;;CDS;;;;;;142;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2787112..2788920;;CDS;;217;217;;;*603;217;; comp;2789138..2789214;;ccc;;265;265;;;;;; comp;2789480..2790022;;CDS;;;;;;181;;; ;;;;;;;;;;;; ;2927857..2928789;;CDS;;136;136;;;311;136;; comp;2928926..2929010;;ctc;+;132;;132;;;;; comp;2929143..2929227;;ctc;2 ctc;175;175;;;;;; ;2929403..2930164;;CDS;;;;;;254;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2971057..2971257;;CDS;;130;130;;;67;;; comp;2971388..2971463;;tgg;;53;53;;;;53;; comp;2971517..2972374;;CDS;;;;;;286;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2973322..2974497;;CDS;;291;291;;;392;;; comp;2974789..2974862;;gga;;24;;24;;;;; comp;2974887..2974971;;tac;;259;259;;;;259;; ;2975231..2976097;;CDS;;;;;;289;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2979955..2981049;;CDS;;221;221;;;365;;; ;2981271..2981346;;aca;;55;55;;;;55;; comp;2981402..2981752;;CDS;;;;;;117;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3063743..3064045;;CDS;;106;106;;;101;106;; comp;3064152..3064227;;aag;;147;147;;;;;; comp;3064375..3064803;;CDS;;;;;;143;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3194307..3194906;;CDS;;249;249;;;200;;; ;3195156..3195232;;atgj;;173;173;;;;173;; ;3195406..3196356;;CDS;;;;;;317;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3206006..3206455;;CDS;;743;*743;;;150;;; comp;3207199..3207273;;gag;;50;50;;;;50;; comp;3207324..3207689;;CDS;;;;;;122;;; ;;;;;;;;;;;; ;3398165..3399901;;CDS;;554;554;;;*579;;; ;3400456..3400530;;aac;;115;115;;;;115;; ;3400646..3400924;;CDS;;;;;;93;;; ;;;;;;;;;;;; ;3401737..3403497;;CDS;;227;227;;;*587;;; comp;3403725..3403799;;ggc;;208;;208;;;;; comp;3404008..3404082;;ggg;;74;74;;;;74;; comp;3404157..3404819;;CDS;;;;;;221;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3597872..3598414;;CDS;;370;370;;;181;;; ;3598785..3598869;;ttg;;151;151;;;;151;; comp;3599021..3599251;;CDS;;;;;;77;;; </pre> ====aua cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_cumuls|aua cumuls]] <pre> aua cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;1;1;0;-;1;1;1;0;100;10;1;0 ;16 aas 23 5s ;0;20;0;;50;7;40;7;200;22;30;0 ;16 atc gca hp;1;40;1;;100;10;80;9;300;11;60;1 ;16 cds 23 5s ;0;60;3;;150;14;120;9;400;20;90;7 ;max a;2;80;0;;200;8;160;4;500;5;120;8 ;a doubles;0;100;0;;250;8;200;3;600;6;150;7 ;spéciaux;0;120;0;;300;10;240;4;700;3;180;2 ;total aas;2;140;3;;350;4;280;1;800;1;210;7 sans ;opérons;38;160;0;;400;2;320;0;900;0;240;3 ;1 aa;26;180;2;;450;3;360;2;1000;0;270;5 ;max a;3;200;1;;500;1;400;0;1100;0;300;3 ;a doubles;6;;3;;;12;;1;;0;;35 ;total aas;53;;13;0;;80;;40;;78;;78 total aas;;55;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;131;;;226;;153;;235;;158 ;;;variance;75;;;165;;128;;125;;69 </pre> ====aua blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_blocs|aua blocs]] <pre> CDS ;1752;153;hp 16s;233;1486; atc;33;; gca;142;; CDS;-15;117;hp 23s;82;2829; 5s;461;115; CDS ;;235;replication initiation protein </pre> ====aua distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_distribution|aua distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;aua;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;ctc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;gtc3;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;2;agc;1;gac2;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;;gaa2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;cgt2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;2;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;atgf2;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total aua;;30;;;;;30;;aua;10;;;;;;10;;aua;13;;;;;;13 </pre> ====aua données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_données_intercalaires|aua données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;aua;fx;fc;aua;fx40;fc40;aua;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;3;0;0;3;0;-1;0;87;130;368;16s tRNA;; 1;0;10;50;230;1;1;32;-2;1;0;255;338;233;;atc 1;2;20;38;127;2;1;24;-3;0;0;589;640;tRNA 23s;; ;2;30;38;96;3;9;36;-4;14;345;660;182;478;;gca ;1;40;23;58;4;8;33;-5;0;1;812;349;tRNA tRNA;;intra ;2;50;29;57;5;2;32;-6;1;0;439;68;33;;atc gca 1;2;60;48;59;6;11;13;-7;1;0;529;-30;tRNA tRNA;; 2;2;70;41;77;7;3;11;-8;3;27;60;455;-;404;ggc ;3;80;33;80;8;3;17;-9;0;1;169;278;44;;atgf ;1;90;39;71;9;10;12;-10;0;2;142;209;**;;atgf ;0;100;35;71;10;2;20;-11;0;16;175;580;51;;cgt ;2;110;24;63;11;3;22;-12;1;0;414;300;**;;cgt ;2;120;25;52;12;4;31;-13;1;5;121;6;-;161;ttc 1;4;130;21;63;13;3;12;-14;2;4;68;126;**;;acc 1;1;140;23;57;14;0;13;-15;0;1;139;234;128;;gtc ;2;150;31;69;15;7;8;-16;1;1;112;243;186;;gtc 1;1;160;19;44;16;1;5;-17;0;4;30;18;**;;gtc 1;2;170;21;37;17;3;14;-18;2;0;111;177;140;;gaa 2;2;180;18;35;18;4;6;-19;0;3;69;169;**;;gaa 1;0;190;23;34;19;11;6;-20;1;6;105;330;58;;gac ;0;200;30;32;20;2;10;-21;0;0;43;307;-;270;gac 1;0;210;29;33;21;8;9;-22;0;0;36;296;**;;gta ;0;220;20;35;22;3;15;-23;3;1;170;239;-;173;ccg 2;0;230;21;26;23;3;11;-24;0;0;13;63;**;;caa 2;0;240;22;25;24;5;7;-25;2;0;277;528;132;;ctc 2;0;250;11;26;25;2;13;-26;1;2;287;136;**;;ctc 1;1;260;14;23;26;2;12;-27;1;0;76;175;24;;gga ;3;270;23;19;27;5;10;-28;1;0;125;259;**;;tac 1;1;280;13;10;28;6;5;-29;1;3;72;221;208;;ggc ;1;290;13;19;29;0;8;-30;0;0;269;55;**;;ggg 2;1;300;15;9;30;4;6;-31;1;0;265;249;;; 1;0;310;13;14;31;2;8;-32;1;0;24;311;;; 1;0;320;13;12;32;2;9;-33;0;0;83;227;;; 1;0;330;9;10;33;4;4;-34;0;0;16;370;;; 1;0;340;9;6;34;1;6;-35;0;1;265;151;;; 1;0;350;11;6;35;1;6;-36;1;0;130;;;; ;0;360;8;8;36;5;1;-37;0;0;53;;;; 2;0;370;6;5;37;3;2;-38;1;0;291;;;; ;0;380;7;5;38;1;7;-39;0;0;106;;;; ;0;390;4;7;39;3;6;-40;1;0;147;;;; ;0;400;5;1;40;1;9;-41;0;1;173;;;; 4;7;reste;97;92;reste;823;1292;-42;0;0;743;;;; 35;45;total;975;1803;total;975;1803;-43;0;1;50;;;; 30;38;diagr;875;1711;diagr;149;511;-44;0;0;154;;;; 2;4; t30;126;453;;;;-45;0;0;74;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;CDS 16s;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;1752;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;23s 5s;;;; ;x;972;55;3;1030;;;-49;1;0;82;;;; ;c;1803;523;0;2326;;;-50;1;0;5s CDS;;;; ;;;;;3356;117;;reste;9;10;-;461;;; ;;;;;;3473;;total;55;523;;;;; </pre> =====aua autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_autres_intercalaires_aas|aua autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement <pre> autres intercalaires ;;aua;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;157474;158811;438;*; ;;regulatory;159250;159351;138;*; fin;;CDS;159490;160275;;; deb;comp;CDS;170900;171925;368;*; ;;tRNA;172294;172378;130;*;ctg fin;;CDS;172509;172772;;; deb;comp;CDS;330094;330690;338;*; ;;tRNA;331029;331103;404;*;ggc ;comp;tRNA;331508;331584;44;*;atgf ;comp;tRNA;331629;331705;255;*;atgf fin;comp;CDS;331961;333217;;0; deb;;CDS;344949;346025;589;*; ;;tRNA;346615;346704;660;*;tcg fin;;CDS;347365;348471;;0; deb;comp;CDS;393335;395344;812;*; ;comp;tRNA;396157;396232;439;*;gcc fin;comp;CDS;396672;397094;;0; deb;;CDS;636089;637537;640;*; ;comp;tRNA;638178;638253;182;*;gcg fin;;CDS;638436;638738;;; deb;;CDS;680871;681065;46;*; ;;regulatory;681112;681214;62;*; fin;;CDS;681277;683100;;; deb;comp;CDS;762422;762607;31;*; ;comp;regulatory;762639;762877;116;*; fin;comp;CDS;762994;763371;;; deb;;CDS;894578;894772;102;*; ;;regulatory;894875;895098;119;*; fin;;CDS;895218;896204;;; deb;comp;CDS;924507;925466;529;*; ;comp;tRNA;925996;926085;349;*;tcc fin;;CDS;926435;926767;;; deb;comp;CDS;973959;974375;30;*; ;;ncRNA;974406;974502;208;*; fin;comp;CDS;974711;975313;;0; deb;comp;CDS;1215259;1216272;45;*; ;comp;regulatory;1216318;1216420;368;*; deb;;CDS;1216789;1217439;60;*; ;;tRNA;1217500;1217576;68;*;agg fin;comp;CDS;1217645;1218760;;; deb;;CDS;1350534;1352180;-30;*; ;comp;tRNA;1352151;1352227;51;*;cgt ;comp;tRNA;1352279;1352355;169;*;cgt fin;comp;CDS;1352525;1353967;;0; deb;;CDS;1401921;1402442;142;*; ;;tRNA;1402585;1402661;175;*;cac fin;;CDS;1402837;1402989;;; deb;;CDS;1544580;1546277;455;*; ;comp;tRNA;1546733;1546808;161;*;ttc ;;tRNA;1546970;1547044;414;*;acc fin;;CDS;1547459;1549516;;0; deb;;CDS;1609269;1610216;278;*; ;comp;tRNA;1610495;1610571;121;*;cgg fin;comp;CDS;1610693;1611427;;; deb;;CDS;1619798;1621321;102;*; ;;regulatory;1621424;1621513;147;*; fin;;CDS;1621661;1622968;;; deb;;CDS;1683255;1683581;209;*; ;comp;tRNA;1683791;1683864;580;*;cag fin;;CDS;1684445;1685734;;; deb;;CDS;1700827;1701852;300;*; ;comp;tRNA;1702153;1702227;128;*;gtc ;comp;tRNA;1702356;1702430;186;*;gtc ;comp;tRNA;1702617;1702691;68;*;gtc fin;comp;CDS;1702760;1703125;;0; deb;;CDS;1946715;1946936;6;*; ;comp;tRNA;1946943;1947018;126;*;atgi fin;;CDS;1947145;1947345;;0; deb;;CDS;1981934;1983139;139;*; ;;tRNA;1983279;1983368;234;*;agc fin;comp;CDS;1983603;1984061;;0; deb;;CDS;1996083;1997171;243;*; ;comp;tRNA;1997415;1997490;112;*;acg fin;comp;CDS;1997603;1998583;;0; deb;;CDS;2082120;2083970;0;*; ;;regulatory;2083971;2084083;157;*; fin;;CDS;2084241;2085203;;; deb;comp;CDS;2263930;2264781;30;*; ;comp;tRNA;2264812;2264886;111;*;gtg fin;comp;CDS;2264998;2265768;;0; deb;;CDS;2363764;2364786;18;*; ;comp;tRNA;2364805;2364879;140;*;gaa ;comp;tRNA;2365020;2365094;69;*;gaa fin;comp;CDS;2365164;2366240;;; deb;;CDS;2367774;2368247;105;*; ;;tRNA;2368353;2368429;43;*;cca deb;;CDS;2368473;2368778;36;*; ;;tRNA;2368815;2368890;177;*;aga fin;comp;CDS;2369068;2369220;;0; deb;comp;CDS;2401620;2402717;170;*; ;comp;tRNA;2402888;2402963;169;*;aaa fin;;CDS;2403133;2403870;;; deb;;CDS;2419602;2420852;13;*; ;;tRNA;2420866;2420955;277;*;tca fin;;CDS;2421233;2421934;;; deb;comp;CDS;2601493;2601858;287;*; ;comp;tRNA;2602146;2602222;58;*;gac ;comp;tRNA;2602281;2602357;270;*;gac ;;tRNA;2602628;2602703;330;*;gta fin;comp;CDS;2603034;2603312;;; deb;comp;CDS;2608494;2609849;76;*; ;comp;tRNA;2609926;2610009;307;*;cta fin;;CDS;2610317;2610460;;; deb;comp;CDS;2641174;2641824;125;*; ;comp;tRNA;2641950;2642023;72;*;tgc deb;comp;CDS;2642096;2642443;296;*; ;;tRNA;2642740;2642814;269;*;aac fin;;CDS;2643084;2644127;;; deb;comp;CDS;2651145;2652935;239;*; ;;tRNA;2653175;2653259;265;*;tta fin;;CDS;2653525;2653725;;0; deb;comp;CDS;2753154;2753396;24;*; ;comp;tRNA;2753421;2753497;83;*;atgf fin;comp;CDS;2753581;2754180;;; deb;;CDS;2768127;2769224;63;*; ;comp;tRNA;2769288;2769364;173;*;ccg ;;tRNA;2769538;2769612;528;*;caa fin;comp;CDS;2770141;2770566;;0; deb;comp;CDS;2787112;2789121;16;*; ;comp;tRNA;2789138;2789214;265;*;ccc fin;comp;CDS;2789480;2790022;;; deb;;CDS;2927857;2928789;136;*; ;comp;tRNA;2928926;2929010;132;*;ctc ;comp;tRNA;2929143;2929227;175;*;ctc fin;;CDS;2929403;2930164;;; deb;comp;CDS;2971057;2971257;130;*; ;comp;tRNA;2971388;2971463;53;*;tgg fin;comp;CDS;2971517;2972374;;; deb;comp;CDS;2973322;2974497;291;*; ;comp;tRNA;2974789;2974862;24;*;gga ;comp;tRNA;2974887;2974971;259;*;tac fin;;CDS;2975231;2976097;;0; deb;comp;CDS;2979955;2981049;221;*; ;;tRNA;2981271;2981346;55;*;aca fin;comp;CDS;2981402;2981752;;; deb;comp;CDS;3063743;3064045;106;*; ;comp;tRNA;3064152;3064227;147;*;aag fin;comp;CDS;3064375;3064803;;; deb;;CDS;3082739;3084151;84;*; ;;tmRNA;3084236;3084602;54;*; fin;;CDS;3084657;3085265;;; deb;comp;CDS;3194307;3194906;249;*; ;;tRNA;3195156;3195232;173;*;atgj fin;;CDS;3195406;3196356;;0; deb;comp;CDS;3206006;3206455;743;*; ;comp;tRNA;3207199;3207273;50;*;gag fin;comp;CDS;3207324;3207689;;1; deb;;CDS;3243122;3243553;99;*; ;comp;ncRNA;3243653;3243811;80;*; fin;comp;CDS;3243892;3244527;;; deb;comp;CDS;3301324;3301785;705;*; ;comp;ncRNA;3302491;3302881;111;*; fin;comp;CDS;3302993;3303622;;; deb;comp;CDS;3399971;3400144;311;*; ;;tRNA;3400456;3400530;154;*;aac fin;;CDS;3400685;3400924;;; deb;;CDS;3401737;3403497;227;*; ;comp;tRNA;3403725;3403799;208;*;ggc ;comp;tRNA;3404008;3404082;74;*;ggg fin;comp;CDS;3404157;3404834;;; deb;comp;CDS;3404854;3405936;125;*; ;;regulatory;3406062;3406139;56;*; fin;;CDS;3406196;3407389;;; deb;comp;CDS;3597872;3598414;370;*; ;;tRNA;3598785;3598869;151;*;ttg fin;comp;CDS;3599021;3599251;;0; </pre> ===alpha synthèse=== ====alpha distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_génome|alpha distribution par génome]] <pre> alpha8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total rtb;8;25;;;;0;;;33 rpm;7;30;;;;8;42;5;92 rru;4;36;;;;8;4;3;55 oan;6;41;;;;8;;4;59 abq;20;38;;;;16;10;3;87 abs;20;39;;;;8;10;3;80 agr;5;35;;;;10;2;5;57 aua;10;30;;;;2;13;;55 ;;;;;;;;; total;80;274;0;0;0;60;81;23;518 </pre> ====alpha distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_du_total|alpha distribution du total]] <pre> alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;83 atgi;9;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;33;acc;0;aac;;agc; ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;;gcc;;gac;0;ggc; tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;0;taa;;tga; ata;;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;8;cca;9;caa;8;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;;gca;27;gaa;;gga; ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;0 atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;161;274;0;0;0;0;435;;1-3aas;;;;23;;60;83 </pre> ====alpha distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_type|alpha distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;274;;alpha8;;;;;;;80;;alpha8;;;;;;;81;;alpha6;;;;;;; atgi;9;tct;0;tat;0;atgf;7;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23 att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;8;tcc;8;tac;2;tgc;4;;ttc;1;tcc;;tac;8;tgc;4;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;;acc;5;aac;5;agc;8;;atc;1;acc;3;aac;7;agc;;;atc;;acc;5;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;9;ccc;8;cac;7;cgt;8;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;4;cgt;5;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;8;gcc;5;gac;1;ggc;11;;gtc;2;gcc;5;gac;10;ggc;7;;gtc;3;gcc;6;gac;6;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;8;tca;8;taa;0;tga;1;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;0;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;8;aaa;9;aga;8;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;8;cca;9;caa;8;cga;0;;cta;8;cca;8;caa;6;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;4;gca;1;gaa;6;gga;;;gta;3;gca;1;gaa;2;gga;8;;gta;;gca;;gaa;4;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;7;tcg;7;tag;0;tgg;10;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;7;acg;8;aag;4;agg;6;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;6;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;6;ccg;3;cag;6;cgg;7;;ctg;4;ccg;1;cag;2;cgg;1;;ctg;5;ccg;6;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;3;gcg;4;gag;5;ggg;6;;gtg;;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;6;gcg;3;gag;4;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha 6;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;23;;; </pre> ====alpha par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_par_rapport_au_groupe_de_référence|alpha par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;90;14;38;;;;142; 16;moyen;103;15;16;;;60;134; 14;fort;81;51;27;;23;;182; ; ;274;80;81;;23;60;518; 10;g+cga;46;6;27;;;;79; 2;agg+cgg;13;1;;;;;14; 4;carre ccc;30;7;11;;;;48; 5;autres;1;;;;;;1; ;;90;14;38;;;;142; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;174;27;73;;;;274;26 16;moyen;199;29;31;;;116;259;324 14;fort;156;98;52;;44;;351;650 ;;529;154;156;;44;116;518;729 10;g+cga;89;12;52;;;;153;10 2;agg+cgg;25;2;0;;;;27; 4;carre ccc;58;14;21;;;;93;16 5;autres;2;0;0;;;;2; ;;174;27;73;;;;274; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;207;32;87;326;26;33;18;47 16;moyen;237;34;37;308;324;38;19;20 14;fort;186;117;62;366;650;30;64;33 ;;630;184;186;435;729;274;80;81 10;g+cga;106;14;62;182;10;51;;71 2;agg+cgg;30;2;0;32;;14;; 4;carre ccc;69;16;25;110;16;33;;29 5;autres;2;0;0;2;;1;; ;;207;32;87;326;;90;;38 </pre> ====alpha, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha,_estimation_des_-rRNAs|alpha, estimation des -rRNAs]] <pre> alpha;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 70 génomes total avec rRNA;;;;alpha8;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;70;525; ; ;;indices;;;;70;750;0;0;;alpha8;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;435 atgi;;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;;tct;;tat;;atgf;206;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8 atc;189;acc;;aac;;agc;;;atc;270;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;13;aac;14;agc;8 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;9;aaa;10;aga;8 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;9;caa;8;cga; gta;;gca;191;gaa;;gga;;;gta;;gca;273;gaa;;gga;;;gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6 ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1.4;;ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7 ;;380;;144;;1;525;;;;543;;206;;1;750;;;;134;;159;;142;435 27.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;30.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;16935;0.6;0.3;;indices;sans +16s;;;347;16935;0,6;0,3;;alpha8;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;30;;atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;236;;atgi;113;tct;;tat;;atgf;88 att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;163;tcc;100;tac;125;tgc;100 atc;-1;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;269;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;13;acc;163;aac;175;agc;100 ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;138;ccc;100;cac;138;cgt;163 gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;163;gcc;200;gac;213;ggc;275 tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;100;tca;100;taa;;tga;13 ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;113;aaa;125;aga;100 cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;100;cca;113;caa;100;cga; gta;105;gca;-2;gaa;141;gga;104;;gta;105;gca;271;gaa;141;gga;104;;gta;88;gca;25;gaa;150;gga;100 ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;88;tcg;88;tag;;tgg;125 atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;125;acg;100;aag;125;agg;75 ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;106;;ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;107;;ctg;188;ccg;125;cag;125;cgg;100 gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;113;gcg;113;gag;113;ggg;88 ;;1421;;1529;;1241;4191;;;;1964;;1735;;1242;4941;;;;1675;;1988;;1775;5438 rapports;;72;;88;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;alpha8;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;13;;fiches;45.571;;;fréquences;;;;;atgi;6;tct;;tat;100;atgf;66 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;3190;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;525;;;10;18;;;;ctt;100;cct;100;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;70;;;20;9;;;;gtt;;gct;;gat;100;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;33;tcc;1;tac;17;tgc;5 atc;0;acc;100;aac;100;agc;100;;alpha8;54.375;;;40;6;;;;atc;108;acc;34;aac;37;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;435;;;50;4;39;;;ctc;16;ccc;18;cac;26;cgt;31 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;205;;;60;4;;;;gtc;35;gcc;52;gac;29;ggc;52 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;1;;;;tta;6;tca;2;taa;100;tga;20 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;5;aaa;15;aga;3 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par alpha8;;;;90;0;;;;cta;3;cca;8;caa;12;cga;100 gta;100;gca;-1;gaa;100;gga;100;;est 19 % au dessus;;;;100;2;;;;gta;17;gca;107;gaa;6;gga;4 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;2;;;;ttg;4;tcg;2;tag;100;tgg;18 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;70;;100;;;48;;;;atgj;7;acg;9;aag;36;agg;0 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;99;;atc;189;269;;;;;;;ctg;52;ccg;43;cag;48;cgg;5 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;gca;191;271;;;;;;;gtg;48;gcg;48;gag;52;ggg;20 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;178;;330;;451;959 </pre> ===cvi=== ====cvi opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_opérons|cvi opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Chro_viol_ATCC_12472/chroViol-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_005085.1;cvi;genome;;; 65%GC;30.6.19 Paris;16s 8;98;doubles;intercalaires ;Chromobacterium violaceum ATCC 12472;;;; ;421217..422762;;16s;@1;179 ;422942..423018;;atc;;86 ;423105..423180;;gca;;249 ;423430..426324;;23s;;125 ;426450..426564;;5s;; ;;;;; ;502182..503727;;16s;;79 ;503807..503883;;atc;;12 ;503896..503971;;gca;;250 ;504222..507116;;23s;;122 ;507239..507353;;5s;; ;;;;; comp;682034..682118;;ttg;; ;;;;; ;759824..759908;;tac;; ;;;;; comp;878775..878849;;agg;; ;;;;; ;955155..955230;;gcg;; ;;;;; ;975612..975696;;ctc;; ;;;;; ;1006822..1006897;;ttc;+;6 ;1006904..1006979;;ttc;2 ttc; ;;;;; ;1058518..1058611;;agc;;6 ;1058618..1058694;;cgt;;3 ;1058698..1058772;;gaa;; ;;;;; comp;1061741..1061815;;gaa;+;3 comp;1061819..1061895;;cgt;2 gaa;7 comp;1061903..1061977;;gaa;2cgt;5 comp;1061983..1062059;;cgt;; ;;;;; ;1154020..1155565;;16s;;179 ;1155745..1155821;;atc;;86 ;1155908..1155983;;gca;;250 ;1156234..1159128;;23s;;122 ;1159251..1159365;;5s;; ;;;;; comp;1263556..1263645;;tcg;; ;;;;; ;1273710..1273786;;atgf;; ;;;;; ;1377435..1377510;;ggc;+;23 ;1377534..1377609;;ggc;5 ggc;22 ;1377632..1377707;;ggc;;24 ;1377732..1377807;;ggc;;29 ;1377837..1377912;;ggc;;45 ;1377958..1378031;;tgc;; ;;;;; ;1387010..1387094;;tta;; ;;;;; ;1420085..1420161;;gtc;; ;;;;; ;1427771..1427847;;ccc;; ;;;;; comp;1433244..1433319;;aac;+;32 comp;1433352..1433427;;aac;3 aac;31 comp;1433459..1433534;;aac;; ;;;;; ;1646821..1648366;;16s;;179 ;1648546..1648622;;atc;;86 ;1648709..1648784;;gca;;249 ;1649034..1651928;;23s;;122 ;1652051..1652165;;5s;;89 ;1652255..1652369;;5s;; ;;;;; ;1746117..1746207;;tcc;+;53 ;1746261..1746351;;tcc;2 tcc; ;;;;; ;1978844..1978919;;aac;; ;;;;; comp;2094372..2094447;;cac;+;26 comp;2094474..2094549;;cac;3 cac;45 comp;2094595..2094670;;cac;;27 comp;2094698..2094774;;aga;;18 comp;2094793..2094869;;cca;; ;;;;; comp;2511625..2511712;;tca;; ;;;;; comp;2747299..2747375;;gac;;7 comp;2747383..2747458;;gta;; ;;;;; ;2853221..2853305;;cta;; ;;;;; ;3187082..3187157;;aca;; ;;;;; ;3257362..3257437;;gcc;; ;;;;; ;3262246..3262321;;gcc;+;8 ;3262330..3262405;;gaa;2 gcc;11 ;3262417..3262492;;gcc;; ;;;;; comp;3371478..3371592;;5s;;122 comp;3371715..3374609;;23s;;250 comp;3374860..3374935;;gca;;12 comp;3374948..3375024;;atc;;79 comp;3375104..3376649;;16s;; ;;;;; ;3472822..3472897;;gta;+;12 ;3472910..3472986;;gac;5 gta;26 ;3473013..3473088;;gta;6 gac;12 ;3473101..3473177;;gac;1gtg;26 ;3473204..3473279;;gta;;12 ;3473292..3473368;;gac;;26 ;3473395..3473470;;gta;;12 ;3473483..3473559;;gac;;27 ;3473587..3473663;;gtg;;6 ;3473670..3473746;;gac;;27 ;3473774..3473850;;gtg;;6 ;3473857..3473933;;gac;; ;;;;; ;3622292..3622365;;ggg;; ;;;;; comp;3820120..3820234;;5s;;122 comp;3820357..3823251;;23s;;249 comp;3823501..3823576;;gca;;86 comp;3823663..3823739;;atc;;179 comp;3823919..3825464;;16s;; ;;;;; ;3828836..3828922;;ctg;+;51 ;3828974..3829060;;ctg;4 ctg;33 ;3829094..3829180;;ctg;;57 ;3829238..3829324;;ctg;; ;;;;; ;3854547..3854622;;caa;@2;*557 ;3855180..3855255;;acg;;61 ;3855317..3855393;;ccg;+;78 ;3855472..3855548;;ccg;2 ccg; ;;;;; comp;4059834..4059912;;atgi;; ;;;;; comp;4244591..4244705;;5s;;122 comp;4244828..4247722;;23s;;249 comp;4247972..4248047;;gca;;86 comp;4248134..4248210;;atc;;179 comp;4248390..4249935;;16s;; ;;;;; comp;4325718..4325794;;atgf;; ;;;;; comp;4389268..4389342;;caa;; ;;;;; ;4402077..4402153;;cgg;; ;;;;; comp;4434130..4434244;;5s;;122 comp;4434367..4437261;;23s;;249 comp;4437511..4437586;;gca;;86 comp;4437673..4437749;;atc;;179 comp;4437929..4439474;;16s;; ;;;;; ;4474196..4474272;;atg;+;35 ;4474308..4474384;;atg;2 atg; ;;;;; comp;4529616..4529690;;acc;; ;;;;; comp;4532053..4532128;;tgg;; ;;;;; comp;4533370..4533444;;acc;;24 comp;4533469..4533542;;gga;;52 comp;4533595..4533679;;tac;; ;;;;; comp;4586712..4586787;;aaa;+;38 comp;4586826..4586901;;aag;3 aaa;35 comp;4586937..4587012;;aaa;2 aag;28 comp;4587041..4587116;;aag;;37 comp;4587154..4587229;;aaa;; </pre> ====cvi cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_cumuls|cvi cumuls]] <pre> cvi cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;8;1;0;- ;16 23 5s 0;0;20;16;2 ;16 atc gca;8;40;20; ;16 23 5s a;0;60;6; ;max a;2;80;2; ;a doubles;0;100;0;6 ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;16;140;0; sans ;opérons;37;160;0; ;1 aa;22;180;0; ;max a;12;200;0; ;a doubles;12;;1; ;total aas;82;;45;8 total aas;;98;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;; ;;;variance;; sans jaune;;;moyenne;26;86 ;;;variance;18;0 </pre> ====cvi blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_blocs|cvi blocs]] <pre> cvi blocs;;;;;; 16s;179;1546;79;1546;179;1546 atc;86;;12;;86; gca;249;;250;;250; 23s;125;2895;122;2895;122;2895 5s;;115;;115;;115 ;;;;;; ;;;;;; 5s;122;115;122;115;122;115 23s;250;2895;249;2895;249;2895 gca;12;;86;;86; atc;79;;179;;179; 16s;;1546;;1546;;1546 ;;;;;; 16s;179;1546;;5s;122;115 atc;86;;;23s;249;2895 gca;249;;;gca;86; 23s;122;2895;;atc;179; 5s;89;115;;16s;;1546 5s;;115;;;; </pre> ====cvi distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_distribution|cvi distribution]] <pre> beta1;;;;;;;82;;beta1;;;;;;;22;;beta1;;;;;;;37;;beta1;;;;;;;23 atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc; atc;0;acc;1;aac;4;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;3;agc; ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt; gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;7;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5 tta;1;tca;1;taa;0;tga;0;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;0;aca;1;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;2;cga;0;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;6;gca;0;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;4;ccg;2;cag;0;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg; gtg;1;gcg;2;gag;0;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cvi données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_données_intercalaires|cvi données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cvi;fx;fc;cvi;fx40;fc40;cvi;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa 0;0;0;5;10;0;5;10;-1;0;118;177;152;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;suite 0;2;10;62;334;1;7;58;-2;3;0;58;57;447;506;;7;;gac 0;3;20;33;245;2;3;44;-3;0;0;858;110;370;450;;**;;gta 0;2;30;18;120;3;10;42;-4;22;375;19;46;439;391;;8;;gcc 0;1;40;17;116;4;6;30;-5;0;0;49;190;439;;;11;;gaa 2;3;50;43;99;5;2;25;-6;2;0;329;180;437;;;**;;gcc 1;4;60;71;107;6;8;13;-7;2;10;19;425;23s 5s;;;12;;gta 2;2;70;92;154;7;6;18;-8;0;56;91;707;127;;;26;;gac 1;1;80;56;140;8;5;13;-9;1;0;155;136;7* 124;;;12;;gta 0;3;90;32;83;9;8;41;-10;0;6;51;211;5s CDS;;;26;;gac 1;4;100;52;95;10;7;50;-11;4;31;62;66;280;137;;12;;gta 2;1;110;35;82;11;2;42;-12;1;0;173;225;189;154;;26;;gac 0;1;120;44;73;12;6;26;-13;2;10;120;182;415;101;;12;;gta 0;3;130;43;84;13;4;35;-14;0;21;435;70;213;206;;27;;gac 2;1;140;32;60;14;3;25;-15;0;0;101;49;5s 5s;;;6;;gta 0;0;150;20;51;15;4;21;-16;0;4;183;205;89;;;27;;gac 2;2;160;32;49;16;5;28;-17;3;16;182;151;16s tRNA;;;6;;gtg 0;2;170;22;50;17;0;19;-18;0;0;30;303;6* 182;;atc;**;;gac 1;3;180;20;43;18;3;17;-19;2;3;204;106;2* 82;;atc;51;;ctg 2;2;190;28;39;19;5;18;-20;1;12;98;212;tRNA 23s;;;33;;ctg 0;1;200;36;30;20;1;14;-21;1;0;59;73;3* 254;;gca;57;;ctg 1;2;210;23;35;21;1;16;-22;1;1;360;651;5* 253;;gca;**;;ctg 2;0;220;12;26;22;2;13;-23;1;4;25;97;tRNA tRNA;;intra;61;;acg 1;1;230;17;25;23;1;7;-24;1;0;15;137;6* 86;;atc gca;78;;ccg 0;0;240;23;14;24;3;18;-25;1;2;93;265;2* 12;;atc gca;;;ccg 0;0;250;11;11;25;1;10;-26;0;3;230;;tRNA tRNA;;;35;;atgj 0;0;260;16;13;26;2;13;-27;0;0;130;;6;;ttc;**;;atgj 1;0;270;16;21;27;3;7;-28;1;0;46;;**;;ttc;24;;acc 0;0;280;17;14;28;2;12;-29;1;2;71;;6;;agc;52;;gga 0;0;290;17;11;29;2;13;-30;0;0;48;;3;;cgt;**;;tac 0;0;300;7;15;30;1;11;-31;3;1;411;;**;;gaa;38;;aaa 1;0;310;12;9;31;1;17;-32;2;0;163;;3;;gaa;35;;aag 0;0;320;6;14;32;0;12;-33;0;0;170;;7;;cgt;28;;aaa 0;1;330;2;9;33;4;13;-34;0;0;55;;5;;gaa;37;;aag 0;0;340;10;9;34;0;11;-35;2;1;770;;**;;cgt;**;;aaa 0;0;350;6;5;35;1;9;-36;0;0;201;;23;;ggc;;; 0;1;360;6;5;36;1;11;-37;1;0;92;;22;;ggc;;; 0;0;370;7;11;37;5;9;-38;0;2;747;;24;;ggc;;; 0;0;380;4;6;38;1;9;-39;0;0;151;;29;;ggc;;; 0;0;390;3;7;39;3;10;-40;0;1;89;;45;;ggc;;; 0;0;400;5;6;40;1;15;-41;2;1;6;;**;;tgc;;; 3;5;reste;89;94;reste;967;1599;-42;0;0;87;;32;;aac;;; 25;51;total;1102;2424;total;1102;2424;-43;1;0;125;;31;;aac;;; 22;46;diagr;1008;2320;diagr;130;815;-44;0;3;86;;**;;aac;;; 0;7; t30;113;699;;;;-45;0;0;179;;53;;tcc;;; ;;;;;;;;-46;0;0;64;;**;;tcc;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;10;;26;;cac;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;40;;45;;cac;;; ;x;1097;69;5;1171;;;-49;1;0;139;;27;;cac;;; ;c;2414;687;10;3111;;;-50;1;0;194;;18;;aga;;; ;;;;;4282;205;;reste;6;4;130;;**;;cca;;; ;;;;;;4487;;total;69;687;;;;;;;; </pre> =====cvi autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires_aas|cvi autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cvi;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;242272;116;comp; ;regulatory;243048;76;; fin;CDS;243272;;; deb;CDS;419401;506;comp; ;rRNA;421224;182;;16s ;tRNA;422942;86;;atc ;tRNA;423105;253;;gca ;rRNA;423434;127;;23s ;rRNA;426450;137;;5s fin;CDS;426702;;comp; deb;CDS;500524;447;; ;rRNA;502189;82;;16s ;tRNA;503807;12;;atc ;tRNA;503896;254;;gca ;rRNA;504226;124;;23s ;rRNA;507239;280;;5s fin;CDS;507634;;; deb;CDS;521304;119;comp; ;regulatory;522458;124;; fin;CDS;522848;;; deb;CDS;526333;31;; ;ncRNA;526676;12;; fin;CDS;526872;;; deb;CDS;578634;106;comp; ;ncRNA;581905;130;; fin;CDS;582495;;; deb;CDS;680663;177;comp; ;tRNA;682034;58;comp;ttg fin;CDS;682177;;comp; deb;CDS;758940;152;comp; ;tRNA;759824;57;;tac fin;CDS;759966;;comp; deb;CDS;877002;858;comp; ;tRNA;878775;19;comp;agg fin;CDS;878869;;comp; deb;CDS;952811;49;; ;tRNA;955155;329;;gcg fin;CDS;955560;;; deb;CDS;975236;19;; ;tRNA;975612;91;;ctc fin;CDS;975788;;; deb;CDS;996781;89;comp; ;regulatory;998457;72;; fin;CDS;998621;;; deb;CDS;1006022;155;; ;tRNA;1006822;6;;ttc ;tRNA;1006904;51;;ttc fin;CDS;1007031;;; deb;CDS;1057229;62;; ;tRNA;1058518;6;;agc ;tRNA;1058618;3;;cgt ;tRNA;1058698;110;;gaa deb;CDS;1058883;173;comp; ;tRNA;1061741;3;comp;gaa ;tRNA;1061819;7;comp;cgt ;tRNA;1061903;5;comp;gaa ;tRNA;1061983;46;comp;cgt fin;CDS;1062106;;; deb;CDS;1153105;370;; ;rRNA;1154027;182;;16s ;tRNA;1155745;86;;atc ;tRNA;1155908;254;;gca ;rRNA;1156238;124;;23s ;rRNA;1159251;189;;5s fin;CDS;1159555;;; deb;CDS;1262223;190;; ;tRNA;1263556;120;comp;tcg fin;CDS;1263766;;comp; deb;CDS;1272648;435;; ;tRNA;1273710;180;;atgf fin;CDS;1273967;;comp; deb;CDS;1292860;191;; ;repeat_region;1293342;324;; fin;CDS;1295441;;; deb;CDS;1376752;101;; ;tRNA;1377435;23;;ggc ;tRNA;1377534;22;;ggc ;tRNA;1377632;24;;ggc ;tRNA;1377732;29;;ggc ;tRNA;1377837;45;;ggc ;tRNA;1377958;425;;tgc fin;CDS;1378457;;comp; deb;CDS;1385508;707;comp; ;tRNA;1387010;183;;tta fin;CDS;1387278;;; deb;CDS;1418833;136;comp; ;tRNA;1420085;182;;gtc fin;CDS;1420344;;; deb;CDS;1427387;30;; ;tRNA;1427771;204;;ccc fin;CDS;1428052;;; deb;CDS;1432303;98;comp; ;tRNA;1433244;32;comp;aac ;tRNA;1433352;31;comp;aac ;tRNA;1433459;211;comp;aac fin;CDS;1433746;;; deb;CDS;1451057;323;comp; ;repeat_region;1452712;105;; fin;CDS;1454130;;comp; deb;CDS;1458879;179;; ;repeat_region;1461308;144;; fin;CDS;1462645;;; deb;CDS;1644076;439;; ;rRNA;1646828;182;;16s ;tRNA;1648546;86;;atc ;tRNA;1648709;253;;gca ;rRNA;1649038;124;;23s ;rRNA;1652051;89;;5s ;rRNA;1652255;154;;5s fin;CDS;1652524;;comp; deb;CDS;1689363;107;comp; ;regulatory;1690517;42;comp; fin;CDS;1690745;;comp; deb;CDS;1744930;59;; ;tRNA;1746117;53;;tcc ;tRNA;1746261;360;;tcc fin;CDS;1746712;;; deb;CDS;1786722;25;; ;tRNA;1786963;15;; fin;CDS;1787071;;; deb;CDS;1899096;223;; ;repeat_region;1900978;157;; fin;CDS;1902728;;comp; deb;CDS;1975805;93;; ;tRNA;1978844;66;;aac fin;CDS;1978986;;comp; deb;CDS;2093021;230;; ;tRNA;2094372;26;;cac ;tRNA;2094474;45;;cac ;tRNA;2094595;27;;cac ;tRNA;2094698;18;;aga ;tRNA;2094793;225;;cca fin;CDS;2095095;;comp; deb;CDS;2186305;69;; ;tmRNA;2186992;205;; fin;CDS;2187562;;; deb;CDS;2192639;145;comp; ;regulatory;2193399;4;comp; ;regulatory;2193502;65;comp; fin;CDS;2193653;;comp; deb;CDS;2337863;-1;; ;ncRNA;2338135;0;; fin;CDS;2338210;;; deb;CDS;2511015;130;comp; ;tRNA;2511625;46;comp;tca fin;CDS;2511759;;comp; deb;CDS;2560167;264;comp; ;ncRNA;2560755;168;comp; fin;CDS;2561022;;; deb;CDS;2745389;71;comp; ;tRNA;2747299;7;comp;gac ;tRNA;2747383;48;comp;gta fin;CDS;2747507;;comp; deb;CDS;2852349;182;comp; ;tRNA;2853221;70;;cta fin;CDS;2853376;;comp; deb;CDS;3186574;49;comp; ;tRNA;3187082;411;;aca fin;CDS;3187569;;; deb;CDS;3256344;205;comp; ;tRNA;3257362;151;;gcc fin;CDS;3257589;;comp; deb;CDS;3261178;303;comp; ;tRNA;3262246;8;;gcc ;tRNA;3262330;11;;gaa ;tRNA;3262417;106;;gcc fin;CDS;3262599;;comp; deb;CDS;3368966;415;comp; ;rRNA;3371478;124;comp;5s ;rRNA;3371717;254;comp;23s ;tRNA;3374860;12;comp;gca ;tRNA;3374948;82;comp;atc ;rRNA;3375107;439;comp;16s fin;CDS;3377082;;comp; deb;CDS;3447322;50;comp; ;regulatory;3448389;124;comp; fin;CDS;3448608;;; deb;CDS;3471644;212;comp; ;tRNA;3472822;12;;gta ;tRNA;3472910;26;;gac ;tRNA;3473013;12;;gta ;tRNA;3473101;26;;gac ;tRNA;3473204;12;;gta ;tRNA;3473292;26;;gac ;tRNA;3473395;12;;gta ;tRNA;3473483;27;;gac ;tRNA;3473587;6;;gta ;tRNA;3473670;27;;gac ;tRNA;3473774;6;;gtg ;tRNA;3473857;163;;gac fin;CDS;3474097;;; deb;CDS;3621600;170;; ;tRNA;3622292;55;;ggg fin;CDS;3622421;;; deb;CDS;3727029;40;comp; ;regulatory;3728158;14;comp; ;regulatory;3728271;172;comp; fin;CDS;3728534;;comp; deb;CDS;3818863;213;comp; ;rRNA;3820120;124;comp;5s ;rRNA;3820359;253;comp;23s ;tRNA;3823501;86;comp;gca ;tRNA;3823663;182;comp;atc ;rRNA;3823922;437;comp;16s deb;CDS;3825895;73;comp; ;tRNA;3828836;51;;ctg ;tRNA;3828974;33;;ctg ;tRNA;3829094;57;;ctg ;tRNA;3829238;651;;ctg fin;CDS;3829976;;comp; deb;CDS;3854191;770;comp; ;tRNA;3855180;61;comp;acg ;tRNA;3855317;78;comp;ccg ;tRNA;3855472;97;comp;ccg fin;CDS;3855646;;; deb;CDS;4058859;201;comp; ;tRNA;4059834;92;comp;atgi fin;CDS;4060005;;comp; deb;CDS;4244169;101;; ;rRNA;4244591;124;comp;5s ;rRNA;4244830;253;comp;23s ;tRNA;4247972;86;comp;gca ;tRNA;4248134;182;comp;atc ;rRNA;4248393;450;comp;16s fin;CDS;4250379;;; deb;CDS;4324029;747;comp; ;tRNA;4325718;151;comp;atgf fin;CDS;4325946;;comp; deb;CDS;4388195;89;comp; ;tRNA;4389268;6;comp;caa fin;CDS;4389349;;comp; deb;CDS;4401196;137;comp; ;tRNA;4402077;265;;cgg fin;CDS;4402419;;comp; deb;CDS;4433423;206;; ;rRNA;4434130;124;comp;5s ;rRNA;4434369;253;comp;23s ;tRNA;4437511;86;comp;gca ;tRNA;4437673;182;comp;atc ;rRNA;4437932;391;comp;16s fin;CDS;4439859;;; deb;CDS;4472951;87;; ;tRNA;4474196;35;;atgj ;tRNA;4474308;125;;atgj fin;CDS;4474510;;; deb;CDS;4529035;86;comp; ;tRNA;4529616;179;comp;acc fin;CDS;4529870;;comp; deb;CDS;4531632;64;comp; ;tRNA;4532053;10;comp;tgg deb;CDS;4532139;40;comp; ;tRNA;4533370;24;comp;acc ;tRNA;4533469;52;comp;gga ;tRNA;4533595;139;comp;tac fin;CDS;4533819;;comp; deb;CDS;4549877;87;comp; ;regulatory;4551002;131;; fin;CDS;4551282;;; deb;CDS;4586188;194;comp; ;tRNA;4586712;38;comp;aaa ;tRNA;4586826;35;comp;aag ;tRNA;4586937;28;comp;aaa ;tRNA;4587041;37;comp;aag ;tRNA;4587154;130;comp;aaa fin;CDS;4587360;;comp; </pre> ====cvi intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_entre_cds|cvi intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> cvi;4.2.21 Paris;;cvi 25.12.20;;;;;;;;; cvi;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5;intercal;<u>'''frequencez ;'''négatif;756;17.7;'''négatif ;-8;11;-1 à -102;'''4 751 080;-1;756;610;2 ;'''zéro;15;0.4;;;;;'''intercals;0;15;620;1 ;'''1 à 200;2842;66.4;'''0 à 200;74;55;;'''452 650;5;227;630;2 ;'''201 à 370;455;10.6;'''201 à 370;266;47;;'''9.5%;10;169;640;1 ;'''371 à 600;147;3.4;'''371 à 600;453;59;;;15;168;650;1 ;'''601 à max;67;1.6;'''601 à 1309;795;172;;;20;110;660;4 ;'''total 4282;<201;84.4;'''total 4281;104;142;-102 à 1309;;25;72;670;4 adresse;intercalx;intercal;<u>'''fréquence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul,t %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;66;680;2 1407250;1977;-1;756;-70;6;;0;15;35;68;690;3 2476400;1309;0;15;-60;1;;-1;°118;40;65;700;5 667844;1253;1;°65;-50;4;;-2;3;45;75;710;2 448587;1220;2;47;-40;9;;-3;0;50;67;720;1 357760;1187;3;°52;-30;12;'''min à -1;-4;°397;55;84;730;5 707510;1165;4;36;-20;32;756;-5;0;60;94;740;2 139762;1148;5;27;-10;103;17.7%;-6;2;65;120;750;1 1309853;1098;6;21;0;604;;-7;12;70;126;760;2 2457295;1068;7;°24;10;396;;-8;°56;75;114;770;1 669869;1004;8;18;20;278;;-9;1;80;82;780;1 2288697;984;9;49;30;138;;-10;6;85;62;790;1 1828489;968;10;°57;40;133;'''1 à 100;-11;°35;90;53;800;4 3613803;905;11;44;50;142;1969;-12;1;95;81;810;1 2465473;902;12;32;60;178;46.0%;-13;12;100;66;820;2 2025387;900;13;°39;70;246;;-14;°21;105;60;830;0 869124;888;14;28;80;196;;-15;0;110;57;840;1 2030614;865;15;25;90;115;;-16;4;115;69;850;0 664864;858;16;°33;100;147;;-17;°19;120;48;860;1 2442265;838;17;19;110;117;;-18;0;125;58;870;1 561508;819;18;20;120;117;;-19;5;130;69;880;0 1345805;811;19;°23;130;127;;-20;°13;135;48;890;1 27453;809;20;15;140;92;;-21;1;140;44;900;1 3009727;799;21;°17;150;71;;-22;2;145;41;910;2 914899;796;22;15;160;81;;-23;°5;150;30;920;0 344593;793;23;8;170;72;'''1 à 200;-24;1;155;46;930;0 1783705;791;24;°21;180;63;2842;-25;3;160;35;940;0 1569417;787;25;11;190;67;66.4%;-26;°3;165;41;950;0 3000804;771;26;°15;200;66;;-27;0;170;31;960;0 34255;767;27;10;210;58;;-28;1;175;37;970;1 136535;759;28;°14;220;38;;-29;°3;180;26;980;0 2126902;751;29;15;230;42;;-30;0;185;39;990;1 1360178;742;30;12;240;37;;-31;4;190;28;1000;0 3310655;736;31;°18;250;22;'''0 à 200;-32;2;195;34;1010;1 2140607;733;32;12;260;29;2857;total;75;200;32;1020;0 ;;33;°17;270;37;;reste;26;205;32;1030;0 ;;34;11;280;31;;total;771;210;26;1040;0 ;;35;10;290;28;;;;215;19;1050;0 ;;36;12;300;22;;intercal;<u>'''frequencef;220;19;1060;0 ;;37;°14;310;21;;600;4215;225;21;1070;1 ;;38;10;320;20;;620;3;230;21;1080;0 ;;39;13;330;11;;640;3;235;17;1090;0 ;;40;°16;340;19;'''201 à 370;660;5;240;20;1100;1 ;;reste;2566;350;11;455;680;6;245;11;1110;0 ;;total;4282;360;11;10.6%;700;8;250;11;1120;0 ;;;;370;18;;720;3;255;9;1130;0 ;;;;380;10;;740;7;260;20;1140;0 ;;;;390;10;;760;3;265;17;1150;1 '''adresses;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;11;;780;2;270;20;1160;0 4014450;-102;comp;;410;11;;800;5;275;15;1170;1 1765439;-97;shift2;1671;420;9;;820;3;280;16;1180;0 1246857;-94;shift2;798;430;12;;840;1;285;17;1190;1 4426186;-80;comp;;440;14;;860;1;290;11;1200;0 3511064;-73;shift2;1;450;9;;880;1;295;14;reste;4 3199809;-71;shift2;494;460;5;;900;2;300;8;total;4282 3580355;-61;comp;;470;6;;920;2;305;14;; 4088183;-59;comp;;480;6;;940;;310;7;; 2599768;-57;comp;;490;5;;960;;315;14;; 1062106;-56;comp;;500;1;;980;1;320;6;; 3542032;-50;comp;;510;10;;1000;1;325;5;; 834886;-49;comp;;520;5;;1020;1;330;6;; 2603937;-44;shift2;;530;4;;1040;;335;13;; 2822032;-44;shift2;;540;2;'''371 à 600;1060;;340;6;; 4104968;-44;shift2;;550;4;147;1080;1;345;6;; 283435;-43;comp;;560;3;3.4%;1100;1;350;5;; 226851;-41;comp;;570;5;;1120;;355;6;; 387678;-41;comp;;580;3;'''601 à max;1140;;360;5;; 1796583;-41;shift2;;590;0;67;1160;1;365;10;; 4120154;-40;shift2;;600;2;1.6%;;61;370;8;; 3951302;-38;shift2;;reste;67;;reste;6;reste;214;; 4595659;-38;shift2;;total;4282;;total;4282;total;4282;; </pre> ====cvi intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cvi;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;29;-174;154;42;611;200;max70;&-44;372;-1071;112;852;282;min50 31 à 400;;;;;;;;&5.3;22;-332;69;915;-138;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;131;52;-;581;dte;30;tf;&204;67;;649;poly;203;SF 31 à 400;;;;;;;;&149;52;-;808;poly;107;tF corrélations cvi. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400 ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814 cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696 abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+ 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243 </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60 70, '''t30 t70'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.582;;;;; 41-n;0.931;0.858;0.891;;;;;;;;;;;; 1-n;0.696;0.434;0.549;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; cvi;fx;fc;;cvi;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;;cvi;Sx-;Sc- 0;5;10;;0;5;4;;0;5;10;;x;-1;0;118 10;62;334;;10;62;144;;1;7;58;>0;1097;-2;3;0 20;33;245;;20;33;106;;2;3;44;<0;69;-3;0;0 30;18;120;;30;18;52;;3;10;42;zéro;5;-4;22;375 40;17;116;;40;17;50;;4;6;30;total;1171;-5;0;0 50;43;99;;50;43;43;;5;2;25;;c;-6;2;0 60;71;107;;60;70;46;;6;8;13;>0;2414;-7;2;10 70;92;154;;70;91;66;;7;6;18;<0;687;-8;0;56 80;56;140;;80;56;60;;8;5;13;zéro;10;-9;1;0 90;32;83;;90;32;36;;9;8;41;total;3111;-10;0;6 100;52;95;;100;52;41;;10;7;50;;;-11;4;31 110;35;82;;110;35;35;;11;2;42;;;-12;1;0 120;44;73;;120;44;31;;12;6;26;;;-13;2;10 130;43;84;;130;43;36;;13;4;35;;;-14;0;21 140;32;60;;140;32;26;;14;3;25;;;-15;0;0 150;20;51;;150;20;22;;15;4;21;;;-16;0;4 160;32;49;;160;32;21;;16;5;28;;;-17;3;16 170;22;50;;170;22;22;;17;0;19;;;-18;0;0 180;20;43;;180;20;19;;18;3;17;;;-19;2;3 190;28;39;;190;28;17;;19;5;18;;;-20;1;12 200;36;30;;200;36;13;;20;1;14;;;-21;1;0 210;23;35;;210;23;15;;21;1;16;;;-22;1;1 220;12;26;;220;12;11;;22;2;13;;;-23;1;4 230;17;25;;230;17;11;;23;1;7;;;-24;1;0 240;23;14;;240;23;6;;24;3;18;;;-25;1;2 250;11;11;;250;11;5;;25;1;10;;;-26;0;3 260;16;13;;260;16;6;;26;2;13;;;-27;0;0 270;16;21;;270;16;9;;27;3;7;;;-28;1;0 280;17;14;;280;17;6;;28;2;12;;;-29;1;2 290;17;11;;290;17;5;;29;2;13;;;-30;0;0 300;7;15;;300;7;6;;30;1;11;;;-31;3;1 310;12;9;;310;12;4;;31;1;17;;;-32;2;0 320;6;14;;320;6;6;;32;0;12;;;-33;0;0 330;2;9;;330;2;4;;33;4;13;;;-34;0;0 340;10;9;;340;10;4;;34;0;11;;;-35;2;1 350;6;5;;350;6;2;;35;1;9;;;-36;0;0 360;6;5;;360;6;2;;36;1;11;;;-37;1;0 370;7;11;;370;7;5;;37;5;9;;;-38;0;2 380;4;6;;380;4;3;;38;1;9;;;-39;0;0 390;3;7;;390;3;3;;39;3;10;;;-40;0;1 400;5;6;;400;5;3;;40;1;15;;;-41;2;1 reste;89;94;;;;;;reste;967;1599;;;-42;0;0 total;1102;2424;;t30;112;301;;total;1102;2424;;;-43;1;0 diagr;1008;2320;;t70;333;506;;diagr;130;815;;;-44;0;3 - t30;895;1621;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t70;672;1145;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;6;4 ;;;;;;;;;;;;;total;69;687 </pre> ====cvi intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_négatifs_S-|cvi intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;; comp’;0;3;0;20;0;2;2;0;1;0;3;0;2;0;0;0;2;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;1;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;62;6 continu;118;0;0;377;0;0;10;56;0;6;32;1;10;21;0;4;17;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;2;1;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;694;4 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;22;0;2;2;0;1;0;4;1;2;0;0;0;3;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;3;2;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;6;69 ;Sc-;118;0;0;375;0;0;10;56;0;6;31;0;10;21;0;4;16;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;1;0;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;4;687 </pre> ====cvi autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires|cvi autres intercalaires]] <pre> ;cvi;autres intercalaires;;adresses1;;cvi;autres intercalaires;;adresses2;;;cvi;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;242272;116;comp;;deb;°CDS;1427387;30;;;deb;°CDS;3471644;212;comp ;regulatory;243048;76;;;;&tRNA;1427771;204;;;;&tRNA;3472822;12; fin;°CDS;243272;;;;fin;°CDS;1428052;;;;;&tRNA;3472910;26; deb;°CDS;419401;506;comp;;deb;°CDS;1432303;98;comp;;;&tRNA;3473013;12; ;$rRNA;421224;182;;;;&tRNA;1433244;32;comp;;;&tRNA;3473101;26; ;&tRNA;422942;86;;;;&tRNA;1433352;31;comp;;;&tRNA;3473204;12; ;&tRNA;423105;253;;;;&tRNA;1433459;211;comp;;;&tRNA;3473292;26; ;$rRNA;423434;127;;;fin;°CDS;1433746;;;;;&tRNA;3473395;12; ;$rRNA;426450;137;;;deb;°CDS;1451057;323;comp;;;&tRNA;3473483;27; fin;°CDS;426702;;comp;;;repeat_region;1452712;105;;;;&tRNA;3473587;6; deb;°CDS;500524;447;;;fin;°CDS;1454130;;comp;;;&tRNA;3473670;27; ;$rRNA;502189;82;;;deb;°CDS;1458879;179;;;;&tRNA;3473774;6; ;&tRNA;503807;12;;;;repeat_region;1461308;144;;;;&tRNA;3473857;163; ;&tRNA;503896;254;;;fin;°CDS;1462645;;;;fin;°CDS;3474097;; ;$rRNA;504226;124;;;deb;°CDS;1644076;439;;;deb;°CDS;3621600;170; ;$rRNA;507239;280;;;;$rRNA;1646828;182;;;;&tRNA;3622292;55; fin;°CDS;507634;;;;;&tRNA;1648546;86;;;fin;°CDS;3622421;; deb;°CDS;521304;119;comp;;;&tRNA;1648709;253;;;deb;°CDS;3727029;40;comp ;regulatory;522458;124;;;;$rRNA;1649038;124;;;;regulatory;3728158;14;comp fin;°CDS;522848;;;;;$rRNA;1652051;89;;;;regulatory;3728271;172;comp deb;°CDS;526333;31;;;;$rRNA;1652255;154;;;fin;°CDS;3728534;;comp ;ncRNA;526676;12;;;fin;°CDS;1652524;;comp;;deb;°CDS;3818863;213;comp fin;°CDS;526872;;;;deb;°CDS;1689363;107;comp;;;$rRNA;3820120;124;comp deb;°CDS;578634;106;comp;;;regulatory;1690517;42;comp;;;$rRNA;3820359;253;comp ;ncRNA;581905;130;;;fin;°CDS;1690745;;comp;;;&tRNA;3823501;86;comp fin;°CDS;582495;;;;deb;°CDS;1744930;59;;;;&tRNA;3823663;182;comp deb;°CDS;680663;177;comp;;;&tRNA;1746117;53;;;;$rRNA;3823922;437;comp ;&tRNA;682034;58;comp;;;&tRNA;1746261;360;;;deb;°CDS;3825895;73;comp fin;°CDS;682177;;comp;;fin;°CDS;1746712;;;;;&tRNA;3828836;51; deb;°CDS;758940;152;comp;;deb;°CDS;1786722;25;;;;&tRNA;3828974;33; ;&tRNA;759824;57;;;;&tRNA;1786963;15;;;;&tRNA;3829094;57; fin;°CDS;759966;;comp;;fin;°CDS;1787071;;;;;&tRNA;3829238;651; deb;°CDS;877002;858;comp;;deb;°CDS;1899096;223;;;fin;°CDS;3829976;;comp ;&tRNA;878775;19;comp;;;repeat_region;1900978;157;;;deb;°CDS;3854191;770;comp fin;°CDS;878869;;comp;;fin;°CDS;1902728;;comp;;;&tRNA;3855180;61;comp deb;°CDS;952811;49;;;deb;°CDS;1975805;93;;;;&tRNA;3855317;78;comp ;&tRNA;955155;329;;;;&tRNA;1978844;66;;;;&tRNA;3855472;97;comp fin;°CDS;955560;;;;fin;°CDS;1978986;;comp;;fin;°CDS;3855646;; deb;°CDS;975236;19;;;deb;°CDS;2093021;230;;;deb;°CDS;4058859;201;comp ;&tRNA;975612;91;;;;&tRNA;2094372;26;;;;&tRNA;4059834;92;comp fin;°CDS;975788;;;;;&tRNA;2094474;45;;;fin;°CDS;4060005;;comp deb;°CDS;996781;89;comp;;;&tRNA;2094595;27;;;deb;°CDS;4244169;101; ;regulatory;998457;72;;;;&tRNA;2094698;18;;;;$rRNA;4244591;124;comp fin;°CDS;998621;;;;;&tRNA;2094793;225;;;;$rRNA;4244830;253;comp deb;°CDS;1006022;155;;;fin;°CDS;2095095;;comp;;;&tRNA;4247972;86;comp ;&tRNA;1006822;6;;;deb;°CDS;2186305;69;;;;&tRNA;4248134;182;comp ;&tRNA;1006904;51;;;;tmRNA;2186992;205;;;;$rRNA;4248393;450;comp fin;°CDS;1007031;;;;fin;°CDS;2187562;;;;fin;°CDS;4250379;; deb;°CDS;1057229;62;;;deb;°CDS;2192639;145;comp;;deb;°CDS;4324029;747;comp ;&tRNA;1058518;6;;;;regulatory;2193399;4;comp;;;&tRNA;4325718;151;comp ;&tRNA;1058618;3;;;;regulatory;2193502;65;comp;;fin;°CDS;4325946;;comp ;&tRNA;1058698;110;;;fin;°CDS;2193653;;comp;;deb;°CDS;4388195;89;comp deb;°CDS;1058883;173;comp;;deb;°CDS;2337863;-1;;;;&tRNA;4389268;6;comp ;&tRNA;1061741;3;comp;;;ncRNA;2338135;0;;;fin;°CDS;4389349;;comp ;&tRNA;1061819;7;comp;;fin;°CDS;2338210;;;;deb;°CDS;4401196;137;comp ;&tRNA;1061903;5;comp;;deb;°CDS;2511015;130;comp;;;&tRNA;4402077;265; ;&tRNA;1061983;46;comp;;;&tRNA;2511625;46;comp;;fin;°CDS;4402419;;comp fin;°CDS;1062106;;;;fin;°CDS;2511759;;comp;;deb;°CDS;4433423;206; deb;°CDS;1153105;370;;;deb;°CDS;2560167;264;comp;;;$rRNA;4434130;124;comp ;$rRNA;1154027;182;;;;ncRNA;2560755;168;comp;;;$rRNA;4434369;253;comp ;&tRNA;1155745;86;;;fin;°CDS;2561022;;;;;&tRNA;4437511;86;comp ;&tRNA;1155908;254;;;deb;°CDS;2745389;71;comp;;;&tRNA;4437673;182;comp ;$rRNA;1156238;124;;;;&tRNA;2747299;7;comp;;;$rRNA;4437932;391;comp ;$rRNA;1159251;189;;;;&tRNA;2747383;48;comp;;fin;°CDS;4439859;; fin;°CDS;1159555;;;;fin;°CDS;2747507;;comp;;deb;°CDS;4472951;87; deb;°CDS;1262223;190;;;deb;°CDS;2852349;182;comp;;;&tRNA;4474196;35; ;&tRNA;1263556;120;comp;;;&tRNA;2853221;70;;;;&tRNA;4474308;125; fin;°CDS;1263766;;comp;;fin;°CDS;2853376;;comp;;fin;°CDS;4474510;; deb;°CDS;1272648;435;;;deb;°CDS;3186574;49;comp;;deb;°CDS;4529035;86;comp ;&tRNA;1273710;180;;;;&tRNA;3187082;411;;;;&tRNA;4529616;179;comp fin;°CDS;1273967;;comp;;fin;°CDS;3187569;;;;fin;°CDS;4529870;;comp deb;°CDS;1292860;191;;;deb;°CDS;3256344;205;comp;;deb;°CDS;4531632;64;comp ;repeat_region;1293342;324;;;;&tRNA;3257362;151;;;;&tRNA;4532053;10;comp fin;°CDS;1295441;;;;fin;°CDS;3257589;;comp;;deb;°CDS;4532139;40;comp deb;°CDS;1376752;101;;;deb;°CDS;3261178;303;comp;;;&tRNA;4533370;24;comp ;&tRNA;1377435;23;;;;&tRNA;3262246;8;;;;&tRNA;4533469;52;comp ;&tRNA;1377534;22;;;;&tRNA;3262330;11;;;;&tRNA;4533595;139;comp ;&tRNA;1377632;24;;;;&tRNA;3262417;106;;;fin;°CDS;4533819;;comp ;&tRNA;1377732;29;;;fin;°CDS;3262599;;comp;;deb;°CDS;4549877;87;comp ;&tRNA;1377837;45;;;deb;°CDS;3368966;415;comp;;;regulatory;4551002;131; ;&tRNA;1377958;425;;;;$rRNA;3371478;124;comp;;fin;°CDS;4551282;; fin;°CDS;1378457;;comp;;;$rRNA;3371717;254;comp;;deb;°CDS;4586188;194;comp deb;°CDS;1385508;707;comp;;;&tRNA;3374860;12;comp;;;&tRNA;4586712;38;comp ;&tRNA;1387010;183;;;;&tRNA;3374948;82;comp;;;&tRNA;4586826;35;comp fin;°CDS;1387278;;;;;$rRNA;3375107;439;comp;;;&tRNA;4586937;28;comp deb;°CDS;1418833;136;comp;;fin;°CDS;3377082;;comp;;;&tRNA;4587041;37;comp ;&tRNA;1420085;182;;;deb;°CDS;3447322;50;comp;;;&tRNA;4587154;130;comp fin;°CDS;1420344;;;;;regulatory;3448389;124;comp;;fin;°CDS;4587360;;comp ;;;;;;fin;°CDS;3448608;;;;;;;; </pre> ====cvi intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_tRNA|cvi intercalaires tRNA]] <pre> cvi intercalaires tRNA ;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;177;;58;;19;6;deb; ;;comp’;152;comp’;57;;25;10;<201;22 ;;;858;;19;;30;15;total;27 ;;;49;;329;;40;19;taux;81% ;;;19;;91;;49;46;; ;6;;155;;51;;59;48;fin; ;6 3;;62;comp’;110;;62;51;<201;20 ;3 7 5;;173;comp’;46;;64;55;total;25 ;;comp’;190;;120;;71;58;taux;80% ;;;435;comp’;180;;86;91;; ;;;191;;324;;87;92;total; ;23 22 24 29 45;;101;comp’;425;;89;120;<201;42 ;;comp’;707;;183;;93;125;total;52 ;;comp’;136;;182;;98;130;taux;81% ;;;30;;204;;101;139;; ;32 31;;98;comp’;211;;130;151;; ;53;;59;;360;;155;163;; ;;;25;;15;;170;179;; ;;;93;comp’;66;;173;182;; ;26 45 27 18;;230;comp’;225;;177;183;; ;;;130;;46;;191;204;; ;7;;71;;48;;194;324;; ;;comp’;182;comp’;70;;201;329;; ;;comp’;49;;411;;230;360;; ;;comp’;205;comp’;151;;435;411;; ;8 11;comp’;303;comp’;106;;747;;; ;12 26 12 26 12 26;comp’;212;;163;;858;;comp’;cumuls ;12 27 6 27 6;;;;;;49;46;deb; ;;;170;;55;;73;57;<201;7 ;51 33 57;comp’;73;comp’;651;;136;66;total;12 ;61 78;;770;comp’;97;;137;70;taux;58% ;;;201;;92;;152;97;; ;;;747;;151;;182;106;fin; ;;;89;;6;;190;110;<201;9 ;;comp’;137;comp’;265;;205;151;total;14 ;35;;87;;125;;212;180;taux;64% ;;;86;;179;;303;211;; ;;;64;;10;;707;225;total; ;24 52;;40;;139;;770;265;<201;16 ;38 35 28 37;;194;;130;;-;425;total;26 ;;;;;;;-;651;taux;62% ;;;;;;;;;; continu + comp’;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;29;29;58;;;;;;; total;39;39;78;;;;;;; taux;74%;74%;74%;;;;;;; </pre> ====cvi par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_par_rapport_au_groupe_de_référence|cvi par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;9;7;2;;;;18; 16;moyen;7;3;11;;;16;37; 14;fort;6;27;10;;;;43; ; ;22;37;23;;;16;98; 10;g+cga;3;5;2;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;2;;;;;6; 5;autres;;;;;;;0; ;;9;7;2;;;;18; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;92;71;20;;;;184;26 16;moyen;71;31;112;;;163;378;324 14;fort;61;276;102;;;;439;650 ; ;224;378;235;;;163;98;729 10;g+cgg;31;51;20;;;;102;10 2;agg+cga;20;;;;;;20; 4;carre ccc;41;20;;;;;61;16 5;autres;;;;;;;0; ;;92;71;20;;;;184; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;110;85;24;220;26;41;19;9 16;moyen;85;37;134;256;324;32;8;48 14;fort;73;329;122;524;650;27;73;43 ; ;268;451;280;82;729;22;37;23 10;g+cgg;37;61;24;122;10;;; 2;agg+cga;24;;;24;;;; 4;carre ccc;49;24;;73;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;110;85;24;220;;;; </pre> ====beta, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#beta,_estimation_des_-rRNAs|beta, estimation des -rRNAs]] <pre> 44 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;44;351; ; ;;indices;;;;44;798;0;0;;beta1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;82 atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;10;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;23;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1 atc;159;acc;10;aac;;agc;1;;atc;361;acc;23;aac;;agc;2;;atc;;acc;1;aac;4;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;2;cga; gta;;gca;159;gaa;;gga;10;;gta;;gca;361;gaa;;gga;23;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1 ;;329;;22;;0;351;;;;748;;50;;0;798;;;;21;;43;;18;82 11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;268;15707;5.2;0;;indices;;;;268;15707;5.2;0;;beta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;172;;atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;177;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;200 att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;;act;;aat;;agt; ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;108;tcc;101;tac;84;tgc;142;;ttc;108;tcc;101;tac;107;tgc;142;;ttc;200;tcc;200;tac;200;tgc;100 atc;6;acc;79;aac;184;agc;99;;atc;367;acc;102;aac;184;agc;101;;atc;;acc;100;aac;400;agc;100 ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;100;ccc;100;cac;300;cgt;300 gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;100;gcc;300;gac;700;ggc;500 tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;;aca;100;aaa;300;aga;100 cta;101;cca;137;caa;123;cga;0;;cta;101;cca;137;caa;123;cga;;;cta;100;cca;100;caa;200;cga; gta;118;gca;12;gaa;202;gga;78;;gta;118;gca;373;gaa;202;gga;101;;gta;600;gca;;gaa;400;gga;100 ttg;102;tcg;111;tag;2.6;tgg;102;;ttg;102;tcg;111;tag;3;tgg;102;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;200;acg;100;aag;200;agg;100 ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;400;ccg;200;cag;;cgg;100 gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;100;gcg;200;gag;;ggg;100 ;;1517;;2099;;1440;5057;;;;2265;;2149;;1440;5854;;;;2100;;4300;;1800;8200 rapports;;67;;98;;100;86;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;beta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;97;;fiches;54.068;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;100;tat;;atgf;14 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2379;;;0/0;1;;;;att;100;act;100;aat;100;agt;100 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;353;;;10;12;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;44;;;20;4;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;79;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;46;tcc;50;tac;58;tgc;30 atc;2;acc;78;aac;100;agc;98;;beta1;82;;;40;4;;;;atc;100;acc;21;aac;54;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;82;;;50;6;30;;;ctc;30;ccc;0;cac;64;cgt;38 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;16;;;60;7;;;;gtc;33;gcc;59;gac;65;ggc;55 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;3;;;;tta;45;tca;1;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;12;aaa;60;aga;12 cta;100;cca;100;caa;100;cga;;;L’estimation par beta ;;;;90;1;;;;cta;1;cca;27;caa;39;cga; gta;100;gca;3;gaa;100;gga;77;;est 52% en dessous;;;;100;6;;;;gta;80;gca;100;gaa;50;gga;22 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;10;tag;;tgg;2 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;47;acg;4;aag;49;agg;1 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;52;ccg;54;cag;100;cgg;7 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;10;gcg;61;gag;100;ggg;18 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;328;;618;;335;1281 </pre> ====cvi remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_remarques|cvi remarques]] *code génétique cvi <pre> cvi;;;;;98;;99 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1 atc;8;acc;2;aac;4;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3 gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;1;caa;2;cga; gta;5;gca;8;gaa;4;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1 gtg;2;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ===ade=== ====ade opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_opérons|ade opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Anae_deha_2CP_C/anaeDeha_2CP_C-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_011891.1;ade;genome;;; 75%GC;30.6.19 Paris;16s 2;49;doubles;intercalaires ;Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C;;;; ;8147..8220;;caa;; ;;;;; ;21040..21112;;ttc;; ;;;;; comp;433303..433378;;ggg;; ;;;;; comp;666509..666585;;gac;;6 comp;666592..666666;;gta;; ;;;;; comp;693146..693229;;ctg;; ;;;;; ;851483..851555;;atg;; ;;;;; comp;1057311..1057386;;gcg;; ;;;;; comp;1306222..1306295;;ccc;; ;;;;; ;1442379..1442450;;tgc;; ;;;;; ;1495545..1497102;;16s;@1;187 ;1497290..1497367;;atc;;22 ;1497390..1497465;;gca;;194 ;1497660..1500648;;23s;;152 ;1500801..1500917;;5s;; ;;;;; ;1509186..1509259;;cag;;60 ;1509320..1509394;;gag;; ;;;;; ;1691085..1691160;;gcc;; ;;;;; ;819377..1819453;;atg;; ;;;;; ;2235670..2235741;;gtc;; ;;;;; comp;2314981..2315079;;tga;; ;;;;; comp;2337031..2337104;;atg;; ;;;;; ;2376009..2376080;;gtg;; ;;;;; comp;2429718..2429790;;acg;; ;;;;; comp;2623942..2624017;;tgg;; ;;;;; comp;2625463..2625535;;acc;;22 comp;2625558..2625633;;gga;;63 comp;2625697..2625779;;tac;;46 comp;2625826..2625898;;aca;; ;;;;; ;2653452..2653535;;ttg;; ;;;;; ;2680790..2680871;;ctc;; ;;;;; comp;2747806..2747879;;agg;; ;;;;; ;3029047..3029122;;aac;; ;;;;; comp;3076236..3076352;;5s;;152 comp;3076505..3079493;;23s;;194 comp;3079688..3079763;;gca;;22 comp;3079786..3079863;;atc;;187 comp;3080051..3081608;;16s;; ;;;;; comp;3144286..3144357;;aaa;; ;;;;; ;3156732..3156804;;gaa;; ;;;;; ;3253990..3254063;;cgg;; ;;;;; comp;3793996..3794069;;ccg;; ;;;;; ;3806164..3806249;;tta;; ;;;;; comp;3915708..3915789;;cta;; ;;;;; comp;3920245..3920317;;aag;@2;*248 comp;3920566..3920639;;aga;;*140 comp;3920780..3920854;;cac;;18 comp;3920873..3920946;;cga;;*134 comp;3921081..3921154;;cca;; ;;;;; comp;4121675..4121749;;ggc;; ;;;;; comp;4195371..4195460;;tcc;;*278 comp;4195739..4195829;;tcg;; ;;;;; ;4456675..4456764;;tca;;27 ;4456792..4456883;;agc;;73 ;4456957..4457033;;cgt;; </pre> ====ade cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_cumuls|ade cumuls]] <pre> cvi cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;2;1;0; ;16 23 5s 0;0;20;2; ;16 atc gca;2;40;2;2 ;16 23 5s a;0;60;2; ;max a;2;80;2; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;4;140;2; sans ;opérons;33;160;0; ;1 aa;27;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;0;;2; ;total aas;45;;12;2 total aas;;49;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;93; ;;;variance;90; sans jaune;;;moyenne;39;22 ;;;variance;24;0 </pre> ====ade blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_blocs|ade blocs]] <pre> ade blocs;;;;; 16s;187;1558;5s;152;117 atc;22;;23s;194;2989 gca;194;;gca;22; 23s;152;2989;atc;187; 5s;;117;16s;;1558 </pre> ====ade distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_distribution|ade distribution]] <pre> delta1;;;;;;;49;;delta1;;;;;;;27;;delta1;;;;;;;18 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;1;tac;1;tgc; atc;2;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;1;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;18;27;;;;4;49;;;;*;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====ade données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_données_intercalaires|ade données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;ade;fx;fc;ade;fx40;fc40;ade;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;12;17;0;12;17;-1;0;70;91;220;CDS 16s;; ;1;10;102;373;1;10;35;-2;3;0;44;157;691;; ;2;20;104;251;2;5;63;-3;0;0;158;333;590;; ;0;30;65;128;3;18;55;-4;33;537;119;68;23s 5s;; 2;2;40;33;124;4;14;25;-5;0;0;79;105;2* 152;; ;2;50;22;93;5;7;19;-6;2;0;456;130;5s CDS;; ;3;60;52;104;6;10;24;-7;1;6;157;96;167;75; 2;2;70;49;129;7;9;26;-8;5;20;53;38;16s tRNA;; ;4;80;59;106;8;8;37;-9;0;0;36;222;2* 187;;atc ;1;90;48;99;9;14;51;-10;1;2;350;190;tRNA 23s;; 1;4;100;43;84;10;7;38;-11;4;17;105;111;2* 194;;gca 2;4;110;48;76;11;4;32;-12;1;0;14;124;tRNA tRNA;;intra 1;3;120;44;84;12;12;42;-13;3;7;111;110;2* 22;;atc gca 3;1;130;49;67;13;10;39;-14;4;12;3;94;tRNA tRNA;; ;0;140;46;63;14;7;28;-15;1;0;9;161;6;;gac ;0;150;37;53;15;14;26;-16;1;3;110;193;**;;gta 1;2;160;30;37;16;13;23;-17;7;4;53;226;60;;cag 1;0;170;28;47;17;7;16;-18;0;0;38;127;**;;gag ;1;180;33;41;18;16;19;-19;0;2;77;63;22;;acc 1;1;190;31;50;19;15;14;-20;1;3;92;34;63;;gga 1;0;200;33;22;20;6;12;-21;0;0;406;246;46;;tac ;0;210;30;27;21;7;12;-22;0;2;53;715;**;;aca 1;0;220;28;20;22;8;17;-23;2;6;437;;248;;aag 2;1;230;27;18;23;11;13;-24;0;0;62;;142;;aga ;0;240;17;17;24;10;8;-25;1;0;15;;18;;cac 1;0;250;27;12;25;4;14;-26;0;6;65;;134;;cga ;0;260;28;19;26;8;14;-27;0;0;105;;**;;cca ;0;270;15;15;27;7;9;-28;1;0;100;;278;;tcc ;0;280;17;10;28;7;20;-29;2;2;91;;**;;tcg ;0;290;11;9;29;2;7;-30;0;0;106;;27;;tca ;0;300;11;9;30;1;14;-31;0;0;184;;73;;agc ;1;310;10;11;31;2;13;-32;2;1;230;;**;;cgt ;0;320;8;10;32;1;14;-33;0;0;306;;;; ;0;330;10;5;33;7;15;-34;2;2;78;;;; 1;0;340;3;8;34;7;19;-35;1;1;694;;;; ;1;350;6;3;35;2;11;-36;0;0;130;;;; ;0;360;10;7;36;4;9;-37;1;1;386;;;; ;0;370;5;1;37;2;15;-38;1;0;111;;;; ;0;380;5;4;38;1;8;-39;0;0;81;;;; ;1;390;2;3;39;2;6;-40;1;0;179;;;; ;0;400;3;3;40;5;14;-41;2;0;76;;;; 1;5;reste;69;80;reste;994;1446;-42;0;0;50;;;; 21;42;total;1310;2339;total;1310;2339;-43;0;0;492;;;; 20;37;diagr;1229;2242;diagr;304;876;-44;0;0;;;;; 0;3; t30;271;752;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;2;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;1298;102;12;1412;;;-49;1;0;;;;; ;c;2322;713;17;3052;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;4464;105;;reste;15;9;;;;; ;;;;;;4569;;total;102;713;;;;; </pre> =====ade autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires_aas|ade autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;ade;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;7060;91;; ;tRNA;8147;44;;caa fin;CDS;8265;;; deb;CDS;20441;158;; ;tRNA;21040;220;;ttc fin;CDS;21333;;comp; deb;CDS;432722;119;comp; ;tRNA;433303;79;comp;ggg fin;CDS;433458;;comp; deb;CDS;664814;456;comp; ;tRNA;666509;6;comp;gac ;tRNA;666592;157;comp;gta fin;CDS;666824;;; deb;CDS;691951;157;comp; ;tRNA;693146;333;comp;ctg fin;CDS;693563;;; deb;CDS;849021;53;; ;tRNA;851483;36;;atgi fin;CDS;851592;;; deb;CDS;883315;64;; ;repeat_region;883709;98;; fin;CDS;886703;;comp; deb;CDS;887392;77;comp; ;repeat_region;888746;95;; fin;CDS;892587;;; deb;CDS;1055941;68;; ;tRNA;1057311;105;comp;gcg fin;CDS;1057492;;; deb;CDS;1305647;350;comp; ;tRNA;1306222;105;comp;ccc fin;CDS;1306401;;comp; deb;CDS;1311419;33;comp; ;ncRNA;1312049;302;comp; fin;CDS;1312542;;; deb;CDS;1441648;14;; ;tRNA;1442379;111;;tgc fin;CDS;1442562;;; deb;CDS;1492304;691;; 16s;rRNA;1495545;187;; ;tRNA;1497290;22;;atc ;tRNA;1497390;194;;gca 23s;rRNA;1497660;152;; 5s;rRNA;1500801;75;; fin;CDS;1500993;;comp; deb;CDS;1508769;3;; ;tRNA;1509186;60;;cag ;tRNA;1509320;130;;gag fin;CDS;1509525;;comp; deb;CDS;1690794;9;; ;tRNA;1691085;96;;gcc fin;CDS;1691254;;comp; deb;CDS;1818424;110;; ;tRNA;1819377;53;;atgf fin;CDS;1819507;;; deb;CDS;1968293;141;; ;regulatory;1969289;108;; fin;CDS;1969480;;; deb;CDS;2235017;38;; ;tRNA;2235670;77;;gtc fin;CDS;2235819;;; deb;CDS;2313926;38;; ;tRNA;2314981;92;comp;tga fin;CDS;2315172;;comp; deb;CDS;2335260;406;comp; ;tRNA;2337031;222;comp;atgj fin;CDS;2337327;;; deb;CDS;2375620;53;; ;tRNA;2376009;437;;gtg fin;CDS;2376518;;; deb;CDS;2429105;190;; ;tRNA;2429718;111;comp;acg fin;CDS;2429902;;; deb;CDS;2623487;62;comp; ;tRNA;2623942;15;comp;tgg fin;CDS;2624033;;comp; deb;CDS;2624207;65;comp; ;tRNA;2625463;22;comp;acc ;tRNA;2625558;63;comp;gga ;tRNA;2625697;46;comp;tac ;tRNA;2625826;105;comp;aca fin;CDS;2626004;;comp; deb;CDS;2652965;124;comp; ;tRNA;2653452;100;;ttg fin;CDS;2653636;;; deb;CDS;2680375;91;; ;tRNA;2680790;110;;ctc fin;CDS;2680982;;comp; deb;CDS;2747439;94;; ;tRNA;2747806;106;comp;agg fin;CDS;2747986;;comp; deb;CDS;3027884;161;comp; ;tRNA;3029047;184;;aac fin;CDS;3029307;;; deb;CDS;3075187;167;comp; 5s;rRNA;3076236;152;comp; 23s;rRNA;3076505;194;comp; ;tRNA;3079688;22;comp;gca ;tRNA;3079786;187;comp;atc 16s;rRNA;3080051;590;comp; fin;CDS;3082199;;comp; deb;CDS;3143759;230;comp; ;tRNA;3144286;306;comp;aaa fin;CDS;3144664;;comp; deb;CDS;3155946;78;; ;tRNA;3156732;694;;gaa fin;CDS;3157499;;; deb;CDS;3253083;193;comp; ;tRNA;3253990;130;;cgg fin;CDS;3254194;;; deb;CDS;3372825;107;; ;tmRNA;3373094;219;; fin;CDS;3373664;;; deb;CDS;3793550;226;; ;tRNA;3793996;386;comp;ccg fin;CDS;3794456;;comp; deb;CDS;3805030;111;; ;tRNA;3806164;127;;tta fin;CDS;3806377;;comp; deb;CDS;3914337;81;comp; ;tRNA;3915708;63;comp;cta fin;CDS;3915853;;; deb;CDS;3919322;179;comp; ;tRNA;3920245;248;comp;aag ;tRNA;3920566;142;comp;aga ;tRNA;3920782;18;comp;cac ;tRNA;3920873;134;comp;cga ;tRNA;3921081;76;comp;cca fin;CDS;3921231;;comp; deb;CDS;4031625;149;; ;regulatory;4032113;67;; fin;CDS;4032337;;; deb;CDS;4120462;34;; ;tRNA;4121675;246;comp;ggc fin;CDS;4121996;;; deb;CDS;4164508;430;; ;ncRNA;4166687;43;comp; fin;CDS;4167140;;comp; deb;CDS;4193348;55;comp; ;ncRNA;4195209;68;comp; ;tRNA;4195371;278;comp;tcc ;tRNA;4195739;50;comp;tcg fin;CDS;4195880;;comp; deb;CDS;4454313;715;comp; ;tRNA;4456675;27;;tca ;tRNA;4456792;73;;agc ;tRNA;4456957;492;;cgt fin;CDS;4457526;;; </pre> ====ade intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_entre_cds|ade intercalaires entre cds]] *'''Intercalaires entre cds, Tableau''' <pre> ade;4.2.21 Paris;;ade 16.7.20;;;;;;;;; ade;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5;intercal;<u>'''frequencez ;'''négatif;815;18.3;'''négatif ;-8;15;-1 à -116;'''5 029 329;-1;815;610;5 ;'''zéro;29;0.6;;;;;'''intercals;0;29;620;3 ;'''1 à 200;2987;66.9;'''0 à 200;70;57;;'''42 8947;5;251;630;2 ;'''201 à 370;464;10.4;'''201 à 370;260;44;;'''8.5%;10;224;640;0 ;'''371 à 600;124;2.8;'''371 à 600;469;63;;;15;214;650;3 ;'''601 à max;45;1.0;'''601 à 1160;771;157;;;20;141;660;1 ;'''total 4464;<201;85.8;'''total 4461;93;127;-116 à 1160;;25;104;670;0 adresse;intercal;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;89;680;1 4491815;1915;-1;815;-70;14;;0;29;35;91;690;1 3576176;1774;0;29;-60;8;;-1;°70;40;66;700;1 4068576;1388;1;45;-50;2;;-2;3;45;58;710;1 3337295;1160;2;68;-40;7;;-3;0;50;57;720;2 3373664;1119;3;°73;-30;12;'''min à -1;-4;°570;55;74;730;1 2044486;1080;4;39;-20;26;815;-5;0;60;82;740;2 4163005;1080;5;26;-10;69;18.3%;-6;2;65;92;750;2 1981544;1014;6;°34;0;706;;-7;7;70;86;760;0 427780;984;7;35;10;475;;-8;°25;75;87;770;0 540538;963;8;45;20;355;;-9;0;80;78;780;0 1223737;917;9;°65;30;193;;-10;3;85;70;790;1 1005799;900;10;45;40;157;'''1 à 100;-11;°21;90;77;800;1 4943119;860;11;36;50;115;2068;-12;1;95;66;810;1 4581242;849;12;°54;60;156;46.3%;-13;10;100;61;820;1 104609;834;13;49;70;178;;-14;°16;105;69;830;1 4846209;821;14;35;80;165;;-15;1;110;55;840;1 1084460;817;15;°40;90;147;;-16;4;115;65;850;1 2814006;807;16;36;100;127;;-17;°11;120;63;860;1 2386981;793;17;23;110;124;;-18;0;125;60;870;0 3422997;788;18;°35;120;128;;-19;2;130;56;880;0 494107;749;19;29;130;116;;-20;°4;135;64;890;0 3820597;741;20;18;140;109;;-21;0;140;45;900;1 4073584;732;21;19;150;90;;-22;2;145;50;910;0 1445527;731;22;°25;160;67;;-23;°8;150;40;920;1 3757399;730;23;24;170;75;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;0 4117240;719;24;18;180;74;2987;-25;1;160;31;940;0 3533685;715;25;18;190;81;67%;-26;°6;165;34;950;0 3631148;704;26;°22;200;55;;-27;0;170;41;960;0 2060112;697;27;16;210;57;;-28;1;175;36;970;1 1026522;689;28;°27;220;48;;-29;°4;180;38;980;0 4180297;676;29;9;230;45;;-30;0;185;40;990;1 3200409;660;30;15;240;34;;-31;0;190;41;1000;0 1266186;649;31;15;250;39;;-32;°3;195;29;1010;0 4553826;643;32;15;260;47;;total;66;200;26;1020;1 4101937;641;33;22;270;30;'''0 à 200;reste;40;205;27;1030;0 ;;34;°26;280;27;3016;;844;210;30;1040;0 ;;35;13;290;20;;;;215;26;1050;0 ;;36;13;300;20;;intercal;<u>'''frequencef;220;22;1060;0 ;;37;17;310;21;;600;4419;225;28;1070;0 ;;38;9;320;18;;620;8;230;17;1080;2 ;;39;8;330;15;;640;2;235;13;1090;0 ;;40;°19;340;11;'''201 à 370;660;4;240;21;1100;0 ;;reste;2440;350;9;464;680;1;245;18;1110;0 ;;total;4464;360;17;10.4%;700;2;250;21;1120;1 ;;;;370;6;;720;3;255;23;1130;0 adresse;intercaln;décalage;long;380;9;;740;3;260;24;1140;0 3295433;-116;comp;;390;5;;760;2;265;17;1150;0 4579158;-110;comp;;400;6;;780;;270;13;1160;1 1556750;-109;shift2;738;410;10;;800;2;275;16;1170;0 4555636;-109;comp;;420;4;;820;2;280;11;1180;0 4916430;-107;comp;;430;2;;840;2;285;13;1190;0 3210093;-106;shift2;1146;440;11;;860;2;290;7;1200;0 3997874;-104;comp;;450;5;;880;;295;10;reste;3 2946107;-101;comp;;460;8;;900;1;300;10;total;4464 3213081;-100;shift2;279;470;8;;920;1;305;10;; 1033174;-98;comp;;480;6;;940;;310;11;; 4178347;-86;comp;;490;4;;960;;315;13;; 1150010;-82;comp;;500;4;;980;1;320;5;; 526736;-79;comp;;510;8;;1000;1;325;9;; 1558055;-74;comp;;520;4;;1020;1;330;6;; 178866;-68;shift2;797;530;4;;1040;;335;6;; 4625265;-68;shift2;869;540;7;'''371 à 600;1060;;340;5;; 1268795;-67;;;550;3;124;1080;2;345;6;; 1590849;-67;;;560;6;2.8%;1100;;350;3;; 1222168;-65;;;570;3;;1120;1;355;11;; 3832496;-65;;;580;1;'''601 à max;1140;;360;6;; 23880;-61;;;590;3;45;1160;1;365;5;; 157893;-61;;;600;3;1.0%;;42;370;1;; 4881610;-59;;;reste;45;;reste;3;;169;; 3182922;-55;;;total;4464;;total;4464;;4464;; </pre> ====ade intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ade;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-20;145;-446;69;782;242;min50;&-61;489;-1310;125;843;267;min50 31 à 400;32;-228;356;20;874;238;2 parties;&2.5;38;-356;69;957;-507;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;144;54;-;743;dte;39;Sf;&218;70;-;610;poly;232;SF 31 à 400;112;46;-;807;poly;67;tm;&149;51;-;854;poly;103;tF ;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;; ade. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;14.8.21 Paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.459;;;ade;Sx-;Sc- 41-n;0.867;0.624;0.758;;;;;;;;;;-1;0;70 1-n;0.903;0.879;0.897;;;;;;;;;;-2;3;0 ade;fx;fc;;ade;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;-3;0;0 0;12;17;;0;10;8;;0;12;17;>0;1298;-4;33;537 10;102;373;;10;83;166;;1;10;35;<0;102;-5;0;0 20;104;251;;20;85;112;;2;5;63;zéro;12;-6;2;0 30;65;128;;30;53;57;;3;18;55;total;1412;-7;1;6 40;33;124;;40;27;55;;4;14;25;;c;-8;5;20 50;22;93;;50;18;41;;5;7;19;>0;2322;-9;0;0 60;52;104;;60;42;46;;6;10;24;<0;713;-10;1;2 70;49;129;;70;40;58;;7;9;26;zéro;17;-11;4;17 80;59;106;;80;48;47;;8;8;37;total;3052;-12;1;0 90;48;99;;90;39;44;;9;14;51;;;-13;3;7 100;43;84;;100;35;37;;10;7;38;;;-14;4;12 110;48;76;;110;39;34;;11;4;32;;;-15;1;0 120;44;84;;120;36;37;;12;12;42;;;-16;1;3 130;49;67;;130;40;30;;13;10;39;;;-17;7;4 140;46;63;;140;37;28;;14;7;28;;;-18;0;0 150;37;53;;150;30;24;;15;14;26;;;-19;0;2 160;30;37;;160;24;17;;16;13;23;;;-20;1;3 170;28;47;;170;23;21;;17;7;16;;;-21;0;0 180;33;41;;180;27;18;;18;16;19;;;-22;0;2 190;31;50;;190;25;22;;19;15;14;;;-23;2;6 200;33;22;;200;27;10;;20;6;12;;;-24;0;0 210;30;27;;210;24;12;;21;7;12;;;-25;1;0 220;28;20;;220;23;9;;22;8;17;;;-26;0;6 230;27;18;;230;22;8;;23;11;13;;;-27;0;0 240;17;17;;240;14;8;;24;10;8;;;-28;1;0 250;27;12;;250;22;5;;25;4;14;;;-29;2;2 260;28;19;;260;23;8;;26;8;14;;;-30;0;0 270;15;15;;270;12;7;;27;7;9;;;-31;0;0 280;17;10;;280;14;4;;28;7;20;;;-32;2;1 290;11;9;;290;9;4;;29;2;7;;;-33;0;0 300;11;9;;300;9;4;;30;1;14;;;-34;2;2 310;10;11;;310;8;5;;31;2;13;;;-35;1;1 320;8;10;;320;7;4;;32;1;14;;;-36;0;0 330;10;5;;330;8;2;;33;7;15;;;-37;1;1 340;3;8;;340;2;4;;34;7;19;;;-38;1;0 350;6;3;;350;5;1;;35;2;11;;;-39;0;0 360;10;7;;360;8;3;;36;4;9;;;-40;1;0 370;5;1;;370;4;0;;37;2;15;;;-41;2;0 380;5;4;;380;4;2;;38;1;8;;;-42;0;0 390;2;3;;390;2;1;;39;2;6;;;-43;0;0 400;3;3;;400;2;1;;40;5;14;;;-44;0;0 reste;69;80;;;;;;;994;1446;;;-45;0;0 total;1310;2339;;t30;221;335;;;1310;2339;;;-46;2;0 diagr;1229;2242;;t50;265;432;;;304;876;;;-47;1;0 - t30;958;1490;;;;;;;;;;;-48;0;0 - t50;903;1273;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;15;9 ;;;;;;;;;;;;;total;102;713 </pre> ====ade intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_négatifs_S-|ade intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;; comp’;0;3;0;30;0;2;1;4;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;8;97;14 continu;70;0;0;540;0;0;6;21;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;4;718;10 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;33;0;2;1;5;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;15;102 ;Sc-;70;0;0;537;0;0;6;20;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9;713 </pre> ====ade autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires|ade autres intercalaires]] <pre> deb;°CDS;7060;91;;;deb;°CDS;1818424;110;;;deb;°CDS;3143759;230;comp ;&tRNA;8147;44;;;;&tRNA;1819377;53;;;;&tRNA;3144286;306;comp fin;°CDS;8265;;;;fin;°CDS;1819507;;;;fin;°CDS;3144664;;comp deb;°CDS;20441;158;;;deb;°CDS;1968293;141;;;deb;°CDS;3155946;78; ;&tRNA;21040;220;;;;regulatory;1969289;108;;;;&tRNA;3156732;694; fin;°CDS;21333;;comp;;fin;°CDS;1969480;;;;fin;°CDS;3157499;; deb;°CDS;432722;119;comp;;deb;°CDS;2235017;38;;;deb;°CDS;3253083;193;comp ;&tRNA;433303;79;comp;;;&tRNA;2235670;77;;;;&tRNA;3253990;130; fin;°CDS;433458;;comp;;fin;°CDS;2235819;;;;fin;°CDS;3254194;; deb;°CDS;664814;456;comp;;deb;°CDS;2313926;38;;;deb;°CDS;3372825;107; ;&tRNA;666509;6;comp;;;&tRNA;2314981;92;comp;;;tmRNA;3373094;219; ;&tRNA;666592;157;comp;;fin;°CDS;2315172;;comp;;fin;°CDS;3373664;; fin;°CDS;666824;;;;deb;°CDS;2335260;406;comp;;deb;°CDS;3793550;226; deb;°CDS;691951;157;comp;;;&tRNA;2337031;222;comp;;;&tRNA;3793996;386;comp ;&tRNA;693146;333;comp;;fin;°CDS;2337327;;;;fin;°CDS;3794456;;comp fin;°CDS;693563;;;;deb;°CDS;2375620;53;;;deb;°CDS;3805030;111; deb;°CDS;849021;53;;;;&tRNA;2376009;437;;;;&tRNA;3806164;127; ;&tRNA;851483;36;;;fin;°CDS;2376518;;;;fin;°CDS;3806377;;comp fin;°CDS;851592;;;;deb;°CDS;2429105;190;;;deb;°CDS;3914337;81;comp deb;°CDS;883315;64;;;;&tRNA;2429718;111;comp;;;&tRNA;3915708;63;comp ;repeat_region;883709;98;;;fin;°CDS;2429902;;;;fin;°CDS;3915853;; fin;°CDS;886703;;comp;;deb;°CDS;2623487;62;comp;;deb;°CDS;3919322;179;comp deb;°CDS;887392;77;comp;;;&tRNA;2623942;15;comp;;;&tRNA;3920245;248;comp ;repeat_region;888746;95;;;fin;°CDS;2624033;;comp;;;&tRNA;3920566;142;comp fin;°CDS;892587;;;;deb;°CDS;2624207;65;comp;;;&tRNA;3920782;18;comp deb;°CDS;1055941;68;;;;&tRNA;2625463;22;comp;;;&tRNA;3920873;134;comp ;&tRNA;1057311;105;comp;;;&tRNA;2625558;63;comp;;;&tRNA;3921081;76;comp fin;°CDS;1057492;;;;;&tRNA;2625697;46;comp;;fin;°CDS;3921231;;comp deb;°CDS;1305647;350;comp;;;&tRNA;2625826;105;comp;;deb;°CDS;4031625;149; ;&tRNA;1306222;105;comp;;fin;°CDS;2626004;;comp;;;regulatory;4032113;67; fin;°CDS;1306401;;comp;;deb;°CDS;2652965;124;comp;;fin;°CDS;4032337;; deb;°CDS;1311419;33;comp;;;&tRNA;2653452;100;;;deb;°CDS;4120462;34; ;ncRNA;1312049;302;comp;;fin;°CDS;2653636;;;;;&tRNA;4121675;246;comp fin;°CDS;1312542;;;;deb;°CDS;2680375;91;;;fin;°CDS;4121996;; deb;°CDS;1441648;14;;;;&tRNA;2680790;110;;;deb;°CDS;4164508;430; ;&tRNA;1442379;111;;;fin;°CDS;2680982;;comp;;;ncRNA;4166687;43;comp fin;°CDS;1442562;;;;deb;°CDS;2747439;94;;;fin;°CDS;4167140;;comp deb;°CDS;1492304;691;;;;&tRNA;2747806;106;comp;;deb;°CDS;4193348;55;comp ;$rRNA;1495545;187;;;fin;°CDS;2747986;;comp;;;ncRNA;4195209;68;comp ;&tRNA;1497290;22;;;deb;°CDS;3027884;161;comp;;;&tRNA;4195371;278;comp ;&tRNA;1497390;194;;;;&tRNA;3029047;184;;;;&tRNA;4195739;50;comp ;$rRNA;1497660;152;;;fin;°CDS;3029307;;;;fin;°CDS;4195880;;comp ;$rRNA;1500801;75;;;deb;°CDS;3075187;167;comp;;deb;°CDS;4454313;715;comp fin;°CDS;1500993;;comp;;;$rRNA;3076236;152;comp;;;&tRNA;4456675;27; deb;°CDS;1508769;3;;;;$rRNA;3076505;194;comp;;;&tRNA;4456792;73; ;&tRNA;1509186;60;;;;&tRNA;3079688;22;comp;;;&tRNA;4456957;492; ;&tRNA;1509320;130;;;;&tRNA;3079786;187;comp;;fin;°CDS;4457526;; fin;°CDS;1509525;;comp;;;$rRNA;3080051;590;comp;;;;;; deb;°CDS;1690794;9;;;fin;°CDS;3082199;;comp;;;;;; ;&tRNA;1691085;96;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;1691254;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====ade intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_tRNA|ade intercalaires tRNA]] <pre> ade intercalaires tRNA;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;91;;44;;3;15;deb; ;;;158;comp’;220;;9;36;<201;20 ;;;119;;79;;14;43;total;25 ;6;;456;comp’;156;;38;44;taux;80% ;;;157;comp’;353;;38;50;; ;;;53;;36;;53;53;fin; ;;comp’;68;comp’;105;;53;76;<201;16 ;;;350;;105;;62;77;total;22 ;;;14;;111;;65;79;taux;73% ;60;;3;comp’;130;;78;100;; ;;;9;comp’;96;;81;105;total; ;;;110;;53;;91;105;<201;36 ;;;38;;77;;91;106;total;47 ;;;38;comp’;92;;107;111;taux;77% ;;;406;comp’;222;;110;130;; ;;;53;;437;;111;184;; ;;comp’;190;comp’;111;;119;219;; ;;;62;;15;;157;306;; ;22 63 46;;65;;105;;158;386;; ;;comp’;124;;100;;179;437;; ;;;91;comp’;110;;230;492;; ;;comp’;94;;106;;350;694;; ;;comp’;161;;184;;406;-;; ;;;230;;306;;430;-;; ;;;78;;694;;456;-;comp’;cumuls ;;comp’;193;;130;;34;63;deb; ;;;107;;219;;68;92;<201;7 ;;comp’;226;;386;;94;96;total;9 ;;;111;comp’;127;;124;105;taux;78% ;;;81;comp’;63;;161;110;fin; ;248 142 18 134;;179;;76;;190;111;<201;9 ;;comp’;34;comp’;246;;193;127;total;13 ;;;430;;43;;226;130;taux;69% ;278;;;;50;;715;156;; ;27 73;comp’;715;;492;;-;220;total; ;;;;;;;-;222;<201;16 ;;;;;;;-;246;total;22 ;;;;;;;-;353;taux;73% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;29;25;54;;;;;;; total;34;35;69;;;;;;; taux;85%;71%;78%;;;;;;; </pre> ====ade par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_par_rapport_au_groupe_de_référence|ade par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;ade;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;12;5;;;;;17; 16;moyen;9;6;;;;4;19; 14;fort;6;7;;;;;13; ; ;27;18;;;;4;49; 10;g+cga;5;5;;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;;;;;;4; 5;autres;1;;;;;;1; ;;12;5;;;;;17; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;245;102;;;;;347;26 16;moyen;184;122;;;;82;388;324 14;fort;122;143;;;;;265;650 ; ;551;367;;;;82;49;729 10;g+cgg;102;102;;;;;204;10 2;agg+cga;41;;;;;;41; 4;carre ccc;82;;;;;;82;16 5;autres;20;;;;;;20; ;;245;102;;;;;347; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;ade;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;267;111;;378;26;44;28; 16;moyen;200;133;;333;324;33;33; 14;fort;133;156;;289;650;22;39; ; ;600;400;;45;729;27;18; 10;g+cgg;111;111;;222;10;42;; 2;agg+cga;44;;;44;;17;; 4;carre ccc;89;;;89;16;33;; 5;autres;22;;;22;;8;; ;;267;111;;378;;12;; </pre> ====delta, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#delta,_estimation_des_-rRNAs|delta, estimation des -rRNAs]] <pre> delta;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 19 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;19;90; ; ;;indices;;;;19;474;0;0;;delta1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;à faire;45 atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;45;acc;;aac;;agc;;;atc;237;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;;gca;44;gaa;;gga;;;gta;;gca;232;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;14;;14;;17;45 11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;65;3550;1.4;0;;indices;;;;65;3550;1.4;0;;delta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4500 atgi;97;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;97;tct;;tat;;atgf;149;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100 atc;6;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;243;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100 ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100 gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100 tta;108;tca;108;taa;;tga;86;;tta;108;tca;108;taa;3.1;tga;86;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100 ata;0.0;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100 gta;115;gca;2;gaa;180;gga;105;;gta;115;gca;234;gaa;180;gga;105;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100 ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1558;;1816;;1581;4954;;;;2026;;1821;;1581;5428;;;;1400;;1400;;1700;4500 rapports;;77;;100;;100;91;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;delta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;96;;fiches;57.737;;;fréquences;;;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;30 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1097;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;89;;;10;22;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;19;;;20;12;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;5;;;;ttc;18;tcc;8;tac;15;tgc;7 atc;3;acc;100;aac;100;agc;100;;delta1;45;;;40;3;;;;atc;100;acc;15;aac;18;agc;5 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;45;;;50;2;;;;ctc;22;ccc;6;cac;10;cgt;25 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;4;;;60;1;;;;gtc;0;gcc;24;gac;39;ggc;43 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;7;tca;7;taa;;tga;14 ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;2;aaa;15;aga;6 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par delta;;;;90;0;;;;cta;7;cca;5;caa;10;cga;35 gta;100;gca;1;gaa;100;gga;100;;est 22% en dessous;;;;100;3;;;;gta;13;gca;100;gaa;44;gga;5 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;6;tag;;tgg;10 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;11;acg;2;aag;15;agg;0 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;18;ccg;2;cag;12;cgg;8 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;17;gcg;22;gag;60;ggg;6 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;136;;284;;250;670 </pre> ====ade remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_remarques|ade remarques]] *code génétique ade <pre> ade;;;;;;;49 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ==epsilon== ===Arcobacter nitrofigilis DSM 7299=== ====ant opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_opérons|ant opérons]] *notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc. <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Arco_nitr_DSM_7299/arcoNitr_DSM7299-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_014166.1;ant;génome;;;;;;;;;; 28.4%GC;12.1.21 Paris;16s 4;55;;;;;;;cds dirigé;; Arcobacter nitrofigilis DSM 7299;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; ;167574..168434;;cds;;66;66;;;287;66;4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase;* ;168501..168577;;cga;@1;447;*447;;;;;; ;169025..169261;;cds;;;;;;79;;DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; ;237275..237622;;cds;;305;305;;;116;*305;nucleotide pyrophosphohydrolase;* ;237928..239444;;16s;;111;;;111;;;; ;239556..239632;;atc;;19;;19;;;;; ;239652..239727;;gca;;301;;;301;;;; ;240029..242945;;23s;;202;;;;;;; ;243148..243263;;5s;;354;354;;;;;; comp;243618..244301;;cds;;;;;;228;;bifunctional phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase/phosphoribosyl-ATP diphosphatase HisIE;* ;;;;;;;;;;;; comp;302333..303160;;cds;;155;155;;;276;;AraC family transcriptional regulator;* ;303316..303393;;cca;;10;;10;;;;; ;303404..303480;;cac;;16;;16;;;;; ;303497..303573;;aga;;61;;61;;;;; ;303635..303719;;cta;;96;;96;;;;; ;303816..303892;;atgf;;70;70;;;;70;; ;303963..304103;;cds;;;;;;47;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;316375..317343;;cds;;110;110;;;323;;glycine betaine/L-proline ABC transporter substrate-binding protein ProX";* ;317454..317530;;atgf;;109;109;;;;109;; ;317640..318416;;cds;;;;;;259;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;373519..375741;;cds;;120;120;;;*741;;PAS domain-containing protein;* ;375862..375937;;ttc;;5;;5;;;;; ;375943..376027;;tac;;65;65;;;;65;; ;376093..376725;;cds;;;;;;211;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;597419..598486;;cds;;47;47;;;356;47;class II fructose-bisphosphate aldolase;* ;598534..598618;;ttg;;208;208;;;;;; ;598827..600107;;cds;;;;;;427;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; comp;751446..752990;;cds;@2;73;73;;;515;;cache domain-containing protein;* comp;753064..753140;;gac;+;16;;16;;;;; comp;753157..753232;;gta;2 gac gta gaa;3;;3;;;;; comp;753236..753310;;gaa;2 aaa;31;;31;;;;; comp;753342..753417;;aaa;;8;;8;;;;; comp;753426..753502;;gac;;22;;22;;;;; comp;753525..753600;;gta;;3;;3;;;;; comp;753604..753678;;gaa;;42;;42;;;;; comp;753721..753796;;aaa;;40;40;;;;40;; comp;753837..754343;;cds;;;;;;169;;CinA family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;833388..833978;;cds;;142;142;;;197;;LemA family protein;* comp;834121..834204;;ctc;;93;93;;;;93;; comp;834298..836409;;cds;;;;;;*704;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1445917..1449822;;cds;;93;93;;;*1302;93;hemolysin-type calcium-binding region;* ;1449916..1449991;;gaa;;270;270;;;;;; ;1450262..1450510;;cds;;;;;;83;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;1615201..1615542;;cds;;29;29;;;114;29;hp; ;1615572..1615647;;gtc;;99;99;;;;;; ;1615747..1616595;;cds;;;;;;283;;universal stress protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1703617..1703835;;cds;;1;1;;;73;1;hp; comp;1703837..1703913;;atgf;;12;;12;;;;; comp;1703926..1704000;;caa;;117;117;;;;;; ;1704118..1705149;;cds;;;;;;344;;bifunctional 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase/GTP cyclohydrolase II;* ;;;;;;;;;;;; comp;2221719..2222525;;cds;+;242;242;;;269;;hp; comp;2222768..2222842;;aac;2 aac;33;;33;;;;; comp;2222876..2222950;;aac;;72;72;;;;72;; comp;2223023..2223931;;cds;@3;;;;;303;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2282678..2283442;;cds;;349;349;;;255;;oxidoreductase;* comp;2283792..2283880;;tcc;;81;;81;;;;; comp;2283962..2284038;;gga;;39;;39;;;;; comp;2284078..2284154;;atgi;;15;;15;;;;; comp;2284170..2284259;;agc;;102;102;;;;102;; comp;2284362..2285048;;cds;;;;;;229;;orotidine-5'-phosphate decarboxylase;* ;;;;;;;;;;;; ;2323802..2324866;;cds;@4;12;12;;;355;12;methyltransferase domain-containing protein;* comp;2324879..2324954;;acc;;167;;;167;;;; comp;2325122..2325237;;5s;;202;;;;;;; comp;2325440..2328356;;23s;;300;;;300;;;; comp;2328657..2328732;;gca;;19;;19;;;;; comp;2328752..2328828;;atc;;111;;;111;;;; comp;2328940..2330456;;16s;;378;378;;;;;; comp;2330835..2331530;;cds;;;;;;232;;5'-methylthioadenosine/adenosylhomocysteine nucleosidase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2581821..2582840;;cds;;192;192;;;340;;UDP-glucose 4-epimerase GalE;* comp;2583033..2583108;;tgc;;45;;45;;;;; comp;2583154..2583242;;tca;;16;;16;;;;; comp;2583259..2583345;;tta;;143;143;;;;*143;; ;2583489..2585177;;cds;;;;;;563;;dihydroxy-acid dehydratase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2637277..2637459;;cds;;81;81;;;61;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2637541..2637616;;tgg;;31;31;;;;31;; comp;2637648..2637815;;cds;;;;;;56;;50S ribosomal protein L33;* ;;;;;;;;;;;; comp;2637824..2639032;;cds;;240;240;;;403;;elongation factor Tu;* comp;2639273..2639349;;gga;;8;;8;;;;; comp;2639358..2639442;;tac;;69;;69;;;;; comp;2639512..2639588;;aca;;21;;21;;;;; comp;2639610..2639685;;ttc;;41;41;;;;41;; comp;2639727..2640881;;cds;;;;;;385;;UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine—D-glutamate ligase;* ;;;;;;;;;;;; ;2656033..2656263;;cds;;231;231;;;77;*231;transcriptional antiterminator Rof;* comp;2656495..2656610;;5s;;223;;;;;;; comp;2656834..2659750;;23s;;301;;;301;;;; comp;2660052..2660127;;gca;;19;;19;;;;; comp;2660147..2660223;;atc;;111;;;111;;;; comp;2660335..2661851;;16s;;292;292;;;;;; comp;2662144..2662782;;cds;;;;;;213;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;2693436..2695451;;cds;;95;95;;;*672;;dynamin family protein;* ;2695547..2695621;;caa;;16;;16;;;;; ;2695638..2695724;;tta;;7;;7;;;;; ;2695732..2695808;;gga;;14;;14;;;;; ;2695823..2695898;;aaa;;16;;16;;;;; ;2695915..2695991;;atgf;;14;;14;;;;; ;2696006..2696082;;atgj;;12;;12;;;;; ;2696095..2696171;;aca;;30;;30;;;;; ;2696202..2696290;;tca;;90;90;;;;90;; ;2696381..2696893;;cds;;;;;;171;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;3082950..3083174;;cds;;143;143;;;75;*143;CcoQ/FixQ family Cbb3-type cytochrome c oxidase assembly chaperone;* comp;3083318..3083393;;acc;;173;;;173;;;; comp;3083567..3083682;;5s;;202;;;;;;; comp;3083885..3086801;;23s;;273;;;273;;;; comp;3087075..3087150;;gca;;19;;19;;;;; comp;3087170..3087246;;atc;;111;;;111;;;; comp;3087358..3088874;;16s;;462;*462;;;;;; ;3089337..3090032;;cds;;;;;;232;;Bax inhibitor-1/YccA family protein;* </pre> ====ant cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_cumuls|ant cumuls]] *Notes: * pour les jaunes <pre> ant cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;4;1;0;;1;1;1;1;100;8 ;16 23 5s 0;;20;21;;50;6;20;1;200;5 ;16 atc gca;4;40;6;;100;11;40;3;300;12 ;16 23 5s a;;60;2;;150;8;60;2;400;7 ;max a;3;80;2;;200;2;80;4;500;2 ;a doubles;;100;2;;250;4;100;3;600;2 ;autres;;120;;4;300;2;120;2;700;*1 ;total aas;10;140;;0;350;2;140;0;800;*2 sans ;opérons;16;160;;0;400;2;160;*2;900;0 ;1 aa;7;180;;2;450;*1;180;0;1000;0 ;max a;8;200;;0;500;*1;200;0;1100;0 ;a doubles;2;;;4;;0;;*2;;*1 ;total aas;45;;33;10;;40;;20;;40 total aas;;55;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;25;196;;155;;89;;301 ;;;variance;22;88;;121;;73;;240 sans jaune;;;moyenne;;;;139;;60;;239 ;;;variance;;;;102;;33;;132 </pre> ====ant blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_blocs|ant blocs]] <pre> Blocs 16s ant;;;;;;;; cds;143;12;;cds;231;;cds;305 acc;173;167;;5s;223;;16s;111 5s;202;202;;23s;301;;atc;19 23s;273;300;;gca;19;;gca;301 gca;19;19;;atc;111;;23s;202 atc;111;111;;16s;292;;5s;354 16s;462;378;;cds;;;cds; cds;;;;;;;; </pre> ====ant remarques==== ====ant distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_distribution|ant distribution]] *Notes: atgf gaa ont chacun un 1aa le reste >1aa. aac est un double. <pre> distribution;ant;;;;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;4;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;38;7;;2;;8;55 ;;;;;;; ;;;;;;; distribution;ant;;;;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;4;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total ;24;;28;;3;;55 </pre> ====ant données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_données_intercalaires|ant données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ant;fx;fc;ant;fx40;fc40;ant;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;9;56;0;9;56;-1;0;164;66;155;CDS 16s;;;tRNA tRNA;; 1;0;10;82;479;1;11;109;-2;0;0;447;1;305;462;;10;;cca 1;0;20;52;230;2;16;54;-3;0;0;70;117;378;;;16;;cac ;1;30;35;74;3;3;56;-4;40;221;110;12;292;;;61;;aga ;2;40;17;53;4;7;24;-5;0;2;109;143;23s 5s;;;96;;cta ;2;50;15;63;5;11;22;-6;7;0;120;143;3* 202;;;**;;atgf ;0;60;18;73;6;8;18;-7;0;12;65;;223;;;5;;ttc ;3;70;19;83;7;7;14;-8;5;98;47;;5s CDS;;;**;;tac ;2;80;20;83;8;4;46;-9;3;0;208;;-;354;;16;;gac ;2;90;35;77;9;6;88;-10;1;7;73;;-;231;;3;;gta ;4;100;24;54;10;9;48;-11;3;46;40;;16s tRNA;;;31;;gaa ;3;110;32;40;11;5;43;-12;3;1;142;;4* 111;;atc;8;;aaa 1;1;120;25;51;12;7;45;-13;0;9;93;;tRNA 23s;;;22;;gac ;0;130;27;35;13;8;31;-14;1;34;93;;2* 301;;gca;3;;gta ;0;140;26;31;14;7;15;-15;3;0;270;;300;;gca;42;;gaa 2;1;150;19;29;15;2;19;-16;1;0;29;;273;;gca;**;;aaa 1;0;160;32;21;16;2;19;-17;2;24;99;;5s tRNA;;;12;;atgf ;0;170;9;11;17;3;12;-18;0;0;242;;167;;acc;**;;caa ;0;180;8;22;18;4;22;-19;0;2;72;;173;;acc;33;;aac ;0;190;19;11;19;10;16;-20;1;19;349;;tRNA tRNA;;intra;**;;aac ;1;200;11;15;20;4;8;-21;1;0;102;;4* 19;;atc gca;81;;tcc ;1;210;11;9;21;6;16;-22;0;0;192;;;;;39;;gga ;0;220;9;9;22;4;7;-23;0;9;81;;;;;15;;atgi ;0;230;3;10;23;5;6;-24;1;0;31;;;;;**;;agc ;1;240;6;10;24;2;4;-25;0;2;240;;;;;45;;tgc ;1;250;5;4;25;4;4;-26;1;5;41;;;;;16;;tca ;0;260;8;5;26;2;10;-27;2;0;95;;;;;**;;tta ;1;270;7;2;27;3;5;-28;0;0;90;;;;;8;;gga ;0;280;2;7;28;2;4;-29;1;7;;;;;;69;;tac ;0;290;3;2;29;4;12;-30;0;0;;;;;;21;;aca ;0;300;9;3;30;3;6;-31;0;1;;;;;;**;;ttc ;0;310;4;1;31;3;8;-32;1;5;;;;;;16;;caa ;0;320;1;2;32;1;1;-33;0;0;;;;;;7;;tta ;0;330;3;4;33;2;8;-34;0;0;;;;;;14;;gga ;0;340;0;4;34;1;5;-35;1;2;;;;;;16;;aaa ;1;350;1;1;35;2;5;-36;0;0;;;;;;14;;atgf ;0;360;0;3;36;1;5;-37;0;0;;;;;;12;;atgj ;0;370;1;1;37;1;6;-38;1;3;;;;;;30;;aca ;0;380;1;0;38;2;4;-39;0;0;;;;;;**;;tca ;0;390;1;3;39;2;7;-40;0;0;;;;;;;; ;0;400;1;1;40;2;4;-41;1;0;;;;;;;; ;1;reste;21;30;reste;436;810;-42;0;0;;;;;;;; 6;28;total;631;1702;total;631;1702;-43;1;0;;;;;;;; 6;27;diagr;601;1616;diagr;186;836;-44;0;0;;;;;;;; 2;1; t30;169;783;;;;-45;0;0;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;; ;x;622;83;9;714;;;-49;1;0;;;;;;;; ;c;1646;679;56;2381;;;-50;0;0;;;;;;;; ;;;;;3095;95;;reste;1;6;;;;;;;; ;;;;;;3190;;total;83;679;;;;;;;; </pre> =====ant autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires_aas|ant autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;ant;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;167574;66;; ;tRNA;168501;447;;cga fin;CDS;169025;;; deb;CDS;237275;305;; 16s;rRNA;237928;111;; ;tRNA;239556;19;;atc ;tRNA;239652;301;;gca 23s;rRNA;240029;202;; 5s;rRNA;243148;354;; fin;CDS;243618;;comp; deb;CDS;302333;155;comp; ;tRNA;303316;10;;cca ;tRNA;303404;16;;cac ;tRNA;303497;61;;aga ;tRNA;303635;96;;cta ;tRNA;303816;70;;atgf fin;CDS;303963;;; deb;CDS;316375;110;; ;tRNA;317454;109;;atgf fin;CDS;317640;;; deb;CDS;373519;120;; ;tRNA;375862;5;;ttc ;tRNA;375943;65;;tac fin;CDS;376093;;; deb;CDS;597419;47;; ;tRNA;598534;208;;ttg fin;CDS;598827;;; deb;CDS;751446;73;comp; ;tRNA;753064;16;comp;gac ;tRNA;753157;3;comp;gta ;tRNA;753236;31;comp;gaa ;tRNA;753342;8;comp;aaa ;tRNA;753426;22;comp;gac ;tRNA;753525;3;comp;gta ;tRNA;753604;42;comp;gaa ;tRNA;753721;40;comp;aaa fin;CDS;753837;;comp; deb;CDS;833388;142;comp; ;tRNA;834121;93;comp;ctc fin;CDS;834298;;comp; deb;CDS;1445917;93;; ;tRNA;1449916;270;;gaa fin;CDS;1450262;;; deb;CDS;1615201;29;; ;tRNA;1615572;99;;gtc fin;CDS;1615747;;; deb;CDS;1703617;1;; ;tRNA;1703837;12;comp;atgf ;tRNA;1703926;117;comp;caa fin;CDS;1704118;;; deb;CDS;1907982;-5;; ;ncRNA;1908268;28;comp; fin;CDS;1908619;;comp; deb;CDS;2221719;242;comp; ;tRNA;2222768;33;comp;aac ;tRNA;2222876;72;comp;aac fin;CDS;2223023;;comp; deb;CDS;2282678;349;comp; ;tRNA;2283792;81;comp;tcc ;tRNA;2283962;39;comp;gga ;tRNA;2284078;15;comp;atgi ;tRNA;2284170;102;comp;agc fin;CDS;2284362;;comp; deb;CDS;2323802;12;; ;tRNA;2324879;167;comp;acc 5s;rRNA;2325122;202;comp; 23s;rRNA;2325440;300;comp; ;tRNA;2328657;19;comp;gca ;tRNA;2328752;111;comp;atc 16s;rRNA;2328940;378;comp; fin;CDS;2330835;;comp; deb;CDS;2425110;353;; ;tmRNA;2427398;181;comp; fin;CDS;2427974;;comp; deb;CDS;2581821;192;comp; ;tRNA;2583033;45;comp;tgc ;tRNA;2583154;16;comp;tca ;tRNA;2583259;143;comp;tta fin;CDS;2583489;;; deb;CDS;2637277;81;comp; ;tRNA;2637541;31;comp;tgg fin;CDS;2637648;;comp; deb;CDS;2637824;240;comp; ;tRNA;2639273;8;comp;gga ;tRNA;2639358;69;comp;tac ;tRNA;2639512;21;comp;aca ;tRNA;2639610;41;comp;ttc fin;CDS;2639727;;comp; deb;CDS;2656033;231;; 5s;rRNA;2656495;223;comp; 23s;rRNA;2656834;301;comp; ;tRNA;2660052;19;comp;gca ;tRNA;2660147;111;comp;atc 16s;rRNA;2660335;292;comp; fin;CDS;2662144;;comp; deb;CDS;2693436;95;; ;tRNA;2695547;16;;caa ;tRNA;2695638;7;;tta ;tRNA;2695732;14;;gga ;tRNA;2695823;16;;aaa ;tRNA;2695915;14;;atgf ;tRNA;2696006;12;;atgj ;tRNA;2696095;30;;aca ;tRNA;2696202;90;;tca fin;CDS;2696381;;; deb;CDS;2739487;88;comp; ;Regulatory;2740208;48;comp; fin;CDS;2740399;;comp; deb;CDS;2825449;163;; ;repeat_region;2825927;233;; fin;CDS;2827303;;; deb;CDS;3082950;143;; ;tRNA;3083318;173;comp;acc 5s;rRNA;3083567;202;comp; 23s;rRNA;3083885;273;comp; ;tRNA;3087075;19;comp;gca ;tRNA;3087170;111;comp;atc 16s;rRNA;3087358;462;comp; fin;CDS;3089337;;; </pre> ====ant intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_entre_cds|ant intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> ant;5.2.21 Paris;;ant 24.9.20;;;;;;; ant;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5 ;'''négatif;762;24.6;'''négatif ;-8;9;-1 à -79;'''3 192 235;-1;762 ;'''zéro;65;2.1;;;;;'''intercals;0;65 ;'''1 à 200;2060;66.6;'''0 à 200;56;54;;'''192 251;5;313 ;'''201 à 370;150;4.8;'''201 à 370;258;43;;'''6.0%;10;248 ;'''371 à 600;33;1.1;'''371 à 600;470;68;;;15;182 ;'''601 à max;25;0.8;'''601 à 1028;769;128;;;20;100 ;'''total 3095;<201;93.3;'''total 3094;60;105;-79 à 1028;;25;58 adresse;intercalx;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;Cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;51 184238;1181;-1;762;-70;2;;0;65;35;36 2384649;1028;0;65;-60;1;;-1;°164;40;34 710835;984;1;°120;-50;4;;-2;0;45;33 982825;947;2;70;-40;3;;-3;0;50;45 3045330;924;3;59;-30;14;'''min à -1;-4;°261;55;47 1534263;916;4;31;-20;49;762;-5;2;60;44 2391806;863;5;°33;-10;137;24.6%;-6;7;65;60 269108;850;6;26;0;617;;-7;12;70;42 1454453;848;7;21;10;561;;-8;°103;75;54 1174364;789;8;50;20;282;;-9;3;80;49 1115863;783;9;°94;30;109;;-10;8;85;56 2054584;776;10;57;40;70;'''1 à 100;-11;°49;90;56 2920637;773;11;48;50;78;1586;-12;4;95;31 1754154;772;12;°52;60;91;51.2%;-13;9;100;47 997474;739;13;39;70;102;;-14;°35;105;38 1906747;712;14;22;80;103;;-15;3;110;34 1172194;702;15;°21;90;112;;-16;1;115;45 606029;672;16;21;100;78;;-17;°26;120;31 1071807;649;17;15;110;72;;-18;0;125;35 1204569;642;18;°26;120;76;;-19;2;130;27 792914;628;19;26;130;62;;-20;°20;135;33 2100174;625;20;12;140;57;;-21;1;140;24 949485;617;21;°22;150;48;;-22;0;145;24 2733159;613;22;11;160;53;;-23;°9;150;24 2042643;612;23;11;170;20;'''1 à 200;-24;1;155;21 2270147;596;24;6;180;30;2060;-25;2;160;32 3006396;587;25;8;190;30;66.6%;-26;°6;165;16 2176130;583;26;°12;200;26;;-27;2;170;4 27717;575;27;8;210;20;;-28;0;175;15 1024897;562;28;6;220;18;;-29;°8;180;15 715253;551;29;°16;230;13;;-30;0;185;15 2128182;532;30;9;240;16;;-31;1;190;15 1829788;526;31;°11;250;9;;-32;°6;195;14 1763296;520;32;2;260;13;'''0 à 200;;810;200;12 ;;33;°10;270;9;2125;reste;17;205;11 ;;34;6;280;9;;total;827;210;9 ;;35;7;290;5;;;;215;10 ;;36;6;300;12;;'''intercal;<u>'''frequencef;220;8 ;;37;7;310;5;;600;3070;225;5 ;;38;6;320;3;;620;3;230;8 ;;39;°9;330;7;;640;2;235;6 ;;40;6;340;4;'''201 à 370;660;2;240;10 ;;;1246;350;2;150;680;1;245;6 ;;;3095;360;3;4.8%;700;;250;3 ;;;;370;2;;720;2;255;7 ;;;;380;1;;740;1;260;6 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;4;;760;;265;5 3067823;-79;comp;;400;2;;780;3;270;4 2531271;-71;shift2;1430;410;3;;800;2;275;5 1382616;-65;shift2;248;420;1;;820;;280;4 1058996;-59;shift2;389;430;0;;840;;285;3 2237436;-56;shift2;872;440;0;;860;2;290;2 641645;-55;shift2;861;450;3;;880;1;295;5 1374304;-53;shift2;1223;460;4;;900;;300;7 3090072;-49;;;470;0;;920;1;305;1 542837;-43;;;480;1;;940;1;310;4 2236436;-41;;;490;1;;960;1;315;3 907463;-38;;;500;1;;980;;320;0 984116;-38;;;510;2;;1000;1;325;3 1476725;-38;;;520;2;;1020;;330;4 1904926;-38;;;530;1;;1040;1;335;3 1716281;-35;;;540;1;'''371 à 600;;24;340;1 2233985;-35;;;550;0;33;;;345;0 3184884;-35;;;560;1;1.1%;;;350;2 531215;-32;;;570;1;;;;355;2 642505;-32;;;580;1;'''601 à max;;;360;1 1843228;-32;;;590;2;25;;;365;1 2546649;-32;;;600;1;0.8%;;;370;1 2808157;-32;;;reste;25;;reste;1;reste;58 3127986;-32;;;total;3095;;total;3095;total;3095 </pre> ====ant intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ant;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-25;209;-664;88;680;279;min40;-135;1021;-2424;183;664;252;min40 31 à 400;60;-400;637;9.8;785;222;2 parties;4.8;28;-332;62;888;-194;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;183;63;-;609;poly;70;SF;262;79;-;358;poly;306;SF 31 à 400;132;48;-;673;poly;112;tF;130;43;-;746;poly;142;tF ;;;;;;;;;;;;;; ant. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;0.038;0.255;0.669;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.575;;;;; ;0.730;0.271;0.538;;;;;;;;;;;; ;0.876;0.892;0.886;;;;;;;;;;;; ant;fx;fc;;ant;fx%;fc%;;fre;fx40;fc40;;x;ant;comp’;continu 0;9;56;;0;15;35;;0;9;56;>0;622;-1;0;164 10;82;479;;10;136;296;;1;11;109;<0;83;-2;0;0 20;52;230;;20;87;142;;2;16;54;zéro;9;-3;0;0 30;35;74;;30;58;46;;3;3;56;total;714;-4;40;221 40;17;53;;40;28;33;;4;7;24;;c;-5;0;2 50;15;63;;50;25;39;;5;11;22;>0;1646;-6;7;0 60;18;73;;60;30;45;;6;8;18;<0;679;-7;0;12 70;19;83;;70;32;51;;7;7;14;zéro;56;-8;5;98 80;20;83;;80;33;51;;8;4;46;total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reste;21;30;;;;;;reste;436;810;;;-42;0;0 total;631;1702;;t30;281;485;;total;631;1702;;;-43;1;0 diagr;601;1616;;t60;364;601;;diagr;186;836;;;-44;0;0 - t30;432;833;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;382;644;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;;total;83;679 </pre> ====ant intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_négatifs_S-|ant intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;; comp’;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83;1 continu;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679;6 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total Sx-;;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83 Sc-;;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679 </pre> ====ant autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires|ant autres intercalaires]] <pre> ant;autres intercalaires;;adresses1;;;ant;autres intercalaires;;adresses2;;;ant;autres intercalaires;;adresses3; deb;°CDS;167574;66;;;deb;°CDS;1445917;93;;;deb;°CDS;2637277;81;comp ;&tRNA;168501;447;;;;&tRNA;1449916;270;;;;&tRNA;2637541;31;comp fin;°CDS;169025;;;;fin;°CDS;1450262;;;;fin;°CDS;2637648;;comp deb;°CDS;237275;305;;;deb;°CDS;1615201;29;;;deb;°CDS;2637824;240;comp ;$rRNA;237928;111;;;;&tRNA;1615572;99;;;;&tRNA;2639273;8;comp ;&tRNA;239556;19;;;fin;°CDS;1615747;;;;;&tRNA;2639358;69;comp ;&tRNA;239652;301;;;deb;°CDS;1703617;1;;;;&tRNA;2639512;21;comp ;$rRNA;240029;202;;;;&tRNA;1703837;12;comp;;;&tRNA;2639610;41;comp ;$rRNA;243148;354;;;;&tRNA;1703926;117;comp;;fin;°CDS;2639727;;comp fin;°CDS;243618;;comp;;fin;°CDS;1704118;;;;deb;°CDS;2656033;231; deb;°CDS;302333;155;comp;;deb;°CDS;1907982;-5;;;;$rRNA;2656495;223;comp ;&tRNA;303316;10;;;;ncRNA;1908268;28;comp;;;$rRNA;2656834;301;comp ;&tRNA;303404;16;;;fin;°CDS;1908619;;comp;;;&tRNA;2660052;19;comp ;&tRNA;303497;61;;;deb;°CDS;2221719;242;comp;;;&tRNA;2660147;111;comp ;&tRNA;303635;96;;;;&tRNA;2222768;33;comp;;;$rRNA;2660335;292;comp ;&tRNA;303816;70;;;;&tRNA;2222876;72;comp;;fin;°CDS;2662144;;comp fin;°CDS;303963;;;;fin;°CDS;2223023;;comp;;deb;°CDS;2693436;95; deb;°CDS;316375;110;;;deb;°CDS;2282678;349;comp;;;&tRNA;2695547;16; ;&tRNA;317454;109;;;;&tRNA;2283792;81;comp;;;&tRNA;2695638;7; fin;°CDS;317640;;;;;&tRNA;2283962;39;comp;;;&tRNA;2695732;14; deb;°CDS;373519;120;;;;&tRNA;2284078;15;comp;;;&tRNA;2695823;16; ;&tRNA;375862;5;;;;&tRNA;2284170;102;comp;;;&tRNA;2695915;14; ;&tRNA;375943;65;;;fin;°CDS;2284362;;comp;;;&tRNA;2696006;12; fin;°CDS;376093;;;;deb;°CDS;2323802;12;;;;&tRNA;2696095;30; deb;°CDS;597419;47;;;;&tRNA;2324879;167;comp;;;&tRNA;2696202;90; ;&tRNA;598534;208;;;;$rRNA;2325122;202;comp;;fin;°CDS;2696381;; fin;°CDS;598827;;;;;$rRNA;2325440;300;comp;;deb;°CDS;2739487;88;comp deb;°CDS;751446;73;comp;;;&tRNA;2328657;19;comp;;;Regulatory;2740208;48;comp ;&tRNA;753064;16;comp;;;&tRNA;2328752;111;comp;;fin;°CDS;2740399;;comp ;&tRNA;753157;3;comp;;;$rRNA;2328940;378;comp;;deb;°CDS;2825449;163; ;&tRNA;753236;31;comp;;fin;°CDS;2330835;;comp;;;repeat_region;2825927;233; ;&tRNA;753342;8;comp;;deb;°CDS;2425110;353;;;fin;°CDS;2827303;; ;&tRNA;753426;22;comp;;;tmRNA;2427398;181;comp;;deb;°CDS;3082950;143; ;&tRNA;753525;3;comp;;fin;°CDS;2427974;;comp;;;&tRNA;3083318;173;comp ;&tRNA;753604;42;comp;;deb;°CDS;2581821;192;comp;;;$rRNA;3083567;202;comp ;&tRNA;753721;40;comp;;;&tRNA;2583033;45;comp;;;$rRNA;3083885;273;comp fin;°CDS;753837;;comp;;;&tRNA;2583154;16;comp;;;&tRNA;3087075;19;comp deb;°CDS;833388;142;comp;;;&tRNA;2583259;143;comp;;;&tRNA;3087170;111;comp ;&tRNA;834121;93;comp;;fin;°CDS;2583489;;;;;$rRNA;3087358;462;comp fin;°CDS;834298;;comp;;;;;;;;fin;°CDS;3089337;; </pre> ====ant intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_tRNA|ant intercalaires tRNA]] <pre> ant ;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;66;;447;;29;31;'''deb; ;10 16 61 96;comp’;155;;70;;47;40;<201;11 ;;;110;;109;;66;41;total;14 ;5;;120;;65;;73;65;taux;79% ;;;47;;208;;81;70;'''fin; ;16 3 31 8 22 3 42;;73;;40;;93;73;<201;12 ;;;142;;93;;95;90;total;15 ;;;93;;270;;110;93;taux;80% ;;;29;;99;;120;99;'''total; ;12;comp’;1;;117;;142;102;<201;23 ;33;;242;;73;;192;109;total;29 ;81 39 15;;349;;102;;240;117;taux;79% ;;comp’;12;;;;242;208;; ;45 16;;192;comp’;143;;349;270;; ;;;81;;31;;'''-;447;'''comp’;'''cumuls ;8 69 21;;240;;41;;1;143;'''deb;100% ;16 7 14 16 14 12 30;;95;;90;;12;-;'''fin;100% ;;comp’;143;;;;143;-;'''total;100% ;;;;;;;155;-;; ;;;;;;;;;; comp’+continu;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;15;13;28;;;;;;; total;18;16;34;;;;;;; %;83%;81%;82%;;;;;;; </pre> ====ant par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_par_rapport_au_groupe_de_référence|ant par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;ant;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;3;;;;;;3; 16;moyen;2;12;;;2;8;24; 14;fort;2;24;2;;;;28; ; ;7;36;2;0;2;8;55; 10;g+cga;1;;;;;;1; 2;agg+cgg;;;;;;;0; 4;carre ccc;2;;;;;;2; 5;autres;;;;;;;0; ;;3;0;0;0;0;0;3; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;55;;;;;;55;26 16;moyen;36;218;0;;36;145;436;324 14;fort;36;436;36;;;;509;650 ;;127;655;36;0;36;145;55;729 10;g+cga;18;;;;;;18;10 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;36;;;;;;36;16 5;autres;;;;;;;; ;;55;0;0;0;0;0;55; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;67;;;67;26;;0; 16;moyen;44;267;;311;324;;33; 14;fort;44;533;44;622;650;;67; ;;156;800;44;45;729;;36; 10;g+cga;22;;;22;10;;; 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;44;;;44;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;67;;;67;;;; </pre> ====epsilon, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#epsilon,_estimation_des_-rRNAs|epsilon, estimation des -rRNAs]] <pre> epsilon;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 40 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;40;187; ; ;;indices;;;;40;468;0;0;;epsi1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;45 atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;3;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;80;acc;3;aac;3;agc;;;atc;200;acc;8;aac;8;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;89;gaa;;gga;;;gta;5;gca;223;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;3 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;172;;13;;2;187;;;;430;;33;;5;468;;;;14;;28;;3;45 11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;161;6531;0;0;;indices;;;;161;6531;0;0;;epsi1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4500 atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;104;;atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;106;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;400 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;95;;ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;200;tcc;100;tac;200;tgc;100 atc;-9;acc;92;aac;105;agc;101;;atc;191;acc;99;aac;112;agc;101;;atc;;acc;;aac;200;agc;100 ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt; gtc;98;gcc;95;gac;134;ggc;140;;gtc;98;gcc;95;gac;139;ggc;140;;gtc;100;gcc;;gac;200;ggc; tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;200;tca;200;taa;;tga; ata;0.0;aca;108;aaa;143;aga;124;;ata;;aca;108;aaa;150;aga;124;;ata;;aca;200;aaa;300;aga;100 cta;101;cca;99;caa;109;cga;100;;cta;101;cca;101;caa;109;cga;100;;cta;100;cca;200;caa;100;cga;100 gta;134;gca;-24;gaa;173;gga;111;;gta;139;gca;199;gaa;173;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;300;gga;300 ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;100 atgj;98;acg;1.9;aag;6.5;agg;96;;atgj;98;acg;1.9;aag;9.0;agg;96;;atgj;100;acg;;aag;;agg; ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;23;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;25;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1287;;1663;;641;3591;;;;1717;;1695;;646;4058;;;;1400;;2800;;300;4500 rapports;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;epsi1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;98;;fiches;39.7;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;74 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1588;;;0/0;4;cgt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;avec;188;;;10;13;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;40;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;0;;;;ttc;47;tcc;3;tac;49;tgc;1 atc;-5;acc;92;aac;93;agc;100;;epsi1;45;;;40;2;;;;atc;100;acc;100;aac;48;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;45;;;50;7;23;;;ctc;1;ccc;100;cac;0;cgt; gtc;100;gcc;100;gac;96;ggc;100;;avec;10;;;60;2;;;;gtc;2;gcc;100;gac;33;ggc;100 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;48;tca;50;taa;;tga;100 ata;;aca;100;aaa;95;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;;aca;46;aaa;53;aga;19 cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par epsilon;;;;90;0;;;;cta;1;cca;51;caa;8;cga;0 gta;96;gca;-12;gaa;100;gga;100;;est 13% au dessu;;;;100;18;;;;gta;33;gca;100;gaa;42;gga;63 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;;tgg;0 atgj;100;acg;100;aag;72;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;2;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;;gcg;;gag;90;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100 ;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;127;;546;;3;676 </pre> ===pub=== ====pub opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_opérons|pub opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Cand_Pela_ubique_HTCC1062/candPela_UBIQUE_HTCC1062-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007205.1;ant;génome;;;;;;;;;; 29.2%GC;30.1.21 Paris;16s 1;31;;;;;;;cds dirigé;; Pelagibacter ubique;;;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; ;41060..41653;;cds;;20;20;;;198;;ABC transporter substrate-binding protein;* comp;41674..41750;;atgi;;66;;66;;;;; comp;41817..41891;;gtc;;8;8;;;;8;; comp;41900..43723;;cds;;;;;;*608;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;; comp;114873..116147;;cds;;3;3;;;425;3;CCA tRNA nucleotidyltransferase;* comp;116151..116224;;caa;;32;32;;;;;; comp;116257..117102;;cds;;;;;;282;;4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol kinase;* ;;;;;;;;;;;; comp;319204..319548;;cds;;22;22;;;115;22;4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase;* comp;319571..319645;;ggc;;97;97;;;;;; ;319743..320384;;cds;;;;;;214;;LON peptidase substrate-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;407852..408448;;cds;;68;68;;;199;;DedA family protein;* ;408517..408601;;ttg;;7;7;;;;7;; ;408609..410315;;cds;;;;;;*569;;AMP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;414886..415407;;cds;;26;26;;;174;26;PaaI family thioesterase;* comp;415434..415510;;cgt;;75;75;;;;;; ;415586..416773;;cds;;;;;;396;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;438405..440213;;cds;;2;2;;;*603;2;elongation factor 4;* ;440216..440305;;tcc;;5;5;;;;5;; comp;440311..441081;;cds;;;;;;257;;FkbM family methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;461643..462362;;cds;;2;2;;;240;2;VTT domain-containing protein;* comp;462365..462438;;acc;;101;101;;;;;; ;462540..462737;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;; ;466335..466550;;cds;;5;5;;;72;5;translation initiation factor IF-1;* ;466556..466631;;ttc;;88;88;;;;;; ;466720..466932;;cds;;235;235;;;71;;cold-shock protein;* ;467168..467242;;cac;;5;5;;;;5;; ;467248..468645;;cds;;;;;;466;;histidine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; comp;509729..511027;;cds;;330;*330;;;433;*330;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;511358..512832;;16s;@1;98;;;;;;; ;512931..513007;;atc;;9;;;9;;;; ;513017..513092;;gca;;149;;;;;;; ;513242..515995;;23s;;446;*446;;;;;; ;516442..516975;;cds;;46625;;;;178;;WbuC family cupin fold metalloprotein;* ;;;;;;;;;;;; ;563601..564479;;cds;;52;52;;;293;;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;* ;564532..564646;;5s;;13;13;;;;13;; ;564660..564785;;cds;;;;;;42;;type B 50S ribosomal protein L36;* ;;;;;;;;;;;; ;567715..568413;;cds;;18;18;;;233;;transaldolase;* comp;568432..568508;;atgf;;6;6;;;;6;; comp;568515..568709;;cds;;;;;;65;;30S ribosomal protein S21;* ;;;;;;;;;;;; comp;593396..594376;;cds;;23;23;;;327;;RluA family pseudouridine synthase;* ;594400..594476;;cga;@2;16;16;;;;16;; comp;594493..595425;;cds;;;;;;311;;threonylcarbamoyl-AMP synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;842772..843023;;cds;;101;101;;;84;;DUF1289 domain-containing protein;* ;843125..843209;;cta;;16;16;;;;16;; ;843226..844659;;cds;;;;;;478;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;; ;846722..849106;;cds;;49;49;;;*795;49;endopeptidase La;* ;849156..849231;;gta;;13;;13;;;;; ;849245..849321;;gac;;88;88;;;;;; ;849410..849778;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;; ;934654..936063;;cds;;31;31;;;470;31;potassium transporter Trk;* ;936095..936171;;aga;;170;170;;;;;; ;936342..937382;;cds;;;;;;347;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; ;941232..942389;;cds;;19;19;;;386;19;hp;* comp;942409..942484;;aac;;52;;52;;;;; comp;942537..942610;;tgc;;128;128;;;;;; ;942739..945366;;cds;;;;;;*876;;valine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; ;970015..971127;;cds;;200;200;;;371;;tRNA guanosine(34) transglycosylase Tgt;* ;971328..971403;;aaa;;20;20;;;;20;; comp;971424..972251;;cds;;;;;;276;;M48 family metallopeptidase;* ;;;;;;;;;;;; ;975062..975328;;cds;;0;0;;;89;0;succinate dehydrogenase assembly factor 2;* comp;975329..975418;;tca;;92;92;;;;;; ;975511..976392;;cds;;;;;;294;;EamA family transporter RarD;* ;;;;;;;;;;;; comp;985615..986127;;cds;;93;93;;;171;;zinc-ribbon domain-containing protein;* ;986221..986297;;cca;;4;4;;;;4;; ;986302..986583;;cds;;;;;;94;;ETC complex I subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;988522..990216;;cds;;50;50;;;*565;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;990267..990341;;gaa;;23;23;;;;23;; ;990365..990598;;cds;;;;;;78;;GIY-YIG nuclease family protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1029539..1031752;;cds;;0;0;;;*738;0;lytic transglycosylase domain-containing protein;* comp;1031753..1031844;;agc;;68;68;;;;;; ;1031913..1033166;;cds;;;;;;418;;sarcosine oxidase subunit beta family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1085222..1085413;;cds;;19;19;;;64;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;1085433..1085508;;tgg;;7;7;;;;7;; comp;1085516..1086706;;cds;;47;47;;;397;47;elongation factor Tu;* comp;1086754..1086827;;gga;;46;;46;;;;; comp;1086874..1086959;;tac;;131;131;;;;;; ;1087091..1087834;;cds;;33;33;;;248;33;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;1087868..1087943;;aca;;4;4;;;;4;; comp;1087948..1088727;;cds;;4;4;;;260;4;NAD kinase;* comp;1088732..1088816;;tta;;79;79;;;;;; comp;1088896..1089312;;cds;;;;;;139;;Gamma-glutamylcyclotransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;1165696..1166454;;cds;;141;141;;;253;;pilin;* comp;1166596..1166672;;atgj;;64;64;;;;64;; comp;1166737..1166964;;cds;;;;;;76;;hp;* </pre> ====pub cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_cumuls|pub cumuls]] <pre> pub cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;2;100;11 ;16 atcgca 23;1;20;1;1;50;31;20;18;200;8 ;16 atc23s5s;;40;;;100;11;40;5;300;11 ;16gca23s5s;;60;2;;150;5;60;2;400;7 ;max a;2;80;1;;200;2;80;1;500;6 ;a doubles;;100;;;250;1;100;;600;2 ;autres;;120;;;300;;120;;700;2 ;total aas;2;140;;;350;1;140;;800;2 sans ;opérons;25;160;;;400;;160;;900;1 ;1 aa;21;180;;;450;1;180;;1000; ;max a;2;200;;;500;;200;;1100; ;a doubles;0;;;;;;;1;; ;total aas;29;;4;1;;54;;29;;50 total aas;;31;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;44;9;;63;;27;;299 ;;;variance;22;0;;85;;61;;203 sans jaune;;;moyenne;;;;50;;16;;237 ;;;variance;;;;55;;16;;134 </pre> ====pub blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_blocs|pub blocs]] <pre> Blocs 16s pub;;;; cds;330;433;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* 16s;98;1475;; atc;9;77;; gca;149;76;; 23s;446;2754;; cds;46625;178;WbuC family cupin fold metalloprotein;* ;;;; cds;52;293;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;* 5s;13;115;; cds;;42;type B 50S ribosomal protein L36;* </pre> ====pub distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_distribution|pub distribution]] <pre> distribution;pub;;;;;;31 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;8;21;;;;2;31 ;;1aa;1;11;9;; ;;>1aa;1;2;5;; distribution;scc;;min;inter;max;;29 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total ;13;;14;;2;;29 </pre> ====pub données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_données_intercalaires|pub données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;pub;fx;fc;pub;fx40;fc40;pub;x-;c-;c;x;c;x;aa 2;0;0;13;58;0;13;58;-1;0;152;8;20;CDS 16s;; 3;10;10;39;256;1;4;52;-2;3;0;3;97;;330; 5;2;20;15;51;2;11;58;-3;0;0;32;68;23s CDS;; 1;3;30;15;30;3;6;37;-4;44;79;22;75;446;; ;3;40;19;30;4;5;25;-5;0;1;7;5;5s CDS;; ;3;50;17;32;5;4;26;-6;2;0;26;2;52;; ;0;60;19;29;6;2;13;-7;1;2;2;101;13;; 2;1;70;10;18;7;3;12;-8;14;42;5;18;16s tRNA;; 1;1;80;15;15;8;2;13;-9;7;0;88;23;98;; ;2;90;6;18;9;2;12;-10;0;2;235;16;tRNA 23s;; 3;0;100;7;9;10;0;8;-11;5;30;5;101;149;; 2;0;110;5;7;11;3;5;-12;4;0;6;19;tRNA tRNA;;intra ;0;120;9;8;12;0;7;-13;1;2;16;128;9;;atc gca 1;0;130;7;6;13;0;6;-14;2;18;49;20;tRNA tRNA;; 1;0;140;4;6;14;2;10;-15;0;0;88;0;66;;atgi 1;0;150;3;3;15;0;2;-16;0;2;31;92;**;;gtc ;0;160;6;1;16;2;3;-17;1;9;170;93;13;;gta ;1;170;3;2;17;3;3;-18;2;0;200;0;**;;gac ;0;180;2;3;18;2;6;-19;0;1;4;68;52;;aac ;0;190;1;6;19;0;4;-20;3;10;50;131;**;;tgc ;1;200;4;1;20;3;5;-21;0;0;23;4;46;;gga ;0;210;1;1;21;5;4;-22;0;1;19;141;**;;tac ;0;220;2;1;22;1;4;-23;1;5;7;;;; ;0;230;1;2;23;0;3;-24;3;0;47;;;; ;1;240;1;0;24;3;5;-25;0;1;33;;;; ;0;250;0;1;25;2;2;-26;0;3;4;;;; ;0;260;1;0;26;0;3;-27;0;0;79;;;; ;0;270;1;0;27;2;2;-28;0;1;64;;;; ;0;280;0;1;28;2;2;-29;0;1;;;;; ;0;290;1;0;29;0;3;-30;1;0;;;;; ;0;300;0;0;30;0;2;-31;0;1;;;;; ;0;310;1;0;31;0;3;-32;0;1;;;;; ;0;320;0;2;32;3;5;-33;0;0;;;;; ;0;330;0;0;33;4;1;-34;0;1;;;;; ;0;340;1;0;34;0;2;-35;0;2;;;;; ;0;350;0;0;35;4;4;-36;0;0;;;;; ;0;360;1;0;36;3;4;-37;0;0;;;;; ;0;370;0;0;37;2;3;-38;0;2;;;;; ;0;380;0;0;38;1;1;-39;0;0;;;;; ;0;390;0;0;39;2;4;-40;0;0;;;;; ;0;400;0;0;40;0;3;-41;0;2;;;;; ;0;reste;4;4;reste;135;175;-42;0;0;;;;; 22;28;total;234;601;total;236;600;-43;1;0;;;;; 20;28;diagr;217;539;diagr;88;367;-44;0;1;;;;; 9;15; t30;69;337;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;221;95;13;329;;;-49;0;0;;;;; ;c;543;377;58;978;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1307;79;;reste;0;3;;;;; ;;;;;;1386;;total;95;377;;;;; </pre> =====pub autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires_aas|pub autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pub;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;9267;10214;4;*; ;;tmRNA;10219;10520;-2;*; fin;comp;CDS;10519;10890;;0; deb;comp;CDS;38328;38795;255;*; ;comp;ncRNA;39051;39405;42;*; fin;comp;CDS;39448;40191;;; deb;;CDS;41060;41653;20;*; ;comp;tRNA;41674;41750;66;*;atgi ;comp;tRNA;41817;41891;8;*;gtc fin;comp;CDS;41900;43723;;; deb;comp;CDS;114873;116147;3;*; ;comp;tRNA;116151;116224;32;*;caa fin;comp;CDS;116257;117102;;0; deb;comp;CDS;319204;319548;22;*; ;comp;tRNA;319571;319645;97;*;ggc fin;;CDS;319743;320384;;0; deb;comp;CDS;407852;408448;68;*; ;;tRNA;408517;408601;7;*;ttg fin;;CDS;408609;410315;;; deb;comp;CDS;414886;415407;26;*; ;comp;tRNA;415434;415510;75;*;cgt fin;;CDS;415586;416773;;; deb;;CDS;438405;440213;2;*; ;;tRNA;440216;440305;5;*;tcc fin;comp;CDS;440311;441081;;; deb;;CDS;461643;462362;2;*; ;comp;tRNA;462365;462438;101;*;acc fin;;CDS;462540;462737;;; deb;;CDS;466335;466550;5;*; ;;tRNA;466556;466631;88;*;ttc deb;;CDS;466720;466932;235;*; ;;tRNA;467168;467242;5;*;cac fin;;CDS;467248;468645;;; deb;comp;CDS;496262;498457;70;*; ;comp;regulatory;498528;498615;91;*; fin;;CDS;498707;499813;;1; deb;comp;CDS;509729;511027;330;*; ;;rRNA;511358;512832;98;*;1475 ;;tRNA;512931;513007;9;*;atc ;;tRNA;513017;513092;149;*;gca ;;rRNA;513242;515995;446;*;2754 fin;;CDS;516442;516975;;; deb;;CDS;563601;564479;52;*; ;;rRNA;564532;564646;13;*;115 fin;;CDS;564660;564785;;; deb;;CDS;567715;568413;18;*; ;comp;tRNA;568432;568508;6;*;atgf fin;comp;CDS;568515;568709;;; deb;comp;CDS;593396;594376;23;*; ;;tRNA;594400;594476;16;*;cga fin;comp;CDS;594493;595425;;; deb;;CDS;648881;649762;24;*; ;;regulatory;649787;649876;77;*; fin;;CDS;649954;651060;;; deb;comp;CDS;731869;732777;9;*; ;comp;regulatory;732787;732850;88;*; fin;comp;CDS;732939;733529;;0; deb;;CDS;785951;786466;32;*; ;;regulatory;786499;786587;-13;*; fin;;CDS;786575;788023;;; deb;comp;CDS;842772;843023;101;*; ;;tRNA;843125;843209;16;*;cta fin;;CDS;843226;844659;;; deb;;CDS;846722;849106;49;*; ;;tRNA;849156;849231;13;*;gta ;;tRNA;849245;849321;88;*;gac fin;;CDS;849410;849778;;; deb;;CDS;934654;936063;31;*; ;;tRNA;936095;936171;170;*;aga fin;;CDS;936342;937382;;; deb;;CDS;941232;942389;19;*; ;comp;tRNA;942409;942484;52;*;aac ;comp;tRNA;942537;942610;128;*;tgc fin;;CDS;942739;945366;;; deb;;CDS;970015;971127;200;*; ;;tRNA;971328;971403;20;*;aaa fin;comp;CDS;971424;972251;;0; deb;;CDS;975062;975328;0;*; ;comp;tRNA;975329;975418;92;*;tca fin;;CDS;975511;976392;;; deb;comp;CDS;985615;986127;93;*; ;;tRNA;986221;986297;4;*;cca fin;;CDS;986302;986583;;; deb;;CDS;988522;990216;50;*; ;;tRNA;990267;990341;23;*;gaa fin;;CDS;990365;990598;;; deb;comp;CDS;1005217;1005678;139;*; ;;regulatory;1005818;1005886;4;*; fin;;CDS;1005891;1007219;;1; deb;;CDS;1029539;1031752;0;*; ;comp;tRNA;1031753;1031844;68;*;agc fin;;CDS;1031913;1033166;;; deb;comp;CDS;1085222;1085413;19;*; ;comp;tRNA;1085433;1085508;7;*;tgg deb;comp;CDS;1085516;1086706;47;*; ;comp;tRNA;1086754;1086827;46;*;gga ;comp;tRNA;1086874;1086959;131;*;tac deb;;CDS;1087091;1087834;33;*; ;;tRNA;1087868;1087943;4;*;aca deb;comp;CDS;1087948;1088727;4;*; ;comp;tRNA;1088732;1088816;79;*;tta fin;comp;CDS;1088896;1089312;;1; deb;comp;CDS;1125607;1126158;4;*; ;comp;regulatory;1126163;1126227;3;*; deb;comp;CDS;1126231;1127292;66;*; ;comp;regulatory;1127359;1127423;295;*; fin;comp;CDS;1127719;1127925;;; deb;;CDS;1165696;1166454;141;*; ;comp;tRNA;1166596;1166672;64;*;atgj fin;comp;CDS;1166737;1166964;;; </pre> ====pub intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_entre_cds|pub intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> 28.1.21 paris;24.1.21;1380;pilM ;Pseudo : incomplete, partial in the middle of a contig, missing N-terminus;;;;;; pub;intercalaires;total;%;intercalaires;;;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5 ;'''négatif;473;36.2;'''négatif ;-8;9;-65 à -1;'''1 308 759;-1;473 ;'''zéro;71;5.4;;;;;'''intercals;0;71 ;'''1 à 200;736;56.3;'''0 à 200;37;45;;'''39 179;5;228 ;'''201 à 370;19;1.5;'''201 à 370;260;47;;'''3.0%;10;67 ;'''371 à 600;7;0.5;'''371 à 600;475;70;;;15;35 ;'''601 à max;1;0.1;'''601 et +;-;;;;20;31 ;'''total 1307;<201;97.9;'''total 1306;26;61;-65 à 596;;25;29 adresse;intercalx;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;16 73227;1380;-1;473;-70;0;;0;71;35;26 999551;596;0;71;-60;1;;-1;°152;40;23 1162229;549;1;56;-50;2;;-2;3;45;33 537246;464;2;°69;-40;6;'''-65 à -1;-3;0;50;16 1119848;445;3;43;-30;8;473;-4;°123;55;23 1180952;435;4;30;-20;29;36%;-5;2;60;25 193367;434;5;°30;-10;79;;-6;2;65;15 398173;403;6;15;0;419;;-7;3;70;13 408609;356;7;15;10;295;;-8;°56;75;17 762333;335;8;°15;20;66;;-9;7;80;12 1122717;318;9;14;30;45;'''1 à 100;-10;2;85;10 338267;317;10;8;40;49;649;-11;°35;90;14 997872;304;11;°8;50;49;49.7%;-12;4;95;7 334628;284;12;7;60;48;;-13;3;100;9 675167;279;13;6;70;28;;-14;°20;105;8 1135181;268;14;°12;80;29;;-15;0;110;4 627169;255;15;2;90;24;;-16;2;115;9 1118568;248;16;5;100;16;;-17;°10;120;8 79392;239;17;6;110;12;'''1 à 200;-18;2;125;7 807867;230;18;°8;120;17;736;-19;1;130;6 58997;223;19;4;130;13;56.3%;-20;°13;135;5 1152723;221;20;8;140;10;;-21;0;140;5 761553;219;21;°9;150;6;;-22;1;145;1 782276;217;22;5;160;7;;-23;°6;150;5 612190;216;23;3;170;5;;-24;3;155;2 351261;209;24;°8;180;5;;-25;1;160;5 838936;201;25;4;190;7;'''0 à 200;-26;°3;165;3 744621;200;26;3;200;5;807;-27;0;170;2 166432;195;27;°4;210;2;;-28;1;175;4 625822;195;28;4;220;3;;-29;1;180;1 164576;191;29;3;230;3;;-30;1;185;6 217060;191;30;2;240;1;;-31;1;190;1 1163621;188;31;3;250;1;;-32;1;195;4 798049;185;32;°8;260;1;;;530;200;1 422106;184;33;5;270;1;;reste;14;205;1 288782;182;34;2;280;1;'''201 à 370;total;544;210;1 560488;182;35;°8;290;1;19;;;215;0 262705;181;36;7;300;0;1.5%;;;220;3 469675;181;37;5;310;1;;;;225;2 832239;177;38;2;320;2;;;;230;1 939877;174;39;°6;330;0;;;;235;0 ;;40;3;340;1;;;;240;1 ;;reste;308;350;0;;;;245;0 ;;total;1307;360;1;;;;250;1 ;;;;370;0;;;;255;1 ;;;;380;0;;;;260;0 ;;;;390;0;;;;265;0 ;;;;400;0;;;;270;1 ;;;;410;1;;;;275;0 ;;;;420;0;;;;280;1 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;0;;;;285;1 817687;-65;shift2;2521;440;2;;;;290;0 410672;-59;shift2;856;450;1;;;;295;0 1196013;-56;shift2;445;460;0;;;;300;0 474189;-47;shift2;1222;470;1;;;;305;1 682918;-47;shift2;1435;480;0;;;;310;0 1025350;-44;shift2;544;490;0;;;;315;0 1197066;-43;comp;;500;0;'''371 à 600;;;320;2 584040;-41;shift2;934;510;0;7;;;325;0 707855;-41;shift2;319;520;0;0.5%;;;330;0 802906;-38;shift2;;530;0;;;;335;1 1038898;-38;shift2;;540;0;;;;340;0 279711;-35;shift2;;550;1;;;;345;0 1027659;-35;shift2;;560;0;;;;350;0 928018;-34;shift2;;570;0;;;;355;0 803426;-32;shift2;;580;0;;;;360;1 1176246;-31;shift2;;590;0;'''max;;;365;0 429007;-30;comp;;600;1;1380;;;370;0 992704;-29;shift2;;reste;1;;;;reste;8 1233832;-28;shift2;;total;1307;;;;total;1307 </pre> ====pub intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;; pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pub;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-58;495;-1405;136;853;284;min20;&-236;1732;-3869;256;559;245;min30 31 à 400;-49;437;-1304;133;918;297;2 parties;&-48;403;-1093;97;945;280;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;243;75;-;604;poly;249;SF;&308;88;;221;poly;338;SF 31 à 400;190;60;-;662;poly;256;SF;&117;36;-;580;poly;365;SF ;;;;;;;;;;;;;; pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; </pre> *Diagrammes 400: Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;26.1.22 Paris;;;;;;corrélation;;14.8.21 Paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;0.715;;pub;Sx-;Sc- 41-400;0.908;0.857;0.883;;;;;;;;;;-1;0;152 1-400;0.840;0.866;0.852;;;;;;;;;;-2;3;0 pub;fx;fc;;pub;fx%;fc%;;x;;fx40;fc40;;-3;0;0 0;13;58;;0;60;108;>0;222;0;13;58;;-4;43;80 10;39;256;;10;179;477;<0;92;1;4;52;;-5;1;1 20;15;51;;20;69;95;zéro;13;2;11;58;;-6;1;1 30;15;30;;30;69;56;total;327;3;6;37;;-7;1;2 40;19;30;;40;87;56;;c;4;5;25;;-8;14;42 50;17;32;;50;78;60;>0;541;5;4;26;;-9;7;0 60;19;29;;60;87;54;<0;381;6;2;13;;-10;0;2 70;10;18;;70;46;34;zéro;58;7;3;12;;-11;4;31 80;15;14;;80;69;26;total;980;8;2;13;;-12;3;1 90;6;18;;90;28;34;;;9;2;12;;-13;1;2 100;7;9;;100;32;17;total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reste;4;4;;;;;;;reste;135;175;;-45;0;0 total;235;599;;t30;317;628;;;total;236;600;;-46;0;0 diagr;218;537;;;;;;;diagr;88;367;;-47;0;2 - t30;149;200;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;0;3 ;;;;;;;;;;;;;total;92;381 </pre> ====pub intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_négatifs_S-|pub intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;0;3;0;42;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;2;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;90 continu;152;0;0;81;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;11;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;383 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;43;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;3;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;92 ;Sc-;152;0;0;80;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;10;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;381 </pre> ====pub autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires|pub autres intercalaires]] <pre> pub;autres intercalaires;;adresses1;;;pub;autres intercalaires;;adresses2;;;pub;autres intercalaires;;adresses3; deb;°CDS;9267;4;comp;;deb;°CDS;509729;330;comp;;deb;°CDS;970015;200; ;tmRNA;10219;-2;;;;$rRNA;511358;98;;;;&tRNA;971328;20; fin;°CDS;10519;;comp;;;&tRNA;512931;9;;;fin;°CDS;971424;;comp deb;°CDS;38328;255;comp;;;&tRNA;513017;149;;;deb;°CDS;975062;0; ;ncRNA;39051;42;comp;;;$rRNA;513242;446;;;;&tRNA;975329;92;comp fin;°CDS;39448;;comp;;fin;°CDS;516442;;;;fin;°CDS;975511;; deb;°CDS;41060;20;;;deb;°CDS;563601;52;;;deb;°CDS;985615;93;comp ;&tRNA;41674;66;comp;;;$rRNA;564532;13;;;;&tRNA;986221;4; ;&tRNA;41817;8;comp;;fin;°CDS;564660;;;;fin;°CDS;986302;; fin;°CDS;41900;;comp;;deb;°CDS;567715;18;;;deb;°CDS;988522;50; deb;°CDS;114873;3;comp;;;&tRNA;568432;6;comp;;;&tRNA;990267;23; ;&tRNA;116151;32;comp;;fin;°CDS;568515;;comp;;fin;°CDS;990365;; fin;°CDS;116257;;comp;;deb;°CDS;593396;23;comp;;deb;°CDS;1005217;139;comp deb;°CDS;319204;22;comp;;;&tRNA;594400;16;;;;regulatory;1005818;4; ;&tRNA;319571;97;comp;;fin;°CDS;594493;;comp;;fin;°CDS;1005891;; fin;°CDS;319743;;;;deb;°CDS;648881;24;;;deb;°CDS;1029539;0; deb;°CDS;407852;68;comp;;;regulatory;649787;77;;;;&tRNA;1031753;68;comp ;&tRNA;408517;7;;;fin;°CDS;649954;;;;fin;°CDS;1031913;; fin;°CDS;408609;;;;deb;°CDS;731869;9;comp;;deb;°CDS;1085222;19;comp deb;°CDS;414886;26;comp;;;regulatory;732787;88;comp;;;&tRNA;1085433;7;comp ;&tRNA;415434;75;comp;;fin;°CDS;732939;;comp;;deb;°CDS;1085516;47;comp fin;°CDS;415586;;;;deb;°CDS;785951;32;;;;&tRNA;1086754;46;comp deb;°CDS;438405;2;;;;regulatory;786499;-13;;;;&tRNA;1086874;131;comp ;&tRNA;440216;5;;;fin;°CDS;786575;;;;deb;°CDS;1087091;33; fin;°CDS;440311;;comp;;deb;°CDS;842772;101;comp;;;&tRNA;1087868;4; deb;°CDS;461643;2;;;;&tRNA;843125;16;;;deb;°CDS;1087948;4;comp ;&tRNA;462365;101;comp;;fin;°CDS;843226;;;;;&tRNA;1088732;79;comp fin;°CDS;462540;;;;deb;°CDS;846722;49;;;fin;°CDS;1088896;;comp deb;°CDS;466335;5;;;;&tRNA;849156;13;;;deb;°CDS;1125607;4;comp ;&tRNA;466556;88;;;;&tRNA;849245;88;;;;regulatory;1126163;3;comp deb;°CDS;466720;235;;;fin;°CDS;849410;;;;deb;°CDS;1126231;66;comp ;&tRNA;467168;5;;;deb;°CDS;934654;31;;;;regulatory;1127359;295;comp fin;°CDS;467248;;;;;&tRNA;936095;170;;;fin;°CDS;1127719;;comp deb;°CDS;496262;70;comp;;fin;°CDS;936342;;;;deb;°CDS;1165696;141; ;regulatory;498528;91;comp;;deb;°CDS;941232;19;;;;&tRNA;1166596;64;comp fin;°CDS;498707;;;;;&tRNA;942409;52;comp;;fin;°CDS;1166737;;comp ;;;;;;;&tRNA;942537;128;comp;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;942739;;;;;;;; </pre> ====pub intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_tRNA|pub intercalaires tRNA]] <pre> pub;intercalaires tRNA;;;;;;;;; ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;; ;;;;;;;;;; ;66;comp’;20;;8;;2;4;deb; ;9;;3;;32;;3;5;<201;13 ;13;;22;comp’;97;;4;6;total;14 comp’;52;comp’;68;;7;;5;7;taux;93% ;46;;26;comp’;75;;19;7;fin; ;;;2;comp’;5;;22;8;<201;14 ;;comp’;2;comp’;101;;26;16;total;14 ;;;5;;88;;31;23;taux;100% ;;;235;;5;;33;32;total; ;;comp’;18;;6;;47;64;<201;27 ;;comp’;23;comp’;16;;49;79;total;28 ;;comp’;101;;16;;50;88;taux;96% ;;;49;;88;;200;88;; ;;;31;;170;;235;170;comp’;cumuls ;;comp’;19;comp’;128;;0;4;; ;;;200;comp’;20;;0;5;deb;11 ;;comp’;0;comp’;92;;2;16;<201;100% ;;comp’;93;;4;;18;20;; ;;;50;;23;;19;68;fin;11 ;;comp’;0;comp’;68;;20;75;<201;100% ;;;19;;7;;23;92;; ;;;47;comp’;131;;68;97;total; ;;;33;comp’;4;;93;101;<201;22 ;;;4;;79;;101;128;total;22 ;;comp’;141;;64;;141;131;taux;100% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;24;25;49;;;;; ;;total;25;25;50;;;;; ;;taux;96%;100%;98%;;;;; </pre> ==actino== ===Actinoplanes sp. SE50/110=== ====ase opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_opérons|ase opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acti_SE50_110/actiSp_SE50_110-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017803.1;ase;;genome;;;;;;;; 71.15%GC;13.8.19 Paris;16s 6;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Actinoplanes sp. SE50/110;;;;;;;;;;; ;12658..13392;;CDS;;78;78;;;245;; ;13471..13547;;atc;@1;242;;*242;;;; ;13790..13862;;gca;;202;202;;;;; comp;14065..14607;;CDS;;;;;;181;; ;;;;;;;;;;; ;153733..155094;;CDS;;556;*556;;;454;; ;155651..157174;;16s;;308;;;;1524;; ;157483..160591;;23s;;99;;;;3109;; ;160691..160807;;5s;;134;134;;;117;; comp;160942..161988;;CDS;;;;;;349;; ;;;;;;;;;;; comp;45153..45968;;CDS;;276;276;;;272;; comp;46245..46330;;ctg;;257;257;;;;; ;46588..47385;;CDS;;;;;;266;; ;;;;;;;;;;; ;568633..569007;;CDS;;492;*492;;;125;; ;569500..571022;;16s;;308;;;;1523;; ;571331..574439;;23s;;108;;;;3109;; ;574548..574664;;5s;;245;245;;;117;; ;574910..576340;;CDS;;;;;;477;; ;;;;;;;;;;; comp;66324..66533;;CDS;;177;177;;;70;; comp;66711..66784;;ggg;;151;151;;;;; comp;66936..67442;;CDS;;;;;;169;; ;;;;;;;;;;; comp;145264..145572;;CDS;;595;*595;;;103;; comp;146168..146244;;ttc;;12;;12;;;; comp;146257..146333;;gac;;62;;62;;;; comp;146396..146468;;gaa;;338;338;;;;; comp;146807..148066;;CDS;;;;;;420;; ;;;;;;;;;;; ;164168..164716;;CDS;;92;92;;;183;; ;164809..164883;;aaa;;250;250;;;;; ;165134..166444;;CDS;;;;;;437;; ;;;;;;;;;;; comp;457033..458760;;CDS;;116;116;;;*576;; ;458877..458950;;acg;;74;74;;;;; comp;459025..460758;;CDS;;;;;;*578;; ;;;;;;;;;;; ;627485..628396;;CDS;;42;42;;;304;; ;628439..628515;;gac;;5;5;;;;; comp;628521..629174;;CDS;;;;;;218;; ;;;;;;;;;;; ;645098..645421;;CDS;;355;355;;;108;; ;645777..645849;;agg;;459;*459;;;;; comp;646309..648462;;CDS;;;;;;*718;; ;;;;;;;;;;; ;747312..748337;;CDS;;430;*430;;;342;; comp;748768..748851;;tac;;148;148;;;;; ;749000..749491;;CDS;;;;;;164;; ;;;;;;;;;;; ;752175..754703;;CDS;;94;94;;;*843;; ;754798..754873;;acc;;44;;44;;;; ;754918..754990;;atgj;;138;138;;;;; ;755129..755296;;CDS;;;;;;56;; ;;;;;;;;;;; ;755829..756224;;CDS;;79;79;;;132;; ;756304..756376;;tgg;;103;103;;;;; ;756480..756857;;CDS;;;;;;126;; ;;;;;;;;;;; ;940643..942004;;CDS;;55;55;;;454;; ;942060..942142;;tta;;221;221;;;;; ;942364..943218;;CDS;;;;;;285;; ;;;;;;;;;;; comp;1155560..1155901;;CDS;;200;200;;;114;; comp;1156102..1156177;;gcc;;89;89;;;;; comp;1156267..1156824;;CDS;;;;;;186;; ;;;;;;;;;;; ;1222705..1223634;;CDS;;259;259;;;310;; comp;1223894..1223980;;cta;;244;244;;;;; comp;1224225..1224701;;CDS;;;;;;159;; ;;;;;;;;;;; ;1237525..1238115;;CDS;;91;91;;;197;; ;1238207..1238282;;cac;;54;54;;;;; comp;1238337..1238684;;CDS;;;;;;116;; ;;;;;;;;;;; comp;1248040..1249266;;CDS;;132;132;;;409;; ;1249399..1249474;;aag;+;118;;*118;;;; ;1249593..1249668;;aag;2 aag;-15;*-15;;;;; comp;1249654..1249878;;CDS;@2;;;;;75;; ;;;;;;;;;;; ;1335812..1336096;;CDS;;296;296;;;95;; comp;1336393..1336465;;aga;;13;13;;;;; comp;1336479..1337558;;CDS;;;;;;360;; ;;;;;;;;;;; comp;1399552..1400070;;CDS;;376;376;;;173;; comp;1400447..1400520;;gga;;130;;*130;;;; ;1400651..1400724;;cca;;38;38;;;;; ;1400763..1402112;;CDS;;;;;;450;; ;;;;;;;;;;; comp;1406634..1406849;;CDS;;586;*586;;;72;; ;1407436..1408958;;16s;;307;;;;1523;; ;1409266..1412374;;23s;;99;;;;3109;; ;1412474..1412590;;5s;;122;122;;;117;; comp;1412713..1413510;;CDS;;;;;;266;; ;;;;;;;;;;; comp;1519931..1520254;;CDS;;217;217;;;108;; ;1520472..1520544;;aac;;315;315;;;;; ;1520860..1522122;;CDS;;236;236;;;421;; ;1522359..1522432;;atgi;;1097;*1097;;;;; < comp;1523530..1523919;;CDS;;;;;;130;; ;;;;;;;;;;; ;1604562..1605026;;CDS;;38;38;;;155;; ;1605065..1605139;;gta;;357;357;;;;; <>;1605497..1605583;;CDS;;;;;;29;; ;;;;;;;;;;; comp;1935668..1936510;;CDS;;317;317;;;281;; comp;1936828..1936904;;ttg;;131;131;;;;; ;1937036..1937656;;CDS;;;;;;207;; ;;;;;;;;;;; ;2434408..2435559;;CDS;;19;19;;;384;; comp;2435579..2435661;;ctc;;151;151;;;;; ;2435813..2438881;;CDS;;;;;;*1023;; ;;;;;;;;;;; comp;2570204..2570824;;CDS;;794;*794;;;207;; ;2571619..2573141;;16s;;315;;;;1523;; ;2573457..2576562;;23s;;98;;;;3106;; ;2576661..2576777;;5s;;247;247;;;117;; comp;2577025..2577462;;CDS;;;;;;146;; ;;;;;;;;;;; comp;4900233..4901780;;CDS;;19;19;;;*516;; comp;4901800..4901878;;tgc;;29;;29;;;; comp;4901908..4901981;;gcg;;19;19;;;;; comp;4902001..4902321;;CDS;;23;23;;;107;; comp;4902345..4902417;;gac;;31;31;;;;; comp;4902449..4903369;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; ;5443888..5444526;;CDS;;409;*409;;;213;; ;5444936..5445012;;ctc;;17;;17;;;; ;5445030..5445114;;tac;;29;29;;;;; comp;5445144..5446565;;CDS;;;;;;474;; ;;;;;;;;;;; ;6208479..6209489;;CDS;;101;101;;;337;; comp;6209591..6209666;;cgg;;9;;9;;;; comp;6209676..6209749;;cca;;17;;17;;;; comp;6209767..6209859;;agc;;5;;5;;;; comp;6209865..6209939;;ctg;;4;;4;;;; comp;6209944..6210015;;cag;;8;;8;;;; comp;6210024..6210100;;ggc;;4;;4;;;; comp;6210105..6210177;;cgt;;3;;3;;;; comp;6210181..6210254;;gcc;;43;;43;;;; comp;6210298..6210369;;tgg;;562;*562;;;;; comp;6210932..6212365;;CDS;;;;;;478;; ;;;;;;;;;;; ;6397923..6398423;;CDS;;699;*699;;;167;; ;6399123..6399196;;tgg;;199;;*199;;;; ;6399396..6399468;;ggg;;157;;*157;;;; ;6399626..6399701;;gcc;;61;;61;;;; ;6399763..6399837;;gag;;78;;78;;;; ;6399916..6399992;;gga;;359;;*359;;;; ;6400352..6400426;;ttg;;1;;1;;;; ;6400428..6400500;;acc;;5;;5;;;; ;6400506..6400577;;ggc;;25;25;;;;; ;6400603..6401055;;CDS;;35;35;;;151;; ;6401091..6401163;;cag;;110;;*110;;;; ;6401274..6401350;;ctc;;1;;1;;;; ;6401352..6401427;;acg;;1;;1;;;; ;6401429..6401503;;ctg;;5;;5;;;; ;6401509..6401584;;gcg;;30;;30;;;; ;6401615..6401686;;gac;;5;;5;;;; ;6401692..6401779;;agc;;1;;1;;;; ;6401781..6401854;;atc;;6;6;;;;; ;6401861..6402227;;ncRNA;@3;7;7;;;;; ;6402235..6402309;;cgt;;10;;10;;;; ;6402320..6402395;;other;@4;11;;11;;;; ;6402407..6402477;;aag;;14;;14;;;; ;6402492..6402565;;aga;;11;;11;;;; ;6402577..6402650;;aaa;;1;;1;;;; ;6402652..6402727;;atgf;;1;;1;;;; ;6402729..6402804;;gtc;;1;;1;;;; ;6402806..6402879;;gaa;;5;;5;;;; ;6402885..6402958;;aac;;44;;44;;;; ;6403003..6403088;;tcc;;1;;1;;;; ;6403090..6403163;;gtg;;2;;2;;;; ;6403166..6403239;;cac;;93;;*93;;;; ;6403333..6403405;;other;;411;*411;;;;; comp;6403817..6404185;;CDS;;;;;;123;; ;;;;;;;;;;; ;6543230..6543619;;CDS;;412;*412;;;130;; ;6544032..6544106;;ctg;;152;;*152;;;; ;6544259..6544331;;gca;;410;*410;;;;; ;6544742..6545917;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; ;6934653..6935819;;CDS;;69;69;;;389;; comp;6935889..6935962;;ccc;;51;51;;;;; comp;6936014..6937450;;CDS;;;;;;479;; ;;;;;;;;;;; comp;6991952..6992437;;CDS;;174;174;;;162;; comp;6992612..6992728;;5s;;170;;;;117;; comp;6992899..6996006;;23s;;307;;;;3108;; comp;6996314..6997836;;16s;;531;*531;;;1523;; comp;6998368..6999624;;CDS;;;;;;419;; ;;;;;;;;;;; ;7455514..7456608;;CDS;;167;167;;;365;; comp;7456776..7456847;;gtg;;55;55;;;;; comp;7456903..7457310;;CDS;;;;;;136;; ;;;;;;;;;;; ;7481671..7483989;;CDS;;83;83;;;*773;; comp;7484073..7484189;;5s;;169;;;;117;; comp;7484359..7487466;;23s;;315;;;;3108;; comp;7487782..7489304;;16s;;800;*800;;;1523;; comp;7490105..7490731;;CDS;;;;;;209;; ;;;;;;;;;;; ;7670534..7671652;;CDS;;136;136;;;373;; comp;7671789..7671863;;gtc;;18;;18;;;; comp;7671882..7671952;;tgc;;38;;38;;;; comp;7671991..7672063;;ggc;;116;116;;;;; comp;7672180..7674045;;CDS;;;;;;*622;; ;;;;;;;;;;; ;7710075..7711193;;CDS;;136;136;;;373;; comp;7711330..7711404;;gtc;;28;;28;;;; comp;7711433..7711503;;tgc;;38;;38;;;; comp;7711542..7711614;;ggc;;112;112;;;;; ;7711727..7712905;;CDS;;;;;;393;; ;;;;;;;;;;; ;8111157..8111843;;CDS;;546;*546;;;229;; comp;8112390..8112465;;gag;+;532;;*532;;;; comp;8112998..8113070;;gag;2 gag;57;;57;;;; comp;8113128..8113199;;cag;;451;*451;;;;; comp;8113651..8114457;;CDS;;;;;;269;; ;;;;;;;;;;; ;8275151..8275810;;CDS;;65;65;;;220;; ;8275876..8275950;;cgg;;416;*416;;;;; comp;8276367..8276921;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; comp;8391343..8392530;;CDS;;255;255;;;396;; comp;8392786..8392862;;atgf;;296;296;;;;; comp;8393159..8394607;;CDS;;;;;;483;; ;;;;;;;;;;; comp;8397029..8399113;;CDS;;596;*596;;;*695;; comp;8399710..8399786;;atgf;;71;71;;;;; comp;8399858..8402857;;CDS;;;;;;*1000;; ;;;;;;;;;;; comp;8601686..8603128;;CDS;;81;81;;;481;; comp;8603210..8603280;;caa;;37;37;;;;; comp;8603318..8604199;;CDS;;;;;;294;; ;;;;;;;;;;; ;8623005..8623730;;CDS;;64;64;;;242;; comp;8623795..8623871;;gcg;;171;171;;;;; comp;8624043..8624792;;CDS;;;;;;250;; ;;;;;;;;;;; comp;8821061..8822146;;CDS;;136;136;;;362;; ;8822283..8822356;;aca;;175;175;;;;; comp;8822532..8824421;;CDS;;;;;;*630;; ;;;;;;;;;;; ;8945870..8946763;;CDS;;190;190;;;298;; ;8946954..8947030;;ccg;;204;204;;;;; comp;8947235..8947531;;CDS;;;;;;99;; ;;;;;;;;;;; comp;8963177..8966704;;CDS;;104;104;;;*1176;; comp;8966809..8966904;;ncRNA;;83;83;*83;;;; ;8966988..8967075;;tcc;;270;270;;;;; comp;8967346..8967687;;CDS;;;;;;114;; ;;;;;;;;;;; ;8968639..8969070;;CDS;;521;*521;;;144;; comp;8969592..8969681;;tcg;;116;116;;;;; ;8969798..8970505;;CDS;;;;;;236;; ;;;;;;;;;;; ;9077764..9078855;;CDS;;326;326;;;364;; comp;9079182..9079256;;cgt;;370;370;;;;; comp;9079627..9082830;;CDS;;;;;;*1068;; ;;;;;;;;;;; comp;9084051..9086675;;CDS;;560;*560;;;*875;; comp;9087236..9087311;;cgt;;40;;40;;;; comp;9087352..9087442;;agc;;399;399;;;;; ;9087842..9089017;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;9100587..9101549;;CDS;;77;77;;;321;; ;9101627..9101714;;tca;;144;144;;;;; comp;9101859..9102145;;CDS;;;;;;96;; </pre> ====ase cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_cumuls|ase cumuls]] <pre> ase cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;6;1;8;-;1;1;1;;100;8;30;1 ;16 23 5s 0;6;20;19;;50;16;20;;200;29;60;1 ;16 atc gca;0;40;6;;100;19;40;;300;19;90;3 ;16 23 5s a;0;60;4;;150;17;60;;400;19;120;10 ;max a;0;80;3;;200;9;80;;500;14;150;9 ;a doubles;0;100;2;;250;9;100;;600;3;180;8 ;autres;0;120;2;;300;7;120;;700;3;210;8 ;total aas;0;140;1;;350;4;140;;800;2;240;5 sans ;opérons;45;160;2;;400;5;160;;900;2;270;6 ;1 aa;31;180;0;;450;6;180;;1000;1;300;5 ;max a;29;200;1;;500;3;200;;1100;2;330;4 ;a doubles;2;;3;;;13;;;;1;;43 ;total aas;98;;51;0;;109;;0;;103;;103 total aas;;98;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;58;;;229;;;;328;; ;;;variance;98;;;206;;;;173;; sans jaune;;;moyenne;19;;;147;;;;254;;179 ;;;variance;21;;;104;;;;111;;62 </pre> ====ase blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_blocs|ase blocs]] <pre> ase blocs;;;;;; CDS;556;454;492;125;586;72 16s;308;1524;308;1523;307;1523 23s;99;3109;108;3109;99;3109 5s;134;117;245;117;122;117 CDS;;349;;477;;266 ;;;;;; CDS;794;207;531;419;800;209 16s;315;1523;307;1523;315;1523 23s;98;3106;170;3108;169;3108 5s;247;117;174;117;83;117 CDS;;146;;162;;773 </pre> ====ase remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_remarques|ase remarques]] ====ase distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_distribution|ase distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;2;acc;2;aac;1;agc;3;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;2;ggc;;;gtc;3;gcc;2;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;2;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;3;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ase; ;32;;;;;;;ase;58;;;;;;;;ase;6;;;;;; </pre> ====ase données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_données_intercalaires|ase données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ase;fx;fc;ase;fx40;fc40;ase;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 1;0;0;22;13;0;22;13;-1;0;168;78;202;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite 1;0;10;141;464;1;20;60;-2;18;0;279;257;555;585;;245;;atc;97;;cgt 1;3;20;93;279;2;5;59;-3;0;0;387;185;491;793;;**;;gca;14;;aag ;2;30;92;196;3;23;38;-4;91;885;151;74;530;;;15;;ttc;11;;aga 1;6;40;63;226;4;21;48;-5;0;1;595;8;799;;;62;;gac;1;;aaa 1;2;50;101;178;5;10;43;-6;2;0;338;459;16s 23s;;;**;;gaa;1;;atgf 1;3;60;130;183;6;12;28;-7;11;18;92;430;2* 345;;;47;;acc;1;;gtc 2;1;70;137;193;7;12;31;-8;6;71;274;148;2* 344;;;**;;atgj;5;;gaa 2;3;80;126;160;8;9;37;-9;2;1;434;262;2* 352;;;118;;aag;44;;aac ;2;90;104;171;9;17;53;-10;4;9;817;54;23s 5s;;;**;;aag;1;;tcc 1;3;100;101;126;10;12;67;-11;17;22;42;132;2* 105;;;-;130;gga;2;;gtg 1;1;110;95;122;11;9;49;-12;5;0;1343;-12;114;;;**;;cca;96;;cac 2;2;120;82;98;12;11;33;-13;6;12;94;296;100;;;29;;tgc;**;;other ;0;130;96;96;13;8;33;-14;18;12;138;217;176;;;**;;gcg;152;;ctg 5;2;140;89;88;14;5;26;-15;11;1;79;827;175;;;20;;ctc;**;;gca 1;0;150;62;78;15;11;23;-16;4;5;103;131;5s CDS;;;**;;tac;18;;gtc 1;1;160;73;82;16;17;28;-17;12;6;55;19;245;377;;9;;cgg;38;;tgc 1;0;170;66;71;17;6;23;-18;4;0;221;151;983;122;;17;;cca;**;;ggc 1;2;180;59;57;18;8;12;-19;6;5;203;278;;247;;5;;agc;532;;gag 1;1;190;61;70;19;10;17;-20;5;6;89;32;;83;;4;;ctg;57;;gag ;0;200;65;58;20;8;35;-21;1;0;244;104;;;;11;;cag;**;;cag 2;1;210;55;45;21;15;20;-22;2;3;91;43;tRNA CDS;suite;;4;;ggc;40;;cgt 1;0;220;39;46;22;11;24;-23;8;7;13;411;34;77;;3;;cgt;**;;agc ;1;230;42;53;23;7;23;-24;7;0;373;69;35;1017;;43;;gcc;;; ;0;240;39;37;24;10;14;-25;1;5;38;167;412;;;**;;tgg;;; ;1;250;41;48;25;11;18;-26;8;5;315;136;380;;;199;;tgg;;; 1;0;260;36;17;26;2;24;-27;0;1;47;136;113;;;157;;ggg;;; 1;0;270;43;33;27;17;14;-28;3;4;38;112;178;;;64;;gcc;;; 2;2;280;34;33;28;6;14;-29;3;4;1132;546;51;;;81;;gag;;; ;0;290;23;29;29;4;28;-30;2;0;362;419;55;;;141;;gga;;; 1;1;300;22;29;30;9;17;-31;4;1;19;64;116;;;144;;caa;;; ;0;310;31;21;31;1;22;-32;7;4;19;136;451;;;1;;ttg;;; ;2;320;22;22;32;6;34;-33;2;0;23;175;65;;;5;;acc;;; 1;0;330;16;20;33;10;20;-34;3;1;31;204;135;;;**;;ggc;;; ;1;340;20;32;34;4;23;-35;6;0;22;273;296;;;110;;cag;;; ;1;350;22;24;35;4;22;-36;1;0;409;91;599;;;4;;ctc;;; ;0;360;24;19;36;7;19;-37;1;2;345;116;71;;;1;;acg;;; ;2;370;14;16;37;7;23;-38;5;0;317;329;81;;;5;;ctg;;; ;2;380;11;14;38;7;29;-39;0;0;699;408;37;;;30;;gcg;;; ;1;390;13;14;39;7;14;-40;2;1;;;171;;;5;;gac;;; ;0;400;15;10;40;10;20;-41;0;3;;;190;;;1;;agc;;; 8;11;reste;259;295;reste;2268;2688;-42;2;0;;;370;;;**;;atc;;; 41;60;total;2679;3866;total;2679;3866;-43;2;1;;;524;;;;;;;; 32;49;diagr;2398;3558;diagr;389;1165;-44;2;4;;;;;;;;;;; 2;5; t30;326;939;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;; ;x;2657;352;22;3031;;;-49;0;2;;;;;;;;;;; ;c;3853;1300;13;5166;;;-50;3;0;;;;;;;;;;; ;;;;;8197;183;;reste;53;28;;;;;;;;;;; ;;;;;;8380;;total;352;1300;;;;;;;;;;; </pre> =====ase autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires_aas|ase autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ase;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;12497;78;; ;tRNA;13471;245;;atc ;tRNA;13790;202;;gca fin;CDS;14065;;comp; deb;CDS;45153;279;comp; ;tRNA;46248;257;comp;ctg fin;CDS;46588;;; deb;CDS;65469;387;comp; ;tRNA;66711;151;comp;ggg fin;CDS;66936;;comp; deb;CDS;145264;595;comp; ;tRNA;146168;15;comp;ttc ;tRNA;146260;62;comp;gac ;tRNA;146396;338;comp;gaa fin;CDS;146807;;comp; deb;CDS;153733;555;; ;rRNA;155650;345;;16s ;rRNA;157512;105;;23s ;rRNA;160691;377;;5s fin;CDS;161185;;comp; deb;CDS;164168;92;; ;tRNA;164809;274;;aaa fin;CDS;165158;;; deb;CDS;261106;434;; ;tRNA;262062;817;;aaa fin;CDS;262948;;; deb;CDS;457033;185;comp; ;tRNA;458877;74;;acg fin;CDS;459025;;comp; deb;CDS;568633;491;; ;rRNA;569499;345;;16s ;rRNA;571360;114;;23s ;rRNA;574548;245;;5s fin;CDS;574910;;; deb;CDS;627485;42;; ;tRNA;628439;8;;gac fin;CDS;628521;;comp; deb;CDS;643285;1343;; ;tRNA;645777;459;;agg fin;CDS;646309;;comp; deb;CDS;747348;430;; ;tRNA;748768;148;comp;tac fin;CDS;749000;;; deb;CDS;752175;94;; ;tRNA;754798;47;;acc ;tRNA;754918;138;;atgj fin;CDS;755129;;; deb;CDS;755829;79;; ;tRNA;756304;103;;tgg fin;CDS;756480;;; deb;CDS;940643;55;; ;tRNA;942060;221;;tta fin;CDS;942364;;; deb;CDS;1120784;33;; ;tmRNA;1121477;553;; fin;CDS;1122412;;comp; deb;CDS;1155560;203;comp; ;tRNA;1156105;89;comp;gcc fin;CDS;1156267;;comp; deb;CDS;1222705;262;; ;tRNA;1223897;244;comp;cta fin;CDS;1224225;;comp; deb;CDS;1237525;91;; ;tRNA;1238207;54;;cac fin;CDS;1238337;;comp; deb;CDS;1248040;132;comp; ;tRNA;1249399;118;;aag ;tRNA;1249593;-12;;aag fin;CDS;1249654;;comp; deb;CDS;1335812;296;; ;tRNA;1336393;13;comp;aga fin;CDS;1336479;;comp; deb;CDS;1399552;373;comp; ;tRNA;1400450;130;comp;gga ;tRNA;1400651;38;;cca fin;CDS;1400763;;; deb;CDS;1406634;585;comp; ;rRNA;1407435;344;;16s ;rRNA;1409295;105;;23s ;rRNA;1412474;122;;5s fin;CDS;1412713;;comp; deb;CDS;1519931;217;comp; ;tRNA;1520472;315;;aac fin;CDS;1520860;;; deb;CDS;1522138;47;; ;tRNA;1522359;827;;atgi fin;CDS;1523260;;comp; deb;CDS;1604562;38;; ;tRNA;1605065;1132;;gta fin;CDS;1606269;;; deb;CDS;1618796;261;comp; ;ncRNA;1619690;61;comp; fin;CDS;1620155;;; deb;CDS;1935668;362;comp; ;tRNA;1936828;131;comp;ttg fin;CDS;1937036;;; deb;CDS;2434657;19;; ;tRNA;2435579;151;comp;ctc fin;CDS;2435813;;; deb;CDS;2570204;793;comp; ;rRNA;2571618;352;;16s ;rRNA;2573486;100;;23s ;rRNA;2576661;247;;5s fin;CDS;2577025;;comp; deb;CDS;4900233;19;comp; ;tRNA;4901800;29;comp;tgc ;tRNA;4901908;19;comp;gcg deb;CDS;4902001;23;comp; ;tRNA;4902345;31;comp;gac fin;CDS;4902449;;comp; deb;CDS;4989030;22;; ;tRNA;4989784;278;;other fin;CDS;4990157;;comp; deb;CDS;5443888;409;; ;tRNA;5444936;20;;ctc ;tRNA;5445030;32;;tac fin;CDS;5445144;;comp; deb;CDS;6208479;104;; ;tRNA;6209594;9;comp;cgg ;tRNA;6209676;17;comp;cca ;tRNA;6209767;5;comp;agc ;tRNA;6209865;4;comp;ctg ;tRNA;6209944;11;comp;cag ;tRNA;6210027;4;comp;ggc ;tRNA;6210105;3;comp;cgt ;tRNA;6210181;43;comp;gcc ;tRNA;6210298;345;comp;tgg fin;CDS;6210715;;comp; deb;CDS;6288256;317;comp; ;tRNA;6290910;43;comp;tga fin;CDS;6291049;;; deb;CDS;6397947;699;; ;tRNA;6399123;199;;tgg ;tRNA;6399396;157;;ggg ;tRNA;6399626;64;;gcc ;tRNA;6399763;81;;gag ;tRNA;6399916;141;;gga ;tRNA;6400131;144;;caa ;tRNA;6400352;1;;ttg ;tRNA;6400428;5;;acc ;tRNA;6400506;34;;ggc deb;CDS;6400612;35;; ;tRNA;6401091;110;;cag ;tRNA;6401274;4;;ctc ;tRNA;6401352;1;;acg ;tRNA;6401429;5;;ctg ;tRNA;6401509;30;;gcg ;tRNA;6401615;5;;gac ;tRNA;6401692;1;;agc ;tRNA;6401781;6;;atc ;ncRNA;6401861;7;; ;tRNA;6402235;97;;cgt ;tRNA;6402407;14;;aag ;tRNA;6402492;11;;aga ;tRNA;6402577;1;;aaa ;tRNA;6402652;1;;atgf ;tRNA;6402729;1;;gtc ;tRNA;6402806;5;;gaa ;tRNA;6402885;44;;aac ;tRNA;6403003;1;;tcc ;tRNA;6403090;2;;gtg ;tRNA;6403166;96;;cac ;tRNA;6403333;411;;other fin;CDS;6403817;;comp; deb;CDS;6543191;412;; ;tRNA;6544032;152;;ctg ;tRNA;6544259;380;;gca deb;CDS;6544712;113;; ;tRNA;6546031;178;;gac fin;CDS;6546284;;; deb;CDS;6934653;69;; ;tRNA;6935889;51;comp;ccc fin;CDS;6936014;;comp; deb;CDS;6991353;983;comp; ;rRNA;6992612;176;comp;5s ;rRNA;6992905;344;comp;23s ;rRNA;6996322;530;comp;16s fin;CDS;6998368;;comp; deb;CDS;7455514;167;; ;tRNA;7456776;55;comp;gtg fin;CDS;7456903;;comp; deb;CDS;7481701;83;; ;rRNA;7484073;175;comp;5s ;rRNA;7484365;352;comp;23s ;rRNA;7487790;799;comp;16s fin;CDS;7490105;;comp; deb;CDS;7670534;136;; ;tRNA;7671789;18;comp;gtc ;tRNA;7671882;38;comp;tgc ;tRNA;7671991;116;comp;ggc fin;CDS;7672180;;comp; deb;CDS;7710075;136;; ;tRNA;7711330;28;comp;gtc ;tRNA;7711433;38;comp;tgc ;tRNA;7711542;112;comp;ggc fin;CDS;7711727;;; deb;CDS;8111157;546;; ;tRNA;8112390;532;comp;gag ;tRNA;8112998;57;comp;gag ;tRNA;8113128;451;comp;cag fin;CDS;8113651;;comp; deb;CDS;8275151;65;; ;tRNA;8275876;419;;cgg fin;CDS;8276367;;comp; deb;CDS;8391343;135;comp; ;tRNA;8392786;296;comp;atgf fin;CDS;8393159;;comp; deb;CDS;8397029;599;comp; ;tRNA;8399713;71;comp;atgf fin;CDS;8399858;;comp; deb;CDS;8601686;81;comp; ;tRNA;8603210;37;comp;caa fin;CDS;8603318;;comp; deb;CDS;8623005;64;; ;tRNA;8623795;171;comp;gcg fin;CDS;8624043;;comp; deb;CDS;8821061;136;comp; ;tRNA;8822283;175;;aca fin;CDS;8822532;;comp; deb;CDS;8945870;190;; ;tRNA;8946954;204;;ccg fin;CDS;8947235;;comp; deb;CDS;8963177;104;comp; ;ncRNA;8966809;83;comp; ;tRNA;8966988;273;;tcc fin;CDS;8967346;;comp; deb;CDS;8969168;91;; ;tRNA;8969592;116;comp;tcg fin;CDS;8969798;;; deb;CDS;9077764;329;; ;tRNA;9079185;370;comp;cgt fin;CDS;9079627;;comp; deb;CDS;9084051;524;comp; ;tRNA;9087239;40;comp;cgt ;tRNA;9087352;408;comp;agc fin;CDS;9087851;;; deb;CDS;9100587;77;comp; ;tRNA;9101627;1017;;tca fin;CDS;9102729;;comp; </pre> ====ase intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_entre_cds|ase intercalaires entre cds]] *'''Tableau''' <pre> ase;2.2.21 Paris;;ase 17.12.20;;;;;;;;; ase;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;1652;20.2;'''négatif ;-11;18;-1 à -120;'''9 239 851;-1;1652;610;9 ;'''zéro;35;0.4;;;;;'''intercals;0;35;620;10 ;'''1 à 200;4832;58.9;'''0 à 200;76;56;;'''1 063 558;5;327;630;11 ;'''201 à 370;1047;12.8;'''201 à 370;270;48;;'''11.5%;10;278;640;9 ;'''371 à 600;399;4.9;'''371 à 600;466;64;;;15;208;650;8 ;'''601 à max;232;2.8;'''601 à 1028;901;335;;;20;164;660;5 ;'''total 8197;<201;79.5;'''total 8191;125;189;-120 à 2272;;25;153;670;10 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;135;680;7 3108649;3760;-1;1652;-70;42;;0;35;35;146;690;2 5950001;3290;0;35;-60;13;;-1;°168;40;143;700;3 9227973;3263;1;°80;-50;29;;-2;18;45;135;710;4 5776402;3118;2;64;-40;23;;-3;0;50;144;720;4 6218652;2918;3;61;-30;39;'''min à -1;-4;°976;55;169;730;4 2517961;2663;4;°69;-20;73;1652;-5;1;60;144;740;5 7134889;2272;5;53;-10;159;20.2%;-6;2;65;154;750;6 355339;2255;6;40;0;1309;;-7;29;70;176;760;4 6142216;2155;7;43;10;605;;-8;°77;75;138;770;5 744687;2103;8;46;20;372;;-9;3;80;148;780;3 7132107;2080;9;70;30;288;;-10;13;85;145;790;4 713737;2014;10;°79;40;289;'''1 à 100;-11;°39;90;130;800;5 56486;1991;11;58;50;279;3264;-12;5;95;123;810;3 7915401;1920;12;44;60;313;39.8%;-13;18;100;104;820;5 1728815;1782;13;41;70;330;;-14;°30;105;106;830;3 6917877;1616;14;31;80;286;;-15;12;110;111;840;5 3627392;1532;15;34;90;275;;-16;9;115;101;850;3 6902269;1526;16;°45;100;227;;-17;°18;120;79;860;1 7156539;1508;17;29;110;217;;-18;4;125;101;870;4 4817485;1484;18;20;120;180;;-19;11;130;91;880;4 3228912;1467;19;27;130;192;;-20;°11;135;89;890;4 1528987;1458;20;°43;140;177;;-21;1;140;88;900;1 8078456;1411;21;35;150;140;;-22;5;145;76;910;1 8199307;1409;22;35;160;155;;-23;°15;150;64;920;1 5463416;1395;23;30;170;137;'''1 à 200;-24;7;155;89;930;1 1188761;1392;24;24;180;116;4832;-25;6;160;66;940;1 9239126;1338;25;29;190;131;58.9%;-26;°13;165;76;950;2 3240125;1331;26;26;200;123;;-27;1;170;61;960;0 1083604;1320;27;31;210;100;;-28;7;175;58;970;7 6788001;1297;28;20;220;85;;-29;°7;180;58;980;0 3417418;1292;29;32;230;95;;-30;2;185;67;990;3 6304514;1289;30;26;240;76;'''0 à 200;-31;5;190;64;1000;4 8425004;1285;31;23;250;89;4867;-32;°11;195;72;1010;0 5338257;1267;32;°40;260;53;;;1559;200;51;1020;1 204079;1263;33;30;270;76;;reste;128;205;54;1030;1 6897972;1260;34;27;280;67;;total;1687;210;46;1040;2 ;;35;26;290;52;;;;215;45;1050;3 ;;36;26;300;51;;'''intercal;'''<u>frequence5;220;40;1060;2 ;;37;30;310;52;;600;7965;225;50;1070;0 ;;38;°36;320;44;;650;47;230;45;1080;0 ;;39;21;330;36;;700;27;235;43;1090;3 ;;40;30;340;52;'''201 à 370;750;23;240;33;1100;0 ;;reste;4956;350;46;1047;800;21;245;45;1110;1 ;;total;8197;360;43;12.8%;850;19;250;44;1120;1 ;;;;370;30;;900;14;255;28;1130;1 ;;;;380;25;;950;6;260;25;1140;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;27;;1000;14;265;34;1150;0 1905626;-120;comp;;400;25;;1050;7;270;42;1160;0 1623585;-119;shift2;1160;410;16;;1100;5;275;37;1170;0 3648339;-119;comp;;420;36;;1150;3;280;30;1180;2 5459717;-119;shift2;533;430;19;;1200;4;285;23;1190;1 2592786;-111;comp;;440;20;;1250;2;290;29;1200;1 7166313;-110;shift2;3494;450;19;;1300;11;295;24;reste;42 2954690;-109;;;460;19;;1350;3;300;27;total;8197 3376872;-109;;;470;16;;1400;2;305;28;; 1386988;-107;;;480;20;;1450;2;310;24;; 1241468;-106;;;490;21;;1500;3;315;23;; 2667462;-106;;;500;13;;1550;3;320;21;; 5582768;-106;;;510;22;;1600;0;325;19;; 4986287;-105;;;520;14;;1650;1;330;17;; 5304717;-101;;;530;4;;1700;0;335;33;; 3730598;-100;;;540;16;'''371 à 600;1750;0;340;19;; 5353721;-97;;;550;11;399;1800;1;345;22;; 6351308;-97;;;560;10;4.9%;1850;0;350;24;; 9179797;-95;;;570;12;;1900;0;355;21;; 594603;-94;;;580;14;'''601 à max;1950;1;360;22;; 6906822;-94;;;590;12;232;2000;1;365;12;; 323356;-93;;;600;8;2.8%;;220;370;18;; 1310874;-93;;;reste;232;;reste;12;reste;631;; 5450079;-91;;;total;8197;;total;8197;total;8197;; </pre> ====ase intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> corrélations;;;;;;;;;;;;;; ase. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;; cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;; 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ase;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;19;-108;35;46;872;189;max70;&-43;352;-987;104;910;273;min50 31 à 400;22;-129;74;44;881;195;2 parties;&-18;182;-637;85;976;337;2 parties droite;-a;cste; -;R2;note;R2’;;&-a;cste; -;R2;note;R2’; 1 à 400;125;51; -;847;dte;25;tf;&184;63; -;694;poly;216;SF 31 à 400;129;52; -;849;dte;32;tf;&141;51; -;827;poly;149;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;corrélation;;;;;;;;;;;;; 41-n;0.959;0.922;0.940;;0.346;;;;;;;;;;;;; 1-n;0.814;0.646;0.725;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;; ase;fx;fc;;fx40;fc40;;ase;fx%;fc%;;x;;ase;comp’;continu;ase;comp’;continu 0;22;13;0;22;13;;0;9;4;>0;2657;;-1;0;168;-51;3;0 10;141;464;1;20;60;;10;59;130;<0;352;;-2;18;0;-52;0;3 20;93;279;2;5;59;;20;39;78;zéro;22;;-3;0;0;-53;4;0 30;92;196;3;23;38;;30;38;55;total;3031;;-4;91;885;-54;1;0 40;63;226;4;21;48;;40;26;64;;c;;-5;0;1;-55;0;1 50;101;178;5;10;43;;50;42;50;>0;3853;;-6;2;0;-56;4;0 60;130;183;6;12;28;;60;54;51;<0;1300;;-7;11;18;-57;1;0 70;137;193;7;12;31;;70;57;54;zéro;13;;-8;6;71;-58;3;0 80;126;160;8;9;37;;80;53;45;total;5166;;-9;2;1;-59;4;2 90;104;171;9;17;53;;90;43;48;;;;-10;4;9;-60;0;0 100;101;126;10;12;67;;100;42;35;;;;-11;17;22;-61;0;0 110;95;122;11;9;49;;110;40;34;;;;-12;5;0;-62;2;0 120;82;98;12;11;33;;120;34;28;;;;-13;6;12;-63;0;0 130;96;96;13;8;33;;130;40;27;;;;-14;18;12;-64;1;0 140;89;88;14;5;26;;140;37;25;;;;-15;11;1;-65;3;0 150;62;78;15;11;23;;150;26;22;;;;-16;4;5;-66;1;0 160;73;82;16;17;28;;160;30;23;;;;-17;12;6;-67;2;1 170;66;71;17;6;23;;170;28;20;;;;-18;4;0;-68;2;0 180;59;57;18;8;12;;180;25;16;;;;-19;6;5;-69;1;0 190;61;70;19;10;17;;190;25;20;;;;-20;5;6;-70;0;2 200;65;58;20;8;35;;200;27;16;;;;-21;1;0;-71;0;0 210;55;45;21;15;20;;210;23;13;;;;-22;2;3;-72;2;0 220;39;46;22;11;24;;220;16;13;;;;-23;8;7;-73;0;0 230;42;53;23;7;23;;230;18;15;;;;-24;7;0;-74;1;1 240;39;37;24;10;14;;240;16;10;;;;-25;1;5;-75;0;0 250;41;48;25;11;18;;250;17;13;;;;-26;8;5;-76;0;1 260;36;17;26;2;24;;260;15;5;;;;-27;0;1;-77;0;0 270;43;33;27;17;14;;270;18;9;;;;-28;3;4;-78;0;0 280;34;33;28;6;14;;280;14;9;;;;-29;3;4;-79;0;1 290;23;29;29;4;28;;290;10;8;;;;-30;2;0;-80;1;0 300;22;29;30;9;17;;300;9;8;;;;-31;4;1;-81;1;0 310;31;21;31;1;22;;310;13;6;;;;-32;7;4;-82;2;1 320;22;22;32;6;34;;320;9;6;;;;-33;2;0;-83;0;0 330;16;20;33;10;20;;330;7;6;;;;-34;3;1;-84;0;0 340;20;32;34;4;23;;340;8;9;;;;-35;6;0;-85;0;0 350;22;24;35;4;22;;350;9;7;;;;-36;1;0;-86;2;1 360;24;19;36;7;19;;360;10;5;;;;-37;1;2;-87;1;0 370;14;16;37;7;23;;370;6;4;;;;-38;5;0;-88;1;0 380;11;14;38;7;29;;380;5;4;;;;-39;0;0;-89;0;1 390;13;14;39;7;14;;390;5;4;;;;-40;2;1;-90;0;0 400;15;10;40;10;20;;400;6;3;;;;-41;0;3;-91;0;1 reste;259;295;;2268;2688;;;;;;;;-42;2;0;-92;0;0 total;2679;3866;;2679;3866;;t30;136;264;;;;-43;2;1;-93;2;0 diagr;2398;3558;;389;1165;;t50;204;377;;;;-44;2;4;-94;0;2 - t30;2072;2619;;;;;;;;;;;-45;0;0;-95;0;1 - t50;1908;2215;;;;;;;;;;;-46;0;1;-96;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;2;1;-97;0;2 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;-98;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;2;-99;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;3;0;-100;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;53;28;reste;8;7 ;;;;;;;;;;;;;total;352;1300;total;53;28 </pre> ====ase intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_négatifs_S-|ase intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ase;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;; comp’;0;18;0;84;0;2;10;5;2;4;15;4;4;17;10;4;11;4;5;5;1;2;7;6;1;8;0;2;3;1;3;5;2;3;5;1;1;5;0;1;0;2;2;1;0;0;2;0;0;2;2;0;3;1;0;4;0;2;4;0;0;2;0;1;3;1;2;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;2;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;8;319;49 continu;168;0;0;892;1;0;19;72;1;9;24;1;14;13;2;5;7;0;6;6;0;3;8;1;5;5;1;5;4;1;2;6;0;1;1;0;2;0;0;2;3;0;1;5;0;1;1;0;2;1;1;3;1;0;1;0;1;1;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;2;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;1;6;1333;32 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;ase;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;reste;total ;comp’;0;18;0;91;0;2;11;6;2;4;17;5;6;18;11;4;12;4;6;5;1;2;8;7;1;8;0;3;3;2;4;7;2;3;6;1;1;5;0;2;0;2;2;2;0;0;2;0;0;3;53;352;3;0;4;1;0;4;1;3;4;0;0;2;0;1;3;1;2;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;2;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;8;53 ;continu;168;0;0;885;1;0;18;71;1;9;22;0;12;12;1;5;6;0;5;6;0;3;7;0;5;5;1;4;4;0;1;4;0;1;0;0;2;0;0;1;3;0;1;4;0;1;1;0;2;0;28;1300;0;3;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;2;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;7;28 </pre> ====ase autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires|ase autres intercalaires]] <pre> ase;autres intercalaires;;adresses1;;;ase;autres intercalaires;;adresses2;;;ase;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;12497;78;;;deb;°CDS;1519931;217;comp;;deb;°CDS;6543191;412; ;&tRNA;13471;245;;;;&tRNA;1520472;315;;;;&tRNA;6544032;152; ;&tRNA;13790;202;;;fin;°CDS;1520860;;;;;&tRNA;6544259;380; fin;°CDS;14065;;comp;;deb;°CDS;1522138;47;;;deb;°CDS;6544712;113; deb;°CDS;45153;279;comp;;;&tRNA;1522359;827;;;;&tRNA;6546031;178; ;&tRNA;46248;257;comp;;fin;°CDS;1523260;;comp;;fin;°CDS;6546284;; fin;°CDS;46588;;;;deb;°CDS;1604562;38;;;deb;°CDS;6934653;69; deb;°CDS;65469;387;comp;;;&tRNA;1605065;1132;;;;&tRNA;6935889;51;comp ;&tRNA;66711;151;comp;;fin;°CDS;1606269;;;;fin;°CDS;6936014;;comp fin;°CDS;66936;;comp;;deb;°CDS;1618796;261;comp;;deb;°CDS;6991353;983;comp deb;°CDS;145264;595;comp;;;ncRNA;1619690;61;comp;;;$rRNA;6992612;176;comp ;&tRNA;146168;15;comp;;fin;°CDS;1620155;;;;;$rRNA;6992905;344;comp ;&tRNA;146260;62;comp;;deb;°CDS;1935668;362;comp;;;$rRNA;6996322;530;comp ;&tRNA;146396;338;comp;;;&tRNA;1936828;131;comp;;fin;°CDS;6998368;;comp fin;°CDS;146807;;comp;;fin;°CDS;1937036;;;;deb;°CDS;7455514;167; deb;°CDS;153733;555;;;deb;°CDS;2434657;19;;;;&tRNA;7456776;55;comp ;$rRNA;155650;345;;;;&tRNA;2435579;151;comp;;fin;°CDS;7456903;;comp ;$rRNA;157512;105;;;fin;°CDS;2435813;;;;deb;°CDS;7481701;83; ;$rRNA;160691;377;;;deb;°CDS;2570204;793;comp;;;$rRNA;7484073;175;comp fin;°CDS;161185;;comp;;;$rRNA;2571618;352;;;;$rRNA;7484365;352;comp deb;°CDS;164168;92;;;;$rRNA;2573486;100;;;;$rRNA;7487790;799;comp ;&tRNA;164809;274;;;;$rRNA;2576661;247;;;fin;°CDS;7490105;;comp fin;°CDS;165158;;;;fin;°CDS;2577025;;comp;;deb;°CDS;7670534;136; deb;°CDS;261106;434;;;deb;°CDS;4900233;19;comp;;;&tRNA;7671789;18;comp ;&tRNA;262062;817;;;;&tRNA;4901800;29;comp;;;&tRNA;7671882;38;comp fin;°CDS;262948;;;;;&tRNA;4901908;19;comp;;;&tRNA;7671991;116;comp deb;°CDS;457033;185;comp;;deb;°CDS;4902001;23;comp;;fin;°CDS;7672180;;comp ;&tRNA;458877;74;;;;&tRNA;4902345;31;comp;;deb;°CDS;7710075;136; fin;°CDS;459025;;comp;;fin;°CDS;4902449;;comp;;;&tRNA;7711330;28;comp deb;°CDS;568633;491;;;deb;°CDS;4989030;22;;;;&tRNA;7711433;38;comp ;$rRNA;569499;345;;;;&tRNA;4989784;278;;;;&tRNA;7711542;112;comp ;$rRNA;571360;114;;;fin;°CDS;4990157;;comp;;fin;°CDS;7711727;; ;$rRNA;574548;245;;;deb;°CDS;5443888;409;;;deb;°CDS;8111157;546; fin;°CDS;574910;;;;;&tRNA;5444936;20;;;;&tRNA;8112390;532;comp deb;°CDS;627485;42;;;;&tRNA;5445030;32;;;;&tRNA;8112998;57;comp ;&tRNA;628439;8;;;fin;°CDS;5445144;;comp;;;&tRNA;8113128;451;comp fin;°CDS;628521;;comp;;deb;°CDS;6208479;104;;;fin;°CDS;8113651;;comp deb;°CDS;643285;1343;;;;&tRNA;6209594;9;comp;;deb;°CDS;8275151;65; ;&tRNA;645777;459;;;;&tRNA;6209676;17;comp;;;&tRNA;8275876;419; fin;°CDS;646309;;comp;;;&tRNA;6209767;5;comp;;fin;°CDS;8276367;;comp deb;°CDS;747348;430;;;;&tRNA;6209865;4;comp;;deb;°CDS;8391343;135;comp ;&tRNA;748768;148;comp;;;&tRNA;6209944;11;comp;;;&tRNA;8392786;296;comp fin;°CDS;749000;;;;;&tRNA;6210027;4;comp;;fin;°CDS;8393159;;comp deb;°CDS;752175;94;;;;&tRNA;6210105;3;comp;;deb;°CDS;8397029;599;comp ;&tRNA;754798;47;;;;&tRNA;6210181;43;comp;;;&tRNA;8399713;71;comp ;&tRNA;754918;138;;;;&tRNA;6210298;345;comp;;fin;°CDS;8399858;;comp fin;°CDS;755129;;;;fin;°CDS;6210715;;comp;;deb;°CDS;8601686;81;comp deb;°CDS;755829;79;;;deb;°CDS;6288256;317;comp;;;&tRNA;8603210;37;comp ;&tRNA;756304;103;;;;&tRNA;6290910;43;comp;;fin;°CDS;8603318;;comp fin;°CDS;756480;;;;fin;°CDS;6291049;;;;deb;°CDS;8623005;64; deb;°CDS;940643;55;;;deb;°CDS;6397947;699;;;;&tRNA;8623795;171;comp ;&tRNA;942060;221;;;;&tRNA;6399123;199;;;fin;°CDS;8624043;;comp fin;°CDS;942364;;;;;&tRNA;6399396;157;;;deb;°CDS;8821061;136;comp deb;°CDS;1120784;33;;;;&tRNA;6399626;64;;;;&tRNA;8822283;175; ;tmRNA;1121477;553;;;;&tRNA;6399763;81;;;fin;°CDS;8822532;;comp fin;°CDS;1122412;;comp;;;&tRNA;6399916;141;;;deb;°CDS;8945870;190; deb;°CDS;1155560;203;comp;;;&tRNA;6400131;144;;;;&tRNA;8946954;204; ;&tRNA;1156105;89;comp;;;&tRNA;6400352;1;;;fin;°CDS;8947235;;comp fin;°CDS;1156267;;comp;;;&tRNA;6400428;5;;;deb;°CDS;8963177;104;comp deb;°CDS;1222705;262;;;;&tRNA;6400506;34;;;;ncRNA;8966809;83;comp ;&tRNA;1223897;244;comp;;deb;°CDS;6400612;35;;;;&tRNA;8966988;273; fin;°CDS;1224225;;comp;;;&tRNA;6401091;110;;;fin;°CDS;8967346;;comp deb;°CDS;1237525;91;;;;&tRNA;6401274;4;;;deb;°CDS;8969168;91; ;&tRNA;1238207;54;;;;&tRNA;6401352;1;;;;&tRNA;8969592;116;comp fin;°CDS;1238337;;comp;;;&tRNA;6401429;5;;;fin;°CDS;8969798;; deb;°CDS;1248040;132;comp;;;&tRNA;6401509;30;;;deb;°CDS;9077764;329; ;&tRNA;1249399;118;;;;&tRNA;6401615;5;;;;&tRNA;9079185;370;comp ;&tRNA;1249593;-12;;;;&tRNA;6401692;1;;;fin;°CDS;9079627;;comp fin;°CDS;1249654;;comp;;;&tRNA;6401781;6;;;deb;°CDS;9084051;524;comp deb;°CDS;1335812;296;;;;ncRNA;6401861;7;;;;&tRNA;9087239;40;comp ;&tRNA;1336393;13;comp;;;&tRNA;6402235;97;;;;&tRNA;9087352;408;comp fin;°CDS;1336479;;comp;;;&tRNA;6402407;14;;;fin;°CDS;9087851;; deb;°CDS;1399552;373;comp;;;&tRNA;6402492;11;;;deb;°CDS;9100587;77;comp ;&tRNA;1400450;130;comp;;;&tRNA;6402577;1;;;;&tRNA;9101627;1017; ;&tRNA;1400651;38;;;;&tRNA;6402652;1;;;fin;°CDS;9102729;;comp fin;°CDS;1400763;;;;;&tRNA;6402729;1;;;;;;; deb;°CDS;1406634;585;comp;;;&tRNA;6402806;5;;;;;;; ;$rRNA;1407435;344;;;;&tRNA;6402885;44;;;;;;; ;$rRNA;1409295;105;;;;&tRNA;6403003;1;;;;;;; ;$rRNA;1412474;122;;;;&tRNA;6403090;2;;;;;;; fin;°CDS;1412713;;comp;;;&tRNA;6403166;96;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;6403333;411;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;6403817;;comp;;;;;; </pre> ====ase intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_tRNA|ase intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;245;;78;comp’;202;;19;13;; ;;;279;comp’;257;;22;19;'''deb; ;;;387;;151;;23;31;<201;18 ;15;;595;;338;;35;34;total;32 ;62;;;;;;38;37;taux;56% ;;;92;;274;;42;38;; ;;;434;;817;;47;51;'''fin; ;;comp’;185;comp’;74;;55;55;<201;16 ;;;42;comp’;8;;65;71;total;28 ;;;1343;comp’;459;;78;89;taux;57% ;;comp’;430;comp’;148;;79;103;; ;47;;94;;138;;81;116;'''total; ;;;79;;103;;91;138;<201;34 ;;;55;;221;;92;151;total;60 ;;;203;;89;;94;171;taux;57% ;;comp’;262;;244;;113;178;; ;;;91;comp’;54;;135;221;; ;118;comp’;132;comp’;-12;;190;244;; ;;comp’;296;;13;;203;274;; comp’;130;;373;;38;;279;296;; ;;comp’;217;;315;;317;315;; ;;;47;comp’;827;;362;338;; ;;;38;;1132;;373;345;; ;;;362;comp’;131;;387;370;; ;;comp’;19;comp’;151;;409;380;; ;29;;19;;19;;412;451;; ;;;23;;31;;434;817;; ;;;22;comp’;278;;524;1132;; ;20;;409;comp’;32;;595;'''-;; 5aas;9 17 5 4 11 ;comp’;104;;345;;599;'''-;; 3aas;4 3 43;;;;;;699;'''-;; ;;;317;comp’;43;;1343;'''-;'''comp’;'''cumuls 8aas;199 157 64 81 141 144 1 5;;699;;34;;19;'''-12;; 7aas;110 4 1 5 30 5 1 6ncRNA7;;35;comp’;411;;64;8;'''deb; 11aas ;97 14 11 1 1 1 5 44 1 2 96;;;;;;69;32;<201;12 ;152;;412;;380;;77;43;total;18 ;;;113;;178;;91;54;taux;67% ;;comp’;69;;51;;104;74;; ;;comp’;167;;55;;132;112;'''fin; ;18 38;comp’;136;;116;;136;116;<201;12 ;28 38;comp’;136;comp’;112;;136;131;total;23 ;532 57;comp’;546;;451;;136;148;taux;34% ;;;65;comp’;419;;167;151;; ;;;135;;296;;185;175;'''total; ;;;599;;71;;217;202;<201;24 ;;;81;;37;;262;204;total;41 ;;comp’;64;;171;;296;257;taux;59% ;;comp’;136;comp’;175;;329;273;; ;;;190;comp’;204;;430;278;; ;;;;comp’;273;;546;408;; ;;comp’;91;comp’;116;;'''-;411;; ;;comp’;329;;370;;'''-;419;; ;40;;524;comp’;408;;'''-;459;; ;;comp’;77;comp’;1017;;'''-;827;; ;;;;;;;'''-;1017;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;30;28;58;;;;;;; total;50;51;101;;;;;;; taux;60%;55%;57%;;;;;;; </pre> ===blo=== ====blo opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_opérons|blo opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Bifi_long_NCC2705/bifiLong-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_004307.2;blo;genome;57;;; 60%GC;30.6.19 Paris;16s 4;NCBI;gtRNAdb;doubles;intercalaires ;Bifidobacterium longum NCC2705;;;;; ;115187..115260;;val;gta;; ;;;;;; ;159243..160772;;16s;;@1;430 ;161203..164268;;23s;;;168 ;164437..164556;;5s;;; ;;;;;; comp;207382..207457;;tgg;tgg;; ;;;;;; comp;382849..382924;;aac;aac;+;43 comp;382968..383040;;aac;aac;2 aac; ;;;;;; comp;440078..440150;;aac;aac;; ;;;;;; ;503549..503624;;gly;ggc;+;24 ;503649..503719;;tgc;tgc;2 ggc;41 ;503761..503835;;val;gtc;;45 ;503881..503953;;val;gtg;;31 ;503985..504060;;gly;ggc;; ;;;;;; ;521008..521084;;pro;ccc;; ;;;;;; ;648764..648851;;leu;ctc;; ;;;;;; comp;747296..747369;;arg;cgt;+;29 comp;747399..747472;;arg;cgt;2 cgt; ;;;;;; ;775646..775716;;gln;caa;; ;;;;;; ;778709..778784;;ala;gcc;+;86 ;778871..778946;;ala;gcc;2 gcc; ;;;;;; ;793729..793805;;pro;cca;; ;;;;;; comp;804390..804463;;leu;ttg;; ;;;;;; comp;841055..841136;;leu;tta;; ;;;;;; ;937056..937131;;cac;cac;; ;;;;;; comp;981177..981253;;arg;aga;; ;;;;;; ;1202433..1202505;;thr;acg;;87 ;1202593..1202676;;leu;cta;; ;;;;;; ;1208139..1208211;;thr;acg;; ;;;;;; comp;1264390..1264465;;val;gtg;;48 comp;1264514..1264585;;val;gtc;;46 comp;1264632..1264704;;gly;ggc;; ;;;;;; comp;1280591..1280666;;arg;cgg;; ;;;;;; ;1295466..1295542;;atg;atgf;; ;;;;;; comp;1350001..1350074;;lys;aag;; ;;;;;; comp;1388875..1388950;;lys;aaa;; ;;;;;; ;1410594..1410681;;ser;tcc;; ;;;;;; comp;1424793..1424867;;gln;cag;;36 comp;1424904..1424979;;glu;gag;; ;;;;;; comp;1524142..1524215;;gly;ggg;; ;;;;;; ;1534802..1534887;;leu;ctg;; ;;;;;; ;1606163..1606236;;ile;atc;;42 ;1606279..1606351;;ala;gca;; ;;;;;; comp;1646835..1646911;;thr;aca;; ;;;;;; ;1705902..1707431;;16s;;;429 ;1707861..1710926;;23s;;;168 ;1711095..1711215;;5s;;; ;;;;;; ;1712083..1713614;;16s;;;422 ;1714037..1717102;;23s;;;168 ;1717271..1717390;;5s;;; ;;;;;; ;1769952..1770027;;ala;gcg;; ;;;;;; ;1905665..1905740;;tgg;tgg;; ;;;;;; ;1908902..1910431;;16s;;;428 ;1910860..1913926;;23s;;;168 ;1914095..1914214;;5s;;; ;;;;;; ;1936132..1936205;;gly;gga;; ;;;;;; ;1971396..1971477;;tac;tac;;1 ;1971479..1971550;;thr;acc;;4 ;1971555..1971631;;atg;atgj;; ;;;;;; ;1979312..1979401;;ser;agc;; ;;;;;; ;2016025..2016112;;ser;tcg;; ;;;;;; ;2047072..2047159;;ser;tca;; ;;;;;; comp;2068637..2068713;;pro;ccg;; ;;;;;; comp;2085402..2085473;;glu;gaa;; ;;;;;; ;2087969..2088042;;gac;gac;;47 ;2088090..2088165;;ttc;ttc;; ;;;;;; ;2110850..2110926;;gac;gac;; ;;;;;; ;2130626..2130699;;atg;atgi;; ;;;;;; ;2171440..2171512;;arg;agg;; </pre> ====blo cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_cumuls|blo cumuls]] <pre> blo cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;4;1;1;- ;16 23 5s 0;4;20;1; ;16 atc gca;0;40;4; ;16 23 5s a;0;60;7; ;max a;0;80;0; ;a doubles;0;100;2; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;0; sans ;opérons;41;160;0; ;1 aa;31;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;4;;0; ;total aas;55;;15;0 total aas;;55;;; remarques;;1;;; avec jaune;;;moyenne;41; ;;;variance;24; sans jaune;;;moyenne;34; ;;;variance;16; </pre> ====blo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_blocs|blo blocs]] <pre> blo blocs;;;; 16s;430;1530;422;1532 23s;168;3066;168;3066 5s;;120;;120 ;;;; 16s;429;1530;428;1530 23s;168;3066;168;3067 5s;;121;;120 </pre> ====blo remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_remarques|blo remarques]] ====blo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_distribution|blo distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;1;ggc;3;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total blo;;31;;;;;;;blo;19;;;;;;;;blo;6;;;;;; </pre> ====blo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_données_intercalaires|blo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;blo;fx;fc;blo;fx40;fc40;blo;x-;c-;c;x;c;x;aa 2;1;0;2;1;0;2;1;-1;;52;163;190;CDS 16s;; ;0;10;17;87;1;1;12;-2;1;0;231;284;618;518; ;0;20;8;70;2;1;15;-3;;0;-17;-39;573;; ;0;30;15;50;3;1;8;-4;2;109;154;558;5s 16s;; ;1;40;14;34;4;2;5;-5;;0;148;159;866;; ;0;50;16;40;5;3;9;-6;;1;64;95;16s 23s;; ;2;60;17;51;6;1;9;-7;;1;216;204;432;; 1;4;70;16;43;7;1;4;-8;2;8;60;336;3* 431;; 1;3;80;18;40;8;1;8;-9;;0;187;76;23s 5s;; ;0;90;27;47;9;4;6;-10;;3;117;288;4* 170;; 2;1;100;14;34;10;2;11;-11;;9;116;206;5s CDS;; ;1;110;15;42;11;1;10;-12;;0;94;167;375;188; ;4;120;17;40;12;0;7;-13;;0;218;193;;251; ;2;130;18;38;13;1;7;-14;1;10;206;97;tRNA tRNA;; ;1;140;16;38;14;2;3;-15;;0;272;215;43;;aac ;3;150;15;30;15;1;14;-16;;1;467;175;**;;aac 1;3;160;24;25;16;0;8;-17;1;7;67;580;27;;ggc 1;1;170;12;43;17;0;9;-18;;0;192;469;41;;tgc 1;2;180;20;33;18;1;5;-19;1;2;158;-8;48;;gtc 1;1;190;8;15;19;1;3;-20;1;1;149;62;31;;gtg 1;3;200;10;24;20;1;4;-21;;0;251;356;**;;ggc 3;1;210;15;14;21;0;7;-22;1;0;192;309;29;;cgt 1;2;220;16;16;22;2;6;-23;;0;256;204;**;;cgt ;2;230;12;11;23;2;8;-24;;0;365;519;89;;gcc ;1;240;5;17;24;3;4;-25;1;0;433;333;**;;gcc ;1;250;9;12;25;1;6;-26;;1;113;253;87;;acg 1;2;260;6;11;26;3;7;-27;;0;199;;**;;cta ;0;270;6;17;27;1;3;-28;1;1;75;;48;;gtg ;2;280;11;11;28;1;3;-29;;0;142;;46;;gtc 2;0;290;4;3;29;1;4;-30;;0;74;;**;;ggc ;0;300;5;12;30;1;2;-31;;1;306;;39;;cag 1;1;310;6;7;31;2;6;-32;1;0;871;;**;;gag ;1;320;5;11;32;1;3;-33;;0;102;;42;;atc ;2;330;3;3;33;4;2;-34;;0;314;;**;;gca 2;0;340;7;5;34;1;4;-35;1;0;130;;1;;tac ;0;350;2;3;35;0;2;-36;;0;55;;4;;acc 1;0;360;6;6;36;1;3;-37;;0;329;;**;;atgj ;1;370;3;1;37;1;3;-38;1;0;130;;47;;gac ;1;380;5;4;38;1;2;-39;1;0;37;;**;;ttc ;0;390;2;2;39;1;9;-40;;0;178;;;; ;1;400;3;3;40;2;0;-41;;0;519;;;; 4;5;reste;49;51;reste;443;803;-42;;0;61;;;; 26;56;total;499;1045;total;499;1045;-43;;1;71;;;; 20;50;diagr;448;993;diagr;54;241;-44;;0;376;;;; 0;0; t30;40;207;;;;-45;;0;397;;;; ;;;;;;;;-46;;0;327;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;179;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;245;;;; ;x;497;18;2;517;;;-49;;0;222;;;; ;c;1044;210;1;1255;;;-50;;0;271;;;; ;;;;;1772;128;;reste;2;2;69;;;; ;;;;;;1900;;total;18;210;224;;;; ;;;;;;;;;;;422;;;; ;;;;;;;;;;;117;;;; ;;;;;;;;;;;137;;;; ;;;;;;;;;;;156;;;; </pre> =====blo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires_aas|blo autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;blo;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;54774;6;comp; ;regulatory;55434;84;comp; fin;CDS;55670;;; deb;CDS;114598;163;; ;tRNA;115187;231;;gta fin;CDS;115492;;; deb;CDS;139965;-10;comp; ;regulatory;140900;336;comp; fin;CDS;141345;;; deb;CDS;158126;618;; ;rRNA;159245;432;;16s ;rRNA;161203;170;;23s ;rRNA;164439;188;;5s fin;CDS;164744;;comp; deb;CDS;205431;187;; ;tmRNA;206548;238;; deb;CDS;207183;-17;comp; ;tRNA;207388;154;comp;tgg fin;CDS;207612;;comp; deb;CDS;327271;8;; ;ncRNA;327873;493;comp; fin;CDS;328741;;; deb;CDS;381615;190;; ;tRNA;382849;43;comp;aac ;tRNA;382968;284;comp;aac fin;CDS;383325;;; deb;CDS;439838;-39;; ;tRNA;440078;558;comp;aac fin;CDS;440709;;; deb;CDS;502556;159;comp; ;tRNA;503549;27;;ggc ;tRNA;503649;41;;tgc ;tRNA;503761;48;;gtc ;tRNA;503881;31;;gtg ;tRNA;503985;148;;ggc fin;CDS;504209;;; deb;CDS;518814;64;; ;tRNA;521008;216;;ccc fin;CDS;521298;;; deb;CDS;647871;95;comp; ;tRNA;648764;60;;ctc fin;CDS;648912;;; deb;CDS;745690;187;comp; ;tRNA;747296;29;comp;cgt ;tRNA;747399;117;comp;cgt fin;CDS;747590;;comp; deb;CDS;774507;116;; ;tRNA;775646;94;;caa fin;CDS;775811;;; deb;CDS;777792;218;; ;tRNA;778709;89;;gcc ;tRNA;778871;206;;gcc fin;CDS;779150;;; deb;CDS;790385;272;; ;tRNA;793729;467;;cca fin;CDS;794270;;; deb;CDS;803537;67;comp; ;tRNA;804390;204;comp;ttg fin;CDS;804668;;; deb;CDS;840296;192;comp; ;tRNA;841058;158;comp;tta fin;CDS;841295;;comp; deb;CDS;884674;174;comp; ;regulatory;885043;70;comp; fin;CDS;885217;;comp; deb;CDS;902480;104;comp; ;regulatory;903184;90;comp; fin;CDS;903379;;comp; deb;CDS;935658;336;comp; ;tRNA;937056;149;;cac fin;CDS;937281;;; deb;CDS;980173;251;comp; ;tRNA;981180;76;comp;aga fin;CDS;981330;;; deb;CDS;1200444;288;comp; ;tRNA;1202433;87;;acg ;tRNA;1202593;192;;cta fin;CDS;1202866;;; deb;CDS;1206664;206;comp; ;tRNA;1208139;167;;acg fin;CDS;1208379;;comp; deb;CDS;1263240;256;comp; ;tRNA;1264393;48;comp;gtg ;tRNA;1264514;46;comp;gtc ;tRNA;1264632;193;comp;ggc fin;CDS;1264898;;; deb;CDS;1279836;365;comp; ;tRNA;1280591;97;comp;cgg fin;CDS;1280764;;; deb;CDS;1294216;215;comp; ;tRNA;1295466;433;;atgf fin;CDS;1295976;;; deb;CDS;1349627;113;comp; ;tRNA;1350001;199;comp;aag fin;CDS;1350274;;comp; deb;CDS;1387168;75;comp; ;tRNA;1388878;175;comp;aaa fin;CDS;1389126;;; deb;CDS;1408202;580;comp; ;tRNA;1410594;469;;tcc fin;CDS;1411148;;comp; deb;CDS;1424162;142;comp; ;tRNA;1424793;39;comp;cag ;tRNA;1424907;-8;comp;gag fin;CDS;1424972;;; deb;CDS;1446913;71;comp; ;ncRNA;1448136;433;comp; fin;CDS;1448664;;; deb;CDS;1477877;47;comp; ;regulatory;1479277;128;comp; fin;CDS;1479502;;comp; deb;CDS;1523012;62;; ;tRNA;1524142;74;comp;ggg fin;CDS;1524290;;comp; deb;CDS;1533182;306;; ;tRNA;1534802;871;;ctg fin;CDS;1535759;;; deb;CDS;1605867;102;; ;tRNA;1606163;42;;atc ;tRNA;1606279;356;;gca fin;CDS;1606708;;comp; deb;CDS;1645027;314;comp; ;tRNA;1646838;130;comp;aca fin;CDS;1647042;;comp; deb;CDS;1704570;578;comp; ;rRNA;1705904;431;;16s ;rRNA;1707861;170;;23s ;rRNA;1711097;866;;5s ;rRNA;1712080;431;;16s ;rRNA;1714037;170;;23s ;rRNA;1717273;251;;5s fin;CDS;1717641;;comp; deb;CDS;1769786;55;; ;tRNA;1769952;329;;gcg fin;CDS;1770354;;; deb;CDS;1904329;130;; ;tRNA;1905665;37;;tgg fin;CDS;1905778;;; deb;CDS;1907638;573;; ;rRNA;1908904;431;;16s ;rRNA;1910861;170;;23s ;rRNA;1914097;375;;5s fin;CDS;1914589;;; deb;CDS;1935774;178;; ;tRNA;1936132;519;;gga fin;CDS;1936725;;; deb;CDS;1969854;309;comp; ;tRNA;1971396;1;;tac ;tRNA;1971479;4;;acc ;tRNA;1971555;61;;atgj fin;CDS;1971690;;; deb;CDS;1978293;71;; ;tRNA;1979312;376;;agc fin;CDS;1979775;;; deb;CDS;2014827;397;; ;tRNA;2016025;327;;tcg fin;CDS;2016437;;; deb;CDS;2045606;179;; ;tRNA;2047072;245;;tca fin;CDS;2047402;;; deb;CDS;2067227;222;comp; ;tRNA;2068640;204;comp;ccg fin;CDS;2068918;;; deb;CDS;2084303;271;comp; ;tRNA;2085402;69;comp;gaa fin;CDS;2085543;;comp; deb;CDS;2086731;224;; ;tRNA;2087969;47;;gac ;tRNA;2088090;519;;ttc fin;CDS;2088685;;comp; deb;CDS;2108837;333;comp; ;tRNA;2110850;422;;gac fin;CDS;2111349;;; deb;CDS;2129279;117;; ;tRNA;2130626;137;;atgi fin;CDS;2130837;;; deb;CDS;2170074;253;comp; ;tRNA;2171440;156;;agg fin;CDS;2171669;;; </pre> ====blo intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_entre_cds|blo intercalaires entre cds]] *'''Tableau''' <pre> blo;2.2.21 Paris;;blo 25.10.20;;;;;;; blo;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;228;12.9;'''négatif ;-8;13;-1 à -102;'''2 256 640;-1;228 ;'''zéro;3;0.2;;;;;'''intercals;0;3 ;'''1 à 200;1141;64.4;'''0 à 200;88;57;;'''240 201;5;57 ;'''201 à 370;281;15.9;'''201 à 370;265;46;;'''10.6%;10;47 ;'''371 à 600;85;4.8;'''371 à 600;459;65;;;15;46 ;'''601 à max;34;1.9;'''601 à 1028;732;131;;;20;32 ;'''total 1772;<201;77.4;'''total 1770;133;145;-102 à 1039;;25;39 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;26 1260892;1331;-1;228;-70;3;;0;3;35;25 249292;1253;0;3;-60;0;;-1;°52;40;23 620443;1039;1;13;-50;1;;-2;1;45;27 1772723;1037;2;°16;-40;1;;-3;0;50;29 605939;1003;3;9;-30;5;'''min à -1;-4;°111;55;26 1482011;982;4;7;-20;7;228;-5;0;60;42 2120197;922;5;°12;-10;35;12.9%;-6;1;65;34 1612791;831;6;10;0;179;;-7;1;70;25 1661121;780;7;5;10;104;;-8;°10;75;29 1176021;773;8;9;20;78;;-9;0;80;29 934521;765;9;10;30;65;;-10;3;85;31 1783600;752;10;°13;40;48;'''1 à 100;-11;°9;90;43 1589918;746;11;11;50;56;658;-12;0;95;20 550195;745;12;7;60;68;37.1%;-13;0;100;28 1622403;735;13;8;70;59;;-14;°11;105;34 2035292;729;14;5;80;58;;-15;0;110;23 1358695;698;15;°15;90;74;;-16;1;115;36 1450919;688;16;8;100;48;;-17;°8;120;21 1873696;679;17;9;110;57;;-18;0;125;32 1968887;673;18;6;120;57;;-19;3;130;24 1571609;667;19;4;130;56;;-20;°2;135;33 2192649;666;20;5;140;54;;-21;0;140;21 543951;653;21;7;150;45;;-22;1;145;20 551929;649;22;8;160;49;;-23;0;150;25 1166018;635;23;°10;170;55;'''1 à 200;-24;0;155;24 1199447;631;24;7;180;53;1141;-25;1;160;25 132442;628;25;7;190;23;64.4%;-26;1;165;27 1498961;627;26;°10;200;34;;-27;0;170;28 24634;626;27;4;210;29;;-28;°2;175;28 1942663;620;28;4;220;32;;-29;0;180;25 1750223;618;29;5;230;23;;-30;0;185;10 1648197;606;30;3;240;22;;-31;1;190;13 716378;605;31;8;250;21;'''0 à 200;-32;1;195;20 1804621;603;32;4;260;17;1144;;223;200;14 2208591;593;33;6;270;23;;reste;8;205;17 332770;589;34;5;280;22;;total;231;210;12 1653948;587;35;2;290;7;;;;215;17 618810;586;36;4;300;17;;;;220;15 598849;559;37;4;310;13;;intercal;<u>frequencef;225;12 1698789;559;38;3;320;16;;600;1738;230;11 1425641;557;39;°10;330;6;;620;5;235;14 1925114;557;40;2;340;12;'''201 à 370;640;5;240;8 1592846;554;reste;1246;350;5;281;660;2;245;11 733957;552;total;1 772;360;12;15.9%;680;4;250;10 986367;549;;;370;4;;700;2;255;9 1178750;549;;;380;9;;720;;260;8 1832484;546;;;390;4;;740;2;265;11 ;;;;400;6;;760;3;270;12 ;;;;410;5;;780;3;275;15 ;;;;420;11;;800;;280;7 ;;;;430;3;;820;;285;4 ;;;;440;3;;840;1;290;3 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;450;2;;860;;295;8 516682;-102;comp;;460;4;;880;;300;9 267103;-86;shift2;131;470;3;;900;;305;8 822434;-85;comp;;480;3;;920;;310;5 513572;-53;comp;;490;5;;940;1;315;7 287052;-43;shift2;936;500;3;;960;;320;9 398186;-39;comp;;510;2;;980;;325;2 1553080;-38;;;520;3;;1000;1;330;4 1313073;-35;;;530;3;;1020;1;335;5 1110610;-32;;;540;3;'''371 à 600;1040;2;340;7 2249673;-31;;;550;3;85;;32;345;1 946203;-28;;;560;6;4.8%;;;350;4 2164932;-28;;;570;0;;;;355;7 1823782;-26;;;580;0;'''601 à max;;;360;5 794270;-25;;;590;3;34;;;365;2 2058333;-22;;;600;1;1.9%;;;370;2 268522;-20;;;reste;34;;reste;2;reste;119 1310253;-20;;;total;1772;;total;1772;total;1772 </pre> ====blo intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> blo Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; blo;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;33;-233;362;24;728;235;min20;&-5.7;69;-354;69;868;404;min40 31 à 400;;;;;;;2 parties;&28;-174;163;38;897;207;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;93;44;-;590;poly;138;tF;&159;58;;827;dte;41;Sf 31 à 400;;;;;;;;&136;51;-;861;dte;36;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; ;400;200;250;;;;;-0.109;;;;;; 41-n;0.820;0.406;0.537;;;;;;;;;;; 1-n;0.669;0.038;0.255;;;;;;;;;14.8.21 paris;; blo;fx;fc;;blo;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;blo;Sx-;Sc- 0;2;1;;0;4;1;0;2;1;>0;497;-1;0;52 10;17;87;;10;38;88;1;1;12;<0;18;-2;1;0 20;8;70;;20;18;70;2;1;15;zéro;2;-3;0;0 30;15;50;;30;33;50;3;1;8;total;517;-4;2;109 40;14;34;;40;31;34;4;2;5;;c;-5;0;0 50;16;40;;50;36;40;5;3;9;>0;1044;-6;0;1 60;17;51;;60;38;51;6;1;9;<0;210;-7;0;1 70;16;43;;70;36;43;7;1;4;zéro;1;-8;2;8 80;18;40;;80;40;40;8;1;8;total;1255;-9;0;0 90;27;47;;90;60;47;9;4;6;;;-10;0;3 100;14;34;;100;31;34;10;2;11;total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reste;49;51;;;;;reste;443;803;;;-42;0;0 total;499;1045;;t30;89;208;total;499;1045;;;-43;0;1 diagr;448;993;;;;;diagr;54;241;;;-44;0;0 - t30;408;786;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;2;2 ;;;;;;;;;;;;total;18;210 </pre> ====blo intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_négatifs_S-|blo intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> blo;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;1;;2;;;;2;;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;1;;;;1;;;1;;;1;1;;;;;;;;;;;;2;16 continu;52;0;0;109;0;1;1;8;0;3;9;0;0;10;0;1;7;0;2;2;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;212 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;blo;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;2;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;18 ;Sc-;52;0;0;109;0;1;1;8;0;3;9;0;0;10;0;1;7;0;2;1;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;210 </pre> ====blo autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires|blo autres intercalaires]] <pre> blo;autres intercalaires;;adresses1;;;blo;autres intercalaires;;adresses2;;;blo;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;54774;6;comp;;deb;°CDS;840296;192;comp;;deb;°CDS;1645027;314;comp ;regulatory;55434;84;comp;;;&tRNA;841058;158;comp;;;&tRNA;1646838;130;comp fin;°CDS;55670;;;;fin;°CDS;841295;;comp;;fin;°CDS;1647042;;comp deb;°CDS;114598;163;;;deb;°CDS;884674;174;comp;;deb;°CDS;1704570;578;comp ;&tRNA;115187;231;;;;regulatory;885043;70;comp;;;$rRNA;1705904;431; fin;°CDS;115492;;;;fin;°CDS;885217;;comp;;;$rRNA;1707861;170; deb;°CDS;139965;-10;comp;;deb;°CDS;902480;104;comp;;;$rRNA;1711097;866; ;regulatory;140900;336;comp;;;regulatory;903184;90;comp;;;$rRNA;1712080;431; fin;°CDS;141345;;;;fin;°CDS;903379;;comp;;;$rRNA;1714037;170; deb;°CDS;158126;618;;;deb;°CDS;935658;336;comp;;;$rRNA;1717273;251; ;$rRNA;159245;432;;;;&tRNA;937056;149;;;fin;°CDS;1717641;;comp ;$rRNA;161203;170;;;fin;°CDS;937281;;;;deb;°CDS;1769786;55; ;$rRNA;164439;188;;;deb;°CDS;980173;251;comp;;;&tRNA;1769952;329; fin;°CDS;164744;;comp;;;&tRNA;981180;76;comp;;fin;°CDS;1770354;; deb;°CDS;205431;187;;;fin;°CDS;981330;;;;deb;°CDS;1904329;130; ;tmRNA;206548;238;;;deb;°CDS;1200444;288;comp;;;&tRNA;1905665;37; deb;°CDS;207183;-17;comp;;;&tRNA;1202433;87;;;fin;°CDS;1905778;; ;&tRNA;207388;154;comp;;;&tRNA;1202593;192;;;deb;°CDS;1907638;573; fin;°CDS;207612;;comp;;fin;°CDS;1202866;;;;;$rRNA;1908904;431; deb;°CDS;327271;8;;;deb;°CDS;1206664;206;comp;;;$rRNA;1910861;170; ;ncRNA;327873;493;comp;;;&tRNA;1208139;167;;;;$rRNA;1914097;375; 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;&tRNA;521008;216;;;;&tRNA;1388878;175;comp;;;&tRNA;2047072;245; fin;°CDS;521298;;;;fin;°CDS;1389126;;;;fin;°CDS;2047402;; deb;°CDS;647871;95;comp;;deb;°CDS;1408202;580;comp;;deb;°CDS;2067227;222;comp ;&tRNA;648764;60;;;;&tRNA;1410594;469;;;;&tRNA;2068640;204;comp fin;°CDS;648912;;;;fin;°CDS;1411148;;comp;;fin;°CDS;2068918;; deb;°CDS;745690;187;comp;;deb;°CDS;1424162;142;comp;;deb;°CDS;2084303;271;comp ;&tRNA;747296;29;comp;;;&tRNA;1424793;39;comp;;;&tRNA;2085402;69;comp ;&tRNA;747399;117;comp;;;&tRNA;1424907;-8;comp;;fin;°CDS;2085543;;comp fin;°CDS;747590;;comp;;fin;°CDS;1424972;;;;deb;°CDS;2086731;224; deb;°CDS;774507;116;;;deb;°CDS;1446913;71;comp;;;&tRNA;2087969;47; ;&tRNA;775646;94;;;;ncRNA;1448136;433;comp;;;&tRNA;2088090;519; fin;°CDS;775811;;;;fin;°CDS;1448664;;;;fin;°CDS;2088685;;comp deb;°CDS;777792;218;;;deb;°CDS;1477877;47;comp;;deb;°CDS;2108837;333;comp ;&tRNA;778709;89;;;;regulatory;1479277;128;comp;;;&tRNA;2110850;422; ;&tRNA;778871;206;;;fin;°CDS;1479502;;comp;;fin;°CDS;2111349;; fin;°CDS;779150;;;;deb;°CDS;1523012;62;;;deb;°CDS;2129279;117; deb;°CDS;790385;272;;;;&tRNA;1524142;74;comp;;;&tRNA;2130626;137; ;&tRNA;793729;467;;;fin;°CDS;1524290;;comp;;fin;°CDS;2130837;; fin;°CDS;794270;;;;deb;°CDS;1533182;306;;;deb;°CDS;2170074;253;comp deb;°CDS;803537;67;comp;;;&tRNA;1534802;871;;;;&tRNA;2171440;156; ;&tRNA;804390;204;comp;;fin;°CDS;1535759;;;;fin;°CDS;2171669;; fin;°CDS;804668;;;;deb;°CDS;1605867;102;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1606163;42;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1606279;356;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1606708;;comp;;;;;; </pre> ====blo intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_tRNA|blo intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; *;;;163;;231;;'''-17;60;; ;;;-17;;154;;24;61;'''deb; ;43;comp’;190;comp’;284;;65;69;<201;15 ;;comp’;-39;comp’;558;;67;74;total;26 ;27 41 48 31;comp’;159;;148;;71;94;taux;58% ;;;24;;216;;75;117;; ;;comp’;95;;60;;102;130;'''fin; ;29;;187;;117;;113;137;<201;15 ;;;116;;94;;116;148;total;26 ;89;;218;;206;;117;149;taux;58% ;;;212;;467;;142;154;; ;;;67;comp’;204;;163;156;'''total; ;;;192;;158;;179;158;<201;30 ;;comp’;336;;149;;187;192;total;52 ;;;251;comp’;76;;192;199;taux;58% ;87;comp’;288;;192;;212;206;; ;;comp’;206;comp’;167;;218;216;; ;48 46;;256;comp’;193;;222;231;; ;;;365;comp’;97;;224;245;; ;;comp’;215;;433;;251;327;; ;;;113;;199;;256;329;; ;;;75;comp’;175;;271;376;; ;;comp’;580;comp’;469;;306;422;; ;39;;142;comp’;-8;;314;433;; ;;comp’;62;;74;;365;467;; ;;;306;;871;;397;871;'''comp’;'''cumuls ;42;;102;comp’;356;;'''-39;'''-8;'''deb; ;;;314;;130;;62;76;<201;5 ;;;65;;329;;95;97;total;13 ;1 4;comp’;309;;61;;159;167;taux;38% ;;;71;;376;;190;175;'''fin; ;;;397;;327;;206;193;<201;6 ;;;179;;245;;215;204;total;13 ;;;222;comp’;204;;253;204;taux;46% ;;;271;;69;;288;284;; ;47;;224;comp’;519;;309;356;'''total; ;;comp’;333;;422;;333;469;<201;11 ;;;117;;137;;336;519;total;26 ;;comp’;253;;156;;580;558;taux;42% ;;;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;;;; ;<201;20;21;41;;;;;; ;total;39;39;78;;;;;; ;taux;51%;54%;53%;;;;;; </pre> ===sma=== ====sma opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_opérons|sma opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Stre_aver_MA_4680_NBRC_14893/streAver_MA_4680_NBRC_14893-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_003155.5;sma;;;; 70%GC;30.6.19 Paris;16s 6;74;doubles;intercalaires ;Streptomyces avermitilis MA-4680;;;; ;357776..357847;;gtg;; ;;;;; comp;1219274..1219346;;gga;; ;;;;; comp;1225751..1225823;;gga;; ;;;;; ;1675869..1675942;;atgf;; ;;;;; comp;1965347..1965423;;ccc;; ;;;;; comp;1992012..1992088;;ccc;; ;;;;; comp;2222599..2222686;;ctc;; ;;;;; comp;3072632..3072707;;acc;; ;;;;; comp;3073568..3073684;;5s;@1;84 comp;3073769..3076918;;23s;;288 comp;3077207..3078737;;16s;; ;;;;; comp;3295252..3295324;;gag;+;20 comp;3295345..3295416;;cag;3 gag ;21 comp;3295438..3295510;;gag;2 cag;62 comp;3295573..3295645;;gag;;42 comp;3295688..3295759;;cag;; ;;;;; ;3655871..3655942;;cgg;; ;;;;; comp;3813093..3813166;;atgf;; ;;;;; comp;3815457..3815530;;atgf;; ;;;;; comp;4362610..4362695;;tta;; ;;;;; ;4410534..4410608;;caa;; ;;;;; comp;4542466..4542542;;gcg;; ;;;;; ;4589760..4589835;;agg;; ;;;;; comp;4886830..4886906;;aca;; ;;;;; comp;5024109..5024225;;5s;;84 comp;5024310..5027458;;23s;;288 comp;5027747..5029277;;16s;; ;;;;; comp;5051970..5052043;;atgf;; ;;;;; comp;5055486..5055561;;aaa;; ;;;;; ;5063087..5063159;;gaa;;47 ;5063207..5063281;;gac;;24 ;5063306..5063382;;ttc;; ;;;;; ;5068123..5068197;;gac;; ;;;;; ;5081640..5081711;;gga;;79 ;5081791..5081866;;ggc;; ;;;;; ;5085779..5085854;;ggc;; ;;;;; ;5095224..5095311;;tcc;; ;;;;; ;5129698..5129782;;tcg;; ;;;;; comp;5154937..5155009;;cgt;;205 comp;5155215..5155305;;agc;; ;;;;; comp;5177691..5177777;;tca;; ;;;;; comp;5206939..5207028;;agc;; ;;;;; comp;5299302..5299378;;atc;; ;;;;; ;5304905..5304977;;gca;; ;;;;; ;5322106..5322192;;ctg;; ;;;;; comp;5452769..5452842;;ggg;; ;;;;; comp;5594481..5594554;;ccg;; ;;;;; ;5650316..5650389;;acg;; ;;;;; ;5759342..5760872;;16s;;288 ;5761161..5764309;;23s;;84 ;5764394..5764510;;5s;; ;;;;; ;5950170..5950251;;tac;; ;;;;; ;5956602..5956674;;acc;;46 ;5956721..5956793;;atg;; ;;;;; ;5964532..5964607;;tgg;; ;;;;; ;6124386..6125916;;16s;;288 ;6126205..6129353;;23s;;84 ;6129438..6129554;;5s;; ;;;;; comp;6242261..6242335;;tgc;; ;;;;; comp;6279029..6279112;;cta;; ;;;;; comp;6329202..6329278;;aag;; ;;;;; comp;6335068..6335141;;aag;; ;;;;; comp;6349312..6349385;;aag;; ;;;;; comp;6372705..6372777;;cac;; ;;;;; comp;6501509..6501584;;aga;; ;;;;; comp;6604435..6604508;;gga;;153 comp;6604662..6604738;;cca;; ;;;;; ;6653846..6653918;;gcc;; ;;;;; ;6658303..6658375;;gcc;; ;;;;; ;6875603..6875675;;aac;+;5 ;6875681..6875753;;aac;2 aac;166 ;6875920..6875996;;atgi;; ;;;;; ;7021984..7022058;;gta;; ;;;;; ;7025336..7025415;;gtg;; ;;;;; comp;7471270..7471342;;ttg;; ;;;;; ;7765513..7767043;;16s;;284 ;7767328..7770477;;23s;;133 ;7770611..7770727;;5s;; ;;;;; comp;7937463..7937550;;ctc;; ;;;;; comp;8122352..8122426;;gtc;+;40 comp;8122467..8122538;;gtc;3 gtc;19 comp;8122558..8122629;;gtc;;1 comp;8122631..8122704;;tgc;;38 comp;8122743..8122815;;ggc;; ;;;;; ;8129564..8129635;;gtg;; ;;;;; ;8139938..8140012;;gtg;; ;;;;; ;8328596..8330126;;16s;;288 ;8330415..8333563;;23s;;84 ;8333648..8333764;;5s;; ;;;;; ;8576989..8577062;;ccc;; </pre> ====sma cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_cumuls|sma cumuls]] <pre> sma cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;6;1;1;- ;16 23 5s 0;6;20;3; ;16 atc gca;0;40;4; ;16 23 5s a;0;60;3; ;max a;0;80;2; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;0; sans ;opérons;56;160;1; ;1 aa;48;180;1; ;max a;5;200;0; ;a doubles;3;;1; ;total aas;72;;16;0 total aas;;72;;; remarques;;1;;; avec jaune;;;moyenne;61; ;;;variance;61; sans jaune;;;moyenne;34; ;;;variance;22; </pre> ====sma blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_blocs|sma blocs]] <pre> sma blocs;;;;;; 5s;84;117;84;117;288;1531 23s;288;3150;288;3149;84;3149 16s;;1531;;1531;;117 ;;;;;; 16s;288;1531;284;1531;288;1531 23s;84;3149;133;3150;84;3149 5s;;117;;117;;117 </pre> ====sma remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_remarques|sma remarques]] ====sma données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_données_intercalaires|sma données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;sma;fx;fc;sma;fx40;fc40;sma;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;1;0;9;11;0;9;11;-1;0;126;116;509;CDS 16s;; ;0;10;75;332;1;10;35;-2;4;0;467;132;615;852; ;0;20;67;220;2;3;44;-3;0;0;1265;480;653;675; ;1;30;85;143;3;13;35;-4;15;752;179;36;607;; 2;2;40;73;167;4;14;34;-5;0;0;403;84;641;; 3;1;50;86;141;5;3;47;-6;2;1;430;99;16s 23s;; 5;0;60;86;121;6;9;25;-7;2;12;563;198;5* 312;; ;3;70;78;135;7;9;22;-8;5;56;83;682;308;; 3;0;80;101;144;8;7;27;-9;0;0;91;176;23s 5s;; 1;2;90;101;123;9;3;27;-10;1;7;210;58;5* 89;; 4;3;100;85;131;10;4;36;-11;9;20;229;49;138;; 2;4;110;86;144;11;5;29;-12;0;0;44;57;5s CDS;; 1;6;120;83;122;12;9;22;-13;3;7;112;387;114;114; 2;0;130;91;136;13;5;25;-14;12;9;568;-3;134;; 4;1;140;77;123;14;3;32;-15;3;0;118;183;77;; 1;3;150;84;119;15;10;21;-16;1;5;416;422;144;; 1;0;160;71;111;16;5;21;-17;3;8;426;376;150;; 1;1;170;71;94;17;4;15;-18;3;0;504;56;tRNA tRNA;; 1;1;180;62;75;18;13;13;-19;4;5;112;236;37;;other 4;4;190;73;79;19;6;27;-20;7;11;218;51;37;;other 1;2;200;61;72;20;7;15;-21;0;0;143;116;34;;other ;1;210;59;68;21;11;15;-22;4;1;149;216;**;;tct 1;1;220;41;62;22;6;17;-23;4;4;186;133;20;;gag 2;1;230;45;58;23;7;13;-24;1;0;94;136;21;;cag 1;0;240;52;61;24;12;14;-25;0;4;186;40;62;;gag 1;0;250;51;69;25;8;12;-26;2;3;200;334;42;;gag ;1;260;54;40;26;7;21;-27;0;0;170;182;**;;cag 2;2;270;45;45;27;10;13;-28;0;2;23;408;47;;gaa ;0;280;32;34;28;12;13;-29;2;2;270;520;24;;gac ;1;290;31;50;29;8;18;-30;1;0;65;131;**;;ttc ;1;300;28;40;30;4;7;-31;2;2;183;340;79;;gga 2;0;310;31;41;31;7;17;-32;2;1;294;269;**;;ggc ;0;320;30;30;32;3;23;-33;1;0;63;719;205;;cgt ;0;330;24;41;33;8;16;-34;2;2;256;50;**;;agc 2;0;340;24;31;34;7;20;-35;2;1;120;223;46;;acc ;0;350;27;19;35;4;22;-36;2;0;33;372;**;;atgj ;0;360;20;29;36;7;17;-37;0;1;108;249;-;153;gga ;0;370;20;23;37;9;11;-38;1;1;1408;80;**;;cca 3;0;380;24;25;38;5;13;-39;3;0;88;305;5;;aac 1;0;390;25;33;39;13;13;-40;2;1;107;44;166;;aac ;1;400;13;23;40;10;15;-41;3;1;148;229;**;;atgi 7;12;reste;300;329;reste;2272;3021;-42;1;0;64;58;40;;gtc 59;56;total;2581;3894;total;2581;3894;-43;2;1;131;104;19;;gtc 51;43;diagr;2272;3554;diagr;300;862;-44;0;1;-10;166;1;;gtc 0;1; t30;227;695;;;;-45;0;0;191;310;38;;tgc ;;;;;;;;-46;1;0;117;377;**;;ggc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;185;97;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;97;147;;; ;x;2572;135;9;2716;;;-49;0;2;424;128;;; ;c;3883;1077;11;4971;;;-50;0;3;400;181;;; ;;;;;7687;164;;reste;23;24;105;267;;; ;;;;;;7851;;total;135;1077;261;92;;; ;;;;;;;;;;;105;97;;; ;;;;;;;;;;;544;101;;; ;;;;;;;;;;;39;187;;; ;;;;;;;;;;;285;127;;; ;;;;;;;;;;;;155;;; ;;;;;;;;;;;;76;;; ;;;;;;;;;;;;76;;; </pre> =====sma autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_autres_intercalaires_aas|sma autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;sma;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;357102;357266;509;*; ;;tRNA;357776;357847;116;*;gtg fin;;CDS;357964;359805;;; deb;;CDS;615881;616378;467;*; ;;tRNA;616846;616941;1265;*;tcg fin;;CDS;618207;618728;;; deb;;CDS;1218971;1219141;132;*; ;comp;tRNA;1219274;1219346;480;*;gga fin;;CDS;1219827;1220234;;; deb;;CDS;1674937;1675689;179;*; ;;tRNA;1675869;1675942;36;*;atgf fin;comp;CDS;1675979;1676188;;0; deb;;CDS;1964411;1965265;84;*; ;comp;tRNA;1965350;1965423;99;*;ccc fin;;CDS;1965523;1966050;;; deb;comp;CDS;1990145;1991611;403;*; ;comp;tRNA;1992015;1992088;198;*;ccc fin;;CDS;1992287;1992997;;; deb;comp;CDS;2220285;2222168;430;*; ;comp;tRNA;2222599;2222686;682;*;ctc fin;;CDS;2223369;2223569;;0; deb;comp;CDS;2801738;2802733;176;*; ;;tRNA;2802910;2803004;37;*;other ;;tRNA;2803042;2803136;37;*;other ;;tRNA;2803174;2803268;34;*;other ;;tRNA;2803303;2803400;563;*;tct fin;;CDS;2803964;2804761;;; deb;;CDS;3069826;3072573;58;*; ;comp;tRNA;3072632;3072707;83;*;acc deb;comp;CDS;3072791;3073453;114;*; ;comp;rRNA;3073568;3073684;89;*;117 ;comp;rRNA;3073774;3076897;312;*;3124 ;comp;rRNA;3077210;3078735;615;*;1526 fin;comp;CDS;3079351;3081036;;; deb;;CDS;3294558;3295202;49;*; ;comp;tRNA;3295252;3295324;20;*;gag ;comp;tRNA;3295345;3295416;21;*;cag ;comp;tRNA;3295438;3295510;62;*;gag ;comp;tRNA;3295573;3295645;42;*;gag ;comp;tRNA;3295688;3295759;91;*;cag fin;comp;CDS;3295851;3296585;;; deb;comp;CDS;3655220;3655813;57;*; ;;tRNA;3655871;3655942;387;*;cgg fin;comp;CDS;3656330;3657742;;; deb;;CDS;3812904;3813095;-3;*; ;comp;tRNA;3813093;3813166;210;*;atgf deb;comp;CDS;3813377;3815227;229;*; ;comp;tRNA;3815457;3815530;44;*;atgf fin;comp;CDS;3815575;3818571;;0; deb;;CDS;4361587;4362429;183;*; ;comp;tRNA;4362613;4362695;422;*;tta fin;;CDS;4363118;4363888;;; deb;comp;CDS;4408838;4410157;376;*; ;;tRNA;4410534;4410605;112;*;caa fin;;CDS;4410718;4412166;;; deb;comp;CDS;4541721;4541900;568;*; ;comp;tRNA;4542469;4542542;118;*;gcg fin;comp;CDS;4542661;4544010;;; deb;;CDS;4588309;4589343;416;*; ;;tRNA;4589760;4589835;426;*;agg fin;;CDS;4590262;4590483;;0; deb;;CDS;4885883;4886776;56;*; ;comp;tRNA;4886833;4886906;236;*;aca fin;;CDS;4887143;4888279;;; deb;comp;CDS;5023429;5023974;134;*; ;comp;rRNA;5024109;5024225;89;*;117 ;comp;rRNA;5024315;5027437;312;*;3123 ;comp;rRNA;5027750;5029275;653;*;1526 fin;comp;CDS;5029929;5030477;;0; deb;comp;CDS;5050422;5051465;504;*; ;comp;tRNA;5051970;5052043;112;*;atgf fin;comp;CDS;5052156;5053286;;0; deb;comp;CDS;5054956;5055270;218;*; ;comp;tRNA;5055489;5055561;143;*;aaa fin;comp;CDS;5055705;5057240;;; deb;;CDS;5061300;5062937;149;*; ;;tRNA;5063087;5063159;47;*;gaa ;;tRNA;5063207;5063281;24;*;gac ;;tRNA;5063306;5063379;186;*;ttc fin;;CDS;5063566;5063820;;; deb;;CDS;5064051;5068028;94;*; ;;tRNA;5068123;5068197;186;*;gac fin;;CDS;5068384;5068575;;0; deb;;CDS;5081122;5081439;200;*; ;;tRNA;5081640;5081711;79;*;gga ;;tRNA;5081791;5081866;170;*;ggc fin;;CDS;5082037;5083050;;; deb;;CDS;5085108;5085755;23;*; ;;tRNA;5085779;5085854;51;*;ggc fin;comp;CDS;5085906;5086805;;; 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;;tRNA;8139938;8140009;76;*;gtg fin;comp;CDS;8140086;8140811;;0; deb;comp;CDS;8327473;8327922;675;*; ;;rRNA;8328598;8330123;312;*;1526 ;;rRNA;8330436;8333558;89;*;3123 ;;rRNA;8333648;8333764;150;*;117 fin;;CDS;8333915;8334523;;; deb;;CDS;8575186;8576703;285;*; ;;tRNA;8576989;8577062;76;*;ccc fin;comp;CDS;8577139;8577675;;0; </pre> ====sma distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_distribution|sma distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;4;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;3;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;2;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;3;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;4;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total sma;;48;;;;;;;sma;17;;;;;;;;sma;7;;;;;; </pre> ===ksk=== ====ksk opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_opérons|ksk opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Kita_seta_KM_6054/kitaSeta_KM_6054-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_016109.1;ksk;;;; 72%GC;30.6.19 Paris;16s 9;74;doubles;intercalaires ;Kitasatospora setae KM-6054;;;; comp;631024..631098;;act;; ;;;;; ;976172..976245;;tgc;; ;;;;; comp;1615691..1615765;;gtg;+;206 comp;1615972..1616046;;gtg;2 gtg; ;;;;; ;1621501..1621576;;ggc;;76 ;1621653..1621726;;tgc;;36 ;1621763..1621834;;gtc;+;34 ;1621869..1621940;;gtc;3 gtc;37 ;1621978..1622052;;gtc;; ;;;;; comp;1707344..1707460;;5s;@1;73 comp;1707534..1710667;;23s;;267 comp;1710935..1712463;;16s;; ;;;;; comp;1888620..1888736;;5s;;73 comp;1888810..1891942;;23s;;267 comp;1892210..1893738;;16s;; ;;;;; ;1970574..1970661;;ctc;; ;;;;; ;2264495..2264580;;ttg;; ;;;;; comp;2741186..2741257;;gta;; ;;;;; comp;2788071..2788147;;atgi;; ;;;;; comp;2790422..2790494;;aac;+;5 comp;2790500..2790572;;aac;2 aac; ;;;;; comp;2887231..2887303;;gcc;+;269 comp;2887573..2887645;;gcc;3 gcc;38 comp;2887684..2887756;;gcc;@2; ;;;;; comp;2932411..2932487;;cca;;151 direct;2932639..2932712;;gga;; ;;;;; comp;2982955..2983071;;5s;;73 comp;2983145..2986276;;23s;;266 comp;2986543..2988071;;16s;; ;;;;; ;3018063..3018138;;cac;; ;;;;; ;3036654..3036730;;aag;; ;;;;; ;3044201..3044277;;aag;; ;;;;; ;3111827..3111900;;aag;;129 ;3112030..3112103;;aag;; ;;;;; ;3157748..3157834;;cta;; ;;;;; ;3210241..3210315;;tgc;; ;;;;; comp;3289891..3290007;;5s;;73 comp;3290081..3293213;;23s;;267 comp;3293481..3295009;;16s;; ;;;;; comp;3608705..3608777;;tgg;; ;;;;; comp;3616894..3616969;;atgj;;42 comp;3617012..3617084;;acc;; ;;;;; comp;3618677..3618757;;tac;; ;;;;; comp;3851412..3851488;;aca;; ;;;;; comp;3987214..3987290;;acg;; ;;;;; ;4071208..4071281;;ccg;; ;;;;; ;4095099..4095186;;tcc;; ;;;;; ;4142544..4142633;;tcg;; ;;;;; comp;4160864..4160939;;cgt;+;35 comp;4160975..4161050;;cgt;2 cgt;240 comp;4161291..4161381;;agc;@; ;;;;; comp;4177523..4177608;;tca;; ;;;;; comp;4240397..4240470;;ggg;; ;;;;; ;4285828..4285900;;ggc;+;51 ;4285952..4286027;;ggc;2 ggc; ;;;;; ;4383368..4383444;;atc;; ;;;;; ;4385556..4385631;;gca;; ;;;;; ;4401492..4401575;;ctg;; ;;;;; comp;4622975..4623048;;gac;; ;;;;; comp;4640883..4640959;;ttc;;34 comp;4640994..4641067;;gac;;42 comp;4641110..4641182;;gaa;; ;;;;; ;4651832..4651904;;aaa;; ;;;;; comp;4773547..4773620;;atgf;; ;;;;; comp;4774128..4774201;;atgf;; ;;;;; ;4796510..4798038;;16s;;267 ;4798306..4801439;;23s;;71 ;4801511..4801627;;5s;; ;;;;; ;5027433..5027508;;agg;; ;;;;; ;5076388..5076464;;gcg;; ;;;;; ;5123784..5123856;;acc;; ;;;;; ;5132819..5132892;;caa;; ;;;;; comp;5216466..5216550;;tta;; ;;;;; ;5430075..5430148;;atgf;; ;;;;; comp;5530949..5531020;;cgg;; ;;;;; ;5714968..5715039;;cag;;21 ;5715061..5715133;;gag;+;38 ;5715172..5715244;;gag;3 gag;13 ;5715258..5715330;;gag;2 cag;4 ;5715335..5715409;;cag;; ;;;;; ;5853168..5854696;;16s;;256 ;5854953..5858085;;23s;;73 ;5858159..5858275;;5s;; ;;;;; ;5932168..5933696;;16s;;256 ;5933953..5937085;;23s;;71 ;5937157..5937273;;5s;; ;;;;; ;6074082..6075610;;16s;;264 ;6075875..6079006;;23s; ;73 ;6079080..6079196;;5s;; ;;;;; comp;6104344..6104419;;aga;; ;;;;; ;6400221..6401749;;16s;;267 ;6402017..6405146;;23s; ;106 ;6405253..6405369;;5s;; ;;;;; ;6485836..6485909;;ccc;; ;;;;; ;7355279..7355354;;tgc;;19 ;7355374..7355449;;ggc;; ;;;;; comp;7461078..7461165;;ctc;; </pre> ====ksk cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_cumuls|ksk cumuls]] <pre> ksk cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;9;1;0;- ;16 23 5s 0;9;20;4; ;16 atc gca;0;40;8; ;16 23 5s a;0;60;3; ;max a;0;80;1; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;1; sans ;opérons;49;160;1; ;1 aa;37;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;7;;3; ;total aas;70;;21;0 total aas;;70;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;72; ;;;variance;79; sans jaune;;;moyenne;33; ;;;variance;18; </pre> ====ksk blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_blocs|ksk blocs]] <pre> ksk blocs;;;;;; ;;;;;; 5s;73;117;73;117;73;117 23s;267;3134;267;3133;266;3132 16s;;1529;;1529;;1529 ;;;;;; 16s;73;117;267;1529;256;1529 23s;267;3133;71;3134;73;3133 5s;;1529;;117;;117 ;;;;;; 16s;256;1529;264;1529;267;1529 23s;71;3133;73;3132;106;3130 5s;;117;;117;;117 </pre> ====ksk remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_remarques|ksk remarques]] ====ksk données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_données_intercalaires|ksk données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ksk;fx;fc;ksk;fx40;fc40;ksk;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa 1;1;0;7;4;0;7;4;-1;0;107;188;214;CDS 16s;;;tRNA tRNA;; 1;0;10;98;244;1;2;28;-2;1;0;140;967;619;672;;35;;other ;1;20;92;147;2;1;40;-3;0;1;66;108;525;734;;**;;other ;1;30;100;126;3;4;26;-4;12;663;71;462;645;;;209;;gtg ;1;40;93;170;4;4;29;-5;0;0;108;303;553;;;**;;gtg 2;0;50;75;173;5;3;38;-6;0;1;92;240;452;;;79;;ggc ;3;60;101;159;6;10;16;-7;7;10;156;551;405;;;36;;tgc 3;2;70;104;153;7;47;13;-8;1;45;254;1;611;;;34;;gtc 5;2;80;118;172;8;3;12;-9;1;0;114;92;16s 23s;;;37;;gtc ;3;90;97;176;9;13;19;-10;3;9;176;79;5* 291;;;**;;gtc 3;1;100;102;157;10;11;23;-11;4;22;108;172;290;;;5;;aac 1;5;110;92;183;11;3;27;-12;0;0;101;292;2* 280;;;**;;aac 2;4;120;74;130;12;8;12;-13;4;9;70;299;288;;;269;;gcc ;2;130;70;171;13;9;13;-14;2;16;84;119;23s 5s;;;38;;gcc 2;2;140;68;123;14;3;22;-15;0;1;312;309;6* 78;;;**;;gcc ;3;150;63;112;15;9;10;-16;3;3;139;151;2* 76;;;-;151;cca 2;3;160;74;110;16;9;12;-17;3;12;83;112;108;;;**;;gga ;2;170;62;135;17;9;16;-18;1;0;748;66;5s CDS;;;18;;cga 3;1;180;56;95;18;13;7;-19;0;5;117;176;101;82;;18;;cga 1;1;190;48;106;19;16;13;-20;3;7;88;252;182;;;18;;other ;1;200;48;87;20;13;15;-21;1;0;402;70;251;;;18;;cga 1;0;210;45;69;21;13;7;-22;1;2;329;463;553;;;**;;other 2;0;220;54;57;22;14;14;-23;3;6;52;1447;205;;;129;;aag ;0;230;45;77;23;11;18;-24;1;0;159;310;271;;;**;;aag 1;0;240;44;60;24;11;8;-25;1;1;278;263;3080;;;42;;atgj 1;1;250;40;57;25;12;8;-26;1;3;252;75;239;;;**;;acc 2;3;260;44;43;26;4;13;-27;1;0;58;214;;;;35;;cgt 2;0;270;42;51;27;8;9;-28;4;3;1021;93;;;;240;;cgt ;1;280;36;37;28;9;15;-29;4;2;154;314;;;;**;;agc ;1;290;36;45;29;7;23;-30;2;0;161;201;;;;51;;ggc 2;0;300;30;36;30;11;11;-31;0;2;16;157;;;;**;;ggc 3;0;310;36;33;31;8;18;-32;2;0;285;76;;;;34;;ttc 1;2;320;25;22;32;5;14;-33;0;0;110;353;;;;42;;gac ;1;330;28;22;33;7;11;-34;2;1;116;47;;;;**;;gaa ;0;340;20;22;34;15;19;-35;2;1;109;405;;;;21;;cag 1;0;350;19;23;35;14;19;-36;1;0;145;75;;;;38;;gag 1;0;360;26;20;36;6;17;-37;0;0;122;-3;;;;13;;gag ;0;370;12;20;37;12;18;-38;0;1;245;70;;;;4;;gag ;0;380;18;10;38;8;30;-39;0;0;849;46;;;;**;;gag ;0;390;13;22;39;8;13;-40;2;1;71;180;;;;22;;tgc ;0;400;12;20;40;10;11;-41;0;1;113;246;;;;**;;ggc 8;4;reste;297;316;reste;2174;3304;-42;0;0;149;350;;;;;; 51;52;total;2564;3995;total;2564;3995;-43;0;1;167;80;;;;;; 42;47;diagr;2260;3675;diagr;383;687;-44;0;0;124;183;;;;;; 1;2; t30;290;517;;;;-45;2;0;318;135;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;57;140;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;259;749;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;199;819;;;;;; ;x;2557;93;7;2657;;;-49;1;1;148;251;;;;;; ;c;3991;959;4;4954;;;-50;2;1;-13;94;;;;;; ;;;;;7611;171;;reste;14;21;25;270;;;;;; ;;;;;;7782;;total;93;959;32;;;;;;; </pre> =====ksk autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_autres_intercalaires_aas|ksk autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ksk;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;629741;630835;188;*; ;comp;tRNA;631024;631098;140;*;act fin;comp;CDS;631239;632909;;; deb;comp;CDS;975508;975957;214;*; ;;tRNA;976172;976242;66;*;tgc fin;;CDS;976309;977706;;0; deb;comp;CDS;1013242;1014198;71;*; ;comp;tRNA;1014270;1014354;35;*;other ;comp;tRNA;1014390;1014474;967;*;other fin;;CDS;1015442;1015951;;; deb;;CDS;1614812;1615585;108;*; ;comp;tRNA;1615694;1615765;209;*;gtg ;comp;tRNA;1615975;1616046;462;*;gtg fin;;CDS;1616509;1616922;;; deb;comp;CDS;1620154;1621197;303;*; ;;tRNA;1621501;1621573;79;*;ggc ;;tRNA;1621653;1621726;36;*;tgc ;;tRNA;1621763;1621834;34;*;gtc ;;tRNA;1621869;1621940;37;*;gtc ;;tRNA;1621978;1622052;240;*;gtc fin;comp;CDS;1622293;1622469;;0; deb;comp;CDS;1706631;1707242;101;*; ;comp;rRNA;1707344;1707460;78;*;117 ;comp;rRNA;1707539;1710646;291;*;3108 ;comp;rRNA;1710938;1712461;672;*;1524 fin;;CDS;1713134;1713583;;; deb;;CDS;1888172;1888537;82;*; ;comp;rRNA;1888620;1888736;78;*;117 ;comp;rRNA;1888815;1891921;291;*;3107 ;comp;rRNA;1892213;1893736;619;*;1524 fin;comp;CDS;1894356;1895450;;; deb;comp;CDS;1969567;1970022;551;*; ;;tRNA;1970574;1970661;1;*;ctc fin;comp;CDS;1970663;1971622;;0; deb;comp;CDS;2263749;2264402;92;*; ;;tRNA;2264495;2264577;108;*;ttg fin;;CDS;2264686;2265490;;0; deb;;CDS;2661716;2662345;70;*; ;comp;ncRNA;2662416;2662817;52;*; fin;comp;CDS;2662870;2663124;;1; deb;;CDS;2740927;2741106;79;*; ;comp;tRNA;2741186;2741257;172;*;gta fin;;CDS;2741430;2742695;;; deb;;CDS;2785520;2787781;292;*; ;comp;tRNA;2788074;2788147;299;*;atgi fin;;CDS;2788447;2789340;;; deb;;CDS;2789514;2790302;119;*; ;comp;tRNA;2790422;2790494;5;*;aac ;comp;tRNA;2790500;2790572;309;*;aac fin;;CDS;2790882;2791175;;; deb;comp;CDS;2885846;2887138;92;*; ;comp;tRNA;2887231;2887303;269;*;gcc ;comp;tRNA;2887573;2887645;38;*;gcc ;comp;tRNA;2887684;2887756;156;*;gcc fin;comp;CDS;2887913;2888560;;; deb;comp;CDS;2930765;2932159;254;*; ;comp;tRNA;2932414;2932487;151;*;cca ;;tRNA;2932639;2932712;151;*;gga fin;comp;CDS;2932864;2933883;;; deb;comp;CDS;2982257;2982772;182;*; ;comp;rRNA;2982955;2983071;78;*;117 ;comp;rRNA;2983150;2986255;290;*;3106 ;comp;rRNA;2986546;2988069;525;*;1524 fin;comp;CDS;2988595;2989311;;; deb;;CDS;3017346;3017948;114;*; ;;tRNA;3018063;3018138;176;*;cac fin;;CDS;3018315;3018761;;0; deb;;CDS;3036003;3036545;108;*; ;;tRNA;3036654;3036727;101;*;aag fin;;CDS;3036829;3037074;;1; deb;comp;CDS;3042508;3044088;112;*; ;;tRNA;3044201;3044274;66;*;aag fin;comp;CDS;3044341;3044712;;0; deb;comp;CDS;3073276;3074226;70;*; ;comp;tRNA;3074297;3074387;18;*;cga ;comp;tRNA;3074406;3074496;18;*;cga ;comp;tRNA;3074515;3074605;18;*;other ;comp;tRNA;3074624;3074714;18;*;cga ;comp;tRNA;3074733;3074823;176;*;other fin;;CDS;3075000;3076004;;; deb;;CDS;3110984;3111742;84;*; ;;tRNA;3111827;3111900;129;*;aag ;;tRNA;3112030;3112103;312;*;aag fin;;CDS;3112416;3114647;;; deb;comp;CDS;3155159;3157495;252;*; ;;tRNA;3157748;3157831;70;*;cta fin;comp;CDS;3157902;3158507;;; deb;comp;CDS;3209463;3209777;463;*; ;;tRNA;3210241;3210315;1447;*;tgc fin;comp;CDS;3211763;3211972;;; deb;comp;CDS;3232464;3233834;193;*; ;comp;tmRNA;3234028;3234406;122;*; fin;comp;CDS;3234529;3235011;;; deb;comp;CDS;3289487;3289639;251;*; ;comp;rRNA;3289891;3290007;78;*;117 ;comp;rRNA;3290086;3293192;291;*;3107 ;comp;rRNA;3293484;3295007;645;*;1524 fin;comp;CDS;3295653;3296657;;0; deb;comp;CDS;3608197;3608565;139;*; ;comp;tRNA;3608705;3608777;310;*;tgg fin;;CDS;3609088;3610326;;; deb;comp;CDS;3616649;3616813;83;*; ;comp;tRNA;3616897;3616969;42;*;atgj ;comp;tRNA;3617012;3617084;263;*;acc deb;;CDS;3617348;3618601;75;*; ;comp;tRNA;3618677;3618757;214;*;tac fin;;CDS;3618972;3619460;;; deb;;CDS;3848397;3851321;93;*; ;comp;tRNA;3851415;3851488;314;*;aca fin;;CDS;3851803;3852900;;; deb;comp;CDS;3985689;3986465;748;*; ;comp;tRNA;3987214;3987290;117;*;acg fin;comp;CDS;3987408;3988070;;; deb;;CDS;4070175;4071119;88;*; ;;tRNA;4071208;4071281;402;*;ccg fin;;CDS;4071684;4073162;;; deb;comp;CDS;4092593;4094809;66;*; ;comp;ncRNA;4094876;4094966;132;*; ;;tRNA;4095099;4095183;329;*;tcc fin;;CDS;4095513;4095974;;; deb;;CDS;4142060;4142491;52;*; ;;tRNA;4142544;4142633;159;*;tcg fin;;CDS;4142793;4143458;;0; deb;comp;CDS;4160403;4160585;278;*; ;comp;tRNA;4160864;4160939;35;*;cgt ;comp;tRNA;4160975;4161050;240;*;cgt ;comp;tRNA;4161291;4161381;201;*;agc fin;;CDS;4161583;4164981;;0; deb;comp;CDS;4176515;4177270;252;*; ;comp;tRNA;4177523;4177608;58;*;tca fin;comp;CDS;4177667;4178776;;0; deb;comp;CDS;4235119;4239375;1021;*; ;comp;tRNA;4240397;4240470;157;*;ggg fin;;CDS;4240628;4240849;;; deb;;CDS;4285356;4285673;154;*; ;;tRNA;4285828;4285900;51;*;ggc ;;tRNA;4285952;4286024;161;*;ggc fin;;CDS;4286186;4287187;;; deb;;CDS;4381966;4383351;16;*; ;;tRNA;4383368;4383441;285;*;atc fin;;CDS;4383727;4384749;;; deb;;CDS;4385317;4385445;110;*; ;;tRNA;4385556;4385628;76;*;gca fin;comp;CDS;4385705;4386631;;0; deb;comp;CDS;4400257;4401138;353;*; ;;tRNA;4401492;4401575;47;*;ctg fin;comp;CDS;4401623;4402147;;0; deb;;CDS;4622363;4622569;405;*; ;comp;tRNA;4622975;4623048;116;*;gac fin;comp;CDS;4623165;4627139;;0; deb;comp;CDS;4640228;4640773;109;*; ;comp;tRNA;4640883;4640959;34;*;ttc ;comp;tRNA;4640994;4641067;42;*;gac ;comp;tRNA;4641110;4641182;145;*;gaa fin;comp;CDS;4641328;4641669;;0; deb;;CDS;4651026;4651709;122;*; ;;tRNA;4651832;4651904;245;*;aaa fin;;CDS;4652150;4652317;;0; deb;comp;CDS;4770979;4772697;849;*; ;comp;tRNA;4773547;4773620;75;*;atgf deb;;CDS;4773696;4774130;-3;*; ;comp;tRNA;4774128;4774201;71;*;atgf fin;comp;CDS;4774273;4775532;;0; deb;;CDS;4794735;4795958;553;*; ;;rRNA;4796512;4798035;291;*;1524 ;;rRNA;4798327;4801434;76;*;3108 ;;rRNA;4801511;4801627;280;*;117 fin;;CDS;4801908;4802828;;; deb;;CDS;5026285;5027319;113;*; ;;tRNA;5027433;5027505;70;*;agg fin;comp;CDS;5027576;5028037;;1; deb;;CDS;5075303;5076238;149;*; ;;tRNA;5076388;5076464;46;*;gcg fin;comp;CDS;5076511;5077533;;0; deb;comp;CDS;5121699;5123603;180;*; ;;tRNA;5123784;5123856;167;*;acc fin;;CDS;5124024;5124683;;; deb;comp;CDS;5131586;5132572;246;*; ;;tRNA;5132819;5132889;124;*;caa fin;;CDS;5133014;5134459;;; deb;comp;CDS;5215779;5216147;318;*; ;comp;tRNA;5216466;5216550;350;*;tta fin;;CDS;5216901;5217674;;; deb;;CDS;5427006;5430017;57;*; ;;tRNA;5430075;5430148;259;*;atgf fin;;CDS;5430408;5432459;;; deb;;CDS;5530116;5530868;80;*; ;comp;tRNA;5530949;5531020;183;*;cgg fin;;CDS;5531204;5531737;;; deb;;CDS;5713254;5714768;199;*; ;;tRNA;5714968;5715039;21;*;cag ;;tRNA;5715061;5715133;38;*;gag ;;tRNA;5715172;5715244;13;*;gag ;;tRNA;5715258;5715330;4;*;gag ;;tRNA;5715335;5715409;135;*;gag fin;comp;CDS;5715545;5716258;;0; deb;comp;CDS;5851701;5852435;734;*; ;;rRNA;5853170;5854693;280;*;1524 ;;rRNA;5854974;5858080;78;*;3107 ;;rRNA;5858159;5858275;205;*;117 fin;;CDS;5858481;5859890;;; deb;;CDS;5930032;5931717;452;*; ;;rRNA;5932170;5933693;280;*;1524 ;;rRNA;5933974;5937080;76;*;3107 ;;rRNA;5937157;5937273;271;*;117 fin;;CDS;5937545;5938228;;0; deb;;CDS;6072887;6073678;405;*; ;;rRNA;6074084;6075607;288;*;1524 ;;rRNA;6075896;6079001;78;*;3106 ;;rRNA;6079080;6079196;3080;*;117 fin;;CDS;6082277;6082420;;; deb;;CDS;6103592;6104206;140;*; ;comp;tRNA;6104347;6104419;749;*;aga fin;;CDS;6105169;6105423;;; deb;;CDS;6398346;6399611;611;*; ;;rRNA;6400223;6401746;291;*;1524 ;;rRNA;6402038;6405144;108;*;3107 ;;rRNA;6405253;6405369;239;*;117 fin;;CDS;6405609;6406436;;; deb;;CDS;6484449;6485687;148;*; ;;tRNA;6485836;6485909;819;*;ccc fin;comp;CDS;6486729;6487430;;; deb;comp;CDS;7351591;7353366;251;*; ;;tRNA;7353618;7353693;-13;*;gcc fin;;CDS;7353681;7353821;;; deb;;CDS;7353841;7355253;25;*; ;;tRNA;7355279;7355351;22;*;tgc ;;tRNA;7355374;7355446;32;*;ggc fin;;CDS;7355479;7356687;;0; deb;;CDS;7459688;7460983;94;*; ;comp;tRNA;7461078;7461165;270;*;ctc fin;;CDS;7461436;7462761;;; </pre> ====ksk distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_distribution|ksk distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;3;gac;;ggc;2 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;3;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ksk;;37;;;;;;;ksk;14;;;;;;;;ksk;19;;;;;; </pre> ===actino synthèse=== ====actino distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_génome|actino distribution par génome]] <pre> actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total ase;58;32;;;;0;6;;96 blo;19;31;;;;0;6;;56 sma;17;48;;;;0;7;;72 ksk;14;37;;;;0;19;;70 total;108;148;0;0;0;0;38;0;294 </pre> ====actino distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_du_total|actino distribution du total]] <pre> actino4;;;;;;;294 atgi;4;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;1;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10 atc;5;acc;7;aac;9;agc;7 ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9 gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14 tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5 cta;4;cca;6;caa;3;cga; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7 ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7 atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4 ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5 gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;146;148;;;;0;295 </pre> ====actino distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_type|actino distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38 atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc; ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4 gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2 tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg; ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====actino par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_par_rapport_au_groupe_de_référence|actino par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;55;28;26;;;;109; 16;moyen;50;38;;;;;88; 14;fort;43;42;12;;;;97; ; ;148;108;38;;;;294; 10;g+cga;31;18;15;;;;64; 2;agg+cgg;8;1;;;;;9; 4;carre ccc;15;9;11;;;;35; 5;autres;1;;;;;;1; ;;55;28;26;;;;109; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;187;95;88;;;;371;26 16;moyen;170;129;;;;;299;324 14;fort;146;143;41;;;;330;650 ; ;503;367;129;;;;294;729 10;g+cga;105;61;51;;;;218;10 2;agg+cgg;27;3;;;;;31; 4;carre ccc;51;31;37;;;;119;16 5;autres;3;;;;;;3; ;;187;95;88;;;;371; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;187;95;88;371;26;37;26;68 16;moyen;170;129;;299;324;34;35; 14;fort;146;143;41;330;650;29;39;32 ; ;503;367;129;294;729;148;108;38 10;g+cga;105;61;51;218;10;56;64;58 2;agg+cgg;27;3;;31;;15;4; 4;carre ccc;51;31;37;119;16;27;32;42 5;autres;3;;;3;;2;; ;;187;95;88;371;;55;28;26 </pre> ====actinobacteria, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actinobacteria,_estimation_des_-rRNAs|actinobacteria, estimation des -rRNAs]] <pre> actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 99 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;99;2; ; ;;indices;;;;99;2;0;0;;actino4;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;294 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;7;aac;9;agc;7 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;5;aga;5 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;4;cca;6;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;88;;97;;109;294 26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;86713;0.5;0.2;;;;;;618;21937;0,5;0,2;;actino;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;275 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;25;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;106;tcc;98;tac;104;tgc;118;;ttc;106;tcc;100;tac;104;tgc;118;;ttc;125;tcc;125;tac;125;tgc;250 atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;125;acc;175;aac;225;agc;175 ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;200;ccc;150;cac;125;cgt;225 gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;275;gcc;250;gac;250;ggc;350 tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;125;aga;125 cta;100;cca;100;caa;99;cga;1;;cta;100;cca;100;caa;99;cga;1.4;;cta;100;cca;150;caa;75;cga; gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;100;gca;125;gaa;125;gga;175 ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;125;tcg;100;tag;;tgg;175 atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;100;acg;150;aag;275;agg;100 ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;175;ccg;100;cag;200;cgg;125 gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;250;gcg;150;gag;250;ggg;125 ;;1677;;1634;;1736;5047;;;;1679;;1634;;1736;5049;;;;2200;;2425;;2725;7350 rapports;;100;;100;;100;100;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;actino;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;54.081;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;100;tat;;atgf;51 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;5354;;;0/0;;;;;att;;act;97;aat;;agt;100 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;2;;;10;10;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;99;;;20;12;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;98;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;15;tcc;22;tac;17;tgc;53 atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;actino;73.5;;;40;5;;;;atc;17;acc;37;aac;44;agc;41 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;294;;;50;12;41;;;ctc;44;ccc;29;cac;20;cgt;42 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;0;;;60;4;;;;gtc;47;gcc;48;gac;45;ggc;47 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;0;aaa;17;aga;18 cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par actino ;;;;90;0;;;;cta;0;cca;33;caa;24;cga;100 gta;100;gca;100;gaa;100;gga;100;;est 36% au dessus;;;;100;3;;;;gta;2;gca;5;gaa;19;gga;38 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;16;tcg;20;tag;100;tgg;38 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;2;acg;31;aag;54;agg;4 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;43;ccg;1;cag;45;cgg;16 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;54;gcg;43;gag;43;ggg;17 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;313;;395;;593;1301 </pre> ==cyano== ===npu=== ====npu opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_opérons|npu opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Nost_punc_PCC_73102_ATCC_29133/nostPunc_PCC_73102_ATCC29133-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_010628.1;npu;;genome;;;;;;;; 41.4%GC;12.8.19 Paris;16s 4;79;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Nostoc punctiforme PCC 73102 ATCC 29133 ;;;;;;;;;;; ;199270..199464;;CDS;;237;237;;;65;; comp;199702..199775;;agg;;33;33;;;;; comp;199809..200906;;CDS;;;;;;366;; ;;;;;;;;;;; comp;352653..353060;;CDS;;690;*690;;;136;; comp;353751..353822;;ggc;;147;147;;;;; comp;353970..354548;;CDS;;;;;;193;; ;;;;;;;;;;; ;503259..503606;;CDS;;145;145;;;116;; ;503752..503827;;atgj;+;-1;;*-1;;;; ;503827..503901;;atgj;2 atg;397;397;;;;; ;504299..505384;;CDS;@1;;;;;362;; ;;;;;;;;;;; comp;777899..778429;;CDS;;34;34;;;177;; ;778464..778537;;cgt;;38;38;;;;; comp;778576..779829;;CDS;;;;;;418;; ;;;;;;;;;;; ;878016..878609;;CDS;;384;384;;;198;; ;878994..879064;;tgc;;205;205;;;;; ;879270..879491;;CDS;;;;;;74;; ;;;;;;;;;;; comp;951559..952671;;CDS;;53;53;;;371;; ;952725..952796;;acc;;310;310;;;;; comp;953107..953340;;CDS;;;;;;78;; ;;;;;;;;;;; comp;954493..955170;;CDS;;72;72;;;226;; comp;955243..955315;;aga;;356;356;;;;; ;955672..956331;;CDS;;;;;;220;; ;;;;;;;;;;; ; 1054005..1054811;;CDS;;290;290;;;269;; comp;1055102..1055172;;gga;;50;50;;;;; comp;1055223..1056383;;CDS;;;;;;387;; ;;;;;;;;;;; comp;1175326..1175523;;CDS;;247;247;;;66;; comp;1175771..1175844;;ccg;;138;138;;;;; ;1175983..1176855;;CDS;;;;;;291;; ;;;;;;;;;;; ;1380042..1380593;;CDS;;226;226;;;184;; comp;1380820..1380904;;tcc;;107;107;;;;; ;1381012..1381380;;CDS;;;;;;123;; ;;;;;;;;;;; ;1442145..1442867;;CDS;;32;32;;;241;; ;1442900..1442974;;ttc;;362;362;;;;; ;1443337..1444770;;CDS;;;;;;478;; ;;;;;;;;;;; comp;1650791..1652236;;CDS;;133;133;;;482;; comp;1652370..1652443;;gac;;111;111;;;;; comp;1652555..1653088;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; comp;2020233..2021171;;CDS;;317;317;;;313;; ;2021489..2022985;;16s;;123;;;;1497;; ;2023109..2023185;;atc;;79;;;79;;; ;2023265..2023340;;gca;;249;;;;;; ;2023590..2026486;;23s;;59;;;;2897;; ;2026546..2026663;;5s;;230;230;;;118;; > comp;2026894..2027373;;CDS;;;;;;160;; ;;;;;;;;;;; comp;2303766..2304149;;CDS;;124;124;;;128;; ;2304274..2304349;;cac;;1362;*1362;;;;; ;2305712..2308132;;CDS;;;;;;*807;; ;;;;;;;;;;; comp;3372671..3373291;;CDS;;143;143;;;207;; ;3373435..3373507;;gta;;415;*415;;;;; ;3373923..3374555;;CDS;;;;;;211;; ;;;;;;;;;;; comp;3434121..3435443;;CDS;;204;204;;;441;; comp;3435648..3435739;;agc;;141;141;;;;; comp;3435881..3436813;;CDS;;;;;;311;; ;;;;;;;;;;; ;3439846..3440202;;CDS;@2;-19;*-19;;;119;; comp;3440184..3440257;;gca;;48;;48;;;; comp;3440306..3440378;;aca;+;8;;8;;;; comp;3440387..3440462;;atgf;2 aca;11;;11;;;; comp;3440474..3440546;;cta;;4;;4;;;; comp;3440551..3440623;;ccg;;6;;6;;;; comp;3440630..3440706;;ctc;;2;;2;;;; comp;3440709..3440785;;ctg;;3;;3;;;; comp;3440789..3440861;;cca;;1;;1;;;; comp;3440863..3440940;;tta;;6;;6;;;; comp;3440947..3441023;;ttg;;6;;6;;;; comp;3441030..3441105;;caa;;3;;3;;;; comp;3441109..3441181;;cag;;5;;5;;;; comp;3441187..3441261;;aac;;6;;6;;;; comp;3441268..3441365;;aca;;81;;*81;;;; comp;3441447..3441521;;cgt;;4;;4;;;; comp;3441526..3441615;;agc;;113;;*113;;;; comp;3441729..3441800;;gaa;;58;;58;;;; comp;3441859..3441933;;tgg;;88;;*88;;;; comp;3442022..3442095;;tgc;;132;;*132;;;; comp;3442228..3442301;;gac;;118;118;;;;; comp;3442420..3442614;;CDS;;;;;;65;; ;;;;;;;;;;; ;3448311..3448919;;CDS;;80;80;;;203;; comp;3449000..3449072;;gaa;;120;120;;;;; ;3449193..3449375;;CDS;;;;;;61;; ;;;;;;;;;;; ;4538041..4538745;;CDS;;151;151;;;235;; ;4538897..4538981;;tcg;;194;194;;;;; ;4539176..4540357;;CDS;;;;;;394;; ;;;;;;;;;;; comp;4869164..4869988;;CDS;;584;*584;;;275;; comp;4870573..4870646;;cca;;298;298;;;;; comp;4870945..4871493;;CDS;;;;;;183;; ;;;;;;;;;;; comp;5426384..5427841;;CDS;;100;100;;;486;; comp;5427942..5428018;;atgf;;46;46;;;;; comp;5428065..5429018;;CDS;;;;;;318;; ;;;;;;;;;;; comp;5480844..5481563;;CDS;;407;*407;;;240;; comp;5481971..5482043;;gcc;;94;94;;;;; comp;5482138..5482332;;CDS;;;;;;65;; ;;;;;;;;;;; ;5510568..5511620;;CDS;;319;319;;;351;; comp;5511940..5512057;;5s;;59;;;;118;; comp;5512117..5515016;;23s;;249;;;;2900;; comp;5515266..5515341;;gca;;82;;;82;;; comp;5515424..5515497;;atc;;123;;;;;; comp;5515621..5517117;;16s;;682;*682;;;1497;; comp;5517800..5519035;;CDS;;;;;;412;; ;;;;;;;;;;; comp;5572068..5572769;;CDS;;290;290;;;234;; ;5573060..5573132;;atgi;;153;153;;;;; comp;5573286..5573720;;CDS;;;;;;145;; ;;;;;;;;;;; ;5573827..5574450;;CDS;;93;93;;;208;; comp;5574544..5574615;;aca;;345;345;;;;; ;5574961..5575881;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; < comp;5655591..5655800;;CDS;;21;21;;;70;; comp;5655822..5655893;;aac;;144;144;;;;; comp;5656038..5656589;;CDS;;;;;;184;; ;;;;;;;;;;; ;5688669..5689538;;CDS;;75;75;;;290;; ;5689614..5689689;;ttc;;663;*663;;;;; comp;5690353..5692080;;CDS;;;;;;*576;; ;;;;;;;;;;; ;5756596..5757801;;CDS;;66;66;;;402;; ;5757868..5757940;;cgg;;400;400;;;;; comp;5758341..5759045;;CDS;;;;;;235;; ;;;;;;;;;;; comp;6075820..6077016;;CDS;;175;175;;;399;; comp;6077192..6077263;;ggg;;171;171;;;;; comp;6077435..6078052;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; comp;6083633..6084493;;CDS;;676;*676;;;287;; ;6085170..6086666;;16s;;123;;;;1497;; ;6086790..6086866;;atc;;79;;;79;;; ;6086946..6087021;;gca;;249;;;;;; ;6087271..6090169;;23s;;59;;;;2899;; ;6090229..6090346;;5s;;176;176;;;118;; comp;6090523..6090720;;CDS;;;;;;66;; ;;;;;;;;;;; comp;6498176..6499135;;CDS;;149;149;;;320;; comp;6499285..6499402;;5s;;59;;;;118;; comp;6499462..6502360;;23s;;249;;;;2899;; comp;6502610..6502685;;gca;;79;;;79;;; comp;6502765..6502841;;atc;;123;;;;;; comp;6502965..6504461;;16s;;315;315;;;1497;; ;6504777..6505643;;CDS;;;;;;289;; ;;;;;;;;;;; ;6889916..6890785;;CDS;;61;61;;;290;; ;6890847..6890918;;aaa;;294;294;;;;; comp;6891213..6892148;;CDS;;;;;;312;; ;;;;;;;;;;; ;6948457..6949644;;CDS;;162;162;;;396;; ;6949807..6949888;;cta;;400;400;;;;; ;6950289..6950609;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; comp;6980662..6982233;;CDS;;171;171;;;*524;; ;6982405..6982478;;gtc;;1521;*1521;;;;; comp;6984000..6985919;;CDS;;;;;;*640;; ;;;;;;;;;;; ;7066111..7067829;;CDS;;232;232;;;*573;; comp;7068062..7068133;;caa;;270;270;;;;; comp;7068404..7069606;;CDS;;;;;;401;; ;;;;;;;;;;; comp;7071719..7071991;;CDS;;39;39;;;91;; comp;7072031..7072114;;ttg;;109;109;;;;; comp;7072224..7073345;;CDS;;;;;;374;; ;;;;;;;;;;; comp;7074644..7076011;;CDS;;409;*409;;;456;; ;7076421..7076502;;ctg;;95;95;;;;; ;7076598..7077374;;CDS;;;;;;259;; ;;;;;;;;;;; ;7130044..7131132;;CDS;;131;131;;;363;; comp;7131264..7131335;;acg;;33;33;;;;; ;7131369..7131662;;CDS;;;;;;98;; ;;;;;;;;;;; ;7224805..7225167;;CDS;;146;146;;;121;; ;7225314..7225386;;tgg;;378;378;;;;; ;7225765..7225986;;CDS;;;;;;74;; ;;;;;;;;;;; comp;7346902..7348245;;CDS;;396;396;;;448;; ;7348642..7348724;;ctc;;127;127;;;;; ;7348852..7349475;;CDS;;;;;;208;; ;;;;;;;;;;; ;7506243..7506593;;CDS;;747;*747;;;117;; comp;7507341..7507414;;ccc;;50;50;;;;; comp;7507465..7507830;;CDS;;;;;;122;; ;;;;;;;;;;; ;7517008..7519347;;CDS;;167;167;;;*780;; ;7519515..7519588;;atgj;;213;213;;;;; <> comp;7519802..7520109;;CDS;;;;;;103;; ;;;;;;;;;;; comp;7571389..7571706;;CDS;;895;*895;;;106;; comp;7572602..7572676;;aag;;63;63;;;;; comp;7572740..7574992;;CDS;;;;;;*751;; ;;;;;;;;;;; comp;7610323..7610769;;CDS;;481;*481;;;149;; comp;7611251..7611323;;gca;;71;71;;;;; ;7611395..7612312;;CDS;;;;;;306;; ;;;;;;;;;;; ;7936008..7936736;;CDS;;65;65;;;243;; ;7936802..7936874;;gcg;;437;*437;;;;; ;7937312..7938874;;CDS;;;;;;*521;; ;;;;;;;;;;; ;7972961..7973239;;CDS;;313;313;;;93;; comp;7973553..7973624;;acc;;88;;*88;;;; comp;7973713..7973798;;tac;;124;124;;;;; comp;7973923..7974897;;CDS;;;;;;325;; ;;;;;;;;;;; ;7975047..7975976;;CDS;;100;100;;;310;; ;7976077..7976161;;tca;;374;374;;;;; ;7976536..7978545;;CDS;;;;;;*670;; </pre> ====npu cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_cumuls|npu cumuls]] <pre> npu cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;4;1;2;;1;1;1;;100;13;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;12;;50;10;40;;200;21;60;0 ;16 atc gca;4;40;0;;100;14;80;;300;22;90;10 ;16 23 5s a;0;60;2;;150;18;120;;400;19;120;9 ;max a;2;80;0;3;200;9;160;;500;10;150;7 ;a doubles;0;100;3;1;250;8;200;;600;4;180;3 ;autres;0;120;1;;300;5;240;;700;2;210;10 ;total aas;8;140;1;;350;6;280;;800;2;240;7 sans ;opérons;43;160;0;;400;9;320;;900;1;270;4 ;1 aa;40;180;0;;450;4;360;;1000;0;300;6 ;max a;20;200;0;;500;1;400;;1100;0;330;9 ;a doubles;2;;0;;;9;;;;0;;29 ;total aas;64;;21;4;;94;;0;;94;;94 total aas;;72;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;32;79;;254;;;;279;; ;;;variance;43;0;;254;;;;171;; sans jaune;;;moyenne;11;;;176;;;;240;;188 ;;;variance;17;;;111;;;;122;;85 </pre> ====npu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_blocs|npu blocs]] <pre> npu blocs;;;; CDS;317;313;676;287 16s;123;1497;123;1497 atc;79;;79; gca;249;;249; 23s;59;2897;59;2899 5s;230;118;176;118 CDS;;160;;66 ;;;; CDS;319;351;149;320 5s;59;118;59;118 23s;249;2900;249;2899 gca;82;;79; atc;123;;123; 16s;682;1497;315;1497 CDS;;412;;289 </pre> ====npu remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_remarques|npu remarques]] <pre> gtRNAdb;;;;;;;79;;cumuls;;;;;;;72 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;2;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;4;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;4;acc;2;aac;2;agc;2 ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;2 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;1;aca;2;aaa;2;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;1;aga;1 cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1 ttg;3;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;3;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;3;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ====npu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_distribution|npu distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total npu;;39;;;;;;;npu;21;;;;;;;;npu;4;;;;;; </pre> ====npu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_données_intercalaires|npu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;npu;fx;fc;npu;fx40;fc40;npu;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;4;15;0;4;15;-1;0;54;33;237;CDS 16s;; ;1;10;50;188;1;2;22;-2;6;0;690;34;;317; ;0;20;52;152;2;4;24;-3;0;1;147;38;;317; ;1;30;43;135;3;8;22;-4;15;135;145;356;;676; 3;4;40;53;132;4;8;16;-5;1;0;397;290;;315; ;3;50;54;142;5;10;25;-6;2;0;216;518;23s 5s;; 1;0;60;63;142;6;3;17;-7;1;8;615;138;4* 61;; 1;4;70;74;115;7;2;17;-8;1;34;5;226;5s CDS;; 2;2;80;59;146;8;6;16;-9;1;0;231;107;149;68; ;0;90;64;129;9;5;12;-10;1;6;384;124;;319; 1;4;100;59;129;10;2;17;-11;0;27;205;143;;176; 2;1;110;63;168;11;8;15;-12;0;0;72;102;16s tRNA;; ;2;120;61;138;12;3;17;-13;0;11;50;80;4* 131;;atc 1;2;130;56;101;13;5;15;-14;2;23;37;327;tRNA 23s;; 3;1;140;84;119;14;8;23;-15;1;1;247;51;4* 260;;gca 1;6;150;63;107;15;4;15;-16;0;5;705;290;tRNA tRNA;;intra 1;1;160;60;99;16;3;9;-17;0;15;145;153;4* 82;;atc gca ;2;170;48;104;17;4;16;-18;2;0;32;93;tRNA tRNA;; 1;2;180;49;81;18;2;9;-19;1;1;368;345;-1;;atgj ;0;190;47;79;19;10;19;-20;1;10;133;666;**;;atgj ;1;200;49;73;20;5;14;-21;1;0;111;137;44;;other ;2;210;60;55;21;3;15;-22;0;2;1365;427;**;;other ;1;220;33;65;22;7;5;-23;2;6;415;294;156;;aaa 1;0;230;29;69;23;3;11;-24;0;0;204;171;7;;other 2;1;240;38;54;24;4;10;-25;0;2;141;1521;6;;cac ;1;250;39;63;25;3;11;-26;2;8;118;232;48;;gca ;0;260;31;74;26;4;19;-27;1;0;409;409;8;;aca ;2;270;33;53;27;7;15;-28;2;4;151;131;10;;atgf ;0;280;31;53;28;5;18;-29;3;1;194;33;4;;cta 2;0;290;34;47;29;3;16;-30;0;0;599;396;6;;ccg 1;1;300;42;48;30;4;15;-31;0;2;298;747;5;;ctc 1;0;310;25;42;31;6;13;-32;0;4;100;301;3;;ctg ;1;320;27;42;32;3;12;-33;2;0;46;71;1;;cca 1;0;330;26;33;33;6;12;-34;0;0;407;70;6;;tta ;0;340;22;37;34;4;7;-35;0;6;94;;6;;ttg 1;0;350;34;43;35;3;10;-36;0;0;24;;3;;caa 1;0;360;27;42;36;10;16;-37;1;4;144;;5;;cag ;1;370;15;20;37;4;13;-38;2;5;75;;6;;aac ;2;380;36;33;38;5;17;-39;0;0;66;;81;;aca ;1;390;18;17;39;10;19;-40;0;1;268;;4;;cgt 1;1;400;16;29;40;2;13;-41;0;1;175;;4;;agc 6;11;reste;535;586;reste;2104;3377;-42;0;0;171;;7;;tac 34;62;total;2306;3999;total;2306;3999;-43;0;1;61;;62;;gaa 28;51;diagr;1767;3398;diagr;198;607;-44;1;1;162;;3;;tgg 0;2; t30;145;475;;;;-45;0;0;313;;11;;atgi ;;;;;;;;-46;1;0;270;;3;;tgc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;1;39;;4;;other ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;109;;**;;gac ;x;2302;67;4;2373;;;-49;0;0;95;;88;;acc ;c;3984;402;15;4401;;;-50;0;0;146;;**;;tac ;;;;;6774;157;;reste;12;22;378;;;; ;;;;;;6931;;total;67;402;127;;;; ;;;;;;;;;;;50;;;; ;;;;;;;;;;;167;;;; ;;;;;;;;;;;898;;;; ;;;;;;;;;;;63;;;; ;;;;;;;;;;;481;;;; ;;;;;;;;;;;65;;;; ;;;;;;;;;;;437;;;; ;;;;;;;;;;;124;;;; ;;;;;;;;;;;100;;;; ;;;;;;;;;;;374;;;; </pre> =====npu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_autres_intercalaires_aas|npu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;npu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;199270;199464;237;*; ;comp;tRNA;199702;199775;33;*;agg fin;comp;CDS;199809;200906;;0; deb;comp;CDS;352653;353060;690;*; ;comp;tRNA;353751;353822;147;*;ggc fin;comp;CDS;353970;354548;;; deb;;CDS;503259;503606;145;*; ;;tRNA;503752;503827;-1;*;atgj ;;tRNA;503827;503901;397;*;atgj deb;;CDS;504299;505384;216;*; ;;tRNA;505601;505673;615;*;ata fin;;CDS;506289;507815;;; deb;;CDS;727418;728587;5;*; ;;tRNA;728593;728664;231;*;other fin;;CDS;728896;730239;;; deb;comp;CDS;777899;778429;34;*; ;;tRNA;778464;778537;38;*;cgt fin;comp;CDS;778576;779829;;; deb;;CDS;878016;878609;384;*; ;;tRNA;878994;879064;205;*;tgc fin;;CDS;879270;879491;;; deb;comp;CDS;954493;955170;72;*; ;comp;tRNA;955243;955315;356;*;aga fin;;CDS;955672;956331;;; deb;;CDS;1054005;1054811;290;*; ;comp;tRNA;1055102;1055172;50;*;gga fin;comp;CDS;1055223;1056383;;; deb;comp;CDS;1081601;1082335;518;*; ;;tRNA;1082854;1082983;44;*;other ;;tRNA;1083028;1083149;37;*;other fin;;CDS;1083187;1084788;;; deb;comp;CDS;1175326;1175523;247;*; ;comp;tRNA;1175771;1175844;138;*;ccg fin;;CDS;1175983;1176855;;; deb;;CDS;1380042;1380593;226;*; ;comp;tRNA;1380820;1380904;107;*;tcc fin;;CDS;1381012;1381380;;; deb;;CDS;1440092;1440529;705;*; ;;tRNA;1441235;1441304;145;*;other fin;;CDS;1441450;1441650;;; deb;;CDS;1442145;1442867;32;*; ;;tRNA;1442900;1442968;368;*;ttc fin;;CDS;1443337;1444770;;; deb;;CDS;1484155;1484853;46;*; ;;ncRNA;1484900;1485316;115;*; fin;;CDS;1485432;1486151;;; deb;comp;CDS;1650791;1652236;133;*; ;comp;tRNA;1652370;1652443;111;*;gac fin;comp;CDS;1652555;1653130;;0; deb;comp;CDS;2020233;2021171;317;*; ;;rRNA;2021489;2022977;131;*;1489 ;;tRNA;2023109;2023182;82;*;atc ;;tRNA;2023265;2023337;260;*;gca ;;rRNA;2023598;2026484;61;*;2887 ;;rRNA;2026546;2026663;68;*;118 fin;comp;CDS;2026732;2026957;;; deb;comp;CDS;2303766;2304149;124;*; ;;tRNA;2304274;2304346;1365;*;cac fin;;CDS;2305712;2308132;;0; deb;comp;CDS;3372671;3373291;143;*; ;;tRNA;3373435;3373507;415;*;gta fin;;CDS;3373923;3374555;;; deb;comp;CDS;3434121;3435443;204;*; ;comp;tRNA;3435648;3435739;141;*;agc fin;comp;CDS;3435881;3436813;;; deb;;CDS;3438597;3439685;102;*; ;comp;tRNA;3439788;3439858;156;*;aaa ;comp;tRNA;3440015;3440097;7;*;other ;comp;tRNA;3440105;3440177;6;*;cac ;comp;tRNA;3440184;3440257;48;*;gca ;comp;tRNA;3440306;3440378;8;*;aca ;comp;tRNA;3440387;3440463;10;*;atgf ;comp;tRNA;3440474;3440546;4;*;cta ;comp;tRNA;3440551;3440623;6;*;ccg ;comp;tRNA;3440630;3440706;5;*;ctc ;comp;tRNA;3440712;3440785;3;*;ctg ;comp;tRNA;3440789;3440861;1;*;cca ;comp;tRNA;3440863;3440940;6;*;tta ;comp;tRNA;3440947;3441023;6;*;ttg ;comp;tRNA;3441030;3441105;3;*;caa ;comp;tRNA;3441109;3441181;5;*;cag ;comp;tRNA;3441187;3441261;6;*;aac ;comp;tRNA;3441268;3441365;81;*;aca ;comp;tRNA;3441447;3441521;4;*;cgt ;comp;tRNA;3441526;3441615;4;*;agc ;comp;tRNA;3441620;3441721;7;*;tac ;comp;tRNA;3441729;3441799;62;*;gaa ;comp;tRNA;3441862;3441933;3;*;tgg ;comp;tRNA;3441937;3442010;11;*;atgi ;comp;tRNA;3442022;3442095;3;*;tgc ;comp;tRNA;3442099;3442223;4;*;other ;comp;tRNA;3442228;3442301;118;*;gac fin;comp;CDS;3442420;3442614;;0; deb;;CDS;3448311;3448919;80;*; ;comp;tRNA;3449000;3449072;327;*;gaa fin;;CDS;3449400;3451319;;; deb;;CDS;3675128;3675659;409;*; ;;tRNA;3676069;3676151;51;*;tca fin;comp;CDS;3676203;3676421;;; deb;;CDS;4538041;4538745;151;*; ;;tRNA;4538897;4538981;194;*;tcg fin;;CDS;4539176;4540357;;0; deb;comp;CDS;4869164;4869973;599;*; ;comp;tRNA;4870573;4870646;298;*;cca fin;comp;CDS;4870945;4871493;;0; deb;comp;CDS;5108061;5113469;362;*; ;comp;ncRNA;5113832;5114015;60;*; fin;comp;CDS;5114076;5115230;;; deb;comp;CDS;5426384;5427841;100;*; ;comp;tRNA;5427942;5428018;46;*;atgf fin;comp;CDS;5428065;5429018;;; deb;comp;CDS;5480844;5481563;407;*; ;comp;tRNA;5481971;5482043;94;*;gcc fin;comp;CDS;5482138;5482332;;; deb;;CDS;5510568;5511620;319;*; ;comp;rRNA;5511940;5512057;61;*;118 ;comp;rRNA;5512119;5515008;260;*;2890 ;comp;tRNA;5515269;5515341;82;*;gca ;comp;tRNA;5515424;5515497;131;*;atc ;comp;rRNA;5515629;5517117;317;*;1489 fin;;CDS;5517435;5517515;;0; deb;comp;CDS;5572068;5572769;290;*; ;;tRNA;5573060;5573132;153;*;atgi fin;comp;CDS;5573286;5573720;;0; deb;;CDS;5573827;5574450;93;*; ;comp;tRNA;5574544;5574615;345;*;aca fin;;CDS;5574961;5575881;;; deb;comp;CDS;5655654;5655797;24;*; ;comp;tRNA;5655822;5655893;144;*;aac fin;comp;CDS;5656038;5656589;;; deb;;CDS;5688669;5689538;75;*; ;;tRNA;5689614;5689686;666;*;ttc fin;comp;CDS;5690353;5692080;;; deb;;CDS;5756596;5757801;66;*; ;;tRNA;5757868;5757940;137;*;cgg fin;comp;CDS;5758078;5758233;;; deb;;CDS;6022666;6023613;294;*; ;;tmRNA;6023908;6024297;537;*; fin;comp;CDS;6024835;6025290;;0; deb;comp;CDS;6048961;6050142;268;*; ;comp;tRNA;6050411;6050520;427;*;other fin;;CDS;6050948;6051328;;; deb;comp;CDS;6075820;6077016;175;*; ;comp;tRNA;6077192;6077263;171;*;ggg fin;comp;CDS;6077435;6078040;;; deb;comp;CDS;6083633;6084493;676;*; ;;rRNA;6085170;6086658;131;*;1489 ;;tRNA;6086790;6086863;82;*;atc ;;tRNA;6086946;6087018;260;*;gca ;;rRNA;6087279;6090167;61;*;2889 ;;rRNA;6090229;6090346;176;*;118 fin;comp;CDS;6090523;6090720;;; deb;comp;CDS;6498176;6499135;149;*; ;comp;rRNA;6499285;6499402;61;*;118 ;comp;rRNA;6499464;6502352;260;*;2889 ;comp;tRNA;6502613;6502685;82;*;gca ;comp;tRNA;6502768;6502841;131;*;atc ;comp;rRNA;6502973;6504461;315;*;1489 fin;;CDS;6504777;6505643;;0; deb;;CDS;6889916;6890785;61;*; ;;tRNA;6890847;6890918;294;*;aaa fin;comp;CDS;6891213;6892148;;; deb;;CDS;6948457;6949644;162;*; ;;tRNA;6949807;6949888;313;*;cta fin;;CDS;6950202;6950609;;0; deb;comp;CDS;6980662;6982233;171;*; ;;tRNA;6982405;6982478;1521;*;gtc fin;comp;CDS;6984000;6985919;;0; deb;;CDS;7066111;7067829;232;*; ;comp;tRNA;7068062;7068133;270;*;caa fin;comp;CDS;7068404;7069606;;; deb;comp;CDS;7071719;7071991;39;*; ;comp;tRNA;7072031;7072114;109;*;ttg fin;comp;CDS;7072224;7073345;;; deb;comp;CDS;7074644;7076011;409;*; ;;tRNA;7076421;7076502;95;*;ctg fin;;CDS;7076598;7077374;;0; deb;;CDS;7130044;7131132;131;*; ;comp;tRNA;7131264;7131335;33;*;acg fin;;CDS;7131369;7131662;;0; deb;;CDS;7224805;7225167;146;*; ;;tRNA;7225314;7225386;378;*;tgg fin;;CDS;7225765;7225986;;; deb;comp;CDS;7324019;7324405;25;*; ;comp;ncRNA;7324431;7324527;37;*; fin;comp;CDS;7324565;7324831;;0; deb;comp;CDS;7346902;7348245;396;*; ;;tRNA;7348642;7348724;127;*;ctc fin;;CDS;7348852;7349475;;; deb;;CDS;7506243;7506593;747;*; ;comp;tRNA;7507341;7507414;50;*;ccc fin;comp;CDS;7507465;7507830;;; deb;;CDS;7517041;7519347;167;*; ;;tRNA;7519515;7519588;301;*;atgj fin;comp;CDS;7519890;7520066;;; deb;comp;CDS;7571389;7571706;898;*; ;comp;tRNA;7572605;7572676;63;*;aag fin;comp;CDS;7572740;7574992;;; deb;comp;CDS;7610323;7610769;481;*; ;comp;tRNA;7611251;7611323;71;*;gca fin;;CDS;7611395;7612312;;0; deb;;CDS;7936008;7936736;65;*; ;;tRNA;7936802;7936874;437;*;gcg fin;;CDS;7937312;7938874;;; deb;;CDS;7973321;7973482;70;*; ;comp;tRNA;7973553;7973624;88;*;acc ;comp;tRNA;7973713;7973798;124;*;tac fin;comp;CDS;7973923;7974897;;0; deb;;CDS;7975047;7975976;100;*; ;;tRNA;7976077;7976161;374;*;tca fin;;CDS;7976536;7978545;;; </pre> ===pmg=== ====pmg opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_opérons|pmg opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Proc_mari_MIT_9301/procMari_MIT_9301-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009091.1;pmg;;genome;;;;;;;; 31.3%GC;13.8.19 Paris;16s 1;37;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Prochlorococcus marinus str. MIT 9301;;;;;;;;;;; comp;74235..75521;;CDS;;4;4;;;429;; comp;75526..75607;;ctt;;259;259;;;;; ;75867..77216;;CDS;;;;;;450;; ;;;;;;;;;;; ;132034..132708;;CDS;;49;49;;;225;; ;132758..132829;;aac;;566;*566;;;;; ;133396..133845;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; comp;239249..240268;;CDS;;170;170;;;340;; comp;240439..240520;;cta;;71;71;;;;; ;240592..241041;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; comp;257573..258844;;CDS;;77;77;;;424;; comp;258922..258995;;cgt;;86;86;;;;; ;259082..259333;;CDS;;;;;;84;; ;;;;;;;;;;; comp;272771..274039;;CDS;;18;18;;;423;; comp;274058..274130;;atgi;;141;141;;;;; ;274272..274832;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; ;305431..305850;;CDS;;84;84;;;140;; comp;305935..306010;;ttc;;91;91;;;;; comp;306102..307331;;CDS;;;;;;410;; ;;;;;;;;;;; ;313891..314472;;CDS;;178;178;;;194;; comp;314651..314722;;aca;;65;65;;;;; comp;314788..315120;;CDS;;;;;;111;; ;;;;;;;;;;; comp;320549..321988;;CDS;;603;*603;;;480;; ;322592..324074;;16s;;125;;;;;; ;324200..324273;;atc;;12;;;12;;; ;324286..324358;;gca;;256;;;;;; ;324615..327496;;23s;;60;;;;;; ;327557..327673;;5s;;43;43;;;;; comp;327717..328595;;CDS;;;;;;293;; ;;;;;;;;;;; comp;354976..355167;;CDS;;88;88;;;64;; comp;355256..355327;;acc;;10;;10;;;; comp;355338..355419;;tac;;102;102;;;;; ;355522..355962;;CDS;;;;;;147;; ;;;;;;;;;;; comp;434230..435660;;CDS;;17;17;;;477;; comp;435678..435751;;gac;;149;149;;;;; comp;435901..436095;;CDS;;35;35;;;65;; comp;436131..436203;;tgg;;53;53;;;;; comp;436257..436727;;CDS;;;;;;157;; ;;;;;;;;;;; ;521448..522497;;CDS;;99;99;;;350;; ;522597..522682;;tta;;78;78;;;;; ;522761..522994;;CDS;;;;;;78;; ;;;;;;;;;;; comp;609397..609897;;CDS;;249;249;;;167;; comp;610147..610233;;tca;;404;*404;;;;; ;610638..611399;;CDS;;;;;;254;; ;;;;;;;;;;; ;774440..775240;;CDS;;210;210;;;267;; comp;775451..775524;;ccc;;27;27;;;;; comp;775552..776280;;CDS;;;;;;243;; ;;;;;;;;;;; comp;828018..828392;;CDS;;49;49;;;125;; ;828442..828528;;tcc;;214;214;;;;; ;828743..830740;;CDS;;;;;;*666;; ;;;;;;;;;;; ;868731..869213;;CDS;;29;29;;;161;; ;869243..869316;;atgj;;67;67;;;;; ;869384..869671;;CDS;;;;;;96;; ;;;;;;;;;;; ;909742..910707;;CDS;;45;45;;;322;; ;910753..910829;;atgf;;591;*591;;;;; ;911421..911810;;CDS;;;;;;130;; ;;;;;;;;;;; ;996073..996609;;CDS;;16;16;;;179;; comp;996626..996698;;gaa;;41;41;;;;; comp;996740..997858;;CDS;;;;;;373;; ;;;;;;;;;;; comp;1040019..1040135;;CDS;;177;177;;;39;; ;1040313..1040384;;aaa;;512;*512;;;;; ;1040897..1041004;;CDS;;;;;;36;; ;;;;;;;;;;; ;1044863..1045423;;CDS;;276;276;;;187;; ;1045700..1045773;;cca;;188;188;;;;; comp;1045962..1046666;;CDS;;;;;;235;; ;;;;;;;;;;; ;1134197..1134427;;CDS;;251;251;;;77;; comp;1134679..1134763;;tcg;;63;63;;;;; comp;1134827..1135849;;CDS;;;;;;341;; ;;;;;;;;;;; comp;1163424..1164092;;CDS;;138;138;;;223;; ;1164231..1164304;;aga;;27;27;;;;; ;1164332..1165600;;CDS;;;;;;423;; ;;;;;;;;;;; ;1212124..1212894;;CDS;;58;58;;;257;; comp;1212953..1213025;;gcc;;129;129;;;;; comp;1213155..1214180;;CDS;;;;;;342;; ;;;;;;;;;;; ;1253753..1255123;;CDS;;525;*525;;;457;; ;1255649..1255730;;ttg;;5;5;;;;; ;1255736..1256911;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;1259549..1260784;;CDS;;131;131;;;412;; ;1260916..1260988;;cac;;72;72;;;;; ;1261061..1262455;;CDS;;;;;;465;; ;;;;;;;;;;; ;1275239..1277272;;CDS;;0;*0;;;*678;; comp;1277273..1277343;;gga;;112;112;;;;; ;1277456..1278802;;CDS;;;;;;449;; ;;;;;;;;;;; ;1308006..1308797;;CDS;;50;50;;;264;; ;1308848..1308919;;gtc;;67;67;;;;; ;1308987..1309604;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; comp;1419657..1419893;;CDS;;54;54;;;79;; ;1419948..1420019;;acg;;100;100;;;;; ;1420120..1420440;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; ;1453287..1454075;;CDS;;35;35;;;263;; comp;1454111..1454199;;agc;;61;61;;;;; comp;1454261..1455460;;CDS;;;;;;400;; ;;;;;;;;;;; ;1472925..1473932;;CDS;;94;94;;;336;; ;1474027..1474098;;caa;;16;16;;;;; ;1474115..1474891;;CDS;;;;;;259;; ;;;;;;;;;;; comp;1485558..1486649;;CDS;;77;77;;;364;; ;1486727..1486800;;cgg;;11;11;;;;; comp;1486812..1487258;;CDS;;;;;;149;; ;;;;;;;;;;; comp;1500099..1501325;;CDS;;42;42;;;409;; ;1501368..1501438;;tgc;@1;364;364;;;;; comp;1501803..1502447;;CDS;;;;;;215;; ;;;;;;;;;;; comp;1517796..1518128;;CDS;;78;78;;;111;; comp;1518207..1518280;;agg;;38;38;;;;; ;1518319..1518700;;ncRNA;;21;21;;;;; ;1518722..1519471;;CDS;;;;;;250;; ;;;;;;;;;;; comp;1554202..1554633;;CDS;;45;45;;;144;; comp;1554679..1554750;;ggc;;61;61;;;;; comp;1554812..1555288;;CDS;;;;;;159;; ;;;;;;;;;;; comp;1600898..1601284;;CDS;@2;-30;*-30;;;129;; comp;1601255..1601326;;gta;;98;98;;;;; ;1601425..1602279;;CDS;;;;;;285;; </pre> ====pmg cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_cumuls|pmg cumuls]] <pre> pmg cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;;100;9;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;1;1;50;22;40;;200;20;60;2 ;16 atc gca;1;40;;;100;23;80;;300;15;90;6 ;16 23 5s a;0;60;;;150;7;120;;400;10;120;4 ;max a;2;80;;;200;4;160;;500;13;150;9 ;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;0;180;5 ;autres;0;120;;;300;3;240;;700;2;210;4 ;total aas;2;140;;;350;0;280;;800;0;240;4 sans ;opérons;34;160;;;400;1;320;;900;0;270;8 ;1 aa;33;180;;;450;1;360;;1000;0;300;2 ;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;330;1 ;a doubles;0;;;;;5;;;;0;;24 ;total aas;35;;1;1;;71;;0;;69;;69 total aas;;37;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;10;12;;127;;;;260;; ;;;variance;0;0;;146;;;;147;; sans jaune;;;moyenne;;;;93;;;;248;;170 ;;;variance;;;;76;;;;130;;74 </pre> ====pmg blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_blocs|pmg blocs]] <pre> pmg bloc;; CDS;603;480 16s;125;1483 atc;12; gca;256; 23s;60;2882 5s;43;117 CDS;;293 </pre> ====pmg remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_remarques|pmg remarques]] *code génétique de pmg <pre> Remarques;;;;;;;37 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata; ;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====pmg distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_distribution|pmg distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total pmg;;33;;;;;;;pmg;2;;;;;;;;pmg;0;;;;;; </pre> ====pmg données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_données_intercalaires|pmg données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;pmg;fx;fc;pmg;fx40;fc40;pmg;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;11;34;0;11;34;-1;0;36;4;259;16s tRNA;; ;2;10;117;198;1;18;17;-2;0;0;49;71;125;;atc 2;3;20;39;116;2;16;27;-3;0;0;566;86;tRNA 23s;; ;2;30;26;71;3;22;25;-4;40;69;185;141;258;;gca 1;1;40;14;64;4;11;26;-5;0;0;77;87;tRNA tRNA;;intra 2;5;50;22;51;5;9;18;-6;2;0;18;178;12;;atc gca 2;1;60;22;45;6;12;23;-7;0;1;91;102;tRNA tRNA;; ;6;70;22;50;7;9;10;-8;11;13;65;404;10;;acc 2;4;80;34;46;8;8;11;-9;1;0;88;210;**;;tac 2;1;90;21;42;9;6;27;-10;0;2;17;49;;; 1;4;100;28;31;10;6;14;-11;3;11;149;16;;; 1;0;110;16;27;11;1;19;-12;2;0;35;177;;; 1;0;120;12;23;12;2;14;-13;0;3;53;188;;; ;1;130;14;17;13;5;14;-14;3;6;99;251;;; 2;0;140;26;17;14;6;6;-15;3;0;78;138;;; 1;1;150;15;7;15;5;12;-16;3;2;249;58;;; ;0;160;14;13;16;4;10;-17;4;3;27;131;;; ;0;170;9;9;17;5;11;-18;1;0;214;0;;; 2;0;180;12;9;18;6;11;-19;0;0;29;112;;; 1;1;190;13;5;19;2;6;-20;3;1;67;54;;; ;0;200;8;1;20;3;13;-21;2;0;45;35;;; 2;0;210;7;5;21;2;2;-22;2;0;591;77;;; ;1;220;6;5;22;4;7;-23;2;0;41;11;;; ;0;230;6;8;23;4;4;-24;2;0;512;42;;; ;0;240;3;3;24;5;8;-25;0;2;276;210;;; ;1;250;5;2;25;0;5;-26;1;3;63;98;;; 2;0;260;6;2;26;2;6;-27;1;0;342;;;; ;0;270;3;3;27;4;11;-28;1;0;129;;;; ;1;280;3;1;28;3;9;-29;0;0;525;;;; ;0;290;3;3;29;0;8;-30;1;0;5;;;; ;0;300;8;3;30;2;11;-31;0;0;72;;;; ;0;310;2;1;31;4;3;-32;1;0;50;;;; ;0;320;2;4;32;1;9;-33;0;0;67;;;; ;0;330;5;3;33;1;7;-34;0;0;100;;;; ;0;340;6;2;34;1;1;-35;1;0;61;;;; ;1;350;5;0;35;1;7;-36;0;0;94;;;; ;0;360;0;1;36;1;11;-37;0;0;16;;;; ;0;370;2;2;37;0;6;-38;1;0;78;;;; ;0;380;1;3;38;2;6;-39;0;0;45;;;; ;0;390;1;0;39;1;6;-40;0;0;61;;;; ;0;400;1;2;40;2;8;-41;0;1;-30;;;; 1;4;reste;27;21;reste;390;467;-42;1;0;CDS 16s;;;; 26;40;total;597;950;total;597;950;-43;1;0;-;601;;; 24;36;diagr;559;895;diagr;196;449;-44;0;1;23s 5s;;;; 2;7; t30;182;385;;;;-45;0;0;64;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;5s CDS;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;-;43;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;586;95;11;692;;;-49;0;0;;;;; ;c;916;158;34;1108;;;-50;0;2;;;;; ;;;;;1800;84;;reste;2;2;;;;; ;;;;;;1884;;total;95;158;;;;; </pre> =====pmg autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires_aas|pmg autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pmg;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;65120;306;; ;tmRNA;66389;44;comp; fin;CDS;66707;;; deb;CDS;74235;4;comp; ;tRNA;75526;259;comp;ctt fin;CDS;75867;;; deb;CDS;132034;49;; ;tRNA;132758;566;;aac fin;CDS;133396;;; deb;CDS;239249;185;comp; ;tRNA;240439;71;comp;cta fin;CDS;240592;;; deb;CDS;257573;77;comp; ;tRNA;258922;86;comp;cgt fin;CDS;259082;;; deb;CDS;272771;18;comp; ;tRNA;274058;141;comp;atgi fin;CDS;274272;;; deb;CDS;305431;87;; ;tRNA;305938;91;comp;ttc fin;CDS;306102;;comp; deb;CDS;313891;178;; ;tRNA;314651;65;comp;aca fin;CDS;314788;;comp; deb;CDS;320549;601;comp; 16s;rRNA;322590;125;;1483 ;tRNA;324200;12;;atc ;tRNA;324286;258;;gca ;rRNA;324617;64;;2882 ;rRNA;327557;43;;117 fin;CDS;327717;;comp; deb;CDS;354976;88;comp; ;tRNA;355256;10;comp;acc ;tRNA;355338;102;comp;tac fin;CDS;355522;;; deb;CDS;434230;17;comp; ;tRNA;435678;149;comp;gac deb;CDS;435901;35;comp; ;tRNA;436131;53;comp;tgg fin;CDS;436257;;comp; deb;CDS;521448;99;; ;tRNA;522597;78;;tta fin;CDS;522761;;; deb;CDS;609397;249;comp; ;tRNA;610147;404;comp;tca fin;CDS;610638;;; deb;CDS;656308;17;; ;ncRNA;657516;162;; fin;CDS;657863;;; deb;CDS;774440;210;; ;tRNA;775451;27;comp;ccc fin;CDS;775552;;comp; deb;CDS;828018;49;comp; ;tRNA;828442;214;;tcc fin;CDS;828743;;; deb;CDS;868731;29;; ;tRNA;869243;67;;atgj fin;CDS;869384;;; deb;CDS;909742;45;; ;tRNA;910753;591;;atgf fin;CDS;911421;;; deb;CDS;996073;16;; ;tRNA;996626;41;comp;gaa fin;CDS;996740;;comp; deb;CDS;1040019;177;comp; ;tRNA;1040313;512;;aaa fin;CDS;1040897;;; deb;CDS;1044863;276;; ;tRNA;1045700;188;;cca fin;CDS;1045962;;comp; deb;CDS;1134197;251;; ;tRNA;1134679;63;comp;tcg fin;CDS;1134827;;comp; deb;CDS;1163424;138;comp; ;tRNA;1164231;342;;aga fin;CDS;1164647;;; deb;CDS;1212124;58;; ;tRNA;1212953;129;comp;gcc fin;CDS;1213155;;comp; deb;CDS;1253753;525;; ;tRNA;1255649;5;;ttg fin;CDS;1255736;;; deb;CDS;1259549;131;comp; ;tRNA;1260916;72;;cac fin;CDS;1261061;;; deb;CDS;1264859;12;; ;ncRNA;1265987;47;comp; fin;CDS;1266131;;; deb;CDS;1275239;0;; ;tRNA;1277273;112;comp;gga fin;CDS;1277456;;; deb;CDS;1308006;50;; ;tRNA;1308848;67;;gtc fin;CDS;1308987;;; deb;CDS;1419657;54;comp; ;tRNA;1419948;100;;acg fin;CDS;1420120;;; deb;CDS;1453287;35;; ;tRNA;1454111;61;comp;agc fin;CDS;1454261;;comp; deb;CDS;1472925;94;; ;tRNA;1474027;16;;caa fin;CDS;1474115;;; deb;CDS;1485558;77;comp; ;tRNA;1486727;11;;cgg fin;CDS;1486812;;comp; deb;CDS;1500099;42;comp; ;tRNA;1501368;210;;tgc fin;CDS;1501649;;comp; deb;CDS;1517796;78;comp; ;tRNA;1518207;38;comp;agg ;ncRNA;1518319;21;; fin;CDS;1518722;;; deb;CDS;1526173;34;comp; ;regulatory;1527578;66;comp; fin;CDS;1527743;;comp; deb;CDS;1554202;45;comp; ;tRNA;1554679;61;comp;ggc fin;CDS;1554812;;comp; deb;CDS;1600898;-30;comp; ;tRNA;1601255;98;comp;gta fin;CDS;1601425;;; </pre> ====pmg intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_entre_cds|pmg intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> pmg;9.2.21 Paris;;Pmg 8.2.21;;;;;;; ;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;253;14.1;'''négatif ;-10;11;-1 à -67;'''1641879;-1;253 ;'''zéro;45;2.5;;;;;'''intercals;0;45 ;'''1 à 200;1326;73.7;'''0 à 200;55;51;;'''139122;5;189 ;'''201 à 370;120;6.7;'''201 à 370;270;48;;'''8.5%;10;126 ;'''371 à 600;42;2.3;'''371 à 600;452;60;;;15;84 ;'''601 à max;14;0.8;'''601 à 1051;778;154;;;20;71 ;'''total 1800;<201;90.2;'''total 1798;74;114;-67 à 1051;;25;41 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>fréquence-1;30;56 1337910;1643;-1;253;-70;0;;0;45;35;35 344859;1208;0;°45;-60;3;;-1;°36;40;43 1131068;1051;1;35;-50;3;;-2;0;45;34 1332255;987;2;43;-40;4;;-3;0;50;39 666029;950;3;°47;-30;4;'''min à -1;-4;°109;55;34 1046608;901;4;37;-20;20;253;-5;0;60;33 873756;800;5;27;-10;46;14.1%;-6;2;65;30 1082452;696;6;°35;0;218;;-7;1;70;42 1073300;690;7;19;10;315;;-8;°24;75;36 1086818;679;8;19;20;155;;-9;1;80;44 1350077;676;9;°33;30;97;;-10;2;85;36 947641;638;10;20;40;78;'''1 à 100;-11;°14;90;27 1340696;638;11;20;50;73;1059;-12;2;95;22 1274338;625;12;16;60;67;58.8%;-13;3;100;37 1330270;579;13;°19;70;72;;-14;°9;105;20 1040897;574;14;12;80;80;;-15;3;110;23 39429;566;15;17;90;63;;-16;5;115;19 956617;560;16;14;100;59;;-17;°7;120;16 1328069;560;17;16;110;43;;-18;1;125;15 1331574;540;18;°17;120;35;;-19;0;130;16 1071397;523;19;8;130;31;;-20;°4;135;23 661816;518;20;16;140;43;;-21;2;140;20 1341490;508;21;4;150;22;;-22;2;145;14 660601;495;22;11;160;27;;-23;°2;150;8 872185;484;23;8;170;18;'''1 à 200;-24;2;155;18 353338;478;24;°13;180;21;1326;-25;2;160;9 134240;471;25;5;190;18;74%;-26;°4;165;8 1198984;467;26;8;200;9;;-27;1;170;10 332235;461;27;°15;210;12;;-28;1;175;8 892293;459;28;12;220;11;;-29;0;180;13 948687;458;29;8;230;14;;-30;1;185;9 1321313;450;30;°13;240;6;;-31;0;190;9 924950;449;31;7;250;7;'''0 à 200;-32;1;195;6 914728;448;32;10;260;8;1371;;77;200;3 1066510;445;33;°8;270;6;;reste;12;205;7 938157;441;34;2;280;4;;total;298;210;5 226447;435;35;8;290;6;;;;215;4 1188279;430;36;°12;300;11;;intercal;<u>frequencef;220;7 773451;421;37;6;310;3;;600;1786;225;8 858898;421;38;8;320;6;;620;;230;6 ;;39;7;330;8;;640;3;235;3 ;;40;10;340;8;'''201 à 370;660;;240;3 ;;reste;857;350;5;120;680;2;245;3 ;;total;1527;360;1;6.7%;700;2;250;4 ;;;;370;4;;720;;255;4 ;;;;380;4;;740;;260;4 1631675;-67;comp;;390;1;;760;;265;3 701382;-65;shfit2;592;400;3;;780;;270;3 886946;-61;comp;;410;6;;800;1;275;3 1045962;-59;shfit2;646;420;1;;820;;280;1 828743;-50;shfit2;1948;430;4;;840;;285;5 1349614;-50;shfit2;463;440;1;;860;;290;1 1425201;-44;shfit2;1765;450;5;;880;;295;6 1539296;-43;comp;;460;2;;900;;300;5 1249293;-42;comp;;470;2;;920;1;305;1 244064;-41;shfit2;295;480;2;;940;;310;2 162356;-38;;;490;1;;960;1;315;3 20410;-35;;;500;1;;980;;320;3 427059;-32;;;510;1;;1000;1;325;7 587323;-30;;;520;1;;1020;;330;1 1611400;-28;;;530;1;;1040;;335;3 744978;-27;;;540;1;'''371 à 600;1060;1;340;5 303832;-26;;;550;0;42;;12;345;3 489984;-26;;;560;2;2.3%;;;350;2 808548;-26;;;570;1;;;;355;1 1223639;-26;;;580;2;'''601 à max;;;360;0 1181603;-25;;;590;0;14;;;365;3 1209844;-25;;;600;0;0.8%;;;370;1 27867;-24;;;reste;14;;reste;2;reste;56 975566;-24;;;total;1800;;total;1800;total;1800 </pre> ====pmg intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_positifs_S+|pmg intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pmg;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-67;515;-1295;119;607;256;min40;&-107;844;-2106;170;869;263;min60 31 à 400;23;-124;47;41;774;180;2 parties;&-35;327;-1017;107;973;311;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;194;65;-;428;poly;179;SF;&78;69;;501;poly;368;SF 31 à 400;122;45;-;726;dte;48;tm;&153;49;-;687;poly;286;SF ;;;;;;;;;;;;;; pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;24.1.22 paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.703;;;pmg;Sx-;Sc- 41-n;0.856;0.728;0.802;;;;;;;;;;-1;0;36 1-n;0.928;0.904;0.915;;;;;;;;;;-2;0;0 pmg;fx;fc;;pmg;fx%;fc%;;pmg;fx40;fc40;;x;-3;0;0 0;11;34;;0;20;38;;0;11;34;>0;586;-4;40;69 10;117;198;;10;209;221;;1;18;17;<0;95;-5;0;0 20;39;116;;20;70;130;;2;16;27;zéro;11;-6;2;0 30;26;71;;30;47;79;;3;22;25;total;692;-7;0;1 40;14;64;;40;25;72;;4;11;26;;c;-8;11;13 50;22;51;;50;39;57;;5;9;18;>0;916;-9;1;0 60;22;45;;60;39;50;;6;12;23;<0;158;-10;0;2 70;22;50;;70;39;56;;7;9;10;zéro;34;-11;3;11 80;34;46;;80;61;51;;8;8;11;total;1108;-12;2;0 90;21;42;;90;38;47;;9;6;27;;;-13;0;3 100;28;31;;100;50;35;;10;6;14;total;1800;-14;3;6 110;16;27;;110;29;30;;11;1;19;;;-15;3;0 120;12;23;;120;21;26;;12;2;14;;;-16;3;2 130;14;17;;130;25;19;;13;5;14;;;-17;4;3 140;26;17;;140;47;19;;14;6;6;;;-18;1;0 150;15;7;;150;27;8;;15;5;12;;;-19;0;0 160;14;13;;160;25;15;;16;4;10;;;-20;3;1 170;9;9;;170;16;10;;17;5;11;;;-21;2;0 180;12;9;;180;21;10;;18;6;11;;;-22;2;0 190;13;5;;190;23;6;;19;2;6;;;-23;2;0 200;8;1;;200;14;1;;20;3;13;;;-24;2;0 210;7;5;;210;13;6;;21;2;2;;;-25;0;2 220;6;5;;220;11;6;;22;4;7;;;-26;1;3 230;6;8;;230;11;9;;23;4;4;;;-27;1;0 240;3;3;;240;5;3;;24;5;8;;;-28;1;0 250;5;2;;250;9;2;;25;0;5;;;-29;0;0 260;6;2;;260;11;2;;26;2;6;;;-30;1;0 270;3;3;;270;5;3;;27;4;11;;;-31;0;0 280;3;1;;280;5;1;;28;3;9;;;-32;1;0 290;3;3;;290;5;3;;29;0;8;;;-33;0;0 300;8;3;;300;14;3;;30;2;11;;;-34;0;0 310;2;1;;310;4;1;;31;4;3;;;-35;1;0 320;2;4;;320;4;4;;32;1;9;;;-36;0;0 330;5;3;;330;9;3;;33;1;7;;;-37;0;0 340;6;2;;340;11;2;;34;1;1;;;-38;1;0 350;5;0;;350;9;0;;35;1;7;;;-39;0;0 360;0;1;;360;0;1;;36;1;11;;;-40;0;0 370;2;2;;370;4;2;;37;0;6;;;-41;0;1 380;1;3;;380;2;3;;38;2;6;;;-42;1;0 390;1;0;;390;2;0;;39;1;6;;;-43;1;0 400;1;2;;400;2;2;;40;2;8;;;-44;0;1 reste;27;21;;;;;;reste;390;467;;;-45;0;0 total;597;950;;t30;326;430;;total;597;950;;;-46;0;0 diagr;559;895;;;;;;diagr;196;449;;;-47;0;0 - t30;377;510;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;;;reste;2;2 ;;;;;;;;;;;;;total;95;158 </pre> ====pmg intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_négatifs_S-|pmg intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp';0;0;0;37;0;2;0;10;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;91 continu;36;0;0;72;0;0;1;14;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;2;162 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;33;0;2;0;11;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;88 ;Sc-;36;0;0;69;0;0;1;13;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;3;159 </pre> ====pmg autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires|pmg autres intercalaires]] <pre> deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin deb;°CDS;65120;306;;;deb;°CDS;521448;99;;;deb;°CDS;1259549;131;comp ;tmRNA;66389;44;comp;;;&tRNA;522597;78;;;;&tRNA;1260916;72; fin;°CDS;66707;;;;fin;°CDS;522761;;;;fin;°CDS;1261061;; deb;°CDS;74235;4;comp;;deb;°CDS;609397;249;comp;;deb;°CDS;1264859;12; ;&tRNA;75526;259;comp;;;&tRNA;610147;404;comp;;;ncRNA;1265987;47;comp fin;°CDS;75867;;;;fin;°CDS;610638;;;;fin;°CDS;1266131;; deb;°CDS;132034;49;;;deb;°CDS;656308;17;;;deb;°CDS;1275239;0; ;&tRNA;132758;566;;;;ncRNA;657516;162;;;;&tRNA;1277273;112;comp fin;°CDS;133396;;;;fin;°CDS;657863;;;;fin;°CDS;1277456;; deb;°CDS;239249;185;comp;;deb;°CDS;774440;210;;;deb;°CDS;1308006;50; ;&tRNA;240439;71;comp;;;&tRNA;775451;27;comp;;;&tRNA;1308848;67; fin;°CDS;240592;;;;fin;°CDS;775552;;comp;;fin;°CDS;1308987;; deb;°CDS;257573;77;comp;;deb;°CDS;828018;49;comp;;deb;°CDS;1419657;54;comp ;&tRNA;258922;86;comp;;;&tRNA;828442;214;;;;&tRNA;1419948;100; fin;°CDS;259082;;;;fin;°CDS;828743;;;;fin;°CDS;1420120;; deb;°CDS;272771;18;comp;;deb;°CDS;868731;29;;;deb;°CDS;1453287;35; ;&tRNA;274058;141;comp;;;&tRNA;869243;67;;;;&tRNA;1454111;61;comp fin;°CDS;274272;;;;fin;°CDS;869384;;;;fin;°CDS;1454261;;comp deb;°CDS;305431;87;;;deb;°CDS;909742;45;;;deb;°CDS;1472925;94; ;&tRNA;305938;91;comp;;;&tRNA;910753;591;;;;&tRNA;1474027;16; fin;°CDS;306102;;comp;;fin;°CDS;911421;;;;fin;°CDS;1474115;; deb;°CDS;313891;178;;;deb;°CDS;996073;16;;;deb;°CDS;1485558;77;comp ;&tRNA;314651;65;comp;;;&tRNA;996626;41;comp;;;&tRNA;1486727;11; fin;°CDS;314788;;comp;;fin;°CDS;996740;;comp;;fin;°CDS;1486812;;comp deb;°CDS;320549;601;comp;;deb;°CDS;1040019;177;comp;;deb;°CDS;1500099;42;comp ;$rRNA;322590;125;;;;&tRNA;1040313;512;;;;&tRNA;1501368;210; ;&tRNA;324200;12;;;fin;°CDS;1040897;;;;fin;°CDS;1501649;;comp ;&tRNA;324286;258;;;deb;°CDS;1044863;276;;;deb;°CDS;1517796;78;comp ;$rRNA;324617;64;;;;&tRNA;1045700;188;;;;&tRNA;1518207;38;comp ;$rRNA;327557;43;;;fin;°CDS;1045962;;comp;;;ncRNA;1518319;21; fin;°CDS;327717;;comp;;deb;°CDS;1134197;251;;;fin;°CDS;1518722;; deb;°CDS;354976;88;comp;;;&tRNA;1134679;63;comp;;deb;°CDS;1526173;34;comp ;&tRNA;355256;10;comp;;fin;°CDS;1134827;;comp;;;regulatory;1527578;66;comp ;&tRNA;355338;102;comp;;deb;°CDS;1163424;138;comp;;fin;°CDS;1527743;;comp fin;°CDS;355522;;;;;&tRNA;1164231;342;;;deb;°CDS;1554202;45;comp deb;°CDS;434230;17;comp;;fin;°CDS;1164647;;;;;&tRNA;1554679;61;comp ;&tRNA;435678;149;comp;;deb;°CDS;1212124;58;;;fin;°CDS;1554812;;comp deb;°CDS;435901;35;comp;;;&tRNA;1212953;129;comp;;deb;°CDS;1600898;-30;comp ;&tRNA;436131;53;comp;;fin;°CDS;1213155;;comp;;;&tRNA;1601255;98;comp fin;°CDS;436257;;comp;;deb;°CDS;1253753;525;;;fin;°CDS;1601425;; ;;;;;;&tRNA;1255649;5;;; ;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1255736;;;; ;;; </pre> ====pmg intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_tRNA|pmg intercalaires tRNA]] <pre> pmg;relevés;;;;;;proportion des intercalaires <201;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls;;;deb;fin;total ;;;;;;;;;;;;<201;29;25;54 ;;;4;comp’;259;;-30;5;deb;;;total;34;33;67 ;;;49;;566;;4;16;<201;16;;taux;85%;76%;81% ;;;185;comp’;71;;17;27;total;19;;;;; ;;;77;comp’;86;;18;41;%;84%;;;;; ;;;18;comp’;141;;29;53;;;;;;; ;;comp’;87;;91;;35;61;fin;;;;;; ;;comp’;178;;65;;45;61;<201;17;;;;; ;10;;88;comp’;102;;45;63;total;22;;;;; ;;;17;;149;;49;65;%;77%;;;;; ;;;35;;53;;50;67;;;;;;; ;;;99;;78;;77;67;total;;;;;; ;;;249;comp’;404;;78;72;<201;33;;;;; ;;comp’;210;;27;;88;78;total;41;;;;; ;;comp’;49;;214;;94;91;%;80%;;;;; ;;;29;;67;;99;100;;;;;;; ;;;45;;591;;185;129;;;;;;; ;;comp’;16;;41;;249;149;;;;;;; ;;comp’;177;;512;;276;214;;;;;;; ;;;276;comp’;188;;525;342;;;;;;; ;;comp’;251;;63;;-;512;;;;;;; ;;comp’;138;;342;;-;566;;;;;;; ;;comp’;58;;129;;-;591;comp’;cumuls;;;;; ;;;525;;5;;0;11;deb;;;;;; ;;comp’;131;;72;;16;71;<201;13;;;;; ;;comp’;0;comp’;112;;35;86;total;15;;;;; ;;;50;;67;;42;98;%;87%;;;;; ;;comp’;54;;100;;49;102;;;;;;; ;;comp’;35;;61;;54;112;fin;;;;;; ;;;94;;16;;58;141;<201;8;;;;; ;;comp’;77;comp’;11;;77;188;total;11;;;;; ;;comp’;42;comp’;210;;87;210;%;73%;;;;; ;;;78;;;;131;259;;;;;;; ;;;45;;61;;138;404;total;;;;;; ;;;-30;comp’;98;;177;-;<201;21;;;;; ;;;;;;;178;-;total;26;;;;; ;;;;;;;210;-;%;81%;;;;; ;;;;;;;251;-;;;;;;; </pre> ===cyano synthèse=== ====cyano distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_génome|cyano distribution par génome]] ====cyano distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_du_total|cyano distribution du total]] <pre> cyano2;;;;;;;99 atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3 atc;;acc;3;aac;3;agc;3 ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3 gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2 tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2 cta;3;cca;3;caa;3;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2 ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2 ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2 gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;27;72;;;;;99 ;;;;;;; cyano2;;;;;;; atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;5;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;5;gaa;;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;4;;;;;10;10 </pre> ====cyano distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_type|cyano distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4 atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;27;72;;;;;99;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====cyano par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_par_rapport_au_groupe_de_référence|cyano par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;19;4;;;;;23; 16;moyen;27;10;2;;;10;49; 14;fort;26;9;2;;;;37; ; ;72;23;4;;;10;109; 10;g+cga;8;2;;;;;10; 2;agg+cgg;4;;;;;;4; 4;carre ccc;6;2;;;;;8; 5;autres;1;;;;;;1; ;;19;4;;;;;23; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;174;37;;;;;211;26 16;moyen;248;92;18;;;92;450;324 14;fort;239;83;18;;;;339;650 ; ;661;211;37;;;92;109;729 10;g+cgg;73;18;;;;;92;10 2;agg+cga;37;;;;;;37; 4;carre ccc;55;18;;;;;73;16 5;autres;9;;;;;;9; ;;174;37;;;;;211; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;192;40;;232;26;26;17; 16;moyen;273;101;20;394;324;38;43; 14;fort;263;91;20;374;650;36;39; ; ;727;232;40;99;729;72;23; 10;g+cgg;81;20;;101;10;42;; 2;agg+cga;40;;;40;;21;; 4;carre ccc;61;20;;81;16;32;; 5;autres;10;;;10;;5;; ;;192;40;;232;;19;; </pre> ====cyano, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano,_estimation_des_-rRNAs|cyano, estimation des -rRNAs]] <pre> actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 31 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;31;103; ; ;;indices;;;;31;332;0;0;;cyano2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;99 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3 atc;58;acc;;aac;;agc;;;atc;187;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;3;agc;3 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;2;aga;2 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;3;cga; gta;;gca;45;gaa;;gga;;;gta;;gca;145;gaa;;gga;;;gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;39;;37;;23;99 27.5.20 Tanger;;;;cyano;total;ttt;tgt;;25.11.20 Paris;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;3959;3.6;0.0;;;;;;84;3959;3.6;0.0;;cyano2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;98;;atgi;105;tct;;tat;;atgf;98;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;150 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;7.1;act;2.4;aat;3.6;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;17;cct;2.4;cat;2.4;cgc;1.2;;ctt;50;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;1.2;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;150 atc;8;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;195;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;;acc;150;aac;150;agc;150 ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;150 gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;100;gcc;100;gac;150;ggc;100 tta;83;tca;114;taa;;tga;0;;tta;83;tca;114;taa;2.4;tga;;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;;aca;200;aaa;100;aga;100 cta;118;cca;130;caa;114;cga;2;;cta;118;cca;130;caa;114;cga;2.4;;cta;150;cca;150;caa;150;cga; gta;111;gca;48;gaa;118;gga;111;;gta;111;gca;193;gaa;118;gga;111;;gta;100;gca;100;gaa;150;gga;100 ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;150;tcg;100;tag;;tgg;150 atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;200;acg;100;aag;50;agg;100 ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;100;ccg;100;cag;50;cgg;100 gtg;43;gcg;82;gag;8;ggg;76;;gtg;43;gcg;82;gag;8.3;ggg;76;;gtg;;gcg;50;gag;;ggg;50 ;;1574;;1607;;1156;4337;;;;1906;;1607;;1171;4684;;;;1950;;1850;;1150;4950 rapports;;83;;100;;99;93;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;cyano2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;48.549;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;35 att;;act;29;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1505;;;0/0;1;;;;att;;act;100;aat;;agt;100 ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;avec;119;;;10;12;;;;ctt;98;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;31;;;20;9;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;14;;;;ttc;19;tcc;2;tac;15;tgc;25 atc;4;acc;100;aac;100;agc;100;;cyano2;49.5;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;22;agc;24 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;99;;;50;2;40;;;ctc;6;ccc;1;cac;9;cgt;26 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;10;;;60;1;;;;gtc;2;gcc;7;gac;21;ggc;7 tta;100;tca;100;taa;;tga;;;genom;2;;;70;0;;;;tta;17;tca;12;taa;;tga; ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;43;aaa;13;aga;12 cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;21;cca;13;caa;24;cga;100 gta;100;gca;25;gaa;100;gga;100;;est 2% au dessus;;;;100;5;;;;gta;10;gca;52;gaa;21;gga;10 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;12;tag;100;tgg;27 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;41;acg;2;aag;24;agg;23 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;8;ccg;15;cag;74;cgg;0 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;39;gag;100;ggg;34 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;330;;279;;337;946 </pre> ==bacteroide== ===myr=== ====myr opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_opérons|myr opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Myro_A21/myroSp_A21-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP010327.1;myr;;genome;;;;;;; 34.1%GC;14.8.19 Paris;16s 8;101;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd Myroides sp. A21;;;;;;;;;; comp;151454..152776;;CDS;;270;270;;;441; comp;153047..153134;;tca;;208;208;;;; comp;153343..154476;;CDS;;;;;;378; ;;;;;;;;;; ;211346..212332;;CDS;;123;123;;;329; comp;212456..212530;;gta;+;27;;27;;; comp;212558..212635;;gta;5 gta;27;;27;;; comp;212663..212740;;gta;;27;;27;;; comp;212768..212845;;gta;;42;;42;;; comp;212888..212965;;gta;;92;92;;;; comp;213058..214275;;CDS;;;;;;406; ;;;;;;;;;; comp;294948..295334;;CDS;;146;146;;;129; comp;295481..295554;;aga;;28;;28;;; comp;295583..295660;;cca;;7;;7;;; comp;295668..295751;;agc;;280;280;;;; ;296032..297210;;CDS;;;;;;393; ;;;;;;;;;; ;327067..328053;;CDS;;112;112;;;329; comp;328166..328241;;aaa;+;698;;*698;;; comp;328940..329021;;ctc;6 aaa;87;;*87;;; comp;329109..329184;;aaa;@1;31;;31;;; comp;329216..329291;;aaa;;36;;36;;; comp;329328..329403;;aaa;;45;;45;;; comp;329449..329524;;aaa;;33;;33;;; comp;329558..329633;;aaa;;129;129;;;; ;329763..330281;;CDS;;;;;;173; ;;;;;;;;;; comp;353908..354384;;CDS;;259;259;;;159; comp;354644..354753;;5s;;107;;;;110; comp;354861..357744;;23s;;150;;;;2884; comp;357895..357971;;gca;;88;;;88;; comp;358060..358136;;atc;;75;;;;; comp;358212..359735;;16s;;265;;;;1524; comp;360001..360110;;5s;;103;;;;110; comp;360214..363107;;23s;;150;;;;2894; comp;363258..363334;;gca;;88;;;88;; comp;363423..363499;;atc;;75;;;;; comp;363575..365098;;16s;;687;*687;;;1524; comp;365786..366973;;CDS;;;;;;396; ;;;;;;;;;; comp;407344..408819;;CDS;;141;141;;;492; comp;408961..409037;;aca;+;33;;33;;; comp;409071..409147;;aca;5 aca;38;;38;;; comp;409186..409262;;aca;;39;;39;;; comp;409302..409378;;aca;;41;;41;;; comp;409420..409493;;aca;;81;81;;;; comp;409575..409838;;CDS;;;;;;88; ;;;;;;;;;; comp;550792..551043;;CDS;;37;37;;;84; comp;551081..551155;;gaa;+;40;;40;;; comp;551196..551267;;gaa;6 gaa;37;;37;;; comp;551305..551376;;gaa;;38;;38;;; comp;551415..551486;;gaa;;35;;35;;; comp;551522..551596;;gaa;;38;;38;;; comp;551635..551706;;gaa;;75;75;;;; comp;551782..553257;;CDS;;;;;;492; ;;;;;;;;;; comp;571079..574315;;CDS;;165;165;;;*1079; comp;574481..574590;;5s;;107;;;;110; comp;574698..577581;;23s;;118;;;;2884; comp;577700..577776;;gca;;88;;;88;; comp;577865..577941;;atc;;76;;;;; comp;578018..579541;;16s;;264;;;;1524; comp;579806..579915;;5s;;106;;;;110; comp;580022..582915;;23s;;150;;;;2894; comp;583066..583142;;gca;;88;;;88;; comp;583231..583307;;atc;;77;;;;; comp;583385..584908;;16s;;1070;*1070;;;1524; comp;585979..586545;;CDS;;;;;;189; ;;;;;;;;;; comp;719558..719755;;CDS;;13;13;;;66; comp;719769..719842;;tgg;;60;60;;;; comp;719903..721090;;CDS;;58;58;;;396; comp;721149..721220;;acc;;20;;20;;; comp;721241..721321;;tac;;27;;27;;; comp;721349..721425;;aca;;93;93;;;; comp;721519..721818;;CDS;;;;;;100; ;;;;;;;;;; ;781522..782178;;CDS;;76;76;;;219; ;782255..782330;;atgf;;93;93;;;; ;782424..782978;;CDS;;;;;;185; ;;;;;;;;;; comp;783008..783451;;CDS;;332;332;;;148; ;783784..783859;;atgf;;110;110;;;; comp;783970..785886;;CDS;;;;;;*639; ;;;;;;;;;; comp;814859..815281;;CDS;;541;*541;;;141; comp;815823..815899;;cga;;10;10;;;; comp;815910..816362;;CDS;;;;;;151; ;;;;;;;;;; ;868515..869267;;CDS;;37;37;;;251; comp;869305..869380;;gga;+;34;;34;;; comp;869415..869490;;gga;6 gga;34;;34;;; comp;869525..869600;;gga;;34;;34;;; comp;869635..869710;;gga;;34;;34;;; comp;869745..869820;;gga;;37;;37;;; comp;869858..869930;;gga;;242;242;;;; ;870173..870646;;CDS;;;;;;158; ;;;;;;;;;; ;1010425..1011210;;CDS;;92;92;;;262; comp;1011303..1011376;;caa;+;221;;*221;;; comp;1011598..1011668;;caa;2 caa;183;183;;;; ;1011852..1015055;;CDS;;;;;;*1068; ;;;;;;;;;; comp;1110980..1111921;;CDS;;158;158;;;314; ;1112080..1112162;;ttg;;44;44;;;; comp;1112207..1112701;;CDS;;;;;;165; ;;;;;;;;;; ;1113809..1114273;;CDS;;158;158;;;155; comp;1114432..1114541;;5s;;105;;;;110; comp;1114647..1117530;;23s;;150;;;;2884; comp;1117681..1117757;;gca;;88;;;88;; comp;1117846..1117922;;atc;;75;;;;; comp;1117998..1119521;;16s;;266;;;;1524; comp;1119788..1119897;;5s;;105;;;;110; comp;1120003..1122896;;23s;;150;;;;2894; comp;1123047..1123123;;gca;;88;;;88;; comp;1123212..1123288;;atc;;77;;;;; comp;1123366..1124889;;16s;;77;;;;1524; comp;1126238..1126311;;aac;;90;90;;;; comp;1126402..1127745;;CDS;;;;;;448; ;;;;;;;;;; ;1214932..1215615;;CDS;;101;101;;;228; comp;1215717..1215790;;tgc;;88;88;;;; comp;1215879..1216235;;CDS;;;;;;119; ;;;;;;;;;; ;1391184..1391825;;CDS;;85;85;;;214; ;1391911..1391987;;aac;+;370;;*370;;; ;1392358..1392434;;aac;2 aac;590;*590;;;; comp;1393025..1393459;;CDS;;;;;;145; ;;;;;;;;;; ;1597909..1598226;;CDS;;635;*635;;;106; ;1598862..1598938;;gac;+;148;;*148;;; ;1599087..1599163;;gac;3 gac;202;;*202;;; ;1599366..1599442;;gac;;169;169;;;; comp;1599612..1600157;;CDS;;;;;;182; ;;;;;;;;;; comp;1643091..1644479;;CDS;;132;132;;;463; ;1644612..1644696;;cta;+;183;;*183;;; ;1644880..1644961;;cta;2 cta;314;314;;;; ;1645276..1646115;;CDS;;;;;;280; ;;;;;;;;;; ;1721814..1722689;;CDS;;66;66;;;292; comp;1722756..1722826;;tgg;;51;51;;;; comp;1722878..1723252;;CDS;;;;;;125; ;;;;;;;;;; comp;1738209..1739033;;CDS;;183;183;;;275; comp;1739217..1739293;;atgi;+;24;;24;;; comp;1739318..1739394;;atgi;2 atgi;69;69;;;; comp;1739464..1739865;;CDS;;;;;;134; ;;;;;;;;;; >;1924596..1926158;;CDS;+;-41;*-41;;;*521; comp;1926118..1926206;;tta;2 tta;341;;*341;;; comp;1926548..1926633;;tta;@2;320;320;;;; <;1926954..1927025;;CDS;;;;;;24; ;;;;;;;;;; ;1928728..1929714;;CDS;;125;125;;;329; comp;1929840..1929925;;tta;;147;147;;;; comp;1930073..1930444;;CDS;;108;108;;;124; comp;1930553..1930638;;tta;;6;;6;;; comp;1930645..1930720;;ggc;;201;201;;;; comp;1930922..1933519;;CDS;;;;;;*866; ;;;;;;;;;; comp;1961822..1962571;;CDS;;128;128;;;250; ;1962700..1962775;;ttc;+;32;;32;;; ;1962808..1962883;;ttc;3 ttc;23;;23;;; ;1962907..1962982;;ttc;;97;97;;;; comp;1963080..1964066;;CDS;;;;;;329; ;;;;;;;;;; ;2082191..2082733;;CDS;;1103;*1103;;;181; ;2083837..2085360;;16s;;77;;;;1524; ;2085438..2085514;;atc;;88;;;88;; ;2085603..2085679;;gca;;150;;;;; ;2085830..2088713;;23s;;106;;;;2884; ;2088820..2088929;;5s;;156;156;;;110; ;2089086..2089943;;CDS;;;;;;286; ;;;;;;;;;; ;2147912..2148241;;CDS;;286;286;;;110; ;2148528..2148604;;cgt;+;49;;49;;; ;2148654..2148730;;cgt;2 cgt;69;69;;;; ;2148800..2149288;;CDS;;;;;;163; ;;;;;;;;;; comp;2207990..2208685;;CDS;;111;111;;;232; comp;2208797..2208872;;atgf;;106;106;;;; comp;2208979..2209605;;CDS;;147;147;;;209; comp;2209753..2209829;;atgj;;145;145;;;; ;2209975..2210361;;CDS;;;;;;129; ;;;;;;;;;; comp;2425634..2426896;;CDS;;299;299;;;421; comp;2427196..2427270;;cca;;353;353;;;; ;2427624..2428565;;CDS;;;;;;314; ;;;;;;;;;; comp;2434061..2435053;;CDS;;125;125;;;331; comp;2435179..2435252;;atgj;;366;366;;;; ;2435619..2436269;;CDS;;;;;;217; ;;;;;;;;;; ;2561350..2563341;;CDS;;1072;*1072;;;*664; ;2564414..2565937;;16s;;74;;;;1524; ;2566012..2566088;;atc;;90;;;90;; ;2566179..2566255;;gca;;118;;;;; ;2566374..2569256;;23s;;105;;;;2883; ;2569362..2569471;;5s;;279;279;;;110; ;2569751..2571682;;CDS;;;;;;*610; ;;;;;;;;;; comp;2676791..2678620;;CDS;;235;235;;;*610; comp;2678856..2678940;;tca;;497;*497;;;; ;2679438..2681390;;CDS;;;;;;*651; ;;;;;;;;;; comp;2977513..2977920;;CDS;;497;*497;;;136; comp;2978418..2978492;;gta;;61;61;;;; comp;2978554..2978928;;CDS;;;;;;125; ;;;;;;;;;; ;3228192..3228908;;CDS;;79;79;;;239; ;3228988..3229064;;cac;+;23;;23;;; ;3229088..3229164;;cac;4 cac;22;;22;;; ;3229187..3229263;;cac;;21;;21;;; ;3229285..3229361;;cac;;40;40;;;; comp;3229402..3230577;;CDS;;;;;;392; ;;;;;;;;;; comp;3394869..3395093;;CDS;;90;90;;;75; comp;3395184..3395268;;tca;;215;215;;;; comp;3395484..3396884;;CDS;;;;;;467; ;;;;;;;;;; ;3457542..3458360;;CDS;;150;150;;;273; ;3458511..3458594;;tac;+;49;;49;;; ;3458644..3458727;;tac;4 tac;48;;48;;; ;3458776..3458859;;tac;;41;;41;;; ;3458901..3458984;;tac;;309;309;;;; comp;3459294..3460415;;CDS;;;;;;374; ;;;;;;;;;; ;3951958..3953367;;CDS;;595;*595;;;470; ;3953963..3954039;;aga;+;80;;80;;; ;3954120..3954196;;aga;2 aga;36;36;;;; comp;3954233..3954712;;CDS;;;;;;160; ;;;;;;;;;; ;3975219..3976205;;CDS;;99;99;;;329; comp;3976305..3976379;;cca;+;36;;36;;; comp;3976416..3976493;;cca;2 cca;7;;7;;; comp;3976501..3976587;;agc;;965;*965;;;; ;3977553..3978161;;CDS;;;;;;203; </pre> ====myr cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_cumuls|myr cumuls]] <pre> myr cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;8;1;0;;1;1;1;;100;6;30;1 ;16 23 5s 0;0;20;4;;50;7;20;;200;25;60;0 ;16 atc gca;8;40;28;;100;21;40;;300;16;90;4 ;16 23 5s a;0;60;7;;150;18;60;;400;14;120;4 ;max a;2;80;1;;200;7;80;;500;9;150;10 ;a doubles;0;100;1;8;250;5;100;;600;1;180;8 ;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;5;210;6 ;total aas;16;140;0;;350;4;140;;800;0;240;6 sans ;opérons;34;160;1;;400;2;160;;900;1;270;3 ;1 aa;13;180;0;;450;0;180;;1000;0;300;5 ;max a;7;200;1;;500;2;200;;1100;2;330;6 ;a doubles;17;;5;;;9;;;;0;;26 ;total aas;85;;48;8;;82;;0;;79;;79 total aas;;101;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;74;88;;223;;;;302;; ;;;variance;120;0;;242;;;;209;; sans jaune;;;moyenne;33;;;144;;;;244;;189 ;;;variance;13;;;90;;;;122;;78 </pre> ====myr blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_blocs|myr blocs]] <pre> myr blocs;;;;;;; CDS;259;159;165;1079;CDS;158;155 5s;107;110;107;110;5s;105;110 23s;150;2884;118;2884;23s;150;2884 gca;88;;88;;gca;88; atc;75;;76;;atc;75; 16s;265;1524;264;1524;16s;266;1524 5s;103;110;106;110;5s;105;110 23s;150;2894;150;2894;23s;150;2894 gca;88;;88;;gca;88; atc;75;;77;;atc;77; 16s;687;1524;1070;1524;16s;77;1524 CDS;;396;;189;aac;90; ;;;;;CDS;;448 ;;;;;;; CDS;1103;181;1072;664;;; 16s;77;1524;74;1524;;; atc;88;;90;;;; gca;150;;118;;;; 23s;106;2884;105;2883;;; 5s;156;110;279;110;;; CDS;;286;;644;;; </pre> ====myr remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_remarques|myr remarques]] *code génétique de myr <pre> myr;;;;;;;101 atgi;2;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;3;tcc;;tac;5;tgc;1 atc;8;acc;1;aac;3;agc;2 ctc;1;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;3;ggc;1 tta;4;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;6;aaa;6;aga;3 cta;2;cca;4;caa;2;cga;1 gta;6;gca;8;gaa;6;gga;6 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2 atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====myr distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_distribution|myr distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2 cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total myr;;16;;;;;;;myr;11;;;;;;;;myr;57;;;;;; </pre> ====myr données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_données_intercalaires|myr données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;myr;fx;fc;myr;fx40;fc40;myr;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 1;0;0;5;13;0;5;13;-1;0;71;273;123;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;1;10;26;435;1;0;66;-2;0;0;208;280;688;;;30;;gta;52;;cgt ;2;20;12;251;2;5;78;-3;0;2;92;115;1071;;;30;;gta;**;;cgt ;0;30;21;130;3;5;61;-4;9;60;146;466;1104;;;30;;gta;22;;tgc 2;2;40;38;83;4;3;56;-5;0;0;144;73;1073;;;42;;gta;22;;tgc 2;0;50;50;69;5;1;29;-6;3;0;81;129;5s 16s;;;**;;gta;22;;tgc ;3;60;47;69;6;1;42;-7;0;10;209;332;266;;;31;;aga;22;;tgc 1;2;70;54;98;7;4;23;-8;0;34;32;113;265;;;7;;cca;**;;tgc 1;4;80;51;80;8;2;32;-9;0;0;40;40;267;;;**;;agc;26;;cac ;5;90;29;96;9;1;25;-10;0;3;75;95;23s 5s;;;90;;ctc;25;;cac 3;3;100;35;88;10;4;23;-11;2;28;16;183;2* 109;;;34;;aaa;24;;cac 1;2;110;22;73;11;1;41;-12;0;0;60;158;105;;;39;;aaa;**;;cac 2;1;120;32;67;12;2;46;-13;1;1;58;47;2* 108;;;48;;aaa;49;;tac 4;1;130;28;42;13;0;19;-14;0;22;93;104;3* 107;;;36;;aaa;51;;tac 1;0;140;22;49;14;1;27;-15;1;0;76;593;5s CDS;;;**;;aaa;44;;tac 1;5;150;28;51;15;2;16;-16;0;2;96;169;259;;;36;;aca;**;;tac 1;0;160;30;30;16;1;19;-17;1;15;544;132;165;;;41;;aca;83;;aga 1;0;170;26;32;17;1;24;-18;1;0;10;66;156;;;42;;aca;**;;aga ;0;180;21;33;18;2;19;-19;0;1;242;-38;279;;;41;;aca;39;;cca 1;1;190;22;29;19;1;21;-20;1;6;90;381;16s tRNA;;;**;;aca;10;;cca ;0;200;20;24;20;1;19;-21;0;0;88;125;3* 80;;atc;40;;gaa;**;;agc ;3;210;19;22;21;0;15;-22;0;0;85;128;81;;atc;37;;gaa;;; ;1;220;12;21;22;4;15;-23;0;7;635;100;3* 82;;atc;38;;gaa;;; ;0;230;17;17;23;0;15;-24;0;0;314;145;79;;atc;38;;gaa;;; ;1;240;19;20;24;0;18;-25;0;1;51;353;tRNA 23s;;;38;;gaa;;; ;1;250;16;15;25;0;14;-26;0;4;186;366;6*151;;gca;**;;gaa;;; ;0;260;14;16;26;2;10;-27;0;0;69;497;2* 119;;gca;20;;acc;;; ;0;270;17;22;27;5;9;-28;0;0;147;43;tRNA 16s;;;30;;tac;;; 1;1;280;9;8;28;4;12;-29;0;3;108;312;90;;aac;**;;aca;;; ;1;290;11;14;29;4;10;-30;0;0;201;39;tRNA tRNA;;intra;37;;gga;;; ;2;300;12;8;30;2;12;-31;0;0;286;99;7* 91;;atc gca;37;;gga;;; ;0;310;12;12;31;4;8;-32;0;1;72;965;93;;atc gca;37;;gga;;; 1;1;320;10;16;32;1;14;-33;0;0;114;;;;;37;;gga;;; ;0;330;10;11;33;3;5;-34;0;3;106;;;;;37;;gga;;; 1;0;340;5;7;34;5;9;-35;0;1;150;;;;;**;;gga;;; ;0;350;4;12;35;2;3;-36;0;0;299;;;;;221;;caa;;; 1;0;360;11;9;36;7;10;-37;0;0;125;;;;;**;;caa;;; 1;0;370;6;6;37;3;8;-38;0;2;235;;;;;373;;aac;;; ;0;380;2;7;38;2;7;-39;0;0;20;;;;;**;;aac;;; 1;0;390;3;5;39;5;13;-40;0;0;294;;;;;151;;gac;;; ;0;400;5;4;40;6;6;-41;0;2;497;;;;;202;;gac;;; 4;4;reste;146;180;reste;877;1362;-42;0;0;61;;;;;**;;gac;;; 32;47;total;979;2274;total;979;2274;-43;0;0;79;;;;;186;;cta;;; 27;43;diagr;828;2081;diagr;97;899;-44;0;1;90;;;;;**;;cta;;; 0;3; t30;59;816;;;;-45;0;0;215;;;;;24;;atgi;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;**;;atgi;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;341;;tta;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;**;;tta;;; ;x;974;20;5;999;;;-49;0;0;;;;;;9;;tta;;; ;c;2261;282;13;2556;;;-50;0;0;;;;;;**;;ggc;;; ;;;;;3555;199;;reste;1;0;;;;;;35;;ttc;;; ;;;;;;3754;;total;20;282;;;;;;26;;ttc;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;ttc;;; </pre> =====myr autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires_aas|myr autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;myr;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;151454;273;comp; ;tRNA;153050;208;comp;tca fin;CDS;153343;;comp; deb;CDS;171836;177;comp; ;regulatory;174323;162;; fin;CDS;174673;;comp; deb;CDS;211346;123;; ;tRNA;212456;30;comp;gta ;tRNA;212561;30;comp;gta ;tRNA;212666;30;comp;gta ;tRNA;212771;42;comp;gta ;tRNA;212888;92;comp;gta fin;CDS;213058;;comp; deb;CDS;294948;146;comp; ;tRNA;295481;31;comp;aga ;tRNA;295586;7;comp;cca ;tRNA;295668;280;comp;agc fin;CDS;296032;;; deb;CDS;327067;115;; ;tRNA;328169;466;comp;aaa deb;CDS;328708;73;; ;tRNA;328940;90;comp;ctc ;tRNA;329112;34;comp;aaa ;tRNA;329219;39;comp;aaa ;tRNA;329331;48;comp;aaa ;tRNA;329452;36;comp;aaa ;tRNA;329561;129;comp;aaa fin;CDS;329763;;; deb;CDS;353908;259;comp; ;rRNA;354644;109;comp;5s ;rRNA;354863;151;comp;23s ;tRNA;357898;91;comp;gca ;tRNA;358063;80;comp;atc ;rRNA;358217;266;comp;16s ;rRNA;360001;105;comp;5s ;rRNA;360216;151;comp;23s ;tRNA;363261;91;comp;gca ;tRNA;363426;80;comp;atc ;rRNA;363580;688;comp;16s fin;CDS;365786;;comp; deb;CDS;407344;144;comp; ;tRNA;408964;36;comp;aca ;tRNA;409074;41;comp;aca ;tRNA;409189;42;comp;aca ;tRNA;409305;41;comp;aca ;tRNA;409420;81;comp;aca fin;CDS;409575;;comp; deb;CDS;539601;209;comp; ;tRNA;542039;32;comp;other fin;CDS;542191;;comp; deb;CDS;550792;40;comp; ;tRNA;551084;40;comp;gaa ;tRNA;551196;37;comp;gaa ;tRNA;551305;38;comp;gaa ;tRNA;551415;38;comp;gaa ;tRNA;551525;38;comp;gaa ;tRNA;551635;75;comp;gaa fin;CDS;551782;;comp; deb;CDS;571079;165;comp; ;rRNA;574481;109;comp;5s ;rRNA;574700;119;comp;23s ;tRNA;577703;91;comp;gca ;tRNA;577868;81;comp;atc ;rRNA;578023;265;comp;16s ;rRNA;579806;108;comp;5s ;rRNA;580024;151;comp;23s ;tRNA;583069;91;comp;gca ;tRNA;583234;82;comp;atc ;rRNA;583390;1071;comp;16s fin;CDS;585979;;comp; deb;CDS;719558;16;comp; ;tRNA;719772;60;comp;tgg deb;CDS;719903;58;comp; ;tRNA;721149;20;comp;acc ;tRNA;721241;30;comp;tac ;tRNA;721352;93;comp;aca fin;CDS;721519;;comp; deb;CDS;781522;76;; ;tRNA;782255;96;;atgf fin;CDS;782424;;; deb;CDS;783008;332;comp; ;tRNA;783784;113;;atgf fin;CDS;783970;;comp; deb;CDS;814859;544;comp; ;tRNA;815826;10;comp;cga fin;CDS;815910;;comp; deb;CDS;868515;40;; ;tRNA;869308;37;comp;gga ;tRNA;869418;37;comp;gga ;tRNA;869528;37;comp;gga ;tRNA;869638;37;comp;gga ;tRNA;869748;37;comp;gga ;tRNA;869858;242;comp;gga fin;CDS;870173;;comp; deb;CDS;887776;96;; ;regulatory;888352;64;; fin;CDS;888516;;; deb;CDS;900643;77;comp; ;regulatory;902862;75;comp; fin;CDS;903026;;comp; deb;CDS;1010425;95;; ;tRNA;1011306;221;comp;caa ;tRNA;1011598;183;comp;caa fin;CDS;1011852;;; deb;CDS;1110980;158;comp; ;tRNA;1112080;47;;ttg fin;CDS;1112207;;comp; deb;CDS;1113809;158;; ;rRNA;1114432;107;comp;5s ;rRNA;1114649;151;comp;23s ;tRNA;1117684;91;comp;gca ;tRNA;1117849;80;comp;atc ;rRNA;1118003;267;comp;16s ;rRNA;1119788;107;comp;5s ;rRNA;1120005;151;comp;23s ;tRNA;1123050;91;comp;gca ;tRNA;1123215;82;comp;atc ;rRNA;1123371;1349;comp;16s ;tRNA;1126238;90;comp;aac fin;CDS;1126402;;comp; deb;CDS;1214932;104;; ;tRNA;1215720;88;comp;tgc fin;CDS;1215879;;comp; deb;CDS;1391184;85;; ;tRNA;1391911;373;;aac ;tRNA;1392358;593;;aac fin;CDS;1393025;;comp; deb;CDS;1597909;635;; ;tRNA;1598862;151;;gac ;tRNA;1599087;202;;gac ;tRNA;1599366;169;;gac fin;CDS;1599612;;comp; deb;CDS;1604664;112;comp; ;regulatory;1606846;57;comp; fin;CDS;1607085;;comp; deb;CDS;1643091;132;comp; ;tRNA;1644612;186;;cta ;tRNA;1644880;314;;cta fin;CDS;1645276;;; deb;CDS;1721814;66;; ;tRNA;1722756;51;comp;tgg fin;CDS;1722878;;comp; deb;CDS;1738209;186;comp; ;tRNA;1739220;24;comp;atgi ;tRNA;1739318;69;comp;atgi fin;CDS;1739464;;comp; deb;CDS;1924596;-38;; ;tRNA;1926121;341;comp;tta ;tRNA;1926548;381;comp;tta fin;CDS;1927015;;; deb;CDS;1928728;125;; ;tRNA;1929840;147;comp;tta deb;CDS;1930073;108;comp; ;tRNA;1930553;9;comp;tta ;tRNA;1930648;201;comp;ggc fin;CDS;1930922;;comp; deb;CDS;1961822;128;comp; ;tRNA;1962700;35;;ttc ;tRNA;1962808;26;;ttc ;tRNA;1962907;100;;ttc fin;CDS;1963080;;comp; deb;CDS;2082191;1104;; ;rRNA;2083838;82;;16s ;tRNA;2085438;91;;atc ;tRNA;2085603;151;;gca ;rRNA;2085828;108;;23s ;rRNA;2088820;156;;5s fin;CDS;2089086;;; deb;CDS;2147912;286;; ;tRNA;2148528;52;;cgt ;tRNA;2148654;72;;cgt fin;CDS;2148800;;; deb;CDS;2207990;114;comp; ;tRNA;2208800;106;comp;atgf deb;CDS;2208979;150;comp; ;tRNA;2209756;145;comp;atgj fin;CDS;2209975;;; deb;CDS;2224025;53;comp; ;ncRNA;2225644;58;comp; fin;CDS;2225810;;comp; deb;CDS;2302059;133;; ;regulatory;2303686;199;; fin;CDS;2304079;;; deb;CDS;2425634;299;comp; ;tRNA;2427196;353;comp;cca fin;CDS;2427624;;; deb;CDS;2434061;125;comp; ;tRNA;2435179;366;comp;atgj fin;CDS;2435619;;; deb;CDS;2505104;88;comp; ;ncRNA;2506290;93;; fin;CDS;2506482;;comp; deb;CDS;2561350;1073;; ;rRNA;2564415;79;;16s ;tRNA;2566012;93;;atc ;tRNA;2566179;119;;gca ;rRNA;2566372;107;;23s ;rRNA;2569362;279;;5s fin;CDS;2569751;;; deb;CDS;2640485;167;comp; ;regulatory;2641078;541;comp; fin;CDS;2641765;;; deb;CDS;2676791;235;comp; ;tRNA;2678856;497;comp;tca fin;CDS;2679438;;; deb;CDS;2729998;20;; ;tRNA;2731143;22;;tgc ;tRNA;2731236;22;;tgc ;tRNA;2731329;22;;tgc ;tRNA;2731422;22;;tgc ;tRNA;2731515;294;;tgc fin;CDS;2731880;;; deb;CDS;2977513;497;comp; ;tRNA;2978418;61;comp;gta fin;CDS;2978554;;comp; deb;CDS;3228192;79;; ;tRNA;3228988;26;;cac ;tRNA;3229088;25;;cac ;tRNA;3229187;24;;cac ;tRNA;3229285;43;;cac fin;CDS;3229402;;comp; deb;CDS;3299472;99;; ;tmRNA;3300558;220;comp; fin;CDS;3301177;;; deb;CDS;3394869;90;comp; ;tRNA;3395184;215;comp;tca fin;CDS;3395484;;comp; deb;CDS;3457542;150;; ;tRNA;3458511;49;;tac ;tRNA;3458644;51;;tac ;tRNA;3458776;44;;tac ;tRNA;3458901;312;;tac fin;CDS;3459294;;comp; deb;CDS;3475368;61;comp; ;regulatory;3476731;337;comp; fin;CDS;3477177;;; deb;CDS;3488568;61;comp; ;regulatory;3489832;337;comp; fin;CDS;3490278;;; deb;CDS;3951958;595;; ;tRNA;3953963;83;;aga ;tRNA;3954120;39;;aga fin;CDS;3954233;;comp; deb;CDS;3975219;99;; ;tRNA;3976305;39;comp;cca ;tRNA;3976419;10;comp;cca ;tRNA;3976504;965;comp;agc fin;CDS;3977553;;; deb;CDS;4054689;76;; ;ncRNA;4055338;275;comp; fin;CDS;4055928;;; </pre> ====myr intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_entre_cds|myr intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> myr;2.2.21 Paris;;Myr 18.1.21;;;;;;;;; myr;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>fréquencez ;'''négatif;302;8.5;'''négatif ;-9;10;-1 à -68;'''4 155 464;-1;302;610;6 ;'''zéro;18;0.5;;;;;'''intercals;0;18;620;2 ;'''1 à 200;2443;68.7;'''0 à 200;67;56;;'''507 186;5;304;630;6 ;'''201 à 370;440;12.4;'''201 à 370;271;47;;'''12.2%;10;157;640;4 ;'''371 à 600;202;5.7;'''371 à 600;470;61;;;15;155;650;2 ;'''601 à max;150;4.2;'''601 à 1353;802;166;;;20;108;660;8 ;'''total 3555;<201;77.7;'''total 3549;139;188;-68 à 1353;;25;81;670;5 adresse;intercalx;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>eréquence-1;30;70;680;3 1253774;2764;-1;302;-70;0;;0;18;35;54;690;3 4076145;2069;0;18;-60;1;;-1;°71;40;67;700;2 3818684;1978;1;66;-50;0;;-2;0;45;52;710;10 3657182;1824;2;°83;-40;5;;-3;2;50;67;720;4 4012754;1661;3;66;-30;7;'''min à -1;-4;°69;55;67;730;2 3629577;1544;4;59;-20;22;302;-5;0;60;49;740;10 2952529;1353;5;30;-10;78;8.5%;-6;3;65;78;750;2 3023352;1312;6;°43;0;207;;-7;10;70;74;760;6 3091776;1283;7;27;10;461;;-8;°34;75;64;770;4 3063256;1274;8;34;20;263;;-9;0;80;67;780;5 792903;1218;9;26;30;151;;-10;3;85;56;790;4 128855;1210;10;27;40;121;'''1 à 100;-11;°30;90;69;800;5 1814854;1180;11;42;50;119;1762;-12;0;95;73;810;3 2893024;1157;12;°48;60;116;49.6%;-13;2;100;50;820;2 3791894;1149;13;19;70;152;;-14;°22;105;50;830;2 1764716;1121;14;28;80;131;;-15;1;110;45;840;3 3858117;1092;15;18;90;125;;-16;2;115;55;850;1 2631119;1079;16;20;100;123;;-17;°16;120;44;860;1 3204160;1074;17;°25;110;95;;-18;1;125;38;870;0 3970791;1045;18;21;120;99;;-19;1;130;32;880;1 638891;1022;19;22;130;70;;-20;°7;135;37;890;3 3392036;1020;20;20;140;71;;-21;0;140;34;900;1 3864400;1007;21;15;150;79;;-22;0;145;40;910;3 1410445;1003;22;°19;160;60;;-23;°7;150;39;920;2 3966467;1001;23;15;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;2 180046;997;24;18;180;54;2443;-25;1;160;24;940;1 226066;997;25;°14;190;51;69%;-26;°4;165;38;950;0 102898;986;26;12;200;44;;-27;0;170;20;960;2 1232294;981;27;14;210;41;;-28;0;175;25;970;0 66244;978;28;°16;220;33;;-29;°3;180;29;980;1 1851963;956;29;14;230;34;;-30;0;185;24;990;2 2836755;953;30;14;240;39;;-31;0;190;27;1000;2 3339204;937;31;12;250;31;;-32;1;195;23;1010;3 485591;928;32;°15;260;30;;;308;200;21;1020;1 1163082;925;33;8;270;39;;reste;12;205;21;1030;1 2704567;918;34;14;280;17;;total;320;210;20;1040;0 1624776;912;35;5;290;25;;;;215;19;1050;1 1989125;909;36;°17;300;20;;intercal;<u>fréquencef;220;14;1060;0 2763942;909;37;11;310;24;;600;3405;225;17;1070;0 3941959;907;38;9;320;26;;650;20;230;17;1080;2 3569216;896;39;°18;330;21;;700;21;235;16;1090;0 3279840;890;40;12;340;12;'''201 à 370;750;28;240;23;1100;1 3713046;890;reste;2239;350;16;440;800;24;245;16;1110;0 1258251;888;total;3555;360;20;12%;850;11;250;15;1120;0 3954233;874;;;370;12;;900;6;255;14;1130;1 248335;860;;;380;9;;950;8;260;16;1140;0 ;;;;390;8;;1000;7;265;17;1150;1 ;;;;400;9;;1050;6;270;22;1160;1 adresse;intercaln;décalage;long;410;15;;1100;3;275;14;1170;0 849554;-68;comp;;420;12;;1150;2;280;3;1180;1 3465496;-47;shift2;473;430;11;;1200;2;285;14;1190;0 3335648;-46;shift2;705;440;9;;1250;2;290;11;1200;0 1686663;-44;shift2;464;450;18;;1300;2;295;11;reste;12 626279;-41;;;460;9;;1350;1;300;9;total;150 3285379;-41;;;470;14;;1400;1;305;18;; 569581;-38;;;480;10;;1450;0;310;6;; 3645168;-38;;;490;11;;1500;0;315;11;; 3007311;-35;;;500;5;;1550;1;320;15;; 890595;-34;;;510;9;;1600;0;325;10;; 1138331;-34;;;520;5;;1650;0;330;11;; 1639425;-34;;;530;9;;1700;1;335;4;; 1509236;-32;;;540;3;'''371 à 600;;146;340;8;; 2356195;-29;;;550;7;202;;;345;11;; 2927121;-29;;;560;6;5.7%;;;350;5;; 3218460;-29;;;570;7;;;;355;11;; 74410;-26;;;580;4;'''601 à max;;;360;9;; 1241101;-26;;;590;6;150;;;365;6;; 1964711;-26;;;600;6;4.2%;;;370;6;; 3675717;-26;;;reste;150;;reste;4;reste;352;; 424302;-25;;;total;3555;;toal;3555;toal;3555;; </pre> ====myr intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> myr. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; myr;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;33;-213;270;32;708;215;max70;&-94;717;-1739;143;742;254;min50 31 à 400;;;;;;;;&7.8;-12;-192;52;897;51;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-7;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;112;48;-;640;poly;68;tm;&215;69;;452;poly;290;SF 31 à 400;;;;;;;;&117;42;-;811;poly;86;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.078;;;;; 41-n;0.872;0.649;0.764;;;;;;;;;;;; 1-n;0.323;-0.143;0.041;;;;;;;;;;14.8.21 paris;; myr;fx;fc;;myr;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;myr;Sx-;Sc- 0;5;13;;0;6;6;;0;5;13;>0;974;-1;0;71 10;26;435;;10;31;209;;1;0;66;<0;20;-2;0;0 20;12;251;;20;14;121;;2;5;78;zéro;5;-3;0;2 30;21;130;;30;25;62;;3;5;61;total;999;-4;9;60 40;38;83;;40;46;40;;4;3;56;;c;-5;0;0 50;50;69;;50;60;33;;5;1;29;>0;2261;-6;3;0 60;47;69;;60;57;33;;6;1;42;<0;282;-7;0;10 70;54;98;;70;65;47;;7;4;23;zéro;13;-8;0;34 80;51;80;;80;62;38;;8;2;32;total;2556;-9;0;0 90;29;96;;90;35;46;;9;1;25;;;-10;0;3 100;35;88;;100;42;42;;10;4;23;;;-11;2;28 110;22;73;;110;27;35;;11;1;41;;;-12;0;0 120;32;67;;120;39;32;;12;2;46;;;-13;1;1 130;28;42;;130;34;20;;13;0;19;;;-14;0;22 140;22;49;;140;27;24;;14;1;27;;;-15;1;0 150;28;51;;150;34;25;;15;2;16;;;-16;0;2 160;30;30;;160;36;14;;16;1;19;;;-17;1;15 170;26;32;;170;31;15;;17;1;24;;;-18;1;0 180;21;33;;180;25;16;;18;2;19;;;-19;0;1 190;22;29;;190;27;14;;19;1;21;;;-20;1;6 200;20;24;;200;24;12;;20;1;19;;;-21;0;0 210;19;22;;210;23;11;;21;0;15;;;-22;0;0 220;12;21;;220;14;10;;22;4;15;;;-23;0;7 230;17;17;;230;21;8;;23;0;15;;;-24;0;0 240;19;20;;240;23;10;;24;0;18;;;-25;0;1 250;16;15;;250;19;7;;25;0;14;;;-26;0;4 260;14;16;;260;17;8;;26;2;10;;;-27;0;0 270;17;22;;270;21;11;;27;5;9;;;-28;0;0 280;9;8;;280;11;4;;28;4;12;;;-29;0;3 290;11;14;;290;13;7;;29;4;10;;;-30;0;0 300;12;8;;300;14;4;;30;2;12;;;-31;0;0 310;12;12;;310;14;6;;31;4;8;;;-32;0;1 320;10;16;;320;12;8;;32;1;14;;;-33;0;0 330;10;11;;330;12;5;;33;3;5;;;-34;0;3 340;5;7;;340;6;3;;34;5;9;;;-35;0;1 350;4;12;;350;5;6;;35;2;3;;;-36;0;0 360;11;9;;360;13;4;;36;7;10;;;-37;0;0 370;6;6;;370;7;3;;37;3;8;;;-38;0;2 380;2;7;;380;2;3;;38;2;7;;;-39;0;0 390;3;5;;390;4;2;;39;5;13;;;-40;0;0 400;5;4;;400;6;2;;40;6;6;;;-41;0;2 reste;146;180;;;;;;reste;877;1362;;;-42;0;0 total;979;2274;;t30;71;392;;total;979;2274;;;-43;0;0 diagr;828;2081;;t60;234;498;;diagr;97;899;;;-44;0;1 - t30;769;1265;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;634;1044;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;1;0 ;;;;;;;;;;;;;total;20;282 </pre> ====myr intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_négatifs_S-|myr intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;9;;3;;;;;2;;1;;1;;1;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;20 continu;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;9;0;3;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;20 ;Sc-;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282 </pre> ====myr autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires|myr autres intercalaires]] <pre> myr1 ;adresse1;;;;;myr2 ;adresse2;;;;;myr3;adresse3;;; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;151454;273;comp;;deb;°CDS;814859;544;comp;;deb;°CDS;2147912;286; ;&tRNA;153050;208;comp;;;&tRNA;815826;10;comp;;;&tRNA;2148528;52; fin;°CDS;153343;;comp;;fin;°CDS;815910;;comp;;;&tRNA;2148654;72; deb;°CDS;171836;177;comp;;deb;°CDS;868515;40;;;fin;°CDS;2148800;; ;regulatory;174323;162;;;;&tRNA;869308;37;comp;;deb;°CDS;2207990;114;comp fin;°CDS;174673;;comp;;;&tRNA;869418;37;comp;;;&tRNA;2208800;106;comp deb;°CDS;211346;123;;;;&tRNA;869528;37;comp;;deb;°CDS;2208979;150;comp ;&tRNA;212456;30;comp;;;&tRNA;869638;37;comp;;;&tRNA;2209756;145;comp ;&tRNA;212561;30;comp;;;&tRNA;869748;37;comp;;fin;°CDS;2209975;; ;&tRNA;212666;30;comp;;;&tRNA;869858;242;comp;;deb;°CDS;2224025;53;comp ;&tRNA;212771;42;comp;;fin;°CDS;870173;;comp;;;ncRNA;2225644;58;comp ;&tRNA;212888;92;comp;;deb;°CDS;887776;96;;;fin;°CDS;2225810;;comp fin;°CDS;213058;;comp;;;regulatory;888352;64;;;deb;°CDS;2302059;133; deb;°CDS;294948;146;comp;;fin;°CDS;888516;;;;;regulatory;2303686;199; ;&tRNA;295481;31;comp;;deb;°CDS;900643;77;comp;;fin;°CDS;2304079;; ;&tRNA;295586;7;comp;;;regulatory;902862;75;comp;;deb;°CDS;2425634;299;comp ;&tRNA;295668;280;comp;;fin;°CDS;903026;;comp;;;&tRNA;2427196;353;comp fin;°CDS;296032;;;;deb;°CDS;1010425;95;;;fin;°CDS;2427624;; deb;°CDS;327067;115;;;;&tRNA;1011306;221;comp;;deb;°CDS;2434061;125;comp ;&tRNA;328169;466;comp;;;&tRNA;1011598;183;comp;;;&tRNA;2435179;366;comp deb;°CDS;328708;73;;;fin;°CDS;1011852;;;;fin;°CDS;2435619;; ;&tRNA;328940;90;comp;;deb;°CDS;1110980;158;comp;;deb;°CDS;2505104;88;comp ;&tRNA;329112;34;comp;;;&tRNA;1112080;47;;;;ncRNA;2506290;93; ;&tRNA;329219;39;comp;;fin;°CDS;1112207;;comp;;fin;°CDS;2506482;;comp ;&tRNA;329331;48;comp;;deb;°CDS;1113809;158;;;deb;°CDS;2561350;1073; ;&tRNA;329452;36;comp;;;$rRNA;1114432;107;comp;;;$rRNA;2564415;79; ;&tRNA;329561;129;comp;;;$rRNA;1114649;151;comp;;;&tRNA;2566012;93; fin;°CDS;329763;;;;;&tRNA;1117684;91;comp;;;&tRNA;2566179;119; deb;°CDS;353908;259;comp;;;&tRNA;1117849;80;comp;;;$rRNA;2566372;107; ;$rRNA;354644;109;comp;;;$rRNA;1118003;267;comp;;;$rRNA;2569362;279; ;$rRNA;354863;151;comp;;;$rRNA;1119788;107;comp;;fin;°CDS;2569751;; ;&tRNA;357898;91;comp;;;$rRNA;1120005;151;comp;;deb;°CDS;2640485;167;comp ;&tRNA;358063;80;comp;;;&tRNA;1123050;91;comp;;;regulatory;2641078;541;comp ;$rRNA;358217;266;comp;;;&tRNA;1123215;82;comp;;fin;°CDS;2641765;; 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fin;°CDS;542191;;comp;;deb;°CDS;1604664;112;comp;;;&tRNA;3229088;25; deb;°CDS;550792;40;comp;;;regulatory;1606846;57;comp;;;&tRNA;3229187;24; ;&tRNA;551084;40;comp;;fin;°CDS;1607085;;comp;;;&tRNA;3229285;43; ;&tRNA;551196;37;comp;;deb;°CDS;1643091;132;comp;;fin;°CDS;3229402;;comp ;&tRNA;551305;38;comp;;;&tRNA;1644612;186;;;deb;°CDS;3299472;99; ;&tRNA;551415;38;comp;;;&tRNA;1644880;314;;;;tmRNA;3300558;220;comp ;&tRNA;551525;38;comp;;fin;°CDS;1645276;;;;fin;°CDS;3301177;; ;&tRNA;551635;75;comp;;deb;°CDS;1721814;66;;;deb;°CDS;3394869;90;comp fin;°CDS;551782;;comp;;;&tRNA;1722756;51;comp;;;&tRNA;3395184;215;comp deb;°CDS;571079;165;comp;;fin;°CDS;1722878;;comp;;fin;°CDS;3395484;;comp ;$rRNA;574481;109;comp;;deb;°CDS;1738209;186;comp;;deb;°CDS;3457542;150; ;$rRNA;574700;119;comp;;;&tRNA;1739220;24;comp;;;&tRNA;3458511;49; ;&tRNA;577703;91;comp;;;&tRNA;1739318;69;comp;;;&tRNA;3458644;51; ;&tRNA;577868;81;comp;;fin;°CDS;1739464;;comp;;;&tRNA;3458776;44; ;$rRNA;578023;265;comp;;deb;°CDS;1924596;-38;;;;&tRNA;3458901;312; 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deb;°CDS;783008;332;comp;;;&tRNA;2085438;91;;;deb;°CDS;4054689;76; ;&tRNA;783784;113;;;;&tRNA;2085603;151;;;;ncRNA;4055338;275;comp fin;°CDS;783970;;comp;;;$rRNA;2085828;108;;;fin;°CDS;4055928;; ;;;;;;;$rRNA;2088820;156;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;2089086;;;;;;;; </pre> ====myr intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_tRNA|myr intercalaires tRNA]] <pre> myr intercalaires tRNA;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;;;; ;;;;;;;deb;fin;continu;cumuls ;;;273;;208;;;;; ;30*3 42;comp’;123;;92;;16;10;'''deb; ;31 7;;146;comp’;280;;20;32;<201;18 ;;comp’;115;comp’;466;;40;51;total;26 ;90 34 39 48 36;comp’;73;comp’;129;;54;60;%;69% ;36 41 42 41;;144;;81;;58;61;; ;;;209;;32;;76;69;'''fin; ;40 37 38*3;;40;;75;;79;72;<201;15 ;;;16;;60;;85;75;total;22 ;20 30;;58;;93;;90;81;%;68% ;;;76;;96;;90;88;; ;;comp’;332;comp’;113;;108;92;'''total; ;;;54;;10;;114;93;<201;33 ;37*5;comp’;40;;242;;125;96;total;48 ;221;comp’;95;comp’;183;;144;106;%;69% ;;comp’;158;comp’;47;;146;147;; ;;;;comp’;90;;150;201;; ;;comp’;104;;88;;150;208;; ;373;;85;comp’;593;;186;215;; ;151 202;;635;comp’;169;;209;220;; ;186;comp’;132;;314;;235;242;; ;;comp’;66;;51;;273;294;; ;24;;186;;69;;286;314;; ;341;comp’;-38;comp’;381;;299;-;; ;;comp’;125;;147;;497;-;; ;9;;108;;201;;595;-;; ;35 26;comp’;128;comp’;100;;635;-;'''comp’;'''cumuls ;52;;286;;72;;'''-38;39;'''deb; ;;;114;;106;;40;43;<201;12 ;;;150;comp’;145;;66;47;total;13 ;;;299;comp’;353;;73;90;%;92% ;;;125;comp’;366;;95;100;; ;;;235;comp’;497;;104;113;'''fin; ;22*4;;20;;294;;115;129;<201;10 ;;;497;;61;;123;145;total;18 ;26 25 24;;79;comp’;43;;125;169;%;56% ;;;90;;220;;128;183;; ;;;90;;215;;132;280;'''total; ;49 51 44;;150;comp’;312;;158;312;<201;22 ;83;;595;comp’;39;;332;353;total;31 ;;;;;;;_;366;%;71% ;;;;;;;_;381;; ;;;;;;;_;466;; ;;;;;;;_;497;; ;;;;;;;_;593;; ;;deb;fin;total;;;;;; ;<201;30;25;55;;;;;; ;total;39;40;79;;;;;; ;taux;77%;63%;70%;;;;;; </pre> ===fps=== ====fps opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_opérons|fps opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Flav_psyc_JIP02_86/flavPsyc-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009613.3;fps;;genome;;;;;;;; 32.4%GC;14.8.19 Paris;16s 6;49;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Flavobacterium psychrophilum JIP02/86;;;;;;;;;;; ;3517..4200;;CDS;;43;43;;;228;; comp;4244..4317;;tgc;;104;104;;;;; comp;4422..4781;;CDS;;;;;;120;; ;;;;;;;;;;; ;113561..114154;;CDS;;107;107;;;198;; comp;114262..114335;;aac;;147;147;;;;; comp;114483..115817;;CDS;;;;;;445;; ;;;;;;;;;;; comp;190346..191287;;CDS;;175;175;;;314;; ;191463..191545;;ttg;@1;290;;*290;;;; comp;191836..191920;;cta;;132;132;;;;; ;192053..193441;;CDS;;;;;;463;; ;;;;;;;;;;; comp;295744..295950;;CDS;;179;179;;;69;; comp;296130..296203;;atgi;;86;86;;;;; comp;296290..296694;;CDS;;;;;;135;; ;;;;;;;;;;; comp;318122..319414;;CDS;;896;*896;;;431;; comp;320311..320387;;gac;;86;86;;;;; comp;320474..321400;;CDS;;;;;;309;; ;;;;;;;;;;; comp;371118..374348;;CDS;;154;154;;;1077;; ;374503..374576;;caa;;47;47;;;;; comp;374624..375631;;CDS;;;;;;336;; ;;;;;;;;;;; comp;464114..466717;;CDS;;125;125;;;868;; 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;;;;;;;;;;; ;852715..853170;;CDS;;128;128;;;152;; comp;853299..853375;;cac;;75;75;;;;; comp;853451..854167;;CDS;;;;;;239;; ;;;;;;;;;;; ;897041..897184;;CDS;;75;75;;;48;; ;897260..897336;;cgt;;46;46;;;;; ;897383..897955;;CDS;;;;;;191;; ;;;;;;;;;;; comp;982868..984043;;CDS;;254;254;;;392;; ;984298..984384;;agc;;15;;15;;;; ;984400..984477;;cca;;30;;30;;;; ;984508..984584;;aga;;93;93;;;;; ;984678..985880;;CDS;;;;;;401;; ;;;;;;;;;;; comp;1110660..1112606;;CDS;;1082;*1082;;;649;; ;1113689..1115188;;16s;;110;;;;1500;; ;1115299..1115375;;atc;;158;;;158;;; ;1115534..1115610;;gca;;213;;;;;; ;1115824..1118708;;23s;;156;;;;2885;; ;1118865..1118970;;5s;;282;282;;;106;; comp;1119253..1120218;;CDS;;;;;;322;; ;;;;;;;;;;; comp;1123344..1124324;;CDS;;-981;*-981;;;327;; comp;1123344..1124324;;rpr;@2;191;191;;;981;; comp;1124516..1124698;;rpr;;20;20;;;183;; comp;1124719..1124862;;rpr;;289;289;;;144;; comp;1125152..1125229;;gta;;82;82;;;;; comp;1125312..1125686;;CDS;;;;;;125;; ;;;;;;;;;;; ;1285199..1285477;;CDS;;148;148;;;93;; ;1285626..1285710;;tac;;473;*473;;;;; ;1286184..1286810;;CDS;;;;;;209;; ;;;;;;;;;;; ;1309373..1310833;;CDS;;1079;*1079;;;487;; comp;1311913..1312018;;5s;;156;;;;106;; comp;1312175..1315059;;23s;;213;;;;2885;; comp;1315273..1315349;;gca;;158;;;158;;; comp;1315508..1315584;;atc;;110;;;;;; comp;1315695..1317194;;16s;;1276;*1276;;;1500;; ;1318471..1319160;;CDS;;;;;;230;; ;;;;;;;;;;; comp;1395138..1395728;;CDS;;73;73;;;197;; comp;1395802..1396536;;rpr;;93;93;;;735;; comp;1396630..1397052;;rpr;;248;248;;;423;; comp;1397301..1397388;;tca;;135;135;;;;; comp;1397524..1398660;;CDS;;;;;;379;; ;;;;;;;;;;; comp;1622342..1622755;;CDS;;100;100;;;138;; comp;1622856..1622929;;aca;;79;79;;;;; comp;1623009..1623275;;CDS;;;;;;89;; ;;;;;;;;;;; comp;1815453..1816334;;CDS;;239;239;;;294;; ;1816574..1816649;;atgf;+;31;;31;;;; ;1816681..1816756;;atgf;2 atgf;591;*591;;;;; ;1817348..1817794;;CDS;;;;;;149;; ;;;;;;;;;;; ;1859580..1860149;;CDS;;305;305;;;190;; comp;1860455..1860531;;atgj;;143;143;;;;; ;1860675..1861067;;CDS;;;;;;131;; ;;;;;;;;;;; comp;1904719..1905537;;CDS;;26;26;;;273;; comp;1905564..1905637;;cga;;70;70;;;;; comp;1905708..1906157;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; ;1995546..1996253;;CDS;;35;35;;;236;; comp;1996289..1996361;;gga;;281;281;;;;; ;1996643..1997074;;CDS;;;;;;144;; ;;;;;;;;;;; ;2088032..2088418;;CDS;;105;105;;;129;; ;2088524..2089369;;rpr;;116;;;;846;; comp;2089486..2089591;;5s;;156;;;;106;; comp;2089748..2092632;;23s;;213;;;;2885;; comp;2092846..2092922;;gca;;158;;;158;;; comp;2093081..2093157;;atc;;110;;;;;; comp;2093268..2094767;;16s;;1570;*1570;;;1500;; comp;2096338..2099241;;CDS;;;;;;968;; ;;;;;;;;;;; ;2182840..2185440;;CDS;;138;138;;;867;; ;2185579..2185654;;ggc;;40;;40;;;; ;2185695..2185782;;tta;;93;93;;;;; comp;2185876..2190132;;CDS;;;;;;1419;; ;;;;;;;;;;; comp;2295987..2296184;;CDS;;14;14;;;66;; comp;2296199..2296272;;tgg;;61;61;;;;; comp;2296334..2297521;;CDS;;55;55;;;396;; comp;2297577..2297651;;acc;;83;;*83;;;; comp;2297735..2297818;;tac;;138;;*138;;;; comp;2297957..2298033;;aca;;90;90;;;;; comp;2298124..2298426;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; ;2506720..2507055;;CDS;;288;288;;;112;; comp;2507344..2507449;;5s;;156;;;;106;; comp;2507606..2510490;;23s;;213;;;;2885;; comp;2510704..2510780;;gca;;158;;;158;;; comp;2510939..2511015;;atc;;110;;;;;; comp;2511126..2512625;;16s;;1010;*1010;;;1500;; comp;2513636..2514889;;CDS;;;;;;418;; ;;;;;;;;;;; ;2632307..2633335;;CDS;;53;53;;;343;; ;2633389..2633476;;tcc;;246;246;;;;; ;2633723..2634982;;CDS;;;;;;420;; ;;;;;;;;;;; comp;2752993..2753322;;CDS;;64;64;;;110;; ;2753387..2753463;;gcc;;105;105;;;;; comp;2753569..2757033;;CDS;;;;;;1155;; ;;;;;;;;;;; comp;2800796..2801521;;CDS;;98;98;;;242;; ;2801620..2801695;;ttc;;299;299;;;;; comp;2801995..2802723;;gene;@3;406;*406;;;243;; comp;2803130..2803444;;CDS;;;;;;105;; </pre> ====fps cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_cumuls|fps cumuls]] <pre> fps cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;6;1;0;;1;1;1;;100;6;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;1;;50;7;20;;200;19;60;1 ;16 atc gca;6;40;6;;100;20;40;;300;12;90;4 ;16 23 5s a;0;60;0;;150;13;60;;400;10;120;6 ;max a;2;80;0;;200;6;80;;500;10;150;8 ;a doubles;0;100;1;;250;5;100;;600;1;180;2 ;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;1;210;5 ;total aas;12;140;1;;350;2;140;;800;0;240;5 sans ;opérons;26;160;0;6;400;0;160;;900;2;270;4 ;1 aa;19;180;0;;450;1;180;;1000;1;300;2 ;max a;3;200;0;;500;1;200;;1100;1;330;4 ;a doubles;3;;1;;;10;;;;2;;24 ;total aas;37;;10;6;;72;;0;;65;;65 total aas;;49;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;72;158;;257;;;;333;; ;;;variance;85;0;;374;;;;276;; sans jaune;;;moyenne;30;;;135;;;;246;;181 ;;;variance;9;;;82;;;;126;;78 </pre> ====fps blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_blocs|fps blocs]] <pre> fps blocs;;;;;; CDS;1042;226;1149;84;1082;649 16s;110;1500;110;1500;110;1500 atc;158;;158;;158; gca;213;;213;;213; 23s;156;2885;156;2885;156;2885 5s;204;106;931;106;282;106 CDS;;251;;599;;322 ;;;;;; ;;;105;129;; CDS;1079;487;116;846;288;112 5s;156;106;156;106;156;106 23s;213;2885;213;2885;213;2885 gca;158;;158;;158; atc;110;;110;;110; 16s;1276;1500;1570;1500;1010;1500 CDS;;230;;968;;418 </pre> ====fps remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_remarques|fps remarques]] *code génétique fps <pre> fps;;;;;;;49 atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;6;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;6;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====fps données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_données_intercalaires|fps données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;fps;fx;fc;fps;fx40;fc40;fps;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;7;12;0;7;12;-1;0;60;104;46;16s tRNA;; ;0;10;18;323;1;0;60;-2;1;0;147;107;6* 105;;atc ;1;20;9;108;2;5;50;-3;0;0;86;175;tRNA 23s;; ;1;30;17;53;3;2;38;-4;22;46;899;132;6* 214;;gca 1;0;40;13;77;4;0;29;-5;0;0;86;133;tRNA tRNA;;intra 2;1;50;11;76;5;1;33;-6;2;0;128;151;6* 161;;atc gca ;2;60;23;65;6;2;31;-7;0;3;91;50;tRNA tRNA;; 1;2;70;16;67;7;2;17;-8;0;28;165;163;-;296;ttg ;3;80;25;79;8;2;16;-9;3;0;81;312;**;;cta ;5;90;24;72;9;1;18;-10;0;3;75;128;43;;ctc 2;2;100;32;56;10;3;31;-11;2;17;75;210;26;;aaa 2;1;110;29;50;11;2;14;-12;2;0;49;131;**;;aaa ;0;120;14;46;12;3;14;-13;1;3;96;254;31;;gaa 1;1;130;19;31;13;0;11;-14;1;14;456;239;**;;gaa 3;2;140;13;28;14;1;11;-15;0;0;82;308;15;;agc 1;2;150;15;35;15;1;15;-16;0;1;148;143;33;;cca 1;0;160;16;37;16;0;6;-17;1;10;476;35;**;;aga 1;1;170;20;34;17;0;14;-18;1;0;248;281;34;;atgf 1;0;180;13;23;18;1;7;-19;1;2;135;96;**;;atgf ;0;190;13;25;19;1;5;-20;1;3;259;64;43;;ggc ;0;200;13;13;20;0;11;-21;0;0;79;108;**;;tta 1;0;210;7;19;21;2;4;-22;0;0;594;98;86;;acc ;0;220;6;12;22;6;8;-23;0;4;26;302;141;;tac ;0;230;12;19;23;0;5;-24;0;0;70;;**;;aca 1;0;240;5;17;24;1;9;-25;0;0;138;;;; ;2;250;8;17;25;2;3;-26;0;4;17;;;; 1;1;260;7;9;26;2;9;-27;1;0;61;;;; ;0;270;5;14;27;0;4;-28;0;1;58;;;; ;0;280;6;14;28;0;2;-29;1;1;90;;;; 1;0;290;6;12;29;1;2;-30;1;0;53;;;; ;0;300;10;13;30;3;7;-31;0;1;249;;;; 2;0;310;8;12;31;1;10;-32;0;1;CDS 16s;;;; 1;0;320;9;10;32;0;11;-33;0;0;1035;1075;;; ;0;330;10;12;33;0;9;-34;1;0;1142;1269;;; ;0;340;5;10;34;2;5;-35;0;2;1563;;;; ;0;350;4;5;35;1;5;-36;0;0;1003;;;; ;0;360;1;7;36;4;6;-37;0;0;23s 5s;;;; ;0;370;3;3;37;0;1;-38;0;0;6* 154;;;; ;0;380;5;4;38;3;5;-39;0;0;5s CDS;;;; ;0;390;5;3;39;0;8;-40;0;1;202;268;;; ;0;400;3;2;40;2;17;-41;0;0;;280;;; ;4;reste;74;101;reste;495;1052;-42;0;0;;268;;; 23;31;total;559;1625;total;559;1625;-43;0;0;;114;;; 23;27;diagr;478;1512;diagr;57;561;-44;0;0;;286;;; 0;2; t30;44;484;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;552;42;7;601;;;-49;0;0;;;;; ;c;1613;209;12;1834;;;-50;0;1;;;;; ;;;;;2435;115;;reste;0;3;;;;; ;;;;;;2550;;total;42;209;;;;; </pre> =====fps autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_autres_intercalaires_aas|fps autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;fps;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;3517;4200;46;*; ;comp;tRNA;4247;4317;104;*;tga fin;comp;CDS;4422;4781;;0; deb;;CDS;113561;114154;107;*; ;comp;tRNA;114262;114335;147;*;aac fin;comp;CDS;114483;115817;;; deb;comp;CDS;190346;191287;175;*; ;;tRNA;191463;191542;296;*;ttg ;comp;tRNA;191839;191920;132;*;cta fin;;CDS;192053;193441;;; deb;;CDS;295793;295996;133;*; ;comp;tRNA;296130;296203;86;*;atgi fin;comp;CDS;296290;296694;;0; deb;comp;CDS;318122;319414;899;*; ;comp;tRNA;320314;320387;86;*;gac fin;comp;CDS;320474;321400;;; deb;comp;CDS;371118;374351;151;*; ;;tRNA;374503;374573;50;*;caa fin;comp;CDS;374624;375631;;0; deb;comp;CDS;431782;433344;51;*; ;comp;ncRNA;433396;433502;51;*; fin;comp;CDS;433554;433847;;; deb;comp;CDS;464114;466717;128;*; ;comp;tRNA;466846;466920;163;*;cca fin;;CDS;467084;468346;;0; deb;;CDS;507944;508621;1035;*; ;;rRNA;509657;511168;105;*;1512 ;;tRNA;511274;511347;161;*;atc ;;tRNA;511509;511582;214;*;gca ;;rRNA;511797;514683;154;*;2887 ;;rRNA;514838;514947;202;*;110 fin;;CDS;515150;515902;;; deb;;CDS;586281;586805;94;*; ;;regulatory;586900;587164;29;*; fin;;CDS;587194;589056;;; deb;;CDS;596537;597679;312;*; ;comp;tRNA;597992;598074;43;*;ctc ;comp;tRNA;598118;598190;26;*;aaa ;comp;tRNA;598217;598289;128;*;aaa fin;;CDS;598418;598936;;1; deb;;CDS;642117;643595;91;*; ;;tRNA;643687;643758;31;*;gaa ;;tRNA;643790;643861;165;*;gaa deb;;CDS;644027;644278;1142;*; ;;rRNA;645421;646932;105;*;1512 ;;tRNA;647038;647111;161;*;atc ;;tRNA;647273;647346;214;*;gca ;;rRNA;647561;650447;154;*;2887 ;;rRNA;650602;650711;268;*;110 fin;comp;CDS;650980;651266;;0; deb;;CDS;659297;660505;37;*; ;;tmRNA;660543;660939;63;*; fin;comp;CDS;661003;661833;;; deb;;CDS;726614;727399;210;*; ;comp;tRNA;727610;727684;81;*;gta fin;comp;CDS;727766;728980;;0; deb;;CDS;852715;853170;131;*; ;comp;tRNA;853302;853375;75;*;cac fin;comp;CDS;853451;854167;;0; deb;;CDS;897041;897184;75;*; ;;tRNA;897260;897333;49;*;cgt fin;;CDS;897383;897955;;0; deb;comp;CDS;982868;984043;254;*; ;;tRNA;984298;984384;15;*;agc ;;tRNA;984400;984474;33;*;cca ;;tRNA;984508;984581;96;*;aga fin;;CDS;984678;985880;;1; deb;comp;CDS;1110660;1112606;1075;*; ;;rRNA;1113682;1115193;105;*;1512 ;;tRNA;1115299;1115372;161;*;atc ;;tRNA;1115534;1115607;214;*;gca ;;rRNA;1115822;1118708;154;*;2887 ;;rRNA;1118863;1118972;280;*;110 fin;comp;CDS;1119253;1120218;;; deb;comp;CDS;1124516;1124698;456;*; ;comp;tRNA;1125155;1125229;82;*;gta fin;comp;CDS;1125312;1125686;;; deb;comp;CDS;1141104;1142156;88;*; ;;ncRNA;1142245;1142342;13;*; fin;;CDS;1142356;1142553;;; deb;;CDS;1285061;1285477;148;*; ;;tRNA;1285626;1285707;476;*;tac fin;;CDS;1286184;1286810;;; deb;;CDS;1311356;1311642;268;*; ;comp;rRNA;1311911;1312020;154;*;110 ;comp;rRNA;1312175;1315061;214;*;2887 ;comp;tRNA;1315276;1315349;161;*;gca ;comp;tRNA;1315511;1315584;105;*;atc ;comp;rRNA;1315690;1317201;1269;*;1512 deb;;CDS;1318471;1319160;0;*; ;comp;ncRNA;1319161;1319480;341;*; fin;;CDS;1319822;1323886;;; deb;;CDS;1325084;1325431;419;*; ;;repeat_region;1325851;1326881;279;*; fin;comp;CDS;1327161;1328027;;0; deb;comp;CDS;1395802;1397052;248;*; ;comp;tRNA;1397301;1397388;135;*;tca fin;comp;CDS;1397524;1398660;;; deb;comp;CDS;1622342;1622596;259;*; ;comp;tRNA;1622856;1622929;79;*;aca fin;comp;CDS;1623009;1623275;;; deb;comp;CDS;1815453;1816334;239;*; ;;tRNA;1816574;1816646;34;*;atgf ;;tRNA;1816681;1816753;594;*;atgf fin;;CDS;1817348;1817794;;; deb;;CDS;1859580;1860149;308;*; ;comp;tRNA;1860458;1860531;143;*;atgj fin;;CDS;1860675;1861067;;; deb;comp;CDS;1904719;1905537;26;*; ;comp;tRNA;1905564;1905637;70;*;cga fin;comp;CDS;1905708;1906157;;; deb;;CDS;1995546;1996253;35;*; ;comp;tRNA;1996289;1996361;281;*;gga fin;;CDS;1996643;1997074;;; deb;;CDS;2088524;2089369;114;*; ;comp;rRNA;2089484;2089593;154;*;110 ;comp;rRNA;2089748;2092634;214;*;2887 ;comp;tRNA;2092849;2092922;161;*;gca ;comp;tRNA;2093084;2093157;105;*;atc ;comp;rRNA;2093263;2094774;1563;*;1512 fin;comp;CDS;2096338;2099241;;; deb;comp;CDS;2145831;2146037;66;*; ;comp;regulatory;2146104;2146199;493;*; fin;comp;CDS;2146693;2148675;;; deb;;CDS;2182840;2185440;138;*; ;;tRNA;2185579;2185651;43;*;ggc ;;tRNA;2185695;2185779;96;*;tta fin;comp;CDS;2185876;2190132;;; deb;comp;CDS;2295987;2296184;17;*; ;comp;tRNA;2296202;2296272;61;*;tgg deb;comp;CDS;2296334;2297521;58;*; ;comp;tRNA;2297580;2297651;86;*;acc ;comp;tRNA;2297738;2297818;141;*;tac ;comp;tRNA;2297960;2298033;90;*;aca fin;comp;CDS;2298124;2298426;;; deb;;CDS;2506720;2507055;286;*; ;comp;rRNA;2507342;2507451;154;*;110 ;comp;rRNA;2507606;2510492;214;*;2887 ;comp;tRNA;2510707;2510780;161;*;gca ;comp;tRNA;2510942;2511015;105;*;atc ;comp;rRNA;2511121;2512632;1003;*;1512 fin;comp;CDS;2513636;2514889;;0; deb;;CDS;2632307;2633335;53;*; ;;tRNA;2633389;2633473;249;*;tcc fin;;CDS;2633723;2634982;;; deb;comp;CDS;2752993;2753322;64;*; ;;tRNA;2753387;2753460;108;*;gcc fin;comp;CDS;2753569;2757033;;; deb;comp;CDS;2800796;2801521;98;*; ;;tRNA;2801620;2801692;302;*;ttc fin;comp;CDS;2801995;2802585;;; </pre> ====fps distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_distribution|fps distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;; </pre> ===bacteroide synthèse=== ====bacteroide distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_génome|bacteroide distribution par génome]] <pre> bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total myr;11;16;;;1;16;57;;101 fps;11;20;;;;12;6;;49 total;22;36;0;0;1;28;63;0;150 </pre> ====bacteroide distribution du total==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_du_total|bacteroide distribution du total]] <pre> bact2;;;;;;;150 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2 atc;14;acc;2;aac;3;agc;3 ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3 gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4 cta;3;cca;6;caa;3;cga;2 gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;85;36;;;1 -16s tac;28;150 </pre> ====bacteroide distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_type|bacteroide distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> bact2;;;;;;;150;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc; atc;14;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2 cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====bacteroide par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacteroide par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;3;2;0;;;;5; 16;moyen;16;10;12;;;28;66; 14;fort;17;10;51;;;1;79; ; ;36;22;63;;;29;150; 10;g+cga;2;;;;;;2; 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;1;2;;;;;3; 5;autres;;;;;;;; ;;3;2;;;;;5; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;20;13;;;;;33;26 16;moyen;107;67;80;;;187;440;324 14;fort;113;67;340;;;7;527;650 ; ;240;147;420;;;193;150;729 10;g+cgg;13;;;;;;13;10 2;agg+cga;;;;;;;; 4;carre ccc;7;13;;;;;20;16 5;autres;;;;;;;; ;;20;13;;;;;33; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;25;17;;41;26;8;9; 16;moyen;132;83;99;314;324;44;45;19 14;fort;140;83;421;645;650;47;45;81 ; ;298;182;521;121;729;36;22;63 10;g+cgg;17;;;17;10;;; 2;agg+cga;;;;;;;; 4;carre ccc;8;17;;25;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;25;17;;41;;;; </pre> ====bacteroide, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide,_estimation_des_-rRNAs|bacteroide, estimation des -rRNAs]] <pre> bacteroide;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 29 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;29;210; ; ;;indices;;;;29;725;0;0;;bact2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;121 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2 atc;104;acc;;aac;1;agc;;;atc;359;acc;;aac;3.4;agc;;;atc;;acc;2;aac;3;agc;3 ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3.4;;ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;3.4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;8;aaa;8;aga;4 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3.4;caa;;cga;;;cta;3;cca;6;caa;3;cga;2 gta;;gca;102;gaa;;gga;;;gta;;gca;352;gaa;;gga;;;gta;9;gca;;gaa;8;gga;7 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;207;;3;;0;210;;;;714;;10;;0;725;;;;39;;77;;5;121 27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;7096;1.4;0.7;;;;;;146;7096;1.4;0.7;;bact2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;129;;atgi;105;tct;0.7;tat;0.7;atgf;129;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;250 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;0.7;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.7;cct;1.4;cat;;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;200;tcc;50;tac;350;tgc;100 atc;-64;acc;102;aac;127;agc;110;;atc;295;acc;102;aac;130;agc;110;;atc;;acc;100;aac;150;agc;150 ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;131;;ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;134;;ctc;100;ccc;;cac;250;cgt;150 gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;;gcc;50;gac;200;ggc;100 tta;112;tca;122;taa;6.2;tga;2;;tta;112;tca;125;taa;6.2;tga;2.1;;tta;200;tca;200;taa;;tga; ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;;aca;400;aaa;400;aga;200 cta;109;cca;146;caa;113;cga;42;;cta;109;cca;149;caa;113;cga;42;;cta;150;cca;300;caa;150;cga;100 gta;184;gca;-66;gaa;181;gga;141;;gta;184;gca;286;gaa;181;gga;141;;gta;450;gca;;gaa;400;gga;350 ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;150 atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;150;acg;;aag;;agg; ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;3;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;3.4;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1350;;2103;;670;4122;;;;2064;;2113;;669;4846;;;;1950;;3850;;250;6050 rapports;;65;;100;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;bact2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;53.759;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;48 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1559;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt;100 ctt;129;cct;;cat;;cgc;;;avec;218;;;10;3;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;29;;;20;4;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;36;tcc;49;tac;57;tgc;16 atc;-22;acc;100;aac;97;agc;100;;bact2;60.5;;;40;4;;;;atc;100;acc;2;aac;16;agc;27 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;97;;sans;121;;;50;4;21;;;ctc;1;ccc;100;cac;54;cgt;13 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;29;;;60;9;;;;gtc;100;gcc;40;gac;14;ggc;34 tta;100;tca;97;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;0;;;;tta;44;tca;39;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;60;aaa;54;aga;46 cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;27;cca;51;caa;25;cga;58 gta;100;gca;-23;gaa;100;gga;100;;est 12% au dessus;;;;100;18;;;;gta;59;gca;100;gaa;55;gga;60 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;100;tgg;22 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;24;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;381;;579;;99;1059 </pre> ==tenericutes== ===abra=== ====abra opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_opérons|abra opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_bras_O502/achoBras_O502-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022549.1;abra;;genome;;;;;;;; 35.8%GC;15.8.19 Paris;16s 4;45;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Acholeplasma brassicae;;;;;;;;;;; ;253257..253430;;CDS;;86;86;;;58;; ;253517..253601;;tac;;214;;;;;; ;253816..255351;;16s;;137;;;;1536;; ;255489..255565;;atc;;88;;;;;; ;255654..258507;;23s;;34;;;;2854;; ;258542..258652;;5s;;11;;;;111;; ;258664..258740;;aac;;149;;;;;; ;258890..259000;;5s;;11;;;;111;; ;259012..259088;;aac;;860;*860;;;;; ;259949..260053;;CDS;;432;;;;35;; ;260486..262021;;16s;;137;;;;1536;; ;262159..262235;;atc;;88;;;;;; ;262324..265177;;23s;;34;;;;2854;; ;265212..265322;;5s;@1;14;;;;111;; ;265337..265412;;gta;;44;;;44;;; ;265457..265532;;aca;;11;;;11;;; ;265544..265619;;aaa;;7;;;7;;; ;265627..265713;;tta;;8;;;8;;; ;265722..265797;;gca;;72;;;72;;; ;265870..265946;;atgj;;7;;;7;;; ;265954..266030;;atgi;;44;;;44;;; ;266075..266165;;tca;;8;;;8;;; ;266174..266250;;atgf;;4;;;4;;; ;266255..266330;;gac;;11;;;11;;; ;266342..266417;;ttc;;137;137;;;;; ;266555..267409;;CDS;;;;;;285;; ;;;;;;;;;;; ;582446..584125;;CDS;;49;49;;;*560;; ;584175..584260;;ctc;;170;170;;;;; ;584431..586110;;CDS;;;;;;*560;; ;;;;;;;;;;; ;625631..626317;;CDS;;84;84;;;229;; comp;626402..626476;;ggc;;66;;66;;;; comp;626543..626619;;cca;;17;;17;;;; comp;626637..626713;;cga;;13;;13;;;; comp;626727..626802;;gac;;149;149;;;;; ;626952..627599;;CDS;;;;;;216;; ;;;;;;;;;;; ;633526..634710;;CDS;;63;63;;;395;; comp;634774..634847;;acc;;76;76;;;;; ;634924..636651;;CDS;;;;;;*576;; ;;;;;;;;;;; ;755442..756548;;CDS;;64;64;;;369;; comp;756613..756688;;aag;;130;130;;;;; ;756819..757373;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; ;807788..808216;;CDS;;108;108;;;143;; ;808325..808401;;aga;;216;216;;;;; ;808618..808854;;CDS;;;;;;79;; ;;;;;;;;;;; ;829563..829871;;CDS;;155;155;;;103;; ;830027..830102;;agg;;27;27;;;;; ;830130..831458;;CDS;;;;;;443;; ;;;;;;;;;;; comp;1176200..1176799;;CDS;;398;398;;;200;; comp;1177198..1177291;;tcg;;8;;8;;;; comp;1177300..1177375;;gcc;;569;*569;;;;; comp;1177945..1179252;;CDS;;;;;;436;; ;;;;;;;;;;; ;1187918..1188148;;CDS;;382;382;;;77;; ;1188531..1188621;;tcc;;66;66;;;;; ;1188688..1189761;;CDS;;;;;;358;; ;;;;;;;;;;; comp;1194077..1194568;;CDS;;206;206;;;164;; comp;1194775..1194859;;ttg;;10;10;;;;; comp;1194870..1196045;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;1251487..1252329;;CDS;;68;68;;;281;; ;1252398..1252472;;gtc;;44;44;;;;; comp;1252517..1252873;;CDS;;;;;;119;; ;;;;;;;;;;; comp;1416224..1416484;;CDS;;301;301;;;87;; comp;1416786..1416859;;tgc;;92;92;;;;; comp;1416952..1418427;;CDS;;;;;;492;; ;;;;;;;;;;; comp;1427372..1427890;;CDS;@2;379;379;;;173;; comp;1428270..1428343;;gga;;9;;9;;;; comp;1428353..1428429;;cca;;1;;1;;;; comp;1428431..1428507;;cgt;;8;;8;;;; comp;1428516..1428591;;gaa;;73;73;;;;; comp;1428665..1429210;;CDS;;;;;;182;; ;;;;;;;;;;; comp;1431948..1432259;;CDS;;96;96;;;104;; comp;1432356..1432432;;aac;;11;;;;;; comp;1432444..1432554;;5s;;34;;;;111;; comp;1432589..1435442;;23s;;158;;;;2854;; comp;1435601..1437135;;16s;;432;;;;1535;; comp;1437568..1437672;;CDS;;860;*860;;;35;; comp;1438533..1438609;;aac;;11;;;;;; comp;1438621..1438731;;5s;@3;149;;;;111;; comp;1438881..1438957;;aac;;11;;;;;; comp;1438969..1439079;;5s;;34;;;;111;; comp;1439114..1441967;;23s;;159;;;;2854;; comp;1442127..1443662;;16s;;431;*431;;;1536;; comp;1444094..1444624;;CDS;;;;;;177;; ;;;;;;;;;;; comp;1532381..1533052;;CDS;;262;262;;;224;; comp;1533315..1533399;;cta;;46;46;;;;; comp;1533446..1535560;;CDS;;;;;;*705;; ;;;;;;;;;;; comp;1540295..1540534;;CDS;;171;171;;;80;; comp;1540706..1540780;;tgg;;47;47;;;;; comp;1540828..1541754;;CDS;;137;137;;;;; ;1541892..1541967;;cac;;63;;63;;;; ;1542031..1542104;;caa;;37;37;;;;; comp;1542142..1542357;;CDS;;;;;;72;; ;;;;;;;;;;; comp;1716869..1717186;;CDS;;854;*854;;;106;; comp;1718041..1718116;;acg;;87;87;;;;; comp;1718204..1718947;;CDS;;;;;;248;; ;;;;;;;;;;; comp;1742909..1743664;;CDS;;487;*487;;;252;; comp;1744152..1744227;;gaa;;109;109;;;;; comp;1744337..1744720;;CDS;;;;;;128;; ;;;;;;;;;;; comp;1747424..1747726;;CDS;;100;100;;;101;; comp;1747827..1747919;;agc;;102;102;;;;; comp;1748022..1750199;;CDS;;;;;;*726;; </pre> ====abra cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_cumuls|abra cumuls]] <pre> abra cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;4;1;1;0;1;0;1;;100;8;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;5;7;50;7;20;;200;13;60;3 ;16 atc 235 a;2;40;0;0;100;12;40;;300;7;90;5 ;16 23 5s a;2;60;0;2;150;7;60;;400;4;120;5 ;max a;12;80;2;1;200;3;80;;500;3;150;2 ;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;3;180;3 ;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;0;210;3 ;total aas;19;140;0;0;350;1;140;;800;2;240;3 sans ;opérons;18;160;0;0;400;3;160;;900;0;270;2 ;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;;1000;0;300;2 ;max a;4;200;0;0;500;1;200;;1100;0;330;0 ;a doubles;0;;0;0;;4;;;;0;;12 ;total aas;26;;8;10;;42;;0;;40;;40 total aas;;45;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;209;;;;254;; ;;;variance;;;;226;;;;187;; sans jaune;;;moyenne;23;22;;131;;;;201;;148 ;;;variance;26;23;;101;;;;127;;74 </pre> ====abra blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_blocs|abra blocs]] <pre> abra blocs;; CDS;86;58 tac;214; 16s;137;1536 atc;88; 23s;34;2854 5s;11;111 aac;149; 5s;11;111 aac;860; CDS;432;35 16s;137;1536 atc;88; 23s;34;2854 5s;14;111 gta;44; ;; CDS;96;104 aac;11; 5s;34;111 23s;158;2854 16s;432;1535 CDS;860;35 aac;11; 5s;149;111 aac;11; 5s;34;111 23s;159;2854 16s;431;1536 CDS;;177 </pre> ====abra remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_remarques|abra remarques]] *code génétique abra <pre> abra;;;;;;;45 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;5;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====abra distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_distribution|abra distribution]] *code génétique abra <pre> tenericutes;sans rRNA;>1 aas 12;1aas ;avant 16s;après 5s;après 16s; abra;;gac gaa;14;1;16;2;45 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;5;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====abra données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_données_intercalaires|abra données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abra;fx;fc;abra;fx40;fc40;abra;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;68;86;84;tRNA 16s;; ;1;10;5;208;1;0;58;-2;0;0;860;149;215;;tac ;0;20;9;127;2;1;40;-3;0;0;140;63;16s tRNA;; ;1;30;10;51;3;1;21;-4;2;141;49;76;2* 145;;atc ;0;40;17;34;4;0;29;-5;0;2;170;64;tRNA 23s;; 1;3;50;19;35;5;0;7;-6;0;0;108;130;2* 89;;atc ;0;60;18;31;6;0;6;-7;0;1;216;68;5s tRNA;; 3;1;70;15;42;7;0;4;-8;0;70;155;44;5* 11;;aac 1;1;80;15;34;8;0;15;-9;1;0;27;137;14;;gta 1;2;90;9;32;9;2;16;-10;0;3;434;714;tRNA 5s;; ;3;100;10;23;10;1;12;-11;0;34;569;;2* 149;;aac ;3;110;8;35;11;0;19;-12;1;0;382;;tRNA tRNA;;contig ;0;120;16;29;12;1;33;-13;0;1;66;;44;;gta 1;0;130;12;31;13;0;13;-14;1;24;206;;11;;aca 1;1;140;7;24;14;3;11;-15;0;0;10;;7;;aaa 1;0;150;10;30;15;1;13;-16;0;1;301;;8;;tta ;1;160;10;26;16;0;7;-17;1;16;92;;72;;gca ;1;170;2;13;17;1;6;-18;0;0;415;;7;;atgj ;1;180;8;14;18;0;11;-19;0;1;73;;44;;atgi ;0;190;9;14;19;1;7;-20;0;12;96;;8;;tca ;0;200;4;9;20;2;7;-21;0;0;860;;4;;atgf ;1;210;4;7;21;2;5;-22;0;1;262;;11;;gac ;1;220;3;13;22;0;7;-23;0;6;46;;**;;ttc ;0;230;2;8;23;1;14;-24;1;0;171;;tRNA tRNA;; ;0;240;7;3;24;2;4;-25;0;1;47;;66;;ggc ;0;250;1;6;25;0;5;-26;1;4;854;;17;;cca ;0;260;3;8;26;2;5;-27;0;0;87;;13;;cga ;1;270;3;7;27;2;3;-28;0;0;493;;**;;gac ;0;280;2;6;28;1;1;-29;0;1;109;;8;;tcg ;0;290;1;3;29;0;3;-30;0;0;100;;**;;gcc ;0;300;4;1;30;0;4;-31;0;1;CDS 16s;;9;;gga ;1;310;0;1;31;0;4;-32;0;1;433;;1;;cca ;0;320;2;8;32;2;6;-33;0;0;433;;8;;cgt ;0;330;2;2;33;1;3;-34;0;0;432;;**;;gaa ;0;340;0;1;34;3;1;-35;0;2;16s 23s;;63;;cac ;0;350;2;1;35;1;3;-36;0;0;167;;**;;caa ;0;360;2;2;36;3;6;-37;0;0;168;;;; ;0;370;0;6;37;2;4;-38;0;2;23s 5s;;;; ;0;380;1;4;38;3;3;-39;0;0;4* 35;;;; ;1;390;0;4;39;1;2;-40;0;0;;;;; ;0;400;4;1;40;1;2;-41;0;0;;;;; 1;7;reste;14;33;reste;229;547;-42;0;0;;;;; 10;31;total;271;979;total;271;979;-43;0;0;;;;; 9;24;diagr;256;934;diagr;41;420;-44;0;0;;;;; 0;2; t30;24;386;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;270;8;1;279;;;-49;0;1;;;;; ;c;967;409;12;1388;;;-50;0;1;;;;; ;;;;;1667;128;;reste;0;13;;;;; ;;;;;;1795;;total;8;409;;;;; </pre> =====abra autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires_aas|abra autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abra;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;6032;39;; ;misc_binding;8642;66;; fin;CDS;8909;;; deb;CDS;58474;199;; ;misc_binding;59219;96;; fin;CDS;59565;;; deb;CDS;175843;64;; ;regulatory;176513;67;; fin;CDS;176678;;; deb;CDS;226433;115;; ;regulatory;226962;128;; fin;CDS;227191;;; deb;CDS;241700;14;; ;ncRNA;242173;222;; fin;CDS;242490;;; deb;CDS;253260;86;; ;tRNA;253517;215;;tac ;rRNA;253817;145;;16s ;tRNA;255489;89;;atc ;rRNA;255655;35;;23s ;rRNA;258542;11;;5s ;tRNA;258664;149;;aac ;rRNA;258890;11;;5s ;tRNA;259012;860;;aac deb;CDS;259949;433;; ;rRNA;260487;145;;16s ;tRNA;262159;89;;atc ;rRNA;262325;35;;23s ;rRNA;265212;14;;5s ;tRNA;265337;44;;gta ;tRNA;265457;11;;aca ;tRNA;265544;7;;aaa ;tRNA;265627;8;;tta ;tRNA;265722;72;;gca ;tRNA;265870;7;;atgj ;tRNA;265954;44;;atgi ;tRNA;266075;8;;tca ;tRNA;266174;4;;atgf ;tRNA;266255;11;;gac ;tRNA;266342;140;;ttc fin;CDS;266558;;; deb;CDS;296513;98;; ;misc_binding;297466;30;; fin;CDS;297705;;; deb;CDS;326721;0;; ;misc_feature;327414;18;; fin;CDS;327552;;; deb;CDS;574175;-5;; ;misc_binding;574941;43;; fin;CDS;575188;;; deb;CDS;582446;49;; ;tRNA;584175;170;;ctc fin;CDS;584431;;; deb;CDS;625631;84;; ;tRNA;626402;66;comp;ggc ;tRNA;626543;17;comp;cca ;tRNA;626637;13;comp;cga ;tRNA;626727;149;comp;gac fin;CDS;626952;;; deb;CDS;633550;63;; ;tRNA;634774;76;comp;acc fin;CDS;634924;;; deb;CDS;690994;64;; ;regulatory;692351;55;; fin;CDS;692502;;; deb;CDS;755442;64;; ;tRNA;756613;130;comp;aag fin;CDS;756819;;; deb;CDS;807788;108;; ;tRNA;808325;216;;aga fin;CDS;808618;;; deb;CDS;818257;29;comp; ;ncRNA;818478;-2;comp; fin;CDS;818548;;comp; deb;CDS;829563;155;; ;tRNA;830027;27;;agg fin;CDS;830130;;; deb;CDS;862237;104;; ;regulatory;863109;46;; fin;CDS;863253;;; deb;CDS;951162;56;; ;misc_feature;951899;10;; fin;CDS;952033;;; deb;CDS;979156;92;; ;ncRNA;980211;41;comp; fin;CDS;980585;;comp; deb;CDS;1000286;45;comp; ;misc_binding;1000883;36;comp; fin;CDS;1001128;;comp; deb;CDS;1033802;48;comp; ;regulatory;1034516;41;comp; ;regulatory;1034632;43;comp; fin;CDS;1034750;;comp; deb;CDS;1043459;55;comp; ;regulatory;1044225;61;comp; fin;CDS;1044360;;comp; deb;CDS;1055719;197;comp; ;misc_binding;1056720;146;comp; fin;CDS;1057073;;; deb;CDS;1125033;53;comp; ;misc_binding;1127681;34;comp; fin;CDS;1127899;;comp; deb;CDS;1135303;71;comp; ;regulatory;1136025;48;comp; fin;CDS;1136190;;comp; deb;CDS;1176200;434;comp; ;tRNA;1177198;8;comp;tcg ;tRNA;1177300;569;comp;gcc fin;CDS;1177945;;comp; deb;CDS;1187918;382;; ;tRNA;1188531;66;;tcc fin;CDS;1188688;;; deb;CDS;1194077;206;comp; ;tRNA;1194775;10;comp;ttg fin;CDS;1194870;;comp; deb;CDS;1221355;217;comp; ;tmRNA;1222634;262;; fin;CDS;1223244;;; deb;CDS;1251487;68;comp; ;tRNA;1252398;44;;gtc fin;CDS;1252517;;comp; deb;CDS;1416224;301;comp; ;tRNA;1416786;92;comp;tgc fin;CDS;1416952;;comp; deb;CDS;1427372;415;comp; ;tRNA;1428270;9;comp;gga ;tRNA;1428353;1;comp;cca ;tRNA;1428431;8;comp;cgt ;tRNA;1428516;73;comp;gaa fin;CDS;1428665;;comp; deb;CDS;1431948;96;comp; ;tRNA;1432356;11;comp;aac ;rRNA;1432444;35;comp;5s ;rRNA;1432590;167;comp;23s ;rRNA;1435609;433;comp;16s deb;CDS;1437568;860;comp; ;tRNA;1438533;11;comp;aac ;rRNA;1438621;149;comp;5s ;tRNA;1438881;11;comp;aac ;rRNA;1438969;35;comp;5s ;rRNA;1439115;168;comp;23s ;rRNA;1442135;432;comp;16s fin;CDS;1444094;;comp; deb;CDS;1453717;96;comp; ;regulatory;1454971;38;comp; fin;CDS;1455181;;comp; deb;CDS;1532381;262;comp; ;tRNA;1533315;46;comp;cta fin;CDS;1533446;;comp; deb;CDS;1540295;171;comp; ;tRNA;1540706;47;comp;tgg deb;CDS;1540828;137;comp; ;tRNA;1541892;63;;cac ;tRNA;1542031;714;;caa fin;CDS;1542819;;comp; deb;CDS;1716869;854;comp; ;tRNA;1718041;87;comp;acg fin;CDS;1718204;;comp; deb;CDS;1729328;30;comp; ;regulatory;1729649;73;comp; fin;CDS;1729832;;comp; deb;CDS;1742909;493;comp; ;tRNA;1744152;109;comp;gaa fin;CDS;1744337;;comp; deb;CDS;1747424;100;comp; ;tRNA;1747827;102;comp;agc fin;CDS;1748022;;comp; deb;CDS;1796937;102;comp; ;regulatory;1799337;112;comp; fin;CDS;1799628;;comp; </pre> ====abra intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_entre_cds|abra intercalaires entre cds]] *'''intercalaires entre cds''', tableau. <pre> abra;3.2.21 Paris;;abra 13.12.20;;;;;;; abra;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5 ;négatif;417;25.0;négatif ;-10;12;-1 à -73;1,877,792;-1;417 ;zéro;13;0.8;;;;;intercals;0;13 ;1 à 200;1055;63.3;0 à 200;65;57;;135,857;5;157 ;201 à 370;121;7.3;201 à 370;265;48;;7%;10;56 ;371 à 600;42;2.5;371 à 600;442;62;;;15;94 ;601 à max;19;1.1;601 à 1230;852;195;;;20;42 ;Total 1667;<201;89.1;Total 1665;79;132;-73 à 1230;;25;40 adresse;intercalx;intercal;fréquence1;intercal;fréquence6;cumul et %;intercal;fréquence-1;30;21 1537782;1230;-1;417;-70;3;;0;13;35;24 1707618;1229;0;13;-60;9;;-1;°68;40;27 1578501;1176;1;°58;-50;2;;-2;0;45;26 1526950;1027;2;41;-40;2;;-3;0;50;28 87364;968;3;22;-30;6;min à -1;-4;°143;55;29 826414;926;4;°29;-20;27;417;-5;2;60;20 171283;878;5;7;-10;83;25.0%;-6;0;65;30 1768322;822;6;6;0;298;;-7;1;70;27 819242;821;7;4;10;213;;-8;°70;75;22 1769594;816;8;15;20;136;;-9;1;80;27 158518;793;9;°18;30;61;;-10;3;85;22 1412625;756;10;13;40;51;1 à 100;-11;°34;90;19 968622;741;11;19;50;54;744;-12;1;95;16 1738100;729;12;°34;60;49;44.6%;-13;1;100;17 816181;706;13;13;70;57;;-14;°25;105;17 1683910;675;14;14;80;49;;-15;0;110;26 1186776;646;15;°14;90;41;;-16;1;115;25 1529536;628;16;7;100;33;;-17;°17;120;20 133841;619;17;7;110;43;;-18;0;125;26 1183129;595;18;°11;120;45;;-19;1;130;17 1861159;579;19;8;130;43;;-20;°12;135;18 615740;575;20;9;140;31;;-21;0;140;13 1171702;555;21;7;150;40;;-22;1;145;21 1525837;555;22;7;160;36;;-23;°6;150;19 153593;526;23;°15;170;15;1 à 200;-24;1;155;20 1714960;500;24;6;180;22;1055;-25;1;160;16 1842150;494;25;5;190;23;63.3%;-26;°5;165;7 1168850;483;26;7;200;13;;-27;0;170;8 1834829;483;27;5;210;11;;-28;0;175;10 556334;476;28;2;220;16;;-29;1;180;12 151602;474;29;3;230;10;;-30;0;185;13 493661;465;30;4;240;10;0 à 200;-31;1;190;10 1274718;449;31;4;250;7;1068;-32;1;195;10 1681282;446;32;°8;260;11;;total;410;200;3 1503782;443;33;4;270;10;;reste;20;205;5 178131;441;34;4;280;8;;;430;210;6 1728410;438;35;4;290;4;;;;215;12 1022865;434;36;°9;300;5;;intercal;fréquencef;220;4 36959;428;37;6;310;1;;600;1648;225;1 ;;38;6;320;10;;620;1;230;9 ;;39;3;330;4;;640;1;235;7 ;;40;3;340;1;201 à 370;660;1;240;3 ;;reste;776;350;3;121;680;1;245;2 ;;total;1471;360;4;7.3%;700;;250;5 ;;;;370;6;;720;1;255;8 adresse;intercaln;décalage;long;380;5;;740;1;260;3 1040608;-92;shift2;815;390;4;;760;2;265;7 1766313;-86;shift2;1001;400;5;;780;;270;3 1083669;-73;shift2;816;410;4;;800;1;275;7 169623;-67;shift2;654;420;2;;820;1;280;1 353304;-67;shift2;864;430;3;;840;2;285;1 758070;-67;shift2;864;440;2;;860;;290;3 891412;-67;shift2;864;450;4;;880;1;295;3 1155286;-67;shift2;654;460;0;;900;;300;2 1646854;-67;shift2;864;470;1;;920;;305;0 1690631;-67;shift2;654;480;2;;940;1;310;1 1714097;-67;shift2;864;490;2;;960;;315;7 1793555;-67;shift2;654;500;2;;980;1;320;3 1485635;-59;shift2;629;510;0;;1000;;325;1 738923;-50;shift2;293;520;0;;1020;;330;3 1668172;-49;shift2;315;530;1;;1040;1;335;0 1847532;-47;shift2;227;540;0;371 à 600;;16;340;1 904492;-38;shift2;962;550;0;42;;;345;1 1129734;-38;shift2;413;560;2;2.5%;;;350;2 844539;-35;shift2;;570;0;;;;355;4 986747;-35;shift2;;580;2;601 à max;;;360;0 1114675;-32;shift2;;590;0;19;;;365;3 526681;-31;shift2;;600;1;1.1%;;;370;3 1072749;-29;shift2;;reste;19;;reste;3;reste;61 251649;-26;shift2;;total;1667;;total;1667;total;1667 </pre> ====abra intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> corrélations et fréquences faibles;;;;;;;;;;;;;; abra. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;; abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;; 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; ;;;;;;;;;;;;;; diagrammes;;;;;;;;;;;;;; abra;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;53;-314;342;39;734;197;max50;&-99;750;-1818;148;702;253;min60 31 à 400;;;;;;;;&21;-104;-7.3;42;912;165;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;148;55;-;638;poly;96;tF;&223;71;;425;poly;277;SF 31 à 400;;;;;;;;&118;42;-;827;poly;85;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et faibles fréquences <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.243;;;;; 41-n;0.874;0.716;0.797;;;;;;;;;;;; 1-n;0.312;-0.163;0.059;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; abra;fx;fc;;abra;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;abra;Sx-;Sc- 0;1;12;;0;4;13;;0;1;12;>0;270;-1;0;68 10;5;208;;10;20;223;;1;0;58;<0;8;-2;0;0 20;9;127;;20;35;136;;2;1;40;zéro;1;-3;0;0 30;10;51;;30;39;55;;3;1;21;total;279;-4;2;141 40;17;34;;40;66;36;;4;0;29;;c;-5;0;2 50;19;35;;50;74;37;;5;0;7;>0;967;-6;0;0 60;18;31;;60;70;33;;6;0;6;<0;409;-7;0;1 70;15;42;;70;59;45;;7;0;4;zéro;12;-8;0;70 80;15;34;;80;59;36;;8;0;15;total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reste;14;33;;;;;;reste;229;547;;;-42;0;0 total;271;979;;t30;94;413;;total;271;979;;;-43;0;0 diagr;256;934;;;;;;diagr;41;420;;;-44;0;0 - t30;232;548;;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;;reste;0;13 ;;;;;;;;;;;;;total;8;409 </pre> ====abra intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_négatifs_S-|abra intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ;;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; abra;comp’;;;;1;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;6 ;continu;68;0;0;142;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;411 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;abra;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;8 ;Sc-;68;0;0;141;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;4;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;409 </pre> ====abra autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra autres intercalaires]] *Légende: ° pour cyan, & pour jaune, $ pour rouge. <pre> deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens deb;°CDS;6032;39;;;deb;°CDS;633550;63;;;deb;°CDS;1221355;217;comp ;misc_binding;8642;66;;;;&tRNA;634774;76;comp;;;tmRNA;1222634;262; fin;°CDS;8909;;;;fin;°CDS;634924;;;;fin;°CDS;1223244;; deb;°CDS;58474;199;;;deb;°CDS;690994;64;;;deb;°CDS;1251487;68;comp ;misc_binding;59219;96;;;;regulatory;692351;55;;;;&tRNA;1252398;44; fin;°CDS;59565;;;;fin;°CDS;692502;;;;fin;°CDS;1252517;;comp deb;°CDS;175843;64;;;deb;°CDS;755442;64;;;deb;°CDS;1416224;301;comp ;regulatory;176513;67;;;;&tRNA;756613;130;comp;;;&tRNA;1416786;92;comp fin;°CDS;176678;;;;fin;°CDS;756819;;;;fin;°CDS;1416952;;comp deb;°CDS;226433;115;;;deb;°CDS;807788;108;;;deb;°CDS;1427372;415;comp ;regulatory;226962;128;;;;&tRNA;808325;216;;;;&tRNA;1428270;9;comp fin;°CDS;227191;;;;fin;°CDS;808618;;;;;&tRNA;1428353;1;comp deb;°CDS;241700;14;;;deb;°CDS;818257;29;comp;;;&tRNA;1428431;8;comp ;ncRNA;242173;222;;;;ncRNA;818478;-2;comp;;;&tRNA;1428516;73;comp fin;°CDS;242490;;;;fin;°CDS;818548;;comp;;fin;°CDS;1428665;;comp deb;°CDS;253260;86;;;deb;°CDS;829563;155;;;deb;°CDS;1431948;96;comp ;&tRNA;253517;215;;;;&tRNA;830027;27;;;;&tRNA;1432356;11;comp ;$rRNA;253817;145;;;fin;°CDS;830130;;;;;$rRNA;1432444;35;comp ;&tRNA;255489;89;;;deb;°CDS;862237;104;;;;$rRNA;1432590;167;comp ;$rRNA;255655;35;;;;regulatory;863109;46;;;;$rRNA;1435609;433;comp ;$rRNA;258542;11;;;fin;°CDS;863253;;;;deb;°CDS;1437568;860;comp ;&tRNA;258664;149;;;deb;°CDS;951162;56;;;;&tRNA;1438533;11;comp ;$rRNA;258890;11;;;;misc_feature;951899;10;;;;$rRNA;1438621;149;comp ;&tRNA;259012;860;;;fin;°CDS;952033;;;;;&tRNA;1438881;11;comp deb;°CDS;259949;433;;;deb;°CDS;979156;92;;;;$rRNA;1438969;35;comp ;$rRNA;260487;145;;;;ncRNA;980211;41;comp;;;$rRNA;1439115;168;comp ;&tRNA;262159;89;;;fin;°CDS;980585;;comp;;;$rRNA;1442135;432;comp ;$rRNA;262325;35;;;deb;°CDS;1000286;45;comp;;fin;°CDS;1444094;;comp ;$rRNA;265212;14;;;;misc_binding;1000883;36;comp;;deb;°CDS;1453717;96;comp ;&tRNA;265337;44;;;fin;°CDS;1001128;;comp;;;regulatory;1454971;38;comp ;&tRNA;265457;11;;;deb;°CDS;1033802;48;comp;;fin;°CDS;1455181;;comp ;&tRNA;265544;7;;;;regulatory;1034516;41;comp;;deb;°CDS;1532381;262;comp ;&tRNA;265627;8;;;;regulatory;1034632;43;comp;;;&tRNA;1533315;46;comp ;&tRNA;265722;72;;;fin;°CDS;1034750;;comp;;fin;°CDS;1533446;;comp ;&tRNA;265870;7;;;deb;°CDS;1043459;55;comp;;deb;°CDS;1540295;171;comp ;&tRNA;265954;44;;;;regulatory;1044225;61;comp;;;&tRNA;1540706;47;comp ;&tRNA;266075;8;;;fin;°CDS;1044360;;comp;;deb;°CDS;1540828;137;comp ;&tRNA;266174;4;;;deb;°CDS;1055719;197;comp;;;&tRNA;1541892;63; ;&tRNA;266255;11;;;;misc_binding;1056720;146;comp;;;&tRNA;1542031;714; ;&tRNA;266342;140;;;fin;°CDS;1057073;;;;fin;°CDS;1542819;;comp fin;°CDS;266558;;;;deb;°CDS;1125033;53;comp;;deb;°CDS;1716869;854;comp deb;°CDS;296513;98;;;;misc_binding;1127681;34;comp;;;&tRNA;1718041;87;comp ;misc_binding;297466;30;;;fin;°CDS;1127899;;comp;;fin;°CDS;1718204;;comp fin;°CDS;297705;;;;deb;°CDS;1135303;71;comp;;deb;°CDS;1729328;30;comp deb;°CDS;326721;0;;;;regulatory;1136025;48;comp;;;regulatory;1729649;73;comp ;misc_feature;327414;18;;;fin;°CDS;1136190;;comp;;fin;°CDS;1729832;;comp fin;°CDS;327552;;;;deb;°CDS;1176200;434;comp;;deb;°CDS;1742909;493;comp deb;°CDS;574175;-5;;;;&tRNA;1177198;8;comp;;;&tRNA;1744152;109;comp ;misc_binding;574941;43;;;;&tRNA;1177300;569;comp;;fin;°CDS;1744337;;comp fin;°CDS;575188;;;;fin;°CDS;1177945;;comp;;deb;°CDS;1747424;100;comp deb;°CDS;582446;49;;;deb;°CDS;1187918;382;;;;&tRNA;1747827;102;comp ;&tRNA;584175;170;;;;&tRNA;1188531;66;;;fin;°CDS;1748022;;comp fin;°CDS;584431;;;;fin;°CDS;1188688;;;;deb;°CDS;1796937;102;comp deb;°CDS;625631;84;;;deb;°CDS;1194077;206;comp;;;regulatory;1799337;112;comp ;&tRNA;626402;66;comp;;;&tRNA;1194775;10;comp;;fin;°CDS;1799628;;comp ;&tRNA;626543;17;comp;;fin;°CDS;1194870;;comp;;;;;; ;&tRNA;626637;13;comp;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;626727;149;comp;;;;;;;;;;;; fin;CDS;626952;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====abra intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_tRNA|abra intercalaires tRNA]] <pre> abra;intercalaires tRNA;;;;;;proportion des intercalaires <201;;; comp’;entre tRNAs;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;44 11 7 8 72 ;;86;;860;;49;10;deb; ;7 44 8 4 11;;;;140;;86;27;<201;7 ;;;49;;170;;96;46;total;15 ;66 17 13;comp’;84;comp’;149;;100;47;%;47% ;;comp’;63;comp’;76;;108;66;; ;;comp’;64;comp’;130;;155;73;fin; ;;;108;;216;;171;87;<201;12 ;;;155;;27;;206;92;total;16 ;8;;424;;569;;262;102;%;75% ;;;382;;66;;301;109;; ;;;206;;10;;382;140;total; ;;comp’;68;comp’;44;;415;170;<201;19 ;;;301;;92;;424;216;total;31 ;9 1 8;;415;;73;;493;569;%;61% ;;;96;;860;;854;860;; ;;;262;;46;;-;860;comp’;cumuls ;;;171;;47;;63;44;deb;100% ;63;comp’;137;comp’;714;;64;76;; ;;;854;;87;;68;130;fin;80% ;;;493;;109;;84;149;; ;;;100;;102;;137;714;total;90% </pre> ===apal=== ====apal opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_opérons|apal opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_palm_J233/achoPalm_J233-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022538.1;apal;;genome;;;;;;;; 29%GC;16.8.19 Paris;16s 2 ;35;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Acholeplasma palmae J233;;;;;;;;;;; ;161706..162593;;CDS;;132;132;;;296;; ;162726..162816;;agc;;9;;9;;;; ;162826..162901;;gaa;;126;126;;;;; ;163028..163522;;CDS;;;;;;165;; ;;;;;;;;;;; comp;205002..205226;;CDS;;72;72;;;75;; comp;205299..205373;;tgg;;73;73;;;;; comp;205447..206382;;CDS;;133;133;;;;; ;206516..206591;;cac;;14;;14;;;; ;206606..206680;;caa;;34;;34;;;; ;206715..206797;;cta;;168;168;;;;; ;206966..207208;;CDS;;;;;;81;; ;;;;;;;;;;; ;294770..296290;;CDS;;347;347;;;*507;; ;296638..298160;;16s;;128;;;;1523;; ;298289..301126;;23s;;34;;;;2838;; ;301161..301268;;5s;;51;;;;108;; ;301320..301396;;aac;;118;118;;;;; ;301515..301835;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; ;303638..304993;;CDS;;70;70;;;452;; ;305064..305139;;gaa;@1;9;;9;;;; ;305149..305225;;cgt;;71;;71;;;; ;305297..305373;;cca;;13;;13;;;; ;305387..305461;;gga;;86;86;;;;; ;305548..308184;;CDS;;;;;;*879;; ;;;;;;;;;;; ;326174..327313;;CDS;;91;91;;;380;; ;327405..327478;;tgc;;527;*527;;;;; comp;328006..328539;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; ;435096..436751;;CDS;;48;48;;;*552;; ;436800..436885;;ctc;;214;214;;;;; ;437100..438890;;CDS;;;;;;*597;; ;;;;;;;;;;; ;441323..442294;;CDS;;38;38;;;324;; comp;442333..442407;;ggc;;100;100;;;;; ;442508..443650;;CDS;;;;;;381;; ;;;;;;;;;;; ;443640..444197;;CDS;;93;93;;;186;; comp;444291..444364;;acc;;133;133;;;;; ;444498..444695;;CDS;;;;;;66;; ;;;;;;;;;;; ;644468..646315;;CDS;;124;124;;;*616;; ;646440..646516;;aga;;251;251;;;;; ;646768..647322;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; ;669786..670511;;CDS;;45;45;;;242;; ;670557..670632;;cgg;;1;;;;;; ;670634..670722;;tcc;;133;133;;;;; ;670856..671359;;CDS;;;;;;168;; ;;;;;;;;;;; comp;837575..837796;;CDS;;157;157;;;74;; comp;837954..838029;;aag;;214;214;;;;; ;838244..838888;;CDS;;;;;;215;; ;;;;;;;;;;; comp;1172026..1173090;;CDS;;112;112;;;355;; comp;1173203..1173285;;ttg;;82;82;;;;; comp;1173368..1175038;;CDS;;;;;;*557;; ;;;;;;;;;;; comp;1456398..1457315;;CDS;;72;72;;;306;; comp;1457388..1457463;;gac;;40;40;;;;; comp;1457504..1458355;;CDS;;154;154;;;284;; comp;1458510..1458585;;ttc;;7;;;7;;; comp;1458593..1458668;;gac;;4;;;4;;; comp;1458673..1458749;;atgf;;55;;;55;;; comp;1458805..1458895;;tca;;22;;;22;;; comp;1458918..1458994;;atgi;;4;;;4;;; comp;1458999..1459075;;atgj;;45;;;45;;; comp;1459121..1459196;;gca;;5;;;5;;; comp;1459202..1459286;;tta;;20;;;20;;; comp;1459307..1459382;;aaa;;6;;;6;;; comp;1459389..1459464;;aca;;15;;;15;;; comp;1459480..1459555;;gta;;21;;;;;; comp;1459577..1459684;;5s;@2;34;;;;108;; comp;1459719..1462556;;23s;;50;;;;2838;; comp;1462607..1462682;;gca;;6;;;6;;; comp;1462689..1462765;;atc;;110;;;;;; comp;1462876..1464398;;16s;;206;;;;1523;; comp;1464605..1464688;;tac;;114;114;;;;; comp;1464803..1464973;;cds;;;;;;;; </pre> ====apal cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_cumuls|apal cumuls]] <pre> apal cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;0;1;;100;5;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;4;8;50;4;20;;200;6;60;1 ;16 atc gca;1;40;1;1;100;9;40;;300;4;90;4 ;16 23 5s a;1;60;0;2;150;9;60;;400;5;120;1 ;max a;14;80;1;0;200;3;80;;500;1;150;0 ;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;4;180;3 ;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;1;210;2 ;total aas;15;140;0;0;350;1;140;;800;0;240;1 sans ;opérons;14;160;0;0;400;0;160;;900;1;270;1 ;1 aa;9;180;0;0;450;0;180;;1000;0;300;2 ;max a;4;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2 ;a doubles;0;;0;0;;1;;;;0;;10 ;total aas;20;;6;11;;30;;0;;27;;27 total aas;;35;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;136;;;;307;; ;;;variance;;;;100;;;;208;; sans jaune;;;moyenne;25;17;;122;;;;218;;177 ;;;variance;24;18;;68;;;;120;;91 </pre> ====apal blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_blocs|apal blocs]] <pre> apal blocs;;;;; gta;21;;CDS;347; 5s;34;108;16s;128;1523 23s;50;2838;23s;34;2838 gca;6;;5s;51;108 atc;110;;aac;118; 16s;206;1523;CDS;; tac;114;;;; CDS;;;;; </pre> ====apal remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_remarques|apal remarques]] *code génétique apal <pre> apal;;;;;;;35 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;1;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====apal distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_distribution|apal distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total apal;;9; ;;;;;;apal;9;;;;;;;;apal;0;;;;;; </pre> ====apal données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_données_intercalaires|apal données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;apal;fx;fc;apal;fx40;fc40;apal;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;0;10;0;0;10;-1;;43;132;133;16s tRNA;; ;0;10;6;163;1;0;42;-2;;0;126;527;118;;atc ;0;20;4;157;2;0;26;-3;;0;72;38;tRNA 16s;; ;0;30;11;37;3;0;17;-4;2;102;73;100;206;;tac 1;1;40;9;34;4;0;14;-5;;0;168;93;tRNA 23s;;gca ;2;50;8;35;5;0;10;-6;1;0;139;133;51;; ;0;60;12;41;6;2;4;-7;;1;70;214;5s tRNA;; ;1;70;7;37;7;2;6;-8;2;44;137;;51;;aac ;2;80;8;29;8;1;10;-9;;0;91;;21;;gta ;1;90;6;31;9;1;15;-10;;1;48;;tRNA tRNA;;intra 2;1;100;11;33;10;0;19;-11;1;33;214;;6;;atc gca ;0;110;6;24;11;0;18;-12;;0;124;;tRNA tRNA;;contig ;2;120;14;31;12;0;23;-13;;2;251;;7;;ttc ;2;130;9;23;13;2;15;-14;;17;45;;4;;gac 2;5;140;11;26;14;0;16;-15;;0;133;;55;;atgf ;0;150;4;17;15;0;18;-16;;1;157;;22;;tca ;2;160;7;16;16;0;9;-17;;13;112;;4;;atgi ;1;170;10;11;17;0;15;-18;;0;82;;45;;atgj ;0;180;6;13;18;1;18;-19;;0;138;;5;;gca ;0;190;4;14;19;0;13;-20;;8;40;;20;;tta ;0;200;3;11;20;1;12;-21;;0;154;;6;;aaa ;0;210;4;10;21;2;1;-22;;0;114;;15;;aca 1;1;220;4;7;22;2;5;-23;;5;CDS 16s;;**;;gta ;0;230;4;5;23;0;5;-24;;0;347;;tRNA tRNA;; ;0;240;3;7;24;3;6;-25;;1;206;;9;;agc ;0;250;1;6;25;0;7;-26;;9;16s 23s;;**;;gaa ;1;260;0;9;26;0;7;-27;;0;137;;14;;cac ;0;270;3;6;27;1;3;-28;;0;23s 5s;;34;;caa ;0;280;0;5;28;1;0;-29;;5;35;;**;;cta ;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;;;9;;gaa ;0;300;0;3;30;2;3;-31;;0;;;71;;cgt ;0;310;0;1;31;1;3;-32;;3;;;13;;cca ;0;320;1;6;32;1;6;-33;;0;;;**;;gga ;0;330;4;4;33;1;2;-34;;0;;;1;;cgg ;0;340;2;2;34;0;5;-35;;2;;;**;;tcc ;0;350;1;4;35;1;1;-36;;0;;;;; ;0;360;0;0;36;0;1;-37;;0;;;;; ;0;370;1;2;37;0;2;-38;;1;;;;; ;0;380;0;3;38;1;6;-39;;0;;;;; ;0;390;0;5;39;3;4;-40;;1;;;;; ;0;400;0;3;40;1;4;-41;;0;;;;; 1;0;reste;5;38;reste;160;518;-42;;0;;;;; 7;22;total;190;919;total;190;919;-43;;0;;;;; 6;22;diagr;185;871;diagr;30;391;-44;;0;;;;; 0;0; t30;21;357;;;;-45;;0;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;; ;x;190;6;0;196;;;-49;;0;;;;; ;c;909;294;10;1213;;;-50;;0;;;;; ;;;;;1409;97;;reste;;2;;;;; ;;;;;;1506;;total;6;294;;;;; </pre> =====apal autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_autres_intercalaires_aas|apal autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;apal;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas fin;;CDS;292;1638;;; deb;;CDS;82590;85343;109;*; ;;regulatory;85453;85552;216;*; fin;;CDS;85769;86557;;; deb;;CDS;86565;87845;35;*; ;;misc_binding;87881;88073;51;*; fin;;CDS;88125;89402;;; deb;;CDS;161706;162593;132;*; ;;tRNA;162726;162816;9;*;agc ;;tRNA;162826;162901;126;*;gaa fin;;CDS;163028;163522;;; deb;comp;CDS;205002;205226;72;*; ;comp;tRNA;205299;205373;73;*;tgg deb;comp;CDS;205447;206382;133;*; ;;tRNA;206516;206591;14;*;cac ;;tRNA;206606;206680;34;*;caa ;;tRNA;206715;206797;168;*;cta fin;;CDS;206966;207208;;; deb;comp;CDS;278906;279901;56;*; ;comp;misc_binding;279958;280136;8;*; fin;comp;CDS;280145;281908;;0; deb;;CDS;294770;296290;347;*; ;;rRNA;296638;298152;137;*;1515 ;;rRNA;298290;301125;35;*;2836 ;;rRNA;301161;301268;51;*;108 ;;tRNA;301320;301396;139;*;aac fin;;CDS;301536;301835;;; deb;;CDS;303638;304993;70;*; ;;tRNA;305064;305139;9;*;gaa ;;tRNA;305149;305225;71;*;cgt ;;tRNA;305297;305373;13;*;cca ;;tRNA;305387;305461;137;*;gga fin;;CDS;305599;308184;;; deb;;CDS;310206;311093;42;*; ;;repeat_region;311136;314336;391;*; fin;;CDS;314728;315327;;; deb;;CDS;326174;327313;91;*; ;;tRNA;327405;327478;527;*;tgc fin;comp;CDS;328006;328539;;0; deb;;CDS;426740;427501;5;*; ;;misc_binding;427507;427707;40;*; fin;;CDS;427748;428767;;; deb;;CDS;435096;436751;48;*; ;;tRNA;436800;436885;214;*;ctc fin;;CDS;437100;438890;;; deb;;CDS;441323;442294;38;*; ;comp;tRNA;442333;442407;100;*;ggc fin;;CDS;442508;443650;;; deb;;CDS;443640;444197;93;*; ;comp;tRNA;444291;444364;133;*;acc fin;;CDS;444498;444695;;; deb;;CDS;480393;481697;56;*; ;;regulatory;481754;481850;51;*; fin;;CDS;481902;483050;;; deb;;CDS;575929;577302;54;*; ;;regulatory;577357;577432;44;*; fin;;CDS;577477;578175;;; deb;;CDS;583894;584502;19;*; ;;regulatory;584522;584597;56;*; fin;;CDS;584654;585274;;; deb;;CDS;644468;646315;124;*; ;;tRNA;646440;646516;251;*;aga fin;;CDS;646768;647322;;; deb;;CDS;669786;670511;45;*; ;;tRNA;670557;670632;1;*;cgg ;;tRNA;670634;670722;133;*;tcc fin;;CDS;670856;671359;;; deb;;CDS;778517;780295;54;*; ;;misc_binding;780350;780540;55;*; fin;;CDS;780596;783169;;; deb;comp;CDS;837575;837796;157;*; ;comp;tRNA;837954;838029;214;*;aag fin;;CDS;838244;838888;;; deb;comp;CDS;859225;859602;141;*; ;;regulatory;859744;859842;69;*; fin;;CDS;859912;860478;;0; deb;;CDS;900888;901286;41;*; ;;ncRNA;901328;901664;157;*; fin;;CDS;901822;906708;;; deb;;CDS;930603;931235;52;*; ;;tmRNA;931288;931628;154;*; fin;;CDS;931783;934152;;; deb;comp;CDS;997671;998201;47;*; ;comp;misc_binding;998249;998458;29;*; fin;comp;CDS;998488;998940;;; deb;comp;CDS;1099021;1099650;75;*; ;comp;regulatory;1099726;1099840;44;*; fin;comp;CDS;1099885;1100643;;0; deb;comp;CDS;1172026;1173090;112;*; ;comp;tRNA;1173203;1173285;82;*;ttg fin;comp;CDS;1173368;1175038;;; deb;comp;CDS;1296140;1297378;79;*; ;comp;regulatory;1297458;1297558;175;*; fin;;CDS;1297734;1298978;;; deb;comp;CDS;1395785;1396276;13;*; ;comp;misc_feature;1396290;1396409;2;*; fin;comp;CDS;1396412;1397101;;; deb;comp;CDS;1420757;1422160;117;*; ;comp;regulatory;1422278;1422379;175;*; fin;comp;CDS;1422555;1422713;;0; deb;comp;CDS;1424704;1426260;38;*; ;comp;misc_binding;1426299;1426505;43;*; fin;comp;CDS;1426549;1427391;;; deb;comp;CDS;1456398;1457249;138;*; ;comp;tRNA;1457388;1457463;40;*;gac deb;comp;CDS;1457504;1458355;154;*; ;comp;tRNA;1458510;1458585;7;*;ttc ;comp;tRNA;1458593;1458668;4;*;gac ;comp;tRNA;1458673;1458749;55;*;atgf ;comp;tRNA;1458805;1458895;22;*;tca ;comp;tRNA;1458918;1458994;4;*;atgi ;comp;tRNA;1458999;1459075;45;*;atgj ;comp;tRNA;1459121;1459196;5;*;gca ;comp;tRNA;1459202;1459286;20;*;tta ;comp;tRNA;1459307;1459382;6;*;aaa ;comp;tRNA;1459389;1459464;15;*;aca ;comp;tRNA;1459480;1459555;21;*;gta ;comp;rRNA;1459577;1459684;35;*;108 ;comp;rRNA;1459720;1462555;51;*;2836 ;comp;tRNA;1462607;1462682;6;*;gca ;comp;tRNA;1462689;1462765;118;*;atc ;comp;rRNA;1462884;1464398;206;*;1515 ;comp;tRNA;1464605;1464688;114;*;tac fin;comp;CDS;1464803;1464973;;; deb;comp;CDS;1471917;1474742;32;*; ;comp;ncRNA;1474775;1474868;9;*; fin;comp;CDS;1474878;1475336;;; deb;comp;CDS;1547053;1548444;47;*; ;comp;misc_binding;1548492;1548707;39;*; fin;comp;CDS;1548747;1549406;;; deb;comp;CDS;1554025;1554159;291;*; </pre> ===tenericutes synthèse=== ====tenericutes distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_génome|tenericutes distribution par génome]] <pre> tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total abra;12;14; ;11;1;2;;5;45 apal;9;9; ;11;1;4;;1;35 total;21;23;0;22;2;6;0;6;80 </pre> ====tenericutes distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_du_total|tenericutes distribution du total]] <pre> tener2;;;;;;;66 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2 atc;;acc;2;aac;;agc;2 ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;2 cta;2;cca;3;caa;2;cga;1 gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2 ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;21;23;;22;;;66 ;;;;;;; tener2;;;;;;;14 atgi; ;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;2;tgc; atc;4;acc;;aac;6;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;2;gaa;;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj; ;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;6 1-3aas;2;6;66 </pre> ====tenericutes distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_type|tenericutes distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;22 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga; cta;2;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;2;gaa;;gga; ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;21;23;;22;;;66;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====tenericutes par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_par_rapport_au_groupe_de_référence|tenericutes par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;7;3;;;;;10; 16;moyen;13;4;;10;;6;33; 14;fort;3;14;;12;6;2;37; ; ;23;21;;22;6;8;80; 10;g+cga;3;2;;;;;5; 2;agg+cgg;1;;;;;;1; 4;carre ccc;3;1;;;;;4; 5;autres;;;;;;;; ;;7;3;;;;;10; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;88;38;;;;;125;26 16;moyen;163;50;;125;;75;413;324 14;fort;38;175;;150;75;25;463;650 ; ;288;263;;275;75;100;80;729 10;g+cgg;38;25;;;;;63;10 2;agg+cga;13;;;;;;13; 4;carre ccc;38;13;;;;;50;16 5;autres;;;;;;;; ;;88;38;;;;;125; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;159;68;;227;26;30;14; 16;moyen;295;91;;386;324;57;19; 14;fort;68;318;;386;650;13;67; ; ;523;477;;44;729;23;21; 10;g+cgg;68;45;;114;10;;; 2;agg+cga;23;;;23;;;; 4;carre ccc;68;23;;91;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;159;68;;227;;;; </pre> ====tenericutes, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes,_estimation_des_-rRNAs|tenericutes, estimation des -rRNAs]] <pre> tenericutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 20 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;20;93; ; ;;indices;;;;20;465;0;0;;tener2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;44 atgi;5;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;25;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;;tac;5;tgc;;;ttc;25;tcc;;tac;25;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2 atc;10;acc;;aac;11;agc;;;atc;50;acc;;aac;55;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;25;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;2 tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;25;tca;25;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;6;aaa;7;aga;;;ata;;aca;30;aaa;35;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;2 cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;10;cca;;caa;;cga;;;cta;2;cca;3;caa;2;cga;1 gta;8;gca;7;gaa;2;gga;;;gta;40;gca;35;gaa;10;gga;;;gta;;gca;;gaa;4;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;5;acg;;aag;;agg;;;atgj;25;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;39;;54;;0;93;;;;195;;270;;0;465;;;;17;;17;;10;44 27.5.20 Tanger;;;;tener;total;ttt;tgt;;10.1.21 Paris;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;112;3535;0.9;0;;;;;;112;3535;0.9;0;;tener2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;62;tct;;tat;;atgf;71;;atgi;87;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;79;tcc;40;tac;75;tgc;99;;ttc;104;tcc;40;tac;100;tgc;99;;ttc;;tcc;50;tac;;tgc;100 atc;53;acc;71;aac;49;agc;99;;atc;103;acc;71;aac;104;agc;99;;atc;;acc;100;aac;;agc;100 ctc;32;ccc;0.0;cac;100;cgt;72;;ctc;32;ccc;;cac;100;cgt;72;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100 gtc;1.8;gcc;0.9;gac;77;ggc;56;;gtc;1.8;gcc;0.9;gac;102;ggc;56;;gtc;50;gcc;50;gac;100;ggc;100 tta;73;tca;75;taa;;tga;90;;tta;98;tca;100;taa;;tga;90;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;8;aca;73;aaa;86;aga;103;;ata;8.0;aca;103;aaa;121;aga;103;;ata;;aca;;aaa;;aga;100 cta;90;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;150;caa;100;cga;50 gta;65;gca;69;gaa;94;gga;102;;gta;105;gca;104;gaa;104;gga;102;;gta;;gca;;gaa;200;gga;100 ttg;98;tcg;33;tag;0.0;tgg;100;;ttg;98;tcg;33;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;50;tag;;tgg;100 atgj;69;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;94;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;;acg;50;aag;100;agg;50 ctg;0;ccg;0;cag;0;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1201;;1101;;349;2651;;;;1396;;1371;;329;3096;;;;850;;850;;500;2200 rapports;;86;;80;;106;86;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;tener2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;71;tct;;tat;;atgf;74;;fiches;28.45;;;fréquences;;;;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;569;;;0/0;7;;;;att;100;act;100;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;93;;;10;9;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;20;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;100 ttc;76;tcc;100;tac;75;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;100;tcc;20;tac;100;tgc;1 atc;51;acc;100;aac;47;agc;100;;tener2;22;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;100;agc;1 ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100;;sans;44;;;50;2;19;;;ctc;68;ccc;;cac;0;cgt;28 gtc;100;gcc;100;gac;75;ggc;100;;avec;36;;;60;2;;;;gtc;96;gcc;98;gac;23;ggc;44 tta;74;tca;75;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;1;;;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100 ata;100;aca;71;aaa;71;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;100;aaa;100;aga;3 cta;90;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par tener;;;;90;0;;;;cta;10;cca;34;caa;3;cga;24 gta;62;gca;66;gaa;90;gga;100;;est 23% en dessous;;;;100;19;;;;gta;100;gca;100;gaa;53;gga;2 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;34;tag;;tgg;0 atgj;73;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;100;acg;50;aag;38;agg;56 ctg;;ccg;;cag;;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;100 gtg;;gcg;;gag;;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;100 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;66;;187;;441;693 </pre> ==spirochète== ===Sphaerochaeta coccoides DSM 17374=== ====scc opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_opérons|scc opérons]] *Notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc. <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Spha_cocc_DSM_17374/sphaCocc_DSM17374-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_015436.1;scc;génome;;;;;;;;;; 50.6%GC;12.1.21 Paris;16s 3;47;;;;;;;cds dirigé;; Sphaerochaeta coccoides DSM 17374 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; comp;215073..215231;;cds;;1194;*1194;;;53;;hp; comp;216426..216498;;gcg;@1;369;369;;;;*369;; comp;216868..217047;;cds;;;;;;60;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;243358..244170;;cds;@2;812;*812;;;271;;HAD-IIB family hydrolase;* ;244983..246519;;16s;;132;;;132;;;; ;246652..246725;;atc;;79;;;79;;;; ;246805..249778;;23s;;72;;;;;;; ;249851..249962;;5s;;175;175;;;;175;; ;250138..250947;;cds;;;;;;270;;metal ABC transporter permease;* ;;;;;;;;;;;; ;300128..301798;;cds;;669;*669;;;557;;formate--tetrahydrofolate ligase;* ;302468..302539;;ggg;;452;*452;;;;*452;; ;302992..304032;;cds;;;;;;347;;ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;316296..317216;;cds;;152;152;;;307;152;phosphatase PAP2 family protein;* ;317369..317442;;gac;;176;176;;;;;; ;317619..318692;;cds;;;;;;358;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;; ;330207..331004;;cds;;16;16;;;266;16;class I SAM-dependent methyltransferase;* comp;331021..331104;;ttg;;251;251;;;;;; ;331356..333446;;cds;;;;;;*697;;patatin-like phospholipase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;345290..346216;;cds;;228;228;;;309;;hp; comp;346445..346517;;ccg;;182;182;;;;182;; comp;346700..347059;;cds;;;;;;120;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;422975..424363;;cds;;71;71;;;463;71;sulfatase-like hydrolase/transferase;* comp;424435..424506;;gtc;;252;252;;;;;; ;424759..426600;;cds;;;;;;614;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;436852..438168;;cds;;237;237;;;439;;MFS transporter;* comp;438406..438477;;gtg;;202;202;;;;202;; ;438680..440152;;cds;;;;;;491;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;481186..482484;;cds;;180;180;;;433;;HD domain-containing protein;* ;482665..482737;;atgj;;82;82;;;;82;; ;482820..483494;;cds;;;;;;225;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;530805..532313;;cds;;82;82;;;503;82;IMP dehydrogenase;* ;532396..532467;;gta;;310;310;;;;;; ;532778..533485;;cds;;;;;;236;;YggS family pyridoxal phosphate-dependent enzyme;* ;;;;;;;;;;;; ;568939..569700;;cds;;102;102;;;254;102;NAD-dependent deacetylase;* ;569803..569874;;gga;;412;412;;;;;; ;570287..570952;;cds;;;;;;222;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;636017..636391;;cds;;52;52;;;125;52;chorismate mutase;* ;636444..636517;;aca;;334;334;;;;;; comp;636852..637013;;cds;;;;;;54;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;717326..717772;;cds;;66;66;;;149;66;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;717839..717920;;tac;;230;230;;;;;; ;718151..719386;;cds;;;;;;412;;aminopeptidase;* ;;;;;;;;;;;; comp;721419..723056;;cds;@3;67;67;;;546;67;ATP-binding cassette domain-containing protein;* comp;723124..723195;;gag;;10;;10;;;;; comp;723206..723276;;cag;;104;104;;;;;; comp;723381..723911;;cds;;;;;;177;;adenine phosphoribosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;724974..725225;;cds;;236;236;;;84;;hp; comp;725462..725533;;acg;;124;124;;;;124;; comp;725658..728366;;cds;;;;;;*903;;pyruvate, phosphate dikinase;* ;;;;;;;;;;;; comp;767509..768549;;cds;;350;350;;;347;*350;DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family protein;* comp;768900..769011;;5s;;72;;;;;;; comp;769084..772057;;23s;;40;;;40;;;; comp;772098..772171;;gca;;137;;;137;;;; comp;772309..773845;;16s;;535;*535;;;;;; ;774381..774947;;cds;;;;;;189;;peroxiredoxin;* ;;;;;;;;;;;; ;783089..784627;;cds;;273;273;;;513;;glycoside hydrolase family 43 protein;* comp;784901..784972;;gaa;;43;;43;;;;; comp;785016..785088;;aaa;;223;223;;;;223;; ;785312..787483;;cds;;;;;;*724;;cadmium-translocating P-type ATPase;* ;;;;;;;;;;;; comp;877367..879202;;cds;;447;447;;;612;*447;translational GTPase TypA;* comp;879650..879761;;5s;;72;;;;;;; comp;879834..882807;;23s;;40;;;40;;;; comp;882848..882921;;gca;;137;;;137;;;; comp;883059..884595;;16s;;648;*648;;;;;; ;885244..885867;;cds;;;;;;208;;GNAT family N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;900855..901490;;cds;;73;73;;;212;73;Fic family protein;* comp;901564..901637;;ccc;;214;214;;;;;; ;901852..903519;;cds;;;;;;556;;Alpha-glucosidase;* ;;;;;;;;;;;; ;928254..930545;;cds;;138;138;;;*764;138;AAA family ATPase;* ;930684..930755;;cac;;32;;32;;;;; ;930788..930861;;cga;;38;;38;;;;; ;930900..930972;;aag;;37;;37;;;;; ;931010..931091;;cta;;36;;36;;;;; ;931128..931199;;ggc;;423;423;;;;;; ;931623..932981;;cds;;;;;;453;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;; ;937885..939693;;cds;;171;171;;;603;171;oligoendopeptidase F;* ;939865..939938;;aga;;437;437;;;;;; ;940376..940579;;cds;;;;;;68;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;974079..974468;;cds;@4;223;223;;;130;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;974692..974775;;ctc;;153;153;;;;153;; comp;974929..975384;;cds;;112;112;;;152;;VOC family protein;* comp;975497..975569;;cca;;95;95;;;;95;; ;975665..976339;;cds;;;;;;225;;endonuclease III;* ;;;;;;;;;;;; ;1069506..1069922;;cds;;81;81;;;139;;hp; comp;1070004..1070087;;tta;;78;78;;;;78;; ;1070166..1070981;;cds;;;;;;272;;TatD family hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1113338..1113928;;cds;;247;247;;;197;247;NAD(P)H-dependent oxidoreductase;* ;1114176..1114248;;aac;;247;247;;;;;; comp;1114496..1117318;;cds;;;;;;*941;;5'-nucleotidase C-terminal domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1126672..1127604;;cds;;173;173;;;311;173;DUF362 domain-containing protein;* ;1127778..1127850;;caa;;193;193;;;;;; comp;1128044..1128334;;cds;;;;;;97;;septation regulator SpoVG;* ;;;;;;;;;;;; comp;1257969..1258763;;cds;;140;140;;;265;;nucleotidyltransferase domain-containing protein;* ;1258904..1258977;;agg;;79;79;;;;79;; ;1259057..1259779;;cds;;;;;;241;;nitroreductase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1273039..1273944;;cds;;217;217;;;302;;DNA-protecting protein DprA;* ;1274162..1274234;;ttc;;103;103;;;;103;; comp;1274338..1274865;;cds;;;;;;176;;cysteine hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1363097..1364389;;cds;;432;432;;;431;;H(+)-transporting two-sector ATPase;* ;1364822..1364894;;atgf;;213;213;;;;213;; ;1365108..1366457;;cds;;;;;;450;;Trk system potassium transporter TrkA;* ;;;;;;;;;;;; comp;1478531..1479448;;cds;;196;196;;;306;196;hp; ;1479645..1479718;;cgg;;256;256;;;;;; comp;1479975..1481738;;cds;;;;;;588;;ABC transporter ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1522454..1523143;;cds;;86;86;;;230;;hp; ;1523230..1523301;;tgc;;34;34;;;;34;; comp;1523336..1523890;;cds;;;;;;185;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;1540671..1541807;;cds;;186;186;;;379;186;DUF2974 domain-containing protein;* comp;1541994..1542066;;gcc;;351;351;;;;;; ;1542418..1544223;;cds;;;;;;602;;IS1634 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;1691238..1692578;;cds;;189;189;;;447;189;sn-glycerol-1-phosphate dehydrogenase;* ;1692768..1692851;;ctg;;564;*564;;;;;; ;1693416..1693646;;cds;;;;;;77;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1760709..1761905;;cds;;185;185;;;399;185;hp; ;1762091..1762164;;atgi;;316;316;;;;;; comp;1762481..1765135;;cds;;;;;;*885;;valine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2034849..2035028;;cds;@4;32;32;;;60;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2035061..2035134;;tgg;;26;26;;;;26;; comp;2035161..2035337;;cds;;64;64;;;59;64;50S ribosomal protein L33;* comp;2035402..2035474;;acc;;246;246;;;;;; ;2035721..2036506;;cds;;;;;;262;;HAD family hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; ;2185380..2186171;;cds;@5;84;84;;;264;84;16S rRNA (uracil(1498)-N(3))-methyltransferase;* ;2186256..2186340;;tca;;40;;40;;;;; ;2186381..2186467;;agc;;25;;25;;;;; ;2186493..2186566;;cgc;;16;;16;;;;; ;2186583..2186669;;tcg;;40;;40;;;;; ;2186710..2186795;;tcc;;13;;;;;;; ;2186809..2186906;;ncRNA;;133;133;;;*33;;; comp;2187040..2188236;;cds;;;;;;399;;transposase;* </pre> ====scc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_cumuls|scc cumuls]] *Notes: * pour le nombre de jaunes <pre> scc cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;3;1;0;;1;0;1;0;100;9 ;16 23 5s 0;;20;2;;50;4;20;1;200;11 ;16 atc23s5s;1;40;7;2;100;14;40;2;300;16 ;16gca23s5s;2;60;1;0;150;8;60;1;400;11 ;max a;1;80;;1;200;13;80;7;500;9 ;a doubles;;100;;0;250;13;100;4;600;6 ;autres;;120;;0;300;4;120;2;700;5 ;total aas;3;140;;3;350;4;140;2;800;*2 sans ;opérons;34;160;;;400;2;160;2;900;*1 ;1 aa;30;180;;;450;5;180;3;1000;*2 ;max a;5;200;;;500;*1;200;5;1100; ;a doubles;0;;;;;*6;;*4;; ;total aas;44;;10;6;;74;;33;;72 total aas;;47;;;;;;;*4;;*6 remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;32;94;;236;;154;;343 ;;;variance;11;47;;196;;108;;215 sans jaune;;;moyenne;;;;188;;124;;299 ;;;variance;;;;110;;64;;164 </pre> ====scc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_blocs|scc blocs]] <pre> cds;812;;cds;350;447 16s;132;;5s;72;72 atc;79;;23s;40;40 23s;72;;gca;137;137 5s;175;;16s;535;648 cds;;;cds;; </pre> ====scc remarques==== ====scc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_distribution|scc distribution]] <pre> distribution;scc;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;14;30;;;;3;47 ;;;;;;; ;;;;;;; distribution;scc;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;inter;;max;;min;;total ;17;;13;;17;;47 </pre> ====scc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_données_intercalaires|scc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;scc;fx;fc;scc;fx40;fc40;scc;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;39;1194;152;16s tRNA;; ;0;10;9;164;1;1;31;-2;1;0;369;16;132;;atc 1;0;20;15;120;2;0;27;-3;0;0;669;251;2* 137;;gca ;1;30;25;55;3;3;23;-4;2;156;452;71;tRNA 23s;; 1;1;40;11;50;4;1;7;-5;0;0;176;252;79;;atc ;0;50;20;52;5;0;13;-6;2;0;228;237;2* 40;;gca ;1;60;10;31;6;0;4;-7;0;6;182;202;tRNA tRNA;; ;3;70;18;44;7;2;8;-8;0;31;82;180;10;;gag 3;1;80;15;38;8;0;11;-9;2;0;82;334;**;;cag 2;3;90;17;36;9;1;20;-10;0;5;310;273;43;;gaa 1;0;100;27;28;10;1;20;-11;4;15;102;223;**;;aaa 1;2;110;13;31;11;0;12;-12;2;0;412;73;32;;cac ;1;120;18;23;12;2;15;-13;1;2;52;214;38;;cga ;1;130;17;21;13;2;16;-14;0;17;66;95;37;;aag 1;1;140;16;23;14;2;16;-15;1;0;230;81;36;;cta ;0;150;10;20;15;1;12;-16;1;4;67;78;**;;ggc 1;1;160;12;18;16;0;8;-17;2;7;104;247;40;;tca ;0;170;15;12;17;1;7;-18;1;0;236;247;25;;agc 2;2;180;14;14;18;0;15;-19;0;0;124;173;16;;cgc 1;3;190;9;13;19;4;7;-20;0;10;138;193;40;;tcg 2;0;200;11;17;20;3;12;-21;0;0;423;140;**;;tcc 1;0;210;6;15;21;2;5;-22;0;0;171;217;;; 2;1;220;13;14;22;0;6;-23;2;2;437;103;;; 1;3;230;10;9;23;1;9;-24;1;1;223;432;;; 1;1;240;14;8;24;4;8;-25;0;2;153;196;;; 3;0;250;10;7;25;3;6;-26;2;5;112;256;;; 3;0;260;5;7;26;3;9;-27;0;0;79;86;;; ;0;270;6;9;27;4;3;-28;0;0;213;34;;; 1;0;280;3;7;28;0;5;-29;0;2;186;351;;; ;0;290;7;8;29;3;3;-30;0;0;189;185;;; ;0;300;4;8;30;5;1;-31;1;1;564;316;;; ;1;310;3;8;31;2;7;-32;1;2;32;246;;; 1;0;320;6;10;32;1;2;-33;0;0;26;;;; ;0;330;2;6;33;1;3;-34;0;1;64;;;; 1;0;340;8;3;34;0;8;-35;0;0;84;;;; ;0;350;1;6;35;1;5;-36;0;0;CDS 16s;;;; 1;0;360;5;7;36;1;5;-37;0;0;812;;;; ;1;370;1;5;37;2;2;-38;0;0;350;;;; ;0;380;3;5;38;2;7;-39;0;0;447;;;; ;0;390;5;5;39;1;9;-40;0;0;23s 5s;;;; ;0;400;2;4;40;0;2;-41;0;2;3* 72;;;; 1;7;reste;39;34;reste;395;606;-42;0;0;5s CDS;;;; 32;35;total;457;1001;total;457;1001;-43;0;0;350;175;;; 31;28;diagr;416;961;diagr;60;389;-44;0;2;447;;;; 1;1; t30;49;339;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;455;28;2;485;;;-49;0;0;;;;; ;c;995;319;6;1320;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1805;104;;reste;1;6;;;;; ;;;;;;1909;;total;28;319;;;;; </pre> =====scc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires_aas|scc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;scc;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;215073;1194;comp; ;tRNA;216426;369;comp;gcg fin;CDS;216868;;comp; deb;CDS;243358;812;; ;rRNA;244983;132;;16s ;tRNA;246652;79;;atc ;rRNA;246805;72;;23s ;rRNA;249851;175;;5s fin;CDS;250138;;comp; deb;CDS;300128;669;; ;tRNA;302468;452;;ggg fin;CDS;302992;;; deb;CDS;316296;152;comp; ;tRNA;317369;176;;gac fin;CDS;317619;;; deb;CDS;330207;16;; ;tRNA;331021;251;comp;ttg fin;CDS;331356;;; deb;CDS;345290;228;comp; ;tRNA;346445;182;comp;ccg fin;CDS;346700;;comp; deb;CDS;422975;71;; ;tRNA;424435;252;comp;gtc fin;CDS;424759;;; deb;CDS;436852;237;; ;tRNA;438406;202;comp;gtg fin;CDS;438680;;; deb;CDS;481186;180;comp; ;tRNA;482665;82;;atgj fin;CDS;482820;;; deb;CDS;530805;82;; ;tRNA;532396;310;;gta fin;CDS;532778;;; deb;CDS;568939;102;; ;tRNA;569803;412;;gga fin;CDS;570287;;; deb;CDS;636017;52;; ;tRNA;636444;334;;aca fin;CDS;636852;;comp; deb;CDS;640192;79;; ;tmRNA;640610;334;; fin;CDS;641322;;comp; deb;CDS;711173;51;; ;ncRNA;712064;10;comp; fin;CDS;712417;;comp; deb;CDS;717326;66;; ;tRNA;717839;230;;tac fin;CDS;718151;;; deb;CDS;721419;67;comp; ;tRNA;723124;10;comp;gag ;tRNA;723206;104;comp;cag fin;CDS;723381;;comp; deb;CDS;724974;236;comp; ;tRNA;725462;124;comp;acg fin;CDS;725658;;comp; deb;CDS;767509;350;comp; ;rRNA;768900;72;comp;5s ;rRNA;769084;40;comp;23s ;tRNA;772098;137;comp;gca ;rRNA;772309;535;comp;16s fin;CDS;774381;;; deb;CDS;783089;273;; ;tRNA;784901;43;comp;gaa ;tRNA;785016;223;comp;aaa fin;CDS;785312;;; deb;CDS;877367;447;comp; ;rRNA;879650;72;comp;5s ;rRNA;879834;40;comp;23s ;tRNA;882848;137;comp;gca ;rRNA;883059;648;comp;16s fin;CDS;885244;;; deb;CDS;900855;73;; ;tRNA;901564;214;comp;ccc fin;CDS;901852;;; deb;CDS;928254;138;; ;tRNA;930684;32;;cac ;tRNA;930788;38;;cga ;tRNA;930900;37;;aag ;tRNA;931010;36;;cta ;tRNA;931128;423;;ggc fin;CDS;931623;;; deb;CDS;937885;171;; ;tRNA;939865;437;;aga fin;CDS;940376;;; deb;CDS;974079;223;comp; ;tRNA;974692;153;comp;ctc deb;CDS;974929;112;comp; ;tRNA;975497;95;comp;cca fin;CDS;975665;;; deb;CDS;1069506;81;; ;tRNA;1070004;78;comp;tta fin;CDS;1070166;;; deb;CDS;1084097;24;; ;regulatory;1084535;39;; fin;CDS;1084670;;; deb;CDS;1113338;247;comp; ;tRNA;1114176;247;;aac fin;CDS;1114496;;comp; deb;CDS;1126672;173;comp; ;tRNA;1127778;193;;caa fin;CDS;1128044;;comp; deb;CDS;1257969;140;comp; ;tRNA;1258904;79;;agg fin;CDS;1259057;;; deb;CDS;1273039;217;comp; ;tRNA;1274162;103;;ttc fin;CDS;1274338;;comp; deb;CDS;1301674;54;; ;repeat_region;1302007;4;; fin;CDS;1306496;;; deb;CDS;1319568;73;; ;repeat_region;1319986;84;; fin;CDS;1322087;;comp; deb;CDS;1363097;432;comp; ;tRNA;1364822;213;;atgf fin;CDS;1365108;;; deb;CDS;1478531;196;comp; ;tRNA;1479645;256;;cgg fin;CDS;1479975;;comp; deb;CDS;1522454;86;comp; ;tRNA;1523230;34;;tgc fin;CDS;1523336;;comp; deb;CDS;1540671;186;comp; ;tRNA;1541994;351;comp;gcc fin;CDS;1542418;;; deb;CDS;1691238;189;; ;tRNA;1692768;564;;ctg fin;CDS;1693416;;; deb;CDS;1760709;185;comp; ;tRNA;1762091;316;;atgi fin;CDS;1762481;;comp; deb;CDS;2034849;32;comp; ;tRNA;2035061;26;comp;tgg deb;CDS;2035161;64;comp; ;tRNA;2035402;246;comp;acc fin;CDS;2035721;;; deb;CDS;2185380;84;; ;tRNA;2186256;40;;tca ;tRNA;2186381;25;;agc ;tRNA;2186493;16;;cgc ;tRNA;2186583;40;;tcg ;tRNA;2186710;13;;tcc ;ncRNA;2186809;133;; fin;CDS;2187040;;comp; </pre> ====scc intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_entre_cds|scc intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> scc;3.2.21 Paris;;scc 16.7.20;;;;;;; scc;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;347;19.2;'''négatif ;-10;13;-1 à -74;'''2 227 296;-1;347 ;'''zéro;8;0.4;;;;;'''intercals;0;8 ;'''1 à 200;1112;61.6;'''0 à 200;69;57;;'''195 310;5;106 ;'''201 à 370;241;13.4;'''201 à 370;269;49;;'''8.8%;10;67 ;'''371 à 600;78;4.3;'''371 à 600;445;63;;;15;78 ;'''601 à max;19;1.1;'''601 à 1048;779;145;;;20;57 ;'''total 1805;<201;81;'''total 1800;103;136;-74 à 1048;;25;44 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>fréquence-1;30;36 1398976;1670;-1;347;-70;2;;0;8;35;30 1167746;1666;0;8;-60;2;;-1;°39;40;31 1943263;1598;1;°32;-50;3;;-2;1;45;39 2221165;1229;2;27;-40;6;;-3;0;50;33 940376;1048;3;26;-30;6;'''min à -1;-4;°158;55;27 2116721;960;4;8;-20;27;347;-5;0;60;14 1197192;959;5;°13;-10;62;19.2%;-6;2;65;36 1728512;916;6;4;0;247;;-7;6;70;26 1917725;874;7;10;10;173;;-8;°31;75;22 972954;867;8;11;20;135;;-9;2;80;31 1554925;775;9;°21;30;80;;-10;5;85;26 1997696;715;10;21;40;61;'''1 à 100;-11;°19;90;27 1693573;700;11;12;50;72;785;-12;2;95;33 1314184;671;12;°17;60;41;43.5%;-13;3;100;22 1528150;655;13;18;70;62;;-14;°17;105;23 1659099;643;14;18;80;53;;-15;1;110;21 1773078;643;15;°13;90;53;;-16;5;115;20 1732369;635;16;8;100;55;'''0 à 200;-17;°9;120;21 356981;617;17;8;110;44;1120;-18;1;125;20 137346;590;18;°15;120;41;;-19;0;130;18 1639500;590;19;11;130;38;;-20;°10;135;20 977451;580;20;°15;140;39;;-21;0;140;19 661808;579;21;7;150;30;;-22;0;145;16 1611095;565;22;6;160;30;;-23;°4;150;14 1590201;563;23;°10;170;27;'''1 à 200;-24;2;155;17 1330173;561;24;12;180;28;1112;-25;2;160;13 379215;558;25;9;190;22;62%;-26;°7;165;15 1755945;548;26;°12;200;28;;-27;0;170;12 191845;527;27;7;210;21;;-28;0;175;12 1897378;525;28;5;220;27;;-29;°2;180;16 72886;522;29;6;230;19;;-30;0;185;12 1978592;521;30;6;240;22;;-31;2;190;10 511329;515;31;°9;250;17;;-32;°3;195;14 220737;512;32;3;260;12;;;42;200;14 1410834;511;33;4;270;15;;reste;14;205;11 ;;34;8;280;10;;total;355;210;10 ;;35;6;290;15;;;;215;20 ;;36;6;300;12;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;7 ;;37;4;310;11;;600;1786;225;11 ;;38;9;320;16;;620;1;230;8 ;;39;°10;330;8;;640;1;235;10 ;;40;2;340;11;'''201 à 370;660;3;240;12 ;;reste;1 001;350;7;241;680;1;245;8 ;;total;1 805;360;12;13.4%;700;1;250;9 ;;;;370;6;;720;1;255;7 ;;;;380;8;;740;;260;5 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;10;;760;;265;8 438680;-120;comp;;400;6;;780;1;270;7 1693416;-74;shift2;158;410;7;;800;;275;4 277564;-68;shift2;1487;420;8;;820;;280;6 1935981;-68;shift2;686;430;4;;840;;285;6 964418;-59;shift2;296;440;4;;860;;290;9 1721260;-59;shift2;1127;450;1;;880;2;295;8 482820;-53;shift2;623;460;1;;900;;300;4 1283977;-47;comp;;470;5;;920;1;305;6 1310625;-46;shift2;417;480;3;;940;;310;5 1544483;-44;shift2;374;490;2;;960;2;315;9 1705959;-44;shift2;1007;500;2;;980;;320;7 950419;-41;;;510;1;;1000;;325;4 1249575;-41;;;520;3;;1020;;330;4 2054241;-34;;;530;4;;1040;;335;4 937251;-32;;;540;0;'''371 à 600;1060;1;340;7 1154295;-32;;;550;1;78;;15;345;2 1972305;-32;;;560;1;4.3%;;;350;5 485333;-31;;;570;3;;;;355;4 1666650;-31;;;580;2;'''601 à max;;;360;8 952193;-29;;;590;2;19;;;365;4 1123783;-29;;;600;0;1.1%;;;370;2 669889;-26;;;reste;19;;reste;4;reste;97 733006;-26;;;total;1805;;total;1805;total;1805 </pre> ====scc intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> scc Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; scc;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;30;-200;266;31;690;222;max30;&-86;660;-1605;134;830;256;min60 31 à 400;;;;;;;2 parties;&-7;162;-551;72;949;318;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;104;46;-;619;poly;71;tF;&197;65;;499;poly;331;SF 31 à 400;;;;;;;;&114;43;-;787;poly;162;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.177;;;;;; 41-n;0.748;0.440;0.530;;;;;;;;;;; 1-n;0.367;-0.088;0.049;;;;;;;;;14.8.21 paris;; scc;fx;fc;;scc;fx%;fc%;scc;fx40;fc40;;x;scc;Sx-;Sc- 0;2;6;;0;5;6;0;2;6;>0;455;-1;0;39 10;9;164;;10;22;171;1;1;31;<0;28;-2;1;0 20;15;120;;20;36;125;2;0;27;zéro;2;-3;0;0 30;25;55;;30;60;57;3;3;23;total;485;-4;2;156 40;11;50;;40;26;52;4;1;7;;c;-5;0;0 50;20;52;;50;48;54;5;0;13;>0;995;-6;2;0 60;10;31;;60;24;32;6;0;4;<0;319;-7;0;6 70;18;44;;70;43;46;7;2;8;zéro;6;-8;0;31 80;15;38;;80;36;40;8;0;11;total;1320;-9;2;0 90;17;36;;90;41;37;9;1;20;;;-10;0;5 100;27;28;;100;65;29;10;1;20;;;-11;4;15 110;13;31;;110;31;32;11;0;12;;;-12;2;0 120;18;23;;120;43;24;12;2;15;;;-13;1;2 130;17;21;;130;41;22;13;2;16;;;-14;0;17 140;16;23;;140;38;24;14;2;16;;;-15;1;0 150;10;20;;150;24;21;15;1;12;;;-16;1;4 160;12;18;;160;29;19;16;0;8;;;-17;2;7 170;15;12;;170;36;12;17;1;7;;;-18;1;0 180;14;14;;180;34;15;18;0;15;;;-19;0;0 190;9;13;;190;22;14;19;4;7;;;-20;0;10 200;11;17;;200;26;18;20;3;12;;;-21;0;0 210;6;15;;210;14;16;21;2;5;;;-22;0;0 220;13;14;;220;31;15;22;0;6;;;-23;2;2 230;10;9;;230;24;9;23;1;9;;;-24;1;1 240;14;8;;240;34;8;24;4;8;;;-25;0;2 250;10;7;;250;24;7;25;3;6;;;-26;2;5 260;5;7;;260;12;7;26;3;9;;;-27;0;0 270;6;9;;270;14;9;27;4;3;;;-28;0;0 280;3;7;;280;7;7;28;0;5;;;-29;0;2 290;7;8;;290;17;8;29;3;3;;;-30;0;0 300;4;8;;300;10;8;30;5;1;;;-31;1;1 310;3;8;;310;7;8;31;2;7;;;-32;1;2 320;6;10;;320;14;10;32;1;2;;;-33;0;0 330;2;6;;330;5;6;33;1;3;;;-34;0;1 340;8;3;;340;19;3;34;0;8;;;-35;0;0 350;1;6;;350;2;6;35;1;5;;;-36;0;0 360;5;7;;360;12;7;36;1;5;;;-37;0;0 370;1;5;;370;2;5;37;2;2;;;-38;0;0 380;3;5;;380;7;5;38;2;7;;;-39;0;0 390;5;5;;390;12;5;39;1;9;;;-40;0;0 400;2;4;;400;5;4;40;0;2;;;-41;0;2 reste;39;34;;;;;reste;395;606;;;-42;0;0 total;457;1001;;t30;118;353;total;457;1001;;;-43;0;0 diagr;416;961;;;;;diagr;60;389;;;-44;0;2 - t30;367;622;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;1;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;total;28;319 </pre> ====scc intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_négatifs_S-|scc intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320 comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;4;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;28 ;Sc-;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;15;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;319 </pre> ====scc autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires|scc autres intercalaires]] <pre> ;scc;autres intercalaires;;adresses1;;;scc;autres intercalaires;;adresses2;;;scc;autres intercalaires;;adresses3 ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;215073;1194;comp;;deb;°CDS;721419;67;comp;;deb;°CDS;1113338;247;comp ;&tRNA;216426;369;comp;;;&tRNA;723124;10;comp;;;&tRNA;1114176;247; fin;°CDS;216868;;comp;;;&tRNA;723206;104;comp;;fin;°CDS;1114496;;comp deb;°CDS;243358;812;;;fin;°CDS;723381;;comp;;deb;°CDS;1126672;173;comp ;$rRNA;244983;132;;;deb;°CDS;724974;236;comp;;;&tRNA;1127778;193; ;&tRNA;246652;79;;;;&tRNA;725462;124;comp;;fin;°CDS;1128044;;comp ;$rRNA;246805;72;;;fin;°CDS;725658;;comp;;deb;°CDS;1257969;140;comp ;$rRNA;249851;175;;;deb;°CDS;767509;350;comp;;;&tRNA;1258904;79; fin;°CDS;250138;;comp;;;$rRNA;768900;72;comp;;fin;°CDS;1259057;; deb;°CDS;300128;669;;;;$rRNA;769084;40;comp;;deb;°CDS;1273039;217;comp ;&tRNA;302468;452;;;;&tRNA;772098;137;comp;;;&tRNA;1274162;103; fin;°CDS;302992;;;;;$rRNA;772309;535;comp;;fin;°CDS;1274338;;comp deb;°CDS;316296;152;comp;;fin;°CDS;774381;;;;deb;°CDS;1301674;54; ;&tRNA;317369;176;;;deb;°CDS;783089;273;;;;repeat_region;1302007;4; fin;°CDS;317619;;;;;&tRNA;784901;43;comp;;fin;°CDS;1306496;; deb;°CDS;330207;16;;;;&tRNA;785016;223;comp;;deb;°CDS;1319568;73; ;&tRNA;331021;251;comp;;fin;°CDS;785312;;;;;repeat_region;1319986;84; fin;°CDS;331356;;;;deb;°CDS;877367;447;comp;;fin;°CDS;1322087;;comp deb;°CDS;345290;228;comp;;;$rRNA;879650;72;comp;;deb;°CDS;1363097;432;comp ;&tRNA;346445;182;comp;;;$rRNA;879834;40;comp;;;&tRNA;1364822;213; fin;°CDS;346700;;comp;;;&tRNA;882848;137;comp;;fin;°CDS;1365108;; deb;°CDS;422975;71;;;;$rRNA;883059;648;comp;;deb;°CDS;1478531;196;comp ;&tRNA;424435;252;comp;;fin;°CDS;885244;;;;;&tRNA;1479645;256; fin;°CDS;424759;;;;deb;°CDS;900855;73;;;fin;°CDS;1479975;;comp deb;°CDS;436852;237;;;;&tRNA;901564;214;comp;;deb;°CDS;1522454;86;comp ;&tRNA;438406;202;comp;;fin;°CDS;901852;;;;;&tRNA;1523230;34; fin;°CDS;438680;;;;deb;°CDS;928254;138;;;fin;°CDS;1523336;;comp deb;°CDS;481186;180;comp;;;&tRNA;930684;32;;;deb;°CDS;1540671;186;comp ;&tRNA;482665;82;;;;&tRNA;930788;38;;;;&tRNA;1541994;351;comp fin;°CDS;482820;;;;;&tRNA;930900;37;;;fin;°CDS;1542418;; deb;°CDS;530805;82;;;;&tRNA;931010;36;;;deb;°CDS;1691238;189; ;&tRNA;532396;310;;;;&tRNA;931128;423;;;;&tRNA;1692768;564; fin;°CDS;532778;;;;fin;°CDS;931623;;;;fin;°CDS;1693416;; deb;°CDS;568939;102;;;deb;°CDS;937885;171;;;deb;°CDS;1760709;185;comp ;&tRNA;569803;412;;;;&tRNA;939865;437;;;;&tRNA;1762091;316; fin;°CDS;570287;;;;fin;°CDS;940376;;;;fin;°CDS;1762481;;comp deb;°CDS;636017;52;;;deb;°CDS;974079;223;comp;;deb;°CDS;2034849;32;comp ;&tRNA;636444;334;;;;&tRNA;974692;153;comp;;;&tRNA;2035061;26;comp fin;°CDS;636852;;comp;;deb;°CDS;974929;112;comp;;deb;°CDS;2035161;64;comp deb;°CDS;640192;79;;;;&tRNA;975497;95;comp;;;&tRNA;2035402;246;comp ;tmRNA;640610;334;;;fin;°CDS;975665;;;;fin;°CDS;2035721;; fin;°CDS;641322;;comp;;deb;°CDS;1069506;81;;;deb;°CDS;2185380;84; deb;°CDS;711173;51;;;;&tRNA;1070004;78;comp;;;&tRNA;2186256;40; ;ncRNA;712064;10;comp;;fin;°CDS;1070166;;;;;&tRNA;2186381;25; fin;°CDS;712417;;comp;;deb;°CDS;1084097;24;;;;&tRNA;2186493;16; deb;°CDS;717326;66;;;;regulatory;1084535;39;;;;&tRNA;2186583;40; ;&tRNA;717839;230;;;fin;°CDS;1084670;;;;;&tRNA;2186710;13; fin;°CDS;718151;;;;;;;;;;;ncRNA;2186809;133; ;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;2187040;;comp </pre> ====scc intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_tRNA|scc intercalaires tRNA]] <pre> scc;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;1194;;369;;32;26;deb; ;;;669;;452;;52;79;<201;13 ;;comp’;152;;176;;64;82;total;18 ;;comp’;16;comp’;251;;66;104;taux;72% ;;;228;;182;;67;124;; ;;comp’;71;comp’;252;;82;153;fin; ;;comp’;237;comp’;202;;84;176;<201;8 ;;comp’;180;;82;;102;182;total;17 ;;;82;;310;;112;213;taux;47% ;;;102;;412;;138;230;; ;;;52;comp’;334;;171;310;total; ;;;66;;230;;186;369;<201;21 ;10;;67;;104;;189;412;total;35 ;;;236;;124;;223;423;taux;60% ;43;comp’;273;comp’;223;;228;437;; ;;comp’;73;comp’;214;;236;452;; ;32 38 37 36;;138;;423;;669;564;; ;;;171;;437;;1194;;comp’;cumuls ;;;223;;153;;16;34;deb; ;;;112;comp’;95;;71;78;<201;11 ;;comp’;81;comp’;78;;73;95;total;16 ;;comp’;247;comp’;247;;81;103;taux;69% ;;comp’;173;comp’;193;;86;193;; ;;comp’;140;;79;;140;202;fin; ;;comp’;217;comp’;103;;152;214;<201;5 ;;comp’;432;;213;;173;223;total;16 ;;comp’;196;comp’;256;;180;246;taux;31% ;;comp’;86;comp’;34;;185;247;; ;;;186;comp’;351;;196;251;total; ;;;189;;564;;217;252;<201;16 ;;comp’;185;comp’;316;;237;256;total;32 ;;;32;;26;;247;316;taux;50% ;;;64;comp’;246;;273;334;; ;40 25 16 40 13;;84;;;;432;351;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;24;13;37;;;;;;; total;34;33;67;;;;;;; taux;71%;39%;55%;;;;;;; </pre> ====scc par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_par_rapport_au_groupe_de_référence|scc par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;scc;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;11;6;;;;;17; 16;moyen;9;5;;;;3;17; 14;fort;10;3;;;;;13; ; ;30;14;0;0;0;3;47; 10;g+cga;5;6;;;;;11; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;;;;;;4; 5;autres;;;;;;;0; ;;11;6;0;0;0;0;17; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;234;128;;;;;362;26 16;moyen;191;106;;;;64;362;324 14;fort;213;64;;;;;277;650 ;;638;298;;;;64;47;729 10;g+cga;106;128;;;;;234;10 2;agg+cgg;43;;;;;;43; 4;carre ccc;85;;;;;;85;16 5;autres;;;;;;;; ;;234;128;;;;;362; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;250;136;;386;26;37;43; 16;moyen;205;114;;318;324;30;36; 14;fort;227;68;;295;650;33;21; ;;682;318;;44;729;30;14; 10;g+cga;114;136;;250;10;45;100; 2;agg+cgg;45;;;45;;18;; 4;carre ccc;91;;;91;16;36;; 5;autres;;;;;;;; ;;250;136;;386;;11;6; </pre> ===spirochetes, estimation des -rRNAs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#spirochetes,_estimation_des_-rRNAs|spirochetes, estimation des -rRNAs]] <pre> spirochetes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 13 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;13;21; ; ;;indices;;;;13;162;0;0;;spiro1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;44 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;9;acc;;aac;;agc;;;atc;69;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;;gca;12;gaa;;gga;;;gta;;gca;92;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;;;;;;;;;;162;;0;;0;162;;;;14;;14;;16;44 11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;73;2823;0;0;;indices;;;;73;2823;0;0;;spiro1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4400 atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100 atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100 ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt; gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100 tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100 gta;101;gca;22;gaa;82;gga;100;;gta;101;gca;114;gaa;82;gga;100;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100 ttg;100;tcg;41;tag;0;tgg;100;;ttg;100;tcg;41;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1398;;1326;;891;3615;;;;1560;;1326;;891;3777;;;;1400;;1400;;1600;4400 rapports;;90;;100;;100;96;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;spiro1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;37.31;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;485;;;0/0;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;100;;avec;22;;;10;27;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;10 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;13;;;20;2;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;1;;;;ttc;20;tcc;0;tac;0;tgc;0 atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;spiro1;44;;;40;1;;;;atc;100;acc;0;aac;0;agc;0 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;44;;;50;5;36;;;ctc;3;ccc;45;cac;0;cgt;100 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;3;;;60;6;;;;gtc;45;gcc;41;gac;7;ggc;3 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100 ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;0;aaa;0;aga;1 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par spiro;;;;90;0;;;;cta;0;cca;0;caa;0;cga;8 gta;100;gca;19;gaa;100;gga;100;;est 18% au dessus;;;;100;5;;;;gta;1;gca;100;gaa;18;gga;0 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;59;tag;;tgg;0 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;3;acg;42;aag;22;agg;34 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;48;ccg;58;cag;58;cgg;53 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;66;gcg;59;gag;60;ggg;79 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;56;;62;;732;850 </pre> ==archeo== ===mfi=== ====mfi opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_opérons|mfi opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_form/methForm-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_LN515531.1;mfi;;genome;;;;;;;; 41.2%GC;17.8.19 Paris;16s 2 ;47;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Methanobacterium formicicum DSM1535;;;;;;;;;;; ;157153..157563;;CDS;;36;36;;;137;; comp;157600..157683;;ctc;;246;246;;;;; ;157930..158232;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; comp;211693..213681;;CDS;;206;206;;;*663;; ;213888..213971;;tcg;;281;281;;;;; ;214253..215677;;CDS;;;;;;475;; ;;;;;;;;;;; comp;314088..314264;;CDS;;50;50;;;59;; comp;314315..314487;;caa;@1;-1;*-1;;;;; comp;314487..314654;;CDS;;;;;;56;; ;;;;;;;;;;; comp;317759..318211;;CDS;;198;198;;;151;; comp;318410..318494;;tcc;;177;177;;;;; comp;318672..319634;;CDS;;;;;;321;; ;;;;;;;;;;; comp;419250..419975;;CDS;;156;156;;;242;; comp;420132..420204;;aac;;29;29;;;;; comp;420234..420545;;CDS;;;;;;104;; ;;;;;;;;;;; comp;466570..467484;;CDS;;223;223;;;305;; comp;467708..467792;;agc;;186;186;;;;; comp;467979..468294;;ncRNA;@2;122;122;;;316;; ;468417..469397;;CDS;;;;;;327;; ;;;;;;;;;;; ;681116..681676;;CDS;;37;37;;;187;; comp;681714..681786;;gcg;;195;195;;;;; comp;681982..682488;;CDS;;;;;;169;; ;;;;;;;;;;; ;695936..696538;;CDS;;939;*939;;;201;; comp;697478..697600;;5s;;305;;;;123;; comp;697906..700772;;23s;;233;;;;2867;; comp;701006..701079;;gca;;87;;;;;; comp;701167..702646;;16s;;724;*724;;;1480;; ;703371..704336;;CDS;;;;;;322;; ;;;;;;;;;;; comp;746487..747290;;CDS;;155;155;;;268;; comp;747446..747518;;acc;;85;;*85;;;; comp;747604..747686;;tta;;303;303;;;;; ;747990..748163;;CDS;;;;;;58;; ;;;;;;;;;;; comp;800615..801820;;CDS;;43;43;;;402;; comp;801864..801935;;caa;;72;72;;;;; comp;802008..802697;;CDS;;;;;;230;; ;;;;;;;;;;; comp;963425..964432;;CDS;;273;273;;;336;; ;964706..964778;;aac;;5;;5;;;; ;964784..964857;;atgi;;58;;58;;;; ;964916..964990;;gaa;;53;;53;;;; ;965044..965127;;cta;;29;;29;;;; ;965157..965232;;cac;;146;146;;;;; ;965379..965717;;CDS;;;;;;113;; ;;;;;;;;;;; comp;974621..974842;;CDS;;564;*564;;;74;; ;975407..975480;;aag;;90;;*90;;;; ;975571..975653;;ttg;;504;;*504;;;; ;976158..976231;;aaa;;148;148;;;;; comp;976380..976679;;CDS;;;;;;100;; ;;;;;;;;;;; comp;1006329..1008095;;CDS;;397;397;;;*589;; ;1008493..1008614;;5s;@3;748;;;;122;; ;1009363..1009485;;5s;;286;;;;123;; ;1009772..1012638;;23s;;233;;;;2867;; ;1012872..1012945;;gca;;72;;;;;; ;1013018..1014497;;16s;;454;*454;;;1480;; ;1014952..1016097;;CDS;;;;;;382;; ;;;;;;;;;;; comp;1088211..1088831;;CDS;;53;53;;;207;; comp;1088885..1089038;;tgg;@1;40;;40;;;; comp;1089079..1089150;;tgc;;212;212;;;;; comp;1089363..1089746;;CDS;;;;;;128;; ;;;;;;;;;;; ;1143658..1144137;;CDS;;166;166;;;160;; comp;1144304..1144610;;ncRNA;@2;14;14;;;307;; comp;1144625..1144699;;atgf;;139;139;;;;; comp;1144839..1145162;;CDS;;;;;;108;; ;;;;;;;;;;; ;1153368..1154087;;CDS;;56;56;;;240;; ;1154144..1154217;;aga;;62;;62;;;; ;1154280..1154354;;agg;;552;*552;;;;; comp;1154907..1156157;;CDS;;;;;;417;; ;;;;;;;;;;; ;1247204..1247659;;CDS;;4;4;;;152;; comp;1247664..1247739;;cga;;133;133;;;;; comp;1247873..1248481;;CDS;;;;;;203;; ;;;;;;;;;;; comp;1320721..1321641;;CDS;;183;183;;;307;; ;1321825..1321896;;gta;;99;;*99;;;; ;1321996..1322067;;gtg;;228;228;;;;; comp;1322296..1323084;;CDS;;;;;;263;; ;;;;;;;;;;; comp;1403886..1409507;;CDS;;351;351;;;*1874;; comp;1409859..1409930;;cgc;;222;222;;;;; comp;1410153..1410620;;CDS;;;;;;156;; ;;;;;;;;;;; ;1532795..1533088;;CDS;;127;127;;;98;; comp;1533216..1533325;;atgj;@1;246;246;;;;; ;1533572..1534402;;CDS;;;;;;277;; ;;;;;;;;;;; ;1541929..1542321;;CDS;;127;127;;;131;; ;1542449..1542522;;ggg;;1;*1;;;;; comp;1542524..1543528;;CDS;;;;;;335;; ;;;;;;;;;;; ;1602054..1603277;;CDS;;257;257;;;408;; ;1603535..1603608;;aca;;76;;76;;;; ;1603685..1603759;;cca;;44;;44;;;; ;1603804..1603877;;tac;;170;;*170;;;; ;1604048..1604119;;gac;;7;;7;;;; ;1604127..1604200;;aaa;;24;24;;;;; ;1604225..1604461;;CDS;;;;;;79;; ;;;;;;;;;;; ;1617553..1617861;;CDS;;187;187;;;103;; ;1618049..1618133;;tca;;252;252;;;;; ;1618386..1619444;;CDS;;;;;;353;; ;;;;;;;;;;; comp;1692202..1692552;;CDS;;271;271;;;117;; comp;1692824..1692895;;cag;;156;156;;;;; comp;1693052..1693972;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; ;1887796..1888038;;CDS;;136;136;;;81;; ;1888175..1888257;;ctg;;193;193;;;;; ;1888451..1891267;;CDS;;;;;;*939;; ;;;;;;;;;;; ;2057488..2057883;;CDS;;230;230;;;132;; ;2058114..2058184;;tgc;;143;143;;;;; ;2058328..2059713;;CDS;;;;;;462;; ;;;;;;;;;;; ;2128536..2129312;;CDS;;123;123;;;259;; ;2129436..2129509;;acg;;362;362;;;;; comp;2129872..2130963;;CDS;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; comp;2204492..2204932;;CDS;;178;178;;;147;; ;2205111..2205182;;gtc;;4;;4;;;; ;2205187..2205259;;ttc;;283;283;;;;; comp;2205543..2205875;;CDS;;;;;;111;; ;;;;;;;;;;; ;2317208..2317498;;CDS;;271;271;;;97;; ;2317770..2317842;;atc;;460;*460;;;;; ;2318303..2318863;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; comp;2414821..2415903;;CDS;;491;*491;;;361;; ;2416395..2416468;;gcc;;303;303;;;;; comp;2416772..2417797;;CDS;;;;;;342;; ;;;;;;;;;;; comp;2432399..2432848;;CDS;;537;*537;;;150;; ;2433386..2433459;;ggc;;2;;2;;;; ;2433462..2433535;;gga;;326;326;;;;; comp;2433862..2434263;;CDS;;;;;;134;; </pre> ====mfi cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_cumuls|mfi cumuls]] <pre> mfi cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;-;1;2;1;;100;9;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;4;;50;8;20;;200;21;60;3 ;16 gca 235;2;40;2;;100;3;40;;300;10;90;3 ;16 23 5s a;0;60;3;;150;10;60;;400;12;120;10 ;max a;1;80;2;;200;12;80;;500;5;150;7 ;a doubles;0;100;3;;250;8;100;;600;1;180;5 ;autres;2;120;0;;300;7;120;;700;1;210;5 ;total aas;2;140;0;;350;3;140;;800;0;240;2 sans ;opérons;29;160;0;;400;3;160;;900;0;270;4 ;1 aa;20;180;1;;450;0;180;;1000;1;300;1 ;max a;5;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;6 ;a doubles;0;;1;;;5;;;;1;;15 ;total aas;45;;16;0;;64;;0;;61;;61 total aas;;47;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;83;;;224;;;;266;; ;;;variance;121;;;176;;;;265;; sans jaune;;;moyenne;35;;;178;;;;213;;171 ;;;variance;27;;;96;;;;115;;81 </pre> ====mfi blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_blocs|mfi blocs]] <pre> mfi blocs;; CDS;939;201 5s;305;123 23s;233;2867 gca;87; 16s;724;1480 CDS;;322 ;; CDS;397;589 5s;748;122 5s;286;123 23s;233;2867 gca;72; 16s;454;1480 CDS;;382 </pre> ====mfi remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_remarques|mfi remarques]] <pre> mfi;;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;1;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;1;caa;2;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;;cag;1;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ====mfi distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_distribution|mfi distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;;;;;; atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;;;;;; ctc;1;ccc;;cac;;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;;;;;;; gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;;;;;; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1;;ata;;;;;;; cta;;cca;;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;;;;;; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;; ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;;;;;; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;;;;;; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mfi;;20;;;;;;;mfi;25;;;;;2;47;;mfi;0;;;;;; </pre> ====mfi données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_données_intercalaires|mfi données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mfi;fx;fc;mfi;fx40;fc40;mfi;x-;c-;c;x;c;x;aa ;1;0;0;29;0;0;29;-1;;22;281;36;16s tRNA;; 2;0;10;12;146;1;0;20;-2;;0;50;246;87;;gca ;0;20;6;108;2;1;25;-3;;0;-1;206;72;;gca ;2;30;18;58;3;0;14;-4;1;70;198;37;tRNA 23s;; 2;0;40;14;56;4;1;20;-5;;0;177;303;2* 233;;gca ;2;50;11;53;5;1;14;-6;1;0;156;273;tRNA tRNA;; ;2;60;15;58;6;2;7;-7;;0;29;564;85;;acc ;0;70;17;61;7;0;8;-8;1;27;223;148;**;;tta ;1;80;14;57;8;1;10;-9;;0;195;552;5;;aac ;0;90;21;61;9;4;14;-10;;3;155;4;58;;atgi ;0;100;16;67;10;2;14;-11;;11;43;183;53;;gaa ;0;110;10;46;11;0;17;-12;;0;72;228;29;;cta ;0;120;23;51;12;1;12;-13;;4;146;127;**;;cac 1;2;130;22;52;13;0;18;-14;;3;53;246;90;;aag ;3;140;21;40;14;0;16;-15;;0;212;1;504;;ttg 1;2;150;23;47;15;0;3;-16;;1;139;362;**;;aaa ;3;160;21;39;16;0;10;-17;;3;56;178;40;;tgg ;0;170;15;28;17;1;8;-18;;0;133;283;**;;tgc 1;1;180;17;27;18;2;12;-19;;1;351;491;62;;aga 1;1;190;20;34;19;2;5;-20;;1;222;303;**;;agg ;3;200;16;27;20;0;7;-21;;0;127;537;99;;gta 1;0;210;13;28;21;2;6;-22;;0;257;326;**;;gtg ;1;220;17;21;22;3;4;-23;;2;24;;76;;aca 1;3;230;11;30;23;2;8;-24;;0;187;;44;;cca ;0;240;14;24;24;0;12;-25;;0;252;;170;;tac 2;0;250;9;22;25;1;6;-26;;0;271;;7;;gac ;2;260;7;17;26;2;0;-27;;0;156;;**;;aaa ;0;270;17;18;27;2;9;-28;;0;136;;4;;gtc 1;2;280;10;16;28;2;5;-29;;1;193;;**;;ttc 1;1;290;5;12;29;3;4;-30;;0;230;;2;;ggc ;0;300;5;14;30;1;4;-31;;0;143;;**;;gga 2;0;310;13;14;31;1;6;-32;;2;123;;;; ;0;320;12;14;32;5;5;-33;;0;271;;;; 1;0;330;11;17;33;2;10;-34;;1;460;;;; ;0;340;8;6;34;1;5;-35;;2;CDS 16s;;;; ;0;350;7;8;35;2;5;-36;;0;454;724;;; ;1;360;7;10;36;0;3;-37;;0;23s 5s;;;; 1;0;370;9;7;37;0;5;-38;;1;305;;;; ;0;380;6;11;38;0;7;-39;;0;286;;;; ;0;390;9;8;39;0;8;-40;;0;5s 5s;;;; ;0;400;5;10;40;3;2;-41;;0;748;;;; 4;1;reste;99;93;reste;576;1148;-42;;0;5s CDS;;;; 22;34;total;626;1545;total;626;1545;-43;;1;;939;;; 18;32;diagr;527;1423;diagr;50;368;-44;;2;;397;;; 2;2; t30;36;312;;;;-45;;0;;;;; ;;;;;;;;-46;;2;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;; ;x;626;5;0;631;;;-49;;0;;;;; ;c;1516;167;29;1712;;;-50;;0;;;;; ;;;;;2343;87;;reste;2;7;;;;; ;;;;;;2430;;total;5;167;;;;; </pre> =====mfi autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_autres_intercalaires_aas|mfi autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;mfi;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;157153;157563;36;*; ;comp;tRNA;157600;157683;246;*;ctc fin;;CDS;157930;158232;;0; deb;comp;CDS;211693;213681;206;*; ;;tRNA;213888;213971;281;*;tcg fin;;CDS;214253;215677;;0; deb;comp;CDS;314088;314264;50;*; ;comp;tRNA;314315;314487;-1;*;caa fin;comp;CDS;314487;314654;;; deb;comp;CDS;317759;318211;198;*; ;comp;tRNA;318410;318494;177;*;tcc fin;comp;CDS;318672;319634;;; deb;comp;CDS;419250;419975;156;*; ;comp;tRNA;420132;420204;29;*;aac fin;comp;CDS;420234;420545;;; deb;comp;CDS;466570;467484;223;*; ;comp;tRNA;467708;467792;186;*;agc ;comp;ncRNA;467979;468294;122;*; fin;;CDS;468417;469397;;; deb;;CDS;681116;681676;37;*; ;comp;tRNA;681714;681786;195;*;gcg fin;comp;CDS;681982;682488;;0; deb;;CDS;695936;696538;939;*; ;comp;rRNA;697478;697600;305;*;123 ;comp;rRNA;697906;700772;233;*;2867 ;comp;tRNA;701006;701079;87;*;gca ;comp;rRNA;701167;702646;724;*;1480 fin;;CDS;703371;704336;;0; deb;comp;CDS;746487;747290;155;*; ;comp;tRNA;747446;747518;85;*;acc ;comp;tRNA;747604;747686;303;*;tta fin;;CDS;747990;748163;;; deb;comp;CDS;800615;801820;43;*; ;comp;tRNA;801864;801935;72;*;caa fin;comp;CDS;802008;802697;;; deb;comp;CDS;963425;964432;273;*; ;;tRNA;964706;964778;5;*;aac ;;tRNA;964784;964857;58;*;atgi ;;tRNA;964916;964990;53;*;gaa ;;tRNA;965044;965127;29;*;cta ;;tRNA;965157;965232;146;*;cac fin;;CDS;965379;965717;;; deb;comp;CDS;974621;974842;564;*; ;;tRNA;975407;975480;90;*;aag ;;tRNA;975571;975653;504;*;ttg ;;tRNA;976158;976231;148;*;aaa fin;comp;CDS;976380;976679;;0; deb;;CDS;1006329;1008095;397;*; ;comp;rRNA;1008493;1008614;748;*;122 ;comp;rRNA;1009363;1009485;286;*;123 ;comp;rRNA;1009772;1012638;233;*;2867 ;comp;tRNA;1012872;1012945;72;*;gca ;comp;rRNA;1013018;1014497;454;*;1480 fin;comp;CDS;1014952;1016097;;; deb;comp;CDS;1088211;1088831;53;*; ;comp;tRNA;1088885;1089038;40;*;tgg ;comp;tRNA;1089079;1089150;212;*;tgc fin;comp;CDS;1089363;1089746;;0; deb;;CDS;1143658;1144137;166;*; ;comp;ncRNA;1144304;1144610;14;*; ;comp;tRNA;1144625;1144699;139;*;atgf fin;comp;CDS;1144839;1145162;;; deb;;CDS;1153368;1154087;56;*; ;;tRNA;1154144;1154217;62;*;aga ;;tRNA;1154280;1154354;552;*;agg fin;comp;CDS;1154907;1156157;;; deb;;CDS;1247204;1247659;4;*; ;comp;tRNA;1247664;1247739;133;*;cga fin;comp;CDS;1247873;1248481;;; deb;comp;CDS;1320721;1321641;183;*; ;;tRNA;1321825;1321896;99;*;gta ;;tRNA;1321996;1322067;228;*;gtg fin;comp;CDS;1322296;1323084;;0; deb;comp;CDS;1403886;1409507;351;*; ;comp;tRNA;1409859;1409930;222;*;cgc fin;comp;CDS;1410153;1410620;;; deb;;CDS;1532795;1533088;127;*; ;comp;tRNA;1533216;1533325;246;*;atgj fin;;CDS;1533572;1534402;;0; deb;;CDS;1541929;1542321;127;*; ;;tRNA;1542449;1542522;1;*;ggg fin;comp;CDS;1542524;1543528;;; deb;;CDS;1602054;1603277;257;*; ;;tRNA;1603535;1603608;76;*;aca ;;tRNA;1603685;1603759;44;*;cca ;;tRNA;1603804;1603877;170;*;tac ;;tRNA;1604048;1604119;7;*;gac ;;tRNA;1604127;1604200;24;*;aaa fin;;CDS;1604225;1604461;;; deb;;CDS;1617553;1617861;187;*; ;;tRNA;1618049;1618133;252;*;tca fin;;CDS;1618386;1619444;;0; deb;comp;CDS;1692202;1692552;271;*; ;comp;tRNA;1692824;1692895;156;*;cag fin;comp;CDS;1693052;1693972;;; deb;;CDS;1887796;1888038;136;*; ;;tRNA;1888175;1888257;193;*;ctg fin;;CDS;1888451;1891267;;; deb;;CDS;2057488;2057883;230;*; ;;tRNA;2058114;2058184;143;*;tgc fin;;CDS;2058328;2059713;;; deb;;CDS;2128536;2129312;123;*; ;;tRNA;2129436;2129509;362;*;acg fin;comp;CDS;2129872;2130963;;; deb;comp;CDS;2204492;2204932;178;*; ;;tRNA;2205111;2205182;4;*;gtc ;;tRNA;2205187;2205259;283;*;ttc fin;comp;CDS;2205543;2205875;;; deb;;CDS;2317208;2317498;271;*; ;;tRNA;2317770;2317842;460;*;atc fin;;CDS;2318303;2318863;;0; deb;comp;CDS;2414821;2415903;491;*; ;;tRNA;2416395;2416468;303;*;gcc fin;comp;CDS;2416772;2417797;;; deb;comp;CDS;2432399;2432848;537;*; ;;tRNA;2433386;2433459;2;*;ggc ;;tRNA;2433462;2433535;326;*;gga fin;comp;CDS;2433862;2434263;;0; </pre> ===mja=== ====mja opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_opérons|mja opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_jann_DSM_2661/methJann1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000909.1;mja;;genome;;;;;;;; 31.3%GC;17.8.19 Paris;16s 2 ;37;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661;;;;;;;;;;; comp;96499..97053;;CDS;;372;372;;;185;; comp;97426..97537;;atgj;@1;91;;*91;;;; ;97629..97716;;ctc;;241;241;;;;; ;97958..99259;;CDS;;;;;;434;; ;;;;;;;;;;; comp;110328..111545;;CDS;;222;222;;;406;; ;111768..111852;;tga ;;21;21;;;;; ;111874..112785;;CDS;;;;;;304;; ;;;;;;;;;;; ;137244..138245;;CDS;;98;98;;;334;; comp;138344..138419;;gtg;;59;59;;;;; comp;138479..138781;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; ;153070..154479;;CDS;;182;182;;;470;; comp;154662..157639;;23s;;207;;;;2978;; comp;157847..157919;;gca;;64;;;;;; comp;157984..159463;;16s;;340;340;;;1480;; ;159804..160085;;CDS;;;;;;94;; ;;;;;;;;;;; comp;185874..186671;;CDS;;306;306;;;266;; ;186978..187066;;tcc;;71;71;;;;; ;187138..187590;;CDS;;;;;;151;; ;;;;;;;;;;; ;190579..190800;;CDS;;31;31;;;74;; ;190832..190908;;ccc;;32;32;;;;; ;190941..191114;;CDS;;;;;;58;; ;;;;;;;;;;; comp;214560..215060;;CDS;;149;149;;;167;; ;215210..215297;;tta;;154;154;;;;; ;215452..216240;;CDS;;;;;;263;; ;;;;;;;;;;; ;226386..227639;;CDS;;64;64;;;418;; comp;227704..227780;;gcc;;239;239;;;;; ;228020..229720;;CDS;;;;;;*567;; ;;;;;;;;;;; ;303613..303927;;CDS;;64;64;;;105;; ;303992..304081;;tca;;230;230;;;;; comp;304312..304752;;CDS;;;;;;147;; ;;;;;;;;;;; comp;357984..358547;;CDS;;220;220;;;188;; ;358768..358845;;aga;;23;;23;;;; ;358869..358943;;gaa;;164;164;;;;; ;359108..359923;;CDS;;;;;;272;; ;;;;;;;;;;; ;359108..359923;;CDS;;48;48;;;272;; comp;359972..360047;;atgf;;103;103;;;;; comp;360151..361485;;CDS;;;;;;445;; ;;;;;;;;;;; ;401945..402796;;CDS;;171;171;;;284;; comp;402968..403044;;gtc;;229;229;;;;; ;403274..403834;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; comp;618311..618757;;CDS;;402;*402;;;149;; comp;619160..619234;;tgc;;63;63;;;;; comp;619298..619915;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; ;636394..637449;;CDS;;133;133;;;352;; ;637583..637659;;ttc;;7;;;7;;; ;637667..637742;;aac;;29;;;29;;; ;637772..637849;;atgi;;18;;;18;;; ;637868..637942;;gaa;;39;;;39;;; ;637982..638069;;cta;;11;;;11;;; ;638081..638152;;cac;;295;;;;;; ;638448..639930;;16s;;64;;;;1483;; ;639995..640067;;gca;;207;;;;;; ;640275..643254;;23s;;78;;;;2980;; ;643333..643447;;5s;;56;;;;115;; ;643504..643761;;ncRNA;@2;232;232;;;258;; ;643994..644962;;CDS;;;;;;323;; ;;;;;;;;;;; ;762859..763608;;CDS;;157;157;;;250;; comp;763766..763842;;acc;;178;;*178;;;; ;764021..764096;;caa;;50;50;;;;; ;764147..764818;;CDS;;;;;;224;; ;;;;;;;;;;; ;862207..862410;;CDS;;179;179;;;68;; ;862590..862661;;cga;;41;41;;;;; ;862703..863392;;CDS;;86;86;;;230;; ;863479..863555;;aca;;14;;;14;;; ;863570..863647;;cca;;8;;;8;;; ;863656..863732;;tac;;83;;;83;;; ;863816..863889;;aaa;;13;;;;;; ;863903..864017;;5s;@3;46;;;;115;; ;864064..864141;;gac;;80;80;;;;; ;864222..864842;;CDS;;;;;;207;; ;;;;;;;;;;; ;871492..873447;;CDS;;238;238;;;*652;; comp;873686..873763;;atc;;102;102;;;;; comp;873866..875110;;CDS;;;;;;415;; ;;;;;;;;;;; comp;882566..883615;;CDS;;65;65;;;350;; ;883681..883754;;gta;;123;123;;;;; comp;883878..884297;;CDS;;;;;;140;; ;;;;;;;;;;; comp;1037197..1038504;;CDS;;39;39;;;436;; comp;1038544..1038620;;cgc;@4;1;*1;;;;; comp;1038622..1039386;;CDS;;;;;;255;; ;;;;;;;;;;; comp;1148669..1149934;;CDS;;210;210;;;422;; ;1150145..1150220;;ggc;;34;;34;;;; ;1150255..1150330;;gga;;243;243;;;;; ;1150574..1151254;;CDS;;;;;;227;; ;;;;;;;;;;; comp;1188906..1189772;;CDS;;172;172;;;289;; ;1189945..1190055;;tgg;@1;95;95;;;;; ;1190151..1190684;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; comp;1312335..1312781;;CDS;;383;383;;;149;; ;1313165..1313249;;agc;;177;177;;;;; ;1313427..1314617;;CDS;;;;;;397;; </pre> ====mja cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_cumuls|mja cumuls]] <pre> mja cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;1;1;;100;4;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;0;5;50;7;20;;200;12;60;1 ;16 atc gca;0;40;2;2;100;10;40;;300;13;90;2 ;16 23 5s a;0;60;0;0;150;5;60;;400;6;120;3 ;max a;7;80;0;0;200;8;80;;500;8;150;4 ;a doubles;0;100;1;1;250;10;100;;600;1;180;3 ;autres;2;120;0;0;300;0;120;;700;1;210;5 ;total aas;13;140;0;0;350;2;140;;800;0;240;3 sans ;opérons;20;160;0;0;400;2;160;;900;0;270;4 ;1 aa;16;180;1;0;450;1;180;;1000;0;300;4 ;max a;2;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2 ;a doubles;0;;0;0;;0;;;;0;;14 ;total aas;24;;4;8;;46;;0;;45;;45 total aas;;37;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;82;26;;154;;;;269;; ;;;variance;71;25;;102;;;;137;; sans jaune;;;moyenne;29;18;;152;;;;253;;194 ;;;variance;8;12;;95;;;;117;;74 </pre> ====mja blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_blocs|mja blocs]] <pre> mja blocs;; CDS;182; 23s;207;2978 gca;64; 16s;340;1480 CDS;; ;; cac;295; 16s;64;1483 gca;207; 23s;78;2980 5s;56;115 ncRNA;232;258 CDS;; ;; aaa;13; 5s;46;115 gac;80; CDS;; </pre> ====mja remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_remarques|mja remarques]] <pre> mja;;;;;;;37 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====mja distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_distribution|mja distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;;;;;; atc;1;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;;;;;; ctc;;ccc;1;cac;;cgc;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;;;;;; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;;;;;; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;;;;;; cta;;cca;;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;;;;;; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;; ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;;;;;; atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;;;;;; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;; gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mja;;16;;;;;;;mja;8;;;;;;;;mja;0;;;;;; </pre> ====mja données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_données_intercalaires|mja données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mja;fx;fc;mja;fx40;fc40;mja;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;10;11;0;10;11;-1;0;25;372;250;tRNA 16s;; ;1;10;49;179;1;12;18;-2;0;0;241;98;295;;cac ;1;20;31;154;2;12;28;-3;0;0;19;306;16s tRNA;; ;0;30;17;91;3;3;6;-4;26;51;59;149;2* 64;;gca ;3;40;16;50;4;6;32;-5;0;2;71;64;tRNA 23s;; 1;2;50;11;50;5;0;11;-6;4;0;31;239;2* 207;;gca ;1;60;10;45;6;5;4;-7;2;1;32;230;5s tRNA;; 2;2;70;14;44;7;2;5;-8;2;12;154;220;80;;gac ;2;80;14;34;8;5;15;-9;3;0;64;48;tRNA 5s;; ;1;90;28;43;9;3;32;-10;0;1;164;171;13;;aaa 1;1;100;19;36;10;1;28;-11;2;10;103;229;tRNA tRNA;;contig ;2;110;10;28;11;7;16;-12;3;0;402;157;7;;ttc ;0;120;16;30;12;4;22;-13;0;4;63;238;29;;aac 1;0;130;14;28;13;3;17;-14;1;9;133;65;18;;atgi ;1;140;19;32;14;5;13;-15;3;0;50;123;39;;gaa 1;0;150;7;27;15;2;13;-16;0;2;179;210;11;;cta 1;1;160;13;18;16;1;14;-17;0;5;41;172;**;;cac ;1;170;9;12;17;2;10;-18;2;0;86;383;14;;aca 2;2;180;14;14;18;2;17;-19;0;2;80;;8;;cca ;0;190;13;11;19;3;18;-20;0;6;102;;83;;tac ;0;200;10;15;20;2;14;-21;1;0;39;;**;;aaa 1;0;210;5;10;21;4;16;-22;0;0;1;;tRNA tRNA;; 1;0;220;11;11;22;4;11;-23;1;6;243;;91;;atgj 2;0;230;7;10;23;1;9;-24;1;0;95;;**;;ctc 2;0;240;3;9;24;3;11;-25;1;3;177;;23;;aga 1;2;250;3;9;25;2;12;-26;0;1;5s 16s;;**;;gaa ;0;260;0;7;26;1;9;-27;0;0;-;340;178;;acc ;0;270;6;7;27;2;6;-28;0;1;CDS 23s;;**;;caa ;0;280;2;7;28;0;3;-29;1;3;-;182;34;;ggc ;0;290;4;10;29;0;6;-30;0;0;23s 5s;;**;;gga ;0;300;3;1;30;0;8;-31;0;0;78;;;; 1;0;310;2;3;31;3;4;-32;0;3;;;;; ;0;320;6;6;32;2;4;-33;0;0;;;;; ;0;330;1;2;33;1;11;-34;0;2;;;;; ;0;340;3;3;34;2;11;-35;0;1;;;;; ;0;350;2;1;35;0;1;-36;0;0;;;;; ;0;360;3;3;36;1;4;-37;0;0;;;;; ;0;370;3;3;37;1;3;-38;0;3;;;;; ;1;380;3;2;38;1;5;-39;1;0;;;;; 1;0;390;3;0;39;4;7;-40;0;0;;;;; ;0;400;3;1;40;1;0;-41;0;2;;;;; ;1;reste;24;12;reste;318;584;-42;0;0;;;;; 18;25;total;441;1069;total;441;1069;-43;0;0;;;;; 18;24;diagr;407;1046;diagr;113;474;-44;0;1;;;;; 0;2; t30;97;424;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;; ;x;431;56;10;497;;;-49;0;1;;;;; ;c;1058;163;11;1232;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1729;99;;reste;1;6;;;;; ;;;;;;1828;;total;56;163;;;;; </pre> =====mja autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires_aas|mja autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *'''Attention''': Correction erreur fin de génome <pre> autres intercalaires;;mja;;;;; deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;;rpr;378;2126;89;*; fin;comp;CDS;2216;3343;;; deb;comp;CDS;96499;97053;372;*; ;comp;tRNA;97426;97537;91;*;atgj ;;tRNA;97629;97716;241;*;ctc fin;;CDS;97958;99259;;; deb;comp;CDS;110328;111515;250;*; ;;tRNA;111766;111854;19;*;tga fin;;CDS;111874;112785;;1; deb;;CDS;131467;132552;369;*; ;;rpr;132922;133999;114;*; fin;comp;CDS;134114;134959;;; deb;;CDS;137244;138245;98;*; ;comp;tRNA;138344;138419;59;*;gtg fin;comp;CDS;138479;138781;;0; deb;;CDS;153070;154479;182;*; ;comp;rRNA;154662;157639;207;*;23s ;comp;tRNA;157847;157919;64;*;gca ;comp;rRNA;157984;159463;340;*;16s fin;;CDS;159804;160085;;; deb;comp;CDS;185874;186671;306;*; ;;tRNA;186978;187066;71;*;tcc fin;;CDS;187138;187590;;; deb;;CDS;190579;190800;31;*; ;;tRNA;190832;190908;32;*;ccc fin;;CDS;190941;191114;;; deb;comp;CDS;214560;215060;149;*; ;;tRNA;215210;215297;154;*;tta fin;;CDS;215452;216240;;; deb;;CDS;226386;227639;64;*; ;comp;tRNA;227704;227780;239;*;gcc fin;;CDS;228020;229720;;; deb;;CDS;235984;236169;394;*; ;;rpr;236564;238184;97;*; fin;comp;CDS;238282;238725;;0; deb;;CDS;303622;303927;64;*; ;;tRNA;303992;304081;230;*;tca fin;comp;CDS;304312;304752;;; deb;comp;CDS;351301;351564;129;*; ;;rpr;351694;352468;374;*; fin;comp;CDS;352843;353142;;; deb;comp;CDS;357984;358547;220;*; ;;tRNA;358768;358845;23;*;aga ;;tRNA;358869;358943;164;*;gaa deb;;CDS;359108;359923;48;*; ;comp;tRNA;359972;360047;103;*;atgf fin;comp;CDS;360151;361485;;0; deb;;CDS;401945;402796;171;*; ;comp;tRNA;402968;403044;229;*;gtc fin;;CDS;403274;403834;;; deb;;CDS;427091;428104;467;*; ;;rpr;428572;429636;39;*; fin;comp;CDS;429676;430632;;0; deb;comp;CDS;498208;500886;604;*; ;;rpr;501491;501989;52;*; fin;comp;CDS;502042;502485;;; deb;comp;CDS;506108;506779;484;*; ;;rpr;507264;508115;282;*; fin;;CDS;508398;509819;;; deb;comp;CDS;551189;552289;251;*; ;;ncRNA;552541;552856;28;*; fin;;CDS;552885;553364;;; deb;comp;CDS;618311;618757;402;*; ;comp;tRNA;619160;619234;63;*;tgc fin;comp;CDS;619298;619915;;0; deb;;CDS;636394;637449;133;*; ;;tRNA;637583;637659;7;*;ttc ;;tRNA;637667;637742;29;*;aac ;;tRNA;637772;637849;18;*;atgi ;;tRNA;637868;637942;39;*;gaa ;;tRNA;637982;638069;11;*;cta ;;tRNA;638081;638152;295;*;cac ;;rRNA;638448;639930;64;*;16s ;;tRNA;639995;640067;207;*;gca ;;rRNA;640275;643254;78;*;23s ;;rRNA;643333;643447;56;*;5s ;;ncRNA;643504;643761;232;*; fin;;CDS;643994;644962;;1; deb;;CDS;762859;763608;157;*; ;comp;tRNA;763766;763842;178;*;acc ;;tRNA;764021;764096;50;*;caa fin;;CDS;764147;764818;;0; deb;comp;CDS;857400;857993;118;*; ;;rpr;858112;858343;532;*; fin;;CDS;858876;860228;;; deb;;CDS;862207;862410;179;*; ;;tRNA;862590;862661;41;*;cga deb;;CDS;862703;863392;86;*; ;;tRNA;863479;863555;14;*;aca ;;tRNA;863570;863647;8;*;cca ;;tRNA;863656;863732;83;*;tac ;;tRNA;863816;863889;13;*;aaa ;;rRNA;863903;864017;46;*;5s ;;tRNA;864064;864141;80;*;gac fin;;CDS;864222;864842;;; deb;;CDS;871492;873447;238;*; ;comp;tRNA;873686;873763;102;*;atc fin;comp;CDS;873866;875110;;0; deb;comp;CDS;882566;883615;65;*; ;;tRNA;883681;883754;123;*;gta fin;comp;CDS;883878;884297;;0; deb;comp;CDS;1033083;1034345;474;*; ;;rpr;1034820;1035754;93;*; fin;comp;CDS;1035848;1036873;;; deb;comp;CDS;1037197;1038504;39;*; ;comp;tRNA;1038544;1038620;1;*;cgc fin;comp;CDS;1038622;1039386;;; deb;comp;CDS;1047158;1048804;568;*; ;;rpr;1049373;1050302;181;*; fin;;CDS;1050484;1051014;;0; deb;comp;CDS;1148669;1149934;210;*; ;;tRNA;1150145;1150220;34;*;ggc ;;tRNA;1150255;1150330;243;*;gga fin;;CDS;1150574;1151254;;; deb;comp;CDS;1188906;1189772;172;*; ;;tRNA;1189945;1190055;95;*;tgg fin;;CDS;1190151;1190684;;0; deb;;CDS;1218598;1219764;79;*; ;;rpr;1219844;1220165;479;*; fin;comp;CDS;1220645;1222306;;; deb;;CDS;1266436;1266561;484;*; ;;rpr;1267046;1267714;79;*; fin;comp;CDS;1267794;1268189;;; deb;comp;CDS;1312335;1312781;383;*; ;;tRNA;1313165;1313249;177;*;agc fin;;CDS;1313427;1314617;;; deb;;CDS;1455222;1456646;68;*; ;;rpr;1456715;1457335;384;*; fin;comp;CDS;1457720;1458889;;0; deb;;CDS;1568600;1569889;484;*; ;;rpr;1570374;1570895;121;*; fin;comp;CDS;1571017;1572063;;; deb;;CDS;1574035;1575045;473;*; ;;rpr;1575519;1576383;223;*; fin;;CDS;1576607;1577287;;0; deb;comp;CDS;1664008;1664862;377;*; </pre> ====mja intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_entre_cds|mja intercalaires entre cds]] *'''Les intercalaires négatifs:''' <pre> mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;0;0;0;25;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;53 continu;25;0;0;52;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;1;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;7;166 </pre> *'''Le Tableau''' <pre> mja;4.2.21 Paris;;mja 9.4.20;;;;;;; ;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquence5 ;'''négatif;219;12.7;'''négatif ;-13;14;-1 à -83;'''1 664 970;-1;219 ;'''zéro;21;1.2;;;;;'''intercals;0;21 ;'''1 à 200;1275;73.7;'''0 à 200;64;56;;'''151 580;5;128 ;'''201 à 370;166;9.6;'''201 à 370;265;47;;'''9.1%;10;100 ;'''371 à 600;36;2.1;'''371 à 600;438;51;;;15;102 ;'''601 à max;12;0.7;'''601 à 1028;675;39;;;20;83 ;'''total 1729;<201;88;'''total 1727;85;109;-83 à 724;;25;73 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;35 470326;1019;-1;219;-70;3;;0;21;35;39 47370;859;0;21;-60;3;;-1;°25;40;27 451281;848;1;30;-50;1;;-2;0;45;36 449897;724;2;°40;-40;5;;-3;0;50;25 291222;711;3;9;-30;10;'''min à -1;-4;°77;55;18 623421;694;4;°38;-20;25;219;-5;2;60;37 1432395;694;5;11;-10;44;12.7%;-6;4;65;22 694012;687;6;9;0;149;;-7;3;70;36 1461617;685;7;7;10;228;;-8;°14;75;21 1176472;629;8;20;20;185;;-9;3;80;27 328329;625;9;°35;30;108;;-10;1;85;27 911715;622;10;29;40;66;'''1 à 100;-11;°12;90;44 106958;542;11;23;50;61;935;-12;3;95;22 91672;527;12;26;60;55;54.0%;-13;4;100;33 692428;522;13;20;70;58;;-14;°10;105;21 256182;501;14;18;80;48;;-15;3;110;17 1370826;495;15;15;90;71;;-16;2;115;21 15863;490;16;15;100;55;;-17;°5;120;25 424100;489;17;12;110;38;;-18;2;125;22 1547813;489;18;19;120;46;;-19;2;130;20 73799;487;19;°21;130;42;;-20;°6;135;25 1128054;479;20;16;140;51;;-21;1;140;26 777753;478;21;°20;150;34;;-22;0;145;18 983847;478;22;15;160;31;;-23;°7;150;16 1338520;474;23;10;170;21;'''1 à 200;-24;1;155;15 518562;472;24;°14;180;28;1275;-25;4;160;16 410085;456;25;14;190;24;74%;-26;°1;165;11 1291124;450;26;10;200;25;;-27;0;170;10 1607321;446;27;8;210;15;;-28;1;175;16 1596121;439;28;3;220;22;;-29;°4;180;12 439827;431;29;6;230;17;;-30;0;185;10 489906;417;30;8;240;12;;-31;0;190;14 966335;417;31;7;250;12;'''0 à 200;-32;°5;195;16 7338;412;32;6;260;7;1296;;223;200;9 325298;411;33;12;270;13;;reste;17;205;6 1119539;406;34;°13;280;9;;total;240;210;9 258119;400;35;1;290;14;;;;215;11 ;;36;5;300;4;;;;220;11 ;;37;4;310;5;;;;225;5 ;;38;6;320;12;;;;230;12 ;;39;°11;330;3;;;;235;5 ;;40;1;340;6;'''201 à 370;;;240;7 ;;reste;902;350;3;166;;;245;6 ;;total;1729;360;6;9.6%;;;250;6 ;;;;370;6;;;;255;4 ;;;;380;5;;;;260;3 ;;;;390;3;;;;265;7 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;4;;;;270;6 349543;-83;shift2;635;410;1;;;;275;7 541115;-73;shift2;498;420;4;;;;280;2 575292;-71;shift2;146;430;0;;;;285;9 125178;-64;shift2;246;440;2;;;;290;5 1600078;-62;comp;;450;2;;;;295;3 1611178;-62;shift2;1499;460;1;;;;300;1 28018;-59;shift2;497;470;0;;;;305;4 316817;-49;shift2;495;480;5;;;;310;1 1478759;-48;comp;;490;4;;;;315;6 739648;-44;shift2;851;500;1;;;;320;6 875683;-41;shift2;635;510;1;;;;325;3 1378478;-41;shift2;1910;520;0;;;;330;0 12869;-39;;;530;2;;;;335;5 1051112;-38;;;540;0;'''371 à 600;;;340;1 1285398;-38;;;550;1;36;;;345;2 1623026;-38;;;560;0;2.1%;;;350;1 697374;-35;;;570;0;;;;355;3 1152607;-34;;;580;0;'''601 à max;;;360;3 1328814;-34;;;590;0;12;;;365;4 139527;-32;;;600;0;0.7%;;;370;2 312088;-32;;;reste;12;;;;reste;49 352843;-32;;;total;1729;;;;total;1729 </pre> ====mja intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; mja;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-16;150;-532;77;660;313;min50;&-94;719;-1762;147;856;255;min40 31 à 400;47;-300;424;21;711;213;2 parties;&-6.2;87;-410;65;964;468;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;154;57;-;582;poly;78;SF;&227;71;;537;poly;319;SF 31 à 400;115;46;-;623;poly;88;tF;&128;44;-;859;poly;105;SF ;;;;;;;;;;;;;; mja. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.502;;;;; 41-n;0.776;0.326;0.571;;;;;;;;;;; 1-n;0.881;0.844;0.857;;;;;;;;;14.8.21 paris;; mja;fx;fc;;mja;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;mja;Sx-;Sc- 0;10;11;;0;25;11;0;10;11;>0;429;-1;0;25 10;49;179;;10;121;171;1;12;18;<0;56;-2;0;0 20;31;154;;20;76;147;2;12;28;zéro;10;-3;0;0 30;17;91;;30;42;87;3;3;6;total;495;-4;26;51 40;16;50;;40;39;48;4;6;32;;c;-5;0;2 50;11;50;;50;27;48;5;0;11;>0;1060;-6;4;0 60;10;45;;60;25;43;6;5;4;<0;163;-7;2;1 70;14;44;;70;34;42;7;2;5;zéro;11;-8;2;12 80;14;34;;80;34;32;8;5;15;total;1234;-9;3;0 90;28;43;;90;69;41;9;3;32;;;-10;0;1 100;19;36;;100;47;34;10;1;28;total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reste;23;13;;;;;reste;316;586;;;-42;0;0 total;439;1071;;t30;239;405;total;439;1071;;;-43;0;0 diagr;406;1047;;;;;diagr;113;474;;;-44;0;1 - t30;309;623;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;1;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;total;56;163 </pre> ====mja intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_négatifs_S-|mja intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320 comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;26;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;3;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;56 ;Sc-;25;0;0;51;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;0;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;6;163 </pre> ====mja autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires|mja autres intercalaires]] <pre> mja;autres intercalaires;;adresses1;;;mja;autres intercalaires;;adresses2;;;mja;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;1664008;?;comp;;deb;°CDS;862207;179;;;deb;°CDS;857400;118;comp ;repeat_region;378;89;;;;&tRNA;862590;41;;;;repeat_region;858112;532; fin;°CDS;2216;;comp;;deb;°CDS;862703;86;;;fin;°CDS;858876;; deb;°CDS;96499;372;comp;;;&tRNA;863479;14;;;deb;°CDS;871492;238; ;&tRNA;97426;91;comp;;;&tRNA;863570;8;;;;&tRNA;873686;102;comp ;&tRNA;97629;241;;;;&tRNA;863656;83;;;fin;°CDS;873866;;comp fin;°CDS;97958;;;;;&tRNA;863816;13;;;deb;°CDS;882566;65;comp deb;°CDS;110328;250;comp;;;$rRNA;863903;46;;;;&tRNA;883681;123; ;&tRNA;111766;19;;;;&tRNA;864064;80;;;fin;°CDS;883878;;comp fin;°CDS;111874;;;;fin;°CDS;864222;;;;deb;°CDS;1033083;474;comp deb;°CDS;131467;369;;;deb;°CDS;401945;171;;;;repeat_region;1034820;93; ;repeat_region;132922;114;;;;&tRNA;402968;229;comp;;fin;°CDS;1035848;;comp fin;°CDS;134114;;comp;;fin;°CDS;403274;;;;deb;°CDS;1037197;39;comp deb;°CDS;137244;98;;;deb;°CDS;427091;467;;;;&tRNA;1038544;1;comp ;&tRNA;138344;59;comp;;;repeat_region;428572;39;;;fin;°CDS;1038622;;comp fin;°CDS;138479;;comp;;fin;°CDS;429676;;comp;;deb;°CDS;1047158;568;comp deb;°CDS;153070;182;;;deb;°CDS;498208;604;comp;;;repeat_region;1049373;181; ;$rRNA;154662;207;comp;;;repeat_region;501491;52;;;fin;°CDS;1050484;; ;&tRNA;157847;64;comp;;fin;°CDS;502042;;comp;;deb;°CDS;1148669;210;comp ;$rRNA;157984;340;comp;;deb;°CDS;506108;484;comp;;;&tRNA;1150145;34; fin;°CDS;159804;;;;;repeat_region;507264;282;;;;&tRNA;1150255;243; deb;°CDS;185874;306;comp;;fin;°CDS;508398;;;;fin;°CDS;1150574;; ;&tRNA;186978;71;;;deb;°CDS;551189;251;comp;;deb;°CDS;1188906;172;comp fin;°CDS;187138;;;;;ncRNA;552541;28;;;;&tRNA;1189945;95; deb;°CDS;190579;31;;;fin;°CDS;552885;;;;fin;°CDS;1190151;; ;&tRNA;190832;32;;;deb;°CDS;618311;402;comp;;deb;°CDS;1218598;79; fin;°CDS;190941;;;;;&tRNA;619160;63;comp;;;repeat_region;1219844;479; deb;°CDS;214560;149;comp;;fin;°CDS;619298;;comp;;fin;°CDS;1220645;;comp ;&tRNA;215210;154;;;deb;°CDS;636394;133;;;deb;°CDS;1266436;484; fin;°CDS;215452;;;;;&tRNA;637583;7;;;;repeat_region;1267046;79; deb;°CDS;226386;64;;;;&tRNA;637667;29;;;fin;°CDS;1267794;;comp ;&tRNA;227704;239;comp;;;&tRNA;637772;18;;;deb;°CDS;1312335;383;comp fin;°CDS;228020;;;;;&tRNA;637868;39;;;;&tRNA;1313165;177; deb;°CDS;235984;394;;;;&tRNA;637982;11;;;fin;°CDS;1313427;; ;repeat_region;236564;97;;;;&tRNA;638081;295;;;deb;°CDS;1455222;68; fin;°CDS;238282;;comp;;;$rRNA;638448;64;;;;repeat_region;1456715;384; deb;°CDS;303622;64;;;;&tRNA;639995;207;;;fin;°CDS;1457720;;comp ;&tRNA;303992;230;;;;$rRNA;640275;78;;;deb;°CDS;1568600;484; fin;°CDS;304312;;comp;;;$rRNA;643333;56;;;;repeat_region;1570374;121; deb;°CDS;351301;129;comp;;;ncRNA;643504;232;;;fin;°CDS;1571017;;comp ;repeat_region;351694;374;;;fin;°CDS;643994;;;;deb;°CDS;1574035;473; fin;°CDS;352843;;comp;;deb;°CDS;762859;157;;;;repeat_region;1575519;223; deb;°CDS;357984;220;comp;;;&tRNA;763766;178;comp;;fin;°CDS;1576607;; ;&tRNA;358768;23;;;;&tRNA;764021;50;;;;;;; ;&tRNA;358869;164;;;fin;°CDS;764147;;;;;;;; deb;°CDS;359108;48;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;359972;103;comp;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;360151;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====mja intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_tRNA|mja intercalaires tRNA]] <pre> mja;intercalaires tRNA;;;;;;;;; ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;continu;cumuls ;;;;;;;;;; comp’;91;;372;;241;;31;1;'''deb; ;23;comp’;250;;19;;39;19;<201;6 ;7;comp’;98;;59;;64;32;total;8 ;29;comp’;306;;71;;86;41;taux;75% ;18;;31;;32;;133;50;; ;39;comp’;149;;154;;179;59;'''fin; ;11;comp’;64;comp’;239;;372;63;<201;15 comp’;178;;64;comp’;230;;402;71;total;17 ;14;comp’;220;;164;;'''-;80;taux;88% ;8;comp’;48;;103;;'''-;95;; ;83;comp’;171;comp’;229;;'''-;102;'''total; ;34;;402;;63;;'''-;103;<201;21 ;;;133;;;;'''-;154;total;25 ;;comp’;157;;50;;'''-;164;taux;84% ;;;179;;41;;'''-;177;; ;;;86;;80;;'''-;241;; ;;comp’;238;;102;;'''-;243;'''comp’;'''cumuls ;;comp’;65;comp’;123;;48;123;'''deb; ;;;39;;1;;64;229;<201;8 ;;comp’;210;;243;;65;230;total;14 ;;comp’;172;;95;;98;239;taux;57% ;;comp’;383;;177;;149;'''-;; ;;;;;;;157;'''-;'''fin; ;;;;;;;171;'''-;<201;1 ;;;;;;;172;'''-;total;4 ;;;;;;;210;'''-;taux;25% ;;;;;;;220;'''-;; ;;;;;;;238;'''-;'''total; ;;;;;;;250;'''-;<201;9 ;;;;;;;306;'''-;total;18 ;;;;;;;383;'''-;taux;50% ;;;;;;;;;; ;;;;;deb;fin;total;;; ;;;;<201;14;16;30;;; ;;;;total;22;21;43;;; ;;;;taux;64%;76%;70%;;; </pre> ===mba=== ====mba opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_opérons|mba opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_bark_Fusaro/methBark1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007355.1;mba;;genome;;;;;;;;; 39.2%GC;2.2.20 Paris;16s 3 ;62;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Methanosarcina barkeri str. Fusaro;;;;;;;;;;;; ;91192..91938;;cds;;137;137;;;249;;DUF429 domain-containing protein;* comp;92076..92160;;ctc;+;132;;*132;;;;;* comp;92293..92377;;ctc;2 ctc;298;298;;;;;;* comp;92676..93476;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;* ;;;;;;;;;;;;* comp;98630..99337;;cds;;535;*535;;;236;;ABC transporter ATP-binding protein;* comp;99873..99955;;tcc;;222;222;;;;;;* comp;100178..101194;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;* ;;;;;;;;;;;;* comp;146979..147518;;cds;;80;80;;;180;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;147599..147670;;acc;;198;198;;;;;;* comp;147869..148381;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;199345..200268;;cds;;492;*492;;;308;;aldolase;* comp;200761..200833;;aac;+;71;;71;;;;;* comp;200905..200979;;atgi;2 aac;119;;*119;;;;;* comp;201099..201171;;aac;;964;*964;;;;;;* ;202136..202366;;cds;;;;;;77;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;260990..261532;;cds;;173;173;;;181;;nitroreductase family protein";* ;261706..261777;;cgg;;673;*673;;;;;;* ;262451..262960;;cds;;;;;;170;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;463836..464723;;cds;;2075;*2075;;;296;;polyprenyl synthetase family protein;* ;466799..466870;;gga;;94;;*94;;;;;* ;466965..467049;;cta;;221;221;;;;;;* comp;467271..468818;;cds;;;;;;*516;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;473154..473723;;cds;;298;298;;;190;;hp;* comp;474022..474096;;gag;;246;246;;;;;;* comp;474343..475584;;cds;;;;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;692109..692987;;cds;;349;349;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;* ;693337..693411;;aga;;400;400;;;;;;* comp;693812..694420;;cds;;;;;;203;;sulfite exporter TauE/SafE family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;703446..703958;;cds;;488;*488;;;171;;biotin transporter BioY;* ;704447..704521;;agg;;283;283;;;;;;* ;704805..705284;;cds;;;;;;160;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;800463..800642;;cds;;799;*799;;;60;;hp;* comp;801442..801526;;agc;;137;137;;;;;;* comp;801664..801978;;ncRNA;@1;327;327;;;315;;;* ;802306..803931;;cds;;;;;;*542;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1109819..1110013;;cds;;15;15;;;65;;hp;* ;1110029..1110103;;atgf;+;63;;63;;;;;* ;1110167..1110241;;atgf;3 atg;63;;63;;;;;* ;1110305..1110379;;atgf;;273;273;;;;;;* ;1110653..1111984;;cds;;;;;;444;;signal recognition particle protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1134460..1135074;;cds;;235;235;;;205;;endonuclease III;* comp;1135310..1135381;;tgc;+;65;;65;;;;;* comp;1135447..1135518;;tgc;2 tgc;126;126;;;;;;* comp;1135645..1136277;;cds;;;;;;211;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1137210..1137680;;cds;;488;*488;;;157;;P-bacterioferritin;* comp;1138169..1138290;;5s;;129;;;;122;;;* comp;1138420..1141252;;23s;;222;;;;2833;;;* comp;1141475..1142963;;16s;;830;*830;;;1489;;;* ;1143794..1145302;;cds;;;;;;*503;;2-isopropylmalate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1249870..1250040;;cds;;423;*423;;;57;;CopG family transcriptional regulator;* comp;1250464..1250537;;aag;;546;*546;;;;;;* ;1251084..1251290;;cds;;;;;;69;;TRAM domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1315521..1315691;;cds;@2;-12;*-12;;;57;;hp;* comp;1315680..1315751;;cgc;;174;174;;;;;;* ;1315926..1317110;;cds;;;;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1514831..1515373;;cds;;1133;*1133;;;181;;ArsR family transcriptional regulator;* ;1516507..1516579;;caa;;760;*760;;;;;;* comp;1517340..1517663;;cds;;;;;;108;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1538879..1539286;;cds;;36;36;;;136;;sensor histidine kinase;* comp;1539323..1539395;;other;@3;1249;*1249;;;73;;;* >comp;1540645..1540794;;cds;;;;;;50;;PKD domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1546247..1547791;;cds;;576;*576;;;*515;;aminotransferase class V-fold PLP-dependent enzyme;* comp;1548368..1548441;;aca;;448;*448;;;;;;* <;1548890..1549093;;cds;;;;;;68;;matrixin family metalloprotease;* ;;;;;;;;;;;;* ;1550566..1550760;;cds;;745;*745;;;65;;DeoR family transcriptional regulator;* comp;1551506..1551579;;aca;;506;*506;;;;;;* ;1552086..1552640;;cds;;;;;;185;;YkgJ family cysteine cluster protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1621639..1622835;;cds;;433;*433;;;399;;methionine adenosyltransferase;* ;1623269..1623384;;tac;@4;112;;*112;;;;;* ;1623497..1623569;;gac;;300;300;;;;;;* comp;1623870..1624067;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1714788..1715069;;cds;;154;154;;;94;;hp;* comp;1715224..1715295;;acg;;187;187;;;;;;* comp;1715483..1716493;;cds;;;;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1755811..1755993;;cds;;113;113;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;* comp;1756107..1756181;;ccg;@5;0;*0;;;;;;* comp;1756182..1756370;;cds;;;;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;* ;;;;;;;;;;;;* ;1842058..1842195;;cds;;16;16;;;46;;hp;* comp;1842212..1842285;;gtg;;717;*717;;;;;;* ;1843003..1843767;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1852573..1852896;;cds;;1364;*1364;;;108;;PadR family transcriptional regulator;* comp;1854261..1854338;;ccc;;198;198;;;;;;* comp;1854537..1855097;;cds;;;;;;187;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1908225..1908989;;cds;;349;349;;;255;;hp;* comp;1909339..1909530;;tgg;;445;*445;;;;;;* >;1909976..1910152;;cds;;;;;;59;;nitrogenase reductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1926717..1927178;;cds;;183;183;;;154;;DUF4145 domain-containing protein;* comp;1927362..1927445;;tcg;;125;125;;;;;;* comp;1927571..1928944;;cds;;;;;;458;;endonuclease Q family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2005431..2007053;;cds;;2315;*2315;;;*541;;PKD domain-containing protein;* comp;2009369..2009443;;cca;;199;199;;;;;;* comp;2009643..2010194;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2026807..2028456;;cds;;314;314;;;*550;;ATP-dependent DNA ligase;* ;2028771..2028842;;ggg;;513;*513;;;;;;* comp;2029356..2029766;;cds;;;;;;137;;PaaI family thioesterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2157926..2158684;;cds;;567;*567;;;253;;hp;* ;2159252..2159362;;atgj;;349;349;;;;;;* ;2159712..2160225;;cds;;;;;;171;;amidohydrolase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2194967..2195302;;cds;;713;*713;;;112;;translation initiation factor eIF-1A;* ;2196016..2197504;;16s;;222;;;;1489;;;* ;2197727..2200559;;23s;;129;;;;2833;;;* ;2200689..2200810;;5s;;607;*607;;;122;;;* comp;2201418..2201615;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;2434335..2434609;;cds;;603;*603;;;92;;nucleoside deaminase;* comp;2435213..2435284;;gcc;;223;;*223;;;;;* ;2435508..2435584;;atc;+;74;;74;;;;;* ;2435659..2435735;;atc;2 atc;241;241;;;;;;* comp;2435977..2436390;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;2622097..2624025;;cds;;1489;*1489;;;*643;;replication factor C large subunit;* ;2625515..2625588;;gta;;1102;*1102;;;;;;* ;2626691..2626918;;cds;;;;;;76;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2650514..2651296;;cds;;164;164;;;261;;thiazole biosynthesis protein;* ;2651461..2651532;;cac;;218;218;;;;;;* ;2651751..2653460;;cds;;;;;;*570;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2663547..2664668;;cds;;318;318;;;374;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* comp;2664987..2665058;;ggc;;263;263;;;;;;* ;2665322..2666563;;cds;;;;;;414;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2856552..2857409;;cds;;134;134;;;286;;hp;* comp;2857544..2857628;;tca;;153;153;;;;;;* comp;2857782..2858546;;cds;;;;;;255;;peptidylprolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3326036..3326557;;cds;;539;*539;;;174;;hp;* ;3327097..3327168;;tgc;;995;*995;;;;;;* ;3328164..3328898;;cds;;;;;;245;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3994472..3994921;;cds;;514;*514;;;150;;IS200/IS605 family transposase;* comp;3995436..3995529;;cga;;477;*477;;;;;;* ;3996007..3996714;;cds;;;;;;236;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4005709..4006026;;cds;;269;269;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;* ;4006296..4006378;;ttg;;860;*860;;;;;;* ;4007239..4009012;;rpr;@6;169;169;;;1774;;Family CRISPR;* comp;4009182..4009478;;cds;;;;;;99;;CRISPR-associated endonuclease Cas2;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4031590..4031871;;cds;;1075;*1075;;;94;;hp;* ;4032947..4033019;;cag;;182;182;;;;;;* comp;4033202..4033765;;cds;;;;;;188;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4041205..4041960;;cds;;96;96;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;4042057..4042141;;tta;;375;375;;;;;;* comp;4042517..4044976;;cds;;;;;;*820;;beta-propeller fold lactonase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4045359..4048274;;cds;;718;*718;;;*972;;PKD domain-containing protein;* ;4048993..4049077;;tta;;35;35;;;;;;* comp;4049113..4052403;;cds;;241;241;;;*1097;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* ;4052645..4052729;;tta;;177;177;;;;;;* comp;4052907..4053395;;cds;;;;;;163;;MarR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;4407561..4407830;;cds;;64;64;;;90;;elongation factor 1-beta;* ;4407895..4407966;;gcg;;675;*675;;;;;;* comp;4408642..4409715;;cds;;;;;;358;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4504139..4504300;;cds;;536;*536;;;54;;hp;* comp;4504837..4504921;;ctg;;220;220;;;;;;* comp;4505142..4506050;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4551177..4551851;;cds;;566;*566;;;225;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;4552418..4552491;;gtc;+;94;;*94;;;;;* ;4552586..4552660;;ttc;2 gtc;7;;7;;;;;* ;4552668..4552739;;ggc;2 ttc;61;;61;;;;;* ;4552801..4552874;;gtc;2 ggc;94;;*94;;;;;* ;4552969..4553043;;ttc;;7;;7;;;;;* ;4553051..4553122;;ggc;;717;*717;;;;;;* ;4553840..4554052;;cds;;;;;;71;;MoaD/ThiS family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;4617920..4618339;;cds;;200;200;;;140;;hp;* ;4618540..4618617;;gaa;;351;351;;;;;;* ;4618969..4619190;;cds;;377;377;;;74;;hp;* ;4619568..4619645;;gaa;;214;214;;;;;;* comp;4619860..4620678;;cds;;;;;;273;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4673041..4673643;;cds;;289;289;;;201;;adenosylcobinamide amidohydrolase;* comp;4673933..4674054;;5s;;129;;;;122;;;* comp;4674184..4677016;;23s;;135;;;;2833;;;* comp;4677152..4677224;;gca;;79;;;;;;;* comp;4677304..4678792;;16s;;1242;*1242;;;1489;;;* ;4680035..4680817;;cds;;;;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4759174..4759410;;cds;;89;89;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;* comp;4759500..4759576;;aaa;;655;*655;;;;;;* comp;4760232..4760801;;cds;;;;;;190;;DJ-1/PfpI family protein;* </pre> ====mba cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_cumuls|mba cumuls]] <pre> mba cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;2;1;;100;25;30;0 ;16 23 5s 0;2;20;2;;50;4;20;;200;27;60;7 ;16 gca 235;1;40;0;;100;4;40;;300;21;90;14 ;16 23 5s a;0;60;0;;150;6;60;;400;8;120;8 ;max a;1;80;6;;200;14;80;;500;4;150;5 ;a doubles;0;100;3;;250;9;100;;600;7;180;10 ;autres;0;120;2;;300;8;120;;700;1;210;11 ;total aas;1;140;1;;350;6;140;;800;0;240;4 sans ;opérons;44;160;0;;400;4;160;;900;1;270;10 ;1 aa;37;180;0;;450;4;180;;1000;1;300;4 ;max a;6;200;0;;500;4;200;;1100;1;330;2 ;a doubles;6;;1;;;35;;;;0;;21 ;total aas;61;;15;0;;100;;0;;96;;96 total aas;;62;;;;;;;;;;; remarques;;6;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;85;;;457;;;;240;; ;;;variance;52;;;407;;;;194;; sans jaune;;;moyenne;51;;;210;;;;186;;158 ;;;variance;28;;;98;;;;106;;78 </pre> ====mba blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_blocs|mba blocs]] <pre> mba blocs;;;; cds;289;201;adenosylcobinamide amidohydrolase;* 5s;129;122;;* 23s;135;2833;;* gca;79;;;* 16s;1242;1489;;* cds;;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;;;; cds;713;112;translation initiation factor eIF-1A;* 16s;222;1489;;* 23s;129;2833;;* 5s;607;122;;* cds;;66;hp;* ;;;; cds;488;157;P-bacterioferritin;* 5s;129;122;;* 23s;222;2833;;* 16s;830;1489;;* cds;;503;2-isopropylmalate synthase;* </pre> ====mba remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_remarques|mba remarques]] <pre> mba;;;;;;62;62 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;4 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3 tta;3;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====mba distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_distribution|mba distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc; gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;3;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mba;;37;;;;;;;mba;14;;;;;;;;mba;9;;;;;; </pre> ====mba données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_données_intercalaires|mba données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mba;fx;fc;mba;fx40;fc40;mba;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;1;0;1;21;0;1;21;-1;0;33;298;137;CDS 16s;; ;0;10;8;155;1;0;22;-2;2;0;535;790;;835; 1;1;20;13;127;2;2;31;-3;0;2;222;2075;;718; ;0;30;11;72;3;0;12;-4;3;117;80;221;;1247; 1;1;40;19;74;4;2;17;-5;1;0;198;298;16s 23s;; ;0;50;12;54;5;1;23;-6;2;0;492;349;2*209;; ;0;60;18;61;6;0;15;-7;0;5;173;400;23s 5s;; ;1;70;11;48;7;0;4;-8;0;33;673;488;3*74;; ;1;80;16;54;8;2;4;-9;0;1;246;546;5s CDS;; ;1;90;18;53;9;0;8;-10;0;4;307;-12;;488; 1;0;100;17;37;10;1;19;-11;0;13;799;174;;607; ;0;110;16;38;11;2;16;-12;0;0;15;286;;289; ;1;120;30;43;12;0;8;-13;1;4;273;760;16s tRNA;; ;2;130;11;39;13;0;19;-14;3;15;235;448;85;;gca 2;0;140;20;35;14;2;13;-15;0;0;126;745;tRNA 23s;; ;0;150;19;52;15;1;12;-16;0;5;423;506;116;;gca 1;1;160;22;25;16;1;13;-17;1;11;36;300;tRNA tRNA;; ;1;170;14;44;17;0;11;-18;0;5;1249;154;132;;ctc 2;1;180;24;36;18;3;13;-19;0;4;576;16;**;;ctc 2;1;190;29;46;19;1;7;-20;1;7;433;717;71;;aac ;4;200;27;30;20;3;15;-21;0;0;187;445;119;;atgi ;0;210;18;21;21;1;8;-22;0;1;113;183;**;;aac 1;2;220;31;43;22;4;8;-23;1;5;0;314;94;;gga 1;1;230;20;31;23;2;4;-24;0;0;1379;513;**;;cta ;1;240;15;32;24;0;14;-25;0;5;198;241;63;;atgf 2;1;250;24;27;25;1;4;-26;1;8;349;318;63;;atgf ;0;260;25;34;26;0;6;-27;0;1;125;263;**;;atgf 1;1;270;18;35;27;1;10;-28;0;3;2315;134;65;;tgc ;1;280;18;37;28;1;4;-29;0;1;199;514;**;;tgc 1;0;290;16;26;29;1;4;-30;0;0;567;477;112;;tac 2;1;300;12;23;30;0;10;-31;0;0;349;1075;**;;gac ;1;310;19;24;31;1;2;-32;0;4;603;182;223;;gcc 2;0;320;17;27;32;0;6;-33;0;0;1489;96;74;;atc ;0;330;14;23;33;0;8;-34;1;0;1102;375;**;;atc ;0;340;27;22;34;3;7;-35;1;5;164;718;94;;gtc 1;2;350;12;28;35;1;11;-36;0;0;218;35;7;;ttc ;1;360;14;18;36;6;8;-37;0;0;153;241;61;;ggc ;0;370;11;20;37;0;9;-38;0;3;539;177;94;;gtc 1;1;380;12;24;38;0;11;-39;0;0;995;675;7;;ttc ;0;390;8;15;39;4;6;-40;0;0;269;566;**;;ggc 1;0;400;19;18;40;4;6;-41;1;1;64;214;;; 17;19;reste;527;709;reste;1181;1932;-42;0;0;536;;;; 41;49;total;1233;2381;total;1233;2381;-43;0;0;220;;;; 23;29;diagr;705;1651;diagr;51;428;-44;0;1;717;;;; 1;1; t30;32;354;;;;-45;0;0;200;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;351;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;377;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;89;;;; ;x;1232;22;1;1255;;;-49;0;3;655;;;; ;c;2360;307;21;2688;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;3943;128;;reste;3;6;;;;; ;;;;;;4071;;total;22;307;;;;; </pre> =====mba autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_autres_intercalaires_aas|mba autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;mba;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;91192;137;; ;tRNA;92076;132;comp;ctc ;tRNA;92293;298;comp;ctc fin;CDS;92676;;comp; deb;CDS;98630;535;comp; ;tRNA;99873;222;comp;tcc fin;CDS;100178;;comp; deb;CDS;146979;80;comp; ;tRNA;147599;198;comp;acc fin;CDS;147869;;comp; deb;CDS;199345;492;comp; ;tRNA;200761;71;comp;aac ;tRNA;200905;119;comp;atgi ;tRNA;201099;790;comp;aac fin;CDS;201962;;; deb;CDS;260990;173;; ;tRNA;261706;673;;cgg fin;CDS;262451;;; deb;CDS;355894;309;; ;repeat_region;356467;137;; fin;CDS;359947;;; deb;CDS;463836;2075;comp; ;tRNA;466799;94;;gga ;tRNA;466965;221;;cta fin;CDS;467271;;comp; deb;CDS;473154;298;; ;tRNA;474022;246;comp;gag fin;CDS;474343;;comp; deb;CDS;692109;349;comp; ;tRNA;693337;400;;aga fin;CDS;693812;;comp; deb;CDS;703446;488;comp; ;tRNA;704447;307;;agg fin;CDS;704829;;; deb;CDS;800463;799;comp; ;tRNA;801442;137;comp;agc ;ncRNA;801664;327;comp; fin;CDS;802306;;; deb;CDS;1109819;15;; ;tRNA;1110029;63;;atgf ;tRNA;1110167;63;;atgf ;tRNA;1110305;273;;atgf fin;CDS;1110653;;; deb;CDS;1134460;235;comp; ;tRNA;1135310;65;comp;tgc ;tRNA;1135447;126;comp;tgc fin;CDS;1135645;;comp; deb;CDS;1137210;488;; ;rRNA;1138169;74;comp;122 ;rRNA;1138365;209;comp;2833 ;rRNA;1141481;835;comp;1489 fin;CDS;1143794;;; deb;CDS;1249870;423;comp; ;tRNA;1250464;546;comp;aag fin;CDS;1251084;;; deb;CDS;1315521;-12;; ;tRNA;1315680;174;comp;cgc fin;CDS;1315926;;; deb;CDS;1516050;286;comp; ;tRNA;1516507;760;;caa fin;CDS;1517340;;comp; deb;CDS;1538879;36;comp; ;tRNA;1539323;1249;comp;other fin;CDS;1540645;;comp; deb;CDS;1546247;576;comp; ;tRNA;1548368;448;comp;aca fin;CDS;1548890;;; deb;CDS;1550566;745;; ;tRNA;1551506;506;comp;aca fin;CDS;1552086;;; deb;CDS;1621639;433;; ;tRNA;1623269;112;;tac ;tRNA;1623497;300;;gac fin;CDS;1623870;;comp; deb;CDS;1657967;616;comp; ;repeat_region;1660242;74;; fin;CDS;1661656;;; deb;CDS;1714788;154;; ;tRNA;1715224;187;comp;acg fin;CDS;1715483;;comp; deb;CDS;1755811;113;comp; ;tRNA;1756107;0;comp;ccg fin;CDS;1756182;;comp; deb;CDS;1842058;16;; ;tRNA;1842212;717;comp;gtg fin;CDS;1843003;;; deb;CDS;1852573;1379;comp; ;tRNA;1854261;198;comp;ccc fin;CDS;1854537;;comp; deb;CDS;1908225;349;comp; ;tRNA;1909339;445;comp;tgg fin;CDS;1909976;;; deb;CDS;1926495;183;; ;tRNA;1927362;125;comp;tcg fin;CDS;1927571;;comp; deb;CDS;1975038;78;; ;ncRNA;1976292;428;comp; fin;CDS;1977078;;; deb;CDS;2005431;2315;comp; ;tRNA;2009369;199;comp;cca fin;CDS;2009643;;comp; deb;CDS;2026807;314;comp; ;tRNA;2028771;513;;ggg fin;CDS;2029356;;comp; deb;CDS;2157926;567;; ;tRNA;2159252;349;;atgj fin;CDS;2159712;;; deb;CDS;2194967;718;comp; ;rRNA;2196021;209;;1489 ;rRNA;2197708;74;;2833 ;rRNA;2200689;607;;122 fin;CDS;2201418;;comp; deb;CDS;2434335;603;comp; ;tRNA;2435213;223;comp;gcc ;tRNA;2435508;74;;atc ;tRNA;2435659;241;;atc fin;CDS;2435977;;comp; deb;CDS;2622097;1489;; ;tRNA;2625515;1102;;gta fin;CDS;2626691;;; deb;CDS;2650514;164;; ;tRNA;2651461;218;;cac fin;CDS;2651751;;; deb;CDS;2663547;318;; ;tRNA;2664987;263;comp;ggc fin;CDS;2665322;;; deb;CDS;2856552;134;; ;tRNA;2857544;153;comp;tca fin;CDS;2857782;;comp; deb;CDS;3326036;539;; ;tRNA;3327097;995;;tgc fin;CDS;3328164;;; deb;CDS;3994472;514;; ;tRNA;3995436;477;comp;cga fin;CDS;3996007;;; deb;CDS;4005709;269;; ;tRNA;4006296;860;;ttg ;repeat_region;4007239;169;; fin;CDS;4009182;;comp; deb;CDS;4031590;1075;comp; ;tRNA;4032947;182;;cag fin;CDS;4033202;;comp; deb;CDS;4041205;96;comp; ;tRNA;4042057;375;;tta fin;CDS;4042517;;comp; deb;CDS;4045359;718;comp; ;tRNA;4048993;35;;tta deb;CDS;4049113;241;comp; ;tRNA;4052645;177;;tta fin;CDS;4052907;;comp; deb;CDS;4407561;64;; ;tRNA;4407895;675;;gcg fin;CDS;4408642;;comp; deb;CDS;4504139;536;comp; ;tRNA;4504837;220;comp;ctg fin;CDS;4505142;;comp; deb;CDS;4551177;566;comp; ;tRNA;4552418;94;;gtc ;tRNA;4552586;7;;ttc ;tRNA;4552668;61;;ggc ;tRNA;4552801;94;;gtc ;tRNA;4552969;7;;ttc ;tRNA;4553051;717;;ggc fin;CDS;4553840;;; deb;CDS;4617920;200;; ;tRNA;4618540;351;;gaa deb;CDS;4618969;377;; ;tRNA;4619568;214;;gaa fin;CDS;4619860;;comp; deb;CDS;4673041;289;; ;rRNA;4673933;74;comp;122 ;rRNA;4674129;116;comp;2833 ;tRNA;4677152;85;comp;gca ;rRNA;4677310;1247;comp;1489 fin;CDS;4680035;;; deb;CDS;4759174;89;comp; ;tRNA;4759500;655;comp;aaa fin;CDS;4760232;;comp; </pre> ====mba intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_entre_cds|mba intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> mba;4.2.21 Paris;;mba 17.12.20;;;;;;;;; mba;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;329;8.3;'''négatif ;-12;13;-1 à -74;'''4 837 408;-1;329;610;21 ;'''zéro;22;0.6;;;;;'''intercals;0;22;620;23 ;'''1 à 200;1478;37.5;'''0 à 200;85;62;;'''1 292 909;5;110;630;21 ;'''201 à 370;782;19.8;'''201 à 370;278;48;;'''26.7%;10;53;640;20 ;'''371 à 600;643;16.3;'''371 à 600;475;66;;;15;73;650;14 ;'''601 à max;689;17.5;'''601 à 1028;920;310;;;20;67;660;22 ;'''total 3943;<201;46;'''total 3938;324;341;-74 à 2323;;25;46;670;14 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;37;680;28 3095040;2919;-1;329;-70;1;;0;22;35;39;690;6 526434;2894;0;22;-60;0;;-1;°33;40;54;700;11 1788553;2705;1;22;-50;8;;-2;2;45;35;710;20 2002090;2693;2;°33;-40;7;;-3;2;50;31;720;14 4631335;2517;3;12;-30;14;'''min à -1;-4;°120;55;34;730;7 818173;2323;4;19;-20;34;329;-5;1;60;45;740;16 2797830;2322;5;°24;-10;66;8.3%;-6;2;65;34;750;20 3799612;2309;6;15;0;221;;-7;5;70;25;760;12 376145;2299;7;4;10;163;;-8;°33;75;34;770;18 3653740;2282;8;6;20;140;;-9;1;80;36;780;12 4809596;2233;9;8;30;83;;-10;4;85;41;790;8 1187952;2165;10;°20;40;93;'''1 à 100;-11;°13;90;30;800;7 4415180;2161;11;18;50;66;878;-12;0;95;27;810;6 3268995;2076;12;8;60;79;22.3%;-13;5;100;27;820;8 372411;1964;13;°19;70;59;;-14;°18;105;23;830;8 3552425;1946;14;15;80;70;;-15;0;110;31;840;9 3151269;1901;15;13;90;71;;-16;5;115;32;850;13 3603917;1870;16;°14;100;54;;-17;°12;120;41;860;6 542032;1854;17;11;110;54;;-18;5;125;25;870;18 682785;1848;18;°16;120;73;;-19;4;130;25;880;8 3195397;1797;19;8;130;50;;-20;°8;135;24;890;10 2484625;1761;20;°18;140;55;;-21;0;140;31;900;9 3100209;1754;21;9;150;71;;-22;1;145;42;910;7 2724177;1733;22;°12;160;47;;-23;°6;150;29;920;5 912406;1712;23;6;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;23;930;4 2448660;1707;24;°14;180;60;1478;-25;5;160;24;940;7 2750853;1677;25;5;190;75;37.5%;-26;°9;165;22;950;15 4703857;1624;26;6;200;57;;-27;1;170;36;960;9 974831;1613;27;°11;210;39;;-28;3;175;29;970;5 4637075;1600;28;5;220;74;;-29;°1;180;31;980;9 2503952;1596;29;5;230;51;;-30;0;185;39;990;8 511626;1595;30;°10;240;47;;-31;0;190;36;1000;9 2705610;1569;31;3;250;51;'''0 à 200;-32;°4;195;33;1010;3 3908084;1568;32;6;260;59;1500;;325;200;24;1020;9 2490112;1557;33;8;270;53;;reste;26;205;19;1030;4 63786;1555;34;10;280;55;;total;351;210;20;1040;7 136653;1553;35;12;290;42;;;;215;46;1050;3 958597;1549;36;°14;300;35;;;;220;28;1060;7 301149;1548;37;9;310;43;;;;225;29;1070;10 1165546;1516;38;°11;320;44;;'''intercal;'''<u>frequencef;230;22;1080;5 ;;39;10;330;37;;600;3254;235;24;1090;3 ;;40;10;340;49;'''201 à 370;700;180;240;23;1100;1 ;;reste;3113;350;40;782;800;134;245;29;1110;8 ;;total;3943;360;32;19.8%;900;95;250;22;1120;4 ;;;;370;31;;1000;78;255;30;1130;3 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;36;;1100;52;260;29;1140;4 4403838;-74;comp;;390;23;;1200;41;265;26;1150;3 1874377;-59;shift2;688;400;37;;1300;30;270;27;1160;5 4136612;-59;shift2;694;410;34;;1400;22;275;22;1170;4 493240;-56;shift2;127;420;31;;1500;15;280;33;1180;3 942901;-56;shift2;601;430;43;;1600;13;285;20;1190;3 4169341;-56;shift2;238;440;34;;1700;3;290;22;1200;4 4335751;-56;shift2;445;450;30;;1800;6;295;20;;580 4374865;-55;comp;;460;27;;1900;3;300;15;reste;109 2801727;-51;comp;;470;31;;2000;3;305;18;total;3943 1742959;-49;shift2;2660;480;28;;2100;1;310;25;; 2882494;-49;shift2;1325;490;28;;2200;2;315;24;; 3292321;-49;shift2;101;500;26;;2300;3;320;20;; 2440972;-47;shift2;664;510;22;;2400;3;325;19;; 4561346;-44;shift2;1744;520;32;;2500;0;330;18;; 1057681;-41;shift2;394;530;25;;2600;1;335;21;; 1723225;-41;comp;;540;20;'''371 à 600;2700;1;340;28;; 82489;-38;;;550;23;643;2800;1;345;21;; 222695;-38;;;560;22;16.3%;2900;1;350;19;; 3533580;-38;;;570;22;;3000;1;355;19;; 1573832;-35;;;580;28;'''601 à max;;689;360;13;; 1931905;-35;;;590;18;689;;;365;15;; 3122151;-35;;;600;23;17.5%;;;370;16;; 3337334;-35;;;reste;689;;reste;0;reste;1332;; 4054645;-35;;;total;3943;;total;3943;total;3943;; </pre> ====mba intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> mba Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; mba;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;4.9;-71;219;11;350;483;min10;-50;359;-832;80;823;239;min50 1 à 600;5.8;-62;170;7.4;465;354;2 parties;-6.7;100;-498;10;789;495;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;2;25;-;1;poly;348;tF;104;46;;536;poly;287;SF 1 à 600;14;20;-;156;poly;309;tF;80;59;-;580;poly;209;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélation et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;800;;;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;corrélation;;;;;;;;complément à 800;; 41-n;0.154;-0.330;-0.221;0.639;;;;;;;-0.074;;;;;;;;effectifs;; 1-n;-0.223;-0.512;-0.477;;;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;;; mba;fx;fc;;mba;fx%;fc%;mba;fx;fc;;fx40;fc40;;x;mba;Sx-;Sc-;;mba;fx;fc 0;1;21;;0;1;13;;;;0;1;21;>0;1232;-1;0;33;;410;13;21 10;8;155;;10;11;94;410;13;21;1;0;22;<0;22;-2;2;0;;420;13;18 20;13;127;;20;18;77;420;13;18;2;2;31;zéro;1;-3;0;2;;430;19;24 30;11;72;;30;16;44;430;19;24;3;0;12;total;1255;-4;3;117;;440;15;19 40;19;74;;40;27;45;440;15;19;4;2;17;;c;-5;1;0;;450;14;16 50;12;54;;50;17;33;450;14;16;5;1;23;>0;2360;-6;2;0;;460;7;20 60;18;61;;60;26;37;460;7;20;6;0;15;<0;307;-7;0;5;;470;11;20 70;11;48;;70;16;29;470;11;20;7;0;4;zéro;21;-8;0;33;;480;7;21 80;16;54;;80;23;33;480;7;21;8;2;4;total;2688;-9;0;1;;490;14;14 90;18;53;;90;26;32;490;14;14;9;0;8;;;-10;0;4;;500;12;14 100;17;37;;100;24;22;500;12;14;10;1;19;;;-11;0;13;;510;5;17 110;16;38;;110;23;23;510;5;17;11;2;16;;;-12;0;0;;520;15;17 120;30;43;;120;43;26;520;15;17;12;0;8;;;-13;1;4;;530;8;17 130;11;39;;130;16;24;530;8;17;13;0;19;;;-14;3;15;;540;6;14 140;20;35;;140;28;21;540;6;14;14;2;13;;;-15;0;0;;550;15;8 150;19;52;;150;27;31;550;15;8;15;1;12;;;-16;0;5;;560;10;12 160;22;25;;160;31;15;560;10;12;16;1;13;;;-17;1;11;;570;14;8 170;14;44;;170;20;27;570;14;8;17;0;11;;;-18;0;5;;580;13;15 180;24;36;;180;34;22;580;13;15;18;3;13;;;-19;0;4;;590;8;10 190;29;46;;190;41;28;590;8;10;19;1;7;;;-20;1;7;;600;13;10 200;27;30;;200;38;18;600;13;10;20;3;15;;;-21;0;0;;610;10;11 210;18;21;;210;26;13;610;10;11;21;1;8;;;-22;0;1;;620;7;16 220;31;43;;220;44;26;620;7;16;22;4;8;;;-23;1;5;;630;9;12 230;20;31;;230;28;19;630;9;12;23;2;4;;;-24;0;0;;640;7;13 240;15;32;;240;21;19;640;7;13;24;0;14;;;-25;0;5;;650;4;10 250;24;27;;250;34;16;650;4;10;25;1;4;;;-26;1;8;;660;8;14 260;25;34;;260;35;21;660;8;14;26;0;6;;;-27;0;1;;670;4;10 270;18;35;;270;26;21;670;4;10;27;1;10;;;-28;0;3;;680;12;16 280;18;37;;280;26;22;680;12;16;28;1;4;;;-29;0;1;;690;2;4 290;16;26;;290;23;16;690;2;4;29;1;4;;;-30;0;0;;700;5;6 300;12;23;;300;17;14;700;5;6;30;0;10;;;-31;0;0;;710;8;12 310;19;24;;310;27;15;710;8;12;31;1;2;;;-32;0;4;;720;5;9 320;17;27;;320;24;16;720;5;9;32;0;6;;;-33;0;0;;730;3;4 330;14;23;;330;20;14;730;3;4;33;0;8;;;-34;1;0;;740;5;11 340;27;22;;340;38;13;740;5;11;34;3;7;;;-35;1;5;;750;9;11 350;12;28;;350;17;17;750;9;11;35;1;11;;;-36;0;0;;760;6;6 360;14;18;;360;20;11;760;6;6;36;6;8;;;-37;0;0;;770;10;8 370;11;20;;370;16;12;770;10;8;37;0;9;;;-38;0;3;;780;3;9 380;12;24;;380;17;15;780;3;9;38;0;11;;;-39;0;0;;790;5;3 390;8;15;;390;11;9;790;5;3;39;4;6;;;-40;0;0;;800;2;5 400;19;18;;400;27;11;800;2;5;40;4;6;;;-41;1;1;;;1061;2156 reste;527;709;;;;;reste;171;204;reste;1181;1932;;;-42;0;0;;;; total;1233;2381;;t30;45;214;total;1233;2381;total;1233;2381;;;-43;0;0;;;; diagr;705;1651;;;;;diagr;356;505;diagr;51;428;;;-44;0;1;;;; - t30;673;1297;;;;;;;;;;;;;-45;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-46;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-47;0;1;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-49;0;3;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-50;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;reste;3;6;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;total;22;307;;;; </pre> ====mba intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_négatifs_S-|mba intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;2;;1;1;2;;;;;;;1;3;;;1;;;1;;;;;;1;;;;;;;;1;1;;;;;;1;;;;;;;;;;2;18 continu;33;0;2;119;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;6;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;7;311 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;3;1;2;0;0;0;0;0;0;1;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;22 ;Sc-;33;0;2;117;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;5;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;6;307 </pre> ====mba autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_autres_intercalaires|mba autres intercalaires]] <pre> ;mba;autres intercalaires;;adresses1;;mba;autres intercalaires;;adresses2;;;mba;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;91192;137;;;deb;°CDS;1516050;286;comp;;deb;°CDS;2622097;1489; ;&tRNA;92076;132;comp;;;&tRNA;1516507;760;;;;&tRNA;2625515;1102; ;&tRNA;92293;298;comp;;fin;°CDS;1517340;;comp;;fin;°CDS;2626691;; fin;°CDS;92676;;comp;;deb;°CDS;1538879;36;comp;;deb;°CDS;2650514;164; deb;°CDS;98630;535;comp;;;&tRNA;1539323;1249;comp;;;&tRNA;2651461;218; ;&tRNA;99873;222;comp;;fin;°CDS;1540645;;comp;;fin;°CDS;2651751;; fin;°CDS;100178;;comp;;deb;°CDS;1546247;576;comp;;deb;°CDS;2663547;318; deb;°CDS;146979;80;comp;;;&tRNA;1548368;448;comp;;;&tRNA;2664987;263;comp ;&tRNA;147599;198;comp;;fin;°CDS;1548890;;;;fin;°CDS;2665322;; fin;°CDS;147869;;comp;;deb;°CDS;1550566;745;;;deb;°CDS;2856552;134; deb;°CDS;199345;492;comp;;;&tRNA;1551506;506;comp;;;&tRNA;2857544;153;comp ;&tRNA;200761;71;comp;;fin;°CDS;1552086;;;;fin;°CDS;2857782;;comp ;&tRNA;200905;119;comp;;deb;°CDS;1621639;433;;;deb;°CDS;3326036;539; ;&tRNA;201099;790;comp;;;&tRNA;1623269;112;;;;&tRNA;3327097;995; fin;°CDS;201962;;;;;&tRNA;1623497;300;;;fin;°CDS;3328164;; deb;°CDS;260990;173;;;fin;°CDS;1623870;;comp;;deb;°CDS;3994472;514; ;&tRNA;261706;673;;;deb;°CDS;1657967;616;comp;;;&tRNA;3995436;477;comp fin;°CDS;262451;;;;;repeat_region;1660242;74;;;fin;°CDS;3996007;; deb;°CDS;355894;309;;;fin;°CDS;1661656;;;;deb;°CDS;4005709;269; ;repeat_region;356467;137;;;deb;°CDS;1714788;154;;;;&tRNA;4006296;860; fin;°CDS;359947;;;;;&tRNA;1715224;187;comp;;;repeat_region;4007239;169; deb;°CDS;463836;2075;comp;;fin;°CDS;1715483;;comp;;fin;°CDS;4009182;;comp ;&tRNA;466799;94;;;deb;°CDS;1755811;113;comp;;deb;°CDS;4031590;1075;comp ;&tRNA;466965;221;;;;&tRNA;1756107;0;comp;;;&tRNA;4032947;182; fin;°CDS;467271;;comp;;fin;°CDS;1756182;;comp;;fin;°CDS;4033202;;comp deb;°CDS;473154;298;;;deb;°CDS;1842058;16;;;deb;°CDS;4041205;96;comp ;&tRNA;474022;246;comp;;;&tRNA;1842212;717;comp;;;&tRNA;4042057;375; fin;°CDS;474343;;comp;;fin;°CDS;1843003;;;;fin;°CDS;4042517;;comp deb;°CDS;692109;349;comp;;deb;°CDS;1852573;1379;comp;;deb;°CDS;4045359;718;comp ;&tRNA;693337;400;;;;&tRNA;1854261;198;comp;;;&tRNA;4048993;35; 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;&tRNA;1135447;126;comp;;fin;°CDS;2029356;;comp;;;&tRNA;4553051;717; fin;°CDS;1135645;;comp;;deb;°CDS;2157926;567;;;fin;°CDS;4553840;; deb;°CDS;1137210;488;;;;&tRNA;2159252;349;;;deb;°CDS;4617920;200; ;$rRNA;1138169;74;comp;;fin;°CDS;2159712;;;;;&tRNA;4618540;351; ;$rRNA;1138365;209;comp;;deb;°CDS;2194967;718;comp;;deb;°CDS;4618969;377; ;$rRNA;1141481;835;comp;;;$rRNA;2196021;209;;;;&tRNA;4619568;214; fin;°CDS;1143794;;;;;$rRNA;2197708;74;;;fin;°CDS;4619860;;comp deb;°CDS;1249870;423;comp;;;$rRNA;2200689;607;;;deb;°CDS;4673041;289; ;&tRNA;1250464;546;comp;;fin;°CDS;2201418;;comp;;;$rRNA;4673933;74;comp fin;°CDS;1251084;;;;deb;°CDS;2434335;603;comp;;;$rRNA;4674129;116;comp deb;°CDS;1315521;-12;;;;&tRNA;2435213;223;comp;;;&tRNA;4677152;85;comp ;&tRNA;1315680;174;comp;;;&tRNA;2435508;74;;;;$rRNA;4677310;1247;comp fin;°CDS;1315926;;;;;&tRNA;2435659;241;;;fin;°CDS;4680035;; ;;;;;;fin;°CDS;2435977;;comp;;deb;°CDS;4759174;89;comp ;;;;;;;;;;;;;&tRNA;4759500;655;comp ;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;4760232;;comp </pre> ====mba intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_tRNA|mba intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aa;comp’;cds aa deb;comp’;cds aa fin ;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;132;comp’;137;;298;;15;0;'''deb; ;;;535;;222;;36;125;<201;9 ;;;80;;198;;64;126;total;25 ;71 119;;492;comp’;790;;80;153;taux;36% ;;;173;;673;;89;187;; ;94;comp’;2075;comp’;221;;113;198;'''fin; ;;comp’;298;;246;;164;198;<201;8 ;;comp’;349;comp’;400;;173;199;total;23 ;;comp’;488;;307;;200;218;taux;35% ;;;799;;;;235;220;; ;63 63;;15;;273;;269;222;'''total; ;65;;235;;126;;349;246;<201;17 ;;;423;comp’;546;;377;273;total;48 ;;comp’;-12;comp’;174;;423;298;taux;35% ;;comp’;286;comp’;760;;433;307;; ;;;36;;1249;;535;349;; ;;;576;comp’;448;;536;351;; ;;comp’;745;comp’;506;;539;655;; ;112;;433;comp’;300;;567;673;; ;;comp’;154;;187;;576;717;; ;;;113;;0;;603;995;; ;;comp’;16;comp’;717;;799;1102;; ;;;1379;;198;;1379;1249;; ;;;349;comp’;445;;1489;-;; ;;comp’;183;;125;;2315;-;'''comp’;'''cumuls ;;;2315;;199;;'''-12;35;; ;;comp’;314;comp’;513;;16;174;'''deb; ;;;567;;349;;96;177;<201;7 '''comp’;'''223;;603;comp’;241;;134;182;total;21 ;'''74;;;;;;137;214;taux;33% ;;;1489;;1102;;154;221;; ;;;164;;218;;183;241;'''fin; 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WH1;;;;;;;;;;;; comp;38726..40264;;cds;;698;*698;;;*513;;2-isopropylmalate synthase;* ;40963..42450;;16s;;208;;;;1488;;;* ;42659..45491;;23s;;130;;;;2833;;;* ;45622..45743;;5s;;857;*857;;;122;;;* ;46601..47164;;cds;;102;102;;;188;;hp;* ;47267..47338;;tgc;+;72;;72;;;;;* ;47411..47482;;tgc;2 tgc;411;*411;;;;;;* ;47894..48508;;cds;;;;;;205;;endonuclease III;* ;;;;;;;;;;;;* comp;71092..72423;;cds;;384;384;;;444;;signal recognition particle protein;* comp;72808..72882;;atgf;+;89;;*89;;;;;* comp;72972..73046;;atgf;2 atgf;234;234;;;;;;* ;73281..73472;;cds;;;;;;64;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;175573..176153;;cds;;163;163;;;194;;hp;* comp;176317..176389;;gac;;111;;*111;;;;;* comp;176501..176614;;tac;@1;295;295;;;;;;* ;176910..177248;;cds;;;;;;113;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;214884..215966;;cds;;801;*801;;;361;;hp;* comp;216768..216841;;aca;;150;150;;;;;;* ;216992..217582;;cds;;;;;;197;;aldolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;372219..373091;;cds;;558;*558;;;291;;hp;* comp;373650..373723;;gtg;;340;340;;;;;;* ;374064..374828;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;* ;;;;;;;;;;;;* comp;379248..381950;;cds;;1076;*1076;;;*901;;DNA mismatch repair protein MutS;* comp;383027..383104;;ccc;;193;193;;;;;;* comp;383298..383882;;cds;;;;;;195;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;532751..533176;;cds;;356;356;;;142;;hp;* comp;533533..533607;;cca;;149;149;;;;;;* comp;533757..534308;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;598666..599850;;cds;;170;170;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;* ;600021..600092;;cgc;;341;341;;;;;;* ;600434..600868;;cds;;;;;;145;;cell surface lipoprotein;* ;;;;;;;;;;;;* ;680493..681734;;cds;;185;185;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;* ;681920..681994;;gag;;242;242;;;;;;* >;682237..682560;;cds;;;;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* ;689062..689631;;cds;;36;36;;;190;;phosphatase PAP2 family protein;* comp;689668..689752;;cta;;73;;73;;;;;* comp;689826..689897;;gga;;1481;*1481;;;;;;* ;691379..691483;;cds;;;;;;35;;CcmD family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;793563..795017;;cds;;111;111;;;485;;p-IS66 family transposase;* comp;795129..795213;;ctc;+;117;;*117;;;;;* comp;795331..795418;;ctc;2 ctc;235;235;;;;;;* comp;795654..796454;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;* ;;;;;;;;;;;;* ;810088..810471;;cds;;861;*861;;;128;;hp;* comp;811333..811415;;tcc;;123;123;;;;;;* comp;811539..812555;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;* ;;;;;;;;;;;;* comp;893309..894232;;cds;;391;391;;;308;;aldolase;* comp;894624..894696;;aac;+;87;;*87;;;;;* comp;894784..894858;;atgi;2 aac;110;;*110;;;;;* comp;894969..895041;;aac;;1415;*1415;;;;;;* comp;896457..897506;;cds;;;;;;350;;TIGR00303 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;949570..950112;;cds;;208;208;;;181;;nitroreductase family protein;* ;950321..950392;;cgg;;498;*498;;;;;;* comp;950891..952300;;cds;;;;;;470;;NADPH-dependent glutamate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1088496..1090946;;cds;;360;360;;;*817;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* comp;1091307..1091378;;gcc;;227;;*227;;;;;* ;1091606..1091682;;atc;+;62;;62;;;;;* ;1091745..1091818;;atc;2 atc;353;353;;;;;;* comp;1092172..1092585;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1155736..1156137;;cds;;210;210;;;134;;AsnC family transcriptional regulator;* ;1156348..1156425;;gaa;+;718;;*718;;;;;* ;1157144..1157221;;gaa;2 gaa;233;233;;;;;;* comp;1157455..1158645;;cds;@4;;;;;397;;ISH3 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1199367..1200149;;cds;;967;*967;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;1201117..1202604;;16s;;80;;;;1488;;;* ;1202685..1202757;;gca;;135;;;;;;;* ;1202893..1205725;;23s;;130;;;;2833;;;* ;1205856..1205977;;5s;;5;5;;;122;;;* comp;1205983..1206231;;cds;;;;;;83;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1207508..1211485;;cds;;12;12;;;*1326;;PAS domain S-box protein;* comp;1211498..1211582;;ctg;;190;190;;;;;;* comp;1211773..1212681;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1220571..1220783;;cds;;596;*596;;;71;;MoaD/ThiS family protein;* comp;1221380..1221451;;ggc;+;25;;25;;;;;* comp;1221477..1221551;;ttc;2 ggc;57;;57;;;;;* comp;1221609..1221682;;gtc;2 ttc;71;;71;;;;;* comp;1221754..1221825;;ggc;2 gtc;25;;25;;;;;* comp;1221851..1221925;;ttc;;118;;*118;;;;;* comp;1222044..1222117;;gtc;;358;358;;;;;;* ;1222476..1223792;;cds;;;;;;439;;methanogenesis marker 16 metalloprotein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1400830..1401773;;cds;;914;*914;;;315;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;1402688..1402761;;gta;;287;287;;;;;;* ;1403049..1403276;;cds;;;;;;76;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1504221..1505630;;cds;;686;*686;;;470;;F0F1 ATP synthase subunit beta;* comp;1506317..1506410;;cga;;750;*750;;;;;;* ;1507161..1508039;;cds;;;;;;293;;response regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1513245..1513562;;cds;;213;213;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;* ;1513776..1513858;;ttg;;268;268;;;;;;* >;1514127..1514647;;cds;;;;;;174;;p-IS1634 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1887880..1888338;;cds;;392;392;;;153;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein;* comp;1888731..1888802;;ggc;;378;378;;;;;;* ;1889181..1890518;;cds;;;;;;446;;DHH family phosphoesterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1962666..1963553;;cds;;130;130;;;296;;hp;* comp;1963684..1963768;;tta;;235;235;;;;;;* ;1964004..1964759;;cds;;;;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1971331..1971852;;cds;;319;319;;;174;;hp;* comp;1972172..1972244;;cag;;204;204;;;;;;* comp;1972449..1972850;;cds;;;;;;134;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2170713..2172446;;cds;;156;156;;;*578;;radical SAM protein;* comp;2172603..2172674;;cac;;174;174;;;;;;* comp;2172849..2173631;;cds;;;;;;261;;thiazole biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;2320809..2321131;;cds;;141;141;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;* comp;2321273..2321344;;gcg;;65;65;;;;;;* comp;2321410..2321679;;cds;;;;;;90;;elongation factor 1-beta;* ;;;;;;;;;;;;* ;2387890..2388675;;cds;;150;150;;;262;;peptidylprolyl isomerase;* ;2388826..2388911;;tca;;326;326;;;;;;* comp;2389238..2389453;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2678132..2678368;;cds;;85;85;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;* comp;2678454..2678530;;aaa;;824;*824;;;;;;* comp;2679355..2679537;;cds;;;;;;61;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3091524..3091754;;cds;;271;271;;;77;;hp;* comp;3092026..3092147;;5s;;130;;;;122;;;* comp;3092278..3095110;;23s;;208;;;;2833;;;* comp;3095319..3096806;;16s;;839;*839;;;1488;;;* ;3097646..3097975;;cds;;;;;;110;;translation initiation factor eIF-1A;* ;;;;;;;;;;;; comp;3153517..3155214;;cds;;599;*599;;;*566;;diguanylate phosphodiesterase;* comp;3155814..3155923;;atgj;;799;*799;;;;;;* ;3156723..3157106;;cds;;;;;;128;;tRNA CCA-pyrophosphorylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3241682..3242944;;cds;;473;*473;;;421;;diaminopimelate decarboxylase;* ;3243418..3243489;;ggg;;377;377;;;;;;* ;3243867..3244073;;cds;;;;;;69;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3341829..3342017;;cds;@2;0;*0;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;* ;3342018..3342092;;ccg;;112;112;;;;;;* ;3342205..3342387;;cds;;;;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;* ;;;;;;;;;;;;* ;3358176..3359186;;cds;;533;*533;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;* ;3359720..3359791;;acg;;52;52;;;;;;* comp;3359844..3360305;;cds;;;;;;154;;peroxiredoxin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3397316..3398947;;cds;;422;*422;;;*544;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;* ;3399370..3399684;;ncRNA;@3;149;149;;;315;;;* ;3399834..3399918;;agc;;230;230;;;;;;* ;3400149..3400847;;cds;;;;;;233;;ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3435506..3436918;;cds;;181;181;;;471;;phosphotransferase;* ;3437100..3437183;;tcg;;273;273;;;;;;* ;3437457..3437948;;cds;;870;*870;;;164;;rubrerythrin family protein;* ;3438819..3438989;;cds;;107;107;;;57;;hp;* ;3439097..3439289;;tgg;;42;42;;;;;;* comp;3439332..3439484;;cds;;;;;;51;;hp MLELDILDLDILDLDILDLKILELEILELEVLELEILELEILELEVLVQS;* ;;;;;;;;;;;;* ;3456114..3456473;;cds;;260;260;;;120;;hp;* comp;3456734..3456805;;acc;;200;200;;;;;;* comp;3457006..3457518;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3583589..3584044;;cds;;295;295;;;152;;N-acetyltransferase;* comp;3584340..3584414;;agg;;339;339;;;;;;* ;3584754..3585317;;cds;;;;;;188;;biotin transporter BioY;* ;;;;;;;;;;;;* ;3593430..3593861;;cds;;343;343;;;144;;PspC domain-containing protein;* comp;3594205..3594279;;aga;;348;348;;;;;;* ;3594628..3595506;;cds;;;;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3603458..3603697;;cds;;389;389;;;80;;type II toxin-antitoxin system HicB family antitoxin;* ;3604087..3604159;;caa;;633;*633;;;;;;* comp;3604793..3606301;;cds;;;;;;*503;;lipopolysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3856073..3856279;;cds;;402;*402;;;69;;TRAM domain-containing protein;* ;3856682..3856755;;aag;;498;*498;;;;;;* ;3857254..3857424;;cds;;;;;;57;;CopG family transcriptional regulator;* </pre> ====mfe cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_cumuls|mfe cumuls]] <pre> mfe cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;1;1;;100;18;30;0 ;16 23 5s 0;2;20;0;;50;4;20;;200;29;60;4 ;16 gca 235;1;40;2;;100;3;40;;300;12;90;14 ;16 23 5s a;0;60;1;;150;11;60;;400;9;120;6 ;max a;1;80;4;;200;9;80;;500;9;150;8 ;a doubles;0;100;2;;250;10;100;;600;5;180;7 ;autres;0;120;4;;300;7;120;;700;0;210;9 ;total aas;1;140;0;;350;7;140;;800;0;240;1 sans ;opérons;40;160;0;;400;10;160;;900;1;270;6 ;1 aa;31;180;0;;450;3;180;;1000;1;300;4 ;max a;6;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;3 ;a doubles;7;;2;;;20;;;;1;;23 ;total aas;55;;15;0;;88;;0;;85;;85 total aas;;56;;;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;131;;;376;;;;255;; ;;;variance;169;;;299;;;;210;; sans jaune;;;moyenne;55;;;223;;;;207;;157 ;;;variance;21;;;108;;;;127;;80 </pre> ====mfe blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_blocs|mfe blocs]] <pre> mfe blocs;;;; cds;698;513;2-isopropylmalate synthase;* 16s;208;1488;;* 23s;130;2833;;* 5s;857;122;;* cds;102;188;hp;* ;;;; cds;967;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* 16s;80;1488;;* gca;135;;;* 23s;130;2833;;* 5s;5;122;;* cds;;83;hp;* ;;;; cds;271;77;hp;* 5s;130;122;;* 23s;208;2833;;* 16s;839;1488;;* cds;;110;translation initiation factor eIF-1A;* </pre> ====mfe remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_remarques|mfe remarques]] <pre> mfe;;;;;;56;56 atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====mfe distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_distribution|mfe distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc; gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mfe;;31;;;;;;;mfe;14;;;;;;;;mfe;10;;;;;; </pre> ====mfe données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_données_intercalaires|mfe données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mfe;fx;fc;mfe;fx40;fc40;mfe;x-;c-;c;x;c;x;aa ;1;0;1;17;0;1;17;-1;;26;102;207;CDS 16s;; ;0;10;11;152;1;2;28;-2;1;0;411;295;;704; 1;0;20;15;94;2;0;29;-3;;0;384;150;;973; ;0;30;21;74;3;1;16;-4;4;116;225;340;;845; 1;0;40;22;60;4;1;15;-5;;0;801;170;16s 23s;; 1;0;50;24;58;5;1;18;-6;;0;558;36;2* 196;; 1;0;60;11;41;6;1;14;-7;;4;1076;1611;23s 5s;; ;1;70;18;55;7;2;3;-8;;27;193;861;3* 74;; ;0;80;23;52;8;1;7;-9;2;0;356;498;5s CDS;; ;1;90;24;43;9;1;8;-10;2;6;149;360;857;5; ;0;100;18;41;10;1;14;-11;;10;332;353;;271; ;2;110;25;48;11;2;15;-12;1;0;185;233;16s tRNA;; ;2;120;24;44;12;0;11;-13;;5;296;12;84;;gca 1;1;130;30;46;13;2;12;-14;1;11;111;358;tRNA 23s;; ;0;140;10;40;14;3;8;-15;;1;235;774;119;;gca 1;3;150;25;36;15;3;10;-16;;1;123;392;tRNA tRNA;; ;1;160;13;41;16;2;3;-17;1;9;391;378;72;;tgc 1;0;170;25;35;17;1;7;-18;;1;1415;130;**;;tgc ;1;180;22;31;18;0;8;-19;;1;208;235;89;;atgf ;3;190;14;38;19;2;12;-20;;5;210;319;**;;atgf ;2;200;11;28;20;0;8;-21;;0;190;326;111;;gac 1;3;210;17;42;21;0;11;-22;;1;596;799;**;;tac ;1;220;27;29;22;0;3;-23;;3;914;473;73;;cta ;2;230;24;32;23;3;9;-24;;1;287;52;**;;gga 2;1;240;18;34;24;2;12;-25;;3;686;42;117;;ctc ;0;250;10;20;25;0;8;-26;;2;213;260;**;;ctc 1;0;260;18;34;26;0;10;-27;;0;268;339;87;;aac ;1;270;14;26;27;1;5;-28;;1;204;343;110;;atgi ;1;280;16;21;28;11;10;-29;;0;156;348;**;;aac ;1;290;16;20;29;1;2;-30;;0;174;633;-;227;gcc 1;2;300;19;25;30;3;4;-31;;0;141;402;62;;atc ;0;310;10;21;31;2;6;-32;;1;65;;**;;atc 1;0;320;14;24;32;2;3;-33;1;0;150;;718;;gaa 1;0;330;15;23;33;1;1;-34;;0;85;;**;;gaa 2;1;340;12;20;34;2;7;-35;;6;824;;25;;ggc 2;0;350;13;22;35;2;4;-36;;0;599;;57;;ttc 3;1;360;13;14;36;2;4;-37;;0;377;;71;;gtc ;0;370;13;13;37;1;10;-38;;0;0;;25;;ggc 1;1;380;15;17;38;3;5;-39;1;0;112;;118;;ttc ;2;390;12;18;39;4;8;-40;;0;533;;**;;gtc 1;1;400;12;15;40;3;12;-41;;4;230;;;; 8;12;reste;372;467;reste;997;1614;-42;;0;181;;;; 31;48;total;1067;2011;total;1067;2011;-43;;0;273;;;; 23;35;diagr;694;1527;diagr;69;380;-44;;0;107;;;; 1;0; t30;47;320;;;;-45;;0;200;;;; ;;;;;;;;-46;;0;295;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;389;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;498;;;; ;x;1066;17;1;1084;;;-49;;0;;;;; ;c;1994;250;17;2261;;;-50;;0;;;;; ;;;;;3345;122;;reste;3;3;;;;; ;;;;;;3467;;total;17;250;;;;; </pre> =====mfe autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_autres_intercalaires_aas|mfe autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;mfe;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;38726;40264;704;*; ;;rRNA;40969;42446;196;*;1478 ;;rRNA;42643;45547;74;*;2905 ;;rRNA;45622;45743;857;*;122 deb;;CDS;46601;47164;102;*; ;;tRNA;47267;47338;72;*;tgc ;;tRNA;47411;47482;411;*;tgc fin;;CDS;47894;48508;;; deb;comp;CDS;71092;72423;384;*; ;comp;tRNA;72808;72882;89;*;atgf ;comp;tRNA;72972;73046;207;*;atgf fin;;CDS;73254;73472;;0; deb;comp;CDS;175573;176091;225;*; ;comp;tRNA;176317;176389;111;*;gac ;comp;tRNA;176501;176614;295;*;tac fin;;CDS;176910;177248;;0; deb;comp;CDS;214884;215966;801;*; ;comp;tRNA;216768;216841;150;*;aca fin;;CDS;216992;217582;;; deb;comp;CDS;372219;373091;558;*; ;comp;tRNA;373650;373723;340;*;gtg fin;;CDS;374064;374828;;0; deb;comp;CDS;379248;381950;1076;*; ;comp;tRNA;383027;383104;193;*;ccc fin;comp;CDS;383298;383828;;; deb;;CDS;508114;509238;100;*; ;comp;ncRNA;509339;509698;415;*; fin;;CDS;510114;511253;;; deb;comp;CDS;532751;533176;356;*; ;comp;tRNA;533533;533607;149;*;cca fin;comp;CDS;533757;534308;;; deb;comp;CDS;598666;599850;170;*; ;;tRNA;600021;600092;332;*;cgc fin;;CDS;600425;600868;;0; deb;;CDS;680493;681734;185;*; ;;tRNA;681920;681994;296;*;gag fin;;CDS;682291;682578;;0; deb;;CDS;689098;689631;36;*; ;comp;tRNA;689668;689752;73;*;cta ;comp;tRNA;689826;689897;1611;*;gga fin;;CDS;691509;691889;;; deb;comp;CDS;793563;795017;111;*; ;comp;tRNA;795129;795213;117;*;ctc ;comp;tRNA;795331;795418;235;*;ctc fin;comp;CDS;795654;796454;;; deb;;CDS;810088;810471;861;*; ;comp;tRNA;811333;811415;123;*;tcc fin;comp;CDS;811539;812555;;; deb;comp;CDS;893309;894232;391;*; ;comp;tRNA;894624;894696;87;*;aac ;comp;tRNA;894784;894858;110;*;atgi ;comp;tRNA;894969;895041;1415;*;aac fin;comp;CDS;896457;897506;;; deb;;CDS;949570;950112;208;*; ;;tRNA;950321;950392;498;*;cgg fin;comp;CDS;950891;952300;;; deb;;CDS;1088496;1090946;360;*; ;comp;tRNA;1091307;1091378;227;*;gcc ;;tRNA;1091606;1091682;62;*;atc ;;tRNA;1091745;1091818;353;*;atc fin;comp;CDS;1092172;1092585;;; deb;;CDS;1155748;1156137;210;*; ;;tRNA;1156348;1156425;718;*;gaa ;;tRNA;1157144;1157221;233;*;gaa fin;comp;CDS;1157455;1158645;;; deb;comp;CDS;1199367;1200149;973;*; ;;rRNA;1201123;1202600;84;*;1478 ;;tRNA;1202685;1202757;119;*;gca ;;rRNA;1202877;1205781;74;*;2905 ;;rRNA;1205856;1205977;5;*;122 fin;comp;CDS;1205983;1206231;;; deb;;CDS;1207508;1211485;12;*; ;comp;tRNA;1211498;1211582;190;*;ctg fin;comp;CDS;1211773;1212681;;; deb;comp;CDS;1220571;1220783;596;*; ;comp;tRNA;1221380;1221451;25;*;ggc ;comp;tRNA;1221477;1221551;57;*;ttc ;comp;tRNA;1221609;1221682;71;*;gtc ;comp;tRNA;1221754;1221825;25;*;ggc ;comp;tRNA;1221851;1221925;118;*;ttc ;comp;tRNA;1222044;1222117;358;*;gtc fin;;CDS;1222476;1223792;;0; deb;;CDS;1400830;1401773;914;*; ;;tRNA;1402688;1402761;287;*;gta fin;;CDS;1403049;1403276;;; deb;comp;CDS;1504221;1505630;686;*; ;comp;tRNA;1506317;1506410;774;*;cga fin;;CDS;1507185;1508039;;0; deb;;CDS;1513245;1513562;213;*; ;;tRNA;1513776;1513858;268;*;ttg fin;;CDS;1514127;1514647;;; deb;;CDS;1887880;1888338;392;*; ;comp;tRNA;1888731;1888802;378;*;ggc fin;;CDS;1889181;1890518;;; deb;;CDS;1962666;1963553;130;*; ;comp;tRNA;1963684;1963768;235;*;tta fin;;CDS;1964004;1964759;;; deb;;CDS;1971373;1971852;319;*; ;comp;tRNA;1972172;1972244;204;*;cag fin;comp;CDS;1972449;1972850;;; deb;comp;CDS;2066516;2069038;121;*; ;;repeat_region;2069160;2069707;535;*; fin;;CDS;2070243;2071250;;; deb;comp;CDS;2073346;2074599;417;*; ;;repeat_region;2075017;2076588;535;*; fin;;CDS;2077124;2077771;;0; deb;comp;CDS;2170713;2172446;156;*; ;comp;tRNA;2172603;2172674;174;*;cac fin;comp;CDS;2172849;2173631;;; deb;;CDS;2231846;2232133;164;*; ;;repeat_region;2232298;2233846;77;*; fin;;CDS;2233924;2235552;;0; deb;comp;CDS;2320856;2321131;141;*; ;comp;tRNA;2321273;2321344;65;*;gcg fin;comp;CDS;2321410;2321679;;; deb;;CDS;2387890;2388675;150;*; ;;tRNA;2388826;2388911;326;*;tca fin;comp;CDS;2389238;2389453;;; deb;comp;CDS;2678132;2678368;85;*; ;comp;tRNA;2678454;2678530;824;*;aaa fin;comp;CDS;2679355;2679537;;; deb;;CDS;2969291;2969554;306;*; ;;repeat_region;2969861;2971629;480;*; fin;;CDS;2972110;2973468;;; deb;;CDS;2979566;2980078;280;*; ;;repeat_region;2980359;2981568;343;*; ;;repeat_region;2981912;2982974;5;*; fin;;CDS;2982980;2983372;;; deb;;CDS;3091533;3091754;271;*; ;comp;rRNA;3092026;3092147;74;*;122 ;comp;rRNA;3092222;3095126;196;*;2905 ;comp;rRNA;3095323;3096800;845;*;1478 fin;;CDS;3097646;3097975;;; deb;comp;CDS;3153517;3155214;599;*; ;comp;tRNA;3155814;3155923;799;*;atgj fin;;CDS;3156723;3157106;;; deb;comp;CDS;3241682;3242944;473;*; ;;tRNA;3243418;3243489;377;*;ggg fin;;CDS;3243867;3244073;;0; deb;;CDS;3341829;3342017;0;*; ;;tRNA;3342018;3342092;112;*;ccg fin;;CDS;3342205;3342387;;; deb;;CDS;3358176;3359186;533;*; ;;tRNA;3359720;3359791;52;*;acg fin;comp;CDS;3359844;3360305;;; deb;comp;CDS;3397316;3398947;422;*; ;;ncRNA;3399370;3399684;149;*; ;;tRNA;3399834;3399918;230;*;agc fin;;CDS;3400149;3400847;;; deb;;CDS;3435506;3436918;181;*; ;;tRNA;3437100;3437183;273;*;tcg fin;;CDS;3437457;3437948;;; deb;;CDS;3438819;3438989;107;*; ;;tRNA;3439097;3439289;42;*;tgg fin;comp;CDS;3439332;3439484;;0; deb;;CDS;3456114;3456473;260;*; ;comp;tRNA;3456734;3456805;200;*;acc fin;comp;CDS;3457006;3457518;;; deb;comp;CDS;3583589;3584044;295;*; ;comp;tRNA;3584340;3584414;339;*;agg fin;;CDS;3584754;3585317;;; deb;;CDS;3593430;3593861;343;*; ;comp;tRNA;3594205;3594279;348;*;aga fin;;CDS;3594628;3595506;;; deb;;CDS;3603458;3603697;389;*; ;;tRNA;3604087;3604159;633;*;caa fin;comp;CDS;3604793;3606301;;; deb;comp;CDS;3856073;3856279;402;*; ;;tRNA;3856682;3856755;498;*;aag fin;;CDS;3857254;3857424;;0; </pre> ===archées synthèse=== ====archées distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_génome|archées distribution par génome]] <pre> arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total mba;14;37;;;;1;9;;61 mfe;14;31;;;;1;10;;56 mfi;25;20;;;;2;;;47 mja;8;16;1;4;6;2;;;37 total;61;104;1;4;6;6;19;0;201 ;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;;;; </pre> ====archées distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_du_total|archées distribution du total]] <pre> atgi;4;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;4;tac;4;tgc;8 atc;6;acc;4;aac;7;agc;4 ctc;6;ccc;3;cac;4;cgc;4 gtc;6;gcc;4;gac;4;ggc;8 tta;6;tca;4;taa;;tga;1 ata;;aca;5;aaa;5;aga;4 cta;4;cca;4;caa;5;cga;4 gta;4;gca;6;gaa;7;gga;4 ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4 atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3 ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2 gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3 arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;80;104;1;4;6;6;201 ;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;; </pre> ====archées distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_type|archées distribution par type]] <pre> ;;;;;;;104;;;;;;;;;61;;;;;;;;;19 atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;4;tac;;tgc;3;;ttc;5;tcc;;tac;3;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;4 atc;2;acc;2;aac;1;agc;4;;atc;;acc;2;aac;5;agc;;;atc;4;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;3;cac;2;cgc;4;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;4;ccc;;cac;;cgc; gtc;1;gcc;2;gac;;ggc;2;;gtc;5;gcc;2;gac;3;ggc;6;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;5;tca;4;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;3;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;2;caa;4;cga;4;;cta;3;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;3;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;2;tcg;3;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;3;aag;2;agg;2;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;3;gcg;3;gag;2;ggg;3;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; archées;1aa;104;;;;;;;archées;>1aa;61;;;;;;;archées;duplica;19;;;;; ;;4;4;;;;;;;;37;61;;;;;;;;0;0;;;; ;;68;65;;;;;;;;7;11;;;;;;;;4;21;;;; ;;32;31;;;;;;;;17;28;;;;;;;;15;79;;;; </pre> ====archées par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_par_rapport_au_groupe_de_référence|archées par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;40;11;4;;;;55; 16;moyen;39;16;8;;;9;72; 14;fort;25;34;7;4;;4;74; ; ;104;61;19;4;;13;201; 10;g+cgg;26;2;;;;;28; 2;agg+cga;6;1;;;;;7; 4;carre ccc;7;8;4;;;;19; 5;autres;1;;;;;;1; ;;40;11;4;;;;55; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;199;55;20;;;;274;26 16;moyen;194;80;40;;;45;358;324 14;fort;124;169;35;20;;20;368;650 ; ;517;303;95;20;;65;201;729 10;g+cgg;129;10;;;;;139;10 2;agg+cga;30;5;;;;;35; 4;carre ccc;35;40;20;;;;95;16 5;autres;5;;;;;;5; ;;199;55;20;;;;274; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;217;60;22;299;26;38;18; 16;moyen;212;87;43;342;324;38;26; 14;fort;136;185;38;359;650;24;56; ; ;565;332;103;184;729;104;61; 10;g+cgg;141;11;;152;10;65;; 2;agg+cga;33;5;;38;;15;; 4;carre ccc;38;43;22;103;16;18;; 5;autres;5;;;5;;3;; ;;217;60;22;299;;40;; </pre> ====euryarchaeota, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#euryarchaeota,_estimation_des_-rRNAs|euryarchaeota, estimation des -rRNAs]] <pre> euryarchaeota;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 63 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;63;124; ; ;;indices;;;;63;197;0;0;;eury4;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;184 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;2;tac;;tgc;28;;ttc;;tcc;3;tac;;tgc;44;;ttc;5;tcc;4;tac;3;tgc;8 atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc;;;atc;6;acc;4;aac;6;agc;4 ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;6;ccc;3;cac;3;cgc;4 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;6;gcc;4;gac;3;ggc;8 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;6;tca;4;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;5;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;5;cga;4 gta;;gca;87;gaa;;gga;;;gta;;gca;138;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;6;gga;4 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4 atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3 ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;3;;ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3 ;;118;;3;;3;124;;;;187;;4.76190476190476;;5;197;;;;63;;66;;55;184 11.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;16.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;143;6935;0;0;;eury4;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4600 atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;75;tct;;tat;;atgf;175 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;102;tac;104;tgc;137;;ttc;122;tcc;106;tac;104;tgc;181;;ttc;125;tcc;100;tac;75;tgc;200 atc;119;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;121;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;150;acc;100;aac;150;agc;100 ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;150;ccc;75;cac;75;cgc;100 gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;150;gcc;100;gac;75;ggc;200 tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;150;tca;100;taa;;tga;25 ata;;aca;110;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;110;aaa;110;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;75;cca;75;caa;125;cga;100 gta;103;gca;13;gaa;132;gga;103;;gta;103;gca;151;gaa;132;gga;103;;gta;100;gca;;gaa;150;gga;100 ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;75;tcg;75;tag;;tgg;100 atgj;101;acg;90;aag;85;agg;88;;atgj;101;acg;90;aag;87;agg;88;;atgj;100;acg;75;aag;75;agg;75 ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;68;;ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;71;;ctg;75;ccg;50;cag;75;cgg;50 gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;100;gcg;75;gag;50;ggg;75 ;;1569;;1607;;1475;4651;;;;1757;;1612;;1480;4848;;;;1575;;1650;;1375;4600 rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;eury4;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;41.778;;;fréquences;;;;;atgi;24;tct;;tat;;atgf;28 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2632;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;100;;avec;150;;;10;17;;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;100;;genom;63;;;20;14;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;97;tac;100;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;2;tcc;2;tac;28;tgc;32 atc;99;acc;100;aac;100;agc;100;;archeo;46;;;40;3;;;;atc;20;acc;4;aac;19;agc;4 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgc;;;sans;184;;;50;2;46;;;ctc;19;ccc;19;cac;26;cgc;2 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;17;;;60;0;;;;gtc;19;gcc;1;gac;39;ggc;29 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;29;tca;1;taa;;tga;50 ata;;aca;100;aaa;96;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;9;aaa;5;aga;3 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par archeo;;;;90;0;;;;cta;27;cca;27;caa;13;cga;3 gta;100;gca;9;gaa;100;gga;100;;est 10% au dessus;;;;100;0;;;;gta;3;gca;100;gaa;12;gga;3 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;14;tcg;14;tag;;tgg;2 atgj;100;acg;100;aag;98;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;1;acg;17;aag;12;agg;15 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;96;;;;;;;;;;;ctg;12;ccg;36;cag;14;cgg;27 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;9;gcg;11;gag;40;ggg;5 rapports;;89;;100;;100;96;;;;;;;;;;;diff;;301;;220;;311;832 </pre> ==génomes synthèse== ===Les intercalaires entre cds d'un génome=== ====Fréquences des intercalaires cds-cds, courbes puissance==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds,_courbes_puissance|puissance]] *Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre classe <pre> ;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600; gen;cds;K6;'- a6;R2;K6 %0;;K12;'- a12;R2;k12/k6;a% ;;;;;;;;;;; pub;1,307;19,910;&1.63;89;&15,233;;;;;; ant;3,095;158,387;&'''1.80;85;&'''51,175;;;;;; abra;1,667;17,186;&1.41;81;10,310;;;;;; pmg;1,800;48,983;&1.62;85;&27,213;;;;;; mja;1,729;25,564;&1.45;81;&14,777;;;;;; fin rang faible;;;1.00;;2,121;;;;;5.0;1 rang moyen;;;1.18;;4,599;;;;;9.9;16 ;;;1.33;;12,201;;;;;17.6;31 rru;3,786;46,193;&1.4;73;12,201;;157,774;1.66;79;3.4;16 eco;4,024;64,507;&1.46;74;&16,031;;;;;; cvi;4,282;5,941;&1.42;79;1,387;;272,330;1.76;85;&'''45.8;19 ade;4,464;83,541;&1.51;81;&18,714;;344,171;1.81;86;4.1;17 bsu;4,213;110,979;&1.58;79;&26,323;;;;;; cbn;2,491;24,707;1.33;74;9,919;;;;;; afn;2,038;16,580;1.32;74;8,131;;;;;; ase;8,197;38,168;1.20;82;4,656;;537,079;1.74;84;14.1;31 scc;1,805;13,461;1.30;77;7,458;;;;;; Début rang fort;;;1.40;;14,777;;;;;30.0;39 rtb;793;1,117;°0.97;68;°1,409;;1,119;0.98;75;°'''1.0;°'''1 spl;4,213;6,234;°0.93;79;°1,480;;109,920;1.52;79;17.6;&39 pmq;7,223;15,320;°1.00;72;°2,121;;459,123;1.70;80;&30.0;&41 cbei;5,623;3,288;°0.73;79;°585;;111,913;1.45;75;&34.0;&50 blo;1,772;8,149;1.18;71;4,599;;;;;; myr;3,555;19,289;1.22;87;5,426;;97,139;1.55;87;°5.0;21 mba;3,943;561;°'''0.47;80;°'''142;;5,558;0.93;71;9.9;&49 </pre> *Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre pente a37 <pre> ;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600; gen;cds;K;-a;R2;K %;;K;-a;R2;k12/k6;a% pub;1 307;19 910;&1,63;89;&15 233;;;;;; rtb;793;1 117;°0,97;68;°1 409;;1 119;0,98;75;°1,0;°1 rru;3 786;46 193;&1,40;73;12 201;;157 774;1,66;79;°3,4;16 ;;;;;;;;;;; eco;4 024;64 507;&1,46;74;&16 031;;;;;; spl;4 213;6 234;°0,93;79;°1 480;;109 920;1,52;79;17,6;&39 ;;;;;;;;;;; bsu;4 216;110 979;&1,58;79;&26 323;;;;;; pmq;7 223;15 320;°1,00;72;°2 121;;459 123;1,70;80;&30,0;&41 ;;;;;;;;;;; cbn;2 491;24 707;1,33;74;9 919;;;;;; cbei;5 623;3 288;°0,73;79;°585;;111 913;1,45;75;&34,0;&50 ;;;;;;;;;;; ase;8 197;38 168;1,20;82;4 656;;537 079;1,74;84;14,1;31 blo;1 772;8 149;1,18;71;4 599;;;;;; ;;;;;;;;;;; myr;3 555;19 289;1,22;87;5 426;;97 139;1,55;87;°5,0;21 pmg;1 800;48 983;&1,62;85;&27 213;;;;;; abra;1 667;17 186;&1,41;81;10 310;;;;;; cvi;4 282;5 941;&1,42;79;°1 387;;272 330;1,76;85;&45,8;19 ade;4 464;83 541;&1,51;81;&18 714;;344 171;1,81;86;°4,1;17 ant;3 095;158 387;&1,80;85;&51 175;;;;;; afn;2 039;16 580;1,32;74;8 131;;;;;; scc;1 805;13 461;1,30;77;7 458;;;;;; mja;1 730;25 564;&1,45;81;&14 777;;;;;; mba;3 943;561;°0,47;80;°142;;5 558;0,93;71;9,9;&49 </pre> ====Fréquences des intercalaires cds-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds|cds-cds]] <pre> génome;nombre cds;intercalaires;200;rapport;26-370;;;total;;;;;;;;génome;;;;;;; gen;n-cds;inter%;moy;rap;a37;b37;R2;cds;<0;100;200;370;600;max;freq5;gen;<0;100;200;370;600;max;freq5 pub;1,343;3.0;37;14;5.93;17.15;63;1307;473;720;87;19;7;1;365;pub;362;551;67;15;5;1;''438 rtb;828;20.2;85;109;3.05;11.85;58;793;102;248;187;84;52;120;396;rtb;129;313;236;106;66;151;''573 rru;3,854;9.9;78;89;18.99;71.15;91;3786;683;1546;835;535;139;48;2 289;rru;180;408;221;141;37;13;'''738 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; eco;4,285;9.1;72;76;20.08;74.15;88;4024;738;1730;810;572;142;32;2 346;eco;183;430;201;142;35;8;714 spl;4,269;14.1;82;105;17.06;72.54;76;4213;426;1561;905;776;378;167;2 651;spl;101;371;215;184;90;40;700 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; bsu;4,325;9.5;72;64;29.29;'''96.38;81;4213;608;2086;971;412;118;18;2 606;bsu;144;495;230;98;28;4;'''723 pmq;7,258;13.8;88;130;28.46;'''126.75;90;7223;795;2448;1722;1520;506;232;4 818;pmq;110;339;238;210;70;32;'''750 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cbn;2,521;11.3;71;79;14.59;53.49;82;2491;176;1201;577;394;117;26;1 678;cbn;71;482;232;158;47;10;'''725 cbei;5,665;17.9;83;136;14.71;'''79.19;83;5622;400;1788;1188;1240;713;293;3 434;cbei;71;318;211;221;127;52;658 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ase;8,256;11.5;76;79;43.46;'''155.74;88;8197;1652;3299;1568;1047;399;232;4 749;ase;202;402;191;128;49;28;'''726 blo;1,824;10.6;88;116;9.53;36.46;78;1772;228;661;483;281;85;34;1 201;blo;129;373;273;159;48;19;'''778 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; myr;3,611;12.2;67;63;19.62;69.35;84;3555;302;1780;681;440;202;150;2 078;myr;85;501;192;124;57;42;639 pmg;1,839;8.5;55;35;11.99;37.52;76;1800;253;1104;267;120;42;14;935;pmg;141;613;148;67;23;8;''604 abra;1,712;7.2;65;57;8.52;28.44;82;1667;417;757;311;121;42;19;787;abra;250;454;187;73;25;11;630 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cvi;4,345;9.5;74;67;26.50;'''89.98;78;4282;756;1984;873;455;147;67;2 551;cvi;177;463;204;106;34;16;'''723 ade;4,506;8.5;70;66;25.60;'''87.68;90;4464;815;2097;919;464;124;45;2 517;ade;183;470;206;104;28;10;690 ant;3,119;6.0;56;38;16.12;51.22;81;3095;762;1651;474;150;33;25;1 309;ant;246;533;153;48;11;8;''561 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; afn;2,093;9.5;66;75;8.68;33.73;77;2038;307;934;401;304;69;23;1 128;afn;151;458;197;149;34;11;652 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; scc;1,847;8.8;69;72;8.68;31.86;82;1805;347;793;327;241;78;19;1 001;scc;192;439;181;134;43;11;687 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; mja;1,768;9.1;64;53;9.96;33.76;80;1729;219;956;340;166;36;12;955;mja;127;553;197;96;20;7;632 mba;3,995;26.7;85;154;5.54;38.77;46;3943;329;900;600;782;643;689;1 911;mba;83;228;152;198;163;175;''529 rang;X1 000;;;;;;;;;;;;;;;rang;;;;;;; faible;1350-2500;3-7;37-55;14-64;3-6;12-17;46-63;;;;;;;;;faible;70-100;230-375;65-150;15-70;5-25;4-15;438-604 moyen;3100-4500;8.5 -11.5;64-72;66-109;9-17;28-74;76-84;;;;;;;;;moyen;110-180;400-500;180-210;100-150;30-60;20-50;630-714 fort;5700-8300;12-27;78-88;116-154;19-43;79-156;88-91;;;;;;;;;fort;190-360;530-610;220-270;160-220;70-160;150-175;723-778 effectif;9 9 3;3 12 6;3 11 7;7 10 4;3 10 8;2 13 6;3 13 5;;;;;;;;;effectif;5 11 5;6 11 4;4 11 6;4 11 6;5 11 5;13 6 2; 5 9 7 </pre> ====Classement des génomes cds-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_cds-cds|Classement]] <pre> gen;n-cds;%;moy;rap;a37;R2;;<0;100;200;370;600;max '''pub;1m;''3;''37;''14;''5.93;''63;;'''362;'''551;''67;''15;''5;''1 '''ant;3m;''6;''56;''38;°16.12;°81;;'''246;'''533;''153;''48;''11;''8 '''abra;2m;''7;<u>65;''57;''8.52;°82;;'''250;°454;°187;''73;''25;<u>11 '''pmg;2m;<u>8,5;''55;''35;<u>11.99;°76;;°141;'''613;''148;''67;''23;''8 '''mja;2m;°9;<u>64;''53;''9.96;°80;;°127;'''553;°197;°96;''20;''7 ;;;;;;;;;;;;; fin rang faible;;''7,2;''56;''64;''10;''63;;''101;''375;''153;''73;''25;''8 ;;;;;;;;;;;;; rang moyen;;8.5;64;66;12;76;;110;402;181;96;28;10 ;;11.5;72;109;20;84;;183;502;211;149;57;16 ;;;;;;;;;;;;; '''rru;4M;°10;<u>'''78;°89;°18.99;'''91;;°180;°408;<u>'''221;°141;°37;°13 '''eco;4M;°9;°72;°76;°20.08;'''88;;°183;°430;°201;°142;°35;<u>''8 '''cvi;4M;°9,5;°74;°67;'''26.50;°78;;°177;°463;°204;°106;°34;°16 '''ade;4M;°8,5;°70;°66;'''25.60;'''90;;°183;°470;°206;°104;°28;°10 '''bsu;4M;°9,5;°72;<u>''64;'''29.29;°81;;°144;°495;<u>'''230;°98;°28;''4 '''cbn;2m;°11;°71;°79;°14.59;°82;;''71;°482;<u>'''232;<u>'''158;°47;°10 '''afn;2m;°9,5;°66;°75;''8.68;°77;;°151;°458;°197;°149;°34;°11 '''ase;'''8M;°11,5;°76;°79;'''43.46;'''88;;'''202;°402;°191;°128;°49;'''28 '''scc;2m;°9;°69;°72;''8.68;°82;;<u>'''192;°439;°181;°134;°43;°11 ;;;;;;;;;;;;; Début rang fort;;'''12,2;'''78;'''116;'''25.6;'''88;;'''192;'''533;'''221;'''158;'''66;'''19 ;;;;;;;;;;;;; '''rtb;1m;'''20;'''85;<u>109;''3.05;''58;;°129;''313;'''236;°106;'''66;'''151 '''spl;4M;'''14;'''82;<u>105;°17.06;°76;;''101;''371;<u>215;'''184;'''90;'''40 &'''pmq;'''7M;'''14;'''88;'''130;'''28.46;'''90;;<u>110;''339;'''238;'''210;'''70;'''32 &'''cbei;'''6M;'''18;'''83;'''136;°14.71;°83;;''71;''318;<u>211;'''221;'''127;'''52 '''blo;2m;<u>11;'''88;'''116;''9.53;°78;;°129;''373;'''273;'''159;°48;'''19 '''myr;4M;'''12;°67;''63;°19.62;°84;;''85;°501;°192;°124;<u>57;'''42 &'''mba;4M;'''27;'''85;'''154;''5.54;''46;;''83;''228;''152;'''198;'''163;'''175 </pre> ====Les intercalaires tRNAs-cds==== =====comparaison continu-discontinu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_continu-discontinu|comparaison continu-discontinu]] *Total des nuls cds-cds <pre> gen;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total nuls;13;29;11;65;35;3;27;19;11;15;29;22;21;18;46;31;71;13;5;8;18;510 </pre> *tableau <pre> ;détail;tRNA-cds positifs;;;;ensemble;cds-cds négatifs;;;; gen;deb;fin;deb’;fin’;total;cds;<0;reste32;reste32%;comp’/<0%;min’-min% abra;7;12;5;4;41;1 667;417;20;4,8;1,4;117 ade;20;16;7;9;69;4 464;815;40;4,9;11,9;6 afn;20;17;2;5;53;2 038;307;21;6,8;1,3;31 ant;11;12;4;1;34;3 095;762;17;2,2;10,9;11 ase;18;16;12;12;101;8 197;1 652;128;7,7;19,3;1 blo;15;15;5;6;78;1 772;228;8;3,5;7,0;17 bsu;3;5;7;5;28;4 213;608;52;8,6;3,9;182 cbei;9;5;4;1;47;5 622;400;24;6,0;2,8;59 cbn;12;12;2;2;40;2 491;176;6;3,4;4,5;54 cvi;22;20;7;9;78;4 282;756;26;3,4;8,2;5 eco;10;11;5;7;65;4 024;738;55;7,5;12,3;107 mba;9;8;7;4;90;3 943;329;26;7,9;5,5;23 mja;6;15;8;1;43;1 729;219;17;7,8;24,2;29 myr;18;15;12;10;79;3 555;302;12;4,0;6,6;37 pmg;16;17;13;8;67;1 800;253;12;4,7;36,0;3 pmq;8;11;2;5;42;7 223;795;52;6,5;4,3;45 pub;13;14;11;11;50;1 307;473;14;3,0;19,0;41 rru;15;18;10;11;83;3 786;683;32;4,7;10,1;12 rtb;9;12;0;2;56;793;102;7;6,9;2,9;35 scc;13;8;11;5;67;1 805;347;14;4,0;7,8;47 spl;9;9;4;3;62;4 213;426;10;2,3;2,8;61 total;263;268;138;121;1273;72 023;10 788;593;5,5;11,8; ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; 10,6,21;con;;cds-cds négatifs continus;;;;;comp’;cds-cds négatifs discontinus;; gen;total;min;con1;con4;c1/c4;reste50;reste50 %;total;min;reste50;reste50 % abra;411;-92;68;142;0,48;13;3,2;6;-24;0; ade;718;-109;70;540;0,13;10;1,4;97;-116;14;14,4 afn;303;-113;38;129;0,29;9;3,0;4;-83;1;25,0 ant;679;-71;164;221;0,74;6;0,9;83;-79;1;1,2 ase;1333;-119;168;892;0,19;32;2,4;319;-120;49;15,4 blo;212;-86;52;109;0,48;2;0,9;16;-102;2;12,5 bsu;578;-7 616;72;233;0,31;17;2,9;30;-361;7;23,3 cbei;389;-110;71;82;0,87;4;1,0;11;-60;1;9,1 cbn;168;-47;34;28;1,21;0;;8;-27;0; cvi;694;-97;118;377;0,31;4;0,6;62;-102;6;9,7 eco;647;-2 400;163;261;0,62;22;3,4;91;-723;11;12,1 mba;311;-59;33;119;0,28;7;2,3;18;-74;2;11,1 mja;166;-83;25;52;0,48;7;4,2;53;-62;0; myr;282;-47;71;60;1,18;0;;20;-68;1;5,0 pmg;162;-65;36;72;0,50;2;1,2;91;-67;2;2,2 pmq;761;-119;80;387;0,21;17;2,2;34;-75;4;11,8 pub;383;-65;152;81;1,88;3;0,8;90;-43;0; rru;614;-137;81;396;0,20;13;2,1;69;-122;7;10,1 rtb;99;-50;10;33;0,30;0;;3;-35;0; scc;320;-74;39;156;0,25;6;1,9;27;-120;1;3,7 spl;414;-98;126;136;0,93;5;1,2;12;-52;1;8,3 total;9 644;;1 671;4 506;0,37;179;1,9;1 144;;110;9,6 </pre> =====Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Rareté_des_tRNA-cds_négatifs_et_petits_positifs|Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs]] *Total des '''tRNAs-cds des 22 génomes''' qui regroupent 11 négatifs: Ci-dessous le total des blocs de tRNAs sans rRNAs (ligne "opérons sans" dans "genome.opérons"). Multiplié par 2 il donne le total des tRNA-cds sans les tRNAs-cds des blocs avec rRNA. J'ai estimé le total de ces derniers à 5% des 1ers. Donc le total des tRNA-cds estimé pour ces 22 génomes est de 1340 + 67 = 1407. <pre> tRNA-cds;ecoN;vha;amed;rpl;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;ppm;lbu;ban;psor;cdc;cdc;hmo;fps;npu;apal;mfi;mfe;total opérons;50;27;38;29;47;45;51;51;38;38;29;23;9;8;5;6;24;26;43;14;29;40;670 </pre> *'''Tableau''' <pre> tRNA-cds négatifs;;; genome;adresse;tRNA;inter Intercalaire continu nc;;; vha chr2;1842556;ctc;-36 amed;779541;caa;-21 oan;1945985;aag;-38 oan;34057;gcc;-40 ppm plasm;7953;gac;-24 hmo;2497882;gtg;-10 mfi;314088;caa;-1 pmg;1600898;gta;-30 blo;207388;tgg;-17 Intercalaire discontinu xc comp’;;; rpm;1941413;agc;-30 oan;1639492;atgj;-44 aua;1350534;cgt;-30 npu;3439846;gca;-19 mba;1315521;cgc;-12 spl;552630;tga*;-23 myr;1926118;tta;-38 ase;1249593;aag;-12 blo;440078;aac;-39 blo;1424907;gag;-8 total;;19; cds-cds;cds 40;tRNA-cds;;;;;; gen;S40%;total;R40;R40%;taux;Rc+;Rx+; abra;&37,3;41;2;4,9;&7,6;2;; ade;32,6;69;8;11,6;2,8;7;1; afn;&35,8;53;4;7,5;4,7;4;; ant;&45,1;34;5;14,7;3,1;3;2; ase;23,9;100;14;14,0;1,7;11;3; blo;19,1;75;1;1,3;&14,4;1;; bsu;34,6;28;0;0;&'''9,7;;; cbei;19,0;47;3;6,4;3,0;1;2; cbn;29,3;40;0;0;&'''11,7;;; cvi;26,9;78;8;10,3;2,6;8;; eco;29,1;65;4;6,2;4,7;1;3; mba;°13,3;88;4;4,5;2,9;2;2; mja;&39,4;43;5;11,6;3,4;5;; myr;30,8;78;7;9,0;3,4;5;2; pmg;&42,9;65;11;16,9;2,5;8;3; pmq;19,1;42;1;2,4;&8,0;1;; pub;&'''59,6;48;27;'''56,3;°'''1,1;18;9; rru;26,1;83;3;3,6;&7,2;1;3; rtb;20,3;56;6;10,7;1,9;6;; scc;31,0;67;4;6,0;5,2;2;2; spl;20,0;61;1;1,6;&12,2;;1; total;27,1;1261;118;9,4;2,9;86;33; ;;;;;;;; ;27±7;;;;3,4±1,7;;Rx+%;% 27,7 </pre> =====Les cds-cds positif-négatif===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds-cds_positif-négatif|Les cds-cds positif-négatif]] <pre> taux de 1-40;;;;;;;; gen;<0 %;<1;reste;total;1-40;>0;1-40 %;1-32 % abra;;430;776;1 667;461;1237;37;95 ade;18;844;2440;4464;1180;3620;33;95 afn;15;318;1104;2038;616;1720;36;93 ant;25;827;1246;3095;1022;2268;45;98 ase;20;1687;4956;8197;1554;6510;24;92 blo;13;231;1246;1772;295;1541;19;97 bsu;14;635;2341;4213;1237;3578;35;91 cbei;7;419;4214;5622;989;5203;19;94 cbn;7;187;1628;2491;676;2304;29;97 cvi;18;771;2566;4282;945;3511;27;97 eco;18;767;2310;4024;947;3257;29;93 mba;8;351;3113;3943;479;3592;13;92 mja;13;240;903;1730;587;1490;39;92 myr;9;320;2239;3555;996;3235;31;96 pmg;14;298;857;1800;645;1502;43;95 pmq;11;826;5173;7223;1224;6397;19;94 pub;36;544;308;1307;455;763;60;97 rru;18;696;2285;3786;805;3090;26;95 rtb;13;107;547;793;139;686;20;93 scc;19;355;1001;1805;449;1450;31;96 spl;10;444;3017;4213;752;3769;20;98 total;;11297;;72019;16453;60722;27;94,5 écart;;;;;;;27±7;95±3 22.2.22;génomes. Les intercalaires cds-cds, continu – discontinu;;;;;;;;;;;; lien a;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra]];;;;;;;;;;22.2.22;; lien S;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];;;;;;;;;;;; lien a;total;nc;ac;ax;lien S;Sc-;Sx-;Sx-%;Sc+;Sx+;Sx+%;S-%;total S abra;1795;37;78;13;abra;409;8;°1.9;979;271;°22;&25;1667 ade;4569;22;57;26;ade;713;102;12.5;2339;1310;&36;18;4464 afn;2192;44;88;22;afn;303;4;°1.3;1385;346;20;15;2038 ant;3190;47;37;11;ant;679;83;10.9;1702;631;27;&25;3095 ase;8380;65;69;49;ase;1300;352;21.3;3866;2679;&41;20;8197 blo;1900;24;71;33;blo;210;18;7.9;1045;499;32;13;1772 bsu;4537;&99;&205;20;bsu;573;35;5.8;2515;1090;30;14;4213 cbei;5814;&106;68;18;cbei;390;10;°2.5;4010;1212;23;°7;5622 cbn;2638;87;45;15;cbn;167;9;5.1;1773;542;°23;°7;2491 cvi;4487;79;85;41;cvi;687;69;9.1;2424;1102;31;18;4282 eco;4700;65;&580;31;eco;644;94;12.7;2211;1075;33;18;4024 mba;4071;22;54;52;mba;307;22;6.7;2381;1233;34;°8;3943 mja;1828;21;41;37;mja;163;56;&25.6;1071;439;29;13;1729 myr;3754;87;69;43;myr;282;20;6.6;2274;979;30;°8;3555 pmg;1884;v5;45;34;pmg;158;95;&37.5;950;597;&39;14;1800 pmq;7479;&185;51;20;pmq;753;42;5.3;4543;1885;29;11;7223 pub;1386;°7;44;28;pub;381;92;19.5;599;235;28;&36;1307 rru;3946;23;79;58;rru;614;69;10.1;2140;963;31;18;3786 rtb;868;°5;51;19;rtb;98;4;°3.9;506;185;27;13;793 scc;1909;20;47;37;scc;319;28;8.1;1001;457;31;19;1805 spl;4466;&141;70;42;spl;414;12;°2.8;2486;1301;34;10;4213 total;75793;1191;1934;649;;9564;1224;11.3;42200;19031;31;15;72019 écart;;;;;;;;10±9;;;30±5;16±7; tRNA-cds continu-discontinu;;; gen;nc+; xc+;xc+% abra;31;10;24 ade;47;22;32 afn;43;10;19 ant;29;5;15 ase*;60;41;41 blo*;52;26;33 bsu;12;16;57 cbei;35;12;26 cbn;30;10;25 cvi;52;26;33 eco;37;28;43 mba;48;42;47 mja;25;18;42 myr*;48;31;39 pmg*;41;26;39 pmq;27;15;36 pub;28;22;44 rru;49;34;41 rtb;40;16;29 scc;35;32;48 spl*;39;23;37 total;808;465;37 écart;;;37±7 </pre> =====comparaison cds-cds et tRNA-cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_cds-cds_et_tRNA-cds|comparaison cds-cds et tRNA-cds]] <pre> ;caractéristiques;;;;;;petit;;grand; gen;p;cds;tRNAs;petit;grand;<0;inf;sup;inf;sup abra;0,854;1712;40;27;13;;-8,87;-6.14;-2.37;5.57 ant;0,911;3119;32;16;10;;-0,84;0,58;0,27;6,28 mja;0,858;1768;42;19;10;;0,28;2,87;1,41;9,49 pmg;0,886;1839;66;31;20;1;-0,69;1,86;0,49;9,78 pub;0,866;1343;50;25;17;;-1,78;0,88;-2,60;6,07 ;;;;;;;;;; ade;0,827;4506;68;30;21;;0,98;4,97;-3,20;7,65 afn;0,771;2093;52;26;17;;-3,63;0,91;-6,54;3,48 ase;0,744;8256;100;39;17;1;3,31;10,25;3,14;17,06 bsu;0,848;4325;26;11;8;;0,62;2,78;-1,88;4,59 cbn;0,768;2521;34;13;8;;1,22;4,95;-2,03;6,08 cvi;0,810;4345;78;38;20;;-2,73;1,92;-0,33;11,54 eco;0,773;4285;56;20;7;;4,22;8,90;4,54;14,92 rru;0,767;3854;80;39;15;;-4,03;1,70;2,33;14,78 spl;0,651;4269;60;19;5;1;2,95;9,99;1,97;12,62 ;;;;;;;;;; blo;0,741;1824;78;27;11;3;3,58;9,59;2,79;14,73 cbei;0,570;5665;40;13;5;;-0,17;6,77;-2,69;5,68 mba;0,415;3995;88;21;5;1;1,06;13,51;-2,54;7,36 myr;0,757;3611;78;35;18;1;-2,16;3,66;-2,35;9,85 pmq;0,649;7258;32;15;5;;-3,61;1,66;-2,22;5,68 rtb;0,630;828;56;18;5;;2,52;9,80;0,92;11,27 scc;0,768;1847;66;27;9;;1,64;6,82;4,82;16,12 ;fréquence;;moyenne;;;;;pourcentage;; gen;cds-cds;ADN;cds-cds;tRNA-cds;diff;grd;pet;grd%;pet%;taux abra;1250;135857;109;224;115;358;91;'''229;20;'''2,5 ant;2333;192251;82;126;44;184;68;123;21;1,4 mja;1511;151580;100;148;48;203;94;102;7;1,1 pmg;1547;139122;90;128;38;196;61;118;47;1,5 pub;834;39179;47;51;4;86;16;83;'''201;1,5 ;;;;;;;;;; ade;3649;428947;118;164;46;225;102;92;16;1,1 afn;1732;220467;127;144;17;199;89;56;43;0,9 ase;6545;1063558;162;239;76;346;130;113;25;1,3 bsu;3607;401590;111;188;77;241;135;116;'''-18;0,9 cbn;2315;313764;136;181;45;234;127;73;7;'''0,8 cvi;3526;452650;128;178;50;270;86;111;49;1,4 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vha;5 432;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" amed;4 285;*;*;*;ok;*;*;ok;2;" ecoN;5 157;*;*;*;*;*;ok;*;1;" rpm;3 484;*;ok;*;ok;ok;*;*;3; oan;4 900;*;*;*;*-;*;*;ok;1;" abq;6 576;*;*;*;ok;*;*;ok;2;" abs;6 817;*;*;*;ok;ok;*;ok;3;" agr;5 159;*;*;*;*-;*;*;ok;1;" aua;4 721;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" rpl;850;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" ppm;5 384;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" lbu;1 838;*;ok;ok;ok;ok;*;ok;5; ban;5 700;*;*-;*;ok;*-;ok;ok;3;" psor;3 368;*-;ok;ok;ok;ok;*-;ok;5; cdc;3 614;*;ok;*-;ok;ok;ok;ok;5; hmo;2 707;*;*-;*;ok;ok;*;ok;3;" fps;2 478;*-;ok;ok;ok;ok;*;*;4; npu;7 484;*;*;*;*;*;*;ok;1;" apal;1 453;ok;ok;ok;ok;ok;*;*;5; mfi;3 381;*;*;*;ok;*;ok;ok;3;" mfe;2 374;*;*;*;*;*;ok;*;1;" ;total ok;1;6;4;12;8;9;16;; </pre> *'''Les résultats''' <pre> cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;mba;1,1;13,5;;-3,5;6,4;;afn;-3,6;0,9;;-6,5;3,5 vha;5,2;9,0;;7,2;16,9;;vha;1,4;8,1;;0,9;11,0;;vha;-5,7;3,9;;-4,4;3,3;;vha;4,4;8,9;;5,5;15,5 amed;1,4;5,9;;7,5;19,1;;amed;-3,6;4,4;;-1,4;10,6;;amed;-13,4;-1,9;;-9,2;0,0;;amed;0,4;5,8;;5,0;17,0 ecoN;12,6;17,8;;12,1;25,5;;ecoN;6,2;15,5;;0,1;14,0;;ecoN;-6,8;6,6;;-10,7;0,0;;ecoN;11,2;17,5;;8,8;22,7 rpm;-3,1;1,9;;1,6;14,2;;rpm;-8,8;-0,1;;-9,0;4,1;;rpm;-20,3;-7,8;;-18,4;-8,4;;rpm;-4,3;1,7;;-1,3;11,7 oan;6,1;10,9;;7,4;19,7;;oan;0,6;9,1;;-2,7;10,1;;oan;-10,5;1,8;;-11,7;-1,9;;oan;4,9;10,7;;4,6;17,4 abq;0,7;5,9;;6,9;20,1;;abq;-5,5;3,6;;-4,6;9,0;;abq;-18,0;-4,8;;-15,0;-4,5;;abq;-0,6;5,6;;3,8;17,4 abs;1,4;6,8;;4,3;18,0;;abs;-5,2;4,3;;-8,2;6,0;;abs;-18,6;-5,0;;-19,5;-8,6;;abs;0,1;6,5;;0,9;15,0 agr;5,3;9,9;;6,1;17,8;;agr;0,3;8,4;;-3,1;9,1;;agr;-9,9;1,8;;-11,1;-1,8;;agr;4,3;9,8;;3,6;15,7 aua;7,3;11,9;;8,7;20,5;;aua;2,1;10,3;;-0,8;11,6;;aua;-8,3;3,6;;-9,0;0,4;;aua;6,2;11,7;;6,1;18,3 rpl;6,0;10,0;;8,4;18,4;;rpl;2,1;9,0;;1,6;12,0;;rpl;-5,6;4,4;;-4,2;3,8;;rpl;5,2;9,9;;6,5;16,9 ppm;5,0;9,0;;7,4;17,4;;ppm;1,1;8,0;;0,6;11,0;;ppm;-6,6;3,4;;-5,2;2,8;;ppm;4,2;8,9;;5,5;15,9 lbu;-0,6;3,0;;-0,5;8,7;;lbu;-4,0;2,3;;-6,1;3,4;;lbu;-10,4;-1,3;;-10,7;-3,4;;lbu;-1,3;2,9;;-2,0;7,4 ban;0,7;2,8;;0,6;5,9;;ban;-0,8;2,9;;-1,4;4,2;;ban;-3,4;1,9;;-2,8;1,5;;ban;0,3;2,8;;0,0;5,5 psor;-0,4;1,8;;-0,9;4,8;;psor;-2,1;1,9;;-3,2;2,7;;psor;-4,9;0,8;;-4,7;-0,2;;psor;-0,8;1,9;;-1,6;4,3 cdc;0,0;1,7;;0,2;4,4;;cdc;-1,1;1,9;;-1,1;3,3;;cdc;-2,8;1,4;;-1,8;1,6;;cdc;-0,3;1,7;;-0,2;4,2 hmo;0,5;4,0;;2,0;10,9;;hmo;-2,8;3,4;;-3,4;5,9;;hmo;-9,0;-0,1;;-7,8;-0,7;;hmo;-0,2;3,9;;0,5;9,7 fps;-1,9;2,0;;-2,2;7,7;;fps;-5,7;1,1;;-8,8;1,5;;fps;-13,2;-3,3;;-14,3;-6,4;;fps;-2,7;1,9;;-4,0;6,2 npu;-0,9;3,9;;11,4;23,7;;npu;-6,4;2,1;;1,3;14,1;;npu;-17,5;-5,2;;-7,7;2,1;;npu;-2,1;3,7;;8,6;21,4 apal;-1,8;0,9;;-3,9;3,0;;apal;-4,0;0,8;;-7,1;0,0;;apal;-7,9;-1,0;;-9,5;-4,0;;apal;-2,3;0,9;;-4,8;2,3 mfi;2,0;6,0;;4,4;14,4;;mfi;-1,9;5,0;;-2,4;8,0;;mfi;-9,6;0,4;;-8,2;-0,2;;mfi;1,2;5,9;;2,5;12,9 mfe;14,3;18,9;;14,7;26,5;;mfe;9,1;17,3;;5,2;17,6;;mfe;-1,3;10,6;;-3,0;6,4;;mfe;13,2;18,7;;12,1;24,3 **;;;;;;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;; rru;-2,8;1,9;;5,3;17,3;;mba;12,4;21,0;;5,6;18,6;;myr;-1,3;4,6;;-1,9;10,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7 bsu;0,2;2,9;;-2,9;4,0;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;vha;4,1;8,9;;4,8;14,9;;vha;-0,8;7,2;;-1,3;8,2 eco;14,3;18,9;;14,7;26,5;;cbei;1,6;7,5;;-1,0;7,8;;amed;-0,1;5,7;;4,2;16,2;;amed;-6,6;2,9;;-4,7;6,7 cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;spl;2,9;10,0;;1,9;12,5;;ecoN;10,7;17,4;;7,6;21,6;;ecoN;2,3;13,2;;-4,4;8,9 ade;0,6;4,9;;-4,2;6,9;;myr;-4,9;3,3;;-7,8;4,6;;rpm;-4,7;1,5;;-2,4;10,7;;rpm;;;;; cbn;1,9;4,9;;-0,8;7,1;;blo;0,6;8,5;;-1,8;10,1;;oan;4,4;10,6;;3,6;16,5;;oan;2,3;13,2;;-4,4;8,9 afn;-2,8;1,0;;-4,8;4,9;;rtb;;;;;;;abq;-1,1;5,4;;2,6;16,3;;abq;-9,3;1,5;;-8,9;4,1 scc;2,7;7,0;;7,2;18,1;;;;;;;;;abs;-0,5;6,3;;-0,4;13,9;;abs;-9,2;2,0;;-12,9;0,6 ase;6,6;11,8;;9,1;22,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7;;agr;3,8;9,7;;2,6;14,8;;agr;-2,8;6,8;;-6,4;5,1 ;;;;;;;pub;-8,5;-0,7;;-13,6;-4,2;;aua;5,7;11,6;;5,1;17,5;;aua;-1,1;8,6;;-4,2;7,5 pub;-1,78;0,88;;-2,60;6,07;;ant;-6,1;0,1;;-8,5;-1,1;;rpl;4,8;9,8;;5,8;16,3;;rpl;-0,3;7,9;;-0,9;9,0 vha;;;;;;;pmg;-9,3;-0,5;;-14,9;-4,3;;ppm;3,8;8,8;;4,8;15,3;;ppm;-1,3;6,9;;-1,9;8,0 amed;;;;;;;abra;-4,8;1,2;;-2,8;4,5;;lbu;-1,6;2,9;;-2,6;6,9;;lbu;-6,0;1,5;;-8,0;1,0 ecoN;;;;;;;mja;-5,4;1,7;;-7,5;1,1;;ban;0,2;2,9;;-0,2;5,4;;ban;-1,7;2,7;;-2,1;3,2 rpm;-1,6;2,0;;6,2;17,7;;;;;;;;;psor;-1,0;1,9;;-1,8;4,1;;psor;-3,0;1,7;;-3,9;1,7 oan;;;;;;;rru;-11,3;-1,5;;-7,9;3,9;;cdc;-0,4;1,8;;-0,4;4,1;;cdc;-1,7;1,8;;-1,5;2,7 abq;;;;;;;bsu;-3,2;2,4;;-7,2;-0,4;;hmo;-0,5;3,9;;0,0;9,2;;hmo;-4,7;2,6;;-5,2;3,5 abs;;;;;;;eco;5,9;15,6;;1,8;13,5;;fps;-3,1;1,9;;-4,7;5,6;;fps;-8,0;0,0;;-11,1;-1,4 agr;;;;;;;cvi;-11,1;-1,4;;-13,2;-1,5;;npu;-2,6;3,6;;7,6;20,5;;npu;-9,8;0,3;;-2,4;9,7 aua;;;;;;;ade;-6,8;2,2;;-15,4;-4,5;;apal;-2,5;0,9;;-5,1;2,0;;apal;-5,2;0,4;;-8,2;-1,4 rpl;;;;;;;cbn;-2,3;4,1;;-6,3;1,4;;mfi;0,8;5,8;;1,8;12,3;;mfi;-4,3;3,9;;-4,9;5,0 ppm;;;;;;;afn;-8,8;-0,8;;-13,3;-3,8;;mfe;12,7;18,6;;11,1;23,5;;mfe;;;;; lbu;;;;;;;scc;-4,6;4,4;;-3,7;7,1;;;;;;;;;;;;;; ban;;;;;;;ase;-3,7;7,2;;-7,4;5,9;;;;;;;;;;;;;; psor;0,0;1,6;;0,1;5,3;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cdc;;;;;;;mba;9,0;19,1;;1,8;14,1;;;;;;;;;;;;;; hmo;;;;;;;pmq;-5,1;1,1;;-3,5;3,9;;;;;;;;;;;;;; fps;-0,9;1,9;;0,7;9,7;;cbei;;;;;;;;;;;;;;;;;;; npu;;;;;;;spl;1,2;9,7;;-0,4;9,9;;;;;;;;;;;;;; apal;-1,2;0,7;;-2,4;3,9;;myr;-8,1;1,6;;-11,2;0,5;;;;;;;;;;;;;; mfi;;;;;;;blo;-2,3;7,0;;-4,9;6,3;;;;;;;;;;;;;; mfe;;;;;;;rtb;0,7;8,9;;-0,9;9,0;;;;;;;;;;;;;; **;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ant;-1,4;0,8;;-1,5;5,5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; pmg;-1,1;1,9;;-0,9;8,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; abra;-0,3;1,8;;3,9;10,6;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; mja;0,4;2,8;;1,8;9,7;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; afn;-1,8;0,9;;-1,9;6,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> *'''Les génomes et leurs tRNAs, petit grand''' <pre> test;vha;amed;ecoN;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;apal; cds;5,432;4 285;5 157;3 484;4 900;6 576;6 817;5 159;4 721;1 453; petit;18;32;33;43;32;43;46;29;28;13; grand;5;11;14;21;14;18;23;13;11;9; totat sans -;52;74;100;88;84;96;104;76;78;26; total;54;76;100;90;90;96;104;76;80;26; grand sans -;(4);(10);;(20);(13);;;;;; ;;;;;;;;;;; test;rpl;ppm;lbu;ban;psor;cdc;hmo;fps;npu;mfi;mfe cds;850;5 384;1 838;5 700;3 368;3 614;2 707;2 478;7 484;3 381;2 374 petit;19;20;21;6;8;4;19;26;39;23;21 grand;5;6;11;2;4;1;8;15;10;9;5 totat sans -;56;56;46;16;18;10;44;54;84;56;78 total;56;58;46;16;18;10;46;54;86;58;78 grand sans -;;(5);;;;;(9);;(9);(8); ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;ko;ko;ko;ko;ok;ok;ko;ok;ko;ko; p;0,415;0,858;0,773;0,827;0,649;0,570;0,911;0,866;0,768;0,848; q;0,585;0,142;0,227;0,173;0,351;0,430;0,089;0,134;0,232;0,152; compare;mba;mja;eco;ade;pmq;cbei;ant;pub;cbn;bsu; cds;3 995;1 768;4 285;4 506;7 258;5 665;3 119;1 343;2 521;4 325; petit;21;19;21;30;15;13;16;25;13;11; grand;6;10;5;21;5;5;10;17;8;8; totat sans -;86;42;78;68;32;40;32;50;34;26; total;88;42;78;68;32;40;32;50;34;26; grand sans -;(5);;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;ok;ok;ko;ko;ko;ok;ko;ko;ko;ko;ok p;0,771;0,810;0,744;0,741;0,886;0,757;0,854;0,768;0,651;0,767;0,630 q;0,229;0,190;0,256;0,259;0,114;0,243;0,146;0,232;0,349;0,233;0,370 compare;afn;cvi;ase;blo;pmg;myr;abra;scc;spl;rru;rtb cds;2 093;4 345;8 256;1 824;1 839;3 611;1 712;1 847;4 269;3 854;828 petit;26;38;39;27;31;35;14;27;19;39;18 grand;17;20;17;11;20;18;4;9;5;15;5 totat sans -;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56 total;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56 </pre> *'''Les calculs des bornes''' <pre> ;compare;test;;;;;;;;; ;afn;eco;;;;;;;;; ;0,771;21;;;;;;;;; ;0,229;5;;;;;;;;; ;;78;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;3995;;;;3614;cds;bornes;p;q;;tRNAs archeo;cds total;total;<0;0-200;reste;;petit;0,771;0,229;;78 mba cds-cds;3995;3943;329;1500;2114;;34,181;p2;2pq;1-q2;q2 mba cds %;;;83;415;585;;39,741;0,595;0,353;0,948;0,052 mba tRNA;;88;1;27;60;;grand;varq;varp;attendus; calculs;proba;effect;attendu;plage;2σ;;17,074;nq2(1-q2);np2(1-p2);petit;grand petit;0,771;21;37;22 – 35;2,8;;29,336;1,932;9,398;36,961;23,205 grand;0,229;5;23,2;2 – 12;6,1;;;;;; ;;;;;;;34;40;;17;29 ;;;;;;;;;;; ;;;;;;bornes;13,2;18,7;;12,1;24,3 ;;;;;;petit;inf;sup;grand;inf;sup </pre> =====Récapitulatif des taux discontinu/continu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Récapitulatif_des_taux_discontinu/continu|Récapitulatif des taux discontinu/continu]] <pre> >0;;;<0;;;total;taux tRNA-cds;;;tRNA-cds;;;; Rc+;Rx+;Rx+ %;Rc-;Rx-;Rx- %;;R- % 808;464;&36,5;2;6;&75;1280;&0,6 cds-cds;;;cds-cds;;;; Sc+;Sx+;Sx+ %;Sc-;Sx-;Sx- %;;S- % 42200;19031;&31,08;9564;1224;&11,3;72019;&15,0 cn;ac;ax;ax%;a%;intercal;;Sx% 1191;1934;649;&25,1;&3,4;75793;;28,1 </pre> =====Les taux de discontinus par classe génomique===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_taux_de_discontinus_par_classe_génomique|Les taux de discontinus par classe génomique]] <pre> gen;Sx-%;Sx+%;S-%;Rx+%;ax% $I;;;;; abra;°1,4;°22;&25;°24;°6 ant;&10,9;27;&25;°15;°8 mja;&24,2;30;13;42;&36 pmg;&36,0;&39;14;39;&41 pub;&19,0;29;&36;44;&45 $II;;;;; ade;&11,9;&36;18;32;13 afn;°1,3;°20;15;°19;11 ase;&19,3;&42;20;41;11 bsu;4,9;30;14;&57;16 cbn;4,5;°23;°7;°25;°5 cvi;8,2;32;18;33;18 eco;&12,3;33;18;43;&35 rru;&10,1;31;18;41;&33 spl;°2,8;34;10;37;11 $III;;;;; blo;7,0;32;13;33;18 cbei;°2,8;°23;°7;°26;°6 mba;5,5;34;°8;&47;28 myr;6,6;30;°8;39;9 pmq;4,3;29;11;36;°4 rtb;°2,9;27;13;29;25 scc;7,8;32;19;&48;18 total;10,6;31;15;37;19 écart;10±6;31±4;15±5;37±7;19±10 </pre> =====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds]] *Tableau <pre> 14.8.21;continu;;;comp’;;; inter;nc;nc%;pc;nx;nx%;px;diff -1;1671;'''17.5;;0;0;; -2;4;0.0;;40;3.3;; -3;5;0.1;;0;0;; -4;&4476;'''46.8;<u>0.38;°410;'''33.5;<u>0.10; -5;9;0.1;;3;0.2;; -6;4;0.0;;35;2.9;;16 -7;139;1.5;;19;1.6;; -8;&945;'''9.9;0.15;°51;'''4.2;1.06; -9;3;0.0;;25;2.0;;14 -10;93;1.0;;11;0.9;; -11;&498;'''5.2;0.19;°52;'''4.3;0.69; -12;2;0.0;;23;1.9;;8 -13;94;1.0;;15;1.2;; -14;&329;'''3.4;0.29;°45;'''3.7;0.84; -15;1;0.0;;25;2.0;;12 -16;58;0.6;;13;1.1;; -17;&235;'''2.5;0.25;°42;'''3.4;0.90; -18;5;0.1;;13;1.1;;1 -19;43;0.4;;12;1.0;; -20;&162;'''1.7;0.30;°24;'''2.0;1.04; -21;0;0;;11;0.9;;3 -22;22;0.2;;8;0.7;; -23;&107;'''1.1;0.21;°20;'''1.6;0.95; -24;1;0.0;;19;1.6;;8 -25;34;0.4;;11;0.9;; -26;&101;'''1.1;0.35;°21;'''1.7;1.43; -27;2;0.0;;6;0.5;; -2 -28;19;0.2;;8;0.7;; -29;&61;'''0.6;0.34;°10;'''0.8;1.40; -30;0;0;;5;0.4;; -3 -31;16;0.2;;8;0.7;; -32;&45;'''0.5;0.36;°18;'''1.5;0.72; -33;0;0;;3;0.2;; -4 -34;15;0.2;;7;0.6;; -35;&35;'''0.4;0.43;°19;'''1.6;0.53; -36;0;0;;3;0.2;;0 -37;9;0.1;;3;0.2;; -38;&31;'''0.3;0.29;°12;'''1.0;0.50; -39;0;0;;3;0.2;; -4 -40;5;0.1;;7;0.6;; -41;&34;'''0.4;0.15;°8;'''0.7;1.25; -42;0;0;;4;0.3;; -2 -43;16;0.2;;6;0.5;; -44;&24;'''0.3;0.67;°4;'''0.3;2.50; -45;0;0;;2;0.2;; -1 -46;5;0.1;;3;0.2;; -47;&11;'''0.1;0.45;°4;'''0.3;1.25; -48;0;0;;2;0.2;; -2 -49;11;0.1;;4;0.3;; -50;&9;'''0.1;1.22;°6;'''0.5;1.00; reste;169;1.8;;120;9.8;; total;9558;100.0;;1223;100.0;; </pre> *Fréquences des <span id="nd50">négatifs</span>, détails jusqu'à -50 pour les continus et jusqu'à -80 pour les discontinus <pre> 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0 6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1 7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1 8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3 1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58 1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7 total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12 gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl 1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2 3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5 5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0 6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0 7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0 8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2 9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0 10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0 11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0 12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0 13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0 14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0 15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1 16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0 17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1 18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0 19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0 21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0 22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0 23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0 24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0 25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0 26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0 27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0 28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0 30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0 31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0 33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0 35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0 36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0 39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0 40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0 41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0 42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0 44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0 49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0 51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0 52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1 53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0 56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0 63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0 69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl -1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126 -2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0 -4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136 -5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0 -6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0 -7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10 -8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46 -9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8 -11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28 -12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0 -13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5 -14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15 -15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3 -17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8 -18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1 -20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7 -21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0 -23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4 -24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 -25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0 -26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2 -27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1 -29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2 -30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0 -32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3 -33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1 -35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0 -36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 -38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1 -39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 -41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1 -42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1 -44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0 -45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0 -47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0 -48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0 -50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0 ;169;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;2;16;3;11;0;6;5 ;9558;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;158;753;381;609;98;319;414 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl </pre> =====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds._Diagrammes|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes]] *Tableau <pre> 14.8.21;;diagrammes;;;;;;;;;;; ;R2;;;abscisses modulo 3;;;;;abscisses modulo 1;;moyennes;; fréquence;droite;exp;p4;-a;b;-x;x’;w;'-x1;x’1;m;e;m/e continu 50;;;;;;;;;;;;; 6;537;190;585;0,1;4;36;4;6;107;3.5;1.2;1.66;0.72 7;735;855;971;2,6;111;72;176;245;215;132;38.6;40.2;0.96 8;608;973;987;14,8;603;100;1389;2611;301;841;175.1;253.9;0.69 discontinu 50;;;;;;;;;;;;; 6’;820;912;913;0.7;32;72;54;45;217;43;11.9;10.8;1.11 7’;806;779;835;0.3;17;36;22;26;109;19;9.0;4.5;1.99 8’;857;888;933;1.2;56;61;97;56;184;71;22.4;17.0;1.32 discontinu 80;;;;;;;;;;;;; 6”;667;834;931;0.4;23;51;32;45;152;28;7.8;9.76;0.80 7”;806;769;887;0.2;15;38;22;21;115;19;6.2;5.04;1.22 8”;739;874;949;0.6;42;48;70;80;144;55;14.8;16.14;0.92 </pre> =====Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_négatifs_cds-cds,_recouvrements|Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements]] <pre> recouvrements;;intercalaires cds-cds recouvrements;;;;;;;; bsu;;;;;;eco;;;; intercal;add1;add2;shift;couvre;;intercal;add1;add2;shift;couvre continu;;;;;;continu;;;; -7616;387744;398495;°-7475;141;;-2400;164730;167264;&0;2400 ;390880;391020;;;;;164865;167264;; ;;;;;;-2130;&2731600;2733729;444;2130 -500;3717238;3717825;°-20;480;;;2731600;2734173;; ;3717326;3717805;;;;-1295;&492092;493386;637;1295 ;;;;;;;492092;494023;; -492;2909520;2910011;735;492;;-897;&4577958;4578854;483;897 ;2909520;2910746;;;;;4577958;4579337;; ;;;;;;-729;1179520;1180359;&0;729 -164;1252815;1253021;52;164;;;1179631;1180359;; ;1252858;1253073;;;;-448;1639030;1639527;°-193;255 ;;;;;;;1639080;1639334;; -154;2466721;2467953;209;154;;-242;578107;578568;°-59;183 ;2467800;2468162;;;;;578327;578509;; ;;;;;;-212;508875;511379;&0;212 -143;1916663;1917097;205;143;;;511168;511379;; ;1916955;1917302;;;;-153;&16751;16903;57;153 ;;;;;;;16751;16960;; discontinu;;;;;;discontinu;;;; -361;2601528;2603339;°-64;297;;-723;3111128;3111988;°-663;60 ;2602979;2603275;;;;;3111266;3111325;; ;;;;;;-530;3838248;3839171;°-470;60 -127;3666841;3667059;°-43;84;;;3838642;3838701;; ;3666933;3667016;;;;-527;10643;11356;°-41;486 ;;;;;;;10830;11315;; -93;2652993;2653463;1410;93;;-436;3796948;3798207;°-361;75 ;2653371;2654873;;;;;3797772;3797846;; ;;;;;;-210;3993739;3994059;276;210 ;;;;;;;3993850;3994335;; </pre> =====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus===== ======Tableau cds-cds négatifs discontinus====== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_discontinus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus]] <pre> 14.8.21;recompte;;rouge pour les peu significatifs;;;;couleurs uniformisées;;;“p pour périodiques;;;; ;;génomes à forts cds-cds négatifs discontinues ;trié sur x‰ ;;;puis;génomes à faibles cds-cds négatifs discontinues;;;;;;; clde;gen;r80;“6;“7;“8;“p;x6;x7;x8;x‰ ;cds;“5;x5;“80 1;'''pub;0;§17;3;25;&45;§38;7;56;&<u>70.4;1307;&47;51;&92 2;'''pmg;0;§16;9;30;&55;§29;16;55;&48.9;1800;&33;38;&88 3;'''ase;17;?48;55;123;&<u>226;?21;24;54;&42.9;<u>'''8197;&<u>109;31;&<u>335 4;'''mja;0;@19;3;8;&30;@63;10;27;&32.4;1730;&26;46;&56 5;'''ant;0;@20;5;18;&43;@47;12;42;&26.8;3095;&40;48;&83 6;'''eco;10;§15;6;18;&39;§38;15;46;&23.4;'''4024;&45;48;&84 7;'''ade;9;?4;17;36;&57;?7;30;63;&22.8;'''4464;&36;35;&93 8;'''rru;5;?6;13;22;&41;?15;32;54;&19.5;'''3786;&28;38;&69 9;'''cvi;1;?7;16;20;&43;?16;37;47;&16.1;'''4282;&25;36;&68 10;'''scc;1;§9;3;12;&24;§38;13;50;&15.5;1805;°3;11;27 11;'''blo;2;?1;4;8;13;?8;31;62;10.2;1772;°3;17;°16 12;'''bsu;4;?5;7;5;17;?29;41;29;8.3;'''4215;14;40;31 13;'''myr;0;§5;1;5;11;§45;9;45;5.6;'''3555;9;45;20 14;'''pmq;1;§8;5;14;&27;§30;19;52;5.8;'''7223;14;33;41 15;'''mba;0;?3;3;10;16;?19;19;63;5.6;'''3943;°6;27;22 16;'''rtb;0;§0;0;3;$3;§0;0;100;$5.0;793;$1;25;$4 17;'''abra;0;@3;0;3;$6;@50;0;50;$4.8;1667;$2;25;$8 18;'''cbn;0;@5;0;4;$9;@56;0;44;$3.6;2491;$0;0;$9 19;'''spl;0;?1;1;3;°5;?20;20;60;°2.8;'''4213;7;58;°12 20;'''cbei;0;?2;2;3;°7;?29;29;43;°2.0;'''5622;°4;36;°11 21;'''afn;1;@1;1;0;$2;@50;50;0;$2.0;2039;$1;25;$3 ;'''total;51;195;154;370;719;27;21;51;17.0;72023;453;37;1172 ;;;;;;;;;;;;;; §;bgcolor="#e8f2a8"|;;?;bgcolor="#bbe333"|;;@;bgcolor="#ff00ff"|;;;;;;; </pre> *<span id="cdmc">Coefficient</span> de détermination, moyenne et corrélation: effectifs <pre> 14.8.21 Effectifs des cds-cds négatifs continus 14.8.21 Effectifs des cds-cds négatifs discontinus gen r50 “5 “6 “7 “8 total cds r80 “5 “6 “7 “8 total abra 13 211 0 11 174 409 1667 0 2 3 0 3 8 ade 9 607 0 25 72 713 4464 9 36 4 17 36 102 afn 9 167 2 20 105 303 2039 1 1 1 1 0 4 ant 6 387 1 33 252 679 3095 0 40 20 5 18 83 ase 28 1054 3 70 145 1300 8197 17 109 48 55 123 352 blo 2 161 1 10 36 210 1772 2 3 1 4 8 18 bsu 17 305 0 42 209 573 4215 4 14 5 7 5 35 cbei 4 153 0 32 200 389 5622 0 4 2 2 3 11 cbn 0 62 0 23 82 167 2491 0 0 5 0 4 9 cvi 4 493 0 38 152 687 4282 1 25 7 16 20 69 eco 22 423 0 47 152 644 4024 10 45 15 6 18 94 mba 6 152 7 34 108 307 3943 0 6 3 3 10 22 mja 6 78 0 17 62 163 1730 0 26 19 3 8 56 myr 0 133 0 22 127 282 3555 0 9 5 1 5 20 pmg 2 105 0 10 41 158 1800 0 33 16 9 30 88 pmq 16 466 1 44 226 753 7223 1 14 8 5 14 42 pub 3 233 2 14 129 381 1307 0 47 17 3 25 92 rru 11 475 0 26 97 609 3786 5 28 6 13 22 74 rtb 0 43 0 9 46 98 793 0 1 0 0 3 4 scc 6 195 1 22 95 319 1805 1 3 9 3 12 28 spl 5 262 0 30 117 414 4213 0 7 1 1 3 12 total 169 6165 18 579 2627 9558 72023 51 453 195 154 370 1223 </pre> *Coefficient de détermination, moyenne et corrélation:Résultats <pre> ‰. ;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs continus;;;;;;;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs discontinus;;;;;;‰. ;;;;;;;;;;;;; gen;c50‰. ;c5‰. ;c6‰. ;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;x80‰. ;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. ;;;;;c5‰. ;;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. abra;78.0;1265.7;0.0;66.0;1043.8;2453.5;;0.0;12.0;18.0;0.0;18.0;48.0;;;1;;248.9;;55.6;161.3;670.4;;;0.0;0.0;0.0;0.0;19.6 ade;20.2;1359.8;0.0;56.0;161.3;1597.2;;20.2;80.6;9.0;38.1;80.6;228.5;;;2;;272.1;;56.0;176.9;691.9;;;4.9;2.4;0.0;5.3;19.6 afn;44.1;819.0;9.8;98.1;515.0;1486.0;;4.9;4.9;4.9;4.9;0.0;19.6;;;3;;374.1;;56.4;203.2;778.6;;;7.1;3.6;0.0;7.1;28.5 ant;19.4;1250.4;3.2;106.6;814.2;2193.9;;0.0;129.2;64.6;16.2;58.2;268.2;;;4;;385.5;;56.9;227.8;793.2;;;12.0;4.9;2.4;11.9;36.1 ase;34.2;1285.8;3.7;85.4;176.9;1585.9;;20.7;133.0;58.6;67.1;150.1;429.4;;;5;;450.9;;60.9;256.2;877.8;;;12.6;5.6;2.8;14.1;48.0 blo;11.3;908.6;5.6;56.4;203.2;1185.1;;11.3;16.9;5.6;22.6;45.1;101.6;;;6;;542.2;;61.9;273.9;942.2;;;15.2;7.6;3.6;16.1;50.4 bsu;40.3;723.6;0.0;99.6;495.8;1359.4;;9.5;33.2;11.9;16.6;11.9;83.0;;;7;;583.3;;66.0;277.7;982.7;;;16.6;9.0;4.9;18.0;55.8 cbei;7.1;272.1;0.0;56.9;355.7;691.9;;0.0;7.1;3.6;3.6;5.3;19.6;;;8;;621.9;;68.7;312.9;1042.5;;;16.6;11.1;6.9;19.4;56.3 cbn;0.0;248.9;0.0;92.3;329.2;670.4;;0.0;0.0;20.1;0.0;16.1;36.1;;;9;;645.2;;71.2;329.2;1185.1;;;16.9;11.9;7.6;25.4;58.1 cvi;9.3;1151.3;0.0;88.7;355.0;1604.4;;2.3;58.4;16.3;37.4;46.7;161.1;;;10;;723.6;;85.4;355.0;1235.8;;;19.4;14.1;14.9;37.8;83.0 eco;54.7;1051.2;0.0;116.8;377.7;1600.4;;24.9;111.8;37.3;14.9;44.7;233.6;;;11;;819.0;;86.2;355.7;1359.4;;;25.3;15.8;16.2;44.7;101.6 mba;15.2;385.5;17.8;86.2;273.9;778.6;;0.0;15.2;7.6;7.6;25.4;55.8;;;12;;908.6;;88.7;357.2;1486.0;;;33.2;16.3;16.6;45.1;155.1 mja;34.7;450.9;0.0;98.3;358.4;942.2;;0.0;150.3;109.8;17.3;46.2;323.7;;;13;;1051.2;;92.3;358.4;1585.9;;;58.4;18.0;16.6;46.2;161.1 myr;0.0;374.1;0.0;61.9;357.2;793.2;;0.0;25.3;14.1;2.8;14.1;56.3;;;14;;1080.3;;98.1;377.7;1597.2;;;74.0;20.1;17.3;46.7;195.5 pmg;11.1;583.3;0.0;55.6;227.8;877.8;;0.0;183.3;88.9;50.0;166.7;488.9;;;15;;1151.3;;98.3;495.8;1600.4;;;80.6;37.3;22.6;58.1;228.5 pmq;22.2;645.2;1.4;60.9;312.9;1042.5;;1.4;19.4;11.1;6.9;19.4;58.1;;;16;;1250.4;;99.6;515.0;1604.4;;;111.8;49.9;23.0;58.2;233.6 pub;23.0;1782.7;15.3;107.1;987.0;2915.1;;0.0;359.6;130.1;23.0;191.3;703.9;;;17;;1254.6;;106.6;526.3;1608.6;;;129.2;58.6;34.3;66.5;268.2 rru;29.1;1254.6;0.0;68.7;256.2;1608.6;;13.2;74.0;15.8;34.3;58.1;195.5;;;18;;1265.7;;107.1;580.1;1767.3;;;133.0;64.6;37.4;80.6;323.7 rtb;0.0;542.2;0.0;113.5;580.1;1235.8;;0.0;12.6;0.0;0.0;37.8;50.4;;;19;;1285.8;;113.5;814.2;2193.9;;;150.3;88.9;38.1;150.1;429.4 scc;33.2;1080.3;5.5;121.9;526.3;1767.3;;5.5;16.6;49.9;16.6;66.5;155.1;;;20;;1359.8;;116.8;987.0;2453.5;;;183.3;109.8;50.0;166.7;488.9 spl;11.9;621.9;0.0;71.2;277.7;982.7;;0.0;16.6;2.4;2.4;7.1;28.5;;;21;;1782.7;;121.9;1043.8;2915.1;;;359.6;130.1;67.1;191.3;703.9 total;23.5;856.0;2.5;80.4;364.7;1327.1;;7.1;62.9;27.1;21.4;51.4;169.8;;;;;;;;;;;;;;;; moyenne;23.8;859.9;3.0;84.2;427.9;1398.7;;5.4;69.5;32.4;18.2;52.8;178.3;;;R2 progrès;;;;;;;;;;;;; écart;19.6;422.8;5.2;22.4;248.2;592.6;;8.0;86.6;37.6;18.2;53.8;181.3;;;droite;;967;;978;793;889;;;687;753;850;758;783 m/e;1.2;2.0;0.6;3.8;1.7;2.4;;0.7;0.8;0.9;1.0;1.0;1.0;;;exponentiel;;957;;975;941;967;;;969;980;956;961;986 R2 corel;c5;;;0.193;0.420;;R2 corel;x5;;0.888;0.494;0.853;;;;a;;0.089;;0.043;0.081;0.065;;;0.202;0.195;0.183;0.165;0.171 ;c7;;;;0.420;;;x6;;;0.392;0.754;;;;b;;283.156;;50.427;153.421;628.757;;;3.747;1.976;1.444;5.367;16.404 ;;;;;;;;x7;;;;0.745;;;;;;;;;;;;;;;;; R2 deter;c5;;;0.037;0.176;;R2 deter;x5;;0.788;0.244;0.728;;;;;;;;;;;;;;;;; ;c7;;;;0.177;;;x6;;;0.154;0.569;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;x7;;;;0.555;;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ======Fréquences cds-cds négatifs discontinus jusqu'à 80, détails====== *Fréquences <span id="disc80">des</span> discontinus jusqu'à 80, détails des cumuls <pre> 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0;51;;9 6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1;;;43 7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1;;;27 8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3;;;70 1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58;;;30 1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7;;;64 total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12;1172;;204 gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles 1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;;0 2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2;2;;10 3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;;0 4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5;4;;52 5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;5;;2 6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0;6;;13 7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0;7;;1 8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2;8;;7 9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0;9;;6 10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0;10;;2 11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0;11;;11 12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0;12;;4 13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;13;;3 14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0;14;;9 15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1;15;;3 16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0;16;;2 17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1;17;;10 18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0;18;;2 19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;19;;2 20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0;20;;5 21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0;21;;2 22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;22;;2 23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0;23;;3 24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0;24;;2 25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;25;;4 26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0;26;;8 27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;27;;1 28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;28;;1 29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;29;;0 30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;30;;0 31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;31;;1 32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;32;;3 33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;33;;0 34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;34;;2 35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0;35;;4 36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;36;;2 37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;37;;0 38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;38;;2 39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;39;;1 40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;40;;2 41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;41;;1 42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;42;;1 43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;43;;0 44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;44;;1 45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;45;;1 46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;46;;1 47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;47;;1 48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;48;;0 49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;49;;0 50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;50;;1 51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;51;;2 52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;52;;1 53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;53;;0 54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;54;;0 55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;55;;1 56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;56;;0 57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;57;;0 58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;58;;1 59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;59;;0 60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;60;;1 61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;61;;0 62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;62;;0 63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;63;;0 64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;64;;0 65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;65;;1 66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;66;;0 67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;67;;0 68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;68;;1 69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;69;;1 70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;70;;0 71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;71;;1 72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;72;;0 73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;73;;1 74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;74;;1 75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;75;;1 76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;76;;0 77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;77;;0 78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;78;;0 79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;79;;0 80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;80;;0 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles </pre> ======Restes des cds-cds négatifs====== *Restes <span id="rcdsn">des</span> cds-cds négatifs <pre> 14.8.21;;discont;cont;cont;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;6;14;2;0;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;7;12;48;17;65;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;8;19;43;44;87;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;6;15;0;15;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;51;108;61;169;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;cont;cont;;discontinu;;; ;6;2;2;;6;7;0;;6;1;0;;6;4;0;;6;0;0;0;;;; ;7;1;11;;7;6;18;;7;3;11;;7;2;8;;7;12;5;17;;;; ;8;3;9;;8;4;10;;8;8;9;;8;3;15;;8;25;19;44;1;;; ;reste;5;9;;reste;0;0;;reste;1;6;;reste;0;0;;reste;0;0;0;;;; ;;11;31;;;17;28;;;13;26;;;9;23;;;37;24;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Les occurrences des négatifs autres que ceux des tableaux des continus jusqu’à -50 et des discontinus jusqu’à -80;;;;;;;;;;;;;;;;;discontinu;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;-89;1;;;;;;; eco;discontinu;continu;;ase;discontinu;continu;;bsu;discontinu;continu;;scc;discontinu;continu;;pmq;continu;;ant;continu;;;Les restes ;jusqu’à -56;;1;1;-51;;*;0;-58;;1;2;-120;1;;0;-53;1;1;-71;1;1;continus;169;50 -66;;1;0;-52;;3;2;-59;;1;1;-74;;1;1;-55;1;2;-65;1;1;discontinus;51;80 -75;;1;0;-53;;*;1;-65;;1;1;-68;;2;1;-56;2;1;-59;1;1;;; -82;1;7;2;-55;;1;2;-82;;1;2;-59;;2;1;-65;2;1;-56;1;1;;discontinu;continu -85;;1;2;-57;;*;0;-86;1;;1;-53;;1;1;-74;1;1;-55;1;2;eco;10;22 -86;1;;1;-58;;*;2;-91;;1;2;ok;1;6;;-89;*;1;-53;1;1;ase;17;28 -89;;1;1;-59;;2;1;-92;;1;1;rru;discontinu;continu;;-95;2;1;;;;bsu;4;17 -102;1;;0;-67;;1;2;-93;1;;0;-122;1;;1;-119;2;1;cbei;continu;;pmq;1;16 -113;1;;1;-70;;2;2;-94;;1;2;-120;1;;0;-116;1;1;-110;1;1;ade;9;9 -129;1;;0;-74;;1;1;-95;;1;1;-106;1;;2;-115;1;2;-64;1;2;abra;0;13 -210;1;;0;-76;;1;2;-361;1;;2;-104;2;;1;-113;1;1;-64;1;2;afn;1;9 -436;1;;2;-79;;1;2;-127;1;;2;-137;;1;1;-101;2;1;-62;1;1;ant;0;6 -527;1;;1;-81;1;;0;-7616;;1;1;-104;;*;1;;16;;;;;blo;2;2 -530;1;;1;-82;2;1;2;-500;;1;1;-73;;1;2;;;;mba;continu;;cbei;0;4 -723;1;;0;-86;2;1;1;-492;;1;0;-68;;1;1;pub;continu;;-59;2;1;cvi;1;4 -110;;1;1;-87;1;;0;-164;;1;1;-65;;1;1;-65;1;1;-56;4;1;mba;0;6 -153;;1;0;-88;1;;2;-154;;1;2;-64;;1;2;-59;1;1;-51;*;0;mja;0;6 -212;;1;1;-89;;1;1;-143;;1;1;-62;;1;1;-56;1;1;;;;pmg;0;2 -242;;1;1;-91;;1;2;-119;;1;1;-61;;1;2;;;;mja;continu;;pub;0;3 -448;;1;2;-93;2;;0;-113;;1;1;-59;;1;1;spl;continu;;-83;1;1;rru;5;11 -729;;1;0;-94;;2;2;-101;;1;1;-58;;*;2;-98;1;1;-73;1;2;scc;1;6 -897;;1;0;-95;;1;1;;4;17;;-53;;1;1;-77;1;1;-71;1;1;spl;0;5 -1295;;1;1;-97;;2;2;ade;discontinu;continu;;-52;;2;2;-56;1;1;-64;1;2;;51;169 -2130;;1;0;-100;;1;2;-55;;1;2;;5;11;;-53;2;1;-62;1;1;;; -2400;;1;0;-120;1;;0;-61;;2;2;;;;;;;;-59;1;1;;; ;10;22;;-119;1;;1;-67;;1;2;blo;discontinu;continu;;abra;continu;;;;;;; afn;discontinu;continu;;-111;1;;0;-68;;2;1;-102;1;;0;-92;1;1;pmg;continu;;;; -83;1;;1;-109;2;;2;-116;1;;1;-85;1;;2;-86;1;1;-65;1;1;;; -113;;1;1;-107;1;;1;-110;1;;1;-86;;1;1;-73;1;2;-59;1;1;;; -79;;1;2;-106;1;;2;-107;1;;1;-53;;1;1;-67;9;2;;;;;; -74;;1;1;-105;1;;0;-104;1;;1;;2;2;;-59;1;1;;;;;; -71;;1;1;-119;;2;1;-101;1;;1;cvi;discontinu;continu;;;;;;24;;;; -68;;1;1;-110;;1;1;-98;1;;1;-102;1;;0;;37;;;;;;; -67;;2;2;-106;;2;2;-86;1;;1;-97;;1;2;;;;;;;;; -59;;1;1;-101;;1;1;-82;1;;2;-94;;1;2;;;;;;;;; -53;;1;1;;17;28;;-109;1;1;2;-73;;1;2;;;;;;;;; ;1;9;;;;;;-106;;1;2;-71;;1;1;;;;;;;;; ;;;;;;;;-100;;1;2;;1;4;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;9;9;;;9;23;;;;;;;;;; </pre> =====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_continus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus]] *Tableau cds-cds-c <pre> *Tableau cds-cds-c;;;;;;;;;;;; 14.8.21;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;;;;;; gen;r50;continu;“6;“7;“8;“p;c8;c7;1-5”;c5;c‰;cds '''cbn;0;167;;23;82;105;78;21.9;62;<u>'''37;<u>'''67;°2 491 '''cbei;4;389;;32;200;232;86;°13.8;153;'''39;'''69;&5 622 '''mba;6;307;'''7;34;108;149;77;22.8;152;°50;'''78;3 943 '''myr;0;282;;22;127;149;85;°14.8;133;°47;'''79;3 555 '''pmg;2;158;;10;41;51;80;19.6;105;66;°88;°1 800 '''mja;6;163;;17;62;79;79;21.5;78;°48;°94;'''1 730 '''spl;5;414;;30;117;147;80;20.4;262;63;°98;4 213 '''pmq;16;753;1;44;226;271;84;°16.2;466;62;°104;&7 223 '''blo;2;210;1;10;36;47;79;21.3;161;&77;119;'''1 772 '''rtb;0;98;;9;46;55;84;°16.4;43;'''44;124;<u>'''793 '''bsu;17;573;;42;209;251;83;°16.7;305;53;136;4 215 '''afn;9;303;2;20;105;127;84;°15.7;167;°55;149;°2 039 '''ase;28;'''1300;3;70;145;218;68;&32.1;1054;&81;158.6;&<u>8 197 '''ade;9;713;;25;72;97;74;&25.8;607;&<u>85;159.7;4 464 '''eco;22;644;;47;152;199;76;23.6;423;66;160.0;4 024 '''cvi;4;687;;38;152;190;80;20.0;493;&72;160.4;4 282 '''rru;11;609;;26;97;123;79;21.1;475;&78;160.9;3 786 '''scc;6;319;1;22;95;118;81;18.6;195;61;&177;°1 805 '''ant;6;679;1;33;252;286;89;'''11.5;387;°57;&219;3 095 '''abra;13;409;;11;174;185;94;<u>'''5.9;211;°52;&245;'''1 667 '''pub;3;381;2;14;129;145;90;'''9.7;233;61;&<u>292;'''1 307 '''total;169;9558;18;579;2627;3224;82;18.0;6165;64;134;72 023 </pre> *Tableau cds-cds-x <pre> *Tableau cds-cds-x;;;;;;;;; 14.8.21;;;;;;;;; négatifs continus;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;discontinus par -6;; gen;c5‰;c7‰;c8‰;c‰;c1/c4;cds;x6;x5;x‰ '''cbn;'''25;9.2;°33;<u>'''67;&121;°2 491;@56;0;$3.6 '''cbei;'''27;5.7;°36;'''69;&87;&5 622;?29;36;°2.0 '''mba;'''39;8.6;°27;'''78;°28;3555;?19;27;5.6 '''myr;'''37;6.2;°36;'''79;&118;3943;§45;45;5.6 '''pmg;58;5.6;'''23;°88;52;°1 800;§29;38;&48.9 '''mja;45;9.8;°36;°94;49;'''1 730;@63;46;&32.4 '''spl;62;7.1;°28;°98;&93;4213;?20;58;°2.8 '''pmq;65;6.1;°31;°104;'''21;&7 223;§30;33;5.8 '''blo;91;5.6;'''20;119;48;'''1 772;?8;17;10.2 '''rtb;54;11.3;58;124;°30;<u>'''793;§0;25;$5.0 '''bsu;72;10.0;50;136;°31;4215;?29;40;8.3 '''afn;82;9.8;51;149;°29;°2 039;@50;25;$2.0 '''ase;129;8.5;'''18;158.6;'''19;&<u>8 197;?21;31;&42.9 '''ade;136;5.6;'''16;159.7;<u>'''13;4464;?7;35;&22.8 '''eco;105;11.7;°38;160.0;63;4024;§38;48;&23.4 '''cvi;115;8.9;°35;160.4;°31;3786;?16;36;&16.1 '''rru;125;6.9;°26;160.9;'''21;4282;?15;38;&19.5 '''scc;108;12.2;53;&177;'''25;°1 805;§38;11;&15.5 '''ant;125;10.7;&81;&219;&74;3095;@47;48;&26.8 '''abra;127;6.6;&104;&245;48;'''1 667;@50;25;$4.8 '''pub;178;10.7;&99;&<u>292;&<u>190;'''1 307;§38;51;&<u>70.4 '''total;86;8.0;36;134;37;72023;27;37;17.0 ;;;;;;;;; ? bbe333;;;;;;;;; § e8f2a8;;;;;;;;; @ ff00ff;;;;;;;;; </pre> *Fréquences <span id="fncont">des</span> intercalaires négatifs continus jusqu'à 50, détails <pre> negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl -1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126 -2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0 -4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136 -5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0 -6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0 -7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10 -8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46 -9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8 -11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28 -12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0 -13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5 -14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15 -15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3 -17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8 -18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1 -20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7 -21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0 -23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4 -24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 -25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0 -26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2 -27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1 -29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2 -30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0 -32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3 -33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1 -35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0 -36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 -38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1 -39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 -41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1 -42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1 -44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0 -45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0 -47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0 -48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0 -50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0 ;170;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;3;16;3;11;0;6;5 ;9559;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;159;753;381;609;98;319;414 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 9559;?;?;?;?;?;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;total;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl 6;18;0;0;2;1;3;1;0;0;0;0;0;7;0;0;0;1;2;0;0;1;0 7;579;11;25;20;33;70;10;42;32;23;38;47;34;17;22;10;44;14;26;9;22;30 8;2627;174;72;105;252;145;36;209;200;82;152;152;108;62;127;41;226;129;97;46;95;117 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; “7/t”;18;6;26;16;12;32;21;17;14;22;20;24;23;22;15;20;16;10;21;16;19;20 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; total;3224;185;97;127;286;218;47;251;232;105;190;199;149;79;149;51;271;145;123;55;118;147 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; % 6+7+8 / 50;34;47;14;43;42;17;23;45;60;63;28;32;50;50;53;33;37;38;21;56;38;36 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; %1-5/total;64;52;85;55;57;81;77;53;39;37;72;66;50;48;47;66;62;61;78;44;61;63 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; c1/c4;0.37;0.48;0.13;0.29;0.74;0.19;0.48;0.31;0.87;1.21;0.31;0.63;0.28;0.49;1.18;0.52;0.21;1.90;0.21;0.30;0.25;0.93 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 1-5”;6165;211;607;167;387;1054;161;305;153;62;493;423;152;78;133;105;466;233;475;43;195;262 </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400]] *Légende <pre> 12.2.22 Paris;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Diagramme 400;;Poly3;1 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;1 à 400;Sc+;;;;;;;;;; ;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;;; gen;m50x;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;m50c;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;classe;;;;;12.2.22 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];min 50;-13;90;818;231;20;874;Sf;{{tri1|6}}b1;°rru;50;-34;275;878;270;139;2056;{{tri1|6}}b1;b1;Sf;°rru;20;6;{{tri1|6}}b1 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];max 80;45;-332;496;246;191;118;tF;{{tri1|14}}c3;§rtb;50;-36;279;569;258;82 Sm;402;{{tri1|14}}c3;c3;tF;§rtb;191;14;{{tri1|14}}c3 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];min 20;-58;495;853;284;249;218;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;50;-236;1732;559;245;338;537;{{tri1|1}}a1;a1;SF;$pub;249;1;{{tri1|1}}a1 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];max 70;29;-174;611;200;30;1008;tf;{{tri1|8}}b2;°cvi;50;-44;372;852;282;203;2320;{{tri1|8}}b2;b2;tf;°cvi;30;7;{{tri1|8}}b2 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];min 50;-20;145;782;242;39;1229;Sf;{{tri1|5}}b1;°ade;50;-61;489;843;267;232;2242;{{tri1|5}}b1;b1;Sf;°ade;39;5;{{tri1|5}}b1 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];min 50;-25;209;680;279;70;601;Sm;{{tri1|4}}a2;$ant;40;-135;1021;664;252;306;1616;{{tri1|4}}a2;a2;Sm;$ant;70;4;{{tri1|4}}a2 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];max 50;22;-151;532;230;43;1003;tm;{{tri1|11}}c2;eco;50;-74;565;805;255;265;2130;{{tri1|11}}c2;c2;tm;eco;43;11;{{tri1|11}}c2 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];max 80;47;-333;611;236;336;1071;tF;{{tri1|16}}c5;§spl;50;-47;363;806;257;192;2215;{{tri1|16}}c5;c5;tF;§spl;336;16;{{tri1|16}}c5 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];max 40;-6.4;69;458;359;18;1028;Sf;{{tri1|9}}c1;bsu;50;-41;352;790;286;173;2444;{{tri1|9}}c1;c1;Sf;bsu;18;9;{{tri1|9}}c1 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];régulier;31;-283;878;304;813;1614;tF;{{tri1|19}}d2;&pmq;70;-29;229;946;263;140;4164;{{tri1|19}}d2;d2;tF;&pmq;813;19;{{tri1|19}}d2 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];max 50;16;-109;454;227;27;489;tf;{{tri1|10}}c1;cbn;50;-50;394;855;263;203;1701;{{tri1|10}}c1;c1;tf;cbn;27;10;{{tri1|10}}c1 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];régulier;32;-258;712;269;708;946;tF;{{tri1|18}}d2;&cbei;50;-46;338;779;245;213;3399;{{tri1|18}}d2;d2;tF;&cbei;708;18;{{tri1|18}}d2 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];max 4-14;29;-227;486;261;183;328;tF;{{tri1|15}}c4;§afn;50;-95;712;722;250;297;1323;{{tri1|15}}c4;c4;tF;§afn;183;15;{{tri1|15}}c4 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];max 70;19;-108;872;189;25;2398;tf;{{tri1|7}}b2;°ase;50;-43;352;910;273;216;3558;{{tri1|7}}b2;b2;tf;°ase;25;8;{{tri1|7}}b2 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];régulier;33;-233;728;235;138;448;tF;{{tri1|21}}d3;&'''blo;40;-5.7;69;868;404;41 Sf;993;{{tri1|21}}d3;d3;tF;&'''blo;138;21;{{tri1|21}}d3 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];min 50;-16;150;660;313;78;406;Sm;{{tri1|3}}a2;$mja;50;-94;719;856;255;319;1047;{{tri1|3}}a2;a2;Sm;$mja;78;3;{{tri1|3}}a2 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];régulier;4.9;-71;350;483;348;705;tF;{{tri1|17}}d1;&mba;50;-50;359;823;239;287;1651;{{tri1|17}}d1;d1;tF;&mba;348;17;{{tri1|17}}d1 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];max 70;33;-213;708;215;68;828;tm;{{tri1|12}}c2;myr;50;-94;717;742;254;290;2081;{{tri1|12}}c2;c2;tm;myr;68;12;{{tri1|12}}c2 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];min 40;-67;515;607;256;179;559;SF;{{tri1|2}}a1;$pmg;60;-107;844;869;263;368;895;{{tri1|2}}a1;a1;SF;$pmg;179;2;{{tri1|2}}a1 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];max 50;53;-314;734;197;96;256;tF;{{tri1|13}}c3;§abra;60;-99;750;702;253;277;934;{{tri1|13}}c3;c3;tF;§abra;96;13;{{tri1|13}}c3 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];régulier;30;-200;690;222;71;416;tm;{{tri1|20}}d3;&'''scc;60;-86;660;830;256;331;961;{{tri1|20}}d3;d3;tm;&'''scc;71;20;{{tri1|20}}d3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;Poly3;31 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;31 à 400;Sc+;;;;;bgcolor="#66ffff"|;;°;99ff99;§; ;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;bgcolor="#ffff00"|;;&;00ccff;$; gen;teff;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;f3;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;;;;;; °[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];3786;12;-97;833;269;36;726;tf;{{tri1|6}}b1;°rru;tm;13;-61;957;156;41;1509;{{tri1|6}}b1;;a1;$pub;249;1; §[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];793;;;;;;;;{{tri1|14}}c3;§rtb;tF;70;-478;788;228;190;284;{{tri1|14}}c3;;a1;$pmg;179;2; $[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];1307;-49;437;918;297;256;149;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;SF;-48;403;945;280;365;200;{{tri1|1}}a1;;a2;$ant;70;4; °[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];4282;;;;;;;;{{tri1|8}}b2;°cvi;tF;5.3;22;915;-138;107;1621;{{tri1|8}}b2;;a2;$mja;78;3; °[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];4464;32;-228;874;238;67;958;tm;{{tri1|5}}b1;°ade;tF;2.5;38;957;-507;103;1490;{{tri1|5}}b1;;b1;°ade;39;5; $[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];3095;60;-400;785;222;112;432;tF;{{tri1|4}}a2;$ant;tF;4.8;28;888;-194;142;833;{{tri1|4}}a2;;b2;°cvi;30;7; [[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];4024;;;;;;;;{{tri1|11}}c2;eco;tm;7.6;-18;934;79;61;1389;{{tri1|11}}c2;;b2;°ase;25;8; §[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];4213;;;;;;;;{{tri1|16}}c5;§spl;tf;10.3;-50;915;162;30;1618;{{tri1|16}}c5;;b1;°rru;20;6; [[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];4216;48;-359;861;249;167;645;tF 51;{{tri1|9}}c1;bsu;tF;12;-27;954;75;104;1424;{{tri1|9}}c1;;c1;bsu;18;9; &[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];7223;;;;;;;;{{tri1|19}}d2;&pmq;Sm;-13;112;937;287;51;3257;{{tri1|19}}d2;;c1;cbn;27;10; [[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];2493;;;;;;;;{{tri1|10}}c1;cbn;tm;8.8;-32;932;121;41;1171;{{tri1|10}}c1;;c2;eco;43;11; &[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];5623;;;;;;;;{{tri1|18}}d2;&cbei;Sf;-13;15;935;38;8;2571;{{tri1|18}}d2;;c2;myr;68;12; §[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];2039;;;;;;;;{{tri1|15}}c4;§afn;tm;9.5;-42;904;147;45;791;{{tri1|15}}c4;;c3;§abra;96;13; °[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];8197;;;;;;;;{{tri1|7}}b2;°ase;SF;-18;182;976;337;149;2619;{{tri1|7}}b2;;c3;§rtb;191;14; &[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];1773;;;;;;;;{{tri1|21}}d3;&'''blo;tf;28;-174;897;207;36;786;{{tri1|21}}d3;;c4;§afn;183;15; $[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];1729;47;-300;711;213;88;309;tF;{{tri1|3}}a2;$mja;SF;-6.2;87;964;468;105;623;{{tri1|3}}a2;;c5;§spl;336;16; &[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];3943;;;;;;;;{{tri1|17}}d1;&mba;SF;-6.7;100;789;495;209;2156;{{tri1|17}}d1;;d1;&mba;348;17; [[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];3555;;;;;;;;{{tri1|12}}c2;myr;tF;7.8;-12;897;51;86;1265;{{tri1|12}}c2;;d2;&cbei;708;18; $[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];1800;23;-124;774;180;48;377;tm;{{tri1|2}}a1;$pmg;SF;-35;327;973;311;286;510;{{tri1|2}}a1;;d2;&pmq;813;19; §[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];1667;;;;;;;;{{tri1|13}}c3;§abra;tF;21;-104;912;165;85;548;{{tri1|13}}c3;;d3;&'''scc;71;20; &[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];1805;;;;;;;;{{tri1|20}}d3;&'''scc;SF;-17;162;949;318;162;622;{{tri1|20}}d3;;d3;&'''blo;138;21; </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Corrélations_400_et_faibles_fréquences|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences]] *Légende <pre> ;;12.2.22 Paris;Corrélations x+/c+;;;;;;;;;;Faibles fréquences;;;;;;;;;;;;; ;;;effectifs diagramme;;Corrélations;;;;;;;;1-30 ‰ ;;;teff;;0 ‰;;<0 ‰;;eff40;;corel40;classe; ;;gen;x+;c+;41-250;41-200;diff;1-250;mini;clx+;;gen;x+; c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+; c+;x+/c+;clx+; °rru;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];874;2056;611;193;418;792;min40;{{tri1|6}}b1;;°[[:image:Pro1-2.png|rru]];169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;{{tri1|6}}b1;°rru §rtb;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];118;402;148;-105;253;-165;min30;{{tri1|14}}c3;;§[[:image:Pr-bc1.png|rtb]];51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;{{tri1|14}}c3;§rtb $pub;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];218;537;883;857;26;852;min20;{{tri1|1}}a1;;$[[:image:Pro1-2.png|pub]];317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;{{tri1|1}}a1;$pub °cvi;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];1008;2320;891;858;33;549;min30;{{tri1|8}}b2;;°[[:image:Pro-2.png|cvi]];112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;{{tri1|8}}b2;°cvi °ade;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];1229;2242;758;624;134;897;min50;{{tri1|5}}b1;;°[[:image:Pro-2.png|ade]];221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;{{tri1|5}}b1;°ade $ant;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];601;1616;538;271;267;886;min40;{{tri1|4}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|ant]];281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;{{tri1|4}}a2;$ant eco;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];1003;2130;440;296;144;-64;min20;{{tri1|11}}c2;;[[:image:Pro-2.png|eco]];63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;{{tri1|11}}c2;eco §spl;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];1071;2215;784;735;49;-202;min10;{{tri1|16}}c5;;§[[:image:Pro1-2.png|spl]];37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;{{tri1|16}}c5;§spl bsu;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];1028;2444;282;8;274;257;min10;{{tri1|9}}c1;;[[:image:Bac-2.png|bsu]];140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;{{tri1|9}}c1;bsu &pmq;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];1614;4164;-651;-832;181;-825;min10;{{tri1|19}}d2;;&[[:image:Bac1-2.png|pmq]];32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;{{tri1|19}}d2;&pmq cbn;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];489;1701;508;548;-40;-112;min20;{{tri1|10}}c1;;[[:image:Bac1-2.png|cbn]];65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;{{tri1|10}}c1;cbn &cbei;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];946;3399;-377;-510;133;-646;min10;{{tri1|18}}d2;;&[[:image:Bac-2.png|cbei]];26;244;0.11;1219;4404;0;4;9;88;35;954;272;{{tri1|18}}d2;&cbei §afn;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];328;1323;101;-26;127;-407;min10;{{tri1|15}}c4;;§[[:image:Bac-2.png|afn]];46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;{{tri1|15}}c4;§afn °ase;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];2398;3558;940;922;18;725;min40;{{tri1|7}}b2;;°[[:image:Bac-2.png|ase]];135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;{{tri1|7}}b2;°ase &'''blo;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];448;993;537;406;131;255;min20;{{tri1|21}}d3;;&[[:image:Pr-bc1.png|blo]];89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;{{tri1|21}}d3;&'''blo $mja;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];406;1047;571;326;245;857;min30;{{tri1|3}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|mja]];239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;{{tri1|3}}a2;$mja &mba;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];705;1651;-221;-330;109;-477;min10;{{tri1|17}}d1;;&[[:image:Bac1-2.png|mba]];45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;{{tri1|17}}d1;&mba myr;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];828;2081;764;649;115;41;min20;{{tri1|12}}c2;;[[:image:Pro1-2.png|myr]];71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;{{tri1|12}}c2;myr $pmg;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];559;895;802;728;74;915;min40;{{tri1|2}}a1;;$[[:image:Bac-2.png|pmg]];326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;{{tri1|2}}a1;$pmg §abra;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];256;934;797;716;81;59;min10;{{tri1|13}}c3;;§[[:image:Pro1-2.png|abra]];94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;{{tri1|13}}c3;§abra &'''scc;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];416;961;530;440;90;49;min10;{{tri1|20}}d3;;&[[:image:Bac1-2.png|scc]];118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;{{tri1|20}}d3;&'''scc </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Taux_des_x+_dans_les_diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400]] *Légende <pre> 12.2.22;;;gen;x+;c+;%x+ 1;x+;c+;%x+ 31;x+;c+;%x+ t;t-1;31-1;clx+ 1;°rru;;°[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];874;2056;30;726;1509;32;972;2131;31;1.5;<u>2.7;{{tri1|6}}b1 2;§rtb;;§[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];118;402;'''23;112;284;'''28;189;505;27;'''4.5;5.6;{{tri1|14}}c3 3;$pub;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];218;538;29;149;200;43;239;595;29;-0.2;'''13.9;{{tri1|1}}a1 4;°cvi;;°[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];1008;2320;30;895;1621;36;1115;2410;32;1.3;5.3;{{tri1|8}}b2 5;°ade;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];1229;2242;35;958;1490;39;1320;2325;36;0.8;3.7;{{tri1|5}}b1 6;$ant;;$[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];601;1616;27;432;833;34;639;1694;27;0.3;7.0;{{tri1|4}}a2 7;eco;;[[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];1003;2130;32;940;1389;40;1076;2210;33;0.7;'''8.3;{{tri1|11}}c2 8;§spl;;§[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];1071;2215;33;1031;1618;39;1304;2482;34;1.8;6.3;{{tri1|16}}c5 9;bsu;;[[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];1028;2444;30;884;1629;35;1092;2513;30;0.7;5.6;{{tri1|9}}c1 10;&pmq;;&[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];1614;4164;28;1562;3257;32;1893;4535;29;1.5;4.5;{{tri1|19}}d2 11;cbn;;[[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];489;1701;'''22;457;1171;'''28;543;1776;23;1.1;5.7;{{tri1|10}}c1 12;&cbei;;&[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];946;3399;'''22;921;2571;'''26;1213;4011;23;1.4;4.6;{{tri1|18}}d2 13;§afn;;§[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];328;1323;'''20;313;791;'''28;349;1386;20;0.2;'''8.5;{{tri1|15}}c4 14;°ase;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];2398;3558;40;2072;2619;44;2726;3819;42;1.4;3.9;{{tri1|7}}b2 15;&'''blo;;&[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];448;993;31;408;786;34;502;1044;32;1.4;<u>3.1;{{tri1|21}}d3 16;$mja;;$[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];406;1047;28;309;623;33;447;1063;30;1.7;5.2;{{tri1|3}}a2 17;&mba;;&[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];705;1651;30;673;1297;34;1237;2378;34;'''4.3;4.2;{{tri1|17}}d1 18;myr;;[[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];828;2081;28;769;1265;38;981;2270;30;1.7;'''9.3;{{tri1|12}}c2 19;$pmg;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];559;895;38;377;510;43;604;942;39;0.6;4.1;{{tri1|2}}a1 20;§abra;;§[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];256;934;'''22;232;548;'''30;273;977;22;0.3;'''8.2;{{tri1|13}}c3 21;&'''scc;;&[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];416;961;30;367;622;37;462;993;32;1.5;6.9;{{tri1|20}}d3 </pre> =====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_continus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40]] *Légende *Tableau <pre> Sc+ 40;Diagrammes polynôme de d° 15;;;;;;;;;;;;Pourcentage des tranches de 7 fréquences;;;;;Effectif des tranches de 7 fréquences;;;;; gen;R2;min1;max1;min;max;pente;mx1;mx;pente0;diagr;type;gen;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;total '''rtb;$721;5;8;2;7;&'''1.7;4;13;&-10.7;$131;pr1;'''rtb;&'''39;&27;&18;10;'''6;48;33;22;13;8;124 '''pub;&981;6;8;13;13;$0;2;58;&-11.0;&367;pr2;'''pub;$63;$17;$8;'''6;'''6;223;61;27;21;20;352 '''rru;&882;7;11;11;34;&5.8;4;43;&-11.3;&630;pro1;'''rru;&32;&28;&13;15;11;191;167;78;86;66;588 '''cvi;&897;6;10;13;50;&9.3;1;58;&-9.0;&815;pro;'''cvi;&30;&30;&17;11;11;230;232;133;80;86;761 '''ade;&929;5;9;19;51;&8.0;2;63;&-14.7;&876;pro;'''ade;&30;&32;&15;12;11;247;267;122;95;93;824 '''ant;&923;7;9;14;88;&'''37.0;1;109;&-15.8;&836;pro;'''ant;&'''37;&39;&14;'''5;'''6;297;316;112;40;45;810 '''eco;&894;5;9;13;61;&12.0;2;54;&-13.7;&902;pro;'''eco;&27;&35;&17;12;'''8;232;295;146;103;71;847 '''spl;&881;6;10;13;33;&5.0;2;53;&-10.0;&683;pro1;'''spl;&30;&31;&15;13;11;193;202;94;86;73;648 '''bsu;°897;8;12;7;53;°11.5;1;41;°-4.9;°935;bac;'''bsu;°22;°25;°28;15;11;189;220;245;128;96;878 '''pmq;$758;9;14;10;45;°7.0;1;52;°-5.3;°1155;bac1;'''pmq;°25;°19;°22;18;17;255;192;224;181;177;1029 '''cbn;°891;8;12;9;32;°5.8;1;37;°-4.0;°620;bac1;'''cbn;°23;°24;°23;18;12;134;136;133;101;67;571 '''cbei;°873;7;12;8;51;°8.6;1;55;°-7.8;°954;bac;'''cbei;°22;°27;°25;15;11;194;242;220;138;101;895 '''afn;°829;7;12;5;46;°8.2;1;38;°-5.5;°580;bac;'''afn;°25;°30;°26;13;'''7;138;167;143;71;37;556 '''ase;°827;6;10;28;67;°9.8;1;60;°-6.4;°1165;bac-a;'''ase;$29;°28;$15;12;16;307;298;158;131;166;1060 '''blo;$636;7;10;4;11;°'''2.3;2;15;°'''-2.2;$241;bc1;'''blo;°28;°23;°22;17;10;62;52;50;37;23;224 '''mja;$670;6;9;4;32;&9.3;4;32;&-14.0;&474;pro-a;'''mja;$23;&31;$22;13;10;104;143;102;61;45;455 '''mba;$732;7;10;4;19;°5.0;2;31;-5.4;°428;bac1-a;'''mba;$32;°22;°20;13;12;124;87;79;50;48;388 '''myr;&922;7;12;23;46;&4.6;2;78;&-11.0;&899;pro1-a;'''myr;&'''42;$25;&16;11;'''7;355;213;133;93;61;855 '''pmg;$776;7;9;10;27;°8.5;2;27;°-3.4;°449;bac-b;'''pmg;$35;°25;$16;12;11;146;105;65;50;46;412 '''abra;&895;7;12;4;33;&5.8;1;58;&-9.0;&420;pro1;'''abra;&'''41;&30;&14;10;'''6;165;119;56;39;24;403 '''scc;°855;6;9;4;20;°5.3;1;31;°-5.4;°389;bac1-b;'''scc;$31;°30;$18;13;'''8;113;110;66;46;29;364 ;;;;;;;; ;ant;7;10;14;48;11.3;; ;ant;7;8;14;46;32;; ;;;;;;;; ;;moyenne;7.8;;;;; ;;écart;2.4;;;;; ;;m/e;3.2;;;;; </pre> *<span id="fc40">Données</span> <pre> fc40;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total 0;12;17;9;56;13;1;25;19;10;10;16;21;11;13;33;26;58;12;4;6;17;389 1;58;35;38;109;60;12;41;55;37;58;43;22;18;66;17;52;52;21;10;31;46;883 2;40;63;25;54;59;15;31;39;31;44;51;31;28;78;27;46;58;31;7;27;53;841 3;21;55;20;56;38;8;34;23;13;42;44;12;6;61;25;35;37;38;8;23;29;631 4;29;25;28;24;48;5;27;36;12;30;26;17;32;56;26;34;25;43;13;7;22;572 5;7;19;13;22;43;9;19;17;17;25;13;23;11;29;18;28;26;29;2;13;16;399 6;6;24;9;18;28;9;21;16;13;13;12;15;4;42;23;32;13;18;5;4;13;340 7;4;26;5;14;31;4;16;8;11;18;23;4;5;23;10;28;12;11;3;8;14;281 8;15;37;7;46;37;8;7;15;9;13;15;4;15;32;11;12;13;22;7;11;29;370 9;16;51;19;88;53;6;16;23;10;41;56;8;32;25;27;10;12;14;7;20;29;568 10;12;38;16;48;67;11;19;17;19;50;58;19;28;23;14;21;8;15;2;20;33;539 11;19;32;28;43;49;10;32;48;22;42;48;16;16;41;19;23;5;34;5;12;27;571 12;33;42;46;45;33;7;54;51;32;26;39;8;22;46;14;38;7;30;5;15;35;628 13;13;39;29;31;33;7;46;41;22;35;22;19;17;19;14;43;6;26;3;16;20;501 14;11;28;22;15;26;3;47;47;22;25;37;13;13;27;6;45;10;26;4;16;29;472 15;13;26;37;19;23;14;52;43;23;21;23;12;13;16;12;39;2;13;5;12;15;433 16;7;23;24;19;28;8;31;29;20;28;20;13;14;19;10;34;3;13;5;8;10;366 17;6;16;10;12;23;9;41;25;16;19;19;11;10;24;11;25;3;16;1;7;13;317 18;11;19;25;22;12;5;44;38;20;17;19;13;17;19;11;36;6;9;3;15;20;381 19;7;14;12;16;17;3;23;23;14;18;14;7;18;21;6;29;4;10;3;7;14;280 20;7;12;15;8;35;4;29;30;20;14;23;15;14;19;13;24;5;12;3;12;10;324 21;5;12;20;16;20;7;25;32;20;16;17;8;16;15;2;37;4;5;2;5;12;296 22;7;17;13;7;24;6;29;25;17;13;18;8;11;15;7;32;4;12;2;6;12;285 23;14;13;11;6;23;8;22;18;12;7;13;4;9;15;4;23;3;11;0;9;13;238 24;4;8;9;4;14;4;24;21;13;18;19;14;11;18;8;45;5;10;4;8;19;280 25;5;14;9;4;18;6;15;23;19;10;10;4;12;14;5;28;2;16;3;6;3;226 26;5;14;5;10;24;7;12;22;10;13;14;6;9;10;6;15;3;8;2;9;9;213 27;3;9;14;5;14;3;12;18;17;7;14;10;6;9;11;24;2;13;0;3;21;215 28;1;20;10;4;14;3;14;11;13;12;8;4;3;12;9;14;2;16;2;5;9;186 29;3;7;3;12;28;4;17;16;12;13;9;4;6;10;8;25;3;14;2;3;11;210 30;4;14;10;6;17;2;15;18;14;11;14;10;8;12;11;30;2;11;0;1;11;221 31;4;13;5;8;22;6;16;18;11;17;7;2;4;8;3;26;3;9;0;7;17;206 32;6;14;5;1;34;3;12;13;5;12;7;6;4;14;9;20;5;10;2;2;9;193 33;3;15;3;8;20;2;18;11;11;13;7;8;11;5;7;26;1;7;3;3;8;190 34;1;19;5;5;23;4;7;12;8;11;8;7;11;9;1;20;2;11;0;8;9;181 35;3;11;6;5;22;2;11;13;6;9;7;11;1;3;7;31;4;4;1;5;8;170 36;6;9;3;5;19;3;13;9;8;11;15;8;4;10;11;23;4;7;1;5;6;180 37;4;15;8;6;23;3;5;8;11;9;7;9;3;8;6;24;3;10;2;2;6;172 38;3;8;3;4;29;2;11;11;8;9;7;11;5;7;6;24;1;6;0;7;10;172 39;2;6;6;7;14;9;21;15;10;10;8;6;7;13;6;27;4;9;2;9;7;198 40;2;14;4;4;20;0;7;16;12;15;7;6;0;6;8;28;3;10;2;2;6;172 reste;547;1446;796;810;2688;803;1557;3042;1143;1599;1375;1932;586;1362;467;3361;175;1498;371;606;1786;27950 total;979;2339;1385;1702;3866;1045;2518;4015;1773;2424;2212;2381;1071;2274;949;4543;600;2140;506;1001;2486;42209 diagr;420;876;580;836;1165;241;936;954;620;815;821;428;474;899;449;1156;367;630;131;389;683;13870 </pre> =====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_discontinus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40]] *Légende <pre> 13.9.21 Paris;;publié;;;;;;;;;;;;; Sx+ 40;;;;; gen;poly3;mod3;tot;diagr;note ;;;;; '''rru;°253;5;12;175; '''rtb;;;;8; '''pub;;;;88; '''cvi;499;8;11;130; '''ade;443;8;11;304; '''ant;574;°'''1;9;186; '''eco;'''647;6;11;129;parabole '''spl;;;;69; '''bsu;'''789;5;9;302;croit '''pmq;;;;68; '''cbn;;;;56; '''cbei;;;;35; '''afn;;;;36; '''ase;°315;10;17;389;P15 611 '''blo;;;;54; '''mja;467;4;12;113; '''mba;;;;51; '''myr;;;;97; '''pmg;'''831;5;7;196;décroit '''abra;;;;41; '''scc;;;;60; ;;;;; ;Modulo 3;total;prévu;; ;5;7;;; ;16;22;;; ;10;17;;; ;5;9;;; ;6;11;;; ;5;12;;; ;47;78;26;; ;Jusqu’à 129;;;; ;51;90;30;; ;Jusqu’à 113;;;; </pre> =====Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Intercalaires_entre_tRNA_et_rRNA_en_continu_discontinu|Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu]] *Les tRNA-tRNA x+ <pre> ;tRNA-tRNA; ;x+;pbs aua;ggc-atgf;404 ;ttc-acc;161 ;gac-gta;270 ;ccg-caa;173 ase;gga-cca;130 mja;atgj-ctc;91 ;acc-caa;178 ksk;cca-gga;151 mba;gcc-atc;223 mfe;gcc-atc;227 fps;ttg-cta;290 vpb;cgt-cgt;56 "8 cgt avec 6 intercalaires 56-57 et 1 de 210" rtb;cgg-caa;60 ;gac-gcc;1051 rpl;cgg-caa;49 ;gac-gcc;830 agr;atgj-ggc;793 ;gac-gta;446 lbu;gaa-ctt;151 npu;atgj-atgj;-1 </pre> *'''Tableau''' <pre> tRNA rRNA continu discontinu;;;;;;;;les génomes à discontinu;;; type;total;c+;x+;c-;x-;x+%;;gen;x+;gen;x+ tRNA;1745;1714;19;1;0;1,1;;ase;1;; t-rRNA;814;810;4*;0;0;;;ksk;1;vpb;1 rRNA;1043;1043;0;0;0;;;mja;2;rtb;2 aa interne;127;127;0;0;0;;;mba;1;rpl;2 genomes;50;50;13;;;26;;mfe;1;agr;2 4*;cdc8;aaa-5s;23s’-16s;16s’-16s’;16s-5s;;;fps;1;aua;4 adresse;;4229303;4229975;4189696;4179150;;;npu;c-;lbu;1 ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;c- (-1pbs);; </pre> ===Les blocs à tRNA=== ===Les cds dans les blocs à tRNA=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds_dans_les blocs à tRNA|cds]] <pre> 27.9.20 Paris;;Les cds dans les blocs tRNA sans rRNA;;;d’après les annexes ;;;;; ;;;;; génome;sens;adresse;nom;cds aa;intercal [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma|gamma]];autres rien;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal]];comp ;2042057..2043241 ;tuf1 ;395;117 ;comp ;2043359..2043431;;acc gga tac aca; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_opérons|eco]];comp ;1287087..1287176 ;tpr ;30;67 ;comp ;1287244..1287328 ;;tac tac; ;;4175754..4175829;;acc aca tac gga;114 ;;4175944..4177128 ;tufb ;395; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_opérons|ecoN]];comp ;2192566..2192655;;tcg;93 ;;2192749..2193546 ;DgsA;266;100 ;;2193647..2193722;;aac; ;comp ;2236186..2236261;;aac;4 ;;2236266..2237909 ;YeeO;548;100 ;;2238010..2238085;;aac; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed]];comp ;3913378..3913454;;tgg;52 ;comp ;3913507..3914691 ;cds;395;171 ;comp ;3914863..3914937;;gga ; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha|alpha]];;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm]];comp ;659042..659116 ;;gtc ;155 ;comp ;659272..660159 ;hydrolase;296;106 ;comp ;660266..660340;;gtc ; ;comp ;2114823..2114899;;aga;55 ;comp ;2114955..2115251 ;ETC;96;71 ;comp ;2115323..2115399;;cca ; ; ;2632171..2632246 ;;gcc ;166 ;< ;2632413..2632965 ;transposase;184;-41* ;;2632925..2633473 ;hp;183;30 ;comp ;2633504..2633579 ;;aca ;93 ;comp ;2633673..2634200 ;transferase;176;271 ;comp ;2634472..2634561 ;;tcg; ;;2863981..2864056;aca;;15 ;;2864072..2864317 ;DUF2829;82;8 ;;2864326..2864401;aaa;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru]];;1934224..1934300;;cca ;63 ;;1934364..1934663 ;ETC;100;12 ;;1934676..1934752;;aga; ;comp ;3124836..3125033 ;translocase;66;151 ;comp ;3125185..3125260 ;;tgg ;343 ;comp ;3125604..3126794 ;ef tu;397;93 ;comp ;3126888..3126961 ;;gga ; ;comp ;3126989..3127074 ;;tac ;37 ;;3127112..3128158 ;RlmB;349;57 ;;3128216..3128291 ;;aca ;127 ;;3128419..3128652;hp;78; ;;3378495..3378569;;acc;237 ;;3378807..3379370 ;hp;188;234 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan]];comp ;2040234..2040453 ;hp;73;91 ;;2040545..2040629 ;;tac ; ;;2040654..2040727 ;;gga ;6 ;comp ;2040734..2040916 ;hp;61;-50* ;;2040867..2042042 ;ef Tu;392;65 ;;2042108..2042183 ;;tgg ;420 ;;2042604..2042804 ;translocase;67; ;comp ;2697238..2697314;;aga;123 ;comp ;2697438..2697743 ;ETC;102;156 ;comp ;2697900..2697976;;cca ; 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;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;; ;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;; ;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;; ;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;;;;;;;; ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;;;;;;;; ;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;;;;;;;; ;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;;;;;;;; ;tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;; ;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2;;;;;;;;; ;cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;;;;;;;; ;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6;;;;;;;;; ;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; ;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; 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;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga;;;;;;;;;; ;cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;; ;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;; ;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; ;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;; ;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; ;fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;11 ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 ;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 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aaa3;tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;;;;;;;; caa2;ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;;;;;;;; cag2;cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;;;;;;;; atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;;;;;;;; cgt4;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;;;;;;;; ggc3;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;;;;;;;; ;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;; séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;;;;;;;; (aaa gta)2 aaa3;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;;;;;;;; ;eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;29;;;;;;29;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;34;;;;;;;;;20;;;;;;;;;44;;;;;;;;; 3 gtc2;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;;;;;;;; gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;;;;;;;; 2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;;;;;;;; gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;;;;;;;; tac2;ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;;;;;;;; aaa3;atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;;;;;;;; atgf3;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;;;;;;;; ggc3;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;;;;;;;; atc :;tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;;;;;;;; 4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;;;;;;;; gaa :;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;;;;;;;; 7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;;;;;;;; acc :;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;;;;;;;; 2 5s >aa aa;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s >aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;;;;;;;; ;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;; gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;;;;;;;; séquences;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; (aaa gta)2 aaa3;ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;912;;;;;;;;;1047;;;;;;;;;493;;;;;;;;;751 ;atgi;30;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;7;tct;0;tat;0;atgf;36;;atgi;2;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;14;tct;0;tat;0;atgf;31 ;att;0;act;3;aat;0;agt;1;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0 ;ctt;4;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0 ;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0 ;ttc;21;tcc;37;tac;7;tgc;16;;ttc;35;tcc;6;tac;44;tgc;38;;ttc;9;tcc;2;tac;28;tgc;4;;ttc;28;tcc;10;tac;26;tgc;17 ;atc;4;acc;18;aac;28;agc;18;;atc;7;acc;22;aac;35;agc;34;;atc;2;acc;5;aac;22;agc;0;;atc;15;acc;9;aac;38;agc;15 ;ctc;30;ccc;28;cac;14;cgt;15;;ctc;15;ccc;1;cac;34;cgt;19;;ctc;2;ccc;0;cac;11;cgt;49;;ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30 ;gtc;19;gcc;16;gac;14;ggc;17;;gtc;11;gcc;14;gac;54;ggc;59;;gtc;28;gcc;25;gac;13;ggc;43;;gtc;5;gcc;1;gac;41;ggc;38 ;tta;18;tca;36;taa;0;tga;9;;tta;31;tca;12;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;4;taa;0;tga;0;;tta;24;tca;19;taa;0;tga;0 ;ata;1;aca;19;aaa;17;aga;29;;ata;1;aca;43;aaa;44;aga;21;;ata;0;aca;7;aaa;25;aga;2;;ata;0;aca;33;aaa;41;aga;15 ;cta;21;cca;20;caa;19;cga;3;;cta;32;cca;39;caa;37;cga;7;;cta;8;cca;4;caa;12;cga;0;;cta;20;cca;33;caa;29;cga;0 ;gta;13;gca;4;gaa;15;gga;15;;gta;54;gca;7;gaa;52;gga;45;;gta;26;gca;0;gaa;25;gga;6;;gta;51;gca;17;gaa;42;gga;25 ;ttg;34;tcg;26;tag;0;tgg;31;;ttg;8;tcg;5;tag;0;tgg;13;;ttg;2;tcg;0;tag;0;tgg;2;;ttg;7;tcg;2;tag;0;tgg;12 ;atgj;15;acg;28;aag;18;agg;31;;atgj;39;acg;5;aag;12;agg;1;;atgj;6;acg;0;aag;16;agg;0;;atgj;23;acg;2;aag;0;agg;0 ;ctg;20;ccg;15;cag;9;cgg;24;;ctg;16;ccg;4;cag;14;cgg;10;;ctg;28;ccg;8;cag;10;cgg;0;;ctg;9;ccg;1;cag;0;cgg;0 ;gtg;10;gcg;13;gag;9;ggg;20;;gtg;5;gcg;5;gag;5;ggg;6;;gtg;8;gcg;3;gag;12;ggg;0;;gtg;0;gcg;0;gag;1;ggg;1 ;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;total;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;751;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;(sans abra apl 729);;; </pre> ===Les totaux des types=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_totaux_des_types|Les totaux des types]] <pre> bacts;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total ;1047;912;13;751;11;304;493;135;3666 </pre> ===La référence +5s >3=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#La_référence_+5s_>3|La référence +5s >3]] <pre> La référence;;;;;;; +5s;sans 1-3aas;;729;;;; atgi;12;tct;;tat;;atgf;29 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;26;tcc;10;tac;26;tgc;17 atc;15;acc;9;aac;38;agc;15 ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30 gtc;5;gcc;1;gac;39;ggc;38 tta;22;tca;17;taa;;tga; ata;;aca;31;aaa;39;aga;15 cta;20;cca;33;caa;29;cga; gta;49;gca;15;gaa;42;gga;25 ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;12 atgj;21;acg;2;aag;;agg; ctg;9;ccg;1;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1 ;;;;;;; faible 21;19;0.9;;;;; moyen 16;236;14.8;;;;; fort 14;474;33.9;;;;; ;729;;;;;; g+cga 10;7;0.7;;;;; agg+cgg;0;;;;;; 4 ccc;12;3.0;;;;; autres 5;0;;;;;; ;19;;;;;; </pre> ===totaux par rapport au groupe de référence=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#totaux_par_rapport_au_groupe_de_référence|totaux par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;317;124;114;19;2;7;583; 16;moyen;345;327;80;246;43;253;1294; 14;fort;250;596;299;486;90;68;1789; ; ;912;1047;493;751;135;328;3666; 10;g+cga;151;68;57;7;;;283; 2;agg+cgg;55;11;;12;1;;79; 4;carre ccc;93;41;55;;1;7;197; 5;autres;18;4;2;;;;24; ;;317;124;114;19;2;7;583; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;86;34;31;5;1;2;159;26 16;moyen;94;89;22;67;12;69;353;324 14;fort;68;163;82;133;25;19;488;650 ; ;249;286;134;205;37;89;3666;729 10;g+cgg;41;19;16;2;;;77;10 2;agg+cga;15;3;;3;0.3;;22; 4;carre ccc;25;11;15;;0.3;2;54;16 5;autres;5;1.1;0.5;;;;7; ;;86;34;31;5;0.5;2;159; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;129;51;46;226;26;35;12;23 16;moyen;141;133;33;307;324;38;31;16 14;fort;102;243;122;467;650;27;57;61 ; ;372;427;201;2452;729;912;1047;493 10;g+cgg;62;28;23;113;10;48;55;50 2;agg+cga;22;4; ;27;;17;9; 4;carre ccc;38;17;22;77;16;29;33;48 5;autres;7;2;0.8;10;;6;3;2 ;;129;51;46;226;;317;124;114 </pre> ==Caractérisation des tRNAs== ===Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Caractérisation_d'un_tRNA_par_les_4_processus_+5s_1aa_>1aa_duplication|Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication]] <pre> gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;;; atgi;14;30;7;2;tct;;;;;tat;;;;;atgf;31;30;36;30;;; att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;; ctt;;4;3;2;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;; gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;; ttc;28;21;35;9;tcc;10;37;6;2;tac;26;7;44;28;tgc;17;16;38;4;;tener2;2*11 atc;15;4;7;2;acc;9;18;22;5;aac;38;28;35;22;agc;15;18;34;;;atgi j f;tca ctc;4;30;15;2;ccc;2;28;1;;cac;20;14;34;11;cgt;30;15;19;49;;ttc;aca gtc;5;19;11;28;gcc;1;16;14;25;gac;41;14;54;13;ggc;38;17;59;43;;tta;gca tta;24;18;31;2;tca;19;36;12;4;taa;;;;;tga;;9;;;;gta;gac ata;;1;1;0;aca;33;19;43;7;aaa;41;17;44;25;aga;15;29;21;2;;aaa;+5s cta;20;21;32;8;cca;33;20;39;4;caa;29;19;37;12;cga;;3;7;;;; gta;51;13;54;26;gca;17;4;7;;gaa;42;15;52;25;gga;25;15;45;6;;; ttg;7;34;8;2;tcg;2;26;5;;tag;;;;;tgg;12;31;13;2;;; atgj;23;15;39;6;acg;2;28;5;;aag;;18;12;16;agg;;31;1;;;; ctg;9;20;16;28;ccg;1;15;4;8;cag;;9;14;10;cgg;;24;10;;;; gtg;;10;5;8;gcg;;13;5;3;gag;1;9;5;12;ggg;1;20;6;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;200;240;264;125;;129;263;163;58;;238;150;331;174;;184;259;289;136;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;751;912;1047;493;;3203;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Pour 1000;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;;; atgi;19;33;7;4;tct;;;;;tat;;;;;atgf;41;33;34;61;;; att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;; ctt;;4;3;4;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;; gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;; ttc;37;23;33;18;tcc;13;41;6;4;tac;35;8;42;57;tgc;23;18;36;8;;; atc;20;4;7;4;acc;12;20;21;10;aac;51;31;33;45;agc;20;20;32;;;; ctc;5;33;14;4;ccc;3;31;1;;cac;27;15;32;22;cgt;40;16;18;99;;; gtc;7;21;11;57;gcc;1;18;13;51;gac;55;15;52;26;ggc;51;19;56;87;;; tta;32;20;30;4;tca;25;39;11;8;taa;;;;;tga;;10;;;;; ata;;1;1;;aca;44;21;41;14;aaa;55;19;42;51;aga;20;32;20;4;;; cta;27;23;31;16;cca;44;22;37;8;caa;39;21;35;24;cga;;3;7;;;; gta;68;14;52;53;gca;23;4;7;;gaa;56;16;50;51;gga;33;16;43;12;;; ttg;9;37;8;4;tcg;3;29;5;;tag;;;;;tgg;16;34;12;4;;; atgj;31;16;37;12;acg;3;31;5;;aag;;20;11;32;agg;;34;1;;;; ctg;12;22;15;57;ccg;1;16;4;16;cag;;10;13;20;cgg;;26;10;;;; gtg;;11;5;16;gcg;;14;5;6;gag;1;10;5;24;ggg;1;22;6;;;; </pre> ====Construction du tableau avec les sous-totaux==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|Construction du tableau avec les sous-totaux]] *Lien tableur au tableau de contrôle: [[#Les_totaux_des_g%C3%A9nomes_par_type|tableau]] *Notes: Pour le 1er tRNA d'une colonne je somme sur une colonne de type, des sous totaux ci-dessous, et je copie "formule" pour les autres tRNAs de la colonne. Je récupère l'argument de cette somme sur un txt. Pour les arguments des 2 autres types (colonne) je change le nom de la colonne dans txt et je copie l'argument dans SOMME(). *Les sous-totaux: D'abord j'ai sommé le total (totaux de la fin du tableau de contrôle). Je repère les lignes de chaque clade pour faire le sous-total du clade. Ce n'est pas la peine de cliquer sur chaque case. Il suffit de récupérer l'argument de la somme de tous les génomes d'une colonne et de découper cet argument d'après le relevé des lignes de chaque clade. <pre> bact2;;;;;;;121;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63;;bact2;;;;;;;0 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;9;gca;;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;1 -16s tac;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;;;tener2;;;;;;;22 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; 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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6 1-3aas aac;2 -16s tac;; cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4;;cyano2;;;;;;; atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;10;109;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38;;;;;;;;; atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;; atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc;;;;;;;;;; ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;;;;;;;;; gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2;;;;;;;;; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;; cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;; ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;;;;;;;; ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg;;;;;;;;;; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; ;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; clos8;;;;;;;628;;clos8;;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302 atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11 att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 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;;+16s;gca;atc;aaa;gta;gcc;gaa;total;;;alpha;gama;baci;clos;tener;; ;;gama;29;23;8;8;2;33;103;;atgf;23;;2;2;;; ;;clos;26;11;;;5;;42;;gac;;23;2;1;;; ;;afn;2;2;;;;;4;;aac;;;4;7;6;; ;;baci;16;15;;;;;31;;acc;;9;1;1;;; ;;alpha +bd;37;43;;;;;80;;tgg;;8;;1;;; ;;b t c;21;23;;;;;44;;tca;;4;;;;; ;;actino;0;0;0;0;0;0;0;;gaa;;1;;2;;; ;;total;131;117;8;8;7;33;304;;tcc;;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;23;45;10;14;6;; ;;;;;;;;;;;autres;;;;37;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;+16s;;;référence +5s;;;;304;;total 1-3aas;;;;;;;135 ;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27 ;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; ;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1 ;;atc;117;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;11;aac;17;agc; ;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt; ;;gtc;;gcc;7;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4 ;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1 ;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; ;;gta;8;gca;131;gaa;33;gga;;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1 ;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9 ;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 ;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;;inter;;max;;min;;total;;;;;;;;; ;;;248;;49;;7;;304;;alpha gama;;clostridia;;;baci clos tener;;baci ;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;-16s;-5s;;référence +5s;;;;24;;total 1-3aas;;;référence +5s;;;;135 -16s;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27 2 gga;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 2 tac;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; aac;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; agc;;ttc;;tcc;1;tac;2;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1 atc;;atc;1;acc;;aac;6;agc;1;;atc;;acc;11;aac;17;agc; cgt;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt; gca;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4 tca;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; tcc;;ata;;aca;3;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1 ;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; -5s;;gta;;gca;1;gaa;;gga;7;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1 3 aca;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9 5 gga;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; 5 aac;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 ;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;;inter;;max;;min;;total;;*;inter;;max;;min;;total ;;;5;;19;;0;;24;;;43;;90;;2;;135 </pre> ====Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_processus_+16s_et_1-3aas_des_fiches_mémoires|Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires]] <pre> +16s;;;référence +5s;;;;3957;;+16s;;;;;;;1000 atgi;;cds;121;16s;1039;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1235;acc;;aac;;agc;;;atc;442;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;11;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;11;aga;;;ata;;aca;;aaa;4;aga; cta;;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga; gta;13;gca;1249;gaa;272;gga;;;gta;5;gca;447;gaa;97;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total ;2484;;302;;11;;2797;;;888;;108;;4;;1000 ;;;;;;;;;;;;;;;; 1-3aas;;;;;;;736;;1-3aas;;;;;;;1000 atgi;15;tct;;tat;;atgf;172;;atgi;20;tct;;tat;;atgf;234 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;2;tac;12;tgc;7;;ttc;29;tcc;3;tac;16;tgc;10 atc;3;acc;82;aac;73;agc;1;;atc;4;acc;111;aac;99;agc;1 ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;4;;ctc;3;ccc;;cac;3;cgt;5 gtc;;gcc;;gac;172;ggc;12;;gtc;;gcc;;gac;234;ggc;16 tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;7;tca;7;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;17;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;23;aga;1 cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga; gta;5;gca;14;gaa;7;gga;12;;gta;7;gca;19;gaa;10;gga;16 ttg;;tcg;;tag;;tgg;78;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;106 atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;3 gtg;1;gcg;;gag;;ggg;2;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3 ;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total ;218;;510;;8;;736;;;296;;693;;11;;1000 </pre> ====Classement des tRNAs avec les 8 processus==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_tRNAs_avec_les_8_processus|Classement des tRNAs avec les 8 processus]] <pre> ;Classement des tRNAs;;;;À 1000 par processus;;;;;;;;; ;+5s;1aa;>1aa;dup;1-3aas;+16s;;;+5s;1aa;>1aa;dup;1-3aas;+16s atgf;41;33;34;61;234;1;;tca;25;39;11;8;7;- aac;51;31;33;45;99;-;;aga;20;32;20;4;1;- I;;;;;;;;atgi;19;33;7;4;20;- gaa;56;16;50;51;10;97;;tcc;13;41;6;4;3;- gac;55;15;52;26;234;-;;ttg;9;37;8;4;-;- gta;68;14;52;53;7;5;;ctc;5;33;14;4;3;- aaa;55;19;42;51;23;4;;I;;;;;; ggc;51;19;56;87;16;-;;ccc;3;31;1;0;-;- tac;35;8;42;57;7;-;;tcg;3;29;5;0;-;- II;;;;;;;;acg;3;31;5;0;1;- aca;44;21;41;14;1;-;;agg;0;34;1;0;-;- cca;44;22;37;8;1;2;;cgg;0;26;10;0;3;- caa;39;21;35;24;1;-;;ggg;1;22;6;0;3;- ttc;37;23;33;18;29;-;;II;;;;;; gga;33;16;43;12;16;-;;ctg;12;22;15;57;1;- tta;32;20;30;4;7;-;;gtc;7;21;11;57;-;- atgj;31;16;37;12;1;-;;gcc;1;18;13;51;-;4 cta;27;23;31;16;-;-;;aag;0;20;11;32;-;- cac;27;15;32;22;3;-;;gag;1;10;5;24;-;- III;;;;;;;;cag;0;10;13;20;-;- tgc;23;18;36;8;10;-;;ccg;1;16;4;16;-;- agc;20;20;32;0;1;-;;gtg;0;11;5;16;1;- IV;;;;;;;;gcg;0;14;5;6;-;- cgt;40;16;18;99;5;-;;III;;;;;; V;;;;;;;;cga;0;3;7;0;-;- gca;23;4;7;0;19;447;;ata;0;1;1;0;-;- atc;20;4;7;4;4;442;;tga;0;10;0;0;-;- ;;;;;;;;IV;;;;;; VI;;;;;;;;ctt;0;4;3;4;-;- acc;12;20;21;10;111;-;;act;0;3;0;0;-;- tgg;16;34;12;4;106;-;;agt;0;1;0;0;-;- </pre> ==Les intercalaires dans les genome.cumuls== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_dans_les_genome.cumuls|Les intercalaires dans les genome.cumuls]] *'''Récapitulatif des chapitres cumuls''' * - ne sont pris en compte que les moyennes en excluant quelques valeurs extrêmes (sans jaunes) * - Les 2 dernières colonnes cdsa et cdsa300 sont en aas. * - 19*, erreur dans la lecture de la colonne ( à corriger ant-cumuls et scc-cumuls) <pre> ;sans rRNA;avec rRNA;cds;cdsd;;cdsa;cdsa 300;notes gamme;200;200;500;500;;1100;330; ;;;;;;;; pub;44;9;50;16;;239;-; rtb;57;-;193;-;;269;176; rru;119;66;148;-;;237;140; cvi;26;86;-;-;;-;-; ade;39;22;-;-;;-;-; ant;25;*19;139;60;;239;-; rpl;56;-;191;-;;243;172; rpm;39;-;147;-;;252;170; oan;138;11;258;-;;256;-; abq;72;30;153;-;;249;166; abs;71;31;151;-;;242;166; agr;33;59;172;-;;185;137; aua;131;-;226;153;;235;158; ;;;;;;;; spl;58;-;-;-;;-;-; vpb;43;26;-;-;;-;-; eal;53;-;-;-;;-;-; eco;57;-;-;-;;-;-; ecoN;31;32;178;127;;260;172; vha;46;30;183;86;;240;-; amed;49;-;214;156;;274;-; ;;;;;;;; bsu;14;17;-;-;;-;-; lmo;11;20;-;-;;-;-; lam;14;12;-;-;;-;-; ppm;20;17;193;150;;292;229;cdsj ? pmq;16;14;207;126;;235;213;cdsd ? lbu;14;29;159;114;;275;-; ban;14;15;165;132;;191;-; ;;;;;;;; psor;9;10;173;95;;220;-; cdc;14;9;206;165;;286;-; cdc8;14;10;182;155;;208;-; cbc;15;15;-;-;;-;-; cbn;14;14;-;-;;-;-; cle;19;22;-;-;;-;-; hmo;8;8;196;137;;230;-; cbei;18;7;350;195;;328;-; afn;12;-;-;-;;-;-; ;;;;;;;; ase;19;-;147;-;;254;179; blo;34;-;-;-;;-;-; sma;34;-;-;-;;-;-; ksk;33;-;-;-;;-;-; ;;;;;;;; myr;33;-;144;-;;244;189; fps;30;-;135;-;;246;181; ;;;;;;;; pnu;11;-;176;-;;240;188; pmg;10;12;93;-;;248;170; ;;;;;;;; abra;23;22;131;-;;201;148; apal;25;17;122;-;;218;177; ;;;;;;;; scc;32;*;188;124;;299;-; ;;;;;;;; mja;29;18;152;-;;253;194; mba;51;-;210;-;;186;158; mfi;35;-;178;-;;213;171; mfe;55;-;223;-;;207;157; </pre> 4oh3ukzhm389reblt7lbz9ngnu0zufr 880674 880665 2022-07-23T16:46:05Z Mekkiwik 5298 /* abra données intercalaires */ wikitext text/x-wiki {{Annexe | idfaculté = biologie | numéro = 12 | niveau = | précédent = [[../archeo/]] | suivant = [[../Apmq/]] }} __TOC__ ==bacilli== ===Bacillus subtilis=== ====bsu==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#Bacillus subtilis|bsu]] <pre> Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168;;;; 43.6%GC;7.3.19 Paris;86;doubles;intercal ;;;; ;9810..11364;16s;@2;99 ;11464..11540;atc;;11 ;11552..11627;gca;;81 ;11709..14636;23s;;55 ;14692..14810;5s;; ;;;; ; 22292..22384;tca;; ;;;; ;30279..31832;16s;;99 ;31932..32008;atc;;11 ;32020..32095;gca;;81 ;32177..35103;23s;;133 ;35237..35355;5s;; ;;;; ;70181..70257;atg;;9 ;70267..70338;gaa;; ;;;; ;90536..92089;16s;@1;164 ;92254..95181;23s;;55 ;95237..95354;5s;;20 ;95375..95450;gta;;4 ;95455..95530;aca;;36 ;95567..95642;aaa;;6 ;95649..95731;cta;;40 ;95772..95846;ggc;;14 ;95861..95946;tta;;9 ;95956..96032;cgt;;27 ;96060..96136;cca;;9 ;96146..96221;gca;;170 ;96392..97945;16s;;164 ;98110..101037;23s;;55 ;101093..101211;5s;; ;;;; ;160893..162445;16s;;164 ;162610..165535;23s;;55 ;165591..165707;5s;;46 ;165754..165825;aac;;4 ;165830..165902;acc;;56 ;165959..166033;ggc;;30 ;166064..166140;cgt;;27 ;166168..166244;cca;;8 ;166253..166328;gca;;171 ;166500..168053;16s;;164 ;168218..171141;23s;;55 ;171197..171314;5s;;183 ;171498..173049;16s;;164 ;173214..176141;23s;;55 ;176197..176315;5s;; ;;;; ;194205..194279;gaa;;3 ;194283..194358;gta;;4 ;194363..194435;aca;;22 ;194458..194542;tac;;4 ;194547..194621;caa;; ;;;; ;528704..528778;aac;;4 ;528783..528873;agc;;29 ;528903..528974;gaa;;11 ;528986..529060;caa;;26 ;529087..529162;aaa;;11 ;529174..529255;cta;;80 ;529336..529422;ctc;; ;;;; ;635110..635186;cgt;;13 ;635200..635273;gga;;159 ;635433..636987;16s;;167 ;637155..640082;23s;;55 ;640138..640254;5s;;13 ;640268..640344;atgf;;60 ;640405..640481;gac;; ;;;; ;946696..948250;16s;;167 ;948418..951345;23s;;111 ;951457..951572;5s;;9 ;951582..951656;aac;;5 ;951662..951753;tcc;;34 ;951788..951859;gaa;;9 ;951869..951944;gta;;9 ;951954..952030;atgf;;11 ;952042..952118;gac;;12 ;952131..952206;ttc;;5 ;952212..952284;aca;;22 ;952307..952391;tac;;5 ;952397..952470;tgg;;24 ;952495..952570;cac;;9 ;952580..952651;caa;;49 ;952701..952775;ggc;;5 ;952781..952851;tgc;;7 ;952859..952947;tta;@3;265 ;953213..953294;ttg;; ;;;; ;967065..967138;gga;; ;;;; ;1262789..1262861;gtc;; ;;;; comp;2003276..2003348;agg;; ;;;; ;2563889..2563959;caa;; ;;;; comp;2899816..2899889;aga;; ;;;; comp;3171879..3171950;gaa;;25 comp;3171976..3172066;agc;;3 comp;3172070..3172144;aac;;10 comp;3172155..3172231;atc;;15 comp;3172247..3172320;gga;;10 comp;3172331..3172406;cac;;17 comp;3172424..3172499;ttc;;12 comp;3172512..3172588;gac;;11 comp;3172600..3172676;atgf;;17 comp;3172694..3172786;tca;;6 comp;3172793..3172869;atgi;;2 comp;3172872..3172948;atgj;;19 comp;3172968..3173040;gca;;5 comp;3173046..3173122;cca;;15 comp;3173138..3173214;cgt;;9 comp;3173224..3173309;tta;;14 comp;3173324..3173398;ggc;;5 comp;3173404..3173490;ctg;;10 comp;3173501..3173576;aaa;;37 comp;3173614..3173689;aca;;32 comp;3173722..3173797;gta;;20 comp;3173818..3173935;5s;;55 comp;3173991..3176918;23s;;167 comp;3177086..3178640;16s;; ;;;; comp;3194455..3194527;gcc;; ;;;; comp;3545889..3545964;cgg;; ;;;; comp;4154787..4154859;ttc;;35 comp;4154895..4154971;gac;;81 comp;4155053..4155124;gaa;;9 comp;4155134..4155209;aaa;; </pre> ====bsu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_blocs|bsu blocs]] <pre> bsu blocs;;;;;;;;; Types;;;;;;;;; I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2;II3 16s;167;167;164;164;;16s;164;164;164 23s;111;55;55;55;;23s;55;55;55 5s;9;20;46;20;;5s;;; ;5;32;4;4;;;;; ;aac;gta;aac;gta;;;;; ;**15aas;**20aas;**5aas;** 8aas;;;;; III;;;;;;IV;;; 16s;99;99;;;;cgt;13;; atc;11;11;;;;gga;159;; gca;81;81;;;;16s;167;; 23s;55;133;;;;23s;55;; 5s;;;;;;5s;13;; ;;;;;;atgf;60;; ;;;;;;gac;;; Groupes;;;;;;;;; ;16s;164;;;;16s;164;; I3;23s;55;;;I4;23s;55;; ;5s;46;;;;5s;20;; ;aac;4;;;;gta;4;; ;**4aas;8;;;;** 7aas;9;; ;gca;171;;;;gca;170;; II1;16s;164;;;II3;16s;164;; ;23s;55;;;;23s;55;; II2;5s;183;;;;5s;;; ;16s;164;;;;;;; ;23s;55;;;;;;; ;5s;;;;;;;; </pre> ====bsu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_données_intercalaires|bsu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;bsu;fx;fc;bsu;fx40;fc40;bsu;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;25;0;2;25;-1;0;72;134;111;tRNA 16s;;;tRNA tRNA;;contig ;0;10;28;231;1;3;41;-2;0;4;168;179;170;;gca;4;;gta ;0;20;46;398;2;2;31;-3;0;0;199;82;171;;gca;36;;aca ;0;30;70;185;3;3;34;-4;14;229;227;333;159;;gga;6;;aaa ;0;40;158;121;4;2;27;-5;0;0;122;78;16s tRNA;;;40;;cta ;0;50;81;84;5;3;19;-6;2;0;180;193;2* 99;;atc;14;;ggc 1;1;60;22;92;6;0;21;-7;1;11;52;90;tRNA 23s;;;9;;tta ;0;70;21;119;7;5;16;-8;1;75;130;172;2* 81;;gca;27;;cgt ;0;80;32;121;8;3;7;-9;1;0;232;840;5s tRNA;;;9;;cca ;0;90;22;112;9;3;16;-10;1;5;107;93;2* 20;;gta;**;;gca ;0;100;25;91;10;4;19;-11;1;43;383;86;46;;aac;4;;aac 1;1;110;24;106;11;0;32;-12;0;0;223;66;13;;atgf;56;;acc ;0;120;39;87;12;3;53;-13;0;6;;63;9;;aac;30;;ggc 2;2;130;41;86;13;5;46;-14;1;19;;106;tRNA tRNA;;intra;27;;cgt 1;1;140;27;66;14;12;47;-15;0;0;;284;2* 11;;atc gca;8;;cca ;0;150;42;68;15;4;52;-16;1;5;;269;tRNA tRNA;;;**;;gca ;0;160;34;66;16;3;31;-17;0;18;CDS 16s;;9;;atgj;13;;cgt 1;1;170;33;58;17;6;41;-18;0;0;350;349;**;;gaa;**;;gga 1;1;180;29;53;18;5;44;-19;1;4;243;;3;;gaa;60;;atgf ;0;190;25;34;19;5;23;-20;1;11;309;;4;;gta;**;;gac 1;1;200;19;34;20;3;29;-21;0;0;291;;22;;aca;5;;aac ;0;210;28;30;21;2;25;-22;0;2;5s 16s;;4;;tac;34;;tcc ;0;220;17;14;22;2;29;-23;0;8;183;;**;;caa;9;;gaa 2;2;230;24;20;23;3;22;-24;0;0;16s 23s;;4;;aac;9;;gta 1;1;240;16;27;24;7;24;-25;1;1;5* 164;;29;;agc;11;;atgf ;0;250;16;18;25;4;15;-26;0;8;3* 167;;11;;gaa;12;;gac ;0;260;13;13;26;13;12;-27;0;0;23s 5s;;26;;caa;5;;ttc ;0;270;19;16;27;12;12;-28;0;0;8* 55;;11;;aaa;22;;aca ;0;280;13;16;28;3;14;-29;0;6;133;;80;;cta;5;;tac ;0;290;13;6;29;10;17;-30;0;0;111;;**;;ctc;24;;tgg ;0;300;6;9;30;14;15;-31;0;1;5s CDS;;35;;ttc;9;;cac ;0;310;8;8;31;9;16;-32;0;2;175;36;81;;gac;49;;caa ;0;320;5;6;32;10;12;-33;0;0;237;;9;;gaa;5;;ggc ;0;330;1;8;33;16;18;-34;0;1;767;;**;;aaa;7;;tgc ;0;340;8;9;34;11;7;-35;0;3;;;;;;265;;tta ;0;350;5;6;35;16;11;-36;0;0;;;;;;**;;ttg ;0;360;4;4;36;19;13;-37;0;1;;;;;;25;;gaa ;0;370;4;2;37;13;5;-38;0;2;;;;;;3;;agc ;0;380;4;7;38;17;11;-39;0;0;;;;;;10;;aac 1;1;390;5;8;39;26;21;-40;1;1;;;;;;15;;atc ;0;400;1;2;40;21;7;-41;0;8;;;;;;10;;gga ;0;reste;60;49;reste;786;1555;-42;1;0;;;;;;17;;cac 12;12;total;1090;2515;total;1090;2515;-43;0;3;;;;;;12;;ttc 12;12;diagr;1028;2441;diagr;302;935;-44;0;2;;;;;;11;;gac 0;0; t30;144;814;;;;-45;0;0;;;;;;17;;atgf ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;6;;tca ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;;2;;atgi ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;19;;atgj ;x;1088;35;2;1125;;;-49;0;1;;;;;;5;;gca ;c;2490;573;25;3088;;;-50;0;2;;;;;;15;;cca ;;;;;4213;324;;reste;7;17;;;;;;9;;cgt ;;;;;;4537;;total;35;573;;;;;;14;;tta ;;;;;;;;;;;;;;;;5;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;10;;ctg ;;;;;;;;;;;;;;;;37;;aaa ;;;;;;;;;;;;;;;;32;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta </pre> =====bsu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires_aas|bsu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> ;autres intercalaires;;bsu;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;6994;350;; ;rRNA;9810;99;;16s ;tRNA;11464;11;;atc ;tRNA;11552;81;;gca ;rRNA;11709;55;;23s ;rRNA;14692;36;;5s fin;CDS;14847;;comp; deb;CDS;19968;52;; ;misc_RNA;20611;56;; deb;CDS;20880;134;; ;tRNA;22292;111;;tca fin;CDS;22496;;comp; deb;CDS;25852;41;; ;misc_RNA;26379;81;; fin;CDS;26814;;; deb;CDS;29772;243;; ;rRNA;30279;99;;16s ;tRNA;31932;11;;atc ;tRNA;32020;81;;gca ;rRNA;32177;133;;23s ;rRNA;35237;175;;5s fin;CDS;35531;;; deb;CDS;69626;168;; ;tRNA;70181;9;;atgj ;tRNA;70267;199;;gaa fin;CDS;70538;;; deb;CDS;88727;309;; ;rRNA;90536;164;;16s ;rRNA;92254;55;;23s ;rRNA;95237;20;;5s ;tRNA;95375;4;;gta ;tRNA;95455;36;;aca ;tRNA;95567;6;;aaa ;tRNA;95649;40;;cta ;tRNA;95772;14;;ggc ;tRNA;95861;9;;tta ;tRNA;95956;27;;cgt ;tRNA;96060;9;;cca ;tRNA;96146;170;;gca ;rRNA;96392;164;;16s ;rRNA;98110;55;;23s ;rRNA;101093;237;;5s fin;CDS;101449;;; deb;CDS;119111;45;; ;misc_RNA;119855;65;; fin;CDS;120061;;; deb;CDS;152937;56;; ;misc_RNA;153737;48;; fin;CDS;153842;;; deb;CDS;159779;349;comp; ;rRNA;160893;164;;16s ;rRNA;162610;55;;23s ;rRNA;165591;46;;5s ;tRNA;165754;4;;aac ;tRNA;165830;56;;acc ;tRNA;165959;30;;ggc ;tRNA;166064;27;;cgt ;tRNA;166168;8;;cca ;tRNA;166253;171;;gca ;rRNA;166500;164;;16s ;rRNA;168218;55;;23s ;rRNA;171197;183;;5s ;rRNA;171498;164;;16s ;rRNA;173214;55;;23s ;rRNA;176197;767;;5s fin;CDS;177083;;; deb;CDS;193570;179;comp; ;tRNA;194205;3;;gaa ;tRNA;194283;4;;gta ;tRNA;194363;22;;aca ;tRNA;194458;4;;tac ;tRNA;194547;227;;caa fin;CDS;194849;;; deb;CDS;198497;173;; ;misc_RNA;200017;89;; fin;CDS;200277;;; deb;CDS;275838;56;; ;misc_RNA;276815;97;; fin;CDS;277160;;; deb;CDS;473803;103;; ;misc_RNA;474329;133;; fin;CDS;474731;;; deb;CDS;483845;135;; ;misc_RNA;486092;196;; fin;CDS;486432;;; deb;CDS;528129;122;; ;tRNA;528704;4;;aac ;tRNA;528783;29;;agc ;tRNA;528903;11;;gaa ;tRNA;528986;26;;caa ;tRNA;529087;11;;aaa ;tRNA;529174;80;;cta ;tRNA;529336;82;;ctc fin;CDS;529505;;comp; deb;CDS;532292;30;; ;misc_RNA;532583;115;; fin;CDS;532758;;; deb;CDS;559264;67;; ;misc_RNA;559532;540;; fin;CDS;560151;;; deb;CDS;625125;54;; ;misc_RNA;626346;175;; fin;CDS;626622;;; deb;CDS;634651;333;comp; ;tRNA;635110;13;;cgt ;tRNA;635200;159;;gga ;rRNA;635433;167;;16s ;rRNA;637155;55;;23s ;rRNA;640138;13;;5s ;tRNA;640268;60;;atgf ;tRNA;640405;180;;gac fin;CDS;640662;;; deb;CDS;692740;143;; ;misc_RNA;694425;134;; fin;CDS;694662;;; deb;CDS;698092;79;; ;misc_RNA;698369;140;; fin;CDS;698612;;; deb;CDS;945520;291;; ;rRNA;946696;167;;16s ;rRNA;948418;111;;23s ;rRNA;951457;9;;5s ;tRNA;951582;5;;aac ;tRNA;951662;34;;tcc ;tRNA;951788;9;;gaa ;tRNA;951869;9;;gta ;tRNA;951954;11;;atgf ;tRNA;952042;12;;gac ;tRNA;952131;5;;ttc ;tRNA;952212;22;;aca ;tRNA;952307;5;;tac ;tRNA;952397;24;;tgg ;tRNA;952495;9;;cac ;tRNA;952580;49;;caa ;tRNA;952701;5;;ggc ;tRNA;952781;7;;tgc ;tRNA;952859;265;;tta ;tRNA;953213;78;;ttg fin;CDS;953373;;comp; deb;CDS;954893;69;; ;misc_RNA;955655;132;; fin;CDS;955895;;; deb;CDS;966671;193;comp; ;tRNA;967065;90;;gga fin;CDS;967229;;comp; deb;CDS;1178757;89;; ;misc_RNA;1180685;106;; fin;CDS;1180909;;; deb;CDS;1218113;58;; ;misc_RNA;1219164;470;; fin;CDS;1219849;;; deb;CDS;1233133;104;; ;misc_RNA;1233405;70;; fin;CDS;1233614;;; deb;CDS;1240356;61;; ;misc_RNA;1242262;78;; fin;CDS;1242449;;; deb;CDS;1257414;167;; ;misc_RNA;1258304;67;; fin;CDS;1258492;;; deb;CDS;1261426;172;comp; ;tRNA;1262789;840;;gtc fin;CDS;1263702;;comp; deb;CDS;1375777;32;; ;misc_RNA;1376328;77;; fin;CDS;1376517;;; deb;CDS;1377243;87;; ;misc_RNA;1378233;52;; fin;CDS;1378496;;; deb;CDS;1383320;127;; ;misc_RNA;1385736;132;; fin;CDS;1386024;;; deb;CDS;1391040;96;; ;misc_RNA;1391739;101;; fin;CDS;1391953;;; deb;CDS;1395371;113;; ;misc_RNA;1395622;237;; fin;CDS;1396013;;; deb;CDS;1409912;55;; ;misc_RNA;1410633;-113;; fin;CDS;1410654;;; deb;CDS;1423241;92;; ;misc_RNA;1424527;83;; fin;CDS;1424767;;; deb;CDS;1425641;38;; ;misc_RNA;1426876;84;; fin;CDS;1427061;;; deb;CDS;1438092;138;; ;misc_RNA;1439274;129;; fin;CDS;1439448;;; deb;CDS;1456092;46;; ;misc_RNA;1457005;30;; fin;CDS;1457187;;; deb;CDS;1482248;85;; ;misc_RNA;1483557;476;; fin;CDS;1484117;;; deb;CDS;1533327;368;; ;misc_RNA;1534070;-161;; fin;CDS;1534120;;; deb;CDS;1568924;2;; ;misc_RNA;1569199;199;; fin;CDS;1569519;;; ;misc_RNA;1607367;87;; deb;CDS;1612521;62;; ;misc_RNA;1613078;52;; fin;CDS;1613357;;; deb;CDS;1617210;39;; ;misc_RNA;1618161;26;; deb;CDS;1618304;3;; ;misc_RNA;1618853;52;; deb;CDS;1619023;0;; ;misc_RNA;1620331;30;; fin;CDS;1620476;;; deb;CDS;1629320;144;; ;misc_RNA;1630115;161;; fin;CDS;1630382;;; deb;CDS;1675171;78;; ;misc_RNA;1675981;19;; fin;CDS;1676042;;; deb;CDS;1727133;10;; ;misc_RNA;1731457;101;; fin;CDS;1731776;;; deb;CDS;1778337;183;; ;misc_RNA;1780404;63;; fin;CDS;1780618;;; deb;CDS;1914630;-4;; ;misc_RNA;1914992;-52;; fin;CDS;1915221;;; deb;CDS;1916955;198;; ;misc_RNA;1917501;58;; fin;CDS;1917639;;; deb;CDS;2002637;93;; ;tRNA;2003276;52;comp;agg fin;CDS;2003401;;comp; deb;CDS;2024042;83;; ;misc_RNA;2025160;148;; fin;CDS;2025400;;; deb;CDS;2069262;170;; ;misc_RNA;2069732;-233;; fin;CDS;2069883;;; deb;CDS;2076206;469;; ;misc_RNA;2079096;10;; fin;CDS;2079214;;; deb;CDS;2094010;123;; ;misc_RNA;2095909;238;; fin;CDS;2096350;;; deb;CDS;2159981;-1389;; ;misc_RNA;2160390;-630;; fin;CDS;2160565;;; deb;CDS;2162108;-2547;; ;misc_feature;2163068;420;; ;misc_RNA;2164643;682;; fin;CDS;2165577;;; deb;CDS;2208328;61;; ;ncRNA;2208590;-26;; fin;CDS;2208855;;; deb;CDS;2219514;-23;; ;misc_RNA;2219743;-66;; fin;CDS;2219784;;; deb;CDS;2273594;-6;; ;misc_RNA;2273705;104;; fin;CDS;2273989;;; deb;CDS;2319440;88;; ;misc_RNA;2320113;141;; fin;CDS;2320355;;; deb;CDS;2330075;87;; ;misc_RNA;2331320;58;; fin;CDS;2331779;;; deb;CDS;2410017;-9;; ;misc_RNA;2410581;197;; fin;CDS;2411086;;; deb;CDS;2430258;129;; ;misc_RNA;2431473;119;; fin;CDS;2431737;;; deb;CDS;2471787;133;; ;misc_RNA;2472880;25;; fin;CDS;2473151;;; deb;CDS;2548245;73;; ;misc_RNA;2549407;168;; fin;CDS;2549775;;; deb;CDS;2562966;86;comp; ;tRNA;2563889;66;;caa fin;CDS;2564026;;comp; deb;CDS;2607762;82;; ;misc_RNA;2608732;39;; fin;CDS;2608946;;; deb;CDS;2624785;39;; ;misc_RNA;2625952;69;; fin;CDS;2626112;;; deb;CDS;2646594;292;; ;misc_RNA;2647405;-208;; fin;CDS;2647456;;; deb;CDS;2678240;-77;; ;misc_RNA;2678343;233;; deb;CDS;2678799;-13;; ;misc_RNA;2678876;127;; fin;CDS;2679142;;; deb;CDS;2773356;136;; ;misc_RNA;2773783;6;; fin;CDS;2773890;;; ;misc_RNA;2800890;43;; deb;CDS;2813643;83;; ;misc_RNA;2814491;51;; fin;CDS;2814743;;; deb;CDS;2816535;89;; ;misc_RNA;2817899;59;; fin;CDS;2818191;;; deb;CDS;2855518;13;; ;misc_RNA;2855840;57;; fin;CDS;2855973;;; deb;CDS;2866664;59;; ;misc_RNA;2869366;165;; fin;CDS;2869754;;; deb;CDS;2895248;121;; ;misc_RNA;2897094;447;; fin;CDS;2897788;;; deb;CDS;2898931;63;; ;tRNA;2899816;130;comp;aga fin;CDS;2900020;;comp; deb;CDS;2909520;125;; ;misc_RNA;2910872;64;; fin;CDS;2911116;;; deb;CDS;2952828;61;; ;misc_RNA;2953411;244;; fin;CDS;2953795;;; deb;CDS;2959257;43;; ;misc_RNA;2961232;106;; fin;CDS;2961586;;; deb;CDS;3033696;153;; ;misc_RNA;3035589;8;; fin;CDS;3035730;;; deb;CDS;3036603;23;; ;misc_RNA;3037895;44;; fin;CDS;3038213;;; deb;CDS;3102629;109;; ;misc_RNA;3105153;102;; fin;CDS;3105470;;; deb;CDS;3127825;167;; ;misc_RNA;3129195;196;; fin;CDS;3129530;;; deb;CDS;3169763;232;comp; ;tRNA;3171879;25;comp;gaa ;tRNA;3171976;3;comp;agc ;tRNA;3172070;10;comp;aac ;tRNA;3172155;15;comp;atc ;tRNA;3172247;10;comp;gga ;tRNA;3172331;17;comp;cac ;tRNA;3172424;12;comp;ttc ;tRNA;3172512;11;comp;gac ;tRNA;3172600;17;comp;atgf ;tRNA;3172694;6;comp;tca ;tRNA;3172793;2;comp;atgi ;tRNA;3172872;19;comp;atgj ;tRNA;3172968;5;comp;gca ;tRNA;3173046;15;comp;cca ;tRNA;3173138;9;comp;cgt ;tRNA;3173224;14;comp;tta ;tRNA;3173324;5;comp;ggc ;tRNA;3173404;10;comp;ctg ;tRNA;3173501;37;comp;aaa ;tRNA;3173614;32;comp;aca ;tRNA;3173722;20;comp;gta ;rRNA;3173818;55;comp;5s ;rRNA;3173991;167;comp;23s ;rRNA;3177086;464;comp;16s ;misc_RNA;3179105;99;; fin;CDS;3179306;;; deb;CDS;3187503;124;; ;misc_RNA;3188173;72;; fin;CDS;3188414;;; deb;CDS;3193863;106;; ;tRNA;3194455;107;comp;gcc fin;CDS;3194635;;comp; deb;CDS;3334646;423;; ;ncRNA;3335414;205;; fin;CDS;3335751;;; deb;CDS;3359995;156;; ;misc_RNA;3360937;-211;; fin;CDS;3360974;;; deb;CDS;3363266;105;; ;misc_RNA;3364397;114;; fin;CDS;3364618;;; deb;CDS;3403493;108;; ;misc_RNA;3404546;158;; fin;CDS;3404835;;; deb;CDS;3419656;103;; ;misc_RNA;3421169;116;; fin;CDS;3421465;;; deb;CDS;3449732;185;; ;misc_RNA;3450712;176;; fin;CDS;3451248;;; deb;CDS;3489910;68;; ;misc_RNA;3491322;97;; fin;CDS;3491655;;; deb;CDS;3544642;284;; ;tRNA;3545889;269;comp;cgg fin;CDS;3546234;;; deb;CDS;3854256;53;; ;misc_RNA;3856226;31;; ;misc_RNA;3856479;81;; fin;CDS;3856782;;; deb;CDS;3946394;0;; ;misc_RNA;3946910;41;; fin;CDS;3947158;;; ;misc_RNA;3988840;388;; deb;CDS;3997221;65;; ;misc_RNA;3997775;82;; deb;CDS;3997964;68;; ;misc_RNA;3999166;77;; fin;CDS;3999350;;; deb;CDS;4004288;386;; ;misc_RNA;4005523;126;; fin;CDS;4005752;;; deb;CDS;4095915;89;; ;misc_RNA;4096997;6;; fin;CDS;4097416;;; deb;CDS;4153696;383;comp; ;tRNA;4154787;35;comp;ttc ;tRNA;4154895;81;comp;gac ;tRNA;4155053;9;comp;gaa ;tRNA;4155134;223;comp;aaa fin;CDS;4155433;;comp; deb;CDS;4169166;189;; ;misc_RNA;4169802;125;; fin;CDS;4170045;;; </pre> ====bsu intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_entre_cds|bsu intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> 23.2.22;;;;;;;;;; bsu;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;608;14.4;'''négatif ;-12;19;-1 à -164;'''4 215 606;-1;608 ;'''zéro;27;0.6;;;;;'''intercals;0;27 ;'''1 à 200;3030;71.9;'''0 à 200;72;56;;'''401 590;5;165 ;'''201 à 370;412;9.8;'''201 à 370;258;44;;'''9.5%;10;94 ;'''371 à 600;118;2.8;'''371 à 600;458;67;;;15;254 ;'''601 à max;18;0.4;'''601 à 1021;755;132;;;20;190 ;'''total 4213;<201;87.0;'''total 4207;92;113;-164 à 1021;;25;133 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;122 390880;7511;-1;608;-70;19;;0;27;35;126 3671416;1306;0;27;-60;2;;-1;°72;40;153 2160565;1021;1;°44;-50;5;;-2;4;45;100 2221061;952;2;33;-40;19;;-3;0;50;65 2226176;950;3;37;-30;10;'''min à -1;-4;°243;55;54 1886057;824;4;°29;-20;38;608;-5;0;60;60 2733772;809;5;22;-10;105;14.4%;-6;2;65;62 785543;783;6;21;0;437;;-7;12;70;78 3699446;783;7;21;10;259;;-8;°76;75;84 2060817;777;8;10;20;444;;-9;1;80;69 875428;731;9;19;30;255;;-10;6;85;83 1446317;682;10;23;40;279;'''1 à 100;-11;°44;90;51 2051329;669;11;32;50;165;2059;-12;0;95;59 2054599;627;12;°56;60;114;48.9%;-13;6;100;57 873402;625;13;°51;70;140;;-14;°20;105;57 1872812;623;14;°59;80;153;;-15;0;110;73 1278565;619;15;°56;90;134;;-16;6;115;65 1900080;602;16;34;100;116;;-17;°18;120;61 1944113;594;17;°47;110;130;;-18;0;125;66 2091705;594;18;°49;120;126;;-19;5;130;61 548710;588;19;28;130;127;;-20;°12;135;51 674832;584;20;°32;140;93;;-21;0;140;42 554669;582;21;27;150;110;;-22;2;145;62 2708943;582;22;31;160;100;;-23;°8;150;48 4172387;577;23;25;170;91;'''1 à 200;-24;0;155;54 376032;573;24;°31;180;82;3030;-25;2;160;46 661630;573;25;19;190;59;71.9%;-26;°8;165;53 820867;572;26;25;200;53;;-27;0;170;38 560151;567;27;°24;210;58;;-28;0;175;42 2225337;560;28;17;220;31;;-29;°6;180;40 1883166;559;29;27;230;44;;-30;0;185;32 1441291;558;30;°29;240;43;;-31;1;190;27 3977791;555;31;25;250;34;'''0 à 200;-32;°2;195;32 552616;552;32;22;260;26;3057;;583;200;21 1269733;550;33;°34;270;35;;reste;52;205;34 2465966;548;34;18;280;29;;total;635;210;24 2763025;546;35;27;290;19;;;;215;15 2701979;544;36;°32;300;15;;;;220;16 3534118;538;37;18;310;16;;'''intercal;'''<u>frequencef;225;17 4128119;533;38;28;320;11;;600;4195;230;27 599107;531;39;°47;330;9;;620;2;235;24 ;;40;28;340;17;'''201 à 370;640;3;240;19 ;;reste;2341;350;11;412;660;0;245;19 ;;total;4213;360;8;9.8%;680;1;250;15 ;;1-40;1237;370;6;;700;1;255;15 ;;;;380;11;;720;0;260;11 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;13;;740;1;265;20 387744;-7616;cont;'''141;400;3;;760;0;270;15 3717238;-500;cont;'''480;410;11;;780;1;275;17 2909520;-492;cont;492;420;7;;800;2;280;12 2601528;-361;comp’;'''297;430;9;;820;1;285;11 1252815;-164;cont;164;440;3;;840;1;290;8 2466721;-154;cont;154;450;7;;860;0;295;7 1916663;-143;cont;143;460;1;;880;0;300;8 3666841;-127;comp’;'''84;470;5;;900;0;305;8 2693597;-119;cont;119;480;5;;920;0;310;8 538322;-113;cont;113;490;8;;940;0;315;4 1322014;-101;cont;101;500;3;;960;2;320;7 238164;-95;cont;95;510;2;;980;0;325;5 1526859;-94;cont;94;520;4;;1000;0;330;4 2652993;-93;comp’;93;530;3;;1020;0;335;12 2758043;-92;cont;92;540;3;'''371 à 600;1040;1;340;5 3755967;-91;cont;91;550;4;118;;16;345;6 2154781;-86;cont;86;560;5;2.8%;;;350;5 2705398;-82;cont;82;570;1;;;;355;6 2154705;-71;cont;71;580;4;'''601 à max;;;360;2 989712;-69;comp’;69;590;4;18;;;365;4 2413585;-65;cont;65;600;2;0.4%;;;370;2 2381919;-59;cont;59;reste;18;;reste;2;reste;136 ;;;;total;4213;;total;4213;total;4213 </pre> ====bsu intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> bsu Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; bsu;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-6.4;69;-338;67;458;359;max40;&-41;352;-1040;112;790;286;min50 51 à 400;48;-359;711;-11;861;249;2 parties;&12;-27;-230;64;954;75;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;152;56;-;440;dte;18;max40;&211;68;;617;poly;173;SF 51 à 400;94;40;-;694;poly;167;tF;&145;50;-;850;poly;104;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.432;;;;;; 41-n;0.660;0.008;0.283;;;;;;;;;;; 1-n;0.471;0.152;0.258;;;;;;;;;20.2.22;; bsu;fx;fc;;bsu;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;bsu;Sx-;Sc- 0;2;25;;0;2;10;0;2;25;>0;1088;-1;0;72 10;28;231;;10;27;95;1;3;41;<0;35;-2;0;4 20;46;398;;20;45;163;2;2;31;zéro;2;-3;0;0 30;70;185;;30;68;76;3;3;34;total;1125;-4;14;229 40;158;121;;40;154;50;4;2;27;;c;-5;0;0 50;81;84;;50;79;34;5;3;19;>0;2490;-6;2;0 60;22;92;;60;21;38;6;0;21;<0;573;-7;1;11 70;21;119;;70;20;49;7;5;16;zéro;25;-8;1;75 80;32;121;;80;31;50;8;3;7;;3088;-9;1;0 90;22;112;;90;21;46;9;3;16;;;-10;1;5 100;25;91;;100;24;37;10;4;19;total;4213;-11;1;43 110;24;106;;110;23;43;11;0;32;;;-12;0;0 120;39;87;;120;38;36;12;3;53;;;-13;0;6 130;41;86;;130;40;35;13;5;46;;;-14;1;19 140;27;66;;140;26;27;14;12;47;;;-15;0;0 150;42;68;;150;41;28;15;4;52;;;-16;1;5 160;34;66;;160;33;27;16;3;31;;;-17;0;18 170;33;58;;170;32;24;17;6;41;;;-18;0;0 180;29;53;;180;28;22;18;5;44;;;-19;1;4 190;25;34;;190;24;14;19;5;23;;;-20;1;11 200;19;34;;200;18;14;20;3;29;;;-21;0;0 210;28;30;;210;27;12;21;2;25;;;-22;0;2 220;17;14;;220;17;6;22;2;29;;;-23;0;8 230;24;20;;230;23;8;23;3;22;;;-24;0;0 240;16;27;;240;16;11;24;7;24;;;-25;1;1 250;16;18;;250;16;7;25;4;15;;;-26;0;8 260;13;13;;260;13;5;26;13;12;;;-27;0;0 270;19;16;;270;18;7;27;12;12;;;-28;0;0 280;13;16;;280;13;7;28;3;14;;;-29;0;6 290;13;6;;290;13;2;29;10;17;;;-30;0;0 300;6;9;;300;6;4;30;14;15;;;-31;0;1 310;8;8;;310;8;3;31;9;16;;;-32;0;2 320;5;6;;320;5;2;32;10;12;;;-33;0;0 330;1;8;;330;1;3;33;16;18;;;-34;0;1 340;8;9;;340;8;4;34;11;7;;;-35;0;3 350;5;6;;350;5;2;35;16;11;;;-36;0;0 360;4;4;;360;4;2;36;19;13;;;-37;0;1 370;4;2;;370;4;1;37;13;5;;;-38;0;2 380;4;7;;380;4;3;38;17;11;;;-39;0;0 390;5;8;;390;5;3;39;26;21;;;-40;1;1 400;1;2;;400;1;1;40;21;7;;;-41;0;8 reste;60;49;;;;;reste;786;1555;;;-42;1;0 total;1090;2515;;t30;140;333;total;1090;2515;;;-43;0;3 diagr;1028;2441;;t50;373;417;diagr;302;935;;;-44;0;2 - t30;884;1627;;;;;;;;;;-45;0;0 - t50;645;1422;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;2 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;;reste;7;17 ;;;;;;;;;;;;total;35;573 </pre> ====bsu intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_négatifs_S-|bsu intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;10;;2;1;1;1;;1;;;1;;1;;;1;1;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;7;30 continu;72;4;0;233;0;0;11;75;0;6;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;578 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;14;0;2;1;1;1;1;1;0;0;1;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;7;35 ;Sc-;72;4;0;229;0;0;11;75;0;5;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;573 </pre> ====bsu autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires|bsu autres intercalaires]] <pre> 23.2.22;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; bsu;autres intercalaires;;adresses1;;;bsu;autres intercalaires;;adresses2;;;bsu;autres intercalaires;;adresses3;;;bsu;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;6994;350;;;deb;°CDS;634651;333;comp;;deb;°CDS;1629320;144;;;deb;°CDS;2909520;125; ;$rRNA;9810;99;;;;&tRNA;635110;13;;;;misc_R;1630115;161;;;;misc_R;2910872;64; ;&tRNA;11464;11;;;;&tRNA;635200;159;;;fin;°CDS;1630382;;;;fin;°CDS;2911116;; ;&tRNA;11552;81;;;;$rRNA;635433;167;;;deb;°CDS;1675171;78;;;deb;°CDS;2952828;61; ;$rRNA;11709;55;;;;$rRNA;637155;55;;;;misc_R;1675981;19;;;;misc_R;2953411;244; ;$rRNA;14692;36;;;;$rRNA;640138;13;;;fin;°CDS;1676042;;;;fin;°CDS;2953795;; fin;°CDS;14847;;comp;;;&tRNA;640268;60;;;deb;°CDS;1727133;10;;;deb;°CDS;2959257;43; deb;°CDS;19968;52;;;;&tRNA;640405;180;;;;misc_R;1731457;101;;;;misc_R;2961232;106; ;misc_R;20611;56;;;fin;°CDS;640662;;;;fin;°CDS;1731776;;;;fin;°CDS;2961586;; deb;°CDS;20880;134;;;deb;°CDS;692740;143;;;deb;°CDS;1778337;183;;;deb;°CDS;3033696;153; ;&tRNA;22292;111;;;;misc_R;694425;134;;;;misc_R;1780404;63;;;;misc_R;3035589;8; fin;°CDS;22496;;comp;;fin;°CDS;694662;;;;fin;°CDS;1780618;;;;fin;°CDS;3035730;; deb;°CDS;25852;41;;;deb;°CDS;698092;79;;;deb;°CDS;1914630;-4;;;deb;°CDS;3036603;23; ;misc_R;26379;81;;;;misc_R;698369;140;;;;misc_R;1914992;-52;;;;misc_R;3037895;44; fin;°CDS;26814;;;;fin;°CDS;698612;;;;fin;°CDS;1915221;;;;fin;°CDS;3038213;; deb;°CDS;29772;243;;;deb;°CDS;945520;291;;;deb;°CDS;1916955;198;;;deb;°CDS;3102629;109; ;$rRNA;30279;99;;;;$rRNA;946696;167;;;;misc_R;1917501;58;;;;misc_R;3105153;102; ;&tRNA;31932;11;;;;$rRNA;948418;111;;;fin;°CDS;1917639;;;;fin;°CDS;3105470;; ;&tRNA;32020;81;;;;$rRNA;951457;9;;;deb;°CDS;2002637;93;;;deb;°CDS;3127825;167; ;$rRNA;32177;133;;;;&tRNA;951582;5;;;;&tRNA;2003276;52;comp;;;misc_R;3129195;196; ;$rRNA;35237;175;;;;&tRNA;951662;34;;;fin;°CDS;2003401;;comp;;fin;°CDS;3129530;; fin;°CDS;35531;;;;;&tRNA;951788;9;;;deb;°CDS;2024042;83;;;deb;°CDS;3169763;232;comp deb;°CDS;69626;168;;;;&tRNA;951869;9;;;;misc_R;2025160;148;;;;&tRNA;3171879;25;comp ;&tRNA;70181;9;;;;&tRNA;951954;11;;;fin;°CDS;2025400;;;;;&tRNA;3171976;3;comp ;&tRNA;70267;199;;;;&tRNA;952042;12;;;deb;°CDS;2069262;170;;;;&tRNA;3172070;10;comp fin;°CDS;70538;;;;;&tRNA;952131;5;;;;misc_R;2069732;-233;;;;&tRNA;3172155;15;comp deb;°CDS;88727;309;;;;&tRNA;952212;22;;;fin;°CDS;2069883;;;;;&tRNA;3172247;10;comp ;$rRNA;90536;164;;;;&tRNA;952307;5;;;deb;°CDS;2076206;469;;;;&tRNA;3172331;17;comp ;$rRNA;92254;55;;;;&tRNA;952397;24;;;;misc_R;2079096;10;;;;&tRNA;3172424;12;comp ;$rRNA;95237;20;;;;&tRNA;952495;9;;;fin;°CDS;2079214;;;;;&tRNA;3172512;11;comp ;&tRNA;95375;4;;;;&tRNA;952580;49;;;deb;°CDS;2094010;123;;;;&tRNA;3172600;17;comp ;&tRNA;95455;36;;;;&tRNA;952701;5;;;;misc_R;2095909;238;;;;&tRNA;3172694;6;comp ;&tRNA;95567;6;;;;&tRNA;952781;7;;;fin;°CDS;2096350;;;;;&tRNA;3172793;2;comp ;&tRNA;95649;40;;;;&tRNA;952859;265;;;deb;°CDS;2159981;-1389;;;;&tRNA;3172872;19;comp ;&tRNA;95772;14;;;;&tRNA;953213;78;;;;misc_R;2160390;-630;;;;&tRNA;3172968;5;comp ;&tRNA;95861;9;;;fin;°CDS;953373;;comp;;fin;°CDS;2160565;;;;;&tRNA;3173046;15;comp ;&tRNA;95956;27;;;deb;°CDS;954893;69;;;deb;°CDS;2162108;-2547;;;;&tRNA;3173138;9;comp ;&tRNA;96060;9;;;;misc_R;955655;132;;;;misc_f;2163068;420;;;;&tRNA;3173224;14;comp ;&tRNA;96146;170;;;fin;°CDS;955895;;;;;misc_R;2164643;682;;;;&tRNA;3173324;5;comp ;$rRNA;96392;164;;;deb;°CDS;966671;193;comp;;fin;°CDS;2165577;;;;;&tRNA;3173404;10;comp ;$rRNA;98110;55;;;;&tRNA;967065;90;;;deb;°CDS;2208328;61;;;;&tRNA;3173501;37;comp ;$rRNA;101093;237;;;fin;°CDS;967229;;comp;;;ncRNA;2208590;-26;;;;&tRNA;3173614;32;comp fin;°CDS;101449;;;;deb;°CDS;1178757;89;;;fin;°CDS;2208855;;;;;&tRNA;3173722;20;comp deb;°CDS;119111;45;;;;misc_R;1180685;106;;;deb;°CDS;2219514;-23;;;;$rRNA;3173818;55;comp ;misc_R;119855;65;;;fin;°CDS;1180909;;;;;misc_R;2219743;-66;;;;$rRNA;3173991;167;comp fin;°CDS;120061;;;;deb;°CDS;1218113;58;;;fin;°CDS;2219784;;;;;$rRNA;3177086;464;comp deb;°CDS;152937;56;;;;misc_R;1219164;470;;;deb;°CDS;2273594;-6;;;;misc_R;3179105;99; ;misc_R;153737;48;;;fin;°CDS;1219849;;;;;misc_R;2273705;104;;;fin;°CDS;3179306;; fin;°CDS;153842;;;;deb;°CDS;1233133;104;;;fin;°CDS;2273989;;;;deb;°CDS;3187503;124; deb;°CDS;159779;349;comp;;;misc_R;1233405;70;;;deb;°CDS;2319440;88;;;;misc_R;3188173;72; ;$rRNA;160893;164;;;fin;°CDS;1233614;;;;;misc_R;2320113;141;;;fin;°CDS;3188414;; ;$rRNA;162610;55;;;deb;°CDS;1240356;61;;;fin;°CDS;2320355;;;;deb;°CDS;3193863;106; ;$rRNA;165591;46;;;;misc_R;1242262;78;;;deb;°CDS;2330075;87;;;;&tRNA;3194455;107;comp ;&tRNA;165754;4;;;fin;°CDS;1242449;;;;;misc_R;2331320;58;;;fin;°CDS;3194635;;comp ;&tRNA;165830;56;;;deb;°CDS;1257414;167;;;fin;°CDS;2331779;;;;deb;°CDS;3334646;423; ;&tRNA;165959;30;;;;misc_R;1258304;67;;;deb;°CDS;2410017;-9;;;;ncRNA;3335414;205; ;&tRNA;166064;27;;;fin;°CDS;1258492;;;;;misc_R;2410581;197;;;fin;°CDS;3335751;; ;&tRNA;166168;8;;;deb;°CDS;1261426;172;comp;;fin;°CDS;2411086;;;;deb;°CDS;3359995;156; ;&tRNA;166253;171;;;;&tRNA;1262789;840;;;deb;°CDS;2430258;129;;;;misc_R;3360937;-211; 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;&tRNA;194547;227;;;fin;°CDS;1391953;;;;;misc_R;2608732;39;;;fin;°CDS;3451248;; fin;°CDS;194849;;;;deb;°CDS;1395371;113;;;fin;°CDS;2608946;;;;deb;°CDS;3489910;68; deb;°CDS;198497;173;;;;misc_R;1395622;237;;;deb;°CDS;2624785;39;;;;misc_R;3491322;97; ;misc_R;200017;89;;;fin;°CDS;1396013;;;;;misc_R;2625952;69;;;fin;°CDS;3491655;; fin;°CDS;200277;;;;deb;°CDS;1409912;55;;;fin;°CDS;2626112;;;;deb;°CDS;3544642;284; deb;°CDS;275838;56;;;;misc_R;1410633;-113;;;deb;°CDS;2646594;292;;;;&tRNA;3545889;269;comp ;misc_R;276815;97;;;fin;°CDS;1410654;;;;;misc_R;2647405;-208;;;fin;°CDS;3546234;; fin;°CDS;277160;;;;deb;°CDS;1423241;92;;;fin;°CDS;2647456;;;;deb;°CDS;3854256;53; deb;°CDS;473803;103;;;;misc_R;1424527;83;;;deb;°CDS;2678240;-77;;;;misc_R;3856226;31; ;misc_R;474329;133;;;fin;°CDS;1424767;;;;;misc_R;2678343;233;;;;misc_R;3856479;81; fin;°CDS;474731;;;;deb;°CDS;1425641;38;;;deb;°CDS;2678799;-13;;;fin;°CDS;3856782;; deb;°CDS;483845;135;;;;misc_R;1426876;84;;;;misc_R;2678876;127;;;deb;°CDS;3946394;0; ;misc_R;486092;196;;;fin;°CDS;1427061;;;;fin;°CDS;2679142;;;;;misc_R;3946910;41; fin;°CDS;486432;;;;deb;°CDS;1438092;138;;;deb;°CDS;2773356;136;;;fin;°CDS;3947158;; deb;°CDS;528129;122;;;;misc_R;1439274;129;;;;misc_R;2773783;6;;;deb;°CDS;3987927;76;comp ;&tRNA;528704;4;;;fin;°CDS;1439448;;;;fin;°CDS;2773890;;;;;misc_R;3988840;388;comp ;&tRNA;528783;29;;;deb;°CDS;1456092;46;;;deb;°CDS;2798174;79;comp;;fin;°CDS;3989331;; ;&tRNA;528903;11;;;;misc_R;1457005;30;;;;misc_R;2800890;43;comp;;deb;°CDS;3997221;65; ;&tRNA;528986;26;;;fin;°CDS;1457187;;;;fin;°CDS;2801141;;comp;;;misc_R;3997775;82; ;&tRNA;529087;11;;;deb;°CDS;1482248;85;;;deb;°CDS;2813643;83;;;deb;°CDS;3997964;68; ;&tRNA;529174;80;;;;misc_R;1483557;476;;;;misc_R;2814491;51;;;;misc_R;3999166;77; ;&tRNA;529336;82;;;fin;°CDS;1484117;;;;fin;°CDS;2814743;;;;fin;°CDS;3999350;; fin;°CDS;529505;;comp;;deb;°CDS;1533327;368;;;deb;°CDS;2816535;89;;;deb;°CDS;4004288;386; deb;°CDS;532292;30;;;;misc_R;1534070;-161;;;;misc_R;2817899;59;;;;misc_R;4005523;126; ;misc_R;532583;115;;;fin;°CDS;1534120;;;;fin;°CDS;2818191;;;;fin;°CDS;4005752;; fin;°CDS;532758;;;;deb;°CDS;1568924;2;;;deb;°CDS;2855518;13;;;deb;°CDS;4095915;89; deb;°CDS;559264;67;;;;misc_R;1569199;199;;;;misc_R;2855840;57;;;;misc_R;4096997;6; ;misc_R;559532;540;;;fin;°CDS;1569519;;;;fin;°CDS;2855973;;;;fin;°CDS;4097416;; fin;°CDS;560151;;;;deb;°CDS;1606560;12;;;deb;°CDS;2866664;59;;;deb;°CDS;4153696;383;comp deb;°CDS;625125;54;;;;misc_R;1607367;87;;;;misc_R;2869366;165;;;;&tRNA;4154787;35;comp ;misc_R;626346;175;;;fin;°CDS;1607556;;;;fin;°CDS;2869754;;;;;&tRNA;4154895;81;comp fin;°CDS;626622;;;;deb;°CDS;1612521;62;;;deb;°CDS;2895248;121;;;;&tRNA;4155053;9;comp &emsp*;;;;;;;misc_R;1613078;52;;;;misc_R;2897094;447;;;;&tRNA;4155134;223;comp &emsp*;;;;;;fin;°CDS;1613357;;;;fin;°CDS;2897788;;;;fin;°CDS;4155433;;comp &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1617210;39;;;deb;°CDS;2898931;63;;;deb;°CDS;4169166;189; &emsp*;;;;;;;misc_R;1618161;26;;;;&tRNA;2899816;130;comp;;;misc_R;4169802;125; &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1618304;3;;;fin;°CDS;2900020;;comp;;fin;°CDS;4170045;; &emsp*;;;;;;;misc_R;1618853;52;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1619023;0;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;;misc_R;1620331;30;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;fin;°CDS;1620476;;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; </pre> ====bsu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_distribution|bsu distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; avant 16s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; cgt;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; gga;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1 ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;3;agc;1 après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;3 atgf;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4 gac;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;1;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga; ;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;2;cga;;;;;;;;;;;;cta;1;cca;3;caa;1;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;4;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;3;gaa;2;gga;1 ;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 ;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;bsu;;8;;;;;8;;bsu;18;;;;;;18;;;;;;;;;;;bsu;;;;52;2;;56 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;;; </pre> ====bsu lmo==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_lmo|bsu lmo]] <pre> bsu-lmo comparaison;;10.11.19 Tanger;;;comparaisons internes bsu, lmo;;;; bsu;intercal;lmo;intercal;diff;bsu;intercal;bsu;intercal;diff gaa;25;gaa;5;-20;16s;167;16s;167; agc;3;agc;34;31;23s;55;23s;111; aac;10;aac;6;-4;5s;20;5s;9; atc;15;atc;25;10;gta;32;aac;5; gga;10;gga;23;13;aca;37;tcc;34; cac;17;cac;28;11;aaa;10;gaa;9; ttc;12;ttc;4;-8;ctg;5;gta;9; gac;11;gac;4;-7;ggc;14;atgf;11;0 atgf;17;atgf;42;25;tta;9;gac;12;0 tca;6;tca;22;16;cgt;15;ttc;5; atgi;2;atgi;11;9;cca;5;aca;22; atgj;19;atgj;42;23;gca;19;tac;5; gca;5;gca;22;17;atgj;2;tgg;24; cca;15;cca;10;-5;atgi;6;cac;9; cgt;9;cgt;9;0;tca;17;caa;49; tta;14;tta;14;0;atgf;11;ggc;5; ggc;5;ggc;15;10;gac;12;tgc;7; ctg;10;cta;5;-5;ttc;17;tta;265; aaa;37;aaa;41;4;cac;10;ttg;; aca;32;aca;8;-24;gga;15;;; gta;20;gta;13;;atc;10;16s;164; 5s;55;5s;81;;aac;3;23s;55; 23s;167;23s;244;;agc;25;5s;20; 16s;;16s;;;gaa;;gta;4;-28 ;;;;;;;aca;36;-1 16s;167;16s;127;;;;aaa;6;-4 23s;111;atc;46;;;;cta;40;35 5s;9;gca;172;;;;ggc;14;0 aac;5;23s;80;;;;tta;9;0 tcc;34;5s;14;;;;cgt;27;12 gaa;9;aac;6;1;;;cca;9;4 gta;9;tcc;33;-1;;;gca;170; atgf;11;gaa;56;47;;;;; gac;12;gta;21;12;lmo;intercal;lmo;intercal;diff ttc;5;atgf;6;-5;16s;244;16s;127; aca;22;gac;4;-8;23s;81;atc;46; tac;5;ttc;20;;5s;13;gca;172; tgg;24;tac;7;2;gta;8;23s;80; cac;9;tgg;15;-9;aca;41;5s;14; caa;49;cac;29;20;aaa;5;aac;6; ggc;5;caa;5;-44;cta;15;tcc;33; tgc;7;ggc;19;14;ggc;14;gaa;56; tta;265;tgc;45;;tta;9;gta;21; ttg;;ttg;;;cgt;10;atgf;6;2 ;;;;;cca;22;gac;4;0 16s;164;16s;244;;gca;42;ttc;20; 23s;55;23s;80;;atgj;11;tac;7; 5s;20;5s;13;;atgi;22;tgg;15; gta;4;gta;8;4;tca;42;cac;29; aca;36;aca;41;5;atgf;4;caa;5; aaa;6;aaa;5;-1;gac;4;ggc;19; cta;40;cta;14;-26;ttc;28;tgc;45; ggc;14;ggc;21;7;cac;23;ttg;; tta;9;tta;12;3;gga;25;;; cgt;27;cgt;10;-17;atc;6;16s;244; cca;9;cca;19;10;aac;34;23s;80; gca;170;gca;341;;agc;5;5s;13; ;;;;;gaa;;gta;8;0 ;;;;;;;aca;41;0 ;;;;;;;aaa;5;0 ;;;;;;;cta;14;-1 ;;;;;;;ggc;21;7 ;;;;;;;tta;12;3 ;;;;;;;cgt;10;0 ;;;;;;;cca;19;-3 ;;;;;;;gca;341; ;;;;;;;;; bsu;intercal;lmo;intercal;diff;entre génomes;;;intra génome; gaa;3;gaa;157;;gamme;fréquence;;gamme;fréquence gta;4;acg;9;;-15;5;;-7;1 aca;22;tac;11;;-14;;;-6; tac;4;caa;6;;-13;;;-5; caa;;aaa;;;-12;;;-4;1 ;;;;;-11;;;-3;1 aga;;aga;;;-10;;;-2; ;;;;;-9;1;;-1;2 cgg;;cgg;;;-8;2;;0;9 ;;;;;-7;1;;1; gga;;gga;;;-6;;;2;1 ;;;;;-5;3;;3;1 gtc;;gtc;;;-4;1;;4;1 ;;;;;-3;;;5; agg;;cgt;;;-2;;;6; ;;;;;-1;2;;7;1 caa;;ctc;;;0;2;;;2 ;;;;;1;1;;total;20 gcc;;tcg;;;2;1;; -2+2;11 ;;;;;3;1;;; tca;;;;;4;2;;; ;;;;;5;1;;; atg;9;aac;3;;6;;;; gaa;;agc;;;7;1;;; ;;;;;8;;;; ;;gaa;27;;9;1;;; ;;gac;;;10;3;;; ;;;;;11;1;;; cgt;13;16s;127;;12;1;;; gga;159;atc;46;;13;1;;; 16s;167;gca;172;;14;1;;; 23s;55;23s;80;;15;;;; 5s;13;5s;14;;;7;;; atgf;60;aac;24;;total;39;;; gac;;acc;;; -2+2;6;;; </pre> ===Listeria monocytogenes=== ====lmo==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo opérons|lmo]] <pre> Listeria monocytogenes EGD-e;;;; 37.9%GC;7.3.19 Paris;67;doubles;intercal ;82705..82777;aag;; ;237466..239020;16s;@1;244 ;239265..242195;23s;;80 ;242276..242385;5s;;13 ;242399..242471;gta;;8 ;242480..242555;aca;;41 ;242597..242669;aaa;;5 ;242675..242756;cta;;14 ;242771..242842;ggc;;21 ;242864..242949;tta;;12 ;242962..243035;cgt;;10 ;243046..243119;cca;;19 ;243139..243214;gca;;341 ;243556..245041;16s;;244 ;245286..248216;23s;;80 ;248297..248406;5s;; ;;;; ;677464..677553;tcg;; ;;;; ;936656..936728;aac;;3 ;936732..936819;agc;; ;;;; ;940017..940088;gaa;;27 ;940116..940188;gac;; ;;;; ;970867..970937;gga;; ;;;; ;1266675..1266748;aga;; ;;;; comp;1740916..1740987;gaa;;5 comp;1740993..1741083;agc;;34 comp;1741118..1741190;aac;;6 comp;1741197..1741270;atc;;25 comp;1741296..1741366;gga;;23 comp;1741390..1741462;cac;;28 comp;1741491..1741563;ttc;;4 comp;1741568..1741643;gac;;4 comp;1741648..1741721;atgf;;42 comp;1741764..1741853;tca;;22 comp;1741876..1741949;atgi;;11 comp;1741961..1742034;atgj;;42 comp;1742077..1742149;gca;;22 comp;1742172..1742245;cca;;10 comp;1742256..1742329;cgt;;9 comp;1742339..1742424;tta;;14 comp;1742439..1742513;ggc;;15 comp;1742529..1742610;cta;;5 comp;1742616..1742688;aaa;;41 comp;1742730..1742805;aca;;8 comp;1742814..1742886;gta;;13 comp;1742900..1743009;5s;;81 comp;1743091..1746021;23s;;244 comp;1746266..1747811;16s;; ;;;; ;1776112..1776183;cgt;; ;;;; comp;1848821..1848930;5s;;81 comp;1849012..1851942;23s;;244 comp;1852187..1853732;16s;; ;;;; ;2162187..2162273;ctc;; ;;;; ;2215375..2215446;gaa;;157 ;2215604..2215677;acg;;9 ;2215687..2215770;tac;;11 ;2215782..2215856;caa;;6 ;2215863..2215935;aaa;; ;;;; comp;2436493..2436576;ttg;;45 comp;2436622..2436695;tgc;;19 comp;2436715..2436786;ggc;;5 comp;2436792..2436863;caa;;29 comp;2436893..2436965;cac;;15 comp;2436981..2437054;tgg;;7 comp;2437062..2437145;tac;;20 comp;2437166..2437238;ttc;;4 comp;2437243..2437318;gac;;6 comp;2437325..2437398;atgf;;21 comp;2437420..2437495;gta;;56 comp;2437552..2437623;gaa;;33 comp;2437657..2437745;tcc;;6 comp;2437752..2437827;aac;;14 comp;2437842..2437951;5s;;80 comp;2438032..2440962;23s;;172 comp;2441135..2441210;gca;;46 comp;2441257..2441330;atc;;127 comp;2441458..2443003;16s;@2; ;;;; comp;2540230..2540301;cgg;; ;;;; comp;2672664..2672736;acc;;24 comp;2672761..2672836;aac;;14 comp;2672851..2672960;5s;;80 comp;2673041..2675971;23s;;172 comp;2676144..2676219;gca;;46 comp;2676266..2676339;atc;;127 comp;2676467..2678012;16s;; ;;;; ;2930362..2930434;gtc;; </pre> ====lmo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_distribution|lmo distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; aac;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1 ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;0;aac;2;agc;1 ;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2 ;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;2;tca;1;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga; ;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;2;caa;1;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;2;gaa;2;gga;1 ;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 ;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;lmo;;8;;;;;8;;lmo;9;;;;;;9;;;;;;;;;;;lmo;;;;44;;;44 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;;; </pre> ====lmo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_données_intercalaires|lmo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;lmo;fx;fc;lmo;fx40;fc40;lmo;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;27;0;1;27;-1;;61;87;68;tRNA 16s;;;tRNA tRNA;;contig ;0;10;10;183;1;1;32;-2;;0;181;940;341;;gca;5;;gaa ;0;20;20;345;2;2;40;-3;;0;52;370;16s tRNA;;;34;;agc ;1;30;20;147;3;1;33;-4;3;173;382;73;2* 127;;atc;6;;aac ;0;40;80;64;4;0;11;-5;;0;197;132;tRNA 23s;;;25;;atc 2;0;50;79;45;5;2;19;-6;;0;127;49;2* 172;;gca;23;;gga 1;1;60;21;46;6;0;16;-7;;0;99;333;5s tRNA;;;28;;cac 1;1;70;12;69;7;0;5;-8;;57;110;118;2* 13;;gta;4;;ttc 1;0;80;13;69;8;3;5;-9;;0;366;56;2* 14;;aac;4;;gac ;1;90;10;69;9;1;13;-10;1;3;66;44;tRNA tRNA;;intra;42;;atgf ;1;100;9;54;10;0;9;-11;2;22;128;;8;;gta;22;;tca ;1;110;9;88;11;1;26;-12;;0;351;;41;;aca;11;;atgi 1;1;120;14;74;12;2;52;-13;;3;119;;5;;aaa;42;;atgj ;2;130;21;57;13;3;31;-14;;14;152;;14;;cta;22;;gca 1;0;140;14;52;14;0;36;-15;;0;21;;21;;ggc;10;;cca ;0;150;13;48;15;4;46;-16;1;2;CDS 16s;;12;;tta;9;;cgt ;1;160;26;42;16;0;42;-17;;13;445;;10;;cgt;14;;tta ;0;170;15;28;17;2;21;-18;1;0;451;;19;;cca;15;;ggc ;0;180;11;30;18;3;43;-19;;2;344;;**;;gca;5;;cta ;1;190;10;25;19;3;26;-20;;7;364;;2* 46;;gca;41;;aaa ;1;200;19;35;20;2;22;-21;;0;289;;**;;atc;8;;aca ;0;210;13;23;21;0;30;-22;;2;16s 23s;;24;;acc;**;;gta ;0;220;14;14;22;3;25;-23;;6;4* 244;;**;;aac;45;;ttg ;0;230;9;16;23;2;16;-24;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;;19;;tgc ;0;240;11;16;24;5;18;-25;;1;4* 80;;3;;aac;5;;ggc ;0;250;11;10;25;1;9;-26;;4;2* 81;;**;;agc;29;;caa ;0;260;9;16;26;2;10;-27;;0;5s CDS;;27;;gaa;15;;cac ;0;270;6;5;27;1;16;-28;;1;148;;**;;gac;7;;tgg ;0;280;3;17;28;0;8;-29;;4;130;;157;;gaa;20;;tac ;0;290;1;14;29;1;6;-30;;0;;;9;;acg;4;;ttc ;0;300;7;12;30;5;9;-31;1;0;;;11;;tac;6;;gac ;0;310;6;5;31;6;8;-32;;1;;;6;;caa;21;;atgf ;0;320;5;7;32;7;5;-33;;0;;;**;;aaa;56;;gta ;0;330;5;9;33;2;9;-34;;0;;;;;;33;;gaa 1;0;340;4;7;34;7;7;-35;;1;;;;;;6;;tcc ;0;350;2;5;35;6;10;-36;;0;;;;;;**;;aac ;1;360;2;5;36;8;9;-37;;1;;;;;;;; 1;1;370;3;9;37;7;3;-38;;1;;;;;;;; ;0;380;1;3;38;14;0;-39;;0;;;;;;;; ;1;390;8;6;39;10;6;-40;;1;;;;;;;; ;0;400;3;2;40;13;7;-41;;2;;;;;;;; 1;0;reste;37;51;reste;456;1082;-42;;0;;;;;;;; 10;15;total;587;1849;total;587;1848;-43;;0;;;;;;;; 9;15;diagr;549;1771;diagr;130;739;-44;;2;;;;;;;; 0;1; t30;50;675;;;;-45;;0;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;1;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;; ;x;586;10;1;597;;;-49;;1;;;;;;;; ;c;1822;393;27;2242;;;-50;;0;;;;;;;; ;;;;;2839;101;;reste;1;7;;;;;;;; ;;;;;;2940;;total;10;393;;;;;;;; </pre> =====lmo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Construction: remarque sur les nombreux regulatory <pre> autres intercalaires;;lmo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;81661;82617;87;*; ;;tRNA;82705;82777;181;*;aag fin;;CDS;82959;84437;;; deb;;CDS;235524;237020;445;*; ;;rRNA;237466;239020;244;*;1555 ;;rRNA;239265;242195;80;*;2931 ;;rRNA;242276;242385;13;*;110 ;;tRNA;242399;242471;8;*;gta ;;tRNA;242480;242555;41;*;aca ;;tRNA;242597;242669;5;*;aaa ;;tRNA;242675;242756;14;*;cta ;;tRNA;242771;242842;21;*;ggc ;;tRNA;242864;242949;12;*;tta ;;tRNA;242962;243035;10;*;cgt ;;tRNA;243046;243119;19;*;cca ;;tRNA;243139;243214;341;*;gca ;;rRNA;243556;245041;244;*;1486 ;;rRNA;245286;248216;80;*;2931 ;;rRNA;248297;248406;148;*;110 fin;;CDS;248555;249013;;; deb;;CDS;676802;677395;68;*; ;comp;tRNA;677464;677553;940;*;tcg fin;;CDS;678494;679123;;; deb;;CDS;936136;936603;52;*; ;;tRNA;936656;936728;3;*;aac ;;tRNA;936732;936819;382;*;agc fin;;CDS;937202;937594;;; deb;;CDS;939106;939819;197;*; ;;tRNA;940017;940088;27;*;gaa ;;tRNA;940116;940188;127;*;gac fin;;CDS;940316;940696;;; deb;comp;CDS;969549;970496;370;*; ;;tRNA;970867;970937;99;*;gga fin;;CDS;971037;972176;;; deb;;CDS;1266040;1266564;110;*; ;;tRNA;1266675;1266748;366;*;aga fin;;CDS;1267115;1268473;;0; deb;comp;CDS;1739674;1740849;66;*; ;comp;tRNA;1740916;1740987;5;*;gaa ;comp;tRNA;1740993;1741083;34;*;agc ;comp;tRNA;1741118;1741190;6;*;aac ;comp;tRNA;1741197;1741270;25;*;atc ;comp;tRNA;1741296;1741366;23;*;gga ;comp;tRNA;1741390;1741462;28;*;cac ;comp;tRNA;1741491;1741563;4;*;ttc ;comp;tRNA;1741568;1741643;4;*;gac ;comp;tRNA;1741648;1741721;42;*;atgf ;comp;tRNA;1741764;1741853;22;*;tca ;comp;tRNA;1741876;1741949;11;*;atgi ;comp;tRNA;1741961;1742034;42;*;atgj ;comp;tRNA;1742077;1742149;22;*;gca ;comp;tRNA;1742172;1742245;10;*;cca ;comp;tRNA;1742256;1742329;9;*;cgt ;comp;tRNA;1742339;1742424;14;*;tta ;comp;tRNA;1742439;1742513;15;*;ggc ;comp;tRNA;1742529;1742610;5;*;cta ;comp;tRNA;1742616;1742688;41;*;aaa ;comp;tRNA;1742730;1742805;8;*;aca ;comp;tRNA;1742814;1742886;13;*;gta ;comp;rRNA;1742900;1743009;81;*;110 ;comp;rRNA;1743091;1746021;244;*;2931 ;comp;rRNA;1746266;1747811;451;*;1546 fin;comp;CDS;1748263;1748709;;; deb;;CDS;1774991;1775983;128;*; ;;tRNA;1776112;1776183;73;*;cgt fin;comp;CDS;1776257;1776829;;; deb;comp;CDS;1848166;1848690;130;*; ;comp;rRNA;1848821;1848930;81;*;110 ;comp;rRNA;1849012;1851942;244;*;2931 ;comp;rRNA;1852187;1853732;344;*;1546 fin;comp;CDS;1854077;1854682;;0; deb;comp;CDS;2161161;2162054;132;*; ;;tRNA;2162187;2162273;49;*;ctc fin;comp;CDS;2162323;2164011;;; deb;comp;CDS;2213218;2215041;333;*; ;;tRNA;2215375;2215446;157;*;gaa ;;tRNA;2215604;2215677;9;*;acg ;;tRNA;2215687;2215770;11;*;tac ;;tRNA;2215782;2215856;6;*;caa ;;tRNA;2215863;2215935;118;*;aaa fin;comp;CDS;2216054;2216743;;0; deb;comp;CDS;2435023;2436141;351;*; ;comp;tRNA;2436493;2436576;45;*;ttg ;comp;tRNA;2436622;2436695;19;*;tgc ;comp;tRNA;2436715;2436786;5;*;ggc ;comp;tRNA;2436792;2436863;29;*;caa ;comp;tRNA;2436893;2436965;15;*;cac ;comp;tRNA;2436981;2437054;7;*;tgg ;comp;tRNA;2437062;2437145;20;*;tac ;comp;tRNA;2437166;2437238;4;*;ttc ;comp;tRNA;2437243;2437318;6;*;gac ;comp;tRNA;2437325;2437398;21;*;atgf ;comp;tRNA;2437420;2437495;56;*;gta ;comp;tRNA;2437552;2437623;33;*;gaa ;comp;tRNA;2437657;2437745;6;*;tcc ;comp;tRNA;2437752;2437827;14;*;aac ;comp;rRNA;2437842;2437951;80;*;110 ;comp;rRNA;2438032;2440962;172;*;2931 ;comp;tRNA;2441135;2441210;46;*;gca ;comp;tRNA;2441257;2441330;127;*;atc ;comp;rRNA;2441458;2443003;364;*;1546 fin;comp;CDS;2443368;2444126;;; deb;;CDS;2539838;2540173;56;*; ;comp;tRNA;2540230;2540301;119;*;cgg fin;comp;CDS;2540421;2541857;;0; deb;comp;CDS;2671624;2672511;152;*; ;comp;tRNA;2672664;2672736;24;*;acc ;comp;tRNA;2672761;2672836;14;*;aac ;comp;rRNA;2672851;2672960;80;*;110 ;comp;rRNA;2673041;2675971;172;*;2931 ;comp;tRNA;2676144;2676219;46;*;gca ;comp;tRNA;2676266;2676339;127;*;atc ;comp;rRNA;2676467;2678012;289;*;1546 fin;comp;CDS;2678302;2679330;;0; deb;;CDS;2929315;2930340;21;*; ;;tRNA;2930362;2930434;44;*;gtc fin;comp;CDS;2930479;2932473;;; </pre> ====lmo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_blocs|lmo blocs]] <pre> lmo blocs;;;;;;;; Types;;;;;;;; I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2 16s;;244;;244;;16s;244;244 23s;;81;;80;;23s;80;81 5s;;13;;13;;5s;; ;;8;;8;;;; ;;gta;;gta;;;; ;;**20aas;;**8aas;;;; III;;;;;;IV;; 16s;127;127;;;;;; atc;46;46;;;;;; gca;172;172;;;;;; 23s;80;80;;;;;; 5s;14;14;;;;;; ;6;24;;;;;; ;aac;aac;;;;;; ;**13aas;acc;;;;;; Groupes;;;;;;;; ;;;;;;16s;244; ;;;;;I4;23s;80; ;;;;;;5s;13; ;;;;;;gta;8; ;;;;;;**7aas;19; ;;;;;;gca;341; ;;;;;;16s;244; ;;;;;II1;23s;80; ;;;;;;5s;; </pre> ===lam=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_opérons|lam]] <pre> ;Lactobacillus amylovorus strain 30SC;;; 38%GC;30.6.19 Paris;63;doubles;intercal ;447399..448972;16s;@1;125 ;449098..449172;atc;;52 ;449225..449297;gca;;115 ;449413..452324;23s;;68 ;452393..452509;5s;;4 ;452514..452586;gta;;2 ;452589..452661;aaa;;13 ;452675..452756;cta;;23 ;452780..452852;aca;;10 ;452863..452934;ggc;;11 ;452946..453031;tta;;8 ;453040..453113;cgt;;5 ;453119..453192;cca;;29 ;453222..453295;atg;;12 ;453308..453381;atgi;;27 ;453409..453482;atgf;;3 ;453486..453559;gac;;6 ;453566..453638;ttc;;19 ;453658..453728;gga;;5 ;453734..453808;atc;;2 ;453811..453900;agc;; ;;;; ;57091..58664;16s;;125 ;58790..58864;atc;;52 ;58917..58989;gca;;115 ;59105..62016;23s;;68 ;62085..62201;5s;;13 ;62215..62287;aac;; ;;;; ;469566..471139;16s;@2;9 ;471149..471334;cds1; hp 186;-3 ;471332..474243;23s;;68 ;474312..474428;5s;;13 ;474442..474514;aac;; ;;;; comp;1709284..1709374;tcc;;10 comp;1709385..1709457;aac;;13 comp;1709471..1709587;5s;;68 comp;1709656..1712567;23s;;-3 comp;1712565..1712750;cds2;hp 186;9 comp;1712760..1714333;16s;; ;;;; comp;79386..79458;aag;; ;;;; comp;79913..79985;aag;; ;;;; ;193922..193994;acc;; ;;;; comp;210866..210939;ggg;; ;;;; ;287678..287752;ggc;+;111 ;287864..287938;ggc;3 ggc;109 ;288048..288122;ggc;;35 ;288158..288231;ccg;; ;;;; ;457611..457682;gaa;;35 ;457718..457804;tca;;9 ;457814..457887;atgf;;3 ;457891..457964;gac;;6 ;457971..458046;ttc;;4 ;458051..458132;tac;;4 ;458137..458207;tgg;;12 ;458220..458295;cac;;4 ;458300..458371;caa;;23 ;458395..458465;tgc;;40 ;458506..458590;ttg;; ;;;; ;474442..474514;aac;; ;;;; ;507688..507760;acg;; ;;;; ;526886..526957;caa;; ;;;; ;551550..551631;tac;;34 ;551666..551737;caa;; ;;;; ;567329..567416;ctt;; ;;;; ;583327..583413;tca;;6 ;583420..583493;gac;;7 ;583501..583576;cac;;4 ;583581..583653;gta;; ;;;; ;642034..642106;agg;; ;;;; comp;729370..729441;cgg;; ;;;; ;784793..784864;gag;; ;;;; ;917887..917975;tcg;; ;;;; ;1456724..1456800;aga;; ;;;; ;1681218..1681301;ctg;; ;;;; comp;1707998..1708070;gta;;5 comp;1708076..1708147;gaa;; ;;;; ;1987190..1987263;cgt;;8 ;1987272..1987345;cca;; </pre> ===lam blocs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_blocs|lam blocs]] <pre> lam blocs;;;;; 16s;125;1574;16s;9;1574 atc;52;;cds1;-3;62 gca;115;;23s;68;2912 23s;68;2912;5s;13;117 5s;4;117;aac;; gta;;;;; ;;;;; 16s;125;1574;16s;9;1574 atc;52;;cds2;-3;62 gca;115;;23s;68;2912 23s;68;2912;5s;13;117 5s;13;117;aac;; aac;;;;; </pre> ====lam distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_distribution|lam distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; après 5s;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; 3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; tcc;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc; ;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;;aac;;agc;1 >1aa;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1 ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga; ;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1 ;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; ;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;lam;;14;;;;;14;;lam;22;;;;;;22;;lam;3;;;;;;3;;lam;;;;16;;;16 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;; </pre> ====lam données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_données_intercalaires|lam données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;lam;fx;fc;lam;fx40;fc40;lam;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;16;0;2;16;-1;;96;222;163;16s tRNA;; ;0;10;8;202;1;1;30;-2;;0;169;85;2* 133;;atc ;0;20;3;162;2;1;38;-3;;0;114;135;tRNA 23s;; ;0;30;12;70;3;2;28;-4;8;49;118;59;2* 118;;gca 1;1;40;27;36;4;0;13;-5;;0;139;212;5s tRNA;; ;0;50;36;39;5;0;11;-6;;0;71;59;3* 13;;aac 3;3;60;39;55;6;0;13;-7;;1;41;39;4;;gta ;0;70;29;66;7;2;7;-8;;38;76;117;tRNA tRNA;;intra ;0;80;17;56;8;2;16;-9;;0;168;239;2* 52;;atc gca 3;3;90;12;43;9;0;23;-10;1;2;222;88;tRNA tRNA;;contig 1;1;100;29;57;10;0;23;-11;1;20;121;129;2;;gta ;0;110;13;57;11;0;23;-12;;0;337;150;13;;aaa 1;1;120;16;43;12;2;17;-13;;1;57;99;23;;cta 1;1;130;15;34;13;0;16;-14;;12;181;82;10;;aca 1;1;140;14;29;14;0;16;-15;;0;278;58;11;;ggc 1;1;150;19;22;15;0;21;-16;;0;65;;8;;tta ;0;160;18;18;16;0;19;-17;1;9;202;;5;;cgt 1;1;170;16;17;17;1;13;-18;;0;81;;29;;cca ;0;180;13;19;18;0;14;-19;;1;86;;12;;atgj ;0;190;12;24;19;0;11;-20;;9;101;;27;;atgi ;0;200;14;13;20;0;12;-21;;0;71;;3;;atgf ;0;210;10;13;21;0;11;-22;;1;57;;6;;gac 1;1;220;8;9;22;0;8;-23;1;3;33;;19;;ttc ;0;230;7;15;23;3;4;-24;;0;134;;5;;gga 1;1;240;6;15;24;2;10;-25;;3;161;;2;;atc ;0;250;4;9;25;2;7;-26;1;4;141;;**;;agc ;0;260;9;8;26;2;11;-27;;0;107;;10;;tcc ;0;270;5;11;27;0;5;-28;;0;213;;**;;aac ;0;280;5;2;28;0;9;-29;1;3;CDS 16s;;tRNA tRNA;; ;0;290;5;7;29;0;4;-30;;0;562;513;111;;ggc ;0;300;4;7;30;3;1;-31;;1;744;649;112;;ggc ;0;310;7;4;31;4;5;-32;;4;16s 23s;;35;;ggc ;0;320;4;5;32;6;0;-33;;0;2* 203;;**;;ccg ;0;330;2;11;33;5;7;-34;;0;23s 5s;;35;;gaa ;0;340;3;2;34;1;4;-35;;1;4* 69;;9;;tca ;0;350;2;4;35;3;4;-36;;0;;;3;;atgf ;0;360;4;7;36;1;3;-37;;2;;;6;;gac ;0;370;2;4;37;2;6;-38;;1;;;7;;ttc ;0;380;1;7;38;1;2;-39;;0;;;4;;tac ;0;390;4;3;39;0;2;-40;;0;;;12;;tgg ;0;400;0;2;40;4;3;-41;;0;;;7;;cac ;0;reste;27;25;reste;431;762;-42;;0;;;23;;caa 15;15;total;483;1248;total;483;1248;-43;;0;;;40;;tgc 15;15;diagr;454;1207;diagr;50;470;-44;;1;;;**;;ttg 0;0; t30;23;434;;;;-45;;0;;;6;;tca ;;;;;;;;-46;;1;;;7;;gac ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;6;;;4;;cac ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;**;;gta ;x;481;15;2;498;;;-49;;0;;;5;;gta ;c;1232;272;16;1520;;;-50;1;3;;;**;;gaa ;;;;;2018;152;;reste;;0;;;8;;cgt ;;;;;;2170;;total;15;272;;;**;;cca </pre> =====lam autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_autres_intercalaires_aas|lam autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;lam;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;19323;20024;163;*; ;;tRNA;20188;20261;222;*;act fin;;CDS;20484;21764;;; deb;;CDS;56117;56530;562;*; ;;rRNA;57093;58656;133;*;1564 ;;tRNA;58790;58864;52;*;atc ;;tRNA;58917;58989;118;*;gca ;;rRNA;59108;62015;69;*;2908 ;;rRNA;62085;62201;13;*;117 ;;tRNA;62215;62287;85;*;aac fin;comp;CDS;62373;63296;;0; deb;comp;CDS;78479;79216;169;*; ;comp;tRNA;79386;79458;114;*;aag deb;comp;CDS;79573;79794;118;*; ;comp;tRNA;79913;79985;135;*;aag fin;;CDS;80121;80837;;; deb;comp;CDS;108050;109663;110;*; ;comp;regulatory;109774;109947;47;*; fin;comp;CDS;109995;110627;;0; deb;;CDS;193447;193782;139;*; ;;tRNA;193922;193994;71;*;acc fin;;CDS;194066;195379;;; deb;;CDS;210147;210809;59;*; ;comp;tRNA;210869;210939;41;*;ggg fin;comp;CDS;210981;211580;;0; deb;;CDS;213163;213804;53;*; ;;regulatory;213858;214021;76;*; fin;;CDS;214098;216761;;; deb;comp;CDS;243078;243656;73;*; ;comp;regulatory;243730;243827;60;*; fin;comp;CDS;243888;244490;;1; deb;comp;CDS;287010;287465;212;*; ;;tRNA;287678;287752;111;*;ggc ;;tRNA;287864;287935;112;*;ggc ;;tRNA;288048;288122;35;*;ggc ;;tRNA;288158;288231;76;*;ccg fin;;CDS;288308;288763;;; deb;comp;CDS;363306;363677;90;*; ;;misc_f;363768;363889;43;*; fin;;CDS;363933;364445;;; deb;;CDS;366810;367316;45;*; ;;ncRNA;367362;367456;54;*; fin;;CDS;367511;369319;;; deb;comp;CDS;445892;446887;513;*; ;;rRNA;447401;448964;133;*;1564 ;;tRNA;449098;449172;52;*;atc ;;tRNA;449225;449297;118;*;gca ;;rRNA;449416;452323;69;*;2908 ;;rRNA;452393;452509;4;*;117 ;;tRNA;452514;452586;2;*;gta ;;tRNA;452589;452661;13;*;aaa ;;tRNA;452675;452756;23;*;cta ;;tRNA;452780;452852;10;*;aca ;;tRNA;452863;452934;11;*;ggc ;;tRNA;452946;453031;8;*;tta ;;tRNA;453040;453113;5;*;cgt ;;tRNA;453119;453192;29;*;cca ;;tRNA;453222;453295;12;*;atgj ;;tRNA;453308;453381;27;*;atgi ;;tRNA;453409;453482;3;*;atgf ;;tRNA;453486;453559;6;*;gac ;;tRNA;453566;453638;19;*;ttc ;;tRNA;453658;453728;5;*;gga ;;tRNA;453734;453808;2;*;atc ;;tRNA;453811;453900;168;*;agc fin;;CDS;454069;454491;;; deb;;CDS;454491;457388;222;*; ;;tRNA;457611;457682;35;*;gaa ;;tRNA;457718;457804;9;*;tca ;;tRNA;457814;457887;3;*;atgf ;;tRNA;457891;457964;6;*;gac ;;tRNA;457971;458043;7;*;ttc ;;tRNA;458051;458132;4;*;tac ;;tRNA;458137;458207;12;*;tgg ;;tRNA;458220;458292;7;*;cac ;;tRNA;458300;458371;23;*;caa ;;tRNA;458395;458465;40;*;tgc ;;tRNA;458506;458590;121;*;ttg fin;;CDS;458712;459875;;; deb;;CDS;467495;468823;744;*; ;;rRNA;469568;471131;203;*;1564 ;;rRNA;471335;474242;69;*;2908 ;;rRNA;474312;474428;13;*;117 ;;tRNA;474442;474514;337;*;aac fin;;CDS;474852;475862;;; deb;;CDS;507082;507630;57;*; ;;tRNA;507688;507760;59;*;acg fin;comp;CDS;507820;509192;;0; deb;;CDS;526021;526704;181;*; ;;tRNA;526886;526957;278;*;caa fin;;CDS;527236;528015;;; deb;;CDS;528027;528719;574;*; ;;regulatory;529294;529457;80;*; fin;;CDS;529538;532225;;; deb;comp;CDS;546953;548239;77;*; ;comp;regulatory;548317;548377;91;*; fin;comp;CDS;548469;548831;;; deb;;CDS;551035;551484;65;*; ;;tRNA;551550;551631;34;*;tac ;;tRNA;551666;551737;202;*;caa fin;;CDS;551940;553055;;; deb;;CDS;566792;567247;81;*; ;;tRNA;567329;567413;86;*;ctt fin;;CDS;567500;568147;;; deb;;CDS;582725;583225;101;*; ;;tRNA;583327;583413;6;*;tca ;;tRNA;583420;583493;7;*;gac ;;tRNA;583501;583576;4;*;cac ;;tRNA;583581;583653;71;*;gta fin;;CDS;583725;585191;;0; deb;;CDS;606557;608326;26;*; ;;regulatory;608353;608445;50;*; fin;;CDS;608496;609074;;; deb;comp;CDS;609745;610383;156;*; ;;misc_b;610540;610782;243;*; fin;;CDS;611026;611766;;; deb;;CDS;640648;641976;57;*; ;;tRNA;642034;642106;39;*;agg fin;comp;CDS;642146;642334;;0; deb;;CDS;728387;729252;117;*; ;comp;tRNA;729370;729441;239;*;cgg fin;;CDS;729681;730712;;; deb;;CDS;770203;771387;52;*; ;;tmRNA;771440;771806;177;*; fin;;CDS;771984;772877;;; deb;comp;CDS;783691;784704;88;*; ;;tRNA;784793;784864;33;*;gag fin;;CDS;784898;784993;;0; deb;comp;CDS;877491;878846;218;*; ;;regulatory;879065;879235;91;*; fin;;CDS;879327;880637;;; deb;comp;CDS;916780;917757;129;*; ;;tRNA;917887;917975;134;*;tcg fin;;CDS;918110;919498;;; deb;comp;CDS;923642;924574;136;*; ;;misc_b;924711;924950;42;*; fin;;CDS;924993;925847;;; deb;;CDS;982901;983617;27;*; ;;regulatory;983645;983759;77;*; fin;;CDS;983837;984526;;; deb;comp;CDS;1011692;1012501;102;*; ;;regulatory;1012604;1012662;43;*; fin;;CDS;1012706;1013095;;; deb;;CDS;1095103;1095633;116;*; ;;misc_b;1095750;1096001;60;*; fin;;CDS;1096062;1097180;;; deb;;CDS;1152540;1155044;66;*; ;;misc_b;1155111;1155358;64;*; fin;;CDS;1155423;1156802;;; deb;comp;CDS;1212112;1213236;72;*; ;comp;ncRNA;1213309;1213675;26;*; fin;comp;CDS;1213702;1214121;;; deb;;CDS;1322695;1324020;55;*; ;;misc_b;1324076;1324319;57;*; fin;;CDS;1324377;1325738;;0; deb;comp;CDS;1449420;1449731;14;*; ;comp;misc_f;1449746;1449826;68;*; fin;comp;CDS;1449895;1451271;;0; deb;comp;CDS;1455677;1456573;150;*; ;;tRNA;1456724;1456800;99;*;aga fin;comp;CDS;1456900;1458480;;; deb;comp;CDS;1593167;1594216;37;*; ;comp;misc_b;1594254;1594461;38;*; fin;comp;CDS;1594500;1594850;;; deb;comp;CDS;1606331;1606858;26;*; ;comp;misc_f;1606885;1606996;53;*; fin;comp;CDS;1607050;1608747;;; deb;comp;CDS;1679837;1681135;82;*; ;;tRNA;1681218;1681301;161;*; fin;;CDS;1681463;1681780;;;ctg deb;comp;CDS;1706640;1707839;-3;*; ;comp;regulatory;1707837;1707930;67;*; ;comp;tRNA;1707998;1708070;5;*;gta ;comp;tRNA;1708076;1708147;141;*;gaa deb;comp;CDS;1708289;1709176;107;*; ;comp;tRNA;1709284;1709374;10;*;tcc ;comp;tRNA;1709385;1709457;13;*;aac ;;rRNA;1709471;1709587;69;*;117 ;;rRNA;1709657;1712564;203;*;2908 ;;rRNA;1712768;1714331;649;*;1564 fin;comp;CDS;1714981;1716288;;; deb;comp;CDS;1765715;1766362;152;*; ;comp;misc_b;1766515;1766748;43;*; fin;comp;CDS;1766792;1769098;;0; deb;;CDS;1985984;1986976;213;*; ;;tRNA;1987190;1987263;8;*;cgt ;;tRNA;1987272;1987345;58;*;cca deb;comp;CDS;1987404;1988462;121;*; ;;misc_b;1988584;1988828;71;*; fin;;CDS;1988900;1989913;;0; deb;;CDS;2017560;2019416;56;*; ;;misc_f;2019473;2019530;40;*; fin;;CDS;2019571;2020740;;; deb;;CDS;2039362;2040669;131;*; ;;regulatory;2040801;2040898;72;*; fin;;CDS;2040971;2042281;;; deb;;CDS;2043158;2043412;56;*; ;;misc_b;2043469;2043702;76;*; fin;;CDS;2043779;2045407;;0; </pre> ===ppm=== ====opérons==== =====ppm chromosome===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm opérons|ppm opérons]] *Chromosome<br> <pre> 45.5%GC;26.7.19 Paris;16s 13;110;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;; ;10545..11633;;CDS;;327;327;;;363; ;11961..13519;;16s;;280;;;;; ;13800..16728;;23s;;143;;;;; ;16872..16988;;5s;;232;232;;;;232 ;17221..17640;;CDS;;93 855;;;;140; ;;;;;;;;;; comp;111496..112530;;CDS;;616;;;;345; ;113147..114705;;16s;;207;;;;; ;114913..117843;;23s;;76;;;;; ;117920..118036;;5s;;343;343;;;; ;118380..119837;;CDS;;3 348;;;;486; ;;;;;;;;;; ;123186..124469;;CDS;;90;90;;;428;90 ;124560..124648;;tca;;145;145;;;; ;124794..125135;;CDS;;55 592;;;;114; ;;;;;;;;;; ;180728..181003;;CDS;;412;;;;92; ;181416..182974;;16s;;108;;;;; ;183083..183199;;5s;@1;39;;;;; ;183239..183315;;atc;;20;;;20;; ;183336..183411;;gca;;128;;;;; ;183540..186468;;23s;;130;;;;; ;186599..186690;;agc;;28;;;28;; ;186719..186795;;atgj;;10;;;10;; ;186806..186881;;gta;;4;;;4;; ;186886..186961;;aca;;19;;;19;; ;186981..187057;;gac;;77;;;77;; ;187135..187210;;ttc;;6;;;6;; ;187217..187302;;tac;;7;;;7;; ;187310..187385;;aaa;;154;154;;;;154 ;187540..188682;;CDS;;24 062;;;;381; ;;;;;;;;;; comp;212745..213341;;CDS;;211;211;;;199;211 comp;213553..213624;;cgg;;259;259;;;; ;213884..214921;;CDS;;238 832;;;;346; ;;;;;;;;;; ;453754..455364;;CDS;;392;;;;537; ;455757..457315;;16s;;207;;;;; ;457523..460453;;23s;;76;;;;; ;460530..460646;;5s;;34;;;;; ;460681..460757;;atc;;22;;;22;; ;460780..460855;;gca;;4;;;4;; ;460860..460935;;aac;;34;;;34;; ;460970..461043;;atgj;;3;;;3;; ;461047..461138;;agc;;31;;;31;; ;461170..461241;;gaa;;6;;;6;; ;461248..461323;;gta;;10;;;10;; ;461334..461407;;atgf;;25;;;25;; ;461433..461509;;gac;;50;;;50;; ;461560..461635;;ttc;;22;;;22;; ;461658..461733;;aca;;5;;;5;; ;461739..461824;;tac;;16;;;16;; ;461841..461913;;cac;;18;;;18;; ;461932..462006;;caa;;4;;;4;; ;462011..462086;;aaa;;15;;;15;; ;462102..462189;;ctg;;6;;;6;; ;462196..462270;;ggc;;10;;;10;; ;462281..462351;;tgc;;26;;;26;; ;462378..462454;;cgt;;22;;;22;; ;462477..462550;;cca;;9;;;9;; ;462560..462630;;gga;;204;204;;;;204 comp;462835..463938;;CDS;;1 537;;;;368; ;;;;;;;;;; ;465476..466216;;CDS;;524;;;;247; ;466741..468299;;16s;;207;;;;; ;468507..471434;;23s;;76;;;;; ;471511..471627;;5s;;629;;;;; ;472257..473588;;CDS;;103 459;;;;444; ;;;;;;;;;; ;577048..577794;;CDS;;1 116;;;;249; ;578911..580469;;16s;;207;;;;; ;580677..583607;;23s;;76;;;;; ;583684..583800;;5s;;82;;;;; ;583883..583958;;gca;;4;;;4;; ;583963..584038;;aac;;3;;;3;; ;584042..584133;;tcc;;19;;;19;; ;584153..584224;;gaa;;9;;;9;; ;584234..584309;;gta;;29;;;29;; ;584339..584412;;atgf;;25;;;25;; ;584438..584514;;gac;;13;;;13;; ;584528..584603;;aca;;4;;;4;; ;584608..584693;;tac;;102;;;102;; ;584796..584870;;caa;;4;;;4;; ;584875..584950;;aaa;;12;;;12;; ;584963..585043;;cta;;10;;;10;; ;585054..585128;;ggc;;5;;;5;; ;585134..585210;;cgt;;12;;;12;; ;585223..585302;;ttg;;7;;;7;; ;585310..585386;;cca;;7;;;7;; ;585394..585464;;gga;;1 133;;;;; ;586598..587560;;CDS;;22 016;;;;321; ;;;;;;;;;; ;609577..609924;;CDS;;73;73;;;116;73 ;609998..610069;;acg;;1 613;;;;; comp;611683..612030;;CDS;;140 810;;;;116; ;;;;;;;;;; ;752841..754124;;CDS;;611;;;;428; ;754736..756294;;16s;;208;;;;; ;756503..759431;;23s;;75;;;;; ;759507..759623;;5s;;183;183;;;;183 comp;759807..760232;;CDS;;173 078;;;;142; ;;;;;;;;;; ;933311..934681;;CDS;;449;;;;457; ;935131..936689;;16s;;221;;;;; ;936911..939839;;23s;;76;;;;; ;939916..940032;;5s;;216;216;;;;216 ;940249..941241;;CDS;;521 183;;;;331; ;;;;;;;;;; ;1462425..1462937;;CDS;;44;44;;;171;44 ;1462982..1463057;;aac;;1;;1;;; ;1463059..1463147;;agc;;122;122;;;; comp;1463270..1464145;;CDS;;74;;;;292; ;;;;;;;;;; comp;1464220..1464981;;CDS;;246;246;;;254; ;1465228..1465299;;gaa;;86;;86;;; ;1465386..1465461;;aaa;;15;;15;;; ;1465477..1465562;;ctc;;162;162;;;;162 ;1465725..1466180;;CDS;;1 667;;;;152; ;;;;;;;;;; comp;1467848..1468585;;CDS;;262;262;;;246; ;1468848..1468930;;ctc;;148;148;;;;148 comp;1469079..1469564;;CDS;;112 990;;;;162; ;;;;;;;;;; ;1582555..1583361;;CDS;;490;;;;269; ;1583852..1583925;;ccc;;244;244;;;; comp;1584170..1585441;;CDS;;32 099;;;;424; ;;;;;;;;;; ;1617541..1619682;;CDS;;107;107;;;714;107 ;1619790..1619860;;gga;;265;265;;;; ;1620126..1621163;;CDS;;254 529;;;;346; ;;;;;;;;;; ;1875693..1876160;;CDS;;129;129;;;156;129 ;1876290..1876365;;gcc;;11;;11;;; ;1876377..1876449;;aag;;520;;;;; comp;1876970..1877974;;CDS;;55 215;;;;335; ;;;;;;;;;; comp;1933190..1933630;;CDS;;381;;;;147; ;1934012..1934096;;ctg;;91;91;;;;91 comp;1934188..1934718;;CDS;;74 847;;;;177; ;;;;;;;;;; comp;2009566..2010102;;CDS;;222;222;;;179; ;2010325..2010409;;ctg;;213;213;;;; ;2010623..2011135;;CDS;;432 608;;;;171; ;;;;;;;;;; ;2443744..2448333;;CDS;;540;;;;1530; ;2448874..2450432;;16s;;400;;;;; ;2450833..2453761;;23s;;143;;;;; ;2453905..2454021;;5s;;236;236;;;;236 comp;2454258..2455367;;CDS;;186 804;;;;370; ;;;;;;;;;; ;2642172..2643329;;CDS;;426;;;;386; ;2643756..2645314;;16s;;343;;;;; ;2645658..2648586;;23s;;144;;;;; ;2648731..2648847;;5s;;156;156;;;;156 ;2649004..2649228;;CDS;;884 577;;;;75; ;;;;;;;;;; comp;3533806..3534249;;CDS;;139;139;;;148;139 ;3534389..3534460;;gtc;;279;279;;;; comp;3534740..3535069;;CDS;;103 837;;;;110; ;;;;;;;;;; ;3638907..3639338;;CDS;;728;;;;144; comp;3640067..3640152;;tta;;249;249;;;;249 ;3640402..3640560;;CDS;;28 092;;;;53; ;;;;;;;;;; ;3668653..3669450;;CDS;;247;247;;;266; comp;3669698..3669766;;atg;;267;267;;;; comp;3670034..3670234;;CDS;;54 456;;;;67; ;;;;;;;;;; ;3724691..3725086;;CDS;;122;122;;;132;122 comp;3725209..3725282;;atgi;;435;;;;; comp;3725718..3726359;;CDS;;612 148;;;;214; ;;;;;;;;;; comp;4338508..4339209;;CDS;;107;107;;;234;107 comp;4339317..4339390;;cca;;7;;;7;; comp;4339398..4339477;;ttg;;12;;;12;; comp;4339490..4339566;;cgt;;5;;;5;; comp;4339572..4339646;;ggc;;35;;;35;; comp;4339682..4339757;;aaa;;28;;;28;; comp;4339786..4339862;;gac;;26;;;26;; comp;4339889..4339965;;atgf;;30;;;30;; comp;4339996..4340071;;gta;;9;;;9;; comp;4340081..4340152;;gaa;;17;;;17;; comp;4340170..4340261;;tcc;;3;;;3;; comp;4340265..4340340;;aac;;18;;;;; comp;4340359..4340475;;5s;;76;;;;; comp;4340552..4343482;;23s;;400;;;;; comp;4343883..4345441;;16s;;493;;;;; comp;4345935..4347563;;CDS;;46 596;;;;543; ;;;;;;;;;; comp;4394160..4395092;;CDS;;238;238;;;311; ;4395331..4395404;;aga;;214;214;;;; ;4395619..4396383;;CDS;;49 894;;;;255; ;;;;;;;;;; ;4446278..4447621;;CDS;;207;207;;;448; comp;4447829..4447902;;aga;;174;174;;;; ;4448077..4448370;;CDS;;256 556;;;;98; ;;;;;;;;;; ;4704927..4705187;;CDS;;361;;;;87; comp;4705549..4705627;;ttg;;11;;11;;; comp;4705639..4705713;;tgc;;11;;11;;; comp;4705725..4705796;;ggc;;6;;6;;; comp;4705803..4705877;;caa;;9;;9;;; comp;4705887..4705959;;cac;;17;;17;;; comp;4705977..4706050;;tgg;;7;;7;;; comp;4706058..4706143;;tac;;4;;4;;; comp;4706148..4706223;;aca;;22;;22;;; comp;4706246..4706318;;ttc;;35;;35;;; comp;4706354..4706430;;gac;;15;;15;;; comp;4706446..4706522;;atgf;;25;;25;;; comp;4706548..4706623;;gta;;58;;58;;; comp;4706682..4706753;;gaa;;17;;17;;; comp;4706771..4706862;;tcc;;3;;3;;; comp;4706866..4706941;;aac;;326;326;;;; comp;4707268..4707597;;CDS;;279 544;;;;110; ;;;;;;;;;; comp;4987142..4989934;;CDS;;726;;;;931; comp;4990661..4990731;;gga;;9;;;9;; comp;4990741..4990814;;cca;;22;;;22;; comp;4990837..4990913;;cgt;;5;;;5;; comp;4990919..4990993;;ggc;;10;;;10;; comp;4991004..4991084;;cta;;11;;;11;; comp;4991096..4991171;;aaa;;4;;;4;; comp;4991176..4991250;;caa;;55;;;55;; comp;4991306..4991381;;gta;;11;;;11;; comp;4991393..4991464;;gaa;;11;;;11;; comp;4991476..4991548;;acc;;3;;;3;; comp;4991552..4991627;;aac;;18;;;;; comp;4991646..4991762;;5s;;76;;;;; comp;4991839..4994768;;23s;;129;;;;; comp;4994898..4994973;;gca;;20;;;20;; comp;4994994..4995070;;atc;;38;;;;; comp;4995109..4995225;;5s;;93;;;;; comp;4995319..4996877;;16s;;367;;;;; comp;4997245..4997475;;CDS;;60 140;;;;77; ;;;;;;;;;; comp;5057616..5058803;;CDS;;163;163;;;396;163 comp;5058967..5059083;;5s;;76;;;;; comp;5059160..5062089;;23s;;185;;;;; comp;5062275..5062350;;gca;;89;;;;; comp;5062440..5063998;;16s;;380;;;;; comp;5064379..5066394;;CDS;;647 899;;;;672; ;;;;;;;;;; ;5714294..5714611;;CDS;;206;206;;;106; comp;5714818..5714908;;tcg;;77;77;;;;77 comp;5714986..5715210;;CDS;;;;;;75; </pre> =====ppm plasmide===== *Plasmide<br> <pre> plasmide;pSC2;37.6%GC;51;;;;;;; ;;;;;;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé ;3920..4174;;CDS;;536;536;;;85; ;4711..4803;;agc;+;5;;5;;; ;4809..4883;;tgc;3 aac;63;;63;;; ;4947..5021;;gaa;2 atc;7;;7;;; ;5029..5105;;ctt;2 caa;6;;6;;; ;5112..5186;;cca;2 cca;101;;101;;; ;5288..5361;;tgg;2 cga;4;;4;;; ;5366..5444;;tac;2 gaa;4;;4;;; ;5449..5522;;caa;2 tac;6;;6;;; ;5529..5605;;cac;3 tgg;5;;5;;; ;5611..5686;;gac;;125;;125;;; ;5812..5887;;gga;;10;;10;;; ;5898..5973;;aac;@1;4;;4;;; ;5978..6066;;tac;ctt;9;;9;;; ;6076..6153;;ata;ata;4;;4;;; ;6158..6231;;caa;;4;;4;;; ;6236..6311;;atgi;;5;;5;;; ;6317..6392;;aac;;4;;4;;; ;6397..6470;;tgg;;131;;131;;; ;6602..6678;;gaa;;5;;5;;; ;6684..6757;;ggc;;55;;55;;; ;6813..6885;;ttc;;22;;22;;; ;6908..6983;;cga;;4;;4;;; ;6988..7065;;cca;;5;;5;;; ;7071..7155;;ttg;;5;;5;;; ;7161..7235;;atc;;5;;5;;; ;7241..7317;;atgf;;5;;5;;; ;7323..7398;;gca;;109;;109;;; ;7508..7584;;cga;;3;;3;;; ;7588..7668;;cta;;13;;13;;; ;7682..7758;;atc;;8;;8;;; ;7767..7841;;aac;;4;;4;;; ;7846..7919;;tgg;;33;33;;;;33 ;7953..8324;;CDS;@4;-24;-24;;;124; ;8301..8378;;gac;;8;;8;;; ;8387..8473;;tac;;86;;86;;; ;8560..8632;;aaa;;14;;14;;; ;8647..8720;;gga;;4;;4;;; ;8725..8800;;ttc;;7;;7;;; ;8808..8882;;acg;@2;100;100;;;; comp;8983..9600;;CDS;acg;89;89;;;206; ;9690..9771;;tta;;3;;3;;; ;9775..9849;;aca;;35;35;;;;35 comp;9885..10169;;CDS;;150;;;;95; ;;;;;;;;;; comp;10320..10622;;CDS;;116;116;;;101; ;10739..10813;;aca;;18;18;;;;18 comp;10832..11146;;CDS;;216;;;;105; ;;;;;;;;;; comp;11363..11599;;CDS;;94;94;;;79;94 ;11694..11768;;aga;;103;103;;;; ;11872..12312;;CDS;;195;;;;147; ;;;;;;;;;; comp;12508..12756;;CDS;;293;293;;;83; ;13050..13126;;atc;;72;72;;;;72 ;13199..14083;;CDS;;226;226;;;295; ;;;;;;;;;; ;14310..14385;;tcg;+;8;;8;;; ;14394..14481;;tcc;2 tcg;7;;7;;; ;14489..14563;;ctt;@3;3;;3;;; ;14567..14654;;tcg;tcg;5;;5;;; ;14660..14751;;tca;ctt;119;119;;;;119 ;14871..15080;;CDS;;212044;;;;70; ;;;;;;;;;; comp;227125..227388;;CDS;;444;444;;;88; comp;227833..227903;;gga;;248;248;;;;248 comp;228152..228391;;CDS;;1401;;;;80; ;;;;;;;;;; comp;229793..229999;;CDS;;24;24;;;69;24 comp;230024..230108;;tca;;289;289;;;; comp;230398..230640;;CDS;;231;;;;81; ;;;;;;;;;; comp;230872..231393;;CDS;;161;161;;;174;161 comp;231555..231640;;tta;;977;977;;;; ;232618..233067;;CDS;;277050;;;;150; ;510118..1;;;;;;;;; </pre> =====ppm plasmide MAJ===== <pre> plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2 MAJ;;;plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2;;; 23.10.19 Tanger;;;;;;26.7.19 Paris;;;; ;;49 aas;doubles;intercalaires;;;;51 aas;doubles;intercalaires 3920..4174;;cds hp;;;;3920..4174;;CDS;;536 4711..4803;;agc;+;;;4711..4803;;agc;+;5 4809..4883;;tgc;3 aac;;;4809..4883;;tgc;3 aac;63 4947..5021;;gaa;2 atc;;;4947..5021;;gaa;2 atc;7 5029..5105;;ctt;2 cca;;;5029..5105;;ctt;2 caa;6 5112..5186;;cca;2 cga;;;5112..5186;;cca;2 cca;101 5288..5361;;tgg;2 gaa;;;5288..5361;;tgg;2 cga;4 5366..5441;;tat;3 tgg;7;;5366..5444;;tac;2 gaa;4 5449..5522;;caa;;;;5449..5522;;caa;2 tac;6 5529..5605;;cac;;;;5529..5605;;cac;3 tgg;5 5611..5686;;gac;;;;5611..5686;;gac;;125 5812..5887;;gga;;;;5812..5887;;gga;;10 5898..5973;;aac;@1;;;5898..5973;;aac;@1;4 5978..6066;;tac;ctt;;;5978..6066;;tac;ctt;9 6076..6153;;ata;ata;82;;6076..6153;;ata;ata;4 ;;****;tat;;;6158..6231;;caa;;4 6236..6311;;atgi;;;;6236..6311;;atgi;;5 6317..6392;;aac;;;;6317..6392;;aac;;4 6397..6470;;tgg;;;;6397..6470;;tgg;;131 6602..6678;;gaa;;;;6602..6678;;gaa;;5 6684..6757;;ggc;;;;6684..6757;;ggc;;55 6813..6885;;ttc;;;;6813..6885;;ttc;;22 6908..6980;;cga;;7;;6908..6983;;cga;;4 6988..7065;;cca;;;;6988..7065;;cca;;5 7071..7155;;ttg;;;;7071..7155;;ttg;;5 7161..7235;;atc;;4;;7161..7235;;atc;;5 7240..7317;;atgf;;;;7241..7317;;atgf;;5 7323..7398;;gca;;;;7323..7398;;gca;;109 7508..7584;;cga;;;;7508..7584;;cga;;3 7588..7668;;cta;;;;7588..7668;;cta;;13 7682..7758;;atc;;;;7682..7758;;atc;;8 7767..7841;;aac;;;;7767..7841;;aac;;4 7846..7919;;tgg;;;;7846..7919;;tgg;;33 7953..8324;;cds hp;;;;7953..8324;;CDS;@4;-24 8301..8378;;gac;;;;8301..8378;;gac;;8 8387..8473;;tac;;;;8387..8473;;tac;;86 8560..8632;;aaa;;;;8560..8632;;aaa;;14 8647..8720;;gga;;;;8647..8720;;gga;;4 8725..8800;;ttc;;;;8725..8800;;ttc;;7 8808..8882;;acg;@2;;;8808..8882;;acg;@2;100 8983..9600;;cds hp;acg;;comp;8983..9600;;CDS;acg;89 9690..9771;;tta;;;;9690..9771;;tta;;3 9775..9849;;aca;;;;9775..9849;;aca;;35 9885..10169;;cds hp;;;comp;9885..10169;;CDS;;150 ;;;;;;;;;; 10320..10622;;cds hp;;;comp;10320..10622;;CDS;;116 10739..10813;;aca;;;;10739..10813;;aca;;18 10832..11146;;cds hp;;;comp;10832..11146;;CDS;;216 ;;;;;;;;;; 11363..11599;;cds hp;;;comp;11363..11599;;CDS;;94 11694..11765;;aga;;85;;11694..11768;;aga;;103 11851..12312;;cds rev-trans;;;;11872..12312;;CDS;;195 ;;;;;;;;;; 12508..12756;;cds trans-rg;;442;comp;12508..12756;;CDS;;293 ****;;****;;;;13050..13126;;atc;;72 13199..14083;;cds hp;;;;13199..14083;;CDS;;226 ;;;;;;;;;; 14310..14385;;tcg;+;;;14310..14385;;tcg;+;8 14394..14481;;tcc;2 tcg;;;14394..14481;;tcc;2 tcg;7 14489..14560;;ctt;@3;6;;14489..14563;;ctt;@3;3 14567..14654;;tcg;tcg;;;14567..14654;;tcg;tcg;5 14660..14751;;tca;ctt;;;14660..14751;;tca;ctt;119 14871..15080;;cds hp;;;;14871..15080;;CDS;;212044 ;;;;;;;;;; 227125..227388;;cds hp;;;comp;227125..227388;;CDS;;444 227833..227903;;gga;;;comp;227833..227903;;gga;;248 228152..228391;;cds hp;;;comp;228152..228391;;CDS;;1401 ;;;;;;;;;; 229793..229999;;cds hp;;;comp;229793..229999;;CDS;;24 230024..230108;;tca;;783;comp;230024..230108;;tca;;289 ****;;****;;;comp;230398..230640;;CDS;;231 ;;;;;;;;;; 230872..231393;;;cds hp;;comp;230872..231393;;CDS;;161 231558..231640;;tta;;;comp;231555..231640;;tta;;977 232618..233067;;cds hp;;;;232618..233067;;CDS;;277050 510118..1;;;;;;510118..1;;;; </pre> ====ppm cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_cumuls|ppm cumuls]] *Chromosome<br> <pre> Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; ;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;; ;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd avec rRNA;opérons;13;1;1;0;1;0;100;8;5;40;0 ;16 23 5s 0;7;20;12;46;50;1;200;20;17;60;1 ;16 5 atc gca;2;40;3;15;100;4;300;10;6;80;2 ;16 23 5s a;3;60;1;2;150;8;400;13;9;100;2 ;max a;21;80;0;1;200;6;500;7;4;120;2 ;a doubles;0;100;1;0;250;15;600;2;0;140;3 ;16 gca 23 5s ;1;120;0;1;300;5;700;1;0;160;3 ;total aas;73;140;0;0;350;3;800;1;1;180;2 sans ;opérons;19;160;0;0;400;5;900;0;0;200;1 ;1 aa;15;180;0;0;450;4;1000;1;0;220;3 ;max a;15;200;0;0;500;2;1100;0;0;240;2 ;a doubles;0;;0;0;;11;;1;0;;1 ;total aas;37;;18;65;;64;;64;42;;22 total aas;;110;moyenne;20;17;;193;;292;229;;150 remarques;;1;variance;21;17;;73;;234;123;;58 jaune;;;;;;;sans;;;sans;; </pre> *Plasmide<br> <pre> Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;; plasmide;;;;;;;;;;;; ;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;; ;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd avec rRNA;opérons;0;1;0;;1;1;60;0;;40;4 ;16 23 5s 0;;20;33;;50;4;80;4;;60;0 ;16 5 atc gca;;40;1;;100;4;100;5;;80;1 ;16 23 5s a;;60;1;;150;3;120;2;;100;1 ;max a;;80;1;;200;1;140;1;;120;1 ;a doubles;;100;1;;250;2;160;2;;140;0 ;16 gca 23 5s ;;120;2;;300;2;180;1;;160;0 ;total aas;;140;2;;350;0;200;0;;180;1 sans ;opérons;10;160;0;;400;0;220;1;;200;0 ;1 aa;6;180;0;;450;1;240;0;;220;0 ;max a;32;200;0;;500;0;260;0;;240;0 ;a doubles;2;;0;;;2;;1;;;1 ;total aas;51;;41;;;20;;17;;;9 total aas;;51;moyenne;6;;;126;;102;;;89 remarques;;3;variance;3;;;92;;32;;;77 ;jaune;;;sans;;;sans;;sans;;; </pre> ====ppm blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_blocs|ppm blocs]] <pre> ppm blocs;;;;;;; cds;392;;cds;1116;;cds;493 $16s;207;;$16s;207;;$16s;400 $23s;76;;$23s;76;;$23s;76 $5s;34;;$5s;82;;$5s;18 atc;22;;gca;4;;aac;3 19aas;*;;15aas;*;;9aas;* gga;'''204’;;gga;1133;;cca;107 cds;;;cds;;;cds; ;;;;;;; cds;367;;cds;412;;cds;380 $16s;93;;$16s;108;;$16s;89 $5s;38;;$5s;39;;gca;185 atc;20;;atc;20;;$23s;76 gca;129;;gca;128;;$5s;163 $23s;76;;$23s;130;;cds; $5s;18;;agc;28;;; aac;3;;6aas;*;;; 9aas;*;;aaa;154;;; gga;726;;cds;;;; cds;;;;;;; ;;;;;;; cds;327;'''616’;524;611;449;540;426 $16s;280;207;207;208;221;400;343 $23s;143;76;76;75;76;143;144 $5s;232;343;629;'''183’;216;'''236’;156 cds;;;;;;; ;;;;;;; $5s;constant;39 aas;117 pbs;;;; </pre> ====ppm distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_distribution|ppm distribution]] *Chromosome <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;2;tac;3;tgc;1 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;4;agc;2 ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;4 gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;4 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;5;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;2;gaa;4;gga;3 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;;;;;;;;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ppm;;15;;;;;15;;ppm;22;;;;;;22;;;;;;;;;;;ppm;;;;68;;;68 </pre> *Plasmide <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;3;tgc;1 atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;3;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;2 gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;2;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ppm;;6;;;;;6;;ppm;45;;;;;;45 </pre> ====ppm données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_données_intercalaires|ppm données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ppm;fx;fc;ppm;fx40;fc40;ppm;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;19;0;0;19;-1;0;59;90;259;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;16;226;1;0;46;-2;0;0;145;204;98;;gca;28;;agc;7;;cca ;0;20;20;240;2;2;33;-3;0;0;157;94;tRNA 23s;;;10;;atgj;12;;ttg ;0;30;11;212;3;0;22;-4;7;229;226;122;129;;gca;4;;gta;5;;cgt ;0;40;16;141;4;2;28;-5;0;0;1133;246;130;;gca;19;;aca;38;;ggc ;1;50;22;136;5;4;25;-6;0;0;73;262;186;;gca;77;;gac;28;;aaa ;0;60;16;103;6;3;17;-7;0;6;44;148;5s tRNA;;;9;;ttc;26;;gac ;0;70;33;103;7;0;14;-8;2;76;165;130;39;;atc;7;;tac;30;;atgf ;2;80;46;105;8;3;12;-9;1;0;107;244;34;;atc;**;;aaa;9;;gta ;1;90;60;114;9;0;13;-10;1;4;265;520;82;;gca;22;;atc;17;;gaa 2;0;100;49;98;10;2;16;-11;2;27;129;381;2* 18;;aac;4;;gca;3;;tcc ;2;110;51;110;11;3;12;-12;1;0;213;91;38;;atc;34;;aac;**;;aac ;0;120;58;96;12;2;31;-13;1;1;270;222;23s tRNA;;;3;;atgj;9;;gga 3;2;130;54;91;13;2;25;-14;0;22;123;139;131;;agc;31;;agc;22;;cca 1;0;140;45;93;14;2;30;-15;0;0;107;279;tRNA tRNA;;intra;6;;gaa;5;;cgt 1;1;150;53;69;15;2;23;-16;1;1;214;504;2* 20;;atc gca;10;;gta;10;;ggc ;1;160;43;87;16;2;29;-17;1;18;1861;249;tRNA tRNA;;;25;;atgf;11;;cta ;1;170;40;88;17;3;21;-18;0;0;2208;247;1;;aac;50;;gac;4;;aaa 1;0;180;29;79;18;1;22;-19;0;1;726;122;**;;agc;25;;ttc;55;;caa ;0;190;32;84;19;1;21;-20;1;15;77;238;86;;gaa;5;;aca;11;;gta ;0;200;35;74;20;2;26;-21;0;0;;207;15;;aaa;16;;tac;11;;gaa 3;0;210;40;54;21;1;20;-22;0;1;;174;**;;ctc;18;;cac;3;;acc ;2;220;35;56;22;0;21;-23;0;11;;206;11;;gcc;4;;caa;**;;aac 1;1;230;36;62;23;1;22;-24;0;1;CDS 16s;;**;;aag;15;;aaa;;; 1;0;240;28;45;24;0;19;-25;0;5;323;612;11;;ttg;6;;ctg;;; 4;0;250;37;44;25;3;16;-26;1;10;408;570;11;;tgc;10;;ggc;;; 1;0;260;16;36;26;0;24;-27;0;0;388;;6;;ggc;26;;tgc;;; 1;2;270;22;28;27;2;25;-28;0;1;520;;9;;caa;22;;cgt;;; 1;0;280;28;44;28;4;20;-29;0;6;607;;17;;cac;9;;cca;;; ;0;290;19;28;29;0;21;-30;0;0;445;;7;;tgg;**;;gga;;; ;0;300;20;22;30;0;24;-31;0;0;536;;4;;tac;4;;gca;;; ;0;310;15;23;31;3;14;-32;2;3;422;;22;;aca;3;;aac;;; ;0;320;14;20;32;1;19;-33;1;0;489;;35;;ttc;19;;tcc;;; ;0;330;10;21;33;2;16;-34;0;1;363;;15;;gac;9;;gaa;;; ;0;340;14;15;34;0;15;-35;0;4;376;;25;;atgf;29;;gta;;; ;0;350;12;22;35;1;14;-36;0;0;16s 23s;;58;;gta;25;;atgf;;; ;0;360;11;20;36;0;20;-37;0;0;290;;17;;gaa;13;;gac;;; ;0;370;11;8;37;2;8;-38;1;1;4* 217;;3;;tcc;4;;aca;;; ;0;380;6;14;38;3;14;-39;0;0;218;;**;;aac;102;;tac;;; 1;0;390;4;18;39;3;12;-40;0;2;231;;;;;4;;caa;;; ;0;400;9;7;40;1;9;-41;1;2;2* 410;;;;;12;;aaa;;; 2;4;reste;151;221;reste;1196;2338;-42;0;0;353;;;;;10;;cta;;; 23;20;total;1267;3176;total;1259;3176;-43;0;0;23s 5s;;;;;5;;ggc;;; 21;16;diagr;1116;2936;diagr;63;819;-44;0;4;6* 77;;;;;12;;cgt;;; 0;0; t30;47;678;;;;-45;1;0;3* 78;;;;;7;;ttg;;; ;;;;;;;;-46;0;0;144;;;;;7;;cca;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;2* 145;;;;;**;;gga;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;16s 5s;;;;;;;;;; ;x;1267;29;0;1296;;;-49;0;1;117;;;;;;;;;; ;c;3157;523;19;3699;;;-50;0;2;102;;;;;;;;;; ;;;;;4995;190;;reste;3;7;5s CDS;;;;;;;;;; ;;;;;;5185;;total;29;523;232;176;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;343;183;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;216;236;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;383;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;163;;;;;;;;;; </pre> =====ppm autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_autres_intercalaires_aas|ppm autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;ppm;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;10545;11633;323;*; ;;rRNA;11957;13510;290;*;1554 ;;rRNA;13801;16726;145;*;2926 ;;rRNA;16872;16988;232;*;117 fin;;CDS;17221;17640;;0; deb;comp;CDS;111496;112530;612;*; ;;rRNA;113143;114696;217;*;1554 ;;rRNA;114914;117842;77;*;2929 ;;rRNA;117920;118036;343;*;117 fin;;CDS;118380;119837;;; deb;;CDS;123186;124469;90;*; ;;tRNA;124560;124648;145;*;tca fin;;CDS;124794;125135;;; deb;;CDS;176747;176944;111;*; ;;ncRNA;177056;177322;155;*; fin;;CDS;177478;179229;;; deb;;CDS;180728;181003;408;*; ;;rRNA;181412;182965;117;*;1554 ;;rRNA;183083;183199;39;*;117 ;;tRNA;183239;183315;20;*;atc ;;tRNA;183336;183411;129;*;gca ;;rRNA;183541;186467;131;*;2927 ;;tRNA;186599;186690;28;*;agc ;;tRNA;186719;186795;10;*;atgj ;;tRNA;186806;186881;4;*;gta ;;tRNA;186886;186961;19;*;aca ;;tRNA;186981;187057;77;*;gac ;;tRNA;187135;187207;9;*;ttc ;;tRNA;187217;187302;7;*;tac ;;tRNA;187310;187382;157;*;aaa fin;;CDS;187540;188682;;; deb;comp;CDS;212745;213326;226;*; ;comp;tRNA;213553;213624;259;*;cgg fin;;CDS;213884;214921;;; deb;;CDS;224658;225137;255;*; ;;tmRNA;225393;225757;618;*; fin;;CDS;226376;227050;;; deb;;CDS;453754;455364;388;*; ;;rRNA;455753;457306;217;*;1554 ;;rRNA;457524;460452;77;*;2929 ;;rRNA;460530;460646;34;*;117 ;;tRNA;460681;460757;22;*;atc ;;tRNA;460780;460855;4;*;gca ;;tRNA;460860;460935;34;*;aac ;;tRNA;460970;461043;3;*;atgj ;;tRNA;461047;461138;31;*;agc ;;tRNA;461170;461241;6;*;gaa ;;tRNA;461248;461323;10;*;gta ;;tRNA;461334;461407;25;*;atgf ;;tRNA;461433;461509;50;*;gac ;;tRNA;461560;461632;25;*;ttc ;;tRNA;461658;461733;5;*;aca ;;tRNA;461739;461824;16;*;tac ;;tRNA;461841;461913;18;*;cac ;;tRNA;461932;462006;4;*;caa ;;tRNA;462011;462086;15;*;aaa ;;tRNA;462102;462189;6;*;ctg ;;tRNA;462196;462270;10;*;ggc ;;tRNA;462281;462351;26;*;tgc ;;tRNA;462378;462454;22;*;cgt ;;tRNA;462477;462550;9;*;cca ;;tRNA;462560;462630;204;*;gga fin;comp;CDS;462835;463938;;; deb;;CDS;465476;466216;520;*; ;;rRNA;466737;468290;217;*;1554 ;;rRNA;468508;471432;78;*;2925 ;;rRNA;471511;471627;176;*;117 fin;comp;CDS;471804;471962;;0; deb;comp;CDS;578235;578336;570;*; ;;rRNA;578907;580460;217;*;1554 ;;rRNA;580678;583605;78;*;2928 ;;rRNA;583684;583800;82;*;117 ;;tRNA;583883;583958;4;*;gca ;;tRNA;583963;584038;3;*;aac ;;tRNA;584042;584133;19;*;tcc ;;tRNA;584153;584224;9;*;gaa ;;tRNA;584234;584309;29;*;gta ;;tRNA;584339;584412;25;*;atgf ;;tRNA;584438;584514;13;*;gac ;;tRNA;584528;584603;4;*;aca ;;tRNA;584608;584693;102;*;tac ;;tRNA;584796;584870;4;*;caa ;;tRNA;584875;584950;12;*;aaa ;;tRNA;584963;585043;10;*;cta ;;tRNA;585054;585128;5;*;ggc ;;tRNA;585134;585210;12;*;cgt ;;tRNA;585223;585302;7;*;ttg ;;tRNA;585310;585386;7;*;cca ;;tRNA;585394;585464;1133;*;gga fin;;CDS;586598;587560;;0; deb;;CDS;609577;609924;73;*; ;;tRNA;609998;610069;94;*;acg fin;comp;CDS;610164;610445;;; deb;;CDS;752841;754124;607;*; ;;rRNA;754732;756285;218;*;1554 ;;rRNA;756504;759429;77;*;2926 ;;rRNA;759507;759623;183;*;117 fin;comp;CDS;759807;760232;;0; deb;;CDS;933311;934681;445;*; ;;rRNA;935127;936680;231;*;1554 ;;rRNA;936912;939838;77;*;2927 ;;rRNA;939916;940032;216;*;117 fin;;CDS;940249;941241;;; deb;;CDS;1462425;1462937;44;*; ;;tRNA;1462982;1463057;1;*;aac ;;tRNA;1463059;1463147;122;*;agc fin;comp;CDS;1463270;1464145;;; deb;comp;CDS;1464220;1464981;246;*; ;;tRNA;1465228;1465299;86;*;gaa ;;tRNA;1465386;1465461;15;*;aaa ;;tRNA;1465477;1465559;165;*;ctc fin;;CDS;1465725;1466180;;; deb;comp;CDS;1467848;1468585;262;*; ;;tRNA;1468848;1468930;148;*;ctc fin;comp;CDS;1469079;1469564;;0; deb;comp;CDS;1583500;1583721;130;*; ;;tRNA;1583852;1583925;244;*;ccc fin;comp;CDS;1584170;1585441;;0; deb;;CDS;1617541;1619682;107;*; ;;tRNA;1619790;1619860;265;*;gga fin;;CDS;1620126;1621163;;; deb;;CDS;1875693;1876160;129;*; ;;tRNA;1876290;1876365;11;*;gcc ;;tRNA;1876377;1876449;520;*;aag fin;comp;CDS;1876970;1877974;;; deb;comp;CDS;1933190;1933630;381;*; ;;tRNA;1934012;1934096;91;*;ctg fin;comp;CDS;1934188;1934718;;0; deb;;CDS;1982038;1982799;58;*; ;;ncRNA;1982858;1983052;216;*; fin;;CDS;1983269;1983661;;0; deb;comp;CDS;2009566;2010102;222;*; ;;tRNA;2010325;2010409;213;*;ctg fin;;CDS;2010623;2011135;;; deb;;CDS;2443744;2448333;536;*; ;;rRNA;2448870;2450423;410;*;1554 ;;rRNA;2450834;2453760;144;*;2927 ;;rRNA;2453905;2454021;236;*;117 fin;comp;CDS;2454258;2455367;;; deb;;CDS;2642172;2643329;422;*; ;;rRNA;2643752;2645305;353;*;1554 ;;rRNA;2645659;2648585;145;*;2927 ;;rRNA;2648731;2648847;383;*;117 fin;;CDS;2649231;2650082;;; deb;comp;CDS;3533806;3534249;139;*; ;;tRNA;3534389;3534460;279;*;gtc fin;comp;CDS;3534740;3535069;;; deb;;CDS;3639395;3639562;504;*; ;comp;tRNA;3640067;3640152;249;*;tta fin;;CDS;3640402;3640560;;; deb;;CDS;3668653;3669450;247;*; ;comp;tRNA;3669698;3669763;270;*;atgj fin;comp;CDS;3670034;3670234;;; deb;;CDS;3724691;3725086;122;*; ;comp;tRNA;3725209;3725282;123;*;atgi fin;comp;CDS;3725406;3725570;;; deb;;CDS;3796407;3797627;286;*; ;comp;ncRNA;3797914;3798312;79;*; fin;comp;CDS;3798392;3798958;;; deb;comp;CDS;4338508;4339209;107;*; ;comp;tRNA;4339317;4339390;7;*;cca ;comp;tRNA;4339398;4339477;12;*;ttg ;comp;tRNA;4339490;4339566;5;*;cgt ;comp;tRNA;4339572;4339646;38;*;ggc ;comp;tRNA;4339685;4339757;28;*;aaa ;comp;tRNA;4339786;4339862;26;*;gac ;comp;tRNA;4339889;4339965;30;*;atgf ;comp;tRNA;4339996;4340071;9;*;gta ;comp;tRNA;4340081;4340152;17;*;gaa ;comp;tRNA;4340170;4340261;3;*;tcc ;comp;tRNA;4340265;4340340;18;*;aac ;comp;rRNA;4340359;4340475;78;*;117 ;comp;rRNA;4340554;4343481;410;*;2928 ;comp;rRNA;4343892;4345445;489;*;1554 fin;comp;CDS;4345935;4347563;;; deb;comp;CDS;4394160;4395092;238;*; ;;tRNA;4395331;4395404;214;*;aga fin;;CDS;4395619;4396383;;0; deb;;CDS;4446278;4447621;207;*; ;comp;tRNA;4447829;4447902;174;*;aga fin;;CDS;4448077;4448370;;0; deb;comp;CDS;4703166;4703687;1861;*; ;comp;tRNA;4705549;4705627;11;*;ttg ;comp;tRNA;4705639;4705713;11;*;tgc ;comp;tRNA;4705725;4705796;6;*;ggc ;comp;tRNA;4705803;4705877;9;*;caa ;comp;tRNA;4705887;4705959;17;*;cac ;comp;tRNA;4705977;4706050;7;*;tgg ;comp;tRNA;4706058;4706143;4;*;tac ;comp;tRNA;4706148;4706223;22;*;aca ;comp;tRNA;4706246;4706318;35;*;ttc ;comp;tRNA;4706354;4706430;15;*;gac ;comp;tRNA;4706446;4706522;25;*;atgf ;comp;tRNA;4706548;4706623;58;*;gta ;comp;tRNA;4706682;4706753;17;*;gaa ;comp;tRNA;4706771;4706862;3;*;tcc ;comp;tRNA;4706866;4706941;2208;*;aac fin;comp;CDS;4709150;4710085;;; deb;comp;CDS;4987142;4989934;726;*; ;comp;tRNA;4990661;4990731;9;*;gga ;comp;tRNA;4990741;4990814;22;*;cca ;comp;tRNA;4990837;4990913;5;*;cgt ;comp;tRNA;4990919;4990993;10;*;ggc ;comp;tRNA;4991004;4991084;11;*;cta ;comp;tRNA;4991096;4991171;4;*;aaa ;comp;tRNA;4991176;4991250;55;*;caa ;comp;tRNA;4991306;4991381;11;*;gta ;comp;tRNA;4991393;4991464;11;*;gaa ;comp;tRNA;4991476;4991548;3;*;acc ;comp;tRNA;4991552;4991627;18;*;aac ;comp;rRNA;4991646;4991762;77;*;117 ;comp;rRNA;4991840;4994767;130;*;2928 ;comp;tRNA;4994898;4994973;20;*;gca ;comp;tRNA;4994994;4995070;38;*;atc ;comp;rRNA;4995109;4995225;102;*;117 ;comp;rRNA;4995328;4996881;363;*;1554 fin;comp;CDS;4997245;4997475;;; deb;comp;CDS;5057616;5058803;163;*; ;comp;rRNA;5058967;5059083;77;*;117 ;comp;rRNA;5059161;5062088;186;*;2928 ;comp;tRNA;5062275;5062350;98;*;gca ;comp;rRNA;5062449;5064002;376;*;1554 fin;comp;CDS;5064379;5066394;;; deb;;CDS;5714294;5714611;206;*; ;comp;tRNA;5714818;5714908;77;*;tcg fin;comp;CDS;5714986;5715210;;; </pre> ===pmq=== ====pmq opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq opérons|pmq opérons]] <pre> 58.3%GC;24.7.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Paenibacillus mucilaginosus 3016;;;;;;;;; ;9206..10276;CDS;;322;322;;;357; ;10599..12139;16s;;269;;;;; ;12409..15343;23s;;95;;;;; ;15439..15555;5s;;178;178;;;;178 ;15734..17190;CDS;;3061;;;;486; ;;;;;;;;; ;20252..21532;CDS;;47;47;;;427;47 ;21580..21666;tca;;140;140;;;; ;21807..22157;CDS hp;@1;17;;;;117; ;22175..22357;CDS hp;;23;;;;*61; ;22381..22524;CDS hp;;86;;;;*48; comp;22611..22796;CDS hp;;138;;;;*62; comp;22935..25265;CDS replicase;;156;;;;*777; ;;;;;;;;; ;25422..26165;CDS;;220;220;;;248; comp;26386..26460;cgg;;183;183;;;;183 ;26644..27168;CDS;;151287;;;;175; ;;;;;;;;; ;178456..179454;CDS;;298;298;;;333; ;179753..181299;16s;;254;;;;; ;181554..184488;23s;;168;;;;; ;184657..184773;5s;;15;;;;; ;184789..184876;agc;;29;;;29;; ;184906..184982;atgj;;39;;;39;; ;185022..185097;gta;;15;;;15;; ;185113..185189;atgf;;14;;;14;; ;185204..185280;gac;;48;;;48;; ;185329..185404;ttc;;5;;;5;; ;185410..185485;aca;;9;;;9;; ;185495..185579;tac;;15;;;15;; ;185595..185670;aaa;;183;183;;;;183 comp;185854..187104;CDS;;30460;;;;417; ;;;;;;;;; comp;217565..218146;CDS;;129;129;;;194;129 comp;218276..218350;cgg;;261;261;;;; ;218612..219643;CDS;;34238;;;;344; ;;;;;;;;; ;253882..254526;CDS;;677;*677;;;215; ;255204..256745;16s;;268;;;;; ;257014..259948;23s;;95;;;;; ;260044..260160;5s;;55;;;;; ;260216..260292;atc;;19;;;19;; ;260312..260387;gca;+;16;;;16;; ;260404..260475;gaa;2 gca;9;;;9;; ;260485..260569;tac;;20;;;20;; ;260590..260665;aac;;3;;;3;; ;260669..260744;gta;;19;;;19;; ;260764..260840;gac;;20;;;20;; ;260861..260933;ttc;;15;;;15;; ;260949..261021;aaa;;10;;;10;; ;261032..261118;ctg;;3;;;3;; ;261122..261196;ggc;;12;;;12;; ;261209..261280;tgc;;15;;;15;; ;261296..261369;cgt;;5;;;5;; ;261375..261448;cca;;158;;;*158;; ;261607..261682;gca;;4;;;4;; ;261687..261759;acc;;5;;;5;; ;261765..261854;tcg;;19;;;19;; ;261874..261961;agc;;17;;;17;; ;261979..262054;gtc;;5;;;5;; ;262060..262134;acg;;39;;;39;; ;262174..262262;tcc;;41;;;41;; ;262304..262386;ctc;;283;283;;;;*283 ;262670..263515;CDS;;314679;;;;282; ;;;;;;;;; ;578195..579055;CDS;;324;324;;;287; ;579380..580921;16s;;258;;;;; ;581180..584114;23s;;166;;;;; ;584281..584397;5s;;31;;;;; ;584429..584505;aac;;6;;;6;; ;584512..584600;tcc;;38;;;38;; ;584639..584710;gaa;;11;;;11;; ;584722..584797;gta;;17;;;17;; ;584815..584891;atgf;;15;;;15;; ;584907..584983;gac;;67;;;67;; ;585051..585125;acg;;11;;;11;; ;585137..585212;cac;;10;;;10;; ;585223..585297;caa;;5;;;5;; ;585303..585378;aaa;;17;;;17;; ;585396..585470;ggc;+;40;;;40;; ;585511..585585;ggc;2 ggc;24;;;24;; ;585610..585692;ttg;;5;;;5;; ;585698..585774;cca;;19;;;19;; ;585794..585867;gga;;1;;;1;; ;585869..585942;aga;;187;187;;;;187 ;586130..586885;CDS;;85587;;;;252; ;;;;;;;;; ;672473..672949;CDS;;18;18;;;159;18 ;672968..673043;aac;;7;;7;;; ;673051..673138;agc;@2;297;;297;;; ;673436..673507;gaa;;9;;9;;; ;673517..673599;ctc;;180;180;;;; ;673780..674199;CDS;;182;;;;140; ;;;;;;;;; ;674382..675278;CDS;;159;159;;;299; ;675438..675520;ctc;;64;64;;;;64 ;675585..675833;CDS;;18450;;;;83; ;;;;;;;;; ;694284..695636;CDS;;797;*797;;;451; ;696434..697974;16s;;261;;;;; ;698236..701170;23s;;94;;;;; ;701265..701381;5s;;43;;;;; ;701425..701498;atc;;11;;;11;; ;701510..701584;gaa;;5;;;5;; ;701590..701665;gtc;;5;;;5;; ;701671..701747;atgf;;4;;;4;; ;701752..701825;tgg;;9;;;9;; ;701835..701909;caa;;8;;;8;; ;701918..701990;aaa;;18;;;18;; ;702009..702095;ctg;;4;;;4;; ;702100..702174;ggc;;11;;;11;; ;702186..702259;cgt;;12;;;12;; ;702272..702348;cca;;577;*577;;;;*577 ;702926..703120;CDS;;370320;;;;65; ;;;;;;;;; ;1073441..1074214;CDS;;373;373;;;258; ;1074588..1076136;16s;;260;;;;; ;1076397..1079331;23s;;168;;;;; ;1079500..1079616;5s;;9;;;;; ;1079626..1079701;aac;;6;;;6;; ;1079708..1079796;tcc;;38;;;38;; ;1079835..1079906;gaa;;11;;;11;; ;1079918..1079993;gta;;17;;;17;; ;1080011..1080087;atgf;;13;;;13;; ;1080101..1080177;gac;;49;;;49;; ;1080227..1080302;ttc;;4;;;4;; ;1080307..1080382;aca;;13;;;13;; ;1080396..1080481;tac;;8;;;8;; ;1080490..1080560;tgg;;13;;;13;; ;1080574..1080649;cac;;26;;;26;; ;1080676..1080747;caa;;9;;;9;; ;1080757..1080831;ggc;;12;;;12;; ;1080844..1080917;tgc;;10;;;10;; ;1080928..1081016;tta;;20;;;20;; ;1081037..1081113;cgt;;3;;;3;; ;1081117..1081199;ttg;;147;147;;;;147 ;1081347..1081973;CDS;;128630;;;;209; ;;;;;;;;; ;1210604..1213519;CDS;;354;354;;;972; ;1213874..1213949;gca;;16;;16;;; ;1213966..1214037;gaa;;12;;12;;; ;1214050..1214125;gta;;16;;16;;; ;1214142..1214218;gac;;17;;17;;; ;1214236..1214311;cac;;9;;9;;; ;1214321..1214395;caa;;9;;9;;; ;1214405..1214477;aaa;;8;;8;;; ;1214486..1214572;ctg;;3;;3;;; ;1214576..1214647;ggc;;169;169;;;;169 comp;1214817..1215602;CDS;;378784;;;;262; ;;;;;;;;; ;1594387..1594665;CDS;;537;*537;;;93; ;1595203..1596743;16s;;252;;;;; ;1596996..1599930;23s;;94;;;;; ;1600025..1600141;5s;;43;;;;; ;1600185..1600261;atc;;19;;;19;; ;1600281..1600356;gca;;17;;;17;; ;1600374..1600445;gaa;;8;;;8;; ;1600454..1600529;gta;+;5;;;5;; ;1600535..1600610;aca;2 gta;10;;;10;; ;1600621..1600705;tac;;18;;;18;; ;1600724..1600799;aac;;4;;;4;; ;1600804..1600879;gta;;21;;;21;; ;1600901..1600977;atgf;;12;;;12;; ;1600990..1601066;gac;;34;;;34;; ;1601101..1601176;cac;;13;;;13;; ;1601190..1601264;caa;;8;;;8;; ;1601273..1601345;aaa;;17;;;17;; ;1601363..1601448;ctc;;13;;;13;; ;1601462..1601548;ctg;;5;;;5;; ;1601554..1601628;ggc;;14;;;14;; ;1601643..1601713;tgc;;10;;;10;; ;1601724..1601797;cgt;;5;;;5;; ;1601803..1601876;cca;;105;105;;;;105 ;1601982..1602245;CDS;;232535;;;;88; ;;;;;;;;; ;1834781..1835260;CDS;;106;106;;;160;106 ;1835367..1835439;gcc;;137;137;;;; comp;1835577..1835978;CDS;;371114;;;;134; ;;;;;;;;; comp;2207093..2208091;CDS;;192;192;;;333;192 ;2208284..2208367;ctg;+;49;;49;;; ;2208417..2208500;ctg;2 ctg;315;315;;;; ;2208816..2209952;CDS;;1246561;;;;379; ;;;;;;;;; ;3456514..3456786;CDS;;256;256;;;91; ;3457043..3457119;ccc;;142;142;;;;142 ;3457262..3457483;CDS;;1547757;;;;74; ;;;;;;;;; comp;5005241..5005426;CDS;;127;127;;;62;127 comp;5005554..5005636;ctc;;40;;40;;; comp;5005677..5005765;tcc;;13;;13;;; comp;5005779..5005852;atg;;19;;19;;; comp;5005872..5005958;tcg;;167;167;;;; ;5006126..5006220;ncRNA;;1377035;;;;32; ;;;;;;;;; comp;6383256..6384173;CDS;;228;228;;;306; ;6384402..6384477;gtc;;69;69;;;;69 comp;6384547..6385458;CDS;;5453;;;;304; ;;;;;;;;; comp;6390912..6391130;CDS;;142;142;;;73;142 comp;6391273..6391358;tta;;7;;7;;; comp;6391366..6391442;atgi;;19;;19;;; comp;6391462..6391538;atgf;;370;370;;;; comp;6391909..6392460;CDS;;962046;;;;184; ;;;;;;;;; ;7354507..7354737;CDS;;342;342;;;77;*342 comp;7355080..7355162;ctc;;28;;;28;; comp;7355191..7355279;tcc;;12;;;12;; comp;7355292..7355368;atgf;;14;;;14;; comp;7355383..7355459;atgj;;14;;;14;; comp;7355474..7355561;agc;;8;;;8;; comp;7355570..7355659;tcg;;4;;;4;; comp;7355664..7355736;acc;;4;;;4;; comp;7355741..7355816;gca;;119;;;;; ;7355936..7356030;ncRNA;@3;36;;;;; comp;7356067..7356140;cca;;6;;;6;; comp;7356147..7356220;cgt;;104;;;*104;; comp;7356325..7356396;ggc;;7;;;7;; comp;7356404..7356490;ctg;;9;;;9;; comp;7356500..7356572;aaa;;9;;;9;; comp;7356582..7356656;caa;;9;;;9;; comp;7356666..7356741;cac;;17;;;17;; comp;7356759..7356835;gac;;12;;;12;; comp;7356848..7356923;gta;;4;;;4;; comp;7356928..7357003;aac;;15;;;15;; comp;7357019..7357103;tac;;8;;;8;; comp;7357112..7357187;aca;;5;;;5;; comp;7357193..7357264;gaa;;15;;;15;; comp;7357280..7357355;gcc;;9;;;9;; comp;7357365..7357438;atc;;54;;;;; comp;7357493..7357609;5s;;112;;;;; comp;7357722..7360655;23s;;258;;;;; comp;7360914..7362454;16s;;403;*403;;;; ;7362858..7363397;CDS;;254752;;;;180; ;;;;;;;;; ;7618150..7618842;CDS;;280;280;;;231;*280 comp;7619123..7619193;ggg;;335;335;;;; ;7619529..7620461;CDS;;46171;;;;311; ;;;;;;;;; comp;7666633..7668069;CDS;;104;104;;;479;104 comp;7668174..7668244;ggg;;5;;;5;; comp;7668250..7668326;cca;;106;;;*106;; comp;7668433..7668506;cgt;;11;;;11;; comp;7668518..7668592;ggc;;5;;;5;; comp;7668598..7668684;ctg;;13;;;13;; comp;7668698..7668783;ctc;;16;;;16;; comp;7668800..7668872;aaa;;10;;;10;; comp;7668883..7668967;tac;;28;;;28;; comp;7668996..7669071;ttc;;12;;;;; comp;7669084..7669200;5s;;159;;;;; comp;7669360..7672297;23s;;256;;;;; comp;7672554..7674095;16s;;537;*537;;;; ;7674633..7675382;CDS;;177794;;;;250; ;;;;;;;;; comp;7853177..7853761;CDS;;57;57;;;195;57 comp;7853819..7853892;cac;;230;;230;;; comp;7854123..7854196;cac;;404;*404;;;; comp;7854601..7854801;CDS;;245639;;;;67; ;;;;;;;;; comp;8100441..8100854;CDS;;123;123;;;138;123 comp;8100978..8101094;5s;;167;;;;; comp;8101262..8104180;23s;;248;;;;; comp;8104429..8105969;16s;;325;325;;;; comp;8106295..8106636;CDS;;45281;;;;114; ;;;;;;;;; comp;8151918..8152448;CDS;;460;*460;;;177;*460 comp;8152909..8153031;5s;;94;;;;; comp;8153126..8156060;23s;;258;;;;; comp;8156319..8157859;16s;;456;*456;;;; ;8158316..8158642;CDS;;98285;;;;109; ;;;;;;;;; ;8256928..8257746;CDS;;83;83;;;273;83 comp;8257830..8257903;gga;;5;;;5;; comp;8257909..8257985;cca;;16;;;16;; comp;8258002..8258078;cgt;;4;;;4;; comp;8258083..8258157;ggc;;8;;;8;; comp;8258166..8258248;cta;;42;;;42;; comp;8258291..8258366;aaa;;8;;;8;; comp;8258375..8258449;caa;;9;;;9;; comp;8258459..8258532;tgg;;4;;;4;; comp;8258537..8258613;atgf;;5;;;5;; comp;8258619..8258694;gtc;;5;;;5;; comp;8258700..8258774;gaa;;11;;;11;; comp;8258786..8258859;atc;;43;;;;; comp;8258903..8259019;5s;;94;;;;; comp;8259114..8262048;23s;;255;;;;; comp;8262304..8263845;16s;;306;306;;;; comp;8264152..8264370;CDS;;58373;;;;73; ;;;;;;;;; comp;8322744..8323205;CDS;;393;393;;;154;*393 comp;8323599..8323715;5s;;94;;;;; comp;8323810..8326748;23s;;258;;;;; comp;8327007..8328547;16s;;369;369;;;; comp;8328917..8330413;CDS;;21505;;;;499; ;;;;;;;;; comp;8351919..8354414;CDS;;396;396;;;832; comp;8354811..8354884;atg;;149;149;;;;149 comp;8355034..8355537;CDS;;34450;;;;168; ;;;;;;;;; ;8389988..8390512;CDS;;296;296;;;175;*296 comp;8390809..8390925;5s;;94;;;;; comp;8391020..8393954;23s;;259;;;;; comp;8394214..8395754;16s;;234;234;;;; comp;8395989..8396255;CDS;;220222;;;;89; ;;;;;;;;; comp;8616478..8616924;CDS;;417;*417;;;149; ;8617342..8617418;gac;;157;157;;;;157 ;8617576..8618541;CDS;;105821;;;;322; ;;;;;;;;; ;8724363..8724614;CDS;;455;*455;;;84; comp;8725070..8725160;tcg;;165;165;;;;165 comp;8725326..8725559;CDS;;9205;;;;78; ;;opéron;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd </pre> ====pmq cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_cumuls|pmq cumuls]] <pre> pmq;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cds dirigé;gammes;cdsa;cdsd avec rRNA;opérons;14;1;0;1;1;0;1;0;100;15;8 ;16 23 5s 0;5;20;14;107;50;3;20;1;200;18;10 ;16 atc gca;0;40;1;12;100;4;40;0;300;12;6 ;16 23 5s a;9;60;1;4;150;11;60;2;400;9;3 ;max a;23;80;0;1;200;11;80;2;500;6;4 ;a doubles;3;100;0;0;250;3;100;1;600;0;0 ;spéciaux;0;120;0;2;300;6;120;3;700;0;0 ;total aas;138;140;0;0;350;7;140;3;800;0;0 sans ;opérons;17;160;0;1;400;6;160;5;900;1;0 ;1 aa;11;180;0;0;450;3;180;3;1000;1;0 ;max a;9;200;0;0;500;3;200;4;1100;0;0 ;a doubles;1;;2;0;;5;;7;;0;0 ;total aas;35;;18;128;;62;;31;;62;31 total aas;;173;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;16;;;;;;235;213 ;;;variance;;20;;;;;;184;122 sans jaune;;;moyenne;16;14;;207;;126;;; ;;;variance;12;11;;106;;49;;; </pre> ====pmq blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_blocs|pmq blocs]] <pre> Les blocs à rRNAs pmq;;;;; CDS;298;324;373;12; 16s;254;258;260;159; 23s;168;166;168;256; 5s;15;31;9;537; 1er aa;agc;aac;aac;ttc; aas;9;16;17;9; CDS;183;187;147;104; ;;;;; CDS;677;797;537;54;43 16s;268;261;252;112;94 23s;95;94;94;258;255 5s;55;43;43;403;306 atc / aas;22;11;19;23;12 CDS;283;577;105;342;83 ;;;;; CDS;322;123;460;393;296 16s;269;167;94;94;94 23s;95;248;258;258;259 5s;178;325;456;369;234 </pre> ====pmq distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_distribution|pmq distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ggc2 5s;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;4;tac;6;tgc;3 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;2;aac;5;agc;3 ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;4;cgt;7 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;3;gcc;1;gac;6;ggc;9 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;8;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;7;caa;6;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;1;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;4;gaa;7;gga;2 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;2;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total pmq;;11;;;;;11;;pmq;22;;;;;;22;;pmq;2;;;;;;2;;pmq;;;;138;;;138 </pre> ====pmq données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_données_intercalaires|pmq données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;pmq;fx;fc;pmq;fx40;fc40;pmq;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;5;26;0;5;26;-1;0;80;47;222;23s 5s;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;15;298;1;1;52;-2;3;0;137;183;2* 97;;;29;;agc;11;;atc;28;;ctc ;1;20;15;336;2;1;46;-3;0;1;129;183;2* 170;;;39;;atgj;5;;gaa;12;;tcc ;0;30;22;273;3;1;35;-4;11;384;283;261;168;;;15;;gta;5;;gtc;14;;atgf ;0;40;16;249;4;1;34;-5;0;1;187;169;6* 96;;;14;;atgf;4;;atgf;14;;atgj ;1;50;22;194;5;1;28;-6;3;1;18;137;113;;;48;;gac;9;;tgg;8;;agc ;0;60;24;156;6;1;32;-7;0;5;180;192;161;;;5;;ttc;8;;caa;4;;tcg ;1;70;32;142;7;2;28;-8;0;76;159;228;169;;;9;;aca;18;;aaa;4;;acc 1;1;80;47;168;8;2;12;-9;1;0;64;72;5s CDS;;;15;;tac;7;;ctg;;119;gca 1;1;90;44;163;9;4;10;-10;1;8;577;342;178;296;;**;;aaa;11;;ggc;;36;ncRNA ;0;100;53;148;10;1;21;-11;2;32;150;280;123;;;19;;atc;12;;cgt;6;;cca ;3;110;53;123;11;1;23;-12;0;0;354;335;460;;;16;;gca;**;;cca;104;;cgt ;0;120;61;117;12;0;38;-13;0;7;105;86;393;;;9;;gaa;6;;aac;7;;ggc ;1;130;77;120;13;1;43;-14;2;27;106;417;5s tRNA;;;20;;tac;38;;tcc;9;;ctg 1;1;140;60;95;14;1;45;-15;0;0;315;455;15;;agc;3;;aac;11;;gaa;9;;aaa ;4;150;64;119;15;3;39;-16;0;5;256;;55;;atc;19;;gta;17;;gta;9;;caa ;2;160;67;87;16;2;34;-17;2;17;142;;54;;atc;20;;gac;13;;atgf;17;;cac 1;1;170;75;94;17;1;25;-18;0;0;394;;3* 43;;atc;15;;ttc;49;;gac;12;;gac ;1;180;66;111;18;3;36;-19;0;1;142;;9;;aac;10;;aaa;4;;ttc;4;;gta 2;1;190;81;93;19;3;29;-20;1;14;75;;31;;aac;3;;ctg;13;;aca;15;;aac 1;0;200;65;94;20;0;24;-21;0;0;104;;12;;ttc;12;;ggc;8;;tac;8;;tac ;0;210;65;86;21;6;37;-22;1;5;84;;tRNA tRNA;;;15;;tgc;13;;tgg;5;;aca ;0;220;58;86;22;1;32;-23;0;13;404;;7;;aac;5;;cgt;26;;cac;15;;gaa 2;0;230;52;79;23;3;23;-24;0;0;396;;297;;agc;158;;cca;9;;caa;9;;gcc ;0;240;54;87;24;2;45;-25;1;3;149;;9;;gaa;4;;gca;12;;ggc;**;;atc ;0;250;47;74;25;0;28;-26;3;13;157;;**;;ctc;5;;acc;10;;tgc;5;;ggg ;1;260;41;66;26;5;15;-27;0;0;165;;16;;gca;19;;tcg;20;;tta;106;;cca 1;0;270;43;60;27;2;24;-28;0;0;CDS 16s;;12;;gaa;17;;agc;3;;cgt;11;;cgt 1;0;280;35;59;28;2;14;-29;0;8;318;399;16;;gta;5;;gtc;**;;ttg;5;;ggc ;1;290;30;44;29;0;25;-30;0;0;299;533;17;;gac;39;;acg;19;;atc;13;;ctg ;0;300;23;35;30;1;30;-31;0;2;673;;9;;cac;41;;tcc;17;;gca;16;;ctc ;0;310;35;45;31;0;26;-32;1;8;320;;9;;caa;**;;ctc;8;;gaa;10;;aaa ;1;320;28;32;32;2;20;-33;0;0;793;;8;;aaa;10;;aac;5;;gta;28;;tac ;0;330;28;41;33;1;26;-34;1;2;377;;3;;ctg;38;;tcc;10;;aca;**;;ttc 1;0;340;21;27;34;3;20;-35;1;6;533;;**;;ggc;11;;gaa;18;;tac;5;;gga 1;0;350;25;33;35;1;31;-36;2;0;321;;49;;ctg;17;;gta;4;;aac;16;;cca ;1;360;19;22;36;1;23;-37;0;2;272;;**;;ctg;15;;atgf;21;;gta;4;;cgt ;0;370;14;26;37;3;24;-38;0;2;302;;40;;ctc;67;;gac;12;;atgf;8;;ggc ;0;380;12;32;38;1;24;-39;0;0;365;;13;;tcc;11;;acg;34;;gac;42;;cta ;0;390;15;24;39;2;27;-40;0;1;230;;19;;atgj;10;;cac;13;;cac;8;;aaa ;2;400;10;26;40;2;28;-41;0;5;16s 23s;;**;;tcg;5;;caa;8;;caa;9;;caa 2;2;reste;266;353;reste;1812;3361;-42;0;0;2* 280;;7;;tta;17;;aaa;17;;aaa;4;;tgg 15;27;total;1885;4543;total;1885;4543;-43;0;0;266;;19;;atgi;40;;ggc;13;;ctc;5;;atgf 13;25;diagr;1614;4164;diagr;68;1156;-44;1;3;272;;**;;atgf;24;;ggc;5;;ctg;5;;gtc 0;1; t30;52;907;;;;-45;0;0;271;;230;;cac;8;;ttg;14;;ggc;11;;gaa ;;;;;;;;-46;0;1;263;;**;;cac;19;;cca;10;;tgc;**;;atc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;4* 269;;;;;1;;gga;5;;cgt;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;268;;;;;**;;aga;**;;cca;;; ;x;1880;42;5;1927;;;-49;0;2;259;;;;;;;;;;;;; ;c;4517;753;26;5296;;;-50;0;1;267;;;;;;;;;;;;; ;;;;;7223;256;;reste;5;16;270;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;7479;;total;42;753;;;;;;;;;;;;;; </pre> =====pmq autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires_aas|pmq autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;pmq;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;9206;318;; ;rRNA;10595;280;;16s ;rRNA;12412;97;;23s ;rRNA;15439;178;;5s fin;CDS;15734;;; deb;CDS;20252;47;; ;tRNA;21580;137;;tca fin;CDS;21807;;; deb;CDS;25422;222;; ;tRNA;26388;183;comp;cgg fin;CDS;26644;;; deb;CDS;178456;299;; ;rRNA;179754;266;;16s ;rRNA;181557;170;;23s ;rRNA;184657;15;;5s ;tRNA;184789;29;;agc ;tRNA;184906;39;;atgj ;tRNA;185022;15;;gta ;tRNA;185113;14;;atgf ;tRNA;185204;48;;gac ;tRNA;185329;5;;ttc ;tRNA;185410;9;;aca ;tRNA;185495;15;;tac ;tRNA;185595;183;;aaa fin;CDS;185854;;comp; deb;CDS;217565;129;comp; ;tRNA;218276;261;comp;cgg fin;CDS;218612;;; deb;CDS;230970;186;; ;tmRNA;231642;140;; fin;CDS;232145;;; deb;CDS;253921;673;; ;rRNA;255200;280;;16s ;rRNA;257017;97;;23s ;rRNA;260044;55;;5s ;tRNA;260216;19;;atc ;tRNA;260312;16;;gca ;tRNA;260404;9;;gaa ;tRNA;260485;20;;tac ;tRNA;260590;3;;aac ;tRNA;260669;19;;gta ;tRNA;260764;20;;gac ;tRNA;260861;15;;ttc ;tRNA;260949;10;;aaa ;tRNA;261032;3;;ctg ;tRNA;261122;12;;ggc ;tRNA;261209;15;;tgc ;tRNA;261296;5;;cgt ;tRNA;261375;158;;cca ;tRNA;261607;4;;gca ;tRNA;261687;5;;acc ;tRNA;261765;19;;tcg ;tRNA;261874;17;;agc ;tRNA;261979;5;;gtc ;tRNA;262060;39;;acg ;tRNA;262174;41;;tcc ;tRNA;262304;283;;ctc fin;CDS;262670;;; deb;CDS;578195;320;; ;rRNA;579376;269;;16s ;rRNA;581183;168;;23s ;rRNA;584281;31;;5s ;tRNA;584429;10;;aac ;tRNA;584512;38;;tcc ;tRNA;584639;11;;gaa ;tRNA;584722;17;;gta ;tRNA;584815;15;;atgf ;tRNA;584907;67;;gac ;tRNA;585051;11;;acg ;tRNA;585137;10;;cac ;tRNA;585223;5;;caa ;tRNA;585303;17;;aaa ;tRNA;585396;40;;ggc ;tRNA;585511;24;;ggc ;tRNA;585610;8;;ttg ;tRNA;585698;19;;cca ;tRNA;585794;1;;gga ;tRNA;585869;187;;aga fin;CDS;586130;;; deb;CDS;672473;18;; ;tRNA;672968;7;;aac ;tRNA;673051;297;;agc ;tRNA;673436;9;;gaa ;tRNA;673517;180;;ctc fin;CDS;673780;;; deb;CDS;674382;159;; ;tRNA;675438;64;;ctc fin;CDS;675585;;; deb;CDS;694284;793;; ;rRNA;696430;272;;16s ;rRNA;698239;96;;23s ;rRNA;701265;43;;5s ;tRNA;701425;11;;atc ;tRNA;701510;5;;gaa ;tRNA;701590;5;;gtc ;tRNA;701671;4;;atgf ;tRNA;701752;9;;tgg ;tRNA;701835;8;;caa ;tRNA;701918;18;;aaa ;tRNA;702009;7;;ctg ;tRNA;702100;11;;ggc ;tRNA;702186;12;;cgt ;tRNA;702272;577;;cca fin;CDS;702926;;; deb;CDS;1073441;377;; ;rRNA;1074592;271;;16s ;rRNA;1076400;170;;23s ;rRNA;1079500;9;;5s ;tRNA;1079626;6;;aac ;tRNA;1079708;38;;tcc ;tRNA;1079835;11;;gaa ;tRNA;1079918;17;;gta ;tRNA;1080011;13;;atgf ;tRNA;1080101;49;;gac ;tRNA;1080227;4;;ttc ;tRNA;1080307;13;;aca ;tRNA;1080396;8;;tac ;tRNA;1080490;13;;tgg ;tRNA;1080574;26;;cac ;tRNA;1080676;9;;caa ;tRNA;1080757;12;;ggc ;tRNA;1080844;10;;tgc ;tRNA;1080928;20;;tta ;tRNA;1081037;3;;cgt ;tRNA;1081117;150;;ttg fin;CDS;1081347;;; deb;CDS;1210625;354;; ;tRNA;1213874;16;;gca ;tRNA;1213966;12;;gaa ;tRNA;1214050;16;;gta ;tRNA;1214142;17;;gac ;tRNA;1214236;9;;cac ;tRNA;1214321;9;;caa ;tRNA;1214405;8;;aaa ;tRNA;1214486;3;;ctg ;tRNA;1214576;169;;ggc fin;CDS;1214817;;comp; deb;CDS;1594387;533;; ;rRNA;1595199;263;;16s ;rRNA;1596999;96;;23s ;rRNA;1600025;43;;5s ;tRNA;1600185;19;;atc ;tRNA;1600281;17;;gca ;tRNA;1600374;8;;gaa ;tRNA;1600454;5;;gta ;tRNA;1600535;10;;aca ;tRNA;1600621;18;;tac ;tRNA;1600724;4;;aac ;tRNA;1600804;21;;gta ;tRNA;1600901;12;;atgf ;tRNA;1600990;34;;gac ;tRNA;1601101;13;;cac ;tRNA;1601190;8;;caa ;tRNA;1601273;17;;aaa ;tRNA;1601363;13;;ctc ;tRNA;1601462;5;;ctg ;tRNA;1601554;14;;ggc ;tRNA;1601643;10;;tgc ;tRNA;1601724;5;;cgt ;tRNA;1601803;105;;cca fin;CDS;1601982;;; deb;CDS;1834781;106;; ;tRNA;1835367;137;;gcc fin;CDS;1835577;;comp; deb;CDS;2147627;89;; ;ncRNA;2148556;114;; fin;CDS;2148850;;; deb;CDS;2207093;192;comp; ;tRNA;2208284;49;;ctg ;tRNA;2208417;315;;ctg fin;CDS;2208816;;; deb;CDS;3456514;256;; ;tRNA;3457043;142;;ccc fin;CDS;3457262;;; deb;CDS;5004536;394;comp; ;tRNA;5005554;40;comp;ctc ;tRNA;5005677;13;comp;tcc ;tRNA;5005779;19;comp;atgj ;tRNA;5005872;167;comp;tcg ;ncRNA;5006126;132;; fin;CDS;5006353;;; deb;CDS;6383256;228;comp; ;tRNA;6384402;72;;gtc fin;CDS;6384547;;comp; deb;CDS;6390912;142;comp; ;tRNA;6391273;7;comp;tta ;tRNA;6391366;19;comp;atgi ;tRNA;6391462;75;comp;atgf fin;CDS;6391614;;comp; deb;CDS;6561157;118;; ;ncRNA;6563228;95;comp; fin;CDS;6563744;;comp; deb;CDS;7354507;342;; ;tRNA;7355080;28;comp;ctc ;tRNA;7355191;12;comp;tcc ;tRNA;7355292;14;comp;atgf ;tRNA;7355383;14;comp;atgj ;tRNA;7355474;8;comp;agc ;tRNA;7355570;4;comp;tcg ;tRNA;7355664;4;comp;acc ;tRNA;7355741;119;comp;gca ;ncRNA;7355936;36;; ;tRNA;7356067;6;comp;cca ;tRNA;7356147;104;comp;cgt ;tRNA;7356325;7;comp;ggc ;tRNA;7356404;9;comp;ctg ;tRNA;7356500;9;comp;aaa ;tRNA;7356582;9;comp;caa ;tRNA;7356666;17;comp;cac ;tRNA;7356759;12;comp;gac ;tRNA;7356848;4;comp;gta ;tRNA;7356928;15;comp;aac ;tRNA;7357019;8;comp;tac ;tRNA;7357112;5;comp;aca ;tRNA;7357193;15;comp;gaa ;tRNA;7357280;9;comp;gcc ;tRNA;7357365;54;comp;atc ;rRNA;7357493;113;comp;5s ;rRNA;7357723;269;comp;23s ;rRNA;7360922;399;comp;16s fin;CDS;7362858;;; deb;CDS;7618150;280;; ;tRNA;7619123;335;comp;ggg fin;CDS;7619529;;; deb;CDS;7666633;104;comp; ;tRNA;7668174;5;comp;ggg ;tRNA;7668250;106;comp;cca ;tRNA;7668433;11;comp;cgt ;tRNA;7668518;5;comp;ggc ;tRNA;7668598;13;comp;ctg ;tRNA;7668698;16;comp;ctc ;tRNA;7668800;10;comp;aaa ;tRNA;7668883;28;comp;tac ;tRNA;7668996;12;comp;ttc ;rRNA;7669084;161;comp;5s ;rRNA;7669362;268;comp;23s ;rRNA;7672563;533;comp;16s fin;CDS;7674633;;; deb;CDS;7853177;84;comp; ;tRNA;7853819;230;comp;cac ;tRNA;7854123;404;comp;cac fin;CDS;7854601;;comp; deb;CDS;8100441;123;comp; ;rRNA;8100978;169;comp;5s ;rRNA;8101264;259;comp;23s ;rRNA;8104437;321;comp;16s fin;CDS;8106295;;comp; deb;CDS;8151918;460;comp; ;rRNA;8152909;96;comp;5s ;rRNA;8153128;269;comp;23s ;rRNA;8156327;272;comp;16s fin;CDS;8158136;;comp; deb;CDS;8256928;86;; ;tRNA;8257833;5;comp;gga ;tRNA;8257909;16;comp;cca ;tRNA;8258002;4;comp;cgt ;tRNA;8258083;8;comp;ggc ;tRNA;8258166;42;comp;cta ;tRNA;8258291;8;comp;aaa ;tRNA;8258375;9;comp;caa ;tRNA;8258459;4;comp;tgg ;tRNA;8258537;5;comp;atgf ;tRNA;8258619;5;comp;gtc ;tRNA;8258700;11;comp;gaa ;tRNA;8258786;43;comp;atc ;rRNA;8258903;96;comp;5s ;rRNA;8259116;267;comp;23s ;rRNA;8262313;302;comp;16s fin;CDS;8264152;;comp; deb;CDS;8322744;393;comp; ;rRNA;8323599;96;comp;5s ;rRNA;8323812;269;comp;23s ;rRNA;8327015;365;comp;16s fin;CDS;8328917;;comp; deb;CDS;8351919;396;comp; ;tRNA;8354811;149;comp;atgj fin;CDS;8355034;;comp; deb;CDS;8389988;296;; ;rRNA;8390809;96;comp;5s ;rRNA;8391022;270;comp;23s ;rRNA;8394222;230;comp;16s fin;CDS;8395989;;comp; deb;CDS;8399622;208;comp; ;ncRNA;8400892;47;comp; fin;CDS;8401203;;comp; deb;CDS;8616478;417;comp; ;tRNA;8617342;157;;gac fin;CDS;8617576;;; deb;CDS;8724363;455;; ;tRNA;8725070;165;comp;tcg fin;CDS;8725326;;comp; </pre> ====pmq intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_entre_cds|pmq intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> ;;;pmq 9.11.20;;;;;;;;; pmq;8.2.21 Paris;;pmq 7.2.21;;;;;;;;; pmq;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquence5;intercal;<u>fréquencez ;'''négatif;795;11.0;'''négatif ;-11;16;-1 à -119;'''8 739 048;-1;795;610;15 ;'''zéro;31;0.4;;;;;'''intercals;0;31;620;10 ;'''1 à 200;4139;57.3;'''0 à 200;88;60;;'''1 202 544;5;200;630;6 ;'''201 à 370;1520;21.0;'''201 à 370;266;46;;'''13.8%;10;113;640;6 ;'''371 à 600;506;7.0;'''371 à 600;460;65;;;15;194;650;10 ;'''601 à max;232;3.2;'''601 à 1028;861;248;;;20;157;660;8 ;'''total 7223;<201;68.7;'''total 7223;165;188;-119 à 1742;;25;177;670;5 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;118;680;5 6589209;1742;-1;795;-70;13;;0;31;35;130;690;6 6004770;1651;0;31;-60;3;;-1;°80;40;135;700;4 4375163;1613;1;°53;-50;6;;-2;3;45;110;710;5 3234976;1576;2;°47;-40;14;;-3;1;50;106;720;5 1433663;1551;3;36;-30;27;'''min à -1;-4;°395;55;93;730;5 1961332;1546;4;35;-20;62;795;-5;1;60;87;740;5 1948392;1534;5;29;-10;104;11.0%;-6;4;65;99;750;4 8025788;1532;6;°33;0;597;;-7;5;70;75;760;6 6672573;1521;7;°30;10;313;;-8;°76;75;106;770;5 4064508;1497;8;14;20;351;;-9;1;80;109;780;4 1735863;1428;9;14;30;295;;-10;9;85;99;790;3 4067449;1378;10;22;40;265;'''1 à 100;-11;°34;90;108;800;5 2875626;1352;11;24;50;216;2448;-12;0;95;98;810;3 896926;1351;12;°38;60;180;33.9%;-13;7;100;103;820;5 6351796;1318;13;°44;70;174;;-14;°29;105;92;830;6 2069562;1279;14;°46;80;215;;-15;0;110;84;840;1 1529184;1277;15;°42;90;207;;-16;5;115;93;850;1 1897252;1277;16;36;100;201;;-17;°19;120;85;860;7 2910237;1276;17;26;110;176;;-18;0;125;100;870;2 3749065;1276;18;°39;120;178;;-19;1;130;97;880;2 4906359;1270;19;32;130;197;;-20;°15;135;72;890;3 1921516;1263;20;24;140;155;;-21;0;140;83;900;3 880003;1252;21;°43;150;183;;-22;6;145;89;910;3 5858747;1240;22;33;160;154;;-23;°13;150;94;920;2 5950046;1211;23;26;170;169;'''1 à 200;-24;0;155;77;930;4 8085655;1206;24;°47;180;177;4139;-25;4;160;77;940;5 7588882;1203;25;28;190;174;57.3%;-26;°16;165;84;950;2 7315024;1200;26;20;200;159;;-27;0;170;85;960;2 5662979;1189;27;°26;210;151;;-28;0;175;91;970;2 8557915;1186;28;16;220;144;;-29;°8;180;86;980;0 359256;1184;29;25;230;131;;-30;0;185;87;990;2 7839445;1169;30;°31;240;141;;-31;2;190;87;1000;2 1773925;1157;31;26;250;121;'''0 à 200;-32;°9;195;80;1010;2 3687367;1141;32;22;260;107;4170;;774;200;79;1020;1 1886363;1109;33;°27;270;103;;reste;52;205;81;1030;2 7335994;1095;34;23;280;94;;total;826;210;70;1040;2 5259590;1088;35;°32;290;74;;;;215;82;1050;2 3089348;1087;36;24;300;58;;;;220;62;1060;4 3287601;1084;37;27;310;80;;'''intercal;'''<u>fréquence5;225;65;1070;0 933373;1077;38;25;320;60;;600;6991;230;66;1080;1 8231158;1055;39;°29;330;69;;650;47;235;68;1090;3 1233491;1054;40;°30;340;48;'''201 à 370;700;28;240;73;1100;1 1379835;1052;reste;5173;350;58;1520;750;24;245;59;1110;1 1438197;1052;total;7223;360;41;21.0%;800;23;250;62;1120;0 2970387;1045;;;370;40;;850;16;255;55;1130;0 5913926;1042;;;380;44;;900;17;260;52;1140;0 7192953;1040;;;390;39;;950;16;265;51;1150;1 247705;1038;;;400;36;;1000;8;270;52;1160;1 1687282;1027;;;410;29;;1050;9;275;42;1170;1 7301491;1024;;;420;25;;1100;9;280;52;1180;0 2362680;1013;;;430;35;;1150;2;285;35;1190;3 ;;;;440;31;;1200;6;290;39;1200;1 ;;;;450;19;;1250;4;295;29;;205 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;460;25;;1300;8;300;29;reste;27 4544722;-119;shift 2;16105;470;17;;1350;1;305;45;total;232 5318942;-119;shift 3;18655;480;21;;1400;3;310;35;; 1976860;-116;shift 4;1615;490;20;;1450;1;315;33;; 5337597;-115;shift 5;1973;500;26;;1500;1;320;27;; 3673911;-113;shift 6;419;510;13;;1550;4;325;30;; 5433750;-101;shift 7;5002;520;14;;1600;2;330;39;; 7350606;-101;shift 8;832;530;14;;1650;1;335;28;; 2131496;-95;shift 9;1189;540;19;'''371 à 600;;230;340;20;; 4669248;-95;;;550;20;506;;;345;34;; 2553569;-89;;;560;12;7.0%;;;350;24;; 2198194;-75;;;570;15;;;;355;28;; 1029214;-74;;;580;9;'''601 à max;;;360;13;; 7372543;-73;;;590;11;232;;;365;21;; 1297148;-65;;;600;12;3.2%;;;370;19;; 3921139;-65;;;reste;232;;reste;2;reste;738;; 6624824;-65;;;total;7223;;total;7223;total;7223;; </pre> ====pmq intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;; pmq Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; pmq;min10;1614;4164;5778;458;-832;-651;181;-866;-825;-61;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; 32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pmq;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;31;-283;664;-7.0;878;304;max190;&-29;229;-645;79;946;263;min70 31 à 400;;;;;;;2 parties;&-13;112;-388;63;937;287;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;28;31;-;65;poly;813;tF;&143;54;;806;poly;140;SF 31 à 400;;;;;;;;&113;46;-;886;dte;51;Sf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.207;;24.1.22 Paris;;;; 41-n;0.458;-0.832;-0.651;;;;;;;;;;; 1-n;-0.061;-0.866;-0.825;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; pmq;fx;fc;;pmq;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;pmq;Sx-;Sc- 0;5;26;;0;3;6;0;5;26;>0;1880;-1;0;80 10;15;298;;10;9;72;1;1;52;<0;42;-2;3;0 20;15;336;;20;9;81;2;1;46;zéro;5;-3;0;1 30;22;273;;30;14;66;3;1;35;total;1927;-4;11;384 40;16;249;;40;10;60;4;1;34;;c;-5;0;1 50;22;194;;50;14;47;5;1;28;>0;4517;-6;3;1 60;24;156;;60;15;37;6;1;32;<0;753;-7;0;5 70;32;142;;70;20;34;7;2;28;zéro;26;-8;0;76 80;47;168;;80;29;40;8;2;12;total;5296;-9;1;0 90;44;163;;90;27;39;9;4;10;;;-10;1;8 100;53;148;;100;33;36;10;1;21;total;7223;-11;2;32 110;53;123;;110;33;30;11;1;23;;;-12;0;0 120;61;117;;120;38;28;12;0;38;;;-13;0;7 130;77;120;;130;48;29;13;1;43;;;-14;2;27 140;60;95;;140;37;23;14;1;45;;;-15;0;0 150;64;119;;150;40;29;15;3;39;;;-16;0;5 160;67;87;;160;42;21;16;2;34;;;-17;2;17 170;75;94;;170;46;23;17;1;25;;;-18;0;0 180;66;111;;180;41;27;18;3;36;;;-19;0;1 190;81;93;;190;50;22;19;3;29;;;-20;1;14 200;65;94;;200;40;23;20;0;24;;;-21;0;0 210;65;86;;210;40;21;21;6;37;;;-22;1;5 220;58;86;;220;36;21;22;1;32;;;-23;0;13 230;52;79;;230;32;19;23;3;23;;;-24;0;0 240;54;87;;240;33;21;24;2;45;;;-25;1;3 250;47;74;;250;29;18;25;0;28;;;-26;3;13 260;41;66;;260;25;16;26;5;15;;;-27;0;0 270;43;60;;270;27;14;27;2;24;;;-28;0;0 280;35;59;;280;22;14;28;2;14;;;-29;0;8 290;30;44;;290;19;11;29;0;25;;;-30;0;0 300;23;35;;300;14;8;30;1;30;;;-31;0;2 310;35;45;;310;22;11;31;0;26;;;-32;1;8 320;28;32;;320;17;8;32;2;20;;;-33;0;0 330;28;41;;330;17;10;33;1;26;;;-34;1;2 340;21;27;;340;13;6;34;3;20;;;-35;1;6 350;25;33;;350;15;8;35;1;31;;;-36;2;0 360;19;22;;360;12;5;36;1;23;;;-37;0;2 370;14;26;;370;9;6;37;3;24;;;-38;0;2 380;12;32;;380;7;8;38;1;24;;;-39;0;0 390;15;24;;390;9;6;39;2;27;;;-40;0;1 400;10;26;;400;6;6;40;2;28;;;-41;0;5 reste;266;353;;;;;reste;1812;3361;;;-42;0;0 total;1885;4543;;t30;32;218;total;1885;4543;;;-43;0;0 diagr;1614;4164;;;;;diagr;68;1156;;;-44;1;3 - t30;1562;3257;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;2 ;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;reste;5;16 ;;;;;;;;;;;;total;42;753 </pre> ====pmq intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_négatifs_S-|pmq intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;;à partir de 51 comp’;0;3;0;8;0;3;0;0;1;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;34;4 continu;80;0;1;387;1;1;5;76;0;9;32;0;7;27;0;5;18;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;3;7;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;0;0;1;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;7;761;17 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;11;0;3;0;0;1;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;1;1;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;5;42 ;Sc-;80;0;1;384;1;1;5;76;0;8;32;0;7;27;0;5;17;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;2;6;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;16;753 </pre> ====pmq autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires|pmq autres intercalaires]] <pre> pmq;autres intercalaires;;adresses1;;;pmq;autres intercalaires;;adresses2;;;pmq;autres intercalaires;;adresses3;;;pmq;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;9206;318;;;deb;°CDS;672473;18;;;deb;°CDS;1834781;106;;;deb;°CDS;7666633;104;comp ;$rRNA;10595;280;;;;&tRNA;672968;7;;;;&tRNA;1835367;137;;;;&tRNA;7668174;5;comp ;$rRNA;12412;97;;;;&tRNA;673051;297;;;fin;°CDS;1835577;;comp;;;&tRNA;7668250;106;comp ;$rRNA;15439;178;;;;&tRNA;673436;9;;;deb;°CDS;2147627;89;;;;&tRNA;7668433;11;comp fin;°CDS;15734;;;;;&tRNA;673517;180;;;;ncRNA;2148556;114;;;;&tRNA;7668518;5;comp deb;°CDS;20252;47;;;fin;°CDS;673780;;;;fin;°CDS;2148850;;;;;&tRNA;7668598;13;comp ;&tRNA;21580;137;;;deb;°CDS;674382;159;;;deb;°CDS;2207093;192;comp;;;&tRNA;7668698;16;comp fin;°CDS;21807;;;;;&tRNA;675438;64;;;;&tRNA;2208284;49;;;;&tRNA;7668800;10;comp deb;°CDS;25422;222;;;fin;°CDS;675585;;;;;&tRNA;2208417;315;;;;&tRNA;7668883;28;comp ;&tRNA;26388;183;comp;;deb;°CDS;694284;793;;;fin;°CDS;2208816;;;;;&tRNA;7668996;12;comp fin;°CDS;26644;;;;;$rRNA;696430;272;;;deb;°CDS;3456514;256;;;;$rRNA;7669084;161;comp deb;°CDS;178456;299;;;;$rRNA;698239;96;;;;&tRNA;3457043;142;;;;$rRNA;7669362;268;comp ;$rRNA;179754;266;;;;$rRNA;701265;43;;;fin;°CDS;3457262;;;;;$rRNA;7672563;533;comp ;$rRNA;181557;170;;;;&tRNA;701425;11;;;deb;°CDS;5004536;394;comp;;fin;°CDS;7674633;; ;$rRNA;184657;15;;;;&tRNA;701510;5;;;;&tRNA;5005554;40;comp;;deb;°CDS;7853177;84;comp ;&tRNA;184789;29;;;;&tRNA;701590;5;;;;&tRNA;5005677;13;comp;;;&tRNA;7853819;230;comp ;&tRNA;184906;39;;;;&tRNA;701671;4;;;;&tRNA;5005779;19;comp;;;&tRNA;7854123;404;comp ;&tRNA;185022;15;;;;&tRNA;701752;9;;;;&tRNA;5005872;167;comp;;fin;°CDS;7854601;;comp ;&tRNA;185113;14;;;;&tRNA;701835;8;;;;ncRNA;5006126;132;;;deb;°CDS;8100441;123;comp ;&tRNA;185204;48;;;;&tRNA;701918;18;;;fin;°CDS;5006353;;;;;$rRNA;8100978;169;comp ;&tRNA;185329;5;;;;&tRNA;702009;7;;;deb;°CDS;6383256;228;comp;;;$rRNA;8101264;259;comp ;&tRNA;185410;9;;;;&tRNA;702100;11;;;;&tRNA;6384402;72;;;;$rRNA;8104437;321;comp ;&tRNA;185495;15;;;;&tRNA;702186;12;;;fin;°CDS;6384547;;comp;;fin;°CDS;8106295;;comp ;&tRNA;185595;183;;;;&tRNA;702272;577;;;deb;°CDS;6390912;142;comp;;deb;°CDS;8151918;460;comp fin;°CDS;185854;;comp;;fin;°CDS;702926;;;;;&tRNA;6391273;7;comp;;;$rRNA;8152909;96;comp deb;°CDS;217565;129;comp;;deb;°CDS;1073441;377;;;;&tRNA;6391366;19;comp;;;$rRNA;8153128;269;comp ;&tRNA;218276;261;comp;;;$rRNA;1074592;271;;;;&tRNA;6391462;75;comp;;;$rRNA;8156327;272;comp fin;°CDS;218612;;;;;$rRNA;1076400;170;;;fin;°CDS;6391614;;comp;;fin;°CDS;8158136;;comp deb;°CDS;230970;186;;;;$rRNA;1079500;9;;;deb;°CDS;6561157;118;;;deb;°CDS;8256928;86; ;tmRNA;231642;140;;;;&tRNA;1079626;6;;;;ncRNA;6563228;95;comp;;;&tRNA;8257833;5;comp fin;°CDS;232145;;;;;&tRNA;1079708;38;;;fin;°CDS;6563744;;comp;;;&tRNA;8257909;16;comp deb;°CDS;253921;673;;;;&tRNA;1079835;11;;;deb;°CDS;7354507;342;;;;&tRNA;8258002;4;comp ;$rRNA;255200;280;;;;&tRNA;1079918;17;;;;&tRNA;7355080;28;comp;;;&tRNA;8258083;8;comp ;$rRNA;257017;97;;;;&tRNA;1080011;13;;;;&tRNA;7355191;12;comp;;;&tRNA;8258166;42;comp ;$rRNA;260044;55;;;;&tRNA;1080101;49;;;;&tRNA;7355292;14;comp;;;&tRNA;8258291;8;comp ;&tRNA;260216;19;;;;&tRNA;1080227;4;;;;&tRNA;7355383;14;comp;;;&tRNA;8258375;9;comp ;&tRNA;260312;16;;;;&tRNA;1080307;13;;;;&tRNA;7355474;8;comp;;;&tRNA;8258459;4;comp ;&tRNA;260404;9;;;;&tRNA;1080396;8;;;;&tRNA;7355570;4;comp;;;&tRNA;8258537;5;comp ;&tRNA;260485;20;;;;&tRNA;1080490;13;;;;&tRNA;7355664;4;comp;;;&tRNA;8258619;5;comp ;&tRNA;260590;3;;;;&tRNA;1080574;26;;;;&tRNA;7355741;119;comp;;;&tRNA;8258700;11;comp ;&tRNA;260669;19;;;;&tRNA;1080676;9;;;;ncRNA;7355936;36;;;;&tRNA;8258786;43;comp ;&tRNA;260764;20;;;;&tRNA;1080757;12;;;;&tRNA;7356067;6;comp;;;$rRNA;8258903;96;comp ;&tRNA;260861;15;;;;&tRNA;1080844;10;;;;&tRNA;7356147;104;comp;;;$rRNA;8259116;267;comp ;&tRNA;260949;10;;;;&tRNA;1080928;20;;;;&tRNA;7356325;7;comp;;;$rRNA;8262313;302;comp ;&tRNA;261032;3;;;;&tRNA;1081037;3;;;;&tRNA;7356404;9;comp;;fin;°CDS;8264152;;comp ;&tRNA;261122;12;;;;&tRNA;1081117;150;;;;&tRNA;7356500;9;comp;;deb;°CDS;8322744;393;comp ;&tRNA;261209;15;;;fin;°CDS;1081347;;;;;&tRNA;7356582;9;comp;;;$rRNA;8323599;96;comp ;&tRNA;261296;5;;;deb;°CDS;1210625;354;;;;&tRNA;7356666;17;comp;;;$rRNA;8323812;269;comp ;&tRNA;261375;158;;;;&tRNA;1213874;16;;;;&tRNA;7356759;12;comp;;;$rRNA;8327015;365;comp ;&tRNA;261607;4;;;;&tRNA;1213966;12;;;;&tRNA;7356848;4;comp;;fin;°CDS;8328917;;comp ;&tRNA;261687;5;;;;&tRNA;1214050;16;;;;&tRNA;7356928;15;comp;;deb;°CDS;8351919;396;comp ;&tRNA;261765;19;;;;&tRNA;1214142;17;;;;&tRNA;7357019;8;comp;;;&tRNA;8354811;149;comp ;&tRNA;261874;17;;;;&tRNA;1214236;9;;;;&tRNA;7357112;5;comp;;fin;°CDS;8355034;;comp ;&tRNA;261979;5;;;;&tRNA;1214321;9;;;;&tRNA;7357193;15;comp;;deb;°CDS;8389988;296; ;&tRNA;262060;39;;;;&tRNA;1214405;8;;;;&tRNA;7357280;9;comp;;;$rRNA;8390809;96;comp ;&tRNA;262174;41;;;;&tRNA;1214486;3;;;;&tRNA;7357365;54;comp;;;$rRNA;8391022;270;comp ;&tRNA;262304;283;;;;&tRNA;1214576;169;;;;$rRNA;7357493;113;comp;;;$rRNA;8394222;230;comp fin;°CDS;262670;;;;fin;°CDS;1214817;;comp;;;$rRNA;7357723;269;comp;;fin;°CDS;8395989;;comp deb;°CDS;578195;320;;;deb;°CDS;1594387;533;;;;$rRNA;7360922;399;comp;;deb;°CDS;8399622;208;comp ;$rRNA;579376;269;;;;$rRNA;1595199;263;;;fin;°CDS;7362858;;;;;ncRNA;8400892;47;comp ;$rRNA;581183;168;;;;$rRNA;1596999;96;;;deb;°CDS;7618150;280;;;fin;°CDS;8401203;;comp ;$rRNA;584281;31;;;;$rRNA;1600025;43;;;;&tRNA;7619123;335;comp;;deb;°CDS;8616478;417;comp ;&tRNA;584429;10;;;;&tRNA;1600185;19;;;fin;°CDS;7619529;;;;;&tRNA;8617342;157; ;&tRNA;584512;38;;;;&tRNA;1600281;17;;;;;;;;;fin;°CDS;8617576;; ;&tRNA;584639;11;;;;&tRNA;1600374;8;;;;;;;;;deb;°CDS;8724363;455; ;&tRNA;584722;17;;;;&tRNA;1600454;5;;;;;;;;;;&tRNA;8725070;165;comp ;&tRNA;584815;15;;;;&tRNA;1600535;10;;;;;;;;;fin;°CDS;8725326;;comp ;&tRNA;584907;67;;;;&tRNA;1600621;18;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585051;11;;;;&tRNA;1600724;4;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585137;10;;;;&tRNA;1600804;21;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585223;5;;;;&tRNA;1600901;12;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585303;17;;;;&tRNA;1600990;34;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585396;40;;;;&tRNA;1601101;13;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585511;24;;;;&tRNA;1601190;8;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585610;8;;;;&tRNA;1601273;17;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585698;19;;;;&tRNA;1601363;13;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585794;1;;;;&tRNA;1601462;5;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585869;187;;;;&tRNA;1601554;14;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;586130;;;;;&tRNA;1601643;10;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1601724;5;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1601803;105;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1601982;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====pmq intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_tRNA-cds|pmq intercalaires tRNA-cds]] <pre> pmq;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;47;;137;;18;64;'''deb; comp’;222;comp’;183;;47;75;<201;8 ;;comp’;183;;84;105;total;12 ;129;comp’;261;;104;137;taux;67% ;;;283;;106;142;'''fin; ;;;187;;129;149;<201;11 ;18;;180;;142;150;total;15 ;159;;64;;159;157;taux;73% ;;;577;;256;165;; ;;;150;;354;180;'''total; ;354;comp’;169;;394;187;<201;19 ;;;105;;396;283;total;27 ;106;comp’;137;;'''-;315;taux;70% comp’;192;;315;;'''-;404;; ;256;;142;;'''-;577;'''comp’;'''cumuls ;394;;;;86;72;; comp’;228;comp’;72;;192;137;'''deb;2 ;142;;75;;222;169;;8 comp’;342;;;;228;183;; comp’;280;comp’;335;;280;183;'''fin;5 ;104;;;;342;261;;7 ;84;;404;;417;335;'''total; comp’;86;;;;455;'''-;<201;7 ;396;;149;;;;total;15 comp’;417;;157;;;;taux;47% comp’;455;;165;;;;; ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;; <201;10;16;26;;;;; total;20;22;42;;;;; taux;50%;73%;62%;;;;; </pre> ===lbu=== ====lbu opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_opérons|lbu opérons]] <pre> 49.8%GC;29.7.19 Paris;16s 8;;;;;;;; Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC BAA-365 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé comp;18533..19237;CDS;;128;128;;;235;128 ;19366..19438;act;@1;195;195;;;; ;19634..20371;CDS;;6912;;;;246; ;;;;;;;;; ;27284..29785;CDS;;276;276;;;*834; ;30062..30134;act;;134;134;;;;134 ;30269..30907;CDS;;11768;;;;213; ;;;;;;;;; ;42676..43248;cds hp;;451;*451;;;*191; ;43700..45271;16s;;209;;;;; ;45481..48391;23s;;69;;;;; ;48461..48577;5s;;275;275;;;;275 ;48853..49091;cds hp;;56679;;;;80; ;;;;;;;;; comp;105771..106547;CDS;;56;56;;;259;56 comp;106604..106679;aag;;125;125;;;; ;106805..107533;CDS;;103754;;;;243; ;;;;;;;;; ;211288..212553;CDS;;94;94;;;422; ;212648..212720;acc;;23;23;;;;23 comp<;212744..213262;CDS;;64997;;;;173; ;;;;;;;;; ;278260..278928;CDS;;69;69;;;223;69 comp;278998..279068;ggg;;181;181;;;; ;279250..280275;CDS;;44047;;;;342; ;;;;;;;;; comp;324323..324949;CDS;;117;117;;;209;117 ;325067..325138;ggc;+;4;;4;;; ;325143..325216;ccg;2 ggc;108;;;;; ;325325..325399;ggc;;155;155;;;; ;325555..326016;CDS;;37886;;;;154; ;;;;;;;;; ;363903..364394;CDS;;98;98;;;164;98 ;364493..364564;caa;;614;*614;;;; ;365179..366360;CDS;;-14;;;;*394; ;;;;;;;;; ;366347..367402;CDS;;75;75;;;352; ;367478..367559;tac;;5;;5;;; ;367565..367636;caa;;62;62;;;;62 <;367699..368318;CDS;;14127;;;;207; ;;;;;;;;; ;382446..382907;CDS;;30;30;;;154;30 ;382938..383026;ctt;;118;118;;;; ;383145..383768;CDS;;70441;;;;208; ;;;;;;;;; ;454210..455529;CDS;;61;61;;;440;61 ;455591..455665;agg;;341;341;;;; ;456007..457035;CDS;;75557;;;;343; ;;;;;;;;; ;532593..533285;CDS;;82;82;;;231;82 comp;533368..533442;cgg;;296;296;;;; ;533739..534782;CDS;;48963;;;;348; ;;;;;;;;; ;583746..584728;CDS;;57;57;;;328;57 comp;584786..584858;cag;;5;;5;;; comp;584864..584935;gag;;170;170;;;; ;585106..586110;CDS;;94988;;;;335; ;;;;;;;;; ;681099..682741;CDS;;518;*518;;;*548; ;683260..684831;16s;;106;;;;; ;684938..685011;atc;;69;;;69;; ;685081..685153;gca;;127;;;;; ;685281..688191;23s;;68;;;;; ;688260..688376;5s;;208;208;;;;208 comp;688585..689801;CDS;;55794;;;;406; ;;;;;;;;; comp;745596..745821;CDS;;134;134;;;75;134 comp;745956..746044;tcg;;787;*787;;;; ;746832..749597;CDS;;36741;;;;*922; ;;;;;;;;; ;786339..787004;CDS;;54;54;;;222;54 ;787059..787142;ctg;;109;109;;;; comp;787252..787872;CDS;;2072;;;;207; ;;;;;;;;; comp;789945..791867;CDS;;613;*613;;;*641; ;792481..794052;16s;;105;;;;; ;794158..794231;atc;;69;;;69;; ;794301..794373;gca;;126;;;;; ;794500..797410;23s;;69;;;;; ;797480..797596;5s;;87;87;;;;87 ;797684..798559;CDS;;36;;;;292; ;;;;;;;;; comp;798596..800178;CDS;;530;*530;;;*528; ;800709..800781;aac;@2;3;;3;;; ;800785..800858;cca;;24;;24;;; ;800883..800954;ggc;;30;;30;;; ;800985..801058;cgt;;2;;2;;; ;801061..801133;gta;;3;;3;;; ;801137..801208;gaa;;42;;42;;; ;801251..801338;tca;;9;;9;;; ;801348..801421;atgf;;3;;3;;; ;801425..801498;gac;;6;;6;;; ;801505..801577;ttc;;8;;8;;; ;801586..801667;tac;;4;;4;;; ;801672..801742;tgg;;13;;13;;; ;801756..801831;cac;;26;;26;;; ;801858..801928;tgc;;28;;28;;; ;801957..802041;ttg;;356;356;;;;356 ;802398..802961;CDS;;284259;;;;188; ;;;;;;;;; comp;1087221..1088531;CDS;;157;157;;;437;157 comp;1088689..1088760;caa;;656;*656;;;; comp;1089417..1090313;CDS;;173317;;;;*299; ;;;;;;;;; comp;1263631..1265769;CDS;;188;188;;;*713;188 comp;1265958..1266031;aga;;222;222;;;; ;1266254..1268632;CDS;;84103;;;;*793; ;;;;;;;;; comp;1352736..1354022;CDS;;98;98;;;429;98 ;1354121..1354204;ctg;;204;204;;;; comp;1354409..1354928;CDS;;13182;;;;173; ;;;;;;;;; comp;1368111..1369307;CDS;;161;161;;;399;161 comp;1369469..1369541;gta;;3;;;3;; comp;1369545..1369616;gaa;;138;;;*138;; comp;1369755..1369828;atgj;;6;;;6;; comp;1369835..1369925;tcc;;8;;;8;; comp;1369934..1370006;aac;;7;;;;; comp;1370014..1370130;5s;;69;;;;; comp;1370200..1373111;23s;;126;;;;; comp;1373238..1373310;gca;;69;;;69;; comp;1373380..1373453;atc;;105;;;;; comp;1373559..1375130;16s;;547;*547;;;; ;1375678..1376604;CDS;;102845;;;;*309; ;;;;;;;;; comp;1479450..1479824;CDS;;200;200;;;125; comp;1480025..1480101;gac;;26;;;26;; comp;1480128..1480199;gaa;;3;;;3;; comp;1480203..1480275;gta;;2;;;2;; comp;1480278..1480351;cgt;;35;;;35;; comp;1480387..1480458;ggc;;36;;;;; comp;1480495..1480611;5s;;68;;;;; comp;1480680..1483590;23s;;208;;;;; comp;1483799..1485370;16s;;153;153;;;;153 comp;1485524..1485716;CDS;;20944;;;;64; ;;;;;;;;; comp;1506661..1507464;CDS;;270;270;;;268; comp;1507735..1507807;aag;+;34;;34;;; comp;1507842..1507914;aag;5 aag;33;;33;;; comp;1507948..1508020;aag;;33;;33;;; comp;1508054..1508126;aag;@3;33;;33;;; comp;1508160..1508232;aag;;130;130;;;;130 comp;1508363..1509226;CDS;;167;;;;288; ;;;;;;;;; ;1509394..1510872;CDS;;106;106;;;493;106 comp;1510979..1511051;gta;;3;;3;;; comp;1511055..1511126;gaa;;151;;*151;;; ;1511278..1511366;ctt;;113;113;;;; ;1511480..1512010;CDS;;21195;;;;177; ;;;;;;;;; comp;1533206..1534129;CDS;;355;355;;;308; comp;1534485..1534557;acg;;154;154;;;;154 comp;1534712..1535950;CDS;;18502;;;;413; ;;;;;;;;; ;1554453..1554638;CDS;;303;303;;;62;303 comp;1554942..1555029;agc;;673;*673;;;; comp;1555703..1556203;CDS;;595;;;;*167; ;;;;;;;;; ;1556799..1558178;CDS;;277;277;;;460; comp;1558456..1558572;5s;;68;;;;; comp;1558641..1561551;23s;;126;;;;; comp;1561678..1561750;gca;;69;;;69;; comp;1561820..1561893;atc;;105;;;;; comp;1561999..1563570;16s;;189;189;;;;189 ;1563760..1563948;CDS;;19274;;;;63; ;;;;;;;;; comp;1583223..1584392;CDS;;151;151;;;390;151 comp;1584544..1584628;ttg;+;17;;17;;; comp;1584646..1584730;ttg;2 ttg;28;;28;;; comp;1584759..1584829;tgc;2 ttc;26;;26;;; comp;1584856..1584931;cac;2 atgf;13;;13;;; comp;1584945..1585015;tgg;;4;;4;;; comp;1585020..1585101;tac;;8;;8;;; comp;1585110..1585182;ttc;;6;;6;;; comp;1585189..1585262;gac;;3;;3;;; comp;1585266..1585339;atgf;;9;;9;;; comp;1585349..1585436;tca;;42;;42;;; comp;1585479..1585550;gaa;;258;;*258;;; comp;1585809..1585899;agc;;2;;2;;; comp;1585902..1585975;atc;;3;;3;;; comp;1585979..1586049;gga;;14;;14;;; comp;1586064..1586136;ttc;;17;;17;;; comp;1586154..1586227;atgf;;11;;11;;; comp;1586239..1586312;atgi;;12;;12;;; comp;1586325..1586398;atg;;36;;36;;; comp;1586435..1586508;cca;;6;;6;;; comp;1586515..1586588;cgt;;5;;5;;; comp;1586594..1586679;tta;;15;;15;;; comp;1586695..1586766;ggc;;4;;4;;; comp;1586771..1586843;aca;;11;;11;;; comp;1586855..1586936;cta;;12;;12;;; comp;1586949..1587021;aaa;;2;;2;;; comp;1587024..1587096;gta;;157;157;;;; comp;1587254..1588681;CDS;;539;;;;476; ;;;;;;;;; comp;1589221..1590557;CDS;;156;156;;;446;156 comp;1590714..1590830;5s;;68;;;;; comp;1590899..1593809;23s;;126;;;;; comp;1593936..1594008;gca;;69;;;69;; comp;1594078..1594151;atc;;105;;;;; comp;1594257..1595828;16s;;581;*581;;;; comp;1596410..1597276;CDS;;189853;;;;*289; ;;;;;;;;; comp;1787130..1788440;CDS;;298;298;;;437;298 comp;1788739..1788855;5s;;68;;;;; comp;1788924..1791834;23s;@4;208;;;;; comp;1792043..1793614;16s;;436;*436;;;; comp;1794051..1794596;CDS;;-8;;;;*182; comp;1794589..1795436;CDS;;138;138;;;283;138 comp;1795575..1795648;gac;;3;;;3;; comp;1795652..1795724;gta;;2;;;2;; comp;1795727..1795800;cgt;;35;;;35;; comp;1795836..1795907;ggc;;19;;;19;; comp;1795927..1796000;cca;;3;;;3;; comp;1796004..1796076;aac;;7;;;;; comp;1796084..1796200;5s;;68;;;;; comp;1796269..1799179;23s;;208;;;;; comp;1799388..1800959;16s;;501;*501;;;; comp;1801461..1802087;CDS;;;;;;*209; </pre> ====lbu cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_cumuls|lbu cumuls]] <pre> lbu cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;0;1;0;100;5 ;16 23 5s 0;2;20;33;9;50;2;20;0;200;11 ;16 atc gca;5;40;11;3;100;12;40;2;300;19 ;16 23 5s a;2;60;2;0;150;11;60;3;400;11 ;max a;7;80;0;5;200;14;80;3;500;11 ;a doubles;0;100;0;0;250;3;100;4;600;2 ;autres;0;120;0;0;300;6;120;2;700;1 ;total aas;26;140;0;1;350;2;140;5;800;2 sans ;opérons;23;160;1;0;400;2;160;5;900;1 ;1 aa;16;180;0;0;450;1;180;1;1000;1 ;max a;26;200;0;0;500;1;200;2;1100;0 ;a doubles;3;;1;0;;10;;5;;0 ;total aas;72;;48;18;;64;;32;;64 total aas;;98;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;138;;320 ;;;variance;;;;;;81;;182 sans jaune;;;moyenne;14;29;;159;;114;;275 ;;;variance;12;29;;85;;50;;122 </pre> ====lbu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_blocs|lbu blocs]] <pre> lbu blocs;;;;;;; cds;'''277’;;cds;156;;cds;298 $5s;68;;$5s;68;;$5s;68 $23s;126;;$23s;126;;$23s;208 gca;69;;gca;69;;$16s;436 atc;105;;atc;105;;cds;-8 $16s;'''189’;;$16s;581;;cds;138 cds;;;cds;;;gac;3 ;;;;;;4aas;* cds;518;;cds;'''613’;;aac;7 $16s;106;;$16s;105;;$5s;68 atc;69;;atc;69;;$23s;208 gca;127;;gca;126;;$16s;501 $23s;68;;$23s;69;;cds; $5s;'''208’;;$5s;87;;; cds;;;cds;;;; ;;;;;;; cds;161;;cds hp;451;;cds;200 gta;3;;$16s;209;;gac;26 3aas;*;;$23s;69;;3aas;* aac;7;;$5s;275;;ggc;36 $5s;69;;cds hp;;;$5s;68 $23s;126;;;;;$23s;208 gca;69;;;;;$16s;153 atc;105;;;;;cds; $16s;'''547’;;;;;; cds;;;;;;; </pre> ====lbu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_distribution|lbu distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttg2;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;aag5;atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;2;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;3;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;2;gga; ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total lbu;;16;;;;;16;;lbu;49;;;;;;49;;lbu;7;;;;;;7;;lbu;;;;16;;;16 </pre> ====lbu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_données_intercalaires|lbu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;lbu;fx;fc;lbu;fx40;fc40;lbu;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;10;0;2;10;-1;1;80;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;1;142;1;0;24;-2;1;0;195;128;114;;atc;4;;ggc 1;0;20;2;128;2;0;36;-3;;1;95;125;4* 113;;atc;108;;ccg ;1;30;9;78;3;0;15;-4;4;55;134;11;tRNA 23s;;;**;;ggc ;0;40;17;35;4;0;10;-5;;0;59;69;128;;gca;5;;tac ;0;50;22;43;5;0;11;-6;;0;94;181;4* 127;;gca;**;;caa 1;2;60;27;43;6;0;5;-7;;3;158;117;5s tRNA;;;5;;cag 1;1;70;31;40;7;0;3;-8;1;38;98;85;2* 7;;aac;**;;gag ;1;80;26;34;8;0;4;-9;;0;119;296;36;;ggc;3;;aac 1;0;90;19;33;9;1;17;-10;;1;75;57;tRNA tRNA;;intra;24;;cca 1;3;100;21;39;10;0;17;-11;;24;137;170;5* 69;;atc gca;30;;ggc 2;1;110;15;43;11;0;15;-12;;0;30;787;tRNA tRNA;;contigu;2;;cgt 1;2;120;8;37;12;1;16;-13;;1;121;109;3;;gta;3;;gta 2;3;130;14;25;13;0;12;-14;1;17;61;530;138;;gaa;42;;gaa ;2;140;20;32;14;0;15;-15;2;0;341;222;6;;atgj;9;;tca ;0;150;10;25;15;0;16;-16;;0;204;98;8;;tcc;3;;atgf ;5;160;6;34;16;0;12;-17;;7;54;204;**;;aac;6;;gac 1;0;170;8;29;17;0;10;-18;;1;356;106;26;;gac;8;;ttc ;0;180;15;21;18;1;11;-19;;1;157;303;3;;gaa;4;;tac 1;1;190;8;16;19;0;12;-20;;5;126;;2;;gta;13;;tgg ;1;200;11;14;20;0;9;-21;;0;188;;35;;cgt;29;;cac 1;2;210;7;16;21;0;11;-22;;3;203;;**;;ggc;28;;tgc ;0;220;8;14;22;1;17;-23;;3;270;;2;;gta;**;;ttg 1;0;230;7;11;23;1;7;-24;;0;130;;35;;cgt;34;;aag ;0;240;5;13;24;1;5;-25;;2;113;;19;;ggc;33;;aag ;0;250;10;9;25;1;7;-26;;4;355;;3;;cca;33;;aag ;0;260;7;7;26;1;8;-27;;0;154;;**;;aac;33;;aag ;1;270;5;8;27;1;6;-28;;2;673;;;;;**;;aag ;0;280;7;7;28;1;5;-29;2;3;151;;;;;3;;gta ;0;290;2;12;29;2;5;-30;;0;157;;;;;-;151;gaa 1;0;300;1;5;30;0;7;-31;;2;102;;;;;**;;ctt 1;0;310;4;8;31;1;4;-32;;4;CDS 16s;;;;;17;;ttg ;0;320;7;2;32;0;4;-33;;0;451;613;;;;28;;ttg ;0;330;6;8;33;1;6;-34;;0;518;547;;;;29;;tgc ;0;340;5;2;34;1;2;-35;;3;510;295;;;;13;;cac ;1;350;0;4;35;0;3;-36;;0;258;;;;;4;;tgg ;2;360;1;2;36;1;4;-37;;0;298;;;;;8;;tac ;0;370;1;5;37;1;2;-38;;0;501;;;;;6;;ttc ;0;380;0;3;38;1;2;-39;1;0;23s 5s;;;;;3;;gac ;0;390;1;7;39;5;6;-40;;1;3* 71;;;;;9;;atgf ;0;400;3;3;40;6;2;-41;;0;6* 701;;;;;42;;tca 2;1;reste;32;51;reste;380;705;-42;;0;16s 23s;;;;;261;;gaa 18;30;total;411;1098;total;411;1098;-43;;0;218;;;;;2;;agc 16;29;diagr;377;1037;diagr;29;383;-44;1;0;3* 217;;;;;3;;atc 1;1; t30;12;348;;;;-45;;0;5s CDS;;;;;14;;gga ;;;;;;;;-46;;2;308;208;;;;17;;ttc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;87;277;;;;11;;atgf ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;156;;;;;12;;atgi ;x;409;20;2;431;;;-49;;1;298;;;;;36;;atgj ;c;1088;280;10;1378;;;-50;;15;;;;;;6;;cca ;;;;;1809;198;;reste;6;0;;;;;;5;;cgt ;;;;;;2007;;total;20;280;;;;;;15;;tta ;;;;;;;;;;;;;;;;4;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;11;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;12;;cta ;;;;;;;;;;;;;;;;2;;aaa ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta </pre> =====lbu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_autres_intercalaires_aas|lbu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;lbu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;18533;19237;128;*; ;;tRNA;19366;19438;195;*;act fin;;CDS;19634;20371;;; deb;;CDS;29805;29966;95;*; ;;tRNA;30062;30134;134;*;act fin;;CDS;30269;30907;;; deb;;CDS;42676;43248;451;*; ;;rRNA;43700;45263;218;*;1564 ;;rRNA;45482;48389;71;*;2908 ;;rRNA;48461;48577;308;*;117 fin;;CDS;48886;49215;;; deb;;CDS;64875;65066;71;*; ;;misc_b;65138;65377;147;*; fin;;CDS;65525;65743;;; deb;comp;CDS;105771;106547;59;*; ;comp;tRNA;106607;106679;125;*;aag fin;;CDS;106805;107533;;; deb;comp;CDS;118390;119745;29;*; ;comp;regulatory;119775;119862;185;*; fin;;CDS;120048;121523;;; deb;comp;CDS;134737;136320;120;*; ;comp;regulatory;136441;136616;92;*; fin;comp;CDS;136709;137335;;0; deb;;CDS;211288;212553;94;*; ;;tRNA;212648;212720;11;*;acc fin;comp;CDS;212732;213079;;; deb;;CDS;215354;216541;50;*; ;;misc_b;216592;216828;95;*; fin;;CDS;216924;217778;;; deb;comp;CDS;242936;243505;67;*; ;comp;regulatory;243573;243670;189;*; fin;;CDS;243860;245017;;; deb;;CDS;278260;278928;69;*; ;comp;tRNA;278998;279068;181;*;ggg fin;;CDS;279250;280275;;; deb;;CDS;280740;281354;106;*; ;;regulatory;281461;281624;89;*; fin;;CDS;281714;284404;;; deb;comp;CDS;324323;324949;117;*; ;;tRNA;325067;325138;4;*;ggc ;;tRNA;325143;325216;108;*;ccg ;;tRNA;325325;325396;158;*;ggc fin;;CDS;325555;326016;;; deb;;CDS;363903;364394;98;*; ;;tRNA;364493;364564;119;*;caa fin;;CDS;364684;364854;;; deb;;CDS;366347;367402;75;*; ;;tRNA;367478;367559;5;*;tac ;;tRNA;367565;367636;137;*;caa fin;;CDS;367774;368166;;; deb;;CDS;382446;382907;30;*; ;;tRNA;382938;383023;121;*;ctt fin;;CDS;383145;383768;;; deb;;CDS;425577;426662;66;*; ;;regulatory;426729;426825;44;*; fin;;CDS;426870;427439;;0; deb;;CDS;454210;455529;61;*; ;;tRNA;455591;455665;341;*;agg fin;;CDS;456007;457035;;; deb;;CDS;532593;533285;85;*; ;comp;tRNA;533371;533442;296;*;cgg fin;;CDS;533739;534782;;; deb;;CDS;574078;575265;66;*; ;;tmRNA;575332;575693;294;*; fin;;CDS;575988;576143;;; deb;;CDS;583246;584728;57;*; ;comp;tRNA;584786;584858;5;*;cag ;comp;tRNA;584864;584935;170;*;gag fin;;CDS;585106;586110;;; deb;;CDS;673933;676341;66;*; ;;misc_b;676408;676655;83;*; fin;;CDS;676739;677599;;; deb;;CDS;681099;682741;518;*; ;;rRNA;683260;684823;114;*;1564 ;;tRNA;684938;685011;69;*;atc ;;tRNA;685081;685153;128;*;gca ;;rRNA;685282;688189;70;*;2908 ;;rRNA;688260;688376;208;*;117 fin;comp;CDS;688585;689738;;; deb;;CDS;727702;728421;27;*; ;;regulatory;728449;728564;80;*; fin;;CDS;728645;729349;;; deb;comp;CDS;745596;745751;204;*; ;comp;tRNA;745956;746044;787;*;tcg fin;;CDS;746832;749597;;; deb;;CDS;755313;756185;29;*; ;;repeat_region;756215;757463;258;*; fin;;CDS;757722;758336;;; deb;;CDS;786339;787004;54;*; ;;tRNA;787059;787142;109;*;ctg fin;comp;CDS;787252;787872;;0; deb;comp;CDS;789978;791867;613;*; ;;rRNA;792481;794044;113;*;1564 ;;tRNA;794158;794231;69;*;atc ;;tRNA;794301;794373;127;*;gca ;;rRNA;794501;797408;71;*;2908 ;;rRNA;797480;797596;87;*;117 fin;;CDS;797684;798559;;0; deb;comp;CDS;798596;800178;530;*; ;;tRNA;800709;800781;3;*;aac ;;tRNA;800785;800858;24;*;cca ;;tRNA;800883;800954;30;*;ggc ;;tRNA;800985;801058;2;*;cgt ;;tRNA;801061;801133;3;*;gta ;;tRNA;801137;801208;42;*;gaa ;;tRNA;801251;801338;9;*;tca ;;tRNA;801348;801421;3;*;atgf ;;tRNA;801425;801498;6;*;gac ;;tRNA;801505;801577;8;*;ttc ;;tRNA;801586;801667;4;*;tac ;;tRNA;801672;801742;13;*;tgg ;;tRNA;801756;801828;29;*;cac ;;tRNA;801858;801928;28;*;tgc ;;tRNA;801957;802041;356;*;ttg fin;;CDS;802398;804017;;; deb;;CDS;862229;862693;29;*; ;;ncRNA;862723;863083;125;*; fin;;CDS;863209;864333;;; deb;comp;CDS;905582;905794;173;*; ;comp;misc_b;905968;906185;390;*; fin;;CDS;906576;907085;;0; deb;comp;CDS;952333;952842;390;*; ;;misc_b;953233;953450;173;*; fin;;CDS;953624;953836;;; deb;comp;CDS;1087221;1088531;157;*; ;comp;tRNA;1088689;1088760;126;*;caa fin;comp;CDS;1088887;1089033;;; deb;comp;CDS;1242851;1243162;16;*; ;comp;misc_f;1243179;1243255;147;*; fin;;CDS;1243403;1243759;;0; deb;comp;CDS;1263631;1265769;188;*; ;comp;tRNA;1265958;1266031;222;*;aga fin;;CDS;1266254;1268632;;; deb;comp;CDS;1297694;1298743;37;*; ;comp;misc_b;1298781;1298982;42;*; fin;comp;CDS;1299025;1299375;;; deb;comp;CDS;1309324;1309845;47;*; ;comp;misc_f;1309893;1310004;394;*; fin;;CDS;1310399;1311799;;0; deb;comp;CDS;1352736;1354022;98;*; ;;tRNA;1354121;1354204;204;*;ctg fin;comp;CDS;1354409;1355976;;; deb;comp;CDS;1368111;1369307;-3;*; ;comp;regulatory;1369305;1369392;76;*; ;comp;tRNA;1369469;1369541;3;*;gta ;comp;tRNA;1369545;1369616;138;*;gaa ;comp;tRNA;1369755;1369828;6;*;atgj ;comp;tRNA;1369835;1369925;8;*;tcc ;comp;tRNA;1369934;1370006;7;*;aac ;comp;rRNA;1370014;1370130;71;*;117 ;comp;rRNA;1370202;1373110;127;*;2909 ;comp;tRNA;1373238;1373310;69;*;gca ;comp;tRNA;1373380;1373453;113;*;atc ;comp;rRNA;1373567;1375130;547;*;1564 fin;;CDS;1375678;1376604;;; deb;comp;CDS;1418883;1420661;53;*; ;comp;ncRNA;1420715;1420811;9;*; fin;comp;CDS;1420821;1421330;;; deb;comp;CDS;1434541;1435050;33;*; ;comp;misc_f;1435084;1435213;440;*; fin;;CDS;1435654;1436972;;; deb;comp;CDS;1479450;1479824;203;*; ;comp;tRNA;1480028;1480101;26;*;gac ;comp;tRNA;1480128;1480199;3;*;gaa ;comp;tRNA;1480203;1480275;2;*;gta ;comp;tRNA;1480278;1480351;35;*;cgt ;comp;tRNA;1480387;1480458;36;*;ggc ;comp;rRNA;1480495;1480611;70;*;117 ;comp;rRNA;1480682;1483589;217;*;2908 ;comp;rRNA;1483807;1485370;510;*;1564 fin;comp;CDS;1485881;1487044;;; deb;comp;CDS;1506661;1507464;270;*; ;comp;tRNA;1507735;1507807;34;*;aag ;comp;tRNA;1507842;1507914;33;*;aag ;comp;tRNA;1507948;1508020;33;*;aag ;comp;tRNA;1508054;1508126;33;*;aag ;comp;tRNA;1508160;1508232;130;*;aag fin;comp;CDS;1508363;1509226;;0; deb;;CDS;1509394;1510872;106;*; ;comp;tRNA;1510979;1511051;3;*;gta ;comp;tRNA;1511055;1511126;151;*;gaa ;;tRNA;1511278;1511366;113;*;ctt fin;;CDS;1511480;1512010;;0; deb;comp;CDS;1533206;1534129;355;*; ;comp;tRNA;1534485;1534557;154;*;acg fin;comp;CDS;1534712;1535950;;0; deb;;CDS;1554441;1554638;303;*; ;comp;tRNA;1554942;1555029;673;*;agc fin;comp;CDS;1555703;1556164;;0; deb;;CDS;1556799;1558178;277;*; ;comp;rRNA;1558456;1558572;70;*;117 ;comp;rRNA;1558643;1561550;127;*;2908 ;comp;tRNA;1561678;1561750;69;*;gca ;comp;tRNA;1561820;1561893;113;*;act ;comp;rRNA;1562007;1563570;258;*;1564 fin;comp;CDS;1563829;1564131;;0; deb;comp;CDS;1583223;1584392;151;*; ;comp;tRNA;1584544;1584628;17;*;ttg ;comp;tRNA;1584646;1584730;28;*;ttg ;comp;tRNA;1584759;1584829;29;*;tgc ;comp;tRNA;1584859;1584931;13;*;cac ;comp;tRNA;1584945;1585015;4;*;tgg ;comp;tRNA;1585020;1585101;8;*;tac ;comp;tRNA;1585110;1585182;6;*;ttc ;comp;tRNA;1585189;1585262;3;*;gac ;comp;tRNA;1585266;1585339;9;*;atgf ;comp;tRNA;1585349;1585436;42;*;tca ;comp;tRNA;1585479;1585550;261;*;gaa ;comp;tRNA;1585812;1585899;2;*;agc ;comp;tRNA;1585902;1585975;3;*;atc ;comp;tRNA;1585979;1586049;14;*;gga ;comp;tRNA;1586064;1586136;17;*;ttc ;comp;tRNA;1586154;1586227;11;*;atgf ;comp;tRNA;1586239;1586312;12;*;atgi ;comp;tRNA;1586325;1586398;36;*;atgj ;comp;tRNA;1586435;1586508;6;*;cca ;comp;tRNA;1586515;1586588;5;*;cgt ;comp;tRNA;1586594;1586679;15;*;tta ;comp;tRNA;1586695;1586766;4;*;ggc ;comp;tRNA;1586771;1586843;11;*;aca ;comp;tRNA;1586855;1586936;12;*;cta ;comp;tRNA;1586949;1587021;2;*;aaa ;comp;tRNA;1587024;1587096;157;*;gta fin;comp;CDS;1587254;1588681;;; 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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP009902;ban*;;genome;;;;;;aas;cds dirigé 35.1%GC;15.8.19 Paris;16s 11;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Bacillus anthracis strain 2002013094;;;;;;;;;; ;618142..618366;;CDS;;188;188;;;75;188 ;618555..618627;;gtc;;419;*419;;;; comp;619047..619235;;CDS;;;;;;63; ;;;;;;;;;; comp;1102183..1102602;;CDS;;130;130;;;140;130 comp;1102733..1102804;;gaa;+;1;;;1;; comp;1102806..1102880;;aac;2 aca;8;;;8;; comp;1102889..1102965;;atc;2 tca;11;;;11;; comp;1102977..1103047;;tgg;;6;;;6;; comp;1103054..1103126;;aca;;9;;;9;; comp;1103136..1103211;;ttc;;9;;;9;; comp;1103221..1103296;;gac;;4;;;4;; comp;1103301..1103377;;atgf;;20;;;20;; comp;1103398..1103490;;tca;;54;;;54;; comp;1103545..1103637;;tca;;20;;;20;; comp;1103658..1103730;;gca;;16;;;16;; comp;1103747..1103820;;cca;;10;;;10;; comp;1103831..1103904;;cgt;;3;;;3;; comp;1103908..1103996;;tta;;16;;;16;; comp;1104013..1104087;;ggc;;29;;;29;; comp;1104117..1104197;;cta;;22;;;22;; comp;1104220..1104295;;cac;;9;;;9;; 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;;;;;;;;;; comp;1702642..1703788;;CDS;;114;114;;;382;114 comp;1703903..1703975;;gca;;10;;;10;; comp;1703986..1704057;;ggc;;5;;;5;; comp;1704063..1704138;;aaa;;5;;;5;; comp;1704144..1704218;;caa;;65;;;65;; comp;1704284..1704366;;tac;;17;;;17;; comp;1704384..1704459;;gta;;5;;;5;; comp;1704465..1704539;;gaa;;24;;;24;; comp;1704564..1704636;;acc;;4;;;4;; comp;1704641..1704715;;aac;;9;;;;; comp;1704725..1704840;;5s;;82;;;;; comp;1704923..1707851;;23s;;141;;;;; comp;1707993..1709545;;16s;;223;223;;;; comp;1709769..1709987;;CDS;;;;;;73; ;;;;;;;;;; comp;1767157..1767618;;CDS;;206;206;;;154;206 comp;1767825..1767940;;5s;;45;;;;; comp;1767986..1770913;;23s;;141;;;;; comp;1771055..1772608;;16s;;372;*372;;;; comp;1772981..1774480;;CDS;;;;;;*500; ;;;;;;;;;; comp;1787717..1790188;;CDS;;259;259;;;*824; comp;1790448..1790519;;gaa;;13;;13;;; comp;1790533..1790606;;atgj;@2;160;160;;;;160 comp;1790767..1791249;;CDS;;;;;;161; ;;;;;;;;;; comp;1820538..1820717;;CDS;;190;190;;;60;190 comp;1820908..1821023;;5s;;44;;;;; comp;1821068..1823996;;23s;;77;;;;; comp;1824074..1824149;;gca;;8;;;8;; comp;1824158..1824234;;atc;;130;;;;; comp;1824365..1825919;;16s;;217;217;;;; comp;1826137..1826406;;CDS;;;;;;90; ;;;;;;;;;; comp;1832600..1832992;;CDS;;166;166;;;131; comp;1833159..1833251;;tca;;156;156;;;;156 comp;1833408..1834682;;CDS;;;;;;425; ;;;;;;;;;; ;1839668..1840669;;CDS;;34;34;;;334;34 comp;1840704..1840819;;5s;;44;;;;; comp;1840864..1843791;;23s;;76;;;;; comp;1843868..1843943;;gca;;8;;;8;; comp;1843952..1844028;;atc;;130;;;;; comp;1844159..1845713;;16s;;240;240;;;; comp;1845954..1848425;;CDS;;;;;;*824; ;;;;;;;;;; ;1873838..1875127;;CDS;;139;139;;;430;139 ;1875267..1875342;;aaa;;13;;13;;; ;1875356..1875427;;gaa;;21;;21;;; ;1875449..1875524;;gac;;41;;41;;; ;1875566..1875638;;ttc;;403;*403;;;; ;1876042..1876749;;CDS;;;;;;236; ;;;;;;;;;; comp;2217640..2217846;;CDS;;205;205;;;69;205 ;2218052..2218130;;cgg;;255;255;;;; ;2218386..2219693;;CDS;;;;;;436; ;;;;;;;;;; comp;2428815..2429495;;CDS;;404;*404;;;227; ;2429900..2431456;;16s;;139;;;;; ;2431596..2434524;;23s;;97;;;;; ;2434622..2434737;;5s;;4;;;;; ;2434742..2434817;;gta;+;4;;;4;; ;2434822..2434897;;aca;2 cta;9;;;9;; ;2434907..2434982;;cac;2 aca;22;;;22;; ;2435005..2435085;;cta;;29;;;29;; ;2435115..2435189;;ggc;;16;;;16;; ;2435206..2435294;;tta;;3;;;3;; ;2435298..2435371;;cgt;;10;;;10;; ;2435382..2435455;;cca;;16;;;16;; ;2435472..2435544;;gca;;20;;;20;; ;2435565..2435657;;tca;;54;;;54;; ;2435712..2435805;;cta;;20;;;20;; ;2435826..2435902;;atgf;;1;;;1;; ;2435904..2435979;;gac;;12;;;12;; ;2435992..2436067;;ttc;;14;;;14;; ;2436082..2436157;;aca;;10;;;10;; ;2436168..2436243;;aaa;;13;;;13;; ;2436257..2436327;;gga;;10;;;10;; ;2436338..2436414;;atc;;7;;;7;; ;2436422..2436496;;aac;;7;;;7;; ;2436504..2436594;;agc;;6;;;6;; ;2436601..2436672;;gaa;;59;59;;;;59 ;2436732..2436842;;CDS;;;;;;37; ;;;;;;;;;; ;2798971..2799474;;CDS;;109;109;;;168;109 ;2799584..2799657;;gga;;1;;1;;; ;2799659..2799735;;aga;;407;*407;;;; ;2800143..2800343;;CDS;;;;;;67; ;;;;;;;;;; comp;2991608..2992366;;CDS;;242;242;;;253; ;2992609..2992682;;atgi;;221;221;;;;221 ;2992904..2993515;;CDS;;;;;;204; </pre> ====ban cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_cumuls|ban cumuls]] <pre> ban* cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;3;2;1;0;1;0;100;10 ;16 23 5s 0;4;20;25;47;50;2;20;1;200;9 ;16 atc gca;2;40;3;6;100;3;40;1;300;6 ;16 23 5s a;5;60;4;2;150;6;60;2;400;4 ;max a;21;80;0;2;200;7;80;0;500;4 ;a doubles;2;100;2;0;250;8;100;1;600;1 ;autres;0;120;0;0;300;3;120;4;700;1 ;total aas;66;140;0;0;350;0;140;2;800;0 sans ;opérons;9;160;0;0;400;2;160;2;900;2 ;1 aa;5;180;0;0;450;3;180;0;1000;0 ;max a;33;200;0;0;500;0;200;2;1100;1 ;a doubles;1;;0;0;;0;;4;;0 ;total aas;46;;37;59;;34;;19;;38 total aas;;112;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;18;15;;232;;132;;274 ;;;variance;21;14;;143;;62;;238 sans jaune;;;moyenne;14;;;165;;;;191 ;;;variance;14;;;71;;;;124 </pre> ====ban blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_blocs|ban blocs]] <pre> ban intercalaires des 11 clusters à rrnas;;;;;;;; cds;694’;;cds;386’;;cds;114; 16s;141;;16s;141;;aac;*; 23s;97;;23s;96;;31aas;1; 5s;4;;5s;9;;gga;75; gta;*;;aac;*;;16s;141; 17aas;1;;9aas;10;;23s;46; gaa;130;;ttg;207’;;5s;12; cds;;;cds;;;atgf;3; ;;;;;;gac;174; cds;223;;cds;404’;;cds;; 16s;141;;16s;139;;;; 23s;82;;23s;97;;cds;217;240 5s;9;;5s;4;;16s;130;130 aac;*;;gta;4;;atc;8;8 7aas;10;;19aas;*;;gca;77;76 gca;114;;gaa;59;;23s;44;44 cds;;;cds;;;5s;190;34’ ;;;;;;cds;; cds;476’;451’;294;372;;;; 16s;173;142;153;141;;;; 23s;49;46;45;45;;;; 5s;57’;99’;14’;206;;;; cds;;;;;;;; </pre> ====ban distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_distribution|ban distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;tca2 5s;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;2;tgc;1 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;3;acc;2;aac;6;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;4 gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;6 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;4;tca;5;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;5;aaa;4;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;5;cca;4;caa;4;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;6;gca;4;gaa;6;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ban;;5;;;;;5;;ban;8;;;;;;8;;;;;;;;;;;ban;;;;93;;;93 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;33 -16s;; </pre> ====ban données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_données_intercalaires|ban données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ban;fx;fc;ban;fx40;fc40;ban;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;33;0;0;33;-1;;73;188;419;16s tRNA;;;tRNA tRNA;suite;contigu;tRNA tRNA;suite;contigu ;0;10;16;234;1;1;38;-2;;1;130;210;2* 132;;atc;14;;tgc;10;;gca ;0;20;41;427;2;2;35;-3;;0;198;205;;;;5;;ggc;5;;ggc ;0;30;81;192;3;2;40;-4;3;241;115;242;tRNA 16s;;;63;;caa;5;;aaa ;0;40;134;137;4;3;33;-5;;0;174;;76;;gaa;19;;cac;65;;caa ;0;50;84;97;5;1;20;-6;;0;114;;tRNA 23s;;gca;7;;tgg;17;;tac ;0;60;75;97;6;0;22;-7;;3;114;;80;;;17;;tac;5;;gta ;0;70;35;120;7;3;10;-8;1;84;259;;79;;;5;;gta;24;;gaa ;0;80;36;127;8;1;7;-9;2;0;160;;5s tRNA;;;24;;gaa;4;;acc ;0;90;38;94;9;0;12;-10;;3;166;;2* 4;;gta;4;;acc;**;;aac ;0;100;57;108;10;3;17;-11;1;30;156;;2* 9;;aac;**;;aac;4;;gta ;1;110;44;135;11;3;31;-12;1;0;139;;12;;atgf;3;;gac;9;;aca ;3;120;52;132;12;2;63;-13;;10;403;;tRNA tRNA;;intra;**;;atgf;22;;cac ;1;130;45;108;13;4;42;-14;1;19;258;;2* 8;;atc gca;1;;gga;29;;cta ;1;140;38;89;14;6;50;-15;;0;657;;tRNA tRNA;;;4;;cca;16;;ggc ;0;150;55;94;15;2;62;-16;;5;109;;13;;gaa;3;;cgt;3;;tta ;2;160;37;82;16;4;37;-17;;15;410;;**;;atgj;16;;tta;10;;cgt ;1;170;45;66;17;4;39;-18;;0;221;;139;;;29;;ggc;16;;cca ;1;180;39;55;18;5;40;-19;;3;CDS 16s;;13;;aaa;14;;cta;20;;gca ;1;190;42;62;19;3;31;-20;;15;295;695;21;;gaa;5;;aaa;54;;tca ;1;200;42;51;20;8;32;-21;;0;224;387;41;;gac;87;;caa;20;;cta 2;0;210;34;65;21;1;29;-22;;3;373;477;**;;ttc;46;;gac;1;;atgf ;0;220;25;48;22;6;21;-23;;10;218;452;1;;gga;4;;gta;12;;gac ;1;230;30;43;23;7;29;-24;;0;241;404;**;;aga;1;;gaa;14;;ttc ;0;240;28;35;24;10;21;-25;1;5;23s 5s;;tRNA tRNA;;contigu;8;;aac;10;;aca 1;0;250;22;30;25;6;16;-26;;10;2* 101;;1;;gaa;11;;atc;13;;aaa ;2;260;25;25;26;6;18;-27;;0;100;;8;;aac;6;;tgg;10;;gga ;0;270;22;36;27;9;20;-28;1;3;3* 50;;11;;atc;9;;aca;7;;atc ;0;280;26;29;28;13;12;-29;;2;2* 49;;6;;tgg;8;;ttc;7;;aac ;0;290;15;28;29;13;16;-30;;0;86;;9;;aca;4;;gac;6;;agc ;0;300;20;28;30;10;10;-31;;1;2* 48;;9;;ttc;20;;atgf;**;;gaa ;0;310;12;32;31;10;22;-32;;6;16s 23s;;4;;gac;54;;tca;;; ;0;320;17;19;32;5;13;-33;;0;5* 146;;20;;atgf;20;;tca;;; ;0;330;11;26;33;15;17;-34;;1;147;;54;;tca;16;;gca;;; ;0;340;22;28;34;10;12;-35;;6;177;;20;;tca;10;;cca;;; ;0;350;8;27;35;18;12;-36;;0;158;;16;;gca;3;;cgt;;; ;0;360;19;17;36;12;16;-37;;2;144;;10;;cca;16;;tta;;; ;0;370;11;17;37;11;13;-38;;2;5s CDS;;3;;cgt;29;;ggc;;; ;0;380;13;13;38;12;13;-39;;0;190;57;16;;tta;13;;cta;;; ;0;390;10;20;39;19;11;-40;;0;206;99;29;;ggc;5;;aaa;;; ;0;400;10;15;40;22;8;-41;;0;;14;22;;cta;87;;caa;;; 1;3;reste;163;168;reste;1307;2266;-42;1;0;;34;9;;cac;46;;gac;;; 4;18;total;1579;3289;total;1579;3289;-43;;0;;;4;;aca;4;;gta;;; 3;15;diagr;1416;3088;diagr;272;990;-44;;2;;;**;;gta;8;;gaa;;; 0;0; t30;138;853;;;;-45;;0;;;;;;3;;agc;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;**;;aac;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;; ;x;1579;13;0;1592;;;-49;;1;;;;;;;;;;; ;c;3256;564;33;3853;;;-50;;8;;;;;;;;;;; ;;;;;5445;173;;reste;1;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;5618;;total;13;564;;;;;;;;;;; </pre> =====ban autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_autres_intercalaires_aas|ban autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ban;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;342504;342953;175;*; ;comp;ncRNA;343129;343312;21;*; ;comp;ncRNA;343334;343516;116;*; fin;comp;CDS;343633;344466;;; deb;comp;CDS;359943;361082;180;*; ;comp;ncRNA;361263;361653;87;*; fin;comp;CDS;361741;362079;;; deb;;CDS;618142;618366;188;*; ;;tRNA;618555;618627;419;*;gtc fin;comp;CDS;619047;619235;;; deb;comp;CDS;1102183;1102602;130;*; ;comp;tRNA;1102733;1102804;1;*;gaa ;comp;tRNA;1102806;1102880;8;*;aac ;comp;tRNA;1102889;1102965;11;*;atc ;comp;tRNA;1102977;1103047;6;*;tgg ;comp;tRNA;1103054;1103126;9;*;aca ;comp;tRNA;1103136;1103211;9;*;ttc ;comp;tRNA;1103221;1103296;4;*;gac ;comp;tRNA;1103301;1103377;20;*;atgf ;comp;tRNA;1103398;1103490;54;*;tca ;comp;tRNA;1103545;1103637;20;*;tca ;comp;tRNA;1103658;1103730;16;*;gca ;comp;tRNA;1103747;1103820;10;*;cca ;comp;tRNA;1103831;1103904;3;*;cgt ;comp;tRNA;1103908;1103996;16;*;tta ;comp;tRNA;1104013;1104087;29;*;ggc ;comp;tRNA;1104117;1104197;22;*;cta ;comp;tRNA;1104220;1104295;9;*;cac ;comp;tRNA;1104305;1104380;4;*;aca ;comp;tRNA;1104385;1104460;4;*;gta ;comp;rRNA;1104465;1104580;101;*;116 ;comp;rRNA;1104682;1107601;146;*;2920 ;comp;rRNA;1107748;1109298;695;*;1551 fin;;CDS;1109994;1113038;;0; deb;comp;CDS;1306706;1307848;198;*; ;comp;tRNA;1308047;1308120;115;*;gga fin;comp;CDS;1308236;1308889;;; deb;;CDS;1312025;1312345;210;*; ;comp;tRNA;1312556;1312637;10;*;ttg ;comp;tRNA;1312648;1312718;14;*;tgc ;comp;tRNA;1312733;1312807;5;*;ggc ;comp;tRNA;1312813;1312887;63;*;caa ;comp;tRNA;1312951;1313026;19;*;cac ;comp;tRNA;1313046;1313119;7;*;tgg ;comp;tRNA;1313127;1313210;17;*;tac ;comp;tRNA;1313228;1313303;5;*;gta ;comp;tRNA;1313309;1313383;24;*;gaa ;comp;tRNA;1313408;1313480;4;*;acc ;comp;tRNA;1313485;1313559;9;*;aac ;comp;rRNA;1313569;1313684;100;*;116 ;comp;rRNA;1313785;1316706;146;*;2922 ;comp;rRNA;1316853;1318404;387;*;1552 fin;;CDS;1318792;1319148;;0; deb;;CDS;1556278;1556507;57;*; ;comp;rRNA;1556565;1556680;50;*;116 ;comp;rRNA;1556731;1560125;177;*;3395 ;comp;rRNA;1560303;1562131;477;*;1829 fin;;CDS;1562609;1563322;;; deb;;CDS;1566949;1567219;99;*; ;comp;rRNA;1567319;1567434;50;*;116 ;comp;rRNA;1567485;1570406;147;*;2922 ;comp;rRNA;1570554;1572114;452;*;1561 fin;;CDS;1572567;1574498;;; deb;;CDS;1579539;1580615;14;*; ;comp;rRNA;1580630;1580745;49;*;116 ;comp;rRNA;1580795;1583909;158;*;3115 ;comp;rRNA;1584068;1585719;295;*;1652 fin;comp;CDS;1586015;1587520;;; deb;comp;CDS;1600693;1601166;174;*; ;comp;tRNA;1601341;1601416;3;*;gac ;comp;tRNA;1601420;1601496;12;*;atgf ;comp;rRNA;1601509;1601624;50;*;116 ;comp;rRNA;1601675;1604595;146;*;2921 ;comp;rRNA;1604742;1606293;76;*;1552 ;comp;tRNA;1606370;1606440;1;*;gga ;comp;tRNA;1606442;1606518;4;*;cca ;comp;tRNA;1606523;1606599;3;*;cgt ;comp;tRNA;1606603;1606691;16;*;tta ;comp;tRNA;1606708;1606782;29;*;ggc ;comp;tRNA;1606812;1606892;14;*;cta ;comp;tRNA;1606907;1606982;5;*;aaa ;comp;tRNA;1606988;1607062;87;*;caa ;comp;tRNA;1607150;1607225;46;*;gac ;comp;tRNA;1607272;1607347;4;*;gta ;comp;tRNA;1607352;1607426;1;*;gaa ;comp;tRNA;1607428;1607502;8;*;aac ;comp;tRNA;1607511;1607587;11;*;atc ;comp;tRNA;1607599;1607669;6;*;tgg ;comp;tRNA;1607676;1607748;9;*;aca ;comp;tRNA;1607758;1607833;8;*;ttc ;comp;tRNA;1607842;1607917;4;*;gac ;comp;tRNA;1607922;1607998;20;*;atgf ;comp;tRNA;1608019;1608111;54;*;tca ;comp;tRNA;1608166;1608258;20;*;tca ;comp;tRNA;1608279;1608351;16;*;gca ;comp;tRNA;1608368;1608441;10;*;cca ;comp;tRNA;1608452;1608525;3;*;cgt ;comp;tRNA;1608529;1608617;16;*;tta ;comp;tRNA;1608634;1608708;29;*;ggc ;comp;tRNA;1608738;1608818;13;*;cta ;comp;tRNA;1608832;1608907;5;*;aaa ;comp;tRNA;1608913;1608987;87;*;caa ;comp;tRNA;1609075;1609150;46;*;gac ;comp;tRNA;1609197;1609272;4;*;gta ;comp;tRNA;1609277;1609351;8;*;gaa ;comp;tRNA;1609360;1609450;3;*;agc ;comp;tRNA;1609454;1609528;114;*;aac fin;comp;CDS;1609643;1610101;;0; deb;comp;CDS;1702642;1703788;114;*; ;comp;tRNA;1703903;1703975;10;*;gca ;comp;tRNA;1703986;1704057;5;*;ggc ;comp;tRNA;1704063;1704138;5;*;aaa ;comp;tRNA;1704144;1704218;65;*;caa ;comp;tRNA;1704284;1704366;17;*;tac ;comp;tRNA;1704384;1704459;5;*;gta ;comp;tRNA;1704465;1704539;24;*;gaa ;comp;tRNA;1704564;1704636;4;*;acc ;comp;tRNA;1704641;1704715;9;*;aac ;comp;rRNA;1704725;1704840;86;*;116 ;comp;rRNA;1704927;1707848;146;*;2922 ;comp;rRNA;1707995;1709544;224;*;1550 fin;comp;CDS;1709769;1709987;;0; deb;comp;CDS;1767157;1767618;206;*; ;comp;rRNA;1767825;1767940;49;*;116 ;comp;rRNA;1767990;1770910;146;*;2921 ;comp;rRNA;1771057;1772607;373;*;1551 fin;comp;CDS;1772981;1774480;;; deb;comp;CDS;1787717;1790188;259;*; ;comp;tRNA;1790448;1790519;13;*;gaa ;comp;tRNA;1790533;1790606;160;*;atgj fin;comp;CDS;1790767;1791249;;; deb;comp;CDS;1820538;1820717;190;*; ;comp;rRNA;1820908;1821023;48;*;116 ;comp;rRNA;1821072;1823993;80;*;2922 ;comp;tRNA;1824074;1824149;8;*;gca ;comp;tRNA;1824158;1824234;132;*;atc ;comp;rRNA;1824367;1825918;218;*;1552 fin;comp;CDS;1826137;1826406;;; deb;comp;CDS;1827820;1829508;132;*; ;comp;ncRNA;1829641;1829905;79;*; fin;comp;CDS;1829985;1830485;;0; deb;comp;CDS;1832600;1832992;166;*; ;comp;tRNA;1833159;1833251;156;*;tca fin;comp;CDS;1833408;1834682;;; deb;;CDS;1839668;1840669;34;*; ;comp;rRNA;1840704;1840819;48;*;116 ;comp;rRNA;1840868;1843788;79;*;2921 ;comp;tRNA;1843868;1843943;8;*;gca ;comp;tRNA;1843952;1844028;132;*;atc ;comp;rRNA;1844161;1845712;241;*;1552 fin;comp;CDS;1845954;1848425;;; deb;;CDS;1873838;1875127;139;*; ;;tRNA;1875267;1875342;13;*;aaa ;;tRNA;1875356;1875427;21;*;gaa ;;tRNA;1875449;1875524;41;*;gac ;;tRNA;1875566;1875638;403;*;ttc fin;;CDS;1876042;1876749;;; deb;comp;CDS;2217640;2217846;205;*; ;;tRNA;2218052;2218127;258;*;cgg fin;;CDS;2218386;2219693;;; deb;;CDS;2250178;2250645;126;*; ;;tmRNA;2250772;2251126;407;*; fin;;CDS;2251534;2252211;;; deb;comp;CDS;2428815;2429495;404;*; ;;rRNA;2429900;2431454;144;*;1555 ;;rRNA;2431599;2434520;101;*;2922 ;;rRNA;2434622;2434737;4;*;116 ;;tRNA;2434742;2434817;4;*;gta ;;tRNA;2434822;2434897;9;*;aca ;;tRNA;2434907;2434982;22;*;cac ;;tRNA;2435005;2435085;29;*;cta ;;tRNA;2435115;2435189;16;*;ggc ;;tRNA;2435206;2435294;3;*;tta ;;tRNA;2435298;2435371;10;*;cgt ;;tRNA;2435382;2435455;16;*;cca ;;tRNA;2435472;2435544;20;*;gca ;;tRNA;2435565;2435657;54;*;tca ;;tRNA;2435712;2435805;20;*;cta ;;tRNA;2435826;2435902;1;*;atgf ;;tRNA;2435904;2435979;12;*;gac ;;tRNA;2435992;2436067;14;*;ttc ;;tRNA;2436082;2436157;10;*;aca ;;tRNA;2436168;2436243;13;*;aaa ;;tRNA;2436257;2436327;10;*;gga ;;tRNA;2436338;2436414;7;*;atc ;;tRNA;2436422;2436496;7;*;aac ;;tRNA;2436504;2436594;6;*;agc ;;tRNA;2436601;2436672;657;*;gaa fin;;CDS;2437330;2438274;;0; deb;;CDS;2798971;2799474;109;*; ;;tRNA;2799584;2799657;1;*;gga ;;tRNA;2799659;2799732;410;*;aga fin;;CDS;2800143;2800343;;0; deb;comp;CDS;2991608;2992366;242;*; ;;tRNA;2992609;2992682;221;*;atgi fin;;CDS;2992904;2993515;;; </pre> ====ban séquences==== <pre> 33 aas;inter;21 aas;inter;19 aas;inter;11 aas;inter ;;;;;;; gga;1;;;;;ttg;10 cca;4;;;;;tgc;14 cgt;3;;;;;ggc;5 tta;16;;;;;caa;63 ggc;29;;;;;cac;19 cta;14;;;;;tgg;7 aaa;5;;;;;tac;17 caa;87;;;;;gta;5 gac;46;gaa;6;;;gaa;24 gta;4;agc;7;;;acc;4 gaa;1;aac;7;gaa;1;aac; aac;8;atc;10;aac;8;; atc;11;gga;13;atc;11;; tgg;6;aaa;10;tgg;6;; aca;9;aca;14;aca;9;; ttc;8;ttc;12;ttc;9;; gac;4;gac;1;gac;4;; atgf;20;atgf;20;atgf;20;; tca;54;cta;54;tca;54;9 aas;inter tca;20;tca;20;tca;20;; gca;16;gca;16;gca;16;gca;10 cca;10;cca;10;cca;10;ggc;5 cgt;3;cgt;3;cgt;3;aaa;5 tta;16;tta;16;tta;16;caa;65 ggc;29;ggc;29;ggc;29;tac;17 cta;13;cta;22;cta;22;gta;5 aaa;5;cac;9;cac;9;gaa;24 caa;87;aca;4;aca;4;acc;4 gac;46;gta;;gta;;aac; gta;4;;;;;; gaa;8;;;;;; agc;3;;;;;; aac;;;;;;; </pre> ===bacilli synthèse=== ====bacilli distribution par génome==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_génome|bacilli distribution par génome]] <pre> baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total bsu;18;8;;52;2;4;;2;86 lmo;9;8;;44;;4;;2;67 lam;22;14;;16;;4;3;4;63 ppm;67;21;;68;;5;;;161 pmq;22;11;;138;;0;2;;173 lbu;49;16;;16;;10;7;;98 ban;8;5;;60;33;4;;2;112 ;;;;;;;;; total;195;83;0;394;35;31;12;10;760 </pre> ====bacilli distribution du total==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_du_total|bacilli distribution du total]] <pre> baci8;Sans 2 16s, 10 13aas et 31 +16s;;;;;;717;;baci8;Le reste;;;;;;43 atgi;8;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc; atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;15;acc;1;aac;4;agc; ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1 gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3 tta;16;tca;17;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;16;gaa;;gga;1 ttg;13;tcg;10;tag;;tgg;15;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg; atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;;acg;;aag;5;agg; ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total type;207;83;0;394;33;0;717;;type;12;;;10;2;31;43 </pre> ====bacilli distribution par type==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_type|bacilli distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> baci8;;;;;;;717;;baci8;;;;;;;83;;baci8;;;;;;;195;;baci8;;;;;;;12;;baci8;;;;;;;427 atgi;8;tct;0;tat;0;atgf;25;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;18 att;0;act;2;aat;0;agt;0;;att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;5;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;0;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;14;tcc;9;tac;13;tgc;7 atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;1;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;3;acc;;aac;9;agc;6;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;12;acc;6;aac;22;agc;10 ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;3;ccc;2;cac;;cgt;1;;ctc;4;ccc;;cac;9;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;23 gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;5;gcc;2;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;11;ggc;7;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;3;gcc;1;gac;22;ggc;29 tta;16;tca;17;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;5;taa;;tga;;;tta;3;tca;5;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;11;tca;7;taa;;tga; ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;1;aaa;;aga;7;;ata;1;aca;4;aaa;8;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;18;aaa;22;aga;1 cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;3;cca;5;caa;10;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;12;cca;22;caa;15;cga; gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;;gaa;;gga;5;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;28;gca;15;gaa;23;gga;10 ttg;13;tcg;10;tag;0;tgg;15;;ttg;;tcg;5;tag;;tgg;;;ttg;4;tcg;3;tag;;tgg;7;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;8 atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;2;acg;3;aag;4;agg;3;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;8;acg;2;aag;;agg; ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;1;ccg;2;cag;1;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====bacilli par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacilli par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;43;21;5;13;;;82; 16;moyen;27;59;4;135;2;31;227; 14;fort;13;115;3;279;8;2;418; ; ;83;195;12;427;10;33;760; 10;g+cga;16;12;5;5;;;38; 2;agg+cgg;11;0;;;;;11; 4;carre ccc;12;5;;8;;;25; 5;autres;4;4;;;;;8; ;;43;21;5;13;;;82; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;baci ‰;ref. ‰ 21;faible;57;28;7;17;;;108;26 16;moyen;36;78;5;178;3;41;299;324 14;fort;17;151;4;367;11;3;550;650 ;;109;257;16;562;13;43;760;729 10;g+cga;21;16;7;7;;;50;10 2;agg+cgg;14;;;;;;14; 4;carre ccc;16;7;;11;;;33;16 5;autres;5;5;;;;;11; ;;57;28;7;17;;;108; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;148;72;17;238;26;52;11; 16;moyen;93;203;14;310;324;33;30; 14;fort;45;397;10;452;650;16;59; ;;286;672;41;290;729;83;195; 10;g+cga;55;41;17;114;;37;; 2;agg+cgg;38;;;38;;26;; 4;carre ccc;41;17;;59;;28;; 5;autres;14;14;;28;;9;; ;;148;72;17;238;;43;; </pre> ====bacilli, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli,_estimation_des_-rRNAs|bacilli, estimation des -rRNAs]] <pre> ;;;;;;;;bacilli;;;;;;;;;;;;;;;;; 32 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;32;1889;0;0;;indices;;;;32;5903;0;0;;baci7;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;290 atgi;20;tct;;tat;;atgf;91;;atgi;63;tct;;tat;;atgf;284;;atgi;5;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;2;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;5;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;63;tcc;30;tac;56;tgc;30;;ttc;197;tcc;94;tac;175;tgc;94;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5 atc;92;acc;27;aac;99;agc;38;;atc;288;acc;84;aac;309;agc;119;;atc;4;acc;2;aac;10;agc;7 ctc;15;ccc;;cac;53;cgt;82;;ctc;47;ccc;;cac;166;cgt;256;;ctc;7;ccc;2;cac;9;cgt;4 gtc;3;gcc;1;gac;106;ggc;101;;gtc;9.4;gcc;3.1;gac;331;ggc;316;;gtc;5;gcc;3;gac;12;ggc;10 tta;59;tca;49;taa;;tga;;;tta;184;tca;153;taa;;tga;;;tta;5;tca;10;taa;;tga; ata;;aca;87;aaa;84;aga;1;;ata;0;aca;272;aaa;263;aga;3.1;;ata;1;aca;5;aaa;8;aga;8 cta;54;cca;77;caa;69;cga;;;cta;169;cca;241;caa;216;cga;;;cta;3;cca;5;caa;14;cga;2 gta;113;gca;122;gaa;94;gga;49;;gta;353;gca;381;gaa;294;gga;153;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;9 ttg;32;tcg;2;tag;;tgg;42;;ttg;100;tcg;6.3;tag;;tgg;131;;ttg;6;tcg;8;tag;;tgg;7 atgj;32;acg;3;aag;;agg;;;atgj;100;acg;9.4;aag;;agg;;;atgj;6;acg;5;aag;10;agg;3 ctg;12;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;37.5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;2;cag;1;cgg;8 gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3.1;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg;3 ;;693;;1171;;25;1889;;;;2166;;3659;;78;5903;;;;90;;131;;69;290 29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;49366;0,2;0;;indices;sans +16s;;;618;49366;0,2;0;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;84;tct;0.3;tat;0.5;atgf;1;;atgi;146;tct;0.3;tat;0.5;atgf;285;;atgi;71;tct;;tat;;atgf;100 att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;;act;29;aat;;agt; ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;71;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;75;tcc;26;tac;64;tgc;23;;ttc;272;tcc;120;tac;239;tgc;117;;ttc;129;tcc;43;tac;157;tgc;71 atc;23;acc;8;aac;69;agc;40;;atc;310;acc;92;aac;378;agc;159;;atc;57;acc;29;aac;143;agc;100 ctc;28;ccc;6.1;cac;20;cgt;32;;ctc;75;ccc;6.1;cac;186;cgt;288;;ctc;100;ccc;29;cac;129;cgt;57 gtc;44;gcc;27;gac;55;ggc;-6;;gtc;53;gcc;30;gac;386;ggc;310;;gtc;71;gcc;43;gac;171;ggc;143 tta;27;tca;91;taa;1.1;tga;1.8;;tta;211;tca;244;taa;1.1;tga;1.8;;tta;71;tca;143;taa;;tga; ata;2.1;aca;22;aaa;78;aga;116;;ata;2.1;aca;294;aaa;340;aga;119;;ata;14;aca;71;aaa;114;aga;114 cta;30;cca;2;caa;83;cga;6.3;;cta;199;cca;243;caa;299;cga;6.3;;cta;43;cca;71;caa;200;cga;29 gta;44;gca;62;gaa;174;gga;152;;gta;397;gca;443;gaa;468;gga;305;;gta;114;gca;29;gaa;271;gga;129 ttg;25;tcg;41;tag;0.8;tgg;6;;ttg;125;tcg;47;tag;0.8;tgg;137;;ttg;86;tcg;114;tag;;tgg;100 atgj;52;acg;38;aag;73;agg;72;;atgj;152;acg;47;aag;73;agg;72;;atgj;86;acg;71;aag;143;agg;43 ctg;22.5;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;60;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;114;ccg;29;cag;14;cgg;114 gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;15;;gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;18;;gtg;;gcg;;gag;29;ggg;43 ;;654;;845;;582;2081;;;;2820;;4504;;660;7984;;;;1286;;1871;;986;4143 rapports;;23;;19;;88;26;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;57;tct;;tat;;atgf;0.2;;fiches;28.90625;;;fréquences;;;;;atgi;14;tct;100;tat;100;atgf;99 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;925;;;0/0;0;;;;att;100;act;62;aat;100;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;1902;;;10;2;;;;ctt;34;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;32;;;20;3;;;;gtt;100;gct;100;gat;;ggt; ttc;28;tcc;22;tac;27;tgc;20;;;;;;30;1;;;;ttc;42;tcc;39;tac;59;tgc;67 atc;7;acc;8;aac;18;agc;25;;baci7;41.429;;;40;9;;;;atc;61;acc;73;aac;52;agc;60 ctc;38;ccc;100;cac;11;cgt;11;;sans;290;;;50;6;21;;;ctc;72;ccc;79;cac;84;cgt;44 gtc;82;gcc;90;gac;14;ggc;-2;;avec;470;;;60;5;;;;gtc;39;gcc;37;gac;68;ggc;104 tta;13;tca;37;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;9;;;;tta;63;tca;36;taa;100;tga;100 ata;100;aca;8;aaa;23;aga;97;;;;;;80;5;;;;ata;85;aca;69;aaa;32;aga;1 cta;15;cca;1.0;caa;28;cga;100;;L’estimation par baci7;;;;90;3;;;;cta;29;cca;97;caa;58;cga;78 gta;11;gca;14;gaa;37;gga;50;;est 43 % au dessus;;;;100;6;;;;gta;62;gca;54;gaa;36;gga;15 ttg;20;tcg;87;tag;;tgg;4;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;71;tcg;64;tag;100;tgg;94 atgj;34;acg;80;aag;100;agg;100;;32;;100;;;50;;;;atgj;39;acg;47;aag;49;agg;40 ctg;38;ccg;100;cag;100;cgg;100;;atc;45;310;;;;;;;ctg;80;ccg;34;cag;16;cgg;5 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;83;;gca;59;443;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;44;ggg;65 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;867;;838;;850;2554 </pre> ==clostridia== ===psor=== ====psor opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_opérons|psor opérons]] <pre> 27.3%GC;8.8.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Paeniclostridium sordellii AM370;;;;;;;;; ;9847..10620;CDS;;205;205;;;258; ;10826..12332;16s;;196;;;;; ;12529..15445;23s;;78;;;;; ;15524..15640;5s;;85;85;;;;85 ;15726..15947;CDS;;;;;;74; ;;;;;;;;; ;18845..19297;CDS;;3;3;;;151;3 ;19301..19393;tcc;;27;;;;; ;19421..19685;ncRNA;;152;152;;;; ;19838..21478;CDS;;;;;;*547; ;;;;;;;;; ;24343..24570;CDS;;309;309;;;76; ;24880..26386;16s;;196;;;;; ;26583..29499;23s;;122;;;;; ;29622..29738;5s;;5;;;5;; ;29744..29832;tta;+;13;;;13;; ;29846..29921;atgf;3 aaa;15;;;15;; ;29937..30011;gaa;6 atg;9;;;9;; ;30021..30094;gga;3 gta;6;;;6;; ;30101..30176;gta;1 cgt;5;;;5;; ;30182..30258;gac;1 ggc;16;;;16;; ;30275..30350;aac;2 fois suite;4;;;4;; ;30355..30429;aca;aac aca aga;4;;;4;; ;30434..30518;tac;caa cac cca;15;;;15;; ;30534..30617;cta;cta gaa gac;14;;;14;; ;30632..30708;aga;gga tac tca;7;;;7;; ;30716..30791;caa;tgc tta ttc;11;;;11;; ;30803..30878;aaa;;6;;;6;; ;30885..30973;tca;;3;;;3;; ;30977..31052;ttc;;9;;;9;; ;31062..31138;atgj;;8;;;8;; ;31147..31223;atgi;;21;;;21;; ;31245..31321;cca;;6;;;6;; ;31328..31404;cac;;4;;;4;; ;31409..31482;tgc;;25;;;25;; ;31508..31596;tta;;13;;;13;; ;31610..31685;atgf;;15;;;15;; ;31701..31775;gaa;;9;;;9;; ;31785..31858;gga;;6;;;6;; ;31865..31940;gta;;5;;;5;; ;31946..32022;gac;;16;;;16;; ;32039..32114;aac;;4;;;4;; ;32119..32193;aca;;4;;;4;; ;32198..32282;tac;;15;;;15;; ;32298..32381;cta;;11;;;11;; ;32393..32467;ggc;;13;;;13;; ;32481..32557;aga;;7;;;7;; ;32565..32640;caa;;11;;;11;; ;32652..32727;aaa;;6;;;6;; ;32734..32822;tca;;3;;;3;; ;32826..32901;ttc;;9;;;9;; ;32911..32987;atgj;;8;;;8;; ;32996..33072;atgi;;21;;;21;; ;33094..33170;cca;;6;;;6;; ;33177..33253;cac;;9;;;9;; ;33263..33338;aaa;;21;;;21;; ;33360..33433;tgc;;6;;;6;; ;33440..33516;cgt;;10;;;;; ;33527..33602;gta;;162;162;;;;162 ;33765..34016;CDS;;;;;;84; ;;;;;;;;; ;34042..34455;CDS;;249;249;;;138; ;34705..36211;16s;;196;;;;; ;36408..39324;23s;;78;;;;; ;39403..39519;5s;;402;*402;;;; comp;39922..40113;CDS;;348;348;;;64; ;40462..41968;16s;;196;;;;; ;42165..45081;23s;;78;;;;; ;45160..45276;5s;;180;180;;;;*180 ;45457..47394;CDS;;;;;;*646; ;;;;;;;;; ;101428..102144;CDS;;276;276;;;239; ;102421..103927;16s;;54;;;;; ;103982..104057;gca;;114;;;;; ;104172..107096;23s;;41;;;;; ;107138..107211;gga;;11;;;;; ;107223..107339;5s;;99;99;;;;99 comp;107439..108617;CDS;;;;;;393; ;;;;;;;;; ;111345..111884;CDS;;431;*431;;;180; ;112316..113822;16s;;54;;;;; ;113877..113952;gca;;114;;;;; ;114067..116982;23s;;193;;;;; ;117176..117292;5s;;5;;;;; ;117298..117386;tta;;9;;;9;; ;117396..117472;atgi;;123;;;;; ;117596..119102;16s;;54;;;;; ;119157..119232;gca;;114;;;;; ;119347..122263;23s;;193;;;;; ;122457..122573;5s;;5;;;;; ;122579..122667;tta;;9;;;9;; ;122677..122753;atgi;;123;;;;; ;122877..124383;16s;;54;;;;; ;124438..124513;gca;;114;;;;; ;124628..127549;23s;;78;;;;; ;127628..127744;5s;;100;100;;;;100 ;127845..129260;CDS;;;;;;472; ;;;;;;;;; ;215388..216260;CDS;;264;264;;;291; ;216525..218030;16s;;123;;;;; ;218154..218229;gca;;152;;;;; ;218382..221296;23s;;50;;;;; ;221347..221420;gga;;12;;;;; ;221433..221549;5s;;109;109;;;;109 ;221659..221940;CDS;;525;*525;;;94; ;222466..223972;16s;;196;;;;; ;224169..227083;23s;;144;;;;; ;227228..227344;5s;;228;228;;;;*228 ;227573..227989;CDS;;;;;;139; ;;;;;;;;; ;449964..450266;CDS;;253;253;;;101; ;450520..452026;16s;;196;;;;; ;452223..455139;23s;;144;;;;; ;455284..455400;5s;;112;112;;;;112 comp;455513..456616;CDS;;;;;;368; ;;;;;;;;; ;498418..499074;CDS;;189;189;;;219; ;499264..500770;16s;;118;;;;; ;500889..500964;gca;;95;;;;; ;501060..503976;23s;;144;;;;; ;504121..504237;5s;;131;131;;;;131 ;504369..504551;CDS;;;;;;61; ;;;;;;;;; ;546886..550416;CDS;;41;41;;;*1177;*41 comp;550458..550544;ttg;;138;138;;;; ;550683..553325;CDS;;;;;;*881; ;;;;;;;;; ;608009..608683;CDS;;195;195;;;225; ;608879..608975;tga;;37;37;;;;37 comp;609013..609732;CDS;;;;;;240; ;;;;;;;;; ;815939..816655;CDS;;71;71;;;239;71 ;816727..816800;tgc;;12;;12;;; ;816813..816888;aac;;3;;3;;; ;816892..816966;aca;;285;285;;;; ;817252..818727;CDS;;;;;;492; ;;;;;;;;; ;1284870..1288097;CDS;;111;111;;;*1076;*111 ;1288209..1288297;cta;;426;*426;;;; ;1288724..1290853;CDS;;;;;;*710; ;;;;;;;;; ;1445161..1445664;CDS;;135;135;;;168;135 ;1445800..1445868;other;@1;258;258;;;; ;1446127..1446813;CDS;;;;;;229; ;;;;;;;;; ;2267513..2267698;CDS;@2;306;306;;;62;*306 comp;2268005..2268088;cta;;404;*404;;;; ;2268493..2269758;CDS;;;;;;422; ;;;;;;;;; ;3094098..3094784;CDS;;40;40;;;229;40 comp;3094825..3094941;5s;;78;;;;; comp;3095020..3097936;23s;;194;;;;; comp;3098131..3099637;16s;;276;276;;;; comp;3099914..3101161;CDS;;;;;;416; ;;;;;;;;; ;3159922..3160827;CDS;;37;37;;;302;37 comp;3160865..3160956;agc;;120;120;;;; comp;3161077..3161376;CDS;;;;;;100; ;;;;;;;;; comp;3274188..3274733;CDS;;245;245;;;182;*245 comp;3274979..3275095;5s;@3;12;;;;; comp;3275108..3275181;gga;;107;;;;; comp;3275289..3278214;23s;;137;;;;; comp;3278352..3279858;16s;;253;253;;;; comp;3280112..3280690;CDS;;;;;;193; ;;;;;;;;; comp;3303104..3304150;CDS;;124;124;;;349;124 comp;3304275..3304459;riboswitch;@4;96;;;;; comp;3304556..3304672;5s;;11;;;;; comp;3304684..3304758;aca;;116;;;;; comp;3304875..3307789;23s;;196;;;;; comp;3307986..3309492;16s;;364;*364;;;; ;3309857..3310504;CDS;;;;;;216; ;;;;;;;;; comp;3438683..3439531;CDS;;142;142;;;283;142 comp;3439674..3439750;aga;;7;;;7;; comp;3439758..3439832;ggc;;9;;;9;; comp;3439842..3439918;gac;;5;;;5;; comp;3439924..3439999;gta;;8;;;8;; comp;3440008..3440082;gaa;;5;;;;; comp;3440088..3440204;5s;;40;;;;; comp;3440245..3443168;23s;;112;;;;; comp;3443281..3443356;gca;;109;;;;; comp;3443466..3444972;16s;;138;;;;; comp;3445111..3445187;atgj;+;13;;;13;; comp;3445201..3445276;ttc;3 atg;6;;;6;; comp;3445283..3445359;atc;2 cca;6;;;6;; comp;3445366..3445442;cca;2 gga;31;;;31;; comp;3445474..3445549;tgg;2 aac;11;;;11;; comp;3445561..3445637;atgi;;6;;;6;; comp;3445644..3445720;cca;;6;;;6;; comp;3445727..3445817;agc;;11;;;11;; comp;3445829..3445917;tca;;6;;;6;; comp;3445924..3445999;aaa;;12;;;12;; comp;3446012..3446087;caa;;6;;;6;; comp;3446094..3446170;aga;;19;;;19;; comp;3446190..3446263;gga;;11;;;11;; comp;3446275..3446359;tac;;4;;;4;; comp;3446364..3446438;aca;;4;;;4;; comp;3446443..3446518;aac;;31;;;31;; comp;3446550..3446625;aac;;16;;;16;; comp;3446642..3446718;gac;;5;;;5;; comp;3446724..3446799;gta;;6;;;6;; comp;3446806..3446879;gga;;9;;;9;; comp;3446889..3446963;gaa;;15;;;15;; comp;3446979..3447054;atgf;;13;;;13;; comp;3447068..3447156;tta;;5;;;;; comp;3447162..3447278;5s;;213;;;;; comp;3447492..3450406;23s;;196;;;;; comp;3450603..3452109;16s;;239;239;;;; comp;3452349..3452552;CDS;;;;;;68; ;;;;;;;;; comp;3523330..3524046;CDS;;129;129;;;239;129 comp;3524176..3524251;gta;+;8;;8;;; comp;3524260..3524334;gaa;2 fois;20;;20;;; comp;3524355..3524430;aaa;gta gaa aaa;10;;10;;; comp;3524441..3524515;aca;;10;;10;;; comp;3524526..3524602;gac;;7;;7;;; comp;3524610..3524685;gta;;9;;9;;; comp;3524695..3524769;gaa;;5;;5;;; comp;3524775..3524850;aaa;;289;289;;;; ;3525140..3526039;CDS;;;;;;300; </pre> ====psor cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_cumuls|psor cumuls]] <pre> psor cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;17;1;0;0;1;0;1;0;100;9 ;16 23 5s 0;6;20;9;65;50;5;20;1;200;8 ;16 atc gca;0;40;0;6;100;4;40;3;300;13 ;16 23 5s a;2;60;0;0;150;10;60;1;400;4 ;max a;44;80;0;0;200;5;80;1;500;4 ;a doubles;2;100;0;0;250;5;100;3;600;1 ;autres;9;120;0;0;300;8;120;3;700;1 ;total aas;87;140;0;0;350;3;140;4;800;1 sans ;opérons;8;160;0;0;400;1;160;1;900;1 ;1 aa;6;180;0;0;450;4;180;2;1000;0 ;max a;8;200;0;0;500;0;200;0;1100;1 ;a doubles;1;;0;0;;1;;3;;1 ;total aas;17;;9;71;;46;;22;;44 total aas;;104;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;9;10;;206;;119;;304 ;;;variance;5;6;;121;;73;;257 sans jaune;;;moyenne;;;;173;;95;;220 ;;;variance;;;;90;;45;;121 </pre> ====psor blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_blocs|psor blocs]] <pre> I;;I2;I3;I4;;;II;;III;;IV;IV1;IV2 ;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;CDS;124;;; ;;;;;;;CDS;245;riboswitch;96;;; CDS;205;249;348;525;253;40;5s;12;5s;11;CDS;309;5 16s;196;196;196;196;196;78;gga;107;aca;116;16s;196;213 23s;78;78;78;144;144;194;23s;137;23s;196;23s;122;196 5s;85;402;180;228;112;276;16s;253;16s;364;5s;5;239 CDS;;;;;;;CDS;;CDS;;tta;; V;;V2;VI;VI1;VII;VII1;VIII;VIII1;IX;;X;X1; ;;;;;;;;;;;;; CDS;276;264;CDS;431;;;;;CDS;189;gaa;5; 16s;54;123;16s;54;16s;54;16s;54;16s;118;5s;40; gca;114;152;gca;114;gca;114;gca;114;gca;95;23s;112; 23s;41;50;23s;193;23s;193;23s;78;23s;144;gca;109; gga;11;12;5s;5;5s;5;5s;100;5s;131;16s;138; 5s;99;109;tta;9;tta;9;CDS;;CDS;;atgj;; CDS;;;atgi;123;atgi;123;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;; ;CDS;431;;CDS;309;;CDS;142;;CDS;264;; VI;16s;54;IV1;16s;196;;* * * *4aas;8;V2;16s;123;; ;gca;114;;23s;122;;gaa;5;;gca;152;; ;23s;193;;5s;5;;5s;40;;23s;50;; ;5s;5;;tta;13;;23s;112;;gga;12;; ;tta;9;;* * * * 42aas;10;;gca;109;;5s;109;; ;atgi;123;;gta;162;X1;16s;138;;CDS;525;; VII;16s;54;;CDS;25;;atgj;13;I4;16s;196;; ;gca;114;;CDS;249;;* * * *21aas;13;;23s;144;; ;23s;193;I2;16s;196;;tta;5;;5s;228;; ;5s;5;;23s;78;;5s;213;;CDS;;; ;tta;9;;5s;402;;23s;196;;;;; ;atgi;123;;CDS;348;IV2;16s;239;;;;; VIII;16s;54;I3;16s;196;;CDS;;;;;; ;gca;114;;23s;78;;;;;;;; ;23s;78;;5s;180;;;;;;;; ;5s;100;;CDS;;;;;;;;; ;CDS;;;;;;;;;;;; </pre> ====psor distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_distribution|psor distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;3 gga;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca ;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;;;;;;;;;1-3 aas;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;;;;;;;;;2 tta;atc;1;acc;;aac;4;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;2 atgi;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4 cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total psor;;5 *;;;;;5;;psor;12;;;;;;12;;;;;;;;;;;psor;;;4;72;;7;87 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3 aas;;; </pre> ====psor données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_données_intercalaires|psor données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;psor;fx;fc;psor;fx40;fc40;psor;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;23;0;0;23;-1;;52;3;41;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;1;10;8;223;1;1;40;-2;;0;162;138;4* 54;;gca;13;;tta;13;;atgj ;0;20;16;347;2;0;52;-3;;0;195;37;123;;gca;15;;atgf;6;;ttc ;0;30;42;182;3;0;19;-4;1;23;71;306;118;;gca;9;;gaa;6;;atc 2;0;40;52;86;4;0;22;-5;;3;285;404;109;;gca;6;;gga;31;;cca 1;0;50;45;48;5;1;15;-6;;0;111;37;tRNA 23s;;;5;;gta;11;;tgg ;0;60;21;74;6;1;3;-7;;18;426;289;4* 114;;gca;16;;gac;6;;atgi ;0;70;28;60;7;1;4;-8;;50;135;;152;;gca;4;;aac;6;;cca ;1;80;19;87;8;1;15;-9;;0;258;;95;;gca;4;;aca;11;;agc ;0;90;19;67;9;3;24;-10;;2;120;;109;;gca;15;;tac;6;;tca ;0;100;9;76;10;0;29;-11;1;31;142;;23s tRNA;;;14;;cta;12;;aaa ;0;110;18;75;11;2;44;-12;;0;129;;41;;gga;7;;aga;6;;caa ;2;120;15;85;12;1;46;-13;;1;CDS 16s;;50;;gga;11;;caa;19;;aga ;1;130;12;65;13;1;34;-14;;19;205;348;107;;gga;6;;aaa;11;;gga 1;1;140;24;68;14;1;41;-15;;0;309;264;116;;aca;3;;tca;4;;tac ;1;150;17;63;15;1;31;-16;;3;249;364;5s tRNA;;;9;;ttc;4;;aca ;0;160;27;59;16;1;30;-17;;7;276;;4* 5;;tta;8;;atgj;31;;aac ;1;170;26;62;17;2;34;-18;;0;431;;5;;gaa;21;;atgi;16;;aac ;0;180;19;44;18;1;36;-19;;1;525;;tRNA 5s;;;6;;cca;5;;gac ;0;190;24;48;19;3;26;-20;;7;253;;11;;gga;4;;cac;6;;gta ;1;200;22;36;20;3;25;-21;;0;189;;2* 12;;gga;25;;tgc;9;;gga ;0;210;20;40;21;2;20;-22;;1;276;;11;;aca;13;;tta;15;;gaa ;0;220;13;35;22;1;19;-23;;2;253;;tRNA tRNA;;intra;15;;atgf;13;;atgf ;0;230;18;25;23;3;22;-24;;0;239;;2* 9;;tta atgi;9;;gaa;**;;tta ;0;240;15;28;24;2;24;-25;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;;6;;gga;;; ;0;250;7;18;25;3;19;-26;;4;5* 78;;12;;tgc;5;;gta;;; ;1;260;13;24;26;6;16;-27;;0;122;;3;;aac;16;;gac;;; ;0;270;8;15;27;6;18;-28;;0;2* 193;;**;;aca;4;;aac;;; ;0;280;7;22;28;6;14;-29;;3;3* 144;;8;;gta;4;;aca;;; 1;1;290;9;14;29;4;10;-30;;0;40;;20;;gaa;15;;tac;;; ;0;300;13;15;30;9;20;-31;;1;213;;10;;aaa;11;;cta;;; 1;0;310;3;19;31;4;14;-32;;1;16s 23s;;10;;aca;13;;ggc;;; ;0;320;9;11;32;3;12;-33;;0;8* 196;;7;;gac;7;;aga;;; ;0;330;6;14;33;5;8;-34;;0;194;;9;;gta;11;;caa;;; ;0;340;6;10;34;5;5;-35;;0;137;;5;;gaa;6;;aaa;;; ;0;350;4;9;35;7;13;-36;;0;5s CDS;;**;;aaa;3;;tca;;; ;0;360;4;10;36;5;8;-37;;0;85;402;;;;9;;ttc;;; ;0;370;6;8;37;5;2;-38;;0;180;99;;;;8;;atgj;;; ;0;380;2;9;38;8;8;-39;;0;100;112;;;;21;;atgi;;; ;0;390;1;8;39;2;7;-40;;0;109;40;;;;6;;cca;;; ;0;400;2;7;40;8;9;-41;;1;228;;;;;9;;cac;;; 1;1;reste;63;131;reste;574;1489;-42;;0;131;;;;;21;;aaa;;; 7;12;total;692;2350;total;692;2350;-43;;0;245;;;;;6;;tgc;;; 6;11;diagr;629;2196;diagr;118;838;-44;;0;;;;;;10;;cgt;;; 0;1; t30;66;752;;;;-45;;0;;;;;;**;;gta;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;7;;aga;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;9;;ggc;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;5;;gac;;; ;x;692;3;0;695;;;-49;;0;;;;;;8;;gta;;; ;c;2327;235;23;2585;;;-50;;1;;;;;;**;;gaa;;; ;;;;;3280;227;;reste;1;1;;;;;;;;;;; ;;;;;;3507;;total;3;235;;;;;;;;;;; </pre> =====psor autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_autres_intercalaires_aas|psor autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;psor;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas fin;;CDS;1;1332;; deb;;CDS;9847;10620;205; ;;rRNA;10826;12332;196;1507 ;;rRNA;12529;15445;78;2917 ;;rRNA;15524;15640;85;117 fin;;CDS;15726;15947;; deb;;CDS;18845;19297;3; ;;tRNA;19301;19393;27;tcc ;;ncRNA;19421;19685;152; fin;;CDS;19838;21478;; deb;;CDS;24343;24570;309; ;;rRNA;24880;26386;196;1507 ;;rRNA;26583;29499;122;2917 ;;rRNA;29622;29738;5;117 ;;tRNA;29744;29832;13;tta ;;tRNA;29846;29921;15;atgf ;;tRNA;29937;30011;9;gaa ;;tRNA;30021;30094;6;gga ;;tRNA;30101;30176;5;gta ;;tRNA;30182;30258;16;gac ;;tRNA;30275;30350;4;aac ;;tRNA;30355;30429;4;aca ;;tRNA;30434;30518;15;tac ;;tRNA;30534;30617;14;cta ;;tRNA;30632;30708;7;aga ;;tRNA;30716;30791;11;caa ;;tRNA;30803;30878;6;aaa ;;tRNA;30885;30973;3;tca ;;tRNA;30977;31052;9;ttc ;;tRNA;31062;31138;8;atgj ;;tRNA;31147;31223;21;atgi ;;tRNA;31245;31321;6;cca ;;tRNA;31328;31404;4;cac ;;tRNA;31409;31482;25;tgc ;;tRNA;31508;31596;13;tta ;;tRNA;31610;31685;15;atgf ;;tRNA;31701;31775;9;gaa ;;tRNA;31785;31858;6;gga ;;tRNA;31865;31940;5;gta ;;tRNA;31946;32022;16;gac ;;tRNA;32039;32114;4;aac ;;tRNA;32119;32193;4;aca ;;tRNA;32198;32282;15;tac ;;tRNA;32298;32381;11;cta ;;tRNA;32393;32467;13;ggc ;;tRNA;32481;32557;7;aga ;;tRNA;32565;32640;11;caa ;;tRNA;32652;32727;6;aaa ;;tRNA;32734;32822;3;tca ;;tRNA;32826;32901;9;ttc ;;tRNA;32911;32987;8;atgj ;;tRNA;32996;33072;21;atgi ;;tRNA;33094;33170;6;cca ;;tRNA;33177;33253;9;cac ;;tRNA;33263;33338;21;aaa ;;tRNA;33360;33433;6;tgc ;;tRNA;33440;33516;10;cgt ;;tRNA;33527;33602;162;gta fin;;CDS;33765;34016;; deb;;CDS;34042;34455;249; ;;rRNA;34705;36211;196;1507 ;;rRNA;36408;39324;78;2917 ;;rRNA;39403;39519;402;117 deb;comp;CDS;39922;40113;348; ;;rRNA;40462;41968;196;1507 ;;rRNA;42165;45081;78;2917 ;;rRNA;45160;45276;180;117 fin;;CDS;45457;47394;; deb;;CDS;101428;102144;276; ;;rRNA;102421;103927;54;1507 ;;tRNA;103982;104057;114;gca ;;rRNA;104172;107096;41;2925 ;;tRNA;107138;107211;11;gga ;;rRNA;107223;107339;99;117 fin;comp;CDS;107439;108617;; deb;;CDS;111345;111884;431; ;;rRNA;112316;113822;54;1507 ;;tRNA;113877;113952;114;gca ;;rRNA;114067;116982;193;2916 ;;rRNA;117176;117292;5;117 ;;tRNA;117298;117386;9;tta ;;tRNA;117396;117472;123;atgi ;;rRNA;117596;119102;54;1507 ;;tRNA;119157;119232;114;gca ;;rRNA;119347;122263;193;2917 ;;rRNA;122457;122573;5;117 ;;tRNA;122579;122667;9;tta ;;tRNA;122677;122753;123;atgi ;;rRNA;122877;124383;54;1507 ;;tRNA;124438;124513;114;gca ;;rRNA;124628;127549;78;2922 ;;rRNA;127628;127744;100;117 fin;;CDS;127845;129260;; deb;;CDS;157173;157352;467; ;;regulatory;157820;157903;46; fin;;CDS;157950;158441;; deb;comp;CDS;215388;216260;264; ;;rRNA;216525;218030;123;1506 ;;tRNA;218154;218229;152;gca ;;rRNA;218382;221296;50;2915 ;;tRNA;221347;221420;12;gga ;;rRNA;221433;221549;109;117 deb;;CDS;221659;221940;525; ;;rRNA;222466;223972;196;1507 ;;rRNA;224169;227083;144;2915 ;;rRNA;227228;227344;228;117 fin;;CDS;227573;227989;; deb;;CDS;349139;349594;119; ;;tmRNA;349714;350063;508; fin;;CDS;350572;351813;; deb;;CDS;449964;450266;253; ;;rRNA;450520;452026;196;1507 ;;rRNA;452223;455139;144;2917 ;;rRNA;455284;455400;112;117 fin;comp;CDS;455513;456616;; deb;;CDS;498418;499074;189; ;;rRNA;499264;500770;118;1507 ;;tRNA;500889;500964;95;gca ;;rRNA;501060;503976;144;2917 ;;rRNA;504121;504237;131;117 fin;;CDS;504369;504551;; deb;;CDS;535194;536090;85; ;;ncRNA;536176;536362;27; fin;comp;CDS;536390;537400;; deb;;CDS;546886;550416;41; ;comp;tRNA;550458;550544;138;ttg fin;;CDS;550683;553325;; deb;;CDS;608009;608683;195; ;;tRNA;608879;608975;37;tga fin;comp;CDS;609013;609732;; deb;;CDS;664519;665208;281; 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dir ;378341..380728;;cds;;583;*583;2388;;796;;cadmium-translocating P-type ATPase dir ;381312..382819;;16s;;311;;1508;;;; dir ;383131..386030;;23s;;126;;2900;;;; dir ;386157..386273;;5s;;177;177;117;;;177; dir ;386451..387059;;cds;;;;609;;203;;DedA family protein ;;;;;;;;;;; comp;833130..833894;;cds;;258;258;765;;255;;DeoR/GlpR transcriptional regulator dir ;834153..834243;;agc;;87;87;91;;;87; dir ;834331..835119;;cds;;;;789;;263;;flagellar motor protein ;;;;;;;;;;; dir ;1089165..1090139;;cds;;239;239;975;;325;239;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase dir ;1090379..1091886;;16s;;320;;1508;;;; dir ;1092207..1095106;;23s;;91;;2900;;;; dir ;1095198..1095271;;gga;@2;8;;74;;;; dir ;1095280..1095396;;5s;;273;273;117;;;; dir ;1095670..1097688;;cds;;;;2019;;673;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase ;;;;;;;;;;; comp;1181549..1182958;;cds;;1374;*1374;1410;;470;;MBOAT family protein comp;1184333..1184415;;ttg;;318;318;83;;;318; dir ;1184734..1187382;;cds;;;;2649;;883;;DNA polymerase I ;;;;;;;;;;; dir ;1835768..1837498;;cds;;109;109;1731;;577;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein dir ;1837608..1837688;;cta;;231;231;81;;;; <dir ;1837920..1838093;;cds;;;;174;;58;;HXXEE domain-containing protein ;;;;;;;;;;; dir ;2981767..2982444;;cds;;159;159;678;;226;159;sortase SrtB comp;2982604..2982678;;aca;@3;94;;75;;;; comp;2982773..2985672;;23s;;184;;2900;;;; comp;2985857..2987364;;16s;;340;340;1508;;;; dir ;2987705..2988643;;cds;;;;939;;313;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase ;;;;;;;;;;; comp;3787361..3788431;;cds;;454;*454;1071;;357;;ABC transporter ATP-binding protein comp;3788886..3789002;;5s;;126;;117;;;; comp;3789129..3792028;;23s;;281;;2900;;;; comp;3792310..3793817;;16s;;191;191;1508;;;191; comp;3794009..3794587;;cds;;;;579;;193;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase ;;;;;;;;;;; comp;3944262..3944453;;cds;;119;119;192;;64;119;DUF378 domain-containing protein comp;3944573..3944689;;5s;;126;;117;;;; comp;3944816..3947715;;23s;;217;;2900;;;; comp;3947933..3949440;;16s;;282;282;1508;;;; comp;3949723..3950004;;cds;;221;221;282;;94;;hp comp;3950226..3951755;;cds;;;;1530;;510;;lysine--tRNA ligase ;;;;;;;;;;; dir ;4084445..4085437;;cds;;382;*382;993;;331;;DNA replication protein DnaC comp;4085820..4085894;;aca;;33;;75;;;; comp;4085928..4086003;;gta;;4;;76;;;; comp;4086008..4086082;;gaa;;6;;75;;;; comp;4086089..4086164;;aaa;;326;326;76;;;326; comp;4086491..4087780;;cds;;;;1290;;430;;adenylosuccinate synthase </pre> ====cdc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_cumuls|cdc cumuls]] <pre> cdc cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;;0;1;1;1;1;100;3 ;16 23 5s 0;3;20;2;61;50;1;20;0;200;5 ;16 gca 235;3;40;1;4;100;3;40;0;300;7 ;16 23 5s a;2;60;;1;150;3;60;0;400;5 ;max a;43;80;;0;200;4;80;1;500;3 ;a doubles;2;100;;2;250;4;100;1;600;3 ;autres;2;120;;0;300;4;120;2;700;1 ;total aas;75;140;;0;350;4;140;1;800;2 sans ;opérons;5;160;;0;400;2;160;1;900;1 ;1 aa;4;180;;0;450;0;180;1;1000;0 ;max a;4;200;;0;500;1;200;1;1100;0 ;a doubles;0;;;0;;5;;4;;1 ;total aas;8;;3;68;;32;;13;;31 total aas;;83;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;14;12;;313;;165;;378 ;;;variance;;15;;283;;94;;259 sans jaune;;;moyenne;;9;;206;;;;286 ;;;variance;;5;;107;;;;144 </pre> ====cdc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_blocs|cdc blocs]] <pre> 7.11.19 Tanger;;;;;;;;;;;;;; cdc blocs;groupes;;types;;;;absents;;;;;;; ;cds;281;I;;;;;II;;III;;IV;IV1;IV2 IV2;16s;279;;;;;;;;;;;; ;23s;131;CDS;583;454;119;;cds;239;;;;; ;5s;6;16s;311;126;126;;16s;320;cds;159;cds;505;281 ;aac;4;23s;126;281;217;;23s;91;aca;94;16s;279;279 ;**16aas;3;5s;177;191;282;;gga;8;23s;184;23s;180;131 ;ttc;7;CDS;;;;;5s;273;16s;340;5s;6;6 ;atgj;114;;;;;;cds;;cds;;aac;6;4 VIII1;16s;68;;;;;;;;;;;; ;gca;271;;;;;;V;;V2;VI;VI1;VII;VII1 ;23s;126;;;;;;;;;;;; ;5s;213;;;;;;;;;;;; ;cds;372;;;;;;;;;;;; ;cds;21;;;;;;VIII;VIII1;IX;;X;X1; ;cds;776;;;;;;;;;;cds;21; X1;16s;52;;;;;;atgj;114;cds;179;cds;776; ;gca;373;;;;;;16s;68;16s;52;16s;52; ;23s;126;;;;;;gca;271;gca;249;gca;373; ;5s;7;;;;;;23s;126;23s;111;23s;126; ;aac;5;;;;;;5s;213;5s;126;5s;7; ;**7aas;9;;;;;;cds;372;cds;;aac;5; ;aga;975;;;;;;;;;;;; ;cds;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cdc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_distribution|cdc distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;2;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;gga 1;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca 1;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;1;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4 cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;3;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cdc;;4 *;;;;;4;;cdc;4;;;;;;4;;;;;;;;;;;cdc;;;2 *;70;;3;75 </pre> ====cdc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_données_intercalaires|cdc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cdc;fx;fc;cdc;fx40;fc40;cdc;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;0;37;0;0;37;-1;;59;0;258;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;3;242;1;0;52;-2;;0;75;318;3* 55;;gca;6;;aac;4;;aac ;0;20;0;311;2;0;55;-3;;1;975;159;tRNA 16s;;;15;;tta;5;;gaa ;0;30;0;210;3;1;21;-4;1;44;87;382;116;;atgj;7;;atgf;5;;gta ;0;40;1;134;4;2;26;-5;;0;1374;;tRNA 23s;;;9;;gaa;10;;gac ;0;50;2;79;5;0;15;-6;;0;109;;250;;gca;5;;gga;14;;aca ;0;60;7;80;6;0;6;-7;;16;150;;272;;;5;;gta;9;;tac ;0;70;7;66;7;0;11;-8;;61;242;;374;;;9;;gac;10;;gga ;1;80;10;68;8;0;12;-9;;0;326;;23s tRNA;;;14;;aca;9;;aga ;1;90;17;63;9;0;20;-10;;3;CDS 16s;;92;;gga;8;;tac;11;;caa ;0;100;17;67;10;0;24;-11;;30;181;507;95;;aca;29;;cta;2;;aaa ;1;110;13;85;11;0;35;-12;;0;283;342;5s tRNA;;;7;;aga;17;;tca ;0;120;25;74;12;0;45;-13;;7;778;;2* 6;;aac;88;;caa;8;;agc ;0;130;22;55;13;0;25;-14;;17;585;;7;;aac;3;;tca;85;;cca ;0;140;20;44;14;0;41;-15;;0;241;;tRNA 5s;;;6;;ttc;60;;tgg ;1;150;16;50;15;0;30;-16;;2;193;;8;;gga;14;;atgj;6;;cca 1;0;160;25;41;16;0;26;-17;;12;284;;tRNA tRNA;;;23;;atgi;3;;atc ;0;170;23;34;17;0;35;-18;;0;23s 5s;;33;;aca;7;;cca;7;;ttc ;0;180;19;39;18;0;29;-19;;1;114;;4;;gta;8;;cac;**;;atgj ;0;190;24;46;19;0;21;-20;;8;181;;6;;gaa;7;;aaa;5;;aac ;0;200;13;39;20;0;24;-21;;0;132;;**;;aaa;6;;tgc;15;;tta ;0;210;20;29;21;0;25;-22;;0;5* 127;;;;;5;;aac;7;;atgf ;0;220;27;40;22;0;18;-23;;5;16s 23s;;;;;15;;tta;14;;gaa ;0;230;16;32;23;0;24;-24;;1;2* 283;;;;;7;;atgf;5;;gga ;0;240;8;27;24;0;22;-25;;1;315;;;;;9;;gaa;5;;gta ;1;250;12;28;25;0;22;-26;;5;324;;;;;5;;gga;10;;gac 1;0;260;18;32;26;0;17;-27;;0;188;;;;;5;;gta;9;;ggc ;0;270;19;31;27;0;18;-28;;0;285;;;;;9;;gac;**;;aga ;0;280;16;22;28;0;23;-29;;6;221;;;;;14;;aca;;; ;0;290;12;34;29;0;23;-30;;0;5s CDS;;;;;9;;tac;;; ;0;300;14;24;30;0;18;-31;;0;126;213;;;;23;;cta;;; ;0;310;8;24;31;0;21;-32;;5;177;;;;;24;;ggc;;; 1;0;320;14;24;32;0;17;-33;;0;273;;;;;9;;aga;;; ;1;330;12;24;33;0;12;-34;;0;454;;;;;8;;caa;;; ;0;340;13;17;34;0;12;-35;;1;119;;;;;2;;aaa;;; ;0;350;6;15;35;0;18;-36;;0;;;;;;3;;tca;;; ;0;360;11;15;36;0;14;-37;;1;;;;;;6;;ttc;;; ;0;370;9;17;37;0;10;-38;;0;;;;;;14;;atgj;;; ;0;380;6;16;38;0;11;-39;;0;;;;;;17;;atgi;;; 1;0;390;7;16;39;0;10;-40;;1;;;;;;8;;cac;;; ;0;400;3;12;40;1;9;-41;;0;;;;;;7;;aaa;;; ;2;reste;125;246;reste;636;1655;-42;;0;;;;;;7;;tgc;;; 4;9;total;640;2589;total;640;2589;-43;;0;;;;;;12;;cgt;;; 4;6;diagr;515;2306;diagr;4;897;-44;;1;;;;;;**;;gta;;; 0;0; t30;3;763;;;;-45;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;; ;x;640;2;0;642;;;-49;;0;;;;;;;;;;; ;c;2552;296;37;2885;;;-50;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;3527;282;;reste;1;5;;;;;;;;;;; ;;;;;;3809;;total;2;296;;;;;;;;;;; </pre> =====cdc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_autres_intercalaires_aas|cdc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cdc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;9857;10630;181;*; ;;rRNA;10812;12314;55;*;1503 ;;tRNA;12370;12445;250;*;gca ;;rRNA;12696;15593;114;*;2898 ;;rRNA;15708;15824;126;*;117 fin;;CDS;15951;16460;;; deb;;CDS;16472;17353;126;*; ;;misc_b;17480;17686;124;*; fin;;CDS;17811;19082;;; deb;;CDS;19402;19857;0;*; ;;tRNA;19858;19949;37;*;tcc ;;ncRNA;19987;20251;76;*; fin;;CDS;20328;21965;;; deb;comp;CDS;23419;24624;507;*; ;;rRNA;25132;26634;283;*;1503 ;;rRNA;26918;29815;181;*;2898 ;;rRNA;29997;30113;6;*;117 ;;tRNA;30120;30194;6;*;aac ;;tRNA;30201;30286;15;*;tta ;;tRNA;30302;30377;7;*;atgf ;;tRNA;30385;30459;9;*;gaa ;;tRNA;30469;30542;5;*;gga ;;tRNA;30548;30623;5;*;gta ;;tRNA;30629;30705;9;*;gac ;;tRNA;30715;30789;14;*;aca ;;tRNA;30804;30888;8;*;tac ;;tRNA;30897;30980;29;*;cta ;;tRNA;31010;31086;7;*;aga ;;tRNA;31094;31169;88;*;caa ;;tRNA;31258;31346;3;*;tca ;;tRNA;31350;31425;6;*;ttc ;;tRNA;31432;31505;14;*;atgj ;;tRNA;31520;31596;23;*;atgi ;;tRNA;31620;31696;7;*;cca ;;tRNA;31704;31780;8;*;cac ;;tRNA;31789;31864;7;*;aaa ;;tRNA;31872;31945;6;*;tgc ;;tRNA;31952;32026;5;*;aac ;;tRNA;32032;32117;15;*;tta ;;tRNA;32133;32208;7;*;atgf ;;tRNA;32216;32290;9;*;gaa ;;tRNA;32300;32373;5;*;gga ;;tRNA;32379;32454;5;*;gta ;;tRNA;32460;32536;9;*;gac ;;tRNA;32546;32620;14;*;aca ;;tRNA;32635;32719;9;*;tac ;;tRNA;32729;32812;23;*;cta ;;tRNA;32836;32910;24;*;ggc ;;tRNA;32935;33011;9;*;aga ;;tRNA;33021;33096;8;*;caa ;;tRNA;33105;33180;2;*;aaa ;;tRNA;33183;33271;3;*;tca ;;tRNA;33275;33350;6;*;ttc ;;tRNA;33357;33430;14;*;atgj ;;tRNA;33445;33521;17;*;atgi ;;tRNA;33539;33615;8;*;cac ;;tRNA;33624;33699;7;*;aaa ;;tRNA;33707;33780;7;*;tgc ;;tRNA;33788;33864;12;*;cgt ;;tRNA;33877;33952;75;*;gta fin;;CDS;34028;34441;;; deb;;CDS;72345;72830;94;*; ;;misc_b;72925;73133;63;*; fin;;CDS;73197;74912;;; deb;;CDS;90506;91204;51;*; ;;misc_f;91256;91384;42;*; fin;;CDS;91427;91933;;; deb;;CDS;127011;127715;283;*; ;;rRNA;127999;129502;283;*;1504 ;;rRNA;129786;132684;132;*;2899 ;;rRNA;132817;132933;6;*;117 ;;tRNA;132940;133014;4;*;aac ;;tRNA;133019;133093;5;*;gaa ;;tRNA;133099;133174;5;*;gta ;;tRNA;133180;133256;10;*;gac ;;tRNA;133267;133341;14;*;aca ;;tRNA;133356;133440;9;*;tac ;;tRNA;133450;133523;10;*;gga ;;tRNA;133534;133610;9;*;aga ;;tRNA;133620;133695;11;*;caa ;;tRNA;133707;133782;2;*;aaa ;;tRNA;133785;133873;17;*;tca ;;tRNA;133891;133981;8;*;agc ;;tRNA;133990;134066;85;*;cca ;;tRNA;134152;134227;60;*;tgg ;;tRNA;134288;134364;6;*;cca ;;tRNA;134371;134447;3;*;atc ;;tRNA;134451;134526;7;*;ttc ;;tRNA;134534;134610;116;*;atgj ;;rRNA;134727;136128;55;*;1402 ;;tRNA;136184;136259;272;*;gca ;;rRNA;136532;139429;127;*;2898 ;;rRNA;139557;139673;213;*;117 fin;comp;CDS;139887;141071;;0; deb;;CDS;143817;144356;778;*; ;;rRNA;145135;146637;55;*;1503 ;;tRNA;146693;146768;374;*;gca ;;rRNA;147143;150040;127;*;2898 ;;rRNA;150168;150284;7;*;117 ;;tRNA;150292;150366;5;*;aac ;;tRNA;150372;150457;15;*;tta ;;tRNA;150473;150548;7;*;atgf ;;tRNA;150556;150630;14;*;gaa ;;tRNA;150645;150718;5;*;gga ;;tRNA;150724;150799;5;*;gta ;;tRNA;150805;150881;10;*;gac ;;tRNA;150892;150966;9;*;ggc ;;tRNA;150976;151049;975;*;aga fin;;CDS;152025;152864;;; deb;comp;CDS;171557;172066;188;*; ;;regulatory;172255;172358;136;*; fin;;CDS;172495;173688;;; deb;;CDS;193614;194780;59;*; ;;regulatory;194840;194957;124;*; fin;;CDS;195082;195687;;; deb;;CDS;253195;254327;59;*; ;;regulatory;254387;254488;220;*; fin;;CDS;254709;256244;;; deb;;CDS;309184;310275;308;*; ;;regulatory;310584;310674;406;*; fin;;CDS;311081;311398;;; deb;;CDS;378341;380728;585;*; ;;rRNA;381314;382816;315;*;1503 ;;rRNA;383132;386029;127;*;2898 ;;rRNA;386157;386273;177;*;117 fin;;CDS;386451;387059;;0; deb;;CDS;393173;394945;131;*; ;;regulatory;395077;395269;188;*; fin;;CDS;395458;396210;;; deb;comp;CDS;518815;519642;205;*; ;;regulatory;519848;519954;69;*; fin;;CDS;520024;520344;;0; deb;;CDS;601016;601618;560;*; ;;misc_b;602179;602417;63;*; fin;;CDS;602481;604400;;; deb;;CDS;703255;703989;800;*; ;;regulatory;704790;704866;264;*; fin;;CDS;705131;706387;;; deb;;CDS;774245;775042;343;*; ;;misc_b;775386;775620;49;*; fin;;CDS;775670;776689;;; deb;comp;CDS;833130;833894;258;*; ;;tRNA;834153;834243;87;*;agc fin;;CDS;834331;835119;;; deb;;CDS;840990;843056;591;*; ;;misc_b;843648;843858;225;*; fin;;CDS;844084;844899;;; deb;;CDS;1027707;1028153;147;*; ;;misc_b;1028301;1028547;123;*; fin;;CDS;1028671;1030413;;; deb;;CDS;1089165;1090139;241;*; ;;rRNA;1090381;1091883;324;*;1503 ;;rRNA;1092208;1095105;92;*;2898 ;;tRNA;1095198;1095271;8;*;gga ;;rRNA;1095280;1095396;273;*;117 fin;;CDS;1095670;1097688;;; deb;;CDS;1140023;1140928;114;*; ;;ncRNA;1141043;1141223;182;*; fin;;CDS;1141406;1142623;;0; deb;comp;CDS;1181549;1182958;1374;*; ;comp;tRNA;1184333;1184415;318;*;ttg fin;;CDS;1184734;1187382;;; deb;;CDS;1221766;1222134;91;*; ;;regulatory;1222226;1222332;102;*; fin;;CDS;1222435;1223640;;0; deb;;CDS;1292920;1293819;907;*; ;;repeat_region;1294727;1295680;1216;*; fin;;CDS;1296897;1297052;;; deb;;CDS;1347580;1348659;142;*; ;;misc_b;1348802;1349040;67;*; fin;;CDS;1349108;1351747;;; deb;;CDS;1503182;1503538;530;*; ;;repeat_region;1504069;1504755;391;*; fin;comp;CDS;1505147;1506880;;; deb;comp;CDS;1512381;1512557;53;*; ;comp;regulatory;1512611;1512707;354;*; fin;comp;CDS;1513062;1513736;;; deb;;CDS;1583597;1584714;449;*; ;;regulatory;1585164;1585270;105;*; fin;;CDS;1585376;1586341;;; deb;;CDS;1612685;1614778;660;*; ;;repeat_region;1615439;1615732;167;*; fin;comp;CDS;1615900;1616184;;0; deb;;CDS;1620655;1621623;151;*; ;;misc_b;1621775;1622027;71;*; fin;;CDS;1622099;1623307;;0; deb;;CDS;1668527;1669288;160;*; ;;misc_b;1669449;1669706;112;*; fin;;CDS;1669819;1670058;;; deb;;CDS;1708973;1709134;741;*; ;;repeat_region;1709876;1710232;238;*; fin;;CDS;1710471;1710659;;; deb;;CDS;1710778;1711644;452;*; ;;repeat_region;1712097;1712386;122;*; fin;;CDS;1712509;1713036;;; deb;;CDS;1745654;1747510;82;*; ;;misc_b;1747593;1747833;65;*; ;;misc_b;1747899;1748134;84;*; fin;;CDS;1748219;1749436;;; deb;;CDS;1770800;1771111;92;*; ;;regulatory;1771204;1771296;99;*; fin;;CDS;1771396;1772190;;; deb;comp;CDS;1833191;1833988;112;*; ;comp;regulatory;1834101;1834206;91;*; deb;comp;CDS;1834298;1835284;163;*; ;;regulatory;1835448;1835624;143;*; deb;;CDS;1835768;1837498;109;*; ;;tRNA;1837608;1837688;896;*;cta ;;regulatory;1838585;1838689;209;*; fin;;CDS;1838899;1839933;;; deb;comp;CDS;1847745;1849016;646;*; ;;repeat_region;1849663;1850878;408;*; fin;;CDS;1851287;1851574;;0; deb;comp;CDS;1869839;1870468;364;*; ;;regulatory;1870833;1870876;100;*; fin;;CDS;1870977;1871945;;; deb;comp;CDS;1886422;1887495;161;*; ;comp;regulatory;1887657;1887778;188;*; deb;;CDS;1887967;1890450;87;*; ;;regulatory;1890538;1890649;141;*; fin;;CDS;1890791;1892092;;; deb;;CDS;1903300;1903731;430;*; ;;misc_b;1904162;1904373;162;*; fin;;CDS;1904536;1905825;;; deb;;CDS;1963260;1964567;85;*; ;;misc_b;1964653;1964915;125;*; fin;;CDS;1965041;1965844;;; deb;;CDS;1974995;1975732;110;*; ;;misc_b;1975843;1976050;252;*; fin;;CDS;1976303;1977502;;; deb;;CDS;2015338;2017995;53;*; ;;regulatory;2018049;2018151;109;*; fin;;CDS;2018261;2019526;;; deb;comp;CDS;2142818;2143108;130;*; ;comp;regulatory;2143239;2143338;619;*; ;;regulatory;2143958;2144047;52;*; fin;;CDS;2144100;2144276;;0; deb;comp;CDS;2153631;2154182;150;*; ;comp;misc_b;2154333;2154596;435;*; fin;comp;CDS;2155032;2155430;;; deb;comp;CDS;2155785;2156270;82;*; ;comp;regulatory;2156353;2156446;556;*; deb;comp;CDS;2157003;2157185;226;*; ;;regulatory;2157412;2157509;54;*; fin;;CDS;2157564;2157740;;; deb;comp;CDS;2192160;2193194;253;*; ;comp;misc_b;2193448;2193661;222;*; fin;comp;CDS;2193884;2194648;;0; deb;comp;CDS;2199791;2200075;110;*; ;;repeat_region;2200186;2200869;830;*; fin;comp;CDS;2201700;2202572;;; deb;comp;CDS;2207935;2209128;81;*; ;comp;regulatory;2209210;2209378;110;*; fin;comp;CDS;2209489;2210106;;; deb;comp;CDS;2274866;2276242;93;*; ;comp;regulatory;2276336;2276438;249;*; fin;;CDS;2276688;2278034;;; deb;comp;CDS;2289838;2290746;801;*; ;;misc_b;2291548;2291779;107;*; fin;;CDS;2291887;2293368;;; deb;comp;CDS;2432824;2434221;76;*; ;comp;misc_b;2434298;2434531;168;*; fin;comp;CDS;2434700;2434903;;; deb;comp;CDS;2473840;2475960;427;*; ;;regulatory;2476388;2476476;189;*; fin;;CDS;2476666;2478033;;0; deb;comp;CDS;2501260;2501931;184;*; ;;regulatory;2502116;2502205;53;*; fin;;CDS;2502259;2502435;;; deb;comp;CDS;2524251;2524823;182;*; ;comp;regulatory;2525006;2525107;105;*; fin;comp;CDS;2525213;2526364;;; deb;comp;CDS;2555495;2555866;103;*; ;comp;regulatory;2555970;2556080;331;*; fin;comp;CDS;2556412;2558106;;0; deb;comp;CDS;2595509;2596213;63;*; ;comp;regulatory;2596277;2596371;195;*; fin;comp;CDS;2596567;2597583;;; deb;comp;CDS;2695506;2696213;150;*; ;comp;tRNA;2696364;2696460;242;*;tga fin;comp;CDS;2696703;2697542;;; deb;comp;CDS;2719492;2720808;86;*; ;comp;misc_b;2720895;2721106;78;*; fin;comp;CDS;2721185;2721980;;0; deb;comp;CDS;2845118;2845816;42;*; ;comp;misc_b;2845859;2846099;90;*; fin;comp;CDS;2846190;2847593;;0; deb;comp;CDS;2854480;2857587;92;*; ;comp;misc_b;2857680;2857912;174;*; fin;comp;CDS;2858087;2858614;;; deb;comp;CDS;2947183;2948184;58;*; ;comp;misc_b;2948243;2948498;133;*; fin;comp;CDS;2948632;2949822;;; deb;comp;CDS;2957885;2958538;329;*; ;;regulatory;2958868;2958969;72;*; fin;;CDS;2959042;2960385;;; deb;comp;CDS;2978480;2981023;277;*; ;comp;ncRNA;2981301;2981635;131;*; deb;;CDS;2981767;2982444;159;*; ;comp;tRNA;2982604;2982678;95;*;aca ;comp;rRNA;2982774;2985671;188;*;2898 ;comp;rRNA;2985860;2987362;342;*;1503 fin;;CDS;2987705;2988643;;0; deb;comp;CDS;3090012;3095975;123;*; ;comp;regulatory;3096099;3096184;171;*; fin;comp;CDS;3096356;3097759;;; deb;comp;CDS;3135811;3136473;99;*; ;comp;regulatory;3136573;3136658;185;*; deb;comp;CDS;3136844;3139798;112;*; ;comp;regulatory;3139911;3139996;125;*; fin;comp;CDS;3140122;3141300;;0; deb;comp;CDS;3244007;3244435;189;*; ;;repeat_region;3244625;3246042;183;*; fin;comp;CDS;3246226;3246492;;; deb;comp;CDS;3274824;3275954;227;*; ;comp;regulatory;3276182;3276363;52;*; fin;comp;CDS;3276416;3277309;;; deb;comp;CDS;3405889;3407280;143;*; ;comp;regulatory;3407424;3407603;271;*; fin;comp;CDS;3407875;3409527;;; deb;comp;CDS;3489429;3490850;579;*; ;;repeat_region;3491430;3492052;252;*; fin;comp;CDS;3492305;3494290;;; deb;;CDS;3508604;3509509;673;*; ;comp;tmRNA;3510183;3510532;157;*; fin;comp;CDS;3510690;3511145;;0; deb;;CDS;3600566;3601447;77;*; ;;regulatory;3601525;3601699;172;*; fin;;CDS;3601872;3602873;;; deb;comp;CDS;3636881;3639547;75;*; ;comp;misc_b;3639623;3639885;300;*; fin;comp;CDS;3640186;3641013;;; deb;comp;CDS;3654516;3655193;579;*; ;comp;regulatory;3655773;3655856;232;*; fin;comp;CDS;3656089;3656931;;; deb;comp;CDS;3689422;3690501;287;*; ;;regulatory;3690789;3690904;174;*; fin;;CDS;3691079;3692449;;0; deb;comp;CDS;3749041;3749442;795;*; ;;regulatory;3750238;3750334;53;*; fin;;CDS;3750388;3750564;;; deb;comp;CDS;3787361;3788431;454;*; ;comp;rRNA;3788886;3789002;127;*;117 ;comp;rRNA;3789130;3792027;285;*;2898 ;comp;rRNA;3792313;3793815;193;*;1503 fin;comp;CDS;3794009;3794587;;; deb;comp;CDS;3810367;3811866;129;*; ;comp;regulatory;3811996;3812175;66;*; fin;comp;CDS;3812242;3812856;;; deb;comp;CDS;3905129;3905650;161;*; ;comp;regulatory;3905812;3905897;839;*; fin;comp;CDS;3906737;3907687;;; deb;comp;CDS;3931996;3933933;83;*; ;comp;misc_b;3934017;3934263;65;*; fin;comp;CDS;3934329;3934850;;; deb;comp;CDS;3944262;3944453;119;*; ;comp;rRNA;3944573;3944689;127;*;117 ;comp;rRNA;3944817;3947714;221;*;2898 ;comp;rRNA;3947936;3949438;284;*;1503 fin;comp;CDS;3949723;3949917;;; deb;;CDS;4084445;4085437;382;*; ;comp;tRNA;4085820;4085894;33;*;aca ;comp;tRNA;4085928;4086003;4;*;gta ;comp;tRNA;4086008;4086082;6;*;gaa ;comp;tRNA;4086089;4086164;326;*;aaa fin;comp;CDS;4086491;4087780;;; </pre> ====cdc psor==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_psor|cdc psor]] <pre> cdc-psor comparaison;;7.11.19 Tanger;;;comparaisons internes cdc, psor;;;; cdc;intercal;psor;intercal;diff;cdc;intercal;cdc;intercal;diff cds;505;CDS;309;;cds;505;cds;281; 16s;279;16s;196;;16s;279;16s;279; 23s;180;23s;122;;23s;180;23s;131; 5s;6;5s;5;;5s;6;5s;6; aac;6;tta;13;;aac;6;aac;4; tta;15;atg;15;-2;tta;15;gaa;5; atgf;7;gaa;9;8;atgf;7;gta;5; gaa;9;gga;6;0;gaa;9;gac;10; gga;5;gta;5;1;gga;5;aca;14; gta;5;gac;16;;gta;5;tac;9;0 gac;9;aac;4;;gac;9;gga;10;1 aca;14;aca;4;-10;aca;14;aga;9;0 tac;8;tac;15;7;tac;8;caa;11; cta;29;cta;14;-15;cta;29;aaa;2; aga;7;aga;7;0;aga;7;tca;17;2 caa;88;caa;11;;caa;88;agc;8; tca;3;aaa;6;;tca;3;cca;85; ttc;6;tca;3;0;ttc;6;tgg;60; atgj;11;ttc;9;3;atgj;11;cca;6; atgi;23;atg;8;-3;atgi;23;atc;3; cca;7;atg;21;-2;cca;7;ttc;7; cac;8;cca;6;-1;cac;8;atgj;114; aaa;7;cac;4;;aaa;7;16s;; tgc;6;tgc;25;;tgc;6;cds;776; aac;5;tta;13;-2;aac;5;16s;52; tta;15;atg;15;8;tta;15;gca;373; atgf;7;gaa;9;0;atgf;7;23s;126; gaa;9;gga;6;1;gaa;9;5s;7; gga;5;gta;5;0;gga;5;aac;5; gta;5;gac;16;;gta;5;tta;15;0 gac;9;aac;4;;gac;9;atgf;7;1 aca;14;aca;4;-10;aca;14;gaa;14;0 tac;9;tac;15;6;tac;9;gga;5; cta;23;cta;11;-12;cta;23;gta;5; ggc;24;ggc;13;-11;ggc;24;gac;10; aga;9;aga;7;-2;aga;9;ggc;9;0 caa;8;caa;11;3;caa;8;aga;975;3 aaa;2;aaa;6;4;aaa;2;cds;;0 tca;3;tca;3;0;tca;3;;; ttc;6;ttc;9;3;ttc;6;;; atgj;11;atg;8;-3;atgj;11;;; atgi;17;atg;21;;atgi;17;;; cac;8;cca;6;;cac;8;;; aaa;7;cac;9;1;aaa;7;;; tgc;7;aaa;21;14;tgc;7;;; cgt;12;tgc;6;-1;cgt;12;;; gta;75;cgt;10;-2;gta;75;;; cds;;gta;162;;cds;;;; ;;CDS;;;;;;; ;;;;;psor;;psor;intercal;diff cds;776;;;;CDS;309;CDS;239; 16s;52;;;;16s;196;16s;196; gca;373;;;;23s;122;23s;213; 23s;126;;;;5s;5;5s;5; 5s;7;atg;138;;tta;13;tta;13;0 aac;5;16s;109;;atg;15;atg;15;0 tta;15;gca;112;;gaa;9;gaa;9;0 atgf;7;23s;40;;gga;6;gga;6;0 gaa;14;5s;5;;gta;5;gta;5;0 gga;5;gaa;8;;gac;16;gac;16;0 gta;5;gta;5;0;aac;4;aac;31; gac;10;gac;9;-1;aca;4;aac;4; ggc;9;ggc;7;-2;tac;15;aca;4;0 aga;975;aga;142;;cta;14;tac;11;-4 cds;;CDS;;;aga;7;gga;19;5 ;;;;;caa;11;aga;6;-1 cds;281;CDS;239;;aaa;6;caa;12;1 16s;279;16s;196;;tca;3;aaa;6;0 23s;131;23s;213;;ttc;9;tca;11; 5s;6;5s;5;;atg;8;agc;6; aac;4;tta;13;;atg;21;cca;6; gaa;5;atg;15;;cca;6;atg;11; gta;5;gaa;9;;cac;4;tgg;31; gac;10;gga;6;;tgc;25;cca;6; aca;14;gta;5;;tta;13;atc;6;0 tac;9;gac;16;;atg;15;ttc;13;0 gga;10;aac;31;;gaa;9;atg;138;0 aga;9;aac;4;;gga;6;16s;;0 caa;11;aca;4;-10;gta;5;atg;138;0 aaa;2;tac;11;2;gac;16;16s;109;0 tca;17;gga;19;9;aac;4;gca;112; agc;8;aga;6;-3;aca;4;23s;40;0 cca;85;caa;12;1;tac;15;5s;5; tgg;60;aaa;6;4;cta;11;gaa;8; cca;6;tca;11;-6;ggc;13;gta;5; atc;3;agc;6;-2;aga;7;gac;9;-1 ttc;7;cca;6;;caa;11;ggc;7;1 atgj;114;atg;11;;aaa;6;aga;142;0 16s;;tgg;31;-29;tca;3;CDS;; ;;cca;6;0;ttc;9;;; ;;atc;6;3;atg;8;;; ;;ttc;13;6;atg;21;;; ;;atg;138;;cca;6;;; ;;16s;;;cac;9;;; ;;;;;aaa;21;;; ;;CDS;129;;tgc;6;;; ;;gta;8;;cgt;10;;; ;;gaa;20;;gta;162;;; ;;aaa;10;;CDS;;;; cds;382;aca;10;;;;;; aca;33;gac;7;;;;;; gta;4;gta;9;5;;;;; gaa;6;gaa;5;-1;;;;; aaa;326;aaa;289;;;;;; cds;;CDS;;;;;;; ;;;;;;;;; cdc-psor coservation des cds;;;;;fréquence des diff psor-cdc des intercalaires;;;; cdc;intercal;psor;intercal;protéines;;gamme;fréquence;; cds;0;CDS;3;151 – 152;;-15;2;; tcc;37;tcc;27;;;-14;;; ncRNA;76;ncRNA;152;547 – 546;;-13;;; cds;;CDS;;;;-12;1;; ;;;;;;-11;1;; cds;1374;CDS;41;470 – 1177;;-10;3;; ttg;318;ttg;138;883 – 881;;-9;;; cds;;CDS;;;;-8;;; ;;;;;;-7;;; cds;109;CDS;111;577 – 1076;;-6;1;; cta;231;cta;426;;;-5;;; cds;;CDS;;58 – 577;;-4;;; ;;;;;;-3;3;; cds;258;CDS;37;255 – 302;;-2;7;; agc;87;agc;120;;;-1;4;; cds;;CDS;;263 – 100;;0;8;; ;;;;;;1;4;; ;;CDS;306;62;;2;1;; ;;cta;404;422;;3;4;; ;;CDS;;;;4;2;; ;;;;;;5;1;; ;;CDS;135;;;6;2;; ;;other;258;;;7;1;; ;;CDS;;;;8;2;; ;;;;;;9;1;; ;;CDS;195;;;10;;; ;;tga;37;;;11;;; ;;CDS;;;;12;;; ;;;;;;13;;; ;;CDS;71;;;14;1;; ;;tgc;12;;;15;;; ;;aac;3;;;;;; ;;aca;285;;;total;49;; ;;CDS;;;;sous t. -2+2;24;; </pre> ===cdc8=== ====cdc8 opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_opérons|cdc8 opérons]] <pre> 28.6%GC;11.9.19 Paris;16s 16 ;110 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;pbs;CDS dirigé;protéines Peptoclostridium difficile M68;;;;;;;;;;; dir ;4299490..4300134;;cds;;214;214;;;645;;tyrosine-type recombinase/integrase dir ;4300349..4300807;;cds;@1;554;*554;;;459;;helix-turn-helix domain-containing protein dir ;4301362..4303101;;cds;;0;0;;;*1740;;hypothetical protein dir ;4303102..4303305;;cds;;167;167;;;204;;hp dir ;4303473..4304299;;23s°;;132;;;;827;; dir ;4304432..4304548;;5s;+;6;;;;117;; dir ;4304555..4304629;;aac;;4;;;4;75;; dir ;4304634..4304708;;gaa;2 cca;5;;;5;75;; dir ;4304714..4304789;;gta;;5;;;5;76;; dir ;4304795..4304871;;gac;;11;;;11;77;; dir ;4304883..4304957;;aca;;14;;;14;75;; dir ;4304972..4305056;;tac;;9;;;9;85;; dir ;4305066..4305139;;gga;;10;;;10;74;; dir ;4305150..4305226;;aga;;9;;;9;77;; dir ;4305236..4305311;;caa;;11;;;11;76;; dir ;4305323..4305398;;aaa;;2;;;2;76;; dir ;4305401..4305489;;tca;;18;;;18;89;; dir ;4305508..4305598;;agc;;8;;;8;91;; dir ;4305607..4305683;;cca;;85;;;*85;77;; dir ;4305769..4305844;;tgg;;60;;;*60;76;; dir ;4305905..4305981;;cca;;5;;;5;77;; dir ;4305987..4306063;;atc;;3;;;3;77;; dir ;4306067..4306142;;ttc;;7;;;7;76;; dir ;4306150..4306226;;atgj;;114;;;;77;; dir ;4306341..4307538;;16s;;0;0;;;1198;0; dir ;4307539..4308225;;cds;;100;100;;;687;;xylose isomerase dir ;1..796;4308325;23s°;;181;;;;796;; dir ;978..1094;;5s;;6;;;;117;; dir ;1101..1175;;aac;+;6;;;6;75;; dir ;1182..1267;;tta;3 aaa;15;;;15;86;; dir ;1283..1358;;atgf;3 gta;7;;;7;76;; dir ;1366..1440;;gaa;;9;;;9;75;; dir ;1450..1523;;gga;;5;;;5;74;; dir ;1529..1604;;gta;;5;;;5;76;; dir ;1610..1686;;gac;;9;;;9;77;; dir ;1696..1770;;aca;;14;;;14;75;; dir ;1785..1869;;tac;;10;;;10;85;; 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dir ;4615..4690;;aaa;;7;;;7;76;; dir ;4698..4771;;tgc;;7;;;7;74;; dir ;4779..4855;;cgt;;12;;;12;77;; dir ;4868..4943;;gta;;75;75;;;76;75; dir ;5019..5432;;cds;;308;308;;;414;;hp dir ;5741..9172;;cds;;;;;;*3432;;pyruvate carboxylase ;;;;;;;;;;; dir ;94032..94736;;cds;;281;281;;;705;281;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD dir ;95018..95994;;16s°;;100;;;;977;; dir ;96095..97613;;23s°;;126;;;;1519;; dir ;97740..97856;;5s;;7;;;;117;; dir ;97864..97938;;aac;;6;;;6;75;; dir ;97945..98030;;tta;;15;;;15;86;; dir ;98046..98121;;atgf;;7;;;7;76;; dir ;98129..98203;;gaa;;8;;;8;75;; dir ;98212..98285;;gga;;4;;;4;74;; dir ;98290..98365;;gta;;5;;;5;76;; dir ;98371..98447;;gac;;10;;;10;77;; dir ;98458..98532;;ggc;;9;;;9;75;; dir ;98542..98615;;aga;;954;*954;;;74;; dir ;99570..100409;;cds;;;;;;840;;TIGR00159 family protein ;;;;;;;;;;; dir ;306829..309216;;cds;;733;;;;*2388;;cadmium-translocating P-type ATPase <> comp;309950..310076;;cds;;1;1;;;127;1;glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A dir ;310078..311313;;23s°;;126;;;;1236;; dir ;311440..311556;;5s;;177;177;;;117;; dir ;311734..312342;;cds;;;;;;609;;DedA family protein ;;;;;;;;;;; comp;861856..862620;;cds;;258;258;;;765;;DeoR/GlpR transcriptional regulator dir ;862879..862969;;agc;;87;87;;;91;87; dir ;863057..863845;;cds;;;;;;789;;flagellar motor protein ;;;;;;;;;;; dir ;1106477..1107451;;cds;;238;238;;;975;238;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase dir ;1107690..1109197;;16s;@2;320;;;;1508;; dir ;1109518..1112416;;23s;;91;;;;2899;; dir ;1112508..1112581;;gga;;8;;;;74;; dir ;1112590..1112706;;5s;;273;273;;;117;; dir ;1112980..1114998;;cds;;;;;;*2019;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase ;;;;;;;;;;; comp;1196804..1198213;;cds;;1378;*1378;;;*1410;;MBOAT family protein comp;1199592..1199674;;ttg;;318;318;;;83;318; dir ;1199993..1202641;;cds;;;;;;*2649;;DNA polymerase I ;;;;;;;;;;; dir ;1850896..1852626;;cds;;109;109;;;*1731;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein dir ;1852736..1852816;;cta;;334;334;;;81;; dir ;1853151..1853666;;cds;;;;;;516;;HXXEE domain-containing protein ;;;;;;;;;;; dir ;3024038..3024715;;cds;;150;150;;;678;150;sortase SrtB comp;3024866..3024940;;aca;@3;93;;;;75;; comp;3025034..3027933;;23s;;184;;;;2900;; comp;3028118..3029625;;16s;;374;374;;;1508;; dir ;3030000..3030938;;cds;;;;;;939;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase ;;;;;;;;;;; dir ;3805298..3806743;;cds;;208;208;;;*1446;;tyrosine-type recombinase/integrase comp;3806952..3807028;;agg;;61;61;;;77;61; <comp;3807090..3808790;;cds;;;;;;*1701;;formate dehydrogenase subunit alpha ;;;;;;;;;;; comp;3875816..3876886;;cds;;452;*452;;;1071;;ABC transporter ATP-binding protein comp;3877339..3877455;;5s;;125;;;;117;; comp;3877581..3880480;;23s;;261;;;;2900;; comp;3880742..3882249;;16s;;190;190;;;1508;190; comp;3882440..3883018;;cds;;;;;;579;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase ;;;;;;;;;;; comp;4017523..4017714;;cds;;118;118;;;192;118;DUF378 domain-containing protein comp;4017833..4017949;;5s;;126;;;;117;; comp;4018076..4020975;;23s;;321;;;;2900;; comp;4021297..4022804;;16s;;292;292;;;1508;; 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comp;4217110..4218529;;23s°;;250;;;;1420;; comp;4218780..4218855;;gca;;52;;;;76;; comp;4218908..4219471;;16s°;;100;;;;564;; comp;4219572..4219856;;23s°;;217;;;;285;; comp;4220074..4221581;;16s;;179;179;;;1508;179; >comp;4221761..4222206;;cds;;386;386;;;446;386;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor dir ;4222593..4224100;;16s;;321;;;;1508;; dir ;4224422..4227321;;23s;;181;;;;2900;; dir ;4227503..4227619;;5s;;6;;;;117;; dir ;4227626..4227700;;aac;;6;;;6;75;; dir ;4227707..4227792;;tta;;15;;;15;86;; dir ;4227808..4227883;;atgf;;7;;;7;76;; dir ;4227891..4227965;;gaa;;9;;;9;75;; dir ;4227975..4228048;;gga;;5;;;5;74;; dir ;4228054..4228129;;gta;;5;;;5;76;; dir ;4228135..4228211;;gac;;9;;;9;77;; dir ;4228221..4228295;;aca;;14;;;14;75;; dir ;4228310..4228394;;tac;;10;;;10;85;; dir ;4228405..4228488;;cta;;28;;;28;84;; dir ;4228517..4228593;;aga;;7;;;7;77;; dir ;4228601..4228676;;caa;;89;;;*89;76;; dir ;4228766..4228854;;tca;;3;;;3;89;; dir ;4228858..4228933;;ttc;;6;;;6;76;; dir ;4228940..4229016;;atgj;;11;;;11;77;; 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comp;4253521..4253596;;gca;;52;;;;76;; comp;4253649..4254226;;16s°;;282;282;;;578;; dir ;4254509..4254712;;cds;;12;12;;;204;;hp dir ;4254725..4256002;;cds;;;;;;*1278;;phage portal protein </pre> ====cdc8 cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cumuls|cdc8 cumuls]] <pre> cdc8 cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;21;1;;0;1;4;1;3;100;6 ;16 23 5s 0;4;20;2;77;50;2;20;0;200;8 ;16 gca 235;2;40;1;6;100;7;40;0;300;11 ;16 23 5s a;5;60;;0;150;5;60;0;400;5 ;max a;43;80;;1;200;5;80;2;500;5 ;a doubles;2;100;;3;250;6;100;3;600;5 ;autres;10;120;;0;300;5;120;3;700;1 ;total aas;98;140;;0;350;4;140;1;800;1 sans ;opérons;6;160;;0;400;4;160;1;900;1 ;1 aa;5;180;;0;450;0;180;1;1000;0 ;max a;4;200;;0;500;2;200;1;1100;0 ;a doubles;0;;;0;;4;;7;;1 ;total aas;9;;3;87;;48;;22;;44 total aas;;108;;;;;;;;; remarques;;7;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;14;14;;256;;155;;330 ;;;variance;;16;;252;;109;;234 sans jaune;;;moyenne;;10;;182;;;;208 ;;;variance;;6;;117;;;;97 </pre> ====cdc8 blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_blocs|cdc8 blocs]] <pre> cdc8 blocs;;;;;;;; Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupe;intercal ;cds;554;;cds;150;;cds;496 ;cds;0;;aca;93;;16s;321 ;cds;168;;23s;184;;23s°;100 ;23s°;133;III;16s;374;;cds;111 IV2;5s;7;;cds;;;cds;228 ;aac;5;;;;;16s;321 ;**16aas;8;;cds;452;;23s°;101 ;atgj;115;;5s;125;;23s°;250 IV1;16s;1;;23s;261;;gca;52 ;cds;100;I2;16s;190;;16s°;100 ;23s°;182;;cds;;;23s°;217 ;5s;7;;;;;16s;179 ;aac;7;;cds;118;;cds;386 ;**41aas;13;;5s;126;IV3;16s;321 ;gta;76;;23s;321;;23s;181 ;cds;308;I3;16s;292;;5s;6 ;cds;;;cds;;;aac;6 ;;;;;;;**17aas;8 ;cds;281;;cds;179;;aaa;353 ;16s°;100;;16s;161;;5s;126 ;23s°;126;;5s;201;;23s;582 X1;5s;7;I1;23s;217;I4;16s;217 ;aac;6;;16s;108;;23s;126 ;**7aas;9;;atgi;11;;5s;216 ;aga;954;;tta;5;;cds;372 ;cds;;;5s;201;;cds;21 ;;;;23s;375;;cds;778 ;cds;733;VII1;gca;52;IV4;16s;261 ;cds;1;;16s’;100;;23s;201 ;23s°;126;;16s’;52;;5s;5 ;5s;177;;gca;248;;tta;11 ;cds;;;23s°;100;;atgi;108 ;;;;16s°;321;;16s;184 ;cds;238;;23s;100;;23s°;100 II;16s;320;;16s°;320;;cds;112 ;23s;91;;23s°;100;;23s’;375 ;gga;8;;23s’;126;;gca;52 ;5s;273;;5s;127;;16s°;282 ;cds;;;cds;;;cds; </pre> ====cdc8 cdc psor 43==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_43|cdc8 cdc psor 43]] <pre> cdc8;43aas;cdc;43aas;;;cdc8;43aas;psor;44aas; 16s;1;;;;;16s;1;;; cds;100;16s;279;;;cds;100;16s;196; 23s°;181;23s;180;-1;;23s°;181;23s;122; 5s;6;5s;6;0;;5s;6;5s;5; aac;6;aac;6;0;;aac;6;tta;13;-2 tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8 atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0 gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1 gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0 gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16; gac;9;gac;9;0;;gac;9;aac;4; aca;14;aca;14;0;;aca;14;aca;4;-10 tac;10;tac;8;-2;;tac;10;tac;15;5 cta;28;cta;29;1;;cta;28;cta;14;-14 aga;7;aga;7;0;;aga;7;aga;7;0 caa;89;caa;88;-1;;caa;89;caa;11; tca;3;tca;3;0;;tca;3;aaa;6; ttc;6;ttc;6;0;;ttc;6;tca;3;0 atgj;11;atgj;11;0;;atgj;11;ttc;9;3 atgi;29;atgi;23;-6;;atgi;29;atg;8;-3 cca;7;cca;7;0;;cca;7;atg;21;-8 cac;8;cac;8;0;;cac;8;cca;6;-1 aaa;7;aaa;7;0;;aaa;7;cac;4; tgc;6;tgc;6;0;;tgc;6;tgc;25; aac;6;aac;5;-1;;aac;6;tta;13;-2 tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8 atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0 gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1 gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0 gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16; 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;comp;3882440..3883018;cds;;579;precorrin;;;dir ;4237342..4237458;5s;216;117;;;;;; ;;;;;;;;;comp;4237675..4238859;cds;372;1185;B6;;;;; ;comp;4017523..4017714;cds;118;192;DUF378;;5;dir ;4239232..4241583;cds;21;2352;Art-red;;;;; ;comp;4017833..4017949;5s;126;117;;;;dir ;4241605..4242144;cds;778;540;Art-reda;;;;; 14;comp;4018076..4020975;23s;321;2900;;;insert;dir ;4242923..4244459;16s;261;1537;;;;;; ;comp;4021297..4022804;16s;292;1508;;;insert;dir ;4244721..4247619;23s;201;2899;;;;;; ;comp;4023097..4023378;cds;221;282;hp-282;;insert;dir ;4247821..4247937;5s;5;117;;111345..111884;CDS;431;540;Art-reda ;comp;4023600..4025129;cds;;1530;K-ligase;;insert;dir ;4247943..4248031;tta;11;89;;112316..113822;16s;54;; ;;;;;;;;insert;dir ;4248043..4248119;atgi;108;77;;113877..113952;gca;114;; ;dir ;4135881..4136873;cds;383;993; DnaC;;insert;dir ;4248228..4249735;16s;184;1508;;114067..116982;23s;193;; ;comp;4137257..4137331;aca;33;75;;;insert;dir ;4249920..4250564;23s°;100;645;;117176..117292;5s;5;; 15;comp;4137365..4137440;gta;4;76;;;insert;<dir ;4250665..4250923;cds;112;259;hp-259;117298..117386;tta;9;; 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;cdc8;pbs;cdc;pbs;psor;pbs seleno A;309950..310076;127;0;;-; Y-r;457663..457878;216;457207..457422;216;-; ;1237414..1237986;573;1223841..1224413;573;; ;1291413..1292327;915;1277836..1278750;915;; ;1418672..1419580;909;1405262..1406170;909;; ;2120221..2121348;1128;;;; ;2785863..2786042;180;;;; ;3564835..3565434;600;;;; Y-r2;3805298..3806743;1446;;;; Y-r1;4299490..4300134;645;;;; Helix;351106..351336;231;391813..392001;189;-; ;379952..380503;552;429510..430061;552;; ;456588..456776;189;461727..462398;672;; ;1187185..1187736;552;1169984..1170535;552;; ;1466364..1466783;420;1292255..1292926;672;; ;1467749..1468147;399;1454375..1454773;399;; ;1605760..1606344;585;1517855..1518619;765;; ;1694358..1694750;393;1592306..1592890;585;; ;1936722..1937267;546;1682266..1682658;393;; ;2105662..2106711;1050;1695592..1696284;693;; ;2196549..2198204;1656;1916424..1916630;207;; ;2342487..2342690;204;1922813..1923358;546;; ;2353934..2354578;645;2164151..2165806;1656;; ;2378761..2379891;1131;2308386..2308589;204;; ;2721795..2722316;522;2319833..2320477;645;; ;3485137..3486024;888;2344477..2345607;1131;; ;3570953..3571183;231;2501260..2501931;672;; ;3571660..3571878;219;2688255..2688776;522;; ;3804379..3804627;249;3459701..3460588;888;; ;3804878..3805279;402;3475449..3475589;141;; ;4286854..4287222;369;;;; ;4288799..4289518;720;;;; ;4300349..4300807;459;;;; xylose;3383443..3384780;1338;3349843..3351180;1338;0; ;<4307539..4308225;687;;;; CHAP;<4213228..>4213849;622;0;;-; A-1chlor;4213961..4214620;660;0;;0; SigB2;4221761..4222206;446;0;;0; fdHa;4221761..4222206;1701;3711229..3713373;2145;-; R-deca;0;;0;;127845..129260;1416 ;;;;;876023..877522;1500 phagePP;1448919..1449983;1065;1435547..1436611;1065;1489507..1490769;1263 ;1450539..1450985;447;1437167..1437613;447;; ;1709611..1711050;1440;1697521..1698963;1443;; ;1718404..1718844;441;1708192..1708632;441;; ;3560756..3561910;1155;3841162..3842367;1206;; ;4254725..4256002;1278;;;; ;4260531..4261586;1056;;;; ;4262058..4262474;417;;;; hp-204;4254509..4254712;204;;;; phagePP;4254725..4256002;1278;;;; phageHM;4255980..4256741;762;;;; hp;;;3840525..3841067;543;; phagePP;;;3841162..3842367;1206;; hydrolase;;;3842345..3842512;168;; terminase;;;;;1487770..1489491;1722 phagePP;;;;;1489507..1490769;1263 Clp;;;;;1490762..1491607;846 </pre> ====cdc8 cdc abrégé protéines==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_abrégé_protéines|cdc8 cdc abrégé protéines]] <pre> A-1chlor;type A-1 chloramphenicol O-acetyltransferase ABC;ABC transporter ATP-binding protein Ala amid;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase Art-red;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase Art-reda;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein B6;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase cad;cadmium-translocating P-type ATPase CHAP;CHAP domain-containing protein CwlD;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD DedA;DedA family protein DeoR;DeoR/GlpR transcriptional regulator DnaC;DNA replication protein DnaC DUF378;DUF378 domain-containing protein fdHa;formate dehydrogenase subunit alpha flagellar;flagellar motor protein Glyco-tr;glycosyl transferase Helix;helix-turn-helix domain-containing protein hp-1740;hp-1740 hp-204;hp-204 hp-282;hp-282 hp-414;hp-414 HXXEE;HXXEE domain-containing protein III-tau;DNA polymerase III subunit gamma/tau K-ligase;lysine--tRNA ligase S-ligase;serine--tRNA ligase lactam;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase Mannosyl;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase MBOAT;MBOAT family protein mecano;mechanosensitive ion channel NadR;transcription repressor NadR NhaC;Na+/H+ antiporter NhaC family protein Nuc-de;nucleoside deaminase phagePP;phage portal protein PolyI;DNA polymerase I precorrin;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase pyruvate;pyruvate carboxylase R-deca;arginine decarboxylase seleno;glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A SigB;SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor SigB2;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor SrtB;sortase SrtB succinate;adenylosuccinate synthase TIGR;TIGR00159 family protein xylose;xylose isomerase Y-r1;tyrosine-type recombinase/integrase – 1 Y-r2;tyrosine-type recombinase/integrase – 2 </pre> ====cdc8 cdc psor stats==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_stats|cdc8 cdc psor stats]] <pre> NCBI du 13.11.19;cdc8;cdc;psor date;15-MAR-2017;18-MAY-2017;08-JAN-2018 DNA circulaire;4 308 325;4 110 554;3 550 458 Genes (total) ;4 025;3 807;3 528 CDS (total) ;3 870;3 691;3 368 Genes (coding) ;3 763;3 615;3 327 CDS (coding) ;3 763;3 615;3 327 Genes (RNA) ;155;116;160 RRNAs (5S, 16S, 23S); 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17 complete rRNAs ; 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17 tRNAs ;108;83;105 ncRNAs ;4;4;4 Pseudo Genes (total) ;107;76;41 Pseudo Genes (ambiguous residues) ; 0 of 107; 0 of 76; 0 of 41 Pseudo Genes (frameshifted) ; 60 of 107; 42 of 76; 4 of 41 Pseudo Genes (incomplete) ; 35 of 107; 30 of 76; 18 of 41 Pseudo Genes (internal stop) ; 31 of 107; 18 of 76; 22 of 41 Pseudo Genes (multiple problems) ; 18 of 107; 12 of 76; 3 of 41 CRISPR Arrays ;4;9; - ;;; Décompte du 19.11.19;;; hypothetical protein;609;523;1 256 hp / cds (total);0,16;0,14;0,37 </pre> ====cdc8 distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_distribution|cdc8 distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga; cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cdc8;;5;;;;;5;;cdc8;4;;;;;;9 </pre> ====cdc8 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_données_intercalaires|cdc8 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cdc8;fx;fc;cdc8;fx40;fc40;cdc8;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;0;39;0;0;39;-1;;71;75;258;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;5;241;1;0;48;-2;;0;954;318;55;;gca;6;;aac;6;;aac ;0;20;3;344;2;0;53;-3;;1;87;150;tRNA 16s;;;15;;tta;15;;tta ;0;30;4;232;3;1;24;-4;1;51;1378;208;2* 110;;atgi;7;;atgf;7;;atgf ;0;40;0;138;4;2;29;-5;;0;109;383;116;;atgj;9;;gaa;9;;gaa ;0;50;4;89;5;0;15;-6;;0;334;;tRNA 23s;;;5;;gga;5;;gga ;0;60;9;87;6;0;7;-7;;15;150;;376;;gca;5;;gta;5;;gta ;1;70;6;73;7;0;11;-8;1;68;264;;23s tRNA;;;9;;gac;9;;gac ;1;80;11;66;8;0;13;-9;;0;67;;94;;aca;14;;aca;14;;aca ;1;90;15;73;9;1;21;-10;;2;331;;8;;gga;10;;tac;10;;tac ;0;100;21;72;10;1;20;-11;;32;0;;5s tRNA;;;28;;cta;28;;cta ;1;110;16;84;11;0;38;-12;;0;CDS 16s;;3* 6;;aac;7;;aga;7;;aga ;0;120;23;86;12;0;46;-13;;7;240;376;7;;aac;89;;caa;89;;caa ;0;130;25;53;13;1;30;-14;;15;192;498;2* 5;;tta;3;;tca;3;;tca ;0;140;21;49;14;0;39;-15;;0;294;81;-;353;aaa;6;;ttc;6;;ttc 1;1;150;15;53;15;0;36;-16;;2;181;388;tRNA tRNA;;intra;14;;atgj;14;;atgj ;0;160;23;44;16;0;28;-17;1;14;181;;2* 11;;atgi;29;;atgi;29;;atgi ;0;170;24;38;17;1;45;-18;;0;780;;**;;tta;7;;cca;7;;cca ;0;180;22;44;18;1;31;-19;;1;16s 23s;;tRNA tRNA;;;8;;cac;8;;cac ;0;190;26;43;19;0;27;-20;;7;324;;33;;aca;7;;aaa;**;;aaa ;0;200;18;43;20;0;24;-21;;0;188;;4;;gta;6;;tgc;4;;aac 1;0;210;22;36;21;1;24;-22;1;0;2* 265;;6;;gaa;6;;aac;5;;gaa ;0;220;25;39;22;0;22;-23;;6;2* 325;;**;;aaa;15;;tta;5;;gta ;0;230;14;30;23;0;28;-24;;1;2* 221;;;;;7;;atgf;11;;gac ;0;240;9;27;24;0;21;-25;;0;23s 5s;;;;;9;;gaa;14;;aca ;0;250;15;30;25;1;27;-26;;6;126;;;;;5;;gga;9;;tac 1;0;260;15;30;26;1;19;-27;;0;2* 127;;;;;5;;gta;10;;gga ;1;270;18;30;27;0;19;-28;;1;3* 202;;;;;9;;gac;9;;aga ;0;280;12;19;28;1;26;-29;;8;182;;;;;14;;aca;11;;caa ;0;290;16;38;29;0;24;-30;;0;5s CDS;;;;;9;;tac;2;;aaa ;0;300;17;23;30;0;22;-31;;1;177;216;;;;24;;cta;18;;tca ;0;310;7;29;31;0;20;-32;;5;273;;;;;24;;ggc;8;;agc 1;0;320;18;22;32;0;18;-33;;0;452;;;;;9;;aga;85;;cca ;0;330;14;30;33;0;13;-34;;0;118;;;;;8;;caa;60;;tgg ;2;340;9;13;34;0;12;-35;;2;127;;;;;2;;aaa;5;;cca ;0;350;6;15;35;0;17;-36;;0;5s 16s;;;;;3;;tca;3;;atc ;0;360;16;18;36;0;14;-37;;0;-;161;;;;6;;ttc;7;;ttc ;0;370;7;16;37;0;13;-38;;1;;;;;;14;;atgj;**;;atgj ;0;380;6;17;38;0;11;-39;;0;;;;;;17;;atgi;;; 1;0;390;7;14;39;0;10;-40;;1;;;;;;8;;cac;;; ;0;400;4;18;40;0;10;-41;;0;;;;;;7;;aaa;;; ;2;reste;138;242;reste;674;1733;-42;;0;;;;;;7;;tgc;;; 5;11;total;686;2727;total;686;2727;-43;;0;;;;;;12;;cgt;;; 5;8;diagr;548;2446;diagr;12;955;-44;;1;;;;;;**;;gta;;; 0;0; t30;12;817;;;;-45;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;; ;x;686;4;0;690;;;-49;;0;;;;;;;;;;; ;c;2688;326;39;3053;;;-50;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;3743;348;;reste;;5;;;;;;;;;;; ;;;;;;4091;;total;4;326;;;;;;;;;;; </pre> =====cdc8 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_autres_intercalaires_aas|cdc8 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cdc8;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;;misc_f;1;795;182;*; ;;rRNA;978;1094;6;*;117 ;;tRNA;1101;1175;6;*;aac ;;tRNA;1182;1267;15;*;tta ;;tRNA;1283;1358;7;*;atgf ;;tRNA;1366;1440;9;*;gaa ;;tRNA;1450;1523;5;*;gga ;;tRNA;1529;1604;5;*;gta ;;tRNA;1610;1686;9;*;gac ;;tRNA;1696;1770;14;*;aca ;;tRNA;1785;1869;10;*;tac ;;tRNA;1880;1963;28;*;cta ;;tRNA;1992;2068;7;*;aga ;;tRNA;2076;2151;89;*;caa ;;tRNA;2241;2329;3;*;tca ;;tRNA;2333;2408;6;*;ttc ;;tRNA;2415;2488;14;*;atgj ;;tRNA;2503;2579;29;*;atgi ;;tRNA;2609;2685;7;*;cca ;;tRNA;2693;2769;8;*;cac ;;tRNA;2778;2853;7;*;aaa ;;tRNA;2861;2934;6;*;tgc ;;tRNA;2941;3015;6;*;aac ;;tRNA;3022;3107;15;*;tta ;;tRNA;3123;3198;7;*;atgf ;;tRNA;3206;3280;9;*;gaa ;;tRNA;3290;3363;5;*;gga ;;tRNA;3369;3444;5;*;gta ;;tRNA;3450;3526;9;*;gac ;;tRNA;3536;3610;14;*;aca ;;tRNA;3625;3709;9;*;tac ;;tRNA;3719;3802;24;*;cta ;;tRNA;3827;3901;24;*;ggc ;;tRNA;3926;4002;9;*;aga ;;tRNA;4012;4087;8;*;caa ;;tRNA;4096;4171;2;*;aaa ;;tRNA;4174;4262;3;*;tca ;;tRNA;4266;4341;6;*;ttc ;;tRNA;4348;4421;14;*;atgj ;;tRNA;4436;4512;17;*;atgi ;;tRNA;4530;4606;8;*;cac ;;tRNA;4615;4690;7;*;aaa ;;tRNA;4698;4771;7;*;tgc ;;tRNA;4779;4855;12;*;cgt ;;tRNA;4868;4943;75;*;gta fin;;CDS;5019;5432;;; deb;;CDS;43312;43797;94;*; ;;misc_b;43892;44100;63;*; fin;;CDS;44164;45882;;; deb;;CDS;57549;58247;51;*; ;;misc_f;58299;58427;42;*; fin;;CDS;58470;58976;;; deb;;CDS;93984;94736;291;*; ;;misc_f;95028;95862;232;*; ;;misc_f;96095;96344;50;*; ;;misc_f;96395;96725;9;*; ;;misc_f;96735;97600;139;*; ;;rRNA;97740;97856;7;*;117 ;;tRNA;97864;97938;6;*;aac ;;tRNA;97945;98030;15;*;tta ;;tRNA;98046;98121;7;*;atgf ;;tRNA;98129;98203;8;*;gaa ;;tRNA;98212;98285;4;*;gga ;;tRNA;98290;98365;5;*;gta ;;tRNA;98371;98447;10;*;gac ;;tRNA;98458;98532;9;*;ggc ;;tRNA;98542;98615;954;*;aga fin;;CDS;99570;100409;;; deb;comp;CDS;119142;119651;188;*; ;;regulatory;119840;119943;135;*; fin;;CDS;120079;121272;;; deb;;CDS;141169;142335;59;*; ;;regulatory;142395;142512;124;*; fin;;CDS;142637;143242;;; deb;;CDS;192887;194019;59;*; ;;regulatory;194079;194180;220;*; fin;;CDS;194401;195936;;; deb;;CDS;240412;241887;526;*; ;;regulatory;242414;242504;406;*; fin;;CDS;242911;243228;;; deb;comp;CDS;309950;310076;16;*; ;;misc_f;310093;310425;9;*; ;;misc_f;310435;311300;139;*; ;;rRNA;311440;311556;177;*;117 fin;;CDS;311734;312342;;0; deb;;CDS;318620;320392;131;*; ;;regulatory;320524;320716;181;*; fin;;CDS;320898;321650;;; deb;comp;CDS;522666;523493;205;*; ;;regulatory;523699;523805;69;*; fin;;CDS;523875;524195;;0; deb;;CDS;605941;606543;375;*; ;;misc_b;606919;607151;63;*; fin;;CDS;607215;609134;;; deb;;CDS;727895;728629;644;*; ;;regulatory;729274;729350;262;*; fin;;CDS;729613;730869;;; deb;;CDS;801271;802068;383;*; ;;misc_b;802452;802685;49;*; fin;;CDS;802735;803754;;; deb;comp;CDS;861856;862620;258;*; ;;tRNA;862879;862969;87;*;agc fin;;CDS;863057;863845;;; deb;;CDS;869869;871935;594;*; ;;misc_b;872530;872740;225;*; fin;;CDS;872966;873781;;; deb;;CDS;1044480;1044926;147;*; ;;misc_b;1045074;1045320;122;*; fin;;CDS;1045443;1047185;;; deb;;CDS;1106477;1107451;240;*; ;;rRNA;1107692;1109194;324;*;1503 ;;rRNA;1109519;1112415;92;*;2897 ;;tRNA;1112508;1112581;8;*;gga ;;rRNA;1112590;1112706;273;*;117 fin;;CDS;1112980;1114998;;; deb;;CDS;1157234;1158145;114;*; ;;ncRNA;1158260;1158440;182;*; fin;;CDS;1158623;1159840;;0; deb;comp;CDS;1196804;1198213;1378;*; ;comp;tRNA;1199592;1199674;318;*;ttg fin;;CDS;1199993;1202641;;; deb;;CDS;1235339;1235707;91;*; ;;regulatory;1235799;1235905;102;*; fin;;CDS;1236008;1237213;;0; deb;;CDS;1360996;1362075;141;*; ;;misc_b;1362217;1362455;67;*; fin;;CDS;1362523;1365162;;; deb;comp;CDS;1527009;1527185;53;*; ;comp;regulatory;1527239;1527335;341;*; fin;comp;CDS;1527677;1528351;;; deb;;CDS;1597387;1598331;288;*; ;;regulatory;1598620;1598726;105;*; fin;;CDS;1598832;1599797;;; deb;;CDS;1625872;1627965;660;*; ;;repeat_region;1628626;1629050;897;*; fin;;CDS;1629948;1630766;;0; deb;;CDS;1634212;1635180;151;*; ;;misc_b;1635332;1635584;72;*; fin;;CDS;1635657;1636865;;0; deb;;CDS;1682039;1682800;159;*; ;;misc_b;1682960;1683217;112;*; fin;;CDS;1683330;1683569;;; deb;;CDS;1719185;1719346;735;*; ;;repeat_region;1720082;1720376;117;*; fin;;CDS;1720494;1721246;;; deb;;CDS;1767472;1769328;81;*; ;;misc_b;1769410;1769650;65;*; ;;misc_b;1769716;1769951;84;*; fin;;CDS;1770036;1771253;;; deb;;CDS;1792609;1792920;92;*; ;;regulatory;1793013;1793105;99;*; fin;;CDS;1793205;1793999;;; deb;comp;CDS;1848320;1849117;112;*; ;comp;regulatory;1849230;1849335;91;*; deb;comp;CDS;1849427;1850413;163;*; ;;regulatory;1850577;1850753;142;*; deb;;CDS;1850896;1852626;109;*; ;;tRNA;1852736;1852816;334;*;cta deb;;CDS;1853151;1853666;475;*; ;;regulatory;1854142;1854246;209;*; fin;;CDS;1854456;1855490;;; deb;comp;CDS;1862461;1863732;644;*; ;;repeat_region;1864377;1864796;406;*; fin;;CDS;1865203;1865490;;0; deb;comp;CDS;1883751;1884380;364;*; ;;regulatory;1884745;1884788;100;*; fin;;CDS;1884889;1885857;;; deb;comp;CDS;1900325;1901437;131;*; ;comp;regulatory;1901569;1901690;188;*; deb;;CDS;1901879;1904362;88;*; ;;regulatory;1904451;1904562;141;*; fin;;CDS;1904704;1906005;;; deb;;CDS;1917211;1917642;430;*; ;;misc_b;1918073;1918284;162;*; fin;;CDS;1918447;1919736;;; deb;;CDS;1979975;1981282;85;*; ;;misc_b;1981368;1981630;125;*; fin;;CDS;1981756;1982559;;; deb;;CDS;1991720;1992457;110;*; ;;misc_b;1992568;1992775;252;*; fin;;CDS;1993028;1994227;;; deb;;CDS;2033932;2036589;53;*; ;;regulatory;2036643;2036745;109;*; fin;;CDS;2036855;2038120;;; deb;comp;CDS;2174937;2175227;130;*; ;comp;regulatory;2175358;2175457;617;*; ;;regulatory;2176075;2176164;52;*; fin;;CDS;2176217;2176393;;0; deb;comp;CDS;2183867;2184418;151;*; ;comp;misc_b;2184570;2184833;435;*; fin;comp;CDS;2185269;2185667;;; deb;comp;CDS;2186020;2186505;82;*; ;comp;regulatory;2186588;2186681;177;*; fin;;CDS;2186859;2186990;;0; deb;comp;CDS;2226535;2227569;253;*; ;comp;misc_b;2227823;2228036;218;*; fin;comp;CDS;2228255;2229019;;0; deb;comp;CDS;2242205;2243398;81;*; ;comp;regulatory;2243480;2243648;110;*; fin;comp;CDS;2243759;2244376;;; deb;comp;CDS;2309004;2310380;93;*; ;comp;regulatory;2310474;2310576;248;*; fin;;CDS;2310825;2312171;;; deb;comp;CDS;2323975;2324883;801;*; ;;misc_b;2325685;2325916;107;*; fin;;CDS;2326024;2327505;;; deb;comp;CDS;2460052;2461448;76;*; ;comp;misc_b;2461525;2461758;168;*; fin;comp;CDS;2461927;2462130;;; 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deb;;CDS;4241605;4242144;780;*; ;;rRNA;4242925;4244456;265;*;1532 ;;rRNA;4244722;4247618;202;*;2897 ;;rRNA;4247821;4247937;5;*;117 ;;tRNA;4247943;4248031;11;*;tta ;;tRNA;4248043;4248119;110;*;atgi ;;rRNA;4248230;4249732;202;*;1503 ;;misc_f;4249935;4250480;184;*; fin;;CDS;4250665;4250923;;; deb;;CDS;4250940;4251038;87;*; ;comp;rRNA;4251126;4253130;390;*;2005 ;comp;tRNA;4253521;4253596;68;*;gca ;comp;misc_f;4253665;4253797;18;*; ;comp;misc_f;4253816;4254229;294;*; fin;;CDS;4254524;4254712;;; deb;;CDS;4303117;4303305;167;*; ;;misc_f;4303473;4304013;15;*; ;;misc_f;4304029;4304286;145;*; ;;rRNA;4304432;4304548;6;*;117 ;;tRNA;4304555;4304629;4;*;aac ;;tRNA;4304634;4304708;5;*;gaa ;;tRNA;4304714;4304789;5;*;gta ;;tRNA;4304795;4304871;11;*;gac ;;tRNA;4304883;4304957;14;*;aca ;;tRNA;4304972;4305056;9;*;tac ;;tRNA;4305066;4305139;10;*;gga ;;tRNA;4305150;4305226;9;*;aga ;;tRNA;4305236;4305311;11;*;caa ;;tRNA;4305323;4305398;2;*;aaa ;;tRNA;4305401;4305489;18;*;tca ;;tRNA;4305508;4305598;8;*;agc ;;tRNA;4305607;4305683;85;*;cca ;;tRNA;4305769;4305844;60;*;tgg ;;tRNA;4305905;4305981;5;*;cca ;;tRNA;4305987;4306063;3;*;atc ;;tRNA;4306067;4306142;7;*;ttc ;;tRNA;4306150;4306226;116;*;atgj ;;rRNA;4306343;4307677;2;*;1335 deb;;CDS;4307680;4308225;0;*; </pre> ===cbc=== ====cbc opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_opérons|cbc* opérons]] <pre> 28%GC;30.6.19 Paris;16s 5;;52;doubles;intercalaires Clostridium botulinum CDC_297;;;NCBI;gtRNAdb;; comp;1309334..1309408;;Glu;gag;; ;;;;;; comp;1385938..1386012;;Asn;aac;;8 comp;1386021..1386134;;5s;;;108 comp;1386243..1389140;;23s;;;228 comp;1389369..1390866;;16s;;@1; ;;;;;; comp;1392997..1393072;;Phe;ttc;;7 comp;1393080..1393193;;5s;;;108 comp;1393302..1396199;;23s;;;228 comp;1396428..1397925;;16s;;; ;;;;;; comp;1408673..1408762;;Ser;tcc;; ;;;;;; comp;1412183..1412259;;Arg;agg;; ;;;;;; comp;1415464..1415540;;Arg;cgt;;84 comp;1415625..1415715;;Ser;agc;+;20 comp;1415736..1415826;;Ser;tca;2 agc;306 comp;1416133..1416223;;Ser;agc;2 tca;20 comp;1416244..1416334;;Ser;tca;@4; ;;;;;; comp;1425969..1426044;;Ala;gca;;3 comp;1426048..1426124;;Met;atgi;;8 comp;1426133..1426246;;5s;;;79 comp;1426326..1427823;;16s;;@2;117 comp;1427941..1428051;;MNEGCDRILIVVARWQVSKNKKMLTKIKKRATIIKH;CDS 108pb;; ;;;;;; ;1694943..1695017;;Gln;cag;; ;;;;;; comp;1722580..1722664;;Tyr;tac;;5 comp;1722670..1722745;;Thr;aca;; ;;;;;; comp;1841437..1841510;;Cys;tgc;; ;;;;;; comp;1842698..1842811;;5s;;;108 comp;1842920..1845817;;23s;;;228 comp;1846046..1847543;;16s;;; ;;;;;; ;1890534..1890608;;Glu;gaa;+;17 ;1890626..1890701;;Val;gta;3 gaa;9 ;1890711..1890787;;Asp;gac;3 gta;4 ;1890792..1890867;;Thr;aca;3 gac;5 ;1890873..1890947;;Glu;gaa;2 aca;18 ;1890966..1891041;;Val;gta;;7 ;1891049..1891125;;Asp;gac;;57 ;1891183..1891257;;Glu;gaa;;17 ;1891275..1891350;;Val;gta;;9 ;1891360..1891436;;Asp;gac;;4 ;1891441..1891516;;Thr;aca;; ;;;;;; comp;1948153..1948228;;Pro;cca;; ;;;;;; ;1969157..1969245;;Leu;tta;;4 ;1969250..1969325;;Met;atgf;+;53 ;1969379..1969454;;Met;atgf;2 atgf;10 ;1969465..1969541;;Met;atg;; ;;;;;; ;1987541..1989040;;16s;;@3;226 ;1989267..1992166;;23s;;;93 ;1992260..1992375;;5s;;;7 ;1992383..1992457;;Asn;aac;+;27 ;1992485..1992559;;Asn;aac;; ;;;;;; ;2013239..2013313;;Gly;ggg;;18 ;2013332..2013407;;Thr;acc;; ;;;;;; ;2222515..2222590;;Trp;tgg;; ;;;;;; ;2294767..2294842;;Pro;cca;+;7 ;2294850..2294923;;Gly;gga;2 cca;6 ;2294930..2295006;;Arg;aga;2 gga;5 ;2295012..2295087;;Lys;aag;;26 ;2295114..2295189;;Pro;cca;;29 ;2295219..2295292;;Gly;gga;;24 ;2295317..2295393;;Arg;cga;; ;;;;;; ;2402556..2402631;;Val;gta;;5 ;2402637..2402713;;Asp;gac;;3 ;2402717..2402792;;Phe;ttc;;4 ;2402797..2402871;;Gly;ggc;;9 ;2402881..2402954;;Cys;tgc;; ;;;;;; ;2517305..2517391;;Leu;ttg;; ;;;;;; ;2548708..2548792;;Leu;ctc;; ;;;;;; ;2583298..2583388;;SeC;tga;; </pre> ====cbc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_cumuls|cbc* cumuls]] <pre> cbc* cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;5;1;0;0 ;16 23 5s 0;1;20;22;1 ;16 atc gca;0;40;3;1 ;16 23 5s a;3;60;2;0 ;max a;2;80;0;0 ;a doubles;1;100;1;0 ;spéciaux;1;120;0;0 ;total aas;6;140;0;0 sans ;opérons;17;160;0;0 ;1 aa;10;180;0;0 ;max a;11;200;0;0 ;a doubles;4;;0;0 ;total aas;46;;28;2 total aas;;52;;; remarques;;4;;; avec jaune;;;moyenne;17;15 ;;;variance;19; sans jaune;;;moyenne;15; ;;;variance;14; </pre> ====cbc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_blocs|cbc* blocs]] <pre> cbc* blocs;;;; aac;8;7;-; 5s;108;108;108;226 23s;228;228;228;93 16s;;;-;7 ;;;; gca;3;;; atgi;8;;; 5s;79;;; 16s;;;; </pre> ====cbc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_distribution|cbc distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;1-3 aas att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;gca ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;atgi gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aac ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttc atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;aac2 ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;>1aa tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;atgf2 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;; atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;; ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total; cbc*;;10;;;;;10;;cbc*;36;;;;;;34;;cbc*;2;;;;;;2; </pre> ====cbc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_données_intercalaires|cbc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;cbc;fx;fc;cbc;fx40;fc40;cbc;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;24;0;1;24;-1;;72;1018;103;5s tRNA;; ;0;10;5;198;1;1;55;-2;;0;419;184;8;;aac ;0;20;2;293;2;2;38;-3;;0;732;35;7;;ttc 1;0;30;11;166;3;0;14;-4;3;58;389;227;8;;atgi 1;0;40;15;108;4;1;18;-5;;0;156;30;7;;aac ;0;50;9;61;5;0;15;-6;1;0;164;90;tRNA tRNA;;contig ;2;60;11;83;6;0;11;-7;;4;276;431;3;;gca ;2;70;13;65;7;0;3;-8;;40;162;584;**;;atgi ;2;80;12;73;8;1;18;-9;;0;53;;27;;aac 1;1;90;12;68;9;0;10;-10;;8;170;;**;;aac ;2;100;16;58;10;0;16;-11;;25;318;;tRNA tRNA;; 1;0;110;18;52;11;0;28;-12;;0;80;;84;;cgt ;0;120;19;66;12;0;44;-13;;3;172;;20;;agc ;0;130;19;59;13;0;28;-14;;13;92;;306;;tca ;0;140;16;61;14;0;32;-15;;0;77;;20;;agc ;2;150;15;64;15;0;36;-16;;1;142;;**;;tca ;1;160;19;48;16;0;21;-17;;11;328;;9;;gta ;3;170;15;48;17;0;26;-18;;0;187;;4;;gac ;1;180;17;46;18;1;30;-19;1;4;64;;5;;aca 1;1;190;19;32;19;0;24;-20;;11;82;;18;;gaa ;0;200;20;39;20;1;24;-21;;0;51;;7;;gta ;0;210;17;44;21;2;17;-22;;2;239;;57;;gac ;0;220;16;31;22;1;21;-23;;8;145;;17;;gaa 1;0;230;15;40;23;1;14;-24;;0;387;;9;;gta ;1;240;7;36;24;0;20;-25;;1;64;;4;;gac ;0;250;15;18;25;0;22;-26;;6;313;;**;;aca ;0;260;12;22;26;1;13;-27;;0;97;;4;;tta ;0;270;14;35;27;3;17;-28;;2;556;;53;;atgf ;1;280;15;31;28;0;18;-29;;2;754;;10;;atgf ;0;290;12;29;29;2;12;-30;;0;745;;**;;atgj ;0;300;18;27;30;1;12;-31;;2;CDS 16s;;18;;ggg ;0;310;11;29;31;2;9;-32;;3;909;;**;;acc ;2;320;16;21;32;0;9;-33;;0;387;;7;;cca ;1;330;23;18;33;1;12;-34;;1;117;;6;;gga ;0;340;12;14;34;3;13;-35;;1;416;;5;;aga ;0;350;9;25;35;1;13;-36;;0;570;;26;;aag ;0;360;10;27;36;4;12;-37;;0;16s 23s;;29;;cca ;0;370;13;24;37;1;11;-38;;3;3* 228;;24;;gga ;0;380;12;22;38;1;6;-39;;0;226;;**;;cga ;2;390;8;19;39;2;12;-40;;0;23s 5s;;5;;gta ;0;400;8;22;40;0;11;-41;;0;3* 108;;3;;gac 2;6;reste;172;326;reste;685;1783;-42;;0;93;;4;;ttc 8;30;total;719;2572;total;719;2572;-43;;0;16s 5s;;9;;ggc 6;24;diagr;546;2222;diagr;33;765;-44;1;1;79;;**;;tgc 1;0; t30;18;657;;;;-45;;0;5s CDS;;;; ;;;;;;;;-46;;0;363;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;; ;x;718;7;1;726;;;-49;;0;;;;; ;c;2548;288;24;2860;;;-50;;1;;;;; ;;;;;3586;88;;reste;1;4;;;;; ;;;;;;3674;;total;7;288;;;;; </pre> =====cbc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_autres_intercalaires_aas|cbc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;1307968;1308315;1018;*; ;comp;tRNA;1309334;1309408;419;*;gag fin;comp;CDS;1309828;1312056;;; deb;;CDS;1384971;1385834;103;*; ;comp;tRNA;1385938;1386012;8;*;aac ;comp;rRNA;1386021;1386134;108;*;114 ;comp;rRNA;1386243;1389140;228;*;2898 ;comp;rRNA;1389369;1390866;909;*;1498 deb;comp;CDS;1391776;1392264;732;*; ;comp;tRNA;1392997;1393072;7;*;ttc ;comp;rRNA;1393080;1393193;108;*;114 ;comp;rRNA;1393302;1396199;228;*;2898 ;comp;rRNA;1396428;1397925;387;*;1498 fin;comp;CDS;1398313;1399257;;; deb;comp;CDS;1406658;1408283;389;*; ;comp;tRNA;1408673;1408762;156;*;tcc fin;comp;CDS;1408919;1409365;;; deb;comp;CDS;1411833;1412018;164;*; ;comp;tRNA;1412183;1412259;184;*;agg fin;;CDS;1412444;1412764;;; deb;;CDS;1414541;1415428;35;*; ;comp;tRNA;1415464;1415540;84;*;cgt ;comp;tRNA;1415625;1415715;20;*;agc ;comp;tRNA;1415736;1415826;306;*;tca ;comp;tRNA;1416133;1416223;20;*;agc ;comp;tRNA;1416244;1416334;276;*;tca fin;comp;CDS;1416611;1417891;;; deb;comp;CDS;1425354;1425806;162;*; ;comp;tRNA;1425969;1426044;3;*;gca ;comp;tRNA;1426048;1426124;8;*;atgi ;comp;rRNA;1426133;1426246;79;*;114 ;comp;rRNA;1426326;1427823;117;*;1498 fin;comp;CDS;1427941;1428051;;; deb;;CDS;1694365;1694889;53;*; ;;tRNA;1694943;1695017;170;*;cag fin;;CDS;1695188;1695592;;; deb;comp;CDS;1721086;1722261;318;*; ;comp;tRNA;1722580;1722664;5;*;tac ;comp;tRNA;1722670;1722745;227;*;aca fin;;CDS;1722973;1723695;;; deb;;CDS;1840498;1841406;30;*; ;comp;tRNA;1841437;1841510;80;*;tgc deb;comp;CDS;1841591;1842334;363;*; ;comp;rRNA;1842698;1842811;108;*;114 ;comp;rRNA;1842920;1845817;228;*;2898 ;comp;rRNA;1846046;1847543;416;*;1498 fin;comp;CDS;1847960;1850440;;; deb;;CDS;1889552;1890361;172;*; ;;tRNA;1890534;1890608;17;*;gaa ;;tRNA;1890626;1890701;9;*;gta ;;tRNA;1890711;1890787;4;*;gac ;;tRNA;1890792;1890867;5;*;aca ;;tRNA;1890873;1890947;18;*;gaa ;;tRNA;1890966;1891041;7;*;gta ;;tRNA;1891049;1891125;57;*;gac ;;tRNA;1891183;1891257;17;*;gaa ;;tRNA;1891275;1891350;9;*;gta ;;tRNA;1891360;1891436;4;*;gac ;;tRNA;1891441;1891516;90;*;aca fin;comp;CDS;1891607;1892584;;; deb;comp;CDS;1946711;1948060;92;*; ;comp;tRNA;1948153;1948228;77;*;cca fin;comp;CDS;1948306;1948614;;; deb;;CDS;1968610;1969014;142;*; ;;tRNA;1969157;1969245;4;*;tta ;;tRNA;1969250;1969325;53;*;atgf ;;tRNA;1969379;1969454;10;*;atgf ;;tRNA;1969465;1969541;328;*;atgj fin;;CDS;1969870;1972257;;; deb;;CDS;1985594;1986970;570;*; ;;rRNA;1987541;1989040;226;*;1500 ;;rRNA;1989267;1992166;93;*;2900 ;;rRNA;1992260;1992375;7;*;116 ;;tRNA;1992383;1992457;27;*;aac ;;tRNA;1992485;1992559;187;*;aac fin;;CDS;1992747;1994819;;; deb;;CDS;2012533;2013174;64;*; ;;tRNA;2013239;2013313;18;*;ggg ;;tRNA;2013332;2013407;82;*;acc fin;;CDS;2013490;2014683;;; deb;;CDS;2222077;2222463;51;*; ;;tRNA;2222515;2222590;239;*;tgg fin;;CDS;2222830;2224086;;0; deb;;CDS;2294151;2294621;145;*; ;;tRNA;2294767;2294842;7;*;cca ;;tRNA;2294850;2294923;6;*;gga ;;tRNA;2294930;2295006;5;*;aga ;;tRNA;2295012;2295087;26;*;aag ;;tRNA;2295114;2295189;29;*;cca ;;tRNA;2295219;2295292;24;*;gga ;;tRNA;2295317;2295393;387;*;cga fin;;CDS;2295781;2297040;;; deb;;CDS;2401601;2402491;64;*; ;;tRNA;2402556;2402631;5;*;gta ;;tRNA;2402637;2402713;3;*;gac ;;tRNA;2402717;2402792;4;*;ttc ;;tRNA;2402797;2402871;9;*;ggc ;;tRNA;2402881;2402954;313;*;tgc fin;;CDS;2403268;2403963;;; deb;comp;CDS;2515386;2516873;431;*; ;;tRNA;2517305;2517391;584;*;ttg fin;comp;CDS;2517976;2518125;;; deb;;CDS;2548065;2548610;97;*; ;;tRNA;2548708;2548792;556;*;ctc fin;;CDS;2549349;2549786;;0; deb;;CDS;2580636;2582543;754;*; ;;tRNA;2583298;2583388;745;*;tga fin;;CDS;2584134;2585648;;; </pre> ===cbn=== ====cbn opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_opérons|cbn opérons]] <pre> 28%GC;30.6.19 Paris;16s 10;86;doubles;intercal;aa;avec aa ;Clostridium botulinum BKT015925;;;;;; ;20666..20741;;acg;;;; ;;;;;;; ;36413..36487;;gaa;+;12;12; ;36500..36575;;gta;2 gaa;13;13; ;36589..36665;;gac;2 gta;5;5; ;36671..36746;;aca;2 gac;18;18; ;36765..36839;;gaa;2 aca;12;12; ;36852..36927;;gta;;13;13; ;36941..37017;;gac;;5;5; ;37023..37098;;aca;;;; ;;;;;;; ;137366..137441;;cca;;;; ;;;;;;; ;161964..162052;;tta;+;5;5; ;162058..162133;;atgf;3 tta;5;5; ;162139..162215;;atgj;3 atgf;46;46; ;162262..162350;;tta;2 atgj;5;5; ;162356..162431;;atgf;;30;30; ;162462..162538;;atgj;;46;46; ;162585..162673;;tta;;5;5; ;162679..162754;;atgf;;;; ;;;;;;; ;76258..176332;;aac;;;; ;;;;;;; ;180177..181695;;16s;@5;233;; ;181929..184836;;23s;;45;; ;184882..184956;;aac;+;14;; ;184971..185087;;5s;;7;; ;185095..185169;;aac;2 aac;;; ;;;;;;; ;222409..222484;;acc;;;; ;;;;;;; comp;578417..578492;;cag;;;; ;;;;;;; comp;944747..944833;;ttg;;;; ;;;;;;; ;955546..955630;;ctt;;;; ;;;;;;; ;1026946..1027021;;gta;;17;17;17 ;1027039..1027115;;gac;;14;14;14 ;1027130..1027205;;ttc;;4;4;4 ;1027210..1027284;;ggc;;8;8;8 ;1027293..1027367;;tgc;+;57;57;57 ;1027425..1027499;;tgc;2 tgc;;; ;;;;;;; comp;2030816..2030890;;aac;;45;; comp;2030936..2033842;;23s;;96;; comp;2033939..2034015;;atc;;7;;7 comp;2034023..2034098;;gca;;121;; comp;2034220..2035734;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2283768..2283884;;5s;;95;; comp;2283980..2286886;;23s;;233;; comp;2287120..2288638;;16s;@3;464;; comp;2289103..2289176;;gga;;15;;15 comp;2289192..2289268;;atc;;7;;7 comp;2289276..2289351;;gca;;;; ;;;;;;; comp;2350598..2350674;;cga;+;21;21; comp;2350696..2350769;;gga;4 gga;28;28; comp;2350798..2350873;;aaa;2 aaa;4;4; comp;2350878..2350952;;caa;2 caa;4;4; comp;2350957..2351032;;cac;2 cac;5;5; comp;2351038..2351112;;aag;3 aag;3;3; comp;2351116..2351192;;aga;3 aga;6;6; comp;2351199..2351272;;gga;2 cca;4;4; comp;2351277..2351352;;cca;2 ggc;21;21; comp;2351374..2351449;;aag;;5;5; comp;2351455..2351531;;aga;;5;5; comp;2351537..2351610;;gga;;5;5; comp;2351616..2351690;;ggc;;3;3; comp;2351694..2351777;;cta;;22;22; comp;2351800..2351875;;aaa;;4;4; comp;2351880..2351954;;caa;;4;4; comp;2351959..2352034;;cac;;5;5; comp;2352040..2352115;;aag;;5;5; comp;2352121..2352197;;aga;;5;5; comp;2352203..2352276;;gga;;5;5; comp;2352282..2352356;;ggc;;6;6; comp;2352363..2352438;;cca;;;; ;;;;;;; comp;2432784..2432859;;tgg;;;; ;;;;;;; comp;2454880..2454964;;tac;+;39;39; comp;2455004..2455079;;gta;2 tac;8;8; comp;2455088..2455172;;tac;;4;4; comp;2455177..2455252;;aca;;;; ;;;;;;; comp;2697795..2697911;;5s;@1;31;; comp;2697943..2700847;;23s;;233;; comp;2701081..2702599;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2703946..2704021;;aaa;;311;;311 comp;2704333..2704408;;ttc;;5;; comp;2704414..2704530;;5s;;336;; comp;2704867..2704942;;ttc;;5;; comp;2704948..2705064;;5s;;97;; comp;2705162..2708066;;23s;;233;; comp;2708300..2709814;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2721253..2721328;;aaa;@2;5;; comp;2721334..2721450;;5s;;95;; comp;2721546..2724452;;23s;;233;; comp;2724686..2726203;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2731902..2731976;;gag;;61;;61 comp;2732038..2732112;;caa;;6;;6 comp;2732119..2732195;;aga;;4;;4 comp;2732200..2732273;;gga;;19;;19 comp;2732293..2732376;;cta;;16;;16 comp;2732393..2732467;;gaa;;4;; comp;2732472..2732588;;5s;;97;; comp;2732686..2735592;;23s;@4;94;; comp;2735687..2735763;;atc;;3;; comp;2735767..2735842;;gca;;74;; comp;2735917..2737435;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2742262..2742351;;tcc;;;; ;;;;;;; comp;2743220..2743312;;tcg;;;; ;;;;;;; comp;2743891..2743967;;agg;;;; ;;;;;;; comp;2748534..2748610;;cgt;;144;144; comp;2748755..2748845;;agc;;23;23; comp;2748869..2748959;;tca;+;69;69; comp;2749029..2749119;;tca;2 tca;;; ;;;;;;; comp;2758688..2758763;;gca;;4;;4 comp;2758768..2758844;;atgi;;3;; comp;2758848..2758964;;5s;;73;; comp;2759038..2761942;;23s;;233;; comp;2762176..2763694;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2150504..2150620;;5s;;31;; comp;2150652..2153560;;23s;;233;; comp;2153794..2155308;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2169525..2169641;;5s;;32;; comp;2169674..2172579;;23s;;233;; comp;2172813..2174331;;16s;;;; ;;;;;;; sur plasmide;;;tgg;;;; </pre> ====cbn cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_cumuls|cbn cumuls]] <pre> cbn cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;10;1;0;0 ;16 23 5s 0;3;20;34;9 ;16 gca atc;2;40;7;0 ;16 23 5s a;4;60;3;0 ;max a;8;80;1;1 ;a doubles;1;100;0;0 ;spéciaux;1;120;0;0 ;total aas;22;140;0;0 sans ;opérons;18;160;1;0 ;1 aa;12;180;0;0 ;max a;22;200;0;0 ;a doubles;6;;0;0 ;total aas;64;;46;10 total aas;;86;;; remarques;;5;;; avec jaune;;;moyenne;17; ;;;variance;25; sans jaune;;;moyenne;14;14 ;;;variance;15;17 </pre> ====cbn blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_blocs|cbn blocs]] <pre> cbn blocs;;;;;; 5s;31;31;32;;; 23s;233;233;233;;; 16s;;;;;; ;;;;;ttc;5 ;;;;;5s;336 aaa;5;3;;;ttc;5 5s;95;73;5s;95;5s;97 23s;233;233;23s;233;23s;233 16s;aaa;atgi;16s;464;16s; ;;;gga;15;; 16s;233;;;;; 23s;45;;;;; aac;14;;;;; 5s;7;;;;; aac;;;;;; gaa;4;;;;; 5s;97;aac;45;;; 23s;94;23s;96;;; atc;3;atc;7;;; gca;74;gca;121;;; 16s;;16s;;;; </pre> ====cbn distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_distribution|cbn distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;avant 5s;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;2 aac;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;4-8 aas;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;gag;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;caa;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;aga;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;gga;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga;3;;ata;;aca;;aaa;;aga;;cta;ata;;aca;;aaa;;aga;1 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa;cta;1;cca;;caa;1;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;>1aa;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;3;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgc2;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;tca2;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cbn;;12;;;;;12;;cbn;48;;;;;;48;;cbn;4;;;;;;4;;cbn;;;;6;;;6 </pre> ====cbn données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_données_intercalaires|cbn données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cbn;fx;fc;cbn;fx40;fc40;cbn;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;10;0;1;10;-1;;34;214;206;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;10;172;1;1;37;-2;;0;168;307;124;;gca;12;;gaa ;0;20;3;211;2;1;31;-3;;0;131;106;77;;gca;13;;gta ;0;30;19;147;3;2;13;-4;;28;158;480;tRNA 23s;;;5;;gac ;0;40;24;90;4;2;12;-5;;0;115;435;97;;atc;18;;aca ;0;50;34;60;5;0;17;-6;1;0;275;60;95;;atc;12;;gaa 1;2;60;28;67;6;0;13;-7;;5;140;348;23s tRNA;;;13;;gta ;5;70;26;71;7;1;11;-8;1;30;106;104;2* 48;;aac;5;;gac ;2;80;17;53;8;0;9;-9;1;0;67;255;5s tRNA;;;**;;aca ;1;90;13;59;9;1;10;-10;;6;261;130;7;;aac;5;;tta ;1;100;18;68;10;2;19;-11;2;13;59;;13;;ttc;5;;atgf 2;1;110;12;42;11;0;22;-12;1;0;82;;15;;ttc;46;;atgj ;3;120;16;50;12;0;32;-13;;2;379;;5;;aaa;5;;tta 1;1;130;24;50;13;0;22;-14;;7;265;;4;;gaa;30;;atgf ;2;140;4;50;14;0;22;-15;;0;117;;3;;atgi;46;;atgj ;0;150;12;49;15;0;23;-16;;3;233;;tRNA 5s;;;5;;tta ;1;160;7;45;16;1;20;-17;1;10;199;;336;;ttc;**;;atgf ;1;170;16;48;17;1;16;-18;;0;73;;tRNA tRNA;;intra;17;;gta ;0;180;16;36;18;0;20;-19;;2;295;;7;;gca atc;14;;gac ;1;190;12;42;19;1;14;-20;;7;58;;3;;gca atc;4;;ttc ;1;200;15;31;20;0;20;-21;1;0;324;;tRNA tRNA;;contig;8;;ggc 1;0;210;11;27;21;0;20;-22;;1;183;;311;;aaa;57;;tgc ;1;220;12;29;22;1;17;-23;;2;80;;**;;ttc;**;;tgc ;0;230;11;30;23;3;12;-24;;0;245;;61;;gag;15;;gga ;1;240;15;19;24;1;13;-25;;1;408;;6;;caa;7;;atc ;1;250;14;14;25;1;19;-26;;2;111;;4;;aga;**;;gca 1;0;260;14;16;26;2;10;-27;1;0;64;;19;;gga;21;;cga ;2;270;11;10;27;3;17;-28;;1;69;;16;;cta;28;;gga ;1;280;6;8;28;3;13;-29;;5;65;;**;;gaa;4;;aaa ;0;290;9;10;29;2;12;-30;;0;95;;4;;gca;4;;caa ;1;300;11;21;30;3;14;-31;;1;61;;**;;atgi;5;;cac 1;0;310;4;7;31;2;11;-32;;1;125;;;;;3;;aag ;0;320;5;7;32;2;5;-33;;0;CDS 16s;;;;;6;;aga ;1;330;5;11;33;4;11;-34;;0;453;111;;;;4;;gga ;0;340;11;5;34;0;8;-35;;2;423;;;;;21;;cca 1;0;350;4;9;35;1;6;-36;;0;424;;;;;5;;aag ;0;360;2;12;36;3;8;-37;;0;111;;;;;5;;aga ;0;370;6;8;37;2;11;-38;;0;423;;;;;5;;gga ;1;380;6;7;38;1;8;-39;;0;346;;;;;3;;ggc ;0;390;1;6;39;7;10;-40;;0;393;;;;;22;;cta ;0;400;5;4;40;2;12;-41;;1;402;;;;;4;;aaa 2;1;reste;54;62;reste;485;1143;-42;;0;369;;;;;4;;caa 10;32;total;544;1773;total;542;1773;-43;;0;16s 23s;;;;;5;;cac 8;31;diagr;489;1701;diagr;56;620;-44;;1;8* 237;;;;;5;;aag 0;0; t30;32;530;;;;-45;;0;23s 5s;;;;;5;;aga ;;;;;;;;-46;;1;2* 34;;;;;5;;gga ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;35;;;;;6;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;2* 98;;;;;**;;cca ;x;541;9;1;551;;;-49;;0;2* 100;;;;;39;;tac ;c;1763;167;10;1940;;;-50;;0;76;;;;;8;;gta ;;;;;2491;147;;reste;0;0;5s CDS;;;;;4;;tac ;;;;;;2638;;total;9;167;128;590;;;;**;;aca ;;;;;;;;;;;138;144;;;;144;;cgt ;;;;;;;;;;;;;;;;23;;agc ;;;;;;;;;;;;;;;;69;;tca ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tca </pre> =====cbn autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires_aas|cbn autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbn;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;20118;206;comp; ;tRNA;20666;214;;acg fin;CDS;20956;;; deb;CDS;34861;307;comp; ;tRNA;36413;12;;gaa ;tRNA;36500;13;;gta ;tRNA;36589;5;;gac ;tRNA;36671;18;;aca ;tRNA;36765;12;;gaa ;tRNA;36852;13;;gta ;tRNA;36941;5;;gac ;tRNA;37023;106;;aca fin;CDS;37205;;comp; deb;CDS;135851;168;comp; ;tRNA;137366;131;comp;cca fin;CDS;137573;;comp; deb;CDS;161395;158;; ;tRNA;161964;5;;tta ;tRNA;162058;5;;atgf ;tRNA;162139;46;;atgj ;tRNA;162262;5;;tta ;tRNA;162356;30;;atgf ;tRNA;162462;46;;atgj ;tRNA;162585;5;;tta ;tRNA;162679;480;;atgf fin;CDS;163235;;comp; deb;CDS;174610;115;; ;tRNA;176258;275;;aac fin;CDS;176608;;; deb;CDS;178351;453;; ;rRNA;180181;237;;16s ;rRNA;181930;48;;23s ;tRNA;184882;14;;aac ;rRNA;184971;7;;5s ;tRNA;185095;435;;aac fin;CDS;185605;;comp; deb;CDS;221558;140;; ;tRNA;222409;106;;aac fin;CDS;222591;;; deb;CDS;577193;60;; ;tRNA;578417;67;comp;cag fin;CDS;578560;;comp; deb;CDS;943937;261;comp; ;tRNA;944747;348;comp;ttg fin;CDS;945182;;; deb;CDS;954881;59;; ;tRNA;955546;82;;ctt fin;CDS;955713;;; deb;CDS;1025682;379;; ;tRNA;1026946;17;;gta ;tRNA;1027039;14;;gac ;tRNA;1027130;4;;ttc ;tRNA;1027210;8;;ggc ;tRNA;1027293;57;;tgc ;tRNA;1027425;265;;tgc fin;CDS;1027765;;; deb;CDS;1679540;6;; ;gene;1680008;128;comp; fin;CDS;1681704;;comp; deb;CDS;1865810;45;; ;gene;1866395;88;; fin;CDS;1867620;;comp; deb;CDS;2029941;104;; ;tRNA;2030816;48;comp;aac ;rRNA;2030939;97;comp;23s ;tRNA;2033939;7;comp;atc ;tRNA;2034023;124;comp;gca ;rRNA;2034223;423;comp;16s fin;CDS;2036154;;comp; deb;CDS;2149914;128;comp; ;rRNA;2150504;34;comp;5s ;rRNA;2150655;237;comp;23s ;rRNA;2153797;424;comp;16s fin;CDS;2155729;;comp; deb;CDS;2168490;590;; ;rRNA;2169533;35;comp;5s ;rRNA;2169677;237;comp;23s ;rRNA;2172816;111;comp;16s fin;CDS;2174439;;; deb;CDS;2281037;144;; ;rRNA;2283779;98;comp;5s ;rRNA;2283983;237;comp;23s ;rRNA;2287123;111;comp;16s deb;CDS;2288746;117;comp; ;tRNA;2289103;15;comp;gga ;tRNA;2289192;7;comp;atc ;tRNA;2289276;233;comp;gca fin;CDS;2289585;;comp; deb;CDS;2349136;199;comp; ;tRNA;2350598;21;comp;cga ;tRNA;2350696;28;comp;gga ;tRNA;2350798;4;comp;aaa ;tRNA;2350878;4;comp;caa ;tRNA;2350957;5;comp;cac ;tRNA;2351038;3;comp;aag ;tRNA;2351116;6;comp;aga ;tRNA;2351199;4;comp;gga ;tRNA;2351277;21;comp;cca ;tRNA;2351374;5;comp;aag ;tRNA;2351455;5;comp;aga ;tRNA;2351537;5;comp;gga ;tRNA;2351616;3;comp;ggc ;tRNA;2351694;22;comp;cta ;tRNA;2351800;4;comp;aaa ;tRNA;2351880;4;comp;caa ;tRNA;2351959;5;comp;cac ;tRNA;2352040;5;comp;aag ;tRNA;2352121;5;comp;aga ;tRNA;2352203;5;comp;gga ;tRNA;2352282;6;comp;ggc ;tRNA;2352363;73;comp;cca fin;CDS;2352512;;comp; deb;CDS;2430767;295;comp; ;tRNA;2432784;58;comp;tgg fin;CDS;2432918;;comp; deb;CDS;2453380;324;comp; ;tRNA;2454880;39;comp;tac ;tRNA;2455004;8;comp;gta ;tRNA;2455088;4;comp;tac ;tRNA;2455177;255;comp;aca fin;CDS;2455508;;; deb;CDS;2696774;138;comp; ;rRNA;2697803;34;comp;5s ;rRNA;2697946;237;comp;23s ;rRNA;2701084;423;comp;16s deb;CDS;2703019;183;comp; ;tRNA;2703946;311;comp;aaa ;tRNA;2704333;13;comp;ttc ;rRNA;2704422;336;comp;5s ;tRNA;2704867;15;comp;ttc ;rRNA;2704958;100;comp;5s ;rRNA;2705165;237;comp;23s ;rRNA;2708303;346;comp;16s fin;CDS;2710157;;comp; deb;CDS;2720030;80;comp; ;tRNA;2721253;5;comp;aaa ;rRNA;2721334;98;comp;5s ;rRNA;2721549;237;comp;23s ;rRNA;2724689;393;comp;16s fin;CDS;2726593;;comp; deb;CDS;2730964;245;comp; ;tRNA;2731902;61;comp;gag ;tRNA;2732038;6;comp;caa ;tRNA;2732119;4;comp;aga ;tRNA;2732200;19;comp;gga ;tRNA;2732293;16;comp;cta ;tRNA;2732393;4;comp;gaa ;rRNA;2732472;100;comp;5s ;rRNA;2732689;95;comp;23s ;tRNA;2735687;3;comp;atc ;tRNA;2735767;77;comp;gca ;rRNA;2735920;402;comp;16s fin;CDS;2737834;;comp; deb;CDS;2740228;408;comp; ;tRNA;2742262;111;comp;tcc deb;CDS;2742463;64;comp; ;tRNA;2743220;69;comp;tcg deb;CDS;2743382;65;comp; ;tRNA;2743891;130;comp;agg fin;CDS;2744098;;; deb;CDS;2746633;95;comp; ;tRNA;2748534;144;comp;cgt ;tRNA;2748755;23;comp;agc ;tRNA;2748869;69;comp;tca ;tRNA;2749029;61;comp;tca fin;CDS;2749181;;comp; deb;CDS;2758098;125;comp; ;tRNA;2758688;4;comp;gca ;tRNA;2758768;3;comp;atgi ;rRNA;2758848;76;comp;5s ;rRNA;2759041;237;comp;23s ;rRNA;2762179;369;comp;16s fin;CDS;2764060;;comp; </pre> ====cbn intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_entre_cds|cbn intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> cbn;2.2.21 Paris;;cbn 31.1.14;;;;;;; cbn;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;176;7.1;'''négatif ;-11;10;-1 à -47;'''2 773 157;-1;176 ;'''zéro;11;0.4;;;;;'''intercals;0;11 ;'''1 à 200;1767;70.9;'''0 à 200;71;60;;'''313 764;5;116 ;'''201 à 370;394;15.8;'''201 à 370;266;48;;'''11.3%;10;66 ;'''371 à 600;117;4.7;'''371 à 600;464;65;;;15;121 ;'''601 à max;26;1.0;'''601 à 1028;810;204;;;20;93 ;'''total 2491;<201;78.4;'''total 2491;125;141;-47 à 1443;;25;87 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;79 624731;1443;-1;176;-70;0;;0;11;35;50 834812;1270;0;11;-60;0;;-1;°34;40;64 1909773;1149;1;°38;-50;0;;-2;0;45;44 1395656;1025;2;°32;-40;4;;-3;0;50;50 1366434;952;3;15;-30;4;'''min à -1;-4;°28;55;60 2662601;856;4;14;-20;21;176;-5;0;60;35 1385645;836;5;°17;-10;47;7.1%;-6;1;65;56 754437;826;6;13;0;111;;-7;5;70;41 1803918;777;7;12;10;182;;-8;°31;75;32 1826878;759;8;9;20;214;;-9;1;80;38 1307165;753;9;11;30;166;;-10;6;85;35 627889;751;10;°21;40;114;'''1 à 100;-11;°15;90;37 1388755;748;11;22;50;94;1190;-12;1;95;40 2579132;747;12;°32;60;95;47.8%;-13;2;100;46 1789056;745;13;22;70;97;;-14;°7;105;28 1830367;730;14;22;80;70;;-15;0;110;26 841754;723;15;°23;90;72;;-16;3;115;35 1855513;710;16;21;100;86;;-17;°11;120;31 2136552;703;17;17;110;54;;-18;0;125;41 390878;696;18;°20;120;66;;-19;2;130;33 943107;680;19;15;130;74;;-20;°7;135;25 2674137;655;20;20;140;54;;-21;1;140;29 1095841;652;21;°20;150;61;;-22;1;145;30 2644575;626;22;18;160;52;;-23;°2;150;31 261153;625;23;15;170;64;'''1 à 200;-24;0;155;21 1887215;619;24;14;180;52;1767;-25;1;160;31 2676061;600;25;°20;190;54;70.9%;-26;°2;5;34 2443011;582;26;12;200;46;;-27;1;170;30 1811650;581;27;°20;210;38;;-28;1;175;27 1933429;576;28;16;220;41;;-29;°5;180;25 1797999;574;29;14;230;41;;-30;0;185;23 2550424;574;30;°17;240;34;;-31;1;190;31 2050753;573;31;13;250;28;;-32;1;195;23 923904;572;32;7;260;30;'''0 à 200;;181;200;23 313619;570;33;°15;270;21;1778;reste;6;205;19 1471664;569;34;8;280;14;;total;187;210;19 1133306;567;35;7;290;19;;;;215;17 262285;563;36;11;300;32;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;24 ;;37;°13;310;11;;600;2465;225;25 ;;38;9;320;12;;620;1;230;16 ;;39;°17;330;16;;640;2;235;17 ;;40;14;340;16;'''201 à 370;660;2;240;17 ;;reste;1628;350;13;394;680;1;245;15 ;;total;2491;360;14;15.8%;700;1;250;13 ;;;;370;14;;720;2;255;15 ;;;;380;13;;740;2;260;15 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;7;;760;6;265;10 1144166;-47;shift 2;1795;400;9;;780;1;270;11 369225;-46;shift 2;3395;410;5;;800;0;275;9 1579583;-44;shift 2;487;420;6;;820;0;280;5 430053;-41;;;430;3;;840;2;285;9 1494403;-35;;;440;2;;860;1;290;10 1957540;-35;;;450;8;;880;0;295;15 733250;-32;;;460;6;;900;0;300;17 271633;-31;;;470;5;;920;0;305;6 913392;-29;;;480;5;;940;0;310;5 1503608;-29;;;490;6;;960;1;315;9 1620962;-29;;;500;7;;980;0;320;3 1725747;-29;;;510;6;;1000;0;325;13 1823162;-29;;;520;1;;1020;0;330;3 2449289;-28;;;530;1;'''371 à 600;1040;1;335;5 1086603;-27;;;540;11;117;1060;0;340;11 783920;-26;;;550;2;4.7%;1080;0;345;4 2471206;-26;;;560;2;;1100;0;350;9 2107067;-25;;;570;4;'''601 à max;1120;0;355;10 292336;-23;;;580;5;26;1140;0;360;4 2553714;-23;;;590;2;1.0%;1160;1;365;8 2686151;-22;;;600;1;;;24;370;6 1577865;-21;;;reste;26;;reste;2;reste;143 500363;-20;;;total;2491;;total;2491;total;2491 </pre> ====cbn intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cbn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; cbn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;15;-107;126;33;450;238;max50;&-50;394;-1048;106;855;263;min50 31 à 400;;;;;;;;&8.8;-32;-123;49;932;121;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;86;43;-;424;dte;26;tf;&184;63;-;652;poly;203;SF 31 à 400;;;-;;;;;&120;45;-;891;dte;41;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.731;0.543;0.505;;;;;-0.382;;;;;; 1-n;0.271;-0.222;-0.114;;;;;;;;;14.8.21 paris;; cbn;fx;fc;;cbn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbn;Sx-;Sc- 0;1;10;;0;2;6;0;1;10;>0;543;-1;0;34 10;10;172;;10;20;101;1;1;37;<0;9;-2;0;0 20;3;211;;20;6;124;2;1;31;zéro;1;-3;0;0 30;19;147;;30;39;86;3;2;13;total;553;-4;0;28 40;24;90;;40;49;53;4;2;12;;c;-5;0;0 50;34;60;;50;70;35;5;0;17;>0;1763;-6;1;0 60;28;67;;60;57;39;6;0;13;<0;167;-7;0;5 70;26;71;;70;53;42;7;1;11;zéro;10;-8;1;30 80;17;53;;80;35;31;8;0;9;total;1940;-9;1;0 90;13;59;;90;27;35;9;1;10;;;-10;0;6 100;18;68;;100;37;40;10;2;19;total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reste;54;62;;;;;reste;487;1143;;;-42;0;0 total;544;1773;;t30;65;312;total;544;1773;;;-43;0;0 diagr;489;1701;;;;;diagr;56;620;;;-44;0;1 - t30;457;1171;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;0;0 ;;;;;;;;;;;;total;9;167 </pre> ====cbn intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_négatifs_S-|cbn intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;;;1;;;1;;2;1;;;;;1;;;;1;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;0;8 continu;34;0;0;28;0;0;5;31;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;168 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;0;0;1;0;1;1;0;2;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9 ;Sc-;34;0;0;28;0;0;5;30;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;167 </pre> ====cbn autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires|cbn autres intercalaires]] <pre> deb;°CDS;20118;206;comp;;deb;°CDS;1865810;45;;;deb;°CDS;2453380;324;comp ;&tRNA;20666;214;;;;gene;1866395;88;;;;&tRNA;2454880;39;comp fin;°CDS;20956;;;;fin;°CDS;1867620;;comp;;;&tRNA;2455004;8;comp deb;°CDS;34861;307;comp;;deb;°CDS;2029941;104;;;;&tRNA;2455088;4;comp ;&tRNA;36413;12;;;;&tRNA;2030816;48;comp;;;&tRNA;2455177;255;comp ;&tRNA;36500;13;;;;$rRNA;2030939;97;comp;;fin;°CDS;2455508;; ;&tRNA;36589;5;;;;&tRNA;2033939;7;comp;;deb;°CDS;2696774;138;comp ;&tRNA;36671;18;;;;&tRNA;2034023;124;comp;;;$rRNA;2697803;34;comp ;&tRNA;36765;12;;;;$rRNA;2034223;423;comp;;;$rRNA;2697946;237;comp ;&tRNA;36852;13;;;fin;°CDS;2036154;;comp;;;$rRNA;2701084;423;comp ;&tRNA;36941;5;;;deb;°CDS;2149914;128;comp;;deb;°CDS;2703019;183;comp ;&tRNA;37023;106;;;;$rRNA;2150504;34;comp;;;&tRNA;2703946;311;comp fin;°CDS;37205;;comp;;;$rRNA;2150655;237;comp;;;&tRNA;2704333;13;comp deb;°CDS;135851;168;comp;;;$rRNA;2153797;424;comp;;;$rRNA;2704422;336;comp ;&tRNA;137366;131;comp;;fin;°CDS;2155729;;comp;;;&tRNA;2704867;15;comp fin;°CDS;137573;;comp;;deb;°CDS;2168490;590;;;;$rRNA;2704958;100;comp deb;°CDS;161395;158;;;;$rRNA;2169533;35;comp;;;$rRNA;2705165;237;comp ;&tRNA;161964;5;;;;$rRNA;2169677;237;comp;;;$rRNA;2708303;346;comp ;&tRNA;162058;5;;;;$rRNA;2172816;111;comp;;fin;°CDS;2710157;;comp ;&tRNA;162139;46;;;fin;°CDS;2174439;;;;deb;°CDS;2720030;80;comp ;&tRNA;162262;5;;;deb;°CDS;2281037;144;;;;&tRNA;2721253;5;comp ;&tRNA;162356;30;;;;$rRNA;2283779;98;comp;;;$rRNA;2721334;98;comp ;&tRNA;162462;46;;;;$rRNA;2283983;237;comp;;;$rRNA;2721549;237;comp ;&tRNA;162585;5;;;;$rRNA;2287123;111;comp;;;$rRNA;2724689;393;comp ;&tRNA;162679;480;;;deb;°CDS;2288746;117;comp;;fin;°CDS;2726593;;comp fin;°CDS;163235;;comp;;;&tRNA;2289103;15;comp;;deb;°CDS;2730964;245;comp deb;°CDS;174610;115;;;;&tRNA;2289192;7;comp;;;&tRNA;2731902;61;comp ;&tRNA;176258;275;;;;&tRNA;2289276;233;comp;;;&tRNA;2732038;6;comp fin;°CDS;176608;;;;fin;°CDS;2289585;;comp;;;&tRNA;2732119;4;comp deb;°CDS;178351;453;;;deb;°CDS;2349136;199;comp;;;&tRNA;2732200;19;comp ;$rRNA;180181;237;;;;&tRNA;2350598;21;comp;;;&tRNA;2732293;16;comp ;$rRNA;181930;48;;;;&tRNA;2350696;28;comp;;;&tRNA;2732393;4;comp ;&tRNA;184882;14;;;;&tRNA;2350798;4;comp;;;$rRNA;2732472;100;comp ;$rRNA;184971;7;;;;&tRNA;2350878;4;comp;;;$rRNA;2732689;95;comp ;&tRNA;185095;435;;;;&tRNA;2350957;5;comp;;;&tRNA;2735687;3;comp fin;°CDS;185605;;comp;;;&tRNA;2351038;3;comp;;;&tRNA;2735767;77;comp deb;°CDS;221558;140;;;;&tRNA;2351116;6;comp;;;$rRNA;2735920;402;comp ;&tRNA;222409;106;;;;&tRNA;2351199;4;comp;;fin;°CDS;2737834;;comp fin;°CDS;222591;;;;;&tRNA;2351277;21;comp;;deb;°CDS;2740228;408;comp deb;°CDS;577193;60;;;;&tRNA;2351374;5;comp;;;&tRNA;2742262;111;comp ;&tRNA;578417;67;comp;;;&tRNA;2351455;5;comp;;deb;°CDS;2742463;64;comp fin;°CDS;578560;;comp;;;&tRNA;2351537;5;comp;;;&tRNA;2743220;69;comp deb;°CDS;943937;261;comp;;;&tRNA;2351616;3;comp;;deb;°CDS;2743382;65;comp ;&tRNA;944747;348;comp;;;&tRNA;2351694;22;comp;;;&tRNA;2743891;130;comp fin;°CDS;945182;;;;;&tRNA;2351800;4;comp;;fin;°CDS;2744098;; deb;°CDS;954881;59;;;;&tRNA;2351880;4;comp;;deb;°CDS;2746633;95;comp ;&tRNA;955546;82;;;;&tRNA;2351959;5;comp;;;&tRNA;2748534;144;comp fin;°CDS;955713;;;;;&tRNA;2352040;5;comp;;;&tRNA;2748755;23;comp deb;°CDS;1025682;379;;;;&tRNA;2352121;5;comp;;;&tRNA;2748869;69;comp ;&tRNA;1026946;17;;;;&tRNA;2352203;5;comp;;;&tRNA;2749029;61;comp ;&tRNA;1027039;14;;;;&tRNA;2352282;6;comp;;fin;°CDS;2749181;;comp ;&tRNA;1027130;4;;;;&tRNA;2352363;73;comp;;deb;°CDS;2758098;125;comp ;&tRNA;1027210;8;;;fin;°CDS;2352512;;comp;;;&tRNA;2758688;4;comp ;&tRNA;1027293;57;;;deb;°CDS;2430767;295;comp;;;&tRNA;2758768;3;comp ;&tRNA;1027425;265;;;;&tRNA;2432784;58;comp;;;$rRNA;2758848;76;comp fin;°CDS;1027765;;;;fin;°CDS;2432918;;comp;;;$rRNA;2759041;237;comp deb;°CDS;1679540;6;;;;;;;;;;$rRNA;2762179;369;comp ;gene;1680008;128;comp;;;;;;;;fin;°CDS;2764060;;comp fin;°CDS;1681704;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====cbn intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_tRNA-cds|cbn intercalaires tRNA-cds]] <pre> cbn;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls comp’;206;;214;;59;58;; comp’;307;comp’;106;;64;61;'''deb; ;168;;131;;65;67;<201;12 ;158;comp’;480;;80;69;total;18 ;115;;275;;98;73;taux;67% ;;comp’;435;;115;82;; ;140;;106;;125;106;'''fin; comp’;60;;67;;140;111;<201;9 ;261;comp’;348;;158;131;total;12 ;59;;82;;168;214;taux;75% ;379;;265;;183;265;; comp’;104;;;;199;275;'''total; ;199;;73;;245;;<201;21 ;295;;58;;261;;total;30 ;324;comp’;255;;295;;taux;70% ;183;;;;324;;; ;80;;;;379;;; ;245;;;;408;;'''comp’;'''cumuls ;408;;111;;60;106;'''deb;2 ;64;;69;;104;130;;4 ;65;comp’;130;;206;255;'''fin;2 ;98;;61;;307;348;;6 ;125;;;;'''-;435;'''total; ;;;;;'''-;480;<201;4 ;;;;;;;total;10 ;;;;;;;taux;40% ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;; ;<201;14;11;25;;;; ;total;22;18;40;;;; ;taux;64%;61%;63%;;;; </pre> ===cle=== ====cle opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_opérons|cle opérons]] <pre> 34.3%GC;30.6.19 Paris;16s 11;104;doubles;intercalaires;; ;Clostridium lentocellum DSM 5427;;;;;; ;10157..10246;;agc;@1;202;; ;10449..11981;;16s;;72;; ;12054..12171;;5s;;4;; ;12176..12248;;gca;;262;; ;12511..15414;;23s;;55;; ;15470..15543;;gac;;61;;61 ;15605..15677;;gta;;7;;7 ;15685..15757;;aca;;34;;34 ;15792..15872;;tac;;12;;12 ;15885..15961;;atgj;;3;;3 ;15965..16040;;ttc;;3;;3 ;16044..16116;;aaa;;;; ;;;;;30118;; ;46235..47767;;16s;@3;21284;; ;;;;;;; ;69052..71964;;23s;;;; ;;;;;4873;; ;76838..78371;;16s;;72;; ;78444..78561;;5s;;5;; ;78567..78639;;gca;;282;; ;78922..81829;;23s;;;; ;;;;;904;; ;82734..82851;;5s;;4;; ;82856..82928;;ggc;;;; ;;;;;1463;; ;84392..85929;;16s;;72;; ;86002..86119;;5s;;4;; ;86124..86196;;gca;;280;; ;86477..89386;;23s;;;; ;;;;;7380;; ;96767..96884;;5s;;89;; ;96974..97047;;ggc;;;; ;;;;;5082;; ;102130..102204;;cag;;;; ;;;;;;; ;104716..104799;;tta;;13;13; ;104813..104898;;tca;;;; ;;;;;;; ;141499..143034;;16s;;138;; ;143173..143290;;5s;;7;; ;143298..143374;;atc; ;258;; ;143633..146538;;23s;;;; ;;;;;;; ;150968..151085;;5s;@4;4;; ;151090..151161;;gaa;;457;; ;151619..153160;;16s;;605;; ;153766..156671;;23s;;475;; ;157147..157219;;aaa;;9;;9 ;157229..157299;;gga;;6;;6 ;157306..157379;;aga;;;; ;;;;;4223;; ;161603..161720;;5s;;4;; ;161725..161797;;ggc;;;; ;;;;;11104;; ;172902..172973;;gaa;;23;23; ;172997..173071;;cca;;45;45; ;173117..173189;;aaa;;11;11; ;173201..173274;;gac;;56;56; ;173331..173403;;gta;;7;7; ;173411..173494;;tta;;187;187; ;173682..173754;;aca;;26;26; ;173781..173861;;tac;;10;10; ;173872..173948;;atgj;;31;31; ;173980..174052;;ttc;;;; ;;;;;248498;; ;422551..424086;;16s;;;; ;;;;;113898;; ;537985..540890;;23s;;;; ;;;;;25153;; ;566044..566117;;cac;;23;23; ;566141..566212;;caa;;32;32; ;566245..566330;;tca;;;; ;;;;;;; ;571984..573519;;16s;;72;; ;573592..573709;;5s;;4;; ;573714..573786;;gca;;282;; ;574069..576975;;23s;;;; ;;;;;25302;; ;602278..603812;;16s;;137;; ;603950..604067;;5s;;;; ;;;;;11014;; ;615082..617987;;23s;;;; ;;;;;21159;; ;639147..639362;;16s°;@5;;; ;;;;;98139;; ;737502..737619;;5s;;4;; ;737624..737696;;ggc;;;; ;;;;;3291;; ;740988..741058;;gga;;;; ;;;;;;; ;759839..759920;;cta;;;; ;;;;;;; ;911999..912083;;ctt;+;148;148; ;912232..912316;;ctt;2 ctt;;; ;;;;;;; ;1035192..1035265;;cga;;;; ;;;;;;; ;1061152..1061225;;agg;;;; ;;;;;;; comp;1136376..1136448;;ccc;;;; ;;;;;;; ;1229184..1230718;;16s;@2;72;; ;1230791..1230908;;5s;;7;; ;1230916..1230989;;atc;;53;;53 ;1231043..1231115;;gca;;261;; ;1231377..1234282;;23s;;110;; ;1234393..1234464;;aac;+;9;;9 ;1234474..1234545;;gaa;2 tgc ;6;;6 ;1234552..1234622;;tgc;2 aac;23;;23 ;1234646..1234717;;aac;;58;;58 ;1234776..1234846;;tgc;;;; ;;;;;;; ;1280211..1280283;;atgf;;;; ;;;;;;; ;1283250..1283320;;gga;+;5;5; ;1283326..1283399;;aga;2 gga;5;5; ;1283405..1283478;;cac;2 aga;31;31; ;1283510..1283581;;caa;2 caa;23;23; ;1283605..1283677;;aaa;;30;30; ;1283708..1283792;;cta;;23;23; ;1283816..1283886;;gga;;5;5; ;1283892..1283965;;aga;;6;6; ;1283972..1284043;;caa;;;; ;;;;;;; ;1299560..1299632;;ggc;;4;4; ;1299637..1299711;;cca;;;; ;;;;;;; ;1346208..1346290;;ctg;;;; ;;;;;;; ;1363346..1363428;;ctg;;;; ;;;;;;; ;1515234..1515305;;gaa;;62;62; ;1515368..1515442;;cca;;22;22; ;1515465..1515537;;aaa;;;; ;;;;;;; ;1597292..1597364;;acg;;;; ;;;;;;; ;1611976..1612042;;acg;;;; ;;;;;;; ;2065352..2065425;;ata;;;; ;;;;;;; comp;2090478..2090550;;acc;;;; ;;;;;;; ;2394421..2394501;;tac;;3;3; ;2394505..2394577;;ttc;;;; ;;;;;;; ;2592342..2592422;;ttg;;;; ;;;;;;; ;2606024..2606104;;ttg;;;; ;;;;;;; comp;2737232..2737304;;gcc;;;; ;;;;;;; comp;2798802..2798874;;aag;;;; ;;;;;;; comp;2881571..2881642;;gag;;;; ;;;;;;; comp;3215471..3215545;;cca;;;; ;;;;;;; comp;3252582..3252655;;atgj;;7;7; comp;3252663..3252735;;gta;;4;4; comp;3252740..3252813;;gac;;10;10; comp;3252824..3252896;;tgg;;20;20; comp;3252917..3252988;;aac;;;; ;;;;;683;; comp;3253672..3253748;;atgj;;7;;7 comp;3253756..3253828;;gta;;9;;9 comp;3253838..3253910;;tgg;;18;;18 comp;3253929..3254000;;aac;;60;; comp;3254061..3256967;;23s;;;; ;;;;;362637;; comp;3619605..3619677;;aca;+;4;;4 comp;3619682..3619755;;cgt;2 cgt;50;;50 comp;3619806..3619879;;cgt;2 aca;27;;27 comp;3619907..3619990;;tta;;3;;3 comp;3619994..3620069;;gta;;47;;47 comp;3620117..3620190;;gac;;22;;22 comp;3620213..3620289;;atgi;;23;;23 comp;3620313..3620385;;aca;;14;;14 comp;3620400..3620471;;gaa;;9;;9 comp;3620481..3620552;;aac;;110;; comp;3620663..3623568;;23s;;261;; comp;3623830..3623902;;gca;;53;;53 comp;3623956..3624029;;atc;;7;; comp;3624037..3624154;;5s;;72;; comp;3624227..3625761;;16s;;149;; comp;3625911..3625999;;tcc;;33;;33 comp;3626033..3626118;;tca;;;; ;;;;;;; comp;3714637..3714709;;gta;;1;1; comp;3714711..3714787;;atgj;;;; </pre> ====cle cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_cumuls|cle cumuls]] <pre> cle cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;19;1;1;0 ;16 5 aa 23;5;20;14;15 ;16 5 atc gca;2;40;10;6 ;solo;11;60;2;5 ;max a;14;80;1;1 ;a doubles;2;100;0;0 ;indéterminé;1;120;0;0 ;total aas;46;140;0;0 sans ;opérons;29;160;1;0 ;1 aa;19;180;0;0 ;max a;10;200;1;0 ;a doubles;2;;0;0 ;total aas;59;;30;27 total aas;;105;;; remarques;;5;;; avec jaune;;;moyenne;29; ;;;variance;41; sans jaune;;;moyenne;19;22 ;;;variance;16;19 </pre> ====cle blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_blocs|cle blocs]] <pre> cle blocs;;; Solitaires;;; 16s;*2;16s°;@5 ;;; 23s;*3;; ;;; 5s;3*4;89; ggc;;; ;;; aac;60;; 23s;;; ;;; 16s;137;; 5s;;; ;;; 16s;72;72;72 5s;5;4;4 gca;282;280;282 23s;;; ;;; ;;agc;202 16s;138;16s;72 5s;7;5s;4 atc;258;gca;262 23s;;23s;55 ;;gac;61 ;;; ;;; ;;aac;110 16s;72;23s;261 5s;7;gca;53 atc;53;atc;7 gca;261;5s;72 23s;110;16s;149 aac;9;tcc;33 ;;; ;;; 5s;4;;@4 gaa;457;; 16s;605;; 23s;475;; aaa;9;; </pre> ====cle distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_distribution|cle distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;après 16s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;1-3;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;(atcgca)2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;aaa;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gca4;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aga;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;atc1;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;gga;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;4;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;16s5saa23s;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;4 ggc;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;gaa;tta;1;tca;;taa;;tga; ata;1;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;1;;cta;1;cca;3;caa;3;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;cgt2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;3;gca;;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;ctt2;gta;3;gca;;gaa;2;gga; ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;2;aag;1;agg;1;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;16s5saa23s;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cle;;19;;;;;19;;cle;38;;;;;;38;;cle;2;;;;;;2;;cle;;;;26;3;9;26 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;8 1-3aas;;; </pre> ====cle données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_données_intercalaires|cle données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cle;fx;fc;cle;fx40;fc40;cle;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;35;0;0;35;-1;0;78;421;212;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;; ;0;10;9;278;1;0;56;-2;0;0;121;409;437;347;;61;;gac;13;;tta ;0;20;6;387;2;0;50;-3;0;0;275;214;643;;;7;;gta;**;;tca ;1;30;5;213;3;0;36;-4;8;107;757;50;302;;;34;;aca;23;;gaa ;0;40;12;144;4;2;24;-5;0;1;262;622;325;;;12;;tac;45;;cca 1;1;50;21;85;5;2;20;-6;1;0;487;66;602;;;3;;atgj;11;;aaa ;1;60;27;93;6;1;8;-7;0;10;207;224;331;;;3;;ttc;56;;gac 1;1;70;20;88;7;1;7;-8;1;72;92;142;323;;;**;;aaa;7;;gta ;1;80;37;104;8;2;12;-9;0;0;289;264;16s CDS;;;9;;aaa;187;;tta 1;0;90;35;84;9;1;30;-10;0;5;489;142;695;228;;6;;gga;26;;aca ;4;100;29;82;10;0;35;-11;1;41;125;405;16s 5s;;;**;;aga;10;;tac ;1;110;24;80;11;2;55;-12;0;0;322;227;6* 79;;;9;;aac;31;;atgj ;3;120;17;65;12;0;64;-13;1;7;121;454;146;;;6;;gaa;**;;ttc 1;5;130;26;79;13;2;39;-14;1;28;342;139;144;;;23;;tgc;23;;cac 1;1;140;21;63;14;0;32;-15;1;0;44;445;16s 23s;;;58;;aac;32;;caa 3;2;150;21;79;15;1;42;-16;1;2;61;195;613;;;**;;tgc;**;;tca 1;1;160;31;72;16;0;37;-17;0;12;231;154;CDS 5s;;;7;;atgj;148;;ctt ;0;170;26;55;17;0;36;-18;0;0;132;201;335;228;;9;;gta;**;;ctt ;2;180;21;50;18;1;28;-19;0;2;75;527;;343;;18;;tgg;5;;gga ;0;190;39;58;19;0;34;-20;1;14;125;409;;184;;**;;aac;5;;aga 1;1;200;22;50;20;0;20;-21;0;0;112;149;;301;;4;;aca;31;;cac 1;2;210;24;48;21;0;25;-22;1;2;91;87;5s CDS;;;50;;cgt;23;;caa 2;1;220;20;42;22;0;21;-23;0;8;53;125;301;;;27;;cgt;30;;aaa 2;1;230;25;28;23;0;24;-24;0;0;124;;tRNA 16s;;;6;;tta;26;;cta ;2;240;13;30;24;0;24;-25;0;5;473;;204;;agc;47;;gta;5;;gga ;1;250;17;32;25;2;18;-26;1;9;141;;459;;gaa;25;;gac;6;;aga ;0;260;15;41;26;0;18;-27;0;0;174;;151;;tcc;23;;atgi;**;;caa 1;2;270;17;35;27;1;31;-28;0;1;198;;23s tRNA;;;14;;aca;4;;ggc ;1;280;14;26;28;0;18;-29;0;8;101;;56;;gac;9;;gaa;**;;cca ;1;290;14;22;29;0;16;-30;0;0;238;;476;;aaa;**;;aac;62;;gaa ;0;300;14;29;30;2;18;-31;0;1;29;;2* 111;;aac;33;;tcc;22;;cca ;1;310;10;21;31;3;21;-32;2;8;93;;61;;aac;**;;tca;**;;aaa ;0;320;8;20;32;2;26;-33;0;0;223;;tRNA 23s;;;;;;3;;tac ;2;330;5;7;33;0;10;-34;0;1;112;;263;;gca;;;;**;;ttc ;0;340;11;14;34;2;7;-35;0;2;95;;2* 283;;gca;;;;7;;atgj ;1;350;4;12;35;2;9;-36;0;0;155;;284;;gca;;;;4;;gta ;0;360;10;22;36;1;13;-37;0;0;523;;262;;atc;;;;10;;gac ;0;370;6;14;37;1;19;-38;0;2;178;;2* 262;;gca;;;;20;;tgg ;0;380;10;9;38;1;15;-39;0;0;141;;5s tRNA;;;;;;**;;aac ;0;390;4;13;39;0;13;-40;0;0;116;;3* 4;;gca;;;;4;;gta ;0;400;6;6;40;0;11;-41;0;2;212;;5;;gca;;;;**;;atgj 7;6;reste;83;185;reste;747;1843;-42;0;0;209;;89;;ggc;;;;;; 23;46;total;779;2900;total;779;2900;-43;0;0;329;;3* 7;;atc;;;;;; 16;40;diagr;696;2680;diagr;32;1022;-44;1;0;267;;4;;gaa;;;;;; 0;1; t30;20;878;;;;-45;0;0;249;;3* 4;;ggc;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;310;;tRNA tRNA;;intra;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;2* 53;;atc;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;**;;gca;;;;;; ;x;779;21;0;800;;;-49;0;0;;;;;;;;;;; ;c;2865;441;35;3341;;;-50;0;1;;;;;;;;;;; ;;;;;4141;273;;reste;0;10;;;;;;;;;;; ;;;;;;4414;;total;21;441;;;;;;;;;;; </pre> =====cle autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_autres_intercalaires_aas|cle autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cle;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;8716;9735;421;*; ;;tRNA;10157;10246;204;*;agc ;;rRNA;10451;11974;79;*;1524 ;;rRNA;12054;12171;4;*;118 ;;tRNA;12176;12248;263;*;gca ;;rRNA;12512;15413;56;*;2902 ;;tRNA;15470;15543;61;*;gac ;;tRNA;15605;15677;7;*;gta ;;tRNA;15685;15757;34;*;aca ;;tRNA;15792;15872;12;*;tac ;;tRNA;15885;15961;3;*;atgj ;;tRNA;15965;16040;3;*;ttc ;;tRNA;16044;16116;121;*;aaa fin;;CDS;16238;16705;;; deb;;CDS;44432;45799;437;*; ;;rRNA;46237;47760;695;*;1524 fin;;CDS;48456;50240;;0; deb;;CDS;66902;68521;531;*; ;;rRNA;69053;71963;313;*;2911 fin;;CDS;72277;72981;;; deb;;CDS;72981;76196;643;*; ;;rRNA;76840;78364;79;*;1525 ;;rRNA;78444;78561;5;*;118 ;;tRNA;78567;78639;283;*;gca ;;rRNA;78923;81828;188;*;2906 deb;comp;CDS;82017;82505;228;*; ;;rRNA;82734;82851;4;*;118 ;;tRNA;82856;82928;275;*;ggc deb;;CDS;83204;84091;302;*; ;;rRNA;84394;85922;79;*;1529 ;;rRNA;86002;86119;4;*;118 ;;tRNA;86124;86196;284;*;gca ;;rRNA;86481;89385;237;*;2905 fin;;CDS;89623;90231;;; deb;comp;CDS;94411;96423;343;*; ;;rRNA;96767;96884;89;*;118 ;;tRNA;96974;97044;757;*;ggc fin;;CDS;97802;98497;;; deb;comp;CDS;101240;101917;212;*; ;;tRNA;102130;102201;409;*;cag fin;comp;CDS;102611;103510;;; deb;comp;CDS;103635;104501;214;*; ;;tRNA;104716;104799;13;*;tta ;;tRNA;104813;104898;262;*;tca fin;;CDS;105161;106408;;; deb;comp;CDS;135278;135838;80;*; ;comp;regulatory;135919;136018;495;*; fin;;CDS;136514;138715;;; deb;;CDS;140906;141175;325;*; ;;rRNA;141501;143026;146;*;1526 ;;rRNA;143173;143290;7;*;118 ;;tRNA;143298;143371;262;*;atc ;;rRNA;143634;146537;299;*;2904 fin;;CDS;146837;147139;;0; deb;;CDS;149226;150632;335;*; ;;rRNA;150968;151085;4;*;118 ;;tRNA;151090;151161;459;*;gaa ;;rRNA;151621;153153;613;*;1533 ;;rRNA;153767;156670;476;*;2904 ;;tRNA;157147;157219;9;*;aaa ;;tRNA;157229;157299;6;*;gga ;;tRNA;157306;157379;487;*;aga fin;;CDS;157867;158490;;; deb;comp;CDS;160912;161418;184;*; ;;rRNA;161603;161720;4;*;118 ;;tRNA;161725;161797;50;*;ggc fin;comp;CDS;161848;162624;;; deb;comp;CDS;162740;165070;522;*; ;;misc_b;165593;165910;56;*; fin;;CDS;165967;167493;;; deb;comp;CDS;171336;172279;622;*; ;;tRNA;172902;172973;23;*;gaa ;;tRNA;172997;173071;45;*;cca ;;tRNA;173117;173189;11;*;aaa ;;tRNA;173201;173274;56;*;gac ;;tRNA;173331;173403;7;*;gta ;;tRNA;173411;173494;187;*;tta ;;tRNA;173682;173754;26;*;aca ;;tRNA;173781;173861;10;*;tac ;;tRNA;173872;173948;31;*;atgj ;;tRNA;173980;174052;207;*;ttc fin;;CDS;174260;174673;;; deb;comp;CDS;190039;190368;288;*; ;;misc_b;190657;190881;79;*; fin;;CDS;190961;192721;;; deb;comp;CDS;421861;422205;347;*; ;;rRNA;422553;424078;228;*;1526 fin;comp;CDS;424307;425017;;0; deb;;CDS;459976;460971;367;*; ;;regulatory;461339;461464;137;*; fin;;CDS;461602;462906;;0; deb;comp;CDS;473892;474338;416;*; ;;regulatory;474755;474880;137;*; fin;;CDS;475018;476358;;; deb;;CDS;536211;537422;563;*; ;;rRNA;537986;540889;357;*;2904 fin;;CDS;541247;541735;;0; deb;;CDS;564995;565951;92;*; ;;tRNA;566044;566117;23;*;cac ;;tRNA;566141;566212;32;*;caa ;;tRNA;566245;566330;289;*;tca fin;;CDS;566620;567750;;; deb;;CDS;570670;571383;602;*; ;;rRNA;571986;573512;79;*;1527 ;;rRNA;573592;573709;4;*;118 ;;tRNA;573714;573786;283;*;gca ;;rRNA;574070;576974;187;*;2905 fin;;CDS;577162;578526;;; deb;;CDS;601262;601948;331;*; ;;rRNA;602280;603805;144;*;1526 ;;rRNA;603950;604067;301;*;118 fin;;CDS;604369;605106;;; deb;;CDS;614484;614675;407;*; ;;rRNA;615083;617986;260;*;2904 fin;comp;CDS;618247;619251;;0; deb;;CDS;685823;686155;210;*; ;;misc_b;686366;686632;51;*; fin;;CDS;686684;686965;;; deb;comp;CDS;736286;737200;301;*; ;;rRNA;737502;737619;4;*;118 ;;tRNA;737624;737696;489;*;ggc fin;;CDS;738186;738905;;; deb;;CDS;740293;740862;125;*; ;;tRNA;740988;741058;322;*;gga fin;;CDS;741381;742271;;; deb;;CDS;757105;759717;121;*; ;;tRNA;759839;759920;66;*;cta fin;comp;CDS;759987;760835;;0; deb;;CDS;786859;787458;71;*; ;;misc_b;787530;787823;195;*; fin;;CDS;788019;789995;;; deb;;CDS;825593;830971;885;*; ;;regulatory;831857;832030;230;*; fin;;CDS;832261;833262;;; deb;comp;CDS;910521;911774;224;*; ;;tRNA;911999;912083;148;*;ctt ;;tRNA;912232;912316;342;*;ctt fin;;CDS;912659;914539;;0; deb;;CDS;1015700;1016551;80;*; ;;misc_b;1016632;1016837;131;*; fin;;CDS;1016969;1018252;;0; deb;;CDS;1034743;1035147;44;*; ;;tRNA;1035192;1035265;142;*;cga fin;comp;CDS;1035408;1036631;;; deb;;CDS;1060209;1061090;61;*; ;;tRNA;1061152;1061225;231;*;agg fin;;CDS;1061457;1061942;;0; deb;;CDS;1135668;1136111;264;*; ;comp;tRNA;1136376;1136448;142;*;ccc fin;;CDS;1136591;1137205;;; deb;;CDS;1181242;1181676;81;*; ;;ncRNA;1181758;1182021;95;*; fin;comp;CDS;1182117;1183028;;; deb;;CDS;1228173;1228862;323;*; ;;rRNA;1229186;1230711;79;*;1526 ;;rRNA;1230791;1230908;7;*;118 ;;tRNA;1230916;1230989;53;*;atc ;;tRNA;1231043;1231115;262;*;gca ;;rRNA;1231378;1234281;111;*;2904 ;;tRNA;1234393;1234464;9;*;aac ;;tRNA;1234474;1234545;6;*;gaa ;;tRNA;1234552;1234622;23;*;tgc ;;tRNA;1234646;1234717;58;*;aac ;;tRNA;1234776;1234846;132;*;tgc fin;;CDS;1234979;1235152;;; deb;;CDS;1279854;1280135;75;*; ;;tRNA;1280211;1280283;125;*;atgf fin;;CDS;1280409;1281519;;; deb;;CDS;1282595;1283137;112;*; ;;tRNA;1283250;1283320;5;*;gga ;;tRNA;1283326;1283399;5;*;aga ;;tRNA;1283405;1283478;31;*;cac ;;tRNA;1283510;1283581;23;*;caa ;;tRNA;1283605;1283677;30;*;aaa ;;tRNA;1283708;1283789;26;*;cta ;;tRNA;1283816;1283886;5;*;gga ;;tRNA;1283892;1283965;6;*;aga ;;tRNA;1283972;1284043;405;*;caa fin;comp;CDS;1284449;1284907;;0; deb;;CDS;1298530;1299468;91;*; ;;tRNA;1299560;1299632;4;*;ggc ;;tRNA;1299637;1299711;227;*;cca fin;comp;CDS;1299939;1300463;;; deb;;CDS;1317893;1318795;58;*; ;;misc_b;1318854;1319058;143;*; fin;;CDS;1319202;1320467;;; deb;;CDS;1330208;1331050;68;*; ;;regulatory;1331119;1331225;168;*; fin;;CDS;1331394;1332701;;; deb;;CDS;1344739;1346154;53;*; ;;tRNA;1346208;1346290;124;*;ctg fin;;CDS;1346415;1347350;;; deb;;CDS;1361763;1362872;473;*; ;;tRNA;1363346;1363428;454;*;ctg fin;comp;CDS;1363883;1365469;;; deb;;CDS;1501342;1502331;88;*; ;;misc_b;1502420;1502635;130;*; fin;;CDS;1502766;1505162;;0; deb;;CDS;1514802;1515092;141;*; ;;tRNA;1515234;1515305;62;*;gaa ;;tRNA;1515368;1515442;22;*;cca ;;tRNA;1515465;1515537;174;*;aaa fin;;CDS;1515712;1516611;;; deb;comp;CDS;1536473;1538146;169;*; ;;misc_b;1538316;1538527;148;*; fin;;CDS;1538676;1539512;;; deb;;CDS;1558609;1559226;150;*; ;;ncRNA;1559377;1559568;105;*; fin;;CDS;1559674;1560162;;; deb;comp;CDS;1596655;1597152;139;*; ;;tRNA;1597292;1597364;198;*;acg fin;;CDS;1597563;1600298;;0; deb;;CDS;1776389;1777042;54;*; ;;regulatory;1777097;1777202;89;*; fin;;CDS;1777292;1778305;;; deb;;CDS;1809551;1811686;53;*; ;;regulatory;1811740;1811862;110;*; fin;;CDS;1811973;1812599;;0; deb;;CDS;1897547;1898221;77;*; ;;misc_b;1898299;1898549;46;*; fin;;CDS;1898596;1899603;;; deb;;CDS;2051328;2051531;445;*; ;comp;tRNA;2051977;2052063;101;*;acc fin;comp;CDS;2052165;2053262;;; deb;;CDS;2064667;2065113;238;*; ;;tRNA;2065352;2065425;29;*;ata fin;;CDS;2065455;2066012;;; deb;;CDS;2089815;2090282;195;*; ;comp;tRNA;2090478;2090550;93;*;acc fin;comp;CDS;2090644;2091279;;0; deb;;CDS;2125666;2126805;19;*; ;;misc_b;2126825;2127056;63;*; fin;;CDS;2127120;2127326;;; deb;comp;CDS;2290223;2291446;61;*; ;comp;misc_b;2291508;2291704;185;*; fin;;CDS;2291890;2293848;;0; deb;;CDS;2378236;2379462;104;*; ;;misc_b;2379567;2379785;50;*; fin;;CDS;2379836;2380420;;; deb;comp;CDS;2393679;2394266;154;*; ;;tRNA;2394421;2394501;3;*;tac ;;tRNA;2394505;2394577;223;*;ttc fin;;CDS;2394801;2396147;;; deb;comp;CDS;2447012;2447701;85;*; ;comp;regulatory;2447787;2447882;852;*; fin;comp;CDS;2448735;2450363;;; deb;comp;CDS;2573684;2574703;297;*; ;;ncRNA;2575001;2575351;65;*; fin;comp;CDS;2575417;2577075;;; deb;comp;CDS;2589039;2590424;65;*; ;comp;misc_b;2590490;2590663;90;*; fin;comp;CDS;2590754;2591524;;; deb;comp;CDS;2591541;2592140;201;*; ;;tRNA;2592342;2592422;112;*;ttg fin;;CDS;2592535;2593464;;0; deb;comp;CDS;2603463;2605496;527;*; ;;tRNA;2606024;2606100;409;*;ttg fin;comp;CDS;2606510;2606668;;; deb;comp;CDS;2735781;2737136;95;*; ;comp;tRNA;2737232;2737304;155;*;gcc fin;comp;CDS;2737460;2738386;;0; deb;comp;CDS;2797787;2798278;523;*; ;comp;tRNA;2798802;2798874;178;*;aag fin;comp;CDS;2799053;2800327;;; deb;comp;CDS;2820846;2822237;109;*; ;comp;misc_b;2822347;2822575;116;*; fin;comp;CDS;2822692;2823483;;; deb;comp;CDS;2848560;2849579;82;*; ;comp;misc_b;2849662;2849892;105;*; fin;comp;CDS;2849998;2851539;;; deb;comp;CDS;2880836;2881429;141;*; ;comp;tRNA;2881571;2881642;116;*;gag fin;comp;CDS;2881759;2882100;;; deb;comp;CDS;2978303;2979394;255;*; ;comp;regulatory;2979650;2979765;74;*; fin;comp;CDS;2979840;2980706;;; deb;comp;CDS;3048813;3049790;231;*; ;comp;tmRNA;3050022;3050370;186;*; fin;comp;CDS;3050557;3051027;;0; deb;comp;CDS;3096224;3097831;76;*; ;comp;misc_b;3097908;3098167;611;*; fin;comp;CDS;3098779;3100596;;0; deb;comp;CDS;3190635;3191126;123;*; ;comp;misc_f;3191250;3191389;88;*; deb;comp;CDS;3191478;3193451;103;*; ;comp;misc_b;3193555;3193827;401;*; fin;comp;CDS;3194229;3194576;;; deb;comp;CDS;3214425;3215258;212;*; ;comp;tRNA;3215471;3215545;209;*;cca fin;comp;CDS;3215755;3217302;;; deb;comp;CDS;3252067;3252252;329;*; ;comp;tRNA;3252582;3252655;7;*;atgj ;comp;tRNA;3252663;3252735;4;*;gta ;comp;tRNA;3252740;3252813;10;*;gac ;comp;tRNA;3252824;3252896;20;*;tgg ;comp;tRNA;3252917;3252988;149;*;aac deb;;CDS;3253138;3253587;87;*; ;comp;tRNA;3253675;3253748;7;*;atgj ;comp;tRNA;3253756;3253828;9;*;gta ;comp;tRNA;3253838;3253910;18;*;tgg ;comp;tRNA;3253929;3254000;61;*;aac ;comp;rRNA;3254062;3256966;336;*;2905 fin;comp;CDS;3257303;3257995;;0; deb;comp;CDS;3407358;3408182;69;*; ;comp;regulatory;3408252;3408361;113;*; fin;comp;CDS;3408475;3410325;;; deb;comp;CDS;3489519;3490856;58;*; ;comp;regulatory;3490915;3491016;261;*; fin;;CDS;3491278;3492633;;0; deb;;CDS;3618295;3619479;125;*; ;comp;tRNA;3619605;3619677;4;*;aca ;comp;tRNA;3619682;3619755;50;*;cgt ;comp;tRNA;3619806;3619879;27;*;cgt ;comp;tRNA;3619907;3619990;6;*;tta ;comp;tRNA;3619997;3620069;47;*;gta ;comp;tRNA;3620117;3620190;25;*;gac ;comp;tRNA;3620216;3620289;23;*;atgi ;comp;tRNA;3620313;3620385;14;*;aca ;comp;tRNA;3620400;3620471;9;*;gaa ;comp;tRNA;3620481;3620552;111;*;aac ;comp;rRNA;3620664;3623567;262;*;2904 ;comp;tRNA;3623830;3623902;53;*;gca ;comp;tRNA;3623956;3624029;7;*;atc ;comp;rRNA;3624037;3624154;79;*;118 ;comp;rRNA;3624234;3625759;151;*;1526 ;comp;tRNA;3625911;3625999;33;*;tcc ;comp;tRNA;3626033;3626118;267;*;tca fin;comp;CDS;3626386;3627084;;0; deb;comp;CDS;3713386;3714387;249;*; ;comp;tRNA;3714637;3714709;4;*;gta ;comp;tRNA;3714714;3714787;310;*;atgj fin;comp;CDS;3715098;3715457;;; deb;comp;CDS;3740094;3741623;336;*; ;comp;regulatory;3741960;3742137;71;*; fin;comp;CDS;3742209;3742868;;; deb;comp;CDS;3876932;3877417;18;*; ;comp;misc_f;3877436;3877575;59;*; fin;comp;CDS;3877635;3878774;;; deb;comp;CDS;3921947;3923137;87;*; ;comp;regulatory;3923225;3923325;65;*; fin;comp;CDS;3923391;3923816;;; deb;comp;CDS;3971663;3972166;188;*; ;;misc_b;3972355;3972601;74;*; fin;;CDS;3972676;3975807;;0; deb;comp;CDS;4298681;4299859;146;*; ;comp;misc_b;4300006;4300267;210;*; fin;;CDS;4300478;4301533;;0; deb;comp;CDS;4552288;4553814;82;*; ;comp;misc_b;4553897;4554160;196;*; fin;;CDS;4554357;4554878;;0; deb;comp;CDS;4592703;4593860;153;*; ;comp;regulatory;4594014;4594127;357;*; fin;;CDS;4594485;4595609;;; deb;comp;CDS;4661871;4663577;550;*; ;;regulatory;4664128;4664228;86;*; fin;;CDS;4664315;4664980;;0; deb;comp;CDS;4694284;4695744;237;*; ;comp;regulatory;4695982;4696073;275;*; fin;comp;CDS;4696349;4697491;;0; </pre> ===hmo=== ====hmo opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_opérons|hmo opérons]] <pre> 57%GC;24.7.19 Paris;16s ;109;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé Heliobacterium modesticaldum Ice1 ATCC 51547 ;;;;;;;;;; ;103699..104088;;CDS;;380;;;;130; ;;;;;;;;;; ;104469..105695;;CDS;;186;186;;;409;186 comp;105882..105956;;ggc;;1;;1;;; comp;105958..106044;;ctg;;321;321;;;; comp;106366..106929;;CDS;@1;241;241;;;188;241 comp;107171..107246;;aca;;202;202;;;;202 comp;107449..108183;;CDS;;111772;;;;245; ;;;;;;;;;; comp;219956..220483;;CDS;;260;260;;;176;260 comp;220744..220820;;gac;;5;;;5;; comp;220826..220901;;gta;;10;;;10;; comp;220912..220987;;gaa;;4;;;4;; comp;220992..221067;;aaa;;18;;;18;; comp;221086..221160;;caa;;103;;;;; comp;221264..224182;;23s;;237;;;;; comp;224420..224495;;gcc;;64;;;;; comp;224560..224676;;5s;@2;328;;;;; comp;225005..226536;;16s;;651;651;;;; comp;227188..228162;;CDS;;98792;;;;325; ;;;;;;;;;; comp;326955..328340;;CDS;;178;178;;;462;178 comp;328519..328601;;cta;;65;;65;;; comp;328667..328743;;aga;;60;;60;;; comp;328804..328880;;cca;;568;568;;;; comp;329449..330090;;CDS;;57730;;;;214; ;;;;;;;;;; comp;387821..388105;;CDS;;135;135;;;95; ;388241..388317;;ccc;;7;;7;;; ;388325..388410;;tac;;47;47;;;;47 comp;388458..388742;;CDS;;588493;;;;95; ;;;;;;;;;; comp;977236..978504;;CDS;;439;439;;;423; comp;978944..981860;;23s;;237;;;;; comp;982098..982173;;gcc;;64;;;;; comp;982238..982354;;5s;;328;;;;; comp;982683..984208;;16s;;460;;;;; comp;984669..984744;;tgg;@3;5;;;5;; comp;984750..984824;;cgg;;207;207;;;;207 comp;985032..987656;;CDS;;26258;;;;875; ;;;;;;;;;; comp;1013915..1014760;;CDS;;105;105;;;282;105 comp;1014866..1014942;;gac;;75;;75;;; comp;1015018..1015093;;gaa;;265;265;;;; comp;1015359..1016642;;CDS;;40115;;;;428; ;;;;;;;;;; ;1056758..1058014;;CDS;;121;121;;;419;121 comp;1058136..1058233;;tga;;173;173;;;; ;1058407..1058733;;CDS;;62951;;;;109; ;;;;;;;;;; ;1121685..1122878;;CDS;;588;588;;;398; ;1123467..1124998;;16s;;328;;;;; ;1125327..1125443;;5s;;64;;;;; ;1125508..1125583;;gcc;;233;;;;; ;1125817..1128734;;23s;;337;337;;;;337 >;1129072..1129785;;CDS;;24938;;;;238; ;;;;;;;;;; ;1154724..1155224;;CDS;;99;99;;;167; ;1155324..1155413;;tca;;56;56;;;;56 comp;1155470..1156627;;CDS;;13350;;;;386; ;;;;;;;;;; ;1169978..1171828;;CDS;;129;129;;;617;129 ;1171958..1172034;;cgt;;85;;85;;; ;1172120..1172196;;agg;;181;181;;;; ;1172378..1172812;;CDS;;62;62;;;145;62 ;1172875..1172966;;tcg;;548;548;;;; ;1173515..1174330;;CDS;;6655;;;;272; ;;;;;;;;;; comp;1180986..1182974;;CDS;;444;444;;;663; ;1183419..1183512;;tcc;;39;39;;;;39 ;1183552..1183817;;ncRNA;;11908;;;;89; ;;;;;;;;;; ;1195726..1195998;;CDS;;181;181;;;91; ;1196180..1196255;;gcg;;151;151;;;;151 ;1196407..1197051;;CDS;;86894;;;;215; ;;;;;;;;;; comp;1283946..1285331;;CDS;;177;177;;;462;177 ;1285509..1285584;;atgf;;5;;5;;; ;1285590..1285667;;atgj;;7;;7;;; ;1285675..1285750;;gaa;;542;542;;;; ;1286293..1287630;;CDS;;63447;;;;446; ;;;;;;;;;; ;1351078..1352549;;CDS;;704;704;;;491; ;1353254..1354786;;16s;;252;;;;; ;1355039..1355155;;5s;;64;;;;; ;1355220..1355296;;atc;;194;;;;; ;1355491..1358408;;23s;;112;;;;; ;1358521..1358595;;aac;;109;109;;;;109 comp;1358705..1358926;;CDS;;139555;;;;74; ;;;;;;;;;; ;1498482..1498898;;CDS;;535;535;;;139; comp;1499434..1499509;;acg;;238;238;;;;238 ;1499748..1500836;;CDS;;262182;;;;363; ;;;;;;;;;; ;1763019..1763858;;CDS;;68;68;;;280;68 ;1763927..1764003;;gac;;4;;4;;; ;1764008..1764083;;ttc;;3;;3;;; ;1764087..1764161;;ggc;;92;92;;;; comp;1764254..1764493;;CDS;;72;72;;;80;72 ;1764566..1764641;;tgc;;18;;18;;; ;1764660..1764746;;tta;;253;253;;;; comp;1765000..1765467;;CDS;;52131;;;;156; ;;;;;;;;;; ;1817599..1818318;;CDS;;487;487;;;240; ;1818806..1820337;;16s;;252;;;;; ;1820590..1820706;;5s;;64;;;;; ;1820771..1820847;;atc;;6;;;6;; ;1820854..1820929;;gca;;229;;;;; ;1821159..1824076;;23s;;112;;;;; ;1824189..1824263;;aac;;6;;;6;; ;1824270..1824345;;atgf;;243;243;;;;243 ;1824589..1825014;;CDS;;168198;;;;142; ;;;;;;;;;; ;1993213..1994328;;CDS;;99;99;;;372; ;1994428..1994502;;atgi;;41;41;;;;41 ;1994544..1995368;;CDS;;284281;;;;275; ;;;;;;;;;; ;2279650..2279997;;CDS ;;541;541;;;116; ;2280539..2282070;;16s;;253;;;;; ;2282324..2282440;;5s;;64;;;;; ;2282505..2282580;;gcc;;234;;;;; ;2282815..2285735;;23s;;119;;;;; ;2285855..2285948;;tcc;;6;;;6;; ;2285955..2286031;;ccg;;10;;;10;; ;2286042..2286115;;gga;;14;;;14;; ;2286130..2286205;;cac;;1;;;1;; ;2286207..2286281;;tgc;;9;;;9;; ;2286291..2286367;;gtc;;3;;;3;; ;2286371..2286446;;ttc;;6;;;6;; ;2286453..2286537;;tac;;4;;;4;; ;2286542..2286616;;caa;;17;;;17;; ;2286634..2286709;;aaa;;4;;;4;; ;2286714..2286789;;gaa;;5;;;5;; ;2286795..2286870;;gta;;5;;;5;; ;2286876..2286952;;gac;;7;;;7;; ;2286960..2287050;;agc;;43;;;43;; ;2287094..2287170;;ccc;;30;;;30;; ;2287201..2287287;;ctg;;3;;;3;; ;2287291..2287365;;ggc;;4;;;4;; ;2287370..2287446;;cgt;;4;;;4;; ;2287451..2287526;;acc;;352;352;;;;352 ;2287879..2288343;;CDS ;;33184;;;;155; ;;;;;;;;;; comp;2321528..2322544;;CDS ;;268;268;;;339; comp;2322813..2322889;;gtc;;9;;9;;; comp;2322899..2322973;;cgg;;81;81;;;;81 comp;2323055..2323243;;CDS ;;3375;;;;63; ;;;;;;;;;; ;2326619..2327947;;CDS ;;464;464;;;443;464 ;2328412..2329943;;16s;;327;;;;; ;2330271..2330387;;5s;;226;;;;; ;2330614..2333532;;23s;;98;;;;; ;2333631..2333706;;aaa;;4;;;4;; ;2333711..2333786;;acc;;8;;;8;; ;2333795..2333877;;ctc;;89;89;;;;89 comp;2333967..2334704;;CDS;;7389;;;;246; ;;;;;;;;;; ;2342094..2342804;;CDS;;155;155;;;237;155 comp;2342960..2343030;;ttc;;213;213;;;; ;2343244..2343936;;CDS;;563;563;;;231; ;2344500..2346025;;16s;;252;;;;; ;2346278..2346394;;5s;;64;;;;; ;2346459..2346535;;atc;;141;;;;; ;2346677..2349594;;23s;;100;;;;; ;2349695..2349769;;aac;;6;;;6;; ;2349776..2349851;;atgf;;102;102;;;;102 ;2349954..2350976;;CDS;;113601;;;;341; ;;;;;;;;;; ;2464578..2465114;;CDS;;271;271;;;179;271 comp;2465386..2465461;;aca;;432;432;;;; ;2465894..2466226;;CDS;;4722;;;;111; ;;;;;;;;;; ;2470949..2471977;;CDS;;69;69;;;343;69 ;2472047..2472133;;ctg;;678;678;;;; ;2472812..2473192;;CDS;;22232;;;;127; ;;;;;;;;;; ;2495425..2496048;;CDS;;402;402;;;208; comp;2496451..2496527;;gtc;;4;;4;;; comp;2496532..2496609;;atgj;;175;175;;;;175 ;2496785..2497120;;CDS;;217;217;;;112; comp;2497338..2497420;;ctc;;7;;7;;; comp;2497428..2497503;;acc;;18;;18;;; comp;2497522..2497596;;tgg;;14;;14;;; comp;2497611..2497684;;ggg;;19;;19;;; comp;2497704..2497778;;ggc;;7;;7;;; comp;2497786..2497873;;ttg;;8;;8;;; comp;2497882..2497958;;gtg;;-10;-10;;;;-10 comp;2497949..2498185;;CDS;;66;66;;;79;66 ;2498252..2498328;;ccg;;314;314;;;; comp;2498643..2499506;;CDS;;55292;;;;288; ;;;;;;;;;; ;2554799..2554984;;CDS;;109;109;;;62;109 ;2555094..2555169;;gaa;;2;;2;;; ;2555172..2555247;;ttc;;6;;6;;; ;2555254..2555338;;tac;;4;;4;;; ;2555343..2555417;;caa;;18;;18;;; ;2555436..2555511;;aaa;;4;;4;;; ;2555516..2555590;;ggc;;9;;9;;; ;2555600..2555675;;cac;;117;117;;;; comp;2555793..2557049;;CDS;;235940;;;;419; ;;;;;;;;;; comp;2792990..2793442;;CDS;;219;219;;;151;219 comp;2793662..2796583;;23s;;236;;;;; comp;2796820..2796895;;gca;;6;;;6;; comp;2796902..2796978;;atc;;64;;;;; comp;2797043..2797159;;5s;;328;;;;; comp;2797488..2799019;;16s;;505;;;;; comp;2799525..2799599;;ggc;+;1;;;1;; comp;2799601..2799687;;ctg;2 ggc;32;;;32;; comp;2799720..2799796;;ccc;;42;;;42;; comp;2799839..2799915;;cgt;;4;;;4;; comp;2799920..2799994;;ggc;;120;;;120;; comp;2800115..2800192;;atgj;;42;;;42;; comp;2800235..2800325;;agc;;16;;;16;; comp;2800342..2800417;;atgf;;6;;;6;; comp;2800424..2800498;;aac;;7;;;7;; comp;2800506..2800581;;gaa;;4;;;4;; comp;2800586..2800661;;aaa;;18;;;18;; comp;2800680..2800754;;caa;;4;;;4;; comp;2800759..2800843;;tac;;91;;;91;; comp;2800935..2801011;;gtc;;7;;;7;; comp;2801019..2801093;;tgc;;325;325;;;; ;2801419..2801724;;CDS;;230813;;;;102; ;;;;;;;;;; ;3032538..3032729;;CDS;;109;109;;;64;109 comp;3032839..3035757;;23s;;233;;;;; comp;3035991..3036066;;gcc;;64;;;;; comp;3036131..3036247;;5s;;253;;;;; comp;3036501..3038026;;16s;;779;779;;;; comp;3038806..3040017;;CDS;;232;;;;404; ;;;;;;;;;; comp;3040250..3042013;;CDS;;;;;;588; </pre> ====hmo cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_cumuls|hmo cumuls]] <pre> hmo cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;1;2;1;1;40;1;100;10 ;16 5s gcc 23;5;20;20;34;50;3;80;8;200;16 ;16 5s atc 23;2;40;0;2;100;11;120;7;300;14 ;16 5 23s a;1;60;1;3;150;9;160;4;400;8 ;max a;20;80;2;0;200;9;200;4;500;11 ;a doubles;1;100;1;1;250;8;240;4;600;0 ;16 5s atc gca;2;120;0;1;300;5;280;4;700;2 ;total aas;60;140;0;0;350;4;320;0;800;0 sans ;opérons;24;160;0;0;400;1;360;2;900;1 ;1 aa;12;180;0;0;450;4;400;0;1000;0 ;max a;7;200;0;0;500;2;440;0;1100;0 ;a doubles;0;;0;0;;11;;1;;0 ;total aas;49;;25;43;;68;;35;;62 total aas;;109;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;8;8;;196;;137;;230 ;;;variance;6;7;;120;;71;;128 </pre> ====hmo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_blocs|hmo blocs]] <pre> hmo blocs;;;;;tgg CDS ;541;651;588;779;460 16s;253;328;328;253;328 5s;64;64;64;64;64 gcc;234;237;233;233;237 23s;119;103;337;109;439 tcc;tcc;caa;cds;cds;cds ;;;;; CDS;704;563;;CDS ;464 16s;252;252;;16s;327 5s;64;64;;5s;226 atc;194;141;;23s;98 23s;112;100;;aaa; aac;aac;aac;;; ;;;;; ;;ggc;;; CDS;487;505;;; 16s;252;328;;; 5s;64;64;;; atc;6;6;;; gca;229;236;;; 23s;112;219;;; aac;aac;cds;;; </pre> ====hmo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_distribution|hmo distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;1-3 aas;atgi;;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;ctc;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;acc;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;1;;;;;;;;;;aaa;ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;;;;;;;;;2 atgf;atc;;acc;1;aac;1;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;;;;;;;;;tgg;ctc;;ccc;2;cac;1;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;4;;;;;;;;;;cgg;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;3 tta;;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;3;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;;;;;;;;;;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;1 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;1;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;;;;;;;;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;1;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total hmo;;12;;;;;12;;hmo;37;;;;;;37;;;;;;;;;;;hmo;;;;39;;11;39 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;10 1-3 aas;;; </pre> ====hmo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_données_intercalaires|hmo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;hmo;fx;fc;hmo;fx40;fc40;hmo;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;17;0;0;17;-1;0;36;321;186;23s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;; ;0;10;9;183;1;1;21;-2;1;0;268;135;103;;caa;5;;gac;1;;ggc ;0;20;10;167;2;3;38;-3;0;0;202;121;2* 112;;aac;10;;gta;**;;ctg ;0;30;4;109;3;0;37;-4;3;149;260;173;119;;tcc;4;;gaa;65;;cta ;0;40;6;77;4;0;21;-5;0;0;268;56;98;;aaa;18;;aaa;60;;aga ;0;50;9;70;5;0;18;-6;0;0;176;444;100;;aac;**;;caa;**;;cca 1;0;60;9;64;6;2;9;-7;0;11;1012;159;tRNA 23s;;;6;;aac;7;;ccc ;3;70;8;66;7;0;8;-8;0;23;159;535;2* 241;;gcc;**;;atgf;**;;tac 1;0;80;12;71;8;0;7;-9;0;1;207;238;2* 237;;gcc;6;;tcc;5;;tgg 1;1;90;27;71;9;3;11;-10;0;7;165;92;198;;atc;10;;ccg;**;;cgg 1;2;100;7;68;10;0;13;-11;0;17;265;72;233;;gca;14;;gga;75;;gac ;1;110;18;66;11;1;15;-12;0;0;99;253;238;;gcc;1;;cac;**;;gaa 1;1;120;18;53;12;1;16;-13;1;8;129;89;145;;atc;9;;tgc;85;;cgt 1;2;130;16;56;13;1;24;-14;0;15;157;158;240;;gca;3;;gtc;**;;agg 1;0;140;16;47;14;0;23;-15;1;0;62;222;5s tRNA;;;6;;ttc;5;;atgf ;1;150;16;57;15;0;15;-16;0;0;551;271;5* 64;;gcc;4;;tac;7;;atgj 2;2;160;12;43;16;0;13;-17;0;12;181;432;4* 64;;atc;17;;caa;**;;gaa ;1;170;10;46;17;1;16;-18;0;0;205;402;tRNA tRNA;;intra;4;;aaa;4;;gac 2;1;180;16;36;18;1;18;-19;0;3;542;175;2* 6;;atc;5;;gaa;3;;ttc 1;1;190;10;32;19;3;11;-20;0;8;431;217;**;;gca;5;;gta;**;;ggc ;0;200;7;31;20;2;16;-21;0;0;68;314;;;;7;;gac;18;;tgc ;3;210;14;24;21;2;16;-22;0;2;243;117;;;;43;;agc;**;;tta 1;0;220;8;32;22;0;6;-23;0;5;99;325;;;;30;;ccc;9;;gtc 1;0;230;15;20;23;0;9;-24;0;0;116;;;;;3;;ctg;**;;cgg 1;0;240;16;27;24;0;12;-25;0;4;352;;;;;4;;ggc;4;;gtc ;1;250;15;30;25;0;4;-26;0;2;268;;;;;4;;cgt;**;;atgj 1;1;260;10;23;26;0;12;-27;0;0;81;;;;;**;;acc;7;;ctc ;4;270;7;17;27;0;19;-28;0;2;126;;;;;4;;aaa;18;;acc 1;0;280;7;21;28;1;13;-29;0;1;69;;;;;8;;acc;14;;tgg ;0;290;7;20;29;0;8;-30;0;0;148;;;;;**;;ctc;19;;ggg ;0;300;6;16;30;1;10;-31;0;1;109;;;;;6;;aac;7;;ggc ;0;310;5;13;31;1;11;-32;1;3;CDS 16s;;;;;**;;atgf;8;;ttg 1;0;320;7;10;32;1;8;-33;0;0;652;;;;;1;;ggc;-;293;gtg 1;1;330;12;12;33;0;14;-34;1;1;20;;;;;32;;ctg;**;;ccg ;0;340;1;11;34;0;6;-35;0;1;559;;;;;42;;ccc;2;;gaa ;0;350;6;6;35;1;6;-36;0;0;705;;;;;4;;cgt;6;;ttc ;1;360;3;10;36;1;11;-37;0;2;488;;;;;120;;ggc;4;;tac ;0;370;12;13;37;0;7;-38;0;2;542;;;;;42;;atgj;18;;caa ;0;380;3;11;38;1;4;-39;0;0;459;;;;;16;;agc;4;;aaa ;0;390;6;7;39;0;4;-40;1;0;558;;;;;6;;atgf;9;;ggc ;0;400;2;6;40;1;6;-41;0;0;506;;;;;7;;aac;**;;cac 4;4;reste;58;108;reste;431;1314;-42;0;0;774;;;;;4;;gaa;;; 23;31;total;460;1867;total;460;1867;-43;0;0;5s 23s;;;;;18;;aaa;;; 19;27;diagr;402;1742;diagr;29;536;-44;0;0;230;;;;;4;;caa;;; 0;0; t30;23;459;;;;-45;0;0;16s 5s;;;;;91;;tac;;; ;;;;;;;;-46;0;0;4* 337;;;;;7;;gtc;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;3* 261;;;;;**;;tgc;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;2* 262;;;;;;;;;; ;x;460;11;0;471;;;-49;0;0;336;;;;;;;;;; ;c;1850;332;17;2199;;;-50;0;15;23s CDS;;;;;;;;;; ;;;;;2670;223;;reste;2;0;463;109;;;;;;;;; ;;;;;;2893;;total;11;332;322;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;223;;;;;;;;;; </pre> =====hmo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_autres_intercalaires_aas|hmo autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;hmo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;83932;85227;106;*; ;comp;regulatory;85334;85456;283;*; fin;;CDS;85740;86651;;; deb;;CDS;104469;105695;186;*; ;comp;tRNA;105882;105956;1;*;ggc ;comp;tRNA;105958;106044;321;*;ctg deb;comp;CDS;106366;106902;268;*; ;comp;tRNA;107171;107246;202;*;aca fin;comp;CDS;107449;108138;;; deb;comp;CDS;119439;119855;458;*; ;comp;regulatory;120314;120402;165;*; fin;comp;CDS;120568;129390;;; deb;comp;CDS;219956;220483;260;*; ;comp;tRNA;220744;220820;5;*;gac ;comp;tRNA;220826;220901;10;*;gta ;comp;tRNA;220912;220987;4;*;gaa ;comp;tRNA;220992;221067;18;*;aaa ;comp;tRNA;221086;221160;103;*;caa ;comp;rRNA;221264;224178;241;*;2915 ;comp;tRNA;224420;224495;64;*;gcc ;comp;rRNA;224560;224676;337;*;117 ;comp;rRNA;225014;226535;652;*;1522 fin;comp;CDS;227188;228162;;; deb;;CDS;268169;269791;139;*; ;;repeat_region;269931;271232;197;*; fin;comp;CDS;271430;272362;;; deb;comp;CDS;326955;328250;268;*; ;comp;tRNA;328519;328601;65;*;cta ;comp;tRNA;328667;328743;60;*;aga ;comp;tRNA;328804;328880;176;*;cca fin;comp;CDS;329057;329254;;; deb;;CDS;377234;378433;102;*; ;;ncRNA;378536;378894;134;*; fin;;CDS;379029;380159;;; deb;;CDS;384528;384812;140;*; ;;misc_b;384953;385256;391;*; fin;;CDS;385648;387258;;0; deb;comp;CDS;387821;388105;135;*; ;;tRNA;388241;388317;7;*;ccc ;;tRNA;388325;388410;1012;*;tac fin;;CDS;389423;390235;;0; deb;comp;CDS;562422;562793;296;*; ;;regulatory;563090;563272;296;*; fin;;CDS;563569;564243;;; deb;comp;CDS;574512;575822;83;*; ;comp;regulatory;575906;576021;352;*; fin;;CDS;576374;577480;;0; deb;comp;CDS;600853;602214;294;*; ;;repeat_region;602509;603596;212;*; fin;comp;CDS;603809;605377;;; deb;;CDS;644127;645932;398;*; ;comp;tmRNA;646331;646683;325;*; fin;;CDS;647009;648202;;0; deb;comp;CDS;977236;978480;463;*; ;comp;rRNA;978944;981856;241;*;2913 ;comp;tRNA;982098;982173;64;*;gcc ;comp;rRNA;982238;982354;337;*;117 ;comp;rRNA;982692;984213;20;*;1522 deb;comp;CDS;984234;984509;159;*; ;comp;tRNA;984669;984744;5;*;tgg ;comp;tRNA;984750;984824;207;*;cgg fin;comp;CDS;985032;987656;;; deb;comp;CDS;1013915;1014700;165;*; ;comp;tRNA;1014866;1014942;75;*;gac ;comp;tRNA;1015018;1015093;265;*;gaa fin;comp;CDS;1015359;1016642;;0; deb;;CDS;1056587;1058014;121;*; ;comp;tRNA;1058136;1058233;173;*;tga fin;;CDS;1058407;1058733;;; deb;;CDS;1121685;1122878;589;*; ;;rRNA;1123468;1124989;337;*;1522 ;;rRNA;1125327;1125443;64;*;117 ;;tRNA;1125508;1125583;237;*;gcc ;;rRNA;1125821;1128734;322;*;2914 fin;;CDS;1129057;1129959;;; deb;;CDS;1145930;1146832;103;*; ;;misc_b;1146936;1147145;99;*; fin;;CDS;1147245;1148408;;; deb;;CDS;1154724;1155224;99;*; ;;tRNA;1155324;1155413;56;*;tca fin;comp;CDS;1155470;1156627;;; deb;;CDS;1169978;1171828;129;*; ;;tRNA;1171958;1172034;85;*;cgt ;;tRNA;1172120;1172196;157;*;agg deb;;CDS;1172354;1172812;62;*; ;;tRNA;1172875;1172966;551;*;tcg fin;;CDS;1173518;1174330;;; deb;comp;CDS;1180986;1182974;444;*; ;;tRNA;1183419;1183512;39;*;tcc ;;ncRNA;1183552;1183817;122;*; fin;;CDS;1183940;1185760;;0; deb;;CDS;1195726;1195998;181;*; ;;tRNA;1196180;1196255;205;*;gcg fin;;CDS;1196461;1197051;;; deb;comp;CDS;1202248;1202961;83;*; ;comp;regulatory;1203045;1203106;414;*; fin;;CDS;1203521;1205617;;; deb;comp;CDS;1283946;1285349;159;*; ;;tRNA;1285509;1285584;5;*;atgf ;;tRNA;1285590;1285667;7;*;atgj ;;tRNA;1285675;1285750;542;*;gaa fin;;CDS;1286293;1287630;;0; deb;;CDS;1351078;1352549;705;*; ;;rRNA;1353255;1354777;261;*;1523 ;;rRNA;1355039;1355155;64;*;117 ;;tRNA;1355220;1355296;198;*;atc ;;rRNA;1355495;1358408;112;*;2914 ;;tRNA;1358521;1358595;431;*;aac fin;;CDS;1359027;1360454;;0; deb;;CDS;1387701;1388411;58;*; ;;misc_f;1388470;1388647;25;*; fin;;CDS;1388673;1389203;;; deb;;CDS;1498482;1498898;535;*; ;comp;tRNA;1499434;1499509;238;*;acg fin;;CDS;1499748;1500836;;0; deb;comp;CDS;1553617;1554957;296;*; ;;regulatory;1555254;1555354;211;*; fin;;CDS;1555566;1556966;;0; deb;;CDS;1733682;1734398;211;*; ;;regulatory;1734610;1734715;150;*; fin;;CDS;1734866;1736005;;; deb;;CDS;1763019;1763858;68;*; ;;tRNA;1763927;1764003;4;*;gac ;;tRNA;1764008;1764083;3;*;ttc ;;tRNA;1764087;1764161;92;*;ggc deb;comp;CDS;1764254;1764493;72;*; ;;tRNA;1764566;1764641;18;*;tgc ;;tRNA;1764660;1764746;253;*;tta fin;comp;CDS;1765000;1765479;;0; deb;;CDS;1817623;1818318;488;*; ;;rRNA;1818807;1820328;261;*;1522 ;;rRNA;1820590;1820706;64;*;117 ;;tRNA;1820771;1820847;6;*;atc ;;tRNA;1820854;1820929;233;*;gca ;;rRNA;1821163;1824076;112;*;2914 ;;tRNA;1824189;1824263;6;*;aac ;;tRNA;1824270;1824345;243;*;atgf fin;;CDS;1824589;1825014;;; deb;;CDS;1854540;1855880;78;*; ;;regulatory;1855959;1856148;170;*; ;;regulatory;1856319;1856511;32;*; fin;;CDS;1856544;1857368;;; deb;;CDS;1882378;1883172;126;*; ;;regulatory;1883299;1883521;158;*; fin;;CDS;1883680;1884993;;; deb;;CDS;1993213;1994328;99;*; ;;tRNA;1994428;1994502;116;*;atgi fin;;CDS;1994619;1995368;;; deb;comp;CDS;2030610;2030810;83;*; ;comp;regulatory;2030894;2030999;259;*; fin;comp;CDS;2031259;2032233;;0; deb;;CDS;2073488;2074249;237;*; ;;regulatory;2074487;2074659;123;*; fin;;CDS;2074783;2076180;;; deb;;CDS;2145684;2146346;57;*; ;;regulatory;2146404;2146520;136;*; fin;;CDS;2146657;2147781;;; deb;;CDS;2279650;2279997;542;*; ;;rRNA;2280540;2282061;262;*;1522 ;;rRNA;2282324;2282440;64;*;117 ;;tRNA;2282505;2282580;238;*;gcc ;;rRNA;2282819;2285735;119;*;2917 ;;tRNA;2285855;2285948;6;*;tcc ;;tRNA;2285955;2286031;10;*;ccg ;;tRNA;2286042;2286115;14;*;gga ;;tRNA;2286130;2286205;1;*;cac ;;tRNA;2286207;2286281;9;*;tgc ;;tRNA;2286291;2286367;3;*;gtc ;;tRNA;2286371;2286446;6;*;ttc ;;tRNA;2286453;2286537;4;*;tac ;;tRNA;2286542;2286616;17;*;caa ;;tRNA;2286634;2286709;4;*;aaa ;;tRNA;2286714;2286789;5;*;gaa ;;tRNA;2286795;2286870;5;*;gta ;;tRNA;2286876;2286952;7;*;gac ;;tRNA;2286960;2287050;43;*;agc ;;tRNA;2287094;2287170;30;*;ccc ;;tRNA;2287201;2287287;3;*;ctg ;;tRNA;2287291;2287365;4;*;ggc ;;tRNA;2287370;2287446;4;*;cgt ;;tRNA;2287451;2287526;352;*;acc fin;;CDS;2287879;2288343;;; deb;;CDS;2303367;2303639;73;*; ;;regulatory;2303713;2303896;104;*; fin;;CDS;2304001;2304804;;; deb;comp;CDS;2321528;2322544;268;*; ;comp;tRNA;2322813;2322889;9;*;gtc ;comp;tRNA;2322899;2322973;81;*;cgg fin;comp;CDS;2323055;2323441;;0; deb;;CDS;2326619;2327947;459;*; ;;rRNA;2328407;2329934;336;*;1528 ;;rRNA;2330271;2330387;230;*;117 ;;rRNA;2330618;2333532;98;*;2915 ;;tRNA;2333631;2333706;4;*;aaa ;;tRNA;2333711;2333786;8;*;acc ;;tRNA;2333795;2333877;89;*;ctc fin;comp;CDS;2333967;2334704;;; deb;;CDS;2342094;2342804;158;*; ;comp;tRNA;2342963;2343030;222;*;ttc deb;;CDS;2343253;2343936;558;*; ;;rRNA;2344495;2346016;261;*;1522 ;;rRNA;2346278;2346394;64;*;117 ;;tRNA;2346459;2346535;145;*;atc ;;rRNA;2346681;2349594;100;*;2914 ;;tRNA;2349695;2349769;6;*;aac ;;tRNA;2349776;2349851;126;*;atgf fin;;CDS;2349978;2350976;;; deb;;CDS;2375597;2375872;14;*; ;;regulatory;2375887;2376057;106;*; fin;;CDS;2376164;2377375;;; deb;;CDS;2464578;2465114;271;*; ;comp;tRNA;2465386;2465461;432;*;aca fin;;CDS;2465894;2466226;;0; deb;;CDS;2471030;2471977;69;*; ;;tRNA;2472047;2472133;148;*;ctg fin;;CDS;2472282;2472431;;; deb;;CDS;2478637;2479455;61;*; ;;misc_b;2479517;2479758;48;*; fin;;CDS;2479807;2480301;;; deb;comp;CDS;2488189;2488956;8;*; ;comp;regulatory;2488965;2489129;204;*; fin;;CDS;2489334;2491055;;; deb;;CDS;2495461;2496048;402;*; ;comp;tRNA;2496451;2496527;4;*;gtc ;comp;tRNA;2496532;2496609;175;*;atgj deb;;CDS;2496785;2497120;217;*; ;comp;tRNA;2497338;2497420;7;*;ctc ;comp;tRNA;2497428;2497503;18;*;acc ;comp;tRNA;2497522;2497596;14;*;tgg ;comp;tRNA;2497611;2497684;19;*;ggg ;comp;tRNA;2497704;2497778;7;*;ggc ;comp;tRNA;2497786;2497873;8;*;ttg ;comp;tRNA;2497882;2497958;293;*;gtg ;;tRNA;2498252;2498328;314;*;ccg fin;comp;CDS;2498643;2499167;;0; deb;;CDS;2525576;2528362;87;*; ;;ncRNA;2528450;2528627;152;*; fin;;CDS;2528780;2529436;;; deb;;CDS;2554799;2554984;109;*; ;;tRNA;2555094;2555169;2;*;gaa ;;tRNA;2555172;2555247;6;*;ttc ;;tRNA;2555254;2555338;4;*;tac ;;tRNA;2555343;2555417;18;*;caa ;;tRNA;2555436;2555511;4;*;aaa ;;tRNA;2555516;2555590;9;*;ggc ;;tRNA;2555600;2555675;117;*;cac fin;comp;CDS;2555793;2557220;;; deb;comp;CDS;2792990;2793442;223;*; ;comp;rRNA;2793666;2796579;240;*;2914 ;comp;tRNA;2796820;2796895;6;*;gca ;comp;tRNA;2796902;2796978;64;*;atc ;comp;rRNA;2797043;2797159;337;*;117 ;comp;rRNA;2797497;2799018;506;*;1522 ;comp;tRNA;2799525;2799599;1;*;ggc ;comp;tRNA;2799601;2799687;32;*;ctg ;comp;tRNA;2799720;2799796;42;*;ccc ;comp;tRNA;2799839;2799915;4;*;cgt ;comp;tRNA;2799920;2799994;120;*;ggc ;comp;tRNA;2800115;2800192;42;*;atgj ;comp;tRNA;2800235;2800325;16;*;agc ;comp;tRNA;2800342;2800417;6;*;atgf ;comp;tRNA;2800424;2800498;7;*;aac ;comp;tRNA;2800506;2800581;4;*;gaa ;comp;tRNA;2800586;2800661;18;*;aaa ;comp;tRNA;2800680;2800754;4;*;caa ;comp;tRNA;2800759;2800843;91;*;tac ;comp;tRNA;2800935;2801011;7;*;gtc ;comp;tRNA;2801019;2801093;325;*;tgc fin;;CDS;2801419;2801724;;; deb;;CDS;3032538;3032729;109;*; ;comp;rRNA;3032839;3035753;237;*;2915 ;comp;tRNA;3035991;3036066;64;*;gcc ;comp;rRNA;3036131;3036247;262;*;117 ;comp;rRNA;3036510;3038031;774;*;1522 fin;comp;CDS;3038806;3040017;;; </pre> ===cbei=== ====cbei opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_opérons|cbei opérons]] <pre> 29.65%GC;29.7.19 Paris;16s 16 ;;;;;;;; Clostridium beijerinckii strain NCIMB 14988;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé ;6477551..6480031;;CDS;;496;496;;;827; ;6480528..6482044;;16s;;213;;;;; ;6482258..6485171;;23s;;108;;;;; ;6485280..6485394;;5s;;14;;;;; ;15..91;;atgi;;1;;;1;; ;93..168;;gca;;85;85;;;;85 ;254..769;;CDS;;1940;;;;172; ;;;;;;;;;; ;2710..2937;;CDS;;119;119;;;76;119 ;3057..3147;;tca;+;30;;30;;; ;3178..3268;;agc;2 tca;241;;*241;;; ;3510..3600;;tca;2 agc;18;;18;;; ;3619..3709;;agc;;125;125;;;; ;3835..4350;;CDS;;9470;;;;172; ;;;;;;;;;; ;13821..14726;;CDS;;187;187;;;302; ;14914..14988;;cgt;;34;34;;;;34 comp;15023..15913;;CDS;;109014;;;;297; ;;;;;;;;;; ;124928..125338;;CDS;;275;275;;;137;275 ;125614..125702;;tta;+;20;;20;;; ;125723..125798;;atgf;4 tta;7;;7;;; ;125806..125882;;atgj;4 atgf;6;;6;;; ;125889..125977;;tta;2 atgj;22;;22;;; ;126000..126075;;atgf;;7;;7;;; ;126083..126159;;atgj;;6;;6;;; ;126166..126254;;tta;;21;;21;;; ;126276..126351;;atgf;;70;;70;;; ;126422..126510;;tta;;21;;21;;; ;126532..126607;;atgf;;664;664;;;; ;127272..129683;;CDS;;8954;;;;804; ;;;;;;;;;; ;138638..140143;;CDS;;307;307;;;502; ;140451..140525;;aac;+;234;;*234;;; ;140760..140834;;aac;3 aac;439;;*439;;; ;141274..141348;;aac;@6;299;299;;;;299 ;141648..143039;;CDS;;1587;;;;464; ;;;;;;;;;; comp;144627..145649;;CDS;;543;543;;;341; ;146193..147709;;16s;;140;;;;; ;147850..147925;;gca;;3;;;3;; ;147929..148005;;atc;;111;;;;; ;148117..151030;;23s;;70;;;;; ;151101..151217;;5s;;5;;;5;; ;151223..151298;;ttc;;4;;;;; ;151303..151377;;tgc;;167;167;;;;167 ;151545..151841;;CDS;;25608;;;;99; ;;;;;;;;;; ;177450..178097;;CDS;;76;76;;;216; ;178174..178249;;acc;;65;65;;;;65 ;178315..179508;;CDS;;134221;;;;398; ;;;;;;;;;; ;313730..316207;;CDS;;90;90;;;826;90 ;316298..316382;;cta;;4;;4;;; ;316387..316461;;ggg;;120;120;;;; comp;316582..316986;;CDS;;85487;;;;135; ;;;;;;;;;; ;402474..402953;;CDS;;125;125;;;160;125 ;403079..403154;;cca;+;17;;17;;; ;403172..403245;;gga;2x;149;;*149;;; ;403395..403471;;aga;cca gga aga;6;;6;;; ;403478..403553;;cca;;16;;16;;; ;403570..403643;;gga;;35;;35;;; ;403679..403755;;aga;;5;;5;;; ;403761..403836;;cac;;3;;3;;; ;403840..403914;;caa;2x;7;;7;;; ;403922..403997;;aaa;caa aaa cta ;18;;18;;; ;404016..404100;;cta;ggc gga ;5;;5;;; ;404106..404180;;ggc;;25;;25;;; ;404206..404279;;gga;;5;;5;;; ;404285..404360;;aag;;57;;57;;; ;404418..404492;;caa;;7;;7;;; ;404500..404575;;aaa;;18;;18;;; ;404594..404678;;cta;;5;;5;;; ;404684..404758;;ggc;;25;;25;;; ;404784..404857;;gga;;46;;46;;; ;404904..404980;;cga;;325;325;;;; <;405306..405467;;CDS;;8393;;;;54; ;;;;;;;;;; ;413861..415921;;CDS;;385;385;;;687; ;416307..417823;;16s;@5;132;;;;; ;417956..418032;;atc;;84;;;;; ;418117..421031;;23s;;71;;;;; ;421103..421177;;aac;;345;345;;;;345 ;421523..422449;;CDS;;63814;;;;309; ;;;;;;;;;; ;486264..486668;;CDS;;159;159;;;135;159 ;486828..486912;;tac;+;9;;9;;; ;486922..486997;;gta;3 tac;27;;27;;; ;487025..487099;;aca;2 gta;12;;12;;; ;487112..487196;;tac;2 aca;9;;9;;; ;487206..487281;;gta;;30;;30;;; ;487312..487386;;aca;;12;;12;;; ;487399..487483;;tac;;451;451;;;; ;487935..489110;;CDS;;50956;;;;392; ;;;;;;;;;; ;540067..540969;;CDS;;187;187;;;301;187 ;541157..541231;;tgg;;208;208;;;; ;541440..541820;;CDS;;97;;;;127; ;;;;;;;;;; comp;541918..542985;;CDS;;252;252;;;356;252 ;543238..543312;;tgg;;354;354;;;; ;543667..544683;;CDS;;347735;;;;339; ;;;;;;;;;; ;892419..893339;;CDS;;560;560;;;307; ;893900..895416;;16s;;137;;;;; ;895554..895629;;gca;;118;;;;; ;895748..898661;;23s;;204;;;;; ;898866..898982;;5s;;552;552;;;;*552 ;899535..900446;;CDS;;351;;;;304; ;;;;;;;;;; ;900798..902048;;CDS;;704;704;;;417; ;902753..904269;;16s;;339;;;;; ;904609..907522;;23s;;273;;;;; ;907796..907912;;5s;;69;69;;;;69 comp;907982..908449;;CDS;;43545;;;;156; ;;;;;;;;;; ;951995..952630;;CDS;;97;97;;;212;97 ;952728..952813;;ctc;;396;396;;;; ;953210..954919;;CDS;;784414;;;;570; ;;;;;;;;;; ;1739334..1739933;;CDS;;380;380;;;200;380 ;1740314..1740389;;cac;;3;;3;;; ;1740393..1740467;;cag;;5;;5;;; ;1740473..1740548;;aaa;;443;443;;;; comp;1740992..1742350;;CDS;;151829;;;;453; ;;;;;;;;;; ;1894180..1895406;;CDS;;34;34;;;409;34 comp;1895441..1895527;;ttg;;574;574;;;; ;1896102..1896794;;CDS;;200701;;;;231; ;;;;;;;;;; ;2097496..2097915;;CDS;;722;722;;;140; ;2098638..2100154;;16s;;502;;;;; ;2100657..2103569;;23s;;205;;;;; ;2103775..2103891;;5s;;315;315;;;;315 ;2104207..2104905;;CDS;;234313;;;;233; ;;;;;;;;;; ;2339219..2340322;;CDS;;662;662;;;368; ;2340985..2342501;;16s;;338;;;;; ;2342840..2345755;;23s;;140;;;;; ;2345896..2345970;;aac;;3;;;;; ;2345974..2346090;;5s;;429;429;;;;429 ;2346520..2348088;;CDS;;3574;;;;523; ;;;;;;;;;; ;2351663..2352139;;CDS;;568;568;;;159; ;2352708..2354224;;16s;;338;;;;; ;2354563..2357477;;23s;;140;;;;; ;2357618..2357692;;aac;;3;;;;; ;2357696..2357812;;5s;;90;90;;;;90 ;2357903..2358316;;CDS;;406783;;;;138; ;;;;;;;;;; ;2765100..2765525;;CDS;;625;625;;;142; ;2766151..2767667;;16s;;503;;;;; ;2768171..2771082;;23s;;202;;;;; ;2771285..2771401;;5s;;5;;;;; ;2771407..2771482;;ttc;;6;;;6;; ;2771489..2771565;;gac;;25;;;25;; ;2771591..2771665;;gaa;;448;448;;;;448 ;2772114..2774864;;CDS;;781818;;;;917; ;;;;;;;;;; ;3556683..3557051;;CDS;;565;565;;;123;*565 ;3557617..3557691;;gag;;925;925;;;; comp;3558617..3559759;;CDS;;192275;;;;381; ;;;;;;;;;; comp;3752035..3752652;;CDS;;245;245;;;206;245 comp;3752898..3752985;;agt;@1;711;711;;;; comp;3753697..3755112;;CDS;;501326;;;;472; ;;;;;;;;;; comp;4256439..4258403;;CDS;;267;267;;;655;267 comp;4258671..4258746;;aaa;;79;;79;;; comp;4258826..4258901;;cac;;7;;7;;; comp;4258909..4258985;;aga;;35;;35;;; comp;4259021..4259094;;gga;;752;752;;;; ;4259847..4260392;;CDS;;619853;;;;182; ;;;;;;;;;; comp;4880246..4880488;;CDS;;508;508;;;81;*508 comp;4880997..4881113;;5s;;274;;;;; comp;4881388..4884300;;23s;;578;;;;; comp;4884879..4886395;;16s;;703;703;;;; comp;4887099..4888034;;CDS;;1272704;;;;312; ;;;;;;;;;; comp;6160739..6161977;;CDS;;343;343;;;413; ;6162321..6162396;;cca;;242;242;;;;242 ;6162639..6163283;;CDS;;2040;;;;215; ;;;;;;;;;; ;6165324..6165734;;CDS;;222;222;;;137; comp;6165957..6166032;;ttc;;5;;;;; comp;6166038..6166154;;5s;@2;188;188;;;;188 ;6166343..6167074;;CDS;;8085;;;;244; ;;;;;;;;;; comp;6175160..6175597;;CDS;;249;249;;;146;249 comp;6175847..6175922;;gca;;1;;;1;; comp;6175924..6176000;;atgi;;44;;;;; comp;6176045..6176161;;5s;;138;;;;; comp;6176300..6179216;;23s;;339;;;;; comp;6179556..6181072;;16s;;567;567;;;; comp;6181640..6182446;;CDS;;223;;;;269; ;;;;;;;;;; ;6182670..6183419;;CDS;;190;190;;;250;190 comp;6183610..6183685;;aaa;+;5;;;;; comp;6183691..6183807;;5s;2 aaa;159;159;;;;159 comp;6183967..6184914;;CDS;@3;294;294;;;316;294 comp;6185209..6185284;;aaa;;7;;;;; comp;6185292..6185408;;5s;;138;;;;; comp;6185547..6188463;;23s;;339;;;;; comp;6188803..6190319;;16s;;771;771;;;; comp;6191091..6192203;;CDS;;7306;;;;371; ;;;;;;;;;; comp;6199510..6202059;;CDS;;661;661;;;850; comp;6202721..6202837;;5s;@4;139;;;;; comp;6202977..6205893;;23s;;339;;;;; comp;6206233..6207749;;16s;;1102;;;;; comp;6208852..6208968;;5s;;138;;;;; comp;6209107..6212023;;23s;;339;;;;; comp;6212363..6213879;;16s;;502;502;;;;*502 comp;6214382..6215329;;CDS;;90019;;;;316; ;;;;;;;;;; comp;6305349..6306314;;CDS;;123;123;;;322;123 comp;6306438..6306527;;tcc;;281;281;;;; comp;6306809..6307984;;CDS;;66527;;;;392; ;;;;;;;;;; ;6374512..6375684;;CDS;;125;125;;;391;125 comp;6375810..6375884;;agg;;303;303;;;; comp;6376188..6378578;;CDS;;13398;;;;797; ;;;;;;;;;; comp;6391977..6392753;;CDS;;114;114;;;259;114 comp;6392868..6392984;;5s;;134;;;;; comp;6393119..6396033;;23s;;214;;;;; comp;6396248..6397764;;16s;;1120;;;;; comp;6398885..6399001;;5s;;139;;;;; comp;6399141..6402055;;23s;;214;;;;; comp;6402270..6403786;;16s;;748;748;;;; comp;6404535..6405107;;CDS;;31702;;;;191; ;;;;;;;;;; ;6436810..6437790;;CDS;;192;192;;;327; comp;6437983..6438059;;gac;+;6;;6;;; comp;6438066..6438141;;gta;3x;14;;14;;; comp;6438156..6438230;;gaa;gac gta ;29;;29;;; comp;6438260..6438334;;aca;gaa aca – 1;10;;10;;; comp;6438345..6438421;;gac;;6;;6;;; comp;6438428..6438503;;gta;;16;;16;;; comp;6438520..6438594;;gaa;;29;;29;;; comp;6438624..6438698;;aca;;10;;10;;; comp;6438709..6438785;;gac;;6;;6;;; comp;6438792..6438867;;gta;;14;;14;;; comp;6438882..6438956;;gaa;;162;162;;;;162 comp;6439119..6439685;;CDS;;37865;;;;189; </pre> ====cbei cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_cumuls|cbei cumuls]] <pre> cbei cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;17;1;0;2;1;0;1;0;100;4 ;16 23 5s 0;7;20;34;3;50;2;50;2;200;19 ;16 atc gca;1;40;12;1;100;7;100;6;300;11 ;16 23 5s a;4;60;2;0;150;7;150;5;400;20 ;max a;4;80;2;0;200;9;200;7;500;6 ;a doubles;1;100;0;0;250;5;250;3;600;3 ;autres;6;120;0;0;300;6;300;5;700;2 ;total aas;19;140;0;0;350;6;350;2;800;1 sans ;opérons;20;160;1;0;400;4;400;1;900;4 ;1 aa;11;180;0;0;450;3;450;2;1000;1 ;max a;19;200;0;0;500;2;500;0;1100;0 ;a doubles;5;;3;0;;21;;4;;0 ;total aas;74;;54;6;;72;;37;;71 total aas;;93;;;;;;;;; remarques;;6;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;18;7;;350;;195;;328 ;;;variance;17;9;;225;;111;;206 </pre> ====cbei blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_blocs|cbei blocs]] <pre> cbei blocs;;;; 16s;213;503;339; 23s;108;202;138; 5s;14;5;44; atgi;atgi;ttc;atgi; ;;;; 16s;339;502;578; 23s;273;205;274; 5s;;;; ;;;; aaa;5;;; 5s;159;5s;139;134 cds;294;23s;339;214 aaa;7;16s;1102;1120 5s;138;5s;138;139 23s;339;23s;339;214 16s;;16s;; ;;;; 16s;338;338;16s;140 23s;140;140;gca;3 aac;3;3;atc;111 5s;aac;aac;23s;70 ;;;5s;5 ;;;ttc; ;;;; 16s;137;;16s;132 gca;118;;atc;84 23s;204;;23s;71 5s;;;aac; ;;;; ttc;5;;; 5s;;;; </pre> ====cbei distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_distribution|cbei distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4 aac 3 -5 et 3 >1;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt; aaa 2 +5 et 4 >1;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gca 2+16s, 2+5s;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;3;tgc; les +5s sont;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;3;agc;2 des 1-3aas;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt; ;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;2 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;2;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;3 ;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;1 ;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;3;gga;5 ;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; ;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;1;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 ;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;cbei;;11;;;;;11;;cbei;63;;;;;;63 </pre> ====cbei données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_données_intercalaires|cbei données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cbei;fx;fc;cbei;fx40;fc40;cbei;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;19;0;0;19;-1;;71;85;34;5s 16s;;;tRNA tRNA;;intra;tRNA tRNA;suite; ;0;10;6;249;1;3;55;-2;;0;119;120;1107;;;3;;gca atc;17;;cca ;1;20;12;375;2;1;39;-3;;0;125;252;1125;;;tRNA tRNA;;contig;149;;gga ;0;30;7;204;3;0;23;-4;2;83;187;443;5s CDS;;;1;;atgi;6;;aga 2;0;40;10;126;4;0;36;-5;1;0;275;34;552;69;;**;;gca;16;;cca ;0;50;10;119;5;0;17;-6;;0;664;574;315;188;;4;;ttc;35;;gga ;0;60;24;126;6;1;16;-7;;8;307;505;429;114;;**;;tgc;5;;aga ;1;70;30;98;7;0;8;-8;1;72;299;752;90;;;6;;ttc;3;;cac ;1;80;25;95;8;0;15;-9;;0;681;343;508;;;25;;gac;7;;caa ;2;90;19;100;9;0;23;-10;;5;76;222;159;;;**;;gaa;18;;aaa ;1;100;33;101;10;1;17;-11;;38;65;190;661;;;1;;gca;5;;cta ;0;110;34;103;11;3;48;-12;;0;90;125;23s 5s;;;**;;atgi;25;;ggc 1;1;120;29;89;12;2;51;-13;;4;125;192;70;;;tRNA tRNA;;;5;;gga 1;2;130;34;79;13;0;41;-14;;21;325;;204;;;30;;tca;57;;aag ;1;140;38;85;14;0;47;-15;;0;345;;273;;;241;;agc;7;;caa ;0;150;31;103;15;1;43;-16;;3;159;;205;;;18;;tca;18;;aaa ;1;160;47;86;16;2;29;-17;;21;451;;202;;;**;;agc;5;;cta ;1;170;32;86;17;0;25;-18;;0;187;;274;;;20;;tta;25;;ggc ;0;180;30;78;18;0;38;-19;;2;208;;138;;;7;;atgf;46;;gga 1;2;190;33;68;19;2;23;-20;;11;354;;138;;;6;;atgj;**;;cga 1;0;200;24;79;20;2;30;-21;1;0;97;;139;;;22;;tta;9;;tac ;1;210;38;63;21;2;32;-22;;1;396;;138;;;7;;atgf;27;;gta ;0;220;23;76;22;0;25;-23;;9;380;;134;;;6;;atgj;12;;aca 1;0;230;28;60;23;0;18;-24;;0;448;;139;;;21;;tta;9;;tac ;0;240;25;61;24;0;21;-25;1;1;565;;108;;;70;;atgf;30;;gta ;3;250;35;47;25;0;23;-26;1;10;248;;16s tRNA;;;21;;tta;12;;aca 1;0;260;23;60;26;1;22;-27;;0;13;;140;;gca;**;;atgf;**;;tac ;1;270;17;62;27;0;18;-28;;4;267;;132;;atc;234;;aac;3;;cac ;1;280;21;62;28;1;11;-29;;5;242;;137;;gca;439;;aac;5;;cag ;1;290;18;48;29;2;16;-30;;0;249;;tRNA 23s;;;**;;aac;**;;aaa ;2;300;26;53;30;1;18;-31;;0;294;;111;;atc;3;;gca;79;;aaa ;2;310;21;38;31;0;18;-32;;0;135;;84;;atc;**;;atc;7;;cac ;0;320;24;38;32;1;13;-33;;0;281;;71;;aac;4;;cta;35;;aga ;1;330;23;46;33;1;11;-34;;0;303;;118;;gca;**;;ggg;**;;gga ;0;340;17;36;34;2;12;-35;;4;162;;140;;aac;;;;6;;gac 1;1;350;18;40;35;0;13;-36;;0;CDS 16s;;140;;aac;;;;14;;gta ;1;360;15;28;36;1;9;-37;;1;548;;5s tRNA;;;;;;29;;gaa ;0;370;15;35;37;0;8;-38;1;4;390;;5;;ttc;;;;10;;aca ;1;380;18;35;38;2;11;-39;;0;565;;3;;aac;;;;6;;gac ;0;390;20;37;39;2;15;-40;;1;709;;3;;aac;;;;16;;gta ;1;400;13;25;40;1;16;-41;;1;727;;5;;ttc;;;;29;;gaa 4;5;reste;262;597;reste;1177;3037;-42;;0;667;;5;;ttc;;;;10;;aca 13;35;total;1208;4015;total;1212;4010;-43;;1;573;;44;;atgi;;;;6;;gac 9;30;diagr;946;3399;diagr;35;954;-44;;2;282;;5;;aaa;;;;14;;gta 0;1; t30;25;828;;;;-45;;0;703;;7;;aaa;;;;**;;gaa ;;;;;;;;-46;1;0;572;;14;;atgi;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;776;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;507;;;;;;;;;; ;x;1212;10;0;1222;;;-49;;1;753;;;;;;;;;; ;c;3991;390;19;4400;;;-50;;1;501;;;;;;;;;; ;;;;;5622;192;;reste;1;4;;;;;;;;;;; ;;;;;;5814;;total;10;390;;;;;;;;;;; </pre> =====cbei autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires_aas|cbei autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbei;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas ;tRNA;15;1;;atgi ;tRNA;93;85;;gca fin;CDS;254;;; deb;CDS;2710;119;; ;tRNA;3057;30;;tca ;tRNA;3178;241;;agc ;tRNA;3510;18;;tca ;tRNA;3619;125;;agc fin;CDS;3835;;; deb;CDS;13821;187;; ;tRNA;14914;34;;cgt fin;CDS;15023;;comp; deb;CDS;124928;275;; ;tRNA;125614;20;;tta ;tRNA;125723;7;;atgf ;tRNA;125806;6;;atgj ;tRNA;125889;22;;tta ;tRNA;126000;7;;atgf ;tRNA;126083;6;;atgj ;tRNA;126166;21;;tta ;tRNA;126276;70;;atgf ;tRNA;126422;21;;tta ;tRNA;126532;664;;atgf fin;CDS;127272;;; deb;CDS;138638;307;; ;tRNA;140451;234;;aac ;tRNA;140760;439;;aac ;tRNA;141274;299;;aac fin;CDS;141648;;; deb;CDS;144627;548;; 16s;rRNA;146198;140;; ;tRNA;147850;3;;gca ;tRNA;147929;111;;atc 23s;rRNA;148117;70;; 5s;rRNA;151101;5;; ;tRNA;151223;4;;ttc ;tRNA;151303;681;;tgc fin;CDS;152059;;; deb;CDS;177450;76;; ;tRNA;178174;65;;acc fin;CDS;178315;;; deb;CDS;313730;90;; ;tRNA;316298;4;;cta ;tRNA;316387;120;;ggg fin;CDS;316582;;comp; deb;CDS;402474;125;; ;tRNA;403079;17;;cca ;tRNA;403172;149;;gga ;tRNA;403395;6;;aga ;tRNA;403478;16;;cca ;tRNA;403570;35;;gga ;tRNA;403679;5;;aga ;tRNA;403761;3;;cac ;tRNA;403840;7;;caa ;tRNA;403922;18;;aaa ;tRNA;404016;5;;cta ;tRNA;404106;25;;ggc ;tRNA;404206;5;;gga ;tRNA;404285;57;;aag ;tRNA;404418;7;;caa ;tRNA;404500;18;;aaa ;tRNA;404594;5;;cta ;tRNA;404684;25;;ggc ;tRNA;404784;46;;gga ;tRNA;404904;325;;cga fin;CDS;405306;;; deb;CDS;413861;390;; 16s;rRNA;416312;132;; ;tRNA;417956;84;;atc 23s;rRNA;418117;71;; ;tRNA;421103;345;;aac fin;CDS;421523;;; deb;CDS;486264;159;; ;tRNA;486828;9;;tac ;tRNA;486922;27;;gta ;tRNA;487025;12;;aca ;tRNA;487112;9;;tac ;tRNA;487206;30;;gta ;tRNA;487312;12;;aca ;tRNA;487399;451;;tac fin;CDS;487935;;; deb;CDS;540067;187;; ;tRNA;541157;208;;tgg fin;CDS;541440;;; deb;CDS;541918;252;comp; ;tRNA;543238;354;; fin;CDS;543667;;; deb;CDS;772270;262;; ;tmRNA;774356;871;; fin;CDS;775585;;; deb;CDS;892419;565;; 16s;rRNA;893905;137;; ;tRNA;895554;118;;gca 23s;rRNA;895748;204;; 5s;rRNA;898866;552;; fin;CDS;899535;;; deb;CDS;900798;709;; 16s;rRNA;902758;339;; 23s;rRNA;904609;273;; 5s;rRNA;907796;69;; fin;CDS;907982;;comp; deb;CDS;951995;97;; ;tRNA;952728;396;;ctc fin;CDS;953210;;; deb;CDS;1017389;70;; ;ncRNA;1017765;758;; fin;CDS;1018872;;; deb;CDS;1646835;56;; ;ncRNA;1647290;182;; fin;CDS;1647666;;comp; deb;CDS;1739334;380;; ;tRNA;1740314;3;;cac ;tRNA;1740393;5;;cag ;tRNA;1740473;443;;aaa fin;CDS;1740992;;comp; deb;CDS;1846157;-183;; ;gene;1847876;588;; fin;CDS;1848647;;; deb;CDS;1894180;34;; ;tRNA;1895441;574;comp;ttg fin;CDS;1896102;;; deb;CDS;2097496;727;; 16s;rRNA;2098643;502;; 23s;rRNA;2100657;205;; 5s;rRNA;2103775;315;; fin;CDS;2104207;;; deb;CDS;2296804;104;; ;ncRNA;2297577;380;comp; fin;CDS;2298150;;; deb;CDS;2305297;275;; ;ncRNA;2306778;230;comp; fin;CDS;2307274;;; deb;CDS;2339219;667;; 16s;rRNA;2340990;338;; 23s;rRNA;2342840;140;; ;tRNA;2345896;3;;aac 5s;rRNA;2345974;429;; fin;CDS;2346520;;; deb;CDS;2351663;573;; 16s;rRNA;2352713;338;; 23s;rRNA;2354563;140;; ;tRNA;2357618;3;;aac 5s;rRNA;2357696;90;; fin;CDS;2357903;;; deb;CDS;2765706;282;; 16s;rRNA;2766156;503;; 23s;rRNA;2768171;202;; 5s;rRNA;2771285;5;; ;tRNA;2771407;6;;ttc ;tRNA;2771489;25;;gac ;tRNA;2771591;448;;gaa fin;CDS;2772114;;; deb;CDS;3556683;565;; ;tRNA;3557617;505;;gag fin;CDS;3558197;;comp; deb;CDS;3752035;248;comp; ;tRNA;3752901;13;comp;agt fin;CDS;3752999;;comp; deb;CDS;4256439;267;comp; ;tRNA;4258671;79;comp;aaa ;tRNA;4258826;7;comp;cac ;tRNA;4258909;35;comp;aga ;tRNA;4259021;752;comp;gga fin;CDS;4259847;;; deb;CDS;4880246;508;comp; 5s;rRNA;4880997;274;comp; 23s;rRNA;4881388;578;comp; 16s;rRNA;4884879;703;comp; fin;CDS;4887099;;comp; deb;CDS;6160739;343;comp; ;tRNA;6162321;242;;cca fin;CDS;6162639;;; deb;CDS;6165324;222;; ;tRNA;6165957;5;comp;ttc 5s;rRNA;6166038;188;comp; fin;CDS;6166343;;; deb;CDS;6175160;249;comp; ;tRNA;6175847;1;comp;gca ;tRNA;6175924;44;comp;atgi 5s;rRNA;6176045;138;comp; 23s;rRNA;6176300;339;comp; 16s;rRNA;6179556;572;comp; fin;CDS;6181640;;comp; deb;CDS;6182670;190;; ;tRNA;6183610;5;comp;aaa 5s;rRNA;6183691;159;comp; deb;CDS;6183967;294;comp; ;tRNA;6185209;7;comp;aaa 5s;rRNA;6185292;138;comp; 23s;rRNA;6185547;339;comp; 16s;rRNA;6188803;776;comp; fin;CDS;6191091;;comp; deb;CDS;6199510;661;comp; 5s;rRNA;6202721;139;comp; 23s;rRNA;6202977;339;comp; 16s;rRNA;6206233;1107;comp; 5s;rRNA;6208852;138;comp; 23s;rRNA;6209107;339;comp; 16s;rRNA;6212363;507;comp; fin;CDS;6214382;;comp; deb;CDS;6256716;154;; ;ncRNA;6257755;316;comp; fin;CDS;6258338;;comp; deb;CDS;6305349;135;comp; ;tRNA;6306438;281;comp;tcc fin;CDS;6306809;;comp; deb;CDS;6374512;125;; ;tRNA;6375810;303;comp;agg fin;CDS;6376188;;comp; deb;CDS;6391977;114;comp; 5s;rRNA;6392868;134;comp; 23s;rRNA;6393119;214;comp; 16s;rRNA;6396248;1125;comp; 5s;rRNA;6398885;139;comp; 23s;rRNA;6399141;214;comp; 16s;rRNA;6402270;753;comp; fin;CDS;6404535;;comp; deb;CDS;6436810;192;; ;tRNA;6437983;6;comp;gac ;tRNA;6438066;14;comp;gta ;tRNA;6438156;29;comp;gaa ;tRNA;6438260;10;comp;aca ;tRNA;6438345;6;comp;gac ;tRNA;6438428;16;comp;gta ;tRNA;6438520;29;comp;gaa ;tRNA;6438624;10;comp;aca ;tRNA;6438709;6;comp;gac ;tRNA;6438792;14;comp;gta ;tRNA;6438882;162;comp;gaa fin;CDS;6439119;;comp; deb;CDS;6477551;501;; 16s;rRNA;6480533;213;; 23s;rRNA;6482258;108;; 5s;rRNA;6485280;14;; </pre> ====cbei intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_entre_cds|cbei intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> cbei;2.2.21 Paris;;cbei 31.7.20;;;;;;;;; cbei;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;400;7.1;'''négatif ;-11;12;-1 à -64;'''6 485 394;-1;400;610;14 ;'''zéro;19;0.3;;;;;'''intercals;0;19;620;19 ;'''1 à 200;2957;52.6;'''0 à 200;83;61;;'''1 159 420;5;174;630;8 ;'''201 à 370;1240;22.1;'''201 à 370;275;48;;'''17.9%;10;81;640;14 ;'''371 à 600;713;12.7;'''371 à 600;464;66;;;15;236;650;10 ;'''601 à max;293;5.2;'''601 à 1028;808;203;;;20;151;660;8 ;'''total 5623;<201;60.0;'''total 5620;205;211;-64 à 1555;;25;121;670;13 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;90;680;7 1860894;2121;-1;400;-70;1;;0;19;35;71;690;9 1898453;1881;0;19;-60;4;;-1;°71;40;65;700;14 4639922;1555;1;°58;-50;1;;-2;0;45;61;710;7 6361933;1545;2;°40;-40;8;;-3;0;50;68;720;8 5176736;1499;3;23;-30;10;'''min à -1;-4;°85;55;81;730;6 2532196;1482;4;36;-20;44;400;-5;1;60;69;740;12 3181990;1469;5;17;-10;94;7.1%;-6;0;65;68;750;5 4033167;1431;6;17;0;257;;-7;8;70;60;760;6 4590435;1429;7;8;10;255;;-8;°73;75;70;770;7 3571512;1391;8;15;20;387;;-9;0;80;50;780;4 4428508;1372;9;23;30;211;;-10;5;85;61;790;8 5504697;1348;10;18;40;136;;-11;°38;90;58;800;4 1486045;1326;11;°51;50;129;;-12;0;95;76;810;2 2570075;1302;12;°53;60;150;;-13;4;100;58;820;6 4602139;1289;13;41;70;128;'''1 à 100;-14;°21;105;68;830;5 3981561;1239;14;°47;80;120;1769;-15;0;110;69;840;5 4621836;1226;15;°44;90;119;31.5%;-16;3;115;53;850;3 4088892;1221;16;31;100;134;;-17;°21;120;65;860;2 4296061;1207;17;25;110;137;;-18;0;125;48;870;2 6061011;1205;18;°38;120;118;;-19;2;130;65;880;5 2648455;1201;19;25;130;113;;-20;°11;135;65;890;2 4064421;1178;20;32;140;123;;-21;1;140;58;900;4 4839562;1176;21;°34;150;134;;-22;1;145;67;910;4 3909835;1173;22;25;160;133;;-23;°9;150;67;920;4 2456047;1153;23;18;170;118;'''1 à 200;-24;0;155;65;930;1 3569689;1127;24;21;180;108;2957;-25;2;160;68;940;2 3023607;1112;25;°23;190;101;52.6%;-26;°11;165;64;950;0 4726206;1107;26;°23;200;103;;-27;0;170;54;960;3 1550735;1102;27;18;210;101;;-28;4;175;53;970;3 4395515;1078;28;12;220;99;;-29;°5;180;55;980;1 1099864;1072;29;18;230;88;;-30;0;185;44;990;2 3075992;1065;30;°19;240;86;;-31;0;190;57;1000;4 3857530;1064;31;°18;250;82;'''0 à 200;-32;0;195;51;1010;3 776201;1058;32;14;260;83;2976;;395;200;52;1020;4 2291086;1058;33;12;270;79;;reste;24;205;53;1030;2 5939293;1054;34;°14;280;83;;total;419;210;48;1040;3 2680682;1051;35;°13;290;66;;;;215;38;1050;0 3035780;1051;36;10;300;79;;;;220;61;1060;5 4035399;1040;37;8;310;59;;'''intercal;'''<u>frequencef;225;45;1070;2 6351672;1032;38;13;320;62;;600;5330;230;43;1080;2 2453621;1031;39;°17;330;69;;650;65;235;40;1090;0 5871985;1027;40;°17;340;53;'''201 à 370;700;51;240;46;1100;0 5197163;1021;reste;4215;350;58;1240;750;38;245;39;1110;2 ;;total;5623;360;43;22.1%;800;29;250;43;1120;1 ;;;;370;50;;850;21;255;46;1130;1 ;;;;380;53;;900;15;260;37;1140;0 ;;;;390;57;;950;11;265;38;1150;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;38;;1000;13;270;41;1160;1 4624137;-110;shift 2;673;410;48;;1050;12;275;48;1170;0 1868484;-64;shift 2;608;420;44;;1100;9;280;35;1180;3 3204859;-64;shift 2;665;430;32;;1150;4;285;37;1190;0 2485518;-62;shift 2;184;440;36;;1200;4;290;29;1200;0 3963063;-60;;;450;42;;1250;6;295;41;reste;21 2029018;-50;;;460;39;;1300;1;300;38;total;293 5912545;-49;;;470;28;;1350;3;305;30;; 5354783;-47;;;480;27;;1400;2;310;29;; 1515675;-46;;;490;24;;1450;2;315;28;; 4067020;-44;;;500;28;;1500;3;320;34;; 5920392;-44;;;510;23;;1550;1;325;33;; 1552479;-43;;;520;19;;1600;1;330;36;; 330305;-41;;;530;23;;;291;335;26;; 4488902;-40;;;540;27;'''371 à 600;;;340;27;; 2489800;-38;;;550;18;714;;;345;33;; 2856876;-38;;;560;27;12.7%;;;350;25;; 4401424;-38;;;570;21;;;;355;26;; 4678887;-38;;;580;20;'''601 à max;;;360;17;; 5785183;-38;;;590;20;293;;;365;28;; 3964014;-37;;;600;20;5.2%;;;370;22;; 1257344;-35;;;reste;293;;reste;2;reste;1007;; 4675094;-35;;;total;5623;;total;5623;total;5623;; </pre> ====cbei intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cbei Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;20.2.22; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; pmq;min10;1613;4170;5783;455;-834;-652;182;-867;-826;-61;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; 32;217;0.15;1926;5302;3;5;22;142;68;1155;-203;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; cbei;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;32;-258;570;-3.2;723;269;max160;&-46;339;-824;83;780;246;min50 31 à 400;12.7;-134;357;3.5;790;352;*;&-1.4;16;-123;40;937;391;1 partie droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;5;26;-;4;poly;708;tF;&123;50;-;566;poly;214;SF 31 à 400;36;30;-;345;poly;445;tF *;&75;37;-;929;dte;8;Sf * diagramme en effectifs de 1 à 600;;;;;;;;;;;;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélation et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;;;;; 41-n;0.402;-0.509;-0.375;;;;;0.272;;;;;;;;complément à 800;; 1-n;-0.290;-0.649;-0.648;;;;;;;;;20.2.22;;;;effectifs;; cbei;fx;fc;;cbei;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbei;Sx-;Sc-;;cbei;fx;fc 0;0;19;;0;0;6;0;0;19;>0;1212;-1;;71;;410;17;31 10;6;249;;10;6;73;1;3;55;<0;10;-2;;0;;420;12;32 20;12;375;;20;13;110;2;1;39;zéro;0;-3;;0;;430;6;26 30;7;204;;30;7;60;3;0;23;total;1222;-4;2;83;;440;11;25 40;10;126;;40;11;37;4;0;36;;c;-5;1;0;;450;19;23 50;10;119;;50;11;35;5;0;17;>0;3991;-6;;0;;460;13;26 60;24;126;;60;25;37;6;1;16;<0;390;-7;;8;;470;11;17 70;30;98;;70;32;29;7;0;8;zéro;19;-8;1;72;;480;6;21 80;25;95;;80;26;28;8;0;15;total;4400;-9;;0;;490;9;15 90;19;100;;90;20;29;9;0;23;;;-10;;5;;500;10;18 100;33;101;;100;35;30;10;1;17;total;5622;-11;;38;;510;6;16 110;34;103;;110;36;30;11;3;48;;;-12;;0;;520;2;17 120;29;89;;120;31;26;12;2;51;;;-13;;4;;530;5;18 130;34;79;;130;36;23;13;0;41;;5203;-14;;21;;540;7;20 140;38;85;;140;40;25;14;0;47;;;-15;;0;;550;5;13 150;32;102;;150;34;30;15;1;43;;;-16;;3;;560;12;15 160;47;86;;160;49;25;16;2;29;;;-17;;21;;570;7;14 170;33;85;;170;35;25;17;0;25;;;-18;;0;;580;4;16 180;30;78;;180;32;23;18;0;38;;;-19;;2;;590;9;11 190;33;68;;190;35;20;19;2;23;;;-20;;11;;600;9;11 200;24;79;;200;25;23;20;2;30;;;-21;1;0;;610;2;12 210;38;63;;210;40;19;21;2;32;;;-22;;1;;620;4;15 220;24;75;;220;25;22;22;0;25;;;-23;;9;;630;3;5 230;28;60;;230;29;18;23;0;18;;;-24;;0;;640;4;10 240;25;61;;240;26;18;24;0;21;;;-25;1;1;;650;2;8 250;35;47;;250;37;14;25;0;23;;;-26;1;10;;660;3;5 260;23;60;;260;24;18;26;1;22;;;-27;;0;;670;3;10 270;18;61;;270;19;18;27;0;18;;;-28;;4;;680;4;3 280;21;62;;280;22;18;28;1;11;;;-29;;5;;690;1;8 290;18;48;;290;19;14;29;2;16;;;-30;;0;;700;6;8 300;26;53;;300;27;16;30;1;18;;;-31;;0;;710;3;4 310;21;38;;310;22;11;31;0;18;;;-32;;0;;720;2;6 320;24;38;;320;25;11;32;1;13;;;-33;;0;;730;3;3 330;23;46;;330;24;14;33;1;11;;;-34;;0;;740;5;7 340;17;36;;340;18;11;34;2;12;;;-35;;4;;750;2;3 350;18;40;;350;19;12;35;0;13;;;-36;;0;;760;1;5 360;15;28;;360;16;8;36;1;9;;;-37;;1;;770;1;6 370;15;35;;370;16;10;37;0;8;;;-38;1;4;;780;1;3 380;18;35;;380;19;10;38;2;11;;;-39;;0;;790;0;8 390;20;37;;390;21;11;39;2;15;;;-40;;1;;800;1;3 400;13;25;;400;14;7;40;1;16;;;-41;;1;;reste;31;79 reste;262;596;;;;;reste;1177;3037;;;-42;;0;;total;231;517 total;1212;4010;;t30;26;244;total;1212;4010;;;-43;;1;;;; diagr;950;3395;;;;;diagr;35;954;;;-44;;2;;;; - t30;925;2567;;;;;;;;;;-45;;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-46;1;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-47;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;-48;;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-49;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;-50;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;reste;1;4;;;; ;;;;;;;;;;;;total;10;390;;;; </pre> ====cbei intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_négatifs_S-|cbei intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;3;1;;;1;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;;;;;1;11 continu;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;total ;Sx-;0;0;0;3;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;11 ;Sc-;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389 </pre> ====cbei autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires|cbei autres intercalaires]] <pre> cbei;autres intercalaires;;adresses1;;;cbei;autres intercalaires;;adresses2;;;cbei;autres intercalaires;;adresses3;; ;&tRNA;15;1;;;deb;°CDS;540067;187;;;deb;°CDS;4256439;267;comp; ;&tRNA;93;85;;;;&tRNA;541157;208;;;;&tRNA;4258671;79;comp; fin;°CDS;254;;;;fin;°CDS;541440;;;;;&tRNA;4258826;7;comp; deb;°CDS;2710;119;;;deb;°CDS;541918;252;comp;;;&tRNA;4258909;35;comp; ;&tRNA;3057;30;;;;&tRNA;543238;354;;;;&tRNA;4259021;752;comp; ;&tRNA;3178;241;;;fin;°CDS;543667;;;;fin;°CDS;4259847;;; ;&tRNA;3510;18;;;deb;°CDS;772270;262;;;deb;°CDS;4880246;508;comp; ;&tRNA;3619;125;;;;tmRNA;774356;871;;;;$rRNA;4880997;274;comp; fin;°CDS;3835;;;;fin;°CDS;775585;;;;;$rRNA;4881388;578;comp; deb;°CDS;13821;187;;;deb;°CDS;892419;565;;;;$rRNA;4884879;703;comp; ;&tRNA;14914;34;;;;$rRNA;893905;137;;;fin;°CDS;4887099;;comp; fin;°CDS;15023;;comp;;;&tRNA;895554;118;;;deb;°CDS;6160739;343;comp; deb;°CDS;124928;275;;;;$rRNA;895748;204;;;;&tRNA;6162321;242;; ;&tRNA;125614;20;;;;$rRNA;898866;552;;;fin;°CDS;6162639;;; ;&tRNA;125723;7;;;fin;°CDS;899535;;;;deb;°CDS;6165324;222;; ;&tRNA;125806;6;;;deb;°CDS;900798;709;;;;&tRNA;6165957;5;comp; ;&tRNA;125889;22;;;;$rRNA;902758;339;;;;$rRNA;6166038;188;comp; ;&tRNA;126000;7;;;;$rRNA;904609;273;;;fin;°CDS;6166343;;; ;&tRNA;126083;6;;;;$rRNA;907796;69;;;deb;°CDS;6175160;249;comp; ;&tRNA;126166;21;;;fin;°CDS;907982;;comp;;;&tRNA;6175847;1;comp; ;&tRNA;126276;70;;;deb;°CDS;951995;97;;;;&tRNA;6175924;44;comp; ;&tRNA;126422;21;;;;&tRNA;952728;396;;;;$rRNA;6176045;138;comp; ;&tRNA;126532;664;;;fin;°CDS;953210;;;;;$rRNA;6176300;339;comp; fin;°CDS;127272;;;;deb;°CDS;1017389;70;;;;$rRNA;6179556;572;comp; deb;°CDS;138638;307;;;;ncRNA;1017765;758;;;fin;°CDS;6181640;;comp; ;&tRNA;140451;234;;;fin;°CDS;1018872;;;;deb;°CDS;6182670;190;; ;&tRNA;140760;439;;;deb;°CDS;1646835;56;;;;&tRNA;6183610;5;comp; ;&tRNA;141274;299;;;;ncRNA;1647290;182;;;;$rRNA;6183691;159;comp; fin;°CDS;141648;;;;fin;°CDS;1647666;;comp;;deb;°CDS;6183967;294;comp; deb;°CDS;144627;548;;;deb;°CDS;1739334;380;;;;&tRNA;6185209;7;comp; ;$rRNA;146198;140;;;;&tRNA;1740314;3;;;;$rRNA;6185292;138;comp; ;&tRNA;147850;3;;;;&tRNA;1740393;5;;;;$rRNA;6185547;339;comp; ;&tRNA;147929;111;;;;&tRNA;1740473;443;;;;$rRNA;6188803;776;comp; ;$rRNA;148117;70;;;fin;°CDS;1740992;;comp;;fin;°CDS;6191091;;comp; ;$rRNA;151101;5;;;deb;°CDS;1846157;-183;;;deb;°CDS;6199510;661;comp; ;&tRNA;151223;4;;;;gene;1847876;588;;;;$rRNA;6202721;139;comp; ;&tRNA;151303;681;;;fin;°CDS;1848647;;;;;$rRNA;6202977;339;comp; fin;°CDS;152059;;;;deb;°CDS;1894180;34;;;;$rRNA;6206233;1107;comp; deb;°CDS;177450;76;;;;&tRNA;1895441;574;comp;;;$rRNA;6208852;138;comp; ;&tRNA;178174;65;;;fin;°CDS;1896102;;;;;$rRNA;6209107;339;comp; fin;°CDS;178315;;;;deb;°CDS;2097496;727;;;;$rRNA;6212363;507;comp; deb;°CDS;313730;90;;;;$rRNA;2098643;502;;;fin;°CDS;6214382;;comp; ;&tRNA;316298;4;;;;$rRNA;2100657;205;;;deb;°CDS;6256716;154;; ;&tRNA;316387;120;;;;$rRNA;2103775;315;;;;ncRNA;6257755;316;comp; fin;°CDS;316582;;comp;;fin;°CDS;2104207;;;;fin;°CDS;6258338;;comp; deb;°CDS;402474;125;;;deb;°CDS;2296804;104;;;deb;°CDS;6305349;135;comp; ;&tRNA;403079;17;;;;ncRNA;2297577;380;comp;;;&tRNA;6306438;281;comp; ;&tRNA;403172;149;;;fin;°CDS;2298150;;;;fin;°CDS;6306809;;comp; ;&tRNA;403395;6;;;deb;°CDS;2305297;275;;;deb;°CDS;6374512;125;; ;&tRNA;403478;16;;;;ncRNA;2306778;230;comp;;;&tRNA;6375810;303;comp; ;&tRNA;403570;35;;;fin;°CDS;2307274;;;;fin;°CDS;6376188;;comp; ;&tRNA;403679;5;;;deb;°CDS;2339219;667;;;deb;°CDS;6391977;114;comp; ;&tRNA;403761;3;;;;$rRNA;2340990;338;;;;$rRNA;6392868;134;comp; ;&tRNA;403840;7;;;;$rRNA;2342840;140;;;;$rRNA;6393119;214;comp; ;&tRNA;403922;18;;;;&tRNA;2345896;3;;;;$rRNA;6396248;1125;comp; ;&tRNA;404016;5;;;;$rRNA;2345974;429;;;;$rRNA;6398885;139;comp; ;&tRNA;404106;25;;;fin;°CDS;2346520;;;;;$rRNA;6399141;214;comp; ;&tRNA;404206;5;;;deb;°CDS;2351663;573;;;;$rRNA;6402270;753;comp; ;&tRNA;404285;57;;;;$rRNA;2352713;338;;;fin;°CDS;6404535;;comp; ;&tRNA;404418;7;;;;$rRNA;2354563;140;;;deb;°CDS;6436810;192;; ;&tRNA;404500;18;;;;&tRNA;2357618;3;;;;&tRNA;6437983;6;comp; ;&tRNA;404594;5;;;;$rRNA;2357696;90;;;;&tRNA;6438066;14;comp; ;&tRNA;404684;25;;;fin;°CDS;2357903;;;;;&tRNA;6438156;29;comp; ;&tRNA;404784;46;;;deb;°CDS;2765706;282;;;;&tRNA;6438260;10;comp; ;&tRNA;404904;325;;;;$rRNA;2766156;503;;;;&tRNA;6438345;6;comp; fin;°CDS;405306;;;;;$rRNA;2768171;202;;;;&tRNA;6438428;16;comp; deb;°CDS;413861;390;;;;$rRNA;2771285;5;;;;&tRNA;6438520;29;comp; ;$rRNA;416312;132;;;;&tRNA;2771407;6;;;;&tRNA;6438624;10;comp; ;&tRNA;417956;84;;;;&tRNA;2771489;25;;;;&tRNA;6438709;6;comp; ;$rRNA;418117;71;;;;&tRNA;2771591;448;;;;&tRNA;6438792;14;comp; ;&tRNA;421103;345;;;fin;°CDS;2772114;;;;;&tRNA;6438882;162;comp; fin;°CDS;421523;;;;deb;°CDS;3556683;565;;;fin;°CDS;6439119;;comp; deb;°CDS;486264;159;;;;&tRNA;3557617;505;;;deb;°CDS;6477551;501;;erreur à corriger ;&tRNA;486828;9;;;fin;°CDS;3558197;;comp;;;$rRNA;6480533;213;; ;&tRNA;486922;27;;;deb;°CDS;3752035;248;comp;;;$rRNA;6482258;108;; ;&tRNA;487025;12;;;;&tRNA;3752901;13;comp;;;$rRNA;6485280;14;; ;&tRNA;487112;9;;;fin;°CDS;3752999;;comp;;;;;;; ;&tRNA;487206;30;;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;487312;12;;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;487399;451;;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;487935;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cbei intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_tRNA-cds|cbei intercalaires tRNA-cds]] <pre> cbei;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;85;;76;13;; ;119;;125;;90;65;deb; ;187;comp’;34;;97;85;<201;9 ;275;;664;;119;125;total;17 ;307;;299;;125;162;taux;53% ;;;681;;135;208;; ;76;;65;;159;242;fin; ;90;comp’;120;;187;281;<201;5 ;125;;325;;187;299;total;18 ;;;345;;248;303;taux;28% ;159;;451;;249;325;; ;187;;208;;267;345;total; comp’;252;;354;;275;354;<201;14 ;97;;396;;294;396;total;35 ;380;comp’;443;;307;448;taux;40% comp’;34;comp’;574;;380;451;; ;;;448;;565;664;; ;565;comp’;505;;-;681;comp’;cumuls ;248;;13;;34;120;deb;4 ;267;comp’;752;;125;443;;7 comp’;343;;242;;190;505;fin;1 comp’;222;;;;192;574;;5 ;249;;;;222;752;total; comp’;190;;;;252;-;<201;5 ;294;;;;343;-;total;12 ;135;;281;;;;taux;42% comp’;125;;303;;;;; comp’;192;;162;;;;; ;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;; ;<201;13;6;19;;;; ;total;24;23;47;;;; ;taux;54%;26%;40%;;;; </pre> ===afn=== ====afn opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_opérons|afn opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Acid_ferm_DSM_20731/;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_013740.1;afn;;;; 56%GC;30.6.19 Paris;16s 6;60;doubles;intercalaires ;Acidaminococcus fermentans DSM 20731;;;; ;24678..26242;;16s;@1;359 ;26602..29507;;23s;;228 ;29736..29852;;5s;; ;;;;; ;36819..36894;;acg;; ;;;;; ;57713..59277;;16s;;359 ;59637..62543;;23s;;228 ;62772..62888;;5s;; ;;;;; ;169459..169534;;gcc;; ;;;;; ;249791..249867;;agg;; ;;;;; comp;274627..274703;;cgt;; ;;;;; ;311123..311198;;aca;;22 ;311221..311305;;tac;;5 ;311311..311386;;atg;;3 ;311390..311465;;acc;;6 ;311472..311548;;atgf;; ;;;;; ;380482..382046;;16s;;251 ;382298..385204;;23s;;229 ;385434..385550;;5s;; ;;;;; ;461553..461627;;aac;;3 ;461631..461705;;gaa;;8 ;461714..461789;;gta;;50 ;461840..461916;;cca;;11 ;461928..462001;;gga;;8 ;462010..462086;;aga;; ;;;;; ;526984..527070;;ctg;+;30 ;527101..527186;;ctc;2 ctg;52 ;527239..527325;;ctg;; ;;;;; ;578049..578123;;ggc;; ;;;;; ;636984..638548;;16s;@2;94 ;638643..638719;;atc;;66 ;638786..638861;;gca;;273 ;639135..642040;;23s;;139 ;642180..642296;;5s;; ;;;;; ;712229..712304;;cac;;18 ;712323..712398;;caa;;3 ;712402..712477;;aaa;;16 ;712494..712577;;cta;; ;;;;; comp;724421..724497;;gtc;; ;;;;; ;774880..774956;;gac;;4 ;774961..775036;;ttc;;8 ;775045..775119;;ggc;;9 ;775129..775202;;tgc;;13 ;775216..775304;;tta;; ;;;;; ;796654..796728;;cgg;; ;;;;; ;842393..842469;;gac;;2 ;842472..842547;;ttc;;8 ;842556..842630;;ggc;;9 ;842640..842713;;tgc;; ;;;;; ;889670..889746;;ccc;; ;;;;; ;906136..906210;;aac;; ;;;;; ;1022783..1022859;;gac;;2 ;1022862..1022936;;ggc;;1 ;1022938..1023011;;tgg;; ;;;;; ;1555201..1555277;;ccg;; ;;;;; comp;1567911..1567999;;tca;; ;;;;; comp;1613773..1613863;;agc;; ;;;;; ;1702659..1702744;;ttg;; ;;;;; comp;1711770..1711886;;5s;;228 comp;1712115..1715021;;23s;;359 comp;1715381..1716945;;16s;; ;;;;; comp;1823852..1823927;;gta;;6 comp;1823934..1824008;;gaa;;8 comp;1824017..1824092;;aag;; ;;;;; ;1909446..1909536;;tcc;; ;;;;; comp;1911342..1911429;;tcg;; ;;;;; comp;1974984..1975058;;atgi;; ;;;;; comp;1984782..1984856;;gag;;12 comp;1984869..1984942;;cag;+;111 comp;1985054..1985127;;cag;2 cag; ;;;;; comp;2072279..2072395;;5s;;228 comp;2072624..2075529;;23s;;298 comp;2075828..2075903;;gca;;66 comp;2075970..2076046;;atc;;94 comp;2076141..2077705;;16s;; ;;;;; ;2148343..2148418;;gcg;; ;;;;; comp;2287117..2287192;;aaa;; ;;;;; comp;2303018..2303094;;gtg;; ;;;;; comp;2323563..2323636;;ggg;; </pre> ====afn cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_cumuls|afn cumuls]] <pre> afn cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;6;1;1;- ;16 23 5s 0;4;20;21; ;16 atc gca;2;40;2; ;16 23 5s a;0;60;2; ;max a;2;80;0; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;1; ;total aas;4;140;0; sans ;opérons;29;160;0; ;1 aa;20;180;0; ;max a;6;200;0; ;a doubles;2;;0; ;total aas;56;;27;0 total aas;;60;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;16; ;;;variance;23; sans jaune;;;moyenne;12; ;;;variance;13; </pre> ====afn blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_blocs|afn blocs]] <pre> afn blocs;;;;;; 16s;359;1565;359;1565;251;1565 23s;228;2906;228;2907;229;2907 5s;;117;;117;;117 ;;;;;; 16s;94;1565;;5s;228;117 atc;66;;;23s;298;2906 gca;273;;;gca;66; 23s;139;2906;;atc;94; 5s;;117;;16s;;1565 ;;;;;; 5s;228;117;;;; 23s;359;2907;;;; 16s;;1565;;;; </pre> ====afn remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_remarques|afn remarques]] <pre> afn;;;;;;;60 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;2;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====negativicutes distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes_distribution|negativicutes distribution]] <pre> 22.1.21 Paris;;tRNAs total des negatives;;;;;;;;;;;;;; genomes;;total;;;total;ttt;tgt;;1-3aas;;;;total;;ttt;tgt 9;;582;;;571;;;;;;;;58;;; atgi;8;tct;;tat;;atgf;15;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;17;tcc;10;tac;16;tgc;13;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;17;acc;11;aac;26;agc;11;;atc;18;acc;;aac;6;agc;1 ctc;11;ccc;7;cac;10;cgt;16;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;8;gcc;7;gac;24;ggc;33;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;11;tca;10;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;13;aaa;20;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;9;cca;11;caa;13;cga;2;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;24;gca;21;gaa;25;gga;10;;gta;;gca;21;gaa;1;gga; ttg;11;tcg;9;tag;;tgg;13;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4 atgj;12;acg;9;aag;10;agg;9;;atgj;;acg;1;aag;;agg; ctg;10;ccg;7;cag;11;cgg;9;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;186;;263;;122;571;;;;7;;11;;1;19 9-23;;;;total;;ttt;tgt;;-rRNA;;;;total;;ttt;tgt ;;;;92;;;;;attention au -2;;;;421;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;7;tct;;tat;;atgf;12 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;2;tac;3;tgc;2;;ttc;11;tcc;8;tac;12;tgc;11 atc;1;acc;;aac;5;agc;2;;atc;-2;acc;11;aac;15;agc;8 ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;4;;ctc;9;ccc;7;cac;5;cgt;10 gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;8;gcc;7;gac;17;ggc;30 tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;7;tca;9;taa;;tga;1 ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;8;aaa;15;aga;9 cta;1;cca;2;caa;5;cga;;;cta;8;cca;9;caa;7;cga;2 gta;7;gca;;gaa;5;gga;4;;gta;17;gca;0;gaa;19;gga;6 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;9;tcg;9;tag;;tgg;7 atgj;1;acg;;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;8;aag;8;agg;9 ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;7;cag;11;cgg;9 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8 ;;24;;64;;4;92;;;;118;;188;;117;423 ;;;;;;;;;;;116;;188;;117;421 </pre> ====afn distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_distribution|afn distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total afn;;20;;;;;20;;afn;34;;;;;;34;;afn;2;;;;;;2 </pre> ====afn données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_données_intercalaires|afn données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;afn;fx;fc;afn;fx40;fc40;afn;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;9;0;2;9;-1;0;38;105;361;16s 23s;;;tRNA tRNA;;intra ;0;10;4;180;1;1;38;-2;0;0;105;51;3* 359;;;2* 66;;atc gca ;0;20;3;248;2;2;25;-3;0;0;122;188;251;;;tRNA tRNA;; ;3;30;7;105;3;0;20;-4;1;129;195;268;23s 5s;;;22;;aca ;1;40;21;48;4;0;28;-5;0;0;200;61;4* 228;;;5;;tac ;2;50;15;38;5;0;13;-6;0;1;131;80;229;;;3;;atgj 1;2;60;16;44;6;0;9;-7;0;6;74;134;139;;;6;;acc 2;0;70;5;42;7;0;5;-8;0;41;266;393;5s CDS;;;**;;atgf 1;4;80;8;41;8;0;7;-9;0;1;145;158;286;266;;3;;aac ;1;90;8;45;9;1;19;-10;0;1;54;91;296;262;;8;;gaa 1;3;100;11;34;10;0;16;-11;0;19;131;70;;512;;50;;gta ;4;110;10;32;11;1;28;-12;0;0;194;196;;193;;11;;cca ;3;120;8;42;12;0;46;-13;0;5;96;;16s tRNA;;;8;;gga ;3;130;15;43;13;1;29;-14;0;8;214;;2* 94;;atc;**;;aga 1;4;140;21;34;14;0;22;-15;0;0;111;;tRNA 23s;;;30;;ctg ;1;150;13;29;15;0;37;-16;0;3;73;;273;;gca;52;;ctc 1;2;160;14;27;16;0;24;-17;0;10;159;;298;;gca;**;;ctg ;0;170;10;28;17;0;10;-18;0;0;119;;;;;18;;cac ;0;180;2;22;18;0;25;-19;0;2;127;;;;;3;;caa 1;1;190;13;13;19;1;12;-20;0;6;71;;;;;16;;aaa 1;3;200;13;12;20;0;15;-21;0;0;156;;;;;**;;cta ;0;210;10;15;21;1;20;-22;0;0;58;;;;;4;;gac ;2;220;12;20;22;1;13;-23;0;4;102;;;;;8;;ttc ;1;230;9;25;23;0;11;-24;0;0;137;;;;;9;;ggc ;0;240;12;21;24;1;9;-25;0;0;112;;;;;13;;tgc ;0;250;6;12;25;0;9;-26;0;4;24;;;;;**;;tta ;0;260;7;9;26;0;6;-27;0;0;21;;;;;2;;gac 1;1;270;5;16;27;1;14;-28;0;0;93;;;;;8;;ttc ;0;280;6;10;28;0;10;-29;0;3;215;;;;;9;;ggc ;0;290;5;6;29;2;3;-30;0;0;76;;;;;**;;tgc ;0;300;8;9;30;1;10;-31;0;2;379;;;;;2;;gac ;0;310;4;11;31;2;5;-32;0;2;83;;;;;1;;ggc ;0;320;4;4;32;2;5;-33;0;0;182;;;;;**;;tgg ;0;330;5;8;33;2;3;-34;0;0;136;;;;;6;;gta ;0;340;1;8;34;5;5;-35;0;3;23;;;;;8;;gaa ;0;350;3;9;35;2;6;-36;0;0;222;;;;;**;;aag ;0;360;2;8;36;3;3;-37;0;1;39;;;;;12;;gag 1;0;370;4;10;37;0;8;-38;0;2;122;;;;;111;;cag ;1;380;4;4;38;3;3;-39;0;0;106;;;;;**;;cag ;0;390;3;4;39;2;6;-40;1;0;91;;;;;;; 1;1;400;1;6;40;0;4;-41;0;1;451;;;;;;; ;2;reste;16;54;reste;309;795;-42;0;0;45;;;;;;; 12;45;total;346;1385;total;346;1385;-43;0;0;486;;;;;;; 12;43;diagr;328;1322;diagr;35;581;-44;0;1;45;;;;;;; 0;3; t30;14;533;;;;-45;1;0;393;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;CDS 16s;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;319;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;346;;;;;;; ;x;344;4;2;350;;;-49;0;0;485;;;;;;; ;c;1376;303;9;1688;;;-50;0;1;300;;;;;;; ;;;;;2038;154;;reste;1;9;391;;;;;;; ;;;;;;2192;;total;4;303;265;;;;;;; </pre> =====afn autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires_aas|afn autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *contrôlé le 21.7.22 <pre> autres intercalaires;;afn;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;23699;24358;319;*; ;;rRNA;24678;26242;359;*;16s ;;rRNA;26602;29507;228;*;23s ;;rRNA;29736;29852;286;*;5s fin;;CDS;30139;30339;;0; deb;;CDS;35919;36713;105;*; ;;tRNA;36819;36894;105;*;acg fin;;CDS;37000;37914;;; deb;;CDS;56077;57366;346;*; ;;rRNA;57713;59277;359;*;16s ;;rRNA;59637;62543;228;*;23s ;;rRNA;62772;62888;266;*;5s fin;comp;CDS;63155;64390;;0; deb;;CDS;168443;169336;122;*; ;;tRNA;169459;169534;361;*;gcc fin;comp;CDS;169896;170894;;; deb;comp;CDS;181646;182656;89;*; ;comp;misc_b;182746;182986;130;*; fin;comp;CDS;183117;183803;;; deb;comp;CDS;183775;185160;510;*; ;;misc_b;185671;185909;146;*; fin;;CDS;186056;187753;;; deb;;CDS;249164;249595;195;*; ;;tRNA;249791;249867;51;*;agg fin;comp;CDS;249919;250062;;; deb;;CDS;253385;254824;90;*; ;;misc_b;254915;255170;84;*; fin;;CDS;255255;256238;;; deb;comp;CDS;273899;274426;200;*; ;comp;tRNA;274627;274703;188;*;cgt fin;;CDS;274892;276166;;; deb;;CDS;310188;310991;131;*; ;;tRNA;311123;311198;22;*;aca ;;tRNA;311221;311305;5;*;tac ;;tRNA;311311;311386;3;*;atgj ;;tRNA;311390;311465;6;*;acc ;;tRNA;311472;311548;74;*;atgf fin;;CDS;311623;312816;;; deb;;CDS;359181;360227;58;*; ;;regulatory;360286;360394;52;*; fin;;CDS;360447;361625;;; deb;;CDS;378908;379996;485;*; ;;rRNA;380482;382046;251;*;16s ;;rRNA;382298;385204;229;*;23s ;;rRNA;385434;385550;262;*;5s fin;comp;CDS;385813;386838;;; deb;;CDS;414288;416231;246;*; ;;regulatory;416478;416590;98;*; fin;;CDS;416689;417768;;; deb;;CDS;460654;461286;266;*; ;;tRNA;461553;461627;3;*;aac ;;tRNA;461631;461705;8;*;gaa ;;tRNA;461714;461789;50;*;gta ;;tRNA;461840;461916;11;*;cca ;;tRNA;461928;462001;8;*;gga ;;tRNA;462010;462086;145;*;aga fin;;CDS;462232;463230;;; deb;;CDS;466993;468717;232;*; ;;misc_b;468950;469148;36;*; fin;;CDS;469185;471839;;; deb;;CDS;526396;526929;54;*; ;;tRNA;526984;527070;30;*;ctg ;;tRNA;527101;527186;52;*;ctc ;;tRNA;527239;527325;268;*;ctg fin;comp;CDS;527594;528586;;0; deb;comp;CDS;570200;571507;65;*; ;comp;regulatory;571573;571669;209;*; fin;;CDS;571879;575394;;; deb;;CDS;577378;577917;131;*; ;;tRNA;578049;578123;194;*;ggc fin;;CDS;578318;579067;;; deb;;CDS;635289;636683;300;*; ;;rRNA;636984;638548;94;*;16s ;;tRNA;638643;638719;66;*;atc ;;tRNA;638786;638861;273;*;gca ;;rRNA;639135;642040;139;*;23s ;;rRNA;642180;642296;296;*;5s fin;;CDS;642593;643381;;0; deb;;CDS;677296;678177;181;*; ;;misc_f;678359;678410;368;*; fin;;CDS;678779;679798;;; deb;;CDS;711704;712132;96;*; ;;tRNA;712229;712304;18;*;cac ;;tRNA;712323;712398;3;*;caa ;;tRNA;712402;712477;16;*;aaa ;;tRNA;712494;712577;61;*;cta fin;comp;CDS;712639;712809;;0; deb;;CDS;723480;724340;80;*; ;comp;tRNA;724421;724497;134;*;gtc fin;;CDS;724632;725645;;; deb;;CDS;774399;774665;214;*; ;;tRNA;774880;774956;4;*;gac ;;tRNA;774961;775036;8;*;ttc ;;tRNA;775045;775119;9;*;ggc ;;tRNA;775129;775202;13;*;tgc ;;tRNA;775216;775304;111;*;tta fin;;CDS;775416;776684;;; deb;;CDS;796146;796580;73;*; ;;tRNA;796654;796728;159;*;cgg fin;;CDS;796888;797310;;; deb;;CDS;841590;842273;119;*; ;;tRNA;842393;842469;2;*;gac ;;tRNA;842472;842547;8;*;ttc ;;tRNA;842556;842630;9;*;ggc ;;tRNA;842640;842713;127;*;tgc fin;;CDS;842841;843362;;; deb;;CDS;881739;882029;121;*; ;;repeat_reg;882151;886170;278;*; fin;;CDS;886449;887618;;; deb;;CDS;889017;889598;71;*; ;;tRNA;889670;889746;156;*;ccc fin;;CDS;889903;891513;;; deb;;CDS;905286;906077;58;*; ;;tRNA;906136;906210;102;*;aac fin;;CDS;906313;907125;;; deb;;CDS;913707;915986;78;*; ;;regulatory;916065;916164;91;*; fin;;CDS;916256;917077;;; deb;;CDS;947642;948565;32;*; ;;ncRNA;948598;948943;38;*; fin;;CDS;948982;949302;;; deb;comp;CDS;1017827;1018843;92;*; ;;misc_b;1018936;1019130;36;*; fin;;CDS;1019167;1020189;;; deb;;CDS;1020207;1022645;137;*; ;;tRNA;1022783;1022859;2;*;gac ;;tRNA;1022862;1022936;1;*;ggc ;;tRNA;1022938;1023011;112;*;tgg fin;;CDS;1023124;1023423;;; deb;comp;CDS;1111497;1112716;73;*; ;comp;misc_b;1112790;1113035;267;*; fin;;CDS;1113303;1114085;;; deb;;CDS;1305277;1306137;298;*; ;;regulatory;1306436;1306545;70;*; fin;;CDS;1306616;1307653;;; deb;;CDS;1328649;1328930;26;*; ;;tmRNA;1328957;1329305;406;*; fin;comp;CDS;1329712;1332120;;; deb;comp;CDS;1403493;1404494;52;*; ;comp;misc_b;1404547;1404789;111;*; fin;comp;CDS;1404901;1406295;;; deb;comp;CDS;1485384;1487072;59;*; ;comp;misc_b;1487132;1487376;146;*; fin;comp;CDS;1487523;1488698;;; deb;;CDS;1536256;1537929;68;*; ;;regulatory;1537998;1538074;113;*;erreur fin;;CDS;1538188;1539855;;0; deb;;CDS;1553542;1555176;24;*; ;;tRNA;1555201;1555277;393;*;ccg fin;comp;CDS;1555671;1556342;;; deb;comp;CDS;1567689;1567889;21;*; ;comp;tRNA;1567911;1567999;93;*;tca fin;comp;CDS;1568093;1568569;;; deb;;CDS;1612826;1613614;158;*; ;comp;tRNA;1613773;1613863;215;*;agc fin;comp;CDS;1614079;1614846;;0; deb;comp;CDS;1668440;1668919;42;*; ;comp;ncRNA;1668962;1669144;51;*; fin;comp;CDS;1669196;1669855;;0; deb;;CDS;1701767;1702582;76;*; ;;tRNA;1702659;1702744;91;*;ttg fin;comp;CDS;1702836;1703666;;; deb;;CDS;1710214;1711257;512;*; ;comp;rRNA;1711770;1711886;228;*;5s ;comp;rRNA;1712115;1715021;359;*;23s ;comp;rRNA;1715381;1716945;391;*;16s fin;comp;CDS;1717337;1718857;;; deb;comp;CDS;1823002;1823472;379;*; ;comp;tRNA;1823852;1823927;6;*;gta ;comp;tRNA;1823934;1824008;8;*;gaa ;comp;tRNA;1824017;1824092;83;*;aag fin;comp;CDS;1824176;1825210;;; deb;comp;CDS;1907578;1909263;182;*; ;;tRNA;1909446;1909536;53;*;tcc ;;ncRNA;1909590;1909689;115;*; deb;comp;CDS;1909805;1911205;136;*; ;comp;tRNA;1911342;1911429;23;*;tcg fin;comp;CDS;1911453;1911932;;; deb;comp;CDS;1912058;1912981;43;*; ;comp;misc_b;1913025;1913256;130;*; fin;;CDS;1913387;1914049;;; deb;comp;CDS;1973889;1974761;222;*; ;comp;tRNA;1974984;1975058;39;*;atgi fin;comp;CDS;1975098;1976867;;; deb;comp;CDS;1983694;1984659;122;*; ;comp;tRNA;1984782;1984856;12;*;gag ;comp;tRNA;1984869;1984942;111;*;cag ;comp;tRNA;1985054;1985127;106;*;cag fin;comp;CDS;1985234;1985980;;; deb;;CDS;2070538;2072085;193;*; ;comp;rRNA;2072279;2072395;228;*;5s ;comp;rRNA;2072624;2075529;298;*;23s ;comp;tRNA;2075828;2075903;66;*;gca ;comp;tRNA;2075970;2076046;94;*;atc ;comp;rRNA;2076141;2077705;265;*;16s fin;comp;CDS;2077971;2079029;;; deb;;CDS;2147697;2148251;91;*; ;;tRNA;2148343;2148418;70;*;gcg fin;comp;CDS;2148489;2148716;;; deb;comp;CDS;2285667;2286665;451;*; ;comp;tRNA;2287117;2287192;45;*;aaa fin;comp;CDS;2287238;2288464;;; deb;comp;CDS;2301950;2302531;486;*; ;comp;tRNA;2303018;2303094;45;*;gtg fin;comp;CDS;2303140;2303844;;; deb;comp;CDS;2322585;2323169;393;*; ;comp;tRNA;2323563;2323636;196;*;ggg fin;;CDS;2323833;2328641;;0; </pre> ====afn intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_entre_cds|afn intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> afn;23.2.22 Paris;;afn 30.8.20;;;;;;; afn;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquenceffrequence5 ;'''négatif;307;15.1;'''négatif ;-10;14;-1 à -83;'''2 329 769;-1;307 ;'''zéro;11;0.5;;;;;'''intercals;0;11 ;'''1 à 200;1324;65.0;'''0 à 200;66;58;;'''220 467;5;127 ;'''201 à 370;304;14.9;'''201 à 370;267;49;;'''9.5%;10;57 ;'''371 à 600;69;3.4;'''371 à 600;449;59;;;15;164 ;'''601 à max;23;1.1;'''601 à 992;743;108;;;20;87 ;'''total 2038;<201;80.6;'''total 2034;105;133;-83 à 992;;25;65 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquenceffréquence6;cumul et %;intercal;<u>fréquenceffréquence-1;30;47 1555671;2261;-1;307;-70;5;;0;11;35;37 1949615;1154;0;11;-60;3;;-1;°38;40;32 1841522;1130;1;°39;-50;3;;-2;0;45;25 1001677;992;2;27;-40;4;;-3;0;50;28 434858;957;3;20;-30;10;'''min à -1;-4;°130;55;31 865205;922;4;°28;-20;17;307;-5;0;60;29 463581;845;5;13;-10;48;15.1%;-6;1;65;23 1969579;795;6;9;0;228;;-7;6;70;24 1287774;772;7;5;10;184;;-8;°41;75;32 843665;744;8;7;20;251;;-9;1;80;17 1081454;736;9;°20;30;112;;-10;1;85;25 34;721;10;16;40;69;;-11;°19;90;28 1347444;718;11;29;50;53;;-12;0;95;16 2155062;701;12;°46;60;60;;-13;5;100;29 1227328;693;13;30;70;48;;-14;°8;105;20 893831;683;14;22;80;49;;-15;0;110;22 1185969;679;15;°37;90;53;'''1 à 100;-16;3;115;28 1657318;677;16;24;100;45;923;-17;°10;120;22 1282010;667;17;10;110;42;45.3%;-18;0;125;29 872797;649;18;°25;120;50;;-19;2;130;29 1240102;647;19;13;130;58;;-20;°6;135;24 1246797;636;20;15;140;55;;-21;0;140;31 117980;628;21;°21;150;42;;-22;0;145;20 867763;580;22;14;160;41;;-23;°4;150;22 406827;567;23;11;170;38;'''1 à 200;-24;0;155;18 1121221;551;24;°10;180;24;1324;-25;0;160;23 2231462;551;25;9;190;26;65%;-26;4;165;21 901417;550;26;6;200;25;;-27;0;170;17 39288;548;27;°15;210;25;;-28;0;175;11 791634;544;28;10;220;32;;-29;°3;180;13 1481233;542;29;5;230;34;;-30;0;185;8 691218;519;30;°11;240;33;'''0 à 200;-31;2;190;18 1388835;517;31;7;250;18;1335;-32;2;195;16 2163709;515;32;7;260;16;;total;297;200;9 1189403;513;33;5;270;21;;reste;21;205;15 1783994;508;34;°10;280;16;;;318;210;10 1749779;507;35;8;290;11;;;;215;18 847959;503;36;6;300;17;;intercal;<u>fréquencef;220;14 1268481;502;37;8;310;15;;600;2015;225;23 ;;38;6;320;8;;620;;230;11 ;;39;8;330;13;;640;2;235;14 ;;40;4;340;9;'''201 à 370;660;2;240;19 ;;reste;1104;350;12;304;680;3;245;7 ;;total;2038;360;10;14.9%;700;2;250;11 ;;;;370;14;;720;2;255;5 2109623;-113;shift2;425;380;8;;740;2;260;11 598105;-83;comp;;390;7;;760;1;265;7 1667526;-79;shift2;915;400;7;;780;1;270;14 2031132;-74;shift2;614;410;1;;800;1;275;5 935587;-71;shift2;518;420;5;;820;;280;11 2283155;-68;shift2;1952;430;2;;840;;285;8 846262;-67;shift2;132;440;4;;860;1;290;3 1528664;-67;shift2;108;450;4;;880;;295;7 1794682;-59;shift2;1601;460;3;;900;;300;10 808710;-53;shift2;1034;470;1;;920;;305;10 1101239;-50;shift2;2423;480;5;;940;1;310;5 287845;-45;;;490;1;;960;1;315;4 532761;-44;;;500;5;;980;;320;4 50634;-41;;;510;4;;1000;1;325;8 434100;-40;;;520;4;;1020;;330;5 276227;-38;;;530;0;;1040;;335;3 629222;-38;;;540;0;'''371 à 600;1060;;340;6 1090320;-37;;;550;4;69;1080;;345;9 503812;-35;;;560;2;3.4%;1100;;350;3 1225885;-35;;;570;1;;1120;;355;3 1260789;-35;;;580;1;'''601 à max;1140;1;360;7 706234;-32;;;590;0;23;1160;1;365;8 2148489;-32;;;600;0;1.1%;;22;370;6 460032;-31;;;reste;23;;reste;1;reste;92 1743849;-31;;;total;2038;;total;2038;total;2038 </pre> ====afn intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> afn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; 46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; afn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;29;-227;419;16;486;261;max40,140;&-95;712;-1690;137;722;250;min50 31 à 400;;;;;;;2 parties;&9.5;-42;-63;38;904;147;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;75;40;-;303;poly;183;tF;&197;65;;425;poly;297;SF 31 à 400;;;;;;;;&92;36;-;859;dte;45;tm </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.607;-0.017;0.108;;;;;-0.369;;;;;; 1-n;-0.008;-0.467;-0.407;;;;;;;;;14.8.21 paris;; afn;fx;fc;;afn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;afn;Sx-;Sc- 0;2;9;;0;6;7;0;2;9;>0;344;-1;0;38 10;4;180;;10;12;136;1;1;38;<0;4;-2;0;0 20;3;248;;20;9;188;2;2;25;zéro;2;-3;0;0 30;8;104;;30;24;79;3;0;20;total;350;-4;1;129 40;21;48;;40;64;36;4;0;28;;c;-5;0;0 50;15;38;;50;46;29;5;0;13;>0;1376;-6;0;1 60;16;44;;60;49;33;6;0;9;<0;303;-7;0;6 70;5;42;;70;15;32;7;0;5;zéro;9;-8;0;41 80;8;41;;80;24;31;8;0;7;total;1688;-9;0;1 90;8;45;;90;24;34;9;1;19;;;-10;0;1 100;11;34;;100;34;26;10;0;16;total;2038;-11;0;19 110;10;32;;110;30;24;11;1;28;;;-12;0;0 120;8;42;;120;24;32;12;0;46;;;-13;0;5 130;16;42;;130;49;32;13;1;29;;;-14;0;8 140;21;34;;140;64;26;14;0;22;;;-15;0;0 150;13;29;;150;40;22;15;0;37;;;-16;0;3 160;14;27;;160;43;20;16;0;24;;;-17;0;10 170;10;28;;170;30;21;17;0;10;;;-18;0;0 180;2;22;;180;6;17;18;0;25;;;-19;0;2 190;13;13;;190;40;10;19;1;12;;;-20;0;6 200;13;12;;200;40;9;20;0;15;;;-21;0;0 210;10;15;;210;30;11;21;1;20;;;-22;0;0 220;12;20;;220;37;15;22;1;13;;;-23;0;4 230;9;25;;230;27;19;23;0;11;;;-24;0;0 240;12;21;;240;37;16;24;1;9;;;-25;0;0 250;6;12;;250;18;9;25;0;9;;;-26;0;4 260;7;9;;260;21;7;26;1;5;;;-27;0;0 270;5;16;;270;15;12;27;1;14;;;-28;0;0 280;6;10;;280;18;8;28;0;10;;;-29;0;3 290;5;6;;290;15;5;29;2;3;;;-30;0;0 300;8;9;;300;24;7;30;1;10;;;-31;0;2 310;4;11;;310;12;8;31;2;5;;;-32;0;2 320;4;4;;320;12;3;32;2;5;;;-33;0;0 330;4;9;;330;12;7;33;2;3;;;-34;0;0 340;1;8;;340;3;6;34;5;5;;;-35;0;3 350;3;9;;350;9;7;35;2;6;;;-36;0;0 360;2;8;;360;6;6;36;3;3;;;-37;0;1 370;4;10;;370;12;8;37;0;8;;;-38;0;2 380;3;5;;380;9;4;38;3;3;;;-39;0;0 390;3;4;;390;9;3;39;2;6;;;-40;1;0 400;1;6;;400;3;5;40;0;4;;;-41;0;1 reste;16;54;;;;;reste;308;796;;;-42;0;0 total;346;1385;;t30;46;402;total;346;1385;;;-43;0;0 diagr;328;1322;;;;;diagr;36;580;;;-44;0;1 - t30;313;790;;;;;;;;;;-45;1;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;reste;1;9 ;;;;;;;;;;;;total;4;303 </pre> ====afn intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_négatifs_S-|afn intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;1;;;;;;1;4 continu;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303 </pre> 14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;4 ;Sc-;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303 </pre> ====afn autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires|afn autres intercalaires]] <pre> afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1; deb;°CDS;23699;319;;;deb;°CDS;635289;300;;;deb;°CDS;1485384;59;comp ;$rRNA;24678;359;;;;$rRNA;636984;94;;;;misc_binding;1487132;146;comp ;$rRNA;26602;228;;;;&tRNA;638643;66;;;fin;°CDS;1487523;;comp ;$rRNA;29736;286;;;;&tRNA;638786;273;;;deb;°CDS;1536256;68; fin;°CDS;30139;;;;;$rRNA;639135;139;;;;regulatory;1537998;113; deb;°CDS;35919;105;;;;$rRNA;642180;296;;;fin;°CDS;1538188;; ;&tRNA;36819;105;;;fin;°CDS;642593;;;;deb;°CDS;1553542;24; fin;°CDS;37000;;;;deb;°CDS;677296;181;;;;&tRNA;1555201;393; deb;°CDS;56077;346;;;;misc_feature;678359;368;;;fin;°CDS;1555671;;comp ;$rRNA;57713;359;;;fin;°CDS;678779;;;;deb;°CDS;1567689;21;comp ;$rRNA;59637;228;;;deb;°CDS;711704;96;;;;&tRNA;1567911;93;comp ;$rRNA;62772;266;;;;&tRNA;712229;18;;;fin;°CDS;1568093;;comp fin;°CDS;63155;;comp;;;&tRNA;712323;3;;;deb;°CDS;1612826;158; deb;°CDS;168443;122;;;;&tRNA;712402;16;;;;&tRNA;1613773;215;comp ;&tRNA;169459;361;;;;&tRNA;712494;61;;;fin;°CDS;1614079;;comp fin;°CDS;169896;;comp;;fin;°CDS;712639;;comp;;deb;°CDS;1668440;42;comp deb;°CDS;181646;89;comp;;deb;°CDS;723480;80;;;;ncRNA;1668962;51;comp ;misc_binding;182746;130;comp;;;&tRNA;724421;134;comp;;fin;°CDS;1669196;;comp fin;°CDS;183117;;comp;;fin;°CDS;724632;;;;deb;°CDS;1701767;76; deb;°CDS;183775;510;comp;;deb;°CDS;774399;214;;;;&tRNA;1702659;91; ;misc_binding;185671;146;;;;&tRNA;774880;4;;;fin;°CDS;1702836;;comp fin;°CDS;186056;;;;;&tRNA;774961;8;;;deb;°CDS;1710214;512; deb;°CDS;249164;195;;;;&tRNA;775045;9;;;;$rRNA;1711770;228;comp ;&tRNA;249791;51;;;;&tRNA;775129;13;;;;$rRNA;1712115;359;comp fin;°CDS;249919;;comp;;;&tRNA;775216;111;;;;$rRNA;1715381;391;comp deb;°CDS;253385;90;;;fin;°CDS;775416;;;;fin;°CDS;1717337;;comp ;misc_binding;254915;84;;;deb;°CDS;796146;73;;;deb;°CDS;1823002;379;comp fin;°CDS;255255;;;;;&tRNA;796654;159;;;;&tRNA;1823852;6;comp deb;°CDS;273899;200;comp;;fin;°CDS;796888;;;;;&tRNA;1823934;8;comp ;&tRNA;274627;188;comp;;deb;°CDS;841590;119;;;;&tRNA;1824017;83;comp fin;°CDS;274892;;;;;&tRNA;842393;2;;;fin;°CDS;1824176;;comp deb;°CDS;310188;131;;;;&tRNA;842472;8;;;deb;°CDS;1907578;182;comp ;&tRNA;311123;22;;;;&tRNA;842556;9;;;;&tRNA;1909446;53;comp ;&tRNA;311221;5;;;;&tRNA;842640;127;;;;ncRNA;1909590;115; ;&tRNA;311311;3;;;fin;°CDS;842841;;;;deb;°CDS;1909805;136; ;&tRNA;311390;6;;;deb;°CDS;881739;121;;;;&tRNA;1911342;23; ;&tRNA;311472;74;;;;repeat_region;882151;278;;;fin;°CDS;1911453;; fin;°CDS;311623;;;;fin;°CDS;886449;;;;deb;°CDS;1912058;43;comp deb;°CDS;359181;58;;;deb;°CDS;889017;71;;;;misc_binding;1913025;130;comp ;regulatory;360286;52;;;;&tRNA;889670;156;;;fin;°CDS;1913387;; fin;°CDS;360447;;;;fin;°CDS;889903;;;;deb;°CDS;1973889;222;comp deb;°CDS;378908;485;;;deb;°CDS;905286;58;;;;&tRNA;1974984;39;comp ;$rRNA;380482;251;;;;&tRNA;906136;102;;;fin;°CDS;1975098;;comp ;$rRNA;382298;229;;;fin;°CDS;906313;;;;deb;°CDS;1983694;122;comp ;$rRNA;385434;262;;;deb;°CDS;913707;78;;;;&tRNA;1984782;12;comp fin;°CDS;385813;;comp;;;regulatory;916065;91;;;;&tRNA;1984869;111;comp deb;°CDS;414288;246;;;fin;°CDS;916256;;;;;&tRNA;1985054;106;comp ;regulatory;416478;98;;;deb;°CDS;947642;32;;;fin;°CDS;1985234;;comp fin;°CDS;416689;;;;;ncRNA;948598;38;;;deb;°CDS;2070538;193; deb;°CDS;460654;266;;;fin;°CDS;948982;;;;;$rRNA;2072279;228;comp ;&tRNA;461553;3;;;deb;°CDS;1017827;92;comp;;;$rRNA;2072624;298;comp ;&tRNA;461631;8;;;;misc_binding;1018936;36;;;;&tRNA;2075828;66;comp ;&tRNA;461714;50;;;fin;°CDS;1019167;;;;;&tRNA;2075970;94;comp ;&tRNA;461840;11;;;deb;°CDS;1020207;137;;;;$rRNA;2076141;265;comp ;&tRNA;461928;8;;;;&tRNA;1022783;2;;;fin;°CDS;2077971;;comp ;&tRNA;462010;145;;;;&tRNA;1022862;1;;;deb;°CDS;2147697;91; fin;°CDS;462232;;;;;&tRNA;1022938;112;;;;&tRNA;2148343;70; deb;°CDS;466993;232;;;fin;°CDS;1023124;;;;fin;°CDS;2148489;;comp ;misc_binding;468950;36;;;deb;°CDS;1111497;73;comp;;deb;°CDS;2285667;451;comp fin;°CDS;469185;;;;;misc_binding;1112790;267;comp;;;&tRNA;2287117;45;comp deb;°CDS;526396;54;;;fin;°CDS;1113303;;;;fin;°CDS;2287238;;comp ;&tRNA;526984;30;;;deb;°CDS;1305277;298;;;deb;°CDS;2301950;486;comp ;&tRNA;527101;52;;;;regulatory;1306436;70;;;;&tRNA;2303018;45;comp ;&tRNA;527239;268;;;fin;°CDS;1306616;;;;fin;°CDS;2303140;;comp fin;°CDS;527594;;comp;;deb;°CDS;1328649;26;;;deb;°CDS;2322585;393;comp deb;°CDS;570200;65;comp;;;tmRNA;1328957;406;;;;&tRNA;2323563;196;comp ;regulatory;571573;209;comp;;fin;°CDS;1329712;;comp;;fin;°CDS;2323833;; fin;°CDS;571879;;;;deb;°CDS;1403493;52;comp;;;;;; deb;°CDS;577378;131;;;;misc_binding;1404547;111;comp;;;;;; ;&tRNA;578049;194;;;fin;°CDS;1404901;;comp;;;;;; fin;°CDS;578318;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====afn intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_tRNA|afn intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;105;;105;;21;23;deb; ;;;122;comp’;361;;24;39;<201;20 ;;;195;comp’;51;;54;45;total;25 ;3 8 50 11 8;;200;comp’;188;;58;70;%;80% ;;;131;;145;;71;83;; ;30 52;;54;comp’;268;;73;93;fin; ;;;131;;194;;76;102;<201;17 ;18 3 16;;96;comp’;61;;91;105;total;18 ;;comp’;80;comp’;134;;96;106;%;94% ;4 8 9 13;;214;;111;;105;111;; ;;;73;;159;;119;112;total; ;2 8 9;;119;;127;;122;127;<201;37 ;;;71;;156;;122;145;total;43 ;;;58;;102;;131;156;%;86% ;2 1;;137;;112;;131;159;; ;;;24;comp’;393;;136;194;; ;;;21;;93;;137;196;; ;;comp’;158;;215;;182;215;; ;;;76;comp’;91;;195;;; ;6 8;;379;;83;;200;;; ;;;182;;;;214;;; ;;;136;;23;;222;;; ;;;222;;39;;379;;; ;12 111;;122;;106;;393;;; ;;;91;comp’;70;;451;;comp’;cumuls ;;;451;;45;;80;51;deb;2 ;;;393;comp’;196;;158;61;<201;100% ;;;;;;;;91;fin; ;;;;;;;;134;<201;5 ;deb;fin;total;;;;;188;total;8 <201;22;22;44;;;;;268;%;63% total;27;26;53;;;;;361;total;10 taux;81%;85%;83%;;;;;393;<201;70% </pre> ====afn par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_par_rapport_au_groupe_de_référence|afn par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;11;3;2;;;;16; 16;moyen;5;12;;;;4;21; 14;fort;4;19;;;;;23; ; ;20;34;2;;;4;60; 10;g+cga;6;2;2;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;3;1;;;;;4; 5;autres;;;;;;;; ;;11;3;2;;;;16; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;183;50;33;;;;267;26 16;moyen;83;200;0;;;67;350;324 14;fort;67;317;0;;;;383;650 ; ;333;567;33;;;67;60;729 10;g+cgg;100;33;33;;;;167;10 2;agg+cga;33;;;;;;33; 4;carre ccc;50;17;;;;;67;16 5;autres;;;;;;;; ;;183;50;33;;;;267; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;afn;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;196;54;36;286;26;55;9; 16;moyen;89;214;;304;324;25;35; 14;fort;71;339;;411;650;20;56; ; ;357;607;36;56;729;20;34; 10;g+cgg;107;36;36;179;10;55;; 2;agg+cga;36;;;36;;18;; 4;carre ccc;54;18;;71;16;27;; 5;autres;;;;;;;; ;;196;54;36;286;;11;; </pre> ===negativicutes, estimation des -rRNAs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes,_estimation_des_-rRNAs|negativicutes, estimation des -rRNAs]] <pre> negativicutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 9 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;9;149; ; ;;indices;;;;9;1656;0;0;;neg1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;56 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;33;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;2;tac;4;tgc;2;;ttc;67;tcc;22;tac;44;tgc;22;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;18;acc;;aac;11;agc;3;;atc;200;acc;;aac;122;agc;33;;atc;;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;6;;ctc;22;ccc;;cac;56;cgt;67;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;78;ggc;33;;gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4 tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;44;tca;11;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;56;aaa;56;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;2;caa;6;cga;;;cta;11;cca;22;caa;67;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;7;gca;21;gaa;6;gga;4;;gta;78;gca;233;gaa;67;gga;44;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;6;;ttg;22;tcg;;tag;;tgg;67;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;11;aag;22;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;22;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;69;;75;;5;149;;;;767;;833;;56;1656;;;;16;;24;;16;56 11.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;22.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;9;571;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;5600 atgi;78;tct;;tat;;atgf;133;;atgi;89;tct;;tat;;atgf;167;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;89;tac;133;tgc;122;;ttc;189;tcc;111;tac;178;tgc;144;;ttc;200;tcc;100;tac;100;tgc;200 atc;-11;acc;122;aac;167;agc;89;;atc;189;acc;122;aac;289;agc;122;;atc;;acc;100;aac;200;agc;100 ctc;100;ccc;78;cac;56;cgt;111;;ctc;122;ccc;78;cac;111;cgt;178;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100 gtc;89;gcc;78;gac;189;ggc;333;;gtc;89;gcc;78;gac;267;ggc;367;;gtc;100;gcc;100;gac;300;ggc;400 tta;78;tca;100;taa;;tga;11;;tta;122;tca;111;taa;;tga;11;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;;aca;89;aaa;167;aga;100;;ata;;aca;144;aaa;222;aga;100;;ata;;aca;100;aaa;200;aga;100 cta;89;cca;100;caa;78;cga;22;;cta;100;cca;122;caa;144;cga;22;;cta;100;cca;100;caa;100;cga; gta;189;gca;0;gaa;211;gga;67;;gta;267;gca;233;gaa;278;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;200;gga;100 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;78;;ttg;122;tcg;100;tag;;tgg;144;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;122;acg;89;aag;89;agg;100;;atgj;133;acg;100;aag;111;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;89;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;111;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;200;ccg;100;cag;200;cgg;100 gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1300;;2089;;1300;4689;;;;2067;;2922;;1356;6344;;;;1600;;2400;;1600;5600 rapports;;63;;71;;96;74;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;88;tct;;tat;;atgf;80;;fiches;50.667;;;fréquences;;;;;atgi;22;tct;;tat;;atgf;25 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;456;;;0/0;2;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;152;;;10;11;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;9;;;20;13;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;65;tcc;80;tac;75;tgc;85;;;;;;30;9;;;;ttc;39;tcc;11;tac;25;tgc;39 atc;-6;acc;100;aac;58;agc;73;;neg1;56;;;40;5;;;;atc;100;acc;18;aac;17;agc;11 ctc;82;ccc;100;cac;50;cgt;63;;sans;56;;;50;3;41;;;ctc;0;ccc;22;cac;44;cgt;10 gtc;100;gcc;100;gac;71;ggc;91;;avec;4;;;60;2;;;;gtc;11;gcc;22;gac;37;ggc;17 tta;64;tca;90;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;22;tca;0;taa;;tga;100 ata;;aca;62;aaa;75;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;11;aaa;17;aga;0 cta;89;cca;82;caa;54;cga;100;;L’estimation par nega;;;;90;0;;;;cta;11;cca;0;caa;22;cga;100 gta;71;gca;0;gaa;76;gga;60;;est 10% au dessus;;;;100;3;;;;gta;6;gca;;gaa;5;gga;33 ttg;82;tcg;100;tag;;tgg;54;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;0;tag;;tgg;22 atgj;92;acg;89;aag;80;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;18;acg;11;aag;11;agg;0 ctg;80;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;56;ccg;22;cag;39;cgg;0 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;56;gcg;44;gag;44;ggg;11 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;275;;263;;294;832 </pre> ===clostridia synthèse=== ====clostridia distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_génome|clostridia distribution par génome]] <pre> clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total psor;12;5;4;72;;7;;4;104 cdc;4;4;2;70;;3;;;83 cdc8;4;5;2;89;;4;;4;108 cbc*;36;10;;0;;0;;6;52 cbn;52;12;2;6;3;4;;7;86 cle;40;19;;26;3;9;;8;105 hmo;37;12;;39;;11;;10;109 cbei;63;11;3;0;;4;;12;93 ;;;;;;;;; total;248;78;13;302;6;42;0;51;740 </pre> ====clostridia distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_du_total|clostridia distribution du total]] <pre> clos8;;;;;;;628;;;;;;;;;57;;;;;;;;;55 atgi;10;tct;;tat;;atgf;22;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;1;acc;1;aac;7;agc;1;;atc;11;acc;;aac;5;agc; ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;4;;gtc;;gcc;5;gac;;ggc; tta;22;tca;19;taa;;tga;3;;tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;;aga; cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;41;gca;;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;5;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;26;gaa;;gga;5 ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;11;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;248;78;13;302;6;42;740;;;;;;51;6;;57;;total;8;;13;;;42;55 ;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;;;;;;;;; </pre> ====clostridia distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_type|clostridia distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> clos8;;;;;;;628;;clos8;1208;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302 atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11 att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;1;tcc;6;tac;;tgc;1;;ttc;6;tcc;;tac;10;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;12;tcc;1;tac;13;tgc;10 atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;;acc;3;aac;1;agc;3;;atc;;acc;3;aac;5;agc;5;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;3;acc;3;aac;16;agc;5 ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;8;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;2;cac;8;cgt;7 gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;15;ggc;11;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;17;ggc;9 tta;22;tca;19;taa;0;tga;3;;tta;;tca;1;taa;;tga;3;;tta;11;tca;6;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;11;tca;10;taa;;tga; ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;1;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;15;aaa;14;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;13;aaa;17;aga;14 cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;5;cca;4;caa;;cga;1;;cta;6;cca;10;caa;8;cga;3;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;11;caa;14;cga; gta;41;gca;0;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;13;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;21;gca;;gaa;19;gga;15 ttg;9;tcg;2;tag;0;tgg;11;;ttg;8;tcg;2;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4 atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;4;aag;1;agg;5;;atgj;10;acg;;aag;5;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;13;acg;;aag;;agg; ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;3;ccg;1;cag;3;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;1;gag;3;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;248;78;13;302;6;42;740;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====clostridia par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_par_rapport_au_groupe_de_référence|clostridia par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;31;19;2;6;2;5;65; 16;moyen;36;66;4;101;20;42;269; 14;fort;11;155;2;195;29;14;406; ; ;78;240;8;302;51;61;740; 10;g+cga;16;13;;2;;;31; 2;agg+cgg;5;2;;;1;;8; 4;carre ccc;4;4;;4;1;5;13; 5;autres;6;;2;;;;8; ;;31;19;2;6;2;5;65; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;42;26;3;8;3;7;88;26 16;moyen;49;89;5;136;27;57;364;324 14;fort;15;209;3;264;39;19;549;650 ; ;105;324;11;408;69;82;740;729 10;g+cga;22;18;;3;;;42;10 2;agg+cgg;7;3;;;1;;11; 4;carre ccc;5;5;;5;1;7;18;16 5;autres;8;0;3;0;;;11; ;;42;26;3;8;3;7;88; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;95;58;6;160;26;40;8; 16;moyen;110;202;12;325;324;46;28; 14;fort;34;475;6;515;650;14;65; ; ;239;736;25;326;729;78;240; 10;g+cga;49;40;;89;10;52;; 2;agg+cgg;15;6;;21;;16;; 4;carre ccc;12;12;;25;16;13;; 5;autres;18;;6;25;;19;; ;;95;58;6;160;;31;; </pre> ====clostridia, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia,_estimation_des_-rRNAs|clostridia, estimation des -rRNAs]] <pre> clostridia;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 43 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;43;856; ; ;;indices;;;;43;1991;;;;clos8;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;326 atgi;29;tct;;tat;;atgf;30;;atgi;67;tct;;tat;;atgf;70;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;1 ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;44;tcc;1;tac;26;tgc;16;;ttc;102;tcc;2.3;tac;60;tgc;37;;ttc;7;tcc;6;tac;10;tgc;6 atc;72;acc;10;aac;64;agc;11;;atc;167;acc;23;aac;149;agc;26;;atc;;acc;6;aac;6;agc;8 ctc;2;ccc;3;cac;12;cgt;8;;ctc;4.7;ccc;7.0;cac;28;cgt;19;;ctc;3;ccc;2;cac;8;cgt;4 gtc;4;gcc;12;gac;40;ggc;23;;gtc;9.3;gcc;28;gac;93;ggc;53;;gtc;2;gcc;1;gac;15;ggc;11 tta;19;tca;13;taa;;tga;;;tta;44;tca;30;taa;;tga;;;tta;11;tca;9;taa;;tga;3 ata;;aca;29;aaa;48;aga;21;;ata;;aca;67;aaa;112;aga;49;;ata;1;aca;17;aaa;14;aga;10 cta;18;cca;17;caa;25;cga;1;;cta;42;cca;40;caa;58;cga;2.3;;cta;11;cca;14;caa;8;cga;4 gta;38;gca;92;gaa;45;gga;31;;gta;88;gca;214;gaa;105;gga;72;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;14 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;9;;ttg;;tcg;2.3;tag;;tgg;21;;ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;7 atgj;18;acg;3;aag;2;agg;1;;atgj;42;acg;7.0;aag;4.7;agg;2.3;;atgj;10;acg;4;aag;6;agg;6 ctg;5;ccg;2;cag;1;cgg;3;;ctg;12;ccg;4.7;cag;2.3;cgg;7.0;;ctg;4;ccg;1;cag;4;cgg;1 gtg;1;gcg;;gag;4;ggg;2;;gtg;2.3;gcg;;gag;9.3;ggg;4.7;;gtg;1;gcg;1;gag;3;ggg;3 ;;346;;468;;42;856;;;;805;;1088;;98;1991;;;;107;;168;;51;326 27.5.20 Tanger;;;;clos;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;clos8;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;11144;4.0;0.6;;indices;sans +16s;;;174;11144;4.0;0.6;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;92;tct;1.1;tat;;atgf;117;;atgi;159;tct;1.1;tat;;atgf;187;;atgi;13;tct;;tat;;atgf;138 att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;;act;;aat;;agt;13 ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;38;cct;;cat;;cgc; gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;104;tcc;101;tac;127;tgc;114;;ttc;206;tcc;103;tac;187;tgc;151;;ttc;88;tcc;75;tac;125;tgc;75 atc;-15;acc;79;aac;99;agc;107;;atc;152;acc;102;aac;248;agc;133;;atc;;acc;75;aac;75;agc;100 ctc;76;ccc;55;cac;112;cgt;97;;ctc;81;ccc;62;cac;140;cgt;116;;ctc;38;ccc;25;cac;100;cgt;50 gtc;44;gcc;33;gac;149;ggc;167;;gtc;53;gcc;61;gac;242;ggc;220;;gtc;25;gcc;13;gac;188;ggc;138 tta;128;tca;112;taa;1.1;tga;55;;tta;172;tca;142;taa;1.1;tga;55;;tta;138;tca;113;taa;;tga;38 ata;2.9;aca;151;aaa;159;aga;125;;ata;2.9;aca;218;aaa;271;aga;174;;ata;13;aca;213;aaa;175;aga;125 cta;106;cca;123;caa;98;cga;46;;cta;148;cca;163;caa;156;cga;48;;cta;138;cca;175;caa;100;cga;50 gta;198;gca;5;gaa;134;gga;171;;gta;286;gca;219;gaa;239;gga;243;;gta;250;gca;;gaa;213;gga;175 ttg;108;tcg;81;tag;2.3;tgg;99;;ttg;108;tcg;83;tag;2.3;tgg;120;;ttg;113;tcg;25;tag;;tgg;88 atgj;90;acg;70;aag;115;agg;94;;atgj;132;acg;77;aag;120;agg;96;;atgj;125;acg;50;aag;75;agg;75 ctg;64;ccg;59;cag;75;cgg;53;;ctg;76;ccg;64;cag;77;cgg;60;;ctg;50;ccg;13;cag;50;cgg;13 gtg;32;gcg;35;gag;74;ggg;65;;gtg;34;gcg;35;gag;83;ggg;70;;gtg;13;gcg;13;gag;38;ggg;38 ;;1426;;1894;;1080;4400;;;;2231;;2982;;1177;6390;;;;1325;;2100;;638;4063 rapports;;64;;64;;92;69;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;58;tct;;tat;;atgf;63;;fiches;47.674;;;fréquences;;;;;atgi;86;tct;100;tat;;atgf;15 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2050;;;0/0;;;;;att;100;act;;aat;;agt;95 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;888;;;10;11;;;;ctt;59;cct;100;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;43;;;20;6;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt; ttc;50;tcc;98;tac;68;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;16;tcc;26;tac;1;tgc;34 atc;-10;acc;77;aac;40;agc;81;;clos8;40.75;;;40;5;;;;atc;100;acc;5;aac;24;agc;7 ctc;94;ccc;89;cac;80;cgt;84;;sans;326;;;50;4;36;;;ctc;51;ccc;55;cac;11;cgt;49 gtc;82;gcc;54;gac;62;ggc;76;;avec;752;;;60;3;;;;gtc;43;gcc;62;gac;21;ggc;17 tta;74;tca;79;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;4;;;;tta;7;tca;1;taa;100;tga;32 ata;100;aca;69;aaa;59;aga;72;;;;;;80;3;;;;ata;77;aca;29;aaa;9;aga;0 cta;72;cca;75.7;caa;63;cga;95;;L’estimation par clos8;;;;90;1;;;;cta;23;cca;29;caa;2;cga;9 gta;69;gca;2;gaa;56;gga;70;;est 15 % en dessous;;;;100;2;;;;gta;21;gca;100;gaa;37;gga;2 ttg;100;tcg;97;tag;;tgg;83;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;4;tcg;69;tag;100;tgg;12 atgj;68;acg;91;aag;96;agg;98;;43;;100;;;49;;;;atgj;28;acg;29;aag;35;agg;20 ctg;85;ccg;93;cag;97;cgg;88;;atc;59;152;;;;;;;ctg;22;ccg;79;cag;33;cgg;76 gtg;93;gcg;100;gag;89;ggg;93;;gca;73;219;;;;;;;gtg;61;gcg;64;gag;49;ggg;43 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;265;;272;;944;1481 </pre> ==gamma== ===Shewanella=== ====spl opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_opérons|spl opérons]] <pre> 39.1%GC;30.6.19 Paris;16s 11;147;doubles;intercalaires ;Shewanella pealeana;;;; ;45136..46685;;16s;@1;339 ;47025..49946;;23s;;112 ;50059..50174;;5s;; ;;;;; ;51490..53039;;16s;;339 ;53379..56298;;23s;;114 ;56413..56528;;5s;; ;;;;; ;182271..183820;;16s;@2;71 ;183892..183968;;atc;;65 ;184034..184109;;gca;;364 ;184474..187395;;23s;;112 ;187508..187623;;5s;;100 ;187724..187800;;gac;; ;;;;; ;191614..191689;;aca;;8 ;191698..191782;;tac;;35 ;191818..191891;;gga;; ;;;;; ;235182..236731;;16s;;374 ;237106..240025;;23s;;114 ;240140..240255;;5s;; ;;;;; ;243631..245180;;16s;;338 ;245519..248440;;23s;;113 ;248554..248669;;5s;;68 ;248738..248813;;acc;;17 ;248831..248946;;5s;; ;;;;; ;416766..416842;;cgg;;39 ;416882..416957;;cac;;41 ;416999..417075;;cca;+;58 ;417134..417210;;cca;2 cca; ;;;;; ;493711..495260;;16s;;339 ;495600..498519;;23s;;114 ;498634..498749;;5s;; ;;;;; ;641376..641466;;tca;@3;1172 ;642639..642729;;tca;; ;;;;; ;645847..647396;;16s;;71 ;647468..647544;;atc;;65 ;647610..647685;;gca;;329 ;648015..650937;;23s;;156 ;651094..651209;;5s;; ;;;;; ;728115..728199;;ttg;; ;;;;; comp;1168942..1169018;;atgi;; ;;;;; comp;1339706..1339781;;aca;+;52 comp;1339834..1339909;;ttc;2 ttc;539 comp;1340449..1340524;;aca;2 aca;52 comp;1340577..1340652;;ttc;; ;;;;; comp;1342467..1342542;;aca;;52 comp;1342595..1342670;;ttc;; ;;;;; ;1456724..1456815;;agc;;21 ;1456837..1456913;;cgt;+;30 ;1456944..1457020;;cgt;7 cgt;32 ;1457053..1457129;;cgt;3 agc;30 ;1457160..1457236;;cgt;;33 ;1457270..1457346;;cgt;;9 ;1457356..1457447;;agc;;76 ;1457524..1457600;;cgt;;35 ;1457636..1457712;;cgt;;9 ;1457722..1457813;;agc;; ;;;;; comp;1627363..1627438;;agg;; ;;;;; comp;1770483..1770558;;gta;+;37 comp;1770596..1770671;;gta;11 gta;37 comp;1770709..1770784;;gta;;37 comp;1770822..1770897;;gta;;37 comp;1770935..1771010;;gta;;37 comp;1771048..1771123;;gta;;37 comp;1771161..1771236;;gta;;37 comp;1771274..1771349;;gta;;37 comp;1771387..1771462;;gta;;37 comp;1771500..1771575;;gta;;39 comp;1771615..1771690;;gta;; ;;;;; ;1773910..1773985;;gcc;+;80 ;1774066..1774141;;gaa;13 gaa;102 ;1774244..1774319;;gaa;2 gcc;102 ;1774422..1774497;;gaa;;102 ;1774600..1774675;;gaa;;102 ;1774778..1774853;;gaa;;102 ;1774956..1775031;;gaa;;102 ;1775134..1775209;;gaa;;102 ;1775312..1775387;;gaa;;253 ;1775641..1775716;;gaa;;102 ;1775819..1775894;;gaa;;102 ;1775997..1776072;;gaa;;102 ;1776175..1776250;;gaa;;102 ;1776353..1776428;;gaa;;47 ;1776476..1776551;;gcc;; ;;;;; ;2081297..2082846;;16s;;338 ;2083185..2086104;;23s;;114 ;2086219..2086334;;5s;; ;;;;; comp;2143274..2143350;;ccc;; ;;;;; comp;2366164..2366240;;atgf;+;40 comp;2366281..2366357;;atgf;4 atgf;40 comp;2366398..2366474;;atgf;;40 comp;2366515..2366591;;atgf;; ;;;;; ;2376218..2376308;;tca;; ;;;;; ;2379767..2379842;;ggc;;13 ;2379856..2379929;;tgc;;85 ;2380015..2380100;;tta;; ;;;;; ;2550857..2550932;;ggc;;13 ;2550946..2551019;;tgc;+;95 ;2551115..2551200;;tta;3 tgc;634 ;2551835..2551908;;tgc;3 tta;95 ;2552004..2552089;;tta;;479 ;2552569..2552642;;tgc;;132 ;2552775..2552860;;tta;; ;;;;; ;2558019..2558109;;tca;; ;;;;; comp;2717566..2717655;;tcc;; ;;;;; comp;2759730..2759806;;atgf;+;189 comp;2759996..2760072;;atgf;4 atgf;45 comp;2760118..2760194;;gtc;2 gtc;2 comp;2760197..2760273;;atgf;;35 comp;2760309..2760385;;gtc;;13 comp;2760399..2760475;;atgf;; ;;;;; ;2858823..2858907;;tac;+;30 ;2858938..2859022;;tac;5 tac;85 ;2859108..2859192;;tac;;107 ;2859300..2859384;;tac;;107 ;2859492..2859576;;tac;; ;;;;; ;2866268..2866343;;aac;+;45 ;2866389..2866464;;aac;7aac;41 ;2866506..2866581;;aac;;26 ;2866608..2866683;;aac;;32 ;2866716..2866791;;aac;;33 ;2866825..2866900;;aac;;40 ;2866941..2867016;;aac;; ;;;;; comp;2929429..2929505;;gac;+;97 comp;2929603..2929679;;gac;4 gac;97 comp;2929777..2929853;;gac;;83 comp;2929937..2930013;;gac;; ;;;;; comp;3120289..3120364;;aaa;+;58 comp;3120423..3120498;;aaa;12 aaa;58 comp;3120557..3120632;;aaa;;58 comp;3120691..3120766;;aaa;;59 comp;3120826..3120901;;aaa;;57 comp;3120959..3121034;;aaa;;58 comp;3121093..3121168;;aaa;;58 comp;3121227..3121302;;aaa;;59 comp;3121362..3121437;;aaa;;58 comp;3121496..3121571;;aaa;;59 comp;3121631..3121706;;aaa;;59 comp;3121766..3121841;;aaa;; ;;;;; comp;3269860..3269935;;cac;;8 comp;3269944..3270020;;aga;;63 comp;3270084..3270160;;cca;; ;;;;; comp;3757983..3758059;;atgf;; comp;3758163..3758249;;ctc;; ;;;;; comp;3835257..3835331;;caa;+;51 comp;3835383..3835467;;cta;5 caa;131 comp;3835599..3835673;;caa;5 cta;20 comp;3835694..3835778;;cta;3 atg;96 comp;3835875..3835949;;caa;;49 comp;3835999..3836083;;cta;;211 comp;3836295..3836371;;atg;;5 comp;3836377..3836451;;caa;;47 comp;3836499..3836583;;cta;;55 comp;3836639..3836715;;atg;;5 comp;3836721..3836795;;caa;;47 comp;3836843..3836927;;cta;;55 comp;3836983..3837059;;atg;; ;;;;; comp;3862885..3862961;;tgg;+;167 comp;3863129..3863205;;tgg;2 tgg; ;;;;; comp;3867049..3867164;;5s;;114 comp;3867279..3870198;;23s;;338 comp;3870537..3872086;;16s;; ;;;;; ;3882154..3882229;;ttc;; ;;;;; comp;4331488..4331563;;ggc;+;130 comp;4331694..4331769;;ggc;6 ggc;47 comp;4331817..4331892;;ggc;;162 comp;4332055..4332130;;ggc;;16 comp;4332147..4332222;;ggc;;48 comp;4332271..4332346;;ggc;; ;;;;; comp;4616881..4616996;;5s;;112 comp;4617109..4620030;;23s;;364 comp;4620395..4620470;;gca;;65 comp;4620536..4620612;;atc;;71 comp;4620684..4622233;;16s;; ;;;;; comp;5129770..5129846;;gac;;100 comp;5129947..5130062;;5s;;115 comp;5130178..5133097;;23s; ;339 comp;5133437..5134986;;16s;; </pre> ====spl cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_cumuls|spl cumuls]] <pre> spl cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;0;;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;6;20;12;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;27;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;2;60;28;;150;;60;;400; ;max a;3;80;3;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;8;;250;;100;;600; ;spéciaux;0;120;13;;300;;120;;700; ;total aas;9;140;3;;350;;140;;800; sans ;opérons;29;160;0;;400;;160;;900; ;1 aa;8;180;2;;450;;180;;1000; ;max a;15;200;1;;500;;200;;1100; ;a doubles;15;;6;;;;;;; ;total aas;133;;103;;;0;;0;;0 total aas;;142;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;88;;;;;;; ;;;variance;143;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;58;;;;;;; ;;;variance;35;;;;;;; </pre> ====spl blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_blocs|spl blocs]] <pre> spl blocs;;;;;;; 16s;339;339;374;339;338;338; 23s;112;114;114;114;114;114; 5s;;;;;;; ;;;;;;; 16s;71;71;71;16s;338;16s;339 atc;65;65;65;23s;113;23s;115 gca;364;329;364;5s;68;5s;100 23s;112;156;112;acc;17;gac; 5s;100;;;5s;;; gac;;;;;;; </pre> ====spl distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_distribution|spl distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;2 gac;ttc;3;tcc;;tac;;tgc;4;cca2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;cca2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;3;tac5;atc;;acc;;aac;7;agc;;tac5;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;7;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;séquences;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;8;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;(aca ttc)2;tta;4;tca;;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;2;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;(tgc tta)3;ata;;aca;4;aaa;;aga;1;gaa13;ata;;aca;;aaa;12;aga;;gaa13;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;(atf gtc)2;cta;5;cca;1;caa;5;cga;;atgf4+2;cta;;cca;2;caa;;cga;;atgf4+2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;(caa cta atgj)3 ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;cgt5+2;gta;11;gca;;gaa;13;gga;;cgt5+2;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;ou;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;1;(caa cta)5;atgj;3;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total spl;;8;;;;;8;;spl;46;;;;;;46;;spl;79;;;;;;79;;spl;;;;3;;;3 </pre> ====spl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_données_intercalaires|spl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;5s CDS;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;spl;fx;fc;spl;fx40;fc40;spl;x-;c-;c;x;c;x;;c;x;;c;x; 1;0;0;1;17;0;1;17;-1;;126;606;234;16s 23s;;;tRNA tRNA;;suite;tRNA tRNA;;suite ;0;10;8;284;1;0;46;-2;2;0;195;236;4* 349;;;37;;gta;45;;aac ;0;20;19;193;2;0;53;-3;;0;155;320;384;;;37;;gta;41;;aac ;0;30;13;120;3;1;29;-4;5;136;789;-23;3* 348;;;37;;gta;26;;aac 1;0;40;29;86;4;0;22;-5;;0;695;286;5s CDS;;;37;;gta;32;;aac ;0;50;17;74;5;1;16;-6;;0;220;330;703;339;;37;;gta;33;;aac ;0;60;39;80;6;2;13;-7;;10;441;117;727;454;;37;;gta;40;;aac ;0;70;50;72;7;2;14;-8;2;46;913;500;;768;;37;;gta;**;;aac ;0;80;68;100;8;1;29;-9;;0;1058;545;;304;;37;;gta;97;;gac ;1;90;53;92;9;1;29;-10;;8;581;34;;454;;37;;gta;97;;gac 1;0;100;56;90;10;0;33;-11;;28;176;705;;798;;39;;gta;83;;gac ;1;110;38;64;11;2;27;-12;;0;257;977;16s tRNA;;;**;;gta;**;;gac 1;2;120;54;73;12;1;35;-13;;5;104;136;3* 74;;atc;80;;gcc;58;;aaa ;1;130;44;84;13;3;20;-14;;15;134;383;tRNA 23s;;;102;;gaa;58;;aaa 1;1;140;26;56;14;1;29;-15;1;0;455;254;371;;gca;102;;gaa;58;;aaa ;0;150;27;51;15;5;15;-16;;3;216;545;336;;gca;102;;gaa;59;;aaa ;4;160;30;52;16;0;10;-17;1;8;152;184;371;;gca;102;;gaa;57;;aaa ;1;170;31;49;17;3;13;-18;;0;530;98;5s tRNA;;;102;;gaa;58;;aaa ;3;180;36;53;18;2;20;-19;;1;595;291;100;;gac;102;;gaa;58;;aaa 2;1;190;24;43;19;1;14;-20;;7;89;1011;68;;acc;102;;gaa;59;;aaa ;3;200;34;36;20;1;10;-21;;0;178;465;100;;gac;253;;gaa;58;;aaa ;0;210;24;37;21;2;12;-22;;0;192;289;tRNA 5s;;;102;;gaa;59;;aaa ;2;220;25;39;22;1;12;-23;;4;353;187;17;;acc;102;;gaa;59;;aaa ;0;230;25;33;23;0;13;-24;;0;315;;tRNA tRNA;;intra;102;;gaa;**;;aaa 2;0;240;27;32;24;4;19;-25;;0;187;;3* 65;;atc gca;102;;gaa;8;;cac ;0;250;23;25;25;3;3;-26;;2;572;;tRNA tRNA;;;47;;gaa;63;;aga 1;2;260;22;30;26;0;9;-27;;0;124;;8;;aca;**;;gcc;**;;cca ;0;270;23;31;27;2;21;-28;;1;830;;35;;tac;40;;atgf;103;;atgf ;0;280;24;23;28;0;9;-29;;2;193;;**;;gga;40;;atgf;**;;ctc 2;0;290;27;29;29;1;11;-30;;0;255;;39;;cgg;40;;atgf;51;;caa 1;0;300;21;23;30;0;11;-31;;0;157;;41;;cac;**;;atgf;131;;cta ;0;310;18;18;31;3;17;-32;;3;114;;58;;cca;13;;ggc;20;;caa 1;1;320;16;19;32;4;9;-33;;0;162;;**;;cca;85;;tgc;96;;cta 1;0;330;11;18;33;3;8;-34;;1;495;;1172;;tca;**;;tta;49;;caa ;0;340;16;20;34;5;9;-35;;0;180;;**;;tca;13;;ggc;211;;cta ;0;350;13;17;35;2;8;-36;;0;160;;52;;aca;95;;tgc;5;;atgj ;1;360;14;16;36;1;6;-37;;0;663;;539;;ttc;634;;tta;47;;caa ;0;370;15;22;37;4;6;-38;;1;113;;52;;aca;95;;tgc;55;;cta ;0;380;10;9;38;5;10;-39;;0;427;;**;;ttc;479;;tta;5;;atgj 1;0;390;14;10;39;1;7;-40;;0;CDS 16s ;;52;;aca;132;;tgc;47;;caa ;0;400;10;9;40;1;6;-41;;1;647;614;**;;ttc;**;;tta;55;;cta 7;15;reste;230;253;reste;1235;1782;-42;;0;988;687;21;;agc;128;;cat;**;;atgj 23;39;total;1305;2482;total;1305;2482;-43;;1;876;1908;30;;cgt;128;;cat;167;;tgg 15;24;diagr;1074;2212;diagr;69;683;-44;;0;206;1178;32;;cgt;189;;atgf;**;;tgg 0;0; t30;40;597;;;;-45;;0;611;807;30;;cgt;45;;atgf;20;;ggc ;;;;;;;;-46;;0;5s 16s;;33;;cgt;2;;gtc;13;;ggt ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;1319;;9;;cgt;35;;atgf;47;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;23s 5s;;76;;agc;13;;gtc;47;;ggc ;x;1304;12;1;1317;;;-49;;0;8* 132;;35;;cgt;**;;atgf;15;;ggt ;c;2465;414;17;2896;;;-50;;0;2* 133;;9;;cgt;30;;tac;16;;ggc ;;;;;4213;253;;reste;1;5;177;;**;;agc;85;;tac;48;;ggc ;;;;;;4466;;total;12;414;;;;;;107;;tac;**;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;107;;tac;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tac;;; </pre> =====spl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires_aas|spl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;spl;;;;; deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;43968;44525;614;*; ;;rRNA;45140;46682;349;*;16s ;;rRNA;47032;49926;132;*;23s ;;rRNA;50059;50174;1319;*;5s ;;rRNA;51494;53036;349;*;16s ;;rRNA;53386;56280;132;*;23s ;;rRNA;56413;56528;339;*;5s fin;comp;CDS;56868;57011;;; deb;comp;CDS;146328;146498;-16;*; ;comp;regulatory;146483;146744;188;*; fin;;CDS;146933;149083;;; deb;comp;CDS;181132;181587;687;*; ;;rRNA;182275;183817;74;*;16s ;;tRNA;183892;183968;65;*;atc ;;tRNA;184034;184109;371;*;gca ;;rRNA;184481;187375;132;*;23s ;;rRNA;187508;187623;100;*;5s ;;tRNA;187724;187800;606;*;gac fin;;CDS;188407;189432;;; deb;comp;CDS;190429;191379;234;*; ;;tRNA;191614;191689;8;*;aca ;;tRNA;191698;191782;35;*;tac ;;tRNA;191818;191891;195;*;gga fin;;CDS;192087;193271;;; deb;;CDS;233942;234538;647;*; ;;rRNA;235186;236728;384;*;16s ;;rRNA;237113;240007;132;*;23s ;;rRNA;240140;240255;454;*;5s deb;comp;CDS;240710;241726;1908;*; ;;rRNA;243635;245177;348;*;16s ;;rRNA;245526;248420;133;*;23s ;;rRNA;248554;248669;68;*;5s ;;tRNA;248738;248813;17;*;acc ;;rRNA;248831;248946;703;*;5s fin;;CDS;249650;250924;;0; deb;;CDS;282426;283268;135;*; ;;ncRNA;283404;283755;313;*; fin;comp;CDS;284069;285322;;; deb;comp;CDS;413908;416529;236;*; ;;tRNA;416766;416842;39;*;cgg ;;tRNA;416882;416957;41;*;cac ;;tRNA;416999;417075;58;*;cca ;;tRNA;417134;417210;320;*;cca fin;comp;CDS;417531;419450;;; deb;comp;CDS;492003;492536;1178;*; ;;rRNA;493715;495257;349;*;16s ;;rRNA;495607;498501;132;*;23s ;;rRNA;498634;498749;768;*;5s fin;comp;CDS;499518;500534;;; deb;;CDS;550745;552652;-23;*; ;comp;tRNA;552630;552724;286;*;tga fin;;CDS;553011;553874;;; deb;;CDS;640018;641220;155;*; ;;tRNA;641376;641466;1172;*;tca ;;tRNA;642639;642729;789;*;tca deb;;CDS;643519;644862;988;*; ;;rRNA;645851;647393;74;*;16s ;;tRNA;647468;647544;65;*;atc ;;tRNA;647610;647685;336;*;gca ;;rRNA;648022;650916;177;*;23s ;;rRNA;651094;651209;727;*;5s fin;;CDS;651937;653757;;0; deb;comp;CDS;727650;727784;330;*; ;;tRNA;728115;728199;695;*;ttg fin;;CDS;728895;730808;;0; deb;;CDS;878528;879232;406;*; ;;regulatory;879639;879784;204;*; fin;;CDS;879989;881359;;; deb;;CDS;1166653;1168824;117;*; ;comp;tRNA;1168942;1169018;220;*;atgi fin;comp;CDS;1169239;1171089;;; deb;;CDS;1284512;1284730;-193;*; ;comp;misc_f;1284538;1284656;121;*; fin;comp;CDS;1284778;1285140;;0; deb;;CDS;1337892;1339205;500;*; ;comp;tRNA;1339706;1339781;52;*;aca ;comp;tRNA;1339834;1339909;539;*;ttc ;comp;tRNA;1340449;1340524;52;*;aca ;comp;tRNA;1340577;1340652;545;*;ttc deb;;CDS;1341198;1342432;34;*; ;comp;tRNA;1342467;1342542;52;*;aca ;comp;tRNA;1342595;1342670;441;*;ttc fin;comp;CDS;1343112;1343390;;; deb;;CDS;1455613;1455810;913;*; ;;tRNA;1456724;1456815;21;*;agc ;;tRNA;1456837;1456913;30;*;cgt ;;tRNA;1456944;1457020;32;*;cgt ;;tRNA;1457053;1457129;30;*;cgt ;;tRNA;1457160;1457236;33;*;cgt ;;tRNA;1457270;1457346;9;*;cgt ;;tRNA;1457356;1457447;76;*;agc ;;tRNA;1457524;1457600;35;*;cgt ;;tRNA;1457636;1457712;9;*;cgt ;;tRNA;1457722;1457813;1058;*;agc fin;;CDS;1458872;1459117;;; deb;comp;CDS;1564741;1565973;165;*; ;comp;tmRNA;1566139;1566494;110;*; fin;comp;CDS;1566605;1567099;;0; deb;comp;CDS;1625951;1626781;581;*; ;comp;tRNA;1627363;1627438;176;*;agg fin;comp;CDS;1627615;1628784;;0; deb;comp;CDS;1769998;1770225;257;*; ;comp;tRNA;1770483;1770558;37;*;gta ;comp;tRNA;1770596;1770671;37;*;gta ;comp;tRNA;1770709;1770784;37;*;gta ;comp;tRNA;1770822;1770897;37;*;gta ;comp;tRNA;1770935;1771010;37;*;gta ;comp;tRNA;1771048;1771123;37;*;gta ;comp;tRNA;1771161;1771236;37;*;gta ;comp;tRNA;1771274;1771349;37;*;gta ;comp;tRNA;1771387;1771462;37;*;gta ;comp;tRNA;1771500;1771575;39;*;gta ;comp;tRNA;1771615;1771690;705;*;gta deb;;CDS;1772396;1773805;104;*; ;;tRNA;1773910;1773985;80;*;gcc ;;tRNA;1774066;1774141;102;*;gaa ;;tRNA;1774244;1774319;102;*;gaa ;;tRNA;1774422;1774497;102;*;gaa ;;tRNA;1774600;1774675;102;*;gaa ;;tRNA;1774778;1774853;102;*;gaa ;;tRNA;1774956;1775031;102;*;gaa ;;tRNA;1775134;1775209;102;*;gaa ;;tRNA;1775312;1775387;253;*;gaa ;;tRNA;1775641;1775716;102;*;gaa ;;tRNA;1775819;1775894;102;*;gaa ;;tRNA;1775997;1776072;102;*;gaa ;;tRNA;1776175;1776250;102;*;gaa ;;tRNA;1776353;1776428;47;*;gaa ;;tRNA;1776476;1776551;977;*;gcc fin;comp;CDS;1777529;1779358;;0; deb;comp;CDS;1928606;1930189;113;*; ;comp;misc_f;1930303;1930412;474;*; fin;;CDS;1930887;1931621;;; deb;;CDS;2079870;2080424;876;*; ;;rRNA;2081301;2082843;348;*;16s ;;rRNA;2083192;2086086;132;*;23s ;;rRNA;2086219;2086334;304;*;5s fin;comp;CDS;2086639;2087564;;; deb;;CDS;2142913;2143137;136;*; ;comp;tRNA;2143274;2143350;134;*;ccc fin;comp;CDS;2143485;2145269;;; deb;;CDS;2225993;2226382;125;*; ;;regulatory;2226508;2226638;52;*; fin;;CDS;2226691;2228829;;; deb;comp;CDS;2365103;2365708;455;*; ;comp;tRNA;2366164;2366240;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366281;2366357;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366398;2366474;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366515;2366591;383;*;atgf fin;;CDS;2366975;2369110;;; deb;comp;CDS;2374251;2375963;254;*; ;;tRNA;2376218;2376308;216;*;tca fin;;CDS;2376525;2377169;;; deb;;CDS;2379066;2379614;152;*; ;;tRNA;2379767;2379842;13;*;ggc ;;tRNA;2379856;2379929;85;*;tgc ;;tRNA;2380015;2380100;530;*;tta fin;;CDS;2380631;2381200;;; deb;;CDS;2548825;2550261;595;*; ;;tRNA;2550857;2550932;13;*;ggc ;;tRNA;2550946;2551019;95;*;tgc ;;tRNA;2551115;2551200;634;*;tta ;;tRNA;2551835;2551908;95;*;tgc ;;tRNA;2552004;2552089;479;*;tta ;;tRNA;2552569;2552642;132;*;tgc ;;tRNA;2552775;2552860;545;*;tta fin;comp;CDS;2553406;2553735;;; deb;;CDS;2556685;2557929;89;*; ;;tRNA;2558019;2558109;184;*;tca fin;comp;CDS;2558294;2559073;;; deb;;CDS;2716829;2717467;98;*; ;comp;tRNA;2717566;2717655;178;*;tcc fin;comp;CDS;2717834;2719828;;; deb;comp;CDS;2758794;2759069;192;*; ;comp;tRNA;2759262;2759367;128;*;cat ;comp;tRNA;2759496;2759601;128;*;cat ;comp;tRNA;2759730;2759806;189;*;atgf ;comp;tRNA;2759996;2760072;45;*;atgf ;comp;tRNA;2760118;2760194;2;*;gtc ;comp;tRNA;2760197;2760273;35;*;atgf ;comp;tRNA;2760309;2760385;13;*;gtc ;comp;tRNA;2760399;2760475;353;*;atgf fin;comp;CDS;2760829;2762043;;; deb;comp;CDS;2858049;2858531;291;*; ;;tRNA;2858823;2858907;30;*;tac ;;tRNA;2858938;2859022;85;*;tac ;;tRNA;2859108;2859192;107;*;tac ;;tRNA;2859300;2859384;107;*;tac ;;tRNA;2859492;2859576;315;*;tac fin;;CDS;2859892;2860968;;0; deb;comp;CDS;2863253;2865256;1011;*; ;;tRNA;2866268;2866343;45;*;aac ;;tRNA;2866389;2866464;41;*;aac ;;tRNA;2866506;2866581;26;*;aac ;;tRNA;2866608;2866683;32;*;aac ;;tRNA;2866716;2866791;33;*;aac ;;tRNA;2866825;2866900;40;*;aac ;;tRNA;2866941;2867016;187;*;aac fin;;CDS;2867204;2869120;;; deb;comp;CDS;2904901;2906862;188;*; ;comp;regulatory;2907051;2907149;230;*; fin;comp;CDS;2907380;2908291;;0; deb;comp;CDS;2926979;2928856;572;*; ;comp;tRNA;2929429;2929505;97;*;gac ;comp;tRNA;2929603;2929679;97;*;gac ;comp;tRNA;2929777;2929853;83;*;gac ;comp;tRNA;2929937;2930013;124;*;gac fin;comp;CDS;2930138;2931472;;; deb;comp;CDS;3118298;3119458;830;*; ;comp;tRNA;3120289;3120364;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120423;3120498;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120557;3120632;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120691;3120766;59;*;aaa ;comp;tRNA;3120826;3120901;57;*;aaa ;comp;tRNA;3120959;3121034;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121093;3121168;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121227;3121302;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121362;3121437;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121496;3121571;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121631;3121706;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121766;3121841;193;*;aaa fin;comp;CDS;3122035;3122760;;; deb;;CDS;3243130;3243747;634;*; ;comp;ncRNA;3244382;3244478;176;*; fin;comp;CDS;3244655;3244972;;0; deb;comp;CDS;3268300;3269604;255;*; ;comp;tRNA;3269860;3269935;8;*;cac ;comp;tRNA;3269944;3270020;63;*;aga ;comp;tRNA;3270084;3270160;465;*;cca fin;;CDS;3270626;3271480;;0; deb;comp;CDS;3757370;3757825;157;*; ;comp;tRNA;3757983;3758059;103;*;atgf ;comp;tRNA;3758163;3758249;114;*;ctc fin;comp;CDS;3758364;3758699;;; deb;comp;CDS;3834636;3835094;162;*; ;comp;tRNA;3835257;3835331;51;*;caa ;comp;tRNA;3835383;3835467;131;*;cta ;comp;tRNA;3835599;3835673;20;*;caa ;comp;tRNA;3835694;3835778;96;*;cta ;comp;tRNA;3835875;3835949;49;*;caa ;comp;tRNA;3835999;3836083;211;*;cta ;comp;tRNA;3836295;3836371;5;*;atgj ;comp;tRNA;3836377;3836451;47;*;caa ;comp;tRNA;3836499;3836583;55;*;cta ;comp;tRNA;3836639;3836715;5;*;atgj ;comp;tRNA;3836721;3836795;47;*;caa ;comp;tRNA;3836843;3836927;55;*;cta ;comp;tRNA;3836983;3837059;495;*;atgj fin;comp;CDS;3837555;3838646;;; deb;comp;CDS;3862357;3862704;180;*; ;comp;tRNA;3862885;3862961;167;*;tgg ;comp;tRNA;3863129;3863205;160;*;tgg fin;comp;CDS;3863366;3864334;;; deb;;CDS;3865578;3866594;454;*; ;comp;rRNA;3867049;3867164;132;*;5s ;comp;rRNA;3867297;3870191;348;*;23s ;comp;rRNA;3870540;3872082;807;*;16s fin;;CDS;3872890;3873405;;0; deb;comp;CDS;3879732;3881864;289;*; ;;tRNA;3882154;3882229;187;*;ttc fin;comp;CDS;3882417;3884279;;0; deb;comp;CDS;3930329;3932182;122;*; ;comp;regulatory;3932305;3932527;233;*; fin;comp;CDS;3932761;3933408;;0; deb;;CDS;4051244;4051564;82;*; ;;ncRNA;4051647;4051828;251;*; fin;comp;CDS;4052080;4052250;;; deb;comp;CDS;4130284;4131048;211;*; ;comp;regulatory;4131260;4131412;506;*; fin;comp;CDS;4131919;4132536;;0; deb;;CDS;4146436;4146708;183;*; ;;regulatory;4146892;4146991;94;*; fin;;CDS;4147086;4148081;;0; deb;comp;CDS;4330369;4330824;663;*; ;comp;tRNA;4331488;4331563;20;*;ggc ;comp;tRNA;4331584;4331680;13;*;ggt ;comp;tRNA;4331694;4331769;47;*;ggc ;comp;tRNA;4331817;4331892;47;*;ggc ;comp;tRNA;4331940;4332039;15;*;ggt ;comp;tRNA;4332055;4332130;16;*;ggc ;comp;tRNA;4332147;4332222;48;*;ggc ;comp;tRNA;4332271;4332346;113;*;ggc fin;comp;CDS;4332460;4333005;;0; deb;comp;CDS;4446808;4448991;66;*; ;comp;regulatory;4449058;4449140;441;*; fin;;CDS;4449582;4449893;;; deb;comp;CDS;4452358;4453668;212;*; ;;regulatory;4453881;4453980;104;*; fin;;CDS;4454085;4455455;;0; deb;;CDS;4615072;4616082;798;*; ;comp;rRNA;4616881;4616996;132;*;5s ;comp;rRNA;4617129;4620023;371;*;23s ;comp;tRNA;4620395;4620470;65;*;gca ;comp;tRNA;4620536;4620612;74;*;atc ;comp;rRNA;4620687;4622229;206;*;16s fin;comp;CDS;4622436;4623133;;; deb;comp;CDS;5003438;5004418;-13;*; ;comp;regulatory;5004406;5004542;257;*; fin;;CDS;5004800;5006449;;0; deb;comp;CDS;5129088;5129342;427;*; ;comp;tRNA;5129770;5129846;100;*;gac ;comp;rRNA;5129947;5130062;133;*;5s ;comp;rRNA;5130196;5133090;349;*;23s ;comp;rRNA;5133440;5134982;611;*;16s fin;comp;CDS;5135594;5137015;;0; </pre> ====spl intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_entre_cds|spl intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> spl;31.1.21 Paris;NCBI;spl 24-9-2020;;;;;;;;; spl;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;426;10.1;'''négatif ;-7;10;-1 à -98;'''5 174 581;-1;426;610;5 ;'''zéro;18;0.4;;;;;'''intercals;0;18;620;10 ;'''1 à 200;2448;58.1;'''0 à 200;82;58;;'''730 981;5;168;630;7 ;'''201 à 370;776;18.4;'''201 à 370;274;48;;'''14.1%;10;124;640;6 ;'''371 à 600;378;9.0;'''371 à 600;462;62;;;15;138;650;6 ;'''601 à max;167;4.0;'''601 à 1028;849;331;;;20;74;660;6 ;'''total 4213;<201;68.6;'''total 4213;173;207;-98 à 3180;;25;69;670;7 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;64;680;6 3787762;3180;-1;426;-70;2;;0;18;35;68;690;3 2676990;2727;0;18;-60;0;;-1;°126;40;47;700;5 4795292;1942;1;°46;-50;4;;-2;2;45;49;710;6 3628609;1722;2;°53;-40;2;;-3;0;50;42;720;6 1384243;1674;3;°30;-30;5;'''min à -1;-4;°141;55;52;730;2 5168395;1593;4;22;-20;16;426;-5;0;60;67;740;7 1692692;1489;5;17;-10;70;10.1%;-6;0;65;56;750;4 4989087;1401;6;15;0;345;;-7;10;70;66;760;1 5017524;1331;7;16;10;292;;-8;°48;75;77;770;3 1530827;1329;8;°30;20;212;;-9;0;80;91;780;3 4000859;1318;9;°30;30;133;;-10;8;85;67;790;4 1999942;1254;10;°33;40;115;'''1 à 100;-11;°28;90;78;800;4 1605218;1225;11;°29;50;91;1561;-12;0;95;65;810;2 897237;1221;12;°36;60;119;37.1%;-13;5;100;81;820;3 1570703;1178;13;23;70;122;;-14;°15;105;41;830;1 4927424;1166;14;°30;80;168;;-15;1;110;61;840;3 1817514;1161;15;20;90;145;;-16;3;115;52;850;2 3532660;1157;16;10;100;146;;-17;°9;120;75;860;1 1716642;1154;17;16;110;102;;-18;0;125;64;870;4 1413389;1150;18;°22;120;127;;-19;1;130;64;880;2 2276940;1141;19;15;130;128;;-20;°7;135;37;890;3 600202;1140;20;11;140;82;;-21;0;140;45;900;1 1996502;1103;21;°14;150;78;;-22;0;145;45;910;2 3325479;1046;22;13;160;82;;-23;°4;150;33;920;2 223647;1016;23;13;170;80;'''1 à 200;-24;0;155;43;930;1 3589524;1016;24;°23;180;89;2448;-25;0;160;39;940;3 967539;1009;25;6;190;67;58.1%;-26;°2;165;42;950;3 4112640;1007;26;9;200;70;;-27;0;170;38;960;3 4903734;975;27;°23;210;61;;-28;1;175;45;970;1 3472661;968;28;9;220;64;;-29;°2;180;44;980;1 750412;959;29;12;230;58;;-30;0;185;34;990;0 2804938;959;30;11;240;59;;-31;0;190;33;1000;0 2670476;957;31;°20;250;48;;-32;°3;195;35;1010;2 2620635;946;32;13;260;52;;;434;200;35;1020;2 2967190;944;33;11;270;54;;reste;10;205;33;1030;0 4243039;944;34;°14;280;47;'''0 à 200;total;444;210;28;1040;0 2002234;937;35;10;290;56;2466;;;215;23;1050;1 3578230;936;36;7;300;44;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;41;1060;0 4121391;933;37;°10;310;36;;600;4046;225;35;1070;0 1500535;926;38;°15;320;35;;650;34;230;23;1080;0 4952031;915;39;8;330;29;;700;27;235;32;1090;0 2490814;912;40;7;340;36;'''201 à 370;750;25;240;27;1100;0 2028503;909;reste;3017;350;30;776;800;15;245;25;1110;1 4150415;904;total;4213;360;30;18.4%;850;11;250;23;1120;0 2127775;897;;;370;37;;900;11;255;26;1130;0 1003095;887;;;380;19;;950;11;260;26;1140;1 2921392;885;;;390;24;;1000;5;265;31;1150;2 2262088;884;;;400;19;;1050;5;270;23;1160;2 2877064;877;;;410;32;;1100;0;275;24;1170;2 4984821;874;;;420;31;;1150;4;280;23;1180;1 4474909;866;;;430;24;;1200;5;285;30;1190;0 1417740;865;;;440;20;;1250;2;290;26;1200;0 4759907;862;;;450;20;;1300;1;295;19;reste;14 3297697;861;;;460;20;;1350;3;300;25;total;167 ;;;;470;19;;1400;0;305;20;; ;;;;480;12;;1450;1;310;16;; '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;490;12;;1500;1;315;20;; 4734113;-98;shift2;629;500;19;;1550;0;320;15;; 4557422;-77;shift2;764;510;13;;1600;1;325;15;; 2893452;-56;shift2;1688;520;14;;1650;0;330;14;; 4567483;-53;shift2;4142;530;12;;1700;1;335;17;; 5067715;-53;shift2;2369;540;12;'''371 à 600;1750;1;340;19;; 4015714;-52;comp;;550;9;378;1800;0;345;15;; 1735201;-43;shift2;;560;11;9.0%;1850;0;350;15;; 1578876;-41;shift2;;570;15;;1900;0;355;15;; 164778;-38;shift2;;580;7;'''601 à max;1950;1;360;15;; 5173629;-34;shift2;;590;7;167;;165;365;19;; 73781;-32;shift2;;600;7;4.0%;;;370;18;; 2497076;-32;shift2;;reste;167;;reste;2;reste;545;; 2892533;-32;shift2;;total;4213;;total;4213;total;4213;; </pre> ====spl intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> spl. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; ;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; spl;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;47;-333;594;7.7;611;236;max80;-47;363;-934;95;806;257;min50 31 à 400;-;-;-;-;-;-;;10.3;-50;-57;43;915;162;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;59;37;-;275;poly;336;tF;158;57;;614;poly;192;SF 31 à 400;;;;;;;;106;43;-;885;dte;30;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;-0.342;;;;; 41-n;0.884;0.735;0.784;;;;;;;;;;; 1-n;0.172;-0.353;-0.202;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; spl;fx;fc;;spl;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;spl;Sx-;Sc- 0;1;17;;0;1;8;0;1;17;>0;1300;-1;0;126 10;8;284;;10;7;128;1;0;46;<0;12;-2;2;0 20;19;193;;20;18;87;2;0;53;zéro;1;-3;0;0 30;13;120;;30;12;54;3;1;29;total;1313;-4;5;136 40;29;86;;40;27;39;4;0;22;;c;-5;0;0 50;16;75;;50;15;34;5;1;16;>0;2469;-6;0;0 60;39;80;;60;36;36;6;2;13;<0;414;-7;0;10 70;50;72;;70;47;33;7;2;14;zéro;17;-8;2;46 80;67;101;;80;63;46;8;1;29;total;2900;-9;0;0 90;52;93;;90;49;42;9;1;29;;;-10;0;8 100;56;90;;100;52;41;10;0;33;;;-11;0;28 110;38;64;;110;35;29;11;2;27;;;-12;0;0 120;54;73;;120;50;33;12;1;35;;;-13;0;5 130;44;84;;130;41;38;13;3;20;;;-14;0;15 140;26;56;;140;24;25;14;1;29;;;-15;1;0 150;27;51;;150;25;23;15;5;15;;;-16;0;3 160;30;52;;160;28;23;16;0;10;;;-17;1;8 170;30;50;;170;28;23;17;3;13;;;-18;0;0 180;36;53;;180;34;24;18;2;20;;;-19;0;1 190;24;43;;190;22;19;19;1;14;;;-20;0;7 200;33;37;;200;31;17;20;1;10;;;-21;0;0 210;24;37;;210;22;17;21;2;12;;;-22;0;0 220;25;39;;220;23;18;22;1;12;;;-23;0;4 230;25;33;;230;23;15;23;0;13;;;-24;0;0 240;28;31;;240;26;14;24;4;19;;;-25;0;0 250;23;25;;250;21;11;25;3;3;;;-26;0;2 260;22;30;;260;21;14;26;0;9;;;-27;0;0 270;23;31;;270;21;14;27;2;21;;;-28;0;1 280;25;22;;280;23;10;28;0;9;;;-29;0;2 290;27;29;;290;25;13;29;1;11;;;-30;0;0 300;20;24;;300;19;11;30;0;11;;;-31;0;0 310;18;18;;310;17;8;31;3;17;;;-32;0;3 320;16;19;;320;15;9;32;4;9;;;-33;0;0 330;11;18;;330;10;8;33;3;8;;;-34;0;1 340;16;20;;340;15;9;34;5;9;;;-35;0;0 350;13;17;;350;12;8;35;2;8;;;-36;0;0 360;14;16;;360;13;7;36;1;6;;;-37;0;0 370;15;22;;370;14;10;37;4;6;;;-38;0;1 380;10;9;;380;9;4;38;5;10;;;-39;0;0 390;14;10;;390;13;5;39;1;7;;;-40;0;0 400;11;8;;400;10;4;40;1;6;;;-41;0;1 reste;229;254;;;;;reste;1231;1786;;;-42;0;0 total;1301;2486;;t30;37;270;total;1301;2486;;;-43;0;1 diagr;1071;2215;;t60;116;378;diagr;69;683;;;-44;0;0 - t30;1031;1618;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;947;1377;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;5 ;;;;;;;;;;;;total;12;414 ;;;;;;;;;;;;-52;1; </pre> ====spl intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_négatifs_S-|spl intercalaires négatifs S-]] 9.6.21 Paris <pre> spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;2;;5;;;;2;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;12 continu;126;0;0;136;0;0;10;46;0;8;28;0;5;15;0;3;8;0;1;7;0;0;4;0;0;2;0;1;2;0;0;3;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;5;414 </pre> *14.8.21 Paris <pre> 14.8.21 Paris;spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;5;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;12 ;Sc-;126;0;0;136;0;0;10;46;0;8;28;0;5;15;0;3;8;0;1;7;0;0;4;0;0;2;0;1;2;0;0;3;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;5;414 </pre> ====spl autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires|spl autres intercalaires]] <pre> spl;autres intercalaires;;adresses1;;;spl;autres intercalaires;;adresses2;;;spl;autres intercalaires;;adresses3;;;spl;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;43968;614;comp;;deb;°CDS;1337892;500;;;deb;°CDS;2379066;152;;;deb;°CDS;3757370;157;comp ;$rRNA;45140;349;;;;&tRNA;1339706;52;comp;;;&tRNA;2379767;13;;;;&tRNA;3757983;103;comp ;$rRNA;47032;132;;;;&tRNA;1339834;539;comp;;;&tRNA;2379856;85;;;;&tRNA;3758163;114;comp ;$rRNA;50059;1319;;;;&tRNA;1340449;52;comp;;;&tRNA;2380015;530;;;fin;°CDS;3758364;;comp ;$rRNA;51494;349;;;;&tRNA;1340577;545;comp;;fin;°CDS;2380631;;;;deb;°CDS;3834636;162;comp ;$rRNA;53386;132;;;deb;°CDS;1341198;34;;;deb;°CDS;2548825;595;;;;&tRNA;3835257;51;comp ;$rRNA;56413;339;;;;&tRNA;1342467;52;comp;;;&tRNA;2550857;13;;;;&tRNA;3835383;131;comp fin;°CDS;56868;;comp;;;&tRNA;1342595;441;comp;;;&tRNA;2550946;95;;;;&tRNA;3835599;20;comp deb;°CDS;146328;-16;comp;;fin;°CDS;1343112;;comp;;;&tRNA;2551115;634;;;;&tRNA;3835694;96;comp ;regulatory;146483;188;comp;;deb;°CDS;1455613;913;;;;&tRNA;2551835;95;;;;&tRNA;3835875;49;comp fin;°CDS;146933;;;;;&tRNA;1456724;21;;;;&tRNA;2552004;479;;;;&tRNA;3835999;211;comp deb;°CDS;181132;687;comp;;;&tRNA;1456837;30;;;;&tRNA;2552569;132;;;;&tRNA;3836295;5;comp ;$rRNA;182275;74;;;;&tRNA;1456944;32;;;;&tRNA;2552775;545;;;;&tRNA;3836377;47;comp ;&tRNA;183892;65;;;;&tRNA;1457053;30;;;fin;°CDS;2553406;;comp;;;&tRNA;3836499;55;comp ;&tRNA;184034;371;;;;&tRNA;1457160;33;;;deb;°CDS;2556685;89;;;;&tRNA;3836639;5;comp ;$rRNA;184481;132;;;;&tRNA;1457270;9;;;;&tRNA;2558019;184;;;;&tRNA;3836721;47;comp ;$rRNA;187508;100;;;;&tRNA;1457356;76;;;fin;°CDS;2558294;;comp;;;&tRNA;3836843;55;comp ;&tRNA;187724;606;;;;&tRNA;1457524;35;;;deb;°CDS;2716829;98;;;;&tRNA;3836983;495;comp fin;°CDS;188407;;;;;&tRNA;1457636;9;;;;&tRNA;2717566;178;;;fin;°CDS;3837555;;comp deb;°CDS;190429;234;comp;;;&tRNA;1457722;1058;;;fin;°CDS;2717834;;comp;;deb;°CDS;3862357;180;comp ;&tRNA;191614;8;;;fin;°CDS;1458872;;;;deb;°CDS;2758794;192;comp;;;&tRNA;3862885;167;comp ;&tRNA;191698;35;;;deb;°CDS;1564741;165;comp;;;&tRNA;2759262;128;comp;;;&tRNA;3863129;160;comp ;&tRNA;191818;195;;;;tmRNA;1566139;110;comp;;;&tRNA;2759496;128;comp;;fin;°CDS;3863366;;comp fin;°CDS;192087;;;;fin;°CDS;1566605;;comp;;;&tRNA;2759730;189;comp;;deb;°CDS;3865578;454; deb;°CDS;233942;647;;;deb;°CDS;1625951;581;comp;;;&tRNA;2759996;45;comp;;;$rRNA;3867049;132;comp ;$rRNA;235186;384;;;;&tRNA;1627363;176;comp;;;&tRNA;2760118;2;comp;;;$rRNA;3867297;348;comp ;$rRNA;237113;132;;;fin;°CDS;1627615;;comp;;;&tRNA;2760197;35;comp;;;$rRNA;3870540;807;comp ;$rRNA;240140;454;;;deb;°CDS;1769998;257;comp;;;&tRNA;2760309;13;comp;;fin;°CDS;3872890;; deb;°CDS;240710;1908;comp;;;&tRNA;1770483;37;;;;&tRNA;2760399;353;comp;;deb;°CDS;3879732;289;comp ;$rRNA;243635;348;;;;&tRNA;1770596;37;;;fin;°CDS;2760829;;comp;;;&tRNA;3882154;187; ;$rRNA;245526;133;;;;&tRNA;1770709;37;;;deb;°CDS;2858049;291;comp;;fin;°CDS;3882417;;comp ;$rRNA;248554;68;;;;&tRNA;1770822;37;;;;&tRNA;2858823;30;;;deb;°CDS;3930329;122;comp ;&tRNA;248738;17;;;;&tRNA;1770935;37;;;;&tRNA;2858938;85;;;;regulatory;3932305;233;comp ;$rRNA;248831;703;;;;&tRNA;1771048;37;;;;&tRNA;2859108;107;;;fin;°CDS;3932761;;comp fin;°CDS;249650;;;;;&tRNA;1771161;37;;;;&tRNA;2859300;107;;;deb;°CDS;4051244;82; deb;°CDS;282426;135;;;;&tRNA;1771274;37;;;;&tRNA;2859492;315;;;;ncRNA;4051647;251; ;ncRNA;283404;313;;;;&tRNA;1771387;37;;;fin;°CDS;2859892;;;;fin;°CDS;4052080;;comp fin;°CDS;284069;;comp;;;&tRNA;1771500;39;;;deb;°CDS;2863253;1011;comp;;deb;°CDS;4130284;211;comp deb;°CDS;413908;236;comp;;;&tRNA;1771615;705;;;;&tRNA;2866268;45;;;;regulatory;4131260;506;comp ;&tRNA;416766;39;;;deb;°CDS;1772396;104;;;;&tRNA;2866389;41;;;fin;°CDS;4131919;;comp ;&tRNA;416882;41;;;;&tRNA;1773910;80;;;;&tRNA;2866506;26;;;deb;°CDS;4146436;183; ;&tRNA;416999;58;;;;&tRNA;1774066;102;;;;&tRNA;2866608;32;;;;regulatory;4146892;94; ;&tRNA;417134;320;;;;&tRNA;1774244;102;;;;&tRNA;2866716;33;;;fin;°CDS;4147086;; fin;°CDS;417531;;comp;;;&tRNA;1774422;102;;;;&tRNA;2866825;40;;;deb;°CDS;4330369;663;comp deb;°CDS;492003;1178;comp;;;&tRNA;1774600;102;;;;&tRNA;2866941;187;;;;&tRNA;4331488;20;comp ;$rRNA;493715;349;;;;&tRNA;1774778;102;;;fin;°CDS;2867204;;;;;&tRNA;4331584;13;comp ;$rRNA;495607;132;;;;&tRNA;1774956;102;;;deb;°CDS;2904901;188;comp;;;&tRNA;4331694;47;comp ;$rRNA;498634;768;;;;&tRNA;1775134;102;;;;regulatory;2907051;230;comp;;;&tRNA;4331817;47;comp fin;°CDS;499518;;comp;;;&tRNA;1775312;253;;;fin;°CDS;2907380;;comp;;;&tRNA;4331940;15;comp deb;°CDS;550745;-23;;;;&tRNA;1775641;102;;;deb;°CDS;2926979;572;comp;;;&tRNA;4332055;16;comp ;&tRNA;552630;286;comp;;;&tRNA;1775819;102;;;;&tRNA;2929429;97;comp;;;&tRNA;4332147;48;comp fin;°CDS;553011;;;;;&tRNA;1775997;102;;;;&tRNA;2929603;97;comp;;;&tRNA;4332271;113;comp deb;°CDS;640018;155;;;;&tRNA;1776175;102;;;;&tRNA;2929777;83;comp;;fin;°CDS;4332460;;comp ;&tRNA;641376;1172;;;;&tRNA;1776353;47;;;;&tRNA;2929937;124;comp;;deb;°CDS;4446808;66;comp ;&tRNA;642639;789;;;;&tRNA;1776476;977;;;fin;°CDS;2930138;;comp;;;regulatory;4449058;441;comp deb;°CDS;643519;988;;;fin;°CDS;1777529;;comp;;deb;°CDS;3118298;830;comp;;fin;°CDS;4449582;; 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aa1;aa2;aa3;;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls &234;&455;&830;;;;;606;;89;113;; 8;40*3;58*3;;comp’;&234;;195;;98;114;'''deb; 35;&152;59;;comp’;&236;comp’;320;;104;124;<201;9 &236;13;57;;comp’;-23;comp’;286;;152;134;total;18 39;85;58*2;;;&155;;789;;155;160;taux;50% 41;&595;59;;comp’;330;;695;;157;176;; 58;13;58;;comp’;117;;220;;162;187;'''fin; &155;95;59*2;;comp’;&500;comp’;545;;180;193;<201;9 1172;634;&255;;comp’;&34;;441;;192;195;total;21 &500;95;8;;;&913;;1058;;255;216;taux;43% 52;479;63;;;581;;176;;427;220;; 539;132;&157;;comp’;&257;;705;;455;315;'''total; 52;&192;103;;;&104;comp’;977;;572;353;<201;18 &34;128*2;&162;;comp’;136;;134;;581;441;total;39 52;189;51;;;&455;comp’;383;;595;495;taux;46% &913;45;131;;comp’;254;;216;;663;530;; 21;2;20;;;&152;;530;;830;606;; 30;35;96;;;89;comp’;184;;913;695;; 32;13;49;;;98;;178;;'''-;705;; 30;&291;211;;;&595;comp’;545;;'''-;789;; 33;30;5;;;&192;;353;;'''-;1058;'''comp’;'''cumuls 9;85;47;;comp’;&291;;315;;-23;178;'''deb; 76;107*2;55;;comp’;&1011;;187;;34;184;<201;4 35;&1011;5;;;&572;;124;;117;187;total;13 9;45;47;;;&830;;193;;136;286;taux;31% &257;41;55;;;&255;comp’;465;;234;320;'''fin; 37*9;26;&180;;;&157;;114;;236;383;<201;3 39;32;167;;;&162;;495;;254;465;total;10 &104;33;&663;;;&180;;160;;257;545;taux;30% 80;40;20;;comp’;289;comp’;187;;289;545;; 102*7;&572;13;;;&663;;113;;291;977;'''total; 253;97*2;47*2;;;427;;;;330;'''-;<201;7 102*4;83;15;;;;;;;500;'''-;total;23 47;;16;;;;;;;1011;'''-;taux;30% ;;48;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;deb;fin;total ;;;;;;;;;<201;13;12;25 ;;;;;;;;;total;31;31;62 ;;;;;;;;;taux;42%;39%;40% </pre> ===Vibrio parahaemolyticus=== ====vpb opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_opérons|vpb opérons]] <pre> 45.3%GC;6.7.19 Paris;16s 11 ;126;doubles;intercalaires Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr1;; ;33614..35175;;16s;@4;80 ;35256..35331;;gaa;;2 ;35334..35409;;aaa;;30 ;35440..35515;;gta;;55 comp;35571..35768;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;59 ;35828..38743;;23s;;73 ;38817..38932;;5s;; ;;;;; ;49997..50073;;cgg;;32 ;50106..50181;;cac;+;72 ;50254..50330;;cca;2 cac;49 ;50380..50455;;cac;2 cca;24 ;50480..50556;;cca;; ;;;;; comp;400045..400120;;atgi;; ;;;;; ;577971..579532;;16s;;88 ;579621..579696;;gcc;;12 ;579709..579784;;gaa;;258 ;580043..582958;;23s;;73 ;583032..583147;;5s;;30 ;583178..583254;;gac;;35 ;583290..583366;;tgg;; ;;;;; comp;769649..769733;;cta;+;29 comp;769763..769847;;cta;10 cta;47 comp;769895..769971;;atg;4 atg;24 comp;769996..770080;;cta;5 caa;52 comp;770133..770207;;caa;;29 comp;770237..770321;;cta;;53 comp;770375..770451;;atg;;24 comp;770476..770560;;cta;;52 comp;770613..770687;;caa;;29 comp;770717..770801;;cta;;54 comp;770856..770930;;caa;;29 comp;770960..771044;;cta;;35 comp;771080..771154;;caa;;48 comp;771203..771287;;cta;;31 comp;771319..771403;;cta;;77 comp;771481..771557;;atg;;77 comp;771635..771709;;caa;;31 comp;771741..771825;;cta;;40 comp;771866..771942;;atg;; ;;;;; ;786939..787015;;cca;; ;;;;; comp;802315..802391;;agg;; ;;;;; ;910219..910295;;aga;; ;;;;; comp;982089..982173;;tac;+;81 comp;982255..982339;;tac;4 tac;81 comp;982421..982505;;tac;;81 comp;982587..982671;;tac;; ;;;;; ;1124715..1124802;;tcc;; ;;;;; ;1418321..1418397;;gtc;+;32 ;1418430..1418506;;gtc;2gtc; ;;;;; comp;1988127..1988202;;ggc;+;10 comp;1988213..1988299;;tta;2 ggc;76 comp;1988376..1988451;;ggc;;20 comp;1988472..1988545;;tgc;; ;;;;; ;2164082..2164157;;aac;; ;;;;; ;2193593..2193683;;tca;; ;;;;; comp;2547884..2547960;;atgf;;56 comp;2548017..2548100;;ctc;; ;;;;; ;2652092..2652168;;cgt;+;56 comp;2652225..2652301;;cgt;9 cgt;57 comp;2652359..2652435;;cgt;2 agc;57 comp;2652493..2652569;;cgt;;57 comp;2652627..2652703;;cgt;;57 comp;2652761..2652837;;cgt;;56 comp;2652894..2652970;;cgt;;210 comp;2653181..2653257;;cgt;;31 comp;2653289..2653380;;agc;@5;320 comp;2653701..2653777;;cgt;;31 comp;2653809..2653900;;agc;; ;;;;; ;2735697..2735772;;ttc;+;64 ;2735837..2735912;;aca;3 ttc;7 ;2735920..2735995;;ttc;2 aca;70 ;2736066..2736141;;aac;2 aac;71 ;2736213..2736288;;aca;;7 ;2736296..2736371;;ttc;;43 ;2736415..2736490;;aac;; ;;;;; ;2738623..2738698;;ttc;;51 ;2738750..2738825;;aca;+;21 ;2738847..2738922;;aac;2 aca;39 ;2738962..2739037;;aca;2 aac;15 ;2739053..2739128;;aac;; ;;;;; comp;2741263..2741339;;gac;;31 comp;2741371..2741487;;5s;;57 comp;2741545..2741620;;acc;;100 comp;2741721..2741836;;5s;;73 comp;2741910..2744825;;23s;;257 comp;2745083..2745158;;gca;;41 comp;2745200..2745276;;atc;;56 comp;2745333..2746894;;16s;; ;;;;; comp;2755928..2756012;;ttg;; ;;;;; comp;2847646..2847722;;tgg;;68 comp;2847791..2847867;;gac;;30 comp;2847898..2848013;;5s;;73 comp;2848087..2851002;;23s;;258 comp;2851261..2851336;;gaa;;80 comp;2851417..2852978;;16s;; ;;;;; comp;2987485..2987561;;atgf;+;56 comp;2987618..2987693;;ggc;5 atgf;18 comp;2987712..2987788;;atgf;8 ggc;35 comp;2987824..2987899;;ggc;;50 comp;2987950..2988025;;ggc;;49 comp;2988075..2988150;;ggc;;49 comp;2988200..2988275;;ggc;;30 comp;2988306..2988382;;atgf;;55 comp;2988438..2988513;;ggc;;30 comp;2988544..2988620;;atgf;;39 comp;2988660..2988735;;ggc;;19 comp;2988755..2988831;;atgf;;35 comp;2988867..2988942;;ggc;; ;;;;; comp;3060924..3061000;;tgg;;68 comp;3061069..3061145;;gac;;30 comp;3061176..3061291;;5s;;73 comp;3061365..3064280;;23s;;257 comp;3064538..3064613;;gta;;14 comp;3064628..3064703;;gca;;32 comp;3064736..3064811;;aaa;;2 comp;3064814..3064889;;gaa;;80 comp;3064970..3066531;;16s;@3;319 comp;3066851..3066966;;5s;;73 comp;3067040..3069955;;23s;;261 comp;3070217..3071778;;16s;; ;;;;; comp;3105094..3105169;;acc;;13 comp;3105183..3105257;;gga;;35 comp;3105293..3105377;;tac;;36 comp;3105414..3105489;;aca;; ;;;;; comp;3111073..3111149;;gac;;30 comp;3111180..3111295;;5s;;73 comp;3111369..3114284;;23s;;261 comp;3114546..3116107;;16s;@1;317 comp;3116425..3116540;;5s;;73 comp;3116614..3119529;;23s;;261 comp;3119791..3121352;;16s;; ;;;;; comp;3175944..3176034;;tca;;69 comp;3176104..3176219;;5s;;73 comp;3176293..3179211;;23s;;257 comp;3179469..3179544;;gca;;41 comp;3179586..3179662;;atc;;56 comp;3179719..3181280;;16s;@2; ;;;;; comp;3217187..3217263;;gac;;30 comp;3217294..3217409;;5s;;73 comp;3217483..3220398;;23s;;59 ;3220458..3220655;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;55 comp;3220711..3220786;;gta;;30 comp;3220817..3220892;;aaa;;2 comp;3220895..3220970;;gaa;;80 comp;3221051..3222612;;16s;; Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr2;; ;132908..134469;;16s;;80 ;134550..134625;;gaa;;2 ;134628..134703;;aaa;;16 ;134720..134795;;gca;;14 ;134810..134885;;gta;;54 comp;134940..135122;;MTSHQSCLQFLNMMQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKLLKS;CDS 180;19 ;135142..138059;;23s;;73 ;138133..138248;;5s;;69 ;138318..138408;;tca;; ;;;;; comp;192886..192969;;ctc;; ;;;;; comp;591931..592021;;tca;; ;;;;; comp;1009457..1009530;;tgc;;73 comp;1009604..1009690;;tta;; ;;;;; comp;1021568..1021641;;tgc;;73 comp;1021715..1021801;;tta;; ;;;;; comp;1029973..1030048;;ggc;;3 comp;1030052..1030125;;tgc;; </pre> ====vpb cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_cumuls|vpb cumuls]] <pre> vpb cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;9;8;50;;20;;200; ;16 atc gca;2;40;24;4;100;;40;;300; ;16 23 5s a;1;60;21;2;150;;60;;400; ;max a;6;80;9;2;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;3;0;250;;100;;600; ;spéciaux;6;120;0;0;300;;120;;700; ;total aas;33;140;0;0;350;;140;;800; sans ;opérons;25;160;0;0;400;;160;;900; ;1 aa;11;180;0;0;450;;180;;1000; ;max a;19;200;0;0;500;;200;;1100; ;a doubles;8;;1;0;;;;;; ;total aas;93;;67;16;;0;;0;;0 total aas;;126;;;;;;;;; remarques;;5;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;46;26;;;;;; ;;;variance;29;22;;;;;; sans jaune;;;moyenne;43;;;;;;; ;;;variance;17;;;;;;; </pre> ====vpb blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_blocs|vpb blocs]] <pre> vpb blocs;;;;;;; 16s;80;16s;80;16s;80;; gaa;2;gaa;2;gaa;2;; aaa;30;aaa;30;aaa;16;; gta;55;gta;55;gca;14;; cds 198;59;cds 198;59;gta;54;; 23s;73;23s;73;cds 180;19;; 5s;;5s;30;23s;73;; ;;gac;;5s;69;; ;;;;tca;;; ;;;;;;; 16s;56;16s;56;16s;88;16s;80 atc;41;atc;41;gcc;12;gaa;258 gca;257;gca;257;gaa;258;23s;73 23s;73;23s;73;23s;73;5s;30 5s;100;5s;69;5s;30;gac; acc;57;tca;;gac;;; 5s;31;;;;;; gac;;;;;;; ;;;;;;; 16s;261;16s;261;;;; 23s;73;23s;73;;;; 5s;319;5s;317;;;; 16s;80;16s;261;;;; gaa;2;23s;73;;;; aaa;32;5s;30;;;; gca;14;gac;;;;; gta;257;;;;;; 23s;73;;;;;; 5s;30;;;;;; gac;;;;;;; </pre> ====vpb distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_distribution|vpb distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;ggc4;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;4;ggc4;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;;ggc4;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;acc 5s + 1 >a;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;8;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;7;tca 2 5s+ 2 a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;4;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;6;cca;2;caa;5;cga;;;cta;4;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;4;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total vpb;;11;;;;;11;;vpb;60;;;;;;60;;vpb;22;;;;;;22;;vpb;;;;12;;;12 </pre> ====vpb1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_données_intercalaires|vpb1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;vpb1;fx;fc;vpb1;fx40;fc40;vpb1;x-;c-;c;x;c;x;;c;x;;c;x; ;0;0;1;9;0;1;9;-1;;83;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;suite; ;0;10;12;254;1;2;25;-2;;0;284;337;97;;gcc;32;;cgg;64;;ttc ;3;20;12;187;2;1;45;-3;;0;140;243;2* 65;;atc;72;;cac;7;;aca ;0;30;9;114;3;2;36;-4;2;115;366;139;4* 89;;gaa;49;;cac;70;;ttc ;0;40;16;74;4;1;16;-5;;0;18;259;tRNA 23s;;;24;;cac;71;;aac ;1;50;26;58;5;0;24;-6;1;0;268;290;2* 264;;gca;**;;cac;7;;aca ;0;60;35;45;6;1;8;-7;;7;179;203;2* 265;;gaa;29;;cta;43;;ttc ;0;70;57;54;7;1;15;-8;1;41;50;477;264;;gta;47;;cta;**;;aac ;0;80;56;57;8;2;21;-9;;0;144;282;2* 319;;gta;24;;atgj;51;;ttc ;0;90;48;57;9;1;44;-10;;4;457;95;5s tRNA;;;52;;cta;21;;aca 3;1;100;36;48;10;1;20;-11;2;29;179;587;5* 30;;gac;29;;caa;39;;aac ;1;110;36;60;11;1;25;-12;;0;736;168;31;;gac;53;;cta;15;;aca ;0;120;20;53;12;0;31;-13;;3;390;135;100;;acc;24;;atgj;**;;aac ;0;130;33;50;13;0;21;-14;;21;327;302;69;;tca;52;;cta;56;;atgf 2;1;140;22;38;14;1;23;-15;1;0;153;456;tRNA 5s;;;29;;caa;18;;ggc ;1;150;15;47;15;2;18;-16;;1;227;620;57;;acc;54;;cta;35;;atgf ;2;160;13;47;16;0;9;-17;;12;15;96;tRNA tRNA;intra;;29;;caa;50;;ggc 1;0;170;16;47;17;1;19;-18;;0;569;206;2;;gaa;35;;cta;49;;ggc ;2;180;11;42;18;3;17;-19;;2;243;497;30;;aaa;48;;caa;49;;ggc ;1;190;18;31;19;2;8;-20;;10;11;964;**;;gta;31;;cta;30;;ggc ;0;200;16;31;20;2;16;-21;1;0;243;93;12;;gcc;77;;cta;55;;atgf 2;0;210;9;26;21;2;14;-22;1;2;100;;**;;gaa;77;;atgj;30;;ggc ;0;220;15;21;22;0;8;-23;;5;272;;41;;gca;31;;caa;39;;atgf ;1;230;14;26;23;0;9;-24;;0;234;;**;;atc;40;;cta;19;;ggc ;1;240;8;21;24;1;20;-25;;1;565;;14;;gta;**;;atgj;35;;atgf 1;2;250;8;22;25;0;10;-26;;1;190;;32;;gca;81;;tac;**;;ggc 1;0;260;12;15;26;1;15;-27;;0;156;;2;;aaa;81;;tac;13;;acc ;1;270;15;17;27;1;6;-28;;0;103;;**;;gaa;81;;tac;35;;gga ;1;280;8;12;28;1;18;-29;;2;CDS 16s;;41;;gca;**;;tac;36;;tac 2;1;290;12;15;29;2;5;-30;;0;454;556;**;;atc;32;;gtc;**;;aca ;0;300;9;19;30;1;9;-31;;0;504;496;30;;gta;**;;gtc;;; 1;0;310;7;18;31;1;11;-32;;1;487;;2;;aaa;10;;ggc;;; ;0;320;12;6;32;1;11;-33;;0;575;;**;;gaa;76;;tta;;; ;1;330;6;8;33;3;6;-34;;1;817;;tRNA tRNA;contig;;20;;ggc;;; 1;0;340;4;6;34;4;9;-35;;2;472;;35;;gac;**;;tgc;;; ;0;350;11;8;35;0;5;-36;;0;5s 16s;;**;;tgg;56;;atgf;;; ;0;360;7;4;36;0;10;-37;;0;319;;2* 68;;tgg;**;;ctc;;; ;1;370;8;6;37;2;6;-38;;0;317;;**;;gac;56;;cgt;;; ;0;380;5;4;38;1;6;-39;;0;16s 23s;;;;;57;;cgt;;; ;1;390;7;3;39;2;6;-40;;0;3* 277;;;;;57;;cgt;;; ;0;400;7;4;40;2;4;-41;1;0;23s 5s;;;;;57;;cgt;;; 6;4;reste;90;93;reste;732;1119;-42;;0;10* 91;;;;;57;;cgt;;; 20;27;total;782;1757;total;782;1757;-43;;0;5s CDS;;;;;56;;cgt;;; 14;23;diagr;691;1655;diagr;49;629;-44;1;0;;110;;;;210;;cgt;;; 0;3;t30;33;555;;;;-45;;0;;;;;;31;;cgt;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;**;;agc;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;;;;;;31;;cgt;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;**;;agc;;; ;x;781;13;1;795;;;-49;;0;;;;;;;;;;; ;c;1748;344;9;2101;;;-50;;1;;;;;;;;;;; ;;;;;2896;203;;reste;1;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;3099;;total;13;344;;;;;;;;;;; </pre> ====vpb2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_données_intercalaires|vpb2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;vpb2;fx;fc;vpb2;fx40;fc40;vpb2;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;11;0;1;11;-1;;50;32;501;16s tRNA;; ;0;10;11;116;1;0;18;-2;1;0;843;563;89;;gaa ;0;20;6;71;2;1;16;-3;;0;356;24;tRNA 23s;; 1;0;30;11;46;3;2;7;-4;4;53;221;329;263;;gta 1;1;40;8;27;4;1;6;-5;;0;222;678;5s tRNA;; ;0;50;17;21;5;0;4;-6;1;0;;537;69;;tca ;0;60;14;28;6;0;6;-7;;1;;314;tRNA tRNA;intra; ;0;70;29;30;7;1;4;-8;;23;;34;2;;gaa ;0;80;39;25;8;1;8;-9;;0;CDS 16s;;16;;aaa ;0;90;32;33;9;3;29;-10;;1;468;;14;;gca ;0;100;28;24;10;2;18;-11;1;11;;;**;;gta ;0;110;24;18;11;0;14;-12;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;; ;0;120;29;19;12;1;13;-13;;1;91;;73;;tgc ;0;130;18;17;13;1;5;-14;3;6;;;**;;tta ;0;140;11;16;14;0;6;-15;;0;;;73;;tgc ;0;150;16;15;15;1;8;-16;;0;;;**;;tta ;0;160;15;30;16;0;4;-17;;6;;;3;;ggc ;0;170;10;19;17;0;2;-18;;0;;;**;;tgc ;0;180;8;23;18;1;9;-19;;1;;;;; ;0;190;11;17;19;2;3;-20;;2;;;;; ;0;200;7;3;20;0;7;-21;;0;;;;; ;0;210;14;16;21;1;7;-22;;0;;;;; ;0;220;9;14;22;1;6;-23;1;2;;;;; ;2;230;9;13;23;0;4;-24;;0;;;;; ;0;240;13;18;24;0;5;-25;;0;;;;; ;0;250;14;9;25;1;4;-26;;4;;;;; ;0;260;12;7;26;1;4;-27;;0;;;;; ;0;270;11;9;27;3;4;-28;;0;;;;; ;0;280;6;8;28;2;6;-29;;2;;;;; ;0;290;7;6;29;0;3;-30;;0;;;;; ;0;300;3;9;30;2;3;-31;;0;;;;; ;0;310;2;6;31;0;3;-32;;1;;;;; 1;0;320;6;3;32;0;5;-33;;0;;;;; 1;0;330;8;3;33;1;3;-34;;0;;;;; ;0;340;5;8;34;1;2;-35;;1;;;;; ;0;350;1;8;35;1;2;-36;;0;;;;; ;1;360;6;8;36;1;1;-37;;0;;;;; ;0;370;5;2;37;1;3;-38;;1;;;;; ;0;380;7;2;38;1;1;-39;1;0;;;;; ;0;390;3;5;39;2;2;-40;;1;;;;; ;0;400;4;2;40;0;5;-41;;0;;;;; 4;1;reste;71;63;reste;524;557;-42;;0;;;;; 8;5;total;561;828;total;561;828;-43;;0;;;;; 4;4;diagr;489;754;diagr;36;260;-44;;0;;;;; 1;0;t30;28;233;;;;-45;;0;;;;; ;;;;;;;;-46;;1;;;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;; ;x;560;14;1;575;;;-49;;0;;;;; ;c;817;171;11;999;;;-50;;3;;;;; ;;;;;1574;32;;reste;1;0;;;;; ;;;;;;1606;;total;14;171;;;;; </pre> =====vpb1 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_autres_intercalaires_aas|vpb1 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vpb1;;;;; deb;;CDS;32632;33159;454;*; ;;rRNA;33614;35166;89;*;1553 ;;tRNA;35256;35331;2;*;gaa ;;tRNA;35334;35409;30;*;aaa ;;tRNA;35440;35515;319;*;gta ;;rRNA;35835;38725;91;*;2891 ;;rRNA;38817;38932;110;*;116 fin;comp;CDS;39043;39933;;0; deb;comp;CDS;49246;49659;337;*; ;;tRNA;49997;50073;32;*;cgg ;;tRNA;50106;50181;72;*;cac ;;tRNA;50254;50330;49;*;cac ;;tRNA;50380;50455;24;*;cac ;;tRNA;50480;50556;243;*;cac fin;comp;CDS;50800;51525;;0; deb;;CDS;330209;330847;37;*; ;;regulatory;330885;331020;72;*; fin;;CDS;331093;332085;;; deb;comp;CDS;398957;399760;284;*; ;comp;tRNA;400045;400120;140;*;atgi fin;comp;CDS;400261;402123;;; deb;;CDS;447282;448145;166;*; ;;ncRNA;448312;448741;175;*; fin;;CDS;448917;449867;;; deb;comp;CDS;503781;504251;439;*; ;;misc_f;504691;504810;54;*; fin;;CDS;504865;507324;;; deb;comp;CDS;568478;569656;13;*; ;comp;misc_f;569670;569792;107;*; fin;comp;CDS;569900;570226;;; deb;;CDS;574893;577466;504;*; ;;rRNA;577971;579523;97;*;1553 ;;tRNA;579621;579696;12;*;gcc ;;tRNA;579709;579784;265;*;gaa ;;rRNA;580050;582940;91;*;2891 ;;rRNA;583032;583147;30;*;116 ;;tRNA;583178;583254;35;*;gac ;;tRNA;583290;583366;366;*;tgg fin;;CDS;583733;584065;;; deb;comp;CDS;670277;672010;111;*; ;comp;tmRNA;672122;672489;67;*; fin;comp;CDS;672557;673042;;0; deb;;CDS;768334;769509;139;*; ;comp;tRNA;769649;769733;29;*;cta ;comp;tRNA;769763;769847;47;*;cta ;comp;tRNA;769895;769971;24;*;atgj ;comp;tRNA;769996;770080;52;*;cta ;comp;tRNA;770133;770207;29;*;caa ;comp;tRNA;770237;770321;53;*;cta ;comp;tRNA;770375;770451;24;*;atgj ;comp;tRNA;770476;770560;52;*;cta ;comp;tRNA;770613;770687;29;*;caa ;comp;tRNA;770717;770801;54;*;cta ;comp;tRNA;770856;770930;29;*;caa ;comp;tRNA;770960;771044;35;*;cta ;comp;tRNA;771080;771154;48;*;caa ;comp;tRNA;771203;771287;31;*;cta ;comp;tRNA;771319;771403;77;*;cta ;comp;tRNA;771481;771557;77;*;atgj ;comp;tRNA;771635;771709;31;*;caa ;comp;tRNA;771741;771825;40;*;cta ;comp;tRNA;771866;771942;18;*;atgj fin;comp;CDS;771961;772221;;; deb;comp;CDS;786539;786679;259;*; ;;tRNA;786939;787015;290;*;cca fin;comp;CDS;787306;788178;;0; deb;comp;CDS;801540;802046;268;*; ;comp;tRNA;802315;802391;179;*;agg fin;comp;CDS;802571;803704;;0; deb;comp;CDS;909155;910015;203;*; ;;tRNA;910219;910295;50;*;aga fin;;CDS;910346;910864;;; deb;;CDS;980739;981611;477;*; ;comp;tRNA;982089;982173;81;*;tac ;comp;tRNA;982255;982339;81;*;tac ;comp;tRNA;982421;982505;81;*;tac ;comp;tRNA;982587;982671;282;*;tac fin;;CDS;982954;984048;;; deb;;CDS;997215;999218;137;*; ;;ncRNA;999356;999452;132;*; fin;;CDS;999585;1000319;;0; deb;comp;CDS;1081601;1082191;116;*; ;comp;regulatory;1082308;1082397;266;*; fin;comp;CDS;1082664;1083668;;; deb;;CDS;1124121;1124570;144;*; ;;tRNA;1124715;1124802;457;*;tcc fin;;CDS;1125260;1126897;;; deb;comp;CDS;1170475;1170882;597;*; ;;regulatory;1171480;1171660;113;*; fin;;CDS;1171774;1173375;;0; deb;comp;CDS;1176029;1176982;364;*; ;;misc_f;1177347;1177484;54;*; fin;;CDS;1177539;1178435;;; deb;;CDS;1417803;1418141;179;*; ;;tRNA;1418321;1418397;32;*;gtc ;;tRNA;1418430;1418506;95;*;gtc fin;comp;CDS;1418602;1419771;;; deb;comp;CDS;1803089;1803247;528;*; ;;regulatory;1803776;1803877;118;*; fin;;CDS;1803996;1805372;;0; deb;comp;CDS;1984514;1987390;736;*; ;comp;tRNA;1988127;1988202;10;*;ggc ;comp;tRNA;1988213;1988299;76;*;tta ;comp;tRNA;1988376;1988451;20;*;ggc ;comp;tRNA;1988472;1988545;390;*;tgc fin;comp;CDS;1988936;1989493;;; deb;;CDS;2000638;2000763;-54;*; ;;misc_f;2000710;2000813;125;*; fin;;CDS;2000939;2002516;;; deb;comp;CDS;2157175;2158164;-12;*; ;comp;regulatory;2158153;2158286;173;*; fin;;CDS;2158460;2159353;;0; deb;comp;CDS;2161464;2163494;587;*; ;;tRNA;2164082;2164157;327;*;aac fin;;CDS;2164485;2165063;;; deb;;CDS;2191631;2193439;153;*; ;;tRNA;2193593;2193683;168;*;tca fin;comp;CDS;2193852;2194760;;0; deb;comp;CDS;2547201;2547656;227;*; ;comp;tRNA;2547884;2547960;56;*;atgf ;comp;tRNA;2548017;2548100;15;*;ctc fin;comp;CDS;2548116;2548454;;; deb;comp;CDS;2651265;2651522;569;*; ;comp;tRNA;2652092;2652168;56;*;cgt ;comp;tRNA;2652225;2652301;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652359;2652435;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652493;2652569;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652627;2652703;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652761;2652837;56;*;cgt ;comp;tRNA;2652894;2652970;210;*;cgt ;comp;tRNA;2653181;2653257;31;*;cgt ;comp;tRNA;2653289;2653380;243;*;agc deb;comp;CDS;2653624;2653689;11;*; ;comp;tRNA;2653701;2653777;31;*;cgt ;comp;tRNA;2653809;2653900;243;*;agc fin;comp;CDS;2654144;2654341;;; deb;;CDS;2699087;2699395;8;*; ;;ncRNA;2699404;2699588;4;*; fin;;CDS;2699593;2700186;;; deb;;CDS;2734457;2735596;100;*; ;;tRNA;2735697;2735772;64;*;ttc ;;tRNA;2735837;2735912;7;*;aca ;;tRNA;2735920;2735995;70;*;ttc ;;tRNA;2736066;2736141;71;*;aac ;;tRNA;2736213;2736288;7;*;aca ;;tRNA;2736296;2736371;43;*;ttc ;;tRNA;2736415;2736490;272;*;aac deb;;CDS;2736763;2738388;234;*; ;;tRNA;2738623;2738698;51;*;ttc ;;tRNA;2738750;2738825;21;*;aca ;;tRNA;2738847;2738922;39;*;aac ;;tRNA;2738962;2739037;15;*;aca ;;tRNA;2739053;2739128;135;*;aac deb;comp;CDS;2739264;2740697;565;*; ;comp;tRNA;2741263;2741339;31;*;gac ;comp;rRNA;2741371;2741487;57;*;117 ;comp;tRNA;2741545;2741620;100;*;acc ;comp;rRNA;2741721;2741836;91;*;116 ;comp;rRNA;2741928;2744818;264;*;2891 ;comp;tRNA;2745083;2745158;41;*;gca ;comp;tRNA;2745200;2745276;65;*;atc ;comp;rRNA;2745342;2746894;487;*;1553 fin;comp;CDS;2747382;2748635;;; deb;;CDS;2754342;2755625;302;*; ;comp;tRNA;2755928;2756012;190;*;ttg fin;comp;CDS;2756203;2756868;;0; deb;comp;CDS;2838215;2839336;326;*; ;;regulatory;2839663;2839841;102;*; fin;;CDS;2839944;2841296;;0; deb;;CDS;2847001;2847189;456;*; ;comp;tRNA;2847646;2847722;68;*;tgg ;comp;tRNA;2847791;2847867;30;*;gac ;comp;rRNA;2847898;2848013;91;*;116 ;comp;rRNA;2848105;2850995;265;*;2891 ;comp;tRNA;2851261;2851336;89;*;gaa ;comp;rRNA;2851426;2852978;575;*;1553 fin;comp;CDS;2853554;2854333;;; deb;;CDS;2985737;2986864;620;*; ;comp;tRNA;2987485;2987561;56;*;atgf ;comp;tRNA;2987618;2987693;18;*;ggc ;comp;tRNA;2987712;2987788;35;*;atgf ;comp;tRNA;2987824;2987899;50;*;ggc ;comp;tRNA;2987950;2988025;49;*;ggc ;comp;tRNA;2988075;2988150;49;*;ggc ;comp;tRNA;2988200;2988275;30;*;ggc ;comp;tRNA;2988306;2988382;55;*;atgf ;comp;tRNA;2988438;2988513;30;*;ggc ;comp;tRNA;2988544;2988620;39;*;atgf ;comp;tRNA;2988660;2988735;19;*;ggc ;comp;tRNA;2988755;2988831;35;*;atgf ;comp;tRNA;2988867;2988942;156;*;ggc fin;comp;CDS;2989099;2989644;;0; deb;;CDS;3060116;3060827;96;*; ;comp;tRNA;3060924;3061000;68;*;tgg ;comp;tRNA;3061069;3061145;30;*;gac ;comp;rRNA;3061176;3061291;91;*;116 ;comp;rRNA;3061383;3064273;264;*;2891 ;comp;tRNA;3064538;3064613;14;*;gta ;comp;tRNA;3064628;3064703;32;*;gca ;comp;tRNA;3064736;3064811;2;*;aaa ;comp;tRNA;3064814;3064889;89;*;gaa ;comp;rRNA;3064979;3066531;319;*;1553 ;comp;rRNA;3066851;3066966;91;*;116 ;comp;rRNA;3067058;3069948;277;*;2891 ;comp;rRNA;3070226;3071778;817;*;1553 fin;comp;CDS;3072596;3074731;;; deb;comp;CDS;3103806;3104990;103;*; ;comp;tRNA;3105094;3105169;13;*;acc ;comp;tRNA;3105183;3105257;35;*;gga ;comp;tRNA;3105293;3105377;36;*;tac ;comp;tRNA;3105414;3105489;206;*;aca fin;;CDS;3105696;3106619;;0; deb;;CDS;3109235;3110575;497;*; ;comp;tRNA;3111073;3111149;30;*;gac ;comp;rRNA;3111180;3111295;91;*;116 ;comp;rRNA;3111387;3114277;277;*;2891 ;comp;rRNA;3114555;3116107;317;*;1553 ;comp;rRNA;3116425;3116540;91;*;116 ;comp;rRNA;3116632;3119522;277;*;2891 ;comp;rRNA;3119800;3121352;556;*;1553 fin;;CDS;3121909;3122364;;1; deb;comp;CDS;3123914;3125749;55;*; ;comp;regulatory;3125805;3126005;184;*; fin;;CDS;3126190;3127299;;0; deb;;CDS;3173798;3174979;964;*; ;comp;tRNA;3175944;3176034;69;*;tca ;comp;rRNA;3176104;3176219;91;*;116 ;comp;rRNA;3176311;3179204;264;*;2894 ;comp;tRNA;3179469;3179544;41;*;gca ;comp;tRNA;3179586;3179662;65;*;atc ;comp;rRNA;3179728;3181280;472;*;1553 fin;comp;CDS;3181753;3182466;;; deb;comp;CDS;3213224;3215164;168;*; ;comp;regulatory;3215333;3215431;61;*; fin;comp;CDS;3215493;3215876;;0; deb;;CDS;3216111;3217093;93;*; ;comp;tRNA;3217187;3217263;30;*;gac ;comp;rRNA;3217294;3217409;91;*;116 ;comp;rRNA;3217501;3220391;319;*;2891 ;comp;tRNA;3220711;3220786;30;*;gta ;comp;tRNA;3220817;3220892;2;*;aaa ;comp;tRNA;3220895;3220970;89;*;gaa ;comp;rRNA;3221060;3222612;496;*;1553 fin;;CDS;3223109;3223657;;0; </pre> =====vpb2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_autres_intercalaires_aas|vpb2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vpb2;;;;; deb;comp;CDS;126972;127829;96;*; ;comp;regulatory;127926;128033;312;*; fin;;CDS;128346;129731;;; deb;;CDS;131915;132439;468;*; ;;rRNA;132908;134460;89;*;1553 ;;tRNA;134550;134625;2;*;gaa ;;tRNA;134628;134703;16;*;aaa ;;tRNA;134720;134795;14;*;gca ;;tRNA;134810;134885;263;*;gta ;;rRNA;135149;138041;91;*;2893 ;;rRNA;138133;138248;69;*;116 ;;tRNA;138318;138408;501;*;tca fin;comp;CDS;138910;139266;;; deb;comp;CDS;192242;192853;32;*; ;comp;tRNA;192886;192969;563;*;ctc fin;;CDS;193533;194741;;0; deb;;CDS;590953;591906;24;*; ;comp;tRNA;591931;592021;329;*;tca fin;;CDS;592351;593031;;0; deb;comp;CDS;1006811;1008613;843;*; ;comp;tRNA;1009457;1009530;73;*;tgc ;comp;tRNA;1009604;1009690;678;*;tta fin;;CDS;1010369;1012618;;0; deb;comp;CDS;1019688;1021211;356;*; ;comp;tRNA;1021568;1021641;73;*;tgc ;comp;tRNA;1021715;1021801;537;*;tta fin;;CDS;1022339;1023970;;; deb;comp;CDS;1028849;1029751;221;*; ;comp;tRNA;1029973;1030048;3;*;ggc ;comp;tRNA;1030052;1030125;222;*;tgc fin;comp;CDS;1030348;1031802;;; deb;comp;CDS;1124360;1124878;314;*; ;;tRNA;1125193;1125267;34;*;gga fin;comp;CDS;1125302;1126159;;; deb;;CDS;1291846;1292463;104;*; ;;regulatory;1292568;1292708;113;*; fin;;CDS;1292822;1293478;;; deb;;CDS;1311512;1311652;298;*; ;;regulatory;1311951;1312050;89;*; fin;;CDS;1312140;1313153;;; deb;;CDS;1632173;1633153;424;*; ;;regulatory;1633578;1633682;100;*; fin;;CDS;1633783;1635246;;0; </pre> ===Escherichia albertii=== ====eal opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal opérons]] <pre> 49.6%GC;10.3.19 Paris;16s 7;89;doubles;intercalaires Escherichia albertii;;;;; ;219063..219144;;tac;+;212 ;219357..219438;;tac;2 tac; ;;;;; ;413135..413219;;tcc;; ;;;;; ;462888..462972;;tca;; ;;;;; comp;489120..489191;;gga;;6 comp;489198..489270;;aca;; ;;;;; ;615149..615233;;tcc;; ;;;;; comp;756823..756895;;aaa;+;5 comp;756901..756973;;gta;3 aaa ;48 comp;757022..757094;;aaa;2 gta;5 comp;757100..757172;;gta;;48 comp;757221..757293;;aaa;; ;;;;; ;834529..834602;;atgj;+;10 ;834613..834694;;cta;2atgj ;26 ;834721..834792;;caa;2caa ;37 ;834830..834901;;caa;2 cag;18 ;834920..834993;;atgj;;51 ;835045..835116;;cag;;35 ;835152..835223;;cag;; ;;;;; comp;968958..969031;;aga;; ;;;;; comp;1192416..1192488;;acg;; ;;;;; comp;1269526..1269599;;gac;; ;;;;; comp;1277040..1277113;;gac;;52 comp;1277166..1277285;;5s;@1;169 comp;1277455..1280377;;23s;;186 comp;1280564..1280636;;gca;;45 comp;1280682..1280755;;atc;;70 comp;1280826..1282367;;16s;; ;;;;; ;1567231..1567314;;ctg;+;31 ;1567346..1567429;;ctg;3 ctg;35 ;1567465..1567548;;ctg;; ;;;;; comp;1657309..1657390;;ttg;; ;;;;; comp;1765401..1765473;;ggc;+;159 comp;1765633..1765705;;ggc;2 ggc; ;;;;; ;1795516..1795588;;ttc;; ;;;;; comp;2006002..2006121;;5s;;169 comp;2006291..2009214;;23s;;186 comp;2009401..2009473;;gca;;45 comp;2009519..2009592;;atc;;70 comp;2009663..2011202;;16s;; ;;;;; comp;2042057..2043241;;tuf1;CDS 1185pb;117 comp;2043359..2043431;;acc;;9 comp;2043441..2043512;;gga;;119 comp;2043632..2043713;;tac;;11 comp;2043725..2043797;;aca;@3; ;;;;; comp;2047429..2047548;;5s;;169 comp;2047718..2050648;;23s;;186 comp;2050835..2050907;;gca;;45 comp;2050953..2051026;;atc;;68 comp;2051095..2052636;;16s;; ;;;;; comp;2208305..2208424;;5s;@2;169 comp;2208594..2211517;;23s;;198 comp;2211716..2211788;;gaa;;85 comp;2211874..2213418;;16s;; ;;;;; comp;2267554..2267627;;cca;;43 comp;2267671..2267754;;ctg;;23 comp;2267778..2267850;;cac;;61 comp;2267912..2267985;;cgg;; ;;;;; comp;2305358..2305430;;tgg;;11 comp;2305442..2305515;;gac;;52 comp;2305568..2305687;;5s;;169 comp;2305857..2308779;;23s;;198 comp;2308978..2309050;;gaa;;85 comp;2309136..2310676;;16s;; ;;;;; comp;2426158..2426248;;tga;; ;;;;; ;2556305..2556378;;ccg;; ;;;;; ;2810766..2812307;;16s;;85 ;2812393..2812465;;gaa;;198 ;2812664..2815586;;23s;;169 ;2815756..2815875;;5s;;151 ;2816027..2816099;;acc;;40 ;2816140..2816259;;5s;; ;;;;; ;2911129..2911212;;ctc;; ;;;;; ; 2913088..2913161;;atgf;; ;;;;; comp;3010332..3010404;;atgi;; ;;;;; comp;3177717..3177789;;ttc;; ;;;;; ;3301617..3301687;;ggg;; ;;;;; comp;3366868..3366941;;atgf;+;37 comp;3366979..3367052;;atgf;3 atgf;37 comp;3367090..3367163;;atgf;; ;;;;; ;3469914..3470003;;agc;;6 ;3470010..3470083;;cgt;+;201 ;3470285..3470358;;cgt;3 cgt;200 ; 3470559..3470632;;cgt;; ;;;;; ;3505321..3505393;;atgi;; ;;;;; ;3563056..3564598;;16s;;85 ;3564684..3564756;;gaa;;198 ;3564955..3567876;;23s;;169 ;3568046..3568165;;5s;; ;;;;; comp;3779750..3779822;;aaa;;7 comp;3779830..3779902;;gta;+;47 comp;3779950..3780022;;gta;2 gta; ;;;;; ;3782718..3782790;;gcc;+;42 ;3782833..3782905;;gcc;2 gcc; ;;;;; comp;3810369..3810440;;agg;; ;;;;; comp;3993500..3993573;;ccc;; ;;;;; comp;4232176..4232248;;aac;; ;;;;; ;4233996..4234068;;aac;; ;;;;; comp;4242952..4243024;;aac;; ;;;;; comp;4248342..4248414;;aac;; ;;;;; ;4249406..4249492;;tcg;; ;;;;; ;4256696..4256768;;atgi;;100 ;4256869..4256942;;aga;; ;;;;; ;4317980..4318052;;ggc;;56 ;4318109..4318179;;tgc;;14 ;4318194..4318277;;tta;; ;;;;; comp;4556753..4556826;;gtc;+;7 comp;4556834..4556907;;gtc;2 gtc; </pre> ====eal cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_cumuls|eal cumuls]] <pre> eal cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;8;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;0;60;7;;150;;60;;400; ;max a;3;80;1;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;1;;250;;100;;600; ;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700; ;total aas;13;140;0;;350;;140;;800; sans ;opérons;38;160;1;;400;;160;;900; ;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000; ;max a;7;200;1;;500;;200;;1100; ;a doubles;10;;2;;;;;;; ;total aas;71;;33;0;;0;;0;;0 total aas;;84;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;53;;;;;;; ;;;variance;59;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; </pre> ====eal blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_blocs|eal blocs]] <pre> eal blocs;;; 16s;70;70;68 atc;45;45;45 gca;186;186;186 23s;169;169;169 5s;52;; gac;;; ;;; 16s;85;85;85 gaa;198;198;198 23s;169;169;169 5s;52;; gac;;; ;;; 16s;85;; gaa;198;; 23s;169;; 5s;151;; acc;40;; 5s;;; </pre> ====eal distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_distribution|eal distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;atgi 2a+>a;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;2;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;1;caa2;tta;1;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;cag2;ata;;aca;2;aaa;4;aga;1;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;atgf3;cta;1;cca;1;caa;;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;2;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;2;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;aaa (gta aaa)2;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total eal;;23;;;;;23;;eal;25;;;;;;25;;eal;23;;;;;;23;;eal;;;;4;;;4 </pre> ====eal données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_données_intercalaires|eal données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;eal;fx;fc;eal;fx40;fc40;eal;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;12;18;0;12;18;-1;0;157;158;376;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;45;323;1;5;35;-2;4;0;294;233;2* 70;;atc;212;;tac 1;1;20;26;264;2;8;39;-3;0;0;162;276;68;;atc;**;;tac ;0;30;28;126;3;10;50;-4;39;250;479;441;4* 85;;gaa;6;;gga 1;0;40;60;94;4;4;29;-5;0;0;284;601;tRNA 23s;;;**;;aca 2;1;50;80;91;5;1;17;-6;2;0;170;156;3* 186;;gca;5;;aaa 3;0;60;55;106;6;4;15;-7;2;13;164;256;4* 198;;gaa;48;;gta ;0;70;43;83;7;2;18;-8;1;58;223;248;5s tRNA;;;5;;aaa 2;1;80;31;75;8;3;18;-9;3;0;114;17;2* 52;;gac;48;;gta ;0;90;42;75;9;3;47;-10;2;6;437;41;151;;acc;**;;aaa 2;3;100;38;74;10;5;55;-11;0;37;132;195;tRNA 5s;;;10;;atgj 1;3;110;40;77;11;2;42;-12;1;0;165;272;40;;acc;26;;cta 1;3;120;27;61;12;2;36;-13;0;2;189;120;tRNA tRNA;intra;;37;;caa 1;1;130;37;57;13;2;19;-14;10;17;189;37;3* 45;;atc gca;18;;caa 1;1;140;33;55;14;1;47;-15;1;0;210;92;tRNA tRNA;contig;;51;;atgj ;3;150;34;50;15;6;26;-16;2;2;106;184;11;;tgg;35;;cag 1;2;160;38;45;16;3;25;-17;3;8;117;347;**;;gac;**;;cag 1;5;170;26;31;17;3;18;-18;2;0;150;59;;;;31;;ctg ;0;180;24;37;18;4;14;-19;1;5;102;125;;;;35;;ctg 1;2;190;43;31;19;1;17;-20;2;10;167;78;;;;**;;ctg 1;2;200;21;30;20;2;20;-21;0;0;398;237;;;;159;;ggc ;2;210;24;30;21;2;18;-22;1;1;91;510;;;;**;;ggc ;0;220;36;33;22;3;18;-23;1;7;408;367;;;;9;;acc ;1;230;21;23;23;0;11;-24;3;0;14;235;;;;119;;gga 3;0;240;13;19;24;3;17;-25;2;4;203;135;;;;11;;tac 2;0;250;15;25;25;4;9;-26;4;6;200;243;;;;**;;aca 1;0;260;19;27;26;5;7;-27;1;0;105;102;;;;43;;cca ;0;270;18;25;27;2;12;-28;1;3;144;58;;;;23;;ctc 2;0;280;14;22;28;5;4;-29;2;6;345;162;;;;61;;cac ;2;290;10;23;29;3;8;-30;3;0;315;71;;;;**;;cgg 1;1;300;7;19;30;1;22;-31;1;2;283;324;;;;37;;atgf ;0;310;11;16;31;6;8;-32;0;5;150;41;;;;37;;atgf ;1;320;15;10;32;4;7;-33;2;0;123;93;;;;**;;atgf 1;0;330;13;12;33;3;11;-34;1;0;192;55;;;;6;;agc ;0;340;9;5;34;5;10;-35;1;5;74;298;;;;201;;cgt 1;1;350;3;12;35;3;8;-36;0;0;100;;;;;200;;cgt ;0;360;6;14;36;6;11;-37;0;0;655;;;;;**;;cgt 1;0;370;13;8;37;5;11;-38;1;2;100;;;;;7;;aaa 1;0;380;15;10;38;11;9;-39;2;0;49;;;;;47;;gta ;0;390;10;3;39;14;9;-40;0;1;502;;;;;**;;gta ;1;400;8;9;40;3;10;-41;2;2;151;;;;;42;;gcc 3;5;reste;122;138;reste;1014;1461;-42;0;0;111;;;;;**;;gcc 35;42;total;1185;2286;total;1185;2286;-43;0;2;CDS 16s;;;;;100;;atgi 32;37;diagr;1051;2130;diagr;159;807;-44;0;1;364;339;;;;**;;aga 1;1;t30;99;713;;;;-45;0;0;370;477;;;;56;;ggc ;;;;;;;;-46;1;1;161;467;;;;14;;tgc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;2;0;;264;;;;**;;tta ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;3;0;23s 5s;;;;;7;;gtc ;x;1173;119;12;1304;;;-49;2;0;7* 169;;;;;**;;gtc ;c;2268;617;18;2903;;;-50;1;0;5s CDS;;;;;;; ;;;;;4207;537;;reste;7;4;300;113;;;;;; ;;;;;;4744;;total;119;617;56;98;;;;;; ;;;;;;;;;;;;460;;;;;; </pre> =====eal autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_autres_intercalaires_aas|eal autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;eal;;;;; deb;;CDS;1006;1392;99;*; ;comp;gene;1492;5941;-3070;*; fin;;CDS;2872;2988;;; deb;;CDS;3611;3976;-366;*; ;;mobile_el;3611;4839;-906;*; fin;;CDS;3934;4839;;; deb;;CDS;14985;15332;-348;*; ;;mobile_el;14985;16921;-1540;*; ;;gene;15382;16569;549;*; fin;;CDS;17119;18501;;; deb;comp;CDS;34568;34681;26;*; ;;gene;34708;38448;-4;*; fin;;CDS;38445;39989;;; deb;comp;CDS;99647;99793;-25;*; ;;gene;99769;99909;51;*; fin;;CDS;99961;100896;;0; deb;comp;CDS;102850;103833;195;*; ;;gene;104029;105320;30;*; fin;comp;CDS;105351;105914;;0; deb;;CDS;191840;192184;85;*; ;comp;gene;192270;193340;282;*; fin;comp;CDS;193623;194339;;0; deb;;CDS;199369;199794;-426;*; ;;mobile_el;199369;201785;-1995;*; fin;;CDS;199791;200141;;; deb;;CDS;218062;218904;158;*; ;;tRNA;219063;219144;212;*;tac ;;tRNA;219357;219438;376;*;tac fin;comp;CDS;219815;220912;;; deb;comp;CDS;239027;239722;104;*; ;comp;gene;239827;239964;271;*; fin;;CDS;240236;241336;;0; deb;comp;CDS;242534;244144;22;*; ;comp;gene;244167;244856;122;*; deb;;CDS;244979;245305;-327;*; ;;mobile_el;244979;246192;-891;*; fin;;CDS;245302;246192;;0; deb;;CDS;277602;278456;130;*; ;;gene;278587;280453;49;*; fin;comp;CDS;280503;280757;;0; deb;comp;CDS;285209;286279;9;*; ;comp;gene;286289;287587;329;*; fin;;CDS;287917;289449;;0; deb;comp;CDS;297458;298864;-1407;*; ;comp;mobile_el;297458;299261;-348;*; fin;comp;CDS;298914;299261;;; deb;comp;CDS;300053;300712;71;*; ;comp;gene;300784;300984;220;*; fin;;CDS;301205;301894;;; deb;comp;CDS;303386;307822;-3485;*; ;;repeat_reg;304338;304360;-23;*; ;;misc_f;304338;304432;-72;*; ;;repeat_reg;304361;304409;0;*; ;;repeat_reg;304410;304432;3985;*; fin;;CDS;308418;308762;;; deb;;CDS;309802;310167;-366;*; ;;mobile_el;309802;311030;-906;*; fin;;CDS;310125;311030;;; deb;;CDS;313323;313712;-232;*; ;;repeat_reg;313481;313501;-21;*; ;;misc_f;313481;313581;-93;*; ;;repeat_reg;313489;313509;-13;*; ;;repeat_reg;313497;313517;-16;*; ;;repeat_reg;313502;313520;-11;*; ;;repeat_reg;313510;313528;276;*; fin;comp;CDS;313805;314563;;; deb;comp;CDS;316137;316262;245;*; ;;gene;316508;316948;113;*; fin;comp;CDS;317062;318312;;1; deb;;CDS;332934;333359;-426;*; ;;mobile_el;332934;335350;-1995;*; fin;;CDS;333356;333706;;; deb;comp;CDS;411963;412901;233;*; ;;tRNA;413135;413219;276;*;tcc fin;comp;CDS;413496;414182;;; deb;;CDS;422060;426022;39;*; ;comp;gene;426062;426701;264;*; fin;;CDS;426966;427097;;; deb;comp;CDS;461328;462446;441;*; ;;tRNA;462888;462972;601;*;tca fin;comp;CDS;463574;463717;;0; deb;;CDS;463890;464255;-366;*; ;;mobile_el;463890;465118;-906;*; fin;;CDS;464213;465118;;; deb;comp;CDS;488610;488825;294;*; ;comp;tRNA;489120;489191;6;*;gga ;comp;tRNA;489198;489270;162;*;aca fin;comp;CDS;489433;489567;;; deb;comp;CDS;522240;523853;-1614;*; ;comp;mobile_el;522240;524454;-605;*; ;comp;gene;523850;524032;-4;*; fin;comp;CDS;524029;524454;;; deb;comp;CDS;545508;546056;180;*; ;comp;gene;546237;548084;260;*; fin;comp;CDS;548345;552805;;; deb;;CDS;590349;590696;-348;*; ;;mobile_el;590349;592284;-1539;*; fin;;CDS;590746;592284;;0; deb;comp;CDS;603716;607669;-1361;*; ;;repeat_reg;606309;606328;-20;*; ;;misc_f;606309;606445;-117;*; ;;repeat_reg;606329;606347;0;*; ;;repeat_reg;606348;606367;0;*; ;;repeat_reg;606368;606386;0;*; ;;repeat_reg;606387;606406;0;*; ;;repeat_reg;606407;606425;0;*; ;;repeat_reg;606426;606445;1358;*; fin;comp;CDS;607804;608298;;0; deb;;CDS;614451;614669;479;*; ;;tRNA;615149;615233;284;*;tcc fin;;CDS;615518;615646;;0; deb;;CDS;625353;625628;-276;*; ;;mobile_el;625353;626050;-504;*; fin;;CDS;625547;626050;;; deb;comp;CDS;660139;661350;273;*; ;;gene;661624;662214;34;*; fin;comp;CDS;662249;662533;;0; deb;;CDS;664227;664940;-14;*; ;comp;gene;664927;666254;7;*; fin;comp;CDS;666262;668610;;; deb;comp;CDS;730722;731225;-504;*; ;comp;mobile_el;730722;731371;-228;*; fin;comp;CDS;731144;731419;;0; deb;comp;CDS;747736;748551;79;*; ;comp;gene;748631;749979;68;*; fin;comp;CDS;750048;750362;;0; deb;comp;CDS;756185;756652;170;*; ;comp;tRNA;756823;756895;5;*;aaa ;comp;tRNA;756901;756973;48;*;gta ;comp;tRNA;757022;757094;5;*;aaa ;comp;tRNA;757100;757172;48;*;gta ;comp;tRNA;757221;757293;164;*;aaa fin;comp;CDS;757458;758249;;; deb;;CDS;782199;782768;47;*; ;;gene;782816;785265;13;*; fin;;CDS;785279;786010;;; deb;comp;CDS;797253;797513;3;*; ;comp;gene;797517;798173;1830;*; fin;comp;CDS;800004;803876;;; deb;;CDS;832389;834305;223;*; ;;tRNA;834529;834602;10;*;atgj ;;tRNA;834613;834694;26;*;cta ;;tRNA;834721;834792;37;*;caa ;;tRNA;834830;834901;18;*;caa ;;tRNA;834920;834993;51;*;atgj ;;tRNA;835045;835116;35;*;cag ;;tRNA;835152;835223;156;*;cag fin;comp;CDS;835380;836555;;0; deb;comp;CDS;849004;850455;-4;*; ;comp;gene;850452;851159;103;*; fin;;CDS;851263;851817;;0; deb;comp;CDS;957178;958083;-906;*; ;comp;mobile_el;957178;958406;-366;*; fin;comp;CDS;958041;958406;;; deb;comp;CDS;958518;960056;-1539;*; ;comp;mobile_el;958518;960453;-348;*; deb;comp;CDS;960106;960453;867;*; ;;gene;961321;961434;545;*; fin;;CDS;961980;962675;;; 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K-12 substr. MG1655;;;;;;; 50.6%GC;10.3.19 Paris;16s 7 ;89;doubles;interca;EcoCyc;adIP ;223771..225312;;16s;;68;opéron; ;225381..225457;;atc;;42;ileV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30045] ;225500..225575;;gca;;183;« ; ;225759..228662;;23s;;93;« ; ;228756..228875;;5s;@1;52;« ; ;228928..229004;;gac;;;aspU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30024] ;;;;;;; ;236931..237007;;gac;;;; ;;;;;;; ;262871..262946;;acg;;;; ;;;;;;; ;564723..564799;;aga;;;; ;;;;;;; comp;696430..696504;;cag;+;37;opéron; comp;696542..696616;;cag;2 cag;47;glnT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30029] comp;696664..696740;;atg;2 atg;15;« ; comp;696756..696830;;caa;2 caa;34;« ; comp;696865..696939;;caa;;23;« ; comp;696963..697047;;cta;;9;« ; comp;697057..697133;;atg;;;; ;;;;;;; ;780554..780629;;aaa;+;135;lysT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30055] ;780765..780840;;gta;5 aaa;2;opéron; ;780843..780918;;aaa;2 gta;149;« ; ;781068..781143;;gta;;3;valZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6389] ;781147..781222;;aaa;;146;opéron; ;781369..781444;;aaa;;132;lysZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6391] ;781577..781652;;aaa;;;lysQ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6392] ;;;;;;EcoCyc;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30055&chromosome=COLI-K12] comp;925884..925971;;tcc;;;InfA-serW;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30096&chromosome=COLI-K12] ;;;;;;; comp;1031625..1031712;;tca;;;; ;;;;;;; comp;1097565..1097652;;tcc;;;; ;;;;;;; comp;1287087..1287176;;tpr ;cds 90pb;67;tpr; comp;1287244..1287328;;tac;+;209;opéron; comp;1287538..1287622;;tac;2 tac;;tyrT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30106] ;;;;;;; ; 1746435..1746511;;gtc;+;4;valV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30111] ; 1746516..1746592;;gtc;2 gtc;;opéron; ;;;;;;«RNA 67pb; comp;1991815..1991901;;tta;;12;leuZ;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1983402/2000314] comp;1991914..1991987;;tgc;;54;« ; comp;1992042..1992117;;ggc;;;opéron; ;;;;;;; comp;2043468..2043557;;tcg;;;; ;;;;;;; ;2044549..2044624;;aac;;;; ;;;;;;; comp;2058027..2058102;;aac;;;; ;;;;;;; ; 2059851..2059926;;aac;;;; ;;;;;;; ;2062260..2062335;;aac;;;; ;;;;;;; ;2286211..2286287;;ccc;;;; ;;;;;;; ;2466309..2466383;;agg;;;; ;;;;;;; comp;2518041..2518116;;gcc;+;39;alaX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30012] comp;2518156..2518231;;gcc;2 gcc;;opéron; ;;;;;;; ;2520931..2521006;;gta;+;44;valU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30110] ;2521051..2521126;;gta;3gta;46;opéron; ;2521173..2521248;;gta;;4;« ; ;2521253..2521328;;aaa;;;« ; ;;;;;;; comp;2726069..2726188;;5s;@2;92;opéron; comp;2726281..2729184;;23s;;184;; comp;2729369..2729444;;gaa;;171;; comp;2729616..2731157;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2785762..2785837;;atgi;;;; ;;;;;;; comp;2817784..2817860;;cgt;+;198;« ; comp;2818059..2818135;;cgt;4 cgt;62;« ; comp;2818198..2818274;;cgt;;198;« ; comp;2818473..2818549;;cgt;;3;opéron; comp;2818553..2818645;;agc;;;serV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30013] ;;;;;;; ;2947387..2947463;;atgf;+;33;opéron; ;2947497..2947573;;atgf;3 atgf;33;metW;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG31117] ;2947607..2947683;;atgf;;;« ; ;;;;;;; comp;2998984..2999057;;ggg;;;; ;;;;;;; ;3110366..3110441;;ttc;;;; ;;;;;;; ;3215598..3215673;;atgi;;;; ;;;;;;; comp;3318213..3318289;;atgf;;;; ;;;;;;; comp;3322072..3322158;;ctc;;;; ;;;;;;; comp;3423423..3423542;;5s;;37;« ; comp;3423580..3423655;;acc;;12;« ; comp;3423668..3423787;;5s;;92;« ; comp;3423880..3426783;;23s;;174;« ; comp;3426958..3427033;;gca;;42;« ; comp;3427076..3427152;;atc;;68;ileU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30044] comp;3427221..3428762;;16s;;;opéron; ;;;;;;; comp;3708616..3708692;;ccg;;;; ;;;;;;; ;3836222..3836316;;tga;;;; ;;;;;;ecoliwiki;[https://ecoliwiki.org/colipedia/index.php/Category:rRNA_operons] ;3941808..3943349;;16s;;85;gltU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30033] ;3943435..3943510;;gaa;;193;opéron; ;3943704..3946607;;23s;;92;« ; ;3946700..3946819;;5s;;52;« ; ;3946872..3946948;;gac;;8;aspT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30023] ;3946957..3947032;;tgg;;;trpT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30105] ;;;;;;; ;3982375..3982451;;cgg;;57;argX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30017] ;3982509..3982585;;cac;;20;opéron; ;3982606..3982692;;ctg;;42;« ; ;3982735..3982811;;cca;;;« ; ;;;;;;; ;4035531..4037072;;16s;;68;opéron; ;4037141..4037217;;atc;;42;ileT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30043] ;4037260..4037335;;gca;;183;« ; ;4037519..4040423;;23s;;93;« ; ;4040517..4040636;;5s;;;« ; ;;;;;;; ;4166659..4168200;;16s;;171;opéron; ;4168372..4168447;;gaa;;193;; ;4168641..4171544;;23s;;92;; ;4171637..4171756;;5s;;;; ;;;;;;; ;4175388..4175463;;aca;@3;8;thrU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30101] ;4175472..4175556;;tac;;116;opéron; ;4175673..4175747;;gga;;6;« ; ;4175754..4175829;;acc;;114;« ; ;4175944..4177128;;tufb;cds 1185 pb;;« ; ;;;;;;; ;4208147..4209688;;16s;;85;opéron; ;4209774..4209849;;gaa;;193;; ;4210043..4212946;;23s;;93;; ;4213040..4213159;;5s;;;; ;;;;;;; comp;4362551..4362626;;ttc;;;; ;;;;;;; ;4392360..4392435;;ggc;+;36;opéron; ;4392472..4392547;;ggc;3 ggc;35;glyX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30040] ;4392583..4392658;;ggc;;;« ; ;;;;;;; ;4496405..4496489;;ttg;;;; ;;;;;;; comp;4606079..4606165;;ctg;+;34;opéron; comp;4606200..4606286;;ctg;3 ctg;28;leuV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30051] comp;4606315..4606401;;ctg;;;« ; </pre> ====eco cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cumuls|eco cumuls]] <pre> eco cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;10;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;0;60;6;;150;;60;;400; ;max a;3;80;1;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;0;;250;;100;;600; ;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700; ;total aas;14;140;2;;350;;140;;800; sans ;opérons;36;160;2;;400;;160;;900; ;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000; ;max a;7;200;2;;500;;200;;1100; ;a doubles;10;;1;;;;;;; ;total aas;72;;36;0;;0;;0;;0 total aas;;86;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;57;;;;;;; ;;;variance;60;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; </pre> ====eco cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cds|eco cds]] <pre> les CDS eco pour opérons;;;;;;;;; clusters;6.8.19 Paris ;;;interca;cdsa;promoteur;terminateur;notes; ;222833..223408;;cds;362;192;sigma FIS;;; ;223771..225312;;16s;68;;;;; ;225381..225457;;atc;42;;;;; ;225500..225575;;gca;183;;;;; ;225759..228662;;23s;93;;;;; ;228756..228875;;5s;52;;;;; ;228928..229004;;gac;162;;Terminateur;+ sigma;; ;229167..229970;;cds;;268;;;; ;;;;;;;;; comp;2724448..2725746;;cds;322;433;rien;début opéron ;rien; comp;2726069..2726188;;5s;92;;;;; comp;2726281..2729184;;23s;184;;;;; comp;2729369..2729444;;gaa;171;;;;; comp;2729616..2731157;;16s;442;;sigma FIS;;; comp;2731600..2734173;;cds;;858;;;; ;;;;;;;;; ;3422436..3423194;;cds;228;253;Terminateur;fin opéron ;rien; comp;3423423..3423542;;5s;37;;;;; comp;3423580..3423655;;acc;12;;;;; comp;3423668..3423787;;5s;92;;;;; comp;3423880..3426783;;23s;174;;;;; comp;3426958..3427033;;gca;42;;;;; comp;3427076..3427152;;atc;68;;;;; comp;3427221..3428762;;16s;473;;sigma FIS;;; ;3429236..3429790;;cds;;185;;;; ;;;;;;;;; comp;3940635..3941327;;cds;480;231;sigma FIS;;; ;3941808..3943349;;16s;85;;;;; ;3943435..3943510;;gaa;193;;;;; ;3943704..3946607;;23s;92;;;;; ;3946700..3946819;;5s;52;;;;; ;3946872..3946948;;gac;8;;;;; ;3946957..3947032;;tgg;95;;Terminateur;fin opéron ;rien; comp;3947128..3947967;;cds;;280;;;; ;;;;;;;;; ;4034608..4035153;;cds;377;182;Sigma Lrp-leu;;; ;4035531..4037072;;16s;68;;;;; ;4037141..4037217;;atc;42;;;;; ;4037260..4037335;;gca;183;;;;; ;4037519..4040423;;23s;93;;;;; ;4040517..4040636;;5s;228;;;;; ;4040865..4040900;;rprg;5;;pas de Term;fin opéron ;rien; comp;4040906..4041433;;cds;;176;;;; ;;;;;;;;; ;4165428..4166285;;cds;373;286;Sigma Lrp-leu;;; ;4166659..4168200;;16s;171;;;;; ;4168372..4168447;;gaa;193;;;;; ;4168641..4171544;;23s;92;;;;; ;4171637..4171756;;5s;300;;Terminateur;début opéron ;rien; ;4172057..4173085;;cds;;343;;;; ;;;;;;;;; comp;4205943..4207532;;cds;614;530;sigma FIS;;; ;4208147..4209688;;16s;85;;;;; ;4209774..4209849;;gaa;193;;;;; ;4210043..4212946;;23s;93;;;;; ;4213040..4213159;;5s;74;;Terminateur;début opéron ;rien; ;4213234..4213617;;cds;;128;;;; ;;;;;;;;; ;695101..696276;;cds;31;392;;;; comp;696308..696378;;rprg;51;;Terminateur;fin opéron;rien; comp;696430..696504;;cag;37;;;;; comp;696542..696616;;cag;47;;;;; comp;696664..696740;;atg;15;;;;; comp;696756..696830;;caa;34;;;;; comp;696865..696939;;caa;23;;;;; comp;696963..697047;;cta;9;;;;; comp;697057..697133;;atg;379;;sigma FIS;fin opéron;rien; comp;697513..699177;;cds;;555;;;; ;;;;;;;;; ;779598..780389;;cds;164;264;sigma FIS;fin opéron;rien; ;780554..780629;;aaa;135;;;;; ;780765..780840;;gta;2;;;;; ;780843..780918;;aaa;149;;;;; ;781068..781143;;gta;3;;;;; ;781147..781222;;aaa;146;;;;; ;781369..781444;;aaa;132;;;;; ;781577..781652;;aaa;432;;Terminateur;début opéron;NadR pas sigma; ;782085..783128;;cds;;348;;;; ;;;;;;;;; ;1286709..1286984;;cds;81;92;Terminateur;;; comp;1287066..1287236;;ncRNA;-150;;;;; comp;1287087..1287176;;tpr ;67;30;;;; comp;1287244..1287328;;tac;209;;;;; comp;1287538..1287622;;tac;159;;sigma FIS;;; comp;1287782..1288624;;cds;;281;;;; ;;;;;;;;; solitaires;;;;promoteur;terminateur;interc avant;interc après;protéines;lien ;236931..237007;;gac;sigma FIS;Term 1;133;328;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=228513/245425] ;262871..262946;;acg;sigma FIS;rien;115;204;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=262297/263521] ;564723..564799;;aga;sigma FIS;rien;243;16;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=564149/565373] comp;925884..925971;;InfA-tcc;sigma FIS;Term 1;344;254;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30096&chromosome=COLI-K12] comp;1031625..1031712;;tca;sigma FIS;Term 2;207;427;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1023213/1040125] comp;1097565..1097652;;tcc;sigma FIS;Term 4;736;234;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1089153/1106065] comp;2043468..2043557;;tcg;sigma -;Term 1;570;94;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2035057/2051969] ;2044549..2044624;;aac;sigma -;Term 1;101;314;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2036131/2053043] comp;2058027..2058102;;aac;sigma -;Term 1;453;101;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2049609/2066521] ; 2059851..2059926;;aac;sigma -;Term 1;5;38;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2051433/2068345] ;2062260..2062335;;aac;sigma NtrC;rien;327;56;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2053842/2070754] ;2286211..2286287;;ccc;sigma FIS;Term 1;75;103;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2277793/2294705] ;2466309..2466383;;agg;sigma -;Term 1;76;162;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2457890/2474802] comp;2785762..2785837;;atgi;rien;rien;410;-37;évidence faible1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2777344/2794256] comp;2998984..2999057;;ggg;sigma FIS;rien;156;79;évidence faible;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2990565/3007477] ;3110366..3110441;;ttc;sigma FIS;Term 1;106;149;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3101948/3118860] ;3215598..3215673;;atgi;sigma -;Term 1;125;54;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3207180/3224092] comp;3318213..3318289;;atgf;sigma FIS;Term 2;207;348;protéines1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3309795/3326707] comp;3322072..3322158;;ctc;sigma -;Term 1;459;15;protéine2;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3313659/3330571] comp;3708616..3708692;;ccg;sigma FIS;Term 2;911;92;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3700198/3717110] ;3836222..3836316;;tga;sigma -;rien;293;109;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3827813/3844725] comp;4362551..4362626;;ttc;sigma FIS;Term 1;198;107;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4354133/4371045] ;4496405..4496489;;ttg;sigma FIS;Term 1;196;261;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4487991/4504903] </pre> ====eco blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_blocs|eco blocs]] <pre> eco blocs;;;; 16s;68;16s;68;68 atc;42;atc;42;42 gca;174;gca;183;183 23s;92;23s;93;93 5s;12;5s;52; acc;37;gac;; 5s;;;; ;;;; 16s;85;171;171;85 gaa;193;184;193;193 23s;92;92;92;93 5s;52;;; gac;;;; </pre> ====eco distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_distribution|eco distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta3;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;3;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;;23;;4;;;29;;eco;;;;4;;;4 </pre> ====eco données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_données_intercalaires|eco données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;eco;fx;fc;eco;fx40;fc40;eco;c-;x-;c;x;c;x;;c;x; ;0;0;13;16;0;13;16;-1;162;0;162;242;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; 1;0;10;35;345;1;4;43;-2;0;2;132;153;2* 171;;gaa;37;;cag ;1;20;10;265;2;6;51;-3;0;0;327;343;3* 68;;atc;47;;cag ;0;30;18;135;3;10;44;-4;260;43;114;426;2* 85;;gaa;15;;atgj 2;0;40;63;79;4;5;27;-5;0;0;379;735;tRNA 23s;;;34;;caa ;0;50;78;73;5;1;14;-6;0;0;164;233;184;;gaa;23;;caa 2;0;60;51;104;6;3;13;-7;14;1;432;307;174;;gca;9;;cta ;1;70;37;89;7;3;24;-8;59;1;253;569;3* 193;;gaa;**;;atgj 1;3;80;21;88;8;1;15;-9;0;2;206;93;2* 183;;gca;135;;aaa ;0;90;29;67;9;2;56;-10;6;0;67;452;5s tRNA;;;2;;gta 2;3;100;34;82;10;0;58;-11;34;0;159;4;12;;acc;149;;aaa ;4;110;36;83;11;2;48;-12;0;1;107;37;2* 52;;gac;3;;gta ;2;120;32;58;12;3;39;-13;3;0;151;326;tRNA 5s;;;146;;aaa 1;0;130;33;52;13;0;23;-14;14;5;100;55;37;;acc;132;;aaa ;1;140;39;51;14;0;37;-15;0;0;313;235;tRNA tRNA;;intra;**;;aaa 1;1;150;28;50;15;1;23;-16;2;1;100;258;3* 42;;atc gca;209;;tac 1;3;160;39;41;16;2;20;-17;10;0;74;264;;;;**;;tac ;2;170;32;41;17;1;19;-18;0;2;75;208;;;;4;;gtc ;0;180;22;41;18;0;19;-19;4;1;208;73;;;;**;;gtc ;0;190;30;37;19;0;14;-20;9;1;750;148;;;;12;;tta 1;0;200;29;31;20;1;23;-21;0;2;280;124;;;;54;;tgc 1;4;210;35;36;21;1;17;-22;3;0;315;53;;;;**;;ggc ;0;220;29;37;22;0;18;-23;6;1;155;347;;;;39;;ggc ;0;230;20;20;23;1;13;-24;0;2;78;292;;;;**;;ggc 2;1;240;24;18;24;6;19;-25;2;2;105;95;;;;44;;gta 1;0;250;24;17;25;0;10;-26;7;1;206;361;;;;46;;gta 1;1;260;22;26;26;1;14;-27;0;1;458;195;;;;4;;gta 1;1;270;14;14;27;0;14;-28;3;1;14;38;;;;**;;aaa ;1;280;21;16;28;4;8;-29;4;1;910;;;;;198;;cgt ;0;290;17;21;29;2;9;-30;0;1;91;;;;;62;;cgt 1;0;300;9;17;30;3;13;-31;1;0;102;;;;;198;;cgt 1;0;310;9;13;31;3;6;-32;5;1;146;;;;;3;;cgt ;2;320;16;12;32;3;7;-33;0;1;114;;;;;**;;agc 1;1;330;7;11;33;2;7;-34;0;0;106;;;;;33;;atgf ;0;340;11;6;34;7;8;-35;1;3;210;;;;;33;;atgf 2;0;350;2;9;35;5;7;-36;0;0;233;;;;;**;;atgf ;0;360;11;10;36;4;15;-37;1;0;267;;;;;8;;gac 1;0;370;7;12;37;11;7;-38;1;1;CDS 16s ;;;;;**;;tgg ;1;380;18;4;38;6;7;-39;0;1;362;473;;;;57;;cgg ;0;390;6;3;39;14;8;-40;0;0;442;480;;;;20;;cac ;0;400;6;10;40;8;7;-41;0;1;377;614;;;;42;;ctg 5;4;reste;57;64;reste;935;1364;-42;0;0;373;;;;;**;;cca 29;37;total;1074;2204;total;1074;2204;-43;8;0;23s 5s;;;;;8;;aca 24;33;diagr;1004;2124;diagr;126;824;-44;1;1;3* 93;;;;;116;;tac 1;1;t30;63;745;;;;-45;0;0;4* 92;;;;;6;;gga ;;;;;;;;-46;0;0;5s CDS;;;;;**;;acc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;300;81;;;;36;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;1;74;228;;;;35;;ggc ;x;1061;95;13;1169;;;-49;1;0;;269;;;;**;;ggc ;c;2188;647;16;2851;;;-50;1;0;;;;;;34;;ctg ;;;;;4020;712;;reste;25;13;;;;;;28;;ctg ;;;;;;4732;;total;647;95;;;;;;**;;ctg </pre> =====eco autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires_aas|eco autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> ;autres intercalaires;;eco27622;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre inter;aas deb;;CDS;14168;15298;88;; ;;mobile_el;15387;16731;-1287;*; fin;;CDS;15445;16557;;; deb;comp;CDS;16751;16960;-9;; ;;ncRNA;16952;17010;478;*; fin;;CDS;17489;18655;;; deb;;CDS;18715;19620;175;; ;comp;mobile_el;19796;20563;-753;*; fin;comp;CDS;19811;20314;;; deb;comp;CDS;74497;75480;35;; ;comp;ncRNA;75516;75608;35;*; deb;comp;CDS;75644;77299;67;; ;;ncRNA;77367;77593;-206;*; fin;;CDS;77388;77519;;; deb;;CDS;91413;93179;-695;; ;;ncRNA;92485;92658;507;*; fin;;CDS;93166;94653;;; deb;comp;CDS;188712;189506;205;; ;;ncRNA;189712;189847;26;*; fin;;CDS;189874;190599;;; deb;;CDS;193521;194717;66;; ;;ncRNA;194784;194844;58;*; fin;;CDS;194903;195664;;; deb;;CDS;222833;223408;362;; 16s;;rRNA;223771;225312;68;*; ;;tRNA;225381;225457;42;*;atc 23s;;tRNA;225500;225575;183;*;gca 5s;;rRNA;225759;228662;93;*; ;;rRNA;228756;228875;52;*; ;;tRNA;228928;229004;162;*;gac fin;;CDS;229167;229970;;; deb;;CDS;236067;236798;132;; ;;tRNA;236931;237007;327;*;gac fin;;CDS;237335;238120;;; deb;comp;CDS;238257;238736;9;; ;comp;gene;238746;239084;105;*; ;;gene;239190;239378;40;*; fin;comp;CDS;239419;240189;;; deb;;CDS;247637;248134;223;; ;comp;gene;248358;250070;1;*; ;;gene;250072;250827;70;*; fin;;CDS;250898;251953;;; deb;;CDS;252709;253161;305;; ;;gene;253467;253733;-32;*; ;;gene;253702;254202;56;*; fin;comp;CDS;254259;255716;;; deb;;CDS;256527;257771;57;; ;;misc_f;257829;257899;8;*; ;comp;mobile_el;257908;258675;-753;*; fin;comp;CDS;257923;258426;;; deb;comp;CDS;258345;258620;55;; ;;misc_f;258676;259006;38;*; fin;comp;CDS;259045;260100;;; deb;;CDS;261503;262756;114;; ;;tRNA;262871;262946;-49;*;acg ;;misc_f;262898;297205;-34056;*; ;comp;gene;263150;263212;115;*; fin;comp;CDS;263328;263669;;; deb;comp;CDS;266110;266553;-1;; ;comp;gene;266553;266774;1;*; ;comp;gene;266776;266967;216;*; fin;comp;CDS;267184;268005;;; deb;comp;CDS;269289;270182;23;; ;;mobile_el;270206;270540;-263;*; ;;misc_f;270278;270540;0;*; ;;mobile_el;270541;271761;-1159;*; deb;;CDS;270603;271754;7;; ;;mobile_el;271762;272190;-427;*; ;;misc_f;271764;272190;389;*; ;;ncRNA;272580;272654;192;*; deb;;CDS;272847;273992;-38;; ;comp;mobile_el;273955;275149;-1049;*; fin;comp;CDS;274101;275081;;; deb;comp;CDS;277756;278802;11;; ;comp;gene;278814;279162;0;*; ;comp;mobile_el;279163;279930;-753;*; fin;comp;CDS;279178;279681;;; deb;comp;CDS;279600;279875;55;; ;;gene;279931;280104;-174;*; ;;mobile_el;279931;280111;2;*; ;comp;gene;280114;280362;-249;*; ;comp;mobile_el;280114;280425;-41;*; fin;comp;CDS;280385;280735;;; deb;;CDS;290510;290638;-5;; ;comp;mobile_el;290634;291401;-753;*; fin;comp;CDS;290649;291152;;; deb;comp;CDS;313141;313242;473;; ;comp;gene;313716;313805;551;*; ;;gene;314357;315244;-16;*; ;;mobile_el;315229;316483;-1193;*; fin;;CDS;315291;315590;;; deb;;CDS;315587;316453;-4;; ;comp;gene;316450;317136;302;*; ;;gene;317439;317567;158;*; fin;comp;CDS;317726;318319;;; deb;comp;CDS;380069;380842;1;; ;comp;misc_f;380844;381260;-1;*; ;;mobile_el;381260;382590;-1240;*; fin;;CDS;381351;381716;;; deb;;CDS;381674;382579;11;; ;comp;misc_f;382591;382872;-134;*; fin;comp;CDS;382739;383935;;; deb;comp;CDS;388753;389727;523;; ;;misc_f;390251;391708;-117;*; deb;comp;CDS;391592;391648;60;; ;comp;mobile_el;391709;392966;-1228;*; fin;comp;CDS;391739;392605;;; deb;comp;CDS;392602;392901;68;; ;;misc_f;392970;394418;87;*; fin;;CDS;394506;395129;;; deb;;CDS;408177;408461;147;; ;;gene;408609;408950;-4;*; fin;;CDS;408947;409030;;; deb;comp;CDS;475982;476371;76;; ;;ncRNA;476448;476561;110;*; fin;;CDS;476672;477025;;; deb;comp;CDS;506603;507082;121;; ;;ncRNA;507204;507287;-2;*; fin;comp;CDS;507286;508080;;; deb;;CDS;527581;527949;-1;; ;;gene;527949;528659;-20;*; ;;gene;528640;529130;366;*; ;;gene;529497;529592;52;*; fin;comp;CDS;529645;530016;;; deb;;CDS;533011;533826;-198;; ;;ncRNA;533629;533863;52;*; fin;;CDS;533916;535697;;; deb;comp;CDS;563848;564480;242;; ;;tRNA;564723;564799;-45;*;aga ;;misc_f;564755;586056;-21242;*; deb;comp;CDS;564815;565978;-121;; ;comp;gene;565858;566079;18;*; ;comp;gene;566098;566361;14;*; ;;gene;566376;566687;-4;*; ;;misc_f;566684;566776;0;*; ;;mobile_el;566777;568034;-1193;*; fin;;CDS;566842;567141;;; deb;;CDS;567138;568004;30;; ;;misc_f;568035;568247;67;*; fin;;CDS;568315;568647;;; deb;;CDS;573956;574339;189;; ;comp;misc_f;574529;574586;4;*; ;comp;mobile_el;574591;575785;-1049;*; deb;comp;CDS;574737;575717;68;; ;comp;misc_f;575786;576825;572;*; fin;;CDS;577398;577613;;; deb;;CDS;580834;581379;-26;; ;;gene;581354;581662;-129;*; deb;;CDS;581534;582097;54;; ;comp;gene;582152;582806;68;*; fin;;CDS;582875;583060;;; deb;comp;CDS;606265;607383;349;; ;comp;ncRNA;607733;607792;43;*; deb;;CDS;607836;607988;18;; ;;mobile_el;608007;609351;-1287;*; fin;;CDS;608065;609177;;; deb;comp;CDS;657555;657938;92;; ;;gene;658031;658818;128;*; fin;;CDS;658947;659150;;; deb;comp;CDS;685929;686669;11;; ;comp;ncRNA;686681;686843;-5;*; deb;comp;CDS;686839;687747;103;; ;comp;mobile_el;687851;689045;-1049;*; fin;comp;CDS;687997;688977;;; deb;;CDS;695101;696276;153;; ;comp;tRNA;696430;696504;37;*;cag ;comp;tRNA;696542;696616;47;*;cag ;comp;tRNA;696664;696740;15;*;atgj ;comp;tRNA;696756;696830;34;*;caa ;comp;tRNA;696865;696939;23;*;caa ;comp;tRNA;696963;697047;9;*;cta ;comp;tRNA;697057;697133;379;*;atgj fin;comp;CDS;697513;699177;;; deb;;CDS;706093;707757;478;; ;;ncRNA;708236;708333;0;*; fin;;CDS;708334;709740;;; deb;;CDS;715412;715906;40;; ;comp;gene;715947;716597;123;*; ;comp;gene;716721;716870;75;*; fin;comp;CDS;716946;718265;;; deb;;CDS;733776;734102;117;; ;;gene;734220;735653;-4;*; fin;;CDS;735650;736219;;; deb;;CDS;736445;736699;200;; ;;gene;736900;737961;130;*; fin;;CDS;738092;738853;;; deb;;CDS;764180;765049;0;; ;;ncRNA;765050;765150;2;*; fin;comp;CDS;765153;765875;;; deb;;CDS;779598;780389;164;; ;;tRNA;780554;780629;135;*;aaa ;;tRNA;780765;780840;2;*;gta ;;tRNA;780843;780918;149;*;aaa ;;tRNA;781068;781143;3;*;gta ;;tRNA;781147;781222;146;*;aaa ;;tRNA;781369;781444;132;*;aaa ;;tRNA;781577;781652;432;*;aaa fin;;CDS;782085;783128;;; deb;;CDS;836351;837436;-2;; ;comp;ncRNA;837435;837531;-29;*; fin;;CDS;837503;837562;;; deb;comp;CDS;851014;852597;127;; ;comp;ncRNA;852725;853064;-196;*; fin;comp;CDS;852869;852997;;; deb;;CDS;887423;887959;19;; ;comp;ncRNA;887979;888057;76;*; fin;comp;CDS;888134;889819;;; deb;;CDS;923264;925540;343;; ;comp;tRNA;925884;925971;253;*;tcc fin;comp;CDS;926225;926443;;; deb;comp;CDS;1030759;1031418;206;; ;comp;tRNA;1031625;1031712;426;*;tca fin;;CDS;1032139;1033257;;; deb;comp;CDS;1049439;1049744;33;; ;;mobile_el;1049778;1050545;-713;*; fin;;CDS;1049833;1050108;;; deb;;CDS;1079305;1080813;542;; ;;gene;1081356;1082185;57;*; fin;;CDS;1082243;1083370;;; deb;;CDS;1092876;1094234;10;; ;comp;mobile_el;1094245;1095502;-1228;*; fin;comp;CDS;1094275;1095141;;; deb;comp;CDS;1095138;1095437;106;; ;;gene;1095544;1095846;-4;*; deb;;CDS;1095843;1096829;735;; ;comp;tRNA;1097565;1097652;233;*;tcc fin;;CDS;1097886;1098824;;; deb;;CDS;1140033;1140986;-1;; ;;ncRNA;1140986;1141063;118;*; fin;comp;CDS;1141182;1144367;;; 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deb;;CDS;4156850;4158223;54;; ;comp;ncRNA;4158278;4158394;95;*; fin;;CDS;4158490;4159407;;; deb;;CDS;4165428;4166285;373;; 16s;;rRNA;4166659;4168200;171;*; ;;tRNA;4168372;4168447;193;*;gaa 23s;;rRNA;4168641;4171544;92;*; 5s;;rRNA;4171637;4171756;300;*; fin;;CDS;4172057;4173085;;; deb;comp;CDS;4174076;4175026;361;; ;;tRNA;4175388;4175463;8;*;aca ;;tRNA;4175472;4175556;116;*;tac ;;tRNA;4175673;4175747;6;*;gga ;;tRNA;4175754;4175829;114;*;acc fin;;CDS;4175944;4177128;;; deb;;CDS;4189786;4190325;1;; ;comp;ncRNA;4190327;4190487;247;*; fin;comp;CDS;4190735;4191868;;; deb;comp;CDS;4205943;4207532;614;; 16s;;rRNA;4208147;4209688;85;*; ;;tRNA;4209774;4209849;193;*;gaa 23s;;rRNA;4210043;4212946;93;*; 5s;;rRNA;4213040;4213159;74;*; fin;;CDS;4213234;4213617;;; deb;;CDS;4218596;4220332;-1454;; ;;ncRNA;4218879;4218963;1337;*; fin;comp;CDS;4220301;4222487;;; deb;comp;CDS;4240779;4242254;276;; ;comp;ncRNA;4242531;4242633;-8;*; fin;comp;CDS;4242626;4243516;;; deb;;CDS;4249554;4250474;228;; ;;gene;4250703;4252283;222;*; fin;;CDS;4252506;4253003;;; deb;;CDS;4262840;4263082;56;; ;;ncRNA;4263139;4263249;-2;*; fin;comp;CDS;4263248;4264231;;; deb;;CDS;4277469;4277933;-8;; ;comp;ncRNA;4277926;4278066;412;*; fin;;CDS;4278479;4279828;;; deb;comp;CDS;4321697;4322422;20;; ;comp;gene;4322443;4323281;54;*; fin;comp;CDS;4323336;4324352;;; deb;comp;CDS;4360396;4361934;256;; ;comp;gene;4362191;4362353;197;*; ;comp;tRNA;4362551;4362626;106;*;ttc fin;comp;CDS;4362733;4363308;;; deb;comp;CDS;4365472;4366773;65;; ;comp;ncRNA;4366839;4366951;-61;*; fin;comp;CDS;4366891;4368327;;; deb;;CDS;4391604;4392149;210;; ;;tRNA;4392360;4392435;36;*;ggc ;;tRNA;4392472;4392547;35;*;ggc ;;tRNA;4392583;4392658;233;*;ggc fin;;CDS;4392892;4392945;;; deb;comp;CDS;4426628;4427422;271;; ;;gene;4427694;4428095;-17;*; fin;comp;CDS;4428079;4428717;;; deb;;CDS;4457959;4459311;176;; ;;gene;4459488;4459855;44;*; fin;comp;CDS;4459900;4460364;;; deb;comp;CDS;4495190;4496209;195;; ;;tRNA;4496405;4496489;185;*;ttg ;;misc_f;4496675;4497940;-1191;*; ;;gene;4496750;4497940;240;*; ;;mobile_el;4498181;4499511;-1240;*; fin;;CDS;4498272;4498637;;; deb;;CDS;4498595;4499500;92;; ;comp;gene;4499593;4500791;468;*; deb;;CDS;4501260;4501589;500;; ;comp;mobile_el;4502090;4503515;-1413;*; fin;comp;CDS;4502103;4503431;;; deb;;CDS;4506448;4506573;52;; ;comp;gene;4506626;4506856;4;*; ;;gene;4506861;4507109;15;*; ;;mobile_el;4507125;4507458;-262;*; ;;misc_f;4507197;4507451;7;*; ;comp;mobile_el;4507459;4508679;-1214;*; deb;comp;CDS;4507466;4508617;62;; ;comp;mobile_el;4508680;4509006;-323;*; ;comp;gene;4508684;4508942;64;*; ;;mobile_el;4509007;4509801;-793;*; ;;misc_f;4509009;4509479;-1;*; ;;misc_f;4509479;4509793;10;*; ;;gene;4509804;4510133;556;*; fin;comp;CDS;4510690;4511457;;; deb;;CDS;4518372;4518440;31;; ;;mobile_el;4518472;4519239;-713;*; deb;;CDS;4518527;4518802;-82;; ;;gene;4518721;4519224;113;*; fin;comp;CDS;4519338;4520324;;; deb;comp;CDS;4527549;4527980;-4;; ;;ncRNA;4527977;4528066;44;*; fin;comp;CDS;4528111;4528917;;; deb;comp;CDS;4530530;4531651;398;; ;comp;gene;4532050;4532310;126;*; fin;comp;CDS;4532437;4533183;;; deb;comp;CDS;4533796;4534053;376;; ;comp;gene;4534430;4534675;339;*; ;;gene;4535015;4536031;565;*; fin;;CDS;4536597;4536695;;; deb;comp;CDS;4568692;4568727;270;; ;;gene;4568998;4569918;243;*; fin;comp;CDS;4570162;4571574;;; deb;;CDS;4572414;4573931;203;; ;;gene;4574135;4576855;56;*; fin;comp;CDS;4576912;4577958;;; deb;comp;CDS;4579499;4579840;-6;; ;;ncRNA;4579835;4579911;156;*; fin;comp;CDS;4580068;4581462;;; deb;;CDS;4605804;4606040;38;; ;comp;tRNA;4606079;4606165;34;*;ctg ;comp;tRNA;4606200;4606286;28;*;ctg ;comp;tRNA;4606315;4606401;267;*;ctg fin;comp;CDS;4606669;4607700;;; </pre> ====eco intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_entre_cds|eco intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> eco;6.2.21 Paris;;eco 23-9-2020;;;;;;; eco;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;738;18.3;'''négatif ;-9;14;-1 à -89;'''4 641 652;-1;738 ;'''zéro;29;0.7;;;;;'''intercals;0;29 ;'''1 à 200;2511;62.4;'''0 à 200;72;58;;'''421 229;5;203 ;'''201 à 370;572;14.2;'''201 à 370;264;47;;'''9.1%;10;174 ;'''371 à 600;142;3.5;'''371 à 600;440;60;;;15;176 ;'''601 à max;32;0.8;'''601 à 1028;693;97;;;20;99 ;'''total 4024;<201;81.5;'''total 4004;103;126;-89 à 950;;25;85 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;67 4538785;1455;-1;738;-70;30;;0;29;35;56 2901896;1372;0;29;-60;2;;-1;°163;40;87 2876581;950;1;°47;-50;2;;-2;2;45;80 2405703;919;2;°57;-40;12;;-3;0;50;72 4077449;852;3;°54;-30;18;'''min à -1;-4;°303;55;82 767978;846;4;°31;-20;45;738;-5;0;60;72 1985139;796;5;14;-10;84;18.3%;-6;0;65;66 310746;775;6;16;0;574;;-7;15;70;60 1253085;768;7;°26;10;377;;-8;°60;75;57 1102546;754;8;16;20;275;;-9;2;80;52 3111266;728;9;°58;30;152;;-10;6;85;50 2303905;714;10;°58;40;143;'''1 à 100;-11;°34;90;49 2455083;680;11;°50;50;152;1701;-12;1;95;58 3353121;674;12;42;60;154;42.3%;-13;3;100;56 1907448;669;13;23;70;126;;-14;°20;105;56 2798091;668;14;°37;80;109;;-15;0;110;64 83622;659;15;24;90;99;;-16;3;115;40 2136104;658;16;22;100;114;;-17;°10;120;51 4325298;657;17;20;110;120;;-18;2;125;34 4294481;641;18;19;120;91;;-19;5;130;53 1299567;634;19;14;130;87;;-20;°9;135;41 2404629;630;20;°24;140;90;;-21;2;140;49 4502103;626;21;18;150;78;;-22;3;145;26 582875;620;22;18;160;81;;-23;°7;150;52 4602088;618;23;14;170;72;'''1 à 200;-24;2;155;51 3922060;616;24;°25;180;62;2511;-25;4;160;30 384059;615;25;10;190;68;62.4%;-26;°8;165;36 3550080;611;26;15;200;61;;-27;1;170;36 1711523;610;27;14;210;72;;-28;4;175;34 1292509;604;28;12;220;66;;-29;°5;180;28 985894;602;29;11;230;40;;-30;1;185;36 88028;601;30;15;240;41;'''0 à 200;-31;1;190;32 4150447;597;31;9;250;41;2540;-32;°7;195;31 654583;588;32;10;260;47;;;712;200;30 1089866;586;33;10;270;27;;reste;55;205;39 ;;34;15;280;37;;total;767;210;33 ;;35;12;290;38;;;;215;29 ;;36;°19;300;26;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;37 ;;37;18;310;22;;600;3992;225;16 ;;38;13;320;29;;610;4;230;24 ;;39;°22;330;18;;620;5;235;19 ;;40;15;340;18;'''201 à 370;630;2;240;22 ;;reste;2310;350;11;572;640;1;245;24 ;;total;4024;360;20;14.2%;650;1;250;17 ;;;;370;19;;660;3;255;19 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;23;;670;2;260;28 164730;-2400;cont;2400;390;9;;680;2;265;15 2731600;-2130;cont;2130;400;18;;690;0;270;12 492092;-1295;cont;1295;410;10;;700;0;275;23 4577958;-897;cont;897;420;7;;710;0;280;14 1179520;-729;cont;729;430;13;;720;1;285;21 3111128;-723;comp';'''20;440;8;;730;1;290;17 3838248;-530;comp';'''20;450;3;;740;0;295;17 10643;-527;comp';'''486;460;8;;750;0;300;9 1639030;-448;cont;'''255;470;4;;760;1;305;10 3796948;-436;comp';'''75;480;6;;770;1;310;12 578107;-242;cont;'''123;490;3;;780;1;315;14 508875;-212;cont;212;500;4;;790;0;320;15 3993739;-210;comp';210;510;1;;800;1;325;8 16751;-153;cont;153;520;5;;810;0;330;10 1240260;-129;comp';129;530;3;;820;0;335;10 4011076;-113;comp';113;540;3;'''371 à 600;830;0;340;8 1491922;-110;cont;110;550;4;142;840;0;345;7 3086145;-102;comp';102;560;3;3.5%;850;1;350;4 3519465;-89;cont;89;570;1;;860;1;355;13 1529922;-86;comp';86;580;3;'''601 à max;total;28;360;7 2475873;-85;cont;85;590;2;32;;;365;13 19811;-82;cont;82;600;1;0.8%;;;370;6 257923;-82;cont;82;reste;32;;reste;4;reste;174 279178;-82;cont;82;total;4024;;total;4024;total;4024 </pre> ====eco intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> eco Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; eco;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;22;-151;195;32;532;230;max50;-74;565;-1405;124;805;255;min50 31 à 400;;;;;;;;7.6;-18;-162;50;934;79;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;94;44;-;489;dte;43;tm;197;65;-;540;poly;265;SF 31 à 400;;;;;;;;117;43;-;873;poly;61;tm </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> 25.1.22 Paris;;;;;;;;;;;;; ;400;200;250;;corrélation;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;-0.119;;;;;;;; 41-n;0.735;0.296;0.440;;;;;;;;;; 1-n;0.287;-0.178;-0.064;;;;;;;;25.1.22 Paris;; eco;fx;fc;;fx40;fc40;eco;fx%;fc%;;x;eco;Sx-;Sc- 0;13;16;0;13;16;0;13;8;>0;1062;-1;0;163 10;36;341;1;4;43;10;36;160;<0;94;-2;2;0 20;11;264;2;6;51;20;11;124;zéro;13;-3;0;0 30;16;136;3;10;44;30;16;64;total;1169;-4;43;260 40;63;80;4;5;26;40;63;38;;c;-5;0;0 50;79;73;5;1;13;50;79;34;>0;2195;-6;0;0 60;51;103;6;4;12;60;51;48;<0;644;-7;1;14 70;37;89;7;3;23;70;37;42;zéro;16;-8;1;59 80;20;89;8;1;15;80;20;42;total;2855;-9;2;0 90;30;69;9;2;56;90;30;32;;;-10;0;6 100;32;82;10;0;58;100;32;38;total;4024;-11;0;34 110;36;84;11;2;48;110;36;39;;;-12;1;0 120;32;59;12;3;39;120;32;28;;;-13;0;3 130;34;53;13;1;22;130;34;25;;;-14;5;15 140;39;51;14;0;37;140;39;24;;;-15;0;0 150;29;49;15;1;23;150;29;23;;;-16;1;2 160;39;42;16;2;20;160;39;20;;;-17;0;10 170;32;40;17;1;19;170;32;19;;;-18;2;0 180;22;40;18;0;19;180;22;19;;;-19;1;4 190;30;38;19;0;14;190;30;18;;;-20;1;8 200;29;32;20;1;23;200;29;15;;;-21;2;0 210;35;37;21;1;17;210;35;17;;;-22;0;3 220;29;37;22;0;18;220;29;17;;;-23;1;6 230;21;19;23;1;13;230;21;9;;;-24;2;0 240;23;18;24;6;19;240;23;8;;;-25;2;2 250;24;17;25;0;10;250;24;8;;;-26;1;7 260;22;25;26;1;14;260;22;12;;;-27;1;0 270;12;15;27;0;14;270;12;7;;;-28;1;3 280;20;17;28;4;8;280;20;8;;;-29;1;4 290;17;21;29;2;9;290;17;10;;;-30;1;0 300;9;17;30;1;14;300;9;8;;;-31;0;1 310;9;13;31;2;7;310;9;6;;;-32;2;5 320;16;13;32;3;7;320;16;6;;;-33;1;0 330;8;10;33;3;7;330;8;5;;;-34;0;0 340;12;6;34;7;8;340;12;3;;;-35;3;1 350;2;9;35;5;7;350;2;4;;;-36;0;0 360;10;10;36;4;15;360;10;5;;;-37;0;1 370;6;13;37;11;7;370;6;6;;;-38;1;1 380;18;5;38;6;7;380;18;2;;;-39;1;0 390;6;3;39;14;8;390;6;1;;;-40;0;0 400;7;11;40;8;7;400;7;5;;;-41;1;0 reste;59;65;reste;936;1374;;;;;;-42;0;0 total;1075;2211;total;1075;2211;t30;63;348;;;-43;0;8 diagr;1003;2130;diagr;126;821;t60;218;302;;;-44;1;1 - t30;940;1389;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;747;1133;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;-48;1;0 ;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;reste;11;21 ;;;;;;;;;;;total;94;644 </pre> ====eco intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_négatifs_S-|eco intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;; comp’;0;2;0;42;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;0;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;8;91;11 continu;163;0;0;261;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;1;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;7;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;10;647;22 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;43;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;1;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;11;94 ;Sc-;163;0;0;260;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;0;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;22;644 </pre> ====eco autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires|eco autres intercalaires]] <pre> eco;autres intercalaires;;adresses1;;;eco;autres intercalaires;;adresses2;;;eco;autres intercalaires;;adresses3;;;eco;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;14168;88;;;deb;°CDS;1205731;-74;;;deb;°CDS;2170532;30;;;deb;°CDS;3579768;116; ;mobile;15387;-1287;;;;gene;1206131;-10;;;;misc_f;2171429;105;;;;ncRNA;3580922;121; fin;°CDS;15445;;;;fin;°CDS;1206913;;;;deb;°CDS;2171833;47;;;fin;°CDS;3581138;; deb;°CDS;16751;-9;;;deb;°CDS;1208517;-1;;;;gene;2172921;3;;;deb;°CDS;3581863;-4; ;ncRNA;16952;482;;;;gene;1209119;29;;;fin;°CDS;2174282;;;;;misc_f;3583038;0; fin;°CDS;17489;;;;fin;°CDS;1209685;;;;deb;°CDS;2196474;111;;;;mobile;3583428;-713; deb;°CDS;18715;175;;;deb;°CDS;1210346;233;;;;gene;2197410;9;;;fin;°CDS;3583483;; ;mobile;19796;-753;;;;gene;1211413;102;;;fin;°CDS;2200279;;;;deb;°CDS;3583677;24; fin;°CDS;19811;;;;fin;°CDS;1211680;;;;deb;°CDS;2226509;52;;;;misc_f;3584205;94; deb;°CDS;74497;35;;;deb;°CDS;1218983;399;;;;gene;2227323;223;;;fin;°CDS;3584404;; ;ncRNA;75516;35;;;;gene;1219601;56;;;fin;°CDS;2228982;;;;deb;°CDS;3623399;104; deb;°CDS;75644;67;;;fin;°CDS;1222305;;;;deb;°CDS;2284376;74;;;;gene;3623887;245; ;ncRNA;77367;-206;;;deb;°CDS;1223264;114;;;;&tRNA;2286211;102;;;fin;°CDS;3624378;; fin;°CDS;77388;;;;;gene;1223564;371;;;;misc_f;2286390;4;;;deb;°CDS;3630968;261; deb;°CDS;188712;205;;;fin;°CDS;1224279;;;;;mobile;2288919;-1049;;;;gene;3632852;382; ;ncRNA;189712;26;;;deb;°CDS;1238879;238;;;deb;°CDS;2289065;68;;;fin;°CDS;3634841;; fin;°CDS;189874;;;;;mobile;1240188;-30;;;;misc_f;2290114;319;;;deb;°CDS;3647705;274; deb;°CDS;222833;362;;;fin;°CDS;1240260;;;;fin;°CDS;2290500;;;;;ncRNA;3648063;149; ;$rRNA;223771;68;;;deb;°CDS;1269168;47;;;deb;°CDS;2311646;334;;;;ncRNA;3648294;152; ;&tRNA;225381;42;;;;ncRNA;1269323;313;;;;ncRNA;2313084;311;;;fin;°CDS;3648528;; ;&tRNA;225500;183;;;deb;°CDS;1269703;47;;;fin;°CDS;2313488;;;;deb;°CDS;3650237;628; ;$rRNA;225759;93;;;;ncRNA;1269858;314;;;deb;°CDS;2328148;0;;;;misc_f;3651291;-1; ;$rRNA;228756;52;;;deb;°CDS;1270238;47;;;;gene;2329798;-67;;;;mobile;3652036;-1049; ;&tRNA;228928;162;;;;ncRNA;1270393;288;;;fin;°CDS;2334336;;;;deb;°CDS;3652182;73; fin;°CDS;229167;;;;fin;°CDS;1270749;;;;deb;°CDS;2348822;214;;;;misc_f;3653236;247; deb;°CDS;236067;132;;;deb;°CDS;1286709;81;;;;gene;2349687;41;;;fin;°CDS;3653961;; ;&tRNA;236931;327;;;;ncRNA;1287066;-150;;;fin;°CDS;2349935;;;;deb;°CDS;3656995;417; fin;°CDS;237335;;;;deb;°CDS;1287087;67;comp;;deb;°CDS;2356904;12;;;;ncRNA;3657985;311; deb;°CDS;238257;9;;;;&tRNA;1287244;209;comp;;;gene;2357816;40;;;deb;°CDS;3658366;98; ;gene;238746;105;;;;&tRNA;1287538;159;comp;;fin;°CDS;2358042;;;;;ncRNA;3658992;149; ;gene;239190;40;;;fin;°CDS;1287782;;comp;;deb;°CDS;2451584;19;;;fin;°CDS;3659232;; fin;°CDS;239419;;;;deb;°CDS;1293527;281;;;;gene;2452356;81;;;deb;°CDS;3663890;245; deb;°CDS;247637;223;;;;gene;1294426;-897;;;fin;°CDS;2455083;;;;;ncRNA;3664864;16; ;gene;248358;1;;;;mobile;1294426;40;;;deb;°CDS;2465301;75;;;fin;°CDS;3664986;; ;gene;250072;70;;;fin;°CDS;1295446;;;;;&tRNA;2466309;-15;;;deb;°CDS;3692618;-4; fin;°CDS;250898;;;;deb;°CDS;1298598;253;;;;misc_f;2466369;-10039;;;;gene;3695233;11; deb;°CDS;252709;305;;;;mobile;1299499;-1127;;;fin;°CDS;2466545;;;;fin;°CDS;3695997;; ;gene;253467;-32;;;fin;°CDS;1299567;;;;deb;°CDS;2470497;159;;;deb;°CDS;3699980;48; ;gene;253702;56;;;deb;°CDS;1380148;13;;;;gene;2470803;-29;;;;ncRNA;3700136;363; fin;°CDS;254259;;;;;gene;1380821;-1;;;deb;°CDS;2471077;26;;;fin;°CDS;3700563;; deb;°CDS;256527;57;;;;gene;1381789;44;;;;gene;2471544;49;;;deb;°CDS;3706098;910;comp ;misc_f;257829;8;;;fin;°CDS;1381947;;;;fin;°CDS;2472112;;;;;&tRNA;3708616;91;comp ;mobile;257908;-753;;;deb;°CDS;1394891;121;;;deb;°CDS;2476310;73;;;fin;°CDS;3708784;;comp fin;°CDS;257923;;;;;mobile;1396044;-1127;;;;gene;2476584;95;;;deb;°CDS;3720448;-153; deb;°CDS;258345;55;;;fin;°CDS;1396112;;;;fin;°CDS;2476694;;;;;gene;3720448;0; ;misc_f;258676;38;;;deb;°CDS;1404741;8;;;deb;°CDS;2513042;28;;;;mobile;3720633;-1396; fin;°CDS;259045;;;;;ncRNA;1405658;227;;;;mobile;2514273;-1287;;;fin;°CDS;3720680;; deb;°CDS;261503;114;;;fin;°CDS;1405979;;;;fin;°CDS;2514331;;;;deb;°CDS;3721198;26; ;&tRNA;262871;-49;;;deb;°CDS;1408050;95;;;deb;°CDS;2515643;208;;;;gene;3722076;222; ;misc_f;262898;-34056;;;;ncRNA;1409129;57;;;;&tRNA;2518041;39;comp;;fin;°CDS;3722328;; 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;&tRNA;1097565;233;comp;;deb;°CDS;2152469;182;;;fin;°CDS;3420134;;;;fin;°CDS;4536597;; fin;°CDS;1097886;;;;;ncRNA;2153311;-106;;;deb;°CDS;3422436;228;;;deb;°CDS;4567287;478; deb;°CDS;1146011;-7;;;deb;°CDS;2153349;237;;;;$rRNA;3423423;37;;;;gene;4568998;243; ;ncRNA;1146589;36;;;;ncRNA;2153646;-101;;;;&tRNA;3423580;12;;;fin;°CDS;4570162;; fin;°CDS;1146794;;;;fin;°CDS;2153681;;;;;$rRNA;3423668;92;;;deb;°CDS;4572414;203; deb;°CDS;1195123;-165;;;deb;°CDS;2165668;84;;;;$rRNA;3423880;174;;;;gene;4574135;56; ;misc_f;1196209;-14546;;;;ncRNA;2167114;-18;;;;&tRNA;3426958;42;;;fin;°CDS;4576912;; fin;°CDS;1196867;;;;;misc_f;2167183;-510;;;;&tRNA;3427076;68;;;deb;°CDS;4579499;-6; deb;°CDS;1203822;9;;;deb;°CDS;2167302;81;;;;$rRNA;3427221;473;;;;ncRNA;4579835;156; ;gene;1204170;-234;;;;gene;2167602;168;;;fin;°CDS;3429236;;;;fin;°CDS;4580068;; deb;°CDS;1204170;-1137;;;fin;°CDS;2167989;;;;deb;°CDS;3558268;-19;;;deb;°CDS;4605804;38; ;gene;1204401;11;;;deb;°CDS;2168712;81;;;;gene;3559848;16;;;;&tRNA;4606079;34;comp fin;°CDS;1205549;;;;;misc_f;2169693;3;;;fin;°CDS;3560622;;;;;&tRNA;4606200;28;comp ;;;;;;;mobile;2170171;-1193;;;;;;;;;;&tRNA;4606315;267;comp ;;;;;;fin;°CDS;2170236;;;;;;;;;;fin;°CDS;4606669;;comp </pre> ====eco intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_tRNA|eco intercalaires tRNA]] <pre> eco;intercalaires tRNAs;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;162;;67;14;; ;;;132;;327;;74;78;; ;;;114;;;;75;91;'''deb; ;;comp’;242;;;;100;100;<201;10 6 aas;37 47 15 34 23 9;comp’;153;;379;;102;106;total;17 6 aas;135 2 149 3 146 132;;164;;432;;105;107;taux;59% ;;comp’;343;;253;;114;114;; ;;;206;comp’;426;;128;146;'''fin; ;;comp’;735;comp’;233;;132;151;<201;11 ;209;;67;;159;;155;159;total;20 ;4;comp’;307;;107;;164;162;taux;55% ;12 54;;-;;151;;206;235;; ;;comp’;569;comp’;93;;206;253;'''total; ;;;100;;313;;210;267;<201;21 ;;comp’;452;;100;;280;313;total;37 ;;comp’;4;comp’;37;;458;315;taux;57% ;;comp’;326;comp’;55;;750;327;; ;;;74;;;;910;379;; ;;;75;;;;233;432;comp’;cumuls ;39;comp’;208;;235;;4;37;; ;44 46 4;comp’;258;comp’;264;;38;53;; ;;;750;;;;124;55;'''deb; 4 aas;198 62 198 3;;280;;315;;153;73;<201;5 ;;comp’;208;comp’;73;;195;93;total;17 ;33 33;;155;;78;;208;95;taux;29% ;;;105;comp’;148;;208;148;; ;;comp’;124;comp’;53;;242;233;'''fin; ;;;206;comp’;347;;258;264;<201;7 ;;;458;;14;;292;347;total;11 ;;;910;;91;;307;426;taux;64% ;;comp’;292;;;;326;'''-;; ;8;;;comp’;95;;343;'''-;'''total; ;57 20 42;;102;;146;;361;'''-;<201;12 ;8 116 6;comp’;361;;114;;452;'''-;total;28 ;;;;;106;;569;'''-;taux;43% ;36 35;;210;;233;;735;'''-;; ;;comp’;195;;;;;;; ;34 28;comp’;38;;267;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;deb;fin;total ;;;;;;;<201;15;18;33 ;;;;;;;total;34;31;65 ;;;;;;;taux;44%;58%;51% </pre> ===Escherichia coli Nissle 1917=== ====ecoN opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_opérons|ecoN opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Esch_coli_Nissle_1917/eschColi_NISSLE_1917-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP007799.1;ecoN;;genome;;;;;;;;; 50%GC;21.8.19 Paris;16s 10 ;123 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;; Escherichia coli Nissle 1917 ;;;;;;;;;;;; ;231864..232436;;CDS;;365;365;;;191;;D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase;* ;232802..234321;;16s;;73;;;;1520;;; ;234395..234471;;gaa;;12;;;12;;;; ;234484..234557;;gca;;174;;;;;;; ;234732..237319;;23s;;83;;;;2588;;; ;237403..237518;;5s;;54;;;;116;;; ;237573..237649;;gac;;162;162;;;;162;; ;237812..238615;;CDS;;;;;;268;;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;* ;;;;;;;;;;;; ;244934..245665;;CDS;;132;132;;;244;;DNA polymerase III subunit epsilon;* ;245798..245874;;gac;;120;120;;;;120;; comp;245995..246852;;CDS;;;;;;286;;DUF4942 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;367329..368582;;CDS;;114;114;;;418;114;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;* ;368697..368772;;acg;;154;154;;;;;; ;368927..369265;;CDS;;;;;;113;;DUF4102 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;631149..632015;;CDS;;270;270;;;289;;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;* ;632286..632362;;aga;;15;15;;;;15;; comp;632378..632997;;CDS;;;;;;207;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;733188..734363;;CDS;;153;153;;;392;153;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;* comp;734517..734591;;cag;+;37;;37;;;;; comp;734629..734703;;cag;2 cag;48;;48;;;;; comp;734752..734828;;atgj;2 atgj;15;;15;;;;; comp;734844..734918;;caa;2 caa;34;;34;;;;; comp;734953..735027;;caa;;23;;23;;;;; comp;735051..735135;;cta;;10;;10;;;;; comp;735146..735222;;atgj;;380;380;;;;;; comp;735603..737267;;CDS;;;;;;555;;asparagine synthase B;* ;;;;;;;;;;;; ;807377..808169;;CDS;;164;164;;;264;164;Pseudo, cell division protein CpoB;* ;808334..808409;;aaa;+;35;;35;;;;; ;808445..808520;;gta;5 aaa;2;;2;;;;; ;808523..808598;;aaa;2 gta;51;;51;;;;; ;808650..808725;;gta;;3;;3;;;;; ;808729..808804;;aaa;;48;;48;;;;; ;808853..808928;;aaa;;33;;33;;;;; ;808962..809037;;aaa;;277;277;;;;;; ;809315..810358;;CDS;;;;;;348;;quinolinate synthase NadA;* ;;;;;;;;;;;; ;950069..952345;;CDS;;343;343;;;*759;343;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;* comp;952689..952776;;tcc;;253;253;;;;;; comp;953030..953248;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;* ;;;;;;;;;;;; comp;1047224..1047883;;CDS;;206;206;;;220;206;FtsH protease modulator YccA;* comp;1048090..1048177;;tca;;426;*426;;;;;; ;1048604..1049722;;CDS;;;;;;373;;hydrogenase 1 small subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;1183656..1184018;;CDS;;463;*463;;;121;;hp;* ;1184482..1184558;;aga;;278;278;;;;278;; > comp;1184837..1185786;;CDS;;;;;;317;;Pseudo, IS4 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;1213982..1214809;;CDS;;165;165;;;276;165;DUF4942 domain-containing protein;* comp;1214975..1215062;;tcc;;233;233;;;;;; ;1215296..1216234;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;* ;;;;;;;;;;;; ;1216817..1217098;;CDS;;165;165;;;94;165;DUF4942 domain-containing protein;* comp;1217264..1217351;;tcc;;234;234;;;;;; ;1217586..1218524;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;* ;;;;;;;;;;;; ;1457038..1458129;;CDS;;16;16;;;364;16;acyl-CoA desaturase;* comp;1458146..1458277;;ncRNA;;46;;;;44;;RtT sRNA; comp;1458324..1458408;;tac;+;33;;33;;;;; comp;1458442..1458526;;tac;2 tac;159;159;;;;;; comp;1458686..1459528;;CDS;;;;;;281;;formyltetrahydrofolate deformylase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1829066..1830322;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1830630..1830706;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1830711..1830787;;gtc;2 gtc;6;6;;;;6;; <;1830794..1831177;;CDS;@4;;;;;128;;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;* ;;;;;;;;;;;; comp;1831218..1832474;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1832782..1832858;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1832863..1832939;;gtc;2 gtc;8;8;;;;8;; <;1832948..1833280;;CDS;;;;;;111;;Pseudo, MATE family efflux transporter;* ;;;;;;;;;;;; comp;1833321..1834577;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1834885..1834961;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1834966..1835042;;gtc;2 gtc;108;108;;;;108;; ;1835151..1835456;;CDS;;;;;;102;;monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2115794..2116459;;CDS;;195;195;;;222;;UPF0149 family protein YecA;* comp;2116655..2116741;;tta;;12;;12;;;;; comp;2116754..2116827;;tgc;;53;;53;;;;; comp;2116881..2116956;;ggc;;151;151;;;;151;; comp;2117108..2117656;;CDS;;;;;;183;;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2191451..2192287;;CDS;;278;278;;;279;;hp;* comp;2192566..2192655;;tcg;;93;93;;;;93;; ;2192749..2193546;;CDS;;100;100;;;266;100;DgsA anti-repressor MtfA;* ;2193647..2193722;;aac;;161;161;;;;;; ;2193884..2195146;;CDS;;;;;;421;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;2232607..2233323;;CDS;;453;*453;;;239;;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;* comp;2233777..2233852;;acc;;326;326;;;;326;; ;2234179..2235096;;CDS;;;;;;306;;nitrogen assimilation transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; ;2235198..2236148;;CDS;;37;37;;;317;;HTH-type transcriptional regulator Cbl;* comp;2236186..2236261;;aac;;4;4;;;;4;; ;2236266..2237909;;CDS;;100;100;;;548;100;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;* ;2238010..2238085;;aac;;161;161;;;;;; ;2238247..2239518;;CDS;;;;;;424;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;2546968..2548728;;CDS;;74;74;;;587;74;cardiolipin transport protein PbgA;* ;2548803..2548879;;ccc;;101;101;;;;;; comp;2548981..2549136;;CDS;;;;;;52;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;2717780..2718712;;CDS;;75;75;;;311;75;formate/nitrite transporter family protein;* ;2718788..2718862;;agg;;437;*437;;;;;; comp;2719300..2719830;;CDS;;;;;;177;;OmpH family outer membrane protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2768744..2770933;;CDS;;206;206;;;*730;206;sensor domain-containing phosphodiesterase;* comp;2771140..2771215;;gcc;+;39;;39;;;;; comp;2771255..2771330;;gcc;2 gcc;220;220;;;;;; ;2771551..2771910;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;2772355..2773770;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;* ;2774029..2774104;;gta;+;43;;43;;;;; ;2774148..2774223;;gta;3 gta;46;;46;;;;; ;2774270..2774345;;gta;;4;;4;;;;; ;2774350..2774425;;aaa;;110;110;;;;110;; comp;2774536..2775420;;CDS;;;;;;295;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;2959205..2960503;;CDS;;323;323;;;433;323;alpha-ketoglutarate permease;* comp;2960827..2960942;;5s;;83;;;;116;;; comp;2961026..2965477;;23s;;184;;;;4452;;; comp;2965662..2965737;;gaa;;431;;;;;;; comp;2966169..2967720;;16s;;441;*441;;;1552;;; comp;2968162..2970735;;CDS;;;;;;*858;;ATP-dependent chaperone ClpB;* ;;;;;;;;;;;; comp;3027207..3027773;;CDS;;280;280;;;189;280;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;* comp;3028054..3028130;;cgt;+;63;;63;;;;; comp;3028194..3028270;;cgt;5 cgt;62;;62;;;;; comp;3028333..3028409;;cgt;;62;;62;;;;; comp;3028472..3028548;;cgt;;64;;64;;;;; comp;3028613..3028689;;cgt;;3;;3;;;;; comp;3028693..3028785;;agc;;315;315;;;;;; comp;3029101..3029286;;CDS;;;;;;62;;carbon storage regulator CsrA;* ;;;;;;;;;;;; comp;3157337..3158434;;CDS;;208;208;;;366;208;murein transglycosylase A;* ;3158643..3158719;;atgf;+;33;;33;;;;; ;3158753..3158829;;atgf;3 atgf;33;;33;;;;; ;3158863..3158939;;atgf;;635;*635;;;;;; ;3159575..3160075;;CDS;;;;;;167;;type VI secretion system contractile sheath small subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;3230172..3231401;;CDS;;316;316;;;410;;HAAAP family serine/threonine permease;* comp;3231718..3231791;;ggg;;78;78;;;;78;; comp;3231870..3232625;;CDS;;;;;;252;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;;;;;;;;;;;; ;3341048..3341755;;CDS;;105;105;;;236;105;DUF554 domain-containing protein;* ;3341861..3341936;;ttc;;197;197;;;;;; ;3342134..3343399;;CDS;;;;;;422;;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;3569308..3569814;;CDS;;124;124;;;169;;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;* ;3569939..3570014;;atgi;;53;53;;;;53;; comp;3570068..3570832;;CDS;;;;;;255;;NADPH-dependent ferric chelate reductase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3670227..3670679;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3670886..3670962;;atgf;;347;347;;;;;; >;3671310..3672155;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3673935..3674387;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3674594..3674670;;atgf;;347;347;;;;;; >;3675018..3675869;;CDS;;;;;;284;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3677794..3678246;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3678453..3678529;;atgf;;347;347;;;;;; >;3678877..3679722;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3681532..3681984;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3682191..3682267;;atgf;;347;347;;;;;; ;3682615..3683958;;CDS;;;;;;448;;argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3683966..3685591;;CDS;;456;*456;;;542;;phosphoethanolamine transferase;* comp;3686048..3686134;;ctc;;14;14;;;;14;; comp;3686149..3686481;;CDS;;;;;;111;;preprotein translocase subunit SecG;* ;;;;;;;;;;;; ;3784553..3785311;;CDS;;62;62;;;253;62;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;* comp;3785374..3785489;;5s;@3;39;;;;116;;; comp;3785529..3785605;;acc;;14;;;;;;; comp;3785620..3785735;;5s;;777;;;;116;;; comp;3786513..3786588;;acc;;14;;;;;;; comp;3786603..3786718;;5s;;1834;;;;116;;; comp;3788553..3788628;;gaa;;1360;*1360;;;;;; ;3789989..3790543;;CDS;;;;;;185;;gamma carbonic anhydrase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;4078635..4080242;;CDS;;743;*743;;;536;;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;* comp;4080986..4081062;;ccg;;91;91;;;;91;; comp;4081154..4082845;;CDS;;;;;;564;;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;4205966..4207348;;CDS;;292;292;;;461;292;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;* ;4207641..4207735;;tga;;300;300;;;;;; >;4208036..4208857;;CDS;;;;;;274;;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;4338643..4339335;;CDS;;479;*479;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;4339815..4341342;;16s;;73;;;;1528;;; ;4341416..4341491;;gaa;;184;;;;;;; ;4341676..4344286;;23s;;83;;;;2611;;; ;4344370..4344485;;5s;;53;;;;116;;; ;4344539..4344615;;gac;;8;;;;;;; ;4344624..4344699;;tgg;;95;95;;;;95;; comp;4344795..4345634;;CDS;;;;;;280;;HTH-type transcriptional regulator HdfR;* ;;;;;;;;;;;; ;4377681..4379066;;CDS;;102;102;;;462;102;amino acid permease;* ;4379169..4379245;;cgg;;58;;58;;;;; ;4379304..4379379;;cac;;20;;20;;;;; ;4379400..4379486;;ctg;;42;;42;;;;; ;4379529..4379605;;cca;;146;146;;;;;; ;4379752..4380987;;CDS;;;;;;412;;anaerobic sulfatase maturase;* ;;;;;;;;;;;; ;4460971..4461516;;CDS;;377;377;;;182;;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;* ;4461894..4463631;;16s;;56;;;;1738;;; ;4463688..4463764;;atc;;42;;;42;;;; ;4463807..4463882;;gca;;165;;;;;;; ;4464048..4467338;;23s;;83;;;;3291;;; ;4467422..4467537;;5s;;104;104;;;116;104;; comp;4467642..4468169;;CDS;;;;;;176;;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;* ;;;;;;;;;;;; ;4605577..4606434;;CDS;;374;374;;;286;;glutamate racemase;* ;4606809..4608362;;16s;;363;;;;1554;;; ;4608726..4608801;;gaa;;1112;;;;;;; ;4609914..4610029;;5s;;136;136;;;116;136;; ;4610166..4611194;;CDS;;;;;;343;;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;* ;;;;;;;;;;;; comp;4612185..4613135;;CDS;;361;361;;;317;;type I pantothenate kinase;* ;4613497..4613572;;aca;;8;;8;;;;; ;4613581..4613665;;tac;;116;;*116;;;;; ;4613782..4613856;;gga;;6;;6;;;;; ;4613863..4613938;;acc;;114;114;;;;114;; ;4614053..4615237;;CDS;;;;;;395;;elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;; comp;4642984..4644573;;CDS;;616;*616;;;530;;bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;* ;4645190..4646378;;16s’;@1;83;83;;;1189;83;; ;4646462..4648150;;CDS;;436;*436;;;563;;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;* ;4648587..4648662;;gaa;;185;;;;;;; ;4648848..4651319;;23s;;83;;;;2472;;; ;4651403..4651518;;5s;;76;76;;;116;76;; ;4651595..4651978;;CDS;;;;;;128;;hypothetical protein;* ;;;;;;;;;;;; < comp;4834504..4834961;;CDS;;197;197;;;153;;pseudo, integrase;* comp;4835159..4835234;;ttc;;106;106;;;;106;; comp;4835341..4835916;;CDS;;;;;;192;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; ;4864628..4865173;;CDS;;210;210;;;182;210;oligoribonuclease;* ;4865384..4865459;;ggc;+;36;;36;;;;; ;4865496..4865571;;ggc;3 ggc;35;;35;;;;; ;4865607..4865682;;ggc;;233;233;;;;;; ;4865916..4865969;;CDS;;;;;;18;;hp;* ;;;;;;;;;;;; comp;4974178..4975197;;CDS;;195;195;;;340;;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;* ;4975393..4975477;;ttg;;39;39;;;;39;; <> comp;4975517..4976055;;CDS;;;;;;180;;pseudo, IS630 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;5042527..5042763;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;* comp;5042802..5042888;;ctg;+;34;;34;;;;; comp;5042923..5043009;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;; comp;5043038..5043124;;ctg;;290;290;;;;;; comp;5043415..5044446;;CDS;;;;;;344;;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;* ;;;;;;;;;;;; comp;5079375..5079581;;CDS;;117;117;;;69;117;AlpA family transcriptional regulator;* ;5079699..5081218;;16s;;73;;;;1520;;; ;5081292..5081368;;gaa;;12;;;12;;;; ;5081381..5081454;;gca;;366;366;;;;;; ;5081821..5082018;;CDS;;524;*524;;;66;;hypothetical protein;* comp;5082543..5082754;;CDS;;;;;;71;;hypothetical protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;5090325..5090876;;CDS;;1808;*1808;;;184;;MarR family transcriptional regulator;* comp;5092685..5092760;;gaa;;588;*588;;;;*588;; < comp ;5093349..5093474;;CDS;;592;*592;;;42;;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;* ;5094067..5094142;;gaa;+;1472;;;*1472;;;; ;5095615..5095691;;atc;3 gaa;42;;;42;;;; ;5095734..5095809;;atc;2 atc;1130;;;*1130;;;; ;5096940..5097015;;gaa;;1145;;;*1145;;;; ;5098161..5098236;;gaa;;185;;;;;;; ;5098422..5100893;;23s;;83;;;;2472;;; ;5100977..5101092;;5s;;76;76;;;116;76;; ;5101169..5101552;;CDS;;63;63;;;128;;hypothetical protein;* comp;5101616..5102059;;CDS;;;;;;148;;acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;5124754..5125197;;CDS;;63;63;;;148;;acetyltransferase;* comp;5125261..5125644;;CDS;;76;76;;;128;;hypothetical protein;* comp;5125721..5125836;;5s;;83;;;;116;;; comp;5125920..5128366;;23s’;@2;-10;*-10;;;2447;*-10;; <;5128357..5128479;;CDS;;;;;;41;;pilus assembly protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;5252659..5253870;;CDS;;300;300;;;404;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;5254171..5254249;;tga;;292;292;;;;292;; >;5254542..5255171;;CDS;;;;;;210;;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;* ;;;;;;;;;;;; > comp;5305902..5306228;;CDS;;0;0;;;109;0;pseudo, hp;* comp;5306229..5306302;;atc;;1096;*1096;;;;;; ;5307399..5308450;;CDS;;;;;;351;;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;* ;;;;;;;;;;;; comp;5321144..5321869;;CDS;;206;206;;;242;206;pseudo, histidine kinase;* comp;5322076..5322151;;gcc;+;39;;39;;;;; comp;5322191..5322266;;gcc;3 gcc;39;;39;;;;; comp;5322306..5322381;;gcc;;220;220;;;;;; ;5322602..5322961;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;5323406..5324821;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;* ;5325080..5325155;;gta;+;44;;44;;;;; ;5325200..5325275;;gta;2 gta;0;0;;;;0;; <;5325276..5325389;;CDS;;;;;;38;;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; >;5375524..5376270;;CDS;;891;*891;;;249;*891;pseudo, AI-2E family transporter;* ;5377162..5377237;;gaa;;1047;*1047;;;;;; comp;5378285..5379589;;CDS;;;;;;435;;isocitrate lyase;* ;;;;;;;;;;;; comp >;5341397..5341492;;CDS;;-2;*-2;;;32;*-2;ABC transporter ATP-binding protein;* comp;5341491..5344303;;23s;;174;;;;2813;;; comp;5344478..5344553;;gca;;42;;;42;;;; comp;5344596..5344672;;atc;;56;;;;;;; comp;5344729..5346282;;16s;;1063;;;;1554;;; comp;5347346..5347421;;gca;;42;;;42;;;; comp;5347464..5347540;;atc;;56;;;;;;; comp;5347597..5349150;;16s;;365;365;;;1554;;; comp;5349516..5350088;;CDS;;187;187;;;191;;D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase;* >;5350276..5350914;;CDS;;;;;;213;;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;* ;;;;;;;;;;;; > comp;5359583..5360512;;CDS;;120;120;;;310;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;5360633..5360708;;gca;;42;;;;;;; comp;5360751..5360827;;atc;;56;;;;;;; comp;5360884..5362138;;16s’;;1;1;;;1255;1;; < comp;5362140..5363543;;CDS;;;;;;468;;IS66 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;5425965..5426201;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;* comp;5426240..5426325;;ctg;+;26;;26;;;;a disparu le 20.12.19;* comp;5426352..5426438;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;; comp;5426467..5426553;;ctg;;63;63;;;;;; < comp;5426617..5427150;;CDS;;;;;;178;;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; >;5433568..5433687;;CDS;;39;39;;;40;39;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;* comp;5433727..5433814;;tcc;;253;253;;;;;; comp;5434068..5434286;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;* </pre> ====ecoN cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_cumuls|ecoN cumuls]] <pre> ecoN cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;12;1;0;;1;5;1;5;100;16;1;0 ;16 23 5s;0;20;13;2;50;11;40;10;200;34;30;1 ;16 atc gca;2;40;17;;100;17;80;7;300;29;60;6 ;16 gaa 235;2;60;9;4;150;16;120;16;400;18;90;8 ;max a;5;80;4;;200;15;160;3;500;18;120;8 ;a doubles;1;100;0;;250;14;200;4;600;8;150;7 ;spéciaux;8;120;1;;300;14;240;9;700;0;180;11 ;total aas;27;140;0;;350;12;280;2;800;2;210;11 sans ;opérons;50;160;0;;400;7;320;2;900;1;240;6 ;1 aa;32;180;0;;450;4;360;3;1000;0;270;9 ;max a;7;200;0;;500;4;400;0;1100;0;300;12 ;a doubles;15;;0;;;11;;2;;0;;0 ;total aas;94;;44;6;;130;;63;;126;;79 total aas;;121;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;33;32;;253;;142;;272;;172 ;;;variance;23;15;;258;;145;;162;;79 sans jaune;;;moyenne;31;;;178;;127;;260;; ;;;variance;19;;;109;;91;;142;; </pre> ====ecoN blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_blocs|ecoN blocs]] <pre> ecoN blocs;;;;;;;;;;;; gène;interca;pbs;cdsa;;;gène;interca;pbs;cdsa;;;rRNAs cds;365;;191;D-glycero;;cds;374;;286;Glu race;;16s 16s;73;1520;;;;16s;363;1554;;;;1189 gaa;12;;;;;gaa;1112;;;;;1255 gca;174;;;;;5s;136;116;;;;1520 23s;83;2588;;;;cds;;;343;UDP-N;;1520 5s;54;116;;;;;;;;;;1528 gac;162;;;;;cds;117;;69;tr AlpA;;1552 cds;;;268;gluDkgB;;16s;73;1520;;;;1554 ;;;;;;gaa;12;;;;;1554 cds;323;;433;glutarate pm;;gca;366;;;;;1554 5s;83;116;;;;cds;524;;66;hp-66;;1738 23s;184;4452;;;;cds;;;71;hp-71;; gaa;431;;;;;;;;;;; 16s;441;1552;;;;cds;-2;;32;ABC 32;;23s cds;;;858;ClpB dep;;23s;174;2813;;;;2447 ;;;;;;gca;42;;;;;2472 cds;616;;530;AICAR2;;atc;56;;;;;2472 16s’;83;1189;;;;16s;1063;1554;;;;2588 cds;436;;563;kinase isocit;;gca;42;;;;;2611 gaa;185;;;;;atc;56;;;;;2813 23s;83;2472;;;;16s;365;1554;;;;3291 5s;76;116;;;;cds;187;;191;D-glycero;;4452 cds;;;128;hp-128;;cds;;;213;ABC MetN;; ;;;;;;;;;;;;5s cds;62;;253;pu-ABC;;cds;120;;310;Tyr recb 310;;116 x 11 5s;39;116;;;;gca;42;;;;; acc;14;;;;;atc;56;;;;; 5s;777;116;;;;16s’;1;1255;;;; acc;14;;;;;cds;;;468;IS66;; 5s;1834;116;;;;;;;;;; gaa;1360;;;;;cds;63;;148;transferase;; cds;;;185;gc anhydrase;;cds;76;;128;hp-128;; ;;;;;;5s;83;116;;;; cds;377;;182;porphyrine M;;23s’;-10;2447;;;; 16s;56;1738;;;;cds;;;41;pilus;; atc;42;;;;;;;;;;; gca;165;;;;;cds;1808;;184;MarR ;; 23s;83;3291;;;;gaa;588;;;;; 5s;104;116;;;;cds;592;;42;sn-glycerol;; cds;;;176;Mlb pB;;gaa;1472;;;;; ;;;;;;atc;42;;;;; cds;479;;231;FadR tr ;;atc;1130;;;;; 16s;73;1528;;;;gaa;1145;;;;; gaa;184;;;;;gaa;185;;;;; 23s;83;2611;;;;23s;83;2472;;;; 5s;53;116;;;;5s;76;116;;;; gac;8;;;;;cds;63;;128;hp-128;; tgg;95;;;;;cds;;;148;transferase;; cds;;;280;HdfR HTH;;;;;;;; </pre> ====ecoN distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_distribution|ecoN distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;atc;;acc;2;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;1;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s >aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;ecoN;;;;6;;;6 </pre> ====ecoN eco==== =====ecoN eco tableaux===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_eco_tableaux|ecoN eco tableaux]] <pre> ;;;;;;rouge;ff6600;$;jaune;ffff00;#;;;;;;;;;;; ;;eco ecoN;;;;orange;ffcc00;&;cyan;66ffff;°;gris2;dddddd;];;;;;;;; ;;;;;;jaunev;ccff66;@;turquoise;33ff99;%;Jaunev 5;669900;(;;;;;;;; ;19.12.19 Paris;;pour les cds;;;bleu;00ccff;§;gris1;eeeeee;[;;;;;;;;;;; ;Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;eco;;;;;;;;ecoN;;;;;;;;;;;;; cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;ecoN suite;sens;;gènes;interca;cdsa;cds eco1;;222833..223408;cds;362;192;@D-glycero;;ecoN1;;231864..232436;CDS;365;191;@D-glycero;;EcoN 48;comp;5079375..5079581;CDS;117;69;tr AlpA ;;223771..225312;$16s;68;&1542;;;;;232802..234321;$16s;73;&1520;;;ok;;5079699..5081218;$16s;73;&1520; ;;225381..225457;atc;42;;;;;;234395..234471;gaa;12;;;;;;5081292..5081368;gaa;12;; ;;225500..225575;gca;183;;;;;;234484..234557;gca;174;;;;;;5081381..5081454;gca;366;; ;;225759..228662;$23s;93;&2904;;;;;234732..237319;$23s;83;&2588;;;;;5081821..5082018;CDS;524;66;hp-66 ;;228756..228875;$5s;52;&120;;;;;237403..237518;$5s;54;&116;;;;comp;5082543..5082754;CDS;;71;hp-71 ;;228928..229004;gac;162;;;;;;237573..237649;gac;162;;;;;;;;;; ;;229167..229970;cds;;268;@metDkgB;;;;237812..238615;CDS;;268;@gluDkgB;;eco1;;222833..223408;cds;[362;192;]D-glycero ;;;;;;;;;;;;;;;;;;223771..225312;$16s;[68;&1542; eco2;;236067..236798;cds;132;244;@DNAIIIe;;ecoN2;;244934..245665;CDS;132;244;@DNAIIIe;;;;225381..225457;atc;[42;; ;;236931..237007;gac;327;;;;;;245798..245874;gac;120;;;;;;225500..225575;gca;[183;; ;;237335..238120;cds;;262;§lipo YafT;;;comp;245995..246852;CDS;;286;§DUF4942;;;;225759..228662;$23s;93;&2904; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;228756..228875;$5s;52;&120; eco3;;261503..262756;cds;114;418;@glu5dH;;ecoN3;;367329..368582;CDS;114;418;@glu5dH;;;;228928..229004;gac;162;; ;;262871..262946;acg;203;;;;;;368697..368772;acg;154;;;;;;229167..229970;cds;;268;@metDkgB ;comp;263150..263212;cds;;21;§YdiA;;;;368927..369265;CDS;;113;§DUF4102;;EcoN 56;comp >;5341397..5341492;CDS;-2;32;]ABC 32 ;;262898..297205;#phage;;11436;pp CP4-6;;;;;;;;;;ok;comp;5341491..5344303;$23s;]174;&2813; ;;;;;;;;;;;;;;;;;comp;5344478..5344553;gca;]42;; eco4;comp;563848..564480;cds;242;211;§put FimZ;;ecoN4;comp;631149..632015;CDS;270;289;§cyclo FolD;;;comp;5344596..5344672;atc;]56;; 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XapR;DNA-binding transcriptional activator XapR;;;;;* permease;aa permease;amino acid permease;;;;;* ABC bind;ABC 32;ABC transporter ATP-binding protein;;;;;* ABC bind;ABC MetN;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;;;;;* desaturase;acyl-CoA ;acyl-CoA desaturase;;;;;* adhesin;adhes YdhQ;adhesin-like autotransporter YdhQ;;;;;* adhesin;adhes YejO;adhesin-like autotransporter YejO, gene fragment 2 of yejO, misc_feature ;;;;;* hydrolase ;AICAR1;bifunctional AICAR transformylase/IMP cyclohydrolase;;;;;* hydrolase ;AICAR2;bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;;;;;* amidase;Ala C;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase C;;;;;* maturase;ans maturase;anaerobic sulfatase maturase;;;;;* synthetase;Arg-suc;argininosuccinate synthetase;;;;;* integrase;arm-type;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;;;;;* synthetase;Asn B;asparagine synthetase B;;;;;* protease b;ATP ClpA;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;;;;;* kinase;B5 kinase;pantothenate kinase;;;;;* kinase;B5 kinase I;type I pantothenate kinase;;;;;* transporter;barrel;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;;;;;* tr-regulator;CadC;DNA-binding transcriptional activator CadC;;;;;* cardiolipin ;cardiolipine;cardiolipin transport protein PbgA;;;;;* transferase;CDP-diacyl;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;;;;;* division;cell CpoB;cell division coordinator CpoB;;;;;* chaperone;ClpB;ClpB chaperone;;;;;* chaperone;ClpB dep;ATP-dependent chaperone ClpB;;;;;* storage;Csr;carbon storage regulator;;;;;* storage;CsrA;carbon storage regulator CsrA;;;;;* hydrolase ;cyclo FolD;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;;;;;* phosphatase;D-glycero;D-glycero-beta-D-manno-heptose-1,7-bisphosphate 7-phosphatase;;;;;* ABC bind;dip ABC;dipeptide ABC transporter periplasmic binding protein;;;;;* polymerase;DNAIIIe;DNA polymerase III subunit epsilon;;;;;* ABC bind;DppA;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;;;;;* DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF4102;DUF4102 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF4942;DUF4942 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF5507;DUF5507 domain-containing protein YpjC;;;;;* DUF;DUF554 ;DUF554 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF554 Yqg;DUF554 domain-containing protein YqgA;;;;;* peptidase;ErfK;L,D-transpeptidase ErfK;;;;;* exporter;exporter;FMN/FAD exporter;;;;;* tr-regulator;FadR tr ;FadR family transcriptional regulator;;;;;* reductase;ferric ;NADPH-dependent ferric chelate reductase;;;;;* phosphatase;fructose;fructose-1-phosphatase;;;;;* phosphatase;fructose 6;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;;;;;* deformylase;fTHF;formyltetrahydrofolate deformylase;;;;;* protase;FtsH;modulator of FtsH protease;;;;;* protease;FtsH YccA;FtsH protease modulator YccA;;;;;* glycosylase;G/U;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;;;;;* glycosylase;G/U station;stationary phase mismatch/uracil DNA glycosylase;;;;;* transferase;G1207;16S rRNA m(2)G1207 methyltransferase;;;;;* transferase;G1207 RsmC;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;;;;;* anhydrase;gc anhydrase;gamma carbonic anhydrase family protein;;;;;* ligase;Glu ligase;glutamate--tRNA ligase;;;;;* racemase;Glu race;glutamate racemase;;;;;* dehydrogenase;glu5dH;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;;;;;* reductase;gluDkgB;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;;;;;* permease;glutarate pm;alpha-ketoglutarate permease;;;;;* symporter;glutarate sm;alpha-ketoglutarate:H(+) symporter;;;;;* peptidase;glycan DD;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;;;;* synthetase;glycerolP;phosphatidylglycerophosphate synthase;;;;;* transporter;glycoside-p5;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;* reductase;glyoxyl A;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A;;;;;* reductase;glyoxyl GhrA;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;;;;;* permease;HAAAP;HAAAP family serine/threonine permease;;;;;* tr-regulator;HdfR;DNA-binding transcriptional dual regulator HdfR;;;;;* tr-regulator;HdfR HTH;HTH-type transcriptional regulator HdfR;;;;;* hydrogenase;Hnase1;hydrogenase 1 small subunit;;;;;* hp;hp-121;hp-121;;;;; hp;hp-128;hypothetical protein;;;;;* hp;hp-18;hp-18;;;;;* adhesin;Inv-adhesin;inverse autotransporter adhesin;;;;;* transposase;IS66;IS66 family transposase;;;;;* lyase;isocitrate;isocitrate lyase;;;;;* transferase;kdo2;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;;;;;* kinase/Pase;kinase isocit;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;;;;;* prophage;KpLE1;CPS-53 (KpLE1) prophage, prophage CPS-53 integrase;;;;;* lipoprotein;lipo YafT;lipoprotein YafT;;;;;* tr-regulator;LysR;LysR family transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;MarR;MarR family transcriptional regulator;;;;;* reductase;metDkgB;methylglyoxal reductase DkgB;;;;;* GDP;Mlb adapt;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis adaptor protein;;;;;* GDP;Mlb pB;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;;;;;* oxygenase;mono-O2;monooxygenase;;;;;* titration;Mtf;Mlc titration factor;;;;;* tr-regulator;MtfA;DgsA anti-repressor MtfA;;;;;* glycosylase;murein;murein transglycosylase A;;;;;* glycosylase;murein lytic;membrane-bound lytic murein transglycosylase A;;;;;* reductase;NADPH- Ah;aldehyde reductase, NADPH-dependent;;;;;* reductase;NADPH- Ahr;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;;;;;* transporter;nitrite;formate/nitrite transporter family protein;;;;;* hydroxylase;octaprenyl;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;;;;;* rnase;oligo-rnase;oligoribonuclease;;;;;* protein;OmpH;OmpH family outer membrane protein;;;;;* transferase;p-Ada;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;;;;;* transporter;p-AI-2E;pseudo, AI-2E family transporter;;;;;* synthetase;p-Arg-sc 282;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;* synthetase;p-Arg-sc 284;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;* division;p-cell CpoB;Pseudo, cell division protein CpoB;;;;;* DUF;p-DUF4102;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;;;;;* transporter;p-glycoside;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;* kinase;p-His kinase;pseudo, histidine kinase;;;;;* hp;p-hp;pseudo, hp 109;;;;;* integrase;p-integrase;pseudo, integrase;;;;;* transposase;p-IS4;Pseudo, IS4 family transposase;;;;;* transposase;p-IS630 ;pseudo, IS630 family transposase;;;;;* transporter;p-MATE;Pseudo, MATE family efflux transporter;;;;;* transporter;p-MdtK;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;;;;;* amidase;p-Nam;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;;;;;* tr-regulator;p-pu-tr 38;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* protein;p-un-YchS;putative uncharacterized protein YchS;;;;;* gene;p-yicT;p-yicT;;;;;* transferase;Pet;phosphoethanolamine transferase;;;;;* protein;pilus;pilus assembly protein;;;;;* dehydrogenase;porphyrine M;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;;;;;* oxidase;porphyrine O;protoporphyrinogen oxidase;;;;;* prophage;pp CP4-6;note="cryptic prophage CP4-6" misc_feature;;;;;* prophage;pp CPS-53;cryptic prophage CPS-53, misc_feature;;;;;* prophage;pp DLP12;note="cryptic prophage DLP12" misc_feature;;;;;* prophage;pp PR-Y;cryptic prophage PR-Y;;;;;* protein;protein YjjZ;protein YjjZ;;;;;* protein;protein YrdA;protein YrdA;;;;;* tr-regulator;pu- YfeC;putative DNA-binding transcriptional regulator YfeC;;;;;* ABC bind;pu-ABC;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;;;;;* exporter;pu-arabi;putative arabinose exporter;;;;;* sulfatase;pu-AslB;putative anaerobic sulfatase maturation enzyme AslB;;;;;* cardiolipin ;pu-cardiolip;putative cardiolipin transport protein;;;;;* cytochrome;pu-cytochrom;putative cytochrome;;;;;* hydrolase;pu-hydrolase;putative hydrolase, inner membrane;;;;;* integrase;pu-KpLE2;KpLE2 phage-like element putative integrase;;;;;* peptidase;pu-LysM;LysM domain-containing putative peptidase lipoprotein YgeR;;;;;* GMP;pu-sensor;putative c-di-GMP phosphodiesterase PdeA;;;;;* protein;Pu-ssM;putative type II secretion system M-type protein;;;;;* tr-regulator;pu-tr 120;putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;pu-tr YieP;putative transcriptional regulator YieP;;;;;* tr-regulator;pu-tr YjdC;putative DNA-binding transcriptional regulator YjdC;;;;;* tr-regulator;pu-tr-YeeN;putative transcriptional regulator YeeN;;;;;* protein;pu-unYgaQ;putative uncharacterized protein YgaQ;;;;;* oxygenase;pu-YdhR;putative monooxygenase YdhR;;;;;* ABC bind;pu-YhdZ;putative ABC transporter ATP-binding subunit YhdZ;;;;;* transporter;pu-YicJ;putative xyloside transporter YicJ;;;;;* transporter;pu-YifK;putative transporter YifK;;;;;* prophage;put DLP12;DLP12 prophage putative integrase;;;;;* tr-regulator;put FimZ;putative LuxR family transcriptional regulator FimZ;;;;;* synthetase;quino;quinolinate synthase;;;;;* synthetase;quino NadA;quinolinate synthase NadA;;;;;* ribosome;RimP;ribosome maturation factor RimP;;;;;* rpt;rpt-29;rpt-29;;;;; rpt;rpt-34;rpt_type=other;;;;;* rpt;rpt-36;rpt_type=other;;;;;* rpt;rpt71;rpt_type=other 71;;;;;* sRNA;RttR sRNA;small RNA RttR;;;;;* translocase;SecE;Sec translocon subunit SecE;;;;;* translocase;SecG-p;preprotein translocase subunit SecG;;;;;* translocase;SecG-t;Sec translocon subunit SecG;;;;;* esterase;sensor;sensor domain-containing phosphodiesterase;;;;;* ABC bind;sn-glycerol;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;;;;;* protein;sscs VI;type VI secretion system contractile sheath small subunit;;;;;* protein;stress;stress response protein;;;;;* tr-regulator;tact Cbl;DNA-binding transcriptional activator Cbl;;;;;* translation;tif IF-1;translation initiation factor IF-1;;;;;* protein;tpr;protamine-like protein;;;;;* tr-regulator;tr 192;transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr AlpA;AlpA family transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr-Cbl;HTH-type transcriptional regulator Cbl;;;;;* tr-regulator;tr-Nac;DNA-binding transcriptional dual regulator Nac;;;;;* tr-regulator;tr-nitrogen;nitrogen assimilation transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr-YebC;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* transferase;transferase;acetyltransferase;;;;;* transporter;trp-YeeO;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;;;;;* translation;tuf;elongation factor Tu;;;;;* translation;tufb;tufb, translation elongation factor Tu 2;;;;;* integrase;Tyr recb 207;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 404;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 421;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 424;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* reductase;UDP-N;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;;;;;* protein;un-YcdU;uncharacterized protein YcdU;;;;;* protein;un-YjeV;uncharacterized protein YjeV;;;;;* protein;UPF0149 YecA;UPF0149 family protein YecA;;;;;* protein;YdiA;YdiA family protein;;;;;* protein;YfdC;inner membrane protein YfdC;;;;;* protein;YgeQ;protein YgeQ;;;;;* gene;yjdQ;gene="yjdQ";;;;;* DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;* transposase;p-IS630;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;;;;;* </pre> ====ecoN données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_données_intercalaires|ecoN données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;ecoN;fx;fc;ecoN;fx40;fc40;ecoN;x-;c-;c;x;c;x;;c;x; ;2;0;18;29;0;18;29;-1;2;173;162;120;CDS 16s ;;;tRNA tRNA;;suite 1;2;10;44;403;1;10;51;-2;4;5;132;15;385;479;;4;;gtc 1;1;20;22;337;2;9;61;-3;2;0;114;153;441;117;;**;;gtc ;0;30;23;182;3;9;58;-4;39;328;154;343;377;;;4;;gtc 4;1;40;90;109;4;3;27;-5;2;2;32;426;374;;;**;;gtc ;0;50;95;113;5;2;18;-6;0;0;380;278;365;;;12;;tta 1;0;60;69;147;6;4;17;-7;1;16;164;165;672;;;53;;tgc ;1;70;48;109;7;3;24;-8;2;81;277;233;23s 5s;;;**;;ggc ;3;80;36;110;8;1;16;-9;3;2;253;165;6* 95;;;39;;gcc ;0;90;39;112;9;1;66;-10;0;7;206;234;1881;;;**;;gcc 2;3;100;43;99;10;2;65;-11;1;48;463;307;23s CDS;;;43;;gta 1;4;110;36;96;11;1;53;-12;2;3;159;307;331;;;46;;gta 1;3;120;38;70;12;7;53;-13;1;6;6;307;385;;;4;;gta 2;0;130;37;63;13;0;29;-14;5;23;8;93;5s CDS;;;**;;aaa ;1;140;43;52;14;0;38;-15;0;0;108;453;323;62;;63;;cgt 1;1;150;29;68;15;2;39;-16;1;3;195;326;136;104;;62;;cgt 1;3;160;44;50;16;6;29;-17;1;11;151;37;3* 76;;;62;;cgt 2;4;170;27;45;17;4;21;-18;3;0;278;4;16s tRNA;;;64;;cgt ;0;180;28;42;18;0;34;-19;2;4;100;125;3* 85;;gaa;3;;cgt ;0;190;38;44;19;1;18;-20;1;9;161;437;443;;gaa;**;;agc 1;3;200;34;36;20;1;23;-21;0;0;100;220;375;;gaa;33;;atgf 1;8;210;31;36;21;1;24;-22;0;3;161;258;4* 68;;atc;33;;atgf 2;0;220;35;43;22;0;23;-23;0;8;74;110;tRNA 16s;;;**;;atgf ;0;230;26;30;23;2;11;-24;2;0;75;208;1063;;gca;8;;gac 2;1;240;21;25;24;4;27;-25;2;2;206;316;tRNA 23s;;;**;;tgg ;0;250;27;18;25;0;19;-26;1;9;280;124;269;;gaa;58;;cgg 2;2;260;27;24;26;1;15;-27;1;0;315;53;2* 193;;gaa;20;;cac ;0;270;18;23;27;2;25;-28;1;3;635;347;2* 194;;gaa;42;;ctg 1;3;280;24;20;28;4;8;-29;4;5;78;347;174;;gca;**;;cca ;1;290;19;18;29;5;14;-30;4;0;105;347;183;;;8;;aca 2;2;300;9;15;30;4;16;-31;0;0;197;347;5s tRNA;;;116;;tac 3;0;310;13;17;31;4;13;-32;1;7;206;1360;54;;gac;6;;gga 1;1;320;22;12;32;3;12;-33;0;0;206;292;2* 14;;acc;**;;acc 1;0;330;11;16;33;7;9;-34;0;0;206;95;53;;gac;36;;ggc ;0;340;14;8;34;9;17;-35;2;4;206;361;tRNA 5s;;;35;;ggc 5;0;350;5;15;35;11;8;-36;0;0;456;195;39;;acc;**;;ggc ;0;360;9;12;36;4;15;-37;1;3;14;39;777;;acc;34;;ctg 1;0;370;10;14;37;10;5;-38;2;1;743;38;1360;;gaa;28;;ctg ;1;380;19;12;38;12;7;-39;2;0;91;1174;1112;;gaa;**;;ctg ;0;390;10;9;39;13;10;-40;1;1;300;592;tRNA tRNA;;intra;1472;;gaa ;0;400;9;14;40;17;13;-41;1;1;102;292;4* 42;;atc gca;42;;atc 7;7;reste;142;125;reste;1185;1762;-42;0;0;146;1096;tRNA tRNA;;début;2351;;atc 46;58;total;1382;2822;total;1382;2822;-43;0;3;114;220;37;;cag;**;;gaa 39;49;diagr;1222;2668;diagr;179;1031;-44;1;0;436;258;48;;cag;39;;gcc 2;3;t30;89;922;;;;-45;0;0;197;150;15;;atgj;39;;gcc ;;;;;;;;-46;0;0;106;39;34;;caa;**;;gcc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;210;;23;;caa;44;;gta ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;233;;10;;cta;**;;gta ;x;1364;105;18;1487;;;-49;0;0;290;;**;;atgj;28;;ctg ;c;2793;782;29;3604;;;-50;0;1;1537;;35;;aaa;**;;ctg ;;;;;5091;217;;reste;5;10;588;;2;;gta;;; ;;;;;;5308;;total;105;782;300;;51;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;0;;3;;gta;;; ;;;;;;;;;;;206;;48;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;0;;33;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;120;;**;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;63;;33;;tac;;; ;;;;;;;;;;;253;;**;;tac;;; </pre> =====ecoN autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_autres_intercalaires_aas|ecoN autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ecoN;;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas;longueur fin;;CDS;190;255;;;; deb;;CDS;231864;232436;365;*;; ;;rRNA;232802;234309;85;*;16s;1508 ;;tRNA;234395;234471;269;*;gaa; ;;rRNA;234741;237307;95;*;23s;2567 ;;rRNA;237403;237518;54;*;5s;116 ;;tRNA;237573;237649;162;*;gac; fin;;CDS;237812;238615;;1;; deb;;CDS;244934;245665;132;*;; ;;tRNA;245798;245874;120;*;gac; fin;comp;CDS;245995;246852;;0;; deb;;CDS;367329;368582;114;*;; ;;tRNA;368697;368772;154;*;acg; fin;;CDS;368927;369265;;0;; deb;comp;CDS;555847;556158;162;*;; ;;ncRNA;556321;556417;119;*;; fin;;CDS;556537;556890;;0;; deb;;CDS;632056;632253;32;*;; ;;tRNA;632286;632362;15;*;aga; fin;comp;CDS;632378;632979;;0;; deb;;CDS;733188;734363;153;*;; ;comp;tRNA;734517;734591;37;*;cag; ;comp;tRNA;734629;734703;48;*;cag; ;comp;tRNA;734752;734828;15;*;atgj; ;comp;tRNA;734844;734918;34;*;caa; ;comp;tRNA;734953;735027;23;*;caa; 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fin;comp;CDS;1458686;1459528;;;; deb;comp;CDS;1829066;1830322;307;*;; ;;tRNA;1830630;1830706;4;*;gtc; ;;tRNA;1830711;1830787;6;*;gtc; fin;;CDS;1830794;1831177;;0;; deb;comp;CDS;1831218;1832474;307;*;; ;;tRNA;1832782;1832858;4;*;gtc; ;;tRNA;1832863;1832939;8;*;gtc; fin;;CDS;1832948;1833280;;0;; deb;comp;CDS;1833321;1834577;307;*;; ;;tRNA;1834885;1834961;4;*;gtc; ;;tRNA;1834966;1835042;108;*;gtc; fin;;CDS;1835151;1835456;;;; deb;;CDS;1857352;1858464;185;*;; ;;ncRNA;1858650;1858757;135;*;; fin;;CDS;1858893;1859249;;;; deb;comp;CDS;2115794;2116459;195;*;; ;comp;tRNA;2116655;2116741;12;*;tta; ;comp;tRNA;2116754;2116827;53;*;tgc; ;comp;tRNA;2116881;2116956;151;*;ggc; fin;comp;CDS;2117108;2117656;;;; deb;comp;CDS;2191451;2192287;278;*;; ;comp;tRNA;2192566;2192655;93;*;tcg; deb;;CDS;2192749;2193546;100;*;; ;;tRNA;2193647;2193722;161;*;aac; fin;;CDS;2193884;2195146;;0;; deb;;CDS;2232607;2233323;453;*;; ;comp;tRNA;2233777;2233852;326;*;acc; fin;;CDS;2234179;2235096;;;; deb;;CDS;2235198;2236148;37;*;; 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comp;106004..106079;;ggc;7 ggc;35;;35;;; comp;106115..106190;;ggc;5 atgf;35;;35;;; comp;106226..106301;;ggc;;18;;18;;; comp;106320..106396;;atgf;;39;;39;;; comp;106436..106511;;ggc;;90;;90;;; comp;106602..106678;;atgf;;39;;39;;; comp;106718..106793;;ggc;;18;;18;;; comp;106812..106888;;atgf;;39;;39;;; comp;106928..107003;;ggc;;18;;18;;; comp;107022..107098;;atgf;;39;;39;;; comp;107138..107213;;ggc;;156;156;;;;156 comp;107370..107915;;CDS;;81764;;;;182; ;;;;;;;;;; ;189680..190715;;CDS;;101;101;;;345;101 comp;190817..190933;;5s;;107;;;;; comp;191041..193955;;23s;;290;;;;; comp;194246..194321;;gca;;43;;;43;; comp;194365..194441;;atc;;97;;;;; comp;194539..196096;;16s;@2;371;;;;; comp;196468..196584;;5s;;77;;;;; comp;196662..199576;;23s;;290;;;;; comp;199867..199942;;gca;;43;;;43;; comp;199986..200062;;atc;;97;;;;; comp;200160..201717;;16s;;853;*853;;;;*853 comp;202571..204706;;CDS;;29595;;;;*712; ;;;;;;;;;; comp;234302..235486;;CDS;;101;101;;;395;101 comp;235588..235663;;acc;;13;;13;;; comp;235677..235751;;gga;;35;;35;;; comp;235787..235871;;tac;;52;;52;;; comp;235924..235999;;aca;;206;206;;;; ;236206..237129;;CDS;;4144;;;;308; ;;;;;;;;;; comp;241274..242467;;CDS;;546;*546;;;*398;*546 comp;243014..243090;;tgg;;68;;;68;; comp;243159..243235;;gac;;32;;;;; comp;243268..243384;;5s;;117;;;;; comp;243502..246404;;23s;;310;;;;; comp;246715..246790;;gta;;30;;;30;; comp;246821..246896;;aaa;;2;;;2;; comp;246899..246974;;gaa;;122;;;;; comp;247097..248654;;16s;;554;*554;;;;*554 ;249209..249664;;CDS;;60596;;;;*152; ;;;;;;;;;; ;310261..311296;;CDS;;121;121;;;345;121 comp;311418..311508;;tca;;91;;;;; comp;311600..311716;;5s;;108;;;;; comp;311825..314739;;23s;;289;;;;; comp;315029..315104;;gca;;43;;;43;; comp;315148..315224;;atc;;56;;;;; comp;315281..316842;;16s;;471;*471;;;;*471 comp;317314..318027;;CDS;;40242;;;;*238; ;;;;;;;;;; ;358270..359305;;CDS;;147;147;;;345; comp;359453..359529;;gac;;31;;;;; comp;359561..359677;;5s;;108;;;;; comp;359786..362700;;23s;;310;;;;; comp;363011..363086;;gta;;30;;;30;; comp;363117..363192;;aaa;;2;;;2;; comp;363195..363270;;gaa;;82;;;;; comp;363353..364914;;16s;;83;83;;;;83 comp;364998..365133;;CDS;;84252;;;;45; ;;;;;;;;;; ;449386..449521;;CDS;;83;83;;;45;83 ;449605..451162;;16s;;122;;;;; ;451285..451360;;gaa;;2;;;2;; ;451363..451438;;aaa;;9;;;9;; ;451448..451523;;gca;;37;;;37;; ;451561..451636;;gta;;51;51;;;;51 comp;451688..451873;;CDS;;16;16;;;62;16 ;451890..454804;;23s;;77;;;;; ;454882..454998;;5s;;32;;;;; ;455031..455107;;gac;;162;162;;;; comp;455270..455533;;CDS;;11718;;;;88; ;;;;;;;;;; comp;467252..467665;;CDS;;361;361;;;138; ;468027..468103;;cgg;;35;;35;;; ;468139..468214;;cac;;76;;76;;; ;468291..468367;;cca;;46;;46;;; ;468414..468489;;cac;;64;;64;;; ;468554..468630;;cca;;194;194;;;;194 comp;468825..469550;;CDS;;365688;;;;242; ;;;;;;;;;; comp;835239..835550;;CDS;;138;138;;;104;138 comp;835689..835764;;atgi;;145;145;;;; comp;835910..837772;;CDS;;182191;;;;621; ;;;;;;;;;; ;1019964..1020128;;CDS;;119;119;;;55; ;1020248..1021805;;16s;;129;;;;; ;1021935..1022010;;gcc;;41;;;41;; ;1022052..1022127;;gaa;;55;55;;;;55 comp;1022183..1022368;;CDS;;16;16;;;62;16 ;1022385..1025299;;23s;;111;;;;; ;1025411..1025527;;5s;;31;;;;; ;1025559..1025635;;gac;;35;;;35;; ;1025671..1025747;;tgg;;3;3;;;;3 comp;1025751..1025933;;CDS;;225465;;;;61; ;;;;;;;;;; ;1251399..1252574;;CDS;;158;158;;;392; comp;1252733..1252817;;cta;+;54;;54;;; comp;1252872..1252946;;caa;5 cta;46;;46;;; comp;1252993..1253077;;cta;3 atgj;21;;21;;; comp;1253099..1253183;;cta;2 caa;18;;18;;; comp;1253202..1253278;;atgj;;23;;23;;; comp;1253302..1253386;;cta;;70;;70;;; comp;1253457..1253533;;atgj;;79;;79;;; comp;1253613..1253687;;caa;;31;;31;;; comp;1253719..1253803;;cta;;39;;39;;; comp;1253843..1253919;;atgj;;26;26;;;;26 comp;1253946..1254157;;CDS;;14564;;;;71; ;;;;;;;;;; comp;1268722..1268862;;CDS;;260;260;;;47; ;1269123..1269199;;cca;;243;243;;;;*243 comp;1269443..1269628;;CDS;;16361;;;;62; ;;;;;;;;;; ;1285990..1286571;;CDS;;88;88;;;194; comp;1286660..1286736;;agg;;68;68;;;;68 comp;1286805..1287938;;CDS;;116753;;;;378; ;;;;;;;;;; comp;1404692..1405552;;CDS;;204;204;;;287;*204 ;1405757..1405833;;aga;;244;244;;;; ;1406078..1407685;;CDS;;49950;;;;536; ;;;;;;;;;; ;1457636..1458508;;CDS;;407;407;;;291; comp;1458916..1459000;;tac;+;100;;100;;; comp;1459101..1459185;;tac;4 tac;100;;100;;; comp;1459286..1459370;;tac;@7;100;;100;;; comp;1459471..1459555;;tac;;282;282;;;;*282 ;1459838..1460935;;CDS;;170368;;;;366; ;;;;;;;;;; ;1631304..1631753;;CDS;;144;144;;;150;144 ;1631898..1631985;;tcc;;312;312;;;; ;1632298..1632684;;CDS;;550413;;;;129; ;;;;;;;;;; ;2183098..2183436;;CDS;;179;179;;;113; ;2183616..2183692;;gtc;+;46;;46;;; ;2183739..2183815;;gtc;2 gtc;149;149;;;;149 ;2183965..2185344;;CDS;;578546;;;;460; ;;;;;;;;;; comp;2763891..2766782;;CDS;;763;*763;;;*964;*763 comp;2767546..2767621;;ggc;+;11;;11;;; comp;2767633..2767719;;tta;2 ggc;78;;78;;; comp;2767798..2767873;;ggc;;37;;37;;; comp;2767911..2767984;;tgc;;400;400;;;;*400 comp;2768385..2768942;;CDS;;82481;;;;186; ;;;;;;;;;; ;2851424..2851855;;CDS;;62;62;;;144;62 ;2851918..2851992;;gga;;333;333;;;; ;2852326..2852970;;CDS;;133282;;;;215; ;;;;;;;;;; comp;2986253..2986402;;CDS;;1;*1;;;50;1 ;2986404..2986479;;aac;;372;372;;;; ;2986852..2989149;;CDS;;60873;;;;766; ;;;;;;;;;; ;3050023..3051831;;CDS;;139;139;;;603;139 ;3051971..3052061;;tca;;321;321;;;; ;3052383..3053693;;CDS;;384243;;;;437; ;;;;;;;;;; comp;3437937..3438392;;CDS;;233;233;;;152; comp;3438626..3438702;;atgf;;56;;56;;; comp;3438759..3438842;;ctc;;18;18;;;;18 comp;3438861..3439199;;CDS;;113972;;;;113; ;;;;;;;;;; comp;3553172..3554167;;CDS;;189;189;;;332;189 comp;3554357..3554433;;cgt;+;59;;59;;; comp;3554493..3554569;;cgt;7 cgt;57;;57;;; comp;3554627..3554703;;cgt;2 agc;57;;57;;; comp;3554761..3554837;;cgt;;57;;57;;; comp;3554895..3554971;;cgt;;57;;57;;; comp;3555029..3555105;;cgt;;85;;85;;; comp;3555191..3555282;;agc;;29;;29;;; comp;3555312..3555388;;cgt;;31;;31;;; comp;3555420..3555511;;agc;;243;243;;;; comp;3555755..3555952;;CDS;;83212;;;;66; ;;;;;;;;;; ;3639165..3640295;;CDS;;108;108;;;377;108 ;3640404..3640479;;ttc;+;51;;51;;; ;3640531..3640606;;aca;3 ttc;7;;7;;; ;3640614..3640689;;ttc;2 aca;43;;43;;; ;3640733..3640808;;aac;2 aac;69;;69;;; ;3640878..3640953;;aca;;10;;10;;; ;3640964..3641039;;ttc;;42;;42;;; ;3641082..3641158;;aac;;292;292;;;; ;3641451..3643076;;CDS;;233;233;;;542; ;3643310..3643385;;ttc;;51;;51;;; ;3643437..3643512;;aca;+;21;;21;;; ;3643534..3643609;;aac;2 aca;39;;39;;; ;3643649..3643724;;aca;2 aac;15;;15;;; ;3643740..3643815;;aac;;156;156;;;;156 comp;3643972..3645405;;CDS;;561;*561;;;*478;*561 comp;3645967..3646043;;gac;;31;;;;; comp;3646075..3646191;;5s;;57;;;;; comp;3646249..3646324;;acc;;100;;;;; comp;3646425..3646541;;5s;;111;;;;; comp;3646653..3649567;;23s;;-13;*-13;;;;*-13 comp;3649555..3649797;;CDS;@3;35;35;;;81;35 comp;3649833..3649908;;gca;;43;;;43;; comp;3649952..3650028;;atc;;97;;;;; comp;3650126..3651683;;16s;;557;*557;;;;*557 comp;3652241..3653491;;CDS;;9514;;;;*417; ;;;;;;;;;; comp;3663006..3663598;;CDS;;181;181;;;198; comp;3663780..3663864;;ttg;;177;177;;;;177 comp;3664042..3664707;;CDS;;93515;;;;222; ;;;;;;;;;; ;3758223..3759258;;CDS;;578;*578;;;*345;*578 comp;3759837..3759913;;gac;;68;;;;; comp;3759982..3760098;;5s;;111;;;;; comp;3760210..3763124;;23s;;290;;;;; comp;3763415..3763490;;gca;;43;;;43;; comp;3763534..3763610;;atc;;97;;;;; comp;3763708..3765265;;16s;;86;;;;; comp;3765351;;16s;début;;;;;; Chromosome II;;;;;;;;;; comp;673782..674186;;CDS;;358;358;;;135; comp;674545..674635;;tca;;329;329;;;;*329 ;674965..675645;;CDS;;205537;;;;227; ;;;;;;;;;; ;881183..882640;;CDS;;244;244;;;486;*244 ;882885..882958;;tgc;;302;302;;;; ;883261..883725;;CDS;;1229;;;;155; ;;;;;;;;;; ;884955..886649;;CDS;;245;245;;;565;*245 ;886895..886981;;tta;;97;;97;;; ;887079..887154;;ggc;;5;;5;;; ;887160..887233;;tgc;;317;317;;;; ;887551..889074;;CDS;;465;;;;508; ;;;;;;;;;; comp;889540..890328;;CDS;;386;386;;;263; ;890715..890801;;tta;+;53;;53;;; ;890855..890928;;tgc;2 tgc;181;;*181;;; ;891110..891183;;tgc;;366;366;;;;*366 ;891550..891891;;CDS;;443950;;;;114; ;;;;;;;;;; ;1335842..1336042;;CDS;;17;17;;;;17 ;1336060..1336134;;gga;;272;272;;;; comp;1336407..1337222;;CDS;;505333;;;;272; ;;;;;;;;;; ;1842556..1842741;;CDS;;-36;*-36;;;62;*-36 ;1842706..1842789;;ctc;;29;29;;;;29 ;1842819..1843430;;CDS;;77699;;;;204; ;;;;;;;;;; ;1921130..1921561;;CDS;;62;62;;;144;62 ;1921624..1921698;;gga;;337;337;;;; comp;1922036..1922209;;CDS;;15660;;;;58; ;;;;;;;;;; comp;1937870..1939129;;CDS;;84;84;;;420; comp;1939214..1939304;;tca;;90;;;;; comp;1939395..1939511;;5s;;77;;;;; comp;1939589..1942503;;23s;;306;;;;; comp;1942810..1942885;;gta;;35;;;35;; comp;1942921..1942996;;gca;;24;;;24;; comp;1943021..1943096;;aaa;;2;;;2;; comp;1943099..1943174;;gaa;;114;;;;; comp;1943289..1944850;;16s;;83;83;;;;83 comp;1944934..1945071;;CDS;;;;;;46; </pre> ====vha cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_cumuls|vha cumuls]] <pre> vha cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;0;0;1;3;1;1;100;17 ;16 aas 23 5s ;3;20;10;5;50;8;20;5;200;17 ;16 atc gca;4;40;17;6;100;10;40;3;300;10 ;16 cds 23 5s ;3;60;16;6;150;12;60;2;400;13 ;max a;5;80;6;1;200;9;80;3;500;6 ;a doubles;0;100;6;0;250;9;100;3;600;4 ;spéciaux;1;120;0;0;300;4;120;3;700;2 ;total aas;37;140;0;0;350;7;140;3;800;2 sans ;opérons;27;160;1;0;400;6;160;4;900;0 ;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;1;1000;1 ;max a;12;200;1;0;500;1;200;2;1100;0 ;a doubles;10;;0;0;;8;;8;;0 ;total aas;84;;57;18;;78;;38;;72 total aas;;121;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;30;;;;;;266 ;;;variance;;19;;;;;;199 sans jaune;;;moyenne;46;;;183;;86;;240 ;;;variance;25;;;114;;59;;178 </pre> ====vha blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_blocs|vha blocs]] <pre> vha blocs;;;;;;; cds;853;cds;471;cds;103 $16s;97;$16s;56;$16s;<u>86 atc;43;atc;43;$16s;97 gca;290;gca;289;atc;43 $23s;77;$23s;108;gca;290 $5s;<u>371;$5s;91;$23s;111 $16s;97;tca;121;$5s;68 atc;43;cds;;gac;578 gca;290;;;cds; $23s;107;;;; $5s;101;;;; cds;;;;; ;;;;; cds;554;cds;83;cds;119 $16s;122;$16s;82;$16s;129 gaa;2;gaa;2;gcc;41 aaa;30;aaa;30;gaa;55 gta;310;gta;310;&cds;16 $23s;117;$23s;108;$23s;111 $5s;32;$5s;31;$5s;31 gac;68;gac;147;gac;35 tgg;546;cds;;tgg;3 cds;;;;cds; ;;;;; cds;83;cds;83;cds;557 $16s;114;$16s;122;$16s;97 gaa;2;gaa;2;atc;43 aaa;24;aaa;9;gca;35 gca;35;gca;37;&cds;-13 gta;306;gta;51;$23s;111 $23s;77;&cds;16;$5s;100 $5s;90;$23s;77;acc;57 tca;84;$5s;32;$5s;31 cds;;gac;162;gac;561 ;;cds;;cds; </pre> ====vha distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_distribution|vha distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;cgt6;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;ggc3;atc;;acc;;aac;;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;6;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;acc 5s + 1 >a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;3;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;3;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;gga 1>a + 3a;ata;;aca;5;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;3;séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2 atgj;;acg;;aag;;agg;1;(cac cca)2;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total vha;;14;;;;;14;ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;51;;;;;;51;;vha;19;;;;;;19;;vha;;;;11;;;11 </pre> ====vha1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_données_intercalaires|vha1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;vha1;fx;fc;vha1;fx40;fc40;vha1;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;3;9;0;3;9;-1;0;98;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;0;10;11;246;1;1;30;-2;0;0;156;529;4* 102;;atc;13;;acc ;1;20;16;193;2;1;40;-3;0;2;101;206;65;;atc;35;;gga ;0;30;16;96;3;2;39;-4;9;141;546;121;2* 127;;gaa;52;;tac ;0;40;29;76;4;0;17;-5;0;1;138;147;91;;gaa;**;;aca ;0;50;22;55;5;1;25;-6;1;0;145;162;134;;gcc;35;;cgg ;0;60;37;90;6;0;11;-7;0;10;284;361;tRNA 23s;;;76;;cac ;2;70;64;61;7;1;13;-8;1;37;497;194;3* 297;;gca;46;;cca ;0;80;43;62;8;2;16;-9;1;0;68;260;2* 317;;gta;64;;cac 1;0;90;46;56;9;0;31;-10;0;2;159;158;296;;gca;**;;cca ;0;100;41;55;10;3;24;-11;1;26;144;260;272;;gca;54;;cta ;2;110;40;59;11;0;21;-12;0;0;312;88;260;;gta;46;;caa ;0;120;28;67;12;0;32;-13;0;4;179;204;264;;gaa;21;;cta 1;0;130;23;55;13;1;27;-14;0;20;149;407;5s tRNA;;;18;;cta ;2;140;24;54;14;2;27;-15;2;0;763;282;2* 32;;gac;23;;atgj 1;3;150;24;51;15;0;13;-16;0;3;400;558;3* 31;;gac;70;;cta 2;2;160;28;54;16;3;9;-17;0;11;62;321;68;;gac;79;;atgj 1;0;170;20;38;17;2;18;-18;0;0;363;156;91;;tca;31;;caa ;2;180;22;45;18;1;22;-19;0;4;372;578;100;;acc;39;;cta ;2;190;18;35;19;2;11;-20;0;13;139;;tRNA 5s;;;**;;atgj 1;0;200;17;30;20;5;13;-21;1;0;233;;57;;acc;100;;tac 2;0;210;15;38;21;1;15;-22;1;1;18;;tRNA tRNA;;intra;100;;tac ;0;220;17;25;22;4;8;-23;0;5;189;;5* 43;;gca;100;;tac ;0;230;15;27;23;1;11;-24;0;0;243;;**;;atc;**;;tac ;2;240;21;26;24;3;9;-25;0;1;108;;2* 30;;gta;46;;gtc ;1;250;10;21;25;0;9;-26;0;2;292;;2;;aaa;**;;gtc 2;0;260;16;22;26;1;8;-27;0;0;233;;**;;gaa;11;;ggc ;0;270;10;16;27;2;12;-28;0;0;558;;2;;gaa;78;;tta ;0;280;14;16;28;2;8;-29;0;1;181;;9;;aaa;37;;ggc 1;1;290;12;15;29;1;7;-30;0;0;177;;37;;gca;**;;tgc ;1;300;15;17;30;1;9;-31;0;0;CDS 16s;;**;;gta;56;;atgf ;0;310;8;20;31;3;11;-32;1;5;631;554;41;;gcc;**;;ctc ;1;320;7;13;32;3;6;-33;0;0;853;492;**;;gaa;59;;cgt 1;0;330;15;9;33;3;6;-34;0;1;471;;tRNA tRNA;;contig;57;;cgt ;0;340;8;9;34;3;8;-35;0;5;451;;68;;tgg;57;;cgt ;0;350;15;7;35;1;6;-36;0;0;543;;**;;gac;57;;cgt ;0;360;7;7;36;1;8;-37;0;0;557;;35;;gac;57;;cgt 1;1;370;7;6;37;5;5;-38;1;3;16s 16s;;**;;tgg;85;;cgt ;1;380;4;7;38;5;9;-39;0;0;0;deb fin chr c;tRNA tRNA;;;29;;agc ;0;390;7;7;39;2;7;-40;0;1;5s 16s;;158;;atgf;31;;cgt ;1;400;14;4;40;3;10;-41;1;0;371;;35;;ggc;**;;agc 4;4;reste;125;146;reste;859;1325;-42;0;0;23s 5s;;35;;ggc;51;;ttc 18;29;total;934;1945;total;934;1945;-43;0;0;125;;18;;ggc;7;;aca 14;25;diagr;806;1790;diagr;72;611;-44;1;2;2* 95;;39;;atgf;43;;ttc 0;1;t30;43;535;;;;-45;0;0;135;;90;;ggc;69;;aac ;;;;;;;;-46;0;0;2* 126;;39;;atgf;10;;aca ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;3* 129;;18;;ggc;42;;ttc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;5s CDS;;39;;atgf;**;;aac ;x;931;25;3;959;;;-49;0;0;;101;18;;ggc;51;;ttc ;c;1936;402;9;2347;;;-50;2;3;;;39;;atgf;21;;aca ;;;;;3306;190;;reste;0;0;;;**;;ggc;39;;aac ;;;;;;3496;;total;25;402;;;;;;15;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;aac </pre> ====vha1 autres intercalaires aas==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vha1;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;comp;rRNA;1;1384;631;*;1384 fin;comp;CDS;2016;2795;;; deb;;CDS;104112;105239;529;*; ;comp;tRNA;105769;105845;158;*;atgf ;comp;tRNA;106004;106079;35;*;ggc ;comp;tRNA;106115;106190;35;*;ggc ;comp;tRNA;106226;106301;18;*;ggc ;comp;tRNA;106320;106396;39;*;atgf ;comp;tRNA;106436;106511;90;*;ggc ;comp;tRNA;106602;106678;39;*;atgf ;comp;tRNA;106718;106793;18;*;ggc ;comp;tRNA;106812;106888;39;*;atgf ;comp;tRNA;106928;107003;18;*;ggc ;comp;tRNA;107022;107098;39;*;atgf ;comp;tRNA;107138;107213;156;*;ggc fin;comp;CDS;107370;107915;;0; deb;;CDS;189680;190715;101;*; ;comp;rRNA;190817;190933;125;*;117 ;comp;rRNA;191059;193948;297;*;2890 ;comp;tRNA;194246;194321;43;*;gca ;comp;tRNA;194365;194441;102;*;atc ;comp;rRNA;194544;196096;371;*;1553 ;comp;rRNA;196468;196584;95;*;117 ;comp;rRNA;196680;199569;297;*;2890 ;comp;tRNA;199867;199942;43;*;gca ;comp;tRNA;199986;200062;102;*;atc ;comp;rRNA;200165;201717;853;*;1553 fin;comp;CDS;202571;204706;;; deb;comp;CDS;234302;235486;101;*; ;comp;tRNA;235588;235663;13;*;acc ;comp;tRNA;235677;235751;35;*;gga ;comp;tRNA;235787;235871;52;*;tac ;comp;tRNA;235924;235999;206;*;aca fin;;CDS;236206;237129;;0; deb;comp;CDS;241274;242467;546;*; ;comp;tRNA;243014;243090;68;*;tgg ;comp;tRNA;243159;243235;32;*;gac ;comp;rRNA;243268;243384;135;*;117 ;comp;rRNA;243520;246397;317;*;2878 ;comp;tRNA;246715;246790;30;*;gta ;comp;tRNA;246821;246896;2;*;aaa ;comp;tRNA;246899;246974;127;*;gaa ;comp;rRNA;247102;248654;554;*;1553 fin;;CDS;249209;249664;;1; deb;comp;CDS;251637;253490;57;*; ;comp;regulatory;253548;253749;184;*; fin;;CDS;253934;255043;;0; deb;;CDS;310261;311296;121;*; ;comp;tRNA;311418;311508;91;*;tca ;comp;rRNA;311600;311716;126;*;117 ;comp;rRNA;311843;314732;296;*;2890 ;comp;tRNA;315029;315104;43;*;gca ;comp;tRNA;315148;315224;65;*;atc ;comp;rRNA;315290;316842;471;*;1553 fin;comp;CDS;317314;318027;;; deb;comp;CDS;352647;354587;165;*; ;comp;regulatory;354753;354851;61;*; fin;comp;CDS;354913;355296;;; deb;;CDS;358270;359305;147;*; ;comp;tRNA;359453;359529;31;*;gac ;comp;rRNA;359561;359677;126;*;117 ;comp;rRNA;359804;362693;317;*;2890 ;comp;tRNA;363011;363086;30;*;gta ;comp;tRNA;363117;363192;2;*;aaa ;comp;tRNA;363195;363270;91;*;gaa ;comp;rRNA;363362;364914;492;*;1553 fin;;CDS;365407;365958;;0; deb;;CDS;448626;449153;451;*; ;;rRNA;449605;451157;127;*;1553 ;;tRNA;451285;451360;2;*;gaa ;;tRNA;451363;451438;9;*;aaa ;;tRNA;451448;451523;37;*;gca ;;tRNA;451561;451636;260;*;gta ;;rRNA;451897;454786;95;*;2890 ;;rRNA;454882;454998;32;*;117 ;;tRNA;455031;455107;162;*;gac fin;comp;CDS;455270;455566;;; deb;comp;CDS;467252;467665;361;*; ;;tRNA;468027;468103;35;*;cgg ;;tRNA;468139;468214;76;*;cac ;;tRNA;468291;468367;46;*;cca ;;tRNA;468414;468489;64;*;cac ;;tRNA;468554;468630;194;*;cca fin;comp;CDS;468825;469550;;0; deb;;CDS;769806;770444;32;*; ;;regulatory;770477;770626;68;*; fin;;CDS;770695;771687;;; deb;comp;CDS;835239;835550;138;*; ;comp;tRNA;835689;835764;145;*;atgi fin;comp;CDS;835910;837772;;; deb;;CDS;883125;883988;533;*; ;;ncRNA;884522;884950;176;*; fin;;CDS;885127;886077;;; deb;comp;CDS;941166;941636;439;*; ;;misc_f;942076;942195;53;*; fin;;CDS;942249;944708;;; deb;comp;CDS;1010675;1011853;13;*; ;comp;misc_f;1011867;1011988;108;*; fin;comp;CDS;1012097;1012423;;; deb;;CDS;1017131;1019704;543;*; ;;rRNA;1020248;1021800;134;*;1553 ;;tRNA;1021935;1022010;41;*;gcc ;;tRNA;1022052;1022127;264;*;gaa ;;rRNA;1022392;1025281;129;*;2890 ;;rRNA;1025411;1025527;31;*;117 ;;tRNA;1025559;1025635;35;*;gac ;;tRNA;1025671;1025747;260;*;tgg fin;comp;CDS;1026008;1026983;;0; deb;comp;CDS;1138561;1139793;183;*; ;comp;tmRNA;1139977;1140344;68;*; fin;comp;CDS;1140413;1140898;;0; deb;;CDS;1251399;1252574;158;*; ;comp;tRNA;1252733;1252817;54;*;cta ;comp;tRNA;1252872;1252946;46;*;caa ;comp;tRNA;1252993;1253077;21;*;cta ;comp;tRNA;1253099;1253183;18;*;cta ;comp;tRNA;1253202;1253278;23;*;atgj ;comp;tRNA;1253302;1253386;70;*;cta ;comp;tRNA;1253457;1253533;79;*;atgj ;comp;tRNA;1253613;1253687;31;*;caa ;comp;tRNA;1253719;1253803;39;*;cta ;comp;tRNA;1253843;1253919;284;*;atgj fin;comp;CDS;1254204;1255295;;; deb;comp;CDS;1268722;1268862;260;*; ;;tRNA;1269123;1269199;497;*;cca fin;;CDS;1269697;1270497;;0; deb;;CDS;1286065;1286571;88;*; ;comp;tRNA;1286660;1286736;68;*;agg fin;comp;CDS;1286805;1287938;;0; deb;comp;CDS;1404692;1405552;204;*; ;;tRNA;1405757;1405833;159;*;aga fin;;CDS;1405993;1407685;;; deb;;CDS;1457636;1458508;407;*; ;comp;tRNA;1458916;1459000;100;*;tac ;comp;tRNA;1459101;1459185;100;*;tac ;comp;tRNA;1459286;1459370;100;*;tac ;comp;tRNA;1459471;1459555;282;*;tac fin;;CDS;1459838;1460935;;; deb;;CDS;1470331;1472328;142;*; ;;ncRNA;1472471;1472567;143;*; fin;;CDS;1472711;1473337;;; deb;comp;CDS;1587286;1587876;116;*; ;comp;regulatory;1587993;1588082;279;*; fin;comp;CDS;1588362;1589366;;; deb;;CDS;1631304;1631753;144;*; ;;tRNA;1631898;1631985;312;*;tcc fin;;CDS;1632298;1632684;;; deb;;CDS;1842140;1843741;180;*; ;;misc_f;1843922;1844060;53;*; fin;;CDS;1844114;1845010;;; deb;;CDS;2183098;2183436;179;*; ;;tRNA;2183616;2183692;46;*;gtc ;;tRNA;2183739;2183815;149;*;gtc fin;;CDS;2183965;2185344;;; deb;comp;CDS;2484550;2484708;529;*; ;;regulatory;2485238;2485339;116;*; fin;;CDS;2485456;2486832;;; deb;comp;CDS;2763891;2766782;763;*; ;comp;tRNA;2767546;2767621;11;*;ggc ;comp;tRNA;2767633;2767719;78;*;tta ;comp;tRNA;2767798;2767873;37;*;ggc ;comp;tRNA;2767911;2767984;400;*;tgc fin;comp;CDS;2768385;2768942;;; deb;;CDS;2780030;2780155;-54;*; ;;misc_f;2780102;2780205;125;*; fin;;CDS;2780331;2781896;;; deb;;CDS;2851424;2851855;62;*; ;;tRNA;2851918;2851992;363;*;gga fin;;CDS;2852356;2852970;;0; deb;comp;CDS;2977057;2978046;-12;*; ;comp;regulatory;2978035;2978168;175;*; fin;;CDS;2978344;2979249;;0; deb;comp;CDS;2983815;2985845;558;*; ;;tRNA;2986404;2986479;372;*;aac fin;;CDS;2986852;2989149;;; deb;;CDS;3050023;3051831;139;*; ;;tRNA;3051971;3052061;321;*;tca fin;comp;CDS;3052383;3053693;;; deb;comp;CDS;3437937;3438392;233;*; ;comp;tRNA;3438626;3438702;56;*;atgf ;comp;tRNA;3438759;3438842;18;*;ctc fin;comp;CDS;3438861;3439199;;; deb;comp;CDS;3553172;3554167;189;*; ;comp;tRNA;3554357;3554433;59;*;cgt ;comp;tRNA;3554493;3554569;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554627;3554703;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554761;3554837;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554895;3554971;57;*;cgt ;comp;tRNA;3555029;3555105;85;*;cgt ;comp;tRNA;3555191;3555282;29;*;agc ;comp;tRNA;3555312;3555388;31;*;cgt ;comp;tRNA;3555420;3555511;243;*;agc fin;comp;CDS;3555755;3555952;;; deb;;CDS;3603439;3603747;8;*; ;;ncRNA;3603756;3603940;5;*; fin;;CDS;3603946;3604539;;; deb;;CDS;3639165;3640295;108;*; ;;tRNA;3640404;3640479;51;*;ttc ;;tRNA;3640531;3640606;7;*;aca ;;tRNA;3640614;3640689;43;*;ttc ;;tRNA;3640733;3640808;69;*;aac ;;tRNA;3640878;3640953;10;*;aca ;;tRNA;3640964;3641039;42;*;ttc ;;tRNA;3641082;3641158;292;*;aac deb;;CDS;3641451;3643076;233;*; ;;tRNA;3643310;3643385;51;*;ttc ;;tRNA;3643437;3643512;21;*;aca ;;tRNA;3643534;3643609;39;*;aac ;;tRNA;3643649;3643724;15;*;aca ;;tRNA;3643740;3643815;156;*;aac deb;comp;CDS;3643972;3645408;558;*; ;comp;tRNA;3645967;3646043;31;*;gac ;comp;rRNA;3646075;3646191;57;*;117 ;comp;tRNA;3646249;3646324;100;*;acc ;comp;rRNA;3646425;3646541;129;*;117 ;comp;rRNA;3646671;3649560;272;*;2890 ;comp;tRNA;3649833;3649908;43;*;gca ;comp;tRNA;3649952;3650028;102;*;atc ;comp;rRNA;3650131;3651683;557;*;1553 fin;comp;CDS;3652241;3653491;;; deb;comp;CDS;3663006;3663598;181;*; ;comp;tRNA;3663780;3663864;177;*;ttg fin;comp;CDS;3664042;3664707;;0; deb;;CDS;3758223;3759258;578;*; ;comp;tRNA;3759837;3759913;68;*;gac ;comp;rRNA;3759982;3760098;129;*;117 ;comp;rRNA;3760228;3763117;297;*;2890 ;comp;tRNA;3763415;3763490;43;*;gca ;comp;tRNA;3763534;3763610;102;*;atc ;comp;rRNA;3763713;3765265;0;*;1553 autres intercalaires;;vha1;;;;; ;;;;;;; ;;;;;;; ;;;;;;; ;;;;;;; ;comp;rRNA;1;1384;631;*;1384 fin;comp;CDS;2016;2795;;; deb;;CDS;104112;105239;529;*; ;comp;tRNA;105769;105845;158;*;atgf ;comp;tRNA;106004;106079;35;*;ggc ;comp;tRNA;106115;106190;35;*;ggc ;comp;tRNA;106226;106301;18;*;ggc ;comp;tRNA;106320;106396;39;*;atgf ;comp;tRNA;106436;106511;90;*;ggc ;comp;tRNA;106602;106678;39;*;atgf ;comp;tRNA;106718;106793;18;*;ggc ;comp;tRNA;106812;106888;39;*;atgf ;comp;tRNA;106928;107003;18;*;ggc ;comp;tRNA;107022;107098;39;*;atgf ;comp;tRNA;107138;107213;156;*;ggc fin;comp;CDS;107370;107915;;0; deb;;CDS;189680;190715;101;*; ;comp;rRNA;190817;190933;125;*;117 ;comp;rRNA;191059;193948;297;*;2890 ;comp;tRNA;194246;194321;43;*;gca ;comp;tRNA;194365;194441;102;*;atc ;comp;rRNA;194544;196096;371;*;1553 ;comp;rRNA;196468;196584;95;*;117 ;comp;rRNA;196680;199569;297;*;2890 ;comp;tRNA;199867;199942;43;*;gca ;comp;tRNA;199986;200062;102;*;atc ;comp;rRNA;200165;201717;853;*;1553 fin;comp;CDS;202571;204706;;; deb;comp;CDS;234302;235486;101;*; ;comp;tRNA;235588;235663;13;*;acc ;comp;tRNA;235677;235751;35;*;gga ;comp;tRNA;235787;235871;52;*;tac ;comp;tRNA;235924;235999;206;*;aca fin;;CDS;236206;237129;;0; deb;comp;CDS;241274;242467;546;*; ;comp;tRNA;243014;243090;68;*;tgg ;comp;tRNA;243159;243235;32;*;gac ;comp;rRNA;243268;243384;135;*;117 ;comp;rRNA;243520;246397;317;*;2878 ;comp;tRNA;246715;246790;30;*;gta ;comp;tRNA;246821;246896;2;*;aaa ;comp;tRNA;246899;246974;127;*;gaa ;comp;rRNA;247102;248654;554;*;1553 </pre> ====vha2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_données_intercalaires|vha2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;vha2;fx;fc;vha2;fx40;fc40;vha2;x-;c-;c;x;c;x;aa ;1;0;1;16;0;1;16;-1;0;62;412;329;16s tRNA;; ;0;10;14;120;1;0;14;-2;2;0;244;386;123;;gaa ;0;20;14;97;2;2;14;-3;0;0;302;325;tRNA 23s;; ;1;30;14;53;3;0;13;-4;3;77;245;272;313;;gta ;0;40;15;19;4;1;13;-5;0;1;317;337;5s tRNA;; ;0;50;15;35;5;2;6;-6;2;0;366;;90;;tca ;0;60;25;50;6;1;5;-7;0;4;-36;;tRNA tRNA;;intra ;1;70;33;42;7;2;2;-8;0;22;29;;35;;gta ;0;80;38;39;8;1;11;-9;1;0;62;;24;;gca ;1;90;31;35;9;2;27;-10;0;2;84;;2;;aaa ;0;100;31;34;10;3;15;-11;4;17;CDS 16s;;**;;gaa ;0;110;26;25;11;1;18;-12;0;0;448;;tRNA tRNA;; ;0;120;31;48;12;2;25;-13;0;2;23s 5s;;97;;tta ;0;130;20;32;13;0;7;-14;0;11;95;;5;;ggc ;0;140;20;30;14;2;12;-15;1;0;;;**;;tgc ;0;150;21;24;15;1;8;-16;0;1;;;53;;tta ;0;160;12;21;16;0;7;-17;0;8;;;181;;tgc ;0;170;13;23;17;2;4;-18;0;0;;;**;;tgc ;0;180;13;21;18;0;6;-19;0;1;;;;; ;0;190;14;15;19;4;7;-20;1;1;;;;; ;0;200;13;11;20;2;3;-21;0;0;;;;; ;0;210;11;20;21;1;9;-22;0;0;;;;; ;0;220;12;20;22;2;10;-23;0;2;;;;; ;0;230;11;15;23;3;5;-24;0;0;;;;; ;0;240;15;14;24;1;3;-25;0;0;;;;; ;2;250;9;9;25;1;2;-26;0;3;;;;; ;0;260;11;12;26;2;9;-27;0;0;;;;; ;0;270;9;17;27;1;3;-28;0;0;;;;; 1;0;280;8;10;28;0;4;-29;1;2;;;;; ;0;290;13;13;29;3;4;-30;0;0;;;;; ;0;300;6;13;30;0;4;-31;1;1;;;;; ;1;310;14;7;31;0;3;-32;3;1;;;;; ;1;320;6;5;32;2;6;-33;0;0;;;;; 2;0;330;7;6;33;3;2;-34;0;1;;;;; 1;0;340;7;7;34;2;1;-35;0;4;;;;; ;0;350;7;5;35;3;2;-36;0;0;;;;; ;0;360;4;4;36;1;1;-37;0;0;;;;; ;1;370;9;5;37;2;1;-38;0;1;;;;; ;0;380;10;7;38;0;1;-39;1;0;;;;; 1;0;390;5;4;39;1;1;-40;0;0;;;;; ;0;400;5;8;40;1;1;-41;0;0;;;;; ;1;reste;96;84;reste;631;770;-42;0;0;;;;; 5;10;total;689;1075;total;689;1075;-43;0;0;;;;; 5;8;diagr;592;975;diagr;57;289;-44;0;0;;;;; 0;1;t30;42;270;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;;;;; ;x;688;25;1;714;;;-49;0;0;;;;; ;c;1059;227;16;1302;;;-50;3;3;;;;; ;;;;;2016;33;;reste;0;0;;;;; ;;;;;;2049;;total;25;227;;;;; </pre> =====vha2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_autres_intercalaires_aas|vha2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vha2;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;545001;545657;173;*; ;comp;regulatory;545831;545971;122;*; fin;comp;CDS;546094;546711;;; deb;comp;CDS;673809;674132;412;*; ;comp;tRNA;674545;674635;329;*;tca fin;;CDS;674965;675645;;; deb;;CDS;881183;882640;244;*; ;;tRNA;882885;882958;302;*;tgc fin;;CDS;883261;883725;;; deb;;CDS;884955;886649;245;*; ;;tRNA;886895;886981;97;*;tta ;;tRNA;887079;887154;5;*;ggc ;;tRNA;887160;887233;317;*;tgc fin;;CDS;887551;889074;;; deb;comp;CDS;889540;890328;386;*; ;;tRNA;890715;890801;53;*;tta ;;tRNA;890855;890928;181;*;tgc ;;tRNA;891110;891183;366;*;tgc fin;;CDS;891550;891992;;; deb;comp;CDS;1335216;1335734;325;*; ;;tRNA;1336060;1336134;272;*;gga fin;comp;CDS;1336407;1337222;;; deb;;CDS;1582077;1582217;305;*; ;;regulatory;1582523;1582622;100;*; fin;;CDS;1582723;1583730;;; deb;;CDS;1842556;1842741;-36;*; ;;tRNA;1842706;1842789;29;*;ctc fin;;CDS;1842819;1843430;;0; deb;;CDS;1921130;1921561;62;*; ;;tRNA;1921624;1921698;337;*;gga fin;comp;CDS;1922036;1922209;;; deb;comp;CDS;1937870;1939129;84;*; ;comp;tRNA;1939214;1939304;90;*;tca ;comp;rRNA;1939395;1939511;95;*;117 ;comp;rRNA;1939607;1942496;313;*;2890 ;comp;tRNA;1942810;1942885;35;*;gta ;comp;tRNA;1942921;1942996;24;*;gca ;comp;tRNA;1943021;1943096;2;*;aaa ;comp;tRNA;1943099;1943174;123;*;gaa ;comp;rRNA;1943298;1944850;468;*;1553 fin;comp;CDS;1945319;1945843;;0; deb;comp;CDS;1948023;1949408;356;*; ;;regulatory;1949765;1949875;108;*; fin;;CDS;1949984;1950871;;; </pre> ===Aeromonas media WS=== ====amed opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed opérons]] <pre> 61.2%GC;25.7.19 Paris;16s ;126;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd Aeromonas media WS;;;;;;;;;; ;6590..7159;;CDS;;3;;;;190; ;;;;;;;;;; comp;7163..8359;;CDS;;512;*512;;;399; ;8872..10421;;16s;;66;;;;; ;10488..10564;;atc;;10;;;10;; ;10575..10650;;gca;;231;;;;; ;10882..13800;;23s;;98;;;;; ;13899..14013;;5s;;386;*386;;;;*386 ;14400..14717;;CDS;;102422;;;;106; ;;;;;;;;;; ;117140..117850;;CDS;;47;47;;;237;47 ;117898..117973;;ttc;;52;;52;;; ;118026..118101;;aca;;3;;3;;; ;118105..118180;;ttc;;45;;45;;; ;118226..118301;;aac;;252;252;;;; ;118554..119573;;CDS;;50489;;;;340; ;;;;;;;;;; comp;170063..170329;;CDS;;103;103;;;89;103 comp;170433..170518;;ctg;+;71;;71;;; comp;170590..170675;;ctg;5 ctg;46;;46;;; comp;170722..170807;;ctg;;46;;46;;; comp;170854..170939;;ctg;;51;;51;;; comp;170991..171076;;ctg;;116;116;;;; comp;171193..172653;;CDS;;146173;;;;487; ;;;;;;;;;; ;318827..320692;;CDS;;190;190;;;622;190 ;320883..320959;;atgi;;244;244;;;; comp;321204..323780;;CDS;;62601;;;;*859; ;;;;;;;;;; ;386382..386732;;CDS;;514;*514;;;117; ;387247..388802;;16s;;268;;;;; ;389071..389146;;gaa;;245;;;;; ;389392..392312;;23s;;104;;;;; ;392417..392531;;5s;;268;268;;;;268 comp;392800..394413;;CDS;;81847;;;;538; ;;;;;;;;;; ;476261..476482;;CDS;;64;64;;;74;64 comp;476547..476622;;aac;;5;;5;;; comp;476628..476703;;ttc;;622;*622;;;; ;477326..477547;;CDS;;22721;;;;*74; ;;;;;;;;;; ;500269..500814;;CDS;;177;177;;;182;177 ;500992..501067;;ggc;+;24;;24;;; ;501092..501167;;ggc;6 ggc;29;;29;;; ;501197..501272;;ggc;;38;;38;;; ;501311..501386;;ggc;;25;;25;;; ;501412..501487;;ggc;;23;;23;;; ;501511..501586;;ggc;;363;*363;;;; comp;501950..502159;;CDS;;4810;;;;70; ;;;;;;;;;; ;506970..507110;;CDS;;236;236;;;47;236 ;507347..507422;;gcc;+;28;;28;;; ;507451..507526;;gcc;5 gcc;66;;66;;; ;507593..507668;;gcc;;58;;58;;; ;507727..507802;;gcc;;40;;40;;; ;507843..507918;;gcc;;471;*471;;;; ;508390..508473;;riboswitch;@1;134002;;;;28; ;;;;;;;;;; ;642476..642802;;CDS;;9;9;;;109;9 ;642812..642896;;ctc;;91;;91;;; ;642988..643064;;atgf;;166;166;;;; ;643231..643689;;CDS;;128528;;;;153; ;;;;;;;;;; ;772218..774050;;CDS;;195;195;;;611;195 comp;774246..774329;;cta;+;8;;8;;; comp;774338..774414;;atg;3 atg;38;;38;;; comp;774453..774527;;caa;4 caa;47;;47;;; comp;774575..774649;;caa;;17;;17;;; comp;774667..774743;;atg;;35;;35;;; comp;774779..774853;;caa;;47;;47;;; comp;774901..774975;;caa;;13;;13;;; comp;774989..775065;;atg;;235;235;;;; comp;775301..776392;;CDS;;3148;;;;364; ;;;;;;;;;; comp;779541..780557;;CDS;;104;104;;;339;104 comp;780662..780736;;caa;;-21;*-21;;;;*-21 comp;780716..781612;;CDS;;373301;;;;299; ;;;;;;;;;; comp;1154914..1155384;;CDS;;131;131;;;157;131 comp;1155516..1155592;;ccc;;226;226;;;; comp;1155819..1157162;;CDS;;67691;;;;448; ;;;;;;;;;; comp;1224854..1226290;;CDS;;301;301;;;479; comp;1226592..1226667;;aac;;2;;2;;; comp;1226670..1226744;;gga;;164;164;;;;164 comp;1226909..1227181;;CDS;;13604;;;;91; ;;;;;;;;;; comp;1240786..1241733;;CDS;;350;*350;;;316; comp;1242084..1242156;;aac;+;2;;2;;; comp;1242159..1242234;;aac;2 aac;49;49;;;;49 ;1242284..1242496;;CDS;;294;;;;71; ;;;;;;;;;; ;1242791..1244527;;CDS;;181;181;;;579;181 ;1244709..1244796;;tcc;;407;*407;;;; ;1245204..1246064;;CDS;;161293;;;;287; ;;;;;;;;;; comp;1407358..1408338;;CDS;;410;*410;;;327; comp;1408749..1408836;;tcc;;177;177;;;;177 comp;1409014..1409631;;CDS;;34595;;;;206; ;;;;;;;;;; ;1444227..1444688;;CDS;;146;146;;;154; ;1444835..1444922;;tcc;;127;127;;;;127 ;1445050..1446834;;CDS;;14349;;;;595; ;;;;;;;;;; comp;1461184..1462401;;CDS;;163;163;;;406;163 comp;1462565..1462640;;cac;;124;;124;;; comp;1462765..1462838;;aga;;240;240;;;; comp;1463079..1464389;;CDS;;61984;;;;437; ;;;;;;;;;; comp;1526374..1527606;;CDS;;151;151;;;411;151 comp;1527758..1527833;;cac;;123;;123;;; comp;1527957..1528033;;aga;;36;;36;;; comp;1528070..1528146;;cca;;203;203;;;; ;1528350..1529207;;CDS;;60230;;;;286; ;;;;;;;;;; ;1589438..1589644;;CDS;;138;138;;;69; comp;1589783..1589858;;aac;;132;132;;;;132 ;1589991..1592003;;CDS;;57434;;;;671; ;;;;;;;;;; ;1649438..1651867;;CDS;;104;104;;;*810;104 comp;1651972..1652048;;gtc;+;36;;36;;; comp;1652085..1652161;;gtc;5 gtc;26;;26;;; comp;1652188..1652264;;gtc;;15;;15;;; comp;1652280..1652356;;gtc;;11;;11;;; comp;1652368..1652444;;gtc;;170;170;;;; comp;1652615..1653994;;CDS;;277443;;;;460; ;;;;;;;;;; comp;1931438..1932934;;CDS;;145;145;;;499;145 comp;1933080..1933156;;atgf;+;110;;110;;; comp;1933267..1933343;;atgf;9 atgf;102;;102;;; comp;1933446..1933522;;atgf;@2;101;;101;;; comp;1933624..1933700;;atgf;;101;;101;;; comp;1933802..1933877;;atgf;;103;;103;;; comp;1933981..1934057;;atgf;;102;;102;;; comp;1934160..1934236;;atgf;;102;;102;;; comp;1934339..1934415;;atgf;;92;;92;;; comp;1934508..1934584;;atgf;;268;268;;;; comp;1934853..1935572;;CDS;;490897;;;;240; ;;;;;;;;;; comp;2426470..2427675;;CDS;;350;350;;;402; comp;2428026..2428112;;tta;;40;;40;;; comp;2428153..2428226;;tgc;;35;;35;;; comp;2428262..2428337;;ggc;;181;181;;;;181 comp;2428519..2429073;;CDS;;117921;;;;185; ;;;;;;;;;; comp;2546995..2547534;;CDS;;271;271;;;180;271 ;2547806..2547882;;ccc;;1103;*1103;;;; ;2548986..2550593;;CDS;;107760;;;;*536; ;;;;;;;;;; ;2658354..2659094;;CDS;;87;87;;;247;87 ;2659182..2659257;;acg;;108;108;;;; < comp;2659366..2659705;;CDS;;198821;;;;113; ;;;;;;;;;; comp;2858527..2859036;;CDS;;126;126;;;170; ;2859163..2859247;;tac;+;30;;30;;; ;2859278..2859362;;tac;2 tac;121;121;;;;121 comp;2859484..2863335;;CDS;;115303;;;;*1284; ;;;;;;;;;; ;2978639..2979358;;CDS;;119;119;;;240;119 comp;2979478..2979552;;gga;;104;;104;;; comp;2979657..2979730;;ggg;;201;201;;;; ;2979932..2981701;;CDS;;41492;;;;590; ;;;;;;;;;; ;3023194..3023487;;CDS;;75;75;;;98;75 comp;3023563..3023636;;tgc;;57;;57;;; comp;3023694..3023769;;ggc;;248;248;;;; ;3024018..3027455;;CDS;;17375;;;;*1146; ;;;;;;;;;; ;3044831..3045361;;CDS;;133;133;;;177;133 comp;3045495..3045584;;tcg;;380;*380;;;; ;3045965..3046882;;CDS;;221147;;;;306; ;;;;;;;;;; comp;3268030..3268398;;CDS;;318;318;;;123; comp;3268717..3268804;;tca;;198;198;;;;198 ;3269003..3269752;;CDS;;20717;;;;250; ;;;;;;;;;; ;3290470..3291624;;CDS;;50;50;;;385;50 ;3291675..3291751;;agg;;126;126;;;; comp;3291878..3292804;;CDS;;41865;;;;309; ;;;;;;;;;; ;3334670..3335758;;CDS;;230;230;;;363; ;3335989..3336073;;tac;+;32;;32;;; ;3336106..3336190;;tac;3 tac;45;;45;;; ;3336236..3336320;;tac;;135;135;;;;135 ;3336456..3336731;;CDS;;169091;;;;92; ;;;;;;;;;; comp;3505823..3506272;;CDS;;275;275;;;150;275 comp;3506548..3506662;;5s;;101;;;;; comp;3506764..3509682;;23s;;229;;;;; comp;3509912..3509987;;gaa;;218;;;;; comp;3510206..3511760;;16s;;592;*592;;;; ;3512353..3515220;;CDS;;161083;;;;*956; ;;;;;;;;;; comp;3676304..3677323;;CDS;;113;113;;;340; comp;3677437..3677521;;ttg;;49;49;;;;49 ;3677571..3678182;;CDS;;9862;;;;204; ;;;;;;;;;; ;3688045..3688872;;CDS;;369;*369;;;276; comp;3689242..3689318;;cgt;+;25;;25;;; comp;3689344..3689420;;cgt;5 cgt;25;;25;;; comp;3689446..3689522;;cgt;;26;;26;;; comp;3689549..3689625;;cgt;;98;;98;;; comp;3689724..3689800;;cgt;;4;;4;;; comp;3689805..3689897;;agc;;213;213;;;;213 comp;3690111..3690299;;CDS;;196546;;;;63; ;;;;;;;;;; ;3886846..3887601;;CDS;;302;302;;;252;302 comp;3887904..3887980;;gac;;98;;;;; comp;3888079..3888193;;5s;;105;;;;; comp;3888299..3891217;;23s;;231;;;;; comp;3891449..3891524;;gca;;10;;;10;; comp;3891535..3891611;;atc;;66;;;;; comp;3891678..3893232;;16s;;420;*420;;;; comp;3893653..3894195;;CDS;;18750;;;;181; ;;;;;;;;;; comp;3912946..3913317;;CDS;;60;60;;;124; comp;3913378..3913454;;tgg;;52;52;;;;52 comp;3913507..3914691;;CDS;@3;171;171;;;395;171 comp;3914863..3914937;;gga;;38;;38;;; comp;3914976..3915060;;tac;;263;263;;;; ;3915324..3916262;;CDS;;45900;;;;313; ;;;;;;;;;; comp;3962163..3963533;;CDS;;306;306;;;457; comp;3963840..3963916;;tgg;;202;202;;;;202 ;3964119..3964703;;CDS;;59641;;;;195; ;;;;;;;;;; comp;4024345..4026816;;CDS;;658;*658;;;*824; comp;4027475..4027551;;ccg;;140;140;;;;140 comp;4027692..4028417;;CDS;;80995;;;;242; ;;;;;;;;;; ;4109413..4111986;;CDS;;99;99;;;*858; comp;4112086..4112200;;5s;;101;;;;; comp;4112302..4115220;;23s;;231;;;;; comp;4115452..4115527;;gaa;;192;;;;; comp;4115720..4117273;;16s;;94;94;;;;94 comp;4117368..4117547;;CDS;;32227;;;;60; ;;;;;;;;;; comp;4149775..4150248;;CDS;;204;204;;;158;204 comp;4150453..4150529;;cca;;58;;58;;; comp;4150588..4150673;;ctg;;20;;20;;; comp;4150694..4150769;;cac;;49;;49;;; comp;4150819..4150895;;cgg;;258;258;;;; ;4151154..4151744;;CDS;;74862;;;;197; ;;;;;;;;;; ;4226607..4227725;;CDS;;428;*428;;;373; ;4228154..4229708;;16s;;192;;;;; ;4229901..4229976;;gaa;;229;;;;; ;4230206..4233124;;23s;;104;;;;; ;4233229..4233343;;5s;;106;;;;; ;4233450..4233525;;acc;;23;;;;; ;4233549..4233663;;5s;;164;164;;;;164 ;4233828..4234793;;CDS;;119351;;;;322; ;;;;;;;;;; comp;4354145..4355686;;CDS;;622;*622;;;*514; ;4356309..4357863;;16s;;268;;;;; ;4358132..4358207;;gaa;;230;;;;; ;4358438..4361364;;23s;;102;;;;; ;4361467..4361581;;5s;;106;;;;; ;4361688..4361763;;acc;;233;233;;;;233 ;4361997..4363241;;CDS;;71363;;;;415; ;;;;;;;;;; ;4434605..4435198;;CDS;;465;*465;;;198; ;4435664..4437217;;16s;;219;;;;; ;4437437..4437512;;gaa;;229;;;;; ;4437742..4440657;;23s;;103;;;;; ;4440761..4440875;;5s;;98;;;;; ;4440974..4441050;;gac;;167;167;;;;167 ;4441218..4442054;;CDS;;39919;;;;279; ;;;;;;;;;; comp;4481974..4482513;;CDS;;477;*477;;;180; ;4482991..4484545;;16s;;513;;;;; ;4485059..4485549;;23s°;;37;;;;; comp;4485587..4486115;;23s°;;229;;;;; comp;4486345..4486419;;gaa;;218;;;;; comp;4486638..4488193;;16s;;94;94;;;;94 comp;4488288..4488509;;CDS;;72132;;;;74; ;;;;;;;;;; comp;4560642..4561676;;CDS;;192;192;;;345; comp;4561869..4561944;;gta;+;18;;18;;; comp;4561963..4562038;;aaa;7 gta;34;;34;;; comp;4562073..4562148;;gta;5 aaa;18;;18;;; comp;4562167..4562242;;aaa;2 aag;23;;23;;; comp;4562266..4562341;;gta;;18;;18;;; comp;4562360..4562435;;aaa;;23;;23;;; comp;4562459..4562534;;gta;;18;;18;;; comp;4562553..4562628;;aaa;;34;;34;;; comp;4562663..4562738;;gta;;22;;22;;; comp;4562761..4562836;;aag;;46;;46;;; comp;4562883..4562958;;gta;;22;;22;;; comp;4562981..4563056;;aag;;46;;46;;; comp;4563103..4563178;;gta;;32;;32;;; comp;4563211..4563286;;aaa;;174;174;;;;174 comp;4563461..4564276;;CDS;;70895;;;;272; ;;;;;;;;;; comp;4635172..4636173;;CDS;;275;275;;;334;275 comp;4636449..4636525;;gac;;95;;;;; comp;4636621..4636735;;5s;;101;;;;; comp;4636837..4639756;;23s;;231;;;;; comp;4639988..4640063;;gca;;10;;;10;; comp;4640074..4640150;;atc;;66;;;;; comp;4640217..4641771;;16s;;512;*512;;;; ;4642284..4643480;;CDS;;3;;;;399; ;;;;;;;;;; comp;4643484..4644053;;CDS;;;;;;190; </pre> ====amed cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_cumuls|amed cumuls]] <pre> amed cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;0;-;1;1;40;1;100;14 ;16 gaa 23 5s ;6;20;15;;50;5;60;5;200;21 ;16 atc gca;3;40;27;;100;8;80;2;300;15 ;16 23 5s ;0;60;14;;150;19;100;3;400;18 ;max a;3;80;2;;200;17;120;4;500;11 ;a doubles;0;100;3;;250;13;140;7;600;6 ;spéciaux;1;120;8;;300;8;160;2;700;3 ;total aas;18;140;2;;350;6;180;8;800;0 sans ;opérons;38;160;0;;400;4;200;5;900;4 ;1 aa;16;180;0;;450;4;220;3;1000;1 ;max a;14;200;0;;500;3;240;2;1100;0 ;a doubles;12;;0;;;8;;6;;2 ;total aas;109;;71;0;;96;;48;;95 total aas;;127;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;49;;;;;156;; ;;;variance;34;;;;;77;; sans jaune;;;moyenne;;;;214;;;;274 ;;;variance;;;;122;;;;157 </pre> ====amed blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_blocs|amed blocs]] <pre> amed blocs;;;;; cds;512;cds;302;cds;275 16s;66;gac;98;gac;95 atc;10;5s;105;5s;101 gca;231;23s;231;23s;231 23s;98;gca;10;gca;10 5s;386;atc;66;atc;66 ;;16s;420;16s;512 ;;;;; cds;514;275;99;; 16s;268;101;101;; gaa;245;229;231;; 23s;104;218;192;; 5s;268;592;94;; ;;;;; cds;428;CDS;622;cds;465 16s;192;16s;268;16s;219 gaa;229;gaa;230;gaa;229 23s;104;23s;102;23s;103 5s;106;5s;106;5s;98 acc;23;acc;233;gac;167 5s;164;;;; </pre> ====amed distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_distribution|amed distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;9;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;3;tac;;tgc;;tac3+2;ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;2;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;aac2;atc;;acc;;aac;3;agc;1;aac2;atc;;acc;;aac;2;agc;;aac2;atc;;acc;2;aac;;agc; ctc;;ccc;2;cac;;cgt;;caa2+2;ctc;1;ccc;;cac;3;cgt;;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;atgf9;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;atgf9;gtc;5;gcc;5;gac;;ggc;6;atgf9;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;cgt5;tta;1;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;1;aaa;5;aga;2;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;;gaa;;gga;3;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;séquences;atgj;3;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;(atgj caa2)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total amed;;16;;;;;16;;amed;47;;;;;;47;;amed;46;;;;;;46;;amed;;;;5;;;5 </pre> ====amed autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_autres_intercalaires|amed autres intercalaires]] <pre> autres intercalaires;;amed;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7163;8359;516;*; ;;rRNA;8876;10415;72;*;1540 ;;tRNA;10488;10564;10;*;atc ;;tRNA;10575;10650;238;*;gca ;;rRNA;10889;13778;120;*;2890 ;;rRNA;13899;14013;386;*;115 fin;;CDS;14400;14717;;; deb;;CDS;45743;46576;187;*; ;;ncRNA;46764;47150;46;*; fin;;CDS;47197;48777;;0; deb;;CDS;117188;117850;47;*; ;;tRNA;117898;117973;52;*;ttc ;;tRNA;118026;118101;3;*;aca ;;tRNA;118105;118180;45;*;ttc ;;tRNA;118226;118301;252;*;aac fin;;CDS;118554;119573;;; deb;comp;CDS;170063;170329;103;*; ;comp;tRNA;170433;170518;71;*;ctg ;comp;tRNA;170590;170675;46;*;ctg ;comp;tRNA;170722;170807;46;*;ctg ;comp;tRNA;170854;170939;51;*;ctg ;comp;tRNA;170991;171076;116;*;ctg fin;comp;CDS;171193;172653;;; deb;;CDS;318836;320692;190;*; ;;tRNA;320883;320959;244;*;atgi fin;comp;CDS;321204;323780;;; deb;;CDS;386382;386732;518;*; ;;rRNA;387251;388796;274;*;1546 ;;tRNA;389071;389146;252;*;gaa ;;rRNA;389399;392290;126;*;2892 ;;rRNA;392417;392531;268;*;115 fin;comp;CDS;392800;394413;;0; deb;;CDS;476261;476482;64;*; ;comp;tRNA;476547;476622;5;*;aac ;comp;tRNA;476628;476703;881;*;ttc fin;comp;CDS;477585;478565;;; deb;;CDS;500269;500814;177;*; ;;tRNA;500992;501067;24;*;ggc ;;tRNA;501092;501167;29;*;ggc ;;tRNA;501197;501272;38;*;ggc ;;tRNA;501311;501386;25;*;ggc ;;tRNA;501412;501487;23;*;ggc ;;tRNA;501511;501586;363;*;ggc fin;comp;CDS;501950;502159;;; deb;;CDS;505552;507110;236;*; ;;tRNA;507347;507422;28;*;gcc ;;tRNA;507451;507526;66;*;gcc ;;tRNA;507593;507668;58;*;gcc ;;tRNA;507727;507802;40;*;gcc ;;tRNA;507843;507918;471;*;gcc ;;regulatory;508390;508473;148;*; fin;;CDS;508622;511627;;0; deb;;CDS;642476;642802;9;*; ;;tRNA;642812;642896;91;*;ctc ;;tRNA;642988;643064;166;*;atgf fin;;CDS;643231;643689;;; deb;;CDS;772218;774050;195;*; ;comp;tRNA;774246;774329;8;*;cta ;comp;tRNA;774338;774414;38;*;atgj ;comp;tRNA;774453;774527;47;*;caa ;comp;tRNA;774575;774649;17;*;caa ;comp;tRNA;774667;774743;35;*;atgj ;comp;tRNA;774779;774853;47;*;caa ;comp;tRNA;774901;774975;13;*;caa ;comp;tRNA;774989;775065;235;*;atgj fin;comp;CDS;775301;776392;;; deb;comp;CDS;779541;780488;173;*; ;comp;tRNA;780662;780736;-21;*;caa fin;comp;CDS;780716;781630;;; deb;comp;CDS;1154914;1155384;131;*; ;comp;tRNA;1155516;1155592;226;*;ccc fin;comp;CDS;1155819;1157162;;0; deb;comp;CDS;1224854;1226290;301;*; ;comp;tRNA;1226592;1226667;2;*;aac ;comp;tRNA;1226670;1226744;460;*;gga fin;comp;CDS;1227205;1228818;;; deb;comp;CDS;1240786;1241733;425;*; ;comp;tRNA;1242159;1242234;556;*;aac deb;;CDS;1242791;1244527;181;*; ;;tRNA;1244709;1244796;83;*;tcc fin;;CDS;1244880;1246145;;0; deb;comp;CDS;1407358;1408665;83;*; ;comp;tRNA;1408749;1408836;177;*;tcc fin;comp;CDS;1409014;1409631;;; deb;;CDS;1444233;1444688;146;*; ;;tRNA;1444835;1444922;127;*;tcc fin;;CDS;1445050;1446834;;; deb;comp;CDS;1461184;1462401;163;*; ;comp;tRNA;1462565;1462640;438;*;cac fin;comp;CDS;1463079;1464389;;; deb;comp;CDS;1526374;1527606;151;*; ;comp;tRNA;1527758;1527833;123;*;cac ;comp;tRNA;1527957;1528033;36;*;aga ;comp;tRNA;1528070;1528146;203;*;cca fin;;CDS;1528350;1529207;;0; deb;comp;CDS;1587325;1589010;772;*; ;comp;tRNA;1589783;1589858;132;*;aac fin;;CDS;1589991;1592003;;; deb;;CDS;1649438;1651867;104;*; ;comp;tRNA;1651972;1652048;36;*;gtc ;comp;tRNA;1652085;1652161;26;*;gtc ;comp;tRNA;1652188;1652264;15;*;gtc ;comp;tRNA;1652280;1652356;11;*;gtc ;comp;tRNA;1652368;1652444;170;*;gtc fin;comp;CDS;1652615;1653994;;; deb;comp;CDS;1734629;1735525;28;*; ;comp;misc_f;1735554;1735678;185;*; fin;;CDS;1735864;1736109;;; deb;comp;CDS;1931438;1932934;145;*; ;comp;tRNA;1933080;1933156;110;*;atgf ;comp;tRNA;1933267;1933343;102;*;atgf ;comp;tRNA;1933446;1933522;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933624;1933700;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933802;1933877;103;*;atgf ;comp;tRNA;1933981;1934057;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934160;1934236;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934339;1934415;92;*;atgf ;comp;tRNA;1934508;1934584;268;*;atgf fin;comp;CDS;1934853;1935572;;; deb;;CDS;1977322;1978332;353;*; ;comp;ncRNA;1978686;1978779;94;*; fin;;CDS;1978874;1979143;;0; deb;comp;CDS;1980394;1981206;97;*; ;comp;ncRNA;1981304;1981397;269;*; fin;;CDS;1981667;1981849;;0; deb;comp;CDS;1997119;1998258;85;*; ;comp;ncRNA;1998344;1998440;102;*; fin;comp;CDS;1998543;1999331;;; deb;;CDS;2154455;2154631;277;*; ;;ncRNA;2154909;2155037;-9;*; fin;comp;CDS;2155029;2155319;;0; deb;;CDS;2234810;2235142;16;*; ;;ncRNA;2235159;2235341;133;*; fin;comp;CDS;2235475;2236674;;; deb;comp;CDS;2426470;2427675;350;*; ;comp;tRNA;2428026;2428112;40;*;tta ;comp;tRNA;2428153;2428226;35;*;tgc ;comp;tRNA;2428262;2428337;181;*;ggc fin;comp;CDS;2428519;2429073;;; deb;comp;CDS;2546995;2547534;271;*; ;;tRNA;2547806;2547882;259;*;ccc fin;;CDS;2548142;2548282;;; deb;;CDS;2658354;2659094;87;*; ;;tRNA;2659182;2659257;114;*;acg fin;;CDS;2659372;2659665;;0; deb;comp;CDS;2827175;2828170;-13;*; ;comp;regulatory;2828158;2828297;79;*; fin;;CDS;2828377;2830089;;; deb;comp;CDS;2858527;2859036;126;*; ;;tRNA;2859163;2859247;30;*;tac ;;tRNA;2859278;2859362;121;*;tac fin;comp;CDS;2859484;2863335;;; deb;;CDS;2953473;2953961;121;*; ;;tmRNA;2954083;2954442;177;*; fin;;CDS;2954620;2955903;;; deb;;CDS;2978639;2979358;119;*; ;comp;tRNA;2979478;2979552;104;*;gga ;comp;tRNA;2979657;2979730;201;*;ggg fin;;CDS;2979932;2981701;;; deb;;CDS;3023194;3023487;75;*; ;comp;tRNA;3023563;3023636;57;*;tgc ;comp;tRNA;3023694;3023769;248;*;ggc fin;;CDS;3024018;3027455;;0; deb;;CDS;3044891;3045361;133;*; ;comp;tRNA;3045495;3045584;380;*;tcg fin;;CDS;3045965;3046882;;; deb;comp;CDS;3052964;3053617;105;*; ;comp;regulatory;3053723;3053869;209;*; fin;;CDS;3054079;3054915;;0; deb;comp;CDS;3093394;3094776;249;*; ;comp;regulatory;3095026;3095141;508;*; fin;;CDS;3095650;3096798;;0; deb;comp;CDS;3268030;3268398;318;*; ;comp;tRNA;3268717;3268804;198;*;tca fin;;CDS;3269003;3269752;;0; deb;comp;CDS;3286866;3287465;164;*; ;;misc_f;3287630;3287752;38;*; fin;;CDS;3287791;3288963;;0; deb;;CDS;3290470;3291624;50;*; ;;tRNA;3291675;3291751;126;*;agg fin;comp;CDS;3291878;3292798;;0; deb;;CDS;3334670;3335758;230;*; ;;tRNA;3335989;3336073;32;*;tac ;;tRNA;3336106;3336190;45;*;tac ;;tRNA;3336236;3336320;135;*;tac fin;;CDS;3336456;3336731;;; deb;comp;CDS;3382564;3385161;111;*; ;comp;regulatory;3385273;3385359;203;*; fin;comp;CDS;3385563;3389024;;; deb;comp;CDS;3497173;3497463;91;*; ;;regulatory;3497555;3497645;99;*; fin;;CDS;3497745;3498725;;; deb;comp;CDS;3505823;3506272;275;*; ;comp;rRNA;3506548;3506662;123;*;115 ;comp;rRNA;3506786;3509675;236;*;2890 ;comp;tRNA;3509912;3509987;224;*;gaa ;comp;rRNA;3510212;3511756;596;*;1545 fin;;CDS;3512353;3515220;;; deb;comp;CDS;3676304;3677323;113;*; ;comp;tRNA;3677437;3677521;142;*;ttg fin;;CDS;3677664;3678182;;0; deb;;CDS;3688045;3688872;369;*; ;comp;tRNA;3689242;3689318;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689344;3689420;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689446;3689522;26;*;cgt ;comp;tRNA;3689549;3689625;98;*;cgt ;comp;tRNA;3689724;3689800;4;*;cgt ;comp;tRNA;3689805;3689897;213;*;agc fin;comp;CDS;3690111;3690299;;; deb;;CDS;3886846;3887601;302;*; ;comp;tRNA;3887904;3887980;98;*;gac ;comp;rRNA;3888079;3888193;127;*;115 ;comp;rRNA;3888321;3891210;238;*;2890 ;comp;tRNA;3891449;3891524;10;*;gca ;comp;tRNA;3891535;3891611;72;*;atc ;comp;rRNA;3891684;3893228;424;*;1545 fin;comp;CDS;3893653;3894195;;; deb;comp;CDS;3912946;3913317;60;*; ;comp;tRNA;3913378;3913454;52;*;tgg deb;comp;CDS;3913507;3914691;171;*; ;comp;tRNA;3914863;3914937;38;*;gga ;comp;tRNA;3914976;3915060;263;*;tac fin;;CDS;3915324;3916262;;0; deb;comp;CDS;3962163;3963533;306;*; ;comp;tRNA;3963840;3963916;202;*;tgg fin;;CDS;3964119;3964703;;; deb;comp;CDS;4024345;4026816;658;*; ;comp;tRNA;4027475;4027551;140;*;ccg fin;comp;CDS;4027692;4028417;;; deb;;CDS;4109413;4111986;99;*; ;comp;rRNA;4112086;4112200;123;*;115 ;comp;rRNA;4112324;4115213;238;*;2890 ;comp;tRNA;4115452;4115527;198;*;gaa ;comp;rRNA;4115726;4117269;627;*;1544 fin;;CDS;4117897;4118388;;0; deb;comp;CDS;4119290;4121155;51;*; ;comp;regulatory;4121207;4121385;207;*; fin;;CDS;4121593;4122102;;; deb;comp;CDS;4149775;4150278;174;*; ;comp;tRNA;4150453;4150529;58;*;cca ;comp;tRNA;4150588;4150673;20;*;ctg ;comp;tRNA;4150694;4150769;49;*;cac ;comp;tRNA;4150819;4150895;258;*;cgg fin;;CDS;4151154;4151744;;; deb;;CDS;4226547;4227725;432;*; ;;rRNA;4228158;4229702;198;*;1545 ;;tRNA;4229901;4229976;236;*;gaa ;;rRNA;4230213;4233102;126;*;2890 ;;rRNA;4233229;4233343;106;*;115 ;;tRNA;4233450;4233525;23;*;acc ;;rRNA;4233549;4233663;164;*;115 fin;;CDS;4233828;4234793;;; deb;comp;CDS;4354145;4355686;626;*; ;;rRNA;4356313;4357857;274;*;1545 ;;tRNA;4358132;4358207;237;*;gaa ;;rRNA;4358445;4361342;124;*;2898 ;;rRNA;4361467;4361581;106;*;115 ;;tRNA;4361688;4361763;233;*;acc fin;;CDS;4361997;4363241;;; deb;;CDS;4434674;4435198;469;*; ;;rRNA;4435668;4437211;225;*;1544 ;;tRNA;4437437;4437512;236;*;gaa ;;rRNA;4437749;4440638;122;*;2890 ;;rRNA;4440761;4440875;98;*;115 ;;tRNA;4440974;4441050;167;*;gac fin;;CDS;4441218;4442054;;0; deb;comp;CDS;4481974;4482513;481;*; ;;rRNA;4482995;4484539;547;*;1545 ;;misc_f;4485087;4486108;236;*; ;comp;tRNA;4486345;4486419;224;*;gaa ;comp;rRNA;4486644;4488189;559;*;1546 fin;comp;CDS;4488749;4489795;;; deb;comp;CDS;4560642;4561715;153;*; ;comp;tRNA;4561869;4561944;18;*;gta ;comp;tRNA;4561963;4562038;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562073;4562148;18;*;gta ;comp;tRNA;4562167;4562242;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562266;4562341;18;*;gta ;comp;tRNA;4562360;4562435;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562459;4562534;18;*;gta ;comp;tRNA;4562553;4562628;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562663;4562738;22;*;gta ;comp;tRNA;4562761;4562836;46;*;aag ;comp;tRNA;4562883;4562958;22;*;gta ;comp;tRNA;4562981;4563056;46;*;aag ;comp;tRNA;4563103;4563178;32;*;gta ;comp;tRNA;4563211;4563286;174;*;aaa fin;comp;CDS;4563461;4564267;;; deb;;CDS;4626091;4627785;262;*; ;;regulatory;4628048;4628133;65;*; fin;;CDS;4628199;4629623;;; deb;comp;CDS;4635172;4636104;344;*; ;comp;tRNA;4636449;4636525;95;*;gac ;comp;rRNA;4636621;4636735;120;*;115 ;comp;rRNA;4636856;4639749;238;*;2894 ;comp;tRNA;4639988;4640063;10;*;gca ;comp;tRNA;4640074;4640150;72;*;atc ;comp;rRNA;4640223;4641767;516;*;1545 fin;;CDS;4642284;4643480;;0; deb;comp;CDS;4698779;4700680;360;*; ;comp;regulatory;4701041;4701154;88;*; fin;;CDS;4701243;4702160;;; </pre> ====amed données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_données_intercalaires|amed données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;amed;fx;fc;amed;fx40;fc40;amed;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;2;12;0;2;12;-1;0;91;47;244;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;1;10;38;225;1;2;26;-2;1;0;252;64;518;516;;52;;ttc;40;;tta ;0;20;20;167;2;0;41;-3;0;0;103;363;424;596;;3;;aca;35;;tgc ;0;30;23;110;3;4;34;-4;8;212;116;195;432;627;;45;;ttc;**;;ggc ;0;40;34;92;4;9;18;-5;0;0;190;556;469;626;;**;;aac;30;;tac ;2;50;43;75;5;0;12;-6;1;0;881;203;599;481;;71;;ctg;**;;tac ;2;60;76;92;6;6;6;-7;0;10;177;132;;516;;46;;ctg;104;;gga 1;0;70;90;111;7;4;12;-8;3;47;236;104;23s 5s;;;46;;ctg;**;;ggg 1;0;80;100;99;8;6;17;-9;1;0;9;271;2* 120;;;51;;ctg;57;;tgc ;3;90;59;120;9;3;34;-10;0;2;166;126;2* 126;;;**;;ctg;**;;ggc ;0;100;54;90;10;4;25;-11;2;31;235;121;2* 123;;;5;;aac;32;;tac 1;1;110;58;112;11;1;21;-12;0;0;173;119;127;;;**;;ttc;45;;tac 1;3;120;50;96;12;3;18;-13;2;6;-21;201;124;;;24;;ggc;**;;tac 3;1;130;35;81;13;2;20;-14;1;7;131;75;122;;;29;;ggc;25;;cgt 2;3;140;30;74;14;2;22;-15;1;0;226;248;5s CDS;;;38;;ggc;25;;cgt 1;2;150;25;72;15;1;14;-16;0;8;301;133;386;268;;25;;ggc;26;;cgt ;2;160;33;70;16;3;13;-17;0;4;460;380;275;99;;23;;ggc;98;;cgt ;4;170;29;32;17;2;20;-18;1;0;425;198;164;;;**;;ggc;4;;cgt ;6;180;35;50;18;1;17;-19;1;1;181;126;16s tRNA;;;28;;gcc;**;;agc ;3;190;25;44;19;2;6;-20;1;7;83;142;3* 72;;atc;66;;gcc;38;;gga 2;0;200;37;53;20;3;16;-21;1;0;83;369;2* 274;;gaa;58;;gcc;**;;tac 3;0;210;39;48;21;3;11;-22;2;1;177;302;2* 198;;gaa;40;;gcc;58;;cca ;1;220;25;34;22;0;8;-23;0;1;146;263;224;;gaa;**;;gcc;20;;ctg ;2;230;30;26;23;1;16;-24;0;0;127;202;225;;gaa;91;;ctc;49;;cac ;3;240;26;30;24;3;10;-25;1;2;163;258;tRNA 23s;;;**;;atgf;**;;cgg 2;0;250;20;26;25;3;13;-26;0;1;438;;3* 238;;gca;8;;cta;18;;gta 1;2;260;21;25;26;1;7;-27;0;0;151;;252;;gaa;38;;atgj;34;;aaa 1;1;270;22;36;27;4;10;-28;0;0;772;;3* 236;;gaa;47;;caa;18;;gta 1;0;280;25;28;28;2;11;-29;1;1;170;;237;;gaa;17;;caa;23;;aaa ;0;290;13;24;29;2;15;-30;0;0;145;;238;;gaa;35;;atgj;18;;gta ;0;300;8;14;30;4;9;-31;0;1;268;;5s tRNA;;;47;;caa;23;;aaa 1;2;310;19;17;31;3;9;-32;0;0;350;;98;;gac;13;;caa;18;;gta ;1;320;12;14;32;3;11;-33;2;0;181;;2* 106;;acc;**;;atgj;34;;aaa ;0;330;8;15;33;4;11;-34;0;2;259;;98;;gac;2;;aac;22;;gta ;0;340;9;8;34;1;9;-35;2;2;87;;95;;gac;**;;gga;46;;aag ;2;350;13;13;35;1;12;-36;1;0;114;;tRNA 5s;;;123;;cac;22;;gta ;0;360;15;8;36;1;5;-37;0;0;318;;23;;acc;36;;aga;46;;aag 2;0;370;7;5;37;5;4;-38;1;0;50;;tRNA tRNA;;intra;**;;cca;32;;gta 1;0;380;8;7;38;7;13;-39;0;0;230;;3* 10;;atc;36;;gtc;**;;aaa ;0;390;7;9;39;7;10;-40;0;0;135;;**;;gca;26;;gtc;;; ;0;400;10;9;40;2;8;-41;0;0;113;;;;;15;;gtc;;; 1;6;reste;110;109;reste;1226;1776;-42;0;0;213;;;;;11;;gtc;;; 25;54;total;1343;2382;total;1343;2382;-43;0;0;60;;;;;**;;gtc;;; 24;47;diagr;1231;2261;diagr;115;594;-44;0;1;52;;;;;110;;atgf;;; 0;1;t30;81;502;;;;-45;0;0;171;;;;;102;;atgf;;; ;;;;;;;;-46;3;0;306;;;;;101;;atgf;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;658;;;;;101;;atgf;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;140;;;;;103;;atgf;;; ;x;1341;42;2;1385;;;-49;0;0;174;;;;;102;;atgf;;; ;c;2370;444;12;2826;;;-50;1;0;233;;;;;102;;atgf;;; ;;;;;4211;239;;reste;4;6;167;;;;;92;;atgf;;; ;;;;;;4450;;total;42;444;153;;;;;**;;atgf;;; ;;;;;;;;;;;174;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;344;;;;;;;;;; </pre> ===gamma synthèse=== ====gamma distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_génome|gamma distribution par génome]] <pre> gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total spl;46;8;;;;6;79;3;142 vpb;60;11;;;;21;22;12;126 vha;51;14;;;;26;19;11;121 amed;47;16;;;;13;46;5;127 eal;25;23;;;;10;23;4;85 eco;20;23;;;;10;29;4;86 ecoN;20;34;;;;17;44;6;121 ;;;;;;;;; total;269;129;0;0;0;103;262;45;808 </pre> ====gamma distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_du_total|gamma distribution du total]] <pre> gama7;;;;;;;660;;gamma7;;;;;;;148 atgi;11;tct;;tat;;atgf;48;;atgi;;tct;;tat;;atgf;0 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;23;acc;9;aac;;agc; ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;2;gac;23;ggc; tta;14;tca;12;taa;;tga;4;;tta;;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;8;aga; cta;24;cca;14;caa;23;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;34;gca;;gaa;17;gga;14;;gta;8;gca;29;gaa;34;gga; ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8 atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;531;129;0;0;0;0;660;;1-3aas;;;;45;;103;148 </pre> ====gamma distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_type|gamma distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> gama7;;;;;;;660;;gama7;;;;;;;129;;gama7;;;;;;;269;;gama7;;;;;;;262;;gama7;;;;;;;45 atgi;11;tct;0;tat;0;atgf;48;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;18;;atgi;;tct;;tat;;atgf;24;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;7;tcc;14;tac;;tgc;1;;ttc;14;tcc;;tac;6;tgc;15;;ttc;;tcc;;tac;24;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;1;acc;1;aac;14;agc;;;atc;;acc;5;aac;11;agc;11;;atc;2;acc;;aac;9;agc;;;atc;;acc;9;aac;;agc; ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;5;ccc;6;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;38;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;17;;gtc;19;gcc;14;gac;4;ggc;29;;gtc;;gcc;;gac;23;ggc; tta;14;tca;12;taa;0;tga;4;;tta;;tca;10;taa;;tga;4;;tta;14;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;4;taa;;tga; ata;0;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;6;;ata;;aca;19;aaa;15;aga;4;;ata;;aca;;aaa;18;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;24;cca;14;caa;23;cga;0;;cta;;cca;2;caa;1;cga;;;cta;18;cca;10;caa;12;cga;;;cta;6;cca;2;caa;10;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;34;gca;0;gaa;17;gga;14;;gta;;gca;;gaa;4;gga;4;;gta;13;gca;;gaa;;gga;10;;gta;21;gca;;gaa;13;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga; ttg;7;tcg;4;tag;0;tgg;4;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8 atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;4;aag;;agg;7;;atgj;19;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;4;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;;cag;;cgg;7;;ctg;17;ccg;;cag;6;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;45;;; </pre> ====gamma par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_par_rapport_au_groupe_de_référence|gamma par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;37;18;39;;;2;96; 16;moyen;51;104;31;;21;52;259; 14;fort;41;147;192;;24;49;453; ; ;129;269;262;;45;103;808; 10;g+cga;15;3;6;;;;24; 2;agg+cgg;7;7;;;;;14; 4;carre ccc;11;8;33;;;2;54; 5;autres;4;;;;;;4; ;;37;18;39;;;2;96; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;gama ‰;ref. ‰ 21;faible;46;22;48;;;2;119;26 16;moyen;63;129;38;;26;64;321;324 14;fort;51;182;238;;30;61;561;650 ;;160;333;324;;56;127;808;729 10;g+cga;19;4;7;;;;30;10 2;agg+cgg;9;9;;;;;17; 4;carre ccc;14;10;41;;;2;67;16 5;autres;5;;;;;;5; ;;46;22;48;;;2;119; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;56;27;59;142;26;29;7;15 16;moyen;77;158;47;282;324;40;39;12 14;fort;62;223;291;576;650;32;55;73 ;;195;408;397;660;729;129;269;262 10;g+cga;23;5;9;36;10;41;;15 2;agg+cgg;11;11;;21;;19;; 4;carre ccc;17;12;50;79;16;30;;85 5;autres;6;;;6;;11;; ;;56;27;59;142;;37;;39 </pre> ====gamma, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma,_estimation_des_-rRNAs|gamma, estimation des -rRNAs]] <pre> gamma;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 144 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;144;1536; ; ;;indices;;;;144;1067;0;0;;gama7;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;660 atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;48 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18 atc;373;acc;57;aac;;agc;3;;atc;259;acc;40;aac;;agc;2;;atc;3;acc;6;aac;34;agc;11 ctc;;ccc;;cac;10;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;7;cgt;;;ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40 gtc;;gcc;3;gac;151;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;105;ggc;;;gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46 tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;14;tca;12;taa;;tga;4 ata;;aca;;aaa;13;aga;;;ata;;aca;;aaa;9;aga;;;ata;;aca;19;aaa;33;aga;10 cta;;cca;14;caa;;cga;;;cta;;cca;10;caa;;cga;;;cta;24;cca;14;caa;23;cga; gta;14;gca;378;gaa;423;gga;;;gta;10;gca;263;gaa;294;gga;;;gta;34;gca;;gaa;17;gga;14 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;73;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;51;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4 atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7 ctg;;ccg;;cag;;cgg;11;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;4 ;;900;;622;;14;1536;;;;625;;432;;10;1067;;;;186;;380;;94;660 27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;86713;1.5;0;;avec +16s;;;;1183;86713;1.5;0;;gama7;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;290;;atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;292;;atgi;157;tct;;tat;;atgf;686 att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;173;tcc;152;tac;226;tgc;114;;ttc;175;tcc;152;tac;227;tgc;114;;ttc;300;tcc;200;tac;429;tgc;257 atc;26;acc;115;aac;311;agc;104;;atc;285;acc;155;aac;311;agc;106;;atc;43;acc;86;aac;486;agc;157 ctc;102;ccc;86;cac;108;cgt;298;;ctc;102;ccc;86;cac;115;cgt;298;;ctc;129;ccc;86;cac;171;cgt;571 gtc;173;gcc;165;gac;184;ggc;351;;gtc;173;gcc;167;gac;289;ggc;351;;gtc;300;gcc;229;gac;100;ggc;657 tta;119;tca;138;taa;1.0;tga;64;;tta;120;tca;140;taa;1.0;tga;64;;tta;200;tca;171;taa;;tga;57 ata;0.8;aca;141;aaa;368;aga;151;;ata;0.8;aca;141;aaa;377;aga;151;;ata;;aca;271;aaa;471;aga;143 cta;128;cca;131;caa;189;cga;13;;cta;128;cca;141;caa;189;cga;13;;cta;343;cca;200;caa;329;cga; gta;311;gca;21;gaa;30;gga;114;;gta;321;gca;283;gaa;324;gga;114;;gta;486;gca;;gaa;243;gga;200 ttg;102;tcg;83;tag;2.7;tgg;62;;ttg;103;tcg;83;tag;2.7;tgg;113;;ttg;100;tcg;57;tag;;tgg;57 atgj;169;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;170;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;271;acg;57;aag;29;agg;100 ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;92;;ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;100;;ctg;300;ccg;57;cag;86;cgg;100 gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;57 ;;1892;;3118;;1244;6254;;;;2517;;3550;;1254;7321;;;;2657;;5429;;1343;9429 rapports;;75;;88;;99;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;gama7;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;99;;fiches;57.882;;;fréquences;;;;;atgi;17;tct;100;tat;100;atgf;58 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;8335;;;0/0;;;;;att;100;act;100;aat;100;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;1401;;;10;7;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;144;;;20;7;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt;100 ttc;99;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;42;tcc;24;tac;47;tgc;56 atc;9;acc;74;aac;100;agc;98;;gama7;94.2857142857143;;;40;8;;;;atc;39;acc;26;aac;36;agc;34 ctc;100;ccc;100;cac;94;cgt;100;;sans;660;;;50;10;38;;;ctc;21;ccc;0;cac;37;cgt;48 gtc;100;gcc;99;gac;64;ggc;100;;avec;148;;;60;2;;;;gtc;42;gcc;28;gac;46;ggc;47 tta;99;tca;99;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;1;;;;tta;40;tca;20;taa;100;tga;11 ata;100;aca;100;aaa;98;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;48;aaa;22;aga;5 cta;100;cca;93;caa;100;cga;100;;L’estimation par gama7;;;;90;1;;;;cta;63;cca;34;caa;42;cga;100 gta;97;gca;7;gaa;9;gga;100;;est 62% au dessus;;;;100;6;;;;gta;36;gca;100;gaa;88;gga;43 ttg;99;tcg;100;tag;100;tgg;55;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;31;tag;100;tgg;8 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;38;acg;20;aag;16;agg;9 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;92;;;;;;;;;;;ctg;16;ccg;8;cag;16;cgg;8 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;21 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;425;;656;;229;1310 </pre> ==alpha== ===rtb=== ====rtb opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_opérons|rtb opérons]] <pre> 29.0%GC;31.12.19 Paris;16s 1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rickettsia typhi str. B9991CWPP ;;;;;;;;;;;; comp;7429..8469;;cds;;381;381;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;* comp;8851..8926;;ttc;;368;368;;;;;;* ;9295..10278;;cds;;;;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;* ;;;;;;;;;;;;* ;14663..18055;;cds;;108;108;;;1131;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;18164..18238;;gaa;;1394;*1394;;;;;;* comp;19633..20106;;cds;;;;;;158;;crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;48065..48709;;cds;;278;278;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;* comp;48988..49064;;atgf;;110;110;;;;;;* comp;49175..49411;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;* ;;;;;;;;;;;;* comp;73627..73929;;cds;;17;17;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;* comp;73947..74021;;acc;;139;139;;;;;;* comp;74161..75417;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* ;155064..157163;;cds;;143;143;;;700;;elongation factor G;* ;157307..157382;;tgg;;167;167;;;;;;* ;157550..157750;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* ;189197..189400;;cds;;889;*889;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;* comp;190290..190365;;acg;;142;142;;;;;;* comp;190508..192814;;cds;;;;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;* ;;;;;;;;;;;;* ;255010..255921;;cds;;732;*732;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;* ;256654..259439;;23s;;206;;;;2786;;;* ;259646..259760;;5s;;173;173;;;115;;;* comp;259934..261007;;cds;;;;;;358;;cell division protein ZapE;* ;;;;;;;;;;;;* ;291358..291843;;cds;;35;35;;;162;;30S ribosomal protein S9;* ;291879..291955;;atgj;;1364;*1364;;;;;;* comp;293320..293805;;cds;;;;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;335194..336996;;cds;;402;402;;;601;;elongation factor 4;* ;337399..337473;;aac;;633;*633;;;;;;* comp;338107..338793;;cds;;;;;;229;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;440466..440933;;cds;;496;496;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;* ;441430..441504;;tgc;;31;31;;;;;;* ;441536..442456;;cds;;;;;;307;;site-specific tyrosine recombinase XerD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;469056..469781;;cds;;218;218;;;242;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;* ;470000..470075;;aaa;;15;;15;;;;;* ;470091..470167;;atc;;1922;*1922;;;;;;* ;472090..472662;;cds;;;;;;191;;GTP cyclohydrolase I FolE;* ;;;;;;;;;;;;* comp;564534..565562;;cds;;1530;*1530;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;* comp;567093..567180;;tcc;;218;218;;;;;;* comp;567399..568145;;cds;;;;;;249;;NTP transferase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;583250..584149;;cds;;1278;*1278;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;* comp;585428..585518;;tca;;58;58;;;;;;* comp;585577..586569;;cds;;;;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;;* ;598723..599706;;cds;;26;26;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;* ;599733..599809;;cgg;;60;;60;;;;;* comp;599870..599944;;caa;;62;62;;;;;;* comp;600007..601779;;cds;;;;;;591;;aminopeptidase P family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;644357..644745;;cds;;499;499;;;130;;p-ribosome-associated translation inhibitor RaiA;* ;645245..645321;;gac;@1;1051;;1051;;;;;* comp;646373..646448;;gcc;;222;222;;;;;;* comp;646671..647276;;cds;;;;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;* ;;;;;;;;;;;;* comp;649389..650048;;cds;;452;452;;;220;;(d)CMP kinase;* ;650501..650577;;gtc;;1274;*1274;;;;;;* comp;651852..652094;;cds;;;;;;81;;HU family DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;696163..697398;;cds;;1535;*1535;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;* ;698934..699010;;cgt;;1028;*1028;;;;;;* ;700039..705720;;cds;;;;;;1894;;alpha-2-macroglobulin family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;727560..728087;;cds;;1164;*1164;;;176;;copper chaperone Pcu(A)C;* comp;729252..729326;;gca;;32;32;;;;;;* comp;729359..729574;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;739215..740075;;cds;;181;181;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;* ;740257..740343;;ctc;;246;246;;;;;;* ;740590..741960;;cds;;1199;*1199;;;457;;magnesium transporter;* ;743160..743234;;ggc;;1090;*1090;;;;;;* ;744325..744753;;cds;;;;;;143;;preprotein translocase subunit YajC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;775944..777866;;cds;;2465;*2465;;;641;;hp;* comp;780332..781831;;16s;;1854;*1854;;;1500;;;* comp;783686..785485;;cds;;;;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;814590..814823;;cds;;349;349;;;78;;hp;* comp;815173..815248;;gta;;68;68;;;;;;* comp;815317..815589;;cds;;;;;;91;;30S ribosomal protein S20;* ;;;;;;;;;;;;* comp;829300..830484;;cds;;82;82;;;395;;elongation factor Tu;* comp;830567..830640;;gga;;95;;95;;;;;* comp;830736..830821;;tac;;183;183;;;;;;* ;831005..831733;;cds;;;;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* ;839841..839969;;cds;;145;145;;;43;;dimethyladenosine transferase;* ;840115..840200;;tta;;2009;*2009;;;;;;* ;842210..842446;;cds;;;;;;79;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;876906..877589;;cds;;401;401;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;* ;877991..878067;;cac;;145;145;;;;;;* ;878213..879943;;cds;;;;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;918938..919882;;cds;;951;*951;;;315;;ACP S-malonyltransferase;* ;920834..920925;;agc;;1945;*1945;;;;;;* comp;922871..924049;;cds;;;;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;961209..962297;;cds;;41;41;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;* comp;962339..962415;;atgi;;390;390;;;;;;* comp;962806..963273;;cds;;;;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* ;;;;;;;;;;;;* ;1023375..1023626;;cds;;1585;*1585;;;84;;BolA family transcriptional regulator;* ;1025212..1025288;;cca;;17;17;;;;;;* ;1025306..1025521;;cds;;;;;;72;;translation initiation factor IF-1;* ;;;;;;;;;;;;* ;1053321..1054139;;cds;;2191;*2191;;;273;;alpha/beta hydrolase;* comp;1056331..1056407;;aga;;98;98;;;;;;* ;1056506..1056823;;cds;;;;;;106;;DUF167 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1098776..1099240;;cds;;40;40;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;* comp;1099281..1099365;;cta;;145;145;;;;;;* comp;1099511..1100662;;cds;;;;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1102351..1102980;;cds;;475;475;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* comp;1103456..1103530;;aca;;130;130;;;;;;* comp;1103661..1103996;;cds;;;;;;112;;30S ribosomal protein S16;* </pre> ====rtb cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_cumuls|rtb cumuls]] <pre> rtb cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;11;30;0 ;23s5s;1;20;1;;50;8;40;;200;13;60;1 ;16s;1;40;;;100;5;80;;300;12;90;9 ;16s23s;0;60;1;;150;9;120;;400;13;120;4 ;max a;0;80;;;200;4;160;;500;3;150;2 ;a doubles;0;100;1;;250;4;200;;600;3;180;7 ;spéciaux;0;120;;;300;1;240;;700;3;210;3 ;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;4 sans ;opérons;29;160;;;400;3;320;;900;0;270;3 ;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;3 ;max a;2;200;;;500;4;400;;1100;0;330;5 ;a doubles;0;;1;;;21;;;;2;;20 ;total aas;33;;4;0;;62;;0;;61;;61 total aas;;33;;;;21;1430;;;;;; remarques;;1;;;;;491;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;612;;;;310;; ;;;variance;;;;665;;;;291;; sans jaune;;;moyenne;57;;;193;;;;269;;176 ;;;variance;40;;;148;;;;176;;86 </pre> ====rtb blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_blocs|rtb blocs]] ====rtb distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_distribution|rtb distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rtb;;25;;;;;25;;rtb;8;;;;;;8 </pre> ====rtb données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_données_intercalaires|rtb données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;rtb;fx;fc;rtb;fx40;fc40;rtb;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;4;0;1;4;-1;0;10;381;368;tRNA tRNA;; ;0;10;2;64;1;0;10;-2;1;0;108;1394;15;;aaa ;2;20;3;37;2;0;7;-3;0;0;278;411;**;;atc ;1;30;1;17;3;0;8;-4;0;33;110;633;60;;cgg ;4;40;2;13;4;0;13;-5;0;0;17;496;**;;caa ;1;50;3;7;5;2;2;-6;0;0;139;218;1051;;gac ;1;60;4;9;6;0;5;-7;0;2;143;1278;**;;gcc ;2;70;6;16;7;0;3;-8;0;16;167;499;95;;gga ;0;80;12;9;8;0;7;-9;0;0;142;452;**;;tac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reste;66;100;reste;176;371;-42;0;0;130;;;; 16;42;total;186;505;total;185;506;-43;0;0;CDS 16s;;;; 4;30;diagr;118;402;diagr;8;131;-44;0;0;1854;;;; 0;3; t30;6;118;;;;-45;0;0;16s CDS;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;2466;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;CDS 23s;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;736;;;; ;x;185;4;1;190;;;-49;0;0;23s 5s;;;; ;c;501;98;4;603;;;-50;1;0;228;;;; ;;;;;793;75;;reste;0;0;5s CDS;;;; ;;;;;;868;;total;4;98;;173;;; </pre> =====rtb autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires_aas|rtb autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;rtb;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7429;8469;381;*; ;comp;tRNA;8851;8926;368;*;ttc fin;;CDS;9295;10278;;; deb;;CDS;14663;18055;108;*; ;;tRNA;18164;18238;1394;*;gaa fin;comp;CDS;19633;20106;;; deb;comp;CDS;48065;48709;278;*; ;comp;tRNA;48988;49064;110;*;atgf fin;comp;CDS;49175;49411;;; deb;comp;CDS;73627;73929;17;*; ;comp;tRNA;73947;74021;139;*;acc fin;comp;CDS;74161;75417;;; deb;;CDS;155064;157163;143;*; ;;tRNA;157307;157382;167;*;tgg fin;;CDS;157550;157750;;; deb;comp;CDS;189738;189878;411;*; ;comp;tRNA;190290;190365;142;*;acg fin;comp;CDS;190508;192814;;; deb;;CDS;255010;255921;736;*; ;;rRNA;256658;259417;228;*;23s ;;rRNA;259646;259760;173;*;5s fin;comp;CDS;259934;261007;;; deb;;CDS;291358;291843;35;*; ;;tRNA;291879;291955;1364;*;atgj fin;comp;CDS;293320;293805;;; deb;;CDS;335194;336996;402;*; ;;tRNA;337399;337473;633;*;aac fin;comp;CDS;338107;338793;;; deb;comp;CDS;440466;440933;496;*; ;;tRNA;441430;441504;31;*;tgc fin;;CDS;441536;442456;;; deb;comp;CDS;469056;469781;218;*; ;;tRNA;470000;470075;15;*;aaa ;;tRNA;470091;470167;1922;*;atc fin;;CDS;472090;472662;;; deb;comp;CDS;564534;565562;1530;*; ;comp;tRNA;567093;567180;218;*;tcc fin;comp;CDS;567399;568145;;; deb;;CDS;583250;584149;1278;*; ;comp;tRNA;585428;585518;58;*;tca fin;comp;CDS;585577;586569;;0; deb;;CDS;598723;599706;26;*; ;;tRNA;599733;599809;60;*;cgg ;comp;tRNA;599870;599944;62;*;caa fin;comp;CDS;600007;601779;;; deb;comp;CDS;608541;609209;176;*; ;comp;ncRNA;609386;609769;248;*; fin;;CDS;610018;612660;;; deb;comp;CDS;644395;644745;499;*; ;;tRNA;645245;645321;1051;*;gac ;comp;tRNA;646373;646448;222;*;gcc fin;comp;CDS;646671;647276;;; deb;comp;CDS;649389;650048;452;*; ;;tRNA;650501;650577;1274;*;gtc fin;comp;CDS;651852;652094;;; deb;comp;CDS;696163;697398;1535;*; ;;tRNA;698934;699010;1028;*;cgt fin;;CDS;700039;705720;;0; deb;comp;CDS;727560;728087;1164;*; ;comp;tRNA;729252;729326;32;*;cga fin;comp;CDS;729359;729574;;; deb;;CDS;739215;740075;181;*; ;;tRNA;740257;740343;246;*;ctc deb;;CDS;740590;741960;1199;*; ;;tRNA;743160;743234;1090;*;ggc fin;;CDS;744325;744753;;; deb;comp;CDS;775944;777866;2466;*; ;comp;rRNA;780333;781831;1854;*;16s fin;comp;CDS;783686;785485;;; deb;comp;CDS;814590;814823;349;*; ;comp;tRNA;815173;815248;68;*;gta fin;comp;CDS;815317;815589;;; deb;comp;CDS;829300;830484;82;*; ;comp;tRNA;830567;830640;95;*;gga ;comp;tRNA;830736;830821;183;*;tac fin;;CDS;831005;831733;;; deb;comp;CDS;839520;839732;382;*; ;;tRNA;840115;840200;2009;*;tta fin;;CDS;842210;842446;;; deb;comp;CDS;876906;877589;401;*; ;;tRNA;877991;878067;145;*;cac fin;;CDS;878213;879943;;; deb;comp;CDS;911079;911558;179;*; ;comp;tmRNA;911738;912287;74;*; fin;;CDS;912362;913186;;; deb;;CDS;918938;919882;951;*; ;;tRNA;920834;920925;1945;*;agc fin;comp;CDS;922871;924049;;; deb;comp;CDS;941489;942730;156;*; ;comp;ncRNA;942887;943045;9;*; fin;comp;CDS;943055;943372;;; deb;comp;CDS;961209;962297;41;*; ;comp;tRNA;962339;962415;390;*;atgi fin;comp;CDS;962806;963273;;; deb;;CDS;1023375;1023626;1585;*; ;;tRNA;1025212;1025288;17;*;cca fin;;CDS;1025306;1025521;;; deb;;CDS;1053321;1054139;2191;*; ;comp;tRNA;1056331;1056407;98;*;aga fin;;CDS;1056506;1056823;;; deb;;CDS;1090984;1091625;14;*; ;;ncRNA;1091640;1091733;152;*; fin;;CDS;1091886;1093411;;; deb;comp;CDS;1098776;1099240;40;*; ;comp;tRNA;1099281;1099365;145;*;cta fin;comp;CDS;1099511;1100662;;; deb;comp;CDS;1102351;1102980;475;*; ;comp;tRNA;1103456;1103530;130;*;aca fin;comp;CDS;1103661;1103996;;; </pre> ====rtb intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_entre_cds|rtb intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> rtb;28.1.21 Paris;NCBI;7.12.2020;;;;;;;;; rtb;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5;intercal;frequencez ;'''négatif;102;12.9;'''négatif ;-11;10;-50 à -1;'''1 112 957;-1;102;610;1 ;'''zéro;5;0.6;;;;;'''intercals;0;5;620;2 ;'''1 à 200;430;54.2;'''0 à 200;85;61;;'''224 467;5;42;630;1 ;'''201 à 370;84;10.6;'''201 à 370;261;43;;'''20.2%;10;24;640;3 ;'''371 à 600;52;6.6;'''371 à 600;481;63;;;15;24;650;2 ;'''601 à max;120;15.1;'''601 à 1028;1173;515;;;20;16;660;3 ;'''total 793;<201;67.7;'''total 793;282;445;-50 à 3216;;25;12;670;0 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul, %;intercal;fréquence;30;6;680;7 665700;3216;-1;102;-70;0;;0;5;35;7;690;0 1032528;3065;0;5;-60;0;;-1;°10;40;8;700;1 506416;2624;1;°10;-50;1;;-2;1;45;2;710;1 64385;2360;2;7;-40;1;;-3;0;50;8;720;2 801292;2313;3;8;-30;5;'''min à -1;-4;°33;55;5;730;2 272796;2262;4;°13;-20;12;102;-5;0;60;8;740;0 131965;2171;5;4;-10;21;12.9%;-6;0;65;10;750;1 763244;2078;6;5;0;67;;-7;2;70;12;760;1 101695;2071;7;3;10;66;;-8;°16;75;9;770;2 446016;1893;8;°7;20;40;;-9;0;80;12;780;2 905133;1870;9;°7;30;18;;-10;1;85;9;790;0 141270;1858;10;2;40;15;'''1 à 100;-11;°2;90;4;800;1 570117;1846;11;°6;50;10;243;-12;0;95;10;810;3 129767;1794;12;5;60;13;30.6%;-13;3;100;15;820;0 378376;1765;13;3;70;22;;-14;°7;105;11;830;4 232652;1743;14;5;80;21;;-15;0;110;12;840;0 871293;1715;15;5;90;13;;-16;1;115;10;850;1 998041;1656;16;°6;100;25;;-17;°7;120;10;860;1 359936;1637;17;1;110;23;;-18;0;125;13;870;0 1014216;1621;18;3;120;20;;-19;0;130;8;880;1 847537;1581;19;3;130;21;;-20;°2;135;16;890;1 338816;1539;20;3;140;26;;-21;0;140;10;900;1 808693;1532;21;2;150;17;;-22;1;145;10;910;2 950532;1524;22;2;160;17;'''1 à 200;-23;°3;150;7;920;1 969491;1524;23;1;170;21;430;-24;0;155;8;930;1 706435;1485;24;°4;180;16;54%;-25;1;160;9;940;1 536071;1468;25;3;190;15;;-26;°5;165;12;950;3 638208;1464;26;2;200;11;;-27;0;170;9;960;0 597131;1463;27;0;210;7;;;100;175;9;970;0 544938;1446;28;2;220;7;;reste;7;180;7;980;1 235220;1444;29;2;230;11;;total;107;185;8;990;0 90984;1401;30;0;240;8;;;;190;7;1000;1 693395;1374;31;0;250;9;;'''intercal;'''<u>fréquencef;195;6;1010;1 422301;1373;32;3;260;9;'''0 à 200;600;673;200;5;1020;1 678698;1370;33;3;270;6;435;650;9;205;3;1030;1 476675;1354;34;0;280;3;;700;11;210;4;1040;1 1079428;1335;35;1;290;6;;750;6;215;3;1050;2 270767;1318;36;1;300;1;;800;6;220;4;1060;2 687447;1302;37;2;310;3;;850;8;225;5;1070;1 49408;1282;38;0;320;3;;900;4;230;6;1080;1 247450;1266;39;2;330;2;;950;8;235;5;1090;0 398128;1260;40;3;340;2;;1000;2;240;3;1100;0 577310;1255;reste;547;350;3;;1050;6;245;6;1110;2 676898;1227;total;793;360;2;'''201 à 370;1100;4;250;3;1120;2 425653;1184;;;370;2;84;1150;7;255;5;1130;1 915284;1182;;;380;0;10.6%;1200;5;260;4;1140;0 ;;;;390;1;;1250;1;265;4;1150;2 ;;;;400;5;;1300;4;270;2;1160;0 ;;;;410;4;;1350;3;275;1;1170;2 ;;;;420;3;;1400;4;280;2;1180;1 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;2;;1450;3;285;3;1190;2 384083;-50;comp;;440;2;;1500;4;290;3;1200;0 523034;-41;shift2;646;450;3;;1550;4;295;1;reste;44 362986;-38;shift2;850;460;2;;1600;1;300;0;total;793 864784;-38;shift2;2407;470;1;;1650;2;305;3;; 628502;-35;shift2;571;480;2;;1700;1;310;0;; 1068153;-35;comp;;490;3;;1750;2;315;1;; 1110540;-32;shift2;997;500;3;;1800;2;320;2;; 511489;-26;shift2;;510;4;'''371 à 600;1850;1;325;2;; 661241;-26;shift2;;520;3;52;1900;3;330;0;; 710083;-26;shift2;;530;3;6.6%;1950;0;335;1;; 899806;-26;shift2;;540;0;;2000;0;340;1;; 1089393;-26;shift2;;550;0;;2050;0;345;2;; 417665;-25;shift2;;560;3;;2100;2;350;1;; 276966;-23;shift2;;570;3;;2150;0;355;1;; 480829;-23;shift2;;580;1;'''601 à max;2200;1;360;1;; 981350;-23;shift2;;590;1;120;;114;365;1;; 110015;-22;shift2;;600;3;15.1%;;;370;1;; 415433;-20;shift2;;reste;120;;reste;6;reste;172;; 748256;-20;shift2;;total;793;;total;793;total;793;; </pre> ====rtb intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> rtb Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; afn;min10;328;1323;1651;603;-26;101;127;-468;-407;-9;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; 46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; rtb;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;45;-332;590;12;496;246;max80;&-36;279;-782;91;569;258;min50 31 à 400;;;;;;;;&70;-478;827;-4.5;788;228;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;91;44;-;304;poly;191;tF;&174;61;-;487;poly;82;Sm 31 à 400;;;;;;;;&-36;44;-;598;poly;190;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.536;-0.105;0.148;;;;;-0.081;;;;;; 1-n;0.202;-0.277;-0.165;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; rtb;fx;fc;;rtb;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rtb;Sx-;Sc- 0;1;4;;0;8;10;0;1;4;>0;184;-1;0;10 10;2;64;;10;17;159;1;0;10;<0;4;-2;1;0 20;3;37;;20;25;92;2;0;7;zéro;1;-3;0;0 30;1;17;;30;8;42;3;0;8;total;189;-4;0;33 40;2;13;;40;17;32;4;0;13;;c;-5;0;0 50;3;7;;50;25;17;5;2;2;>0;502;-6;0;0 60;4;9;;60;34;22;6;0;5;<0;98;-7;0;2 70;6;16;;70;51;40;7;0;3;zéro;4;-8;0;16 80;12;9;;80;102;22;8;0;7;total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reste;66;100;;;;;reste;176;371;;;-42;0;0 total;185;506;;t30;51;294;total;185;506;;;-43;0;0 diagr;118;402;;;;;diagr;8;131;;;-44;0;0 - t30;112;284;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;reste;0;0 ;;;;;;;;;;;;total;4;98 </pre> ====rtb intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_négatifs_S-|rtb intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;0;3 continu;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;99 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;4 ;Sc-;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;98 </pre> ====rtb autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires|rtb autres intercalaires]] <pre> rtb;les autres intercalaires;;adresses1;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses2;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses3; deb; °CDS;7429;381;comp;;deb; °CDS;564534;1530;comp;;deb; °CDS;829300;82;comp ; &tRNA;8851;368;comp;;; &tRNA;567093;218;comp;;; &tRNA;830567;95;comp fin; °CDS;9295;;;;fin; °CDS;567399;;comp;;; &tRNA;830736;183;comp deb; °CDS;14663;108;;;deb; °CDS;583250;1278;;;fin; °CDS;831005;; ; &tRNA;18164;1394;;;; &tRNA;585428;58;comp;;deb; °CDS;839520;382; fin; °CDS;19633;;comp;;fin; °CDS;585577;;comp;;; &tRNA;840115;2009; deb; °CDS;48065;278;comp;;deb; °CDS;598723;26;;;fin; °CDS;842210;; ; &tRNA;48988;110;comp;;; &tRNA;599733;60;;;deb; °CDS;876906;401;comp fin; °CDS;49175;;comp;;; &tRNA;599870;62;comp;;; &tRNA;877991;145; deb; °CDS;73627;17;comp;;fin; °CDS;600007;;comp;;fin; °CDS;878213;; ; &tRNA;73947;139;comp;;deb; °CDS;608541;176;comp;;deb; °CDS;911079;179;comp fin; °CDS;74161;;comp;;; ncRNA;609386;248;comp;;; tmRNA;911738;74;comp deb; °CDS;155064;143;;;fin; °CDS;610018;;;;fin; °CDS;912362;; ; &tRNA;157307;167;;;deb; °CDS;644395;499;comp;;deb; °CDS;918938;951; fin; °CDS;157550;;;;; &tRNA;645245;1051;;;; &tRNA;920834;1945; deb; °CDS;189738;411;;;; &tRNA;646373;222;comp;;fin; °CDS;922871;;comp ; &tRNA;190290;142;comp;;fin; °CDS;646671;;comp;;deb; °CDS;941489;156;comp fin; °CDS;190508;;comp;;deb; °CDS;649389;452;comp;;; ncRNA;942887;9;comp deb; °CDS;255010;736;;;; &tRNA;650501;1274;;;fin; °CDS;943055;;comp 23s; $rRNA;256658;228;;;fin; °CDS;651852;;comp;;deb; °CDS;961209;41;comp 5s; $rRNA;259646;173;;;deb; °CDS;696163;1535;comp;;; &tRNA;962339;390;comp fin; °CDS;259934;;comp;;; &tRNA;698934;1028;;;fin; °CDS;962806;;comp deb; °CDS;291358;35;;;fin; °CDS;700039;;;;deb; °CDS;1023375;1585; ; &tRNA;291879;1364;;;deb; °CDS;727560;1164;comp;;; &tRNA;1025212;17; fin; °CDS;293320;;;;; &tRNA;729252;32;comp;;fin; °CDS;1025306;; deb; °CDS;335194;402;;;fin; °CDS;729359;;comp;;deb; °CDS;1053321;2191; ; &tRNA;337399;633;;;deb; °CDS;739215;181;;;; &tRNA;1056331;98;comp fin; °CDS;338107;;comp;;; &tRNA;740257;246;;;fin; °CDS;1056506;; deb; °CDS;440466;496;comp;;deb; °CDS;740590;1199;;;deb; °CDS;1090984;14; ; &tRNA;441430;31;;;; &tRNA;743160;1090;;;; ncRNA;1091640;152; fin; °CDS;441536;;;;fin; °CDS;744325;;;;fin; °CDS;1091886;; deb; °CDS;469056;218;comp;;deb; °CDS;775944;2466;comp;;deb; °CDS;1098776;40;comp ; &tRNA;470000;15;;;16s; $rRNA;780333;1854;comp;;; &tRNA;1099281;145;comp ; &tRNA;470091;1922;;;fin; °CDS;783686;;comp;;fin; °CDS;1099511;;comp fin; °CDS;472090;;;;deb; °CDS;814590;349;comp;;deb; °CDS;1102351;475;comp ;;;;;;; &tRNA;815173;68;comp;;; &tRNA;1103456;130;comp ;;;;;;fin; °CDS;815317;;comp;;fin; °CDS;1103661;;comp </pre> ====rtb intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_tRNA|rtb intercalaires tRNA]] <pre> ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;; ;;;;;;;;;; ;15;;381;comp’;368;;17;31;'''deb; comp’;60;;108;comp’;1394;;26;32;<201;9 comp’;1051;;278;;110;;35;58;total;19 ;95;;17;;139;;40;62;taux;47% ;;;143;;167;;82;68;; ;;comp’;411;;142;;108;110;'''fin; ;;;;;;;143;130;<201;12 ;;;35;;1364;;176;139;total;21 ;;;402;comp’;633;;181;142;taux;57% ;;comp’;496;;31;;278;145;; ;;comp’;218;;1922;;349;145;'''total; ;;;1530;;218;;381;167;<201;21 ;;comp’;1278;;58;;382;218;total;40 ;;;26;;62;;402;222;taux;53% ;;;176;;248;;475;246;; ;;comp’;499;;222;;951;248;; ;;comp’;452;comp’;1274;;1164;1028;; ;;comp’;1535;;1028;;1199;1090;; ;;;1164;;32;;1530;1364;; ;;;181;;246;;'''-;1922;; ;;;1199;;1090;;'''-;2009;'''comp’;'''cumuls ;;;349;;68;;218;98;'''deb;9 ;;;82;comp’;183;;401;183;<201;0 ;;;382;;2009;;411;368;'''fin;7 ;;comp’;401;;145;;452;633;<201;2 ;;;951;comp’;1945;;496;1274;; ;;comp’;2191;comp’;98;;499;1394;'''total; ;;;40;;145;;1278;1945;<201;2 ;;;475;;130;;1535;'''-;total;16 ;;;;;;;2191;'''-;taux;13% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;9;14;23;;;;; ;;total;28;28;56;;;;; ;;taux;32%;50%;41%;;;;; </pre> ===rpl=== ====rpl opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_opérons|rpl opérons]] <pre> 29.0%GC;30.12.19 Paris;16s 1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rickettsia prowazekii str. Breinl ;;;;;;;;;;;; comp;31462..31892;;cds;;263;263;;;144;;p-preprotein translocase subunit YajC;* comp;32156..32181;;rpr;;870;870;;;26;;tandem;* comp;33052..33126;;ggc;;1253;1253;;;;;;* comp;34380..35750;;cds;;256;256;;;;;magnesium transporter;* comp;36007..36093;;ctc;;190;190;;;;;;* comp;36284..37144;;cds;;;;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;46825..47040;;cds;;31;31;;;72;;hp;* ;47072..47146;;gca;;1964;1964;;;;;;* ;49111..49650;;cds;;;;;;180;;copper chaperone Pcu(A)C;* ;;;;;;;;;;;;* comp;71150..76816;;cds;;933;933;;;1889;;alpha-2-macroglobulin family protein;* comp;77750..77826;;cgt;;1179;1179;;;;;;* ;79006..80241;;cds;;;;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;;* ;121704..121946;;cds;;984;984;;;81;;HU family DNA-binding protein;* comp;122931..123007;;gtc;;446;446;;;;;;* ;123454..124113;;cds;;;;;;220;;(d)CMP kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;126222..126827;;cds;;236;236;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;* ;127064..127139;;gcc;@1;830;;830;;;;;* comp;127970..128046;;gac;;365;365;;;;;;* ;128412..128843;;cds;;;;;;144;;ribosome-associated translation inhibitor RaiA;* ;;;;;;;;;;;;* ;171237..173012;;cds;;50;50;;;592;;aminopeptidase P family protein;* ;173063..173137;;caa;;49;;49;;;;;* comp;173187..173263;;cgg;;18;18;;;;;;* comp;173282..174265;;cds;;;;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;186344..187336;;cds;;58;58;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;* ;187395..187484;;tca;;354;354;;;;;;* comp;187839..188738;;cds;;;;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;* ;;;;;;;;;;;;* ;203097..203846;;cds;;219;219;;;250;;bifunctional N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase/glucosamine-1-phosphate acetyltransferase;* ;204066..204153;;tcc;;1457;1457;;;;;;* ;205611..206639;;cds;;;;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;299321..300853;;cds;;419;419;;;511;;hp;* comp;301273..301349;;atc;;15;;15;;;;;* comp;301365..301440;;aaa;;219;219;;;;;;* ;301660..302400;;cds;;;;;;247;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;328700..329635;;cds;;22;22;;;312;;site-specific tyrosine recombinase XerD;* comp;329658..329732;;tgc;;499;499;;;;;;* ;330232..330699;;cds;;;;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;429121..429807;;cds;;723;723;;;229;;hp;* comp;430531..430605;;aac;;359;359;;;;;;* comp;430965..432767;;cds;;;;;;601;;elongation factor 4;* ;;;;;;;;;;;;* ;473867..474352;;cds;;928;928;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;* comp;475281..475357;;atgj;;40;40;;;;;;* comp;475398..475883;;cds;;;;;;162;;30S ribosomal protein S9;* ;;;;;;;;;;;;* ;506934..508007;;cds;;183;183;;;358;;cell division protein ZapE;* comp;508191..508305;;5s;;240;;;;115;;;* comp;508546..511330;;23s;;716;716;;;2785;;;* comp;512047..512958;;cds;;;;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;577419..579725;;cds;;138;138;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;* ;579864..579939;;acg;;1026;1026;;;;;;* comp;580966..581169;;cds;;;;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;612439..612639;;cds;;143;143;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;612783..612858;;tgg;;143;143;;;;;;* comp;613002..615101;;cds;;;;;;700;;elongation factor G;* ;;;;;;;;;;;;* comp;656226..656870;;cds;;296;296;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;* comp;657167..657243;;atgf;;119;119;;;;;;* comp;657363..657599;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;* ;;;;;;;;;;;;* comp;678911..679213;;cds;;19;19;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;* comp;679233..679307;;acc;;159;159;;;;;;* comp;679467..680723;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;746326..746529;;cds;;1664;1664;;;68;;hp;* comp;748194..748268;;gaa;;109;109;;;;;;* comp;748378..749421;;cds;;;;;;348;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;756703..757686;;cds;;363;363;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;* ;758050..758125;;ttc;;564;564;;;;;;* ;758690..759730;;cds;;;;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;776202..776537;;cds;;154;154;;;112;;30S ribosomal protein S16;* ;776692..776766;;aca;;467;467;;;;;;* ;777234..777863;;cds;;;;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;779197..780348;;cds;;140;140;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;* ;780489..780573;;cta;;37;37;;;;;;* ;780611..781075;;cds;;;;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;* ;;;;;;;;;;;;* comp;823242..823559;;cds;;98;98;;;106;;DUF167 domain-containing protein;* ;823658..823734;;aga;;1364;1364;;;;;;* comp;825099..825230;;cds;;;;;;44;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;854241..854456;;cds;;17;17;;;72;;translation initiation factor IF-1;* comp;854474..854550;;cca;;1573;1573;;;;;;* comp;856124..856357;;cds;;;;;;78;;BolA family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;915034..915501;;cds;;391;391;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* ;915893..915969;;atgi;;41;41;;;;;;* ;916011..917099;;cds;;;;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;* ;;;;;;;;;;;;* ;953564..954742;;cds;;696;696;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* comp;955439..955530;;agc;;898;898;;;;;;* comp;956429..957373;;cds;;;;;;315;;ACP S-malonyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1009435..1011165;;cds;;142;142;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* comp;1011308..1011384;;cac;;346;346;;;;;;* ;1011731..1012414;;cds;;;;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1045414..1045656;;cds;;2381;2381;;;81;;hp;* comp;1048038..1048123;;tta;;135;135;;;;;;* comp;1048259..1048387;;cds;;;;;;43;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1056245..1056973;;cds;;188;188;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;1057162..1057247;;tac;;105;;105;;;;;* ;1057353..1057426;;gga;;82;82;;;;;;* ;1057509..1058693;;cds;;;;;;395;;elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;;* ;1072391..1072663;;cds;;62;62;;;91;;30S ribosomal protein S20;* ;1072726..1072801;;gta;;1181;1181;;;;;;* comp;1073983..1074648;;cds;;;;;;222;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1102136..1103935;;cds;;1458;1462;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;1105394..1106893;;16s;;1462;1462;;;1500;;;* ;1108356..1109301,1..184;;cds;;;;;;377;;P-hp;* </pre> ====rpl cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_cumuls|rpl cumuls]] <pre> rpl cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;12;30;0 ;23s5s;1;20;1;;50;9;40;;200;11;60;2 ;16s;1;40;;;100;4;80;;300;12;90;9 ;16s23s;0;60;1;;150;8;120;;400;15;120;4 ;max a;0;80;;;200;5;160;;500;2;150;2 ;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;4;180;6 ;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;2;210;2 ;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;5 sans ;opérons;29;160;;;400;5;320;;900;0;270;3 ;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;2 ;max a;2;200;;;500;2;400;;1100;0;330;5 ;a doubles;0;;1;;;21;;;;1;;20 ;total aas;33;;4;0;;63;;0;;60;;60 total aas;;33;;;;21;1204;;;;;; remarques;;1;;;;;453;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;528;;;;293;; ;;;variance;;;;558;;;;271;; sans jaune;;;moyenne;56;;;191;;;;243;;172 ;;;variance;45;;;140;;;;145;;89 </pre> ====rpl blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_blocs|rpl blocs]] ====rpl distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_distribution|rpl distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rpl;;25;;;;;25;;rpl;8;;;;;;8 </pre> ====rpl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_données_intercalaires|rpl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;rpl;fx;fc;rpl;fx40;fc40;rpl;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;0;5;0;0;5;-1;;10;1159;1179;tRNA tRNA;; ;0;10;2;64;1;0;8;-2;1;0;1253;984;;830;gcc ;3;20;4;35;2;0;10;-3;;0;256;446;**;;gac ;1;30;2;19;3;0;9;-4;;35;190;365;;49;caa ;3;40;4;11;4;0;11;-5;;0;31;354;**;;cgg ;2;50;1;8;5;2;4;-6;;0;1964;219;15;;atc ;1;60;4;10;6;0;4;-7;;2;933;499;**;;aaa ;1;70;5;14;7;0;3;-8;;17;236;723;105;;tac ;0;80;12;13;8;0;6;-9;;0;50;928;**;;gga ;1;90;7;18;9;0;6;-10;;1;18;1026;;; 1;0;100;4;16;10;0;3;-11;;2;58;1999;;; ;1;110;3;19;11;0;3;-12;;0;219;363;;; ;1;120;7;17;12;1;7;-13;;3;1457;98;;; ;0;130;4;21;13;0;3;-14;1;7;419;1971;;; ;2;140;3;17;14;1;2;-15;;0;22;696;;; ;3;150;3;14;15;1;3;-16;;1;359;346;;; ;2;160;3;22;16;1;4;-17;;6;40;373;;; ;0;170;4;16;17;0;2;-18;;0;138;188;;; ;0;180;6;8;18;0;4;-19;;0;143;1181;;; 1;1;190;4;10;19;0;4;-20;;1;143;;;; ;0;200;2;9;20;0;3;-21;;0;296;;;; ;0;210;3;4;21;0;5;-22;;1;119;;;; 1;1;220;6;5;22;0;1;-23;;5;19;;;; ;0;230;3;9;23;1;1;-24;;0;159;;;; ;1;240;0;5;24;0;6;-25;;1;109;;;; ;0;250;5;8;25;0;3;-26;;4;564;;;; ;1;260;4;5;26;0;1;-27;;0;154;;;; ;0;270;4;1;27;1;0;-28;;0;467;;;; ;0;280;0;4;28;0;1;-29;;0;140;;;; ;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;37;;;; ;1;300;1;0;30;0;1;-31;;0;17;;;; ;0;310;1;3;31;0;0;-32;;1;1573;;;; ;0;320;1;3;32;1;4;-33;;0;391;;;; ;0;330;0;1;33;1;3;-34;;0;41;;;; ;0;340;0;0;34;0;2;-35;1;1;898;;;; 1;0;350;3;4;35;1;0;-36;;0;142;;;; 1;1;360;0;1;36;0;0;-37;;0;2381;;;; 2;0;370;1;4;37;0;1;-38;;3;82;;;; 1;0;380;2;1;38;0;0;-39;;0;62;;;; ;0;390;4;1;39;1;1;-40;;0;CDS 16s;;;; ;1;400;1;0;40;0;0;-41;;1;1458;;;; 11;11;reste;59;102;reste;171;393;-42;;0;16s CDS;;;; 19;39;total;183;527;total;183;527;-43;;0;1463;;;; 8;28;diagr;124;420;diagr;12;129;-44;;1;CDS 23s;;;; 0;4; t30;8;118;;;;-45;;0;719;;;; ;;;;;;;;-46;;0;23s 5s;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;261;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;5s CDS;;;; ;x;183;5;0;188;;;-49;;0;-;183;;; ;c;522;103;5;630;;;-50;1;0;;;;; ;;;;;818;75;;reste;1;0;;;;; ;;;;;;893;;total;5;103;;;;; </pre> =====rpl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_autres_intercalaires_aas|rpl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;rpl;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;31462;31892;1159;*; ;comp;tRNA;33052;33126;1253;*;ggc deb;comp;CDS;34380;35750;256;*; ;comp;tRNA;36007;36093;190;*;ctc fin;comp;CDS;36284;37144;;0; deb;;CDS;46825;47040;31;*; ;;tRNA;47072;47146;1964;*;gca fin;;CDS;49111;49650;;; deb;comp;CDS;71150;76816;933;*; ;comp;tRNA;77750;77826;1179;*;cgt fin;;CDS;79006;80241;;; deb;;CDS;121704;121946;984;*; ;comp;tRNA;122931;123007;446;*;gtc fin;;CDS;123454;124113;;; deb;;CDS;126222;126827;236;*; ;;tRNA;127064;127139;830;*;gcc ;comp;tRNA;127970;128046;365;*;gac fin;;CDS;128412;128915;;; deb;comp;CDS;160532;163174;244;*; ;;ncRNA;163419;163803;171;*; fin;;CDS;163975;164643;;; deb;;CDS;171237;173012;50;*; ;;tRNA;173063;173137;49;*;caa ;comp;tRNA;173187;173263;18;*;cgg fin;comp;CDS;173282;174265;;; deb;;CDS;186344;187336;58;*; ;;tRNA;187395;187484;354;*;tca fin;comp;CDS;187839;188738;;; deb;;CDS;203097;203846;219;*; ;;tRNA;204066;204153;1457;*;tcc fin;;CDS;205611;206639;;0; deb;comp;CDS;299321;300853;419;*; ;comp;tRNA;301273;301349;15;*;atc ;comp;tRNA;301365;301440;219;*;aaa fin;;CDS;301660;302400;;; deb;comp;CDS;328700;329635;22;*; ;comp;tRNA;329658;329732;499;*;tgc fin;;CDS;330232;330699;;; deb;;CDS;429121;429807;723;*; ;comp;tRNA;430531;430605;359;*;aac fin;comp;CDS;430965;432767;;0; deb;;CDS;473867;474352;928;*; ;comp;tRNA;475281;475357;40;*;atgj fin;comp;CDS;475398;475883;;; deb;;CDS;506934;508007;183;*; ;comp;rRNA;508191;508305;261;*;115 ;comp;rRNA;508567;511327;719;*;2761 fin;comp;CDS;512047;512958;;; deb;;CDS;577419;579725;138;*; ;;tRNA;579864;579939;1026;*;acg fin;comp;CDS;580966;581169;;0; deb;comp;CDS;612439;612639;143;*; ;comp;tRNA;612783;612858;143;*;tgg fin;comp;CDS;613002;615101;;; deb;comp;CDS;656226;656870;296;*; ;comp;tRNA;657167;657243;119;*;atgf fin;comp;CDS;657363;657599;;; deb;comp;CDS;678911;679213;19;*; ;comp;tRNA;679233;679307;159;*;acc fin;comp;CDS;679467;680723;;; deb;;CDS;745691;746194;1999;*; ;comp;tRNA;748194;748268;109;*;gaa fin;comp;CDS;748378;749594;;; deb;comp;CDS;756703;757686;363;*; ;;tRNA;758050;758125;564;*;ttc fin;;CDS;758690;759730;;; deb;;CDS;776202;776537;154;*; ;;tRNA;776692;776766;467;*;aca fin;;CDS;777234;777863;;; deb;;CDS;779197;780348;140;*; ;;tRNA;780489;780573;37;*;cta fin;;CDS;780611;781075;;0; deb;comp;CDS;786459;787982;143;*; ;comp;ncRNA;788126;788219;14;*; fin;comp;CDS;788234;788875;;0; deb;comp;CDS;823242;823559;98;*; ;;tRNA;823658;823734;1971;*;aga fin;comp;CDS;825706;826527;;; deb;comp;CDS;854241;854456;17;*; ;comp;tRNA;854474;854550;1573;*;cca fin;comp;CDS;856124;856357;;0; deb;;CDS;915034;915501;391;*; ;;tRNA;915893;915969;41;*;atgi fin;;CDS;916011;917099;;; deb;;CDS;934616;934933;9;*; ;;ncRNA;934943;935101;153;*; fin;;CDS;935255;936496;;0; deb;;CDS;953564;954742;696;*; ;comp;tRNA;955439;955530;898;*;agc fin;comp;CDS;956429;957373;;; deb;comp;CDS;963044;963856;74;*; ;;tmRNA;963931;964460;185;*; fin;;CDS;964646;965125;;; deb;comp;CDS;1009435;1011165;142;*; ;comp;tRNA;1011308;1011384;346;*;cac fin;;CDS;1011731;1012414;;; deb;comp;CDS;1045414;1045656;2381;*; ;comp;tRNA;1048038;1048123;373;*;tta fin;;CDS;1048497;1048709;;; deb;comp;CDS;1056245;1056973;188;*; ;;tRNA;1057162;1057247;105;*;tac ;;tRNA;1057353;1057426;82;*;gga fin;;CDS;1057509;1058693;;; deb;;CDS;1072391;1072663;62;*; ;;tRNA;1072726;1072801;1181;*;gta fin;comp;CDS;1073983;1074648;;; deb;;CDS;1102136;1103935;1458;*; ;;rRNA;1105394;1106892;1463;*;1499 fin;;CDS;1108356;17;;; </pre> ===rpm=== ====rpm opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm opérons]] <pre> ;20 m23s;17 m16s;;;;;;;;;; ;;9 m16s seuls;;;;;;;;;; http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_phot_DSM_122/rhodPhot_DSM122-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017059.1;rpm;;genome;24.12.19;;;;;;;; 64.7%GC;26.12.19 Paris;16s 7;95 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rhodospirillum photometricum DSM 122;;;;;;;;;;;; comp;3322..4194;;cds;;30;30;;;291;;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein;* comp;4225..4821;;23s°;@1;196;;;;595;;;* comp;5018..5093;;gca;;182;;;;;;;* comp;5276..5684;;16s°;;38;38;;;407;;;* ;5723..6664;;cds;;;;;;314;;SEL1-like repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp <;12458..13198;;cds;;242;242;;;247;;p-transposase;* comp;13441..13555;;5s;@2;72;;;;113;;;* comp;13628..13880;;23s°;;-7;*-7;;;251;;;* comp;13874..15127;;cds;;;;;;418;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;21325..22362;;cds;;586;*586;;;346;;hp;* ;22949..23237;;16s°;;85;85;;;287;;;* comp;23323..23490;;cds;;;;;;56;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;24015..24287;;cds;;250;250;;;91;;TraYdomain-containingprotein;* comp;24538..24652;;5s;;71;;;;113;;;* comp;24724..27490;;23s;;212;;;;2765;;;* comp;27703..27779;;atc;;112;;;;;;;* comp;27892..28378;;16s°;;18;18;;;485;;;* <>;28397..29119;;cds;;;;;;241;;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;32782..33759;;cds;;190;190;;;326;;glycosyltransferase;* ;33950..34357;;16s°;;112;;;;406;;;* ;34470..34546;;atc;;216;;;;;;;* ;34763..35591;;23s°;;44;;;;827;;;* comp;35636..35750;;5s;;72;;;;113;;;* comp;35823..38589;;23s;;215;;;;2765;;;* comp;38805..38881;;atc;;112;;;;;;;* comp;38994..40502;;16s;;260;;;;1507;;;* comp;40763..42629;;23s°;;-15;;;;1865;;;* ;42615..42903;;16s°;;112;;;;287;;;* ;43016..43092;;atc;;213;;;;;;;* ;43306..44132;;23s°;;-1;;;;825;;;* comp;44132..44835;;23s°;;-5;*-5;;;702;;;* ;44831..45121;;cds;;;;;;97;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* <;45496..45768;;cds;;553;*553;;;91;;p-glycosyl transferase family 1;* ;46322..47040;;16s°;;0;*0;;;717;;;* comp;47041..47433;;cds;;;;;;131;;winged helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;49761..51017;;cds;;128;128;;;419;;glycosyltransferase;* comp;51146..51221;;23s°;;214;;;;74;;;* comp;51436..51512;;atc;;112;;;;;;;* comp;51625..52017;;16s°;;-7;;;;391;;;* ;52011..52881;;23s°;;106;106;;;869;;;* ;52988..53464;;cds;;-37;*-37;;;159;;hp;* >;53428..53694;;cds;;86;86;;;89;;p-glycosyltransferase;* comp;53781..54709;;23s°;;26;;;;927;;;* ;54736..54898;;16s°;;112;;;;161;;;* ;55011..55087;;atc;;216;;;;;;;* ;55304..55741;;23s°;;438;*438;;;436;;;* ;56180..56440;;cds;;;;;;87;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;82891..83088;;cds;;116;116;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;83205..83280;;tgg;;199;199;;;;;;* >comp;83480..84178;;cds;;;;;;233;;p-elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;;* ;417242..417412;;cds;;142;142;;;57;;tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase;* ;417555..417631;;atgj;+;24;;24;;;;;* ;417656..417732;;atgj;2 atgj;38;38;;;;;;* comp;417771..418796;;cds;;;;;;342;;tRNA epoxyqueuosine(34) reductase QueG;* ;;;;;;;;;;;;* ;434306..435142;;cds;;512;*512;;;279;;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase;* ;435655..435842;;16s°;;-6;;;;186;;;* ;435837..436075;;23s°;;72;;;;237;;;* ;436148..436262;;5s;;51;;;;113;;;* ;436314..436390;;atgf;;196;196;;;;;;* ;436587..436883;;cds;;;;;;99;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;467261..468370;;cds;;167;167;;;370;;3-isopropylmalate dehydrogenase;* ;468538..468667;;23s°;;72;;;;128;;;* ;468740..468854;;5s;;51;;;;113;;;* ;468906..468982;;atgf;;125;125;;;;;;* ;469108..469863;;cds;;;;;;252;;SAM-dependent chlorinase/fluorinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;534521..536161;;cds;;367;367;;;547;;glucose-6-phosphate isomerase;* ;536529..536603;;acg;;92;92;;;;;;* comp;536696..537778;;cds;;;;;;361;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;658467..658931;;cds;;110;110;;;155;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;659042..659116;;gtc;;155;155;;;;;;* ;659272..660159;;cds;;106;106;;;296;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;660266..660340;;gtc;;648;*648;;;;;;* comp;660989..661800;;cds;;;;;;271;;p-N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* 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;875638..876117;;cds;;;;;;160;;CreA family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;885688..886299;;cds;;176;176;;;204;;LysE family translocator;* ;886476..886552;;ccc;;144;144;;;;;;* comp;886697..887233;;cds;;;;;;179;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;932708..934243;;cds;;93;93;;;512;;Fic family protein;* comp;934337..934413;;cgt;+;35;;35;;;;;* comp;934449..934525;;cgt;3 cgt;44;;44;;;;;* comp;934570..934646;;cgt;;449;*449;;;;;;* ;935096..936175;;cds;;;;;;360;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;978995..979396;;cds;;138;138;;;134;;MFS transporter;* comp;979535..979609;;ggc;+;23;;23;;;;;* comp;979633..979707;;ggc;4 ggc;45;;45;;;;;* comp;979753..979827;;ggc;;29;;29;;;;;* comp;979857..979931;;ggc;;206;206;;;;;;* ;980138..981679;;cds;;;;;;514;;murein biosynthesis integral membrane protein MurJ;* ;;;;;;;;;;;;* ;997575..997898;;cds;;95;95;;;108;;DUF1476 domain-containing protein;* comp;997994..998067;;cag;+;54;;54;;;;;* comp;998122..998195;;cag;2 cag;168;168;;;;;;* ;998364..999509;;cds;;;;;;382;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1050081..1051028;;cds;;60;60;;;316;;NnrS family protein;* comp;1051089..1051163;;acc;+;16;;16;;;;;* comp;1051180..1051254;;acc;3 acc;18;;18;;;;;* comp;1051273..1051347;;acc;;170;170;;;;;;* comp;1051518..1053305;;cds;;;;;;596;;EAL domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1197836..1199341;;cds;;197;197;;;502;;aldehyde dehydrogenase;* ;1199539..1199623;;cta;;126;126;;;;;;* ;1199750..1201090;;cds;;;;;;447;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1206196..1206501;;cds;;93;93;;;102;;HU family DNA-binding protein;* ;1206595..1206670;;gta;;50;50;;;;;;* ;1206721..1207092;;cds;;;;;;124;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1213113..1214459;;cds;;210;210;;;449;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit;* comp;1214670..1214874;;16s°;;600;*600;;;203;;;* comp;1215475..1216716;;cds;;;;;;414;;polyphosphate kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1349719..1350132;;cds;;109;109;;;138;;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha;* comp;1350242..1350608;;23s°;;212;;;;365;;;* comp;1350821..1350897;;atc;;115;;;;;;;* comp;1351013..1351438;;16s°;;23;23;;;424;;;* < comp;1351462..1352160;;cds;;;;;;233;;p-tetratricopeptide repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1359745..1360302;;cds;;176;176;;;186;;hp;* ;1360479..1360555;;gac;+;37;;37;;;;;* ;1360593..1360669;;gac;2 gac;274;274;;;;;;* ;1360944..1361204;;cds;;;;;;87;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1416615..1417769;;cds;;214;214;;;385;;glycosyltransferase family 61 protein;* ;1417984..1418074;;tcc;;154;154;;;;;;* comp;1418229..1419095;;cds;;;;;;289;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1472421..1473403;;cds;;250;250;;;328;;biotin synthase BioB;* comp;1473654..1473740;;ttg;;77;77;;;;;;* comp;1473818..1474678;;cds;;;;;;287;;homocysteine S-methyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1735298..1736380;;cds;;209;209;;;361;;DUF262 domain-containing protein;* ;1736590..1736859;;23s°;;72;;;;268;;;* ;1736932..1737046;;5s;;52;;;;113;;;* ;1737099..1737175;;atgf;;93;93;;;;;;* comp;1737269..1737694;;cds;;;;;;142;;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1812365..1813924;;cds;;894;*894;;;520;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;1814819..1815040;;16s°;;-7;*-7;;;222;;;* <comp;1815034..1815837;;cds;;80;80;;;268;;p-elongation factor Tu;* comp;1815918..1815991;;gga;;34;;34;;;;;* comp;1816026..1816111;;tac;;144;144;;;;;;* ;1816256..1817143;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1833109..1833603;;cds;;83;83;;;165;;MBL fold metallo-hydrolase;* comp;1833687..1833762;;aag;+;24;;24;;;;;* comp;1833787..1833862;;aag;2 aag;198;198;;;;;;* comp;1834061..1835224;;cds;;;;;;388;;rod shape-determining protein RodA;* ;;;;;;;;;;;;* >;1941413..1943059;;cds;;-30;*-30;;;549;;p-recombinase family protein;* comp;1943030..1943121;;agc;;160;160;;;;;;* comp;1943282..1944133;;cds;;;;;;284;;FAD-dependent thymidylate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2087696..2090938;;cds;;705;*705;;;1081;;PAS domain-containing protein;* ;2091644..2091826;;16s°;;7;7;;;181;;;* ;2091834..2092247;;cds;;;;;;138;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2095044..2095490;;cds;;48;48;;;149;;hp;* comp;2095539..2095733;;16s°;;614;*614;;;193;;;* comp;2096348..2097337;;cds;;;;;;330;;trypsin-like serine protease;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2113248..2114603;;cds;;219;219;;;452;;hp;* comp;2114823..2114899;;aga;;55;55;;;;;;* comp;2114955..2115251;;cds;;71;71;;;99;;ETC complex I subunit;* comp;2115323..2115399;;cca;;261;261;;;;;;* comp;2115661..2115960;;cds;;;;;;100;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2144042..2146288;;cds;;308;308;;;749;;HAMP domain-containing protein;* ;2146597..2147256;;23s°;;72;;;;658;;;* ;2147329..2147443;;5s;;52;;;;113;;;* ;2147496..2147572;;atgf;;645;*645;;;;;;* comp;2148218..2148664;;cds;;;;;;149;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2268003..2268461;;cds;;87;87;;;153;;23S rRNA (pseudouridine(1915)-N(3))-methyltransferase RlmH;* comp;2268549..2268625;;ccg;+;165;;*165;;;;;* comp;2268791..2268867;;ccg;2 ccg;56;56;;;;;;* comp;2268924..2269910;;cds;;;;;;329;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2321621..2322145;;cds;;332;332;;;175;;hp;* ;2322478..2322554;;ccc;;225;225;;;;;;* ;2322780..2322974;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2393295..2396009;;cds;@3;1003;*1003;;;905;;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3;* ;2397013..2397919;;16s°;;2;2;;;905;;;* ;2397922..2400888;;cds;;;;;;989;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2517845..2520559;;cds;;229;229;;;905;;phosphoenolpyruvate carboxylase;* comp;2520789..2520903;;5s;;72;;;;113;;;* comp;2520976..2521339;;23s°;;189;189;;;362;;;* comp;2521529..2522152;;cds;;;;;;208;;3-isopropylmalate dehydratase small subunit;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2596508..2596738;;cds;;989;989;;;77;;motility twitching protein PilT;* comp;2597728..2597815;;tca;;194;194;;;;;;* ;2598010..2599204;;cds;;;;;;398;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2621435..2622058;;cds;;106;106;;;208;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* comp;2622165..2622251;;ctc;;202;202;;;;;;* ;2622454..2623107;;cds;;;;;;218;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;2631201..2631554;;cds;;192;192;;;118;;hp;* ;2631747..2631822;;gcc;+;70;;70;;;;;* ;2631893..2631968;;gcc;4 gcc;69;;69;;;;;* ;2632038..2632113;;gcc;;57;;57;;;;;* ;2632171..2632246;;gcc;;166;166;;;;;;* <;2632413..2632965;;cds;;-41;*-41;;;184;;p-IS256 family transposase;* ;2632925..2633473;;cds;;30;30;;;183;;hp;* comp;2633504..2633579;;aca;;93;93;;;;;;* comp;2633673..2634200;;cds;;271;271;;;176;;N-acetyltransferase;* comp;2634472..2634561;;tcg;;155;155;;;;;;* ;2634717..2635742;;cds;;;;;;342;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2655872..2656489;;cds;;182;182;;;206;;YitT family protein;* comp;2656672..2656747;;gag;;141;141;;;;;;* comp;2656889..2657674;;cds;;;;;;262;;MetQ/NlpA family ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2758160..2758312;;cds;;110;110;;;51;;light-harvesting protein;* comp;2758423..2758509;;tta;;94;94;;;;;;* comp;2758604..2759899;;cds;;;;;;432;;bifunctional folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* >;2768823..2769518;;cds;;-12;*-12;;;232;;methyltransferase;* ;2769507..2769776;;23s°;;71;;;;268;;;* ;2769848..2769962;;5s;;118;118;;;113;;;* comp;2770081..2771016;;cds;;;;;;312;;tetratricopeptide repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2792922..2794778;;cds;;129;129;;;619;;glutathione-regulated potassium-efflux system protein KefB;* ;2794908..2794982;;caa;;92;92;;;;;;* comp;2795075..2795686;;cds;;;;;;204;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2862755..2862982;;cds;;123;123;;;76;;hp;* ;2863106..2863182;;cca;;117;;*117;;;;;* ;2863300..2863374;;atgi;;373;;*373;;;;;* ;2863748..2863823;;gca;;157;;*157;;;;;* ;2863981..2864056;;aca;;15;;;;;;;* ;2864072..2864317;;cds;;8;;;;82;;DUF2829 domain-containing protein;* ;2864326..2864401;;aaa;;250;250;;;;;;* >;2864652..2865041;;cds;;;;;;130;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2867066..2868112;;cds;;76;76;;;349;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;2868189..2868264;;aaa;;99;99;;;;;;* comp;2868364..2868870;;cds;;;;;;169;;peptidylprolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2893891..2894430;;cds;;25;25;;;180;;phage portal protein;* ;2894456..2894570;;5s;;51;;;;113;;;* ;2894622..2894698;;atgf;;285;285;;;;;;* ;2894984..2895400;;cds;;;;;;139;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3034652..3035092;;cds;;250;250;;;147;;hp;* comp;3035343..3035418;;aaa;;8;8;;;;;;* comp;3035427..3035986;;cds;;;;;;187;;DUF2829 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3305068..3306534;;cds;;379;*379;;;489;;S8 family serine peptidase;* comp;3306914..3306989;;ttc;+;29;;29;;;;;* comp;3307019..3307094;;ttc;4 ttc;34;;34;;;;;* comp;3307129..3307204;;ttc;;33;;33;;;;;* comp;3307238..3307313;;ttc;;60;60;;;;;;* comp;3307374..3308864;;cds;;;;;;497;;RimK family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3332977..3334356;;cds;;54;54;;;460;;type II secretion system protein;* ;3334411..3334487;;cgg;;176;176;;;;;;* < comp;3334664..3335983;;cds;;;;;;440;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3408217..3409026;;cds;;91;91;;;270;;hp;* comp;3409118..3409232;;5s;;71;;;;113;;;* comp;3409304..3409410;;23s°;;1;*1;;;105;;;* <;3409412..3409711;;cds;;;;;;100;;p-IS5/IS1182 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3456276..3461666;;cds;;387;*387;;;1797;;alpha-2-macroglobulin family protein;* ;3462054..3462130;;agg;;29;29;;;;;;* ;3462160..3462951;;cds;;;;;;264;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3500025..3500675;;cds;;210;210;;;217;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;3500886..3500959;;tgc;+;27;;27;;;;;* ;3500987..3501061;;aac;2 aac;31;;31;;;;;* ;3501093..3501167;;aac;;84;84;;;;;;* comp;3501252..3501659;;cds;;;;;;136;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3639978..3641276;;cds;;172;172;;;433;;outer membrane efflux protein;* ;3641449..3641525;;gcg;+;70;;70;;;;;* ;3641596..3641671;;gcg;3 gcg;33;;33;;;;;* ;3641705..3641780;;gcg;;389;*389;;;;;;* ;3642170..3644392;;cds;;;;;;741;;sigma-54-dependent Fis family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;3651524..3652711;;cds;;55;55;;;396;;aminotransferase;* ;3652767..3652843;;cac;;202;202;;;;;;* <comp;3653046..3653543;;cds;;;;;;166;;arsenical-resistance protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;3710072..3710840;;cds;;126;126;;;256;;TonB family protein;* comp;3710967..3711042;;gaa;+;214;;*214;;;;;* comp;3711257..3711332;;gaa;2 gaa;125;125;;;;;;* comp;3711458..3711664;;cds;;;;;;69;;cold-shock protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3727874..3729085;;cds;;828;*828;;;404;;hp;* ;3729914..3730068;;16s°;;87;87;;;153;;;* ;3730156..3730545;;cds;;;;;;130;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3804728..3805231;;cds;;118;118;;;168;;response regulator;* comp;3805350..3805425;;gag;;241;241;;;;;;* comp;3805667..3806140;;cds;;;;;;158;;transcription elongation factor GreA;* ;;;;;;;;;;;;* ;3813820..3815895;;cds;;138;138;;;692;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;3816034..3816109;;atgi;;94;94;;;;;;* ;3816204..3818993;;cds;;;;;;930;;diguanylate cyclase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3827982..3828878;;cds;;90;90;;;299;;phosphoserine phosphatase SerB;* comp;3828969..3829042;;ggg;@5;292;292;;;;;;* ;3829335..3830670;;cds;;;;;;445;;chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3832305..3833264;;cds;;311;311;;;320;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;3833576..3833662;;ctg;+;47;;47;;;;;* ;3833710..3833796;;ctg;5 ctg;153;;*153;;;;;* ;3833950..3834036;;ctg;;48;;48;;;;;* ;3834085..3834171;;ctg;;47;;47;;;;;* ;3834219..3834305;;ctg;;113;113;;;;;;* ;3834419..3835039;;cds;;;;;;207;;ribonuclease D;* </pre> ====rpm cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_cumuls|rpm cumuls]] <pre> rpm cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300 avec rRNA;opérons;27;1;0;;1;9;1;;100;20;1;0 ;16s°atc23s°;7;20;2;;50;15;40;;200;35;30;0 ;16s°gca23s°;1;40;14;;100;30;80;;300;30;60;3 ;16s°23s°;1;60;7;;150;24;120;;400;23;90;10 ;max a;1;80;3;;200;23;160;;500;14;120;10 ;a doubles;0;100;0;;250;16;200;;600;7;150;14 ;spéciaux;18;120;1;;300;5;240;;700;2;180;13 ;total aas;13;140;0;;350;4;280;;800;3;210;11 sans ;opérons;47;160;2;;400;5;320;;900;0;240;6 ;1 aa;30;180;1;;450;2;360;;1000;4;270;9 ;max a;5;200;0;;500;0;400;;1100;1;300;9 ;a doubles;15;;2;;;14;;;;2;;56 ;total aas;79;;32;0;;147;;0;;141;;141 total aas;;92;;;;;;;;;;; remarques;;5;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;69;;;194;;;;310;; ;;;variance;75;;;197;;;;248;; sans jaune;;;moyenne;39;;;147;;;;252;;170 ;;;variance;16;;;112;;;;134;;71 </pre> ====rpm blocs==== ====rpm blocs protéines==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_protéines|rpm blocs protéines]] <pre> 23s;23s rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB 3-isop;3-isopropylmalate dehydrogenase 3-isop-sub;3-isopropylmalate dehydratase small subunit acetyl;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit cas3;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3 CDP;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase ComF;ComF family protein CRISPR;CRISPR DUF262;DUF262 domain-containing protein FeFe;[FeFe] hydrogenase H-cluster radical SAM maturase HydE glyco;glycosyltransferase HAMP;HAMP domain-containing protein LysM ;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein methyl;methyltransferase NAD;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha p-elon;p-elongation factor Tu p-EscV;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein p-glyco;p-glycosyltransferase P-glyco1;p-glycosyl transferase family 1 p-IS5;p-IS5/IS1182 family transposase p-tetra;p-tetratricopeptide repeat protein p-trans;p-transposase PAS;PAS domain-containing protein peptido;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein phage;phage portal protein phospho;phosphoenolpyruvate carboxylase polypho;polyphosphate kinase respons;response regulator SAM;SAM-dependent chlorinase/fluorinase SEL1;SEL1-like repeat protein tetra;tetratricopeptide repeat protein TraY;TraY domain-containing protein trypsin;trypsin-like serine protease type II;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin VWA;VWA domain-containing protein winged ;winged helix-turn-helix domain-containing protein </pre> ====rpm blocs construits==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_construits|rpm blocs construits]] *Notes: J'ai gardé les symboles de coloration. Il suffit de les rechercher et les remplacer et sans désélectionner colorer comme suite: *: - '''*''' jaune, ffff00 *: - '''$''' orange, ff6600 *: - '''?''' cyan, 66ffff *: - '''§''' vert, 99ff33 *: - '''&''' bleu, 00ccff *: - '''(''' gris, dddddd *: - enlever le '''gras''', et <u>surligne</u>. <pre> rpm blocs;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;9 blocs 16s° solitaires, 6 blocs atc gca;;;;;;;;;;9 blocs 23s°5s, 3 blocs complets;;;;;; sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait;;sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait ;21325..22362;;cds;586;346;hp;1493;;;comp;13874..15127;;cds;-7;418;hp;1505; ;22949..23237;;*16s°;85;§287;;;;;comp;13628..13880;;*23s°;?72;§251;;; comp;23323..23490;;cds;;56;hp;;b3;;comp;13441..13555;;$5s;242;§113;;; ;;;;;;;;;;comp <;12458..13198;;cds;;247;p-trans;;b5 <;45496..45768;;cds;553;91;p-glyco1;1383;;;;;;;;;;; ;46322..47040;;*16s°;0;§717;;;;;comp;691078..691773;;cds;4;232;ComF;814; comp;47041..47433;;cds;;131;winged ;;b4;;;691778..691897;;*23s°;?72;§118;;; 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ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;atgj2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;cag2;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;;ccg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;;gac;;ggc;;cgt3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;ctg5;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;3;aga;1;gaa2;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;gac2;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;gcc4;gta;;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;gcg3;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc4;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;gtg2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;2;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;2;ggg;1;ttc4;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;3;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;gca >1 16s;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rpm;;30;;;;;30;;rpm;7;;;;;;7;;rpm;42;;;;;;42;;rpm;;;;5;;;5 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;5 1-3aas;;; </pre> ====rpm données intercalaires==== autres intercalaires aas *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_données_intercalaires|rpm données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;rpm;fx;fc;rpm;fx40;fc40;rpm;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;4;9;0;4;16;-1;0;65;418;38; CDS 16s;;;tRNA tRNA;; ;2;10;14;213;1;2;30;-2;3;1;116;367;néant;;;24;;atgj ;1;20;6;171;2;1;36;-3;0;0;199;92;5s CDS;;;**;;atgj ;1;30;8;116;3;2;23;-4;7;338;142;155;173;114;;25;;gtg 1;0;40;27;74;4;2;31;-5;0;0;196;648;250;161;;**;;gtg ;1;50;95;61;5;2;22;-6;0;0;125;195;229;118;;35;;cgt 2;4;60;78;63;6;1;8;-7;0;3;110;144;25;91;;44;;cgt ;0;70;47;80;7;0;11;-8;1;40;106;93;23s 5s;;;**;;cgt 2;3;80;30;75;8;2;18;-9;1;0;350;449;68;;;23;;ggc 2;4;90;21;68;9;0;20;-10;0;6;88;206;16s tRNA;;;45;;ggc 5;4;100;27;59;10;2;14;-11;0;18;81;95;116;;atc;29;;ggc 1;3;110;24;54;11;0;18;-12;0;0;176;168;tRNA 23s;;;**;;ggc ;3;120;25;53;12;1;29;-13;1;8;138;60;240;;atc;54;;cag 1;5;130;18;63;13;0;19;-14;1;20;170;154;243;;atc;**;;cag ;2;140;25;50;14;2;16;-15;0;0;197;93;5s tRNA;;;16;;acc 1;3;150;21;57;15;1;22;-16;0;2;126;195;51;;atgf;18;;acc 3;1;160;16;56;16;0;21;-17;0;10;93;645;51;;atgf;**;;acc 1;2;170;16;42;17;1;16;-18;3;0;50;87;52;;atgf;37;;gac 1;3;180;18;38;18;1;12;-19;1;3;176;74;52;;atgf;**;;gac 1;1;190;16;37;19;0;13;-20;1;5;274;194;51;;atgf;34;;gga 3;5;200;19;32;20;0;5;-21;0;0;214;205;;;;**;;tac 3;0;210;19;37;21;1;17;-22;0;1;250;538;;;;24;;aag ;3;220;8;25;22;0;13;-23;0;5;77;155;;;;**;;aag ;1;230;21;27;23;1;11;-24;0;0;80;110;;;;165;;ccg ;0;240;12;29;24;1;13;-25;0;1;83;92;;;;**;;ccg ;4;250;13;36;25;1;11;-26;3;5;198;76;;;;70;;gcc ;0;260;17;12;26;0;9;-27;0;0;141;54;;;;69;;gcc ;1;270;15;16;27;0;8;-28;0;2;160;176;;;;57;;gcc ;2;280;26;10;28;1;14;-29;2;5;219;387;;;;**;;gcc ;1;290;14;13;29;1;12;-30;0;0;55;210;;;;117;;cca 1;0;300;13;11;30;2;8;-31;0;5;71;84;;;;373;;atgi ;0;310;15;12;31;0;7;-32;0;2;261;184;;;;157;;gca 1;0;320;9;9;32;2;10;-33;0;0;56;126;;;;**;;aca ;0;330;8;12;33;1;12;-34;0;3;225;292;;;;29;;ttc ;0;340;8;8;34;5;4;-35;0;1;989;311;;;;34;;ttc ;1;350;9;8;35;0;4;-36;0;0;106;;;;;33;;ttc ;0;360;6;8;36;3;9;-37;0;2;192;;;;;**;;ttc 1;0;370;8;9;37;3;10;-38;0;5;166;;;;;27;;tgc ;1;380;4;5;38;5;5;-39;0;0;93;;;;;31;;aac 1;1;390;6;8;39;4;6;-40;0;1;271;;;;;**;;aac ;0;400;13;4;40;4;7;-41;0;2;182;;;;;70;;gcg 4;2;reste;99;76;reste;847;1263;-42;1;0;141;;;;;33;;gcg 35;65;total;898;1846;total;906;1853;-43;0;4;94;;;;;**;;gcg 31;63;diagr;795;1761;diagr;55;574;-44;1;2;129;;;;;214;;gaa 0;4; t30;28;500;;;;-45;0;0;123;;;;;**;;gaa ;;;;;;;;-46;0;0;15;;;;;47;;ctg ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;2;8;;;;;153;;ctg ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;250;;;;;48;;ctg ;x;902;46;4;952;;;-49;2;2;99;;;;;47;;ctg ;c;1837;603;9;2449;;;-50;0;2;285;;;;;**;;ctg ;;;;;3401;244;;reste;16;32;250;;;;;;; ;;;;;;3645;;total;46;603;8;;;;;;; ;;;;;;;;;;;379;;;;;;; ;;;;;;;;;;;60;;;;;;; ;;;;;;;;;;;29;;;;;;; ;;;;;;;;;;;172;;;;;;; ;;;;;;;;;;;389;;;;;;; ;;;;;;;;;;;55;;;;;;; ;;;;;;;;;;;125;;;;;;; ;;;;;;;;;;;118;;;;;;; ;;;;;;;;;;;241;;;;;;; ;;;;;;;;;;;138;;;;;;; ;;;;;;;;;;;220;;;;;;; ;;;;;;;;;;;90;;;;;;; ;;;;;;;;;;;113;;;;;;; </pre> =====rpm autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_autres_intercalaires_aas|rpm autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;rpm;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas deb;comp;CDS;3322;4086;198; ;comp;misc_f;4285;4778;239; ;comp;tRNA;5018;5093;199;gca ;comp;misc_f;5293;5425;62; ;comp;misc_f;5488;5583;7; fin;;CDS;5591;6664;; deb;comp;CDS;12473;13267;173; ;comp;rRNA;13441;13555;82;115 ;comp;misc_f;13638;13881;-8; fin;comp;CDS;13874;15127;; deb;;CDS;21325;22362;656; ;;misc_f;23019;23290;32; fin;comp;CDS;23323;23490;; deb;comp;CDS;24015;24287;250; ;comp;rRNA;24538;24652;68;115 ;comp;rRNA;24721;27462;240;2742 ;comp;tRNA;27703;27779;129;atc ;comp;misc_f;27909;28041;5; ;comp;misc_f;28047;28494;-14; fin;;CDS;28481;29194;; deb;comp;CDS;32782;33759;290; ;;misc_f;34050;34145;62; ;;misc_f;34208;34340;129; ;;tRNA;34470;34546;259;atc ;;misc_f;34806;35299;7; ;comp;misc_f;35307;35750;69; ;comp;rRNA;35820;38561;243;2742 ;comp;tRNA;38805;38881;116;atc ;comp;rRNA;38998;40479;268;1482 ;;misc_f;40748;45159;-2406; ;;misc_f;42754;42886;129; ;;tRNA;43016;43092;256;atc ;;misc_f;43349;43842;7; ;;misc_f;43850;44142;601; fin;;CDS;44744;45121;; deb;;CDS;45496;45768;576; ;;misc_f;46345;47084;10; fin;comp;CDS;47095;47433;; deb;comp;CDS;49761;51017;418; ;comp;tRNA;51436;51512;129;atc ;comp;misc_f;51642;51774;62; ;comp;misc_f;51837;51932;84; ;;misc_f;52017;52217;76; ;;misc_f;52294;52918;69; fin;;CDS;52988;53464;; deb;;CDS;53428;53694;87; ;comp;misc_f;53782;53921;72; ;comp;misc_f;53994;54619;90; ;;misc_f;54710;54881;129; ;;tRNA;55011;55087;289;atc ;;misc_f;55377;55746;433; fin;;CDS;56180;56440;; deb;comp;CDS;82891;83088;116; ;comp;tRNA;83205;83280;199;tgg fin;comp;CDS;83480;84178;; deb;;CDS;417242;417412;142; ;;tRNA;417555;417631;24;atgj ;;tRNA;417656;417732;38;atgj fin;comp;CDS;417771;418820;; deb;;CDS;434306;435142;672; ;;misc_f;435815;436065;82; ;;rRNA;436148;436262;51;115 ;;tRNA;436314;436390;196;atgf fin;;CDS;436587;436883;; deb;comp;CDS;467261;468367;193; ;;misc_f;468561;468657;82; ;;rRNA;468740;468854;51;115 ;;tRNA;468906;468982;125;atgf fin;;CDS;469108;469863;; deb;comp;CDS;534521;536161;367; ;;tRNA;536529;536603;92;acg fin;comp;CDS;536696;537778;; deb;;CDS;619174;620157;82; ;;regulatory;620240;620316;45; fin;;CDS;620362;621558;; deb;comp;CDS;658467;658931;110; ;comp;tRNA;659042;659116;155;gtc deb;;CDS;659272;660159;106; ;;tRNA;660266;660340;648;gtc fin;comp;CDS;660989;661800;; deb;comp;CDS;684188;685114;350; ;comp;tRNA;685465;685539;25;gtg ;comp;tRNA;685565;685639;195;gtg fin;;CDS;685835;686251;; deb;comp;CDS;691078;691803;-14; ;;misc_f;691790;691887;82; ;;rRNA;691970;692084;114;115 fin;comp;CDS;692199;694505;; deb;;CDS;750262;751398;161; ;comp;rRNA;751560;751674;82;115 ;comp;misc_f;751757;752004;598; ;;repeat_region;752603;752814;388; fin;;CDS;753203;753760;; deb;comp;CDS;839402;839962;163; ;comp;misc_f;840126;840415;631; fin;comp;CDS;841047;844388;; deb;;CDS;874585;875391;88; ;;tRNA;875480;875556;81;cac fin;;CDS;875638;876117;; deb;;CDS;885688;886299;176; 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gtt;0.52;gct;0;gat;0;ggt;0.52 ttc;179;tcc;155;tac;231;tgc;116 atc;290;acc;158;aac;317;agc;108 ctc;104;ccc;87;cac;118;cgt;303 gtc;176;gcc;170;gac;295;ggc;358 tta;122;tca;143;taa;1.03;tga;66 ata;0.86;aca;143;aaa;384;aga;154 cta;131;cca;144;caa;193;cga;13.4 gta;327;gca;288;gaa;330;gga;116 ttg;105;tcg;85;tag;2.76;tgg;115 atg;604;acg;73;aag;24.3;agg;112 ctg;256;ccg;63;cag;104;cgg;102 gtg;8.4;gcg;7.1;gag;7.8;ggg;74 </pre> ===rru=== ====rru opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_rubr_ATCC_11170/rhodRubr_ATCC11170-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007643.1;rru;;genome;3.8.16;;;;;;;; 64.97%GC;26.12.19 Paris;16s 4 ;55 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rhodospirillum rubrum ATCC 11170;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; comp;16232..16852;;cds;;163;163;;;207;;3'-5' exonuclease;* comp;17016..17102;;ctg;;253;253;;;;;;* ;17356..18378;;cds;;;;;;341;;3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;117072..117287;;cds;;37;37;;;72;;slyX;* comp;117325..117401;;agg;;341;341;;;;;;* ;117743..123022;;cds;;;;;;*1760;;alpha-2-macroglobulin-like protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;149921..151015;;cds;;225;225;;;365;;hp;* ;151241..151317;;cgg;;136;136;;;;;;* comp;151454..152929;;cds;;;;;;492;;chemotaxis sensory transducer protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;189941..191668;;cds;;859;*859;;;576;;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;* ;192528..194004;;16s;;184;;;;1477;;;* ;194189..194265;;atc;;66;;;66;;;;* ;194332..194407;;gca;;362;;;;;;;* ;194770..197527;;23s;;119;;;;2758;;;* ;197647..197761;;5s;;96;;;;115;;;* ;197858..197934;;atgf;;287;287;;;;;;* comp;198222..198455;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;305449..306648;;cds;;257;257;;;400;;Ppx/GppA phosphatase;* ;306906..306979;;cag;;319;319;;;;;;* comp;307299..308303;;cds;;;;;;335;;LacI family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;322896..323807;;cds;;292;292;;;304;;hp;* comp;324100..324174;;caa;;98;98;;;;;;* comp;324273..325601;;cds;;;;;;443;;chemotaxis sensory transducer protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;362552..362881;;cds;;224;224;;;110;;hp;* ;363106..363181;;gcc;+;202;;202;;;;;* ;363384..363459;;gcc;2 gcc;43;43;;;;;;* comp;363503..364531;;cds;;;;;;343;;esterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;407067..407606;;cds;;92;92;;;180;;YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;407699..407790;;agc;;141;141;;;;;;* ;407932..408774;;cds;;;;;;281;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;466945..467925;;cds;;115;115;;;327;;hp;* comp;468041..468126;;tta;;83;83;;;;;;* comp;468210..468458;;cds;;;;;;83;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;559038..559610;;cds;;86;86;;;191;;OsmC-like protein;* ;559697..559772;;aag;;140;140;;;;;;* ;559913..560608;;cds;;;;;;232;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;794877..795188;;cds;;-81;*-81;;;104;;hp;* comp;795108..795188;;Sig-pep;;217;217;;;27;;hp;* ;795406..795496;;tcc;;44;44;;;;;;* ;795541..795846;;cds;;;;;;102;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;908584..910185;;cds;;-102;*-102;;;534;;peptidase M23B;* comp;910084..910185;;Sig-pep;@1;1212;*1212;;;34;;hp;* ;911398..912874;;16s;;182;;;;1477;;;* ;913057..913133;;atc;;66;;;66;;;;* ;913200..913275;;gca;;361;;;;;;;* ;913637..916394;;23s;;118;;;;2758;;;* ;916513..916627;;5s;;95;;;;115;;;* ;916723..916799;;atgf;;573;*573;;;;;;* ;917373..921860;;cds;;;;;;*1496;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1159249..1160091;;cds;;71;71;;;281;;Linocin_M18 bacteriocin protein;* ;1160163..1160238;;gag;;117;117;;;;;;* ;1160356..1160613;;cds;;;;;;86;;prevent-host-death protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1464820..1465122;;cds;;283;283;;;101;;50S ribosomal protein L21;* ;1465406..1465495;;tcg;;139;139;;;;;;* comp;1465635..1466303;;cds;;;;;;223;;cytochrome B561;* ;;;;;;;;;;;;* ;1791953..1792159;;cds;;116;116;;;69;;hp;* comp;1792276..1792351;;gaa;;131;131;;;;;;* comp;1792483..1792689;;cds;;;;;;69;;cold-shock DNA-binding protein family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1824302..1825738;;cds;;98;98;;;479;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;1825837..1825921;;cta;;102;102;;;;;;* ;1826024..1827415;;cds;;;;;;464;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1833133..1833408;;cds;;284;284;;;92;;histone-like DNA-binding protein;* ;1833693..1833768;;gta;;70;70;;;;;;* comp;1833839..1835326;;cds;;;;;;496;;methyl-accepting chemotaxis sensory transducer;* ;;;;;;;;;;;;* ;1933506..1934138;;cds;;-633;*-633;;;211;;hp;* ;1933506..1933652;;Sig-pep;;571;*571;;;49;;hp;* ;1934224..1934300;;cca;;63;63;;;;;;* ;1934364..1934663;;cds;;12;12;;;100;;ETC complex I subunit region;* ;1934676..1934752;;aga;;396;*396;;;;;;* ;1935149..1939624;;cds;;;;;;*1492;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1959133..1959858;;cds;;175;175;;;242;;MerR family transcriptional regulator;* ;1960034..1960110;;ccc;@2;1062;*1062;;;;;;* ;1961173..1961367;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1996760..1998124;;cds;;-120;*-120;;;455;;lytic murein transglycosylase;* comp;1998005..1998124;;Sig-pep;;119;119;;;40;;hp;* ;1998244..1998333;;tca;;927;*927;;;;;;* comp;1999261..1999929;;cds;;;;;;223;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2032027..2032863;;cds;;123;123;;;279;;phage integrase;* comp;2032987..2033062;;aaa;;186;186;;;;;;* comp;2033249..2033755;;cds;;;;;;169;;peptidyl-prolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2093327..2093977;;cds;;295;295;;;217;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;* ;2094273..2094346;;tgc;;81;;81;;;;;* ;2094428..2094502;;aac;;150;150;;;;;;* ;2094653..2094916;;cds;;;;;;88;;prevent-host-death protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2304404..2305834;;cds;;89;89;;;477;;divalent cation transporter;* comp;2305924..2306010;;ctc;;178;178;;;;;;* ;2306189..2306839;;cds;;;;;;217;;lipoate-protein ligase B;* ;;;;;;;;;;;;* ;2331183..2331521;;cds;;73;73;;;113;;hp;* ;2331595..2331671;;atgj;;126;126;;;;;;* comp;2331798..2332040;;cds;;;;;;81;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2411337..2411804;;cds;;-72;*-72;;;156;;CreA;* comp;2411733..2411804;;Sig-pep;;202;202;;;24;;hp;* comp;2412007..2412083;;cac;;75;75;;;;;;* comp;2412159..2413343;;cds;;;;;;395;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2729598..2731271;;cds;;449;*449;;;558;;macrocin-O-methyltransferase;* comp;2731721..2731797;;atgf;;95;;;;;;;* comp;2731893..2732007;;5s;;119;;;115;;;;* comp;2732127..2734884;;23s;;362;;;2758;;;;* comp;2735247..2735322;;gca;;66;;;66;;;;* comp;2735389..2735465;;atc;;184;;;;;;;* comp;2735650..2737126;;16s;;606;*606;;1477;;;;* comp;2737733..2738110;;cds;;;;;;126;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2959802..2961874;;cds;;354;*354;;;*691;;chemotaxis sensory transducer protein;* comp;2962229..2962303;;gtc;;123;123;;;;;;* ;2962427..2963359;;cds;;;;;;311;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3124836..3125033;;cds;;151;151;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;3125185..3125260;;tgg;;343;343;;;;;;* comp;3125604..3126794;;cds;;93;93;;;397;;elongation factor Tu;* comp;3126888..3126961;;gga;;27;;27;;;;;* comp;3126989..3127074;;tac;;37;37;;;;;;* ;3127112..3128158;;cds;;57;57;;;349;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;3128216..3128291;;aca;;127;127;;;;;;* ;3128419..3128652;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3193350..3194507;;cds;;430;*430;;;386;;acyltransferase;* comp;3194938..3195013;;ttc;;103;103;;;;;;* comp;3195117..3195635;;cds;;;;;;173;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3320745..3322115;;cds;;-1371;*-1371;;;457;;virulence protein;* ;3320745..3320816;;Sig-pep;;1389;*1389;;;24;;hp;* comp;3322206..3322281;;atgi;;60;60;;;;;;* comp;3322342..3324432;;cds;;;;;;*697;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3377932..3378114;;cds;;140;140;;;61;;hp;* ;3378255..3378329;;acc;+;165;;165;;;;;* ;3378495..3378569;;acc;2 acc;237;237;;;;;;* ;3378807..3379370;;cds;;234;234;;;188;;hp;* ;3379605..3379681;;gac;;77;77;;;;;;* comp;3379759..3380517;;cds;;;;;;253;;diguanylate phosphodiesterase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3399207..3399494;;cds;;262;262;;;96;;hp;* comp;3399757..3399833;;ccg;;56;56;;;;;;* comp;3399890..3400972;;cds;;;;;;361;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3490378..3491148;;cds;;84;84;;;257;;2-phosphoglycolate phosphatase;* ;3491233..3491307;;gtg;;407;*407;;;;;;* ;3491715..3492080;;cds;;;;;;122;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3719367..3719753;;cds;;163;163;;;129;;hp;* comp;3719917..3719990;;ggg;;95;95;;;;;;* comp;3720086..3720859;;cds;;;;;;258;;enoyl-ACP reductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3805869..3806813;;cds;;130;130;;;315;;inner-membrane translocator;* comp;3806944..3807058;;5s;;116;;;;115;;;* comp;3807175..3809932;;23s;;362;;;;2758;;;* comp;3810295..3810370;;gca;;66;;;66;;;;* comp;3810437..3810513;;atc;;184;;;;;;;* comp;3810698..3812174;;16s;;1227;*1227;;;1477;;;* ;3813402..3814118;;cds;;;;;;239;;transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3824154..3825854;;cds;;76;76;;;567;;phage integrase;* comp;3825931..3826007;;cgt;;387;*387;;;;;;* ;3826395..3827531;;cds;;;;;;379;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4021982..4023163;;cds;;27;27;;;394;;diguanylate phosphodiesterase;* comp;4023191..4023277;;ttg;;224;224;;;;;;* ;4023502..4023855;;cds;;;;;;118;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4058818..4059117;;cds;;187;187;;;100;;hp;* ;4059305..4059380;;gcg;;179;179;;;;;;* comp;4059560..4060126;;cds;;;;;;189;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4105626..4107317;;cds;;-114;*-114;;;564;;chemotaxis sensory transducer;* comp;4107204..4107317;;Sig-pep;;721;*721;;;38;;hp;* comp;4108039..4108113;;acg;;148;148;;;;;;* ;4108262..4108843;;cds;;;;;;194;;D-alpha,beta-D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4261100..4262038;;cds;;269;269;;;313;;thioredoxin-like protein;* ;4262308..4262382;;ggc;;118;118;;;;;;* ;4262501..4263136;;cds;;;;;;212;;lysine exporter protein LysE/YggA;* </pre> ====rru cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_cumuls|rru cumuls]] <pre> rru cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300 avec rRNA;opérons;4;1;;;1;7;1;;100;23;1;0 ;16atcgca235;1;20;;;50;6;40;;200;17;30;3 ;Id-atgf;3;40;1;;100;19;80;;300;16;60;4 ;-;;60;;;150;20;120;;400;17;90;12 ;max a;3;80;;4;200;8;160;;500;8;120;10 ;a doubles;0;100;1;;250;7;200;;600;5;150;3 ;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;2;180;4 ;total aas;11;140;;;350;3;280;;800;0;210;5 sans ;opérons;40;160;;;400;3;320;;900;0;240;8 ;1 aa;36;180;1;;450;3;360;;1000;0;270;4 ;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;300;3 ;a doubles;2;;1;;;10;;;;3;;35 ;total aas;44;;4;4;;95;;0;;91;;91 total aas;;55;;;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;119;66;;208;;;;292;; ;;;variance;79;0;;333;;;;187;; sans jaune;;;moyenne;;;;148;;;;237;;140 ;;;variance;;;;83;;;;132;;69 </pre> ====rru blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_blocs|rru blocs]] <pre> rru blocs;;;;;;; cds;859;576;sulfate;cds;606;126;hp 16s;184;1477;;16s;184;1477; atc;66;;;atc;66;; gca;362;;;gca;362;; 23s;119;2758;;23s;119;2758; 5s;96;115;;5s;95;115; atgf;287;;;atgf;449;; cds;;78;hp;cds;;558;macrocin ;;;;;;; cds;-102;534;peptidase;;;; Sig-pep;1212;34;hp;cds;1227;239;transposase 16s;182;1477;;16s;184;1477; atc;66;;;atc;66;; gca;361;;;gca;362;; 23s;118;2758;;23s;116;2758; 5s;95;115;;5s;130;115; atgf;573;;;cds;;315;inner cds;;1496;hp;;;; ;;;;;;; sulfate;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;;;;;; inner;inner-membrane translocator;;;;;; macrocin;macrocin-O-methyltransferase;;;;;; peptidase;peptidase M23B;;;;;; </pre> ====rru distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_distribution|rru distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rru;;36;;;;;36;;rru;4;;;;;;4;;rru;4;;;;;;4;;rru;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====rru données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_données_intercalaires|rru données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;rru;fx;fc;rru;fx40;fc40;rru;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;81;163;253;CDS 16s ;; ;0;10;47;242;1;4;21;-2;1;0;406;37;841;1193; ;1;20;50;189;2;3;31;-3;0;0;98;299;972;999; 1;0;30;51;116;3;3;38;-4;27;394;224;147;5s CDS;; 1;0;40;27;83;4;4;43;-5;0;0;92;136;;130; 1;0;50;23;99;5;4;29;-6;2;0;141;287;23s 5s;; ;3;60;34;100;6;2;18;-7;0;5;83;257;2* 119;; 1;1;70;31;82;7;5;11;-8;0;42;170;319;118;; 1;3;80;24;87;8;5;22;-9;0;0;86;43;116;; 1;5;90;29;93;9;6;14;-10;3;6;738;115;16s tRNA;;atc ;5;100;30;96;10;11;15;-11;4;22;71;239;180;; ;2;110;38;64;11;7;34;-12;0;0;117;217;178;; 2;2;120;27;67;12;7;30;-13;0;4;131;283;180;; 2;1;130;30;59;13;2;26;-14;2;11;98;139;180;; 3;1;140;25;67;14;2;26;-15;1;0;150;116;tRNA 23s;;gca 2;3;150;28;55;15;8;13;-16;1;2;284;70;347;; ;1;160;27;60;16;3;13;-17;3;11;85;164;346;; 2;3;170;28;64;17;9;16;-18;0;0;63;261;347;; 3;1;180;16;46;18;7;9;-19;1;4;12;123;347;; 1;1;190;32;36;19;3;10;-20;4;3;396;295;5s tRNA;; ;0;200;23;43;20;2;12;-21;1;0;175;178;96;;atgf ;1;210;18;27;21;8;5;-22;1;0;215;126;95;;atgf 1;1;220;21;35;22;8;12;-23;1;1;186;449;95;;atgf 1;1;230;15;32;23;4;11;-24;0;0;150;171;tRNA tRNA;;intra 1;2;240;15;24;24;7;10;-25;1;1;89;166;4*66;;atc gca ;0;250;16;23;25;5;16;-26;2;2;73;90;tRNA tRNA;; 2;0;260;16;27;26;2;8;-27;1;0;202;140;202;;gcc 2;1;270;18;15;27;5;13;-28;0;0;75;77;**;;gcc ;0;280;13;20;28;4;16;-29;1;2;354;387;81;;tgc 2;1;290;17;14;29;3;14;-30;0;0;151;27;**;;aac 2;0;300;17;12;30;5;11;-31;0;2;343;224;27;;gga ;0;310;15;18;31;1;9;-32;0;1;93;187;**;;tac 1;0;320;14;8;32;4;10;-33;0;0;57;179;165;;acc ;0;330;9;6;33;3;7;-34;0;1;127;148;**;;acc ;0;340;7;12;34;2;11;-35;1;0;430;269;;; ;1;350;10;7;35;3;4;-36;0;0;103;;;; ;1;360;11;3;36;3;7;-37;0;0;60;;;; ;0;370;10;10;37;3;10;-38;1;0;237;;;; ;0;380;3;6;38;5;6;-39;0;0;234;;;; 1;0;390;4;5;39;1;9;-40;2;0;262;;;; ;1;400;5;4;40;2;10;-41;1;2;56;;;; 1;5;reste;88;72;reste;787;1498;-42;0;0;84;;;; 35;48;total;963;2140;total;963;2140;-43;0;1;407;;;; 34;43;diagr;874;2056;diagr;175;630;-44;0;0;163;;;; 1;1; t30;148;547;;;;-45;1;0;95;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;103;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;721;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;118;;;; ;x;962;74;1;1037;;;-49;1;0;;;;; ;c;2128;609;12;2749;;;-50;1;0;;;;; ;;;;;3786;160;;reste;9;11;;;;; ;;;;;;3946;;total;74;609;;;;; </pre> =====rru autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_autres_intercalaires_aas|rru autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;rru;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;16232;163;comp; ;tRNA;17016;253;comp;ctg fin;CDS;17356;;; deb;CDS;117072;37;; ;tRNA;117325;299;comp;agg fin;CDS;117701;;; deb;CDS;149921;147;comp; ;tRNA;151241;136;;cgg fin;CDS;151454;;comp; deb;CDS;189941;841;; 16s;rRNA;192510;180;;1477 ;tRNA;194189;66;;atc ;tRNA;194332;347;;gca 23s;rRNA;194755;119;;2758 5s;rRNA;197647;96;;115 ;tRNA;197858;287;;atgf deb;CDS;198222;222;comp; ;repeat_region;198678;145;; fin;CDS;200012;;comp; deb;CDS;211593;261;comp; ;repeat_region;213597;128;; fin;CDS;214303;;comp; deb;CDS;305449;257;comp; ;tRNA;306906;319;;cag fin;CDS;307299;;comp; deb;CDS;322896;406;comp; ;tRNA;324100;98;comp;caa fin;CDS;324273;;comp; deb;CDS;362552;224;; ;tRNA;363106;202;;gcc ;tRNA;363384;43;;gcc fin;CDS;363503;;comp; deb;CDS;407067;92;; ;tRNA;407699;141;;agc fin;CDS;407932;;; deb;CDS;419952;57;; ;repeat_region;420333;228;; fin;CDS;423032;;comp; deb;CDS;466945;115;; ;tRNA;468041;83;comp;tta fin;CDS;468210;;comp; deb;CDS;529650;67;; ;repeat_region;530056;180;; fin;CDS;530734;;comp; deb;CDS;536858;111;comp; ;regulatory;537266;38;; fin;CDS;537511;;; deb;CDS;559038;239;comp; ;tRNA;559697;170;;aag fin;CDS;559943;;; deb;CDS;571949;20;; ;regulatory;572902;194;; fin;CDS;573329;;; deb;CDS;794877;217;comp; ;tRNA;795406;86;;tcc fin;CDS;795583;;; deb;CDS;908584;1193;comp; 16s;rRNA;911379;178;;1477 ;tRNA;913057;66;;atc ;tRNA;913200;346;;gca 23s;rRNA;913622;118;;2758 5s;rRNA;916513;95;;115 ;tRNA;916723;738;;atgf fin;CDS;917538;;; deb;CDS;988887;204;; ;repeat_region;989382;533;; fin;CDS;992381;;comp; deb;CDS;1144656;314;comp; ;ncRNA;1145438;15;comp; fin;CDS;1145882;;comp; deb;CDS;1159249;71;; ;tRNA;1160163;117;;gag fin;CDS;1160356;;; deb;CDS;1339162;168;; ;regulatory;1340533;238;; fin;CDS;1340988;;; deb;CDS;1362782;177;comp; ;repeat_region;1363865;208;; fin;CDS;1364648;;comp; deb;CDS;1464820;283;comp; ;tRNA;1465406;139;;tcg fin;CDS;1465635;;comp; 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;tRNA;2305924;178;comp;ctc fin;CDS;2306189;;; deb;CDS;2318681;138;comp; ;regulatory;2319857;73;; fin;CDS;2320063;;; deb;CDS;2331183;73;; ;tRNA;2331595;126;;atgj fin;CDS;2331798;;comp; deb;CDS;2411337;202;comp; ;tRNA;2412007;75;comp;cac fin;CDS;2412159;;comp; deb;CDS;2550773;186;comp; ;regulatory;2551172;147;; fin;CDS;2551477;;; deb;CDS;2559473;36;; ;tmRNA;2560658;131;; fin;CDS;2561126;;; deb;CDS;2667051;354;; ;repeat_region;2668113;204;; fin;CDS;2669862;;comp; deb;CDS;2714978;129;; ;repeat_region;2715965;262;; fin;CDS;2716563;;; deb;CDS;2729598;449;; ;tRNA;2731721;95;comp;atgf 5s;rRNA;2731893;119;comp;115 23s;rRNA;2732127;347;comp;2758 ;tRNA;2735247;66;comp;gca ;tRNA;2735389;180;comp;atc 16s;rRNA;2735646;972;comp;1477 fin;CDS;2738117;;comp; deb;CDS;2959802;354;comp; ;tRNA;2962229;171;comp;gtc fin;CDS;2962475;;; deb;CDS;3124836;151;comp; ;tRNA;3125185;343;comp;tgg deb;CDS;3125604;93;comp; ;tRNA;3126888;27;comp;gga ;tRNA;3126989;166;comp;tac deb;CDS;3127241;57;; ;tRNA;3128216;127;;aca fin;CDS;3128419;;; deb;CDS;3193350;430;comp; ;tRNA;3194938;103;comp;ttc fin;CDS;3195117;;comp; deb;CDS;3320745;90;; ;tRNA;3322206;60;comp;atgi fin;CDS;3322342;;comp; deb;CDS;3377932;140;comp; ;tRNA;3378255;165;;acc ;tRNA;3378495;237;;acc deb;CDS;3378807;234;; ;tRNA;3379605;77;;gac fin;CDS;3379759;;comp; deb;CDS;3399207;262;comp; ;tRNA;3399757;56;comp;ccg fin;CDS;3399890;;comp; deb;CDS;3490378;84;; ;tRNA;3491233;407;;gtg fin;CDS;3491715;;; deb;CDS;3514107;56;comp; ;regulatory;3515291;4;comp; ;regulatory;3515401;88;comp; fin;CDS;3515601;;comp; deb;CDS;3523910;371;; ;repeat_region;3524497;79;; fin;CDS;3525452;;comp; deb;CDS;3705744;56;comp; ;regulatory;3707042;399;comp; fin;CDS;3707518;;; deb;CDS;3719367;163;comp; ;tRNA;3719917;95;comp;ggg fin;CDS;3720086;;comp; deb;CDS;3805869;130;; 5s;rRNA;3806944;116;comp;115 23s;rRNA;3807175;347;comp;2758 ;tRNA;3810295;66;comp;gca ;tRNA;3810437;180;comp;atc 16s;rRNA;3810694;999;comp;1477 fin;CDS;3813192;;; deb;CDS;3824154;103;comp; ;tRNA;3825931;387;comp;cgt fin;CDS;3826395;;; deb;CDS;3996560;58;comp; ;ncRNA;3998598;106;comp; fin;CDS;3998802;;comp; deb;CDS;4021982;27;; ;tRNA;4023191;224;comp;ttg fin;CDS;4023502;;; deb;CDS;4058818;187;comp; ;tRNA;4059305;179;;gcg fin;CDS;4059560;;comp; deb;CDS;4105626;721;comp; ;tRNA;4108039;148;comp;acg fin;CDS;4108262;;; deb;CDS;4261100;269;comp; ;tRNA;4262308;118;;ggc fin;CDS;4262501;;; </pre> ====rru intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_entre_cds|rru intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> rru;27.1.21 paris;NCBI;10.3.20;;;;;;;;; rru;intercalaires;total;%;intercalaires;moyennes;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;683;18.0;'''négatif ;-8;15;-73 à -1;'''4 352 825;-1;683;610;1 ;'''zéro;13;0.3;;;;;'''intercals;0;13;620;0 ;'''1 à 200;2368;62.5;'''0 à 200;78;58;;'''429 144;5;180;630;5 ;'''201 à 370;535;14.1;'''201 à 370;268;46;;'''9.9%;10;109;640;6 ;'''371 à 600;139;3.7;'''371 à 600;453;60;;;15;155;650;1 ;'''601 à max;48;1.3;'''601 à 1028;733;105;;;20;84;660;4 ;'''total 3786;<201;80.9;'''total 3779;112;136;-73 à 995;;25;86;670;3 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;81;680;1 3818575;1469;-1;683;-70;8;;0;13;35;54;690;2 844364;995;0;13;-60;5;;-1;°81;40;56;700;1 3816901;954;1;25;-50;8;;-2;1;45;59;710;1 3134490;938;2;34;-40;8;;-3;0;50;63;720;0 3477618;929;3;°41;-30;6;'''min à -1;-4;°421;55;67;730;0 1097019;885;4;°47;-20;21;683;-5;0;60;67;740;3 3856065;884;5;°33;-10;75;18.0%;-6;2;65;61;750;0 566184;881;6;20;0;565;;-7;5;70;52;760;1 1833839;873;7;16;10;289;;-8;°42;75;59;770;2 3136049;866;8;°27;20;239;;-9;0;80;52;780;3 2475546;802;9;20;30;167;;-10;9;85;58;790;3 93164;788;10;26;40;110;;-11;°26;90;64;800;0 409696;787;11;°41;50;122;;-12;0;95;51;810;1 400635;785;12;37;60;134;;-13;4;100;75;820;0 1366462;777;13;28;70;113;;-14;°13;105;49;830;0 3456663;777;14;°28;80;111;;-15;1;110;53;840;0 3312945;771;15;21;90;122;'''1 à 100;-16;3;115;49;850;0 550038;769;16;16;100;126;1533;-17;°14;120;45;860;0 2493887;767;17;°25;110;102;41%;-18;0;125;44;870;1 1410707;755;18;16;120;94;;-19;5;130;45;880;1 1423514;739;19;13;130;89;;-20;°7;135;48;890;3 2688282;734;20;°14;140;92;;-21;1;140;44;900;0 3627241;732;21;13;150;83;;-22;1;145;41;910;0 2706640;702;22;°20;160;87;;-23;°2;150;42;920;0 3937050;697;23;15;170;92;;-24;0;155;44;930;1 1011650;686;24;17;180;62;;-25;2;160;43;940;1 742860;682;25;°21;190;68;'''1 à 200;-26;°4;165;42;950;0 3424033;675;26;10;200;66;2368;-27;1;170;50;960;1 139185;669;27;18;210;45;62.5%;-28;0;175;31;970;0 880072;663;28;°20;220;56;;-29;°3;180;31;980;0 1976647;662;29;17;230;47;;-30;0;185;28;990;0 2640270;659;30;16;240;39;;-31;2;190;40;1000;1 90214;657;31;10;250;39;;-32;1;195;39;1010;0 961964;656;32;°14;260;43;;;664;200;27;1020;0 1209394;652;33;10;270;33;'''0 à 200;reste;32;205;19;1030;0 2536913;650;34;13;280;33;2381;total;696;210;26;1040;0 2591508;639;35;7;290;31;;;;215;25;1050;0 55947;637;36;10;300;29;;intercal;<u>frequencef;220;31;1060;0 1786743;636;37;°13;310;33;;600;3738;225;25;1070;0 2231609;636;38;11;320;22;;620;1;230;22;1080;0 3609912;633;39;10;330;15;;640;11;235;18;1090;0 3187318;631;40;°12;340;19;;660;5;240;21;1100;0 ;;reste;2285;350;17;;680;4;245;24;1110;0 ;;total;3786;360;14;'''201 à 370;700;3;250;15;1120;0 ;;;;370;20;535;720;1;255;21;1130;0 ;;;;380;9;14.1%;740;3;260;22;1140;0 ;;;;390;9;;760;1;265;23;1150;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;9;;780;5;270;10;1160;0 2068001;-137;shift2;1009;410;14;;800;3;275;15;1170;0 651352;-122;comp;;420;14;;820;1;280;18;1180;0 2462962;-120;comp;;430;9;;840;0;285;13;1190;0 1155908;-106;comp;;440;4;;860;0;290;18;1200;0 2381188;-104;comp;;450;15;;880;2;295;14;reste;1 3871151;-104;comp;;460;5;;900;3;300;15;total;3786 4292550;-73;shift2;662;470;5;'''371 à 600;920;0;305;18;; 664620;-70;comp;;480;4;139;940;2;310;15;; 3822351;-68;shift2;682;490;4;3.7%;960;1;315;10;; 3867765;-65;shift2;451;500;5;;980;0;320;12;; 1091959;-64;shift2;1268;510;7;;1000;1;325;8;; 3289914;-62;shift2;;520;1;;;47;330;7;; 1568904;-61;shift2;;530;3;;;;335;11;; 465562;-59;comp;;540;4;;;;340;8;; 2309068;-59;shift2;;550;7;;;;345;12;; 780196;-58;shift2;;560;2;;;;350;5;; 2759874;-55;comp;;570;1;;;;355;7;; 3267314;-53;shift2;;580;5;'''601 à max;;;360;7;; 210683;-52;shift2;;590;1;48;;;365;7;; 1365051;-52;shift2;;600;2;1.3%;;;370;13;; 622208;-50;comp;;reste;48;;reste;1;reste;187;; 2342888;-49;comp;;total;3786;;total;3786;total;3786;; </pre> ====rru intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru intercalaires positifs S+]] *Légende: *Tableaux <pre> rru. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; rru;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-13;90;-272;53;818;231;min50;-34;275;-804;94;878;270;min40 31 à 400;12;-97;135;28;833;269;2 parties;13;-61;-91;52;957;156;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;103;46;-;798;dte;20;Sf;181;62;-;739;poly;139;SF 31 à 400;86;41;-;797;dte;36;tf;137;50;-;916;dte;41;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.017;;;;; 41-n;0.829;0.193;0.611;;;;;;;;;;; 1-n;0.861;0.722;0.792;;;;;;;;;14.8.21 Paqris;; rru;fx;fc;;rru;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rru;Sx-;Sc- 0;1;12;;0;1;6;0;1;12;>0;962;-1;0;81 10;47;242;;10;54;118;1;4;21;<0;74;-2;1;0 20;50;189;;20;57;92;2;3;31;zéro;1;-3;0;0 30;51;116;;30;58;56;3;3;38;total;1037;-4;27;394 40;27;83;;40;31;40;4;4;43;;c;-5;0;0 50;23;99;;50;26;48;5;4;29;>0;2128;-6;2;0 60;34;100;;60;39;49;6;2;18;<0;609;-7;0;5 70;31;82;;70;35;40;7;5;11;zéro;12;-8;0;42 80;24;87;;80;27;42;8;5;22;total;2749;-9;0;0 90;29;93;;90;33;45;9;6;14;;;-10;3;6 100;30;96;;100;34;47;10;11;15;;;-11;4;22 110;38;64;;110;43;31;11;7;34;;;-12;0;0 120;27;67;;120;31;33;12;7;30;;;-13;0;4 130;30;59;;130;34;29;13;2;26;;;-14;2;11 140;25;67;;140;29;33;14;2;26;;;-15;1;0 150;28;55;;150;32;27;15;8;13;;;-16;1;2 160;27;60;;160;31;29;16;3;13;;;-17;3;11 170;28;64;;170;32;31;17;9;16;;;-18;0;0 180;16;46;;180;18;22;18;7;9;;;-19;1;4 190;32;36;;190;37;18;19;3;10;;;-20;4;3 200;23;43;;200;26;21;20;2;12;;;-21;1;0 210;18;27;;210;21;13;21;8;5;;;-22;1;0 220;21;35;;220;24;17;22;8;12;;;-23;1;1 230;15;32;;230;17;16;23;4;11;;;-24;0;0 240;15;24;;240;17;12;24;7;10;;;-25;1;1 250;16;23;;250;18;11;25;5;16;;;-26;2;2 260;16;27;;260;18;13;26;2;8;;;-27;1;0 270;18;15;;270;21;7;27;5;13;;;-28;0;0 280;13;20;;280;15;10;28;4;16;;;-29;1;2 290;17;14;;290;19;7;29;3;14;;;-30;0;0 300;17;12;;300;19;6;30;5;11;;;-31;0;2 310;15;18;;310;17;9;31;1;9;;;-32;0;1 320;14;8;;320;16;4;32;4;10;;;-33;0;0 330;9;6;;330;10;3;33;3;7;;;-34;0;1 340;7;12;;340;8;6;34;2;11;;;-35;1;0 350;10;7;;350;11;3;35;3;4;;;-36;0;0 360;11;3;;360;13;1;36;3;7;;;-37;0;0 370;10;10;;370;11;5;37;3;10;;;-38;1;0 380;3;6;;380;3;3;38;5;6;;;-39;0;0 390;4;5;;390;5;2;39;1;9;;;-40;2;0 400;5;4;;400;6;2;40;2;10;;;-41;1;2 reste;88;72;;;;;reste;787;1498;;;-42;0;0 total;963;2140;;t30;169;266;total;963;2140;;;-43;0;1 diagr;874;2056;;;;;diagr;175;630;;;-44;0;0 - t30;726;1509;;;;;;;;;;-45;1;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;reste;9;11 ;;;;;;;;;;;;total;74;609 </pre> ====rru intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_négatifs_S-|rru intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> rru;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;;; comp’;0;1;0;25;0;2;0;0;0;3;4;0;0;2;1;1;3;0;1;4;1;1;0;0;1;2;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;4;69;7 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fin;°CDS;1145882;;comp;;deb;°CDS;2714978;129;;;deb;°CDS;4105626;721;comp deb;°CDS;1159249;71;;;;repeat_region;2715965;262;;;;&tRNA;4108039;148;comp ;&tRNA;1160163;117;;;fin;°CDS;2716563;;;;fin;°CDS;4108262;; fin;°CDS;1160356;;;;;;;;;;deb;°CDS;4261100;269;comp deb;°CDS;1339162;168;;;;;;;;;;&tRNA;4262308;118; ;regulatory;1340533;238;;;;;;;;;fin;°CDS;4262501;; fin;°CDS;1340988;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====rru intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_tRNA|rru intercalaires tRNA]] <pre> rru;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;; ;;;;;;;;;; ;66;;163;comp’;253;;12;56;'''deb; ;202;comp’;37;comp’;299;;57;60;<201;15 ;66;comp’;147;comp’;136;;71;63;total;24 ;81;;;;287;;73;75;taux;63% ;66;comp’;257;comp’;319;;84;83;; ;27;;406;;98;;85;86;'''fin; ;165;;224;comp’;43;;89;95;<201;18 ;66;;92;;141;;92;98;total;25 ;;comp’;115;;83;;93;103;taux;72% ;;comp’;239;;170;;98;117;; 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;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;25;29;54;;;;; ;;total;41;42;83;;;;; ;;taux;61%;69%;65%;;;;; </pre> ===oan=== ====oan opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;oan;;genome;;;;;;;;; 56.1%GC;27.12.19 Paris;16s 4 ;61 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 ;;;;;;;;;;;; chromosom1;;;;;;;;;;;; ;34057..34446;;cds;;224;224;;;130;;TIGR02300 family protein;* ;34671..34746;;gcc;@1;-40;*-40;;;;;;* ;34707..35480;;cds;;;;;;258;;glutathione S-transferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;223549..224394;;cds;;164;164;;;282;;3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase CysQ;* ;224559..224635;;ccg;;109;109;;;;;;* comp;224745..225806;;cds;;;;;;354;;site-specific integrase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;337757..338197;;cds;;158;158;;;147;;DMT family transporter;* comp;338356..338431;;ttc;;171;171;;;;;;* comp;338603..338818;;cds;;;;;;72;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;;;;;;;;;;;;* comp;344419..344598;;cds;;147;147;;;60;;hp;* ;344746..344820;;acc;;397;397;;;;;;* ;345218..346030;;cds;;;;;;271;;DUF2189 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;351922..353328;;cds;;167;167;;;469;;deoxyribodipyrimidine photo-lyase;* comp;353496..353572;;cgt;;159;159;;;;;;* comp;353732..355285;;cds;;;;;;*518;;HAMP domain-containing histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;725472..726479;;cds;;219;219;;;336;;glycosyltransferase family 4 protein;* ;726699..726773;;caa;;61;61;;;;;;* comp;726835..727413;;cds;;;;;;193;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;934613..934987;;cds;;333;333;;;125;;transposase;* comp;935321..935397;;agg;;114;114;;;;;;* comp;935512..936675;;cds;;;;;;388;;amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1049919..1051202;;cds;;24;24;;;428;;cystathionine gamma-synthase family protein;* comp;1051227..1051311;;ttg;@2;593;*593;;;;;;* comp;1051905..1053539;;cds;;;;;;*545;;phosphoethanolamine transferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1081066..1083021;;cds;;998;*998;;;*652;;M23 family metallopeptidase;* ;1084020..1085508;;16s;;268;;;;1489;;;* ;1085777..1085853;;atc;;11;;;11;;;;* ;1085865..1085940;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;1085980..1086168;;cds;@3;38;38;;;63;;P-hp;* ;1086207..1089125;;23s;;186;;;;2919;;;* ;1089312..1089426;;5s;;54;;;;115;;;* ;1089481..1089557;;atgf;;363;363;;;;;;* ;1089921..1090091;;cds;;;;;;57;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1096454..1096912;;cds;;7;7;;;153;;hp;* comp;1096920..1097009;;tcg;;352;352;;;;;;* ;1097362..1097751;;cds;;;;;;130;;50S ribosomal protein L21;* ;;;;;;;;;;;;* ;1311344..1311823;;cds;;211;211;;;160;;hp;* ;1312035..1312109;;gag;;88;88;;;;;;* ;1312198..1312467;;cds;;;;;;90;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1344750..1345565;;cds;;677;*677;;;272;;IclR family transcriptional regulator;* ;1346243..1347731;;16s;;268;;;;1489;;;* ;1348000..1348076;;atc;;11;;;11;;;;* ;1348088..1348163;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;1348203..1348391;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;* ;1348430..1351348;;23s;;186;;;;2919;;;* ;1351535..1351649;;5s;;54;;;;115;;;* ;1351704..1351780;;atgf;;360;360;;;;;;* ;1352141..1353082;;cds;;;;;;314;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1354558..1355604;;cds;;85;85;;;349;;polysaccharide deacetylase family protein;* comp;1355690..1355764;;ggc;;136;136;;;;;;* comp;1355901..1357280;;cds;;;;;;460;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1386666..1387982;;cds;;819;*819;;;439;;hp;* comp;1388802..1388891;;tcc;;374;374;;;;;;* ;1389266..1389589;;cds;;;;;;108;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1405236..1405859;;cds;;139;139;;;208;;5,6-dimethylbenzimidazole synthase;* comp;1405999..1406085;;ctg;;146;146;;;;;;* comp;1406232..1406852;;cds;;;;;;207;;2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1604615..1604854;;cds;;26;26;;;80;;hp;* comp;1604881..1604958;;atgj;;10;10;;;;;;* comp;1604969..1605214;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1639492..1640289;;cds;;-44;*-44;;;266;;hp;* comp;1640246..1640322;;atgj;;55;55;;;;;;* ;1640378..1640572;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1778816..1779571;;cds;;385;385;;;252;;SIMPL domain-containing protein;* ;1779957..1780033;;atgi;;265;265;;;;;;* ;1780299..1780844;;cds;;;;;;182;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* ;;;;;;;;;;;;* >;1945985..1946374;;cds;;721;*721;;;130;;P-hp;* comp;1947096..1947171;;aag;;-38;*-38;;;;;;* comp;1947134..1947319;;cds;;;;;;62;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2014813..2015097;;cds;;103;103;;;95;;DUF2218 domain-containing protein;* comp;2015201..2015275;;gaa;+;146;;146;;;;;* comp;2015422..2015496;;gaa;2 gaa;200;200;;;;;;* comp;2015697..2016962;;cds;;;;;;422;;DUF882 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2040234..2040453;;cds;;91;91;;;73;;hp;* ;2040545..2040629;;tac;;24;;24;;;;;* ;2040654..2040727;;gga;;6;6;;;;;;* comp;2040734..2040916;;cds;;-50;*-50;;;61;;hp;* ;2040867..2042042;;cds;;65;65;;;392;;elongation factor Tu;* ;2042108..2042183;;tgg;;420;*420;;;;;;* ;2042604..2042804;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* ;2168416..2168658;;cds;;28;28;;;81;;PepSY domain-containing protein;* comp;2168687..2168760;;ggg;;289;289;;;;;;* ;2169050..2169946;;cds;;;;;;299;;lipid kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2244184..2245050;;cds;;112;112;;;289;;mechanosensitive ion channel;* comp;2245163..2245248;;tta;;200;200;;;;;;* ;2245449..2246705;;cds;;;;;;419;;threonine ammonia-lyase IlvA;* ;;;;;;;;;;;;* ;2267888..2268835;;cds;;305;305;;;316;;patatin family protein;* ;2269141..2269225;;ctc;;66;66;;;;;;* comp;2269292..2270185;;cds;;;;;;298;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2332394..2333530;;cds;;393;393;;;379;;glycosyltransferase family 2 protein;* comp;2333924..2334000;;cgg;;169;169;;;;;;* comp;2334170..2335792;;cds;;;;;;*541;;ABC-F family ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2339396..2340514;;cds;;1650;*1650;;;373;;porin;* comp;2342165..2342239;;gtg;;178;178;;;;;;* comp;2342418..2344424;;cds;;;;;;*669;;murein L,D-transpeptidase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2369668..2370441;;cds;;152;152;;;258;;NAD kinase;* ;2370594..2370669;;aca;;987;*987;;;;;;* comp;2371657..2372076;;cds;;;;;;140;;SUF system Fe-S cluster assembly protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2442729..2443145;;cds;;299;299;;;139;;hp;* comp;2443445..2443519;;atgf;;70;70;;;;;;* <comp;2443590..2443799;;cds;;;;;;70;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2449947..2451311;;cds;;156;156;;;455;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;2451468..2451550;;cta;;236;236;;;;;;* comp;2451787..2452356;;cds;;;;;;190;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2548914..2550098;;cds;;513;*513;;;395;;alpha/beta hydrolase;* comp;2550612..2550688;;gac;+;245;;245;;;;;* comp;2550934..2551010;;gac;2 gac;328;328;;;;;;* ;2551339..2551956;;cds;;;;;;206;;TetR/AcrR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;2604616..2605908;;cds;;824;*824;;;431;;FAD-binding oxidoreductase;* comp;2606733..2606808;;gta;;264;264;;;;;;* comp;2607073..2607996;;cds;;;;;;308;;sugar kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2641040..2641360;;cds;;97;97;;;107;;YnfA family protein;* ;2641458..2641534;;ccc;;94;94;;;;;;* ;2641629..2642357;;cds;;;;;;243;;SDR family oxidoreductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2696299..2697183;;cds;;54;54;;;295;;transcriptional regulator GcvA;* comp;2697238..2697314;;aga;;123;123;;;;;;* comp;2697438..2697743;;cds;;156;156;;;102;;ETC complex I subunit;* comp;2697900..2697976;;cca;;186;186;;;;;;* ;2698163..2698309;;cds;;;;;;49;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2771579..2772697;;cds;;584;*584;;;373;;porin;* ;2773282..2773372;;agc;;203;203;;;;;;* ;2773576..2774643;;cds;;;;;;356;;porin;* chromosom2;;;;;;;;;;;;* ;149537..151504;;cds;;355;355;;;*656;;selenocysteine-specific translation elongation factor;* ;151860..151955;;tga;;14;14;;;;;;* comp;151970..152605;;cds;;;;;;212;;lipase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;298403..299422;;cds;;300;300;;;340;;TerC family protein;* comp;299723..299796;;cag;;361;361;;;;;;* comp;300158..300460;;cds;;;;;;101;;DUF1127 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;455428..456111;;cds;;713;*713;;;228;;FkbM family methyltransferase;* ;456825..458313;;16s;;268;;;;1489;;;* ;458582..458658;;atc;;11;;;11;;;;* ;458670..458745;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;458785..458973;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;* ;459012..461930;;23s;;186;;;;2919;;;* ;462117..462231;;5s;;54;;;;115;;;* ;462286..462362;;atgf;;-44;*-44;;;;;;* comp;462319..463974;;cds;;;;;;*552;;recombinase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;572059..572721;;cds;;545;*545;;;221;;response regulator transcription factor;* comp;573267..573357;;other;@4;620;*620;;;;;;* comp;573978..575285;;cds;;;;;;436;;SidA/IucD/PvdA family monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;611464..611742;;cds;;88;88;;;93;;hp;* comp;611831..611905;;ggc;;387;387;;;;;;* ;612293..612814;;cds;;;;;;174;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;991265..991999;;cds;;217;217;;;245;;alpha/beta hydrolase;* comp;992217..992306;;tca;;323;323;;;;;;* ;992630..992884;;cds;;;;;;85;;DUF2171 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1031528..1032946;;cds;;607;*607;;;473;;PepSY domain-containing protein;* comp;1033554..1033629;;aaa;;327;327;;;;;;* ;1033957..1035651;;cds;;;;;;*565;;membrane protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1067405..1068742;;cds;;131;131;;;446;;DNA polymerase IV;* ;1068874..1068947;;tgc;;739;*739;;;;;;* ;1069687..1069905;;cds;;;;;;73;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1081639..1082031;;cds;;103;103;;;131;;hp;* comp;1082135..1082209;;aac;;168;168;;;;;;* ;1082378..1082653;;cds;;;;;;92;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1333375..1333587;;cds;;209;209;;;71;;hp;* comp;1333797..1333873;;cac;;352;352;;;;;;* ;1334226..1337393;;cds;;;;;;*1056;;PAS domain S-box protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1473437..1474405;;cds;;269;269;;;323;;nitronate monooxygenase;* ;1474675..1474750;;acg;;156;156;;;;;;* >comp;1474907..1475239;;cds;;;;;;111;;DNA adenine methylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1597496..1597666;;cds;;363;363;;;57;;LysR family transcriptional regulator;* comp;1598030..1598106;;atgf;;54;;;;;;;* comp;1598161..1598275;;5s;;186;;;;115;;;* comp;1598462..1601380;;23s;;38;38;;;2919;;;* <;1601419..1601607;;cds;;39;39;;;63;;P-hp;* comp;1601647..1601722;;gca;;11;;;11;;;;* comp;1601734..1601810;;atc;;268;;;;;;;* comp;1602079..1603567;;16s;;743;*743;;;1489;;;* ;1604311..1605192;;cds;;;;;;294;;ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1720169..1720531;;cds;;113;113;;;121;;response regulator;* ;1720645..1720719;;gtc;;465;*465;;;;;;* ;1721185..1721838;;cds;;;;;;218;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;* </pre> ====oan cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_cumuls|oan cumuls]] <pre> oan cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;4;1;;4;1;5;1;;100;25;1;0 ;16atcgca-cds;4;20;;;50;15;40;;200;20;30;0 ;-;;40;1;;100;12;80;;300;21;60;4 ;-;;60;;;150;12;120;;400;15;90;18 ;max a;3;80;;;200;15;160;;500;11;120;8 ;a doubles;0;100;;;250;7;200;;600;5;150;9 ;spéciaux;0;120;;;300;6;240;;700;3;180;3 ;total aas;12;140;;;350;5;280;;800;0;210;6 sans ;opérons;45;160;1;;400;12;320;;900;0;240;4 ;1 aa;42;180;;;450;1;360;;1000;0;270;6 ;max a;2;200;;;500;1;400;;1100;1;300;8 ;a doubles;2;;1;;;16;;;;0;;35 ;total aas;48;;3;4;;107;;0;;101;;101 total aas;;60;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;138;11;;258;;;;256;; ;;;variance;111;0;;268;;;;180;; sans jaune;;;moyenne;;;;174;;;;218;;150 ;;;variance;;;;117;;;;132;;81 </pre> ====oan blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_blocs|oan blocs]] <pre> oan blocs;;;; Constantes;;;; cds;;intercal;cdsa; 16s;;268;1489; atc;;11;; gca;;39;; cds;;38;63;P-hp 23s;;186;2919; 5s;;54;115; atgf;;;; cds;;;; Variations;;;; blocs 16s;;intercal;cdsa; 1084020..1085508;;998;652;M23 family metallopeptidase ;;363;57;LysR family transcriptional regulator ;;;; 1346243..1347731;;677;272;IclR family transcriptional regulator ;;360;314;LysR family transcriptional regulator ;;;; 456825..458313;;713;228;FkbM family methyltransferase ;;-44;552;recombinase family protein ;;;; 1602079..1603567;;743;294;ATPase ;;363;57;LysR family transcriptional regulator </pre> *Détails <pre> cds;743’;713;677;998’ 16s;268;268;268;268 atc;11;11;11;11 gca;39’;39’;39’;39’ cds;38’;38’;38’;38’ 23s;186;186;186;186 5s;54;54;54;54 atgf;363;-44';360;363 cds;;;; </pre> ====oan distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_distribution|oan distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total oan;;41;;;;;41;;oan;6;;;;;;6;;;;;;;;;;;oan;;;;4;;;4 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;; </pre> ====oan1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_données_intercalaires|oan1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;oan1;fx;fc;oan1;fx40;fc40;oan1;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;12;9;0;12;9;-1;0;93;224;109;CDS 16s;; 1;1;10;42;226;1;3;24;-2;1;0;95;147;678;999; ;0;20;29;119;2;4;45;-3;0;0;164;219;23s 5s;; 2;1;30;16;70;3;5;30;-4;22;215;158;24;2* 194;; ;0;40;21;48;4;4;22;-5;0;0;171;7;16s tRNA;; ;0;50;33;45;5;5;21;-6;1;0;397;352;2*273;;atc 1;0;60;43;49;6;5;12;-7;4;3;167;85;tRNA 23s;; 1;2;70;31;61;7;5;10;-8;2;27;159;374;2* 270;;gca ;0;80;28;67;8;3;20;-9;1;0;172;-44;5s tRNA;; 1;1;90;23;42;9;4;14;-10;1;3;333;186;2* 54;;atgf ;3;100;25;51;10;4;28;-11;2;20;114;385;tRNA tRNA;;intra 1;1;110;20;43;11;4;16;-12;2;0;593;721;2* 11;;atc gca ;2;120;12;52;12;2;16;-13;3;3;363;578;tRNA tRNA;; ;1;130;13;45;13;3;15;-14;2;9;211;318;146;;gaa ;3;140;25;36;14;4;19;-15;3;0;88;28;**;;gaa 1;1;150;23;48;15;1;13;-16;0;1;363;289;24;;tac 1;4;160;24;32;16;3;9;-17;2;4;136;197;**;;gga ;3;170;27;33;17;3;9;-18;1;0;819;66;245;;gac ;3;180;14;34;18;3;12;-19;0;1;139;393;**;;gac 2;0;190;24;30;19;4;4;-20;1;6;146;152;;; 1;1;200;12;32;20;2;6;-21;0;1;26;987;;; ;1;210;14;29;21;2;10;-22;0;2;10;328;;; 1;1;220;22;20;22;3;6;-23;0;2;265;824;;; ;1;230;18;19;23;1;11;-24;0;0;103;54;;; ;1;240;15;27;24;2;6;-25;0;0;200;186;;; ;0;250;15;15;25;1;5;-26;1;4;139;584;;; ;0;260;6;12;26;1;4;-27;0;1;65;;;; ;2;270;12;17;27;3;6;-28;0;0;420;;;; ;0;280;8;16;28;0;6;-29;0;2;112;;;; 1;0;290;9;7;29;1;9;-30;0;0;305;;;; ;1;300;12;17;30;2;7;-31;2;0;169;;;; ;1;310;8;12;31;1;3;-32;0;0;1650;;;; 1;0;320;8;5;32;1;4;-33;0;0;178;;;; 1;0;330;13;14;33;1;8;-34;0;0;299;;;; ;1;340;7;14;34;1;9;-35;0;0;70;;;; ;0;350;9;16;35;2;6;-36;1;0;156;;;; 1;0;360;6;5;36;3;2;-37;0;0;236;;;; ;2;370;6;7;37;3;3;-38;0;1;513;;;; 1;0;380;5;8;38;2;9;-39;0;0;264;;;; 1;0;390;7;5;39;4;1;-40;0;0;97;;;; 1;1;400;4;9;40;3;3;-41;0;0;94;;;; 5;5;reste;70;70;reste;651;1044;-42;0;0;123;;;; 26;44;total;771;1516;total;771;1516;-43;0;0;156;;;; 20;39;diagr;689;1437;diagr;108;463;-44;0;0;203;;;; 3;2; t30;87;415;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;759;55;12;826;;;-49;0;0;;;;; ;c;1507;402;9;1918;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;2744;106;;reste;3;4;;;;; ;;;;;;2850;;total;55;402;;;;; </pre> =====oan1 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_autres_intercalaires_aas|oan1 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;oan1;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas fin;;CDS;85;261;; deb;comp;CDS;20987;21391;93; ;;ncRNA;21485;21582;117; fin;;CDS;21700;23517;; deb;;CDS;34057;34446;224; ;;tRNA;34671;34746;95;gcc fin;;CDS;34842;35480;; deb;comp;CDS;36750;37604;244; ;comp;regulatory;37849;38001;259; fin;;CDS;38261;40249;; deb;;CDS;223549;224394;164; ;;tRNA;224559;224635;109;ccg fin;comp;CDS;224745;225806;; deb;comp;CDS;295366;296238;86; ;comp;regulatory;296325;296481;233; fin;;CDS;296715;298838;; deb;comp;CDS;337757;338197;158; ;comp;tRNA;338356;338431;171;ttc fin;comp;CDS;338603;338818;; deb;comp;CDS;344419;344598;147; ;;tRNA;344746;344820;397;acc fin;;CDS;345218;346030;; deb;comp;CDS;351922;353328;167; ;comp;tRNA;353496;353572;159;cgt fin;comp;CDS;353732;355285;; deb;comp;CDS;424109;425302;91; ;comp;regulatory;425394;425473;298; fin;;CDS;425772;426863;; deb;comp;CDS;725472;726479;219; ;;tRNA;726699;726773;172;caa fin;;CDS;726946;729048;; deb;comp;CDS;934613;934987;333; ;comp;tRNA;935321;935397;114;agg fin;comp;CDS;935512;936675;; deb;;CDS;1049919;1051202;24; ;comp;tRNA;1051227;1051311;593;ttg fin;comp;CDS;1051905;1053539;; deb;comp;CDS;1081066;1083021;999; ;;rRNA;1084021;1085503;273;1483 ;;tRNA;1085777;1085853;11;atc ;;tRNA;1085865;1085940;270;gca ;;rRNA;1086211;1089117;194;2907 ;;rRNA;1089312;1089426;54;115 ;;tRNA;1089481;1089557;363;atgj f fin;;CDS;1089921;1090091;; deb;;CDS;1096454;1096912;7; ;comp;tRNA;1096920;1097009;352;tcg fin;;CDS;1097362;1097751;; deb;comp;CDS;1202605;1203609;41; ;comp;regulatory;1203651;1203765;95; fin;;CDS;1203861;1204517;; deb;;CDS;1263516;1263881;88; ;;ncRNA;1263970;1264128;99; fin;;CDS;1264228;1265223;; deb;;CDS;1311344;1311823;211; ;;tRNA;1312035;1312109;88;gag fin;;CDS;1312198;1312467;; deb;;CDS;1344750;1345565;678; ;;rRNA;1346244;1347726;273;1483 ;;tRNA;1348000;1348076;11;atc ;;tRNA;1348088;1348163;270;gca ;;rRNA;1348434;1351340;194;2907 ;;rRNA;1351535;1351649;54;115 ;;tRNA;1351704;1351780;363;atgj f fin;;CDS;1352144;1353082;; deb;;CDS;1354558;1355604;85; ;comp;tRNA;1355690;1355764;136;ggc fin;comp;CDS;1355901;1357280;; deb;comp;CDS;1386666;1387982;819; ;comp;tRNA;1388802;1388891;374;tcc fin;;CDS;1389266;1389589;; deb;comp;CDS;1405236;1405859;139; ;comp;tRNA;1405999;1406085;146;ctg fin;comp;CDS;1406232;1406852;; deb;comp;CDS;1604615;1604854;26; ;comp;tRNA;1604881;1604958;10;atgj j fin;comp;CDS;1604969;1605214;; deb;;CDS;1639492;1640289;-44; ;comp;tRNA;1640246;1640322;186;atgj j fin;;CDS;1640509;1641465;; deb;comp;CDS;1778816;1779571;385; ;;tRNA;1779957;1780033;265;atgi fin;;CDS;1780299;1780844;; deb;;CDS;1818096;1818755;175; ;;ncRNA;1818931;1819358;205; fin;;CDS;1819564;1820313;; deb;;CDS;1881047;1881754;33; ;comp;tmRNA;1881788;1882155;188; fin;;CDS;1882344;1882655;; deb;;CDS;1917737;1918849;108; ;;regulatory;1918958;1919182;154; fin;;CDS;1919337;1921202;; deb;;CDS;1945985;1946374;721; ;comp;tRNA;1947096;1947171;578;aag fin;;CDS;1947750;1948412;; deb;;CDS;1973835;1975286;48; ;;regulatory;1975335;1975573;50; fin;;CDS;1975624;1975812;; deb;comp;CDS;2014813;2015097;103; ;comp;tRNA;2015201;2015275;146;gaa ;comp;tRNA;2015422;2015496;200;gaa fin;comp;CDS;2015697;2016962;; deb;comp;CDS;2039366;2040226;318; ;;tRNA;2040545;2040629;24;tac ;;tRNA;2040654;2040727;139;gga deb;;CDS;2040867;2042042;65; ;;tRNA;2042108;2042183;420;tgg fin;;CDS;2042604;2042804;; deb;;CDS;2168416;2168658;28; ;comp;tRNA;2168687;2168760;289;ggg fin;;CDS;2169050;2169946;; deb;comp;CDS;2244184;2245050;112; ;comp;tRNA;2245163;2245248;197;tta fin;;CDS;2245446;2246705;; deb;;CDS;2267888;2268835;305; ;;tRNA;2269141;2269225;66;ctc fin;comp;CDS;2269292;2270185;; deb;;CDS;2332394;2333530;393; ;comp;tRNA;2333924;2334000;169;cgg fin;comp;CDS;2334170;2335792;; deb;comp;CDS;2339396;2340514;1650; ;comp;tRNA;2342165;2342239;178;gtg fin;comp;CDS;2342418;2344424;; deb;comp;CDS;2369668;2370441;152; ;;tRNA;2370594;2370669;987;aca fin;comp;CDS;2371657;2372076;; deb;comp;CDS;2442729;2443145;299; ;comp;tRNA;2443445;2443519;70;atgj f fin;comp;CDS;2443590;2443781;; deb;comp;CDS;2449947;2451311;156; ;comp;tRNA;2451468;2451550;236;cta fin;comp;CDS;2451787;2452356;; deb;comp;CDS;2548914;2550098;513; ;comp;tRNA;2550612;2550688;245;gac ;comp;tRNA;2550934;2551010;328;gac fin;;CDS;2551339;2551956;; deb;;CDS;2604616;2605908;824; ;comp;tRNA;2606733;2606808;264;gta fin;comp;CDS;2607073;2607996;; deb;;CDS;2641040;2641360;97; ;;tRNA;2641458;2641534;94;ccc fin;;CDS;2641629;2642357;; deb;;CDS;2696299;2697183;54; ;comp;tRNA;2697238;2697314;123;aga deb;comp;CDS;2697438;2697743;156; ;comp;tRNA;2697900;2697976;186;cca fin;;CDS;2698163;2698309;; deb;comp;CDS;2771579;2772697;584; ;;tRNA;2773282;2773372;203;agc fin;;CDS;2773576;2774643;; deb;;CDS;2886536;2887183;84; </pre> ====oan2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_données_intercalaires|oan2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;oan2;fx;fc;oan2;fx40;fc40;oan2;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;2;1;0;2;1;-1;0;48;355;14;CDS 16s ;; ;0;10;29;159;1;2;26;-2;1;0;300;-44;714;744; 1;0;20;25;104;2;3;23;-3;1;0;361;387;23s 5s;; ;0;30;9;49;3;8;18;-4;12;195;545;217;2* 194;; ;0;40;21;49;4;4;17;-5;0;0;620;323;16s tRNA;; ;0;50;15;25;5;2;14;-6;0;0;88;327;2* 273;;atc ;0;60;17;29;6;3;4;-7;0;2;607;103;tRNA 23s;; ;0;70;13;45;7;5;8;-8;1;16;131;168;2* 270;;gca ;0;80;13;35;8;1;15;-9;0;0;739;352;5s tRNA;; ;1;90;18;32;9;1;12;-10;0;2;209;156;2* 54;;atgf ;0;100;13;31;10;0;22;-11;0;8;269;;tRNA tRNA;;intra 1;0;110;25;29;11;4;26;-12;1;0;363;;2* 11;;atc gca ;1;120;7;32;12;4;19;-13;1;0;113;;;; ;0;130;16;20;13;2;12;-14;0;6;465;;;; ;1;140;12;30;14;2;10;-15;0;0;;;;; ;0;150;10;17;15;2;6;-16;2;0;;;;; 1;0;160;15;20;16;0;6;-17;0;1;;;;; 1;0;170;13;14;17;4;3;-18;1;0;;;;; ;0;180;13;12;18;3;4;-19;1;0;;;;; ;0;190;11;18;19;2;8;-20;0;3;;;;; ;0;200;10;10;20;2;10;-21;1;0;;;;; ;1;210;9;7;21;1;6;-22;0;0;;;;; 1;0;220;10;10;22;2;5;-23;0;1;;;;; ;0;230;5;16;23;0;7;-24;0;0;;;;; ;0;240;6;10;24;2;7;-25;0;1;;;;; ;0;250;7;12;25;1;1;-26;0;0;;;;; ;0;260;6;7;26;0;9;-27;1;0;;;;; ;1;270;5;8;27;0;4;-28;0;1;;;;; ;0;280;6;2;28;3;1;-29;0;1;;;;; ;0;290;2;7;29;0;3;-30;0;0;;;;; ;1;300;6;3;30;0;6;-31;0;0;;;;; ;0;310;8;7;31;0;4;-32;0;2;;;;; ;0;320;3;7;32;1;4;-33;0;0;;;;; 2;0;330;7;4;33;3;7;-34;0;0;;;;; ;0;340;4;5;34;0;3;-35;0;1;;;;; ;0;350;8;1;35;1;5;-36;0;0;;;;; 1;1;360;3;4;36;2;9;-37;0;0;;;;; ;2;370;7;3;37;4;6;-38;0;0;;;;; ;0;380;6;2;38;3;3;-39;0;0;;;;; 1;0;390;3;5;39;4;6;-40;0;0;;;;; ;0;400;2;1;40;3;2;-41;2;0;;;;; ;5;reste;40;32;reste;374;552;-42;0;0;;;;; 10;14;total;460;914;total;460;914;-43;0;0;;;;; 9;9;diagr;418;881;diagr;84;361;-44;0;0;;;;; 1;0; t30;63;312;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;458;28;2;488;;;-49;0;0;;;;; ;c;913;292;1;1206;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1694;46;;reste;2;2;;;;; ;;;;;;1740;;total;28;292;;;;; </pre> =====oan2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_autres_intercalaires_aas|oan2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;oan2;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;149537;151504;355;*; ;;tRNA;151860;151955;14;*;tga fin;comp;CDS;151970;152605;;; deb;;CDS;249965;250795;64;*; ;;regulatory;250860;251074;365;*; fin;;CDS;251440;251661;;; deb;comp;CDS;298403;299422;300;*; ;comp;tRNA;299723;299796;361;*;cag fin;comp;CDS;300158;300460;;; deb;;CDS;455428;456111;714;*; ;;rRNA;456826;458308;273;*;1483 ;;tRNA;458582;458658;11;*;atc ;;tRNA;458670;458745;270;*;gca ;;rRNA;459016;461922;194;*;2907 ;;rRNA;462117;462231;54;*;115 ;;tRNA;462286;462362;-44;*;atgf fin;comp;CDS;462319;463974;;; deb;comp;CDS;572059;572721;545;*; ;comp;tRNA;573267;573357;620;*;other fin;comp;CDS;573978;575285;;; deb;comp;CDS;611464;611742;88;*; ;comp;tRNA;611831;611905;387;*;ggc fin;;CDS;612293;612814;;; deb;;CDS;850872;851594;138;*; ;;regulatory;851733;851842;43;*; fin;;CDS;851886;852806;;; deb;;CDS;991265;991999;217;*; ;comp;tRNA;992217;992306;323;*;tca fin;;CDS;992630;992884;;; deb;comp;CDS;1031528;1032946;607;*; ;comp;tRNA;1033554;1033629;327;*;aaa fin;;CDS;1033957;1035651;;; deb;;CDS;1067405;1068742;131;*; ;;tRNA;1068874;1068947;739;*;tgc fin;;CDS;1069687;1069905;;; deb;;CDS;1081639;1082031;103;*; ;comp;tRNA;1082135;1082209;168;*;aac fin;;CDS;1082378;1082653;;; deb;comp;CDS;1215924;1217189;597;*; ;;regulatory;1217787;1217947;76;*; fin;;CDS;1218024;1218500;;; deb;comp;CDS;1273601;1274704;142;*; ;comp;regulatory;1274847;1274930;495;*; fin;;CDS;1275426;1275572;;; deb;comp;CDS;1327333;1328361;180;*; ;comp;regulatory;1328542;1328776;221;*; fin;;CDS;1328998;1329948;;; deb;comp;CDS;1333375;1333587;209;*; ;comp;tRNA;1333797;1333873;352;*;cac fin;;CDS;1334226;1337393;;; deb;;CDS;1473437;1474405;269;*; ;;tRNA;1474675;1474750;156;*;acg fin;comp;CDS;1474907;1475239;;; deb;comp;CDS;1597496;1597666;363;*; ;comp;tRNA;1598030;1598106;54;*;atgf ;comp;rRNA;1598161;1598275;194;*;115 ;comp;rRNA;1598470;1601376;270;*;2907 ;comp;tRNA;1601647;1601722;11;*;gca ;comp;tRNA;1601734;1601810;273;*;atc ;comp;rRNA;1602084;1603566;744;*;1483 fin;;CDS;1604311;1605192;;; deb;;CDS;1720169;1720531;113;*; ;;tRNA;1720645;1720719;465;*;gtc fin;;CDS;1721185;1721838;;; </pre> ===abq=== ====abq opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_opérons|abq opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;abq;;genome;;;;;;;;; 68.45%GC;29.12.19 Paris;16s 9 ;88 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; ;125527..126444;;cds;;127;127;;;306;;restriction endonuclease;* comp;126572..126647;;gcg;;206;206;;;;;;* ;126854..127138;;cds;;;;;;95;;YggT family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;163237..164982;;cds;;175;175;;;582;;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;* ;165158..165234;;agg;;59;59;;;;;;* ;165294..166022;;cds;;;;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;188235..189860;;cds;;42;42;;;542;;glycosyltransferase;* comp;189903..189977;;acg;;81;81;;;;;;* comp;190059..191987;;cds;;;;;;643;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;250833..251111;;cds;;169;169;;;93;;hp;* comp;251281..251356;;gcc;;141;141;;;;;;* comp;251498..251893;;cds;;;;;;132;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;458142..458459;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;* ;458669..458758;;tcg;;63;63;;;;;;* comp;458822..459664;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;496776..497171;;cds;;162;162;;;132;;cupin domain-containing protein;* comp;497334..497420;;ttg;;137;137;;;;;;* ;497558..498085;;cds;;;;;;176;;disulfide bond formation protein B;* ;;;;;;;;;;;;* comp;615937..616350;;cds;;121;121;;;138;;hp;* comp;616472..616548;;ccg;+;206;;206;;;;;* comp;616755..616831;;ccg;2 ccg;109;109;;;;;;* comp;616941..617957;;cds;;;;;;339;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;748703..749161;;cds;;38;38;;;153;;hp;* comp;749200..749275;;aca;;91;91;;;;;;* comp;749367..750221;;cds;;144;144;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;750366..750451;;tac;;60;;60;;;;;* ;750512..750585;;gga;;81;81;;;;;;* ;750667..751857;;cds;;153;153;;;397;;elongation factor Tu;* ;752011..752086;;tgg;;69;69;;;;;;* ;752156..752353;;cds;;;;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* comp;794457..795983;;cds;;296;296;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;* ;796280..796355;;aag;+;76;;76;;;;;* ;796432..796507;;aag;2 aag;109;109;;;;;;* comp;796617..797057;;cds;;;;;;147;;MaoC family dehydratase;* ;;;;;;;;;;;;* ;870412..872373;;cds;;159;159;;;654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;872533..872608;;atgi;;5;5;;;;;;* comp;872614..873093;;cds;;134;134;;;160;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;873228..873304;;cgt;;212;212;;;;;;* ;873517..874023;;cds;;;;;;169;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;931962..933011;;cds;;68;68;;;350;;low specificity L-threonine aldolase;* ;933080..933155;;gag;+;38;;38;;;;;* ;933194..933269;;gag;2 gag;72;72;;;;;;* comp;933342..934340;;cds;;;;;;333;;transglycosylase SLT domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;997881..998357;;cds;;246;246;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* comp;998604..998678;;acc;;175;175;;;;;;* comp;998854..1000815;;cds;;;;;;654;;polysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1164137..1165048;;cds;;159;159;;;304;;DUF3108 domain-containing protein;* ;1165208..1165282;;gtg;+;132;;132;;;;;* ;1165415..1165489;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;* ;1165721..1165885;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1242416..1242919;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;* ;1243005..1243081;;ccc;;139;139;;;;;;* comp;1243221..1244999;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1353398..1353895;;cds;;118;118;;;166;;hp;* ;1354014..1354091;;cca;;49;49;;;;;;* ;1354141..1354437;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;* ;1354448..1354524;;aga;;443;*443;;;;;;* ;1354968..1355213;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1370270..1370500;;cds;;196;196;;;77;;hp;* comp;1370697..1370772;;aac;@2;220;;220;;;;;* comp;1370993..1371066;;tgc;;218;218;;;;;;* ;1371285..1371941;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1427443..1427733;;cds;;236;236;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;1427970..1428085;;5s;;129;;;;116;;;* comp;1428215..1430967;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;1431234..1431309;;gca;;30;;;30;;;;* comp;1431340..1431416;;atc;;108;;;;;;;* comp;1431525..1433015;;16s;;779;*779;;;1491;;;* ;1433795..1437778;;cds;;;;;;1328;;non-ribosomal peptide synthetase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1576457..1577296;;cds;;243;243;;;280;;aldo/keto reductase;* comp;1577540..1577615;;gaa;;123;123;;;;;;* comp;1577739..1579538;;cds;;;;;;600;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1723089..1723457;;cds;;344;344;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* comp;1723802..1723878;;gac;;164;;164;;;;;* comp;1724043..1724117;;gta;;106;106;;;;;;* comp;1724224..1724496;;cds;;;;;;91;;HU family DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1730385..1731719;;cds;;91;91;;;445;;trigger factor;* comp;1731811..1731895;;cta;;173;173;;;;;;* comp;1732069..1733634;;cds;;;;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1733741..1735207;;cds;;129;129;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;* comp;1735337..1735412;;cac;+;109;;109;;;;;* comp;1735522..1735597;;cac;2 cac;337;337;;;;;;* ;1735935..1736273;;cds;;;;;;113;;P-II family nitrogen regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1951126..1951752;;cds;;149;149;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;* ;1951902..1951987;;tac;;74;74;;;;;;* comp;1952062..1952424;;cds;;;;;;121;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1996903..1997244;;cds;;595;*595;;;114;;hp;* comp;1997840..1997914;;atgj;;131;131;;;;;;* comp;1998046..1999179;;cds;;;;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;;* ;2086487..2088658;;cds;;156;156;;;724;;malate synthase G;* comp;2088815..2088889;;gtc;;234;234;;;;;;* ;2089124..2090002;;cds;;;;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2303404..2303880;;cds;;414;*414;;;159;;bacterioferritin;* comp;2304295..2304377;;tta;;406;*406;;;;;;* comp;2304784..2305029;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2482875..2484518;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;* comp;2484884..2484974;;tcc;;120;120;;;;;;* comp;2485095..2485898;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2640759..2641325;;cds;;149;149;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;2641475..2641549;;ggc;;688;*688;;;;;;* ;2642238..2642915;;cds;;;;;;226;;dimethylmenaquinone methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2764482..2765567;;cds;;659;*659;;;362;;hp;* comp;2766227..2766300;;ggg;;35;35;;;;;;* comp;2766336..2766995;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2781933..2783774;;cds;;187;187;;;614;;EAL and GGDEF domain-containing protein;* comp;2783962..2784077;;5s;;129;;;;116;;;* comp;2784207..2786959;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;2787215..2787290;;gca;;30;;;30;;;;* comp;2787321..2787397;;atc;;108;;;;;;;* comp;2787506..2789006;;16s;;496;*496;;;1501;;;* comp;2789503..2790207;;cds;;;;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2843264..2843443;;cds;;77;77;;;60;;hp;* comp;2843521..2843597;;cgt;;170;170;;;;;;* ;2843768..2844268;;cds;;;;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;* plasmide2;;;;;;;;;;;;* comp;51090..51836;;cds;;481;*481;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* comp;52318..52393;;tgg;;363;*363;;;;;;* ;52757..53587;;cds;;;;;;277;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;809229..810019;;cds;;870;*870;;;264;;IS5 family transposase;* comp;810890..810966;;atgf;;96;;;;;;;* comp;811063..811178;;5s;;127;;;;116;;;* comp;811306..814058;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;814325..814400;;gca;;30;;;30;;;;* comp;814431..814507;;atc;;108;;;;;;;* comp;814616..816106;;16s;;452;*452;;;1491;;;* comp;816559..817443;;cds;;;;;;295;;helix-turn-helix domain-containing protein;* plasmide4;;;;;;;;;;;;* ;196992..199346;;cds;;148;148;;;785;;mechanosensitive ion channel;* ;199495..199581;;ctg;;30;;30;;;;;* ;199612..199687;;gcc;;188;188;;;;;;* ;199876..201333;;cds;;;;;;486;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;237538..238578;;cds;;92;92;;;347;;response regulator;* comp;238671..238747;;cgg;;96;96;;;;;;* comp;238844..239821;;cds;;;;;;326;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;257739..258470;;cds;;125;125;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;258596..258682;;ctc;;123;123;;;;;;* comp;258806..259108;;cds;;;;;;101;;STAS domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;399367..400527;;cds;;278;278;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;* comp;400806..400921;;5s;;129;;;;116;;;* comp;401051..403803;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;404059..404134;;gca;;30;;;30;;;;* comp;404165..404241;;atc;;108;;;;;;;* comp;404350..405850;;16s;;502;*502;;;1501;;;* comp;406353..406547;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;504531..504893;;cds;;82;82;;;121;;response regulator;* ;504976..505051;;aac;;3;;3;;;;;* ;505055..505131;;gac;;4;;4;;;;;* ;505136..505210;;ggc;;102;102;;;;;;* comp;505313..506080;;cds;;83;83;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;506164..506790;;cds;;202;202;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;* comp;506993..507108;;5s;;127;;;;116;;;* comp;507236..509988;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;510255..510330;;gca;;30;;;30;;;;* comp;510361..510437;;atc;;110;;;;;;;* comp;510548..512038;;16s;;615;*615;;;1491;;;* ;512654..513568;;cds;;;;;;305;;lytic transglycosylase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;588108..590768;;cds;;340;340;;;887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;* ;591109..591184;;ttc;;286;286;;;;;;* ;591471..592979;;cds;;;;;;503;;FAD-binding oxidoreductase;* plasmide5;;;;;;;;;;;;* ;86421..87089;;cds;;455;*455;;;223;;RraA family protein;* ;87545..87619;;ggc;;193;193;;;;;;* ;87813..88865;;cds;;;;;;351;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);* plasmide1;;;;@3;;;;;;;;* >comp;115594..115896;;cds;;394;*394;;;101;;P-IS5/IS1182 family transposase;* comp;116291..116367;;atgf;;96;;;;;;;* comp;116464..116579;;5s;;129;;;;116;;;* comp;116709..119461;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;119717..119792;;gca;;30;;;30;;;;* comp;119823..119899;;atc;;108;;;;;;;* comp;120008..121498;;16s;;740;*740;;;1491;;;* ;122239..123597;;cds;;;;;;453;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;217550..218176;;cds;;123;123;;;209;;ribonuclease D;* comp;218300..218386;;ctg;;228;228;;;;;;* ;218615..219604;;cds;;;;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;300477..301733;;cds;;472;*472;;;419;;exonuclease subunit SbcD;* ;302206..303696;;16s;;108;;;;1491;;;* ;303805..303881;;atc;;30;;;30;;;;* ;303912..303987;;gca;;255;;;;;;;* ;304243..306995;;23s;;129;;;;2753;;;* ;307125..307240;;5s;;96;;;;116;;;* ;307337..307413;;atgf;;161;161;;;;;;* <comp;307575..307805;;cds;;;;;;77;;p-ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;466493..467710;;cds;;231;231;;;406;;site-specific integrase;* comp;467942..468031;;tca;;205;205;;;;;;* comp;468237..468809;;cds;;;;;;191;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;512242..512790;;cds;;136;136;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;* ;512927..513002;;aaa;;209;209;;;;;;* ;513212..514036;;cds;;;;;;275;;DUF3618 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;931813..933912;;cds;;79;79;;;700;;membrane protein;* ;933992..934066;;caa;;382;*382;;;;;;* comp;934449..935270;;cds;;;;;;274;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;948715..949743;;cds;;199;199;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;949943..950016;;cag;;246;246;;;;;;* comp;950263..950829;;cds;;;;;;189;;IS3 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* >;971260..971532;;cds;;493;*493;;;91;;P-hp;* comp;972026..972119;;agc;;197;197;;;;;;* ;972317..972550;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1302373..1303350;;cds;;166;166;;;326;;alpha-1,3-fucosyltransferase;* comp;1303517..1303592;;ttc;;98;98;;;;;;* comp;1303691..1303876;;cds;;;;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;;;;;;;;;;;;* ;1349823..1350929;;cds;;145;145;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;1351075..1353828;;23s;;262;;;;2754;;;* comp;1354091..1355591;;16s;@1;676;*676;;;1501;;;* ;1356268..1356726;;cds;;;;;;153;;MarR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1441708..1443066;;cds;;153;153;;;453;;hp;* ;1443220..1443294;;acc;;1;;1;;;;;* ;1443296..1443371;;gcg;;99;;99;;;;;* ;1443471..1443547;;gac;;44;;44;;;;;* ;1443592..1443666;;gtc;;1;;1;;;;;* ;1443668..1443741;;cag;;137;137;;;;;;* comp;1443879..1446428;;cds;;;;;;850;;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1566394..1566612;;cds;;193;193;;;73;;hp;* comp;1566806..1566921;;5s;;128;;;;116;;;* comp;1567050..1569802;;23s;;254;;;;2753;;;* comp;1570057..1570132;;gca;;30;;;30;;;;* comp;1570163..1570239;;atc;;94;;;;;;;* comp;1570334..1571834;;16s;;444;*444;;;1501;;;* comp;1572279..1572707;;cds;;;;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1723583..1724962;;cds;;94;94;;;460;;hp;* comp;1725057..1725143;;ctc;;475;*475;;;;;;* ;1725619..1726311;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1757680..1760568;;cds;;308;308;;;963;;PAS domain-containing protein;* ;1760877..1760963;;ctg;;29;;29;;;;;* ;1760993..1761068;;gcc;;247;247;;;;;;* comp;1761316..1761840;;cds;;;;;;175;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1854042..1855049;;cds;;135;135;;;336;;inorganic phosphate transporter;* comp;1855185..1855259;;ggc;;243;243;;;;;;* ;1855503..1858685;;cds;;;;;;1061;;AAA family ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;1883235..1883816;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;* ;1884027..1884102;;aac;;4;;4;;;;;* ;1884107..1884183;;gac;;32;32;;;;;;* comp;1884216..1884821;;cds;;;;;;202;;hp;* </pre> ====abq cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_cumuls|abq cumuls]] <pre> abq cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300; avec rRNA;opérons;9;1;2;;1;0;1;;100;17;1;0 ;16atcgca235;5;20;3;;50;7;40;;200;29;30;0 ;Id-atgf;3;40;3;8;100;19;80;;300;24;60;2 ;16s23s;1;60;2;;150;26;120;;400;18;90;9 ;max a;3;80;1;;200;20;160;;500;8;120;11 ;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;8;150;8 ;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;5;180;11 ;total aas;19;140;1;;350;4;280;;800;2;210;9 sans ;opérons;51;160;0;;400;4;320;;900;2;240;6 ;1 aa;38;180;1;;450;4;360;;1000;1;270;6 ;max a;5;200;0;;500;7;400;;1100;1;300;8 ;a doubles;5;;2;;;9;;;;1;;46 ;total aas;68;;17;8;;121;;0;;116;;116 total aas;;87;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;72;30;;227;;;;308;; ;;;variance;72;0;;175;;;;230;; sans jaune;;;moyenne;;;;153;;;;249;;166 ;;;variance;;;;74;;;;142;;71 </pre> ====abq blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_blocs|abq blocs]] <pre> abq blocs;;;;;;;;;;;;;;; bloc;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa; cds;779;1328;non ribosom;496;235;PAP2 fam;502;65;hp;615;305;lytic dom;444;143;DUF1489 $16s;108;§1491;;108;§1501;;108;§1501;;110;1491;;94;§1501; atc;30;;;30;;;30;;;30;;;30;; gca;266;;;255;;;255;;;266;;;254;; $23s;129;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;127;2753;;128;§2753; $5s;236;§116;;187;§116;;278;§116;;202;116;;193;§116; cds;;97;YkgJ fam;;614;EAL & GGDEF;;387;PQQ;;209;pyridoxamine;;73;hp ;;;;;;;;;;;;;;; cds;452;295;Hx-t-Hx;740;453;peptido fam;472;419;exo SbcD;;;;;; $16s;108;§1491;;108;§1491;;108;§1491;;;;;;; atc;30;;;30;;;30;;;;;;;; gca;266;;;255;;;255;;;;cds;676;153;MarR fam; $23s;127;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;;$16s;262;§1501;; $5s;96;§116;;96;§116;;96;§116;;;$23s;145;§2754;; atgf;870;;;394;;;161;;;;cds;;369;GNAT fam; cds;;264;IS5 fam;;101;p-IS5/IS1182;;77;p-ATP-bind;;;;;; </pre> ====abq distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_distribution|abq distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;aag2;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;cac2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;ccg2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;gag2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;gtg2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;ggc;gtc;1;gcc;2;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;3 1aa;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;1 >1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total abq;;38;;;;;38;;abq;20;;;;;;20;;abq;10;;;;;;10;;abq;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====abq données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_données_intercalaires|abq données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abq;fx;fc;abq;fx40;fc40;abq;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;4;0;2;4;-1;0;61;59;127;16s tRNA;; 1;1;10;65;170;1;4;13;-2;1;0;42;206;2* 114;;atc ;0;20;54;138;2;4;15;-3;0;0;81;175;tRNA 23s;; ;0;30;57;90;3;10;20;-4;6;199;169;209;267;;gca ;2;40;17;65;4;11;26;-5;0;0;141;63;256;;gca ;2;50;24;74;5;6;24;-6;1;0;162;137;tRNA tRNA;;intra ;1;60;21;59;6;7;12;-7;1;1;121;144;2* 30;;atc gca 1;2;70;24;47;7;8;15;-8;1;20;109;296;tRNA tRNA;; 3;0;80;31;67;8;4;16;-9;0;0;38;109;206;;ccg ;3;90;24;68;9;6;8;-10;1;1;91;5;**;;ccg ;2;100;29;70;10;5;21;-11;1;6;81;212;60;;tac 1;2;110;29;61;11;3;17;-12;0;0;153;72;**;;gga 1;1;120;23;59;12;6;14;-13;0;4;69;246;76;;aag 1;3;130;26;56;13;6;22;-14;1;3;159;165;**;;aag 2;2;140;21;50;14;2;21;-15;0;0;134;139;38;;gag 2;2;150;27;44;15;8;14;-16;0;1;68;118;**;;gag 1;2;160;25;47;16;11;14;-17;3;2;175;218;132;;gtg 2;2;170;33;37;17;1;8;-18;0;1;231;337;**;;gtg 1;2;180;15;41;18;3;7;-19;0;1;85;74;220;;aac 1;0;190;22;24;19;8;13;-20;0;7;49;595;**;;tgc ;1;200;24;36;20;6;8;-21;0;0;10;156;164;;gac 2;0;210;27;24;21;10;8;-22;0;0;443;234;**;;gta 2;0;220;13;24;22;9;8;-23;3;3;196;187;109;;cac ;0;230;18;16;23;5;3;-24;1;0;243;365;**;;cac 1;1;240;17;19;24;4;9;-25;0;1;123;149;;; 1;1;250;14;17;25;7;11;-26;1;2;344;77;;; ;0;260;16;15;26;6;13;-27;0;0;106;170;;; ;0;270;19;17;27;5;11;-28;0;0;91;;;; ;0;280;15;7;28;3;8;-29;3;2;173;;;; ;0;290;9;2;29;0;8;-30;0;0;129;;;; 1;0;300;6;8;30;8;11;-31;0;4;149;;;; ;0;310;7;9;31;0;11;-32;1;0;131;;;; ;0;320;9;7;32;3;5;-33;0;0;414;;;; ;0;330;8;5;33;2;8;-34;0;0;120;;;; 1;0;340;9;3;34;5;6;-35;0;0;688;;;; ;1;350;3;3;35;3;7;-36;0;0;659;;;; ;0;360;5;3;36;1;9;-37;0;0;35;;;; 1;0;370;8;9;37;1;5;-38;3;0;CDS 16s;;;; ;0;380;6;2;38;0;3;-39;0;0;496;779;;; ;0;390;2;7;39;1;4;-40;0;0;23s 5s;;;; ;0;400;4;4;40;1;7;-41;2;1;2* 134;;;; 1;4;reste;82;57;reste;695;1098;-42;0;0;5s CDS;;;; 27;37;total;890;1565;total;890;1565;-43;0;1;236;187;;; 26;33;diagr;806;1504;diagr;193;463;-44;0;0;;;;; 1;1; t30;176;398;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;888;37;2;927;;;-49;1;0;;;;; ;c;1561;330;4;1895;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;2822;104;;reste;5;7;;;;; ;;;;;;2926;;total;37;330;;;;; </pre> =====abq autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_autres_intercalaires_aas|abq autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abq;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;125527;126444;127;*; ;comp;tRNA;126572;126647;206;*;gcg fin;;CDS;126854;127138;;; deb;comp;CDS;163237;164982;175;*; ;;tRNA;165158;165234;59;*;agg fin;;CDS;165294;166022;;; deb;comp;CDS;188235;189860;42;*; ;comp;tRNA;189903;189977;81;*;acg fin;comp;CDS;190059;191987;;; deb;comp;CDS;250833;251111;169;*; ;comp;tRNA;251281;251356;141;*;gcc fin;comp;CDS;251498;251893;;0; deb;;CDS;409912;410451;134;*; ;;ncRNA;410586;410683;99;*; fin;;CDS;410783;412645;;; deb;comp;CDS;458142;458459;209;*; ;;tRNA;458669;458758;63;*;tcg fin;comp;CDS;458822;459664;;; deb;comp;CDS;496776;497171;162;*; ;comp;tRNA;497334;497420;137;*;ttg fin;;CDS;497558;498085;;; deb;comp;CDS;599094;599591;554;*; ;comp;ncRNA;600146;600563;62;*; fin;comp;CDS;600626;601336;;; deb;comp;CDS;615937;616350;121;*; ;comp;tRNA;616472;616548;206;*;ccg ;comp;tRNA;616755;616831;109;*;ccg fin;comp;CDS;616941;617957;;0; deb;comp;CDS;748703;749161;38;*; ;comp;tRNA;749200;749275;91;*;aca deb;comp;CDS;749367;750221;144;*; ;;tRNA;750366;750451;60;*;tac ;;tRNA;750512;750585;81;*;gga deb;;CDS;750667;751857;153;*; ;;tRNA;752011;752086;69;*;tgg fin;;CDS;752156;752353;;; deb;comp;CDS;794457;795983;296;*; ;;tRNA;796280;796355;76;*;aag ;;tRNA;796432;796507;109;*;aag fin;comp;CDS;796617;797057;;; deb;;CDS;870412;872373;159;*; ;;tRNA;872533;872608;5;*;atgi deb;comp;CDS;872614;873093;134;*; ;comp;tRNA;873228;873304;212;*;cgt fin;;CDS;873517;874023;;; deb;;CDS;931977;933011;68;*; ;;tRNA;933080;933155;38;*;gag ;;tRNA;933194;933269;72;*;gag fin;comp;CDS;933342;934340;;0; deb;;CDS;965995;966240;85;*; ;;regulatory;966326;966425;175;*; fin;;CDS;966601;967713;;; deb;;CDS;987790;988104;13;*; ;;ncRNA;988118;988277;39;*; fin;;CDS;988317;988940;;; deb;;CDS;997881;998357;246;*; ;comp;tRNA;998604;998678;175;*;acc fin;comp;CDS;998854;1000815;;; deb;comp;CDS;1164137;1165042;165;*; ;;tRNA;1165208;1165282;132;*;gtg ;;tRNA;1165415;1165489;231;*;gtg fin;;CDS;1165721;1165885;;; deb;;CDS;1242416;1242919;85;*; ;;tRNA;1243005;1243081;139;*;ccc fin;comp;CDS;1243221;1244972;;0; deb;comp;CDS;1353398;1353895;118;*; ;;tRNA;1354014;1354091;49;*;cca deb;;CDS;1354141;1354437;10;*; ;;tRNA;1354448;1354524;443;*;aga fin;;CDS;1354968;1355213;;0; deb;comp;CDS;1370270;1370500;196;*; ;comp;tRNA;1370697;1370772;220;*;aac ;comp;tRNA;1370993;1371066;218;*;tgc fin;;CDS;1371285;1371941;;; deb;comp;CDS;1427443;1427733;236;*; ;comp;rRNA;1427970;1428085;134;*;116 ;comp;rRNA;1428220;1430966;267;*;2747 ;comp;tRNA;1431234;1431309;30;*;gca ;comp;tRNA;1431340;1431416;114;*;atc ;comp;rRNA;1431531;1433015;779;*;1485 fin;;CDS;1433795;1437778;;; deb;comp;CDS;1553335;1555176;116;*; ;comp;regulatory;1555293;1555405;204;*; fin;;CDS;1555610;1555798;;0; deb;comp;CDS;1576457;1577296;243;*; ;comp;tRNA;1577540;1577615;123;*;gaa fin;comp;CDS;1577739;1579538;;; deb;comp;CDS;1723089;1723457;344;*; ;comp;tRNA;1723802;1723878;164;*;gac ;comp;tRNA;1724043;1724117;106;*;gta fin;comp;CDS;1724224;1724496;;; deb;comp;CDS;1730385;1731719;91;*; ;comp;tRNA;1731811;1731895;173;*;cta fin;comp;CDS;1732069;1733634;;; deb;comp;CDS;1733741;1735207;129;*; ;comp;tRNA;1735337;1735412;109;*;cac ;comp;tRNA;1735522;1735597;337;*;cac fin;;CDS;1735935;1736273;;; deb;comp;CDS;1819331;1820473;69;*; ;comp;regulatory;1820543;1820640;161;*; fin;;CDS;1820802;1821179;;0; deb;comp;CDS;1862505;1863443;95;*; ;;tmRNA;1863539;1863915;31;*; fin;;CDS;1863947;1864516;;; deb;;CDS;1951126;1951752;149;*; ;;tRNA;1951902;1951987;74;*;tac fin;comp;CDS;1952062;1952424;;; deb;;CDS;1996903;1997244;595;*; ;comp;tRNA;1997840;1997914;131;*;atgj fin;comp;CDS;1998046;1999179;;; deb;;CDS;2086487;2088658;156;*; ;comp;tRNA;2088815;2088889;234;*;gtc fin;;CDS;2089124;2090002;;; deb;comp;CDS;2281336;2282022;151;*; ;comp;regulatory;2282174;2282326;63;*; fin;comp;CDS;2282390;2284078;;0; deb;comp;CDS;2303404;2303880;414;*; ;comp;tRNA;2304295;2304377;187;*;tta fin;;CDS;2304565;2304732;;0; deb;;CDS;2482875;2484518;365;*; ;comp;tRNA;2484884;2484974;120;*;tcc fin;comp;CDS;2485095;2485898;;0; deb;;CDS;2526814;2528505;73;*; ;;regulatory;2528579;2528683;49;*; fin;;CDS;2528733;2529680;;1; deb;comp;CDS;2640759;2641325;149;*; ;;tRNA;2641475;2641549;688;*;ggc fin;;CDS;2642238;2642915;;; deb;comp;CDS;2764482;2765567;659;*; ;comp;tRNA;2766227;2766300;35;*;ggg fin;comp;CDS;2766336;2766995;;0; deb;;CDS;2781933;2783774;187;*; ;comp;rRNA;2783962;2784077;134;*;116 ;comp;rRNA;2784212;2786958;256;*;2747 ;comp;tRNA;2787215;2787290;30;*;gca ;comp;tRNA;2787321;2787397;114;*;atc ;comp;rRNA;2787512;2789006;496;*;1495 fin;comp;CDS;2789503;2790207;;; deb;;CDS;2843264;2843443;77;*; ;comp;tRNA;2843521;2843597;170;*;cgt fin;;CDS;2843768;2844268;;0; deb;comp;CDS;2886497;2887705;76;*; ;comp;regulatory;2887782;2887861;126;*; fin;;CDS;2887988;2888500;;; </pre> ====abqp données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_données_intercalaires|abqp données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abqp;fx;fc;abqp;fx40;fc40;abqp;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;30;394;228;16s tRNA;;atc ;0;10;35;82;1;7;10;-2;1;0;123;161;2* 114;; 1;0;20;32;85;2;0;10;-3;0;0;231;382;100;; ;0;30;28;64;3;2;10;-4;1;143;205;199;tRNA 23s;;gca 1;0;40;5;60;4;3;10;-5;0;0;136;246;2* 256;; ;0;50;16;34;5;2;7;-6;0;0;209;19;255;; ;0;60;13;39;6;3;8;-7;0;4;79;197;5s tRNA;; ;0;70;14;41;7;4;8;-8;1;11;166;177;2* 96;;atgf ;1;80;16;38;8;1;7;-9;0;0;98;137;tRNA tRNA;;intra ;0;90;9;28;9;2;6;-10;1;1;308;94;3* 30;;atc gca 1;1;100;15;40;10;11;6;-11;2;12;;418;tRNA tRNA;; ;0;110;15;33;11;2;14;-12;1;0;;247;29;;ctg ;0;120;14;24;12;4;6;-13;0;2;;135;**;;gcc ;1;130;15;23;13;9;15;-14;0;3;;351;4;;aac 2;1;140;17;32;14;0;12;-15;0;1;;213;**;;gac ;0;150;21;29;15;2;5;-16;1;2;;32;1;;acc ;0;160;13;30;16;3;10;-17;1;3;CDS 16s;;99;;gcg 1;1;170;20;25;17;2;6;-18;0;0;444;734;44;;gac 1;0;180;11;15;18;3;9;-19;0;1;;472;1;;gtc ;0;190;14;17;19;4;6;-20;0;1;;643;**;;cag 2;0;200;8;17;20;3;2;-21;0;0;5s CDS;;;; ;2;210;9;16;21;5;8;-22;0;1;-;193;;; 1;0;220;12;19;22;5;5;-23;1;3;23s CDS;;;; 1;0;230;6;10;23;4;5;-24;0;0;-;151;;; ;1;240;8;11;24;1;6;-25;0;1;23s 5s;;;; 2;0;250;14;6;25;3;6;-26;1;4;2* 134;;;; ;0;260;8;7;26;0;8;-27;0;0;133;;;; ;0;270;8;3;27;4;7;-28;1;1;;;;; ;0;280;8;6;28;3;7;-29;0;3;;;;; ;0;290;7;5;29;2;7;-30;0;0;;;;; ;0;300;6;6;30;1;5;-31;1;0;;;;; ;1;310;4;4;31;2;9;-32;1;0;;;;; ;0;320;5;3;32;0;7;-33;1;0;;;;; ;0;330;4;6;33;2;5;-34;0;0;;;;; ;0;340;5;6;34;0;4;-35;0;0;;;;; ;0;350;6;0;35;0;11;-36;0;0;;;;; 1;0;360;4;2;36;0;5;-37;1;0;;;;; ;0;370;1;3;37;0;1;-38;0;0;;;;; ;0;380;1;1;38;0;8;-39;0;0;;;;; 1;0;390;1;3;39;0;5;-40;0;0;;;;; ;1;400;5;0;40;1;5;-41;1;0;;;;; 1;0;reste;43;46;reste;396;628;-42;0;0;;;;; 16;10;total;497;921;total;497;921;-43;1;0;;;;; 15;10;diagr;453;873;diagr;100;291;-44;1;0;;;;; 1;0; t30;95;231;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;496;26;1;523;;;-49;0;1;;;;; ;c;919;235;2;1156;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1679;65;;reste;6;7;;;;; ;;;;;;1744;;total;26;235;;;;; </pre> =====abqp autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_autres_intercalaires_aas|abqp autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abqp;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;115594;115896;394;*; ;comp;tRNA;116291;116367;96;*;atgf ;comp;rRNA;116464;116579;134;*;116 ;comp;rRNA;116714;119460;256;*;2747 ;comp;tRNA;119717;119792;30;*;gca ;comp;tRNA;119823;119899;114;*;atc ;comp;rRNA;120014;121498;734;*;1485 fin;;CDS;122233;123597;;0; deb;;CDS;138420;138878;54;*; ;;regulatory;138933;139152;115;*; fin;;CDS;139268;141196;;; deb;comp;CDS;217550;218176;123;*; ;comp;tRNA;218300;218386;228;*;ctg fin;;CDS;218615;219604;;; deb;comp;CDS;241293;242384;76;*; ;comp;regulatory;242461;242590;232;*; fin;comp;CDS;242823;243398;;; deb;comp;CDS;300477;301733;472;*; ;;rRNA;302206;303690;114;*;1485 ;;tRNA;303805;303881;30;*;atc ;;tRNA;303912;303987;256;*;gca ;;rRNA;304244;306990;134;*;2747 ;;rRNA;307125;307240;96;*;116 ;;tRNA;307337;307413;161;*;atgf fin;comp;CDS;307575;307805;;0; deb;;CDS;353736;354107;193;*; ;;regulatory;354301;354527;305;*; fin;;CDS;354833;355231;;; deb;comp;CDS;358353;360380;175;*; ;;regulatory;360556;360807;103;*; fin;;CDS;360911;361297;;0; deb;;CDS;366313;366825;113;*; ;;regulatory;366939;367191;109;*; fin;;CDS;367301;369220;;; deb;comp;CDS;466493;467710;231;*; ;comp;tRNA;467942;468031;205;*;tca fin;comp;CDS;468237;468809;;; deb;;CDS;512242;512790;136;*; ;;tRNA;512927;513002;209;*;aaa fin;;CDS;513212;514036;;; deb;;CDS;931813;933912;79;*; ;;tRNA;933992;934066;382;*;caa fin;comp;CDS;934449;935270;;; deb;comp;CDS;948715;949743;199;*; ;;tRNA;949943;950016;246;*;cag fin;comp;CDS;950263;950616;;; deb;;CDS;970933;972006;19;*; ;comp;tRNA;972026;972119;197;*;agc fin;;CDS;972317;972550;;0; deb;comp;CDS;1161686;1162450;290;*; ;;regulatory;1162741;1162957;38;*; fin;;CDS;1162996;1164069;;; deb;comp;CDS;1302373;1303350;166;*; ;comp;tRNA;1303517;1303592;98;*;ttc fin;comp;CDS;1303691;1303876;;; deb;;CDS;1349865;1350929;151;*; ;comp;rRNA;1351081;1353827;269;*;2747 ;comp;rRNA;1354097;1355591;643;*;1495 fin;;CDS;1356235;1356726;;; deb;comp;CDS;1441708;1443042;177;*; ;;tRNA;1443220;1443294;1;*;acc ;;tRNA;1443296;1443371;99;*;gcg ;;tRNA;1443471;1443547;44;*;gac ;;tRNA;1443592;1443666;1;*;gtc ;;tRNA;1443668;1443741;137;*;cag fin;comp;CDS;1443879;1444727;;; deb;;CDS;1566394;1566612;193;*; ;comp;rRNA;1566806;1566921;133;*;116 ;comp;rRNA;1567055;1569801;255;*;2747 ;comp;tRNA;1570057;1570132;30;*;gca ;comp;tRNA;1570163;1570239;100;*;atc ;comp;rRNA;1570340;1571834;444;*;1495 fin;comp;CDS;1572279;1572707;;; deb;;CDS;1722755;1724962;94;*; ;comp;tRNA;1725057;1725143;418;*;ctc fin;;CDS;1725562;1726311;;; deb;;CDS;1757680;1760568;308;*; ;;tRNA;1760877;1760963;29;*;ctg ;;tRNA;1760993;1761068;247;*;gcc fin;comp;CDS;1761316;1761840;;0; deb;;CDS;1854042;1855049;135;*; ;comp;tRNA;1855185;1855259;351;*;ggc fin;;CDS;1855611;1858685;;0; deb;comp;CDS;1883235;1883813;213;*; ;;tRNA;1884027;1884102;4;*;aac ;;tRNA;1884107;1884183;32;*;gac fin;comp;CDS;1884216;1884821;;; </pre> ===abs=== ====abs opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_opérons|abs opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;abs;;genome;;;;;;;;; 68.45%GC;10.1.20 Paris;16s 5 ;80 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; comp;16414..16980;;cds;;163;163;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;17144..17218;;ggc;;670;*670;;;;;;* ;17889..18566;;cds;;;;;;226;;demethylmenaquinone methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;84790..85017;;cds;;114;114;;;76;;osmotically-inducible lipoprotein B;* comp;85132..85205;;ggg;;35;35;;;;;;* comp;85241..85900;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;93530..94258;;cds;;60;60;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;* comp;94319..94395;;agg;;175;175;;;;;;* ;94571..96262;;cds;;;;;;564;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;131833..132117;;cds;;206;206;;;95;;YggT family protein;* ;132324..132399;;gcg;;140;140;;;;;;* comp;132540..133586;;cds;;;;;;349;;DMT family transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;483582..484082;;cds;;170;170;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;* ;484253..484329;;cgt;;77;77;;;;;;* comp;484407..484586;;cds;;;;;;60;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;536869..537573;;cds;;495;*495;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;* ;538069..539152;;16s’;@1;189;;;;1084;;;* ;539342..540019;;23s°;;127;;;;678;;;* ;540147..540262;;5s;;153;153;;;116;;;* comp;540416..542290;;cds;;;;;;*625;;GGDEF domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;600048..601079;;cds;;79;79;;;344;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;601159..601233;;acg;;81;81;;;;;;* comp;601315..603243;;cds;;;;;;*643;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;656242..656520;;cds;;169;169;;;93;;hp;* comp;656690..656765;;gcc;;141;141;;;;;;* comp;656907..657305;;cds;;;;;;133;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;864141..864458;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;* ;864668..864757;;tcg;;79;79;;;;;;* comp;864837..865679;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;927651..927896;;cds;;392;*392;;;82;;hp;* ;928289..928371;;tta;;175;175;;;;;;* ;928547..929164;;cds;;;;;;206;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1148345..1149223;;cds;;234;234;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;1149458..1149532;;gtc;;106;106;;;;;;* comp;1149639..1151516;;cds;;;;;;*626;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1243974..1245108;;cds;;131;131;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;1245240..1245314;;atgj;;354;*354;;;;;;* comp;1245669..1246637;;cds;;;;;;323;;NAD(+) diphosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1279875..1280237;;cds;;74;74;;;121;;hp;* comp;1280312..1280397;;tac;;148;148;;;;;;* comp;1280546..1281172;;cds;;;;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1500772..1501110;;cds;;338;338;;;113;;P-II family nitrogen regulator;* ;1501449..1501524;;cac;+;109;;109;;;;;* ;1501634..1501709;;cac;2 cac;129;129;;;;;;* ;1501839..1503305;;cds;;106;106;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;* ;1503412..1504977;;cds;;173;173;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;1505151..1505235;;cta;;91;91;;;;;;* ;1505327..1506661;;cds;;;;;;445;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1511745..1512017;;cds;;105;105;;;91;;HU family DNA-binding protein;* ;1512123..1512197;;gta;;163;;163;;;;;* ;1512361..1512437;;gac;;344;344;;;;;;* ;1512782..1513150;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;;* ;1657596..1659397;;cds;;123;123;;;*601;;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;1659521..1659596;;gaa;;234;234;;;;;;* ;1659831..1660671;;cds;;;;;;280;;aldo/keto reductase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1808199..1808735;;cds;;79;79;;;179;;hp;* ;1808815..1808892;;cca;;49;49;;;;;;* ;1808942..1809238;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;* ;1809249..1809325;;aga;;442;*442;;;;;;* ;1809768..1810013;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1825075..1825305;;cds;;210;210;;;77;;hp;* comp;1825516..1825591;;aac;@2;219;;219;;;;;* comp;1825811..1825884;;tgc;;217;217;;;;;;* ;1826102..1826758;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1878424..1878714;;cds;;244;244;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;1878959..1879074;;5s;;123;;;;116;;;* comp;1879198..1881950;;23s;;272;;;;2753;;;* comp;1882223..1882298;;gca;;32;;;32;;;;* comp;1882331..1882407;;atc;;110;;;;;;;* comp;1882518..1883224;;16s°;;100;100;;;707;;;* <comp;1883325..1883763;;cds;;;;;;146;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1896604..1897080;;cds;;192;192;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* comp;1897273..1897347;;acc;;162;162;;;;;;* comp;1897510..1899495;;cds;;;;;;*662;;polysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2032701..2033588;;cds;;165;165;;;296;;DUF3108 domain-containing protein;* ;2033754..2033828;;gtg;+;132;;132;;;;;* ;2033961..2034035;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;* ;2034267..2034431;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2113098..2113601;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;* ;2113687..2113763;;ccc;;140;140;;;;;;* comp;2113904..2115682;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2163405..2167388;;cds;;775;*775;;;*1328;;non-ribosomal peptide synthetase;* ;2168164..2168552;;16s°;;100;;;;389;;;* comp;2168653..2169323;;16s°;;522;*522;;;671;;;* comp;2169846..2170325;;cds;;;;;;160;;DUF2141 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2176963..2177427;;cds;;107;107;;;155;;membrane protein;* comp;2177535..2177610;;gcc;;30;;30;;;;;* comp;2177641..2177727;;ctg;;135;135;;;;;;* comp;2177863..2180208;;cds;;;;;;*782;;mechanosensitive ion channel;* ;;;;;;;;;;;;* ;2233677..2234435;;cds;;92;92;;;253;;hp;* comp;2234528..2234603;;gag;+;38;;38;;;;;* comp;2234642..2234717;;gag;2 gag;68;68;;;;;;* comp;2234786..2235836;;cds;;;;;;350;;p-low specificity L-threonine aldolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2293087..2293593;;cds;;211;211;;;169;;hp;* ;2293805..2293881;;cgt;;137;137;;;;;;* ;2294019..2294495;;cds;;5;5;;;159;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;2294501..2294576;;atgi;;145;145;;;;;;* comp;2294722..2296683;;cds;;;;;;*654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;;* ;2372946..2373401;;cds;;86;86;;;152;;MaoC family dehydratase;* comp;2373488..2373563;;aag;+;74;;74;;;;;* comp;2373638..2373713;;aag;2 aag;309;309;;;;;;* ;2374023..2375549;;cds;;;;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2418203..2418400;;cds;;69;69;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2418470..2418545;;tgg;;152;152;;;;;;* comp;2418698..2419888;;cds;;81;81;;;397;;elongation factor Tu;* comp;2419970..2420043;;gga;;60;;60;;;;;* comp;2420104..2420189;;tac;;144;144;;;;;;* ;2420334..2421188;;cds;;91;91;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;2421280..2421355;;aca;;137;137;;;;;;* ;2421493..2423187;;cds;;;;;;565;;site-specific integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2561207..2562223;;cds;;109;109;;;339;;farnesyltranstransferase;* ;2562333..2562409;;ccg;+;205;;205;;;;;* ;2562615..2562691;;ccg;2 ccg;136;136;;;;;;* ;2562828..2563241;;cds;;;;;;138;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2680406..2680930;;cds;;140;140;;;175;;disulfide bond formation protein B;* ;2681071..2681157;;ttg;;162;162;;;;;;* ;2681320..2681715;;cds;;;;;;132;;cupin domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2856509..2858152;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;* comp;2858518..2858608;;tcc;;118;118;;;;;;* comp;2858727..2859530;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;* plasmide1;;;@3;;;;;;;;;* ;198109..199200;;cds;;84;84;;;364;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;199285..199360;;aaa;;135;135;;;;;;* comp;199496..200044;;cds;;;;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;243776..244348;;cds;;205;205;;;191;;hp;* ;244554..244643;;tca;;143;143;;;;;;* ;244787..245683;;cds;;;;;;299;;diguanylate cyclase;* ;;;;;;;;;;;;* ;338004..339383;;cds;;116;116;;;460;;hp;* comp;339500..339586;;ctc;;257;257;;;;;;* comp;339844..340836;;cds;;;;;;331;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;364473..365501;;cds;;200;200;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;365702..365775;;cag;;746;*746;;;;;;* ;366522..367214;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;474173..477079;;cds;;298;298;;;*969;;PAS domain-containing protein;* ;477378..477464;;ctg;;30;;30;;;;;* ;477495..477570;;gcc;;238;238;;;;;;* ;477809..478123;;cds;;;;;;105;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;599223..600230;;cds;;245;245;;;336;;inorganic phosphate transporter;* comp;600476..600550;;ggc;;351;*351;;;;;;* ;600902..602071;;cds;;;;;;390;;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;629856..631229;;cds;;154;154;;;458;;tetratricopeptide repeat protein;* ;631384..631458;;acc;;1;;1;;;;;* ;631460..631535;;gcg;;99;;99;;;;;* ;631635..631711;;gac;;35;;35;;;;;* ;631747..631821;;gtc;;1;;1;;;;;* ;631823..631896;;cag;;153;153;;;;;;* ;632050..632259;;cds;;;;;;70;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;699265..699846;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;* ;700057..700132;;aac;;4;;4;;;;;* ;700137..700213;;gac;;32;32;;;;;;* comp;700246..700851;;cds;;;;;;202;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;909530..909766;;cds;;153;153;;;79;;hp;* comp;909920..910035;;5s;;127;;;;116;;;* comp;910163..912915;;23s;;271;;;;2753;;;* comp;913187..913262;;gca;;30;;;30;;;;* comp;913293..913369;;atc;;110;;;;;;;* comp;913480..914970;;16s;;486;*486;;;1491;;;* ;915457..916713;;cds;;;;;;419;;exonuclease subunit SbcD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;998160..999149;;cds;;229;229;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;999379..999465;;ctg;;123;123;;;;;;* ;999589..1000215;;cds;;;;;;209;;ribonuclease D;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1098197..1098655;;cds;;675;*675;;;153;;MarR family transcriptional regulator;* ;1099331..1100821;;16s;;107;;;;1491;;;* ;1100929..1101005;;atc;;31;;;31;;;;* ;1101037..1101112;;gca;;271;;;;;;;* ;1101384..1104136;;23s;;147;147;;;2753;;;* comp;1104284..1105390;;cds;;;;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1157171..1157356;;cds;;98;98;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;1157455..1157530;;ttc;;178;178;;;;;;* ;1157709..1158686;;cds;;;;;;326;;alpha-(1,3)-fucosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1394614..1396740;;cds;;453;*453;;;*709;;PAS domain S-box protein;* ;1397194..1397287;;agc;;52;52;;;;;;* comp;1397340..1397858;;cds;;;;;;173;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1399009..1399830;;cds;;301;301;;;274;;hp;* comp;1400132..1400206;;caa;;79;79;;;;;;* comp;1400286..1402379;;cds;;;;;;*698;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1577667..1578095;;cds;;457;*457;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;* ;1578553..1580043;;16s;;110;;;;1491;;;* ;1580154..1580230;;atc;;31;;;31;;;;* ;1580262..1580337;;gca;;269;;;;;;;* ;1580607..1581986;;23s°;;100;;;;1380;;;* ;1582087..1582616;;23s°;;123;;;;530;;;* ;1582740..1582855;;5s;;100;;;;116;;;* ;1582956..1583032;;atgf;;706;*706;;;;;;* ;1583739..1585157;;cds;;;;;;473;;pyruvate kinase;* plasmide2;;;;;;;;;;;;* ;271302..272090;;cds;;529;*529;;;263;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;272620..272695;;tgg;;480;*480;;;;;;* ;273176..273922;;cds;;;;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;449562..450338;;cds;;465;*465;;;259;;IclR family transcriptional regulator;* ;450804..452289;;16s;;584;;;;1486;;;* ;452874..453640;;23s°;;128;;;;767;;;* ;453769..453884;;5s;;101;;;;116;;;* ;453986..454062;;atgf;;359;*359;;;;;;* comp;454422..457751;;cds;;;;;;*1110;;NERD domain-containing protein;* plasmide4;;;;;;;;;;;;* >comp;131140..131621;;cds;;193;193;;;161;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;* ;131815..131891;;atgf;;202;202;;;;;;* comp;132094..132276;;cds;;;;;;61;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;197300..198643;;cds;;738;*738;;;448;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;199382..199953;;16s°;;193;;;;572;;;* ;200147..200223;;atgf;;437;*437;;;;;;* comp;200661..202571;;cds;;;;;;*637;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;246777..248687;;cds;;208;208;;;*637;;RNA-directed DNA polymerase;* comp;248896..248972;;cgg;;96;96;;;;;;* comp;249069..249983;;cds;;;;;;305;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;319641..319943;;cds;;134;134;;;101;;STAS domain-containing protein;* comp;320078..320164;;ctc;;125;125;;;;;;* ;320290..321018;;cds;;;;;;243;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* comp;401067..402227;;cds;;281;281;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;* comp;402509..402624;;5s;;129;;;;116;;;* comp;402754..403402;;23s°;;106;;;;649;;;* comp;403509..403880;;16s°;;502;*502;;;372;;;* comp;404383..404577;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;501394..501756;;cds;;95;95;;;121;;response regulator;* ;501852..501927;;aac;;4;;4;;;;;* ;501932..502008;;gac;;4;;4;;;;;* ;502013..502087;;ggc;;102;102;;;;;;* comp;502190..502957;;cds;;;;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;503041..503667;;cds;;249;249;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;* comp;503917..504474;;16s°;;547;*547;;;558;;;* ;505022..506005;;cds;;;;;;328;;lytic transglycosylase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;601019..603679;;cds;;358;*358;;;*887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;* ;604038..604113;;ttc;;318;318;;;;;;* >;604432..605613;;cds;;;;;;394;;site-specific integrase;* plasmide6;;;;;;;;;;;;* ;88804..89472;;cds;;397;*397;;;223;;RraA family protein;* ;89870..89944;;ggc;;249;249;;;;;;* ;90194..91186;;cds;;;;;;331;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);* </pre> ====abs cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_cumuls|abs cumuls]] <pre> abs cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300; avec rRNA;opérons;10;1;2;;1;0;1;;100;18;1;0 ;16atcgca235;1;20;3;;50;5;40;;200;29;30;0 ;Id-23s°-atgf;1;40;4;4;100;22;80;;300;26;60;3 ;1623s°5atgf;1;60;1;;150;29;120;;400;20;90;10 ;max a;3;80;1;;200;18;160;;500;7;120;9 ;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;6;150;8 ;autres;7;120;1;;300;3;240;;700;9;180;13 ;total aas;10;140;1;;350;5;280;;800;2;210;9 sans ;opérons;51;160;0;;400;7;320;;900;1;240;6 ;1 aa;39;180;1;;450;2;360;;1000;1;270;8 ;max a;5;200;0;;500;6;400;;1100;0;300;7 ;a doubles;5;;2;;;10;;;;2;;48 ;total aas;67;;17;4;;125;;0;;121;;121 total aas;;;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;71;31;;221;;;;308;; ;;;variance;72;1;;168;;;;230;; sans jaune;;;moyenne;;;;151;;;;242;;166 ;;;variance;;;;72;;;;137;;72 </pre> ====abs blocs==== =====abs blocs abrégé===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_abrégé|abs blocs abrégé]] <pre> abs abq;;; abrégé;nom;; 23s RlmB;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;;* 50s L21;50S ribosomal protein L21;;* AAA fam;AAA family ATPase;;* ab hydrolase;alpha/beta hydrolase;;* ab hydrolase f;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;;* AG cyclase;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;;* ak reductase;aldo/keto reductase;;* ATP bind;ATP-binding cassette domain-containing protein;;* bacteriofer;bacterioferritin;;* bif CoA;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;;* bif NAD;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;;* chemotaxis p;methyl-accepting chemotaxis protein;;* cupin dom;cupin domain-containing protein;;* cyclicN bind;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;;* diG cyclase;diguanylate cyclase;;* dip ABC;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;;* disulfide;disulfide bond formation protein B;;* DMT fam;DMT family transporter;;* DUF1489;DUF1489 domain-containing protein;;* DUF2141;DUF2141 domain-containing protein;;* DUF3108;DUF3108 domain-containing protein;;* DUF3618;DUF3618 domain-containing protein;;* EAL & GGDEF;EAL and GGDEF domain-containing protein;;* elonga Tu;elongation factor Tu;;* ETC complex;ETC complex I subunit;;* exo SbcD;exonuclease subunit SbcD;;* FAD bind;FAD-binding oxidoreductase;;* FadR fam;FadR family transcriptional regulator;;* farnesyl;farnesyltranstransferase;;* fucosyl;alpha-1,3-fucosyltransferase;;* GGDEF dom;GGDEF domain-containing protein;;* glycosyl;glycosyltransferase;;* GNAT fam;GNAT family N-acetyltransferase;;* gyrase YacG;DNA gyrase inhibitor YacG;;* Hase HypA;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;;* helicas RecQ;DNA helicase RecQ;;* HU bind;HU family DNA-binding protein;;* Hx-t-Hx;helix-turn-helix transcriptional regulator;;* Hx-t-Hx dom;helix-turn-helix domain-containing protein;;* IclR fam;IclR family transcriptional regulator;;* inorganic P;inorganic phosphate transporter;;* IS3 fam;IS3 family transposase;;* IS5 fam;IS5 family transposase;;* L-iso-Asp;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;;* lipoyl LipB;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;;* low Thr;low specificity L-threonine aldolase;;* lytic dom;lytic transglycosylase domain-containing protein;;* malate G;malate synthase G;;* malonyl CoA;malonyl-CoA decarboxylase;;* MaoC fam;MaoC family dehydratase;;* MarR fam;MarR family transcriptional regulator;;* mecano ion;mechanosensitive ion channel;;* membrane p;membrane protein;;* menaquinone;dimethylmenaquinone methyltransferase;;* MerR fam;MerR family transcriptional regulator;;* methyl trans;methyltransferase domain-containing protein;;* N-acetyl trans;N-acetyltransferase;;* N-formyl Glu;N-formylglutamate amidohydrolase;;* NAD diP;NAD(+) diphosphatase;;* NADH-quinone;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;;* NDUFA9;complex I NDUFA9 subunit family protein;;* NERD dom;NERD domain-containing protein;;* nitrogen NifQ;nitrogen fixation protein NifQ;;* non ribosom;non-ribosomal peptide synthetase;;* osmose LipB;osmotically-inducible lipoprotein B;;* p-ATP-bind;p-ATP-binding protein;;* p-erythrose;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;;* P-II nitrogen;P-II family nitrogen regulator;;* p-IS5/IS1182;P-IS5/IS1182 family transposase;;* p-low Thr;p-low specificity L-threonine aldolase;;* p-ssDNA exo;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;* pantetheine;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;;* PAP2 fam;phosphatase PAP2 family protein;;* PAS dom;PAS domain-containing protein;;* PAS kinase;PAS domain-containing sensor histidine kinase;;* PAS S-box;PAS domain S-box protein;;* peptido fam;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;* peptido Pal;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;;* polymerase;RNA-directed DNA polymerase;;* polysacchard;polysaccharide biosynthesis protein;;* Ppx/GppA;Ppx/GppA family phosphatase;;* PQQ;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;;* Prolyl-tRNA;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;;* pyridoxamine;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;;* pyruvate kin;pyruvate kinase;;* recombinase;recombinase family protein;;* response reg;response regulator;;* restriction end;restriction endonuclease;;* ribonucleaseD;ribonuclease D;;* RraA fam;RraA family protein;;* SDR fam;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;;* sigma RpoD;RNA polymerase sigma factor RpoD;;* sigma-70 fam;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;;* SLT dom;transglycosylase SLT domain-containing protein;;* ss integrase;site-specific integrase;;* Ss-DNA;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;* STAS dom;STAS domain-containing protein;;* subunit SecE;preprotein translocase subunit SecE;;* tetratricopep;tetratricopeptide repeat protein;;* TIGR02300;TIGR02300 family protein;;* trigger factor;trigger factor;;* tRNA MnmA;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;;* Tyr rec/int;tyrosine-type recombinase/integrase;;* UDP-N-acetyl;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);;* xanthine;xanthine phosphoribosyltransferase;;* YggT fam;YggT family protein;;* YkgJ fam;YkgJ family cysteine cluster protein;;* </pre> =====abs blocs tableau===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_tableau|abs blocs tableau]] <pre> abs blocs;;;;;;;;;;; gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé cds;486;419;SbcD;cds;100;146;P-eryt;cds;675;153;MarR 16s;110;1491;;16s°;110;707;;16s;107;1491; atc;30;;;atc;32;;;atc;31;; gca;271;;;gca;272;;;gca;271;; 23s;127;2753;;23s;123;2753;;23s;147;2753; 5s;153;116;;5s;244;116;;cds;;369;GNAT cds;;79;hp;cds;;97;YkgJ;;;; ;;;;;;;;;;; cds;457;143;DUF1489;;;;;;;; 16s;110;1491;;;;;;;;; atc;31;;;;;;;;;; gca;269;;;;;10 cds < 259 sur 20;;;;; 23s°;100;1380;;;;Dont 2 hp + 1 p;;;;; 23s°;123;530;;;;;;;;; 5s;100;116;;;;;;;;; atgf;706;;;;;;;;;; cds;;473;pyruvat;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; cds;465;259;IclR;cds;502;65;hp;cds;495;235;PAP2 16s;584;1486;;16s°;106;372;;16s’;189;1084; 23s°;128;767;;23s°;129;649;;23s°;127;678; 5s;101;116;;5s;281;116;;5s;153;116; atgf;359;;;cds;;387;PQQ;cds;;625;GGDEF cds;;1110;NERD;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; 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(d'où?) 3 fois <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;gtRNAdb;;;;; ;abs;genome;;;;;;;;;abq;genome;;;; 68.45%GC;10.1.20 Paris;80 aas;intercalaires;cdsa;protéines;;;;;68.45%GC;29.12.19 Paris;88 aas;intercalaires;cdsa;protéines; Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;chromosome;;;;;; ;2856509..2858152;cds;365;548;recombinase;* CHA1;;* comp;;;2482875..2484518;cds;365;548;recombinase;* CHA1 comp;2858518..2858608;tcc;118;;;*;;* hp caracter;;comp;2484884..2484974;tcc;120;;;* comp;2858727..2859530;cds;;268;ab hydrolase;* ;;* modif;;comp;2485095..2485898;cds;;268;ab hydrolase;* ;;;;;;;;* déplacé;;;;;;;;* comp;16414..16980;cds;163;189;Prolyl-tRNA;* ;;* d’où?;;comp;2640759..2641325;cds;149;189;Prolyl-tRNA;* ;17144..17218;ggc;670;;;*;;* recomb;;;2641475..2641549;ggc;688;;;* ;17889..18566;cds;;226;menaquinone;*;;* insertion;;;2642238..2642915;cds;;226;menaquinone;* ;;;;;;*;;* bloc?;;;;;;;;* ;84790..85017;cds;114;76;@osmose LipB;* comp;;* réunion;;comp;2764482..2765567;cds;659;362;@hp;* comp;85132..85205;ggg;35;;;*;;* recombi;;comp;2766227..2766300;ggg;35;;;* comp;85241..85900;cds;;220;N-acetyl trans;*;;;;comp;2766336..2766995;cds;;220;N-acetyl trans;* ;;;;;;;;;;;;;;;; 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ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;cac2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;ccg2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;gag2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;gtg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;;gtc;1;gcc;2;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;ggc;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;3 1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;1 >1aa;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total abs;;39;;;;;;;abs;20;;;;;;20;;abs;10;;;;;;10;;abs;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====abs données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_données_intercalaires|abs données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abs;fx;fc;abs;fx40;fc40;abs;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;55;670;163;tRNA 23s;; 1;1;10;65;167;1;4;12;-2;1;0;35;114;272;;gca ;0;20;41;134;2;1;18;-3;0;0;60;175;tRNA tRNA;;contig ;0;30;61;89;3;13;20;-4;3;194;81;206;32;;atc gca ;1;40;24;76;4;13;21;-5;0;0;169;140;tRNA tRNA;; ;1;50;27;62;5;2;24;-6;1;0;141;170;109;;cac ;1;60;25;63;6;14;9;-7;1;4;175;77;**;;cac ;2;70;16;52;7;9;14;-8;0;23;131;79;163;;gta 5;0;80;34;64;8;1;17;-9;0;0;148;209;**;;gac 1;3;90;28;70;9;6;11;-10;1;2;129;79;219;;aac 1;2;100;32;71;10;2;21;-11;0;7;173;187;**;;tgc 2;2;110;29;52;11;3;20;-12;0;0;91;234;132;;gtg 1;1;120;22;59;12;5;13;-13;0;3;105;106;**;;gtg ;2;130;24;59;13;4;23;-14;0;4;344;354;30;;gcc 3;5;140;25;54;14;4;15;-15;1;0;123;74;**;;ctg 1;3;150;21;52;15;4;17;-16;0;1;234;338;38;;gag ;1;160;29;37;16;4;9;-17;4;2;49;79;**;;gag 3;3;170;30;36;17;1;6;-18;0;1;10;217;74;;aag 1;2;180;24;43;18;5;6;-19;1;1;442;192;**;;aag 1;0;190;19;35;19;9;13;-20;1;4;210;165;60;;gga 1;0;200;17;34;20;2;12;-21;0;1;162;140;**;;tac 2;1;210;13;17;21;12;5;-22;0;0;231;107;205;;ccg 2;0;220;23;23;22;12;7;-23;2;3;85;92;**;;ccg ;0;230;13;22;23;3;7;-24;1;0;135;211;;; 1;2;240;13;15;24;9;11;-25;1;2;68;5;;; ;0;250;17;15;25;6;11;-26;0;2;134;86;;; ;0;260;9;15;26;0;9;-27;0;0;145;309;;; ;0;270;18;18;27;5;10;-28;0;0;69;144;;; ;0;280;10;11;28;6;12;-29;5;1;152;140;;; ;0;290;9;10;29;2;9;-30;0;0;81;365;;; ;0;300;10;7;30;6;8;-31;1;2;91;;;; 1;0;310;6;10;31;1;11;-32;1;0;137;;;; ;0;320;7;9;32;1;7;-33;0;0;109;;;; ;0;330;10;3;33;4;10;-34;0;0;136;;;; 1;0;340;11;2;34;4;5;-35;1;1;162;;;; ;1;350;4;2;35;4;6;-36;0;0;118;;;; 1;0;360;5;5;36;1;5;-37;0;0;23s 5s;;;; 1;0;370;8;7;37;6;8;-38;1;0;128;;;; ;0;380;2;3;38;1;8;-39;0;0;5s CDS;;;; ;0;390;4;2;39;2;10;-40;0;0;244;153;;; ;0;400;6;4;40;0;6;-41;0;0;;;;; ;2;reste;90;55;reste;690;1098;-42;0;0;;;;; 30;36;total;883;1570;total;883;1570;-43;0;0;;;;; 30;34;diagr;791;1509;diagr;191;466;-44;0;0;;;;; 1;1; t30;167;390;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;881;34;2;917;;;-49;1;0;;;;; ;c;1564;324;6;1894;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;2811;110;;reste;3;11;;;;; ;;;;;;2921;;total;34;324;;;;; </pre> =====abs autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_autres_intercalaires_aas|abs autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abs;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;16414;16980;163;*; ;;tRNA;17144;17218;670;*;ggc fin;;CDS;17889;18566;;; deb;;CDS;84790;85017;114;*; ;comp;tRNA;85132;85205;35;*;ggg fin;comp;CDS;85241;85900;;0; deb;comp;CDS;93530;94258;60;*; ;comp;tRNA;94319;94395;175;*;agg fin;;CDS;94571;96262;;0; deb;comp;CDS;131833;132117;206;*; ;;tRNA;132324;132399;140;*;gcg fin;comp;CDS;132540;133586;;; deb;comp;CDS;440193;440705;127;*; ;;regulatory;440833;440912;76;*; fin;;CDS;440989;442197;;; deb;comp;CDS;483582;484082;170;*; ;;tRNA;484253;484329;77;*;cgt fin;comp;CDS;484407;484586;;0; deb;;CDS;536869;537573;506;*; ;;misc_f;538080;538894;491;*; ;;misc_f;539386;539554;19;*; ;;misc_f;539574;539733;19;*; ;;misc_f;539753;540001;145;*; ;;rRNA;540147;540262;153;*;116 fin;comp;CDS;540416;542290;;0; deb;;CDS;600048;601079;79;*; ;comp;tRNA;601159;601233;81;*;acg fin;comp;CDS;601315;603243;;; deb;comp;CDS;656242;656520;169;*; ;comp;tRNA;656690;656765;141;*;gcc fin;comp;CDS;656907;657305;;0; deb;;CDS;815905;816444;135;*; ;;ncRNA;816580;816677;99;*; fin;;CDS;816777;818633;;; deb;comp;CDS;864141;864458;209;*; ;;tRNA;864668;864757;79;*;tcg fin;comp;CDS;864837;865679;;; deb;comp;CDS;927934;928101;187;*; ;;tRNA;928289;928371;175;*;tta fin;;CDS;928547;929164;;; deb;;CDS;946069;947757;64;*; ;;regulatory;947822;947974;151;*; fin;;CDS;948126;948812;;; deb;comp;CDS;1148345;1149223;234;*; ;;tRNA;1149458;1149532;106;*;gtc fin;comp;CDS;1149639;1151516;;; deb;;CDS;1244040;1245108;131;*; ;;tRNA;1245240;1245314;354;*;atgj fin;comp;CDS;1245669;1246637;;; deb;;CDS;1279875;1280237;74;*; ;comp;tRNA;1280312;1280397;148;*;tac fin;comp;CDS;1280546;1281172;;; deb;comp;CDS;1369782;1370351;31;*; ;comp;tmRNA;1370383;1370759;95;*; fin;;CDS;1370855;1371793;;; deb;comp;CDS;1414313;1414690;160;*; ;;regulatory;1414851;1414948;69;*; fin;;CDS;1415018;1416172;;; deb;comp;CDS;1500772;1501110;338;*; ;;tRNA;1501449;1501524;109;*;cac ;;tRNA;1501634;1501709;129;*;cac fin;;CDS;1501839;1503305;;; deb;;CDS;1503412;1504977;173;*; ;;tRNA;1505151;1505235;91;*;cta fin;;CDS;1505327;1506661;;; deb;;CDS;1511745;1512017;105;*; ;;tRNA;1512123;1512197;163;*;gta ;;tRNA;1512361;1512437;344;*;gac fin;;CDS;1512782;1513150;;; deb;;CDS;1657596;1659397;123;*; ;;tRNA;1659521;1659596;234;*;gaa fin;;CDS;1659831;1660671;;; deb;comp;CDS;1671855;1672043;204;*; ;;regulatory;1672248;1672360;116;*; fin;;CDS;1672477;1674318;;0; deb;comp;CDS;1808199;1808735;79;*; ;;tRNA;1808815;1808892;49;*;cca deb;;CDS;1808942;1809238;10;*; ;;tRNA;1809249;1809325;442;*;aga fin;;CDS;1809768;1810013;;0; deb;comp;CDS;1825075;1825305;210;*; ;comp;tRNA;1825516;1825591;219;*;aac ;comp;tRNA;1825811;1825884;217;*;tgc fin;;CDS;1826102;1826758;;; deb;comp;CDS;1878424;1878714;244;*; ;comp;rRNA;1878959;1879074;128;*;116 ;comp;rRNA;1879203;1881950;272;*;2748 ;comp;tRNA;1882223;1882298;32;*;gca ;comp;tRNA;1882331;1882407;129;*;atc ;comp;misc_f;1882537;1883185;139;*; fin;comp;CDS;1883325;1883763;;; deb;;CDS;1886482;1886796;13;*; ;;ncRNA;1886810;1886969;39;*; fin;;CDS;1887009;1887617;;; deb;;CDS;1896604;1897080;192;*; ;comp;tRNA;1897273;1897347;162;*;acc fin;comp;CDS;1897510;1899495;;; deb;comp;CDS;2032701;2033588;165;*; ;;tRNA;2033754;2033828;132;*;gtg ;;tRNA;2033961;2034035;231;*;gtg fin;;CDS;2034267;2034431;;; deb;;CDS;2113098;2113601;85;*; ;;tRNA;2113687;2113763;140;*;ccc fin;comp;CDS;2113904;2115682;;0; deb;comp;CDS;2163405;2167388;813;*; ;;misc_f;2168202;2168532;294;*; ;comp;misc_f;2168827;2169315;530;*; fin;comp;CDS;2169846;2170325;;; deb;;CDS;2176963;2177427;107;*; ;comp;tRNA;2177535;2177610;30;*;gcc ;comp;tRNA;2177641;2177727;135;*;ctg fin;comp;CDS;2177863;2180208;;0; deb;comp;CDS;2197944;2199056;175;*; ;comp;regulatory;2199232;2199345;72;*; fin;comp;CDS;2199418;2199663;;0; deb;;CDS;2233677;2234435;92;*; ;comp;tRNA;2234528;2234603;38;*;gag ;comp;tRNA;2234642;2234717;68;*;gag fin;comp;CDS;2234786;2235821;;; deb;comp;CDS;2293087;2293593;211;*; ;;tRNA;2293805;2293881;134;*;cgt deb;;CDS;2294016;2294495;5;*; ;comp;tRNA;2294501;2294576;145;*;atgi fin;comp;CDS;2294722;2296683;;; deb;;CDS;2372946;2373401;86;*; ;comp;tRNA;2373488;2373563;74;*;aag ;comp;tRNA;2373638;2373713;309;*;aag fin;;CDS;2374023;2375549;;1; deb;comp;CDS;2418203;2418400;69;*; ;comp;tRNA;2418470;2418545;152;*;tgg deb;comp;CDS;2418698;2419888;81;*; ;comp;tRNA;2419970;2420043;60;*;gga ;comp;tRNA;2420104;2420189;144;*;tac deb;;CDS;2420334;2421188;91;*; ;;tRNA;2421280;2421355;137;*;aca fin;;CDS;2421493;2423187;;; deb;;CDS;2561207;2562223;109;*; ;;tRNA;2562333;2562409;205;*;ccg ;;tRNA;2562615;2562691;136;*;ccg fin;;CDS;2562828;2563241;;0; deb;;CDS;2577826;2578533;62;*; ;;ncRNA;2578596;2578998;554;*; fin;;CDS;2579553;2580050;;; deb;comp;CDS;2680406;2680930;140;*; ;;tRNA;2681071;2681157;162;*;ttg fin;;CDS;2681320;2681715;;; deb;;CDS;2856509;2858152;365;*; ;comp;tRNA;2858518;2858608;118;*;tcc fin;comp;CDS;2858727;2859530;;0; deb;;CDS;2940550;2940948;67;*; ;;regulatory;2941016;2941120;49;*; fin;;CDS;2941170;2942093;;0; </pre> ====absp données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_données_intercalaires|absp données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;absp;fx;fc;absp;fx40;fc40;absp;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;0;0;0;0;0;-1;0;26;135;84;16s tRNA;; ;0;10;38;87;1;4;8;-2;2;0;205;116;2* 116;;atc ;0;20;28;81;2;1;9;-3;0;0;143;200;113;;atc ;0;30;27;59;3;4;16;-4;2;124;257;245;tRNA 23s;; 1;0;40;12;44;4;7;10;-5;0;0;746;351;272;;gca ;0;50;15;38;5;3;7;-6;0;0;298;178;270;;gca 1;0;60;8;39;6;2;3;-7;0;1;238;213;5s tRNA;; ;0;70;14;33;7;7;7;-8;1;12;153;32;100;;atgf ;1;80;15;31;8;0;11;-9;0;0;123;229;tRNA tRNA;;intra 1;0;90;14;23;9;2;5;-10;1;0;98;52;30;;atc gca ;1;100;9;41;10;8;11;-11;1;6;178;301;2* 31;;atc gca ;0;110;13;29;11;1;7;-12;1;0;453;;tRNA tRNA;; 1;0;120;18;28;12;0;6;-13;0;2;79;;30;;ctg ;1;130;12;24;13;5;14;-14;0;4;706;;**;;gcc ;1;140;15;34;14;1;15;-15;0;0;CDS 16s;;1;;acc ;1;150;18;25;15;3;3;-16;1;1;457;486;99;;gcg ;1;160;8;22;16;4;9;-17;0;2;;642;35;;gac ;0;170;26;30;17;3;6;-18;0;0;23s 5s;;1;;gtc 1;1;180;8;19;18;4;10;-19;0;1;128;;**;;cag ;0;190;10;14;19;3;7;-20;3;1;132;;4;;aac 1;0;200;6;12;20;4;4;-21;0;0;23s CDS;;**;;gac ;1;210;6;10;21;1;6;-22;0;0;-;151;;; 1;0;220;12;17;22;8;3;-23;0;1;5s CDS;;;; 1;0;230;6;9;23;5;5;-24;0;0;-;153;;; ;1;240;12;11;24;1;3;-25;0;1;;;;; 1;0;250;6;13;25;4;9;-26;1;2;;;;; ;1;260;6;8;26;4;9;-27;0;0;;;;; ;0;270;11;9;27;1;8;-28;1;1;;;;; ;0;280;9;5;28;1;8;-29;0;1;;;;; ;0;290;4;3;29;2;4;-30;0;0;;;;; ;1;300;5;5;30;0;4;-31;1;0;;;;; 1;0;310;2;3;31;1;3;-32;0;0;;;;; ;0;320;6;3;32;2;3;-33;0;0;;;;; ;0;330;4;2;33;1;3;-34;0;0;;;;; ;0;340;5;7;34;2;7;-35;0;2;;;;; ;0;350;6;1;35;1;8;-36;0;0;;;;; 1;0;360;2;3;36;1;4;-37;1;0;;;;; ;0;370;1;4;37;1;3;-38;0;2;;;;; ;0;380;0;1;38;0;5;-39;0;0;;;;; ;0;390;1;0;39;2;6;-40;0;0;;;;; ;0;400;2;2;40;1;2;-41;1;1;;;;; ;3;reste;52;44;reste;367;602;-42;0;0;;;;; 11;14;total;472;873;total;472;873;-43;1;0;;;;; 11;11;diagr;420;829;diagr;105;271;-44;1;0;;;;; 0;0; t30;93;227;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;472;25;0;497;;;-49;0;1;;;;; ;c;873;206;0;1079;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1576;54;;reste;5;14;;;;; </pre> =====absp autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_autres_intercalaires_aas|absp autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;absp;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;198109;199200;84;*; ;comp;tRNA;199285;199360;135;*;aaa fin;comp;CDS;199496;200044;;; deb;;CDS;243776;244348;205;*; ;;tRNA;244554;244643;143;*;tca fin;;CDS;244787;245683;;0; deb;;CDS;338004;339383;116;*; ;comp;tRNA;339500;339586;257;*;ctc fin;comp;CDS;339844;340836;;; deb;comp;CDS;364473;365501;200;*; ;;tRNA;365702;365775;746;*;cag fin;;CDS;366522;367214;;; deb;;CDS;474173;477079;298;*; ;;tRNA;477378;477464;30;*;ctg ;;tRNA;477495;477570;238;*;gcc fin;;CDS;477809;478123;;; deb;comp;CDS;496623;497399;289;*; ;;regulatory;497689;497905;38;*; fin;;CDS;497944;499011;;; deb;;CDS;599223;600230;245;*; ;comp;tRNA;600476;600550;351;*;ggc fin;;CDS;600902;602071;;; deb;comp;CDS;629856;631205;178;*; ;;tRNA;631384;631458;1;*;acc ;;tRNA;631460;631535;99;*;gcg ;;tRNA;631635;631711;35;*;gac ;;tRNA;631747;631821;1;*;gtc ;;tRNA;631823;631896;153;*;cag fin;;CDS;632050;632259;;; deb;comp;CDS;699265;699843;213;*; ;;tRNA;700057;700132;4;*;aac ;;tRNA;700137;700213;32;*;gac fin;comp;CDS;700246;700851;;; deb;;CDS;909530;909766;153;*; ;comp;rRNA;909920;910035;132;*;116 ;comp;rRNA;910168;912914;272;*;2747 ;comp;tRNA;913187;913262;30;*;gca ;comp;tRNA;913293;913369;116;*;atc ;comp;rRNA;913486;914970;486;*;1485 fin;;CDS;915457;916713;;; deb;comp;CDS;975367;977091;141;*; ;;regulatory;977233;977362;74;*; fin;;CDS;977437;978516;;; deb;comp;CDS;998160;999149;229;*; ;;tRNA;999379;999465;123;*;ctg fin;;CDS;999589;1000215;;; deb;comp;CDS;1066729;1068657;115;*; ;comp;regulatory;1068773;1068992;54;*; fin;comp;CDS;1069047;1069505;;0; deb;comp;CDS;1098197;1098688;642;*; ;;rRNA;1099331;1100815;113;*;1485 ;;tRNA;1100929;1101005;31;*;atc ;;tRNA;1101037;1101112;272;*;gca ;;rRNA;1101385;1104132;151;*;2748 fin;comp;CDS;1104284;1105390;;; deb;;CDS;1157171;1157356;98;*; ;;tRNA;1157455;1157530;178;*;ttc fin;;CDS;1157709;1158686;;; deb;;CDS;1394614;1396740;453;*; ;;tRNA;1397194;1397287;52;*;agc fin;comp;CDS;1397340;1397858;;; deb;;CDS;1399009;1399830;301;*; ;comp;tRNA;1400132;1400206;79;*;caa fin;comp;CDS;1400286;1402385;;; deb;;CDS;1577667;1578095;457;*; ;;rRNA;1578553;1580037;116;*;1485 ;;tRNA;1580154;1580230;31;*;atc ;;tRNA;1580262;1580337;270;*;gca ;;rRNA;1580608;1582611;128;*;2004 ;;rRNA;1582740;1582855;100;*;116 ;;tRNA;1582956;1583032;706;*;atgf fin;;CDS;1583739;1585157;;0; </pre> ===agr=== ====agr opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_opérons|agr opérons]] <pre> 59.3%GC;29.12.19 Paris;16s 5 ;58 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Agrobacterium sp. H13-3 ;;;;;;;;;;;; chromosoml;;;;;;;;;;;; comp;1064633..1065274;;cds;;296;296;;;214;;hp;* ;1065571..1065655;;ttg;;266;266;;;;;;* ;1065922..1066437;;cds;;;;;;172;;disulfide bond formation protein B;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1178605..1179114;;cds;;256;256;;;170;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;1179371..1179445;;ggc;@1;793;;793;;;;;* comp;1180239..1180315;;atgj;;135;135;;;;;;* comp;1180451..1181647;;cds;;;;;;399;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1320644..1321006;;cds;;318;318;;;121;;hp;* comp;1321325..1321414;;tcg;;197;197;;;;;;* comp;1321612..1322493;;cds;;;;;;294;;dihydrodipicolinate synthase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1361929..1362942;;cds;;554;*554;;;338;;sugar ABC transporter substrate-binding protein;* comp;1363497..1363571;;gtc;;81;81;;;;;;* comp;1363653..1364015;;cds;;;;;;121;;response regulator;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1426814..1427137;;cds;;105;105;;;108;;hp;* ;1427243..1428733;;16s;;337;;;;1491;;;* ;1429071..1429147;;atc;;59;;;59;;;;* ;1429207..1429282;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;1429429..1429626;;cds;@2;241;241;;;66;;P-hp;* ;1429868..1432681;;23s;;242;;;;2814;;;* ;1432924..1433038;;5s;;257;;;;115;;;* ;1433296..1433372;;atgf;;311;311;;;;;;* ;1433684..1434118;;cds;;;;;;145;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;* ;;;;;;;;;;;;* ;1503534..1504520;;cds;;122;122;;;329;;beta-ketoacyl-ACP synthase III;* comp;1504643..1504716;;cag;;123;123;;;;;;* comp;1504840..1505277;;cds;;;;;;146;;Lrp/AsnC family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1605356..1605856;;cds;;71;71;;;167;;hp;* comp;1605928..1606003;;gcc;;152;152;;;;;;* comp;1606156..1606545;;cds;;;;;;130;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1687683..1688015;;cds;;105;105;;;111;;hp;* ;1688121..1689611;;16s;;337;;;;1491;;;* ;1689949..1690025;;atc;;59;;;59;;;;* ;1690085..1690160;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;1690307..1690504;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;1690746..1693559;;23s;;242;;;;2814;;;* ;1693802..1693916;;5s;;257;;;;115;;;* ;1694174..1694250;;atgf;;203;203;;;;;;* comp;1694454..1694645;;cds;;;;;;64;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;2103153..2103404;;cds;;105;105;;;84;;P-hp;* ;2103510..2105000;;16s;;337;;;;1491;;;* ;2105338..2105414;;atc;;59;;;59;;;;* ;2105474..2105549;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;2105696..2105893;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;2106135..2108948;;23s;;242;;;;2814;;;* ;2109191..2109305;;5s;;257;;;;115;;;* ;2109563..2109639;;atgf;;633;*633;;;;;;* ;2110273..2110680;;cds;;;;;;136;;membrane protein;* chromosomc;;;;;;;;;;;;* <comp;56862..57137;;cds;;105;105;;;92;;P-hp;* ;57243..58733;;16s;;337;;;;1491;;;* ;59071..59147;;atc;;59;;;59;;;;* ;59207..59282;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;59429..59626;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;59868..62681;;23s;;242;;;;2814;;;* ;62924..63038;;5s;;257;;;;115;;;* ;63296..63372;;atgf;;196;196;;;;;;* ;63569..65377;;cds;;;;;;*603;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;125821..127722;;cds;;287;287;;;*634;;molecular chaperone DnaK;* comp;128010..128099;;tcc;;220;220;;;;;;* ;128320..128637;;cds;;;;;;106;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;227621..228004;;cds;;240;240;;;128;;membrane protein;* comp;228245..228331;;ctg;;120;120;;;;;;* comp;228452..228757;;cds;;;;;;102;;SelT/SelW/SelH family protein;* ;;;;;;;;;;;;* >;378307..378396;;cds;;40;40;;;30;;P-hp;* ;378437..378513;;cgt;;174;174;;;;;;* ;378688..379500;;cds;;;;;;271;;class I SAM-dependent methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;407277..407435;;cds;;167;167;;;53;;YqaE/Pmp3 family membrane protein;* comp;407603..407678;;acg;;137;137;;;;;;* comp;407816..408778;;cds;;;;;;321;;nitronate monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;425990..427087;;cds;;56;56;;;366;;2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase;* ;427144..427217;;ggg;;154;154;;;;;;* ;427372..428058;;cds;;;;;;229;;aquaporin Z;* ;;;;;;;;;;;;* ;458659..459081;;cds;;285;285;;;141;;hp;* ;459367..459442;;ttc;;246;246;;;;;;* comp;459689..460033;;cds;;;;;;115;;cation:proton antiporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;493759..494025;;cds;;155;155;;;89;;hp;* ;494181..494255;;acc;;195;195;;;;;;* comp;494451..495686;;cds;;;;;;412;;flagellin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;564938..568684;;cds;;361;*361;;;*1249;;PAS domain S-box protein;* ;569046..569122;;cac;;79;79;;;;;;* ;569202..570920;;cds;;;;;;573;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;763448..764356;;cds;;202;202;;;303;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;764559..764633;;caa;;263;263;;;;;;* comp;764897..766549;;cds;;;;;;551;;malate dehydrogenase (quinone);* ;;;;;;;;;;;;* comp;767020..767439;;cds;;264;264;;;140;;hp;* ;767704..767780;;ccg;;159;159;;;;;;* comp;767940..768260;;cds;;;;;;107;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;960360..960701;;cds;;163;163;;;114;;hp;* ;960865..960955;;agc;;500;*500;;;;;;* comp;961456..961671;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1123408..1124136;;cds;;141;141;;;243;;hp;* ;1124278..1124363;;tta;;241;241;;;;;;* ;1124605..1127115;;cds;;;;;;*837;;copper-translocating P-type ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1154411..1154803;;cds;;91;91;;;131;;DUF2934 domain-containing protein;* comp;1154895..1154969;;aac;;176;176;;;;;;* ;1155146..1155424;;cds;;;;;;93;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1162767..1163027;;cds;;138;138;;;87;;hp;* comp;1163166..1163242;;ccc;;218;218;;;;;;* ;1163461..1163997;;cds;;;;;;179;;DUF1269 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1192452..1194650;;cds;;660;*660;;;*733;;esterase-like activity of phytase family protein;* comp;1195311..1195386;;gta;+;446;;446;;;;;* ;1195833..1195909;;gac;2 gac;41;;41;;;;;* ;1195951..1196027;;gac;;435;*435;;;;;;* ;1196463..1196828;;cds;;;;;;122;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;;* ;1421863..1422201;;cds;;134;134;;;113;;hp;* comp;1422336..1422425;;tca;;88;88;;;;;;* comp;1422514..1422678;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1468229..1469110;;cds;;180;180;;;294;;HNH endonuclease;* comp;1469291..1469367;;atgf;;132;132;;;;;;* comp;1469500..1470450;;cds;;;;;;317;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1508458..1508883;;cds;;558;*558;;;142;;PAS domain-containing protein;* comp;1509442..1509526;;ctc;;189;189;;;;;;* ;1509716..1510447;;cds;;;;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;1531160..1531933;;cds;;447;*447;;;258;;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;* ;1532381..1532455;;gaa;;121;121;;;;;;* ;1532577..1532818;;cds;;89;89;;;81;;P-hp;* ;1532908..1532982;;gaa;;129;129;;;;;;* comp;1533112..1534920;;cds;;;;;;*603;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;;;;;;;;;;;;* ;1584509..1584763;;cds;;155;155;;;85;;GlsB/YeaQ/YmgE family stress response membrane protein;* ;1584919..1584994;;aag;;134;134;;;;;;* comp;1585129..1585575;;cds;;;;;;149;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1612420..1613898;;cds;;240;240;;;493;;trigger factor;* comp;1614139..1614221;;cta;;447;*447;;;;;;* <;1614669..1614876;;cds;;;;;;69;;P-hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1672216..1672887;;cds;;245;245;;;224;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* comp;1673133..1673206;;tgc;;240;240;;;;;;* comp;1673447..1673599;;cds;;;;;;51;;DUF3309 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1744688..1745434;;cds;;341;341;;;249;;cytochrome c biogenesis protein CcdA;* ;1745776..1745851;;aaa;;310;310;;;;;;* ;1746162..1746743;;cds;;;;;;194;;DUF1003 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1770727..1772280;;cds;;91;91;;;518;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;1772372..1772448;;cca;;265;265;;;;;;* ;1772714..1773019;;cds;;51;51;;;102;;ETC complex I subunit;* ;1773071..1773147;;aga;;7;7;;;;;;* comp;1773155..1773892;;cds;;;;;;246;;DUF429 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1902337..1902537;;cds;;184;184;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;1902722..1902797;;tgg;;241;241;;;;;;* comp;1903039..1903845;;cds;;;;;;269;;glycosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1908698..1908892;;cds;;70;70;;;65;;hp;* comp;1908963..1909036;;gga;;26;26;26;;;;;* comp;1909063..1909147;;tac;;209;209;;;;;;* ;1909357..1910244;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* ;1922447..1922800;;cds;;55;55;;;118;;hp;* comp;1922856..1922931;;aca;;207;207;;;;;;* ;1923139..1924878;;cds;;;;;;580;;GGDEF domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2079925..2080287;;cds;;156;156;;;121;;hp;* comp;2080444..2080519;;atgi;;178;178;;;;;;* ;2080698..2081441;;cds;;;;;;248;;SIMPL domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2275632..2276138;;cds;;522;*522;;;169;;winged helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;2276661..2276737;;cgg;;287;287;;;;;;* ;2277025..2277264;;cds;;;;;;80;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2388300..2388497;;cds;;87;87;;;66;;hp;* ;2388585..2388659;;ggc;;361;*361;;;;;;* ;2389021..2391024;;cds;;;;;;*668;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2490745..2491854;;cds;;535;*535;;;370;;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;* comp;2492390..2492466;;atgf;;287;;;;115;;;* comp;2492754..2492868;;5s;;242;;;;2814;;;* comp;2493111..2495924;;23s;;241;241;;;;;;* >;2496166..2496363;;cds;;146;146;;;66;;P-hp;* comp;2496510..2496585;;gca;;59;;;59;;;;* comp;2496645..2496721;;atc;;337;;;;;;;* comp;2497059..2498549;;16s;;105;105;;;1491;;;* >;2498655..2498930;;cds;;;;;;92;;P-hp;* </pre> ====agr cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_cumuls|agr cumuls]] <pre> agr cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;5;1;;;1;0;1;;100;24;1;0 ;16atcgca235;0;20;;;50;3;40;;200;30;30;1 ;Id-atgf;5;40;1;;100;12;80;;300;14;60;3 ;16s23s;0;60;1;5;150;22;120;;400;8;90;17 ;max a;3;80;;;200;17;160;;500;2;120;13 ;a doubles;0;100;;;250;18;200;;600;4;150;14 ;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;4;180;5 ;total aas;15;140;;;350;4;280;;800;1;210;1 sans ;opérons;38;160;;;400;2;320;;900;1;240;3 ;1 aa;35;180;;;450;3;360;;1000;0;270;7 ;max a;3;200;;;500;1;400;;1100;0;300;4 ;a doubles;1;;2;;;6;;;;1;;21 ;total aas;42;;4;5;;97;;0;;89;;89 total aas;;57;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;59;;213;;;;230;; ;;;variance;;0;;134;;;;209;; sans jaune;;;moyenne;33;;;172;;;;185;;137 ;;;variance;;;;76;;;;131;;71 </pre> ====agr blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_blocs|agr blocs]] <pre> agr blocs;;;;;;;;; chromoml;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa; cds;105;108;hp;105;111;hp;105;84;P-hp 16s;337;1491;;337;1491;;337;1491; atc;59;;;59;;;59;; gca;146;;;146;;;146;; cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;241;66;P-hp 23s;242;2814;;242;2814;;242;2814; 5s;257;115;;257;115;;257;115; atgf;311;;;203;;;633;; cds;;145;CoA;;64;hp;;136;membrane chromosomc;;;;;;;;; cds;105;92;P-hp;105;92;P-hp;;; 16s;337;1491;;337;1491;;;; atc;59;;;59;;;;; gca;146;;;146;;;;; cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;;; 23s;242;2814;;242;2814;;;; 5s;257;115;;287;115;;;; atgf;196;;;535;;;;; cds;;603;helicase;;370;2Fe-2S;;; ;;;;;;;;; ;;;;;;;;; CoA;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;;;;;;;; helicase;DNA helicase RecQ;;;;;;;; 2Fe-2S;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;;;;;;;; membrane;membrane protein;;;;;;;; </pre> ====agr distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_distribution|agr distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total agr;;35;;;;;35;;agr;5;;;;;;5;;agr;2;;;;;;;;agr;;;;5;;;5 </pre> ====agrc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_données_intercalaires|agrc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;agrc;fx;fc;agrc;fx40;fc40;agrc;x-;c-;cont;x;cont;x;aa ;0;0;9;3;0;9;3;-1;;57;196;220;16s tRNA;; 1;0;10;42;173;1;2;26;-2;5;0;287;240;2* 342;;atc ;0;20;36;142;2;2;20;-3;;0;120;246;tRNA 23s;; ;0;30;28;69;3;11;32;-4;6;226;217;155;2* 585;;gca ;0;40;22;56;4;6;26;-5;;1;174;195;5s tRNA;; 1;0;50;31;39;5;2;11;-6;;0;167;361;257;;atgf 1;2;60;41;42;6;6;14;-7;;2;137;202;287;;atgf 1;0;70;30;63;7;5;8;-8;3;21;56;263;tRNA tRNA;;intra ;0;80;33;53;8;0;6;-9;1;0;154;264;2* 59;;atc gca ;0;90;17;62;9;6;13;-10;;2;285;159;tRNA tRNA;; 1;1;100;21;54;10;2;17;-11;;14;166;163;41;;gac ;0;110;30;55;11;3;25;-12;;0;778;91;**;;gac ;1;120;23;65;12;5;28;-13;;3;141;176;452;;gaa 1;1;130;23;56;13;4;10;-14;1;3;247;218;**;;gaa 2;3;140;21;47;14;3;17;-15;;0;138;41;26;;gga ;1;150;32;41;15;6;13;-16;;0;311;134;**;;tac 3;2;160;16;50;16;4;13;-17;1;5;123;189;;; 1;2;170;19;43;17;1;11;-18;;0;435;129;;; 2;1;180;23;21;18;4;4;-19;3;0;584;134;;; 1;1;190;16;36;19;4;10;-20;1;2;1054;657;;; 1;1;200;17;35;20;2;11;-21;;0;132;341;;; 2;0;210;24;25;21;4;13;-22;1;1;597;265;;; 2;1;220;16;26;22;5;6;-23;1;1;447;7;;; ;0;230;18;15;23;2;8;-24;;0;155;70;;; 1;2;240;19;19;24;3;5;-25;1;0;240;209;;; 1;3;250;13;16;25;2;4;-26;;1;245;55;;; ;0;260;15;11;26;4;9;-27;;0;240;270;;; 4;0;270;12;20;27;4;7;-28;;0;310;156;;; ;0;280;11;11;28;2;4;-29;;1;91;178;;; ;3;290;10;7;29;1;6;-30;1;0;51;522;;; ;0;300;8;16;30;1;7;-31;;0;184;373;;; ;1;310;10;10;31;4;10;-32;1;1;241;;;; ;1;320;10;3;32;2;3;-33;;0;287;;;; ;0;330;5;6;33;2;9;-34;1;0;403;;;; ;0;340;10;6;34;1;8;-35;1;1;535;;;; 1;0;350;6;5;35;2;2;-36;;;CDS 16s;;;; ;0;360;5;5;36;0;9;-37;;;;689;;; 1;0;370;5;5;37;3;5;-38;;;;585;;; 1;0;380;3;7;38;3;1;-39;;;23s 5s;;;; ;0;390;4;9;39;2;3;-40;;;2* 249;;;; ;0;400;5;5;40;3;6;-41;1;1;;;;; 2;8;reste;57;34;reste;659;1023;-42;;;;;;; 31;35;total;796;1466;total;796;1466;-43;;;;;;; 29;27;diagr;730;1429;diagr;128;440;-44;;;;;;; 1;0; t30;106;384;;;;-45;1;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;;;;;; ;x;787;35;9;831;;;-49;1;;;;;; ;c;1463;345;3;1811;;;-50;;;;;;; ;;;;;2642;109;;reste;1;2;;;;; ;;;;;;2751;;total;35;345;;;;; </pre> =====agrc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_autres_intercalaires_aas|agrc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;agr-c;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;54088;56574;669;*; ;;rRNA;57244;58728;342;*;1485 ;;tRNA;59071;59147;59;*;atc ;;tRNA;59207;59282;585;*;gca ;;rRNA;59868;62674;249;*;2807 ;;rRNA;62924;63038;257;*;115 ;;tRNA;63296;63372;196;*;atgf fin;;CDS;63569;65377;;; deb;;CDS;70038;70667;131;*; ;;regulatory;70799;71023;255;*; fin;;CDS;71279;71500;;; deb;comp;CDS;99269;101146;162;*; ;comp;ncRNA;101309;101405;77;*; fin;;CDS;101483;101899;;; deb;comp;CDS;125821;127722;287;*; ;comp;tRNA;128010;128099;220;*;tcc fin;;CDS;128320;128637;;; deb;;CDS;227621;228004;240;*; ;comp;tRNA;228245;228331;120;*;ctg fin;comp;CDS;228452;228757;;; deb;;CDS;376801;378219;217;*; ;;tRNA;378437;378513;174;*;cgt fin;;CDS;378688;379500;;; deb;comp;CDS;407277;407435;167;*; ;comp;tRNA;407603;407678;137;*;acg fin;comp;CDS;407816;408778;;; deb;comp;CDS;424611;425795;42;*; ;comp;regulatory;425838;425916;73;*; deb;;CDS;425990;427087;56;*; ;;tRNA;427144;427217;154;*;ggg fin;;CDS;427372;428058;;; deb;;CDS;458659;459081;285;*; ;;tRNA;459367;459442;246;*;ttc fin;comp;CDS;459689;460033;;; deb;comp;CDS;493759;494025;155;*; ;;tRNA;494181;494255;195;*;acc fin;comp;CDS;494451;495686;;; deb;comp;CDS;564938;568684;361;*; ;;tRNA;569046;569122;166;*;cac fin;;CDS;569289;570920;;; deb;comp;CDS;763448;764356;202;*; ;;tRNA;764559;764633;263;*;caa fin;comp;CDS;764897;766630;;; deb;comp;CDS;767020;767439;264;*; ;;tRNA;767704;767780;159;*;ccg fin;comp;CDS;767940;768260;;; deb;;CDS;829597;830517;91;*; ;;regulatory;830609;830834;165;*; fin;;CDS;831000;831182;;; deb;comp;CDS;960360;960701;163;*; ;;tRNA;960865;960955;778;*;agc fin;;CDS;961734;962801;;; deb;;CDS;1095507;1096961;76;*; ;;misc_f;1097038;1097093;74;*; fin;;CDS;1097168;1098649;;; deb;;CDS;1123408;1124136;141;*; ;;tRNA;1124278;1124363;247;*;tta fin;;CDS;1124611;1127115;;; deb;;CDS;1154411;1154803;91;*; ;comp;tRNA;1154895;1154969;176;*;aac fin;;CDS;1155146;1155424;;; deb;comp;CDS;1162767;1163027;138;*; ;comp;tRNA;1163166;1163242;218;*;ccc fin;;CDS;1163461;1163997;;; deb;comp;CDS;1194859;1194999;311;*; ;comp;tRNA;1195311;1195386;41;*;gta deb;;CDS;1195428;1195709;123;*; ;;tRNA;1195833;1195909;41;*;gac ;;tRNA;1195951;1196027;435;*;gac fin;;CDS;1196463;1196828;;; deb;comp;CDS;1367095;1368234;154;*; ;comp;regulatory;1368389;1368476;124;*; fin;comp;CDS;1368601;1368786;;; deb;;CDS;1421863;1422201;134;*; ;comp;tRNA;1422336;1422425;584;*;tca fin;comp;CDS;1423010;1423237;;; deb;;CDS;1440191;1441231;40;*; ;comp;regulatory;1441272;1441350;365;*; fin;;CDS;1441716;1441916;;; deb;comp;CDS;1467928;1468236;1054;*; ;comp;tRNA;1469291;1469367;132;*;atgf fin;comp;CDS;1469500;1470450;;; deb;comp;CDS;1508458;1508844;597;*; ;comp;tRNA;1509442;1509526;189;*;ctc fin;;CDS;1509716;1510447;;; deb;;CDS;1531160;1531933;447;*; ;;tRNA;1532381;1532455;452;*;gaa ;;tRNA;1532908;1532982;129;*;gaa fin;comp;CDS;1533112;1534914;;; deb;;CDS;1584509;1584763;155;*; ;;tRNA;1584919;1584994;134;*;aag fin;comp;CDS;1585129;1585674;;; deb;comp;CDS;1600224;1600940;97;*; ;comp;regulatory;1601038;1601224;128;*; fin;comp;CDS;1601353;1602183;;; deb;comp;CDS;1612420;1613898;240;*; ;comp;tRNA;1614139;1614221;657;*;cta fin;;CDS;1614879;1615025;;; deb;comp;CDS;1672216;1672887;245;*; ;comp;tRNA;1673133;1673206;240;*;tgc fin;comp;CDS;1673447;1673599;;; deb;comp;CDS;1744688;1745434;341;*; ;;tRNA;1745776;1745851;310;*;aaa fin;;CDS;1746162;1746743;;; deb;comp;CDS;1770727;1772280;91;*; ;comp;tRNA;1772372;1772448;265;*;cca deb;;CDS;1772714;1773019;51;*; ;;tRNA;1773071;1773147;7;*;aga fin;comp;CDS;1773155;1773892;;; deb;comp;CDS;1902337;1902537;184;*; ;comp;tRNA;1902722;1902797;241;*;tgg fin;comp;CDS;1903039;1903845;;; deb;;CDS;1908698;1908892;70;*; ;comp;tRNA;1908963;1909036;26;*;gga ;comp;tRNA;1909063;1909147;209;*;tac fin;;CDS;1909357;1910244;;; deb;;CDS;1922447;1922800;55;*; ;comp;tRNA;1922856;1922931;270;*;aca fin;;CDS;1923202;1924878;;; deb;comp;CDS;1963129;1963437;141;*; ;;tmRNA;1963579;1963951;229;*; fin;;CDS;1964181;1964693;;; deb;comp;CDS;2025879;2026319;399;*; ;comp;ncRNA;2026719;2027124;56;*; fin;comp;CDS;2027181;2028371;;; deb;;CDS;2079925;2080287;156;*; ;comp;tRNA;2080444;2080519;178;*;atgi fin;;CDS;2080698;2081441;;; deb;comp;CDS;2275632;2276138;522;*; ;;tRNA;2276661;2276737;287;*;cgg fin;;CDS;2277025;2277264;;; deb;comp;CDS;2387990;2388211;373;*; ;;tRNA;2388585;2388659;403;*;ggc fin;;CDS;2389063;2391024;;; deb;comp;CDS;2490745;2491854;535;*; ;comp;tRNA;2492390;2492466;287;*;atgf ;comp;rRNA;2492754;2492868;249;*;115 ;comp;rRNA;2493118;2495924;585;*;2807 ;comp;tRNA;2496510;2496585;59;*;gca ;comp;tRNA;2496645;2496721;342;*;atc ;comp;rRNA;2497064;2498548;585;*;1485 fin;;CDS;2499134;2500084;;; deb;comp;CDS;2519640;2521463;94;*; ;comp;regulatory;2521558;2521669;180;*; fin;;CDS;2521850;2522101;;; deb;comp;CDS;2681110;2682123;37;*; ;comp;regulatory;2682161;2682271;45;*; fin;comp;CDS;2682317;2682709;;; deb;comp;CDS;2684632;2685285;90;*; ;;regulatory;2685376;2685452;82;*; fin;;CDS;2685535;2686461;;; deb;comp;CDS;2791781;2792167;154;*; ;comp;regulatory;2792322;2792537;127;*; fin;;CDS;2792665;2793282;;; </pre> ====agrl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_données_intercalaires|agrl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;agrl;fx;fc;agrl;fx40;fc40;agrl;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;46;266;296;16s tRNA;; ;0;10;21;151;1;1;25;-2;1;0;135;256;3* 342;;atc ;0;20;19;126;2;1;19;-3;0;0;318;122;tRNA 23s;; ;0;30;20;63;3;5;18;-4;9;199;197;71;3* 585;;gca ;0;40;19;34;4;4;24;-5;0;0;554;203;5s tRNA;; ;0;50;19;39;5;2;12;-6;1;0;81;;3* 257;;atgf ;0;60;20;50;6;3;8;-7;2;4;311;;tRNA tRNA;;intra ;0;70;18;56;7;1;10;-8;0;23;123;;3* 59;;atc gca 1;0;80;12;39;8;2;11;-9;0;0;152;;tRNA tRNA;; ;1;90;20;30;9;0;8;-10;1;1;633;;-;793;ggc ;0;100;20;32;10;2;16;-11;0;9;CDS 16s;;**;;atgj ;0;110;11;29;11;2;14;-12;0;0;581;714;;; ;0;120;20;30;12;4;20;-13;0;1;2136;;;; 1;1;130;13;27;13;0;20;-14;2;8;23s 5s;;;; ;1;140;15;26;14;1;10;-15;0;0;3* 249;;;; ;0;150;10;26;15;3;9;-16;0;2;;;;; ;1;160;9;21;16;2;10;-17;0;3;;;;; ;0;170;7;20;17;0;13;-18;1;0;;;;; ;0;180;16;14;18;3;15;-19;0;0;;;;; ;0;190;10;19;19;3;11;-20;0;4;;;;; ;1;200;18;17;20;1;4;-21;0;0;;;;; 1;0;210;11;17;21;4;4;-22;0;1;;;;; ;0;220;16;19;22;0;8;-23;0;4;;;;; ;0;230;7;11;23;2;7;-24;0;0;;;;; ;0;240;9;14;24;5;5;-25;0;0;;;;; ;0;250;10;9;25;2;6;-26;0;1;;;;; 1;0;260;7;9;26;1;6;-27;0;0;;;;; ;1;270;10;11;27;1;4;-28;1;0;;;;; ;0;280;3;3;28;1;5;-29;1;1;;;;; ;0;290;7;6;29;2;7;-30;0;0;;;;; 1;0;300;5;11;30;2;11;-31;1;0;;;;; ;0;310;9;5;31;4;5;-32;2;0;;;;; ;2;320;9;5;32;0;4;-33;1;0;;;;; ;0;330;6;3;33;1;1;-34;0;0;;;;; ;0;340;5;5;34;1;3;-35;0;0;;;;; ;0;350;4;1;35;0;5;-36;0;0;;;;; ;0;360;3;2;36;2;3;-37;1;0;;;;; ;0;370;3;6;37;2;8;-38;0;0;;;;; ;0;380;5;6;38;5;5;-39;1;0;;;;; ;0;390;5;2;39;0;0;-40;0;0;;;;; ;0;400;5;3;40;4;0;-41;0;0;;;;; ;2;reste;42;41;reste;419;664;-42;0;0;;;;; 5;10;total;499;1040;total;499;1040;-43;0;0;;;;; 5;8;diagr;456;997;diagr;79;374;-44;0;0;;;;; 0;0; t30;60;340;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;498;25;1;524;;;-49;0;0;;;;; ;c;1038;307;2;1347;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1871;41;;reste;0;0;;;;; ;;;;;;1912;;total;25;307;;;;; </pre> =====agrl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_autres_intercalaires_aas|agrl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;agrl;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;784904;786193;181;*; ;;regulatory;786375;786477;128;*; fin;;CDS;786606;787391;;; deb;comp;CDS;928915;929946;164;*; ;comp;regulatory;930111;930346;39;*; fin;comp;CDS;930386;931264;;0; deb;comp;CDS;1064633;1065274;296;*; ;;tRNA;1065571;1065655;266;*;ttg fin;;CDS;1065922;1066437;;0; deb;comp;CDS;1178605;1179114;256;*; ;;tRNA;1179371;1179445;793;*;ggc ;comp;tRNA;1180239;1180315;135;*;atgj fin;comp;CDS;1180451;1181647;;; deb;comp;CDS;1212291;1213553;234;*; ;comp;ncRNA;1213788;1213946;78;*; fin;comp;CDS;1214025;1214402;;; deb;comp;CDS;1320644;1321006;318;*; ;comp;tRNA;1321325;1321414;197;*;tcg fin;comp;CDS;1321612;1322493;;; deb;comp;CDS;1361929;1362942;554;*; ;comp;tRNA;1363497;1363571;81;*;gtc fin;comp;CDS;1363653;1364015;;0; deb;;CDS;1425957;1426682;561;*; ;;rRNA;1427244;1428728;342;*;1485 ;;tRNA;1429071;1429147;59;*;atc ;;tRNA;1429207;1429282;585;*;gca ;;rRNA;1429868;1432674;249;*;2807 ;;rRNA;1432924;1433038;257;*;115 ;;tRNA;1433296;1433372;311;*;atgf fin;;CDS;1433684;1434118;;; deb;;CDS;1503534;1504520;122;*; ;comp;tRNA;1504643;1504716;123;*;cag fin;comp;CDS;1504840;1505277;;0; deb;;CDS;1605356;1605856;71;*; ;comp;tRNA;1605928;1606003;152;*;gcc fin;comp;CDS;1606156;1606545;;0; deb;comp;CDS;1685461;1687407;714;*; ;;rRNA;1688122;1689606;342;*;1485 ;;tRNA;1689949;1690025;59;*;atc ;;tRNA;1690085;1690160;585;*;gca ;;rRNA;1690746;1693552;249;*;2807 ;;rRNA;1693802;1693916;257;*;115 ;;tRNA;1694174;1694250;203;*;atgf fin;comp;CDS;1694454;1694645;;; deb;;CDS;2101066;2101374;2136;*; ;;rRNA;2103511;2104995;342;*;1485 ;;tRNA;2105338;2105414;59;*;atc ;;tRNA;2105474;2105549;585;*;gca ;;rRNA;2106135;2108941;249;*;2807 ;;rRNA;2109191;2109305;257;*;115 ;;tRNA;2109563;2109639;633;*;atgf fin;;CDS;2110273;2110680;;; </pre> ===aua=== ====aua opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_opérons|aua opérons]] <pre> https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP006367.1;aua;;genome;;pau20rrn;;;;;;; 67%GC;8.8.19 Paris;16s 1;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;cdsd;protéines; Aureimonas sp. AU20;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;; pAU20rrn;;;;;;;;;;;; ;324..1028;;CDS rep;;461;;;;235;;replication initiation protein;* comp;1490..1604;;5s;@1;82;;;;115;;; comp;1687..4515;;23s;;-15;;;;2829;;; comp;4501..4851;;CDS hp;;142;;;;117;;hp; comp;4994..5069;;gca;;33;;;33;;;; comp;5103..5179;;atc;;233;;;;;;; comp;5413..6898;;16s;;1752;;;;1486;;; comp;8651..9109;;CDS hp;;;;;;153;;hp; ;;;;;;;;;;;; Chromosome;;;;;;;;;;;; comp;170900..171925;;CDS;;368;368;;;342;;; ;172294..172378;;ctg;;130;130;;;;130;; ;172509..172772;;CDS;;;;;;88;;; ;;;;;;;;;;;; comp;330094..330690;;CDS;;338;338;;;199;;; ;331029..331103;;ggc;@2;404;;*404;;;;; comp;331508..331584;;atgf;+;44;;44;;;;; comp;331629..331705;;atgf;2 atg;255;255;;;;255;; comp;331961..333217;;CDS;;;;;;419;;; ;;;;;;;;;;;; ;344949..346025;;CDS;;589;589;;;359;589;; ;346615..346704;;tcg;;609;609;;;;;; ;347314..348471;;CDS;;;;;;386;;; ;;;;;;;;;;;; comp;393335..395356;;CDS;;800;*800;;;*674;;; comp;396157..396232;;gcc;;439;439;;;;439;; comp;396672..397094;;CDS;;;;;;141;;; ;;;;;;;;;;;; ;635177..637537;;CDS;;640;640;;;*787;;; comp;638178..638253;;gcg;;182;182;;;;182;; ;638436..638738;;CDS;;;;;;101;;; ;;;;;;;;;;;; comp;924507..925466;;CDS;;529;529;;;320;;; comp;925996..926085;;tcc;;349;349;;;;349;; ;926435..926767;;CDS;;;;;;111;;; ;;;;;;;;;;;; ;1216789..1217439;;CDS;;60;60;;;217;60;; ;1217500..1217576;;agg;;68;68;;;;;; comp;1217645..1218760;;CDS;;;;;;372;;; ;;;;;;;;;;;; ;1350534..1352180;;CDS;@4;-30;*-30;;;*549;;; comp;1352151..1352227;;cgt;+;51;;51;;;;; comp;1352279..1352355;;cgt;2 cgt;169;169;;;;;; comp;1352525..1353967;;CDS;;;;;;*481;;; ;;;;;;;;;;;; ;1401921..1402442;;CDS;;142;142;;;174;142;; ;1402585..1402661;;cac;;585;585;;;;;; ;1403247..1404875;;CDS;;;;;;*543;;; ;;;;;;;;;;;; ;1544580..1546277;;CDS;;455;455;;;*566;;; comp;1546733..1546808;;ttc;@2;161;;161;;;;; ;1546970..1547044;;acc;;414;414;;;;414;; ;1547459..1549516;;CDS;;;;;;*686;;; ;;;;;;;;;;;; ;1609269..1610216;;CDS;;278;278;;;316;;; comp;1610495..1610571;;cgg;;121;121;;;;121;; comp;1610693..1611427;;CDS;;;;;;245;;; ;;;;;;;;;;;; >;1683255..1683581;;CDS;;209;209;;;109;209;; comp;1683791..1683864;;cag;;580;580;;;;;; ;1684445..1685734;;CDS;;;;;;430;;; ;;;;;;;;;;;; ;1700827..1701852;;CDS;;300;300;;;342;;; comp;1702153..1702227;;gtc;+;128;;128;;;;; comp;1702356..1702430;;gtc;3 gtc;186;;186;;;;; comp;1702617..1702691;;gtc;;68;68;;;;68;; comp;1702760..1703125;;CDS;;;;;;122;;; ;;;;;;;;;;;; ;1946715..1946936;;CDS;;6;6;;;74;6;; comp;1946943..1947018;;atgi;;105;105;;;;;; ;1947124..1947345;;CDS;;;;;;74;;; ;;;;;;;;;;;; ;1981934..1983139;;CDS;;139;139;;;402;139;; ;1983279..1983368;;agc;;825;*825;;;;;; ;1984194..1985339;;CDS;;;;;;382;;; ;;;;;;;;;;;; ;1996083..1997171;;CDS;;243;243;;;363;;; comp;1997415..1997490;;acg;;112;112;;;;112;; comp;1997603..1998583;;CDS;;;;;;327;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2263930..2264781;;CDS;;30;30;;;284;30;; comp;2264812..2264886;;gtg;;111;111;;;;;; comp;2264998..2265768;;CDS;;;;;;257;;; ;;;;;;;;;;;; ;2363764..2364786;;CDS;;18;18;;;341;18;; comp;2364805..2364879;;gaa;+;140;;140;;;;; comp;2365020..2365094;;gaa;2 gaa;69;69;;;;69;; comp;2365164..2366144;;CDS;;;;;;327;;; ;;;;;;;;;;;; ;2367774..2368247;;CDS;;105;105;;;158;;; ;2368353..2368429;;cca;@3;43;43;;;;43;; ;2368473..2368778;;CDS;;36;36;;;102;36;; ;2368815..2368890;;aga;;448;448;;;;;; ;2369339..2369929;;CDS;;;;;;197;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2401620..2402732;;CDS;;155;155;;;371;155;; comp;2402888..2402963;;aaa;;169;169;;;;;; ;2403133..2403870;;CDS;;;;;;246;;; ;;;;;;;;;;;; ;2419689..2420852;;CDS;;13;13;;;388;13;; ;2420866..2420955;;tca;;238;238;;;;;; ;2421194..2421934;;CDS;;;;;;247;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2601493..2601858;;CDS;;287;287;;;122;287;; comp;2602146..2602222;;gac;+;58;;58;;;;; comp;2602281..2602357;;gac;2 gac;270;;270;;;;; ;2602628..2602703;;gta;@2;330;330;;;;;; comp;2603034..2603312;;CDS;;;;;;93;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2608494..2609852;;CDS;;73;73;;;*453;73;; comp;2609926..2610009;;cta;;307;307;;;;;; ;2610317..2610460;;CDS;;;;;;48;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2641174..2641824;;CDS;@3;125;125;;;217;125;; comp;2641950..2642023;;tgc;;153;153;;;;;; comp <;2642177..2642443;;CDS;;296;296;;;89;;; ;2642740..2642814;;aac;;269;269;;;;269;; ;2643084..2644127;;CDS;;;;;;348;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2651145..2652935;;CDS;;239;239;;;*597;239;; ;2653175..2653259;;tta;;265;265;;;;;; ;2653525..2653725;;CDS;;;;;;67;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2749758..2750318;;CDS;;3102;*3102;;;187;;; comp;2753421..2753497;;atgf;;83;83;;;;83;; comp;2753581..2754180;;CDS;;;;;;200;;; ;;;;;;;;;;;; ;2768127..2769224;;CDS;;63;63;;;366;63;; comp;2769288..2769364;;ccg;@2;173;;173;;;;; ;2769538..2769612;;caa;;528;528;;;;;; comp;2770141..2770566;;CDS;;;;;;142;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2787112..2788920;;CDS;;217;217;;;*603;217;; comp;2789138..2789214;;ccc;;265;265;;;;;; comp;2789480..2790022;;CDS;;;;;;181;;; ;;;;;;;;;;;; ;2927857..2928789;;CDS;;136;136;;;311;136;; comp;2928926..2929010;;ctc;+;132;;132;;;;; comp;2929143..2929227;;ctc;2 ctc;175;175;;;;;; ;2929403..2930164;;CDS;;;;;;254;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2971057..2971257;;CDS;;130;130;;;67;;; comp;2971388..2971463;;tgg;;53;53;;;;53;; comp;2971517..2972374;;CDS;;;;;;286;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2973322..2974497;;CDS;;291;291;;;392;;; comp;2974789..2974862;;gga;;24;;24;;;;; comp;2974887..2974971;;tac;;259;259;;;;259;; ;2975231..2976097;;CDS;;;;;;289;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2979955..2981049;;CDS;;221;221;;;365;;; ;2981271..2981346;;aca;;55;55;;;;55;; comp;2981402..2981752;;CDS;;;;;;117;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3063743..3064045;;CDS;;106;106;;;101;106;; comp;3064152..3064227;;aag;;147;147;;;;;; comp;3064375..3064803;;CDS;;;;;;143;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3194307..3194906;;CDS;;249;249;;;200;;; ;3195156..3195232;;atgj;;173;173;;;;173;; ;3195406..3196356;;CDS;;;;;;317;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3206006..3206455;;CDS;;743;*743;;;150;;; comp;3207199..3207273;;gag;;50;50;;;;50;; comp;3207324..3207689;;CDS;;;;;;122;;; ;;;;;;;;;;;; ;3398165..3399901;;CDS;;554;554;;;*579;;; ;3400456..3400530;;aac;;115;115;;;;115;; ;3400646..3400924;;CDS;;;;;;93;;; ;;;;;;;;;;;; ;3401737..3403497;;CDS;;227;227;;;*587;;; comp;3403725..3403799;;ggc;;208;;208;;;;; comp;3404008..3404082;;ggg;;74;74;;;;74;; comp;3404157..3404819;;CDS;;;;;;221;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3597872..3598414;;CDS;;370;370;;;181;;; ;3598785..3598869;;ttg;;151;151;;;;151;; comp;3599021..3599251;;CDS;;;;;;77;;; </pre> ====aua cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_cumuls|aua cumuls]] <pre> aua cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;1;1;0;-;1;1;1;0;100;10;1;0 ;16 aas 23 5s ;0;20;0;;50;7;40;7;200;22;30;0 ;16 atc gca hp;1;40;1;;100;10;80;9;300;11;60;1 ;16 cds 23 5s ;0;60;3;;150;14;120;9;400;20;90;7 ;max a;2;80;0;;200;8;160;4;500;5;120;8 ;a doubles;0;100;0;;250;8;200;3;600;6;150;7 ;spéciaux;0;120;0;;300;10;240;4;700;3;180;2 ;total aas;2;140;3;;350;4;280;1;800;1;210;7 sans ;opérons;38;160;0;;400;2;320;0;900;0;240;3 ;1 aa;26;180;2;;450;3;360;2;1000;0;270;5 ;max a;3;200;1;;500;1;400;0;1100;0;300;3 ;a doubles;6;;3;;;12;;1;;0;;35 ;total aas;53;;13;0;;80;;40;;78;;78 total aas;;55;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;131;;;226;;153;;235;;158 ;;;variance;75;;;165;;128;;125;;69 </pre> ====aua blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_blocs|aua blocs]] <pre> CDS ;1752;153;hp 16s;233;1486; atc;33;; gca;142;; CDS;-15;117;hp 23s;82;2829; 5s;461;115; CDS ;;235;replication initiation protein </pre> ====aua distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_distribution|aua distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;aua;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;ctc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;gtc3;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;2;agc;1;gac2;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;;gaa2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;cgt2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;2;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;atgf2;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total aua;;30;;;;;30;;aua;10;;;;;;10;;aua;13;;;;;;13 </pre> ====aua données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_données_intercalaires|aua données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;aua;fx;fc;aua;fx40;fc40;aua;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;3;0;0;3;0;-1;0;87;130;368;16s tRNA;; 1;0;10;50;230;1;1;32;-2;1;0;255;338;233;;atc 1;2;20;38;127;2;1;24;-3;0;0;589;640;tRNA 23s;; ;2;30;38;96;3;9;36;-4;14;345;660;182;478;;gca ;1;40;23;58;4;8;33;-5;0;1;812;349;tRNA tRNA;;intra ;2;50;29;57;5;2;32;-6;1;0;439;68;33;;atc gca 1;2;60;48;59;6;11;13;-7;1;0;529;-30;tRNA tRNA;; 2;2;70;41;77;7;3;11;-8;3;27;60;455;-;404;ggc ;3;80;33;80;8;3;17;-9;0;1;169;278;44;;atgf ;1;90;39;71;9;10;12;-10;0;2;142;209;**;;atgf ;0;100;35;71;10;2;20;-11;0;16;175;580;51;;cgt ;2;110;24;63;11;3;22;-12;1;0;414;300;**;;cgt ;2;120;25;52;12;4;31;-13;1;5;121;6;-;161;ttc 1;4;130;21;63;13;3;12;-14;2;4;68;126;**;;acc 1;1;140;23;57;14;0;13;-15;0;1;139;234;128;;gtc ;2;150;31;69;15;7;8;-16;1;1;112;243;186;;gtc 1;1;160;19;44;16;1;5;-17;0;4;30;18;**;;gtc 1;2;170;21;37;17;3;14;-18;2;0;111;177;140;;gaa 2;2;180;18;35;18;4;6;-19;0;3;69;169;**;;gaa 1;0;190;23;34;19;11;6;-20;1;6;105;330;58;;gac ;0;200;30;32;20;2;10;-21;0;0;43;307;-;270;gac 1;0;210;29;33;21;8;9;-22;0;0;36;296;**;;gta ;0;220;20;35;22;3;15;-23;3;1;170;239;-;173;ccg 2;0;230;21;26;23;3;11;-24;0;0;13;63;**;;caa 2;0;240;22;25;24;5;7;-25;2;0;277;528;132;;ctc 2;0;250;11;26;25;2;13;-26;1;2;287;136;**;;ctc 1;1;260;14;23;26;2;12;-27;1;0;76;175;24;;gga ;3;270;23;19;27;5;10;-28;1;0;125;259;**;;tac 1;1;280;13;10;28;6;5;-29;1;3;72;221;208;;ggc ;1;290;13;19;29;0;8;-30;0;0;269;55;**;;ggg 2;1;300;15;9;30;4;6;-31;1;0;265;249;;; 1;0;310;13;14;31;2;8;-32;1;0;24;311;;; 1;0;320;13;12;32;2;9;-33;0;0;83;227;;; 1;0;330;9;10;33;4;4;-34;0;0;16;370;;; 1;0;340;9;6;34;1;6;-35;0;1;265;151;;; 1;0;350;11;6;35;1;6;-36;1;0;130;;;; ;0;360;8;8;36;5;1;-37;0;0;53;;;; 2;0;370;6;5;37;3;2;-38;1;0;291;;;; ;0;380;7;5;38;1;7;-39;0;0;106;;;; ;0;390;4;7;39;3;6;-40;1;0;147;;;; ;0;400;5;1;40;1;9;-41;0;1;173;;;; 4;7;reste;97;92;reste;823;1292;-42;0;0;743;;;; 35;45;total;975;1803;total;975;1803;-43;0;1;50;;;; 30;38;diagr;875;1711;diagr;149;511;-44;0;0;154;;;; 2;4; t30;126;453;;;;-45;0;0;74;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;CDS 16s;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;1752;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;23s 5s;;;; ;x;972;55;3;1030;;;-49;1;0;82;;;; ;c;1803;523;0;2326;;;-50;1;0;5s CDS;;;; ;;;;;3356;117;;reste;9;10;-;461;;; ;;;;;;3473;;total;55;523;;;;; </pre> =====aua autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_autres_intercalaires_aas|aua autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement <pre> autres intercalaires ;;aua;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;157474;158811;438;*; ;;regulatory;159250;159351;138;*; fin;;CDS;159490;160275;;; deb;comp;CDS;170900;171925;368;*; ;;tRNA;172294;172378;130;*;ctg fin;;CDS;172509;172772;;; deb;comp;CDS;330094;330690;338;*; ;;tRNA;331029;331103;404;*;ggc ;comp;tRNA;331508;331584;44;*;atgf ;comp;tRNA;331629;331705;255;*;atgf fin;comp;CDS;331961;333217;;0; deb;;CDS;344949;346025;589;*; ;;tRNA;346615;346704;660;*;tcg fin;;CDS;347365;348471;;0; deb;comp;CDS;393335;395344;812;*; ;comp;tRNA;396157;396232;439;*;gcc fin;comp;CDS;396672;397094;;0; deb;;CDS;636089;637537;640;*; ;comp;tRNA;638178;638253;182;*;gcg fin;;CDS;638436;638738;;; deb;;CDS;680871;681065;46;*; ;;regulatory;681112;681214;62;*; fin;;CDS;681277;683100;;; deb;comp;CDS;762422;762607;31;*; ;comp;regulatory;762639;762877;116;*; fin;comp;CDS;762994;763371;;; deb;;CDS;894578;894772;102;*; ;;regulatory;894875;895098;119;*; fin;;CDS;895218;896204;;; deb;comp;CDS;924507;925466;529;*; ;comp;tRNA;925996;926085;349;*;tcc fin;;CDS;926435;926767;;; deb;comp;CDS;973959;974375;30;*; ;;ncRNA;974406;974502;208;*; fin;comp;CDS;974711;975313;;0; deb;comp;CDS;1215259;1216272;45;*; ;comp;regulatory;1216318;1216420;368;*; deb;;CDS;1216789;1217439;60;*; ;;tRNA;1217500;1217576;68;*;agg fin;comp;CDS;1217645;1218760;;; deb;;CDS;1350534;1352180;-30;*; ;comp;tRNA;1352151;1352227;51;*;cgt ;comp;tRNA;1352279;1352355;169;*;cgt fin;comp;CDS;1352525;1353967;;0; deb;;CDS;1401921;1402442;142;*; ;;tRNA;1402585;1402661;175;*;cac fin;;CDS;1402837;1402989;;; deb;;CDS;1544580;1546277;455;*; ;comp;tRNA;1546733;1546808;161;*;ttc ;;tRNA;1546970;1547044;414;*;acc fin;;CDS;1547459;1549516;;0; deb;;CDS;1609269;1610216;278;*; ;comp;tRNA;1610495;1610571;121;*;cgg fin;comp;CDS;1610693;1611427;;; deb;;CDS;1619798;1621321;102;*; ;;regulatory;1621424;1621513;147;*; fin;;CDS;1621661;1622968;;; deb;;CDS;1683255;1683581;209;*; ;comp;tRNA;1683791;1683864;580;*;cag fin;;CDS;1684445;1685734;;; deb;;CDS;1700827;1701852;300;*; ;comp;tRNA;1702153;1702227;128;*;gtc ;comp;tRNA;1702356;1702430;186;*;gtc ;comp;tRNA;1702617;1702691;68;*;gtc fin;comp;CDS;1702760;1703125;;0; deb;;CDS;1946715;1946936;6;*; ;comp;tRNA;1946943;1947018;126;*;atgi fin;;CDS;1947145;1947345;;0; deb;;CDS;1981934;1983139;139;*; ;;tRNA;1983279;1983368;234;*;agc fin;comp;CDS;1983603;1984061;;0; deb;;CDS;1996083;1997171;243;*; ;comp;tRNA;1997415;1997490;112;*;acg fin;comp;CDS;1997603;1998583;;0; deb;;CDS;2082120;2083970;0;*; ;;regulatory;2083971;2084083;157;*; fin;;CDS;2084241;2085203;;; deb;comp;CDS;2263930;2264781;30;*; ;comp;tRNA;2264812;2264886;111;*;gtg fin;comp;CDS;2264998;2265768;;0; deb;;CDS;2363764;2364786;18;*; ;comp;tRNA;2364805;2364879;140;*;gaa ;comp;tRNA;2365020;2365094;69;*;gaa fin;comp;CDS;2365164;2366240;;; deb;;CDS;2367774;2368247;105;*; ;;tRNA;2368353;2368429;43;*;cca deb;;CDS;2368473;2368778;36;*; ;;tRNA;2368815;2368890;177;*;aga fin;comp;CDS;2369068;2369220;;0; deb;comp;CDS;2401620;2402717;170;*; ;comp;tRNA;2402888;2402963;169;*;aaa fin;;CDS;2403133;2403870;;; deb;;CDS;2419602;2420852;13;*; ;;tRNA;2420866;2420955;277;*;tca fin;;CDS;2421233;2421934;;; deb;comp;CDS;2601493;2601858;287;*; ;comp;tRNA;2602146;2602222;58;*;gac ;comp;tRNA;2602281;2602357;270;*;gac ;;tRNA;2602628;2602703;330;*;gta fin;comp;CDS;2603034;2603312;;; deb;comp;CDS;2608494;2609849;76;*; ;comp;tRNA;2609926;2610009;307;*;cta fin;;CDS;2610317;2610460;;; deb;comp;CDS;2641174;2641824;125;*; ;comp;tRNA;2641950;2642023;72;*;tgc deb;comp;CDS;2642096;2642443;296;*; ;;tRNA;2642740;2642814;269;*;aac fin;;CDS;2643084;2644127;;; deb;comp;CDS;2651145;2652935;239;*; ;;tRNA;2653175;2653259;265;*;tta fin;;CDS;2653525;2653725;;0; deb;comp;CDS;2753154;2753396;24;*; ;comp;tRNA;2753421;2753497;83;*;atgf fin;comp;CDS;2753581;2754180;;; deb;;CDS;2768127;2769224;63;*; ;comp;tRNA;2769288;2769364;173;*;ccg ;;tRNA;2769538;2769612;528;*;caa fin;comp;CDS;2770141;2770566;;0; deb;comp;CDS;2787112;2789121;16;*; ;comp;tRNA;2789138;2789214;265;*;ccc fin;comp;CDS;2789480;2790022;;; deb;;CDS;2927857;2928789;136;*; ;comp;tRNA;2928926;2929010;132;*;ctc ;comp;tRNA;2929143;2929227;175;*;ctc fin;;CDS;2929403;2930164;;; deb;comp;CDS;2971057;2971257;130;*; ;comp;tRNA;2971388;2971463;53;*;tgg fin;comp;CDS;2971517;2972374;;; deb;comp;CDS;2973322;2974497;291;*; ;comp;tRNA;2974789;2974862;24;*;gga ;comp;tRNA;2974887;2974971;259;*;tac fin;;CDS;2975231;2976097;;0; deb;comp;CDS;2979955;2981049;221;*; ;;tRNA;2981271;2981346;55;*;aca fin;comp;CDS;2981402;2981752;;; deb;comp;CDS;3063743;3064045;106;*; ;comp;tRNA;3064152;3064227;147;*;aag fin;comp;CDS;3064375;3064803;;; deb;;CDS;3082739;3084151;84;*; ;;tmRNA;3084236;3084602;54;*; fin;;CDS;3084657;3085265;;; deb;comp;CDS;3194307;3194906;249;*; ;;tRNA;3195156;3195232;173;*;atgj fin;;CDS;3195406;3196356;;0; deb;comp;CDS;3206006;3206455;743;*; ;comp;tRNA;3207199;3207273;50;*;gag fin;comp;CDS;3207324;3207689;;1; deb;;CDS;3243122;3243553;99;*; ;comp;ncRNA;3243653;3243811;80;*; fin;comp;CDS;3243892;3244527;;; deb;comp;CDS;3301324;3301785;705;*; ;comp;ncRNA;3302491;3302881;111;*; fin;comp;CDS;3302993;3303622;;; deb;comp;CDS;3399971;3400144;311;*; ;;tRNA;3400456;3400530;154;*;aac fin;;CDS;3400685;3400924;;; deb;;CDS;3401737;3403497;227;*; ;comp;tRNA;3403725;3403799;208;*;ggc ;comp;tRNA;3404008;3404082;74;*;ggg fin;comp;CDS;3404157;3404834;;; deb;comp;CDS;3404854;3405936;125;*; ;;regulatory;3406062;3406139;56;*; fin;;CDS;3406196;3407389;;; deb;comp;CDS;3597872;3598414;370;*; ;;tRNA;3598785;3598869;151;*;ttg fin;comp;CDS;3599021;3599251;;0; </pre> ===alpha synthèse=== ====alpha distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_génome|alpha distribution par génome]] <pre> alpha8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total rtb;8;25;;;;0;;;33 rpm;7;30;;;;8;42;5;92 rru;4;36;;;;8;4;3;55 oan;6;41;;;;8;;4;59 abq;20;38;;;;16;10;3;87 abs;20;39;;;;8;10;3;80 agr;5;35;;;;10;2;5;57 aua;10;30;;;;2;13;;55 ;;;;;;;;; total;80;274;0;0;0;60;81;23;518 </pre> ====alpha distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_du_total|alpha distribution du total]] <pre> alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;83 atgi;9;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;33;acc;0;aac;;agc; ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;;gcc;;gac;0;ggc; tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;0;taa;;tga; ata;;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;8;cca;9;caa;8;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;;gca;27;gaa;;gga; ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;0 atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;161;274;0;0;0;0;435;;1-3aas;;;;23;;60;83 </pre> ====alpha distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_type|alpha distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;274;;alpha8;;;;;;;80;;alpha8;;;;;;;81;;alpha6;;;;;;; atgi;9;tct;0;tat;0;atgf;7;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23 att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;8;tcc;8;tac;2;tgc;4;;ttc;1;tcc;;tac;8;tgc;4;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;;acc;5;aac;5;agc;8;;atc;1;acc;3;aac;7;agc;;;atc;;acc;5;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;9;ccc;8;cac;7;cgt;8;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;4;cgt;5;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;8;gcc;5;gac;1;ggc;11;;gtc;2;gcc;5;gac;10;ggc;7;;gtc;3;gcc;6;gac;6;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;8;tca;8;taa;0;tga;1;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;0;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;8;aaa;9;aga;8;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;8;cca;9;caa;8;cga;0;;cta;8;cca;8;caa;6;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;4;gca;1;gaa;6;gga;;;gta;3;gca;1;gaa;2;gga;8;;gta;;gca;;gaa;4;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;7;tcg;7;tag;0;tgg;10;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;7;acg;8;aag;4;agg;6;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;6;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;6;ccg;3;cag;6;cgg;7;;ctg;4;ccg;1;cag;2;cgg;1;;ctg;5;ccg;6;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;3;gcg;4;gag;5;ggg;6;;gtg;;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;6;gcg;3;gag;4;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha 6;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;23;;; </pre> ====alpha par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_par_rapport_au_groupe_de_référence|alpha par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;90;14;38;;;;142; 16;moyen;103;15;16;;;60;134; 14;fort;81;51;27;;23;;182; ; ;274;80;81;;23;60;518; 10;g+cga;46;6;27;;;;79; 2;agg+cgg;13;1;;;;;14; 4;carre ccc;30;7;11;;;;48; 5;autres;1;;;;;;1; ;;90;14;38;;;;142; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;174;27;73;;;;274;26 16;moyen;199;29;31;;;116;259;324 14;fort;156;98;52;;44;;351;650 ;;529;154;156;;44;116;518;729 10;g+cga;89;12;52;;;;153;10 2;agg+cgg;25;2;0;;;;27; 4;carre ccc;58;14;21;;;;93;16 5;autres;2;0;0;;;;2; ;;174;27;73;;;;274; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;207;32;87;326;26;33;18;47 16;moyen;237;34;37;308;324;38;19;20 14;fort;186;117;62;366;650;30;64;33 ;;630;184;186;435;729;274;80;81 10;g+cga;106;14;62;182;10;51;;71 2;agg+cgg;30;2;0;32;;14;; 4;carre ccc;69;16;25;110;16;33;;29 5;autres;2;0;0;2;;1;; ;;207;32;87;326;;90;;38 </pre> ====alpha, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha,_estimation_des_-rRNAs|alpha, estimation des -rRNAs]] <pre> alpha;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 70 génomes total avec rRNA;;;;alpha8;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;70;525; ; ;;indices;;;;70;750;0;0;;alpha8;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;435 atgi;;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;;tct;;tat;;atgf;206;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8 atc;189;acc;;aac;;agc;;;atc;270;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;13;aac;14;agc;8 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;9;aaa;10;aga;8 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;9;caa;8;cga; gta;;gca;191;gaa;;gga;;;gta;;gca;273;gaa;;gga;;;gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6 ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1.4;;ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7 ;;380;;144;;1;525;;;;543;;206;;1;750;;;;134;;159;;142;435 27.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;30.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;16935;0.6;0.3;;indices;sans +16s;;;347;16935;0,6;0,3;;alpha8;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;30;;atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;236;;atgi;113;tct;;tat;;atgf;88 att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;163;tcc;100;tac;125;tgc;100 atc;-1;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;269;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;13;acc;163;aac;175;agc;100 ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;138;ccc;100;cac;138;cgt;163 gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;163;gcc;200;gac;213;ggc;275 tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;100;tca;100;taa;;tga;13 ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;113;aaa;125;aga;100 cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;100;cca;113;caa;100;cga; gta;105;gca;-2;gaa;141;gga;104;;gta;105;gca;271;gaa;141;gga;104;;gta;88;gca;25;gaa;150;gga;100 ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;88;tcg;88;tag;;tgg;125 atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;125;acg;100;aag;125;agg;75 ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;106;;ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;107;;ctg;188;ccg;125;cag;125;cgg;100 gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;113;gcg;113;gag;113;ggg;88 ;;1421;;1529;;1241;4191;;;;1964;;1735;;1242;4941;;;;1675;;1988;;1775;5438 rapports;;72;;88;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;alpha8;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;13;;fiches;45.571;;;fréquences;;;;;atgi;6;tct;;tat;100;atgf;66 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;3190;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;525;;;10;18;;;;ctt;100;cct;100;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;70;;;20;9;;;;gtt;;gct;;gat;100;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;33;tcc;1;tac;17;tgc;5 atc;0;acc;100;aac;100;agc;100;;alpha8;54.375;;;40;6;;;;atc;108;acc;34;aac;37;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;435;;;50;4;39;;;ctc;16;ccc;18;cac;26;cgt;31 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;205;;;60;4;;;;gtc;35;gcc;52;gac;29;ggc;52 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;1;;;;tta;6;tca;2;taa;100;tga;20 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;5;aaa;15;aga;3 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par alpha8;;;;90;0;;;;cta;3;cca;8;caa;12;cga;100 gta;100;gca;-1;gaa;100;gga;100;;est 19 % au dessus;;;;100;2;;;;gta;17;gca;107;gaa;6;gga;4 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;2;;;;ttg;4;tcg;2;tag;100;tgg;18 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;70;;100;;;48;;;;atgj;7;acg;9;aag;36;agg;0 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;99;;atc;189;269;;;;;;;ctg;52;ccg;43;cag;48;cgg;5 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;gca;191;271;;;;;;;gtg;48;gcg;48;gag;52;ggg;20 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;178;;330;;451;959 </pre> ===cvi=== ====cvi opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_opérons|cvi opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Chro_viol_ATCC_12472/chroViol-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_005085.1;cvi;genome;;; 65%GC;30.6.19 Paris;16s 8;98;doubles;intercalaires ;Chromobacterium violaceum ATCC 12472;;;; ;421217..422762;;16s;@1;179 ;422942..423018;;atc;;86 ;423105..423180;;gca;;249 ;423430..426324;;23s;;125 ;426450..426564;;5s;; ;;;;; ;502182..503727;;16s;;79 ;503807..503883;;atc;;12 ;503896..503971;;gca;;250 ;504222..507116;;23s;;122 ;507239..507353;;5s;; ;;;;; comp;682034..682118;;ttg;; ;;;;; ;759824..759908;;tac;; ;;;;; comp;878775..878849;;agg;; ;;;;; ;955155..955230;;gcg;; ;;;;; ;975612..975696;;ctc;; ;;;;; ;1006822..1006897;;ttc;+;6 ;1006904..1006979;;ttc;2 ttc; ;;;;; ;1058518..1058611;;agc;;6 ;1058618..1058694;;cgt;;3 ;1058698..1058772;;gaa;; ;;;;; comp;1061741..1061815;;gaa;+;3 comp;1061819..1061895;;cgt;2 gaa;7 comp;1061903..1061977;;gaa;2cgt;5 comp;1061983..1062059;;cgt;; ;;;;; ;1154020..1155565;;16s;;179 ;1155745..1155821;;atc;;86 ;1155908..1155983;;gca;;250 ;1156234..1159128;;23s;;122 ;1159251..1159365;;5s;; ;;;;; comp;1263556..1263645;;tcg;; ;;;;; ;1273710..1273786;;atgf;; ;;;;; ;1377435..1377510;;ggc;+;23 ;1377534..1377609;;ggc;5 ggc;22 ;1377632..1377707;;ggc;;24 ;1377732..1377807;;ggc;;29 ;1377837..1377912;;ggc;;45 ;1377958..1378031;;tgc;; ;;;;; ;1387010..1387094;;tta;; ;;;;; ;1420085..1420161;;gtc;; ;;;;; ;1427771..1427847;;ccc;; ;;;;; comp;1433244..1433319;;aac;+;32 comp;1433352..1433427;;aac;3 aac;31 comp;1433459..1433534;;aac;; ;;;;; ;1646821..1648366;;16s;;179 ;1648546..1648622;;atc;;86 ;1648709..1648784;;gca;;249 ;1649034..1651928;;23s;;122 ;1652051..1652165;;5s;;89 ;1652255..1652369;;5s;; ;;;;; ;1746117..1746207;;tcc;+;53 ;1746261..1746351;;tcc;2 tcc; ;;;;; ;1978844..1978919;;aac;; ;;;;; comp;2094372..2094447;;cac;+;26 comp;2094474..2094549;;cac;3 cac;45 comp;2094595..2094670;;cac;;27 comp;2094698..2094774;;aga;;18 comp;2094793..2094869;;cca;; ;;;;; comp;2511625..2511712;;tca;; ;;;;; comp;2747299..2747375;;gac;;7 comp;2747383..2747458;;gta;; ;;;;; ;2853221..2853305;;cta;; ;;;;; ;3187082..3187157;;aca;; ;;;;; ;3257362..3257437;;gcc;; ;;;;; ;3262246..3262321;;gcc;+;8 ;3262330..3262405;;gaa;2 gcc;11 ;3262417..3262492;;gcc;; ;;;;; comp;3371478..3371592;;5s;;122 comp;3371715..3374609;;23s;;250 comp;3374860..3374935;;gca;;12 comp;3374948..3375024;;atc;;79 comp;3375104..3376649;;16s;; ;;;;; ;3472822..3472897;;gta;+;12 ;3472910..3472986;;gac;5 gta;26 ;3473013..3473088;;gta;6 gac;12 ;3473101..3473177;;gac;1gtg;26 ;3473204..3473279;;gta;;12 ;3473292..3473368;;gac;;26 ;3473395..3473470;;gta;;12 ;3473483..3473559;;gac;;27 ;3473587..3473663;;gtg;;6 ;3473670..3473746;;gac;;27 ;3473774..3473850;;gtg;;6 ;3473857..3473933;;gac;; ;;;;; ;3622292..3622365;;ggg;; ;;;;; comp;3820120..3820234;;5s;;122 comp;3820357..3823251;;23s;;249 comp;3823501..3823576;;gca;;86 comp;3823663..3823739;;atc;;179 comp;3823919..3825464;;16s;; ;;;;; ;3828836..3828922;;ctg;+;51 ;3828974..3829060;;ctg;4 ctg;33 ;3829094..3829180;;ctg;;57 ;3829238..3829324;;ctg;; ;;;;; ;3854547..3854622;;caa;@2;*557 ;3855180..3855255;;acg;;61 ;3855317..3855393;;ccg;+;78 ;3855472..3855548;;ccg;2 ccg; ;;;;; comp;4059834..4059912;;atgi;; ;;;;; comp;4244591..4244705;;5s;;122 comp;4244828..4247722;;23s;;249 comp;4247972..4248047;;gca;;86 comp;4248134..4248210;;atc;;179 comp;4248390..4249935;;16s;; ;;;;; comp;4325718..4325794;;atgf;; ;;;;; comp;4389268..4389342;;caa;; ;;;;; ;4402077..4402153;;cgg;; ;;;;; comp;4434130..4434244;;5s;;122 comp;4434367..4437261;;23s;;249 comp;4437511..4437586;;gca;;86 comp;4437673..4437749;;atc;;179 comp;4437929..4439474;;16s;; ;;;;; ;4474196..4474272;;atg;+;35 ;4474308..4474384;;atg;2 atg; ;;;;; comp;4529616..4529690;;acc;; ;;;;; comp;4532053..4532128;;tgg;; ;;;;; comp;4533370..4533444;;acc;;24 comp;4533469..4533542;;gga;;52 comp;4533595..4533679;;tac;; ;;;;; comp;4586712..4586787;;aaa;+;38 comp;4586826..4586901;;aag;3 aaa;35 comp;4586937..4587012;;aaa;2 aag;28 comp;4587041..4587116;;aag;;37 comp;4587154..4587229;;aaa;; </pre> ====cvi cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_cumuls|cvi cumuls]] <pre> cvi cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;8;1;0;- ;16 23 5s 0;0;20;16;2 ;16 atc gca;8;40;20; ;16 23 5s a;0;60;6; ;max a;2;80;2; ;a doubles;0;100;0;6 ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;16;140;0; sans ;opérons;37;160;0; ;1 aa;22;180;0; ;max a;12;200;0; ;a doubles;12;;1; ;total aas;82;;45;8 total aas;;98;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;; ;;;variance;; sans jaune;;;moyenne;26;86 ;;;variance;18;0 </pre> ====cvi blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_blocs|cvi blocs]] <pre> cvi blocs;;;;;; 16s;179;1546;79;1546;179;1546 atc;86;;12;;86; gca;249;;250;;250; 23s;125;2895;122;2895;122;2895 5s;;115;;115;;115 ;;;;;; ;;;;;; 5s;122;115;122;115;122;115 23s;250;2895;249;2895;249;2895 gca;12;;86;;86; atc;79;;179;;179; 16s;;1546;;1546;;1546 ;;;;;; 16s;179;1546;;5s;122;115 atc;86;;;23s;249;2895 gca;249;;;gca;86; 23s;122;2895;;atc;179; 5s;89;115;;16s;;1546 5s;;115;;;; </pre> ====cvi distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_distribution|cvi distribution]] <pre> beta1;;;;;;;82;;beta1;;;;;;;22;;beta1;;;;;;;37;;beta1;;;;;;;23 atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc; atc;0;acc;1;aac;4;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;3;agc; ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt; gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;7;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5 tta;1;tca;1;taa;0;tga;0;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;0;aca;1;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;2;cga;0;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;6;gca;0;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;4;ccg;2;cag;0;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg; gtg;1;gcg;2;gag;0;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cvi données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_données_intercalaires|cvi données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cvi;fx;fc;cvi;fx40;fc40;cvi;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa 0;0;0;5;10;0;5;10;-1;0;118;177;152;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;suite 0;2;10;62;334;1;7;58;-2;3;0;58;57;447;506;;7;;gac 0;3;20;33;245;2;3;44;-3;0;0;858;110;370;450;;**;;gta 0;2;30;18;120;3;10;42;-4;22;375;19;46;439;391;;8;;gcc 0;1;40;17;116;4;6;30;-5;0;0;49;190;439;;;11;;gaa 2;3;50;43;99;5;2;25;-6;2;0;329;180;437;;;**;;gcc 1;4;60;71;107;6;8;13;-7;2;10;19;425;23s 5s;;;12;;gta 2;2;70;92;154;7;6;18;-8;0;56;91;707;127;;;26;;gac 1;1;80;56;140;8;5;13;-9;1;0;155;136;7* 124;;;12;;gta 0;3;90;32;83;9;8;41;-10;0;6;51;211;5s CDS;;;26;;gac 1;4;100;52;95;10;7;50;-11;4;31;62;66;280;137;;12;;gta 2;1;110;35;82;11;2;42;-12;1;0;173;225;189;154;;26;;gac 0;1;120;44;73;12;6;26;-13;2;10;120;182;415;101;;12;;gta 0;3;130;43;84;13;4;35;-14;0;21;435;70;213;206;;27;;gac 2;1;140;32;60;14;3;25;-15;0;0;101;49;5s 5s;;;6;;gta 0;0;150;20;51;15;4;21;-16;0;4;183;205;89;;;27;;gac 2;2;160;32;49;16;5;28;-17;3;16;182;151;16s tRNA;;;6;;gtg 0;2;170;22;50;17;0;19;-18;0;0;30;303;6* 182;;atc;**;;gac 1;3;180;20;43;18;3;17;-19;2;3;204;106;2* 82;;atc;51;;ctg 2;2;190;28;39;19;5;18;-20;1;12;98;212;tRNA 23s;;;33;;ctg 0;1;200;36;30;20;1;14;-21;1;0;59;73;3* 254;;gca;57;;ctg 1;2;210;23;35;21;1;16;-22;1;1;360;651;5* 253;;gca;**;;ctg 2;0;220;12;26;22;2;13;-23;1;4;25;97;tRNA tRNA;;intra;61;;acg 1;1;230;17;25;23;1;7;-24;1;0;15;137;6* 86;;atc gca;78;;ccg 0;0;240;23;14;24;3;18;-25;1;2;93;265;2* 12;;atc gca;;;ccg 0;0;250;11;11;25;1;10;-26;0;3;230;;tRNA tRNA;;;35;;atgj 0;0;260;16;13;26;2;13;-27;0;0;130;;6;;ttc;**;;atgj 1;0;270;16;21;27;3;7;-28;1;0;46;;**;;ttc;24;;acc 0;0;280;17;14;28;2;12;-29;1;2;71;;6;;agc;52;;gga 0;0;290;17;11;29;2;13;-30;0;0;48;;3;;cgt;**;;tac 0;0;300;7;15;30;1;11;-31;3;1;411;;**;;gaa;38;;aaa 1;0;310;12;9;31;1;17;-32;2;0;163;;3;;gaa;35;;aag 0;0;320;6;14;32;0;12;-33;0;0;170;;7;;cgt;28;;aaa 0;1;330;2;9;33;4;13;-34;0;0;55;;5;;gaa;37;;aag 0;0;340;10;9;34;0;11;-35;2;1;770;;**;;cgt;**;;aaa 0;0;350;6;5;35;1;9;-36;0;0;201;;23;;ggc;;; 0;1;360;6;5;36;1;11;-37;1;0;92;;22;;ggc;;; 0;0;370;7;11;37;5;9;-38;0;2;747;;24;;ggc;;; 0;0;380;4;6;38;1;9;-39;0;0;151;;29;;ggc;;; 0;0;390;3;7;39;3;10;-40;0;1;89;;45;;ggc;;; 0;0;400;5;6;40;1;15;-41;2;1;6;;**;;tgc;;; 3;5;reste;89;94;reste;967;1599;-42;0;0;87;;32;;aac;;; 25;51;total;1102;2424;total;1102;2424;-43;1;0;125;;31;;aac;;; 22;46;diagr;1008;2320;diagr;130;815;-44;0;3;86;;**;;aac;;; 0;7; t30;113;699;;;;-45;0;0;179;;53;;tcc;;; ;;;;;;;;-46;0;0;64;;**;;tcc;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;10;;26;;cac;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;40;;45;;cac;;; ;x;1097;69;5;1171;;;-49;1;0;139;;27;;cac;;; ;c;2414;687;10;3111;;;-50;1;0;194;;18;;aga;;; ;;;;;4282;205;;reste;6;4;130;;**;;cca;;; ;;;;;;4487;;total;69;687;;;;;;;; </pre> =====cvi autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires_aas|cvi autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cvi;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;242272;116;comp; ;regulatory;243048;76;; fin;CDS;243272;;; deb;CDS;419401;506;comp; ;rRNA;421224;182;;16s ;tRNA;422942;86;;atc ;tRNA;423105;253;;gca ;rRNA;423434;127;;23s ;rRNA;426450;137;;5s fin;CDS;426702;;comp; deb;CDS;500524;447;; ;rRNA;502189;82;;16s ;tRNA;503807;12;;atc ;tRNA;503896;254;;gca ;rRNA;504226;124;;23s ;rRNA;507239;280;;5s fin;CDS;507634;;; deb;CDS;521304;119;comp; ;regulatory;522458;124;; fin;CDS;522848;;; deb;CDS;526333;31;; ;ncRNA;526676;12;; fin;CDS;526872;;; deb;CDS;578634;106;comp; ;ncRNA;581905;130;; fin;CDS;582495;;; deb;CDS;680663;177;comp; ;tRNA;682034;58;comp;ttg fin;CDS;682177;;comp; deb;CDS;758940;152;comp; ;tRNA;759824;57;;tac fin;CDS;759966;;comp; deb;CDS;877002;858;comp; ;tRNA;878775;19;comp;agg fin;CDS;878869;;comp; deb;CDS;952811;49;; ;tRNA;955155;329;;gcg fin;CDS;955560;;; deb;CDS;975236;19;; ;tRNA;975612;91;;ctc fin;CDS;975788;;; deb;CDS;996781;89;comp; ;regulatory;998457;72;; fin;CDS;998621;;; deb;CDS;1006022;155;; ;tRNA;1006822;6;;ttc ;tRNA;1006904;51;;ttc fin;CDS;1007031;;; deb;CDS;1057229;62;; ;tRNA;1058518;6;;agc ;tRNA;1058618;3;;cgt ;tRNA;1058698;110;;gaa deb;CDS;1058883;173;comp; ;tRNA;1061741;3;comp;gaa ;tRNA;1061819;7;comp;cgt ;tRNA;1061903;5;comp;gaa ;tRNA;1061983;46;comp;cgt fin;CDS;1062106;;; deb;CDS;1153105;370;; ;rRNA;1154027;182;;16s ;tRNA;1155745;86;;atc ;tRNA;1155908;254;;gca ;rRNA;1156238;124;;23s ;rRNA;1159251;189;;5s fin;CDS;1159555;;; deb;CDS;1262223;190;; ;tRNA;1263556;120;comp;tcg fin;CDS;1263766;;comp; deb;CDS;1272648;435;; ;tRNA;1273710;180;;atgf fin;CDS;1273967;;comp; deb;CDS;1292860;191;; ;repeat_region;1293342;324;; fin;CDS;1295441;;; deb;CDS;1376752;101;; ;tRNA;1377435;23;;ggc ;tRNA;1377534;22;;ggc ;tRNA;1377632;24;;ggc ;tRNA;1377732;29;;ggc ;tRNA;1377837;45;;ggc ;tRNA;1377958;425;;tgc fin;CDS;1378457;;comp; deb;CDS;1385508;707;comp; ;tRNA;1387010;183;;tta fin;CDS;1387278;;; deb;CDS;1418833;136;comp; ;tRNA;1420085;182;;gtc fin;CDS;1420344;;; deb;CDS;1427387;30;; ;tRNA;1427771;204;;ccc fin;CDS;1428052;;; deb;CDS;1432303;98;comp; ;tRNA;1433244;32;comp;aac ;tRNA;1433352;31;comp;aac ;tRNA;1433459;211;comp;aac fin;CDS;1433746;;; deb;CDS;1451057;323;comp; ;repeat_region;1452712;105;; fin;CDS;1454130;;comp; deb;CDS;1458879;179;; ;repeat_region;1461308;144;; fin;CDS;1462645;;; deb;CDS;1644076;439;; ;rRNA;1646828;182;;16s ;tRNA;1648546;86;;atc ;tRNA;1648709;253;;gca ;rRNA;1649038;124;;23s ;rRNA;1652051;89;;5s ;rRNA;1652255;154;;5s fin;CDS;1652524;;comp; deb;CDS;1689363;107;comp; ;regulatory;1690517;42;comp; fin;CDS;1690745;;comp; deb;CDS;1744930;59;; ;tRNA;1746117;53;;tcc ;tRNA;1746261;360;;tcc fin;CDS;1746712;;; deb;CDS;1786722;25;; ;tRNA;1786963;15;; fin;CDS;1787071;;; deb;CDS;1899096;223;; ;repeat_region;1900978;157;; fin;CDS;1902728;;comp; deb;CDS;1975805;93;; ;tRNA;1978844;66;;aac fin;CDS;1978986;;comp; deb;CDS;2093021;230;; ;tRNA;2094372;26;;cac ;tRNA;2094474;45;;cac ;tRNA;2094595;27;;cac ;tRNA;2094698;18;;aga ;tRNA;2094793;225;;cca fin;CDS;2095095;;comp; deb;CDS;2186305;69;; ;tmRNA;2186992;205;; fin;CDS;2187562;;; deb;CDS;2192639;145;comp; ;regulatory;2193399;4;comp; ;regulatory;2193502;65;comp; fin;CDS;2193653;;comp; deb;CDS;2337863;-1;; ;ncRNA;2338135;0;; fin;CDS;2338210;;; deb;CDS;2511015;130;comp; ;tRNA;2511625;46;comp;tca fin;CDS;2511759;;comp; deb;CDS;2560167;264;comp; ;ncRNA;2560755;168;comp; fin;CDS;2561022;;; deb;CDS;2745389;71;comp; ;tRNA;2747299;7;comp;gac ;tRNA;2747383;48;comp;gta fin;CDS;2747507;;comp; deb;CDS;2852349;182;comp; ;tRNA;2853221;70;;cta fin;CDS;2853376;;comp; deb;CDS;3186574;49;comp; ;tRNA;3187082;411;;aca fin;CDS;3187569;;; deb;CDS;3256344;205;comp; ;tRNA;3257362;151;;gcc fin;CDS;3257589;;comp; deb;CDS;3261178;303;comp; ;tRNA;3262246;8;;gcc ;tRNA;3262330;11;;gaa ;tRNA;3262417;106;;gcc fin;CDS;3262599;;comp; deb;CDS;3368966;415;comp; ;rRNA;3371478;124;comp;5s ;rRNA;3371717;254;comp;23s ;tRNA;3374860;12;comp;gca ;tRNA;3374948;82;comp;atc ;rRNA;3375107;439;comp;16s fin;CDS;3377082;;comp; deb;CDS;3447322;50;comp; ;regulatory;3448389;124;comp; fin;CDS;3448608;;; deb;CDS;3471644;212;comp; ;tRNA;3472822;12;;gta ;tRNA;3472910;26;;gac ;tRNA;3473013;12;;gta ;tRNA;3473101;26;;gac ;tRNA;3473204;12;;gta ;tRNA;3473292;26;;gac ;tRNA;3473395;12;;gta ;tRNA;3473483;27;;gac ;tRNA;3473587;6;;gta ;tRNA;3473670;27;;gac ;tRNA;3473774;6;;gtg ;tRNA;3473857;163;;gac fin;CDS;3474097;;; deb;CDS;3621600;170;; ;tRNA;3622292;55;;ggg fin;CDS;3622421;;; deb;CDS;3727029;40;comp; ;regulatory;3728158;14;comp; ;regulatory;3728271;172;comp; fin;CDS;3728534;;comp; deb;CDS;3818863;213;comp; ;rRNA;3820120;124;comp;5s ;rRNA;3820359;253;comp;23s ;tRNA;3823501;86;comp;gca ;tRNA;3823663;182;comp;atc ;rRNA;3823922;437;comp;16s deb;CDS;3825895;73;comp; ;tRNA;3828836;51;;ctg ;tRNA;3828974;33;;ctg ;tRNA;3829094;57;;ctg ;tRNA;3829238;651;;ctg fin;CDS;3829976;;comp; deb;CDS;3854191;770;comp; ;tRNA;3855180;61;comp;acg ;tRNA;3855317;78;comp;ccg ;tRNA;3855472;97;comp;ccg fin;CDS;3855646;;; deb;CDS;4058859;201;comp; ;tRNA;4059834;92;comp;atgi fin;CDS;4060005;;comp; deb;CDS;4244169;101;; ;rRNA;4244591;124;comp;5s ;rRNA;4244830;253;comp;23s ;tRNA;4247972;86;comp;gca ;tRNA;4248134;182;comp;atc ;rRNA;4248393;450;comp;16s fin;CDS;4250379;;; deb;CDS;4324029;747;comp; ;tRNA;4325718;151;comp;atgf fin;CDS;4325946;;comp; deb;CDS;4388195;89;comp; ;tRNA;4389268;6;comp;caa fin;CDS;4389349;;comp; deb;CDS;4401196;137;comp; ;tRNA;4402077;265;;cgg fin;CDS;4402419;;comp; deb;CDS;4433423;206;; ;rRNA;4434130;124;comp;5s ;rRNA;4434369;253;comp;23s ;tRNA;4437511;86;comp;gca ;tRNA;4437673;182;comp;atc ;rRNA;4437932;391;comp;16s fin;CDS;4439859;;; deb;CDS;4472951;87;; ;tRNA;4474196;35;;atgj ;tRNA;4474308;125;;atgj fin;CDS;4474510;;; deb;CDS;4529035;86;comp; ;tRNA;4529616;179;comp;acc fin;CDS;4529870;;comp; deb;CDS;4531632;64;comp; ;tRNA;4532053;10;comp;tgg deb;CDS;4532139;40;comp; ;tRNA;4533370;24;comp;acc ;tRNA;4533469;52;comp;gga ;tRNA;4533595;139;comp;tac fin;CDS;4533819;;comp; deb;CDS;4549877;87;comp; ;regulatory;4551002;131;; fin;CDS;4551282;;; deb;CDS;4586188;194;comp; ;tRNA;4586712;38;comp;aaa ;tRNA;4586826;35;comp;aag ;tRNA;4586937;28;comp;aaa ;tRNA;4587041;37;comp;aag ;tRNA;4587154;130;comp;aaa fin;CDS;4587360;;comp; </pre> ====cvi intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_entre_cds|cvi intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> cvi;4.2.21 Paris;;cvi 25.12.20;;;;;;;;; cvi;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5;intercal;<u>'''frequencez ;'''négatif;756;17.7;'''négatif ;-8;11;-1 à -102;'''4 751 080;-1;756;610;2 ;'''zéro;15;0.4;;;;;'''intercals;0;15;620;1 ;'''1 à 200;2842;66.4;'''0 à 200;74;55;;'''452 650;5;227;630;2 ;'''201 à 370;455;10.6;'''201 à 370;266;47;;'''9.5%;10;169;640;1 ;'''371 à 600;147;3.4;'''371 à 600;453;59;;;15;168;650;1 ;'''601 à max;67;1.6;'''601 à 1309;795;172;;;20;110;660;4 ;'''total 4282;<201;84.4;'''total 4281;104;142;-102 à 1309;;25;72;670;4 adresse;intercalx;intercal;<u>'''fréquence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul,t %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;66;680;2 1407250;1977;-1;756;-70;6;;0;15;35;68;690;3 2476400;1309;0;15;-60;1;;-1;°118;40;65;700;5 667844;1253;1;°65;-50;4;;-2;3;45;75;710;2 448587;1220;2;47;-40;9;;-3;0;50;67;720;1 357760;1187;3;°52;-30;12;'''min à -1;-4;°397;55;84;730;5 707510;1165;4;36;-20;32;756;-5;0;60;94;740;2 139762;1148;5;27;-10;103;17.7%;-6;2;65;120;750;1 1309853;1098;6;21;0;604;;-7;12;70;126;760;2 2457295;1068;7;°24;10;396;;-8;°56;75;114;770;1 669869;1004;8;18;20;278;;-9;1;80;82;780;1 2288697;984;9;49;30;138;;-10;6;85;62;790;1 1828489;968;10;°57;40;133;'''1 à 100;-11;°35;90;53;800;4 3613803;905;11;44;50;142;1969;-12;1;95;81;810;1 2465473;902;12;32;60;178;46.0%;-13;12;100;66;820;2 2025387;900;13;°39;70;246;;-14;°21;105;60;830;0 869124;888;14;28;80;196;;-15;0;110;57;840;1 2030614;865;15;25;90;115;;-16;4;115;69;850;0 664864;858;16;°33;100;147;;-17;°19;120;48;860;1 2442265;838;17;19;110;117;;-18;0;125;58;870;1 561508;819;18;20;120;117;;-19;5;130;69;880;0 1345805;811;19;°23;130;127;;-20;°13;135;48;890;1 27453;809;20;15;140;92;;-21;1;140;44;900;1 3009727;799;21;°17;150;71;;-22;2;145;41;910;2 914899;796;22;15;160;81;;-23;°5;150;30;920;0 344593;793;23;8;170;72;'''1 à 200;-24;1;155;46;930;0 1783705;791;24;°21;180;63;2842;-25;3;160;35;940;0 1569417;787;25;11;190;67;66.4%;-26;°3;165;41;950;0 3000804;771;26;°15;200;66;;-27;0;170;31;960;0 34255;767;27;10;210;58;;-28;1;175;37;970;1 136535;759;28;°14;220;38;;-29;°3;180;26;980;0 2126902;751;29;15;230;42;;-30;0;185;39;990;1 1360178;742;30;12;240;37;;-31;4;190;28;1000;0 3310655;736;31;°18;250;22;'''0 à 200;-32;2;195;34;1010;1 2140607;733;32;12;260;29;2857;total;75;200;32;1020;0 ;;33;°17;270;37;;reste;26;205;32;1030;0 ;;34;11;280;31;;total;771;210;26;1040;0 ;;35;10;290;28;;;;215;19;1050;0 ;;36;12;300;22;;intercal;<u>'''frequencef;220;19;1060;0 ;;37;°14;310;21;;600;4215;225;21;1070;1 ;;38;10;320;20;;620;3;230;21;1080;0 ;;39;13;330;11;;640;3;235;17;1090;0 ;;40;°16;340;19;'''201 à 370;660;5;240;20;1100;1 ;;reste;2566;350;11;455;680;6;245;11;1110;0 ;;total;4282;360;11;10.6%;700;8;250;11;1120;0 ;;;;370;18;;720;3;255;9;1130;0 ;;;;380;10;;740;7;260;20;1140;0 ;;;;390;10;;760;3;265;17;1150;1 '''adresses;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;11;;780;2;270;20;1160;0 4014450;-102;comp;;410;11;;800;5;275;15;1170;1 1765439;-97;shift2;1671;420;9;;820;3;280;16;1180;0 1246857;-94;shift2;798;430;12;;840;1;285;17;1190;1 4426186;-80;comp;;440;14;;860;1;290;11;1200;0 3511064;-73;shift2;1;450;9;;880;1;295;14;reste;4 3199809;-71;shift2;494;460;5;;900;2;300;8;total;4282 3580355;-61;comp;;470;6;;920;2;305;14;; 4088183;-59;comp;;480;6;;940;;310;7;; 2599768;-57;comp;;490;5;;960;;315;14;; 1062106;-56;comp;;500;1;;980;1;320;6;; 3542032;-50;comp;;510;10;;1000;1;325;5;; 834886;-49;comp;;520;5;;1020;1;330;6;; 2603937;-44;shift2;;530;4;;1040;;335;13;; 2822032;-44;shift2;;540;2;'''371 à 600;1060;;340;6;; 4104968;-44;shift2;;550;4;147;1080;1;345;6;; 283435;-43;comp;;560;3;3.4%;1100;1;350;5;; 226851;-41;comp;;570;5;;1120;;355;6;; 387678;-41;comp;;580;3;'''601 à max;1140;;360;5;; 1796583;-41;shift2;;590;0;67;1160;1;365;10;; 4120154;-40;shift2;;600;2;1.6%;;61;370;8;; 3951302;-38;shift2;;reste;67;;reste;6;reste;214;; 4595659;-38;shift2;;total;4282;;total;4282;total;4282;; </pre> ====cvi intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cvi;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;29;-174;154;42;611;200;max70;&-44;372;-1071;112;852;282;min50 31 à 400;;;;;;;;&5.3;22;-332;69;915;-138;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;131;52;-;581;dte;30;tf;&204;67;;649;poly;203;SF 31 à 400;;;;;;;;&149;52;-;808;poly;107;tF corrélations cvi. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400 ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814 cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696 abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+ 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243 </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60 70, '''t30 t70'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.582;;;;; 41-n;0.931;0.858;0.891;;;;;;;;;;;; 1-n;0.696;0.434;0.549;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; cvi;fx;fc;;cvi;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;;cvi;Sx-;Sc- 0;5;10;;0;5;4;;0;5;10;;x;-1;0;118 10;62;334;;10;62;144;;1;7;58;>0;1097;-2;3;0 20;33;245;;20;33;106;;2;3;44;<0;69;-3;0;0 30;18;120;;30;18;52;;3;10;42;zéro;5;-4;22;375 40;17;116;;40;17;50;;4;6;30;total;1171;-5;0;0 50;43;99;;50;43;43;;5;2;25;;c;-6;2;0 60;71;107;;60;70;46;;6;8;13;>0;2414;-7;2;10 70;92;154;;70;91;66;;7;6;18;<0;687;-8;0;56 80;56;140;;80;56;60;;8;5;13;zéro;10;-9;1;0 90;32;83;;90;32;36;;9;8;41;total;3111;-10;0;6 100;52;95;;100;52;41;;10;7;50;;;-11;4;31 110;35;82;;110;35;35;;11;2;42;;;-12;1;0 120;44;73;;120;44;31;;12;6;26;;;-13;2;10 130;43;84;;130;43;36;;13;4;35;;;-14;0;21 140;32;60;;140;32;26;;14;3;25;;;-15;0;0 150;20;51;;150;20;22;;15;4;21;;;-16;0;4 160;32;49;;160;32;21;;16;5;28;;;-17;3;16 170;22;50;;170;22;22;;17;0;19;;;-18;0;0 180;20;43;;180;20;19;;18;3;17;;;-19;2;3 190;28;39;;190;28;17;;19;5;18;;;-20;1;12 200;36;30;;200;36;13;;20;1;14;;;-21;1;0 210;23;35;;210;23;15;;21;1;16;;;-22;1;1 220;12;26;;220;12;11;;22;2;13;;;-23;1;4 230;17;25;;230;17;11;;23;1;7;;;-24;1;0 240;23;14;;240;23;6;;24;3;18;;;-25;1;2 250;11;11;;250;11;5;;25;1;10;;;-26;0;3 260;16;13;;260;16;6;;26;2;13;;;-27;0;0 270;16;21;;270;16;9;;27;3;7;;;-28;1;0 280;17;14;;280;17;6;;28;2;12;;;-29;1;2 290;17;11;;290;17;5;;29;2;13;;;-30;0;0 300;7;15;;300;7;6;;30;1;11;;;-31;3;1 310;12;9;;310;12;4;;31;1;17;;;-32;2;0 320;6;14;;320;6;6;;32;0;12;;;-33;0;0 330;2;9;;330;2;4;;33;4;13;;;-34;0;0 340;10;9;;340;10;4;;34;0;11;;;-35;2;1 350;6;5;;350;6;2;;35;1;9;;;-36;0;0 360;6;5;;360;6;2;;36;1;11;;;-37;1;0 370;7;11;;370;7;5;;37;5;9;;;-38;0;2 380;4;6;;380;4;3;;38;1;9;;;-39;0;0 390;3;7;;390;3;3;;39;3;10;;;-40;0;1 400;5;6;;400;5;3;;40;1;15;;;-41;2;1 reste;89;94;;;;;;reste;967;1599;;;-42;0;0 total;1102;2424;;t30;112;301;;total;1102;2424;;;-43;1;0 diagr;1008;2320;;t70;333;506;;diagr;130;815;;;-44;0;3 - t30;895;1621;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t70;672;1145;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;6;4 ;;;;;;;;;;;;;total;69;687 </pre> ====cvi intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_négatifs_S-|cvi intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;; comp’;0;3;0;20;0;2;2;0;1;0;3;0;2;0;0;0;2;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;1;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;62;6 continu;118;0;0;377;0;0;10;56;0;6;32;1;10;21;0;4;17;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;2;1;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;694;4 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;22;0;2;2;0;1;0;4;1;2;0;0;0;3;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;3;2;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;6;69 ;Sc-;118;0;0;375;0;0;10;56;0;6;31;0;10;21;0;4;16;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;1;0;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;4;687 </pre> ====cvi autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires|cvi autres intercalaires]] <pre> ;cvi;autres intercalaires;;adresses1;;cvi;autres intercalaires;;adresses2;;;cvi;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;242272;116;comp;;deb;°CDS;1427387;30;;;deb;°CDS;3471644;212;comp ;regulatory;243048;76;;;;&tRNA;1427771;204;;;;&tRNA;3472822;12; fin;°CDS;243272;;;;fin;°CDS;1428052;;;;;&tRNA;3472910;26; deb;°CDS;419401;506;comp;;deb;°CDS;1432303;98;comp;;;&tRNA;3473013;12; ;$rRNA;421224;182;;;;&tRNA;1433244;32;comp;;;&tRNA;3473101;26; ;&tRNA;422942;86;;;;&tRNA;1433352;31;comp;;;&tRNA;3473204;12; ;&tRNA;423105;253;;;;&tRNA;1433459;211;comp;;;&tRNA;3473292;26; ;$rRNA;423434;127;;;fin;°CDS;1433746;;;;;&tRNA;3473395;12; ;$rRNA;426450;137;;;deb;°CDS;1451057;323;comp;;;&tRNA;3473483;27; fin;°CDS;426702;;comp;;;repeat_region;1452712;105;;;;&tRNA;3473587;6; deb;°CDS;500524;447;;;fin;°CDS;1454130;;comp;;;&tRNA;3473670;27; ;$rRNA;502189;82;;;deb;°CDS;1458879;179;;;;&tRNA;3473774;6; ;&tRNA;503807;12;;;;repeat_region;1461308;144;;;;&tRNA;3473857;163; ;&tRNA;503896;254;;;fin;°CDS;1462645;;;;fin;°CDS;3474097;; ;$rRNA;504226;124;;;deb;°CDS;1644076;439;;;deb;°CDS;3621600;170; ;$rRNA;507239;280;;;;$rRNA;1646828;182;;;;&tRNA;3622292;55; fin;°CDS;507634;;;;;&tRNA;1648546;86;;;fin;°CDS;3622421;; deb;°CDS;521304;119;comp;;;&tRNA;1648709;253;;;deb;°CDS;3727029;40;comp ;regulatory;522458;124;;;;$rRNA;1649038;124;;;;regulatory;3728158;14;comp fin;°CDS;522848;;;;;$rRNA;1652051;89;;;;regulatory;3728271;172;comp deb;°CDS;526333;31;;;;$rRNA;1652255;154;;;fin;°CDS;3728534;;comp ;ncRNA;526676;12;;;fin;°CDS;1652524;;comp;;deb;°CDS;3818863;213;comp fin;°CDS;526872;;;;deb;°CDS;1689363;107;comp;;;$rRNA;3820120;124;comp deb;°CDS;578634;106;comp;;;regulatory;1690517;42;comp;;;$rRNA;3820359;253;comp ;ncRNA;581905;130;;;fin;°CDS;1690745;;comp;;;&tRNA;3823501;86;comp fin;°CDS;582495;;;;deb;°CDS;1744930;59;;;;&tRNA;3823663;182;comp deb;°CDS;680663;177;comp;;;&tRNA;1746117;53;;;;$rRNA;3823922;437;comp ;&tRNA;682034;58;comp;;;&tRNA;1746261;360;;;deb;°CDS;3825895;73;comp fin;°CDS;682177;;comp;;fin;°CDS;1746712;;;;;&tRNA;3828836;51; deb;°CDS;758940;152;comp;;deb;°CDS;1786722;25;;;;&tRNA;3828974;33; ;&tRNA;759824;57;;;;&tRNA;1786963;15;;;;&tRNA;3829094;57; fin;°CDS;759966;;comp;;fin;°CDS;1787071;;;;;&tRNA;3829238;651; deb;°CDS;877002;858;comp;;deb;°CDS;1899096;223;;;fin;°CDS;3829976;;comp ;&tRNA;878775;19;comp;;;repeat_region;1900978;157;;;deb;°CDS;3854191;770;comp fin;°CDS;878869;;comp;;fin;°CDS;1902728;;comp;;;&tRNA;3855180;61;comp deb;°CDS;952811;49;;;deb;°CDS;1975805;93;;;;&tRNA;3855317;78;comp ;&tRNA;955155;329;;;;&tRNA;1978844;66;;;;&tRNA;3855472;97;comp fin;°CDS;955560;;;;fin;°CDS;1978986;;comp;;fin;°CDS;3855646;; deb;°CDS;975236;19;;;deb;°CDS;2093021;230;;;deb;°CDS;4058859;201;comp ;&tRNA;975612;91;;;;&tRNA;2094372;26;;;;&tRNA;4059834;92;comp fin;°CDS;975788;;;;;&tRNA;2094474;45;;;fin;°CDS;4060005;;comp deb;°CDS;996781;89;comp;;;&tRNA;2094595;27;;;deb;°CDS;4244169;101; ;regulatory;998457;72;;;;&tRNA;2094698;18;;;;$rRNA;4244591;124;comp fin;°CDS;998621;;;;;&tRNA;2094793;225;;;;$rRNA;4244830;253;comp deb;°CDS;1006022;155;;;fin;°CDS;2095095;;comp;;;&tRNA;4247972;86;comp ;&tRNA;1006822;6;;;deb;°CDS;2186305;69;;;;&tRNA;4248134;182;comp ;&tRNA;1006904;51;;;;tmRNA;2186992;205;;;;$rRNA;4248393;450;comp fin;°CDS;1007031;;;;fin;°CDS;2187562;;;;fin;°CDS;4250379;; deb;°CDS;1057229;62;;;deb;°CDS;2192639;145;comp;;deb;°CDS;4324029;747;comp ;&tRNA;1058518;6;;;;regulatory;2193399;4;comp;;;&tRNA;4325718;151;comp ;&tRNA;1058618;3;;;;regulatory;2193502;65;comp;;fin;°CDS;4325946;;comp ;&tRNA;1058698;110;;;fin;°CDS;2193653;;comp;;deb;°CDS;4388195;89;comp deb;°CDS;1058883;173;comp;;deb;°CDS;2337863;-1;;;;&tRNA;4389268;6;comp ;&tRNA;1061741;3;comp;;;ncRNA;2338135;0;;;fin;°CDS;4389349;;comp ;&tRNA;1061819;7;comp;;fin;°CDS;2338210;;;;deb;°CDS;4401196;137;comp ;&tRNA;1061903;5;comp;;deb;°CDS;2511015;130;comp;;;&tRNA;4402077;265; ;&tRNA;1061983;46;comp;;;&tRNA;2511625;46;comp;;fin;°CDS;4402419;;comp fin;°CDS;1062106;;;;fin;°CDS;2511759;;comp;;deb;°CDS;4433423;206; deb;°CDS;1153105;370;;;deb;°CDS;2560167;264;comp;;;$rRNA;4434130;124;comp ;$rRNA;1154027;182;;;;ncRNA;2560755;168;comp;;;$rRNA;4434369;253;comp ;&tRNA;1155745;86;;;fin;°CDS;2561022;;;;;&tRNA;4437511;86;comp ;&tRNA;1155908;254;;;deb;°CDS;2745389;71;comp;;;&tRNA;4437673;182;comp ;$rRNA;1156238;124;;;;&tRNA;2747299;7;comp;;;$rRNA;4437932;391;comp ;$rRNA;1159251;189;;;;&tRNA;2747383;48;comp;;fin;°CDS;4439859;; fin;°CDS;1159555;;;;fin;°CDS;2747507;;comp;;deb;°CDS;4472951;87; deb;°CDS;1262223;190;;;deb;°CDS;2852349;182;comp;;;&tRNA;4474196;35; ;&tRNA;1263556;120;comp;;;&tRNA;2853221;70;;;;&tRNA;4474308;125; fin;°CDS;1263766;;comp;;fin;°CDS;2853376;;comp;;fin;°CDS;4474510;; deb;°CDS;1272648;435;;;deb;°CDS;3186574;49;comp;;deb;°CDS;4529035;86;comp ;&tRNA;1273710;180;;;;&tRNA;3187082;411;;;;&tRNA;4529616;179;comp fin;°CDS;1273967;;comp;;fin;°CDS;3187569;;;;fin;°CDS;4529870;;comp deb;°CDS;1292860;191;;;deb;°CDS;3256344;205;comp;;deb;°CDS;4531632;64;comp ;repeat_region;1293342;324;;;;&tRNA;3257362;151;;;;&tRNA;4532053;10;comp fin;°CDS;1295441;;;;fin;°CDS;3257589;;comp;;deb;°CDS;4532139;40;comp deb;°CDS;1376752;101;;;deb;°CDS;3261178;303;comp;;;&tRNA;4533370;24;comp ;&tRNA;1377435;23;;;;&tRNA;3262246;8;;;;&tRNA;4533469;52;comp ;&tRNA;1377534;22;;;;&tRNA;3262330;11;;;;&tRNA;4533595;139;comp ;&tRNA;1377632;24;;;;&tRNA;3262417;106;;;fin;°CDS;4533819;;comp ;&tRNA;1377732;29;;;fin;°CDS;3262599;;comp;;deb;°CDS;4549877;87;comp ;&tRNA;1377837;45;;;deb;°CDS;3368966;415;comp;;;regulatory;4551002;131; ;&tRNA;1377958;425;;;;$rRNA;3371478;124;comp;;fin;°CDS;4551282;; fin;°CDS;1378457;;comp;;;$rRNA;3371717;254;comp;;deb;°CDS;4586188;194;comp deb;°CDS;1385508;707;comp;;;&tRNA;3374860;12;comp;;;&tRNA;4586712;38;comp ;&tRNA;1387010;183;;;;&tRNA;3374948;82;comp;;;&tRNA;4586826;35;comp fin;°CDS;1387278;;;;;$rRNA;3375107;439;comp;;;&tRNA;4586937;28;comp deb;°CDS;1418833;136;comp;;fin;°CDS;3377082;;comp;;;&tRNA;4587041;37;comp ;&tRNA;1420085;182;;;deb;°CDS;3447322;50;comp;;;&tRNA;4587154;130;comp fin;°CDS;1420344;;;;;regulatory;3448389;124;comp;;fin;°CDS;4587360;;comp ;;;;;;fin;°CDS;3448608;;;;;;;; </pre> ====cvi intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_tRNA|cvi intercalaires tRNA]] <pre> cvi intercalaires tRNA ;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;177;;58;;19;6;deb; ;;comp’;152;comp’;57;;25;10;<201;22 ;;;858;;19;;30;15;total;27 ;;;49;;329;;40;19;taux;81% ;;;19;;91;;49;46;; ;6;;155;;51;;59;48;fin; ;6 3;;62;comp’;110;;62;51;<201;20 ;3 7 5;;173;comp’;46;;64;55;total;25 ;;comp’;190;;120;;71;58;taux;80% ;;;435;comp’;180;;86;91;; ;;;191;;324;;87;92;total; ;23 22 24 29 45;;101;comp’;425;;89;120;<201;42 ;;comp’;707;;183;;93;125;total;52 ;;comp’;136;;182;;98;130;taux;81% ;;;30;;204;;101;139;; ;32 31;;98;comp’;211;;130;151;; ;53;;59;;360;;155;163;; ;;;25;;15;;170;179;; ;;;93;comp’;66;;173;182;; ;26 45 27 18;;230;comp’;225;;177;183;; ;;;130;;46;;191;204;; ;7;;71;;48;;194;324;; ;;comp’;182;comp’;70;;201;329;; ;;comp’;49;;411;;230;360;; ;;comp’;205;comp’;151;;435;411;; ;8 11;comp’;303;comp’;106;;747;;; ;12 26 12 26 12 26;comp’;212;;163;;858;;comp’;cumuls ;12 27 6 27 6;;;;;;49;46;deb; ;;;170;;55;;73;57;<201;7 ;51 33 57;comp’;73;comp’;651;;136;66;total;12 ;61 78;;770;comp’;97;;137;70;taux;58% ;;;201;;92;;152;97;; ;;;747;;151;;182;106;fin; ;;;89;;6;;190;110;<201;9 ;;comp’;137;comp’;265;;205;151;total;14 ;35;;87;;125;;212;180;taux;64% ;;;86;;179;;303;211;; ;;;64;;10;;707;225;total; ;24 52;;40;;139;;770;265;<201;16 ;38 35 28 37;;194;;130;;-;425;total;26 ;;;;;;;-;651;taux;62% ;;;;;;;;;; continu + comp’;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;29;29;58;;;;;;; total;39;39;78;;;;;;; taux;74%;74%;74%;;;;;;; </pre> ====cvi par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_par_rapport_au_groupe_de_référence|cvi par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;9;7;2;;;;18; 16;moyen;7;3;11;;;16;37; 14;fort;6;27;10;;;;43; ; ;22;37;23;;;16;98; 10;g+cga;3;5;2;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;2;;;;;6; 5;autres;;;;;;;0; ;;9;7;2;;;;18; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;92;71;20;;;;184;26 16;moyen;71;31;112;;;163;378;324 14;fort;61;276;102;;;;439;650 ; ;224;378;235;;;163;98;729 10;g+cgg;31;51;20;;;;102;10 2;agg+cga;20;;;;;;20; 4;carre ccc;41;20;;;;;61;16 5;autres;;;;;;;0; ;;92;71;20;;;;184; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;110;85;24;220;26;41;19;9 16;moyen;85;37;134;256;324;32;8;48 14;fort;73;329;122;524;650;27;73;43 ; ;268;451;280;82;729;22;37;23 10;g+cgg;37;61;24;122;10;;; 2;agg+cga;24;;;24;;;; 4;carre ccc;49;24;;73;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;110;85;24;220;;;; </pre> ====beta, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#beta,_estimation_des_-rRNAs|beta, estimation des -rRNAs]] <pre> 44 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;44;351; ; ;;indices;;;;44;798;0;0;;beta1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;82 atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;10;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;23;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1 atc;159;acc;10;aac;;agc;1;;atc;361;acc;23;aac;;agc;2;;atc;;acc;1;aac;4;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;2;cga; gta;;gca;159;gaa;;gga;10;;gta;;gca;361;gaa;;gga;23;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1 ;;329;;22;;0;351;;;;748;;50;;0;798;;;;21;;43;;18;82 11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;268;15707;5.2;0;;indices;;;;268;15707;5.2;0;;beta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;172;;atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;177;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;200 att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;;act;;aat;;agt; ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;108;tcc;101;tac;84;tgc;142;;ttc;108;tcc;101;tac;107;tgc;142;;ttc;200;tcc;200;tac;200;tgc;100 atc;6;acc;79;aac;184;agc;99;;atc;367;acc;102;aac;184;agc;101;;atc;;acc;100;aac;400;agc;100 ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;100;ccc;100;cac;300;cgt;300 gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;100;gcc;300;gac;700;ggc;500 tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;;aca;100;aaa;300;aga;100 cta;101;cca;137;caa;123;cga;0;;cta;101;cca;137;caa;123;cga;;;cta;100;cca;100;caa;200;cga; gta;118;gca;12;gaa;202;gga;78;;gta;118;gca;373;gaa;202;gga;101;;gta;600;gca;;gaa;400;gga;100 ttg;102;tcg;111;tag;2.6;tgg;102;;ttg;102;tcg;111;tag;3;tgg;102;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;200;acg;100;aag;200;agg;100 ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;400;ccg;200;cag;;cgg;100 gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;100;gcg;200;gag;;ggg;100 ;;1517;;2099;;1440;5057;;;;2265;;2149;;1440;5854;;;;2100;;4300;;1800;8200 rapports;;67;;98;;100;86;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;beta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;97;;fiches;54.068;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;100;tat;;atgf;14 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2379;;;0/0;1;;;;att;100;act;100;aat;100;agt;100 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;353;;;10;12;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;44;;;20;4;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;79;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;46;tcc;50;tac;58;tgc;30 atc;2;acc;78;aac;100;agc;98;;beta1;82;;;40;4;;;;atc;100;acc;21;aac;54;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;82;;;50;6;30;;;ctc;30;ccc;0;cac;64;cgt;38 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;16;;;60;7;;;;gtc;33;gcc;59;gac;65;ggc;55 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;3;;;;tta;45;tca;1;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;12;aaa;60;aga;12 cta;100;cca;100;caa;100;cga;;;L’estimation par beta ;;;;90;1;;;;cta;1;cca;27;caa;39;cga; gta;100;gca;3;gaa;100;gga;77;;est 52% en dessous;;;;100;6;;;;gta;80;gca;100;gaa;50;gga;22 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;10;tag;;tgg;2 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;47;acg;4;aag;49;agg;1 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;52;ccg;54;cag;100;cgg;7 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;10;gcg;61;gag;100;ggg;18 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;328;;618;;335;1281 </pre> ====cvi remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_remarques|cvi remarques]] *code génétique cvi <pre> cvi;;;;;98;;99 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1 atc;8;acc;2;aac;4;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3 gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;1;caa;2;cga; gta;5;gca;8;gaa;4;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1 gtg;2;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ===ade=== ====ade opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_opérons|ade opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Anae_deha_2CP_C/anaeDeha_2CP_C-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_011891.1;ade;genome;;; 75%GC;30.6.19 Paris;16s 2;49;doubles;intercalaires ;Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C;;;; ;8147..8220;;caa;; ;;;;; ;21040..21112;;ttc;; ;;;;; comp;433303..433378;;ggg;; ;;;;; comp;666509..666585;;gac;;6 comp;666592..666666;;gta;; ;;;;; comp;693146..693229;;ctg;; ;;;;; ;851483..851555;;atg;; ;;;;; comp;1057311..1057386;;gcg;; ;;;;; comp;1306222..1306295;;ccc;; ;;;;; ;1442379..1442450;;tgc;; ;;;;; ;1495545..1497102;;16s;@1;187 ;1497290..1497367;;atc;;22 ;1497390..1497465;;gca;;194 ;1497660..1500648;;23s;;152 ;1500801..1500917;;5s;; ;;;;; ;1509186..1509259;;cag;;60 ;1509320..1509394;;gag;; ;;;;; ;1691085..1691160;;gcc;; ;;;;; ;819377..1819453;;atg;; ;;;;; ;2235670..2235741;;gtc;; ;;;;; comp;2314981..2315079;;tga;; ;;;;; comp;2337031..2337104;;atg;; ;;;;; ;2376009..2376080;;gtg;; ;;;;; comp;2429718..2429790;;acg;; ;;;;; comp;2623942..2624017;;tgg;; ;;;;; comp;2625463..2625535;;acc;;22 comp;2625558..2625633;;gga;;63 comp;2625697..2625779;;tac;;46 comp;2625826..2625898;;aca;; ;;;;; ;2653452..2653535;;ttg;; ;;;;; ;2680790..2680871;;ctc;; ;;;;; comp;2747806..2747879;;agg;; ;;;;; ;3029047..3029122;;aac;; ;;;;; comp;3076236..3076352;;5s;;152 comp;3076505..3079493;;23s;;194 comp;3079688..3079763;;gca;;22 comp;3079786..3079863;;atc;;187 comp;3080051..3081608;;16s;; ;;;;; comp;3144286..3144357;;aaa;; ;;;;; ;3156732..3156804;;gaa;; ;;;;; ;3253990..3254063;;cgg;; ;;;;; comp;3793996..3794069;;ccg;; ;;;;; ;3806164..3806249;;tta;; ;;;;; comp;3915708..3915789;;cta;; ;;;;; comp;3920245..3920317;;aag;@2;*248 comp;3920566..3920639;;aga;;*140 comp;3920780..3920854;;cac;;18 comp;3920873..3920946;;cga;;*134 comp;3921081..3921154;;cca;; ;;;;; comp;4121675..4121749;;ggc;; ;;;;; comp;4195371..4195460;;tcc;;*278 comp;4195739..4195829;;tcg;; ;;;;; ;4456675..4456764;;tca;;27 ;4456792..4456883;;agc;;73 ;4456957..4457033;;cgt;; </pre> ====ade cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_cumuls|ade cumuls]] <pre> cvi cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;2;1;0; ;16 23 5s 0;0;20;2; ;16 atc gca;2;40;2;2 ;16 23 5s a;0;60;2; ;max a;2;80;2; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;4;140;2; sans ;opérons;33;160;0; ;1 aa;27;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;0;;2; ;total aas;45;;12;2 total aas;;49;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;93; ;;;variance;90; sans jaune;;;moyenne;39;22 ;;;variance;24;0 </pre> ====ade blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_blocs|ade blocs]] <pre> ade blocs;;;;; 16s;187;1558;5s;152;117 atc;22;;23s;194;2989 gca;194;;gca;22; 23s;152;2989;atc;187; 5s;;117;16s;;1558 </pre> ====ade distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_distribution|ade distribution]] <pre> delta1;;;;;;;49;;delta1;;;;;;;27;;delta1;;;;;;;18 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;1;tac;1;tgc; atc;2;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;1;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;18;27;;;;4;49;;;;*;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====ade données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_données_intercalaires|ade données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;ade;fx;fc;ade;fx40;fc40;ade;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;12;17;0;12;17;-1;0;70;91;220;CDS 16s;; ;1;10;102;373;1;10;35;-2;3;0;44;157;691;; ;2;20;104;251;2;5;63;-3;0;0;158;333;590;; ;0;30;65;128;3;18;55;-4;33;537;119;68;23s 5s;; 2;2;40;33;124;4;14;25;-5;0;0;79;105;2* 152;; ;2;50;22;93;5;7;19;-6;2;0;456;130;5s CDS;; ;3;60;52;104;6;10;24;-7;1;6;157;96;167;75; 2;2;70;49;129;7;9;26;-8;5;20;53;38;16s tRNA;; ;4;80;59;106;8;8;37;-9;0;0;36;222;2* 187;;atc ;1;90;48;99;9;14;51;-10;1;2;350;190;tRNA 23s;; 1;4;100;43;84;10;7;38;-11;4;17;105;111;2* 194;;gca 2;4;110;48;76;11;4;32;-12;1;0;14;124;tRNA tRNA;;intra 1;3;120;44;84;12;12;42;-13;3;7;111;110;2* 22;;atc gca 3;1;130;49;67;13;10;39;-14;4;12;3;94;tRNA tRNA;; ;0;140;46;63;14;7;28;-15;1;0;9;161;6;;gac ;0;150;37;53;15;14;26;-16;1;3;110;193;**;;gta 1;2;160;30;37;16;13;23;-17;7;4;53;226;60;;cag 1;0;170;28;47;17;7;16;-18;0;0;38;127;**;;gag ;1;180;33;41;18;16;19;-19;0;2;77;63;22;;acc 1;1;190;31;50;19;15;14;-20;1;3;92;34;63;;gga 1;0;200;33;22;20;6;12;-21;0;0;406;246;46;;tac ;0;210;30;27;21;7;12;-22;0;2;53;715;**;;aca 1;0;220;28;20;22;8;17;-23;2;6;437;;248;;aag 2;1;230;27;18;23;11;13;-24;0;0;62;;142;;aga ;0;240;17;17;24;10;8;-25;1;0;15;;18;;cac 1;0;250;27;12;25;4;14;-26;0;6;65;;134;;cga ;0;260;28;19;26;8;14;-27;0;0;105;;**;;cca ;0;270;15;15;27;7;9;-28;1;0;100;;278;;tcc ;0;280;17;10;28;7;20;-29;2;2;91;;**;;tcg ;0;290;11;9;29;2;7;-30;0;0;106;;27;;tca ;0;300;11;9;30;1;14;-31;0;0;184;;73;;agc ;1;310;10;11;31;2;13;-32;2;1;230;;**;;cgt ;0;320;8;10;32;1;14;-33;0;0;306;;;; ;0;330;10;5;33;7;15;-34;2;2;78;;;; 1;0;340;3;8;34;7;19;-35;1;1;694;;;; ;1;350;6;3;35;2;11;-36;0;0;130;;;; ;0;360;10;7;36;4;9;-37;1;1;386;;;; ;0;370;5;1;37;2;15;-38;1;0;111;;;; ;0;380;5;4;38;1;8;-39;0;0;81;;;; ;1;390;2;3;39;2;6;-40;1;0;179;;;; ;0;400;3;3;40;5;14;-41;2;0;76;;;; 1;5;reste;69;80;reste;994;1446;-42;0;0;50;;;; 21;42;total;1310;2339;total;1310;2339;-43;0;0;492;;;; 20;37;diagr;1229;2242;diagr;304;876;-44;0;0;;;;; 0;3; t30;271;752;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;2;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;1298;102;12;1412;;;-49;1;0;;;;; ;c;2322;713;17;3052;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;4464;105;;reste;15;9;;;;; ;;;;;;4569;;total;102;713;;;;; </pre> =====ade autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires_aas|ade autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;ade;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;7060;91;; ;tRNA;8147;44;;caa fin;CDS;8265;;; deb;CDS;20441;158;; ;tRNA;21040;220;;ttc fin;CDS;21333;;comp; deb;CDS;432722;119;comp; ;tRNA;433303;79;comp;ggg fin;CDS;433458;;comp; deb;CDS;664814;456;comp; ;tRNA;666509;6;comp;gac ;tRNA;666592;157;comp;gta fin;CDS;666824;;; deb;CDS;691951;157;comp; ;tRNA;693146;333;comp;ctg fin;CDS;693563;;; deb;CDS;849021;53;; ;tRNA;851483;36;;atgi fin;CDS;851592;;; deb;CDS;883315;64;; ;repeat_region;883709;98;; fin;CDS;886703;;comp; deb;CDS;887392;77;comp; ;repeat_region;888746;95;; fin;CDS;892587;;; deb;CDS;1055941;68;; ;tRNA;1057311;105;comp;gcg fin;CDS;1057492;;; deb;CDS;1305647;350;comp; ;tRNA;1306222;105;comp;ccc fin;CDS;1306401;;comp; deb;CDS;1311419;33;comp; ;ncRNA;1312049;302;comp; fin;CDS;1312542;;; deb;CDS;1441648;14;; ;tRNA;1442379;111;;tgc fin;CDS;1442562;;; deb;CDS;1492304;691;; 16s;rRNA;1495545;187;; ;tRNA;1497290;22;;atc ;tRNA;1497390;194;;gca 23s;rRNA;1497660;152;; 5s;rRNA;1500801;75;; fin;CDS;1500993;;comp; deb;CDS;1508769;3;; ;tRNA;1509186;60;;cag ;tRNA;1509320;130;;gag fin;CDS;1509525;;comp; deb;CDS;1690794;9;; ;tRNA;1691085;96;;gcc fin;CDS;1691254;;comp; deb;CDS;1818424;110;; ;tRNA;1819377;53;;atgf fin;CDS;1819507;;; deb;CDS;1968293;141;; ;regulatory;1969289;108;; fin;CDS;1969480;;; deb;CDS;2235017;38;; ;tRNA;2235670;77;;gtc fin;CDS;2235819;;; deb;CDS;2313926;38;; ;tRNA;2314981;92;comp;tga fin;CDS;2315172;;comp; deb;CDS;2335260;406;comp; ;tRNA;2337031;222;comp;atgj fin;CDS;2337327;;; deb;CDS;2375620;53;; ;tRNA;2376009;437;;gtg fin;CDS;2376518;;; deb;CDS;2429105;190;; ;tRNA;2429718;111;comp;acg fin;CDS;2429902;;; deb;CDS;2623487;62;comp; ;tRNA;2623942;15;comp;tgg fin;CDS;2624033;;comp; deb;CDS;2624207;65;comp; ;tRNA;2625463;22;comp;acc ;tRNA;2625558;63;comp;gga ;tRNA;2625697;46;comp;tac ;tRNA;2625826;105;comp;aca fin;CDS;2626004;;comp; deb;CDS;2652965;124;comp; ;tRNA;2653452;100;;ttg fin;CDS;2653636;;; deb;CDS;2680375;91;; ;tRNA;2680790;110;;ctc fin;CDS;2680982;;comp; deb;CDS;2747439;94;; ;tRNA;2747806;106;comp;agg fin;CDS;2747986;;comp; deb;CDS;3027884;161;comp; ;tRNA;3029047;184;;aac fin;CDS;3029307;;; deb;CDS;3075187;167;comp; 5s;rRNA;3076236;152;comp; 23s;rRNA;3076505;194;comp; ;tRNA;3079688;22;comp;gca ;tRNA;3079786;187;comp;atc 16s;rRNA;3080051;590;comp; fin;CDS;3082199;;comp; deb;CDS;3143759;230;comp; ;tRNA;3144286;306;comp;aaa fin;CDS;3144664;;comp; deb;CDS;3155946;78;; ;tRNA;3156732;694;;gaa fin;CDS;3157499;;; deb;CDS;3253083;193;comp; ;tRNA;3253990;130;;cgg fin;CDS;3254194;;; deb;CDS;3372825;107;; ;tmRNA;3373094;219;; fin;CDS;3373664;;; deb;CDS;3793550;226;; ;tRNA;3793996;386;comp;ccg fin;CDS;3794456;;comp; deb;CDS;3805030;111;; ;tRNA;3806164;127;;tta fin;CDS;3806377;;comp; deb;CDS;3914337;81;comp; ;tRNA;3915708;63;comp;cta fin;CDS;3915853;;; deb;CDS;3919322;179;comp; ;tRNA;3920245;248;comp;aag ;tRNA;3920566;142;comp;aga ;tRNA;3920782;18;comp;cac ;tRNA;3920873;134;comp;cga ;tRNA;3921081;76;comp;cca fin;CDS;3921231;;comp; deb;CDS;4031625;149;; ;regulatory;4032113;67;; fin;CDS;4032337;;; deb;CDS;4120462;34;; ;tRNA;4121675;246;comp;ggc fin;CDS;4121996;;; deb;CDS;4164508;430;; ;ncRNA;4166687;43;comp; fin;CDS;4167140;;comp; deb;CDS;4193348;55;comp; ;ncRNA;4195209;68;comp; ;tRNA;4195371;278;comp;tcc ;tRNA;4195739;50;comp;tcg fin;CDS;4195880;;comp; deb;CDS;4454313;715;comp; ;tRNA;4456675;27;;tca ;tRNA;4456792;73;;agc ;tRNA;4456957;492;;cgt fin;CDS;4457526;;; </pre> ====ade intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_entre_cds|ade intercalaires entre cds]] *'''Intercalaires entre cds, Tableau''' <pre> ade;4.2.21 Paris;;ade 16.7.20;;;;;;;;; ade;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5;intercal;<u>'''frequencez ;'''négatif;815;18.3;'''négatif ;-8;15;-1 à -116;'''5 029 329;-1;815;610;5 ;'''zéro;29;0.6;;;;;'''intercals;0;29;620;3 ;'''1 à 200;2987;66.9;'''0 à 200;70;57;;'''42 8947;5;251;630;2 ;'''201 à 370;464;10.4;'''201 à 370;260;44;;'''8.5%;10;224;640;0 ;'''371 à 600;124;2.8;'''371 à 600;469;63;;;15;214;650;3 ;'''601 à max;45;1.0;'''601 à 1160;771;157;;;20;141;660;1 ;'''total 4464;<201;85.8;'''total 4461;93;127;-116 à 1160;;25;104;670;0 adresse;intercal;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;89;680;1 4491815;1915;-1;815;-70;14;;0;29;35;91;690;1 3576176;1774;0;29;-60;8;;-1;°70;40;66;700;1 4068576;1388;1;45;-50;2;;-2;3;45;58;710;1 3337295;1160;2;68;-40;7;;-3;0;50;57;720;2 3373664;1119;3;°73;-30;12;'''min à -1;-4;°570;55;74;730;1 2044486;1080;4;39;-20;26;815;-5;0;60;82;740;2 4163005;1080;5;26;-10;69;18.3%;-6;2;65;92;750;2 1981544;1014;6;°34;0;706;;-7;7;70;86;760;0 427780;984;7;35;10;475;;-8;°25;75;87;770;0 540538;963;8;45;20;355;;-9;0;80;78;780;0 1223737;917;9;°65;30;193;;-10;3;85;70;790;1 1005799;900;10;45;40;157;'''1 à 100;-11;°21;90;77;800;1 4943119;860;11;36;50;115;2068;-12;1;95;66;810;1 4581242;849;12;°54;60;156;46.3%;-13;10;100;61;820;1 104609;834;13;49;70;178;;-14;°16;105;69;830;1 4846209;821;14;35;80;165;;-15;1;110;55;840;1 1084460;817;15;°40;90;147;;-16;4;115;65;850;1 2814006;807;16;36;100;127;;-17;°11;120;63;860;1 2386981;793;17;23;110;124;;-18;0;125;60;870;0 3422997;788;18;°35;120;128;;-19;2;130;56;880;0 494107;749;19;29;130;116;;-20;°4;135;64;890;0 3820597;741;20;18;140;109;;-21;0;140;45;900;1 4073584;732;21;19;150;90;;-22;2;145;50;910;0 1445527;731;22;°25;160;67;;-23;°8;150;40;920;1 3757399;730;23;24;170;75;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;0 4117240;719;24;18;180;74;2987;-25;1;160;31;940;0 3533685;715;25;18;190;81;67%;-26;°6;165;34;950;0 3631148;704;26;°22;200;55;;-27;0;170;41;960;0 2060112;697;27;16;210;57;;-28;1;175;36;970;1 1026522;689;28;°27;220;48;;-29;°4;180;38;980;0 4180297;676;29;9;230;45;;-30;0;185;40;990;1 3200409;660;30;15;240;34;;-31;0;190;41;1000;0 1266186;649;31;15;250;39;;-32;°3;195;29;1010;0 4553826;643;32;15;260;47;;total;66;200;26;1020;1 4101937;641;33;22;270;30;'''0 à 200;reste;40;205;27;1030;0 ;;34;°26;280;27;3016;;844;210;30;1040;0 ;;35;13;290;20;;;;215;26;1050;0 ;;36;13;300;20;;intercal;<u>'''frequencef;220;22;1060;0 ;;37;17;310;21;;600;4419;225;28;1070;0 ;;38;9;320;18;;620;8;230;17;1080;2 ;;39;8;330;15;;640;2;235;13;1090;0 ;;40;°19;340;11;'''201 à 370;660;4;240;21;1100;0 ;;reste;2440;350;9;464;680;1;245;18;1110;0 ;;total;4464;360;17;10.4%;700;2;250;21;1120;1 ;;;;370;6;;720;3;255;23;1130;0 adresse;intercaln;décalage;long;380;9;;740;3;260;24;1140;0 3295433;-116;comp;;390;5;;760;2;265;17;1150;0 4579158;-110;comp;;400;6;;780;;270;13;1160;1 1556750;-109;shift2;738;410;10;;800;2;275;16;1170;0 4555636;-109;comp;;420;4;;820;2;280;11;1180;0 4916430;-107;comp;;430;2;;840;2;285;13;1190;0 3210093;-106;shift2;1146;440;11;;860;2;290;7;1200;0 3997874;-104;comp;;450;5;;880;;295;10;reste;3 2946107;-101;comp;;460;8;;900;1;300;10;total;4464 3213081;-100;shift2;279;470;8;;920;1;305;10;; 1033174;-98;comp;;480;6;;940;;310;11;; 4178347;-86;comp;;490;4;;960;;315;13;; 1150010;-82;comp;;500;4;;980;1;320;5;; 526736;-79;comp;;510;8;;1000;1;325;9;; 1558055;-74;comp;;520;4;;1020;1;330;6;; 178866;-68;shift2;797;530;4;;1040;;335;6;; 4625265;-68;shift2;869;540;7;'''371 à 600;1060;;340;5;; 1268795;-67;;;550;3;124;1080;2;345;6;; 1590849;-67;;;560;6;2.8%;1100;;350;3;; 1222168;-65;;;570;3;;1120;1;355;11;; 3832496;-65;;;580;1;'''601 à max;1140;;360;6;; 23880;-61;;;590;3;45;1160;1;365;5;; 157893;-61;;;600;3;1.0%;;42;370;1;; 4881610;-59;;;reste;45;;reste;3;;169;; 3182922;-55;;;total;4464;;total;4464;;4464;; </pre> ====ade intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ade;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-20;145;-446;69;782;242;min50;&-61;489;-1310;125;843;267;min50 31 à 400;32;-228;356;20;874;238;2 parties;&2.5;38;-356;69;957;-507;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;144;54;-;743;dte;39;Sf;&218;70;-;610;poly;232;SF 31 à 400;112;46;-;807;poly;67;tm;&149;51;-;854;poly;103;tF ;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;; ade. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;14.8.21 Paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.459;;;ade;Sx-;Sc- 41-n;0.867;0.624;0.758;;;;;;;;;;-1;0;70 1-n;0.903;0.879;0.897;;;;;;;;;;-2;3;0 ade;fx;fc;;ade;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;-3;0;0 0;12;17;;0;10;8;;0;12;17;>0;1298;-4;33;537 10;102;373;;10;83;166;;1;10;35;<0;102;-5;0;0 20;104;251;;20;85;112;;2;5;63;zéro;12;-6;2;0 30;65;128;;30;53;57;;3;18;55;total;1412;-7;1;6 40;33;124;;40;27;55;;4;14;25;;c;-8;5;20 50;22;93;;50;18;41;;5;7;19;>0;2322;-9;0;0 60;52;104;;60;42;46;;6;10;24;<0;713;-10;1;2 70;49;129;;70;40;58;;7;9;26;zéro;17;-11;4;17 80;59;106;;80;48;47;;8;8;37;total;3052;-12;1;0 90;48;99;;90;39;44;;9;14;51;;;-13;3;7 100;43;84;;100;35;37;;10;7;38;;;-14;4;12 110;48;76;;110;39;34;;11;4;32;;;-15;1;0 120;44;84;;120;36;37;;12;12;42;;;-16;1;3 130;49;67;;130;40;30;;13;10;39;;;-17;7;4 140;46;63;;140;37;28;;14;7;28;;;-18;0;0 150;37;53;;150;30;24;;15;14;26;;;-19;0;2 160;30;37;;160;24;17;;16;13;23;;;-20;1;3 170;28;47;;170;23;21;;17;7;16;;;-21;0;0 180;33;41;;180;27;18;;18;16;19;;;-22;0;2 190;31;50;;190;25;22;;19;15;14;;;-23;2;6 200;33;22;;200;27;10;;20;6;12;;;-24;0;0 210;30;27;;210;24;12;;21;7;12;;;-25;1;0 220;28;20;;220;23;9;;22;8;17;;;-26;0;6 230;27;18;;230;22;8;;23;11;13;;;-27;0;0 240;17;17;;240;14;8;;24;10;8;;;-28;1;0 250;27;12;;250;22;5;;25;4;14;;;-29;2;2 260;28;19;;260;23;8;;26;8;14;;;-30;0;0 270;15;15;;270;12;7;;27;7;9;;;-31;0;0 280;17;10;;280;14;4;;28;7;20;;;-32;2;1 290;11;9;;290;9;4;;29;2;7;;;-33;0;0 300;11;9;;300;9;4;;30;1;14;;;-34;2;2 310;10;11;;310;8;5;;31;2;13;;;-35;1;1 320;8;10;;320;7;4;;32;1;14;;;-36;0;0 330;10;5;;330;8;2;;33;7;15;;;-37;1;1 340;3;8;;340;2;4;;34;7;19;;;-38;1;0 350;6;3;;350;5;1;;35;2;11;;;-39;0;0 360;10;7;;360;8;3;;36;4;9;;;-40;1;0 370;5;1;;370;4;0;;37;2;15;;;-41;2;0 380;5;4;;380;4;2;;38;1;8;;;-42;0;0 390;2;3;;390;2;1;;39;2;6;;;-43;0;0 400;3;3;;400;2;1;;40;5;14;;;-44;0;0 reste;69;80;;;;;;;994;1446;;;-45;0;0 total;1310;2339;;t30;221;335;;;1310;2339;;;-46;2;0 diagr;1229;2242;;t50;265;432;;;304;876;;;-47;1;0 - t30;958;1490;;;;;;;;;;;-48;0;0 - t50;903;1273;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;15;9 ;;;;;;;;;;;;;total;102;713 </pre> ====ade intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_négatifs_S-|ade intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;; comp’;0;3;0;30;0;2;1;4;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;8;97;14 continu;70;0;0;540;0;0;6;21;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;4;718;10 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;33;0;2;1;5;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;15;102 ;Sc-;70;0;0;537;0;0;6;20;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9;713 </pre> ====ade autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires|ade autres intercalaires]] <pre> deb;°CDS;7060;91;;;deb;°CDS;1818424;110;;;deb;°CDS;3143759;230;comp ;&tRNA;8147;44;;;;&tRNA;1819377;53;;;;&tRNA;3144286;306;comp fin;°CDS;8265;;;;fin;°CDS;1819507;;;;fin;°CDS;3144664;;comp deb;°CDS;20441;158;;;deb;°CDS;1968293;141;;;deb;°CDS;3155946;78; ;&tRNA;21040;220;;;;regulatory;1969289;108;;;;&tRNA;3156732;694; fin;°CDS;21333;;comp;;fin;°CDS;1969480;;;;fin;°CDS;3157499;; deb;°CDS;432722;119;comp;;deb;°CDS;2235017;38;;;deb;°CDS;3253083;193;comp ;&tRNA;433303;79;comp;;;&tRNA;2235670;77;;;;&tRNA;3253990;130; fin;°CDS;433458;;comp;;fin;°CDS;2235819;;;;fin;°CDS;3254194;; deb;°CDS;664814;456;comp;;deb;°CDS;2313926;38;;;deb;°CDS;3372825;107; ;&tRNA;666509;6;comp;;;&tRNA;2314981;92;comp;;;tmRNA;3373094;219; ;&tRNA;666592;157;comp;;fin;°CDS;2315172;;comp;;fin;°CDS;3373664;; fin;°CDS;666824;;;;deb;°CDS;2335260;406;comp;;deb;°CDS;3793550;226; deb;°CDS;691951;157;comp;;;&tRNA;2337031;222;comp;;;&tRNA;3793996;386;comp ;&tRNA;693146;333;comp;;fin;°CDS;2337327;;;;fin;°CDS;3794456;;comp fin;°CDS;693563;;;;deb;°CDS;2375620;53;;;deb;°CDS;3805030;111; deb;°CDS;849021;53;;;;&tRNA;2376009;437;;;;&tRNA;3806164;127; ;&tRNA;851483;36;;;fin;°CDS;2376518;;;;fin;°CDS;3806377;;comp fin;°CDS;851592;;;;deb;°CDS;2429105;190;;;deb;°CDS;3914337;81;comp deb;°CDS;883315;64;;;;&tRNA;2429718;111;comp;;;&tRNA;3915708;63;comp ;repeat_region;883709;98;;;fin;°CDS;2429902;;;;fin;°CDS;3915853;; fin;°CDS;886703;;comp;;deb;°CDS;2623487;62;comp;;deb;°CDS;3919322;179;comp deb;°CDS;887392;77;comp;;;&tRNA;2623942;15;comp;;;&tRNA;3920245;248;comp ;repeat_region;888746;95;;;fin;°CDS;2624033;;comp;;;&tRNA;3920566;142;comp fin;°CDS;892587;;;;deb;°CDS;2624207;65;comp;;;&tRNA;3920782;18;comp deb;°CDS;1055941;68;;;;&tRNA;2625463;22;comp;;;&tRNA;3920873;134;comp ;&tRNA;1057311;105;comp;;;&tRNA;2625558;63;comp;;;&tRNA;3921081;76;comp fin;°CDS;1057492;;;;;&tRNA;2625697;46;comp;;fin;°CDS;3921231;;comp deb;°CDS;1305647;350;comp;;;&tRNA;2625826;105;comp;;deb;°CDS;4031625;149; ;&tRNA;1306222;105;comp;;fin;°CDS;2626004;;comp;;;regulatory;4032113;67; fin;°CDS;1306401;;comp;;deb;°CDS;2652965;124;comp;;fin;°CDS;4032337;; deb;°CDS;1311419;33;comp;;;&tRNA;2653452;100;;;deb;°CDS;4120462;34; ;ncRNA;1312049;302;comp;;fin;°CDS;2653636;;;;;&tRNA;4121675;246;comp fin;°CDS;1312542;;;;deb;°CDS;2680375;91;;;fin;°CDS;4121996;; deb;°CDS;1441648;14;;;;&tRNA;2680790;110;;;deb;°CDS;4164508;430; ;&tRNA;1442379;111;;;fin;°CDS;2680982;;comp;;;ncRNA;4166687;43;comp fin;°CDS;1442562;;;;deb;°CDS;2747439;94;;;fin;°CDS;4167140;;comp deb;°CDS;1492304;691;;;;&tRNA;2747806;106;comp;;deb;°CDS;4193348;55;comp ;$rRNA;1495545;187;;;fin;°CDS;2747986;;comp;;;ncRNA;4195209;68;comp ;&tRNA;1497290;22;;;deb;°CDS;3027884;161;comp;;;&tRNA;4195371;278;comp ;&tRNA;1497390;194;;;;&tRNA;3029047;184;;;;&tRNA;4195739;50;comp ;$rRNA;1497660;152;;;fin;°CDS;3029307;;;;fin;°CDS;4195880;;comp ;$rRNA;1500801;75;;;deb;°CDS;3075187;167;comp;;deb;°CDS;4454313;715;comp fin;°CDS;1500993;;comp;;;$rRNA;3076236;152;comp;;;&tRNA;4456675;27; deb;°CDS;1508769;3;;;;$rRNA;3076505;194;comp;;;&tRNA;4456792;73; ;&tRNA;1509186;60;;;;&tRNA;3079688;22;comp;;;&tRNA;4456957;492; ;&tRNA;1509320;130;;;;&tRNA;3079786;187;comp;;fin;°CDS;4457526;; fin;°CDS;1509525;;comp;;;$rRNA;3080051;590;comp;;;;;; deb;°CDS;1690794;9;;;fin;°CDS;3082199;;comp;;;;;; ;&tRNA;1691085;96;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;1691254;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====ade intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_tRNA|ade intercalaires tRNA]] <pre> ade intercalaires tRNA;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;91;;44;;3;15;deb; ;;;158;comp’;220;;9;36;<201;20 ;;;119;;79;;14;43;total;25 ;6;;456;comp’;156;;38;44;taux;80% ;;;157;comp’;353;;38;50;; ;;;53;;36;;53;53;fin; ;;comp’;68;comp’;105;;53;76;<201;16 ;;;350;;105;;62;77;total;22 ;;;14;;111;;65;79;taux;73% ;60;;3;comp’;130;;78;100;; ;;;9;comp’;96;;81;105;total; ;;;110;;53;;91;105;<201;36 ;;;38;;77;;91;106;total;47 ;;;38;comp’;92;;107;111;taux;77% ;;;406;comp’;222;;110;130;; ;;;53;;437;;111;184;; ;;comp’;190;comp’;111;;119;219;; ;;;62;;15;;157;306;; ;22 63 46;;65;;105;;158;386;; ;;comp’;124;;100;;179;437;; ;;;91;comp’;110;;230;492;; ;;comp’;94;;106;;350;694;; ;;comp’;161;;184;;406;-;; ;;;230;;306;;430;-;; ;;;78;;694;;456;-;comp’;cumuls ;;comp’;193;;130;;34;63;deb; ;;;107;;219;;68;92;<201;7 ;;comp’;226;;386;;94;96;total;9 ;;;111;comp’;127;;124;105;taux;78% ;;;81;comp’;63;;161;110;fin; ;248 142 18 134;;179;;76;;190;111;<201;9 ;;comp’;34;comp’;246;;193;127;total;13 ;;;430;;43;;226;130;taux;69% ;278;;;;50;;715;156;; ;27 73;comp’;715;;492;;-;220;total; ;;;;;;;-;222;<201;16 ;;;;;;;-;246;total;22 ;;;;;;;-;353;taux;73% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;29;25;54;;;;;;; total;34;35;69;;;;;;; taux;85%;71%;78%;;;;;;; </pre> ====ade par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_par_rapport_au_groupe_de_référence|ade par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;ade;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;12;5;;;;;17; 16;moyen;9;6;;;;4;19; 14;fort;6;7;;;;;13; ; ;27;18;;;;4;49; 10;g+cga;5;5;;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;;;;;;4; 5;autres;1;;;;;;1; ;;12;5;;;;;17; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;245;102;;;;;347;26 16;moyen;184;122;;;;82;388;324 14;fort;122;143;;;;;265;650 ; ;551;367;;;;82;49;729 10;g+cgg;102;102;;;;;204;10 2;agg+cga;41;;;;;;41; 4;carre ccc;82;;;;;;82;16 5;autres;20;;;;;;20; ;;245;102;;;;;347; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;ade;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;267;111;;378;26;44;28; 16;moyen;200;133;;333;324;33;33; 14;fort;133;156;;289;650;22;39; ; ;600;400;;45;729;27;18; 10;g+cgg;111;111;;222;10;42;; 2;agg+cga;44;;;44;;17;; 4;carre ccc;89;;;89;16;33;; 5;autres;22;;;22;;8;; ;;267;111;;378;;12;; </pre> ====delta, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#delta,_estimation_des_-rRNAs|delta, estimation des -rRNAs]] <pre> delta;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 19 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;19;90; ; ;;indices;;;;19;474;0;0;;delta1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;à faire;45 atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;45;acc;;aac;;agc;;;atc;237;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;;gca;44;gaa;;gga;;;gta;;gca;232;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;14;;14;;17;45 11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;65;3550;1.4;0;;indices;;;;65;3550;1.4;0;;delta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4500 atgi;97;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;97;tct;;tat;;atgf;149;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100 atc;6;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;243;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100 ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100 gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100 tta;108;tca;108;taa;;tga;86;;tta;108;tca;108;taa;3.1;tga;86;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100 ata;0.0;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100 gta;115;gca;2;gaa;180;gga;105;;gta;115;gca;234;gaa;180;gga;105;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100 ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1558;;1816;;1581;4954;;;;2026;;1821;;1581;5428;;;;1400;;1400;;1700;4500 rapports;;77;;100;;100;91;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;delta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;96;;fiches;57.737;;;fréquences;;;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;30 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1097;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;89;;;10;22;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;19;;;20;12;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;5;;;;ttc;18;tcc;8;tac;15;tgc;7 atc;3;acc;100;aac;100;agc;100;;delta1;45;;;40;3;;;;atc;100;acc;15;aac;18;agc;5 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;45;;;50;2;;;;ctc;22;ccc;6;cac;10;cgt;25 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;4;;;60;1;;;;gtc;0;gcc;24;gac;39;ggc;43 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;7;tca;7;taa;;tga;14 ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;2;aaa;15;aga;6 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par delta;;;;90;0;;;;cta;7;cca;5;caa;10;cga;35 gta;100;gca;1;gaa;100;gga;100;;est 22% en dessous;;;;100;3;;;;gta;13;gca;100;gaa;44;gga;5 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;6;tag;;tgg;10 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;11;acg;2;aag;15;agg;0 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;18;ccg;2;cag;12;cgg;8 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;17;gcg;22;gag;60;ggg;6 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;136;;284;;250;670 </pre> ====ade remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_remarques|ade remarques]] *code génétique ade <pre> ade;;;;;;;49 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ==epsilon== ===Arcobacter nitrofigilis DSM 7299=== ====ant opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_opérons|ant opérons]] *notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc. <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Arco_nitr_DSM_7299/arcoNitr_DSM7299-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_014166.1;ant;génome;;;;;;;;;; 28.4%GC;12.1.21 Paris;16s 4;55;;;;;;;cds dirigé;; Arcobacter nitrofigilis DSM 7299;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; ;167574..168434;;cds;;66;66;;;287;66;4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase;* ;168501..168577;;cga;@1;447;*447;;;;;; ;169025..169261;;cds;;;;;;79;;DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; ;237275..237622;;cds;;305;305;;;116;*305;nucleotide pyrophosphohydrolase;* ;237928..239444;;16s;;111;;;111;;;; ;239556..239632;;atc;;19;;19;;;;; ;239652..239727;;gca;;301;;;301;;;; ;240029..242945;;23s;;202;;;;;;; ;243148..243263;;5s;;354;354;;;;;; comp;243618..244301;;cds;;;;;;228;;bifunctional phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase/phosphoribosyl-ATP diphosphatase HisIE;* ;;;;;;;;;;;; comp;302333..303160;;cds;;155;155;;;276;;AraC family transcriptional regulator;* ;303316..303393;;cca;;10;;10;;;;; ;303404..303480;;cac;;16;;16;;;;; ;303497..303573;;aga;;61;;61;;;;; ;303635..303719;;cta;;96;;96;;;;; ;303816..303892;;atgf;;70;70;;;;70;; ;303963..304103;;cds;;;;;;47;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;316375..317343;;cds;;110;110;;;323;;glycine betaine/L-proline ABC transporter substrate-binding protein ProX";* ;317454..317530;;atgf;;109;109;;;;109;; ;317640..318416;;cds;;;;;;259;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;373519..375741;;cds;;120;120;;;*741;;PAS domain-containing protein;* ;375862..375937;;ttc;;5;;5;;;;; ;375943..376027;;tac;;65;65;;;;65;; ;376093..376725;;cds;;;;;;211;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;597419..598486;;cds;;47;47;;;356;47;class II fructose-bisphosphate aldolase;* ;598534..598618;;ttg;;208;208;;;;;; ;598827..600107;;cds;;;;;;427;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; comp;751446..752990;;cds;@2;73;73;;;515;;cache domain-containing protein;* comp;753064..753140;;gac;+;16;;16;;;;; comp;753157..753232;;gta;2 gac gta gaa;3;;3;;;;; comp;753236..753310;;gaa;2 aaa;31;;31;;;;; comp;753342..753417;;aaa;;8;;8;;;;; comp;753426..753502;;gac;;22;;22;;;;; comp;753525..753600;;gta;;3;;3;;;;; comp;753604..753678;;gaa;;42;;42;;;;; comp;753721..753796;;aaa;;40;40;;;;40;; comp;753837..754343;;cds;;;;;;169;;CinA family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;833388..833978;;cds;;142;142;;;197;;LemA family protein;* comp;834121..834204;;ctc;;93;93;;;;93;; comp;834298..836409;;cds;;;;;;*704;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1445917..1449822;;cds;;93;93;;;*1302;93;hemolysin-type calcium-binding region;* ;1449916..1449991;;gaa;;270;270;;;;;; ;1450262..1450510;;cds;;;;;;83;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;1615201..1615542;;cds;;29;29;;;114;29;hp; ;1615572..1615647;;gtc;;99;99;;;;;; ;1615747..1616595;;cds;;;;;;283;;universal stress protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1703617..1703835;;cds;;1;1;;;73;1;hp; comp;1703837..1703913;;atgf;;12;;12;;;;; comp;1703926..1704000;;caa;;117;117;;;;;; ;1704118..1705149;;cds;;;;;;344;;bifunctional 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase/GTP cyclohydrolase II;* ;;;;;;;;;;;; comp;2221719..2222525;;cds;+;242;242;;;269;;hp; comp;2222768..2222842;;aac;2 aac;33;;33;;;;; comp;2222876..2222950;;aac;;72;72;;;;72;; comp;2223023..2223931;;cds;@3;;;;;303;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2282678..2283442;;cds;;349;349;;;255;;oxidoreductase;* comp;2283792..2283880;;tcc;;81;;81;;;;; comp;2283962..2284038;;gga;;39;;39;;;;; comp;2284078..2284154;;atgi;;15;;15;;;;; comp;2284170..2284259;;agc;;102;102;;;;102;; comp;2284362..2285048;;cds;;;;;;229;;orotidine-5'-phosphate decarboxylase;* ;;;;;;;;;;;; ;2323802..2324866;;cds;@4;12;12;;;355;12;methyltransferase domain-containing protein;* comp;2324879..2324954;;acc;;167;;;167;;;; comp;2325122..2325237;;5s;;202;;;;;;; comp;2325440..2328356;;23s;;300;;;300;;;; comp;2328657..2328732;;gca;;19;;19;;;;; comp;2328752..2328828;;atc;;111;;;111;;;; comp;2328940..2330456;;16s;;378;378;;;;;; comp;2330835..2331530;;cds;;;;;;232;;5'-methylthioadenosine/adenosylhomocysteine nucleosidase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2581821..2582840;;cds;;192;192;;;340;;UDP-glucose 4-epimerase GalE;* comp;2583033..2583108;;tgc;;45;;45;;;;; comp;2583154..2583242;;tca;;16;;16;;;;; comp;2583259..2583345;;tta;;143;143;;;;*143;; ;2583489..2585177;;cds;;;;;;563;;dihydroxy-acid dehydratase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2637277..2637459;;cds;;81;81;;;61;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2637541..2637616;;tgg;;31;31;;;;31;; comp;2637648..2637815;;cds;;;;;;56;;50S ribosomal protein L33;* ;;;;;;;;;;;; comp;2637824..2639032;;cds;;240;240;;;403;;elongation factor Tu;* comp;2639273..2639349;;gga;;8;;8;;;;; comp;2639358..2639442;;tac;;69;;69;;;;; comp;2639512..2639588;;aca;;21;;21;;;;; comp;2639610..2639685;;ttc;;41;41;;;;41;; comp;2639727..2640881;;cds;;;;;;385;;UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine—D-glutamate ligase;* ;;;;;;;;;;;; ;2656033..2656263;;cds;;231;231;;;77;*231;transcriptional antiterminator Rof;* comp;2656495..2656610;;5s;;223;;;;;;; comp;2656834..2659750;;23s;;301;;;301;;;; comp;2660052..2660127;;gca;;19;;19;;;;; comp;2660147..2660223;;atc;;111;;;111;;;; comp;2660335..2661851;;16s;;292;292;;;;;; comp;2662144..2662782;;cds;;;;;;213;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;2693436..2695451;;cds;;95;95;;;*672;;dynamin family protein;* ;2695547..2695621;;caa;;16;;16;;;;; ;2695638..2695724;;tta;;7;;7;;;;; ;2695732..2695808;;gga;;14;;14;;;;; ;2695823..2695898;;aaa;;16;;16;;;;; ;2695915..2695991;;atgf;;14;;14;;;;; ;2696006..2696082;;atgj;;12;;12;;;;; ;2696095..2696171;;aca;;30;;30;;;;; ;2696202..2696290;;tca;;90;90;;;;90;; ;2696381..2696893;;cds;;;;;;171;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;3082950..3083174;;cds;;143;143;;;75;*143;CcoQ/FixQ family Cbb3-type cytochrome c oxidase assembly chaperone;* comp;3083318..3083393;;acc;;173;;;173;;;; comp;3083567..3083682;;5s;;202;;;;;;; comp;3083885..3086801;;23s;;273;;;273;;;; comp;3087075..3087150;;gca;;19;;19;;;;; comp;3087170..3087246;;atc;;111;;;111;;;; comp;3087358..3088874;;16s;;462;*462;;;;;; ;3089337..3090032;;cds;;;;;;232;;Bax inhibitor-1/YccA family protein;* </pre> ====ant cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_cumuls|ant cumuls]] *Notes: * pour les jaunes <pre> ant cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;4;1;0;;1;1;1;1;100;8 ;16 23 5s 0;;20;21;;50;6;20;1;200;5 ;16 atc gca;4;40;6;;100;11;40;3;300;12 ;16 23 5s a;;60;2;;150;8;60;2;400;7 ;max a;3;80;2;;200;2;80;4;500;2 ;a doubles;;100;2;;250;4;100;3;600;2 ;autres;;120;;4;300;2;120;2;700;*1 ;total aas;10;140;;0;350;2;140;0;800;*2 sans ;opérons;16;160;;0;400;2;160;*2;900;0 ;1 aa;7;180;;2;450;*1;180;0;1000;0 ;max a;8;200;;0;500;*1;200;0;1100;0 ;a doubles;2;;;4;;0;;*2;;*1 ;total aas;45;;33;10;;40;;20;;40 total aas;;55;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;25;196;;155;;89;;301 ;;;variance;22;88;;121;;73;;240 sans jaune;;;moyenne;;;;139;;60;;239 ;;;variance;;;;102;;33;;132 </pre> ====ant blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_blocs|ant blocs]] <pre> Blocs 16s ant;;;;;;;; cds;143;12;;cds;231;;cds;305 acc;173;167;;5s;223;;16s;111 5s;202;202;;23s;301;;atc;19 23s;273;300;;gca;19;;gca;301 gca;19;19;;atc;111;;23s;202 atc;111;111;;16s;292;;5s;354 16s;462;378;;cds;;;cds; cds;;;;;;;; </pre> ====ant remarques==== ====ant distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_distribution|ant distribution]] *Notes: atgf gaa ont chacun un 1aa le reste >1aa. aac est un double. <pre> distribution;ant;;;;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;4;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;38;7;;2;;8;55 ;;;;;;; ;;;;;;; distribution;ant;;;;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;4;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total ;24;;28;;3;;55 </pre> ====ant données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_données_intercalaires|ant données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ant;fx;fc;ant;fx40;fc40;ant;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;9;56;0;9;56;-1;0;164;66;155;CDS 16s;;;tRNA tRNA;; 1;0;10;82;479;1;11;109;-2;0;0;447;1;305;462;;10;;cca 1;0;20;52;230;2;16;54;-3;0;0;70;117;378;;;16;;cac ;1;30;35;74;3;3;56;-4;40;221;110;12;292;;;61;;aga ;2;40;17;53;4;7;24;-5;0;2;109;143;23s 5s;;;96;;cta ;2;50;15;63;5;11;22;-6;7;0;120;143;3* 202;;;**;;atgf ;0;60;18;73;6;8;18;-7;0;12;65;;223;;;5;;ttc ;3;70;19;83;7;7;14;-8;5;98;47;;5s CDS;;;**;;tac ;2;80;20;83;8;4;46;-9;3;0;208;;-;354;;16;;gac ;2;90;35;77;9;6;88;-10;1;7;73;;-;231;;3;;gta ;4;100;24;54;10;9;48;-11;3;46;40;;16s tRNA;;;31;;gaa ;3;110;32;40;11;5;43;-12;3;1;142;;4* 111;;atc;8;;aaa 1;1;120;25;51;12;7;45;-13;0;9;93;;tRNA 23s;;;22;;gac ;0;130;27;35;13;8;31;-14;1;34;93;;2* 301;;gca;3;;gta ;0;140;26;31;14;7;15;-15;3;0;270;;300;;gca;42;;gaa 2;1;150;19;29;15;2;19;-16;1;0;29;;273;;gca;**;;aaa 1;0;160;32;21;16;2;19;-17;2;24;99;;5s tRNA;;;12;;atgf ;0;170;9;11;17;3;12;-18;0;0;242;;167;;acc;**;;caa ;0;180;8;22;18;4;22;-19;0;2;72;;173;;acc;33;;aac ;0;190;19;11;19;10;16;-20;1;19;349;;tRNA tRNA;;intra;**;;aac ;1;200;11;15;20;4;8;-21;1;0;102;;4* 19;;atc gca;81;;tcc ;1;210;11;9;21;6;16;-22;0;0;192;;;;;39;;gga ;0;220;9;9;22;4;7;-23;0;9;81;;;;;15;;atgi ;0;230;3;10;23;5;6;-24;1;0;31;;;;;**;;agc ;1;240;6;10;24;2;4;-25;0;2;240;;;;;45;;tgc ;1;250;5;4;25;4;4;-26;1;5;41;;;;;16;;tca ;0;260;8;5;26;2;10;-27;2;0;95;;;;;**;;tta ;1;270;7;2;27;3;5;-28;0;0;90;;;;;8;;gga ;0;280;2;7;28;2;4;-29;1;7;;;;;;69;;tac ;0;290;3;2;29;4;12;-30;0;0;;;;;;21;;aca ;0;300;9;3;30;3;6;-31;0;1;;;;;;**;;ttc ;0;310;4;1;31;3;8;-32;1;5;;;;;;16;;caa ;0;320;1;2;32;1;1;-33;0;0;;;;;;7;;tta ;0;330;3;4;33;2;8;-34;0;0;;;;;;14;;gga ;0;340;0;4;34;1;5;-35;1;2;;;;;;16;;aaa ;1;350;1;1;35;2;5;-36;0;0;;;;;;14;;atgf ;0;360;0;3;36;1;5;-37;0;0;;;;;;12;;atgj ;0;370;1;1;37;1;6;-38;1;3;;;;;;30;;aca ;0;380;1;0;38;2;4;-39;0;0;;;;;;**;;tca ;0;390;1;3;39;2;7;-40;0;0;;;;;;;; ;0;400;1;1;40;2;4;-41;1;0;;;;;;;; ;1;reste;21;30;reste;436;810;-42;0;0;;;;;;;; 6;28;total;631;1702;total;631;1702;-43;1;0;;;;;;;; 6;27;diagr;601;1616;diagr;186;836;-44;0;0;;;;;;;; 2;1; t30;169;783;;;;-45;0;0;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;; ;x;622;83;9;714;;;-49;1;0;;;;;;;; ;c;1646;679;56;2381;;;-50;0;0;;;;;;;; ;;;;;3095;95;;reste;1;6;;;;;;;; ;;;;;;3190;;total;83;679;;;;;;;; </pre> =====ant autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires_aas|ant autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;ant;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;167574;66;; ;tRNA;168501;447;;cga fin;CDS;169025;;; deb;CDS;237275;305;; 16s;rRNA;237928;111;; ;tRNA;239556;19;;atc ;tRNA;239652;301;;gca 23s;rRNA;240029;202;; 5s;rRNA;243148;354;; fin;CDS;243618;;comp; deb;CDS;302333;155;comp; ;tRNA;303316;10;;cca ;tRNA;303404;16;;cac ;tRNA;303497;61;;aga ;tRNA;303635;96;;cta ;tRNA;303816;70;;atgf fin;CDS;303963;;; deb;CDS;316375;110;; ;tRNA;317454;109;;atgf fin;CDS;317640;;; deb;CDS;373519;120;; ;tRNA;375862;5;;ttc ;tRNA;375943;65;;tac fin;CDS;376093;;; deb;CDS;597419;47;; ;tRNA;598534;208;;ttg fin;CDS;598827;;; deb;CDS;751446;73;comp; ;tRNA;753064;16;comp;gac ;tRNA;753157;3;comp;gta ;tRNA;753236;31;comp;gaa ;tRNA;753342;8;comp;aaa ;tRNA;753426;22;comp;gac ;tRNA;753525;3;comp;gta ;tRNA;753604;42;comp;gaa ;tRNA;753721;40;comp;aaa fin;CDS;753837;;comp; deb;CDS;833388;142;comp; ;tRNA;834121;93;comp;ctc fin;CDS;834298;;comp; deb;CDS;1445917;93;; ;tRNA;1449916;270;;gaa fin;CDS;1450262;;; deb;CDS;1615201;29;; ;tRNA;1615572;99;;gtc fin;CDS;1615747;;; deb;CDS;1703617;1;; ;tRNA;1703837;12;comp;atgf ;tRNA;1703926;117;comp;caa fin;CDS;1704118;;; deb;CDS;1907982;-5;; ;ncRNA;1908268;28;comp; fin;CDS;1908619;;comp; deb;CDS;2221719;242;comp; ;tRNA;2222768;33;comp;aac ;tRNA;2222876;72;comp;aac fin;CDS;2223023;;comp; deb;CDS;2282678;349;comp; ;tRNA;2283792;81;comp;tcc ;tRNA;2283962;39;comp;gga ;tRNA;2284078;15;comp;atgi ;tRNA;2284170;102;comp;agc fin;CDS;2284362;;comp; deb;CDS;2323802;12;; ;tRNA;2324879;167;comp;acc 5s;rRNA;2325122;202;comp; 23s;rRNA;2325440;300;comp; ;tRNA;2328657;19;comp;gca ;tRNA;2328752;111;comp;atc 16s;rRNA;2328940;378;comp; fin;CDS;2330835;;comp; deb;CDS;2425110;353;; ;tmRNA;2427398;181;comp; fin;CDS;2427974;;comp; deb;CDS;2581821;192;comp; ;tRNA;2583033;45;comp;tgc ;tRNA;2583154;16;comp;tca ;tRNA;2583259;143;comp;tta fin;CDS;2583489;;; deb;CDS;2637277;81;comp; ;tRNA;2637541;31;comp;tgg fin;CDS;2637648;;comp; deb;CDS;2637824;240;comp; ;tRNA;2639273;8;comp;gga ;tRNA;2639358;69;comp;tac ;tRNA;2639512;21;comp;aca ;tRNA;2639610;41;comp;ttc fin;CDS;2639727;;comp; deb;CDS;2656033;231;; 5s;rRNA;2656495;223;comp; 23s;rRNA;2656834;301;comp; ;tRNA;2660052;19;comp;gca ;tRNA;2660147;111;comp;atc 16s;rRNA;2660335;292;comp; fin;CDS;2662144;;comp; deb;CDS;2693436;95;; ;tRNA;2695547;16;;caa ;tRNA;2695638;7;;tta ;tRNA;2695732;14;;gga ;tRNA;2695823;16;;aaa ;tRNA;2695915;14;;atgf ;tRNA;2696006;12;;atgj ;tRNA;2696095;30;;aca ;tRNA;2696202;90;;tca fin;CDS;2696381;;; deb;CDS;2739487;88;comp; ;Regulatory;2740208;48;comp; fin;CDS;2740399;;comp; deb;CDS;2825449;163;; ;repeat_region;2825927;233;; fin;CDS;2827303;;; deb;CDS;3082950;143;; ;tRNA;3083318;173;comp;acc 5s;rRNA;3083567;202;comp; 23s;rRNA;3083885;273;comp; ;tRNA;3087075;19;comp;gca ;tRNA;3087170;111;comp;atc 16s;rRNA;3087358;462;comp; fin;CDS;3089337;;; </pre> ====ant intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_entre_cds|ant intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> ant;5.2.21 Paris;;ant 24.9.20;;;;;;; ant;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5 ;'''négatif;762;24.6;'''négatif ;-8;9;-1 à -79;'''3 192 235;-1;762 ;'''zéro;65;2.1;;;;;'''intercals;0;65 ;'''1 à 200;2060;66.6;'''0 à 200;56;54;;'''192 251;5;313 ;'''201 à 370;150;4.8;'''201 à 370;258;43;;'''6.0%;10;248 ;'''371 à 600;33;1.1;'''371 à 600;470;68;;;15;182 ;'''601 à max;25;0.8;'''601 à 1028;769;128;;;20;100 ;'''total 3095;<201;93.3;'''total 3094;60;105;-79 à 1028;;25;58 adresse;intercalx;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;Cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;51 184238;1181;-1;762;-70;2;;0;65;35;36 2384649;1028;0;65;-60;1;;-1;°164;40;34 710835;984;1;°120;-50;4;;-2;0;45;33 982825;947;2;70;-40;3;;-3;0;50;45 3045330;924;3;59;-30;14;'''min à -1;-4;°261;55;47 1534263;916;4;31;-20;49;762;-5;2;60;44 2391806;863;5;°33;-10;137;24.6%;-6;7;65;60 269108;850;6;26;0;617;;-7;12;70;42 1454453;848;7;21;10;561;;-8;°103;75;54 1174364;789;8;50;20;282;;-9;3;80;49 1115863;783;9;°94;30;109;;-10;8;85;56 2054584;776;10;57;40;70;'''1 à 100;-11;°49;90;56 2920637;773;11;48;50;78;1586;-12;4;95;31 1754154;772;12;°52;60;91;51.2%;-13;9;100;47 997474;739;13;39;70;102;;-14;°35;105;38 1906747;712;14;22;80;103;;-15;3;110;34 1172194;702;15;°21;90;112;;-16;1;115;45 606029;672;16;21;100;78;;-17;°26;120;31 1071807;649;17;15;110;72;;-18;0;125;35 1204569;642;18;°26;120;76;;-19;2;130;27 792914;628;19;26;130;62;;-20;°20;135;33 2100174;625;20;12;140;57;;-21;1;140;24 949485;617;21;°22;150;48;;-22;0;145;24 2733159;613;22;11;160;53;;-23;°9;150;24 2042643;612;23;11;170;20;'''1 à 200;-24;1;155;21 2270147;596;24;6;180;30;2060;-25;2;160;32 3006396;587;25;8;190;30;66.6%;-26;°6;165;16 2176130;583;26;°12;200;26;;-27;2;170;4 27717;575;27;8;210;20;;-28;0;175;15 1024897;562;28;6;220;18;;-29;°8;180;15 715253;551;29;°16;230;13;;-30;0;185;15 2128182;532;30;9;240;16;;-31;1;190;15 1829788;526;31;°11;250;9;;-32;°6;195;14 1763296;520;32;2;260;13;'''0 à 200;;810;200;12 ;;33;°10;270;9;2125;reste;17;205;11 ;;34;6;280;9;;total;827;210;9 ;;35;7;290;5;;;;215;10 ;;36;6;300;12;;'''intercal;<u>'''frequencef;220;8 ;;37;7;310;5;;600;3070;225;5 ;;38;6;320;3;;620;3;230;8 ;;39;°9;330;7;;640;2;235;6 ;;40;6;340;4;'''201 à 370;660;2;240;10 ;;;1246;350;2;150;680;1;245;6 ;;;3095;360;3;4.8%;700;;250;3 ;;;;370;2;;720;2;255;7 ;;;;380;1;;740;1;260;6 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;4;;760;;265;5 3067823;-79;comp;;400;2;;780;3;270;4 2531271;-71;shift2;1430;410;3;;800;2;275;5 1382616;-65;shift2;248;420;1;;820;;280;4 1058996;-59;shift2;389;430;0;;840;;285;3 2237436;-56;shift2;872;440;0;;860;2;290;2 641645;-55;shift2;861;450;3;;880;1;295;5 1374304;-53;shift2;1223;460;4;;900;;300;7 3090072;-49;;;470;0;;920;1;305;1 542837;-43;;;480;1;;940;1;310;4 2236436;-41;;;490;1;;960;1;315;3 907463;-38;;;500;1;;980;;320;0 984116;-38;;;510;2;;1000;1;325;3 1476725;-38;;;520;2;;1020;;330;4 1904926;-38;;;530;1;;1040;1;335;3 1716281;-35;;;540;1;'''371 à 600;;24;340;1 2233985;-35;;;550;0;33;;;345;0 3184884;-35;;;560;1;1.1%;;;350;2 531215;-32;;;570;1;;;;355;2 642505;-32;;;580;1;'''601 à max;;;360;1 1843228;-32;;;590;2;25;;;365;1 2546649;-32;;;600;1;0.8%;;;370;1 2808157;-32;;;reste;25;;reste;1;reste;58 3127986;-32;;;total;3095;;total;3095;total;3095 </pre> ====ant intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ant;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-25;209;-664;88;680;279;min40;-135;1021;-2424;183;664;252;min40 31 à 400;60;-400;637;9.8;785;222;2 parties;4.8;28;-332;62;888;-194;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;183;63;-;609;poly;70;SF;262;79;-;358;poly;306;SF 31 à 400;132;48;-;673;poly;112;tF;130;43;-;746;poly;142;tF ;;;;;;;;;;;;;; ant. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;0.038;0.255;0.669;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.575;;;;; ;0.730;0.271;0.538;;;;;;;;;;;; ;0.876;0.892;0.886;;;;;;;;;;;; ant;fx;fc;;ant;fx%;fc%;;fre;fx40;fc40;;x;ant;comp’;continu 0;9;56;;0;15;35;;0;9;56;>0;622;-1;0;164 10;82;479;;10;136;296;;1;11;109;<0;83;-2;0;0 20;52;230;;20;87;142;;2;16;54;zéro;9;-3;0;0 30;35;74;;30;58;46;;3;3;56;total;714;-4;40;221 40;17;53;;40;28;33;;4;7;24;;c;-5;0;2 50;15;63;;50;25;39;;5;11;22;>0;1646;-6;7;0 60;18;73;;60;30;45;;6;8;18;<0;679;-7;0;12 70;19;83;;70;32;51;;7;7;14;zéro;56;-8;5;98 80;20;83;;80;33;51;;8;4;46;total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reste;21;30;;;;;;reste;436;810;;;-42;0;0 total;631;1702;;t30;281;485;;total;631;1702;;;-43;1;0 diagr;601;1616;;t60;364;601;;diagr;186;836;;;-44;0;0 - t30;432;833;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;382;644;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;;total;83;679 </pre> ====ant intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_négatifs_S-|ant intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;; comp’;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83;1 continu;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679;6 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total Sx-;;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83 Sc-;;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679 </pre> ====ant autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires|ant autres intercalaires]] <pre> ant;autres intercalaires;;adresses1;;;ant;autres intercalaires;;adresses2;;;ant;autres intercalaires;;adresses3; deb;°CDS;167574;66;;;deb;°CDS;1445917;93;;;deb;°CDS;2637277;81;comp ;&tRNA;168501;447;;;;&tRNA;1449916;270;;;;&tRNA;2637541;31;comp fin;°CDS;169025;;;;fin;°CDS;1450262;;;;fin;°CDS;2637648;;comp deb;°CDS;237275;305;;;deb;°CDS;1615201;29;;;deb;°CDS;2637824;240;comp ;$rRNA;237928;111;;;;&tRNA;1615572;99;;;;&tRNA;2639273;8;comp ;&tRNA;239556;19;;;fin;°CDS;1615747;;;;;&tRNA;2639358;69;comp ;&tRNA;239652;301;;;deb;°CDS;1703617;1;;;;&tRNA;2639512;21;comp ;$rRNA;240029;202;;;;&tRNA;1703837;12;comp;;;&tRNA;2639610;41;comp ;$rRNA;243148;354;;;;&tRNA;1703926;117;comp;;fin;°CDS;2639727;;comp fin;°CDS;243618;;comp;;fin;°CDS;1704118;;;;deb;°CDS;2656033;231; deb;°CDS;302333;155;comp;;deb;°CDS;1907982;-5;;;;$rRNA;2656495;223;comp ;&tRNA;303316;10;;;;ncRNA;1908268;28;comp;;;$rRNA;2656834;301;comp ;&tRNA;303404;16;;;fin;°CDS;1908619;;comp;;;&tRNA;2660052;19;comp ;&tRNA;303497;61;;;deb;°CDS;2221719;242;comp;;;&tRNA;2660147;111;comp ;&tRNA;303635;96;;;;&tRNA;2222768;33;comp;;;$rRNA;2660335;292;comp ;&tRNA;303816;70;;;;&tRNA;2222876;72;comp;;fin;°CDS;2662144;;comp fin;°CDS;303963;;;;fin;°CDS;2223023;;comp;;deb;°CDS;2693436;95; deb;°CDS;316375;110;;;deb;°CDS;2282678;349;comp;;;&tRNA;2695547;16; ;&tRNA;317454;109;;;;&tRNA;2283792;81;comp;;;&tRNA;2695638;7; fin;°CDS;317640;;;;;&tRNA;2283962;39;comp;;;&tRNA;2695732;14; deb;°CDS;373519;120;;;;&tRNA;2284078;15;comp;;;&tRNA;2695823;16; ;&tRNA;375862;5;;;;&tRNA;2284170;102;comp;;;&tRNA;2695915;14; ;&tRNA;375943;65;;;fin;°CDS;2284362;;comp;;;&tRNA;2696006;12; fin;°CDS;376093;;;;deb;°CDS;2323802;12;;;;&tRNA;2696095;30; deb;°CDS;597419;47;;;;&tRNA;2324879;167;comp;;;&tRNA;2696202;90; ;&tRNA;598534;208;;;;$rRNA;2325122;202;comp;;fin;°CDS;2696381;; fin;°CDS;598827;;;;;$rRNA;2325440;300;comp;;deb;°CDS;2739487;88;comp deb;°CDS;751446;73;comp;;;&tRNA;2328657;19;comp;;;Regulatory;2740208;48;comp ;&tRNA;753064;16;comp;;;&tRNA;2328752;111;comp;;fin;°CDS;2740399;;comp ;&tRNA;753157;3;comp;;;$rRNA;2328940;378;comp;;deb;°CDS;2825449;163; ;&tRNA;753236;31;comp;;fin;°CDS;2330835;;comp;;;repeat_region;2825927;233; ;&tRNA;753342;8;comp;;deb;°CDS;2425110;353;;;fin;°CDS;2827303;; ;&tRNA;753426;22;comp;;;tmRNA;2427398;181;comp;;deb;°CDS;3082950;143; ;&tRNA;753525;3;comp;;fin;°CDS;2427974;;comp;;;&tRNA;3083318;173;comp ;&tRNA;753604;42;comp;;deb;°CDS;2581821;192;comp;;;$rRNA;3083567;202;comp ;&tRNA;753721;40;comp;;;&tRNA;2583033;45;comp;;;$rRNA;3083885;273;comp fin;°CDS;753837;;comp;;;&tRNA;2583154;16;comp;;;&tRNA;3087075;19;comp deb;°CDS;833388;142;comp;;;&tRNA;2583259;143;comp;;;&tRNA;3087170;111;comp ;&tRNA;834121;93;comp;;fin;°CDS;2583489;;;;;$rRNA;3087358;462;comp fin;°CDS;834298;;comp;;;;;;;;fin;°CDS;3089337;; </pre> ====ant intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_tRNA|ant intercalaires tRNA]] <pre> ant ;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;66;;447;;29;31;'''deb; ;10 16 61 96;comp’;155;;70;;47;40;<201;11 ;;;110;;109;;66;41;total;14 ;5;;120;;65;;73;65;taux;79% ;;;47;;208;;81;70;'''fin; ;16 3 31 8 22 3 42;;73;;40;;93;73;<201;12 ;;;142;;93;;95;90;total;15 ;;;93;;270;;110;93;taux;80% ;;;29;;99;;120;99;'''total; ;12;comp’;1;;117;;142;102;<201;23 ;33;;242;;73;;192;109;total;29 ;81 39 15;;349;;102;;240;117;taux;79% ;;comp’;12;;;;242;208;; ;45 16;;192;comp’;143;;349;270;; ;;;81;;31;;'''-;447;'''comp’;'''cumuls ;8 69 21;;240;;41;;1;143;'''deb;100% ;16 7 14 16 14 12 30;;95;;90;;12;-;'''fin;100% ;;comp’;143;;;;143;-;'''total;100% ;;;;;;;155;-;; ;;;;;;;;;; comp’+continu;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;15;13;28;;;;;;; total;18;16;34;;;;;;; %;83%;81%;82%;;;;;;; </pre> ====ant par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_par_rapport_au_groupe_de_référence|ant par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;ant;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;3;;;;;;3; 16;moyen;2;12;;;2;8;24; 14;fort;2;24;2;;;;28; ; ;7;36;2;0;2;8;55; 10;g+cga;1;;;;;;1; 2;agg+cgg;;;;;;;0; 4;carre ccc;2;;;;;;2; 5;autres;;;;;;;0; ;;3;0;0;0;0;0;3; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;55;;;;;;55;26 16;moyen;36;218;0;;36;145;436;324 14;fort;36;436;36;;;;509;650 ;;127;655;36;0;36;145;55;729 10;g+cga;18;;;;;;18;10 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;36;;;;;;36;16 5;autres;;;;;;;; ;;55;0;0;0;0;0;55; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;67;;;67;26;;0; 16;moyen;44;267;;311;324;;33; 14;fort;44;533;44;622;650;;67; ;;156;800;44;45;729;;36; 10;g+cga;22;;;22;10;;; 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;44;;;44;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;67;;;67;;;; </pre> ====epsilon, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#epsilon,_estimation_des_-rRNAs|epsilon, estimation des -rRNAs]] <pre> epsilon;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 40 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;40;187; ; ;;indices;;;;40;468;0;0;;epsi1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;45 atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;3;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;80;acc;3;aac;3;agc;;;atc;200;acc;8;aac;8;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;89;gaa;;gga;;;gta;5;gca;223;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;3 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;172;;13;;2;187;;;;430;;33;;5;468;;;;14;;28;;3;45 11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;161;6531;0;0;;indices;;;;161;6531;0;0;;epsi1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4500 atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;104;;atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;106;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;400 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;95;;ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;200;tcc;100;tac;200;tgc;100 atc;-9;acc;92;aac;105;agc;101;;atc;191;acc;99;aac;112;agc;101;;atc;;acc;;aac;200;agc;100 ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt; gtc;98;gcc;95;gac;134;ggc;140;;gtc;98;gcc;95;gac;139;ggc;140;;gtc;100;gcc;;gac;200;ggc; tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;200;tca;200;taa;;tga; ata;0.0;aca;108;aaa;143;aga;124;;ata;;aca;108;aaa;150;aga;124;;ata;;aca;200;aaa;300;aga;100 cta;101;cca;99;caa;109;cga;100;;cta;101;cca;101;caa;109;cga;100;;cta;100;cca;200;caa;100;cga;100 gta;134;gca;-24;gaa;173;gga;111;;gta;139;gca;199;gaa;173;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;300;gga;300 ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;100 atgj;98;acg;1.9;aag;6.5;agg;96;;atgj;98;acg;1.9;aag;9.0;agg;96;;atgj;100;acg;;aag;;agg; ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;23;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;25;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1287;;1663;;641;3591;;;;1717;;1695;;646;4058;;;;1400;;2800;;300;4500 rapports;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;epsi1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;98;;fiches;39.7;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;74 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1588;;;0/0;4;cgt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;avec;188;;;10;13;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;40;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;0;;;;ttc;47;tcc;3;tac;49;tgc;1 atc;-5;acc;92;aac;93;agc;100;;epsi1;45;;;40;2;;;;atc;100;acc;100;aac;48;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;45;;;50;7;23;;;ctc;1;ccc;100;cac;0;cgt; gtc;100;gcc;100;gac;96;ggc;100;;avec;10;;;60;2;;;;gtc;2;gcc;100;gac;33;ggc;100 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;48;tca;50;taa;;tga;100 ata;;aca;100;aaa;95;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;;aca;46;aaa;53;aga;19 cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par epsilon;;;;90;0;;;;cta;1;cca;51;caa;8;cga;0 gta;96;gca;-12;gaa;100;gga;100;;est 13% au dessu;;;;100;18;;;;gta;33;gca;100;gaa;42;gga;63 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;;tgg;0 atgj;100;acg;100;aag;72;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;2;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;;gcg;;gag;90;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100 ;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;127;;546;;3;676 </pre> ===pub=== ====pub opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_opérons|pub opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Cand_Pela_ubique_HTCC1062/candPela_UBIQUE_HTCC1062-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007205.1;ant;génome;;;;;;;;;; 29.2%GC;30.1.21 Paris;16s 1;31;;;;;;;cds dirigé;; Pelagibacter ubique;;;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; ;41060..41653;;cds;;20;20;;;198;;ABC transporter substrate-binding protein;* comp;41674..41750;;atgi;;66;;66;;;;; comp;41817..41891;;gtc;;8;8;;;;8;; comp;41900..43723;;cds;;;;;;*608;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;; comp;114873..116147;;cds;;3;3;;;425;3;CCA tRNA nucleotidyltransferase;* comp;116151..116224;;caa;;32;32;;;;;; comp;116257..117102;;cds;;;;;;282;;4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol kinase;* ;;;;;;;;;;;; comp;319204..319548;;cds;;22;22;;;115;22;4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase;* comp;319571..319645;;ggc;;97;97;;;;;; ;319743..320384;;cds;;;;;;214;;LON peptidase substrate-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;407852..408448;;cds;;68;68;;;199;;DedA family protein;* ;408517..408601;;ttg;;7;7;;;;7;; ;408609..410315;;cds;;;;;;*569;;AMP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;414886..415407;;cds;;26;26;;;174;26;PaaI family thioesterase;* comp;415434..415510;;cgt;;75;75;;;;;; ;415586..416773;;cds;;;;;;396;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;438405..440213;;cds;;2;2;;;*603;2;elongation factor 4;* ;440216..440305;;tcc;;5;5;;;;5;; comp;440311..441081;;cds;;;;;;257;;FkbM family methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;461643..462362;;cds;;2;2;;;240;2;VTT domain-containing protein;* comp;462365..462438;;acc;;101;101;;;;;; ;462540..462737;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;; ;466335..466550;;cds;;5;5;;;72;5;translation initiation factor IF-1;* ;466556..466631;;ttc;;88;88;;;;;; ;466720..466932;;cds;;235;235;;;71;;cold-shock protein;* ;467168..467242;;cac;;5;5;;;;5;; ;467248..468645;;cds;;;;;;466;;histidine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; comp;509729..511027;;cds;;330;*330;;;433;*330;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;511358..512832;;16s;@1;98;;;;;;; ;512931..513007;;atc;;9;;;9;;;; ;513017..513092;;gca;;149;;;;;;; ;513242..515995;;23s;;446;*446;;;;;; ;516442..516975;;cds;;46625;;;;178;;WbuC family cupin fold metalloprotein;* ;;;;;;;;;;;; ;563601..564479;;cds;;52;52;;;293;;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;* ;564532..564646;;5s;;13;13;;;;13;; ;564660..564785;;cds;;;;;;42;;type B 50S ribosomal protein L36;* ;;;;;;;;;;;; ;567715..568413;;cds;;18;18;;;233;;transaldolase;* comp;568432..568508;;atgf;;6;6;;;;6;; comp;568515..568709;;cds;;;;;;65;;30S ribosomal protein S21;* ;;;;;;;;;;;; comp;593396..594376;;cds;;23;23;;;327;;RluA family pseudouridine synthase;* ;594400..594476;;cga;@2;16;16;;;;16;; comp;594493..595425;;cds;;;;;;311;;threonylcarbamoyl-AMP synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;842772..843023;;cds;;101;101;;;84;;DUF1289 domain-containing protein;* ;843125..843209;;cta;;16;16;;;;16;; ;843226..844659;;cds;;;;;;478;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;; ;846722..849106;;cds;;49;49;;;*795;49;endopeptidase La;* ;849156..849231;;gta;;13;;13;;;;; ;849245..849321;;gac;;88;88;;;;;; ;849410..849778;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;; ;934654..936063;;cds;;31;31;;;470;31;potassium transporter Trk;* ;936095..936171;;aga;;170;170;;;;;; ;936342..937382;;cds;;;;;;347;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; ;941232..942389;;cds;;19;19;;;386;19;hp;* comp;942409..942484;;aac;;52;;52;;;;; comp;942537..942610;;tgc;;128;128;;;;;; ;942739..945366;;cds;;;;;;*876;;valine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; ;970015..971127;;cds;;200;200;;;371;;tRNA guanosine(34) transglycosylase Tgt;* ;971328..971403;;aaa;;20;20;;;;20;; comp;971424..972251;;cds;;;;;;276;;M48 family metallopeptidase;* ;;;;;;;;;;;; ;975062..975328;;cds;;0;0;;;89;0;succinate dehydrogenase assembly factor 2;* comp;975329..975418;;tca;;92;92;;;;;; ;975511..976392;;cds;;;;;;294;;EamA family transporter RarD;* ;;;;;;;;;;;; comp;985615..986127;;cds;;93;93;;;171;;zinc-ribbon domain-containing protein;* ;986221..986297;;cca;;4;4;;;;4;; ;986302..986583;;cds;;;;;;94;;ETC complex I subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;988522..990216;;cds;;50;50;;;*565;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;990267..990341;;gaa;;23;23;;;;23;; ;990365..990598;;cds;;;;;;78;;GIY-YIG nuclease family protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1029539..1031752;;cds;;0;0;;;*738;0;lytic transglycosylase domain-containing protein;* comp;1031753..1031844;;agc;;68;68;;;;;; ;1031913..1033166;;cds;;;;;;418;;sarcosine oxidase subunit beta family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1085222..1085413;;cds;;19;19;;;64;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;1085433..1085508;;tgg;;7;7;;;;7;; comp;1085516..1086706;;cds;;47;47;;;397;47;elongation factor Tu;* comp;1086754..1086827;;gga;;46;;46;;;;; comp;1086874..1086959;;tac;;131;131;;;;;; ;1087091..1087834;;cds;;33;33;;;248;33;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;1087868..1087943;;aca;;4;4;;;;4;; comp;1087948..1088727;;cds;;4;4;;;260;4;NAD kinase;* comp;1088732..1088816;;tta;;79;79;;;;;; comp;1088896..1089312;;cds;;;;;;139;;Gamma-glutamylcyclotransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;1165696..1166454;;cds;;141;141;;;253;;pilin;* comp;1166596..1166672;;atgj;;64;64;;;;64;; comp;1166737..1166964;;cds;;;;;;76;;hp;* </pre> ====pub cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_cumuls|pub cumuls]] <pre> pub cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;2;100;11 ;16 atcgca 23;1;20;1;1;50;31;20;18;200;8 ;16 atc23s5s;;40;;;100;11;40;5;300;11 ;16gca23s5s;;60;2;;150;5;60;2;400;7 ;max a;2;80;1;;200;2;80;1;500;6 ;a doubles;;100;;;250;1;100;;600;2 ;autres;;120;;;300;;120;;700;2 ;total aas;2;140;;;350;1;140;;800;2 sans ;opérons;25;160;;;400;;160;;900;1 ;1 aa;21;180;;;450;1;180;;1000; ;max a;2;200;;;500;;200;;1100; ;a doubles;0;;;;;;;1;; ;total aas;29;;4;1;;54;;29;;50 total aas;;31;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;44;9;;63;;27;;299 ;;;variance;22;0;;85;;61;;203 sans jaune;;;moyenne;;;;50;;16;;237 ;;;variance;;;;55;;16;;134 </pre> ====pub blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_blocs|pub blocs]] <pre> Blocs 16s pub;;;; cds;330;433;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* 16s;98;1475;; atc;9;77;; gca;149;76;; 23s;446;2754;; cds;46625;178;WbuC family cupin fold metalloprotein;* ;;;; cds;52;293;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;* 5s;13;115;; cds;;42;type B 50S ribosomal protein L36;* </pre> ====pub distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_distribution|pub distribution]] <pre> distribution;pub;;;;;;31 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;8;21;;;;2;31 ;;1aa;1;11;9;; ;;>1aa;1;2;5;; distribution;scc;;min;inter;max;;29 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total ;13;;14;;2;;29 </pre> ====pub données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_données_intercalaires|pub données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;pub;fx;fc;pub;fx40;fc40;pub;x-;c-;c;x;c;x;aa 2;0;0;13;58;0;13;58;-1;0;152;8;20;CDS 16s;; 3;10;10;39;256;1;4;52;-2;3;0;3;97;;330; 5;2;20;15;51;2;11;58;-3;0;0;32;68;23s CDS;; 1;3;30;15;30;3;6;37;-4;44;79;22;75;446;; ;3;40;19;30;4;5;25;-5;0;1;7;5;5s CDS;; ;3;50;17;32;5;4;26;-6;2;0;26;2;52;; ;0;60;19;29;6;2;13;-7;1;2;2;101;13;; 2;1;70;10;18;7;3;12;-8;14;42;5;18;16s tRNA;; 1;1;80;15;15;8;2;13;-9;7;0;88;23;98;; ;2;90;6;18;9;2;12;-10;0;2;235;16;tRNA 23s;; 3;0;100;7;9;10;0;8;-11;5;30;5;101;149;; 2;0;110;5;7;11;3;5;-12;4;0;6;19;tRNA tRNA;;intra ;0;120;9;8;12;0;7;-13;1;2;16;128;9;;atc gca 1;0;130;7;6;13;0;6;-14;2;18;49;20;tRNA tRNA;; 1;0;140;4;6;14;2;10;-15;0;0;88;0;66;;atgi 1;0;150;3;3;15;0;2;-16;0;2;31;92;**;;gtc ;0;160;6;1;16;2;3;-17;1;9;170;93;13;;gta ;1;170;3;2;17;3;3;-18;2;0;200;0;**;;gac ;0;180;2;3;18;2;6;-19;0;1;4;68;52;;aac ;0;190;1;6;19;0;4;-20;3;10;50;131;**;;tgc ;1;200;4;1;20;3;5;-21;0;0;23;4;46;;gga ;0;210;1;1;21;5;4;-22;0;1;19;141;**;;tac ;0;220;2;1;22;1;4;-23;1;5;7;;;; ;0;230;1;2;23;0;3;-24;3;0;47;;;; ;1;240;1;0;24;3;5;-25;0;1;33;;;; ;0;250;0;1;25;2;2;-26;0;3;4;;;; ;0;260;1;0;26;0;3;-27;0;0;79;;;; ;0;270;1;0;27;2;2;-28;0;1;64;;;; ;0;280;0;1;28;2;2;-29;0;1;;;;; ;0;290;1;0;29;0;3;-30;1;0;;;;; ;0;300;0;0;30;0;2;-31;0;1;;;;; ;0;310;1;0;31;0;3;-32;0;1;;;;; ;0;320;0;2;32;3;5;-33;0;0;;;;; ;0;330;0;0;33;4;1;-34;0;1;;;;; ;0;340;1;0;34;0;2;-35;0;2;;;;; ;0;350;0;0;35;4;4;-36;0;0;;;;; ;0;360;1;0;36;3;4;-37;0;0;;;;; ;0;370;0;0;37;2;3;-38;0;2;;;;; ;0;380;0;0;38;1;1;-39;0;0;;;;; ;0;390;0;0;39;2;4;-40;0;0;;;;; ;0;400;0;0;40;0;3;-41;0;2;;;;; ;0;reste;4;4;reste;135;175;-42;0;0;;;;; 22;28;total;234;601;total;236;600;-43;1;0;;;;; 20;28;diagr;217;539;diagr;88;367;-44;0;1;;;;; 9;15; t30;69;337;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;221;95;13;329;;;-49;0;0;;;;; ;c;543;377;58;978;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1307;79;;reste;0;3;;;;; ;;;;;;1386;;total;95;377;;;;; </pre> =====pub autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires_aas|pub autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pub;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;9267;10214;4;*; ;;tmRNA;10219;10520;-2;*; fin;comp;CDS;10519;10890;;0; deb;comp;CDS;38328;38795;255;*; ;comp;ncRNA;39051;39405;42;*; fin;comp;CDS;39448;40191;;; deb;;CDS;41060;41653;20;*; ;comp;tRNA;41674;41750;66;*;atgi ;comp;tRNA;41817;41891;8;*;gtc fin;comp;CDS;41900;43723;;; deb;comp;CDS;114873;116147;3;*; ;comp;tRNA;116151;116224;32;*;caa fin;comp;CDS;116257;117102;;0; deb;comp;CDS;319204;319548;22;*; ;comp;tRNA;319571;319645;97;*;ggc fin;;CDS;319743;320384;;0; deb;comp;CDS;407852;408448;68;*; ;;tRNA;408517;408601;7;*;ttg fin;;CDS;408609;410315;;; deb;comp;CDS;414886;415407;26;*; ;comp;tRNA;415434;415510;75;*;cgt fin;;CDS;415586;416773;;; deb;;CDS;438405;440213;2;*; ;;tRNA;440216;440305;5;*;tcc fin;comp;CDS;440311;441081;;; deb;;CDS;461643;462362;2;*; ;comp;tRNA;462365;462438;101;*;acc fin;;CDS;462540;462737;;; deb;;CDS;466335;466550;5;*; ;;tRNA;466556;466631;88;*;ttc deb;;CDS;466720;466932;235;*; ;;tRNA;467168;467242;5;*;cac fin;;CDS;467248;468645;;; deb;comp;CDS;496262;498457;70;*; ;comp;regulatory;498528;498615;91;*; fin;;CDS;498707;499813;;1; deb;comp;CDS;509729;511027;330;*; ;;rRNA;511358;512832;98;*;1475 ;;tRNA;512931;513007;9;*;atc ;;tRNA;513017;513092;149;*;gca ;;rRNA;513242;515995;446;*;2754 fin;;CDS;516442;516975;;; deb;;CDS;563601;564479;52;*; ;;rRNA;564532;564646;13;*;115 fin;;CDS;564660;564785;;; deb;;CDS;567715;568413;18;*; ;comp;tRNA;568432;568508;6;*;atgf fin;comp;CDS;568515;568709;;; deb;comp;CDS;593396;594376;23;*; ;;tRNA;594400;594476;16;*;cga fin;comp;CDS;594493;595425;;; deb;;CDS;648881;649762;24;*; ;;regulatory;649787;649876;77;*; fin;;CDS;649954;651060;;; deb;comp;CDS;731869;732777;9;*; ;comp;regulatory;732787;732850;88;*; fin;comp;CDS;732939;733529;;0; deb;;CDS;785951;786466;32;*; ;;regulatory;786499;786587;-13;*; fin;;CDS;786575;788023;;; deb;comp;CDS;842772;843023;101;*; ;;tRNA;843125;843209;16;*;cta fin;;CDS;843226;844659;;; deb;;CDS;846722;849106;49;*; ;;tRNA;849156;849231;13;*;gta ;;tRNA;849245;849321;88;*;gac fin;;CDS;849410;849778;;; deb;;CDS;934654;936063;31;*; ;;tRNA;936095;936171;170;*;aga fin;;CDS;936342;937382;;; deb;;CDS;941232;942389;19;*; ;comp;tRNA;942409;942484;52;*;aac ;comp;tRNA;942537;942610;128;*;tgc fin;;CDS;942739;945366;;; deb;;CDS;970015;971127;200;*; ;;tRNA;971328;971403;20;*;aaa fin;comp;CDS;971424;972251;;0; deb;;CDS;975062;975328;0;*; ;comp;tRNA;975329;975418;92;*;tca fin;;CDS;975511;976392;;; deb;comp;CDS;985615;986127;93;*; ;;tRNA;986221;986297;4;*;cca fin;;CDS;986302;986583;;; deb;;CDS;988522;990216;50;*; ;;tRNA;990267;990341;23;*;gaa fin;;CDS;990365;990598;;; deb;comp;CDS;1005217;1005678;139;*; ;;regulatory;1005818;1005886;4;*; fin;;CDS;1005891;1007219;;1; deb;;CDS;1029539;1031752;0;*; ;comp;tRNA;1031753;1031844;68;*;agc fin;;CDS;1031913;1033166;;; deb;comp;CDS;1085222;1085413;19;*; ;comp;tRNA;1085433;1085508;7;*;tgg deb;comp;CDS;1085516;1086706;47;*; ;comp;tRNA;1086754;1086827;46;*;gga ;comp;tRNA;1086874;1086959;131;*;tac deb;;CDS;1087091;1087834;33;*; ;;tRNA;1087868;1087943;4;*;aca deb;comp;CDS;1087948;1088727;4;*; ;comp;tRNA;1088732;1088816;79;*;tta fin;comp;CDS;1088896;1089312;;1; deb;comp;CDS;1125607;1126158;4;*; ;comp;regulatory;1126163;1126227;3;*; deb;comp;CDS;1126231;1127292;66;*; ;comp;regulatory;1127359;1127423;295;*; fin;comp;CDS;1127719;1127925;;; deb;;CDS;1165696;1166454;141;*; ;comp;tRNA;1166596;1166672;64;*;atgj fin;comp;CDS;1166737;1166964;;; </pre> ====pub intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_entre_cds|pub intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> 28.1.21 paris;24.1.21;1380;pilM ;Pseudo : incomplete, partial in the middle of a contig, missing N-terminus;;;;;; pub;intercalaires;total;%;intercalaires;;;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5 ;'''négatif;473;36.2;'''négatif ;-8;9;-65 à -1;'''1 308 759;-1;473 ;'''zéro;71;5.4;;;;;'''intercals;0;71 ;'''1 à 200;736;56.3;'''0 à 200;37;45;;'''39 179;5;228 ;'''201 à 370;19;1.5;'''201 à 370;260;47;;'''3.0%;10;67 ;'''371 à 600;7;0.5;'''371 à 600;475;70;;;15;35 ;'''601 à max;1;0.1;'''601 et +;-;;;;20;31 ;'''total 1307;<201;97.9;'''total 1306;26;61;-65 à 596;;25;29 adresse;intercalx;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;16 73227;1380;-1;473;-70;0;;0;71;35;26 999551;596;0;71;-60;1;;-1;°152;40;23 1162229;549;1;56;-50;2;;-2;3;45;33 537246;464;2;°69;-40;6;'''-65 à -1;-3;0;50;16 1119848;445;3;43;-30;8;473;-4;°123;55;23 1180952;435;4;30;-20;29;36%;-5;2;60;25 193367;434;5;°30;-10;79;;-6;2;65;15 398173;403;6;15;0;419;;-7;3;70;13 408609;356;7;15;10;295;;-8;°56;75;17 762333;335;8;°15;20;66;;-9;7;80;12 1122717;318;9;14;30;45;'''1 à 100;-10;2;85;10 338267;317;10;8;40;49;649;-11;°35;90;14 997872;304;11;°8;50;49;49.7%;-12;4;95;7 334628;284;12;7;60;48;;-13;3;100;9 675167;279;13;6;70;28;;-14;°20;105;8 1135181;268;14;°12;80;29;;-15;0;110;4 627169;255;15;2;90;24;;-16;2;115;9 1118568;248;16;5;100;16;;-17;°10;120;8 79392;239;17;6;110;12;'''1 à 200;-18;2;125;7 807867;230;18;°8;120;17;736;-19;1;130;6 58997;223;19;4;130;13;56.3%;-20;°13;135;5 1152723;221;20;8;140;10;;-21;0;140;5 761553;219;21;°9;150;6;;-22;1;145;1 782276;217;22;5;160;7;;-23;°6;150;5 612190;216;23;3;170;5;;-24;3;155;2 351261;209;24;°8;180;5;;-25;1;160;5 838936;201;25;4;190;7;'''0 à 200;-26;°3;165;3 744621;200;26;3;200;5;807;-27;0;170;2 166432;195;27;°4;210;2;;-28;1;175;4 625822;195;28;4;220;3;;-29;1;180;1 164576;191;29;3;230;3;;-30;1;185;6 217060;191;30;2;240;1;;-31;1;190;1 1163621;188;31;3;250;1;;-32;1;195;4 798049;185;32;°8;260;1;;;530;200;1 422106;184;33;5;270;1;;reste;14;205;1 288782;182;34;2;280;1;'''201 à 370;total;544;210;1 560488;182;35;°8;290;1;19;;;215;0 262705;181;36;7;300;0;1.5%;;;220;3 469675;181;37;5;310;1;;;;225;2 832239;177;38;2;320;2;;;;230;1 939877;174;39;°6;330;0;;;;235;0 ;;40;3;340;1;;;;240;1 ;;reste;308;350;0;;;;245;0 ;;total;1307;360;1;;;;250;1 ;;;;370;0;;;;255;1 ;;;;380;0;;;;260;0 ;;;;390;0;;;;265;0 ;;;;400;0;;;;270;1 ;;;;410;1;;;;275;0 ;;;;420;0;;;;280;1 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;0;;;;285;1 817687;-65;shift2;2521;440;2;;;;290;0 410672;-59;shift2;856;450;1;;;;295;0 1196013;-56;shift2;445;460;0;;;;300;0 474189;-47;shift2;1222;470;1;;;;305;1 682918;-47;shift2;1435;480;0;;;;310;0 1025350;-44;shift2;544;490;0;;;;315;0 1197066;-43;comp;;500;0;'''371 à 600;;;320;2 584040;-41;shift2;934;510;0;7;;;325;0 707855;-41;shift2;319;520;0;0.5%;;;330;0 802906;-38;shift2;;530;0;;;;335;1 1038898;-38;shift2;;540;0;;;;340;0 279711;-35;shift2;;550;1;;;;345;0 1027659;-35;shift2;;560;0;;;;350;0 928018;-34;shift2;;570;0;;;;355;0 803426;-32;shift2;;580;0;;;;360;1 1176246;-31;shift2;;590;0;'''max;;;365;0 429007;-30;comp;;600;1;1380;;;370;0 992704;-29;shift2;;reste;1;;;;reste;8 1233832;-28;shift2;;total;1307;;;;total;1307 </pre> ====pub intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;; pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pub;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-58;495;-1405;136;853;284;min20;&-236;1732;-3869;256;559;245;min30 31 à 400;-49;437;-1304;133;918;297;2 parties;&-48;403;-1093;97;945;280;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;243;75;-;604;poly;249;SF;&308;88;;221;poly;338;SF 31 à 400;190;60;-;662;poly;256;SF;&117;36;-;580;poly;365;SF ;;;;;;;;;;;;;; pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; </pre> *Diagrammes 400: Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;26.1.22 Paris;;;;;;corrélation;;14.8.21 Paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;0.715;;pub;Sx-;Sc- 41-400;0.908;0.857;0.883;;;;;;;;;;-1;0;152 1-400;0.840;0.866;0.852;;;;;;;;;;-2;3;0 pub;fx;fc;;pub;fx%;fc%;;x;;fx40;fc40;;-3;0;0 0;13;58;;0;60;108;>0;222;0;13;58;;-4;43;80 10;39;256;;10;179;477;<0;92;1;4;52;;-5;1;1 20;15;51;;20;69;95;zéro;13;2;11;58;;-6;1;1 30;15;30;;30;69;56;total;327;3;6;37;;-7;1;2 40;19;30;;40;87;56;;c;4;5;25;;-8;14;42 50;17;32;;50;78;60;>0;541;5;4;26;;-9;7;0 60;19;29;;60;87;54;<0;381;6;2;13;;-10;0;2 70;10;18;;70;46;34;zéro;58;7;3;12;;-11;4;31 80;15;14;;80;69;26;total;980;8;2;13;;-12;3;1 90;6;18;;90;28;34;;;9;2;12;;-13;1;2 100;7;9;;100;32;17;total;1307;10;0;8;;-14;2;18 110;6;6;;110;28;11;;;11;3;5;;-15;0;0 120;9;8;;120;41;15;;;12;0;7;;-16;0;2 130;7;6;;130;32;11;;;13;0;6;;-17;1;9 140;4;6;;140;18;11;;;14;2;10;;-18;2;0 150;3;3;;150;14;6;;;15;0;2;;-19;0;1 160;6;1;;160;28;2;;;16;2;3;;-20;3;10 170;3;2;;170;14;4;;;17;3;3;;-21;0;0 180;2;3;;180;9;6;;;18;2;6;;-22;0;1 190;1;6;;190;5;11;;;19;0;4;;-23;1;5 200;4;1;;200;18;2;;;20;3;5;;-24;3;0 210;1;1;;210;5;2;;;21;5;4;;-25;0;1 220;2;1;;220;9;2;;;22;1;4;;-26;0;3 230;1;2;;230;5;4;;;23;0;3;;-27;0;0 240;1;0;;240;5;0;;;24;3;5;;-28;0;1 250;0;1;;250;0;2;;;25;2;2;;-29;0;1 260;1;0;;260;5;0;;;26;0;3;;-30;1;0 270;1;0;;270;5;0;;;27;2;2;;-31;0;1 280;0;1;;280;0;2;;;28;2;2;;-32;0;1 290;1;0;;290;5;0;;;29;0;3;;-33;0;0 300;0;0;;300;0;0;;;30;0;2;;-34;0;1 310;1;0;;310;5;0;;;31;0;3;;-35;0;2 320;0;2;;320;0;4;;;32;3;5;;-36;0;0 330;0;0;;330;0;0;;;33;4;1;;-37;0;0 340;1;0;;340;5;0;;;34;0;2;;-38;0;2 350;0;0;;350;0;0;;;35;4;4;;-39;0;0 360;1;0;;360;5;0;;;36;3;4;;-40;0;0 370;0;0;;370;0;0;;;37;2;3;;-41;0;2 380;0;0;;380;0;0;;;38;1;1;;-42;0;0 390;0;0;;390;0;0;;;39;2;4;;-43;1;0 400;0;0;;400;0;0;;;40;0;3;;-44;0;1 reste;4;4;;;;;;;reste;135;175;;-45;0;0 total;235;599;;t30;317;628;;;total;236;600;;-46;0;0 diagr;218;537;;;;;;;diagr;88;367;;-47;0;2 - t30;149;200;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;0;3 ;;;;;;;;;;;;;total;92;381 </pre> ====pub intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_négatifs_S-|pub intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;0;3;0;42;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;2;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;90 continu;152;0;0;81;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;11;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;383 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;43;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;3;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;92 ;Sc-;152;0;0;80;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;10;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;381 </pre> ====pub autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires|pub autres intercalaires]] <pre> pub;autres intercalaires;;adresses1;;;pub;autres intercalaires;;adresses2;;;pub;autres intercalaires;;adresses3; deb;°CDS;9267;4;comp;;deb;°CDS;509729;330;comp;;deb;°CDS;970015;200; ;tmRNA;10219;-2;;;;$rRNA;511358;98;;;;&tRNA;971328;20; fin;°CDS;10519;;comp;;;&tRNA;512931;9;;;fin;°CDS;971424;;comp deb;°CDS;38328;255;comp;;;&tRNA;513017;149;;;deb;°CDS;975062;0; ;ncRNA;39051;42;comp;;;$rRNA;513242;446;;;;&tRNA;975329;92;comp fin;°CDS;39448;;comp;;fin;°CDS;516442;;;;fin;°CDS;975511;; deb;°CDS;41060;20;;;deb;°CDS;563601;52;;;deb;°CDS;985615;93;comp ;&tRNA;41674;66;comp;;;$rRNA;564532;13;;;;&tRNA;986221;4; ;&tRNA;41817;8;comp;;fin;°CDS;564660;;;;fin;°CDS;986302;; fin;°CDS;41900;;comp;;deb;°CDS;567715;18;;;deb;°CDS;988522;50; deb;°CDS;114873;3;comp;;;&tRNA;568432;6;comp;;;&tRNA;990267;23; ;&tRNA;116151;32;comp;;fin;°CDS;568515;;comp;;fin;°CDS;990365;; fin;°CDS;116257;;comp;;deb;°CDS;593396;23;comp;;deb;°CDS;1005217;139;comp deb;°CDS;319204;22;comp;;;&tRNA;594400;16;;;;regulatory;1005818;4; ;&tRNA;319571;97;comp;;fin;°CDS;594493;;comp;;fin;°CDS;1005891;; fin;°CDS;319743;;;;deb;°CDS;648881;24;;;deb;°CDS;1029539;0; deb;°CDS;407852;68;comp;;;regulatory;649787;77;;;;&tRNA;1031753;68;comp ;&tRNA;408517;7;;;fin;°CDS;649954;;;;fin;°CDS;1031913;; fin;°CDS;408609;;;;deb;°CDS;731869;9;comp;;deb;°CDS;1085222;19;comp deb;°CDS;414886;26;comp;;;regulatory;732787;88;comp;;;&tRNA;1085433;7;comp ;&tRNA;415434;75;comp;;fin;°CDS;732939;;comp;;deb;°CDS;1085516;47;comp fin;°CDS;415586;;;;deb;°CDS;785951;32;;;;&tRNA;1086754;46;comp deb;°CDS;438405;2;;;;regulatory;786499;-13;;;;&tRNA;1086874;131;comp ;&tRNA;440216;5;;;fin;°CDS;786575;;;;deb;°CDS;1087091;33; fin;°CDS;440311;;comp;;deb;°CDS;842772;101;comp;;;&tRNA;1087868;4; deb;°CDS;461643;2;;;;&tRNA;843125;16;;;deb;°CDS;1087948;4;comp ;&tRNA;462365;101;comp;;fin;°CDS;843226;;;;;&tRNA;1088732;79;comp fin;°CDS;462540;;;;deb;°CDS;846722;49;;;fin;°CDS;1088896;;comp deb;°CDS;466335;5;;;;&tRNA;849156;13;;;deb;°CDS;1125607;4;comp ;&tRNA;466556;88;;;;&tRNA;849245;88;;;;regulatory;1126163;3;comp deb;°CDS;466720;235;;;fin;°CDS;849410;;;;deb;°CDS;1126231;66;comp ;&tRNA;467168;5;;;deb;°CDS;934654;31;;;;regulatory;1127359;295;comp fin;°CDS;467248;;;;;&tRNA;936095;170;;;fin;°CDS;1127719;;comp deb;°CDS;496262;70;comp;;fin;°CDS;936342;;;;deb;°CDS;1165696;141; ;regulatory;498528;91;comp;;deb;°CDS;941232;19;;;;&tRNA;1166596;64;comp fin;°CDS;498707;;;;;&tRNA;942409;52;comp;;fin;°CDS;1166737;;comp ;;;;;;;&tRNA;942537;128;comp;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;942739;;;;;;;; </pre> ====pub intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_tRNA|pub intercalaires tRNA]] <pre> pub;intercalaires tRNA;;;;;;;;; ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;; ;;;;;;;;;; ;66;comp’;20;;8;;2;4;deb; ;9;;3;;32;;3;5;<201;13 ;13;;22;comp’;97;;4;6;total;14 comp’;52;comp’;68;;7;;5;7;taux;93% ;46;;26;comp’;75;;19;7;fin; ;;;2;comp’;5;;22;8;<201;14 ;;comp’;2;comp’;101;;26;16;total;14 ;;;5;;88;;31;23;taux;100% ;;;235;;5;;33;32;total; ;;comp’;18;;6;;47;64;<201;27 ;;comp’;23;comp’;16;;49;79;total;28 ;;comp’;101;;16;;50;88;taux;96% ;;;49;;88;;200;88;; ;;;31;;170;;235;170;comp’;cumuls ;;comp’;19;comp’;128;;0;4;; ;;;200;comp’;20;;0;5;deb;11 ;;comp’;0;comp’;92;;2;16;<201;100% ;;comp’;93;;4;;18;20;; ;;;50;;23;;19;68;fin;11 ;;comp’;0;comp’;68;;20;75;<201;100% ;;;19;;7;;23;92;; ;;;47;comp’;131;;68;97;total; ;;;33;comp’;4;;93;101;<201;22 ;;;4;;79;;101;128;total;22 ;;comp’;141;;64;;141;131;taux;100% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;24;25;49;;;;; ;;total;25;25;50;;;;; ;;taux;96%;100%;98%;;;;; </pre> ==actino== ===Actinoplanes sp. SE50/110=== ====ase opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_opérons|ase opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acti_SE50_110/actiSp_SE50_110-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017803.1;ase;;genome;;;;;;;; 71.15%GC;13.8.19 Paris;16s 6;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Actinoplanes sp. SE50/110;;;;;;;;;;; ;12658..13392;;CDS;;78;78;;;245;; ;13471..13547;;atc;@1;242;;*242;;;; ;13790..13862;;gca;;202;202;;;;; comp;14065..14607;;CDS;;;;;;181;; ;;;;;;;;;;; ;153733..155094;;CDS;;556;*556;;;454;; ;155651..157174;;16s;;308;;;;1524;; ;157483..160591;;23s;;99;;;;3109;; ;160691..160807;;5s;;134;134;;;117;; comp;160942..161988;;CDS;;;;;;349;; ;;;;;;;;;;; comp;45153..45968;;CDS;;276;276;;;272;; comp;46245..46330;;ctg;;257;257;;;;; ;46588..47385;;CDS;;;;;;266;; ;;;;;;;;;;; ;568633..569007;;CDS;;492;*492;;;125;; ;569500..571022;;16s;;308;;;;1523;; ;571331..574439;;23s;;108;;;;3109;; ;574548..574664;;5s;;245;245;;;117;; ;574910..576340;;CDS;;;;;;477;; ;;;;;;;;;;; comp;66324..66533;;CDS;;177;177;;;70;; comp;66711..66784;;ggg;;151;151;;;;; comp;66936..67442;;CDS;;;;;;169;; ;;;;;;;;;;; comp;145264..145572;;CDS;;595;*595;;;103;; comp;146168..146244;;ttc;;12;;12;;;; comp;146257..146333;;gac;;62;;62;;;; comp;146396..146468;;gaa;;338;338;;;;; comp;146807..148066;;CDS;;;;;;420;; ;;;;;;;;;;; ;164168..164716;;CDS;;92;92;;;183;; ;164809..164883;;aaa;;250;250;;;;; ;165134..166444;;CDS;;;;;;437;; ;;;;;;;;;;; comp;457033..458760;;CDS;;116;116;;;*576;; ;458877..458950;;acg;;74;74;;;;; comp;459025..460758;;CDS;;;;;;*578;; ;;;;;;;;;;; ;627485..628396;;CDS;;42;42;;;304;; ;628439..628515;;gac;;5;5;;;;; comp;628521..629174;;CDS;;;;;;218;; ;;;;;;;;;;; ;645098..645421;;CDS;;355;355;;;108;; ;645777..645849;;agg;;459;*459;;;;; comp;646309..648462;;CDS;;;;;;*718;; ;;;;;;;;;;; ;747312..748337;;CDS;;430;*430;;;342;; comp;748768..748851;;tac;;148;148;;;;; ;749000..749491;;CDS;;;;;;164;; ;;;;;;;;;;; ;752175..754703;;CDS;;94;94;;;*843;; ;754798..754873;;acc;;44;;44;;;; ;754918..754990;;atgj;;138;138;;;;; ;755129..755296;;CDS;;;;;;56;; ;;;;;;;;;;; ;755829..756224;;CDS;;79;79;;;132;; ;756304..756376;;tgg;;103;103;;;;; ;756480..756857;;CDS;;;;;;126;; ;;;;;;;;;;; ;940643..942004;;CDS;;55;55;;;454;; ;942060..942142;;tta;;221;221;;;;; ;942364..943218;;CDS;;;;;;285;; ;;;;;;;;;;; comp;1155560..1155901;;CDS;;200;200;;;114;; comp;1156102..1156177;;gcc;;89;89;;;;; comp;1156267..1156824;;CDS;;;;;;186;; ;;;;;;;;;;; ;1222705..1223634;;CDS;;259;259;;;310;; comp;1223894..1223980;;cta;;244;244;;;;; comp;1224225..1224701;;CDS;;;;;;159;; ;;;;;;;;;;; ;1237525..1238115;;CDS;;91;91;;;197;; ;1238207..1238282;;cac;;54;54;;;;; comp;1238337..1238684;;CDS;;;;;;116;; ;;;;;;;;;;; comp;1248040..1249266;;CDS;;132;132;;;409;; ;1249399..1249474;;aag;+;118;;*118;;;; ;1249593..1249668;;aag;2 aag;-15;*-15;;;;; comp;1249654..1249878;;CDS;@2;;;;;75;; ;;;;;;;;;;; ;1335812..1336096;;CDS;;296;296;;;95;; comp;1336393..1336465;;aga;;13;13;;;;; comp;1336479..1337558;;CDS;;;;;;360;; ;;;;;;;;;;; comp;1399552..1400070;;CDS;;376;376;;;173;; comp;1400447..1400520;;gga;;130;;*130;;;; ;1400651..1400724;;cca;;38;38;;;;; ;1400763..1402112;;CDS;;;;;;450;; ;;;;;;;;;;; comp;1406634..1406849;;CDS;;586;*586;;;72;; ;1407436..1408958;;16s;;307;;;;1523;; ;1409266..1412374;;23s;;99;;;;3109;; ;1412474..1412590;;5s;;122;122;;;117;; comp;1412713..1413510;;CDS;;;;;;266;; ;;;;;;;;;;; comp;1519931..1520254;;CDS;;217;217;;;108;; ;1520472..1520544;;aac;;315;315;;;;; ;1520860..1522122;;CDS;;236;236;;;421;; ;1522359..1522432;;atgi;;1097;*1097;;;;; < comp;1523530..1523919;;CDS;;;;;;130;; ;;;;;;;;;;; ;1604562..1605026;;CDS;;38;38;;;155;; ;1605065..1605139;;gta;;357;357;;;;; <>;1605497..1605583;;CDS;;;;;;29;; ;;;;;;;;;;; comp;1935668..1936510;;CDS;;317;317;;;281;; comp;1936828..1936904;;ttg;;131;131;;;;; ;1937036..1937656;;CDS;;;;;;207;; ;;;;;;;;;;; ;2434408..2435559;;CDS;;19;19;;;384;; comp;2435579..2435661;;ctc;;151;151;;;;; ;2435813..2438881;;CDS;;;;;;*1023;; ;;;;;;;;;;; comp;2570204..2570824;;CDS;;794;*794;;;207;; ;2571619..2573141;;16s;;315;;;;1523;; ;2573457..2576562;;23s;;98;;;;3106;; ;2576661..2576777;;5s;;247;247;;;117;; comp;2577025..2577462;;CDS;;;;;;146;; ;;;;;;;;;;; comp;4900233..4901780;;CDS;;19;19;;;*516;; comp;4901800..4901878;;tgc;;29;;29;;;; comp;4901908..4901981;;gcg;;19;19;;;;; comp;4902001..4902321;;CDS;;23;23;;;107;; comp;4902345..4902417;;gac;;31;31;;;;; comp;4902449..4903369;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; ;5443888..5444526;;CDS;;409;*409;;;213;; ;5444936..5445012;;ctc;;17;;17;;;; ;5445030..5445114;;tac;;29;29;;;;; comp;5445144..5446565;;CDS;;;;;;474;; ;;;;;;;;;;; ;6208479..6209489;;CDS;;101;101;;;337;; comp;6209591..6209666;;cgg;;9;;9;;;; comp;6209676..6209749;;cca;;17;;17;;;; comp;6209767..6209859;;agc;;5;;5;;;; comp;6209865..6209939;;ctg;;4;;4;;;; comp;6209944..6210015;;cag;;8;;8;;;; comp;6210024..6210100;;ggc;;4;;4;;;; comp;6210105..6210177;;cgt;;3;;3;;;; comp;6210181..6210254;;gcc;;43;;43;;;; comp;6210298..6210369;;tgg;;562;*562;;;;; comp;6210932..6212365;;CDS;;;;;;478;; ;;;;;;;;;;; ;6397923..6398423;;CDS;;699;*699;;;167;; ;6399123..6399196;;tgg;;199;;*199;;;; ;6399396..6399468;;ggg;;157;;*157;;;; ;6399626..6399701;;gcc;;61;;61;;;; ;6399763..6399837;;gag;;78;;78;;;; ;6399916..6399992;;gga;;359;;*359;;;; ;6400352..6400426;;ttg;;1;;1;;;; ;6400428..6400500;;acc;;5;;5;;;; ;6400506..6400577;;ggc;;25;25;;;;; ;6400603..6401055;;CDS;;35;35;;;151;; ;6401091..6401163;;cag;;110;;*110;;;; ;6401274..6401350;;ctc;;1;;1;;;; ;6401352..6401427;;acg;;1;;1;;;; ;6401429..6401503;;ctg;;5;;5;;;; ;6401509..6401584;;gcg;;30;;30;;;; ;6401615..6401686;;gac;;5;;5;;;; ;6401692..6401779;;agc;;1;;1;;;; ;6401781..6401854;;atc;;6;6;;;;; ;6401861..6402227;;ncRNA;@3;7;7;;;;; ;6402235..6402309;;cgt;;10;;10;;;; ;6402320..6402395;;other;@4;11;;11;;;; ;6402407..6402477;;aag;;14;;14;;;; ;6402492..6402565;;aga;;11;;11;;;; ;6402577..6402650;;aaa;;1;;1;;;; ;6402652..6402727;;atgf;;1;;1;;;; ;6402729..6402804;;gtc;;1;;1;;;; ;6402806..6402879;;gaa;;5;;5;;;; ;6402885..6402958;;aac;;44;;44;;;; ;6403003..6403088;;tcc;;1;;1;;;; ;6403090..6403163;;gtg;;2;;2;;;; ;6403166..6403239;;cac;;93;;*93;;;; ;6403333..6403405;;other;;411;*411;;;;; comp;6403817..6404185;;CDS;;;;;;123;; ;;;;;;;;;;; ;6543230..6543619;;CDS;;412;*412;;;130;; ;6544032..6544106;;ctg;;152;;*152;;;; ;6544259..6544331;;gca;;410;*410;;;;; ;6544742..6545917;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; ;6934653..6935819;;CDS;;69;69;;;389;; comp;6935889..6935962;;ccc;;51;51;;;;; comp;6936014..6937450;;CDS;;;;;;479;; ;;;;;;;;;;; comp;6991952..6992437;;CDS;;174;174;;;162;; comp;6992612..6992728;;5s;;170;;;;117;; comp;6992899..6996006;;23s;;307;;;;3108;; comp;6996314..6997836;;16s;;531;*531;;;1523;; comp;6998368..6999624;;CDS;;;;;;419;; ;;;;;;;;;;; ;7455514..7456608;;CDS;;167;167;;;365;; comp;7456776..7456847;;gtg;;55;55;;;;; comp;7456903..7457310;;CDS;;;;;;136;; ;;;;;;;;;;; ;7481671..7483989;;CDS;;83;83;;;*773;; comp;7484073..7484189;;5s;;169;;;;117;; comp;7484359..7487466;;23s;;315;;;;3108;; comp;7487782..7489304;;16s;;800;*800;;;1523;; comp;7490105..7490731;;CDS;;;;;;209;; ;;;;;;;;;;; ;7670534..7671652;;CDS;;136;136;;;373;; comp;7671789..7671863;;gtc;;18;;18;;;; comp;7671882..7671952;;tgc;;38;;38;;;; comp;7671991..7672063;;ggc;;116;116;;;;; comp;7672180..7674045;;CDS;;;;;;*622;; ;;;;;;;;;;; ;7710075..7711193;;CDS;;136;136;;;373;; comp;7711330..7711404;;gtc;;28;;28;;;; comp;7711433..7711503;;tgc;;38;;38;;;; comp;7711542..7711614;;ggc;;112;112;;;;; ;7711727..7712905;;CDS;;;;;;393;; ;;;;;;;;;;; ;8111157..8111843;;CDS;;546;*546;;;229;; comp;8112390..8112465;;gag;+;532;;*532;;;; comp;8112998..8113070;;gag;2 gag;57;;57;;;; comp;8113128..8113199;;cag;;451;*451;;;;; comp;8113651..8114457;;CDS;;;;;;269;; ;;;;;;;;;;; ;8275151..8275810;;CDS;;65;65;;;220;; ;8275876..8275950;;cgg;;416;*416;;;;; comp;8276367..8276921;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; comp;8391343..8392530;;CDS;;255;255;;;396;; comp;8392786..8392862;;atgf;;296;296;;;;; comp;8393159..8394607;;CDS;;;;;;483;; ;;;;;;;;;;; comp;8397029..8399113;;CDS;;596;*596;;;*695;; comp;8399710..8399786;;atgf;;71;71;;;;; comp;8399858..8402857;;CDS;;;;;;*1000;; ;;;;;;;;;;; comp;8601686..8603128;;CDS;;81;81;;;481;; comp;8603210..8603280;;caa;;37;37;;;;; comp;8603318..8604199;;CDS;;;;;;294;; ;;;;;;;;;;; ;8623005..8623730;;CDS;;64;64;;;242;; comp;8623795..8623871;;gcg;;171;171;;;;; comp;8624043..8624792;;CDS;;;;;;250;; ;;;;;;;;;;; comp;8821061..8822146;;CDS;;136;136;;;362;; ;8822283..8822356;;aca;;175;175;;;;; comp;8822532..8824421;;CDS;;;;;;*630;; ;;;;;;;;;;; ;8945870..8946763;;CDS;;190;190;;;298;; ;8946954..8947030;;ccg;;204;204;;;;; comp;8947235..8947531;;CDS;;;;;;99;; ;;;;;;;;;;; comp;8963177..8966704;;CDS;;104;104;;;*1176;; comp;8966809..8966904;;ncRNA;;83;83;*83;;;; ;8966988..8967075;;tcc;;270;270;;;;; comp;8967346..8967687;;CDS;;;;;;114;; ;;;;;;;;;;; ;8968639..8969070;;CDS;;521;*521;;;144;; comp;8969592..8969681;;tcg;;116;116;;;;; ;8969798..8970505;;CDS;;;;;;236;; ;;;;;;;;;;; ;9077764..9078855;;CDS;;326;326;;;364;; comp;9079182..9079256;;cgt;;370;370;;;;; comp;9079627..9082830;;CDS;;;;;;*1068;; ;;;;;;;;;;; comp;9084051..9086675;;CDS;;560;*560;;;*875;; comp;9087236..9087311;;cgt;;40;;40;;;; comp;9087352..9087442;;agc;;399;399;;;;; ;9087842..9089017;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;9100587..9101549;;CDS;;77;77;;;321;; ;9101627..9101714;;tca;;144;144;;;;; comp;9101859..9102145;;CDS;;;;;;96;; </pre> ====ase cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_cumuls|ase cumuls]] <pre> ase cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;6;1;8;-;1;1;1;;100;8;30;1 ;16 23 5s 0;6;20;19;;50;16;20;;200;29;60;1 ;16 atc gca;0;40;6;;100;19;40;;300;19;90;3 ;16 23 5s a;0;60;4;;150;17;60;;400;19;120;10 ;max a;0;80;3;;200;9;80;;500;14;150;9 ;a doubles;0;100;2;;250;9;100;;600;3;180;8 ;autres;0;120;2;;300;7;120;;700;3;210;8 ;total aas;0;140;1;;350;4;140;;800;2;240;5 sans ;opérons;45;160;2;;400;5;160;;900;2;270;6 ;1 aa;31;180;0;;450;6;180;;1000;1;300;5 ;max a;29;200;1;;500;3;200;;1100;2;330;4 ;a doubles;2;;3;;;13;;;;1;;43 ;total aas;98;;51;0;;109;;0;;103;;103 total aas;;98;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;58;;;229;;;;328;; ;;;variance;98;;;206;;;;173;; sans jaune;;;moyenne;19;;;147;;;;254;;179 ;;;variance;21;;;104;;;;111;;62 </pre> ====ase blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_blocs|ase blocs]] <pre> ase blocs;;;;;; CDS;556;454;492;125;586;72 16s;308;1524;308;1523;307;1523 23s;99;3109;108;3109;99;3109 5s;134;117;245;117;122;117 CDS;;349;;477;;266 ;;;;;; CDS;794;207;531;419;800;209 16s;315;1523;307;1523;315;1523 23s;98;3106;170;3108;169;3108 5s;247;117;174;117;83;117 CDS;;146;;162;;773 </pre> ====ase remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_remarques|ase remarques]] ====ase distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_distribution|ase distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;2;acc;2;aac;1;agc;3;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;2;ggc;;;gtc;3;gcc;2;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;2;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;3;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ase; ;32;;;;;;;ase;58;;;;;;;;ase;6;;;;;; </pre> ====ase données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_données_intercalaires|ase données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ase;fx;fc;ase;fx40;fc40;ase;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 1;0;0;22;13;0;22;13;-1;0;168;78;202;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite 1;0;10;141;464;1;20;60;-2;18;0;279;257;555;585;;245;;atc;97;;cgt 1;3;20;93;279;2;5;59;-3;0;0;387;185;491;793;;**;;gca;14;;aag ;2;30;92;196;3;23;38;-4;91;885;151;74;530;;;15;;ttc;11;;aga 1;6;40;63;226;4;21;48;-5;0;1;595;8;799;;;62;;gac;1;;aaa 1;2;50;101;178;5;10;43;-6;2;0;338;459;16s 23s;;;**;;gaa;1;;atgf 1;3;60;130;183;6;12;28;-7;11;18;92;430;2* 345;;;47;;acc;1;;gtc 2;1;70;137;193;7;12;31;-8;6;71;274;148;2* 344;;;**;;atgj;5;;gaa 2;3;80;126;160;8;9;37;-9;2;1;434;262;2* 352;;;118;;aag;44;;aac ;2;90;104;171;9;17;53;-10;4;9;817;54;23s 5s;;;**;;aag;1;;tcc 1;3;100;101;126;10;12;67;-11;17;22;42;132;2* 105;;;-;130;gga;2;;gtg 1;1;110;95;122;11;9;49;-12;5;0;1343;-12;114;;;**;;cca;96;;cac 2;2;120;82;98;12;11;33;-13;6;12;94;296;100;;;29;;tgc;**;;other ;0;130;96;96;13;8;33;-14;18;12;138;217;176;;;**;;gcg;152;;ctg 5;2;140;89;88;14;5;26;-15;11;1;79;827;175;;;20;;ctc;**;;gca 1;0;150;62;78;15;11;23;-16;4;5;103;131;5s CDS;;;**;;tac;18;;gtc 1;1;160;73;82;16;17;28;-17;12;6;55;19;245;377;;9;;cgg;38;;tgc 1;0;170;66;71;17;6;23;-18;4;0;221;151;983;122;;17;;cca;**;;ggc 1;2;180;59;57;18;8;12;-19;6;5;203;278;;247;;5;;agc;532;;gag 1;1;190;61;70;19;10;17;-20;5;6;89;32;;83;;4;;ctg;57;;gag ;0;200;65;58;20;8;35;-21;1;0;244;104;;;;11;;cag;**;;cag 2;1;210;55;45;21;15;20;-22;2;3;91;43;tRNA CDS;suite;;4;;ggc;40;;cgt 1;0;220;39;46;22;11;24;-23;8;7;13;411;34;77;;3;;cgt;**;;agc ;1;230;42;53;23;7;23;-24;7;0;373;69;35;1017;;43;;gcc;;; ;0;240;39;37;24;10;14;-25;1;5;38;167;412;;;**;;tgg;;; ;1;250;41;48;25;11;18;-26;8;5;315;136;380;;;199;;tgg;;; 1;0;260;36;17;26;2;24;-27;0;1;47;136;113;;;157;;ggg;;; 1;0;270;43;33;27;17;14;-28;3;4;38;112;178;;;64;;gcc;;; 2;2;280;34;33;28;6;14;-29;3;4;1132;546;51;;;81;;gag;;; ;0;290;23;29;29;4;28;-30;2;0;362;419;55;;;141;;gga;;; 1;1;300;22;29;30;9;17;-31;4;1;19;64;116;;;144;;caa;;; ;0;310;31;21;31;1;22;-32;7;4;19;136;451;;;1;;ttg;;; ;2;320;22;22;32;6;34;-33;2;0;23;175;65;;;5;;acc;;; 1;0;330;16;20;33;10;20;-34;3;1;31;204;135;;;**;;ggc;;; ;1;340;20;32;34;4;23;-35;6;0;22;273;296;;;110;;cag;;; ;1;350;22;24;35;4;22;-36;1;0;409;91;599;;;4;;ctc;;; ;0;360;24;19;36;7;19;-37;1;2;345;116;71;;;1;;acg;;; ;2;370;14;16;37;7;23;-38;5;0;317;329;81;;;5;;ctg;;; ;2;380;11;14;38;7;29;-39;0;0;699;408;37;;;30;;gcg;;; ;1;390;13;14;39;7;14;-40;2;1;;;171;;;5;;gac;;; ;0;400;15;10;40;10;20;-41;0;3;;;190;;;1;;agc;;; 8;11;reste;259;295;reste;2268;2688;-42;2;0;;;370;;;**;;atc;;; 41;60;total;2679;3866;total;2679;3866;-43;2;1;;;524;;;;;;;; 32;49;diagr;2398;3558;diagr;389;1165;-44;2;4;;;;;;;;;;; 2;5; t30;326;939;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;; ;x;2657;352;22;3031;;;-49;0;2;;;;;;;;;;; ;c;3853;1300;13;5166;;;-50;3;0;;;;;;;;;;; ;;;;;8197;183;;reste;53;28;;;;;;;;;;; ;;;;;;8380;;total;352;1300;;;;;;;;;;; </pre> =====ase autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires_aas|ase autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ase;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;12497;78;; ;tRNA;13471;245;;atc ;tRNA;13790;202;;gca fin;CDS;14065;;comp; deb;CDS;45153;279;comp; ;tRNA;46248;257;comp;ctg fin;CDS;46588;;; deb;CDS;65469;387;comp; ;tRNA;66711;151;comp;ggg fin;CDS;66936;;comp; deb;CDS;145264;595;comp; ;tRNA;146168;15;comp;ttc ;tRNA;146260;62;comp;gac ;tRNA;146396;338;comp;gaa fin;CDS;146807;;comp; deb;CDS;153733;555;; ;rRNA;155650;345;;16s ;rRNA;157512;105;;23s ;rRNA;160691;377;;5s fin;CDS;161185;;comp; deb;CDS;164168;92;; ;tRNA;164809;274;;aaa fin;CDS;165158;;; deb;CDS;261106;434;; ;tRNA;262062;817;;aaa fin;CDS;262948;;; deb;CDS;457033;185;comp; ;tRNA;458877;74;;acg fin;CDS;459025;;comp; deb;CDS;568633;491;; ;rRNA;569499;345;;16s ;rRNA;571360;114;;23s ;rRNA;574548;245;;5s fin;CDS;574910;;; deb;CDS;627485;42;; ;tRNA;628439;8;;gac fin;CDS;628521;;comp; deb;CDS;643285;1343;; ;tRNA;645777;459;;agg fin;CDS;646309;;comp; deb;CDS;747348;430;; ;tRNA;748768;148;comp;tac fin;CDS;749000;;; deb;CDS;752175;94;; ;tRNA;754798;47;;acc ;tRNA;754918;138;;atgj fin;CDS;755129;;; deb;CDS;755829;79;; ;tRNA;756304;103;;tgg fin;CDS;756480;;; deb;CDS;940643;55;; ;tRNA;942060;221;;tta fin;CDS;942364;;; deb;CDS;1120784;33;; ;tmRNA;1121477;553;; fin;CDS;1122412;;comp; deb;CDS;1155560;203;comp; ;tRNA;1156105;89;comp;gcc fin;CDS;1156267;;comp; deb;CDS;1222705;262;; ;tRNA;1223897;244;comp;cta fin;CDS;1224225;;comp; deb;CDS;1237525;91;; ;tRNA;1238207;54;;cac fin;CDS;1238337;;comp; deb;CDS;1248040;132;comp; ;tRNA;1249399;118;;aag ;tRNA;1249593;-12;;aag fin;CDS;1249654;;comp; deb;CDS;1335812;296;; ;tRNA;1336393;13;comp;aga fin;CDS;1336479;;comp; deb;CDS;1399552;373;comp; ;tRNA;1400450;130;comp;gga ;tRNA;1400651;38;;cca fin;CDS;1400763;;; deb;CDS;1406634;585;comp; ;rRNA;1407435;344;;16s ;rRNA;1409295;105;;23s ;rRNA;1412474;122;;5s fin;CDS;1412713;;comp; deb;CDS;1519931;217;comp; ;tRNA;1520472;315;;aac fin;CDS;1520860;;; deb;CDS;1522138;47;; ;tRNA;1522359;827;;atgi fin;CDS;1523260;;comp; deb;CDS;1604562;38;; ;tRNA;1605065;1132;;gta fin;CDS;1606269;;; deb;CDS;1618796;261;comp; ;ncRNA;1619690;61;comp; fin;CDS;1620155;;; deb;CDS;1935668;362;comp; ;tRNA;1936828;131;comp;ttg fin;CDS;1937036;;; deb;CDS;2434657;19;; ;tRNA;2435579;151;comp;ctc fin;CDS;2435813;;; deb;CDS;2570204;793;comp; ;rRNA;2571618;352;;16s ;rRNA;2573486;100;;23s ;rRNA;2576661;247;;5s fin;CDS;2577025;;comp; deb;CDS;4900233;19;comp; ;tRNA;4901800;29;comp;tgc ;tRNA;4901908;19;comp;gcg deb;CDS;4902001;23;comp; ;tRNA;4902345;31;comp;gac fin;CDS;4902449;;comp; deb;CDS;4989030;22;; ;tRNA;4989784;278;;other fin;CDS;4990157;;comp; deb;CDS;5443888;409;; ;tRNA;5444936;20;;ctc ;tRNA;5445030;32;;tac fin;CDS;5445144;;comp; deb;CDS;6208479;104;; ;tRNA;6209594;9;comp;cgg ;tRNA;6209676;17;comp;cca ;tRNA;6209767;5;comp;agc ;tRNA;6209865;4;comp;ctg ;tRNA;6209944;11;comp;cag ;tRNA;6210027;4;comp;ggc ;tRNA;6210105;3;comp;cgt ;tRNA;6210181;43;comp;gcc ;tRNA;6210298;345;comp;tgg fin;CDS;6210715;;comp; deb;CDS;6288256;317;comp; ;tRNA;6290910;43;comp;tga fin;CDS;6291049;;; deb;CDS;6397947;699;; ;tRNA;6399123;199;;tgg ;tRNA;6399396;157;;ggg ;tRNA;6399626;64;;gcc ;tRNA;6399763;81;;gag ;tRNA;6399916;141;;gga ;tRNA;6400131;144;;caa ;tRNA;6400352;1;;ttg ;tRNA;6400428;5;;acc ;tRNA;6400506;34;;ggc deb;CDS;6400612;35;; ;tRNA;6401091;110;;cag ;tRNA;6401274;4;;ctc ;tRNA;6401352;1;;acg ;tRNA;6401429;5;;ctg ;tRNA;6401509;30;;gcg ;tRNA;6401615;5;;gac ;tRNA;6401692;1;;agc ;tRNA;6401781;6;;atc ;ncRNA;6401861;7;; ;tRNA;6402235;97;;cgt ;tRNA;6402407;14;;aag ;tRNA;6402492;11;;aga ;tRNA;6402577;1;;aaa ;tRNA;6402652;1;;atgf ;tRNA;6402729;1;;gtc ;tRNA;6402806;5;;gaa ;tRNA;6402885;44;;aac ;tRNA;6403003;1;;tcc ;tRNA;6403090;2;;gtg ;tRNA;6403166;96;;cac ;tRNA;6403333;411;;other fin;CDS;6403817;;comp; deb;CDS;6543191;412;; ;tRNA;6544032;152;;ctg ;tRNA;6544259;380;;gca deb;CDS;6544712;113;; ;tRNA;6546031;178;;gac fin;CDS;6546284;;; deb;CDS;6934653;69;; ;tRNA;6935889;51;comp;ccc fin;CDS;6936014;;comp; deb;CDS;6991353;983;comp; ;rRNA;6992612;176;comp;5s ;rRNA;6992905;344;comp;23s ;rRNA;6996322;530;comp;16s fin;CDS;6998368;;comp; deb;CDS;7455514;167;; ;tRNA;7456776;55;comp;gtg fin;CDS;7456903;;comp; deb;CDS;7481701;83;; ;rRNA;7484073;175;comp;5s ;rRNA;7484365;352;comp;23s ;rRNA;7487790;799;comp;16s fin;CDS;7490105;;comp; deb;CDS;7670534;136;; ;tRNA;7671789;18;comp;gtc ;tRNA;7671882;38;comp;tgc ;tRNA;7671991;116;comp;ggc fin;CDS;7672180;;comp; deb;CDS;7710075;136;; ;tRNA;7711330;28;comp;gtc ;tRNA;7711433;38;comp;tgc ;tRNA;7711542;112;comp;ggc fin;CDS;7711727;;; deb;CDS;8111157;546;; ;tRNA;8112390;532;comp;gag ;tRNA;8112998;57;comp;gag ;tRNA;8113128;451;comp;cag fin;CDS;8113651;;comp; deb;CDS;8275151;65;; ;tRNA;8275876;419;;cgg fin;CDS;8276367;;comp; deb;CDS;8391343;135;comp; ;tRNA;8392786;296;comp;atgf fin;CDS;8393159;;comp; deb;CDS;8397029;599;comp; ;tRNA;8399713;71;comp;atgf fin;CDS;8399858;;comp; deb;CDS;8601686;81;comp; ;tRNA;8603210;37;comp;caa fin;CDS;8603318;;comp; deb;CDS;8623005;64;; ;tRNA;8623795;171;comp;gcg fin;CDS;8624043;;comp; deb;CDS;8821061;136;comp; ;tRNA;8822283;175;;aca fin;CDS;8822532;;comp; deb;CDS;8945870;190;; ;tRNA;8946954;204;;ccg fin;CDS;8947235;;comp; deb;CDS;8963177;104;comp; ;ncRNA;8966809;83;comp; ;tRNA;8966988;273;;tcc fin;CDS;8967346;;comp; deb;CDS;8969168;91;; ;tRNA;8969592;116;comp;tcg fin;CDS;8969798;;; deb;CDS;9077764;329;; ;tRNA;9079185;370;comp;cgt fin;CDS;9079627;;comp; deb;CDS;9084051;524;comp; ;tRNA;9087239;40;comp;cgt ;tRNA;9087352;408;comp;agc fin;CDS;9087851;;; deb;CDS;9100587;77;comp; ;tRNA;9101627;1017;;tca fin;CDS;9102729;;comp; </pre> ====ase intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_entre_cds|ase intercalaires entre cds]] *'''Tableau''' <pre> ase;2.2.21 Paris;;ase 17.12.20;;;;;;;;; ase;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;1652;20.2;'''négatif ;-11;18;-1 à -120;'''9 239 851;-1;1652;610;9 ;'''zéro;35;0.4;;;;;'''intercals;0;35;620;10 ;'''1 à 200;4832;58.9;'''0 à 200;76;56;;'''1 063 558;5;327;630;11 ;'''201 à 370;1047;12.8;'''201 à 370;270;48;;'''11.5%;10;278;640;9 ;'''371 à 600;399;4.9;'''371 à 600;466;64;;;15;208;650;8 ;'''601 à max;232;2.8;'''601 à 1028;901;335;;;20;164;660;5 ;'''total 8197;<201;79.5;'''total 8191;125;189;-120 à 2272;;25;153;670;10 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;135;680;7 3108649;3760;-1;1652;-70;42;;0;35;35;146;690;2 5950001;3290;0;35;-60;13;;-1;°168;40;143;700;3 9227973;3263;1;°80;-50;29;;-2;18;45;135;710;4 5776402;3118;2;64;-40;23;;-3;0;50;144;720;4 6218652;2918;3;61;-30;39;'''min à -1;-4;°976;55;169;730;4 2517961;2663;4;°69;-20;73;1652;-5;1;60;144;740;5 7134889;2272;5;53;-10;159;20.2%;-6;2;65;154;750;6 355339;2255;6;40;0;1309;;-7;29;70;176;760;4 6142216;2155;7;43;10;605;;-8;°77;75;138;770;5 744687;2103;8;46;20;372;;-9;3;80;148;780;3 7132107;2080;9;70;30;288;;-10;13;85;145;790;4 713737;2014;10;°79;40;289;'''1 à 100;-11;°39;90;130;800;5 56486;1991;11;58;50;279;3264;-12;5;95;123;810;3 7915401;1920;12;44;60;313;39.8%;-13;18;100;104;820;5 1728815;1782;13;41;70;330;;-14;°30;105;106;830;3 6917877;1616;14;31;80;286;;-15;12;110;111;840;5 3627392;1532;15;34;90;275;;-16;9;115;101;850;3 6902269;1526;16;°45;100;227;;-17;°18;120;79;860;1 7156539;1508;17;29;110;217;;-18;4;125;101;870;4 4817485;1484;18;20;120;180;;-19;11;130;91;880;4 3228912;1467;19;27;130;192;;-20;°11;135;89;890;4 1528987;1458;20;°43;140;177;;-21;1;140;88;900;1 8078456;1411;21;35;150;140;;-22;5;145;76;910;1 8199307;1409;22;35;160;155;;-23;°15;150;64;920;1 5463416;1395;23;30;170;137;'''1 à 200;-24;7;155;89;930;1 1188761;1392;24;24;180;116;4832;-25;6;160;66;940;1 9239126;1338;25;29;190;131;58.9%;-26;°13;165;76;950;2 3240125;1331;26;26;200;123;;-27;1;170;61;960;0 1083604;1320;27;31;210;100;;-28;7;175;58;970;7 6788001;1297;28;20;220;85;;-29;°7;180;58;980;0 3417418;1292;29;32;230;95;;-30;2;185;67;990;3 6304514;1289;30;26;240;76;'''0 à 200;-31;5;190;64;1000;4 8425004;1285;31;23;250;89;4867;-32;°11;195;72;1010;0 5338257;1267;32;°40;260;53;;;1559;200;51;1020;1 204079;1263;33;30;270;76;;reste;128;205;54;1030;1 6897972;1260;34;27;280;67;;total;1687;210;46;1040;2 ;;35;26;290;52;;;;215;45;1050;3 ;;36;26;300;51;;'''intercal;'''<u>frequence5;220;40;1060;2 ;;37;30;310;52;;600;7965;225;50;1070;0 ;;38;°36;320;44;;650;47;230;45;1080;0 ;;39;21;330;36;;700;27;235;43;1090;3 ;;40;30;340;52;'''201 à 370;750;23;240;33;1100;0 ;;reste;4956;350;46;1047;800;21;245;45;1110;1 ;;total;8197;360;43;12.8%;850;19;250;44;1120;1 ;;;;370;30;;900;14;255;28;1130;1 ;;;;380;25;;950;6;260;25;1140;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;27;;1000;14;265;34;1150;0 1905626;-120;comp;;400;25;;1050;7;270;42;1160;0 1623585;-119;shift2;1160;410;16;;1100;5;275;37;1170;0 3648339;-119;comp;;420;36;;1150;3;280;30;1180;2 5459717;-119;shift2;533;430;19;;1200;4;285;23;1190;1 2592786;-111;comp;;440;20;;1250;2;290;29;1200;1 7166313;-110;shift2;3494;450;19;;1300;11;295;24;reste;42 2954690;-109;;;460;19;;1350;3;300;27;total;8197 3376872;-109;;;470;16;;1400;2;305;28;; 1386988;-107;;;480;20;;1450;2;310;24;; 1241468;-106;;;490;21;;1500;3;315;23;; 2667462;-106;;;500;13;;1550;3;320;21;; 5582768;-106;;;510;22;;1600;0;325;19;; 4986287;-105;;;520;14;;1650;1;330;17;; 5304717;-101;;;530;4;;1700;0;335;33;; 3730598;-100;;;540;16;'''371 à 600;1750;0;340;19;; 5353721;-97;;;550;11;399;1800;1;345;22;; 6351308;-97;;;560;10;4.9%;1850;0;350;24;; 9179797;-95;;;570;12;;1900;0;355;21;; 594603;-94;;;580;14;'''601 à max;1950;1;360;22;; 6906822;-94;;;590;12;232;2000;1;365;12;; 323356;-93;;;600;8;2.8%;;220;370;18;; 1310874;-93;;;reste;232;;reste;12;reste;631;; 5450079;-91;;;total;8197;;total;8197;total;8197;; </pre> ====ase intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> corrélations;;;;;;;;;;;;;; ase. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;; cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;; 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ase;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;19;-108;35;46;872;189;max70;&-43;352;-987;104;910;273;min50 31 à 400;22;-129;74;44;881;195;2 parties;&-18;182;-637;85;976;337;2 parties droite;-a;cste; -;R2;note;R2’;;&-a;cste; -;R2;note;R2’; 1 à 400;125;51; -;847;dte;25;tf;&184;63; -;694;poly;216;SF 31 à 400;129;52; -;849;dte;32;tf;&141;51; -;827;poly;149;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;corrélation;;;;;;;;;;;;; 41-n;0.959;0.922;0.940;;0.346;;;;;;;;;;;;; 1-n;0.814;0.646;0.725;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;; ase;fx;fc;;fx40;fc40;;ase;fx%;fc%;;x;;ase;comp’;continu;ase;comp’;continu 0;22;13;0;22;13;;0;9;4;>0;2657;;-1;0;168;-51;3;0 10;141;464;1;20;60;;10;59;130;<0;352;;-2;18;0;-52;0;3 20;93;279;2;5;59;;20;39;78;zéro;22;;-3;0;0;-53;4;0 30;92;196;3;23;38;;30;38;55;total;3031;;-4;91;885;-54;1;0 40;63;226;4;21;48;;40;26;64;;c;;-5;0;1;-55;0;1 50;101;178;5;10;43;;50;42;50;>0;3853;;-6;2;0;-56;4;0 60;130;183;6;12;28;;60;54;51;<0;1300;;-7;11;18;-57;1;0 70;137;193;7;12;31;;70;57;54;zéro;13;;-8;6;71;-58;3;0 80;126;160;8;9;37;;80;53;45;total;5166;;-9;2;1;-59;4;2 90;104;171;9;17;53;;90;43;48;;;;-10;4;9;-60;0;0 100;101;126;10;12;67;;100;42;35;;;;-11;17;22;-61;0;0 110;95;122;11;9;49;;110;40;34;;;;-12;5;0;-62;2;0 120;82;98;12;11;33;;120;34;28;;;;-13;6;12;-63;0;0 130;96;96;13;8;33;;130;40;27;;;;-14;18;12;-64;1;0 140;89;88;14;5;26;;140;37;25;;;;-15;11;1;-65;3;0 150;62;78;15;11;23;;150;26;22;;;;-16;4;5;-66;1;0 160;73;82;16;17;28;;160;30;23;;;;-17;12;6;-67;2;1 170;66;71;17;6;23;;170;28;20;;;;-18;4;0;-68;2;0 180;59;57;18;8;12;;180;25;16;;;;-19;6;5;-69;1;0 190;61;70;19;10;17;;190;25;20;;;;-20;5;6;-70;0;2 200;65;58;20;8;35;;200;27;16;;;;-21;1;0;-71;0;0 210;55;45;21;15;20;;210;23;13;;;;-22;2;3;-72;2;0 220;39;46;22;11;24;;220;16;13;;;;-23;8;7;-73;0;0 230;42;53;23;7;23;;230;18;15;;;;-24;7;0;-74;1;1 240;39;37;24;10;14;;240;16;10;;;;-25;1;5;-75;0;0 250;41;48;25;11;18;;250;17;13;;;;-26;8;5;-76;0;1 260;36;17;26;2;24;;260;15;5;;;;-27;0;1;-77;0;0 270;43;33;27;17;14;;270;18;9;;;;-28;3;4;-78;0;0 280;34;33;28;6;14;;280;14;9;;;;-29;3;4;-79;0;1 290;23;29;29;4;28;;290;10;8;;;;-30;2;0;-80;1;0 300;22;29;30;9;17;;300;9;8;;;;-31;4;1;-81;1;0 310;31;21;31;1;22;;310;13;6;;;;-32;7;4;-82;2;1 320;22;22;32;6;34;;320;9;6;;;;-33;2;0;-83;0;0 330;16;20;33;10;20;;330;7;6;;;;-34;3;1;-84;0;0 340;20;32;34;4;23;;340;8;9;;;;-35;6;0;-85;0;0 350;22;24;35;4;22;;350;9;7;;;;-36;1;0;-86;2;1 360;24;19;36;7;19;;360;10;5;;;;-37;1;2;-87;1;0 370;14;16;37;7;23;;370;6;4;;;;-38;5;0;-88;1;0 380;11;14;38;7;29;;380;5;4;;;;-39;0;0;-89;0;1 390;13;14;39;7;14;;390;5;4;;;;-40;2;1;-90;0;0 400;15;10;40;10;20;;400;6;3;;;;-41;0;3;-91;0;1 reste;259;295;;2268;2688;;;;;;;;-42;2;0;-92;0;0 total;2679;3866;;2679;3866;;t30;136;264;;;;-43;2;1;-93;2;0 diagr;2398;3558;;389;1165;;t50;204;377;;;;-44;2;4;-94;0;2 - t30;2072;2619;;;;;;;;;;;-45;0;0;-95;0;1 - t50;1908;2215;;;;;;;;;;;-46;0;1;-96;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;2;1;-97;0;2 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;-98;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;2;-99;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;3;0;-100;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;53;28;reste;8;7 ;;;;;;;;;;;;;total;352;1300;total;53;28 </pre> ====ase intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_négatifs_S-|ase intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ase;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;; comp’;0;18;0;84;0;2;10;5;2;4;15;4;4;17;10;4;11;4;5;5;1;2;7;6;1;8;0;2;3;1;3;5;2;3;5;1;1;5;0;1;0;2;2;1;0;0;2;0;0;2;2;0;3;1;0;4;0;2;4;0;0;2;0;1;3;1;2;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;2;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;8;319;49 continu;168;0;0;892;1;0;19;72;1;9;24;1;14;13;2;5;7;0;6;6;0;3;8;1;5;5;1;5;4;1;2;6;0;1;1;0;2;0;0;2;3;0;1;5;0;1;1;0;2;1;1;3;1;0;1;0;1;1;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;2;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;1;6;1333;32 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;ase;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;reste;total ;comp’;0;18;0;91;0;2;11;6;2;4;17;5;6;18;11;4;12;4;6;5;1;2;8;7;1;8;0;3;3;2;4;7;2;3;6;1;1;5;0;2;0;2;2;2;0;0;2;0;0;3;53;352;3;0;4;1;0;4;1;3;4;0;0;2;0;1;3;1;2;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;2;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;8;53 ;continu;168;0;0;885;1;0;18;71;1;9;22;0;12;12;1;5;6;0;5;6;0;3;7;0;5;5;1;4;4;0;1;4;0;1;0;0;2;0;0;1;3;0;1;4;0;1;1;0;2;0;28;1300;0;3;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;2;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;7;28 </pre> ====ase autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires|ase autres intercalaires]] <pre> ase;autres intercalaires;;adresses1;;;ase;autres intercalaires;;adresses2;;;ase;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;12497;78;;;deb;°CDS;1519931;217;comp;;deb;°CDS;6543191;412; ;&tRNA;13471;245;;;;&tRNA;1520472;315;;;;&tRNA;6544032;152; ;&tRNA;13790;202;;;fin;°CDS;1520860;;;;;&tRNA;6544259;380; fin;°CDS;14065;;comp;;deb;°CDS;1522138;47;;;deb;°CDS;6544712;113; deb;°CDS;45153;279;comp;;;&tRNA;1522359;827;;;;&tRNA;6546031;178; ;&tRNA;46248;257;comp;;fin;°CDS;1523260;;comp;;fin;°CDS;6546284;; fin;°CDS;46588;;;;deb;°CDS;1604562;38;;;deb;°CDS;6934653;69; deb;°CDS;65469;387;comp;;;&tRNA;1605065;1132;;;;&tRNA;6935889;51;comp ;&tRNA;66711;151;comp;;fin;°CDS;1606269;;;;fin;°CDS;6936014;;comp fin;°CDS;66936;;comp;;deb;°CDS;1618796;261;comp;;deb;°CDS;6991353;983;comp deb;°CDS;145264;595;comp;;;ncRNA;1619690;61;comp;;;$rRNA;6992612;176;comp ;&tRNA;146168;15;comp;;fin;°CDS;1620155;;;;;$rRNA;6992905;344;comp ;&tRNA;146260;62;comp;;deb;°CDS;1935668;362;comp;;;$rRNA;6996322;530;comp ;&tRNA;146396;338;comp;;;&tRNA;1936828;131;comp;;fin;°CDS;6998368;;comp fin;°CDS;146807;;comp;;fin;°CDS;1937036;;;;deb;°CDS;7455514;167; deb;°CDS;153733;555;;;deb;°CDS;2434657;19;;;;&tRNA;7456776;55;comp ;$rRNA;155650;345;;;;&tRNA;2435579;151;comp;;fin;°CDS;7456903;;comp ;$rRNA;157512;105;;;fin;°CDS;2435813;;;;deb;°CDS;7481701;83; ;$rRNA;160691;377;;;deb;°CDS;2570204;793;comp;;;$rRNA;7484073;175;comp fin;°CDS;161185;;comp;;;$rRNA;2571618;352;;;;$rRNA;7484365;352;comp deb;°CDS;164168;92;;;;$rRNA;2573486;100;;;;$rRNA;7487790;799;comp ;&tRNA;164809;274;;;;$rRNA;2576661;247;;;fin;°CDS;7490105;;comp fin;°CDS;165158;;;;fin;°CDS;2577025;;comp;;deb;°CDS;7670534;136; deb;°CDS;261106;434;;;deb;°CDS;4900233;19;comp;;;&tRNA;7671789;18;comp ;&tRNA;262062;817;;;;&tRNA;4901800;29;comp;;;&tRNA;7671882;38;comp fin;°CDS;262948;;;;;&tRNA;4901908;19;comp;;;&tRNA;7671991;116;comp deb;°CDS;457033;185;comp;;deb;°CDS;4902001;23;comp;;fin;°CDS;7672180;;comp ;&tRNA;458877;74;;;;&tRNA;4902345;31;comp;;deb;°CDS;7710075;136; fin;°CDS;459025;;comp;;fin;°CDS;4902449;;comp;;;&tRNA;7711330;28;comp deb;°CDS;568633;491;;;deb;°CDS;4989030;22;;;;&tRNA;7711433;38;comp ;$rRNA;569499;345;;;;&tRNA;4989784;278;;;;&tRNA;7711542;112;comp ;$rRNA;571360;114;;;fin;°CDS;4990157;;comp;;fin;°CDS;7711727;; ;$rRNA;574548;245;;;deb;°CDS;5443888;409;;;deb;°CDS;8111157;546; fin;°CDS;574910;;;;;&tRNA;5444936;20;;;;&tRNA;8112390;532;comp deb;°CDS;627485;42;;;;&tRNA;5445030;32;;;;&tRNA;8112998;57;comp ;&tRNA;628439;8;;;fin;°CDS;5445144;;comp;;;&tRNA;8113128;451;comp fin;°CDS;628521;;comp;;deb;°CDS;6208479;104;;;fin;°CDS;8113651;;comp deb;°CDS;643285;1343;;;;&tRNA;6209594;9;comp;;deb;°CDS;8275151;65; ;&tRNA;645777;459;;;;&tRNA;6209676;17;comp;;;&tRNA;8275876;419; fin;°CDS;646309;;comp;;;&tRNA;6209767;5;comp;;fin;°CDS;8276367;;comp deb;°CDS;747348;430;;;;&tRNA;6209865;4;comp;;deb;°CDS;8391343;135;comp ;&tRNA;748768;148;comp;;;&tRNA;6209944;11;comp;;;&tRNA;8392786;296;comp fin;°CDS;749000;;;;;&tRNA;6210027;4;comp;;fin;°CDS;8393159;;comp deb;°CDS;752175;94;;;;&tRNA;6210105;3;comp;;deb;°CDS;8397029;599;comp ;&tRNA;754798;47;;;;&tRNA;6210181;43;comp;;;&tRNA;8399713;71;comp ;&tRNA;754918;138;;;;&tRNA;6210298;345;comp;;fin;°CDS;8399858;;comp fin;°CDS;755129;;;;fin;°CDS;6210715;;comp;;deb;°CDS;8601686;81;comp deb;°CDS;755829;79;;;deb;°CDS;6288256;317;comp;;;&tRNA;8603210;37;comp ;&tRNA;756304;103;;;;&tRNA;6290910;43;comp;;fin;°CDS;8603318;;comp fin;°CDS;756480;;;;fin;°CDS;6291049;;;;deb;°CDS;8623005;64; deb;°CDS;940643;55;;;deb;°CDS;6397947;699;;;;&tRNA;8623795;171;comp ;&tRNA;942060;221;;;;&tRNA;6399123;199;;;fin;°CDS;8624043;;comp fin;°CDS;942364;;;;;&tRNA;6399396;157;;;deb;°CDS;8821061;136;comp deb;°CDS;1120784;33;;;;&tRNA;6399626;64;;;;&tRNA;8822283;175; ;tmRNA;1121477;553;;;;&tRNA;6399763;81;;;fin;°CDS;8822532;;comp fin;°CDS;1122412;;comp;;;&tRNA;6399916;141;;;deb;°CDS;8945870;190; deb;°CDS;1155560;203;comp;;;&tRNA;6400131;144;;;;&tRNA;8946954;204; ;&tRNA;1156105;89;comp;;;&tRNA;6400352;1;;;fin;°CDS;8947235;;comp fin;°CDS;1156267;;comp;;;&tRNA;6400428;5;;;deb;°CDS;8963177;104;comp deb;°CDS;1222705;262;;;;&tRNA;6400506;34;;;;ncRNA;8966809;83;comp ;&tRNA;1223897;244;comp;;deb;°CDS;6400612;35;;;;&tRNA;8966988;273; fin;°CDS;1224225;;comp;;;&tRNA;6401091;110;;;fin;°CDS;8967346;;comp deb;°CDS;1237525;91;;;;&tRNA;6401274;4;;;deb;°CDS;8969168;91; ;&tRNA;1238207;54;;;;&tRNA;6401352;1;;;;&tRNA;8969592;116;comp fin;°CDS;1238337;;comp;;;&tRNA;6401429;5;;;fin;°CDS;8969798;; deb;°CDS;1248040;132;comp;;;&tRNA;6401509;30;;;deb;°CDS;9077764;329; ;&tRNA;1249399;118;;;;&tRNA;6401615;5;;;;&tRNA;9079185;370;comp ;&tRNA;1249593;-12;;;;&tRNA;6401692;1;;;fin;°CDS;9079627;;comp fin;°CDS;1249654;;comp;;;&tRNA;6401781;6;;;deb;°CDS;9084051;524;comp deb;°CDS;1335812;296;;;;ncRNA;6401861;7;;;;&tRNA;9087239;40;comp ;&tRNA;1336393;13;comp;;;&tRNA;6402235;97;;;;&tRNA;9087352;408;comp fin;°CDS;1336479;;comp;;;&tRNA;6402407;14;;;fin;°CDS;9087851;; deb;°CDS;1399552;373;comp;;;&tRNA;6402492;11;;;deb;°CDS;9100587;77;comp ;&tRNA;1400450;130;comp;;;&tRNA;6402577;1;;;;&tRNA;9101627;1017; ;&tRNA;1400651;38;;;;&tRNA;6402652;1;;;fin;°CDS;9102729;;comp fin;°CDS;1400763;;;;;&tRNA;6402729;1;;;;;;; deb;°CDS;1406634;585;comp;;;&tRNA;6402806;5;;;;;;; ;$rRNA;1407435;344;;;;&tRNA;6402885;44;;;;;;; ;$rRNA;1409295;105;;;;&tRNA;6403003;1;;;;;;; ;$rRNA;1412474;122;;;;&tRNA;6403090;2;;;;;;; fin;°CDS;1412713;;comp;;;&tRNA;6403166;96;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;6403333;411;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;6403817;;comp;;;;;; </pre> ====ase intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_tRNA|ase intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;245;;78;comp’;202;;19;13;; ;;;279;comp’;257;;22;19;'''deb; ;;;387;;151;;23;31;<201;18 ;15;;595;;338;;35;34;total;32 ;62;;;;;;38;37;taux;56% ;;;92;;274;;42;38;; ;;;434;;817;;47;51;'''fin; ;;comp’;185;comp’;74;;55;55;<201;16 ;;;42;comp’;8;;65;71;total;28 ;;;1343;comp’;459;;78;89;taux;57% ;;comp’;430;comp’;148;;79;103;; ;47;;94;;138;;81;116;'''total; ;;;79;;103;;91;138;<201;34 ;;;55;;221;;92;151;total;60 ;;;203;;89;;94;171;taux;57% ;;comp’;262;;244;;113;178;; ;;;91;comp’;54;;135;221;; ;118;comp’;132;comp’;-12;;190;244;; ;;comp’;296;;13;;203;274;; comp’;130;;373;;38;;279;296;; ;;comp’;217;;315;;317;315;; ;;;47;comp’;827;;362;338;; ;;;38;;1132;;373;345;; ;;;362;comp’;131;;387;370;; ;;comp’;19;comp’;151;;409;380;; ;29;;19;;19;;412;451;; ;;;23;;31;;434;817;; ;;;22;comp’;278;;524;1132;; ;20;;409;comp’;32;;595;'''-;; 5aas;9 17 5 4 11 ;comp’;104;;345;;599;'''-;; 3aas;4 3 43;;;;;;699;'''-;; ;;;317;comp’;43;;1343;'''-;'''comp’;'''cumuls 8aas;199 157 64 81 141 144 1 5;;699;;34;;19;'''-12;; 7aas;110 4 1 5 30 5 1 6ncRNA7;;35;comp’;411;;64;8;'''deb; 11aas ;97 14 11 1 1 1 5 44 1 2 96;;;;;;69;32;<201;12 ;152;;412;;380;;77;43;total;18 ;;;113;;178;;91;54;taux;67% ;;comp’;69;;51;;104;74;; ;;comp’;167;;55;;132;112;'''fin; ;18 38;comp’;136;;116;;136;116;<201;12 ;28 38;comp’;136;comp’;112;;136;131;total;23 ;532 57;comp’;546;;451;;136;148;taux;34% ;;;65;comp’;419;;167;151;; ;;;135;;296;;185;175;'''total; ;;;599;;71;;217;202;<201;24 ;;;81;;37;;262;204;total;41 ;;comp’;64;;171;;296;257;taux;59% ;;comp’;136;comp’;175;;329;273;; ;;;190;comp’;204;;430;278;; ;;;;comp’;273;;546;408;; ;;comp’;91;comp’;116;;'''-;411;; ;;comp’;329;;370;;'''-;419;; ;40;;524;comp’;408;;'''-;459;; ;;comp’;77;comp’;1017;;'''-;827;; ;;;;;;;'''-;1017;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;30;28;58;;;;;;; total;50;51;101;;;;;;; taux;60%;55%;57%;;;;;;; </pre> ===blo=== ====blo opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_opérons|blo opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Bifi_long_NCC2705/bifiLong-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_004307.2;blo;genome;57;;; 60%GC;30.6.19 Paris;16s 4;NCBI;gtRNAdb;doubles;intercalaires ;Bifidobacterium longum NCC2705;;;;; ;115187..115260;;val;gta;; ;;;;;; ;159243..160772;;16s;;@1;430 ;161203..164268;;23s;;;168 ;164437..164556;;5s;;; ;;;;;; comp;207382..207457;;tgg;tgg;; ;;;;;; comp;382849..382924;;aac;aac;+;43 comp;382968..383040;;aac;aac;2 aac; ;;;;;; comp;440078..440150;;aac;aac;; ;;;;;; ;503549..503624;;gly;ggc;+;24 ;503649..503719;;tgc;tgc;2 ggc;41 ;503761..503835;;val;gtc;;45 ;503881..503953;;val;gtg;;31 ;503985..504060;;gly;ggc;; ;;;;;; ;521008..521084;;pro;ccc;; ;;;;;; ;648764..648851;;leu;ctc;; ;;;;;; comp;747296..747369;;arg;cgt;+;29 comp;747399..747472;;arg;cgt;2 cgt; ;;;;;; ;775646..775716;;gln;caa;; ;;;;;; ;778709..778784;;ala;gcc;+;86 ;778871..778946;;ala;gcc;2 gcc; ;;;;;; ;793729..793805;;pro;cca;; ;;;;;; comp;804390..804463;;leu;ttg;; ;;;;;; comp;841055..841136;;leu;tta;; ;;;;;; ;937056..937131;;cac;cac;; ;;;;;; comp;981177..981253;;arg;aga;; ;;;;;; ;1202433..1202505;;thr;acg;;87 ;1202593..1202676;;leu;cta;; ;;;;;; ;1208139..1208211;;thr;acg;; ;;;;;; comp;1264390..1264465;;val;gtg;;48 comp;1264514..1264585;;val;gtc;;46 comp;1264632..1264704;;gly;ggc;; ;;;;;; comp;1280591..1280666;;arg;cgg;; ;;;;;; ;1295466..1295542;;atg;atgf;; ;;;;;; comp;1350001..1350074;;lys;aag;; ;;;;;; comp;1388875..1388950;;lys;aaa;; ;;;;;; ;1410594..1410681;;ser;tcc;; ;;;;;; comp;1424793..1424867;;gln;cag;;36 comp;1424904..1424979;;glu;gag;; ;;;;;; comp;1524142..1524215;;gly;ggg;; ;;;;;; ;1534802..1534887;;leu;ctg;; ;;;;;; ;1606163..1606236;;ile;atc;;42 ;1606279..1606351;;ala;gca;; ;;;;;; comp;1646835..1646911;;thr;aca;; ;;;;;; ;1705902..1707431;;16s;;;429 ;1707861..1710926;;23s;;;168 ;1711095..1711215;;5s;;; ;;;;;; ;1712083..1713614;;16s;;;422 ;1714037..1717102;;23s;;;168 ;1717271..1717390;;5s;;; ;;;;;; ;1769952..1770027;;ala;gcg;; ;;;;;; ;1905665..1905740;;tgg;tgg;; ;;;;;; ;1908902..1910431;;16s;;;428 ;1910860..1913926;;23s;;;168 ;1914095..1914214;;5s;;; ;;;;;; ;1936132..1936205;;gly;gga;; ;;;;;; ;1971396..1971477;;tac;tac;;1 ;1971479..1971550;;thr;acc;;4 ;1971555..1971631;;atg;atgj;; ;;;;;; ;1979312..1979401;;ser;agc;; ;;;;;; ;2016025..2016112;;ser;tcg;; ;;;;;; ;2047072..2047159;;ser;tca;; ;;;;;; comp;2068637..2068713;;pro;ccg;; ;;;;;; comp;2085402..2085473;;glu;gaa;; ;;;;;; ;2087969..2088042;;gac;gac;;47 ;2088090..2088165;;ttc;ttc;; ;;;;;; ;2110850..2110926;;gac;gac;; ;;;;;; ;2130626..2130699;;atg;atgi;; ;;;;;; ;2171440..2171512;;arg;agg;; </pre> ====blo cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_cumuls|blo cumuls]] <pre> blo cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;4;1;1;- ;16 23 5s 0;4;20;1; ;16 atc gca;0;40;4; ;16 23 5s a;0;60;7; ;max a;0;80;0; ;a doubles;0;100;2; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;0; sans ;opérons;41;160;0; ;1 aa;31;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;4;;0; ;total aas;55;;15;0 total aas;;55;;; remarques;;1;;; avec jaune;;;moyenne;41; ;;;variance;24; sans jaune;;;moyenne;34; ;;;variance;16; </pre> ====blo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_blocs|blo blocs]] <pre> blo blocs;;;; 16s;430;1530;422;1532 23s;168;3066;168;3066 5s;;120;;120 ;;;; 16s;429;1530;428;1530 23s;168;3066;168;3067 5s;;121;;120 </pre> ====blo remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_remarques|blo remarques]] ====blo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_distribution|blo distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;1;ggc;3;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total blo;;31;;;;;;;blo;19;;;;;;;;blo;6;;;;;; </pre> ====blo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_données_intercalaires|blo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;blo;fx;fc;blo;fx40;fc40;blo;x-;c-;c;x;c;x;aa 2;1;0;2;1;0;2;1;-1;;52;163;190;CDS 16s;; ;0;10;17;87;1;1;12;-2;1;0;231;284;618;518; ;0;20;8;70;2;1;15;-3;;0;-17;-39;573;; ;0;30;15;50;3;1;8;-4;2;109;154;558;5s 16s;; ;1;40;14;34;4;2;5;-5;;0;148;159;866;; ;0;50;16;40;5;3;9;-6;;1;64;95;16s 23s;; ;2;60;17;51;6;1;9;-7;;1;216;204;432;; 1;4;70;16;43;7;1;4;-8;2;8;60;336;3* 431;; 1;3;80;18;40;8;1;8;-9;;0;187;76;23s 5s;; ;0;90;27;47;9;4;6;-10;;3;117;288;4* 170;; 2;1;100;14;34;10;2;11;-11;;9;116;206;5s CDS;; ;1;110;15;42;11;1;10;-12;;0;94;167;375;188; ;4;120;17;40;12;0;7;-13;;0;218;193;;251; ;2;130;18;38;13;1;7;-14;1;10;206;97;tRNA tRNA;; ;1;140;16;38;14;2;3;-15;;0;272;215;43;;aac ;3;150;15;30;15;1;14;-16;;1;467;175;**;;aac 1;3;160;24;25;16;0;8;-17;1;7;67;580;27;;ggc 1;1;170;12;43;17;0;9;-18;;0;192;469;41;;tgc 1;2;180;20;33;18;1;5;-19;1;2;158;-8;48;;gtc 1;1;190;8;15;19;1;3;-20;1;1;149;62;31;;gtg 1;3;200;10;24;20;1;4;-21;;0;251;356;**;;ggc 3;1;210;15;14;21;0;7;-22;1;0;192;309;29;;cgt 1;2;220;16;16;22;2;6;-23;;0;256;204;**;;cgt ;2;230;12;11;23;2;8;-24;;0;365;519;89;;gcc ;1;240;5;17;24;3;4;-25;1;0;433;333;**;;gcc ;1;250;9;12;25;1;6;-26;;1;113;253;87;;acg 1;2;260;6;11;26;3;7;-27;;0;199;;**;;cta ;0;270;6;17;27;1;3;-28;1;1;75;;48;;gtg ;2;280;11;11;28;1;3;-29;;0;142;;46;;gtc 2;0;290;4;3;29;1;4;-30;;0;74;;**;;ggc ;0;300;5;12;30;1;2;-31;;1;306;;39;;cag 1;1;310;6;7;31;2;6;-32;1;0;871;;**;;gag ;1;320;5;11;32;1;3;-33;;0;102;;42;;atc ;2;330;3;3;33;4;2;-34;;0;314;;**;;gca 2;0;340;7;5;34;1;4;-35;1;0;130;;1;;tac ;0;350;2;3;35;0;2;-36;;0;55;;4;;acc 1;0;360;6;6;36;1;3;-37;;0;329;;**;;atgj ;1;370;3;1;37;1;3;-38;1;0;130;;47;;gac ;1;380;5;4;38;1;2;-39;1;0;37;;**;;ttc ;0;390;2;2;39;1;9;-40;;0;178;;;; ;1;400;3;3;40;2;0;-41;;0;519;;;; 4;5;reste;49;51;reste;443;803;-42;;0;61;;;; 26;56;total;499;1045;total;499;1045;-43;;1;71;;;; 20;50;diagr;448;993;diagr;54;241;-44;;0;376;;;; 0;0; t30;40;207;;;;-45;;0;397;;;; ;;;;;;;;-46;;0;327;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;179;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;245;;;; ;x;497;18;2;517;;;-49;;0;222;;;; ;c;1044;210;1;1255;;;-50;;0;271;;;; ;;;;;1772;128;;reste;2;2;69;;;; ;;;;;;1900;;total;18;210;224;;;; ;;;;;;;;;;;422;;;; ;;;;;;;;;;;117;;;; ;;;;;;;;;;;137;;;; ;;;;;;;;;;;156;;;; </pre> =====blo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires_aas|blo autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;blo;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;54774;6;comp; ;regulatory;55434;84;comp; fin;CDS;55670;;; deb;CDS;114598;163;; ;tRNA;115187;231;;gta fin;CDS;115492;;; deb;CDS;139965;-10;comp; ;regulatory;140900;336;comp; fin;CDS;141345;;; deb;CDS;158126;618;; ;rRNA;159245;432;;16s ;rRNA;161203;170;;23s ;rRNA;164439;188;;5s fin;CDS;164744;;comp; deb;CDS;205431;187;; ;tmRNA;206548;238;; deb;CDS;207183;-17;comp; ;tRNA;207388;154;comp;tgg fin;CDS;207612;;comp; deb;CDS;327271;8;; ;ncRNA;327873;493;comp; fin;CDS;328741;;; deb;CDS;381615;190;; ;tRNA;382849;43;comp;aac ;tRNA;382968;284;comp;aac fin;CDS;383325;;; deb;CDS;439838;-39;; ;tRNA;440078;558;comp;aac fin;CDS;440709;;; deb;CDS;502556;159;comp; ;tRNA;503549;27;;ggc ;tRNA;503649;41;;tgc ;tRNA;503761;48;;gtc ;tRNA;503881;31;;gtg ;tRNA;503985;148;;ggc fin;CDS;504209;;; deb;CDS;518814;64;; ;tRNA;521008;216;;ccc fin;CDS;521298;;; deb;CDS;647871;95;comp; ;tRNA;648764;60;;ctc fin;CDS;648912;;; deb;CDS;745690;187;comp; ;tRNA;747296;29;comp;cgt ;tRNA;747399;117;comp;cgt fin;CDS;747590;;comp; deb;CDS;774507;116;; ;tRNA;775646;94;;caa fin;CDS;775811;;; deb;CDS;777792;218;; ;tRNA;778709;89;;gcc ;tRNA;778871;206;;gcc fin;CDS;779150;;; deb;CDS;790385;272;; ;tRNA;793729;467;;cca fin;CDS;794270;;; deb;CDS;803537;67;comp; ;tRNA;804390;204;comp;ttg fin;CDS;804668;;; deb;CDS;840296;192;comp; ;tRNA;841058;158;comp;tta fin;CDS;841295;;comp; deb;CDS;884674;174;comp; ;regulatory;885043;70;comp; fin;CDS;885217;;comp; deb;CDS;902480;104;comp; ;regulatory;903184;90;comp; fin;CDS;903379;;comp; deb;CDS;935658;336;comp; ;tRNA;937056;149;;cac fin;CDS;937281;;; deb;CDS;980173;251;comp; ;tRNA;981180;76;comp;aga fin;CDS;981330;;; deb;CDS;1200444;288;comp; ;tRNA;1202433;87;;acg ;tRNA;1202593;192;;cta fin;CDS;1202866;;; deb;CDS;1206664;206;comp; ;tRNA;1208139;167;;acg fin;CDS;1208379;;comp; deb;CDS;1263240;256;comp; ;tRNA;1264393;48;comp;gtg ;tRNA;1264514;46;comp;gtc ;tRNA;1264632;193;comp;ggc fin;CDS;1264898;;; deb;CDS;1279836;365;comp; ;tRNA;1280591;97;comp;cgg fin;CDS;1280764;;; deb;CDS;1294216;215;comp; ;tRNA;1295466;433;;atgf fin;CDS;1295976;;; deb;CDS;1349627;113;comp; ;tRNA;1350001;199;comp;aag fin;CDS;1350274;;comp; deb;CDS;1387168;75;comp; ;tRNA;1388878;175;comp;aaa fin;CDS;1389126;;; deb;CDS;1408202;580;comp; ;tRNA;1410594;469;;tcc fin;CDS;1411148;;comp; deb;CDS;1424162;142;comp; ;tRNA;1424793;39;comp;cag ;tRNA;1424907;-8;comp;gag fin;CDS;1424972;;; deb;CDS;1446913;71;comp; ;ncRNA;1448136;433;comp; fin;CDS;1448664;;; deb;CDS;1477877;47;comp; ;regulatory;1479277;128;comp; fin;CDS;1479502;;comp; deb;CDS;1523012;62;; ;tRNA;1524142;74;comp;ggg fin;CDS;1524290;;comp; deb;CDS;1533182;306;; ;tRNA;1534802;871;;ctg fin;CDS;1535759;;; deb;CDS;1605867;102;; ;tRNA;1606163;42;;atc ;tRNA;1606279;356;;gca fin;CDS;1606708;;comp; deb;CDS;1645027;314;comp; ;tRNA;1646838;130;comp;aca fin;CDS;1647042;;comp; deb;CDS;1704570;578;comp; ;rRNA;1705904;431;;16s ;rRNA;1707861;170;;23s ;rRNA;1711097;866;;5s ;rRNA;1712080;431;;16s ;rRNA;1714037;170;;23s ;rRNA;1717273;251;;5s fin;CDS;1717641;;comp; deb;CDS;1769786;55;; ;tRNA;1769952;329;;gcg fin;CDS;1770354;;; deb;CDS;1904329;130;; ;tRNA;1905665;37;;tgg fin;CDS;1905778;;; deb;CDS;1907638;573;; ;rRNA;1908904;431;;16s ;rRNA;1910861;170;;23s ;rRNA;1914097;375;;5s fin;CDS;1914589;;; deb;CDS;1935774;178;; ;tRNA;1936132;519;;gga fin;CDS;1936725;;; deb;CDS;1969854;309;comp; ;tRNA;1971396;1;;tac ;tRNA;1971479;4;;acc ;tRNA;1971555;61;;atgj fin;CDS;1971690;;; deb;CDS;1978293;71;; ;tRNA;1979312;376;;agc fin;CDS;1979775;;; deb;CDS;2014827;397;; ;tRNA;2016025;327;;tcg fin;CDS;2016437;;; deb;CDS;2045606;179;; ;tRNA;2047072;245;;tca fin;CDS;2047402;;; deb;CDS;2067227;222;comp; ;tRNA;2068640;204;comp;ccg fin;CDS;2068918;;; deb;CDS;2084303;271;comp; ;tRNA;2085402;69;comp;gaa fin;CDS;2085543;;comp; deb;CDS;2086731;224;; ;tRNA;2087969;47;;gac ;tRNA;2088090;519;;ttc fin;CDS;2088685;;comp; deb;CDS;2108837;333;comp; ;tRNA;2110850;422;;gac fin;CDS;2111349;;; deb;CDS;2129279;117;; ;tRNA;2130626;137;;atgi fin;CDS;2130837;;; deb;CDS;2170074;253;comp; ;tRNA;2171440;156;;agg fin;CDS;2171669;;; </pre> ====blo intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_entre_cds|blo intercalaires entre cds]] *'''Tableau''' <pre> blo;2.2.21 Paris;;blo 25.10.20;;;;;;; blo;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;228;12.9;'''négatif ;-8;13;-1 à -102;'''2 256 640;-1;228 ;'''zéro;3;0.2;;;;;'''intercals;0;3 ;'''1 à 200;1141;64.4;'''0 à 200;88;57;;'''240 201;5;57 ;'''201 à 370;281;15.9;'''201 à 370;265;46;;'''10.6%;10;47 ;'''371 à 600;85;4.8;'''371 à 600;459;65;;;15;46 ;'''601 à max;34;1.9;'''601 à 1028;732;131;;;20;32 ;'''total 1772;<201;77.4;'''total 1770;133;145;-102 à 1039;;25;39 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;26 1260892;1331;-1;228;-70;3;;0;3;35;25 249292;1253;0;3;-60;0;;-1;°52;40;23 620443;1039;1;13;-50;1;;-2;1;45;27 1772723;1037;2;°16;-40;1;;-3;0;50;29 605939;1003;3;9;-30;5;'''min à -1;-4;°111;55;26 1482011;982;4;7;-20;7;228;-5;0;60;42 2120197;922;5;°12;-10;35;12.9%;-6;1;65;34 1612791;831;6;10;0;179;;-7;1;70;25 1661121;780;7;5;10;104;;-8;°10;75;29 1176021;773;8;9;20;78;;-9;0;80;29 934521;765;9;10;30;65;;-10;3;85;31 1783600;752;10;°13;40;48;'''1 à 100;-11;°9;90;43 1589918;746;11;11;50;56;658;-12;0;95;20 550195;745;12;7;60;68;37.1%;-13;0;100;28 1622403;735;13;8;70;59;;-14;°11;105;34 2035292;729;14;5;80;58;;-15;0;110;23 1358695;698;15;°15;90;74;;-16;1;115;36 1450919;688;16;8;100;48;;-17;°8;120;21 1873696;679;17;9;110;57;;-18;0;125;32 1968887;673;18;6;120;57;;-19;3;130;24 1571609;667;19;4;130;56;;-20;°2;135;33 2192649;666;20;5;140;54;;-21;0;140;21 543951;653;21;7;150;45;;-22;1;145;20 551929;649;22;8;160;49;;-23;0;150;25 1166018;635;23;°10;170;55;'''1 à 200;-24;0;155;24 1199447;631;24;7;180;53;1141;-25;1;160;25 132442;628;25;7;190;23;64.4%;-26;1;165;27 1498961;627;26;°10;200;34;;-27;0;170;28 24634;626;27;4;210;29;;-28;°2;175;28 1942663;620;28;4;220;32;;-29;0;180;25 1750223;618;29;5;230;23;;-30;0;185;10 1648197;606;30;3;240;22;;-31;1;190;13 716378;605;31;8;250;21;'''0 à 200;-32;1;195;20 1804621;603;32;4;260;17;1144;;223;200;14 2208591;593;33;6;270;23;;reste;8;205;17 332770;589;34;5;280;22;;total;231;210;12 1653948;587;35;2;290;7;;;;215;17 618810;586;36;4;300;17;;;;220;15 598849;559;37;4;310;13;;intercal;<u>frequencef;225;12 1698789;559;38;3;320;16;;600;1738;230;11 1425641;557;39;°10;330;6;;620;5;235;14 1925114;557;40;2;340;12;'''201 à 370;640;5;240;8 1592846;554;reste;1246;350;5;281;660;2;245;11 733957;552;total;1 772;360;12;15.9%;680;4;250;10 986367;549;;;370;4;;700;2;255;9 1178750;549;;;380;9;;720;;260;8 1832484;546;;;390;4;;740;2;265;11 ;;;;400;6;;760;3;270;12 ;;;;410;5;;780;3;275;15 ;;;;420;11;;800;;280;7 ;;;;430;3;;820;;285;4 ;;;;440;3;;840;1;290;3 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;450;2;;860;;295;8 516682;-102;comp;;460;4;;880;;300;9 267103;-86;shift2;131;470;3;;900;;305;8 822434;-85;comp;;480;3;;920;;310;5 513572;-53;comp;;490;5;;940;1;315;7 287052;-43;shift2;936;500;3;;960;;320;9 398186;-39;comp;;510;2;;980;;325;2 1553080;-38;;;520;3;;1000;1;330;4 1313073;-35;;;530;3;;1020;1;335;5 1110610;-32;;;540;3;'''371 à 600;1040;2;340;7 2249673;-31;;;550;3;85;;32;345;1 946203;-28;;;560;6;4.8%;;;350;4 2164932;-28;;;570;0;;;;355;7 1823782;-26;;;580;0;'''601 à max;;;360;5 794270;-25;;;590;3;34;;;365;2 2058333;-22;;;600;1;1.9%;;;370;2 268522;-20;;;reste;34;;reste;2;reste;119 1310253;-20;;;total;1772;;total;1772;total;1772 </pre> ====blo intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> blo Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; blo;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;33;-233;362;24;728;235;min20;&-5.7;69;-354;69;868;404;min40 31 à 400;;;;;;;2 parties;&28;-174;163;38;897;207;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;93;44;-;590;poly;138;tF;&159;58;;827;dte;41;Sf 31 à 400;;;;;;;;&136;51;-;861;dte;36;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; ;400;200;250;;;;;-0.109;;;;;; 41-n;0.820;0.406;0.537;;;;;;;;;;; 1-n;0.669;0.038;0.255;;;;;;;;;14.8.21 paris;; blo;fx;fc;;blo;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;blo;Sx-;Sc- 0;2;1;;0;4;1;0;2;1;>0;497;-1;0;52 10;17;87;;10;38;88;1;1;12;<0;18;-2;1;0 20;8;70;;20;18;70;2;1;15;zéro;2;-3;0;0 30;15;50;;30;33;50;3;1;8;total;517;-4;2;109 40;14;34;;40;31;34;4;2;5;;c;-5;0;0 50;16;40;;50;36;40;5;3;9;>0;1044;-6;0;1 60;17;51;;60;38;51;6;1;9;<0;210;-7;0;1 70;16;43;;70;36;43;7;1;4;zéro;1;-8;2;8 80;18;40;;80;40;40;8;1;8;total;1255;-9;0;0 90;27;47;;90;60;47;9;4;6;;;-10;0;3 100;14;34;;100;31;34;10;2;11;total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reste;49;51;;;;;reste;443;803;;;-42;0;0 total;499;1045;;t30;89;208;total;499;1045;;;-43;0;1 diagr;448;993;;;;;diagr;54;241;;;-44;0;0 - t30;408;786;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;2;2 ;;;;;;;;;;;;total;18;210 </pre> ====blo intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_négatifs_S-|blo intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> blo;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;1;;2;;;;2;;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;1;;;;1;;;1;;;1;1;;;;;;;;;;;;2;16 continu;52;0;0;109;0;1;1;8;0;3;9;0;0;10;0;1;7;0;2;2;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;212 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;blo;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;2;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;18 ;Sc-;52;0;0;109;0;1;1;8;0;3;9;0;0;10;0;1;7;0;2;1;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;210 </pre> ====blo autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires|blo autres intercalaires]] <pre> blo;autres intercalaires;;adresses1;;;blo;autres intercalaires;;adresses2;;;blo;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;54774;6;comp;;deb;°CDS;840296;192;comp;;deb;°CDS;1645027;314;comp ;regulatory;55434;84;comp;;;&tRNA;841058;158;comp;;;&tRNA;1646838;130;comp fin;°CDS;55670;;;;fin;°CDS;841295;;comp;;fin;°CDS;1647042;;comp deb;°CDS;114598;163;;;deb;°CDS;884674;174;comp;;deb;°CDS;1704570;578;comp ;&tRNA;115187;231;;;;regulatory;885043;70;comp;;;$rRNA;1705904;431; fin;°CDS;115492;;;;fin;°CDS;885217;;comp;;;$rRNA;1707861;170; deb;°CDS;139965;-10;comp;;deb;°CDS;902480;104;comp;;;$rRNA;1711097;866; ;regulatory;140900;336;comp;;;regulatory;903184;90;comp;;;$rRNA;1712080;431; fin;°CDS;141345;;;;fin;°CDS;903379;;comp;;;$rRNA;1714037;170; deb;°CDS;158126;618;;;deb;°CDS;935658;336;comp;;;$rRNA;1717273;251; ;$rRNA;159245;432;;;;&tRNA;937056;149;;;fin;°CDS;1717641;;comp ;$rRNA;161203;170;;;fin;°CDS;937281;;;;deb;°CDS;1769786;55; ;$rRNA;164439;188;;;deb;°CDS;980173;251;comp;;;&tRNA;1769952;329; fin;°CDS;164744;;comp;;;&tRNA;981180;76;comp;;fin;°CDS;1770354;; deb;°CDS;205431;187;;;fin;°CDS;981330;;;;deb;°CDS;1904329;130; ;tmRNA;206548;238;;;deb;°CDS;1200444;288;comp;;;&tRNA;1905665;37; deb;°CDS;207183;-17;comp;;;&tRNA;1202433;87;;;fin;°CDS;1905778;; ;&tRNA;207388;154;comp;;;&tRNA;1202593;192;;;deb;°CDS;1907638;573; fin;°CDS;207612;;comp;;fin;°CDS;1202866;;;;;$rRNA;1908904;431; deb;°CDS;327271;8;;;deb;°CDS;1206664;206;comp;;;$rRNA;1910861;170; ;ncRNA;327873;493;comp;;;&tRNA;1208139;167;;;;$rRNA;1914097;375; 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;&tRNA;521008;216;;;;&tRNA;1388878;175;comp;;;&tRNA;2047072;245; fin;°CDS;521298;;;;fin;°CDS;1389126;;;;fin;°CDS;2047402;; deb;°CDS;647871;95;comp;;deb;°CDS;1408202;580;comp;;deb;°CDS;2067227;222;comp ;&tRNA;648764;60;;;;&tRNA;1410594;469;;;;&tRNA;2068640;204;comp fin;°CDS;648912;;;;fin;°CDS;1411148;;comp;;fin;°CDS;2068918;; deb;°CDS;745690;187;comp;;deb;°CDS;1424162;142;comp;;deb;°CDS;2084303;271;comp ;&tRNA;747296;29;comp;;;&tRNA;1424793;39;comp;;;&tRNA;2085402;69;comp ;&tRNA;747399;117;comp;;;&tRNA;1424907;-8;comp;;fin;°CDS;2085543;;comp fin;°CDS;747590;;comp;;fin;°CDS;1424972;;;;deb;°CDS;2086731;224; deb;°CDS;774507;116;;;deb;°CDS;1446913;71;comp;;;&tRNA;2087969;47; ;&tRNA;775646;94;;;;ncRNA;1448136;433;comp;;;&tRNA;2088090;519; fin;°CDS;775811;;;;fin;°CDS;1448664;;;;fin;°CDS;2088685;;comp deb;°CDS;777792;218;;;deb;°CDS;1477877;47;comp;;deb;°CDS;2108837;333;comp ;&tRNA;778709;89;;;;regulatory;1479277;128;comp;;;&tRNA;2110850;422; ;&tRNA;778871;206;;;fin;°CDS;1479502;;comp;;fin;°CDS;2111349;; fin;°CDS;779150;;;;deb;°CDS;1523012;62;;;deb;°CDS;2129279;117; deb;°CDS;790385;272;;;;&tRNA;1524142;74;comp;;;&tRNA;2130626;137; ;&tRNA;793729;467;;;fin;°CDS;1524290;;comp;;fin;°CDS;2130837;; fin;°CDS;794270;;;;deb;°CDS;1533182;306;;;deb;°CDS;2170074;253;comp deb;°CDS;803537;67;comp;;;&tRNA;1534802;871;;;;&tRNA;2171440;156; ;&tRNA;804390;204;comp;;fin;°CDS;1535759;;;;fin;°CDS;2171669;; fin;°CDS;804668;;;;deb;°CDS;1605867;102;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1606163;42;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1606279;356;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1606708;;comp;;;;;; </pre> ====blo intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_tRNA|blo intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; *;;;163;;231;;'''-17;60;; ;;;-17;;154;;24;61;'''deb; ;43;comp’;190;comp’;284;;65;69;<201;15 ;;comp’;-39;comp’;558;;67;74;total;26 ;27 41 48 31;comp’;159;;148;;71;94;taux;58% ;;;24;;216;;75;117;; ;;comp’;95;;60;;102;130;'''fin; ;29;;187;;117;;113;137;<201;15 ;;;116;;94;;116;148;total;26 ;89;;218;;206;;117;149;taux;58% ;;;212;;467;;142;154;; ;;;67;comp’;204;;163;156;'''total; ;;;192;;158;;179;158;<201;30 ;;comp’;336;;149;;187;192;total;52 ;;;251;comp’;76;;192;199;taux;58% ;87;comp’;288;;192;;212;206;; ;;comp’;206;comp’;167;;218;216;; ;48 46;;256;comp’;193;;222;231;; ;;;365;comp’;97;;224;245;; ;;comp’;215;;433;;251;327;; ;;;113;;199;;256;329;; ;;;75;comp’;175;;271;376;; ;;comp’;580;comp’;469;;306;422;; ;39;;142;comp’;-8;;314;433;; ;;comp’;62;;74;;365;467;; ;;;306;;871;;397;871;'''comp’;'''cumuls ;42;;102;comp’;356;;'''-39;'''-8;'''deb; ;;;314;;130;;62;76;<201;5 ;;;65;;329;;95;97;total;13 ;1 4;comp’;309;;61;;159;167;taux;38% ;;;71;;376;;190;175;'''fin; ;;;397;;327;;206;193;<201;6 ;;;179;;245;;215;204;total;13 ;;;222;comp’;204;;253;204;taux;46% ;;;271;;69;;288;284;; ;47;;224;comp’;519;;309;356;'''total; ;;comp’;333;;422;;333;469;<201;11 ;;;117;;137;;336;519;total;26 ;;comp’;253;;156;;580;558;taux;42% ;;;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;;;; ;<201;20;21;41;;;;;; ;total;39;39;78;;;;;; ;taux;51%;54%;53%;;;;;; </pre> ===sma=== ====sma opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_opérons|sma opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Stre_aver_MA_4680_NBRC_14893/streAver_MA_4680_NBRC_14893-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_003155.5;sma;;;; 70%GC;30.6.19 Paris;16s 6;74;doubles;intercalaires ;Streptomyces avermitilis MA-4680;;;; ;357776..357847;;gtg;; ;;;;; comp;1219274..1219346;;gga;; ;;;;; comp;1225751..1225823;;gga;; ;;;;; ;1675869..1675942;;atgf;; ;;;;; comp;1965347..1965423;;ccc;; ;;;;; comp;1992012..1992088;;ccc;; ;;;;; comp;2222599..2222686;;ctc;; ;;;;; comp;3072632..3072707;;acc;; ;;;;; comp;3073568..3073684;;5s;@1;84 comp;3073769..3076918;;23s;;288 comp;3077207..3078737;;16s;; ;;;;; comp;3295252..3295324;;gag;+;20 comp;3295345..3295416;;cag;3 gag ;21 comp;3295438..3295510;;gag;2 cag;62 comp;3295573..3295645;;gag;;42 comp;3295688..3295759;;cag;; ;;;;; ;3655871..3655942;;cgg;; ;;;;; comp;3813093..3813166;;atgf;; ;;;;; comp;3815457..3815530;;atgf;; ;;;;; comp;4362610..4362695;;tta;; ;;;;; ;4410534..4410608;;caa;; ;;;;; comp;4542466..4542542;;gcg;; ;;;;; ;4589760..4589835;;agg;; ;;;;; comp;4886830..4886906;;aca;; ;;;;; comp;5024109..5024225;;5s;;84 comp;5024310..5027458;;23s;;288 comp;5027747..5029277;;16s;; ;;;;; comp;5051970..5052043;;atgf;; ;;;;; comp;5055486..5055561;;aaa;; ;;;;; ;5063087..5063159;;gaa;;47 ;5063207..5063281;;gac;;24 ;5063306..5063382;;ttc;; ;;;;; ;5068123..5068197;;gac;; ;;;;; ;5081640..5081711;;gga;;79 ;5081791..5081866;;ggc;; ;;;;; ;5085779..5085854;;ggc;; ;;;;; ;5095224..5095311;;tcc;; ;;;;; ;5129698..5129782;;tcg;; ;;;;; comp;5154937..5155009;;cgt;;205 comp;5155215..5155305;;agc;; ;;;;; comp;5177691..5177777;;tca;; ;;;;; comp;5206939..5207028;;agc;; ;;;;; comp;5299302..5299378;;atc;; ;;;;; ;5304905..5304977;;gca;; ;;;;; ;5322106..5322192;;ctg;; ;;;;; comp;5452769..5452842;;ggg;; ;;;;; comp;5594481..5594554;;ccg;; ;;;;; ;5650316..5650389;;acg;; ;;;;; ;5759342..5760872;;16s;;288 ;5761161..5764309;;23s;;84 ;5764394..5764510;;5s;; ;;;;; ;5950170..5950251;;tac;; ;;;;; ;5956602..5956674;;acc;;46 ;5956721..5956793;;atg;; ;;;;; ;5964532..5964607;;tgg;; ;;;;; ;6124386..6125916;;16s;;288 ;6126205..6129353;;23s;;84 ;6129438..6129554;;5s;; ;;;;; comp;6242261..6242335;;tgc;; ;;;;; comp;6279029..6279112;;cta;; ;;;;; comp;6329202..6329278;;aag;; ;;;;; comp;6335068..6335141;;aag;; ;;;;; comp;6349312..6349385;;aag;; ;;;;; comp;6372705..6372777;;cac;; ;;;;; comp;6501509..6501584;;aga;; ;;;;; comp;6604435..6604508;;gga;;153 comp;6604662..6604738;;cca;; ;;;;; ;6653846..6653918;;gcc;; ;;;;; ;6658303..6658375;;gcc;; ;;;;; ;6875603..6875675;;aac;+;5 ;6875681..6875753;;aac;2 aac;166 ;6875920..6875996;;atgi;; ;;;;; ;7021984..7022058;;gta;; ;;;;; ;7025336..7025415;;gtg;; ;;;;; comp;7471270..7471342;;ttg;; ;;;;; ;7765513..7767043;;16s;;284 ;7767328..7770477;;23s;;133 ;7770611..7770727;;5s;; ;;;;; comp;7937463..7937550;;ctc;; ;;;;; comp;8122352..8122426;;gtc;+;40 comp;8122467..8122538;;gtc;3 gtc;19 comp;8122558..8122629;;gtc;;1 comp;8122631..8122704;;tgc;;38 comp;8122743..8122815;;ggc;; ;;;;; ;8129564..8129635;;gtg;; ;;;;; ;8139938..8140012;;gtg;; ;;;;; ;8328596..8330126;;16s;;288 ;8330415..8333563;;23s;;84 ;8333648..8333764;;5s;; ;;;;; ;8576989..8577062;;ccc;; </pre> ====sma cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_cumuls|sma cumuls]] <pre> sma cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;6;1;1;- ;16 23 5s 0;6;20;3; ;16 atc gca;0;40;4; ;16 23 5s a;0;60;3; ;max a;0;80;2; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;0; sans ;opérons;56;160;1; ;1 aa;48;180;1; ;max a;5;200;0; ;a doubles;3;;1; ;total aas;72;;16;0 total aas;;72;;; remarques;;1;;; avec jaune;;;moyenne;61; ;;;variance;61; sans jaune;;;moyenne;34; ;;;variance;22; </pre> ====sma blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_blocs|sma blocs]] <pre> sma blocs;;;;;; 5s;84;117;84;117;288;1531 23s;288;3150;288;3149;84;3149 16s;;1531;;1531;;117 ;;;;;; 16s;288;1531;284;1531;288;1531 23s;84;3149;133;3150;84;3149 5s;;117;;117;;117 </pre> ====sma remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_remarques|sma remarques]] ====sma données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_données_intercalaires|sma données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;sma;fx;fc;sma;fx40;fc40;sma;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;1;0;9;11;0;9;11;-1;0;126;116;509;CDS 16s;; ;0;10;75;332;1;10;35;-2;4;0;467;132;615;852; ;0;20;67;220;2;3;44;-3;0;0;1265;480;653;675; ;1;30;85;143;3;13;35;-4;15;752;179;36;607;; 2;2;40;73;167;4;14;34;-5;0;0;403;84;641;; 3;1;50;86;141;5;3;47;-6;2;1;430;99;16s 23s;; 5;0;60;86;121;6;9;25;-7;2;12;563;198;5* 312;; ;3;70;78;135;7;9;22;-8;5;56;83;682;308;; 3;0;80;101;144;8;7;27;-9;0;0;91;176;23s 5s;; 1;2;90;101;123;9;3;27;-10;1;7;210;58;5* 89;; 4;3;100;85;131;10;4;36;-11;9;20;229;49;138;; 2;4;110;86;144;11;5;29;-12;0;0;44;57;5s CDS;; 1;6;120;83;122;12;9;22;-13;3;7;112;387;114;114; 2;0;130;91;136;13;5;25;-14;12;9;568;-3;134;; 4;1;140;77;123;14;3;32;-15;3;0;118;183;77;; 1;3;150;84;119;15;10;21;-16;1;5;416;422;144;; 1;0;160;71;111;16;5;21;-17;3;8;426;376;150;; 1;1;170;71;94;17;4;15;-18;3;0;504;56;tRNA tRNA;; 1;1;180;62;75;18;13;13;-19;4;5;112;236;37;;other 4;4;190;73;79;19;6;27;-20;7;11;218;51;37;;other 1;2;200;61;72;20;7;15;-21;0;0;143;116;34;;other ;1;210;59;68;21;11;15;-22;4;1;149;216;**;;tct 1;1;220;41;62;22;6;17;-23;4;4;186;133;20;;gag 2;1;230;45;58;23;7;13;-24;1;0;94;136;21;;cag 1;0;240;52;61;24;12;14;-25;0;4;186;40;62;;gag 1;0;250;51;69;25;8;12;-26;2;3;200;334;42;;gag ;1;260;54;40;26;7;21;-27;0;0;170;182;**;;cag 2;2;270;45;45;27;10;13;-28;0;2;23;408;47;;gaa ;0;280;32;34;28;12;13;-29;2;2;270;520;24;;gac ;1;290;31;50;29;8;18;-30;1;0;65;131;**;;ttc ;1;300;28;40;30;4;7;-31;2;2;183;340;79;;gga 2;0;310;31;41;31;7;17;-32;2;1;294;269;**;;ggc ;0;320;30;30;32;3;23;-33;1;0;63;719;205;;cgt ;0;330;24;41;33;8;16;-34;2;2;256;50;**;;agc 2;0;340;24;31;34;7;20;-35;2;1;120;223;46;;acc ;0;350;27;19;35;4;22;-36;2;0;33;372;**;;atgj ;0;360;20;29;36;7;17;-37;0;1;108;249;-;153;gga ;0;370;20;23;37;9;11;-38;1;1;1408;80;**;;cca 3;0;380;24;25;38;5;13;-39;3;0;88;305;5;;aac 1;0;390;25;33;39;13;13;-40;2;1;107;44;166;;aac ;1;400;13;23;40;10;15;-41;3;1;148;229;**;;atgi 7;12;reste;300;329;reste;2272;3021;-42;1;0;64;58;40;;gtc 59;56;total;2581;3894;total;2581;3894;-43;2;1;131;104;19;;gtc 51;43;diagr;2272;3554;diagr;300;862;-44;0;1;-10;166;1;;gtc 0;1; t30;227;695;;;;-45;0;0;191;310;38;;tgc ;;;;;;;;-46;1;0;117;377;**;;ggc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;185;97;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;97;147;;; ;x;2572;135;9;2716;;;-49;0;2;424;128;;; ;c;3883;1077;11;4971;;;-50;0;3;400;181;;; ;;;;;7687;164;;reste;23;24;105;267;;; ;;;;;;7851;;total;135;1077;261;92;;; ;;;;;;;;;;;105;97;;; ;;;;;;;;;;;544;101;;; ;;;;;;;;;;;39;187;;; ;;;;;;;;;;;285;127;;; ;;;;;;;;;;;;155;;; ;;;;;;;;;;;;76;;; ;;;;;;;;;;;;76;;; </pre> =====sma autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_autres_intercalaires_aas|sma autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;sma;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;357102;357266;509;*; ;;tRNA;357776;357847;116;*;gtg fin;;CDS;357964;359805;;; deb;;CDS;615881;616378;467;*; ;;tRNA;616846;616941;1265;*;tcg fin;;CDS;618207;618728;;; deb;;CDS;1218971;1219141;132;*; ;comp;tRNA;1219274;1219346;480;*;gga fin;;CDS;1219827;1220234;;; deb;;CDS;1674937;1675689;179;*; ;;tRNA;1675869;1675942;36;*;atgf fin;comp;CDS;1675979;1676188;;0; deb;;CDS;1964411;1965265;84;*; ;comp;tRNA;1965350;1965423;99;*;ccc fin;;CDS;1965523;1966050;;; deb;comp;CDS;1990145;1991611;403;*; ;comp;tRNA;1992015;1992088;198;*;ccc fin;;CDS;1992287;1992997;;; deb;comp;CDS;2220285;2222168;430;*; ;comp;tRNA;2222599;2222686;682;*;ctc fin;;CDS;2223369;2223569;;0; deb;comp;CDS;2801738;2802733;176;*; ;;tRNA;2802910;2803004;37;*;other ;;tRNA;2803042;2803136;37;*;other ;;tRNA;2803174;2803268;34;*;other ;;tRNA;2803303;2803400;563;*;tct fin;;CDS;2803964;2804761;;; deb;;CDS;3069826;3072573;58;*; ;comp;tRNA;3072632;3072707;83;*;acc deb;comp;CDS;3072791;3073453;114;*; ;comp;rRNA;3073568;3073684;89;*;117 ;comp;rRNA;3073774;3076897;312;*;3124 ;comp;rRNA;3077210;3078735;615;*;1526 fin;comp;CDS;3079351;3081036;;; deb;;CDS;3294558;3295202;49;*; ;comp;tRNA;3295252;3295324;20;*;gag ;comp;tRNA;3295345;3295416;21;*;cag ;comp;tRNA;3295438;3295510;62;*;gag ;comp;tRNA;3295573;3295645;42;*;gag ;comp;tRNA;3295688;3295759;91;*;cag fin;comp;CDS;3295851;3296585;;; deb;comp;CDS;3655220;3655813;57;*; ;;tRNA;3655871;3655942;387;*;cgg fin;comp;CDS;3656330;3657742;;; deb;;CDS;3812904;3813095;-3;*; ;comp;tRNA;3813093;3813166;210;*;atgf deb;comp;CDS;3813377;3815227;229;*; ;comp;tRNA;3815457;3815530;44;*;atgf fin;comp;CDS;3815575;3818571;;0; deb;;CDS;4361587;4362429;183;*; ;comp;tRNA;4362613;4362695;422;*;tta fin;;CDS;4363118;4363888;;; deb;comp;CDS;4408838;4410157;376;*; ;;tRNA;4410534;4410605;112;*;caa fin;;CDS;4410718;4412166;;; deb;comp;CDS;4541721;4541900;568;*; ;comp;tRNA;4542469;4542542;118;*;gcg fin;comp;CDS;4542661;4544010;;; deb;;CDS;4588309;4589343;416;*; ;;tRNA;4589760;4589835;426;*;agg fin;;CDS;4590262;4590483;;0; deb;;CDS;4885883;4886776;56;*; ;comp;tRNA;4886833;4886906;236;*;aca fin;;CDS;4887143;4888279;;; deb;comp;CDS;5023429;5023974;134;*; ;comp;rRNA;5024109;5024225;89;*;117 ;comp;rRNA;5024315;5027437;312;*;3123 ;comp;rRNA;5027750;5029275;653;*;1526 fin;comp;CDS;5029929;5030477;;0; deb;comp;CDS;5050422;5051465;504;*; ;comp;tRNA;5051970;5052043;112;*;atgf fin;comp;CDS;5052156;5053286;;0; deb;comp;CDS;5054956;5055270;218;*; ;comp;tRNA;5055489;5055561;143;*;aaa fin;comp;CDS;5055705;5057240;;; deb;;CDS;5061300;5062937;149;*; ;;tRNA;5063087;5063159;47;*;gaa ;;tRNA;5063207;5063281;24;*;gac ;;tRNA;5063306;5063379;186;*;ttc fin;;CDS;5063566;5063820;;; deb;;CDS;5064051;5068028;94;*; ;;tRNA;5068123;5068197;186;*;gac fin;;CDS;5068384;5068575;;0; deb;;CDS;5081122;5081439;200;*; ;;tRNA;5081640;5081711;79;*;gga ;;tRNA;5081791;5081866;170;*;ggc fin;;CDS;5082037;5083050;;; deb;;CDS;5085108;5085755;23;*; ;;tRNA;5085779;5085854;51;*;ggc fin;comp;CDS;5085906;5086805;;; 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;;tRNA;8139938;8140009;76;*;gtg fin;comp;CDS;8140086;8140811;;0; deb;comp;CDS;8327473;8327922;675;*; ;;rRNA;8328598;8330123;312;*;1526 ;;rRNA;8330436;8333558;89;*;3123 ;;rRNA;8333648;8333764;150;*;117 fin;;CDS;8333915;8334523;;; deb;;CDS;8575186;8576703;285;*; ;;tRNA;8576989;8577062;76;*;ccc fin;comp;CDS;8577139;8577675;;0; </pre> ====sma distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_distribution|sma distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;4;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;3;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;2;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;3;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;4;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total sma;;48;;;;;;;sma;17;;;;;;;;sma;7;;;;;; </pre> ===ksk=== ====ksk opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_opérons|ksk opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Kita_seta_KM_6054/kitaSeta_KM_6054-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_016109.1;ksk;;;; 72%GC;30.6.19 Paris;16s 9;74;doubles;intercalaires ;Kitasatospora setae KM-6054;;;; comp;631024..631098;;act;; ;;;;; ;976172..976245;;tgc;; ;;;;; comp;1615691..1615765;;gtg;+;206 comp;1615972..1616046;;gtg;2 gtg; ;;;;; ;1621501..1621576;;ggc;;76 ;1621653..1621726;;tgc;;36 ;1621763..1621834;;gtc;+;34 ;1621869..1621940;;gtc;3 gtc;37 ;1621978..1622052;;gtc;; ;;;;; comp;1707344..1707460;;5s;@1;73 comp;1707534..1710667;;23s;;267 comp;1710935..1712463;;16s;; ;;;;; comp;1888620..1888736;;5s;;73 comp;1888810..1891942;;23s;;267 comp;1892210..1893738;;16s;; ;;;;; ;1970574..1970661;;ctc;; ;;;;; ;2264495..2264580;;ttg;; ;;;;; comp;2741186..2741257;;gta;; ;;;;; comp;2788071..2788147;;atgi;; ;;;;; comp;2790422..2790494;;aac;+;5 comp;2790500..2790572;;aac;2 aac; ;;;;; comp;2887231..2887303;;gcc;+;269 comp;2887573..2887645;;gcc;3 gcc;38 comp;2887684..2887756;;gcc;@2; ;;;;; comp;2932411..2932487;;cca;;151 direct;2932639..2932712;;gga;; ;;;;; comp;2982955..2983071;;5s;;73 comp;2983145..2986276;;23s;;266 comp;2986543..2988071;;16s;; ;;;;; ;3018063..3018138;;cac;; ;;;;; ;3036654..3036730;;aag;; ;;;;; ;3044201..3044277;;aag;; ;;;;; ;3111827..3111900;;aag;;129 ;3112030..3112103;;aag;; ;;;;; ;3157748..3157834;;cta;; ;;;;; ;3210241..3210315;;tgc;; ;;;;; comp;3289891..3290007;;5s;;73 comp;3290081..3293213;;23s;;267 comp;3293481..3295009;;16s;; ;;;;; comp;3608705..3608777;;tgg;; ;;;;; comp;3616894..3616969;;atgj;;42 comp;3617012..3617084;;acc;; ;;;;; comp;3618677..3618757;;tac;; ;;;;; comp;3851412..3851488;;aca;; ;;;;; comp;3987214..3987290;;acg;; ;;;;; ;4071208..4071281;;ccg;; ;;;;; ;4095099..4095186;;tcc;; ;;;;; ;4142544..4142633;;tcg;; ;;;;; comp;4160864..4160939;;cgt;+;35 comp;4160975..4161050;;cgt;2 cgt;240 comp;4161291..4161381;;agc;@; ;;;;; comp;4177523..4177608;;tca;; ;;;;; comp;4240397..4240470;;ggg;; ;;;;; ;4285828..4285900;;ggc;+;51 ;4285952..4286027;;ggc;2 ggc; ;;;;; ;4383368..4383444;;atc;; ;;;;; ;4385556..4385631;;gca;; ;;;;; ;4401492..4401575;;ctg;; ;;;;; comp;4622975..4623048;;gac;; ;;;;; comp;4640883..4640959;;ttc;;34 comp;4640994..4641067;;gac;;42 comp;4641110..4641182;;gaa;; ;;;;; ;4651832..4651904;;aaa;; ;;;;; comp;4773547..4773620;;atgf;; ;;;;; comp;4774128..4774201;;atgf;; ;;;;; ;4796510..4798038;;16s;;267 ;4798306..4801439;;23s;;71 ;4801511..4801627;;5s;; ;;;;; ;5027433..5027508;;agg;; ;;;;; ;5076388..5076464;;gcg;; ;;;;; ;5123784..5123856;;acc;; ;;;;; ;5132819..5132892;;caa;; ;;;;; comp;5216466..5216550;;tta;; ;;;;; ;5430075..5430148;;atgf;; ;;;;; comp;5530949..5531020;;cgg;; ;;;;; ;5714968..5715039;;cag;;21 ;5715061..5715133;;gag;+;38 ;5715172..5715244;;gag;3 gag;13 ;5715258..5715330;;gag;2 cag;4 ;5715335..5715409;;cag;; ;;;;; ;5853168..5854696;;16s;;256 ;5854953..5858085;;23s;;73 ;5858159..5858275;;5s;; ;;;;; ;5932168..5933696;;16s;;256 ;5933953..5937085;;23s;;71 ;5937157..5937273;;5s;; ;;;;; ;6074082..6075610;;16s;;264 ;6075875..6079006;;23s; ;73 ;6079080..6079196;;5s;; ;;;;; comp;6104344..6104419;;aga;; ;;;;; ;6400221..6401749;;16s;;267 ;6402017..6405146;;23s; ;106 ;6405253..6405369;;5s;; ;;;;; ;6485836..6485909;;ccc;; ;;;;; ;7355279..7355354;;tgc;;19 ;7355374..7355449;;ggc;; ;;;;; comp;7461078..7461165;;ctc;; </pre> ====ksk cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_cumuls|ksk cumuls]] <pre> ksk cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;9;1;0;- ;16 23 5s 0;9;20;4; ;16 atc gca;0;40;8; ;16 23 5s a;0;60;3; ;max a;0;80;1; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;1; sans ;opérons;49;160;1; ;1 aa;37;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;7;;3; ;total aas;70;;21;0 total aas;;70;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;72; ;;;variance;79; sans jaune;;;moyenne;33; ;;;variance;18; </pre> ====ksk blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_blocs|ksk blocs]] <pre> ksk blocs;;;;;; ;;;;;; 5s;73;117;73;117;73;117 23s;267;3134;267;3133;266;3132 16s;;1529;;1529;;1529 ;;;;;; 16s;73;117;267;1529;256;1529 23s;267;3133;71;3134;73;3133 5s;;1529;;117;;117 ;;;;;; 16s;256;1529;264;1529;267;1529 23s;71;3133;73;3132;106;3130 5s;;117;;117;;117 </pre> ====ksk remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_remarques|ksk remarques]] ====ksk données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_données_intercalaires|ksk données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ksk;fx;fc;ksk;fx40;fc40;ksk;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa 1;1;0;7;4;0;7;4;-1;0;107;188;214;CDS 16s;;;tRNA tRNA;; 1;0;10;98;244;1;2;28;-2;1;0;140;967;619;672;;35;;other ;1;20;92;147;2;1;40;-3;0;1;66;108;525;734;;**;;other ;1;30;100;126;3;4;26;-4;12;663;71;462;645;;;209;;gtg ;1;40;93;170;4;4;29;-5;0;0;108;303;553;;;**;;gtg 2;0;50;75;173;5;3;38;-6;0;1;92;240;452;;;79;;ggc ;3;60;101;159;6;10;16;-7;7;10;156;551;405;;;36;;tgc 3;2;70;104;153;7;47;13;-8;1;45;254;1;611;;;34;;gtc 5;2;80;118;172;8;3;12;-9;1;0;114;92;16s 23s;;;37;;gtc ;3;90;97;176;9;13;19;-10;3;9;176;79;5* 291;;;**;;gtc 3;1;100;102;157;10;11;23;-11;4;22;108;172;290;;;5;;aac 1;5;110;92;183;11;3;27;-12;0;0;101;292;2* 280;;;**;;aac 2;4;120;74;130;12;8;12;-13;4;9;70;299;288;;;269;;gcc ;2;130;70;171;13;9;13;-14;2;16;84;119;23s 5s;;;38;;gcc 2;2;140;68;123;14;3;22;-15;0;1;312;309;6* 78;;;**;;gcc ;3;150;63;112;15;9;10;-16;3;3;139;151;2* 76;;;-;151;cca 2;3;160;74;110;16;9;12;-17;3;12;83;112;108;;;**;;gga ;2;170;62;135;17;9;16;-18;1;0;748;66;5s CDS;;;18;;cga 3;1;180;56;95;18;13;7;-19;0;5;117;176;101;82;;18;;cga 1;1;190;48;106;19;16;13;-20;3;7;88;252;182;;;18;;other ;1;200;48;87;20;13;15;-21;1;0;402;70;251;;;18;;cga 1;0;210;45;69;21;13;7;-22;1;2;329;463;553;;;**;;other 2;0;220;54;57;22;14;14;-23;3;6;52;1447;205;;;129;;aag ;0;230;45;77;23;11;18;-24;1;0;159;310;271;;;**;;aag 1;0;240;44;60;24;11;8;-25;1;1;278;263;3080;;;42;;atgj 1;1;250;40;57;25;12;8;-26;1;3;252;75;239;;;**;;acc 2;3;260;44;43;26;4;13;-27;1;0;58;214;;;;35;;cgt 2;0;270;42;51;27;8;9;-28;4;3;1021;93;;;;240;;cgt ;1;280;36;37;28;9;15;-29;4;2;154;314;;;;**;;agc ;1;290;36;45;29;7;23;-30;2;0;161;201;;;;51;;ggc 2;0;300;30;36;30;11;11;-31;0;2;16;157;;;;**;;ggc 3;0;310;36;33;31;8;18;-32;2;0;285;76;;;;34;;ttc 1;2;320;25;22;32;5;14;-33;0;0;110;353;;;;42;;gac ;1;330;28;22;33;7;11;-34;2;1;116;47;;;;**;;gaa ;0;340;20;22;34;15;19;-35;2;1;109;405;;;;21;;cag 1;0;350;19;23;35;14;19;-36;1;0;145;75;;;;38;;gag 1;0;360;26;20;36;6;17;-37;0;0;122;-3;;;;13;;gag ;0;370;12;20;37;12;18;-38;0;1;245;70;;;;4;;gag ;0;380;18;10;38;8;30;-39;0;0;849;46;;;;**;;gag ;0;390;13;22;39;8;13;-40;2;1;71;180;;;;22;;tgc ;0;400;12;20;40;10;11;-41;0;1;113;246;;;;**;;ggc 8;4;reste;297;316;reste;2174;3304;-42;0;0;149;350;;;;;; 51;52;total;2564;3995;total;2564;3995;-43;0;1;167;80;;;;;; 42;47;diagr;2260;3675;diagr;383;687;-44;0;0;124;183;;;;;; 1;2; t30;290;517;;;;-45;2;0;318;135;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;57;140;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;259;749;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;199;819;;;;;; ;x;2557;93;7;2657;;;-49;1;1;148;251;;;;;; ;c;3991;959;4;4954;;;-50;2;1;-13;94;;;;;; ;;;;;7611;171;;reste;14;21;25;270;;;;;; ;;;;;;7782;;total;93;959;32;;;;;;; </pre> =====ksk autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_autres_intercalaires_aas|ksk autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ksk;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;629741;630835;188;*; ;comp;tRNA;631024;631098;140;*;act fin;comp;CDS;631239;632909;;; deb;comp;CDS;975508;975957;214;*; ;;tRNA;976172;976242;66;*;tgc fin;;CDS;976309;977706;;0; deb;comp;CDS;1013242;1014198;71;*; ;comp;tRNA;1014270;1014354;35;*;other ;comp;tRNA;1014390;1014474;967;*;other fin;;CDS;1015442;1015951;;; deb;;CDS;1614812;1615585;108;*; ;comp;tRNA;1615694;1615765;209;*;gtg ;comp;tRNA;1615975;1616046;462;*;gtg fin;;CDS;1616509;1616922;;; deb;comp;CDS;1620154;1621197;303;*; ;;tRNA;1621501;1621573;79;*;ggc ;;tRNA;1621653;1621726;36;*;tgc ;;tRNA;1621763;1621834;34;*;gtc ;;tRNA;1621869;1621940;37;*;gtc ;;tRNA;1621978;1622052;240;*;gtc fin;comp;CDS;1622293;1622469;;0; deb;comp;CDS;1706631;1707242;101;*; ;comp;rRNA;1707344;1707460;78;*;117 ;comp;rRNA;1707539;1710646;291;*;3108 ;comp;rRNA;1710938;1712461;672;*;1524 fin;;CDS;1713134;1713583;;; deb;;CDS;1888172;1888537;82;*; ;comp;rRNA;1888620;1888736;78;*;117 ;comp;rRNA;1888815;1891921;291;*;3107 ;comp;rRNA;1892213;1893736;619;*;1524 fin;comp;CDS;1894356;1895450;;; deb;comp;CDS;1969567;1970022;551;*; ;;tRNA;1970574;1970661;1;*;ctc fin;comp;CDS;1970663;1971622;;0; deb;comp;CDS;2263749;2264402;92;*; ;;tRNA;2264495;2264577;108;*;ttg fin;;CDS;2264686;2265490;;0; deb;;CDS;2661716;2662345;70;*; ;comp;ncRNA;2662416;2662817;52;*; fin;comp;CDS;2662870;2663124;;1; deb;;CDS;2740927;2741106;79;*; ;comp;tRNA;2741186;2741257;172;*;gta fin;;CDS;2741430;2742695;;; deb;;CDS;2785520;2787781;292;*; ;comp;tRNA;2788074;2788147;299;*;atgi fin;;CDS;2788447;2789340;;; deb;;CDS;2789514;2790302;119;*; ;comp;tRNA;2790422;2790494;5;*;aac ;comp;tRNA;2790500;2790572;309;*;aac fin;;CDS;2790882;2791175;;; deb;comp;CDS;2885846;2887138;92;*; ;comp;tRNA;2887231;2887303;269;*;gcc ;comp;tRNA;2887573;2887645;38;*;gcc ;comp;tRNA;2887684;2887756;156;*;gcc fin;comp;CDS;2887913;2888560;;; deb;comp;CDS;2930765;2932159;254;*; ;comp;tRNA;2932414;2932487;151;*;cca ;;tRNA;2932639;2932712;151;*;gga fin;comp;CDS;2932864;2933883;;; deb;comp;CDS;2982257;2982772;182;*; ;comp;rRNA;2982955;2983071;78;*;117 ;comp;rRNA;2983150;2986255;290;*;3106 ;comp;rRNA;2986546;2988069;525;*;1524 fin;comp;CDS;2988595;2989311;;; deb;;CDS;3017346;3017948;114;*; ;;tRNA;3018063;3018138;176;*;cac fin;;CDS;3018315;3018761;;0; deb;;CDS;3036003;3036545;108;*; ;;tRNA;3036654;3036727;101;*;aag fin;;CDS;3036829;3037074;;1; deb;comp;CDS;3042508;3044088;112;*; ;;tRNA;3044201;3044274;66;*;aag fin;comp;CDS;3044341;3044712;;0; deb;comp;CDS;3073276;3074226;70;*; ;comp;tRNA;3074297;3074387;18;*;cga ;comp;tRNA;3074406;3074496;18;*;cga ;comp;tRNA;3074515;3074605;18;*;other ;comp;tRNA;3074624;3074714;18;*;cga ;comp;tRNA;3074733;3074823;176;*;other fin;;CDS;3075000;3076004;;; deb;;CDS;3110984;3111742;84;*; ;;tRNA;3111827;3111900;129;*;aag ;;tRNA;3112030;3112103;312;*;aag fin;;CDS;3112416;3114647;;; deb;comp;CDS;3155159;3157495;252;*; ;;tRNA;3157748;3157831;70;*;cta fin;comp;CDS;3157902;3158507;;; deb;comp;CDS;3209463;3209777;463;*; ;;tRNA;3210241;3210315;1447;*;tgc fin;comp;CDS;3211763;3211972;;; deb;comp;CDS;3232464;3233834;193;*; ;comp;tmRNA;3234028;3234406;122;*; fin;comp;CDS;3234529;3235011;;; deb;comp;CDS;3289487;3289639;251;*; ;comp;rRNA;3289891;3290007;78;*;117 ;comp;rRNA;3290086;3293192;291;*;3107 ;comp;rRNA;3293484;3295007;645;*;1524 fin;comp;CDS;3295653;3296657;;0; deb;comp;CDS;3608197;3608565;139;*; ;comp;tRNA;3608705;3608777;310;*;tgg fin;;CDS;3609088;3610326;;; deb;comp;CDS;3616649;3616813;83;*; ;comp;tRNA;3616897;3616969;42;*;atgj ;comp;tRNA;3617012;3617084;263;*;acc deb;;CDS;3617348;3618601;75;*; ;comp;tRNA;3618677;3618757;214;*;tac fin;;CDS;3618972;3619460;;; deb;;CDS;3848397;3851321;93;*; ;comp;tRNA;3851415;3851488;314;*;aca fin;;CDS;3851803;3852900;;; deb;comp;CDS;3985689;3986465;748;*; ;comp;tRNA;3987214;3987290;117;*;acg fin;comp;CDS;3987408;3988070;;; deb;;CDS;4070175;4071119;88;*; ;;tRNA;4071208;4071281;402;*;ccg fin;;CDS;4071684;4073162;;; deb;comp;CDS;4092593;4094809;66;*; ;comp;ncRNA;4094876;4094966;132;*; ;;tRNA;4095099;4095183;329;*;tcc fin;;CDS;4095513;4095974;;; deb;;CDS;4142060;4142491;52;*; ;;tRNA;4142544;4142633;159;*;tcg fin;;CDS;4142793;4143458;;0; deb;comp;CDS;4160403;4160585;278;*; ;comp;tRNA;4160864;4160939;35;*;cgt ;comp;tRNA;4160975;4161050;240;*;cgt ;comp;tRNA;4161291;4161381;201;*;agc fin;;CDS;4161583;4164981;;0; deb;comp;CDS;4176515;4177270;252;*; ;comp;tRNA;4177523;4177608;58;*;tca fin;comp;CDS;4177667;4178776;;0; deb;comp;CDS;4235119;4239375;1021;*; ;comp;tRNA;4240397;4240470;157;*;ggg fin;;CDS;4240628;4240849;;; deb;;CDS;4285356;4285673;154;*; ;;tRNA;4285828;4285900;51;*;ggc ;;tRNA;4285952;4286024;161;*;ggc fin;;CDS;4286186;4287187;;; deb;;CDS;4381966;4383351;16;*; ;;tRNA;4383368;4383441;285;*;atc fin;;CDS;4383727;4384749;;; deb;;CDS;4385317;4385445;110;*; ;;tRNA;4385556;4385628;76;*;gca fin;comp;CDS;4385705;4386631;;0; deb;comp;CDS;4400257;4401138;353;*; ;;tRNA;4401492;4401575;47;*;ctg fin;comp;CDS;4401623;4402147;;0; deb;;CDS;4622363;4622569;405;*; ;comp;tRNA;4622975;4623048;116;*;gac fin;comp;CDS;4623165;4627139;;0; deb;comp;CDS;4640228;4640773;109;*; ;comp;tRNA;4640883;4640959;34;*;ttc ;comp;tRNA;4640994;4641067;42;*;gac ;comp;tRNA;4641110;4641182;145;*;gaa fin;comp;CDS;4641328;4641669;;0; deb;;CDS;4651026;4651709;122;*; ;;tRNA;4651832;4651904;245;*;aaa fin;;CDS;4652150;4652317;;0; deb;comp;CDS;4770979;4772697;849;*; ;comp;tRNA;4773547;4773620;75;*;atgf deb;;CDS;4773696;4774130;-3;*; ;comp;tRNA;4774128;4774201;71;*;atgf fin;comp;CDS;4774273;4775532;;0; deb;;CDS;4794735;4795958;553;*; ;;rRNA;4796512;4798035;291;*;1524 ;;rRNA;4798327;4801434;76;*;3108 ;;rRNA;4801511;4801627;280;*;117 fin;;CDS;4801908;4802828;;; deb;;CDS;5026285;5027319;113;*; ;;tRNA;5027433;5027505;70;*;agg fin;comp;CDS;5027576;5028037;;1; deb;;CDS;5075303;5076238;149;*; ;;tRNA;5076388;5076464;46;*;gcg fin;comp;CDS;5076511;5077533;;0; deb;comp;CDS;5121699;5123603;180;*; ;;tRNA;5123784;5123856;167;*;acc fin;;CDS;5124024;5124683;;; deb;comp;CDS;5131586;5132572;246;*; ;;tRNA;5132819;5132889;124;*;caa fin;;CDS;5133014;5134459;;; deb;comp;CDS;5215779;5216147;318;*; ;comp;tRNA;5216466;5216550;350;*;tta fin;;CDS;5216901;5217674;;; deb;;CDS;5427006;5430017;57;*; ;;tRNA;5430075;5430148;259;*;atgf fin;;CDS;5430408;5432459;;; deb;;CDS;5530116;5530868;80;*; ;comp;tRNA;5530949;5531020;183;*;cgg fin;;CDS;5531204;5531737;;; deb;;CDS;5713254;5714768;199;*; ;;tRNA;5714968;5715039;21;*;cag ;;tRNA;5715061;5715133;38;*;gag ;;tRNA;5715172;5715244;13;*;gag ;;tRNA;5715258;5715330;4;*;gag ;;tRNA;5715335;5715409;135;*;gag fin;comp;CDS;5715545;5716258;;0; deb;comp;CDS;5851701;5852435;734;*; ;;rRNA;5853170;5854693;280;*;1524 ;;rRNA;5854974;5858080;78;*;3107 ;;rRNA;5858159;5858275;205;*;117 fin;;CDS;5858481;5859890;;; deb;;CDS;5930032;5931717;452;*; ;;rRNA;5932170;5933693;280;*;1524 ;;rRNA;5933974;5937080;76;*;3107 ;;rRNA;5937157;5937273;271;*;117 fin;;CDS;5937545;5938228;;0; deb;;CDS;6072887;6073678;405;*; ;;rRNA;6074084;6075607;288;*;1524 ;;rRNA;6075896;6079001;78;*;3106 ;;rRNA;6079080;6079196;3080;*;117 fin;;CDS;6082277;6082420;;; deb;;CDS;6103592;6104206;140;*; ;comp;tRNA;6104347;6104419;749;*;aga fin;;CDS;6105169;6105423;;; deb;;CDS;6398346;6399611;611;*; ;;rRNA;6400223;6401746;291;*;1524 ;;rRNA;6402038;6405144;108;*;3107 ;;rRNA;6405253;6405369;239;*;117 fin;;CDS;6405609;6406436;;; deb;;CDS;6484449;6485687;148;*; ;;tRNA;6485836;6485909;819;*;ccc fin;comp;CDS;6486729;6487430;;; deb;comp;CDS;7351591;7353366;251;*; ;;tRNA;7353618;7353693;-13;*;gcc fin;;CDS;7353681;7353821;;; deb;;CDS;7353841;7355253;25;*; ;;tRNA;7355279;7355351;22;*;tgc ;;tRNA;7355374;7355446;32;*;ggc fin;;CDS;7355479;7356687;;0; deb;;CDS;7459688;7460983;94;*; ;comp;tRNA;7461078;7461165;270;*;ctc fin;;CDS;7461436;7462761;;; </pre> ====ksk distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_distribution|ksk distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;3;gac;;ggc;2 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;3;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ksk;;37;;;;;;;ksk;14;;;;;;;;ksk;19;;;;;; </pre> ===actino synthèse=== ====actino distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_génome|actino distribution par génome]] <pre> actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total ase;58;32;;;;0;6;;96 blo;19;31;;;;0;6;;56 sma;17;48;;;;0;7;;72 ksk;14;37;;;;0;19;;70 total;108;148;0;0;0;0;38;0;294 </pre> ====actino distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_du_total|actino distribution du total]] <pre> actino4;;;;;;;294 atgi;4;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;1;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10 atc;5;acc;7;aac;9;agc;7 ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9 gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14 tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5 cta;4;cca;6;caa;3;cga; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7 ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7 atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4 ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5 gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;146;148;;;;0;295 </pre> ====actino distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_type|actino distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38 atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc; ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4 gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2 tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg; ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====actino par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_par_rapport_au_groupe_de_référence|actino par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;55;28;26;;;;109; 16;moyen;50;38;;;;;88; 14;fort;43;42;12;;;;97; ; ;148;108;38;;;;294; 10;g+cga;31;18;15;;;;64; 2;agg+cgg;8;1;;;;;9; 4;carre ccc;15;9;11;;;;35; 5;autres;1;;;;;;1; ;;55;28;26;;;;109; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;187;95;88;;;;371;26 16;moyen;170;129;;;;;299;324 14;fort;146;143;41;;;;330;650 ; ;503;367;129;;;;294;729 10;g+cga;105;61;51;;;;218;10 2;agg+cgg;27;3;;;;;31; 4;carre ccc;51;31;37;;;;119;16 5;autres;3;;;;;;3; ;;187;95;88;;;;371; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;187;95;88;371;26;37;26;68 16;moyen;170;129;;299;324;34;35; 14;fort;146;143;41;330;650;29;39;32 ; ;503;367;129;294;729;148;108;38 10;g+cga;105;61;51;218;10;56;64;58 2;agg+cgg;27;3;;31;;15;4; 4;carre ccc;51;31;37;119;16;27;32;42 5;autres;3;;;3;;2;; ;;187;95;88;371;;55;28;26 </pre> ====actinobacteria, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actinobacteria,_estimation_des_-rRNAs|actinobacteria, estimation des -rRNAs]] <pre> actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 99 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;99;2; ; ;;indices;;;;99;2;0;0;;actino4;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;294 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;7;aac;9;agc;7 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;5;aga;5 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;4;cca;6;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;88;;97;;109;294 26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;86713;0.5;0.2;;;;;;618;21937;0,5;0,2;;actino;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;275 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;25;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;106;tcc;98;tac;104;tgc;118;;ttc;106;tcc;100;tac;104;tgc;118;;ttc;125;tcc;125;tac;125;tgc;250 atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;125;acc;175;aac;225;agc;175 ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;200;ccc;150;cac;125;cgt;225 gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;275;gcc;250;gac;250;ggc;350 tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;125;aga;125 cta;100;cca;100;caa;99;cga;1;;cta;100;cca;100;caa;99;cga;1.4;;cta;100;cca;150;caa;75;cga; gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;100;gca;125;gaa;125;gga;175 ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;125;tcg;100;tag;;tgg;175 atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;100;acg;150;aag;275;agg;100 ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;175;ccg;100;cag;200;cgg;125 gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;250;gcg;150;gag;250;ggg;125 ;;1677;;1634;;1736;5047;;;;1679;;1634;;1736;5049;;;;2200;;2425;;2725;7350 rapports;;100;;100;;100;100;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;actino;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;54.081;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;100;tat;;atgf;51 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;5354;;;0/0;;;;;att;;act;97;aat;;agt;100 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;2;;;10;10;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;99;;;20;12;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;98;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;15;tcc;22;tac;17;tgc;53 atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;actino;73.5;;;40;5;;;;atc;17;acc;37;aac;44;agc;41 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;294;;;50;12;41;;;ctc;44;ccc;29;cac;20;cgt;42 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;0;;;60;4;;;;gtc;47;gcc;48;gac;45;ggc;47 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;0;aaa;17;aga;18 cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par actino ;;;;90;0;;;;cta;0;cca;33;caa;24;cga;100 gta;100;gca;100;gaa;100;gga;100;;est 36% au dessus;;;;100;3;;;;gta;2;gca;5;gaa;19;gga;38 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;16;tcg;20;tag;100;tgg;38 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;2;acg;31;aag;54;agg;4 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;43;ccg;1;cag;45;cgg;16 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;54;gcg;43;gag;43;ggg;17 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;313;;395;;593;1301 </pre> ==cyano== ===npu=== ====npu opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_opérons|npu opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Nost_punc_PCC_73102_ATCC_29133/nostPunc_PCC_73102_ATCC29133-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_010628.1;npu;;genome;;;;;;;; 41.4%GC;12.8.19 Paris;16s 4;79;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Nostoc punctiforme PCC 73102 ATCC 29133 ;;;;;;;;;;; ;199270..199464;;CDS;;237;237;;;65;; comp;199702..199775;;agg;;33;33;;;;; comp;199809..200906;;CDS;;;;;;366;; ;;;;;;;;;;; comp;352653..353060;;CDS;;690;*690;;;136;; comp;353751..353822;;ggc;;147;147;;;;; comp;353970..354548;;CDS;;;;;;193;; ;;;;;;;;;;; ;503259..503606;;CDS;;145;145;;;116;; ;503752..503827;;atgj;+;-1;;*-1;;;; ;503827..503901;;atgj;2 atg;397;397;;;;; ;504299..505384;;CDS;@1;;;;;362;; ;;;;;;;;;;; comp;777899..778429;;CDS;;34;34;;;177;; ;778464..778537;;cgt;;38;38;;;;; comp;778576..779829;;CDS;;;;;;418;; ;;;;;;;;;;; ;878016..878609;;CDS;;384;384;;;198;; ;878994..879064;;tgc;;205;205;;;;; ;879270..879491;;CDS;;;;;;74;; ;;;;;;;;;;; comp;951559..952671;;CDS;;53;53;;;371;; ;952725..952796;;acc;;310;310;;;;; comp;953107..953340;;CDS;;;;;;78;; ;;;;;;;;;;; comp;954493..955170;;CDS;;72;72;;;226;; comp;955243..955315;;aga;;356;356;;;;; ;955672..956331;;CDS;;;;;;220;; ;;;;;;;;;;; ; 1054005..1054811;;CDS;;290;290;;;269;; comp;1055102..1055172;;gga;;50;50;;;;; comp;1055223..1056383;;CDS;;;;;;387;; ;;;;;;;;;;; comp;1175326..1175523;;CDS;;247;247;;;66;; comp;1175771..1175844;;ccg;;138;138;;;;; ;1175983..1176855;;CDS;;;;;;291;; ;;;;;;;;;;; ;1380042..1380593;;CDS;;226;226;;;184;; comp;1380820..1380904;;tcc;;107;107;;;;; ;1381012..1381380;;CDS;;;;;;123;; ;;;;;;;;;;; ;1442145..1442867;;CDS;;32;32;;;241;; ;1442900..1442974;;ttc;;362;362;;;;; ;1443337..1444770;;CDS;;;;;;478;; ;;;;;;;;;;; comp;1650791..1652236;;CDS;;133;133;;;482;; comp;1652370..1652443;;gac;;111;111;;;;; comp;1652555..1653088;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; comp;2020233..2021171;;CDS;;317;317;;;313;; ;2021489..2022985;;16s;;123;;;;1497;; ;2023109..2023185;;atc;;79;;;79;;; ;2023265..2023340;;gca;;249;;;;;; ;2023590..2026486;;23s;;59;;;;2897;; ;2026546..2026663;;5s;;230;230;;;118;; > comp;2026894..2027373;;CDS;;;;;;160;; ;;;;;;;;;;; comp;2303766..2304149;;CDS;;124;124;;;128;; ;2304274..2304349;;cac;;1362;*1362;;;;; ;2305712..2308132;;CDS;;;;;;*807;; ;;;;;;;;;;; comp;3372671..3373291;;CDS;;143;143;;;207;; ;3373435..3373507;;gta;;415;*415;;;;; ;3373923..3374555;;CDS;;;;;;211;; ;;;;;;;;;;; comp;3434121..3435443;;CDS;;204;204;;;441;; comp;3435648..3435739;;agc;;141;141;;;;; comp;3435881..3436813;;CDS;;;;;;311;; ;;;;;;;;;;; ;3439846..3440202;;CDS;@2;-19;*-19;;;119;; comp;3440184..3440257;;gca;;48;;48;;;; comp;3440306..3440378;;aca;+;8;;8;;;; comp;3440387..3440462;;atgf;2 aca;11;;11;;;; comp;3440474..3440546;;cta;;4;;4;;;; comp;3440551..3440623;;ccg;;6;;6;;;; comp;3440630..3440706;;ctc;;2;;2;;;; comp;3440709..3440785;;ctg;;3;;3;;;; comp;3440789..3440861;;cca;;1;;1;;;; comp;3440863..3440940;;tta;;6;;6;;;; comp;3440947..3441023;;ttg;;6;;6;;;; comp;3441030..3441105;;caa;;3;;3;;;; comp;3441109..3441181;;cag;;5;;5;;;; comp;3441187..3441261;;aac;;6;;6;;;; comp;3441268..3441365;;aca;;81;;*81;;;; comp;3441447..3441521;;cgt;;4;;4;;;; comp;3441526..3441615;;agc;;113;;*113;;;; comp;3441729..3441800;;gaa;;58;;58;;;; comp;3441859..3441933;;tgg;;88;;*88;;;; comp;3442022..3442095;;tgc;;132;;*132;;;; comp;3442228..3442301;;gac;;118;118;;;;; comp;3442420..3442614;;CDS;;;;;;65;; ;;;;;;;;;;; ;3448311..3448919;;CDS;;80;80;;;203;; comp;3449000..3449072;;gaa;;120;120;;;;; ;3449193..3449375;;CDS;;;;;;61;; ;;;;;;;;;;; ;4538041..4538745;;CDS;;151;151;;;235;; ;4538897..4538981;;tcg;;194;194;;;;; ;4539176..4540357;;CDS;;;;;;394;; ;;;;;;;;;;; comp;4869164..4869988;;CDS;;584;*584;;;275;; comp;4870573..4870646;;cca;;298;298;;;;; comp;4870945..4871493;;CDS;;;;;;183;; ;;;;;;;;;;; comp;5426384..5427841;;CDS;;100;100;;;486;; comp;5427942..5428018;;atgf;;46;46;;;;; comp;5428065..5429018;;CDS;;;;;;318;; ;;;;;;;;;;; comp;5480844..5481563;;CDS;;407;*407;;;240;; comp;5481971..5482043;;gcc;;94;94;;;;; comp;5482138..5482332;;CDS;;;;;;65;; ;;;;;;;;;;; ;5510568..5511620;;CDS;;319;319;;;351;; comp;5511940..5512057;;5s;;59;;;;118;; comp;5512117..5515016;;23s;;249;;;;2900;; comp;5515266..5515341;;gca;;82;;;82;;; comp;5515424..5515497;;atc;;123;;;;;; comp;5515621..5517117;;16s;;682;*682;;;1497;; comp;5517800..5519035;;CDS;;;;;;412;; ;;;;;;;;;;; comp;5572068..5572769;;CDS;;290;290;;;234;; ;5573060..5573132;;atgi;;153;153;;;;; comp;5573286..5573720;;CDS;;;;;;145;; ;;;;;;;;;;; ;5573827..5574450;;CDS;;93;93;;;208;; comp;5574544..5574615;;aca;;345;345;;;;; ;5574961..5575881;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; < comp;5655591..5655800;;CDS;;21;21;;;70;; comp;5655822..5655893;;aac;;144;144;;;;; comp;5656038..5656589;;CDS;;;;;;184;; ;;;;;;;;;;; ;5688669..5689538;;CDS;;75;75;;;290;; ;5689614..5689689;;ttc;;663;*663;;;;; comp;5690353..5692080;;CDS;;;;;;*576;; ;;;;;;;;;;; ;5756596..5757801;;CDS;;66;66;;;402;; ;5757868..5757940;;cgg;;400;400;;;;; comp;5758341..5759045;;CDS;;;;;;235;; ;;;;;;;;;;; comp;6075820..6077016;;CDS;;175;175;;;399;; comp;6077192..6077263;;ggg;;171;171;;;;; comp;6077435..6078052;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; comp;6083633..6084493;;CDS;;676;*676;;;287;; ;6085170..6086666;;16s;;123;;;;1497;; ;6086790..6086866;;atc;;79;;;79;;; ;6086946..6087021;;gca;;249;;;;;; ;6087271..6090169;;23s;;59;;;;2899;; ;6090229..6090346;;5s;;176;176;;;118;; comp;6090523..6090720;;CDS;;;;;;66;; ;;;;;;;;;;; comp;6498176..6499135;;CDS;;149;149;;;320;; comp;6499285..6499402;;5s;;59;;;;118;; comp;6499462..6502360;;23s;;249;;;;2899;; comp;6502610..6502685;;gca;;79;;;79;;; comp;6502765..6502841;;atc;;123;;;;;; comp;6502965..6504461;;16s;;315;315;;;1497;; ;6504777..6505643;;CDS;;;;;;289;; ;;;;;;;;;;; ;6889916..6890785;;CDS;;61;61;;;290;; ;6890847..6890918;;aaa;;294;294;;;;; comp;6891213..6892148;;CDS;;;;;;312;; ;;;;;;;;;;; ;6948457..6949644;;CDS;;162;162;;;396;; ;6949807..6949888;;cta;;400;400;;;;; ;6950289..6950609;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; comp;6980662..6982233;;CDS;;171;171;;;*524;; ;6982405..6982478;;gtc;;1521;*1521;;;;; comp;6984000..6985919;;CDS;;;;;;*640;; ;;;;;;;;;;; ;7066111..7067829;;CDS;;232;232;;;*573;; comp;7068062..7068133;;caa;;270;270;;;;; comp;7068404..7069606;;CDS;;;;;;401;; ;;;;;;;;;;; comp;7071719..7071991;;CDS;;39;39;;;91;; comp;7072031..7072114;;ttg;;109;109;;;;; comp;7072224..7073345;;CDS;;;;;;374;; ;;;;;;;;;;; comp;7074644..7076011;;CDS;;409;*409;;;456;; ;7076421..7076502;;ctg;;95;95;;;;; ;7076598..7077374;;CDS;;;;;;259;; ;;;;;;;;;;; ;7130044..7131132;;CDS;;131;131;;;363;; comp;7131264..7131335;;acg;;33;33;;;;; ;7131369..7131662;;CDS;;;;;;98;; ;;;;;;;;;;; ;7224805..7225167;;CDS;;146;146;;;121;; ;7225314..7225386;;tgg;;378;378;;;;; ;7225765..7225986;;CDS;;;;;;74;; ;;;;;;;;;;; comp;7346902..7348245;;CDS;;396;396;;;448;; ;7348642..7348724;;ctc;;127;127;;;;; ;7348852..7349475;;CDS;;;;;;208;; ;;;;;;;;;;; ;7506243..7506593;;CDS;;747;*747;;;117;; comp;7507341..7507414;;ccc;;50;50;;;;; comp;7507465..7507830;;CDS;;;;;;122;; ;;;;;;;;;;; ;7517008..7519347;;CDS;;167;167;;;*780;; ;7519515..7519588;;atgj;;213;213;;;;; <> comp;7519802..7520109;;CDS;;;;;;103;; ;;;;;;;;;;; comp;7571389..7571706;;CDS;;895;*895;;;106;; comp;7572602..7572676;;aag;;63;63;;;;; comp;7572740..7574992;;CDS;;;;;;*751;; ;;;;;;;;;;; comp;7610323..7610769;;CDS;;481;*481;;;149;; comp;7611251..7611323;;gca;;71;71;;;;; ;7611395..7612312;;CDS;;;;;;306;; ;;;;;;;;;;; ;7936008..7936736;;CDS;;65;65;;;243;; ;7936802..7936874;;gcg;;437;*437;;;;; ;7937312..7938874;;CDS;;;;;;*521;; ;;;;;;;;;;; ;7972961..7973239;;CDS;;313;313;;;93;; comp;7973553..7973624;;acc;;88;;*88;;;; comp;7973713..7973798;;tac;;124;124;;;;; comp;7973923..7974897;;CDS;;;;;;325;; ;;;;;;;;;;; ;7975047..7975976;;CDS;;100;100;;;310;; ;7976077..7976161;;tca;;374;374;;;;; ;7976536..7978545;;CDS;;;;;;*670;; </pre> ====npu cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_cumuls|npu cumuls]] <pre> npu cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;4;1;2;;1;1;1;;100;13;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;12;;50;10;40;;200;21;60;0 ;16 atc gca;4;40;0;;100;14;80;;300;22;90;10 ;16 23 5s a;0;60;2;;150;18;120;;400;19;120;9 ;max a;2;80;0;3;200;9;160;;500;10;150;7 ;a doubles;0;100;3;1;250;8;200;;600;4;180;3 ;autres;0;120;1;;300;5;240;;700;2;210;10 ;total aas;8;140;1;;350;6;280;;800;2;240;7 sans ;opérons;43;160;0;;400;9;320;;900;1;270;4 ;1 aa;40;180;0;;450;4;360;;1000;0;300;6 ;max a;20;200;0;;500;1;400;;1100;0;330;9 ;a doubles;2;;0;;;9;;;;0;;29 ;total aas;64;;21;4;;94;;0;;94;;94 total aas;;72;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;32;79;;254;;;;279;; ;;;variance;43;0;;254;;;;171;; sans jaune;;;moyenne;11;;;176;;;;240;;188 ;;;variance;17;;;111;;;;122;;85 </pre> ====npu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_blocs|npu blocs]] <pre> npu blocs;;;; CDS;317;313;676;287 16s;123;1497;123;1497 atc;79;;79; gca;249;;249; 23s;59;2897;59;2899 5s;230;118;176;118 CDS;;160;;66 ;;;; CDS;319;351;149;320 5s;59;118;59;118 23s;249;2900;249;2899 gca;82;;79; atc;123;;123; 16s;682;1497;315;1497 CDS;;412;;289 </pre> ====npu remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_remarques|npu remarques]] <pre> gtRNAdb;;;;;;;79;;cumuls;;;;;;;72 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;2;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;4;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;4;acc;2;aac;2;agc;2 ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;2 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;1;aca;2;aaa;2;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;1;aga;1 cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1 ttg;3;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;3;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;3;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ====npu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_distribution|npu distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total npu;;39;;;;;;;npu;21;;;;;;;;npu;4;;;;;; </pre> ====npu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_données_intercalaires|npu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;npu;fx;fc;npu;fx40;fc40;npu;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;4;15;0;4;15;-1;0;54;33;237;CDS 16s;; ;1;10;50;188;1;2;22;-2;6;0;690;34;;317; ;0;20;52;152;2;4;24;-3;0;1;147;38;;317; ;1;30;43;135;3;8;22;-4;15;135;145;356;;676; 3;4;40;53;132;4;8;16;-5;1;0;397;290;;315; ;3;50;54;142;5;10;25;-6;2;0;216;518;23s 5s;; 1;0;60;63;142;6;3;17;-7;1;8;615;138;4* 61;; 1;4;70;74;115;7;2;17;-8;1;34;5;226;5s CDS;; 2;2;80;59;146;8;6;16;-9;1;0;231;107;149;68; ;0;90;64;129;9;5;12;-10;1;6;384;124;;319; 1;4;100;59;129;10;2;17;-11;0;27;205;143;;176; 2;1;110;63;168;11;8;15;-12;0;0;72;102;16s tRNA;; ;2;120;61;138;12;3;17;-13;0;11;50;80;4* 131;;atc 1;2;130;56;101;13;5;15;-14;2;23;37;327;tRNA 23s;; 3;1;140;84;119;14;8;23;-15;1;1;247;51;4* 260;;gca 1;6;150;63;107;15;4;15;-16;0;5;705;290;tRNA tRNA;;intra 1;1;160;60;99;16;3;9;-17;0;15;145;153;4* 82;;atc gca ;2;170;48;104;17;4;16;-18;2;0;32;93;tRNA tRNA;; 1;2;180;49;81;18;2;9;-19;1;1;368;345;-1;;atgj ;0;190;47;79;19;10;19;-20;1;10;133;666;**;;atgj ;1;200;49;73;20;5;14;-21;1;0;111;137;44;;other ;2;210;60;55;21;3;15;-22;0;2;1365;427;**;;other ;1;220;33;65;22;7;5;-23;2;6;415;294;156;;aaa 1;0;230;29;69;23;3;11;-24;0;0;204;171;7;;other 2;1;240;38;54;24;4;10;-25;0;2;141;1521;6;;cac ;1;250;39;63;25;3;11;-26;2;8;118;232;48;;gca ;0;260;31;74;26;4;19;-27;1;0;409;409;8;;aca ;2;270;33;53;27;7;15;-28;2;4;151;131;10;;atgf ;0;280;31;53;28;5;18;-29;3;1;194;33;4;;cta 2;0;290;34;47;29;3;16;-30;0;0;599;396;6;;ccg 1;1;300;42;48;30;4;15;-31;0;2;298;747;5;;ctc 1;0;310;25;42;31;6;13;-32;0;4;100;301;3;;ctg ;1;320;27;42;32;3;12;-33;2;0;46;71;1;;cca 1;0;330;26;33;33;6;12;-34;0;0;407;70;6;;tta ;0;340;22;37;34;4;7;-35;0;6;94;;6;;ttg 1;0;350;34;43;35;3;10;-36;0;0;24;;3;;caa 1;0;360;27;42;36;10;16;-37;1;4;144;;5;;cag ;1;370;15;20;37;4;13;-38;2;5;75;;6;;aac ;2;380;36;33;38;5;17;-39;0;0;66;;81;;aca ;1;390;18;17;39;10;19;-40;0;1;268;;4;;cgt 1;1;400;16;29;40;2;13;-41;0;1;175;;4;;agc 6;11;reste;535;586;reste;2104;3377;-42;0;0;171;;7;;tac 34;62;total;2306;3999;total;2306;3999;-43;0;1;61;;62;;gaa 28;51;diagr;1767;3398;diagr;198;607;-44;1;1;162;;3;;tgg 0;2; t30;145;475;;;;-45;0;0;313;;11;;atgi ;;;;;;;;-46;1;0;270;;3;;tgc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;1;39;;4;;other ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;109;;**;;gac ;x;2302;67;4;2373;;;-49;0;0;95;;88;;acc ;c;3984;402;15;4401;;;-50;0;0;146;;**;;tac ;;;;;6774;157;;reste;12;22;378;;;; ;;;;;;6931;;total;67;402;127;;;; ;;;;;;;;;;;50;;;; ;;;;;;;;;;;167;;;; ;;;;;;;;;;;898;;;; ;;;;;;;;;;;63;;;; ;;;;;;;;;;;481;;;; ;;;;;;;;;;;65;;;; ;;;;;;;;;;;437;;;; ;;;;;;;;;;;124;;;; ;;;;;;;;;;;100;;;; ;;;;;;;;;;;374;;;; </pre> =====npu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_autres_intercalaires_aas|npu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;npu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;199270;199464;237;*; ;comp;tRNA;199702;199775;33;*;agg fin;comp;CDS;199809;200906;;0; deb;comp;CDS;352653;353060;690;*; ;comp;tRNA;353751;353822;147;*;ggc fin;comp;CDS;353970;354548;;; deb;;CDS;503259;503606;145;*; ;;tRNA;503752;503827;-1;*;atgj ;;tRNA;503827;503901;397;*;atgj deb;;CDS;504299;505384;216;*; ;;tRNA;505601;505673;615;*;ata fin;;CDS;506289;507815;;; deb;;CDS;727418;728587;5;*; ;;tRNA;728593;728664;231;*;other fin;;CDS;728896;730239;;; deb;comp;CDS;777899;778429;34;*; ;;tRNA;778464;778537;38;*;cgt fin;comp;CDS;778576;779829;;; deb;;CDS;878016;878609;384;*; ;;tRNA;878994;879064;205;*;tgc fin;;CDS;879270;879491;;; deb;comp;CDS;954493;955170;72;*; ;comp;tRNA;955243;955315;356;*;aga fin;;CDS;955672;956331;;; deb;;CDS;1054005;1054811;290;*; ;comp;tRNA;1055102;1055172;50;*;gga fin;comp;CDS;1055223;1056383;;; deb;comp;CDS;1081601;1082335;518;*; ;;tRNA;1082854;1082983;44;*;other ;;tRNA;1083028;1083149;37;*;other fin;;CDS;1083187;1084788;;; deb;comp;CDS;1175326;1175523;247;*; ;comp;tRNA;1175771;1175844;138;*;ccg fin;;CDS;1175983;1176855;;; deb;;CDS;1380042;1380593;226;*; ;comp;tRNA;1380820;1380904;107;*;tcc fin;;CDS;1381012;1381380;;; deb;;CDS;1440092;1440529;705;*; ;;tRNA;1441235;1441304;145;*;other fin;;CDS;1441450;1441650;;; deb;;CDS;1442145;1442867;32;*; ;;tRNA;1442900;1442968;368;*;ttc fin;;CDS;1443337;1444770;;; deb;;CDS;1484155;1484853;46;*; ;;ncRNA;1484900;1485316;115;*; fin;;CDS;1485432;1486151;;; deb;comp;CDS;1650791;1652236;133;*; ;comp;tRNA;1652370;1652443;111;*;gac fin;comp;CDS;1652555;1653130;;0; deb;comp;CDS;2020233;2021171;317;*; ;;rRNA;2021489;2022977;131;*;1489 ;;tRNA;2023109;2023182;82;*;atc ;;tRNA;2023265;2023337;260;*;gca ;;rRNA;2023598;2026484;61;*;2887 ;;rRNA;2026546;2026663;68;*;118 fin;comp;CDS;2026732;2026957;;; deb;comp;CDS;2303766;2304149;124;*; ;;tRNA;2304274;2304346;1365;*;cac fin;;CDS;2305712;2308132;;0; deb;comp;CDS;3372671;3373291;143;*; ;;tRNA;3373435;3373507;415;*;gta fin;;CDS;3373923;3374555;;; deb;comp;CDS;3434121;3435443;204;*; ;comp;tRNA;3435648;3435739;141;*;agc fin;comp;CDS;3435881;3436813;;; deb;;CDS;3438597;3439685;102;*; ;comp;tRNA;3439788;3439858;156;*;aaa ;comp;tRNA;3440015;3440097;7;*;other ;comp;tRNA;3440105;3440177;6;*;cac ;comp;tRNA;3440184;3440257;48;*;gca ;comp;tRNA;3440306;3440378;8;*;aca ;comp;tRNA;3440387;3440463;10;*;atgf ;comp;tRNA;3440474;3440546;4;*;cta ;comp;tRNA;3440551;3440623;6;*;ccg ;comp;tRNA;3440630;3440706;5;*;ctc ;comp;tRNA;3440712;3440785;3;*;ctg ;comp;tRNA;3440789;3440861;1;*;cca ;comp;tRNA;3440863;3440940;6;*;tta ;comp;tRNA;3440947;3441023;6;*;ttg ;comp;tRNA;3441030;3441105;3;*;caa ;comp;tRNA;3441109;3441181;5;*;cag ;comp;tRNA;3441187;3441261;6;*;aac ;comp;tRNA;3441268;3441365;81;*;aca ;comp;tRNA;3441447;3441521;4;*;cgt ;comp;tRNA;3441526;3441615;4;*;agc ;comp;tRNA;3441620;3441721;7;*;tac ;comp;tRNA;3441729;3441799;62;*;gaa ;comp;tRNA;3441862;3441933;3;*;tgg ;comp;tRNA;3441937;3442010;11;*;atgi ;comp;tRNA;3442022;3442095;3;*;tgc ;comp;tRNA;3442099;3442223;4;*;other ;comp;tRNA;3442228;3442301;118;*;gac fin;comp;CDS;3442420;3442614;;0; deb;;CDS;3448311;3448919;80;*; ;comp;tRNA;3449000;3449072;327;*;gaa fin;;CDS;3449400;3451319;;; deb;;CDS;3675128;3675659;409;*; ;;tRNA;3676069;3676151;51;*;tca fin;comp;CDS;3676203;3676421;;; deb;;CDS;4538041;4538745;151;*; ;;tRNA;4538897;4538981;194;*;tcg fin;;CDS;4539176;4540357;;0; deb;comp;CDS;4869164;4869973;599;*; ;comp;tRNA;4870573;4870646;298;*;cca fin;comp;CDS;4870945;4871493;;0; deb;comp;CDS;5108061;5113469;362;*; ;comp;ncRNA;5113832;5114015;60;*; fin;comp;CDS;5114076;5115230;;; deb;comp;CDS;5426384;5427841;100;*; ;comp;tRNA;5427942;5428018;46;*;atgf fin;comp;CDS;5428065;5429018;;; deb;comp;CDS;5480844;5481563;407;*; ;comp;tRNA;5481971;5482043;94;*;gcc fin;comp;CDS;5482138;5482332;;; deb;;CDS;5510568;5511620;319;*; ;comp;rRNA;5511940;5512057;61;*;118 ;comp;rRNA;5512119;5515008;260;*;2890 ;comp;tRNA;5515269;5515341;82;*;gca ;comp;tRNA;5515424;5515497;131;*;atc ;comp;rRNA;5515629;5517117;317;*;1489 fin;;CDS;5517435;5517515;;0; deb;comp;CDS;5572068;5572769;290;*; ;;tRNA;5573060;5573132;153;*;atgi fin;comp;CDS;5573286;5573720;;0; deb;;CDS;5573827;5574450;93;*; ;comp;tRNA;5574544;5574615;345;*;aca fin;;CDS;5574961;5575881;;; deb;comp;CDS;5655654;5655797;24;*; ;comp;tRNA;5655822;5655893;144;*;aac fin;comp;CDS;5656038;5656589;;; deb;;CDS;5688669;5689538;75;*; ;;tRNA;5689614;5689686;666;*;ttc fin;comp;CDS;5690353;5692080;;; deb;;CDS;5756596;5757801;66;*; ;;tRNA;5757868;5757940;137;*;cgg fin;comp;CDS;5758078;5758233;;; deb;;CDS;6022666;6023613;294;*; ;;tmRNA;6023908;6024297;537;*; fin;comp;CDS;6024835;6025290;;0; deb;comp;CDS;6048961;6050142;268;*; ;comp;tRNA;6050411;6050520;427;*;other fin;;CDS;6050948;6051328;;; deb;comp;CDS;6075820;6077016;175;*; ;comp;tRNA;6077192;6077263;171;*;ggg fin;comp;CDS;6077435;6078040;;; deb;comp;CDS;6083633;6084493;676;*; ;;rRNA;6085170;6086658;131;*;1489 ;;tRNA;6086790;6086863;82;*;atc ;;tRNA;6086946;6087018;260;*;gca ;;rRNA;6087279;6090167;61;*;2889 ;;rRNA;6090229;6090346;176;*;118 fin;comp;CDS;6090523;6090720;;; deb;comp;CDS;6498176;6499135;149;*; ;comp;rRNA;6499285;6499402;61;*;118 ;comp;rRNA;6499464;6502352;260;*;2889 ;comp;tRNA;6502613;6502685;82;*;gca ;comp;tRNA;6502768;6502841;131;*;atc ;comp;rRNA;6502973;6504461;315;*;1489 fin;;CDS;6504777;6505643;;0; deb;;CDS;6889916;6890785;61;*; ;;tRNA;6890847;6890918;294;*;aaa fin;comp;CDS;6891213;6892148;;; deb;;CDS;6948457;6949644;162;*; ;;tRNA;6949807;6949888;313;*;cta fin;;CDS;6950202;6950609;;0; deb;comp;CDS;6980662;6982233;171;*; ;;tRNA;6982405;6982478;1521;*;gtc fin;comp;CDS;6984000;6985919;;0; deb;;CDS;7066111;7067829;232;*; ;comp;tRNA;7068062;7068133;270;*;caa fin;comp;CDS;7068404;7069606;;; deb;comp;CDS;7071719;7071991;39;*; ;comp;tRNA;7072031;7072114;109;*;ttg fin;comp;CDS;7072224;7073345;;; deb;comp;CDS;7074644;7076011;409;*; ;;tRNA;7076421;7076502;95;*;ctg fin;;CDS;7076598;7077374;;0; deb;;CDS;7130044;7131132;131;*; ;comp;tRNA;7131264;7131335;33;*;acg fin;;CDS;7131369;7131662;;0; deb;;CDS;7224805;7225167;146;*; ;;tRNA;7225314;7225386;378;*;tgg fin;;CDS;7225765;7225986;;; deb;comp;CDS;7324019;7324405;25;*; ;comp;ncRNA;7324431;7324527;37;*; fin;comp;CDS;7324565;7324831;;0; deb;comp;CDS;7346902;7348245;396;*; ;;tRNA;7348642;7348724;127;*;ctc fin;;CDS;7348852;7349475;;; deb;;CDS;7506243;7506593;747;*; ;comp;tRNA;7507341;7507414;50;*;ccc fin;comp;CDS;7507465;7507830;;; deb;;CDS;7517041;7519347;167;*; ;;tRNA;7519515;7519588;301;*;atgj fin;comp;CDS;7519890;7520066;;; deb;comp;CDS;7571389;7571706;898;*; ;comp;tRNA;7572605;7572676;63;*;aag fin;comp;CDS;7572740;7574992;;; deb;comp;CDS;7610323;7610769;481;*; ;comp;tRNA;7611251;7611323;71;*;gca fin;;CDS;7611395;7612312;;0; deb;;CDS;7936008;7936736;65;*; ;;tRNA;7936802;7936874;437;*;gcg fin;;CDS;7937312;7938874;;; deb;;CDS;7973321;7973482;70;*; ;comp;tRNA;7973553;7973624;88;*;acc ;comp;tRNA;7973713;7973798;124;*;tac fin;comp;CDS;7973923;7974897;;0; deb;;CDS;7975047;7975976;100;*; ;;tRNA;7976077;7976161;374;*;tca fin;;CDS;7976536;7978545;;; </pre> ===pmg=== ====pmg opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_opérons|pmg opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Proc_mari_MIT_9301/procMari_MIT_9301-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009091.1;pmg;;genome;;;;;;;; 31.3%GC;13.8.19 Paris;16s 1;37;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Prochlorococcus marinus str. MIT 9301;;;;;;;;;;; comp;74235..75521;;CDS;;4;4;;;429;; comp;75526..75607;;ctt;;259;259;;;;; ;75867..77216;;CDS;;;;;;450;; ;;;;;;;;;;; ;132034..132708;;CDS;;49;49;;;225;; ;132758..132829;;aac;;566;*566;;;;; ;133396..133845;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; comp;239249..240268;;CDS;;170;170;;;340;; comp;240439..240520;;cta;;71;71;;;;; ;240592..241041;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; comp;257573..258844;;CDS;;77;77;;;424;; comp;258922..258995;;cgt;;86;86;;;;; ;259082..259333;;CDS;;;;;;84;; ;;;;;;;;;;; comp;272771..274039;;CDS;;18;18;;;423;; comp;274058..274130;;atgi;;141;141;;;;; ;274272..274832;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; ;305431..305850;;CDS;;84;84;;;140;; comp;305935..306010;;ttc;;91;91;;;;; comp;306102..307331;;CDS;;;;;;410;; ;;;;;;;;;;; ;313891..314472;;CDS;;178;178;;;194;; comp;314651..314722;;aca;;65;65;;;;; comp;314788..315120;;CDS;;;;;;111;; ;;;;;;;;;;; comp;320549..321988;;CDS;;603;*603;;;480;; ;322592..324074;;16s;;125;;;;;; ;324200..324273;;atc;;12;;;12;;; ;324286..324358;;gca;;256;;;;;; ;324615..327496;;23s;;60;;;;;; ;327557..327673;;5s;;43;43;;;;; comp;327717..328595;;CDS;;;;;;293;; ;;;;;;;;;;; comp;354976..355167;;CDS;;88;88;;;64;; comp;355256..355327;;acc;;10;;10;;;; comp;355338..355419;;tac;;102;102;;;;; ;355522..355962;;CDS;;;;;;147;; ;;;;;;;;;;; comp;434230..435660;;CDS;;17;17;;;477;; comp;435678..435751;;gac;;149;149;;;;; comp;435901..436095;;CDS;;35;35;;;65;; comp;436131..436203;;tgg;;53;53;;;;; comp;436257..436727;;CDS;;;;;;157;; ;;;;;;;;;;; ;521448..522497;;CDS;;99;99;;;350;; ;522597..522682;;tta;;78;78;;;;; ;522761..522994;;CDS;;;;;;78;; ;;;;;;;;;;; comp;609397..609897;;CDS;;249;249;;;167;; comp;610147..610233;;tca;;404;*404;;;;; ;610638..611399;;CDS;;;;;;254;; ;;;;;;;;;;; ;774440..775240;;CDS;;210;210;;;267;; comp;775451..775524;;ccc;;27;27;;;;; comp;775552..776280;;CDS;;;;;;243;; ;;;;;;;;;;; comp;828018..828392;;CDS;;49;49;;;125;; ;828442..828528;;tcc;;214;214;;;;; ;828743..830740;;CDS;;;;;;*666;; ;;;;;;;;;;; ;868731..869213;;CDS;;29;29;;;161;; ;869243..869316;;atgj;;67;67;;;;; ;869384..869671;;CDS;;;;;;96;; ;;;;;;;;;;; ;909742..910707;;CDS;;45;45;;;322;; ;910753..910829;;atgf;;591;*591;;;;; ;911421..911810;;CDS;;;;;;130;; ;;;;;;;;;;; ;996073..996609;;CDS;;16;16;;;179;; comp;996626..996698;;gaa;;41;41;;;;; comp;996740..997858;;CDS;;;;;;373;; ;;;;;;;;;;; comp;1040019..1040135;;CDS;;177;177;;;39;; ;1040313..1040384;;aaa;;512;*512;;;;; ;1040897..1041004;;CDS;;;;;;36;; ;;;;;;;;;;; ;1044863..1045423;;CDS;;276;276;;;187;; ;1045700..1045773;;cca;;188;188;;;;; comp;1045962..1046666;;CDS;;;;;;235;; ;;;;;;;;;;; ;1134197..1134427;;CDS;;251;251;;;77;; comp;1134679..1134763;;tcg;;63;63;;;;; comp;1134827..1135849;;CDS;;;;;;341;; ;;;;;;;;;;; comp;1163424..1164092;;CDS;;138;138;;;223;; ;1164231..1164304;;aga;;27;27;;;;; ;1164332..1165600;;CDS;;;;;;423;; ;;;;;;;;;;; ;1212124..1212894;;CDS;;58;58;;;257;; comp;1212953..1213025;;gcc;;129;129;;;;; comp;1213155..1214180;;CDS;;;;;;342;; ;;;;;;;;;;; ;1253753..1255123;;CDS;;525;*525;;;457;; ;1255649..1255730;;ttg;;5;5;;;;; ;1255736..1256911;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;1259549..1260784;;CDS;;131;131;;;412;; ;1260916..1260988;;cac;;72;72;;;;; ;1261061..1262455;;CDS;;;;;;465;; ;;;;;;;;;;; ;1275239..1277272;;CDS;;0;*0;;;*678;; comp;1277273..1277343;;gga;;112;112;;;;; ;1277456..1278802;;CDS;;;;;;449;; ;;;;;;;;;;; ;1308006..1308797;;CDS;;50;50;;;264;; ;1308848..1308919;;gtc;;67;67;;;;; ;1308987..1309604;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; comp;1419657..1419893;;CDS;;54;54;;;79;; ;1419948..1420019;;acg;;100;100;;;;; ;1420120..1420440;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; ;1453287..1454075;;CDS;;35;35;;;263;; comp;1454111..1454199;;agc;;61;61;;;;; comp;1454261..1455460;;CDS;;;;;;400;; ;;;;;;;;;;; ;1472925..1473932;;CDS;;94;94;;;336;; ;1474027..1474098;;caa;;16;16;;;;; ;1474115..1474891;;CDS;;;;;;259;; ;;;;;;;;;;; comp;1485558..1486649;;CDS;;77;77;;;364;; ;1486727..1486800;;cgg;;11;11;;;;; comp;1486812..1487258;;CDS;;;;;;149;; ;;;;;;;;;;; comp;1500099..1501325;;CDS;;42;42;;;409;; ;1501368..1501438;;tgc;@1;364;364;;;;; comp;1501803..1502447;;CDS;;;;;;215;; ;;;;;;;;;;; comp;1517796..1518128;;CDS;;78;78;;;111;; comp;1518207..1518280;;agg;;38;38;;;;; ;1518319..1518700;;ncRNA;;21;21;;;;; ;1518722..1519471;;CDS;;;;;;250;; ;;;;;;;;;;; comp;1554202..1554633;;CDS;;45;45;;;144;; comp;1554679..1554750;;ggc;;61;61;;;;; comp;1554812..1555288;;CDS;;;;;;159;; ;;;;;;;;;;; comp;1600898..1601284;;CDS;@2;-30;*-30;;;129;; comp;1601255..1601326;;gta;;98;98;;;;; ;1601425..1602279;;CDS;;;;;;285;; </pre> ====pmg cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_cumuls|pmg cumuls]] <pre> pmg cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;;100;9;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;1;1;50;22;40;;200;20;60;2 ;16 atc gca;1;40;;;100;23;80;;300;15;90;6 ;16 23 5s a;0;60;;;150;7;120;;400;10;120;4 ;max a;2;80;;;200;4;160;;500;13;150;9 ;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;0;180;5 ;autres;0;120;;;300;3;240;;700;2;210;4 ;total aas;2;140;;;350;0;280;;800;0;240;4 sans ;opérons;34;160;;;400;1;320;;900;0;270;8 ;1 aa;33;180;;;450;1;360;;1000;0;300;2 ;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;330;1 ;a doubles;0;;;;;5;;;;0;;24 ;total aas;35;;1;1;;71;;0;;69;;69 total aas;;37;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;10;12;;127;;;;260;; ;;;variance;0;0;;146;;;;147;; sans jaune;;;moyenne;;;;93;;;;248;;170 ;;;variance;;;;76;;;;130;;74 </pre> ====pmg blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_blocs|pmg blocs]] <pre> pmg bloc;; CDS;603;480 16s;125;1483 atc;12; gca;256; 23s;60;2882 5s;43;117 CDS;;293 </pre> ====pmg remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_remarques|pmg remarques]] *code génétique de pmg <pre> Remarques;;;;;;;37 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata; ;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====pmg distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_distribution|pmg distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total pmg;;33;;;;;;;pmg;2;;;;;;;;pmg;0;;;;;; </pre> ====pmg données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_données_intercalaires|pmg données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;pmg;fx;fc;pmg;fx40;fc40;pmg;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;11;34;0;11;34;-1;0;36;4;259;16s tRNA;; ;2;10;117;198;1;18;17;-2;0;0;49;71;125;;atc 2;3;20;39;116;2;16;27;-3;0;0;566;86;tRNA 23s;; ;2;30;26;71;3;22;25;-4;40;69;185;141;258;;gca 1;1;40;14;64;4;11;26;-5;0;0;77;87;tRNA tRNA;;intra 2;5;50;22;51;5;9;18;-6;2;0;18;178;12;;atc gca 2;1;60;22;45;6;12;23;-7;0;1;91;102;tRNA tRNA;; ;6;70;22;50;7;9;10;-8;11;13;65;404;10;;acc 2;4;80;34;46;8;8;11;-9;1;0;88;210;**;;tac 2;1;90;21;42;9;6;27;-10;0;2;17;49;;; 1;4;100;28;31;10;6;14;-11;3;11;149;16;;; 1;0;110;16;27;11;1;19;-12;2;0;35;177;;; 1;0;120;12;23;12;2;14;-13;0;3;53;188;;; ;1;130;14;17;13;5;14;-14;3;6;99;251;;; 2;0;140;26;17;14;6;6;-15;3;0;78;138;;; 1;1;150;15;7;15;5;12;-16;3;2;249;58;;; ;0;160;14;13;16;4;10;-17;4;3;27;131;;; ;0;170;9;9;17;5;11;-18;1;0;214;0;;; 2;0;180;12;9;18;6;11;-19;0;0;29;112;;; 1;1;190;13;5;19;2;6;-20;3;1;67;54;;; ;0;200;8;1;20;3;13;-21;2;0;45;35;;; 2;0;210;7;5;21;2;2;-22;2;0;591;77;;; ;1;220;6;5;22;4;7;-23;2;0;41;11;;; ;0;230;6;8;23;4;4;-24;2;0;512;42;;; ;0;240;3;3;24;5;8;-25;0;2;276;210;;; ;1;250;5;2;25;0;5;-26;1;3;63;98;;; 2;0;260;6;2;26;2;6;-27;1;0;342;;;; ;0;270;3;3;27;4;11;-28;1;0;129;;;; ;1;280;3;1;28;3;9;-29;0;0;525;;;; ;0;290;3;3;29;0;8;-30;1;0;5;;;; ;0;300;8;3;30;2;11;-31;0;0;72;;;; ;0;310;2;1;31;4;3;-32;1;0;50;;;; ;0;320;2;4;32;1;9;-33;0;0;67;;;; ;0;330;5;3;33;1;7;-34;0;0;100;;;; ;0;340;6;2;34;1;1;-35;1;0;61;;;; ;1;350;5;0;35;1;7;-36;0;0;94;;;; ;0;360;0;1;36;1;11;-37;0;0;16;;;; ;0;370;2;2;37;0;6;-38;1;0;78;;;; ;0;380;1;3;38;2;6;-39;0;0;45;;;; ;0;390;1;0;39;1;6;-40;0;0;61;;;; ;0;400;1;2;40;2;8;-41;0;1;-30;;;; 1;4;reste;27;21;reste;390;467;-42;1;0;CDS 16s;;;; 26;40;total;597;950;total;597;950;-43;1;0;-;601;;; 24;36;diagr;559;895;diagr;196;449;-44;0;1;23s 5s;;;; 2;7; t30;182;385;;;;-45;0;0;64;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;5s CDS;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;-;43;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;586;95;11;692;;;-49;0;0;;;;; ;c;916;158;34;1108;;;-50;0;2;;;;; ;;;;;1800;84;;reste;2;2;;;;; ;;;;;;1884;;total;95;158;;;;; </pre> =====pmg autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires_aas|pmg autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pmg;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;65120;306;; ;tmRNA;66389;44;comp; fin;CDS;66707;;; deb;CDS;74235;4;comp; ;tRNA;75526;259;comp;ctt fin;CDS;75867;;; deb;CDS;132034;49;; ;tRNA;132758;566;;aac fin;CDS;133396;;; deb;CDS;239249;185;comp; ;tRNA;240439;71;comp;cta fin;CDS;240592;;; deb;CDS;257573;77;comp; ;tRNA;258922;86;comp;cgt fin;CDS;259082;;; deb;CDS;272771;18;comp; ;tRNA;274058;141;comp;atgi fin;CDS;274272;;; deb;CDS;305431;87;; ;tRNA;305938;91;comp;ttc fin;CDS;306102;;comp; deb;CDS;313891;178;; ;tRNA;314651;65;comp;aca fin;CDS;314788;;comp; deb;CDS;320549;601;comp; 16s;rRNA;322590;125;;1483 ;tRNA;324200;12;;atc ;tRNA;324286;258;;gca ;rRNA;324617;64;;2882 ;rRNA;327557;43;;117 fin;CDS;327717;;comp; deb;CDS;354976;88;comp; ;tRNA;355256;10;comp;acc ;tRNA;355338;102;comp;tac fin;CDS;355522;;; deb;CDS;434230;17;comp; ;tRNA;435678;149;comp;gac deb;CDS;435901;35;comp; ;tRNA;436131;53;comp;tgg fin;CDS;436257;;comp; deb;CDS;521448;99;; ;tRNA;522597;78;;tta fin;CDS;522761;;; deb;CDS;609397;249;comp; ;tRNA;610147;404;comp;tca fin;CDS;610638;;; deb;CDS;656308;17;; ;ncRNA;657516;162;; fin;CDS;657863;;; deb;CDS;774440;210;; ;tRNA;775451;27;comp;ccc fin;CDS;775552;;comp; deb;CDS;828018;49;comp; ;tRNA;828442;214;;tcc fin;CDS;828743;;; deb;CDS;868731;29;; ;tRNA;869243;67;;atgj fin;CDS;869384;;; deb;CDS;909742;45;; ;tRNA;910753;591;;atgf fin;CDS;911421;;; deb;CDS;996073;16;; ;tRNA;996626;41;comp;gaa fin;CDS;996740;;comp; deb;CDS;1040019;177;comp; ;tRNA;1040313;512;;aaa fin;CDS;1040897;;; deb;CDS;1044863;276;; ;tRNA;1045700;188;;cca fin;CDS;1045962;;comp; deb;CDS;1134197;251;; ;tRNA;1134679;63;comp;tcg fin;CDS;1134827;;comp; deb;CDS;1163424;138;comp; ;tRNA;1164231;342;;aga fin;CDS;1164647;;; deb;CDS;1212124;58;; ;tRNA;1212953;129;comp;gcc fin;CDS;1213155;;comp; deb;CDS;1253753;525;; ;tRNA;1255649;5;;ttg fin;CDS;1255736;;; deb;CDS;1259549;131;comp; ;tRNA;1260916;72;;cac fin;CDS;1261061;;; deb;CDS;1264859;12;; ;ncRNA;1265987;47;comp; fin;CDS;1266131;;; deb;CDS;1275239;0;; ;tRNA;1277273;112;comp;gga fin;CDS;1277456;;; deb;CDS;1308006;50;; ;tRNA;1308848;67;;gtc fin;CDS;1308987;;; deb;CDS;1419657;54;comp; ;tRNA;1419948;100;;acg fin;CDS;1420120;;; deb;CDS;1453287;35;; ;tRNA;1454111;61;comp;agc fin;CDS;1454261;;comp; deb;CDS;1472925;94;; ;tRNA;1474027;16;;caa fin;CDS;1474115;;; deb;CDS;1485558;77;comp; ;tRNA;1486727;11;;cgg fin;CDS;1486812;;comp; deb;CDS;1500099;42;comp; ;tRNA;1501368;210;;tgc fin;CDS;1501649;;comp; deb;CDS;1517796;78;comp; ;tRNA;1518207;38;comp;agg ;ncRNA;1518319;21;; fin;CDS;1518722;;; deb;CDS;1526173;34;comp; ;regulatory;1527578;66;comp; fin;CDS;1527743;;comp; deb;CDS;1554202;45;comp; ;tRNA;1554679;61;comp;ggc fin;CDS;1554812;;comp; deb;CDS;1600898;-30;comp; ;tRNA;1601255;98;comp;gta fin;CDS;1601425;;; </pre> ====pmg intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_entre_cds|pmg intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> pmg;9.2.21 Paris;;Pmg 8.2.21;;;;;;; ;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;253;14.1;'''négatif ;-10;11;-1 à -67;'''1641879;-1;253 ;'''zéro;45;2.5;;;;;'''intercals;0;45 ;'''1 à 200;1326;73.7;'''0 à 200;55;51;;'''139122;5;189 ;'''201 à 370;120;6.7;'''201 à 370;270;48;;'''8.5%;10;126 ;'''371 à 600;42;2.3;'''371 à 600;452;60;;;15;84 ;'''601 à max;14;0.8;'''601 à 1051;778;154;;;20;71 ;'''total 1800;<201;90.2;'''total 1798;74;114;-67 à 1051;;25;41 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>fréquence-1;30;56 1337910;1643;-1;253;-70;0;;0;45;35;35 344859;1208;0;°45;-60;3;;-1;°36;40;43 1131068;1051;1;35;-50;3;;-2;0;45;34 1332255;987;2;43;-40;4;;-3;0;50;39 666029;950;3;°47;-30;4;'''min à -1;-4;°109;55;34 1046608;901;4;37;-20;20;253;-5;0;60;33 873756;800;5;27;-10;46;14.1%;-6;2;65;30 1082452;696;6;°35;0;218;;-7;1;70;42 1073300;690;7;19;10;315;;-8;°24;75;36 1086818;679;8;19;20;155;;-9;1;80;44 1350077;676;9;°33;30;97;;-10;2;85;36 947641;638;10;20;40;78;'''1 à 100;-11;°14;90;27 1340696;638;11;20;50;73;1059;-12;2;95;22 1274338;625;12;16;60;67;58.8%;-13;3;100;37 1330270;579;13;°19;70;72;;-14;°9;105;20 1040897;574;14;12;80;80;;-15;3;110;23 39429;566;15;17;90;63;;-16;5;115;19 956617;560;16;14;100;59;;-17;°7;120;16 1328069;560;17;16;110;43;;-18;1;125;15 1331574;540;18;°17;120;35;;-19;0;130;16 1071397;523;19;8;130;31;;-20;°4;135;23 661816;518;20;16;140;43;;-21;2;140;20 1341490;508;21;4;150;22;;-22;2;145;14 660601;495;22;11;160;27;;-23;°2;150;8 872185;484;23;8;170;18;'''1 à 200;-24;2;155;18 353338;478;24;°13;180;21;1326;-25;2;160;9 134240;471;25;5;190;18;74%;-26;°4;165;8 1198984;467;26;8;200;9;;-27;1;170;10 332235;461;27;°15;210;12;;-28;1;175;8 892293;459;28;12;220;11;;-29;0;180;13 948687;458;29;8;230;14;;-30;1;185;9 1321313;450;30;°13;240;6;;-31;0;190;9 924950;449;31;7;250;7;'''0 à 200;-32;1;195;6 914728;448;32;10;260;8;1371;;77;200;3 1066510;445;33;°8;270;6;;reste;12;205;7 938157;441;34;2;280;4;;total;298;210;5 226447;435;35;8;290;6;;;;215;4 1188279;430;36;°12;300;11;;intercal;<u>frequencef;220;7 773451;421;37;6;310;3;;600;1786;225;8 858898;421;38;8;320;6;;620;;230;6 ;;39;7;330;8;;640;3;235;3 ;;40;10;340;8;'''201 à 370;660;;240;3 ;;reste;857;350;5;120;680;2;245;3 ;;total;1527;360;1;6.7%;700;2;250;4 ;;;;370;4;;720;;255;4 ;;;;380;4;;740;;260;4 1631675;-67;comp;;390;1;;760;;265;3 701382;-65;shfit2;592;400;3;;780;;270;3 886946;-61;comp;;410;6;;800;1;275;3 1045962;-59;shfit2;646;420;1;;820;;280;1 828743;-50;shfit2;1948;430;4;;840;;285;5 1349614;-50;shfit2;463;440;1;;860;;290;1 1425201;-44;shfit2;1765;450;5;;880;;295;6 1539296;-43;comp;;460;2;;900;;300;5 1249293;-42;comp;;470;2;;920;1;305;1 244064;-41;shfit2;295;480;2;;940;;310;2 162356;-38;;;490;1;;960;1;315;3 20410;-35;;;500;1;;980;;320;3 427059;-32;;;510;1;;1000;1;325;7 587323;-30;;;520;1;;1020;;330;1 1611400;-28;;;530;1;;1040;;335;3 744978;-27;;;540;1;'''371 à 600;1060;1;340;5 303832;-26;;;550;0;42;;12;345;3 489984;-26;;;560;2;2.3%;;;350;2 808548;-26;;;570;1;;;;355;1 1223639;-26;;;580;2;'''601 à max;;;360;0 1181603;-25;;;590;0;14;;;365;3 1209844;-25;;;600;0;0.8%;;;370;1 27867;-24;;;reste;14;;reste;2;reste;56 975566;-24;;;total;1800;;total;1800;total;1800 </pre> ====pmg intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_positifs_S+|pmg intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pmg;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-67;515;-1295;119;607;256;min40;&-107;844;-2106;170;869;263;min60 31 à 400;23;-124;47;41;774;180;2 parties;&-35;327;-1017;107;973;311;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;194;65;-;428;poly;179;SF;&78;69;;501;poly;368;SF 31 à 400;122;45;-;726;dte;48;tm;&153;49;-;687;poly;286;SF ;;;;;;;;;;;;;; pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;24.1.22 paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.703;;;pmg;Sx-;Sc- 41-n;0.856;0.728;0.802;;;;;;;;;;-1;0;36 1-n;0.928;0.904;0.915;;;;;;;;;;-2;0;0 pmg;fx;fc;;pmg;fx%;fc%;;pmg;fx40;fc40;;x;-3;0;0 0;11;34;;0;20;38;;0;11;34;>0;586;-4;40;69 10;117;198;;10;209;221;;1;18;17;<0;95;-5;0;0 20;39;116;;20;70;130;;2;16;27;zéro;11;-6;2;0 30;26;71;;30;47;79;;3;22;25;total;692;-7;0;1 40;14;64;;40;25;72;;4;11;26;;c;-8;11;13 50;22;51;;50;39;57;;5;9;18;>0;916;-9;1;0 60;22;45;;60;39;50;;6;12;23;<0;158;-10;0;2 70;22;50;;70;39;56;;7;9;10;zéro;34;-11;3;11 80;34;46;;80;61;51;;8;8;11;total;1108;-12;2;0 90;21;42;;90;38;47;;9;6;27;;;-13;0;3 100;28;31;;100;50;35;;10;6;14;total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reste;27;21;;;;;;reste;390;467;;;-45;0;0 total;597;950;;t30;326;430;;total;597;950;;;-46;0;0 diagr;559;895;;;;;;diagr;196;449;;;-47;0;0 - t30;377;510;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;;;reste;2;2 ;;;;;;;;;;;;;total;95;158 </pre> ====pmg intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_négatifs_S-|pmg intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp';0;0;0;37;0;2;0;10;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;91 continu;36;0;0;72;0;0;1;14;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;2;162 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;33;0;2;0;11;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;88 ;Sc-;36;0;0;69;0;0;1;13;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;3;159 </pre> ====pmg autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires|pmg autres intercalaires]] <pre> deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin deb;°CDS;65120;306;;;deb;°CDS;521448;99;;;deb;°CDS;1259549;131;comp ;tmRNA;66389;44;comp;;;&tRNA;522597;78;;;;&tRNA;1260916;72; fin;°CDS;66707;;;;fin;°CDS;522761;;;;fin;°CDS;1261061;; deb;°CDS;74235;4;comp;;deb;°CDS;609397;249;comp;;deb;°CDS;1264859;12; ;&tRNA;75526;259;comp;;;&tRNA;610147;404;comp;;;ncRNA;1265987;47;comp fin;°CDS;75867;;;;fin;°CDS;610638;;;;fin;°CDS;1266131;; deb;°CDS;132034;49;;;deb;°CDS;656308;17;;;deb;°CDS;1275239;0; ;&tRNA;132758;566;;;;ncRNA;657516;162;;;;&tRNA;1277273;112;comp fin;°CDS;133396;;;;fin;°CDS;657863;;;;fin;°CDS;1277456;; deb;°CDS;239249;185;comp;;deb;°CDS;774440;210;;;deb;°CDS;1308006;50; ;&tRNA;240439;71;comp;;;&tRNA;775451;27;comp;;;&tRNA;1308848;67; fin;°CDS;240592;;;;fin;°CDS;775552;;comp;;fin;°CDS;1308987;; deb;°CDS;257573;77;comp;;deb;°CDS;828018;49;comp;;deb;°CDS;1419657;54;comp ;&tRNA;258922;86;comp;;;&tRNA;828442;214;;;;&tRNA;1419948;100; fin;°CDS;259082;;;;fin;°CDS;828743;;;;fin;°CDS;1420120;; deb;°CDS;272771;18;comp;;deb;°CDS;868731;29;;;deb;°CDS;1453287;35; ;&tRNA;274058;141;comp;;;&tRNA;869243;67;;;;&tRNA;1454111;61;comp fin;°CDS;274272;;;;fin;°CDS;869384;;;;fin;°CDS;1454261;;comp deb;°CDS;305431;87;;;deb;°CDS;909742;45;;;deb;°CDS;1472925;94; ;&tRNA;305938;91;comp;;;&tRNA;910753;591;;;;&tRNA;1474027;16; fin;°CDS;306102;;comp;;fin;°CDS;911421;;;;fin;°CDS;1474115;; deb;°CDS;313891;178;;;deb;°CDS;996073;16;;;deb;°CDS;1485558;77;comp ;&tRNA;314651;65;comp;;;&tRNA;996626;41;comp;;;&tRNA;1486727;11; fin;°CDS;314788;;comp;;fin;°CDS;996740;;comp;;fin;°CDS;1486812;;comp deb;°CDS;320549;601;comp;;deb;°CDS;1040019;177;comp;;deb;°CDS;1500099;42;comp ;$rRNA;322590;125;;;;&tRNA;1040313;512;;;;&tRNA;1501368;210; ;&tRNA;324200;12;;;fin;°CDS;1040897;;;;fin;°CDS;1501649;;comp ;&tRNA;324286;258;;;deb;°CDS;1044863;276;;;deb;°CDS;1517796;78;comp ;$rRNA;324617;64;;;;&tRNA;1045700;188;;;;&tRNA;1518207;38;comp ;$rRNA;327557;43;;;fin;°CDS;1045962;;comp;;;ncRNA;1518319;21; fin;°CDS;327717;;comp;;deb;°CDS;1134197;251;;;fin;°CDS;1518722;; deb;°CDS;354976;88;comp;;;&tRNA;1134679;63;comp;;deb;°CDS;1526173;34;comp ;&tRNA;355256;10;comp;;fin;°CDS;1134827;;comp;;;regulatory;1527578;66;comp ;&tRNA;355338;102;comp;;deb;°CDS;1163424;138;comp;;fin;°CDS;1527743;;comp fin;°CDS;355522;;;;;&tRNA;1164231;342;;;deb;°CDS;1554202;45;comp deb;°CDS;434230;17;comp;;fin;°CDS;1164647;;;;;&tRNA;1554679;61;comp ;&tRNA;435678;149;comp;;deb;°CDS;1212124;58;;;fin;°CDS;1554812;;comp deb;°CDS;435901;35;comp;;;&tRNA;1212953;129;comp;;deb;°CDS;1600898;-30;comp ;&tRNA;436131;53;comp;;fin;°CDS;1213155;;comp;;;&tRNA;1601255;98;comp fin;°CDS;436257;;comp;;deb;°CDS;1253753;525;;;fin;°CDS;1601425;; ;;;;;;&tRNA;1255649;5;;; ;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1255736;;;; ;;; </pre> ====pmg intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_tRNA|pmg intercalaires tRNA]] <pre> pmg;relevés;;;;;;proportion des intercalaires <201;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls;;;deb;fin;total ;;;;;;;;;;;;<201;29;25;54 ;;;4;comp’;259;;-30;5;deb;;;total;34;33;67 ;;;49;;566;;4;16;<201;16;;taux;85%;76%;81% ;;;185;comp’;71;;17;27;total;19;;;;; ;;;77;comp’;86;;18;41;%;84%;;;;; ;;;18;comp’;141;;29;53;;;;;;; ;;comp’;87;;91;;35;61;fin;;;;;; ;;comp’;178;;65;;45;61;<201;17;;;;; ;10;;88;comp’;102;;45;63;total;22;;;;; ;;;17;;149;;49;65;%;77%;;;;; ;;;35;;53;;50;67;;;;;;; ;;;99;;78;;77;67;total;;;;;; ;;;249;comp’;404;;78;72;<201;33;;;;; ;;comp’;210;;27;;88;78;total;41;;;;; ;;comp’;49;;214;;94;91;%;80%;;;;; ;;;29;;67;;99;100;;;;;;; ;;;45;;591;;185;129;;;;;;; ;;comp’;16;;41;;249;149;;;;;;; ;;comp’;177;;512;;276;214;;;;;;; ;;;276;comp’;188;;525;342;;;;;;; ;;comp’;251;;63;;-;512;;;;;;; ;;comp’;138;;342;;-;566;;;;;;; ;;comp’;58;;129;;-;591;comp’;cumuls;;;;; ;;;525;;5;;0;11;deb;;;;;; ;;comp’;131;;72;;16;71;<201;13;;;;; ;;comp’;0;comp’;112;;35;86;total;15;;;;; ;;;50;;67;;42;98;%;87%;;;;; ;;comp’;54;;100;;49;102;;;;;;; ;;comp’;35;;61;;54;112;fin;;;;;; ;;;94;;16;;58;141;<201;8;;;;; ;;comp’;77;comp’;11;;77;188;total;11;;;;; ;;comp’;42;comp’;210;;87;210;%;73%;;;;; ;;;78;;;;131;259;;;;;;; ;;;45;;61;;138;404;total;;;;;; ;;;-30;comp’;98;;177;-;<201;21;;;;; ;;;;;;;178;-;total;26;;;;; ;;;;;;;210;-;%;81%;;;;; ;;;;;;;251;-;;;;;;; </pre> ===cyano synthèse=== ====cyano distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_génome|cyano distribution par génome]] ====cyano distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_du_total|cyano distribution du total]] <pre> cyano2;;;;;;;99 atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3 atc;;acc;3;aac;3;agc;3 ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3 gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2 tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2 cta;3;cca;3;caa;3;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2 ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2 ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2 gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;27;72;;;;;99 ;;;;;;; cyano2;;;;;;; atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;5;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;5;gaa;;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;4;;;;;10;10 </pre> ====cyano distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_type|cyano distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4 atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;27;72;;;;;99;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====cyano par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_par_rapport_au_groupe_de_référence|cyano par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;19;4;;;;;23; 16;moyen;27;10;2;;;10;49; 14;fort;26;9;2;;;;37; ; ;72;23;4;;;10;109; 10;g+cga;8;2;;;;;10; 2;agg+cgg;4;;;;;;4; 4;carre ccc;6;2;;;;;8; 5;autres;1;;;;;;1; ;;19;4;;;;;23; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;174;37;;;;;211;26 16;moyen;248;92;18;;;92;450;324 14;fort;239;83;18;;;;339;650 ; ;661;211;37;;;92;109;729 10;g+cgg;73;18;;;;;92;10 2;agg+cga;37;;;;;;37; 4;carre ccc;55;18;;;;;73;16 5;autres;9;;;;;;9; ;;174;37;;;;;211; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;192;40;;232;26;26;17; 16;moyen;273;101;20;394;324;38;43; 14;fort;263;91;20;374;650;36;39; ; ;727;232;40;99;729;72;23; 10;g+cgg;81;20;;101;10;42;; 2;agg+cga;40;;;40;;21;; 4;carre ccc;61;20;;81;16;32;; 5;autres;10;;;10;;5;; ;;192;40;;232;;19;; </pre> ====cyano, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano,_estimation_des_-rRNAs|cyano, estimation des -rRNAs]] <pre> actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 31 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;31;103; ; ;;indices;;;;31;332;0;0;;cyano2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;99 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3 atc;58;acc;;aac;;agc;;;atc;187;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;3;agc;3 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;2;aga;2 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;3;cga; gta;;gca;45;gaa;;gga;;;gta;;gca;145;gaa;;gga;;;gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;39;;37;;23;99 27.5.20 Tanger;;;;cyano;total;ttt;tgt;;25.11.20 Paris;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;3959;3.6;0.0;;;;;;84;3959;3.6;0.0;;cyano2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;98;;atgi;105;tct;;tat;;atgf;98;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;150 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;7.1;act;2.4;aat;3.6;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;17;cct;2.4;cat;2.4;cgc;1.2;;ctt;50;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;1.2;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;150 atc;8;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;195;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;;acc;150;aac;150;agc;150 ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;150 gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;100;gcc;100;gac;150;ggc;100 tta;83;tca;114;taa;;tga;0;;tta;83;tca;114;taa;2.4;tga;;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;;aca;200;aaa;100;aga;100 cta;118;cca;130;caa;114;cga;2;;cta;118;cca;130;caa;114;cga;2.4;;cta;150;cca;150;caa;150;cga; gta;111;gca;48;gaa;118;gga;111;;gta;111;gca;193;gaa;118;gga;111;;gta;100;gca;100;gaa;150;gga;100 ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;150;tcg;100;tag;;tgg;150 atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;200;acg;100;aag;50;agg;100 ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;100;ccg;100;cag;50;cgg;100 gtg;43;gcg;82;gag;8;ggg;76;;gtg;43;gcg;82;gag;8.3;ggg;76;;gtg;;gcg;50;gag;;ggg;50 ;;1574;;1607;;1156;4337;;;;1906;;1607;;1171;4684;;;;1950;;1850;;1150;4950 rapports;;83;;100;;99;93;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;cyano2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;48.549;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;35 att;;act;29;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1505;;;0/0;1;;;;att;;act;100;aat;;agt;100 ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;avec;119;;;10;12;;;;ctt;98;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;31;;;20;9;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;14;;;;ttc;19;tcc;2;tac;15;tgc;25 atc;4;acc;100;aac;100;agc;100;;cyano2;49.5;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;22;agc;24 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;99;;;50;2;40;;;ctc;6;ccc;1;cac;9;cgt;26 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;10;;;60;1;;;;gtc;2;gcc;7;gac;21;ggc;7 tta;100;tca;100;taa;;tga;;;genom;2;;;70;0;;;;tta;17;tca;12;taa;;tga; ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;43;aaa;13;aga;12 cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;21;cca;13;caa;24;cga;100 gta;100;gca;25;gaa;100;gga;100;;est 2% au dessus;;;;100;5;;;;gta;10;gca;52;gaa;21;gga;10 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;12;tag;100;tgg;27 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;41;acg;2;aag;24;agg;23 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;8;ccg;15;cag;74;cgg;0 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;39;gag;100;ggg;34 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;330;;279;;337;946 </pre> ==bacteroide== ===myr=== ====myr opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_opérons|myr opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Myro_A21/myroSp_A21-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP010327.1;myr;;genome;;;;;;; 34.1%GC;14.8.19 Paris;16s 8;101;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd Myroides sp. A21;;;;;;;;;; comp;151454..152776;;CDS;;270;270;;;441; comp;153047..153134;;tca;;208;208;;;; comp;153343..154476;;CDS;;;;;;378; ;;;;;;;;;; ;211346..212332;;CDS;;123;123;;;329; comp;212456..212530;;gta;+;27;;27;;; comp;212558..212635;;gta;5 gta;27;;27;;; comp;212663..212740;;gta;;27;;27;;; comp;212768..212845;;gta;;42;;42;;; comp;212888..212965;;gta;;92;92;;;; comp;213058..214275;;CDS;;;;;;406; ;;;;;;;;;; comp;294948..295334;;CDS;;146;146;;;129; comp;295481..295554;;aga;;28;;28;;; comp;295583..295660;;cca;;7;;7;;; comp;295668..295751;;agc;;280;280;;;; ;296032..297210;;CDS;;;;;;393; ;;;;;;;;;; ;327067..328053;;CDS;;112;112;;;329; comp;328166..328241;;aaa;+;698;;*698;;; comp;328940..329021;;ctc;6 aaa;87;;*87;;; comp;329109..329184;;aaa;@1;31;;31;;; comp;329216..329291;;aaa;;36;;36;;; comp;329328..329403;;aaa;;45;;45;;; comp;329449..329524;;aaa;;33;;33;;; comp;329558..329633;;aaa;;129;129;;;; ;329763..330281;;CDS;;;;;;173; ;;;;;;;;;; comp;353908..354384;;CDS;;259;259;;;159; comp;354644..354753;;5s;;107;;;;110; comp;354861..357744;;23s;;150;;;;2884; comp;357895..357971;;gca;;88;;;88;; comp;358060..358136;;atc;;75;;;;; comp;358212..359735;;16s;;265;;;;1524; comp;360001..360110;;5s;;103;;;;110; comp;360214..363107;;23s;;150;;;;2894; comp;363258..363334;;gca;;88;;;88;; comp;363423..363499;;atc;;75;;;;; comp;363575..365098;;16s;;687;*687;;;1524; comp;365786..366973;;CDS;;;;;;396; ;;;;;;;;;; comp;407344..408819;;CDS;;141;141;;;492; comp;408961..409037;;aca;+;33;;33;;; comp;409071..409147;;aca;5 aca;38;;38;;; comp;409186..409262;;aca;;39;;39;;; comp;409302..409378;;aca;;41;;41;;; comp;409420..409493;;aca;;81;81;;;; comp;409575..409838;;CDS;;;;;;88; ;;;;;;;;;; comp;550792..551043;;CDS;;37;37;;;84; comp;551081..551155;;gaa;+;40;;40;;; comp;551196..551267;;gaa;6 gaa;37;;37;;; comp;551305..551376;;gaa;;38;;38;;; comp;551415..551486;;gaa;;35;;35;;; comp;551522..551596;;gaa;;38;;38;;; comp;551635..551706;;gaa;;75;75;;;; comp;551782..553257;;CDS;;;;;;492; ;;;;;;;;;; comp;571079..574315;;CDS;;165;165;;;*1079; comp;574481..574590;;5s;;107;;;;110; comp;574698..577581;;23s;;118;;;;2884; comp;577700..577776;;gca;;88;;;88;; comp;577865..577941;;atc;;76;;;;; comp;578018..579541;;16s;;264;;;;1524; comp;579806..579915;;5s;;106;;;;110; comp;580022..582915;;23s;;150;;;;2894; comp;583066..583142;;gca;;88;;;88;; comp;583231..583307;;atc;;77;;;;; comp;583385..584908;;16s;;1070;*1070;;;1524; comp;585979..586545;;CDS;;;;;;189; ;;;;;;;;;; comp;719558..719755;;CDS;;13;13;;;66; comp;719769..719842;;tgg;;60;60;;;; comp;719903..721090;;CDS;;58;58;;;396; comp;721149..721220;;acc;;20;;20;;; comp;721241..721321;;tac;;27;;27;;; comp;721349..721425;;aca;;93;93;;;; comp;721519..721818;;CDS;;;;;;100; ;;;;;;;;;; ;781522..782178;;CDS;;76;76;;;219; ;782255..782330;;atgf;;93;93;;;; ;782424..782978;;CDS;;;;;;185; ;;;;;;;;;; comp;783008..783451;;CDS;;332;332;;;148; ;783784..783859;;atgf;;110;110;;;; comp;783970..785886;;CDS;;;;;;*639; ;;;;;;;;;; comp;814859..815281;;CDS;;541;*541;;;141; comp;815823..815899;;cga;;10;10;;;; comp;815910..816362;;CDS;;;;;;151; ;;;;;;;;;; ;868515..869267;;CDS;;37;37;;;251; comp;869305..869380;;gga;+;34;;34;;; comp;869415..869490;;gga;6 gga;34;;34;;; comp;869525..869600;;gga;;34;;34;;; comp;869635..869710;;gga;;34;;34;;; comp;869745..869820;;gga;;37;;37;;; comp;869858..869930;;gga;;242;242;;;; ;870173..870646;;CDS;;;;;;158; ;;;;;;;;;; ;1010425..1011210;;CDS;;92;92;;;262; comp;1011303..1011376;;caa;+;221;;*221;;; comp;1011598..1011668;;caa;2 caa;183;183;;;; ;1011852..1015055;;CDS;;;;;;*1068; ;;;;;;;;;; comp;1110980..1111921;;CDS;;158;158;;;314; ;1112080..1112162;;ttg;;44;44;;;; comp;1112207..1112701;;CDS;;;;;;165; ;;;;;;;;;; ;1113809..1114273;;CDS;;158;158;;;155; comp;1114432..1114541;;5s;;105;;;;110; comp;1114647..1117530;;23s;;150;;;;2884; comp;1117681..1117757;;gca;;88;;;88;; comp;1117846..1117922;;atc;;75;;;;; comp;1117998..1119521;;16s;;266;;;;1524; comp;1119788..1119897;;5s;;105;;;;110; comp;1120003..1122896;;23s;;150;;;;2894; comp;1123047..1123123;;gca;;88;;;88;; comp;1123212..1123288;;atc;;77;;;;; comp;1123366..1124889;;16s;;77;;;;1524; comp;1126238..1126311;;aac;;90;90;;;; comp;1126402..1127745;;CDS;;;;;;448; ;;;;;;;;;; ;1214932..1215615;;CDS;;101;101;;;228; comp;1215717..1215790;;tgc;;88;88;;;; comp;1215879..1216235;;CDS;;;;;;119; ;;;;;;;;;; ;1391184..1391825;;CDS;;85;85;;;214; ;1391911..1391987;;aac;+;370;;*370;;; ;1392358..1392434;;aac;2 aac;590;*590;;;; comp;1393025..1393459;;CDS;;;;;;145; ;;;;;;;;;; ;1597909..1598226;;CDS;;635;*635;;;106; ;1598862..1598938;;gac;+;148;;*148;;; ;1599087..1599163;;gac;3 gac;202;;*202;;; ;1599366..1599442;;gac;;169;169;;;; comp;1599612..1600157;;CDS;;;;;;182; ;;;;;;;;;; comp;1643091..1644479;;CDS;;132;132;;;463; ;1644612..1644696;;cta;+;183;;*183;;; ;1644880..1644961;;cta;2 cta;314;314;;;; ;1645276..1646115;;CDS;;;;;;280; ;;;;;;;;;; ;1721814..1722689;;CDS;;66;66;;;292; comp;1722756..1722826;;tgg;;51;51;;;; comp;1722878..1723252;;CDS;;;;;;125; ;;;;;;;;;; comp;1738209..1739033;;CDS;;183;183;;;275; comp;1739217..1739293;;atgi;+;24;;24;;; comp;1739318..1739394;;atgi;2 atgi;69;69;;;; comp;1739464..1739865;;CDS;;;;;;134; ;;;;;;;;;; >;1924596..1926158;;CDS;+;-41;*-41;;;*521; comp;1926118..1926206;;tta;2 tta;341;;*341;;; comp;1926548..1926633;;tta;@2;320;320;;;; <;1926954..1927025;;CDS;;;;;;24; ;;;;;;;;;; ;1928728..1929714;;CDS;;125;125;;;329; comp;1929840..1929925;;tta;;147;147;;;; comp;1930073..1930444;;CDS;;108;108;;;124; comp;1930553..1930638;;tta;;6;;6;;; comp;1930645..1930720;;ggc;;201;201;;;; comp;1930922..1933519;;CDS;;;;;;*866; ;;;;;;;;;; comp;1961822..1962571;;CDS;;128;128;;;250; ;1962700..1962775;;ttc;+;32;;32;;; ;1962808..1962883;;ttc;3 ttc;23;;23;;; ;1962907..1962982;;ttc;;97;97;;;; comp;1963080..1964066;;CDS;;;;;;329; ;;;;;;;;;; ;2082191..2082733;;CDS;;1103;*1103;;;181; ;2083837..2085360;;16s;;77;;;;1524; ;2085438..2085514;;atc;;88;;;88;; ;2085603..2085679;;gca;;150;;;;; ;2085830..2088713;;23s;;106;;;;2884; ;2088820..2088929;;5s;;156;156;;;110; ;2089086..2089943;;CDS;;;;;;286; ;;;;;;;;;; ;2147912..2148241;;CDS;;286;286;;;110; ;2148528..2148604;;cgt;+;49;;49;;; ;2148654..2148730;;cgt;2 cgt;69;69;;;; ;2148800..2149288;;CDS;;;;;;163; ;;;;;;;;;; comp;2207990..2208685;;CDS;;111;111;;;232; comp;2208797..2208872;;atgf;;106;106;;;; comp;2208979..2209605;;CDS;;147;147;;;209; comp;2209753..2209829;;atgj;;145;145;;;; ;2209975..2210361;;CDS;;;;;;129; ;;;;;;;;;; comp;2425634..2426896;;CDS;;299;299;;;421; comp;2427196..2427270;;cca;;353;353;;;; ;2427624..2428565;;CDS;;;;;;314; ;;;;;;;;;; comp;2434061..2435053;;CDS;;125;125;;;331; comp;2435179..2435252;;atgj;;366;366;;;; ;2435619..2436269;;CDS;;;;;;217; ;;;;;;;;;; ;2561350..2563341;;CDS;;1072;*1072;;;*664; ;2564414..2565937;;16s;;74;;;;1524; ;2566012..2566088;;atc;;90;;;90;; ;2566179..2566255;;gca;;118;;;;; ;2566374..2569256;;23s;;105;;;;2883; ;2569362..2569471;;5s;;279;279;;;110; ;2569751..2571682;;CDS;;;;;;*610; ;;;;;;;;;; comp;2676791..2678620;;CDS;;235;235;;;*610; comp;2678856..2678940;;tca;;497;*497;;;; ;2679438..2681390;;CDS;;;;;;*651; ;;;;;;;;;; comp;2977513..2977920;;CDS;;497;*497;;;136; comp;2978418..2978492;;gta;;61;61;;;; comp;2978554..2978928;;CDS;;;;;;125; ;;;;;;;;;; ;3228192..3228908;;CDS;;79;79;;;239; ;3228988..3229064;;cac;+;23;;23;;; ;3229088..3229164;;cac;4 cac;22;;22;;; ;3229187..3229263;;cac;;21;;21;;; ;3229285..3229361;;cac;;40;40;;;; comp;3229402..3230577;;CDS;;;;;;392; ;;;;;;;;;; comp;3394869..3395093;;CDS;;90;90;;;75; comp;3395184..3395268;;tca;;215;215;;;; comp;3395484..3396884;;CDS;;;;;;467; ;;;;;;;;;; ;3457542..3458360;;CDS;;150;150;;;273; ;3458511..3458594;;tac;+;49;;49;;; ;3458644..3458727;;tac;4 tac;48;;48;;; ;3458776..3458859;;tac;;41;;41;;; ;3458901..3458984;;tac;;309;309;;;; comp;3459294..3460415;;CDS;;;;;;374; ;;;;;;;;;; ;3951958..3953367;;CDS;;595;*595;;;470; ;3953963..3954039;;aga;+;80;;80;;; ;3954120..3954196;;aga;2 aga;36;36;;;; comp;3954233..3954712;;CDS;;;;;;160; ;;;;;;;;;; ;3975219..3976205;;CDS;;99;99;;;329; comp;3976305..3976379;;cca;+;36;;36;;; comp;3976416..3976493;;cca;2 cca;7;;7;;; comp;3976501..3976587;;agc;;965;*965;;;; ;3977553..3978161;;CDS;;;;;;203; </pre> ====myr cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_cumuls|myr cumuls]] <pre> myr cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;8;1;0;;1;1;1;;100;6;30;1 ;16 23 5s 0;0;20;4;;50;7;20;;200;25;60;0 ;16 atc gca;8;40;28;;100;21;40;;300;16;90;4 ;16 23 5s a;0;60;7;;150;18;60;;400;14;120;4 ;max a;2;80;1;;200;7;80;;500;9;150;10 ;a doubles;0;100;1;8;250;5;100;;600;1;180;8 ;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;5;210;6 ;total aas;16;140;0;;350;4;140;;800;0;240;6 sans ;opérons;34;160;1;;400;2;160;;900;1;270;3 ;1 aa;13;180;0;;450;0;180;;1000;0;300;5 ;max a;7;200;1;;500;2;200;;1100;2;330;6 ;a doubles;17;;5;;;9;;;;0;;26 ;total aas;85;;48;8;;82;;0;;79;;79 total aas;;101;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;74;88;;223;;;;302;; ;;;variance;120;0;;242;;;;209;; sans jaune;;;moyenne;33;;;144;;;;244;;189 ;;;variance;13;;;90;;;;122;;78 </pre> ====myr blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_blocs|myr blocs]] <pre> myr blocs;;;;;;; CDS;259;159;165;1079;CDS;158;155 5s;107;110;107;110;5s;105;110 23s;150;2884;118;2884;23s;150;2884 gca;88;;88;;gca;88; atc;75;;76;;atc;75; 16s;265;1524;264;1524;16s;266;1524 5s;103;110;106;110;5s;105;110 23s;150;2894;150;2894;23s;150;2894 gca;88;;88;;gca;88; atc;75;;77;;atc;77; 16s;687;1524;1070;1524;16s;77;1524 CDS;;396;;189;aac;90; ;;;;;CDS;;448 ;;;;;;; CDS;1103;181;1072;664;;; 16s;77;1524;74;1524;;; atc;88;;90;;;; gca;150;;118;;;; 23s;106;2884;105;2883;;; 5s;156;110;279;110;;; CDS;;286;;644;;; </pre> ====myr remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_remarques|myr remarques]] *code génétique de myr <pre> myr;;;;;;;101 atgi;2;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;3;tcc;;tac;5;tgc;1 atc;8;acc;1;aac;3;agc;2 ctc;1;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;3;ggc;1 tta;4;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;6;aaa;6;aga;3 cta;2;cca;4;caa;2;cga;1 gta;6;gca;8;gaa;6;gga;6 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2 atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====myr distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_distribution|myr distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2 cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total myr;;16;;;;;;;myr;11;;;;;;;;myr;57;;;;;; </pre> ====myr données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_données_intercalaires|myr données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;myr;fx;fc;myr;fx40;fc40;myr;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 1;0;0;5;13;0;5;13;-1;0;71;273;123;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;1;10;26;435;1;0;66;-2;0;0;208;280;688;;;30;;gta;52;;cgt ;2;20;12;251;2;5;78;-3;0;2;92;115;1071;;;30;;gta;**;;cgt ;0;30;21;130;3;5;61;-4;9;60;146;466;1104;;;30;;gta;22;;tgc 2;2;40;38;83;4;3;56;-5;0;0;144;73;1073;;;42;;gta;22;;tgc 2;0;50;50;69;5;1;29;-6;3;0;81;129;5s 16s;;;**;;gta;22;;tgc ;3;60;47;69;6;1;42;-7;0;10;209;332;266;;;31;;aga;22;;tgc 1;2;70;54;98;7;4;23;-8;0;34;32;113;265;;;7;;cca;**;;tgc 1;4;80;51;80;8;2;32;-9;0;0;40;40;267;;;**;;agc;26;;cac ;5;90;29;96;9;1;25;-10;0;3;75;95;23s 5s;;;90;;ctc;25;;cac 3;3;100;35;88;10;4;23;-11;2;28;16;183;2* 109;;;34;;aaa;24;;cac 1;2;110;22;73;11;1;41;-12;0;0;60;158;105;;;39;;aaa;**;;cac 2;1;120;32;67;12;2;46;-13;1;1;58;47;2* 108;;;48;;aaa;49;;tac 4;1;130;28;42;13;0;19;-14;0;22;93;104;3* 107;;;36;;aaa;51;;tac 1;0;140;22;49;14;1;27;-15;1;0;76;593;5s CDS;;;**;;aaa;44;;tac 1;5;150;28;51;15;2;16;-16;0;2;96;169;259;;;36;;aca;**;;tac 1;0;160;30;30;16;1;19;-17;1;15;544;132;165;;;41;;aca;83;;aga 1;0;170;26;32;17;1;24;-18;1;0;10;66;156;;;42;;aca;**;;aga ;0;180;21;33;18;2;19;-19;0;1;242;-38;279;;;41;;aca;39;;cca 1;1;190;22;29;19;1;21;-20;1;6;90;381;16s tRNA;;;**;;aca;10;;cca ;0;200;20;24;20;1;19;-21;0;0;88;125;3* 80;;atc;40;;gaa;**;;agc ;3;210;19;22;21;0;15;-22;0;0;85;128;81;;atc;37;;gaa;;; ;1;220;12;21;22;4;15;-23;0;7;635;100;3* 82;;atc;38;;gaa;;; ;0;230;17;17;23;0;15;-24;0;0;314;145;79;;atc;38;;gaa;;; ;1;240;19;20;24;0;18;-25;0;1;51;353;tRNA 23s;;;38;;gaa;;; ;1;250;16;15;25;0;14;-26;0;4;186;366;6*151;;gca;**;;gaa;;; ;0;260;14;16;26;2;10;-27;0;0;69;497;2* 119;;gca;20;;acc;;; ;0;270;17;22;27;5;9;-28;0;0;147;43;tRNA 16s;;;30;;tac;;; 1;1;280;9;8;28;4;12;-29;0;3;108;312;90;;aac;**;;aca;;; ;1;290;11;14;29;4;10;-30;0;0;201;39;tRNA tRNA;;intra;37;;gga;;; ;2;300;12;8;30;2;12;-31;0;0;286;99;7* 91;;atc gca;37;;gga;;; ;0;310;12;12;31;4;8;-32;0;1;72;965;93;;atc gca;37;;gga;;; 1;1;320;10;16;32;1;14;-33;0;0;114;;;;;37;;gga;;; ;0;330;10;11;33;3;5;-34;0;3;106;;;;;37;;gga;;; 1;0;340;5;7;34;5;9;-35;0;1;150;;;;;**;;gga;;; ;0;350;4;12;35;2;3;-36;0;0;299;;;;;221;;caa;;; 1;0;360;11;9;36;7;10;-37;0;0;125;;;;;**;;caa;;; 1;0;370;6;6;37;3;8;-38;0;2;235;;;;;373;;aac;;; ;0;380;2;7;38;2;7;-39;0;0;20;;;;;**;;aac;;; 1;0;390;3;5;39;5;13;-40;0;0;294;;;;;151;;gac;;; ;0;400;5;4;40;6;6;-41;0;2;497;;;;;202;;gac;;; 4;4;reste;146;180;reste;877;1362;-42;0;0;61;;;;;**;;gac;;; 32;47;total;979;2274;total;979;2274;-43;0;0;79;;;;;186;;cta;;; 27;43;diagr;828;2081;diagr;97;899;-44;0;1;90;;;;;**;;cta;;; 0;3; t30;59;816;;;;-45;0;0;215;;;;;24;;atgi;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;**;;atgi;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;341;;tta;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;**;;tta;;; ;x;974;20;5;999;;;-49;0;0;;;;;;9;;tta;;; ;c;2261;282;13;2556;;;-50;0;0;;;;;;**;;ggc;;; ;;;;;3555;199;;reste;1;0;;;;;;35;;ttc;;; ;;;;;;3754;;total;20;282;;;;;;26;;ttc;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;ttc;;; </pre> =====myr autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires_aas|myr autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;myr;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;151454;273;comp; ;tRNA;153050;208;comp;tca fin;CDS;153343;;comp; deb;CDS;171836;177;comp; ;regulatory;174323;162;; fin;CDS;174673;;comp; deb;CDS;211346;123;; ;tRNA;212456;30;comp;gta ;tRNA;212561;30;comp;gta ;tRNA;212666;30;comp;gta ;tRNA;212771;42;comp;gta ;tRNA;212888;92;comp;gta fin;CDS;213058;;comp; deb;CDS;294948;146;comp; ;tRNA;295481;31;comp;aga ;tRNA;295586;7;comp;cca ;tRNA;295668;280;comp;agc fin;CDS;296032;;; deb;CDS;327067;115;; ;tRNA;328169;466;comp;aaa deb;CDS;328708;73;; ;tRNA;328940;90;comp;ctc ;tRNA;329112;34;comp;aaa ;tRNA;329219;39;comp;aaa ;tRNA;329331;48;comp;aaa ;tRNA;329452;36;comp;aaa ;tRNA;329561;129;comp;aaa fin;CDS;329763;;; deb;CDS;353908;259;comp; ;rRNA;354644;109;comp;5s ;rRNA;354863;151;comp;23s ;tRNA;357898;91;comp;gca ;tRNA;358063;80;comp;atc ;rRNA;358217;266;comp;16s ;rRNA;360001;105;comp;5s ;rRNA;360216;151;comp;23s ;tRNA;363261;91;comp;gca ;tRNA;363426;80;comp;atc ;rRNA;363580;688;comp;16s fin;CDS;365786;;comp; deb;CDS;407344;144;comp; ;tRNA;408964;36;comp;aca ;tRNA;409074;41;comp;aca ;tRNA;409189;42;comp;aca ;tRNA;409305;41;comp;aca ;tRNA;409420;81;comp;aca fin;CDS;409575;;comp; deb;CDS;539601;209;comp; ;tRNA;542039;32;comp;other fin;CDS;542191;;comp; deb;CDS;550792;40;comp; ;tRNA;551084;40;comp;gaa ;tRNA;551196;37;comp;gaa ;tRNA;551305;38;comp;gaa ;tRNA;551415;38;comp;gaa ;tRNA;551525;38;comp;gaa ;tRNA;551635;75;comp;gaa fin;CDS;551782;;comp; deb;CDS;571079;165;comp; ;rRNA;574481;109;comp;5s ;rRNA;574700;119;comp;23s ;tRNA;577703;91;comp;gca ;tRNA;577868;81;comp;atc ;rRNA;578023;265;comp;16s ;rRNA;579806;108;comp;5s ;rRNA;580024;151;comp;23s ;tRNA;583069;91;comp;gca ;tRNA;583234;82;comp;atc ;rRNA;583390;1071;comp;16s fin;CDS;585979;;comp; deb;CDS;719558;16;comp; ;tRNA;719772;60;comp;tgg deb;CDS;719903;58;comp; ;tRNA;721149;20;comp;acc ;tRNA;721241;30;comp;tac ;tRNA;721352;93;comp;aca fin;CDS;721519;;comp; deb;CDS;781522;76;; ;tRNA;782255;96;;atgf fin;CDS;782424;;; deb;CDS;783008;332;comp; ;tRNA;783784;113;;atgf fin;CDS;783970;;comp; deb;CDS;814859;544;comp; ;tRNA;815826;10;comp;cga fin;CDS;815910;;comp; deb;CDS;868515;40;; ;tRNA;869308;37;comp;gga ;tRNA;869418;37;comp;gga ;tRNA;869528;37;comp;gga ;tRNA;869638;37;comp;gga ;tRNA;869748;37;comp;gga ;tRNA;869858;242;comp;gga fin;CDS;870173;;comp; deb;CDS;887776;96;; ;regulatory;888352;64;; fin;CDS;888516;;; deb;CDS;900643;77;comp; ;regulatory;902862;75;comp; fin;CDS;903026;;comp; deb;CDS;1010425;95;; ;tRNA;1011306;221;comp;caa ;tRNA;1011598;183;comp;caa fin;CDS;1011852;;; deb;CDS;1110980;158;comp; ;tRNA;1112080;47;;ttg fin;CDS;1112207;;comp; deb;CDS;1113809;158;; ;rRNA;1114432;107;comp;5s ;rRNA;1114649;151;comp;23s ;tRNA;1117684;91;comp;gca ;tRNA;1117849;80;comp;atc ;rRNA;1118003;267;comp;16s ;rRNA;1119788;107;comp;5s ;rRNA;1120005;151;comp;23s ;tRNA;1123050;91;comp;gca ;tRNA;1123215;82;comp;atc ;rRNA;1123371;1349;comp;16s ;tRNA;1126238;90;comp;aac fin;CDS;1126402;;comp; deb;CDS;1214932;104;; ;tRNA;1215720;88;comp;tgc fin;CDS;1215879;;comp; deb;CDS;1391184;85;; ;tRNA;1391911;373;;aac ;tRNA;1392358;593;;aac fin;CDS;1393025;;comp; deb;CDS;1597909;635;; ;tRNA;1598862;151;;gac ;tRNA;1599087;202;;gac ;tRNA;1599366;169;;gac fin;CDS;1599612;;comp; deb;CDS;1604664;112;comp; ;regulatory;1606846;57;comp; fin;CDS;1607085;;comp; deb;CDS;1643091;132;comp; ;tRNA;1644612;186;;cta ;tRNA;1644880;314;;cta fin;CDS;1645276;;; deb;CDS;1721814;66;; ;tRNA;1722756;51;comp;tgg fin;CDS;1722878;;comp; deb;CDS;1738209;186;comp; ;tRNA;1739220;24;comp;atgi ;tRNA;1739318;69;comp;atgi fin;CDS;1739464;;comp; deb;CDS;1924596;-38;; ;tRNA;1926121;341;comp;tta ;tRNA;1926548;381;comp;tta fin;CDS;1927015;;; deb;CDS;1928728;125;; ;tRNA;1929840;147;comp;tta deb;CDS;1930073;108;comp; ;tRNA;1930553;9;comp;tta ;tRNA;1930648;201;comp;ggc fin;CDS;1930922;;comp; deb;CDS;1961822;128;comp; ;tRNA;1962700;35;;ttc ;tRNA;1962808;26;;ttc ;tRNA;1962907;100;;ttc fin;CDS;1963080;;comp; deb;CDS;2082191;1104;; ;rRNA;2083838;82;;16s ;tRNA;2085438;91;;atc ;tRNA;2085603;151;;gca ;rRNA;2085828;108;;23s ;rRNA;2088820;156;;5s fin;CDS;2089086;;; deb;CDS;2147912;286;; ;tRNA;2148528;52;;cgt ;tRNA;2148654;72;;cgt fin;CDS;2148800;;; deb;CDS;2207990;114;comp; ;tRNA;2208800;106;comp;atgf deb;CDS;2208979;150;comp; ;tRNA;2209756;145;comp;atgj fin;CDS;2209975;;; deb;CDS;2224025;53;comp; ;ncRNA;2225644;58;comp; fin;CDS;2225810;;comp; deb;CDS;2302059;133;; ;regulatory;2303686;199;; fin;CDS;2304079;;; deb;CDS;2425634;299;comp; ;tRNA;2427196;353;comp;cca fin;CDS;2427624;;; deb;CDS;2434061;125;comp; ;tRNA;2435179;366;comp;atgj fin;CDS;2435619;;; deb;CDS;2505104;88;comp; ;ncRNA;2506290;93;; fin;CDS;2506482;;comp; deb;CDS;2561350;1073;; ;rRNA;2564415;79;;16s ;tRNA;2566012;93;;atc ;tRNA;2566179;119;;gca ;rRNA;2566372;107;;23s ;rRNA;2569362;279;;5s fin;CDS;2569751;;; deb;CDS;2640485;167;comp; ;regulatory;2641078;541;comp; fin;CDS;2641765;;; deb;CDS;2676791;235;comp; ;tRNA;2678856;497;comp;tca fin;CDS;2679438;;; deb;CDS;2729998;20;; ;tRNA;2731143;22;;tgc ;tRNA;2731236;22;;tgc ;tRNA;2731329;22;;tgc ;tRNA;2731422;22;;tgc ;tRNA;2731515;294;;tgc fin;CDS;2731880;;; deb;CDS;2977513;497;comp; ;tRNA;2978418;61;comp;gta fin;CDS;2978554;;comp; deb;CDS;3228192;79;; ;tRNA;3228988;26;;cac ;tRNA;3229088;25;;cac ;tRNA;3229187;24;;cac ;tRNA;3229285;43;;cac fin;CDS;3229402;;comp; deb;CDS;3299472;99;; ;tmRNA;3300558;220;comp; fin;CDS;3301177;;; deb;CDS;3394869;90;comp; ;tRNA;3395184;215;comp;tca fin;CDS;3395484;;comp; deb;CDS;3457542;150;; ;tRNA;3458511;49;;tac ;tRNA;3458644;51;;tac ;tRNA;3458776;44;;tac ;tRNA;3458901;312;;tac fin;CDS;3459294;;comp; deb;CDS;3475368;61;comp; ;regulatory;3476731;337;comp; fin;CDS;3477177;;; deb;CDS;3488568;61;comp; ;regulatory;3489832;337;comp; fin;CDS;3490278;;; deb;CDS;3951958;595;; ;tRNA;3953963;83;;aga ;tRNA;3954120;39;;aga fin;CDS;3954233;;comp; deb;CDS;3975219;99;; ;tRNA;3976305;39;comp;cca ;tRNA;3976419;10;comp;cca ;tRNA;3976504;965;comp;agc fin;CDS;3977553;;; deb;CDS;4054689;76;; ;ncRNA;4055338;275;comp; fin;CDS;4055928;;; </pre> ====myr intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_entre_cds|myr intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> myr;2.2.21 Paris;;Myr 18.1.21;;;;;;;;; myr;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>fréquencez ;'''négatif;302;8.5;'''négatif ;-9;10;-1 à -68;'''4 155 464;-1;302;610;6 ;'''zéro;18;0.5;;;;;'''intercals;0;18;620;2 ;'''1 à 200;2443;68.7;'''0 à 200;67;56;;'''507 186;5;304;630;6 ;'''201 à 370;440;12.4;'''201 à 370;271;47;;'''12.2%;10;157;640;4 ;'''371 à 600;202;5.7;'''371 à 600;470;61;;;15;155;650;2 ;'''601 à max;150;4.2;'''601 à 1353;802;166;;;20;108;660;8 ;'''total 3555;<201;77.7;'''total 3549;139;188;-68 à 1353;;25;81;670;5 adresse;intercalx;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>eréquence-1;30;70;680;3 1253774;2764;-1;302;-70;0;;0;18;35;54;690;3 4076145;2069;0;18;-60;1;;-1;°71;40;67;700;2 3818684;1978;1;66;-50;0;;-2;0;45;52;710;10 3657182;1824;2;°83;-40;5;;-3;2;50;67;720;4 4012754;1661;3;66;-30;7;'''min à -1;-4;°69;55;67;730;2 3629577;1544;4;59;-20;22;302;-5;0;60;49;740;10 2952529;1353;5;30;-10;78;8.5%;-6;3;65;78;750;2 3023352;1312;6;°43;0;207;;-7;10;70;74;760;6 3091776;1283;7;27;10;461;;-8;°34;75;64;770;4 3063256;1274;8;34;20;263;;-9;0;80;67;780;5 792903;1218;9;26;30;151;;-10;3;85;56;790;4 128855;1210;10;27;40;121;'''1 à 100;-11;°30;90;69;800;5 1814854;1180;11;42;50;119;1762;-12;0;95;73;810;3 2893024;1157;12;°48;60;116;49.6%;-13;2;100;50;820;2 3791894;1149;13;19;70;152;;-14;°22;105;50;830;2 1764716;1121;14;28;80;131;;-15;1;110;45;840;3 3858117;1092;15;18;90;125;;-16;2;115;55;850;1 2631119;1079;16;20;100;123;;-17;°16;120;44;860;1 3204160;1074;17;°25;110;95;;-18;1;125;38;870;0 3970791;1045;18;21;120;99;;-19;1;130;32;880;1 638891;1022;19;22;130;70;;-20;°7;135;37;890;3 3392036;1020;20;20;140;71;;-21;0;140;34;900;1 3864400;1007;21;15;150;79;;-22;0;145;40;910;3 1410445;1003;22;°19;160;60;;-23;°7;150;39;920;2 3966467;1001;23;15;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;2 180046;997;24;18;180;54;2443;-25;1;160;24;940;1 226066;997;25;°14;190;51;69%;-26;°4;165;38;950;0 102898;986;26;12;200;44;;-27;0;170;20;960;2 1232294;981;27;14;210;41;;-28;0;175;25;970;0 66244;978;28;°16;220;33;;-29;°3;180;29;980;1 1851963;956;29;14;230;34;;-30;0;185;24;990;2 2836755;953;30;14;240;39;;-31;0;190;27;1000;2 3339204;937;31;12;250;31;;-32;1;195;23;1010;3 485591;928;32;°15;260;30;;;308;200;21;1020;1 1163082;925;33;8;270;39;;reste;12;205;21;1030;1 2704567;918;34;14;280;17;;total;320;210;20;1040;0 1624776;912;35;5;290;25;;;;215;19;1050;1 1989125;909;36;°17;300;20;;intercal;<u>fréquencef;220;14;1060;0 2763942;909;37;11;310;24;;600;3405;225;17;1070;0 3941959;907;38;9;320;26;;650;20;230;17;1080;2 3569216;896;39;°18;330;21;;700;21;235;16;1090;0 3279840;890;40;12;340;12;'''201 à 370;750;28;240;23;1100;1 3713046;890;reste;2239;350;16;440;800;24;245;16;1110;0 1258251;888;total;3555;360;20;12%;850;11;250;15;1120;0 3954233;874;;;370;12;;900;6;255;14;1130;1 248335;860;;;380;9;;950;8;260;16;1140;0 ;;;;390;8;;1000;7;265;17;1150;1 ;;;;400;9;;1050;6;270;22;1160;1 adresse;intercaln;décalage;long;410;15;;1100;3;275;14;1170;0 849554;-68;comp;;420;12;;1150;2;280;3;1180;1 3465496;-47;shift2;473;430;11;;1200;2;285;14;1190;0 3335648;-46;shift2;705;440;9;;1250;2;290;11;1200;0 1686663;-44;shift2;464;450;18;;1300;2;295;11;reste;12 626279;-41;;;460;9;;1350;1;300;9;total;150 3285379;-41;;;470;14;;1400;1;305;18;; 569581;-38;;;480;10;;1450;0;310;6;; 3645168;-38;;;490;11;;1500;0;315;11;; 3007311;-35;;;500;5;;1550;1;320;15;; 890595;-34;;;510;9;;1600;0;325;10;; 1138331;-34;;;520;5;;1650;0;330;11;; 1639425;-34;;;530;9;;1700;1;335;4;; 1509236;-32;;;540;3;'''371 à 600;;146;340;8;; 2356195;-29;;;550;7;202;;;345;11;; 2927121;-29;;;560;6;5.7%;;;350;5;; 3218460;-29;;;570;7;;;;355;11;; 74410;-26;;;580;4;'''601 à max;;;360;9;; 1241101;-26;;;590;6;150;;;365;6;; 1964711;-26;;;600;6;4.2%;;;370;6;; 3675717;-26;;;reste;150;;reste;4;reste;352;; 424302;-25;;;total;3555;;toal;3555;toal;3555;; </pre> ====myr intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> myr. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; myr;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;33;-213;270;32;708;215;max70;&-94;717;-1739;143;742;254;min50 31 à 400;;;;;;;;&7.8;-12;-192;52;897;51;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-7;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;112;48;-;640;poly;68;tm;&215;69;;452;poly;290;SF 31 à 400;;;;;;;;&117;42;-;811;poly;86;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.078;;;;; 41-n;0.872;0.649;0.764;;;;;;;;;;;; 1-n;0.323;-0.143;0.041;;;;;;;;;;14.8.21 paris;; myr;fx;fc;;myr;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;myr;Sx-;Sc- 0;5;13;;0;6;6;;0;5;13;>0;974;-1;0;71 10;26;435;;10;31;209;;1;0;66;<0;20;-2;0;0 20;12;251;;20;14;121;;2;5;78;zéro;5;-3;0;2 30;21;130;;30;25;62;;3;5;61;total;999;-4;9;60 40;38;83;;40;46;40;;4;3;56;;c;-5;0;0 50;50;69;;50;60;33;;5;1;29;>0;2261;-6;3;0 60;47;69;;60;57;33;;6;1;42;<0;282;-7;0;10 70;54;98;;70;65;47;;7;4;23;zéro;13;-8;0;34 80;51;80;;80;62;38;;8;2;32;total;2556;-9;0;0 90;29;96;;90;35;46;;9;1;25;;;-10;0;3 100;35;88;;100;42;42;;10;4;23;;;-11;2;28 110;22;73;;110;27;35;;11;1;41;;;-12;0;0 120;32;67;;120;39;32;;12;2;46;;;-13;1;1 130;28;42;;130;34;20;;13;0;19;;;-14;0;22 140;22;49;;140;27;24;;14;1;27;;;-15;1;0 150;28;51;;150;34;25;;15;2;16;;;-16;0;2 160;30;30;;160;36;14;;16;1;19;;;-17;1;15 170;26;32;;170;31;15;;17;1;24;;;-18;1;0 180;21;33;;180;25;16;;18;2;19;;;-19;0;1 190;22;29;;190;27;14;;19;1;21;;;-20;1;6 200;20;24;;200;24;12;;20;1;19;;;-21;0;0 210;19;22;;210;23;11;;21;0;15;;;-22;0;0 220;12;21;;220;14;10;;22;4;15;;;-23;0;7 230;17;17;;230;21;8;;23;0;15;;;-24;0;0 240;19;20;;240;23;10;;24;0;18;;;-25;0;1 250;16;15;;250;19;7;;25;0;14;;;-26;0;4 260;14;16;;260;17;8;;26;2;10;;;-27;0;0 270;17;22;;270;21;11;;27;5;9;;;-28;0;0 280;9;8;;280;11;4;;28;4;12;;;-29;0;3 290;11;14;;290;13;7;;29;4;10;;;-30;0;0 300;12;8;;300;14;4;;30;2;12;;;-31;0;0 310;12;12;;310;14;6;;31;4;8;;;-32;0;1 320;10;16;;320;12;8;;32;1;14;;;-33;0;0 330;10;11;;330;12;5;;33;3;5;;;-34;0;3 340;5;7;;340;6;3;;34;5;9;;;-35;0;1 350;4;12;;350;5;6;;35;2;3;;;-36;0;0 360;11;9;;360;13;4;;36;7;10;;;-37;0;0 370;6;6;;370;7;3;;37;3;8;;;-38;0;2 380;2;7;;380;2;3;;38;2;7;;;-39;0;0 390;3;5;;390;4;2;;39;5;13;;;-40;0;0 400;5;4;;400;6;2;;40;6;6;;;-41;0;2 reste;146;180;;;;;;reste;877;1362;;;-42;0;0 total;979;2274;;t30;71;392;;total;979;2274;;;-43;0;0 diagr;828;2081;;t60;234;498;;diagr;97;899;;;-44;0;1 - t30;769;1265;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;634;1044;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;1;0 ;;;;;;;;;;;;;total;20;282 </pre> ====myr intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_négatifs_S-|myr intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;9;;3;;;;;2;;1;;1;;1;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;20 continu;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;9;0;3;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;20 ;Sc-;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282 </pre> ====myr autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires|myr autres intercalaires]] <pre> myr1 ;adresse1;;;;;myr2 ;adresse2;;;;;myr3;adresse3;;; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;151454;273;comp;;deb;°CDS;814859;544;comp;;deb;°CDS;2147912;286; ;&tRNA;153050;208;comp;;;&tRNA;815826;10;comp;;;&tRNA;2148528;52; fin;°CDS;153343;;comp;;fin;°CDS;815910;;comp;;;&tRNA;2148654;72; deb;°CDS;171836;177;comp;;deb;°CDS;868515;40;;;fin;°CDS;2148800;; ;regulatory;174323;162;;;;&tRNA;869308;37;comp;;deb;°CDS;2207990;114;comp fin;°CDS;174673;;comp;;;&tRNA;869418;37;comp;;;&tRNA;2208800;106;comp deb;°CDS;211346;123;;;;&tRNA;869528;37;comp;;deb;°CDS;2208979;150;comp ;&tRNA;212456;30;comp;;;&tRNA;869638;37;comp;;;&tRNA;2209756;145;comp ;&tRNA;212561;30;comp;;;&tRNA;869748;37;comp;;fin;°CDS;2209975;; ;&tRNA;212666;30;comp;;;&tRNA;869858;242;comp;;deb;°CDS;2224025;53;comp ;&tRNA;212771;42;comp;;fin;°CDS;870173;;comp;;;ncRNA;2225644;58;comp ;&tRNA;212888;92;comp;;deb;°CDS;887776;96;;;fin;°CDS;2225810;;comp fin;°CDS;213058;;comp;;;regulatory;888352;64;;;deb;°CDS;2302059;133; deb;°CDS;294948;146;comp;;fin;°CDS;888516;;;;;regulatory;2303686;199; ;&tRNA;295481;31;comp;;deb;°CDS;900643;77;comp;;fin;°CDS;2304079;; ;&tRNA;295586;7;comp;;;regulatory;902862;75;comp;;deb;°CDS;2425634;299;comp ;&tRNA;295668;280;comp;;fin;°CDS;903026;;comp;;;&tRNA;2427196;353;comp fin;°CDS;296032;;;;deb;°CDS;1010425;95;;;fin;°CDS;2427624;; deb;°CDS;327067;115;;;;&tRNA;1011306;221;comp;;deb;°CDS;2434061;125;comp ;&tRNA;328169;466;comp;;;&tRNA;1011598;183;comp;;;&tRNA;2435179;366;comp deb;°CDS;328708;73;;;fin;°CDS;1011852;;;;fin;°CDS;2435619;; ;&tRNA;328940;90;comp;;deb;°CDS;1110980;158;comp;;deb;°CDS;2505104;88;comp ;&tRNA;329112;34;comp;;;&tRNA;1112080;47;;;;ncRNA;2506290;93; ;&tRNA;329219;39;comp;;fin;°CDS;1112207;;comp;;fin;°CDS;2506482;;comp ;&tRNA;329331;48;comp;;deb;°CDS;1113809;158;;;deb;°CDS;2561350;1073; ;&tRNA;329452;36;comp;;;$rRNA;1114432;107;comp;;;$rRNA;2564415;79; ;&tRNA;329561;129;comp;;;$rRNA;1114649;151;comp;;;&tRNA;2566012;93; fin;°CDS;329763;;;;;&tRNA;1117684;91;comp;;;&tRNA;2566179;119; deb;°CDS;353908;259;comp;;;&tRNA;1117849;80;comp;;;$rRNA;2566372;107; ;$rRNA;354644;109;comp;;;$rRNA;1118003;267;comp;;;$rRNA;2569362;279; ;$rRNA;354863;151;comp;;;$rRNA;1119788;107;comp;;fin;°CDS;2569751;; ;&tRNA;357898;91;comp;;;$rRNA;1120005;151;comp;;deb;°CDS;2640485;167;comp ;&tRNA;358063;80;comp;;;&tRNA;1123050;91;comp;;;regulatory;2641078;541;comp ;$rRNA;358217;266;comp;;;&tRNA;1123215;82;comp;;fin;°CDS;2641765;; 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fin;°CDS;542191;;comp;;deb;°CDS;1604664;112;comp;;;&tRNA;3229088;25; deb;°CDS;550792;40;comp;;;regulatory;1606846;57;comp;;;&tRNA;3229187;24; ;&tRNA;551084;40;comp;;fin;°CDS;1607085;;comp;;;&tRNA;3229285;43; ;&tRNA;551196;37;comp;;deb;°CDS;1643091;132;comp;;fin;°CDS;3229402;;comp ;&tRNA;551305;38;comp;;;&tRNA;1644612;186;;;deb;°CDS;3299472;99; ;&tRNA;551415;38;comp;;;&tRNA;1644880;314;;;;tmRNA;3300558;220;comp ;&tRNA;551525;38;comp;;fin;°CDS;1645276;;;;fin;°CDS;3301177;; ;&tRNA;551635;75;comp;;deb;°CDS;1721814;66;;;deb;°CDS;3394869;90;comp fin;°CDS;551782;;comp;;;&tRNA;1722756;51;comp;;;&tRNA;3395184;215;comp deb;°CDS;571079;165;comp;;fin;°CDS;1722878;;comp;;fin;°CDS;3395484;;comp ;$rRNA;574481;109;comp;;deb;°CDS;1738209;186;comp;;deb;°CDS;3457542;150; ;$rRNA;574700;119;comp;;;&tRNA;1739220;24;comp;;;&tRNA;3458511;49; ;&tRNA;577703;91;comp;;;&tRNA;1739318;69;comp;;;&tRNA;3458644;51; ;&tRNA;577868;81;comp;;fin;°CDS;1739464;;comp;;;&tRNA;3458776;44; ;$rRNA;578023;265;comp;;deb;°CDS;1924596;-38;;;;&tRNA;3458901;312; 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deb;°CDS;783008;332;comp;;;&tRNA;2085438;91;;;deb;°CDS;4054689;76; ;&tRNA;783784;113;;;;&tRNA;2085603;151;;;;ncRNA;4055338;275;comp fin;°CDS;783970;;comp;;;$rRNA;2085828;108;;;fin;°CDS;4055928;; ;;;;;;;$rRNA;2088820;156;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;2089086;;;;;;;; </pre> ====myr intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_tRNA|myr intercalaires tRNA]] <pre> myr intercalaires tRNA;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;;;; ;;;;;;;deb;fin;continu;cumuls ;;;273;;208;;;;; ;30*3 42;comp’;123;;92;;16;10;'''deb; ;31 7;;146;comp’;280;;20;32;<201;18 ;;comp’;115;comp’;466;;40;51;total;26 ;90 34 39 48 36;comp’;73;comp’;129;;54;60;%;69% ;36 41 42 41;;144;;81;;58;61;; ;;;209;;32;;76;69;'''fin; ;40 37 38*3;;40;;75;;79;72;<201;15 ;;;16;;60;;85;75;total;22 ;20 30;;58;;93;;90;81;%;68% ;;;76;;96;;90;88;; ;;comp’;332;comp’;113;;108;92;'''total; ;;;54;;10;;114;93;<201;33 ;37*5;comp’;40;;242;;125;96;total;48 ;221;comp’;95;comp’;183;;144;106;%;69% ;;comp’;158;comp’;47;;146;147;; ;;;;comp’;90;;150;201;; ;;comp’;104;;88;;150;208;; ;373;;85;comp’;593;;186;215;; ;151 202;;635;comp’;169;;209;220;; ;186;comp’;132;;314;;235;242;; ;;comp’;66;;51;;273;294;; ;24;;186;;69;;286;314;; ;341;comp’;-38;comp’;381;;299;-;; ;;comp’;125;;147;;497;-;; ;9;;108;;201;;595;-;; ;35 26;comp’;128;comp’;100;;635;-;'''comp’;'''cumuls ;52;;286;;72;;'''-38;39;'''deb; ;;;114;;106;;40;43;<201;12 ;;;150;comp’;145;;66;47;total;13 ;;;299;comp’;353;;73;90;%;92% ;;;125;comp’;366;;95;100;; ;;;235;comp’;497;;104;113;'''fin; ;22*4;;20;;294;;115;129;<201;10 ;;;497;;61;;123;145;total;18 ;26 25 24;;79;comp’;43;;125;169;%;56% ;;;90;;220;;128;183;; ;;;90;;215;;132;280;'''total; ;49 51 44;;150;comp’;312;;158;312;<201;22 ;83;;595;comp’;39;;332;353;total;31 ;;;;;;;_;366;%;71% ;;;;;;;_;381;; ;;;;;;;_;466;; ;;;;;;;_;497;; ;;;;;;;_;593;; ;;deb;fin;total;;;;;; ;<201;30;25;55;;;;;; ;total;39;40;79;;;;;; ;taux;77%;63%;70%;;;;;; </pre> ===fps=== ====fps opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_opérons|fps opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Flav_psyc_JIP02_86/flavPsyc-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009613.3;fps;;genome;;;;;;;; 32.4%GC;14.8.19 Paris;16s 6;49;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Flavobacterium psychrophilum JIP02/86;;;;;;;;;;; ;3517..4200;;CDS;;43;43;;;228;; comp;4244..4317;;tgc;;104;104;;;;; comp;4422..4781;;CDS;;;;;;120;; ;;;;;;;;;;; ;113561..114154;;CDS;;107;107;;;198;; comp;114262..114335;;aac;;147;147;;;;; comp;114483..115817;;CDS;;;;;;445;; ;;;;;;;;;;; comp;190346..191287;;CDS;;175;175;;;314;; ;191463..191545;;ttg;@1;290;;*290;;;; comp;191836..191920;;cta;;132;132;;;;; ;192053..193441;;CDS;;;;;;463;; ;;;;;;;;;;; comp;295744..295950;;CDS;;179;179;;;69;; comp;296130..296203;;atgi;;86;86;;;;; comp;296290..296694;;CDS;;;;;;135;; ;;;;;;;;;;; comp;318122..319414;;CDS;;896;*896;;;431;; comp;320311..320387;;gac;;86;86;;;;; comp;320474..321400;;CDS;;;;;;309;; ;;;;;;;;;;; comp;371118..374348;;CDS;;154;154;;;1077;; ;374503..374576;;caa;;47;47;;;;; comp;374624..375631;;CDS;;;;;;336;; ;;;;;;;;;;; comp;464114..466717;;CDS;;125;125;;;868;; 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;;;;;;;;;;; ;852715..853170;;CDS;;128;128;;;152;; comp;853299..853375;;cac;;75;75;;;;; comp;853451..854167;;CDS;;;;;;239;; ;;;;;;;;;;; ;897041..897184;;CDS;;75;75;;;48;; ;897260..897336;;cgt;;46;46;;;;; ;897383..897955;;CDS;;;;;;191;; ;;;;;;;;;;; comp;982868..984043;;CDS;;254;254;;;392;; ;984298..984384;;agc;;15;;15;;;; ;984400..984477;;cca;;30;;30;;;; ;984508..984584;;aga;;93;93;;;;; ;984678..985880;;CDS;;;;;;401;; ;;;;;;;;;;; comp;1110660..1112606;;CDS;;1082;*1082;;;649;; ;1113689..1115188;;16s;;110;;;;1500;; ;1115299..1115375;;atc;;158;;;158;;; ;1115534..1115610;;gca;;213;;;;;; ;1115824..1118708;;23s;;156;;;;2885;; ;1118865..1118970;;5s;;282;282;;;106;; comp;1119253..1120218;;CDS;;;;;;322;; ;;;;;;;;;;; comp;1123344..1124324;;CDS;;-981;*-981;;;327;; comp;1123344..1124324;;rpr;@2;191;191;;;981;; comp;1124516..1124698;;rpr;;20;20;;;183;; comp;1124719..1124862;;rpr;;289;289;;;144;; comp;1125152..1125229;;gta;;82;82;;;;; comp;1125312..1125686;;CDS;;;;;;125;; ;;;;;;;;;;; ;1285199..1285477;;CDS;;148;148;;;93;; ;1285626..1285710;;tac;;473;*473;;;;; ;1286184..1286810;;CDS;;;;;;209;; ;;;;;;;;;;; ;1309373..1310833;;CDS;;1079;*1079;;;487;; comp;1311913..1312018;;5s;;156;;;;106;; comp;1312175..1315059;;23s;;213;;;;2885;; comp;1315273..1315349;;gca;;158;;;158;;; comp;1315508..1315584;;atc;;110;;;;;; comp;1315695..1317194;;16s;;1276;*1276;;;1500;; ;1318471..1319160;;CDS;;;;;;230;; ;;;;;;;;;;; comp;1395138..1395728;;CDS;;73;73;;;197;; comp;1395802..1396536;;rpr;;93;93;;;735;; comp;1396630..1397052;;rpr;;248;248;;;423;; comp;1397301..1397388;;tca;;135;135;;;;; comp;1397524..1398660;;CDS;;;;;;379;; ;;;;;;;;;;; comp;1622342..1622755;;CDS;;100;100;;;138;; comp;1622856..1622929;;aca;;79;79;;;;; comp;1623009..1623275;;CDS;;;;;;89;; ;;;;;;;;;;; comp;1815453..1816334;;CDS;;239;239;;;294;; ;1816574..1816649;;atgf;+;31;;31;;;; ;1816681..1816756;;atgf;2 atgf;591;*591;;;;; ;1817348..1817794;;CDS;;;;;;149;; ;;;;;;;;;;; ;1859580..1860149;;CDS;;305;305;;;190;; comp;1860455..1860531;;atgj;;143;143;;;;; ;1860675..1861067;;CDS;;;;;;131;; ;;;;;;;;;;; comp;1904719..1905537;;CDS;;26;26;;;273;; comp;1905564..1905637;;cga;;70;70;;;;; comp;1905708..1906157;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; ;1995546..1996253;;CDS;;35;35;;;236;; comp;1996289..1996361;;gga;;281;281;;;;; ;1996643..1997074;;CDS;;;;;;144;; ;;;;;;;;;;; ;2088032..2088418;;CDS;;105;105;;;129;; ;2088524..2089369;;rpr;;116;;;;846;; comp;2089486..2089591;;5s;;156;;;;106;; comp;2089748..2092632;;23s;;213;;;;2885;; comp;2092846..2092922;;gca;;158;;;158;;; comp;2093081..2093157;;atc;;110;;;;;; comp;2093268..2094767;;16s;;1570;*1570;;;1500;; comp;2096338..2099241;;CDS;;;;;;968;; ;;;;;;;;;;; ;2182840..2185440;;CDS;;138;138;;;867;; ;2185579..2185654;;ggc;;40;;40;;;; ;2185695..2185782;;tta;;93;93;;;;; comp;2185876..2190132;;CDS;;;;;;1419;; ;;;;;;;;;;; comp;2295987..2296184;;CDS;;14;14;;;66;; comp;2296199..2296272;;tgg;;61;61;;;;; comp;2296334..2297521;;CDS;;55;55;;;396;; comp;2297577..2297651;;acc;;83;;*83;;;; comp;2297735..2297818;;tac;;138;;*138;;;; comp;2297957..2298033;;aca;;90;90;;;;; comp;2298124..2298426;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; ;2506720..2507055;;CDS;;288;288;;;112;; comp;2507344..2507449;;5s;;156;;;;106;; comp;2507606..2510490;;23s;;213;;;;2885;; comp;2510704..2510780;;gca;;158;;;158;;; comp;2510939..2511015;;atc;;110;;;;;; comp;2511126..2512625;;16s;;1010;*1010;;;1500;; comp;2513636..2514889;;CDS;;;;;;418;; ;;;;;;;;;;; ;2632307..2633335;;CDS;;53;53;;;343;; ;2633389..2633476;;tcc;;246;246;;;;; ;2633723..2634982;;CDS;;;;;;420;; ;;;;;;;;;;; comp;2752993..2753322;;CDS;;64;64;;;110;; ;2753387..2753463;;gcc;;105;105;;;;; comp;2753569..2757033;;CDS;;;;;;1155;; ;;;;;;;;;;; comp;2800796..2801521;;CDS;;98;98;;;242;; ;2801620..2801695;;ttc;;299;299;;;;; comp;2801995..2802723;;gene;@3;406;*406;;;243;; comp;2803130..2803444;;CDS;;;;;;105;; </pre> ====fps cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_cumuls|fps cumuls]] <pre> fps cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;6;1;0;;1;1;1;;100;6;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;1;;50;7;20;;200;19;60;1 ;16 atc gca;6;40;6;;100;20;40;;300;12;90;4 ;16 23 5s a;0;60;0;;150;13;60;;400;10;120;6 ;max a;2;80;0;;200;6;80;;500;10;150;8 ;a doubles;0;100;1;;250;5;100;;600;1;180;2 ;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;1;210;5 ;total aas;12;140;1;;350;2;140;;800;0;240;5 sans ;opérons;26;160;0;6;400;0;160;;900;2;270;4 ;1 aa;19;180;0;;450;1;180;;1000;1;300;2 ;max a;3;200;0;;500;1;200;;1100;1;330;4 ;a doubles;3;;1;;;10;;;;2;;24 ;total aas;37;;10;6;;72;;0;;65;;65 total aas;;49;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;72;158;;257;;;;333;; ;;;variance;85;0;;374;;;;276;; sans jaune;;;moyenne;30;;;135;;;;246;;181 ;;;variance;9;;;82;;;;126;;78 </pre> ====fps blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_blocs|fps blocs]] <pre> fps blocs;;;;;; CDS;1042;226;1149;84;1082;649 16s;110;1500;110;1500;110;1500 atc;158;;158;;158; gca;213;;213;;213; 23s;156;2885;156;2885;156;2885 5s;204;106;931;106;282;106 CDS;;251;;599;;322 ;;;;;; ;;;105;129;; CDS;1079;487;116;846;288;112 5s;156;106;156;106;156;106 23s;213;2885;213;2885;213;2885 gca;158;;158;;158; atc;110;;110;;110; 16s;1276;1500;1570;1500;1010;1500 CDS;;230;;968;;418 </pre> ====fps remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_remarques|fps remarques]] *code génétique fps <pre> fps;;;;;;;49 atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;6;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;6;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====fps données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_données_intercalaires|fps données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;fps;fx;fc;fps;fx40;fc40;fps;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;7;12;0;7;12;-1;0;60;104;46;16s tRNA;; ;0;10;18;323;1;0;60;-2;1;0;147;107;6* 105;;atc ;1;20;9;108;2;5;50;-3;0;0;86;175;tRNA 23s;; ;1;30;17;53;3;2;38;-4;22;46;899;132;6* 214;;gca 1;0;40;13;77;4;0;29;-5;0;0;86;133;tRNA tRNA;;intra 2;1;50;11;76;5;1;33;-6;2;0;128;151;6* 161;;atc gca ;2;60;23;65;6;2;31;-7;0;3;91;50;tRNA tRNA;; 1;2;70;16;67;7;2;17;-8;0;28;165;163;-;296;ttg ;3;80;25;79;8;2;16;-9;3;0;81;312;**;;cta ;5;90;24;72;9;1;18;-10;0;3;75;128;43;;ctc 2;2;100;32;56;10;3;31;-11;2;17;75;210;26;;aaa 2;1;110;29;50;11;2;14;-12;2;0;49;131;**;;aaa ;0;120;14;46;12;3;14;-13;1;3;96;254;31;;gaa 1;1;130;19;31;13;0;11;-14;1;14;456;239;**;;gaa 3;2;140;13;28;14;1;11;-15;0;0;82;308;15;;agc 1;2;150;15;35;15;1;15;-16;0;1;148;143;33;;cca 1;0;160;16;37;16;0;6;-17;1;10;476;35;**;;aga 1;1;170;20;34;17;0;14;-18;1;0;248;281;34;;atgf 1;0;180;13;23;18;1;7;-19;1;2;135;96;**;;atgf ;0;190;13;25;19;1;5;-20;1;3;259;64;43;;ggc ;0;200;13;13;20;0;11;-21;0;0;79;108;**;;tta 1;0;210;7;19;21;2;4;-22;0;0;594;98;86;;acc ;0;220;6;12;22;6;8;-23;0;4;26;302;141;;tac ;0;230;12;19;23;0;5;-24;0;0;70;;**;;aca 1;0;240;5;17;24;1;9;-25;0;0;138;;;; ;2;250;8;17;25;2;3;-26;0;4;17;;;; 1;1;260;7;9;26;2;9;-27;1;0;61;;;; ;0;270;5;14;27;0;4;-28;0;1;58;;;; ;0;280;6;14;28;0;2;-29;1;1;90;;;; 1;0;290;6;12;29;1;2;-30;1;0;53;;;; ;0;300;10;13;30;3;7;-31;0;1;249;;;; 2;0;310;8;12;31;1;10;-32;0;1;CDS 16s;;;; 1;0;320;9;10;32;0;11;-33;0;0;1035;1075;;; ;0;330;10;12;33;0;9;-34;1;0;1142;1269;;; ;0;340;5;10;34;2;5;-35;0;2;1563;;;; ;0;350;4;5;35;1;5;-36;0;0;1003;;;; ;0;360;1;7;36;4;6;-37;0;0;23s 5s;;;; ;0;370;3;3;37;0;1;-38;0;0;6* 154;;;; ;0;380;5;4;38;3;5;-39;0;0;5s CDS;;;; ;0;390;5;3;39;0;8;-40;0;1;202;268;;; ;0;400;3;2;40;2;17;-41;0;0;;280;;; ;4;reste;74;101;reste;495;1052;-42;0;0;;268;;; 23;31;total;559;1625;total;559;1625;-43;0;0;;114;;; 23;27;diagr;478;1512;diagr;57;561;-44;0;0;;286;;; 0;2; t30;44;484;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;552;42;7;601;;;-49;0;0;;;;; ;c;1613;209;12;1834;;;-50;0;1;;;;; ;;;;;2435;115;;reste;0;3;;;;; ;;;;;;2550;;total;42;209;;;;; </pre> =====fps autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_autres_intercalaires_aas|fps autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;fps;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;3517;4200;46;*; ;comp;tRNA;4247;4317;104;*;tga fin;comp;CDS;4422;4781;;0; deb;;CDS;113561;114154;107;*; ;comp;tRNA;114262;114335;147;*;aac fin;comp;CDS;114483;115817;;; deb;comp;CDS;190346;191287;175;*; ;;tRNA;191463;191542;296;*;ttg ;comp;tRNA;191839;191920;132;*;cta fin;;CDS;192053;193441;;; deb;;CDS;295793;295996;133;*; ;comp;tRNA;296130;296203;86;*;atgi fin;comp;CDS;296290;296694;;0; deb;comp;CDS;318122;319414;899;*; ;comp;tRNA;320314;320387;86;*;gac fin;comp;CDS;320474;321400;;; deb;comp;CDS;371118;374351;151;*; ;;tRNA;374503;374573;50;*;caa fin;comp;CDS;374624;375631;;0; deb;comp;CDS;431782;433344;51;*; ;comp;ncRNA;433396;433502;51;*; fin;comp;CDS;433554;433847;;; deb;comp;CDS;464114;466717;128;*; ;comp;tRNA;466846;466920;163;*;cca fin;;CDS;467084;468346;;0; deb;;CDS;507944;508621;1035;*; ;;rRNA;509657;511168;105;*;1512 ;;tRNA;511274;511347;161;*;atc ;;tRNA;511509;511582;214;*;gca ;;rRNA;511797;514683;154;*;2887 ;;rRNA;514838;514947;202;*;110 fin;;CDS;515150;515902;;; deb;;CDS;586281;586805;94;*; ;;regulatory;586900;587164;29;*; fin;;CDS;587194;589056;;; deb;;CDS;596537;597679;312;*; ;comp;tRNA;597992;598074;43;*;ctc ;comp;tRNA;598118;598190;26;*;aaa ;comp;tRNA;598217;598289;128;*;aaa fin;;CDS;598418;598936;;1; deb;;CDS;642117;643595;91;*; ;;tRNA;643687;643758;31;*;gaa ;;tRNA;643790;643861;165;*;gaa deb;;CDS;644027;644278;1142;*; ;;rRNA;645421;646932;105;*;1512 ;;tRNA;647038;647111;161;*;atc ;;tRNA;647273;647346;214;*;gca ;;rRNA;647561;650447;154;*;2887 ;;rRNA;650602;650711;268;*;110 fin;comp;CDS;650980;651266;;0; deb;;CDS;659297;660505;37;*; ;;tmRNA;660543;660939;63;*; fin;comp;CDS;661003;661833;;; deb;;CDS;726614;727399;210;*; ;comp;tRNA;727610;727684;81;*;gta fin;comp;CDS;727766;728980;;0; deb;;CDS;852715;853170;131;*; ;comp;tRNA;853302;853375;75;*;cac fin;comp;CDS;853451;854167;;0; deb;;CDS;897041;897184;75;*; ;;tRNA;897260;897333;49;*;cgt fin;;CDS;897383;897955;;0; deb;comp;CDS;982868;984043;254;*; ;;tRNA;984298;984384;15;*;agc ;;tRNA;984400;984474;33;*;cca ;;tRNA;984508;984581;96;*;aga fin;;CDS;984678;985880;;1; deb;comp;CDS;1110660;1112606;1075;*; ;;rRNA;1113682;1115193;105;*;1512 ;;tRNA;1115299;1115372;161;*;atc ;;tRNA;1115534;1115607;214;*;gca ;;rRNA;1115822;1118708;154;*;2887 ;;rRNA;1118863;1118972;280;*;110 fin;comp;CDS;1119253;1120218;;; deb;comp;CDS;1124516;1124698;456;*; ;comp;tRNA;1125155;1125229;82;*;gta fin;comp;CDS;1125312;1125686;;; deb;comp;CDS;1141104;1142156;88;*; ;;ncRNA;1142245;1142342;13;*; fin;;CDS;1142356;1142553;;; deb;;CDS;1285061;1285477;148;*; ;;tRNA;1285626;1285707;476;*;tac fin;;CDS;1286184;1286810;;; deb;;CDS;1311356;1311642;268;*; ;comp;rRNA;1311911;1312020;154;*;110 ;comp;rRNA;1312175;1315061;214;*;2887 ;comp;tRNA;1315276;1315349;161;*;gca ;comp;tRNA;1315511;1315584;105;*;atc ;comp;rRNA;1315690;1317201;1269;*;1512 deb;;CDS;1318471;1319160;0;*; ;comp;ncRNA;1319161;1319480;341;*; fin;;CDS;1319822;1323886;;; deb;;CDS;1325084;1325431;419;*; ;;repeat_region;1325851;1326881;279;*; fin;comp;CDS;1327161;1328027;;0; deb;comp;CDS;1395802;1397052;248;*; ;comp;tRNA;1397301;1397388;135;*;tca fin;comp;CDS;1397524;1398660;;; deb;comp;CDS;1622342;1622596;259;*; ;comp;tRNA;1622856;1622929;79;*;aca fin;comp;CDS;1623009;1623275;;; deb;comp;CDS;1815453;1816334;239;*; ;;tRNA;1816574;1816646;34;*;atgf ;;tRNA;1816681;1816753;594;*;atgf fin;;CDS;1817348;1817794;;; deb;;CDS;1859580;1860149;308;*; ;comp;tRNA;1860458;1860531;143;*;atgj fin;;CDS;1860675;1861067;;; deb;comp;CDS;1904719;1905537;26;*; ;comp;tRNA;1905564;1905637;70;*;cga fin;comp;CDS;1905708;1906157;;; deb;;CDS;1995546;1996253;35;*; ;comp;tRNA;1996289;1996361;281;*;gga fin;;CDS;1996643;1997074;;; deb;;CDS;2088524;2089369;114;*; ;comp;rRNA;2089484;2089593;154;*;110 ;comp;rRNA;2089748;2092634;214;*;2887 ;comp;tRNA;2092849;2092922;161;*;gca ;comp;tRNA;2093084;2093157;105;*;atc ;comp;rRNA;2093263;2094774;1563;*;1512 fin;comp;CDS;2096338;2099241;;; deb;comp;CDS;2145831;2146037;66;*; ;comp;regulatory;2146104;2146199;493;*; fin;comp;CDS;2146693;2148675;;; deb;;CDS;2182840;2185440;138;*; ;;tRNA;2185579;2185651;43;*;ggc ;;tRNA;2185695;2185779;96;*;tta fin;comp;CDS;2185876;2190132;;; deb;comp;CDS;2295987;2296184;17;*; ;comp;tRNA;2296202;2296272;61;*;tgg deb;comp;CDS;2296334;2297521;58;*; ;comp;tRNA;2297580;2297651;86;*;acc ;comp;tRNA;2297738;2297818;141;*;tac ;comp;tRNA;2297960;2298033;90;*;aca fin;comp;CDS;2298124;2298426;;; deb;;CDS;2506720;2507055;286;*; ;comp;rRNA;2507342;2507451;154;*;110 ;comp;rRNA;2507606;2510492;214;*;2887 ;comp;tRNA;2510707;2510780;161;*;gca ;comp;tRNA;2510942;2511015;105;*;atc ;comp;rRNA;2511121;2512632;1003;*;1512 fin;comp;CDS;2513636;2514889;;0; deb;;CDS;2632307;2633335;53;*; ;;tRNA;2633389;2633473;249;*;tcc fin;;CDS;2633723;2634982;;; deb;comp;CDS;2752993;2753322;64;*; ;;tRNA;2753387;2753460;108;*;gcc fin;comp;CDS;2753569;2757033;;; deb;comp;CDS;2800796;2801521;98;*; ;;tRNA;2801620;2801692;302;*;ttc fin;comp;CDS;2801995;2802585;;; </pre> ====fps distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_distribution|fps distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;; </pre> ===bacteroide synthèse=== ====bacteroide distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_génome|bacteroide distribution par génome]] <pre> bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total myr;11;16;;;1;16;57;;101 fps;11;20;;;;12;6;;49 total;22;36;0;0;1;28;63;0;150 </pre> ====bacteroide distribution du total==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_du_total|bacteroide distribution du total]] <pre> bact2;;;;;;;150 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2 atc;14;acc;2;aac;3;agc;3 ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3 gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4 cta;3;cca;6;caa;3;cga;2 gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;85;36;;;1 -16s tac;28;150 </pre> ====bacteroide distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_type|bacteroide distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> bact2;;;;;;;150;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc; atc;14;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2 cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====bacteroide par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacteroide par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;3;2;0;;;;5; 16;moyen;16;10;12;;;28;66; 14;fort;17;10;51;;;1;79; ; ;36;22;63;;;29;150; 10;g+cga;2;;;;;;2; 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;1;2;;;;;3; 5;autres;;;;;;;; ;;3;2;;;;;5; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;20;13;;;;;33;26 16;moyen;107;67;80;;;187;440;324 14;fort;113;67;340;;;7;527;650 ; ;240;147;420;;;193;150;729 10;g+cgg;13;;;;;;13;10 2;agg+cga;;;;;;;; 4;carre ccc;7;13;;;;;20;16 5;autres;;;;;;;; ;;20;13;;;;;33; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;25;17;;41;26;8;9; 16;moyen;132;83;99;314;324;44;45;19 14;fort;140;83;421;645;650;47;45;81 ; ;298;182;521;121;729;36;22;63 10;g+cgg;17;;;17;10;;; 2;agg+cga;;;;;;;; 4;carre ccc;8;17;;25;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;25;17;;41;;;; </pre> ====bacteroide, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide,_estimation_des_-rRNAs|bacteroide, estimation des -rRNAs]] <pre> bacteroide;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 29 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;29;210; ; ;;indices;;;;29;725;0;0;;bact2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;121 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2 atc;104;acc;;aac;1;agc;;;atc;359;acc;;aac;3.4;agc;;;atc;;acc;2;aac;3;agc;3 ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3.4;;ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;3.4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;8;aaa;8;aga;4 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3.4;caa;;cga;;;cta;3;cca;6;caa;3;cga;2 gta;;gca;102;gaa;;gga;;;gta;;gca;352;gaa;;gga;;;gta;9;gca;;gaa;8;gga;7 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;207;;3;;0;210;;;;714;;10;;0;725;;;;39;;77;;5;121 27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;7096;1.4;0.7;;;;;;146;7096;1.4;0.7;;bact2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;129;;atgi;105;tct;0.7;tat;0.7;atgf;129;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;250 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;0.7;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.7;cct;1.4;cat;;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;200;tcc;50;tac;350;tgc;100 atc;-64;acc;102;aac;127;agc;110;;atc;295;acc;102;aac;130;agc;110;;atc;;acc;100;aac;150;agc;150 ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;131;;ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;134;;ctc;100;ccc;;cac;250;cgt;150 gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;;gcc;50;gac;200;ggc;100 tta;112;tca;122;taa;6.2;tga;2;;tta;112;tca;125;taa;6.2;tga;2.1;;tta;200;tca;200;taa;;tga; ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;;aca;400;aaa;400;aga;200 cta;109;cca;146;caa;113;cga;42;;cta;109;cca;149;caa;113;cga;42;;cta;150;cca;300;caa;150;cga;100 gta;184;gca;-66;gaa;181;gga;141;;gta;184;gca;286;gaa;181;gga;141;;gta;450;gca;;gaa;400;gga;350 ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;150 atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;150;acg;;aag;;agg; ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;3;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;3.4;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1350;;2103;;670;4122;;;;2064;;2113;;669;4846;;;;1950;;3850;;250;6050 rapports;;65;;100;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;bact2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;53.759;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;48 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1559;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt;100 ctt;129;cct;;cat;;cgc;;;avec;218;;;10;3;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;29;;;20;4;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;36;tcc;49;tac;57;tgc;16 atc;-22;acc;100;aac;97;agc;100;;bact2;60.5;;;40;4;;;;atc;100;acc;2;aac;16;agc;27 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;97;;sans;121;;;50;4;21;;;ctc;1;ccc;100;cac;54;cgt;13 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;29;;;60;9;;;;gtc;100;gcc;40;gac;14;ggc;34 tta;100;tca;97;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;0;;;;tta;44;tca;39;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;60;aaa;54;aga;46 cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;27;cca;51;caa;25;cga;58 gta;100;gca;-23;gaa;100;gga;100;;est 12% au dessus;;;;100;18;;;;gta;59;gca;100;gaa;55;gga;60 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;100;tgg;22 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;24;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;381;;579;;99;1059 </pre> ==tenericutes== ===abra=== ====abra opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_opérons|abra opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_bras_O502/achoBras_O502-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022549.1;abra;;genome;;;;;;;; 35.8%GC;15.8.19 Paris;16s 4;45;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Acholeplasma brassicae;;;;;;;;;;; ;253257..253430;;CDS;;86;86;;;58;; ;253517..253601;;tac;;214;;;;;; ;253816..255351;;16s;;137;;;;1536;; ;255489..255565;;atc;;88;;;;;; ;255654..258507;;23s;;34;;;;2854;; ;258542..258652;;5s;;11;;;;111;; ;258664..258740;;aac;;149;;;;;; ;258890..259000;;5s;;11;;;;111;; ;259012..259088;;aac;;860;*860;;;;; ;259949..260053;;CDS;;432;;;;35;; ;260486..262021;;16s;;137;;;;1536;; ;262159..262235;;atc;;88;;;;;; ;262324..265177;;23s;;34;;;;2854;; ;265212..265322;;5s;@1;14;;;;111;; ;265337..265412;;gta;;44;;;44;;; ;265457..265532;;aca;;11;;;11;;; ;265544..265619;;aaa;;7;;;7;;; ;265627..265713;;tta;;8;;;8;;; ;265722..265797;;gca;;72;;;72;;; ;265870..265946;;atgj;;7;;;7;;; ;265954..266030;;atgi;;44;;;44;;; ;266075..266165;;tca;;8;;;8;;; ;266174..266250;;atgf;;4;;;4;;; ;266255..266330;;gac;;11;;;11;;; ;266342..266417;;ttc;;137;137;;;;; ;266555..267409;;CDS;;;;;;285;; ;;;;;;;;;;; ;582446..584125;;CDS;;49;49;;;*560;; ;584175..584260;;ctc;;170;170;;;;; ;584431..586110;;CDS;;;;;;*560;; ;;;;;;;;;;; ;625631..626317;;CDS;;84;84;;;229;; comp;626402..626476;;ggc;;66;;66;;;; comp;626543..626619;;cca;;17;;17;;;; comp;626637..626713;;cga;;13;;13;;;; comp;626727..626802;;gac;;149;149;;;;; ;626952..627599;;CDS;;;;;;216;; ;;;;;;;;;;; ;633526..634710;;CDS;;63;63;;;395;; comp;634774..634847;;acc;;76;76;;;;; ;634924..636651;;CDS;;;;;;*576;; ;;;;;;;;;;; ;755442..756548;;CDS;;64;64;;;369;; comp;756613..756688;;aag;;130;130;;;;; ;756819..757373;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; ;807788..808216;;CDS;;108;108;;;143;; ;808325..808401;;aga;;216;216;;;;; ;808618..808854;;CDS;;;;;;79;; ;;;;;;;;;;; ;829563..829871;;CDS;;155;155;;;103;; ;830027..830102;;agg;;27;27;;;;; ;830130..831458;;CDS;;;;;;443;; ;;;;;;;;;;; comp;1176200..1176799;;CDS;;398;398;;;200;; comp;1177198..1177291;;tcg;;8;;8;;;; comp;1177300..1177375;;gcc;;569;*569;;;;; comp;1177945..1179252;;CDS;;;;;;436;; ;;;;;;;;;;; ;1187918..1188148;;CDS;;382;382;;;77;; ;1188531..1188621;;tcc;;66;66;;;;; ;1188688..1189761;;CDS;;;;;;358;; ;;;;;;;;;;; comp;1194077..1194568;;CDS;;206;206;;;164;; comp;1194775..1194859;;ttg;;10;10;;;;; comp;1194870..1196045;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;1251487..1252329;;CDS;;68;68;;;281;; ;1252398..1252472;;gtc;;44;44;;;;; comp;1252517..1252873;;CDS;;;;;;119;; ;;;;;;;;;;; comp;1416224..1416484;;CDS;;301;301;;;87;; comp;1416786..1416859;;tgc;;92;92;;;;; comp;1416952..1418427;;CDS;;;;;;492;; ;;;;;;;;;;; comp;1427372..1427890;;CDS;@2;379;379;;;173;; comp;1428270..1428343;;gga;;9;;9;;;; comp;1428353..1428429;;cca;;1;;1;;;; comp;1428431..1428507;;cgt;;8;;8;;;; comp;1428516..1428591;;gaa;;73;73;;;;; comp;1428665..1429210;;CDS;;;;;;182;; ;;;;;;;;;;; comp;1431948..1432259;;CDS;;96;96;;;104;; comp;1432356..1432432;;aac;;11;;;;;; comp;1432444..1432554;;5s;;34;;;;111;; comp;1432589..1435442;;23s;;158;;;;2854;; comp;1435601..1437135;;16s;;432;;;;1535;; comp;1437568..1437672;;CDS;;860;*860;;;35;; comp;1438533..1438609;;aac;;11;;;;;; comp;1438621..1438731;;5s;@3;149;;;;111;; comp;1438881..1438957;;aac;;11;;;;;; comp;1438969..1439079;;5s;;34;;;;111;; comp;1439114..1441967;;23s;;159;;;;2854;; comp;1442127..1443662;;16s;;431;*431;;;1536;; comp;1444094..1444624;;CDS;;;;;;177;; ;;;;;;;;;;; comp;1532381..1533052;;CDS;;262;262;;;224;; comp;1533315..1533399;;cta;;46;46;;;;; comp;1533446..1535560;;CDS;;;;;;*705;; ;;;;;;;;;;; comp;1540295..1540534;;CDS;;171;171;;;80;; comp;1540706..1540780;;tgg;;47;47;;;;; comp;1540828..1541754;;CDS;;137;137;;;;; ;1541892..1541967;;cac;;63;;63;;;; ;1542031..1542104;;caa;;37;37;;;;; comp;1542142..1542357;;CDS;;;;;;72;; ;;;;;;;;;;; comp;1716869..1717186;;CDS;;854;*854;;;106;; comp;1718041..1718116;;acg;;87;87;;;;; comp;1718204..1718947;;CDS;;;;;;248;; ;;;;;;;;;;; comp;1742909..1743664;;CDS;;487;*487;;;252;; comp;1744152..1744227;;gaa;;109;109;;;;; comp;1744337..1744720;;CDS;;;;;;128;; ;;;;;;;;;;; comp;1747424..1747726;;CDS;;100;100;;;101;; comp;1747827..1747919;;agc;;102;102;;;;; comp;1748022..1750199;;CDS;;;;;;*726;; </pre> ====abra cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_cumuls|abra cumuls]] <pre> abra cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;4;1;1;0;1;0;1;;100;8;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;5;7;50;7;20;;200;13;60;3 ;16 atc 235 a;2;40;0;0;100;12;40;;300;7;90;5 ;16 23 5s a;2;60;0;2;150;7;60;;400;4;120;5 ;max a;12;80;2;1;200;3;80;;500;3;150;2 ;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;3;180;3 ;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;0;210;3 ;total aas;19;140;0;0;350;1;140;;800;2;240;3 sans ;opérons;18;160;0;0;400;3;160;;900;0;270;2 ;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;;1000;0;300;2 ;max a;4;200;0;0;500;1;200;;1100;0;330;0 ;a doubles;0;;0;0;;4;;;;0;;12 ;total aas;26;;8;10;;42;;0;;40;;40 total aas;;45;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;209;;;;254;; ;;;variance;;;;226;;;;187;; sans jaune;;;moyenne;23;22;;131;;;;201;;148 ;;;variance;26;23;;101;;;;127;;74 </pre> ====abra blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_blocs|abra blocs]] <pre> abra blocs;; CDS;86;58 tac;214; 16s;137;1536 atc;88; 23s;34;2854 5s;11;111 aac;149; 5s;11;111 aac;860; CDS;432;35 16s;137;1536 atc;88; 23s;34;2854 5s;14;111 gta;44; ;; CDS;96;104 aac;11; 5s;34;111 23s;158;2854 16s;432;1535 CDS;860;35 aac;11; 5s;149;111 aac;11; 5s;34;111 23s;159;2854 16s;431;1536 CDS;;177 </pre> ====abra remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_remarques|abra remarques]] *code génétique abra <pre> abra;;;;;;;45 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;5;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====abra distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_distribution|abra distribution]] *code génétique abra <pre> tenericutes;sans rRNA;>1 aas 12;1aas ;avant 16s;après 5s;après 16s; abra;;gac gaa;14;1;16;2;45 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;5;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====abra données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_données_intercalaires|abra données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abra;fx;fc;abra;fx40;fc40;abra;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;68;86;84;tRNA 16s;; ;1;10;5;208;1;0;58;-2;0;0;860;149;215;;tac ;0;20;9;127;2;1;40;-3;0;0;140;63;16s tRNA;; ;1;30;10;51;3;1;21;-4;2;141;49;76;2* 145;;atc ;0;40;17;34;4;0;29;-5;0;2;170;64;tRNA 23s;; 1;3;50;19;35;5;0;7;-6;0;0;108;130;2* 89;;atc ;0;60;18;31;6;0;6;-7;0;1;216;68;5s tRNA;; 3;1;70;15;42;7;0;4;-8;0;70;155;44;5* 11;;aac 1;1;80;14;35;8;0;15;-9;1;0;27;137;14;;gta 1;2;90;9;32;9;2;16;-10;0;3;434;714;tRNA 5s;; ;3;100;10;23;10;1;12;-11;0;34;569;;2* 149;;aac ;3;110;8;35;11;0;19;-12;1;0;382;;tRNA tRNA;;contig ;0;120;16;29;12;1;33;-13;0;1;66;;44;;gta 1;0;130;12;31;13;0;13;-14;1;24;206;;11;;aca 1;1;140;7;24;14;3;11;-15;0;0;10;;7;;aaa 1;0;150;10;30;15;1;13;-16;0;1;301;;8;;tta ;1;160;10;26;16;0;7;-17;1;16;92;;72;;gca ;1;170;2;13;17;1;6;-18;0;0;415;;7;;atgj ;1;180;8;14;18;0;11;-19;0;1;73;;44;;atgi ;0;190;9;14;19;1;7;-20;0;12;96;;8;;tca ;0;200;4;9;20;2;7;-21;0;0;860;;4;;atgf ;1;210;4;7;21;2;5;-22;0;1;262;;11;;gac ;1;220;3;13;22;0;7;-23;0;6;46;;**;;ttc ;0;230;2;8;23;1;14;-24;1;0;171;;tRNA tRNA;; ;0;240;7;3;24;2;4;-25;0;1;47;;66;;ggc ;0;250;1;6;25;0;5;-26;1;4;854;;17;;cca ;0;260;3;8;26;2;5;-27;0;0;87;;13;;cga ;1;270;3;7;27;2;3;-28;0;0;493;;**;;gac ;0;280;2;6;28;1;1;-29;0;1;109;;8;;tcg ;0;290;1;3;29;0;3;-30;0;0;100;;**;;gcc ;0;300;4;1;30;0;4;-31;0;1;CDS 16s;;9;;gga ;1;310;0;1;31;0;4;-32;0;1;433;;1;;cca ;0;320;2;8;32;2;6;-33;0;0;433;;8;;cgt ;0;330;2;2;33;1;3;-34;0;0;432;;**;;gaa ;0;340;0;1;34;3;1;-35;0;2;16s 23s;;63;;cac ;0;350;2;1;35;1;3;-36;0;0;167;;**;;caa ;0;360;2;2;36;3;6;-37;0;0;168;;;; ;0;370;0;6;37;2;4;-38;0;2;23s 5s;;;; ;0;380;1;4;38;3;3;-39;0;0;4* 35;;;; ;1;390;0;4;39;1;2;-40;0;0;;;;; ;0;400;4;1;40;1;2;-41;0;0;;;;; 1;7;reste;14;33;reste;229;547;-42;0;0;;;;; 10;31;total;270;980;total;271;979;-43;0;0;;;;; 9;24;diagr;255;935;diagr;41;420;-44;0;0;;;;; 0;2; t30;24;386;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;269;8;1;278;;;-49;0;1;;;;; ;c;968;409;12;1389;;;-50;0;1;;;;; ;;;;;1667;128;;reste;0;13;;;;; ;;;;;;1795;;total;8;409;;;;; </pre> =====abra autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires_aas|abra autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abra;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;6032;39;; ;misc_binding;8642;66;; fin;CDS;8909;;; deb;CDS;58474;199;; ;misc_binding;59219;96;; fin;CDS;59565;;; deb;CDS;175843;64;; ;regulatory;176513;67;; fin;CDS;176678;;; deb;CDS;226433;115;; ;regulatory;226962;128;; fin;CDS;227191;;; deb;CDS;241700;14;; ;ncRNA;242173;222;; fin;CDS;242490;;; deb;CDS;253260;86;; ;tRNA;253517;215;;tac ;rRNA;253817;145;;16s ;tRNA;255489;89;;atc ;rRNA;255655;35;;23s ;rRNA;258542;11;;5s ;tRNA;258664;149;;aac ;rRNA;258890;11;;5s ;tRNA;259012;860;;aac deb;CDS;259949;433;; ;rRNA;260487;145;;16s ;tRNA;262159;89;;atc ;rRNA;262325;35;;23s ;rRNA;265212;14;;5s ;tRNA;265337;44;;gta ;tRNA;265457;11;;aca ;tRNA;265544;7;;aaa ;tRNA;265627;8;;tta ;tRNA;265722;72;;gca ;tRNA;265870;7;;atgj ;tRNA;265954;44;;atgi ;tRNA;266075;8;;tca ;tRNA;266174;4;;atgf ;tRNA;266255;11;;gac ;tRNA;266342;140;;ttc fin;CDS;266558;;; deb;CDS;296513;98;; ;misc_binding;297466;30;; fin;CDS;297705;;; deb;CDS;326721;0;; ;misc_feature;327414;18;; fin;CDS;327552;;; deb;CDS;574175;-5;; ;misc_binding;574941;43;; fin;CDS;575188;;; deb;CDS;582446;49;; ;tRNA;584175;170;;ctc fin;CDS;584431;;; deb;CDS;625631;84;; ;tRNA;626402;66;comp;ggc ;tRNA;626543;17;comp;cca ;tRNA;626637;13;comp;cga ;tRNA;626727;149;comp;gac fin;CDS;626952;;; deb;CDS;633550;63;; ;tRNA;634774;76;comp;acc fin;CDS;634924;;; deb;CDS;690994;64;; ;regulatory;692351;55;; fin;CDS;692502;;; deb;CDS;755442;64;; ;tRNA;756613;130;comp;aag fin;CDS;756819;;; deb;CDS;807788;108;; ;tRNA;808325;216;;aga fin;CDS;808618;;; deb;CDS;818257;29;comp; ;ncRNA;818478;-2;comp; fin;CDS;818548;;comp; deb;CDS;829563;155;; ;tRNA;830027;27;;agg fin;CDS;830130;;; deb;CDS;862237;104;; ;regulatory;863109;46;; fin;CDS;863253;;; deb;CDS;951162;56;; ;misc_feature;951899;10;; fin;CDS;952033;;; deb;CDS;979156;92;; ;ncRNA;980211;41;comp; fin;CDS;980585;;comp; deb;CDS;1000286;45;comp; ;misc_binding;1000883;36;comp; fin;CDS;1001128;;comp; deb;CDS;1033802;48;comp; ;regulatory;1034516;41;comp; ;regulatory;1034632;43;comp; fin;CDS;1034750;;comp; deb;CDS;1043459;55;comp; ;regulatory;1044225;61;comp; fin;CDS;1044360;;comp; deb;CDS;1055719;197;comp; ;misc_binding;1056720;146;comp; fin;CDS;1057073;;; deb;CDS;1125033;53;comp; ;misc_binding;1127681;34;comp; fin;CDS;1127899;;comp; deb;CDS;1135303;71;comp; ;regulatory;1136025;48;comp; fin;CDS;1136190;;comp; deb;CDS;1176200;434;comp; ;tRNA;1177198;8;comp;tcg ;tRNA;1177300;569;comp;gcc fin;CDS;1177945;;comp; deb;CDS;1187918;382;; ;tRNA;1188531;66;;tcc fin;CDS;1188688;;; deb;CDS;1194077;206;comp; ;tRNA;1194775;10;comp;ttg fin;CDS;1194870;;comp; deb;CDS;1221355;217;comp; ;tmRNA;1222634;262;; fin;CDS;1223244;;; deb;CDS;1251487;68;comp; ;tRNA;1252398;44;;gtc fin;CDS;1252517;;comp; deb;CDS;1416224;301;comp; ;tRNA;1416786;92;comp;tgc fin;CDS;1416952;;comp; deb;CDS;1427372;415;comp; ;tRNA;1428270;9;comp;gga ;tRNA;1428353;1;comp;cca ;tRNA;1428431;8;comp;cgt ;tRNA;1428516;73;comp;gaa fin;CDS;1428665;;comp; deb;CDS;1431948;96;comp; ;tRNA;1432356;11;comp;aac ;rRNA;1432444;35;comp;5s ;rRNA;1432590;167;comp;23s ;rRNA;1435609;433;comp;16s deb;CDS;1437568;860;comp; ;tRNA;1438533;11;comp;aac ;rRNA;1438621;149;comp;5s ;tRNA;1438881;11;comp;aac ;rRNA;1438969;35;comp;5s ;rRNA;1439115;168;comp;23s ;rRNA;1442135;432;comp;16s fin;CDS;1444094;;comp; deb;CDS;1453717;96;comp; ;regulatory;1454971;38;comp; fin;CDS;1455181;;comp; deb;CDS;1532381;262;comp; ;tRNA;1533315;46;comp;cta fin;CDS;1533446;;comp; deb;CDS;1540295;171;comp; ;tRNA;1540706;47;comp;tgg deb;CDS;1540828;137;comp; ;tRNA;1541892;63;;cac ;tRNA;1542031;714;;caa fin;CDS;1542819;;comp; deb;CDS;1716869;854;comp; ;tRNA;1718041;87;comp;acg fin;CDS;1718204;;comp; deb;CDS;1729328;30;comp; ;regulatory;1729649;73;comp; fin;CDS;1729832;;comp; deb;CDS;1742909;493;comp; ;tRNA;1744152;109;comp;gaa fin;CDS;1744337;;comp; deb;CDS;1747424;100;comp; ;tRNA;1747827;102;comp;agc fin;CDS;1748022;;comp; deb;CDS;1796937;102;comp; ;regulatory;1799337;112;comp; fin;CDS;1799628;;comp; </pre> ====abra intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_entre_cds|abra intercalaires entre cds]] *'''intercalaires entre cds''', tableau. <pre> abra;3.2.21 Paris;;abra 13.12.20;;;;;;; abra;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5 ;négatif;417;25.0;négatif ;-10;12;-1 à -73;1,877,792;-1;417 ;zéro;13;0.8;;;;;intercals;0;13 ;1 à 200;1055;63.3;0 à 200;65;57;;135,857;5;157 ;201 à 370;121;7.3;201 à 370;265;48;;7%;10;56 ;371 à 600;42;2.5;371 à 600;442;62;;;15;94 ;601 à max;19;1.1;601 à 1230;852;195;;;20;42 ;Total 1667;<201;89.1;Total 1665;79;132;-73 à 1230;;25;40 adresse;intercalx;intercal;fréquence1;intercal;fréquence6;cumul et %;intercal;fréquence-1;30;21 1537782;1230;-1;417;-70;3;;0;13;35;24 1707618;1229;0;13;-60;9;;-1;°68;40;27 1578501;1176;1;°58;-50;2;;-2;0;45;26 1526950;1027;2;41;-40;2;;-3;0;50;28 87364;968;3;22;-30;6;min à -1;-4;°143;55;29 826414;926;4;°29;-20;27;417;-5;2;60;20 171283;878;5;7;-10;83;25.0%;-6;0;65;30 1768322;822;6;6;0;298;;-7;1;70;27 819242;821;7;4;10;213;;-8;°70;75;22 1769594;816;8;15;20;136;;-9;1;80;27 158518;793;9;°18;30;61;;-10;3;85;22 1412625;756;10;13;40;51;1 à 100;-11;°34;90;19 968622;741;11;19;50;54;744;-12;1;95;16 1738100;729;12;°34;60;49;44.6%;-13;1;100;17 816181;706;13;13;70;57;;-14;°25;105;17 1683910;675;14;14;80;49;;-15;0;110;26 1186776;646;15;°14;90;41;;-16;1;115;25 1529536;628;16;7;100;33;;-17;°17;120;20 133841;619;17;7;110;43;;-18;0;125;26 1183129;595;18;°11;120;45;;-19;1;130;17 1861159;579;19;8;130;43;;-20;°12;135;18 615740;575;20;9;140;31;;-21;0;140;13 1171702;555;21;7;150;40;;-22;1;145;21 1525837;555;22;7;160;36;;-23;°6;150;19 153593;526;23;°15;170;15;1 à 200;-24;1;155;20 1714960;500;24;6;180;22;1055;-25;1;160;16 1842150;494;25;5;190;23;63.3%;-26;°5;165;7 1168850;483;26;7;200;13;;-27;0;170;8 1834829;483;27;5;210;11;;-28;0;175;10 556334;476;28;2;220;16;;-29;1;180;12 151602;474;29;3;230;10;;-30;0;185;13 493661;465;30;4;240;10;0 à 200;-31;1;190;10 1274718;449;31;4;250;7;1068;-32;1;195;10 1681282;446;32;°8;260;11;;total;410;200;3 1503782;443;33;4;270;10;;reste;20;205;5 178131;441;34;4;280;8;;;430;210;6 1728410;438;35;4;290;4;;;;215;12 1022865;434;36;°9;300;5;;intercal;fréquencef;220;4 36959;428;37;6;310;1;;600;1648;225;1 ;;38;6;320;10;;620;1;230;9 ;;39;3;330;4;;640;1;235;7 ;;40;3;340;1;201 à 370;660;1;240;3 ;;reste;776;350;3;121;680;1;245;2 ;;total;1471;360;4;7.3%;700;;250;5 ;;;;370;6;;720;1;255;8 adresse;intercaln;décalage;long;380;5;;740;1;260;3 1040608;-92;shift2;815;390;4;;760;2;265;7 1766313;-86;shift2;1001;400;5;;780;;270;3 1083669;-73;shift2;816;410;4;;800;1;275;7 169623;-67;shift2;654;420;2;;820;1;280;1 353304;-67;shift2;864;430;3;;840;2;285;1 758070;-67;shift2;864;440;2;;860;;290;3 891412;-67;shift2;864;450;4;;880;1;295;3 1155286;-67;shift2;654;460;0;;900;;300;2 1646854;-67;shift2;864;470;1;;920;;305;0 1690631;-67;shift2;654;480;2;;940;1;310;1 1714097;-67;shift2;864;490;2;;960;;315;7 1793555;-67;shift2;654;500;2;;980;1;320;3 1485635;-59;shift2;629;510;0;;1000;;325;1 738923;-50;shift2;293;520;0;;1020;;330;3 1668172;-49;shift2;315;530;1;;1040;1;335;0 1847532;-47;shift2;227;540;0;371 à 600;;16;340;1 904492;-38;shift2;962;550;0;42;;;345;1 1129734;-38;shift2;413;560;2;2.5%;;;350;2 844539;-35;shift2;;570;0;;;;355;4 986747;-35;shift2;;580;2;601 à max;;;360;0 1114675;-32;shift2;;590;0;19;;;365;3 526681;-31;shift2;;600;1;1.1%;;;370;3 1072749;-29;shift2;;reste;19;;reste;3;reste;61 251649;-26;shift2;;total;1667;;total;1667;total;1667 </pre> ====abra intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> corrélations et fréquences faibles;;;;;;;;;;;;;; abra. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;; abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;; 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; ;;;;;;;;;;;;;; diagrammes;;;;;;;;;;;;;; abra;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;53;-314;342;39;734;197;max50;&-99;750;-1818;148;702;253;min60 31 à 400;;;;;;;;&21;-104;-7.3;42;912;165;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;148;55;-;638;poly;96;tF;&223;71;;425;poly;277;SF 31 à 400;;;;;;;;&118;42;-;827;poly;85;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et faibles fréquences <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.243;;;;; 41-n;0.874;0.716;0.797;;;;;;;;;;;; 1-n;0.312;-0.163;0.059;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; abra;fx;fc;;abra;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;abra;Sx-;Sc- 0;1;12;;0;4;13;;0;1;12;>0;270;-1;0;68 10;5;208;;10;20;223;;1;0;58;<0;8;-2;0;0 20;9;127;;20;35;136;;2;1;40;zéro;1;-3;0;0 30;10;51;;30;39;55;;3;1;21;total;279;-4;2;141 40;17;34;;40;66;36;;4;0;29;;c;-5;0;2 50;19;35;;50;74;37;;5;0;7;>0;967;-6;0;0 60;18;31;;60;70;33;;6;0;6;<0;409;-7;0;1 70;15;42;;70;59;45;;7;0;4;zéro;12;-8;0;70 80;15;34;;80;59;36;;8;0;15;total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reste;14;33;;;;;;reste;229;547;;;-42;0;0 total;271;979;;t30;94;413;;total;271;979;;;-43;0;0 diagr;256;934;;;;;;diagr;41;420;;;-44;0;0 - t30;232;548;;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;;reste;0;13 ;;;;;;;;;;;;;total;8;409 </pre> ====abra intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_négatifs_S-|abra intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ;;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; abra;comp’;;;;1;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;6 ;continu;68;0;0;142;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;411 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;abra;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;8 ;Sc-;68;0;0;141;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;4;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;409 </pre> ====abra autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra autres intercalaires]] *Légende: ° pour cyan, & pour jaune, $ pour rouge. <pre> deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens deb;°CDS;6032;39;;;deb;°CDS;633550;63;;;deb;°CDS;1221355;217;comp ;misc_binding;8642;66;;;;&tRNA;634774;76;comp;;;tmRNA;1222634;262; fin;°CDS;8909;;;;fin;°CDS;634924;;;;fin;°CDS;1223244;; deb;°CDS;58474;199;;;deb;°CDS;690994;64;;;deb;°CDS;1251487;68;comp ;misc_binding;59219;96;;;;regulatory;692351;55;;;;&tRNA;1252398;44; fin;°CDS;59565;;;;fin;°CDS;692502;;;;fin;°CDS;1252517;;comp deb;°CDS;175843;64;;;deb;°CDS;755442;64;;;deb;°CDS;1416224;301;comp ;regulatory;176513;67;;;;&tRNA;756613;130;comp;;;&tRNA;1416786;92;comp fin;°CDS;176678;;;;fin;°CDS;756819;;;;fin;°CDS;1416952;;comp deb;°CDS;226433;115;;;deb;°CDS;807788;108;;;deb;°CDS;1427372;415;comp ;regulatory;226962;128;;;;&tRNA;808325;216;;;;&tRNA;1428270;9;comp fin;°CDS;227191;;;;fin;°CDS;808618;;;;;&tRNA;1428353;1;comp deb;°CDS;241700;14;;;deb;°CDS;818257;29;comp;;;&tRNA;1428431;8;comp ;ncRNA;242173;222;;;;ncRNA;818478;-2;comp;;;&tRNA;1428516;73;comp fin;°CDS;242490;;;;fin;°CDS;818548;;comp;;fin;°CDS;1428665;;comp deb;°CDS;253260;86;;;deb;°CDS;829563;155;;;deb;°CDS;1431948;96;comp ;&tRNA;253517;215;;;;&tRNA;830027;27;;;;&tRNA;1432356;11;comp ;$rRNA;253817;145;;;fin;°CDS;830130;;;;;$rRNA;1432444;35;comp ;&tRNA;255489;89;;;deb;°CDS;862237;104;;;;$rRNA;1432590;167;comp ;$rRNA;255655;35;;;;regulatory;863109;46;;;;$rRNA;1435609;433;comp ;$rRNA;258542;11;;;fin;°CDS;863253;;;;deb;°CDS;1437568;860;comp ;&tRNA;258664;149;;;deb;°CDS;951162;56;;;;&tRNA;1438533;11;comp ;$rRNA;258890;11;;;;misc_feature;951899;10;;;;$rRNA;1438621;149;comp ;&tRNA;259012;860;;;fin;°CDS;952033;;;;;&tRNA;1438881;11;comp deb;°CDS;259949;433;;;deb;°CDS;979156;92;;;;$rRNA;1438969;35;comp ;$rRNA;260487;145;;;;ncRNA;980211;41;comp;;;$rRNA;1439115;168;comp ;&tRNA;262159;89;;;fin;°CDS;980585;;comp;;;$rRNA;1442135;432;comp ;$rRNA;262325;35;;;deb;°CDS;1000286;45;comp;;fin;°CDS;1444094;;comp ;$rRNA;265212;14;;;;misc_binding;1000883;36;comp;;deb;°CDS;1453717;96;comp ;&tRNA;265337;44;;;fin;°CDS;1001128;;comp;;;regulatory;1454971;38;comp ;&tRNA;265457;11;;;deb;°CDS;1033802;48;comp;;fin;°CDS;1455181;;comp ;&tRNA;265544;7;;;;regulatory;1034516;41;comp;;deb;°CDS;1532381;262;comp ;&tRNA;265627;8;;;;regulatory;1034632;43;comp;;;&tRNA;1533315;46;comp ;&tRNA;265722;72;;;fin;°CDS;1034750;;comp;;fin;°CDS;1533446;;comp ;&tRNA;265870;7;;;deb;°CDS;1043459;55;comp;;deb;°CDS;1540295;171;comp ;&tRNA;265954;44;;;;regulatory;1044225;61;comp;;;&tRNA;1540706;47;comp ;&tRNA;266075;8;;;fin;°CDS;1044360;;comp;;deb;°CDS;1540828;137;comp ;&tRNA;266174;4;;;deb;°CDS;1055719;197;comp;;;&tRNA;1541892;63; ;&tRNA;266255;11;;;;misc_binding;1056720;146;comp;;;&tRNA;1542031;714; ;&tRNA;266342;140;;;fin;°CDS;1057073;;;;fin;°CDS;1542819;;comp fin;°CDS;266558;;;;deb;°CDS;1125033;53;comp;;deb;°CDS;1716869;854;comp deb;°CDS;296513;98;;;;misc_binding;1127681;34;comp;;;&tRNA;1718041;87;comp ;misc_binding;297466;30;;;fin;°CDS;1127899;;comp;;fin;°CDS;1718204;;comp fin;°CDS;297705;;;;deb;°CDS;1135303;71;comp;;deb;°CDS;1729328;30;comp deb;°CDS;326721;0;;;;regulatory;1136025;48;comp;;;regulatory;1729649;73;comp ;misc_feature;327414;18;;;fin;°CDS;1136190;;comp;;fin;°CDS;1729832;;comp fin;°CDS;327552;;;;deb;°CDS;1176200;434;comp;;deb;°CDS;1742909;493;comp deb;°CDS;574175;-5;;;;&tRNA;1177198;8;comp;;;&tRNA;1744152;109;comp ;misc_binding;574941;43;;;;&tRNA;1177300;569;comp;;fin;°CDS;1744337;;comp fin;°CDS;575188;;;;fin;°CDS;1177945;;comp;;deb;°CDS;1747424;100;comp deb;°CDS;582446;49;;;deb;°CDS;1187918;382;;;;&tRNA;1747827;102;comp ;&tRNA;584175;170;;;;&tRNA;1188531;66;;;fin;°CDS;1748022;;comp fin;°CDS;584431;;;;fin;°CDS;1188688;;;;deb;°CDS;1796937;102;comp deb;°CDS;625631;84;;;deb;°CDS;1194077;206;comp;;;regulatory;1799337;112;comp ;&tRNA;626402;66;comp;;;&tRNA;1194775;10;comp;;fin;°CDS;1799628;;comp ;&tRNA;626543;17;comp;;fin;°CDS;1194870;;comp;;;;;; ;&tRNA;626637;13;comp;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;626727;149;comp;;;;;;;;;;;; fin;CDS;626952;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====abra intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_tRNA|abra intercalaires tRNA]] <pre> abra;intercalaires tRNA;;;;;;proportion des intercalaires <201;;; comp’;entre tRNAs;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;44 11 7 8 72 ;;86;;860;;49;10;deb; ;7 44 8 4 11;;;;140;;86;27;<201;7 ;;;49;;170;;96;46;total;15 ;66 17 13;comp’;84;comp’;149;;100;47;%;47% ;;comp’;63;comp’;76;;108;66;; ;;comp’;64;comp’;130;;155;73;fin; ;;;108;;216;;171;87;<201;12 ;;;155;;27;;206;92;total;16 ;8;;424;;569;;262;102;%;75% ;;;382;;66;;301;109;; ;;;206;;10;;382;140;total; ;;comp’;68;comp’;44;;415;170;<201;19 ;;;301;;92;;424;216;total;31 ;9 1 8;;415;;73;;493;569;%;61% ;;;96;;860;;854;860;; ;;;262;;46;;-;860;comp’;cumuls ;;;171;;47;;63;44;deb;100% ;63;comp’;137;comp’;714;;64;76;; ;;;854;;87;;68;130;fin;80% ;;;493;;109;;84;149;; ;;;100;;102;;137;714;total;90% </pre> ===apal=== ====apal opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_opérons|apal opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_palm_J233/achoPalm_J233-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022538.1;apal;;genome;;;;;;;; 29%GC;16.8.19 Paris;16s 2 ;35;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Acholeplasma palmae J233;;;;;;;;;;; ;161706..162593;;CDS;;132;132;;;296;; ;162726..162816;;agc;;9;;9;;;; ;162826..162901;;gaa;;126;126;;;;; ;163028..163522;;CDS;;;;;;165;; ;;;;;;;;;;; comp;205002..205226;;CDS;;72;72;;;75;; comp;205299..205373;;tgg;;73;73;;;;; comp;205447..206382;;CDS;;133;133;;;;; ;206516..206591;;cac;;14;;14;;;; ;206606..206680;;caa;;34;;34;;;; ;206715..206797;;cta;;168;168;;;;; ;206966..207208;;CDS;;;;;;81;; ;;;;;;;;;;; ;294770..296290;;CDS;;347;347;;;*507;; ;296638..298160;;16s;;128;;;;1523;; ;298289..301126;;23s;;34;;;;2838;; ;301161..301268;;5s;;51;;;;108;; ;301320..301396;;aac;;118;118;;;;; ;301515..301835;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; ;303638..304993;;CDS;;70;70;;;452;; ;305064..305139;;gaa;@1;9;;9;;;; ;305149..305225;;cgt;;71;;71;;;; ;305297..305373;;cca;;13;;13;;;; ;305387..305461;;gga;;86;86;;;;; ;305548..308184;;CDS;;;;;;*879;; ;;;;;;;;;;; ;326174..327313;;CDS;;91;91;;;380;; ;327405..327478;;tgc;;527;*527;;;;; comp;328006..328539;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; ;435096..436751;;CDS;;48;48;;;*552;; ;436800..436885;;ctc;;214;214;;;;; ;437100..438890;;CDS;;;;;;*597;; ;;;;;;;;;;; ;441323..442294;;CDS;;38;38;;;324;; comp;442333..442407;;ggc;;100;100;;;;; ;442508..443650;;CDS;;;;;;381;; ;;;;;;;;;;; ;443640..444197;;CDS;;93;93;;;186;; comp;444291..444364;;acc;;133;133;;;;; ;444498..444695;;CDS;;;;;;66;; ;;;;;;;;;;; ;644468..646315;;CDS;;124;124;;;*616;; ;646440..646516;;aga;;251;251;;;;; ;646768..647322;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; ;669786..670511;;CDS;;45;45;;;242;; ;670557..670632;;cgg;;1;;;;;; ;670634..670722;;tcc;;133;133;;;;; ;670856..671359;;CDS;;;;;;168;; ;;;;;;;;;;; comp;837575..837796;;CDS;;157;157;;;74;; comp;837954..838029;;aag;;214;214;;;;; ;838244..838888;;CDS;;;;;;215;; ;;;;;;;;;;; comp;1172026..1173090;;CDS;;112;112;;;355;; comp;1173203..1173285;;ttg;;82;82;;;;; comp;1173368..1175038;;CDS;;;;;;*557;; ;;;;;;;;;;; comp;1456398..1457315;;CDS;;72;72;;;306;; comp;1457388..1457463;;gac;;40;40;;;;; comp;1457504..1458355;;CDS;;154;154;;;284;; comp;1458510..1458585;;ttc;;7;;;7;;; comp;1458593..1458668;;gac;;4;;;4;;; comp;1458673..1458749;;atgf;;55;;;55;;; comp;1458805..1458895;;tca;;22;;;22;;; comp;1458918..1458994;;atgi;;4;;;4;;; comp;1458999..1459075;;atgj;;45;;;45;;; comp;1459121..1459196;;gca;;5;;;5;;; comp;1459202..1459286;;tta;;20;;;20;;; comp;1459307..1459382;;aaa;;6;;;6;;; comp;1459389..1459464;;aca;;15;;;15;;; comp;1459480..1459555;;gta;;21;;;;;; comp;1459577..1459684;;5s;@2;34;;;;108;; comp;1459719..1462556;;23s;;50;;;;2838;; comp;1462607..1462682;;gca;;6;;;6;;; comp;1462689..1462765;;atc;;110;;;;;; comp;1462876..1464398;;16s;;206;;;;1523;; comp;1464605..1464688;;tac;;114;114;;;;; comp;1464803..1464973;;cds;;;;;;;; </pre> ====apal cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_cumuls|apal cumuls]] <pre> apal cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;0;1;;100;5;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;4;8;50;4;20;;200;6;60;1 ;16 atc gca;1;40;1;1;100;9;40;;300;4;90;4 ;16 23 5s a;1;60;0;2;150;9;60;;400;5;120;1 ;max a;14;80;1;0;200;3;80;;500;1;150;0 ;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;4;180;3 ;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;1;210;2 ;total aas;15;140;0;0;350;1;140;;800;0;240;1 sans ;opérons;14;160;0;0;400;0;160;;900;1;270;1 ;1 aa;9;180;0;0;450;0;180;;1000;0;300;2 ;max a;4;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2 ;a doubles;0;;0;0;;1;;;;0;;10 ;total aas;20;;6;11;;30;;0;;27;;27 total aas;;35;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;136;;;;307;; ;;;variance;;;;100;;;;208;; sans jaune;;;moyenne;25;17;;122;;;;218;;177 ;;;variance;24;18;;68;;;;120;;91 </pre> ====apal blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_blocs|apal blocs]] <pre> apal blocs;;;;; gta;21;;CDS;347; 5s;34;108;16s;128;1523 23s;50;2838;23s;34;2838 gca;6;;5s;51;108 atc;110;;aac;118; 16s;206;1523;CDS;; tac;114;;;; CDS;;;;; </pre> ====apal remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_remarques|apal remarques]] *code génétique apal <pre> apal;;;;;;;35 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;1;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====apal distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_distribution|apal distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total apal;;9; ;;;;;;apal;9;;;;;;;;apal;0;;;;;; </pre> ====apal données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_données_intercalaires|apal données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;apal;fx;fc;apal;fx40;fc40;apal;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;0;10;0;0;10;-1;;43;132;133;16s tRNA;; ;0;10;6;163;1;0;42;-2;;0;126;527;118;;atc ;0;20;4;157;2;0;26;-3;;0;72;38;tRNA 16s;; ;0;30;11;37;3;0;17;-4;2;102;73;100;206;;tac 1;1;40;9;34;4;0;14;-5;;0;168;93;tRNA 23s;;gca ;2;50;8;35;5;0;10;-6;1;0;139;133;51;; ;0;60;12;41;6;2;4;-7;;1;70;214;5s tRNA;; ;1;70;7;37;7;2;6;-8;2;44;137;;51;;aac ;2;80;8;29;8;1;10;-9;;0;91;;21;;gta ;1;90;6;31;9;1;15;-10;;1;48;;tRNA tRNA;;intra 2;1;100;11;33;10;0;19;-11;1;33;214;;6;;atc gca ;0;110;6;24;11;0;18;-12;;0;124;;tRNA tRNA;;contig ;2;120;14;31;12;0;23;-13;;2;251;;7;;ttc ;2;130;9;23;13;2;15;-14;;17;45;;4;;gac 2;5;140;11;26;14;0;16;-15;;0;133;;55;;atgf ;0;150;4;17;15;0;18;-16;;1;157;;22;;tca ;2;160;7;16;16;0;9;-17;;13;112;;4;;atgi ;1;170;10;11;17;0;15;-18;;0;82;;45;;atgj ;0;180;6;13;18;1;18;-19;;0;138;;5;;gca ;0;190;4;14;19;0;13;-20;;8;40;;20;;tta ;0;200;3;11;20;1;12;-21;;0;154;;6;;aaa ;0;210;4;10;21;2;1;-22;;0;114;;15;;aca 1;1;220;4;7;22;2;5;-23;;5;CDS 16s;;**;;gta ;0;230;4;5;23;0;5;-24;;0;347;;tRNA tRNA;; ;0;240;3;7;24;3;6;-25;;1;206;;9;;agc ;0;250;1;6;25;0;7;-26;;9;16s 23s;;**;;gaa ;1;260;0;9;26;0;7;-27;;0;137;;14;;cac ;0;270;3;6;27;1;3;-28;;0;23s 5s;;34;;caa ;0;280;0;5;28;1;0;-29;;5;35;;**;;cta ;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;;;9;;gaa ;0;300;0;3;30;2;3;-31;;0;;;71;;cgt ;0;310;0;1;31;1;3;-32;;3;;;13;;cca ;0;320;1;6;32;1;6;-33;;0;;;**;;gga ;0;330;4;4;33;1;2;-34;;0;;;1;;cgg ;0;340;2;2;34;0;5;-35;;2;;;**;;tcc ;0;350;1;4;35;1;1;-36;;0;;;;; ;0;360;0;0;36;0;1;-37;;0;;;;; ;0;370;1;2;37;0;2;-38;;1;;;;; ;0;380;0;3;38;1;6;-39;;0;;;;; ;0;390;0;5;39;3;4;-40;;1;;;;; ;0;400;0;3;40;1;4;-41;;0;;;;; 1;0;reste;5;38;reste;160;518;-42;;0;;;;; 7;22;total;190;919;total;190;919;-43;;0;;;;; 6;22;diagr;185;871;diagr;30;391;-44;;0;;;;; 0;0; t30;21;357;;;;-45;;0;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;; ;x;190;6;0;196;;;-49;;0;;;;; ;c;909;294;10;1213;;;-50;;0;;;;; ;;;;;1409;97;;reste;;2;;;;; ;;;;;;1506;;total;6;294;;;;; </pre> =====apal autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_autres_intercalaires_aas|apal autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;apal;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas fin;;CDS;292;1638;;; deb;;CDS;82590;85343;109;*; ;;regulatory;85453;85552;216;*; fin;;CDS;85769;86557;;; deb;;CDS;86565;87845;35;*; ;;misc_binding;87881;88073;51;*; fin;;CDS;88125;89402;;; deb;;CDS;161706;162593;132;*; ;;tRNA;162726;162816;9;*;agc ;;tRNA;162826;162901;126;*;gaa fin;;CDS;163028;163522;;; deb;comp;CDS;205002;205226;72;*; ;comp;tRNA;205299;205373;73;*;tgg deb;comp;CDS;205447;206382;133;*; ;;tRNA;206516;206591;14;*;cac ;;tRNA;206606;206680;34;*;caa ;;tRNA;206715;206797;168;*;cta fin;;CDS;206966;207208;;; deb;comp;CDS;278906;279901;56;*; ;comp;misc_binding;279958;280136;8;*; fin;comp;CDS;280145;281908;;0; deb;;CDS;294770;296290;347;*; ;;rRNA;296638;298152;137;*;1515 ;;rRNA;298290;301125;35;*;2836 ;;rRNA;301161;301268;51;*;108 ;;tRNA;301320;301396;139;*;aac fin;;CDS;301536;301835;;; deb;;CDS;303638;304993;70;*; ;;tRNA;305064;305139;9;*;gaa ;;tRNA;305149;305225;71;*;cgt ;;tRNA;305297;305373;13;*;cca ;;tRNA;305387;305461;137;*;gga fin;;CDS;305599;308184;;; deb;;CDS;310206;311093;42;*; ;;repeat_region;311136;314336;391;*; fin;;CDS;314728;315327;;; deb;;CDS;326174;327313;91;*; ;;tRNA;327405;327478;527;*;tgc fin;comp;CDS;328006;328539;;0; deb;;CDS;426740;427501;5;*; ;;misc_binding;427507;427707;40;*; fin;;CDS;427748;428767;;; deb;;CDS;435096;436751;48;*; ;;tRNA;436800;436885;214;*;ctc fin;;CDS;437100;438890;;; deb;;CDS;441323;442294;38;*; ;comp;tRNA;442333;442407;100;*;ggc fin;;CDS;442508;443650;;; deb;;CDS;443640;444197;93;*; ;comp;tRNA;444291;444364;133;*;acc fin;;CDS;444498;444695;;; deb;;CDS;480393;481697;56;*; ;;regulatory;481754;481850;51;*; fin;;CDS;481902;483050;;; deb;;CDS;575929;577302;54;*; ;;regulatory;577357;577432;44;*; fin;;CDS;577477;578175;;; deb;;CDS;583894;584502;19;*; ;;regulatory;584522;584597;56;*; fin;;CDS;584654;585274;;; deb;;CDS;644468;646315;124;*; ;;tRNA;646440;646516;251;*;aga fin;;CDS;646768;647322;;; deb;;CDS;669786;670511;45;*; ;;tRNA;670557;670632;1;*;cgg ;;tRNA;670634;670722;133;*;tcc fin;;CDS;670856;671359;;; deb;;CDS;778517;780295;54;*; ;;misc_binding;780350;780540;55;*; fin;;CDS;780596;783169;;; deb;comp;CDS;837575;837796;157;*; ;comp;tRNA;837954;838029;214;*;aag fin;;CDS;838244;838888;;; deb;comp;CDS;859225;859602;141;*; ;;regulatory;859744;859842;69;*; fin;;CDS;859912;860478;;0; deb;;CDS;900888;901286;41;*; ;;ncRNA;901328;901664;157;*; fin;;CDS;901822;906708;;; deb;;CDS;930603;931235;52;*; ;;tmRNA;931288;931628;154;*; fin;;CDS;931783;934152;;; deb;comp;CDS;997671;998201;47;*; ;comp;misc_binding;998249;998458;29;*; fin;comp;CDS;998488;998940;;; deb;comp;CDS;1099021;1099650;75;*; ;comp;regulatory;1099726;1099840;44;*; fin;comp;CDS;1099885;1100643;;0; deb;comp;CDS;1172026;1173090;112;*; ;comp;tRNA;1173203;1173285;82;*;ttg fin;comp;CDS;1173368;1175038;;; deb;comp;CDS;1296140;1297378;79;*; ;comp;regulatory;1297458;1297558;175;*; fin;;CDS;1297734;1298978;;; deb;comp;CDS;1395785;1396276;13;*; ;comp;misc_feature;1396290;1396409;2;*; fin;comp;CDS;1396412;1397101;;; deb;comp;CDS;1420757;1422160;117;*; ;comp;regulatory;1422278;1422379;175;*; fin;comp;CDS;1422555;1422713;;0; deb;comp;CDS;1424704;1426260;38;*; ;comp;misc_binding;1426299;1426505;43;*; fin;comp;CDS;1426549;1427391;;; deb;comp;CDS;1456398;1457249;138;*; ;comp;tRNA;1457388;1457463;40;*;gac deb;comp;CDS;1457504;1458355;154;*; ;comp;tRNA;1458510;1458585;7;*;ttc ;comp;tRNA;1458593;1458668;4;*;gac ;comp;tRNA;1458673;1458749;55;*;atgf ;comp;tRNA;1458805;1458895;22;*;tca ;comp;tRNA;1458918;1458994;4;*;atgi ;comp;tRNA;1458999;1459075;45;*;atgj ;comp;tRNA;1459121;1459196;5;*;gca ;comp;tRNA;1459202;1459286;20;*;tta ;comp;tRNA;1459307;1459382;6;*;aaa ;comp;tRNA;1459389;1459464;15;*;aca ;comp;tRNA;1459480;1459555;21;*;gta ;comp;rRNA;1459577;1459684;35;*;108 ;comp;rRNA;1459720;1462555;51;*;2836 ;comp;tRNA;1462607;1462682;6;*;gca ;comp;tRNA;1462689;1462765;118;*;atc ;comp;rRNA;1462884;1464398;206;*;1515 ;comp;tRNA;1464605;1464688;114;*;tac fin;comp;CDS;1464803;1464973;;; deb;comp;CDS;1471917;1474742;32;*; ;comp;ncRNA;1474775;1474868;9;*; fin;comp;CDS;1474878;1475336;;; deb;comp;CDS;1547053;1548444;47;*; ;comp;misc_binding;1548492;1548707;39;*; fin;comp;CDS;1548747;1549406;;; deb;comp;CDS;1554025;1554159;291;*; </pre> ===tenericutes synthèse=== ====tenericutes distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_génome|tenericutes distribution par génome]] <pre> tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total abra;12;14; ;11;1;2;;5;45 apal;9;9; ;11;1;4;;1;35 total;21;23;0;22;2;6;0;6;80 </pre> ====tenericutes distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_du_total|tenericutes distribution du total]] <pre> tener2;;;;;;;66 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2 atc;;acc;2;aac;;agc;2 ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;2 cta;2;cca;3;caa;2;cga;1 gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2 ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;21;23;;22;;;66 ;;;;;;; tener2;;;;;;;14 atgi; ;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;2;tgc; atc;4;acc;;aac;6;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;2;gaa;;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj; ;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;6 1-3aas;2;6;66 </pre> ====tenericutes distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_type|tenericutes distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;22 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga; cta;2;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;2;gaa;;gga; ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;21;23;;22;;;66;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====tenericutes par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_par_rapport_au_groupe_de_référence|tenericutes par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;7;3;;;;;10; 16;moyen;13;4;;10;;6;33; 14;fort;3;14;;12;6;2;37; ; ;23;21;;22;6;8;80; 10;g+cga;3;2;;;;;5; 2;agg+cgg;1;;;;;;1; 4;carre ccc;3;1;;;;;4; 5;autres;;;;;;;; ;;7;3;;;;;10; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;88;38;;;;;125;26 16;moyen;163;50;;125;;75;413;324 14;fort;38;175;;150;75;25;463;650 ; ;288;263;;275;75;100;80;729 10;g+cgg;38;25;;;;;63;10 2;agg+cga;13;;;;;;13; 4;carre ccc;38;13;;;;;50;16 5;autres;;;;;;;; ;;88;38;;;;;125; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;159;68;;227;26;30;14; 16;moyen;295;91;;386;324;57;19; 14;fort;68;318;;386;650;13;67; ; ;523;477;;44;729;23;21; 10;g+cgg;68;45;;114;10;;; 2;agg+cga;23;;;23;;;; 4;carre ccc;68;23;;91;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;159;68;;227;;;; </pre> ====tenericutes, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes,_estimation_des_-rRNAs|tenericutes, estimation des -rRNAs]] <pre> tenericutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 20 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;20;93; ; ;;indices;;;;20;465;0;0;;tener2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;44 atgi;5;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;25;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;;tac;5;tgc;;;ttc;25;tcc;;tac;25;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2 atc;10;acc;;aac;11;agc;;;atc;50;acc;;aac;55;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;25;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;2 tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;25;tca;25;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;6;aaa;7;aga;;;ata;;aca;30;aaa;35;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;2 cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;10;cca;;caa;;cga;;;cta;2;cca;3;caa;2;cga;1 gta;8;gca;7;gaa;2;gga;;;gta;40;gca;35;gaa;10;gga;;;gta;;gca;;gaa;4;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;5;acg;;aag;;agg;;;atgj;25;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;39;;54;;0;93;;;;195;;270;;0;465;;;;17;;17;;10;44 27.5.20 Tanger;;;;tener;total;ttt;tgt;;10.1.21 Paris;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;112;3535;0.9;0;;;;;;112;3535;0.9;0;;tener2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;62;tct;;tat;;atgf;71;;atgi;87;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;79;tcc;40;tac;75;tgc;99;;ttc;104;tcc;40;tac;100;tgc;99;;ttc;;tcc;50;tac;;tgc;100 atc;53;acc;71;aac;49;agc;99;;atc;103;acc;71;aac;104;agc;99;;atc;;acc;100;aac;;agc;100 ctc;32;ccc;0.0;cac;100;cgt;72;;ctc;32;ccc;;cac;100;cgt;72;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100 gtc;1.8;gcc;0.9;gac;77;ggc;56;;gtc;1.8;gcc;0.9;gac;102;ggc;56;;gtc;50;gcc;50;gac;100;ggc;100 tta;73;tca;75;taa;;tga;90;;tta;98;tca;100;taa;;tga;90;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;8;aca;73;aaa;86;aga;103;;ata;8.0;aca;103;aaa;121;aga;103;;ata;;aca;;aaa;;aga;100 cta;90;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;150;caa;100;cga;50 gta;65;gca;69;gaa;94;gga;102;;gta;105;gca;104;gaa;104;gga;102;;gta;;gca;;gaa;200;gga;100 ttg;98;tcg;33;tag;0.0;tgg;100;;ttg;98;tcg;33;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;50;tag;;tgg;100 atgj;69;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;94;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;;acg;50;aag;100;agg;50 ctg;0;ccg;0;cag;0;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1201;;1101;;349;2651;;;;1396;;1371;;329;3096;;;;850;;850;;500;2200 rapports;;86;;80;;106;86;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;tener2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;71;tct;;tat;;atgf;74;;fiches;28.45;;;fréquences;;;;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;569;;;0/0;7;;;;att;100;act;100;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;93;;;10;9;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;20;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;100 ttc;76;tcc;100;tac;75;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;100;tcc;20;tac;100;tgc;1 atc;51;acc;100;aac;47;agc;100;;tener2;22;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;100;agc;1 ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100;;sans;44;;;50;2;19;;;ctc;68;ccc;;cac;0;cgt;28 gtc;100;gcc;100;gac;75;ggc;100;;avec;36;;;60;2;;;;gtc;96;gcc;98;gac;23;ggc;44 tta;74;tca;75;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;1;;;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100 ata;100;aca;71;aaa;71;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;100;aaa;100;aga;3 cta;90;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par tener;;;;90;0;;;;cta;10;cca;34;caa;3;cga;24 gta;62;gca;66;gaa;90;gga;100;;est 23% en dessous;;;;100;19;;;;gta;100;gca;100;gaa;53;gga;2 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;34;tag;;tgg;0 atgj;73;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;100;acg;50;aag;38;agg;56 ctg;;ccg;;cag;;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;100 gtg;;gcg;;gag;;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;100 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;66;;187;;441;693 </pre> ==spirochète== ===Sphaerochaeta coccoides DSM 17374=== ====scc opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_opérons|scc opérons]] *Notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc. <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Spha_cocc_DSM_17374/sphaCocc_DSM17374-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_015436.1;scc;génome;;;;;;;;;; 50.6%GC;12.1.21 Paris;16s 3;47;;;;;;;cds dirigé;; Sphaerochaeta coccoides DSM 17374 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; comp;215073..215231;;cds;;1194;*1194;;;53;;hp; comp;216426..216498;;gcg;@1;369;369;;;;*369;; comp;216868..217047;;cds;;;;;;60;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;243358..244170;;cds;@2;812;*812;;;271;;HAD-IIB family hydrolase;* ;244983..246519;;16s;;132;;;132;;;; ;246652..246725;;atc;;79;;;79;;;; ;246805..249778;;23s;;72;;;;;;; ;249851..249962;;5s;;175;175;;;;175;; ;250138..250947;;cds;;;;;;270;;metal ABC transporter permease;* ;;;;;;;;;;;; ;300128..301798;;cds;;669;*669;;;557;;formate--tetrahydrofolate ligase;* ;302468..302539;;ggg;;452;*452;;;;*452;; ;302992..304032;;cds;;;;;;347;;ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;316296..317216;;cds;;152;152;;;307;152;phosphatase PAP2 family protein;* ;317369..317442;;gac;;176;176;;;;;; ;317619..318692;;cds;;;;;;358;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;; ;330207..331004;;cds;;16;16;;;266;16;class I SAM-dependent methyltransferase;* comp;331021..331104;;ttg;;251;251;;;;;; ;331356..333446;;cds;;;;;;*697;;patatin-like phospholipase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;345290..346216;;cds;;228;228;;;309;;hp; comp;346445..346517;;ccg;;182;182;;;;182;; comp;346700..347059;;cds;;;;;;120;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;422975..424363;;cds;;71;71;;;463;71;sulfatase-like hydrolase/transferase;* comp;424435..424506;;gtc;;252;252;;;;;; ;424759..426600;;cds;;;;;;614;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;436852..438168;;cds;;237;237;;;439;;MFS transporter;* comp;438406..438477;;gtg;;202;202;;;;202;; ;438680..440152;;cds;;;;;;491;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;481186..482484;;cds;;180;180;;;433;;HD domain-containing protein;* ;482665..482737;;atgj;;82;82;;;;82;; ;482820..483494;;cds;;;;;;225;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;530805..532313;;cds;;82;82;;;503;82;IMP dehydrogenase;* ;532396..532467;;gta;;310;310;;;;;; ;532778..533485;;cds;;;;;;236;;YggS family pyridoxal phosphate-dependent enzyme;* ;;;;;;;;;;;; ;568939..569700;;cds;;102;102;;;254;102;NAD-dependent deacetylase;* ;569803..569874;;gga;;412;412;;;;;; ;570287..570952;;cds;;;;;;222;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;636017..636391;;cds;;52;52;;;125;52;chorismate mutase;* ;636444..636517;;aca;;334;334;;;;;; comp;636852..637013;;cds;;;;;;54;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;717326..717772;;cds;;66;66;;;149;66;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;717839..717920;;tac;;230;230;;;;;; ;718151..719386;;cds;;;;;;412;;aminopeptidase;* ;;;;;;;;;;;; comp;721419..723056;;cds;@3;67;67;;;546;67;ATP-binding cassette domain-containing protein;* comp;723124..723195;;gag;;10;;10;;;;; comp;723206..723276;;cag;;104;104;;;;;; comp;723381..723911;;cds;;;;;;177;;adenine phosphoribosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;724974..725225;;cds;;236;236;;;84;;hp; comp;725462..725533;;acg;;124;124;;;;124;; comp;725658..728366;;cds;;;;;;*903;;pyruvate, phosphate dikinase;* ;;;;;;;;;;;; comp;767509..768549;;cds;;350;350;;;347;*350;DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family protein;* comp;768900..769011;;5s;;72;;;;;;; comp;769084..772057;;23s;;40;;;40;;;; comp;772098..772171;;gca;;137;;;137;;;; comp;772309..773845;;16s;;535;*535;;;;;; ;774381..774947;;cds;;;;;;189;;peroxiredoxin;* ;;;;;;;;;;;; ;783089..784627;;cds;;273;273;;;513;;glycoside hydrolase family 43 protein;* comp;784901..784972;;gaa;;43;;43;;;;; comp;785016..785088;;aaa;;223;223;;;;223;; ;785312..787483;;cds;;;;;;*724;;cadmium-translocating P-type ATPase;* ;;;;;;;;;;;; comp;877367..879202;;cds;;447;447;;;612;*447;translational GTPase TypA;* comp;879650..879761;;5s;;72;;;;;;; comp;879834..882807;;23s;;40;;;40;;;; comp;882848..882921;;gca;;137;;;137;;;; comp;883059..884595;;16s;;648;*648;;;;;; ;885244..885867;;cds;;;;;;208;;GNAT family N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;900855..901490;;cds;;73;73;;;212;73;Fic family protein;* comp;901564..901637;;ccc;;214;214;;;;;; ;901852..903519;;cds;;;;;;556;;Alpha-glucosidase;* ;;;;;;;;;;;; ;928254..930545;;cds;;138;138;;;*764;138;AAA family ATPase;* ;930684..930755;;cac;;32;;32;;;;; ;930788..930861;;cga;;38;;38;;;;; ;930900..930972;;aag;;37;;37;;;;; ;931010..931091;;cta;;36;;36;;;;; ;931128..931199;;ggc;;423;423;;;;;; ;931623..932981;;cds;;;;;;453;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;; ;937885..939693;;cds;;171;171;;;603;171;oligoendopeptidase F;* ;939865..939938;;aga;;437;437;;;;;; ;940376..940579;;cds;;;;;;68;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;974079..974468;;cds;@4;223;223;;;130;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;974692..974775;;ctc;;153;153;;;;153;; comp;974929..975384;;cds;;112;112;;;152;;VOC family protein;* comp;975497..975569;;cca;;95;95;;;;95;; ;975665..976339;;cds;;;;;;225;;endonuclease III;* ;;;;;;;;;;;; ;1069506..1069922;;cds;;81;81;;;139;;hp; comp;1070004..1070087;;tta;;78;78;;;;78;; ;1070166..1070981;;cds;;;;;;272;;TatD family hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1113338..1113928;;cds;;247;247;;;197;247;NAD(P)H-dependent oxidoreductase;* ;1114176..1114248;;aac;;247;247;;;;;; comp;1114496..1117318;;cds;;;;;;*941;;5'-nucleotidase C-terminal domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1126672..1127604;;cds;;173;173;;;311;173;DUF362 domain-containing protein;* ;1127778..1127850;;caa;;193;193;;;;;; comp;1128044..1128334;;cds;;;;;;97;;septation regulator SpoVG;* ;;;;;;;;;;;; comp;1257969..1258763;;cds;;140;140;;;265;;nucleotidyltransferase domain-containing protein;* ;1258904..1258977;;agg;;79;79;;;;79;; ;1259057..1259779;;cds;;;;;;241;;nitroreductase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1273039..1273944;;cds;;217;217;;;302;;DNA-protecting protein DprA;* ;1274162..1274234;;ttc;;103;103;;;;103;; comp;1274338..1274865;;cds;;;;;;176;;cysteine hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1363097..1364389;;cds;;432;432;;;431;;H(+)-transporting two-sector ATPase;* ;1364822..1364894;;atgf;;213;213;;;;213;; ;1365108..1366457;;cds;;;;;;450;;Trk system potassium transporter TrkA;* ;;;;;;;;;;;; comp;1478531..1479448;;cds;;196;196;;;306;196;hp; ;1479645..1479718;;cgg;;256;256;;;;;; comp;1479975..1481738;;cds;;;;;;588;;ABC transporter ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1522454..1523143;;cds;;86;86;;;230;;hp; ;1523230..1523301;;tgc;;34;34;;;;34;; comp;1523336..1523890;;cds;;;;;;185;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;1540671..1541807;;cds;;186;186;;;379;186;DUF2974 domain-containing protein;* comp;1541994..1542066;;gcc;;351;351;;;;;; ;1542418..1544223;;cds;;;;;;602;;IS1634 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;1691238..1692578;;cds;;189;189;;;447;189;sn-glycerol-1-phosphate dehydrogenase;* ;1692768..1692851;;ctg;;564;*564;;;;;; ;1693416..1693646;;cds;;;;;;77;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1760709..1761905;;cds;;185;185;;;399;185;hp; ;1762091..1762164;;atgi;;316;316;;;;;; comp;1762481..1765135;;cds;;;;;;*885;;valine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2034849..2035028;;cds;@4;32;32;;;60;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2035061..2035134;;tgg;;26;26;;;;26;; comp;2035161..2035337;;cds;;64;64;;;59;64;50S ribosomal protein L33;* comp;2035402..2035474;;acc;;246;246;;;;;; ;2035721..2036506;;cds;;;;;;262;;HAD family hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; ;2185380..2186171;;cds;@5;84;84;;;264;84;16S rRNA (uracil(1498)-N(3))-methyltransferase;* ;2186256..2186340;;tca;;40;;40;;;;; ;2186381..2186467;;agc;;25;;25;;;;; ;2186493..2186566;;cgc;;16;;16;;;;; ;2186583..2186669;;tcg;;40;;40;;;;; ;2186710..2186795;;tcc;;13;;;;;;; ;2186809..2186906;;ncRNA;;133;133;;;*33;;; comp;2187040..2188236;;cds;;;;;;399;;transposase;* </pre> ====scc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_cumuls|scc cumuls]] *Notes: * pour le nombre de jaunes <pre> scc cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;3;1;0;;1;0;1;0;100;9 ;16 23 5s 0;;20;2;;50;4;20;1;200;11 ;16 atc23s5s;1;40;7;2;100;14;40;2;300;16 ;16gca23s5s;2;60;1;0;150;8;60;1;400;11 ;max a;1;80;;1;200;13;80;7;500;9 ;a doubles;;100;;0;250;13;100;4;600;6 ;autres;;120;;0;300;4;120;2;700;5 ;total aas;3;140;;3;350;4;140;2;800;*2 sans ;opérons;34;160;;;400;2;160;2;900;*1 ;1 aa;30;180;;;450;5;180;3;1000;*2 ;max a;5;200;;;500;*1;200;5;1100; ;a doubles;0;;;;;*6;;*4;; ;total aas;44;;10;6;;74;;33;;72 total aas;;47;;;;;;;*4;;*6 remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;32;94;;236;;154;;343 ;;;variance;11;47;;196;;108;;215 sans jaune;;;moyenne;;;;188;;124;;299 ;;;variance;;;;110;;64;;164 </pre> ====scc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_blocs|scc blocs]] <pre> cds;812;;cds;350;447 16s;132;;5s;72;72 atc;79;;23s;40;40 23s;72;;gca;137;137 5s;175;;16s;535;648 cds;;;cds;; </pre> ====scc remarques==== ====scc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_distribution|scc distribution]] <pre> distribution;scc;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;14;30;;;;3;47 ;;;;;;; ;;;;;;; distribution;scc;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;inter;;max;;min;;total ;17;;13;;17;;47 </pre> ====scc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_données_intercalaires|scc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;scc;fx;fc;scc;fx40;fc40;scc;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;39;1194;152;16s tRNA;; ;0;10;9;164;1;1;31;-2;1;0;369;16;132;;atc 1;0;20;15;120;2;0;27;-3;0;0;669;251;2* 137;;gca ;1;30;25;55;3;3;23;-4;2;156;452;71;tRNA 23s;; 1;1;40;11;50;4;1;7;-5;0;0;176;252;79;;atc ;0;50;20;52;5;0;13;-6;2;0;228;237;2* 40;;gca ;1;60;10;31;6;0;4;-7;0;6;182;202;tRNA tRNA;; ;3;70;18;44;7;2;8;-8;0;31;82;180;10;;gag 3;1;80;15;38;8;0;11;-9;2;0;82;334;**;;cag 2;3;90;17;36;9;1;20;-10;0;5;310;273;43;;gaa 1;0;100;27;28;10;1;20;-11;4;15;102;223;**;;aaa 1;2;110;13;31;11;0;12;-12;2;0;412;73;32;;cac ;1;120;18;23;12;2;15;-13;1;2;52;214;38;;cga ;1;130;17;21;13;2;16;-14;0;17;66;95;37;;aag 1;1;140;16;23;14;2;16;-15;1;0;230;81;36;;cta ;0;150;10;20;15;1;12;-16;1;4;67;78;**;;ggc 1;1;160;12;18;16;0;8;-17;2;7;104;247;40;;tca ;0;170;15;12;17;1;7;-18;1;0;236;247;25;;agc 2;2;180;14;14;18;0;15;-19;0;0;124;173;16;;cgc 1;3;190;9;13;19;4;7;-20;0;10;138;193;40;;tcg 2;0;200;11;17;20;3;12;-21;0;0;423;140;**;;tcc 1;0;210;6;15;21;2;5;-22;0;0;171;217;;; 2;1;220;13;14;22;0;6;-23;2;2;437;103;;; 1;3;230;10;9;23;1;9;-24;1;1;223;432;;; 1;1;240;14;8;24;4;8;-25;0;2;153;196;;; 3;0;250;10;7;25;3;6;-26;2;5;112;256;;; 3;0;260;5;7;26;3;9;-27;0;0;79;86;;; ;0;270;6;9;27;4;3;-28;0;0;213;34;;; 1;0;280;3;7;28;0;5;-29;0;2;186;351;;; ;0;290;7;8;29;3;3;-30;0;0;189;185;;; ;0;300;4;8;30;5;1;-31;1;1;564;316;;; ;1;310;3;8;31;2;7;-32;1;2;32;246;;; 1;0;320;6;10;32;1;2;-33;0;0;26;;;; ;0;330;2;6;33;1;3;-34;0;1;64;;;; 1;0;340;8;3;34;0;8;-35;0;0;84;;;; ;0;350;1;6;35;1;5;-36;0;0;CDS 16s;;;; 1;0;360;5;7;36;1;5;-37;0;0;812;;;; ;1;370;1;5;37;2;2;-38;0;0;350;;;; ;0;380;3;5;38;2;7;-39;0;0;447;;;; ;0;390;5;5;39;1;9;-40;0;0;23s 5s;;;; ;0;400;2;4;40;0;2;-41;0;2;3* 72;;;; 1;7;reste;39;34;reste;395;606;-42;0;0;5s CDS;;;; 32;35;total;457;1001;total;457;1001;-43;0;0;350;175;;; 31;28;diagr;416;961;diagr;60;389;-44;0;2;447;;;; 1;1; t30;49;339;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;455;28;2;485;;;-49;0;0;;;;; ;c;995;319;6;1320;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1805;104;;reste;1;6;;;;; ;;;;;;1909;;total;28;319;;;;; </pre> =====scc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires_aas|scc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;scc;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;215073;1194;comp; ;tRNA;216426;369;comp;gcg fin;CDS;216868;;comp; deb;CDS;243358;812;; ;rRNA;244983;132;;16s ;tRNA;246652;79;;atc ;rRNA;246805;72;;23s ;rRNA;249851;175;;5s fin;CDS;250138;;comp; deb;CDS;300128;669;; ;tRNA;302468;452;;ggg fin;CDS;302992;;; deb;CDS;316296;152;comp; ;tRNA;317369;176;;gac fin;CDS;317619;;; deb;CDS;330207;16;; ;tRNA;331021;251;comp;ttg fin;CDS;331356;;; deb;CDS;345290;228;comp; ;tRNA;346445;182;comp;ccg fin;CDS;346700;;comp; deb;CDS;422975;71;; ;tRNA;424435;252;comp;gtc fin;CDS;424759;;; deb;CDS;436852;237;; ;tRNA;438406;202;comp;gtg fin;CDS;438680;;; deb;CDS;481186;180;comp; ;tRNA;482665;82;;atgj fin;CDS;482820;;; deb;CDS;530805;82;; ;tRNA;532396;310;;gta fin;CDS;532778;;; deb;CDS;568939;102;; ;tRNA;569803;412;;gga fin;CDS;570287;;; deb;CDS;636017;52;; ;tRNA;636444;334;;aca fin;CDS;636852;;comp; deb;CDS;640192;79;; ;tmRNA;640610;334;; fin;CDS;641322;;comp; deb;CDS;711173;51;; ;ncRNA;712064;10;comp; fin;CDS;712417;;comp; deb;CDS;717326;66;; ;tRNA;717839;230;;tac fin;CDS;718151;;; deb;CDS;721419;67;comp; ;tRNA;723124;10;comp;gag ;tRNA;723206;104;comp;cag fin;CDS;723381;;comp; deb;CDS;724974;236;comp; ;tRNA;725462;124;comp;acg fin;CDS;725658;;comp; deb;CDS;767509;350;comp; ;rRNA;768900;72;comp;5s ;rRNA;769084;40;comp;23s ;tRNA;772098;137;comp;gca ;rRNA;772309;535;comp;16s fin;CDS;774381;;; deb;CDS;783089;273;; ;tRNA;784901;43;comp;gaa ;tRNA;785016;223;comp;aaa fin;CDS;785312;;; deb;CDS;877367;447;comp; ;rRNA;879650;72;comp;5s ;rRNA;879834;40;comp;23s ;tRNA;882848;137;comp;gca ;rRNA;883059;648;comp;16s fin;CDS;885244;;; deb;CDS;900855;73;; ;tRNA;901564;214;comp;ccc fin;CDS;901852;;; deb;CDS;928254;138;; ;tRNA;930684;32;;cac ;tRNA;930788;38;;cga ;tRNA;930900;37;;aag ;tRNA;931010;36;;cta ;tRNA;931128;423;;ggc fin;CDS;931623;;; deb;CDS;937885;171;; ;tRNA;939865;437;;aga fin;CDS;940376;;; deb;CDS;974079;223;comp; ;tRNA;974692;153;comp;ctc deb;CDS;974929;112;comp; ;tRNA;975497;95;comp;cca fin;CDS;975665;;; deb;CDS;1069506;81;; ;tRNA;1070004;78;comp;tta fin;CDS;1070166;;; deb;CDS;1084097;24;; ;regulatory;1084535;39;; fin;CDS;1084670;;; deb;CDS;1113338;247;comp; ;tRNA;1114176;247;;aac fin;CDS;1114496;;comp; deb;CDS;1126672;173;comp; ;tRNA;1127778;193;;caa fin;CDS;1128044;;comp; deb;CDS;1257969;140;comp; ;tRNA;1258904;79;;agg fin;CDS;1259057;;; deb;CDS;1273039;217;comp; ;tRNA;1274162;103;;ttc fin;CDS;1274338;;comp; deb;CDS;1301674;54;; ;repeat_region;1302007;4;; fin;CDS;1306496;;; deb;CDS;1319568;73;; ;repeat_region;1319986;84;; fin;CDS;1322087;;comp; deb;CDS;1363097;432;comp; ;tRNA;1364822;213;;atgf fin;CDS;1365108;;; deb;CDS;1478531;196;comp; ;tRNA;1479645;256;;cgg fin;CDS;1479975;;comp; deb;CDS;1522454;86;comp; ;tRNA;1523230;34;;tgc fin;CDS;1523336;;comp; deb;CDS;1540671;186;comp; ;tRNA;1541994;351;comp;gcc fin;CDS;1542418;;; deb;CDS;1691238;189;; ;tRNA;1692768;564;;ctg fin;CDS;1693416;;; deb;CDS;1760709;185;comp; ;tRNA;1762091;316;;atgi fin;CDS;1762481;;comp; deb;CDS;2034849;32;comp; ;tRNA;2035061;26;comp;tgg deb;CDS;2035161;64;comp; ;tRNA;2035402;246;comp;acc fin;CDS;2035721;;; deb;CDS;2185380;84;; ;tRNA;2186256;40;;tca ;tRNA;2186381;25;;agc ;tRNA;2186493;16;;cgc ;tRNA;2186583;40;;tcg ;tRNA;2186710;13;;tcc ;ncRNA;2186809;133;; fin;CDS;2187040;;comp; </pre> ====scc intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_entre_cds|scc intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> scc;3.2.21 Paris;;scc 16.7.20;;;;;;; scc;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;347;19.2;'''négatif ;-10;13;-1 à -74;'''2 227 296;-1;347 ;'''zéro;8;0.4;;;;;'''intercals;0;8 ;'''1 à 200;1112;61.6;'''0 à 200;69;57;;'''195 310;5;106 ;'''201 à 370;241;13.4;'''201 à 370;269;49;;'''8.8%;10;67 ;'''371 à 600;78;4.3;'''371 à 600;445;63;;;15;78 ;'''601 à max;19;1.1;'''601 à 1048;779;145;;;20;57 ;'''total 1805;<201;81;'''total 1800;103;136;-74 à 1048;;25;44 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>fréquence-1;30;36 1398976;1670;-1;347;-70;2;;0;8;35;30 1167746;1666;0;8;-60;2;;-1;°39;40;31 1943263;1598;1;°32;-50;3;;-2;1;45;39 2221165;1229;2;27;-40;6;;-3;0;50;33 940376;1048;3;26;-30;6;'''min à -1;-4;°158;55;27 2116721;960;4;8;-20;27;347;-5;0;60;14 1197192;959;5;°13;-10;62;19.2%;-6;2;65;36 1728512;916;6;4;0;247;;-7;6;70;26 1917725;874;7;10;10;173;;-8;°31;75;22 972954;867;8;11;20;135;;-9;2;80;31 1554925;775;9;°21;30;80;;-10;5;85;26 1997696;715;10;21;40;61;'''1 à 100;-11;°19;90;27 1693573;700;11;12;50;72;785;-12;2;95;33 1314184;671;12;°17;60;41;43.5%;-13;3;100;22 1528150;655;13;18;70;62;;-14;°17;105;23 1659099;643;14;18;80;53;;-15;1;110;21 1773078;643;15;°13;90;53;;-16;5;115;20 1732369;635;16;8;100;55;'''0 à 200;-17;°9;120;21 356981;617;17;8;110;44;1120;-18;1;125;20 137346;590;18;°15;120;41;;-19;0;130;18 1639500;590;19;11;130;38;;-20;°10;135;20 977451;580;20;°15;140;39;;-21;0;140;19 661808;579;21;7;150;30;;-22;0;145;16 1611095;565;22;6;160;30;;-23;°4;150;14 1590201;563;23;°10;170;27;'''1 à 200;-24;2;155;17 1330173;561;24;12;180;28;1112;-25;2;160;13 379215;558;25;9;190;22;62%;-26;°7;165;15 1755945;548;26;°12;200;28;;-27;0;170;12 191845;527;27;7;210;21;;-28;0;175;12 1897378;525;28;5;220;27;;-29;°2;180;16 72886;522;29;6;230;19;;-30;0;185;12 1978592;521;30;6;240;22;;-31;2;190;10 511329;515;31;°9;250;17;;-32;°3;195;14 220737;512;32;3;260;12;;;42;200;14 1410834;511;33;4;270;15;;reste;14;205;11 ;;34;8;280;10;;total;355;210;10 ;;35;6;290;15;;;;215;20 ;;36;6;300;12;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;7 ;;37;4;310;11;;600;1786;225;11 ;;38;9;320;16;;620;1;230;8 ;;39;°10;330;8;;640;1;235;10 ;;40;2;340;11;'''201 à 370;660;3;240;12 ;;reste;1 001;350;7;241;680;1;245;8 ;;total;1 805;360;12;13.4%;700;1;250;9 ;;;;370;6;;720;1;255;7 ;;;;380;8;;740;;260;5 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;10;;760;;265;8 438680;-120;comp;;400;6;;780;1;270;7 1693416;-74;shift2;158;410;7;;800;;275;4 277564;-68;shift2;1487;420;8;;820;;280;6 1935981;-68;shift2;686;430;4;;840;;285;6 964418;-59;shift2;296;440;4;;860;;290;9 1721260;-59;shift2;1127;450;1;;880;2;295;8 482820;-53;shift2;623;460;1;;900;;300;4 1283977;-47;comp;;470;5;;920;1;305;6 1310625;-46;shift2;417;480;3;;940;;310;5 1544483;-44;shift2;374;490;2;;960;2;315;9 1705959;-44;shift2;1007;500;2;;980;;320;7 950419;-41;;;510;1;;1000;;325;4 1249575;-41;;;520;3;;1020;;330;4 2054241;-34;;;530;4;;1040;;335;4 937251;-32;;;540;0;'''371 à 600;1060;1;340;7 1154295;-32;;;550;1;78;;15;345;2 1972305;-32;;;560;1;4.3%;;;350;5 485333;-31;;;570;3;;;;355;4 1666650;-31;;;580;2;'''601 à max;;;360;8 952193;-29;;;590;2;19;;;365;4 1123783;-29;;;600;0;1.1%;;;370;2 669889;-26;;;reste;19;;reste;4;reste;97 733006;-26;;;total;1805;;total;1805;total;1805 </pre> ====scc intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> scc Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; scc;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;30;-200;266;31;690;222;max30;&-86;660;-1605;134;830;256;min60 31 à 400;;;;;;;2 parties;&-7;162;-551;72;949;318;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;104;46;-;619;poly;71;tF;&197;65;;499;poly;331;SF 31 à 400;;;;;;;;&114;43;-;787;poly;162;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.177;;;;;; 41-n;0.748;0.440;0.530;;;;;;;;;;; 1-n;0.367;-0.088;0.049;;;;;;;;;14.8.21 paris;; scc;fx;fc;;scc;fx%;fc%;scc;fx40;fc40;;x;scc;Sx-;Sc- 0;2;6;;0;5;6;0;2;6;>0;455;-1;0;39 10;9;164;;10;22;171;1;1;31;<0;28;-2;1;0 20;15;120;;20;36;125;2;0;27;zéro;2;-3;0;0 30;25;55;;30;60;57;3;3;23;total;485;-4;2;156 40;11;50;;40;26;52;4;1;7;;c;-5;0;0 50;20;52;;50;48;54;5;0;13;>0;995;-6;2;0 60;10;31;;60;24;32;6;0;4;<0;319;-7;0;6 70;18;44;;70;43;46;7;2;8;zéro;6;-8;0;31 80;15;38;;80;36;40;8;0;11;total;1320;-9;2;0 90;17;36;;90;41;37;9;1;20;;;-10;0;5 100;27;28;;100;65;29;10;1;20;;;-11;4;15 110;13;31;;110;31;32;11;0;12;;;-12;2;0 120;18;23;;120;43;24;12;2;15;;;-13;1;2 130;17;21;;130;41;22;13;2;16;;;-14;0;17 140;16;23;;140;38;24;14;2;16;;;-15;1;0 150;10;20;;150;24;21;15;1;12;;;-16;1;4 160;12;18;;160;29;19;16;0;8;;;-17;2;7 170;15;12;;170;36;12;17;1;7;;;-18;1;0 180;14;14;;180;34;15;18;0;15;;;-19;0;0 190;9;13;;190;22;14;19;4;7;;;-20;0;10 200;11;17;;200;26;18;20;3;12;;;-21;0;0 210;6;15;;210;14;16;21;2;5;;;-22;0;0 220;13;14;;220;31;15;22;0;6;;;-23;2;2 230;10;9;;230;24;9;23;1;9;;;-24;1;1 240;14;8;;240;34;8;24;4;8;;;-25;0;2 250;10;7;;250;24;7;25;3;6;;;-26;2;5 260;5;7;;260;12;7;26;3;9;;;-27;0;0 270;6;9;;270;14;9;27;4;3;;;-28;0;0 280;3;7;;280;7;7;28;0;5;;;-29;0;2 290;7;8;;290;17;8;29;3;3;;;-30;0;0 300;4;8;;300;10;8;30;5;1;;;-31;1;1 310;3;8;;310;7;8;31;2;7;;;-32;1;2 320;6;10;;320;14;10;32;1;2;;;-33;0;0 330;2;6;;330;5;6;33;1;3;;;-34;0;1 340;8;3;;340;19;3;34;0;8;;;-35;0;0 350;1;6;;350;2;6;35;1;5;;;-36;0;0 360;5;7;;360;12;7;36;1;5;;;-37;0;0 370;1;5;;370;2;5;37;2;2;;;-38;0;0 380;3;5;;380;7;5;38;2;7;;;-39;0;0 390;5;5;;390;12;5;39;1;9;;;-40;0;0 400;2;4;;400;5;4;40;0;2;;;-41;0;2 reste;39;34;;;;;reste;395;606;;;-42;0;0 total;457;1001;;t30;118;353;total;457;1001;;;-43;0;0 diagr;416;961;;;;;diagr;60;389;;;-44;0;2 - t30;367;622;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;1;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;total;28;319 </pre> ====scc intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_négatifs_S-|scc intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320 comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;4;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;28 ;Sc-;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;15;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;319 </pre> ====scc autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires|scc autres intercalaires]] <pre> ;scc;autres intercalaires;;adresses1;;;scc;autres intercalaires;;adresses2;;;scc;autres intercalaires;;adresses3 ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;215073;1194;comp;;deb;°CDS;721419;67;comp;;deb;°CDS;1113338;247;comp ;&tRNA;216426;369;comp;;;&tRNA;723124;10;comp;;;&tRNA;1114176;247; fin;°CDS;216868;;comp;;;&tRNA;723206;104;comp;;fin;°CDS;1114496;;comp deb;°CDS;243358;812;;;fin;°CDS;723381;;comp;;deb;°CDS;1126672;173;comp ;$rRNA;244983;132;;;deb;°CDS;724974;236;comp;;;&tRNA;1127778;193; ;&tRNA;246652;79;;;;&tRNA;725462;124;comp;;fin;°CDS;1128044;;comp ;$rRNA;246805;72;;;fin;°CDS;725658;;comp;;deb;°CDS;1257969;140;comp ;$rRNA;249851;175;;;deb;°CDS;767509;350;comp;;;&tRNA;1258904;79; fin;°CDS;250138;;comp;;;$rRNA;768900;72;comp;;fin;°CDS;1259057;; deb;°CDS;300128;669;;;;$rRNA;769084;40;comp;;deb;°CDS;1273039;217;comp ;&tRNA;302468;452;;;;&tRNA;772098;137;comp;;;&tRNA;1274162;103; fin;°CDS;302992;;;;;$rRNA;772309;535;comp;;fin;°CDS;1274338;;comp deb;°CDS;316296;152;comp;;fin;°CDS;774381;;;;deb;°CDS;1301674;54; ;&tRNA;317369;176;;;deb;°CDS;783089;273;;;;repeat_region;1302007;4; fin;°CDS;317619;;;;;&tRNA;784901;43;comp;;fin;°CDS;1306496;; deb;°CDS;330207;16;;;;&tRNA;785016;223;comp;;deb;°CDS;1319568;73; ;&tRNA;331021;251;comp;;fin;°CDS;785312;;;;;repeat_region;1319986;84; fin;°CDS;331356;;;;deb;°CDS;877367;447;comp;;fin;°CDS;1322087;;comp deb;°CDS;345290;228;comp;;;$rRNA;879650;72;comp;;deb;°CDS;1363097;432;comp ;&tRNA;346445;182;comp;;;$rRNA;879834;40;comp;;;&tRNA;1364822;213; fin;°CDS;346700;;comp;;;&tRNA;882848;137;comp;;fin;°CDS;1365108;; deb;°CDS;422975;71;;;;$rRNA;883059;648;comp;;deb;°CDS;1478531;196;comp ;&tRNA;424435;252;comp;;fin;°CDS;885244;;;;;&tRNA;1479645;256; fin;°CDS;424759;;;;deb;°CDS;900855;73;;;fin;°CDS;1479975;;comp deb;°CDS;436852;237;;;;&tRNA;901564;214;comp;;deb;°CDS;1522454;86;comp ;&tRNA;438406;202;comp;;fin;°CDS;901852;;;;;&tRNA;1523230;34; fin;°CDS;438680;;;;deb;°CDS;928254;138;;;fin;°CDS;1523336;;comp deb;°CDS;481186;180;comp;;;&tRNA;930684;32;;;deb;°CDS;1540671;186;comp ;&tRNA;482665;82;;;;&tRNA;930788;38;;;;&tRNA;1541994;351;comp fin;°CDS;482820;;;;;&tRNA;930900;37;;;fin;°CDS;1542418;; deb;°CDS;530805;82;;;;&tRNA;931010;36;;;deb;°CDS;1691238;189; ;&tRNA;532396;310;;;;&tRNA;931128;423;;;;&tRNA;1692768;564; fin;°CDS;532778;;;;fin;°CDS;931623;;;;fin;°CDS;1693416;; deb;°CDS;568939;102;;;deb;°CDS;937885;171;;;deb;°CDS;1760709;185;comp ;&tRNA;569803;412;;;;&tRNA;939865;437;;;;&tRNA;1762091;316; fin;°CDS;570287;;;;fin;°CDS;940376;;;;fin;°CDS;1762481;;comp deb;°CDS;636017;52;;;deb;°CDS;974079;223;comp;;deb;°CDS;2034849;32;comp ;&tRNA;636444;334;;;;&tRNA;974692;153;comp;;;&tRNA;2035061;26;comp fin;°CDS;636852;;comp;;deb;°CDS;974929;112;comp;;deb;°CDS;2035161;64;comp deb;°CDS;640192;79;;;;&tRNA;975497;95;comp;;;&tRNA;2035402;246;comp ;tmRNA;640610;334;;;fin;°CDS;975665;;;;fin;°CDS;2035721;; fin;°CDS;641322;;comp;;deb;°CDS;1069506;81;;;deb;°CDS;2185380;84; deb;°CDS;711173;51;;;;&tRNA;1070004;78;comp;;;&tRNA;2186256;40; ;ncRNA;712064;10;comp;;fin;°CDS;1070166;;;;;&tRNA;2186381;25; fin;°CDS;712417;;comp;;deb;°CDS;1084097;24;;;;&tRNA;2186493;16; deb;°CDS;717326;66;;;;regulatory;1084535;39;;;;&tRNA;2186583;40; ;&tRNA;717839;230;;;fin;°CDS;1084670;;;;;&tRNA;2186710;13; fin;°CDS;718151;;;;;;;;;;;ncRNA;2186809;133; ;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;2187040;;comp </pre> ====scc intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_tRNA|scc intercalaires tRNA]] <pre> scc;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;1194;;369;;32;26;deb; ;;;669;;452;;52;79;<201;13 ;;comp’;152;;176;;64;82;total;18 ;;comp’;16;comp’;251;;66;104;taux;72% ;;;228;;182;;67;124;; ;;comp’;71;comp’;252;;82;153;fin; ;;comp’;237;comp’;202;;84;176;<201;8 ;;comp’;180;;82;;102;182;total;17 ;;;82;;310;;112;213;taux;47% ;;;102;;412;;138;230;; ;;;52;comp’;334;;171;310;total; ;;;66;;230;;186;369;<201;21 ;10;;67;;104;;189;412;total;35 ;;;236;;124;;223;423;taux;60% ;43;comp’;273;comp’;223;;228;437;; ;;comp’;73;comp’;214;;236;452;; ;32 38 37 36;;138;;423;;669;564;; ;;;171;;437;;1194;;comp’;cumuls ;;;223;;153;;16;34;deb; ;;;112;comp’;95;;71;78;<201;11 ;;comp’;81;comp’;78;;73;95;total;16 ;;comp’;247;comp’;247;;81;103;taux;69% ;;comp’;173;comp’;193;;86;193;; ;;comp’;140;;79;;140;202;fin; ;;comp’;217;comp’;103;;152;214;<201;5 ;;comp’;432;;213;;173;223;total;16 ;;comp’;196;comp’;256;;180;246;taux;31% ;;comp’;86;comp’;34;;185;247;; ;;;186;comp’;351;;196;251;total; ;;;189;;564;;217;252;<201;16 ;;comp’;185;comp’;316;;237;256;total;32 ;;;32;;26;;247;316;taux;50% ;;;64;comp’;246;;273;334;; ;40 25 16 40 13;;84;;;;432;351;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;24;13;37;;;;;;; total;34;33;67;;;;;;; taux;71%;39%;55%;;;;;;; </pre> ====scc par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_par_rapport_au_groupe_de_référence|scc par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;scc;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;11;6;;;;;17; 16;moyen;9;5;;;;3;17; 14;fort;10;3;;;;;13; ; ;30;14;0;0;0;3;47; 10;g+cga;5;6;;;;;11; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;;;;;;4; 5;autres;;;;;;;0; ;;11;6;0;0;0;0;17; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;234;128;;;;;362;26 16;moyen;191;106;;;;64;362;324 14;fort;213;64;;;;;277;650 ;;638;298;;;;64;47;729 10;g+cga;106;128;;;;;234;10 2;agg+cgg;43;;;;;;43; 4;carre ccc;85;;;;;;85;16 5;autres;;;;;;;; ;;234;128;;;;;362; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;250;136;;386;26;37;43; 16;moyen;205;114;;318;324;30;36; 14;fort;227;68;;295;650;33;21; ;;682;318;;44;729;30;14; 10;g+cga;114;136;;250;10;45;100; 2;agg+cgg;45;;;45;;18;; 4;carre ccc;91;;;91;16;36;; 5;autres;;;;;;;; ;;250;136;;386;;11;6; </pre> ===spirochetes, estimation des -rRNAs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#spirochetes,_estimation_des_-rRNAs|spirochetes, estimation des -rRNAs]] <pre> spirochetes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 13 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;13;21; ; ;;indices;;;;13;162;0;0;;spiro1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;44 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;9;acc;;aac;;agc;;;atc;69;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;;gca;12;gaa;;gga;;;gta;;gca;92;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;;;;;;;;;;162;;0;;0;162;;;;14;;14;;16;44 11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;73;2823;0;0;;indices;;;;73;2823;0;0;;spiro1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4400 atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100 atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100 ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt; gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100 tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100 gta;101;gca;22;gaa;82;gga;100;;gta;101;gca;114;gaa;82;gga;100;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100 ttg;100;tcg;41;tag;0;tgg;100;;ttg;100;tcg;41;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1398;;1326;;891;3615;;;;1560;;1326;;891;3777;;;;1400;;1400;;1600;4400 rapports;;90;;100;;100;96;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;spiro1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;37.31;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;485;;;0/0;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;100;;avec;22;;;10;27;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;10 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;13;;;20;2;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;1;;;;ttc;20;tcc;0;tac;0;tgc;0 atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;spiro1;44;;;40;1;;;;atc;100;acc;0;aac;0;agc;0 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;44;;;50;5;36;;;ctc;3;ccc;45;cac;0;cgt;100 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;3;;;60;6;;;;gtc;45;gcc;41;gac;7;ggc;3 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100 ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;0;aaa;0;aga;1 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par spiro;;;;90;0;;;;cta;0;cca;0;caa;0;cga;8 gta;100;gca;19;gaa;100;gga;100;;est 18% au dessus;;;;100;5;;;;gta;1;gca;100;gaa;18;gga;0 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;59;tag;;tgg;0 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;3;acg;42;aag;22;agg;34 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;48;ccg;58;cag;58;cgg;53 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;66;gcg;59;gag;60;ggg;79 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;56;;62;;732;850 </pre> ==archeo== ===mfi=== ====mfi opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_opérons|mfi opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_form/methForm-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_LN515531.1;mfi;;genome;;;;;;;; 41.2%GC;17.8.19 Paris;16s 2 ;47;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Methanobacterium formicicum DSM1535;;;;;;;;;;; ;157153..157563;;CDS;;36;36;;;137;; comp;157600..157683;;ctc;;246;246;;;;; ;157930..158232;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; comp;211693..213681;;CDS;;206;206;;;*663;; ;213888..213971;;tcg;;281;281;;;;; ;214253..215677;;CDS;;;;;;475;; ;;;;;;;;;;; comp;314088..314264;;CDS;;50;50;;;59;; comp;314315..314487;;caa;@1;-1;*-1;;;;; comp;314487..314654;;CDS;;;;;;56;; ;;;;;;;;;;; comp;317759..318211;;CDS;;198;198;;;151;; comp;318410..318494;;tcc;;177;177;;;;; comp;318672..319634;;CDS;;;;;;321;; ;;;;;;;;;;; comp;419250..419975;;CDS;;156;156;;;242;; comp;420132..420204;;aac;;29;29;;;;; comp;420234..420545;;CDS;;;;;;104;; ;;;;;;;;;;; comp;466570..467484;;CDS;;223;223;;;305;; comp;467708..467792;;agc;;186;186;;;;; comp;467979..468294;;ncRNA;@2;122;122;;;316;; ;468417..469397;;CDS;;;;;;327;; ;;;;;;;;;;; ;681116..681676;;CDS;;37;37;;;187;; comp;681714..681786;;gcg;;195;195;;;;; comp;681982..682488;;CDS;;;;;;169;; ;;;;;;;;;;; ;695936..696538;;CDS;;939;*939;;;201;; comp;697478..697600;;5s;;305;;;;123;; comp;697906..700772;;23s;;233;;;;2867;; comp;701006..701079;;gca;;87;;;;;; comp;701167..702646;;16s;;724;*724;;;1480;; ;703371..704336;;CDS;;;;;;322;; ;;;;;;;;;;; comp;746487..747290;;CDS;;155;155;;;268;; comp;747446..747518;;acc;;85;;*85;;;; comp;747604..747686;;tta;;303;303;;;;; ;747990..748163;;CDS;;;;;;58;; ;;;;;;;;;;; comp;800615..801820;;CDS;;43;43;;;402;; comp;801864..801935;;caa;;72;72;;;;; comp;802008..802697;;CDS;;;;;;230;; ;;;;;;;;;;; comp;963425..964432;;CDS;;273;273;;;336;; ;964706..964778;;aac;;5;;5;;;; ;964784..964857;;atgi;;58;;58;;;; ;964916..964990;;gaa;;53;;53;;;; ;965044..965127;;cta;;29;;29;;;; ;965157..965232;;cac;;146;146;;;;; ;965379..965717;;CDS;;;;;;113;; ;;;;;;;;;;; comp;974621..974842;;CDS;;564;*564;;;74;; ;975407..975480;;aag;;90;;*90;;;; ;975571..975653;;ttg;;504;;*504;;;; ;976158..976231;;aaa;;148;148;;;;; comp;976380..976679;;CDS;;;;;;100;; ;;;;;;;;;;; comp;1006329..1008095;;CDS;;397;397;;;*589;; ;1008493..1008614;;5s;@3;748;;;;122;; ;1009363..1009485;;5s;;286;;;;123;; ;1009772..1012638;;23s;;233;;;;2867;; ;1012872..1012945;;gca;;72;;;;;; ;1013018..1014497;;16s;;454;*454;;;1480;; ;1014952..1016097;;CDS;;;;;;382;; ;;;;;;;;;;; comp;1088211..1088831;;CDS;;53;53;;;207;; comp;1088885..1089038;;tgg;@1;40;;40;;;; comp;1089079..1089150;;tgc;;212;212;;;;; comp;1089363..1089746;;CDS;;;;;;128;; ;;;;;;;;;;; ;1143658..1144137;;CDS;;166;166;;;160;; comp;1144304..1144610;;ncRNA;@2;14;14;;;307;; comp;1144625..1144699;;atgf;;139;139;;;;; comp;1144839..1145162;;CDS;;;;;;108;; ;;;;;;;;;;; ;1153368..1154087;;CDS;;56;56;;;240;; ;1154144..1154217;;aga;;62;;62;;;; ;1154280..1154354;;agg;;552;*552;;;;; comp;1154907..1156157;;CDS;;;;;;417;; ;;;;;;;;;;; ;1247204..1247659;;CDS;;4;4;;;152;; comp;1247664..1247739;;cga;;133;133;;;;; comp;1247873..1248481;;CDS;;;;;;203;; ;;;;;;;;;;; comp;1320721..1321641;;CDS;;183;183;;;307;; ;1321825..1321896;;gta;;99;;*99;;;; ;1321996..1322067;;gtg;;228;228;;;;; comp;1322296..1323084;;CDS;;;;;;263;; ;;;;;;;;;;; comp;1403886..1409507;;CDS;;351;351;;;*1874;; comp;1409859..1409930;;cgc;;222;222;;;;; comp;1410153..1410620;;CDS;;;;;;156;; ;;;;;;;;;;; ;1532795..1533088;;CDS;;127;127;;;98;; comp;1533216..1533325;;atgj;@1;246;246;;;;; ;1533572..1534402;;CDS;;;;;;277;; ;;;;;;;;;;; ;1541929..1542321;;CDS;;127;127;;;131;; ;1542449..1542522;;ggg;;1;*1;;;;; comp;1542524..1543528;;CDS;;;;;;335;; ;;;;;;;;;;; ;1602054..1603277;;CDS;;257;257;;;408;; ;1603535..1603608;;aca;;76;;76;;;; ;1603685..1603759;;cca;;44;;44;;;; ;1603804..1603877;;tac;;170;;*170;;;; ;1604048..1604119;;gac;;7;;7;;;; ;1604127..1604200;;aaa;;24;24;;;;; ;1604225..1604461;;CDS;;;;;;79;; ;;;;;;;;;;; ;1617553..1617861;;CDS;;187;187;;;103;; ;1618049..1618133;;tca;;252;252;;;;; ;1618386..1619444;;CDS;;;;;;353;; ;;;;;;;;;;; comp;1692202..1692552;;CDS;;271;271;;;117;; comp;1692824..1692895;;cag;;156;156;;;;; comp;1693052..1693972;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; ;1887796..1888038;;CDS;;136;136;;;81;; ;1888175..1888257;;ctg;;193;193;;;;; ;1888451..1891267;;CDS;;;;;;*939;; ;;;;;;;;;;; ;2057488..2057883;;CDS;;230;230;;;132;; ;2058114..2058184;;tgc;;143;143;;;;; ;2058328..2059713;;CDS;;;;;;462;; ;;;;;;;;;;; ;2128536..2129312;;CDS;;123;123;;;259;; ;2129436..2129509;;acg;;362;362;;;;; comp;2129872..2130963;;CDS;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; comp;2204492..2204932;;CDS;;178;178;;;147;; ;2205111..2205182;;gtc;;4;;4;;;; ;2205187..2205259;;ttc;;283;283;;;;; comp;2205543..2205875;;CDS;;;;;;111;; ;;;;;;;;;;; ;2317208..2317498;;CDS;;271;271;;;97;; ;2317770..2317842;;atc;;460;*460;;;;; ;2318303..2318863;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; comp;2414821..2415903;;CDS;;491;*491;;;361;; ;2416395..2416468;;gcc;;303;303;;;;; comp;2416772..2417797;;CDS;;;;;;342;; ;;;;;;;;;;; comp;2432399..2432848;;CDS;;537;*537;;;150;; ;2433386..2433459;;ggc;;2;;2;;;; ;2433462..2433535;;gga;;326;326;;;;; comp;2433862..2434263;;CDS;;;;;;134;; </pre> ====mfi cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_cumuls|mfi cumuls]] <pre> mfi cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;-;1;2;1;;100;9;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;4;;50;8;20;;200;21;60;3 ;16 gca 235;2;40;2;;100;3;40;;300;10;90;3 ;16 23 5s a;0;60;3;;150;10;60;;400;12;120;10 ;max a;1;80;2;;200;12;80;;500;5;150;7 ;a doubles;0;100;3;;250;8;100;;600;1;180;5 ;autres;2;120;0;;300;7;120;;700;1;210;5 ;total aas;2;140;0;;350;3;140;;800;0;240;2 sans ;opérons;29;160;0;;400;3;160;;900;0;270;4 ;1 aa;20;180;1;;450;0;180;;1000;1;300;1 ;max a;5;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;6 ;a doubles;0;;1;;;5;;;;1;;15 ;total aas;45;;16;0;;64;;0;;61;;61 total aas;;47;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;83;;;224;;;;266;; ;;;variance;121;;;176;;;;265;; sans jaune;;;moyenne;35;;;178;;;;213;;171 ;;;variance;27;;;96;;;;115;;81 </pre> ====mfi blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_blocs|mfi blocs]] <pre> mfi blocs;; CDS;939;201 5s;305;123 23s;233;2867 gca;87; 16s;724;1480 CDS;;322 ;; CDS;397;589 5s;748;122 5s;286;123 23s;233;2867 gca;72; 16s;454;1480 CDS;;382 </pre> ====mfi remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_remarques|mfi remarques]] <pre> mfi;;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;1;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;1;caa;2;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;;cag;1;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ====mfi distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_distribution|mfi distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;;;;;; atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;;;;;; ctc;1;ccc;;cac;;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;;;;;;; gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;;;;;; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1;;ata;;;;;;; cta;;cca;;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;;;;;; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;; ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;;;;;; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;;;;;; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mfi;;20;;;;;;;mfi;25;;;;;2;47;;mfi;0;;;;;; </pre> ====mfi données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_données_intercalaires|mfi données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mfi;fx;fc;mfi;fx40;fc40;mfi;x-;c-;c;x;c;x;aa ;1;0;0;29;0;0;29;-1;;22;281;36;16s tRNA;; 2;0;10;12;146;1;0;20;-2;;0;50;246;87;;gca ;0;20;6;108;2;1;25;-3;;0;-1;206;72;;gca ;2;30;18;58;3;0;14;-4;1;70;198;37;tRNA 23s;; 2;0;40;14;56;4;1;20;-5;;0;177;303;2* 233;;gca ;2;50;11;53;5;1;14;-6;1;0;156;273;tRNA tRNA;; ;2;60;15;58;6;2;7;-7;;0;29;564;85;;acc ;0;70;17;61;7;0;8;-8;1;27;223;148;**;;tta ;1;80;14;57;8;1;10;-9;;0;195;552;5;;aac ;0;90;21;61;9;4;14;-10;;3;155;4;58;;atgi ;0;100;16;67;10;2;14;-11;;11;43;183;53;;gaa ;0;110;10;46;11;0;17;-12;;0;72;228;29;;cta ;0;120;23;51;12;1;12;-13;;4;146;127;**;;cac 1;2;130;22;52;13;0;18;-14;;3;53;246;90;;aag ;3;140;21;40;14;0;16;-15;;0;212;1;504;;ttg 1;2;150;23;47;15;0;3;-16;;1;139;362;**;;aaa ;3;160;21;39;16;0;10;-17;;3;56;178;40;;tgg ;0;170;15;28;17;1;8;-18;;0;133;283;**;;tgc 1;1;180;17;27;18;2;12;-19;;1;351;491;62;;aga 1;1;190;20;34;19;2;5;-20;;1;222;303;**;;agg ;3;200;16;27;20;0;7;-21;;0;127;537;99;;gta 1;0;210;13;28;21;2;6;-22;;0;257;326;**;;gtg ;1;220;17;21;22;3;4;-23;;2;24;;76;;aca 1;3;230;11;30;23;2;8;-24;;0;187;;44;;cca ;0;240;14;24;24;0;12;-25;;0;252;;170;;tac 2;0;250;9;22;25;1;6;-26;;0;271;;7;;gac ;2;260;7;17;26;2;0;-27;;0;156;;**;;aaa ;0;270;17;18;27;2;9;-28;;0;136;;4;;gtc 1;2;280;10;16;28;2;5;-29;;1;193;;**;;ttc 1;1;290;5;12;29;3;4;-30;;0;230;;2;;ggc ;0;300;5;14;30;1;4;-31;;0;143;;**;;gga 2;0;310;13;14;31;1;6;-32;;2;123;;;; ;0;320;12;14;32;5;5;-33;;0;271;;;; 1;0;330;11;17;33;2;10;-34;;1;460;;;; ;0;340;8;6;34;1;5;-35;;2;CDS 16s;;;; ;0;350;7;8;35;2;5;-36;;0;454;724;;; ;1;360;7;10;36;0;3;-37;;0;23s 5s;;;; 1;0;370;9;7;37;0;5;-38;;1;305;;;; ;0;380;6;11;38;0;7;-39;;0;286;;;; ;0;390;9;8;39;0;8;-40;;0;5s 5s;;;; ;0;400;5;10;40;3;2;-41;;0;748;;;; 4;1;reste;99;93;reste;576;1148;-42;;0;5s CDS;;;; 22;34;total;626;1545;total;626;1545;-43;;1;;939;;; 18;32;diagr;527;1423;diagr;50;368;-44;;2;;397;;; 2;2; t30;36;312;;;;-45;;0;;;;; ;;;;;;;;-46;;2;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;; ;x;626;5;0;631;;;-49;;0;;;;; ;c;1516;167;29;1712;;;-50;;0;;;;; ;;;;;2343;87;;reste;2;7;;;;; ;;;;;;2430;;total;5;167;;;;; </pre> =====mfi autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_autres_intercalaires_aas|mfi autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;mfi;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;157153;157563;36;*; ;comp;tRNA;157600;157683;246;*;ctc fin;;CDS;157930;158232;;0; deb;comp;CDS;211693;213681;206;*; ;;tRNA;213888;213971;281;*;tcg fin;;CDS;214253;215677;;0; deb;comp;CDS;314088;314264;50;*; ;comp;tRNA;314315;314487;-1;*;caa fin;comp;CDS;314487;314654;;; deb;comp;CDS;317759;318211;198;*; ;comp;tRNA;318410;318494;177;*;tcc fin;comp;CDS;318672;319634;;; deb;comp;CDS;419250;419975;156;*; ;comp;tRNA;420132;420204;29;*;aac fin;comp;CDS;420234;420545;;; deb;comp;CDS;466570;467484;223;*; ;comp;tRNA;467708;467792;186;*;agc ;comp;ncRNA;467979;468294;122;*; fin;;CDS;468417;469397;;; deb;;CDS;681116;681676;37;*; ;comp;tRNA;681714;681786;195;*;gcg fin;comp;CDS;681982;682488;;0; deb;;CDS;695936;696538;939;*; ;comp;rRNA;697478;697600;305;*;123 ;comp;rRNA;697906;700772;233;*;2867 ;comp;tRNA;701006;701079;87;*;gca ;comp;rRNA;701167;702646;724;*;1480 fin;;CDS;703371;704336;;0; deb;comp;CDS;746487;747290;155;*; ;comp;tRNA;747446;747518;85;*;acc ;comp;tRNA;747604;747686;303;*;tta fin;;CDS;747990;748163;;; deb;comp;CDS;800615;801820;43;*; ;comp;tRNA;801864;801935;72;*;caa fin;comp;CDS;802008;802697;;; deb;comp;CDS;963425;964432;273;*; ;;tRNA;964706;964778;5;*;aac ;;tRNA;964784;964857;58;*;atgi ;;tRNA;964916;964990;53;*;gaa ;;tRNA;965044;965127;29;*;cta ;;tRNA;965157;965232;146;*;cac fin;;CDS;965379;965717;;; deb;comp;CDS;974621;974842;564;*; ;;tRNA;975407;975480;90;*;aag ;;tRNA;975571;975653;504;*;ttg ;;tRNA;976158;976231;148;*;aaa fin;comp;CDS;976380;976679;;0; deb;;CDS;1006329;1008095;397;*; ;comp;rRNA;1008493;1008614;748;*;122 ;comp;rRNA;1009363;1009485;286;*;123 ;comp;rRNA;1009772;1012638;233;*;2867 ;comp;tRNA;1012872;1012945;72;*;gca ;comp;rRNA;1013018;1014497;454;*;1480 fin;comp;CDS;1014952;1016097;;; deb;comp;CDS;1088211;1088831;53;*; ;comp;tRNA;1088885;1089038;40;*;tgg ;comp;tRNA;1089079;1089150;212;*;tgc fin;comp;CDS;1089363;1089746;;0; deb;;CDS;1143658;1144137;166;*; ;comp;ncRNA;1144304;1144610;14;*; ;comp;tRNA;1144625;1144699;139;*;atgf fin;comp;CDS;1144839;1145162;;; deb;;CDS;1153368;1154087;56;*; ;;tRNA;1154144;1154217;62;*;aga ;;tRNA;1154280;1154354;552;*;agg fin;comp;CDS;1154907;1156157;;; deb;;CDS;1247204;1247659;4;*; ;comp;tRNA;1247664;1247739;133;*;cga fin;comp;CDS;1247873;1248481;;; deb;comp;CDS;1320721;1321641;183;*; ;;tRNA;1321825;1321896;99;*;gta ;;tRNA;1321996;1322067;228;*;gtg fin;comp;CDS;1322296;1323084;;0; deb;comp;CDS;1403886;1409507;351;*; ;comp;tRNA;1409859;1409930;222;*;cgc fin;comp;CDS;1410153;1410620;;; deb;;CDS;1532795;1533088;127;*; ;comp;tRNA;1533216;1533325;246;*;atgj fin;;CDS;1533572;1534402;;0; deb;;CDS;1541929;1542321;127;*; ;;tRNA;1542449;1542522;1;*;ggg fin;comp;CDS;1542524;1543528;;; deb;;CDS;1602054;1603277;257;*; ;;tRNA;1603535;1603608;76;*;aca ;;tRNA;1603685;1603759;44;*;cca ;;tRNA;1603804;1603877;170;*;tac ;;tRNA;1604048;1604119;7;*;gac ;;tRNA;1604127;1604200;24;*;aaa fin;;CDS;1604225;1604461;;; deb;;CDS;1617553;1617861;187;*; ;;tRNA;1618049;1618133;252;*;tca fin;;CDS;1618386;1619444;;0; deb;comp;CDS;1692202;1692552;271;*; ;comp;tRNA;1692824;1692895;156;*;cag fin;comp;CDS;1693052;1693972;;; deb;;CDS;1887796;1888038;136;*; ;;tRNA;1888175;1888257;193;*;ctg fin;;CDS;1888451;1891267;;; deb;;CDS;2057488;2057883;230;*; ;;tRNA;2058114;2058184;143;*;tgc fin;;CDS;2058328;2059713;;; deb;;CDS;2128536;2129312;123;*; ;;tRNA;2129436;2129509;362;*;acg fin;comp;CDS;2129872;2130963;;; deb;comp;CDS;2204492;2204932;178;*; ;;tRNA;2205111;2205182;4;*;gtc ;;tRNA;2205187;2205259;283;*;ttc fin;comp;CDS;2205543;2205875;;; deb;;CDS;2317208;2317498;271;*; ;;tRNA;2317770;2317842;460;*;atc fin;;CDS;2318303;2318863;;0; deb;comp;CDS;2414821;2415903;491;*; ;;tRNA;2416395;2416468;303;*;gcc fin;comp;CDS;2416772;2417797;;; deb;comp;CDS;2432399;2432848;537;*; ;;tRNA;2433386;2433459;2;*;ggc ;;tRNA;2433462;2433535;326;*;gga fin;comp;CDS;2433862;2434263;;0; </pre> ===mja=== ====mja opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_opérons|mja opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_jann_DSM_2661/methJann1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000909.1;mja;;genome;;;;;;;; 31.3%GC;17.8.19 Paris;16s 2 ;37;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661;;;;;;;;;;; comp;96499..97053;;CDS;;372;372;;;185;; comp;97426..97537;;atgj;@1;91;;*91;;;; ;97629..97716;;ctc;;241;241;;;;; ;97958..99259;;CDS;;;;;;434;; ;;;;;;;;;;; comp;110328..111545;;CDS;;222;222;;;406;; ;111768..111852;;tga ;;21;21;;;;; ;111874..112785;;CDS;;;;;;304;; ;;;;;;;;;;; ;137244..138245;;CDS;;98;98;;;334;; comp;138344..138419;;gtg;;59;59;;;;; comp;138479..138781;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; ;153070..154479;;CDS;;182;182;;;470;; comp;154662..157639;;23s;;207;;;;2978;; comp;157847..157919;;gca;;64;;;;;; comp;157984..159463;;16s;;340;340;;;1480;; ;159804..160085;;CDS;;;;;;94;; ;;;;;;;;;;; comp;185874..186671;;CDS;;306;306;;;266;; ;186978..187066;;tcc;;71;71;;;;; ;187138..187590;;CDS;;;;;;151;; ;;;;;;;;;;; ;190579..190800;;CDS;;31;31;;;74;; ;190832..190908;;ccc;;32;32;;;;; ;190941..191114;;CDS;;;;;;58;; ;;;;;;;;;;; comp;214560..215060;;CDS;;149;149;;;167;; ;215210..215297;;tta;;154;154;;;;; ;215452..216240;;CDS;;;;;;263;; ;;;;;;;;;;; ;226386..227639;;CDS;;64;64;;;418;; comp;227704..227780;;gcc;;239;239;;;;; ;228020..229720;;CDS;;;;;;*567;; ;;;;;;;;;;; ;303613..303927;;CDS;;64;64;;;105;; ;303992..304081;;tca;;230;230;;;;; comp;304312..304752;;CDS;;;;;;147;; ;;;;;;;;;;; comp;357984..358547;;CDS;;220;220;;;188;; ;358768..358845;;aga;;23;;23;;;; ;358869..358943;;gaa;;164;164;;;;; ;359108..359923;;CDS;;;;;;272;; ;;;;;;;;;;; ;359108..359923;;CDS;;48;48;;;272;; comp;359972..360047;;atgf;;103;103;;;;; comp;360151..361485;;CDS;;;;;;445;; ;;;;;;;;;;; ;401945..402796;;CDS;;171;171;;;284;; comp;402968..403044;;gtc;;229;229;;;;; ;403274..403834;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; comp;618311..618757;;CDS;;402;*402;;;149;; comp;619160..619234;;tgc;;63;63;;;;; comp;619298..619915;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; ;636394..637449;;CDS;;133;133;;;352;; ;637583..637659;;ttc;;7;;;7;;; ;637667..637742;;aac;;29;;;29;;; ;637772..637849;;atgi;;18;;;18;;; ;637868..637942;;gaa;;39;;;39;;; ;637982..638069;;cta;;11;;;11;;; ;638081..638152;;cac;;295;;;;;; ;638448..639930;;16s;;64;;;;1483;; ;639995..640067;;gca;;207;;;;;; ;640275..643254;;23s;;78;;;;2980;; ;643333..643447;;5s;;56;;;;115;; ;643504..643761;;ncRNA;@2;232;232;;;258;; ;643994..644962;;CDS;;;;;;323;; ;;;;;;;;;;; ;762859..763608;;CDS;;157;157;;;250;; comp;763766..763842;;acc;;178;;*178;;;; ;764021..764096;;caa;;50;50;;;;; ;764147..764818;;CDS;;;;;;224;; ;;;;;;;;;;; ;862207..862410;;CDS;;179;179;;;68;; ;862590..862661;;cga;;41;41;;;;; ;862703..863392;;CDS;;86;86;;;230;; ;863479..863555;;aca;;14;;;14;;; ;863570..863647;;cca;;8;;;8;;; ;863656..863732;;tac;;83;;;83;;; ;863816..863889;;aaa;;13;;;;;; ;863903..864017;;5s;@3;46;;;;115;; ;864064..864141;;gac;;80;80;;;;; ;864222..864842;;CDS;;;;;;207;; ;;;;;;;;;;; ;871492..873447;;CDS;;238;238;;;*652;; comp;873686..873763;;atc;;102;102;;;;; comp;873866..875110;;CDS;;;;;;415;; ;;;;;;;;;;; comp;882566..883615;;CDS;;65;65;;;350;; ;883681..883754;;gta;;123;123;;;;; comp;883878..884297;;CDS;;;;;;140;; ;;;;;;;;;;; comp;1037197..1038504;;CDS;;39;39;;;436;; comp;1038544..1038620;;cgc;@4;1;*1;;;;; comp;1038622..1039386;;CDS;;;;;;255;; ;;;;;;;;;;; comp;1148669..1149934;;CDS;;210;210;;;422;; ;1150145..1150220;;ggc;;34;;34;;;; ;1150255..1150330;;gga;;243;243;;;;; ;1150574..1151254;;CDS;;;;;;227;; ;;;;;;;;;;; comp;1188906..1189772;;CDS;;172;172;;;289;; ;1189945..1190055;;tgg;@1;95;95;;;;; ;1190151..1190684;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; comp;1312335..1312781;;CDS;;383;383;;;149;; ;1313165..1313249;;agc;;177;177;;;;; ;1313427..1314617;;CDS;;;;;;397;; </pre> ====mja cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_cumuls|mja cumuls]] <pre> mja cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;1;1;;100;4;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;0;5;50;7;20;;200;12;60;1 ;16 atc gca;0;40;2;2;100;10;40;;300;13;90;2 ;16 23 5s a;0;60;0;0;150;5;60;;400;6;120;3 ;max a;7;80;0;0;200;8;80;;500;8;150;4 ;a doubles;0;100;1;1;250;10;100;;600;1;180;3 ;autres;2;120;0;0;300;0;120;;700;1;210;5 ;total aas;13;140;0;0;350;2;140;;800;0;240;3 sans ;opérons;20;160;0;0;400;2;160;;900;0;270;4 ;1 aa;16;180;1;0;450;1;180;;1000;0;300;4 ;max a;2;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2 ;a doubles;0;;0;0;;0;;;;0;;14 ;total aas;24;;4;8;;46;;0;;45;;45 total aas;;37;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;82;26;;154;;;;269;; ;;;variance;71;25;;102;;;;137;; sans jaune;;;moyenne;29;18;;152;;;;253;;194 ;;;variance;8;12;;95;;;;117;;74 </pre> ====mja blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_blocs|mja blocs]] <pre> mja blocs;; CDS;182; 23s;207;2978 gca;64; 16s;340;1480 CDS;; ;; cac;295; 16s;64;1483 gca;207; 23s;78;2980 5s;56;115 ncRNA;232;258 CDS;; ;; aaa;13; 5s;46;115 gac;80; CDS;; </pre> ====mja remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_remarques|mja remarques]] <pre> mja;;;;;;;37 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====mja distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_distribution|mja distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;;;;;; atc;1;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;;;;;; ctc;;ccc;1;cac;;cgc;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;;;;;; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;;;;;; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;;;;;; cta;;cca;;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;;;;;; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;; ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;;;;;; atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;;;;;; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;; gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mja;;16;;;;;;;mja;8;;;;;;;;mja;0;;;;;; </pre> ====mja données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_données_intercalaires|mja données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mja;fx;fc;mja;fx40;fc40;mja;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;10;11;0;10;11;-1;0;25;372;250;tRNA 16s;; ;1;10;49;179;1;12;18;-2;0;0;241;98;295;;cac ;1;20;31;154;2;12;28;-3;0;0;19;306;16s tRNA;; ;0;30;17;91;3;3;6;-4;26;51;59;149;2* 64;;gca ;3;40;16;50;4;6;32;-5;0;2;71;64;tRNA 23s;; 1;2;50;11;50;5;0;11;-6;4;0;31;239;2* 207;;gca ;1;60;10;45;6;5;4;-7;2;1;32;230;5s tRNA;; 2;2;70;14;44;7;2;5;-8;2;12;154;220;80;;gac ;2;80;14;34;8;5;15;-9;3;0;64;48;tRNA 5s;; ;1;90;28;43;9;3;32;-10;0;1;164;171;13;;aaa 1;1;100;19;36;10;1;28;-11;2;10;103;229;tRNA tRNA;;contig ;2;110;10;28;11;7;16;-12;3;0;402;157;7;;ttc ;0;120;16;30;12;4;22;-13;0;4;63;238;29;;aac 1;0;130;14;28;13;3;17;-14;1;9;133;65;18;;atgi ;1;140;19;32;14;5;13;-15;3;0;50;123;39;;gaa 1;0;150;7;27;15;2;13;-16;0;2;179;210;11;;cta 1;1;160;13;18;16;1;14;-17;0;5;41;172;**;;cac ;1;170;9;12;17;2;10;-18;2;0;86;383;14;;aca 2;2;180;14;14;18;2;17;-19;0;2;80;;8;;cca ;0;190;13;11;19;3;18;-20;0;6;102;;83;;tac ;0;200;10;15;20;2;14;-21;1;0;39;;**;;aaa 1;0;210;5;10;21;4;16;-22;0;0;1;;tRNA tRNA;; 1;0;220;11;11;22;4;11;-23;1;6;243;;91;;atgj 2;0;230;7;10;23;1;9;-24;1;0;95;;**;;ctc 2;0;240;3;9;24;3;11;-25;1;3;177;;23;;aga 1;2;250;3;9;25;2;12;-26;0;1;5s 16s;;**;;gaa ;0;260;0;7;26;1;9;-27;0;0;-;340;178;;acc ;0;270;6;7;27;2;6;-28;0;1;CDS 23s;;**;;caa ;0;280;2;7;28;0;3;-29;1;3;-;182;34;;ggc ;0;290;4;10;29;0;6;-30;0;0;23s 5s;;**;;gga ;0;300;3;1;30;0;8;-31;0;0;78;;;; 1;0;310;2;3;31;3;4;-32;0;3;;;;; ;0;320;6;6;32;2;4;-33;0;0;;;;; ;0;330;1;2;33;1;11;-34;0;2;;;;; ;0;340;3;3;34;2;11;-35;0;1;;;;; ;0;350;2;1;35;0;1;-36;0;0;;;;; ;0;360;3;3;36;1;4;-37;0;0;;;;; ;0;370;3;3;37;1;3;-38;0;3;;;;; ;1;380;3;2;38;1;5;-39;1;0;;;;; 1;0;390;3;0;39;4;7;-40;0;0;;;;; ;0;400;3;1;40;1;0;-41;0;2;;;;; ;1;reste;24;12;reste;318;584;-42;0;0;;;;; 18;25;total;441;1069;total;441;1069;-43;0;0;;;;; 18;24;diagr;407;1046;diagr;113;474;-44;0;1;;;;; 0;2; t30;97;424;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;; ;x;431;56;10;497;;;-49;0;1;;;;; ;c;1058;163;11;1232;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1729;99;;reste;1;6;;;;; ;;;;;;1828;;total;56;163;;;;; </pre> =====mja autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires_aas|mja autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *'''Attention''': Correction erreur fin de génome <pre> autres intercalaires;;mja;;;;; deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;;rpr;378;2126;89;*; fin;comp;CDS;2216;3343;;; deb;comp;CDS;96499;97053;372;*; ;comp;tRNA;97426;97537;91;*;atgj ;;tRNA;97629;97716;241;*;ctc fin;;CDS;97958;99259;;; deb;comp;CDS;110328;111515;250;*; ;;tRNA;111766;111854;19;*;tga fin;;CDS;111874;112785;;1; deb;;CDS;131467;132552;369;*; ;;rpr;132922;133999;114;*; fin;comp;CDS;134114;134959;;; deb;;CDS;137244;138245;98;*; ;comp;tRNA;138344;138419;59;*;gtg fin;comp;CDS;138479;138781;;0; deb;;CDS;153070;154479;182;*; ;comp;rRNA;154662;157639;207;*;23s ;comp;tRNA;157847;157919;64;*;gca ;comp;rRNA;157984;159463;340;*;16s fin;;CDS;159804;160085;;; deb;comp;CDS;185874;186671;306;*; ;;tRNA;186978;187066;71;*;tcc fin;;CDS;187138;187590;;; deb;;CDS;190579;190800;31;*; ;;tRNA;190832;190908;32;*;ccc fin;;CDS;190941;191114;;; deb;comp;CDS;214560;215060;149;*; ;;tRNA;215210;215297;154;*;tta fin;;CDS;215452;216240;;; deb;;CDS;226386;227639;64;*; ;comp;tRNA;227704;227780;239;*;gcc fin;;CDS;228020;229720;;; deb;;CDS;235984;236169;394;*; ;;rpr;236564;238184;97;*; fin;comp;CDS;238282;238725;;0; deb;;CDS;303622;303927;64;*; ;;tRNA;303992;304081;230;*;tca fin;comp;CDS;304312;304752;;; deb;comp;CDS;351301;351564;129;*; ;;rpr;351694;352468;374;*; fin;comp;CDS;352843;353142;;; deb;comp;CDS;357984;358547;220;*; ;;tRNA;358768;358845;23;*;aga ;;tRNA;358869;358943;164;*;gaa deb;;CDS;359108;359923;48;*; ;comp;tRNA;359972;360047;103;*;atgf fin;comp;CDS;360151;361485;;0; deb;;CDS;401945;402796;171;*; ;comp;tRNA;402968;403044;229;*;gtc fin;;CDS;403274;403834;;; deb;;CDS;427091;428104;467;*; ;;rpr;428572;429636;39;*; fin;comp;CDS;429676;430632;;0; deb;comp;CDS;498208;500886;604;*; ;;rpr;501491;501989;52;*; fin;comp;CDS;502042;502485;;; deb;comp;CDS;506108;506779;484;*; ;;rpr;507264;508115;282;*; fin;;CDS;508398;509819;;; deb;comp;CDS;551189;552289;251;*; ;;ncRNA;552541;552856;28;*; fin;;CDS;552885;553364;;; deb;comp;CDS;618311;618757;402;*; ;comp;tRNA;619160;619234;63;*;tgc fin;comp;CDS;619298;619915;;0; deb;;CDS;636394;637449;133;*; ;;tRNA;637583;637659;7;*;ttc ;;tRNA;637667;637742;29;*;aac ;;tRNA;637772;637849;18;*;atgi ;;tRNA;637868;637942;39;*;gaa ;;tRNA;637982;638069;11;*;cta ;;tRNA;638081;638152;295;*;cac ;;rRNA;638448;639930;64;*;16s ;;tRNA;639995;640067;207;*;gca ;;rRNA;640275;643254;78;*;23s ;;rRNA;643333;643447;56;*;5s ;;ncRNA;643504;643761;232;*; fin;;CDS;643994;644962;;1; deb;;CDS;762859;763608;157;*; ;comp;tRNA;763766;763842;178;*;acc ;;tRNA;764021;764096;50;*;caa fin;;CDS;764147;764818;;0; deb;comp;CDS;857400;857993;118;*; ;;rpr;858112;858343;532;*; fin;;CDS;858876;860228;;; deb;;CDS;862207;862410;179;*; ;;tRNA;862590;862661;41;*;cga deb;;CDS;862703;863392;86;*; ;;tRNA;863479;863555;14;*;aca ;;tRNA;863570;863647;8;*;cca ;;tRNA;863656;863732;83;*;tac ;;tRNA;863816;863889;13;*;aaa ;;rRNA;863903;864017;46;*;5s ;;tRNA;864064;864141;80;*;gac fin;;CDS;864222;864842;;; deb;;CDS;871492;873447;238;*; ;comp;tRNA;873686;873763;102;*;atc fin;comp;CDS;873866;875110;;0; deb;comp;CDS;882566;883615;65;*; ;;tRNA;883681;883754;123;*;gta fin;comp;CDS;883878;884297;;0; deb;comp;CDS;1033083;1034345;474;*; ;;rpr;1034820;1035754;93;*; fin;comp;CDS;1035848;1036873;;; deb;comp;CDS;1037197;1038504;39;*; ;comp;tRNA;1038544;1038620;1;*;cgc fin;comp;CDS;1038622;1039386;;; deb;comp;CDS;1047158;1048804;568;*; ;;rpr;1049373;1050302;181;*; fin;;CDS;1050484;1051014;;0; deb;comp;CDS;1148669;1149934;210;*; ;;tRNA;1150145;1150220;34;*;ggc ;;tRNA;1150255;1150330;243;*;gga fin;;CDS;1150574;1151254;;; deb;comp;CDS;1188906;1189772;172;*; ;;tRNA;1189945;1190055;95;*;tgg fin;;CDS;1190151;1190684;;0; deb;;CDS;1218598;1219764;79;*; ;;rpr;1219844;1220165;479;*; fin;comp;CDS;1220645;1222306;;; deb;;CDS;1266436;1266561;484;*; ;;rpr;1267046;1267714;79;*; fin;comp;CDS;1267794;1268189;;; deb;comp;CDS;1312335;1312781;383;*; ;;tRNA;1313165;1313249;177;*;agc fin;;CDS;1313427;1314617;;; deb;;CDS;1455222;1456646;68;*; ;;rpr;1456715;1457335;384;*; fin;comp;CDS;1457720;1458889;;0; deb;;CDS;1568600;1569889;484;*; ;;rpr;1570374;1570895;121;*; fin;comp;CDS;1571017;1572063;;; deb;;CDS;1574035;1575045;473;*; ;;rpr;1575519;1576383;223;*; fin;;CDS;1576607;1577287;;0; deb;comp;CDS;1664008;1664862;377;*; </pre> ====mja intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_entre_cds|mja intercalaires entre cds]] *'''Les intercalaires négatifs:''' <pre> mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;0;0;0;25;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;53 continu;25;0;0;52;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;1;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;7;166 </pre> *'''Le Tableau''' <pre> mja;4.2.21 Paris;;mja 9.4.20;;;;;;; ;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquence5 ;'''négatif;219;12.7;'''négatif ;-13;14;-1 à -83;'''1 664 970;-1;219 ;'''zéro;21;1.2;;;;;'''intercals;0;21 ;'''1 à 200;1275;73.7;'''0 à 200;64;56;;'''151 580;5;128 ;'''201 à 370;166;9.6;'''201 à 370;265;47;;'''9.1%;10;100 ;'''371 à 600;36;2.1;'''371 à 600;438;51;;;15;102 ;'''601 à max;12;0.7;'''601 à 1028;675;39;;;20;83 ;'''total 1729;<201;88;'''total 1727;85;109;-83 à 724;;25;73 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;35 470326;1019;-1;219;-70;3;;0;21;35;39 47370;859;0;21;-60;3;;-1;°25;40;27 451281;848;1;30;-50;1;;-2;0;45;36 449897;724;2;°40;-40;5;;-3;0;50;25 291222;711;3;9;-30;10;'''min à -1;-4;°77;55;18 623421;694;4;°38;-20;25;219;-5;2;60;37 1432395;694;5;11;-10;44;12.7%;-6;4;65;22 694012;687;6;9;0;149;;-7;3;70;36 1461617;685;7;7;10;228;;-8;°14;75;21 1176472;629;8;20;20;185;;-9;3;80;27 328329;625;9;°35;30;108;;-10;1;85;27 911715;622;10;29;40;66;'''1 à 100;-11;°12;90;44 106958;542;11;23;50;61;935;-12;3;95;22 91672;527;12;26;60;55;54.0%;-13;4;100;33 692428;522;13;20;70;58;;-14;°10;105;21 256182;501;14;18;80;48;;-15;3;110;17 1370826;495;15;15;90;71;;-16;2;115;21 15863;490;16;15;100;55;;-17;°5;120;25 424100;489;17;12;110;38;;-18;2;125;22 1547813;489;18;19;120;46;;-19;2;130;20 73799;487;19;°21;130;42;;-20;°6;135;25 1128054;479;20;16;140;51;;-21;1;140;26 777753;478;21;°20;150;34;;-22;0;145;18 983847;478;22;15;160;31;;-23;°7;150;16 1338520;474;23;10;170;21;'''1 à 200;-24;1;155;15 518562;472;24;°14;180;28;1275;-25;4;160;16 410085;456;25;14;190;24;74%;-26;°1;165;11 1291124;450;26;10;200;25;;-27;0;170;10 1607321;446;27;8;210;15;;-28;1;175;16 1596121;439;28;3;220;22;;-29;°4;180;12 439827;431;29;6;230;17;;-30;0;185;10 489906;417;30;8;240;12;;-31;0;190;14 966335;417;31;7;250;12;'''0 à 200;-32;°5;195;16 7338;412;32;6;260;7;1296;;223;200;9 325298;411;33;12;270;13;;reste;17;205;6 1119539;406;34;°13;280;9;;total;240;210;9 258119;400;35;1;290;14;;;;215;11 ;;36;5;300;4;;;;220;11 ;;37;4;310;5;;;;225;5 ;;38;6;320;12;;;;230;12 ;;39;°11;330;3;;;;235;5 ;;40;1;340;6;'''201 à 370;;;240;7 ;;reste;902;350;3;166;;;245;6 ;;total;1729;360;6;9.6%;;;250;6 ;;;;370;6;;;;255;4 ;;;;380;5;;;;260;3 ;;;;390;3;;;;265;7 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;4;;;;270;6 349543;-83;shift2;635;410;1;;;;275;7 541115;-73;shift2;498;420;4;;;;280;2 575292;-71;shift2;146;430;0;;;;285;9 125178;-64;shift2;246;440;2;;;;290;5 1600078;-62;comp;;450;2;;;;295;3 1611178;-62;shift2;1499;460;1;;;;300;1 28018;-59;shift2;497;470;0;;;;305;4 316817;-49;shift2;495;480;5;;;;310;1 1478759;-48;comp;;490;4;;;;315;6 739648;-44;shift2;851;500;1;;;;320;6 875683;-41;shift2;635;510;1;;;;325;3 1378478;-41;shift2;1910;520;0;;;;330;0 12869;-39;;;530;2;;;;335;5 1051112;-38;;;540;0;'''371 à 600;;;340;1 1285398;-38;;;550;1;36;;;345;2 1623026;-38;;;560;0;2.1%;;;350;1 697374;-35;;;570;0;;;;355;3 1152607;-34;;;580;0;'''601 à max;;;360;3 1328814;-34;;;590;0;12;;;365;4 139527;-32;;;600;0;0.7%;;;370;2 312088;-32;;;reste;12;;;;reste;49 352843;-32;;;total;1729;;;;total;1729 </pre> ====mja intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; mja;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-16;150;-532;77;660;313;min50;&-94;719;-1762;147;856;255;min40 31 à 400;47;-300;424;21;711;213;2 parties;&-6.2;87;-410;65;964;468;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;154;57;-;582;poly;78;SF;&227;71;;537;poly;319;SF 31 à 400;115;46;-;623;poly;88;tF;&128;44;-;859;poly;105;SF ;;;;;;;;;;;;;; mja. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.502;;;;; 41-n;0.776;0.326;0.571;;;;;;;;;;; 1-n;0.881;0.844;0.857;;;;;;;;;14.8.21 paris;; mja;fx;fc;;mja;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;mja;Sx-;Sc- 0;10;11;;0;25;11;0;10;11;>0;429;-1;0;25 10;49;179;;10;121;171;1;12;18;<0;56;-2;0;0 20;31;154;;20;76;147;2;12;28;zéro;10;-3;0;0 30;17;91;;30;42;87;3;3;6;total;495;-4;26;51 40;16;50;;40;39;48;4;6;32;;c;-5;0;2 50;11;50;;50;27;48;5;0;11;>0;1060;-6;4;0 60;10;45;;60;25;43;6;5;4;<0;163;-7;2;1 70;14;44;;70;34;42;7;2;5;zéro;11;-8;2;12 80;14;34;;80;34;32;8;5;15;total;1234;-9;3;0 90;28;43;;90;69;41;9;3;32;;;-10;0;1 100;19;36;;100;47;34;10;1;28;total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reste;23;13;;;;;reste;316;586;;;-42;0;0 total;439;1071;;t30;239;405;total;439;1071;;;-43;0;0 diagr;406;1047;;;;;diagr;113;474;;;-44;0;1 - t30;309;623;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;1;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;total;56;163 </pre> ====mja intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_négatifs_S-|mja intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320 comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;26;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;3;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;56 ;Sc-;25;0;0;51;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;0;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;6;163 </pre> ====mja autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires|mja autres intercalaires]] <pre> mja;autres intercalaires;;adresses1;;;mja;autres intercalaires;;adresses2;;;mja;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;1664008;?;comp;;deb;°CDS;862207;179;;;deb;°CDS;857400;118;comp ;repeat_region;378;89;;;;&tRNA;862590;41;;;;repeat_region;858112;532; fin;°CDS;2216;;comp;;deb;°CDS;862703;86;;;fin;°CDS;858876;; deb;°CDS;96499;372;comp;;;&tRNA;863479;14;;;deb;°CDS;871492;238; ;&tRNA;97426;91;comp;;;&tRNA;863570;8;;;;&tRNA;873686;102;comp ;&tRNA;97629;241;;;;&tRNA;863656;83;;;fin;°CDS;873866;;comp fin;°CDS;97958;;;;;&tRNA;863816;13;;;deb;°CDS;882566;65;comp deb;°CDS;110328;250;comp;;;$rRNA;863903;46;;;;&tRNA;883681;123; ;&tRNA;111766;19;;;;&tRNA;864064;80;;;fin;°CDS;883878;;comp fin;°CDS;111874;;;;fin;°CDS;864222;;;;deb;°CDS;1033083;474;comp deb;°CDS;131467;369;;;deb;°CDS;401945;171;;;;repeat_region;1034820;93; ;repeat_region;132922;114;;;;&tRNA;402968;229;comp;;fin;°CDS;1035848;;comp fin;°CDS;134114;;comp;;fin;°CDS;403274;;;;deb;°CDS;1037197;39;comp deb;°CDS;137244;98;;;deb;°CDS;427091;467;;;;&tRNA;1038544;1;comp ;&tRNA;138344;59;comp;;;repeat_region;428572;39;;;fin;°CDS;1038622;;comp fin;°CDS;138479;;comp;;fin;°CDS;429676;;comp;;deb;°CDS;1047158;568;comp deb;°CDS;153070;182;;;deb;°CDS;498208;604;comp;;;repeat_region;1049373;181; ;$rRNA;154662;207;comp;;;repeat_region;501491;52;;;fin;°CDS;1050484;; ;&tRNA;157847;64;comp;;fin;°CDS;502042;;comp;;deb;°CDS;1148669;210;comp ;$rRNA;157984;340;comp;;deb;°CDS;506108;484;comp;;;&tRNA;1150145;34; fin;°CDS;159804;;;;;repeat_region;507264;282;;;;&tRNA;1150255;243; deb;°CDS;185874;306;comp;;fin;°CDS;508398;;;;fin;°CDS;1150574;; ;&tRNA;186978;71;;;deb;°CDS;551189;251;comp;;deb;°CDS;1188906;172;comp fin;°CDS;187138;;;;;ncRNA;552541;28;;;;&tRNA;1189945;95; deb;°CDS;190579;31;;;fin;°CDS;552885;;;;fin;°CDS;1190151;; ;&tRNA;190832;32;;;deb;°CDS;618311;402;comp;;deb;°CDS;1218598;79; fin;°CDS;190941;;;;;&tRNA;619160;63;comp;;;repeat_region;1219844;479; deb;°CDS;214560;149;comp;;fin;°CDS;619298;;comp;;fin;°CDS;1220645;;comp ;&tRNA;215210;154;;;deb;°CDS;636394;133;;;deb;°CDS;1266436;484; fin;°CDS;215452;;;;;&tRNA;637583;7;;;;repeat_region;1267046;79; deb;°CDS;226386;64;;;;&tRNA;637667;29;;;fin;°CDS;1267794;;comp ;&tRNA;227704;239;comp;;;&tRNA;637772;18;;;deb;°CDS;1312335;383;comp fin;°CDS;228020;;;;;&tRNA;637868;39;;;;&tRNA;1313165;177; deb;°CDS;235984;394;;;;&tRNA;637982;11;;;fin;°CDS;1313427;; ;repeat_region;236564;97;;;;&tRNA;638081;295;;;deb;°CDS;1455222;68; fin;°CDS;238282;;comp;;;$rRNA;638448;64;;;;repeat_region;1456715;384; deb;°CDS;303622;64;;;;&tRNA;639995;207;;;fin;°CDS;1457720;;comp ;&tRNA;303992;230;;;;$rRNA;640275;78;;;deb;°CDS;1568600;484; fin;°CDS;304312;;comp;;;$rRNA;643333;56;;;;repeat_region;1570374;121; deb;°CDS;351301;129;comp;;;ncRNA;643504;232;;;fin;°CDS;1571017;;comp ;repeat_region;351694;374;;;fin;°CDS;643994;;;;deb;°CDS;1574035;473; fin;°CDS;352843;;comp;;deb;°CDS;762859;157;;;;repeat_region;1575519;223; deb;°CDS;357984;220;comp;;;&tRNA;763766;178;comp;;fin;°CDS;1576607;; ;&tRNA;358768;23;;;;&tRNA;764021;50;;;;;;; ;&tRNA;358869;164;;;fin;°CDS;764147;;;;;;;; deb;°CDS;359108;48;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;359972;103;comp;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;360151;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====mja intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_tRNA|mja intercalaires tRNA]] <pre> mja;intercalaires tRNA;;;;;;;;; ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;continu;cumuls ;;;;;;;;;; comp’;91;;372;;241;;31;1;'''deb; ;23;comp’;250;;19;;39;19;<201;6 ;7;comp’;98;;59;;64;32;total;8 ;29;comp’;306;;71;;86;41;taux;75% ;18;;31;;32;;133;50;; ;39;comp’;149;;154;;179;59;'''fin; ;11;comp’;64;comp’;239;;372;63;<201;15 comp’;178;;64;comp’;230;;402;71;total;17 ;14;comp’;220;;164;;'''-;80;taux;88% ;8;comp’;48;;103;;'''-;95;; ;83;comp’;171;comp’;229;;'''-;102;'''total; ;34;;402;;63;;'''-;103;<201;21 ;;;133;;;;'''-;154;total;25 ;;comp’;157;;50;;'''-;164;taux;84% ;;;179;;41;;'''-;177;; ;;;86;;80;;'''-;241;; ;;comp’;238;;102;;'''-;243;'''comp’;'''cumuls ;;comp’;65;comp’;123;;48;123;'''deb; ;;;39;;1;;64;229;<201;8 ;;comp’;210;;243;;65;230;total;14 ;;comp’;172;;95;;98;239;taux;57% ;;comp’;383;;177;;149;'''-;; ;;;;;;;157;'''-;'''fin; ;;;;;;;171;'''-;<201;1 ;;;;;;;172;'''-;total;4 ;;;;;;;210;'''-;taux;25% ;;;;;;;220;'''-;; ;;;;;;;238;'''-;'''total; ;;;;;;;250;'''-;<201;9 ;;;;;;;306;'''-;total;18 ;;;;;;;383;'''-;taux;50% ;;;;;;;;;; ;;;;;deb;fin;total;;; ;;;;<201;14;16;30;;; ;;;;total;22;21;43;;; ;;;;taux;64%;76%;70%;;; </pre> ===mba=== ====mba opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_opérons|mba opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_bark_Fusaro/methBark1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007355.1;mba;;genome;;;;;;;;; 39.2%GC;2.2.20 Paris;16s 3 ;62;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Methanosarcina barkeri str. Fusaro;;;;;;;;;;;; ;91192..91938;;cds;;137;137;;;249;;DUF429 domain-containing protein;* comp;92076..92160;;ctc;+;132;;*132;;;;;* comp;92293..92377;;ctc;2 ctc;298;298;;;;;;* comp;92676..93476;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;* ;;;;;;;;;;;;* comp;98630..99337;;cds;;535;*535;;;236;;ABC transporter ATP-binding protein;* comp;99873..99955;;tcc;;222;222;;;;;;* comp;100178..101194;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;* ;;;;;;;;;;;;* comp;146979..147518;;cds;;80;80;;;180;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;147599..147670;;acc;;198;198;;;;;;* comp;147869..148381;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;199345..200268;;cds;;492;*492;;;308;;aldolase;* comp;200761..200833;;aac;+;71;;71;;;;;* comp;200905..200979;;atgi;2 aac;119;;*119;;;;;* comp;201099..201171;;aac;;964;*964;;;;;;* ;202136..202366;;cds;;;;;;77;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;260990..261532;;cds;;173;173;;;181;;nitroreductase family protein";* ;261706..261777;;cgg;;673;*673;;;;;;* ;262451..262960;;cds;;;;;;170;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;463836..464723;;cds;;2075;*2075;;;296;;polyprenyl synthetase family protein;* ;466799..466870;;gga;;94;;*94;;;;;* ;466965..467049;;cta;;221;221;;;;;;* comp;467271..468818;;cds;;;;;;*516;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;473154..473723;;cds;;298;298;;;190;;hp;* comp;474022..474096;;gag;;246;246;;;;;;* comp;474343..475584;;cds;;;;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;692109..692987;;cds;;349;349;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;* ;693337..693411;;aga;;400;400;;;;;;* comp;693812..694420;;cds;;;;;;203;;sulfite exporter TauE/SafE family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;703446..703958;;cds;;488;*488;;;171;;biotin transporter BioY;* ;704447..704521;;agg;;283;283;;;;;;* ;704805..705284;;cds;;;;;;160;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;800463..800642;;cds;;799;*799;;;60;;hp;* comp;801442..801526;;agc;;137;137;;;;;;* comp;801664..801978;;ncRNA;@1;327;327;;;315;;;* ;802306..803931;;cds;;;;;;*542;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1109819..1110013;;cds;;15;15;;;65;;hp;* ;1110029..1110103;;atgf;+;63;;63;;;;;* ;1110167..1110241;;atgf;3 atg;63;;63;;;;;* ;1110305..1110379;;atgf;;273;273;;;;;;* ;1110653..1111984;;cds;;;;;;444;;signal recognition particle protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1134460..1135074;;cds;;235;235;;;205;;endonuclease III;* comp;1135310..1135381;;tgc;+;65;;65;;;;;* comp;1135447..1135518;;tgc;2 tgc;126;126;;;;;;* comp;1135645..1136277;;cds;;;;;;211;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1137210..1137680;;cds;;488;*488;;;157;;P-bacterioferritin;* comp;1138169..1138290;;5s;;129;;;;122;;;* comp;1138420..1141252;;23s;;222;;;;2833;;;* comp;1141475..1142963;;16s;;830;*830;;;1489;;;* ;1143794..1145302;;cds;;;;;;*503;;2-isopropylmalate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1249870..1250040;;cds;;423;*423;;;57;;CopG family transcriptional regulator;* comp;1250464..1250537;;aag;;546;*546;;;;;;* ;1251084..1251290;;cds;;;;;;69;;TRAM domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1315521..1315691;;cds;@2;-12;*-12;;;57;;hp;* comp;1315680..1315751;;cgc;;174;174;;;;;;* ;1315926..1317110;;cds;;;;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1514831..1515373;;cds;;1133;*1133;;;181;;ArsR family transcriptional regulator;* ;1516507..1516579;;caa;;760;*760;;;;;;* comp;1517340..1517663;;cds;;;;;;108;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1538879..1539286;;cds;;36;36;;;136;;sensor histidine kinase;* comp;1539323..1539395;;other;@3;1249;*1249;;;73;;;* >comp;1540645..1540794;;cds;;;;;;50;;PKD domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1546247..1547791;;cds;;576;*576;;;*515;;aminotransferase class V-fold PLP-dependent enzyme;* comp;1548368..1548441;;aca;;448;*448;;;;;;* <;1548890..1549093;;cds;;;;;;68;;matrixin family metalloprotease;* ;;;;;;;;;;;;* ;1550566..1550760;;cds;;745;*745;;;65;;DeoR family transcriptional regulator;* comp;1551506..1551579;;aca;;506;*506;;;;;;* ;1552086..1552640;;cds;;;;;;185;;YkgJ family cysteine cluster protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1621639..1622835;;cds;;433;*433;;;399;;methionine adenosyltransferase;* ;1623269..1623384;;tac;@4;112;;*112;;;;;* ;1623497..1623569;;gac;;300;300;;;;;;* comp;1623870..1624067;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1714788..1715069;;cds;;154;154;;;94;;hp;* comp;1715224..1715295;;acg;;187;187;;;;;;* comp;1715483..1716493;;cds;;;;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1755811..1755993;;cds;;113;113;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;* comp;1756107..1756181;;ccg;@5;0;*0;;;;;;* comp;1756182..1756370;;cds;;;;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;* ;;;;;;;;;;;;* ;1842058..1842195;;cds;;16;16;;;46;;hp;* comp;1842212..1842285;;gtg;;717;*717;;;;;;* ;1843003..1843767;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1852573..1852896;;cds;;1364;*1364;;;108;;PadR family transcriptional regulator;* comp;1854261..1854338;;ccc;;198;198;;;;;;* comp;1854537..1855097;;cds;;;;;;187;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1908225..1908989;;cds;;349;349;;;255;;hp;* comp;1909339..1909530;;tgg;;445;*445;;;;;;* >;1909976..1910152;;cds;;;;;;59;;nitrogenase reductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1926717..1927178;;cds;;183;183;;;154;;DUF4145 domain-containing protein;* comp;1927362..1927445;;tcg;;125;125;;;;;;* comp;1927571..1928944;;cds;;;;;;458;;endonuclease Q family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2005431..2007053;;cds;;2315;*2315;;;*541;;PKD domain-containing protein;* comp;2009369..2009443;;cca;;199;199;;;;;;* comp;2009643..2010194;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2026807..2028456;;cds;;314;314;;;*550;;ATP-dependent DNA ligase;* ;2028771..2028842;;ggg;;513;*513;;;;;;* comp;2029356..2029766;;cds;;;;;;137;;PaaI family thioesterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2157926..2158684;;cds;;567;*567;;;253;;hp;* ;2159252..2159362;;atgj;;349;349;;;;;;* ;2159712..2160225;;cds;;;;;;171;;amidohydrolase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2194967..2195302;;cds;;713;*713;;;112;;translation initiation factor eIF-1A;* ;2196016..2197504;;16s;;222;;;;1489;;;* ;2197727..2200559;;23s;;129;;;;2833;;;* ;2200689..2200810;;5s;;607;*607;;;122;;;* comp;2201418..2201615;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;2434335..2434609;;cds;;603;*603;;;92;;nucleoside deaminase;* comp;2435213..2435284;;gcc;;223;;*223;;;;;* ;2435508..2435584;;atc;+;74;;74;;;;;* ;2435659..2435735;;atc;2 atc;241;241;;;;;;* comp;2435977..2436390;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;2622097..2624025;;cds;;1489;*1489;;;*643;;replication factor C large subunit;* ;2625515..2625588;;gta;;1102;*1102;;;;;;* ;2626691..2626918;;cds;;;;;;76;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2650514..2651296;;cds;;164;164;;;261;;thiazole biosynthesis protein;* ;2651461..2651532;;cac;;218;218;;;;;;* ;2651751..2653460;;cds;;;;;;*570;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2663547..2664668;;cds;;318;318;;;374;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* comp;2664987..2665058;;ggc;;263;263;;;;;;* ;2665322..2666563;;cds;;;;;;414;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2856552..2857409;;cds;;134;134;;;286;;hp;* comp;2857544..2857628;;tca;;153;153;;;;;;* comp;2857782..2858546;;cds;;;;;;255;;peptidylprolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3326036..3326557;;cds;;539;*539;;;174;;hp;* ;3327097..3327168;;tgc;;995;*995;;;;;;* ;3328164..3328898;;cds;;;;;;245;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3994472..3994921;;cds;;514;*514;;;150;;IS200/IS605 family transposase;* comp;3995436..3995529;;cga;;477;*477;;;;;;* ;3996007..3996714;;cds;;;;;;236;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4005709..4006026;;cds;;269;269;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;* ;4006296..4006378;;ttg;;860;*860;;;;;;* ;4007239..4009012;;rpr;@6;169;169;;;1774;;Family CRISPR;* comp;4009182..4009478;;cds;;;;;;99;;CRISPR-associated endonuclease Cas2;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4031590..4031871;;cds;;1075;*1075;;;94;;hp;* ;4032947..4033019;;cag;;182;182;;;;;;* comp;4033202..4033765;;cds;;;;;;188;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4041205..4041960;;cds;;96;96;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;4042057..4042141;;tta;;375;375;;;;;;* comp;4042517..4044976;;cds;;;;;;*820;;beta-propeller fold lactonase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4045359..4048274;;cds;;718;*718;;;*972;;PKD domain-containing protein;* ;4048993..4049077;;tta;;35;35;;;;;;* comp;4049113..4052403;;cds;;241;241;;;*1097;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* ;4052645..4052729;;tta;;177;177;;;;;;* comp;4052907..4053395;;cds;;;;;;163;;MarR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;4407561..4407830;;cds;;64;64;;;90;;elongation factor 1-beta;* ;4407895..4407966;;gcg;;675;*675;;;;;;* comp;4408642..4409715;;cds;;;;;;358;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4504139..4504300;;cds;;536;*536;;;54;;hp;* comp;4504837..4504921;;ctg;;220;220;;;;;;* comp;4505142..4506050;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4551177..4551851;;cds;;566;*566;;;225;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;4552418..4552491;;gtc;+;94;;*94;;;;;* ;4552586..4552660;;ttc;2 gtc;7;;7;;;;;* ;4552668..4552739;;ggc;2 ttc;61;;61;;;;;* ;4552801..4552874;;gtc;2 ggc;94;;*94;;;;;* ;4552969..4553043;;ttc;;7;;7;;;;;* ;4553051..4553122;;ggc;;717;*717;;;;;;* ;4553840..4554052;;cds;;;;;;71;;MoaD/ThiS family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;4617920..4618339;;cds;;200;200;;;140;;hp;* ;4618540..4618617;;gaa;;351;351;;;;;;* ;4618969..4619190;;cds;;377;377;;;74;;hp;* ;4619568..4619645;;gaa;;214;214;;;;;;* comp;4619860..4620678;;cds;;;;;;273;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4673041..4673643;;cds;;289;289;;;201;;adenosylcobinamide amidohydrolase;* comp;4673933..4674054;;5s;;129;;;;122;;;* comp;4674184..4677016;;23s;;135;;;;2833;;;* comp;4677152..4677224;;gca;;79;;;;;;;* comp;4677304..4678792;;16s;;1242;*1242;;;1489;;;* ;4680035..4680817;;cds;;;;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4759174..4759410;;cds;;89;89;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;* comp;4759500..4759576;;aaa;;655;*655;;;;;;* comp;4760232..4760801;;cds;;;;;;190;;DJ-1/PfpI family protein;* </pre> ====mba cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_cumuls|mba cumuls]] <pre> mba cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;2;1;;100;25;30;0 ;16 23 5s 0;2;20;2;;50;4;20;;200;27;60;7 ;16 gca 235;1;40;0;;100;4;40;;300;21;90;14 ;16 23 5s a;0;60;0;;150;6;60;;400;8;120;8 ;max a;1;80;6;;200;14;80;;500;4;150;5 ;a doubles;0;100;3;;250;9;100;;600;7;180;10 ;autres;0;120;2;;300;8;120;;700;1;210;11 ;total aas;1;140;1;;350;6;140;;800;0;240;4 sans ;opérons;44;160;0;;400;4;160;;900;1;270;10 ;1 aa;37;180;0;;450;4;180;;1000;1;300;4 ;max a;6;200;0;;500;4;200;;1100;1;330;2 ;a doubles;6;;1;;;35;;;;0;;21 ;total aas;61;;15;0;;100;;0;;96;;96 total aas;;62;;;;;;;;;;; remarques;;6;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;85;;;457;;;;240;; ;;;variance;52;;;407;;;;194;; sans jaune;;;moyenne;51;;;210;;;;186;;158 ;;;variance;28;;;98;;;;106;;78 </pre> ====mba blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_blocs|mba blocs]] <pre> mba blocs;;;; cds;289;201;adenosylcobinamide amidohydrolase;* 5s;129;122;;* 23s;135;2833;;* gca;79;;;* 16s;1242;1489;;* cds;;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;;;; cds;713;112;translation initiation factor eIF-1A;* 16s;222;1489;;* 23s;129;2833;;* 5s;607;122;;* cds;;66;hp;* ;;;; cds;488;157;P-bacterioferritin;* 5s;129;122;;* 23s;222;2833;;* 16s;830;1489;;* cds;;503;2-isopropylmalate synthase;* </pre> ====mba remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_remarques|mba remarques]] <pre> mba;;;;;;62;62 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;4 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3 tta;3;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====mba distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_distribution|mba distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc; gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;3;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mba;;37;;;;;;;mba;14;;;;;;;;mba;9;;;;;; </pre> ====mba données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_données_intercalaires|mba données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mba;fx;fc;mba;fx40;fc40;mba;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;1;0;1;21;0;1;21;-1;0;33;298;137;CDS 16s;; ;0;10;8;155;1;0;22;-2;2;0;535;790;;835; 1;1;20;13;127;2;2;31;-3;0;2;222;2075;;718; ;0;30;11;72;3;0;12;-4;3;117;80;221;;1247; 1;1;40;19;74;4;2;17;-5;1;0;198;298;16s 23s;; ;0;50;12;54;5;1;23;-6;2;0;492;349;2*209;; ;0;60;18;61;6;0;15;-7;0;5;173;400;23s 5s;; ;1;70;11;48;7;0;4;-8;0;33;673;488;3*74;; ;1;80;16;54;8;2;4;-9;0;1;246;546;5s CDS;; ;1;90;18;53;9;0;8;-10;0;4;307;-12;;488; 1;0;100;17;37;10;1;19;-11;0;13;799;174;;607; ;0;110;16;38;11;2;16;-12;0;0;15;286;;289; ;1;120;30;43;12;0;8;-13;1;4;273;760;16s tRNA;; ;2;130;11;39;13;0;19;-14;3;15;235;448;85;;gca 2;0;140;20;35;14;2;13;-15;0;0;126;745;tRNA 23s;; ;0;150;19;52;15;1;12;-16;0;5;423;506;116;;gca 1;1;160;22;25;16;1;13;-17;1;11;36;300;tRNA tRNA;; ;1;170;14;44;17;0;11;-18;0;5;1249;154;132;;ctc 2;1;180;24;36;18;3;13;-19;0;4;576;16;**;;ctc 2;1;190;29;46;19;1;7;-20;1;7;433;717;71;;aac ;4;200;27;30;20;3;15;-21;0;0;187;445;119;;atgi ;0;210;18;21;21;1;8;-22;0;1;113;183;**;;aac 1;2;220;31;43;22;4;8;-23;1;5;0;314;94;;gga 1;1;230;20;31;23;2;4;-24;0;0;1379;513;**;;cta ;1;240;15;32;24;0;14;-25;0;5;198;241;63;;atgf 2;1;250;24;27;25;1;4;-26;1;8;349;318;63;;atgf ;0;260;25;34;26;0;6;-27;0;1;125;263;**;;atgf 1;1;270;18;35;27;1;10;-28;0;3;2315;134;65;;tgc ;1;280;18;37;28;1;4;-29;0;1;199;514;**;;tgc 1;0;290;16;26;29;1;4;-30;0;0;567;477;112;;tac 2;1;300;12;23;30;0;10;-31;0;0;349;1075;**;;gac ;1;310;19;24;31;1;2;-32;0;4;603;182;223;;gcc 2;0;320;17;27;32;0;6;-33;0;0;1489;96;74;;atc ;0;330;14;23;33;0;8;-34;1;0;1102;375;**;;atc ;0;340;27;22;34;3;7;-35;1;5;164;718;94;;gtc 1;2;350;12;28;35;1;11;-36;0;0;218;35;7;;ttc ;1;360;14;18;36;6;8;-37;0;0;153;241;61;;ggc ;0;370;11;20;37;0;9;-38;0;3;539;177;94;;gtc 1;1;380;12;24;38;0;11;-39;0;0;995;675;7;;ttc ;0;390;8;15;39;4;6;-40;0;0;269;566;**;;ggc 1;0;400;19;18;40;4;6;-41;1;1;64;214;;; 17;19;reste;527;709;reste;1181;1932;-42;0;0;536;;;; 41;49;total;1233;2381;total;1233;2381;-43;0;0;220;;;; 23;29;diagr;705;1651;diagr;51;428;-44;0;1;717;;;; 1;1; t30;32;354;;;;-45;0;0;200;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;351;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;377;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;89;;;; ;x;1232;22;1;1255;;;-49;0;3;655;;;; ;c;2360;307;21;2688;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;3943;128;;reste;3;6;;;;; ;;;;;;4071;;total;22;307;;;;; </pre> =====mba autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_autres_intercalaires_aas|mba autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;mba;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;91192;137;; ;tRNA;92076;132;comp;ctc ;tRNA;92293;298;comp;ctc fin;CDS;92676;;comp; deb;CDS;98630;535;comp; ;tRNA;99873;222;comp;tcc fin;CDS;100178;;comp; deb;CDS;146979;80;comp; ;tRNA;147599;198;comp;acc fin;CDS;147869;;comp; deb;CDS;199345;492;comp; ;tRNA;200761;71;comp;aac ;tRNA;200905;119;comp;atgi ;tRNA;201099;790;comp;aac fin;CDS;201962;;; deb;CDS;260990;173;; ;tRNA;261706;673;;cgg fin;CDS;262451;;; deb;CDS;355894;309;; ;repeat_region;356467;137;; fin;CDS;359947;;; deb;CDS;463836;2075;comp; ;tRNA;466799;94;;gga ;tRNA;466965;221;;cta fin;CDS;467271;;comp; deb;CDS;473154;298;; ;tRNA;474022;246;comp;gag fin;CDS;474343;;comp; deb;CDS;692109;349;comp; ;tRNA;693337;400;;aga fin;CDS;693812;;comp; deb;CDS;703446;488;comp; ;tRNA;704447;307;;agg fin;CDS;704829;;; deb;CDS;800463;799;comp; ;tRNA;801442;137;comp;agc ;ncRNA;801664;327;comp; fin;CDS;802306;;; deb;CDS;1109819;15;; ;tRNA;1110029;63;;atgf ;tRNA;1110167;63;;atgf ;tRNA;1110305;273;;atgf fin;CDS;1110653;;; deb;CDS;1134460;235;comp; ;tRNA;1135310;65;comp;tgc ;tRNA;1135447;126;comp;tgc fin;CDS;1135645;;comp; deb;CDS;1137210;488;; ;rRNA;1138169;74;comp;122 ;rRNA;1138365;209;comp;2833 ;rRNA;1141481;835;comp;1489 fin;CDS;1143794;;; deb;CDS;1249870;423;comp; ;tRNA;1250464;546;comp;aag fin;CDS;1251084;;; deb;CDS;1315521;-12;; ;tRNA;1315680;174;comp;cgc fin;CDS;1315926;;; deb;CDS;1516050;286;comp; ;tRNA;1516507;760;;caa fin;CDS;1517340;;comp; deb;CDS;1538879;36;comp; ;tRNA;1539323;1249;comp;other fin;CDS;1540645;;comp; deb;CDS;1546247;576;comp; ;tRNA;1548368;448;comp;aca fin;CDS;1548890;;; deb;CDS;1550566;745;; ;tRNA;1551506;506;comp;aca fin;CDS;1552086;;; deb;CDS;1621639;433;; ;tRNA;1623269;112;;tac ;tRNA;1623497;300;;gac fin;CDS;1623870;;comp; deb;CDS;1657967;616;comp; ;repeat_region;1660242;74;; fin;CDS;1661656;;; deb;CDS;1714788;154;; ;tRNA;1715224;187;comp;acg fin;CDS;1715483;;comp; deb;CDS;1755811;113;comp; ;tRNA;1756107;0;comp;ccg fin;CDS;1756182;;comp; deb;CDS;1842058;16;; ;tRNA;1842212;717;comp;gtg fin;CDS;1843003;;; deb;CDS;1852573;1379;comp; ;tRNA;1854261;198;comp;ccc fin;CDS;1854537;;comp; deb;CDS;1908225;349;comp; ;tRNA;1909339;445;comp;tgg fin;CDS;1909976;;; deb;CDS;1926495;183;; ;tRNA;1927362;125;comp;tcg fin;CDS;1927571;;comp; deb;CDS;1975038;78;; ;ncRNA;1976292;428;comp; fin;CDS;1977078;;; deb;CDS;2005431;2315;comp; ;tRNA;2009369;199;comp;cca fin;CDS;2009643;;comp; deb;CDS;2026807;314;comp; ;tRNA;2028771;513;;ggg fin;CDS;2029356;;comp; deb;CDS;2157926;567;; ;tRNA;2159252;349;;atgj fin;CDS;2159712;;; deb;CDS;2194967;718;comp; ;rRNA;2196021;209;;1489 ;rRNA;2197708;74;;2833 ;rRNA;2200689;607;;122 fin;CDS;2201418;;comp; deb;CDS;2434335;603;comp; ;tRNA;2435213;223;comp;gcc ;tRNA;2435508;74;;atc ;tRNA;2435659;241;;atc fin;CDS;2435977;;comp; deb;CDS;2622097;1489;; ;tRNA;2625515;1102;;gta fin;CDS;2626691;;; deb;CDS;2650514;164;; ;tRNA;2651461;218;;cac fin;CDS;2651751;;; deb;CDS;2663547;318;; ;tRNA;2664987;263;comp;ggc fin;CDS;2665322;;; deb;CDS;2856552;134;; ;tRNA;2857544;153;comp;tca fin;CDS;2857782;;comp; deb;CDS;3326036;539;; ;tRNA;3327097;995;;tgc fin;CDS;3328164;;; deb;CDS;3994472;514;; ;tRNA;3995436;477;comp;cga fin;CDS;3996007;;; deb;CDS;4005709;269;; ;tRNA;4006296;860;;ttg ;repeat_region;4007239;169;; fin;CDS;4009182;;comp; deb;CDS;4031590;1075;comp; ;tRNA;4032947;182;;cag fin;CDS;4033202;;comp; deb;CDS;4041205;96;comp; ;tRNA;4042057;375;;tta fin;CDS;4042517;;comp; deb;CDS;4045359;718;comp; ;tRNA;4048993;35;;tta deb;CDS;4049113;241;comp; ;tRNA;4052645;177;;tta fin;CDS;4052907;;comp; deb;CDS;4407561;64;; ;tRNA;4407895;675;;gcg fin;CDS;4408642;;comp; deb;CDS;4504139;536;comp; ;tRNA;4504837;220;comp;ctg fin;CDS;4505142;;comp; deb;CDS;4551177;566;comp; ;tRNA;4552418;94;;gtc ;tRNA;4552586;7;;ttc ;tRNA;4552668;61;;ggc ;tRNA;4552801;94;;gtc ;tRNA;4552969;7;;ttc ;tRNA;4553051;717;;ggc fin;CDS;4553840;;; deb;CDS;4617920;200;; ;tRNA;4618540;351;;gaa deb;CDS;4618969;377;; ;tRNA;4619568;214;;gaa fin;CDS;4619860;;comp; deb;CDS;4673041;289;; ;rRNA;4673933;74;comp;122 ;rRNA;4674129;116;comp;2833 ;tRNA;4677152;85;comp;gca ;rRNA;4677310;1247;comp;1489 fin;CDS;4680035;;; deb;CDS;4759174;89;comp; ;tRNA;4759500;655;comp;aaa fin;CDS;4760232;;comp; </pre> ====mba intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_entre_cds|mba intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> mba;4.2.21 Paris;;mba 17.12.20;;;;;;;;; mba;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;329;8.3;'''négatif ;-12;13;-1 à -74;'''4 837 408;-1;329;610;21 ;'''zéro;22;0.6;;;;;'''intercals;0;22;620;23 ;'''1 à 200;1478;37.5;'''0 à 200;85;62;;'''1 292 909;5;110;630;21 ;'''201 à 370;782;19.8;'''201 à 370;278;48;;'''26.7%;10;53;640;20 ;'''371 à 600;643;16.3;'''371 à 600;475;66;;;15;73;650;14 ;'''601 à max;689;17.5;'''601 à 1028;920;310;;;20;67;660;22 ;'''total 3943;<201;46;'''total 3938;324;341;-74 à 2323;;25;46;670;14 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;37;680;28 3095040;2919;-1;329;-70;1;;0;22;35;39;690;6 526434;2894;0;22;-60;0;;-1;°33;40;54;700;11 1788553;2705;1;22;-50;8;;-2;2;45;35;710;20 2002090;2693;2;°33;-40;7;;-3;2;50;31;720;14 4631335;2517;3;12;-30;14;'''min à -1;-4;°120;55;34;730;7 818173;2323;4;19;-20;34;329;-5;1;60;45;740;16 2797830;2322;5;°24;-10;66;8.3%;-6;2;65;34;750;20 3799612;2309;6;15;0;221;;-7;5;70;25;760;12 376145;2299;7;4;10;163;;-8;°33;75;34;770;18 3653740;2282;8;6;20;140;;-9;1;80;36;780;12 4809596;2233;9;8;30;83;;-10;4;85;41;790;8 1187952;2165;10;°20;40;93;'''1 à 100;-11;°13;90;30;800;7 4415180;2161;11;18;50;66;878;-12;0;95;27;810;6 3268995;2076;12;8;60;79;22.3%;-13;5;100;27;820;8 372411;1964;13;°19;70;59;;-14;°18;105;23;830;8 3552425;1946;14;15;80;70;;-15;0;110;31;840;9 3151269;1901;15;13;90;71;;-16;5;115;32;850;13 3603917;1870;16;°14;100;54;;-17;°12;120;41;860;6 542032;1854;17;11;110;54;;-18;5;125;25;870;18 682785;1848;18;°16;120;73;;-19;4;130;25;880;8 3195397;1797;19;8;130;50;;-20;°8;135;24;890;10 2484625;1761;20;°18;140;55;;-21;0;140;31;900;9 3100209;1754;21;9;150;71;;-22;1;145;42;910;7 2724177;1733;22;°12;160;47;;-23;°6;150;29;920;5 912406;1712;23;6;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;23;930;4 2448660;1707;24;°14;180;60;1478;-25;5;160;24;940;7 2750853;1677;25;5;190;75;37.5%;-26;°9;165;22;950;15 4703857;1624;26;6;200;57;;-27;1;170;36;960;9 974831;1613;27;°11;210;39;;-28;3;175;29;970;5 4637075;1600;28;5;220;74;;-29;°1;180;31;980;9 2503952;1596;29;5;230;51;;-30;0;185;39;990;8 511626;1595;30;°10;240;47;;-31;0;190;36;1000;9 2705610;1569;31;3;250;51;'''0 à 200;-32;°4;195;33;1010;3 3908084;1568;32;6;260;59;1500;;325;200;24;1020;9 2490112;1557;33;8;270;53;;reste;26;205;19;1030;4 63786;1555;34;10;280;55;;total;351;210;20;1040;7 136653;1553;35;12;290;42;;;;215;46;1050;3 958597;1549;36;°14;300;35;;;;220;28;1060;7 301149;1548;37;9;310;43;;;;225;29;1070;10 1165546;1516;38;°11;320;44;;'''intercal;'''<u>frequencef;230;22;1080;5 ;;39;10;330;37;;600;3254;235;24;1090;3 ;;40;10;340;49;'''201 à 370;700;180;240;23;1100;1 ;;reste;3113;350;40;782;800;134;245;29;1110;8 ;;total;3943;360;32;19.8%;900;95;250;22;1120;4 ;;;;370;31;;1000;78;255;30;1130;3 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;36;;1100;52;260;29;1140;4 4403838;-74;comp;;390;23;;1200;41;265;26;1150;3 1874377;-59;shift2;688;400;37;;1300;30;270;27;1160;5 4136612;-59;shift2;694;410;34;;1400;22;275;22;1170;4 493240;-56;shift2;127;420;31;;1500;15;280;33;1180;3 942901;-56;shift2;601;430;43;;1600;13;285;20;1190;3 4169341;-56;shift2;238;440;34;;1700;3;290;22;1200;4 4335751;-56;shift2;445;450;30;;1800;6;295;20;;580 4374865;-55;comp;;460;27;;1900;3;300;15;reste;109 2801727;-51;comp;;470;31;;2000;3;305;18;total;3943 1742959;-49;shift2;2660;480;28;;2100;1;310;25;; 2882494;-49;shift2;1325;490;28;;2200;2;315;24;; 3292321;-49;shift2;101;500;26;;2300;3;320;20;; 2440972;-47;shift2;664;510;22;;2400;3;325;19;; 4561346;-44;shift2;1744;520;32;;2500;0;330;18;; 1057681;-41;shift2;394;530;25;;2600;1;335;21;; 1723225;-41;comp;;540;20;'''371 à 600;2700;1;340;28;; 82489;-38;;;550;23;643;2800;1;345;21;; 222695;-38;;;560;22;16.3%;2900;1;350;19;; 3533580;-38;;;570;22;;3000;1;355;19;; 1573832;-35;;;580;28;'''601 à max;;689;360;13;; 1931905;-35;;;590;18;689;;;365;15;; 3122151;-35;;;600;23;17.5%;;;370;16;; 3337334;-35;;;reste;689;;reste;0;reste;1332;; 4054645;-35;;;total;3943;;total;3943;total;3943;; </pre> ====mba intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> mba Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; mba;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;4.9;-71;219;11;350;483;min10;-50;359;-832;80;823;239;min50 1 à 600;5.8;-62;170;7.4;465;354;2 parties;-6.7;100;-498;10;789;495;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;2;25;-;1;poly;348;tF;104;46;;536;poly;287;SF 1 à 600;14;20;-;156;poly;309;tF;80;59;-;580;poly;209;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélation et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;800;;;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;corrélation;;;;;;;;complément à 800;; 41-n;0.154;-0.330;-0.221;0.639;;;;;;;-0.074;;;;;;;;effectifs;; 1-n;-0.223;-0.512;-0.477;;;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;;; mba;fx;fc;;mba;fx%;fc%;mba;fx;fc;;fx40;fc40;;x;mba;Sx-;Sc-;;mba;fx;fc 0;1;21;;0;1;13;;;;0;1;21;>0;1232;-1;0;33;;410;13;21 10;8;155;;10;11;94;410;13;21;1;0;22;<0;22;-2;2;0;;420;13;18 20;13;127;;20;18;77;420;13;18;2;2;31;zéro;1;-3;0;2;;430;19;24 30;11;72;;30;16;44;430;19;24;3;0;12;total;1255;-4;3;117;;440;15;19 40;19;74;;40;27;45;440;15;19;4;2;17;;c;-5;1;0;;450;14;16 50;12;54;;50;17;33;450;14;16;5;1;23;>0;2360;-6;2;0;;460;7;20 60;18;61;;60;26;37;460;7;20;6;0;15;<0;307;-7;0;5;;470;11;20 70;11;48;;70;16;29;470;11;20;7;0;4;zéro;21;-8;0;33;;480;7;21 80;16;54;;80;23;33;480;7;21;8;2;4;total;2688;-9;0;1;;490;14;14 90;18;53;;90;26;32;490;14;14;9;0;8;;;-10;0;4;;500;12;14 100;17;37;;100;24;22;500;12;14;10;1;19;;;-11;0;13;;510;5;17 110;16;38;;110;23;23;510;5;17;11;2;16;;;-12;0;0;;520;15;17 120;30;43;;120;43;26;520;15;17;12;0;8;;;-13;1;4;;530;8;17 130;11;39;;130;16;24;530;8;17;13;0;19;;;-14;3;15;;540;6;14 140;20;35;;140;28;21;540;6;14;14;2;13;;;-15;0;0;;550;15;8 150;19;52;;150;27;31;550;15;8;15;1;12;;;-16;0;5;;560;10;12 160;22;25;;160;31;15;560;10;12;16;1;13;;;-17;1;11;;570;14;8 170;14;44;;170;20;27;570;14;8;17;0;11;;;-18;0;5;;580;13;15 180;24;36;;180;34;22;580;13;15;18;3;13;;;-19;0;4;;590;8;10 190;29;46;;190;41;28;590;8;10;19;1;7;;;-20;1;7;;600;13;10 200;27;30;;200;38;18;600;13;10;20;3;15;;;-21;0;0;;610;10;11 210;18;21;;210;26;13;610;10;11;21;1;8;;;-22;0;1;;620;7;16 220;31;43;;220;44;26;620;7;16;22;4;8;;;-23;1;5;;630;9;12 230;20;31;;230;28;19;630;9;12;23;2;4;;;-24;0;0;;640;7;13 240;15;32;;240;21;19;640;7;13;24;0;14;;;-25;0;5;;650;4;10 250;24;27;;250;34;16;650;4;10;25;1;4;;;-26;1;8;;660;8;14 260;25;34;;260;35;21;660;8;14;26;0;6;;;-27;0;1;;670;4;10 270;18;35;;270;26;21;670;4;10;27;1;10;;;-28;0;3;;680;12;16 280;18;37;;280;26;22;680;12;16;28;1;4;;;-29;0;1;;690;2;4 290;16;26;;290;23;16;690;2;4;29;1;4;;;-30;0;0;;700;5;6 300;12;23;;300;17;14;700;5;6;30;0;10;;;-31;0;0;;710;8;12 310;19;24;;310;27;15;710;8;12;31;1;2;;;-32;0;4;;720;5;9 320;17;27;;320;24;16;720;5;9;32;0;6;;;-33;0;0;;730;3;4 330;14;23;;330;20;14;730;3;4;33;0;8;;;-34;1;0;;740;5;11 340;27;22;;340;38;13;740;5;11;34;3;7;;;-35;1;5;;750;9;11 350;12;28;;350;17;17;750;9;11;35;1;11;;;-36;0;0;;760;6;6 360;14;18;;360;20;11;760;6;6;36;6;8;;;-37;0;0;;770;10;8 370;11;20;;370;16;12;770;10;8;37;0;9;;;-38;0;3;;780;3;9 380;12;24;;380;17;15;780;3;9;38;0;11;;;-39;0;0;;790;5;3 390;8;15;;390;11;9;790;5;3;39;4;6;;;-40;0;0;;800;2;5 400;19;18;;400;27;11;800;2;5;40;4;6;;;-41;1;1;;;1061;2156 reste;527;709;;;;;reste;171;204;reste;1181;1932;;;-42;0;0;;;; total;1233;2381;;t30;45;214;total;1233;2381;total;1233;2381;;;-43;0;0;;;; diagr;705;1651;;;;;diagr;356;505;diagr;51;428;;;-44;0;1;;;; - t30;673;1297;;;;;;;;;;;;;-45;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-46;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-47;0;1;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-49;0;3;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-50;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;reste;3;6;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;total;22;307;;;; </pre> ====mba intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_négatifs_S-|mba intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;2;;1;1;2;;;;;;;1;3;;;1;;;1;;;;;;1;;;;;;;;1;1;;;;;;1;;;;;;;;;;2;18 continu;33;0;2;119;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;6;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;7;311 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;3;1;2;0;0;0;0;0;0;1;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;22 ;Sc-;33;0;2;117;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;5;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;6;307 </pre> ====mba autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_autres_intercalaires|mba autres intercalaires]] <pre> ;mba;autres intercalaires;;adresses1;;mba;autres intercalaires;;adresses2;;;mba;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;91192;137;;;deb;°CDS;1516050;286;comp;;deb;°CDS;2622097;1489; ;&tRNA;92076;132;comp;;;&tRNA;1516507;760;;;;&tRNA;2625515;1102; ;&tRNA;92293;298;comp;;fin;°CDS;1517340;;comp;;fin;°CDS;2626691;; fin;°CDS;92676;;comp;;deb;°CDS;1538879;36;comp;;deb;°CDS;2650514;164; deb;°CDS;98630;535;comp;;;&tRNA;1539323;1249;comp;;;&tRNA;2651461;218; ;&tRNA;99873;222;comp;;fin;°CDS;1540645;;comp;;fin;°CDS;2651751;; fin;°CDS;100178;;comp;;deb;°CDS;1546247;576;comp;;deb;°CDS;2663547;318; deb;°CDS;146979;80;comp;;;&tRNA;1548368;448;comp;;;&tRNA;2664987;263;comp ;&tRNA;147599;198;comp;;fin;°CDS;1548890;;;;fin;°CDS;2665322;; fin;°CDS;147869;;comp;;deb;°CDS;1550566;745;;;deb;°CDS;2856552;134; deb;°CDS;199345;492;comp;;;&tRNA;1551506;506;comp;;;&tRNA;2857544;153;comp ;&tRNA;200761;71;comp;;fin;°CDS;1552086;;;;fin;°CDS;2857782;;comp ;&tRNA;200905;119;comp;;deb;°CDS;1621639;433;;;deb;°CDS;3326036;539; ;&tRNA;201099;790;comp;;;&tRNA;1623269;112;;;;&tRNA;3327097;995; fin;°CDS;201962;;;;;&tRNA;1623497;300;;;fin;°CDS;3328164;; deb;°CDS;260990;173;;;fin;°CDS;1623870;;comp;;deb;°CDS;3994472;514; ;&tRNA;261706;673;;;deb;°CDS;1657967;616;comp;;;&tRNA;3995436;477;comp fin;°CDS;262451;;;;;repeat_region;1660242;74;;;fin;°CDS;3996007;; deb;°CDS;355894;309;;;fin;°CDS;1661656;;;;deb;°CDS;4005709;269; ;repeat_region;356467;137;;;deb;°CDS;1714788;154;;;;&tRNA;4006296;860; fin;°CDS;359947;;;;;&tRNA;1715224;187;comp;;;repeat_region;4007239;169; deb;°CDS;463836;2075;comp;;fin;°CDS;1715483;;comp;;fin;°CDS;4009182;;comp ;&tRNA;466799;94;;;deb;°CDS;1755811;113;comp;;deb;°CDS;4031590;1075;comp ;&tRNA;466965;221;;;;&tRNA;1756107;0;comp;;;&tRNA;4032947;182; fin;°CDS;467271;;comp;;fin;°CDS;1756182;;comp;;fin;°CDS;4033202;;comp deb;°CDS;473154;298;;;deb;°CDS;1842058;16;;;deb;°CDS;4041205;96;comp ;&tRNA;474022;246;comp;;;&tRNA;1842212;717;comp;;;&tRNA;4042057;375; fin;°CDS;474343;;comp;;fin;°CDS;1843003;;;;fin;°CDS;4042517;;comp deb;°CDS;692109;349;comp;;deb;°CDS;1852573;1379;comp;;deb;°CDS;4045359;718;comp ;&tRNA;693337;400;;;;&tRNA;1854261;198;comp;;;&tRNA;4048993;35; 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;&tRNA;1135447;126;comp;;fin;°CDS;2029356;;comp;;;&tRNA;4553051;717; fin;°CDS;1135645;;comp;;deb;°CDS;2157926;567;;;fin;°CDS;4553840;; deb;°CDS;1137210;488;;;;&tRNA;2159252;349;;;deb;°CDS;4617920;200; ;$rRNA;1138169;74;comp;;fin;°CDS;2159712;;;;;&tRNA;4618540;351; ;$rRNA;1138365;209;comp;;deb;°CDS;2194967;718;comp;;deb;°CDS;4618969;377; ;$rRNA;1141481;835;comp;;;$rRNA;2196021;209;;;;&tRNA;4619568;214; fin;°CDS;1143794;;;;;$rRNA;2197708;74;;;fin;°CDS;4619860;;comp deb;°CDS;1249870;423;comp;;;$rRNA;2200689;607;;;deb;°CDS;4673041;289; ;&tRNA;1250464;546;comp;;fin;°CDS;2201418;;comp;;;$rRNA;4673933;74;comp fin;°CDS;1251084;;;;deb;°CDS;2434335;603;comp;;;$rRNA;4674129;116;comp deb;°CDS;1315521;-12;;;;&tRNA;2435213;223;comp;;;&tRNA;4677152;85;comp ;&tRNA;1315680;174;comp;;;&tRNA;2435508;74;;;;$rRNA;4677310;1247;comp fin;°CDS;1315926;;;;;&tRNA;2435659;241;;;fin;°CDS;4680035;; ;;;;;;fin;°CDS;2435977;;comp;;deb;°CDS;4759174;89;comp ;;;;;;;;;;;;;&tRNA;4759500;655;comp ;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;4760232;;comp </pre> ====mba intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_tRNA|mba intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aa;comp’;cds aa deb;comp’;cds aa fin ;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;132;comp’;137;;298;;15;0;'''deb; ;;;535;;222;;36;125;<201;9 ;;;80;;198;;64;126;total;25 ;71 119;;492;comp’;790;;80;153;taux;36% ;;;173;;673;;89;187;; ;94;comp’;2075;comp’;221;;113;198;'''fin; ;;comp’;298;;246;;164;198;<201;8 ;;comp’;349;comp’;400;;173;199;total;23 ;;comp’;488;;307;;200;218;taux;35% ;;;799;;;;235;220;; ;63 63;;15;;273;;269;222;'''total; ;65;;235;;126;;349;246;<201;17 ;;;423;comp’;546;;377;273;total;48 ;;comp’;-12;comp’;174;;423;298;taux;35% ;;comp’;286;comp’;760;;433;307;; ;;;36;;1249;;535;349;; ;;;576;comp’;448;;536;351;; ;;comp’;745;comp’;506;;539;655;; ;112;;433;comp’;300;;567;673;; ;;comp’;154;;187;;576;717;; ;;;113;;0;;603;995;; ;;comp’;16;comp’;717;;799;1102;; ;;;1379;;198;;1379;1249;; ;;;349;comp’;445;;1489;-;; ;;comp’;183;;125;;2315;-;'''comp’;'''cumuls ;;;2315;;199;;'''-12;35;; ;;comp’;314;comp’;513;;16;174;'''deb; ;;;567;;349;;96;177;<201;7 '''comp’;'''223;;603;comp’;241;;134;182;total;21 ;'''74;;;;;;137;214;taux;33% ;;;1489;;1102;;154;221;; ;;;164;;218;;183;241;'''fin; 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WH1;;;;;;;;;;;; comp;38726..40264;;cds;;698;*698;;;*513;;2-isopropylmalate synthase;* ;40963..42450;;16s;;208;;;;1488;;;* ;42659..45491;;23s;;130;;;;2833;;;* ;45622..45743;;5s;;857;*857;;;122;;;* ;46601..47164;;cds;;102;102;;;188;;hp;* ;47267..47338;;tgc;+;72;;72;;;;;* ;47411..47482;;tgc;2 tgc;411;*411;;;;;;* ;47894..48508;;cds;;;;;;205;;endonuclease III;* ;;;;;;;;;;;;* comp;71092..72423;;cds;;384;384;;;444;;signal recognition particle protein;* comp;72808..72882;;atgf;+;89;;*89;;;;;* comp;72972..73046;;atgf;2 atgf;234;234;;;;;;* ;73281..73472;;cds;;;;;;64;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;175573..176153;;cds;;163;163;;;194;;hp;* comp;176317..176389;;gac;;111;;*111;;;;;* comp;176501..176614;;tac;@1;295;295;;;;;;* ;176910..177248;;cds;;;;;;113;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;214884..215966;;cds;;801;*801;;;361;;hp;* comp;216768..216841;;aca;;150;150;;;;;;* ;216992..217582;;cds;;;;;;197;;aldolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;372219..373091;;cds;;558;*558;;;291;;hp;* comp;373650..373723;;gtg;;340;340;;;;;;* ;374064..374828;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;* ;;;;;;;;;;;;* comp;379248..381950;;cds;;1076;*1076;;;*901;;DNA mismatch repair protein MutS;* comp;383027..383104;;ccc;;193;193;;;;;;* comp;383298..383882;;cds;;;;;;195;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;532751..533176;;cds;;356;356;;;142;;hp;* comp;533533..533607;;cca;;149;149;;;;;;* comp;533757..534308;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;598666..599850;;cds;;170;170;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;* ;600021..600092;;cgc;;341;341;;;;;;* ;600434..600868;;cds;;;;;;145;;cell surface lipoprotein;* ;;;;;;;;;;;;* ;680493..681734;;cds;;185;185;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;* ;681920..681994;;gag;;242;242;;;;;;* >;682237..682560;;cds;;;;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* ;689062..689631;;cds;;36;36;;;190;;phosphatase PAP2 family protein;* comp;689668..689752;;cta;;73;;73;;;;;* comp;689826..689897;;gga;;1481;*1481;;;;;;* ;691379..691483;;cds;;;;;;35;;CcmD family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;793563..795017;;cds;;111;111;;;485;;p-IS66 family transposase;* comp;795129..795213;;ctc;+;117;;*117;;;;;* comp;795331..795418;;ctc;2 ctc;235;235;;;;;;* comp;795654..796454;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;* ;;;;;;;;;;;;* ;810088..810471;;cds;;861;*861;;;128;;hp;* comp;811333..811415;;tcc;;123;123;;;;;;* comp;811539..812555;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;* ;;;;;;;;;;;;* comp;893309..894232;;cds;;391;391;;;308;;aldolase;* comp;894624..894696;;aac;+;87;;*87;;;;;* comp;894784..894858;;atgi;2 aac;110;;*110;;;;;* comp;894969..895041;;aac;;1415;*1415;;;;;;* comp;896457..897506;;cds;;;;;;350;;TIGR00303 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;949570..950112;;cds;;208;208;;;181;;nitroreductase family protein;* ;950321..950392;;cgg;;498;*498;;;;;;* comp;950891..952300;;cds;;;;;;470;;NADPH-dependent glutamate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1088496..1090946;;cds;;360;360;;;*817;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* comp;1091307..1091378;;gcc;;227;;*227;;;;;* ;1091606..1091682;;atc;+;62;;62;;;;;* ;1091745..1091818;;atc;2 atc;353;353;;;;;;* comp;1092172..1092585;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1155736..1156137;;cds;;210;210;;;134;;AsnC family transcriptional regulator;* ;1156348..1156425;;gaa;+;718;;*718;;;;;* ;1157144..1157221;;gaa;2 gaa;233;233;;;;;;* comp;1157455..1158645;;cds;@4;;;;;397;;ISH3 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1199367..1200149;;cds;;967;*967;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;1201117..1202604;;16s;;80;;;;1488;;;* ;1202685..1202757;;gca;;135;;;;;;;* ;1202893..1205725;;23s;;130;;;;2833;;;* ;1205856..1205977;;5s;;5;5;;;122;;;* comp;1205983..1206231;;cds;;;;;;83;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1207508..1211485;;cds;;12;12;;;*1326;;PAS domain S-box protein;* comp;1211498..1211582;;ctg;;190;190;;;;;;* comp;1211773..1212681;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1220571..1220783;;cds;;596;*596;;;71;;MoaD/ThiS family protein;* comp;1221380..1221451;;ggc;+;25;;25;;;;;* comp;1221477..1221551;;ttc;2 ggc;57;;57;;;;;* comp;1221609..1221682;;gtc;2 ttc;71;;71;;;;;* comp;1221754..1221825;;ggc;2 gtc;25;;25;;;;;* comp;1221851..1221925;;ttc;;118;;*118;;;;;* comp;1222044..1222117;;gtc;;358;358;;;;;;* ;1222476..1223792;;cds;;;;;;439;;methanogenesis marker 16 metalloprotein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1400830..1401773;;cds;;914;*914;;;315;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;1402688..1402761;;gta;;287;287;;;;;;* ;1403049..1403276;;cds;;;;;;76;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1504221..1505630;;cds;;686;*686;;;470;;F0F1 ATP synthase subunit beta;* comp;1506317..1506410;;cga;;750;*750;;;;;;* ;1507161..1508039;;cds;;;;;;293;;response regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1513245..1513562;;cds;;213;213;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;* ;1513776..1513858;;ttg;;268;268;;;;;;* >;1514127..1514647;;cds;;;;;;174;;p-IS1634 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1887880..1888338;;cds;;392;392;;;153;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein;* comp;1888731..1888802;;ggc;;378;378;;;;;;* ;1889181..1890518;;cds;;;;;;446;;DHH family phosphoesterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1962666..1963553;;cds;;130;130;;;296;;hp;* comp;1963684..1963768;;tta;;235;235;;;;;;* ;1964004..1964759;;cds;;;;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1971331..1971852;;cds;;319;319;;;174;;hp;* comp;1972172..1972244;;cag;;204;204;;;;;;* comp;1972449..1972850;;cds;;;;;;134;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2170713..2172446;;cds;;156;156;;;*578;;radical SAM protein;* comp;2172603..2172674;;cac;;174;174;;;;;;* comp;2172849..2173631;;cds;;;;;;261;;thiazole biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;2320809..2321131;;cds;;141;141;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;* comp;2321273..2321344;;gcg;;65;65;;;;;;* comp;2321410..2321679;;cds;;;;;;90;;elongation factor 1-beta;* ;;;;;;;;;;;;* ;2387890..2388675;;cds;;150;150;;;262;;peptidylprolyl isomerase;* ;2388826..2388911;;tca;;326;326;;;;;;* comp;2389238..2389453;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2678132..2678368;;cds;;85;85;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;* comp;2678454..2678530;;aaa;;824;*824;;;;;;* comp;2679355..2679537;;cds;;;;;;61;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3091524..3091754;;cds;;271;271;;;77;;hp;* comp;3092026..3092147;;5s;;130;;;;122;;;* comp;3092278..3095110;;23s;;208;;;;2833;;;* comp;3095319..3096806;;16s;;839;*839;;;1488;;;* ;3097646..3097975;;cds;;;;;;110;;translation initiation factor eIF-1A;* ;;;;;;;;;;;; comp;3153517..3155214;;cds;;599;*599;;;*566;;diguanylate phosphodiesterase;* comp;3155814..3155923;;atgj;;799;*799;;;;;;* ;3156723..3157106;;cds;;;;;;128;;tRNA CCA-pyrophosphorylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3241682..3242944;;cds;;473;*473;;;421;;diaminopimelate decarboxylase;* ;3243418..3243489;;ggg;;377;377;;;;;;* ;3243867..3244073;;cds;;;;;;69;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3341829..3342017;;cds;@2;0;*0;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;* ;3342018..3342092;;ccg;;112;112;;;;;;* ;3342205..3342387;;cds;;;;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;* ;;;;;;;;;;;;* ;3358176..3359186;;cds;;533;*533;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;* ;3359720..3359791;;acg;;52;52;;;;;;* comp;3359844..3360305;;cds;;;;;;154;;peroxiredoxin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3397316..3398947;;cds;;422;*422;;;*544;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;* ;3399370..3399684;;ncRNA;@3;149;149;;;315;;;* ;3399834..3399918;;agc;;230;230;;;;;;* ;3400149..3400847;;cds;;;;;;233;;ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3435506..3436918;;cds;;181;181;;;471;;phosphotransferase;* ;3437100..3437183;;tcg;;273;273;;;;;;* ;3437457..3437948;;cds;;870;*870;;;164;;rubrerythrin family protein;* ;3438819..3438989;;cds;;107;107;;;57;;hp;* ;3439097..3439289;;tgg;;42;42;;;;;;* comp;3439332..3439484;;cds;;;;;;51;;hp MLELDILDLDILDLDILDLKILELEILELEVLELEILELEILELEVLVQS;* ;;;;;;;;;;;;* ;3456114..3456473;;cds;;260;260;;;120;;hp;* comp;3456734..3456805;;acc;;200;200;;;;;;* comp;3457006..3457518;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3583589..3584044;;cds;;295;295;;;152;;N-acetyltransferase;* comp;3584340..3584414;;agg;;339;339;;;;;;* ;3584754..3585317;;cds;;;;;;188;;biotin transporter BioY;* ;;;;;;;;;;;;* ;3593430..3593861;;cds;;343;343;;;144;;PspC domain-containing protein;* comp;3594205..3594279;;aga;;348;348;;;;;;* ;3594628..3595506;;cds;;;;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3603458..3603697;;cds;;389;389;;;80;;type II toxin-antitoxin system HicB family antitoxin;* ;3604087..3604159;;caa;;633;*633;;;;;;* comp;3604793..3606301;;cds;;;;;;*503;;lipopolysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3856073..3856279;;cds;;402;*402;;;69;;TRAM domain-containing protein;* ;3856682..3856755;;aag;;498;*498;;;;;;* ;3857254..3857424;;cds;;;;;;57;;CopG family transcriptional regulator;* </pre> ====mfe cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_cumuls|mfe cumuls]] <pre> mfe cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;1;1;;100;18;30;0 ;16 23 5s 0;2;20;0;;50;4;20;;200;29;60;4 ;16 gca 235;1;40;2;;100;3;40;;300;12;90;14 ;16 23 5s a;0;60;1;;150;11;60;;400;9;120;6 ;max a;1;80;4;;200;9;80;;500;9;150;8 ;a doubles;0;100;2;;250;10;100;;600;5;180;7 ;autres;0;120;4;;300;7;120;;700;0;210;9 ;total aas;1;140;0;;350;7;140;;800;0;240;1 sans ;opérons;40;160;0;;400;10;160;;900;1;270;6 ;1 aa;31;180;0;;450;3;180;;1000;1;300;4 ;max a;6;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;3 ;a doubles;7;;2;;;20;;;;1;;23 ;total aas;55;;15;0;;88;;0;;85;;85 total aas;;56;;;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;131;;;376;;;;255;; ;;;variance;169;;;299;;;;210;; sans jaune;;;moyenne;55;;;223;;;;207;;157 ;;;variance;21;;;108;;;;127;;80 </pre> ====mfe blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_blocs|mfe blocs]] <pre> mfe blocs;;;; cds;698;513;2-isopropylmalate synthase;* 16s;208;1488;;* 23s;130;2833;;* 5s;857;122;;* cds;102;188;hp;* ;;;; cds;967;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* 16s;80;1488;;* gca;135;;;* 23s;130;2833;;* 5s;5;122;;* cds;;83;hp;* ;;;; cds;271;77;hp;* 5s;130;122;;* 23s;208;2833;;* 16s;839;1488;;* cds;;110;translation initiation factor eIF-1A;* </pre> ====mfe remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_remarques|mfe remarques]] <pre> mfe;;;;;;56;56 atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====mfe distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_distribution|mfe distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc; gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mfe;;31;;;;;;;mfe;14;;;;;;;;mfe;10;;;;;; </pre> ====mfe données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_données_intercalaires|mfe données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mfe;fx;fc;mfe;fx40;fc40;mfe;x-;c-;c;x;c;x;aa ;1;0;1;17;0;1;17;-1;;26;102;207;CDS 16s;; ;0;10;11;152;1;2;28;-2;1;0;411;295;;704; 1;0;20;15;94;2;0;29;-3;;0;384;150;;973; ;0;30;21;74;3;1;16;-4;4;116;225;340;;845; 1;0;40;22;60;4;1;15;-5;;0;801;170;16s 23s;; 1;0;50;24;58;5;1;18;-6;;0;558;36;2* 196;; 1;0;60;11;41;6;1;14;-7;;4;1076;1611;23s 5s;; ;1;70;18;55;7;2;3;-8;;27;193;861;3* 74;; ;0;80;23;52;8;1;7;-9;2;0;356;498;5s CDS;; ;1;90;24;43;9;1;8;-10;2;6;149;360;857;5; ;0;100;18;41;10;1;14;-11;;10;332;353;;271; ;2;110;25;48;11;2;15;-12;1;0;185;233;16s tRNA;; ;2;120;24;44;12;0;11;-13;;5;296;12;84;;gca 1;1;130;30;46;13;2;12;-14;1;11;111;358;tRNA 23s;; ;0;140;10;40;14;3;8;-15;;1;235;774;119;;gca 1;3;150;25;36;15;3;10;-16;;1;123;392;tRNA tRNA;; ;1;160;13;41;16;2;3;-17;1;9;391;378;72;;tgc 1;0;170;25;35;17;1;7;-18;;1;1415;130;**;;tgc ;1;180;22;31;18;0;8;-19;;1;208;235;89;;atgf ;3;190;14;38;19;2;12;-20;;5;210;319;**;;atgf ;2;200;11;28;20;0;8;-21;;0;190;326;111;;gac 1;3;210;17;42;21;0;11;-22;;1;596;799;**;;tac ;1;220;27;29;22;0;3;-23;;3;914;473;73;;cta ;2;230;24;32;23;3;9;-24;;1;287;52;**;;gga 2;1;240;18;34;24;2;12;-25;;3;686;42;117;;ctc ;0;250;10;20;25;0;8;-26;;2;213;260;**;;ctc 1;0;260;18;34;26;0;10;-27;;0;268;339;87;;aac ;1;270;14;26;27;1;5;-28;;1;204;343;110;;atgi ;1;280;16;21;28;11;10;-29;;0;156;348;**;;aac ;1;290;16;20;29;1;2;-30;;0;174;633;-;227;gcc 1;2;300;19;25;30;3;4;-31;;0;141;402;62;;atc ;0;310;10;21;31;2;6;-32;;1;65;;**;;atc 1;0;320;14;24;32;2;3;-33;1;0;150;;718;;gaa 1;0;330;15;23;33;1;1;-34;;0;85;;**;;gaa 2;1;340;12;20;34;2;7;-35;;6;824;;25;;ggc 2;0;350;13;22;35;2;4;-36;;0;599;;57;;ttc 3;1;360;13;14;36;2;4;-37;;0;377;;71;;gtc ;0;370;13;13;37;1;10;-38;;0;0;;25;;ggc 1;1;380;15;17;38;3;5;-39;1;0;112;;118;;ttc ;2;390;12;18;39;4;8;-40;;0;533;;**;;gtc 1;1;400;12;15;40;3;12;-41;;4;230;;;; 8;12;reste;372;467;reste;997;1614;-42;;0;181;;;; 31;48;total;1067;2011;total;1067;2011;-43;;0;273;;;; 23;35;diagr;694;1527;diagr;69;380;-44;;0;107;;;; 1;0; t30;47;320;;;;-45;;0;200;;;; ;;;;;;;;-46;;0;295;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;389;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;498;;;; ;x;1066;17;1;1084;;;-49;;0;;;;; ;c;1994;250;17;2261;;;-50;;0;;;;; ;;;;;3345;122;;reste;3;3;;;;; ;;;;;;3467;;total;17;250;;;;; </pre> =====mfe autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_autres_intercalaires_aas|mfe autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;mfe;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;38726;40264;704;*; ;;rRNA;40969;42446;196;*;1478 ;;rRNA;42643;45547;74;*;2905 ;;rRNA;45622;45743;857;*;122 deb;;CDS;46601;47164;102;*; ;;tRNA;47267;47338;72;*;tgc ;;tRNA;47411;47482;411;*;tgc fin;;CDS;47894;48508;;; deb;comp;CDS;71092;72423;384;*; ;comp;tRNA;72808;72882;89;*;atgf ;comp;tRNA;72972;73046;207;*;atgf fin;;CDS;73254;73472;;0; deb;comp;CDS;175573;176091;225;*; ;comp;tRNA;176317;176389;111;*;gac ;comp;tRNA;176501;176614;295;*;tac fin;;CDS;176910;177248;;0; deb;comp;CDS;214884;215966;801;*; ;comp;tRNA;216768;216841;150;*;aca fin;;CDS;216992;217582;;; deb;comp;CDS;372219;373091;558;*; ;comp;tRNA;373650;373723;340;*;gtg fin;;CDS;374064;374828;;0; deb;comp;CDS;379248;381950;1076;*; ;comp;tRNA;383027;383104;193;*;ccc fin;comp;CDS;383298;383828;;; deb;;CDS;508114;509238;100;*; ;comp;ncRNA;509339;509698;415;*; fin;;CDS;510114;511253;;; deb;comp;CDS;532751;533176;356;*; ;comp;tRNA;533533;533607;149;*;cca fin;comp;CDS;533757;534308;;; deb;comp;CDS;598666;599850;170;*; ;;tRNA;600021;600092;332;*;cgc fin;;CDS;600425;600868;;0; deb;;CDS;680493;681734;185;*; ;;tRNA;681920;681994;296;*;gag fin;;CDS;682291;682578;;0; deb;;CDS;689098;689631;36;*; ;comp;tRNA;689668;689752;73;*;cta ;comp;tRNA;689826;689897;1611;*;gga fin;;CDS;691509;691889;;; deb;comp;CDS;793563;795017;111;*; ;comp;tRNA;795129;795213;117;*;ctc ;comp;tRNA;795331;795418;235;*;ctc fin;comp;CDS;795654;796454;;; deb;;CDS;810088;810471;861;*; ;comp;tRNA;811333;811415;123;*;tcc fin;comp;CDS;811539;812555;;; deb;comp;CDS;893309;894232;391;*; ;comp;tRNA;894624;894696;87;*;aac ;comp;tRNA;894784;894858;110;*;atgi ;comp;tRNA;894969;895041;1415;*;aac fin;comp;CDS;896457;897506;;; deb;;CDS;949570;950112;208;*; ;;tRNA;950321;950392;498;*;cgg fin;comp;CDS;950891;952300;;; deb;;CDS;1088496;1090946;360;*; ;comp;tRNA;1091307;1091378;227;*;gcc ;;tRNA;1091606;1091682;62;*;atc ;;tRNA;1091745;1091818;353;*;atc fin;comp;CDS;1092172;1092585;;; deb;;CDS;1155748;1156137;210;*; ;;tRNA;1156348;1156425;718;*;gaa ;;tRNA;1157144;1157221;233;*;gaa fin;comp;CDS;1157455;1158645;;; deb;comp;CDS;1199367;1200149;973;*; ;;rRNA;1201123;1202600;84;*;1478 ;;tRNA;1202685;1202757;119;*;gca ;;rRNA;1202877;1205781;74;*;2905 ;;rRNA;1205856;1205977;5;*;122 fin;comp;CDS;1205983;1206231;;; deb;;CDS;1207508;1211485;12;*; ;comp;tRNA;1211498;1211582;190;*;ctg fin;comp;CDS;1211773;1212681;;; deb;comp;CDS;1220571;1220783;596;*; ;comp;tRNA;1221380;1221451;25;*;ggc ;comp;tRNA;1221477;1221551;57;*;ttc ;comp;tRNA;1221609;1221682;71;*;gtc ;comp;tRNA;1221754;1221825;25;*;ggc ;comp;tRNA;1221851;1221925;118;*;ttc ;comp;tRNA;1222044;1222117;358;*;gtc fin;;CDS;1222476;1223792;;0; deb;;CDS;1400830;1401773;914;*; ;;tRNA;1402688;1402761;287;*;gta fin;;CDS;1403049;1403276;;; deb;comp;CDS;1504221;1505630;686;*; ;comp;tRNA;1506317;1506410;774;*;cga fin;;CDS;1507185;1508039;;0; deb;;CDS;1513245;1513562;213;*; ;;tRNA;1513776;1513858;268;*;ttg fin;;CDS;1514127;1514647;;; deb;;CDS;1887880;1888338;392;*; ;comp;tRNA;1888731;1888802;378;*;ggc fin;;CDS;1889181;1890518;;; deb;;CDS;1962666;1963553;130;*; ;comp;tRNA;1963684;1963768;235;*;tta fin;;CDS;1964004;1964759;;; deb;;CDS;1971373;1971852;319;*; ;comp;tRNA;1972172;1972244;204;*;cag fin;comp;CDS;1972449;1972850;;; deb;comp;CDS;2066516;2069038;121;*; ;;repeat_region;2069160;2069707;535;*; fin;;CDS;2070243;2071250;;; deb;comp;CDS;2073346;2074599;417;*; ;;repeat_region;2075017;2076588;535;*; fin;;CDS;2077124;2077771;;0; deb;comp;CDS;2170713;2172446;156;*; ;comp;tRNA;2172603;2172674;174;*;cac fin;comp;CDS;2172849;2173631;;; deb;;CDS;2231846;2232133;164;*; ;;repeat_region;2232298;2233846;77;*; fin;;CDS;2233924;2235552;;0; deb;comp;CDS;2320856;2321131;141;*; ;comp;tRNA;2321273;2321344;65;*;gcg fin;comp;CDS;2321410;2321679;;; deb;;CDS;2387890;2388675;150;*; ;;tRNA;2388826;2388911;326;*;tca fin;comp;CDS;2389238;2389453;;; deb;comp;CDS;2678132;2678368;85;*; ;comp;tRNA;2678454;2678530;824;*;aaa fin;comp;CDS;2679355;2679537;;; deb;;CDS;2969291;2969554;306;*; ;;repeat_region;2969861;2971629;480;*; fin;;CDS;2972110;2973468;;; deb;;CDS;2979566;2980078;280;*; ;;repeat_region;2980359;2981568;343;*; ;;repeat_region;2981912;2982974;5;*; fin;;CDS;2982980;2983372;;; deb;;CDS;3091533;3091754;271;*; ;comp;rRNA;3092026;3092147;74;*;122 ;comp;rRNA;3092222;3095126;196;*;2905 ;comp;rRNA;3095323;3096800;845;*;1478 fin;;CDS;3097646;3097975;;; deb;comp;CDS;3153517;3155214;599;*; ;comp;tRNA;3155814;3155923;799;*;atgj fin;;CDS;3156723;3157106;;; deb;comp;CDS;3241682;3242944;473;*; ;;tRNA;3243418;3243489;377;*;ggg fin;;CDS;3243867;3244073;;0; deb;;CDS;3341829;3342017;0;*; ;;tRNA;3342018;3342092;112;*;ccg fin;;CDS;3342205;3342387;;; deb;;CDS;3358176;3359186;533;*; ;;tRNA;3359720;3359791;52;*;acg fin;comp;CDS;3359844;3360305;;; deb;comp;CDS;3397316;3398947;422;*; ;;ncRNA;3399370;3399684;149;*; ;;tRNA;3399834;3399918;230;*;agc fin;;CDS;3400149;3400847;;; deb;;CDS;3435506;3436918;181;*; ;;tRNA;3437100;3437183;273;*;tcg fin;;CDS;3437457;3437948;;; deb;;CDS;3438819;3438989;107;*; ;;tRNA;3439097;3439289;42;*;tgg fin;comp;CDS;3439332;3439484;;0; deb;;CDS;3456114;3456473;260;*; ;comp;tRNA;3456734;3456805;200;*;acc fin;comp;CDS;3457006;3457518;;; deb;comp;CDS;3583589;3584044;295;*; ;comp;tRNA;3584340;3584414;339;*;agg fin;;CDS;3584754;3585317;;; deb;;CDS;3593430;3593861;343;*; ;comp;tRNA;3594205;3594279;348;*;aga fin;;CDS;3594628;3595506;;; deb;;CDS;3603458;3603697;389;*; ;;tRNA;3604087;3604159;633;*;caa fin;comp;CDS;3604793;3606301;;; deb;comp;CDS;3856073;3856279;402;*; ;;tRNA;3856682;3856755;498;*;aag fin;;CDS;3857254;3857424;;0; </pre> ===archées synthèse=== ====archées distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_génome|archées distribution par génome]] <pre> arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total mba;14;37;;;;1;9;;61 mfe;14;31;;;;1;10;;56 mfi;25;20;;;;2;;;47 mja;8;16;1;4;6;2;;;37 total;61;104;1;4;6;6;19;0;201 ;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;;;; </pre> ====archées distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_du_total|archées distribution du total]] <pre> atgi;4;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;4;tac;4;tgc;8 atc;6;acc;4;aac;7;agc;4 ctc;6;ccc;3;cac;4;cgc;4 gtc;6;gcc;4;gac;4;ggc;8 tta;6;tca;4;taa;;tga;1 ata;;aca;5;aaa;5;aga;4 cta;4;cca;4;caa;5;cga;4 gta;4;gca;6;gaa;7;gga;4 ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4 atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3 ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2 gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3 arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;80;104;1;4;6;6;201 ;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;; </pre> ====archées distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_type|archées distribution par type]] <pre> ;;;;;;;104;;;;;;;;;61;;;;;;;;;19 atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;4;tac;;tgc;3;;ttc;5;tcc;;tac;3;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;4 atc;2;acc;2;aac;1;agc;4;;atc;;acc;2;aac;5;agc;;;atc;4;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;3;cac;2;cgc;4;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;4;ccc;;cac;;cgc; gtc;1;gcc;2;gac;;ggc;2;;gtc;5;gcc;2;gac;3;ggc;6;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;5;tca;4;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;3;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;2;caa;4;cga;4;;cta;3;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;3;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;2;tcg;3;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;3;aag;2;agg;2;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;3;gcg;3;gag;2;ggg;3;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; archées;1aa;104;;;;;;;archées;>1aa;61;;;;;;;archées;duplica;19;;;;; ;;4;4;;;;;;;;37;61;;;;;;;;0;0;;;; ;;68;65;;;;;;;;7;11;;;;;;;;4;21;;;; ;;32;31;;;;;;;;17;28;;;;;;;;15;79;;;; </pre> ====archées par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_par_rapport_au_groupe_de_référence|archées par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;40;11;4;;;;55; 16;moyen;39;16;8;;;9;72; 14;fort;25;34;7;4;;4;74; ; ;104;61;19;4;;13;201; 10;g+cgg;26;2;;;;;28; 2;agg+cga;6;1;;;;;7; 4;carre ccc;7;8;4;;;;19; 5;autres;1;;;;;;1; ;;40;11;4;;;;55; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;199;55;20;;;;274;26 16;moyen;194;80;40;;;45;358;324 14;fort;124;169;35;20;;20;368;650 ; ;517;303;95;20;;65;201;729 10;g+cgg;129;10;;;;;139;10 2;agg+cga;30;5;;;;;35; 4;carre ccc;35;40;20;;;;95;16 5;autres;5;;;;;;5; ;;199;55;20;;;;274; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;217;60;22;299;26;38;18; 16;moyen;212;87;43;342;324;38;26; 14;fort;136;185;38;359;650;24;56; ; ;565;332;103;184;729;104;61; 10;g+cgg;141;11;;152;10;65;; 2;agg+cga;33;5;;38;;15;; 4;carre ccc;38;43;22;103;16;18;; 5;autres;5;;;5;;3;; ;;217;60;22;299;;40;; </pre> ====euryarchaeota, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#euryarchaeota,_estimation_des_-rRNAs|euryarchaeota, estimation des -rRNAs]] <pre> euryarchaeota;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 63 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;63;124; ; ;;indices;;;;63;197;0;0;;eury4;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;184 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;2;tac;;tgc;28;;ttc;;tcc;3;tac;;tgc;44;;ttc;5;tcc;4;tac;3;tgc;8 atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc;;;atc;6;acc;4;aac;6;agc;4 ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;6;ccc;3;cac;3;cgc;4 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;6;gcc;4;gac;3;ggc;8 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;6;tca;4;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;5;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;5;cga;4 gta;;gca;87;gaa;;gga;;;gta;;gca;138;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;6;gga;4 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4 atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3 ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;3;;ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3 ;;118;;3;;3;124;;;;187;;4.76190476190476;;5;197;;;;63;;66;;55;184 11.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;16.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;143;6935;0;0;;eury4;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4600 atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;75;tct;;tat;;atgf;175 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;102;tac;104;tgc;137;;ttc;122;tcc;106;tac;104;tgc;181;;ttc;125;tcc;100;tac;75;tgc;200 atc;119;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;121;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;150;acc;100;aac;150;agc;100 ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;150;ccc;75;cac;75;cgc;100 gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;150;gcc;100;gac;75;ggc;200 tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;150;tca;100;taa;;tga;25 ata;;aca;110;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;110;aaa;110;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;75;cca;75;caa;125;cga;100 gta;103;gca;13;gaa;132;gga;103;;gta;103;gca;151;gaa;132;gga;103;;gta;100;gca;;gaa;150;gga;100 ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;75;tcg;75;tag;;tgg;100 atgj;101;acg;90;aag;85;agg;88;;atgj;101;acg;90;aag;87;agg;88;;atgj;100;acg;75;aag;75;agg;75 ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;68;;ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;71;;ctg;75;ccg;50;cag;75;cgg;50 gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;100;gcg;75;gag;50;ggg;75 ;;1569;;1607;;1475;4651;;;;1757;;1612;;1480;4848;;;;1575;;1650;;1375;4600 rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;eury4;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;41.778;;;fréquences;;;;;atgi;24;tct;;tat;;atgf;28 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2632;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;100;;avec;150;;;10;17;;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;100;;genom;63;;;20;14;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;97;tac;100;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;2;tcc;2;tac;28;tgc;32 atc;99;acc;100;aac;100;agc;100;;archeo;46;;;40;3;;;;atc;20;acc;4;aac;19;agc;4 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgc;;;sans;184;;;50;2;46;;;ctc;19;ccc;19;cac;26;cgc;2 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;17;;;60;0;;;;gtc;19;gcc;1;gac;39;ggc;29 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;29;tca;1;taa;;tga;50 ata;;aca;100;aaa;96;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;9;aaa;5;aga;3 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par archeo;;;;90;0;;;;cta;27;cca;27;caa;13;cga;3 gta;100;gca;9;gaa;100;gga;100;;est 10% au dessus;;;;100;0;;;;gta;3;gca;100;gaa;12;gga;3 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;14;tcg;14;tag;;tgg;2 atgj;100;acg;100;aag;98;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;1;acg;17;aag;12;agg;15 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;96;;;;;;;;;;;ctg;12;ccg;36;cag;14;cgg;27 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;9;gcg;11;gag;40;ggg;5 rapports;;89;;100;;100;96;;;;;;;;;;;diff;;301;;220;;311;832 </pre> ==génomes synthèse== ===Les intercalaires entre cds d'un génome=== ====Fréquences des intercalaires cds-cds, courbes puissance==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds,_courbes_puissance|puissance]] *Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre classe <pre> ;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600; gen;cds;K6;'- a6;R2;K6 %0;;K12;'- a12;R2;k12/k6;a% ;;;;;;;;;;; pub;1,307;19,910;&1.63;89;&15,233;;;;;; ant;3,095;158,387;&'''1.80;85;&'''51,175;;;;;; abra;1,667;17,186;&1.41;81;10,310;;;;;; pmg;1,800;48,983;&1.62;85;&27,213;;;;;; mja;1,729;25,564;&1.45;81;&14,777;;;;;; fin rang faible;;;1.00;;2,121;;;;;5.0;1 rang moyen;;;1.18;;4,599;;;;;9.9;16 ;;;1.33;;12,201;;;;;17.6;31 rru;3,786;46,193;&1.4;73;12,201;;157,774;1.66;79;3.4;16 eco;4,024;64,507;&1.46;74;&16,031;;;;;; cvi;4,282;5,941;&1.42;79;1,387;;272,330;1.76;85;&'''45.8;19 ade;4,464;83,541;&1.51;81;&18,714;;344,171;1.81;86;4.1;17 bsu;4,213;110,979;&1.58;79;&26,323;;;;;; cbn;2,491;24,707;1.33;74;9,919;;;;;; afn;2,038;16,580;1.32;74;8,131;;;;;; ase;8,197;38,168;1.20;82;4,656;;537,079;1.74;84;14.1;31 scc;1,805;13,461;1.30;77;7,458;;;;;; Début rang fort;;;1.40;;14,777;;;;;30.0;39 rtb;793;1,117;°0.97;68;°1,409;;1,119;0.98;75;°'''1.0;°'''1 spl;4,213;6,234;°0.93;79;°1,480;;109,920;1.52;79;17.6;&39 pmq;7,223;15,320;°1.00;72;°2,121;;459,123;1.70;80;&30.0;&41 cbei;5,623;3,288;°0.73;79;°585;;111,913;1.45;75;&34.0;&50 blo;1,772;8,149;1.18;71;4,599;;;;;; myr;3,555;19,289;1.22;87;5,426;;97,139;1.55;87;°5.0;21 mba;3,943;561;°'''0.47;80;°'''142;;5,558;0.93;71;9.9;&49 </pre> *Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre pente a37 <pre> ;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600; gen;cds;K;-a;R2;K %;;K;-a;R2;k12/k6;a% pub;1 307;19 910;&1,63;89;&15 233;;;;;; rtb;793;1 117;°0,97;68;°1 409;;1 119;0,98;75;°1,0;°1 rru;3 786;46 193;&1,40;73;12 201;;157 774;1,66;79;°3,4;16 ;;;;;;;;;;; eco;4 024;64 507;&1,46;74;&16 031;;;;;; spl;4 213;6 234;°0,93;79;°1 480;;109 920;1,52;79;17,6;&39 ;;;;;;;;;;; bsu;4 216;110 979;&1,58;79;&26 323;;;;;; pmq;7 223;15 320;°1,00;72;°2 121;;459 123;1,70;80;&30,0;&41 ;;;;;;;;;;; cbn;2 491;24 707;1,33;74;9 919;;;;;; cbei;5 623;3 288;°0,73;79;°585;;111 913;1,45;75;&34,0;&50 ;;;;;;;;;;; ase;8 197;38 168;1,20;82;4 656;;537 079;1,74;84;14,1;31 blo;1 772;8 149;1,18;71;4 599;;;;;; ;;;;;;;;;;; myr;3 555;19 289;1,22;87;5 426;;97 139;1,55;87;°5,0;21 pmg;1 800;48 983;&1,62;85;&27 213;;;;;; abra;1 667;17 186;&1,41;81;10 310;;;;;; cvi;4 282;5 941;&1,42;79;°1 387;;272 330;1,76;85;&45,8;19 ade;4 464;83 541;&1,51;81;&18 714;;344 171;1,81;86;°4,1;17 ant;3 095;158 387;&1,80;85;&51 175;;;;;; afn;2 039;16 580;1,32;74;8 131;;;;;; scc;1 805;13 461;1,30;77;7 458;;;;;; mja;1 730;25 564;&1,45;81;&14 777;;;;;; mba;3 943;561;°0,47;80;°142;;5 558;0,93;71;9,9;&49 </pre> ====Fréquences des intercalaires cds-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds|cds-cds]] <pre> génome;nombre cds;intercalaires;200;rapport;26-370;;;total;;;;;;;;génome;;;;;;; gen;n-cds;inter%;moy;rap;a37;b37;R2;cds;<0;100;200;370;600;max;freq5;gen;<0;100;200;370;600;max;freq5 pub;1,343;3.0;37;14;5.93;17.15;63;1307;473;720;87;19;7;1;365;pub;362;551;67;15;5;1;''438 rtb;828;20.2;85;109;3.05;11.85;58;793;102;248;187;84;52;120;396;rtb;129;313;236;106;66;151;''573 rru;3,854;9.9;78;89;18.99;71.15;91;3786;683;1546;835;535;139;48;2 289;rru;180;408;221;141;37;13;'''738 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; eco;4,285;9.1;72;76;20.08;74.15;88;4024;738;1730;810;572;142;32;2 346;eco;183;430;201;142;35;8;714 spl;4,269;14.1;82;105;17.06;72.54;76;4213;426;1561;905;776;378;167;2 651;spl;101;371;215;184;90;40;700 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; bsu;4,325;9.5;72;64;29.29;'''96.38;81;4213;608;2086;971;412;118;18;2 606;bsu;144;495;230;98;28;4;'''723 pmq;7,258;13.8;88;130;28.46;'''126.75;90;7223;795;2448;1722;1520;506;232;4 818;pmq;110;339;238;210;70;32;'''750 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cbn;2,521;11.3;71;79;14.59;53.49;82;2491;176;1201;577;394;117;26;1 678;cbn;71;482;232;158;47;10;'''725 cbei;5,665;17.9;83;136;14.71;'''79.19;83;5622;400;1788;1188;1240;713;293;3 434;cbei;71;318;211;221;127;52;658 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ase;8,256;11.5;76;79;43.46;'''155.74;88;8197;1652;3299;1568;1047;399;232;4 749;ase;202;402;191;128;49;28;'''726 blo;1,824;10.6;88;116;9.53;36.46;78;1772;228;661;483;281;85;34;1 201;blo;129;373;273;159;48;19;'''778 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; myr;3,611;12.2;67;63;19.62;69.35;84;3555;302;1780;681;440;202;150;2 078;myr;85;501;192;124;57;42;639 pmg;1,839;8.5;55;35;11.99;37.52;76;1800;253;1104;267;120;42;14;935;pmg;141;613;148;67;23;8;''604 abra;1,712;7.2;65;57;8.52;28.44;82;1667;417;757;311;121;42;19;787;abra;250;454;187;73;25;11;630 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cvi;4,345;9.5;74;67;26.50;'''89.98;78;4282;756;1984;873;455;147;67;2 551;cvi;177;463;204;106;34;16;'''723 ade;4,506;8.5;70;66;25.60;'''87.68;90;4464;815;2097;919;464;124;45;2 517;ade;183;470;206;104;28;10;690 ant;3,119;6.0;56;38;16.12;51.22;81;3095;762;1651;474;150;33;25;1 309;ant;246;533;153;48;11;8;''561 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; afn;2,093;9.5;66;75;8.68;33.73;77;2038;307;934;401;304;69;23;1 128;afn;151;458;197;149;34;11;652 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; scc;1,847;8.8;69;72;8.68;31.86;82;1805;347;793;327;241;78;19;1 001;scc;192;439;181;134;43;11;687 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; mja;1,768;9.1;64;53;9.96;33.76;80;1729;219;956;340;166;36;12;955;mja;127;553;197;96;20;7;632 mba;3,995;26.7;85;154;5.54;38.77;46;3943;329;900;600;782;643;689;1 911;mba;83;228;152;198;163;175;''529 rang;X1 000;;;;;;;;;;;;;;;rang;;;;;;; faible;1350-2500;3-7;37-55;14-64;3-6;12-17;46-63;;;;;;;;;faible;70-100;230-375;65-150;15-70;5-25;4-15;438-604 moyen;3100-4500;8.5 -11.5;64-72;66-109;9-17;28-74;76-84;;;;;;;;;moyen;110-180;400-500;180-210;100-150;30-60;20-50;630-714 fort;5700-8300;12-27;78-88;116-154;19-43;79-156;88-91;;;;;;;;;fort;190-360;530-610;220-270;160-220;70-160;150-175;723-778 effectif;9 9 3;3 12 6;3 11 7;7 10 4;3 10 8;2 13 6;3 13 5;;;;;;;;;effectif;5 11 5;6 11 4;4 11 6;4 11 6;5 11 5;13 6 2; 5 9 7 </pre> ====Classement des génomes cds-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_cds-cds|Classement]] <pre> gen;n-cds;%;moy;rap;a37;R2;;<0;100;200;370;600;max '''pub;1m;''3;''37;''14;''5.93;''63;;'''362;'''551;''67;''15;''5;''1 '''ant;3m;''6;''56;''38;°16.12;°81;;'''246;'''533;''153;''48;''11;''8 '''abra;2m;''7;<u>65;''57;''8.52;°82;;'''250;°454;°187;''73;''25;<u>11 '''pmg;2m;<u>8,5;''55;''35;<u>11.99;°76;;°141;'''613;''148;''67;''23;''8 '''mja;2m;°9;<u>64;''53;''9.96;°80;;°127;'''553;°197;°96;''20;''7 ;;;;;;;;;;;;; fin rang faible;;''7,2;''56;''64;''10;''63;;''101;''375;''153;''73;''25;''8 ;;;;;;;;;;;;; rang moyen;;8.5;64;66;12;76;;110;402;181;96;28;10 ;;11.5;72;109;20;84;;183;502;211;149;57;16 ;;;;;;;;;;;;; '''rru;4M;°10;<u>'''78;°89;°18.99;'''91;;°180;°408;<u>'''221;°141;°37;°13 '''eco;4M;°9;°72;°76;°20.08;'''88;;°183;°430;°201;°142;°35;<u>''8 '''cvi;4M;°9,5;°74;°67;'''26.50;°78;;°177;°463;°204;°106;°34;°16 '''ade;4M;°8,5;°70;°66;'''25.60;'''90;;°183;°470;°206;°104;°28;°10 '''bsu;4M;°9,5;°72;<u>''64;'''29.29;°81;;°144;°495;<u>'''230;°98;°28;''4 '''cbn;2m;°11;°71;°79;°14.59;°82;;''71;°482;<u>'''232;<u>'''158;°47;°10 '''afn;2m;°9,5;°66;°75;''8.68;°77;;°151;°458;°197;°149;°34;°11 '''ase;'''8M;°11,5;°76;°79;'''43.46;'''88;;'''202;°402;°191;°128;°49;'''28 '''scc;2m;°9;°69;°72;''8.68;°82;;<u>'''192;°439;°181;°134;°43;°11 ;;;;;;;;;;;;; Début rang fort;;'''12,2;'''78;'''116;'''25.6;'''88;;'''192;'''533;'''221;'''158;'''66;'''19 ;;;;;;;;;;;;; '''rtb;1m;'''20;'''85;<u>109;''3.05;''58;;°129;''313;'''236;°106;'''66;'''151 '''spl;4M;'''14;'''82;<u>105;°17.06;°76;;''101;''371;<u>215;'''184;'''90;'''40 &'''pmq;'''7M;'''14;'''88;'''130;'''28.46;'''90;;<u>110;''339;'''238;'''210;'''70;'''32 &'''cbei;'''6M;'''18;'''83;'''136;°14.71;°83;;''71;''318;<u>211;'''221;'''127;'''52 '''blo;2m;<u>11;'''88;'''116;''9.53;°78;;°129;''373;'''273;'''159;°48;'''19 '''myr;4M;'''12;°67;''63;°19.62;°84;;''85;°501;°192;°124;<u>57;'''42 &'''mba;4M;'''27;'''85;'''154;''5.54;''46;;''83;''228;''152;'''198;'''163;'''175 </pre> ====Les intercalaires tRNAs-cds==== =====comparaison continu-discontinu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_continu-discontinu|comparaison continu-discontinu]] *Total des nuls cds-cds <pre> gen;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total nuls;13;29;11;65;35;3;27;19;11;15;29;22;21;18;46;31;71;13;5;8;18;510 </pre> *tableau <pre> ;détail;tRNA-cds positifs;;;;ensemble;cds-cds négatifs;;;; gen;deb;fin;deb’;fin’;total;cds;<0;reste32;reste32%;comp’/<0%;min’-min% abra;7;12;5;4;41;1 667;417;20;4,8;1,4;117 ade;20;16;7;9;69;4 464;815;40;4,9;11,9;6 afn;20;17;2;5;53;2 038;307;21;6,8;1,3;31 ant;11;12;4;1;34;3 095;762;17;2,2;10,9;11 ase;18;16;12;12;101;8 197;1 652;128;7,7;19,3;1 blo;15;15;5;6;78;1 772;228;8;3,5;7,0;17 bsu;3;5;7;5;28;4 213;608;52;8,6;3,9;182 cbei;9;5;4;1;47;5 622;400;24;6,0;2,8;59 cbn;12;12;2;2;40;2 491;176;6;3,4;4,5;54 cvi;22;20;7;9;78;4 282;756;26;3,4;8,2;5 eco;10;11;5;7;65;4 024;738;55;7,5;12,3;107 mba;9;8;7;4;90;3 943;329;26;7,9;5,5;23 mja;6;15;8;1;43;1 729;219;17;7,8;24,2;29 myr;18;15;12;10;79;3 555;302;12;4,0;6,6;37 pmg;16;17;13;8;67;1 800;253;12;4,7;36,0;3 pmq;8;11;2;5;42;7 223;795;52;6,5;4,3;45 pub;13;14;11;11;50;1 307;473;14;3,0;19,0;41 rru;15;18;10;11;83;3 786;683;32;4,7;10,1;12 rtb;9;12;0;2;56;793;102;7;6,9;2,9;35 scc;13;8;11;5;67;1 805;347;14;4,0;7,8;47 spl;9;9;4;3;62;4 213;426;10;2,3;2,8;61 total;263;268;138;121;1273;72 023;10 788;593;5,5;11,8; ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; 10,6,21;con;;cds-cds négatifs continus;;;;;comp’;cds-cds négatifs discontinus;; gen;total;min;con1;con4;c1/c4;reste50;reste50 %;total;min;reste50;reste50 % abra;411;-92;68;142;0,48;13;3,2;6;-24;0; ade;718;-109;70;540;0,13;10;1,4;97;-116;14;14,4 afn;303;-113;38;129;0,29;9;3,0;4;-83;1;25,0 ant;679;-71;164;221;0,74;6;0,9;83;-79;1;1,2 ase;1333;-119;168;892;0,19;32;2,4;319;-120;49;15,4 blo;212;-86;52;109;0,48;2;0,9;16;-102;2;12,5 bsu;578;-7 616;72;233;0,31;17;2,9;30;-361;7;23,3 cbei;389;-110;71;82;0,87;4;1,0;11;-60;1;9,1 cbn;168;-47;34;28;1,21;0;;8;-27;0; cvi;694;-97;118;377;0,31;4;0,6;62;-102;6;9,7 eco;647;-2 400;163;261;0,62;22;3,4;91;-723;11;12,1 mba;311;-59;33;119;0,28;7;2,3;18;-74;2;11,1 mja;166;-83;25;52;0,48;7;4,2;53;-62;0; myr;282;-47;71;60;1,18;0;;20;-68;1;5,0 pmg;162;-65;36;72;0,50;2;1,2;91;-67;2;2,2 pmq;761;-119;80;387;0,21;17;2,2;34;-75;4;11,8 pub;383;-65;152;81;1,88;3;0,8;90;-43;0; rru;614;-137;81;396;0,20;13;2,1;69;-122;7;10,1 rtb;99;-50;10;33;0,30;0;;3;-35;0; scc;320;-74;39;156;0,25;6;1,9;27;-120;1;3,7 spl;414;-98;126;136;0,93;5;1,2;12;-52;1;8,3 total;9 644;;1 671;4 506;0,37;179;1,9;1 144;;110;9,6 </pre> =====Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Rareté_des_tRNA-cds_négatifs_et_petits_positifs|Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs]] *Total des '''tRNAs-cds des 22 génomes''' qui regroupent 11 négatifs: Ci-dessous le total des blocs de tRNAs sans rRNAs (ligne "opérons sans" dans "genome.opérons"). Multiplié par 2 il donne le total des tRNA-cds sans les tRNAs-cds des blocs avec rRNA. J'ai estimé le total de ces derniers à 5% des 1ers. Donc le total des tRNA-cds estimé pour ces 22 génomes est de 1340 + 67 = 1407. <pre> tRNA-cds;ecoN;vha;amed;rpl;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;ppm;lbu;ban;psor;cdc;cdc;hmo;fps;npu;apal;mfi;mfe;total opérons;50;27;38;29;47;45;51;51;38;38;29;23;9;8;5;6;24;26;43;14;29;40;670 </pre> *'''Tableau''' <pre> tRNA-cds négatifs;;; genome;adresse;tRNA;inter Intercalaire continu nc;;; vha chr2;1842556;ctc;-36 amed;779541;caa;-21 oan;1945985;aag;-38 oan;34057;gcc;-40 ppm plasm;7953;gac;-24 hmo;2497882;gtg;-10 mfi;314088;caa;-1 pmg;1600898;gta;-30 blo;207388;tgg;-17 Intercalaire discontinu xc comp’;;; rpm;1941413;agc;-30 oan;1639492;atgj;-44 aua;1350534;cgt;-30 npu;3439846;gca;-19 mba;1315521;cgc;-12 spl;552630;tga*;-23 myr;1926118;tta;-38 ase;1249593;aag;-12 blo;440078;aac;-39 blo;1424907;gag;-8 total;;19; cds-cds;cds 40;tRNA-cds;;;;;; gen;S40%;total;R40;R40%;taux;Rc+;Rx+; abra;&37,3;41;2;4,9;&7,6;2;; ade;32,6;69;8;11,6;2,8;7;1; afn;&35,8;53;4;7,5;4,7;4;; ant;&45,1;34;5;14,7;3,1;3;2; ase;23,9;100;14;14,0;1,7;11;3; blo;19,1;75;1;1,3;&14,4;1;; bsu;34,6;28;0;0;&'''9,7;;; cbei;19,0;47;3;6,4;3,0;1;2; cbn;29,3;40;0;0;&'''11,7;;; cvi;26,9;78;8;10,3;2,6;8;; eco;29,1;65;4;6,2;4,7;1;3; mba;°13,3;88;4;4,5;2,9;2;2; mja;&39,4;43;5;11,6;3,4;5;; myr;30,8;78;7;9,0;3,4;5;2; pmg;&42,9;65;11;16,9;2,5;8;3; pmq;19,1;42;1;2,4;&8,0;1;; pub;&'''59,6;48;27;'''56,3;°'''1,1;18;9; rru;26,1;83;3;3,6;&7,2;1;3; rtb;20,3;56;6;10,7;1,9;6;; scc;31,0;67;4;6,0;5,2;2;2; spl;20,0;61;1;1,6;&12,2;;1; total;27,1;1261;118;9,4;2,9;86;33; ;;;;;;;; ;27±7;;;;3,4±1,7;;Rx+%;% 27,7 </pre> =====Les cds-cds positif-négatif===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds-cds_positif-négatif|Les cds-cds positif-négatif]] <pre> taux de 1-40;;;;;;;; gen;<0 %;<1;reste;total;1-40;>0;1-40 %;1-32 % abra;;430;776;1 667;461;1237;37;95 ade;18;844;2440;4464;1180;3620;33;95 afn;15;318;1104;2038;616;1720;36;93 ant;25;827;1246;3095;1022;2268;45;98 ase;20;1687;4956;8197;1554;6510;24;92 blo;13;231;1246;1772;295;1541;19;97 bsu;14;635;2341;4213;1237;3578;35;91 cbei;7;419;4214;5622;989;5203;19;94 cbn;7;187;1628;2491;676;2304;29;97 cvi;18;771;2566;4282;945;3511;27;97 eco;18;767;2310;4024;947;3257;29;93 mba;8;351;3113;3943;479;3592;13;92 mja;13;240;903;1730;587;1490;39;92 myr;9;320;2239;3555;996;3235;31;96 pmg;14;298;857;1800;645;1502;43;95 pmq;11;826;5173;7223;1224;6397;19;94 pub;36;544;308;1307;455;763;60;97 rru;18;696;2285;3786;805;3090;26;95 rtb;13;107;547;793;139;686;20;93 scc;19;355;1001;1805;449;1450;31;96 spl;10;444;3017;4213;752;3769;20;98 total;;11297;;72019;16453;60722;27;94,5 écart;;;;;;;27±7;95±3 22.2.22;génomes. Les intercalaires cds-cds, continu – discontinu;;;;;;;;;;;; lien a;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra]];;;;;;;;;;22.2.22;; lien S;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];;;;;;;;;;;; lien a;total;nc;ac;ax;lien S;Sc-;Sx-;Sx-%;Sc+;Sx+;Sx+%;S-%;total S abra;1795;37;78;13;abra;409;8;°1.9;979;271;°22;&25;1667 ade;4569;22;57;26;ade;713;102;12.5;2339;1310;&36;18;4464 afn;2192;44;88;22;afn;303;4;°1.3;1385;346;20;15;2038 ant;3190;47;37;11;ant;679;83;10.9;1702;631;27;&25;3095 ase;8380;65;69;49;ase;1300;352;21.3;3866;2679;&41;20;8197 blo;1900;24;71;33;blo;210;18;7.9;1045;499;32;13;1772 bsu;4537;&99;&205;20;bsu;573;35;5.8;2515;1090;30;14;4213 cbei;5814;&106;68;18;cbei;390;10;°2.5;4010;1212;23;°7;5622 cbn;2638;87;45;15;cbn;167;9;5.1;1773;542;°23;°7;2491 cvi;4487;79;85;41;cvi;687;69;9.1;2424;1102;31;18;4282 eco;4700;65;&580;31;eco;644;94;12.7;2211;1075;33;18;4024 mba;4071;22;54;52;mba;307;22;6.7;2381;1233;34;°8;3943 mja;1828;21;41;37;mja;163;56;&25.6;1071;439;29;13;1729 myr;3754;87;69;43;myr;282;20;6.6;2274;979;30;°8;3555 pmg;1884;v5;45;34;pmg;158;95;&37.5;950;597;&39;14;1800 pmq;7479;&185;51;20;pmq;753;42;5.3;4543;1885;29;11;7223 pub;1386;°7;44;28;pub;381;92;19.5;599;235;28;&36;1307 rru;3946;23;79;58;rru;614;69;10.1;2140;963;31;18;3786 rtb;868;°5;51;19;rtb;98;4;°3.9;506;185;27;13;793 scc;1909;20;47;37;scc;319;28;8.1;1001;457;31;19;1805 spl;4466;&141;70;42;spl;414;12;°2.8;2486;1301;34;10;4213 total;75793;1191;1934;649;;9564;1224;11.3;42200;19031;31;15;72019 écart;;;;;;;;10±9;;;30±5;16±7; tRNA-cds continu-discontinu;;; gen;nc+; xc+;xc+% abra;31;10;24 ade;47;22;32 afn;43;10;19 ant;29;5;15 ase*;60;41;41 blo*;52;26;33 bsu;12;16;57 cbei;35;12;26 cbn;30;10;25 cvi;52;26;33 eco;37;28;43 mba;48;42;47 mja;25;18;42 myr*;48;31;39 pmg*;41;26;39 pmq;27;15;36 pub;28;22;44 rru;49;34;41 rtb;40;16;29 scc;35;32;48 spl*;39;23;37 total;808;465;37 écart;;;37±7 </pre> =====comparaison cds-cds et tRNA-cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_cds-cds_et_tRNA-cds|comparaison cds-cds et tRNA-cds]] <pre> ;caractéristiques;;;;;;petit;;grand; gen;p;cds;tRNAs;petit;grand;<0;inf;sup;inf;sup abra;0,854;1712;40;27;13;;-8,87;-6.14;-2.37;5.57 ant;0,911;3119;32;16;10;;-0,84;0,58;0,27;6,28 mja;0,858;1768;42;19;10;;0,28;2,87;1,41;9,49 pmg;0,886;1839;66;31;20;1;-0,69;1,86;0,49;9,78 pub;0,866;1343;50;25;17;;-1,78;0,88;-2,60;6,07 ;;;;;;;;;; ade;0,827;4506;68;30;21;;0,98;4,97;-3,20;7,65 afn;0,771;2093;52;26;17;;-3,63;0,91;-6,54;3,48 ase;0,744;8256;100;39;17;1;3,31;10,25;3,14;17,06 bsu;0,848;4325;26;11;8;;0,62;2,78;-1,88;4,59 cbn;0,768;2521;34;13;8;;1,22;4,95;-2,03;6,08 cvi;0,810;4345;78;38;20;;-2,73;1,92;-0,33;11,54 eco;0,773;4285;56;20;7;;4,22;8,90;4,54;14,92 rru;0,767;3854;80;39;15;;-4,03;1,70;2,33;14,78 spl;0,651;4269;60;19;5;1;2,95;9,99;1,97;12,62 ;;;;;;;;;; blo;0,741;1824;78;27;11;3;3,58;9,59;2,79;14,73 cbei;0,570;5665;40;13;5;;-0,17;6,77;-2,69;5,68 mba;0,415;3995;88;21;5;1;1,06;13,51;-2,54;7,36 myr;0,757;3611;78;35;18;1;-2,16;3,66;-2,35;9,85 pmq;0,649;7258;32;15;5;;-3,61;1,66;-2,22;5,68 rtb;0,630;828;56;18;5;;2,52;9,80;0,92;11,27 scc;0,768;1847;66;27;9;;1,64;6,82;4,82;16,12 ;fréquence;;moyenne;;;;;pourcentage;; gen;cds-cds;ADN;cds-cds;tRNA-cds;diff;grd;pet;grd%;pet%;taux abra;1250;135857;109;224;115;358;91;'''229;20;'''2,5 ant;2333;192251;82;126;44;184;68;123;21;1,4 mja;1511;151580;100;148;48;203;94;102;7;1,1 pmg;1547;139122;90;128;38;196;61;118;47;1,5 pub;834;39179;47;51;4;86;16;83;'''201;1,5 ;;;;;;;;;; ade;3649;428947;118;164;46;225;102;92;16;1,1 afn;1732;220467;127;144;17;199;89;56;43;0,9 ase;6545;1063558;162;239;76;346;130;113;25;1,3 bsu;3607;401590;111;188;77;241;135;116;'''-18;0,9 cbn;2315;313764;136;181;45;234;127;73;7;'''0,8 cvi;3526;452650;128;178;50;270;86;111;49;1,4 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vha;5 432;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" amed;4 285;*;*;*;ok;*;*;ok;2;" ecoN;5 157;*;*;*;*;*;ok;*;1;" rpm;3 484;*;ok;*;ok;ok;*;*;3; oan;4 900;*;*;*;*-;*;*;ok;1;" abq;6 576;*;*;*;ok;*;*;ok;2;" abs;6 817;*;*;*;ok;ok;*;ok;3;" agr;5 159;*;*;*;*-;*;*;ok;1;" aua;4 721;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" rpl;850;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" ppm;5 384;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" lbu;1 838;*;ok;ok;ok;ok;*;ok;5; ban;5 700;*;*-;*;ok;*-;ok;ok;3;" psor;3 368;*-;ok;ok;ok;ok;*-;ok;5; cdc;3 614;*;ok;*-;ok;ok;ok;ok;5; hmo;2 707;*;*-;*;ok;ok;*;ok;3;" fps;2 478;*-;ok;ok;ok;ok;*;*;4; npu;7 484;*;*;*;*;*;*;ok;1;" apal;1 453;ok;ok;ok;ok;ok;*;*;5; mfi;3 381;*;*;*;ok;*;ok;ok;3;" mfe;2 374;*;*;*;*;*;ok;*;1;" ;total ok;1;6;4;12;8;9;16;; </pre> *'''Les résultats''' <pre> cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;mba;1,1;13,5;;-3,5;6,4;;afn;-3,6;0,9;;-6,5;3,5 vha;5,2;9,0;;7,2;16,9;;vha;1,4;8,1;;0,9;11,0;;vha;-5,7;3,9;;-4,4;3,3;;vha;4,4;8,9;;5,5;15,5 amed;1,4;5,9;;7,5;19,1;;amed;-3,6;4,4;;-1,4;10,6;;amed;-13,4;-1,9;;-9,2;0,0;;amed;0,4;5,8;;5,0;17,0 ecoN;12,6;17,8;;12,1;25,5;;ecoN;6,2;15,5;;0,1;14,0;;ecoN;-6,8;6,6;;-10,7;0,0;;ecoN;11,2;17,5;;8,8;22,7 rpm;-3,1;1,9;;1,6;14,2;;rpm;-8,8;-0,1;;-9,0;4,1;;rpm;-20,3;-7,8;;-18,4;-8,4;;rpm;-4,3;1,7;;-1,3;11,7 oan;6,1;10,9;;7,4;19,7;;oan;0,6;9,1;;-2,7;10,1;;oan;-10,5;1,8;;-11,7;-1,9;;oan;4,9;10,7;;4,6;17,4 abq;0,7;5,9;;6,9;20,1;;abq;-5,5;3,6;;-4,6;9,0;;abq;-18,0;-4,8;;-15,0;-4,5;;abq;-0,6;5,6;;3,8;17,4 abs;1,4;6,8;;4,3;18,0;;abs;-5,2;4,3;;-8,2;6,0;;abs;-18,6;-5,0;;-19,5;-8,6;;abs;0,1;6,5;;0,9;15,0 agr;5,3;9,9;;6,1;17,8;;agr;0,3;8,4;;-3,1;9,1;;agr;-9,9;1,8;;-11,1;-1,8;;agr;4,3;9,8;;3,6;15,7 aua;7,3;11,9;;8,7;20,5;;aua;2,1;10,3;;-0,8;11,6;;aua;-8,3;3,6;;-9,0;0,4;;aua;6,2;11,7;;6,1;18,3 rpl;6,0;10,0;;8,4;18,4;;rpl;2,1;9,0;;1,6;12,0;;rpl;-5,6;4,4;;-4,2;3,8;;rpl;5,2;9,9;;6,5;16,9 ppm;5,0;9,0;;7,4;17,4;;ppm;1,1;8,0;;0,6;11,0;;ppm;-6,6;3,4;;-5,2;2,8;;ppm;4,2;8,9;;5,5;15,9 lbu;-0,6;3,0;;-0,5;8,7;;lbu;-4,0;2,3;;-6,1;3,4;;lbu;-10,4;-1,3;;-10,7;-3,4;;lbu;-1,3;2,9;;-2,0;7,4 ban;0,7;2,8;;0,6;5,9;;ban;-0,8;2,9;;-1,4;4,2;;ban;-3,4;1,9;;-2,8;1,5;;ban;0,3;2,8;;0,0;5,5 psor;-0,4;1,8;;-0,9;4,8;;psor;-2,1;1,9;;-3,2;2,7;;psor;-4,9;0,8;;-4,7;-0,2;;psor;-0,8;1,9;;-1,6;4,3 cdc;0,0;1,7;;0,2;4,4;;cdc;-1,1;1,9;;-1,1;3,3;;cdc;-2,8;1,4;;-1,8;1,6;;cdc;-0,3;1,7;;-0,2;4,2 hmo;0,5;4,0;;2,0;10,9;;hmo;-2,8;3,4;;-3,4;5,9;;hmo;-9,0;-0,1;;-7,8;-0,7;;hmo;-0,2;3,9;;0,5;9,7 fps;-1,9;2,0;;-2,2;7,7;;fps;-5,7;1,1;;-8,8;1,5;;fps;-13,2;-3,3;;-14,3;-6,4;;fps;-2,7;1,9;;-4,0;6,2 npu;-0,9;3,9;;11,4;23,7;;npu;-6,4;2,1;;1,3;14,1;;npu;-17,5;-5,2;;-7,7;2,1;;npu;-2,1;3,7;;8,6;21,4 apal;-1,8;0,9;;-3,9;3,0;;apal;-4,0;0,8;;-7,1;0,0;;apal;-7,9;-1,0;;-9,5;-4,0;;apal;-2,3;0,9;;-4,8;2,3 mfi;2,0;6,0;;4,4;14,4;;mfi;-1,9;5,0;;-2,4;8,0;;mfi;-9,6;0,4;;-8,2;-0,2;;mfi;1,2;5,9;;2,5;12,9 mfe;14,3;18,9;;14,7;26,5;;mfe;9,1;17,3;;5,2;17,6;;mfe;-1,3;10,6;;-3,0;6,4;;mfe;13,2;18,7;;12,1;24,3 **;;;;;;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;; rru;-2,8;1,9;;5,3;17,3;;mba;12,4;21,0;;5,6;18,6;;myr;-1,3;4,6;;-1,9;10,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7 bsu;0,2;2,9;;-2,9;4,0;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;vha;4,1;8,9;;4,8;14,9;;vha;-0,8;7,2;;-1,3;8,2 eco;14,3;18,9;;14,7;26,5;;cbei;1,6;7,5;;-1,0;7,8;;amed;-0,1;5,7;;4,2;16,2;;amed;-6,6;2,9;;-4,7;6,7 cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;spl;2,9;10,0;;1,9;12,5;;ecoN;10,7;17,4;;7,6;21,6;;ecoN;2,3;13,2;;-4,4;8,9 ade;0,6;4,9;;-4,2;6,9;;myr;-4,9;3,3;;-7,8;4,6;;rpm;-4,7;1,5;;-2,4;10,7;;rpm;;;;; cbn;1,9;4,9;;-0,8;7,1;;blo;0,6;8,5;;-1,8;10,1;;oan;4,4;10,6;;3,6;16,5;;oan;2,3;13,2;;-4,4;8,9 afn;-2,8;1,0;;-4,8;4,9;;rtb;;;;;;;abq;-1,1;5,4;;2,6;16,3;;abq;-9,3;1,5;;-8,9;4,1 scc;2,7;7,0;;7,2;18,1;;;;;;;;;abs;-0,5;6,3;;-0,4;13,9;;abs;-9,2;2,0;;-12,9;0,6 ase;6,6;11,8;;9,1;22,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7;;agr;3,8;9,7;;2,6;14,8;;agr;-2,8;6,8;;-6,4;5,1 ;;;;;;;pub;-8,5;-0,7;;-13,6;-4,2;;aua;5,7;11,6;;5,1;17,5;;aua;-1,1;8,6;;-4,2;7,5 pub;-1,78;0,88;;-2,60;6,07;;ant;-6,1;0,1;;-8,5;-1,1;;rpl;4,8;9,8;;5,8;16,3;;rpl;-0,3;7,9;;-0,9;9,0 vha;;;;;;;pmg;-9,3;-0,5;;-14,9;-4,3;;ppm;3,8;8,8;;4,8;15,3;;ppm;-1,3;6,9;;-1,9;8,0 amed;;;;;;;abra;-4,8;1,2;;-2,8;4,5;;lbu;-1,6;2,9;;-2,6;6,9;;lbu;-6,0;1,5;;-8,0;1,0 ecoN;;;;;;;mja;-5,4;1,7;;-7,5;1,1;;ban;0,2;2,9;;-0,2;5,4;;ban;-1,7;2,7;;-2,1;3,2 rpm;-1,6;2,0;;6,2;17,7;;;;;;;;;psor;-1,0;1,9;;-1,8;4,1;;psor;-3,0;1,7;;-3,9;1,7 oan;;;;;;;rru;-11,3;-1,5;;-7,9;3,9;;cdc;-0,4;1,8;;-0,4;4,1;;cdc;-1,7;1,8;;-1,5;2,7 abq;;;;;;;bsu;-3,2;2,4;;-7,2;-0,4;;hmo;-0,5;3,9;;0,0;9,2;;hmo;-4,7;2,6;;-5,2;3,5 abs;;;;;;;eco;5,9;15,6;;1,8;13,5;;fps;-3,1;1,9;;-4,7;5,6;;fps;-8,0;0,0;;-11,1;-1,4 agr;;;;;;;cvi;-11,1;-1,4;;-13,2;-1,5;;npu;-2,6;3,6;;7,6;20,5;;npu;-9,8;0,3;;-2,4;9,7 aua;;;;;;;ade;-6,8;2,2;;-15,4;-4,5;;apal;-2,5;0,9;;-5,1;2,0;;apal;-5,2;0,4;;-8,2;-1,4 rpl;;;;;;;cbn;-2,3;4,1;;-6,3;1,4;;mfi;0,8;5,8;;1,8;12,3;;mfi;-4,3;3,9;;-4,9;5,0 ppm;;;;;;;afn;-8,8;-0,8;;-13,3;-3,8;;mfe;12,7;18,6;;11,1;23,5;;mfe;;;;; lbu;;;;;;;scc;-4,6;4,4;;-3,7;7,1;;;;;;;;;;;;;; ban;;;;;;;ase;-3,7;7,2;;-7,4;5,9;;;;;;;;;;;;;; psor;0,0;1,6;;0,1;5,3;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cdc;;;;;;;mba;9,0;19,1;;1,8;14,1;;;;;;;;;;;;;; hmo;;;;;;;pmq;-5,1;1,1;;-3,5;3,9;;;;;;;;;;;;;; fps;-0,9;1,9;;0,7;9,7;;cbei;;;;;;;;;;;;;;;;;;; npu;;;;;;;spl;1,2;9,7;;-0,4;9,9;;;;;;;;;;;;;; apal;-1,2;0,7;;-2,4;3,9;;myr;-8,1;1,6;;-11,2;0,5;;;;;;;;;;;;;; mfi;;;;;;;blo;-2,3;7,0;;-4,9;6,3;;;;;;;;;;;;;; mfe;;;;;;;rtb;0,7;8,9;;-0,9;9,0;;;;;;;;;;;;;; **;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ant;-1,4;0,8;;-1,5;5,5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; pmg;-1,1;1,9;;-0,9;8,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; abra;-0,3;1,8;;3,9;10,6;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; mja;0,4;2,8;;1,8;9,7;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; afn;-1,8;0,9;;-1,9;6,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> *'''Les génomes et leurs tRNAs, petit grand''' <pre> test;vha;amed;ecoN;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;apal; cds;5,432;4 285;5 157;3 484;4 900;6 576;6 817;5 159;4 721;1 453; petit;18;32;33;43;32;43;46;29;28;13; grand;5;11;14;21;14;18;23;13;11;9; totat sans -;52;74;100;88;84;96;104;76;78;26; total;54;76;100;90;90;96;104;76;80;26; grand sans -;(4);(10);;(20);(13);;;;;; ;;;;;;;;;;; test;rpl;ppm;lbu;ban;psor;cdc;hmo;fps;npu;mfi;mfe cds;850;5 384;1 838;5 700;3 368;3 614;2 707;2 478;7 484;3 381;2 374 petit;19;20;21;6;8;4;19;26;39;23;21 grand;5;6;11;2;4;1;8;15;10;9;5 totat sans -;56;56;46;16;18;10;44;54;84;56;78 total;56;58;46;16;18;10;46;54;86;58;78 grand sans -;;(5);;;;;(9);;(9);(8); ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;ko;ko;ko;ko;ok;ok;ko;ok;ko;ko; p;0,415;0,858;0,773;0,827;0,649;0,570;0,911;0,866;0,768;0,848; q;0,585;0,142;0,227;0,173;0,351;0,430;0,089;0,134;0,232;0,152; compare;mba;mja;eco;ade;pmq;cbei;ant;pub;cbn;bsu; cds;3 995;1 768;4 285;4 506;7 258;5 665;3 119;1 343;2 521;4 325; petit;21;19;21;30;15;13;16;25;13;11; grand;6;10;5;21;5;5;10;17;8;8; totat sans -;86;42;78;68;32;40;32;50;34;26; total;88;42;78;68;32;40;32;50;34;26; grand sans -;(5);;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;ok;ok;ko;ko;ko;ok;ko;ko;ko;ko;ok p;0,771;0,810;0,744;0,741;0,886;0,757;0,854;0,768;0,651;0,767;0,630 q;0,229;0,190;0,256;0,259;0,114;0,243;0,146;0,232;0,349;0,233;0,370 compare;afn;cvi;ase;blo;pmg;myr;abra;scc;spl;rru;rtb cds;2 093;4 345;8 256;1 824;1 839;3 611;1 712;1 847;4 269;3 854;828 petit;26;38;39;27;31;35;14;27;19;39;18 grand;17;20;17;11;20;18;4;9;5;15;5 totat sans -;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56 total;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56 </pre> *'''Les calculs des bornes''' <pre> ;compare;test;;;;;;;;; ;afn;eco;;;;;;;;; ;0,771;21;;;;;;;;; ;0,229;5;;;;;;;;; ;;78;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;3995;;;;3614;cds;bornes;p;q;;tRNAs archeo;cds total;total;<0;0-200;reste;;petit;0,771;0,229;;78 mba cds-cds;3995;3943;329;1500;2114;;34,181;p2;2pq;1-q2;q2 mba cds %;;;83;415;585;;39,741;0,595;0,353;0,948;0,052 mba tRNA;;88;1;27;60;;grand;varq;varp;attendus; calculs;proba;effect;attendu;plage;2σ;;17,074;nq2(1-q2);np2(1-p2);petit;grand petit;0,771;21;37;22 – 35;2,8;;29,336;1,932;9,398;36,961;23,205 grand;0,229;5;23,2;2 – 12;6,1;;;;;; ;;;;;;;34;40;;17;29 ;;;;;;;;;;; ;;;;;;bornes;13,2;18,7;;12,1;24,3 ;;;;;;petit;inf;sup;grand;inf;sup </pre> =====Récapitulatif des taux discontinu/continu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Récapitulatif_des_taux_discontinu/continu|Récapitulatif des taux discontinu/continu]] <pre> >0;;;<0;;;total;taux tRNA-cds;;;tRNA-cds;;;; Rc+;Rx+;Rx+ %;Rc-;Rx-;Rx- %;;R- % 808;464;&36,5;2;6;&75;1280;&0,6 cds-cds;;;cds-cds;;;; Sc+;Sx+;Sx+ %;Sc-;Sx-;Sx- %;;S- % 42200;19031;&31,08;9564;1224;&11,3;72019;&15,0 cn;ac;ax;ax%;a%;intercal;;Sx% 1191;1934;649;&25,1;&3,4;75793;;28,1 </pre> =====Les taux de discontinus par classe génomique===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_taux_de_discontinus_par_classe_génomique|Les taux de discontinus par classe génomique]] <pre> gen;Sx-%;Sx+%;S-%;Rx+%;ax% $I;;;;; abra;°1,4;°22;&25;°24;°6 ant;&10,9;27;&25;°15;°8 mja;&24,2;30;13;42;&36 pmg;&36,0;&39;14;39;&41 pub;&19,0;29;&36;44;&45 $II;;;;; ade;&11,9;&36;18;32;13 afn;°1,3;°20;15;°19;11 ase;&19,3;&42;20;41;11 bsu;4,9;30;14;&57;16 cbn;4,5;°23;°7;°25;°5 cvi;8,2;32;18;33;18 eco;&12,3;33;18;43;&35 rru;&10,1;31;18;41;&33 spl;°2,8;34;10;37;11 $III;;;;; blo;7,0;32;13;33;18 cbei;°2,8;°23;°7;°26;°6 mba;5,5;34;°8;&47;28 myr;6,6;30;°8;39;9 pmq;4,3;29;11;36;°4 rtb;°2,9;27;13;29;25 scc;7,8;32;19;&48;18 total;10,6;31;15;37;19 écart;10±6;31±4;15±5;37±7;19±10 </pre> =====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds]] *Tableau <pre> 14.8.21;continu;;;comp’;;; inter;nc;nc%;pc;nx;nx%;px;diff -1;1671;'''17.5;;0;0;; -2;4;0.0;;40;3.3;; -3;5;0.1;;0;0;; -4;&4476;'''46.8;<u>0.38;°410;'''33.5;<u>0.10; -5;9;0.1;;3;0.2;; -6;4;0.0;;35;2.9;;16 -7;139;1.5;;19;1.6;; -8;&945;'''9.9;0.15;°51;'''4.2;1.06; -9;3;0.0;;25;2.0;;14 -10;93;1.0;;11;0.9;; -11;&498;'''5.2;0.19;°52;'''4.3;0.69; -12;2;0.0;;23;1.9;;8 -13;94;1.0;;15;1.2;; -14;&329;'''3.4;0.29;°45;'''3.7;0.84; -15;1;0.0;;25;2.0;;12 -16;58;0.6;;13;1.1;; -17;&235;'''2.5;0.25;°42;'''3.4;0.90; -18;5;0.1;;13;1.1;;1 -19;43;0.4;;12;1.0;; -20;&162;'''1.7;0.30;°24;'''2.0;1.04; -21;0;0;;11;0.9;;3 -22;22;0.2;;8;0.7;; -23;&107;'''1.1;0.21;°20;'''1.6;0.95; -24;1;0.0;;19;1.6;;8 -25;34;0.4;;11;0.9;; -26;&101;'''1.1;0.35;°21;'''1.7;1.43; -27;2;0.0;;6;0.5;; -2 -28;19;0.2;;8;0.7;; -29;&61;'''0.6;0.34;°10;'''0.8;1.40; -30;0;0;;5;0.4;; -3 -31;16;0.2;;8;0.7;; -32;&45;'''0.5;0.36;°18;'''1.5;0.72; -33;0;0;;3;0.2;; -4 -34;15;0.2;;7;0.6;; -35;&35;'''0.4;0.43;°19;'''1.6;0.53; -36;0;0;;3;0.2;;0 -37;9;0.1;;3;0.2;; -38;&31;'''0.3;0.29;°12;'''1.0;0.50; -39;0;0;;3;0.2;; -4 -40;5;0.1;;7;0.6;; -41;&34;'''0.4;0.15;°8;'''0.7;1.25; -42;0;0;;4;0.3;; -2 -43;16;0.2;;6;0.5;; -44;&24;'''0.3;0.67;°4;'''0.3;2.50; -45;0;0;;2;0.2;; -1 -46;5;0.1;;3;0.2;; -47;&11;'''0.1;0.45;°4;'''0.3;1.25; -48;0;0;;2;0.2;; -2 -49;11;0.1;;4;0.3;; -50;&9;'''0.1;1.22;°6;'''0.5;1.00; reste;169;1.8;;120;9.8;; total;9558;100.0;;1223;100.0;; </pre> *Fréquences des <span id="nd50">négatifs</span>, détails jusqu'à -50 pour les continus et jusqu'à -80 pour les discontinus <pre> 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0 6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1 7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1 8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3 1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58 1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7 total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12 gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl 1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2 3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5 5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0 6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0 7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0 8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2 9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0 10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0 11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0 12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0 13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0 14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0 15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1 16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0 17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1 18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0 19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0 21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0 22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0 23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0 24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0 25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0 26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0 27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0 28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0 30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0 31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0 33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0 35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0 36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0 39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0 40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0 41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0 42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0 44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0 49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0 51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0 52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1 53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0 56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0 63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0 69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl -1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126 -2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0 -4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136 -5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0 -6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0 -7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10 -8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46 -9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8 -11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28 -12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0 -13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5 -14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15 -15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3 -17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8 -18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1 -20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7 -21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0 -23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4 -24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 -25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0 -26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2 -27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1 -29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2 -30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0 -32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3 -33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1 -35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0 -36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 -38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1 -39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 -41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1 -42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1 -44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0 -45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0 -47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0 -48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0 -50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0 ;169;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;2;16;3;11;0;6;5 ;9558;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;158;753;381;609;98;319;414 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl </pre> =====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds._Diagrammes|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes]] *Tableau <pre> 14.8.21;;diagrammes;;;;;;;;;;; ;R2;;;abscisses modulo 3;;;;;abscisses modulo 1;;moyennes;; fréquence;droite;exp;p4;-a;b;-x;x’;w;'-x1;x’1;m;e;m/e continu 50;;;;;;;;;;;;; 6;537;190;585;0,1;4;36;4;6;107;3.5;1.2;1.66;0.72 7;735;855;971;2,6;111;72;176;245;215;132;38.6;40.2;0.96 8;608;973;987;14,8;603;100;1389;2611;301;841;175.1;253.9;0.69 discontinu 50;;;;;;;;;;;;; 6’;820;912;913;0.7;32;72;54;45;217;43;11.9;10.8;1.11 7’;806;779;835;0.3;17;36;22;26;109;19;9.0;4.5;1.99 8’;857;888;933;1.2;56;61;97;56;184;71;22.4;17.0;1.32 discontinu 80;;;;;;;;;;;;; 6”;667;834;931;0.4;23;51;32;45;152;28;7.8;9.76;0.80 7”;806;769;887;0.2;15;38;22;21;115;19;6.2;5.04;1.22 8”;739;874;949;0.6;42;48;70;80;144;55;14.8;16.14;0.92 </pre> =====Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_négatifs_cds-cds,_recouvrements|Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements]] <pre> recouvrements;;intercalaires cds-cds recouvrements;;;;;;;; bsu;;;;;;eco;;;; intercal;add1;add2;shift;couvre;;intercal;add1;add2;shift;couvre continu;;;;;;continu;;;; -7616;387744;398495;°-7475;141;;-2400;164730;167264;&0;2400 ;390880;391020;;;;;164865;167264;; ;;;;;;-2130;&2731600;2733729;444;2130 -500;3717238;3717825;°-20;480;;;2731600;2734173;; ;3717326;3717805;;;;-1295;&492092;493386;637;1295 ;;;;;;;492092;494023;; -492;2909520;2910011;735;492;;-897;&4577958;4578854;483;897 ;2909520;2910746;;;;;4577958;4579337;; ;;;;;;-729;1179520;1180359;&0;729 -164;1252815;1253021;52;164;;;1179631;1180359;; ;1252858;1253073;;;;-448;1639030;1639527;°-193;255 ;;;;;;;1639080;1639334;; -154;2466721;2467953;209;154;;-242;578107;578568;°-59;183 ;2467800;2468162;;;;;578327;578509;; ;;;;;;-212;508875;511379;&0;212 -143;1916663;1917097;205;143;;;511168;511379;; ;1916955;1917302;;;;-153;&16751;16903;57;153 ;;;;;;;16751;16960;; discontinu;;;;;;discontinu;;;; -361;2601528;2603339;°-64;297;;-723;3111128;3111988;°-663;60 ;2602979;2603275;;;;;3111266;3111325;; ;;;;;;-530;3838248;3839171;°-470;60 -127;3666841;3667059;°-43;84;;;3838642;3838701;; ;3666933;3667016;;;;-527;10643;11356;°-41;486 ;;;;;;;10830;11315;; -93;2652993;2653463;1410;93;;-436;3796948;3798207;°-361;75 ;2653371;2654873;;;;;3797772;3797846;; ;;;;;;-210;3993739;3994059;276;210 ;;;;;;;3993850;3994335;; </pre> =====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus===== ======Tableau cds-cds négatifs discontinus====== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_discontinus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus]] <pre> 14.8.21;recompte;;rouge pour les peu significatifs;;;;couleurs uniformisées;;;“p pour périodiques;;;; ;;génomes à forts cds-cds négatifs discontinues ;trié sur x‰ ;;;puis;génomes à faibles cds-cds négatifs discontinues;;;;;;; clde;gen;r80;“6;“7;“8;“p;x6;x7;x8;x‰ ;cds;“5;x5;“80 1;'''pub;0;§17;3;25;&45;§38;7;56;&<u>70.4;1307;&47;51;&92 2;'''pmg;0;§16;9;30;&55;§29;16;55;&48.9;1800;&33;38;&88 3;'''ase;17;?48;55;123;&<u>226;?21;24;54;&42.9;<u>'''8197;&<u>109;31;&<u>335 4;'''mja;0;@19;3;8;&30;@63;10;27;&32.4;1730;&26;46;&56 5;'''ant;0;@20;5;18;&43;@47;12;42;&26.8;3095;&40;48;&83 6;'''eco;10;§15;6;18;&39;§38;15;46;&23.4;'''4024;&45;48;&84 7;'''ade;9;?4;17;36;&57;?7;30;63;&22.8;'''4464;&36;35;&93 8;'''rru;5;?6;13;22;&41;?15;32;54;&19.5;'''3786;&28;38;&69 9;'''cvi;1;?7;16;20;&43;?16;37;47;&16.1;'''4282;&25;36;&68 10;'''scc;1;§9;3;12;&24;§38;13;50;&15.5;1805;°3;11;27 11;'''blo;2;?1;4;8;13;?8;31;62;10.2;1772;°3;17;°16 12;'''bsu;4;?5;7;5;17;?29;41;29;8.3;'''4215;14;40;31 13;'''myr;0;§5;1;5;11;§45;9;45;5.6;'''3555;9;45;20 14;'''pmq;1;§8;5;14;&27;§30;19;52;5.8;'''7223;14;33;41 15;'''mba;0;?3;3;10;16;?19;19;63;5.6;'''3943;°6;27;22 16;'''rtb;0;§0;0;3;$3;§0;0;100;$5.0;793;$1;25;$4 17;'''abra;0;@3;0;3;$6;@50;0;50;$4.8;1667;$2;25;$8 18;'''cbn;0;@5;0;4;$9;@56;0;44;$3.6;2491;$0;0;$9 19;'''spl;0;?1;1;3;°5;?20;20;60;°2.8;'''4213;7;58;°12 20;'''cbei;0;?2;2;3;°7;?29;29;43;°2.0;'''5622;°4;36;°11 21;'''afn;1;@1;1;0;$2;@50;50;0;$2.0;2039;$1;25;$3 ;'''total;51;195;154;370;719;27;21;51;17.0;72023;453;37;1172 ;;;;;;;;;;;;;; §;bgcolor="#e8f2a8"|;;?;bgcolor="#bbe333"|;;@;bgcolor="#ff00ff"|;;;;;;; </pre> *<span id="cdmc">Coefficient</span> de détermination, moyenne et corrélation: effectifs <pre> 14.8.21 Effectifs des cds-cds négatifs continus 14.8.21 Effectifs des cds-cds négatifs discontinus gen r50 “5 “6 “7 “8 total cds r80 “5 “6 “7 “8 total abra 13 211 0 11 174 409 1667 0 2 3 0 3 8 ade 9 607 0 25 72 713 4464 9 36 4 17 36 102 afn 9 167 2 20 105 303 2039 1 1 1 1 0 4 ant 6 387 1 33 252 679 3095 0 40 20 5 18 83 ase 28 1054 3 70 145 1300 8197 17 109 48 55 123 352 blo 2 161 1 10 36 210 1772 2 3 1 4 8 18 bsu 17 305 0 42 209 573 4215 4 14 5 7 5 35 cbei 4 153 0 32 200 389 5622 0 4 2 2 3 11 cbn 0 62 0 23 82 167 2491 0 0 5 0 4 9 cvi 4 493 0 38 152 687 4282 1 25 7 16 20 69 eco 22 423 0 47 152 644 4024 10 45 15 6 18 94 mba 6 152 7 34 108 307 3943 0 6 3 3 10 22 mja 6 78 0 17 62 163 1730 0 26 19 3 8 56 myr 0 133 0 22 127 282 3555 0 9 5 1 5 20 pmg 2 105 0 10 41 158 1800 0 33 16 9 30 88 pmq 16 466 1 44 226 753 7223 1 14 8 5 14 42 pub 3 233 2 14 129 381 1307 0 47 17 3 25 92 rru 11 475 0 26 97 609 3786 5 28 6 13 22 74 rtb 0 43 0 9 46 98 793 0 1 0 0 3 4 scc 6 195 1 22 95 319 1805 1 3 9 3 12 28 spl 5 262 0 30 117 414 4213 0 7 1 1 3 12 total 169 6165 18 579 2627 9558 72023 51 453 195 154 370 1223 </pre> *Coefficient de détermination, moyenne et corrélation:Résultats <pre> ‰. ;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs continus;;;;;;;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs discontinus;;;;;;‰. ;;;;;;;;;;;;; gen;c50‰. ;c5‰. ;c6‰. ;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;x80‰. ;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. ;;;;;c5‰. ;;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. abra;78.0;1265.7;0.0;66.0;1043.8;2453.5;;0.0;12.0;18.0;0.0;18.0;48.0;;;1;;248.9;;55.6;161.3;670.4;;;0.0;0.0;0.0;0.0;19.6 ade;20.2;1359.8;0.0;56.0;161.3;1597.2;;20.2;80.6;9.0;38.1;80.6;228.5;;;2;;272.1;;56.0;176.9;691.9;;;4.9;2.4;0.0;5.3;19.6 afn;44.1;819.0;9.8;98.1;515.0;1486.0;;4.9;4.9;4.9;4.9;0.0;19.6;;;3;;374.1;;56.4;203.2;778.6;;;7.1;3.6;0.0;7.1;28.5 ant;19.4;1250.4;3.2;106.6;814.2;2193.9;;0.0;129.2;64.6;16.2;58.2;268.2;;;4;;385.5;;56.9;227.8;793.2;;;12.0;4.9;2.4;11.9;36.1 ase;34.2;1285.8;3.7;85.4;176.9;1585.9;;20.7;133.0;58.6;67.1;150.1;429.4;;;5;;450.9;;60.9;256.2;877.8;;;12.6;5.6;2.8;14.1;48.0 blo;11.3;908.6;5.6;56.4;203.2;1185.1;;11.3;16.9;5.6;22.6;45.1;101.6;;;6;;542.2;;61.9;273.9;942.2;;;15.2;7.6;3.6;16.1;50.4 bsu;40.3;723.6;0.0;99.6;495.8;1359.4;;9.5;33.2;11.9;16.6;11.9;83.0;;;7;;583.3;;66.0;277.7;982.7;;;16.6;9.0;4.9;18.0;55.8 cbei;7.1;272.1;0.0;56.9;355.7;691.9;;0.0;7.1;3.6;3.6;5.3;19.6;;;8;;621.9;;68.7;312.9;1042.5;;;16.6;11.1;6.9;19.4;56.3 cbn;0.0;248.9;0.0;92.3;329.2;670.4;;0.0;0.0;20.1;0.0;16.1;36.1;;;9;;645.2;;71.2;329.2;1185.1;;;16.9;11.9;7.6;25.4;58.1 cvi;9.3;1151.3;0.0;88.7;355.0;1604.4;;2.3;58.4;16.3;37.4;46.7;161.1;;;10;;723.6;;85.4;355.0;1235.8;;;19.4;14.1;14.9;37.8;83.0 eco;54.7;1051.2;0.0;116.8;377.7;1600.4;;24.9;111.8;37.3;14.9;44.7;233.6;;;11;;819.0;;86.2;355.7;1359.4;;;25.3;15.8;16.2;44.7;101.6 mba;15.2;385.5;17.8;86.2;273.9;778.6;;0.0;15.2;7.6;7.6;25.4;55.8;;;12;;908.6;;88.7;357.2;1486.0;;;33.2;16.3;16.6;45.1;155.1 mja;34.7;450.9;0.0;98.3;358.4;942.2;;0.0;150.3;109.8;17.3;46.2;323.7;;;13;;1051.2;;92.3;358.4;1585.9;;;58.4;18.0;16.6;46.2;161.1 myr;0.0;374.1;0.0;61.9;357.2;793.2;;0.0;25.3;14.1;2.8;14.1;56.3;;;14;;1080.3;;98.1;377.7;1597.2;;;74.0;20.1;17.3;46.7;195.5 pmg;11.1;583.3;0.0;55.6;227.8;877.8;;0.0;183.3;88.9;50.0;166.7;488.9;;;15;;1151.3;;98.3;495.8;1600.4;;;80.6;37.3;22.6;58.1;228.5 pmq;22.2;645.2;1.4;60.9;312.9;1042.5;;1.4;19.4;11.1;6.9;19.4;58.1;;;16;;1250.4;;99.6;515.0;1604.4;;;111.8;49.9;23.0;58.2;233.6 pub;23.0;1782.7;15.3;107.1;987.0;2915.1;;0.0;359.6;130.1;23.0;191.3;703.9;;;17;;1254.6;;106.6;526.3;1608.6;;;129.2;58.6;34.3;66.5;268.2 rru;29.1;1254.6;0.0;68.7;256.2;1608.6;;13.2;74.0;15.8;34.3;58.1;195.5;;;18;;1265.7;;107.1;580.1;1767.3;;;133.0;64.6;37.4;80.6;323.7 rtb;0.0;542.2;0.0;113.5;580.1;1235.8;;0.0;12.6;0.0;0.0;37.8;50.4;;;19;;1285.8;;113.5;814.2;2193.9;;;150.3;88.9;38.1;150.1;429.4 scc;33.2;1080.3;5.5;121.9;526.3;1767.3;;5.5;16.6;49.9;16.6;66.5;155.1;;;20;;1359.8;;116.8;987.0;2453.5;;;183.3;109.8;50.0;166.7;488.9 spl;11.9;621.9;0.0;71.2;277.7;982.7;;0.0;16.6;2.4;2.4;7.1;28.5;;;21;;1782.7;;121.9;1043.8;2915.1;;;359.6;130.1;67.1;191.3;703.9 total;23.5;856.0;2.5;80.4;364.7;1327.1;;7.1;62.9;27.1;21.4;51.4;169.8;;;;;;;;;;;;;;;; moyenne;23.8;859.9;3.0;84.2;427.9;1398.7;;5.4;69.5;32.4;18.2;52.8;178.3;;;R2 progrès;;;;;;;;;;;;; écart;19.6;422.8;5.2;22.4;248.2;592.6;;8.0;86.6;37.6;18.2;53.8;181.3;;;droite;;967;;978;793;889;;;687;753;850;758;783 m/e;1.2;2.0;0.6;3.8;1.7;2.4;;0.7;0.8;0.9;1.0;1.0;1.0;;;exponentiel;;957;;975;941;967;;;969;980;956;961;986 R2 corel;c5;;;0.193;0.420;;R2 corel;x5;;0.888;0.494;0.853;;;;a;;0.089;;0.043;0.081;0.065;;;0.202;0.195;0.183;0.165;0.171 ;c7;;;;0.420;;;x6;;;0.392;0.754;;;;b;;283.156;;50.427;153.421;628.757;;;3.747;1.976;1.444;5.367;16.404 ;;;;;;;;x7;;;;0.745;;;;;;;;;;;;;;;;; R2 deter;c5;;;0.037;0.176;;R2 deter;x5;;0.788;0.244;0.728;;;;;;;;;;;;;;;;; ;c7;;;;0.177;;;x6;;;0.154;0.569;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;x7;;;;0.555;;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ======Fréquences cds-cds négatifs discontinus jusqu'à 80, détails====== *Fréquences <span id="disc80">des</span> discontinus jusqu'à 80, détails des cumuls <pre> 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0;51;;9 6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1;;;43 7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1;;;27 8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3;;;70 1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58;;;30 1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7;;;64 total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12;1172;;204 gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles 1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;;0 2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2;2;;10 3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;;0 4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5;4;;52 5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;5;;2 6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0;6;;13 7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0;7;;1 8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2;8;;7 9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0;9;;6 10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0;10;;2 11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0;11;;11 12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0;12;;4 13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;13;;3 14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0;14;;9 15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1;15;;3 16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0;16;;2 17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1;17;;10 18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0;18;;2 19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;19;;2 20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0;20;;5 21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0;21;;2 22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;22;;2 23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0;23;;3 24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0;24;;2 25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;25;;4 26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0;26;;8 27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;27;;1 28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;28;;1 29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;29;;0 30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;30;;0 31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;31;;1 32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;32;;3 33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;33;;0 34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;34;;2 35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0;35;;4 36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;36;;2 37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;37;;0 38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;38;;2 39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;39;;1 40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;40;;2 41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;41;;1 42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;42;;1 43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;43;;0 44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;44;;1 45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;45;;1 46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;46;;1 47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;47;;1 48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;48;;0 49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;49;;0 50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;50;;1 51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;51;;2 52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;52;;1 53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;53;;0 54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;54;;0 55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;55;;1 56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;56;;0 57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;57;;0 58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;58;;1 59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;59;;0 60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;60;;1 61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;61;;0 62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;62;;0 63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;63;;0 64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;64;;0 65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;65;;1 66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;66;;0 67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;67;;0 68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;68;;1 69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;69;;1 70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;70;;0 71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;71;;1 72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;72;;0 73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;73;;1 74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;74;;1 75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;75;;1 76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;76;;0 77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;77;;0 78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;78;;0 79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;79;;0 80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;80;;0 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles </pre> ======Restes des cds-cds négatifs====== *Restes <span id="rcdsn">des</span> cds-cds négatifs <pre> 14.8.21;;discont;cont;cont;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;6;14;2;0;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;7;12;48;17;65;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;8;19;43;44;87;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;6;15;0;15;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;51;108;61;169;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;cont;cont;;discontinu;;; ;6;2;2;;6;7;0;;6;1;0;;6;4;0;;6;0;0;0;;;; ;7;1;11;;7;6;18;;7;3;11;;7;2;8;;7;12;5;17;;;; ;8;3;9;;8;4;10;;8;8;9;;8;3;15;;8;25;19;44;1;;; ;reste;5;9;;reste;0;0;;reste;1;6;;reste;0;0;;reste;0;0;0;;;; ;;11;31;;;17;28;;;13;26;;;9;23;;;37;24;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Les occurrences des négatifs autres que ceux des tableaux des continus jusqu’à -50 et des discontinus jusqu’à -80;;;;;;;;;;;;;;;;;discontinu;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;-89;1;;;;;;; eco;discontinu;continu;;ase;discontinu;continu;;bsu;discontinu;continu;;scc;discontinu;continu;;pmq;continu;;ant;continu;;;Les restes ;jusqu’à -56;;1;1;-51;;*;0;-58;;1;2;-120;1;;0;-53;1;1;-71;1;1;continus;169;50 -66;;1;0;-52;;3;2;-59;;1;1;-74;;1;1;-55;1;2;-65;1;1;discontinus;51;80 -75;;1;0;-53;;*;1;-65;;1;1;-68;;2;1;-56;2;1;-59;1;1;;; -82;1;7;2;-55;;1;2;-82;;1;2;-59;;2;1;-65;2;1;-56;1;1;;discontinu;continu -85;;1;2;-57;;*;0;-86;1;;1;-53;;1;1;-74;1;1;-55;1;2;eco;10;22 -86;1;;1;-58;;*;2;-91;;1;2;ok;1;6;;-89;*;1;-53;1;1;ase;17;28 -89;;1;1;-59;;2;1;-92;;1;1;rru;discontinu;continu;;-95;2;1;;;;bsu;4;17 -102;1;;0;-67;;1;2;-93;1;;0;-122;1;;1;-119;2;1;cbei;continu;;pmq;1;16 -113;1;;1;-70;;2;2;-94;;1;2;-120;1;;0;-116;1;1;-110;1;1;ade;9;9 -129;1;;0;-74;;1;1;-95;;1;1;-106;1;;2;-115;1;2;-64;1;2;abra;0;13 -210;1;;0;-76;;1;2;-361;1;;2;-104;2;;1;-113;1;1;-64;1;2;afn;1;9 -436;1;;2;-79;;1;2;-127;1;;2;-137;;1;1;-101;2;1;-62;1;1;ant;0;6 -527;1;;1;-81;1;;0;-7616;;1;1;-104;;*;1;;16;;;;;blo;2;2 -530;1;;1;-82;2;1;2;-500;;1;1;-73;;1;2;;;;mba;continu;;cbei;0;4 -723;1;;0;-86;2;1;1;-492;;1;0;-68;;1;1;pub;continu;;-59;2;1;cvi;1;4 -110;;1;1;-87;1;;0;-164;;1;1;-65;;1;1;-65;1;1;-56;4;1;mba;0;6 -153;;1;0;-88;1;;2;-154;;1;2;-64;;1;2;-59;1;1;-51;*;0;mja;0;6 -212;;1;1;-89;;1;1;-143;;1;1;-62;;1;1;-56;1;1;;;;pmg;0;2 -242;;1;1;-91;;1;2;-119;;1;1;-61;;1;2;;;;mja;continu;;pub;0;3 -448;;1;2;-93;2;;0;-113;;1;1;-59;;1;1;spl;continu;;-83;1;1;rru;5;11 -729;;1;0;-94;;2;2;-101;;1;1;-58;;*;2;-98;1;1;-73;1;2;scc;1;6 -897;;1;0;-95;;1;1;;4;17;;-53;;1;1;-77;1;1;-71;1;1;spl;0;5 -1295;;1;1;-97;;2;2;ade;discontinu;continu;;-52;;2;2;-56;1;1;-64;1;2;;51;169 -2130;;1;0;-100;;1;2;-55;;1;2;;5;11;;-53;2;1;-62;1;1;;; -2400;;1;0;-120;1;;0;-61;;2;2;;;;;;;;-59;1;1;;; ;10;22;;-119;1;;1;-67;;1;2;blo;discontinu;continu;;abra;continu;;;;;;; afn;discontinu;continu;;-111;1;;0;-68;;2;1;-102;1;;0;-92;1;1;pmg;continu;;;; -83;1;;1;-109;2;;2;-116;1;;1;-85;1;;2;-86;1;1;-65;1;1;;; -113;;1;1;-107;1;;1;-110;1;;1;-86;;1;1;-73;1;2;-59;1;1;;; -79;;1;2;-106;1;;2;-107;1;;1;-53;;1;1;-67;9;2;;;;;; -74;;1;1;-105;1;;0;-104;1;;1;;2;2;;-59;1;1;;;;;; -71;;1;1;-119;;2;1;-101;1;;1;cvi;discontinu;continu;;;;;;24;;;; -68;;1;1;-110;;1;1;-98;1;;1;-102;1;;0;;37;;;;;;; -67;;2;2;-106;;2;2;-86;1;;1;-97;;1;2;;;;;;;;; -59;;1;1;-101;;1;1;-82;1;;2;-94;;1;2;;;;;;;;; -53;;1;1;;17;28;;-109;1;1;2;-73;;1;2;;;;;;;;; ;1;9;;;;;;-106;;1;2;-71;;1;1;;;;;;;;; ;;;;;;;;-100;;1;2;;1;4;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;9;9;;;9;23;;;;;;;;;; </pre> =====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_continus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus]] *Tableau cds-cds-c <pre> *Tableau cds-cds-c;;;;;;;;;;;; 14.8.21;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;;;;;; gen;r50;continu;“6;“7;“8;“p;c8;c7;1-5”;c5;c‰;cds '''cbn;0;167;;23;82;105;78;21.9;62;<u>'''37;<u>'''67;°2 491 '''cbei;4;389;;32;200;232;86;°13.8;153;'''39;'''69;&5 622 '''mba;6;307;'''7;34;108;149;77;22.8;152;°50;'''78;3 943 '''myr;0;282;;22;127;149;85;°14.8;133;°47;'''79;3 555 '''pmg;2;158;;10;41;51;80;19.6;105;66;°88;°1 800 '''mja;6;163;;17;62;79;79;21.5;78;°48;°94;'''1 730 '''spl;5;414;;30;117;147;80;20.4;262;63;°98;4 213 '''pmq;16;753;1;44;226;271;84;°16.2;466;62;°104;&7 223 '''blo;2;210;1;10;36;47;79;21.3;161;&77;119;'''1 772 '''rtb;0;98;;9;46;55;84;°16.4;43;'''44;124;<u>'''793 '''bsu;17;573;;42;209;251;83;°16.7;305;53;136;4 215 '''afn;9;303;2;20;105;127;84;°15.7;167;°55;149;°2 039 '''ase;28;'''1300;3;70;145;218;68;&32.1;1054;&81;158.6;&<u>8 197 '''ade;9;713;;25;72;97;74;&25.8;607;&<u>85;159.7;4 464 '''eco;22;644;;47;152;199;76;23.6;423;66;160.0;4 024 '''cvi;4;687;;38;152;190;80;20.0;493;&72;160.4;4 282 '''rru;11;609;;26;97;123;79;21.1;475;&78;160.9;3 786 '''scc;6;319;1;22;95;118;81;18.6;195;61;&177;°1 805 '''ant;6;679;1;33;252;286;89;'''11.5;387;°57;&219;3 095 '''abra;13;409;;11;174;185;94;<u>'''5.9;211;°52;&245;'''1 667 '''pub;3;381;2;14;129;145;90;'''9.7;233;61;&<u>292;'''1 307 '''total;169;9558;18;579;2627;3224;82;18.0;6165;64;134;72 023 </pre> *Tableau cds-cds-x <pre> *Tableau cds-cds-x;;;;;;;;; 14.8.21;;;;;;;;; négatifs continus;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;discontinus par -6;; gen;c5‰;c7‰;c8‰;c‰;c1/c4;cds;x6;x5;x‰ '''cbn;'''25;9.2;°33;<u>'''67;&121;°2 491;@56;0;$3.6 '''cbei;'''27;5.7;°36;'''69;&87;&5 622;?29;36;°2.0 '''mba;'''39;8.6;°27;'''78;°28;3555;?19;27;5.6 '''myr;'''37;6.2;°36;'''79;&118;3943;§45;45;5.6 '''pmg;58;5.6;'''23;°88;52;°1 800;§29;38;&48.9 '''mja;45;9.8;°36;°94;49;'''1 730;@63;46;&32.4 '''spl;62;7.1;°28;°98;&93;4213;?20;58;°2.8 '''pmq;65;6.1;°31;°104;'''21;&7 223;§30;33;5.8 '''blo;91;5.6;'''20;119;48;'''1 772;?8;17;10.2 '''rtb;54;11.3;58;124;°30;<u>'''793;§0;25;$5.0 '''bsu;72;10.0;50;136;°31;4215;?29;40;8.3 '''afn;82;9.8;51;149;°29;°2 039;@50;25;$2.0 '''ase;129;8.5;'''18;158.6;'''19;&<u>8 197;?21;31;&42.9 '''ade;136;5.6;'''16;159.7;<u>'''13;4464;?7;35;&22.8 '''eco;105;11.7;°38;160.0;63;4024;§38;48;&23.4 '''cvi;115;8.9;°35;160.4;°31;3786;?16;36;&16.1 '''rru;125;6.9;°26;160.9;'''21;4282;?15;38;&19.5 '''scc;108;12.2;53;&177;'''25;°1 805;§38;11;&15.5 '''ant;125;10.7;&81;&219;&74;3095;@47;48;&26.8 '''abra;127;6.6;&104;&245;48;'''1 667;@50;25;$4.8 '''pub;178;10.7;&99;&<u>292;&<u>190;'''1 307;§38;51;&<u>70.4 '''total;86;8.0;36;134;37;72023;27;37;17.0 ;;;;;;;;; ? bbe333;;;;;;;;; § e8f2a8;;;;;;;;; @ ff00ff;;;;;;;;; </pre> *Fréquences <span id="fncont">des</span> intercalaires négatifs continus jusqu'à 50, détails <pre> negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl -1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126 -2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0 -4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136 -5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0 -6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0 -7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10 -8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46 -9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8 -11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28 -12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0 -13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5 -14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15 -15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3 -17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8 -18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1 -20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7 -21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0 -23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4 -24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 -25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0 -26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2 -27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1 -29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2 -30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0 -32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3 -33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1 -35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0 -36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 -38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1 -39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 -41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1 -42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1 -44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0 -45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0 -47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0 -48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0 -50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0 ;170;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;3;16;3;11;0;6;5 ;9559;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;159;753;381;609;98;319;414 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 9559;?;?;?;?;?;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;total;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl 6;18;0;0;2;1;3;1;0;0;0;0;0;7;0;0;0;1;2;0;0;1;0 7;579;11;25;20;33;70;10;42;32;23;38;47;34;17;22;10;44;14;26;9;22;30 8;2627;174;72;105;252;145;36;209;200;82;152;152;108;62;127;41;226;129;97;46;95;117 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; “7/t”;18;6;26;16;12;32;21;17;14;22;20;24;23;22;15;20;16;10;21;16;19;20 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; total;3224;185;97;127;286;218;47;251;232;105;190;199;149;79;149;51;271;145;123;55;118;147 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; % 6+7+8 / 50;34;47;14;43;42;17;23;45;60;63;28;32;50;50;53;33;37;38;21;56;38;36 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; %1-5/total;64;52;85;55;57;81;77;53;39;37;72;66;50;48;47;66;62;61;78;44;61;63 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; c1/c4;0.37;0.48;0.13;0.29;0.74;0.19;0.48;0.31;0.87;1.21;0.31;0.63;0.28;0.49;1.18;0.52;0.21;1.90;0.21;0.30;0.25;0.93 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 1-5”;6165;211;607;167;387;1054;161;305;153;62;493;423;152;78;133;105;466;233;475;43;195;262 </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400]] *Légende <pre> 12.2.22 Paris;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Diagramme 400;;Poly3;1 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;1 à 400;Sc+;;;;;;;;;; ;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;;; gen;m50x;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;m50c;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;classe;;;;;12.2.22 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];min 50;-13;90;818;231;20;874;Sf;{{tri1|6}}b1;°rru;50;-34;275;878;270;139;2056;{{tri1|6}}b1;b1;Sf;°rru;20;6;{{tri1|6}}b1 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];max 80;45;-332;496;246;191;118;tF;{{tri1|14}}c3;§rtb;50;-36;279;569;258;82 Sm;402;{{tri1|14}}c3;c3;tF;§rtb;191;14;{{tri1|14}}c3 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];min 20;-58;495;853;284;249;218;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;50;-236;1732;559;245;338;537;{{tri1|1}}a1;a1;SF;$pub;249;1;{{tri1|1}}a1 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];max 70;29;-174;611;200;30;1008;tf;{{tri1|8}}b2;°cvi;50;-44;372;852;282;203;2320;{{tri1|8}}b2;b2;tf;°cvi;30;7;{{tri1|8}}b2 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];min 50;-20;145;782;242;39;1229;Sf;{{tri1|5}}b1;°ade;50;-61;489;843;267;232;2242;{{tri1|5}}b1;b1;Sf;°ade;39;5;{{tri1|5}}b1 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];min 50;-25;209;680;279;70;601;Sm;{{tri1|4}}a2;$ant;40;-135;1021;664;252;306;1616;{{tri1|4}}a2;a2;Sm;$ant;70;4;{{tri1|4}}a2 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];max 50;22;-151;532;230;43;1003;tm;{{tri1|11}}c2;eco;50;-74;565;805;255;265;2130;{{tri1|11}}c2;c2;tm;eco;43;11;{{tri1|11}}c2 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];max 80;47;-333;611;236;336;1071;tF;{{tri1|16}}c5;§spl;50;-47;363;806;257;192;2215;{{tri1|16}}c5;c5;tF;§spl;336;16;{{tri1|16}}c5 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];max 40;-6.4;69;458;359;18;1028;Sf;{{tri1|9}}c1;bsu;50;-41;352;790;286;173;2444;{{tri1|9}}c1;c1;Sf;bsu;18;9;{{tri1|9}}c1 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];régulier;31;-283;878;304;813;1614;tF;{{tri1|19}}d2;&pmq;70;-29;229;946;263;140;4164;{{tri1|19}}d2;d2;tF;&pmq;813;19;{{tri1|19}}d2 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];max 50;16;-109;454;227;27;489;tf;{{tri1|10}}c1;cbn;50;-50;394;855;263;203;1701;{{tri1|10}}c1;c1;tf;cbn;27;10;{{tri1|10}}c1 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];régulier;32;-258;712;269;708;946;tF;{{tri1|18}}d2;&cbei;50;-46;338;779;245;213;3399;{{tri1|18}}d2;d2;tF;&cbei;708;18;{{tri1|18}}d2 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];max 4-14;29;-227;486;261;183;328;tF;{{tri1|15}}c4;§afn;50;-95;712;722;250;297;1323;{{tri1|15}}c4;c4;tF;§afn;183;15;{{tri1|15}}c4 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];max 70;19;-108;872;189;25;2398;tf;{{tri1|7}}b2;°ase;50;-43;352;910;273;216;3558;{{tri1|7}}b2;b2;tf;°ase;25;8;{{tri1|7}}b2 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];régulier;33;-233;728;235;138;448;tF;{{tri1|21}}d3;&'''blo;40;-5.7;69;868;404;41 Sf;993;{{tri1|21}}d3;d3;tF;&'''blo;138;21;{{tri1|21}}d3 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];min 50;-16;150;660;313;78;406;Sm;{{tri1|3}}a2;$mja;50;-94;719;856;255;319;1047;{{tri1|3}}a2;a2;Sm;$mja;78;3;{{tri1|3}}a2 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];régulier;4.9;-71;350;483;348;705;tF;{{tri1|17}}d1;&mba;50;-50;359;823;239;287;1651;{{tri1|17}}d1;d1;tF;&mba;348;17;{{tri1|17}}d1 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];max 70;33;-213;708;215;68;828;tm;{{tri1|12}}c2;myr;50;-94;717;742;254;290;2081;{{tri1|12}}c2;c2;tm;myr;68;12;{{tri1|12}}c2 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];min 40;-67;515;607;256;179;559;SF;{{tri1|2}}a1;$pmg;60;-107;844;869;263;368;895;{{tri1|2}}a1;a1;SF;$pmg;179;2;{{tri1|2}}a1 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];max 50;53;-314;734;197;96;256;tF;{{tri1|13}}c3;§abra;60;-99;750;702;253;277;934;{{tri1|13}}c3;c3;tF;§abra;96;13;{{tri1|13}}c3 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];régulier;30;-200;690;222;71;416;tm;{{tri1|20}}d3;&'''scc;60;-86;660;830;256;331;961;{{tri1|20}}d3;d3;tm;&'''scc;71;20;{{tri1|20}}d3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;Poly3;31 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;31 à 400;Sc+;;;;;bgcolor="#66ffff"|;;°;99ff99;§; ;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;bgcolor="#ffff00"|;;&;00ccff;$; gen;teff;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;f3;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;;;;;; °[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];3786;12;-97;833;269;36;726;tf;{{tri1|6}}b1;°rru;tm;13;-61;957;156;41;1509;{{tri1|6}}b1;;a1;$pub;249;1; §[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];793;;;;;;;;{{tri1|14}}c3;§rtb;tF;70;-478;788;228;190;284;{{tri1|14}}c3;;a1;$pmg;179;2; $[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];1307;-49;437;918;297;256;149;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;SF;-48;403;945;280;365;200;{{tri1|1}}a1;;a2;$ant;70;4; °[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];4282;;;;;;;;{{tri1|8}}b2;°cvi;tF;5.3;22;915;-138;107;1621;{{tri1|8}}b2;;a2;$mja;78;3; °[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];4464;32;-228;874;238;67;958;tm;{{tri1|5}}b1;°ade;tF;2.5;38;957;-507;103;1490;{{tri1|5}}b1;;b1;°ade;39;5; $[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];3095;60;-400;785;222;112;432;tF;{{tri1|4}}a2;$ant;tF;4.8;28;888;-194;142;833;{{tri1|4}}a2;;b2;°cvi;30;7; [[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];4024;;;;;;;;{{tri1|11}}c2;eco;tm;7.6;-18;934;79;61;1389;{{tri1|11}}c2;;b2;°ase;25;8; §[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];4213;;;;;;;;{{tri1|16}}c5;§spl;tf;10.3;-50;915;162;30;1618;{{tri1|16}}c5;;b1;°rru;20;6; [[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];4216;48;-359;861;249;167;645;tF 51;{{tri1|9}}c1;bsu;tF;12;-27;954;75;104;1424;{{tri1|9}}c1;;c1;bsu;18;9; &[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];7223;;;;;;;;{{tri1|19}}d2;&pmq;Sm;-13;112;937;287;51;3257;{{tri1|19}}d2;;c1;cbn;27;10; [[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];2493;;;;;;;;{{tri1|10}}c1;cbn;tm;8.8;-32;932;121;41;1171;{{tri1|10}}c1;;c2;eco;43;11; &[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];5623;;;;;;;;{{tri1|18}}d2;&cbei;Sf;-13;15;935;38;8;2571;{{tri1|18}}d2;;c2;myr;68;12; §[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];2039;;;;;;;;{{tri1|15}}c4;§afn;tm;9.5;-42;904;147;45;791;{{tri1|15}}c4;;c3;§abra;96;13; °[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];8197;;;;;;;;{{tri1|7}}b2;°ase;SF;-18;182;976;337;149;2619;{{tri1|7}}b2;;c3;§rtb;191;14; &[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];1773;;;;;;;;{{tri1|21}}d3;&'''blo;tf;28;-174;897;207;36;786;{{tri1|21}}d3;;c4;§afn;183;15; $[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];1729;47;-300;711;213;88;309;tF;{{tri1|3}}a2;$mja;SF;-6.2;87;964;468;105;623;{{tri1|3}}a2;;c5;§spl;336;16; &[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];3943;;;;;;;;{{tri1|17}}d1;&mba;SF;-6.7;100;789;495;209;2156;{{tri1|17}}d1;;d1;&mba;348;17; [[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];3555;;;;;;;;{{tri1|12}}c2;myr;tF;7.8;-12;897;51;86;1265;{{tri1|12}}c2;;d2;&cbei;708;18; $[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];1800;23;-124;774;180;48;377;tm;{{tri1|2}}a1;$pmg;SF;-35;327;973;311;286;510;{{tri1|2}}a1;;d2;&pmq;813;19; §[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];1667;;;;;;;;{{tri1|13}}c3;§abra;tF;21;-104;912;165;85;548;{{tri1|13}}c3;;d3;&'''scc;71;20; &[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];1805;;;;;;;;{{tri1|20}}d3;&'''scc;SF;-17;162;949;318;162;622;{{tri1|20}}d3;;d3;&'''blo;138;21; </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Corrélations_400_et_faibles_fréquences|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences]] *Légende <pre> ;;12.2.22 Paris;Corrélations x+/c+;;;;;;;;;;Faibles fréquences;;;;;;;;;;;;; ;;;effectifs diagramme;;Corrélations;;;;;;;;1-30 ‰ ;;;teff;;0 ‰;;<0 ‰;;eff40;;corel40;classe; ;;gen;x+;c+;41-250;41-200;diff;1-250;mini;clx+;;gen;x+; c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+; c+;x+/c+;clx+; °rru;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];874;2056;611;193;418;792;min40;{{tri1|6}}b1;;°[[:image:Pro1-2.png|rru]];169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;{{tri1|6}}b1;°rru §rtb;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];118;402;148;-105;253;-165;min30;{{tri1|14}}c3;;§[[:image:Pr-bc1.png|rtb]];51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;{{tri1|14}}c3;§rtb $pub;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];218;537;883;857;26;852;min20;{{tri1|1}}a1;;$[[:image:Pro1-2.png|pub]];317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;{{tri1|1}}a1;$pub °cvi;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];1008;2320;891;858;33;549;min30;{{tri1|8}}b2;;°[[:image:Pro-2.png|cvi]];112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;{{tri1|8}}b2;°cvi °ade;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];1229;2242;758;624;134;897;min50;{{tri1|5}}b1;;°[[:image:Pro-2.png|ade]];221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;{{tri1|5}}b1;°ade $ant;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];601;1616;538;271;267;886;min40;{{tri1|4}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|ant]];281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;{{tri1|4}}a2;$ant eco;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];1003;2130;440;296;144;-64;min20;{{tri1|11}}c2;;[[:image:Pro-2.png|eco]];63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;{{tri1|11}}c2;eco §spl;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];1071;2215;784;735;49;-202;min10;{{tri1|16}}c5;;§[[:image:Pro1-2.png|spl]];37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;{{tri1|16}}c5;§spl bsu;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];1028;2444;282;8;274;257;min10;{{tri1|9}}c1;;[[:image:Bac-2.png|bsu]];140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;{{tri1|9}}c1;bsu &pmq;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];1614;4164;-651;-832;181;-825;min10;{{tri1|19}}d2;;&[[:image:Bac1-2.png|pmq]];32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;{{tri1|19}}d2;&pmq cbn;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];489;1701;508;548;-40;-112;min20;{{tri1|10}}c1;;[[:image:Bac1-2.png|cbn]];65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;{{tri1|10}}c1;cbn &cbei;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];946;3399;-377;-510;133;-646;min10;{{tri1|18}}d2;;&[[:image:Bac-2.png|cbei]];26;244;0.11;1219;4404;0;4;9;88;35;954;272;{{tri1|18}}d2;&cbei §afn;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];328;1323;101;-26;127;-407;min10;{{tri1|15}}c4;;§[[:image:Bac-2.png|afn]];46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;{{tri1|15}}c4;§afn °ase;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];2398;3558;940;922;18;725;min40;{{tri1|7}}b2;;°[[:image:Bac-2.png|ase]];135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;{{tri1|7}}b2;°ase &'''blo;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];448;993;537;406;131;255;min20;{{tri1|21}}d3;;&[[:image:Pr-bc1.png|blo]];89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;{{tri1|21}}d3;&'''blo $mja;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];406;1047;571;326;245;857;min30;{{tri1|3}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|mja]];239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;{{tri1|3}}a2;$mja &mba;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];705;1651;-221;-330;109;-477;min10;{{tri1|17}}d1;;&[[:image:Bac1-2.png|mba]];45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;{{tri1|17}}d1;&mba myr;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];828;2081;764;649;115;41;min20;{{tri1|12}}c2;;[[:image:Pro1-2.png|myr]];71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;{{tri1|12}}c2;myr $pmg;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];559;895;802;728;74;915;min40;{{tri1|2}}a1;;$[[:image:Bac-2.png|pmg]];326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;{{tri1|2}}a1;$pmg §abra;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];256;934;797;716;81;59;min10;{{tri1|13}}c3;;§[[:image:Pro1-2.png|abra]];94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;{{tri1|13}}c3;§abra &'''scc;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];416;961;530;440;90;49;min10;{{tri1|20}}d3;;&[[:image:Bac1-2.png|scc]];118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;{{tri1|20}}d3;&'''scc </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Taux_des_x+_dans_les_diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400]] *Légende <pre> 12.2.22;;;gen;x+;c+;%x+ 1;x+;c+;%x+ 31;x+;c+;%x+ t;t-1;31-1;clx+ 1;°rru;;°[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];874;2056;30;726;1509;32;972;2131;31;1.5;<u>2.7;{{tri1|6}}b1 2;§rtb;;§[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];118;402;'''23;112;284;'''28;189;505;27;'''4.5;5.6;{{tri1|14}}c3 3;$pub;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];218;538;29;149;200;43;239;595;29;-0.2;'''13.9;{{tri1|1}}a1 4;°cvi;;°[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];1008;2320;30;895;1621;36;1115;2410;32;1.3;5.3;{{tri1|8}}b2 5;°ade;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];1229;2242;35;958;1490;39;1320;2325;36;0.8;3.7;{{tri1|5}}b1 6;$ant;;$[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];601;1616;27;432;833;34;639;1694;27;0.3;7.0;{{tri1|4}}a2 7;eco;;[[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];1003;2130;32;940;1389;40;1076;2210;33;0.7;'''8.3;{{tri1|11}}c2 8;§spl;;§[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];1071;2215;33;1031;1618;39;1304;2482;34;1.8;6.3;{{tri1|16}}c5 9;bsu;;[[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];1028;2444;30;884;1629;35;1092;2513;30;0.7;5.6;{{tri1|9}}c1 10;&pmq;;&[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];1614;4164;28;1562;3257;32;1893;4535;29;1.5;4.5;{{tri1|19}}d2 11;cbn;;[[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];489;1701;'''22;457;1171;'''28;543;1776;23;1.1;5.7;{{tri1|10}}c1 12;&cbei;;&[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];946;3399;'''22;921;2571;'''26;1213;4011;23;1.4;4.6;{{tri1|18}}d2 13;§afn;;§[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];328;1323;'''20;313;791;'''28;349;1386;20;0.2;'''8.5;{{tri1|15}}c4 14;°ase;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];2398;3558;40;2072;2619;44;2726;3819;42;1.4;3.9;{{tri1|7}}b2 15;&'''blo;;&[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];448;993;31;408;786;34;502;1044;32;1.4;<u>3.1;{{tri1|21}}d3 16;$mja;;$[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];406;1047;28;309;623;33;447;1063;30;1.7;5.2;{{tri1|3}}a2 17;&mba;;&[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];705;1651;30;673;1297;34;1237;2378;34;'''4.3;4.2;{{tri1|17}}d1 18;myr;;[[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];828;2081;28;769;1265;38;981;2270;30;1.7;'''9.3;{{tri1|12}}c2 19;$pmg;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];559;895;38;377;510;43;604;942;39;0.6;4.1;{{tri1|2}}a1 20;§abra;;§[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];256;934;'''22;232;548;'''30;273;977;22;0.3;'''8.2;{{tri1|13}}c3 21;&'''scc;;&[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];416;961;30;367;622;37;462;993;32;1.5;6.9;{{tri1|20}}d3 </pre> =====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_continus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40]] *Légende *Tableau <pre> Sc+ 40;Diagrammes polynôme de d° 15;;;;;;;;;;;;Pourcentage des tranches de 7 fréquences;;;;;Effectif des tranches de 7 fréquences;;;;; gen;R2;min1;max1;min;max;pente;mx1;mx;pente0;diagr;type;gen;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;total '''rtb;$721;5;8;2;7;&'''1.7;4;13;&-10.7;$131;pr1;'''rtb;&'''39;&27;&18;10;'''6;48;33;22;13;8;124 '''pub;&981;6;8;13;13;$0;2;58;&-11.0;&367;pr2;'''pub;$63;$17;$8;'''6;'''6;223;61;27;21;20;352 '''rru;&882;7;11;11;34;&5.8;4;43;&-11.3;&630;pro1;'''rru;&32;&28;&13;15;11;191;167;78;86;66;588 '''cvi;&897;6;10;13;50;&9.3;1;58;&-9.0;&815;pro;'''cvi;&30;&30;&17;11;11;230;232;133;80;86;761 '''ade;&929;5;9;19;51;&8.0;2;63;&-14.7;&876;pro;'''ade;&30;&32;&15;12;11;247;267;122;95;93;824 '''ant;&923;7;9;14;88;&'''37.0;1;109;&-15.8;&836;pro;'''ant;&'''37;&39;&14;'''5;'''6;297;316;112;40;45;810 '''eco;&894;5;9;13;61;&12.0;2;54;&-13.7;&902;pro;'''eco;&27;&35;&17;12;'''8;232;295;146;103;71;847 '''spl;&881;6;10;13;33;&5.0;2;53;&-10.0;&683;pro1;'''spl;&30;&31;&15;13;11;193;202;94;86;73;648 '''bsu;°897;8;12;7;53;°11.5;1;41;°-4.9;°935;bac;'''bsu;°22;°25;°28;15;11;189;220;245;128;96;878 '''pmq;$758;9;14;10;45;°7.0;1;52;°-5.3;°1155;bac1;'''pmq;°25;°19;°22;18;17;255;192;224;181;177;1029 '''cbn;°891;8;12;9;32;°5.8;1;37;°-4.0;°620;bac1;'''cbn;°23;°24;°23;18;12;134;136;133;101;67;571 '''cbei;°873;7;12;8;51;°8.6;1;55;°-7.8;°954;bac;'''cbei;°22;°27;°25;15;11;194;242;220;138;101;895 '''afn;°829;7;12;5;46;°8.2;1;38;°-5.5;°580;bac;'''afn;°25;°30;°26;13;'''7;138;167;143;71;37;556 '''ase;°827;6;10;28;67;°9.8;1;60;°-6.4;°1165;bac-a;'''ase;$29;°28;$15;12;16;307;298;158;131;166;1060 '''blo;$636;7;10;4;11;°'''2.3;2;15;°'''-2.2;$241;bc1;'''blo;°28;°23;°22;17;10;62;52;50;37;23;224 '''mja;$670;6;9;4;32;&9.3;4;32;&-14.0;&474;pro-a;'''mja;$23;&31;$22;13;10;104;143;102;61;45;455 '''mba;$732;7;10;4;19;°5.0;2;31;-5.4;°428;bac1-a;'''mba;$32;°22;°20;13;12;124;87;79;50;48;388 '''myr;&922;7;12;23;46;&4.6;2;78;&-11.0;&899;pro1-a;'''myr;&'''42;$25;&16;11;'''7;355;213;133;93;61;855 '''pmg;$776;7;9;10;27;°8.5;2;27;°-3.4;°449;bac-b;'''pmg;$35;°25;$16;12;11;146;105;65;50;46;412 '''abra;&895;7;12;4;33;&5.8;1;58;&-9.0;&420;pro1;'''abra;&'''41;&30;&14;10;'''6;165;119;56;39;24;403 '''scc;°855;6;9;4;20;°5.3;1;31;°-5.4;°389;bac1-b;'''scc;$31;°30;$18;13;'''8;113;110;66;46;29;364 ;;;;;;;; ;ant;7;10;14;48;11.3;; ;ant;7;8;14;46;32;; ;;;;;;;; ;;moyenne;7.8;;;;; ;;écart;2.4;;;;; ;;m/e;3.2;;;;; </pre> *<span id="fc40">Données</span> <pre> fc40;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total 0;12;17;9;56;13;1;25;19;10;10;16;21;11;13;33;26;58;12;4;6;17;389 1;58;35;38;109;60;12;41;55;37;58;43;22;18;66;17;52;52;21;10;31;46;883 2;40;63;25;54;59;15;31;39;31;44;51;31;28;78;27;46;58;31;7;27;53;841 3;21;55;20;56;38;8;34;23;13;42;44;12;6;61;25;35;37;38;8;23;29;631 4;29;25;28;24;48;5;27;36;12;30;26;17;32;56;26;34;25;43;13;7;22;572 5;7;19;13;22;43;9;19;17;17;25;13;23;11;29;18;28;26;29;2;13;16;399 6;6;24;9;18;28;9;21;16;13;13;12;15;4;42;23;32;13;18;5;4;13;340 7;4;26;5;14;31;4;16;8;11;18;23;4;5;23;10;28;12;11;3;8;14;281 8;15;37;7;46;37;8;7;15;9;13;15;4;15;32;11;12;13;22;7;11;29;370 9;16;51;19;88;53;6;16;23;10;41;56;8;32;25;27;10;12;14;7;20;29;568 10;12;38;16;48;67;11;19;17;19;50;58;19;28;23;14;21;8;15;2;20;33;539 11;19;32;28;43;49;10;32;48;22;42;48;16;16;41;19;23;5;34;5;12;27;571 12;33;42;46;45;33;7;54;51;32;26;39;8;22;46;14;38;7;30;5;15;35;628 13;13;39;29;31;33;7;46;41;22;35;22;19;17;19;14;43;6;26;3;16;20;501 14;11;28;22;15;26;3;47;47;22;25;37;13;13;27;6;45;10;26;4;16;29;472 15;13;26;37;19;23;14;52;43;23;21;23;12;13;16;12;39;2;13;5;12;15;433 16;7;23;24;19;28;8;31;29;20;28;20;13;14;19;10;34;3;13;5;8;10;366 17;6;16;10;12;23;9;41;25;16;19;19;11;10;24;11;25;3;16;1;7;13;317 18;11;19;25;22;12;5;44;38;20;17;19;13;17;19;11;36;6;9;3;15;20;381 19;7;14;12;16;17;3;23;23;14;18;14;7;18;21;6;29;4;10;3;7;14;280 20;7;12;15;8;35;4;29;30;20;14;23;15;14;19;13;24;5;12;3;12;10;324 21;5;12;20;16;20;7;25;32;20;16;17;8;16;15;2;37;4;5;2;5;12;296 22;7;17;13;7;24;6;29;25;17;13;18;8;11;15;7;32;4;12;2;6;12;285 23;14;13;11;6;23;8;22;18;12;7;13;4;9;15;4;23;3;11;0;9;13;238 24;4;8;9;4;14;4;24;21;13;18;19;14;11;18;8;45;5;10;4;8;19;280 25;5;14;9;4;18;6;15;23;19;10;10;4;12;14;5;28;2;16;3;6;3;226 26;5;14;5;10;24;7;12;22;10;13;14;6;9;10;6;15;3;8;2;9;9;213 27;3;9;14;5;14;3;12;18;17;7;14;10;6;9;11;24;2;13;0;3;21;215 28;1;20;10;4;14;3;14;11;13;12;8;4;3;12;9;14;2;16;2;5;9;186 29;3;7;3;12;28;4;17;16;12;13;9;4;6;10;8;25;3;14;2;3;11;210 30;4;14;10;6;17;2;15;18;14;11;14;10;8;12;11;30;2;11;0;1;11;221 31;4;13;5;8;22;6;16;18;11;17;7;2;4;8;3;26;3;9;0;7;17;206 32;6;14;5;1;34;3;12;13;5;12;7;6;4;14;9;20;5;10;2;2;9;193 33;3;15;3;8;20;2;18;11;11;13;7;8;11;5;7;26;1;7;3;3;8;190 34;1;19;5;5;23;4;7;12;8;11;8;7;11;9;1;20;2;11;0;8;9;181 35;3;11;6;5;22;2;11;13;6;9;7;11;1;3;7;31;4;4;1;5;8;170 36;6;9;3;5;19;3;13;9;8;11;15;8;4;10;11;23;4;7;1;5;6;180 37;4;15;8;6;23;3;5;8;11;9;7;9;3;8;6;24;3;10;2;2;6;172 38;3;8;3;4;29;2;11;11;8;9;7;11;5;7;6;24;1;6;0;7;10;172 39;2;6;6;7;14;9;21;15;10;10;8;6;7;13;6;27;4;9;2;9;7;198 40;2;14;4;4;20;0;7;16;12;15;7;6;0;6;8;28;3;10;2;2;6;172 reste;547;1446;796;810;2688;803;1557;3042;1143;1599;1375;1932;586;1362;467;3361;175;1498;371;606;1786;27950 total;979;2339;1385;1702;3866;1045;2518;4015;1773;2424;2212;2381;1071;2274;949;4543;600;2140;506;1001;2486;42209 diagr;420;876;580;836;1165;241;936;954;620;815;821;428;474;899;449;1156;367;630;131;389;683;13870 </pre> =====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_discontinus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40]] *Légende <pre> 13.9.21 Paris;;publié;;;;;;;;;;;;; Sx+ 40;;;;; gen;poly3;mod3;tot;diagr;note ;;;;; '''rru;°253;5;12;175; '''rtb;;;;8; '''pub;;;;88; '''cvi;499;8;11;130; '''ade;443;8;11;304; '''ant;574;°'''1;9;186; '''eco;'''647;6;11;129;parabole '''spl;;;;69; '''bsu;'''789;5;9;302;croit '''pmq;;;;68; '''cbn;;;;56; '''cbei;;;;35; '''afn;;;;36; '''ase;°315;10;17;389;P15 611 '''blo;;;;54; '''mja;467;4;12;113; '''mba;;;;51; '''myr;;;;97; '''pmg;'''831;5;7;196;décroit '''abra;;;;41; '''scc;;;;60; ;;;;; ;Modulo 3;total;prévu;; ;5;7;;; ;16;22;;; ;10;17;;; ;5;9;;; ;6;11;;; ;5;12;;; ;47;78;26;; ;Jusqu’à 129;;;; ;51;90;30;; ;Jusqu’à 113;;;; </pre> =====Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Intercalaires_entre_tRNA_et_rRNA_en_continu_discontinu|Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu]] *Les tRNA-tRNA x+ <pre> ;tRNA-tRNA; ;x+;pbs aua;ggc-atgf;404 ;ttc-acc;161 ;gac-gta;270 ;ccg-caa;173 ase;gga-cca;130 mja;atgj-ctc;91 ;acc-caa;178 ksk;cca-gga;151 mba;gcc-atc;223 mfe;gcc-atc;227 fps;ttg-cta;290 vpb;cgt-cgt;56 "8 cgt avec 6 intercalaires 56-57 et 1 de 210" rtb;cgg-caa;60 ;gac-gcc;1051 rpl;cgg-caa;49 ;gac-gcc;830 agr;atgj-ggc;793 ;gac-gta;446 lbu;gaa-ctt;151 npu;atgj-atgj;-1 </pre> *'''Tableau''' <pre> tRNA rRNA continu discontinu;;;;;;;;les génomes à discontinu;;; type;total;c+;x+;c-;x-;x+%;;gen;x+;gen;x+ tRNA;1745;1714;19;1;0;1,1;;ase;1;; t-rRNA;814;810;4*;0;0;;;ksk;1;vpb;1 rRNA;1043;1043;0;0;0;;;mja;2;rtb;2 aa interne;127;127;0;0;0;;;mba;1;rpl;2 genomes;50;50;13;;;26;;mfe;1;agr;2 4*;cdc8;aaa-5s;23s’-16s;16s’-16s’;16s-5s;;;fps;1;aua;4 adresse;;4229303;4229975;4189696;4179150;;;npu;c-;lbu;1 ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;c- (-1pbs);; </pre> ===Les blocs à tRNA=== ===Les cds dans les blocs à tRNA=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds_dans_les blocs à tRNA|cds]] <pre> 27.9.20 Paris;;Les cds dans les blocs tRNA sans rRNA;;;d’après les annexes ;;;;; ;;;;; génome;sens;adresse;nom;cds aa;intercal [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma|gamma]];autres rien;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal]];comp ;2042057..2043241 ;tuf1 ;395;117 ;comp ;2043359..2043431;;acc gga tac aca; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_opérons|eco]];comp ;1287087..1287176 ;tpr ;30;67 ;comp ;1287244..1287328 ;;tac tac; ;;4175754..4175829;;acc aca tac gga;114 ;;4175944..4177128 ;tufb ;395; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_opérons|ecoN]];comp ;2192566..2192655;;tcg;93 ;;2192749..2193546 ;DgsA;266;100 ;;2193647..2193722;;aac; ;comp ;2236186..2236261;;aac;4 ;;2236266..2237909 ;YeeO;548;100 ;;2238010..2238085;;aac; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed]];comp ;3913378..3913454;;tgg;52 ;comp ;3913507..3914691 ;cds;395;171 ;comp ;3914863..3914937;;gga ; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha|alpha]];;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm]];comp ;659042..659116 ;;gtc ;155 ;comp ;659272..660159 ;hydrolase;296;106 ;comp ;660266..660340;;gtc ; ;comp ;2114823..2114899;;aga;55 ;comp ;2114955..2115251 ;ETC;96;71 ;comp ;2115323..2115399;;cca ; ; ;2632171..2632246 ;;gcc ;166 ;< ;2632413..2632965 ;transposase;184;-41* ;;2632925..2633473 ;hp;183;30 ;comp ;2633504..2633579 ;;aca ;93 ;comp ;2633673..2634200 ;transferase;176;271 ;comp ;2634472..2634561 ;;tcg; ;;2863981..2864056;aca;;15 ;;2864072..2864317 ;DUF2829;82;8 ;;2864326..2864401;aaa;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru]];;1934224..1934300;;cca ;63 ;;1934364..1934663 ;ETC;100;12 ;;1934676..1934752;;aga; ;comp ;3124836..3125033 ;translocase;66;151 ;comp ;3125185..3125260 ;;tgg ;343 ;comp ;3125604..3126794 ;ef tu;397;93 ;comp ;3126888..3126961 ;;gga ; ;comp ;3126989..3127074 ;;tac ;37 ;;3127112..3128158 ;RlmB;349;57 ;;3128216..3128291 ;;aca ;127 ;;3128419..3128652;hp;78; ;;3378495..3378569;;acc;237 ;;3378807..3379370 ;hp;188;234 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan]];comp ;2040234..2040453 ;hp;73;91 ;;2040545..2040629 ;;tac ; ;;2040654..2040727 ;;gga ;6 ;comp ;2040734..2040916 ;hp;61;-50* ;;2040867..2042042 ;ef Tu;392;65 ;;2042108..2042183 ;;tgg ;420 ;;2042604..2042804 ;translocase;67; ;comp ;2697238..2697314;;aga;123 ;comp ;2697438..2697743 ;ETC;102;156 ;comp ;2697900..2697976;;cca ; 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;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;; ;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;; ;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;; ;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;;;;;;;; ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;;;;;;;; ;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;;;;;;;; ;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;;;;;;;; ;tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;; ;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2;;;;;;;;; ;cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;;;;;;;; ;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6;;;;;;;;; ;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; ;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; 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;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga;;;;;;;;;; ;cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;; ;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;; ;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; ;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;; ;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; ;fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;11 ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 ;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 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aaa3;tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;;;;;;;; caa2;ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;;;;;;;; cag2;cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;;;;;;;; atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;;;;;;;; cgt4;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;;;;;;;; ggc3;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;;;;;;;; ;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;; séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;;;;;;;; (aaa gta)2 aaa3;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;;;;;;;; ;eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;29;;;;;;29;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;34;;;;;;;;;20;;;;;;;;;44;;;;;;;;; 3 gtc2;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;;;;;;;; gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;;;;;;;; 2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;;;;;;;; gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;;;;;;;; tac2;ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;;;;;;;; aaa3;atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;;;;;;;; atgf3;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;;;;;;;; ggc3;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;;;;;;;; atc :;tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;;;;;;;; 4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;;;;;;;; gaa :;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;;;;;;;; 7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;;;;;;;; acc :;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;;;;;;;; 2 5s >aa aa;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s >aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;;;;;;;; ;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;; gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;;;;;;;; séquences;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; (aaa gta)2 aaa3;ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;912;;;;;;;;;1047;;;;;;;;;493;;;;;;;;;751 ;atgi;30;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;7;tct;0;tat;0;atgf;36;;atgi;2;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;14;tct;0;tat;0;atgf;31 ;att;0;act;3;aat;0;agt;1;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0 ;ctt;4;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0 ;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0 ;ttc;21;tcc;37;tac;7;tgc;16;;ttc;35;tcc;6;tac;44;tgc;38;;ttc;9;tcc;2;tac;28;tgc;4;;ttc;28;tcc;10;tac;26;tgc;17 ;atc;4;acc;18;aac;28;agc;18;;atc;7;acc;22;aac;35;agc;34;;atc;2;acc;5;aac;22;agc;0;;atc;15;acc;9;aac;38;agc;15 ;ctc;30;ccc;28;cac;14;cgt;15;;ctc;15;ccc;1;cac;34;cgt;19;;ctc;2;ccc;0;cac;11;cgt;49;;ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30 ;gtc;19;gcc;16;gac;14;ggc;17;;gtc;11;gcc;14;gac;54;ggc;59;;gtc;28;gcc;25;gac;13;ggc;43;;gtc;5;gcc;1;gac;41;ggc;38 ;tta;18;tca;36;taa;0;tga;9;;tta;31;tca;12;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;4;taa;0;tga;0;;tta;24;tca;19;taa;0;tga;0 ;ata;1;aca;19;aaa;17;aga;29;;ata;1;aca;43;aaa;44;aga;21;;ata;0;aca;7;aaa;25;aga;2;;ata;0;aca;33;aaa;41;aga;15 ;cta;21;cca;20;caa;19;cga;3;;cta;32;cca;39;caa;37;cga;7;;cta;8;cca;4;caa;12;cga;0;;cta;20;cca;33;caa;29;cga;0 ;gta;13;gca;4;gaa;15;gga;15;;gta;54;gca;7;gaa;52;gga;45;;gta;26;gca;0;gaa;25;gga;6;;gta;51;gca;17;gaa;42;gga;25 ;ttg;34;tcg;26;tag;0;tgg;31;;ttg;8;tcg;5;tag;0;tgg;13;;ttg;2;tcg;0;tag;0;tgg;2;;ttg;7;tcg;2;tag;0;tgg;12 ;atgj;15;acg;28;aag;18;agg;31;;atgj;39;acg;5;aag;12;agg;1;;atgj;6;acg;0;aag;16;agg;0;;atgj;23;acg;2;aag;0;agg;0 ;ctg;20;ccg;15;cag;9;cgg;24;;ctg;16;ccg;4;cag;14;cgg;10;;ctg;28;ccg;8;cag;10;cgg;0;;ctg;9;ccg;1;cag;0;cgg;0 ;gtg;10;gcg;13;gag;9;ggg;20;;gtg;5;gcg;5;gag;5;ggg;6;;gtg;8;gcg;3;gag;12;ggg;0;;gtg;0;gcg;0;gag;1;ggg;1 ;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;total;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;751;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;(sans abra apl 729);;; </pre> ===Les totaux des types=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_totaux_des_types|Les totaux des types]] <pre> bacts;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total ;1047;912;13;751;11;304;493;135;3666 </pre> ===La référence +5s >3=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#La_référence_+5s_>3|La référence +5s >3]] <pre> La référence;;;;;;; +5s;sans 1-3aas;;729;;;; atgi;12;tct;;tat;;atgf;29 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;26;tcc;10;tac;26;tgc;17 atc;15;acc;9;aac;38;agc;15 ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30 gtc;5;gcc;1;gac;39;ggc;38 tta;22;tca;17;taa;;tga; ata;;aca;31;aaa;39;aga;15 cta;20;cca;33;caa;29;cga; gta;49;gca;15;gaa;42;gga;25 ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;12 atgj;21;acg;2;aag;;agg; ctg;9;ccg;1;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1 ;;;;;;; faible 21;19;0.9;;;;; moyen 16;236;14.8;;;;; fort 14;474;33.9;;;;; ;729;;;;;; g+cga 10;7;0.7;;;;; agg+cgg;0;;;;;; 4 ccc;12;3.0;;;;; autres 5;0;;;;;; ;19;;;;;; </pre> ===totaux par rapport au groupe de référence=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#totaux_par_rapport_au_groupe_de_référence|totaux par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;317;124;114;19;2;7;583; 16;moyen;345;327;80;246;43;253;1294; 14;fort;250;596;299;486;90;68;1789; ; ;912;1047;493;751;135;328;3666; 10;g+cga;151;68;57;7;;;283; 2;agg+cgg;55;11;;12;1;;79; 4;carre ccc;93;41;55;;1;7;197; 5;autres;18;4;2;;;;24; ;;317;124;114;19;2;7;583; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;86;34;31;5;1;2;159;26 16;moyen;94;89;22;67;12;69;353;324 14;fort;68;163;82;133;25;19;488;650 ; ;249;286;134;205;37;89;3666;729 10;g+cgg;41;19;16;2;;;77;10 2;agg+cga;15;3;;3;0.3;;22; 4;carre ccc;25;11;15;;0.3;2;54;16 5;autres;5;1.1;0.5;;;;7; ;;86;34;31;5;0.5;2;159; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;129;51;46;226;26;35;12;23 16;moyen;141;133;33;307;324;38;31;16 14;fort;102;243;122;467;650;27;57;61 ; ;372;427;201;2452;729;912;1047;493 10;g+cgg;62;28;23;113;10;48;55;50 2;agg+cga;22;4; ;27;;17;9; 4;carre ccc;38;17;22;77;16;29;33;48 5;autres;7;2;0.8;10;;6;3;2 ;;129;51;46;226;;317;124;114 </pre> ==Caractérisation des tRNAs== ===Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Caractérisation_d'un_tRNA_par_les_4_processus_+5s_1aa_>1aa_duplication|Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication]] <pre> gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;;; atgi;14;30;7;2;tct;;;;;tat;;;;;atgf;31;30;36;30;;; att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;; ctt;;4;3;2;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;; gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;; ttc;28;21;35;9;tcc;10;37;6;2;tac;26;7;44;28;tgc;17;16;38;4;;tener2;2*11 atc;15;4;7;2;acc;9;18;22;5;aac;38;28;35;22;agc;15;18;34;;;atgi j f;tca ctc;4;30;15;2;ccc;2;28;1;;cac;20;14;34;11;cgt;30;15;19;49;;ttc;aca gtc;5;19;11;28;gcc;1;16;14;25;gac;41;14;54;13;ggc;38;17;59;43;;tta;gca tta;24;18;31;2;tca;19;36;12;4;taa;;;;;tga;;9;;;;gta;gac ata;;1;1;0;aca;33;19;43;7;aaa;41;17;44;25;aga;15;29;21;2;;aaa;+5s cta;20;21;32;8;cca;33;20;39;4;caa;29;19;37;12;cga;;3;7;;;; gta;51;13;54;26;gca;17;4;7;;gaa;42;15;52;25;gga;25;15;45;6;;; ttg;7;34;8;2;tcg;2;26;5;;tag;;;;;tgg;12;31;13;2;;; atgj;23;15;39;6;acg;2;28;5;;aag;;18;12;16;agg;;31;1;;;; ctg;9;20;16;28;ccg;1;15;4;8;cag;;9;14;10;cgg;;24;10;;;; gtg;;10;5;8;gcg;;13;5;3;gag;1;9;5;12;ggg;1;20;6;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;200;240;264;125;;129;263;163;58;;238;150;331;174;;184;259;289;136;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;751;912;1047;493;;3203;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Pour 1000;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;;; atgi;19;33;7;4;tct;;;;;tat;;;;;atgf;41;33;34;61;;; att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;; ctt;;4;3;4;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;; gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;; ttc;37;23;33;18;tcc;13;41;6;4;tac;35;8;42;57;tgc;23;18;36;8;;; atc;20;4;7;4;acc;12;20;21;10;aac;51;31;33;45;agc;20;20;32;;;; ctc;5;33;14;4;ccc;3;31;1;;cac;27;15;32;22;cgt;40;16;18;99;;; gtc;7;21;11;57;gcc;1;18;13;51;gac;55;15;52;26;ggc;51;19;56;87;;; tta;32;20;30;4;tca;25;39;11;8;taa;;;;;tga;;10;;;;; ata;;1;1;;aca;44;21;41;14;aaa;55;19;42;51;aga;20;32;20;4;;; cta;27;23;31;16;cca;44;22;37;8;caa;39;21;35;24;cga;;3;7;;;; gta;68;14;52;53;gca;23;4;7;;gaa;56;16;50;51;gga;33;16;43;12;;; ttg;9;37;8;4;tcg;3;29;5;;tag;;;;;tgg;16;34;12;4;;; atgj;31;16;37;12;acg;3;31;5;;aag;;20;11;32;agg;;34;1;;;; ctg;12;22;15;57;ccg;1;16;4;16;cag;;10;13;20;cgg;;26;10;;;; gtg;;11;5;16;gcg;;14;5;6;gag;1;10;5;24;ggg;1;22;6;;;; </pre> ====Construction du tableau avec les sous-totaux==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|Construction du tableau avec les sous-totaux]] *Lien tableur au tableau de contrôle: [[#Les_totaux_des_g%C3%A9nomes_par_type|tableau]] *Notes: Pour le 1er tRNA d'une colonne je somme sur une colonne de type, des sous totaux ci-dessous, et je copie "formule" pour les autres tRNAs de la colonne. Je récupère l'argument de cette somme sur un txt. Pour les arguments des 2 autres types (colonne) je change le nom de la colonne dans txt et je copie l'argument dans SOMME(). *Les sous-totaux: D'abord j'ai sommé le total (totaux de la fin du tableau de contrôle). Je repère les lignes de chaque clade pour faire le sous-total du clade. Ce n'est pas la peine de cliquer sur chaque case. Il suffit de récupérer l'argument de la somme de tous les génomes d'une colonne et de découper cet argument d'après le relevé des lignes de chaque clade. <pre> bact2;;;;;;;121;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63;;bact2;;;;;;;0 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;9;gca;;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;1 -16s tac;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;;;tener2;;;;;;;22 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; 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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6 1-3aas aac;2 -16s tac;; cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4;;cyano2;;;;;;; atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;10;109;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38;;;;;;;;; atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;; atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc;;;;;;;;;; ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;;;;;;;;; gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2;;;;;;;;; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;; cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;; ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;;;;;;;; ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg;;;;;;;;;; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; ;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; clos8;;;;;;;628;;clos8;;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302 atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11 att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 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;;+16s;gca;atc;aaa;gta;gcc;gaa;total;;;alpha;gama;baci;clos;tener;; ;;gama;29;23;8;8;2;33;103;;atgf;23;;2;2;;; ;;clos;26;11;;;5;;42;;gac;;23;2;1;;; ;;afn;2;2;;;;;4;;aac;;;4;7;6;; ;;baci;16;15;;;;;31;;acc;;9;1;1;;; ;;alpha +bd;37;43;;;;;80;;tgg;;8;;1;;; ;;b t c;21;23;;;;;44;;tca;;4;;;;; ;;actino;0;0;0;0;0;0;0;;gaa;;1;;2;;; ;;total;131;117;8;8;7;33;304;;tcc;;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;23;45;10;14;6;; ;;;;;;;;;;;autres;;;;37;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;+16s;;;référence +5s;;;;304;;total 1-3aas;;;;;;;135 ;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27 ;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; ;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1 ;;atc;117;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;11;aac;17;agc; ;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt; ;;gtc;;gcc;7;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4 ;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1 ;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; ;;gta;8;gca;131;gaa;33;gga;;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1 ;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9 ;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 ;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;;inter;;max;;min;;total;;;;;;;;; ;;;248;;49;;7;;304;;alpha gama;;clostridia;;;baci clos tener;;baci ;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;-16s;-5s;;référence +5s;;;;24;;total 1-3aas;;;référence +5s;;;;135 -16s;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27 2 gga;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 2 tac;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; aac;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; agc;;ttc;;tcc;1;tac;2;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1 atc;;atc;1;acc;;aac;6;agc;1;;atc;;acc;11;aac;17;agc; cgt;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt; gca;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4 tca;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; tcc;;ata;;aca;3;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1 ;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; -5s;;gta;;gca;1;gaa;;gga;7;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1 3 aca;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9 5 gga;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; 5 aac;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 ;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;;inter;;max;;min;;total;;*;inter;;max;;min;;total ;;;5;;19;;0;;24;;;43;;90;;2;;135 </pre> ====Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_processus_+16s_et_1-3aas_des_fiches_mémoires|Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires]] <pre> +16s;;;référence +5s;;;;3957;;+16s;;;;;;;1000 atgi;;cds;121;16s;1039;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1235;acc;;aac;;agc;;;atc;442;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;11;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;11;aga;;;ata;;aca;;aaa;4;aga; cta;;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga; gta;13;gca;1249;gaa;272;gga;;;gta;5;gca;447;gaa;97;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total ;2484;;302;;11;;2797;;;888;;108;;4;;1000 ;;;;;;;;;;;;;;;; 1-3aas;;;;;;;736;;1-3aas;;;;;;;1000 atgi;15;tct;;tat;;atgf;172;;atgi;20;tct;;tat;;atgf;234 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;2;tac;12;tgc;7;;ttc;29;tcc;3;tac;16;tgc;10 atc;3;acc;82;aac;73;agc;1;;atc;4;acc;111;aac;99;agc;1 ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;4;;ctc;3;ccc;;cac;3;cgt;5 gtc;;gcc;;gac;172;ggc;12;;gtc;;gcc;;gac;234;ggc;16 tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;7;tca;7;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;17;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;23;aga;1 cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga; gta;5;gca;14;gaa;7;gga;12;;gta;7;gca;19;gaa;10;gga;16 ttg;;tcg;;tag;;tgg;78;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;106 atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;3 gtg;1;gcg;;gag;;ggg;2;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3 ;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total ;218;;510;;8;;736;;;296;;693;;11;;1000 </pre> ====Classement des tRNAs avec les 8 processus==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_tRNAs_avec_les_8_processus|Classement des tRNAs avec les 8 processus]] <pre> ;Classement des tRNAs;;;;À 1000 par processus;;;;;;;;; ;+5s;1aa;>1aa;dup;1-3aas;+16s;;;+5s;1aa;>1aa;dup;1-3aas;+16s atgf;41;33;34;61;234;1;;tca;25;39;11;8;7;- aac;51;31;33;45;99;-;;aga;20;32;20;4;1;- I;;;;;;;;atgi;19;33;7;4;20;- gaa;56;16;50;51;10;97;;tcc;13;41;6;4;3;- gac;55;15;52;26;234;-;;ttg;9;37;8;4;-;- gta;68;14;52;53;7;5;;ctc;5;33;14;4;3;- aaa;55;19;42;51;23;4;;I;;;;;; ggc;51;19;56;87;16;-;;ccc;3;31;1;0;-;- tac;35;8;42;57;7;-;;tcg;3;29;5;0;-;- II;;;;;;;;acg;3;31;5;0;1;- aca;44;21;41;14;1;-;;agg;0;34;1;0;-;- cca;44;22;37;8;1;2;;cgg;0;26;10;0;3;- caa;39;21;35;24;1;-;;ggg;1;22;6;0;3;- ttc;37;23;33;18;29;-;;II;;;;;; gga;33;16;43;12;16;-;;ctg;12;22;15;57;1;- tta;32;20;30;4;7;-;;gtc;7;21;11;57;-;- atgj;31;16;37;12;1;-;;gcc;1;18;13;51;-;4 cta;27;23;31;16;-;-;;aag;0;20;11;32;-;- cac;27;15;32;22;3;-;;gag;1;10;5;24;-;- III;;;;;;;;cag;0;10;13;20;-;- tgc;23;18;36;8;10;-;;ccg;1;16;4;16;-;- agc;20;20;32;0;1;-;;gtg;0;11;5;16;1;- IV;;;;;;;;gcg;0;14;5;6;-;- cgt;40;16;18;99;5;-;;III;;;;;; V;;;;;;;;cga;0;3;7;0;-;- gca;23;4;7;0;19;447;;ata;0;1;1;0;-;- atc;20;4;7;4;4;442;;tga;0;10;0;0;-;- ;;;;;;;;IV;;;;;; VI;;;;;;;;ctt;0;4;3;4;-;- acc;12;20;21;10;111;-;;act;0;3;0;0;-;- tgg;16;34;12;4;106;-;;agt;0;1;0;0;-;- </pre> ==Les intercalaires dans les genome.cumuls== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_dans_les_genome.cumuls|Les intercalaires dans les genome.cumuls]] *'''Récapitulatif des chapitres cumuls''' * - ne sont pris en compte que les moyennes en excluant quelques valeurs extrêmes (sans jaunes) * - Les 2 dernières colonnes cdsa et cdsa300 sont en aas. * - 19*, erreur dans la lecture de la colonne ( à corriger ant-cumuls et scc-cumuls) <pre> ;sans rRNA;avec rRNA;cds;cdsd;;cdsa;cdsa 300;notes gamme;200;200;500;500;;1100;330; ;;;;;;;; pub;44;9;50;16;;239;-; rtb;57;-;193;-;;269;176; rru;119;66;148;-;;237;140; cvi;26;86;-;-;;-;-; ade;39;22;-;-;;-;-; ant;25;*19;139;60;;239;-; rpl;56;-;191;-;;243;172; rpm;39;-;147;-;;252;170; oan;138;11;258;-;;256;-; abq;72;30;153;-;;249;166; abs;71;31;151;-;;242;166; agr;33;59;172;-;;185;137; aua;131;-;226;153;;235;158; ;;;;;;;; spl;58;-;-;-;;-;-; vpb;43;26;-;-;;-;-; eal;53;-;-;-;;-;-; eco;57;-;-;-;;-;-; ecoN;31;32;178;127;;260;172; vha;46;30;183;86;;240;-; amed;49;-;214;156;;274;-; ;;;;;;;; bsu;14;17;-;-;;-;-; lmo;11;20;-;-;;-;-; lam;14;12;-;-;;-;-; ppm;20;17;193;150;;292;229;cdsj ? pmq;16;14;207;126;;235;213;cdsd ? lbu;14;29;159;114;;275;-; ban;14;15;165;132;;191;-; ;;;;;;;; psor;9;10;173;95;;220;-; cdc;14;9;206;165;;286;-; cdc8;14;10;182;155;;208;-; cbc;15;15;-;-;;-;-; cbn;14;14;-;-;;-;-; cle;19;22;-;-;;-;-; hmo;8;8;196;137;;230;-; cbei;18;7;350;195;;328;-; afn;12;-;-;-;;-;-; ;;;;;;;; ase;19;-;147;-;;254;179; blo;34;-;-;-;;-;-; sma;34;-;-;-;;-;-; ksk;33;-;-;-;;-;-; ;;;;;;;; myr;33;-;144;-;;244;189; fps;30;-;135;-;;246;181; ;;;;;;;; pnu;11;-;176;-;;240;188; pmg;10;12;93;-;;248;170; ;;;;;;;; abra;23;22;131;-;;201;148; apal;25;17;122;-;;218;177; ;;;;;;;; scc;32;*;188;124;;299;-; ;;;;;;;; mja;29;18;152;-;;253;194; mba;51;-;210;-;;186;158; mfi;35;-;178;-;;213;171; mfe;55;-;223;-;;207;157; </pre> 7gesmp4mr1ltp4xx04suakrtht477ao 880676 880674 2022-07-23T16:58:06Z Mekkiwik 5298 /* abra autres intercalaires aas */ wikitext text/x-wiki {{Annexe | idfaculté = biologie | numéro = 12 | niveau = | précédent = [[../archeo/]] | suivant = [[../Apmq/]] }} __TOC__ ==bacilli== ===Bacillus subtilis=== ====bsu==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#Bacillus subtilis|bsu]] <pre> Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168;;;; 43.6%GC;7.3.19 Paris;86;doubles;intercal ;;;; ;9810..11364;16s;@2;99 ;11464..11540;atc;;11 ;11552..11627;gca;;81 ;11709..14636;23s;;55 ;14692..14810;5s;; ;;;; ; 22292..22384;tca;; ;;;; ;30279..31832;16s;;99 ;31932..32008;atc;;11 ;32020..32095;gca;;81 ;32177..35103;23s;;133 ;35237..35355;5s;; ;;;; ;70181..70257;atg;;9 ;70267..70338;gaa;; ;;;; ;90536..92089;16s;@1;164 ;92254..95181;23s;;55 ;95237..95354;5s;;20 ;95375..95450;gta;;4 ;95455..95530;aca;;36 ;95567..95642;aaa;;6 ;95649..95731;cta;;40 ;95772..95846;ggc;;14 ;95861..95946;tta;;9 ;95956..96032;cgt;;27 ;96060..96136;cca;;9 ;96146..96221;gca;;170 ;96392..97945;16s;;164 ;98110..101037;23s;;55 ;101093..101211;5s;; ;;;; ;160893..162445;16s;;164 ;162610..165535;23s;;55 ;165591..165707;5s;;46 ;165754..165825;aac;;4 ;165830..165902;acc;;56 ;165959..166033;ggc;;30 ;166064..166140;cgt;;27 ;166168..166244;cca;;8 ;166253..166328;gca;;171 ;166500..168053;16s;;164 ;168218..171141;23s;;55 ;171197..171314;5s;;183 ;171498..173049;16s;;164 ;173214..176141;23s;;55 ;176197..176315;5s;; ;;;; ;194205..194279;gaa;;3 ;194283..194358;gta;;4 ;194363..194435;aca;;22 ;194458..194542;tac;;4 ;194547..194621;caa;; ;;;; ;528704..528778;aac;;4 ;528783..528873;agc;;29 ;528903..528974;gaa;;11 ;528986..529060;caa;;26 ;529087..529162;aaa;;11 ;529174..529255;cta;;80 ;529336..529422;ctc;; ;;;; ;635110..635186;cgt;;13 ;635200..635273;gga;;159 ;635433..636987;16s;;167 ;637155..640082;23s;;55 ;640138..640254;5s;;13 ;640268..640344;atgf;;60 ;640405..640481;gac;; ;;;; ;946696..948250;16s;;167 ;948418..951345;23s;;111 ;951457..951572;5s;;9 ;951582..951656;aac;;5 ;951662..951753;tcc;;34 ;951788..951859;gaa;;9 ;951869..951944;gta;;9 ;951954..952030;atgf;;11 ;952042..952118;gac;;12 ;952131..952206;ttc;;5 ;952212..952284;aca;;22 ;952307..952391;tac;;5 ;952397..952470;tgg;;24 ;952495..952570;cac;;9 ;952580..952651;caa;;49 ;952701..952775;ggc;;5 ;952781..952851;tgc;;7 ;952859..952947;tta;@3;265 ;953213..953294;ttg;; ;;;; ;967065..967138;gga;; ;;;; ;1262789..1262861;gtc;; ;;;; comp;2003276..2003348;agg;; ;;;; ;2563889..2563959;caa;; ;;;; comp;2899816..2899889;aga;; ;;;; comp;3171879..3171950;gaa;;25 comp;3171976..3172066;agc;;3 comp;3172070..3172144;aac;;10 comp;3172155..3172231;atc;;15 comp;3172247..3172320;gga;;10 comp;3172331..3172406;cac;;17 comp;3172424..3172499;ttc;;12 comp;3172512..3172588;gac;;11 comp;3172600..3172676;atgf;;17 comp;3172694..3172786;tca;;6 comp;3172793..3172869;atgi;;2 comp;3172872..3172948;atgj;;19 comp;3172968..3173040;gca;;5 comp;3173046..3173122;cca;;15 comp;3173138..3173214;cgt;;9 comp;3173224..3173309;tta;;14 comp;3173324..3173398;ggc;;5 comp;3173404..3173490;ctg;;10 comp;3173501..3173576;aaa;;37 comp;3173614..3173689;aca;;32 comp;3173722..3173797;gta;;20 comp;3173818..3173935;5s;;55 comp;3173991..3176918;23s;;167 comp;3177086..3178640;16s;; ;;;; comp;3194455..3194527;gcc;; ;;;; comp;3545889..3545964;cgg;; ;;;; comp;4154787..4154859;ttc;;35 comp;4154895..4154971;gac;;81 comp;4155053..4155124;gaa;;9 comp;4155134..4155209;aaa;; </pre> ====bsu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_blocs|bsu blocs]] <pre> bsu blocs;;;;;;;;; Types;;;;;;;;; I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2;II3 16s;167;167;164;164;;16s;164;164;164 23s;111;55;55;55;;23s;55;55;55 5s;9;20;46;20;;5s;;; ;5;32;4;4;;;;; ;aac;gta;aac;gta;;;;; ;**15aas;**20aas;**5aas;** 8aas;;;;; III;;;;;;IV;;; 16s;99;99;;;;cgt;13;; atc;11;11;;;;gga;159;; gca;81;81;;;;16s;167;; 23s;55;133;;;;23s;55;; 5s;;;;;;5s;13;; ;;;;;;atgf;60;; ;;;;;;gac;;; Groupes;;;;;;;;; ;16s;164;;;;16s;164;; I3;23s;55;;;I4;23s;55;; ;5s;46;;;;5s;20;; ;aac;4;;;;gta;4;; ;**4aas;8;;;;** 7aas;9;; ;gca;171;;;;gca;170;; II1;16s;164;;;II3;16s;164;; ;23s;55;;;;23s;55;; II2;5s;183;;;;5s;;; ;16s;164;;;;;;; ;23s;55;;;;;;; ;5s;;;;;;;; </pre> ====bsu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_données_intercalaires|bsu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;bsu;fx;fc;bsu;fx40;fc40;bsu;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;25;0;2;25;-1;0;72;134;111;tRNA 16s;;;tRNA tRNA;;contig ;0;10;28;231;1;3;41;-2;0;4;168;179;170;;gca;4;;gta ;0;20;46;398;2;2;31;-3;0;0;199;82;171;;gca;36;;aca ;0;30;70;185;3;3;34;-4;14;229;227;333;159;;gga;6;;aaa ;0;40;158;121;4;2;27;-5;0;0;122;78;16s tRNA;;;40;;cta ;0;50;81;84;5;3;19;-6;2;0;180;193;2* 99;;atc;14;;ggc 1;1;60;22;92;6;0;21;-7;1;11;52;90;tRNA 23s;;;9;;tta ;0;70;21;119;7;5;16;-8;1;75;130;172;2* 81;;gca;27;;cgt ;0;80;32;121;8;3;7;-9;1;0;232;840;5s tRNA;;;9;;cca ;0;90;22;112;9;3;16;-10;1;5;107;93;2* 20;;gta;**;;gca ;0;100;25;91;10;4;19;-11;1;43;383;86;46;;aac;4;;aac 1;1;110;24;106;11;0;32;-12;0;0;223;66;13;;atgf;56;;acc ;0;120;39;87;12;3;53;-13;0;6;;63;9;;aac;30;;ggc 2;2;130;41;86;13;5;46;-14;1;19;;106;tRNA tRNA;;intra;27;;cgt 1;1;140;27;66;14;12;47;-15;0;0;;284;2* 11;;atc gca;8;;cca ;0;150;42;68;15;4;52;-16;1;5;;269;tRNA tRNA;;;**;;gca ;0;160;34;66;16;3;31;-17;0;18;CDS 16s;;9;;atgj;13;;cgt 1;1;170;33;58;17;6;41;-18;0;0;350;349;**;;gaa;**;;gga 1;1;180;29;53;18;5;44;-19;1;4;243;;3;;gaa;60;;atgf ;0;190;25;34;19;5;23;-20;1;11;309;;4;;gta;**;;gac 1;1;200;19;34;20;3;29;-21;0;0;291;;22;;aca;5;;aac ;0;210;28;30;21;2;25;-22;0;2;5s 16s;;4;;tac;34;;tcc ;0;220;17;14;22;2;29;-23;0;8;183;;**;;caa;9;;gaa 2;2;230;24;20;23;3;22;-24;0;0;16s 23s;;4;;aac;9;;gta 1;1;240;16;27;24;7;24;-25;1;1;5* 164;;29;;agc;11;;atgf ;0;250;16;18;25;4;15;-26;0;8;3* 167;;11;;gaa;12;;gac ;0;260;13;13;26;13;12;-27;0;0;23s 5s;;26;;caa;5;;ttc ;0;270;19;16;27;12;12;-28;0;0;8* 55;;11;;aaa;22;;aca ;0;280;13;16;28;3;14;-29;0;6;133;;80;;cta;5;;tac ;0;290;13;6;29;10;17;-30;0;0;111;;**;;ctc;24;;tgg ;0;300;6;9;30;14;15;-31;0;1;5s CDS;;35;;ttc;9;;cac ;0;310;8;8;31;9;16;-32;0;2;175;36;81;;gac;49;;caa ;0;320;5;6;32;10;12;-33;0;0;237;;9;;gaa;5;;ggc ;0;330;1;8;33;16;18;-34;0;1;767;;**;;aaa;7;;tgc ;0;340;8;9;34;11;7;-35;0;3;;;;;;265;;tta ;0;350;5;6;35;16;11;-36;0;0;;;;;;**;;ttg ;0;360;4;4;36;19;13;-37;0;1;;;;;;25;;gaa ;0;370;4;2;37;13;5;-38;0;2;;;;;;3;;agc ;0;380;4;7;38;17;11;-39;0;0;;;;;;10;;aac 1;1;390;5;8;39;26;21;-40;1;1;;;;;;15;;atc ;0;400;1;2;40;21;7;-41;0;8;;;;;;10;;gga ;0;reste;60;49;reste;786;1555;-42;1;0;;;;;;17;;cac 12;12;total;1090;2515;total;1090;2515;-43;0;3;;;;;;12;;ttc 12;12;diagr;1028;2441;diagr;302;935;-44;0;2;;;;;;11;;gac 0;0; t30;144;814;;;;-45;0;0;;;;;;17;;atgf ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;6;;tca ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;;2;;atgi ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;19;;atgj ;x;1088;35;2;1125;;;-49;0;1;;;;;;5;;gca ;c;2490;573;25;3088;;;-50;0;2;;;;;;15;;cca ;;;;;4213;324;;reste;7;17;;;;;;9;;cgt ;;;;;;4537;;total;35;573;;;;;;14;;tta ;;;;;;;;;;;;;;;;5;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;10;;ctg ;;;;;;;;;;;;;;;;37;;aaa ;;;;;;;;;;;;;;;;32;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta </pre> =====bsu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires_aas|bsu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> ;autres intercalaires;;bsu;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;6994;350;; ;rRNA;9810;99;;16s ;tRNA;11464;11;;atc ;tRNA;11552;81;;gca ;rRNA;11709;55;;23s ;rRNA;14692;36;;5s fin;CDS;14847;;comp; deb;CDS;19968;52;; ;misc_RNA;20611;56;; deb;CDS;20880;134;; ;tRNA;22292;111;;tca fin;CDS;22496;;comp; deb;CDS;25852;41;; ;misc_RNA;26379;81;; fin;CDS;26814;;; deb;CDS;29772;243;; ;rRNA;30279;99;;16s ;tRNA;31932;11;;atc ;tRNA;32020;81;;gca ;rRNA;32177;133;;23s ;rRNA;35237;175;;5s fin;CDS;35531;;; deb;CDS;69626;168;; ;tRNA;70181;9;;atgj ;tRNA;70267;199;;gaa fin;CDS;70538;;; deb;CDS;88727;309;; ;rRNA;90536;164;;16s ;rRNA;92254;55;;23s ;rRNA;95237;20;;5s ;tRNA;95375;4;;gta ;tRNA;95455;36;;aca ;tRNA;95567;6;;aaa ;tRNA;95649;40;;cta ;tRNA;95772;14;;ggc ;tRNA;95861;9;;tta ;tRNA;95956;27;;cgt ;tRNA;96060;9;;cca ;tRNA;96146;170;;gca ;rRNA;96392;164;;16s ;rRNA;98110;55;;23s ;rRNA;101093;237;;5s fin;CDS;101449;;; deb;CDS;119111;45;; ;misc_RNA;119855;65;; fin;CDS;120061;;; deb;CDS;152937;56;; ;misc_RNA;153737;48;; fin;CDS;153842;;; deb;CDS;159779;349;comp; ;rRNA;160893;164;;16s ;rRNA;162610;55;;23s ;rRNA;165591;46;;5s ;tRNA;165754;4;;aac ;tRNA;165830;56;;acc ;tRNA;165959;30;;ggc ;tRNA;166064;27;;cgt ;tRNA;166168;8;;cca ;tRNA;166253;171;;gca ;rRNA;166500;164;;16s ;rRNA;168218;55;;23s ;rRNA;171197;183;;5s ;rRNA;171498;164;;16s ;rRNA;173214;55;;23s ;rRNA;176197;767;;5s fin;CDS;177083;;; deb;CDS;193570;179;comp; ;tRNA;194205;3;;gaa ;tRNA;194283;4;;gta ;tRNA;194363;22;;aca ;tRNA;194458;4;;tac ;tRNA;194547;227;;caa fin;CDS;194849;;; deb;CDS;198497;173;; ;misc_RNA;200017;89;; fin;CDS;200277;;; deb;CDS;275838;56;; ;misc_RNA;276815;97;; fin;CDS;277160;;; deb;CDS;473803;103;; ;misc_RNA;474329;133;; fin;CDS;474731;;; deb;CDS;483845;135;; ;misc_RNA;486092;196;; fin;CDS;486432;;; deb;CDS;528129;122;; ;tRNA;528704;4;;aac ;tRNA;528783;29;;agc ;tRNA;528903;11;;gaa ;tRNA;528986;26;;caa ;tRNA;529087;11;;aaa ;tRNA;529174;80;;cta ;tRNA;529336;82;;ctc fin;CDS;529505;;comp; deb;CDS;532292;30;; ;misc_RNA;532583;115;; fin;CDS;532758;;; deb;CDS;559264;67;; ;misc_RNA;559532;540;; fin;CDS;560151;;; deb;CDS;625125;54;; ;misc_RNA;626346;175;; fin;CDS;626622;;; deb;CDS;634651;333;comp; ;tRNA;635110;13;;cgt ;tRNA;635200;159;;gga ;rRNA;635433;167;;16s ;rRNA;637155;55;;23s ;rRNA;640138;13;;5s ;tRNA;640268;60;;atgf ;tRNA;640405;180;;gac fin;CDS;640662;;; deb;CDS;692740;143;; ;misc_RNA;694425;134;; fin;CDS;694662;;; deb;CDS;698092;79;; ;misc_RNA;698369;140;; fin;CDS;698612;;; deb;CDS;945520;291;; ;rRNA;946696;167;;16s ;rRNA;948418;111;;23s ;rRNA;951457;9;;5s ;tRNA;951582;5;;aac ;tRNA;951662;34;;tcc ;tRNA;951788;9;;gaa ;tRNA;951869;9;;gta ;tRNA;951954;11;;atgf ;tRNA;952042;12;;gac ;tRNA;952131;5;;ttc ;tRNA;952212;22;;aca ;tRNA;952307;5;;tac ;tRNA;952397;24;;tgg ;tRNA;952495;9;;cac ;tRNA;952580;49;;caa ;tRNA;952701;5;;ggc ;tRNA;952781;7;;tgc ;tRNA;952859;265;;tta ;tRNA;953213;78;;ttg fin;CDS;953373;;comp; deb;CDS;954893;69;; ;misc_RNA;955655;132;; fin;CDS;955895;;; deb;CDS;966671;193;comp; ;tRNA;967065;90;;gga fin;CDS;967229;;comp; deb;CDS;1178757;89;; ;misc_RNA;1180685;106;; fin;CDS;1180909;;; deb;CDS;1218113;58;; ;misc_RNA;1219164;470;; fin;CDS;1219849;;; deb;CDS;1233133;104;; ;misc_RNA;1233405;70;; fin;CDS;1233614;;; deb;CDS;1240356;61;; ;misc_RNA;1242262;78;; fin;CDS;1242449;;; deb;CDS;1257414;167;; ;misc_RNA;1258304;67;; fin;CDS;1258492;;; deb;CDS;1261426;172;comp; ;tRNA;1262789;840;;gtc fin;CDS;1263702;;comp; deb;CDS;1375777;32;; ;misc_RNA;1376328;77;; fin;CDS;1376517;;; deb;CDS;1377243;87;; ;misc_RNA;1378233;52;; fin;CDS;1378496;;; deb;CDS;1383320;127;; ;misc_RNA;1385736;132;; fin;CDS;1386024;;; deb;CDS;1391040;96;; ;misc_RNA;1391739;101;; fin;CDS;1391953;;; deb;CDS;1395371;113;; ;misc_RNA;1395622;237;; fin;CDS;1396013;;; deb;CDS;1409912;55;; ;misc_RNA;1410633;-113;; fin;CDS;1410654;;; deb;CDS;1423241;92;; ;misc_RNA;1424527;83;; fin;CDS;1424767;;; deb;CDS;1425641;38;; ;misc_RNA;1426876;84;; fin;CDS;1427061;;; deb;CDS;1438092;138;; ;misc_RNA;1439274;129;; fin;CDS;1439448;;; deb;CDS;1456092;46;; ;misc_RNA;1457005;30;; fin;CDS;1457187;;; deb;CDS;1482248;85;; ;misc_RNA;1483557;476;; fin;CDS;1484117;;; deb;CDS;1533327;368;; ;misc_RNA;1534070;-161;; fin;CDS;1534120;;; deb;CDS;1568924;2;; ;misc_RNA;1569199;199;; fin;CDS;1569519;;; ;misc_RNA;1607367;87;; deb;CDS;1612521;62;; ;misc_RNA;1613078;52;; fin;CDS;1613357;;; deb;CDS;1617210;39;; ;misc_RNA;1618161;26;; deb;CDS;1618304;3;; ;misc_RNA;1618853;52;; deb;CDS;1619023;0;; ;misc_RNA;1620331;30;; fin;CDS;1620476;;; deb;CDS;1629320;144;; ;misc_RNA;1630115;161;; fin;CDS;1630382;;; deb;CDS;1675171;78;; ;misc_RNA;1675981;19;; fin;CDS;1676042;;; deb;CDS;1727133;10;; ;misc_RNA;1731457;101;; fin;CDS;1731776;;; deb;CDS;1778337;183;; ;misc_RNA;1780404;63;; fin;CDS;1780618;;; deb;CDS;1914630;-4;; ;misc_RNA;1914992;-52;; fin;CDS;1915221;;; deb;CDS;1916955;198;; ;misc_RNA;1917501;58;; fin;CDS;1917639;;; deb;CDS;2002637;93;; ;tRNA;2003276;52;comp;agg fin;CDS;2003401;;comp; deb;CDS;2024042;83;; ;misc_RNA;2025160;148;; fin;CDS;2025400;;; deb;CDS;2069262;170;; ;misc_RNA;2069732;-233;; fin;CDS;2069883;;; deb;CDS;2076206;469;; ;misc_RNA;2079096;10;; fin;CDS;2079214;;; deb;CDS;2094010;123;; ;misc_RNA;2095909;238;; fin;CDS;2096350;;; deb;CDS;2159981;-1389;; ;misc_RNA;2160390;-630;; fin;CDS;2160565;;; deb;CDS;2162108;-2547;; ;misc_feature;2163068;420;; ;misc_RNA;2164643;682;; fin;CDS;2165577;;; deb;CDS;2208328;61;; ;ncRNA;2208590;-26;; fin;CDS;2208855;;; deb;CDS;2219514;-23;; ;misc_RNA;2219743;-66;; fin;CDS;2219784;;; deb;CDS;2273594;-6;; ;misc_RNA;2273705;104;; fin;CDS;2273989;;; deb;CDS;2319440;88;; ;misc_RNA;2320113;141;; fin;CDS;2320355;;; deb;CDS;2330075;87;; ;misc_RNA;2331320;58;; fin;CDS;2331779;;; deb;CDS;2410017;-9;; ;misc_RNA;2410581;197;; fin;CDS;2411086;;; deb;CDS;2430258;129;; ;misc_RNA;2431473;119;; fin;CDS;2431737;;; deb;CDS;2471787;133;; ;misc_RNA;2472880;25;; fin;CDS;2473151;;; deb;CDS;2548245;73;; ;misc_RNA;2549407;168;; fin;CDS;2549775;;; deb;CDS;2562966;86;comp; ;tRNA;2563889;66;;caa fin;CDS;2564026;;comp; deb;CDS;2607762;82;; ;misc_RNA;2608732;39;; fin;CDS;2608946;;; deb;CDS;2624785;39;; ;misc_RNA;2625952;69;; fin;CDS;2626112;;; deb;CDS;2646594;292;; ;misc_RNA;2647405;-208;; fin;CDS;2647456;;; deb;CDS;2678240;-77;; ;misc_RNA;2678343;233;; deb;CDS;2678799;-13;; ;misc_RNA;2678876;127;; fin;CDS;2679142;;; deb;CDS;2773356;136;; ;misc_RNA;2773783;6;; fin;CDS;2773890;;; ;misc_RNA;2800890;43;; deb;CDS;2813643;83;; ;misc_RNA;2814491;51;; fin;CDS;2814743;;; deb;CDS;2816535;89;; ;misc_RNA;2817899;59;; fin;CDS;2818191;;; deb;CDS;2855518;13;; ;misc_RNA;2855840;57;; fin;CDS;2855973;;; deb;CDS;2866664;59;; ;misc_RNA;2869366;165;; fin;CDS;2869754;;; deb;CDS;2895248;121;; ;misc_RNA;2897094;447;; fin;CDS;2897788;;; deb;CDS;2898931;63;; ;tRNA;2899816;130;comp;aga fin;CDS;2900020;;comp; deb;CDS;2909520;125;; ;misc_RNA;2910872;64;; fin;CDS;2911116;;; deb;CDS;2952828;61;; ;misc_RNA;2953411;244;; fin;CDS;2953795;;; deb;CDS;2959257;43;; ;misc_RNA;2961232;106;; fin;CDS;2961586;;; deb;CDS;3033696;153;; ;misc_RNA;3035589;8;; fin;CDS;3035730;;; deb;CDS;3036603;23;; ;misc_RNA;3037895;44;; fin;CDS;3038213;;; deb;CDS;3102629;109;; ;misc_RNA;3105153;102;; fin;CDS;3105470;;; deb;CDS;3127825;167;; ;misc_RNA;3129195;196;; fin;CDS;3129530;;; deb;CDS;3169763;232;comp; ;tRNA;3171879;25;comp;gaa ;tRNA;3171976;3;comp;agc ;tRNA;3172070;10;comp;aac ;tRNA;3172155;15;comp;atc ;tRNA;3172247;10;comp;gga ;tRNA;3172331;17;comp;cac ;tRNA;3172424;12;comp;ttc ;tRNA;3172512;11;comp;gac ;tRNA;3172600;17;comp;atgf ;tRNA;3172694;6;comp;tca ;tRNA;3172793;2;comp;atgi ;tRNA;3172872;19;comp;atgj ;tRNA;3172968;5;comp;gca ;tRNA;3173046;15;comp;cca ;tRNA;3173138;9;comp;cgt ;tRNA;3173224;14;comp;tta ;tRNA;3173324;5;comp;ggc ;tRNA;3173404;10;comp;ctg ;tRNA;3173501;37;comp;aaa ;tRNA;3173614;32;comp;aca ;tRNA;3173722;20;comp;gta ;rRNA;3173818;55;comp;5s ;rRNA;3173991;167;comp;23s ;rRNA;3177086;464;comp;16s ;misc_RNA;3179105;99;; fin;CDS;3179306;;; deb;CDS;3187503;124;; ;misc_RNA;3188173;72;; fin;CDS;3188414;;; deb;CDS;3193863;106;; ;tRNA;3194455;107;comp;gcc fin;CDS;3194635;;comp; deb;CDS;3334646;423;; ;ncRNA;3335414;205;; fin;CDS;3335751;;; deb;CDS;3359995;156;; ;misc_RNA;3360937;-211;; fin;CDS;3360974;;; deb;CDS;3363266;105;; ;misc_RNA;3364397;114;; fin;CDS;3364618;;; deb;CDS;3403493;108;; ;misc_RNA;3404546;158;; fin;CDS;3404835;;; deb;CDS;3419656;103;; ;misc_RNA;3421169;116;; fin;CDS;3421465;;; deb;CDS;3449732;185;; ;misc_RNA;3450712;176;; fin;CDS;3451248;;; deb;CDS;3489910;68;; ;misc_RNA;3491322;97;; fin;CDS;3491655;;; deb;CDS;3544642;284;; ;tRNA;3545889;269;comp;cgg fin;CDS;3546234;;; deb;CDS;3854256;53;; ;misc_RNA;3856226;31;; ;misc_RNA;3856479;81;; fin;CDS;3856782;;; deb;CDS;3946394;0;; ;misc_RNA;3946910;41;; fin;CDS;3947158;;; ;misc_RNA;3988840;388;; deb;CDS;3997221;65;; ;misc_RNA;3997775;82;; deb;CDS;3997964;68;; ;misc_RNA;3999166;77;; fin;CDS;3999350;;; deb;CDS;4004288;386;; ;misc_RNA;4005523;126;; fin;CDS;4005752;;; deb;CDS;4095915;89;; ;misc_RNA;4096997;6;; fin;CDS;4097416;;; deb;CDS;4153696;383;comp; ;tRNA;4154787;35;comp;ttc ;tRNA;4154895;81;comp;gac ;tRNA;4155053;9;comp;gaa ;tRNA;4155134;223;comp;aaa fin;CDS;4155433;;comp; deb;CDS;4169166;189;; ;misc_RNA;4169802;125;; fin;CDS;4170045;;; </pre> ====bsu intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_entre_cds|bsu intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> 23.2.22;;;;;;;;;; bsu;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;608;14.4;'''négatif ;-12;19;-1 à -164;'''4 215 606;-1;608 ;'''zéro;27;0.6;;;;;'''intercals;0;27 ;'''1 à 200;3030;71.9;'''0 à 200;72;56;;'''401 590;5;165 ;'''201 à 370;412;9.8;'''201 à 370;258;44;;'''9.5%;10;94 ;'''371 à 600;118;2.8;'''371 à 600;458;67;;;15;254 ;'''601 à max;18;0.4;'''601 à 1021;755;132;;;20;190 ;'''total 4213;<201;87.0;'''total 4207;92;113;-164 à 1021;;25;133 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;122 390880;7511;-1;608;-70;19;;0;27;35;126 3671416;1306;0;27;-60;2;;-1;°72;40;153 2160565;1021;1;°44;-50;5;;-2;4;45;100 2221061;952;2;33;-40;19;;-3;0;50;65 2226176;950;3;37;-30;10;'''min à -1;-4;°243;55;54 1886057;824;4;°29;-20;38;608;-5;0;60;60 2733772;809;5;22;-10;105;14.4%;-6;2;65;62 785543;783;6;21;0;437;;-7;12;70;78 3699446;783;7;21;10;259;;-8;°76;75;84 2060817;777;8;10;20;444;;-9;1;80;69 875428;731;9;19;30;255;;-10;6;85;83 1446317;682;10;23;40;279;'''1 à 100;-11;°44;90;51 2051329;669;11;32;50;165;2059;-12;0;95;59 2054599;627;12;°56;60;114;48.9%;-13;6;100;57 873402;625;13;°51;70;140;;-14;°20;105;57 1872812;623;14;°59;80;153;;-15;0;110;73 1278565;619;15;°56;90;134;;-16;6;115;65 1900080;602;16;34;100;116;;-17;°18;120;61 1944113;594;17;°47;110;130;;-18;0;125;66 2091705;594;18;°49;120;126;;-19;5;130;61 548710;588;19;28;130;127;;-20;°12;135;51 674832;584;20;°32;140;93;;-21;0;140;42 554669;582;21;27;150;110;;-22;2;145;62 2708943;582;22;31;160;100;;-23;°8;150;48 4172387;577;23;25;170;91;'''1 à 200;-24;0;155;54 376032;573;24;°31;180;82;3030;-25;2;160;46 661630;573;25;19;190;59;71.9%;-26;°8;165;53 820867;572;26;25;200;53;;-27;0;170;38 560151;567;27;°24;210;58;;-28;0;175;42 2225337;560;28;17;220;31;;-29;°6;180;40 1883166;559;29;27;230;44;;-30;0;185;32 1441291;558;30;°29;240;43;;-31;1;190;27 3977791;555;31;25;250;34;'''0 à 200;-32;°2;195;32 552616;552;32;22;260;26;3057;;583;200;21 1269733;550;33;°34;270;35;;reste;52;205;34 2465966;548;34;18;280;29;;total;635;210;24 2763025;546;35;27;290;19;;;;215;15 2701979;544;36;°32;300;15;;;;220;16 3534118;538;37;18;310;16;;'''intercal;'''<u>frequencef;225;17 4128119;533;38;28;320;11;;600;4195;230;27 599107;531;39;°47;330;9;;620;2;235;24 ;;40;28;340;17;'''201 à 370;640;3;240;19 ;;reste;2341;350;11;412;660;0;245;19 ;;total;4213;360;8;9.8%;680;1;250;15 ;;1-40;1237;370;6;;700;1;255;15 ;;;;380;11;;720;0;260;11 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;13;;740;1;265;20 387744;-7616;cont;'''141;400;3;;760;0;270;15 3717238;-500;cont;'''480;410;11;;780;1;275;17 2909520;-492;cont;492;420;7;;800;2;280;12 2601528;-361;comp’;'''297;430;9;;820;1;285;11 1252815;-164;cont;164;440;3;;840;1;290;8 2466721;-154;cont;154;450;7;;860;0;295;7 1916663;-143;cont;143;460;1;;880;0;300;8 3666841;-127;comp’;'''84;470;5;;900;0;305;8 2693597;-119;cont;119;480;5;;920;0;310;8 538322;-113;cont;113;490;8;;940;0;315;4 1322014;-101;cont;101;500;3;;960;2;320;7 238164;-95;cont;95;510;2;;980;0;325;5 1526859;-94;cont;94;520;4;;1000;0;330;4 2652993;-93;comp’;93;530;3;;1020;0;335;12 2758043;-92;cont;92;540;3;'''371 à 600;1040;1;340;5 3755967;-91;cont;91;550;4;118;;16;345;6 2154781;-86;cont;86;560;5;2.8%;;;350;5 2705398;-82;cont;82;570;1;;;;355;6 2154705;-71;cont;71;580;4;'''601 à max;;;360;2 989712;-69;comp’;69;590;4;18;;;365;4 2413585;-65;cont;65;600;2;0.4%;;;370;2 2381919;-59;cont;59;reste;18;;reste;2;reste;136 ;;;;total;4213;;total;4213;total;4213 </pre> ====bsu intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> bsu Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; bsu;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-6.4;69;-338;67;458;359;max40;&-41;352;-1040;112;790;286;min50 51 à 400;48;-359;711;-11;861;249;2 parties;&12;-27;-230;64;954;75;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;152;56;-;440;dte;18;max40;&211;68;;617;poly;173;SF 51 à 400;94;40;-;694;poly;167;tF;&145;50;-;850;poly;104;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.432;;;;;; 41-n;0.660;0.008;0.283;;;;;;;;;;; 1-n;0.471;0.152;0.258;;;;;;;;;20.2.22;; bsu;fx;fc;;bsu;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;bsu;Sx-;Sc- 0;2;25;;0;2;10;0;2;25;>0;1088;-1;0;72 10;28;231;;10;27;95;1;3;41;<0;35;-2;0;4 20;46;398;;20;45;163;2;2;31;zéro;2;-3;0;0 30;70;185;;30;68;76;3;3;34;total;1125;-4;14;229 40;158;121;;40;154;50;4;2;27;;c;-5;0;0 50;81;84;;50;79;34;5;3;19;>0;2490;-6;2;0 60;22;92;;60;21;38;6;0;21;<0;573;-7;1;11 70;21;119;;70;20;49;7;5;16;zéro;25;-8;1;75 80;32;121;;80;31;50;8;3;7;;3088;-9;1;0 90;22;112;;90;21;46;9;3;16;;;-10;1;5 100;25;91;;100;24;37;10;4;19;total;4213;-11;1;43 110;24;106;;110;23;43;11;0;32;;;-12;0;0 120;39;87;;120;38;36;12;3;53;;;-13;0;6 130;41;86;;130;40;35;13;5;46;;;-14;1;19 140;27;66;;140;26;27;14;12;47;;;-15;0;0 150;42;68;;150;41;28;15;4;52;;;-16;1;5 160;34;66;;160;33;27;16;3;31;;;-17;0;18 170;33;58;;170;32;24;17;6;41;;;-18;0;0 180;29;53;;180;28;22;18;5;44;;;-19;1;4 190;25;34;;190;24;14;19;5;23;;;-20;1;11 200;19;34;;200;18;14;20;3;29;;;-21;0;0 210;28;30;;210;27;12;21;2;25;;;-22;0;2 220;17;14;;220;17;6;22;2;29;;;-23;0;8 230;24;20;;230;23;8;23;3;22;;;-24;0;0 240;16;27;;240;16;11;24;7;24;;;-25;1;1 250;16;18;;250;16;7;25;4;15;;;-26;0;8 260;13;13;;260;13;5;26;13;12;;;-27;0;0 270;19;16;;270;18;7;27;12;12;;;-28;0;0 280;13;16;;280;13;7;28;3;14;;;-29;0;6 290;13;6;;290;13;2;29;10;17;;;-30;0;0 300;6;9;;300;6;4;30;14;15;;;-31;0;1 310;8;8;;310;8;3;31;9;16;;;-32;0;2 320;5;6;;320;5;2;32;10;12;;;-33;0;0 330;1;8;;330;1;3;33;16;18;;;-34;0;1 340;8;9;;340;8;4;34;11;7;;;-35;0;3 350;5;6;;350;5;2;35;16;11;;;-36;0;0 360;4;4;;360;4;2;36;19;13;;;-37;0;1 370;4;2;;370;4;1;37;13;5;;;-38;0;2 380;4;7;;380;4;3;38;17;11;;;-39;0;0 390;5;8;;390;5;3;39;26;21;;;-40;1;1 400;1;2;;400;1;1;40;21;7;;;-41;0;8 reste;60;49;;;;;reste;786;1555;;;-42;1;0 total;1090;2515;;t30;140;333;total;1090;2515;;;-43;0;3 diagr;1028;2441;;t50;373;417;diagr;302;935;;;-44;0;2 - t30;884;1627;;;;;;;;;;-45;0;0 - t50;645;1422;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;2 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;;reste;7;17 ;;;;;;;;;;;;total;35;573 </pre> ====bsu intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_négatifs_S-|bsu intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;10;;2;1;1;1;;1;;;1;;1;;;1;1;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;7;30 continu;72;4;0;233;0;0;11;75;0;6;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;578 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;14;0;2;1;1;1;1;1;0;0;1;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;7;35 ;Sc-;72;4;0;229;0;0;11;75;0;5;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;573 </pre> ====bsu autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires|bsu autres intercalaires]] <pre> 23.2.22;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; bsu;autres intercalaires;;adresses1;;;bsu;autres intercalaires;;adresses2;;;bsu;autres intercalaires;;adresses3;;;bsu;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;6994;350;;;deb;°CDS;634651;333;comp;;deb;°CDS;1629320;144;;;deb;°CDS;2909520;125; ;$rRNA;9810;99;;;;&tRNA;635110;13;;;;misc_R;1630115;161;;;;misc_R;2910872;64; ;&tRNA;11464;11;;;;&tRNA;635200;159;;;fin;°CDS;1630382;;;;fin;°CDS;2911116;; ;&tRNA;11552;81;;;;$rRNA;635433;167;;;deb;°CDS;1675171;78;;;deb;°CDS;2952828;61; ;$rRNA;11709;55;;;;$rRNA;637155;55;;;;misc_R;1675981;19;;;;misc_R;2953411;244; ;$rRNA;14692;36;;;;$rRNA;640138;13;;;fin;°CDS;1676042;;;;fin;°CDS;2953795;; fin;°CDS;14847;;comp;;;&tRNA;640268;60;;;deb;°CDS;1727133;10;;;deb;°CDS;2959257;43; deb;°CDS;19968;52;;;;&tRNA;640405;180;;;;misc_R;1731457;101;;;;misc_R;2961232;106; ;misc_R;20611;56;;;fin;°CDS;640662;;;;fin;°CDS;1731776;;;;fin;°CDS;2961586;; deb;°CDS;20880;134;;;deb;°CDS;692740;143;;;deb;°CDS;1778337;183;;;deb;°CDS;3033696;153; ;&tRNA;22292;111;;;;misc_R;694425;134;;;;misc_R;1780404;63;;;;misc_R;3035589;8; fin;°CDS;22496;;comp;;fin;°CDS;694662;;;;fin;°CDS;1780618;;;;fin;°CDS;3035730;; deb;°CDS;25852;41;;;deb;°CDS;698092;79;;;deb;°CDS;1914630;-4;;;deb;°CDS;3036603;23; ;misc_R;26379;81;;;;misc_R;698369;140;;;;misc_R;1914992;-52;;;;misc_R;3037895;44; fin;°CDS;26814;;;;fin;°CDS;698612;;;;fin;°CDS;1915221;;;;fin;°CDS;3038213;; deb;°CDS;29772;243;;;deb;°CDS;945520;291;;;deb;°CDS;1916955;198;;;deb;°CDS;3102629;109; ;$rRNA;30279;99;;;;$rRNA;946696;167;;;;misc_R;1917501;58;;;;misc_R;3105153;102; ;&tRNA;31932;11;;;;$rRNA;948418;111;;;fin;°CDS;1917639;;;;fin;°CDS;3105470;; ;&tRNA;32020;81;;;;$rRNA;951457;9;;;deb;°CDS;2002637;93;;;deb;°CDS;3127825;167; ;$rRNA;32177;133;;;;&tRNA;951582;5;;;;&tRNA;2003276;52;comp;;;misc_R;3129195;196; ;$rRNA;35237;175;;;;&tRNA;951662;34;;;fin;°CDS;2003401;;comp;;fin;°CDS;3129530;; fin;°CDS;35531;;;;;&tRNA;951788;9;;;deb;°CDS;2024042;83;;;deb;°CDS;3169763;232;comp deb;°CDS;69626;168;;;;&tRNA;951869;9;;;;misc_R;2025160;148;;;;&tRNA;3171879;25;comp ;&tRNA;70181;9;;;;&tRNA;951954;11;;;fin;°CDS;2025400;;;;;&tRNA;3171976;3;comp ;&tRNA;70267;199;;;;&tRNA;952042;12;;;deb;°CDS;2069262;170;;;;&tRNA;3172070;10;comp fin;°CDS;70538;;;;;&tRNA;952131;5;;;;misc_R;2069732;-233;;;;&tRNA;3172155;15;comp deb;°CDS;88727;309;;;;&tRNA;952212;22;;;fin;°CDS;2069883;;;;;&tRNA;3172247;10;comp ;$rRNA;90536;164;;;;&tRNA;952307;5;;;deb;°CDS;2076206;469;;;;&tRNA;3172331;17;comp ;$rRNA;92254;55;;;;&tRNA;952397;24;;;;misc_R;2079096;10;;;;&tRNA;3172424;12;comp ;$rRNA;95237;20;;;;&tRNA;952495;9;;;fin;°CDS;2079214;;;;;&tRNA;3172512;11;comp ;&tRNA;95375;4;;;;&tRNA;952580;49;;;deb;°CDS;2094010;123;;;;&tRNA;3172600;17;comp ;&tRNA;95455;36;;;;&tRNA;952701;5;;;;misc_R;2095909;238;;;;&tRNA;3172694;6;comp ;&tRNA;95567;6;;;;&tRNA;952781;7;;;fin;°CDS;2096350;;;;;&tRNA;3172793;2;comp ;&tRNA;95649;40;;;;&tRNA;952859;265;;;deb;°CDS;2159981;-1389;;;;&tRNA;3172872;19;comp ;&tRNA;95772;14;;;;&tRNA;953213;78;;;;misc_R;2160390;-630;;;;&tRNA;3172968;5;comp ;&tRNA;95861;9;;;fin;°CDS;953373;;comp;;fin;°CDS;2160565;;;;;&tRNA;3173046;15;comp ;&tRNA;95956;27;;;deb;°CDS;954893;69;;;deb;°CDS;2162108;-2547;;;;&tRNA;3173138;9;comp ;&tRNA;96060;9;;;;misc_R;955655;132;;;;misc_f;2163068;420;;;;&tRNA;3173224;14;comp ;&tRNA;96146;170;;;fin;°CDS;955895;;;;;misc_R;2164643;682;;;;&tRNA;3173324;5;comp ;$rRNA;96392;164;;;deb;°CDS;966671;193;comp;;fin;°CDS;2165577;;;;;&tRNA;3173404;10;comp ;$rRNA;98110;55;;;;&tRNA;967065;90;;;deb;°CDS;2208328;61;;;;&tRNA;3173501;37;comp ;$rRNA;101093;237;;;fin;°CDS;967229;;comp;;;ncRNA;2208590;-26;;;;&tRNA;3173614;32;comp fin;°CDS;101449;;;;deb;°CDS;1178757;89;;;fin;°CDS;2208855;;;;;&tRNA;3173722;20;comp deb;°CDS;119111;45;;;;misc_R;1180685;106;;;deb;°CDS;2219514;-23;;;;$rRNA;3173818;55;comp ;misc_R;119855;65;;;fin;°CDS;1180909;;;;;misc_R;2219743;-66;;;;$rRNA;3173991;167;comp fin;°CDS;120061;;;;deb;°CDS;1218113;58;;;fin;°CDS;2219784;;;;;$rRNA;3177086;464;comp deb;°CDS;152937;56;;;;misc_R;1219164;470;;;deb;°CDS;2273594;-6;;;;misc_R;3179105;99; ;misc_R;153737;48;;;fin;°CDS;1219849;;;;;misc_R;2273705;104;;;fin;°CDS;3179306;; fin;°CDS;153842;;;;deb;°CDS;1233133;104;;;fin;°CDS;2273989;;;;deb;°CDS;3187503;124; deb;°CDS;159779;349;comp;;;misc_R;1233405;70;;;deb;°CDS;2319440;88;;;;misc_R;3188173;72; ;$rRNA;160893;164;;;fin;°CDS;1233614;;;;;misc_R;2320113;141;;;fin;°CDS;3188414;; ;$rRNA;162610;55;;;deb;°CDS;1240356;61;;;fin;°CDS;2320355;;;;deb;°CDS;3193863;106; ;$rRNA;165591;46;;;;misc_R;1242262;78;;;deb;°CDS;2330075;87;;;;&tRNA;3194455;107;comp ;&tRNA;165754;4;;;fin;°CDS;1242449;;;;;misc_R;2331320;58;;;fin;°CDS;3194635;;comp ;&tRNA;165830;56;;;deb;°CDS;1257414;167;;;fin;°CDS;2331779;;;;deb;°CDS;3334646;423; ;&tRNA;165959;30;;;;misc_R;1258304;67;;;deb;°CDS;2410017;-9;;;;ncRNA;3335414;205; ;&tRNA;166064;27;;;fin;°CDS;1258492;;;;;misc_R;2410581;197;;;fin;°CDS;3335751;; ;&tRNA;166168;8;;;deb;°CDS;1261426;172;comp;;fin;°CDS;2411086;;;;deb;°CDS;3359995;156; ;&tRNA;166253;171;;;;&tRNA;1262789;840;;;deb;°CDS;2430258;129;;;;misc_R;3360937;-211; 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;&tRNA;194547;227;;;fin;°CDS;1391953;;;;;misc_R;2608732;39;;;fin;°CDS;3451248;; fin;°CDS;194849;;;;deb;°CDS;1395371;113;;;fin;°CDS;2608946;;;;deb;°CDS;3489910;68; deb;°CDS;198497;173;;;;misc_R;1395622;237;;;deb;°CDS;2624785;39;;;;misc_R;3491322;97; ;misc_R;200017;89;;;fin;°CDS;1396013;;;;;misc_R;2625952;69;;;fin;°CDS;3491655;; fin;°CDS;200277;;;;deb;°CDS;1409912;55;;;fin;°CDS;2626112;;;;deb;°CDS;3544642;284; deb;°CDS;275838;56;;;;misc_R;1410633;-113;;;deb;°CDS;2646594;292;;;;&tRNA;3545889;269;comp ;misc_R;276815;97;;;fin;°CDS;1410654;;;;;misc_R;2647405;-208;;;fin;°CDS;3546234;; fin;°CDS;277160;;;;deb;°CDS;1423241;92;;;fin;°CDS;2647456;;;;deb;°CDS;3854256;53; deb;°CDS;473803;103;;;;misc_R;1424527;83;;;deb;°CDS;2678240;-77;;;;misc_R;3856226;31; ;misc_R;474329;133;;;fin;°CDS;1424767;;;;;misc_R;2678343;233;;;;misc_R;3856479;81; fin;°CDS;474731;;;;deb;°CDS;1425641;38;;;deb;°CDS;2678799;-13;;;fin;°CDS;3856782;; deb;°CDS;483845;135;;;;misc_R;1426876;84;;;;misc_R;2678876;127;;;deb;°CDS;3946394;0; ;misc_R;486092;196;;;fin;°CDS;1427061;;;;fin;°CDS;2679142;;;;;misc_R;3946910;41; fin;°CDS;486432;;;;deb;°CDS;1438092;138;;;deb;°CDS;2773356;136;;;fin;°CDS;3947158;; deb;°CDS;528129;122;;;;misc_R;1439274;129;;;;misc_R;2773783;6;;;deb;°CDS;3987927;76;comp ;&tRNA;528704;4;;;fin;°CDS;1439448;;;;fin;°CDS;2773890;;;;;misc_R;3988840;388;comp ;&tRNA;528783;29;;;deb;°CDS;1456092;46;;;deb;°CDS;2798174;79;comp;;fin;°CDS;3989331;; ;&tRNA;528903;11;;;;misc_R;1457005;30;;;;misc_R;2800890;43;comp;;deb;°CDS;3997221;65; ;&tRNA;528986;26;;;fin;°CDS;1457187;;;;fin;°CDS;2801141;;comp;;;misc_R;3997775;82; ;&tRNA;529087;11;;;deb;°CDS;1482248;85;;;deb;°CDS;2813643;83;;;deb;°CDS;3997964;68; ;&tRNA;529174;80;;;;misc_R;1483557;476;;;;misc_R;2814491;51;;;;misc_R;3999166;77; ;&tRNA;529336;82;;;fin;°CDS;1484117;;;;fin;°CDS;2814743;;;;fin;°CDS;3999350;; fin;°CDS;529505;;comp;;deb;°CDS;1533327;368;;;deb;°CDS;2816535;89;;;deb;°CDS;4004288;386; deb;°CDS;532292;30;;;;misc_R;1534070;-161;;;;misc_R;2817899;59;;;;misc_R;4005523;126; ;misc_R;532583;115;;;fin;°CDS;1534120;;;;fin;°CDS;2818191;;;;fin;°CDS;4005752;; fin;°CDS;532758;;;;deb;°CDS;1568924;2;;;deb;°CDS;2855518;13;;;deb;°CDS;4095915;89; deb;°CDS;559264;67;;;;misc_R;1569199;199;;;;misc_R;2855840;57;;;;misc_R;4096997;6; ;misc_R;559532;540;;;fin;°CDS;1569519;;;;fin;°CDS;2855973;;;;fin;°CDS;4097416;; fin;°CDS;560151;;;;deb;°CDS;1606560;12;;;deb;°CDS;2866664;59;;;deb;°CDS;4153696;383;comp deb;°CDS;625125;54;;;;misc_R;1607367;87;;;;misc_R;2869366;165;;;;&tRNA;4154787;35;comp ;misc_R;626346;175;;;fin;°CDS;1607556;;;;fin;°CDS;2869754;;;;;&tRNA;4154895;81;comp fin;°CDS;626622;;;;deb;°CDS;1612521;62;;;deb;°CDS;2895248;121;;;;&tRNA;4155053;9;comp &emsp*;;;;;;;misc_R;1613078;52;;;;misc_R;2897094;447;;;;&tRNA;4155134;223;comp &emsp*;;;;;;fin;°CDS;1613357;;;;fin;°CDS;2897788;;;;fin;°CDS;4155433;;comp &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1617210;39;;;deb;°CDS;2898931;63;;;deb;°CDS;4169166;189; &emsp*;;;;;;;misc_R;1618161;26;;;;&tRNA;2899816;130;comp;;;misc_R;4169802;125; &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1618304;3;;;fin;°CDS;2900020;;comp;;fin;°CDS;4170045;; &emsp*;;;;;;;misc_R;1618853;52;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1619023;0;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;;misc_R;1620331;30;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;fin;°CDS;1620476;;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; </pre> ====bsu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_distribution|bsu distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; avant 16s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; cgt;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; gga;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1 ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;3;agc;1 après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;3 atgf;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4 gac;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;1;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga; ;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;2;cga;;;;;;;;;;;;cta;1;cca;3;caa;1;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;4;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;3;gaa;2;gga;1 ;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 ;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;bsu;;8;;;;;8;;bsu;18;;;;;;18;;;;;;;;;;;bsu;;;;52;2;;56 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;;; </pre> ====bsu lmo==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_lmo|bsu lmo]] <pre> bsu-lmo comparaison;;10.11.19 Tanger;;;comparaisons internes bsu, lmo;;;; bsu;intercal;lmo;intercal;diff;bsu;intercal;bsu;intercal;diff gaa;25;gaa;5;-20;16s;167;16s;167; agc;3;agc;34;31;23s;55;23s;111; aac;10;aac;6;-4;5s;20;5s;9; atc;15;atc;25;10;gta;32;aac;5; gga;10;gga;23;13;aca;37;tcc;34; cac;17;cac;28;11;aaa;10;gaa;9; ttc;12;ttc;4;-8;ctg;5;gta;9; gac;11;gac;4;-7;ggc;14;atgf;11;0 atgf;17;atgf;42;25;tta;9;gac;12;0 tca;6;tca;22;16;cgt;15;ttc;5; atgi;2;atgi;11;9;cca;5;aca;22; atgj;19;atgj;42;23;gca;19;tac;5; gca;5;gca;22;17;atgj;2;tgg;24; cca;15;cca;10;-5;atgi;6;cac;9; cgt;9;cgt;9;0;tca;17;caa;49; tta;14;tta;14;0;atgf;11;ggc;5; ggc;5;ggc;15;10;gac;12;tgc;7; ctg;10;cta;5;-5;ttc;17;tta;265; aaa;37;aaa;41;4;cac;10;ttg;; aca;32;aca;8;-24;gga;15;;; gta;20;gta;13;;atc;10;16s;164; 5s;55;5s;81;;aac;3;23s;55; 23s;167;23s;244;;agc;25;5s;20; 16s;;16s;;;gaa;;gta;4;-28 ;;;;;;;aca;36;-1 16s;167;16s;127;;;;aaa;6;-4 23s;111;atc;46;;;;cta;40;35 5s;9;gca;172;;;;ggc;14;0 aac;5;23s;80;;;;tta;9;0 tcc;34;5s;14;;;;cgt;27;12 gaa;9;aac;6;1;;;cca;9;4 gta;9;tcc;33;-1;;;gca;170; atgf;11;gaa;56;47;;;;; gac;12;gta;21;12;lmo;intercal;lmo;intercal;diff ttc;5;atgf;6;-5;16s;244;16s;127; aca;22;gac;4;-8;23s;81;atc;46; tac;5;ttc;20;;5s;13;gca;172; tgg;24;tac;7;2;gta;8;23s;80; cac;9;tgg;15;-9;aca;41;5s;14; caa;49;cac;29;20;aaa;5;aac;6; ggc;5;caa;5;-44;cta;15;tcc;33; tgc;7;ggc;19;14;ggc;14;gaa;56; tta;265;tgc;45;;tta;9;gta;21; ttg;;ttg;;;cgt;10;atgf;6;2 ;;;;;cca;22;gac;4;0 16s;164;16s;244;;gca;42;ttc;20; 23s;55;23s;80;;atgj;11;tac;7; 5s;20;5s;13;;atgi;22;tgg;15; gta;4;gta;8;4;tca;42;cac;29; aca;36;aca;41;5;atgf;4;caa;5; aaa;6;aaa;5;-1;gac;4;ggc;19; cta;40;cta;14;-26;ttc;28;tgc;45; ggc;14;ggc;21;7;cac;23;ttg;; tta;9;tta;12;3;gga;25;;; cgt;27;cgt;10;-17;atc;6;16s;244; cca;9;cca;19;10;aac;34;23s;80; gca;170;gca;341;;agc;5;5s;13; ;;;;;gaa;;gta;8;0 ;;;;;;;aca;41;0 ;;;;;;;aaa;5;0 ;;;;;;;cta;14;-1 ;;;;;;;ggc;21;7 ;;;;;;;tta;12;3 ;;;;;;;cgt;10;0 ;;;;;;;cca;19;-3 ;;;;;;;gca;341; ;;;;;;;;; bsu;intercal;lmo;intercal;diff;entre génomes;;;intra génome; gaa;3;gaa;157;;gamme;fréquence;;gamme;fréquence gta;4;acg;9;;-15;5;;-7;1 aca;22;tac;11;;-14;;;-6; tac;4;caa;6;;-13;;;-5; caa;;aaa;;;-12;;;-4;1 ;;;;;-11;;;-3;1 aga;;aga;;;-10;;;-2; ;;;;;-9;1;;-1;2 cgg;;cgg;;;-8;2;;0;9 ;;;;;-7;1;;1; gga;;gga;;;-6;;;2;1 ;;;;;-5;3;;3;1 gtc;;gtc;;;-4;1;;4;1 ;;;;;-3;;;5; agg;;cgt;;;-2;;;6; ;;;;;-1;2;;7;1 caa;;ctc;;;0;2;;;2 ;;;;;1;1;;total;20 gcc;;tcg;;;2;1;; -2+2;11 ;;;;;3;1;;; tca;;;;;4;2;;; ;;;;;5;1;;; atg;9;aac;3;;6;;;; gaa;;agc;;;7;1;;; ;;;;;8;;;; ;;gaa;27;;9;1;;; ;;gac;;;10;3;;; ;;;;;11;1;;; cgt;13;16s;127;;12;1;;; gga;159;atc;46;;13;1;;; 16s;167;gca;172;;14;1;;; 23s;55;23s;80;;15;;;; 5s;13;5s;14;;;7;;; atgf;60;aac;24;;total;39;;; gac;;acc;;; -2+2;6;;; </pre> ===Listeria monocytogenes=== ====lmo==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo opérons|lmo]] <pre> Listeria monocytogenes EGD-e;;;; 37.9%GC;7.3.19 Paris;67;doubles;intercal ;82705..82777;aag;; ;237466..239020;16s;@1;244 ;239265..242195;23s;;80 ;242276..242385;5s;;13 ;242399..242471;gta;;8 ;242480..242555;aca;;41 ;242597..242669;aaa;;5 ;242675..242756;cta;;14 ;242771..242842;ggc;;21 ;242864..242949;tta;;12 ;242962..243035;cgt;;10 ;243046..243119;cca;;19 ;243139..243214;gca;;341 ;243556..245041;16s;;244 ;245286..248216;23s;;80 ;248297..248406;5s;; ;;;; ;677464..677553;tcg;; ;;;; ;936656..936728;aac;;3 ;936732..936819;agc;; ;;;; ;940017..940088;gaa;;27 ;940116..940188;gac;; ;;;; ;970867..970937;gga;; ;;;; ;1266675..1266748;aga;; ;;;; comp;1740916..1740987;gaa;;5 comp;1740993..1741083;agc;;34 comp;1741118..1741190;aac;;6 comp;1741197..1741270;atc;;25 comp;1741296..1741366;gga;;23 comp;1741390..1741462;cac;;28 comp;1741491..1741563;ttc;;4 comp;1741568..1741643;gac;;4 comp;1741648..1741721;atgf;;42 comp;1741764..1741853;tca;;22 comp;1741876..1741949;atgi;;11 comp;1741961..1742034;atgj;;42 comp;1742077..1742149;gca;;22 comp;1742172..1742245;cca;;10 comp;1742256..1742329;cgt;;9 comp;1742339..1742424;tta;;14 comp;1742439..1742513;ggc;;15 comp;1742529..1742610;cta;;5 comp;1742616..1742688;aaa;;41 comp;1742730..1742805;aca;;8 comp;1742814..1742886;gta;;13 comp;1742900..1743009;5s;;81 comp;1743091..1746021;23s;;244 comp;1746266..1747811;16s;; ;;;; ;1776112..1776183;cgt;; ;;;; comp;1848821..1848930;5s;;81 comp;1849012..1851942;23s;;244 comp;1852187..1853732;16s;; ;;;; ;2162187..2162273;ctc;; ;;;; ;2215375..2215446;gaa;;157 ;2215604..2215677;acg;;9 ;2215687..2215770;tac;;11 ;2215782..2215856;caa;;6 ;2215863..2215935;aaa;; ;;;; comp;2436493..2436576;ttg;;45 comp;2436622..2436695;tgc;;19 comp;2436715..2436786;ggc;;5 comp;2436792..2436863;caa;;29 comp;2436893..2436965;cac;;15 comp;2436981..2437054;tgg;;7 comp;2437062..2437145;tac;;20 comp;2437166..2437238;ttc;;4 comp;2437243..2437318;gac;;6 comp;2437325..2437398;atgf;;21 comp;2437420..2437495;gta;;56 comp;2437552..2437623;gaa;;33 comp;2437657..2437745;tcc;;6 comp;2437752..2437827;aac;;14 comp;2437842..2437951;5s;;80 comp;2438032..2440962;23s;;172 comp;2441135..2441210;gca;;46 comp;2441257..2441330;atc;;127 comp;2441458..2443003;16s;@2; ;;;; comp;2540230..2540301;cgg;; ;;;; comp;2672664..2672736;acc;;24 comp;2672761..2672836;aac;;14 comp;2672851..2672960;5s;;80 comp;2673041..2675971;23s;;172 comp;2676144..2676219;gca;;46 comp;2676266..2676339;atc;;127 comp;2676467..2678012;16s;; ;;;; ;2930362..2930434;gtc;; </pre> ====lmo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_distribution|lmo distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; aac;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1 ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;0;aac;2;agc;1 ;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2 ;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;2;tca;1;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga; ;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;2;caa;1;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;2;gaa;2;gga;1 ;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 ;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;lmo;;8;;;;;8;;lmo;9;;;;;;9;;;;;;;;;;;lmo;;;;44;;;44 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;;; </pre> ====lmo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_données_intercalaires|lmo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;lmo;fx;fc;lmo;fx40;fc40;lmo;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;27;0;1;27;-1;;61;87;68;tRNA 16s;;;tRNA tRNA;;contig ;0;10;10;183;1;1;32;-2;;0;181;940;341;;gca;5;;gaa ;0;20;20;345;2;2;40;-3;;0;52;370;16s tRNA;;;34;;agc ;1;30;20;147;3;1;33;-4;3;173;382;73;2* 127;;atc;6;;aac ;0;40;80;64;4;0;11;-5;;0;197;132;tRNA 23s;;;25;;atc 2;0;50;79;45;5;2;19;-6;;0;127;49;2* 172;;gca;23;;gga 1;1;60;21;46;6;0;16;-7;;0;99;333;5s tRNA;;;28;;cac 1;1;70;12;69;7;0;5;-8;;57;110;118;2* 13;;gta;4;;ttc 1;0;80;13;69;8;3;5;-9;;0;366;56;2* 14;;aac;4;;gac ;1;90;10;69;9;1;13;-10;1;3;66;44;tRNA tRNA;;intra;42;;atgf ;1;100;9;54;10;0;9;-11;2;22;128;;8;;gta;22;;tca ;1;110;9;88;11;1;26;-12;;0;351;;41;;aca;11;;atgi 1;1;120;14;74;12;2;52;-13;;3;119;;5;;aaa;42;;atgj ;2;130;21;57;13;3;31;-14;;14;152;;14;;cta;22;;gca 1;0;140;14;52;14;0;36;-15;;0;21;;21;;ggc;10;;cca ;0;150;13;48;15;4;46;-16;1;2;CDS 16s;;12;;tta;9;;cgt ;1;160;26;42;16;0;42;-17;;13;445;;10;;cgt;14;;tta ;0;170;15;28;17;2;21;-18;1;0;451;;19;;cca;15;;ggc ;0;180;11;30;18;3;43;-19;;2;344;;**;;gca;5;;cta ;1;190;10;25;19;3;26;-20;;7;364;;2* 46;;gca;41;;aaa ;1;200;19;35;20;2;22;-21;;0;289;;**;;atc;8;;aca ;0;210;13;23;21;0;30;-22;;2;16s 23s;;24;;acc;**;;gta ;0;220;14;14;22;3;25;-23;;6;4* 244;;**;;aac;45;;ttg ;0;230;9;16;23;2;16;-24;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;;19;;tgc ;0;240;11;16;24;5;18;-25;;1;4* 80;;3;;aac;5;;ggc ;0;250;11;10;25;1;9;-26;;4;2* 81;;**;;agc;29;;caa ;0;260;9;16;26;2;10;-27;;0;5s CDS;;27;;gaa;15;;cac ;0;270;6;5;27;1;16;-28;;1;148;;**;;gac;7;;tgg ;0;280;3;17;28;0;8;-29;;4;130;;157;;gaa;20;;tac ;0;290;1;14;29;1;6;-30;;0;;;9;;acg;4;;ttc ;0;300;7;12;30;5;9;-31;1;0;;;11;;tac;6;;gac ;0;310;6;5;31;6;8;-32;;1;;;6;;caa;21;;atgf ;0;320;5;7;32;7;5;-33;;0;;;**;;aaa;56;;gta ;0;330;5;9;33;2;9;-34;;0;;;;;;33;;gaa 1;0;340;4;7;34;7;7;-35;;1;;;;;;6;;tcc ;0;350;2;5;35;6;10;-36;;0;;;;;;**;;aac ;1;360;2;5;36;8;9;-37;;1;;;;;;;; 1;1;370;3;9;37;7;3;-38;;1;;;;;;;; ;0;380;1;3;38;14;0;-39;;0;;;;;;;; ;1;390;8;6;39;10;6;-40;;1;;;;;;;; ;0;400;3;2;40;13;7;-41;;2;;;;;;;; 1;0;reste;37;51;reste;456;1082;-42;;0;;;;;;;; 10;15;total;587;1849;total;587;1848;-43;;0;;;;;;;; 9;15;diagr;549;1771;diagr;130;739;-44;;2;;;;;;;; 0;1; t30;50;675;;;;-45;;0;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;1;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;; ;x;586;10;1;597;;;-49;;1;;;;;;;; ;c;1822;393;27;2242;;;-50;;0;;;;;;;; ;;;;;2839;101;;reste;1;7;;;;;;;; ;;;;;;2940;;total;10;393;;;;;;;; </pre> =====lmo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Construction: remarque sur les nombreux regulatory <pre> autres intercalaires;;lmo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;81661;82617;87;*; ;;tRNA;82705;82777;181;*;aag fin;;CDS;82959;84437;;; deb;;CDS;235524;237020;445;*; ;;rRNA;237466;239020;244;*;1555 ;;rRNA;239265;242195;80;*;2931 ;;rRNA;242276;242385;13;*;110 ;;tRNA;242399;242471;8;*;gta ;;tRNA;242480;242555;41;*;aca ;;tRNA;242597;242669;5;*;aaa ;;tRNA;242675;242756;14;*;cta ;;tRNA;242771;242842;21;*;ggc ;;tRNA;242864;242949;12;*;tta ;;tRNA;242962;243035;10;*;cgt ;;tRNA;243046;243119;19;*;cca ;;tRNA;243139;243214;341;*;gca ;;rRNA;243556;245041;244;*;1486 ;;rRNA;245286;248216;80;*;2931 ;;rRNA;248297;248406;148;*;110 fin;;CDS;248555;249013;;; deb;;CDS;676802;677395;68;*; ;comp;tRNA;677464;677553;940;*;tcg fin;;CDS;678494;679123;;; deb;;CDS;936136;936603;52;*; ;;tRNA;936656;936728;3;*;aac ;;tRNA;936732;936819;382;*;agc fin;;CDS;937202;937594;;; deb;;CDS;939106;939819;197;*; ;;tRNA;940017;940088;27;*;gaa ;;tRNA;940116;940188;127;*;gac fin;;CDS;940316;940696;;; deb;comp;CDS;969549;970496;370;*; ;;tRNA;970867;970937;99;*;gga fin;;CDS;971037;972176;;; deb;;CDS;1266040;1266564;110;*; ;;tRNA;1266675;1266748;366;*;aga fin;;CDS;1267115;1268473;;0; deb;comp;CDS;1739674;1740849;66;*; ;comp;tRNA;1740916;1740987;5;*;gaa ;comp;tRNA;1740993;1741083;34;*;agc ;comp;tRNA;1741118;1741190;6;*;aac ;comp;tRNA;1741197;1741270;25;*;atc ;comp;tRNA;1741296;1741366;23;*;gga ;comp;tRNA;1741390;1741462;28;*;cac ;comp;tRNA;1741491;1741563;4;*;ttc ;comp;tRNA;1741568;1741643;4;*;gac ;comp;tRNA;1741648;1741721;42;*;atgf ;comp;tRNA;1741764;1741853;22;*;tca ;comp;tRNA;1741876;1741949;11;*;atgi ;comp;tRNA;1741961;1742034;42;*;atgj ;comp;tRNA;1742077;1742149;22;*;gca ;comp;tRNA;1742172;1742245;10;*;cca ;comp;tRNA;1742256;1742329;9;*;cgt ;comp;tRNA;1742339;1742424;14;*;tta ;comp;tRNA;1742439;1742513;15;*;ggc ;comp;tRNA;1742529;1742610;5;*;cta ;comp;tRNA;1742616;1742688;41;*;aaa ;comp;tRNA;1742730;1742805;8;*;aca ;comp;tRNA;1742814;1742886;13;*;gta ;comp;rRNA;1742900;1743009;81;*;110 ;comp;rRNA;1743091;1746021;244;*;2931 ;comp;rRNA;1746266;1747811;451;*;1546 fin;comp;CDS;1748263;1748709;;; deb;;CDS;1774991;1775983;128;*; ;;tRNA;1776112;1776183;73;*;cgt fin;comp;CDS;1776257;1776829;;; deb;comp;CDS;1848166;1848690;130;*; ;comp;rRNA;1848821;1848930;81;*;110 ;comp;rRNA;1849012;1851942;244;*;2931 ;comp;rRNA;1852187;1853732;344;*;1546 fin;comp;CDS;1854077;1854682;;0; deb;comp;CDS;2161161;2162054;132;*; ;;tRNA;2162187;2162273;49;*;ctc fin;comp;CDS;2162323;2164011;;; deb;comp;CDS;2213218;2215041;333;*; ;;tRNA;2215375;2215446;157;*;gaa ;;tRNA;2215604;2215677;9;*;acg ;;tRNA;2215687;2215770;11;*;tac ;;tRNA;2215782;2215856;6;*;caa ;;tRNA;2215863;2215935;118;*;aaa fin;comp;CDS;2216054;2216743;;0; deb;comp;CDS;2435023;2436141;351;*; ;comp;tRNA;2436493;2436576;45;*;ttg ;comp;tRNA;2436622;2436695;19;*;tgc ;comp;tRNA;2436715;2436786;5;*;ggc ;comp;tRNA;2436792;2436863;29;*;caa ;comp;tRNA;2436893;2436965;15;*;cac ;comp;tRNA;2436981;2437054;7;*;tgg ;comp;tRNA;2437062;2437145;20;*;tac ;comp;tRNA;2437166;2437238;4;*;ttc ;comp;tRNA;2437243;2437318;6;*;gac ;comp;tRNA;2437325;2437398;21;*;atgf ;comp;tRNA;2437420;2437495;56;*;gta ;comp;tRNA;2437552;2437623;33;*;gaa ;comp;tRNA;2437657;2437745;6;*;tcc ;comp;tRNA;2437752;2437827;14;*;aac ;comp;rRNA;2437842;2437951;80;*;110 ;comp;rRNA;2438032;2440962;172;*;2931 ;comp;tRNA;2441135;2441210;46;*;gca ;comp;tRNA;2441257;2441330;127;*;atc ;comp;rRNA;2441458;2443003;364;*;1546 fin;comp;CDS;2443368;2444126;;; deb;;CDS;2539838;2540173;56;*; ;comp;tRNA;2540230;2540301;119;*;cgg fin;comp;CDS;2540421;2541857;;0; deb;comp;CDS;2671624;2672511;152;*; ;comp;tRNA;2672664;2672736;24;*;acc ;comp;tRNA;2672761;2672836;14;*;aac ;comp;rRNA;2672851;2672960;80;*;110 ;comp;rRNA;2673041;2675971;172;*;2931 ;comp;tRNA;2676144;2676219;46;*;gca ;comp;tRNA;2676266;2676339;127;*;atc ;comp;rRNA;2676467;2678012;289;*;1546 fin;comp;CDS;2678302;2679330;;0; deb;;CDS;2929315;2930340;21;*; ;;tRNA;2930362;2930434;44;*;gtc fin;comp;CDS;2930479;2932473;;; </pre> ====lmo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_blocs|lmo blocs]] <pre> lmo blocs;;;;;;;; Types;;;;;;;; I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2 16s;;244;;244;;16s;244;244 23s;;81;;80;;23s;80;81 5s;;13;;13;;5s;; ;;8;;8;;;; ;;gta;;gta;;;; ;;**20aas;;**8aas;;;; III;;;;;;IV;; 16s;127;127;;;;;; atc;46;46;;;;;; gca;172;172;;;;;; 23s;80;80;;;;;; 5s;14;14;;;;;; ;6;24;;;;;; ;aac;aac;;;;;; ;**13aas;acc;;;;;; Groupes;;;;;;;; ;;;;;;16s;244; ;;;;;I4;23s;80; ;;;;;;5s;13; ;;;;;;gta;8; ;;;;;;**7aas;19; ;;;;;;gca;341; ;;;;;;16s;244; ;;;;;II1;23s;80; ;;;;;;5s;; </pre> ===lam=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_opérons|lam]] <pre> ;Lactobacillus amylovorus strain 30SC;;; 38%GC;30.6.19 Paris;63;doubles;intercal ;447399..448972;16s;@1;125 ;449098..449172;atc;;52 ;449225..449297;gca;;115 ;449413..452324;23s;;68 ;452393..452509;5s;;4 ;452514..452586;gta;;2 ;452589..452661;aaa;;13 ;452675..452756;cta;;23 ;452780..452852;aca;;10 ;452863..452934;ggc;;11 ;452946..453031;tta;;8 ;453040..453113;cgt;;5 ;453119..453192;cca;;29 ;453222..453295;atg;;12 ;453308..453381;atgi;;27 ;453409..453482;atgf;;3 ;453486..453559;gac;;6 ;453566..453638;ttc;;19 ;453658..453728;gga;;5 ;453734..453808;atc;;2 ;453811..453900;agc;; ;;;; ;57091..58664;16s;;125 ;58790..58864;atc;;52 ;58917..58989;gca;;115 ;59105..62016;23s;;68 ;62085..62201;5s;;13 ;62215..62287;aac;; ;;;; ;469566..471139;16s;@2;9 ;471149..471334;cds1; hp 186;-3 ;471332..474243;23s;;68 ;474312..474428;5s;;13 ;474442..474514;aac;; ;;;; comp;1709284..1709374;tcc;;10 comp;1709385..1709457;aac;;13 comp;1709471..1709587;5s;;68 comp;1709656..1712567;23s;;-3 comp;1712565..1712750;cds2;hp 186;9 comp;1712760..1714333;16s;; ;;;; comp;79386..79458;aag;; ;;;; comp;79913..79985;aag;; ;;;; ;193922..193994;acc;; ;;;; comp;210866..210939;ggg;; ;;;; ;287678..287752;ggc;+;111 ;287864..287938;ggc;3 ggc;109 ;288048..288122;ggc;;35 ;288158..288231;ccg;; ;;;; ;457611..457682;gaa;;35 ;457718..457804;tca;;9 ;457814..457887;atgf;;3 ;457891..457964;gac;;6 ;457971..458046;ttc;;4 ;458051..458132;tac;;4 ;458137..458207;tgg;;12 ;458220..458295;cac;;4 ;458300..458371;caa;;23 ;458395..458465;tgc;;40 ;458506..458590;ttg;; ;;;; ;474442..474514;aac;; ;;;; ;507688..507760;acg;; ;;;; ;526886..526957;caa;; ;;;; ;551550..551631;tac;;34 ;551666..551737;caa;; ;;;; ;567329..567416;ctt;; ;;;; ;583327..583413;tca;;6 ;583420..583493;gac;;7 ;583501..583576;cac;;4 ;583581..583653;gta;; ;;;; ;642034..642106;agg;; ;;;; comp;729370..729441;cgg;; ;;;; ;784793..784864;gag;; ;;;; ;917887..917975;tcg;; ;;;; ;1456724..1456800;aga;; ;;;; ;1681218..1681301;ctg;; ;;;; comp;1707998..1708070;gta;;5 comp;1708076..1708147;gaa;; ;;;; ;1987190..1987263;cgt;;8 ;1987272..1987345;cca;; </pre> ===lam blocs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_blocs|lam blocs]] <pre> lam blocs;;;;; 16s;125;1574;16s;9;1574 atc;52;;cds1;-3;62 gca;115;;23s;68;2912 23s;68;2912;5s;13;117 5s;4;117;aac;; gta;;;;; ;;;;; 16s;125;1574;16s;9;1574 atc;52;;cds2;-3;62 gca;115;;23s;68;2912 23s;68;2912;5s;13;117 5s;13;117;aac;; aac;;;;; </pre> ====lam distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_distribution|lam distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; après 5s;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; 3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; tcc;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc; ;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;;aac;;agc;1 >1aa;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1 ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga; ;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1 ;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; ;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;lam;;14;;;;;14;;lam;22;;;;;;22;;lam;3;;;;;;3;;lam;;;;16;;;16 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;; </pre> ====lam données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_données_intercalaires|lam données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;lam;fx;fc;lam;fx40;fc40;lam;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;16;0;2;16;-1;;96;222;163;16s tRNA;; ;0;10;8;202;1;1;30;-2;;0;169;85;2* 133;;atc ;0;20;3;162;2;1;38;-3;;0;114;135;tRNA 23s;; ;0;30;12;70;3;2;28;-4;8;49;118;59;2* 118;;gca 1;1;40;27;36;4;0;13;-5;;0;139;212;5s tRNA;; ;0;50;36;39;5;0;11;-6;;0;71;59;3* 13;;aac 3;3;60;39;55;6;0;13;-7;;1;41;39;4;;gta ;0;70;29;66;7;2;7;-8;;38;76;117;tRNA tRNA;;intra ;0;80;17;56;8;2;16;-9;;0;168;239;2* 52;;atc gca 3;3;90;12;43;9;0;23;-10;1;2;222;88;tRNA tRNA;;contig 1;1;100;29;57;10;0;23;-11;1;20;121;129;2;;gta ;0;110;13;57;11;0;23;-12;;0;337;150;13;;aaa 1;1;120;16;43;12;2;17;-13;;1;57;99;23;;cta 1;1;130;15;34;13;0;16;-14;;12;181;82;10;;aca 1;1;140;14;29;14;0;16;-15;;0;278;58;11;;ggc 1;1;150;19;22;15;0;21;-16;;0;65;;8;;tta ;0;160;18;18;16;0;19;-17;1;9;202;;5;;cgt 1;1;170;16;17;17;1;13;-18;;0;81;;29;;cca ;0;180;13;19;18;0;14;-19;;1;86;;12;;atgj ;0;190;12;24;19;0;11;-20;;9;101;;27;;atgi ;0;200;14;13;20;0;12;-21;;0;71;;3;;atgf ;0;210;10;13;21;0;11;-22;;1;57;;6;;gac 1;1;220;8;9;22;0;8;-23;1;3;33;;19;;ttc ;0;230;7;15;23;3;4;-24;;0;134;;5;;gga 1;1;240;6;15;24;2;10;-25;;3;161;;2;;atc ;0;250;4;9;25;2;7;-26;1;4;141;;**;;agc ;0;260;9;8;26;2;11;-27;;0;107;;10;;tcc ;0;270;5;11;27;0;5;-28;;0;213;;**;;aac ;0;280;5;2;28;0;9;-29;1;3;CDS 16s;;tRNA tRNA;; ;0;290;5;7;29;0;4;-30;;0;562;513;111;;ggc ;0;300;4;7;30;3;1;-31;;1;744;649;112;;ggc ;0;310;7;4;31;4;5;-32;;4;16s 23s;;35;;ggc ;0;320;4;5;32;6;0;-33;;0;2* 203;;**;;ccg ;0;330;2;11;33;5;7;-34;;0;23s 5s;;35;;gaa ;0;340;3;2;34;1;4;-35;;1;4* 69;;9;;tca ;0;350;2;4;35;3;4;-36;;0;;;3;;atgf ;0;360;4;7;36;1;3;-37;;2;;;6;;gac ;0;370;2;4;37;2;6;-38;;1;;;7;;ttc ;0;380;1;7;38;1;2;-39;;0;;;4;;tac ;0;390;4;3;39;0;2;-40;;0;;;12;;tgg ;0;400;0;2;40;4;3;-41;;0;;;7;;cac ;0;reste;27;25;reste;431;762;-42;;0;;;23;;caa 15;15;total;483;1248;total;483;1248;-43;;0;;;40;;tgc 15;15;diagr;454;1207;diagr;50;470;-44;;1;;;**;;ttg 0;0; t30;23;434;;;;-45;;0;;;6;;tca ;;;;;;;;-46;;1;;;7;;gac ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;6;;;4;;cac ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;**;;gta ;x;481;15;2;498;;;-49;;0;;;5;;gta ;c;1232;272;16;1520;;;-50;1;3;;;**;;gaa ;;;;;2018;152;;reste;;0;;;8;;cgt ;;;;;;2170;;total;15;272;;;**;;cca </pre> =====lam autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_autres_intercalaires_aas|lam autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;lam;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;19323;20024;163;*; ;;tRNA;20188;20261;222;*;act fin;;CDS;20484;21764;;; deb;;CDS;56117;56530;562;*; ;;rRNA;57093;58656;133;*;1564 ;;tRNA;58790;58864;52;*;atc ;;tRNA;58917;58989;118;*;gca ;;rRNA;59108;62015;69;*;2908 ;;rRNA;62085;62201;13;*;117 ;;tRNA;62215;62287;85;*;aac fin;comp;CDS;62373;63296;;0; deb;comp;CDS;78479;79216;169;*; ;comp;tRNA;79386;79458;114;*;aag deb;comp;CDS;79573;79794;118;*; ;comp;tRNA;79913;79985;135;*;aag fin;;CDS;80121;80837;;; deb;comp;CDS;108050;109663;110;*; ;comp;regulatory;109774;109947;47;*; fin;comp;CDS;109995;110627;;0; deb;;CDS;193447;193782;139;*; ;;tRNA;193922;193994;71;*;acc fin;;CDS;194066;195379;;; deb;;CDS;210147;210809;59;*; ;comp;tRNA;210869;210939;41;*;ggg fin;comp;CDS;210981;211580;;0; deb;;CDS;213163;213804;53;*; ;;regulatory;213858;214021;76;*; fin;;CDS;214098;216761;;; deb;comp;CDS;243078;243656;73;*; ;comp;regulatory;243730;243827;60;*; fin;comp;CDS;243888;244490;;1; deb;comp;CDS;287010;287465;212;*; ;;tRNA;287678;287752;111;*;ggc ;;tRNA;287864;287935;112;*;ggc ;;tRNA;288048;288122;35;*;ggc ;;tRNA;288158;288231;76;*;ccg fin;;CDS;288308;288763;;; deb;comp;CDS;363306;363677;90;*; ;;misc_f;363768;363889;43;*; fin;;CDS;363933;364445;;; deb;;CDS;366810;367316;45;*; ;;ncRNA;367362;367456;54;*; fin;;CDS;367511;369319;;; deb;comp;CDS;445892;446887;513;*; ;;rRNA;447401;448964;133;*;1564 ;;tRNA;449098;449172;52;*;atc ;;tRNA;449225;449297;118;*;gca ;;rRNA;449416;452323;69;*;2908 ;;rRNA;452393;452509;4;*;117 ;;tRNA;452514;452586;2;*;gta ;;tRNA;452589;452661;13;*;aaa ;;tRNA;452675;452756;23;*;cta ;;tRNA;452780;452852;10;*;aca ;;tRNA;452863;452934;11;*;ggc ;;tRNA;452946;453031;8;*;tta ;;tRNA;453040;453113;5;*;cgt ;;tRNA;453119;453192;29;*;cca ;;tRNA;453222;453295;12;*;atgj ;;tRNA;453308;453381;27;*;atgi ;;tRNA;453409;453482;3;*;atgf ;;tRNA;453486;453559;6;*;gac ;;tRNA;453566;453638;19;*;ttc ;;tRNA;453658;453728;5;*;gga ;;tRNA;453734;453808;2;*;atc ;;tRNA;453811;453900;168;*;agc fin;;CDS;454069;454491;;; deb;;CDS;454491;457388;222;*; ;;tRNA;457611;457682;35;*;gaa ;;tRNA;457718;457804;9;*;tca ;;tRNA;457814;457887;3;*;atgf ;;tRNA;457891;457964;6;*;gac ;;tRNA;457971;458043;7;*;ttc ;;tRNA;458051;458132;4;*;tac ;;tRNA;458137;458207;12;*;tgg ;;tRNA;458220;458292;7;*;cac ;;tRNA;458300;458371;23;*;caa ;;tRNA;458395;458465;40;*;tgc ;;tRNA;458506;458590;121;*;ttg fin;;CDS;458712;459875;;; deb;;CDS;467495;468823;744;*; ;;rRNA;469568;471131;203;*;1564 ;;rRNA;471335;474242;69;*;2908 ;;rRNA;474312;474428;13;*;117 ;;tRNA;474442;474514;337;*;aac fin;;CDS;474852;475862;;; deb;;CDS;507082;507630;57;*; ;;tRNA;507688;507760;59;*;acg fin;comp;CDS;507820;509192;;0; deb;;CDS;526021;526704;181;*; ;;tRNA;526886;526957;278;*;caa fin;;CDS;527236;528015;;; deb;;CDS;528027;528719;574;*; ;;regulatory;529294;529457;80;*; fin;;CDS;529538;532225;;; deb;comp;CDS;546953;548239;77;*; ;comp;regulatory;548317;548377;91;*; fin;comp;CDS;548469;548831;;; deb;;CDS;551035;551484;65;*; ;;tRNA;551550;551631;34;*;tac ;;tRNA;551666;551737;202;*;caa fin;;CDS;551940;553055;;; deb;;CDS;566792;567247;81;*; ;;tRNA;567329;567413;86;*;ctt fin;;CDS;567500;568147;;; deb;;CDS;582725;583225;101;*; ;;tRNA;583327;583413;6;*;tca ;;tRNA;583420;583493;7;*;gac ;;tRNA;583501;583576;4;*;cac ;;tRNA;583581;583653;71;*;gta fin;;CDS;583725;585191;;0; deb;;CDS;606557;608326;26;*; ;;regulatory;608353;608445;50;*; fin;;CDS;608496;609074;;; deb;comp;CDS;609745;610383;156;*; ;;misc_b;610540;610782;243;*; fin;;CDS;611026;611766;;; deb;;CDS;640648;641976;57;*; ;;tRNA;642034;642106;39;*;agg fin;comp;CDS;642146;642334;;0; deb;;CDS;728387;729252;117;*; ;comp;tRNA;729370;729441;239;*;cgg fin;;CDS;729681;730712;;; deb;;CDS;770203;771387;52;*; ;;tmRNA;771440;771806;177;*; fin;;CDS;771984;772877;;; deb;comp;CDS;783691;784704;88;*; ;;tRNA;784793;784864;33;*;gag fin;;CDS;784898;784993;;0; deb;comp;CDS;877491;878846;218;*; ;;regulatory;879065;879235;91;*; fin;;CDS;879327;880637;;; deb;comp;CDS;916780;917757;129;*; ;;tRNA;917887;917975;134;*;tcg fin;;CDS;918110;919498;;; deb;comp;CDS;923642;924574;136;*; ;;misc_b;924711;924950;42;*; fin;;CDS;924993;925847;;; deb;;CDS;982901;983617;27;*; ;;regulatory;983645;983759;77;*; fin;;CDS;983837;984526;;; deb;comp;CDS;1011692;1012501;102;*; ;;regulatory;1012604;1012662;43;*; fin;;CDS;1012706;1013095;;; deb;;CDS;1095103;1095633;116;*; ;;misc_b;1095750;1096001;60;*; fin;;CDS;1096062;1097180;;; deb;;CDS;1152540;1155044;66;*; ;;misc_b;1155111;1155358;64;*; fin;;CDS;1155423;1156802;;; deb;comp;CDS;1212112;1213236;72;*; ;comp;ncRNA;1213309;1213675;26;*; fin;comp;CDS;1213702;1214121;;; deb;;CDS;1322695;1324020;55;*; ;;misc_b;1324076;1324319;57;*; fin;;CDS;1324377;1325738;;0; deb;comp;CDS;1449420;1449731;14;*; ;comp;misc_f;1449746;1449826;68;*; fin;comp;CDS;1449895;1451271;;0; deb;comp;CDS;1455677;1456573;150;*; ;;tRNA;1456724;1456800;99;*;aga fin;comp;CDS;1456900;1458480;;; deb;comp;CDS;1593167;1594216;37;*; ;comp;misc_b;1594254;1594461;38;*; fin;comp;CDS;1594500;1594850;;; deb;comp;CDS;1606331;1606858;26;*; ;comp;misc_f;1606885;1606996;53;*; fin;comp;CDS;1607050;1608747;;; deb;comp;CDS;1679837;1681135;82;*; ;;tRNA;1681218;1681301;161;*; fin;;CDS;1681463;1681780;;;ctg deb;comp;CDS;1706640;1707839;-3;*; ;comp;regulatory;1707837;1707930;67;*; ;comp;tRNA;1707998;1708070;5;*;gta ;comp;tRNA;1708076;1708147;141;*;gaa deb;comp;CDS;1708289;1709176;107;*; ;comp;tRNA;1709284;1709374;10;*;tcc ;comp;tRNA;1709385;1709457;13;*;aac ;;rRNA;1709471;1709587;69;*;117 ;;rRNA;1709657;1712564;203;*;2908 ;;rRNA;1712768;1714331;649;*;1564 fin;comp;CDS;1714981;1716288;;; deb;comp;CDS;1765715;1766362;152;*; ;comp;misc_b;1766515;1766748;43;*; fin;comp;CDS;1766792;1769098;;0; deb;;CDS;1985984;1986976;213;*; ;;tRNA;1987190;1987263;8;*;cgt ;;tRNA;1987272;1987345;58;*;cca deb;comp;CDS;1987404;1988462;121;*; ;;misc_b;1988584;1988828;71;*; fin;;CDS;1988900;1989913;;0; deb;;CDS;2017560;2019416;56;*; ;;misc_f;2019473;2019530;40;*; fin;;CDS;2019571;2020740;;; deb;;CDS;2039362;2040669;131;*; ;;regulatory;2040801;2040898;72;*; fin;;CDS;2040971;2042281;;; deb;;CDS;2043158;2043412;56;*; ;;misc_b;2043469;2043702;76;*; fin;;CDS;2043779;2045407;;0; </pre> ===ppm=== ====opérons==== =====ppm chromosome===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm opérons|ppm opérons]] *Chromosome<br> <pre> 45.5%GC;26.7.19 Paris;16s 13;110;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;; ;10545..11633;;CDS;;327;327;;;363; ;11961..13519;;16s;;280;;;;; ;13800..16728;;23s;;143;;;;; ;16872..16988;;5s;;232;232;;;;232 ;17221..17640;;CDS;;93 855;;;;140; ;;;;;;;;;; comp;111496..112530;;CDS;;616;;;;345; ;113147..114705;;16s;;207;;;;; ;114913..117843;;23s;;76;;;;; ;117920..118036;;5s;;343;343;;;; ;118380..119837;;CDS;;3 348;;;;486; ;;;;;;;;;; ;123186..124469;;CDS;;90;90;;;428;90 ;124560..124648;;tca;;145;145;;;; ;124794..125135;;CDS;;55 592;;;;114; ;;;;;;;;;; ;180728..181003;;CDS;;412;;;;92; ;181416..182974;;16s;;108;;;;; ;183083..183199;;5s;@1;39;;;;; ;183239..183315;;atc;;20;;;20;; ;183336..183411;;gca;;128;;;;; ;183540..186468;;23s;;130;;;;; ;186599..186690;;agc;;28;;;28;; ;186719..186795;;atgj;;10;;;10;; ;186806..186881;;gta;;4;;;4;; ;186886..186961;;aca;;19;;;19;; ;186981..187057;;gac;;77;;;77;; ;187135..187210;;ttc;;6;;;6;; ;187217..187302;;tac;;7;;;7;; ;187310..187385;;aaa;;154;154;;;;154 ;187540..188682;;CDS;;24 062;;;;381; ;;;;;;;;;; comp;212745..213341;;CDS;;211;211;;;199;211 comp;213553..213624;;cgg;;259;259;;;; ;213884..214921;;CDS;;238 832;;;;346; ;;;;;;;;;; ;453754..455364;;CDS;;392;;;;537; ;455757..457315;;16s;;207;;;;; ;457523..460453;;23s;;76;;;;; ;460530..460646;;5s;;34;;;;; ;460681..460757;;atc;;22;;;22;; ;460780..460855;;gca;;4;;;4;; ;460860..460935;;aac;;34;;;34;; ;460970..461043;;atgj;;3;;;3;; ;461047..461138;;agc;;31;;;31;; ;461170..461241;;gaa;;6;;;6;; ;461248..461323;;gta;;10;;;10;; ;461334..461407;;atgf;;25;;;25;; ;461433..461509;;gac;;50;;;50;; ;461560..461635;;ttc;;22;;;22;; ;461658..461733;;aca;;5;;;5;; ;461739..461824;;tac;;16;;;16;; ;461841..461913;;cac;;18;;;18;; ;461932..462006;;caa;;4;;;4;; ;462011..462086;;aaa;;15;;;15;; ;462102..462189;;ctg;;6;;;6;; ;462196..462270;;ggc;;10;;;10;; ;462281..462351;;tgc;;26;;;26;; ;462378..462454;;cgt;;22;;;22;; ;462477..462550;;cca;;9;;;9;; ;462560..462630;;gga;;204;204;;;;204 comp;462835..463938;;CDS;;1 537;;;;368; ;;;;;;;;;; ;465476..466216;;CDS;;524;;;;247; ;466741..468299;;16s;;207;;;;; ;468507..471434;;23s;;76;;;;; ;471511..471627;;5s;;629;;;;; ;472257..473588;;CDS;;103 459;;;;444; ;;;;;;;;;; ;577048..577794;;CDS;;1 116;;;;249; ;578911..580469;;16s;;207;;;;; ;580677..583607;;23s;;76;;;;; ;583684..583800;;5s;;82;;;;; ;583883..583958;;gca;;4;;;4;; ;583963..584038;;aac;;3;;;3;; ;584042..584133;;tcc;;19;;;19;; ;584153..584224;;gaa;;9;;;9;; ;584234..584309;;gta;;29;;;29;; ;584339..584412;;atgf;;25;;;25;; ;584438..584514;;gac;;13;;;13;; ;584528..584603;;aca;;4;;;4;; ;584608..584693;;tac;;102;;;102;; ;584796..584870;;caa;;4;;;4;; ;584875..584950;;aaa;;12;;;12;; ;584963..585043;;cta;;10;;;10;; ;585054..585128;;ggc;;5;;;5;; ;585134..585210;;cgt;;12;;;12;; ;585223..585302;;ttg;;7;;;7;; ;585310..585386;;cca;;7;;;7;; ;585394..585464;;gga;;1 133;;;;; ;586598..587560;;CDS;;22 016;;;;321; ;;;;;;;;;; ;609577..609924;;CDS;;73;73;;;116;73 ;609998..610069;;acg;;1 613;;;;; comp;611683..612030;;CDS;;140 810;;;;116; ;;;;;;;;;; ;752841..754124;;CDS;;611;;;;428; ;754736..756294;;16s;;208;;;;; ;756503..759431;;23s;;75;;;;; ;759507..759623;;5s;;183;183;;;;183 comp;759807..760232;;CDS;;173 078;;;;142; ;;;;;;;;;; ;933311..934681;;CDS;;449;;;;457; ;935131..936689;;16s;;221;;;;; ;936911..939839;;23s;;76;;;;; ;939916..940032;;5s;;216;216;;;;216 ;940249..941241;;CDS;;521 183;;;;331; ;;;;;;;;;; ;1462425..1462937;;CDS;;44;44;;;171;44 ;1462982..1463057;;aac;;1;;1;;; ;1463059..1463147;;agc;;122;122;;;; comp;1463270..1464145;;CDS;;74;;;;292; ;;;;;;;;;; comp;1464220..1464981;;CDS;;246;246;;;254; ;1465228..1465299;;gaa;;86;;86;;; ;1465386..1465461;;aaa;;15;;15;;; ;1465477..1465562;;ctc;;162;162;;;;162 ;1465725..1466180;;CDS;;1 667;;;;152; ;;;;;;;;;; comp;1467848..1468585;;CDS;;262;262;;;246; ;1468848..1468930;;ctc;;148;148;;;;148 comp;1469079..1469564;;CDS;;112 990;;;;162; ;;;;;;;;;; ;1582555..1583361;;CDS;;490;;;;269; ;1583852..1583925;;ccc;;244;244;;;; comp;1584170..1585441;;CDS;;32 099;;;;424; ;;;;;;;;;; ;1617541..1619682;;CDS;;107;107;;;714;107 ;1619790..1619860;;gga;;265;265;;;; ;1620126..1621163;;CDS;;254 529;;;;346; ;;;;;;;;;; ;1875693..1876160;;CDS;;129;129;;;156;129 ;1876290..1876365;;gcc;;11;;11;;; ;1876377..1876449;;aag;;520;;;;; comp;1876970..1877974;;CDS;;55 215;;;;335; ;;;;;;;;;; comp;1933190..1933630;;CDS;;381;;;;147; ;1934012..1934096;;ctg;;91;91;;;;91 comp;1934188..1934718;;CDS;;74 847;;;;177; ;;;;;;;;;; comp;2009566..2010102;;CDS;;222;222;;;179; ;2010325..2010409;;ctg;;213;213;;;; ;2010623..2011135;;CDS;;432 608;;;;171; ;;;;;;;;;; ;2443744..2448333;;CDS;;540;;;;1530; ;2448874..2450432;;16s;;400;;;;; ;2450833..2453761;;23s;;143;;;;; ;2453905..2454021;;5s;;236;236;;;;236 comp;2454258..2455367;;CDS;;186 804;;;;370; ;;;;;;;;;; ;2642172..2643329;;CDS;;426;;;;386; ;2643756..2645314;;16s;;343;;;;; ;2645658..2648586;;23s;;144;;;;; ;2648731..2648847;;5s;;156;156;;;;156 ;2649004..2649228;;CDS;;884 577;;;;75; ;;;;;;;;;; comp;3533806..3534249;;CDS;;139;139;;;148;139 ;3534389..3534460;;gtc;;279;279;;;; comp;3534740..3535069;;CDS;;103 837;;;;110; ;;;;;;;;;; ;3638907..3639338;;CDS;;728;;;;144; comp;3640067..3640152;;tta;;249;249;;;;249 ;3640402..3640560;;CDS;;28 092;;;;53; ;;;;;;;;;; ;3668653..3669450;;CDS;;247;247;;;266; comp;3669698..3669766;;atg;;267;267;;;; comp;3670034..3670234;;CDS;;54 456;;;;67; ;;;;;;;;;; ;3724691..3725086;;CDS;;122;122;;;132;122 comp;3725209..3725282;;atgi;;435;;;;; comp;3725718..3726359;;CDS;;612 148;;;;214; ;;;;;;;;;; comp;4338508..4339209;;CDS;;107;107;;;234;107 comp;4339317..4339390;;cca;;7;;;7;; comp;4339398..4339477;;ttg;;12;;;12;; comp;4339490..4339566;;cgt;;5;;;5;; comp;4339572..4339646;;ggc;;35;;;35;; comp;4339682..4339757;;aaa;;28;;;28;; comp;4339786..4339862;;gac;;26;;;26;; comp;4339889..4339965;;atgf;;30;;;30;; comp;4339996..4340071;;gta;;9;;;9;; comp;4340081..4340152;;gaa;;17;;;17;; comp;4340170..4340261;;tcc;;3;;;3;; comp;4340265..4340340;;aac;;18;;;;; comp;4340359..4340475;;5s;;76;;;;; comp;4340552..4343482;;23s;;400;;;;; comp;4343883..4345441;;16s;;493;;;;; comp;4345935..4347563;;CDS;;46 596;;;;543; ;;;;;;;;;; comp;4394160..4395092;;CDS;;238;238;;;311; ;4395331..4395404;;aga;;214;214;;;; ;4395619..4396383;;CDS;;49 894;;;;255; ;;;;;;;;;; ;4446278..4447621;;CDS;;207;207;;;448; comp;4447829..4447902;;aga;;174;174;;;; ;4448077..4448370;;CDS;;256 556;;;;98; ;;;;;;;;;; ;4704927..4705187;;CDS;;361;;;;87; comp;4705549..4705627;;ttg;;11;;11;;; comp;4705639..4705713;;tgc;;11;;11;;; comp;4705725..4705796;;ggc;;6;;6;;; comp;4705803..4705877;;caa;;9;;9;;; comp;4705887..4705959;;cac;;17;;17;;; comp;4705977..4706050;;tgg;;7;;7;;; comp;4706058..4706143;;tac;;4;;4;;; comp;4706148..4706223;;aca;;22;;22;;; comp;4706246..4706318;;ttc;;35;;35;;; comp;4706354..4706430;;gac;;15;;15;;; comp;4706446..4706522;;atgf;;25;;25;;; comp;4706548..4706623;;gta;;58;;58;;; comp;4706682..4706753;;gaa;;17;;17;;; comp;4706771..4706862;;tcc;;3;;3;;; comp;4706866..4706941;;aac;;326;326;;;; comp;4707268..4707597;;CDS;;279 544;;;;110; ;;;;;;;;;; comp;4987142..4989934;;CDS;;726;;;;931; comp;4990661..4990731;;gga;;9;;;9;; comp;4990741..4990814;;cca;;22;;;22;; comp;4990837..4990913;;cgt;;5;;;5;; comp;4990919..4990993;;ggc;;10;;;10;; comp;4991004..4991084;;cta;;11;;;11;; comp;4991096..4991171;;aaa;;4;;;4;; comp;4991176..4991250;;caa;;55;;;55;; comp;4991306..4991381;;gta;;11;;;11;; comp;4991393..4991464;;gaa;;11;;;11;; comp;4991476..4991548;;acc;;3;;;3;; comp;4991552..4991627;;aac;;18;;;;; comp;4991646..4991762;;5s;;76;;;;; comp;4991839..4994768;;23s;;129;;;;; comp;4994898..4994973;;gca;;20;;;20;; comp;4994994..4995070;;atc;;38;;;;; comp;4995109..4995225;;5s;;93;;;;; comp;4995319..4996877;;16s;;367;;;;; comp;4997245..4997475;;CDS;;60 140;;;;77; ;;;;;;;;;; comp;5057616..5058803;;CDS;;163;163;;;396;163 comp;5058967..5059083;;5s;;76;;;;; comp;5059160..5062089;;23s;;185;;;;; comp;5062275..5062350;;gca;;89;;;;; comp;5062440..5063998;;16s;;380;;;;; comp;5064379..5066394;;CDS;;647 899;;;;672; ;;;;;;;;;; ;5714294..5714611;;CDS;;206;206;;;106; comp;5714818..5714908;;tcg;;77;77;;;;77 comp;5714986..5715210;;CDS;;;;;;75; </pre> =====ppm plasmide===== *Plasmide<br> <pre> plasmide;pSC2;37.6%GC;51;;;;;;; ;;;;;;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé ;3920..4174;;CDS;;536;536;;;85; ;4711..4803;;agc;+;5;;5;;; ;4809..4883;;tgc;3 aac;63;;63;;; ;4947..5021;;gaa;2 atc;7;;7;;; ;5029..5105;;ctt;2 caa;6;;6;;; ;5112..5186;;cca;2 cca;101;;101;;; ;5288..5361;;tgg;2 cga;4;;4;;; ;5366..5444;;tac;2 gaa;4;;4;;; ;5449..5522;;caa;2 tac;6;;6;;; ;5529..5605;;cac;3 tgg;5;;5;;; ;5611..5686;;gac;;125;;125;;; ;5812..5887;;gga;;10;;10;;; ;5898..5973;;aac;@1;4;;4;;; ;5978..6066;;tac;ctt;9;;9;;; ;6076..6153;;ata;ata;4;;4;;; ;6158..6231;;caa;;4;;4;;; ;6236..6311;;atgi;;5;;5;;; ;6317..6392;;aac;;4;;4;;; ;6397..6470;;tgg;;131;;131;;; ;6602..6678;;gaa;;5;;5;;; ;6684..6757;;ggc;;55;;55;;; ;6813..6885;;ttc;;22;;22;;; ;6908..6983;;cga;;4;;4;;; ;6988..7065;;cca;;5;;5;;; ;7071..7155;;ttg;;5;;5;;; ;7161..7235;;atc;;5;;5;;; ;7241..7317;;atgf;;5;;5;;; ;7323..7398;;gca;;109;;109;;; ;7508..7584;;cga;;3;;3;;; ;7588..7668;;cta;;13;;13;;; ;7682..7758;;atc;;8;;8;;; ;7767..7841;;aac;;4;;4;;; ;7846..7919;;tgg;;33;33;;;;33 ;7953..8324;;CDS;@4;-24;-24;;;124; ;8301..8378;;gac;;8;;8;;; ;8387..8473;;tac;;86;;86;;; ;8560..8632;;aaa;;14;;14;;; ;8647..8720;;gga;;4;;4;;; ;8725..8800;;ttc;;7;;7;;; ;8808..8882;;acg;@2;100;100;;;; comp;8983..9600;;CDS;acg;89;89;;;206; ;9690..9771;;tta;;3;;3;;; ;9775..9849;;aca;;35;35;;;;35 comp;9885..10169;;CDS;;150;;;;95; ;;;;;;;;;; comp;10320..10622;;CDS;;116;116;;;101; ;10739..10813;;aca;;18;18;;;;18 comp;10832..11146;;CDS;;216;;;;105; ;;;;;;;;;; comp;11363..11599;;CDS;;94;94;;;79;94 ;11694..11768;;aga;;103;103;;;; ;11872..12312;;CDS;;195;;;;147; ;;;;;;;;;; comp;12508..12756;;CDS;;293;293;;;83; ;13050..13126;;atc;;72;72;;;;72 ;13199..14083;;CDS;;226;226;;;295; ;;;;;;;;;; ;14310..14385;;tcg;+;8;;8;;; ;14394..14481;;tcc;2 tcg;7;;7;;; ;14489..14563;;ctt;@3;3;;3;;; ;14567..14654;;tcg;tcg;5;;5;;; ;14660..14751;;tca;ctt;119;119;;;;119 ;14871..15080;;CDS;;212044;;;;70; ;;;;;;;;;; comp;227125..227388;;CDS;;444;444;;;88; comp;227833..227903;;gga;;248;248;;;;248 comp;228152..228391;;CDS;;1401;;;;80; ;;;;;;;;;; comp;229793..229999;;CDS;;24;24;;;69;24 comp;230024..230108;;tca;;289;289;;;; comp;230398..230640;;CDS;;231;;;;81; ;;;;;;;;;; comp;230872..231393;;CDS;;161;161;;;174;161 comp;231555..231640;;tta;;977;977;;;; ;232618..233067;;CDS;;277050;;;;150; ;510118..1;;;;;;;;; </pre> =====ppm plasmide MAJ===== <pre> plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2 MAJ;;;plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2;;; 23.10.19 Tanger;;;;;;26.7.19 Paris;;;; ;;49 aas;doubles;intercalaires;;;;51 aas;doubles;intercalaires 3920..4174;;cds hp;;;;3920..4174;;CDS;;536 4711..4803;;agc;+;;;4711..4803;;agc;+;5 4809..4883;;tgc;3 aac;;;4809..4883;;tgc;3 aac;63 4947..5021;;gaa;2 atc;;;4947..5021;;gaa;2 atc;7 5029..5105;;ctt;2 cca;;;5029..5105;;ctt;2 caa;6 5112..5186;;cca;2 cga;;;5112..5186;;cca;2 cca;101 5288..5361;;tgg;2 gaa;;;5288..5361;;tgg;2 cga;4 5366..5441;;tat;3 tgg;7;;5366..5444;;tac;2 gaa;4 5449..5522;;caa;;;;5449..5522;;caa;2 tac;6 5529..5605;;cac;;;;5529..5605;;cac;3 tgg;5 5611..5686;;gac;;;;5611..5686;;gac;;125 5812..5887;;gga;;;;5812..5887;;gga;;10 5898..5973;;aac;@1;;;5898..5973;;aac;@1;4 5978..6066;;tac;ctt;;;5978..6066;;tac;ctt;9 6076..6153;;ata;ata;82;;6076..6153;;ata;ata;4 ;;****;tat;;;6158..6231;;caa;;4 6236..6311;;atgi;;;;6236..6311;;atgi;;5 6317..6392;;aac;;;;6317..6392;;aac;;4 6397..6470;;tgg;;;;6397..6470;;tgg;;131 6602..6678;;gaa;;;;6602..6678;;gaa;;5 6684..6757;;ggc;;;;6684..6757;;ggc;;55 6813..6885;;ttc;;;;6813..6885;;ttc;;22 6908..6980;;cga;;7;;6908..6983;;cga;;4 6988..7065;;cca;;;;6988..7065;;cca;;5 7071..7155;;ttg;;;;7071..7155;;ttg;;5 7161..7235;;atc;;4;;7161..7235;;atc;;5 7240..7317;;atgf;;;;7241..7317;;atgf;;5 7323..7398;;gca;;;;7323..7398;;gca;;109 7508..7584;;cga;;;;7508..7584;;cga;;3 7588..7668;;cta;;;;7588..7668;;cta;;13 7682..7758;;atc;;;;7682..7758;;atc;;8 7767..7841;;aac;;;;7767..7841;;aac;;4 7846..7919;;tgg;;;;7846..7919;;tgg;;33 7953..8324;;cds hp;;;;7953..8324;;CDS;@4;-24 8301..8378;;gac;;;;8301..8378;;gac;;8 8387..8473;;tac;;;;8387..8473;;tac;;86 8560..8632;;aaa;;;;8560..8632;;aaa;;14 8647..8720;;gga;;;;8647..8720;;gga;;4 8725..8800;;ttc;;;;8725..8800;;ttc;;7 8808..8882;;acg;@2;;;8808..8882;;acg;@2;100 8983..9600;;cds hp;acg;;comp;8983..9600;;CDS;acg;89 9690..9771;;tta;;;;9690..9771;;tta;;3 9775..9849;;aca;;;;9775..9849;;aca;;35 9885..10169;;cds hp;;;comp;9885..10169;;CDS;;150 ;;;;;;;;;; 10320..10622;;cds hp;;;comp;10320..10622;;CDS;;116 10739..10813;;aca;;;;10739..10813;;aca;;18 10832..11146;;cds hp;;;comp;10832..11146;;CDS;;216 ;;;;;;;;;; 11363..11599;;cds hp;;;comp;11363..11599;;CDS;;94 11694..11765;;aga;;85;;11694..11768;;aga;;103 11851..12312;;cds rev-trans;;;;11872..12312;;CDS;;195 ;;;;;;;;;; 12508..12756;;cds trans-rg;;442;comp;12508..12756;;CDS;;293 ****;;****;;;;13050..13126;;atc;;72 13199..14083;;cds hp;;;;13199..14083;;CDS;;226 ;;;;;;;;;; 14310..14385;;tcg;+;;;14310..14385;;tcg;+;8 14394..14481;;tcc;2 tcg;;;14394..14481;;tcc;2 tcg;7 14489..14560;;ctt;@3;6;;14489..14563;;ctt;@3;3 14567..14654;;tcg;tcg;;;14567..14654;;tcg;tcg;5 14660..14751;;tca;ctt;;;14660..14751;;tca;ctt;119 14871..15080;;cds hp;;;;14871..15080;;CDS;;212044 ;;;;;;;;;; 227125..227388;;cds hp;;;comp;227125..227388;;CDS;;444 227833..227903;;gga;;;comp;227833..227903;;gga;;248 228152..228391;;cds hp;;;comp;228152..228391;;CDS;;1401 ;;;;;;;;;; 229793..229999;;cds hp;;;comp;229793..229999;;CDS;;24 230024..230108;;tca;;783;comp;230024..230108;;tca;;289 ****;;****;;;comp;230398..230640;;CDS;;231 ;;;;;;;;;; 230872..231393;;;cds hp;;comp;230872..231393;;CDS;;161 231558..231640;;tta;;;comp;231555..231640;;tta;;977 232618..233067;;cds hp;;;;232618..233067;;CDS;;277050 510118..1;;;;;;510118..1;;;; </pre> ====ppm cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_cumuls|ppm cumuls]] *Chromosome<br> <pre> Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; ;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;; ;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd avec rRNA;opérons;13;1;1;0;1;0;100;8;5;40;0 ;16 23 5s 0;7;20;12;46;50;1;200;20;17;60;1 ;16 5 atc gca;2;40;3;15;100;4;300;10;6;80;2 ;16 23 5s a;3;60;1;2;150;8;400;13;9;100;2 ;max a;21;80;0;1;200;6;500;7;4;120;2 ;a doubles;0;100;1;0;250;15;600;2;0;140;3 ;16 gca 23 5s ;1;120;0;1;300;5;700;1;0;160;3 ;total aas;73;140;0;0;350;3;800;1;1;180;2 sans ;opérons;19;160;0;0;400;5;900;0;0;200;1 ;1 aa;15;180;0;0;450;4;1000;1;0;220;3 ;max a;15;200;0;0;500;2;1100;0;0;240;2 ;a doubles;0;;0;0;;11;;1;0;;1 ;total aas;37;;18;65;;64;;64;42;;22 total aas;;110;moyenne;20;17;;193;;292;229;;150 remarques;;1;variance;21;17;;73;;234;123;;58 jaune;;;;;;;sans;;;sans;; </pre> *Plasmide<br> <pre> Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;; plasmide;;;;;;;;;;;; ;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;; ;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd avec rRNA;opérons;0;1;0;;1;1;60;0;;40;4 ;16 23 5s 0;;20;33;;50;4;80;4;;60;0 ;16 5 atc gca;;40;1;;100;4;100;5;;80;1 ;16 23 5s a;;60;1;;150;3;120;2;;100;1 ;max a;;80;1;;200;1;140;1;;120;1 ;a doubles;;100;1;;250;2;160;2;;140;0 ;16 gca 23 5s ;;120;2;;300;2;180;1;;160;0 ;total aas;;140;2;;350;0;200;0;;180;1 sans ;opérons;10;160;0;;400;0;220;1;;200;0 ;1 aa;6;180;0;;450;1;240;0;;220;0 ;max a;32;200;0;;500;0;260;0;;240;0 ;a doubles;2;;0;;;2;;1;;;1 ;total aas;51;;41;;;20;;17;;;9 total aas;;51;moyenne;6;;;126;;102;;;89 remarques;;3;variance;3;;;92;;32;;;77 ;jaune;;;sans;;;sans;;sans;;; </pre> ====ppm blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_blocs|ppm blocs]] <pre> ppm blocs;;;;;;; cds;392;;cds;1116;;cds;493 $16s;207;;$16s;207;;$16s;400 $23s;76;;$23s;76;;$23s;76 $5s;34;;$5s;82;;$5s;18 atc;22;;gca;4;;aac;3 19aas;*;;15aas;*;;9aas;* gga;'''204’;;gga;1133;;cca;107 cds;;;cds;;;cds; ;;;;;;; cds;367;;cds;412;;cds;380 $16s;93;;$16s;108;;$16s;89 $5s;38;;$5s;39;;gca;185 atc;20;;atc;20;;$23s;76 gca;129;;gca;128;;$5s;163 $23s;76;;$23s;130;;cds; $5s;18;;agc;28;;; aac;3;;6aas;*;;; 9aas;*;;aaa;154;;; gga;726;;cds;;;; cds;;;;;;; ;;;;;;; cds;327;'''616’;524;611;449;540;426 $16s;280;207;207;208;221;400;343 $23s;143;76;76;75;76;143;144 $5s;232;343;629;'''183’;216;'''236’;156 cds;;;;;;; ;;;;;;; $5s;constant;39 aas;117 pbs;;;; </pre> ====ppm distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_distribution|ppm distribution]] *Chromosome <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;2;tac;3;tgc;1 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;4;agc;2 ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;4 gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;4 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;5;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;2;gaa;4;gga;3 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;;;;;;;;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ppm;;15;;;;;15;;ppm;22;;;;;;22;;;;;;;;;;;ppm;;;;68;;;68 </pre> *Plasmide <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;3;tgc;1 atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;3;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;2 gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;2;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ppm;;6;;;;;6;;ppm;45;;;;;;45 </pre> ====ppm données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_données_intercalaires|ppm données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ppm;fx;fc;ppm;fx40;fc40;ppm;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;19;0;0;19;-1;0;59;90;259;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;16;226;1;0;46;-2;0;0;145;204;98;;gca;28;;agc;7;;cca ;0;20;20;240;2;2;33;-3;0;0;157;94;tRNA 23s;;;10;;atgj;12;;ttg ;0;30;11;212;3;0;22;-4;7;229;226;122;129;;gca;4;;gta;5;;cgt ;0;40;16;141;4;2;28;-5;0;0;1133;246;130;;gca;19;;aca;38;;ggc ;1;50;22;136;5;4;25;-6;0;0;73;262;186;;gca;77;;gac;28;;aaa ;0;60;16;103;6;3;17;-7;0;6;44;148;5s tRNA;;;9;;ttc;26;;gac ;0;70;33;103;7;0;14;-8;2;76;165;130;39;;atc;7;;tac;30;;atgf ;2;80;46;105;8;3;12;-9;1;0;107;244;34;;atc;**;;aaa;9;;gta ;1;90;60;114;9;0;13;-10;1;4;265;520;82;;gca;22;;atc;17;;gaa 2;0;100;49;98;10;2;16;-11;2;27;129;381;2* 18;;aac;4;;gca;3;;tcc ;2;110;51;110;11;3;12;-12;1;0;213;91;38;;atc;34;;aac;**;;aac ;0;120;58;96;12;2;31;-13;1;1;270;222;23s tRNA;;;3;;atgj;9;;gga 3;2;130;54;91;13;2;25;-14;0;22;123;139;131;;agc;31;;agc;22;;cca 1;0;140;45;93;14;2;30;-15;0;0;107;279;tRNA tRNA;;intra;6;;gaa;5;;cgt 1;1;150;53;69;15;2;23;-16;1;1;214;504;2* 20;;atc gca;10;;gta;10;;ggc ;1;160;43;87;16;2;29;-17;1;18;1861;249;tRNA tRNA;;;25;;atgf;11;;cta ;1;170;40;88;17;3;21;-18;0;0;2208;247;1;;aac;50;;gac;4;;aaa 1;0;180;29;79;18;1;22;-19;0;1;726;122;**;;agc;25;;ttc;55;;caa ;0;190;32;84;19;1;21;-20;1;15;77;238;86;;gaa;5;;aca;11;;gta ;0;200;35;74;20;2;26;-21;0;0;;207;15;;aaa;16;;tac;11;;gaa 3;0;210;40;54;21;1;20;-22;0;1;;174;**;;ctc;18;;cac;3;;acc ;2;220;35;56;22;0;21;-23;0;11;;206;11;;gcc;4;;caa;**;;aac 1;1;230;36;62;23;1;22;-24;0;1;CDS 16s;;**;;aag;15;;aaa;;; 1;0;240;28;45;24;0;19;-25;0;5;323;612;11;;ttg;6;;ctg;;; 4;0;250;37;44;25;3;16;-26;1;10;408;570;11;;tgc;10;;ggc;;; 1;0;260;16;36;26;0;24;-27;0;0;388;;6;;ggc;26;;tgc;;; 1;2;270;22;28;27;2;25;-28;0;1;520;;9;;caa;22;;cgt;;; 1;0;280;28;44;28;4;20;-29;0;6;607;;17;;cac;9;;cca;;; ;0;290;19;28;29;0;21;-30;0;0;445;;7;;tgg;**;;gga;;; ;0;300;20;22;30;0;24;-31;0;0;536;;4;;tac;4;;gca;;; ;0;310;15;23;31;3;14;-32;2;3;422;;22;;aca;3;;aac;;; ;0;320;14;20;32;1;19;-33;1;0;489;;35;;ttc;19;;tcc;;; ;0;330;10;21;33;2;16;-34;0;1;363;;15;;gac;9;;gaa;;; ;0;340;14;15;34;0;15;-35;0;4;376;;25;;atgf;29;;gta;;; ;0;350;12;22;35;1;14;-36;0;0;16s 23s;;58;;gta;25;;atgf;;; ;0;360;11;20;36;0;20;-37;0;0;290;;17;;gaa;13;;gac;;; ;0;370;11;8;37;2;8;-38;1;1;4* 217;;3;;tcc;4;;aca;;; ;0;380;6;14;38;3;14;-39;0;0;218;;**;;aac;102;;tac;;; 1;0;390;4;18;39;3;12;-40;0;2;231;;;;;4;;caa;;; ;0;400;9;7;40;1;9;-41;1;2;2* 410;;;;;12;;aaa;;; 2;4;reste;151;221;reste;1196;2338;-42;0;0;353;;;;;10;;cta;;; 23;20;total;1267;3176;total;1259;3176;-43;0;0;23s 5s;;;;;5;;ggc;;; 21;16;diagr;1116;2936;diagr;63;819;-44;0;4;6* 77;;;;;12;;cgt;;; 0;0; t30;47;678;;;;-45;1;0;3* 78;;;;;7;;ttg;;; ;;;;;;;;-46;0;0;144;;;;;7;;cca;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;2* 145;;;;;**;;gga;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;16s 5s;;;;;;;;;; ;x;1267;29;0;1296;;;-49;0;1;117;;;;;;;;;; ;c;3157;523;19;3699;;;-50;0;2;102;;;;;;;;;; ;;;;;4995;190;;reste;3;7;5s CDS;;;;;;;;;; ;;;;;;5185;;total;29;523;232;176;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;343;183;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;216;236;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;383;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;163;;;;;;;;;; </pre> =====ppm autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_autres_intercalaires_aas|ppm autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;ppm;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;10545;11633;323;*; ;;rRNA;11957;13510;290;*;1554 ;;rRNA;13801;16726;145;*;2926 ;;rRNA;16872;16988;232;*;117 fin;;CDS;17221;17640;;0; deb;comp;CDS;111496;112530;612;*; ;;rRNA;113143;114696;217;*;1554 ;;rRNA;114914;117842;77;*;2929 ;;rRNA;117920;118036;343;*;117 fin;;CDS;118380;119837;;; deb;;CDS;123186;124469;90;*; ;;tRNA;124560;124648;145;*;tca fin;;CDS;124794;125135;;; deb;;CDS;176747;176944;111;*; ;;ncRNA;177056;177322;155;*; fin;;CDS;177478;179229;;; deb;;CDS;180728;181003;408;*; ;;rRNA;181412;182965;117;*;1554 ;;rRNA;183083;183199;39;*;117 ;;tRNA;183239;183315;20;*;atc ;;tRNA;183336;183411;129;*;gca ;;rRNA;183541;186467;131;*;2927 ;;tRNA;186599;186690;28;*;agc ;;tRNA;186719;186795;10;*;atgj ;;tRNA;186806;186881;4;*;gta ;;tRNA;186886;186961;19;*;aca ;;tRNA;186981;187057;77;*;gac ;;tRNA;187135;187207;9;*;ttc ;;tRNA;187217;187302;7;*;tac ;;tRNA;187310;187382;157;*;aaa fin;;CDS;187540;188682;;; deb;comp;CDS;212745;213326;226;*; ;comp;tRNA;213553;213624;259;*;cgg fin;;CDS;213884;214921;;; deb;;CDS;224658;225137;255;*; ;;tmRNA;225393;225757;618;*; fin;;CDS;226376;227050;;; deb;;CDS;453754;455364;388;*; ;;rRNA;455753;457306;217;*;1554 ;;rRNA;457524;460452;77;*;2929 ;;rRNA;460530;460646;34;*;117 ;;tRNA;460681;460757;22;*;atc ;;tRNA;460780;460855;4;*;gca ;;tRNA;460860;460935;34;*;aac ;;tRNA;460970;461043;3;*;atgj ;;tRNA;461047;461138;31;*;agc ;;tRNA;461170;461241;6;*;gaa ;;tRNA;461248;461323;10;*;gta ;;tRNA;461334;461407;25;*;atgf ;;tRNA;461433;461509;50;*;gac ;;tRNA;461560;461632;25;*;ttc ;;tRNA;461658;461733;5;*;aca ;;tRNA;461739;461824;16;*;tac ;;tRNA;461841;461913;18;*;cac ;;tRNA;461932;462006;4;*;caa ;;tRNA;462011;462086;15;*;aaa ;;tRNA;462102;462189;6;*;ctg ;;tRNA;462196;462270;10;*;ggc ;;tRNA;462281;462351;26;*;tgc ;;tRNA;462378;462454;22;*;cgt ;;tRNA;462477;462550;9;*;cca ;;tRNA;462560;462630;204;*;gga fin;comp;CDS;462835;463938;;; deb;;CDS;465476;466216;520;*; ;;rRNA;466737;468290;217;*;1554 ;;rRNA;468508;471432;78;*;2925 ;;rRNA;471511;471627;176;*;117 fin;comp;CDS;471804;471962;;0; deb;comp;CDS;578235;578336;570;*; ;;rRNA;578907;580460;217;*;1554 ;;rRNA;580678;583605;78;*;2928 ;;rRNA;583684;583800;82;*;117 ;;tRNA;583883;583958;4;*;gca ;;tRNA;583963;584038;3;*;aac ;;tRNA;584042;584133;19;*;tcc ;;tRNA;584153;584224;9;*;gaa ;;tRNA;584234;584309;29;*;gta ;;tRNA;584339;584412;25;*;atgf ;;tRNA;584438;584514;13;*;gac ;;tRNA;584528;584603;4;*;aca ;;tRNA;584608;584693;102;*;tac ;;tRNA;584796;584870;4;*;caa ;;tRNA;584875;584950;12;*;aaa ;;tRNA;584963;585043;10;*;cta ;;tRNA;585054;585128;5;*;ggc ;;tRNA;585134;585210;12;*;cgt ;;tRNA;585223;585302;7;*;ttg ;;tRNA;585310;585386;7;*;cca ;;tRNA;585394;585464;1133;*;gga fin;;CDS;586598;587560;;0; deb;;CDS;609577;609924;73;*; ;;tRNA;609998;610069;94;*;acg fin;comp;CDS;610164;610445;;; deb;;CDS;752841;754124;607;*; ;;rRNA;754732;756285;218;*;1554 ;;rRNA;756504;759429;77;*;2926 ;;rRNA;759507;759623;183;*;117 fin;comp;CDS;759807;760232;;0; deb;;CDS;933311;934681;445;*; ;;rRNA;935127;936680;231;*;1554 ;;rRNA;936912;939838;77;*;2927 ;;rRNA;939916;940032;216;*;117 fin;;CDS;940249;941241;;; deb;;CDS;1462425;1462937;44;*; ;;tRNA;1462982;1463057;1;*;aac ;;tRNA;1463059;1463147;122;*;agc fin;comp;CDS;1463270;1464145;;; deb;comp;CDS;1464220;1464981;246;*; ;;tRNA;1465228;1465299;86;*;gaa ;;tRNA;1465386;1465461;15;*;aaa ;;tRNA;1465477;1465559;165;*;ctc fin;;CDS;1465725;1466180;;; deb;comp;CDS;1467848;1468585;262;*; ;;tRNA;1468848;1468930;148;*;ctc fin;comp;CDS;1469079;1469564;;0; deb;comp;CDS;1583500;1583721;130;*; ;;tRNA;1583852;1583925;244;*;ccc fin;comp;CDS;1584170;1585441;;0; deb;;CDS;1617541;1619682;107;*; ;;tRNA;1619790;1619860;265;*;gga fin;;CDS;1620126;1621163;;; deb;;CDS;1875693;1876160;129;*; ;;tRNA;1876290;1876365;11;*;gcc ;;tRNA;1876377;1876449;520;*;aag fin;comp;CDS;1876970;1877974;;; deb;comp;CDS;1933190;1933630;381;*; ;;tRNA;1934012;1934096;91;*;ctg fin;comp;CDS;1934188;1934718;;0; deb;;CDS;1982038;1982799;58;*; ;;ncRNA;1982858;1983052;216;*; fin;;CDS;1983269;1983661;;0; deb;comp;CDS;2009566;2010102;222;*; ;;tRNA;2010325;2010409;213;*;ctg fin;;CDS;2010623;2011135;;; deb;;CDS;2443744;2448333;536;*; ;;rRNA;2448870;2450423;410;*;1554 ;;rRNA;2450834;2453760;144;*;2927 ;;rRNA;2453905;2454021;236;*;117 fin;comp;CDS;2454258;2455367;;; deb;;CDS;2642172;2643329;422;*; ;;rRNA;2643752;2645305;353;*;1554 ;;rRNA;2645659;2648585;145;*;2927 ;;rRNA;2648731;2648847;383;*;117 fin;;CDS;2649231;2650082;;; deb;comp;CDS;3533806;3534249;139;*; ;;tRNA;3534389;3534460;279;*;gtc fin;comp;CDS;3534740;3535069;;; deb;;CDS;3639395;3639562;504;*; ;comp;tRNA;3640067;3640152;249;*;tta fin;;CDS;3640402;3640560;;; deb;;CDS;3668653;3669450;247;*; ;comp;tRNA;3669698;3669763;270;*;atgj fin;comp;CDS;3670034;3670234;;; deb;;CDS;3724691;3725086;122;*; ;comp;tRNA;3725209;3725282;123;*;atgi fin;comp;CDS;3725406;3725570;;; deb;;CDS;3796407;3797627;286;*; ;comp;ncRNA;3797914;3798312;79;*; fin;comp;CDS;3798392;3798958;;; deb;comp;CDS;4338508;4339209;107;*; ;comp;tRNA;4339317;4339390;7;*;cca ;comp;tRNA;4339398;4339477;12;*;ttg ;comp;tRNA;4339490;4339566;5;*;cgt ;comp;tRNA;4339572;4339646;38;*;ggc ;comp;tRNA;4339685;4339757;28;*;aaa ;comp;tRNA;4339786;4339862;26;*;gac ;comp;tRNA;4339889;4339965;30;*;atgf ;comp;tRNA;4339996;4340071;9;*;gta ;comp;tRNA;4340081;4340152;17;*;gaa ;comp;tRNA;4340170;4340261;3;*;tcc ;comp;tRNA;4340265;4340340;18;*;aac ;comp;rRNA;4340359;4340475;78;*;117 ;comp;rRNA;4340554;4343481;410;*;2928 ;comp;rRNA;4343892;4345445;489;*;1554 fin;comp;CDS;4345935;4347563;;; deb;comp;CDS;4394160;4395092;238;*; ;;tRNA;4395331;4395404;214;*;aga fin;;CDS;4395619;4396383;;0; deb;;CDS;4446278;4447621;207;*; ;comp;tRNA;4447829;4447902;174;*;aga fin;;CDS;4448077;4448370;;0; deb;comp;CDS;4703166;4703687;1861;*; ;comp;tRNA;4705549;4705627;11;*;ttg ;comp;tRNA;4705639;4705713;11;*;tgc ;comp;tRNA;4705725;4705796;6;*;ggc ;comp;tRNA;4705803;4705877;9;*;caa ;comp;tRNA;4705887;4705959;17;*;cac ;comp;tRNA;4705977;4706050;7;*;tgg ;comp;tRNA;4706058;4706143;4;*;tac ;comp;tRNA;4706148;4706223;22;*;aca ;comp;tRNA;4706246;4706318;35;*;ttc ;comp;tRNA;4706354;4706430;15;*;gac ;comp;tRNA;4706446;4706522;25;*;atgf ;comp;tRNA;4706548;4706623;58;*;gta ;comp;tRNA;4706682;4706753;17;*;gaa ;comp;tRNA;4706771;4706862;3;*;tcc ;comp;tRNA;4706866;4706941;2208;*;aac fin;comp;CDS;4709150;4710085;;; deb;comp;CDS;4987142;4989934;726;*; ;comp;tRNA;4990661;4990731;9;*;gga ;comp;tRNA;4990741;4990814;22;*;cca ;comp;tRNA;4990837;4990913;5;*;cgt ;comp;tRNA;4990919;4990993;10;*;ggc ;comp;tRNA;4991004;4991084;11;*;cta ;comp;tRNA;4991096;4991171;4;*;aaa ;comp;tRNA;4991176;4991250;55;*;caa ;comp;tRNA;4991306;4991381;11;*;gta ;comp;tRNA;4991393;4991464;11;*;gaa ;comp;tRNA;4991476;4991548;3;*;acc ;comp;tRNA;4991552;4991627;18;*;aac ;comp;rRNA;4991646;4991762;77;*;117 ;comp;rRNA;4991840;4994767;130;*;2928 ;comp;tRNA;4994898;4994973;20;*;gca ;comp;tRNA;4994994;4995070;38;*;atc ;comp;rRNA;4995109;4995225;102;*;117 ;comp;rRNA;4995328;4996881;363;*;1554 fin;comp;CDS;4997245;4997475;;; deb;comp;CDS;5057616;5058803;163;*; ;comp;rRNA;5058967;5059083;77;*;117 ;comp;rRNA;5059161;5062088;186;*;2928 ;comp;tRNA;5062275;5062350;98;*;gca ;comp;rRNA;5062449;5064002;376;*;1554 fin;comp;CDS;5064379;5066394;;; deb;;CDS;5714294;5714611;206;*; ;comp;tRNA;5714818;5714908;77;*;tcg fin;comp;CDS;5714986;5715210;;; </pre> ===pmq=== ====pmq opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq opérons|pmq opérons]] <pre> 58.3%GC;24.7.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Paenibacillus mucilaginosus 3016;;;;;;;;; ;9206..10276;CDS;;322;322;;;357; ;10599..12139;16s;;269;;;;; ;12409..15343;23s;;95;;;;; ;15439..15555;5s;;178;178;;;;178 ;15734..17190;CDS;;3061;;;;486; ;;;;;;;;; ;20252..21532;CDS;;47;47;;;427;47 ;21580..21666;tca;;140;140;;;; ;21807..22157;CDS hp;@1;17;;;;117; ;22175..22357;CDS hp;;23;;;;*61; ;22381..22524;CDS hp;;86;;;;*48; comp;22611..22796;CDS hp;;138;;;;*62; comp;22935..25265;CDS replicase;;156;;;;*777; ;;;;;;;;; ;25422..26165;CDS;;220;220;;;248; comp;26386..26460;cgg;;183;183;;;;183 ;26644..27168;CDS;;151287;;;;175; ;;;;;;;;; ;178456..179454;CDS;;298;298;;;333; ;179753..181299;16s;;254;;;;; ;181554..184488;23s;;168;;;;; ;184657..184773;5s;;15;;;;; ;184789..184876;agc;;29;;;29;; ;184906..184982;atgj;;39;;;39;; ;185022..185097;gta;;15;;;15;; ;185113..185189;atgf;;14;;;14;; ;185204..185280;gac;;48;;;48;; ;185329..185404;ttc;;5;;;5;; ;185410..185485;aca;;9;;;9;; ;185495..185579;tac;;15;;;15;; ;185595..185670;aaa;;183;183;;;;183 comp;185854..187104;CDS;;30460;;;;417; ;;;;;;;;; comp;217565..218146;CDS;;129;129;;;194;129 comp;218276..218350;cgg;;261;261;;;; ;218612..219643;CDS;;34238;;;;344; ;;;;;;;;; ;253882..254526;CDS;;677;*677;;;215; ;255204..256745;16s;;268;;;;; ;257014..259948;23s;;95;;;;; ;260044..260160;5s;;55;;;;; ;260216..260292;atc;;19;;;19;; ;260312..260387;gca;+;16;;;16;; ;260404..260475;gaa;2 gca;9;;;9;; ;260485..260569;tac;;20;;;20;; ;260590..260665;aac;;3;;;3;; ;260669..260744;gta;;19;;;19;; ;260764..260840;gac;;20;;;20;; ;260861..260933;ttc;;15;;;15;; ;260949..261021;aaa;;10;;;10;; ;261032..261118;ctg;;3;;;3;; ;261122..261196;ggc;;12;;;12;; ;261209..261280;tgc;;15;;;15;; ;261296..261369;cgt;;5;;;5;; ;261375..261448;cca;;158;;;*158;; ;261607..261682;gca;;4;;;4;; ;261687..261759;acc;;5;;;5;; ;261765..261854;tcg;;19;;;19;; ;261874..261961;agc;;17;;;17;; ;261979..262054;gtc;;5;;;5;; ;262060..262134;acg;;39;;;39;; ;262174..262262;tcc;;41;;;41;; ;262304..262386;ctc;;283;283;;;;*283 ;262670..263515;CDS;;314679;;;;282; ;;;;;;;;; ;578195..579055;CDS;;324;324;;;287; ;579380..580921;16s;;258;;;;; ;581180..584114;23s;;166;;;;; ;584281..584397;5s;;31;;;;; ;584429..584505;aac;;6;;;6;; ;584512..584600;tcc;;38;;;38;; ;584639..584710;gaa;;11;;;11;; ;584722..584797;gta;;17;;;17;; ;584815..584891;atgf;;15;;;15;; ;584907..584983;gac;;67;;;67;; ;585051..585125;acg;;11;;;11;; ;585137..585212;cac;;10;;;10;; ;585223..585297;caa;;5;;;5;; ;585303..585378;aaa;;17;;;17;; ;585396..585470;ggc;+;40;;;40;; ;585511..585585;ggc;2 ggc;24;;;24;; ;585610..585692;ttg;;5;;;5;; ;585698..585774;cca;;19;;;19;; ;585794..585867;gga;;1;;;1;; ;585869..585942;aga;;187;187;;;;187 ;586130..586885;CDS;;85587;;;;252; ;;;;;;;;; ;672473..672949;CDS;;18;18;;;159;18 ;672968..673043;aac;;7;;7;;; ;673051..673138;agc;@2;297;;297;;; ;673436..673507;gaa;;9;;9;;; ;673517..673599;ctc;;180;180;;;; ;673780..674199;CDS;;182;;;;140; ;;;;;;;;; ;674382..675278;CDS;;159;159;;;299; ;675438..675520;ctc;;64;64;;;;64 ;675585..675833;CDS;;18450;;;;83; ;;;;;;;;; ;694284..695636;CDS;;797;*797;;;451; ;696434..697974;16s;;261;;;;; ;698236..701170;23s;;94;;;;; ;701265..701381;5s;;43;;;;; ;701425..701498;atc;;11;;;11;; ;701510..701584;gaa;;5;;;5;; ;701590..701665;gtc;;5;;;5;; ;701671..701747;atgf;;4;;;4;; ;701752..701825;tgg;;9;;;9;; ;701835..701909;caa;;8;;;8;; ;701918..701990;aaa;;18;;;18;; ;702009..702095;ctg;;4;;;4;; ;702100..702174;ggc;;11;;;11;; ;702186..702259;cgt;;12;;;12;; ;702272..702348;cca;;577;*577;;;;*577 ;702926..703120;CDS;;370320;;;;65; ;;;;;;;;; ;1073441..1074214;CDS;;373;373;;;258; ;1074588..1076136;16s;;260;;;;; ;1076397..1079331;23s;;168;;;;; ;1079500..1079616;5s;;9;;;;; ;1079626..1079701;aac;;6;;;6;; ;1079708..1079796;tcc;;38;;;38;; ;1079835..1079906;gaa;;11;;;11;; ;1079918..1079993;gta;;17;;;17;; ;1080011..1080087;atgf;;13;;;13;; ;1080101..1080177;gac;;49;;;49;; ;1080227..1080302;ttc;;4;;;4;; ;1080307..1080382;aca;;13;;;13;; ;1080396..1080481;tac;;8;;;8;; ;1080490..1080560;tgg;;13;;;13;; ;1080574..1080649;cac;;26;;;26;; ;1080676..1080747;caa;;9;;;9;; ;1080757..1080831;ggc;;12;;;12;; ;1080844..1080917;tgc;;10;;;10;; ;1080928..1081016;tta;;20;;;20;; ;1081037..1081113;cgt;;3;;;3;; ;1081117..1081199;ttg;;147;147;;;;147 ;1081347..1081973;CDS;;128630;;;;209; ;;;;;;;;; ;1210604..1213519;CDS;;354;354;;;972; ;1213874..1213949;gca;;16;;16;;; ;1213966..1214037;gaa;;12;;12;;; ;1214050..1214125;gta;;16;;16;;; ;1214142..1214218;gac;;17;;17;;; ;1214236..1214311;cac;;9;;9;;; ;1214321..1214395;caa;;9;;9;;; ;1214405..1214477;aaa;;8;;8;;; ;1214486..1214572;ctg;;3;;3;;; ;1214576..1214647;ggc;;169;169;;;;169 comp;1214817..1215602;CDS;;378784;;;;262; ;;;;;;;;; ;1594387..1594665;CDS;;537;*537;;;93; ;1595203..1596743;16s;;252;;;;; ;1596996..1599930;23s;;94;;;;; ;1600025..1600141;5s;;43;;;;; ;1600185..1600261;atc;;19;;;19;; ;1600281..1600356;gca;;17;;;17;; ;1600374..1600445;gaa;;8;;;8;; ;1600454..1600529;gta;+;5;;;5;; ;1600535..1600610;aca;2 gta;10;;;10;; ;1600621..1600705;tac;;18;;;18;; ;1600724..1600799;aac;;4;;;4;; ;1600804..1600879;gta;;21;;;21;; ;1600901..1600977;atgf;;12;;;12;; ;1600990..1601066;gac;;34;;;34;; ;1601101..1601176;cac;;13;;;13;; ;1601190..1601264;caa;;8;;;8;; ;1601273..1601345;aaa;;17;;;17;; ;1601363..1601448;ctc;;13;;;13;; ;1601462..1601548;ctg;;5;;;5;; ;1601554..1601628;ggc;;14;;;14;; ;1601643..1601713;tgc;;10;;;10;; ;1601724..1601797;cgt;;5;;;5;; ;1601803..1601876;cca;;105;105;;;;105 ;1601982..1602245;CDS;;232535;;;;88; ;;;;;;;;; ;1834781..1835260;CDS;;106;106;;;160;106 ;1835367..1835439;gcc;;137;137;;;; comp;1835577..1835978;CDS;;371114;;;;134; ;;;;;;;;; comp;2207093..2208091;CDS;;192;192;;;333;192 ;2208284..2208367;ctg;+;49;;49;;; ;2208417..2208500;ctg;2 ctg;315;315;;;; ;2208816..2209952;CDS;;1246561;;;;379; ;;;;;;;;; ;3456514..3456786;CDS;;256;256;;;91; ;3457043..3457119;ccc;;142;142;;;;142 ;3457262..3457483;CDS;;1547757;;;;74; ;;;;;;;;; comp;5005241..5005426;CDS;;127;127;;;62;127 comp;5005554..5005636;ctc;;40;;40;;; comp;5005677..5005765;tcc;;13;;13;;; comp;5005779..5005852;atg;;19;;19;;; comp;5005872..5005958;tcg;;167;167;;;; ;5006126..5006220;ncRNA;;1377035;;;;32; ;;;;;;;;; comp;6383256..6384173;CDS;;228;228;;;306; ;6384402..6384477;gtc;;69;69;;;;69 comp;6384547..6385458;CDS;;5453;;;;304; ;;;;;;;;; comp;6390912..6391130;CDS;;142;142;;;73;142 comp;6391273..6391358;tta;;7;;7;;; comp;6391366..6391442;atgi;;19;;19;;; comp;6391462..6391538;atgf;;370;370;;;; comp;6391909..6392460;CDS;;962046;;;;184; ;;;;;;;;; ;7354507..7354737;CDS;;342;342;;;77;*342 comp;7355080..7355162;ctc;;28;;;28;; comp;7355191..7355279;tcc;;12;;;12;; comp;7355292..7355368;atgf;;14;;;14;; comp;7355383..7355459;atgj;;14;;;14;; comp;7355474..7355561;agc;;8;;;8;; comp;7355570..7355659;tcg;;4;;;4;; comp;7355664..7355736;acc;;4;;;4;; comp;7355741..7355816;gca;;119;;;;; ;7355936..7356030;ncRNA;@3;36;;;;; comp;7356067..7356140;cca;;6;;;6;; comp;7356147..7356220;cgt;;104;;;*104;; comp;7356325..7356396;ggc;;7;;;7;; comp;7356404..7356490;ctg;;9;;;9;; comp;7356500..7356572;aaa;;9;;;9;; comp;7356582..7356656;caa;;9;;;9;; comp;7356666..7356741;cac;;17;;;17;; comp;7356759..7356835;gac;;12;;;12;; comp;7356848..7356923;gta;;4;;;4;; comp;7356928..7357003;aac;;15;;;15;; comp;7357019..7357103;tac;;8;;;8;; comp;7357112..7357187;aca;;5;;;5;; comp;7357193..7357264;gaa;;15;;;15;; comp;7357280..7357355;gcc;;9;;;9;; comp;7357365..7357438;atc;;54;;;;; comp;7357493..7357609;5s;;112;;;;; comp;7357722..7360655;23s;;258;;;;; comp;7360914..7362454;16s;;403;*403;;;; ;7362858..7363397;CDS;;254752;;;;180; ;;;;;;;;; ;7618150..7618842;CDS;;280;280;;;231;*280 comp;7619123..7619193;ggg;;335;335;;;; ;7619529..7620461;CDS;;46171;;;;311; ;;;;;;;;; comp;7666633..7668069;CDS;;104;104;;;479;104 comp;7668174..7668244;ggg;;5;;;5;; comp;7668250..7668326;cca;;106;;;*106;; comp;7668433..7668506;cgt;;11;;;11;; comp;7668518..7668592;ggc;;5;;;5;; comp;7668598..7668684;ctg;;13;;;13;; comp;7668698..7668783;ctc;;16;;;16;; comp;7668800..7668872;aaa;;10;;;10;; comp;7668883..7668967;tac;;28;;;28;; comp;7668996..7669071;ttc;;12;;;;; comp;7669084..7669200;5s;;159;;;;; comp;7669360..7672297;23s;;256;;;;; comp;7672554..7674095;16s;;537;*537;;;; ;7674633..7675382;CDS;;177794;;;;250; ;;;;;;;;; comp;7853177..7853761;CDS;;57;57;;;195;57 comp;7853819..7853892;cac;;230;;230;;; comp;7854123..7854196;cac;;404;*404;;;; comp;7854601..7854801;CDS;;245639;;;;67; ;;;;;;;;; comp;8100441..8100854;CDS;;123;123;;;138;123 comp;8100978..8101094;5s;;167;;;;; comp;8101262..8104180;23s;;248;;;;; comp;8104429..8105969;16s;;325;325;;;; comp;8106295..8106636;CDS;;45281;;;;114; ;;;;;;;;; comp;8151918..8152448;CDS;;460;*460;;;177;*460 comp;8152909..8153031;5s;;94;;;;; comp;8153126..8156060;23s;;258;;;;; comp;8156319..8157859;16s;;456;*456;;;; ;8158316..8158642;CDS;;98285;;;;109; ;;;;;;;;; ;8256928..8257746;CDS;;83;83;;;273;83 comp;8257830..8257903;gga;;5;;;5;; comp;8257909..8257985;cca;;16;;;16;; comp;8258002..8258078;cgt;;4;;;4;; comp;8258083..8258157;ggc;;8;;;8;; comp;8258166..8258248;cta;;42;;;42;; comp;8258291..8258366;aaa;;8;;;8;; comp;8258375..8258449;caa;;9;;;9;; comp;8258459..8258532;tgg;;4;;;4;; comp;8258537..8258613;atgf;;5;;;5;; comp;8258619..8258694;gtc;;5;;;5;; comp;8258700..8258774;gaa;;11;;;11;; comp;8258786..8258859;atc;;43;;;;; comp;8258903..8259019;5s;;94;;;;; comp;8259114..8262048;23s;;255;;;;; comp;8262304..8263845;16s;;306;306;;;; comp;8264152..8264370;CDS;;58373;;;;73; ;;;;;;;;; comp;8322744..8323205;CDS;;393;393;;;154;*393 comp;8323599..8323715;5s;;94;;;;; comp;8323810..8326748;23s;;258;;;;; comp;8327007..8328547;16s;;369;369;;;; comp;8328917..8330413;CDS;;21505;;;;499; ;;;;;;;;; comp;8351919..8354414;CDS;;396;396;;;832; comp;8354811..8354884;atg;;149;149;;;;149 comp;8355034..8355537;CDS;;34450;;;;168; ;;;;;;;;; ;8389988..8390512;CDS;;296;296;;;175;*296 comp;8390809..8390925;5s;;94;;;;; comp;8391020..8393954;23s;;259;;;;; comp;8394214..8395754;16s;;234;234;;;; comp;8395989..8396255;CDS;;220222;;;;89; ;;;;;;;;; comp;8616478..8616924;CDS;;417;*417;;;149; ;8617342..8617418;gac;;157;157;;;;157 ;8617576..8618541;CDS;;105821;;;;322; ;;;;;;;;; ;8724363..8724614;CDS;;455;*455;;;84; comp;8725070..8725160;tcg;;165;165;;;;165 comp;8725326..8725559;CDS;;9205;;;;78; ;;opéron;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd </pre> ====pmq cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_cumuls|pmq cumuls]] <pre> pmq;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cds dirigé;gammes;cdsa;cdsd avec rRNA;opérons;14;1;0;1;1;0;1;0;100;15;8 ;16 23 5s 0;5;20;14;107;50;3;20;1;200;18;10 ;16 atc gca;0;40;1;12;100;4;40;0;300;12;6 ;16 23 5s a;9;60;1;4;150;11;60;2;400;9;3 ;max a;23;80;0;1;200;11;80;2;500;6;4 ;a doubles;3;100;0;0;250;3;100;1;600;0;0 ;spéciaux;0;120;0;2;300;6;120;3;700;0;0 ;total aas;138;140;0;0;350;7;140;3;800;0;0 sans ;opérons;17;160;0;1;400;6;160;5;900;1;0 ;1 aa;11;180;0;0;450;3;180;3;1000;1;0 ;max a;9;200;0;0;500;3;200;4;1100;0;0 ;a doubles;1;;2;0;;5;;7;;0;0 ;total aas;35;;18;128;;62;;31;;62;31 total aas;;173;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;16;;;;;;235;213 ;;;variance;;20;;;;;;184;122 sans jaune;;;moyenne;16;14;;207;;126;;; ;;;variance;12;11;;106;;49;;; </pre> ====pmq blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_blocs|pmq blocs]] <pre> Les blocs à rRNAs pmq;;;;; CDS;298;324;373;12; 16s;254;258;260;159; 23s;168;166;168;256; 5s;15;31;9;537; 1er aa;agc;aac;aac;ttc; aas;9;16;17;9; CDS;183;187;147;104; ;;;;; CDS;677;797;537;54;43 16s;268;261;252;112;94 23s;95;94;94;258;255 5s;55;43;43;403;306 atc / aas;22;11;19;23;12 CDS;283;577;105;342;83 ;;;;; CDS;322;123;460;393;296 16s;269;167;94;94;94 23s;95;248;258;258;259 5s;178;325;456;369;234 </pre> ====pmq distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_distribution|pmq distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ggc2 5s;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;4;tac;6;tgc;3 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;2;aac;5;agc;3 ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;4;cgt;7 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;3;gcc;1;gac;6;ggc;9 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;8;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;7;caa;6;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;1;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;4;gaa;7;gga;2 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;2;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total pmq;;11;;;;;11;;pmq;22;;;;;;22;;pmq;2;;;;;;2;;pmq;;;;138;;;138 </pre> ====pmq données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_données_intercalaires|pmq données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;pmq;fx;fc;pmq;fx40;fc40;pmq;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;5;26;0;5;26;-1;0;80;47;222;23s 5s;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;15;298;1;1;52;-2;3;0;137;183;2* 97;;;29;;agc;11;;atc;28;;ctc ;1;20;15;336;2;1;46;-3;0;1;129;183;2* 170;;;39;;atgj;5;;gaa;12;;tcc ;0;30;22;273;3;1;35;-4;11;384;283;261;168;;;15;;gta;5;;gtc;14;;atgf ;0;40;16;249;4;1;34;-5;0;1;187;169;6* 96;;;14;;atgf;4;;atgf;14;;atgj ;1;50;22;194;5;1;28;-6;3;1;18;137;113;;;48;;gac;9;;tgg;8;;agc ;0;60;24;156;6;1;32;-7;0;5;180;192;161;;;5;;ttc;8;;caa;4;;tcg ;1;70;32;142;7;2;28;-8;0;76;159;228;169;;;9;;aca;18;;aaa;4;;acc 1;1;80;47;168;8;2;12;-9;1;0;64;72;5s CDS;;;15;;tac;7;;ctg;;119;gca 1;1;90;44;163;9;4;10;-10;1;8;577;342;178;296;;**;;aaa;11;;ggc;;36;ncRNA ;0;100;53;148;10;1;21;-11;2;32;150;280;123;;;19;;atc;12;;cgt;6;;cca ;3;110;53;123;11;1;23;-12;0;0;354;335;460;;;16;;gca;**;;cca;104;;cgt ;0;120;61;117;12;0;38;-13;0;7;105;86;393;;;9;;gaa;6;;aac;7;;ggc ;1;130;77;120;13;1;43;-14;2;27;106;417;5s tRNA;;;20;;tac;38;;tcc;9;;ctg 1;1;140;60;95;14;1;45;-15;0;0;315;455;15;;agc;3;;aac;11;;gaa;9;;aaa ;4;150;64;119;15;3;39;-16;0;5;256;;55;;atc;19;;gta;17;;gta;9;;caa ;2;160;67;87;16;2;34;-17;2;17;142;;54;;atc;20;;gac;13;;atgf;17;;cac 1;1;170;75;94;17;1;25;-18;0;0;394;;3* 43;;atc;15;;ttc;49;;gac;12;;gac ;1;180;66;111;18;3;36;-19;0;1;142;;9;;aac;10;;aaa;4;;ttc;4;;gta 2;1;190;81;93;19;3;29;-20;1;14;75;;31;;aac;3;;ctg;13;;aca;15;;aac 1;0;200;65;94;20;0;24;-21;0;0;104;;12;;ttc;12;;ggc;8;;tac;8;;tac ;0;210;65;86;21;6;37;-22;1;5;84;;tRNA tRNA;;;15;;tgc;13;;tgg;5;;aca ;0;220;58;86;22;1;32;-23;0;13;404;;7;;aac;5;;cgt;26;;cac;15;;gaa 2;0;230;52;79;23;3;23;-24;0;0;396;;297;;agc;158;;cca;9;;caa;9;;gcc ;0;240;54;87;24;2;45;-25;1;3;149;;9;;gaa;4;;gca;12;;ggc;**;;atc ;0;250;47;74;25;0;28;-26;3;13;157;;**;;ctc;5;;acc;10;;tgc;5;;ggg ;1;260;41;66;26;5;15;-27;0;0;165;;16;;gca;19;;tcg;20;;tta;106;;cca 1;0;270;43;60;27;2;24;-28;0;0;CDS 16s;;12;;gaa;17;;agc;3;;cgt;11;;cgt 1;0;280;35;59;28;2;14;-29;0;8;318;399;16;;gta;5;;gtc;**;;ttg;5;;ggc ;1;290;30;44;29;0;25;-30;0;0;299;533;17;;gac;39;;acg;19;;atc;13;;ctg ;0;300;23;35;30;1;30;-31;0;2;673;;9;;cac;41;;tcc;17;;gca;16;;ctc ;0;310;35;45;31;0;26;-32;1;8;320;;9;;caa;**;;ctc;8;;gaa;10;;aaa ;1;320;28;32;32;2;20;-33;0;0;793;;8;;aaa;10;;aac;5;;gta;28;;tac ;0;330;28;41;33;1;26;-34;1;2;377;;3;;ctg;38;;tcc;10;;aca;**;;ttc 1;0;340;21;27;34;3;20;-35;1;6;533;;**;;ggc;11;;gaa;18;;tac;5;;gga 1;0;350;25;33;35;1;31;-36;2;0;321;;49;;ctg;17;;gta;4;;aac;16;;cca ;1;360;19;22;36;1;23;-37;0;2;272;;**;;ctg;15;;atgf;21;;gta;4;;cgt ;0;370;14;26;37;3;24;-38;0;2;302;;40;;ctc;67;;gac;12;;atgf;8;;ggc ;0;380;12;32;38;1;24;-39;0;0;365;;13;;tcc;11;;acg;34;;gac;42;;cta ;0;390;15;24;39;2;27;-40;0;1;230;;19;;atgj;10;;cac;13;;cac;8;;aaa ;2;400;10;26;40;2;28;-41;0;5;16s 23s;;**;;tcg;5;;caa;8;;caa;9;;caa 2;2;reste;266;353;reste;1812;3361;-42;0;0;2* 280;;7;;tta;17;;aaa;17;;aaa;4;;tgg 15;27;total;1885;4543;total;1885;4543;-43;0;0;266;;19;;atgi;40;;ggc;13;;ctc;5;;atgf 13;25;diagr;1614;4164;diagr;68;1156;-44;1;3;272;;**;;atgf;24;;ggc;5;;ctg;5;;gtc 0;1; t30;52;907;;;;-45;0;0;271;;230;;cac;8;;ttg;14;;ggc;11;;gaa ;;;;;;;;-46;0;1;263;;**;;cac;19;;cca;10;;tgc;**;;atc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;4* 269;;;;;1;;gga;5;;cgt;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;268;;;;;**;;aga;**;;cca;;; ;x;1880;42;5;1927;;;-49;0;2;259;;;;;;;;;;;;; ;c;4517;753;26;5296;;;-50;0;1;267;;;;;;;;;;;;; ;;;;;7223;256;;reste;5;16;270;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;7479;;total;42;753;;;;;;;;;;;;;; </pre> =====pmq autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires_aas|pmq autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;pmq;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;9206;318;; ;rRNA;10595;280;;16s ;rRNA;12412;97;;23s ;rRNA;15439;178;;5s fin;CDS;15734;;; deb;CDS;20252;47;; ;tRNA;21580;137;;tca fin;CDS;21807;;; deb;CDS;25422;222;; ;tRNA;26388;183;comp;cgg fin;CDS;26644;;; deb;CDS;178456;299;; ;rRNA;179754;266;;16s ;rRNA;181557;170;;23s ;rRNA;184657;15;;5s ;tRNA;184789;29;;agc ;tRNA;184906;39;;atgj ;tRNA;185022;15;;gta ;tRNA;185113;14;;atgf ;tRNA;185204;48;;gac ;tRNA;185329;5;;ttc ;tRNA;185410;9;;aca ;tRNA;185495;15;;tac ;tRNA;185595;183;;aaa fin;CDS;185854;;comp; deb;CDS;217565;129;comp; ;tRNA;218276;261;comp;cgg fin;CDS;218612;;; deb;CDS;230970;186;; ;tmRNA;231642;140;; fin;CDS;232145;;; deb;CDS;253921;673;; ;rRNA;255200;280;;16s ;rRNA;257017;97;;23s ;rRNA;260044;55;;5s ;tRNA;260216;19;;atc ;tRNA;260312;16;;gca ;tRNA;260404;9;;gaa ;tRNA;260485;20;;tac ;tRNA;260590;3;;aac ;tRNA;260669;19;;gta ;tRNA;260764;20;;gac ;tRNA;260861;15;;ttc ;tRNA;260949;10;;aaa ;tRNA;261032;3;;ctg ;tRNA;261122;12;;ggc ;tRNA;261209;15;;tgc ;tRNA;261296;5;;cgt ;tRNA;261375;158;;cca ;tRNA;261607;4;;gca ;tRNA;261687;5;;acc ;tRNA;261765;19;;tcg ;tRNA;261874;17;;agc ;tRNA;261979;5;;gtc ;tRNA;262060;39;;acg ;tRNA;262174;41;;tcc ;tRNA;262304;283;;ctc fin;CDS;262670;;; deb;CDS;578195;320;; ;rRNA;579376;269;;16s ;rRNA;581183;168;;23s ;rRNA;584281;31;;5s ;tRNA;584429;10;;aac ;tRNA;584512;38;;tcc ;tRNA;584639;11;;gaa ;tRNA;584722;17;;gta ;tRNA;584815;15;;atgf ;tRNA;584907;67;;gac ;tRNA;585051;11;;acg ;tRNA;585137;10;;cac ;tRNA;585223;5;;caa ;tRNA;585303;17;;aaa ;tRNA;585396;40;;ggc ;tRNA;585511;24;;ggc ;tRNA;585610;8;;ttg ;tRNA;585698;19;;cca ;tRNA;585794;1;;gga ;tRNA;585869;187;;aga fin;CDS;586130;;; deb;CDS;672473;18;; ;tRNA;672968;7;;aac ;tRNA;673051;297;;agc ;tRNA;673436;9;;gaa ;tRNA;673517;180;;ctc fin;CDS;673780;;; deb;CDS;674382;159;; ;tRNA;675438;64;;ctc fin;CDS;675585;;; deb;CDS;694284;793;; ;rRNA;696430;272;;16s ;rRNA;698239;96;;23s ;rRNA;701265;43;;5s ;tRNA;701425;11;;atc ;tRNA;701510;5;;gaa ;tRNA;701590;5;;gtc ;tRNA;701671;4;;atgf ;tRNA;701752;9;;tgg ;tRNA;701835;8;;caa ;tRNA;701918;18;;aaa ;tRNA;702009;7;;ctg ;tRNA;702100;11;;ggc ;tRNA;702186;12;;cgt ;tRNA;702272;577;;cca fin;CDS;702926;;; deb;CDS;1073441;377;; ;rRNA;1074592;271;;16s ;rRNA;1076400;170;;23s ;rRNA;1079500;9;;5s ;tRNA;1079626;6;;aac ;tRNA;1079708;38;;tcc ;tRNA;1079835;11;;gaa ;tRNA;1079918;17;;gta ;tRNA;1080011;13;;atgf ;tRNA;1080101;49;;gac ;tRNA;1080227;4;;ttc ;tRNA;1080307;13;;aca ;tRNA;1080396;8;;tac ;tRNA;1080490;13;;tgg ;tRNA;1080574;26;;cac ;tRNA;1080676;9;;caa ;tRNA;1080757;12;;ggc ;tRNA;1080844;10;;tgc ;tRNA;1080928;20;;tta ;tRNA;1081037;3;;cgt ;tRNA;1081117;150;;ttg fin;CDS;1081347;;; deb;CDS;1210625;354;; ;tRNA;1213874;16;;gca ;tRNA;1213966;12;;gaa ;tRNA;1214050;16;;gta ;tRNA;1214142;17;;gac ;tRNA;1214236;9;;cac ;tRNA;1214321;9;;caa ;tRNA;1214405;8;;aaa ;tRNA;1214486;3;;ctg ;tRNA;1214576;169;;ggc fin;CDS;1214817;;comp; deb;CDS;1594387;533;; ;rRNA;1595199;263;;16s ;rRNA;1596999;96;;23s ;rRNA;1600025;43;;5s ;tRNA;1600185;19;;atc ;tRNA;1600281;17;;gca ;tRNA;1600374;8;;gaa ;tRNA;1600454;5;;gta ;tRNA;1600535;10;;aca ;tRNA;1600621;18;;tac ;tRNA;1600724;4;;aac ;tRNA;1600804;21;;gta ;tRNA;1600901;12;;atgf ;tRNA;1600990;34;;gac ;tRNA;1601101;13;;cac ;tRNA;1601190;8;;caa ;tRNA;1601273;17;;aaa ;tRNA;1601363;13;;ctc ;tRNA;1601462;5;;ctg ;tRNA;1601554;14;;ggc ;tRNA;1601643;10;;tgc ;tRNA;1601724;5;;cgt ;tRNA;1601803;105;;cca fin;CDS;1601982;;; deb;CDS;1834781;106;; ;tRNA;1835367;137;;gcc fin;CDS;1835577;;comp; deb;CDS;2147627;89;; ;ncRNA;2148556;114;; fin;CDS;2148850;;; deb;CDS;2207093;192;comp; ;tRNA;2208284;49;;ctg ;tRNA;2208417;315;;ctg fin;CDS;2208816;;; deb;CDS;3456514;256;; ;tRNA;3457043;142;;ccc fin;CDS;3457262;;; deb;CDS;5004536;394;comp; ;tRNA;5005554;40;comp;ctc ;tRNA;5005677;13;comp;tcc ;tRNA;5005779;19;comp;atgj ;tRNA;5005872;167;comp;tcg ;ncRNA;5006126;132;; fin;CDS;5006353;;; deb;CDS;6383256;228;comp; ;tRNA;6384402;72;;gtc fin;CDS;6384547;;comp; deb;CDS;6390912;142;comp; ;tRNA;6391273;7;comp;tta ;tRNA;6391366;19;comp;atgi ;tRNA;6391462;75;comp;atgf fin;CDS;6391614;;comp; deb;CDS;6561157;118;; ;ncRNA;6563228;95;comp; fin;CDS;6563744;;comp; deb;CDS;7354507;342;; ;tRNA;7355080;28;comp;ctc ;tRNA;7355191;12;comp;tcc ;tRNA;7355292;14;comp;atgf ;tRNA;7355383;14;comp;atgj ;tRNA;7355474;8;comp;agc ;tRNA;7355570;4;comp;tcg ;tRNA;7355664;4;comp;acc ;tRNA;7355741;119;comp;gca ;ncRNA;7355936;36;; ;tRNA;7356067;6;comp;cca ;tRNA;7356147;104;comp;cgt ;tRNA;7356325;7;comp;ggc ;tRNA;7356404;9;comp;ctg ;tRNA;7356500;9;comp;aaa ;tRNA;7356582;9;comp;caa ;tRNA;7356666;17;comp;cac ;tRNA;7356759;12;comp;gac ;tRNA;7356848;4;comp;gta ;tRNA;7356928;15;comp;aac ;tRNA;7357019;8;comp;tac ;tRNA;7357112;5;comp;aca ;tRNA;7357193;15;comp;gaa ;tRNA;7357280;9;comp;gcc ;tRNA;7357365;54;comp;atc ;rRNA;7357493;113;comp;5s ;rRNA;7357723;269;comp;23s ;rRNA;7360922;399;comp;16s fin;CDS;7362858;;; deb;CDS;7618150;280;; ;tRNA;7619123;335;comp;ggg fin;CDS;7619529;;; deb;CDS;7666633;104;comp; ;tRNA;7668174;5;comp;ggg ;tRNA;7668250;106;comp;cca ;tRNA;7668433;11;comp;cgt ;tRNA;7668518;5;comp;ggc ;tRNA;7668598;13;comp;ctg ;tRNA;7668698;16;comp;ctc ;tRNA;7668800;10;comp;aaa ;tRNA;7668883;28;comp;tac ;tRNA;7668996;12;comp;ttc ;rRNA;7669084;161;comp;5s ;rRNA;7669362;268;comp;23s ;rRNA;7672563;533;comp;16s fin;CDS;7674633;;; deb;CDS;7853177;84;comp; ;tRNA;7853819;230;comp;cac ;tRNA;7854123;404;comp;cac fin;CDS;7854601;;comp; deb;CDS;8100441;123;comp; ;rRNA;8100978;169;comp;5s ;rRNA;8101264;259;comp;23s ;rRNA;8104437;321;comp;16s fin;CDS;8106295;;comp; deb;CDS;8151918;460;comp; ;rRNA;8152909;96;comp;5s ;rRNA;8153128;269;comp;23s ;rRNA;8156327;272;comp;16s fin;CDS;8158136;;comp; deb;CDS;8256928;86;; ;tRNA;8257833;5;comp;gga ;tRNA;8257909;16;comp;cca ;tRNA;8258002;4;comp;cgt ;tRNA;8258083;8;comp;ggc ;tRNA;8258166;42;comp;cta ;tRNA;8258291;8;comp;aaa ;tRNA;8258375;9;comp;caa ;tRNA;8258459;4;comp;tgg ;tRNA;8258537;5;comp;atgf ;tRNA;8258619;5;comp;gtc ;tRNA;8258700;11;comp;gaa ;tRNA;8258786;43;comp;atc ;rRNA;8258903;96;comp;5s ;rRNA;8259116;267;comp;23s ;rRNA;8262313;302;comp;16s fin;CDS;8264152;;comp; deb;CDS;8322744;393;comp; ;rRNA;8323599;96;comp;5s ;rRNA;8323812;269;comp;23s ;rRNA;8327015;365;comp;16s fin;CDS;8328917;;comp; deb;CDS;8351919;396;comp; ;tRNA;8354811;149;comp;atgj fin;CDS;8355034;;comp; deb;CDS;8389988;296;; ;rRNA;8390809;96;comp;5s ;rRNA;8391022;270;comp;23s ;rRNA;8394222;230;comp;16s fin;CDS;8395989;;comp; deb;CDS;8399622;208;comp; ;ncRNA;8400892;47;comp; fin;CDS;8401203;;comp; deb;CDS;8616478;417;comp; ;tRNA;8617342;157;;gac fin;CDS;8617576;;; deb;CDS;8724363;455;; ;tRNA;8725070;165;comp;tcg fin;CDS;8725326;;comp; </pre> ====pmq intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_entre_cds|pmq intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> ;;;pmq 9.11.20;;;;;;;;; pmq;8.2.21 Paris;;pmq 7.2.21;;;;;;;;; pmq;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquence5;intercal;<u>fréquencez ;'''négatif;795;11.0;'''négatif ;-11;16;-1 à -119;'''8 739 048;-1;795;610;15 ;'''zéro;31;0.4;;;;;'''intercals;0;31;620;10 ;'''1 à 200;4139;57.3;'''0 à 200;88;60;;'''1 202 544;5;200;630;6 ;'''201 à 370;1520;21.0;'''201 à 370;266;46;;'''13.8%;10;113;640;6 ;'''371 à 600;506;7.0;'''371 à 600;460;65;;;15;194;650;10 ;'''601 à max;232;3.2;'''601 à 1028;861;248;;;20;157;660;8 ;'''total 7223;<201;68.7;'''total 7223;165;188;-119 à 1742;;25;177;670;5 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;118;680;5 6589209;1742;-1;795;-70;13;;0;31;35;130;690;6 6004770;1651;0;31;-60;3;;-1;°80;40;135;700;4 4375163;1613;1;°53;-50;6;;-2;3;45;110;710;5 3234976;1576;2;°47;-40;14;;-3;1;50;106;720;5 1433663;1551;3;36;-30;27;'''min à -1;-4;°395;55;93;730;5 1961332;1546;4;35;-20;62;795;-5;1;60;87;740;5 1948392;1534;5;29;-10;104;11.0%;-6;4;65;99;750;4 8025788;1532;6;°33;0;597;;-7;5;70;75;760;6 6672573;1521;7;°30;10;313;;-8;°76;75;106;770;5 4064508;1497;8;14;20;351;;-9;1;80;109;780;4 1735863;1428;9;14;30;295;;-10;9;85;99;790;3 4067449;1378;10;22;40;265;'''1 à 100;-11;°34;90;108;800;5 2875626;1352;11;24;50;216;2448;-12;0;95;98;810;3 896926;1351;12;°38;60;180;33.9%;-13;7;100;103;820;5 6351796;1318;13;°44;70;174;;-14;°29;105;92;830;6 2069562;1279;14;°46;80;215;;-15;0;110;84;840;1 1529184;1277;15;°42;90;207;;-16;5;115;93;850;1 1897252;1277;16;36;100;201;;-17;°19;120;85;860;7 2910237;1276;17;26;110;176;;-18;0;125;100;870;2 3749065;1276;18;°39;120;178;;-19;1;130;97;880;2 4906359;1270;19;32;130;197;;-20;°15;135;72;890;3 1921516;1263;20;24;140;155;;-21;0;140;83;900;3 880003;1252;21;°43;150;183;;-22;6;145;89;910;3 5858747;1240;22;33;160;154;;-23;°13;150;94;920;2 5950046;1211;23;26;170;169;'''1 à 200;-24;0;155;77;930;4 8085655;1206;24;°47;180;177;4139;-25;4;160;77;940;5 7588882;1203;25;28;190;174;57.3%;-26;°16;165;84;950;2 7315024;1200;26;20;200;159;;-27;0;170;85;960;2 5662979;1189;27;°26;210;151;;-28;0;175;91;970;2 8557915;1186;28;16;220;144;;-29;°8;180;86;980;0 359256;1184;29;25;230;131;;-30;0;185;87;990;2 7839445;1169;30;°31;240;141;;-31;2;190;87;1000;2 1773925;1157;31;26;250;121;'''0 à 200;-32;°9;195;80;1010;2 3687367;1141;32;22;260;107;4170;;774;200;79;1020;1 1886363;1109;33;°27;270;103;;reste;52;205;81;1030;2 7335994;1095;34;23;280;94;;total;826;210;70;1040;2 5259590;1088;35;°32;290;74;;;;215;82;1050;2 3089348;1087;36;24;300;58;;;;220;62;1060;4 3287601;1084;37;27;310;80;;'''intercal;'''<u>fréquence5;225;65;1070;0 933373;1077;38;25;320;60;;600;6991;230;66;1080;1 8231158;1055;39;°29;330;69;;650;47;235;68;1090;3 1233491;1054;40;°30;340;48;'''201 à 370;700;28;240;73;1100;1 1379835;1052;reste;5173;350;58;1520;750;24;245;59;1110;1 1438197;1052;total;7223;360;41;21.0%;800;23;250;62;1120;0 2970387;1045;;;370;40;;850;16;255;55;1130;0 5913926;1042;;;380;44;;900;17;260;52;1140;0 7192953;1040;;;390;39;;950;16;265;51;1150;1 247705;1038;;;400;36;;1000;8;270;52;1160;1 1687282;1027;;;410;29;;1050;9;275;42;1170;1 7301491;1024;;;420;25;;1100;9;280;52;1180;0 2362680;1013;;;430;35;;1150;2;285;35;1190;3 ;;;;440;31;;1200;6;290;39;1200;1 ;;;;450;19;;1250;4;295;29;;205 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;460;25;;1300;8;300;29;reste;27 4544722;-119;shift 2;16105;470;17;;1350;1;305;45;total;232 5318942;-119;shift 3;18655;480;21;;1400;3;310;35;; 1976860;-116;shift 4;1615;490;20;;1450;1;315;33;; 5337597;-115;shift 5;1973;500;26;;1500;1;320;27;; 3673911;-113;shift 6;419;510;13;;1550;4;325;30;; 5433750;-101;shift 7;5002;520;14;;1600;2;330;39;; 7350606;-101;shift 8;832;530;14;;1650;1;335;28;; 2131496;-95;shift 9;1189;540;19;'''371 à 600;;230;340;20;; 4669248;-95;;;550;20;506;;;345;34;; 2553569;-89;;;560;12;7.0%;;;350;24;; 2198194;-75;;;570;15;;;;355;28;; 1029214;-74;;;580;9;'''601 à max;;;360;13;; 7372543;-73;;;590;11;232;;;365;21;; 1297148;-65;;;600;12;3.2%;;;370;19;; 3921139;-65;;;reste;232;;reste;2;reste;738;; 6624824;-65;;;total;7223;;total;7223;total;7223;; </pre> ====pmq intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;; pmq Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; pmq;min10;1614;4164;5778;458;-832;-651;181;-866;-825;-61;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; 32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pmq;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;31;-283;664;-7.0;878;304;max190;&-29;229;-645;79;946;263;min70 31 à 400;;;;;;;2 parties;&-13;112;-388;63;937;287;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;28;31;-;65;poly;813;tF;&143;54;;806;poly;140;SF 31 à 400;;;;;;;;&113;46;-;886;dte;51;Sf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.207;;24.1.22 Paris;;;; 41-n;0.458;-0.832;-0.651;;;;;;;;;;; 1-n;-0.061;-0.866;-0.825;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; pmq;fx;fc;;pmq;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;pmq;Sx-;Sc- 0;5;26;;0;3;6;0;5;26;>0;1880;-1;0;80 10;15;298;;10;9;72;1;1;52;<0;42;-2;3;0 20;15;336;;20;9;81;2;1;46;zéro;5;-3;0;1 30;22;273;;30;14;66;3;1;35;total;1927;-4;11;384 40;16;249;;40;10;60;4;1;34;;c;-5;0;1 50;22;194;;50;14;47;5;1;28;>0;4517;-6;3;1 60;24;156;;60;15;37;6;1;32;<0;753;-7;0;5 70;32;142;;70;20;34;7;2;28;zéro;26;-8;0;76 80;47;168;;80;29;40;8;2;12;total;5296;-9;1;0 90;44;163;;90;27;39;9;4;10;;;-10;1;8 100;53;148;;100;33;36;10;1;21;total;7223;-11;2;32 110;53;123;;110;33;30;11;1;23;;;-12;0;0 120;61;117;;120;38;28;12;0;38;;;-13;0;7 130;77;120;;130;48;29;13;1;43;;;-14;2;27 140;60;95;;140;37;23;14;1;45;;;-15;0;0 150;64;119;;150;40;29;15;3;39;;;-16;0;5 160;67;87;;160;42;21;16;2;34;;;-17;2;17 170;75;94;;170;46;23;17;1;25;;;-18;0;0 180;66;111;;180;41;27;18;3;36;;;-19;0;1 190;81;93;;190;50;22;19;3;29;;;-20;1;14 200;65;94;;200;40;23;20;0;24;;;-21;0;0 210;65;86;;210;40;21;21;6;37;;;-22;1;5 220;58;86;;220;36;21;22;1;32;;;-23;0;13 230;52;79;;230;32;19;23;3;23;;;-24;0;0 240;54;87;;240;33;21;24;2;45;;;-25;1;3 250;47;74;;250;29;18;25;0;28;;;-26;3;13 260;41;66;;260;25;16;26;5;15;;;-27;0;0 270;43;60;;270;27;14;27;2;24;;;-28;0;0 280;35;59;;280;22;14;28;2;14;;;-29;0;8 290;30;44;;290;19;11;29;0;25;;;-30;0;0 300;23;35;;300;14;8;30;1;30;;;-31;0;2 310;35;45;;310;22;11;31;0;26;;;-32;1;8 320;28;32;;320;17;8;32;2;20;;;-33;0;0 330;28;41;;330;17;10;33;1;26;;;-34;1;2 340;21;27;;340;13;6;34;3;20;;;-35;1;6 350;25;33;;350;15;8;35;1;31;;;-36;2;0 360;19;22;;360;12;5;36;1;23;;;-37;0;2 370;14;26;;370;9;6;37;3;24;;;-38;0;2 380;12;32;;380;7;8;38;1;24;;;-39;0;0 390;15;24;;390;9;6;39;2;27;;;-40;0;1 400;10;26;;400;6;6;40;2;28;;;-41;0;5 reste;266;353;;;;;reste;1812;3361;;;-42;0;0 total;1885;4543;;t30;32;218;total;1885;4543;;;-43;0;0 diagr;1614;4164;;;;;diagr;68;1156;;;-44;1;3 - t30;1562;3257;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;2 ;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;reste;5;16 ;;;;;;;;;;;;total;42;753 </pre> ====pmq intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_négatifs_S-|pmq intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;;à partir de 51 comp’;0;3;0;8;0;3;0;0;1;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;34;4 continu;80;0;1;387;1;1;5;76;0;9;32;0;7;27;0;5;18;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;3;7;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;0;0;1;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;7;761;17 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;11;0;3;0;0;1;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;1;1;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;5;42 ;Sc-;80;0;1;384;1;1;5;76;0;8;32;0;7;27;0;5;17;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;2;6;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;16;753 </pre> ====pmq autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires|pmq autres intercalaires]] <pre> pmq;autres intercalaires;;adresses1;;;pmq;autres intercalaires;;adresses2;;;pmq;autres intercalaires;;adresses3;;;pmq;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;9206;318;;;deb;°CDS;672473;18;;;deb;°CDS;1834781;106;;;deb;°CDS;7666633;104;comp ;$rRNA;10595;280;;;;&tRNA;672968;7;;;;&tRNA;1835367;137;;;;&tRNA;7668174;5;comp ;$rRNA;12412;97;;;;&tRNA;673051;297;;;fin;°CDS;1835577;;comp;;;&tRNA;7668250;106;comp ;$rRNA;15439;178;;;;&tRNA;673436;9;;;deb;°CDS;2147627;89;;;;&tRNA;7668433;11;comp fin;°CDS;15734;;;;;&tRNA;673517;180;;;;ncRNA;2148556;114;;;;&tRNA;7668518;5;comp deb;°CDS;20252;47;;;fin;°CDS;673780;;;;fin;°CDS;2148850;;;;;&tRNA;7668598;13;comp ;&tRNA;21580;137;;;deb;°CDS;674382;159;;;deb;°CDS;2207093;192;comp;;;&tRNA;7668698;16;comp fin;°CDS;21807;;;;;&tRNA;675438;64;;;;&tRNA;2208284;49;;;;&tRNA;7668800;10;comp deb;°CDS;25422;222;;;fin;°CDS;675585;;;;;&tRNA;2208417;315;;;;&tRNA;7668883;28;comp ;&tRNA;26388;183;comp;;deb;°CDS;694284;793;;;fin;°CDS;2208816;;;;;&tRNA;7668996;12;comp fin;°CDS;26644;;;;;$rRNA;696430;272;;;deb;°CDS;3456514;256;;;;$rRNA;7669084;161;comp deb;°CDS;178456;299;;;;$rRNA;698239;96;;;;&tRNA;3457043;142;;;;$rRNA;7669362;268;comp ;$rRNA;179754;266;;;;$rRNA;701265;43;;;fin;°CDS;3457262;;;;;$rRNA;7672563;533;comp ;$rRNA;181557;170;;;;&tRNA;701425;11;;;deb;°CDS;5004536;394;comp;;fin;°CDS;7674633;; ;$rRNA;184657;15;;;;&tRNA;701510;5;;;;&tRNA;5005554;40;comp;;deb;°CDS;7853177;84;comp ;&tRNA;184789;29;;;;&tRNA;701590;5;;;;&tRNA;5005677;13;comp;;;&tRNA;7853819;230;comp ;&tRNA;184906;39;;;;&tRNA;701671;4;;;;&tRNA;5005779;19;comp;;;&tRNA;7854123;404;comp ;&tRNA;185022;15;;;;&tRNA;701752;9;;;;&tRNA;5005872;167;comp;;fin;°CDS;7854601;;comp ;&tRNA;185113;14;;;;&tRNA;701835;8;;;;ncRNA;5006126;132;;;deb;°CDS;8100441;123;comp ;&tRNA;185204;48;;;;&tRNA;701918;18;;;fin;°CDS;5006353;;;;;$rRNA;8100978;169;comp ;&tRNA;185329;5;;;;&tRNA;702009;7;;;deb;°CDS;6383256;228;comp;;;$rRNA;8101264;259;comp ;&tRNA;185410;9;;;;&tRNA;702100;11;;;;&tRNA;6384402;72;;;;$rRNA;8104437;321;comp ;&tRNA;185495;15;;;;&tRNA;702186;12;;;fin;°CDS;6384547;;comp;;fin;°CDS;8106295;;comp ;&tRNA;185595;183;;;;&tRNA;702272;577;;;deb;°CDS;6390912;142;comp;;deb;°CDS;8151918;460;comp fin;°CDS;185854;;comp;;fin;°CDS;702926;;;;;&tRNA;6391273;7;comp;;;$rRNA;8152909;96;comp deb;°CDS;217565;129;comp;;deb;°CDS;1073441;377;;;;&tRNA;6391366;19;comp;;;$rRNA;8153128;269;comp ;&tRNA;218276;261;comp;;;$rRNA;1074592;271;;;;&tRNA;6391462;75;comp;;;$rRNA;8156327;272;comp fin;°CDS;218612;;;;;$rRNA;1076400;170;;;fin;°CDS;6391614;;comp;;fin;°CDS;8158136;;comp deb;°CDS;230970;186;;;;$rRNA;1079500;9;;;deb;°CDS;6561157;118;;;deb;°CDS;8256928;86; ;tmRNA;231642;140;;;;&tRNA;1079626;6;;;;ncRNA;6563228;95;comp;;;&tRNA;8257833;5;comp fin;°CDS;232145;;;;;&tRNA;1079708;38;;;fin;°CDS;6563744;;comp;;;&tRNA;8257909;16;comp deb;°CDS;253921;673;;;;&tRNA;1079835;11;;;deb;°CDS;7354507;342;;;;&tRNA;8258002;4;comp ;$rRNA;255200;280;;;;&tRNA;1079918;17;;;;&tRNA;7355080;28;comp;;;&tRNA;8258083;8;comp ;$rRNA;257017;97;;;;&tRNA;1080011;13;;;;&tRNA;7355191;12;comp;;;&tRNA;8258166;42;comp ;$rRNA;260044;55;;;;&tRNA;1080101;49;;;;&tRNA;7355292;14;comp;;;&tRNA;8258291;8;comp ;&tRNA;260216;19;;;;&tRNA;1080227;4;;;;&tRNA;7355383;14;comp;;;&tRNA;8258375;9;comp ;&tRNA;260312;16;;;;&tRNA;1080307;13;;;;&tRNA;7355474;8;comp;;;&tRNA;8258459;4;comp ;&tRNA;260404;9;;;;&tRNA;1080396;8;;;;&tRNA;7355570;4;comp;;;&tRNA;8258537;5;comp ;&tRNA;260485;20;;;;&tRNA;1080490;13;;;;&tRNA;7355664;4;comp;;;&tRNA;8258619;5;comp ;&tRNA;260590;3;;;;&tRNA;1080574;26;;;;&tRNA;7355741;119;comp;;;&tRNA;8258700;11;comp ;&tRNA;260669;19;;;;&tRNA;1080676;9;;;;ncRNA;7355936;36;;;;&tRNA;8258786;43;comp ;&tRNA;260764;20;;;;&tRNA;1080757;12;;;;&tRNA;7356067;6;comp;;;$rRNA;8258903;96;comp ;&tRNA;260861;15;;;;&tRNA;1080844;10;;;;&tRNA;7356147;104;comp;;;$rRNA;8259116;267;comp ;&tRNA;260949;10;;;;&tRNA;1080928;20;;;;&tRNA;7356325;7;comp;;;$rRNA;8262313;302;comp ;&tRNA;261032;3;;;;&tRNA;1081037;3;;;;&tRNA;7356404;9;comp;;fin;°CDS;8264152;;comp ;&tRNA;261122;12;;;;&tRNA;1081117;150;;;;&tRNA;7356500;9;comp;;deb;°CDS;8322744;393;comp ;&tRNA;261209;15;;;fin;°CDS;1081347;;;;;&tRNA;7356582;9;comp;;;$rRNA;8323599;96;comp ;&tRNA;261296;5;;;deb;°CDS;1210625;354;;;;&tRNA;7356666;17;comp;;;$rRNA;8323812;269;comp ;&tRNA;261375;158;;;;&tRNA;1213874;16;;;;&tRNA;7356759;12;comp;;;$rRNA;8327015;365;comp ;&tRNA;261607;4;;;;&tRNA;1213966;12;;;;&tRNA;7356848;4;comp;;fin;°CDS;8328917;;comp ;&tRNA;261687;5;;;;&tRNA;1214050;16;;;;&tRNA;7356928;15;comp;;deb;°CDS;8351919;396;comp ;&tRNA;261765;19;;;;&tRNA;1214142;17;;;;&tRNA;7357019;8;comp;;;&tRNA;8354811;149;comp ;&tRNA;261874;17;;;;&tRNA;1214236;9;;;;&tRNA;7357112;5;comp;;fin;°CDS;8355034;;comp ;&tRNA;261979;5;;;;&tRNA;1214321;9;;;;&tRNA;7357193;15;comp;;deb;°CDS;8389988;296; ;&tRNA;262060;39;;;;&tRNA;1214405;8;;;;&tRNA;7357280;9;comp;;;$rRNA;8390809;96;comp ;&tRNA;262174;41;;;;&tRNA;1214486;3;;;;&tRNA;7357365;54;comp;;;$rRNA;8391022;270;comp ;&tRNA;262304;283;;;;&tRNA;1214576;169;;;;$rRNA;7357493;113;comp;;;$rRNA;8394222;230;comp fin;°CDS;262670;;;;fin;°CDS;1214817;;comp;;;$rRNA;7357723;269;comp;;fin;°CDS;8395989;;comp deb;°CDS;578195;320;;;deb;°CDS;1594387;533;;;;$rRNA;7360922;399;comp;;deb;°CDS;8399622;208;comp ;$rRNA;579376;269;;;;$rRNA;1595199;263;;;fin;°CDS;7362858;;;;;ncRNA;8400892;47;comp ;$rRNA;581183;168;;;;$rRNA;1596999;96;;;deb;°CDS;7618150;280;;;fin;°CDS;8401203;;comp ;$rRNA;584281;31;;;;$rRNA;1600025;43;;;;&tRNA;7619123;335;comp;;deb;°CDS;8616478;417;comp ;&tRNA;584429;10;;;;&tRNA;1600185;19;;;fin;°CDS;7619529;;;;;&tRNA;8617342;157; ;&tRNA;584512;38;;;;&tRNA;1600281;17;;;;;;;;;fin;°CDS;8617576;; ;&tRNA;584639;11;;;;&tRNA;1600374;8;;;;;;;;;deb;°CDS;8724363;455; ;&tRNA;584722;17;;;;&tRNA;1600454;5;;;;;;;;;;&tRNA;8725070;165;comp ;&tRNA;584815;15;;;;&tRNA;1600535;10;;;;;;;;;fin;°CDS;8725326;;comp ;&tRNA;584907;67;;;;&tRNA;1600621;18;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585051;11;;;;&tRNA;1600724;4;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585137;10;;;;&tRNA;1600804;21;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585223;5;;;;&tRNA;1600901;12;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585303;17;;;;&tRNA;1600990;34;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585396;40;;;;&tRNA;1601101;13;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585511;24;;;;&tRNA;1601190;8;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585610;8;;;;&tRNA;1601273;17;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585698;19;;;;&tRNA;1601363;13;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585794;1;;;;&tRNA;1601462;5;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585869;187;;;;&tRNA;1601554;14;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;586130;;;;;&tRNA;1601643;10;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1601724;5;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1601803;105;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1601982;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====pmq intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_tRNA-cds|pmq intercalaires tRNA-cds]] <pre> pmq;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;47;;137;;18;64;'''deb; comp’;222;comp’;183;;47;75;<201;8 ;;comp’;183;;84;105;total;12 ;129;comp’;261;;104;137;taux;67% ;;;283;;106;142;'''fin; ;;;187;;129;149;<201;11 ;18;;180;;142;150;total;15 ;159;;64;;159;157;taux;73% ;;;577;;256;165;; ;;;150;;354;180;'''total; ;354;comp’;169;;394;187;<201;19 ;;;105;;396;283;total;27 ;106;comp’;137;;'''-;315;taux;70% comp’;192;;315;;'''-;404;; ;256;;142;;'''-;577;'''comp’;'''cumuls ;394;;;;86;72;; comp’;228;comp’;72;;192;137;'''deb;2 ;142;;75;;222;169;;8 comp’;342;;;;228;183;; comp’;280;comp’;335;;280;183;'''fin;5 ;104;;;;342;261;;7 ;84;;404;;417;335;'''total; comp’;86;;;;455;'''-;<201;7 ;396;;149;;;;total;15 comp’;417;;157;;;;taux;47% comp’;455;;165;;;;; ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;; <201;10;16;26;;;;; total;20;22;42;;;;; taux;50%;73%;62%;;;;; </pre> ===lbu=== ====lbu opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_opérons|lbu opérons]] <pre> 49.8%GC;29.7.19 Paris;16s 8;;;;;;;; Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC BAA-365 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé comp;18533..19237;CDS;;128;128;;;235;128 ;19366..19438;act;@1;195;195;;;; ;19634..20371;CDS;;6912;;;;246; ;;;;;;;;; ;27284..29785;CDS;;276;276;;;*834; ;30062..30134;act;;134;134;;;;134 ;30269..30907;CDS;;11768;;;;213; ;;;;;;;;; ;42676..43248;cds hp;;451;*451;;;*191; ;43700..45271;16s;;209;;;;; ;45481..48391;23s;;69;;;;; ;48461..48577;5s;;275;275;;;;275 ;48853..49091;cds hp;;56679;;;;80; ;;;;;;;;; comp;105771..106547;CDS;;56;56;;;259;56 comp;106604..106679;aag;;125;125;;;; ;106805..107533;CDS;;103754;;;;243; ;;;;;;;;; ;211288..212553;CDS;;94;94;;;422; ;212648..212720;acc;;23;23;;;;23 comp<;212744..213262;CDS;;64997;;;;173; ;;;;;;;;; ;278260..278928;CDS;;69;69;;;223;69 comp;278998..279068;ggg;;181;181;;;; ;279250..280275;CDS;;44047;;;;342; ;;;;;;;;; comp;324323..324949;CDS;;117;117;;;209;117 ;325067..325138;ggc;+;4;;4;;; ;325143..325216;ccg;2 ggc;108;;;;; ;325325..325399;ggc;;155;155;;;; ;325555..326016;CDS;;37886;;;;154; ;;;;;;;;; ;363903..364394;CDS;;98;98;;;164;98 ;364493..364564;caa;;614;*614;;;; ;365179..366360;CDS;;-14;;;;*394; ;;;;;;;;; ;366347..367402;CDS;;75;75;;;352; ;367478..367559;tac;;5;;5;;; ;367565..367636;caa;;62;62;;;;62 <;367699..368318;CDS;;14127;;;;207; ;;;;;;;;; ;382446..382907;CDS;;30;30;;;154;30 ;382938..383026;ctt;;118;118;;;; ;383145..383768;CDS;;70441;;;;208; ;;;;;;;;; ;454210..455529;CDS;;61;61;;;440;61 ;455591..455665;agg;;341;341;;;; ;456007..457035;CDS;;75557;;;;343; ;;;;;;;;; ;532593..533285;CDS;;82;82;;;231;82 comp;533368..533442;cgg;;296;296;;;; ;533739..534782;CDS;;48963;;;;348; ;;;;;;;;; ;583746..584728;CDS;;57;57;;;328;57 comp;584786..584858;cag;;5;;5;;; comp;584864..584935;gag;;170;170;;;; ;585106..586110;CDS;;94988;;;;335; ;;;;;;;;; ;681099..682741;CDS;;518;*518;;;*548; ;683260..684831;16s;;106;;;;; ;684938..685011;atc;;69;;;69;; ;685081..685153;gca;;127;;;;; ;685281..688191;23s;;68;;;;; ;688260..688376;5s;;208;208;;;;208 comp;688585..689801;CDS;;55794;;;;406; ;;;;;;;;; comp;745596..745821;CDS;;134;134;;;75;134 comp;745956..746044;tcg;;787;*787;;;; ;746832..749597;CDS;;36741;;;;*922; ;;;;;;;;; ;786339..787004;CDS;;54;54;;;222;54 ;787059..787142;ctg;;109;109;;;; comp;787252..787872;CDS;;2072;;;;207; ;;;;;;;;; comp;789945..791867;CDS;;613;*613;;;*641; ;792481..794052;16s;;105;;;;; ;794158..794231;atc;;69;;;69;; ;794301..794373;gca;;126;;;;; ;794500..797410;23s;;69;;;;; ;797480..797596;5s;;87;87;;;;87 ;797684..798559;CDS;;36;;;;292; ;;;;;;;;; comp;798596..800178;CDS;;530;*530;;;*528; ;800709..800781;aac;@2;3;;3;;; ;800785..800858;cca;;24;;24;;; ;800883..800954;ggc;;30;;30;;; ;800985..801058;cgt;;2;;2;;; ;801061..801133;gta;;3;;3;;; ;801137..801208;gaa;;42;;42;;; ;801251..801338;tca;;9;;9;;; ;801348..801421;atgf;;3;;3;;; ;801425..801498;gac;;6;;6;;; ;801505..801577;ttc;;8;;8;;; ;801586..801667;tac;;4;;4;;; ;801672..801742;tgg;;13;;13;;; ;801756..801831;cac;;26;;26;;; ;801858..801928;tgc;;28;;28;;; ;801957..802041;ttg;;356;356;;;;356 ;802398..802961;CDS;;284259;;;;188; ;;;;;;;;; comp;1087221..1088531;CDS;;157;157;;;437;157 comp;1088689..1088760;caa;;656;*656;;;; comp;1089417..1090313;CDS;;173317;;;;*299; ;;;;;;;;; comp;1263631..1265769;CDS;;188;188;;;*713;188 comp;1265958..1266031;aga;;222;222;;;; ;1266254..1268632;CDS;;84103;;;;*793; ;;;;;;;;; comp;1352736..1354022;CDS;;98;98;;;429;98 ;1354121..1354204;ctg;;204;204;;;; comp;1354409..1354928;CDS;;13182;;;;173; ;;;;;;;;; comp;1368111..1369307;CDS;;161;161;;;399;161 comp;1369469..1369541;gta;;3;;;3;; comp;1369545..1369616;gaa;;138;;;*138;; comp;1369755..1369828;atgj;;6;;;6;; comp;1369835..1369925;tcc;;8;;;8;; comp;1369934..1370006;aac;;7;;;;; comp;1370014..1370130;5s;;69;;;;; comp;1370200..1373111;23s;;126;;;;; comp;1373238..1373310;gca;;69;;;69;; comp;1373380..1373453;atc;;105;;;;; comp;1373559..1375130;16s;;547;*547;;;; ;1375678..1376604;CDS;;102845;;;;*309; ;;;;;;;;; comp;1479450..1479824;CDS;;200;200;;;125; comp;1480025..1480101;gac;;26;;;26;; comp;1480128..1480199;gaa;;3;;;3;; comp;1480203..1480275;gta;;2;;;2;; comp;1480278..1480351;cgt;;35;;;35;; comp;1480387..1480458;ggc;;36;;;;; comp;1480495..1480611;5s;;68;;;;; comp;1480680..1483590;23s;;208;;;;; comp;1483799..1485370;16s;;153;153;;;;153 comp;1485524..1485716;CDS;;20944;;;;64; ;;;;;;;;; comp;1506661..1507464;CDS;;270;270;;;268; comp;1507735..1507807;aag;+;34;;34;;; comp;1507842..1507914;aag;5 aag;33;;33;;; comp;1507948..1508020;aag;;33;;33;;; comp;1508054..1508126;aag;@3;33;;33;;; comp;1508160..1508232;aag;;130;130;;;;130 comp;1508363..1509226;CDS;;167;;;;288; ;;;;;;;;; ;1509394..1510872;CDS;;106;106;;;493;106 comp;1510979..1511051;gta;;3;;3;;; comp;1511055..1511126;gaa;;151;;*151;;; ;1511278..1511366;ctt;;113;113;;;; ;1511480..1512010;CDS;;21195;;;;177; ;;;;;;;;; comp;1533206..1534129;CDS;;355;355;;;308; comp;1534485..1534557;acg;;154;154;;;;154 comp;1534712..1535950;CDS;;18502;;;;413; ;;;;;;;;; ;1554453..1554638;CDS;;303;303;;;62;303 comp;1554942..1555029;agc;;673;*673;;;; comp;1555703..1556203;CDS;;595;;;;*167; ;;;;;;;;; ;1556799..1558178;CDS;;277;277;;;460; comp;1558456..1558572;5s;;68;;;;; comp;1558641..1561551;23s;;126;;;;; comp;1561678..1561750;gca;;69;;;69;; comp;1561820..1561893;atc;;105;;;;; comp;1561999..1563570;16s;;189;189;;;;189 ;1563760..1563948;CDS;;19274;;;;63; ;;;;;;;;; comp;1583223..1584392;CDS;;151;151;;;390;151 comp;1584544..1584628;ttg;+;17;;17;;; comp;1584646..1584730;ttg;2 ttg;28;;28;;; comp;1584759..1584829;tgc;2 ttc;26;;26;;; comp;1584856..1584931;cac;2 atgf;13;;13;;; comp;1584945..1585015;tgg;;4;;4;;; comp;1585020..1585101;tac;;8;;8;;; comp;1585110..1585182;ttc;;6;;6;;; comp;1585189..1585262;gac;;3;;3;;; comp;1585266..1585339;atgf;;9;;9;;; comp;1585349..1585436;tca;;42;;42;;; comp;1585479..1585550;gaa;;258;;*258;;; comp;1585809..1585899;agc;;2;;2;;; comp;1585902..1585975;atc;;3;;3;;; comp;1585979..1586049;gga;;14;;14;;; comp;1586064..1586136;ttc;;17;;17;;; comp;1586154..1586227;atgf;;11;;11;;; comp;1586239..1586312;atgi;;12;;12;;; comp;1586325..1586398;atg;;36;;36;;; comp;1586435..1586508;cca;;6;;6;;; comp;1586515..1586588;cgt;;5;;5;;; comp;1586594..1586679;tta;;15;;15;;; comp;1586695..1586766;ggc;;4;;4;;; comp;1586771..1586843;aca;;11;;11;;; comp;1586855..1586936;cta;;12;;12;;; comp;1586949..1587021;aaa;;2;;2;;; comp;1587024..1587096;gta;;157;157;;;; comp;1587254..1588681;CDS;;539;;;;476; ;;;;;;;;; comp;1589221..1590557;CDS;;156;156;;;446;156 comp;1590714..1590830;5s;;68;;;;; comp;1590899..1593809;23s;;126;;;;; comp;1593936..1594008;gca;;69;;;69;; comp;1594078..1594151;atc;;105;;;;; comp;1594257..1595828;16s;;581;*581;;;; comp;1596410..1597276;CDS;;189853;;;;*289; ;;;;;;;;; comp;1787130..1788440;CDS;;298;298;;;437;298 comp;1788739..1788855;5s;;68;;;;; comp;1788924..1791834;23s;@4;208;;;;; comp;1792043..1793614;16s;;436;*436;;;; comp;1794051..1794596;CDS;;-8;;;;*182; comp;1794589..1795436;CDS;;138;138;;;283;138 comp;1795575..1795648;gac;;3;;;3;; comp;1795652..1795724;gta;;2;;;2;; comp;1795727..1795800;cgt;;35;;;35;; comp;1795836..1795907;ggc;;19;;;19;; comp;1795927..1796000;cca;;3;;;3;; comp;1796004..1796076;aac;;7;;;;; comp;1796084..1796200;5s;;68;;;;; comp;1796269..1799179;23s;;208;;;;; comp;1799388..1800959;16s;;501;*501;;;; comp;1801461..1802087;CDS;;;;;;*209; </pre> ====lbu cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_cumuls|lbu cumuls]] <pre> lbu cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;0;1;0;100;5 ;16 23 5s 0;2;20;33;9;50;2;20;0;200;11 ;16 atc gca;5;40;11;3;100;12;40;2;300;19 ;16 23 5s a;2;60;2;0;150;11;60;3;400;11 ;max a;7;80;0;5;200;14;80;3;500;11 ;a doubles;0;100;0;0;250;3;100;4;600;2 ;autres;0;120;0;0;300;6;120;2;700;1 ;total aas;26;140;0;1;350;2;140;5;800;2 sans ;opérons;23;160;1;0;400;2;160;5;900;1 ;1 aa;16;180;0;0;450;1;180;1;1000;1 ;max a;26;200;0;0;500;1;200;2;1100;0 ;a doubles;3;;1;0;;10;;5;;0 ;total aas;72;;48;18;;64;;32;;64 total aas;;98;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;138;;320 ;;;variance;;;;;;81;;182 sans jaune;;;moyenne;14;29;;159;;114;;275 ;;;variance;12;29;;85;;50;;122 </pre> ====lbu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_blocs|lbu blocs]] <pre> lbu blocs;;;;;;; cds;'''277’;;cds;156;;cds;298 $5s;68;;$5s;68;;$5s;68 $23s;126;;$23s;126;;$23s;208 gca;69;;gca;69;;$16s;436 atc;105;;atc;105;;cds;-8 $16s;'''189’;;$16s;581;;cds;138 cds;;;cds;;;gac;3 ;;;;;;4aas;* cds;518;;cds;'''613’;;aac;7 $16s;106;;$16s;105;;$5s;68 atc;69;;atc;69;;$23s;208 gca;127;;gca;126;;$16s;501 $23s;68;;$23s;69;;cds; $5s;'''208’;;$5s;87;;; cds;;;cds;;;; ;;;;;;; cds;161;;cds hp;451;;cds;200 gta;3;;$16s;209;;gac;26 3aas;*;;$23s;69;;3aas;* aac;7;;$5s;275;;ggc;36 $5s;69;;cds hp;;;$5s;68 $23s;126;;;;;$23s;208 gca;69;;;;;$16s;153 atc;105;;;;;cds; $16s;'''547’;;;;;; cds;;;;;;; </pre> ====lbu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_distribution|lbu distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttg2;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;aag5;atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;2;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;3;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;2;gga; ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total lbu;;16;;;;;16;;lbu;49;;;;;;49;;lbu;7;;;;;;7;;lbu;;;;16;;;16 </pre> ====lbu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_données_intercalaires|lbu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;lbu;fx;fc;lbu;fx40;fc40;lbu;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;10;0;2;10;-1;1;80;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;1;142;1;0;24;-2;1;0;195;128;114;;atc;4;;ggc 1;0;20;2;128;2;0;36;-3;;1;95;125;4* 113;;atc;108;;ccg ;1;30;9;78;3;0;15;-4;4;55;134;11;tRNA 23s;;;**;;ggc ;0;40;17;35;4;0;10;-5;;0;59;69;128;;gca;5;;tac ;0;50;22;43;5;0;11;-6;;0;94;181;4* 127;;gca;**;;caa 1;2;60;27;43;6;0;5;-7;;3;158;117;5s tRNA;;;5;;cag 1;1;70;31;40;7;0;3;-8;1;38;98;85;2* 7;;aac;**;;gag ;1;80;26;34;8;0;4;-9;;0;119;296;36;;ggc;3;;aac 1;0;90;19;33;9;1;17;-10;;1;75;57;tRNA tRNA;;intra;24;;cca 1;3;100;21;39;10;0;17;-11;;24;137;170;5* 69;;atc gca;30;;ggc 2;1;110;15;43;11;0;15;-12;;0;30;787;tRNA tRNA;;contigu;2;;cgt 1;2;120;8;37;12;1;16;-13;;1;121;109;3;;gta;3;;gta 2;3;130;14;25;13;0;12;-14;1;17;61;530;138;;gaa;42;;gaa ;2;140;20;32;14;0;15;-15;2;0;341;222;6;;atgj;9;;tca ;0;150;10;25;15;0;16;-16;;0;204;98;8;;tcc;3;;atgf ;5;160;6;34;16;0;12;-17;;7;54;204;**;;aac;6;;gac 1;0;170;8;29;17;0;10;-18;;1;356;106;26;;gac;8;;ttc ;0;180;15;21;18;1;11;-19;;1;157;303;3;;gaa;4;;tac 1;1;190;8;16;19;0;12;-20;;5;126;;2;;gta;13;;tgg ;1;200;11;14;20;0;9;-21;;0;188;;35;;cgt;29;;cac 1;2;210;7;16;21;0;11;-22;;3;203;;**;;ggc;28;;tgc ;0;220;8;14;22;1;17;-23;;3;270;;2;;gta;**;;ttg 1;0;230;7;11;23;1;7;-24;;0;130;;35;;cgt;34;;aag ;0;240;5;13;24;1;5;-25;;2;113;;19;;ggc;33;;aag ;0;250;10;9;25;1;7;-26;;4;355;;3;;cca;33;;aag ;0;260;7;7;26;1;8;-27;;0;154;;**;;aac;33;;aag ;1;270;5;8;27;1;6;-28;;2;673;;;;;**;;aag ;0;280;7;7;28;1;5;-29;2;3;151;;;;;3;;gta ;0;290;2;12;29;2;5;-30;;0;157;;;;;-;151;gaa 1;0;300;1;5;30;0;7;-31;;2;102;;;;;**;;ctt 1;0;310;4;8;31;1;4;-32;;4;CDS 16s;;;;;17;;ttg ;0;320;7;2;32;0;4;-33;;0;451;613;;;;28;;ttg ;0;330;6;8;33;1;6;-34;;0;518;547;;;;29;;tgc ;0;340;5;2;34;1;2;-35;;3;510;295;;;;13;;cac ;1;350;0;4;35;0;3;-36;;0;258;;;;;4;;tgg ;2;360;1;2;36;1;4;-37;;0;298;;;;;8;;tac ;0;370;1;5;37;1;2;-38;;0;501;;;;;6;;ttc ;0;380;0;3;38;1;2;-39;1;0;23s 5s;;;;;3;;gac ;0;390;1;7;39;5;6;-40;;1;3* 71;;;;;9;;atgf ;0;400;3;3;40;6;2;-41;;0;6* 701;;;;;42;;tca 2;1;reste;32;51;reste;380;705;-42;;0;16s 23s;;;;;261;;gaa 18;30;total;411;1098;total;411;1098;-43;;0;218;;;;;2;;agc 16;29;diagr;377;1037;diagr;29;383;-44;1;0;3* 217;;;;;3;;atc 1;1; t30;12;348;;;;-45;;0;5s CDS;;;;;14;;gga ;;;;;;;;-46;;2;308;208;;;;17;;ttc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;87;277;;;;11;;atgf ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;156;;;;;12;;atgi ;x;409;20;2;431;;;-49;;1;298;;;;;36;;atgj ;c;1088;280;10;1378;;;-50;;15;;;;;;6;;cca ;;;;;1809;198;;reste;6;0;;;;;;5;;cgt ;;;;;;2007;;total;20;280;;;;;;15;;tta ;;;;;;;;;;;;;;;;4;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;11;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;12;;cta ;;;;;;;;;;;;;;;;2;;aaa ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta </pre> =====lbu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_autres_intercalaires_aas|lbu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;lbu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;18533;19237;128;*; ;;tRNA;19366;19438;195;*;act fin;;CDS;19634;20371;;; deb;;CDS;29805;29966;95;*; ;;tRNA;30062;30134;134;*;act fin;;CDS;30269;30907;;; deb;;CDS;42676;43248;451;*; ;;rRNA;43700;45263;218;*;1564 ;;rRNA;45482;48389;71;*;2908 ;;rRNA;48461;48577;308;*;117 fin;;CDS;48886;49215;;; deb;;CDS;64875;65066;71;*; ;;misc_b;65138;65377;147;*; fin;;CDS;65525;65743;;; deb;comp;CDS;105771;106547;59;*; ;comp;tRNA;106607;106679;125;*;aag fin;;CDS;106805;107533;;; deb;comp;CDS;118390;119745;29;*; ;comp;regulatory;119775;119862;185;*; fin;;CDS;120048;121523;;; deb;comp;CDS;134737;136320;120;*; ;comp;regulatory;136441;136616;92;*; fin;comp;CDS;136709;137335;;0; deb;;CDS;211288;212553;94;*; ;;tRNA;212648;212720;11;*;acc fin;comp;CDS;212732;213079;;; deb;;CDS;215354;216541;50;*; ;;misc_b;216592;216828;95;*; fin;;CDS;216924;217778;;; deb;comp;CDS;242936;243505;67;*; ;comp;regulatory;243573;243670;189;*; fin;;CDS;243860;245017;;; deb;;CDS;278260;278928;69;*; ;comp;tRNA;278998;279068;181;*;ggg fin;;CDS;279250;280275;;; deb;;CDS;280740;281354;106;*; ;;regulatory;281461;281624;89;*; fin;;CDS;281714;284404;;; deb;comp;CDS;324323;324949;117;*; ;;tRNA;325067;325138;4;*;ggc ;;tRNA;325143;325216;108;*;ccg ;;tRNA;325325;325396;158;*;ggc fin;;CDS;325555;326016;;; deb;;CDS;363903;364394;98;*; ;;tRNA;364493;364564;119;*;caa fin;;CDS;364684;364854;;; deb;;CDS;366347;367402;75;*; ;;tRNA;367478;367559;5;*;tac ;;tRNA;367565;367636;137;*;caa fin;;CDS;367774;368166;;; deb;;CDS;382446;382907;30;*; ;;tRNA;382938;383023;121;*;ctt fin;;CDS;383145;383768;;; deb;;CDS;425577;426662;66;*; ;;regulatory;426729;426825;44;*; fin;;CDS;426870;427439;;0; deb;;CDS;454210;455529;61;*; ;;tRNA;455591;455665;341;*;agg fin;;CDS;456007;457035;;; deb;;CDS;532593;533285;85;*; ;comp;tRNA;533371;533442;296;*;cgg fin;;CDS;533739;534782;;; deb;;CDS;574078;575265;66;*; ;;tmRNA;575332;575693;294;*; fin;;CDS;575988;576143;;; deb;;CDS;583246;584728;57;*; ;comp;tRNA;584786;584858;5;*;cag ;comp;tRNA;584864;584935;170;*;gag fin;;CDS;585106;586110;;; deb;;CDS;673933;676341;66;*; ;;misc_b;676408;676655;83;*; fin;;CDS;676739;677599;;; deb;;CDS;681099;682741;518;*; ;;rRNA;683260;684823;114;*;1564 ;;tRNA;684938;685011;69;*;atc ;;tRNA;685081;685153;128;*;gca ;;rRNA;685282;688189;70;*;2908 ;;rRNA;688260;688376;208;*;117 fin;comp;CDS;688585;689738;;; deb;;CDS;727702;728421;27;*; ;;regulatory;728449;728564;80;*; fin;;CDS;728645;729349;;; deb;comp;CDS;745596;745751;204;*; ;comp;tRNA;745956;746044;787;*;tcg fin;;CDS;746832;749597;;; deb;;CDS;755313;756185;29;*; ;;repeat_region;756215;757463;258;*; fin;;CDS;757722;758336;;; deb;;CDS;786339;787004;54;*; ;;tRNA;787059;787142;109;*;ctg fin;comp;CDS;787252;787872;;0; deb;comp;CDS;789978;791867;613;*; ;;rRNA;792481;794044;113;*;1564 ;;tRNA;794158;794231;69;*;atc ;;tRNA;794301;794373;127;*;gca ;;rRNA;794501;797408;71;*;2908 ;;rRNA;797480;797596;87;*;117 fin;;CDS;797684;798559;;0; deb;comp;CDS;798596;800178;530;*; ;;tRNA;800709;800781;3;*;aac ;;tRNA;800785;800858;24;*;cca ;;tRNA;800883;800954;30;*;ggc ;;tRNA;800985;801058;2;*;cgt ;;tRNA;801061;801133;3;*;gta ;;tRNA;801137;801208;42;*;gaa ;;tRNA;801251;801338;9;*;tca ;;tRNA;801348;801421;3;*;atgf ;;tRNA;801425;801498;6;*;gac ;;tRNA;801505;801577;8;*;ttc ;;tRNA;801586;801667;4;*;tac ;;tRNA;801672;801742;13;*;tgg ;;tRNA;801756;801828;29;*;cac ;;tRNA;801858;801928;28;*;tgc ;;tRNA;801957;802041;356;*;ttg fin;;CDS;802398;804017;;; deb;;CDS;862229;862693;29;*; ;;ncRNA;862723;863083;125;*; fin;;CDS;863209;864333;;; deb;comp;CDS;905582;905794;173;*; ;comp;misc_b;905968;906185;390;*; fin;;CDS;906576;907085;;0; deb;comp;CDS;952333;952842;390;*; ;;misc_b;953233;953450;173;*; fin;;CDS;953624;953836;;; deb;comp;CDS;1087221;1088531;157;*; ;comp;tRNA;1088689;1088760;126;*;caa fin;comp;CDS;1088887;1089033;;; deb;comp;CDS;1242851;1243162;16;*; ;comp;misc_f;1243179;1243255;147;*; fin;;CDS;1243403;1243759;;0; deb;comp;CDS;1263631;1265769;188;*; ;comp;tRNA;1265958;1266031;222;*;aga fin;;CDS;1266254;1268632;;; deb;comp;CDS;1297694;1298743;37;*; ;comp;misc_b;1298781;1298982;42;*; fin;comp;CDS;1299025;1299375;;; deb;comp;CDS;1309324;1309845;47;*; ;comp;misc_f;1309893;1310004;394;*; fin;;CDS;1310399;1311799;;0; deb;comp;CDS;1352736;1354022;98;*; ;;tRNA;1354121;1354204;204;*;ctg fin;comp;CDS;1354409;1355976;;; deb;comp;CDS;1368111;1369307;-3;*; ;comp;regulatory;1369305;1369392;76;*; ;comp;tRNA;1369469;1369541;3;*;gta ;comp;tRNA;1369545;1369616;138;*;gaa ;comp;tRNA;1369755;1369828;6;*;atgj ;comp;tRNA;1369835;1369925;8;*;tcc ;comp;tRNA;1369934;1370006;7;*;aac ;comp;rRNA;1370014;1370130;71;*;117 ;comp;rRNA;1370202;1373110;127;*;2909 ;comp;tRNA;1373238;1373310;69;*;gca ;comp;tRNA;1373380;1373453;113;*;atc ;comp;rRNA;1373567;1375130;547;*;1564 fin;;CDS;1375678;1376604;;; deb;comp;CDS;1418883;1420661;53;*; ;comp;ncRNA;1420715;1420811;9;*; fin;comp;CDS;1420821;1421330;;; deb;comp;CDS;1434541;1435050;33;*; ;comp;misc_f;1435084;1435213;440;*; fin;;CDS;1435654;1436972;;; deb;comp;CDS;1479450;1479824;203;*; ;comp;tRNA;1480028;1480101;26;*;gac ;comp;tRNA;1480128;1480199;3;*;gaa ;comp;tRNA;1480203;1480275;2;*;gta ;comp;tRNA;1480278;1480351;35;*;cgt ;comp;tRNA;1480387;1480458;36;*;ggc ;comp;rRNA;1480495;1480611;70;*;117 ;comp;rRNA;1480682;1483589;217;*;2908 ;comp;rRNA;1483807;1485370;510;*;1564 fin;comp;CDS;1485881;1487044;;; deb;comp;CDS;1506661;1507464;270;*; ;comp;tRNA;1507735;1507807;34;*;aag ;comp;tRNA;1507842;1507914;33;*;aag ;comp;tRNA;1507948;1508020;33;*;aag ;comp;tRNA;1508054;1508126;33;*;aag ;comp;tRNA;1508160;1508232;130;*;aag fin;comp;CDS;1508363;1509226;;0; deb;;CDS;1509394;1510872;106;*; ;comp;tRNA;1510979;1511051;3;*;gta ;comp;tRNA;1511055;1511126;151;*;gaa ;;tRNA;1511278;1511366;113;*;ctt fin;;CDS;1511480;1512010;;0; deb;comp;CDS;1533206;1534129;355;*; ;comp;tRNA;1534485;1534557;154;*;acg fin;comp;CDS;1534712;1535950;;0; deb;;CDS;1554441;1554638;303;*; ;comp;tRNA;1554942;1555029;673;*;agc fin;comp;CDS;1555703;1556164;;0; deb;;CDS;1556799;1558178;277;*; ;comp;rRNA;1558456;1558572;70;*;117 ;comp;rRNA;1558643;1561550;127;*;2908 ;comp;tRNA;1561678;1561750;69;*;gca ;comp;tRNA;1561820;1561893;113;*;act ;comp;rRNA;1562007;1563570;258;*;1564 fin;comp;CDS;1563829;1564131;;0; deb;comp;CDS;1583223;1584392;151;*; ;comp;tRNA;1584544;1584628;17;*;ttg ;comp;tRNA;1584646;1584730;28;*;ttg ;comp;tRNA;1584759;1584829;29;*;tgc ;comp;tRNA;1584859;1584931;13;*;cac ;comp;tRNA;1584945;1585015;4;*;tgg ;comp;tRNA;1585020;1585101;8;*;tac ;comp;tRNA;1585110;1585182;6;*;ttc ;comp;tRNA;1585189;1585262;3;*;gac ;comp;tRNA;1585266;1585339;9;*;atgf ;comp;tRNA;1585349;1585436;42;*;tca ;comp;tRNA;1585479;1585550;261;*;gaa ;comp;tRNA;1585812;1585899;2;*;agc ;comp;tRNA;1585902;1585975;3;*;atc ;comp;tRNA;1585979;1586049;14;*;gga ;comp;tRNA;1586064;1586136;17;*;ttc ;comp;tRNA;1586154;1586227;11;*;atgf ;comp;tRNA;1586239;1586312;12;*;atgi ;comp;tRNA;1586325;1586398;36;*;atgj ;comp;tRNA;1586435;1586508;6;*;cca ;comp;tRNA;1586515;1586588;5;*;cgt ;comp;tRNA;1586594;1586679;15;*;tta ;comp;tRNA;1586695;1586766;4;*;ggc ;comp;tRNA;1586771;1586843;11;*;aca ;comp;tRNA;1586855;1586936;12;*;cta ;comp;tRNA;1586949;1587021;2;*;aaa ;comp;tRNA;1587024;1587096;157;*;gta fin;comp;CDS;1587254;1588681;;; 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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP009902;ban*;;genome;;;;;;aas;cds dirigé 35.1%GC;15.8.19 Paris;16s 11;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Bacillus anthracis strain 2002013094;;;;;;;;;; ;618142..618366;;CDS;;188;188;;;75;188 ;618555..618627;;gtc;;419;*419;;;; comp;619047..619235;;CDS;;;;;;63; ;;;;;;;;;; comp;1102183..1102602;;CDS;;130;130;;;140;130 comp;1102733..1102804;;gaa;+;1;;;1;; comp;1102806..1102880;;aac;2 aca;8;;;8;; comp;1102889..1102965;;atc;2 tca;11;;;11;; comp;1102977..1103047;;tgg;;6;;;6;; comp;1103054..1103126;;aca;;9;;;9;; comp;1103136..1103211;;ttc;;9;;;9;; comp;1103221..1103296;;gac;;4;;;4;; comp;1103301..1103377;;atgf;;20;;;20;; comp;1103398..1103490;;tca;;54;;;54;; comp;1103545..1103637;;tca;;20;;;20;; comp;1103658..1103730;;gca;;16;;;16;; comp;1103747..1103820;;cca;;10;;;10;; comp;1103831..1103904;;cgt;;3;;;3;; comp;1103908..1103996;;tta;;16;;;16;; comp;1104013..1104087;;ggc;;29;;;29;; comp;1104117..1104197;;cta;;22;;;22;; comp;1104220..1104295;;cac;;9;;;9;; 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;;;;;;;;;; comp;1702642..1703788;;CDS;;114;114;;;382;114 comp;1703903..1703975;;gca;;10;;;10;; comp;1703986..1704057;;ggc;;5;;;5;; comp;1704063..1704138;;aaa;;5;;;5;; comp;1704144..1704218;;caa;;65;;;65;; comp;1704284..1704366;;tac;;17;;;17;; comp;1704384..1704459;;gta;;5;;;5;; comp;1704465..1704539;;gaa;;24;;;24;; comp;1704564..1704636;;acc;;4;;;4;; comp;1704641..1704715;;aac;;9;;;;; comp;1704725..1704840;;5s;;82;;;;; comp;1704923..1707851;;23s;;141;;;;; comp;1707993..1709545;;16s;;223;223;;;; comp;1709769..1709987;;CDS;;;;;;73; ;;;;;;;;;; comp;1767157..1767618;;CDS;;206;206;;;154;206 comp;1767825..1767940;;5s;;45;;;;; comp;1767986..1770913;;23s;;141;;;;; comp;1771055..1772608;;16s;;372;*372;;;; comp;1772981..1774480;;CDS;;;;;;*500; ;;;;;;;;;; comp;1787717..1790188;;CDS;;259;259;;;*824; comp;1790448..1790519;;gaa;;13;;13;;; comp;1790533..1790606;;atgj;@2;160;160;;;;160 comp;1790767..1791249;;CDS;;;;;;161; ;;;;;;;;;; comp;1820538..1820717;;CDS;;190;190;;;60;190 comp;1820908..1821023;;5s;;44;;;;; comp;1821068..1823996;;23s;;77;;;;; comp;1824074..1824149;;gca;;8;;;8;; comp;1824158..1824234;;atc;;130;;;;; comp;1824365..1825919;;16s;;217;217;;;; comp;1826137..1826406;;CDS;;;;;;90; ;;;;;;;;;; comp;1832600..1832992;;CDS;;166;166;;;131; comp;1833159..1833251;;tca;;156;156;;;;156 comp;1833408..1834682;;CDS;;;;;;425; ;;;;;;;;;; ;1839668..1840669;;CDS;;34;34;;;334;34 comp;1840704..1840819;;5s;;44;;;;; comp;1840864..1843791;;23s;;76;;;;; comp;1843868..1843943;;gca;;8;;;8;; comp;1843952..1844028;;atc;;130;;;;; comp;1844159..1845713;;16s;;240;240;;;; comp;1845954..1848425;;CDS;;;;;;*824; ;;;;;;;;;; ;1873838..1875127;;CDS;;139;139;;;430;139 ;1875267..1875342;;aaa;;13;;13;;; ;1875356..1875427;;gaa;;21;;21;;; ;1875449..1875524;;gac;;41;;41;;; ;1875566..1875638;;ttc;;403;*403;;;; ;1876042..1876749;;CDS;;;;;;236; ;;;;;;;;;; comp;2217640..2217846;;CDS;;205;205;;;69;205 ;2218052..2218130;;cgg;;255;255;;;; ;2218386..2219693;;CDS;;;;;;436; ;;;;;;;;;; comp;2428815..2429495;;CDS;;404;*404;;;227; ;2429900..2431456;;16s;;139;;;;; ;2431596..2434524;;23s;;97;;;;; ;2434622..2434737;;5s;;4;;;;; ;2434742..2434817;;gta;+;4;;;4;; ;2434822..2434897;;aca;2 cta;9;;;9;; ;2434907..2434982;;cac;2 aca;22;;;22;; ;2435005..2435085;;cta;;29;;;29;; ;2435115..2435189;;ggc;;16;;;16;; ;2435206..2435294;;tta;;3;;;3;; ;2435298..2435371;;cgt;;10;;;10;; ;2435382..2435455;;cca;;16;;;16;; ;2435472..2435544;;gca;;20;;;20;; ;2435565..2435657;;tca;;54;;;54;; ;2435712..2435805;;cta;;20;;;20;; ;2435826..2435902;;atgf;;1;;;1;; ;2435904..2435979;;gac;;12;;;12;; ;2435992..2436067;;ttc;;14;;;14;; ;2436082..2436157;;aca;;10;;;10;; ;2436168..2436243;;aaa;;13;;;13;; ;2436257..2436327;;gga;;10;;;10;; ;2436338..2436414;;atc;;7;;;7;; ;2436422..2436496;;aac;;7;;;7;; ;2436504..2436594;;agc;;6;;;6;; ;2436601..2436672;;gaa;;59;59;;;;59 ;2436732..2436842;;CDS;;;;;;37; ;;;;;;;;;; ;2798971..2799474;;CDS;;109;109;;;168;109 ;2799584..2799657;;gga;;1;;1;;; ;2799659..2799735;;aga;;407;*407;;;; ;2800143..2800343;;CDS;;;;;;67; ;;;;;;;;;; comp;2991608..2992366;;CDS;;242;242;;;253; ;2992609..2992682;;atgi;;221;221;;;;221 ;2992904..2993515;;CDS;;;;;;204; </pre> ====ban cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_cumuls|ban cumuls]] <pre> ban* cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;3;2;1;0;1;0;100;10 ;16 23 5s 0;4;20;25;47;50;2;20;1;200;9 ;16 atc gca;2;40;3;6;100;3;40;1;300;6 ;16 23 5s a;5;60;4;2;150;6;60;2;400;4 ;max a;21;80;0;2;200;7;80;0;500;4 ;a doubles;2;100;2;0;250;8;100;1;600;1 ;autres;0;120;0;0;300;3;120;4;700;1 ;total aas;66;140;0;0;350;0;140;2;800;0 sans ;opérons;9;160;0;0;400;2;160;2;900;2 ;1 aa;5;180;0;0;450;3;180;0;1000;0 ;max a;33;200;0;0;500;0;200;2;1100;1 ;a doubles;1;;0;0;;0;;4;;0 ;total aas;46;;37;59;;34;;19;;38 total aas;;112;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;18;15;;232;;132;;274 ;;;variance;21;14;;143;;62;;238 sans jaune;;;moyenne;14;;;165;;;;191 ;;;variance;14;;;71;;;;124 </pre> ====ban blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_blocs|ban blocs]] <pre> ban intercalaires des 11 clusters à rrnas;;;;;;;; cds;694’;;cds;386’;;cds;114; 16s;141;;16s;141;;aac;*; 23s;97;;23s;96;;31aas;1; 5s;4;;5s;9;;gga;75; gta;*;;aac;*;;16s;141; 17aas;1;;9aas;10;;23s;46; gaa;130;;ttg;207’;;5s;12; cds;;;cds;;;atgf;3; ;;;;;;gac;174; cds;223;;cds;404’;;cds;; 16s;141;;16s;139;;;; 23s;82;;23s;97;;cds;217;240 5s;9;;5s;4;;16s;130;130 aac;*;;gta;4;;atc;8;8 7aas;10;;19aas;*;;gca;77;76 gca;114;;gaa;59;;23s;44;44 cds;;;cds;;;5s;190;34’ ;;;;;;cds;; cds;476’;451’;294;372;;;; 16s;173;142;153;141;;;; 23s;49;46;45;45;;;; 5s;57’;99’;14’;206;;;; cds;;;;;;;; </pre> ====ban distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_distribution|ban distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;tca2 5s;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;2;tgc;1 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;3;acc;2;aac;6;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;4 gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;6 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;4;tca;5;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;5;aaa;4;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;5;cca;4;caa;4;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;6;gca;4;gaa;6;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ban;;5;;;;;5;;ban;8;;;;;;8;;;;;;;;;;;ban;;;;93;;;93 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;33 -16s;; </pre> ====ban données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_données_intercalaires|ban données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ban;fx;fc;ban;fx40;fc40;ban;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;33;0;0;33;-1;;73;188;419;16s tRNA;;;tRNA tRNA;suite;contigu;tRNA tRNA;suite;contigu ;0;10;16;234;1;1;38;-2;;1;130;210;2* 132;;atc;14;;tgc;10;;gca ;0;20;41;427;2;2;35;-3;;0;198;205;;;;5;;ggc;5;;ggc ;0;30;81;192;3;2;40;-4;3;241;115;242;tRNA 16s;;;63;;caa;5;;aaa ;0;40;134;137;4;3;33;-5;;0;174;;76;;gaa;19;;cac;65;;caa ;0;50;84;97;5;1;20;-6;;0;114;;tRNA 23s;;gca;7;;tgg;17;;tac ;0;60;75;97;6;0;22;-7;;3;114;;80;;;17;;tac;5;;gta ;0;70;35;120;7;3;10;-8;1;84;259;;79;;;5;;gta;24;;gaa ;0;80;36;127;8;1;7;-9;2;0;160;;5s tRNA;;;24;;gaa;4;;acc ;0;90;38;94;9;0;12;-10;;3;166;;2* 4;;gta;4;;acc;**;;aac ;0;100;57;108;10;3;17;-11;1;30;156;;2* 9;;aac;**;;aac;4;;gta ;1;110;44;135;11;3;31;-12;1;0;139;;12;;atgf;3;;gac;9;;aca ;3;120;52;132;12;2;63;-13;;10;403;;tRNA tRNA;;intra;**;;atgf;22;;cac ;1;130;45;108;13;4;42;-14;1;19;258;;2* 8;;atc gca;1;;gga;29;;cta ;1;140;38;89;14;6;50;-15;;0;657;;tRNA tRNA;;;4;;cca;16;;ggc ;0;150;55;94;15;2;62;-16;;5;109;;13;;gaa;3;;cgt;3;;tta ;2;160;37;82;16;4;37;-17;;15;410;;**;;atgj;16;;tta;10;;cgt ;1;170;45;66;17;4;39;-18;;0;221;;139;;;29;;ggc;16;;cca ;1;180;39;55;18;5;40;-19;;3;CDS 16s;;13;;aaa;14;;cta;20;;gca ;1;190;42;62;19;3;31;-20;;15;295;695;21;;gaa;5;;aaa;54;;tca ;1;200;42;51;20;8;32;-21;;0;224;387;41;;gac;87;;caa;20;;cta 2;0;210;34;65;21;1;29;-22;;3;373;477;**;;ttc;46;;gac;1;;atgf ;0;220;25;48;22;6;21;-23;;10;218;452;1;;gga;4;;gta;12;;gac ;1;230;30;43;23;7;29;-24;;0;241;404;**;;aga;1;;gaa;14;;ttc ;0;240;28;35;24;10;21;-25;1;5;23s 5s;;tRNA tRNA;;contigu;8;;aac;10;;aca 1;0;250;22;30;25;6;16;-26;;10;2* 101;;1;;gaa;11;;atc;13;;aaa ;2;260;25;25;26;6;18;-27;;0;100;;8;;aac;6;;tgg;10;;gga ;0;270;22;36;27;9;20;-28;1;3;3* 50;;11;;atc;9;;aca;7;;atc ;0;280;26;29;28;13;12;-29;;2;2* 49;;6;;tgg;8;;ttc;7;;aac ;0;290;15;28;29;13;16;-30;;0;86;;9;;aca;4;;gac;6;;agc ;0;300;20;28;30;10;10;-31;;1;2* 48;;9;;ttc;20;;atgf;**;;gaa ;0;310;12;32;31;10;22;-32;;6;16s 23s;;4;;gac;54;;tca;;; ;0;320;17;19;32;5;13;-33;;0;5* 146;;20;;atgf;20;;tca;;; ;0;330;11;26;33;15;17;-34;;1;147;;54;;tca;16;;gca;;; ;0;340;22;28;34;10;12;-35;;6;177;;20;;tca;10;;cca;;; ;0;350;8;27;35;18;12;-36;;0;158;;16;;gca;3;;cgt;;; ;0;360;19;17;36;12;16;-37;;2;144;;10;;cca;16;;tta;;; ;0;370;11;17;37;11;13;-38;;2;5s CDS;;3;;cgt;29;;ggc;;; ;0;380;13;13;38;12;13;-39;;0;190;57;16;;tta;13;;cta;;; ;0;390;10;20;39;19;11;-40;;0;206;99;29;;ggc;5;;aaa;;; ;0;400;10;15;40;22;8;-41;;0;;14;22;;cta;87;;caa;;; 1;3;reste;163;168;reste;1307;2266;-42;1;0;;34;9;;cac;46;;gac;;; 4;18;total;1579;3289;total;1579;3289;-43;;0;;;4;;aca;4;;gta;;; 3;15;diagr;1416;3088;diagr;272;990;-44;;2;;;**;;gta;8;;gaa;;; 0;0; t30;138;853;;;;-45;;0;;;;;;3;;agc;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;**;;aac;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;; ;x;1579;13;0;1592;;;-49;;1;;;;;;;;;;; ;c;3256;564;33;3853;;;-50;;8;;;;;;;;;;; ;;;;;5445;173;;reste;1;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;5618;;total;13;564;;;;;;;;;;; </pre> =====ban autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_autres_intercalaires_aas|ban autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ban;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;342504;342953;175;*; ;comp;ncRNA;343129;343312;21;*; ;comp;ncRNA;343334;343516;116;*; fin;comp;CDS;343633;344466;;; deb;comp;CDS;359943;361082;180;*; ;comp;ncRNA;361263;361653;87;*; fin;comp;CDS;361741;362079;;; deb;;CDS;618142;618366;188;*; ;;tRNA;618555;618627;419;*;gtc fin;comp;CDS;619047;619235;;; deb;comp;CDS;1102183;1102602;130;*; ;comp;tRNA;1102733;1102804;1;*;gaa ;comp;tRNA;1102806;1102880;8;*;aac ;comp;tRNA;1102889;1102965;11;*;atc ;comp;tRNA;1102977;1103047;6;*;tgg ;comp;tRNA;1103054;1103126;9;*;aca ;comp;tRNA;1103136;1103211;9;*;ttc ;comp;tRNA;1103221;1103296;4;*;gac ;comp;tRNA;1103301;1103377;20;*;atgf ;comp;tRNA;1103398;1103490;54;*;tca ;comp;tRNA;1103545;1103637;20;*;tca ;comp;tRNA;1103658;1103730;16;*;gca ;comp;tRNA;1103747;1103820;10;*;cca ;comp;tRNA;1103831;1103904;3;*;cgt ;comp;tRNA;1103908;1103996;16;*;tta ;comp;tRNA;1104013;1104087;29;*;ggc ;comp;tRNA;1104117;1104197;22;*;cta ;comp;tRNA;1104220;1104295;9;*;cac ;comp;tRNA;1104305;1104380;4;*;aca ;comp;tRNA;1104385;1104460;4;*;gta ;comp;rRNA;1104465;1104580;101;*;116 ;comp;rRNA;1104682;1107601;146;*;2920 ;comp;rRNA;1107748;1109298;695;*;1551 fin;;CDS;1109994;1113038;;0; deb;comp;CDS;1306706;1307848;198;*; ;comp;tRNA;1308047;1308120;115;*;gga fin;comp;CDS;1308236;1308889;;; deb;;CDS;1312025;1312345;210;*; ;comp;tRNA;1312556;1312637;10;*;ttg ;comp;tRNA;1312648;1312718;14;*;tgc ;comp;tRNA;1312733;1312807;5;*;ggc ;comp;tRNA;1312813;1312887;63;*;caa ;comp;tRNA;1312951;1313026;19;*;cac ;comp;tRNA;1313046;1313119;7;*;tgg ;comp;tRNA;1313127;1313210;17;*;tac ;comp;tRNA;1313228;1313303;5;*;gta ;comp;tRNA;1313309;1313383;24;*;gaa ;comp;tRNA;1313408;1313480;4;*;acc ;comp;tRNA;1313485;1313559;9;*;aac ;comp;rRNA;1313569;1313684;100;*;116 ;comp;rRNA;1313785;1316706;146;*;2922 ;comp;rRNA;1316853;1318404;387;*;1552 fin;;CDS;1318792;1319148;;0; deb;;CDS;1556278;1556507;57;*; ;comp;rRNA;1556565;1556680;50;*;116 ;comp;rRNA;1556731;1560125;177;*;3395 ;comp;rRNA;1560303;1562131;477;*;1829 fin;;CDS;1562609;1563322;;; deb;;CDS;1566949;1567219;99;*; ;comp;rRNA;1567319;1567434;50;*;116 ;comp;rRNA;1567485;1570406;147;*;2922 ;comp;rRNA;1570554;1572114;452;*;1561 fin;;CDS;1572567;1574498;;; deb;;CDS;1579539;1580615;14;*; ;comp;rRNA;1580630;1580745;49;*;116 ;comp;rRNA;1580795;1583909;158;*;3115 ;comp;rRNA;1584068;1585719;295;*;1652 fin;comp;CDS;1586015;1587520;;; deb;comp;CDS;1600693;1601166;174;*; ;comp;tRNA;1601341;1601416;3;*;gac ;comp;tRNA;1601420;1601496;12;*;atgf ;comp;rRNA;1601509;1601624;50;*;116 ;comp;rRNA;1601675;1604595;146;*;2921 ;comp;rRNA;1604742;1606293;76;*;1552 ;comp;tRNA;1606370;1606440;1;*;gga ;comp;tRNA;1606442;1606518;4;*;cca ;comp;tRNA;1606523;1606599;3;*;cgt ;comp;tRNA;1606603;1606691;16;*;tta ;comp;tRNA;1606708;1606782;29;*;ggc ;comp;tRNA;1606812;1606892;14;*;cta ;comp;tRNA;1606907;1606982;5;*;aaa ;comp;tRNA;1606988;1607062;87;*;caa ;comp;tRNA;1607150;1607225;46;*;gac ;comp;tRNA;1607272;1607347;4;*;gta ;comp;tRNA;1607352;1607426;1;*;gaa ;comp;tRNA;1607428;1607502;8;*;aac ;comp;tRNA;1607511;1607587;11;*;atc ;comp;tRNA;1607599;1607669;6;*;tgg ;comp;tRNA;1607676;1607748;9;*;aca ;comp;tRNA;1607758;1607833;8;*;ttc ;comp;tRNA;1607842;1607917;4;*;gac ;comp;tRNA;1607922;1607998;20;*;atgf ;comp;tRNA;1608019;1608111;54;*;tca ;comp;tRNA;1608166;1608258;20;*;tca ;comp;tRNA;1608279;1608351;16;*;gca ;comp;tRNA;1608368;1608441;10;*;cca ;comp;tRNA;1608452;1608525;3;*;cgt ;comp;tRNA;1608529;1608617;16;*;tta ;comp;tRNA;1608634;1608708;29;*;ggc ;comp;tRNA;1608738;1608818;13;*;cta ;comp;tRNA;1608832;1608907;5;*;aaa ;comp;tRNA;1608913;1608987;87;*;caa ;comp;tRNA;1609075;1609150;46;*;gac ;comp;tRNA;1609197;1609272;4;*;gta ;comp;tRNA;1609277;1609351;8;*;gaa ;comp;tRNA;1609360;1609450;3;*;agc ;comp;tRNA;1609454;1609528;114;*;aac fin;comp;CDS;1609643;1610101;;0; deb;comp;CDS;1702642;1703788;114;*; ;comp;tRNA;1703903;1703975;10;*;gca ;comp;tRNA;1703986;1704057;5;*;ggc ;comp;tRNA;1704063;1704138;5;*;aaa ;comp;tRNA;1704144;1704218;65;*;caa ;comp;tRNA;1704284;1704366;17;*;tac ;comp;tRNA;1704384;1704459;5;*;gta ;comp;tRNA;1704465;1704539;24;*;gaa ;comp;tRNA;1704564;1704636;4;*;acc ;comp;tRNA;1704641;1704715;9;*;aac ;comp;rRNA;1704725;1704840;86;*;116 ;comp;rRNA;1704927;1707848;146;*;2922 ;comp;rRNA;1707995;1709544;224;*;1550 fin;comp;CDS;1709769;1709987;;0; deb;comp;CDS;1767157;1767618;206;*; ;comp;rRNA;1767825;1767940;49;*;116 ;comp;rRNA;1767990;1770910;146;*;2921 ;comp;rRNA;1771057;1772607;373;*;1551 fin;comp;CDS;1772981;1774480;;; deb;comp;CDS;1787717;1790188;259;*; ;comp;tRNA;1790448;1790519;13;*;gaa ;comp;tRNA;1790533;1790606;160;*;atgj fin;comp;CDS;1790767;1791249;;; deb;comp;CDS;1820538;1820717;190;*; ;comp;rRNA;1820908;1821023;48;*;116 ;comp;rRNA;1821072;1823993;80;*;2922 ;comp;tRNA;1824074;1824149;8;*;gca ;comp;tRNA;1824158;1824234;132;*;atc ;comp;rRNA;1824367;1825918;218;*;1552 fin;comp;CDS;1826137;1826406;;; deb;comp;CDS;1827820;1829508;132;*; ;comp;ncRNA;1829641;1829905;79;*; fin;comp;CDS;1829985;1830485;;0; deb;comp;CDS;1832600;1832992;166;*; ;comp;tRNA;1833159;1833251;156;*;tca fin;comp;CDS;1833408;1834682;;; deb;;CDS;1839668;1840669;34;*; ;comp;rRNA;1840704;1840819;48;*;116 ;comp;rRNA;1840868;1843788;79;*;2921 ;comp;tRNA;1843868;1843943;8;*;gca ;comp;tRNA;1843952;1844028;132;*;atc ;comp;rRNA;1844161;1845712;241;*;1552 fin;comp;CDS;1845954;1848425;;; deb;;CDS;1873838;1875127;139;*; ;;tRNA;1875267;1875342;13;*;aaa ;;tRNA;1875356;1875427;21;*;gaa ;;tRNA;1875449;1875524;41;*;gac ;;tRNA;1875566;1875638;403;*;ttc fin;;CDS;1876042;1876749;;; deb;comp;CDS;2217640;2217846;205;*; ;;tRNA;2218052;2218127;258;*;cgg fin;;CDS;2218386;2219693;;; deb;;CDS;2250178;2250645;126;*; ;;tmRNA;2250772;2251126;407;*; fin;;CDS;2251534;2252211;;; deb;comp;CDS;2428815;2429495;404;*; ;;rRNA;2429900;2431454;144;*;1555 ;;rRNA;2431599;2434520;101;*;2922 ;;rRNA;2434622;2434737;4;*;116 ;;tRNA;2434742;2434817;4;*;gta ;;tRNA;2434822;2434897;9;*;aca ;;tRNA;2434907;2434982;22;*;cac ;;tRNA;2435005;2435085;29;*;cta ;;tRNA;2435115;2435189;16;*;ggc ;;tRNA;2435206;2435294;3;*;tta ;;tRNA;2435298;2435371;10;*;cgt ;;tRNA;2435382;2435455;16;*;cca ;;tRNA;2435472;2435544;20;*;gca ;;tRNA;2435565;2435657;54;*;tca ;;tRNA;2435712;2435805;20;*;cta ;;tRNA;2435826;2435902;1;*;atgf ;;tRNA;2435904;2435979;12;*;gac ;;tRNA;2435992;2436067;14;*;ttc ;;tRNA;2436082;2436157;10;*;aca ;;tRNA;2436168;2436243;13;*;aaa ;;tRNA;2436257;2436327;10;*;gga ;;tRNA;2436338;2436414;7;*;atc ;;tRNA;2436422;2436496;7;*;aac ;;tRNA;2436504;2436594;6;*;agc ;;tRNA;2436601;2436672;657;*;gaa fin;;CDS;2437330;2438274;;0; deb;;CDS;2798971;2799474;109;*; ;;tRNA;2799584;2799657;1;*;gga ;;tRNA;2799659;2799732;410;*;aga fin;;CDS;2800143;2800343;;0; deb;comp;CDS;2991608;2992366;242;*; ;;tRNA;2992609;2992682;221;*;atgi fin;;CDS;2992904;2993515;;; </pre> ====ban séquences==== <pre> 33 aas;inter;21 aas;inter;19 aas;inter;11 aas;inter ;;;;;;; gga;1;;;;;ttg;10 cca;4;;;;;tgc;14 cgt;3;;;;;ggc;5 tta;16;;;;;caa;63 ggc;29;;;;;cac;19 cta;14;;;;;tgg;7 aaa;5;;;;;tac;17 caa;87;;;;;gta;5 gac;46;gaa;6;;;gaa;24 gta;4;agc;7;;;acc;4 gaa;1;aac;7;gaa;1;aac; aac;8;atc;10;aac;8;; atc;11;gga;13;atc;11;; tgg;6;aaa;10;tgg;6;; aca;9;aca;14;aca;9;; ttc;8;ttc;12;ttc;9;; gac;4;gac;1;gac;4;; atgf;20;atgf;20;atgf;20;; tca;54;cta;54;tca;54;9 aas;inter tca;20;tca;20;tca;20;; gca;16;gca;16;gca;16;gca;10 cca;10;cca;10;cca;10;ggc;5 cgt;3;cgt;3;cgt;3;aaa;5 tta;16;tta;16;tta;16;caa;65 ggc;29;ggc;29;ggc;29;tac;17 cta;13;cta;22;cta;22;gta;5 aaa;5;cac;9;cac;9;gaa;24 caa;87;aca;4;aca;4;acc;4 gac;46;gta;;gta;;aac; gta;4;;;;;; gaa;8;;;;;; agc;3;;;;;; aac;;;;;;; </pre> ===bacilli synthèse=== ====bacilli distribution par génome==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_génome|bacilli distribution par génome]] <pre> baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total bsu;18;8;;52;2;4;;2;86 lmo;9;8;;44;;4;;2;67 lam;22;14;;16;;4;3;4;63 ppm;67;21;;68;;5;;;161 pmq;22;11;;138;;0;2;;173 lbu;49;16;;16;;10;7;;98 ban;8;5;;60;33;4;;2;112 ;;;;;;;;; total;195;83;0;394;35;31;12;10;760 </pre> ====bacilli distribution du total==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_du_total|bacilli distribution du total]] <pre> baci8;Sans 2 16s, 10 13aas et 31 +16s;;;;;;717;;baci8;Le reste;;;;;;43 atgi;8;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc; atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;15;acc;1;aac;4;agc; ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1 gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3 tta;16;tca;17;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;16;gaa;;gga;1 ttg;13;tcg;10;tag;;tgg;15;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg; atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;;acg;;aag;5;agg; ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total type;207;83;0;394;33;0;717;;type;12;;;10;2;31;43 </pre> ====bacilli distribution par type==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_type|bacilli distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> baci8;;;;;;;717;;baci8;;;;;;;83;;baci8;;;;;;;195;;baci8;;;;;;;12;;baci8;;;;;;;427 atgi;8;tct;0;tat;0;atgf;25;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;18 att;0;act;2;aat;0;agt;0;;att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;5;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;0;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;14;tcc;9;tac;13;tgc;7 atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;1;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;3;acc;;aac;9;agc;6;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;12;acc;6;aac;22;agc;10 ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;3;ccc;2;cac;;cgt;1;;ctc;4;ccc;;cac;9;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;23 gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;5;gcc;2;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;11;ggc;7;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;3;gcc;1;gac;22;ggc;29 tta;16;tca;17;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;5;taa;;tga;;;tta;3;tca;5;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;11;tca;7;taa;;tga; ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;1;aaa;;aga;7;;ata;1;aca;4;aaa;8;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;18;aaa;22;aga;1 cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;3;cca;5;caa;10;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;12;cca;22;caa;15;cga; gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;;gaa;;gga;5;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;28;gca;15;gaa;23;gga;10 ttg;13;tcg;10;tag;0;tgg;15;;ttg;;tcg;5;tag;;tgg;;;ttg;4;tcg;3;tag;;tgg;7;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;8 atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;2;acg;3;aag;4;agg;3;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;8;acg;2;aag;;agg; ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;1;ccg;2;cag;1;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====bacilli par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacilli par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;43;21;5;13;;;82; 16;moyen;27;59;4;135;2;31;227; 14;fort;13;115;3;279;8;2;418; ; ;83;195;12;427;10;33;760; 10;g+cga;16;12;5;5;;;38; 2;agg+cgg;11;0;;;;;11; 4;carre ccc;12;5;;8;;;25; 5;autres;4;4;;;;;8; ;;43;21;5;13;;;82; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;baci ‰;ref. ‰ 21;faible;57;28;7;17;;;108;26 16;moyen;36;78;5;178;3;41;299;324 14;fort;17;151;4;367;11;3;550;650 ;;109;257;16;562;13;43;760;729 10;g+cga;21;16;7;7;;;50;10 2;agg+cgg;14;;;;;;14; 4;carre ccc;16;7;;11;;;33;16 5;autres;5;5;;;;;11; ;;57;28;7;17;;;108; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;148;72;17;238;26;52;11; 16;moyen;93;203;14;310;324;33;30; 14;fort;45;397;10;452;650;16;59; ;;286;672;41;290;729;83;195; 10;g+cga;55;41;17;114;;37;; 2;agg+cgg;38;;;38;;26;; 4;carre ccc;41;17;;59;;28;; 5;autres;14;14;;28;;9;; ;;148;72;17;238;;43;; </pre> ====bacilli, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli,_estimation_des_-rRNAs|bacilli, estimation des -rRNAs]] <pre> ;;;;;;;;bacilli;;;;;;;;;;;;;;;;; 32 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;32;1889;0;0;;indices;;;;32;5903;0;0;;baci7;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;290 atgi;20;tct;;tat;;atgf;91;;atgi;63;tct;;tat;;atgf;284;;atgi;5;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;2;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;5;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;63;tcc;30;tac;56;tgc;30;;ttc;197;tcc;94;tac;175;tgc;94;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5 atc;92;acc;27;aac;99;agc;38;;atc;288;acc;84;aac;309;agc;119;;atc;4;acc;2;aac;10;agc;7 ctc;15;ccc;;cac;53;cgt;82;;ctc;47;ccc;;cac;166;cgt;256;;ctc;7;ccc;2;cac;9;cgt;4 gtc;3;gcc;1;gac;106;ggc;101;;gtc;9.4;gcc;3.1;gac;331;ggc;316;;gtc;5;gcc;3;gac;12;ggc;10 tta;59;tca;49;taa;;tga;;;tta;184;tca;153;taa;;tga;;;tta;5;tca;10;taa;;tga; ata;;aca;87;aaa;84;aga;1;;ata;0;aca;272;aaa;263;aga;3.1;;ata;1;aca;5;aaa;8;aga;8 cta;54;cca;77;caa;69;cga;;;cta;169;cca;241;caa;216;cga;;;cta;3;cca;5;caa;14;cga;2 gta;113;gca;122;gaa;94;gga;49;;gta;353;gca;381;gaa;294;gga;153;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;9 ttg;32;tcg;2;tag;;tgg;42;;ttg;100;tcg;6.3;tag;;tgg;131;;ttg;6;tcg;8;tag;;tgg;7 atgj;32;acg;3;aag;;agg;;;atgj;100;acg;9.4;aag;;agg;;;atgj;6;acg;5;aag;10;agg;3 ctg;12;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;37.5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;2;cag;1;cgg;8 gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3.1;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg;3 ;;693;;1171;;25;1889;;;;2166;;3659;;78;5903;;;;90;;131;;69;290 29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;49366;0,2;0;;indices;sans +16s;;;618;49366;0,2;0;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;84;tct;0.3;tat;0.5;atgf;1;;atgi;146;tct;0.3;tat;0.5;atgf;285;;atgi;71;tct;;tat;;atgf;100 att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;;act;29;aat;;agt; ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;71;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;75;tcc;26;tac;64;tgc;23;;ttc;272;tcc;120;tac;239;tgc;117;;ttc;129;tcc;43;tac;157;tgc;71 atc;23;acc;8;aac;69;agc;40;;atc;310;acc;92;aac;378;agc;159;;atc;57;acc;29;aac;143;agc;100 ctc;28;ccc;6.1;cac;20;cgt;32;;ctc;75;ccc;6.1;cac;186;cgt;288;;ctc;100;ccc;29;cac;129;cgt;57 gtc;44;gcc;27;gac;55;ggc;-6;;gtc;53;gcc;30;gac;386;ggc;310;;gtc;71;gcc;43;gac;171;ggc;143 tta;27;tca;91;taa;1.1;tga;1.8;;tta;211;tca;244;taa;1.1;tga;1.8;;tta;71;tca;143;taa;;tga; ata;2.1;aca;22;aaa;78;aga;116;;ata;2.1;aca;294;aaa;340;aga;119;;ata;14;aca;71;aaa;114;aga;114 cta;30;cca;2;caa;83;cga;6.3;;cta;199;cca;243;caa;299;cga;6.3;;cta;43;cca;71;caa;200;cga;29 gta;44;gca;62;gaa;174;gga;152;;gta;397;gca;443;gaa;468;gga;305;;gta;114;gca;29;gaa;271;gga;129 ttg;25;tcg;41;tag;0.8;tgg;6;;ttg;125;tcg;47;tag;0.8;tgg;137;;ttg;86;tcg;114;tag;;tgg;100 atgj;52;acg;38;aag;73;agg;72;;atgj;152;acg;47;aag;73;agg;72;;atgj;86;acg;71;aag;143;agg;43 ctg;22.5;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;60;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;114;ccg;29;cag;14;cgg;114 gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;15;;gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;18;;gtg;;gcg;;gag;29;ggg;43 ;;654;;845;;582;2081;;;;2820;;4504;;660;7984;;;;1286;;1871;;986;4143 rapports;;23;;19;;88;26;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;57;tct;;tat;;atgf;0.2;;fiches;28.90625;;;fréquences;;;;;atgi;14;tct;100;tat;100;atgf;99 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;925;;;0/0;0;;;;att;100;act;62;aat;100;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;1902;;;10;2;;;;ctt;34;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;32;;;20;3;;;;gtt;100;gct;100;gat;;ggt; ttc;28;tcc;22;tac;27;tgc;20;;;;;;30;1;;;;ttc;42;tcc;39;tac;59;tgc;67 atc;7;acc;8;aac;18;agc;25;;baci7;41.429;;;40;9;;;;atc;61;acc;73;aac;52;agc;60 ctc;38;ccc;100;cac;11;cgt;11;;sans;290;;;50;6;21;;;ctc;72;ccc;79;cac;84;cgt;44 gtc;82;gcc;90;gac;14;ggc;-2;;avec;470;;;60;5;;;;gtc;39;gcc;37;gac;68;ggc;104 tta;13;tca;37;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;9;;;;tta;63;tca;36;taa;100;tga;100 ata;100;aca;8;aaa;23;aga;97;;;;;;80;5;;;;ata;85;aca;69;aaa;32;aga;1 cta;15;cca;1.0;caa;28;cga;100;;L’estimation par baci7;;;;90;3;;;;cta;29;cca;97;caa;58;cga;78 gta;11;gca;14;gaa;37;gga;50;;est 43 % au dessus;;;;100;6;;;;gta;62;gca;54;gaa;36;gga;15 ttg;20;tcg;87;tag;;tgg;4;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;71;tcg;64;tag;100;tgg;94 atgj;34;acg;80;aag;100;agg;100;;32;;100;;;50;;;;atgj;39;acg;47;aag;49;agg;40 ctg;38;ccg;100;cag;100;cgg;100;;atc;45;310;;;;;;;ctg;80;ccg;34;cag;16;cgg;5 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;83;;gca;59;443;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;44;ggg;65 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;867;;838;;850;2554 </pre> ==clostridia== ===psor=== ====psor opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_opérons|psor opérons]] <pre> 27.3%GC;8.8.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Paeniclostridium sordellii AM370;;;;;;;;; ;9847..10620;CDS;;205;205;;;258; ;10826..12332;16s;;196;;;;; ;12529..15445;23s;;78;;;;; ;15524..15640;5s;;85;85;;;;85 ;15726..15947;CDS;;;;;;74; ;;;;;;;;; ;18845..19297;CDS;;3;3;;;151;3 ;19301..19393;tcc;;27;;;;; ;19421..19685;ncRNA;;152;152;;;; ;19838..21478;CDS;;;;;;*547; ;;;;;;;;; ;24343..24570;CDS;;309;309;;;76; ;24880..26386;16s;;196;;;;; ;26583..29499;23s;;122;;;;; ;29622..29738;5s;;5;;;5;; ;29744..29832;tta;+;13;;;13;; ;29846..29921;atgf;3 aaa;15;;;15;; ;29937..30011;gaa;6 atg;9;;;9;; ;30021..30094;gga;3 gta;6;;;6;; ;30101..30176;gta;1 cgt;5;;;5;; ;30182..30258;gac;1 ggc;16;;;16;; ;30275..30350;aac;2 fois suite;4;;;4;; ;30355..30429;aca;aac aca aga;4;;;4;; ;30434..30518;tac;caa cac cca;15;;;15;; ;30534..30617;cta;cta gaa gac;14;;;14;; ;30632..30708;aga;gga tac tca;7;;;7;; ;30716..30791;caa;tgc tta ttc;11;;;11;; ;30803..30878;aaa;;6;;;6;; ;30885..30973;tca;;3;;;3;; ;30977..31052;ttc;;9;;;9;; ;31062..31138;atgj;;8;;;8;; ;31147..31223;atgi;;21;;;21;; ;31245..31321;cca;;6;;;6;; ;31328..31404;cac;;4;;;4;; ;31409..31482;tgc;;25;;;25;; ;31508..31596;tta;;13;;;13;; ;31610..31685;atgf;;15;;;15;; ;31701..31775;gaa;;9;;;9;; ;31785..31858;gga;;6;;;6;; ;31865..31940;gta;;5;;;5;; ;31946..32022;gac;;16;;;16;; ;32039..32114;aac;;4;;;4;; ;32119..32193;aca;;4;;;4;; ;32198..32282;tac;;15;;;15;; ;32298..32381;cta;;11;;;11;; ;32393..32467;ggc;;13;;;13;; ;32481..32557;aga;;7;;;7;; ;32565..32640;caa;;11;;;11;; ;32652..32727;aaa;;6;;;6;; ;32734..32822;tca;;3;;;3;; ;32826..32901;ttc;;9;;;9;; ;32911..32987;atgj;;8;;;8;; ;32996..33072;atgi;;21;;;21;; ;33094..33170;cca;;6;;;6;; ;33177..33253;cac;;9;;;9;; ;33263..33338;aaa;;21;;;21;; ;33360..33433;tgc;;6;;;6;; ;33440..33516;cgt;;10;;;;; ;33527..33602;gta;;162;162;;;;162 ;33765..34016;CDS;;;;;;84; ;;;;;;;;; ;34042..34455;CDS;;249;249;;;138; ;34705..36211;16s;;196;;;;; ;36408..39324;23s;;78;;;;; ;39403..39519;5s;;402;*402;;;; comp;39922..40113;CDS;;348;348;;;64; ;40462..41968;16s;;196;;;;; ;42165..45081;23s;;78;;;;; ;45160..45276;5s;;180;180;;;;*180 ;45457..47394;CDS;;;;;;*646; ;;;;;;;;; ;101428..102144;CDS;;276;276;;;239; ;102421..103927;16s;;54;;;;; ;103982..104057;gca;;114;;;;; ;104172..107096;23s;;41;;;;; ;107138..107211;gga;;11;;;;; ;107223..107339;5s;;99;99;;;;99 comp;107439..108617;CDS;;;;;;393; ;;;;;;;;; ;111345..111884;CDS;;431;*431;;;180; ;112316..113822;16s;;54;;;;; ;113877..113952;gca;;114;;;;; ;114067..116982;23s;;193;;;;; ;117176..117292;5s;;5;;;;; ;117298..117386;tta;;9;;;9;; ;117396..117472;atgi;;123;;;;; ;117596..119102;16s;;54;;;;; ;119157..119232;gca;;114;;;;; ;119347..122263;23s;;193;;;;; ;122457..122573;5s;;5;;;;; ;122579..122667;tta;;9;;;9;; ;122677..122753;atgi;;123;;;;; ;122877..124383;16s;;54;;;;; ;124438..124513;gca;;114;;;;; ;124628..127549;23s;;78;;;;; ;127628..127744;5s;;100;100;;;;100 ;127845..129260;CDS;;;;;;472; ;;;;;;;;; ;215388..216260;CDS;;264;264;;;291; ;216525..218030;16s;;123;;;;; ;218154..218229;gca;;152;;;;; ;218382..221296;23s;;50;;;;; ;221347..221420;gga;;12;;;;; ;221433..221549;5s;;109;109;;;;109 ;221659..221940;CDS;;525;*525;;;94; ;222466..223972;16s;;196;;;;; ;224169..227083;23s;;144;;;;; ;227228..227344;5s;;228;228;;;;*228 ;227573..227989;CDS;;;;;;139; ;;;;;;;;; ;449964..450266;CDS;;253;253;;;101; ;450520..452026;16s;;196;;;;; ;452223..455139;23s;;144;;;;; ;455284..455400;5s;;112;112;;;;112 comp;455513..456616;CDS;;;;;;368; ;;;;;;;;; ;498418..499074;CDS;;189;189;;;219; ;499264..500770;16s;;118;;;;; ;500889..500964;gca;;95;;;;; ;501060..503976;23s;;144;;;;; ;504121..504237;5s;;131;131;;;;131 ;504369..504551;CDS;;;;;;61; ;;;;;;;;; ;546886..550416;CDS;;41;41;;;*1177;*41 comp;550458..550544;ttg;;138;138;;;; ;550683..553325;CDS;;;;;;*881; ;;;;;;;;; ;608009..608683;CDS;;195;195;;;225; ;608879..608975;tga;;37;37;;;;37 comp;609013..609732;CDS;;;;;;240; ;;;;;;;;; ;815939..816655;CDS;;71;71;;;239;71 ;816727..816800;tgc;;12;;12;;; ;816813..816888;aac;;3;;3;;; ;816892..816966;aca;;285;285;;;; ;817252..818727;CDS;;;;;;492; ;;;;;;;;; ;1284870..1288097;CDS;;111;111;;;*1076;*111 ;1288209..1288297;cta;;426;*426;;;; ;1288724..1290853;CDS;;;;;;*710; ;;;;;;;;; ;1445161..1445664;CDS;;135;135;;;168;135 ;1445800..1445868;other;@1;258;258;;;; ;1446127..1446813;CDS;;;;;;229; ;;;;;;;;; ;2267513..2267698;CDS;@2;306;306;;;62;*306 comp;2268005..2268088;cta;;404;*404;;;; ;2268493..2269758;CDS;;;;;;422; ;;;;;;;;; ;3094098..3094784;CDS;;40;40;;;229;40 comp;3094825..3094941;5s;;78;;;;; comp;3095020..3097936;23s;;194;;;;; comp;3098131..3099637;16s;;276;276;;;; comp;3099914..3101161;CDS;;;;;;416; ;;;;;;;;; ;3159922..3160827;CDS;;37;37;;;302;37 comp;3160865..3160956;agc;;120;120;;;; comp;3161077..3161376;CDS;;;;;;100; ;;;;;;;;; comp;3274188..3274733;CDS;;245;245;;;182;*245 comp;3274979..3275095;5s;@3;12;;;;; comp;3275108..3275181;gga;;107;;;;; comp;3275289..3278214;23s;;137;;;;; comp;3278352..3279858;16s;;253;253;;;; comp;3280112..3280690;CDS;;;;;;193; ;;;;;;;;; comp;3303104..3304150;CDS;;124;124;;;349;124 comp;3304275..3304459;riboswitch;@4;96;;;;; comp;3304556..3304672;5s;;11;;;;; comp;3304684..3304758;aca;;116;;;;; comp;3304875..3307789;23s;;196;;;;; comp;3307986..3309492;16s;;364;*364;;;; ;3309857..3310504;CDS;;;;;;216; ;;;;;;;;; comp;3438683..3439531;CDS;;142;142;;;283;142 comp;3439674..3439750;aga;;7;;;7;; comp;3439758..3439832;ggc;;9;;;9;; comp;3439842..3439918;gac;;5;;;5;; comp;3439924..3439999;gta;;8;;;8;; comp;3440008..3440082;gaa;;5;;;;; comp;3440088..3440204;5s;;40;;;;; comp;3440245..3443168;23s;;112;;;;; comp;3443281..3443356;gca;;109;;;;; comp;3443466..3444972;16s;;138;;;;; comp;3445111..3445187;atgj;+;13;;;13;; comp;3445201..3445276;ttc;3 atg;6;;;6;; comp;3445283..3445359;atc;2 cca;6;;;6;; comp;3445366..3445442;cca;2 gga;31;;;31;; comp;3445474..3445549;tgg;2 aac;11;;;11;; comp;3445561..3445637;atgi;;6;;;6;; comp;3445644..3445720;cca;;6;;;6;; comp;3445727..3445817;agc;;11;;;11;; comp;3445829..3445917;tca;;6;;;6;; comp;3445924..3445999;aaa;;12;;;12;; comp;3446012..3446087;caa;;6;;;6;; comp;3446094..3446170;aga;;19;;;19;; comp;3446190..3446263;gga;;11;;;11;; comp;3446275..3446359;tac;;4;;;4;; comp;3446364..3446438;aca;;4;;;4;; comp;3446443..3446518;aac;;31;;;31;; comp;3446550..3446625;aac;;16;;;16;; comp;3446642..3446718;gac;;5;;;5;; comp;3446724..3446799;gta;;6;;;6;; comp;3446806..3446879;gga;;9;;;9;; comp;3446889..3446963;gaa;;15;;;15;; comp;3446979..3447054;atgf;;13;;;13;; comp;3447068..3447156;tta;;5;;;;; comp;3447162..3447278;5s;;213;;;;; comp;3447492..3450406;23s;;196;;;;; comp;3450603..3452109;16s;;239;239;;;; comp;3452349..3452552;CDS;;;;;;68; ;;;;;;;;; comp;3523330..3524046;CDS;;129;129;;;239;129 comp;3524176..3524251;gta;+;8;;8;;; comp;3524260..3524334;gaa;2 fois;20;;20;;; comp;3524355..3524430;aaa;gta gaa aaa;10;;10;;; comp;3524441..3524515;aca;;10;;10;;; comp;3524526..3524602;gac;;7;;7;;; comp;3524610..3524685;gta;;9;;9;;; comp;3524695..3524769;gaa;;5;;5;;; comp;3524775..3524850;aaa;;289;289;;;; ;3525140..3526039;CDS;;;;;;300; </pre> ====psor cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_cumuls|psor cumuls]] <pre> psor cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;17;1;0;0;1;0;1;0;100;9 ;16 23 5s 0;6;20;9;65;50;5;20;1;200;8 ;16 atc gca;0;40;0;6;100;4;40;3;300;13 ;16 23 5s a;2;60;0;0;150;10;60;1;400;4 ;max a;44;80;0;0;200;5;80;1;500;4 ;a doubles;2;100;0;0;250;5;100;3;600;1 ;autres;9;120;0;0;300;8;120;3;700;1 ;total aas;87;140;0;0;350;3;140;4;800;1 sans ;opérons;8;160;0;0;400;1;160;1;900;1 ;1 aa;6;180;0;0;450;4;180;2;1000;0 ;max a;8;200;0;0;500;0;200;0;1100;1 ;a doubles;1;;0;0;;1;;3;;1 ;total aas;17;;9;71;;46;;22;;44 total aas;;104;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;9;10;;206;;119;;304 ;;;variance;5;6;;121;;73;;257 sans jaune;;;moyenne;;;;173;;95;;220 ;;;variance;;;;90;;45;;121 </pre> ====psor blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_blocs|psor blocs]] <pre> I;;I2;I3;I4;;;II;;III;;IV;IV1;IV2 ;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;CDS;124;;; ;;;;;;;CDS;245;riboswitch;96;;; CDS;205;249;348;525;253;40;5s;12;5s;11;CDS;309;5 16s;196;196;196;196;196;78;gga;107;aca;116;16s;196;213 23s;78;78;78;144;144;194;23s;137;23s;196;23s;122;196 5s;85;402;180;228;112;276;16s;253;16s;364;5s;5;239 CDS;;;;;;;CDS;;CDS;;tta;; V;;V2;VI;VI1;VII;VII1;VIII;VIII1;IX;;X;X1; ;;;;;;;;;;;;; CDS;276;264;CDS;431;;;;;CDS;189;gaa;5; 16s;54;123;16s;54;16s;54;16s;54;16s;118;5s;40; gca;114;152;gca;114;gca;114;gca;114;gca;95;23s;112; 23s;41;50;23s;193;23s;193;23s;78;23s;144;gca;109; gga;11;12;5s;5;5s;5;5s;100;5s;131;16s;138; 5s;99;109;tta;9;tta;9;CDS;;CDS;;atgj;; CDS;;;atgi;123;atgi;123;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;; ;CDS;431;;CDS;309;;CDS;142;;CDS;264;; VI;16s;54;IV1;16s;196;;* * * *4aas;8;V2;16s;123;; ;gca;114;;23s;122;;gaa;5;;gca;152;; ;23s;193;;5s;5;;5s;40;;23s;50;; ;5s;5;;tta;13;;23s;112;;gga;12;; ;tta;9;;* * * * 42aas;10;;gca;109;;5s;109;; ;atgi;123;;gta;162;X1;16s;138;;CDS;525;; VII;16s;54;;CDS;25;;atgj;13;I4;16s;196;; ;gca;114;;CDS;249;;* * * *21aas;13;;23s;144;; ;23s;193;I2;16s;196;;tta;5;;5s;228;; ;5s;5;;23s;78;;5s;213;;CDS;;; ;tta;9;;5s;402;;23s;196;;;;; ;atgi;123;;CDS;348;IV2;16s;239;;;;; VIII;16s;54;I3;16s;196;;CDS;;;;;; ;gca;114;;23s;78;;;;;;;; ;23s;78;;5s;180;;;;;;;; ;5s;100;;CDS;;;;;;;;; ;CDS;;;;;;;;;;;; </pre> ====psor distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_distribution|psor distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;3 gga;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca ;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;;;;;;;;;1-3 aas;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;;;;;;;;;2 tta;atc;1;acc;;aac;4;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;2 atgi;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4 cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total psor;;5 *;;;;;5;;psor;12;;;;;;12;;;;;;;;;;;psor;;;4;72;;7;87 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3 aas;;; </pre> ====psor données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_données_intercalaires|psor données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;psor;fx;fc;psor;fx40;fc40;psor;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;23;0;0;23;-1;;52;3;41;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;1;10;8;223;1;1;40;-2;;0;162;138;4* 54;;gca;13;;tta;13;;atgj ;0;20;16;347;2;0;52;-3;;0;195;37;123;;gca;15;;atgf;6;;ttc ;0;30;42;182;3;0;19;-4;1;23;71;306;118;;gca;9;;gaa;6;;atc 2;0;40;52;86;4;0;22;-5;;3;285;404;109;;gca;6;;gga;31;;cca 1;0;50;45;48;5;1;15;-6;;0;111;37;tRNA 23s;;;5;;gta;11;;tgg ;0;60;21;74;6;1;3;-7;;18;426;289;4* 114;;gca;16;;gac;6;;atgi ;0;70;28;60;7;1;4;-8;;50;135;;152;;gca;4;;aac;6;;cca ;1;80;19;87;8;1;15;-9;;0;258;;95;;gca;4;;aca;11;;agc ;0;90;19;67;9;3;24;-10;;2;120;;109;;gca;15;;tac;6;;tca ;0;100;9;76;10;0;29;-11;1;31;142;;23s tRNA;;;14;;cta;12;;aaa ;0;110;18;75;11;2;44;-12;;0;129;;41;;gga;7;;aga;6;;caa ;2;120;15;85;12;1;46;-13;;1;CDS 16s;;50;;gga;11;;caa;19;;aga ;1;130;12;65;13;1;34;-14;;19;205;348;107;;gga;6;;aaa;11;;gga 1;1;140;24;68;14;1;41;-15;;0;309;264;116;;aca;3;;tca;4;;tac ;1;150;17;63;15;1;31;-16;;3;249;364;5s tRNA;;;9;;ttc;4;;aca ;0;160;27;59;16;1;30;-17;;7;276;;4* 5;;tta;8;;atgj;31;;aac ;1;170;26;62;17;2;34;-18;;0;431;;5;;gaa;21;;atgi;16;;aac ;0;180;19;44;18;1;36;-19;;1;525;;tRNA 5s;;;6;;cca;5;;gac ;0;190;24;48;19;3;26;-20;;7;253;;11;;gga;4;;cac;6;;gta ;1;200;22;36;20;3;25;-21;;0;189;;2* 12;;gga;25;;tgc;9;;gga ;0;210;20;40;21;2;20;-22;;1;276;;11;;aca;13;;tta;15;;gaa ;0;220;13;35;22;1;19;-23;;2;253;;tRNA tRNA;;intra;15;;atgf;13;;atgf ;0;230;18;25;23;3;22;-24;;0;239;;2* 9;;tta atgi;9;;gaa;**;;tta ;0;240;15;28;24;2;24;-25;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;;6;;gga;;; ;0;250;7;18;25;3;19;-26;;4;5* 78;;12;;tgc;5;;gta;;; ;1;260;13;24;26;6;16;-27;;0;122;;3;;aac;16;;gac;;; ;0;270;8;15;27;6;18;-28;;0;2* 193;;**;;aca;4;;aac;;; ;0;280;7;22;28;6;14;-29;;3;3* 144;;8;;gta;4;;aca;;; 1;1;290;9;14;29;4;10;-30;;0;40;;20;;gaa;15;;tac;;; ;0;300;13;15;30;9;20;-31;;1;213;;10;;aaa;11;;cta;;; 1;0;310;3;19;31;4;14;-32;;1;16s 23s;;10;;aca;13;;ggc;;; ;0;320;9;11;32;3;12;-33;;0;8* 196;;7;;gac;7;;aga;;; ;0;330;6;14;33;5;8;-34;;0;194;;9;;gta;11;;caa;;; ;0;340;6;10;34;5;5;-35;;0;137;;5;;gaa;6;;aaa;;; ;0;350;4;9;35;7;13;-36;;0;5s CDS;;**;;aaa;3;;tca;;; ;0;360;4;10;36;5;8;-37;;0;85;402;;;;9;;ttc;;; ;0;370;6;8;37;5;2;-38;;0;180;99;;;;8;;atgj;;; ;0;380;2;9;38;8;8;-39;;0;100;112;;;;21;;atgi;;; ;0;390;1;8;39;2;7;-40;;0;109;40;;;;6;;cca;;; ;0;400;2;7;40;8;9;-41;;1;228;;;;;9;;cac;;; 1;1;reste;63;131;reste;574;1489;-42;;0;131;;;;;21;;aaa;;; 7;12;total;692;2350;total;692;2350;-43;;0;245;;;;;6;;tgc;;; 6;11;diagr;629;2196;diagr;118;838;-44;;0;;;;;;10;;cgt;;; 0;1; t30;66;752;;;;-45;;0;;;;;;**;;gta;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;7;;aga;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;9;;ggc;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;5;;gac;;; ;x;692;3;0;695;;;-49;;0;;;;;;8;;gta;;; ;c;2327;235;23;2585;;;-50;;1;;;;;;**;;gaa;;; ;;;;;3280;227;;reste;1;1;;;;;;;;;;; ;;;;;;3507;;total;3;235;;;;;;;;;;; </pre> =====psor autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_autres_intercalaires_aas|psor autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;psor;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas fin;;CDS;1;1332;; deb;;CDS;9847;10620;205; ;;rRNA;10826;12332;196;1507 ;;rRNA;12529;15445;78;2917 ;;rRNA;15524;15640;85;117 fin;;CDS;15726;15947;; deb;;CDS;18845;19297;3; ;;tRNA;19301;19393;27;tcc ;;ncRNA;19421;19685;152; fin;;CDS;19838;21478;; deb;;CDS;24343;24570;309; ;;rRNA;24880;26386;196;1507 ;;rRNA;26583;29499;122;2917 ;;rRNA;29622;29738;5;117 ;;tRNA;29744;29832;13;tta ;;tRNA;29846;29921;15;atgf ;;tRNA;29937;30011;9;gaa ;;tRNA;30021;30094;6;gga ;;tRNA;30101;30176;5;gta ;;tRNA;30182;30258;16;gac ;;tRNA;30275;30350;4;aac ;;tRNA;30355;30429;4;aca ;;tRNA;30434;30518;15;tac ;;tRNA;30534;30617;14;cta ;;tRNA;30632;30708;7;aga ;;tRNA;30716;30791;11;caa ;;tRNA;30803;30878;6;aaa ;;tRNA;30885;30973;3;tca ;;tRNA;30977;31052;9;ttc ;;tRNA;31062;31138;8;atgj ;;tRNA;31147;31223;21;atgi ;;tRNA;31245;31321;6;cca ;;tRNA;31328;31404;4;cac ;;tRNA;31409;31482;25;tgc ;;tRNA;31508;31596;13;tta ;;tRNA;31610;31685;15;atgf ;;tRNA;31701;31775;9;gaa ;;tRNA;31785;31858;6;gga ;;tRNA;31865;31940;5;gta ;;tRNA;31946;32022;16;gac ;;tRNA;32039;32114;4;aac ;;tRNA;32119;32193;4;aca ;;tRNA;32198;32282;15;tac ;;tRNA;32298;32381;11;cta ;;tRNA;32393;32467;13;ggc ;;tRNA;32481;32557;7;aga ;;tRNA;32565;32640;11;caa ;;tRNA;32652;32727;6;aaa ;;tRNA;32734;32822;3;tca ;;tRNA;32826;32901;9;ttc ;;tRNA;32911;32987;8;atgj ;;tRNA;32996;33072;21;atgi ;;tRNA;33094;33170;6;cca ;;tRNA;33177;33253;9;cac ;;tRNA;33263;33338;21;aaa ;;tRNA;33360;33433;6;tgc ;;tRNA;33440;33516;10;cgt ;;tRNA;33527;33602;162;gta fin;;CDS;33765;34016;; deb;;CDS;34042;34455;249; ;;rRNA;34705;36211;196;1507 ;;rRNA;36408;39324;78;2917 ;;rRNA;39403;39519;402;117 deb;comp;CDS;39922;40113;348; ;;rRNA;40462;41968;196;1507 ;;rRNA;42165;45081;78;2917 ;;rRNA;45160;45276;180;117 fin;;CDS;45457;47394;; deb;;CDS;101428;102144;276; ;;rRNA;102421;103927;54;1507 ;;tRNA;103982;104057;114;gca ;;rRNA;104172;107096;41;2925 ;;tRNA;107138;107211;11;gga ;;rRNA;107223;107339;99;117 fin;comp;CDS;107439;108617;; deb;;CDS;111345;111884;431; ;;rRNA;112316;113822;54;1507 ;;tRNA;113877;113952;114;gca ;;rRNA;114067;116982;193;2916 ;;rRNA;117176;117292;5;117 ;;tRNA;117298;117386;9;tta ;;tRNA;117396;117472;123;atgi ;;rRNA;117596;119102;54;1507 ;;tRNA;119157;119232;114;gca ;;rRNA;119347;122263;193;2917 ;;rRNA;122457;122573;5;117 ;;tRNA;122579;122667;9;tta ;;tRNA;122677;122753;123;atgi ;;rRNA;122877;124383;54;1507 ;;tRNA;124438;124513;114;gca ;;rRNA;124628;127549;78;2922 ;;rRNA;127628;127744;100;117 fin;;CDS;127845;129260;; deb;;CDS;157173;157352;467; ;;regulatory;157820;157903;46; fin;;CDS;157950;158441;; deb;comp;CDS;215388;216260;264; ;;rRNA;216525;218030;123;1506 ;;tRNA;218154;218229;152;gca ;;rRNA;218382;221296;50;2915 ;;tRNA;221347;221420;12;gga ;;rRNA;221433;221549;109;117 deb;;CDS;221659;221940;525; ;;rRNA;222466;223972;196;1507 ;;rRNA;224169;227083;144;2915 ;;rRNA;227228;227344;228;117 fin;;CDS;227573;227989;; deb;;CDS;349139;349594;119; ;;tmRNA;349714;350063;508; fin;;CDS;350572;351813;; deb;;CDS;449964;450266;253; ;;rRNA;450520;452026;196;1507 ;;rRNA;452223;455139;144;2917 ;;rRNA;455284;455400;112;117 fin;comp;CDS;455513;456616;; deb;;CDS;498418;499074;189; ;;rRNA;499264;500770;118;1507 ;;tRNA;500889;500964;95;gca ;;rRNA;501060;503976;144;2917 ;;rRNA;504121;504237;131;117 fin;;CDS;504369;504551;; deb;;CDS;535194;536090;85; ;;ncRNA;536176;536362;27; fin;comp;CDS;536390;537400;; deb;;CDS;546886;550416;41; ;comp;tRNA;550458;550544;138;ttg fin;;CDS;550683;553325;; deb;;CDS;608009;608683;195; ;;tRNA;608879;608975;37;tga fin;comp;CDS;609013;609732;; deb;;CDS;664519;665208;281; 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dir ;378341..380728;;cds;;583;*583;2388;;796;;cadmium-translocating P-type ATPase dir ;381312..382819;;16s;;311;;1508;;;; dir ;383131..386030;;23s;;126;;2900;;;; dir ;386157..386273;;5s;;177;177;117;;;177; dir ;386451..387059;;cds;;;;609;;203;;DedA family protein ;;;;;;;;;;; comp;833130..833894;;cds;;258;258;765;;255;;DeoR/GlpR transcriptional regulator dir ;834153..834243;;agc;;87;87;91;;;87; dir ;834331..835119;;cds;;;;789;;263;;flagellar motor protein ;;;;;;;;;;; dir ;1089165..1090139;;cds;;239;239;975;;325;239;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase dir ;1090379..1091886;;16s;;320;;1508;;;; dir ;1092207..1095106;;23s;;91;;2900;;;; dir ;1095198..1095271;;gga;@2;8;;74;;;; dir ;1095280..1095396;;5s;;273;273;117;;;; dir ;1095670..1097688;;cds;;;;2019;;673;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase ;;;;;;;;;;; comp;1181549..1182958;;cds;;1374;*1374;1410;;470;;MBOAT family protein comp;1184333..1184415;;ttg;;318;318;83;;;318; dir ;1184734..1187382;;cds;;;;2649;;883;;DNA polymerase I ;;;;;;;;;;; dir ;1835768..1837498;;cds;;109;109;1731;;577;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein dir ;1837608..1837688;;cta;;231;231;81;;;; <dir ;1837920..1838093;;cds;;;;174;;58;;HXXEE domain-containing protein ;;;;;;;;;;; dir ;2981767..2982444;;cds;;159;159;678;;226;159;sortase SrtB comp;2982604..2982678;;aca;@3;94;;75;;;; comp;2982773..2985672;;23s;;184;;2900;;;; comp;2985857..2987364;;16s;;340;340;1508;;;; dir ;2987705..2988643;;cds;;;;939;;313;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase ;;;;;;;;;;; comp;3787361..3788431;;cds;;454;*454;1071;;357;;ABC transporter ATP-binding protein comp;3788886..3789002;;5s;;126;;117;;;; comp;3789129..3792028;;23s;;281;;2900;;;; comp;3792310..3793817;;16s;;191;191;1508;;;191; comp;3794009..3794587;;cds;;;;579;;193;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase ;;;;;;;;;;; comp;3944262..3944453;;cds;;119;119;192;;64;119;DUF378 domain-containing protein comp;3944573..3944689;;5s;;126;;117;;;; comp;3944816..3947715;;23s;;217;;2900;;;; comp;3947933..3949440;;16s;;282;282;1508;;;; comp;3949723..3950004;;cds;;221;221;282;;94;;hp comp;3950226..3951755;;cds;;;;1530;;510;;lysine--tRNA ligase ;;;;;;;;;;; dir ;4084445..4085437;;cds;;382;*382;993;;331;;DNA replication protein DnaC comp;4085820..4085894;;aca;;33;;75;;;; comp;4085928..4086003;;gta;;4;;76;;;; comp;4086008..4086082;;gaa;;6;;75;;;; comp;4086089..4086164;;aaa;;326;326;76;;;326; comp;4086491..4087780;;cds;;;;1290;;430;;adenylosuccinate synthase </pre> ====cdc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_cumuls|cdc cumuls]] <pre> cdc cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;;0;1;1;1;1;100;3 ;16 23 5s 0;3;20;2;61;50;1;20;0;200;5 ;16 gca 235;3;40;1;4;100;3;40;0;300;7 ;16 23 5s a;2;60;;1;150;3;60;0;400;5 ;max a;43;80;;0;200;4;80;1;500;3 ;a doubles;2;100;;2;250;4;100;1;600;3 ;autres;2;120;;0;300;4;120;2;700;1 ;total aas;75;140;;0;350;4;140;1;800;2 sans ;opérons;5;160;;0;400;2;160;1;900;1 ;1 aa;4;180;;0;450;0;180;1;1000;0 ;max a;4;200;;0;500;1;200;1;1100;0 ;a doubles;0;;;0;;5;;4;;1 ;total aas;8;;3;68;;32;;13;;31 total aas;;83;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;14;12;;313;;165;;378 ;;;variance;;15;;283;;94;;259 sans jaune;;;moyenne;;9;;206;;;;286 ;;;variance;;5;;107;;;;144 </pre> ====cdc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_blocs|cdc blocs]] <pre> 7.11.19 Tanger;;;;;;;;;;;;;; cdc blocs;groupes;;types;;;;absents;;;;;;; ;cds;281;I;;;;;II;;III;;IV;IV1;IV2 IV2;16s;279;;;;;;;;;;;; ;23s;131;CDS;583;454;119;;cds;239;;;;; ;5s;6;16s;311;126;126;;16s;320;cds;159;cds;505;281 ;aac;4;23s;126;281;217;;23s;91;aca;94;16s;279;279 ;**16aas;3;5s;177;191;282;;gga;8;23s;184;23s;180;131 ;ttc;7;CDS;;;;;5s;273;16s;340;5s;6;6 ;atgj;114;;;;;;cds;;cds;;aac;6;4 VIII1;16s;68;;;;;;;;;;;; ;gca;271;;;;;;V;;V2;VI;VI1;VII;VII1 ;23s;126;;;;;;;;;;;; ;5s;213;;;;;;;;;;;; ;cds;372;;;;;;;;;;;; ;cds;21;;;;;;VIII;VIII1;IX;;X;X1; ;cds;776;;;;;;;;;;cds;21; X1;16s;52;;;;;;atgj;114;cds;179;cds;776; ;gca;373;;;;;;16s;68;16s;52;16s;52; ;23s;126;;;;;;gca;271;gca;249;gca;373; ;5s;7;;;;;;23s;126;23s;111;23s;126; ;aac;5;;;;;;5s;213;5s;126;5s;7; ;**7aas;9;;;;;;cds;372;cds;;aac;5; ;aga;975;;;;;;;;;;;; ;cds;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cdc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_distribution|cdc distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;2;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;gga 1;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca 1;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;1;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4 cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;3;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cdc;;4 *;;;;;4;;cdc;4;;;;;;4;;;;;;;;;;;cdc;;;2 *;70;;3;75 </pre> ====cdc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_données_intercalaires|cdc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cdc;fx;fc;cdc;fx40;fc40;cdc;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;0;37;0;0;37;-1;;59;0;258;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;3;242;1;0;52;-2;;0;75;318;3* 55;;gca;6;;aac;4;;aac ;0;20;0;311;2;0;55;-3;;1;975;159;tRNA 16s;;;15;;tta;5;;gaa ;0;30;0;210;3;1;21;-4;1;44;87;382;116;;atgj;7;;atgf;5;;gta ;0;40;1;134;4;2;26;-5;;0;1374;;tRNA 23s;;;9;;gaa;10;;gac ;0;50;2;79;5;0;15;-6;;0;109;;250;;gca;5;;gga;14;;aca ;0;60;7;80;6;0;6;-7;;16;150;;272;;;5;;gta;9;;tac ;0;70;7;66;7;0;11;-8;;61;242;;374;;;9;;gac;10;;gga ;1;80;10;68;8;0;12;-9;;0;326;;23s tRNA;;;14;;aca;9;;aga ;1;90;17;63;9;0;20;-10;;3;CDS 16s;;92;;gga;8;;tac;11;;caa ;0;100;17;67;10;0;24;-11;;30;181;507;95;;aca;29;;cta;2;;aaa ;1;110;13;85;11;0;35;-12;;0;283;342;5s tRNA;;;7;;aga;17;;tca ;0;120;25;74;12;0;45;-13;;7;778;;2* 6;;aac;88;;caa;8;;agc ;0;130;22;55;13;0;25;-14;;17;585;;7;;aac;3;;tca;85;;cca ;0;140;20;44;14;0;41;-15;;0;241;;tRNA 5s;;;6;;ttc;60;;tgg ;1;150;16;50;15;0;30;-16;;2;193;;8;;gga;14;;atgj;6;;cca 1;0;160;25;41;16;0;26;-17;;12;284;;tRNA tRNA;;;23;;atgi;3;;atc ;0;170;23;34;17;0;35;-18;;0;23s 5s;;33;;aca;7;;cca;7;;ttc ;0;180;19;39;18;0;29;-19;;1;114;;4;;gta;8;;cac;**;;atgj ;0;190;24;46;19;0;21;-20;;8;181;;6;;gaa;7;;aaa;5;;aac ;0;200;13;39;20;0;24;-21;;0;132;;**;;aaa;6;;tgc;15;;tta ;0;210;20;29;21;0;25;-22;;0;5* 127;;;;;5;;aac;7;;atgf ;0;220;27;40;22;0;18;-23;;5;16s 23s;;;;;15;;tta;14;;gaa ;0;230;16;32;23;0;24;-24;;1;2* 283;;;;;7;;atgf;5;;gga ;0;240;8;27;24;0;22;-25;;1;315;;;;;9;;gaa;5;;gta ;1;250;12;28;25;0;22;-26;;5;324;;;;;5;;gga;10;;gac 1;0;260;18;32;26;0;17;-27;;0;188;;;;;5;;gta;9;;ggc ;0;270;19;31;27;0;18;-28;;0;285;;;;;9;;gac;**;;aga ;0;280;16;22;28;0;23;-29;;6;221;;;;;14;;aca;;; ;0;290;12;34;29;0;23;-30;;0;5s CDS;;;;;9;;tac;;; ;0;300;14;24;30;0;18;-31;;0;126;213;;;;23;;cta;;; ;0;310;8;24;31;0;21;-32;;5;177;;;;;24;;ggc;;; 1;0;320;14;24;32;0;17;-33;;0;273;;;;;9;;aga;;; ;1;330;12;24;33;0;12;-34;;0;454;;;;;8;;caa;;; ;0;340;13;17;34;0;12;-35;;1;119;;;;;2;;aaa;;; ;0;350;6;15;35;0;18;-36;;0;;;;;;3;;tca;;; ;0;360;11;15;36;0;14;-37;;1;;;;;;6;;ttc;;; ;0;370;9;17;37;0;10;-38;;0;;;;;;14;;atgj;;; ;0;380;6;16;38;0;11;-39;;0;;;;;;17;;atgi;;; 1;0;390;7;16;39;0;10;-40;;1;;;;;;8;;cac;;; ;0;400;3;12;40;1;9;-41;;0;;;;;;7;;aaa;;; ;2;reste;125;246;reste;636;1655;-42;;0;;;;;;7;;tgc;;; 4;9;total;640;2589;total;640;2589;-43;;0;;;;;;12;;cgt;;; 4;6;diagr;515;2306;diagr;4;897;-44;;1;;;;;;**;;gta;;; 0;0; t30;3;763;;;;-45;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;; ;x;640;2;0;642;;;-49;;0;;;;;;;;;;; ;c;2552;296;37;2885;;;-50;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;3527;282;;reste;1;5;;;;;;;;;;; ;;;;;;3809;;total;2;296;;;;;;;;;;; </pre> =====cdc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_autres_intercalaires_aas|cdc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cdc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;9857;10630;181;*; ;;rRNA;10812;12314;55;*;1503 ;;tRNA;12370;12445;250;*;gca ;;rRNA;12696;15593;114;*;2898 ;;rRNA;15708;15824;126;*;117 fin;;CDS;15951;16460;;; deb;;CDS;16472;17353;126;*; ;;misc_b;17480;17686;124;*; fin;;CDS;17811;19082;;; deb;;CDS;19402;19857;0;*; ;;tRNA;19858;19949;37;*;tcc ;;ncRNA;19987;20251;76;*; fin;;CDS;20328;21965;;; deb;comp;CDS;23419;24624;507;*; ;;rRNA;25132;26634;283;*;1503 ;;rRNA;26918;29815;181;*;2898 ;;rRNA;29997;30113;6;*;117 ;;tRNA;30120;30194;6;*;aac ;;tRNA;30201;30286;15;*;tta ;;tRNA;30302;30377;7;*;atgf ;;tRNA;30385;30459;9;*;gaa ;;tRNA;30469;30542;5;*;gga ;;tRNA;30548;30623;5;*;gta ;;tRNA;30629;30705;9;*;gac ;;tRNA;30715;30789;14;*;aca ;;tRNA;30804;30888;8;*;tac ;;tRNA;30897;30980;29;*;cta ;;tRNA;31010;31086;7;*;aga ;;tRNA;31094;31169;88;*;caa ;;tRNA;31258;31346;3;*;tca ;;tRNA;31350;31425;6;*;ttc ;;tRNA;31432;31505;14;*;atgj ;;tRNA;31520;31596;23;*;atgi ;;tRNA;31620;31696;7;*;cca ;;tRNA;31704;31780;8;*;cac ;;tRNA;31789;31864;7;*;aaa ;;tRNA;31872;31945;6;*;tgc ;;tRNA;31952;32026;5;*;aac ;;tRNA;32032;32117;15;*;tta ;;tRNA;32133;32208;7;*;atgf ;;tRNA;32216;32290;9;*;gaa ;;tRNA;32300;32373;5;*;gga ;;tRNA;32379;32454;5;*;gta ;;tRNA;32460;32536;9;*;gac ;;tRNA;32546;32620;14;*;aca ;;tRNA;32635;32719;9;*;tac ;;tRNA;32729;32812;23;*;cta ;;tRNA;32836;32910;24;*;ggc ;;tRNA;32935;33011;9;*;aga ;;tRNA;33021;33096;8;*;caa ;;tRNA;33105;33180;2;*;aaa ;;tRNA;33183;33271;3;*;tca ;;tRNA;33275;33350;6;*;ttc ;;tRNA;33357;33430;14;*;atgj ;;tRNA;33445;33521;17;*;atgi ;;tRNA;33539;33615;8;*;cac ;;tRNA;33624;33699;7;*;aaa ;;tRNA;33707;33780;7;*;tgc ;;tRNA;33788;33864;12;*;cgt ;;tRNA;33877;33952;75;*;gta fin;;CDS;34028;34441;;; deb;;CDS;72345;72830;94;*; ;;misc_b;72925;73133;63;*; fin;;CDS;73197;74912;;; deb;;CDS;90506;91204;51;*; ;;misc_f;91256;91384;42;*; fin;;CDS;91427;91933;;; deb;;CDS;127011;127715;283;*; ;;rRNA;127999;129502;283;*;1504 ;;rRNA;129786;132684;132;*;2899 ;;rRNA;132817;132933;6;*;117 ;;tRNA;132940;133014;4;*;aac ;;tRNA;133019;133093;5;*;gaa ;;tRNA;133099;133174;5;*;gta ;;tRNA;133180;133256;10;*;gac ;;tRNA;133267;133341;14;*;aca ;;tRNA;133356;133440;9;*;tac ;;tRNA;133450;133523;10;*;gga ;;tRNA;133534;133610;9;*;aga ;;tRNA;133620;133695;11;*;caa ;;tRNA;133707;133782;2;*;aaa ;;tRNA;133785;133873;17;*;tca ;;tRNA;133891;133981;8;*;agc ;;tRNA;133990;134066;85;*;cca ;;tRNA;134152;134227;60;*;tgg ;;tRNA;134288;134364;6;*;cca ;;tRNA;134371;134447;3;*;atc ;;tRNA;134451;134526;7;*;ttc ;;tRNA;134534;134610;116;*;atgj ;;rRNA;134727;136128;55;*;1402 ;;tRNA;136184;136259;272;*;gca ;;rRNA;136532;139429;127;*;2898 ;;rRNA;139557;139673;213;*;117 fin;comp;CDS;139887;141071;;0; deb;;CDS;143817;144356;778;*; ;;rRNA;145135;146637;55;*;1503 ;;tRNA;146693;146768;374;*;gca ;;rRNA;147143;150040;127;*;2898 ;;rRNA;150168;150284;7;*;117 ;;tRNA;150292;150366;5;*;aac ;;tRNA;150372;150457;15;*;tta ;;tRNA;150473;150548;7;*;atgf ;;tRNA;150556;150630;14;*;gaa ;;tRNA;150645;150718;5;*;gga ;;tRNA;150724;150799;5;*;gta ;;tRNA;150805;150881;10;*;gac ;;tRNA;150892;150966;9;*;ggc ;;tRNA;150976;151049;975;*;aga fin;;CDS;152025;152864;;; deb;comp;CDS;171557;172066;188;*; ;;regulatory;172255;172358;136;*; fin;;CDS;172495;173688;;; deb;;CDS;193614;194780;59;*; ;;regulatory;194840;194957;124;*; fin;;CDS;195082;195687;;; deb;;CDS;253195;254327;59;*; ;;regulatory;254387;254488;220;*; fin;;CDS;254709;256244;;; deb;;CDS;309184;310275;308;*; ;;regulatory;310584;310674;406;*; fin;;CDS;311081;311398;;; deb;;CDS;378341;380728;585;*; ;;rRNA;381314;382816;315;*;1503 ;;rRNA;383132;386029;127;*;2898 ;;rRNA;386157;386273;177;*;117 fin;;CDS;386451;387059;;0; deb;;CDS;393173;394945;131;*; ;;regulatory;395077;395269;188;*; fin;;CDS;395458;396210;;; deb;comp;CDS;518815;519642;205;*; ;;regulatory;519848;519954;69;*; fin;;CDS;520024;520344;;0; deb;;CDS;601016;601618;560;*; ;;misc_b;602179;602417;63;*; fin;;CDS;602481;604400;;; deb;;CDS;703255;703989;800;*; ;;regulatory;704790;704866;264;*; fin;;CDS;705131;706387;;; deb;;CDS;774245;775042;343;*; ;;misc_b;775386;775620;49;*; fin;;CDS;775670;776689;;; deb;comp;CDS;833130;833894;258;*; ;;tRNA;834153;834243;87;*;agc fin;;CDS;834331;835119;;; deb;;CDS;840990;843056;591;*; ;;misc_b;843648;843858;225;*; fin;;CDS;844084;844899;;; deb;;CDS;1027707;1028153;147;*; ;;misc_b;1028301;1028547;123;*; fin;;CDS;1028671;1030413;;; deb;;CDS;1089165;1090139;241;*; ;;rRNA;1090381;1091883;324;*;1503 ;;rRNA;1092208;1095105;92;*;2898 ;;tRNA;1095198;1095271;8;*;gga ;;rRNA;1095280;1095396;273;*;117 fin;;CDS;1095670;1097688;;; deb;;CDS;1140023;1140928;114;*; ;;ncRNA;1141043;1141223;182;*; fin;;CDS;1141406;1142623;;0; deb;comp;CDS;1181549;1182958;1374;*; ;comp;tRNA;1184333;1184415;318;*;ttg fin;;CDS;1184734;1187382;;; deb;;CDS;1221766;1222134;91;*; ;;regulatory;1222226;1222332;102;*; fin;;CDS;1222435;1223640;;0; deb;;CDS;1292920;1293819;907;*; ;;repeat_region;1294727;1295680;1216;*; fin;;CDS;1296897;1297052;;; deb;;CDS;1347580;1348659;142;*; ;;misc_b;1348802;1349040;67;*; fin;;CDS;1349108;1351747;;; deb;;CDS;1503182;1503538;530;*; ;;repeat_region;1504069;1504755;391;*; fin;comp;CDS;1505147;1506880;;; deb;comp;CDS;1512381;1512557;53;*; ;comp;regulatory;1512611;1512707;354;*; fin;comp;CDS;1513062;1513736;;; deb;;CDS;1583597;1584714;449;*; ;;regulatory;1585164;1585270;105;*; fin;;CDS;1585376;1586341;;; deb;;CDS;1612685;1614778;660;*; ;;repeat_region;1615439;1615732;167;*; fin;comp;CDS;1615900;1616184;;0; deb;;CDS;1620655;1621623;151;*; ;;misc_b;1621775;1622027;71;*; fin;;CDS;1622099;1623307;;0; deb;;CDS;1668527;1669288;160;*; ;;misc_b;1669449;1669706;112;*; fin;;CDS;1669819;1670058;;; deb;;CDS;1708973;1709134;741;*; ;;repeat_region;1709876;1710232;238;*; fin;;CDS;1710471;1710659;;; deb;;CDS;1710778;1711644;452;*; ;;repeat_region;1712097;1712386;122;*; fin;;CDS;1712509;1713036;;; deb;;CDS;1745654;1747510;82;*; ;;misc_b;1747593;1747833;65;*; ;;misc_b;1747899;1748134;84;*; fin;;CDS;1748219;1749436;;; deb;;CDS;1770800;1771111;92;*; ;;regulatory;1771204;1771296;99;*; fin;;CDS;1771396;1772190;;; deb;comp;CDS;1833191;1833988;112;*; ;comp;regulatory;1834101;1834206;91;*; deb;comp;CDS;1834298;1835284;163;*; ;;regulatory;1835448;1835624;143;*; deb;;CDS;1835768;1837498;109;*; ;;tRNA;1837608;1837688;896;*;cta ;;regulatory;1838585;1838689;209;*; fin;;CDS;1838899;1839933;;; deb;comp;CDS;1847745;1849016;646;*; ;;repeat_region;1849663;1850878;408;*; fin;;CDS;1851287;1851574;;0; deb;comp;CDS;1869839;1870468;364;*; ;;regulatory;1870833;1870876;100;*; fin;;CDS;1870977;1871945;;; deb;comp;CDS;1886422;1887495;161;*; ;comp;regulatory;1887657;1887778;188;*; deb;;CDS;1887967;1890450;87;*; ;;regulatory;1890538;1890649;141;*; fin;;CDS;1890791;1892092;;; deb;;CDS;1903300;1903731;430;*; ;;misc_b;1904162;1904373;162;*; fin;;CDS;1904536;1905825;;; deb;;CDS;1963260;1964567;85;*; ;;misc_b;1964653;1964915;125;*; fin;;CDS;1965041;1965844;;; deb;;CDS;1974995;1975732;110;*; ;;misc_b;1975843;1976050;252;*; fin;;CDS;1976303;1977502;;; deb;;CDS;2015338;2017995;53;*; ;;regulatory;2018049;2018151;109;*; fin;;CDS;2018261;2019526;;; deb;comp;CDS;2142818;2143108;130;*; ;comp;regulatory;2143239;2143338;619;*; ;;regulatory;2143958;2144047;52;*; fin;;CDS;2144100;2144276;;0; deb;comp;CDS;2153631;2154182;150;*; ;comp;misc_b;2154333;2154596;435;*; fin;comp;CDS;2155032;2155430;;; deb;comp;CDS;2155785;2156270;82;*; ;comp;regulatory;2156353;2156446;556;*; deb;comp;CDS;2157003;2157185;226;*; ;;regulatory;2157412;2157509;54;*; fin;;CDS;2157564;2157740;;; deb;comp;CDS;2192160;2193194;253;*; ;comp;misc_b;2193448;2193661;222;*; fin;comp;CDS;2193884;2194648;;0; deb;comp;CDS;2199791;2200075;110;*; ;;repeat_region;2200186;2200869;830;*; fin;comp;CDS;2201700;2202572;;; deb;comp;CDS;2207935;2209128;81;*; ;comp;regulatory;2209210;2209378;110;*; fin;comp;CDS;2209489;2210106;;; deb;comp;CDS;2274866;2276242;93;*; ;comp;regulatory;2276336;2276438;249;*; fin;;CDS;2276688;2278034;;; deb;comp;CDS;2289838;2290746;801;*; ;;misc_b;2291548;2291779;107;*; fin;;CDS;2291887;2293368;;; deb;comp;CDS;2432824;2434221;76;*; ;comp;misc_b;2434298;2434531;168;*; fin;comp;CDS;2434700;2434903;;; deb;comp;CDS;2473840;2475960;427;*; ;;regulatory;2476388;2476476;189;*; fin;;CDS;2476666;2478033;;0; deb;comp;CDS;2501260;2501931;184;*; ;;regulatory;2502116;2502205;53;*; fin;;CDS;2502259;2502435;;; deb;comp;CDS;2524251;2524823;182;*; ;comp;regulatory;2525006;2525107;105;*; fin;comp;CDS;2525213;2526364;;; deb;comp;CDS;2555495;2555866;103;*; ;comp;regulatory;2555970;2556080;331;*; fin;comp;CDS;2556412;2558106;;0; deb;comp;CDS;2595509;2596213;63;*; ;comp;regulatory;2596277;2596371;195;*; fin;comp;CDS;2596567;2597583;;; deb;comp;CDS;2695506;2696213;150;*; ;comp;tRNA;2696364;2696460;242;*;tga fin;comp;CDS;2696703;2697542;;; deb;comp;CDS;2719492;2720808;86;*; ;comp;misc_b;2720895;2721106;78;*; fin;comp;CDS;2721185;2721980;;0; deb;comp;CDS;2845118;2845816;42;*; ;comp;misc_b;2845859;2846099;90;*; fin;comp;CDS;2846190;2847593;;0; deb;comp;CDS;2854480;2857587;92;*; ;comp;misc_b;2857680;2857912;174;*; fin;comp;CDS;2858087;2858614;;; deb;comp;CDS;2947183;2948184;58;*; ;comp;misc_b;2948243;2948498;133;*; fin;comp;CDS;2948632;2949822;;; deb;comp;CDS;2957885;2958538;329;*; ;;regulatory;2958868;2958969;72;*; fin;;CDS;2959042;2960385;;; deb;comp;CDS;2978480;2981023;277;*; ;comp;ncRNA;2981301;2981635;131;*; deb;;CDS;2981767;2982444;159;*; ;comp;tRNA;2982604;2982678;95;*;aca ;comp;rRNA;2982774;2985671;188;*;2898 ;comp;rRNA;2985860;2987362;342;*;1503 fin;;CDS;2987705;2988643;;0; deb;comp;CDS;3090012;3095975;123;*; ;comp;regulatory;3096099;3096184;171;*; fin;comp;CDS;3096356;3097759;;; deb;comp;CDS;3135811;3136473;99;*; ;comp;regulatory;3136573;3136658;185;*; deb;comp;CDS;3136844;3139798;112;*; ;comp;regulatory;3139911;3139996;125;*; fin;comp;CDS;3140122;3141300;;0; deb;comp;CDS;3244007;3244435;189;*; ;;repeat_region;3244625;3246042;183;*; fin;comp;CDS;3246226;3246492;;; deb;comp;CDS;3274824;3275954;227;*; ;comp;regulatory;3276182;3276363;52;*; fin;comp;CDS;3276416;3277309;;; deb;comp;CDS;3405889;3407280;143;*; ;comp;regulatory;3407424;3407603;271;*; fin;comp;CDS;3407875;3409527;;; deb;comp;CDS;3489429;3490850;579;*; ;;repeat_region;3491430;3492052;252;*; fin;comp;CDS;3492305;3494290;;; deb;;CDS;3508604;3509509;673;*; ;comp;tmRNA;3510183;3510532;157;*; fin;comp;CDS;3510690;3511145;;0; deb;;CDS;3600566;3601447;77;*; ;;regulatory;3601525;3601699;172;*; fin;;CDS;3601872;3602873;;; deb;comp;CDS;3636881;3639547;75;*; ;comp;misc_b;3639623;3639885;300;*; fin;comp;CDS;3640186;3641013;;; deb;comp;CDS;3654516;3655193;579;*; ;comp;regulatory;3655773;3655856;232;*; fin;comp;CDS;3656089;3656931;;; deb;comp;CDS;3689422;3690501;287;*; ;;regulatory;3690789;3690904;174;*; fin;;CDS;3691079;3692449;;0; deb;comp;CDS;3749041;3749442;795;*; ;;regulatory;3750238;3750334;53;*; fin;;CDS;3750388;3750564;;; deb;comp;CDS;3787361;3788431;454;*; ;comp;rRNA;3788886;3789002;127;*;117 ;comp;rRNA;3789130;3792027;285;*;2898 ;comp;rRNA;3792313;3793815;193;*;1503 fin;comp;CDS;3794009;3794587;;; deb;comp;CDS;3810367;3811866;129;*; ;comp;regulatory;3811996;3812175;66;*; fin;comp;CDS;3812242;3812856;;; deb;comp;CDS;3905129;3905650;161;*; ;comp;regulatory;3905812;3905897;839;*; fin;comp;CDS;3906737;3907687;;; deb;comp;CDS;3931996;3933933;83;*; ;comp;misc_b;3934017;3934263;65;*; fin;comp;CDS;3934329;3934850;;; deb;comp;CDS;3944262;3944453;119;*; ;comp;rRNA;3944573;3944689;127;*;117 ;comp;rRNA;3944817;3947714;221;*;2898 ;comp;rRNA;3947936;3949438;284;*;1503 fin;comp;CDS;3949723;3949917;;; deb;;CDS;4084445;4085437;382;*; ;comp;tRNA;4085820;4085894;33;*;aca ;comp;tRNA;4085928;4086003;4;*;gta ;comp;tRNA;4086008;4086082;6;*;gaa ;comp;tRNA;4086089;4086164;326;*;aaa fin;comp;CDS;4086491;4087780;;; </pre> ====cdc psor==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_psor|cdc psor]] <pre> cdc-psor comparaison;;7.11.19 Tanger;;;comparaisons internes cdc, psor;;;; cdc;intercal;psor;intercal;diff;cdc;intercal;cdc;intercal;diff cds;505;CDS;309;;cds;505;cds;281; 16s;279;16s;196;;16s;279;16s;279; 23s;180;23s;122;;23s;180;23s;131; 5s;6;5s;5;;5s;6;5s;6; aac;6;tta;13;;aac;6;aac;4; tta;15;atg;15;-2;tta;15;gaa;5; atgf;7;gaa;9;8;atgf;7;gta;5; gaa;9;gga;6;0;gaa;9;gac;10; gga;5;gta;5;1;gga;5;aca;14; gta;5;gac;16;;gta;5;tac;9;0 gac;9;aac;4;;gac;9;gga;10;1 aca;14;aca;4;-10;aca;14;aga;9;0 tac;8;tac;15;7;tac;8;caa;11; cta;29;cta;14;-15;cta;29;aaa;2; aga;7;aga;7;0;aga;7;tca;17;2 caa;88;caa;11;;caa;88;agc;8; tca;3;aaa;6;;tca;3;cca;85; ttc;6;tca;3;0;ttc;6;tgg;60; atgj;11;ttc;9;3;atgj;11;cca;6; atgi;23;atg;8;-3;atgi;23;atc;3; cca;7;atg;21;-2;cca;7;ttc;7; cac;8;cca;6;-1;cac;8;atgj;114; aaa;7;cac;4;;aaa;7;16s;; tgc;6;tgc;25;;tgc;6;cds;776; aac;5;tta;13;-2;aac;5;16s;52; tta;15;atg;15;8;tta;15;gca;373; atgf;7;gaa;9;0;atgf;7;23s;126; gaa;9;gga;6;1;gaa;9;5s;7; gga;5;gta;5;0;gga;5;aac;5; gta;5;gac;16;;gta;5;tta;15;0 gac;9;aac;4;;gac;9;atgf;7;1 aca;14;aca;4;-10;aca;14;gaa;14;0 tac;9;tac;15;6;tac;9;gga;5; cta;23;cta;11;-12;cta;23;gta;5; ggc;24;ggc;13;-11;ggc;24;gac;10; aga;9;aga;7;-2;aga;9;ggc;9;0 caa;8;caa;11;3;caa;8;aga;975;3 aaa;2;aaa;6;4;aaa;2;cds;;0 tca;3;tca;3;0;tca;3;;; ttc;6;ttc;9;3;ttc;6;;; atgj;11;atg;8;-3;atgj;11;;; atgi;17;atg;21;;atgi;17;;; cac;8;cca;6;;cac;8;;; aaa;7;cac;9;1;aaa;7;;; tgc;7;aaa;21;14;tgc;7;;; cgt;12;tgc;6;-1;cgt;12;;; gta;75;cgt;10;-2;gta;75;;; cds;;gta;162;;cds;;;; ;;CDS;;;;;;; ;;;;;psor;;psor;intercal;diff cds;776;;;;CDS;309;CDS;239; 16s;52;;;;16s;196;16s;196; gca;373;;;;23s;122;23s;213; 23s;126;;;;5s;5;5s;5; 5s;7;atg;138;;tta;13;tta;13;0 aac;5;16s;109;;atg;15;atg;15;0 tta;15;gca;112;;gaa;9;gaa;9;0 atgf;7;23s;40;;gga;6;gga;6;0 gaa;14;5s;5;;gta;5;gta;5;0 gga;5;gaa;8;;gac;16;gac;16;0 gta;5;gta;5;0;aac;4;aac;31; gac;10;gac;9;-1;aca;4;aac;4; ggc;9;ggc;7;-2;tac;15;aca;4;0 aga;975;aga;142;;cta;14;tac;11;-4 cds;;CDS;;;aga;7;gga;19;5 ;;;;;caa;11;aga;6;-1 cds;281;CDS;239;;aaa;6;caa;12;1 16s;279;16s;196;;tca;3;aaa;6;0 23s;131;23s;213;;ttc;9;tca;11; 5s;6;5s;5;;atg;8;agc;6; aac;4;tta;13;;atg;21;cca;6; gaa;5;atg;15;;cca;6;atg;11; gta;5;gaa;9;;cac;4;tgg;31; gac;10;gga;6;;tgc;25;cca;6; aca;14;gta;5;;tta;13;atc;6;0 tac;9;gac;16;;atg;15;ttc;13;0 gga;10;aac;31;;gaa;9;atg;138;0 aga;9;aac;4;;gga;6;16s;;0 caa;11;aca;4;-10;gta;5;atg;138;0 aaa;2;tac;11;2;gac;16;16s;109;0 tca;17;gga;19;9;aac;4;gca;112; agc;8;aga;6;-3;aca;4;23s;40;0 cca;85;caa;12;1;tac;15;5s;5; tgg;60;aaa;6;4;cta;11;gaa;8; cca;6;tca;11;-6;ggc;13;gta;5; atc;3;agc;6;-2;aga;7;gac;9;-1 ttc;7;cca;6;;caa;11;ggc;7;1 atgj;114;atg;11;;aaa;6;aga;142;0 16s;;tgg;31;-29;tca;3;CDS;; ;;cca;6;0;ttc;9;;; ;;atc;6;3;atg;8;;; ;;ttc;13;6;atg;21;;; ;;atg;138;;cca;6;;; ;;16s;;;cac;9;;; ;;;;;aaa;21;;; ;;CDS;129;;tgc;6;;; ;;gta;8;;cgt;10;;; ;;gaa;20;;gta;162;;; ;;aaa;10;;CDS;;;; cds;382;aca;10;;;;;; aca;33;gac;7;;;;;; gta;4;gta;9;5;;;;; gaa;6;gaa;5;-1;;;;; aaa;326;aaa;289;;;;;; cds;;CDS;;;;;;; ;;;;;;;;; cdc-psor coservation des cds;;;;;fréquence des diff psor-cdc des intercalaires;;;; cdc;intercal;psor;intercal;protéines;;gamme;fréquence;; cds;0;CDS;3;151 – 152;;-15;2;; tcc;37;tcc;27;;;-14;;; ncRNA;76;ncRNA;152;547 – 546;;-13;;; cds;;CDS;;;;-12;1;; ;;;;;;-11;1;; cds;1374;CDS;41;470 – 1177;;-10;3;; ttg;318;ttg;138;883 – 881;;-9;;; cds;;CDS;;;;-8;;; ;;;;;;-7;;; cds;109;CDS;111;577 – 1076;;-6;1;; cta;231;cta;426;;;-5;;; cds;;CDS;;58 – 577;;-4;;; ;;;;;;-3;3;; cds;258;CDS;37;255 – 302;;-2;7;; agc;87;agc;120;;;-1;4;; cds;;CDS;;263 – 100;;0;8;; ;;;;;;1;4;; ;;CDS;306;62;;2;1;; ;;cta;404;422;;3;4;; ;;CDS;;;;4;2;; ;;;;;;5;1;; ;;CDS;135;;;6;2;; ;;other;258;;;7;1;; ;;CDS;;;;8;2;; ;;;;;;9;1;; ;;CDS;195;;;10;;; ;;tga;37;;;11;;; ;;CDS;;;;12;;; ;;;;;;13;;; ;;CDS;71;;;14;1;; ;;tgc;12;;;15;;; ;;aac;3;;;;;; ;;aca;285;;;total;49;; ;;CDS;;;;sous t. -2+2;24;; </pre> ===cdc8=== ====cdc8 opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_opérons|cdc8 opérons]] <pre> 28.6%GC;11.9.19 Paris;16s 16 ;110 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;pbs;CDS dirigé;protéines Peptoclostridium difficile M68;;;;;;;;;;; dir ;4299490..4300134;;cds;;214;214;;;645;;tyrosine-type recombinase/integrase dir ;4300349..4300807;;cds;@1;554;*554;;;459;;helix-turn-helix domain-containing protein dir ;4301362..4303101;;cds;;0;0;;;*1740;;hypothetical protein dir ;4303102..4303305;;cds;;167;167;;;204;;hp dir ;4303473..4304299;;23s°;;132;;;;827;; dir ;4304432..4304548;;5s;+;6;;;;117;; dir ;4304555..4304629;;aac;;4;;;4;75;; dir ;4304634..4304708;;gaa;2 cca;5;;;5;75;; dir ;4304714..4304789;;gta;;5;;;5;76;; dir ;4304795..4304871;;gac;;11;;;11;77;; dir ;4304883..4304957;;aca;;14;;;14;75;; dir ;4304972..4305056;;tac;;9;;;9;85;; dir ;4305066..4305139;;gga;;10;;;10;74;; dir ;4305150..4305226;;aga;;9;;;9;77;; dir ;4305236..4305311;;caa;;11;;;11;76;; dir ;4305323..4305398;;aaa;;2;;;2;76;; dir ;4305401..4305489;;tca;;18;;;18;89;; dir ;4305508..4305598;;agc;;8;;;8;91;; dir ;4305607..4305683;;cca;;85;;;*85;77;; dir ;4305769..4305844;;tgg;;60;;;*60;76;; dir ;4305905..4305981;;cca;;5;;;5;77;; dir ;4305987..4306063;;atc;;3;;;3;77;; dir ;4306067..4306142;;ttc;;7;;;7;76;; dir ;4306150..4306226;;atgj;;114;;;;77;; dir ;4306341..4307538;;16s;;0;0;;;1198;0; dir ;4307539..4308225;;cds;;100;100;;;687;;xylose isomerase dir ;1..796;4308325;23s°;;181;;;;796;; dir ;978..1094;;5s;;6;;;;117;; dir ;1101..1175;;aac;+;6;;;6;75;; dir ;1182..1267;;tta;3 aaa;15;;;15;86;; dir ;1283..1358;;atgf;3 gta;7;;;7;76;; dir ;1366..1440;;gaa;;9;;;9;75;; dir ;1450..1523;;gga;;5;;;5;74;; dir ;1529..1604;;gta;;5;;;5;76;; dir ;1610..1686;;gac;;9;;;9;77;; dir ;1696..1770;;aca;;14;;;14;75;; dir ;1785..1869;;tac;;10;;;10;85;; 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dir ;4615..4690;;aaa;;7;;;7;76;; dir ;4698..4771;;tgc;;7;;;7;74;; dir ;4779..4855;;cgt;;12;;;12;77;; dir ;4868..4943;;gta;;75;75;;;76;75; dir ;5019..5432;;cds;;308;308;;;414;;hp dir ;5741..9172;;cds;;;;;;*3432;;pyruvate carboxylase ;;;;;;;;;;; dir ;94032..94736;;cds;;281;281;;;705;281;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD dir ;95018..95994;;16s°;;100;;;;977;; dir ;96095..97613;;23s°;;126;;;;1519;; dir ;97740..97856;;5s;;7;;;;117;; dir ;97864..97938;;aac;;6;;;6;75;; dir ;97945..98030;;tta;;15;;;15;86;; dir ;98046..98121;;atgf;;7;;;7;76;; dir ;98129..98203;;gaa;;8;;;8;75;; dir ;98212..98285;;gga;;4;;;4;74;; dir ;98290..98365;;gta;;5;;;5;76;; dir ;98371..98447;;gac;;10;;;10;77;; dir ;98458..98532;;ggc;;9;;;9;75;; dir ;98542..98615;;aga;;954;*954;;;74;; dir ;99570..100409;;cds;;;;;;840;;TIGR00159 family protein ;;;;;;;;;;; dir ;306829..309216;;cds;;733;;;;*2388;;cadmium-translocating P-type ATPase <> comp;309950..310076;;cds;;1;1;;;127;1;glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A dir ;310078..311313;;23s°;;126;;;;1236;; dir ;311440..311556;;5s;;177;177;;;117;; dir ;311734..312342;;cds;;;;;;609;;DedA family protein ;;;;;;;;;;; comp;861856..862620;;cds;;258;258;;;765;;DeoR/GlpR transcriptional regulator dir ;862879..862969;;agc;;87;87;;;91;87; dir ;863057..863845;;cds;;;;;;789;;flagellar motor protein ;;;;;;;;;;; dir ;1106477..1107451;;cds;;238;238;;;975;238;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase dir ;1107690..1109197;;16s;@2;320;;;;1508;; dir ;1109518..1112416;;23s;;91;;;;2899;; dir ;1112508..1112581;;gga;;8;;;;74;; dir ;1112590..1112706;;5s;;273;273;;;117;; dir ;1112980..1114998;;cds;;;;;;*2019;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase ;;;;;;;;;;; comp;1196804..1198213;;cds;;1378;*1378;;;*1410;;MBOAT family protein comp;1199592..1199674;;ttg;;318;318;;;83;318; dir ;1199993..1202641;;cds;;;;;;*2649;;DNA polymerase I ;;;;;;;;;;; dir ;1850896..1852626;;cds;;109;109;;;*1731;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein dir ;1852736..1852816;;cta;;334;334;;;81;; dir ;1853151..1853666;;cds;;;;;;516;;HXXEE domain-containing protein ;;;;;;;;;;; dir ;3024038..3024715;;cds;;150;150;;;678;150;sortase SrtB comp;3024866..3024940;;aca;@3;93;;;;75;; comp;3025034..3027933;;23s;;184;;;;2900;; comp;3028118..3029625;;16s;;374;374;;;1508;; dir ;3030000..3030938;;cds;;;;;;939;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase ;;;;;;;;;;; dir ;3805298..3806743;;cds;;208;208;;;*1446;;tyrosine-type recombinase/integrase comp;3806952..3807028;;agg;;61;61;;;77;61; <comp;3807090..3808790;;cds;;;;;;*1701;;formate dehydrogenase subunit alpha ;;;;;;;;;;; comp;3875816..3876886;;cds;;452;*452;;;1071;;ABC transporter ATP-binding protein comp;3877339..3877455;;5s;;125;;;;117;; comp;3877581..3880480;;23s;;261;;;;2900;; comp;3880742..3882249;;16s;;190;190;;;1508;190; comp;3882440..3883018;;cds;;;;;;579;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase ;;;;;;;;;;; comp;4017523..4017714;;cds;;118;118;;;192;118;DUF378 domain-containing protein comp;4017833..4017949;;5s;;126;;;;117;; comp;4018076..4020975;;23s;;321;;;;2900;; comp;4021297..4022804;;16s;;292;292;;;1508;; 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comp;4217110..4218529;;23s°;;250;;;;1420;; comp;4218780..4218855;;gca;;52;;;;76;; comp;4218908..4219471;;16s°;;100;;;;564;; comp;4219572..4219856;;23s°;;217;;;;285;; comp;4220074..4221581;;16s;;179;179;;;1508;179; >comp;4221761..4222206;;cds;;386;386;;;446;386;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor dir ;4222593..4224100;;16s;;321;;;;1508;; dir ;4224422..4227321;;23s;;181;;;;2900;; dir ;4227503..4227619;;5s;;6;;;;117;; dir ;4227626..4227700;;aac;;6;;;6;75;; dir ;4227707..4227792;;tta;;15;;;15;86;; dir ;4227808..4227883;;atgf;;7;;;7;76;; dir ;4227891..4227965;;gaa;;9;;;9;75;; dir ;4227975..4228048;;gga;;5;;;5;74;; dir ;4228054..4228129;;gta;;5;;;5;76;; dir ;4228135..4228211;;gac;;9;;;9;77;; dir ;4228221..4228295;;aca;;14;;;14;75;; dir ;4228310..4228394;;tac;;10;;;10;85;; dir ;4228405..4228488;;cta;;28;;;28;84;; dir ;4228517..4228593;;aga;;7;;;7;77;; dir ;4228601..4228676;;caa;;89;;;*89;76;; dir ;4228766..4228854;;tca;;3;;;3;89;; dir ;4228858..4228933;;ttc;;6;;;6;76;; dir ;4228940..4229016;;atgj;;11;;;11;77;; 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comp;4253521..4253596;;gca;;52;;;;76;; comp;4253649..4254226;;16s°;;282;282;;;578;; dir ;4254509..4254712;;cds;;12;12;;;204;;hp dir ;4254725..4256002;;cds;;;;;;*1278;;phage portal protein </pre> ====cdc8 cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cumuls|cdc8 cumuls]] <pre> cdc8 cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;21;1;;0;1;4;1;3;100;6 ;16 23 5s 0;4;20;2;77;50;2;20;0;200;8 ;16 gca 235;2;40;1;6;100;7;40;0;300;11 ;16 23 5s a;5;60;;0;150;5;60;0;400;5 ;max a;43;80;;1;200;5;80;2;500;5 ;a doubles;2;100;;3;250;6;100;3;600;5 ;autres;10;120;;0;300;5;120;3;700;1 ;total aas;98;140;;0;350;4;140;1;800;1 sans ;opérons;6;160;;0;400;4;160;1;900;1 ;1 aa;5;180;;0;450;0;180;1;1000;0 ;max a;4;200;;0;500;2;200;1;1100;0 ;a doubles;0;;;0;;4;;7;;1 ;total aas;9;;3;87;;48;;22;;44 total aas;;108;;;;;;;;; remarques;;7;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;14;14;;256;;155;;330 ;;;variance;;16;;252;;109;;234 sans jaune;;;moyenne;;10;;182;;;;208 ;;;variance;;6;;117;;;;97 </pre> ====cdc8 blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_blocs|cdc8 blocs]] <pre> cdc8 blocs;;;;;;;; Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupe;intercal ;cds;554;;cds;150;;cds;496 ;cds;0;;aca;93;;16s;321 ;cds;168;;23s;184;;23s°;100 ;23s°;133;III;16s;374;;cds;111 IV2;5s;7;;cds;;;cds;228 ;aac;5;;;;;16s;321 ;**16aas;8;;cds;452;;23s°;101 ;atgj;115;;5s;125;;23s°;250 IV1;16s;1;;23s;261;;gca;52 ;cds;100;I2;16s;190;;16s°;100 ;23s°;182;;cds;;;23s°;217 ;5s;7;;;;;16s;179 ;aac;7;;cds;118;;cds;386 ;**41aas;13;;5s;126;IV3;16s;321 ;gta;76;;23s;321;;23s;181 ;cds;308;I3;16s;292;;5s;6 ;cds;;;cds;;;aac;6 ;;;;;;;**17aas;8 ;cds;281;;cds;179;;aaa;353 ;16s°;100;;16s;161;;5s;126 ;23s°;126;;5s;201;;23s;582 X1;5s;7;I1;23s;217;I4;16s;217 ;aac;6;;16s;108;;23s;126 ;**7aas;9;;atgi;11;;5s;216 ;aga;954;;tta;5;;cds;372 ;cds;;;5s;201;;cds;21 ;;;;23s;375;;cds;778 ;cds;733;VII1;gca;52;IV4;16s;261 ;cds;1;;16s’;100;;23s;201 ;23s°;126;;16s’;52;;5s;5 ;5s;177;;gca;248;;tta;11 ;cds;;;23s°;100;;atgi;108 ;;;;16s°;321;;16s;184 ;cds;238;;23s;100;;23s°;100 II;16s;320;;16s°;320;;cds;112 ;23s;91;;23s°;100;;23s’;375 ;gga;8;;23s’;126;;gca;52 ;5s;273;;5s;127;;16s°;282 ;cds;;;cds;;;cds; </pre> ====cdc8 cdc psor 43==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_43|cdc8 cdc psor 43]] <pre> cdc8;43aas;cdc;43aas;;;cdc8;43aas;psor;44aas; 16s;1;;;;;16s;1;;; cds;100;16s;279;;;cds;100;16s;196; 23s°;181;23s;180;-1;;23s°;181;23s;122; 5s;6;5s;6;0;;5s;6;5s;5; aac;6;aac;6;0;;aac;6;tta;13;-2 tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8 atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0 gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1 gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0 gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16; gac;9;gac;9;0;;gac;9;aac;4; aca;14;aca;14;0;;aca;14;aca;4;-10 tac;10;tac;8;-2;;tac;10;tac;15;5 cta;28;cta;29;1;;cta;28;cta;14;-14 aga;7;aga;7;0;;aga;7;aga;7;0 caa;89;caa;88;-1;;caa;89;caa;11; tca;3;tca;3;0;;tca;3;aaa;6; ttc;6;ttc;6;0;;ttc;6;tca;3;0 atgj;11;atgj;11;0;;atgj;11;ttc;9;3 atgi;29;atgi;23;-6;;atgi;29;atg;8;-3 cca;7;cca;7;0;;cca;7;atg;21;-8 cac;8;cac;8;0;;cac;8;cca;6;-1 aaa;7;aaa;7;0;;aaa;7;cac;4; tgc;6;tgc;6;0;;tgc;6;tgc;25; aac;6;aac;5;-1;;aac;6;tta;13;-2 tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8 atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0 gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1 gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0 gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16; 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;comp;3882440..3883018;cds;;579;precorrin;;;dir ;4237342..4237458;5s;216;117;;;;;; ;;;;;;;;;comp;4237675..4238859;cds;372;1185;B6;;;;; ;comp;4017523..4017714;cds;118;192;DUF378;;5;dir ;4239232..4241583;cds;21;2352;Art-red;;;;; ;comp;4017833..4017949;5s;126;117;;;;dir ;4241605..4242144;cds;778;540;Art-reda;;;;; 14;comp;4018076..4020975;23s;321;2900;;;insert;dir ;4242923..4244459;16s;261;1537;;;;;; ;comp;4021297..4022804;16s;292;1508;;;insert;dir ;4244721..4247619;23s;201;2899;;;;;; ;comp;4023097..4023378;cds;221;282;hp-282;;insert;dir ;4247821..4247937;5s;5;117;;111345..111884;CDS;431;540;Art-reda ;comp;4023600..4025129;cds;;1530;K-ligase;;insert;dir ;4247943..4248031;tta;11;89;;112316..113822;16s;54;; ;;;;;;;;insert;dir ;4248043..4248119;atgi;108;77;;113877..113952;gca;114;; ;dir ;4135881..4136873;cds;383;993; DnaC;;insert;dir ;4248228..4249735;16s;184;1508;;114067..116982;23s;193;; ;comp;4137257..4137331;aca;33;75;;;insert;dir ;4249920..4250564;23s°;100;645;;117176..117292;5s;5;; 15;comp;4137365..4137440;gta;4;76;;;insert;<dir ;4250665..4250923;cds;112;259;hp-259;117298..117386;tta;9;; 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;cdc8;pbs;cdc;pbs;psor;pbs seleno A;309950..310076;127;0;;-; Y-r;457663..457878;216;457207..457422;216;-; ;1237414..1237986;573;1223841..1224413;573;; ;1291413..1292327;915;1277836..1278750;915;; ;1418672..1419580;909;1405262..1406170;909;; ;2120221..2121348;1128;;;; ;2785863..2786042;180;;;; ;3564835..3565434;600;;;; Y-r2;3805298..3806743;1446;;;; Y-r1;4299490..4300134;645;;;; Helix;351106..351336;231;391813..392001;189;-; ;379952..380503;552;429510..430061;552;; ;456588..456776;189;461727..462398;672;; ;1187185..1187736;552;1169984..1170535;552;; ;1466364..1466783;420;1292255..1292926;672;; ;1467749..1468147;399;1454375..1454773;399;; ;1605760..1606344;585;1517855..1518619;765;; ;1694358..1694750;393;1592306..1592890;585;; ;1936722..1937267;546;1682266..1682658;393;; ;2105662..2106711;1050;1695592..1696284;693;; ;2196549..2198204;1656;1916424..1916630;207;; ;2342487..2342690;204;1922813..1923358;546;; ;2353934..2354578;645;2164151..2165806;1656;; ;2378761..2379891;1131;2308386..2308589;204;; ;2721795..2722316;522;2319833..2320477;645;; ;3485137..3486024;888;2344477..2345607;1131;; ;3570953..3571183;231;2501260..2501931;672;; ;3571660..3571878;219;2688255..2688776;522;; ;3804379..3804627;249;3459701..3460588;888;; ;3804878..3805279;402;3475449..3475589;141;; ;4286854..4287222;369;;;; ;4288799..4289518;720;;;; ;4300349..4300807;459;;;; xylose;3383443..3384780;1338;3349843..3351180;1338;0; ;<4307539..4308225;687;;;; CHAP;<4213228..>4213849;622;0;;-; A-1chlor;4213961..4214620;660;0;;0; SigB2;4221761..4222206;446;0;;0; fdHa;4221761..4222206;1701;3711229..3713373;2145;-; R-deca;0;;0;;127845..129260;1416 ;;;;;876023..877522;1500 phagePP;1448919..1449983;1065;1435547..1436611;1065;1489507..1490769;1263 ;1450539..1450985;447;1437167..1437613;447;; ;1709611..1711050;1440;1697521..1698963;1443;; ;1718404..1718844;441;1708192..1708632;441;; ;3560756..3561910;1155;3841162..3842367;1206;; ;4254725..4256002;1278;;;; ;4260531..4261586;1056;;;; ;4262058..4262474;417;;;; hp-204;4254509..4254712;204;;;; phagePP;4254725..4256002;1278;;;; phageHM;4255980..4256741;762;;;; hp;;;3840525..3841067;543;; phagePP;;;3841162..3842367;1206;; hydrolase;;;3842345..3842512;168;; terminase;;;;;1487770..1489491;1722 phagePP;;;;;1489507..1490769;1263 Clp;;;;;1490762..1491607;846 </pre> ====cdc8 cdc abrégé protéines==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_abrégé_protéines|cdc8 cdc abrégé protéines]] <pre> A-1chlor;type A-1 chloramphenicol O-acetyltransferase ABC;ABC transporter ATP-binding protein Ala amid;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase Art-red;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase Art-reda;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein B6;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase cad;cadmium-translocating P-type ATPase CHAP;CHAP domain-containing protein CwlD;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD DedA;DedA family protein DeoR;DeoR/GlpR transcriptional regulator DnaC;DNA replication protein DnaC DUF378;DUF378 domain-containing protein fdHa;formate dehydrogenase subunit alpha flagellar;flagellar motor protein Glyco-tr;glycosyl transferase Helix;helix-turn-helix domain-containing protein hp-1740;hp-1740 hp-204;hp-204 hp-282;hp-282 hp-414;hp-414 HXXEE;HXXEE domain-containing protein III-tau;DNA polymerase III subunit gamma/tau K-ligase;lysine--tRNA ligase S-ligase;serine--tRNA ligase lactam;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase Mannosyl;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase MBOAT;MBOAT family protein mecano;mechanosensitive ion channel NadR;transcription repressor NadR NhaC;Na+/H+ antiporter NhaC family protein Nuc-de;nucleoside deaminase phagePP;phage portal protein PolyI;DNA polymerase I precorrin;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase pyruvate;pyruvate carboxylase R-deca;arginine decarboxylase seleno;glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A SigB;SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor SigB2;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor SrtB;sortase SrtB succinate;adenylosuccinate synthase TIGR;TIGR00159 family protein xylose;xylose isomerase Y-r1;tyrosine-type recombinase/integrase – 1 Y-r2;tyrosine-type recombinase/integrase – 2 </pre> ====cdc8 cdc psor stats==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_stats|cdc8 cdc psor stats]] <pre> NCBI du 13.11.19;cdc8;cdc;psor date;15-MAR-2017;18-MAY-2017;08-JAN-2018 DNA circulaire;4 308 325;4 110 554;3 550 458 Genes (total) ;4 025;3 807;3 528 CDS (total) ;3 870;3 691;3 368 Genes (coding) ;3 763;3 615;3 327 CDS (coding) ;3 763;3 615;3 327 Genes (RNA) ;155;116;160 RRNAs (5S, 16S, 23S); 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17 complete rRNAs ; 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17 tRNAs ;108;83;105 ncRNAs ;4;4;4 Pseudo Genes (total) ;107;76;41 Pseudo Genes (ambiguous residues) ; 0 of 107; 0 of 76; 0 of 41 Pseudo Genes (frameshifted) ; 60 of 107; 42 of 76; 4 of 41 Pseudo Genes (incomplete) ; 35 of 107; 30 of 76; 18 of 41 Pseudo Genes (internal stop) ; 31 of 107; 18 of 76; 22 of 41 Pseudo Genes (multiple problems) ; 18 of 107; 12 of 76; 3 of 41 CRISPR Arrays ;4;9; - ;;; Décompte du 19.11.19;;; hypothetical protein;609;523;1 256 hp / cds (total);0,16;0,14;0,37 </pre> ====cdc8 distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_distribution|cdc8 distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga; cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cdc8;;5;;;;;5;;cdc8;4;;;;;;9 </pre> ====cdc8 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_données_intercalaires|cdc8 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cdc8;fx;fc;cdc8;fx40;fc40;cdc8;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;0;39;0;0;39;-1;;71;75;258;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;5;241;1;0;48;-2;;0;954;318;55;;gca;6;;aac;6;;aac ;0;20;3;344;2;0;53;-3;;1;87;150;tRNA 16s;;;15;;tta;15;;tta ;0;30;4;232;3;1;24;-4;1;51;1378;208;2* 110;;atgi;7;;atgf;7;;atgf ;0;40;0;138;4;2;29;-5;;0;109;383;116;;atgj;9;;gaa;9;;gaa ;0;50;4;89;5;0;15;-6;;0;334;;tRNA 23s;;;5;;gga;5;;gga ;0;60;9;87;6;0;7;-7;;15;150;;376;;gca;5;;gta;5;;gta ;1;70;6;73;7;0;11;-8;1;68;264;;23s tRNA;;;9;;gac;9;;gac ;1;80;11;66;8;0;13;-9;;0;67;;94;;aca;14;;aca;14;;aca ;1;90;15;73;9;1;21;-10;;2;331;;8;;gga;10;;tac;10;;tac ;0;100;21;72;10;1;20;-11;;32;0;;5s tRNA;;;28;;cta;28;;cta ;1;110;16;84;11;0;38;-12;;0;CDS 16s;;3* 6;;aac;7;;aga;7;;aga ;0;120;23;86;12;0;46;-13;;7;240;376;7;;aac;89;;caa;89;;caa ;0;130;25;53;13;1;30;-14;;15;192;498;2* 5;;tta;3;;tca;3;;tca ;0;140;21;49;14;0;39;-15;;0;294;81;-;353;aaa;6;;ttc;6;;ttc 1;1;150;15;53;15;0;36;-16;;2;181;388;tRNA tRNA;;intra;14;;atgj;14;;atgj ;0;160;23;44;16;0;28;-17;1;14;181;;2* 11;;atgi;29;;atgi;29;;atgi ;0;170;24;38;17;1;45;-18;;0;780;;**;;tta;7;;cca;7;;cca ;0;180;22;44;18;1;31;-19;;1;16s 23s;;tRNA tRNA;;;8;;cac;8;;cac ;0;190;26;43;19;0;27;-20;;7;324;;33;;aca;7;;aaa;**;;aaa ;0;200;18;43;20;0;24;-21;;0;188;;4;;gta;6;;tgc;4;;aac 1;0;210;22;36;21;1;24;-22;1;0;2* 265;;6;;gaa;6;;aac;5;;gaa ;0;220;25;39;22;0;22;-23;;6;2* 325;;**;;aaa;15;;tta;5;;gta ;0;230;14;30;23;0;28;-24;;1;2* 221;;;;;7;;atgf;11;;gac ;0;240;9;27;24;0;21;-25;;0;23s 5s;;;;;9;;gaa;14;;aca ;0;250;15;30;25;1;27;-26;;6;126;;;;;5;;gga;9;;tac 1;0;260;15;30;26;1;19;-27;;0;2* 127;;;;;5;;gta;10;;gga ;1;270;18;30;27;0;19;-28;;1;3* 202;;;;;9;;gac;9;;aga ;0;280;12;19;28;1;26;-29;;8;182;;;;;14;;aca;11;;caa ;0;290;16;38;29;0;24;-30;;0;5s CDS;;;;;9;;tac;2;;aaa ;0;300;17;23;30;0;22;-31;;1;177;216;;;;24;;cta;18;;tca ;0;310;7;29;31;0;20;-32;;5;273;;;;;24;;ggc;8;;agc 1;0;320;18;22;32;0;18;-33;;0;452;;;;;9;;aga;85;;cca ;0;330;14;30;33;0;13;-34;;0;118;;;;;8;;caa;60;;tgg ;2;340;9;13;34;0;12;-35;;2;127;;;;;2;;aaa;5;;cca ;0;350;6;15;35;0;17;-36;;0;5s 16s;;;;;3;;tca;3;;atc ;0;360;16;18;36;0;14;-37;;0;-;161;;;;6;;ttc;7;;ttc ;0;370;7;16;37;0;13;-38;;1;;;;;;14;;atgj;**;;atgj ;0;380;6;17;38;0;11;-39;;0;;;;;;17;;atgi;;; 1;0;390;7;14;39;0;10;-40;;1;;;;;;8;;cac;;; ;0;400;4;18;40;0;10;-41;;0;;;;;;7;;aaa;;; ;2;reste;138;242;reste;674;1733;-42;;0;;;;;;7;;tgc;;; 5;11;total;686;2727;total;686;2727;-43;;0;;;;;;12;;cgt;;; 5;8;diagr;548;2446;diagr;12;955;-44;;1;;;;;;**;;gta;;; 0;0; t30;12;817;;;;-45;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;; ;x;686;4;0;690;;;-49;;0;;;;;;;;;;; ;c;2688;326;39;3053;;;-50;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;3743;348;;reste;;5;;;;;;;;;;; ;;;;;;4091;;total;4;326;;;;;;;;;;; </pre> =====cdc8 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_autres_intercalaires_aas|cdc8 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cdc8;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;;misc_f;1;795;182;*; ;;rRNA;978;1094;6;*;117 ;;tRNA;1101;1175;6;*;aac ;;tRNA;1182;1267;15;*;tta ;;tRNA;1283;1358;7;*;atgf ;;tRNA;1366;1440;9;*;gaa ;;tRNA;1450;1523;5;*;gga ;;tRNA;1529;1604;5;*;gta ;;tRNA;1610;1686;9;*;gac ;;tRNA;1696;1770;14;*;aca ;;tRNA;1785;1869;10;*;tac ;;tRNA;1880;1963;28;*;cta ;;tRNA;1992;2068;7;*;aga ;;tRNA;2076;2151;89;*;caa ;;tRNA;2241;2329;3;*;tca ;;tRNA;2333;2408;6;*;ttc ;;tRNA;2415;2488;14;*;atgj ;;tRNA;2503;2579;29;*;atgi ;;tRNA;2609;2685;7;*;cca ;;tRNA;2693;2769;8;*;cac ;;tRNA;2778;2853;7;*;aaa ;;tRNA;2861;2934;6;*;tgc ;;tRNA;2941;3015;6;*;aac ;;tRNA;3022;3107;15;*;tta ;;tRNA;3123;3198;7;*;atgf ;;tRNA;3206;3280;9;*;gaa ;;tRNA;3290;3363;5;*;gga ;;tRNA;3369;3444;5;*;gta ;;tRNA;3450;3526;9;*;gac ;;tRNA;3536;3610;14;*;aca ;;tRNA;3625;3709;9;*;tac ;;tRNA;3719;3802;24;*;cta ;;tRNA;3827;3901;24;*;ggc ;;tRNA;3926;4002;9;*;aga ;;tRNA;4012;4087;8;*;caa ;;tRNA;4096;4171;2;*;aaa ;;tRNA;4174;4262;3;*;tca ;;tRNA;4266;4341;6;*;ttc ;;tRNA;4348;4421;14;*;atgj ;;tRNA;4436;4512;17;*;atgi ;;tRNA;4530;4606;8;*;cac ;;tRNA;4615;4690;7;*;aaa ;;tRNA;4698;4771;7;*;tgc ;;tRNA;4779;4855;12;*;cgt ;;tRNA;4868;4943;75;*;gta fin;;CDS;5019;5432;;; deb;;CDS;43312;43797;94;*; ;;misc_b;43892;44100;63;*; fin;;CDS;44164;45882;;; deb;;CDS;57549;58247;51;*; ;;misc_f;58299;58427;42;*; fin;;CDS;58470;58976;;; deb;;CDS;93984;94736;291;*; ;;misc_f;95028;95862;232;*; ;;misc_f;96095;96344;50;*; ;;misc_f;96395;96725;9;*; ;;misc_f;96735;97600;139;*; ;;rRNA;97740;97856;7;*;117 ;;tRNA;97864;97938;6;*;aac ;;tRNA;97945;98030;15;*;tta ;;tRNA;98046;98121;7;*;atgf ;;tRNA;98129;98203;8;*;gaa ;;tRNA;98212;98285;4;*;gga ;;tRNA;98290;98365;5;*;gta ;;tRNA;98371;98447;10;*;gac ;;tRNA;98458;98532;9;*;ggc ;;tRNA;98542;98615;954;*;aga fin;;CDS;99570;100409;;; deb;comp;CDS;119142;119651;188;*; ;;regulatory;119840;119943;135;*; fin;;CDS;120079;121272;;; deb;;CDS;141169;142335;59;*; ;;regulatory;142395;142512;124;*; fin;;CDS;142637;143242;;; deb;;CDS;192887;194019;59;*; ;;regulatory;194079;194180;220;*; fin;;CDS;194401;195936;;; deb;;CDS;240412;241887;526;*; ;;regulatory;242414;242504;406;*; fin;;CDS;242911;243228;;; deb;comp;CDS;309950;310076;16;*; ;;misc_f;310093;310425;9;*; ;;misc_f;310435;311300;139;*; ;;rRNA;311440;311556;177;*;117 fin;;CDS;311734;312342;;0; deb;;CDS;318620;320392;131;*; ;;regulatory;320524;320716;181;*; fin;;CDS;320898;321650;;; deb;comp;CDS;522666;523493;205;*; ;;regulatory;523699;523805;69;*; fin;;CDS;523875;524195;;0; deb;;CDS;605941;606543;375;*; ;;misc_b;606919;607151;63;*; fin;;CDS;607215;609134;;; deb;;CDS;727895;728629;644;*; ;;regulatory;729274;729350;262;*; fin;;CDS;729613;730869;;; deb;;CDS;801271;802068;383;*; ;;misc_b;802452;802685;49;*; fin;;CDS;802735;803754;;; deb;comp;CDS;861856;862620;258;*; ;;tRNA;862879;862969;87;*;agc fin;;CDS;863057;863845;;; deb;;CDS;869869;871935;594;*; ;;misc_b;872530;872740;225;*; fin;;CDS;872966;873781;;; deb;;CDS;1044480;1044926;147;*; ;;misc_b;1045074;1045320;122;*; fin;;CDS;1045443;1047185;;; deb;;CDS;1106477;1107451;240;*; ;;rRNA;1107692;1109194;324;*;1503 ;;rRNA;1109519;1112415;92;*;2897 ;;tRNA;1112508;1112581;8;*;gga ;;rRNA;1112590;1112706;273;*;117 fin;;CDS;1112980;1114998;;; deb;;CDS;1157234;1158145;114;*; ;;ncRNA;1158260;1158440;182;*; fin;;CDS;1158623;1159840;;0; deb;comp;CDS;1196804;1198213;1378;*; ;comp;tRNA;1199592;1199674;318;*;ttg fin;;CDS;1199993;1202641;;; deb;;CDS;1235339;1235707;91;*; ;;regulatory;1235799;1235905;102;*; fin;;CDS;1236008;1237213;;0; deb;;CDS;1360996;1362075;141;*; ;;misc_b;1362217;1362455;67;*; fin;;CDS;1362523;1365162;;; deb;comp;CDS;1527009;1527185;53;*; ;comp;regulatory;1527239;1527335;341;*; fin;comp;CDS;1527677;1528351;;; deb;;CDS;1597387;1598331;288;*; ;;regulatory;1598620;1598726;105;*; fin;;CDS;1598832;1599797;;; deb;;CDS;1625872;1627965;660;*; ;;repeat_region;1628626;1629050;897;*; fin;;CDS;1629948;1630766;;0; deb;;CDS;1634212;1635180;151;*; ;;misc_b;1635332;1635584;72;*; fin;;CDS;1635657;1636865;;0; deb;;CDS;1682039;1682800;159;*; ;;misc_b;1682960;1683217;112;*; fin;;CDS;1683330;1683569;;; deb;;CDS;1719185;1719346;735;*; ;;repeat_region;1720082;1720376;117;*; fin;;CDS;1720494;1721246;;; deb;;CDS;1767472;1769328;81;*; ;;misc_b;1769410;1769650;65;*; ;;misc_b;1769716;1769951;84;*; fin;;CDS;1770036;1771253;;; deb;;CDS;1792609;1792920;92;*; ;;regulatory;1793013;1793105;99;*; fin;;CDS;1793205;1793999;;; deb;comp;CDS;1848320;1849117;112;*; ;comp;regulatory;1849230;1849335;91;*; deb;comp;CDS;1849427;1850413;163;*; ;;regulatory;1850577;1850753;142;*; deb;;CDS;1850896;1852626;109;*; ;;tRNA;1852736;1852816;334;*;cta deb;;CDS;1853151;1853666;475;*; ;;regulatory;1854142;1854246;209;*; fin;;CDS;1854456;1855490;;; deb;comp;CDS;1862461;1863732;644;*; ;;repeat_region;1864377;1864796;406;*; fin;;CDS;1865203;1865490;;0; deb;comp;CDS;1883751;1884380;364;*; ;;regulatory;1884745;1884788;100;*; fin;;CDS;1884889;1885857;;; deb;comp;CDS;1900325;1901437;131;*; ;comp;regulatory;1901569;1901690;188;*; deb;;CDS;1901879;1904362;88;*; ;;regulatory;1904451;1904562;141;*; fin;;CDS;1904704;1906005;;; deb;;CDS;1917211;1917642;430;*; ;;misc_b;1918073;1918284;162;*; fin;;CDS;1918447;1919736;;; deb;;CDS;1979975;1981282;85;*; ;;misc_b;1981368;1981630;125;*; fin;;CDS;1981756;1982559;;; deb;;CDS;1991720;1992457;110;*; ;;misc_b;1992568;1992775;252;*; fin;;CDS;1993028;1994227;;; deb;;CDS;2033932;2036589;53;*; ;;regulatory;2036643;2036745;109;*; fin;;CDS;2036855;2038120;;; deb;comp;CDS;2174937;2175227;130;*; ;comp;regulatory;2175358;2175457;617;*; ;;regulatory;2176075;2176164;52;*; fin;;CDS;2176217;2176393;;0; deb;comp;CDS;2183867;2184418;151;*; ;comp;misc_b;2184570;2184833;435;*; fin;comp;CDS;2185269;2185667;;; deb;comp;CDS;2186020;2186505;82;*; ;comp;regulatory;2186588;2186681;177;*; fin;;CDS;2186859;2186990;;0; deb;comp;CDS;2226535;2227569;253;*; ;comp;misc_b;2227823;2228036;218;*; fin;comp;CDS;2228255;2229019;;0; deb;comp;CDS;2242205;2243398;81;*; ;comp;regulatory;2243480;2243648;110;*; fin;comp;CDS;2243759;2244376;;; deb;comp;CDS;2309004;2310380;93;*; ;comp;regulatory;2310474;2310576;248;*; fin;;CDS;2310825;2312171;;; deb;comp;CDS;2323975;2324883;801;*; ;;misc_b;2325685;2325916;107;*; fin;;CDS;2326024;2327505;;; deb;comp;CDS;2460052;2461448;76;*; ;comp;misc_b;2461525;2461758;168;*; fin;comp;CDS;2461927;2462130;;; 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deb;;CDS;4241605;4242144;780;*; ;;rRNA;4242925;4244456;265;*;1532 ;;rRNA;4244722;4247618;202;*;2897 ;;rRNA;4247821;4247937;5;*;117 ;;tRNA;4247943;4248031;11;*;tta ;;tRNA;4248043;4248119;110;*;atgi ;;rRNA;4248230;4249732;202;*;1503 ;;misc_f;4249935;4250480;184;*; fin;;CDS;4250665;4250923;;; deb;;CDS;4250940;4251038;87;*; ;comp;rRNA;4251126;4253130;390;*;2005 ;comp;tRNA;4253521;4253596;68;*;gca ;comp;misc_f;4253665;4253797;18;*; ;comp;misc_f;4253816;4254229;294;*; fin;;CDS;4254524;4254712;;; deb;;CDS;4303117;4303305;167;*; ;;misc_f;4303473;4304013;15;*; ;;misc_f;4304029;4304286;145;*; ;;rRNA;4304432;4304548;6;*;117 ;;tRNA;4304555;4304629;4;*;aac ;;tRNA;4304634;4304708;5;*;gaa ;;tRNA;4304714;4304789;5;*;gta ;;tRNA;4304795;4304871;11;*;gac ;;tRNA;4304883;4304957;14;*;aca ;;tRNA;4304972;4305056;9;*;tac ;;tRNA;4305066;4305139;10;*;gga ;;tRNA;4305150;4305226;9;*;aga ;;tRNA;4305236;4305311;11;*;caa ;;tRNA;4305323;4305398;2;*;aaa ;;tRNA;4305401;4305489;18;*;tca ;;tRNA;4305508;4305598;8;*;agc ;;tRNA;4305607;4305683;85;*;cca ;;tRNA;4305769;4305844;60;*;tgg ;;tRNA;4305905;4305981;5;*;cca ;;tRNA;4305987;4306063;3;*;atc ;;tRNA;4306067;4306142;7;*;ttc ;;tRNA;4306150;4306226;116;*;atgj ;;rRNA;4306343;4307677;2;*;1335 deb;;CDS;4307680;4308225;0;*; </pre> ===cbc=== ====cbc opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_opérons|cbc* opérons]] <pre> 28%GC;30.6.19 Paris;16s 5;;52;doubles;intercalaires Clostridium botulinum CDC_297;;;NCBI;gtRNAdb;; comp;1309334..1309408;;Glu;gag;; ;;;;;; comp;1385938..1386012;;Asn;aac;;8 comp;1386021..1386134;;5s;;;108 comp;1386243..1389140;;23s;;;228 comp;1389369..1390866;;16s;;@1; ;;;;;; comp;1392997..1393072;;Phe;ttc;;7 comp;1393080..1393193;;5s;;;108 comp;1393302..1396199;;23s;;;228 comp;1396428..1397925;;16s;;; ;;;;;; comp;1408673..1408762;;Ser;tcc;; ;;;;;; comp;1412183..1412259;;Arg;agg;; ;;;;;; comp;1415464..1415540;;Arg;cgt;;84 comp;1415625..1415715;;Ser;agc;+;20 comp;1415736..1415826;;Ser;tca;2 agc;306 comp;1416133..1416223;;Ser;agc;2 tca;20 comp;1416244..1416334;;Ser;tca;@4; ;;;;;; comp;1425969..1426044;;Ala;gca;;3 comp;1426048..1426124;;Met;atgi;;8 comp;1426133..1426246;;5s;;;79 comp;1426326..1427823;;16s;;@2;117 comp;1427941..1428051;;MNEGCDRILIVVARWQVSKNKKMLTKIKKRATIIKH;CDS 108pb;; ;;;;;; ;1694943..1695017;;Gln;cag;; ;;;;;; comp;1722580..1722664;;Tyr;tac;;5 comp;1722670..1722745;;Thr;aca;; ;;;;;; comp;1841437..1841510;;Cys;tgc;; ;;;;;; comp;1842698..1842811;;5s;;;108 comp;1842920..1845817;;23s;;;228 comp;1846046..1847543;;16s;;; ;;;;;; ;1890534..1890608;;Glu;gaa;+;17 ;1890626..1890701;;Val;gta;3 gaa;9 ;1890711..1890787;;Asp;gac;3 gta;4 ;1890792..1890867;;Thr;aca;3 gac;5 ;1890873..1890947;;Glu;gaa;2 aca;18 ;1890966..1891041;;Val;gta;;7 ;1891049..1891125;;Asp;gac;;57 ;1891183..1891257;;Glu;gaa;;17 ;1891275..1891350;;Val;gta;;9 ;1891360..1891436;;Asp;gac;;4 ;1891441..1891516;;Thr;aca;; ;;;;;; comp;1948153..1948228;;Pro;cca;; ;;;;;; ;1969157..1969245;;Leu;tta;;4 ;1969250..1969325;;Met;atgf;+;53 ;1969379..1969454;;Met;atgf;2 atgf;10 ;1969465..1969541;;Met;atg;; ;;;;;; ;1987541..1989040;;16s;;@3;226 ;1989267..1992166;;23s;;;93 ;1992260..1992375;;5s;;;7 ;1992383..1992457;;Asn;aac;+;27 ;1992485..1992559;;Asn;aac;; ;;;;;; ;2013239..2013313;;Gly;ggg;;18 ;2013332..2013407;;Thr;acc;; ;;;;;; ;2222515..2222590;;Trp;tgg;; ;;;;;; ;2294767..2294842;;Pro;cca;+;7 ;2294850..2294923;;Gly;gga;2 cca;6 ;2294930..2295006;;Arg;aga;2 gga;5 ;2295012..2295087;;Lys;aag;;26 ;2295114..2295189;;Pro;cca;;29 ;2295219..2295292;;Gly;gga;;24 ;2295317..2295393;;Arg;cga;; ;;;;;; ;2402556..2402631;;Val;gta;;5 ;2402637..2402713;;Asp;gac;;3 ;2402717..2402792;;Phe;ttc;;4 ;2402797..2402871;;Gly;ggc;;9 ;2402881..2402954;;Cys;tgc;; ;;;;;; ;2517305..2517391;;Leu;ttg;; ;;;;;; ;2548708..2548792;;Leu;ctc;; ;;;;;; ;2583298..2583388;;SeC;tga;; </pre> ====cbc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_cumuls|cbc* cumuls]] <pre> cbc* cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;5;1;0;0 ;16 23 5s 0;1;20;22;1 ;16 atc gca;0;40;3;1 ;16 23 5s a;3;60;2;0 ;max a;2;80;0;0 ;a doubles;1;100;1;0 ;spéciaux;1;120;0;0 ;total aas;6;140;0;0 sans ;opérons;17;160;0;0 ;1 aa;10;180;0;0 ;max a;11;200;0;0 ;a doubles;4;;0;0 ;total aas;46;;28;2 total aas;;52;;; remarques;;4;;; avec jaune;;;moyenne;17;15 ;;;variance;19; sans jaune;;;moyenne;15; ;;;variance;14; </pre> ====cbc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_blocs|cbc* blocs]] <pre> cbc* blocs;;;; aac;8;7;-; 5s;108;108;108;226 23s;228;228;228;93 16s;;;-;7 ;;;; gca;3;;; atgi;8;;; 5s;79;;; 16s;;;; </pre> ====cbc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_distribution|cbc distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;1-3 aas att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;gca ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;atgi gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aac ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttc atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;aac2 ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;>1aa tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;atgf2 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;; atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;; ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total; cbc*;;10;;;;;10;;cbc*;36;;;;;;34;;cbc*;2;;;;;;2; </pre> ====cbc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_données_intercalaires|cbc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;cbc;fx;fc;cbc;fx40;fc40;cbc;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;24;0;1;24;-1;;72;1018;103;5s tRNA;; ;0;10;5;198;1;1;55;-2;;0;419;184;8;;aac ;0;20;2;293;2;2;38;-3;;0;732;35;7;;ttc 1;0;30;11;166;3;0;14;-4;3;58;389;227;8;;atgi 1;0;40;15;108;4;1;18;-5;;0;156;30;7;;aac ;0;50;9;61;5;0;15;-6;1;0;164;90;tRNA tRNA;;contig ;2;60;11;83;6;0;11;-7;;4;276;431;3;;gca ;2;70;13;65;7;0;3;-8;;40;162;584;**;;atgi ;2;80;12;73;8;1;18;-9;;0;53;;27;;aac 1;1;90;12;68;9;0;10;-10;;8;170;;**;;aac ;2;100;16;58;10;0;16;-11;;25;318;;tRNA tRNA;; 1;0;110;18;52;11;0;28;-12;;0;80;;84;;cgt ;0;120;19;66;12;0;44;-13;;3;172;;20;;agc ;0;130;19;59;13;0;28;-14;;13;92;;306;;tca ;0;140;16;61;14;0;32;-15;;0;77;;20;;agc ;2;150;15;64;15;0;36;-16;;1;142;;**;;tca ;1;160;19;48;16;0;21;-17;;11;328;;9;;gta ;3;170;15;48;17;0;26;-18;;0;187;;4;;gac ;1;180;17;46;18;1;30;-19;1;4;64;;5;;aca 1;1;190;19;32;19;0;24;-20;;11;82;;18;;gaa ;0;200;20;39;20;1;24;-21;;0;51;;7;;gta ;0;210;17;44;21;2;17;-22;;2;239;;57;;gac ;0;220;16;31;22;1;21;-23;;8;145;;17;;gaa 1;0;230;15;40;23;1;14;-24;;0;387;;9;;gta ;1;240;7;36;24;0;20;-25;;1;64;;4;;gac ;0;250;15;18;25;0;22;-26;;6;313;;**;;aca ;0;260;12;22;26;1;13;-27;;0;97;;4;;tta ;0;270;14;35;27;3;17;-28;;2;556;;53;;atgf ;1;280;15;31;28;0;18;-29;;2;754;;10;;atgf ;0;290;12;29;29;2;12;-30;;0;745;;**;;atgj ;0;300;18;27;30;1;12;-31;;2;CDS 16s;;18;;ggg ;0;310;11;29;31;2;9;-32;;3;909;;**;;acc ;2;320;16;21;32;0;9;-33;;0;387;;7;;cca ;1;330;23;18;33;1;12;-34;;1;117;;6;;gga ;0;340;12;14;34;3;13;-35;;1;416;;5;;aga ;0;350;9;25;35;1;13;-36;;0;570;;26;;aag ;0;360;10;27;36;4;12;-37;;0;16s 23s;;29;;cca ;0;370;13;24;37;1;11;-38;;3;3* 228;;24;;gga ;0;380;12;22;38;1;6;-39;;0;226;;**;;cga ;2;390;8;19;39;2;12;-40;;0;23s 5s;;5;;gta ;0;400;8;22;40;0;11;-41;;0;3* 108;;3;;gac 2;6;reste;172;326;reste;685;1783;-42;;0;93;;4;;ttc 8;30;total;719;2572;total;719;2572;-43;;0;16s 5s;;9;;ggc 6;24;diagr;546;2222;diagr;33;765;-44;1;1;79;;**;;tgc 1;0; t30;18;657;;;;-45;;0;5s CDS;;;; ;;;;;;;;-46;;0;363;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;; ;x;718;7;1;726;;;-49;;0;;;;; ;c;2548;288;24;2860;;;-50;;1;;;;; ;;;;;3586;88;;reste;1;4;;;;; ;;;;;;3674;;total;7;288;;;;; </pre> =====cbc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_autres_intercalaires_aas|cbc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;1307968;1308315;1018;*; ;comp;tRNA;1309334;1309408;419;*;gag fin;comp;CDS;1309828;1312056;;; deb;;CDS;1384971;1385834;103;*; ;comp;tRNA;1385938;1386012;8;*;aac ;comp;rRNA;1386021;1386134;108;*;114 ;comp;rRNA;1386243;1389140;228;*;2898 ;comp;rRNA;1389369;1390866;909;*;1498 deb;comp;CDS;1391776;1392264;732;*; ;comp;tRNA;1392997;1393072;7;*;ttc ;comp;rRNA;1393080;1393193;108;*;114 ;comp;rRNA;1393302;1396199;228;*;2898 ;comp;rRNA;1396428;1397925;387;*;1498 fin;comp;CDS;1398313;1399257;;; deb;comp;CDS;1406658;1408283;389;*; ;comp;tRNA;1408673;1408762;156;*;tcc fin;comp;CDS;1408919;1409365;;; deb;comp;CDS;1411833;1412018;164;*; ;comp;tRNA;1412183;1412259;184;*;agg fin;;CDS;1412444;1412764;;; deb;;CDS;1414541;1415428;35;*; ;comp;tRNA;1415464;1415540;84;*;cgt ;comp;tRNA;1415625;1415715;20;*;agc ;comp;tRNA;1415736;1415826;306;*;tca ;comp;tRNA;1416133;1416223;20;*;agc ;comp;tRNA;1416244;1416334;276;*;tca fin;comp;CDS;1416611;1417891;;; deb;comp;CDS;1425354;1425806;162;*; ;comp;tRNA;1425969;1426044;3;*;gca ;comp;tRNA;1426048;1426124;8;*;atgi ;comp;rRNA;1426133;1426246;79;*;114 ;comp;rRNA;1426326;1427823;117;*;1498 fin;comp;CDS;1427941;1428051;;; deb;;CDS;1694365;1694889;53;*; ;;tRNA;1694943;1695017;170;*;cag fin;;CDS;1695188;1695592;;; deb;comp;CDS;1721086;1722261;318;*; ;comp;tRNA;1722580;1722664;5;*;tac ;comp;tRNA;1722670;1722745;227;*;aca fin;;CDS;1722973;1723695;;; deb;;CDS;1840498;1841406;30;*; ;comp;tRNA;1841437;1841510;80;*;tgc deb;comp;CDS;1841591;1842334;363;*; ;comp;rRNA;1842698;1842811;108;*;114 ;comp;rRNA;1842920;1845817;228;*;2898 ;comp;rRNA;1846046;1847543;416;*;1498 fin;comp;CDS;1847960;1850440;;; deb;;CDS;1889552;1890361;172;*; ;;tRNA;1890534;1890608;17;*;gaa ;;tRNA;1890626;1890701;9;*;gta ;;tRNA;1890711;1890787;4;*;gac ;;tRNA;1890792;1890867;5;*;aca ;;tRNA;1890873;1890947;18;*;gaa ;;tRNA;1890966;1891041;7;*;gta ;;tRNA;1891049;1891125;57;*;gac ;;tRNA;1891183;1891257;17;*;gaa ;;tRNA;1891275;1891350;9;*;gta ;;tRNA;1891360;1891436;4;*;gac ;;tRNA;1891441;1891516;90;*;aca fin;comp;CDS;1891607;1892584;;; deb;comp;CDS;1946711;1948060;92;*; ;comp;tRNA;1948153;1948228;77;*;cca fin;comp;CDS;1948306;1948614;;; deb;;CDS;1968610;1969014;142;*; ;;tRNA;1969157;1969245;4;*;tta ;;tRNA;1969250;1969325;53;*;atgf ;;tRNA;1969379;1969454;10;*;atgf ;;tRNA;1969465;1969541;328;*;atgj fin;;CDS;1969870;1972257;;; deb;;CDS;1985594;1986970;570;*; ;;rRNA;1987541;1989040;226;*;1500 ;;rRNA;1989267;1992166;93;*;2900 ;;rRNA;1992260;1992375;7;*;116 ;;tRNA;1992383;1992457;27;*;aac ;;tRNA;1992485;1992559;187;*;aac fin;;CDS;1992747;1994819;;; deb;;CDS;2012533;2013174;64;*; ;;tRNA;2013239;2013313;18;*;ggg ;;tRNA;2013332;2013407;82;*;acc fin;;CDS;2013490;2014683;;; deb;;CDS;2222077;2222463;51;*; ;;tRNA;2222515;2222590;239;*;tgg fin;;CDS;2222830;2224086;;0; deb;;CDS;2294151;2294621;145;*; ;;tRNA;2294767;2294842;7;*;cca ;;tRNA;2294850;2294923;6;*;gga ;;tRNA;2294930;2295006;5;*;aga ;;tRNA;2295012;2295087;26;*;aag ;;tRNA;2295114;2295189;29;*;cca ;;tRNA;2295219;2295292;24;*;gga ;;tRNA;2295317;2295393;387;*;cga fin;;CDS;2295781;2297040;;; deb;;CDS;2401601;2402491;64;*; ;;tRNA;2402556;2402631;5;*;gta ;;tRNA;2402637;2402713;3;*;gac ;;tRNA;2402717;2402792;4;*;ttc ;;tRNA;2402797;2402871;9;*;ggc ;;tRNA;2402881;2402954;313;*;tgc fin;;CDS;2403268;2403963;;; deb;comp;CDS;2515386;2516873;431;*; ;;tRNA;2517305;2517391;584;*;ttg fin;comp;CDS;2517976;2518125;;; deb;;CDS;2548065;2548610;97;*; ;;tRNA;2548708;2548792;556;*;ctc fin;;CDS;2549349;2549786;;0; deb;;CDS;2580636;2582543;754;*; ;;tRNA;2583298;2583388;745;*;tga fin;;CDS;2584134;2585648;;; </pre> ===cbn=== ====cbn opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_opérons|cbn opérons]] <pre> 28%GC;30.6.19 Paris;16s 10;86;doubles;intercal;aa;avec aa ;Clostridium botulinum BKT015925;;;;;; ;20666..20741;;acg;;;; ;;;;;;; ;36413..36487;;gaa;+;12;12; ;36500..36575;;gta;2 gaa;13;13; ;36589..36665;;gac;2 gta;5;5; ;36671..36746;;aca;2 gac;18;18; ;36765..36839;;gaa;2 aca;12;12; ;36852..36927;;gta;;13;13; ;36941..37017;;gac;;5;5; ;37023..37098;;aca;;;; ;;;;;;; ;137366..137441;;cca;;;; ;;;;;;; ;161964..162052;;tta;+;5;5; ;162058..162133;;atgf;3 tta;5;5; ;162139..162215;;atgj;3 atgf;46;46; ;162262..162350;;tta;2 atgj;5;5; ;162356..162431;;atgf;;30;30; ;162462..162538;;atgj;;46;46; ;162585..162673;;tta;;5;5; ;162679..162754;;atgf;;;; ;;;;;;; ;76258..176332;;aac;;;; ;;;;;;; ;180177..181695;;16s;@5;233;; ;181929..184836;;23s;;45;; ;184882..184956;;aac;+;14;; ;184971..185087;;5s;;7;; ;185095..185169;;aac;2 aac;;; ;;;;;;; ;222409..222484;;acc;;;; ;;;;;;; comp;578417..578492;;cag;;;; ;;;;;;; comp;944747..944833;;ttg;;;; ;;;;;;; ;955546..955630;;ctt;;;; ;;;;;;; ;1026946..1027021;;gta;;17;17;17 ;1027039..1027115;;gac;;14;14;14 ;1027130..1027205;;ttc;;4;4;4 ;1027210..1027284;;ggc;;8;8;8 ;1027293..1027367;;tgc;+;57;57;57 ;1027425..1027499;;tgc;2 tgc;;; ;;;;;;; comp;2030816..2030890;;aac;;45;; comp;2030936..2033842;;23s;;96;; comp;2033939..2034015;;atc;;7;;7 comp;2034023..2034098;;gca;;121;; comp;2034220..2035734;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2283768..2283884;;5s;;95;; comp;2283980..2286886;;23s;;233;; comp;2287120..2288638;;16s;@3;464;; comp;2289103..2289176;;gga;;15;;15 comp;2289192..2289268;;atc;;7;;7 comp;2289276..2289351;;gca;;;; ;;;;;;; comp;2350598..2350674;;cga;+;21;21; comp;2350696..2350769;;gga;4 gga;28;28; comp;2350798..2350873;;aaa;2 aaa;4;4; comp;2350878..2350952;;caa;2 caa;4;4; comp;2350957..2351032;;cac;2 cac;5;5; comp;2351038..2351112;;aag;3 aag;3;3; comp;2351116..2351192;;aga;3 aga;6;6; comp;2351199..2351272;;gga;2 cca;4;4; comp;2351277..2351352;;cca;2 ggc;21;21; comp;2351374..2351449;;aag;;5;5; comp;2351455..2351531;;aga;;5;5; comp;2351537..2351610;;gga;;5;5; comp;2351616..2351690;;ggc;;3;3; comp;2351694..2351777;;cta;;22;22; comp;2351800..2351875;;aaa;;4;4; comp;2351880..2351954;;caa;;4;4; comp;2351959..2352034;;cac;;5;5; comp;2352040..2352115;;aag;;5;5; comp;2352121..2352197;;aga;;5;5; comp;2352203..2352276;;gga;;5;5; comp;2352282..2352356;;ggc;;6;6; comp;2352363..2352438;;cca;;;; ;;;;;;; comp;2432784..2432859;;tgg;;;; ;;;;;;; comp;2454880..2454964;;tac;+;39;39; comp;2455004..2455079;;gta;2 tac;8;8; comp;2455088..2455172;;tac;;4;4; comp;2455177..2455252;;aca;;;; ;;;;;;; comp;2697795..2697911;;5s;@1;31;; comp;2697943..2700847;;23s;;233;; comp;2701081..2702599;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2703946..2704021;;aaa;;311;;311 comp;2704333..2704408;;ttc;;5;; comp;2704414..2704530;;5s;;336;; comp;2704867..2704942;;ttc;;5;; comp;2704948..2705064;;5s;;97;; comp;2705162..2708066;;23s;;233;; comp;2708300..2709814;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2721253..2721328;;aaa;@2;5;; comp;2721334..2721450;;5s;;95;; comp;2721546..2724452;;23s;;233;; comp;2724686..2726203;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2731902..2731976;;gag;;61;;61 comp;2732038..2732112;;caa;;6;;6 comp;2732119..2732195;;aga;;4;;4 comp;2732200..2732273;;gga;;19;;19 comp;2732293..2732376;;cta;;16;;16 comp;2732393..2732467;;gaa;;4;; comp;2732472..2732588;;5s;;97;; comp;2732686..2735592;;23s;@4;94;; comp;2735687..2735763;;atc;;3;; comp;2735767..2735842;;gca;;74;; comp;2735917..2737435;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2742262..2742351;;tcc;;;; ;;;;;;; comp;2743220..2743312;;tcg;;;; ;;;;;;; comp;2743891..2743967;;agg;;;; ;;;;;;; comp;2748534..2748610;;cgt;;144;144; comp;2748755..2748845;;agc;;23;23; comp;2748869..2748959;;tca;+;69;69; comp;2749029..2749119;;tca;2 tca;;; ;;;;;;; comp;2758688..2758763;;gca;;4;;4 comp;2758768..2758844;;atgi;;3;; comp;2758848..2758964;;5s;;73;; comp;2759038..2761942;;23s;;233;; comp;2762176..2763694;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2150504..2150620;;5s;;31;; comp;2150652..2153560;;23s;;233;; comp;2153794..2155308;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2169525..2169641;;5s;;32;; comp;2169674..2172579;;23s;;233;; comp;2172813..2174331;;16s;;;; ;;;;;;; sur plasmide;;;tgg;;;; </pre> ====cbn cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_cumuls|cbn cumuls]] <pre> cbn cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;10;1;0;0 ;16 23 5s 0;3;20;34;9 ;16 gca atc;2;40;7;0 ;16 23 5s a;4;60;3;0 ;max a;8;80;1;1 ;a doubles;1;100;0;0 ;spéciaux;1;120;0;0 ;total aas;22;140;0;0 sans ;opérons;18;160;1;0 ;1 aa;12;180;0;0 ;max a;22;200;0;0 ;a doubles;6;;0;0 ;total aas;64;;46;10 total aas;;86;;; remarques;;5;;; avec jaune;;;moyenne;17; ;;;variance;25; sans jaune;;;moyenne;14;14 ;;;variance;15;17 </pre> ====cbn blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_blocs|cbn blocs]] <pre> cbn blocs;;;;;; 5s;31;31;32;;; 23s;233;233;233;;; 16s;;;;;; ;;;;;ttc;5 ;;;;;5s;336 aaa;5;3;;;ttc;5 5s;95;73;5s;95;5s;97 23s;233;233;23s;233;23s;233 16s;aaa;atgi;16s;464;16s; ;;;gga;15;; 16s;233;;;;; 23s;45;;;;; aac;14;;;;; 5s;7;;;;; aac;;;;;; gaa;4;;;;; 5s;97;aac;45;;; 23s;94;23s;96;;; atc;3;atc;7;;; gca;74;gca;121;;; 16s;;16s;;;; </pre> ====cbn distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_distribution|cbn distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;avant 5s;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;2 aac;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;4-8 aas;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;gag;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;caa;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;aga;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;gga;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga;3;;ata;;aca;;aaa;;aga;;cta;ata;;aca;;aaa;;aga;1 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa;cta;1;cca;;caa;1;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;>1aa;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;3;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgc2;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;tca2;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cbn;;12;;;;;12;;cbn;48;;;;;;48;;cbn;4;;;;;;4;;cbn;;;;6;;;6 </pre> ====cbn données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_données_intercalaires|cbn données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cbn;fx;fc;cbn;fx40;fc40;cbn;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;10;0;1;10;-1;;34;214;206;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;10;172;1;1;37;-2;;0;168;307;124;;gca;12;;gaa ;0;20;3;211;2;1;31;-3;;0;131;106;77;;gca;13;;gta ;0;30;19;147;3;2;13;-4;;28;158;480;tRNA 23s;;;5;;gac ;0;40;24;90;4;2;12;-5;;0;115;435;97;;atc;18;;aca ;0;50;34;60;5;0;17;-6;1;0;275;60;95;;atc;12;;gaa 1;2;60;28;67;6;0;13;-7;;5;140;348;23s tRNA;;;13;;gta ;5;70;26;71;7;1;11;-8;1;30;106;104;2* 48;;aac;5;;gac ;2;80;17;53;8;0;9;-9;1;0;67;255;5s tRNA;;;**;;aca ;1;90;13;59;9;1;10;-10;;6;261;130;7;;aac;5;;tta ;1;100;18;68;10;2;19;-11;2;13;59;;13;;ttc;5;;atgf 2;1;110;12;42;11;0;22;-12;1;0;82;;15;;ttc;46;;atgj ;3;120;16;50;12;0;32;-13;;2;379;;5;;aaa;5;;tta 1;1;130;24;50;13;0;22;-14;;7;265;;4;;gaa;30;;atgf ;2;140;4;50;14;0;22;-15;;0;117;;3;;atgi;46;;atgj ;0;150;12;49;15;0;23;-16;;3;233;;tRNA 5s;;;5;;tta ;1;160;7;45;16;1;20;-17;1;10;199;;336;;ttc;**;;atgf ;1;170;16;48;17;1;16;-18;;0;73;;tRNA tRNA;;intra;17;;gta ;0;180;16;36;18;0;20;-19;;2;295;;7;;gca atc;14;;gac ;1;190;12;42;19;1;14;-20;;7;58;;3;;gca atc;4;;ttc ;1;200;15;31;20;0;20;-21;1;0;324;;tRNA tRNA;;contig;8;;ggc 1;0;210;11;27;21;0;20;-22;;1;183;;311;;aaa;57;;tgc ;1;220;12;29;22;1;17;-23;;2;80;;**;;ttc;**;;tgc ;0;230;11;30;23;3;12;-24;;0;245;;61;;gag;15;;gga ;1;240;15;19;24;1;13;-25;;1;408;;6;;caa;7;;atc ;1;250;14;14;25;1;19;-26;;2;111;;4;;aga;**;;gca 1;0;260;14;16;26;2;10;-27;1;0;64;;19;;gga;21;;cga ;2;270;11;10;27;3;17;-28;;1;69;;16;;cta;28;;gga ;1;280;6;8;28;3;13;-29;;5;65;;**;;gaa;4;;aaa ;0;290;9;10;29;2;12;-30;;0;95;;4;;gca;4;;caa ;1;300;11;21;30;3;14;-31;;1;61;;**;;atgi;5;;cac 1;0;310;4;7;31;2;11;-32;;1;125;;;;;3;;aag ;0;320;5;7;32;2;5;-33;;0;CDS 16s;;;;;6;;aga ;1;330;5;11;33;4;11;-34;;0;453;111;;;;4;;gga ;0;340;11;5;34;0;8;-35;;2;423;;;;;21;;cca 1;0;350;4;9;35;1;6;-36;;0;424;;;;;5;;aag ;0;360;2;12;36;3;8;-37;;0;111;;;;;5;;aga ;0;370;6;8;37;2;11;-38;;0;423;;;;;5;;gga ;1;380;6;7;38;1;8;-39;;0;346;;;;;3;;ggc ;0;390;1;6;39;7;10;-40;;0;393;;;;;22;;cta ;0;400;5;4;40;2;12;-41;;1;402;;;;;4;;aaa 2;1;reste;54;62;reste;485;1143;-42;;0;369;;;;;4;;caa 10;32;total;544;1773;total;542;1773;-43;;0;16s 23s;;;;;5;;cac 8;31;diagr;489;1701;diagr;56;620;-44;;1;8* 237;;;;;5;;aag 0;0; t30;32;530;;;;-45;;0;23s 5s;;;;;5;;aga ;;;;;;;;-46;;1;2* 34;;;;;5;;gga ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;35;;;;;6;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;2* 98;;;;;**;;cca ;x;541;9;1;551;;;-49;;0;2* 100;;;;;39;;tac ;c;1763;167;10;1940;;;-50;;0;76;;;;;8;;gta ;;;;;2491;147;;reste;0;0;5s CDS;;;;;4;;tac ;;;;;;2638;;total;9;167;128;590;;;;**;;aca ;;;;;;;;;;;138;144;;;;144;;cgt ;;;;;;;;;;;;;;;;23;;agc ;;;;;;;;;;;;;;;;69;;tca ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tca </pre> =====cbn autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires_aas|cbn autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbn;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;20118;206;comp; ;tRNA;20666;214;;acg fin;CDS;20956;;; deb;CDS;34861;307;comp; ;tRNA;36413;12;;gaa ;tRNA;36500;13;;gta ;tRNA;36589;5;;gac ;tRNA;36671;18;;aca ;tRNA;36765;12;;gaa ;tRNA;36852;13;;gta ;tRNA;36941;5;;gac ;tRNA;37023;106;;aca fin;CDS;37205;;comp; deb;CDS;135851;168;comp; ;tRNA;137366;131;comp;cca fin;CDS;137573;;comp; deb;CDS;161395;158;; ;tRNA;161964;5;;tta ;tRNA;162058;5;;atgf ;tRNA;162139;46;;atgj ;tRNA;162262;5;;tta ;tRNA;162356;30;;atgf ;tRNA;162462;46;;atgj ;tRNA;162585;5;;tta ;tRNA;162679;480;;atgf fin;CDS;163235;;comp; deb;CDS;174610;115;; ;tRNA;176258;275;;aac fin;CDS;176608;;; deb;CDS;178351;453;; ;rRNA;180181;237;;16s ;rRNA;181930;48;;23s ;tRNA;184882;14;;aac ;rRNA;184971;7;;5s ;tRNA;185095;435;;aac fin;CDS;185605;;comp; deb;CDS;221558;140;; ;tRNA;222409;106;;aac fin;CDS;222591;;; deb;CDS;577193;60;; ;tRNA;578417;67;comp;cag fin;CDS;578560;;comp; deb;CDS;943937;261;comp; ;tRNA;944747;348;comp;ttg fin;CDS;945182;;; deb;CDS;954881;59;; ;tRNA;955546;82;;ctt fin;CDS;955713;;; deb;CDS;1025682;379;; ;tRNA;1026946;17;;gta ;tRNA;1027039;14;;gac ;tRNA;1027130;4;;ttc ;tRNA;1027210;8;;ggc ;tRNA;1027293;57;;tgc ;tRNA;1027425;265;;tgc fin;CDS;1027765;;; deb;CDS;1679540;6;; ;gene;1680008;128;comp; fin;CDS;1681704;;comp; deb;CDS;1865810;45;; ;gene;1866395;88;; fin;CDS;1867620;;comp; deb;CDS;2029941;104;; ;tRNA;2030816;48;comp;aac ;rRNA;2030939;97;comp;23s ;tRNA;2033939;7;comp;atc ;tRNA;2034023;124;comp;gca ;rRNA;2034223;423;comp;16s fin;CDS;2036154;;comp; deb;CDS;2149914;128;comp; ;rRNA;2150504;34;comp;5s ;rRNA;2150655;237;comp;23s ;rRNA;2153797;424;comp;16s fin;CDS;2155729;;comp; deb;CDS;2168490;590;; ;rRNA;2169533;35;comp;5s ;rRNA;2169677;237;comp;23s ;rRNA;2172816;111;comp;16s fin;CDS;2174439;;; deb;CDS;2281037;144;; ;rRNA;2283779;98;comp;5s ;rRNA;2283983;237;comp;23s ;rRNA;2287123;111;comp;16s deb;CDS;2288746;117;comp; ;tRNA;2289103;15;comp;gga ;tRNA;2289192;7;comp;atc ;tRNA;2289276;233;comp;gca fin;CDS;2289585;;comp; deb;CDS;2349136;199;comp; ;tRNA;2350598;21;comp;cga ;tRNA;2350696;28;comp;gga ;tRNA;2350798;4;comp;aaa ;tRNA;2350878;4;comp;caa ;tRNA;2350957;5;comp;cac ;tRNA;2351038;3;comp;aag ;tRNA;2351116;6;comp;aga ;tRNA;2351199;4;comp;gga ;tRNA;2351277;21;comp;cca ;tRNA;2351374;5;comp;aag ;tRNA;2351455;5;comp;aga ;tRNA;2351537;5;comp;gga ;tRNA;2351616;3;comp;ggc ;tRNA;2351694;22;comp;cta ;tRNA;2351800;4;comp;aaa ;tRNA;2351880;4;comp;caa ;tRNA;2351959;5;comp;cac ;tRNA;2352040;5;comp;aag ;tRNA;2352121;5;comp;aga ;tRNA;2352203;5;comp;gga ;tRNA;2352282;6;comp;ggc ;tRNA;2352363;73;comp;cca fin;CDS;2352512;;comp; deb;CDS;2430767;295;comp; ;tRNA;2432784;58;comp;tgg fin;CDS;2432918;;comp; deb;CDS;2453380;324;comp; ;tRNA;2454880;39;comp;tac ;tRNA;2455004;8;comp;gta ;tRNA;2455088;4;comp;tac ;tRNA;2455177;255;comp;aca fin;CDS;2455508;;; deb;CDS;2696774;138;comp; ;rRNA;2697803;34;comp;5s ;rRNA;2697946;237;comp;23s ;rRNA;2701084;423;comp;16s deb;CDS;2703019;183;comp; ;tRNA;2703946;311;comp;aaa ;tRNA;2704333;13;comp;ttc ;rRNA;2704422;336;comp;5s ;tRNA;2704867;15;comp;ttc ;rRNA;2704958;100;comp;5s ;rRNA;2705165;237;comp;23s ;rRNA;2708303;346;comp;16s fin;CDS;2710157;;comp; deb;CDS;2720030;80;comp; ;tRNA;2721253;5;comp;aaa ;rRNA;2721334;98;comp;5s ;rRNA;2721549;237;comp;23s ;rRNA;2724689;393;comp;16s fin;CDS;2726593;;comp; deb;CDS;2730964;245;comp; ;tRNA;2731902;61;comp;gag ;tRNA;2732038;6;comp;caa ;tRNA;2732119;4;comp;aga ;tRNA;2732200;19;comp;gga ;tRNA;2732293;16;comp;cta ;tRNA;2732393;4;comp;gaa ;rRNA;2732472;100;comp;5s ;rRNA;2732689;95;comp;23s ;tRNA;2735687;3;comp;atc ;tRNA;2735767;77;comp;gca ;rRNA;2735920;402;comp;16s fin;CDS;2737834;;comp; deb;CDS;2740228;408;comp; ;tRNA;2742262;111;comp;tcc deb;CDS;2742463;64;comp; ;tRNA;2743220;69;comp;tcg deb;CDS;2743382;65;comp; ;tRNA;2743891;130;comp;agg fin;CDS;2744098;;; deb;CDS;2746633;95;comp; ;tRNA;2748534;144;comp;cgt ;tRNA;2748755;23;comp;agc ;tRNA;2748869;69;comp;tca ;tRNA;2749029;61;comp;tca fin;CDS;2749181;;comp; deb;CDS;2758098;125;comp; ;tRNA;2758688;4;comp;gca ;tRNA;2758768;3;comp;atgi ;rRNA;2758848;76;comp;5s ;rRNA;2759041;237;comp;23s ;rRNA;2762179;369;comp;16s fin;CDS;2764060;;comp; </pre> ====cbn intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_entre_cds|cbn intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> cbn;2.2.21 Paris;;cbn 31.1.14;;;;;;; cbn;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;176;7.1;'''négatif ;-11;10;-1 à -47;'''2 773 157;-1;176 ;'''zéro;11;0.4;;;;;'''intercals;0;11 ;'''1 à 200;1767;70.9;'''0 à 200;71;60;;'''313 764;5;116 ;'''201 à 370;394;15.8;'''201 à 370;266;48;;'''11.3%;10;66 ;'''371 à 600;117;4.7;'''371 à 600;464;65;;;15;121 ;'''601 à max;26;1.0;'''601 à 1028;810;204;;;20;93 ;'''total 2491;<201;78.4;'''total 2491;125;141;-47 à 1443;;25;87 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;79 624731;1443;-1;176;-70;0;;0;11;35;50 834812;1270;0;11;-60;0;;-1;°34;40;64 1909773;1149;1;°38;-50;0;;-2;0;45;44 1395656;1025;2;°32;-40;4;;-3;0;50;50 1366434;952;3;15;-30;4;'''min à -1;-4;°28;55;60 2662601;856;4;14;-20;21;176;-5;0;60;35 1385645;836;5;°17;-10;47;7.1%;-6;1;65;56 754437;826;6;13;0;111;;-7;5;70;41 1803918;777;7;12;10;182;;-8;°31;75;32 1826878;759;8;9;20;214;;-9;1;80;38 1307165;753;9;11;30;166;;-10;6;85;35 627889;751;10;°21;40;114;'''1 à 100;-11;°15;90;37 1388755;748;11;22;50;94;1190;-12;1;95;40 2579132;747;12;°32;60;95;47.8%;-13;2;100;46 1789056;745;13;22;70;97;;-14;°7;105;28 1830367;730;14;22;80;70;;-15;0;110;26 841754;723;15;°23;90;72;;-16;3;115;35 1855513;710;16;21;100;86;;-17;°11;120;31 2136552;703;17;17;110;54;;-18;0;125;41 390878;696;18;°20;120;66;;-19;2;130;33 943107;680;19;15;130;74;;-20;°7;135;25 2674137;655;20;20;140;54;;-21;1;140;29 1095841;652;21;°20;150;61;;-22;1;145;30 2644575;626;22;18;160;52;;-23;°2;150;31 261153;625;23;15;170;64;'''1 à 200;-24;0;155;21 1887215;619;24;14;180;52;1767;-25;1;160;31 2676061;600;25;°20;190;54;70.9%;-26;°2;5;34 2443011;582;26;12;200;46;;-27;1;170;30 1811650;581;27;°20;210;38;;-28;1;175;27 1933429;576;28;16;220;41;;-29;°5;180;25 1797999;574;29;14;230;41;;-30;0;185;23 2550424;574;30;°17;240;34;;-31;1;190;31 2050753;573;31;13;250;28;;-32;1;195;23 923904;572;32;7;260;30;'''0 à 200;;181;200;23 313619;570;33;°15;270;21;1778;reste;6;205;19 1471664;569;34;8;280;14;;total;187;210;19 1133306;567;35;7;290;19;;;;215;17 262285;563;36;11;300;32;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;24 ;;37;°13;310;11;;600;2465;225;25 ;;38;9;320;12;;620;1;230;16 ;;39;°17;330;16;;640;2;235;17 ;;40;14;340;16;'''201 à 370;660;2;240;17 ;;reste;1628;350;13;394;680;1;245;15 ;;total;2491;360;14;15.8%;700;1;250;13 ;;;;370;14;;720;2;255;15 ;;;;380;13;;740;2;260;15 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;7;;760;6;265;10 1144166;-47;shift 2;1795;400;9;;780;1;270;11 369225;-46;shift 2;3395;410;5;;800;0;275;9 1579583;-44;shift 2;487;420;6;;820;0;280;5 430053;-41;;;430;3;;840;2;285;9 1494403;-35;;;440;2;;860;1;290;10 1957540;-35;;;450;8;;880;0;295;15 733250;-32;;;460;6;;900;0;300;17 271633;-31;;;470;5;;920;0;305;6 913392;-29;;;480;5;;940;0;310;5 1503608;-29;;;490;6;;960;1;315;9 1620962;-29;;;500;7;;980;0;320;3 1725747;-29;;;510;6;;1000;0;325;13 1823162;-29;;;520;1;;1020;0;330;3 2449289;-28;;;530;1;'''371 à 600;1040;1;335;5 1086603;-27;;;540;11;117;1060;0;340;11 783920;-26;;;550;2;4.7%;1080;0;345;4 2471206;-26;;;560;2;;1100;0;350;9 2107067;-25;;;570;4;'''601 à max;1120;0;355;10 292336;-23;;;580;5;26;1140;0;360;4 2553714;-23;;;590;2;1.0%;1160;1;365;8 2686151;-22;;;600;1;;;24;370;6 1577865;-21;;;reste;26;;reste;2;reste;143 500363;-20;;;total;2491;;total;2491;total;2491 </pre> ====cbn intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cbn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; cbn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;15;-107;126;33;450;238;max50;&-50;394;-1048;106;855;263;min50 31 à 400;;;;;;;;&8.8;-32;-123;49;932;121;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;86;43;-;424;dte;26;tf;&184;63;-;652;poly;203;SF 31 à 400;;;-;;;;;&120;45;-;891;dte;41;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.731;0.543;0.505;;;;;-0.382;;;;;; 1-n;0.271;-0.222;-0.114;;;;;;;;;14.8.21 paris;; cbn;fx;fc;;cbn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbn;Sx-;Sc- 0;1;10;;0;2;6;0;1;10;>0;543;-1;0;34 10;10;172;;10;20;101;1;1;37;<0;9;-2;0;0 20;3;211;;20;6;124;2;1;31;zéro;1;-3;0;0 30;19;147;;30;39;86;3;2;13;total;553;-4;0;28 40;24;90;;40;49;53;4;2;12;;c;-5;0;0 50;34;60;;50;70;35;5;0;17;>0;1763;-6;1;0 60;28;67;;60;57;39;6;0;13;<0;167;-7;0;5 70;26;71;;70;53;42;7;1;11;zéro;10;-8;1;30 80;17;53;;80;35;31;8;0;9;total;1940;-9;1;0 90;13;59;;90;27;35;9;1;10;;;-10;0;6 100;18;68;;100;37;40;10;2;19;total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reste;54;62;;;;;reste;487;1143;;;-42;0;0 total;544;1773;;t30;65;312;total;544;1773;;;-43;0;0 diagr;489;1701;;;;;diagr;56;620;;;-44;0;1 - t30;457;1171;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;0;0 ;;;;;;;;;;;;total;9;167 </pre> ====cbn intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_négatifs_S-|cbn intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;;;1;;;1;;2;1;;;;;1;;;;1;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;0;8 continu;34;0;0;28;0;0;5;31;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;168 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;0;0;1;0;1;1;0;2;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9 ;Sc-;34;0;0;28;0;0;5;30;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;167 </pre> ====cbn autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires|cbn autres intercalaires]] <pre> deb;°CDS;20118;206;comp;;deb;°CDS;1865810;45;;;deb;°CDS;2453380;324;comp ;&tRNA;20666;214;;;;gene;1866395;88;;;;&tRNA;2454880;39;comp fin;°CDS;20956;;;;fin;°CDS;1867620;;comp;;;&tRNA;2455004;8;comp deb;°CDS;34861;307;comp;;deb;°CDS;2029941;104;;;;&tRNA;2455088;4;comp ;&tRNA;36413;12;;;;&tRNA;2030816;48;comp;;;&tRNA;2455177;255;comp ;&tRNA;36500;13;;;;$rRNA;2030939;97;comp;;fin;°CDS;2455508;; ;&tRNA;36589;5;;;;&tRNA;2033939;7;comp;;deb;°CDS;2696774;138;comp ;&tRNA;36671;18;;;;&tRNA;2034023;124;comp;;;$rRNA;2697803;34;comp ;&tRNA;36765;12;;;;$rRNA;2034223;423;comp;;;$rRNA;2697946;237;comp ;&tRNA;36852;13;;;fin;°CDS;2036154;;comp;;;$rRNA;2701084;423;comp ;&tRNA;36941;5;;;deb;°CDS;2149914;128;comp;;deb;°CDS;2703019;183;comp ;&tRNA;37023;106;;;;$rRNA;2150504;34;comp;;;&tRNA;2703946;311;comp fin;°CDS;37205;;comp;;;$rRNA;2150655;237;comp;;;&tRNA;2704333;13;comp deb;°CDS;135851;168;comp;;;$rRNA;2153797;424;comp;;;$rRNA;2704422;336;comp ;&tRNA;137366;131;comp;;fin;°CDS;2155729;;comp;;;&tRNA;2704867;15;comp fin;°CDS;137573;;comp;;deb;°CDS;2168490;590;;;;$rRNA;2704958;100;comp deb;°CDS;161395;158;;;;$rRNA;2169533;35;comp;;;$rRNA;2705165;237;comp ;&tRNA;161964;5;;;;$rRNA;2169677;237;comp;;;$rRNA;2708303;346;comp ;&tRNA;162058;5;;;;$rRNA;2172816;111;comp;;fin;°CDS;2710157;;comp ;&tRNA;162139;46;;;fin;°CDS;2174439;;;;deb;°CDS;2720030;80;comp ;&tRNA;162262;5;;;deb;°CDS;2281037;144;;;;&tRNA;2721253;5;comp ;&tRNA;162356;30;;;;$rRNA;2283779;98;comp;;;$rRNA;2721334;98;comp ;&tRNA;162462;46;;;;$rRNA;2283983;237;comp;;;$rRNA;2721549;237;comp ;&tRNA;162585;5;;;;$rRNA;2287123;111;comp;;;$rRNA;2724689;393;comp ;&tRNA;162679;480;;;deb;°CDS;2288746;117;comp;;fin;°CDS;2726593;;comp fin;°CDS;163235;;comp;;;&tRNA;2289103;15;comp;;deb;°CDS;2730964;245;comp deb;°CDS;174610;115;;;;&tRNA;2289192;7;comp;;;&tRNA;2731902;61;comp ;&tRNA;176258;275;;;;&tRNA;2289276;233;comp;;;&tRNA;2732038;6;comp fin;°CDS;176608;;;;fin;°CDS;2289585;;comp;;;&tRNA;2732119;4;comp deb;°CDS;178351;453;;;deb;°CDS;2349136;199;comp;;;&tRNA;2732200;19;comp ;$rRNA;180181;237;;;;&tRNA;2350598;21;comp;;;&tRNA;2732293;16;comp ;$rRNA;181930;48;;;;&tRNA;2350696;28;comp;;;&tRNA;2732393;4;comp ;&tRNA;184882;14;;;;&tRNA;2350798;4;comp;;;$rRNA;2732472;100;comp ;$rRNA;184971;7;;;;&tRNA;2350878;4;comp;;;$rRNA;2732689;95;comp ;&tRNA;185095;435;;;;&tRNA;2350957;5;comp;;;&tRNA;2735687;3;comp fin;°CDS;185605;;comp;;;&tRNA;2351038;3;comp;;;&tRNA;2735767;77;comp deb;°CDS;221558;140;;;;&tRNA;2351116;6;comp;;;$rRNA;2735920;402;comp ;&tRNA;222409;106;;;;&tRNA;2351199;4;comp;;fin;°CDS;2737834;;comp fin;°CDS;222591;;;;;&tRNA;2351277;21;comp;;deb;°CDS;2740228;408;comp deb;°CDS;577193;60;;;;&tRNA;2351374;5;comp;;;&tRNA;2742262;111;comp ;&tRNA;578417;67;comp;;;&tRNA;2351455;5;comp;;deb;°CDS;2742463;64;comp fin;°CDS;578560;;comp;;;&tRNA;2351537;5;comp;;;&tRNA;2743220;69;comp deb;°CDS;943937;261;comp;;;&tRNA;2351616;3;comp;;deb;°CDS;2743382;65;comp ;&tRNA;944747;348;comp;;;&tRNA;2351694;22;comp;;;&tRNA;2743891;130;comp fin;°CDS;945182;;;;;&tRNA;2351800;4;comp;;fin;°CDS;2744098;; deb;°CDS;954881;59;;;;&tRNA;2351880;4;comp;;deb;°CDS;2746633;95;comp ;&tRNA;955546;82;;;;&tRNA;2351959;5;comp;;;&tRNA;2748534;144;comp fin;°CDS;955713;;;;;&tRNA;2352040;5;comp;;;&tRNA;2748755;23;comp deb;°CDS;1025682;379;;;;&tRNA;2352121;5;comp;;;&tRNA;2748869;69;comp ;&tRNA;1026946;17;;;;&tRNA;2352203;5;comp;;;&tRNA;2749029;61;comp ;&tRNA;1027039;14;;;;&tRNA;2352282;6;comp;;fin;°CDS;2749181;;comp ;&tRNA;1027130;4;;;;&tRNA;2352363;73;comp;;deb;°CDS;2758098;125;comp ;&tRNA;1027210;8;;;fin;°CDS;2352512;;comp;;;&tRNA;2758688;4;comp ;&tRNA;1027293;57;;;deb;°CDS;2430767;295;comp;;;&tRNA;2758768;3;comp ;&tRNA;1027425;265;;;;&tRNA;2432784;58;comp;;;$rRNA;2758848;76;comp fin;°CDS;1027765;;;;fin;°CDS;2432918;;comp;;;$rRNA;2759041;237;comp deb;°CDS;1679540;6;;;;;;;;;;$rRNA;2762179;369;comp ;gene;1680008;128;comp;;;;;;;;fin;°CDS;2764060;;comp fin;°CDS;1681704;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====cbn intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_tRNA-cds|cbn intercalaires tRNA-cds]] <pre> cbn;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls comp’;206;;214;;59;58;; comp’;307;comp’;106;;64;61;'''deb; ;168;;131;;65;67;<201;12 ;158;comp’;480;;80;69;total;18 ;115;;275;;98;73;taux;67% ;;comp’;435;;115;82;; ;140;;106;;125;106;'''fin; comp’;60;;67;;140;111;<201;9 ;261;comp’;348;;158;131;total;12 ;59;;82;;168;214;taux;75% ;379;;265;;183;265;; comp’;104;;;;199;275;'''total; ;199;;73;;245;;<201;21 ;295;;58;;261;;total;30 ;324;comp’;255;;295;;taux;70% ;183;;;;324;;; ;80;;;;379;;; ;245;;;;408;;'''comp’;'''cumuls ;408;;111;;60;106;'''deb;2 ;64;;69;;104;130;;4 ;65;comp’;130;;206;255;'''fin;2 ;98;;61;;307;348;;6 ;125;;;;'''-;435;'''total; ;;;;;'''-;480;<201;4 ;;;;;;;total;10 ;;;;;;;taux;40% ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;; ;<201;14;11;25;;;; ;total;22;18;40;;;; ;taux;64%;61%;63%;;;; </pre> ===cle=== ====cle opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_opérons|cle opérons]] <pre> 34.3%GC;30.6.19 Paris;16s 11;104;doubles;intercalaires;; ;Clostridium lentocellum DSM 5427;;;;;; ;10157..10246;;agc;@1;202;; ;10449..11981;;16s;;72;; ;12054..12171;;5s;;4;; ;12176..12248;;gca;;262;; ;12511..15414;;23s;;55;; ;15470..15543;;gac;;61;;61 ;15605..15677;;gta;;7;;7 ;15685..15757;;aca;;34;;34 ;15792..15872;;tac;;12;;12 ;15885..15961;;atgj;;3;;3 ;15965..16040;;ttc;;3;;3 ;16044..16116;;aaa;;;; ;;;;;30118;; ;46235..47767;;16s;@3;21284;; ;;;;;;; ;69052..71964;;23s;;;; ;;;;;4873;; ;76838..78371;;16s;;72;; ;78444..78561;;5s;;5;; ;78567..78639;;gca;;282;; ;78922..81829;;23s;;;; ;;;;;904;; ;82734..82851;;5s;;4;; ;82856..82928;;ggc;;;; ;;;;;1463;; ;84392..85929;;16s;;72;; ;86002..86119;;5s;;4;; ;86124..86196;;gca;;280;; ;86477..89386;;23s;;;; ;;;;;7380;; ;96767..96884;;5s;;89;; ;96974..97047;;ggc;;;; ;;;;;5082;; ;102130..102204;;cag;;;; ;;;;;;; ;104716..104799;;tta;;13;13; ;104813..104898;;tca;;;; ;;;;;;; ;141499..143034;;16s;;138;; ;143173..143290;;5s;;7;; ;143298..143374;;atc; ;258;; ;143633..146538;;23s;;;; ;;;;;;; ;150968..151085;;5s;@4;4;; ;151090..151161;;gaa;;457;; ;151619..153160;;16s;;605;; ;153766..156671;;23s;;475;; ;157147..157219;;aaa;;9;;9 ;157229..157299;;gga;;6;;6 ;157306..157379;;aga;;;; ;;;;;4223;; ;161603..161720;;5s;;4;; ;161725..161797;;ggc;;;; ;;;;;11104;; ;172902..172973;;gaa;;23;23; ;172997..173071;;cca;;45;45; ;173117..173189;;aaa;;11;11; ;173201..173274;;gac;;56;56; ;173331..173403;;gta;;7;7; ;173411..173494;;tta;;187;187; ;173682..173754;;aca;;26;26; ;173781..173861;;tac;;10;10; ;173872..173948;;atgj;;31;31; ;173980..174052;;ttc;;;; ;;;;;248498;; ;422551..424086;;16s;;;; ;;;;;113898;; ;537985..540890;;23s;;;; ;;;;;25153;; ;566044..566117;;cac;;23;23; ;566141..566212;;caa;;32;32; ;566245..566330;;tca;;;; ;;;;;;; ;571984..573519;;16s;;72;; ;573592..573709;;5s;;4;; ;573714..573786;;gca;;282;; ;574069..576975;;23s;;;; ;;;;;25302;; ;602278..603812;;16s;;137;; ;603950..604067;;5s;;;; ;;;;;11014;; ;615082..617987;;23s;;;; ;;;;;21159;; ;639147..639362;;16s°;@5;;; ;;;;;98139;; ;737502..737619;;5s;;4;; ;737624..737696;;ggc;;;; ;;;;;3291;; ;740988..741058;;gga;;;; ;;;;;;; ;759839..759920;;cta;;;; ;;;;;;; ;911999..912083;;ctt;+;148;148; ;912232..912316;;ctt;2 ctt;;; ;;;;;;; ;1035192..1035265;;cga;;;; ;;;;;;; ;1061152..1061225;;agg;;;; ;;;;;;; comp;1136376..1136448;;ccc;;;; ;;;;;;; ;1229184..1230718;;16s;@2;72;; ;1230791..1230908;;5s;;7;; ;1230916..1230989;;atc;;53;;53 ;1231043..1231115;;gca;;261;; ;1231377..1234282;;23s;;110;; ;1234393..1234464;;aac;+;9;;9 ;1234474..1234545;;gaa;2 tgc ;6;;6 ;1234552..1234622;;tgc;2 aac;23;;23 ;1234646..1234717;;aac;;58;;58 ;1234776..1234846;;tgc;;;; ;;;;;;; ;1280211..1280283;;atgf;;;; ;;;;;;; ;1283250..1283320;;gga;+;5;5; ;1283326..1283399;;aga;2 gga;5;5; ;1283405..1283478;;cac;2 aga;31;31; ;1283510..1283581;;caa;2 caa;23;23; ;1283605..1283677;;aaa;;30;30; ;1283708..1283792;;cta;;23;23; ;1283816..1283886;;gga;;5;5; ;1283892..1283965;;aga;;6;6; ;1283972..1284043;;caa;;;; ;;;;;;; ;1299560..1299632;;ggc;;4;4; ;1299637..1299711;;cca;;;; ;;;;;;; ;1346208..1346290;;ctg;;;; ;;;;;;; ;1363346..1363428;;ctg;;;; ;;;;;;; ;1515234..1515305;;gaa;;62;62; ;1515368..1515442;;cca;;22;22; ;1515465..1515537;;aaa;;;; ;;;;;;; ;1597292..1597364;;acg;;;; ;;;;;;; ;1611976..1612042;;acg;;;; ;;;;;;; ;2065352..2065425;;ata;;;; ;;;;;;; comp;2090478..2090550;;acc;;;; ;;;;;;; ;2394421..2394501;;tac;;3;3; ;2394505..2394577;;ttc;;;; ;;;;;;; ;2592342..2592422;;ttg;;;; ;;;;;;; ;2606024..2606104;;ttg;;;; ;;;;;;; comp;2737232..2737304;;gcc;;;; ;;;;;;; comp;2798802..2798874;;aag;;;; ;;;;;;; comp;2881571..2881642;;gag;;;; ;;;;;;; comp;3215471..3215545;;cca;;;; ;;;;;;; comp;3252582..3252655;;atgj;;7;7; comp;3252663..3252735;;gta;;4;4; comp;3252740..3252813;;gac;;10;10; comp;3252824..3252896;;tgg;;20;20; comp;3252917..3252988;;aac;;;; ;;;;;683;; comp;3253672..3253748;;atgj;;7;;7 comp;3253756..3253828;;gta;;9;;9 comp;3253838..3253910;;tgg;;18;;18 comp;3253929..3254000;;aac;;60;; comp;3254061..3256967;;23s;;;; ;;;;;362637;; comp;3619605..3619677;;aca;+;4;;4 comp;3619682..3619755;;cgt;2 cgt;50;;50 comp;3619806..3619879;;cgt;2 aca;27;;27 comp;3619907..3619990;;tta;;3;;3 comp;3619994..3620069;;gta;;47;;47 comp;3620117..3620190;;gac;;22;;22 comp;3620213..3620289;;atgi;;23;;23 comp;3620313..3620385;;aca;;14;;14 comp;3620400..3620471;;gaa;;9;;9 comp;3620481..3620552;;aac;;110;; comp;3620663..3623568;;23s;;261;; comp;3623830..3623902;;gca;;53;;53 comp;3623956..3624029;;atc;;7;; comp;3624037..3624154;;5s;;72;; comp;3624227..3625761;;16s;;149;; comp;3625911..3625999;;tcc;;33;;33 comp;3626033..3626118;;tca;;;; ;;;;;;; comp;3714637..3714709;;gta;;1;1; comp;3714711..3714787;;atgj;;;; </pre> ====cle cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_cumuls|cle cumuls]] <pre> cle cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;19;1;1;0 ;16 5 aa 23;5;20;14;15 ;16 5 atc gca;2;40;10;6 ;solo;11;60;2;5 ;max a;14;80;1;1 ;a doubles;2;100;0;0 ;indéterminé;1;120;0;0 ;total aas;46;140;0;0 sans ;opérons;29;160;1;0 ;1 aa;19;180;0;0 ;max a;10;200;1;0 ;a doubles;2;;0;0 ;total aas;59;;30;27 total aas;;105;;; remarques;;5;;; avec jaune;;;moyenne;29; ;;;variance;41; sans jaune;;;moyenne;19;22 ;;;variance;16;19 </pre> ====cle blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_blocs|cle blocs]] <pre> cle blocs;;; Solitaires;;; 16s;*2;16s°;@5 ;;; 23s;*3;; ;;; 5s;3*4;89; ggc;;; ;;; aac;60;; 23s;;; ;;; 16s;137;; 5s;;; ;;; 16s;72;72;72 5s;5;4;4 gca;282;280;282 23s;;; ;;; ;;agc;202 16s;138;16s;72 5s;7;5s;4 atc;258;gca;262 23s;;23s;55 ;;gac;61 ;;; ;;; ;;aac;110 16s;72;23s;261 5s;7;gca;53 atc;53;atc;7 gca;261;5s;72 23s;110;16s;149 aac;9;tcc;33 ;;; ;;; 5s;4;;@4 gaa;457;; 16s;605;; 23s;475;; aaa;9;; </pre> ====cle distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_distribution|cle distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;après 16s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;1-3;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;(atcgca)2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;aaa;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gca4;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aga;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;atc1;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;gga;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;4;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;16s5saa23s;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;4 ggc;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;gaa;tta;1;tca;;taa;;tga; ata;1;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;1;;cta;1;cca;3;caa;3;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;cgt2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;3;gca;;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;ctt2;gta;3;gca;;gaa;2;gga; ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;2;aag;1;agg;1;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;16s5saa23s;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cle;;19;;;;;19;;cle;38;;;;;;38;;cle;2;;;;;;2;;cle;;;;26;3;9;26 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;8 1-3aas;;; </pre> ====cle données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_données_intercalaires|cle données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cle;fx;fc;cle;fx40;fc40;cle;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;35;0;0;35;-1;0;78;421;212;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;; ;0;10;9;278;1;0;56;-2;0;0;121;409;437;347;;61;;gac;13;;tta ;0;20;6;387;2;0;50;-3;0;0;275;214;643;;;7;;gta;**;;tca ;1;30;5;213;3;0;36;-4;8;107;757;50;302;;;34;;aca;23;;gaa ;0;40;12;144;4;2;24;-5;0;1;262;622;325;;;12;;tac;45;;cca 1;1;50;21;85;5;2;20;-6;1;0;487;66;602;;;3;;atgj;11;;aaa ;1;60;27;93;6;1;8;-7;0;10;207;224;331;;;3;;ttc;56;;gac 1;1;70;20;88;7;1;7;-8;1;72;92;142;323;;;**;;aaa;7;;gta ;1;80;37;104;8;2;12;-9;0;0;289;264;16s CDS;;;9;;aaa;187;;tta 1;0;90;35;84;9;1;30;-10;0;5;489;142;695;228;;6;;gga;26;;aca ;4;100;29;82;10;0;35;-11;1;41;125;405;16s 5s;;;**;;aga;10;;tac ;1;110;24;80;11;2;55;-12;0;0;322;227;6* 79;;;9;;aac;31;;atgj ;3;120;17;65;12;0;64;-13;1;7;121;454;146;;;6;;gaa;**;;ttc 1;5;130;26;79;13;2;39;-14;1;28;342;139;144;;;23;;tgc;23;;cac 1;1;140;21;63;14;0;32;-15;1;0;44;445;16s 23s;;;58;;aac;32;;caa 3;2;150;21;79;15;1;42;-16;1;2;61;195;613;;;**;;tgc;**;;tca 1;1;160;31;72;16;0;37;-17;0;12;231;154;CDS 5s;;;7;;atgj;148;;ctt ;0;170;26;55;17;0;36;-18;0;0;132;201;335;228;;9;;gta;**;;ctt ;2;180;21;50;18;1;28;-19;0;2;75;527;;343;;18;;tgg;5;;gga ;0;190;39;58;19;0;34;-20;1;14;125;409;;184;;**;;aac;5;;aga 1;1;200;22;50;20;0;20;-21;0;0;112;149;;301;;4;;aca;31;;cac 1;2;210;24;48;21;0;25;-22;1;2;91;87;5s CDS;;;50;;cgt;23;;caa 2;1;220;20;42;22;0;21;-23;0;8;53;125;301;;;27;;cgt;30;;aaa 2;1;230;25;28;23;0;24;-24;0;0;124;;tRNA 16s;;;6;;tta;26;;cta ;2;240;13;30;24;0;24;-25;0;5;473;;204;;agc;47;;gta;5;;gga ;1;250;17;32;25;2;18;-26;1;9;141;;459;;gaa;25;;gac;6;;aga ;0;260;15;41;26;0;18;-27;0;0;174;;151;;tcc;23;;atgi;**;;caa 1;2;270;17;35;27;1;31;-28;0;1;198;;23s tRNA;;;14;;aca;4;;ggc ;1;280;14;26;28;0;18;-29;0;8;101;;56;;gac;9;;gaa;**;;cca ;1;290;14;22;29;0;16;-30;0;0;238;;476;;aaa;**;;aac;62;;gaa ;0;300;14;29;30;2;18;-31;0;1;29;;2* 111;;aac;33;;tcc;22;;cca ;1;310;10;21;31;3;21;-32;2;8;93;;61;;aac;**;;tca;**;;aaa ;0;320;8;20;32;2;26;-33;0;0;223;;tRNA 23s;;;;;;3;;tac ;2;330;5;7;33;0;10;-34;0;1;112;;263;;gca;;;;**;;ttc ;0;340;11;14;34;2;7;-35;0;2;95;;2* 283;;gca;;;;7;;atgj ;1;350;4;12;35;2;9;-36;0;0;155;;284;;gca;;;;4;;gta ;0;360;10;22;36;1;13;-37;0;0;523;;262;;atc;;;;10;;gac ;0;370;6;14;37;1;19;-38;0;2;178;;2* 262;;gca;;;;20;;tgg ;0;380;10;9;38;1;15;-39;0;0;141;;5s tRNA;;;;;;**;;aac ;0;390;4;13;39;0;13;-40;0;0;116;;3* 4;;gca;;;;4;;gta ;0;400;6;6;40;0;11;-41;0;2;212;;5;;gca;;;;**;;atgj 7;6;reste;83;185;reste;747;1843;-42;0;0;209;;89;;ggc;;;;;; 23;46;total;779;2900;total;779;2900;-43;0;0;329;;3* 7;;atc;;;;;; 16;40;diagr;696;2680;diagr;32;1022;-44;1;0;267;;4;;gaa;;;;;; 0;1; t30;20;878;;;;-45;0;0;249;;3* 4;;ggc;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;310;;tRNA tRNA;;intra;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;2* 53;;atc;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;**;;gca;;;;;; ;x;779;21;0;800;;;-49;0;0;;;;;;;;;;; ;c;2865;441;35;3341;;;-50;0;1;;;;;;;;;;; ;;;;;4141;273;;reste;0;10;;;;;;;;;;; ;;;;;;4414;;total;21;441;;;;;;;;;;; </pre> =====cle autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_autres_intercalaires_aas|cle autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cle;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;8716;9735;421;*; ;;tRNA;10157;10246;204;*;agc ;;rRNA;10451;11974;79;*;1524 ;;rRNA;12054;12171;4;*;118 ;;tRNA;12176;12248;263;*;gca ;;rRNA;12512;15413;56;*;2902 ;;tRNA;15470;15543;61;*;gac ;;tRNA;15605;15677;7;*;gta ;;tRNA;15685;15757;34;*;aca ;;tRNA;15792;15872;12;*;tac ;;tRNA;15885;15961;3;*;atgj ;;tRNA;15965;16040;3;*;ttc ;;tRNA;16044;16116;121;*;aaa fin;;CDS;16238;16705;;; deb;;CDS;44432;45799;437;*; ;;rRNA;46237;47760;695;*;1524 fin;;CDS;48456;50240;;0; deb;;CDS;66902;68521;531;*; ;;rRNA;69053;71963;313;*;2911 fin;;CDS;72277;72981;;; deb;;CDS;72981;76196;643;*; ;;rRNA;76840;78364;79;*;1525 ;;rRNA;78444;78561;5;*;118 ;;tRNA;78567;78639;283;*;gca ;;rRNA;78923;81828;188;*;2906 deb;comp;CDS;82017;82505;228;*; ;;rRNA;82734;82851;4;*;118 ;;tRNA;82856;82928;275;*;ggc deb;;CDS;83204;84091;302;*; ;;rRNA;84394;85922;79;*;1529 ;;rRNA;86002;86119;4;*;118 ;;tRNA;86124;86196;284;*;gca ;;rRNA;86481;89385;237;*;2905 fin;;CDS;89623;90231;;; deb;comp;CDS;94411;96423;343;*; ;;rRNA;96767;96884;89;*;118 ;;tRNA;96974;97044;757;*;ggc fin;;CDS;97802;98497;;; deb;comp;CDS;101240;101917;212;*; ;;tRNA;102130;102201;409;*;cag fin;comp;CDS;102611;103510;;; deb;comp;CDS;103635;104501;214;*; ;;tRNA;104716;104799;13;*;tta ;;tRNA;104813;104898;262;*;tca fin;;CDS;105161;106408;;; deb;comp;CDS;135278;135838;80;*; ;comp;regulatory;135919;136018;495;*; fin;;CDS;136514;138715;;; deb;;CDS;140906;141175;325;*; ;;rRNA;141501;143026;146;*;1526 ;;rRNA;143173;143290;7;*;118 ;;tRNA;143298;143371;262;*;atc ;;rRNA;143634;146537;299;*;2904 fin;;CDS;146837;147139;;0; deb;;CDS;149226;150632;335;*; ;;rRNA;150968;151085;4;*;118 ;;tRNA;151090;151161;459;*;gaa ;;rRNA;151621;153153;613;*;1533 ;;rRNA;153767;156670;476;*;2904 ;;tRNA;157147;157219;9;*;aaa ;;tRNA;157229;157299;6;*;gga ;;tRNA;157306;157379;487;*;aga fin;;CDS;157867;158490;;; deb;comp;CDS;160912;161418;184;*; ;;rRNA;161603;161720;4;*;118 ;;tRNA;161725;161797;50;*;ggc fin;comp;CDS;161848;162624;;; deb;comp;CDS;162740;165070;522;*; ;;misc_b;165593;165910;56;*; fin;;CDS;165967;167493;;; deb;comp;CDS;171336;172279;622;*; ;;tRNA;172902;172973;23;*;gaa ;;tRNA;172997;173071;45;*;cca ;;tRNA;173117;173189;11;*;aaa ;;tRNA;173201;173274;56;*;gac ;;tRNA;173331;173403;7;*;gta ;;tRNA;173411;173494;187;*;tta ;;tRNA;173682;173754;26;*;aca ;;tRNA;173781;173861;10;*;tac ;;tRNA;173872;173948;31;*;atgj ;;tRNA;173980;174052;207;*;ttc fin;;CDS;174260;174673;;; deb;comp;CDS;190039;190368;288;*; ;;misc_b;190657;190881;79;*; fin;;CDS;190961;192721;;; deb;comp;CDS;421861;422205;347;*; ;;rRNA;422553;424078;228;*;1526 fin;comp;CDS;424307;425017;;0; deb;;CDS;459976;460971;367;*; ;;regulatory;461339;461464;137;*; fin;;CDS;461602;462906;;0; deb;comp;CDS;473892;474338;416;*; ;;regulatory;474755;474880;137;*; fin;;CDS;475018;476358;;; deb;;CDS;536211;537422;563;*; ;;rRNA;537986;540889;357;*;2904 fin;;CDS;541247;541735;;0; deb;;CDS;564995;565951;92;*; ;;tRNA;566044;566117;23;*;cac ;;tRNA;566141;566212;32;*;caa ;;tRNA;566245;566330;289;*;tca fin;;CDS;566620;567750;;; deb;;CDS;570670;571383;602;*; ;;rRNA;571986;573512;79;*;1527 ;;rRNA;573592;573709;4;*;118 ;;tRNA;573714;573786;283;*;gca ;;rRNA;574070;576974;187;*;2905 fin;;CDS;577162;578526;;; deb;;CDS;601262;601948;331;*; ;;rRNA;602280;603805;144;*;1526 ;;rRNA;603950;604067;301;*;118 fin;;CDS;604369;605106;;; deb;;CDS;614484;614675;407;*; ;;rRNA;615083;617986;260;*;2904 fin;comp;CDS;618247;619251;;0; deb;;CDS;685823;686155;210;*; ;;misc_b;686366;686632;51;*; fin;;CDS;686684;686965;;; deb;comp;CDS;736286;737200;301;*; ;;rRNA;737502;737619;4;*;118 ;;tRNA;737624;737696;489;*;ggc fin;;CDS;738186;738905;;; deb;;CDS;740293;740862;125;*; ;;tRNA;740988;741058;322;*;gga fin;;CDS;741381;742271;;; deb;;CDS;757105;759717;121;*; ;;tRNA;759839;759920;66;*;cta fin;comp;CDS;759987;760835;;0; deb;;CDS;786859;787458;71;*; ;;misc_b;787530;787823;195;*; fin;;CDS;788019;789995;;; deb;;CDS;825593;830971;885;*; ;;regulatory;831857;832030;230;*; fin;;CDS;832261;833262;;; deb;comp;CDS;910521;911774;224;*; ;;tRNA;911999;912083;148;*;ctt ;;tRNA;912232;912316;342;*;ctt fin;;CDS;912659;914539;;0; deb;;CDS;1015700;1016551;80;*; ;;misc_b;1016632;1016837;131;*; fin;;CDS;1016969;1018252;;0; deb;;CDS;1034743;1035147;44;*; ;;tRNA;1035192;1035265;142;*;cga fin;comp;CDS;1035408;1036631;;; deb;;CDS;1060209;1061090;61;*; ;;tRNA;1061152;1061225;231;*;agg fin;;CDS;1061457;1061942;;0; deb;;CDS;1135668;1136111;264;*; ;comp;tRNA;1136376;1136448;142;*;ccc fin;;CDS;1136591;1137205;;; deb;;CDS;1181242;1181676;81;*; ;;ncRNA;1181758;1182021;95;*; fin;comp;CDS;1182117;1183028;;; deb;;CDS;1228173;1228862;323;*; ;;rRNA;1229186;1230711;79;*;1526 ;;rRNA;1230791;1230908;7;*;118 ;;tRNA;1230916;1230989;53;*;atc ;;tRNA;1231043;1231115;262;*;gca ;;rRNA;1231378;1234281;111;*;2904 ;;tRNA;1234393;1234464;9;*;aac ;;tRNA;1234474;1234545;6;*;gaa ;;tRNA;1234552;1234622;23;*;tgc ;;tRNA;1234646;1234717;58;*;aac ;;tRNA;1234776;1234846;132;*;tgc fin;;CDS;1234979;1235152;;; deb;;CDS;1279854;1280135;75;*; ;;tRNA;1280211;1280283;125;*;atgf fin;;CDS;1280409;1281519;;; deb;;CDS;1282595;1283137;112;*; ;;tRNA;1283250;1283320;5;*;gga ;;tRNA;1283326;1283399;5;*;aga ;;tRNA;1283405;1283478;31;*;cac ;;tRNA;1283510;1283581;23;*;caa ;;tRNA;1283605;1283677;30;*;aaa ;;tRNA;1283708;1283789;26;*;cta ;;tRNA;1283816;1283886;5;*;gga ;;tRNA;1283892;1283965;6;*;aga ;;tRNA;1283972;1284043;405;*;caa fin;comp;CDS;1284449;1284907;;0; deb;;CDS;1298530;1299468;91;*; ;;tRNA;1299560;1299632;4;*;ggc ;;tRNA;1299637;1299711;227;*;cca fin;comp;CDS;1299939;1300463;;; deb;;CDS;1317893;1318795;58;*; ;;misc_b;1318854;1319058;143;*; fin;;CDS;1319202;1320467;;; deb;;CDS;1330208;1331050;68;*; ;;regulatory;1331119;1331225;168;*; fin;;CDS;1331394;1332701;;; deb;;CDS;1344739;1346154;53;*; ;;tRNA;1346208;1346290;124;*;ctg fin;;CDS;1346415;1347350;;; deb;;CDS;1361763;1362872;473;*; ;;tRNA;1363346;1363428;454;*;ctg fin;comp;CDS;1363883;1365469;;; deb;;CDS;1501342;1502331;88;*; ;;misc_b;1502420;1502635;130;*; fin;;CDS;1502766;1505162;;0; deb;;CDS;1514802;1515092;141;*; ;;tRNA;1515234;1515305;62;*;gaa ;;tRNA;1515368;1515442;22;*;cca ;;tRNA;1515465;1515537;174;*;aaa fin;;CDS;1515712;1516611;;; deb;comp;CDS;1536473;1538146;169;*; ;;misc_b;1538316;1538527;148;*; fin;;CDS;1538676;1539512;;; deb;;CDS;1558609;1559226;150;*; ;;ncRNA;1559377;1559568;105;*; fin;;CDS;1559674;1560162;;; deb;comp;CDS;1596655;1597152;139;*; ;;tRNA;1597292;1597364;198;*;acg fin;;CDS;1597563;1600298;;0; deb;;CDS;1776389;1777042;54;*; ;;regulatory;1777097;1777202;89;*; fin;;CDS;1777292;1778305;;; deb;;CDS;1809551;1811686;53;*; ;;regulatory;1811740;1811862;110;*; fin;;CDS;1811973;1812599;;0; deb;;CDS;1897547;1898221;77;*; ;;misc_b;1898299;1898549;46;*; fin;;CDS;1898596;1899603;;; deb;;CDS;2051328;2051531;445;*; ;comp;tRNA;2051977;2052063;101;*;acc fin;comp;CDS;2052165;2053262;;; deb;;CDS;2064667;2065113;238;*; ;;tRNA;2065352;2065425;29;*;ata fin;;CDS;2065455;2066012;;; deb;;CDS;2089815;2090282;195;*; ;comp;tRNA;2090478;2090550;93;*;acc fin;comp;CDS;2090644;2091279;;0; deb;;CDS;2125666;2126805;19;*; ;;misc_b;2126825;2127056;63;*; fin;;CDS;2127120;2127326;;; deb;comp;CDS;2290223;2291446;61;*; ;comp;misc_b;2291508;2291704;185;*; fin;;CDS;2291890;2293848;;0; deb;;CDS;2378236;2379462;104;*; ;;misc_b;2379567;2379785;50;*; fin;;CDS;2379836;2380420;;; deb;comp;CDS;2393679;2394266;154;*; ;;tRNA;2394421;2394501;3;*;tac ;;tRNA;2394505;2394577;223;*;ttc fin;;CDS;2394801;2396147;;; deb;comp;CDS;2447012;2447701;85;*; ;comp;regulatory;2447787;2447882;852;*; fin;comp;CDS;2448735;2450363;;; deb;comp;CDS;2573684;2574703;297;*; ;;ncRNA;2575001;2575351;65;*; fin;comp;CDS;2575417;2577075;;; deb;comp;CDS;2589039;2590424;65;*; ;comp;misc_b;2590490;2590663;90;*; fin;comp;CDS;2590754;2591524;;; deb;comp;CDS;2591541;2592140;201;*; ;;tRNA;2592342;2592422;112;*;ttg fin;;CDS;2592535;2593464;;0; deb;comp;CDS;2603463;2605496;527;*; ;;tRNA;2606024;2606100;409;*;ttg fin;comp;CDS;2606510;2606668;;; deb;comp;CDS;2735781;2737136;95;*; ;comp;tRNA;2737232;2737304;155;*;gcc fin;comp;CDS;2737460;2738386;;0; deb;comp;CDS;2797787;2798278;523;*; ;comp;tRNA;2798802;2798874;178;*;aag fin;comp;CDS;2799053;2800327;;; deb;comp;CDS;2820846;2822237;109;*; ;comp;misc_b;2822347;2822575;116;*; fin;comp;CDS;2822692;2823483;;; deb;comp;CDS;2848560;2849579;82;*; ;comp;misc_b;2849662;2849892;105;*; fin;comp;CDS;2849998;2851539;;; deb;comp;CDS;2880836;2881429;141;*; ;comp;tRNA;2881571;2881642;116;*;gag fin;comp;CDS;2881759;2882100;;; deb;comp;CDS;2978303;2979394;255;*; ;comp;regulatory;2979650;2979765;74;*; fin;comp;CDS;2979840;2980706;;; deb;comp;CDS;3048813;3049790;231;*; ;comp;tmRNA;3050022;3050370;186;*; fin;comp;CDS;3050557;3051027;;0; deb;comp;CDS;3096224;3097831;76;*; ;comp;misc_b;3097908;3098167;611;*; fin;comp;CDS;3098779;3100596;;0; deb;comp;CDS;3190635;3191126;123;*; ;comp;misc_f;3191250;3191389;88;*; deb;comp;CDS;3191478;3193451;103;*; ;comp;misc_b;3193555;3193827;401;*; fin;comp;CDS;3194229;3194576;;; deb;comp;CDS;3214425;3215258;212;*; ;comp;tRNA;3215471;3215545;209;*;cca fin;comp;CDS;3215755;3217302;;; deb;comp;CDS;3252067;3252252;329;*; ;comp;tRNA;3252582;3252655;7;*;atgj ;comp;tRNA;3252663;3252735;4;*;gta ;comp;tRNA;3252740;3252813;10;*;gac ;comp;tRNA;3252824;3252896;20;*;tgg ;comp;tRNA;3252917;3252988;149;*;aac deb;;CDS;3253138;3253587;87;*; ;comp;tRNA;3253675;3253748;7;*;atgj ;comp;tRNA;3253756;3253828;9;*;gta ;comp;tRNA;3253838;3253910;18;*;tgg ;comp;tRNA;3253929;3254000;61;*;aac ;comp;rRNA;3254062;3256966;336;*;2905 fin;comp;CDS;3257303;3257995;;0; deb;comp;CDS;3407358;3408182;69;*; ;comp;regulatory;3408252;3408361;113;*; fin;comp;CDS;3408475;3410325;;; deb;comp;CDS;3489519;3490856;58;*; ;comp;regulatory;3490915;3491016;261;*; fin;;CDS;3491278;3492633;;0; deb;;CDS;3618295;3619479;125;*; ;comp;tRNA;3619605;3619677;4;*;aca ;comp;tRNA;3619682;3619755;50;*;cgt ;comp;tRNA;3619806;3619879;27;*;cgt ;comp;tRNA;3619907;3619990;6;*;tta ;comp;tRNA;3619997;3620069;47;*;gta ;comp;tRNA;3620117;3620190;25;*;gac ;comp;tRNA;3620216;3620289;23;*;atgi ;comp;tRNA;3620313;3620385;14;*;aca ;comp;tRNA;3620400;3620471;9;*;gaa ;comp;tRNA;3620481;3620552;111;*;aac ;comp;rRNA;3620664;3623567;262;*;2904 ;comp;tRNA;3623830;3623902;53;*;gca ;comp;tRNA;3623956;3624029;7;*;atc ;comp;rRNA;3624037;3624154;79;*;118 ;comp;rRNA;3624234;3625759;151;*;1526 ;comp;tRNA;3625911;3625999;33;*;tcc ;comp;tRNA;3626033;3626118;267;*;tca fin;comp;CDS;3626386;3627084;;0; deb;comp;CDS;3713386;3714387;249;*; ;comp;tRNA;3714637;3714709;4;*;gta ;comp;tRNA;3714714;3714787;310;*;atgj fin;comp;CDS;3715098;3715457;;; deb;comp;CDS;3740094;3741623;336;*; ;comp;regulatory;3741960;3742137;71;*; fin;comp;CDS;3742209;3742868;;; deb;comp;CDS;3876932;3877417;18;*; ;comp;misc_f;3877436;3877575;59;*; fin;comp;CDS;3877635;3878774;;; deb;comp;CDS;3921947;3923137;87;*; ;comp;regulatory;3923225;3923325;65;*; fin;comp;CDS;3923391;3923816;;; deb;comp;CDS;3971663;3972166;188;*; ;;misc_b;3972355;3972601;74;*; fin;;CDS;3972676;3975807;;0; deb;comp;CDS;4298681;4299859;146;*; ;comp;misc_b;4300006;4300267;210;*; fin;;CDS;4300478;4301533;;0; deb;comp;CDS;4552288;4553814;82;*; ;comp;misc_b;4553897;4554160;196;*; fin;;CDS;4554357;4554878;;0; deb;comp;CDS;4592703;4593860;153;*; ;comp;regulatory;4594014;4594127;357;*; fin;;CDS;4594485;4595609;;; deb;comp;CDS;4661871;4663577;550;*; ;;regulatory;4664128;4664228;86;*; fin;;CDS;4664315;4664980;;0; deb;comp;CDS;4694284;4695744;237;*; ;comp;regulatory;4695982;4696073;275;*; fin;comp;CDS;4696349;4697491;;0; </pre> ===hmo=== ====hmo opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_opérons|hmo opérons]] <pre> 57%GC;24.7.19 Paris;16s ;109;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé Heliobacterium modesticaldum Ice1 ATCC 51547 ;;;;;;;;;; ;103699..104088;;CDS;;380;;;;130; ;;;;;;;;;; ;104469..105695;;CDS;;186;186;;;409;186 comp;105882..105956;;ggc;;1;;1;;; comp;105958..106044;;ctg;;321;321;;;; comp;106366..106929;;CDS;@1;241;241;;;188;241 comp;107171..107246;;aca;;202;202;;;;202 comp;107449..108183;;CDS;;111772;;;;245; ;;;;;;;;;; comp;219956..220483;;CDS;;260;260;;;176;260 comp;220744..220820;;gac;;5;;;5;; comp;220826..220901;;gta;;10;;;10;; comp;220912..220987;;gaa;;4;;;4;; comp;220992..221067;;aaa;;18;;;18;; comp;221086..221160;;caa;;103;;;;; comp;221264..224182;;23s;;237;;;;; comp;224420..224495;;gcc;;64;;;;; comp;224560..224676;;5s;@2;328;;;;; comp;225005..226536;;16s;;651;651;;;; comp;227188..228162;;CDS;;98792;;;;325; ;;;;;;;;;; comp;326955..328340;;CDS;;178;178;;;462;178 comp;328519..328601;;cta;;65;;65;;; comp;328667..328743;;aga;;60;;60;;; comp;328804..328880;;cca;;568;568;;;; comp;329449..330090;;CDS;;57730;;;;214; ;;;;;;;;;; comp;387821..388105;;CDS;;135;135;;;95; ;388241..388317;;ccc;;7;;7;;; ;388325..388410;;tac;;47;47;;;;47 comp;388458..388742;;CDS;;588493;;;;95; ;;;;;;;;;; comp;977236..978504;;CDS;;439;439;;;423; comp;978944..981860;;23s;;237;;;;; comp;982098..982173;;gcc;;64;;;;; comp;982238..982354;;5s;;328;;;;; comp;982683..984208;;16s;;460;;;;; comp;984669..984744;;tgg;@3;5;;;5;; comp;984750..984824;;cgg;;207;207;;;;207 comp;985032..987656;;CDS;;26258;;;;875; ;;;;;;;;;; comp;1013915..1014760;;CDS;;105;105;;;282;105 comp;1014866..1014942;;gac;;75;;75;;; comp;1015018..1015093;;gaa;;265;265;;;; comp;1015359..1016642;;CDS;;40115;;;;428; ;;;;;;;;;; ;1056758..1058014;;CDS;;121;121;;;419;121 comp;1058136..1058233;;tga;;173;173;;;; ;1058407..1058733;;CDS;;62951;;;;109; ;;;;;;;;;; ;1121685..1122878;;CDS;;588;588;;;398; ;1123467..1124998;;16s;;328;;;;; ;1125327..1125443;;5s;;64;;;;; ;1125508..1125583;;gcc;;233;;;;; ;1125817..1128734;;23s;;337;337;;;;337 >;1129072..1129785;;CDS;;24938;;;;238; ;;;;;;;;;; ;1154724..1155224;;CDS;;99;99;;;167; ;1155324..1155413;;tca;;56;56;;;;56 comp;1155470..1156627;;CDS;;13350;;;;386; ;;;;;;;;;; ;1169978..1171828;;CDS;;129;129;;;617;129 ;1171958..1172034;;cgt;;85;;85;;; ;1172120..1172196;;agg;;181;181;;;; ;1172378..1172812;;CDS;;62;62;;;145;62 ;1172875..1172966;;tcg;;548;548;;;; ;1173515..1174330;;CDS;;6655;;;;272; ;;;;;;;;;; comp;1180986..1182974;;CDS;;444;444;;;663; ;1183419..1183512;;tcc;;39;39;;;;39 ;1183552..1183817;;ncRNA;;11908;;;;89; ;;;;;;;;;; ;1195726..1195998;;CDS;;181;181;;;91; ;1196180..1196255;;gcg;;151;151;;;;151 ;1196407..1197051;;CDS;;86894;;;;215; ;;;;;;;;;; comp;1283946..1285331;;CDS;;177;177;;;462;177 ;1285509..1285584;;atgf;;5;;5;;; ;1285590..1285667;;atgj;;7;;7;;; ;1285675..1285750;;gaa;;542;542;;;; ;1286293..1287630;;CDS;;63447;;;;446; ;;;;;;;;;; ;1351078..1352549;;CDS;;704;704;;;491; ;1353254..1354786;;16s;;252;;;;; ;1355039..1355155;;5s;;64;;;;; ;1355220..1355296;;atc;;194;;;;; ;1355491..1358408;;23s;;112;;;;; ;1358521..1358595;;aac;;109;109;;;;109 comp;1358705..1358926;;CDS;;139555;;;;74; ;;;;;;;;;; ;1498482..1498898;;CDS;;535;535;;;139; comp;1499434..1499509;;acg;;238;238;;;;238 ;1499748..1500836;;CDS;;262182;;;;363; ;;;;;;;;;; ;1763019..1763858;;CDS;;68;68;;;280;68 ;1763927..1764003;;gac;;4;;4;;; ;1764008..1764083;;ttc;;3;;3;;; ;1764087..1764161;;ggc;;92;92;;;; comp;1764254..1764493;;CDS;;72;72;;;80;72 ;1764566..1764641;;tgc;;18;;18;;; ;1764660..1764746;;tta;;253;253;;;; comp;1765000..1765467;;CDS;;52131;;;;156; ;;;;;;;;;; ;1817599..1818318;;CDS;;487;487;;;240; ;1818806..1820337;;16s;;252;;;;; ;1820590..1820706;;5s;;64;;;;; ;1820771..1820847;;atc;;6;;;6;; ;1820854..1820929;;gca;;229;;;;; ;1821159..1824076;;23s;;112;;;;; ;1824189..1824263;;aac;;6;;;6;; ;1824270..1824345;;atgf;;243;243;;;;243 ;1824589..1825014;;CDS;;168198;;;;142; ;;;;;;;;;; ;1993213..1994328;;CDS;;99;99;;;372; ;1994428..1994502;;atgi;;41;41;;;;41 ;1994544..1995368;;CDS;;284281;;;;275; ;;;;;;;;;; ;2279650..2279997;;CDS ;;541;541;;;116; ;2280539..2282070;;16s;;253;;;;; ;2282324..2282440;;5s;;64;;;;; ;2282505..2282580;;gcc;;234;;;;; ;2282815..2285735;;23s;;119;;;;; ;2285855..2285948;;tcc;;6;;;6;; ;2285955..2286031;;ccg;;10;;;10;; ;2286042..2286115;;gga;;14;;;14;; ;2286130..2286205;;cac;;1;;;1;; ;2286207..2286281;;tgc;;9;;;9;; ;2286291..2286367;;gtc;;3;;;3;; ;2286371..2286446;;ttc;;6;;;6;; ;2286453..2286537;;tac;;4;;;4;; ;2286542..2286616;;caa;;17;;;17;; ;2286634..2286709;;aaa;;4;;;4;; ;2286714..2286789;;gaa;;5;;;5;; ;2286795..2286870;;gta;;5;;;5;; ;2286876..2286952;;gac;;7;;;7;; ;2286960..2287050;;agc;;43;;;43;; ;2287094..2287170;;ccc;;30;;;30;; ;2287201..2287287;;ctg;;3;;;3;; ;2287291..2287365;;ggc;;4;;;4;; ;2287370..2287446;;cgt;;4;;;4;; ;2287451..2287526;;acc;;352;352;;;;352 ;2287879..2288343;;CDS ;;33184;;;;155; ;;;;;;;;;; comp;2321528..2322544;;CDS ;;268;268;;;339; comp;2322813..2322889;;gtc;;9;;9;;; comp;2322899..2322973;;cgg;;81;81;;;;81 comp;2323055..2323243;;CDS ;;3375;;;;63; ;;;;;;;;;; ;2326619..2327947;;CDS ;;464;464;;;443;464 ;2328412..2329943;;16s;;327;;;;; ;2330271..2330387;;5s;;226;;;;; ;2330614..2333532;;23s;;98;;;;; ;2333631..2333706;;aaa;;4;;;4;; ;2333711..2333786;;acc;;8;;;8;; ;2333795..2333877;;ctc;;89;89;;;;89 comp;2333967..2334704;;CDS;;7389;;;;246; ;;;;;;;;;; ;2342094..2342804;;CDS;;155;155;;;237;155 comp;2342960..2343030;;ttc;;213;213;;;; ;2343244..2343936;;CDS;;563;563;;;231; ;2344500..2346025;;16s;;252;;;;; ;2346278..2346394;;5s;;64;;;;; ;2346459..2346535;;atc;;141;;;;; ;2346677..2349594;;23s;;100;;;;; ;2349695..2349769;;aac;;6;;;6;; ;2349776..2349851;;atgf;;102;102;;;;102 ;2349954..2350976;;CDS;;113601;;;;341; ;;;;;;;;;; ;2464578..2465114;;CDS;;271;271;;;179;271 comp;2465386..2465461;;aca;;432;432;;;; ;2465894..2466226;;CDS;;4722;;;;111; ;;;;;;;;;; ;2470949..2471977;;CDS;;69;69;;;343;69 ;2472047..2472133;;ctg;;678;678;;;; ;2472812..2473192;;CDS;;22232;;;;127; ;;;;;;;;;; ;2495425..2496048;;CDS;;402;402;;;208; comp;2496451..2496527;;gtc;;4;;4;;; comp;2496532..2496609;;atgj;;175;175;;;;175 ;2496785..2497120;;CDS;;217;217;;;112; comp;2497338..2497420;;ctc;;7;;7;;; comp;2497428..2497503;;acc;;18;;18;;; comp;2497522..2497596;;tgg;;14;;14;;; comp;2497611..2497684;;ggg;;19;;19;;; comp;2497704..2497778;;ggc;;7;;7;;; comp;2497786..2497873;;ttg;;8;;8;;; comp;2497882..2497958;;gtg;;-10;-10;;;;-10 comp;2497949..2498185;;CDS;;66;66;;;79;66 ;2498252..2498328;;ccg;;314;314;;;; comp;2498643..2499506;;CDS;;55292;;;;288; ;;;;;;;;;; ;2554799..2554984;;CDS;;109;109;;;62;109 ;2555094..2555169;;gaa;;2;;2;;; ;2555172..2555247;;ttc;;6;;6;;; ;2555254..2555338;;tac;;4;;4;;; ;2555343..2555417;;caa;;18;;18;;; ;2555436..2555511;;aaa;;4;;4;;; ;2555516..2555590;;ggc;;9;;9;;; ;2555600..2555675;;cac;;117;117;;;; comp;2555793..2557049;;CDS;;235940;;;;419; ;;;;;;;;;; comp;2792990..2793442;;CDS;;219;219;;;151;219 comp;2793662..2796583;;23s;;236;;;;; comp;2796820..2796895;;gca;;6;;;6;; comp;2796902..2796978;;atc;;64;;;;; comp;2797043..2797159;;5s;;328;;;;; comp;2797488..2799019;;16s;;505;;;;; comp;2799525..2799599;;ggc;+;1;;;1;; comp;2799601..2799687;;ctg;2 ggc;32;;;32;; comp;2799720..2799796;;ccc;;42;;;42;; comp;2799839..2799915;;cgt;;4;;;4;; comp;2799920..2799994;;ggc;;120;;;120;; comp;2800115..2800192;;atgj;;42;;;42;; comp;2800235..2800325;;agc;;16;;;16;; comp;2800342..2800417;;atgf;;6;;;6;; comp;2800424..2800498;;aac;;7;;;7;; comp;2800506..2800581;;gaa;;4;;;4;; comp;2800586..2800661;;aaa;;18;;;18;; comp;2800680..2800754;;caa;;4;;;4;; comp;2800759..2800843;;tac;;91;;;91;; comp;2800935..2801011;;gtc;;7;;;7;; comp;2801019..2801093;;tgc;;325;325;;;; ;2801419..2801724;;CDS;;230813;;;;102; ;;;;;;;;;; ;3032538..3032729;;CDS;;109;109;;;64;109 comp;3032839..3035757;;23s;;233;;;;; comp;3035991..3036066;;gcc;;64;;;;; comp;3036131..3036247;;5s;;253;;;;; comp;3036501..3038026;;16s;;779;779;;;; comp;3038806..3040017;;CDS;;232;;;;404; ;;;;;;;;;; comp;3040250..3042013;;CDS;;;;;;588; </pre> ====hmo cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_cumuls|hmo cumuls]] <pre> hmo cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;1;2;1;1;40;1;100;10 ;16 5s gcc 23;5;20;20;34;50;3;80;8;200;16 ;16 5s atc 23;2;40;0;2;100;11;120;7;300;14 ;16 5 23s a;1;60;1;3;150;9;160;4;400;8 ;max a;20;80;2;0;200;9;200;4;500;11 ;a doubles;1;100;1;1;250;8;240;4;600;0 ;16 5s atc gca;2;120;0;1;300;5;280;4;700;2 ;total aas;60;140;0;0;350;4;320;0;800;0 sans ;opérons;24;160;0;0;400;1;360;2;900;1 ;1 aa;12;180;0;0;450;4;400;0;1000;0 ;max a;7;200;0;0;500;2;440;0;1100;0 ;a doubles;0;;0;0;;11;;1;;0 ;total aas;49;;25;43;;68;;35;;62 total aas;;109;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;8;8;;196;;137;;230 ;;;variance;6;7;;120;;71;;128 </pre> ====hmo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_blocs|hmo blocs]] <pre> hmo blocs;;;;;tgg CDS ;541;651;588;779;460 16s;253;328;328;253;328 5s;64;64;64;64;64 gcc;234;237;233;233;237 23s;119;103;337;109;439 tcc;tcc;caa;cds;cds;cds ;;;;; CDS;704;563;;CDS ;464 16s;252;252;;16s;327 5s;64;64;;5s;226 atc;194;141;;23s;98 23s;112;100;;aaa; aac;aac;aac;;; ;;;;; ;;ggc;;; CDS;487;505;;; 16s;252;328;;; 5s;64;64;;; atc;6;6;;; gca;229;236;;; 23s;112;219;;; aac;aac;cds;;; </pre> ====hmo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_distribution|hmo distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;1-3 aas;atgi;;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;ctc;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;acc;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;1;;;;;;;;;;aaa;ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;;;;;;;;;2 atgf;atc;;acc;1;aac;1;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;;;;;;;;;tgg;ctc;;ccc;2;cac;1;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;4;;;;;;;;;;cgg;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;3 tta;;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;3;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;;;;;;;;;;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;1 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;1;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;;;;;;;;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;1;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total hmo;;12;;;;;12;;hmo;37;;;;;;37;;;;;;;;;;;hmo;;;;39;;11;39 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;10 1-3 aas;;; </pre> ====hmo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_données_intercalaires|hmo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;hmo;fx;fc;hmo;fx40;fc40;hmo;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;17;0;0;17;-1;0;36;321;186;23s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;; ;0;10;9;183;1;1;21;-2;1;0;268;135;103;;caa;5;;gac;1;;ggc ;0;20;10;167;2;3;38;-3;0;0;202;121;2* 112;;aac;10;;gta;**;;ctg ;0;30;4;109;3;0;37;-4;3;149;260;173;119;;tcc;4;;gaa;65;;cta ;0;40;6;77;4;0;21;-5;0;0;268;56;98;;aaa;18;;aaa;60;;aga ;0;50;9;70;5;0;18;-6;0;0;176;444;100;;aac;**;;caa;**;;cca 1;0;60;9;64;6;2;9;-7;0;11;1012;159;tRNA 23s;;;6;;aac;7;;ccc ;3;70;8;66;7;0;8;-8;0;23;159;535;2* 241;;gcc;**;;atgf;**;;tac 1;0;80;12;71;8;0;7;-9;0;1;207;238;2* 237;;gcc;6;;tcc;5;;tgg 1;1;90;27;71;9;3;11;-10;0;7;165;92;198;;atc;10;;ccg;**;;cgg 1;2;100;7;68;10;0;13;-11;0;17;265;72;233;;gca;14;;gga;75;;gac ;1;110;18;66;11;1;15;-12;0;0;99;253;238;;gcc;1;;cac;**;;gaa 1;1;120;18;53;12;1;16;-13;1;8;129;89;145;;atc;9;;tgc;85;;cgt 1;2;130;16;56;13;1;24;-14;0;15;157;158;240;;gca;3;;gtc;**;;agg 1;0;140;16;47;14;0;23;-15;1;0;62;222;5s tRNA;;;6;;ttc;5;;atgf ;1;150;16;57;15;0;15;-16;0;0;551;271;5* 64;;gcc;4;;tac;7;;atgj 2;2;160;12;43;16;0;13;-17;0;12;181;432;4* 64;;atc;17;;caa;**;;gaa ;1;170;10;46;17;1;16;-18;0;0;205;402;tRNA tRNA;;intra;4;;aaa;4;;gac 2;1;180;16;36;18;1;18;-19;0;3;542;175;2* 6;;atc;5;;gaa;3;;ttc 1;1;190;10;32;19;3;11;-20;0;8;431;217;**;;gca;5;;gta;**;;ggc ;0;200;7;31;20;2;16;-21;0;0;68;314;;;;7;;gac;18;;tgc ;3;210;14;24;21;2;16;-22;0;2;243;117;;;;43;;agc;**;;tta 1;0;220;8;32;22;0;6;-23;0;5;99;325;;;;30;;ccc;9;;gtc 1;0;230;15;20;23;0;9;-24;0;0;116;;;;;3;;ctg;**;;cgg 1;0;240;16;27;24;0;12;-25;0;4;352;;;;;4;;ggc;4;;gtc ;1;250;15;30;25;0;4;-26;0;2;268;;;;;4;;cgt;**;;atgj 1;1;260;10;23;26;0;12;-27;0;0;81;;;;;**;;acc;7;;ctc ;4;270;7;17;27;0;19;-28;0;2;126;;;;;4;;aaa;18;;acc 1;0;280;7;21;28;1;13;-29;0;1;69;;;;;8;;acc;14;;tgg ;0;290;7;20;29;0;8;-30;0;0;148;;;;;**;;ctc;19;;ggg ;0;300;6;16;30;1;10;-31;0;1;109;;;;;6;;aac;7;;ggc ;0;310;5;13;31;1;11;-32;1;3;CDS 16s;;;;;**;;atgf;8;;ttg 1;0;320;7;10;32;1;8;-33;0;0;652;;;;;1;;ggc;-;293;gtg 1;1;330;12;12;33;0;14;-34;1;1;20;;;;;32;;ctg;**;;ccg ;0;340;1;11;34;0;6;-35;0;1;559;;;;;42;;ccc;2;;gaa ;0;350;6;6;35;1;6;-36;0;0;705;;;;;4;;cgt;6;;ttc ;1;360;3;10;36;1;11;-37;0;2;488;;;;;120;;ggc;4;;tac ;0;370;12;13;37;0;7;-38;0;2;542;;;;;42;;atgj;18;;caa ;0;380;3;11;38;1;4;-39;0;0;459;;;;;16;;agc;4;;aaa ;0;390;6;7;39;0;4;-40;1;0;558;;;;;6;;atgf;9;;ggc ;0;400;2;6;40;1;6;-41;0;0;506;;;;;7;;aac;**;;cac 4;4;reste;58;108;reste;431;1314;-42;0;0;774;;;;;4;;gaa;;; 23;31;total;460;1867;total;460;1867;-43;0;0;5s 23s;;;;;18;;aaa;;; 19;27;diagr;402;1742;diagr;29;536;-44;0;0;230;;;;;4;;caa;;; 0;0; t30;23;459;;;;-45;0;0;16s 5s;;;;;91;;tac;;; ;;;;;;;;-46;0;0;4* 337;;;;;7;;gtc;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;3* 261;;;;;**;;tgc;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;2* 262;;;;;;;;;; ;x;460;11;0;471;;;-49;0;0;336;;;;;;;;;; ;c;1850;332;17;2199;;;-50;0;15;23s CDS;;;;;;;;;; ;;;;;2670;223;;reste;2;0;463;109;;;;;;;;; ;;;;;;2893;;total;11;332;322;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;223;;;;;;;;;; </pre> =====hmo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_autres_intercalaires_aas|hmo autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;hmo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;83932;85227;106;*; ;comp;regulatory;85334;85456;283;*; fin;;CDS;85740;86651;;; deb;;CDS;104469;105695;186;*; ;comp;tRNA;105882;105956;1;*;ggc ;comp;tRNA;105958;106044;321;*;ctg deb;comp;CDS;106366;106902;268;*; ;comp;tRNA;107171;107246;202;*;aca fin;comp;CDS;107449;108138;;; deb;comp;CDS;119439;119855;458;*; ;comp;regulatory;120314;120402;165;*; fin;comp;CDS;120568;129390;;; deb;comp;CDS;219956;220483;260;*; ;comp;tRNA;220744;220820;5;*;gac ;comp;tRNA;220826;220901;10;*;gta ;comp;tRNA;220912;220987;4;*;gaa ;comp;tRNA;220992;221067;18;*;aaa ;comp;tRNA;221086;221160;103;*;caa ;comp;rRNA;221264;224178;241;*;2915 ;comp;tRNA;224420;224495;64;*;gcc ;comp;rRNA;224560;224676;337;*;117 ;comp;rRNA;225014;226535;652;*;1522 fin;comp;CDS;227188;228162;;; deb;;CDS;268169;269791;139;*; ;;repeat_region;269931;271232;197;*; fin;comp;CDS;271430;272362;;; deb;comp;CDS;326955;328250;268;*; ;comp;tRNA;328519;328601;65;*;cta ;comp;tRNA;328667;328743;60;*;aga ;comp;tRNA;328804;328880;176;*;cca fin;comp;CDS;329057;329254;;; deb;;CDS;377234;378433;102;*; ;;ncRNA;378536;378894;134;*; fin;;CDS;379029;380159;;; deb;;CDS;384528;384812;140;*; ;;misc_b;384953;385256;391;*; fin;;CDS;385648;387258;;0; deb;comp;CDS;387821;388105;135;*; ;;tRNA;388241;388317;7;*;ccc ;;tRNA;388325;388410;1012;*;tac fin;;CDS;389423;390235;;0; deb;comp;CDS;562422;562793;296;*; ;;regulatory;563090;563272;296;*; fin;;CDS;563569;564243;;; deb;comp;CDS;574512;575822;83;*; ;comp;regulatory;575906;576021;352;*; fin;;CDS;576374;577480;;0; deb;comp;CDS;600853;602214;294;*; ;;repeat_region;602509;603596;212;*; fin;comp;CDS;603809;605377;;; deb;;CDS;644127;645932;398;*; ;comp;tmRNA;646331;646683;325;*; fin;;CDS;647009;648202;;0; deb;comp;CDS;977236;978480;463;*; ;comp;rRNA;978944;981856;241;*;2913 ;comp;tRNA;982098;982173;64;*;gcc ;comp;rRNA;982238;982354;337;*;117 ;comp;rRNA;982692;984213;20;*;1522 deb;comp;CDS;984234;984509;159;*; ;comp;tRNA;984669;984744;5;*;tgg ;comp;tRNA;984750;984824;207;*;cgg fin;comp;CDS;985032;987656;;; deb;comp;CDS;1013915;1014700;165;*; ;comp;tRNA;1014866;1014942;75;*;gac ;comp;tRNA;1015018;1015093;265;*;gaa fin;comp;CDS;1015359;1016642;;0; deb;;CDS;1056587;1058014;121;*; ;comp;tRNA;1058136;1058233;173;*;tga fin;;CDS;1058407;1058733;;; deb;;CDS;1121685;1122878;589;*; ;;rRNA;1123468;1124989;337;*;1522 ;;rRNA;1125327;1125443;64;*;117 ;;tRNA;1125508;1125583;237;*;gcc ;;rRNA;1125821;1128734;322;*;2914 fin;;CDS;1129057;1129959;;; deb;;CDS;1145930;1146832;103;*; ;;misc_b;1146936;1147145;99;*; fin;;CDS;1147245;1148408;;; deb;;CDS;1154724;1155224;99;*; ;;tRNA;1155324;1155413;56;*;tca fin;comp;CDS;1155470;1156627;;; deb;;CDS;1169978;1171828;129;*; ;;tRNA;1171958;1172034;85;*;cgt ;;tRNA;1172120;1172196;157;*;agg deb;;CDS;1172354;1172812;62;*; ;;tRNA;1172875;1172966;551;*;tcg fin;;CDS;1173518;1174330;;; deb;comp;CDS;1180986;1182974;444;*; ;;tRNA;1183419;1183512;39;*;tcc ;;ncRNA;1183552;1183817;122;*; fin;;CDS;1183940;1185760;;0; deb;;CDS;1195726;1195998;181;*; ;;tRNA;1196180;1196255;205;*;gcg fin;;CDS;1196461;1197051;;; deb;comp;CDS;1202248;1202961;83;*; ;comp;regulatory;1203045;1203106;414;*; fin;;CDS;1203521;1205617;;; deb;comp;CDS;1283946;1285349;159;*; ;;tRNA;1285509;1285584;5;*;atgf ;;tRNA;1285590;1285667;7;*;atgj ;;tRNA;1285675;1285750;542;*;gaa fin;;CDS;1286293;1287630;;0; deb;;CDS;1351078;1352549;705;*; ;;rRNA;1353255;1354777;261;*;1523 ;;rRNA;1355039;1355155;64;*;117 ;;tRNA;1355220;1355296;198;*;atc ;;rRNA;1355495;1358408;112;*;2914 ;;tRNA;1358521;1358595;431;*;aac fin;;CDS;1359027;1360454;;0; deb;;CDS;1387701;1388411;58;*; ;;misc_f;1388470;1388647;25;*; fin;;CDS;1388673;1389203;;; deb;;CDS;1498482;1498898;535;*; ;comp;tRNA;1499434;1499509;238;*;acg fin;;CDS;1499748;1500836;;0; deb;comp;CDS;1553617;1554957;296;*; ;;regulatory;1555254;1555354;211;*; fin;;CDS;1555566;1556966;;0; deb;;CDS;1733682;1734398;211;*; ;;regulatory;1734610;1734715;150;*; fin;;CDS;1734866;1736005;;; deb;;CDS;1763019;1763858;68;*; ;;tRNA;1763927;1764003;4;*;gac ;;tRNA;1764008;1764083;3;*;ttc ;;tRNA;1764087;1764161;92;*;ggc deb;comp;CDS;1764254;1764493;72;*; ;;tRNA;1764566;1764641;18;*;tgc ;;tRNA;1764660;1764746;253;*;tta fin;comp;CDS;1765000;1765479;;0; deb;;CDS;1817623;1818318;488;*; ;;rRNA;1818807;1820328;261;*;1522 ;;rRNA;1820590;1820706;64;*;117 ;;tRNA;1820771;1820847;6;*;atc ;;tRNA;1820854;1820929;233;*;gca ;;rRNA;1821163;1824076;112;*;2914 ;;tRNA;1824189;1824263;6;*;aac ;;tRNA;1824270;1824345;243;*;atgf fin;;CDS;1824589;1825014;;; deb;;CDS;1854540;1855880;78;*; ;;regulatory;1855959;1856148;170;*; ;;regulatory;1856319;1856511;32;*; fin;;CDS;1856544;1857368;;; deb;;CDS;1882378;1883172;126;*; ;;regulatory;1883299;1883521;158;*; fin;;CDS;1883680;1884993;;; deb;;CDS;1993213;1994328;99;*; ;;tRNA;1994428;1994502;116;*;atgi fin;;CDS;1994619;1995368;;; deb;comp;CDS;2030610;2030810;83;*; ;comp;regulatory;2030894;2030999;259;*; fin;comp;CDS;2031259;2032233;;0; deb;;CDS;2073488;2074249;237;*; ;;regulatory;2074487;2074659;123;*; fin;;CDS;2074783;2076180;;; deb;;CDS;2145684;2146346;57;*; ;;regulatory;2146404;2146520;136;*; fin;;CDS;2146657;2147781;;; deb;;CDS;2279650;2279997;542;*; ;;rRNA;2280540;2282061;262;*;1522 ;;rRNA;2282324;2282440;64;*;117 ;;tRNA;2282505;2282580;238;*;gcc ;;rRNA;2282819;2285735;119;*;2917 ;;tRNA;2285855;2285948;6;*;tcc ;;tRNA;2285955;2286031;10;*;ccg ;;tRNA;2286042;2286115;14;*;gga ;;tRNA;2286130;2286205;1;*;cac ;;tRNA;2286207;2286281;9;*;tgc ;;tRNA;2286291;2286367;3;*;gtc ;;tRNA;2286371;2286446;6;*;ttc ;;tRNA;2286453;2286537;4;*;tac ;;tRNA;2286542;2286616;17;*;caa ;;tRNA;2286634;2286709;4;*;aaa ;;tRNA;2286714;2286789;5;*;gaa ;;tRNA;2286795;2286870;5;*;gta ;;tRNA;2286876;2286952;7;*;gac ;;tRNA;2286960;2287050;43;*;agc ;;tRNA;2287094;2287170;30;*;ccc ;;tRNA;2287201;2287287;3;*;ctg ;;tRNA;2287291;2287365;4;*;ggc ;;tRNA;2287370;2287446;4;*;cgt ;;tRNA;2287451;2287526;352;*;acc fin;;CDS;2287879;2288343;;; deb;;CDS;2303367;2303639;73;*; ;;regulatory;2303713;2303896;104;*; fin;;CDS;2304001;2304804;;; deb;comp;CDS;2321528;2322544;268;*; ;comp;tRNA;2322813;2322889;9;*;gtc ;comp;tRNA;2322899;2322973;81;*;cgg fin;comp;CDS;2323055;2323441;;0; deb;;CDS;2326619;2327947;459;*; ;;rRNA;2328407;2329934;336;*;1528 ;;rRNA;2330271;2330387;230;*;117 ;;rRNA;2330618;2333532;98;*;2915 ;;tRNA;2333631;2333706;4;*;aaa ;;tRNA;2333711;2333786;8;*;acc ;;tRNA;2333795;2333877;89;*;ctc fin;comp;CDS;2333967;2334704;;; deb;;CDS;2342094;2342804;158;*; ;comp;tRNA;2342963;2343030;222;*;ttc deb;;CDS;2343253;2343936;558;*; ;;rRNA;2344495;2346016;261;*;1522 ;;rRNA;2346278;2346394;64;*;117 ;;tRNA;2346459;2346535;145;*;atc ;;rRNA;2346681;2349594;100;*;2914 ;;tRNA;2349695;2349769;6;*;aac ;;tRNA;2349776;2349851;126;*;atgf fin;;CDS;2349978;2350976;;; deb;;CDS;2375597;2375872;14;*; ;;regulatory;2375887;2376057;106;*; fin;;CDS;2376164;2377375;;; deb;;CDS;2464578;2465114;271;*; ;comp;tRNA;2465386;2465461;432;*;aca fin;;CDS;2465894;2466226;;0; deb;;CDS;2471030;2471977;69;*; ;;tRNA;2472047;2472133;148;*;ctg fin;;CDS;2472282;2472431;;; deb;;CDS;2478637;2479455;61;*; ;;misc_b;2479517;2479758;48;*; fin;;CDS;2479807;2480301;;; deb;comp;CDS;2488189;2488956;8;*; ;comp;regulatory;2488965;2489129;204;*; fin;;CDS;2489334;2491055;;; deb;;CDS;2495461;2496048;402;*; ;comp;tRNA;2496451;2496527;4;*;gtc ;comp;tRNA;2496532;2496609;175;*;atgj deb;;CDS;2496785;2497120;217;*; ;comp;tRNA;2497338;2497420;7;*;ctc ;comp;tRNA;2497428;2497503;18;*;acc ;comp;tRNA;2497522;2497596;14;*;tgg ;comp;tRNA;2497611;2497684;19;*;ggg ;comp;tRNA;2497704;2497778;7;*;ggc ;comp;tRNA;2497786;2497873;8;*;ttg ;comp;tRNA;2497882;2497958;293;*;gtg ;;tRNA;2498252;2498328;314;*;ccg fin;comp;CDS;2498643;2499167;;0; deb;;CDS;2525576;2528362;87;*; ;;ncRNA;2528450;2528627;152;*; fin;;CDS;2528780;2529436;;; deb;;CDS;2554799;2554984;109;*; ;;tRNA;2555094;2555169;2;*;gaa ;;tRNA;2555172;2555247;6;*;ttc ;;tRNA;2555254;2555338;4;*;tac ;;tRNA;2555343;2555417;18;*;caa ;;tRNA;2555436;2555511;4;*;aaa ;;tRNA;2555516;2555590;9;*;ggc ;;tRNA;2555600;2555675;117;*;cac fin;comp;CDS;2555793;2557220;;; deb;comp;CDS;2792990;2793442;223;*; ;comp;rRNA;2793666;2796579;240;*;2914 ;comp;tRNA;2796820;2796895;6;*;gca ;comp;tRNA;2796902;2796978;64;*;atc ;comp;rRNA;2797043;2797159;337;*;117 ;comp;rRNA;2797497;2799018;506;*;1522 ;comp;tRNA;2799525;2799599;1;*;ggc ;comp;tRNA;2799601;2799687;32;*;ctg ;comp;tRNA;2799720;2799796;42;*;ccc ;comp;tRNA;2799839;2799915;4;*;cgt ;comp;tRNA;2799920;2799994;120;*;ggc ;comp;tRNA;2800115;2800192;42;*;atgj ;comp;tRNA;2800235;2800325;16;*;agc ;comp;tRNA;2800342;2800417;6;*;atgf ;comp;tRNA;2800424;2800498;7;*;aac ;comp;tRNA;2800506;2800581;4;*;gaa ;comp;tRNA;2800586;2800661;18;*;aaa ;comp;tRNA;2800680;2800754;4;*;caa ;comp;tRNA;2800759;2800843;91;*;tac ;comp;tRNA;2800935;2801011;7;*;gtc ;comp;tRNA;2801019;2801093;325;*;tgc fin;;CDS;2801419;2801724;;; deb;;CDS;3032538;3032729;109;*; ;comp;rRNA;3032839;3035753;237;*;2915 ;comp;tRNA;3035991;3036066;64;*;gcc ;comp;rRNA;3036131;3036247;262;*;117 ;comp;rRNA;3036510;3038031;774;*;1522 fin;comp;CDS;3038806;3040017;;; </pre> ===cbei=== ====cbei opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_opérons|cbei opérons]] <pre> 29.65%GC;29.7.19 Paris;16s 16 ;;;;;;;; Clostridium beijerinckii strain NCIMB 14988;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé ;6477551..6480031;;CDS;;496;496;;;827; ;6480528..6482044;;16s;;213;;;;; ;6482258..6485171;;23s;;108;;;;; ;6485280..6485394;;5s;;14;;;;; ;15..91;;atgi;;1;;;1;; ;93..168;;gca;;85;85;;;;85 ;254..769;;CDS;;1940;;;;172; ;;;;;;;;;; ;2710..2937;;CDS;;119;119;;;76;119 ;3057..3147;;tca;+;30;;30;;; ;3178..3268;;agc;2 tca;241;;*241;;; ;3510..3600;;tca;2 agc;18;;18;;; ;3619..3709;;agc;;125;125;;;; ;3835..4350;;CDS;;9470;;;;172; ;;;;;;;;;; ;13821..14726;;CDS;;187;187;;;302; ;14914..14988;;cgt;;34;34;;;;34 comp;15023..15913;;CDS;;109014;;;;297; ;;;;;;;;;; ;124928..125338;;CDS;;275;275;;;137;275 ;125614..125702;;tta;+;20;;20;;; ;125723..125798;;atgf;4 tta;7;;7;;; ;125806..125882;;atgj;4 atgf;6;;6;;; ;125889..125977;;tta;2 atgj;22;;22;;; ;126000..126075;;atgf;;7;;7;;; ;126083..126159;;atgj;;6;;6;;; ;126166..126254;;tta;;21;;21;;; ;126276..126351;;atgf;;70;;70;;; ;126422..126510;;tta;;21;;21;;; ;126532..126607;;atgf;;664;664;;;; ;127272..129683;;CDS;;8954;;;;804; ;;;;;;;;;; ;138638..140143;;CDS;;307;307;;;502; ;140451..140525;;aac;+;234;;*234;;; ;140760..140834;;aac;3 aac;439;;*439;;; ;141274..141348;;aac;@6;299;299;;;;299 ;141648..143039;;CDS;;1587;;;;464; ;;;;;;;;;; comp;144627..145649;;CDS;;543;543;;;341; ;146193..147709;;16s;;140;;;;; ;147850..147925;;gca;;3;;;3;; ;147929..148005;;atc;;111;;;;; ;148117..151030;;23s;;70;;;;; ;151101..151217;;5s;;5;;;5;; ;151223..151298;;ttc;;4;;;;; ;151303..151377;;tgc;;167;167;;;;167 ;151545..151841;;CDS;;25608;;;;99; ;;;;;;;;;; ;177450..178097;;CDS;;76;76;;;216; ;178174..178249;;acc;;65;65;;;;65 ;178315..179508;;CDS;;134221;;;;398; ;;;;;;;;;; ;313730..316207;;CDS;;90;90;;;826;90 ;316298..316382;;cta;;4;;4;;; ;316387..316461;;ggg;;120;120;;;; comp;316582..316986;;CDS;;85487;;;;135; ;;;;;;;;;; ;402474..402953;;CDS;;125;125;;;160;125 ;403079..403154;;cca;+;17;;17;;; ;403172..403245;;gga;2x;149;;*149;;; ;403395..403471;;aga;cca gga aga;6;;6;;; ;403478..403553;;cca;;16;;16;;; ;403570..403643;;gga;;35;;35;;; ;403679..403755;;aga;;5;;5;;; ;403761..403836;;cac;;3;;3;;; ;403840..403914;;caa;2x;7;;7;;; ;403922..403997;;aaa;caa aaa cta ;18;;18;;; ;404016..404100;;cta;ggc gga ;5;;5;;; ;404106..404180;;ggc;;25;;25;;; ;404206..404279;;gga;;5;;5;;; ;404285..404360;;aag;;57;;57;;; ;404418..404492;;caa;;7;;7;;; ;404500..404575;;aaa;;18;;18;;; ;404594..404678;;cta;;5;;5;;; ;404684..404758;;ggc;;25;;25;;; ;404784..404857;;gga;;46;;46;;; ;404904..404980;;cga;;325;325;;;; <;405306..405467;;CDS;;8393;;;;54; ;;;;;;;;;; ;413861..415921;;CDS;;385;385;;;687; ;416307..417823;;16s;@5;132;;;;; ;417956..418032;;atc;;84;;;;; ;418117..421031;;23s;;71;;;;; ;421103..421177;;aac;;345;345;;;;345 ;421523..422449;;CDS;;63814;;;;309; ;;;;;;;;;; ;486264..486668;;CDS;;159;159;;;135;159 ;486828..486912;;tac;+;9;;9;;; ;486922..486997;;gta;3 tac;27;;27;;; ;487025..487099;;aca;2 gta;12;;12;;; ;487112..487196;;tac;2 aca;9;;9;;; ;487206..487281;;gta;;30;;30;;; ;487312..487386;;aca;;12;;12;;; ;487399..487483;;tac;;451;451;;;; ;487935..489110;;CDS;;50956;;;;392; ;;;;;;;;;; ;540067..540969;;CDS;;187;187;;;301;187 ;541157..541231;;tgg;;208;208;;;; ;541440..541820;;CDS;;97;;;;127; ;;;;;;;;;; comp;541918..542985;;CDS;;252;252;;;356;252 ;543238..543312;;tgg;;354;354;;;; ;543667..544683;;CDS;;347735;;;;339; ;;;;;;;;;; ;892419..893339;;CDS;;560;560;;;307; ;893900..895416;;16s;;137;;;;; ;895554..895629;;gca;;118;;;;; ;895748..898661;;23s;;204;;;;; ;898866..898982;;5s;;552;552;;;;*552 ;899535..900446;;CDS;;351;;;;304; ;;;;;;;;;; ;900798..902048;;CDS;;704;704;;;417; ;902753..904269;;16s;;339;;;;; ;904609..907522;;23s;;273;;;;; ;907796..907912;;5s;;69;69;;;;69 comp;907982..908449;;CDS;;43545;;;;156; ;;;;;;;;;; ;951995..952630;;CDS;;97;97;;;212;97 ;952728..952813;;ctc;;396;396;;;; ;953210..954919;;CDS;;784414;;;;570; ;;;;;;;;;; ;1739334..1739933;;CDS;;380;380;;;200;380 ;1740314..1740389;;cac;;3;;3;;; ;1740393..1740467;;cag;;5;;5;;; ;1740473..1740548;;aaa;;443;443;;;; comp;1740992..1742350;;CDS;;151829;;;;453; ;;;;;;;;;; ;1894180..1895406;;CDS;;34;34;;;409;34 comp;1895441..1895527;;ttg;;574;574;;;; ;1896102..1896794;;CDS;;200701;;;;231; ;;;;;;;;;; ;2097496..2097915;;CDS;;722;722;;;140; ;2098638..2100154;;16s;;502;;;;; ;2100657..2103569;;23s;;205;;;;; ;2103775..2103891;;5s;;315;315;;;;315 ;2104207..2104905;;CDS;;234313;;;;233; ;;;;;;;;;; ;2339219..2340322;;CDS;;662;662;;;368; ;2340985..2342501;;16s;;338;;;;; ;2342840..2345755;;23s;;140;;;;; ;2345896..2345970;;aac;;3;;;;; ;2345974..2346090;;5s;;429;429;;;;429 ;2346520..2348088;;CDS;;3574;;;;523; ;;;;;;;;;; ;2351663..2352139;;CDS;;568;568;;;159; ;2352708..2354224;;16s;;338;;;;; ;2354563..2357477;;23s;;140;;;;; ;2357618..2357692;;aac;;3;;;;; ;2357696..2357812;;5s;;90;90;;;;90 ;2357903..2358316;;CDS;;406783;;;;138; ;;;;;;;;;; ;2765100..2765525;;CDS;;625;625;;;142; ;2766151..2767667;;16s;;503;;;;; ;2768171..2771082;;23s;;202;;;;; ;2771285..2771401;;5s;;5;;;;; ;2771407..2771482;;ttc;;6;;;6;; ;2771489..2771565;;gac;;25;;;25;; ;2771591..2771665;;gaa;;448;448;;;;448 ;2772114..2774864;;CDS;;781818;;;;917; ;;;;;;;;;; ;3556683..3557051;;CDS;;565;565;;;123;*565 ;3557617..3557691;;gag;;925;925;;;; comp;3558617..3559759;;CDS;;192275;;;;381; ;;;;;;;;;; comp;3752035..3752652;;CDS;;245;245;;;206;245 comp;3752898..3752985;;agt;@1;711;711;;;; comp;3753697..3755112;;CDS;;501326;;;;472; ;;;;;;;;;; comp;4256439..4258403;;CDS;;267;267;;;655;267 comp;4258671..4258746;;aaa;;79;;79;;; comp;4258826..4258901;;cac;;7;;7;;; comp;4258909..4258985;;aga;;35;;35;;; comp;4259021..4259094;;gga;;752;752;;;; ;4259847..4260392;;CDS;;619853;;;;182; ;;;;;;;;;; comp;4880246..4880488;;CDS;;508;508;;;81;*508 comp;4880997..4881113;;5s;;274;;;;; comp;4881388..4884300;;23s;;578;;;;; comp;4884879..4886395;;16s;;703;703;;;; comp;4887099..4888034;;CDS;;1272704;;;;312; ;;;;;;;;;; comp;6160739..6161977;;CDS;;343;343;;;413; ;6162321..6162396;;cca;;242;242;;;;242 ;6162639..6163283;;CDS;;2040;;;;215; ;;;;;;;;;; ;6165324..6165734;;CDS;;222;222;;;137; comp;6165957..6166032;;ttc;;5;;;;; comp;6166038..6166154;;5s;@2;188;188;;;;188 ;6166343..6167074;;CDS;;8085;;;;244; ;;;;;;;;;; comp;6175160..6175597;;CDS;;249;249;;;146;249 comp;6175847..6175922;;gca;;1;;;1;; comp;6175924..6176000;;atgi;;44;;;;; comp;6176045..6176161;;5s;;138;;;;; comp;6176300..6179216;;23s;;339;;;;; comp;6179556..6181072;;16s;;567;567;;;; comp;6181640..6182446;;CDS;;223;;;;269; ;;;;;;;;;; ;6182670..6183419;;CDS;;190;190;;;250;190 comp;6183610..6183685;;aaa;+;5;;;;; comp;6183691..6183807;;5s;2 aaa;159;159;;;;159 comp;6183967..6184914;;CDS;@3;294;294;;;316;294 comp;6185209..6185284;;aaa;;7;;;;; comp;6185292..6185408;;5s;;138;;;;; comp;6185547..6188463;;23s;;339;;;;; comp;6188803..6190319;;16s;;771;771;;;; comp;6191091..6192203;;CDS;;7306;;;;371; ;;;;;;;;;; comp;6199510..6202059;;CDS;;661;661;;;850; comp;6202721..6202837;;5s;@4;139;;;;; comp;6202977..6205893;;23s;;339;;;;; comp;6206233..6207749;;16s;;1102;;;;; comp;6208852..6208968;;5s;;138;;;;; comp;6209107..6212023;;23s;;339;;;;; comp;6212363..6213879;;16s;;502;502;;;;*502 comp;6214382..6215329;;CDS;;90019;;;;316; ;;;;;;;;;; comp;6305349..6306314;;CDS;;123;123;;;322;123 comp;6306438..6306527;;tcc;;281;281;;;; comp;6306809..6307984;;CDS;;66527;;;;392; ;;;;;;;;;; ;6374512..6375684;;CDS;;125;125;;;391;125 comp;6375810..6375884;;agg;;303;303;;;; comp;6376188..6378578;;CDS;;13398;;;;797; ;;;;;;;;;; comp;6391977..6392753;;CDS;;114;114;;;259;114 comp;6392868..6392984;;5s;;134;;;;; comp;6393119..6396033;;23s;;214;;;;; comp;6396248..6397764;;16s;;1120;;;;; comp;6398885..6399001;;5s;;139;;;;; comp;6399141..6402055;;23s;;214;;;;; comp;6402270..6403786;;16s;;748;748;;;; comp;6404535..6405107;;CDS;;31702;;;;191; ;;;;;;;;;; ;6436810..6437790;;CDS;;192;192;;;327; comp;6437983..6438059;;gac;+;6;;6;;; comp;6438066..6438141;;gta;3x;14;;14;;; comp;6438156..6438230;;gaa;gac gta ;29;;29;;; comp;6438260..6438334;;aca;gaa aca – 1;10;;10;;; comp;6438345..6438421;;gac;;6;;6;;; comp;6438428..6438503;;gta;;16;;16;;; comp;6438520..6438594;;gaa;;29;;29;;; comp;6438624..6438698;;aca;;10;;10;;; comp;6438709..6438785;;gac;;6;;6;;; comp;6438792..6438867;;gta;;14;;14;;; comp;6438882..6438956;;gaa;;162;162;;;;162 comp;6439119..6439685;;CDS;;37865;;;;189; </pre> ====cbei cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_cumuls|cbei cumuls]] <pre> cbei cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;17;1;0;2;1;0;1;0;100;4 ;16 23 5s 0;7;20;34;3;50;2;50;2;200;19 ;16 atc gca;1;40;12;1;100;7;100;6;300;11 ;16 23 5s a;4;60;2;0;150;7;150;5;400;20 ;max a;4;80;2;0;200;9;200;7;500;6 ;a doubles;1;100;0;0;250;5;250;3;600;3 ;autres;6;120;0;0;300;6;300;5;700;2 ;total aas;19;140;0;0;350;6;350;2;800;1 sans ;opérons;20;160;1;0;400;4;400;1;900;4 ;1 aa;11;180;0;0;450;3;450;2;1000;1 ;max a;19;200;0;0;500;2;500;0;1100;0 ;a doubles;5;;3;0;;21;;4;;0 ;total aas;74;;54;6;;72;;37;;71 total aas;;93;;;;;;;;; remarques;;6;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;18;7;;350;;195;;328 ;;;variance;17;9;;225;;111;;206 </pre> ====cbei blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_blocs|cbei blocs]] <pre> cbei blocs;;;; 16s;213;503;339; 23s;108;202;138; 5s;14;5;44; atgi;atgi;ttc;atgi; ;;;; 16s;339;502;578; 23s;273;205;274; 5s;;;; ;;;; aaa;5;;; 5s;159;5s;139;134 cds;294;23s;339;214 aaa;7;16s;1102;1120 5s;138;5s;138;139 23s;339;23s;339;214 16s;;16s;; ;;;; 16s;338;338;16s;140 23s;140;140;gca;3 aac;3;3;atc;111 5s;aac;aac;23s;70 ;;;5s;5 ;;;ttc; ;;;; 16s;137;;16s;132 gca;118;;atc;84 23s;204;;23s;71 5s;;;aac; ;;;; ttc;5;;; 5s;;;; </pre> ====cbei distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_distribution|cbei distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4 aac 3 -5 et 3 >1;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt; aaa 2 +5 et 4 >1;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gca 2+16s, 2+5s;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;3;tgc; les +5s sont;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;3;agc;2 des 1-3aas;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt; ;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;2 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;2;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;3 ;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;1 ;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;3;gga;5 ;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; ;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;1;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 ;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;cbei;;11;;;;;11;;cbei;63;;;;;;63 </pre> ====cbei données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_données_intercalaires|cbei données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cbei;fx;fc;cbei;fx40;fc40;cbei;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;19;0;0;19;-1;;71;85;34;5s 16s;;;tRNA tRNA;;intra;tRNA tRNA;suite; ;0;10;6;249;1;3;55;-2;;0;119;120;1107;;;3;;gca atc;17;;cca ;1;20;12;375;2;1;39;-3;;0;125;252;1125;;;tRNA tRNA;;contig;149;;gga ;0;30;7;204;3;0;23;-4;2;83;187;443;5s CDS;;;1;;atgi;6;;aga 2;0;40;10;126;4;0;36;-5;1;0;275;34;552;69;;**;;gca;16;;cca ;0;50;10;119;5;0;17;-6;;0;664;574;315;188;;4;;ttc;35;;gga ;0;60;24;126;6;1;16;-7;;8;307;505;429;114;;**;;tgc;5;;aga ;1;70;30;98;7;0;8;-8;1;72;299;752;90;;;6;;ttc;3;;cac ;1;80;25;95;8;0;15;-9;;0;681;343;508;;;25;;gac;7;;caa ;2;90;19;100;9;0;23;-10;;5;76;222;159;;;**;;gaa;18;;aaa ;1;100;33;101;10;1;17;-11;;38;65;190;661;;;1;;gca;5;;cta ;0;110;34;103;11;3;48;-12;;0;90;125;23s 5s;;;**;;atgi;25;;ggc 1;1;120;29;89;12;2;51;-13;;4;125;192;70;;;tRNA tRNA;;;5;;gga 1;2;130;34;79;13;0;41;-14;;21;325;;204;;;30;;tca;57;;aag ;1;140;38;85;14;0;47;-15;;0;345;;273;;;241;;agc;7;;caa ;0;150;31;103;15;1;43;-16;;3;159;;205;;;18;;tca;18;;aaa ;1;160;47;86;16;2;29;-17;;21;451;;202;;;**;;agc;5;;cta ;1;170;32;86;17;0;25;-18;;0;187;;274;;;20;;tta;25;;ggc ;0;180;30;78;18;0;38;-19;;2;208;;138;;;7;;atgf;46;;gga 1;2;190;33;68;19;2;23;-20;;11;354;;138;;;6;;atgj;**;;cga 1;0;200;24;79;20;2;30;-21;1;0;97;;139;;;22;;tta;9;;tac ;1;210;38;63;21;2;32;-22;;1;396;;138;;;7;;atgf;27;;gta ;0;220;23;76;22;0;25;-23;;9;380;;134;;;6;;atgj;12;;aca 1;0;230;28;60;23;0;18;-24;;0;448;;139;;;21;;tta;9;;tac ;0;240;25;61;24;0;21;-25;1;1;565;;108;;;70;;atgf;30;;gta ;3;250;35;47;25;0;23;-26;1;10;248;;16s tRNA;;;21;;tta;12;;aca 1;0;260;23;60;26;1;22;-27;;0;13;;140;;gca;**;;atgf;**;;tac ;1;270;17;62;27;0;18;-28;;4;267;;132;;atc;234;;aac;3;;cac ;1;280;21;62;28;1;11;-29;;5;242;;137;;gca;439;;aac;5;;cag ;1;290;18;48;29;2;16;-30;;0;249;;tRNA 23s;;;**;;aac;**;;aaa ;2;300;26;53;30;1;18;-31;;0;294;;111;;atc;3;;gca;79;;aaa ;2;310;21;38;31;0;18;-32;;0;135;;84;;atc;**;;atc;7;;cac ;0;320;24;38;32;1;13;-33;;0;281;;71;;aac;4;;cta;35;;aga ;1;330;23;46;33;1;11;-34;;0;303;;118;;gca;**;;ggg;**;;gga ;0;340;17;36;34;2;12;-35;;4;162;;140;;aac;;;;6;;gac 1;1;350;18;40;35;0;13;-36;;0;CDS 16s;;140;;aac;;;;14;;gta ;1;360;15;28;36;1;9;-37;;1;548;;5s tRNA;;;;;;29;;gaa ;0;370;15;35;37;0;8;-38;1;4;390;;5;;ttc;;;;10;;aca ;1;380;18;35;38;2;11;-39;;0;565;;3;;aac;;;;6;;gac ;0;390;20;37;39;2;15;-40;;1;709;;3;;aac;;;;16;;gta ;1;400;13;25;40;1;16;-41;;1;727;;5;;ttc;;;;29;;gaa 4;5;reste;262;597;reste;1177;3037;-42;;0;667;;5;;ttc;;;;10;;aca 13;35;total;1208;4015;total;1212;4010;-43;;1;573;;44;;atgi;;;;6;;gac 9;30;diagr;946;3399;diagr;35;954;-44;;2;282;;5;;aaa;;;;14;;gta 0;1; t30;25;828;;;;-45;;0;703;;7;;aaa;;;;**;;gaa ;;;;;;;;-46;1;0;572;;14;;atgi;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;776;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;507;;;;;;;;;; ;x;1212;10;0;1222;;;-49;;1;753;;;;;;;;;; ;c;3991;390;19;4400;;;-50;;1;501;;;;;;;;;; ;;;;;5622;192;;reste;1;4;;;;;;;;;;; ;;;;;;5814;;total;10;390;;;;;;;;;;; </pre> =====cbei autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires_aas|cbei autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbei;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas ;tRNA;15;1;;atgi ;tRNA;93;85;;gca fin;CDS;254;;; deb;CDS;2710;119;; ;tRNA;3057;30;;tca ;tRNA;3178;241;;agc ;tRNA;3510;18;;tca ;tRNA;3619;125;;agc fin;CDS;3835;;; deb;CDS;13821;187;; ;tRNA;14914;34;;cgt fin;CDS;15023;;comp; deb;CDS;124928;275;; ;tRNA;125614;20;;tta ;tRNA;125723;7;;atgf ;tRNA;125806;6;;atgj ;tRNA;125889;22;;tta ;tRNA;126000;7;;atgf ;tRNA;126083;6;;atgj ;tRNA;126166;21;;tta ;tRNA;126276;70;;atgf ;tRNA;126422;21;;tta ;tRNA;126532;664;;atgf fin;CDS;127272;;; deb;CDS;138638;307;; ;tRNA;140451;234;;aac ;tRNA;140760;439;;aac ;tRNA;141274;299;;aac fin;CDS;141648;;; deb;CDS;144627;548;; 16s;rRNA;146198;140;; ;tRNA;147850;3;;gca ;tRNA;147929;111;;atc 23s;rRNA;148117;70;; 5s;rRNA;151101;5;; ;tRNA;151223;4;;ttc ;tRNA;151303;681;;tgc fin;CDS;152059;;; deb;CDS;177450;76;; ;tRNA;178174;65;;acc fin;CDS;178315;;; deb;CDS;313730;90;; ;tRNA;316298;4;;cta ;tRNA;316387;120;;ggg fin;CDS;316582;;comp; deb;CDS;402474;125;; ;tRNA;403079;17;;cca ;tRNA;403172;149;;gga ;tRNA;403395;6;;aga ;tRNA;403478;16;;cca ;tRNA;403570;35;;gga ;tRNA;403679;5;;aga ;tRNA;403761;3;;cac ;tRNA;403840;7;;caa ;tRNA;403922;18;;aaa ;tRNA;404016;5;;cta ;tRNA;404106;25;;ggc ;tRNA;404206;5;;gga ;tRNA;404285;57;;aag ;tRNA;404418;7;;caa ;tRNA;404500;18;;aaa ;tRNA;404594;5;;cta ;tRNA;404684;25;;ggc ;tRNA;404784;46;;gga ;tRNA;404904;325;;cga fin;CDS;405306;;; deb;CDS;413861;390;; 16s;rRNA;416312;132;; ;tRNA;417956;84;;atc 23s;rRNA;418117;71;; ;tRNA;421103;345;;aac fin;CDS;421523;;; deb;CDS;486264;159;; ;tRNA;486828;9;;tac ;tRNA;486922;27;;gta ;tRNA;487025;12;;aca ;tRNA;487112;9;;tac ;tRNA;487206;30;;gta ;tRNA;487312;12;;aca ;tRNA;487399;451;;tac fin;CDS;487935;;; deb;CDS;540067;187;; ;tRNA;541157;208;;tgg fin;CDS;541440;;; deb;CDS;541918;252;comp; ;tRNA;543238;354;; fin;CDS;543667;;; deb;CDS;772270;262;; ;tmRNA;774356;871;; fin;CDS;775585;;; deb;CDS;892419;565;; 16s;rRNA;893905;137;; ;tRNA;895554;118;;gca 23s;rRNA;895748;204;; 5s;rRNA;898866;552;; fin;CDS;899535;;; deb;CDS;900798;709;; 16s;rRNA;902758;339;; 23s;rRNA;904609;273;; 5s;rRNA;907796;69;; fin;CDS;907982;;comp; deb;CDS;951995;97;; ;tRNA;952728;396;;ctc fin;CDS;953210;;; deb;CDS;1017389;70;; ;ncRNA;1017765;758;; fin;CDS;1018872;;; deb;CDS;1646835;56;; ;ncRNA;1647290;182;; fin;CDS;1647666;;comp; deb;CDS;1739334;380;; ;tRNA;1740314;3;;cac ;tRNA;1740393;5;;cag ;tRNA;1740473;443;;aaa fin;CDS;1740992;;comp; deb;CDS;1846157;-183;; ;gene;1847876;588;; fin;CDS;1848647;;; deb;CDS;1894180;34;; ;tRNA;1895441;574;comp;ttg fin;CDS;1896102;;; deb;CDS;2097496;727;; 16s;rRNA;2098643;502;; 23s;rRNA;2100657;205;; 5s;rRNA;2103775;315;; fin;CDS;2104207;;; deb;CDS;2296804;104;; ;ncRNA;2297577;380;comp; fin;CDS;2298150;;; deb;CDS;2305297;275;; ;ncRNA;2306778;230;comp; fin;CDS;2307274;;; deb;CDS;2339219;667;; 16s;rRNA;2340990;338;; 23s;rRNA;2342840;140;; ;tRNA;2345896;3;;aac 5s;rRNA;2345974;429;; fin;CDS;2346520;;; deb;CDS;2351663;573;; 16s;rRNA;2352713;338;; 23s;rRNA;2354563;140;; ;tRNA;2357618;3;;aac 5s;rRNA;2357696;90;; fin;CDS;2357903;;; deb;CDS;2765706;282;; 16s;rRNA;2766156;503;; 23s;rRNA;2768171;202;; 5s;rRNA;2771285;5;; ;tRNA;2771407;6;;ttc ;tRNA;2771489;25;;gac ;tRNA;2771591;448;;gaa fin;CDS;2772114;;; deb;CDS;3556683;565;; ;tRNA;3557617;505;;gag fin;CDS;3558197;;comp; deb;CDS;3752035;248;comp; ;tRNA;3752901;13;comp;agt fin;CDS;3752999;;comp; deb;CDS;4256439;267;comp; ;tRNA;4258671;79;comp;aaa ;tRNA;4258826;7;comp;cac ;tRNA;4258909;35;comp;aga ;tRNA;4259021;752;comp;gga fin;CDS;4259847;;; deb;CDS;4880246;508;comp; 5s;rRNA;4880997;274;comp; 23s;rRNA;4881388;578;comp; 16s;rRNA;4884879;703;comp; fin;CDS;4887099;;comp; deb;CDS;6160739;343;comp; ;tRNA;6162321;242;;cca fin;CDS;6162639;;; deb;CDS;6165324;222;; ;tRNA;6165957;5;comp;ttc 5s;rRNA;6166038;188;comp; fin;CDS;6166343;;; deb;CDS;6175160;249;comp; ;tRNA;6175847;1;comp;gca ;tRNA;6175924;44;comp;atgi 5s;rRNA;6176045;138;comp; 23s;rRNA;6176300;339;comp; 16s;rRNA;6179556;572;comp; fin;CDS;6181640;;comp; deb;CDS;6182670;190;; ;tRNA;6183610;5;comp;aaa 5s;rRNA;6183691;159;comp; deb;CDS;6183967;294;comp; ;tRNA;6185209;7;comp;aaa 5s;rRNA;6185292;138;comp; 23s;rRNA;6185547;339;comp; 16s;rRNA;6188803;776;comp; fin;CDS;6191091;;comp; deb;CDS;6199510;661;comp; 5s;rRNA;6202721;139;comp; 23s;rRNA;6202977;339;comp; 16s;rRNA;6206233;1107;comp; 5s;rRNA;6208852;138;comp; 23s;rRNA;6209107;339;comp; 16s;rRNA;6212363;507;comp; fin;CDS;6214382;;comp; deb;CDS;6256716;154;; ;ncRNA;6257755;316;comp; fin;CDS;6258338;;comp; deb;CDS;6305349;135;comp; ;tRNA;6306438;281;comp;tcc fin;CDS;6306809;;comp; deb;CDS;6374512;125;; ;tRNA;6375810;303;comp;agg fin;CDS;6376188;;comp; deb;CDS;6391977;114;comp; 5s;rRNA;6392868;134;comp; 23s;rRNA;6393119;214;comp; 16s;rRNA;6396248;1125;comp; 5s;rRNA;6398885;139;comp; 23s;rRNA;6399141;214;comp; 16s;rRNA;6402270;753;comp; fin;CDS;6404535;;comp; deb;CDS;6436810;192;; ;tRNA;6437983;6;comp;gac ;tRNA;6438066;14;comp;gta ;tRNA;6438156;29;comp;gaa ;tRNA;6438260;10;comp;aca ;tRNA;6438345;6;comp;gac ;tRNA;6438428;16;comp;gta ;tRNA;6438520;29;comp;gaa ;tRNA;6438624;10;comp;aca ;tRNA;6438709;6;comp;gac ;tRNA;6438792;14;comp;gta ;tRNA;6438882;162;comp;gaa fin;CDS;6439119;;comp; deb;CDS;6477551;501;; 16s;rRNA;6480533;213;; 23s;rRNA;6482258;108;; 5s;rRNA;6485280;14;; </pre> ====cbei intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_entre_cds|cbei intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> cbei;2.2.21 Paris;;cbei 31.7.20;;;;;;;;; cbei;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;400;7.1;'''négatif ;-11;12;-1 à -64;'''6 485 394;-1;400;610;14 ;'''zéro;19;0.3;;;;;'''intercals;0;19;620;19 ;'''1 à 200;2957;52.6;'''0 à 200;83;61;;'''1 159 420;5;174;630;8 ;'''201 à 370;1240;22.1;'''201 à 370;275;48;;'''17.9%;10;81;640;14 ;'''371 à 600;713;12.7;'''371 à 600;464;66;;;15;236;650;10 ;'''601 à max;293;5.2;'''601 à 1028;808;203;;;20;151;660;8 ;'''total 5623;<201;60.0;'''total 5620;205;211;-64 à 1555;;25;121;670;13 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;90;680;7 1860894;2121;-1;400;-70;1;;0;19;35;71;690;9 1898453;1881;0;19;-60;4;;-1;°71;40;65;700;14 4639922;1555;1;°58;-50;1;;-2;0;45;61;710;7 6361933;1545;2;°40;-40;8;;-3;0;50;68;720;8 5176736;1499;3;23;-30;10;'''min à -1;-4;°85;55;81;730;6 2532196;1482;4;36;-20;44;400;-5;1;60;69;740;12 3181990;1469;5;17;-10;94;7.1%;-6;0;65;68;750;5 4033167;1431;6;17;0;257;;-7;8;70;60;760;6 4590435;1429;7;8;10;255;;-8;°73;75;70;770;7 3571512;1391;8;15;20;387;;-9;0;80;50;780;4 4428508;1372;9;23;30;211;;-10;5;85;61;790;8 5504697;1348;10;18;40;136;;-11;°38;90;58;800;4 1486045;1326;11;°51;50;129;;-12;0;95;76;810;2 2570075;1302;12;°53;60;150;;-13;4;100;58;820;6 4602139;1289;13;41;70;128;'''1 à 100;-14;°21;105;68;830;5 3981561;1239;14;°47;80;120;1769;-15;0;110;69;840;5 4621836;1226;15;°44;90;119;31.5%;-16;3;115;53;850;3 4088892;1221;16;31;100;134;;-17;°21;120;65;860;2 4296061;1207;17;25;110;137;;-18;0;125;48;870;2 6061011;1205;18;°38;120;118;;-19;2;130;65;880;5 2648455;1201;19;25;130;113;;-20;°11;135;65;890;2 4064421;1178;20;32;140;123;;-21;1;140;58;900;4 4839562;1176;21;°34;150;134;;-22;1;145;67;910;4 3909835;1173;22;25;160;133;;-23;°9;150;67;920;4 2456047;1153;23;18;170;118;'''1 à 200;-24;0;155;65;930;1 3569689;1127;24;21;180;108;2957;-25;2;160;68;940;2 3023607;1112;25;°23;190;101;52.6%;-26;°11;165;64;950;0 4726206;1107;26;°23;200;103;;-27;0;170;54;960;3 1550735;1102;27;18;210;101;;-28;4;175;53;970;3 4395515;1078;28;12;220;99;;-29;°5;180;55;980;1 1099864;1072;29;18;230;88;;-30;0;185;44;990;2 3075992;1065;30;°19;240;86;;-31;0;190;57;1000;4 3857530;1064;31;°18;250;82;'''0 à 200;-32;0;195;51;1010;3 776201;1058;32;14;260;83;2976;;395;200;52;1020;4 2291086;1058;33;12;270;79;;reste;24;205;53;1030;2 5939293;1054;34;°14;280;83;;total;419;210;48;1040;3 2680682;1051;35;°13;290;66;;;;215;38;1050;0 3035780;1051;36;10;300;79;;;;220;61;1060;5 4035399;1040;37;8;310;59;;'''intercal;'''<u>frequencef;225;45;1070;2 6351672;1032;38;13;320;62;;600;5330;230;43;1080;2 2453621;1031;39;°17;330;69;;650;65;235;40;1090;0 5871985;1027;40;°17;340;53;'''201 à 370;700;51;240;46;1100;0 5197163;1021;reste;4215;350;58;1240;750;38;245;39;1110;2 ;;total;5623;360;43;22.1%;800;29;250;43;1120;1 ;;;;370;50;;850;21;255;46;1130;1 ;;;;380;53;;900;15;260;37;1140;0 ;;;;390;57;;950;11;265;38;1150;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;38;;1000;13;270;41;1160;1 4624137;-110;shift 2;673;410;48;;1050;12;275;48;1170;0 1868484;-64;shift 2;608;420;44;;1100;9;280;35;1180;3 3204859;-64;shift 2;665;430;32;;1150;4;285;37;1190;0 2485518;-62;shift 2;184;440;36;;1200;4;290;29;1200;0 3963063;-60;;;450;42;;1250;6;295;41;reste;21 2029018;-50;;;460;39;;1300;1;300;38;total;293 5912545;-49;;;470;28;;1350;3;305;30;; 5354783;-47;;;480;27;;1400;2;310;29;; 1515675;-46;;;490;24;;1450;2;315;28;; 4067020;-44;;;500;28;;1500;3;320;34;; 5920392;-44;;;510;23;;1550;1;325;33;; 1552479;-43;;;520;19;;1600;1;330;36;; 330305;-41;;;530;23;;;291;335;26;; 4488902;-40;;;540;27;'''371 à 600;;;340;27;; 2489800;-38;;;550;18;714;;;345;33;; 2856876;-38;;;560;27;12.7%;;;350;25;; 4401424;-38;;;570;21;;;;355;26;; 4678887;-38;;;580;20;'''601 à max;;;360;17;; 5785183;-38;;;590;20;293;;;365;28;; 3964014;-37;;;600;20;5.2%;;;370;22;; 1257344;-35;;;reste;293;;reste;2;reste;1007;; 4675094;-35;;;total;5623;;total;5623;total;5623;; </pre> ====cbei intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cbei Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;20.2.22; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; pmq;min10;1613;4170;5783;455;-834;-652;182;-867;-826;-61;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; 32;217;0.15;1926;5302;3;5;22;142;68;1155;-203;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; cbei;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;32;-258;570;-3.2;723;269;max160;&-46;339;-824;83;780;246;min50 31 à 400;12.7;-134;357;3.5;790;352;*;&-1.4;16;-123;40;937;391;1 partie droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;5;26;-;4;poly;708;tF;&123;50;-;566;poly;214;SF 31 à 400;36;30;-;345;poly;445;tF *;&75;37;-;929;dte;8;Sf * diagramme en effectifs de 1 à 600;;;;;;;;;;;;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélation et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;;;;; 41-n;0.402;-0.509;-0.375;;;;;0.272;;;;;;;;complément à 800;; 1-n;-0.290;-0.649;-0.648;;;;;;;;;20.2.22;;;;effectifs;; cbei;fx;fc;;cbei;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbei;Sx-;Sc-;;cbei;fx;fc 0;0;19;;0;0;6;0;0;19;>0;1212;-1;;71;;410;17;31 10;6;249;;10;6;73;1;3;55;<0;10;-2;;0;;420;12;32 20;12;375;;20;13;110;2;1;39;zéro;0;-3;;0;;430;6;26 30;7;204;;30;7;60;3;0;23;total;1222;-4;2;83;;440;11;25 40;10;126;;40;11;37;4;0;36;;c;-5;1;0;;450;19;23 50;10;119;;50;11;35;5;0;17;>0;3991;-6;;0;;460;13;26 60;24;126;;60;25;37;6;1;16;<0;390;-7;;8;;470;11;17 70;30;98;;70;32;29;7;0;8;zéro;19;-8;1;72;;480;6;21 80;25;95;;80;26;28;8;0;15;total;4400;-9;;0;;490;9;15 90;19;100;;90;20;29;9;0;23;;;-10;;5;;500;10;18 100;33;101;;100;35;30;10;1;17;total;5622;-11;;38;;510;6;16 110;34;103;;110;36;30;11;3;48;;;-12;;0;;520;2;17 120;29;89;;120;31;26;12;2;51;;;-13;;4;;530;5;18 130;34;79;;130;36;23;13;0;41;;5203;-14;;21;;540;7;20 140;38;85;;140;40;25;14;0;47;;;-15;;0;;550;5;13 150;32;102;;150;34;30;15;1;43;;;-16;;3;;560;12;15 160;47;86;;160;49;25;16;2;29;;;-17;;21;;570;7;14 170;33;85;;170;35;25;17;0;25;;;-18;;0;;580;4;16 180;30;78;;180;32;23;18;0;38;;;-19;;2;;590;9;11 190;33;68;;190;35;20;19;2;23;;;-20;;11;;600;9;11 200;24;79;;200;25;23;20;2;30;;;-21;1;0;;610;2;12 210;38;63;;210;40;19;21;2;32;;;-22;;1;;620;4;15 220;24;75;;220;25;22;22;0;25;;;-23;;9;;630;3;5 230;28;60;;230;29;18;23;0;18;;;-24;;0;;640;4;10 240;25;61;;240;26;18;24;0;21;;;-25;1;1;;650;2;8 250;35;47;;250;37;14;25;0;23;;;-26;1;10;;660;3;5 260;23;60;;260;24;18;26;1;22;;;-27;;0;;670;3;10 270;18;61;;270;19;18;27;0;18;;;-28;;4;;680;4;3 280;21;62;;280;22;18;28;1;11;;;-29;;5;;690;1;8 290;18;48;;290;19;14;29;2;16;;;-30;;0;;700;6;8 300;26;53;;300;27;16;30;1;18;;;-31;;0;;710;3;4 310;21;38;;310;22;11;31;0;18;;;-32;;0;;720;2;6 320;24;38;;320;25;11;32;1;13;;;-33;;0;;730;3;3 330;23;46;;330;24;14;33;1;11;;;-34;;0;;740;5;7 340;17;36;;340;18;11;34;2;12;;;-35;;4;;750;2;3 350;18;40;;350;19;12;35;0;13;;;-36;;0;;760;1;5 360;15;28;;360;16;8;36;1;9;;;-37;;1;;770;1;6 370;15;35;;370;16;10;37;0;8;;;-38;1;4;;780;1;3 380;18;35;;380;19;10;38;2;11;;;-39;;0;;790;0;8 390;20;37;;390;21;11;39;2;15;;;-40;;1;;800;1;3 400;13;25;;400;14;7;40;1;16;;;-41;;1;;reste;31;79 reste;262;596;;;;;reste;1177;3037;;;-42;;0;;total;231;517 total;1212;4010;;t30;26;244;total;1212;4010;;;-43;;1;;;; diagr;950;3395;;;;;diagr;35;954;;;-44;;2;;;; - t30;925;2567;;;;;;;;;;-45;;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-46;1;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-47;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;-48;;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-49;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;-50;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;reste;1;4;;;; ;;;;;;;;;;;;total;10;390;;;; </pre> ====cbei intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_négatifs_S-|cbei intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;3;1;;;1;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;;;;;1;11 continu;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;total ;Sx-;0;0;0;3;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;11 ;Sc-;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389 </pre> ====cbei autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires|cbei autres intercalaires]] <pre> cbei;autres intercalaires;;adresses1;;;cbei;autres intercalaires;;adresses2;;;cbei;autres intercalaires;;adresses3;; ;&tRNA;15;1;;;deb;°CDS;540067;187;;;deb;°CDS;4256439;267;comp; ;&tRNA;93;85;;;;&tRNA;541157;208;;;;&tRNA;4258671;79;comp; fin;°CDS;254;;;;fin;°CDS;541440;;;;;&tRNA;4258826;7;comp; deb;°CDS;2710;119;;;deb;°CDS;541918;252;comp;;;&tRNA;4258909;35;comp; ;&tRNA;3057;30;;;;&tRNA;543238;354;;;;&tRNA;4259021;752;comp; ;&tRNA;3178;241;;;fin;°CDS;543667;;;;fin;°CDS;4259847;;; ;&tRNA;3510;18;;;deb;°CDS;772270;262;;;deb;°CDS;4880246;508;comp; ;&tRNA;3619;125;;;;tmRNA;774356;871;;;;$rRNA;4880997;274;comp; fin;°CDS;3835;;;;fin;°CDS;775585;;;;;$rRNA;4881388;578;comp; deb;°CDS;13821;187;;;deb;°CDS;892419;565;;;;$rRNA;4884879;703;comp; ;&tRNA;14914;34;;;;$rRNA;893905;137;;;fin;°CDS;4887099;;comp; fin;°CDS;15023;;comp;;;&tRNA;895554;118;;;deb;°CDS;6160739;343;comp; deb;°CDS;124928;275;;;;$rRNA;895748;204;;;;&tRNA;6162321;242;; ;&tRNA;125614;20;;;;$rRNA;898866;552;;;fin;°CDS;6162639;;; ;&tRNA;125723;7;;;fin;°CDS;899535;;;;deb;°CDS;6165324;222;; ;&tRNA;125806;6;;;deb;°CDS;900798;709;;;;&tRNA;6165957;5;comp; ;&tRNA;125889;22;;;;$rRNA;902758;339;;;;$rRNA;6166038;188;comp; ;&tRNA;126000;7;;;;$rRNA;904609;273;;;fin;°CDS;6166343;;; ;&tRNA;126083;6;;;;$rRNA;907796;69;;;deb;°CDS;6175160;249;comp; ;&tRNA;126166;21;;;fin;°CDS;907982;;comp;;;&tRNA;6175847;1;comp; ;&tRNA;126276;70;;;deb;°CDS;951995;97;;;;&tRNA;6175924;44;comp; ;&tRNA;126422;21;;;;&tRNA;952728;396;;;;$rRNA;6176045;138;comp; ;&tRNA;126532;664;;;fin;°CDS;953210;;;;;$rRNA;6176300;339;comp; fin;°CDS;127272;;;;deb;°CDS;1017389;70;;;;$rRNA;6179556;572;comp; deb;°CDS;138638;307;;;;ncRNA;1017765;758;;;fin;°CDS;6181640;;comp; ;&tRNA;140451;234;;;fin;°CDS;1018872;;;;deb;°CDS;6182670;190;; ;&tRNA;140760;439;;;deb;°CDS;1646835;56;;;;&tRNA;6183610;5;comp; ;&tRNA;141274;299;;;;ncRNA;1647290;182;;;;$rRNA;6183691;159;comp; fin;°CDS;141648;;;;fin;°CDS;1647666;;comp;;deb;°CDS;6183967;294;comp; deb;°CDS;144627;548;;;deb;°CDS;1739334;380;;;;&tRNA;6185209;7;comp; ;$rRNA;146198;140;;;;&tRNA;1740314;3;;;;$rRNA;6185292;138;comp; ;&tRNA;147850;3;;;;&tRNA;1740393;5;;;;$rRNA;6185547;339;comp; ;&tRNA;147929;111;;;;&tRNA;1740473;443;;;;$rRNA;6188803;776;comp; ;$rRNA;148117;70;;;fin;°CDS;1740992;;comp;;fin;°CDS;6191091;;comp; ;$rRNA;151101;5;;;deb;°CDS;1846157;-183;;;deb;°CDS;6199510;661;comp; ;&tRNA;151223;4;;;;gene;1847876;588;;;;$rRNA;6202721;139;comp; ;&tRNA;151303;681;;;fin;°CDS;1848647;;;;;$rRNA;6202977;339;comp; fin;°CDS;152059;;;;deb;°CDS;1894180;34;;;;$rRNA;6206233;1107;comp; deb;°CDS;177450;76;;;;&tRNA;1895441;574;comp;;;$rRNA;6208852;138;comp; ;&tRNA;178174;65;;;fin;°CDS;1896102;;;;;$rRNA;6209107;339;comp; fin;°CDS;178315;;;;deb;°CDS;2097496;727;;;;$rRNA;6212363;507;comp; deb;°CDS;313730;90;;;;$rRNA;2098643;502;;;fin;°CDS;6214382;;comp; ;&tRNA;316298;4;;;;$rRNA;2100657;205;;;deb;°CDS;6256716;154;; ;&tRNA;316387;120;;;;$rRNA;2103775;315;;;;ncRNA;6257755;316;comp; fin;°CDS;316582;;comp;;fin;°CDS;2104207;;;;fin;°CDS;6258338;;comp; deb;°CDS;402474;125;;;deb;°CDS;2296804;104;;;deb;°CDS;6305349;135;comp; ;&tRNA;403079;17;;;;ncRNA;2297577;380;comp;;;&tRNA;6306438;281;comp; ;&tRNA;403172;149;;;fin;°CDS;2298150;;;;fin;°CDS;6306809;;comp; ;&tRNA;403395;6;;;deb;°CDS;2305297;275;;;deb;°CDS;6374512;125;; ;&tRNA;403478;16;;;;ncRNA;2306778;230;comp;;;&tRNA;6375810;303;comp; ;&tRNA;403570;35;;;fin;°CDS;2307274;;;;fin;°CDS;6376188;;comp; ;&tRNA;403679;5;;;deb;°CDS;2339219;667;;;deb;°CDS;6391977;114;comp; ;&tRNA;403761;3;;;;$rRNA;2340990;338;;;;$rRNA;6392868;134;comp; ;&tRNA;403840;7;;;;$rRNA;2342840;140;;;;$rRNA;6393119;214;comp; ;&tRNA;403922;18;;;;&tRNA;2345896;3;;;;$rRNA;6396248;1125;comp; ;&tRNA;404016;5;;;;$rRNA;2345974;429;;;;$rRNA;6398885;139;comp; ;&tRNA;404106;25;;;fin;°CDS;2346520;;;;;$rRNA;6399141;214;comp; ;&tRNA;404206;5;;;deb;°CDS;2351663;573;;;;$rRNA;6402270;753;comp; ;&tRNA;404285;57;;;;$rRNA;2352713;338;;;fin;°CDS;6404535;;comp; ;&tRNA;404418;7;;;;$rRNA;2354563;140;;;deb;°CDS;6436810;192;; ;&tRNA;404500;18;;;;&tRNA;2357618;3;;;;&tRNA;6437983;6;comp; ;&tRNA;404594;5;;;;$rRNA;2357696;90;;;;&tRNA;6438066;14;comp; ;&tRNA;404684;25;;;fin;°CDS;2357903;;;;;&tRNA;6438156;29;comp; ;&tRNA;404784;46;;;deb;°CDS;2765706;282;;;;&tRNA;6438260;10;comp; ;&tRNA;404904;325;;;;$rRNA;2766156;503;;;;&tRNA;6438345;6;comp; fin;°CDS;405306;;;;;$rRNA;2768171;202;;;;&tRNA;6438428;16;comp; deb;°CDS;413861;390;;;;$rRNA;2771285;5;;;;&tRNA;6438520;29;comp; ;$rRNA;416312;132;;;;&tRNA;2771407;6;;;;&tRNA;6438624;10;comp; ;&tRNA;417956;84;;;;&tRNA;2771489;25;;;;&tRNA;6438709;6;comp; ;$rRNA;418117;71;;;;&tRNA;2771591;448;;;;&tRNA;6438792;14;comp; ;&tRNA;421103;345;;;fin;°CDS;2772114;;;;;&tRNA;6438882;162;comp; fin;°CDS;421523;;;;deb;°CDS;3556683;565;;;fin;°CDS;6439119;;comp; deb;°CDS;486264;159;;;;&tRNA;3557617;505;;;deb;°CDS;6477551;501;;erreur à corriger ;&tRNA;486828;9;;;fin;°CDS;3558197;;comp;;;$rRNA;6480533;213;; ;&tRNA;486922;27;;;deb;°CDS;3752035;248;comp;;;$rRNA;6482258;108;; ;&tRNA;487025;12;;;;&tRNA;3752901;13;comp;;;$rRNA;6485280;14;; ;&tRNA;487112;9;;;fin;°CDS;3752999;;comp;;;;;;; ;&tRNA;487206;30;;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;487312;12;;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;487399;451;;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;487935;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cbei intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_tRNA-cds|cbei intercalaires tRNA-cds]] <pre> cbei;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;85;;76;13;; ;119;;125;;90;65;deb; ;187;comp’;34;;97;85;<201;9 ;275;;664;;119;125;total;17 ;307;;299;;125;162;taux;53% ;;;681;;135;208;; ;76;;65;;159;242;fin; ;90;comp’;120;;187;281;<201;5 ;125;;325;;187;299;total;18 ;;;345;;248;303;taux;28% ;159;;451;;249;325;; ;187;;208;;267;345;total; comp’;252;;354;;275;354;<201;14 ;97;;396;;294;396;total;35 ;380;comp’;443;;307;448;taux;40% comp’;34;comp’;574;;380;451;; ;;;448;;565;664;; ;565;comp’;505;;-;681;comp’;cumuls ;248;;13;;34;120;deb;4 ;267;comp’;752;;125;443;;7 comp’;343;;242;;190;505;fin;1 comp’;222;;;;192;574;;5 ;249;;;;222;752;total; comp’;190;;;;252;-;<201;5 ;294;;;;343;-;total;12 ;135;;281;;;;taux;42% comp’;125;;303;;;;; comp’;192;;162;;;;; ;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;; ;<201;13;6;19;;;; ;total;24;23;47;;;; ;taux;54%;26%;40%;;;; </pre> ===afn=== ====afn opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_opérons|afn opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Acid_ferm_DSM_20731/;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_013740.1;afn;;;; 56%GC;30.6.19 Paris;16s 6;60;doubles;intercalaires ;Acidaminococcus fermentans DSM 20731;;;; ;24678..26242;;16s;@1;359 ;26602..29507;;23s;;228 ;29736..29852;;5s;; ;;;;; ;36819..36894;;acg;; ;;;;; ;57713..59277;;16s;;359 ;59637..62543;;23s;;228 ;62772..62888;;5s;; ;;;;; ;169459..169534;;gcc;; ;;;;; ;249791..249867;;agg;; ;;;;; comp;274627..274703;;cgt;; ;;;;; ;311123..311198;;aca;;22 ;311221..311305;;tac;;5 ;311311..311386;;atg;;3 ;311390..311465;;acc;;6 ;311472..311548;;atgf;; ;;;;; ;380482..382046;;16s;;251 ;382298..385204;;23s;;229 ;385434..385550;;5s;; ;;;;; ;461553..461627;;aac;;3 ;461631..461705;;gaa;;8 ;461714..461789;;gta;;50 ;461840..461916;;cca;;11 ;461928..462001;;gga;;8 ;462010..462086;;aga;; ;;;;; ;526984..527070;;ctg;+;30 ;527101..527186;;ctc;2 ctg;52 ;527239..527325;;ctg;; ;;;;; ;578049..578123;;ggc;; ;;;;; ;636984..638548;;16s;@2;94 ;638643..638719;;atc;;66 ;638786..638861;;gca;;273 ;639135..642040;;23s;;139 ;642180..642296;;5s;; ;;;;; ;712229..712304;;cac;;18 ;712323..712398;;caa;;3 ;712402..712477;;aaa;;16 ;712494..712577;;cta;; ;;;;; comp;724421..724497;;gtc;; ;;;;; ;774880..774956;;gac;;4 ;774961..775036;;ttc;;8 ;775045..775119;;ggc;;9 ;775129..775202;;tgc;;13 ;775216..775304;;tta;; ;;;;; ;796654..796728;;cgg;; ;;;;; ;842393..842469;;gac;;2 ;842472..842547;;ttc;;8 ;842556..842630;;ggc;;9 ;842640..842713;;tgc;; ;;;;; ;889670..889746;;ccc;; ;;;;; ;906136..906210;;aac;; ;;;;; ;1022783..1022859;;gac;;2 ;1022862..1022936;;ggc;;1 ;1022938..1023011;;tgg;; ;;;;; ;1555201..1555277;;ccg;; ;;;;; comp;1567911..1567999;;tca;; ;;;;; comp;1613773..1613863;;agc;; ;;;;; ;1702659..1702744;;ttg;; ;;;;; comp;1711770..1711886;;5s;;228 comp;1712115..1715021;;23s;;359 comp;1715381..1716945;;16s;; ;;;;; comp;1823852..1823927;;gta;;6 comp;1823934..1824008;;gaa;;8 comp;1824017..1824092;;aag;; ;;;;; ;1909446..1909536;;tcc;; ;;;;; comp;1911342..1911429;;tcg;; ;;;;; comp;1974984..1975058;;atgi;; ;;;;; comp;1984782..1984856;;gag;;12 comp;1984869..1984942;;cag;+;111 comp;1985054..1985127;;cag;2 cag; ;;;;; comp;2072279..2072395;;5s;;228 comp;2072624..2075529;;23s;;298 comp;2075828..2075903;;gca;;66 comp;2075970..2076046;;atc;;94 comp;2076141..2077705;;16s;; ;;;;; ;2148343..2148418;;gcg;; ;;;;; comp;2287117..2287192;;aaa;; ;;;;; comp;2303018..2303094;;gtg;; ;;;;; comp;2323563..2323636;;ggg;; </pre> ====afn cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_cumuls|afn cumuls]] <pre> afn cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;6;1;1;- ;16 23 5s 0;4;20;21; ;16 atc gca;2;40;2; ;16 23 5s a;0;60;2; ;max a;2;80;0; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;1; ;total aas;4;140;0; sans ;opérons;29;160;0; ;1 aa;20;180;0; ;max a;6;200;0; ;a doubles;2;;0; ;total aas;56;;27;0 total aas;;60;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;16; ;;;variance;23; sans jaune;;;moyenne;12; ;;;variance;13; </pre> ====afn blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_blocs|afn blocs]] <pre> afn blocs;;;;;; 16s;359;1565;359;1565;251;1565 23s;228;2906;228;2907;229;2907 5s;;117;;117;;117 ;;;;;; 16s;94;1565;;5s;228;117 atc;66;;;23s;298;2906 gca;273;;;gca;66; 23s;139;2906;;atc;94; 5s;;117;;16s;;1565 ;;;;;; 5s;228;117;;;; 23s;359;2907;;;; 16s;;1565;;;; </pre> ====afn remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_remarques|afn remarques]] <pre> afn;;;;;;;60 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;2;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====negativicutes distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes_distribution|negativicutes distribution]] <pre> 22.1.21 Paris;;tRNAs total des negatives;;;;;;;;;;;;;; genomes;;total;;;total;ttt;tgt;;1-3aas;;;;total;;ttt;tgt 9;;582;;;571;;;;;;;;58;;; atgi;8;tct;;tat;;atgf;15;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;17;tcc;10;tac;16;tgc;13;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;17;acc;11;aac;26;agc;11;;atc;18;acc;;aac;6;agc;1 ctc;11;ccc;7;cac;10;cgt;16;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;8;gcc;7;gac;24;ggc;33;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;11;tca;10;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;13;aaa;20;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;9;cca;11;caa;13;cga;2;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;24;gca;21;gaa;25;gga;10;;gta;;gca;21;gaa;1;gga; ttg;11;tcg;9;tag;;tgg;13;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4 atgj;12;acg;9;aag;10;agg;9;;atgj;;acg;1;aag;;agg; ctg;10;ccg;7;cag;11;cgg;9;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;186;;263;;122;571;;;;7;;11;;1;19 9-23;;;;total;;ttt;tgt;;-rRNA;;;;total;;ttt;tgt ;;;;92;;;;;attention au -2;;;;421;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;7;tct;;tat;;atgf;12 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;2;tac;3;tgc;2;;ttc;11;tcc;8;tac;12;tgc;11 atc;1;acc;;aac;5;agc;2;;atc;-2;acc;11;aac;15;agc;8 ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;4;;ctc;9;ccc;7;cac;5;cgt;10 gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;8;gcc;7;gac;17;ggc;30 tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;7;tca;9;taa;;tga;1 ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;8;aaa;15;aga;9 cta;1;cca;2;caa;5;cga;;;cta;8;cca;9;caa;7;cga;2 gta;7;gca;;gaa;5;gga;4;;gta;17;gca;0;gaa;19;gga;6 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;9;tcg;9;tag;;tgg;7 atgj;1;acg;;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;8;aag;8;agg;9 ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;7;cag;11;cgg;9 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8 ;;24;;64;;4;92;;;;118;;188;;117;423 ;;;;;;;;;;;116;;188;;117;421 </pre> ====afn distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_distribution|afn distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total afn;;20;;;;;20;;afn;34;;;;;;34;;afn;2;;;;;;2 </pre> ====afn données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_données_intercalaires|afn données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;afn;fx;fc;afn;fx40;fc40;afn;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;9;0;2;9;-1;0;38;105;361;16s 23s;;;tRNA tRNA;;intra ;0;10;4;180;1;1;38;-2;0;0;105;51;3* 359;;;2* 66;;atc gca ;0;20;3;248;2;2;25;-3;0;0;122;188;251;;;tRNA tRNA;; ;3;30;7;105;3;0;20;-4;1;129;195;268;23s 5s;;;22;;aca ;1;40;21;48;4;0;28;-5;0;0;200;61;4* 228;;;5;;tac ;2;50;15;38;5;0;13;-6;0;1;131;80;229;;;3;;atgj 1;2;60;16;44;6;0;9;-7;0;6;74;134;139;;;6;;acc 2;0;70;5;42;7;0;5;-8;0;41;266;393;5s CDS;;;**;;atgf 1;4;80;8;41;8;0;7;-9;0;1;145;158;286;266;;3;;aac ;1;90;8;45;9;1;19;-10;0;1;54;91;296;262;;8;;gaa 1;3;100;11;34;10;0;16;-11;0;19;131;70;;512;;50;;gta ;4;110;10;32;11;1;28;-12;0;0;194;196;;193;;11;;cca ;3;120;8;42;12;0;46;-13;0;5;96;;16s tRNA;;;8;;gga ;3;130;15;43;13;1;29;-14;0;8;214;;2* 94;;atc;**;;aga 1;4;140;21;34;14;0;22;-15;0;0;111;;tRNA 23s;;;30;;ctg ;1;150;13;29;15;0;37;-16;0;3;73;;273;;gca;52;;ctc 1;2;160;14;27;16;0;24;-17;0;10;159;;298;;gca;**;;ctg ;0;170;10;28;17;0;10;-18;0;0;119;;;;;18;;cac ;0;180;2;22;18;0;25;-19;0;2;127;;;;;3;;caa 1;1;190;13;13;19;1;12;-20;0;6;71;;;;;16;;aaa 1;3;200;13;12;20;0;15;-21;0;0;156;;;;;**;;cta ;0;210;10;15;21;1;20;-22;0;0;58;;;;;4;;gac ;2;220;12;20;22;1;13;-23;0;4;102;;;;;8;;ttc ;1;230;9;25;23;0;11;-24;0;0;137;;;;;9;;ggc ;0;240;12;21;24;1;9;-25;0;0;112;;;;;13;;tgc ;0;250;6;12;25;0;9;-26;0;4;24;;;;;**;;tta ;0;260;7;9;26;0;6;-27;0;0;21;;;;;2;;gac 1;1;270;5;16;27;1;14;-28;0;0;93;;;;;8;;ttc ;0;280;6;10;28;0;10;-29;0;3;215;;;;;9;;ggc ;0;290;5;6;29;2;3;-30;0;0;76;;;;;**;;tgc ;0;300;8;9;30;1;10;-31;0;2;379;;;;;2;;gac ;0;310;4;11;31;2;5;-32;0;2;83;;;;;1;;ggc ;0;320;4;4;32;2;5;-33;0;0;182;;;;;**;;tgg ;0;330;5;8;33;2;3;-34;0;0;136;;;;;6;;gta ;0;340;1;8;34;5;5;-35;0;3;23;;;;;8;;gaa ;0;350;3;9;35;2;6;-36;0;0;222;;;;;**;;aag ;0;360;2;8;36;3;3;-37;0;1;39;;;;;12;;gag 1;0;370;4;10;37;0;8;-38;0;2;122;;;;;111;;cag ;1;380;4;4;38;3;3;-39;0;0;106;;;;;**;;cag ;0;390;3;4;39;2;6;-40;1;0;91;;;;;;; 1;1;400;1;6;40;0;4;-41;0;1;451;;;;;;; ;2;reste;16;54;reste;309;795;-42;0;0;45;;;;;;; 12;45;total;346;1385;total;346;1385;-43;0;0;486;;;;;;; 12;43;diagr;328;1322;diagr;35;581;-44;0;1;45;;;;;;; 0;3; t30;14;533;;;;-45;1;0;393;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;CDS 16s;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;319;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;346;;;;;;; ;x;344;4;2;350;;;-49;0;0;485;;;;;;; ;c;1376;303;9;1688;;;-50;0;1;300;;;;;;; ;;;;;2038;154;;reste;1;9;391;;;;;;; ;;;;;;2192;;total;4;303;265;;;;;;; </pre> =====afn autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires_aas|afn autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *contrôlé le 21.7.22 <pre> autres intercalaires;;afn;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;23699;24358;319;*; ;;rRNA;24678;26242;359;*;16s ;;rRNA;26602;29507;228;*;23s ;;rRNA;29736;29852;286;*;5s fin;;CDS;30139;30339;;0; deb;;CDS;35919;36713;105;*; ;;tRNA;36819;36894;105;*;acg fin;;CDS;37000;37914;;; deb;;CDS;56077;57366;346;*; ;;rRNA;57713;59277;359;*;16s ;;rRNA;59637;62543;228;*;23s ;;rRNA;62772;62888;266;*;5s fin;comp;CDS;63155;64390;;0; deb;;CDS;168443;169336;122;*; ;;tRNA;169459;169534;361;*;gcc fin;comp;CDS;169896;170894;;; deb;comp;CDS;181646;182656;89;*; ;comp;misc_b;182746;182986;130;*; fin;comp;CDS;183117;183803;;; deb;comp;CDS;183775;185160;510;*; ;;misc_b;185671;185909;146;*; fin;;CDS;186056;187753;;; deb;;CDS;249164;249595;195;*; ;;tRNA;249791;249867;51;*;agg fin;comp;CDS;249919;250062;;; deb;;CDS;253385;254824;90;*; ;;misc_b;254915;255170;84;*; fin;;CDS;255255;256238;;; deb;comp;CDS;273899;274426;200;*; ;comp;tRNA;274627;274703;188;*;cgt fin;;CDS;274892;276166;;; deb;;CDS;310188;310991;131;*; ;;tRNA;311123;311198;22;*;aca ;;tRNA;311221;311305;5;*;tac ;;tRNA;311311;311386;3;*;atgj ;;tRNA;311390;311465;6;*;acc ;;tRNA;311472;311548;74;*;atgf fin;;CDS;311623;312816;;; deb;;CDS;359181;360227;58;*; ;;regulatory;360286;360394;52;*; fin;;CDS;360447;361625;;; deb;;CDS;378908;379996;485;*; ;;rRNA;380482;382046;251;*;16s ;;rRNA;382298;385204;229;*;23s ;;rRNA;385434;385550;262;*;5s fin;comp;CDS;385813;386838;;; deb;;CDS;414288;416231;246;*; ;;regulatory;416478;416590;98;*; fin;;CDS;416689;417768;;; deb;;CDS;460654;461286;266;*; ;;tRNA;461553;461627;3;*;aac ;;tRNA;461631;461705;8;*;gaa ;;tRNA;461714;461789;50;*;gta ;;tRNA;461840;461916;11;*;cca ;;tRNA;461928;462001;8;*;gga ;;tRNA;462010;462086;145;*;aga fin;;CDS;462232;463230;;; deb;;CDS;466993;468717;232;*; ;;misc_b;468950;469148;36;*; fin;;CDS;469185;471839;;; deb;;CDS;526396;526929;54;*; ;;tRNA;526984;527070;30;*;ctg ;;tRNA;527101;527186;52;*;ctc ;;tRNA;527239;527325;268;*;ctg fin;comp;CDS;527594;528586;;0; deb;comp;CDS;570200;571507;65;*; ;comp;regulatory;571573;571669;209;*; fin;;CDS;571879;575394;;; deb;;CDS;577378;577917;131;*; ;;tRNA;578049;578123;194;*;ggc fin;;CDS;578318;579067;;; deb;;CDS;635289;636683;300;*; ;;rRNA;636984;638548;94;*;16s ;;tRNA;638643;638719;66;*;atc ;;tRNA;638786;638861;273;*;gca ;;rRNA;639135;642040;139;*;23s ;;rRNA;642180;642296;296;*;5s fin;;CDS;642593;643381;;0; deb;;CDS;677296;678177;181;*; ;;misc_f;678359;678410;368;*; fin;;CDS;678779;679798;;; deb;;CDS;711704;712132;96;*; ;;tRNA;712229;712304;18;*;cac ;;tRNA;712323;712398;3;*;caa ;;tRNA;712402;712477;16;*;aaa ;;tRNA;712494;712577;61;*;cta fin;comp;CDS;712639;712809;;0; deb;;CDS;723480;724340;80;*; ;comp;tRNA;724421;724497;134;*;gtc fin;;CDS;724632;725645;;; deb;;CDS;774399;774665;214;*; ;;tRNA;774880;774956;4;*;gac ;;tRNA;774961;775036;8;*;ttc ;;tRNA;775045;775119;9;*;ggc ;;tRNA;775129;775202;13;*;tgc ;;tRNA;775216;775304;111;*;tta fin;;CDS;775416;776684;;; deb;;CDS;796146;796580;73;*; ;;tRNA;796654;796728;159;*;cgg fin;;CDS;796888;797310;;; deb;;CDS;841590;842273;119;*; ;;tRNA;842393;842469;2;*;gac ;;tRNA;842472;842547;8;*;ttc ;;tRNA;842556;842630;9;*;ggc ;;tRNA;842640;842713;127;*;tgc fin;;CDS;842841;843362;;; deb;;CDS;881739;882029;121;*; ;;repeat_reg;882151;886170;278;*; fin;;CDS;886449;887618;;; deb;;CDS;889017;889598;71;*; ;;tRNA;889670;889746;156;*;ccc fin;;CDS;889903;891513;;; deb;;CDS;905286;906077;58;*; ;;tRNA;906136;906210;102;*;aac fin;;CDS;906313;907125;;; deb;;CDS;913707;915986;78;*; ;;regulatory;916065;916164;91;*; fin;;CDS;916256;917077;;; deb;;CDS;947642;948565;32;*; ;;ncRNA;948598;948943;38;*; fin;;CDS;948982;949302;;; deb;comp;CDS;1017827;1018843;92;*; ;;misc_b;1018936;1019130;36;*; fin;;CDS;1019167;1020189;;; deb;;CDS;1020207;1022645;137;*; ;;tRNA;1022783;1022859;2;*;gac ;;tRNA;1022862;1022936;1;*;ggc ;;tRNA;1022938;1023011;112;*;tgg fin;;CDS;1023124;1023423;;; deb;comp;CDS;1111497;1112716;73;*; ;comp;misc_b;1112790;1113035;267;*; fin;;CDS;1113303;1114085;;; deb;;CDS;1305277;1306137;298;*; ;;regulatory;1306436;1306545;70;*; fin;;CDS;1306616;1307653;;; deb;;CDS;1328649;1328930;26;*; ;;tmRNA;1328957;1329305;406;*; fin;comp;CDS;1329712;1332120;;; deb;comp;CDS;1403493;1404494;52;*; ;comp;misc_b;1404547;1404789;111;*; fin;comp;CDS;1404901;1406295;;; deb;comp;CDS;1485384;1487072;59;*; ;comp;misc_b;1487132;1487376;146;*; fin;comp;CDS;1487523;1488698;;; deb;;CDS;1536256;1537929;68;*; ;;regulatory;1537998;1538074;113;*;erreur fin;;CDS;1538188;1539855;;0; deb;;CDS;1553542;1555176;24;*; ;;tRNA;1555201;1555277;393;*;ccg fin;comp;CDS;1555671;1556342;;; deb;comp;CDS;1567689;1567889;21;*; ;comp;tRNA;1567911;1567999;93;*;tca fin;comp;CDS;1568093;1568569;;; deb;;CDS;1612826;1613614;158;*; ;comp;tRNA;1613773;1613863;215;*;agc fin;comp;CDS;1614079;1614846;;0; deb;comp;CDS;1668440;1668919;42;*; ;comp;ncRNA;1668962;1669144;51;*; fin;comp;CDS;1669196;1669855;;0; deb;;CDS;1701767;1702582;76;*; ;;tRNA;1702659;1702744;91;*;ttg fin;comp;CDS;1702836;1703666;;; deb;;CDS;1710214;1711257;512;*; ;comp;rRNA;1711770;1711886;228;*;5s ;comp;rRNA;1712115;1715021;359;*;23s ;comp;rRNA;1715381;1716945;391;*;16s fin;comp;CDS;1717337;1718857;;; deb;comp;CDS;1823002;1823472;379;*; ;comp;tRNA;1823852;1823927;6;*;gta ;comp;tRNA;1823934;1824008;8;*;gaa ;comp;tRNA;1824017;1824092;83;*;aag fin;comp;CDS;1824176;1825210;;; deb;comp;CDS;1907578;1909263;182;*; ;;tRNA;1909446;1909536;53;*;tcc ;;ncRNA;1909590;1909689;115;*; deb;comp;CDS;1909805;1911205;136;*; ;comp;tRNA;1911342;1911429;23;*;tcg fin;comp;CDS;1911453;1911932;;; deb;comp;CDS;1912058;1912981;43;*; ;comp;misc_b;1913025;1913256;130;*; fin;;CDS;1913387;1914049;;; deb;comp;CDS;1973889;1974761;222;*; ;comp;tRNA;1974984;1975058;39;*;atgi fin;comp;CDS;1975098;1976867;;; deb;comp;CDS;1983694;1984659;122;*; ;comp;tRNA;1984782;1984856;12;*;gag ;comp;tRNA;1984869;1984942;111;*;cag ;comp;tRNA;1985054;1985127;106;*;cag fin;comp;CDS;1985234;1985980;;; deb;;CDS;2070538;2072085;193;*; ;comp;rRNA;2072279;2072395;228;*;5s ;comp;rRNA;2072624;2075529;298;*;23s ;comp;tRNA;2075828;2075903;66;*;gca ;comp;tRNA;2075970;2076046;94;*;atc ;comp;rRNA;2076141;2077705;265;*;16s fin;comp;CDS;2077971;2079029;;; deb;;CDS;2147697;2148251;91;*; ;;tRNA;2148343;2148418;70;*;gcg fin;comp;CDS;2148489;2148716;;; deb;comp;CDS;2285667;2286665;451;*; ;comp;tRNA;2287117;2287192;45;*;aaa fin;comp;CDS;2287238;2288464;;; deb;comp;CDS;2301950;2302531;486;*; ;comp;tRNA;2303018;2303094;45;*;gtg fin;comp;CDS;2303140;2303844;;; deb;comp;CDS;2322585;2323169;393;*; ;comp;tRNA;2323563;2323636;196;*;ggg fin;;CDS;2323833;2328641;;0; </pre> ====afn intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_entre_cds|afn intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> afn;23.2.22 Paris;;afn 30.8.20;;;;;;; afn;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquenceffrequence5 ;'''négatif;307;15.1;'''négatif ;-10;14;-1 à -83;'''2 329 769;-1;307 ;'''zéro;11;0.5;;;;;'''intercals;0;11 ;'''1 à 200;1324;65.0;'''0 à 200;66;58;;'''220 467;5;127 ;'''201 à 370;304;14.9;'''201 à 370;267;49;;'''9.5%;10;57 ;'''371 à 600;69;3.4;'''371 à 600;449;59;;;15;164 ;'''601 à max;23;1.1;'''601 à 992;743;108;;;20;87 ;'''total 2038;<201;80.6;'''total 2034;105;133;-83 à 992;;25;65 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquenceffréquence6;cumul et %;intercal;<u>fréquenceffréquence-1;30;47 1555671;2261;-1;307;-70;5;;0;11;35;37 1949615;1154;0;11;-60;3;;-1;°38;40;32 1841522;1130;1;°39;-50;3;;-2;0;45;25 1001677;992;2;27;-40;4;;-3;0;50;28 434858;957;3;20;-30;10;'''min à -1;-4;°130;55;31 865205;922;4;°28;-20;17;307;-5;0;60;29 463581;845;5;13;-10;48;15.1%;-6;1;65;23 1969579;795;6;9;0;228;;-7;6;70;24 1287774;772;7;5;10;184;;-8;°41;75;32 843665;744;8;7;20;251;;-9;1;80;17 1081454;736;9;°20;30;112;;-10;1;85;25 34;721;10;16;40;69;;-11;°19;90;28 1347444;718;11;29;50;53;;-12;0;95;16 2155062;701;12;°46;60;60;;-13;5;100;29 1227328;693;13;30;70;48;;-14;°8;105;20 893831;683;14;22;80;49;;-15;0;110;22 1185969;679;15;°37;90;53;'''1 à 100;-16;3;115;28 1657318;677;16;24;100;45;923;-17;°10;120;22 1282010;667;17;10;110;42;45.3%;-18;0;125;29 872797;649;18;°25;120;50;;-19;2;130;29 1240102;647;19;13;130;58;;-20;°6;135;24 1246797;636;20;15;140;55;;-21;0;140;31 117980;628;21;°21;150;42;;-22;0;145;20 867763;580;22;14;160;41;;-23;°4;150;22 406827;567;23;11;170;38;'''1 à 200;-24;0;155;18 1121221;551;24;°10;180;24;1324;-25;0;160;23 2231462;551;25;9;190;26;65%;-26;4;165;21 901417;550;26;6;200;25;;-27;0;170;17 39288;548;27;°15;210;25;;-28;0;175;11 791634;544;28;10;220;32;;-29;°3;180;13 1481233;542;29;5;230;34;;-30;0;185;8 691218;519;30;°11;240;33;'''0 à 200;-31;2;190;18 1388835;517;31;7;250;18;1335;-32;2;195;16 2163709;515;32;7;260;16;;total;297;200;9 1189403;513;33;5;270;21;;reste;21;205;15 1783994;508;34;°10;280;16;;;318;210;10 1749779;507;35;8;290;11;;;;215;18 847959;503;36;6;300;17;;intercal;<u>fréquencef;220;14 1268481;502;37;8;310;15;;600;2015;225;23 ;;38;6;320;8;;620;;230;11 ;;39;8;330;13;;640;2;235;14 ;;40;4;340;9;'''201 à 370;660;2;240;19 ;;reste;1104;350;12;304;680;3;245;7 ;;total;2038;360;10;14.9%;700;2;250;11 ;;;;370;14;;720;2;255;5 2109623;-113;shift2;425;380;8;;740;2;260;11 598105;-83;comp;;390;7;;760;1;265;7 1667526;-79;shift2;915;400;7;;780;1;270;14 2031132;-74;shift2;614;410;1;;800;1;275;5 935587;-71;shift2;518;420;5;;820;;280;11 2283155;-68;shift2;1952;430;2;;840;;285;8 846262;-67;shift2;132;440;4;;860;1;290;3 1528664;-67;shift2;108;450;4;;880;;295;7 1794682;-59;shift2;1601;460;3;;900;;300;10 808710;-53;shift2;1034;470;1;;920;;305;10 1101239;-50;shift2;2423;480;5;;940;1;310;5 287845;-45;;;490;1;;960;1;315;4 532761;-44;;;500;5;;980;;320;4 50634;-41;;;510;4;;1000;1;325;8 434100;-40;;;520;4;;1020;;330;5 276227;-38;;;530;0;;1040;;335;3 629222;-38;;;540;0;'''371 à 600;1060;;340;6 1090320;-37;;;550;4;69;1080;;345;9 503812;-35;;;560;2;3.4%;1100;;350;3 1225885;-35;;;570;1;;1120;;355;3 1260789;-35;;;580;1;'''601 à max;1140;1;360;7 706234;-32;;;590;0;23;1160;1;365;8 2148489;-32;;;600;0;1.1%;;22;370;6 460032;-31;;;reste;23;;reste;1;reste;92 1743849;-31;;;total;2038;;total;2038;total;2038 </pre> ====afn intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> afn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; 46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; afn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;29;-227;419;16;486;261;max40,140;&-95;712;-1690;137;722;250;min50 31 à 400;;;;;;;2 parties;&9.5;-42;-63;38;904;147;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;75;40;-;303;poly;183;tF;&197;65;;425;poly;297;SF 31 à 400;;;;;;;;&92;36;-;859;dte;45;tm </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.607;-0.017;0.108;;;;;-0.369;;;;;; 1-n;-0.008;-0.467;-0.407;;;;;;;;;14.8.21 paris;; afn;fx;fc;;afn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;afn;Sx-;Sc- 0;2;9;;0;6;7;0;2;9;>0;344;-1;0;38 10;4;180;;10;12;136;1;1;38;<0;4;-2;0;0 20;3;248;;20;9;188;2;2;25;zéro;2;-3;0;0 30;8;104;;30;24;79;3;0;20;total;350;-4;1;129 40;21;48;;40;64;36;4;0;28;;c;-5;0;0 50;15;38;;50;46;29;5;0;13;>0;1376;-6;0;1 60;16;44;;60;49;33;6;0;9;<0;303;-7;0;6 70;5;42;;70;15;32;7;0;5;zéro;9;-8;0;41 80;8;41;;80;24;31;8;0;7;total;1688;-9;0;1 90;8;45;;90;24;34;9;1;19;;;-10;0;1 100;11;34;;100;34;26;10;0;16;total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reste;16;54;;;;;reste;308;796;;;-42;0;0 total;346;1385;;t30;46;402;total;346;1385;;;-43;0;0 diagr;328;1322;;;;;diagr;36;580;;;-44;0;1 - t30;313;790;;;;;;;;;;-45;1;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;reste;1;9 ;;;;;;;;;;;;total;4;303 </pre> ====afn intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_négatifs_S-|afn intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;1;;;;;;1;4 continu;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303 </pre> 14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;4 ;Sc-;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303 </pre> ====afn autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires|afn autres intercalaires]] <pre> afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1; deb;°CDS;23699;319;;;deb;°CDS;635289;300;;;deb;°CDS;1485384;59;comp ;$rRNA;24678;359;;;;$rRNA;636984;94;;;;misc_binding;1487132;146;comp ;$rRNA;26602;228;;;;&tRNA;638643;66;;;fin;°CDS;1487523;;comp ;$rRNA;29736;286;;;;&tRNA;638786;273;;;deb;°CDS;1536256;68; fin;°CDS;30139;;;;;$rRNA;639135;139;;;;regulatory;1537998;113; deb;°CDS;35919;105;;;;$rRNA;642180;296;;;fin;°CDS;1538188;; ;&tRNA;36819;105;;;fin;°CDS;642593;;;;deb;°CDS;1553542;24; fin;°CDS;37000;;;;deb;°CDS;677296;181;;;;&tRNA;1555201;393; deb;°CDS;56077;346;;;;misc_feature;678359;368;;;fin;°CDS;1555671;;comp ;$rRNA;57713;359;;;fin;°CDS;678779;;;;deb;°CDS;1567689;21;comp ;$rRNA;59637;228;;;deb;°CDS;711704;96;;;;&tRNA;1567911;93;comp ;$rRNA;62772;266;;;;&tRNA;712229;18;;;fin;°CDS;1568093;;comp fin;°CDS;63155;;comp;;;&tRNA;712323;3;;;deb;°CDS;1612826;158; deb;°CDS;168443;122;;;;&tRNA;712402;16;;;;&tRNA;1613773;215;comp ;&tRNA;169459;361;;;;&tRNA;712494;61;;;fin;°CDS;1614079;;comp fin;°CDS;169896;;comp;;fin;°CDS;712639;;comp;;deb;°CDS;1668440;42;comp deb;°CDS;181646;89;comp;;deb;°CDS;723480;80;;;;ncRNA;1668962;51;comp ;misc_binding;182746;130;comp;;;&tRNA;724421;134;comp;;fin;°CDS;1669196;;comp fin;°CDS;183117;;comp;;fin;°CDS;724632;;;;deb;°CDS;1701767;76; deb;°CDS;183775;510;comp;;deb;°CDS;774399;214;;;;&tRNA;1702659;91; ;misc_binding;185671;146;;;;&tRNA;774880;4;;;fin;°CDS;1702836;;comp fin;°CDS;186056;;;;;&tRNA;774961;8;;;deb;°CDS;1710214;512; deb;°CDS;249164;195;;;;&tRNA;775045;9;;;;$rRNA;1711770;228;comp ;&tRNA;249791;51;;;;&tRNA;775129;13;;;;$rRNA;1712115;359;comp fin;°CDS;249919;;comp;;;&tRNA;775216;111;;;;$rRNA;1715381;391;comp deb;°CDS;253385;90;;;fin;°CDS;775416;;;;fin;°CDS;1717337;;comp ;misc_binding;254915;84;;;deb;°CDS;796146;73;;;deb;°CDS;1823002;379;comp fin;°CDS;255255;;;;;&tRNA;796654;159;;;;&tRNA;1823852;6;comp deb;°CDS;273899;200;comp;;fin;°CDS;796888;;;;;&tRNA;1823934;8;comp ;&tRNA;274627;188;comp;;deb;°CDS;841590;119;;;;&tRNA;1824017;83;comp fin;°CDS;274892;;;;;&tRNA;842393;2;;;fin;°CDS;1824176;;comp deb;°CDS;310188;131;;;;&tRNA;842472;8;;;deb;°CDS;1907578;182;comp ;&tRNA;311123;22;;;;&tRNA;842556;9;;;;&tRNA;1909446;53;comp ;&tRNA;311221;5;;;;&tRNA;842640;127;;;;ncRNA;1909590;115; ;&tRNA;311311;3;;;fin;°CDS;842841;;;;deb;°CDS;1909805;136; ;&tRNA;311390;6;;;deb;°CDS;881739;121;;;;&tRNA;1911342;23; ;&tRNA;311472;74;;;;repeat_region;882151;278;;;fin;°CDS;1911453;; fin;°CDS;311623;;;;fin;°CDS;886449;;;;deb;°CDS;1912058;43;comp deb;°CDS;359181;58;;;deb;°CDS;889017;71;;;;misc_binding;1913025;130;comp ;regulatory;360286;52;;;;&tRNA;889670;156;;;fin;°CDS;1913387;; fin;°CDS;360447;;;;fin;°CDS;889903;;;;deb;°CDS;1973889;222;comp deb;°CDS;378908;485;;;deb;°CDS;905286;58;;;;&tRNA;1974984;39;comp ;$rRNA;380482;251;;;;&tRNA;906136;102;;;fin;°CDS;1975098;;comp ;$rRNA;382298;229;;;fin;°CDS;906313;;;;deb;°CDS;1983694;122;comp ;$rRNA;385434;262;;;deb;°CDS;913707;78;;;;&tRNA;1984782;12;comp fin;°CDS;385813;;comp;;;regulatory;916065;91;;;;&tRNA;1984869;111;comp deb;°CDS;414288;246;;;fin;°CDS;916256;;;;;&tRNA;1985054;106;comp ;regulatory;416478;98;;;deb;°CDS;947642;32;;;fin;°CDS;1985234;;comp fin;°CDS;416689;;;;;ncRNA;948598;38;;;deb;°CDS;2070538;193; deb;°CDS;460654;266;;;fin;°CDS;948982;;;;;$rRNA;2072279;228;comp ;&tRNA;461553;3;;;deb;°CDS;1017827;92;comp;;;$rRNA;2072624;298;comp ;&tRNA;461631;8;;;;misc_binding;1018936;36;;;;&tRNA;2075828;66;comp ;&tRNA;461714;50;;;fin;°CDS;1019167;;;;;&tRNA;2075970;94;comp ;&tRNA;461840;11;;;deb;°CDS;1020207;137;;;;$rRNA;2076141;265;comp ;&tRNA;461928;8;;;;&tRNA;1022783;2;;;fin;°CDS;2077971;;comp ;&tRNA;462010;145;;;;&tRNA;1022862;1;;;deb;°CDS;2147697;91; fin;°CDS;462232;;;;;&tRNA;1022938;112;;;;&tRNA;2148343;70; deb;°CDS;466993;232;;;fin;°CDS;1023124;;;;fin;°CDS;2148489;;comp ;misc_binding;468950;36;;;deb;°CDS;1111497;73;comp;;deb;°CDS;2285667;451;comp fin;°CDS;469185;;;;;misc_binding;1112790;267;comp;;;&tRNA;2287117;45;comp deb;°CDS;526396;54;;;fin;°CDS;1113303;;;;fin;°CDS;2287238;;comp ;&tRNA;526984;30;;;deb;°CDS;1305277;298;;;deb;°CDS;2301950;486;comp ;&tRNA;527101;52;;;;regulatory;1306436;70;;;;&tRNA;2303018;45;comp ;&tRNA;527239;268;;;fin;°CDS;1306616;;;;fin;°CDS;2303140;;comp fin;°CDS;527594;;comp;;deb;°CDS;1328649;26;;;deb;°CDS;2322585;393;comp deb;°CDS;570200;65;comp;;;tmRNA;1328957;406;;;;&tRNA;2323563;196;comp ;regulatory;571573;209;comp;;fin;°CDS;1329712;;comp;;fin;°CDS;2323833;; fin;°CDS;571879;;;;deb;°CDS;1403493;52;comp;;;;;; deb;°CDS;577378;131;;;;misc_binding;1404547;111;comp;;;;;; ;&tRNA;578049;194;;;fin;°CDS;1404901;;comp;;;;;; fin;°CDS;578318;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====afn intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_tRNA|afn intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;105;;105;;21;23;deb; ;;;122;comp’;361;;24;39;<201;20 ;;;195;comp’;51;;54;45;total;25 ;3 8 50 11 8;;200;comp’;188;;58;70;%;80% ;;;131;;145;;71;83;; ;30 52;;54;comp’;268;;73;93;fin; ;;;131;;194;;76;102;<201;17 ;18 3 16;;96;comp’;61;;91;105;total;18 ;;comp’;80;comp’;134;;96;106;%;94% ;4 8 9 13;;214;;111;;105;111;; ;;;73;;159;;119;112;total; ;2 8 9;;119;;127;;122;127;<201;37 ;;;71;;156;;122;145;total;43 ;;;58;;102;;131;156;%;86% ;2 1;;137;;112;;131;159;; ;;;24;comp’;393;;136;194;; ;;;21;;93;;137;196;; ;;comp’;158;;215;;182;215;; ;;;76;comp’;91;;195;;; ;6 8;;379;;83;;200;;; ;;;182;;;;214;;; ;;;136;;23;;222;;; ;;;222;;39;;379;;; ;12 111;;122;;106;;393;;; ;;;91;comp’;70;;451;;comp’;cumuls ;;;451;;45;;80;51;deb;2 ;;;393;comp’;196;;158;61;<201;100% ;;;;;;;;91;fin; ;;;;;;;;134;<201;5 ;deb;fin;total;;;;;188;total;8 <201;22;22;44;;;;;268;%;63% total;27;26;53;;;;;361;total;10 taux;81%;85%;83%;;;;;393;<201;70% </pre> ====afn par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_par_rapport_au_groupe_de_référence|afn par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;11;3;2;;;;16; 16;moyen;5;12;;;;4;21; 14;fort;4;19;;;;;23; ; ;20;34;2;;;4;60; 10;g+cga;6;2;2;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;3;1;;;;;4; 5;autres;;;;;;;; ;;11;3;2;;;;16; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;183;50;33;;;;267;26 16;moyen;83;200;0;;;67;350;324 14;fort;67;317;0;;;;383;650 ; ;333;567;33;;;67;60;729 10;g+cgg;100;33;33;;;;167;10 2;agg+cga;33;;;;;;33; 4;carre ccc;50;17;;;;;67;16 5;autres;;;;;;;; ;;183;50;33;;;;267; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;afn;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;196;54;36;286;26;55;9; 16;moyen;89;214;;304;324;25;35; 14;fort;71;339;;411;650;20;56; ; ;357;607;36;56;729;20;34; 10;g+cgg;107;36;36;179;10;55;; 2;agg+cga;36;;;36;;18;; 4;carre ccc;54;18;;71;16;27;; 5;autres;;;;;;;; ;;196;54;36;286;;11;; </pre> ===negativicutes, estimation des -rRNAs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes,_estimation_des_-rRNAs|negativicutes, estimation des -rRNAs]] <pre> negativicutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 9 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;9;149; ; ;;indices;;;;9;1656;0;0;;neg1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;56 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;33;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;2;tac;4;tgc;2;;ttc;67;tcc;22;tac;44;tgc;22;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;18;acc;;aac;11;agc;3;;atc;200;acc;;aac;122;agc;33;;atc;;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;6;;ctc;22;ccc;;cac;56;cgt;67;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;78;ggc;33;;gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4 tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;44;tca;11;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;56;aaa;56;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;2;caa;6;cga;;;cta;11;cca;22;caa;67;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;7;gca;21;gaa;6;gga;4;;gta;78;gca;233;gaa;67;gga;44;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;6;;ttg;22;tcg;;tag;;tgg;67;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;11;aag;22;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;22;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;69;;75;;5;149;;;;767;;833;;56;1656;;;;16;;24;;16;56 11.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;22.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;9;571;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;5600 atgi;78;tct;;tat;;atgf;133;;atgi;89;tct;;tat;;atgf;167;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;89;tac;133;tgc;122;;ttc;189;tcc;111;tac;178;tgc;144;;ttc;200;tcc;100;tac;100;tgc;200 atc;-11;acc;122;aac;167;agc;89;;atc;189;acc;122;aac;289;agc;122;;atc;;acc;100;aac;200;agc;100 ctc;100;ccc;78;cac;56;cgt;111;;ctc;122;ccc;78;cac;111;cgt;178;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100 gtc;89;gcc;78;gac;189;ggc;333;;gtc;89;gcc;78;gac;267;ggc;367;;gtc;100;gcc;100;gac;300;ggc;400 tta;78;tca;100;taa;;tga;11;;tta;122;tca;111;taa;;tga;11;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;;aca;89;aaa;167;aga;100;;ata;;aca;144;aaa;222;aga;100;;ata;;aca;100;aaa;200;aga;100 cta;89;cca;100;caa;78;cga;22;;cta;100;cca;122;caa;144;cga;22;;cta;100;cca;100;caa;100;cga; gta;189;gca;0;gaa;211;gga;67;;gta;267;gca;233;gaa;278;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;200;gga;100 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;78;;ttg;122;tcg;100;tag;;tgg;144;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;122;acg;89;aag;89;agg;100;;atgj;133;acg;100;aag;111;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;89;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;111;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;200;ccg;100;cag;200;cgg;100 gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1300;;2089;;1300;4689;;;;2067;;2922;;1356;6344;;;;1600;;2400;;1600;5600 rapports;;63;;71;;96;74;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;88;tct;;tat;;atgf;80;;fiches;50.667;;;fréquences;;;;;atgi;22;tct;;tat;;atgf;25 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;456;;;0/0;2;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;152;;;10;11;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;9;;;20;13;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;65;tcc;80;tac;75;tgc;85;;;;;;30;9;;;;ttc;39;tcc;11;tac;25;tgc;39 atc;-6;acc;100;aac;58;agc;73;;neg1;56;;;40;5;;;;atc;100;acc;18;aac;17;agc;11 ctc;82;ccc;100;cac;50;cgt;63;;sans;56;;;50;3;41;;;ctc;0;ccc;22;cac;44;cgt;10 gtc;100;gcc;100;gac;71;ggc;91;;avec;4;;;60;2;;;;gtc;11;gcc;22;gac;37;ggc;17 tta;64;tca;90;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;22;tca;0;taa;;tga;100 ata;;aca;62;aaa;75;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;11;aaa;17;aga;0 cta;89;cca;82;caa;54;cga;100;;L’estimation par nega;;;;90;0;;;;cta;11;cca;0;caa;22;cga;100 gta;71;gca;0;gaa;76;gga;60;;est 10% au dessus;;;;100;3;;;;gta;6;gca;;gaa;5;gga;33 ttg;82;tcg;100;tag;;tgg;54;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;0;tag;;tgg;22 atgj;92;acg;89;aag;80;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;18;acg;11;aag;11;agg;0 ctg;80;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;56;ccg;22;cag;39;cgg;0 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;56;gcg;44;gag;44;ggg;11 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;275;;263;;294;832 </pre> ===clostridia synthèse=== ====clostridia distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_génome|clostridia distribution par génome]] <pre> clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total psor;12;5;4;72;;7;;4;104 cdc;4;4;2;70;;3;;;83 cdc8;4;5;2;89;;4;;4;108 cbc*;36;10;;0;;0;;6;52 cbn;52;12;2;6;3;4;;7;86 cle;40;19;;26;3;9;;8;105 hmo;37;12;;39;;11;;10;109 cbei;63;11;3;0;;4;;12;93 ;;;;;;;;; total;248;78;13;302;6;42;0;51;740 </pre> ====clostridia distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_du_total|clostridia distribution du total]] <pre> clos8;;;;;;;628;;;;;;;;;57;;;;;;;;;55 atgi;10;tct;;tat;;atgf;22;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;1;acc;1;aac;7;agc;1;;atc;11;acc;;aac;5;agc; ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;4;;gtc;;gcc;5;gac;;ggc; tta;22;tca;19;taa;;tga;3;;tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;;aga; cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;41;gca;;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;5;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;26;gaa;;gga;5 ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;11;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;248;78;13;302;6;42;740;;;;;;51;6;;57;;total;8;;13;;;42;55 ;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;;;;;;;;; </pre> ====clostridia distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_type|clostridia distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> clos8;;;;;;;628;;clos8;1208;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302 atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11 att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;1;tcc;6;tac;;tgc;1;;ttc;6;tcc;;tac;10;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;12;tcc;1;tac;13;tgc;10 atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;;acc;3;aac;1;agc;3;;atc;;acc;3;aac;5;agc;5;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;3;acc;3;aac;16;agc;5 ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;8;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;2;cac;8;cgt;7 gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;15;ggc;11;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;17;ggc;9 tta;22;tca;19;taa;0;tga;3;;tta;;tca;1;taa;;tga;3;;tta;11;tca;6;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;11;tca;10;taa;;tga; ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;1;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;15;aaa;14;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;13;aaa;17;aga;14 cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;5;cca;4;caa;;cga;1;;cta;6;cca;10;caa;8;cga;3;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;11;caa;14;cga; gta;41;gca;0;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;13;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;21;gca;;gaa;19;gga;15 ttg;9;tcg;2;tag;0;tgg;11;;ttg;8;tcg;2;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4 atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;4;aag;1;agg;5;;atgj;10;acg;;aag;5;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;13;acg;;aag;;agg; ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;3;ccg;1;cag;3;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;1;gag;3;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;248;78;13;302;6;42;740;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====clostridia par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_par_rapport_au_groupe_de_référence|clostridia par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;31;19;2;6;2;5;65; 16;moyen;36;66;4;101;20;42;269; 14;fort;11;155;2;195;29;14;406; ; ;78;240;8;302;51;61;740; 10;g+cga;16;13;;2;;;31; 2;agg+cgg;5;2;;;1;;8; 4;carre ccc;4;4;;4;1;5;13; 5;autres;6;;2;;;;8; ;;31;19;2;6;2;5;65; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;42;26;3;8;3;7;88;26 16;moyen;49;89;5;136;27;57;364;324 14;fort;15;209;3;264;39;19;549;650 ; ;105;324;11;408;69;82;740;729 10;g+cga;22;18;;3;;;42;10 2;agg+cgg;7;3;;;1;;11; 4;carre ccc;5;5;;5;1;7;18;16 5;autres;8;0;3;0;;;11; ;;42;26;3;8;3;7;88; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;95;58;6;160;26;40;8; 16;moyen;110;202;12;325;324;46;28; 14;fort;34;475;6;515;650;14;65; ; ;239;736;25;326;729;78;240; 10;g+cga;49;40;;89;10;52;; 2;agg+cgg;15;6;;21;;16;; 4;carre ccc;12;12;;25;16;13;; 5;autres;18;;6;25;;19;; ;;95;58;6;160;;31;; </pre> ====clostridia, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia,_estimation_des_-rRNAs|clostridia, estimation des -rRNAs]] <pre> clostridia;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 43 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;43;856; ; ;;indices;;;;43;1991;;;;clos8;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;326 atgi;29;tct;;tat;;atgf;30;;atgi;67;tct;;tat;;atgf;70;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;1 ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;44;tcc;1;tac;26;tgc;16;;ttc;102;tcc;2.3;tac;60;tgc;37;;ttc;7;tcc;6;tac;10;tgc;6 atc;72;acc;10;aac;64;agc;11;;atc;167;acc;23;aac;149;agc;26;;atc;;acc;6;aac;6;agc;8 ctc;2;ccc;3;cac;12;cgt;8;;ctc;4.7;ccc;7.0;cac;28;cgt;19;;ctc;3;ccc;2;cac;8;cgt;4 gtc;4;gcc;12;gac;40;ggc;23;;gtc;9.3;gcc;28;gac;93;ggc;53;;gtc;2;gcc;1;gac;15;ggc;11 tta;19;tca;13;taa;;tga;;;tta;44;tca;30;taa;;tga;;;tta;11;tca;9;taa;;tga;3 ata;;aca;29;aaa;48;aga;21;;ata;;aca;67;aaa;112;aga;49;;ata;1;aca;17;aaa;14;aga;10 cta;18;cca;17;caa;25;cga;1;;cta;42;cca;40;caa;58;cga;2.3;;cta;11;cca;14;caa;8;cga;4 gta;38;gca;92;gaa;45;gga;31;;gta;88;gca;214;gaa;105;gga;72;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;14 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;9;;ttg;;tcg;2.3;tag;;tgg;21;;ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;7 atgj;18;acg;3;aag;2;agg;1;;atgj;42;acg;7.0;aag;4.7;agg;2.3;;atgj;10;acg;4;aag;6;agg;6 ctg;5;ccg;2;cag;1;cgg;3;;ctg;12;ccg;4.7;cag;2.3;cgg;7.0;;ctg;4;ccg;1;cag;4;cgg;1 gtg;1;gcg;;gag;4;ggg;2;;gtg;2.3;gcg;;gag;9.3;ggg;4.7;;gtg;1;gcg;1;gag;3;ggg;3 ;;346;;468;;42;856;;;;805;;1088;;98;1991;;;;107;;168;;51;326 27.5.20 Tanger;;;;clos;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;clos8;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;11144;4.0;0.6;;indices;sans +16s;;;174;11144;4.0;0.6;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;92;tct;1.1;tat;;atgf;117;;atgi;159;tct;1.1;tat;;atgf;187;;atgi;13;tct;;tat;;atgf;138 att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;;act;;aat;;agt;13 ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;38;cct;;cat;;cgc; gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;104;tcc;101;tac;127;tgc;114;;ttc;206;tcc;103;tac;187;tgc;151;;ttc;88;tcc;75;tac;125;tgc;75 atc;-15;acc;79;aac;99;agc;107;;atc;152;acc;102;aac;248;agc;133;;atc;;acc;75;aac;75;agc;100 ctc;76;ccc;55;cac;112;cgt;97;;ctc;81;ccc;62;cac;140;cgt;116;;ctc;38;ccc;25;cac;100;cgt;50 gtc;44;gcc;33;gac;149;ggc;167;;gtc;53;gcc;61;gac;242;ggc;220;;gtc;25;gcc;13;gac;188;ggc;138 tta;128;tca;112;taa;1.1;tga;55;;tta;172;tca;142;taa;1.1;tga;55;;tta;138;tca;113;taa;;tga;38 ata;2.9;aca;151;aaa;159;aga;125;;ata;2.9;aca;218;aaa;271;aga;174;;ata;13;aca;213;aaa;175;aga;125 cta;106;cca;123;caa;98;cga;46;;cta;148;cca;163;caa;156;cga;48;;cta;138;cca;175;caa;100;cga;50 gta;198;gca;5;gaa;134;gga;171;;gta;286;gca;219;gaa;239;gga;243;;gta;250;gca;;gaa;213;gga;175 ttg;108;tcg;81;tag;2.3;tgg;99;;ttg;108;tcg;83;tag;2.3;tgg;120;;ttg;113;tcg;25;tag;;tgg;88 atgj;90;acg;70;aag;115;agg;94;;atgj;132;acg;77;aag;120;agg;96;;atgj;125;acg;50;aag;75;agg;75 ctg;64;ccg;59;cag;75;cgg;53;;ctg;76;ccg;64;cag;77;cgg;60;;ctg;50;ccg;13;cag;50;cgg;13 gtg;32;gcg;35;gag;74;ggg;65;;gtg;34;gcg;35;gag;83;ggg;70;;gtg;13;gcg;13;gag;38;ggg;38 ;;1426;;1894;;1080;4400;;;;2231;;2982;;1177;6390;;;;1325;;2100;;638;4063 rapports;;64;;64;;92;69;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;58;tct;;tat;;atgf;63;;fiches;47.674;;;fréquences;;;;;atgi;86;tct;100;tat;;atgf;15 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2050;;;0/0;;;;;att;100;act;;aat;;agt;95 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;888;;;10;11;;;;ctt;59;cct;100;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;43;;;20;6;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt; ttc;50;tcc;98;tac;68;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;16;tcc;26;tac;1;tgc;34 atc;-10;acc;77;aac;40;agc;81;;clos8;40.75;;;40;5;;;;atc;100;acc;5;aac;24;agc;7 ctc;94;ccc;89;cac;80;cgt;84;;sans;326;;;50;4;36;;;ctc;51;ccc;55;cac;11;cgt;49 gtc;82;gcc;54;gac;62;ggc;76;;avec;752;;;60;3;;;;gtc;43;gcc;62;gac;21;ggc;17 tta;74;tca;79;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;4;;;;tta;7;tca;1;taa;100;tga;32 ata;100;aca;69;aaa;59;aga;72;;;;;;80;3;;;;ata;77;aca;29;aaa;9;aga;0 cta;72;cca;75.7;caa;63;cga;95;;L’estimation par clos8;;;;90;1;;;;cta;23;cca;29;caa;2;cga;9 gta;69;gca;2;gaa;56;gga;70;;est 15 % en dessous;;;;100;2;;;;gta;21;gca;100;gaa;37;gga;2 ttg;100;tcg;97;tag;;tgg;83;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;4;tcg;69;tag;100;tgg;12 atgj;68;acg;91;aag;96;agg;98;;43;;100;;;49;;;;atgj;28;acg;29;aag;35;agg;20 ctg;85;ccg;93;cag;97;cgg;88;;atc;59;152;;;;;;;ctg;22;ccg;79;cag;33;cgg;76 gtg;93;gcg;100;gag;89;ggg;93;;gca;73;219;;;;;;;gtg;61;gcg;64;gag;49;ggg;43 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;265;;272;;944;1481 </pre> ==gamma== ===Shewanella=== ====spl opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_opérons|spl opérons]] <pre> 39.1%GC;30.6.19 Paris;16s 11;147;doubles;intercalaires ;Shewanella pealeana;;;; ;45136..46685;;16s;@1;339 ;47025..49946;;23s;;112 ;50059..50174;;5s;; ;;;;; ;51490..53039;;16s;;339 ;53379..56298;;23s;;114 ;56413..56528;;5s;; ;;;;; ;182271..183820;;16s;@2;71 ;183892..183968;;atc;;65 ;184034..184109;;gca;;364 ;184474..187395;;23s;;112 ;187508..187623;;5s;;100 ;187724..187800;;gac;; ;;;;; ;191614..191689;;aca;;8 ;191698..191782;;tac;;35 ;191818..191891;;gga;; ;;;;; ;235182..236731;;16s;;374 ;237106..240025;;23s;;114 ;240140..240255;;5s;; ;;;;; ;243631..245180;;16s;;338 ;245519..248440;;23s;;113 ;248554..248669;;5s;;68 ;248738..248813;;acc;;17 ;248831..248946;;5s;; ;;;;; ;416766..416842;;cgg;;39 ;416882..416957;;cac;;41 ;416999..417075;;cca;+;58 ;417134..417210;;cca;2 cca; ;;;;; ;493711..495260;;16s;;339 ;495600..498519;;23s;;114 ;498634..498749;;5s;; ;;;;; ;641376..641466;;tca;@3;1172 ;642639..642729;;tca;; ;;;;; ;645847..647396;;16s;;71 ;647468..647544;;atc;;65 ;647610..647685;;gca;;329 ;648015..650937;;23s;;156 ;651094..651209;;5s;; ;;;;; ;728115..728199;;ttg;; ;;;;; comp;1168942..1169018;;atgi;; ;;;;; comp;1339706..1339781;;aca;+;52 comp;1339834..1339909;;ttc;2 ttc;539 comp;1340449..1340524;;aca;2 aca;52 comp;1340577..1340652;;ttc;; ;;;;; comp;1342467..1342542;;aca;;52 comp;1342595..1342670;;ttc;; ;;;;; ;1456724..1456815;;agc;;21 ;1456837..1456913;;cgt;+;30 ;1456944..1457020;;cgt;7 cgt;32 ;1457053..1457129;;cgt;3 agc;30 ;1457160..1457236;;cgt;;33 ;1457270..1457346;;cgt;;9 ;1457356..1457447;;agc;;76 ;1457524..1457600;;cgt;;35 ;1457636..1457712;;cgt;;9 ;1457722..1457813;;agc;; ;;;;; comp;1627363..1627438;;agg;; ;;;;; comp;1770483..1770558;;gta;+;37 comp;1770596..1770671;;gta;11 gta;37 comp;1770709..1770784;;gta;;37 comp;1770822..1770897;;gta;;37 comp;1770935..1771010;;gta;;37 comp;1771048..1771123;;gta;;37 comp;1771161..1771236;;gta;;37 comp;1771274..1771349;;gta;;37 comp;1771387..1771462;;gta;;37 comp;1771500..1771575;;gta;;39 comp;1771615..1771690;;gta;; ;;;;; ;1773910..1773985;;gcc;+;80 ;1774066..1774141;;gaa;13 gaa;102 ;1774244..1774319;;gaa;2 gcc;102 ;1774422..1774497;;gaa;;102 ;1774600..1774675;;gaa;;102 ;1774778..1774853;;gaa;;102 ;1774956..1775031;;gaa;;102 ;1775134..1775209;;gaa;;102 ;1775312..1775387;;gaa;;253 ;1775641..1775716;;gaa;;102 ;1775819..1775894;;gaa;;102 ;1775997..1776072;;gaa;;102 ;1776175..1776250;;gaa;;102 ;1776353..1776428;;gaa;;47 ;1776476..1776551;;gcc;; ;;;;; ;2081297..2082846;;16s;;338 ;2083185..2086104;;23s;;114 ;2086219..2086334;;5s;; ;;;;; comp;2143274..2143350;;ccc;; ;;;;; comp;2366164..2366240;;atgf;+;40 comp;2366281..2366357;;atgf;4 atgf;40 comp;2366398..2366474;;atgf;;40 comp;2366515..2366591;;atgf;; ;;;;; ;2376218..2376308;;tca;; ;;;;; ;2379767..2379842;;ggc;;13 ;2379856..2379929;;tgc;;85 ;2380015..2380100;;tta;; ;;;;; ;2550857..2550932;;ggc;;13 ;2550946..2551019;;tgc;+;95 ;2551115..2551200;;tta;3 tgc;634 ;2551835..2551908;;tgc;3 tta;95 ;2552004..2552089;;tta;;479 ;2552569..2552642;;tgc;;132 ;2552775..2552860;;tta;; ;;;;; ;2558019..2558109;;tca;; ;;;;; comp;2717566..2717655;;tcc;; ;;;;; comp;2759730..2759806;;atgf;+;189 comp;2759996..2760072;;atgf;4 atgf;45 comp;2760118..2760194;;gtc;2 gtc;2 comp;2760197..2760273;;atgf;;35 comp;2760309..2760385;;gtc;;13 comp;2760399..2760475;;atgf;; ;;;;; ;2858823..2858907;;tac;+;30 ;2858938..2859022;;tac;5 tac;85 ;2859108..2859192;;tac;;107 ;2859300..2859384;;tac;;107 ;2859492..2859576;;tac;; ;;;;; ;2866268..2866343;;aac;+;45 ;2866389..2866464;;aac;7aac;41 ;2866506..2866581;;aac;;26 ;2866608..2866683;;aac;;32 ;2866716..2866791;;aac;;33 ;2866825..2866900;;aac;;40 ;2866941..2867016;;aac;; ;;;;; comp;2929429..2929505;;gac;+;97 comp;2929603..2929679;;gac;4 gac;97 comp;2929777..2929853;;gac;;83 comp;2929937..2930013;;gac;; ;;;;; comp;3120289..3120364;;aaa;+;58 comp;3120423..3120498;;aaa;12 aaa;58 comp;3120557..3120632;;aaa;;58 comp;3120691..3120766;;aaa;;59 comp;3120826..3120901;;aaa;;57 comp;3120959..3121034;;aaa;;58 comp;3121093..3121168;;aaa;;58 comp;3121227..3121302;;aaa;;59 comp;3121362..3121437;;aaa;;58 comp;3121496..3121571;;aaa;;59 comp;3121631..3121706;;aaa;;59 comp;3121766..3121841;;aaa;; ;;;;; comp;3269860..3269935;;cac;;8 comp;3269944..3270020;;aga;;63 comp;3270084..3270160;;cca;; ;;;;; comp;3757983..3758059;;atgf;; comp;3758163..3758249;;ctc;; ;;;;; comp;3835257..3835331;;caa;+;51 comp;3835383..3835467;;cta;5 caa;131 comp;3835599..3835673;;caa;5 cta;20 comp;3835694..3835778;;cta;3 atg;96 comp;3835875..3835949;;caa;;49 comp;3835999..3836083;;cta;;211 comp;3836295..3836371;;atg;;5 comp;3836377..3836451;;caa;;47 comp;3836499..3836583;;cta;;55 comp;3836639..3836715;;atg;;5 comp;3836721..3836795;;caa;;47 comp;3836843..3836927;;cta;;55 comp;3836983..3837059;;atg;; ;;;;; comp;3862885..3862961;;tgg;+;167 comp;3863129..3863205;;tgg;2 tgg; ;;;;; comp;3867049..3867164;;5s;;114 comp;3867279..3870198;;23s;;338 comp;3870537..3872086;;16s;; ;;;;; ;3882154..3882229;;ttc;; ;;;;; comp;4331488..4331563;;ggc;+;130 comp;4331694..4331769;;ggc;6 ggc;47 comp;4331817..4331892;;ggc;;162 comp;4332055..4332130;;ggc;;16 comp;4332147..4332222;;ggc;;48 comp;4332271..4332346;;ggc;; ;;;;; comp;4616881..4616996;;5s;;112 comp;4617109..4620030;;23s;;364 comp;4620395..4620470;;gca;;65 comp;4620536..4620612;;atc;;71 comp;4620684..4622233;;16s;; ;;;;; comp;5129770..5129846;;gac;;100 comp;5129947..5130062;;5s;;115 comp;5130178..5133097;;23s; ;339 comp;5133437..5134986;;16s;; </pre> ====spl cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_cumuls|spl cumuls]] <pre> spl cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;0;;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;6;20;12;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;27;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;2;60;28;;150;;60;;400; ;max a;3;80;3;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;8;;250;;100;;600; ;spéciaux;0;120;13;;300;;120;;700; ;total aas;9;140;3;;350;;140;;800; sans ;opérons;29;160;0;;400;;160;;900; ;1 aa;8;180;2;;450;;180;;1000; ;max a;15;200;1;;500;;200;;1100; ;a doubles;15;;6;;;;;;; ;total aas;133;;103;;;0;;0;;0 total aas;;142;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;88;;;;;;; ;;;variance;143;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;58;;;;;;; ;;;variance;35;;;;;;; </pre> ====spl blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_blocs|spl blocs]] <pre> spl blocs;;;;;;; 16s;339;339;374;339;338;338; 23s;112;114;114;114;114;114; 5s;;;;;;; ;;;;;;; 16s;71;71;71;16s;338;16s;339 atc;65;65;65;23s;113;23s;115 gca;364;329;364;5s;68;5s;100 23s;112;156;112;acc;17;gac; 5s;100;;;5s;;; gac;;;;;;; </pre> ====spl distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_distribution|spl distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;2 gac;ttc;3;tcc;;tac;;tgc;4;cca2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;cca2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;3;tac5;atc;;acc;;aac;7;agc;;tac5;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;7;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;séquences;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;8;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;(aca ttc)2;tta;4;tca;;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;2;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;(tgc tta)3;ata;;aca;4;aaa;;aga;1;gaa13;ata;;aca;;aaa;12;aga;;gaa13;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;(atf gtc)2;cta;5;cca;1;caa;5;cga;;atgf4+2;cta;;cca;2;caa;;cga;;atgf4+2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;(caa cta atgj)3 ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;cgt5+2;gta;11;gca;;gaa;13;gga;;cgt5+2;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;ou;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;1;(caa cta)5;atgj;3;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total spl;;8;;;;;8;;spl;46;;;;;;46;;spl;79;;;;;;79;;spl;;;;3;;;3 </pre> ====spl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_données_intercalaires|spl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;5s CDS;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;spl;fx;fc;spl;fx40;fc40;spl;x-;c-;c;x;c;x;;c;x;;c;x; 1;0;0;1;17;0;1;17;-1;;126;606;234;16s 23s;;;tRNA tRNA;;suite;tRNA tRNA;;suite ;0;10;8;284;1;0;46;-2;2;0;195;236;4* 349;;;37;;gta;45;;aac ;0;20;19;193;2;0;53;-3;;0;155;320;384;;;37;;gta;41;;aac ;0;30;13;120;3;1;29;-4;5;136;789;-23;3* 348;;;37;;gta;26;;aac 1;0;40;29;86;4;0;22;-5;;0;695;286;5s CDS;;;37;;gta;32;;aac ;0;50;17;74;5;1;16;-6;;0;220;330;703;339;;37;;gta;33;;aac ;0;60;39;80;6;2;13;-7;;10;441;117;727;454;;37;;gta;40;;aac ;0;70;50;72;7;2;14;-8;2;46;913;500;;768;;37;;gta;**;;aac ;0;80;68;100;8;1;29;-9;;0;1058;545;;304;;37;;gta;97;;gac ;1;90;53;92;9;1;29;-10;;8;581;34;;454;;37;;gta;97;;gac 1;0;100;56;90;10;0;33;-11;;28;176;705;;798;;39;;gta;83;;gac ;1;110;38;64;11;2;27;-12;;0;257;977;16s tRNA;;;**;;gta;**;;gac 1;2;120;54;73;12;1;35;-13;;5;104;136;3* 74;;atc;80;;gcc;58;;aaa ;1;130;44;84;13;3;20;-14;;15;134;383;tRNA 23s;;;102;;gaa;58;;aaa 1;1;140;26;56;14;1;29;-15;1;0;455;254;371;;gca;102;;gaa;58;;aaa ;0;150;27;51;15;5;15;-16;;3;216;545;336;;gca;102;;gaa;59;;aaa ;4;160;30;52;16;0;10;-17;1;8;152;184;371;;gca;102;;gaa;57;;aaa ;1;170;31;49;17;3;13;-18;;0;530;98;5s tRNA;;;102;;gaa;58;;aaa ;3;180;36;53;18;2;20;-19;;1;595;291;100;;gac;102;;gaa;58;;aaa 2;1;190;24;43;19;1;14;-20;;7;89;1011;68;;acc;102;;gaa;59;;aaa ;3;200;34;36;20;1;10;-21;;0;178;465;100;;gac;253;;gaa;58;;aaa ;0;210;24;37;21;2;12;-22;;0;192;289;tRNA 5s;;;102;;gaa;59;;aaa ;2;220;25;39;22;1;12;-23;;4;353;187;17;;acc;102;;gaa;59;;aaa ;0;230;25;33;23;0;13;-24;;0;315;;tRNA tRNA;;intra;102;;gaa;**;;aaa 2;0;240;27;32;24;4;19;-25;;0;187;;3* 65;;atc gca;102;;gaa;8;;cac ;0;250;23;25;25;3;3;-26;;2;572;;tRNA tRNA;;;47;;gaa;63;;aga 1;2;260;22;30;26;0;9;-27;;0;124;;8;;aca;**;;gcc;**;;cca ;0;270;23;31;27;2;21;-28;;1;830;;35;;tac;40;;atgf;103;;atgf ;0;280;24;23;28;0;9;-29;;2;193;;**;;gga;40;;atgf;**;;ctc 2;0;290;27;29;29;1;11;-30;;0;255;;39;;cgg;40;;atgf;51;;caa 1;0;300;21;23;30;0;11;-31;;0;157;;41;;cac;**;;atgf;131;;cta ;0;310;18;18;31;3;17;-32;;3;114;;58;;cca;13;;ggc;20;;caa 1;1;320;16;19;32;4;9;-33;;0;162;;**;;cca;85;;tgc;96;;cta 1;0;330;11;18;33;3;8;-34;;1;495;;1172;;tca;**;;tta;49;;caa ;0;340;16;20;34;5;9;-35;;0;180;;**;;tca;13;;ggc;211;;cta ;0;350;13;17;35;2;8;-36;;0;160;;52;;aca;95;;tgc;5;;atgj ;1;360;14;16;36;1;6;-37;;0;663;;539;;ttc;634;;tta;47;;caa ;0;370;15;22;37;4;6;-38;;1;113;;52;;aca;95;;tgc;55;;cta ;0;380;10;9;38;5;10;-39;;0;427;;**;;ttc;479;;tta;5;;atgj 1;0;390;14;10;39;1;7;-40;;0;CDS 16s ;;52;;aca;132;;tgc;47;;caa ;0;400;10;9;40;1;6;-41;;1;647;614;**;;ttc;**;;tta;55;;cta 7;15;reste;230;253;reste;1235;1782;-42;;0;988;687;21;;agc;128;;cat;**;;atgj 23;39;total;1305;2482;total;1305;2482;-43;;1;876;1908;30;;cgt;128;;cat;167;;tgg 15;24;diagr;1074;2212;diagr;69;683;-44;;0;206;1178;32;;cgt;189;;atgf;**;;tgg 0;0; t30;40;597;;;;-45;;0;611;807;30;;cgt;45;;atgf;20;;ggc ;;;;;;;;-46;;0;5s 16s;;33;;cgt;2;;gtc;13;;ggt ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;1319;;9;;cgt;35;;atgf;47;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;23s 5s;;76;;agc;13;;gtc;47;;ggc ;x;1304;12;1;1317;;;-49;;0;8* 132;;35;;cgt;**;;atgf;15;;ggt ;c;2465;414;17;2896;;;-50;;0;2* 133;;9;;cgt;30;;tac;16;;ggc ;;;;;4213;253;;reste;1;5;177;;**;;agc;85;;tac;48;;ggc ;;;;;;4466;;total;12;414;;;;;;107;;tac;**;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;107;;tac;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tac;;; </pre> =====spl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires_aas|spl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;spl;;;;; deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;43968;44525;614;*; ;;rRNA;45140;46682;349;*;16s ;;rRNA;47032;49926;132;*;23s ;;rRNA;50059;50174;1319;*;5s ;;rRNA;51494;53036;349;*;16s ;;rRNA;53386;56280;132;*;23s ;;rRNA;56413;56528;339;*;5s fin;comp;CDS;56868;57011;;; deb;comp;CDS;146328;146498;-16;*; ;comp;regulatory;146483;146744;188;*; fin;;CDS;146933;149083;;; deb;comp;CDS;181132;181587;687;*; ;;rRNA;182275;183817;74;*;16s ;;tRNA;183892;183968;65;*;atc ;;tRNA;184034;184109;371;*;gca ;;rRNA;184481;187375;132;*;23s ;;rRNA;187508;187623;100;*;5s ;;tRNA;187724;187800;606;*;gac fin;;CDS;188407;189432;;; deb;comp;CDS;190429;191379;234;*; ;;tRNA;191614;191689;8;*;aca ;;tRNA;191698;191782;35;*;tac ;;tRNA;191818;191891;195;*;gga fin;;CDS;192087;193271;;; deb;;CDS;233942;234538;647;*; ;;rRNA;235186;236728;384;*;16s ;;rRNA;237113;240007;132;*;23s ;;rRNA;240140;240255;454;*;5s deb;comp;CDS;240710;241726;1908;*; ;;rRNA;243635;245177;348;*;16s ;;rRNA;245526;248420;133;*;23s ;;rRNA;248554;248669;68;*;5s ;;tRNA;248738;248813;17;*;acc ;;rRNA;248831;248946;703;*;5s fin;;CDS;249650;250924;;0; deb;;CDS;282426;283268;135;*; ;;ncRNA;283404;283755;313;*; fin;comp;CDS;284069;285322;;; deb;comp;CDS;413908;416529;236;*; ;;tRNA;416766;416842;39;*;cgg ;;tRNA;416882;416957;41;*;cac ;;tRNA;416999;417075;58;*;cca ;;tRNA;417134;417210;320;*;cca fin;comp;CDS;417531;419450;;; deb;comp;CDS;492003;492536;1178;*; ;;rRNA;493715;495257;349;*;16s ;;rRNA;495607;498501;132;*;23s ;;rRNA;498634;498749;768;*;5s fin;comp;CDS;499518;500534;;; deb;;CDS;550745;552652;-23;*; ;comp;tRNA;552630;552724;286;*;tga fin;;CDS;553011;553874;;; deb;;CDS;640018;641220;155;*; ;;tRNA;641376;641466;1172;*;tca ;;tRNA;642639;642729;789;*;tca deb;;CDS;643519;644862;988;*; ;;rRNA;645851;647393;74;*;16s ;;tRNA;647468;647544;65;*;atc ;;tRNA;647610;647685;336;*;gca ;;rRNA;648022;650916;177;*;23s ;;rRNA;651094;651209;727;*;5s fin;;CDS;651937;653757;;0; deb;comp;CDS;727650;727784;330;*; ;;tRNA;728115;728199;695;*;ttg fin;;CDS;728895;730808;;0; deb;;CDS;878528;879232;406;*; ;;regulatory;879639;879784;204;*; fin;;CDS;879989;881359;;; deb;;CDS;1166653;1168824;117;*; ;comp;tRNA;1168942;1169018;220;*;atgi fin;comp;CDS;1169239;1171089;;; deb;;CDS;1284512;1284730;-193;*; ;comp;misc_f;1284538;1284656;121;*; fin;comp;CDS;1284778;1285140;;0; deb;;CDS;1337892;1339205;500;*; ;comp;tRNA;1339706;1339781;52;*;aca ;comp;tRNA;1339834;1339909;539;*;ttc ;comp;tRNA;1340449;1340524;52;*;aca ;comp;tRNA;1340577;1340652;545;*;ttc deb;;CDS;1341198;1342432;34;*; ;comp;tRNA;1342467;1342542;52;*;aca ;comp;tRNA;1342595;1342670;441;*;ttc fin;comp;CDS;1343112;1343390;;; deb;;CDS;1455613;1455810;913;*; ;;tRNA;1456724;1456815;21;*;agc ;;tRNA;1456837;1456913;30;*;cgt ;;tRNA;1456944;1457020;32;*;cgt ;;tRNA;1457053;1457129;30;*;cgt ;;tRNA;1457160;1457236;33;*;cgt ;;tRNA;1457270;1457346;9;*;cgt ;;tRNA;1457356;1457447;76;*;agc ;;tRNA;1457524;1457600;35;*;cgt ;;tRNA;1457636;1457712;9;*;cgt ;;tRNA;1457722;1457813;1058;*;agc fin;;CDS;1458872;1459117;;; deb;comp;CDS;1564741;1565973;165;*; ;comp;tmRNA;1566139;1566494;110;*; fin;comp;CDS;1566605;1567099;;0; deb;comp;CDS;1625951;1626781;581;*; ;comp;tRNA;1627363;1627438;176;*;agg fin;comp;CDS;1627615;1628784;;0; deb;comp;CDS;1769998;1770225;257;*; ;comp;tRNA;1770483;1770558;37;*;gta ;comp;tRNA;1770596;1770671;37;*;gta ;comp;tRNA;1770709;1770784;37;*;gta ;comp;tRNA;1770822;1770897;37;*;gta ;comp;tRNA;1770935;1771010;37;*;gta ;comp;tRNA;1771048;1771123;37;*;gta ;comp;tRNA;1771161;1771236;37;*;gta ;comp;tRNA;1771274;1771349;37;*;gta ;comp;tRNA;1771387;1771462;37;*;gta ;comp;tRNA;1771500;1771575;39;*;gta ;comp;tRNA;1771615;1771690;705;*;gta deb;;CDS;1772396;1773805;104;*; ;;tRNA;1773910;1773985;80;*;gcc ;;tRNA;1774066;1774141;102;*;gaa ;;tRNA;1774244;1774319;102;*;gaa ;;tRNA;1774422;1774497;102;*;gaa ;;tRNA;1774600;1774675;102;*;gaa ;;tRNA;1774778;1774853;102;*;gaa ;;tRNA;1774956;1775031;102;*;gaa ;;tRNA;1775134;1775209;102;*;gaa ;;tRNA;1775312;1775387;253;*;gaa ;;tRNA;1775641;1775716;102;*;gaa ;;tRNA;1775819;1775894;102;*;gaa ;;tRNA;1775997;1776072;102;*;gaa ;;tRNA;1776175;1776250;102;*;gaa ;;tRNA;1776353;1776428;47;*;gaa ;;tRNA;1776476;1776551;977;*;gcc fin;comp;CDS;1777529;1779358;;0; deb;comp;CDS;1928606;1930189;113;*; ;comp;misc_f;1930303;1930412;474;*; fin;;CDS;1930887;1931621;;; deb;;CDS;2079870;2080424;876;*; ;;rRNA;2081301;2082843;348;*;16s ;;rRNA;2083192;2086086;132;*;23s ;;rRNA;2086219;2086334;304;*;5s fin;comp;CDS;2086639;2087564;;; deb;;CDS;2142913;2143137;136;*; ;comp;tRNA;2143274;2143350;134;*;ccc fin;comp;CDS;2143485;2145269;;; deb;;CDS;2225993;2226382;125;*; ;;regulatory;2226508;2226638;52;*; fin;;CDS;2226691;2228829;;; deb;comp;CDS;2365103;2365708;455;*; ;comp;tRNA;2366164;2366240;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366281;2366357;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366398;2366474;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366515;2366591;383;*;atgf fin;;CDS;2366975;2369110;;; deb;comp;CDS;2374251;2375963;254;*; ;;tRNA;2376218;2376308;216;*;tca fin;;CDS;2376525;2377169;;; deb;;CDS;2379066;2379614;152;*; ;;tRNA;2379767;2379842;13;*;ggc ;;tRNA;2379856;2379929;85;*;tgc ;;tRNA;2380015;2380100;530;*;tta fin;;CDS;2380631;2381200;;; deb;;CDS;2548825;2550261;595;*; ;;tRNA;2550857;2550932;13;*;ggc ;;tRNA;2550946;2551019;95;*;tgc ;;tRNA;2551115;2551200;634;*;tta ;;tRNA;2551835;2551908;95;*;tgc ;;tRNA;2552004;2552089;479;*;tta ;;tRNA;2552569;2552642;132;*;tgc ;;tRNA;2552775;2552860;545;*;tta fin;comp;CDS;2553406;2553735;;; deb;;CDS;2556685;2557929;89;*; ;;tRNA;2558019;2558109;184;*;tca fin;comp;CDS;2558294;2559073;;; deb;;CDS;2716829;2717467;98;*; ;comp;tRNA;2717566;2717655;178;*;tcc fin;comp;CDS;2717834;2719828;;; deb;comp;CDS;2758794;2759069;192;*; ;comp;tRNA;2759262;2759367;128;*;cat ;comp;tRNA;2759496;2759601;128;*;cat ;comp;tRNA;2759730;2759806;189;*;atgf ;comp;tRNA;2759996;2760072;45;*;atgf ;comp;tRNA;2760118;2760194;2;*;gtc ;comp;tRNA;2760197;2760273;35;*;atgf ;comp;tRNA;2760309;2760385;13;*;gtc ;comp;tRNA;2760399;2760475;353;*;atgf fin;comp;CDS;2760829;2762043;;; deb;comp;CDS;2858049;2858531;291;*; ;;tRNA;2858823;2858907;30;*;tac ;;tRNA;2858938;2859022;85;*;tac ;;tRNA;2859108;2859192;107;*;tac ;;tRNA;2859300;2859384;107;*;tac ;;tRNA;2859492;2859576;315;*;tac fin;;CDS;2859892;2860968;;0; deb;comp;CDS;2863253;2865256;1011;*; ;;tRNA;2866268;2866343;45;*;aac ;;tRNA;2866389;2866464;41;*;aac ;;tRNA;2866506;2866581;26;*;aac ;;tRNA;2866608;2866683;32;*;aac ;;tRNA;2866716;2866791;33;*;aac ;;tRNA;2866825;2866900;40;*;aac ;;tRNA;2866941;2867016;187;*;aac fin;;CDS;2867204;2869120;;; deb;comp;CDS;2904901;2906862;188;*; ;comp;regulatory;2907051;2907149;230;*; fin;comp;CDS;2907380;2908291;;0; deb;comp;CDS;2926979;2928856;572;*; ;comp;tRNA;2929429;2929505;97;*;gac ;comp;tRNA;2929603;2929679;97;*;gac ;comp;tRNA;2929777;2929853;83;*;gac ;comp;tRNA;2929937;2930013;124;*;gac fin;comp;CDS;2930138;2931472;;; deb;comp;CDS;3118298;3119458;830;*; ;comp;tRNA;3120289;3120364;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120423;3120498;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120557;3120632;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120691;3120766;59;*;aaa ;comp;tRNA;3120826;3120901;57;*;aaa ;comp;tRNA;3120959;3121034;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121093;3121168;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121227;3121302;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121362;3121437;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121496;3121571;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121631;3121706;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121766;3121841;193;*;aaa fin;comp;CDS;3122035;3122760;;; deb;;CDS;3243130;3243747;634;*; ;comp;ncRNA;3244382;3244478;176;*; fin;comp;CDS;3244655;3244972;;0; deb;comp;CDS;3268300;3269604;255;*; ;comp;tRNA;3269860;3269935;8;*;cac ;comp;tRNA;3269944;3270020;63;*;aga ;comp;tRNA;3270084;3270160;465;*;cca fin;;CDS;3270626;3271480;;0; deb;comp;CDS;3757370;3757825;157;*; ;comp;tRNA;3757983;3758059;103;*;atgf ;comp;tRNA;3758163;3758249;114;*;ctc fin;comp;CDS;3758364;3758699;;; deb;comp;CDS;3834636;3835094;162;*; ;comp;tRNA;3835257;3835331;51;*;caa ;comp;tRNA;3835383;3835467;131;*;cta ;comp;tRNA;3835599;3835673;20;*;caa ;comp;tRNA;3835694;3835778;96;*;cta ;comp;tRNA;3835875;3835949;49;*;caa ;comp;tRNA;3835999;3836083;211;*;cta ;comp;tRNA;3836295;3836371;5;*;atgj ;comp;tRNA;3836377;3836451;47;*;caa ;comp;tRNA;3836499;3836583;55;*;cta ;comp;tRNA;3836639;3836715;5;*;atgj ;comp;tRNA;3836721;3836795;47;*;caa ;comp;tRNA;3836843;3836927;55;*;cta ;comp;tRNA;3836983;3837059;495;*;atgj fin;comp;CDS;3837555;3838646;;; deb;comp;CDS;3862357;3862704;180;*; ;comp;tRNA;3862885;3862961;167;*;tgg ;comp;tRNA;3863129;3863205;160;*;tgg fin;comp;CDS;3863366;3864334;;; deb;;CDS;3865578;3866594;454;*; ;comp;rRNA;3867049;3867164;132;*;5s ;comp;rRNA;3867297;3870191;348;*;23s ;comp;rRNA;3870540;3872082;807;*;16s fin;;CDS;3872890;3873405;;0; deb;comp;CDS;3879732;3881864;289;*; ;;tRNA;3882154;3882229;187;*;ttc fin;comp;CDS;3882417;3884279;;0; deb;comp;CDS;3930329;3932182;122;*; ;comp;regulatory;3932305;3932527;233;*; fin;comp;CDS;3932761;3933408;;0; deb;;CDS;4051244;4051564;82;*; ;;ncRNA;4051647;4051828;251;*; fin;comp;CDS;4052080;4052250;;; deb;comp;CDS;4130284;4131048;211;*; ;comp;regulatory;4131260;4131412;506;*; fin;comp;CDS;4131919;4132536;;0; deb;;CDS;4146436;4146708;183;*; ;;regulatory;4146892;4146991;94;*; fin;;CDS;4147086;4148081;;0; deb;comp;CDS;4330369;4330824;663;*; ;comp;tRNA;4331488;4331563;20;*;ggc ;comp;tRNA;4331584;4331680;13;*;ggt ;comp;tRNA;4331694;4331769;47;*;ggc ;comp;tRNA;4331817;4331892;47;*;ggc ;comp;tRNA;4331940;4332039;15;*;ggt ;comp;tRNA;4332055;4332130;16;*;ggc ;comp;tRNA;4332147;4332222;48;*;ggc ;comp;tRNA;4332271;4332346;113;*;ggc fin;comp;CDS;4332460;4333005;;0; deb;comp;CDS;4446808;4448991;66;*; ;comp;regulatory;4449058;4449140;441;*; fin;;CDS;4449582;4449893;;; deb;comp;CDS;4452358;4453668;212;*; ;;regulatory;4453881;4453980;104;*; fin;;CDS;4454085;4455455;;0; deb;;CDS;4615072;4616082;798;*; ;comp;rRNA;4616881;4616996;132;*;5s ;comp;rRNA;4617129;4620023;371;*;23s ;comp;tRNA;4620395;4620470;65;*;gca ;comp;tRNA;4620536;4620612;74;*;atc ;comp;rRNA;4620687;4622229;206;*;16s fin;comp;CDS;4622436;4623133;;; deb;comp;CDS;5003438;5004418;-13;*; ;comp;regulatory;5004406;5004542;257;*; fin;;CDS;5004800;5006449;;0; deb;comp;CDS;5129088;5129342;427;*; ;comp;tRNA;5129770;5129846;100;*;gac ;comp;rRNA;5129947;5130062;133;*;5s ;comp;rRNA;5130196;5133090;349;*;23s ;comp;rRNA;5133440;5134982;611;*;16s fin;comp;CDS;5135594;5137015;;0; </pre> ====spl intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_entre_cds|spl intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> spl;31.1.21 Paris;NCBI;spl 24-9-2020;;;;;;;;; spl;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;426;10.1;'''négatif ;-7;10;-1 à -98;'''5 174 581;-1;426;610;5 ;'''zéro;18;0.4;;;;;'''intercals;0;18;620;10 ;'''1 à 200;2448;58.1;'''0 à 200;82;58;;'''730 981;5;168;630;7 ;'''201 à 370;776;18.4;'''201 à 370;274;48;;'''14.1%;10;124;640;6 ;'''371 à 600;378;9.0;'''371 à 600;462;62;;;15;138;650;6 ;'''601 à max;167;4.0;'''601 à 1028;849;331;;;20;74;660;6 ;'''total 4213;<201;68.6;'''total 4213;173;207;-98 à 3180;;25;69;670;7 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;64;680;6 3787762;3180;-1;426;-70;2;;0;18;35;68;690;3 2676990;2727;0;18;-60;0;;-1;°126;40;47;700;5 4795292;1942;1;°46;-50;4;;-2;2;45;49;710;6 3628609;1722;2;°53;-40;2;;-3;0;50;42;720;6 1384243;1674;3;°30;-30;5;'''min à -1;-4;°141;55;52;730;2 5168395;1593;4;22;-20;16;426;-5;0;60;67;740;7 1692692;1489;5;17;-10;70;10.1%;-6;0;65;56;750;4 4989087;1401;6;15;0;345;;-7;10;70;66;760;1 5017524;1331;7;16;10;292;;-8;°48;75;77;770;3 1530827;1329;8;°30;20;212;;-9;0;80;91;780;3 4000859;1318;9;°30;30;133;;-10;8;85;67;790;4 1999942;1254;10;°33;40;115;'''1 à 100;-11;°28;90;78;800;4 1605218;1225;11;°29;50;91;1561;-12;0;95;65;810;2 897237;1221;12;°36;60;119;37.1%;-13;5;100;81;820;3 1570703;1178;13;23;70;122;;-14;°15;105;41;830;1 4927424;1166;14;°30;80;168;;-15;1;110;61;840;3 1817514;1161;15;20;90;145;;-16;3;115;52;850;2 3532660;1157;16;10;100;146;;-17;°9;120;75;860;1 1716642;1154;17;16;110;102;;-18;0;125;64;870;4 1413389;1150;18;°22;120;127;;-19;1;130;64;880;2 2276940;1141;19;15;130;128;;-20;°7;135;37;890;3 600202;1140;20;11;140;82;;-21;0;140;45;900;1 1996502;1103;21;°14;150;78;;-22;0;145;45;910;2 3325479;1046;22;13;160;82;;-23;°4;150;33;920;2 223647;1016;23;13;170;80;'''1 à 200;-24;0;155;43;930;1 3589524;1016;24;°23;180;89;2448;-25;0;160;39;940;3 967539;1009;25;6;190;67;58.1%;-26;°2;165;42;950;3 4112640;1007;26;9;200;70;;-27;0;170;38;960;3 4903734;975;27;°23;210;61;;-28;1;175;45;970;1 3472661;968;28;9;220;64;;-29;°2;180;44;980;1 750412;959;29;12;230;58;;-30;0;185;34;990;0 2804938;959;30;11;240;59;;-31;0;190;33;1000;0 2670476;957;31;°20;250;48;;-32;°3;195;35;1010;2 2620635;946;32;13;260;52;;;434;200;35;1020;2 2967190;944;33;11;270;54;;reste;10;205;33;1030;0 4243039;944;34;°14;280;47;'''0 à 200;total;444;210;28;1040;0 2002234;937;35;10;290;56;2466;;;215;23;1050;1 3578230;936;36;7;300;44;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;41;1060;0 4121391;933;37;°10;310;36;;600;4046;225;35;1070;0 1500535;926;38;°15;320;35;;650;34;230;23;1080;0 4952031;915;39;8;330;29;;700;27;235;32;1090;0 2490814;912;40;7;340;36;'''201 à 370;750;25;240;27;1100;0 2028503;909;reste;3017;350;30;776;800;15;245;25;1110;1 4150415;904;total;4213;360;30;18.4%;850;11;250;23;1120;0 2127775;897;;;370;37;;900;11;255;26;1130;0 1003095;887;;;380;19;;950;11;260;26;1140;1 2921392;885;;;390;24;;1000;5;265;31;1150;2 2262088;884;;;400;19;;1050;5;270;23;1160;2 2877064;877;;;410;32;;1100;0;275;24;1170;2 4984821;874;;;420;31;;1150;4;280;23;1180;1 4474909;866;;;430;24;;1200;5;285;30;1190;0 1417740;865;;;440;20;;1250;2;290;26;1200;0 4759907;862;;;450;20;;1300;1;295;19;reste;14 3297697;861;;;460;20;;1350;3;300;25;total;167 ;;;;470;19;;1400;0;305;20;; ;;;;480;12;;1450;1;310;16;; '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;490;12;;1500;1;315;20;; 4734113;-98;shift2;629;500;19;;1550;0;320;15;; 4557422;-77;shift2;764;510;13;;1600;1;325;15;; 2893452;-56;shift2;1688;520;14;;1650;0;330;14;; 4567483;-53;shift2;4142;530;12;;1700;1;335;17;; 5067715;-53;shift2;2369;540;12;'''371 à 600;1750;1;340;19;; 4015714;-52;comp;;550;9;378;1800;0;345;15;; 1735201;-43;shift2;;560;11;9.0%;1850;0;350;15;; 1578876;-41;shift2;;570;15;;1900;0;355;15;; 164778;-38;shift2;;580;7;'''601 à max;1950;1;360;15;; 5173629;-34;shift2;;590;7;167;;165;365;19;; 73781;-32;shift2;;600;7;4.0%;;;370;18;; 2497076;-32;shift2;;reste;167;;reste;2;reste;545;; 2892533;-32;shift2;;total;4213;;total;4213;total;4213;; </pre> ====spl intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> spl. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; ;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; spl;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;47;-333;594;7.7;611;236;max80;-47;363;-934;95;806;257;min50 31 à 400;-;-;-;-;-;-;;10.3;-50;-57;43;915;162;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;59;37;-;275;poly;336;tF;158;57;;614;poly;192;SF 31 à 400;;;;;;;;106;43;-;885;dte;30;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;-0.342;;;;; 41-n;0.884;0.735;0.784;;;;;;;;;;; 1-n;0.172;-0.353;-0.202;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; spl;fx;fc;;spl;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;spl;Sx-;Sc- 0;1;17;;0;1;8;0;1;17;>0;1300;-1;0;126 10;8;284;;10;7;128;1;0;46;<0;12;-2;2;0 20;19;193;;20;18;87;2;0;53;zéro;1;-3;0;0 30;13;120;;30;12;54;3;1;29;total;1313;-4;5;136 40;29;86;;40;27;39;4;0;22;;c;-5;0;0 50;16;75;;50;15;34;5;1;16;>0;2469;-6;0;0 60;39;80;;60;36;36;6;2;13;<0;414;-7;0;10 70;50;72;;70;47;33;7;2;14;zéro;17;-8;2;46 80;67;101;;80;63;46;8;1;29;total;2900;-9;0;0 90;52;93;;90;49;42;9;1;29;;;-10;0;8 100;56;90;;100;52;41;10;0;33;;;-11;0;28 110;38;64;;110;35;29;11;2;27;;;-12;0;0 120;54;73;;120;50;33;12;1;35;;;-13;0;5 130;44;84;;130;41;38;13;3;20;;;-14;0;15 140;26;56;;140;24;25;14;1;29;;;-15;1;0 150;27;51;;150;25;23;15;5;15;;;-16;0;3 160;30;52;;160;28;23;16;0;10;;;-17;1;8 170;30;50;;170;28;23;17;3;13;;;-18;0;0 180;36;53;;180;34;24;18;2;20;;;-19;0;1 190;24;43;;190;22;19;19;1;14;;;-20;0;7 200;33;37;;200;31;17;20;1;10;;;-21;0;0 210;24;37;;210;22;17;21;2;12;;;-22;0;0 220;25;39;;220;23;18;22;1;12;;;-23;0;4 230;25;33;;230;23;15;23;0;13;;;-24;0;0 240;28;31;;240;26;14;24;4;19;;;-25;0;0 250;23;25;;250;21;11;25;3;3;;;-26;0;2 260;22;30;;260;21;14;26;0;9;;;-27;0;0 270;23;31;;270;21;14;27;2;21;;;-28;0;1 280;25;22;;280;23;10;28;0;9;;;-29;0;2 290;27;29;;290;25;13;29;1;11;;;-30;0;0 300;20;24;;300;19;11;30;0;11;;;-31;0;0 310;18;18;;310;17;8;31;3;17;;;-32;0;3 320;16;19;;320;15;9;32;4;9;;;-33;0;0 330;11;18;;330;10;8;33;3;8;;;-34;0;1 340;16;20;;340;15;9;34;5;9;;;-35;0;0 350;13;17;;350;12;8;35;2;8;;;-36;0;0 360;14;16;;360;13;7;36;1;6;;;-37;0;0 370;15;22;;370;14;10;37;4;6;;;-38;0;1 380;10;9;;380;9;4;38;5;10;;;-39;0;0 390;14;10;;390;13;5;39;1;7;;;-40;0;0 400;11;8;;400;10;4;40;1;6;;;-41;0;1 reste;229;254;;;;;reste;1231;1786;;;-42;0;0 total;1301;2486;;t30;37;270;total;1301;2486;;;-43;0;1 diagr;1071;2215;;t60;116;378;diagr;69;683;;;-44;0;0 - t30;1031;1618;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;947;1377;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;5 ;;;;;;;;;;;;total;12;414 ;;;;;;;;;;;;-52;1; </pre> ====spl intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_négatifs_S-|spl intercalaires négatifs S-]] 9.6.21 Paris <pre> spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;2;;5;;;;2;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;12 continu;126;0;0;136;0;0;10;46;0;8;28;0;5;15;0;3;8;0;1;7;0;0;4;0;0;2;0;1;2;0;0;3;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;5;414 </pre> *14.8.21 Paris <pre> 14.8.21 Paris;spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;5;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;12 ;Sc-;126;0;0;136;0;0;10;46;0;8;28;0;5;15;0;3;8;0;1;7;0;0;4;0;0;2;0;1;2;0;0;3;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;5;414 </pre> ====spl autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires|spl autres intercalaires]] <pre> spl;autres intercalaires;;adresses1;;;spl;autres intercalaires;;adresses2;;;spl;autres intercalaires;;adresses3;;;spl;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;43968;614;comp;;deb;°CDS;1337892;500;;;deb;°CDS;2379066;152;;;deb;°CDS;3757370;157;comp ;$rRNA;45140;349;;;;&tRNA;1339706;52;comp;;;&tRNA;2379767;13;;;;&tRNA;3757983;103;comp ;$rRNA;47032;132;;;;&tRNA;1339834;539;comp;;;&tRNA;2379856;85;;;;&tRNA;3758163;114;comp ;$rRNA;50059;1319;;;;&tRNA;1340449;52;comp;;;&tRNA;2380015;530;;;fin;°CDS;3758364;;comp ;$rRNA;51494;349;;;;&tRNA;1340577;545;comp;;fin;°CDS;2380631;;;;deb;°CDS;3834636;162;comp ;$rRNA;53386;132;;;deb;°CDS;1341198;34;;;deb;°CDS;2548825;595;;;;&tRNA;3835257;51;comp ;$rRNA;56413;339;;;;&tRNA;1342467;52;comp;;;&tRNA;2550857;13;;;;&tRNA;3835383;131;comp fin;°CDS;56868;;comp;;;&tRNA;1342595;441;comp;;;&tRNA;2550946;95;;;;&tRNA;3835599;20;comp deb;°CDS;146328;-16;comp;;fin;°CDS;1343112;;comp;;;&tRNA;2551115;634;;;;&tRNA;3835694;96;comp ;regulatory;146483;188;comp;;deb;°CDS;1455613;913;;;;&tRNA;2551835;95;;;;&tRNA;3835875;49;comp fin;°CDS;146933;;;;;&tRNA;1456724;21;;;;&tRNA;2552004;479;;;;&tRNA;3835999;211;comp deb;°CDS;181132;687;comp;;;&tRNA;1456837;30;;;;&tRNA;2552569;132;;;;&tRNA;3836295;5;comp ;$rRNA;182275;74;;;;&tRNA;1456944;32;;;;&tRNA;2552775;545;;;;&tRNA;3836377;47;comp ;&tRNA;183892;65;;;;&tRNA;1457053;30;;;fin;°CDS;2553406;;comp;;;&tRNA;3836499;55;comp ;&tRNA;184034;371;;;;&tRNA;1457160;33;;;deb;°CDS;2556685;89;;;;&tRNA;3836639;5;comp ;$rRNA;184481;132;;;;&tRNA;1457270;9;;;;&tRNA;2558019;184;;;;&tRNA;3836721;47;comp ;$rRNA;187508;100;;;;&tRNA;1457356;76;;;fin;°CDS;2558294;;comp;;;&tRNA;3836843;55;comp ;&tRNA;187724;606;;;;&tRNA;1457524;35;;;deb;°CDS;2716829;98;;;;&tRNA;3836983;495;comp fin;°CDS;188407;;;;;&tRNA;1457636;9;;;;&tRNA;2717566;178;;;fin;°CDS;3837555;;comp deb;°CDS;190429;234;comp;;;&tRNA;1457722;1058;;;fin;°CDS;2717834;;comp;;deb;°CDS;3862357;180;comp ;&tRNA;191614;8;;;fin;°CDS;1458872;;;;deb;°CDS;2758794;192;comp;;;&tRNA;3862885;167;comp ;&tRNA;191698;35;;;deb;°CDS;1564741;165;comp;;;&tRNA;2759262;128;comp;;;&tRNA;3863129;160;comp ;&tRNA;191818;195;;;;tmRNA;1566139;110;comp;;;&tRNA;2759496;128;comp;;fin;°CDS;3863366;;comp fin;°CDS;192087;;;;fin;°CDS;1566605;;comp;;;&tRNA;2759730;189;comp;;deb;°CDS;3865578;454; deb;°CDS;233942;647;;;deb;°CDS;1625951;581;comp;;;&tRNA;2759996;45;comp;;;$rRNA;3867049;132;comp ;$rRNA;235186;384;;;;&tRNA;1627363;176;comp;;;&tRNA;2760118;2;comp;;;$rRNA;3867297;348;comp ;$rRNA;237113;132;;;fin;°CDS;1627615;;comp;;;&tRNA;2760197;35;comp;;;$rRNA;3870540;807;comp ;$rRNA;240140;454;;;deb;°CDS;1769998;257;comp;;;&tRNA;2760309;13;comp;;fin;°CDS;3872890;; deb;°CDS;240710;1908;comp;;;&tRNA;1770483;37;;;;&tRNA;2760399;353;comp;;deb;°CDS;3879732;289;comp ;$rRNA;243635;348;;;;&tRNA;1770596;37;;;fin;°CDS;2760829;;comp;;;&tRNA;3882154;187; ;$rRNA;245526;133;;;;&tRNA;1770709;37;;;deb;°CDS;2858049;291;comp;;fin;°CDS;3882417;;comp ;$rRNA;248554;68;;;;&tRNA;1770822;37;;;;&tRNA;2858823;30;;;deb;°CDS;3930329;122;comp ;&tRNA;248738;17;;;;&tRNA;1770935;37;;;;&tRNA;2858938;85;;;;regulatory;3932305;233;comp ;$rRNA;248831;703;;;;&tRNA;1771048;37;;;;&tRNA;2859108;107;;;fin;°CDS;3932761;;comp fin;°CDS;249650;;;;;&tRNA;1771161;37;;;;&tRNA;2859300;107;;;deb;°CDS;4051244;82; deb;°CDS;282426;135;;;;&tRNA;1771274;37;;;;&tRNA;2859492;315;;;;ncRNA;4051647;251; ;ncRNA;283404;313;;;;&tRNA;1771387;37;;;fin;°CDS;2859892;;;;fin;°CDS;4052080;;comp fin;°CDS;284069;;comp;;;&tRNA;1771500;39;;;deb;°CDS;2863253;1011;comp;;deb;°CDS;4130284;211;comp deb;°CDS;413908;236;comp;;;&tRNA;1771615;705;;;;&tRNA;2866268;45;;;;regulatory;4131260;506;comp ;&tRNA;416766;39;;;deb;°CDS;1772396;104;;;;&tRNA;2866389;41;;;fin;°CDS;4131919;;comp ;&tRNA;416882;41;;;;&tRNA;1773910;80;;;;&tRNA;2866506;26;;;deb;°CDS;4146436;183; ;&tRNA;416999;58;;;;&tRNA;1774066;102;;;;&tRNA;2866608;32;;;;regulatory;4146892;94; ;&tRNA;417134;320;;;;&tRNA;1774244;102;;;;&tRNA;2866716;33;;;fin;°CDS;4147086;; fin;°CDS;417531;;comp;;;&tRNA;1774422;102;;;;&tRNA;2866825;40;;;deb;°CDS;4330369;663;comp deb;°CDS;492003;1178;comp;;;&tRNA;1774600;102;;;;&tRNA;2866941;187;;;;&tRNA;4331488;20;comp ;$rRNA;493715;349;;;;&tRNA;1774778;102;;;fin;°CDS;2867204;;;;;&tRNA;4331584;13;comp ;$rRNA;495607;132;;;;&tRNA;1774956;102;;;deb;°CDS;2904901;188;comp;;;&tRNA;4331694;47;comp ;$rRNA;498634;768;;;;&tRNA;1775134;102;;;;regulatory;2907051;230;comp;;;&tRNA;4331817;47;comp fin;°CDS;499518;;comp;;;&tRNA;1775312;253;;;fin;°CDS;2907380;;comp;;;&tRNA;4331940;15;comp deb;°CDS;550745;-23;;;;&tRNA;1775641;102;;;deb;°CDS;2926979;572;comp;;;&tRNA;4332055;16;comp ;&tRNA;552630;286;comp;;;&tRNA;1775819;102;;;;&tRNA;2929429;97;comp;;;&tRNA;4332147;48;comp fin;°CDS;553011;;;;;&tRNA;1775997;102;;;;&tRNA;2929603;97;comp;;;&tRNA;4332271;113;comp deb;°CDS;640018;155;;;;&tRNA;1776175;102;;;;&tRNA;2929777;83;comp;;fin;°CDS;4332460;;comp ;&tRNA;641376;1172;;;;&tRNA;1776353;47;;;;&tRNA;2929937;124;comp;;deb;°CDS;4446808;66;comp ;&tRNA;642639;789;;;;&tRNA;1776476;977;;;fin;°CDS;2930138;;comp;;;regulatory;4449058;441;comp deb;°CDS;643519;988;;;fin;°CDS;1777529;;comp;;deb;°CDS;3118298;830;comp;;fin;°CDS;4449582;; 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aa1;aa2;aa3;;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls &234;&455;&830;;;;;606;;89;113;; 8;40*3;58*3;;comp’;&234;;195;;98;114;'''deb; 35;&152;59;;comp’;&236;comp’;320;;104;124;<201;9 &236;13;57;;comp’;-23;comp’;286;;152;134;total;18 39;85;58*2;;;&155;;789;;155;160;taux;50% 41;&595;59;;comp’;330;;695;;157;176;; 58;13;58;;comp’;117;;220;;162;187;'''fin; &155;95;59*2;;comp’;&500;comp’;545;;180;193;<201;9 1172;634;&255;;comp’;&34;;441;;192;195;total;21 &500;95;8;;;&913;;1058;;255;216;taux;43% 52;479;63;;;581;;176;;427;220;; 539;132;&157;;comp’;&257;;705;;455;315;'''total; 52;&192;103;;;&104;comp’;977;;572;353;<201;18 &34;128*2;&162;;comp’;136;;134;;581;441;total;39 52;189;51;;;&455;comp’;383;;595;495;taux;46% &913;45;131;;comp’;254;;216;;663;530;; 21;2;20;;;&152;;530;;830;606;; 30;35;96;;;89;comp’;184;;913;695;; 32;13;49;;;98;;178;;'''-;705;; 30;&291;211;;;&595;comp’;545;;'''-;789;; 33;30;5;;;&192;;353;;'''-;1058;'''comp’;'''cumuls 9;85;47;;comp’;&291;;315;;-23;178;'''deb; 76;107*2;55;;comp’;&1011;;187;;34;184;<201;4 35;&1011;5;;;&572;;124;;117;187;total;13 9;45;47;;;&830;;193;;136;286;taux;31% &257;41;55;;;&255;comp’;465;;234;320;'''fin; 37*9;26;&180;;;&157;;114;;236;383;<201;3 39;32;167;;;&162;;495;;254;465;total;10 &104;33;&663;;;&180;;160;;257;545;taux;30% 80;40;20;;comp’;289;comp’;187;;289;545;; 102*7;&572;13;;;&663;;113;;291;977;'''total; 253;97*2;47*2;;;427;;;;330;'''-;<201;7 102*4;83;15;;;;;;;500;'''-;total;23 47;;16;;;;;;;1011;'''-;taux;30% ;;48;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;deb;fin;total ;;;;;;;;;<201;13;12;25 ;;;;;;;;;total;31;31;62 ;;;;;;;;;taux;42%;39%;40% </pre> ===Vibrio parahaemolyticus=== ====vpb opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_opérons|vpb opérons]] <pre> 45.3%GC;6.7.19 Paris;16s 11 ;126;doubles;intercalaires Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr1;; ;33614..35175;;16s;@4;80 ;35256..35331;;gaa;;2 ;35334..35409;;aaa;;30 ;35440..35515;;gta;;55 comp;35571..35768;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;59 ;35828..38743;;23s;;73 ;38817..38932;;5s;; ;;;;; ;49997..50073;;cgg;;32 ;50106..50181;;cac;+;72 ;50254..50330;;cca;2 cac;49 ;50380..50455;;cac;2 cca;24 ;50480..50556;;cca;; ;;;;; comp;400045..400120;;atgi;; ;;;;; ;577971..579532;;16s;;88 ;579621..579696;;gcc;;12 ;579709..579784;;gaa;;258 ;580043..582958;;23s;;73 ;583032..583147;;5s;;30 ;583178..583254;;gac;;35 ;583290..583366;;tgg;; ;;;;; comp;769649..769733;;cta;+;29 comp;769763..769847;;cta;10 cta;47 comp;769895..769971;;atg;4 atg;24 comp;769996..770080;;cta;5 caa;52 comp;770133..770207;;caa;;29 comp;770237..770321;;cta;;53 comp;770375..770451;;atg;;24 comp;770476..770560;;cta;;52 comp;770613..770687;;caa;;29 comp;770717..770801;;cta;;54 comp;770856..770930;;caa;;29 comp;770960..771044;;cta;;35 comp;771080..771154;;caa;;48 comp;771203..771287;;cta;;31 comp;771319..771403;;cta;;77 comp;771481..771557;;atg;;77 comp;771635..771709;;caa;;31 comp;771741..771825;;cta;;40 comp;771866..771942;;atg;; ;;;;; ;786939..787015;;cca;; ;;;;; comp;802315..802391;;agg;; ;;;;; ;910219..910295;;aga;; ;;;;; comp;982089..982173;;tac;+;81 comp;982255..982339;;tac;4 tac;81 comp;982421..982505;;tac;;81 comp;982587..982671;;tac;; ;;;;; ;1124715..1124802;;tcc;; ;;;;; ;1418321..1418397;;gtc;+;32 ;1418430..1418506;;gtc;2gtc; ;;;;; comp;1988127..1988202;;ggc;+;10 comp;1988213..1988299;;tta;2 ggc;76 comp;1988376..1988451;;ggc;;20 comp;1988472..1988545;;tgc;; ;;;;; ;2164082..2164157;;aac;; ;;;;; ;2193593..2193683;;tca;; ;;;;; comp;2547884..2547960;;atgf;;56 comp;2548017..2548100;;ctc;; ;;;;; ;2652092..2652168;;cgt;+;56 comp;2652225..2652301;;cgt;9 cgt;57 comp;2652359..2652435;;cgt;2 agc;57 comp;2652493..2652569;;cgt;;57 comp;2652627..2652703;;cgt;;57 comp;2652761..2652837;;cgt;;56 comp;2652894..2652970;;cgt;;210 comp;2653181..2653257;;cgt;;31 comp;2653289..2653380;;agc;@5;320 comp;2653701..2653777;;cgt;;31 comp;2653809..2653900;;agc;; ;;;;; ;2735697..2735772;;ttc;+;64 ;2735837..2735912;;aca;3 ttc;7 ;2735920..2735995;;ttc;2 aca;70 ;2736066..2736141;;aac;2 aac;71 ;2736213..2736288;;aca;;7 ;2736296..2736371;;ttc;;43 ;2736415..2736490;;aac;; ;;;;; ;2738623..2738698;;ttc;;51 ;2738750..2738825;;aca;+;21 ;2738847..2738922;;aac;2 aca;39 ;2738962..2739037;;aca;2 aac;15 ;2739053..2739128;;aac;; ;;;;; comp;2741263..2741339;;gac;;31 comp;2741371..2741487;;5s;;57 comp;2741545..2741620;;acc;;100 comp;2741721..2741836;;5s;;73 comp;2741910..2744825;;23s;;257 comp;2745083..2745158;;gca;;41 comp;2745200..2745276;;atc;;56 comp;2745333..2746894;;16s;; ;;;;; comp;2755928..2756012;;ttg;; ;;;;; comp;2847646..2847722;;tgg;;68 comp;2847791..2847867;;gac;;30 comp;2847898..2848013;;5s;;73 comp;2848087..2851002;;23s;;258 comp;2851261..2851336;;gaa;;80 comp;2851417..2852978;;16s;; ;;;;; comp;2987485..2987561;;atgf;+;56 comp;2987618..2987693;;ggc;5 atgf;18 comp;2987712..2987788;;atgf;8 ggc;35 comp;2987824..2987899;;ggc;;50 comp;2987950..2988025;;ggc;;49 comp;2988075..2988150;;ggc;;49 comp;2988200..2988275;;ggc;;30 comp;2988306..2988382;;atgf;;55 comp;2988438..2988513;;ggc;;30 comp;2988544..2988620;;atgf;;39 comp;2988660..2988735;;ggc;;19 comp;2988755..2988831;;atgf;;35 comp;2988867..2988942;;ggc;; ;;;;; comp;3060924..3061000;;tgg;;68 comp;3061069..3061145;;gac;;30 comp;3061176..3061291;;5s;;73 comp;3061365..3064280;;23s;;257 comp;3064538..3064613;;gta;;14 comp;3064628..3064703;;gca;;32 comp;3064736..3064811;;aaa;;2 comp;3064814..3064889;;gaa;;80 comp;3064970..3066531;;16s;@3;319 comp;3066851..3066966;;5s;;73 comp;3067040..3069955;;23s;;261 comp;3070217..3071778;;16s;; ;;;;; comp;3105094..3105169;;acc;;13 comp;3105183..3105257;;gga;;35 comp;3105293..3105377;;tac;;36 comp;3105414..3105489;;aca;; ;;;;; comp;3111073..3111149;;gac;;30 comp;3111180..3111295;;5s;;73 comp;3111369..3114284;;23s;;261 comp;3114546..3116107;;16s;@1;317 comp;3116425..3116540;;5s;;73 comp;3116614..3119529;;23s;;261 comp;3119791..3121352;;16s;; ;;;;; comp;3175944..3176034;;tca;;69 comp;3176104..3176219;;5s;;73 comp;3176293..3179211;;23s;;257 comp;3179469..3179544;;gca;;41 comp;3179586..3179662;;atc;;56 comp;3179719..3181280;;16s;@2; ;;;;; comp;3217187..3217263;;gac;;30 comp;3217294..3217409;;5s;;73 comp;3217483..3220398;;23s;;59 ;3220458..3220655;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;55 comp;3220711..3220786;;gta;;30 comp;3220817..3220892;;aaa;;2 comp;3220895..3220970;;gaa;;80 comp;3221051..3222612;;16s;; Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr2;; ;132908..134469;;16s;;80 ;134550..134625;;gaa;;2 ;134628..134703;;aaa;;16 ;134720..134795;;gca;;14 ;134810..134885;;gta;;54 comp;134940..135122;;MTSHQSCLQFLNMMQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKLLKS;CDS 180;19 ;135142..138059;;23s;;73 ;138133..138248;;5s;;69 ;138318..138408;;tca;; ;;;;; comp;192886..192969;;ctc;; ;;;;; comp;591931..592021;;tca;; ;;;;; comp;1009457..1009530;;tgc;;73 comp;1009604..1009690;;tta;; ;;;;; comp;1021568..1021641;;tgc;;73 comp;1021715..1021801;;tta;; ;;;;; comp;1029973..1030048;;ggc;;3 comp;1030052..1030125;;tgc;; </pre> ====vpb cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_cumuls|vpb cumuls]] <pre> vpb cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;9;8;50;;20;;200; ;16 atc gca;2;40;24;4;100;;40;;300; ;16 23 5s a;1;60;21;2;150;;60;;400; ;max a;6;80;9;2;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;3;0;250;;100;;600; ;spéciaux;6;120;0;0;300;;120;;700; ;total aas;33;140;0;0;350;;140;;800; sans ;opérons;25;160;0;0;400;;160;;900; ;1 aa;11;180;0;0;450;;180;;1000; ;max a;19;200;0;0;500;;200;;1100; ;a doubles;8;;1;0;;;;;; ;total aas;93;;67;16;;0;;0;;0 total aas;;126;;;;;;;;; remarques;;5;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;46;26;;;;;; ;;;variance;29;22;;;;;; sans jaune;;;moyenne;43;;;;;;; ;;;variance;17;;;;;;; </pre> ====vpb blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_blocs|vpb blocs]] <pre> vpb blocs;;;;;;; 16s;80;16s;80;16s;80;; gaa;2;gaa;2;gaa;2;; aaa;30;aaa;30;aaa;16;; gta;55;gta;55;gca;14;; cds 198;59;cds 198;59;gta;54;; 23s;73;23s;73;cds 180;19;; 5s;;5s;30;23s;73;; ;;gac;;5s;69;; ;;;;tca;;; ;;;;;;; 16s;56;16s;56;16s;88;16s;80 atc;41;atc;41;gcc;12;gaa;258 gca;257;gca;257;gaa;258;23s;73 23s;73;23s;73;23s;73;5s;30 5s;100;5s;69;5s;30;gac; acc;57;tca;;gac;;; 5s;31;;;;;; gac;;;;;;; ;;;;;;; 16s;261;16s;261;;;; 23s;73;23s;73;;;; 5s;319;5s;317;;;; 16s;80;16s;261;;;; gaa;2;23s;73;;;; aaa;32;5s;30;;;; gca;14;gac;;;;; gta;257;;;;;; 23s;73;;;;;; 5s;30;;;;;; gac;;;;;;; </pre> ====vpb distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_distribution|vpb distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;ggc4;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;4;ggc4;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;;ggc4;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;acc 5s + 1 >a;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;8;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;7;tca 2 5s+ 2 a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;4;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;6;cca;2;caa;5;cga;;;cta;4;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;4;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total vpb;;11;;;;;11;;vpb;60;;;;;;60;;vpb;22;;;;;;22;;vpb;;;;12;;;12 </pre> ====vpb1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_données_intercalaires|vpb1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;vpb1;fx;fc;vpb1;fx40;fc40;vpb1;x-;c-;c;x;c;x;;c;x;;c;x; ;0;0;1;9;0;1;9;-1;;83;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;suite; ;0;10;12;254;1;2;25;-2;;0;284;337;97;;gcc;32;;cgg;64;;ttc ;3;20;12;187;2;1;45;-3;;0;140;243;2* 65;;atc;72;;cac;7;;aca ;0;30;9;114;3;2;36;-4;2;115;366;139;4* 89;;gaa;49;;cac;70;;ttc ;0;40;16;74;4;1;16;-5;;0;18;259;tRNA 23s;;;24;;cac;71;;aac ;1;50;26;58;5;0;24;-6;1;0;268;290;2* 264;;gca;**;;cac;7;;aca ;0;60;35;45;6;1;8;-7;;7;179;203;2* 265;;gaa;29;;cta;43;;ttc ;0;70;57;54;7;1;15;-8;1;41;50;477;264;;gta;47;;cta;**;;aac ;0;80;56;57;8;2;21;-9;;0;144;282;2* 319;;gta;24;;atgj;51;;ttc ;0;90;48;57;9;1;44;-10;;4;457;95;5s tRNA;;;52;;cta;21;;aca 3;1;100;36;48;10;1;20;-11;2;29;179;587;5* 30;;gac;29;;caa;39;;aac ;1;110;36;60;11;1;25;-12;;0;736;168;31;;gac;53;;cta;15;;aca ;0;120;20;53;12;0;31;-13;;3;390;135;100;;acc;24;;atgj;**;;aac ;0;130;33;50;13;0;21;-14;;21;327;302;69;;tca;52;;cta;56;;atgf 2;1;140;22;38;14;1;23;-15;1;0;153;456;tRNA 5s;;;29;;caa;18;;ggc ;1;150;15;47;15;2;18;-16;;1;227;620;57;;acc;54;;cta;35;;atgf ;2;160;13;47;16;0;9;-17;;12;15;96;tRNA tRNA;intra;;29;;caa;50;;ggc 1;0;170;16;47;17;1;19;-18;;0;569;206;2;;gaa;35;;cta;49;;ggc ;2;180;11;42;18;3;17;-19;;2;243;497;30;;aaa;48;;caa;49;;ggc ;1;190;18;31;19;2;8;-20;;10;11;964;**;;gta;31;;cta;30;;ggc ;0;200;16;31;20;2;16;-21;1;0;243;93;12;;gcc;77;;cta;55;;atgf 2;0;210;9;26;21;2;14;-22;1;2;100;;**;;gaa;77;;atgj;30;;ggc ;0;220;15;21;22;0;8;-23;;5;272;;41;;gca;31;;caa;39;;atgf ;1;230;14;26;23;0;9;-24;;0;234;;**;;atc;40;;cta;19;;ggc ;1;240;8;21;24;1;20;-25;;1;565;;14;;gta;**;;atgj;35;;atgf 1;2;250;8;22;25;0;10;-26;;1;190;;32;;gca;81;;tac;**;;ggc 1;0;260;12;15;26;1;15;-27;;0;156;;2;;aaa;81;;tac;13;;acc ;1;270;15;17;27;1;6;-28;;0;103;;**;;gaa;81;;tac;35;;gga ;1;280;8;12;28;1;18;-29;;2;CDS 16s;;41;;gca;**;;tac;36;;tac 2;1;290;12;15;29;2;5;-30;;0;454;556;**;;atc;32;;gtc;**;;aca ;0;300;9;19;30;1;9;-31;;0;504;496;30;;gta;**;;gtc;;; 1;0;310;7;18;31;1;11;-32;;1;487;;2;;aaa;10;;ggc;;; ;0;320;12;6;32;1;11;-33;;0;575;;**;;gaa;76;;tta;;; ;1;330;6;8;33;3;6;-34;;1;817;;tRNA tRNA;contig;;20;;ggc;;; 1;0;340;4;6;34;4;9;-35;;2;472;;35;;gac;**;;tgc;;; ;0;350;11;8;35;0;5;-36;;0;5s 16s;;**;;tgg;56;;atgf;;; ;0;360;7;4;36;0;10;-37;;0;319;;2* 68;;tgg;**;;ctc;;; ;1;370;8;6;37;2;6;-38;;0;317;;**;;gac;56;;cgt;;; ;0;380;5;4;38;1;6;-39;;0;16s 23s;;;;;57;;cgt;;; ;1;390;7;3;39;2;6;-40;;0;3* 277;;;;;57;;cgt;;; ;0;400;7;4;40;2;4;-41;1;0;23s 5s;;;;;57;;cgt;;; 6;4;reste;90;93;reste;732;1119;-42;;0;10* 91;;;;;57;;cgt;;; 20;27;total;782;1757;total;782;1757;-43;;0;5s CDS;;;;;56;;cgt;;; 14;23;diagr;691;1655;diagr;49;629;-44;1;0;;110;;;;210;;cgt;;; 0;3;t30;33;555;;;;-45;;0;;;;;;31;;cgt;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;**;;agc;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;;;;;;31;;cgt;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;**;;agc;;; ;x;781;13;1;795;;;-49;;0;;;;;;;;;;; ;c;1748;344;9;2101;;;-50;;1;;;;;;;;;;; ;;;;;2896;203;;reste;1;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;3099;;total;13;344;;;;;;;;;;; </pre> ====vpb2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_données_intercalaires|vpb2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;vpb2;fx;fc;vpb2;fx40;fc40;vpb2;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;11;0;1;11;-1;;50;32;501;16s tRNA;; ;0;10;11;116;1;0;18;-2;1;0;843;563;89;;gaa ;0;20;6;71;2;1;16;-3;;0;356;24;tRNA 23s;; 1;0;30;11;46;3;2;7;-4;4;53;221;329;263;;gta 1;1;40;8;27;4;1;6;-5;;0;222;678;5s tRNA;; ;0;50;17;21;5;0;4;-6;1;0;;537;69;;tca ;0;60;14;28;6;0;6;-7;;1;;314;tRNA tRNA;intra; ;0;70;29;30;7;1;4;-8;;23;;34;2;;gaa ;0;80;39;25;8;1;8;-9;;0;CDS 16s;;16;;aaa ;0;90;32;33;9;3;29;-10;;1;468;;14;;gca ;0;100;28;24;10;2;18;-11;1;11;;;**;;gta ;0;110;24;18;11;0;14;-12;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;; ;0;120;29;19;12;1;13;-13;;1;91;;73;;tgc ;0;130;18;17;13;1;5;-14;3;6;;;**;;tta ;0;140;11;16;14;0;6;-15;;0;;;73;;tgc ;0;150;16;15;15;1;8;-16;;0;;;**;;tta ;0;160;15;30;16;0;4;-17;;6;;;3;;ggc ;0;170;10;19;17;0;2;-18;;0;;;**;;tgc ;0;180;8;23;18;1;9;-19;;1;;;;; ;0;190;11;17;19;2;3;-20;;2;;;;; ;0;200;7;3;20;0;7;-21;;0;;;;; ;0;210;14;16;21;1;7;-22;;0;;;;; ;0;220;9;14;22;1;6;-23;1;2;;;;; ;2;230;9;13;23;0;4;-24;;0;;;;; ;0;240;13;18;24;0;5;-25;;0;;;;; ;0;250;14;9;25;1;4;-26;;4;;;;; ;0;260;12;7;26;1;4;-27;;0;;;;; ;0;270;11;9;27;3;4;-28;;0;;;;; ;0;280;6;8;28;2;6;-29;;2;;;;; ;0;290;7;6;29;0;3;-30;;0;;;;; ;0;300;3;9;30;2;3;-31;;0;;;;; ;0;310;2;6;31;0;3;-32;;1;;;;; 1;0;320;6;3;32;0;5;-33;;0;;;;; 1;0;330;8;3;33;1;3;-34;;0;;;;; ;0;340;5;8;34;1;2;-35;;1;;;;; ;0;350;1;8;35;1;2;-36;;0;;;;; ;1;360;6;8;36;1;1;-37;;0;;;;; ;0;370;5;2;37;1;3;-38;;1;;;;; ;0;380;7;2;38;1;1;-39;1;0;;;;; ;0;390;3;5;39;2;2;-40;;1;;;;; ;0;400;4;2;40;0;5;-41;;0;;;;; 4;1;reste;71;63;reste;524;557;-42;;0;;;;; 8;5;total;561;828;total;561;828;-43;;0;;;;; 4;4;diagr;489;754;diagr;36;260;-44;;0;;;;; 1;0;t30;28;233;;;;-45;;0;;;;; ;;;;;;;;-46;;1;;;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;; ;x;560;14;1;575;;;-49;;0;;;;; ;c;817;171;11;999;;;-50;;3;;;;; ;;;;;1574;32;;reste;1;0;;;;; ;;;;;;1606;;total;14;171;;;;; </pre> =====vpb1 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_autres_intercalaires_aas|vpb1 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vpb1;;;;; deb;;CDS;32632;33159;454;*; ;;rRNA;33614;35166;89;*;1553 ;;tRNA;35256;35331;2;*;gaa ;;tRNA;35334;35409;30;*;aaa ;;tRNA;35440;35515;319;*;gta ;;rRNA;35835;38725;91;*;2891 ;;rRNA;38817;38932;110;*;116 fin;comp;CDS;39043;39933;;0; deb;comp;CDS;49246;49659;337;*; ;;tRNA;49997;50073;32;*;cgg ;;tRNA;50106;50181;72;*;cac ;;tRNA;50254;50330;49;*;cac ;;tRNA;50380;50455;24;*;cac ;;tRNA;50480;50556;243;*;cac fin;comp;CDS;50800;51525;;0; deb;;CDS;330209;330847;37;*; ;;regulatory;330885;331020;72;*; fin;;CDS;331093;332085;;; deb;comp;CDS;398957;399760;284;*; ;comp;tRNA;400045;400120;140;*;atgi fin;comp;CDS;400261;402123;;; deb;;CDS;447282;448145;166;*; ;;ncRNA;448312;448741;175;*; fin;;CDS;448917;449867;;; deb;comp;CDS;503781;504251;439;*; ;;misc_f;504691;504810;54;*; fin;;CDS;504865;507324;;; deb;comp;CDS;568478;569656;13;*; ;comp;misc_f;569670;569792;107;*; fin;comp;CDS;569900;570226;;; deb;;CDS;574893;577466;504;*; ;;rRNA;577971;579523;97;*;1553 ;;tRNA;579621;579696;12;*;gcc ;;tRNA;579709;579784;265;*;gaa ;;rRNA;580050;582940;91;*;2891 ;;rRNA;583032;583147;30;*;116 ;;tRNA;583178;583254;35;*;gac ;;tRNA;583290;583366;366;*;tgg fin;;CDS;583733;584065;;; deb;comp;CDS;670277;672010;111;*; ;comp;tmRNA;672122;672489;67;*; fin;comp;CDS;672557;673042;;0; deb;;CDS;768334;769509;139;*; ;comp;tRNA;769649;769733;29;*;cta ;comp;tRNA;769763;769847;47;*;cta ;comp;tRNA;769895;769971;24;*;atgj ;comp;tRNA;769996;770080;52;*;cta ;comp;tRNA;770133;770207;29;*;caa ;comp;tRNA;770237;770321;53;*;cta ;comp;tRNA;770375;770451;24;*;atgj ;comp;tRNA;770476;770560;52;*;cta ;comp;tRNA;770613;770687;29;*;caa ;comp;tRNA;770717;770801;54;*;cta ;comp;tRNA;770856;770930;29;*;caa ;comp;tRNA;770960;771044;35;*;cta ;comp;tRNA;771080;771154;48;*;caa ;comp;tRNA;771203;771287;31;*;cta ;comp;tRNA;771319;771403;77;*;cta ;comp;tRNA;771481;771557;77;*;atgj ;comp;tRNA;771635;771709;31;*;caa ;comp;tRNA;771741;771825;40;*;cta ;comp;tRNA;771866;771942;18;*;atgj fin;comp;CDS;771961;772221;;; deb;comp;CDS;786539;786679;259;*; ;;tRNA;786939;787015;290;*;cca fin;comp;CDS;787306;788178;;0; deb;comp;CDS;801540;802046;268;*; ;comp;tRNA;802315;802391;179;*;agg fin;comp;CDS;802571;803704;;0; deb;comp;CDS;909155;910015;203;*; ;;tRNA;910219;910295;50;*;aga fin;;CDS;910346;910864;;; deb;;CDS;980739;981611;477;*; ;comp;tRNA;982089;982173;81;*;tac ;comp;tRNA;982255;982339;81;*;tac ;comp;tRNA;982421;982505;81;*;tac ;comp;tRNA;982587;982671;282;*;tac fin;;CDS;982954;984048;;; deb;;CDS;997215;999218;137;*; ;;ncRNA;999356;999452;132;*; fin;;CDS;999585;1000319;;0; deb;comp;CDS;1081601;1082191;116;*; ;comp;regulatory;1082308;1082397;266;*; fin;comp;CDS;1082664;1083668;;; deb;;CDS;1124121;1124570;144;*; ;;tRNA;1124715;1124802;457;*;tcc fin;;CDS;1125260;1126897;;; deb;comp;CDS;1170475;1170882;597;*; ;;regulatory;1171480;1171660;113;*; fin;;CDS;1171774;1173375;;0; deb;comp;CDS;1176029;1176982;364;*; ;;misc_f;1177347;1177484;54;*; fin;;CDS;1177539;1178435;;; deb;;CDS;1417803;1418141;179;*; ;;tRNA;1418321;1418397;32;*;gtc ;;tRNA;1418430;1418506;95;*;gtc fin;comp;CDS;1418602;1419771;;; deb;comp;CDS;1803089;1803247;528;*; ;;regulatory;1803776;1803877;118;*; fin;;CDS;1803996;1805372;;0; deb;comp;CDS;1984514;1987390;736;*; ;comp;tRNA;1988127;1988202;10;*;ggc ;comp;tRNA;1988213;1988299;76;*;tta ;comp;tRNA;1988376;1988451;20;*;ggc ;comp;tRNA;1988472;1988545;390;*;tgc fin;comp;CDS;1988936;1989493;;; deb;;CDS;2000638;2000763;-54;*; ;;misc_f;2000710;2000813;125;*; fin;;CDS;2000939;2002516;;; deb;comp;CDS;2157175;2158164;-12;*; ;comp;regulatory;2158153;2158286;173;*; fin;;CDS;2158460;2159353;;0; deb;comp;CDS;2161464;2163494;587;*; ;;tRNA;2164082;2164157;327;*;aac fin;;CDS;2164485;2165063;;; deb;;CDS;2191631;2193439;153;*; ;;tRNA;2193593;2193683;168;*;tca fin;comp;CDS;2193852;2194760;;0; deb;comp;CDS;2547201;2547656;227;*; ;comp;tRNA;2547884;2547960;56;*;atgf ;comp;tRNA;2548017;2548100;15;*;ctc fin;comp;CDS;2548116;2548454;;; deb;comp;CDS;2651265;2651522;569;*; ;comp;tRNA;2652092;2652168;56;*;cgt ;comp;tRNA;2652225;2652301;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652359;2652435;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652493;2652569;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652627;2652703;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652761;2652837;56;*;cgt ;comp;tRNA;2652894;2652970;210;*;cgt ;comp;tRNA;2653181;2653257;31;*;cgt ;comp;tRNA;2653289;2653380;243;*;agc deb;comp;CDS;2653624;2653689;11;*; ;comp;tRNA;2653701;2653777;31;*;cgt ;comp;tRNA;2653809;2653900;243;*;agc fin;comp;CDS;2654144;2654341;;; deb;;CDS;2699087;2699395;8;*; ;;ncRNA;2699404;2699588;4;*; fin;;CDS;2699593;2700186;;; deb;;CDS;2734457;2735596;100;*; ;;tRNA;2735697;2735772;64;*;ttc ;;tRNA;2735837;2735912;7;*;aca ;;tRNA;2735920;2735995;70;*;ttc ;;tRNA;2736066;2736141;71;*;aac ;;tRNA;2736213;2736288;7;*;aca ;;tRNA;2736296;2736371;43;*;ttc ;;tRNA;2736415;2736490;272;*;aac deb;;CDS;2736763;2738388;234;*; ;;tRNA;2738623;2738698;51;*;ttc ;;tRNA;2738750;2738825;21;*;aca ;;tRNA;2738847;2738922;39;*;aac ;;tRNA;2738962;2739037;15;*;aca ;;tRNA;2739053;2739128;135;*;aac deb;comp;CDS;2739264;2740697;565;*; ;comp;tRNA;2741263;2741339;31;*;gac ;comp;rRNA;2741371;2741487;57;*;117 ;comp;tRNA;2741545;2741620;100;*;acc ;comp;rRNA;2741721;2741836;91;*;116 ;comp;rRNA;2741928;2744818;264;*;2891 ;comp;tRNA;2745083;2745158;41;*;gca ;comp;tRNA;2745200;2745276;65;*;atc ;comp;rRNA;2745342;2746894;487;*;1553 fin;comp;CDS;2747382;2748635;;; deb;;CDS;2754342;2755625;302;*; ;comp;tRNA;2755928;2756012;190;*;ttg fin;comp;CDS;2756203;2756868;;0; deb;comp;CDS;2838215;2839336;326;*; ;;regulatory;2839663;2839841;102;*; fin;;CDS;2839944;2841296;;0; deb;;CDS;2847001;2847189;456;*; ;comp;tRNA;2847646;2847722;68;*;tgg ;comp;tRNA;2847791;2847867;30;*;gac ;comp;rRNA;2847898;2848013;91;*;116 ;comp;rRNA;2848105;2850995;265;*;2891 ;comp;tRNA;2851261;2851336;89;*;gaa ;comp;rRNA;2851426;2852978;575;*;1553 fin;comp;CDS;2853554;2854333;;; deb;;CDS;2985737;2986864;620;*; ;comp;tRNA;2987485;2987561;56;*;atgf ;comp;tRNA;2987618;2987693;18;*;ggc ;comp;tRNA;2987712;2987788;35;*;atgf ;comp;tRNA;2987824;2987899;50;*;ggc ;comp;tRNA;2987950;2988025;49;*;ggc ;comp;tRNA;2988075;2988150;49;*;ggc ;comp;tRNA;2988200;2988275;30;*;ggc ;comp;tRNA;2988306;2988382;55;*;atgf ;comp;tRNA;2988438;2988513;30;*;ggc ;comp;tRNA;2988544;2988620;39;*;atgf ;comp;tRNA;2988660;2988735;19;*;ggc ;comp;tRNA;2988755;2988831;35;*;atgf ;comp;tRNA;2988867;2988942;156;*;ggc fin;comp;CDS;2989099;2989644;;0; deb;;CDS;3060116;3060827;96;*; ;comp;tRNA;3060924;3061000;68;*;tgg ;comp;tRNA;3061069;3061145;30;*;gac ;comp;rRNA;3061176;3061291;91;*;116 ;comp;rRNA;3061383;3064273;264;*;2891 ;comp;tRNA;3064538;3064613;14;*;gta ;comp;tRNA;3064628;3064703;32;*;gca ;comp;tRNA;3064736;3064811;2;*;aaa ;comp;tRNA;3064814;3064889;89;*;gaa ;comp;rRNA;3064979;3066531;319;*;1553 ;comp;rRNA;3066851;3066966;91;*;116 ;comp;rRNA;3067058;3069948;277;*;2891 ;comp;rRNA;3070226;3071778;817;*;1553 fin;comp;CDS;3072596;3074731;;; deb;comp;CDS;3103806;3104990;103;*; ;comp;tRNA;3105094;3105169;13;*;acc ;comp;tRNA;3105183;3105257;35;*;gga ;comp;tRNA;3105293;3105377;36;*;tac ;comp;tRNA;3105414;3105489;206;*;aca fin;;CDS;3105696;3106619;;0; deb;;CDS;3109235;3110575;497;*; ;comp;tRNA;3111073;3111149;30;*;gac ;comp;rRNA;3111180;3111295;91;*;116 ;comp;rRNA;3111387;3114277;277;*;2891 ;comp;rRNA;3114555;3116107;317;*;1553 ;comp;rRNA;3116425;3116540;91;*;116 ;comp;rRNA;3116632;3119522;277;*;2891 ;comp;rRNA;3119800;3121352;556;*;1553 fin;;CDS;3121909;3122364;;1; deb;comp;CDS;3123914;3125749;55;*; ;comp;regulatory;3125805;3126005;184;*; fin;;CDS;3126190;3127299;;0; deb;;CDS;3173798;3174979;964;*; ;comp;tRNA;3175944;3176034;69;*;tca ;comp;rRNA;3176104;3176219;91;*;116 ;comp;rRNA;3176311;3179204;264;*;2894 ;comp;tRNA;3179469;3179544;41;*;gca ;comp;tRNA;3179586;3179662;65;*;atc ;comp;rRNA;3179728;3181280;472;*;1553 fin;comp;CDS;3181753;3182466;;; deb;comp;CDS;3213224;3215164;168;*; ;comp;regulatory;3215333;3215431;61;*; fin;comp;CDS;3215493;3215876;;0; deb;;CDS;3216111;3217093;93;*; ;comp;tRNA;3217187;3217263;30;*;gac ;comp;rRNA;3217294;3217409;91;*;116 ;comp;rRNA;3217501;3220391;319;*;2891 ;comp;tRNA;3220711;3220786;30;*;gta ;comp;tRNA;3220817;3220892;2;*;aaa ;comp;tRNA;3220895;3220970;89;*;gaa ;comp;rRNA;3221060;3222612;496;*;1553 fin;;CDS;3223109;3223657;;0; </pre> =====vpb2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_autres_intercalaires_aas|vpb2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vpb2;;;;; deb;comp;CDS;126972;127829;96;*; ;comp;regulatory;127926;128033;312;*; fin;;CDS;128346;129731;;; deb;;CDS;131915;132439;468;*; ;;rRNA;132908;134460;89;*;1553 ;;tRNA;134550;134625;2;*;gaa ;;tRNA;134628;134703;16;*;aaa ;;tRNA;134720;134795;14;*;gca ;;tRNA;134810;134885;263;*;gta ;;rRNA;135149;138041;91;*;2893 ;;rRNA;138133;138248;69;*;116 ;;tRNA;138318;138408;501;*;tca fin;comp;CDS;138910;139266;;; deb;comp;CDS;192242;192853;32;*; ;comp;tRNA;192886;192969;563;*;ctc fin;;CDS;193533;194741;;0; deb;;CDS;590953;591906;24;*; ;comp;tRNA;591931;592021;329;*;tca fin;;CDS;592351;593031;;0; deb;comp;CDS;1006811;1008613;843;*; ;comp;tRNA;1009457;1009530;73;*;tgc ;comp;tRNA;1009604;1009690;678;*;tta fin;;CDS;1010369;1012618;;0; deb;comp;CDS;1019688;1021211;356;*; ;comp;tRNA;1021568;1021641;73;*;tgc ;comp;tRNA;1021715;1021801;537;*;tta fin;;CDS;1022339;1023970;;; deb;comp;CDS;1028849;1029751;221;*; ;comp;tRNA;1029973;1030048;3;*;ggc ;comp;tRNA;1030052;1030125;222;*;tgc fin;comp;CDS;1030348;1031802;;; deb;comp;CDS;1124360;1124878;314;*; ;;tRNA;1125193;1125267;34;*;gga fin;comp;CDS;1125302;1126159;;; deb;;CDS;1291846;1292463;104;*; ;;regulatory;1292568;1292708;113;*; fin;;CDS;1292822;1293478;;; deb;;CDS;1311512;1311652;298;*; ;;regulatory;1311951;1312050;89;*; fin;;CDS;1312140;1313153;;; deb;;CDS;1632173;1633153;424;*; ;;regulatory;1633578;1633682;100;*; fin;;CDS;1633783;1635246;;0; </pre> ===Escherichia albertii=== ====eal opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal opérons]] <pre> 49.6%GC;10.3.19 Paris;16s 7;89;doubles;intercalaires Escherichia albertii;;;;; ;219063..219144;;tac;+;212 ;219357..219438;;tac;2 tac; ;;;;; ;413135..413219;;tcc;; ;;;;; ;462888..462972;;tca;; ;;;;; comp;489120..489191;;gga;;6 comp;489198..489270;;aca;; ;;;;; ;615149..615233;;tcc;; ;;;;; comp;756823..756895;;aaa;+;5 comp;756901..756973;;gta;3 aaa ;48 comp;757022..757094;;aaa;2 gta;5 comp;757100..757172;;gta;;48 comp;757221..757293;;aaa;; ;;;;; ;834529..834602;;atgj;+;10 ;834613..834694;;cta;2atgj ;26 ;834721..834792;;caa;2caa ;37 ;834830..834901;;caa;2 cag;18 ;834920..834993;;atgj;;51 ;835045..835116;;cag;;35 ;835152..835223;;cag;; ;;;;; comp;968958..969031;;aga;; ;;;;; comp;1192416..1192488;;acg;; ;;;;; comp;1269526..1269599;;gac;; ;;;;; comp;1277040..1277113;;gac;;52 comp;1277166..1277285;;5s;@1;169 comp;1277455..1280377;;23s;;186 comp;1280564..1280636;;gca;;45 comp;1280682..1280755;;atc;;70 comp;1280826..1282367;;16s;; ;;;;; ;1567231..1567314;;ctg;+;31 ;1567346..1567429;;ctg;3 ctg;35 ;1567465..1567548;;ctg;; ;;;;; comp;1657309..1657390;;ttg;; ;;;;; comp;1765401..1765473;;ggc;+;159 comp;1765633..1765705;;ggc;2 ggc; ;;;;; ;1795516..1795588;;ttc;; ;;;;; comp;2006002..2006121;;5s;;169 comp;2006291..2009214;;23s;;186 comp;2009401..2009473;;gca;;45 comp;2009519..2009592;;atc;;70 comp;2009663..2011202;;16s;; ;;;;; comp;2042057..2043241;;tuf1;CDS 1185pb;117 comp;2043359..2043431;;acc;;9 comp;2043441..2043512;;gga;;119 comp;2043632..2043713;;tac;;11 comp;2043725..2043797;;aca;@3; ;;;;; comp;2047429..2047548;;5s;;169 comp;2047718..2050648;;23s;;186 comp;2050835..2050907;;gca;;45 comp;2050953..2051026;;atc;;68 comp;2051095..2052636;;16s;; ;;;;; comp;2208305..2208424;;5s;@2;169 comp;2208594..2211517;;23s;;198 comp;2211716..2211788;;gaa;;85 comp;2211874..2213418;;16s;; ;;;;; comp;2267554..2267627;;cca;;43 comp;2267671..2267754;;ctg;;23 comp;2267778..2267850;;cac;;61 comp;2267912..2267985;;cgg;; ;;;;; comp;2305358..2305430;;tgg;;11 comp;2305442..2305515;;gac;;52 comp;2305568..2305687;;5s;;169 comp;2305857..2308779;;23s;;198 comp;2308978..2309050;;gaa;;85 comp;2309136..2310676;;16s;; ;;;;; comp;2426158..2426248;;tga;; ;;;;; ;2556305..2556378;;ccg;; ;;;;; ;2810766..2812307;;16s;;85 ;2812393..2812465;;gaa;;198 ;2812664..2815586;;23s;;169 ;2815756..2815875;;5s;;151 ;2816027..2816099;;acc;;40 ;2816140..2816259;;5s;; ;;;;; ;2911129..2911212;;ctc;; ;;;;; ; 2913088..2913161;;atgf;; ;;;;; comp;3010332..3010404;;atgi;; ;;;;; comp;3177717..3177789;;ttc;; ;;;;; ;3301617..3301687;;ggg;; ;;;;; comp;3366868..3366941;;atgf;+;37 comp;3366979..3367052;;atgf;3 atgf;37 comp;3367090..3367163;;atgf;; ;;;;; ;3469914..3470003;;agc;;6 ;3470010..3470083;;cgt;+;201 ;3470285..3470358;;cgt;3 cgt;200 ; 3470559..3470632;;cgt;; ;;;;; ;3505321..3505393;;atgi;; ;;;;; ;3563056..3564598;;16s;;85 ;3564684..3564756;;gaa;;198 ;3564955..3567876;;23s;;169 ;3568046..3568165;;5s;; ;;;;; comp;3779750..3779822;;aaa;;7 comp;3779830..3779902;;gta;+;47 comp;3779950..3780022;;gta;2 gta; ;;;;; ;3782718..3782790;;gcc;+;42 ;3782833..3782905;;gcc;2 gcc; ;;;;; comp;3810369..3810440;;agg;; ;;;;; comp;3993500..3993573;;ccc;; ;;;;; comp;4232176..4232248;;aac;; ;;;;; ;4233996..4234068;;aac;; ;;;;; comp;4242952..4243024;;aac;; ;;;;; comp;4248342..4248414;;aac;; ;;;;; ;4249406..4249492;;tcg;; ;;;;; ;4256696..4256768;;atgi;;100 ;4256869..4256942;;aga;; ;;;;; ;4317980..4318052;;ggc;;56 ;4318109..4318179;;tgc;;14 ;4318194..4318277;;tta;; ;;;;; comp;4556753..4556826;;gtc;+;7 comp;4556834..4556907;;gtc;2 gtc; </pre> ====eal cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_cumuls|eal cumuls]] <pre> eal cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;8;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;0;60;7;;150;;60;;400; ;max a;3;80;1;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;1;;250;;100;;600; ;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700; ;total aas;13;140;0;;350;;140;;800; sans ;opérons;38;160;1;;400;;160;;900; ;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000; ;max a;7;200;1;;500;;200;;1100; ;a doubles;10;;2;;;;;;; ;total aas;71;;33;0;;0;;0;;0 total aas;;84;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;53;;;;;;; ;;;variance;59;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; </pre> ====eal blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_blocs|eal blocs]] <pre> eal blocs;;; 16s;70;70;68 atc;45;45;45 gca;186;186;186 23s;169;169;169 5s;52;; gac;;; ;;; 16s;85;85;85 gaa;198;198;198 23s;169;169;169 5s;52;; gac;;; ;;; 16s;85;; gaa;198;; 23s;169;; 5s;151;; acc;40;; 5s;;; </pre> ====eal distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_distribution|eal distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;atgi 2a+>a;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;2;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;1;caa2;tta;1;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;cag2;ata;;aca;2;aaa;4;aga;1;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;atgf3;cta;1;cca;1;caa;;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;2;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;2;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;aaa (gta aaa)2;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total eal;;23;;;;;23;;eal;25;;;;;;25;;eal;23;;;;;;23;;eal;;;;4;;;4 </pre> ====eal données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_données_intercalaires|eal données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;eal;fx;fc;eal;fx40;fc40;eal;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;12;18;0;12;18;-1;0;157;158;376;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;45;323;1;5;35;-2;4;0;294;233;2* 70;;atc;212;;tac 1;1;20;26;264;2;8;39;-3;0;0;162;276;68;;atc;**;;tac ;0;30;28;126;3;10;50;-4;39;250;479;441;4* 85;;gaa;6;;gga 1;0;40;60;94;4;4;29;-5;0;0;284;601;tRNA 23s;;;**;;aca 2;1;50;80;91;5;1;17;-6;2;0;170;156;3* 186;;gca;5;;aaa 3;0;60;55;106;6;4;15;-7;2;13;164;256;4* 198;;gaa;48;;gta ;0;70;43;83;7;2;18;-8;1;58;223;248;5s tRNA;;;5;;aaa 2;1;80;31;75;8;3;18;-9;3;0;114;17;2* 52;;gac;48;;gta ;0;90;42;75;9;3;47;-10;2;6;437;41;151;;acc;**;;aaa 2;3;100;38;74;10;5;55;-11;0;37;132;195;tRNA 5s;;;10;;atgj 1;3;110;40;77;11;2;42;-12;1;0;165;272;40;;acc;26;;cta 1;3;120;27;61;12;2;36;-13;0;2;189;120;tRNA tRNA;intra;;37;;caa 1;1;130;37;57;13;2;19;-14;10;17;189;37;3* 45;;atc gca;18;;caa 1;1;140;33;55;14;1;47;-15;1;0;210;92;tRNA tRNA;contig;;51;;atgj ;3;150;34;50;15;6;26;-16;2;2;106;184;11;;tgg;35;;cag 1;2;160;38;45;16;3;25;-17;3;8;117;347;**;;gac;**;;cag 1;5;170;26;31;17;3;18;-18;2;0;150;59;;;;31;;ctg ;0;180;24;37;18;4;14;-19;1;5;102;125;;;;35;;ctg 1;2;190;43;31;19;1;17;-20;2;10;167;78;;;;**;;ctg 1;2;200;21;30;20;2;20;-21;0;0;398;237;;;;159;;ggc ;2;210;24;30;21;2;18;-22;1;1;91;510;;;;**;;ggc ;0;220;36;33;22;3;18;-23;1;7;408;367;;;;9;;acc ;1;230;21;23;23;0;11;-24;3;0;14;235;;;;119;;gga 3;0;240;13;19;24;3;17;-25;2;4;203;135;;;;11;;tac 2;0;250;15;25;25;4;9;-26;4;6;200;243;;;;**;;aca 1;0;260;19;27;26;5;7;-27;1;0;105;102;;;;43;;cca ;0;270;18;25;27;2;12;-28;1;3;144;58;;;;23;;ctc 2;0;280;14;22;28;5;4;-29;2;6;345;162;;;;61;;cac ;2;290;10;23;29;3;8;-30;3;0;315;71;;;;**;;cgg 1;1;300;7;19;30;1;22;-31;1;2;283;324;;;;37;;atgf ;0;310;11;16;31;6;8;-32;0;5;150;41;;;;37;;atgf ;1;320;15;10;32;4;7;-33;2;0;123;93;;;;**;;atgf 1;0;330;13;12;33;3;11;-34;1;0;192;55;;;;6;;agc ;0;340;9;5;34;5;10;-35;1;5;74;298;;;;201;;cgt 1;1;350;3;12;35;3;8;-36;0;0;100;;;;;200;;cgt ;0;360;6;14;36;6;11;-37;0;0;655;;;;;**;;cgt 1;0;370;13;8;37;5;11;-38;1;2;100;;;;;7;;aaa 1;0;380;15;10;38;11;9;-39;2;0;49;;;;;47;;gta ;0;390;10;3;39;14;9;-40;0;1;502;;;;;**;;gta ;1;400;8;9;40;3;10;-41;2;2;151;;;;;42;;gcc 3;5;reste;122;138;reste;1014;1461;-42;0;0;111;;;;;**;;gcc 35;42;total;1185;2286;total;1185;2286;-43;0;2;CDS 16s;;;;;100;;atgi 32;37;diagr;1051;2130;diagr;159;807;-44;0;1;364;339;;;;**;;aga 1;1;t30;99;713;;;;-45;0;0;370;477;;;;56;;ggc ;;;;;;;;-46;1;1;161;467;;;;14;;tgc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;2;0;;264;;;;**;;tta ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;3;0;23s 5s;;;;;7;;gtc ;x;1173;119;12;1304;;;-49;2;0;7* 169;;;;;**;;gtc ;c;2268;617;18;2903;;;-50;1;0;5s CDS;;;;;;; ;;;;;4207;537;;reste;7;4;300;113;;;;;; ;;;;;;4744;;total;119;617;56;98;;;;;; ;;;;;;;;;;;;460;;;;;; </pre> =====eal autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_autres_intercalaires_aas|eal autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;eal;;;;; deb;;CDS;1006;1392;99;*; ;comp;gene;1492;5941;-3070;*; fin;;CDS;2872;2988;;; deb;;CDS;3611;3976;-366;*; ;;mobile_el;3611;4839;-906;*; fin;;CDS;3934;4839;;; deb;;CDS;14985;15332;-348;*; ;;mobile_el;14985;16921;-1540;*; ;;gene;15382;16569;549;*; fin;;CDS;17119;18501;;; deb;comp;CDS;34568;34681;26;*; ;;gene;34708;38448;-4;*; fin;;CDS;38445;39989;;; deb;comp;CDS;99647;99793;-25;*; ;;gene;99769;99909;51;*; fin;;CDS;99961;100896;;0; deb;comp;CDS;102850;103833;195;*; ;;gene;104029;105320;30;*; fin;comp;CDS;105351;105914;;0; deb;;CDS;191840;192184;85;*; ;comp;gene;192270;193340;282;*; fin;comp;CDS;193623;194339;;0; deb;;CDS;199369;199794;-426;*; ;;mobile_el;199369;201785;-1995;*; fin;;CDS;199791;200141;;; deb;;CDS;218062;218904;158;*; ;;tRNA;219063;219144;212;*;tac ;;tRNA;219357;219438;376;*;tac fin;comp;CDS;219815;220912;;; deb;comp;CDS;239027;239722;104;*; ;comp;gene;239827;239964;271;*; fin;;CDS;240236;241336;;0; deb;comp;CDS;242534;244144;22;*; ;comp;gene;244167;244856;122;*; deb;;CDS;244979;245305;-327;*; ;;mobile_el;244979;246192;-891;*; fin;;CDS;245302;246192;;0; deb;;CDS;277602;278456;130;*; ;;gene;278587;280453;49;*; fin;comp;CDS;280503;280757;;0; deb;comp;CDS;285209;286279;9;*; ;comp;gene;286289;287587;329;*; fin;;CDS;287917;289449;;0; deb;comp;CDS;297458;298864;-1407;*; ;comp;mobile_el;297458;299261;-348;*; fin;comp;CDS;298914;299261;;; deb;comp;CDS;300053;300712;71;*; ;comp;gene;300784;300984;220;*; fin;;CDS;301205;301894;;; deb;comp;CDS;303386;307822;-3485;*; ;;repeat_reg;304338;304360;-23;*; ;;misc_f;304338;304432;-72;*; ;;repeat_reg;304361;304409;0;*; ;;repeat_reg;304410;304432;3985;*; fin;;CDS;308418;308762;;; deb;;CDS;309802;310167;-366;*; ;;mobile_el;309802;311030;-906;*; fin;;CDS;310125;311030;;; deb;;CDS;313323;313712;-232;*; ;;repeat_reg;313481;313501;-21;*; ;;misc_f;313481;313581;-93;*; ;;repeat_reg;313489;313509;-13;*; ;;repeat_reg;313497;313517;-16;*; ;;repeat_reg;313502;313520;-11;*; ;;repeat_reg;313510;313528;276;*; fin;comp;CDS;313805;314563;;; deb;comp;CDS;316137;316262;245;*; ;;gene;316508;316948;113;*; fin;comp;CDS;317062;318312;;1; deb;;CDS;332934;333359;-426;*; ;;mobile_el;332934;335350;-1995;*; fin;;CDS;333356;333706;;; deb;comp;CDS;411963;412901;233;*; ;;tRNA;413135;413219;276;*;tcc fin;comp;CDS;413496;414182;;; deb;;CDS;422060;426022;39;*; ;comp;gene;426062;426701;264;*; fin;;CDS;426966;427097;;; deb;comp;CDS;461328;462446;441;*; ;;tRNA;462888;462972;601;*;tca fin;comp;CDS;463574;463717;;0; deb;;CDS;463890;464255;-366;*; ;;mobile_el;463890;465118;-906;*; fin;;CDS;464213;465118;;; deb;comp;CDS;488610;488825;294;*; ;comp;tRNA;489120;489191;6;*;gga ;comp;tRNA;489198;489270;162;*;aca fin;comp;CDS;489433;489567;;; deb;comp;CDS;522240;523853;-1614;*; ;comp;mobile_el;522240;524454;-605;*; ;comp;gene;523850;524032;-4;*; fin;comp;CDS;524029;524454;;; deb;comp;CDS;545508;546056;180;*; ;comp;gene;546237;548084;260;*; fin;comp;CDS;548345;552805;;; deb;;CDS;590349;590696;-348;*; ;;mobile_el;590349;592284;-1539;*; fin;;CDS;590746;592284;;0; deb;comp;CDS;603716;607669;-1361;*; ;;repeat_reg;606309;606328;-20;*; ;;misc_f;606309;606445;-117;*; ;;repeat_reg;606329;606347;0;*; ;;repeat_reg;606348;606367;0;*; ;;repeat_reg;606368;606386;0;*; ;;repeat_reg;606387;606406;0;*; ;;repeat_reg;606407;606425;0;*; ;;repeat_reg;606426;606445;1358;*; fin;comp;CDS;607804;608298;;0; deb;;CDS;614451;614669;479;*; ;;tRNA;615149;615233;284;*;tcc fin;;CDS;615518;615646;;0; deb;;CDS;625353;625628;-276;*; ;;mobile_el;625353;626050;-504;*; fin;;CDS;625547;626050;;; deb;comp;CDS;660139;661350;273;*; ;;gene;661624;662214;34;*; fin;comp;CDS;662249;662533;;0; deb;;CDS;664227;664940;-14;*; ;comp;gene;664927;666254;7;*; fin;comp;CDS;666262;668610;;; deb;comp;CDS;730722;731225;-504;*; ;comp;mobile_el;730722;731371;-228;*; fin;comp;CDS;731144;731419;;0; deb;comp;CDS;747736;748551;79;*; ;comp;gene;748631;749979;68;*; fin;comp;CDS;750048;750362;;0; deb;comp;CDS;756185;756652;170;*; ;comp;tRNA;756823;756895;5;*;aaa ;comp;tRNA;756901;756973;48;*;gta ;comp;tRNA;757022;757094;5;*;aaa ;comp;tRNA;757100;757172;48;*;gta ;comp;tRNA;757221;757293;164;*;aaa fin;comp;CDS;757458;758249;;; deb;;CDS;782199;782768;47;*; ;;gene;782816;785265;13;*; fin;;CDS;785279;786010;;; deb;comp;CDS;797253;797513;3;*; ;comp;gene;797517;798173;1830;*; fin;comp;CDS;800004;803876;;; deb;;CDS;832389;834305;223;*; ;;tRNA;834529;834602;10;*;atgj ;;tRNA;834613;834694;26;*;cta ;;tRNA;834721;834792;37;*;caa ;;tRNA;834830;834901;18;*;caa ;;tRNA;834920;834993;51;*;atgj ;;tRNA;835045;835116;35;*;cag ;;tRNA;835152;835223;156;*;cag fin;comp;CDS;835380;836555;;0; deb;comp;CDS;849004;850455;-4;*; ;comp;gene;850452;851159;103;*; fin;;CDS;851263;851817;;0; deb;comp;CDS;957178;958083;-906;*; ;comp;mobile_el;957178;958406;-366;*; fin;comp;CDS;958041;958406;;; deb;comp;CDS;958518;960056;-1539;*; ;comp;mobile_el;958518;960453;-348;*; deb;comp;CDS;960106;960453;867;*; ;;gene;961321;961434;545;*; fin;;CDS;961980;962675;;; 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K-12 substr. MG1655;;;;;;; 50.6%GC;10.3.19 Paris;16s 7 ;89;doubles;interca;EcoCyc;adIP ;223771..225312;;16s;;68;opéron; ;225381..225457;;atc;;42;ileV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30045] ;225500..225575;;gca;;183;« ; ;225759..228662;;23s;;93;« ; ;228756..228875;;5s;@1;52;« ; ;228928..229004;;gac;;;aspU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30024] ;;;;;;; ;236931..237007;;gac;;;; ;;;;;;; ;262871..262946;;acg;;;; ;;;;;;; ;564723..564799;;aga;;;; ;;;;;;; comp;696430..696504;;cag;+;37;opéron; comp;696542..696616;;cag;2 cag;47;glnT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30029] comp;696664..696740;;atg;2 atg;15;« ; comp;696756..696830;;caa;2 caa;34;« ; comp;696865..696939;;caa;;23;« ; comp;696963..697047;;cta;;9;« ; comp;697057..697133;;atg;;;; ;;;;;;; ;780554..780629;;aaa;+;135;lysT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30055] ;780765..780840;;gta;5 aaa;2;opéron; ;780843..780918;;aaa;2 gta;149;« ; ;781068..781143;;gta;;3;valZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6389] ;781147..781222;;aaa;;146;opéron; ;781369..781444;;aaa;;132;lysZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6391] ;781577..781652;;aaa;;;lysQ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6392] ;;;;;;EcoCyc;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30055&chromosome=COLI-K12] comp;925884..925971;;tcc;;;InfA-serW;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30096&chromosome=COLI-K12] ;;;;;;; comp;1031625..1031712;;tca;;;; ;;;;;;; comp;1097565..1097652;;tcc;;;; ;;;;;;; comp;1287087..1287176;;tpr ;cds 90pb;67;tpr; comp;1287244..1287328;;tac;+;209;opéron; comp;1287538..1287622;;tac;2 tac;;tyrT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30106] ;;;;;;; ; 1746435..1746511;;gtc;+;4;valV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30111] ; 1746516..1746592;;gtc;2 gtc;;opéron; ;;;;;;«RNA 67pb; comp;1991815..1991901;;tta;;12;leuZ;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1983402/2000314] comp;1991914..1991987;;tgc;;54;« ; comp;1992042..1992117;;ggc;;;opéron; ;;;;;;; comp;2043468..2043557;;tcg;;;; ;;;;;;; ;2044549..2044624;;aac;;;; ;;;;;;; comp;2058027..2058102;;aac;;;; ;;;;;;; ; 2059851..2059926;;aac;;;; ;;;;;;; ;2062260..2062335;;aac;;;; ;;;;;;; ;2286211..2286287;;ccc;;;; ;;;;;;; ;2466309..2466383;;agg;;;; ;;;;;;; comp;2518041..2518116;;gcc;+;39;alaX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30012] comp;2518156..2518231;;gcc;2 gcc;;opéron; ;;;;;;; ;2520931..2521006;;gta;+;44;valU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30110] ;2521051..2521126;;gta;3gta;46;opéron; ;2521173..2521248;;gta;;4;« ; ;2521253..2521328;;aaa;;;« ; ;;;;;;; comp;2726069..2726188;;5s;@2;92;opéron; comp;2726281..2729184;;23s;;184;; comp;2729369..2729444;;gaa;;171;; comp;2729616..2731157;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2785762..2785837;;atgi;;;; ;;;;;;; comp;2817784..2817860;;cgt;+;198;« ; comp;2818059..2818135;;cgt;4 cgt;62;« ; comp;2818198..2818274;;cgt;;198;« ; comp;2818473..2818549;;cgt;;3;opéron; comp;2818553..2818645;;agc;;;serV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30013] ;;;;;;; ;2947387..2947463;;atgf;+;33;opéron; ;2947497..2947573;;atgf;3 atgf;33;metW;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG31117] ;2947607..2947683;;atgf;;;« ; ;;;;;;; comp;2998984..2999057;;ggg;;;; ;;;;;;; ;3110366..3110441;;ttc;;;; ;;;;;;; ;3215598..3215673;;atgi;;;; ;;;;;;; comp;3318213..3318289;;atgf;;;; ;;;;;;; comp;3322072..3322158;;ctc;;;; ;;;;;;; comp;3423423..3423542;;5s;;37;« ; comp;3423580..3423655;;acc;;12;« ; comp;3423668..3423787;;5s;;92;« ; comp;3423880..3426783;;23s;;174;« ; comp;3426958..3427033;;gca;;42;« ; comp;3427076..3427152;;atc;;68;ileU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30044] comp;3427221..3428762;;16s;;;opéron; ;;;;;;; comp;3708616..3708692;;ccg;;;; ;;;;;;; ;3836222..3836316;;tga;;;; ;;;;;;ecoliwiki;[https://ecoliwiki.org/colipedia/index.php/Category:rRNA_operons] ;3941808..3943349;;16s;;85;gltU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30033] ;3943435..3943510;;gaa;;193;opéron; ;3943704..3946607;;23s;;92;« ; ;3946700..3946819;;5s;;52;« ; ;3946872..3946948;;gac;;8;aspT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30023] ;3946957..3947032;;tgg;;;trpT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30105] ;;;;;;; ;3982375..3982451;;cgg;;57;argX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30017] ;3982509..3982585;;cac;;20;opéron; ;3982606..3982692;;ctg;;42;« ; ;3982735..3982811;;cca;;;« ; ;;;;;;; ;4035531..4037072;;16s;;68;opéron; ;4037141..4037217;;atc;;42;ileT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30043] ;4037260..4037335;;gca;;183;« ; ;4037519..4040423;;23s;;93;« ; ;4040517..4040636;;5s;;;« ; ;;;;;;; ;4166659..4168200;;16s;;171;opéron; ;4168372..4168447;;gaa;;193;; ;4168641..4171544;;23s;;92;; ;4171637..4171756;;5s;;;; ;;;;;;; ;4175388..4175463;;aca;@3;8;thrU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30101] ;4175472..4175556;;tac;;116;opéron; ;4175673..4175747;;gga;;6;« ; ;4175754..4175829;;acc;;114;« ; ;4175944..4177128;;tufb;cds 1185 pb;;« ; ;;;;;;; ;4208147..4209688;;16s;;85;opéron; ;4209774..4209849;;gaa;;193;; ;4210043..4212946;;23s;;93;; ;4213040..4213159;;5s;;;; ;;;;;;; comp;4362551..4362626;;ttc;;;; ;;;;;;; ;4392360..4392435;;ggc;+;36;opéron; ;4392472..4392547;;ggc;3 ggc;35;glyX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30040] ;4392583..4392658;;ggc;;;« ; ;;;;;;; ;4496405..4496489;;ttg;;;; ;;;;;;; comp;4606079..4606165;;ctg;+;34;opéron; comp;4606200..4606286;;ctg;3 ctg;28;leuV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30051] comp;4606315..4606401;;ctg;;;« ; </pre> ====eco cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cumuls|eco cumuls]] <pre> eco cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;10;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;0;60;6;;150;;60;;400; ;max a;3;80;1;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;0;;250;;100;;600; ;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700; ;total aas;14;140;2;;350;;140;;800; sans ;opérons;36;160;2;;400;;160;;900; ;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000; ;max a;7;200;2;;500;;200;;1100; ;a doubles;10;;1;;;;;;; ;total aas;72;;36;0;;0;;0;;0 total aas;;86;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;57;;;;;;; ;;;variance;60;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; </pre> ====eco cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cds|eco cds]] <pre> les CDS eco pour opérons;;;;;;;;; clusters;6.8.19 Paris ;;;interca;cdsa;promoteur;terminateur;notes; ;222833..223408;;cds;362;192;sigma FIS;;; ;223771..225312;;16s;68;;;;; ;225381..225457;;atc;42;;;;; ;225500..225575;;gca;183;;;;; ;225759..228662;;23s;93;;;;; ;228756..228875;;5s;52;;;;; ;228928..229004;;gac;162;;Terminateur;+ sigma;; ;229167..229970;;cds;;268;;;; ;;;;;;;;; comp;2724448..2725746;;cds;322;433;rien;début opéron ;rien; comp;2726069..2726188;;5s;92;;;;; comp;2726281..2729184;;23s;184;;;;; comp;2729369..2729444;;gaa;171;;;;; comp;2729616..2731157;;16s;442;;sigma FIS;;; comp;2731600..2734173;;cds;;858;;;; ;;;;;;;;; ;3422436..3423194;;cds;228;253;Terminateur;fin opéron ;rien; comp;3423423..3423542;;5s;37;;;;; comp;3423580..3423655;;acc;12;;;;; comp;3423668..3423787;;5s;92;;;;; comp;3423880..3426783;;23s;174;;;;; comp;3426958..3427033;;gca;42;;;;; comp;3427076..3427152;;atc;68;;;;; comp;3427221..3428762;;16s;473;;sigma FIS;;; ;3429236..3429790;;cds;;185;;;; ;;;;;;;;; comp;3940635..3941327;;cds;480;231;sigma FIS;;; ;3941808..3943349;;16s;85;;;;; ;3943435..3943510;;gaa;193;;;;; ;3943704..3946607;;23s;92;;;;; ;3946700..3946819;;5s;52;;;;; ;3946872..3946948;;gac;8;;;;; ;3946957..3947032;;tgg;95;;Terminateur;fin opéron ;rien; comp;3947128..3947967;;cds;;280;;;; ;;;;;;;;; ;4034608..4035153;;cds;377;182;Sigma Lrp-leu;;; ;4035531..4037072;;16s;68;;;;; ;4037141..4037217;;atc;42;;;;; ;4037260..4037335;;gca;183;;;;; ;4037519..4040423;;23s;93;;;;; ;4040517..4040636;;5s;228;;;;; ;4040865..4040900;;rprg;5;;pas de Term;fin opéron ;rien; comp;4040906..4041433;;cds;;176;;;; ;;;;;;;;; ;4165428..4166285;;cds;373;286;Sigma Lrp-leu;;; ;4166659..4168200;;16s;171;;;;; ;4168372..4168447;;gaa;193;;;;; ;4168641..4171544;;23s;92;;;;; ;4171637..4171756;;5s;300;;Terminateur;début opéron ;rien; ;4172057..4173085;;cds;;343;;;; ;;;;;;;;; comp;4205943..4207532;;cds;614;530;sigma FIS;;; ;4208147..4209688;;16s;85;;;;; ;4209774..4209849;;gaa;193;;;;; ;4210043..4212946;;23s;93;;;;; ;4213040..4213159;;5s;74;;Terminateur;début opéron ;rien; ;4213234..4213617;;cds;;128;;;; ;;;;;;;;; ;695101..696276;;cds;31;392;;;; comp;696308..696378;;rprg;51;;Terminateur;fin opéron;rien; comp;696430..696504;;cag;37;;;;; comp;696542..696616;;cag;47;;;;; comp;696664..696740;;atg;15;;;;; comp;696756..696830;;caa;34;;;;; comp;696865..696939;;caa;23;;;;; comp;696963..697047;;cta;9;;;;; comp;697057..697133;;atg;379;;sigma FIS;fin opéron;rien; comp;697513..699177;;cds;;555;;;; ;;;;;;;;; ;779598..780389;;cds;164;264;sigma FIS;fin opéron;rien; ;780554..780629;;aaa;135;;;;; ;780765..780840;;gta;2;;;;; ;780843..780918;;aaa;149;;;;; ;781068..781143;;gta;3;;;;; ;781147..781222;;aaa;146;;;;; ;781369..781444;;aaa;132;;;;; ;781577..781652;;aaa;432;;Terminateur;début opéron;NadR pas sigma; ;782085..783128;;cds;;348;;;; ;;;;;;;;; ;1286709..1286984;;cds;81;92;Terminateur;;; comp;1287066..1287236;;ncRNA;-150;;;;; comp;1287087..1287176;;tpr ;67;30;;;; comp;1287244..1287328;;tac;209;;;;; comp;1287538..1287622;;tac;159;;sigma FIS;;; comp;1287782..1288624;;cds;;281;;;; ;;;;;;;;; solitaires;;;;promoteur;terminateur;interc avant;interc après;protéines;lien ;236931..237007;;gac;sigma FIS;Term 1;133;328;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=228513/245425] ;262871..262946;;acg;sigma FIS;rien;115;204;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=262297/263521] ;564723..564799;;aga;sigma FIS;rien;243;16;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=564149/565373] comp;925884..925971;;InfA-tcc;sigma FIS;Term 1;344;254;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30096&chromosome=COLI-K12] comp;1031625..1031712;;tca;sigma FIS;Term 2;207;427;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1023213/1040125] comp;1097565..1097652;;tcc;sigma FIS;Term 4;736;234;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1089153/1106065] comp;2043468..2043557;;tcg;sigma -;Term 1;570;94;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2035057/2051969] ;2044549..2044624;;aac;sigma -;Term 1;101;314;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2036131/2053043] comp;2058027..2058102;;aac;sigma -;Term 1;453;101;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2049609/2066521] ; 2059851..2059926;;aac;sigma -;Term 1;5;38;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2051433/2068345] ;2062260..2062335;;aac;sigma NtrC;rien;327;56;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2053842/2070754] ;2286211..2286287;;ccc;sigma FIS;Term 1;75;103;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2277793/2294705] ;2466309..2466383;;agg;sigma -;Term 1;76;162;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2457890/2474802] comp;2785762..2785837;;atgi;rien;rien;410;-37;évidence faible1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2777344/2794256] comp;2998984..2999057;;ggg;sigma FIS;rien;156;79;évidence faible;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2990565/3007477] ;3110366..3110441;;ttc;sigma FIS;Term 1;106;149;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3101948/3118860] ;3215598..3215673;;atgi;sigma -;Term 1;125;54;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3207180/3224092] comp;3318213..3318289;;atgf;sigma FIS;Term 2;207;348;protéines1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3309795/3326707] comp;3322072..3322158;;ctc;sigma -;Term 1;459;15;protéine2;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3313659/3330571] comp;3708616..3708692;;ccg;sigma FIS;Term 2;911;92;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3700198/3717110] ;3836222..3836316;;tga;sigma -;rien;293;109;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3827813/3844725] comp;4362551..4362626;;ttc;sigma FIS;Term 1;198;107;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4354133/4371045] ;4496405..4496489;;ttg;sigma FIS;Term 1;196;261;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4487991/4504903] </pre> ====eco blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_blocs|eco blocs]] <pre> eco blocs;;;; 16s;68;16s;68;68 atc;42;atc;42;42 gca;174;gca;183;183 23s;92;23s;93;93 5s;12;5s;52; acc;37;gac;; 5s;;;; ;;;; 16s;85;171;171;85 gaa;193;184;193;193 23s;92;92;92;93 5s;52;;; gac;;;; </pre> ====eco distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_distribution|eco distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta3;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;3;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;;23;;4;;;29;;eco;;;;4;;;4 </pre> ====eco données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_données_intercalaires|eco données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;eco;fx;fc;eco;fx40;fc40;eco;c-;x-;c;x;c;x;;c;x; ;0;0;13;16;0;13;16;-1;162;0;162;242;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; 1;0;10;35;345;1;4;43;-2;0;2;132;153;2* 171;;gaa;37;;cag ;1;20;10;265;2;6;51;-3;0;0;327;343;3* 68;;atc;47;;cag ;0;30;18;135;3;10;44;-4;260;43;114;426;2* 85;;gaa;15;;atgj 2;0;40;63;79;4;5;27;-5;0;0;379;735;tRNA 23s;;;34;;caa ;0;50;78;73;5;1;14;-6;0;0;164;233;184;;gaa;23;;caa 2;0;60;51;104;6;3;13;-7;14;1;432;307;174;;gca;9;;cta ;1;70;37;89;7;3;24;-8;59;1;253;569;3* 193;;gaa;**;;atgj 1;3;80;21;88;8;1;15;-9;0;2;206;93;2* 183;;gca;135;;aaa ;0;90;29;67;9;2;56;-10;6;0;67;452;5s tRNA;;;2;;gta 2;3;100;34;82;10;0;58;-11;34;0;159;4;12;;acc;149;;aaa ;4;110;36;83;11;2;48;-12;0;1;107;37;2* 52;;gac;3;;gta ;2;120;32;58;12;3;39;-13;3;0;151;326;tRNA 5s;;;146;;aaa 1;0;130;33;52;13;0;23;-14;14;5;100;55;37;;acc;132;;aaa ;1;140;39;51;14;0;37;-15;0;0;313;235;tRNA tRNA;;intra;**;;aaa 1;1;150;28;50;15;1;23;-16;2;1;100;258;3* 42;;atc gca;209;;tac 1;3;160;39;41;16;2;20;-17;10;0;74;264;;;;**;;tac ;2;170;32;41;17;1;19;-18;0;2;75;208;;;;4;;gtc ;0;180;22;41;18;0;19;-19;4;1;208;73;;;;**;;gtc ;0;190;30;37;19;0;14;-20;9;1;750;148;;;;12;;tta 1;0;200;29;31;20;1;23;-21;0;2;280;124;;;;54;;tgc 1;4;210;35;36;21;1;17;-22;3;0;315;53;;;;**;;ggc ;0;220;29;37;22;0;18;-23;6;1;155;347;;;;39;;ggc ;0;230;20;20;23;1;13;-24;0;2;78;292;;;;**;;ggc 2;1;240;24;18;24;6;19;-25;2;2;105;95;;;;44;;gta 1;0;250;24;17;25;0;10;-26;7;1;206;361;;;;46;;gta 1;1;260;22;26;26;1;14;-27;0;1;458;195;;;;4;;gta 1;1;270;14;14;27;0;14;-28;3;1;14;38;;;;**;;aaa ;1;280;21;16;28;4;8;-29;4;1;910;;;;;198;;cgt ;0;290;17;21;29;2;9;-30;0;1;91;;;;;62;;cgt 1;0;300;9;17;30;3;13;-31;1;0;102;;;;;198;;cgt 1;0;310;9;13;31;3;6;-32;5;1;146;;;;;3;;cgt ;2;320;16;12;32;3;7;-33;0;1;114;;;;;**;;agc 1;1;330;7;11;33;2;7;-34;0;0;106;;;;;33;;atgf ;0;340;11;6;34;7;8;-35;1;3;210;;;;;33;;atgf 2;0;350;2;9;35;5;7;-36;0;0;233;;;;;**;;atgf ;0;360;11;10;36;4;15;-37;1;0;267;;;;;8;;gac 1;0;370;7;12;37;11;7;-38;1;1;CDS 16s ;;;;;**;;tgg ;1;380;18;4;38;6;7;-39;0;1;362;473;;;;57;;cgg ;0;390;6;3;39;14;8;-40;0;0;442;480;;;;20;;cac ;0;400;6;10;40;8;7;-41;0;1;377;614;;;;42;;ctg 5;4;reste;57;64;reste;935;1364;-42;0;0;373;;;;;**;;cca 29;37;total;1074;2204;total;1074;2204;-43;8;0;23s 5s;;;;;8;;aca 24;33;diagr;1004;2124;diagr;126;824;-44;1;1;3* 93;;;;;116;;tac 1;1;t30;63;745;;;;-45;0;0;4* 92;;;;;6;;gga ;;;;;;;;-46;0;0;5s CDS;;;;;**;;acc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;300;81;;;;36;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;1;74;228;;;;35;;ggc ;x;1061;95;13;1169;;;-49;1;0;;269;;;;**;;ggc ;c;2188;647;16;2851;;;-50;1;0;;;;;;34;;ctg ;;;;;4020;712;;reste;25;13;;;;;;28;;ctg ;;;;;;4732;;total;647;95;;;;;;**;;ctg </pre> =====eco autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires_aas|eco autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> ;autres intercalaires;;eco27622;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre inter;aas deb;;CDS;14168;15298;88;; ;;mobile_el;15387;16731;-1287;*; fin;;CDS;15445;16557;;; deb;comp;CDS;16751;16960;-9;; ;;ncRNA;16952;17010;478;*; fin;;CDS;17489;18655;;; deb;;CDS;18715;19620;175;; ;comp;mobile_el;19796;20563;-753;*; fin;comp;CDS;19811;20314;;; deb;comp;CDS;74497;75480;35;; ;comp;ncRNA;75516;75608;35;*; deb;comp;CDS;75644;77299;67;; ;;ncRNA;77367;77593;-206;*; fin;;CDS;77388;77519;;; deb;;CDS;91413;93179;-695;; ;;ncRNA;92485;92658;507;*; fin;;CDS;93166;94653;;; deb;comp;CDS;188712;189506;205;; ;;ncRNA;189712;189847;26;*; fin;;CDS;189874;190599;;; deb;;CDS;193521;194717;66;; ;;ncRNA;194784;194844;58;*; fin;;CDS;194903;195664;;; deb;;CDS;222833;223408;362;; 16s;;rRNA;223771;225312;68;*; ;;tRNA;225381;225457;42;*;atc 23s;;tRNA;225500;225575;183;*;gca 5s;;rRNA;225759;228662;93;*; ;;rRNA;228756;228875;52;*; ;;tRNA;228928;229004;162;*;gac fin;;CDS;229167;229970;;; deb;;CDS;236067;236798;132;; ;;tRNA;236931;237007;327;*;gac fin;;CDS;237335;238120;;; deb;comp;CDS;238257;238736;9;; ;comp;gene;238746;239084;105;*; ;;gene;239190;239378;40;*; fin;comp;CDS;239419;240189;;; deb;;CDS;247637;248134;223;; ;comp;gene;248358;250070;1;*; ;;gene;250072;250827;70;*; fin;;CDS;250898;251953;;; deb;;CDS;252709;253161;305;; ;;gene;253467;253733;-32;*; ;;gene;253702;254202;56;*; fin;comp;CDS;254259;255716;;; deb;;CDS;256527;257771;57;; ;;misc_f;257829;257899;8;*; ;comp;mobile_el;257908;258675;-753;*; fin;comp;CDS;257923;258426;;; deb;comp;CDS;258345;258620;55;; ;;misc_f;258676;259006;38;*; fin;comp;CDS;259045;260100;;; deb;;CDS;261503;262756;114;; ;;tRNA;262871;262946;-49;*;acg ;;misc_f;262898;297205;-34056;*; ;comp;gene;263150;263212;115;*; fin;comp;CDS;263328;263669;;; deb;comp;CDS;266110;266553;-1;; ;comp;gene;266553;266774;1;*; ;comp;gene;266776;266967;216;*; fin;comp;CDS;267184;268005;;; deb;comp;CDS;269289;270182;23;; ;;mobile_el;270206;270540;-263;*; ;;misc_f;270278;270540;0;*; ;;mobile_el;270541;271761;-1159;*; deb;;CDS;270603;271754;7;; ;;mobile_el;271762;272190;-427;*; ;;misc_f;271764;272190;389;*; ;;ncRNA;272580;272654;192;*; deb;;CDS;272847;273992;-38;; ;comp;mobile_el;273955;275149;-1049;*; fin;comp;CDS;274101;275081;;; deb;comp;CDS;277756;278802;11;; ;comp;gene;278814;279162;0;*; ;comp;mobile_el;279163;279930;-753;*; fin;comp;CDS;279178;279681;;; deb;comp;CDS;279600;279875;55;; ;;gene;279931;280104;-174;*; ;;mobile_el;279931;280111;2;*; ;comp;gene;280114;280362;-249;*; ;comp;mobile_el;280114;280425;-41;*; fin;comp;CDS;280385;280735;;; deb;;CDS;290510;290638;-5;; ;comp;mobile_el;290634;291401;-753;*; fin;comp;CDS;290649;291152;;; deb;comp;CDS;313141;313242;473;; ;comp;gene;313716;313805;551;*; ;;gene;314357;315244;-16;*; ;;mobile_el;315229;316483;-1193;*; fin;;CDS;315291;315590;;; deb;;CDS;315587;316453;-4;; ;comp;gene;316450;317136;302;*; ;;gene;317439;317567;158;*; fin;comp;CDS;317726;318319;;; deb;comp;CDS;380069;380842;1;; ;comp;misc_f;380844;381260;-1;*; ;;mobile_el;381260;382590;-1240;*; fin;;CDS;381351;381716;;; deb;;CDS;381674;382579;11;; ;comp;misc_f;382591;382872;-134;*; fin;comp;CDS;382739;383935;;; deb;comp;CDS;388753;389727;523;; ;;misc_f;390251;391708;-117;*; deb;comp;CDS;391592;391648;60;; ;comp;mobile_el;391709;392966;-1228;*; fin;comp;CDS;391739;392605;;; deb;comp;CDS;392602;392901;68;; ;;misc_f;392970;394418;87;*; fin;;CDS;394506;395129;;; deb;;CDS;408177;408461;147;; ;;gene;408609;408950;-4;*; fin;;CDS;408947;409030;;; deb;comp;CDS;475982;476371;76;; ;;ncRNA;476448;476561;110;*; fin;;CDS;476672;477025;;; deb;comp;CDS;506603;507082;121;; ;;ncRNA;507204;507287;-2;*; fin;comp;CDS;507286;508080;;; deb;;CDS;527581;527949;-1;; ;;gene;527949;528659;-20;*; ;;gene;528640;529130;366;*; ;;gene;529497;529592;52;*; fin;comp;CDS;529645;530016;;; deb;;CDS;533011;533826;-198;; ;;ncRNA;533629;533863;52;*; fin;;CDS;533916;535697;;; deb;comp;CDS;563848;564480;242;; ;;tRNA;564723;564799;-45;*;aga ;;misc_f;564755;586056;-21242;*; deb;comp;CDS;564815;565978;-121;; ;comp;gene;565858;566079;18;*; ;comp;gene;566098;566361;14;*; ;;gene;566376;566687;-4;*; ;;misc_f;566684;566776;0;*; ;;mobile_el;566777;568034;-1193;*; fin;;CDS;566842;567141;;; deb;;CDS;567138;568004;30;; ;;misc_f;568035;568247;67;*; fin;;CDS;568315;568647;;; deb;;CDS;573956;574339;189;; ;comp;misc_f;574529;574586;4;*; ;comp;mobile_el;574591;575785;-1049;*; deb;comp;CDS;574737;575717;68;; ;comp;misc_f;575786;576825;572;*; fin;;CDS;577398;577613;;; deb;;CDS;580834;581379;-26;; ;;gene;581354;581662;-129;*; deb;;CDS;581534;582097;54;; ;comp;gene;582152;582806;68;*; fin;;CDS;582875;583060;;; deb;comp;CDS;606265;607383;349;; ;comp;ncRNA;607733;607792;43;*; deb;;CDS;607836;607988;18;; ;;mobile_el;608007;609351;-1287;*; fin;;CDS;608065;609177;;; deb;comp;CDS;657555;657938;92;; ;;gene;658031;658818;128;*; fin;;CDS;658947;659150;;; deb;comp;CDS;685929;686669;11;; ;comp;ncRNA;686681;686843;-5;*; deb;comp;CDS;686839;687747;103;; ;comp;mobile_el;687851;689045;-1049;*; fin;comp;CDS;687997;688977;;; deb;;CDS;695101;696276;153;; ;comp;tRNA;696430;696504;37;*;cag ;comp;tRNA;696542;696616;47;*;cag ;comp;tRNA;696664;696740;15;*;atgj ;comp;tRNA;696756;696830;34;*;caa ;comp;tRNA;696865;696939;23;*;caa ;comp;tRNA;696963;697047;9;*;cta ;comp;tRNA;697057;697133;379;*;atgj fin;comp;CDS;697513;699177;;; deb;;CDS;706093;707757;478;; ;;ncRNA;708236;708333;0;*; fin;;CDS;708334;709740;;; deb;;CDS;715412;715906;40;; ;comp;gene;715947;716597;123;*; ;comp;gene;716721;716870;75;*; fin;comp;CDS;716946;718265;;; deb;;CDS;733776;734102;117;; ;;gene;734220;735653;-4;*; fin;;CDS;735650;736219;;; deb;;CDS;736445;736699;200;; ;;gene;736900;737961;130;*; fin;;CDS;738092;738853;;; deb;;CDS;764180;765049;0;; ;;ncRNA;765050;765150;2;*; fin;comp;CDS;765153;765875;;; deb;;CDS;779598;780389;164;; ;;tRNA;780554;780629;135;*;aaa ;;tRNA;780765;780840;2;*;gta ;;tRNA;780843;780918;149;*;aaa ;;tRNA;781068;781143;3;*;gta ;;tRNA;781147;781222;146;*;aaa ;;tRNA;781369;781444;132;*;aaa ;;tRNA;781577;781652;432;*;aaa fin;;CDS;782085;783128;;; deb;;CDS;836351;837436;-2;; ;comp;ncRNA;837435;837531;-29;*; fin;;CDS;837503;837562;;; deb;comp;CDS;851014;852597;127;; ;comp;ncRNA;852725;853064;-196;*; fin;comp;CDS;852869;852997;;; deb;;CDS;887423;887959;19;; ;comp;ncRNA;887979;888057;76;*; fin;comp;CDS;888134;889819;;; deb;;CDS;923264;925540;343;; ;comp;tRNA;925884;925971;253;*;tcc fin;comp;CDS;926225;926443;;; deb;comp;CDS;1030759;1031418;206;; ;comp;tRNA;1031625;1031712;426;*;tca fin;;CDS;1032139;1033257;;; deb;comp;CDS;1049439;1049744;33;; ;;mobile_el;1049778;1050545;-713;*; fin;;CDS;1049833;1050108;;; deb;;CDS;1079305;1080813;542;; ;;gene;1081356;1082185;57;*; fin;;CDS;1082243;1083370;;; deb;;CDS;1092876;1094234;10;; ;comp;mobile_el;1094245;1095502;-1228;*; fin;comp;CDS;1094275;1095141;;; deb;comp;CDS;1095138;1095437;106;; ;;gene;1095544;1095846;-4;*; deb;;CDS;1095843;1096829;735;; ;comp;tRNA;1097565;1097652;233;*;tcc fin;;CDS;1097886;1098824;;; deb;;CDS;1140033;1140986;-1;; ;;ncRNA;1140986;1141063;118;*; fin;comp;CDS;1141182;1144367;;; 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deb;;CDS;4156850;4158223;54;; ;comp;ncRNA;4158278;4158394;95;*; fin;;CDS;4158490;4159407;;; deb;;CDS;4165428;4166285;373;; 16s;;rRNA;4166659;4168200;171;*; ;;tRNA;4168372;4168447;193;*;gaa 23s;;rRNA;4168641;4171544;92;*; 5s;;rRNA;4171637;4171756;300;*; fin;;CDS;4172057;4173085;;; deb;comp;CDS;4174076;4175026;361;; ;;tRNA;4175388;4175463;8;*;aca ;;tRNA;4175472;4175556;116;*;tac ;;tRNA;4175673;4175747;6;*;gga ;;tRNA;4175754;4175829;114;*;acc fin;;CDS;4175944;4177128;;; deb;;CDS;4189786;4190325;1;; ;comp;ncRNA;4190327;4190487;247;*; fin;comp;CDS;4190735;4191868;;; deb;comp;CDS;4205943;4207532;614;; 16s;;rRNA;4208147;4209688;85;*; ;;tRNA;4209774;4209849;193;*;gaa 23s;;rRNA;4210043;4212946;93;*; 5s;;rRNA;4213040;4213159;74;*; fin;;CDS;4213234;4213617;;; deb;;CDS;4218596;4220332;-1454;; ;;ncRNA;4218879;4218963;1337;*; fin;comp;CDS;4220301;4222487;;; deb;comp;CDS;4240779;4242254;276;; ;comp;ncRNA;4242531;4242633;-8;*; fin;comp;CDS;4242626;4243516;;; deb;;CDS;4249554;4250474;228;; ;;gene;4250703;4252283;222;*; fin;;CDS;4252506;4253003;;; deb;;CDS;4262840;4263082;56;; ;;ncRNA;4263139;4263249;-2;*; fin;comp;CDS;4263248;4264231;;; deb;;CDS;4277469;4277933;-8;; ;comp;ncRNA;4277926;4278066;412;*; fin;;CDS;4278479;4279828;;; deb;comp;CDS;4321697;4322422;20;; ;comp;gene;4322443;4323281;54;*; fin;comp;CDS;4323336;4324352;;; deb;comp;CDS;4360396;4361934;256;; ;comp;gene;4362191;4362353;197;*; ;comp;tRNA;4362551;4362626;106;*;ttc fin;comp;CDS;4362733;4363308;;; deb;comp;CDS;4365472;4366773;65;; ;comp;ncRNA;4366839;4366951;-61;*; fin;comp;CDS;4366891;4368327;;; deb;;CDS;4391604;4392149;210;; ;;tRNA;4392360;4392435;36;*;ggc ;;tRNA;4392472;4392547;35;*;ggc ;;tRNA;4392583;4392658;233;*;ggc fin;;CDS;4392892;4392945;;; deb;comp;CDS;4426628;4427422;271;; ;;gene;4427694;4428095;-17;*; fin;comp;CDS;4428079;4428717;;; deb;;CDS;4457959;4459311;176;; ;;gene;4459488;4459855;44;*; fin;comp;CDS;4459900;4460364;;; deb;comp;CDS;4495190;4496209;195;; ;;tRNA;4496405;4496489;185;*;ttg ;;misc_f;4496675;4497940;-1191;*; ;;gene;4496750;4497940;240;*; ;;mobile_el;4498181;4499511;-1240;*; fin;;CDS;4498272;4498637;;; deb;;CDS;4498595;4499500;92;; ;comp;gene;4499593;4500791;468;*; deb;;CDS;4501260;4501589;500;; ;comp;mobile_el;4502090;4503515;-1413;*; fin;comp;CDS;4502103;4503431;;; deb;;CDS;4506448;4506573;52;; ;comp;gene;4506626;4506856;4;*; ;;gene;4506861;4507109;15;*; ;;mobile_el;4507125;4507458;-262;*; ;;misc_f;4507197;4507451;7;*; ;comp;mobile_el;4507459;4508679;-1214;*; deb;comp;CDS;4507466;4508617;62;; ;comp;mobile_el;4508680;4509006;-323;*; ;comp;gene;4508684;4508942;64;*; ;;mobile_el;4509007;4509801;-793;*; ;;misc_f;4509009;4509479;-1;*; ;;misc_f;4509479;4509793;10;*; ;;gene;4509804;4510133;556;*; fin;comp;CDS;4510690;4511457;;; deb;;CDS;4518372;4518440;31;; ;;mobile_el;4518472;4519239;-713;*; deb;;CDS;4518527;4518802;-82;; ;;gene;4518721;4519224;113;*; fin;comp;CDS;4519338;4520324;;; deb;comp;CDS;4527549;4527980;-4;; ;;ncRNA;4527977;4528066;44;*; fin;comp;CDS;4528111;4528917;;; deb;comp;CDS;4530530;4531651;398;; ;comp;gene;4532050;4532310;126;*; fin;comp;CDS;4532437;4533183;;; deb;comp;CDS;4533796;4534053;376;; ;comp;gene;4534430;4534675;339;*; ;;gene;4535015;4536031;565;*; fin;;CDS;4536597;4536695;;; deb;comp;CDS;4568692;4568727;270;; ;;gene;4568998;4569918;243;*; fin;comp;CDS;4570162;4571574;;; deb;;CDS;4572414;4573931;203;; ;;gene;4574135;4576855;56;*; fin;comp;CDS;4576912;4577958;;; deb;comp;CDS;4579499;4579840;-6;; ;;ncRNA;4579835;4579911;156;*; fin;comp;CDS;4580068;4581462;;; deb;;CDS;4605804;4606040;38;; ;comp;tRNA;4606079;4606165;34;*;ctg ;comp;tRNA;4606200;4606286;28;*;ctg ;comp;tRNA;4606315;4606401;267;*;ctg fin;comp;CDS;4606669;4607700;;; </pre> ====eco intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_entre_cds|eco intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> eco;6.2.21 Paris;;eco 23-9-2020;;;;;;; eco;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;738;18.3;'''négatif ;-9;14;-1 à -89;'''4 641 652;-1;738 ;'''zéro;29;0.7;;;;;'''intercals;0;29 ;'''1 à 200;2511;62.4;'''0 à 200;72;58;;'''421 229;5;203 ;'''201 à 370;572;14.2;'''201 à 370;264;47;;'''9.1%;10;174 ;'''371 à 600;142;3.5;'''371 à 600;440;60;;;15;176 ;'''601 à max;32;0.8;'''601 à 1028;693;97;;;20;99 ;'''total 4024;<201;81.5;'''total 4004;103;126;-89 à 950;;25;85 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;67 4538785;1455;-1;738;-70;30;;0;29;35;56 2901896;1372;0;29;-60;2;;-1;°163;40;87 2876581;950;1;°47;-50;2;;-2;2;45;80 2405703;919;2;°57;-40;12;;-3;0;50;72 4077449;852;3;°54;-30;18;'''min à -1;-4;°303;55;82 767978;846;4;°31;-20;45;738;-5;0;60;72 1985139;796;5;14;-10;84;18.3%;-6;0;65;66 310746;775;6;16;0;574;;-7;15;70;60 1253085;768;7;°26;10;377;;-8;°60;75;57 1102546;754;8;16;20;275;;-9;2;80;52 3111266;728;9;°58;30;152;;-10;6;85;50 2303905;714;10;°58;40;143;'''1 à 100;-11;°34;90;49 2455083;680;11;°50;50;152;1701;-12;1;95;58 3353121;674;12;42;60;154;42.3%;-13;3;100;56 1907448;669;13;23;70;126;;-14;°20;105;56 2798091;668;14;°37;80;109;;-15;0;110;64 83622;659;15;24;90;99;;-16;3;115;40 2136104;658;16;22;100;114;;-17;°10;120;51 4325298;657;17;20;110;120;;-18;2;125;34 4294481;641;18;19;120;91;;-19;5;130;53 1299567;634;19;14;130;87;;-20;°9;135;41 2404629;630;20;°24;140;90;;-21;2;140;49 4502103;626;21;18;150;78;;-22;3;145;26 582875;620;22;18;160;81;;-23;°7;150;52 4602088;618;23;14;170;72;'''1 à 200;-24;2;155;51 3922060;616;24;°25;180;62;2511;-25;4;160;30 384059;615;25;10;190;68;62.4%;-26;°8;165;36 3550080;611;26;15;200;61;;-27;1;170;36 1711523;610;27;14;210;72;;-28;4;175;34 1292509;604;28;12;220;66;;-29;°5;180;28 985894;602;29;11;230;40;;-30;1;185;36 88028;601;30;15;240;41;'''0 à 200;-31;1;190;32 4150447;597;31;9;250;41;2540;-32;°7;195;31 654583;588;32;10;260;47;;;712;200;30 1089866;586;33;10;270;27;;reste;55;205;39 ;;34;15;280;37;;total;767;210;33 ;;35;12;290;38;;;;215;29 ;;36;°19;300;26;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;37 ;;37;18;310;22;;600;3992;225;16 ;;38;13;320;29;;610;4;230;24 ;;39;°22;330;18;;620;5;235;19 ;;40;15;340;18;'''201 à 370;630;2;240;22 ;;reste;2310;350;11;572;640;1;245;24 ;;total;4024;360;20;14.2%;650;1;250;17 ;;;;370;19;;660;3;255;19 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;23;;670;2;260;28 164730;-2400;cont;2400;390;9;;680;2;265;15 2731600;-2130;cont;2130;400;18;;690;0;270;12 492092;-1295;cont;1295;410;10;;700;0;275;23 4577958;-897;cont;897;420;7;;710;0;280;14 1179520;-729;cont;729;430;13;;720;1;285;21 3111128;-723;comp';'''20;440;8;;730;1;290;17 3838248;-530;comp';'''20;450;3;;740;0;295;17 10643;-527;comp';'''486;460;8;;750;0;300;9 1639030;-448;cont;'''255;470;4;;760;1;305;10 3796948;-436;comp';'''75;480;6;;770;1;310;12 578107;-242;cont;'''123;490;3;;780;1;315;14 508875;-212;cont;212;500;4;;790;0;320;15 3993739;-210;comp';210;510;1;;800;1;325;8 16751;-153;cont;153;520;5;;810;0;330;10 1240260;-129;comp';129;530;3;;820;0;335;10 4011076;-113;comp';113;540;3;'''371 à 600;830;0;340;8 1491922;-110;cont;110;550;4;142;840;0;345;7 3086145;-102;comp';102;560;3;3.5%;850;1;350;4 3519465;-89;cont;89;570;1;;860;1;355;13 1529922;-86;comp';86;580;3;'''601 à max;total;28;360;7 2475873;-85;cont;85;590;2;32;;;365;13 19811;-82;cont;82;600;1;0.8%;;;370;6 257923;-82;cont;82;reste;32;;reste;4;reste;174 279178;-82;cont;82;total;4024;;total;4024;total;4024 </pre> ====eco intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> eco Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; eco;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;22;-151;195;32;532;230;max50;-74;565;-1405;124;805;255;min50 31 à 400;;;;;;;;7.6;-18;-162;50;934;79;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;94;44;-;489;dte;43;tm;197;65;-;540;poly;265;SF 31 à 400;;;;;;;;117;43;-;873;poly;61;tm </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> 25.1.22 Paris;;;;;;;;;;;;; ;400;200;250;;corrélation;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;-0.119;;;;;;;; 41-n;0.735;0.296;0.440;;;;;;;;;; 1-n;0.287;-0.178;-0.064;;;;;;;;25.1.22 Paris;; eco;fx;fc;;fx40;fc40;eco;fx%;fc%;;x;eco;Sx-;Sc- 0;13;16;0;13;16;0;13;8;>0;1062;-1;0;163 10;36;341;1;4;43;10;36;160;<0;94;-2;2;0 20;11;264;2;6;51;20;11;124;zéro;13;-3;0;0 30;16;136;3;10;44;30;16;64;total;1169;-4;43;260 40;63;80;4;5;26;40;63;38;;c;-5;0;0 50;79;73;5;1;13;50;79;34;>0;2195;-6;0;0 60;51;103;6;4;12;60;51;48;<0;644;-7;1;14 70;37;89;7;3;23;70;37;42;zéro;16;-8;1;59 80;20;89;8;1;15;80;20;42;total;2855;-9;2;0 90;30;69;9;2;56;90;30;32;;;-10;0;6 100;32;82;10;0;58;100;32;38;total;4024;-11;0;34 110;36;84;11;2;48;110;36;39;;;-12;1;0 120;32;59;12;3;39;120;32;28;;;-13;0;3 130;34;53;13;1;22;130;34;25;;;-14;5;15 140;39;51;14;0;37;140;39;24;;;-15;0;0 150;29;49;15;1;23;150;29;23;;;-16;1;2 160;39;42;16;2;20;160;39;20;;;-17;0;10 170;32;40;17;1;19;170;32;19;;;-18;2;0 180;22;40;18;0;19;180;22;19;;;-19;1;4 190;30;38;19;0;14;190;30;18;;;-20;1;8 200;29;32;20;1;23;200;29;15;;;-21;2;0 210;35;37;21;1;17;210;35;17;;;-22;0;3 220;29;37;22;0;18;220;29;17;;;-23;1;6 230;21;19;23;1;13;230;21;9;;;-24;2;0 240;23;18;24;6;19;240;23;8;;;-25;2;2 250;24;17;25;0;10;250;24;8;;;-26;1;7 260;22;25;26;1;14;260;22;12;;;-27;1;0 270;12;15;27;0;14;270;12;7;;;-28;1;3 280;20;17;28;4;8;280;20;8;;;-29;1;4 290;17;21;29;2;9;290;17;10;;;-30;1;0 300;9;17;30;1;14;300;9;8;;;-31;0;1 310;9;13;31;2;7;310;9;6;;;-32;2;5 320;16;13;32;3;7;320;16;6;;;-33;1;0 330;8;10;33;3;7;330;8;5;;;-34;0;0 340;12;6;34;7;8;340;12;3;;;-35;3;1 350;2;9;35;5;7;350;2;4;;;-36;0;0 360;10;10;36;4;15;360;10;5;;;-37;0;1 370;6;13;37;11;7;370;6;6;;;-38;1;1 380;18;5;38;6;7;380;18;2;;;-39;1;0 390;6;3;39;14;8;390;6;1;;;-40;0;0 400;7;11;40;8;7;400;7;5;;;-41;1;0 reste;59;65;reste;936;1374;;;;;;-42;0;0 total;1075;2211;total;1075;2211;t30;63;348;;;-43;0;8 diagr;1003;2130;diagr;126;821;t60;218;302;;;-44;1;1 - t30;940;1389;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;747;1133;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;-48;1;0 ;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;reste;11;21 ;;;;;;;;;;;total;94;644 </pre> ====eco intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_négatifs_S-|eco intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;; comp’;0;2;0;42;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;0;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;8;91;11 continu;163;0;0;261;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;1;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;7;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;10;647;22 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;43;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;1;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;11;94 ;Sc-;163;0;0;260;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;0;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;22;644 </pre> ====eco autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires|eco autres intercalaires]] <pre> eco;autres intercalaires;;adresses1;;;eco;autres intercalaires;;adresses2;;;eco;autres intercalaires;;adresses3;;;eco;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;14168;88;;;deb;°CDS;1205731;-74;;;deb;°CDS;2170532;30;;;deb;°CDS;3579768;116; ;mobile;15387;-1287;;;;gene;1206131;-10;;;;misc_f;2171429;105;;;;ncRNA;3580922;121; fin;°CDS;15445;;;;fin;°CDS;1206913;;;;deb;°CDS;2171833;47;;;fin;°CDS;3581138;; deb;°CDS;16751;-9;;;deb;°CDS;1208517;-1;;;;gene;2172921;3;;;deb;°CDS;3581863;-4; ;ncRNA;16952;482;;;;gene;1209119;29;;;fin;°CDS;2174282;;;;;misc_f;3583038;0; fin;°CDS;17489;;;;fin;°CDS;1209685;;;;deb;°CDS;2196474;111;;;;mobile;3583428;-713; deb;°CDS;18715;175;;;deb;°CDS;1210346;233;;;;gene;2197410;9;;;fin;°CDS;3583483;; ;mobile;19796;-753;;;;gene;1211413;102;;;fin;°CDS;2200279;;;;deb;°CDS;3583677;24; fin;°CDS;19811;;;;fin;°CDS;1211680;;;;deb;°CDS;2226509;52;;;;misc_f;3584205;94; deb;°CDS;74497;35;;;deb;°CDS;1218983;399;;;;gene;2227323;223;;;fin;°CDS;3584404;; ;ncRNA;75516;35;;;;gene;1219601;56;;;fin;°CDS;2228982;;;;deb;°CDS;3623399;104; deb;°CDS;75644;67;;;fin;°CDS;1222305;;;;deb;°CDS;2284376;74;;;;gene;3623887;245; ;ncRNA;77367;-206;;;deb;°CDS;1223264;114;;;;&tRNA;2286211;102;;;fin;°CDS;3624378;; fin;°CDS;77388;;;;;gene;1223564;371;;;;misc_f;2286390;4;;;deb;°CDS;3630968;261; deb;°CDS;188712;205;;;fin;°CDS;1224279;;;;;mobile;2288919;-1049;;;;gene;3632852;382; ;ncRNA;189712;26;;;deb;°CDS;1238879;238;;;deb;°CDS;2289065;68;;;fin;°CDS;3634841;; fin;°CDS;189874;;;;;mobile;1240188;-30;;;;misc_f;2290114;319;;;deb;°CDS;3647705;274; deb;°CDS;222833;362;;;fin;°CDS;1240260;;;;fin;°CDS;2290500;;;;;ncRNA;3648063;149; ;$rRNA;223771;68;;;deb;°CDS;1269168;47;;;deb;°CDS;2311646;334;;;;ncRNA;3648294;152; ;&tRNA;225381;42;;;;ncRNA;1269323;313;;;;ncRNA;2313084;311;;;fin;°CDS;3648528;; ;&tRNA;225500;183;;;deb;°CDS;1269703;47;;;fin;°CDS;2313488;;;;deb;°CDS;3650237;628; ;$rRNA;225759;93;;;;ncRNA;1269858;314;;;deb;°CDS;2328148;0;;;;misc_f;3651291;-1; ;$rRNA;228756;52;;;deb;°CDS;1270238;47;;;;gene;2329798;-67;;;;mobile;3652036;-1049; ;&tRNA;228928;162;;;;ncRNA;1270393;288;;;fin;°CDS;2334336;;;;deb;°CDS;3652182;73; fin;°CDS;229167;;;;fin;°CDS;1270749;;;;deb;°CDS;2348822;214;;;;misc_f;3653236;247; deb;°CDS;236067;132;;;deb;°CDS;1286709;81;;;;gene;2349687;41;;;fin;°CDS;3653961;; ;&tRNA;236931;327;;;;ncRNA;1287066;-150;;;fin;°CDS;2349935;;;;deb;°CDS;3656995;417; fin;°CDS;237335;;;;deb;°CDS;1287087;67;comp;;deb;°CDS;2356904;12;;;;ncRNA;3657985;311; deb;°CDS;238257;9;;;;&tRNA;1287244;209;comp;;;gene;2357816;40;;;deb;°CDS;3658366;98; ;gene;238746;105;;;;&tRNA;1287538;159;comp;;fin;°CDS;2358042;;;;;ncRNA;3658992;149; ;gene;239190;40;;;fin;°CDS;1287782;;comp;;deb;°CDS;2451584;19;;;fin;°CDS;3659232;; fin;°CDS;239419;;;;deb;°CDS;1293527;281;;;;gene;2452356;81;;;deb;°CDS;3663890;245; deb;°CDS;247637;223;;;;gene;1294426;-897;;;fin;°CDS;2455083;;;;;ncRNA;3664864;16; ;gene;248358;1;;;;mobile;1294426;40;;;deb;°CDS;2465301;75;;;fin;°CDS;3664986;; ;gene;250072;70;;;fin;°CDS;1295446;;;;;&tRNA;2466309;-15;;;deb;°CDS;3692618;-4; fin;°CDS;250898;;;;deb;°CDS;1298598;253;;;;misc_f;2466369;-10039;;;;gene;3695233;11; deb;°CDS;252709;305;;;;mobile;1299499;-1127;;;fin;°CDS;2466545;;;;fin;°CDS;3695997;; ;gene;253467;-32;;;fin;°CDS;1299567;;;;deb;°CDS;2470497;159;;;deb;°CDS;3699980;48; ;gene;253702;56;;;deb;°CDS;1380148;13;;;;gene;2470803;-29;;;;ncRNA;3700136;363; fin;°CDS;254259;;;;;gene;1380821;-1;;;deb;°CDS;2471077;26;;;fin;°CDS;3700563;; deb;°CDS;256527;57;;;;gene;1381789;44;;;;gene;2471544;49;;;deb;°CDS;3706098;910;comp ;misc_f;257829;8;;;fin;°CDS;1381947;;;;fin;°CDS;2472112;;;;;&tRNA;3708616;91;comp ;mobile;257908;-753;;;deb;°CDS;1394891;121;;;deb;°CDS;2476310;73;;;fin;°CDS;3708784;;comp fin;°CDS;257923;;;;;mobile;1396044;-1127;;;;gene;2476584;95;;;deb;°CDS;3720448;-153; deb;°CDS;258345;55;;;fin;°CDS;1396112;;;;fin;°CDS;2476694;;;;;gene;3720448;0; ;misc_f;258676;38;;;deb;°CDS;1404741;8;;;deb;°CDS;2513042;28;;;;mobile;3720633;-1396; fin;°CDS;259045;;;;;ncRNA;1405658;227;;;;mobile;2514273;-1287;;;fin;°CDS;3720680;; deb;°CDS;261503;114;;;fin;°CDS;1405979;;;;fin;°CDS;2514331;;;;deb;°CDS;3721198;26; ;&tRNA;262871;-49;;;deb;°CDS;1408050;95;;;deb;°CDS;2515643;208;;;;gene;3722076;222; ;misc_f;262898;-34056;;;;ncRNA;1409129;57;;;;&tRNA;2518041;39;comp;;fin;°CDS;3722328;; 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;&tRNA;1097565;233;comp;;deb;°CDS;2152469;182;;;fin;°CDS;3420134;;;;fin;°CDS;4536597;; fin;°CDS;1097886;;;;;ncRNA;2153311;-106;;;deb;°CDS;3422436;228;;;deb;°CDS;4567287;478; deb;°CDS;1146011;-7;;;deb;°CDS;2153349;237;;;;$rRNA;3423423;37;;;;gene;4568998;243; ;ncRNA;1146589;36;;;;ncRNA;2153646;-101;;;;&tRNA;3423580;12;;;fin;°CDS;4570162;; fin;°CDS;1146794;;;;fin;°CDS;2153681;;;;;$rRNA;3423668;92;;;deb;°CDS;4572414;203; deb;°CDS;1195123;-165;;;deb;°CDS;2165668;84;;;;$rRNA;3423880;174;;;;gene;4574135;56; ;misc_f;1196209;-14546;;;;ncRNA;2167114;-18;;;;&tRNA;3426958;42;;;fin;°CDS;4576912;; fin;°CDS;1196867;;;;;misc_f;2167183;-510;;;;&tRNA;3427076;68;;;deb;°CDS;4579499;-6; deb;°CDS;1203822;9;;;deb;°CDS;2167302;81;;;;$rRNA;3427221;473;;;;ncRNA;4579835;156; ;gene;1204170;-234;;;;gene;2167602;168;;;fin;°CDS;3429236;;;;fin;°CDS;4580068;; deb;°CDS;1204170;-1137;;;fin;°CDS;2167989;;;;deb;°CDS;3558268;-19;;;deb;°CDS;4605804;38; ;gene;1204401;11;;;deb;°CDS;2168712;81;;;;gene;3559848;16;;;;&tRNA;4606079;34;comp fin;°CDS;1205549;;;;;misc_f;2169693;3;;;fin;°CDS;3560622;;;;;&tRNA;4606200;28;comp ;;;;;;;mobile;2170171;-1193;;;;;;;;;;&tRNA;4606315;267;comp ;;;;;;fin;°CDS;2170236;;;;;;;;;;fin;°CDS;4606669;;comp </pre> ====eco intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_tRNA|eco intercalaires tRNA]] <pre> eco;intercalaires tRNAs;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;162;;67;14;; ;;;132;;327;;74;78;; ;;;114;;;;75;91;'''deb; ;;comp’;242;;;;100;100;<201;10 6 aas;37 47 15 34 23 9;comp’;153;;379;;102;106;total;17 6 aas;135 2 149 3 146 132;;164;;432;;105;107;taux;59% ;;comp’;343;;253;;114;114;; ;;;206;comp’;426;;128;146;'''fin; ;;comp’;735;comp’;233;;132;151;<201;11 ;209;;67;;159;;155;159;total;20 ;4;comp’;307;;107;;164;162;taux;55% ;12 54;;-;;151;;206;235;; ;;comp’;569;comp’;93;;206;253;'''total; ;;;100;;313;;210;267;<201;21 ;;comp’;452;;100;;280;313;total;37 ;;comp’;4;comp’;37;;458;315;taux;57% ;;comp’;326;comp’;55;;750;327;; ;;;74;;;;910;379;; ;;;75;;;;233;432;comp’;cumuls ;39;comp’;208;;235;;4;37;; ;44 46 4;comp’;258;comp’;264;;38;53;; ;;;750;;;;124;55;'''deb; 4 aas;198 62 198 3;;280;;315;;153;73;<201;5 ;;comp’;208;comp’;73;;195;93;total;17 ;33 33;;155;;78;;208;95;taux;29% ;;;105;comp’;148;;208;148;; ;;comp’;124;comp’;53;;242;233;'''fin; ;;;206;comp’;347;;258;264;<201;7 ;;;458;;14;;292;347;total;11 ;;;910;;91;;307;426;taux;64% ;;comp’;292;;;;326;'''-;; ;8;;;comp’;95;;343;'''-;'''total; ;57 20 42;;102;;146;;361;'''-;<201;12 ;8 116 6;comp’;361;;114;;452;'''-;total;28 ;;;;;106;;569;'''-;taux;43% ;36 35;;210;;233;;735;'''-;; ;;comp’;195;;;;;;; ;34 28;comp’;38;;267;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;deb;fin;total ;;;;;;;<201;15;18;33 ;;;;;;;total;34;31;65 ;;;;;;;taux;44%;58%;51% </pre> ===Escherichia coli Nissle 1917=== ====ecoN opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_opérons|ecoN opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Esch_coli_Nissle_1917/eschColi_NISSLE_1917-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP007799.1;ecoN;;genome;;;;;;;;; 50%GC;21.8.19 Paris;16s 10 ;123 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;; Escherichia coli Nissle 1917 ;;;;;;;;;;;; ;231864..232436;;CDS;;365;365;;;191;;D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase;* ;232802..234321;;16s;;73;;;;1520;;; ;234395..234471;;gaa;;12;;;12;;;; ;234484..234557;;gca;;174;;;;;;; ;234732..237319;;23s;;83;;;;2588;;; ;237403..237518;;5s;;54;;;;116;;; ;237573..237649;;gac;;162;162;;;;162;; ;237812..238615;;CDS;;;;;;268;;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;* ;;;;;;;;;;;; ;244934..245665;;CDS;;132;132;;;244;;DNA polymerase III subunit epsilon;* ;245798..245874;;gac;;120;120;;;;120;; comp;245995..246852;;CDS;;;;;;286;;DUF4942 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;367329..368582;;CDS;;114;114;;;418;114;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;* ;368697..368772;;acg;;154;154;;;;;; ;368927..369265;;CDS;;;;;;113;;DUF4102 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;631149..632015;;CDS;;270;270;;;289;;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;* ;632286..632362;;aga;;15;15;;;;15;; comp;632378..632997;;CDS;;;;;;207;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;733188..734363;;CDS;;153;153;;;392;153;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;* comp;734517..734591;;cag;+;37;;37;;;;; comp;734629..734703;;cag;2 cag;48;;48;;;;; comp;734752..734828;;atgj;2 atgj;15;;15;;;;; comp;734844..734918;;caa;2 caa;34;;34;;;;; comp;734953..735027;;caa;;23;;23;;;;; comp;735051..735135;;cta;;10;;10;;;;; comp;735146..735222;;atgj;;380;380;;;;;; comp;735603..737267;;CDS;;;;;;555;;asparagine synthase B;* ;;;;;;;;;;;; ;807377..808169;;CDS;;164;164;;;264;164;Pseudo, cell division protein CpoB;* ;808334..808409;;aaa;+;35;;35;;;;; ;808445..808520;;gta;5 aaa;2;;2;;;;; ;808523..808598;;aaa;2 gta;51;;51;;;;; ;808650..808725;;gta;;3;;3;;;;; ;808729..808804;;aaa;;48;;48;;;;; ;808853..808928;;aaa;;33;;33;;;;; ;808962..809037;;aaa;;277;277;;;;;; ;809315..810358;;CDS;;;;;;348;;quinolinate synthase NadA;* ;;;;;;;;;;;; ;950069..952345;;CDS;;343;343;;;*759;343;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;* comp;952689..952776;;tcc;;253;253;;;;;; comp;953030..953248;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;* ;;;;;;;;;;;; comp;1047224..1047883;;CDS;;206;206;;;220;206;FtsH protease modulator YccA;* comp;1048090..1048177;;tca;;426;*426;;;;;; ;1048604..1049722;;CDS;;;;;;373;;hydrogenase 1 small subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;1183656..1184018;;CDS;;463;*463;;;121;;hp;* ;1184482..1184558;;aga;;278;278;;;;278;; > comp;1184837..1185786;;CDS;;;;;;317;;Pseudo, IS4 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;1213982..1214809;;CDS;;165;165;;;276;165;DUF4942 domain-containing protein;* comp;1214975..1215062;;tcc;;233;233;;;;;; ;1215296..1216234;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;* ;;;;;;;;;;;; ;1216817..1217098;;CDS;;165;165;;;94;165;DUF4942 domain-containing protein;* comp;1217264..1217351;;tcc;;234;234;;;;;; ;1217586..1218524;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;* ;;;;;;;;;;;; ;1457038..1458129;;CDS;;16;16;;;364;16;acyl-CoA desaturase;* comp;1458146..1458277;;ncRNA;;46;;;;44;;RtT sRNA; comp;1458324..1458408;;tac;+;33;;33;;;;; comp;1458442..1458526;;tac;2 tac;159;159;;;;;; comp;1458686..1459528;;CDS;;;;;;281;;formyltetrahydrofolate deformylase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1829066..1830322;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1830630..1830706;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1830711..1830787;;gtc;2 gtc;6;6;;;;6;; <;1830794..1831177;;CDS;@4;;;;;128;;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;* ;;;;;;;;;;;; comp;1831218..1832474;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1832782..1832858;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1832863..1832939;;gtc;2 gtc;8;8;;;;8;; <;1832948..1833280;;CDS;;;;;;111;;Pseudo, MATE family efflux transporter;* ;;;;;;;;;;;; comp;1833321..1834577;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1834885..1834961;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1834966..1835042;;gtc;2 gtc;108;108;;;;108;; ;1835151..1835456;;CDS;;;;;;102;;monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2115794..2116459;;CDS;;195;195;;;222;;UPF0149 family protein YecA;* comp;2116655..2116741;;tta;;12;;12;;;;; comp;2116754..2116827;;tgc;;53;;53;;;;; comp;2116881..2116956;;ggc;;151;151;;;;151;; comp;2117108..2117656;;CDS;;;;;;183;;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2191451..2192287;;CDS;;278;278;;;279;;hp;* comp;2192566..2192655;;tcg;;93;93;;;;93;; ;2192749..2193546;;CDS;;100;100;;;266;100;DgsA anti-repressor MtfA;* ;2193647..2193722;;aac;;161;161;;;;;; ;2193884..2195146;;CDS;;;;;;421;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;2232607..2233323;;CDS;;453;*453;;;239;;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;* comp;2233777..2233852;;acc;;326;326;;;;326;; ;2234179..2235096;;CDS;;;;;;306;;nitrogen assimilation transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; ;2235198..2236148;;CDS;;37;37;;;317;;HTH-type transcriptional regulator Cbl;* comp;2236186..2236261;;aac;;4;4;;;;4;; ;2236266..2237909;;CDS;;100;100;;;548;100;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;* ;2238010..2238085;;aac;;161;161;;;;;; ;2238247..2239518;;CDS;;;;;;424;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;2546968..2548728;;CDS;;74;74;;;587;74;cardiolipin transport protein PbgA;* ;2548803..2548879;;ccc;;101;101;;;;;; comp;2548981..2549136;;CDS;;;;;;52;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;2717780..2718712;;CDS;;75;75;;;311;75;formate/nitrite transporter family protein;* ;2718788..2718862;;agg;;437;*437;;;;;; comp;2719300..2719830;;CDS;;;;;;177;;OmpH family outer membrane protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2768744..2770933;;CDS;;206;206;;;*730;206;sensor domain-containing phosphodiesterase;* comp;2771140..2771215;;gcc;+;39;;39;;;;; comp;2771255..2771330;;gcc;2 gcc;220;220;;;;;; ;2771551..2771910;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;2772355..2773770;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;* ;2774029..2774104;;gta;+;43;;43;;;;; ;2774148..2774223;;gta;3 gta;46;;46;;;;; ;2774270..2774345;;gta;;4;;4;;;;; ;2774350..2774425;;aaa;;110;110;;;;110;; comp;2774536..2775420;;CDS;;;;;;295;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;2959205..2960503;;CDS;;323;323;;;433;323;alpha-ketoglutarate permease;* comp;2960827..2960942;;5s;;83;;;;116;;; comp;2961026..2965477;;23s;;184;;;;4452;;; comp;2965662..2965737;;gaa;;431;;;;;;; comp;2966169..2967720;;16s;;441;*441;;;1552;;; comp;2968162..2970735;;CDS;;;;;;*858;;ATP-dependent chaperone ClpB;* ;;;;;;;;;;;; comp;3027207..3027773;;CDS;;280;280;;;189;280;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;* comp;3028054..3028130;;cgt;+;63;;63;;;;; comp;3028194..3028270;;cgt;5 cgt;62;;62;;;;; comp;3028333..3028409;;cgt;;62;;62;;;;; comp;3028472..3028548;;cgt;;64;;64;;;;; comp;3028613..3028689;;cgt;;3;;3;;;;; comp;3028693..3028785;;agc;;315;315;;;;;; comp;3029101..3029286;;CDS;;;;;;62;;carbon storage regulator CsrA;* ;;;;;;;;;;;; comp;3157337..3158434;;CDS;;208;208;;;366;208;murein transglycosylase A;* ;3158643..3158719;;atgf;+;33;;33;;;;; ;3158753..3158829;;atgf;3 atgf;33;;33;;;;; ;3158863..3158939;;atgf;;635;*635;;;;;; ;3159575..3160075;;CDS;;;;;;167;;type VI secretion system contractile sheath small subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;3230172..3231401;;CDS;;316;316;;;410;;HAAAP family serine/threonine permease;* comp;3231718..3231791;;ggg;;78;78;;;;78;; comp;3231870..3232625;;CDS;;;;;;252;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;;;;;;;;;;;; ;3341048..3341755;;CDS;;105;105;;;236;105;DUF554 domain-containing protein;* ;3341861..3341936;;ttc;;197;197;;;;;; ;3342134..3343399;;CDS;;;;;;422;;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;3569308..3569814;;CDS;;124;124;;;169;;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;* ;3569939..3570014;;atgi;;53;53;;;;53;; comp;3570068..3570832;;CDS;;;;;;255;;NADPH-dependent ferric chelate reductase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3670227..3670679;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3670886..3670962;;atgf;;347;347;;;;;; >;3671310..3672155;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3673935..3674387;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3674594..3674670;;atgf;;347;347;;;;;; >;3675018..3675869;;CDS;;;;;;284;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3677794..3678246;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3678453..3678529;;atgf;;347;347;;;;;; >;3678877..3679722;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3681532..3681984;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3682191..3682267;;atgf;;347;347;;;;;; ;3682615..3683958;;CDS;;;;;;448;;argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3683966..3685591;;CDS;;456;*456;;;542;;phosphoethanolamine transferase;* comp;3686048..3686134;;ctc;;14;14;;;;14;; comp;3686149..3686481;;CDS;;;;;;111;;preprotein translocase subunit SecG;* ;;;;;;;;;;;; ;3784553..3785311;;CDS;;62;62;;;253;62;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;* comp;3785374..3785489;;5s;@3;39;;;;116;;; comp;3785529..3785605;;acc;;14;;;;;;; comp;3785620..3785735;;5s;;777;;;;116;;; comp;3786513..3786588;;acc;;14;;;;;;; comp;3786603..3786718;;5s;;1834;;;;116;;; comp;3788553..3788628;;gaa;;1360;*1360;;;;;; ;3789989..3790543;;CDS;;;;;;185;;gamma carbonic anhydrase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;4078635..4080242;;CDS;;743;*743;;;536;;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;* comp;4080986..4081062;;ccg;;91;91;;;;91;; comp;4081154..4082845;;CDS;;;;;;564;;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;4205966..4207348;;CDS;;292;292;;;461;292;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;* ;4207641..4207735;;tga;;300;300;;;;;; >;4208036..4208857;;CDS;;;;;;274;;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;4338643..4339335;;CDS;;479;*479;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;4339815..4341342;;16s;;73;;;;1528;;; ;4341416..4341491;;gaa;;184;;;;;;; ;4341676..4344286;;23s;;83;;;;2611;;; ;4344370..4344485;;5s;;53;;;;116;;; ;4344539..4344615;;gac;;8;;;;;;; ;4344624..4344699;;tgg;;95;95;;;;95;; comp;4344795..4345634;;CDS;;;;;;280;;HTH-type transcriptional regulator HdfR;* ;;;;;;;;;;;; ;4377681..4379066;;CDS;;102;102;;;462;102;amino acid permease;* ;4379169..4379245;;cgg;;58;;58;;;;; ;4379304..4379379;;cac;;20;;20;;;;; ;4379400..4379486;;ctg;;42;;42;;;;; ;4379529..4379605;;cca;;146;146;;;;;; ;4379752..4380987;;CDS;;;;;;412;;anaerobic sulfatase maturase;* ;;;;;;;;;;;; ;4460971..4461516;;CDS;;377;377;;;182;;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;* ;4461894..4463631;;16s;;56;;;;1738;;; ;4463688..4463764;;atc;;42;;;42;;;; ;4463807..4463882;;gca;;165;;;;;;; ;4464048..4467338;;23s;;83;;;;3291;;; ;4467422..4467537;;5s;;104;104;;;116;104;; comp;4467642..4468169;;CDS;;;;;;176;;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;* ;;;;;;;;;;;; ;4605577..4606434;;CDS;;374;374;;;286;;glutamate racemase;* ;4606809..4608362;;16s;;363;;;;1554;;; ;4608726..4608801;;gaa;;1112;;;;;;; ;4609914..4610029;;5s;;136;136;;;116;136;; ;4610166..4611194;;CDS;;;;;;343;;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;* ;;;;;;;;;;;; comp;4612185..4613135;;CDS;;361;361;;;317;;type I pantothenate kinase;* ;4613497..4613572;;aca;;8;;8;;;;; ;4613581..4613665;;tac;;116;;*116;;;;; ;4613782..4613856;;gga;;6;;6;;;;; ;4613863..4613938;;acc;;114;114;;;;114;; ;4614053..4615237;;CDS;;;;;;395;;elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;; comp;4642984..4644573;;CDS;;616;*616;;;530;;bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;* ;4645190..4646378;;16s’;@1;83;83;;;1189;83;; ;4646462..4648150;;CDS;;436;*436;;;563;;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;* ;4648587..4648662;;gaa;;185;;;;;;; ;4648848..4651319;;23s;;83;;;;2472;;; ;4651403..4651518;;5s;;76;76;;;116;76;; ;4651595..4651978;;CDS;;;;;;128;;hypothetical protein;* ;;;;;;;;;;;; < comp;4834504..4834961;;CDS;;197;197;;;153;;pseudo, integrase;* comp;4835159..4835234;;ttc;;106;106;;;;106;; comp;4835341..4835916;;CDS;;;;;;192;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; ;4864628..4865173;;CDS;;210;210;;;182;210;oligoribonuclease;* ;4865384..4865459;;ggc;+;36;;36;;;;; ;4865496..4865571;;ggc;3 ggc;35;;35;;;;; ;4865607..4865682;;ggc;;233;233;;;;;; ;4865916..4865969;;CDS;;;;;;18;;hp;* ;;;;;;;;;;;; comp;4974178..4975197;;CDS;;195;195;;;340;;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;* ;4975393..4975477;;ttg;;39;39;;;;39;; <> comp;4975517..4976055;;CDS;;;;;;180;;pseudo, IS630 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;5042527..5042763;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;* comp;5042802..5042888;;ctg;+;34;;34;;;;; comp;5042923..5043009;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;; comp;5043038..5043124;;ctg;;290;290;;;;;; comp;5043415..5044446;;CDS;;;;;;344;;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;* ;;;;;;;;;;;; comp;5079375..5079581;;CDS;;117;117;;;69;117;AlpA family transcriptional regulator;* ;5079699..5081218;;16s;;73;;;;1520;;; ;5081292..5081368;;gaa;;12;;;12;;;; ;5081381..5081454;;gca;;366;366;;;;;; ;5081821..5082018;;CDS;;524;*524;;;66;;hypothetical protein;* comp;5082543..5082754;;CDS;;;;;;71;;hypothetical protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;5090325..5090876;;CDS;;1808;*1808;;;184;;MarR family transcriptional regulator;* comp;5092685..5092760;;gaa;;588;*588;;;;*588;; < comp ;5093349..5093474;;CDS;;592;*592;;;42;;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;* ;5094067..5094142;;gaa;+;1472;;;*1472;;;; ;5095615..5095691;;atc;3 gaa;42;;;42;;;; ;5095734..5095809;;atc;2 atc;1130;;;*1130;;;; ;5096940..5097015;;gaa;;1145;;;*1145;;;; ;5098161..5098236;;gaa;;185;;;;;;; ;5098422..5100893;;23s;;83;;;;2472;;; ;5100977..5101092;;5s;;76;76;;;116;76;; ;5101169..5101552;;CDS;;63;63;;;128;;hypothetical protein;* comp;5101616..5102059;;CDS;;;;;;148;;acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;5124754..5125197;;CDS;;63;63;;;148;;acetyltransferase;* comp;5125261..5125644;;CDS;;76;76;;;128;;hypothetical protein;* comp;5125721..5125836;;5s;;83;;;;116;;; comp;5125920..5128366;;23s’;@2;-10;*-10;;;2447;*-10;; <;5128357..5128479;;CDS;;;;;;41;;pilus assembly protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;5252659..5253870;;CDS;;300;300;;;404;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;5254171..5254249;;tga;;292;292;;;;292;; >;5254542..5255171;;CDS;;;;;;210;;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;* ;;;;;;;;;;;; > comp;5305902..5306228;;CDS;;0;0;;;109;0;pseudo, hp;* comp;5306229..5306302;;atc;;1096;*1096;;;;;; ;5307399..5308450;;CDS;;;;;;351;;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;* ;;;;;;;;;;;; comp;5321144..5321869;;CDS;;206;206;;;242;206;pseudo, histidine kinase;* comp;5322076..5322151;;gcc;+;39;;39;;;;; comp;5322191..5322266;;gcc;3 gcc;39;;39;;;;; comp;5322306..5322381;;gcc;;220;220;;;;;; ;5322602..5322961;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;5323406..5324821;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;* ;5325080..5325155;;gta;+;44;;44;;;;; ;5325200..5325275;;gta;2 gta;0;0;;;;0;; <;5325276..5325389;;CDS;;;;;;38;;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; >;5375524..5376270;;CDS;;891;*891;;;249;*891;pseudo, AI-2E family transporter;* ;5377162..5377237;;gaa;;1047;*1047;;;;;; comp;5378285..5379589;;CDS;;;;;;435;;isocitrate lyase;* ;;;;;;;;;;;; comp >;5341397..5341492;;CDS;;-2;*-2;;;32;*-2;ABC transporter ATP-binding protein;* comp;5341491..5344303;;23s;;174;;;;2813;;; comp;5344478..5344553;;gca;;42;;;42;;;; comp;5344596..5344672;;atc;;56;;;;;;; comp;5344729..5346282;;16s;;1063;;;;1554;;; comp;5347346..5347421;;gca;;42;;;42;;;; comp;5347464..5347540;;atc;;56;;;;;;; comp;5347597..5349150;;16s;;365;365;;;1554;;; comp;5349516..5350088;;CDS;;187;187;;;191;;D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase;* >;5350276..5350914;;CDS;;;;;;213;;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;* ;;;;;;;;;;;; > comp;5359583..5360512;;CDS;;120;120;;;310;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;5360633..5360708;;gca;;42;;;;;;; comp;5360751..5360827;;atc;;56;;;;;;; comp;5360884..5362138;;16s’;;1;1;;;1255;1;; < comp;5362140..5363543;;CDS;;;;;;468;;IS66 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;5425965..5426201;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;* comp;5426240..5426325;;ctg;+;26;;26;;;;a disparu le 20.12.19;* comp;5426352..5426438;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;; comp;5426467..5426553;;ctg;;63;63;;;;;; < comp;5426617..5427150;;CDS;;;;;;178;;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; >;5433568..5433687;;CDS;;39;39;;;40;39;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;* comp;5433727..5433814;;tcc;;253;253;;;;;; comp;5434068..5434286;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;* </pre> ====ecoN cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_cumuls|ecoN cumuls]] <pre> ecoN cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;12;1;0;;1;5;1;5;100;16;1;0 ;16 23 5s;0;20;13;2;50;11;40;10;200;34;30;1 ;16 atc gca;2;40;17;;100;17;80;7;300;29;60;6 ;16 gaa 235;2;60;9;4;150;16;120;16;400;18;90;8 ;max a;5;80;4;;200;15;160;3;500;18;120;8 ;a doubles;1;100;0;;250;14;200;4;600;8;150;7 ;spéciaux;8;120;1;;300;14;240;9;700;0;180;11 ;total aas;27;140;0;;350;12;280;2;800;2;210;11 sans ;opérons;50;160;0;;400;7;320;2;900;1;240;6 ;1 aa;32;180;0;;450;4;360;3;1000;0;270;9 ;max a;7;200;0;;500;4;400;0;1100;0;300;12 ;a doubles;15;;0;;;11;;2;;0;;0 ;total aas;94;;44;6;;130;;63;;126;;79 total aas;;121;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;33;32;;253;;142;;272;;172 ;;;variance;23;15;;258;;145;;162;;79 sans jaune;;;moyenne;31;;;178;;127;;260;; ;;;variance;19;;;109;;91;;142;; </pre> ====ecoN blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_blocs|ecoN blocs]] <pre> ecoN blocs;;;;;;;;;;;; gène;interca;pbs;cdsa;;;gène;interca;pbs;cdsa;;;rRNAs cds;365;;191;D-glycero;;cds;374;;286;Glu race;;16s 16s;73;1520;;;;16s;363;1554;;;;1189 gaa;12;;;;;gaa;1112;;;;;1255 gca;174;;;;;5s;136;116;;;;1520 23s;83;2588;;;;cds;;;343;UDP-N;;1520 5s;54;116;;;;;;;;;;1528 gac;162;;;;;cds;117;;69;tr AlpA;;1552 cds;;;268;gluDkgB;;16s;73;1520;;;;1554 ;;;;;;gaa;12;;;;;1554 cds;323;;433;glutarate pm;;gca;366;;;;;1554 5s;83;116;;;;cds;524;;66;hp-66;;1738 23s;184;4452;;;;cds;;;71;hp-71;; gaa;431;;;;;;;;;;; 16s;441;1552;;;;cds;-2;;32;ABC 32;;23s cds;;;858;ClpB dep;;23s;174;2813;;;;2447 ;;;;;;gca;42;;;;;2472 cds;616;;530;AICAR2;;atc;56;;;;;2472 16s’;83;1189;;;;16s;1063;1554;;;;2588 cds;436;;563;kinase isocit;;gca;42;;;;;2611 gaa;185;;;;;atc;56;;;;;2813 23s;83;2472;;;;16s;365;1554;;;;3291 5s;76;116;;;;cds;187;;191;D-glycero;;4452 cds;;;128;hp-128;;cds;;;213;ABC MetN;; ;;;;;;;;;;;;5s cds;62;;253;pu-ABC;;cds;120;;310;Tyr recb 310;;116 x 11 5s;39;116;;;;gca;42;;;;; acc;14;;;;;atc;56;;;;; 5s;777;116;;;;16s’;1;1255;;;; acc;14;;;;;cds;;;468;IS66;; 5s;1834;116;;;;;;;;;; gaa;1360;;;;;cds;63;;148;transferase;; cds;;;185;gc anhydrase;;cds;76;;128;hp-128;; ;;;;;;5s;83;116;;;; cds;377;;182;porphyrine M;;23s’;-10;2447;;;; 16s;56;1738;;;;cds;;;41;pilus;; atc;42;;;;;;;;;;; gca;165;;;;;cds;1808;;184;MarR ;; 23s;83;3291;;;;gaa;588;;;;; 5s;104;116;;;;cds;592;;42;sn-glycerol;; cds;;;176;Mlb pB;;gaa;1472;;;;; ;;;;;;atc;42;;;;; cds;479;;231;FadR tr ;;atc;1130;;;;; 16s;73;1528;;;;gaa;1145;;;;; gaa;184;;;;;gaa;185;;;;; 23s;83;2611;;;;23s;83;2472;;;; 5s;53;116;;;;5s;76;116;;;; gac;8;;;;;cds;63;;128;hp-128;; tgg;95;;;;;cds;;;148;transferase;; cds;;;280;HdfR HTH;;;;;;;; </pre> ====ecoN distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_distribution|ecoN distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;atc;;acc;2;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;1;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s >aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;ecoN;;;;6;;;6 </pre> ====ecoN eco==== =====ecoN eco tableaux===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_eco_tableaux|ecoN eco tableaux]] <pre> ;;;;;;rouge;ff6600;$;jaune;ffff00;#;;;;;;;;;;; ;;eco ecoN;;;;orange;ffcc00;&;cyan;66ffff;°;gris2;dddddd;];;;;;;;; ;;;;;;jaunev;ccff66;@;turquoise;33ff99;%;Jaunev 5;669900;(;;;;;;;; ;19.12.19 Paris;;pour les cds;;;bleu;00ccff;§;gris1;eeeeee;[;;;;;;;;;;; ;Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;eco;;;;;;;;ecoN;;;;;;;;;;;;; cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;ecoN suite;sens;;gènes;interca;cdsa;cds eco1;;222833..223408;cds;362;192;@D-glycero;;ecoN1;;231864..232436;CDS;365;191;@D-glycero;;EcoN 48;comp;5079375..5079581;CDS;117;69;tr AlpA ;;223771..225312;$16s;68;&1542;;;;;232802..234321;$16s;73;&1520;;;ok;;5079699..5081218;$16s;73;&1520; ;;225381..225457;atc;42;;;;;;234395..234471;gaa;12;;;;;;5081292..5081368;gaa;12;; ;;225500..225575;gca;183;;;;;;234484..234557;gca;174;;;;;;5081381..5081454;gca;366;; ;;225759..228662;$23s;93;&2904;;;;;234732..237319;$23s;83;&2588;;;;;5081821..5082018;CDS;524;66;hp-66 ;;228756..228875;$5s;52;&120;;;;;237403..237518;$5s;54;&116;;;;comp;5082543..5082754;CDS;;71;hp-71 ;;228928..229004;gac;162;;;;;;237573..237649;gac;162;;;;;;;;;; ;;229167..229970;cds;;268;@metDkgB;;;;237812..238615;CDS;;268;@gluDkgB;;eco1;;222833..223408;cds;[362;192;]D-glycero ;;;;;;;;;;;;;;;;;;223771..225312;$16s;[68;&1542; eco2;;236067..236798;cds;132;244;@DNAIIIe;;ecoN2;;244934..245665;CDS;132;244;@DNAIIIe;;;;225381..225457;atc;[42;; ;;236931..237007;gac;327;;;;;;245798..245874;gac;120;;;;;;225500..225575;gca;[183;; ;;237335..238120;cds;;262;§lipo YafT;;;comp;245995..246852;CDS;;286;§DUF4942;;;;225759..228662;$23s;93;&2904; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;228756..228875;$5s;52;&120; eco3;;261503..262756;cds;114;418;@glu5dH;;ecoN3;;367329..368582;CDS;114;418;@glu5dH;;;;228928..229004;gac;162;; ;;262871..262946;acg;203;;;;;;368697..368772;acg;154;;;;;;229167..229970;cds;;268;@metDkgB ;comp;263150..263212;cds;;21;§YdiA;;;;368927..369265;CDS;;113;§DUF4102;;EcoN 56;comp >;5341397..5341492;CDS;-2;32;]ABC 32 ;;262898..297205;#phage;;11436;pp CP4-6;;;;;;;;;;ok;comp;5341491..5344303;$23s;]174;&2813; ;;;;;;;;;;;;;;;;;comp;5344478..5344553;gca;]42;; eco4;comp;563848..564480;cds;242;211;§put FimZ;;ecoN4;comp;631149..632015;CDS;270;289;§cyclo FolD;;;comp;5344596..5344672;atc;]56;; 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XapR;DNA-binding transcriptional activator XapR;;;;;* permease;aa permease;amino acid permease;;;;;* ABC bind;ABC 32;ABC transporter ATP-binding protein;;;;;* ABC bind;ABC MetN;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;;;;;* desaturase;acyl-CoA ;acyl-CoA desaturase;;;;;* adhesin;adhes YdhQ;adhesin-like autotransporter YdhQ;;;;;* adhesin;adhes YejO;adhesin-like autotransporter YejO, gene fragment 2 of yejO, misc_feature ;;;;;* hydrolase ;AICAR1;bifunctional AICAR transformylase/IMP cyclohydrolase;;;;;* hydrolase ;AICAR2;bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;;;;;* amidase;Ala C;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase C;;;;;* maturase;ans maturase;anaerobic sulfatase maturase;;;;;* synthetase;Arg-suc;argininosuccinate synthetase;;;;;* integrase;arm-type;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;;;;;* synthetase;Asn B;asparagine synthetase B;;;;;* protease b;ATP ClpA;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;;;;;* kinase;B5 kinase;pantothenate kinase;;;;;* kinase;B5 kinase I;type I pantothenate kinase;;;;;* transporter;barrel;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;;;;;* tr-regulator;CadC;DNA-binding transcriptional activator CadC;;;;;* cardiolipin ;cardiolipine;cardiolipin transport protein PbgA;;;;;* transferase;CDP-diacyl;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;;;;;* division;cell CpoB;cell division coordinator CpoB;;;;;* chaperone;ClpB;ClpB chaperone;;;;;* chaperone;ClpB dep;ATP-dependent chaperone ClpB;;;;;* storage;Csr;carbon storage regulator;;;;;* storage;CsrA;carbon storage regulator CsrA;;;;;* hydrolase ;cyclo FolD;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;;;;;* phosphatase;D-glycero;D-glycero-beta-D-manno-heptose-1,7-bisphosphate 7-phosphatase;;;;;* ABC bind;dip ABC;dipeptide ABC transporter periplasmic binding protein;;;;;* polymerase;DNAIIIe;DNA polymerase III subunit epsilon;;;;;* ABC bind;DppA;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;;;;;* DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF4102;DUF4102 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF4942;DUF4942 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF5507;DUF5507 domain-containing protein YpjC;;;;;* DUF;DUF554 ;DUF554 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF554 Yqg;DUF554 domain-containing protein YqgA;;;;;* peptidase;ErfK;L,D-transpeptidase ErfK;;;;;* exporter;exporter;FMN/FAD exporter;;;;;* tr-regulator;FadR tr ;FadR family transcriptional regulator;;;;;* reductase;ferric ;NADPH-dependent ferric chelate reductase;;;;;* phosphatase;fructose;fructose-1-phosphatase;;;;;* phosphatase;fructose 6;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;;;;;* deformylase;fTHF;formyltetrahydrofolate deformylase;;;;;* protase;FtsH;modulator of FtsH protease;;;;;* protease;FtsH YccA;FtsH protease modulator YccA;;;;;* glycosylase;G/U;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;;;;;* glycosylase;G/U station;stationary phase mismatch/uracil DNA glycosylase;;;;;* transferase;G1207;16S rRNA m(2)G1207 methyltransferase;;;;;* transferase;G1207 RsmC;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;;;;;* anhydrase;gc anhydrase;gamma carbonic anhydrase family protein;;;;;* ligase;Glu ligase;glutamate--tRNA ligase;;;;;* racemase;Glu race;glutamate racemase;;;;;* dehydrogenase;glu5dH;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;;;;;* reductase;gluDkgB;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;;;;;* permease;glutarate pm;alpha-ketoglutarate permease;;;;;* symporter;glutarate sm;alpha-ketoglutarate:H(+) symporter;;;;;* peptidase;glycan DD;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;;;;* synthetase;glycerolP;phosphatidylglycerophosphate synthase;;;;;* transporter;glycoside-p5;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;* reductase;glyoxyl A;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A;;;;;* reductase;glyoxyl GhrA;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;;;;;* permease;HAAAP;HAAAP family serine/threonine permease;;;;;* tr-regulator;HdfR;DNA-binding transcriptional dual regulator HdfR;;;;;* tr-regulator;HdfR HTH;HTH-type transcriptional regulator HdfR;;;;;* hydrogenase;Hnase1;hydrogenase 1 small subunit;;;;;* hp;hp-121;hp-121;;;;; hp;hp-128;hypothetical protein;;;;;* hp;hp-18;hp-18;;;;;* adhesin;Inv-adhesin;inverse autotransporter adhesin;;;;;* transposase;IS66;IS66 family transposase;;;;;* lyase;isocitrate;isocitrate lyase;;;;;* transferase;kdo2;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;;;;;* kinase/Pase;kinase isocit;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;;;;;* prophage;KpLE1;CPS-53 (KpLE1) prophage, prophage CPS-53 integrase;;;;;* lipoprotein;lipo YafT;lipoprotein YafT;;;;;* tr-regulator;LysR;LysR family transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;MarR;MarR family transcriptional regulator;;;;;* reductase;metDkgB;methylglyoxal reductase DkgB;;;;;* GDP;Mlb adapt;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis adaptor protein;;;;;* GDP;Mlb pB;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;;;;;* oxygenase;mono-O2;monooxygenase;;;;;* titration;Mtf;Mlc titration factor;;;;;* tr-regulator;MtfA;DgsA anti-repressor MtfA;;;;;* glycosylase;murein;murein transglycosylase A;;;;;* glycosylase;murein lytic;membrane-bound lytic murein transglycosylase A;;;;;* reductase;NADPH- Ah;aldehyde reductase, NADPH-dependent;;;;;* reductase;NADPH- Ahr;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;;;;;* transporter;nitrite;formate/nitrite transporter family protein;;;;;* hydroxylase;octaprenyl;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;;;;;* rnase;oligo-rnase;oligoribonuclease;;;;;* protein;OmpH;OmpH family outer membrane protein;;;;;* transferase;p-Ada;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;;;;;* transporter;p-AI-2E;pseudo, AI-2E family transporter;;;;;* synthetase;p-Arg-sc 282;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;* synthetase;p-Arg-sc 284;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;* division;p-cell CpoB;Pseudo, cell division protein CpoB;;;;;* DUF;p-DUF4102;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;;;;;* transporter;p-glycoside;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;* kinase;p-His kinase;pseudo, histidine kinase;;;;;* hp;p-hp;pseudo, hp 109;;;;;* integrase;p-integrase;pseudo, integrase;;;;;* transposase;p-IS4;Pseudo, IS4 family transposase;;;;;* transposase;p-IS630 ;pseudo, IS630 family transposase;;;;;* transporter;p-MATE;Pseudo, MATE family efflux transporter;;;;;* transporter;p-MdtK;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;;;;;* amidase;p-Nam;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;;;;;* tr-regulator;p-pu-tr 38;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* protein;p-un-YchS;putative uncharacterized protein YchS;;;;;* gene;p-yicT;p-yicT;;;;;* transferase;Pet;phosphoethanolamine transferase;;;;;* protein;pilus;pilus assembly protein;;;;;* dehydrogenase;porphyrine M;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;;;;;* oxidase;porphyrine O;protoporphyrinogen oxidase;;;;;* prophage;pp CP4-6;note="cryptic prophage CP4-6" misc_feature;;;;;* prophage;pp CPS-53;cryptic prophage CPS-53, misc_feature;;;;;* prophage;pp DLP12;note="cryptic prophage DLP12" misc_feature;;;;;* prophage;pp PR-Y;cryptic prophage PR-Y;;;;;* protein;protein YjjZ;protein YjjZ;;;;;* protein;protein YrdA;protein YrdA;;;;;* tr-regulator;pu- YfeC;putative DNA-binding transcriptional regulator YfeC;;;;;* ABC bind;pu-ABC;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;;;;;* exporter;pu-arabi;putative arabinose exporter;;;;;* sulfatase;pu-AslB;putative anaerobic sulfatase maturation enzyme AslB;;;;;* cardiolipin ;pu-cardiolip;putative cardiolipin transport protein;;;;;* cytochrome;pu-cytochrom;putative cytochrome;;;;;* hydrolase;pu-hydrolase;putative hydrolase, inner membrane;;;;;* integrase;pu-KpLE2;KpLE2 phage-like element putative integrase;;;;;* peptidase;pu-LysM;LysM domain-containing putative peptidase lipoprotein YgeR;;;;;* GMP;pu-sensor;putative c-di-GMP phosphodiesterase PdeA;;;;;* protein;Pu-ssM;putative type II secretion system M-type protein;;;;;* tr-regulator;pu-tr 120;putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;pu-tr YieP;putative transcriptional regulator YieP;;;;;* tr-regulator;pu-tr YjdC;putative DNA-binding transcriptional regulator YjdC;;;;;* tr-regulator;pu-tr-YeeN;putative transcriptional regulator YeeN;;;;;* protein;pu-unYgaQ;putative uncharacterized protein YgaQ;;;;;* oxygenase;pu-YdhR;putative monooxygenase YdhR;;;;;* ABC bind;pu-YhdZ;putative ABC transporter ATP-binding subunit YhdZ;;;;;* transporter;pu-YicJ;putative xyloside transporter YicJ;;;;;* transporter;pu-YifK;putative transporter YifK;;;;;* prophage;put DLP12;DLP12 prophage putative integrase;;;;;* tr-regulator;put FimZ;putative LuxR family transcriptional regulator FimZ;;;;;* synthetase;quino;quinolinate synthase;;;;;* synthetase;quino NadA;quinolinate synthase NadA;;;;;* ribosome;RimP;ribosome maturation factor RimP;;;;;* rpt;rpt-29;rpt-29;;;;; rpt;rpt-34;rpt_type=other;;;;;* rpt;rpt-36;rpt_type=other;;;;;* rpt;rpt71;rpt_type=other 71;;;;;* sRNA;RttR sRNA;small RNA RttR;;;;;* translocase;SecE;Sec translocon subunit SecE;;;;;* translocase;SecG-p;preprotein translocase subunit SecG;;;;;* translocase;SecG-t;Sec translocon subunit SecG;;;;;* esterase;sensor;sensor domain-containing phosphodiesterase;;;;;* ABC bind;sn-glycerol;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;;;;;* protein;sscs VI;type VI secretion system contractile sheath small subunit;;;;;* protein;stress;stress response protein;;;;;* tr-regulator;tact Cbl;DNA-binding transcriptional activator Cbl;;;;;* translation;tif IF-1;translation initiation factor IF-1;;;;;* protein;tpr;protamine-like protein;;;;;* tr-regulator;tr 192;transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr AlpA;AlpA family transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr-Cbl;HTH-type transcriptional regulator Cbl;;;;;* tr-regulator;tr-Nac;DNA-binding transcriptional dual regulator Nac;;;;;* tr-regulator;tr-nitrogen;nitrogen assimilation transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr-YebC;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* transferase;transferase;acetyltransferase;;;;;* transporter;trp-YeeO;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;;;;;* translation;tuf;elongation factor Tu;;;;;* translation;tufb;tufb, translation elongation factor Tu 2;;;;;* integrase;Tyr recb 207;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 404;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 421;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 424;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* reductase;UDP-N;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;;;;;* protein;un-YcdU;uncharacterized protein YcdU;;;;;* protein;un-YjeV;uncharacterized protein YjeV;;;;;* protein;UPF0149 YecA;UPF0149 family protein YecA;;;;;* protein;YdiA;YdiA family protein;;;;;* protein;YfdC;inner membrane protein YfdC;;;;;* protein;YgeQ;protein YgeQ;;;;;* gene;yjdQ;gene="yjdQ";;;;;* DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;* transposase;p-IS630;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;;;;;* </pre> ====ecoN données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_données_intercalaires|ecoN données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;ecoN;fx;fc;ecoN;fx40;fc40;ecoN;x-;c-;c;x;c;x;;c;x; ;2;0;18;29;0;18;29;-1;2;173;162;120;CDS 16s ;;;tRNA tRNA;;suite 1;2;10;44;403;1;10;51;-2;4;5;132;15;385;479;;4;;gtc 1;1;20;22;337;2;9;61;-3;2;0;114;153;441;117;;**;;gtc ;0;30;23;182;3;9;58;-4;39;328;154;343;377;;;4;;gtc 4;1;40;90;109;4;3;27;-5;2;2;32;426;374;;;**;;gtc ;0;50;95;113;5;2;18;-6;0;0;380;278;365;;;12;;tta 1;0;60;69;147;6;4;17;-7;1;16;164;165;672;;;53;;tgc ;1;70;48;109;7;3;24;-8;2;81;277;233;23s 5s;;;**;;ggc ;3;80;36;110;8;1;16;-9;3;2;253;165;6* 95;;;39;;gcc ;0;90;39;112;9;1;66;-10;0;7;206;234;1881;;;**;;gcc 2;3;100;43;99;10;2;65;-11;1;48;463;307;23s CDS;;;43;;gta 1;4;110;36;96;11;1;53;-12;2;3;159;307;331;;;46;;gta 1;3;120;38;70;12;7;53;-13;1;6;6;307;385;;;4;;gta 2;0;130;37;63;13;0;29;-14;5;23;8;93;5s CDS;;;**;;aaa ;1;140;43;52;14;0;38;-15;0;0;108;453;323;62;;63;;cgt 1;1;150;29;68;15;2;39;-16;1;3;195;326;136;104;;62;;cgt 1;3;160;44;50;16;6;29;-17;1;11;151;37;3* 76;;;62;;cgt 2;4;170;27;45;17;4;21;-18;3;0;278;4;16s tRNA;;;64;;cgt ;0;180;28;42;18;0;34;-19;2;4;100;125;3* 85;;gaa;3;;cgt ;0;190;38;44;19;1;18;-20;1;9;161;437;443;;gaa;**;;agc 1;3;200;34;36;20;1;23;-21;0;0;100;220;375;;gaa;33;;atgf 1;8;210;31;36;21;1;24;-22;0;3;161;258;4* 68;;atc;33;;atgf 2;0;220;35;43;22;0;23;-23;0;8;74;110;tRNA 16s;;;**;;atgf ;0;230;26;30;23;2;11;-24;2;0;75;208;1063;;gca;8;;gac 2;1;240;21;25;24;4;27;-25;2;2;206;316;tRNA 23s;;;**;;tgg ;0;250;27;18;25;0;19;-26;1;9;280;124;269;;gaa;58;;cgg 2;2;260;27;24;26;1;15;-27;1;0;315;53;2* 193;;gaa;20;;cac ;0;270;18;23;27;2;25;-28;1;3;635;347;2* 194;;gaa;42;;ctg 1;3;280;24;20;28;4;8;-29;4;5;78;347;174;;gca;**;;cca ;1;290;19;18;29;5;14;-30;4;0;105;347;183;;;8;;aca 2;2;300;9;15;30;4;16;-31;0;0;197;347;5s tRNA;;;116;;tac 3;0;310;13;17;31;4;13;-32;1;7;206;1360;54;;gac;6;;gga 1;1;320;22;12;32;3;12;-33;0;0;206;292;2* 14;;acc;**;;acc 1;0;330;11;16;33;7;9;-34;0;0;206;95;53;;gac;36;;ggc ;0;340;14;8;34;9;17;-35;2;4;206;361;tRNA 5s;;;35;;ggc 5;0;350;5;15;35;11;8;-36;0;0;456;195;39;;acc;**;;ggc ;0;360;9;12;36;4;15;-37;1;3;14;39;777;;acc;34;;ctg 1;0;370;10;14;37;10;5;-38;2;1;743;38;1360;;gaa;28;;ctg ;1;380;19;12;38;12;7;-39;2;0;91;1174;1112;;gaa;**;;ctg ;0;390;10;9;39;13;10;-40;1;1;300;592;tRNA tRNA;;intra;1472;;gaa ;0;400;9;14;40;17;13;-41;1;1;102;292;4* 42;;atc gca;42;;atc 7;7;reste;142;125;reste;1185;1762;-42;0;0;146;1096;tRNA tRNA;;début;2351;;atc 46;58;total;1382;2822;total;1382;2822;-43;0;3;114;220;37;;cag;**;;gaa 39;49;diagr;1222;2668;diagr;179;1031;-44;1;0;436;258;48;;cag;39;;gcc 2;3;t30;89;922;;;;-45;0;0;197;150;15;;atgj;39;;gcc ;;;;;;;;-46;0;0;106;39;34;;caa;**;;gcc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;210;;23;;caa;44;;gta ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;233;;10;;cta;**;;gta ;x;1364;105;18;1487;;;-49;0;0;290;;**;;atgj;28;;ctg ;c;2793;782;29;3604;;;-50;0;1;1537;;35;;aaa;**;;ctg ;;;;;5091;217;;reste;5;10;588;;2;;gta;;; ;;;;;;5308;;total;105;782;300;;51;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;0;;3;;gta;;; ;;;;;;;;;;;206;;48;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;0;;33;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;120;;**;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;63;;33;;tac;;; ;;;;;;;;;;;253;;**;;tac;;; </pre> =====ecoN autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_autres_intercalaires_aas|ecoN autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ecoN;;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas;longueur fin;;CDS;190;255;;;; deb;;CDS;231864;232436;365;*;; ;;rRNA;232802;234309;85;*;16s;1508 ;;tRNA;234395;234471;269;*;gaa; ;;rRNA;234741;237307;95;*;23s;2567 ;;rRNA;237403;237518;54;*;5s;116 ;;tRNA;237573;237649;162;*;gac; fin;;CDS;237812;238615;;1;; deb;;CDS;244934;245665;132;*;; ;;tRNA;245798;245874;120;*;gac; fin;comp;CDS;245995;246852;;0;; deb;;CDS;367329;368582;114;*;; ;;tRNA;368697;368772;154;*;acg; fin;;CDS;368927;369265;;0;; deb;comp;CDS;555847;556158;162;*;; ;;ncRNA;556321;556417;119;*;; fin;;CDS;556537;556890;;0;; deb;;CDS;632056;632253;32;*;; ;;tRNA;632286;632362;15;*;aga; fin;comp;CDS;632378;632979;;0;; deb;;CDS;733188;734363;153;*;; ;comp;tRNA;734517;734591;37;*;cag; ;comp;tRNA;734629;734703;48;*;cag; ;comp;tRNA;734752;734828;15;*;atgj; ;comp;tRNA;734844;734918;34;*;caa; ;comp;tRNA;734953;735027;23;*;caa; 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fin;comp;CDS;1458686;1459528;;;; deb;comp;CDS;1829066;1830322;307;*;; ;;tRNA;1830630;1830706;4;*;gtc; ;;tRNA;1830711;1830787;6;*;gtc; fin;;CDS;1830794;1831177;;0;; deb;comp;CDS;1831218;1832474;307;*;; ;;tRNA;1832782;1832858;4;*;gtc; ;;tRNA;1832863;1832939;8;*;gtc; fin;;CDS;1832948;1833280;;0;; deb;comp;CDS;1833321;1834577;307;*;; ;;tRNA;1834885;1834961;4;*;gtc; ;;tRNA;1834966;1835042;108;*;gtc; fin;;CDS;1835151;1835456;;;; deb;;CDS;1857352;1858464;185;*;; ;;ncRNA;1858650;1858757;135;*;; fin;;CDS;1858893;1859249;;;; deb;comp;CDS;2115794;2116459;195;*;; ;comp;tRNA;2116655;2116741;12;*;tta; ;comp;tRNA;2116754;2116827;53;*;tgc; ;comp;tRNA;2116881;2116956;151;*;ggc; fin;comp;CDS;2117108;2117656;;;; deb;comp;CDS;2191451;2192287;278;*;; ;comp;tRNA;2192566;2192655;93;*;tcg; deb;;CDS;2192749;2193546;100;*;; ;;tRNA;2193647;2193722;161;*;aac; fin;;CDS;2193884;2195146;;0;; deb;;CDS;2232607;2233323;453;*;; ;comp;tRNA;2233777;2233852;326;*;acc; fin;;CDS;2234179;2235096;;;; deb;;CDS;2235198;2236148;37;*;; 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comp;106004..106079;;ggc;7 ggc;35;;35;;; comp;106115..106190;;ggc;5 atgf;35;;35;;; comp;106226..106301;;ggc;;18;;18;;; comp;106320..106396;;atgf;;39;;39;;; comp;106436..106511;;ggc;;90;;90;;; comp;106602..106678;;atgf;;39;;39;;; comp;106718..106793;;ggc;;18;;18;;; comp;106812..106888;;atgf;;39;;39;;; comp;106928..107003;;ggc;;18;;18;;; comp;107022..107098;;atgf;;39;;39;;; comp;107138..107213;;ggc;;156;156;;;;156 comp;107370..107915;;CDS;;81764;;;;182; ;;;;;;;;;; ;189680..190715;;CDS;;101;101;;;345;101 comp;190817..190933;;5s;;107;;;;; comp;191041..193955;;23s;;290;;;;; comp;194246..194321;;gca;;43;;;43;; comp;194365..194441;;atc;;97;;;;; comp;194539..196096;;16s;@2;371;;;;; comp;196468..196584;;5s;;77;;;;; comp;196662..199576;;23s;;290;;;;; comp;199867..199942;;gca;;43;;;43;; comp;199986..200062;;atc;;97;;;;; comp;200160..201717;;16s;;853;*853;;;;*853 comp;202571..204706;;CDS;;29595;;;;*712; ;;;;;;;;;; comp;234302..235486;;CDS;;101;101;;;395;101 comp;235588..235663;;acc;;13;;13;;; comp;235677..235751;;gga;;35;;35;;; comp;235787..235871;;tac;;52;;52;;; comp;235924..235999;;aca;;206;206;;;; ;236206..237129;;CDS;;4144;;;;308; ;;;;;;;;;; comp;241274..242467;;CDS;;546;*546;;;*398;*546 comp;243014..243090;;tgg;;68;;;68;; comp;243159..243235;;gac;;32;;;;; comp;243268..243384;;5s;;117;;;;; comp;243502..246404;;23s;;310;;;;; comp;246715..246790;;gta;;30;;;30;; comp;246821..246896;;aaa;;2;;;2;; comp;246899..246974;;gaa;;122;;;;; comp;247097..248654;;16s;;554;*554;;;;*554 ;249209..249664;;CDS;;60596;;;;*152; ;;;;;;;;;; ;310261..311296;;CDS;;121;121;;;345;121 comp;311418..311508;;tca;;91;;;;; comp;311600..311716;;5s;;108;;;;; comp;311825..314739;;23s;;289;;;;; comp;315029..315104;;gca;;43;;;43;; comp;315148..315224;;atc;;56;;;;; comp;315281..316842;;16s;;471;*471;;;;*471 comp;317314..318027;;CDS;;40242;;;;*238; ;;;;;;;;;; ;358270..359305;;CDS;;147;147;;;345; comp;359453..359529;;gac;;31;;;;; comp;359561..359677;;5s;;108;;;;; comp;359786..362700;;23s;;310;;;;; comp;363011..363086;;gta;;30;;;30;; comp;363117..363192;;aaa;;2;;;2;; comp;363195..363270;;gaa;;82;;;;; comp;363353..364914;;16s;;83;83;;;;83 comp;364998..365133;;CDS;;84252;;;;45; ;;;;;;;;;; ;449386..449521;;CDS;;83;83;;;45;83 ;449605..451162;;16s;;122;;;;; ;451285..451360;;gaa;;2;;;2;; ;451363..451438;;aaa;;9;;;9;; ;451448..451523;;gca;;37;;;37;; ;451561..451636;;gta;;51;51;;;;51 comp;451688..451873;;CDS;;16;16;;;62;16 ;451890..454804;;23s;;77;;;;; ;454882..454998;;5s;;32;;;;; ;455031..455107;;gac;;162;162;;;; comp;455270..455533;;CDS;;11718;;;;88; ;;;;;;;;;; comp;467252..467665;;CDS;;361;361;;;138; ;468027..468103;;cgg;;35;;35;;; ;468139..468214;;cac;;76;;76;;; ;468291..468367;;cca;;46;;46;;; ;468414..468489;;cac;;64;;64;;; ;468554..468630;;cca;;194;194;;;;194 comp;468825..469550;;CDS;;365688;;;;242; ;;;;;;;;;; comp;835239..835550;;CDS;;138;138;;;104;138 comp;835689..835764;;atgi;;145;145;;;; comp;835910..837772;;CDS;;182191;;;;621; ;;;;;;;;;; ;1019964..1020128;;CDS;;119;119;;;55; ;1020248..1021805;;16s;;129;;;;; ;1021935..1022010;;gcc;;41;;;41;; ;1022052..1022127;;gaa;;55;55;;;;55 comp;1022183..1022368;;CDS;;16;16;;;62;16 ;1022385..1025299;;23s;;111;;;;; ;1025411..1025527;;5s;;31;;;;; ;1025559..1025635;;gac;;35;;;35;; ;1025671..1025747;;tgg;;3;3;;;;3 comp;1025751..1025933;;CDS;;225465;;;;61; ;;;;;;;;;; ;1251399..1252574;;CDS;;158;158;;;392; comp;1252733..1252817;;cta;+;54;;54;;; comp;1252872..1252946;;caa;5 cta;46;;46;;; comp;1252993..1253077;;cta;3 atgj;21;;21;;; comp;1253099..1253183;;cta;2 caa;18;;18;;; comp;1253202..1253278;;atgj;;23;;23;;; comp;1253302..1253386;;cta;;70;;70;;; comp;1253457..1253533;;atgj;;79;;79;;; comp;1253613..1253687;;caa;;31;;31;;; comp;1253719..1253803;;cta;;39;;39;;; comp;1253843..1253919;;atgj;;26;26;;;;26 comp;1253946..1254157;;CDS;;14564;;;;71; ;;;;;;;;;; comp;1268722..1268862;;CDS;;260;260;;;47; ;1269123..1269199;;cca;;243;243;;;;*243 comp;1269443..1269628;;CDS;;16361;;;;62; ;;;;;;;;;; ;1285990..1286571;;CDS;;88;88;;;194; comp;1286660..1286736;;agg;;68;68;;;;68 comp;1286805..1287938;;CDS;;116753;;;;378; ;;;;;;;;;; comp;1404692..1405552;;CDS;;204;204;;;287;*204 ;1405757..1405833;;aga;;244;244;;;; ;1406078..1407685;;CDS;;49950;;;;536; ;;;;;;;;;; ;1457636..1458508;;CDS;;407;407;;;291; comp;1458916..1459000;;tac;+;100;;100;;; comp;1459101..1459185;;tac;4 tac;100;;100;;; comp;1459286..1459370;;tac;@7;100;;100;;; comp;1459471..1459555;;tac;;282;282;;;;*282 ;1459838..1460935;;CDS;;170368;;;;366; ;;;;;;;;;; ;1631304..1631753;;CDS;;144;144;;;150;144 ;1631898..1631985;;tcc;;312;312;;;; ;1632298..1632684;;CDS;;550413;;;;129; ;;;;;;;;;; ;2183098..2183436;;CDS;;179;179;;;113; ;2183616..2183692;;gtc;+;46;;46;;; ;2183739..2183815;;gtc;2 gtc;149;149;;;;149 ;2183965..2185344;;CDS;;578546;;;;460; ;;;;;;;;;; comp;2763891..2766782;;CDS;;763;*763;;;*964;*763 comp;2767546..2767621;;ggc;+;11;;11;;; comp;2767633..2767719;;tta;2 ggc;78;;78;;; comp;2767798..2767873;;ggc;;37;;37;;; comp;2767911..2767984;;tgc;;400;400;;;;*400 comp;2768385..2768942;;CDS;;82481;;;;186; ;;;;;;;;;; ;2851424..2851855;;CDS;;62;62;;;144;62 ;2851918..2851992;;gga;;333;333;;;; ;2852326..2852970;;CDS;;133282;;;;215; ;;;;;;;;;; comp;2986253..2986402;;CDS;;1;*1;;;50;1 ;2986404..2986479;;aac;;372;372;;;; ;2986852..2989149;;CDS;;60873;;;;766; ;;;;;;;;;; ;3050023..3051831;;CDS;;139;139;;;603;139 ;3051971..3052061;;tca;;321;321;;;; ;3052383..3053693;;CDS;;384243;;;;437; ;;;;;;;;;; comp;3437937..3438392;;CDS;;233;233;;;152; comp;3438626..3438702;;atgf;;56;;56;;; comp;3438759..3438842;;ctc;;18;18;;;;18 comp;3438861..3439199;;CDS;;113972;;;;113; ;;;;;;;;;; comp;3553172..3554167;;CDS;;189;189;;;332;189 comp;3554357..3554433;;cgt;+;59;;59;;; comp;3554493..3554569;;cgt;7 cgt;57;;57;;; comp;3554627..3554703;;cgt;2 agc;57;;57;;; comp;3554761..3554837;;cgt;;57;;57;;; comp;3554895..3554971;;cgt;;57;;57;;; comp;3555029..3555105;;cgt;;85;;85;;; comp;3555191..3555282;;agc;;29;;29;;; comp;3555312..3555388;;cgt;;31;;31;;; comp;3555420..3555511;;agc;;243;243;;;; comp;3555755..3555952;;CDS;;83212;;;;66; ;;;;;;;;;; ;3639165..3640295;;CDS;;108;108;;;377;108 ;3640404..3640479;;ttc;+;51;;51;;; ;3640531..3640606;;aca;3 ttc;7;;7;;; ;3640614..3640689;;ttc;2 aca;43;;43;;; ;3640733..3640808;;aac;2 aac;69;;69;;; ;3640878..3640953;;aca;;10;;10;;; ;3640964..3641039;;ttc;;42;;42;;; ;3641082..3641158;;aac;;292;292;;;; ;3641451..3643076;;CDS;;233;233;;;542; ;3643310..3643385;;ttc;;51;;51;;; ;3643437..3643512;;aca;+;21;;21;;; ;3643534..3643609;;aac;2 aca;39;;39;;; ;3643649..3643724;;aca;2 aac;15;;15;;; ;3643740..3643815;;aac;;156;156;;;;156 comp;3643972..3645405;;CDS;;561;*561;;;*478;*561 comp;3645967..3646043;;gac;;31;;;;; comp;3646075..3646191;;5s;;57;;;;; comp;3646249..3646324;;acc;;100;;;;; comp;3646425..3646541;;5s;;111;;;;; comp;3646653..3649567;;23s;;-13;*-13;;;;*-13 comp;3649555..3649797;;CDS;@3;35;35;;;81;35 comp;3649833..3649908;;gca;;43;;;43;; comp;3649952..3650028;;atc;;97;;;;; comp;3650126..3651683;;16s;;557;*557;;;;*557 comp;3652241..3653491;;CDS;;9514;;;;*417; ;;;;;;;;;; comp;3663006..3663598;;CDS;;181;181;;;198; comp;3663780..3663864;;ttg;;177;177;;;;177 comp;3664042..3664707;;CDS;;93515;;;;222; ;;;;;;;;;; ;3758223..3759258;;CDS;;578;*578;;;*345;*578 comp;3759837..3759913;;gac;;68;;;;; comp;3759982..3760098;;5s;;111;;;;; comp;3760210..3763124;;23s;;290;;;;; comp;3763415..3763490;;gca;;43;;;43;; comp;3763534..3763610;;atc;;97;;;;; comp;3763708..3765265;;16s;;86;;;;; comp;3765351;;16s;début;;;;;; Chromosome II;;;;;;;;;; comp;673782..674186;;CDS;;358;358;;;135; comp;674545..674635;;tca;;329;329;;;;*329 ;674965..675645;;CDS;;205537;;;;227; ;;;;;;;;;; ;881183..882640;;CDS;;244;244;;;486;*244 ;882885..882958;;tgc;;302;302;;;; ;883261..883725;;CDS;;1229;;;;155; ;;;;;;;;;; ;884955..886649;;CDS;;245;245;;;565;*245 ;886895..886981;;tta;;97;;97;;; ;887079..887154;;ggc;;5;;5;;; ;887160..887233;;tgc;;317;317;;;; ;887551..889074;;CDS;;465;;;;508; ;;;;;;;;;; comp;889540..890328;;CDS;;386;386;;;263; ;890715..890801;;tta;+;53;;53;;; ;890855..890928;;tgc;2 tgc;181;;*181;;; ;891110..891183;;tgc;;366;366;;;;*366 ;891550..891891;;CDS;;443950;;;;114; ;;;;;;;;;; ;1335842..1336042;;CDS;;17;17;;;;17 ;1336060..1336134;;gga;;272;272;;;; comp;1336407..1337222;;CDS;;505333;;;;272; ;;;;;;;;;; ;1842556..1842741;;CDS;;-36;*-36;;;62;*-36 ;1842706..1842789;;ctc;;29;29;;;;29 ;1842819..1843430;;CDS;;77699;;;;204; ;;;;;;;;;; ;1921130..1921561;;CDS;;62;62;;;144;62 ;1921624..1921698;;gga;;337;337;;;; comp;1922036..1922209;;CDS;;15660;;;;58; ;;;;;;;;;; comp;1937870..1939129;;CDS;;84;84;;;420; comp;1939214..1939304;;tca;;90;;;;; comp;1939395..1939511;;5s;;77;;;;; comp;1939589..1942503;;23s;;306;;;;; comp;1942810..1942885;;gta;;35;;;35;; comp;1942921..1942996;;gca;;24;;;24;; comp;1943021..1943096;;aaa;;2;;;2;; comp;1943099..1943174;;gaa;;114;;;;; comp;1943289..1944850;;16s;;83;83;;;;83 comp;1944934..1945071;;CDS;;;;;;46; </pre> ====vha cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_cumuls|vha cumuls]] <pre> vha cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;0;0;1;3;1;1;100;17 ;16 aas 23 5s ;3;20;10;5;50;8;20;5;200;17 ;16 atc gca;4;40;17;6;100;10;40;3;300;10 ;16 cds 23 5s ;3;60;16;6;150;12;60;2;400;13 ;max a;5;80;6;1;200;9;80;3;500;6 ;a doubles;0;100;6;0;250;9;100;3;600;4 ;spéciaux;1;120;0;0;300;4;120;3;700;2 ;total aas;37;140;0;0;350;7;140;3;800;2 sans ;opérons;27;160;1;0;400;6;160;4;900;0 ;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;1;1000;1 ;max a;12;200;1;0;500;1;200;2;1100;0 ;a doubles;10;;0;0;;8;;8;;0 ;total aas;84;;57;18;;78;;38;;72 total aas;;121;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;30;;;;;;266 ;;;variance;;19;;;;;;199 sans jaune;;;moyenne;46;;;183;;86;;240 ;;;variance;25;;;114;;59;;178 </pre> ====vha blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_blocs|vha blocs]] <pre> vha blocs;;;;;;; cds;853;cds;471;cds;103 $16s;97;$16s;56;$16s;<u>86 atc;43;atc;43;$16s;97 gca;290;gca;289;atc;43 $23s;77;$23s;108;gca;290 $5s;<u>371;$5s;91;$23s;111 $16s;97;tca;121;$5s;68 atc;43;cds;;gac;578 gca;290;;;cds; $23s;107;;;; $5s;101;;;; cds;;;;; ;;;;; cds;554;cds;83;cds;119 $16s;122;$16s;82;$16s;129 gaa;2;gaa;2;gcc;41 aaa;30;aaa;30;gaa;55 gta;310;gta;310;&cds;16 $23s;117;$23s;108;$23s;111 $5s;32;$5s;31;$5s;31 gac;68;gac;147;gac;35 tgg;546;cds;;tgg;3 cds;;;;cds; ;;;;; cds;83;cds;83;cds;557 $16s;114;$16s;122;$16s;97 gaa;2;gaa;2;atc;43 aaa;24;aaa;9;gca;35 gca;35;gca;37;&cds;-13 gta;306;gta;51;$23s;111 $23s;77;&cds;16;$5s;100 $5s;90;$23s;77;acc;57 tca;84;$5s;32;$5s;31 cds;;gac;162;gac;561 ;;cds;;cds; </pre> ====vha distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_distribution|vha distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;cgt6;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;ggc3;atc;;acc;;aac;;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;6;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;acc 5s + 1 >a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;3;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;3;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;gga 1>a + 3a;ata;;aca;5;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;3;séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2 atgj;;acg;;aag;;agg;1;(cac cca)2;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total vha;;14;;;;;14;ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;51;;;;;;51;;vha;19;;;;;;19;;vha;;;;11;;;11 </pre> ====vha1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_données_intercalaires|vha1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;vha1;fx;fc;vha1;fx40;fc40;vha1;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;3;9;0;3;9;-1;0;98;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;0;10;11;246;1;1;30;-2;0;0;156;529;4* 102;;atc;13;;acc ;1;20;16;193;2;1;40;-3;0;2;101;206;65;;atc;35;;gga ;0;30;16;96;3;2;39;-4;9;141;546;121;2* 127;;gaa;52;;tac ;0;40;29;76;4;0;17;-5;0;1;138;147;91;;gaa;**;;aca ;0;50;22;55;5;1;25;-6;1;0;145;162;134;;gcc;35;;cgg ;0;60;37;90;6;0;11;-7;0;10;284;361;tRNA 23s;;;76;;cac ;2;70;64;61;7;1;13;-8;1;37;497;194;3* 297;;gca;46;;cca ;0;80;43;62;8;2;16;-9;1;0;68;260;2* 317;;gta;64;;cac 1;0;90;46;56;9;0;31;-10;0;2;159;158;296;;gca;**;;cca ;0;100;41;55;10;3;24;-11;1;26;144;260;272;;gca;54;;cta ;2;110;40;59;11;0;21;-12;0;0;312;88;260;;gta;46;;caa ;0;120;28;67;12;0;32;-13;0;4;179;204;264;;gaa;21;;cta 1;0;130;23;55;13;1;27;-14;0;20;149;407;5s tRNA;;;18;;cta ;2;140;24;54;14;2;27;-15;2;0;763;282;2* 32;;gac;23;;atgj 1;3;150;24;51;15;0;13;-16;0;3;400;558;3* 31;;gac;70;;cta 2;2;160;28;54;16;3;9;-17;0;11;62;321;68;;gac;79;;atgj 1;0;170;20;38;17;2;18;-18;0;0;363;156;91;;tca;31;;caa ;2;180;22;45;18;1;22;-19;0;4;372;578;100;;acc;39;;cta ;2;190;18;35;19;2;11;-20;0;13;139;;tRNA 5s;;;**;;atgj 1;0;200;17;30;20;5;13;-21;1;0;233;;57;;acc;100;;tac 2;0;210;15;38;21;1;15;-22;1;1;18;;tRNA tRNA;;intra;100;;tac ;0;220;17;25;22;4;8;-23;0;5;189;;5* 43;;gca;100;;tac ;0;230;15;27;23;1;11;-24;0;0;243;;**;;atc;**;;tac ;2;240;21;26;24;3;9;-25;0;1;108;;2* 30;;gta;46;;gtc ;1;250;10;21;25;0;9;-26;0;2;292;;2;;aaa;**;;gtc 2;0;260;16;22;26;1;8;-27;0;0;233;;**;;gaa;11;;ggc ;0;270;10;16;27;2;12;-28;0;0;558;;2;;gaa;78;;tta ;0;280;14;16;28;2;8;-29;0;1;181;;9;;aaa;37;;ggc 1;1;290;12;15;29;1;7;-30;0;0;177;;37;;gca;**;;tgc ;1;300;15;17;30;1;9;-31;0;0;CDS 16s;;**;;gta;56;;atgf ;0;310;8;20;31;3;11;-32;1;5;631;554;41;;gcc;**;;ctc ;1;320;7;13;32;3;6;-33;0;0;853;492;**;;gaa;59;;cgt 1;0;330;15;9;33;3;6;-34;0;1;471;;tRNA tRNA;;contig;57;;cgt ;0;340;8;9;34;3;8;-35;0;5;451;;68;;tgg;57;;cgt ;0;350;15;7;35;1;6;-36;0;0;543;;**;;gac;57;;cgt ;0;360;7;7;36;1;8;-37;0;0;557;;35;;gac;57;;cgt 1;1;370;7;6;37;5;5;-38;1;3;16s 16s;;**;;tgg;85;;cgt ;1;380;4;7;38;5;9;-39;0;0;0;deb fin chr c;tRNA tRNA;;;29;;agc ;0;390;7;7;39;2;7;-40;0;1;5s 16s;;158;;atgf;31;;cgt ;1;400;14;4;40;3;10;-41;1;0;371;;35;;ggc;**;;agc 4;4;reste;125;146;reste;859;1325;-42;0;0;23s 5s;;35;;ggc;51;;ttc 18;29;total;934;1945;total;934;1945;-43;0;0;125;;18;;ggc;7;;aca 14;25;diagr;806;1790;diagr;72;611;-44;1;2;2* 95;;39;;atgf;43;;ttc 0;1;t30;43;535;;;;-45;0;0;135;;90;;ggc;69;;aac ;;;;;;;;-46;0;0;2* 126;;39;;atgf;10;;aca ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;3* 129;;18;;ggc;42;;ttc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;5s CDS;;39;;atgf;**;;aac ;x;931;25;3;959;;;-49;0;0;;101;18;;ggc;51;;ttc ;c;1936;402;9;2347;;;-50;2;3;;;39;;atgf;21;;aca ;;;;;3306;190;;reste;0;0;;;**;;ggc;39;;aac ;;;;;;3496;;total;25;402;;;;;;15;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;aac </pre> ====vha1 autres intercalaires aas==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vha1;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;comp;rRNA;1;1384;631;*;1384 fin;comp;CDS;2016;2795;;; deb;;CDS;104112;105239;529;*; ;comp;tRNA;105769;105845;158;*;atgf ;comp;tRNA;106004;106079;35;*;ggc ;comp;tRNA;106115;106190;35;*;ggc ;comp;tRNA;106226;106301;18;*;ggc ;comp;tRNA;106320;106396;39;*;atgf ;comp;tRNA;106436;106511;90;*;ggc ;comp;tRNA;106602;106678;39;*;atgf ;comp;tRNA;106718;106793;18;*;ggc ;comp;tRNA;106812;106888;39;*;atgf ;comp;tRNA;106928;107003;18;*;ggc ;comp;tRNA;107022;107098;39;*;atgf ;comp;tRNA;107138;107213;156;*;ggc fin;comp;CDS;107370;107915;;0; deb;;CDS;189680;190715;101;*; ;comp;rRNA;190817;190933;125;*;117 ;comp;rRNA;191059;193948;297;*;2890 ;comp;tRNA;194246;194321;43;*;gca ;comp;tRNA;194365;194441;102;*;atc ;comp;rRNA;194544;196096;371;*;1553 ;comp;rRNA;196468;196584;95;*;117 ;comp;rRNA;196680;199569;297;*;2890 ;comp;tRNA;199867;199942;43;*;gca ;comp;tRNA;199986;200062;102;*;atc ;comp;rRNA;200165;201717;853;*;1553 fin;comp;CDS;202571;204706;;; deb;comp;CDS;234302;235486;101;*; ;comp;tRNA;235588;235663;13;*;acc ;comp;tRNA;235677;235751;35;*;gga ;comp;tRNA;235787;235871;52;*;tac ;comp;tRNA;235924;235999;206;*;aca fin;;CDS;236206;237129;;0; deb;comp;CDS;241274;242467;546;*; ;comp;tRNA;243014;243090;68;*;tgg ;comp;tRNA;243159;243235;32;*;gac ;comp;rRNA;243268;243384;135;*;117 ;comp;rRNA;243520;246397;317;*;2878 ;comp;tRNA;246715;246790;30;*;gta ;comp;tRNA;246821;246896;2;*;aaa ;comp;tRNA;246899;246974;127;*;gaa ;comp;rRNA;247102;248654;554;*;1553 fin;;CDS;249209;249664;;1; deb;comp;CDS;251637;253490;57;*; ;comp;regulatory;253548;253749;184;*; fin;;CDS;253934;255043;;0; deb;;CDS;310261;311296;121;*; ;comp;tRNA;311418;311508;91;*;tca ;comp;rRNA;311600;311716;126;*;117 ;comp;rRNA;311843;314732;296;*;2890 ;comp;tRNA;315029;315104;43;*;gca ;comp;tRNA;315148;315224;65;*;atc ;comp;rRNA;315290;316842;471;*;1553 fin;comp;CDS;317314;318027;;; deb;comp;CDS;352647;354587;165;*; ;comp;regulatory;354753;354851;61;*; fin;comp;CDS;354913;355296;;; deb;;CDS;358270;359305;147;*; ;comp;tRNA;359453;359529;31;*;gac ;comp;rRNA;359561;359677;126;*;117 ;comp;rRNA;359804;362693;317;*;2890 ;comp;tRNA;363011;363086;30;*;gta ;comp;tRNA;363117;363192;2;*;aaa ;comp;tRNA;363195;363270;91;*;gaa ;comp;rRNA;363362;364914;492;*;1553 fin;;CDS;365407;365958;;0; deb;;CDS;448626;449153;451;*; ;;rRNA;449605;451157;127;*;1553 ;;tRNA;451285;451360;2;*;gaa ;;tRNA;451363;451438;9;*;aaa ;;tRNA;451448;451523;37;*;gca ;;tRNA;451561;451636;260;*;gta ;;rRNA;451897;454786;95;*;2890 ;;rRNA;454882;454998;32;*;117 ;;tRNA;455031;455107;162;*;gac fin;comp;CDS;455270;455566;;; deb;comp;CDS;467252;467665;361;*; ;;tRNA;468027;468103;35;*;cgg ;;tRNA;468139;468214;76;*;cac ;;tRNA;468291;468367;46;*;cca ;;tRNA;468414;468489;64;*;cac ;;tRNA;468554;468630;194;*;cca fin;comp;CDS;468825;469550;;0; deb;;CDS;769806;770444;32;*; ;;regulatory;770477;770626;68;*; fin;;CDS;770695;771687;;; deb;comp;CDS;835239;835550;138;*; ;comp;tRNA;835689;835764;145;*;atgi fin;comp;CDS;835910;837772;;; deb;;CDS;883125;883988;533;*; ;;ncRNA;884522;884950;176;*; fin;;CDS;885127;886077;;; deb;comp;CDS;941166;941636;439;*; ;;misc_f;942076;942195;53;*; fin;;CDS;942249;944708;;; deb;comp;CDS;1010675;1011853;13;*; ;comp;misc_f;1011867;1011988;108;*; fin;comp;CDS;1012097;1012423;;; deb;;CDS;1017131;1019704;543;*; ;;rRNA;1020248;1021800;134;*;1553 ;;tRNA;1021935;1022010;41;*;gcc ;;tRNA;1022052;1022127;264;*;gaa ;;rRNA;1022392;1025281;129;*;2890 ;;rRNA;1025411;1025527;31;*;117 ;;tRNA;1025559;1025635;35;*;gac ;;tRNA;1025671;1025747;260;*;tgg fin;comp;CDS;1026008;1026983;;0; deb;comp;CDS;1138561;1139793;183;*; ;comp;tmRNA;1139977;1140344;68;*; fin;comp;CDS;1140413;1140898;;0; deb;;CDS;1251399;1252574;158;*; ;comp;tRNA;1252733;1252817;54;*;cta ;comp;tRNA;1252872;1252946;46;*;caa ;comp;tRNA;1252993;1253077;21;*;cta ;comp;tRNA;1253099;1253183;18;*;cta ;comp;tRNA;1253202;1253278;23;*;atgj ;comp;tRNA;1253302;1253386;70;*;cta ;comp;tRNA;1253457;1253533;79;*;atgj ;comp;tRNA;1253613;1253687;31;*;caa ;comp;tRNA;1253719;1253803;39;*;cta ;comp;tRNA;1253843;1253919;284;*;atgj fin;comp;CDS;1254204;1255295;;; deb;comp;CDS;1268722;1268862;260;*; ;;tRNA;1269123;1269199;497;*;cca fin;;CDS;1269697;1270497;;0; deb;;CDS;1286065;1286571;88;*; ;comp;tRNA;1286660;1286736;68;*;agg fin;comp;CDS;1286805;1287938;;0; deb;comp;CDS;1404692;1405552;204;*; ;;tRNA;1405757;1405833;159;*;aga fin;;CDS;1405993;1407685;;; deb;;CDS;1457636;1458508;407;*; ;comp;tRNA;1458916;1459000;100;*;tac ;comp;tRNA;1459101;1459185;100;*;tac ;comp;tRNA;1459286;1459370;100;*;tac ;comp;tRNA;1459471;1459555;282;*;tac fin;;CDS;1459838;1460935;;; deb;;CDS;1470331;1472328;142;*; ;;ncRNA;1472471;1472567;143;*; fin;;CDS;1472711;1473337;;; deb;comp;CDS;1587286;1587876;116;*; ;comp;regulatory;1587993;1588082;279;*; fin;comp;CDS;1588362;1589366;;; deb;;CDS;1631304;1631753;144;*; ;;tRNA;1631898;1631985;312;*;tcc fin;;CDS;1632298;1632684;;; deb;;CDS;1842140;1843741;180;*; ;;misc_f;1843922;1844060;53;*; fin;;CDS;1844114;1845010;;; deb;;CDS;2183098;2183436;179;*; ;;tRNA;2183616;2183692;46;*;gtc ;;tRNA;2183739;2183815;149;*;gtc fin;;CDS;2183965;2185344;;; deb;comp;CDS;2484550;2484708;529;*; ;;regulatory;2485238;2485339;116;*; fin;;CDS;2485456;2486832;;; deb;comp;CDS;2763891;2766782;763;*; ;comp;tRNA;2767546;2767621;11;*;ggc ;comp;tRNA;2767633;2767719;78;*;tta ;comp;tRNA;2767798;2767873;37;*;ggc ;comp;tRNA;2767911;2767984;400;*;tgc fin;comp;CDS;2768385;2768942;;; deb;;CDS;2780030;2780155;-54;*; ;;misc_f;2780102;2780205;125;*; fin;;CDS;2780331;2781896;;; deb;;CDS;2851424;2851855;62;*; ;;tRNA;2851918;2851992;363;*;gga fin;;CDS;2852356;2852970;;0; deb;comp;CDS;2977057;2978046;-12;*; ;comp;regulatory;2978035;2978168;175;*; fin;;CDS;2978344;2979249;;0; deb;comp;CDS;2983815;2985845;558;*; ;;tRNA;2986404;2986479;372;*;aac fin;;CDS;2986852;2989149;;; deb;;CDS;3050023;3051831;139;*; ;;tRNA;3051971;3052061;321;*;tca fin;comp;CDS;3052383;3053693;;; deb;comp;CDS;3437937;3438392;233;*; ;comp;tRNA;3438626;3438702;56;*;atgf ;comp;tRNA;3438759;3438842;18;*;ctc fin;comp;CDS;3438861;3439199;;; deb;comp;CDS;3553172;3554167;189;*; ;comp;tRNA;3554357;3554433;59;*;cgt ;comp;tRNA;3554493;3554569;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554627;3554703;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554761;3554837;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554895;3554971;57;*;cgt ;comp;tRNA;3555029;3555105;85;*;cgt ;comp;tRNA;3555191;3555282;29;*;agc ;comp;tRNA;3555312;3555388;31;*;cgt ;comp;tRNA;3555420;3555511;243;*;agc fin;comp;CDS;3555755;3555952;;; deb;;CDS;3603439;3603747;8;*; ;;ncRNA;3603756;3603940;5;*; fin;;CDS;3603946;3604539;;; deb;;CDS;3639165;3640295;108;*; ;;tRNA;3640404;3640479;51;*;ttc ;;tRNA;3640531;3640606;7;*;aca ;;tRNA;3640614;3640689;43;*;ttc ;;tRNA;3640733;3640808;69;*;aac ;;tRNA;3640878;3640953;10;*;aca ;;tRNA;3640964;3641039;42;*;ttc ;;tRNA;3641082;3641158;292;*;aac deb;;CDS;3641451;3643076;233;*; ;;tRNA;3643310;3643385;51;*;ttc ;;tRNA;3643437;3643512;21;*;aca ;;tRNA;3643534;3643609;39;*;aac ;;tRNA;3643649;3643724;15;*;aca ;;tRNA;3643740;3643815;156;*;aac deb;comp;CDS;3643972;3645408;558;*; ;comp;tRNA;3645967;3646043;31;*;gac ;comp;rRNA;3646075;3646191;57;*;117 ;comp;tRNA;3646249;3646324;100;*;acc ;comp;rRNA;3646425;3646541;129;*;117 ;comp;rRNA;3646671;3649560;272;*;2890 ;comp;tRNA;3649833;3649908;43;*;gca ;comp;tRNA;3649952;3650028;102;*;atc ;comp;rRNA;3650131;3651683;557;*;1553 fin;comp;CDS;3652241;3653491;;; deb;comp;CDS;3663006;3663598;181;*; ;comp;tRNA;3663780;3663864;177;*;ttg fin;comp;CDS;3664042;3664707;;0; deb;;CDS;3758223;3759258;578;*; ;comp;tRNA;3759837;3759913;68;*;gac ;comp;rRNA;3759982;3760098;129;*;117 ;comp;rRNA;3760228;3763117;297;*;2890 ;comp;tRNA;3763415;3763490;43;*;gca ;comp;tRNA;3763534;3763610;102;*;atc ;comp;rRNA;3763713;3765265;0;*;1553 autres intercalaires;;vha1;;;;; ;;;;;;; ;;;;;;; ;;;;;;; ;;;;;;; ;comp;rRNA;1;1384;631;*;1384 fin;comp;CDS;2016;2795;;; deb;;CDS;104112;105239;529;*; ;comp;tRNA;105769;105845;158;*;atgf ;comp;tRNA;106004;106079;35;*;ggc ;comp;tRNA;106115;106190;35;*;ggc ;comp;tRNA;106226;106301;18;*;ggc ;comp;tRNA;106320;106396;39;*;atgf ;comp;tRNA;106436;106511;90;*;ggc ;comp;tRNA;106602;106678;39;*;atgf ;comp;tRNA;106718;106793;18;*;ggc ;comp;tRNA;106812;106888;39;*;atgf ;comp;tRNA;106928;107003;18;*;ggc ;comp;tRNA;107022;107098;39;*;atgf ;comp;tRNA;107138;107213;156;*;ggc fin;comp;CDS;107370;107915;;0; deb;;CDS;189680;190715;101;*; ;comp;rRNA;190817;190933;125;*;117 ;comp;rRNA;191059;193948;297;*;2890 ;comp;tRNA;194246;194321;43;*;gca ;comp;tRNA;194365;194441;102;*;atc ;comp;rRNA;194544;196096;371;*;1553 ;comp;rRNA;196468;196584;95;*;117 ;comp;rRNA;196680;199569;297;*;2890 ;comp;tRNA;199867;199942;43;*;gca ;comp;tRNA;199986;200062;102;*;atc ;comp;rRNA;200165;201717;853;*;1553 fin;comp;CDS;202571;204706;;; deb;comp;CDS;234302;235486;101;*; ;comp;tRNA;235588;235663;13;*;acc ;comp;tRNA;235677;235751;35;*;gga ;comp;tRNA;235787;235871;52;*;tac ;comp;tRNA;235924;235999;206;*;aca fin;;CDS;236206;237129;;0; deb;comp;CDS;241274;242467;546;*; ;comp;tRNA;243014;243090;68;*;tgg ;comp;tRNA;243159;243235;32;*;gac ;comp;rRNA;243268;243384;135;*;117 ;comp;rRNA;243520;246397;317;*;2878 ;comp;tRNA;246715;246790;30;*;gta ;comp;tRNA;246821;246896;2;*;aaa ;comp;tRNA;246899;246974;127;*;gaa ;comp;rRNA;247102;248654;554;*;1553 </pre> ====vha2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_données_intercalaires|vha2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;vha2;fx;fc;vha2;fx40;fc40;vha2;x-;c-;c;x;c;x;aa ;1;0;1;16;0;1;16;-1;0;62;412;329;16s tRNA;; ;0;10;14;120;1;0;14;-2;2;0;244;386;123;;gaa ;0;20;14;97;2;2;14;-3;0;0;302;325;tRNA 23s;; ;1;30;14;53;3;0;13;-4;3;77;245;272;313;;gta ;0;40;15;19;4;1;13;-5;0;1;317;337;5s tRNA;; ;0;50;15;35;5;2;6;-6;2;0;366;;90;;tca ;0;60;25;50;6;1;5;-7;0;4;-36;;tRNA tRNA;;intra ;1;70;33;42;7;2;2;-8;0;22;29;;35;;gta ;0;80;38;39;8;1;11;-9;1;0;62;;24;;gca ;1;90;31;35;9;2;27;-10;0;2;84;;2;;aaa ;0;100;31;34;10;3;15;-11;4;17;CDS 16s;;**;;gaa ;0;110;26;25;11;1;18;-12;0;0;448;;tRNA tRNA;; ;0;120;31;48;12;2;25;-13;0;2;23s 5s;;97;;tta ;0;130;20;32;13;0;7;-14;0;11;95;;5;;ggc ;0;140;20;30;14;2;12;-15;1;0;;;**;;tgc ;0;150;21;24;15;1;8;-16;0;1;;;53;;tta ;0;160;12;21;16;0;7;-17;0;8;;;181;;tgc ;0;170;13;23;17;2;4;-18;0;0;;;**;;tgc ;0;180;13;21;18;0;6;-19;0;1;;;;; ;0;190;14;15;19;4;7;-20;1;1;;;;; ;0;200;13;11;20;2;3;-21;0;0;;;;; ;0;210;11;20;21;1;9;-22;0;0;;;;; ;0;220;12;20;22;2;10;-23;0;2;;;;; ;0;230;11;15;23;3;5;-24;0;0;;;;; ;0;240;15;14;24;1;3;-25;0;0;;;;; ;2;250;9;9;25;1;2;-26;0;3;;;;; ;0;260;11;12;26;2;9;-27;0;0;;;;; ;0;270;9;17;27;1;3;-28;0;0;;;;; 1;0;280;8;10;28;0;4;-29;1;2;;;;; ;0;290;13;13;29;3;4;-30;0;0;;;;; ;0;300;6;13;30;0;4;-31;1;1;;;;; ;1;310;14;7;31;0;3;-32;3;1;;;;; ;1;320;6;5;32;2;6;-33;0;0;;;;; 2;0;330;7;6;33;3;2;-34;0;1;;;;; 1;0;340;7;7;34;2;1;-35;0;4;;;;; ;0;350;7;5;35;3;2;-36;0;0;;;;; ;0;360;4;4;36;1;1;-37;0;0;;;;; ;1;370;9;5;37;2;1;-38;0;1;;;;; ;0;380;10;7;38;0;1;-39;1;0;;;;; 1;0;390;5;4;39;1;1;-40;0;0;;;;; ;0;400;5;8;40;1;1;-41;0;0;;;;; ;1;reste;96;84;reste;631;770;-42;0;0;;;;; 5;10;total;689;1075;total;689;1075;-43;0;0;;;;; 5;8;diagr;592;975;diagr;57;289;-44;0;0;;;;; 0;1;t30;42;270;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;;;;; ;x;688;25;1;714;;;-49;0;0;;;;; ;c;1059;227;16;1302;;;-50;3;3;;;;; ;;;;;2016;33;;reste;0;0;;;;; ;;;;;;2049;;total;25;227;;;;; </pre> =====vha2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_autres_intercalaires_aas|vha2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vha2;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;545001;545657;173;*; ;comp;regulatory;545831;545971;122;*; fin;comp;CDS;546094;546711;;; deb;comp;CDS;673809;674132;412;*; ;comp;tRNA;674545;674635;329;*;tca fin;;CDS;674965;675645;;; deb;;CDS;881183;882640;244;*; ;;tRNA;882885;882958;302;*;tgc fin;;CDS;883261;883725;;; deb;;CDS;884955;886649;245;*; ;;tRNA;886895;886981;97;*;tta ;;tRNA;887079;887154;5;*;ggc ;;tRNA;887160;887233;317;*;tgc fin;;CDS;887551;889074;;; deb;comp;CDS;889540;890328;386;*; ;;tRNA;890715;890801;53;*;tta ;;tRNA;890855;890928;181;*;tgc ;;tRNA;891110;891183;366;*;tgc fin;;CDS;891550;891992;;; deb;comp;CDS;1335216;1335734;325;*; ;;tRNA;1336060;1336134;272;*;gga fin;comp;CDS;1336407;1337222;;; deb;;CDS;1582077;1582217;305;*; ;;regulatory;1582523;1582622;100;*; fin;;CDS;1582723;1583730;;; deb;;CDS;1842556;1842741;-36;*; ;;tRNA;1842706;1842789;29;*;ctc fin;;CDS;1842819;1843430;;0; deb;;CDS;1921130;1921561;62;*; ;;tRNA;1921624;1921698;337;*;gga fin;comp;CDS;1922036;1922209;;; deb;comp;CDS;1937870;1939129;84;*; ;comp;tRNA;1939214;1939304;90;*;tca ;comp;rRNA;1939395;1939511;95;*;117 ;comp;rRNA;1939607;1942496;313;*;2890 ;comp;tRNA;1942810;1942885;35;*;gta ;comp;tRNA;1942921;1942996;24;*;gca ;comp;tRNA;1943021;1943096;2;*;aaa ;comp;tRNA;1943099;1943174;123;*;gaa ;comp;rRNA;1943298;1944850;468;*;1553 fin;comp;CDS;1945319;1945843;;0; deb;comp;CDS;1948023;1949408;356;*; ;;regulatory;1949765;1949875;108;*; fin;;CDS;1949984;1950871;;; </pre> ===Aeromonas media WS=== ====amed opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed opérons]] <pre> 61.2%GC;25.7.19 Paris;16s ;126;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd Aeromonas media WS;;;;;;;;;; ;6590..7159;;CDS;;3;;;;190; ;;;;;;;;;; comp;7163..8359;;CDS;;512;*512;;;399; ;8872..10421;;16s;;66;;;;; ;10488..10564;;atc;;10;;;10;; ;10575..10650;;gca;;231;;;;; ;10882..13800;;23s;;98;;;;; ;13899..14013;;5s;;386;*386;;;;*386 ;14400..14717;;CDS;;102422;;;;106; ;;;;;;;;;; ;117140..117850;;CDS;;47;47;;;237;47 ;117898..117973;;ttc;;52;;52;;; ;118026..118101;;aca;;3;;3;;; ;118105..118180;;ttc;;45;;45;;; ;118226..118301;;aac;;252;252;;;; ;118554..119573;;CDS;;50489;;;;340; ;;;;;;;;;; comp;170063..170329;;CDS;;103;103;;;89;103 comp;170433..170518;;ctg;+;71;;71;;; comp;170590..170675;;ctg;5 ctg;46;;46;;; comp;170722..170807;;ctg;;46;;46;;; comp;170854..170939;;ctg;;51;;51;;; comp;170991..171076;;ctg;;116;116;;;; comp;171193..172653;;CDS;;146173;;;;487; ;;;;;;;;;; ;318827..320692;;CDS;;190;190;;;622;190 ;320883..320959;;atgi;;244;244;;;; comp;321204..323780;;CDS;;62601;;;;*859; ;;;;;;;;;; ;386382..386732;;CDS;;514;*514;;;117; ;387247..388802;;16s;;268;;;;; ;389071..389146;;gaa;;245;;;;; ;389392..392312;;23s;;104;;;;; ;392417..392531;;5s;;268;268;;;;268 comp;392800..394413;;CDS;;81847;;;;538; ;;;;;;;;;; ;476261..476482;;CDS;;64;64;;;74;64 comp;476547..476622;;aac;;5;;5;;; comp;476628..476703;;ttc;;622;*622;;;; ;477326..477547;;CDS;;22721;;;;*74; ;;;;;;;;;; ;500269..500814;;CDS;;177;177;;;182;177 ;500992..501067;;ggc;+;24;;24;;; ;501092..501167;;ggc;6 ggc;29;;29;;; ;501197..501272;;ggc;;38;;38;;; ;501311..501386;;ggc;;25;;25;;; ;501412..501487;;ggc;;23;;23;;; ;501511..501586;;ggc;;363;*363;;;; comp;501950..502159;;CDS;;4810;;;;70; ;;;;;;;;;; ;506970..507110;;CDS;;236;236;;;47;236 ;507347..507422;;gcc;+;28;;28;;; ;507451..507526;;gcc;5 gcc;66;;66;;; ;507593..507668;;gcc;;58;;58;;; ;507727..507802;;gcc;;40;;40;;; ;507843..507918;;gcc;;471;*471;;;; ;508390..508473;;riboswitch;@1;134002;;;;28; ;;;;;;;;;; ;642476..642802;;CDS;;9;9;;;109;9 ;642812..642896;;ctc;;91;;91;;; ;642988..643064;;atgf;;166;166;;;; ;643231..643689;;CDS;;128528;;;;153; ;;;;;;;;;; ;772218..774050;;CDS;;195;195;;;611;195 comp;774246..774329;;cta;+;8;;8;;; comp;774338..774414;;atg;3 atg;38;;38;;; comp;774453..774527;;caa;4 caa;47;;47;;; comp;774575..774649;;caa;;17;;17;;; comp;774667..774743;;atg;;35;;35;;; comp;774779..774853;;caa;;47;;47;;; comp;774901..774975;;caa;;13;;13;;; comp;774989..775065;;atg;;235;235;;;; comp;775301..776392;;CDS;;3148;;;;364; ;;;;;;;;;; comp;779541..780557;;CDS;;104;104;;;339;104 comp;780662..780736;;caa;;-21;*-21;;;;*-21 comp;780716..781612;;CDS;;373301;;;;299; ;;;;;;;;;; comp;1154914..1155384;;CDS;;131;131;;;157;131 comp;1155516..1155592;;ccc;;226;226;;;; comp;1155819..1157162;;CDS;;67691;;;;448; ;;;;;;;;;; comp;1224854..1226290;;CDS;;301;301;;;479; comp;1226592..1226667;;aac;;2;;2;;; comp;1226670..1226744;;gga;;164;164;;;;164 comp;1226909..1227181;;CDS;;13604;;;;91; ;;;;;;;;;; comp;1240786..1241733;;CDS;;350;*350;;;316; comp;1242084..1242156;;aac;+;2;;2;;; comp;1242159..1242234;;aac;2 aac;49;49;;;;49 ;1242284..1242496;;CDS;;294;;;;71; ;;;;;;;;;; ;1242791..1244527;;CDS;;181;181;;;579;181 ;1244709..1244796;;tcc;;407;*407;;;; ;1245204..1246064;;CDS;;161293;;;;287; ;;;;;;;;;; comp;1407358..1408338;;CDS;;410;*410;;;327; comp;1408749..1408836;;tcc;;177;177;;;;177 comp;1409014..1409631;;CDS;;34595;;;;206; ;;;;;;;;;; ;1444227..1444688;;CDS;;146;146;;;154; ;1444835..1444922;;tcc;;127;127;;;;127 ;1445050..1446834;;CDS;;14349;;;;595; ;;;;;;;;;; comp;1461184..1462401;;CDS;;163;163;;;406;163 comp;1462565..1462640;;cac;;124;;124;;; comp;1462765..1462838;;aga;;240;240;;;; comp;1463079..1464389;;CDS;;61984;;;;437; ;;;;;;;;;; comp;1526374..1527606;;CDS;;151;151;;;411;151 comp;1527758..1527833;;cac;;123;;123;;; comp;1527957..1528033;;aga;;36;;36;;; comp;1528070..1528146;;cca;;203;203;;;; ;1528350..1529207;;CDS;;60230;;;;286; ;;;;;;;;;; ;1589438..1589644;;CDS;;138;138;;;69; comp;1589783..1589858;;aac;;132;132;;;;132 ;1589991..1592003;;CDS;;57434;;;;671; ;;;;;;;;;; ;1649438..1651867;;CDS;;104;104;;;*810;104 comp;1651972..1652048;;gtc;+;36;;36;;; comp;1652085..1652161;;gtc;5 gtc;26;;26;;; comp;1652188..1652264;;gtc;;15;;15;;; comp;1652280..1652356;;gtc;;11;;11;;; comp;1652368..1652444;;gtc;;170;170;;;; comp;1652615..1653994;;CDS;;277443;;;;460; ;;;;;;;;;; comp;1931438..1932934;;CDS;;145;145;;;499;145 comp;1933080..1933156;;atgf;+;110;;110;;; comp;1933267..1933343;;atgf;9 atgf;102;;102;;; comp;1933446..1933522;;atgf;@2;101;;101;;; comp;1933624..1933700;;atgf;;101;;101;;; comp;1933802..1933877;;atgf;;103;;103;;; comp;1933981..1934057;;atgf;;102;;102;;; comp;1934160..1934236;;atgf;;102;;102;;; comp;1934339..1934415;;atgf;;92;;92;;; comp;1934508..1934584;;atgf;;268;268;;;; comp;1934853..1935572;;CDS;;490897;;;;240; ;;;;;;;;;; comp;2426470..2427675;;CDS;;350;350;;;402; comp;2428026..2428112;;tta;;40;;40;;; comp;2428153..2428226;;tgc;;35;;35;;; comp;2428262..2428337;;ggc;;181;181;;;;181 comp;2428519..2429073;;CDS;;117921;;;;185; ;;;;;;;;;; comp;2546995..2547534;;CDS;;271;271;;;180;271 ;2547806..2547882;;ccc;;1103;*1103;;;; ;2548986..2550593;;CDS;;107760;;;;*536; ;;;;;;;;;; ;2658354..2659094;;CDS;;87;87;;;247;87 ;2659182..2659257;;acg;;108;108;;;; < comp;2659366..2659705;;CDS;;198821;;;;113; ;;;;;;;;;; comp;2858527..2859036;;CDS;;126;126;;;170; ;2859163..2859247;;tac;+;30;;30;;; ;2859278..2859362;;tac;2 tac;121;121;;;;121 comp;2859484..2863335;;CDS;;115303;;;;*1284; ;;;;;;;;;; ;2978639..2979358;;CDS;;119;119;;;240;119 comp;2979478..2979552;;gga;;104;;104;;; comp;2979657..2979730;;ggg;;201;201;;;; ;2979932..2981701;;CDS;;41492;;;;590; ;;;;;;;;;; ;3023194..3023487;;CDS;;75;75;;;98;75 comp;3023563..3023636;;tgc;;57;;57;;; comp;3023694..3023769;;ggc;;248;248;;;; ;3024018..3027455;;CDS;;17375;;;;*1146; ;;;;;;;;;; ;3044831..3045361;;CDS;;133;133;;;177;133 comp;3045495..3045584;;tcg;;380;*380;;;; ;3045965..3046882;;CDS;;221147;;;;306; ;;;;;;;;;; comp;3268030..3268398;;CDS;;318;318;;;123; comp;3268717..3268804;;tca;;198;198;;;;198 ;3269003..3269752;;CDS;;20717;;;;250; ;;;;;;;;;; ;3290470..3291624;;CDS;;50;50;;;385;50 ;3291675..3291751;;agg;;126;126;;;; comp;3291878..3292804;;CDS;;41865;;;;309; ;;;;;;;;;; ;3334670..3335758;;CDS;;230;230;;;363; ;3335989..3336073;;tac;+;32;;32;;; ;3336106..3336190;;tac;3 tac;45;;45;;; ;3336236..3336320;;tac;;135;135;;;;135 ;3336456..3336731;;CDS;;169091;;;;92; ;;;;;;;;;; comp;3505823..3506272;;CDS;;275;275;;;150;275 comp;3506548..3506662;;5s;;101;;;;; comp;3506764..3509682;;23s;;229;;;;; comp;3509912..3509987;;gaa;;218;;;;; comp;3510206..3511760;;16s;;592;*592;;;; ;3512353..3515220;;CDS;;161083;;;;*956; ;;;;;;;;;; comp;3676304..3677323;;CDS;;113;113;;;340; comp;3677437..3677521;;ttg;;49;49;;;;49 ;3677571..3678182;;CDS;;9862;;;;204; ;;;;;;;;;; ;3688045..3688872;;CDS;;369;*369;;;276; comp;3689242..3689318;;cgt;+;25;;25;;; comp;3689344..3689420;;cgt;5 cgt;25;;25;;; comp;3689446..3689522;;cgt;;26;;26;;; comp;3689549..3689625;;cgt;;98;;98;;; comp;3689724..3689800;;cgt;;4;;4;;; comp;3689805..3689897;;agc;;213;213;;;;213 comp;3690111..3690299;;CDS;;196546;;;;63; ;;;;;;;;;; ;3886846..3887601;;CDS;;302;302;;;252;302 comp;3887904..3887980;;gac;;98;;;;; comp;3888079..3888193;;5s;;105;;;;; comp;3888299..3891217;;23s;;231;;;;; comp;3891449..3891524;;gca;;10;;;10;; comp;3891535..3891611;;atc;;66;;;;; comp;3891678..3893232;;16s;;420;*420;;;; comp;3893653..3894195;;CDS;;18750;;;;181; ;;;;;;;;;; comp;3912946..3913317;;CDS;;60;60;;;124; comp;3913378..3913454;;tgg;;52;52;;;;52 comp;3913507..3914691;;CDS;@3;171;171;;;395;171 comp;3914863..3914937;;gga;;38;;38;;; comp;3914976..3915060;;tac;;263;263;;;; ;3915324..3916262;;CDS;;45900;;;;313; ;;;;;;;;;; comp;3962163..3963533;;CDS;;306;306;;;457; comp;3963840..3963916;;tgg;;202;202;;;;202 ;3964119..3964703;;CDS;;59641;;;;195; ;;;;;;;;;; comp;4024345..4026816;;CDS;;658;*658;;;*824; comp;4027475..4027551;;ccg;;140;140;;;;140 comp;4027692..4028417;;CDS;;80995;;;;242; ;;;;;;;;;; ;4109413..4111986;;CDS;;99;99;;;*858; comp;4112086..4112200;;5s;;101;;;;; comp;4112302..4115220;;23s;;231;;;;; comp;4115452..4115527;;gaa;;192;;;;; comp;4115720..4117273;;16s;;94;94;;;;94 comp;4117368..4117547;;CDS;;32227;;;;60; ;;;;;;;;;; comp;4149775..4150248;;CDS;;204;204;;;158;204 comp;4150453..4150529;;cca;;58;;58;;; comp;4150588..4150673;;ctg;;20;;20;;; comp;4150694..4150769;;cac;;49;;49;;; comp;4150819..4150895;;cgg;;258;258;;;; ;4151154..4151744;;CDS;;74862;;;;197; ;;;;;;;;;; ;4226607..4227725;;CDS;;428;*428;;;373; ;4228154..4229708;;16s;;192;;;;; ;4229901..4229976;;gaa;;229;;;;; ;4230206..4233124;;23s;;104;;;;; ;4233229..4233343;;5s;;106;;;;; ;4233450..4233525;;acc;;23;;;;; ;4233549..4233663;;5s;;164;164;;;;164 ;4233828..4234793;;CDS;;119351;;;;322; ;;;;;;;;;; comp;4354145..4355686;;CDS;;622;*622;;;*514; ;4356309..4357863;;16s;;268;;;;; ;4358132..4358207;;gaa;;230;;;;; ;4358438..4361364;;23s;;102;;;;; ;4361467..4361581;;5s;;106;;;;; ;4361688..4361763;;acc;;233;233;;;;233 ;4361997..4363241;;CDS;;71363;;;;415; ;;;;;;;;;; ;4434605..4435198;;CDS;;465;*465;;;198; ;4435664..4437217;;16s;;219;;;;; ;4437437..4437512;;gaa;;229;;;;; ;4437742..4440657;;23s;;103;;;;; ;4440761..4440875;;5s;;98;;;;; ;4440974..4441050;;gac;;167;167;;;;167 ;4441218..4442054;;CDS;;39919;;;;279; ;;;;;;;;;; comp;4481974..4482513;;CDS;;477;*477;;;180; ;4482991..4484545;;16s;;513;;;;; ;4485059..4485549;;23s°;;37;;;;; comp;4485587..4486115;;23s°;;229;;;;; comp;4486345..4486419;;gaa;;218;;;;; comp;4486638..4488193;;16s;;94;94;;;;94 comp;4488288..4488509;;CDS;;72132;;;;74; ;;;;;;;;;; comp;4560642..4561676;;CDS;;192;192;;;345; comp;4561869..4561944;;gta;+;18;;18;;; comp;4561963..4562038;;aaa;7 gta;34;;34;;; comp;4562073..4562148;;gta;5 aaa;18;;18;;; comp;4562167..4562242;;aaa;2 aag;23;;23;;; comp;4562266..4562341;;gta;;18;;18;;; comp;4562360..4562435;;aaa;;23;;23;;; comp;4562459..4562534;;gta;;18;;18;;; comp;4562553..4562628;;aaa;;34;;34;;; comp;4562663..4562738;;gta;;22;;22;;; comp;4562761..4562836;;aag;;46;;46;;; comp;4562883..4562958;;gta;;22;;22;;; comp;4562981..4563056;;aag;;46;;46;;; comp;4563103..4563178;;gta;;32;;32;;; comp;4563211..4563286;;aaa;;174;174;;;;174 comp;4563461..4564276;;CDS;;70895;;;;272; ;;;;;;;;;; comp;4635172..4636173;;CDS;;275;275;;;334;275 comp;4636449..4636525;;gac;;95;;;;; comp;4636621..4636735;;5s;;101;;;;; comp;4636837..4639756;;23s;;231;;;;; comp;4639988..4640063;;gca;;10;;;10;; comp;4640074..4640150;;atc;;66;;;;; comp;4640217..4641771;;16s;;512;*512;;;; ;4642284..4643480;;CDS;;3;;;;399; ;;;;;;;;;; comp;4643484..4644053;;CDS;;;;;;190; </pre> ====amed cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_cumuls|amed cumuls]] <pre> amed cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;0;-;1;1;40;1;100;14 ;16 gaa 23 5s ;6;20;15;;50;5;60;5;200;21 ;16 atc gca;3;40;27;;100;8;80;2;300;15 ;16 23 5s ;0;60;14;;150;19;100;3;400;18 ;max a;3;80;2;;200;17;120;4;500;11 ;a doubles;0;100;3;;250;13;140;7;600;6 ;spéciaux;1;120;8;;300;8;160;2;700;3 ;total aas;18;140;2;;350;6;180;8;800;0 sans ;opérons;38;160;0;;400;4;200;5;900;4 ;1 aa;16;180;0;;450;4;220;3;1000;1 ;max a;14;200;0;;500;3;240;2;1100;0 ;a doubles;12;;0;;;8;;6;;2 ;total aas;109;;71;0;;96;;48;;95 total aas;;127;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;49;;;;;156;; ;;;variance;34;;;;;77;; sans jaune;;;moyenne;;;;214;;;;274 ;;;variance;;;;122;;;;157 </pre> ====amed blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_blocs|amed blocs]] <pre> amed blocs;;;;; cds;512;cds;302;cds;275 16s;66;gac;98;gac;95 atc;10;5s;105;5s;101 gca;231;23s;231;23s;231 23s;98;gca;10;gca;10 5s;386;atc;66;atc;66 ;;16s;420;16s;512 ;;;;; cds;514;275;99;; 16s;268;101;101;; gaa;245;229;231;; 23s;104;218;192;; 5s;268;592;94;; ;;;;; cds;428;CDS;622;cds;465 16s;192;16s;268;16s;219 gaa;229;gaa;230;gaa;229 23s;104;23s;102;23s;103 5s;106;5s;106;5s;98 acc;23;acc;233;gac;167 5s;164;;;; </pre> ====amed distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_distribution|amed distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;9;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;3;tac;;tgc;;tac3+2;ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;2;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;aac2;atc;;acc;;aac;3;agc;1;aac2;atc;;acc;;aac;2;agc;;aac2;atc;;acc;2;aac;;agc; ctc;;ccc;2;cac;;cgt;;caa2+2;ctc;1;ccc;;cac;3;cgt;;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;atgf9;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;atgf9;gtc;5;gcc;5;gac;;ggc;6;atgf9;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;cgt5;tta;1;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;1;aaa;5;aga;2;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;;gaa;;gga;3;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;séquences;atgj;3;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;(atgj caa2)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total amed;;16;;;;;16;;amed;47;;;;;;47;;amed;46;;;;;;46;;amed;;;;5;;;5 </pre> ====amed autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_autres_intercalaires|amed autres intercalaires]] <pre> autres intercalaires;;amed;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7163;8359;516;*; ;;rRNA;8876;10415;72;*;1540 ;;tRNA;10488;10564;10;*;atc ;;tRNA;10575;10650;238;*;gca ;;rRNA;10889;13778;120;*;2890 ;;rRNA;13899;14013;386;*;115 fin;;CDS;14400;14717;;; deb;;CDS;45743;46576;187;*; ;;ncRNA;46764;47150;46;*; fin;;CDS;47197;48777;;0; deb;;CDS;117188;117850;47;*; ;;tRNA;117898;117973;52;*;ttc ;;tRNA;118026;118101;3;*;aca ;;tRNA;118105;118180;45;*;ttc ;;tRNA;118226;118301;252;*;aac fin;;CDS;118554;119573;;; deb;comp;CDS;170063;170329;103;*; ;comp;tRNA;170433;170518;71;*;ctg ;comp;tRNA;170590;170675;46;*;ctg ;comp;tRNA;170722;170807;46;*;ctg ;comp;tRNA;170854;170939;51;*;ctg ;comp;tRNA;170991;171076;116;*;ctg fin;comp;CDS;171193;172653;;; deb;;CDS;318836;320692;190;*; ;;tRNA;320883;320959;244;*;atgi fin;comp;CDS;321204;323780;;; deb;;CDS;386382;386732;518;*; ;;rRNA;387251;388796;274;*;1546 ;;tRNA;389071;389146;252;*;gaa ;;rRNA;389399;392290;126;*;2892 ;;rRNA;392417;392531;268;*;115 fin;comp;CDS;392800;394413;;0; deb;;CDS;476261;476482;64;*; ;comp;tRNA;476547;476622;5;*;aac ;comp;tRNA;476628;476703;881;*;ttc fin;comp;CDS;477585;478565;;; deb;;CDS;500269;500814;177;*; ;;tRNA;500992;501067;24;*;ggc ;;tRNA;501092;501167;29;*;ggc ;;tRNA;501197;501272;38;*;ggc ;;tRNA;501311;501386;25;*;ggc ;;tRNA;501412;501487;23;*;ggc ;;tRNA;501511;501586;363;*;ggc fin;comp;CDS;501950;502159;;; deb;;CDS;505552;507110;236;*; ;;tRNA;507347;507422;28;*;gcc ;;tRNA;507451;507526;66;*;gcc ;;tRNA;507593;507668;58;*;gcc ;;tRNA;507727;507802;40;*;gcc ;;tRNA;507843;507918;471;*;gcc ;;regulatory;508390;508473;148;*; fin;;CDS;508622;511627;;0; deb;;CDS;642476;642802;9;*; ;;tRNA;642812;642896;91;*;ctc ;;tRNA;642988;643064;166;*;atgf fin;;CDS;643231;643689;;; deb;;CDS;772218;774050;195;*; ;comp;tRNA;774246;774329;8;*;cta ;comp;tRNA;774338;774414;38;*;atgj ;comp;tRNA;774453;774527;47;*;caa ;comp;tRNA;774575;774649;17;*;caa ;comp;tRNA;774667;774743;35;*;atgj ;comp;tRNA;774779;774853;47;*;caa ;comp;tRNA;774901;774975;13;*;caa ;comp;tRNA;774989;775065;235;*;atgj fin;comp;CDS;775301;776392;;; deb;comp;CDS;779541;780488;173;*; ;comp;tRNA;780662;780736;-21;*;caa fin;comp;CDS;780716;781630;;; deb;comp;CDS;1154914;1155384;131;*; ;comp;tRNA;1155516;1155592;226;*;ccc fin;comp;CDS;1155819;1157162;;0; deb;comp;CDS;1224854;1226290;301;*; ;comp;tRNA;1226592;1226667;2;*;aac ;comp;tRNA;1226670;1226744;460;*;gga fin;comp;CDS;1227205;1228818;;; deb;comp;CDS;1240786;1241733;425;*; ;comp;tRNA;1242159;1242234;556;*;aac deb;;CDS;1242791;1244527;181;*; ;;tRNA;1244709;1244796;83;*;tcc fin;;CDS;1244880;1246145;;0; deb;comp;CDS;1407358;1408665;83;*; ;comp;tRNA;1408749;1408836;177;*;tcc fin;comp;CDS;1409014;1409631;;; deb;;CDS;1444233;1444688;146;*; ;;tRNA;1444835;1444922;127;*;tcc fin;;CDS;1445050;1446834;;; deb;comp;CDS;1461184;1462401;163;*; ;comp;tRNA;1462565;1462640;438;*;cac fin;comp;CDS;1463079;1464389;;; deb;comp;CDS;1526374;1527606;151;*; ;comp;tRNA;1527758;1527833;123;*;cac ;comp;tRNA;1527957;1528033;36;*;aga ;comp;tRNA;1528070;1528146;203;*;cca fin;;CDS;1528350;1529207;;0; deb;comp;CDS;1587325;1589010;772;*; ;comp;tRNA;1589783;1589858;132;*;aac fin;;CDS;1589991;1592003;;; deb;;CDS;1649438;1651867;104;*; ;comp;tRNA;1651972;1652048;36;*;gtc ;comp;tRNA;1652085;1652161;26;*;gtc ;comp;tRNA;1652188;1652264;15;*;gtc ;comp;tRNA;1652280;1652356;11;*;gtc ;comp;tRNA;1652368;1652444;170;*;gtc fin;comp;CDS;1652615;1653994;;; deb;comp;CDS;1734629;1735525;28;*; ;comp;misc_f;1735554;1735678;185;*; fin;;CDS;1735864;1736109;;; deb;comp;CDS;1931438;1932934;145;*; ;comp;tRNA;1933080;1933156;110;*;atgf ;comp;tRNA;1933267;1933343;102;*;atgf ;comp;tRNA;1933446;1933522;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933624;1933700;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933802;1933877;103;*;atgf ;comp;tRNA;1933981;1934057;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934160;1934236;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934339;1934415;92;*;atgf ;comp;tRNA;1934508;1934584;268;*;atgf fin;comp;CDS;1934853;1935572;;; deb;;CDS;1977322;1978332;353;*; ;comp;ncRNA;1978686;1978779;94;*; fin;;CDS;1978874;1979143;;0; deb;comp;CDS;1980394;1981206;97;*; ;comp;ncRNA;1981304;1981397;269;*; fin;;CDS;1981667;1981849;;0; deb;comp;CDS;1997119;1998258;85;*; ;comp;ncRNA;1998344;1998440;102;*; fin;comp;CDS;1998543;1999331;;; deb;;CDS;2154455;2154631;277;*; ;;ncRNA;2154909;2155037;-9;*; fin;comp;CDS;2155029;2155319;;0; deb;;CDS;2234810;2235142;16;*; ;;ncRNA;2235159;2235341;133;*; fin;comp;CDS;2235475;2236674;;; deb;comp;CDS;2426470;2427675;350;*; ;comp;tRNA;2428026;2428112;40;*;tta ;comp;tRNA;2428153;2428226;35;*;tgc ;comp;tRNA;2428262;2428337;181;*;ggc fin;comp;CDS;2428519;2429073;;; deb;comp;CDS;2546995;2547534;271;*; ;;tRNA;2547806;2547882;259;*;ccc fin;;CDS;2548142;2548282;;; deb;;CDS;2658354;2659094;87;*; ;;tRNA;2659182;2659257;114;*;acg fin;;CDS;2659372;2659665;;0; deb;comp;CDS;2827175;2828170;-13;*; ;comp;regulatory;2828158;2828297;79;*; fin;;CDS;2828377;2830089;;; deb;comp;CDS;2858527;2859036;126;*; ;;tRNA;2859163;2859247;30;*;tac ;;tRNA;2859278;2859362;121;*;tac fin;comp;CDS;2859484;2863335;;; deb;;CDS;2953473;2953961;121;*; ;;tmRNA;2954083;2954442;177;*; fin;;CDS;2954620;2955903;;; deb;;CDS;2978639;2979358;119;*; ;comp;tRNA;2979478;2979552;104;*;gga ;comp;tRNA;2979657;2979730;201;*;ggg fin;;CDS;2979932;2981701;;; deb;;CDS;3023194;3023487;75;*; ;comp;tRNA;3023563;3023636;57;*;tgc ;comp;tRNA;3023694;3023769;248;*;ggc fin;;CDS;3024018;3027455;;0; deb;;CDS;3044891;3045361;133;*; ;comp;tRNA;3045495;3045584;380;*;tcg fin;;CDS;3045965;3046882;;; deb;comp;CDS;3052964;3053617;105;*; ;comp;regulatory;3053723;3053869;209;*; fin;;CDS;3054079;3054915;;0; deb;comp;CDS;3093394;3094776;249;*; ;comp;regulatory;3095026;3095141;508;*; fin;;CDS;3095650;3096798;;0; deb;comp;CDS;3268030;3268398;318;*; ;comp;tRNA;3268717;3268804;198;*;tca fin;;CDS;3269003;3269752;;0; deb;comp;CDS;3286866;3287465;164;*; ;;misc_f;3287630;3287752;38;*; fin;;CDS;3287791;3288963;;0; deb;;CDS;3290470;3291624;50;*; ;;tRNA;3291675;3291751;126;*;agg fin;comp;CDS;3291878;3292798;;0; deb;;CDS;3334670;3335758;230;*; ;;tRNA;3335989;3336073;32;*;tac ;;tRNA;3336106;3336190;45;*;tac ;;tRNA;3336236;3336320;135;*;tac fin;;CDS;3336456;3336731;;; deb;comp;CDS;3382564;3385161;111;*; ;comp;regulatory;3385273;3385359;203;*; fin;comp;CDS;3385563;3389024;;; deb;comp;CDS;3497173;3497463;91;*; ;;regulatory;3497555;3497645;99;*; fin;;CDS;3497745;3498725;;; deb;comp;CDS;3505823;3506272;275;*; ;comp;rRNA;3506548;3506662;123;*;115 ;comp;rRNA;3506786;3509675;236;*;2890 ;comp;tRNA;3509912;3509987;224;*;gaa ;comp;rRNA;3510212;3511756;596;*;1545 fin;;CDS;3512353;3515220;;; deb;comp;CDS;3676304;3677323;113;*; ;comp;tRNA;3677437;3677521;142;*;ttg fin;;CDS;3677664;3678182;;0; deb;;CDS;3688045;3688872;369;*; ;comp;tRNA;3689242;3689318;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689344;3689420;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689446;3689522;26;*;cgt ;comp;tRNA;3689549;3689625;98;*;cgt ;comp;tRNA;3689724;3689800;4;*;cgt ;comp;tRNA;3689805;3689897;213;*;agc fin;comp;CDS;3690111;3690299;;; deb;;CDS;3886846;3887601;302;*; ;comp;tRNA;3887904;3887980;98;*;gac ;comp;rRNA;3888079;3888193;127;*;115 ;comp;rRNA;3888321;3891210;238;*;2890 ;comp;tRNA;3891449;3891524;10;*;gca ;comp;tRNA;3891535;3891611;72;*;atc ;comp;rRNA;3891684;3893228;424;*;1545 fin;comp;CDS;3893653;3894195;;; deb;comp;CDS;3912946;3913317;60;*; ;comp;tRNA;3913378;3913454;52;*;tgg deb;comp;CDS;3913507;3914691;171;*; ;comp;tRNA;3914863;3914937;38;*;gga ;comp;tRNA;3914976;3915060;263;*;tac fin;;CDS;3915324;3916262;;0; deb;comp;CDS;3962163;3963533;306;*; ;comp;tRNA;3963840;3963916;202;*;tgg fin;;CDS;3964119;3964703;;; deb;comp;CDS;4024345;4026816;658;*; ;comp;tRNA;4027475;4027551;140;*;ccg fin;comp;CDS;4027692;4028417;;; deb;;CDS;4109413;4111986;99;*; ;comp;rRNA;4112086;4112200;123;*;115 ;comp;rRNA;4112324;4115213;238;*;2890 ;comp;tRNA;4115452;4115527;198;*;gaa ;comp;rRNA;4115726;4117269;627;*;1544 fin;;CDS;4117897;4118388;;0; deb;comp;CDS;4119290;4121155;51;*; ;comp;regulatory;4121207;4121385;207;*; fin;;CDS;4121593;4122102;;; deb;comp;CDS;4149775;4150278;174;*; ;comp;tRNA;4150453;4150529;58;*;cca ;comp;tRNA;4150588;4150673;20;*;ctg ;comp;tRNA;4150694;4150769;49;*;cac ;comp;tRNA;4150819;4150895;258;*;cgg fin;;CDS;4151154;4151744;;; deb;;CDS;4226547;4227725;432;*; ;;rRNA;4228158;4229702;198;*;1545 ;;tRNA;4229901;4229976;236;*;gaa ;;rRNA;4230213;4233102;126;*;2890 ;;rRNA;4233229;4233343;106;*;115 ;;tRNA;4233450;4233525;23;*;acc ;;rRNA;4233549;4233663;164;*;115 fin;;CDS;4233828;4234793;;; deb;comp;CDS;4354145;4355686;626;*; ;;rRNA;4356313;4357857;274;*;1545 ;;tRNA;4358132;4358207;237;*;gaa ;;rRNA;4358445;4361342;124;*;2898 ;;rRNA;4361467;4361581;106;*;115 ;;tRNA;4361688;4361763;233;*;acc fin;;CDS;4361997;4363241;;; deb;;CDS;4434674;4435198;469;*; ;;rRNA;4435668;4437211;225;*;1544 ;;tRNA;4437437;4437512;236;*;gaa ;;rRNA;4437749;4440638;122;*;2890 ;;rRNA;4440761;4440875;98;*;115 ;;tRNA;4440974;4441050;167;*;gac fin;;CDS;4441218;4442054;;0; deb;comp;CDS;4481974;4482513;481;*; ;;rRNA;4482995;4484539;547;*;1545 ;;misc_f;4485087;4486108;236;*; ;comp;tRNA;4486345;4486419;224;*;gaa ;comp;rRNA;4486644;4488189;559;*;1546 fin;comp;CDS;4488749;4489795;;; deb;comp;CDS;4560642;4561715;153;*; ;comp;tRNA;4561869;4561944;18;*;gta ;comp;tRNA;4561963;4562038;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562073;4562148;18;*;gta ;comp;tRNA;4562167;4562242;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562266;4562341;18;*;gta ;comp;tRNA;4562360;4562435;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562459;4562534;18;*;gta ;comp;tRNA;4562553;4562628;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562663;4562738;22;*;gta ;comp;tRNA;4562761;4562836;46;*;aag ;comp;tRNA;4562883;4562958;22;*;gta ;comp;tRNA;4562981;4563056;46;*;aag ;comp;tRNA;4563103;4563178;32;*;gta ;comp;tRNA;4563211;4563286;174;*;aaa fin;comp;CDS;4563461;4564267;;; deb;;CDS;4626091;4627785;262;*; ;;regulatory;4628048;4628133;65;*; fin;;CDS;4628199;4629623;;; deb;comp;CDS;4635172;4636104;344;*; ;comp;tRNA;4636449;4636525;95;*;gac ;comp;rRNA;4636621;4636735;120;*;115 ;comp;rRNA;4636856;4639749;238;*;2894 ;comp;tRNA;4639988;4640063;10;*;gca ;comp;tRNA;4640074;4640150;72;*;atc ;comp;rRNA;4640223;4641767;516;*;1545 fin;;CDS;4642284;4643480;;0; deb;comp;CDS;4698779;4700680;360;*; ;comp;regulatory;4701041;4701154;88;*; fin;;CDS;4701243;4702160;;; </pre> ====amed données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_données_intercalaires|amed données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;amed;fx;fc;amed;fx40;fc40;amed;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;2;12;0;2;12;-1;0;91;47;244;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;1;10;38;225;1;2;26;-2;1;0;252;64;518;516;;52;;ttc;40;;tta ;0;20;20;167;2;0;41;-3;0;0;103;363;424;596;;3;;aca;35;;tgc ;0;30;23;110;3;4;34;-4;8;212;116;195;432;627;;45;;ttc;**;;ggc ;0;40;34;92;4;9;18;-5;0;0;190;556;469;626;;**;;aac;30;;tac ;2;50;43;75;5;0;12;-6;1;0;881;203;599;481;;71;;ctg;**;;tac ;2;60;76;92;6;6;6;-7;0;10;177;132;;516;;46;;ctg;104;;gga 1;0;70;90;111;7;4;12;-8;3;47;236;104;23s 5s;;;46;;ctg;**;;ggg 1;0;80;100;99;8;6;17;-9;1;0;9;271;2* 120;;;51;;ctg;57;;tgc ;3;90;59;120;9;3;34;-10;0;2;166;126;2* 126;;;**;;ctg;**;;ggc ;0;100;54;90;10;4;25;-11;2;31;235;121;2* 123;;;5;;aac;32;;tac 1;1;110;58;112;11;1;21;-12;0;0;173;119;127;;;**;;ttc;45;;tac 1;3;120;50;96;12;3;18;-13;2;6;-21;201;124;;;24;;ggc;**;;tac 3;1;130;35;81;13;2;20;-14;1;7;131;75;122;;;29;;ggc;25;;cgt 2;3;140;30;74;14;2;22;-15;1;0;226;248;5s CDS;;;38;;ggc;25;;cgt 1;2;150;25;72;15;1;14;-16;0;8;301;133;386;268;;25;;ggc;26;;cgt ;2;160;33;70;16;3;13;-17;0;4;460;380;275;99;;23;;ggc;98;;cgt ;4;170;29;32;17;2;20;-18;1;0;425;198;164;;;**;;ggc;4;;cgt ;6;180;35;50;18;1;17;-19;1;1;181;126;16s tRNA;;;28;;gcc;**;;agc ;3;190;25;44;19;2;6;-20;1;7;83;142;3* 72;;atc;66;;gcc;38;;gga 2;0;200;37;53;20;3;16;-21;1;0;83;369;2* 274;;gaa;58;;gcc;**;;tac 3;0;210;39;48;21;3;11;-22;2;1;177;302;2* 198;;gaa;40;;gcc;58;;cca ;1;220;25;34;22;0;8;-23;0;1;146;263;224;;gaa;**;;gcc;20;;ctg ;2;230;30;26;23;1;16;-24;0;0;127;202;225;;gaa;91;;ctc;49;;cac ;3;240;26;30;24;3;10;-25;1;2;163;258;tRNA 23s;;;**;;atgf;**;;cgg 2;0;250;20;26;25;3;13;-26;0;1;438;;3* 238;;gca;8;;cta;18;;gta 1;2;260;21;25;26;1;7;-27;0;0;151;;252;;gaa;38;;atgj;34;;aaa 1;1;270;22;36;27;4;10;-28;0;0;772;;3* 236;;gaa;47;;caa;18;;gta 1;0;280;25;28;28;2;11;-29;1;1;170;;237;;gaa;17;;caa;23;;aaa ;0;290;13;24;29;2;15;-30;0;0;145;;238;;gaa;35;;atgj;18;;gta ;0;300;8;14;30;4;9;-31;0;1;268;;5s tRNA;;;47;;caa;23;;aaa 1;2;310;19;17;31;3;9;-32;0;0;350;;98;;gac;13;;caa;18;;gta ;1;320;12;14;32;3;11;-33;2;0;181;;2* 106;;acc;**;;atgj;34;;aaa ;0;330;8;15;33;4;11;-34;0;2;259;;98;;gac;2;;aac;22;;gta ;0;340;9;8;34;1;9;-35;2;2;87;;95;;gac;**;;gga;46;;aag ;2;350;13;13;35;1;12;-36;1;0;114;;tRNA 5s;;;123;;cac;22;;gta ;0;360;15;8;36;1;5;-37;0;0;318;;23;;acc;36;;aga;46;;aag 2;0;370;7;5;37;5;4;-38;1;0;50;;tRNA tRNA;;intra;**;;cca;32;;gta 1;0;380;8;7;38;7;13;-39;0;0;230;;3* 10;;atc;36;;gtc;**;;aaa ;0;390;7;9;39;7;10;-40;0;0;135;;**;;gca;26;;gtc;;; ;0;400;10;9;40;2;8;-41;0;0;113;;;;;15;;gtc;;; 1;6;reste;110;109;reste;1226;1776;-42;0;0;213;;;;;11;;gtc;;; 25;54;total;1343;2382;total;1343;2382;-43;0;0;60;;;;;**;;gtc;;; 24;47;diagr;1231;2261;diagr;115;594;-44;0;1;52;;;;;110;;atgf;;; 0;1;t30;81;502;;;;-45;0;0;171;;;;;102;;atgf;;; ;;;;;;;;-46;3;0;306;;;;;101;;atgf;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;658;;;;;101;;atgf;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;140;;;;;103;;atgf;;; ;x;1341;42;2;1385;;;-49;0;0;174;;;;;102;;atgf;;; ;c;2370;444;12;2826;;;-50;1;0;233;;;;;102;;atgf;;; ;;;;;4211;239;;reste;4;6;167;;;;;92;;atgf;;; ;;;;;;4450;;total;42;444;153;;;;;**;;atgf;;; ;;;;;;;;;;;174;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;344;;;;;;;;;; </pre> ===gamma synthèse=== ====gamma distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_génome|gamma distribution par génome]] <pre> gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total spl;46;8;;;;6;79;3;142 vpb;60;11;;;;21;22;12;126 vha;51;14;;;;26;19;11;121 amed;47;16;;;;13;46;5;127 eal;25;23;;;;10;23;4;85 eco;20;23;;;;10;29;4;86 ecoN;20;34;;;;17;44;6;121 ;;;;;;;;; total;269;129;0;0;0;103;262;45;808 </pre> ====gamma distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_du_total|gamma distribution du total]] <pre> gama7;;;;;;;660;;gamma7;;;;;;;148 atgi;11;tct;;tat;;atgf;48;;atgi;;tct;;tat;;atgf;0 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;23;acc;9;aac;;agc; ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;2;gac;23;ggc; tta;14;tca;12;taa;;tga;4;;tta;;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;8;aga; cta;24;cca;14;caa;23;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;34;gca;;gaa;17;gga;14;;gta;8;gca;29;gaa;34;gga; ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8 atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;531;129;0;0;0;0;660;;1-3aas;;;;45;;103;148 </pre> ====gamma distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_type|gamma distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> gama7;;;;;;;660;;gama7;;;;;;;129;;gama7;;;;;;;269;;gama7;;;;;;;262;;gama7;;;;;;;45 atgi;11;tct;0;tat;0;atgf;48;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;18;;atgi;;tct;;tat;;atgf;24;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;7;tcc;14;tac;;tgc;1;;ttc;14;tcc;;tac;6;tgc;15;;ttc;;tcc;;tac;24;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;1;acc;1;aac;14;agc;;;atc;;acc;5;aac;11;agc;11;;atc;2;acc;;aac;9;agc;;;atc;;acc;9;aac;;agc; ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;5;ccc;6;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;38;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;17;;gtc;19;gcc;14;gac;4;ggc;29;;gtc;;gcc;;gac;23;ggc; tta;14;tca;12;taa;0;tga;4;;tta;;tca;10;taa;;tga;4;;tta;14;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;4;taa;;tga; ata;0;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;6;;ata;;aca;19;aaa;15;aga;4;;ata;;aca;;aaa;18;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;24;cca;14;caa;23;cga;0;;cta;;cca;2;caa;1;cga;;;cta;18;cca;10;caa;12;cga;;;cta;6;cca;2;caa;10;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;34;gca;0;gaa;17;gga;14;;gta;;gca;;gaa;4;gga;4;;gta;13;gca;;gaa;;gga;10;;gta;21;gca;;gaa;13;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga; ttg;7;tcg;4;tag;0;tgg;4;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8 atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;4;aag;;agg;7;;atgj;19;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;4;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;;cag;;cgg;7;;ctg;17;ccg;;cag;6;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;45;;; </pre> ====gamma par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_par_rapport_au_groupe_de_référence|gamma par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;37;18;39;;;2;96; 16;moyen;51;104;31;;21;52;259; 14;fort;41;147;192;;24;49;453; ; ;129;269;262;;45;103;808; 10;g+cga;15;3;6;;;;24; 2;agg+cgg;7;7;;;;;14; 4;carre ccc;11;8;33;;;2;54; 5;autres;4;;;;;;4; ;;37;18;39;;;2;96; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;gama ‰;ref. ‰ 21;faible;46;22;48;;;2;119;26 16;moyen;63;129;38;;26;64;321;324 14;fort;51;182;238;;30;61;561;650 ;;160;333;324;;56;127;808;729 10;g+cga;19;4;7;;;;30;10 2;agg+cgg;9;9;;;;;17; 4;carre ccc;14;10;41;;;2;67;16 5;autres;5;;;;;;5; ;;46;22;48;;;2;119; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;56;27;59;142;26;29;7;15 16;moyen;77;158;47;282;324;40;39;12 14;fort;62;223;291;576;650;32;55;73 ;;195;408;397;660;729;129;269;262 10;g+cga;23;5;9;36;10;41;;15 2;agg+cgg;11;11;;21;;19;; 4;carre ccc;17;12;50;79;16;30;;85 5;autres;6;;;6;;11;; ;;56;27;59;142;;37;;39 </pre> ====gamma, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma,_estimation_des_-rRNAs|gamma, estimation des -rRNAs]] <pre> gamma;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 144 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;144;1536; ; ;;indices;;;;144;1067;0;0;;gama7;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;660 atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;48 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18 atc;373;acc;57;aac;;agc;3;;atc;259;acc;40;aac;;agc;2;;atc;3;acc;6;aac;34;agc;11 ctc;;ccc;;cac;10;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;7;cgt;;;ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40 gtc;;gcc;3;gac;151;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;105;ggc;;;gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46 tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;14;tca;12;taa;;tga;4 ata;;aca;;aaa;13;aga;;;ata;;aca;;aaa;9;aga;;;ata;;aca;19;aaa;33;aga;10 cta;;cca;14;caa;;cga;;;cta;;cca;10;caa;;cga;;;cta;24;cca;14;caa;23;cga; gta;14;gca;378;gaa;423;gga;;;gta;10;gca;263;gaa;294;gga;;;gta;34;gca;;gaa;17;gga;14 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;73;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;51;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4 atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7 ctg;;ccg;;cag;;cgg;11;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;4 ;;900;;622;;14;1536;;;;625;;432;;10;1067;;;;186;;380;;94;660 27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;86713;1.5;0;;avec +16s;;;;1183;86713;1.5;0;;gama7;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;290;;atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;292;;atgi;157;tct;;tat;;atgf;686 att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;173;tcc;152;tac;226;tgc;114;;ttc;175;tcc;152;tac;227;tgc;114;;ttc;300;tcc;200;tac;429;tgc;257 atc;26;acc;115;aac;311;agc;104;;atc;285;acc;155;aac;311;agc;106;;atc;43;acc;86;aac;486;agc;157 ctc;102;ccc;86;cac;108;cgt;298;;ctc;102;ccc;86;cac;115;cgt;298;;ctc;129;ccc;86;cac;171;cgt;571 gtc;173;gcc;165;gac;184;ggc;351;;gtc;173;gcc;167;gac;289;ggc;351;;gtc;300;gcc;229;gac;100;ggc;657 tta;119;tca;138;taa;1.0;tga;64;;tta;120;tca;140;taa;1.0;tga;64;;tta;200;tca;171;taa;;tga;57 ata;0.8;aca;141;aaa;368;aga;151;;ata;0.8;aca;141;aaa;377;aga;151;;ata;;aca;271;aaa;471;aga;143 cta;128;cca;131;caa;189;cga;13;;cta;128;cca;141;caa;189;cga;13;;cta;343;cca;200;caa;329;cga; gta;311;gca;21;gaa;30;gga;114;;gta;321;gca;283;gaa;324;gga;114;;gta;486;gca;;gaa;243;gga;200 ttg;102;tcg;83;tag;2.7;tgg;62;;ttg;103;tcg;83;tag;2.7;tgg;113;;ttg;100;tcg;57;tag;;tgg;57 atgj;169;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;170;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;271;acg;57;aag;29;agg;100 ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;92;;ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;100;;ctg;300;ccg;57;cag;86;cgg;100 gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;57 ;;1892;;3118;;1244;6254;;;;2517;;3550;;1254;7321;;;;2657;;5429;;1343;9429 rapports;;75;;88;;99;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;gama7;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;99;;fiches;57.882;;;fréquences;;;;;atgi;17;tct;100;tat;100;atgf;58 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;8335;;;0/0;;;;;att;100;act;100;aat;100;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;1401;;;10;7;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;144;;;20;7;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt;100 ttc;99;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;42;tcc;24;tac;47;tgc;56 atc;9;acc;74;aac;100;agc;98;;gama7;94.2857142857143;;;40;8;;;;atc;39;acc;26;aac;36;agc;34 ctc;100;ccc;100;cac;94;cgt;100;;sans;660;;;50;10;38;;;ctc;21;ccc;0;cac;37;cgt;48 gtc;100;gcc;99;gac;64;ggc;100;;avec;148;;;60;2;;;;gtc;42;gcc;28;gac;46;ggc;47 tta;99;tca;99;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;1;;;;tta;40;tca;20;taa;100;tga;11 ata;100;aca;100;aaa;98;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;48;aaa;22;aga;5 cta;100;cca;93;caa;100;cga;100;;L’estimation par gama7;;;;90;1;;;;cta;63;cca;34;caa;42;cga;100 gta;97;gca;7;gaa;9;gga;100;;est 62% au dessus;;;;100;6;;;;gta;36;gca;100;gaa;88;gga;43 ttg;99;tcg;100;tag;100;tgg;55;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;31;tag;100;tgg;8 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;38;acg;20;aag;16;agg;9 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;92;;;;;;;;;;;ctg;16;ccg;8;cag;16;cgg;8 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;21 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;425;;656;;229;1310 </pre> ==alpha== ===rtb=== ====rtb opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_opérons|rtb opérons]] <pre> 29.0%GC;31.12.19 Paris;16s 1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rickettsia typhi str. B9991CWPP ;;;;;;;;;;;; comp;7429..8469;;cds;;381;381;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;* comp;8851..8926;;ttc;;368;368;;;;;;* ;9295..10278;;cds;;;;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;* ;;;;;;;;;;;;* ;14663..18055;;cds;;108;108;;;1131;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;18164..18238;;gaa;;1394;*1394;;;;;;* comp;19633..20106;;cds;;;;;;158;;crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;48065..48709;;cds;;278;278;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;* comp;48988..49064;;atgf;;110;110;;;;;;* comp;49175..49411;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;* ;;;;;;;;;;;;* comp;73627..73929;;cds;;17;17;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;* comp;73947..74021;;acc;;139;139;;;;;;* comp;74161..75417;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* ;155064..157163;;cds;;143;143;;;700;;elongation factor G;* ;157307..157382;;tgg;;167;167;;;;;;* ;157550..157750;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* ;189197..189400;;cds;;889;*889;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;* comp;190290..190365;;acg;;142;142;;;;;;* comp;190508..192814;;cds;;;;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;* ;;;;;;;;;;;;* ;255010..255921;;cds;;732;*732;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;* ;256654..259439;;23s;;206;;;;2786;;;* ;259646..259760;;5s;;173;173;;;115;;;* comp;259934..261007;;cds;;;;;;358;;cell division protein ZapE;* ;;;;;;;;;;;;* ;291358..291843;;cds;;35;35;;;162;;30S ribosomal protein S9;* ;291879..291955;;atgj;;1364;*1364;;;;;;* comp;293320..293805;;cds;;;;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;335194..336996;;cds;;402;402;;;601;;elongation factor 4;* ;337399..337473;;aac;;633;*633;;;;;;* comp;338107..338793;;cds;;;;;;229;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;440466..440933;;cds;;496;496;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;* ;441430..441504;;tgc;;31;31;;;;;;* ;441536..442456;;cds;;;;;;307;;site-specific tyrosine recombinase XerD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;469056..469781;;cds;;218;218;;;242;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;* ;470000..470075;;aaa;;15;;15;;;;;* ;470091..470167;;atc;;1922;*1922;;;;;;* ;472090..472662;;cds;;;;;;191;;GTP cyclohydrolase I FolE;* ;;;;;;;;;;;;* comp;564534..565562;;cds;;1530;*1530;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;* comp;567093..567180;;tcc;;218;218;;;;;;* comp;567399..568145;;cds;;;;;;249;;NTP transferase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;583250..584149;;cds;;1278;*1278;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;* comp;585428..585518;;tca;;58;58;;;;;;* comp;585577..586569;;cds;;;;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;;* ;598723..599706;;cds;;26;26;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;* ;599733..599809;;cgg;;60;;60;;;;;* comp;599870..599944;;caa;;62;62;;;;;;* comp;600007..601779;;cds;;;;;;591;;aminopeptidase P family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;644357..644745;;cds;;499;499;;;130;;p-ribosome-associated translation inhibitor RaiA;* ;645245..645321;;gac;@1;1051;;1051;;;;;* comp;646373..646448;;gcc;;222;222;;;;;;* comp;646671..647276;;cds;;;;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;* ;;;;;;;;;;;;* comp;649389..650048;;cds;;452;452;;;220;;(d)CMP kinase;* ;650501..650577;;gtc;;1274;*1274;;;;;;* comp;651852..652094;;cds;;;;;;81;;HU family DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;696163..697398;;cds;;1535;*1535;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;* ;698934..699010;;cgt;;1028;*1028;;;;;;* ;700039..705720;;cds;;;;;;1894;;alpha-2-macroglobulin family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;727560..728087;;cds;;1164;*1164;;;176;;copper chaperone Pcu(A)C;* comp;729252..729326;;gca;;32;32;;;;;;* comp;729359..729574;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;739215..740075;;cds;;181;181;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;* ;740257..740343;;ctc;;246;246;;;;;;* ;740590..741960;;cds;;1199;*1199;;;457;;magnesium transporter;* ;743160..743234;;ggc;;1090;*1090;;;;;;* ;744325..744753;;cds;;;;;;143;;preprotein translocase subunit YajC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;775944..777866;;cds;;2465;*2465;;;641;;hp;* comp;780332..781831;;16s;;1854;*1854;;;1500;;;* comp;783686..785485;;cds;;;;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;814590..814823;;cds;;349;349;;;78;;hp;* comp;815173..815248;;gta;;68;68;;;;;;* comp;815317..815589;;cds;;;;;;91;;30S ribosomal protein S20;* ;;;;;;;;;;;;* comp;829300..830484;;cds;;82;82;;;395;;elongation factor Tu;* comp;830567..830640;;gga;;95;;95;;;;;* comp;830736..830821;;tac;;183;183;;;;;;* ;831005..831733;;cds;;;;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* ;839841..839969;;cds;;145;145;;;43;;dimethyladenosine transferase;* ;840115..840200;;tta;;2009;*2009;;;;;;* ;842210..842446;;cds;;;;;;79;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;876906..877589;;cds;;401;401;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;* ;877991..878067;;cac;;145;145;;;;;;* ;878213..879943;;cds;;;;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;918938..919882;;cds;;951;*951;;;315;;ACP S-malonyltransferase;* ;920834..920925;;agc;;1945;*1945;;;;;;* comp;922871..924049;;cds;;;;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;961209..962297;;cds;;41;41;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;* comp;962339..962415;;atgi;;390;390;;;;;;* comp;962806..963273;;cds;;;;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* ;;;;;;;;;;;;* ;1023375..1023626;;cds;;1585;*1585;;;84;;BolA family transcriptional regulator;* ;1025212..1025288;;cca;;17;17;;;;;;* ;1025306..1025521;;cds;;;;;;72;;translation initiation factor IF-1;* ;;;;;;;;;;;;* ;1053321..1054139;;cds;;2191;*2191;;;273;;alpha/beta hydrolase;* comp;1056331..1056407;;aga;;98;98;;;;;;* ;1056506..1056823;;cds;;;;;;106;;DUF167 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1098776..1099240;;cds;;40;40;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;* comp;1099281..1099365;;cta;;145;145;;;;;;* comp;1099511..1100662;;cds;;;;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1102351..1102980;;cds;;475;475;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* comp;1103456..1103530;;aca;;130;130;;;;;;* comp;1103661..1103996;;cds;;;;;;112;;30S ribosomal protein S16;* </pre> ====rtb cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_cumuls|rtb cumuls]] <pre> rtb cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;11;30;0 ;23s5s;1;20;1;;50;8;40;;200;13;60;1 ;16s;1;40;;;100;5;80;;300;12;90;9 ;16s23s;0;60;1;;150;9;120;;400;13;120;4 ;max a;0;80;;;200;4;160;;500;3;150;2 ;a doubles;0;100;1;;250;4;200;;600;3;180;7 ;spéciaux;0;120;;;300;1;240;;700;3;210;3 ;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;4 sans ;opérons;29;160;;;400;3;320;;900;0;270;3 ;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;3 ;max a;2;200;;;500;4;400;;1100;0;330;5 ;a doubles;0;;1;;;21;;;;2;;20 ;total aas;33;;4;0;;62;;0;;61;;61 total aas;;33;;;;21;1430;;;;;; remarques;;1;;;;;491;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;612;;;;310;; ;;;variance;;;;665;;;;291;; sans jaune;;;moyenne;57;;;193;;;;269;;176 ;;;variance;40;;;148;;;;176;;86 </pre> ====rtb blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_blocs|rtb blocs]] ====rtb distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_distribution|rtb distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rtb;;25;;;;;25;;rtb;8;;;;;;8 </pre> ====rtb données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_données_intercalaires|rtb données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;rtb;fx;fc;rtb;fx40;fc40;rtb;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;4;0;1;4;-1;0;10;381;368;tRNA tRNA;; ;0;10;2;64;1;0;10;-2;1;0;108;1394;15;;aaa ;2;20;3;37;2;0;7;-3;0;0;278;411;**;;atc ;1;30;1;17;3;0;8;-4;0;33;110;633;60;;cgg ;4;40;2;13;4;0;13;-5;0;0;17;496;**;;caa ;1;50;3;7;5;2;2;-6;0;0;139;218;1051;;gac ;1;60;4;9;6;0;5;-7;0;2;143;1278;**;;gcc ;2;70;6;16;7;0;3;-8;0;16;167;499;95;;gga ;0;80;12;9;8;0;7;-9;0;0;142;452;**;;tac ;1;90;6;7;9;0;7;-10;0;1;35;1274;;; 1;0;100;5;20;10;0;2;-11;0;2;1364;1535;;; ;2;110;6;17;11;1;5;-12;0;0;402;183;;; ;0;120;3;17;12;0;5;-13;0;3;31;401;;; ;1;130;3;18;13;0;3;-14;1;6;1922;1945;;; ;1;140;5;21;14;1;4;-15;0;0;1530;2191;;; ;4;150;3;14;15;0;5;-16;0;1;218;98;;; ;0;160;4;13;16;1;5;-17;0;7;58;;;; ;1;170;4;17;17;0;1;-18;0;0;26;;;; ;0;180;4;12;18;0;3;-19;0;0;62;;;; 1;1;190;4;11;19;0;3;-20;0;2;222;;;; ;0;200;2;9;20;0;3;-21;0;0;1028;;;; ;0;210;3;4;21;0;2;-22;0;1;1164;;;; 1;1;220;3;4;22;0;2;-23;0;3;32;;;; ;1;230;4;7;23;1;0;-24;0;0;181;;;; ;0;240;3;5;24;0;4;-25;0;1;246;;;; ;1;250;3;6;25;0;3;-26;0;5;1199;;;; ;0;260;4;5;26;0;2;-27;0;0;1090;;;; ;0;270;4;2;27;0;0;-28;0;0;349;;;; ;1;280;3;0;28;0;2;-29;0;0;68;;;; ;0;290;4;2;29;0;2;-30;0;0;82;;;; ;0;300;0;1;30;0;0;-31;0;0;382;;;; ;0;310;2;1;31;0;0;-32;0;1;2009;;;; ;0;320;0;3;32;1;2;-33;0;0;145;;;; ;0;330;0;2;33;0;3;-34;0;0;951;;;; ;0;340;1;1;34;0;0;-35;1;1;41;;;; ;1;350;1;2;35;0;1;-36;0;0;390;;;; ;0;360;0;2;36;0;1;-37;0;0;1585;;;; 1;0;370;0;2;37;0;2;-38;0;2;17;;;; ;0;380;0;0;38;0;0;-39;0;0;40;;;; ;3;390;0;1;39;0;2;-40;0;0;145;;;; ;0;400;2;3;40;1;2;-41;0;1;475;;;; 12;12;reste;66;100;reste;176;371;-42;0;0;130;;;; 16;42;total;186;505;total;185;506;-43;0;0;CDS 16s;;;; 4;30;diagr;118;402;diagr;8;131;-44;0;0;1854;;;; 0;3; t30;6;118;;;;-45;0;0;16s CDS;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;2466;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;CDS 23s;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;736;;;; ;x;185;4;1;190;;;-49;0;0;23s 5s;;;; ;c;501;98;4;603;;;-50;1;0;228;;;; ;;;;;793;75;;reste;0;0;5s CDS;;;; ;;;;;;868;;total;4;98;;173;;; </pre> =====rtb autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires_aas|rtb autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;rtb;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7429;8469;381;*; ;comp;tRNA;8851;8926;368;*;ttc fin;;CDS;9295;10278;;; deb;;CDS;14663;18055;108;*; ;;tRNA;18164;18238;1394;*;gaa fin;comp;CDS;19633;20106;;; deb;comp;CDS;48065;48709;278;*; ;comp;tRNA;48988;49064;110;*;atgf fin;comp;CDS;49175;49411;;; deb;comp;CDS;73627;73929;17;*; ;comp;tRNA;73947;74021;139;*;acc fin;comp;CDS;74161;75417;;; deb;;CDS;155064;157163;143;*; ;;tRNA;157307;157382;167;*;tgg fin;;CDS;157550;157750;;; deb;comp;CDS;189738;189878;411;*; ;comp;tRNA;190290;190365;142;*;acg fin;comp;CDS;190508;192814;;; deb;;CDS;255010;255921;736;*; ;;rRNA;256658;259417;228;*;23s ;;rRNA;259646;259760;173;*;5s fin;comp;CDS;259934;261007;;; deb;;CDS;291358;291843;35;*; ;;tRNA;291879;291955;1364;*;atgj fin;comp;CDS;293320;293805;;; deb;;CDS;335194;336996;402;*; ;;tRNA;337399;337473;633;*;aac fin;comp;CDS;338107;338793;;; deb;comp;CDS;440466;440933;496;*; ;;tRNA;441430;441504;31;*;tgc fin;;CDS;441536;442456;;; deb;comp;CDS;469056;469781;218;*; ;;tRNA;470000;470075;15;*;aaa ;;tRNA;470091;470167;1922;*;atc fin;;CDS;472090;472662;;; deb;comp;CDS;564534;565562;1530;*; ;comp;tRNA;567093;567180;218;*;tcc fin;comp;CDS;567399;568145;;; deb;;CDS;583250;584149;1278;*; ;comp;tRNA;585428;585518;58;*;tca fin;comp;CDS;585577;586569;;0; deb;;CDS;598723;599706;26;*; ;;tRNA;599733;599809;60;*;cgg ;comp;tRNA;599870;599944;62;*;caa fin;comp;CDS;600007;601779;;; deb;comp;CDS;608541;609209;176;*; ;comp;ncRNA;609386;609769;248;*; fin;;CDS;610018;612660;;; deb;comp;CDS;644395;644745;499;*; ;;tRNA;645245;645321;1051;*;gac ;comp;tRNA;646373;646448;222;*;gcc fin;comp;CDS;646671;647276;;; deb;comp;CDS;649389;650048;452;*; ;;tRNA;650501;650577;1274;*;gtc fin;comp;CDS;651852;652094;;; deb;comp;CDS;696163;697398;1535;*; ;;tRNA;698934;699010;1028;*;cgt fin;;CDS;700039;705720;;0; deb;comp;CDS;727560;728087;1164;*; ;comp;tRNA;729252;729326;32;*;cga fin;comp;CDS;729359;729574;;; deb;;CDS;739215;740075;181;*; ;;tRNA;740257;740343;246;*;ctc deb;;CDS;740590;741960;1199;*; ;;tRNA;743160;743234;1090;*;ggc fin;;CDS;744325;744753;;; deb;comp;CDS;775944;777866;2466;*; ;comp;rRNA;780333;781831;1854;*;16s fin;comp;CDS;783686;785485;;; deb;comp;CDS;814590;814823;349;*; ;comp;tRNA;815173;815248;68;*;gta fin;comp;CDS;815317;815589;;; deb;comp;CDS;829300;830484;82;*; ;comp;tRNA;830567;830640;95;*;gga ;comp;tRNA;830736;830821;183;*;tac fin;;CDS;831005;831733;;; deb;comp;CDS;839520;839732;382;*; ;;tRNA;840115;840200;2009;*;tta fin;;CDS;842210;842446;;; deb;comp;CDS;876906;877589;401;*; ;;tRNA;877991;878067;145;*;cac fin;;CDS;878213;879943;;; deb;comp;CDS;911079;911558;179;*; ;comp;tmRNA;911738;912287;74;*; fin;;CDS;912362;913186;;; deb;;CDS;918938;919882;951;*; ;;tRNA;920834;920925;1945;*;agc fin;comp;CDS;922871;924049;;; deb;comp;CDS;941489;942730;156;*; ;comp;ncRNA;942887;943045;9;*; fin;comp;CDS;943055;943372;;; deb;comp;CDS;961209;962297;41;*; ;comp;tRNA;962339;962415;390;*;atgi fin;comp;CDS;962806;963273;;; deb;;CDS;1023375;1023626;1585;*; ;;tRNA;1025212;1025288;17;*;cca fin;;CDS;1025306;1025521;;; deb;;CDS;1053321;1054139;2191;*; ;comp;tRNA;1056331;1056407;98;*;aga fin;;CDS;1056506;1056823;;; deb;;CDS;1090984;1091625;14;*; ;;ncRNA;1091640;1091733;152;*; fin;;CDS;1091886;1093411;;; deb;comp;CDS;1098776;1099240;40;*; ;comp;tRNA;1099281;1099365;145;*;cta fin;comp;CDS;1099511;1100662;;; deb;comp;CDS;1102351;1102980;475;*; ;comp;tRNA;1103456;1103530;130;*;aca fin;comp;CDS;1103661;1103996;;; </pre> ====rtb intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_entre_cds|rtb intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> rtb;28.1.21 Paris;NCBI;7.12.2020;;;;;;;;; rtb;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5;intercal;frequencez ;'''négatif;102;12.9;'''négatif ;-11;10;-50 à -1;'''1 112 957;-1;102;610;1 ;'''zéro;5;0.6;;;;;'''intercals;0;5;620;2 ;'''1 à 200;430;54.2;'''0 à 200;85;61;;'''224 467;5;42;630;1 ;'''201 à 370;84;10.6;'''201 à 370;261;43;;'''20.2%;10;24;640;3 ;'''371 à 600;52;6.6;'''371 à 600;481;63;;;15;24;650;2 ;'''601 à max;120;15.1;'''601 à 1028;1173;515;;;20;16;660;3 ;'''total 793;<201;67.7;'''total 793;282;445;-50 à 3216;;25;12;670;0 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul, %;intercal;fréquence;30;6;680;7 665700;3216;-1;102;-70;0;;0;5;35;7;690;0 1032528;3065;0;5;-60;0;;-1;°10;40;8;700;1 506416;2624;1;°10;-50;1;;-2;1;45;2;710;1 64385;2360;2;7;-40;1;;-3;0;50;8;720;2 801292;2313;3;8;-30;5;'''min à -1;-4;°33;55;5;730;2 272796;2262;4;°13;-20;12;102;-5;0;60;8;740;0 131965;2171;5;4;-10;21;12.9%;-6;0;65;10;750;1 763244;2078;6;5;0;67;;-7;2;70;12;760;1 101695;2071;7;3;10;66;;-8;°16;75;9;770;2 446016;1893;8;°7;20;40;;-9;0;80;12;780;2 905133;1870;9;°7;30;18;;-10;1;85;9;790;0 141270;1858;10;2;40;15;'''1 à 100;-11;°2;90;4;800;1 570117;1846;11;°6;50;10;243;-12;0;95;10;810;3 129767;1794;12;5;60;13;30.6%;-13;3;100;15;820;0 378376;1765;13;3;70;22;;-14;°7;105;11;830;4 232652;1743;14;5;80;21;;-15;0;110;12;840;0 871293;1715;15;5;90;13;;-16;1;115;10;850;1 998041;1656;16;°6;100;25;;-17;°7;120;10;860;1 359936;1637;17;1;110;23;;-18;0;125;13;870;0 1014216;1621;18;3;120;20;;-19;0;130;8;880;1 847537;1581;19;3;130;21;;-20;°2;135;16;890;1 338816;1539;20;3;140;26;;-21;0;140;10;900;1 808693;1532;21;2;150;17;;-22;1;145;10;910;2 950532;1524;22;2;160;17;'''1 à 200;-23;°3;150;7;920;1 969491;1524;23;1;170;21;430;-24;0;155;8;930;1 706435;1485;24;°4;180;16;54%;-25;1;160;9;940;1 536071;1468;25;3;190;15;;-26;°5;165;12;950;3 638208;1464;26;2;200;11;;-27;0;170;9;960;0 597131;1463;27;0;210;7;;;100;175;9;970;0 544938;1446;28;2;220;7;;reste;7;180;7;980;1 235220;1444;29;2;230;11;;total;107;185;8;990;0 90984;1401;30;0;240;8;;;;190;7;1000;1 693395;1374;31;0;250;9;;'''intercal;'''<u>fréquencef;195;6;1010;1 422301;1373;32;3;260;9;'''0 à 200;600;673;200;5;1020;1 678698;1370;33;3;270;6;435;650;9;205;3;1030;1 476675;1354;34;0;280;3;;700;11;210;4;1040;1 1079428;1335;35;1;290;6;;750;6;215;3;1050;2 270767;1318;36;1;300;1;;800;6;220;4;1060;2 687447;1302;37;2;310;3;;850;8;225;5;1070;1 49408;1282;38;0;320;3;;900;4;230;6;1080;1 247450;1266;39;2;330;2;;950;8;235;5;1090;0 398128;1260;40;3;340;2;;1000;2;240;3;1100;0 577310;1255;reste;547;350;3;;1050;6;245;6;1110;2 676898;1227;total;793;360;2;'''201 à 370;1100;4;250;3;1120;2 425653;1184;;;370;2;84;1150;7;255;5;1130;1 915284;1182;;;380;0;10.6%;1200;5;260;4;1140;0 ;;;;390;1;;1250;1;265;4;1150;2 ;;;;400;5;;1300;4;270;2;1160;0 ;;;;410;4;;1350;3;275;1;1170;2 ;;;;420;3;;1400;4;280;2;1180;1 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;2;;1450;3;285;3;1190;2 384083;-50;comp;;440;2;;1500;4;290;3;1200;0 523034;-41;shift2;646;450;3;;1550;4;295;1;reste;44 362986;-38;shift2;850;460;2;;1600;1;300;0;total;793 864784;-38;shift2;2407;470;1;;1650;2;305;3;; 628502;-35;shift2;571;480;2;;1700;1;310;0;; 1068153;-35;comp;;490;3;;1750;2;315;1;; 1110540;-32;shift2;997;500;3;;1800;2;320;2;; 511489;-26;shift2;;510;4;'''371 à 600;1850;1;325;2;; 661241;-26;shift2;;520;3;52;1900;3;330;0;; 710083;-26;shift2;;530;3;6.6%;1950;0;335;1;; 899806;-26;shift2;;540;0;;2000;0;340;1;; 1089393;-26;shift2;;550;0;;2050;0;345;2;; 417665;-25;shift2;;560;3;;2100;2;350;1;; 276966;-23;shift2;;570;3;;2150;0;355;1;; 480829;-23;shift2;;580;1;'''601 à max;2200;1;360;1;; 981350;-23;shift2;;590;1;120;;114;365;1;; 110015;-22;shift2;;600;3;15.1%;;;370;1;; 415433;-20;shift2;;reste;120;;reste;6;reste;172;; 748256;-20;shift2;;total;793;;total;793;total;793;; </pre> ====rtb intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> rtb Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; afn;min10;328;1323;1651;603;-26;101;127;-468;-407;-9;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; 46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; rtb;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;45;-332;590;12;496;246;max80;&-36;279;-782;91;569;258;min50 31 à 400;;;;;;;;&70;-478;827;-4.5;788;228;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;91;44;-;304;poly;191;tF;&174;61;-;487;poly;82;Sm 31 à 400;;;;;;;;&-36;44;-;598;poly;190;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.536;-0.105;0.148;;;;;-0.081;;;;;; 1-n;0.202;-0.277;-0.165;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; rtb;fx;fc;;rtb;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rtb;Sx-;Sc- 0;1;4;;0;8;10;0;1;4;>0;184;-1;0;10 10;2;64;;10;17;159;1;0;10;<0;4;-2;1;0 20;3;37;;20;25;92;2;0;7;zéro;1;-3;0;0 30;1;17;;30;8;42;3;0;8;total;189;-4;0;33 40;2;13;;40;17;32;4;0;13;;c;-5;0;0 50;3;7;;50;25;17;5;2;2;>0;502;-6;0;0 60;4;9;;60;34;22;6;0;5;<0;98;-7;0;2 70;6;16;;70;51;40;7;0;3;zéro;4;-8;0;16 80;12;9;;80;102;22;8;0;7;total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reste;66;100;;;;;reste;176;371;;;-42;0;0 total;185;506;;t30;51;294;total;185;506;;;-43;0;0 diagr;118;402;;;;;diagr;8;131;;;-44;0;0 - t30;112;284;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;reste;0;0 ;;;;;;;;;;;;total;4;98 </pre> ====rtb intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_négatifs_S-|rtb intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;0;3 continu;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;99 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;4 ;Sc-;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;98 </pre> ====rtb autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires|rtb autres intercalaires]] <pre> rtb;les autres intercalaires;;adresses1;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses2;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses3; deb; °CDS;7429;381;comp;;deb; °CDS;564534;1530;comp;;deb; °CDS;829300;82;comp ; &tRNA;8851;368;comp;;; &tRNA;567093;218;comp;;; &tRNA;830567;95;comp fin; °CDS;9295;;;;fin; °CDS;567399;;comp;;; &tRNA;830736;183;comp deb; °CDS;14663;108;;;deb; °CDS;583250;1278;;;fin; °CDS;831005;; ; &tRNA;18164;1394;;;; &tRNA;585428;58;comp;;deb; °CDS;839520;382; fin; °CDS;19633;;comp;;fin; °CDS;585577;;comp;;; &tRNA;840115;2009; deb; °CDS;48065;278;comp;;deb; °CDS;598723;26;;;fin; °CDS;842210;; ; &tRNA;48988;110;comp;;; &tRNA;599733;60;;;deb; °CDS;876906;401;comp fin; °CDS;49175;;comp;;; &tRNA;599870;62;comp;;; &tRNA;877991;145; deb; °CDS;73627;17;comp;;fin; °CDS;600007;;comp;;fin; °CDS;878213;; ; &tRNA;73947;139;comp;;deb; °CDS;608541;176;comp;;deb; °CDS;911079;179;comp fin; °CDS;74161;;comp;;; ncRNA;609386;248;comp;;; tmRNA;911738;74;comp deb; °CDS;155064;143;;;fin; °CDS;610018;;;;fin; °CDS;912362;; ; &tRNA;157307;167;;;deb; °CDS;644395;499;comp;;deb; °CDS;918938;951; fin; °CDS;157550;;;;; &tRNA;645245;1051;;;; &tRNA;920834;1945; deb; °CDS;189738;411;;;; &tRNA;646373;222;comp;;fin; °CDS;922871;;comp ; &tRNA;190290;142;comp;;fin; °CDS;646671;;comp;;deb; °CDS;941489;156;comp fin; °CDS;190508;;comp;;deb; °CDS;649389;452;comp;;; ncRNA;942887;9;comp deb; °CDS;255010;736;;;; &tRNA;650501;1274;;;fin; °CDS;943055;;comp 23s; $rRNA;256658;228;;;fin; °CDS;651852;;comp;;deb; °CDS;961209;41;comp 5s; $rRNA;259646;173;;;deb; °CDS;696163;1535;comp;;; &tRNA;962339;390;comp fin; °CDS;259934;;comp;;; &tRNA;698934;1028;;;fin; °CDS;962806;;comp deb; °CDS;291358;35;;;fin; °CDS;700039;;;;deb; °CDS;1023375;1585; ; &tRNA;291879;1364;;;deb; °CDS;727560;1164;comp;;; &tRNA;1025212;17; fin; °CDS;293320;;;;; &tRNA;729252;32;comp;;fin; °CDS;1025306;; deb; °CDS;335194;402;;;fin; °CDS;729359;;comp;;deb; °CDS;1053321;2191; ; &tRNA;337399;633;;;deb; °CDS;739215;181;;;; &tRNA;1056331;98;comp fin; °CDS;338107;;comp;;; &tRNA;740257;246;;;fin; °CDS;1056506;; deb; °CDS;440466;496;comp;;deb; °CDS;740590;1199;;;deb; °CDS;1090984;14; ; &tRNA;441430;31;;;; &tRNA;743160;1090;;;; ncRNA;1091640;152; fin; °CDS;441536;;;;fin; °CDS;744325;;;;fin; °CDS;1091886;; deb; °CDS;469056;218;comp;;deb; °CDS;775944;2466;comp;;deb; °CDS;1098776;40;comp ; &tRNA;470000;15;;;16s; $rRNA;780333;1854;comp;;; &tRNA;1099281;145;comp ; &tRNA;470091;1922;;;fin; °CDS;783686;;comp;;fin; °CDS;1099511;;comp fin; °CDS;472090;;;;deb; °CDS;814590;349;comp;;deb; °CDS;1102351;475;comp ;;;;;;; &tRNA;815173;68;comp;;; &tRNA;1103456;130;comp ;;;;;;fin; °CDS;815317;;comp;;fin; °CDS;1103661;;comp </pre> ====rtb intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_tRNA|rtb intercalaires tRNA]] <pre> ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;; ;;;;;;;;;; ;15;;381;comp’;368;;17;31;'''deb; comp’;60;;108;comp’;1394;;26;32;<201;9 comp’;1051;;278;;110;;35;58;total;19 ;95;;17;;139;;40;62;taux;47% ;;;143;;167;;82;68;; ;;comp’;411;;142;;108;110;'''fin; ;;;;;;;143;130;<201;12 ;;;35;;1364;;176;139;total;21 ;;;402;comp’;633;;181;142;taux;57% ;;comp’;496;;31;;278;145;; ;;comp’;218;;1922;;349;145;'''total; ;;;1530;;218;;381;167;<201;21 ;;comp’;1278;;58;;382;218;total;40 ;;;26;;62;;402;222;taux;53% ;;;176;;248;;475;246;; ;;comp’;499;;222;;951;248;; ;;comp’;452;comp’;1274;;1164;1028;; ;;comp’;1535;;1028;;1199;1090;; ;;;1164;;32;;1530;1364;; ;;;181;;246;;'''-;1922;; ;;;1199;;1090;;'''-;2009;'''comp’;'''cumuls ;;;349;;68;;218;98;'''deb;9 ;;;82;comp’;183;;401;183;<201;0 ;;;382;;2009;;411;368;'''fin;7 ;;comp’;401;;145;;452;633;<201;2 ;;;951;comp’;1945;;496;1274;; ;;comp’;2191;comp’;98;;499;1394;'''total; ;;;40;;145;;1278;1945;<201;2 ;;;475;;130;;1535;'''-;total;16 ;;;;;;;2191;'''-;taux;13% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;9;14;23;;;;; ;;total;28;28;56;;;;; ;;taux;32%;50%;41%;;;;; </pre> ===rpl=== ====rpl opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_opérons|rpl opérons]] <pre> 29.0%GC;30.12.19 Paris;16s 1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rickettsia prowazekii str. Breinl ;;;;;;;;;;;; comp;31462..31892;;cds;;263;263;;;144;;p-preprotein translocase subunit YajC;* comp;32156..32181;;rpr;;870;870;;;26;;tandem;* comp;33052..33126;;ggc;;1253;1253;;;;;;* comp;34380..35750;;cds;;256;256;;;;;magnesium transporter;* comp;36007..36093;;ctc;;190;190;;;;;;* comp;36284..37144;;cds;;;;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;46825..47040;;cds;;31;31;;;72;;hp;* ;47072..47146;;gca;;1964;1964;;;;;;* ;49111..49650;;cds;;;;;;180;;copper chaperone Pcu(A)C;* ;;;;;;;;;;;;* comp;71150..76816;;cds;;933;933;;;1889;;alpha-2-macroglobulin family protein;* comp;77750..77826;;cgt;;1179;1179;;;;;;* ;79006..80241;;cds;;;;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;;* ;121704..121946;;cds;;984;984;;;81;;HU family DNA-binding protein;* comp;122931..123007;;gtc;;446;446;;;;;;* ;123454..124113;;cds;;;;;;220;;(d)CMP kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;126222..126827;;cds;;236;236;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;* ;127064..127139;;gcc;@1;830;;830;;;;;* comp;127970..128046;;gac;;365;365;;;;;;* ;128412..128843;;cds;;;;;;144;;ribosome-associated translation inhibitor RaiA;* ;;;;;;;;;;;;* ;171237..173012;;cds;;50;50;;;592;;aminopeptidase P family protein;* ;173063..173137;;caa;;49;;49;;;;;* comp;173187..173263;;cgg;;18;18;;;;;;* comp;173282..174265;;cds;;;;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;186344..187336;;cds;;58;58;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;* ;187395..187484;;tca;;354;354;;;;;;* comp;187839..188738;;cds;;;;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;* ;;;;;;;;;;;;* ;203097..203846;;cds;;219;219;;;250;;bifunctional N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase/glucosamine-1-phosphate acetyltransferase;* ;204066..204153;;tcc;;1457;1457;;;;;;* ;205611..206639;;cds;;;;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;299321..300853;;cds;;419;419;;;511;;hp;* comp;301273..301349;;atc;;15;;15;;;;;* comp;301365..301440;;aaa;;219;219;;;;;;* ;301660..302400;;cds;;;;;;247;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;328700..329635;;cds;;22;22;;;312;;site-specific tyrosine recombinase XerD;* comp;329658..329732;;tgc;;499;499;;;;;;* ;330232..330699;;cds;;;;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;429121..429807;;cds;;723;723;;;229;;hp;* comp;430531..430605;;aac;;359;359;;;;;;* comp;430965..432767;;cds;;;;;;601;;elongation factor 4;* ;;;;;;;;;;;;* ;473867..474352;;cds;;928;928;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;* comp;475281..475357;;atgj;;40;40;;;;;;* comp;475398..475883;;cds;;;;;;162;;30S ribosomal protein S9;* ;;;;;;;;;;;;* ;506934..508007;;cds;;183;183;;;358;;cell division protein ZapE;* comp;508191..508305;;5s;;240;;;;115;;;* comp;508546..511330;;23s;;716;716;;;2785;;;* comp;512047..512958;;cds;;;;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;577419..579725;;cds;;138;138;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;* ;579864..579939;;acg;;1026;1026;;;;;;* comp;580966..581169;;cds;;;;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;612439..612639;;cds;;143;143;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;612783..612858;;tgg;;143;143;;;;;;* comp;613002..615101;;cds;;;;;;700;;elongation factor G;* ;;;;;;;;;;;;* comp;656226..656870;;cds;;296;296;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;* comp;657167..657243;;atgf;;119;119;;;;;;* comp;657363..657599;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;* ;;;;;;;;;;;;* comp;678911..679213;;cds;;19;19;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;* comp;679233..679307;;acc;;159;159;;;;;;* comp;679467..680723;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;746326..746529;;cds;;1664;1664;;;68;;hp;* comp;748194..748268;;gaa;;109;109;;;;;;* comp;748378..749421;;cds;;;;;;348;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;756703..757686;;cds;;363;363;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;* ;758050..758125;;ttc;;564;564;;;;;;* ;758690..759730;;cds;;;;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;776202..776537;;cds;;154;154;;;112;;30S ribosomal protein S16;* ;776692..776766;;aca;;467;467;;;;;;* ;777234..777863;;cds;;;;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;779197..780348;;cds;;140;140;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;* ;780489..780573;;cta;;37;37;;;;;;* ;780611..781075;;cds;;;;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;* ;;;;;;;;;;;;* comp;823242..823559;;cds;;98;98;;;106;;DUF167 domain-containing protein;* ;823658..823734;;aga;;1364;1364;;;;;;* comp;825099..825230;;cds;;;;;;44;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;854241..854456;;cds;;17;17;;;72;;translation initiation factor IF-1;* comp;854474..854550;;cca;;1573;1573;;;;;;* comp;856124..856357;;cds;;;;;;78;;BolA family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;915034..915501;;cds;;391;391;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* ;915893..915969;;atgi;;41;41;;;;;;* ;916011..917099;;cds;;;;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;* ;;;;;;;;;;;;* ;953564..954742;;cds;;696;696;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* comp;955439..955530;;agc;;898;898;;;;;;* comp;956429..957373;;cds;;;;;;315;;ACP S-malonyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1009435..1011165;;cds;;142;142;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* comp;1011308..1011384;;cac;;346;346;;;;;;* ;1011731..1012414;;cds;;;;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1045414..1045656;;cds;;2381;2381;;;81;;hp;* comp;1048038..1048123;;tta;;135;135;;;;;;* comp;1048259..1048387;;cds;;;;;;43;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1056245..1056973;;cds;;188;188;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;1057162..1057247;;tac;;105;;105;;;;;* ;1057353..1057426;;gga;;82;82;;;;;;* ;1057509..1058693;;cds;;;;;;395;;elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;;* ;1072391..1072663;;cds;;62;62;;;91;;30S ribosomal protein S20;* ;1072726..1072801;;gta;;1181;1181;;;;;;* comp;1073983..1074648;;cds;;;;;;222;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1102136..1103935;;cds;;1458;1462;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;1105394..1106893;;16s;;1462;1462;;;1500;;;* ;1108356..1109301,1..184;;cds;;;;;;377;;P-hp;* </pre> ====rpl cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_cumuls|rpl cumuls]] <pre> rpl cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;12;30;0 ;23s5s;1;20;1;;50;9;40;;200;11;60;2 ;16s;1;40;;;100;4;80;;300;12;90;9 ;16s23s;0;60;1;;150;8;120;;400;15;120;4 ;max a;0;80;;;200;5;160;;500;2;150;2 ;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;4;180;6 ;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;2;210;2 ;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;5 sans ;opérons;29;160;;;400;5;320;;900;0;270;3 ;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;2 ;max a;2;200;;;500;2;400;;1100;0;330;5 ;a doubles;0;;1;;;21;;;;1;;20 ;total aas;33;;4;0;;63;;0;;60;;60 total aas;;33;;;;21;1204;;;;;; remarques;;1;;;;;453;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;528;;;;293;; ;;;variance;;;;558;;;;271;; sans jaune;;;moyenne;56;;;191;;;;243;;172 ;;;variance;45;;;140;;;;145;;89 </pre> ====rpl blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_blocs|rpl blocs]] ====rpl distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_distribution|rpl distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rpl;;25;;;;;25;;rpl;8;;;;;;8 </pre> ====rpl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_données_intercalaires|rpl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;rpl;fx;fc;rpl;fx40;fc40;rpl;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;0;5;0;0;5;-1;;10;1159;1179;tRNA tRNA;; ;0;10;2;64;1;0;8;-2;1;0;1253;984;;830;gcc ;3;20;4;35;2;0;10;-3;;0;256;446;**;;gac ;1;30;2;19;3;0;9;-4;;35;190;365;;49;caa ;3;40;4;11;4;0;11;-5;;0;31;354;**;;cgg ;2;50;1;8;5;2;4;-6;;0;1964;219;15;;atc ;1;60;4;10;6;0;4;-7;;2;933;499;**;;aaa ;1;70;5;14;7;0;3;-8;;17;236;723;105;;tac ;0;80;12;13;8;0;6;-9;;0;50;928;**;;gga ;1;90;7;18;9;0;6;-10;;1;18;1026;;; 1;0;100;4;16;10;0;3;-11;;2;58;1999;;; ;1;110;3;19;11;0;3;-12;;0;219;363;;; ;1;120;7;17;12;1;7;-13;;3;1457;98;;; ;0;130;4;21;13;0;3;-14;1;7;419;1971;;; ;2;140;3;17;14;1;2;-15;;0;22;696;;; ;3;150;3;14;15;1;3;-16;;1;359;346;;; ;2;160;3;22;16;1;4;-17;;6;40;373;;; ;0;170;4;16;17;0;2;-18;;0;138;188;;; ;0;180;6;8;18;0;4;-19;;0;143;1181;;; 1;1;190;4;10;19;0;4;-20;;1;143;;;; ;0;200;2;9;20;0;3;-21;;0;296;;;; ;0;210;3;4;21;0;5;-22;;1;119;;;; 1;1;220;6;5;22;0;1;-23;;5;19;;;; ;0;230;3;9;23;1;1;-24;;0;159;;;; ;1;240;0;5;24;0;6;-25;;1;109;;;; ;0;250;5;8;25;0;3;-26;;4;564;;;; ;1;260;4;5;26;0;1;-27;;0;154;;;; ;0;270;4;1;27;1;0;-28;;0;467;;;; ;0;280;0;4;28;0;1;-29;;0;140;;;; ;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;37;;;; ;1;300;1;0;30;0;1;-31;;0;17;;;; ;0;310;1;3;31;0;0;-32;;1;1573;;;; ;0;320;1;3;32;1;4;-33;;0;391;;;; ;0;330;0;1;33;1;3;-34;;0;41;;;; ;0;340;0;0;34;0;2;-35;1;1;898;;;; 1;0;350;3;4;35;1;0;-36;;0;142;;;; 1;1;360;0;1;36;0;0;-37;;0;2381;;;; 2;0;370;1;4;37;0;1;-38;;3;82;;;; 1;0;380;2;1;38;0;0;-39;;0;62;;;; ;0;390;4;1;39;1;1;-40;;0;CDS 16s;;;; ;1;400;1;0;40;0;0;-41;;1;1458;;;; 11;11;reste;59;102;reste;171;393;-42;;0;16s CDS;;;; 19;39;total;183;527;total;183;527;-43;;0;1463;;;; 8;28;diagr;124;420;diagr;12;129;-44;;1;CDS 23s;;;; 0;4; t30;8;118;;;;-45;;0;719;;;; ;;;;;;;;-46;;0;23s 5s;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;261;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;5s CDS;;;; ;x;183;5;0;188;;;-49;;0;-;183;;; ;c;522;103;5;630;;;-50;1;0;;;;; ;;;;;818;75;;reste;1;0;;;;; ;;;;;;893;;total;5;103;;;;; </pre> =====rpl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_autres_intercalaires_aas|rpl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;rpl;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;31462;31892;1159;*; ;comp;tRNA;33052;33126;1253;*;ggc deb;comp;CDS;34380;35750;256;*; ;comp;tRNA;36007;36093;190;*;ctc fin;comp;CDS;36284;37144;;0; deb;;CDS;46825;47040;31;*; ;;tRNA;47072;47146;1964;*;gca fin;;CDS;49111;49650;;; deb;comp;CDS;71150;76816;933;*; ;comp;tRNA;77750;77826;1179;*;cgt fin;;CDS;79006;80241;;; deb;;CDS;121704;121946;984;*; ;comp;tRNA;122931;123007;446;*;gtc fin;;CDS;123454;124113;;; deb;;CDS;126222;126827;236;*; ;;tRNA;127064;127139;830;*;gcc ;comp;tRNA;127970;128046;365;*;gac fin;;CDS;128412;128915;;; deb;comp;CDS;160532;163174;244;*; ;;ncRNA;163419;163803;171;*; fin;;CDS;163975;164643;;; deb;;CDS;171237;173012;50;*; ;;tRNA;173063;173137;49;*;caa ;comp;tRNA;173187;173263;18;*;cgg fin;comp;CDS;173282;174265;;; deb;;CDS;186344;187336;58;*; ;;tRNA;187395;187484;354;*;tca fin;comp;CDS;187839;188738;;; deb;;CDS;203097;203846;219;*; ;;tRNA;204066;204153;1457;*;tcc fin;;CDS;205611;206639;;0; deb;comp;CDS;299321;300853;419;*; ;comp;tRNA;301273;301349;15;*;atc ;comp;tRNA;301365;301440;219;*;aaa fin;;CDS;301660;302400;;; deb;comp;CDS;328700;329635;22;*; ;comp;tRNA;329658;329732;499;*;tgc fin;;CDS;330232;330699;;; deb;;CDS;429121;429807;723;*; ;comp;tRNA;430531;430605;359;*;aac fin;comp;CDS;430965;432767;;0; deb;;CDS;473867;474352;928;*; ;comp;tRNA;475281;475357;40;*;atgj fin;comp;CDS;475398;475883;;; deb;;CDS;506934;508007;183;*; ;comp;rRNA;508191;508305;261;*;115 ;comp;rRNA;508567;511327;719;*;2761 fin;comp;CDS;512047;512958;;; deb;;CDS;577419;579725;138;*; ;;tRNA;579864;579939;1026;*;acg fin;comp;CDS;580966;581169;;0; deb;comp;CDS;612439;612639;143;*; ;comp;tRNA;612783;612858;143;*;tgg fin;comp;CDS;613002;615101;;; deb;comp;CDS;656226;656870;296;*; ;comp;tRNA;657167;657243;119;*;atgf fin;comp;CDS;657363;657599;;; deb;comp;CDS;678911;679213;19;*; ;comp;tRNA;679233;679307;159;*;acc fin;comp;CDS;679467;680723;;; deb;;CDS;745691;746194;1999;*; ;comp;tRNA;748194;748268;109;*;gaa fin;comp;CDS;748378;749594;;; deb;comp;CDS;756703;757686;363;*; ;;tRNA;758050;758125;564;*;ttc fin;;CDS;758690;759730;;; deb;;CDS;776202;776537;154;*; ;;tRNA;776692;776766;467;*;aca fin;;CDS;777234;777863;;; deb;;CDS;779197;780348;140;*; ;;tRNA;780489;780573;37;*;cta fin;;CDS;780611;781075;;0; deb;comp;CDS;786459;787982;143;*; ;comp;ncRNA;788126;788219;14;*; fin;comp;CDS;788234;788875;;0; deb;comp;CDS;823242;823559;98;*; ;;tRNA;823658;823734;1971;*;aga fin;comp;CDS;825706;826527;;; deb;comp;CDS;854241;854456;17;*; ;comp;tRNA;854474;854550;1573;*;cca fin;comp;CDS;856124;856357;;0; deb;;CDS;915034;915501;391;*; ;;tRNA;915893;915969;41;*;atgi fin;;CDS;916011;917099;;; deb;;CDS;934616;934933;9;*; ;;ncRNA;934943;935101;153;*; fin;;CDS;935255;936496;;0; deb;;CDS;953564;954742;696;*; ;comp;tRNA;955439;955530;898;*;agc fin;comp;CDS;956429;957373;;; deb;comp;CDS;963044;963856;74;*; ;;tmRNA;963931;964460;185;*; fin;;CDS;964646;965125;;; deb;comp;CDS;1009435;1011165;142;*; ;comp;tRNA;1011308;1011384;346;*;cac fin;;CDS;1011731;1012414;;; deb;comp;CDS;1045414;1045656;2381;*; ;comp;tRNA;1048038;1048123;373;*;tta fin;;CDS;1048497;1048709;;; deb;comp;CDS;1056245;1056973;188;*; ;;tRNA;1057162;1057247;105;*;tac ;;tRNA;1057353;1057426;82;*;gga fin;;CDS;1057509;1058693;;; deb;;CDS;1072391;1072663;62;*; ;;tRNA;1072726;1072801;1181;*;gta fin;comp;CDS;1073983;1074648;;; deb;;CDS;1102136;1103935;1458;*; ;;rRNA;1105394;1106892;1463;*;1499 fin;;CDS;1108356;17;;; </pre> ===rpm=== ====rpm opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm opérons]] <pre> ;20 m23s;17 m16s;;;;;;;;;; ;;9 m16s seuls;;;;;;;;;; http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_phot_DSM_122/rhodPhot_DSM122-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017059.1;rpm;;genome;24.12.19;;;;;;;; 64.7%GC;26.12.19 Paris;16s 7;95 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rhodospirillum photometricum DSM 122;;;;;;;;;;;; comp;3322..4194;;cds;;30;30;;;291;;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein;* comp;4225..4821;;23s°;@1;196;;;;595;;;* comp;5018..5093;;gca;;182;;;;;;;* comp;5276..5684;;16s°;;38;38;;;407;;;* ;5723..6664;;cds;;;;;;314;;SEL1-like repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp <;12458..13198;;cds;;242;242;;;247;;p-transposase;* comp;13441..13555;;5s;@2;72;;;;113;;;* comp;13628..13880;;23s°;;-7;*-7;;;251;;;* comp;13874..15127;;cds;;;;;;418;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;21325..22362;;cds;;586;*586;;;346;;hp;* ;22949..23237;;16s°;;85;85;;;287;;;* comp;23323..23490;;cds;;;;;;56;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;24015..24287;;cds;;250;250;;;91;;TraYdomain-containingprotein;* comp;24538..24652;;5s;;71;;;;113;;;* comp;24724..27490;;23s;;212;;;;2765;;;* comp;27703..27779;;atc;;112;;;;;;;* comp;27892..28378;;16s°;;18;18;;;485;;;* <>;28397..29119;;cds;;;;;;241;;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;32782..33759;;cds;;190;190;;;326;;glycosyltransferase;* ;33950..34357;;16s°;;112;;;;406;;;* ;34470..34546;;atc;;216;;;;;;;* ;34763..35591;;23s°;;44;;;;827;;;* comp;35636..35750;;5s;;72;;;;113;;;* comp;35823..38589;;23s;;215;;;;2765;;;* comp;38805..38881;;atc;;112;;;;;;;* comp;38994..40502;;16s;;260;;;;1507;;;* comp;40763..42629;;23s°;;-15;;;;1865;;;* ;42615..42903;;16s°;;112;;;;287;;;* ;43016..43092;;atc;;213;;;;;;;* ;43306..44132;;23s°;;-1;;;;825;;;* comp;44132..44835;;23s°;;-5;*-5;;;702;;;* ;44831..45121;;cds;;;;;;97;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* <;45496..45768;;cds;;553;*553;;;91;;p-glycosyl transferase family 1;* ;46322..47040;;16s°;;0;*0;;;717;;;* comp;47041..47433;;cds;;;;;;131;;winged helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;49761..51017;;cds;;128;128;;;419;;glycosyltransferase;* comp;51146..51221;;23s°;;214;;;;74;;;* comp;51436..51512;;atc;;112;;;;;;;* comp;51625..52017;;16s°;;-7;;;;391;;;* ;52011..52881;;23s°;;106;106;;;869;;;* ;52988..53464;;cds;;-37;*-37;;;159;;hp;* >;53428..53694;;cds;;86;86;;;89;;p-glycosyltransferase;* comp;53781..54709;;23s°;;26;;;;927;;;* ;54736..54898;;16s°;;112;;;;161;;;* ;55011..55087;;atc;;216;;;;;;;* ;55304..55741;;23s°;;438;*438;;;436;;;* ;56180..56440;;cds;;;;;;87;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;82891..83088;;cds;;116;116;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;83205..83280;;tgg;;199;199;;;;;;* >comp;83480..84178;;cds;;;;;;233;;p-elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;;* ;417242..417412;;cds;;142;142;;;57;;tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase;* ;417555..417631;;atgj;+;24;;24;;;;;* ;417656..417732;;atgj;2 atgj;38;38;;;;;;* comp;417771..418796;;cds;;;;;;342;;tRNA epoxyqueuosine(34) reductase QueG;* ;;;;;;;;;;;;* ;434306..435142;;cds;;512;*512;;;279;;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase;* ;435655..435842;;16s°;;-6;;;;186;;;* ;435837..436075;;23s°;;72;;;;237;;;* ;436148..436262;;5s;;51;;;;113;;;* ;436314..436390;;atgf;;196;196;;;;;;* ;436587..436883;;cds;;;;;;99;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;467261..468370;;cds;;167;167;;;370;;3-isopropylmalate dehydrogenase;* ;468538..468667;;23s°;;72;;;;128;;;* ;468740..468854;;5s;;51;;;;113;;;* ;468906..468982;;atgf;;125;125;;;;;;* ;469108..469863;;cds;;;;;;252;;SAM-dependent chlorinase/fluorinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;534521..536161;;cds;;367;367;;;547;;glucose-6-phosphate isomerase;* ;536529..536603;;acg;;92;92;;;;;;* comp;536696..537778;;cds;;;;;;361;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;658467..658931;;cds;;110;110;;;155;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;659042..659116;;gtc;;155;155;;;;;;* ;659272..660159;;cds;;106;106;;;296;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;660266..660340;;gtc;;648;*648;;;;;;* comp;660989..661800;;cds;;;;;;271;;p-N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* 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;875638..876117;;cds;;;;;;160;;CreA family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;885688..886299;;cds;;176;176;;;204;;LysE family translocator;* ;886476..886552;;ccc;;144;144;;;;;;* comp;886697..887233;;cds;;;;;;179;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;932708..934243;;cds;;93;93;;;512;;Fic family protein;* comp;934337..934413;;cgt;+;35;;35;;;;;* comp;934449..934525;;cgt;3 cgt;44;;44;;;;;* comp;934570..934646;;cgt;;449;*449;;;;;;* ;935096..936175;;cds;;;;;;360;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;978995..979396;;cds;;138;138;;;134;;MFS transporter;* comp;979535..979609;;ggc;+;23;;23;;;;;* comp;979633..979707;;ggc;4 ggc;45;;45;;;;;* comp;979753..979827;;ggc;;29;;29;;;;;* comp;979857..979931;;ggc;;206;206;;;;;;* ;980138..981679;;cds;;;;;;514;;murein biosynthesis integral membrane protein MurJ;* ;;;;;;;;;;;;* ;997575..997898;;cds;;95;95;;;108;;DUF1476 domain-containing protein;* comp;997994..998067;;cag;+;54;;54;;;;;* comp;998122..998195;;cag;2 cag;168;168;;;;;;* ;998364..999509;;cds;;;;;;382;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1050081..1051028;;cds;;60;60;;;316;;NnrS family protein;* comp;1051089..1051163;;acc;+;16;;16;;;;;* comp;1051180..1051254;;acc;3 acc;18;;18;;;;;* comp;1051273..1051347;;acc;;170;170;;;;;;* comp;1051518..1053305;;cds;;;;;;596;;EAL domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1197836..1199341;;cds;;197;197;;;502;;aldehyde dehydrogenase;* ;1199539..1199623;;cta;;126;126;;;;;;* ;1199750..1201090;;cds;;;;;;447;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1206196..1206501;;cds;;93;93;;;102;;HU family DNA-binding protein;* ;1206595..1206670;;gta;;50;50;;;;;;* ;1206721..1207092;;cds;;;;;;124;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1213113..1214459;;cds;;210;210;;;449;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit;* comp;1214670..1214874;;16s°;;600;*600;;;203;;;* comp;1215475..1216716;;cds;;;;;;414;;polyphosphate kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1349719..1350132;;cds;;109;109;;;138;;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha;* comp;1350242..1350608;;23s°;;212;;;;365;;;* comp;1350821..1350897;;atc;;115;;;;;;;* comp;1351013..1351438;;16s°;;23;23;;;424;;;* < comp;1351462..1352160;;cds;;;;;;233;;p-tetratricopeptide repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1359745..1360302;;cds;;176;176;;;186;;hp;* ;1360479..1360555;;gac;+;37;;37;;;;;* ;1360593..1360669;;gac;2 gac;274;274;;;;;;* ;1360944..1361204;;cds;;;;;;87;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1416615..1417769;;cds;;214;214;;;385;;glycosyltransferase family 61 protein;* ;1417984..1418074;;tcc;;154;154;;;;;;* comp;1418229..1419095;;cds;;;;;;289;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1472421..1473403;;cds;;250;250;;;328;;biotin synthase BioB;* comp;1473654..1473740;;ttg;;77;77;;;;;;* comp;1473818..1474678;;cds;;;;;;287;;homocysteine S-methyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1735298..1736380;;cds;;209;209;;;361;;DUF262 domain-containing protein;* ;1736590..1736859;;23s°;;72;;;;268;;;* ;1736932..1737046;;5s;;52;;;;113;;;* ;1737099..1737175;;atgf;;93;93;;;;;;* comp;1737269..1737694;;cds;;;;;;142;;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1812365..1813924;;cds;;894;*894;;;520;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;1814819..1815040;;16s°;;-7;*-7;;;222;;;* <comp;1815034..1815837;;cds;;80;80;;;268;;p-elongation factor Tu;* comp;1815918..1815991;;gga;;34;;34;;;;;* comp;1816026..1816111;;tac;;144;144;;;;;;* ;1816256..1817143;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1833109..1833603;;cds;;83;83;;;165;;MBL fold metallo-hydrolase;* comp;1833687..1833762;;aag;+;24;;24;;;;;* comp;1833787..1833862;;aag;2 aag;198;198;;;;;;* comp;1834061..1835224;;cds;;;;;;388;;rod shape-determining protein RodA;* ;;;;;;;;;;;;* >;1941413..1943059;;cds;;-30;*-30;;;549;;p-recombinase family protein;* comp;1943030..1943121;;agc;;160;160;;;;;;* comp;1943282..1944133;;cds;;;;;;284;;FAD-dependent thymidylate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2087696..2090938;;cds;;705;*705;;;1081;;PAS domain-containing protein;* ;2091644..2091826;;16s°;;7;7;;;181;;;* ;2091834..2092247;;cds;;;;;;138;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2095044..2095490;;cds;;48;48;;;149;;hp;* comp;2095539..2095733;;16s°;;614;*614;;;193;;;* comp;2096348..2097337;;cds;;;;;;330;;trypsin-like serine protease;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2113248..2114603;;cds;;219;219;;;452;;hp;* comp;2114823..2114899;;aga;;55;55;;;;;;* comp;2114955..2115251;;cds;;71;71;;;99;;ETC complex I subunit;* comp;2115323..2115399;;cca;;261;261;;;;;;* comp;2115661..2115960;;cds;;;;;;100;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2144042..2146288;;cds;;308;308;;;749;;HAMP domain-containing protein;* ;2146597..2147256;;23s°;;72;;;;658;;;* ;2147329..2147443;;5s;;52;;;;113;;;* ;2147496..2147572;;atgf;;645;*645;;;;;;* comp;2148218..2148664;;cds;;;;;;149;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2268003..2268461;;cds;;87;87;;;153;;23S rRNA (pseudouridine(1915)-N(3))-methyltransferase RlmH;* comp;2268549..2268625;;ccg;+;165;;*165;;;;;* comp;2268791..2268867;;ccg;2 ccg;56;56;;;;;;* comp;2268924..2269910;;cds;;;;;;329;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2321621..2322145;;cds;;332;332;;;175;;hp;* ;2322478..2322554;;ccc;;225;225;;;;;;* ;2322780..2322974;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2393295..2396009;;cds;@3;1003;*1003;;;905;;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3;* ;2397013..2397919;;16s°;;2;2;;;905;;;* ;2397922..2400888;;cds;;;;;;989;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2517845..2520559;;cds;;229;229;;;905;;phosphoenolpyruvate carboxylase;* comp;2520789..2520903;;5s;;72;;;;113;;;* comp;2520976..2521339;;23s°;;189;189;;;362;;;* comp;2521529..2522152;;cds;;;;;;208;;3-isopropylmalate dehydratase small subunit;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2596508..2596738;;cds;;989;989;;;77;;motility twitching protein PilT;* comp;2597728..2597815;;tca;;194;194;;;;;;* ;2598010..2599204;;cds;;;;;;398;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2621435..2622058;;cds;;106;106;;;208;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* comp;2622165..2622251;;ctc;;202;202;;;;;;* ;2622454..2623107;;cds;;;;;;218;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;2631201..2631554;;cds;;192;192;;;118;;hp;* ;2631747..2631822;;gcc;+;70;;70;;;;;* ;2631893..2631968;;gcc;4 gcc;69;;69;;;;;* ;2632038..2632113;;gcc;;57;;57;;;;;* ;2632171..2632246;;gcc;;166;166;;;;;;* <;2632413..2632965;;cds;;-41;*-41;;;184;;p-IS256 family transposase;* ;2632925..2633473;;cds;;30;30;;;183;;hp;* comp;2633504..2633579;;aca;;93;93;;;;;;* comp;2633673..2634200;;cds;;271;271;;;176;;N-acetyltransferase;* comp;2634472..2634561;;tcg;;155;155;;;;;;* ;2634717..2635742;;cds;;;;;;342;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2655872..2656489;;cds;;182;182;;;206;;YitT family protein;* comp;2656672..2656747;;gag;;141;141;;;;;;* comp;2656889..2657674;;cds;;;;;;262;;MetQ/NlpA family ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2758160..2758312;;cds;;110;110;;;51;;light-harvesting protein;* comp;2758423..2758509;;tta;;94;94;;;;;;* comp;2758604..2759899;;cds;;;;;;432;;bifunctional folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* >;2768823..2769518;;cds;;-12;*-12;;;232;;methyltransferase;* ;2769507..2769776;;23s°;;71;;;;268;;;* ;2769848..2769962;;5s;;118;118;;;113;;;* comp;2770081..2771016;;cds;;;;;;312;;tetratricopeptide repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2792922..2794778;;cds;;129;129;;;619;;glutathione-regulated potassium-efflux system protein KefB;* ;2794908..2794982;;caa;;92;92;;;;;;* comp;2795075..2795686;;cds;;;;;;204;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2862755..2862982;;cds;;123;123;;;76;;hp;* ;2863106..2863182;;cca;;117;;*117;;;;;* ;2863300..2863374;;atgi;;373;;*373;;;;;* ;2863748..2863823;;gca;;157;;*157;;;;;* ;2863981..2864056;;aca;;15;;;;;;;* ;2864072..2864317;;cds;;8;;;;82;;DUF2829 domain-containing protein;* ;2864326..2864401;;aaa;;250;250;;;;;;* >;2864652..2865041;;cds;;;;;;130;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2867066..2868112;;cds;;76;76;;;349;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;2868189..2868264;;aaa;;99;99;;;;;;* comp;2868364..2868870;;cds;;;;;;169;;peptidylprolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2893891..2894430;;cds;;25;25;;;180;;phage portal protein;* ;2894456..2894570;;5s;;51;;;;113;;;* ;2894622..2894698;;atgf;;285;285;;;;;;* ;2894984..2895400;;cds;;;;;;139;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3034652..3035092;;cds;;250;250;;;147;;hp;* comp;3035343..3035418;;aaa;;8;8;;;;;;* comp;3035427..3035986;;cds;;;;;;187;;DUF2829 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3305068..3306534;;cds;;379;*379;;;489;;S8 family serine peptidase;* comp;3306914..3306989;;ttc;+;29;;29;;;;;* comp;3307019..3307094;;ttc;4 ttc;34;;34;;;;;* comp;3307129..3307204;;ttc;;33;;33;;;;;* comp;3307238..3307313;;ttc;;60;60;;;;;;* comp;3307374..3308864;;cds;;;;;;497;;RimK family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3332977..3334356;;cds;;54;54;;;460;;type II secretion system protein;* ;3334411..3334487;;cgg;;176;176;;;;;;* < comp;3334664..3335983;;cds;;;;;;440;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3408217..3409026;;cds;;91;91;;;270;;hp;* comp;3409118..3409232;;5s;;71;;;;113;;;* comp;3409304..3409410;;23s°;;1;*1;;;105;;;* <;3409412..3409711;;cds;;;;;;100;;p-IS5/IS1182 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3456276..3461666;;cds;;387;*387;;;1797;;alpha-2-macroglobulin family protein;* ;3462054..3462130;;agg;;29;29;;;;;;* ;3462160..3462951;;cds;;;;;;264;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3500025..3500675;;cds;;210;210;;;217;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;3500886..3500959;;tgc;+;27;;27;;;;;* ;3500987..3501061;;aac;2 aac;31;;31;;;;;* ;3501093..3501167;;aac;;84;84;;;;;;* comp;3501252..3501659;;cds;;;;;;136;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3639978..3641276;;cds;;172;172;;;433;;outer membrane efflux protein;* ;3641449..3641525;;gcg;+;70;;70;;;;;* ;3641596..3641671;;gcg;3 gcg;33;;33;;;;;* ;3641705..3641780;;gcg;;389;*389;;;;;;* ;3642170..3644392;;cds;;;;;;741;;sigma-54-dependent Fis family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;3651524..3652711;;cds;;55;55;;;396;;aminotransferase;* ;3652767..3652843;;cac;;202;202;;;;;;* <comp;3653046..3653543;;cds;;;;;;166;;arsenical-resistance protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;3710072..3710840;;cds;;126;126;;;256;;TonB family protein;* comp;3710967..3711042;;gaa;+;214;;*214;;;;;* comp;3711257..3711332;;gaa;2 gaa;125;125;;;;;;* comp;3711458..3711664;;cds;;;;;;69;;cold-shock protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3727874..3729085;;cds;;828;*828;;;404;;hp;* ;3729914..3730068;;16s°;;87;87;;;153;;;* ;3730156..3730545;;cds;;;;;;130;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3804728..3805231;;cds;;118;118;;;168;;response regulator;* comp;3805350..3805425;;gag;;241;241;;;;;;* comp;3805667..3806140;;cds;;;;;;158;;transcription elongation factor GreA;* ;;;;;;;;;;;;* ;3813820..3815895;;cds;;138;138;;;692;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;3816034..3816109;;atgi;;94;94;;;;;;* ;3816204..3818993;;cds;;;;;;930;;diguanylate cyclase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3827982..3828878;;cds;;90;90;;;299;;phosphoserine phosphatase SerB;* comp;3828969..3829042;;ggg;@5;292;292;;;;;;* ;3829335..3830670;;cds;;;;;;445;;chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3832305..3833264;;cds;;311;311;;;320;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;3833576..3833662;;ctg;+;47;;47;;;;;* ;3833710..3833796;;ctg;5 ctg;153;;*153;;;;;* ;3833950..3834036;;ctg;;48;;48;;;;;* ;3834085..3834171;;ctg;;47;;47;;;;;* ;3834219..3834305;;ctg;;113;113;;;;;;* ;3834419..3835039;;cds;;;;;;207;;ribonuclease D;* </pre> ====rpm cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_cumuls|rpm cumuls]] <pre> rpm cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300 avec rRNA;opérons;27;1;0;;1;9;1;;100;20;1;0 ;16s°atc23s°;7;20;2;;50;15;40;;200;35;30;0 ;16s°gca23s°;1;40;14;;100;30;80;;300;30;60;3 ;16s°23s°;1;60;7;;150;24;120;;400;23;90;10 ;max a;1;80;3;;200;23;160;;500;14;120;10 ;a doubles;0;100;0;;250;16;200;;600;7;150;14 ;spéciaux;18;120;1;;300;5;240;;700;2;180;13 ;total aas;13;140;0;;350;4;280;;800;3;210;11 sans ;opérons;47;160;2;;400;5;320;;900;0;240;6 ;1 aa;30;180;1;;450;2;360;;1000;4;270;9 ;max a;5;200;0;;500;0;400;;1100;1;300;9 ;a doubles;15;;2;;;14;;;;2;;56 ;total aas;79;;32;0;;147;;0;;141;;141 total aas;;92;;;;;;;;;;; remarques;;5;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;69;;;194;;;;310;; ;;;variance;75;;;197;;;;248;; sans jaune;;;moyenne;39;;;147;;;;252;;170 ;;;variance;16;;;112;;;;134;;71 </pre> ====rpm blocs==== ====rpm blocs protéines==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_protéines|rpm blocs protéines]] <pre> 23s;23s rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB 3-isop;3-isopropylmalate dehydrogenase 3-isop-sub;3-isopropylmalate dehydratase small subunit acetyl;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit cas3;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3 CDP;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase ComF;ComF family protein CRISPR;CRISPR DUF262;DUF262 domain-containing protein FeFe;[FeFe] hydrogenase H-cluster radical SAM maturase HydE glyco;glycosyltransferase HAMP;HAMP domain-containing protein LysM ;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein methyl;methyltransferase NAD;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha p-elon;p-elongation factor Tu p-EscV;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein p-glyco;p-glycosyltransferase P-glyco1;p-glycosyl transferase family 1 p-IS5;p-IS5/IS1182 family transposase p-tetra;p-tetratricopeptide repeat protein p-trans;p-transposase PAS;PAS domain-containing protein peptido;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein phage;phage portal protein phospho;phosphoenolpyruvate carboxylase polypho;polyphosphate kinase respons;response regulator SAM;SAM-dependent chlorinase/fluorinase SEL1;SEL1-like repeat protein tetra;tetratricopeptide repeat protein TraY;TraY domain-containing protein trypsin;trypsin-like serine protease type II;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin VWA;VWA domain-containing protein winged ;winged helix-turn-helix domain-containing protein </pre> ====rpm blocs construits==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_construits|rpm blocs construits]] *Notes: J'ai gardé les symboles de coloration. Il suffit de les rechercher et les remplacer et sans désélectionner colorer comme suite: *: - '''*''' jaune, ffff00 *: - '''$''' orange, ff6600 *: - '''?''' cyan, 66ffff *: - '''§''' vert, 99ff33 *: - '''&''' bleu, 00ccff *: - '''(''' gris, dddddd *: - enlever le '''gras''', et <u>surligne</u>. <pre> rpm blocs;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;9 blocs 16s° solitaires, 6 blocs atc gca;;;;;;;;;;9 blocs 23s°5s, 3 blocs complets;;;;;; sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait;;sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait ;21325..22362;;cds;586;346;hp;1493;;;comp;13874..15127;;cds;-7;418;hp;1505; ;22949..23237;;*16s°;85;§287;;;;;comp;13628..13880;;*23s°;?72;§251;;; comp;23323..23490;;cds;;56;hp;;b3;;comp;13441..13555;;$5s;242;§113;;; ;;;;;;;;;;comp <;12458..13198;;cds;;247;p-trans;;b5 <;45496..45768;;cds;553;91;p-glyco1;1383;;;;;;;;;;; ;46322..47040;;*16s°;0;§717;;;;;comp;691078..691773;;cds;4;232;ComF;814; comp;47041..47433;;cds;;131;winged ;;b4;;;691778..691897;;*23s°;?72;§118;;; 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ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;atgj2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;cag2;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;;ccg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;;gac;;ggc;;cgt3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;ctg5;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;3;aga;1;gaa2;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;gac2;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;gcc4;gta;;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;gcg3;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc4;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;gtg2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;2;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;2;ggg;1;ttc4;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;3;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;gca >1 16s;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rpm;;30;;;;;30;;rpm;7;;;;;;7;;rpm;42;;;;;;42;;rpm;;;;5;;;5 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;5 1-3aas;;; </pre> ====rpm données intercalaires==== autres intercalaires aas *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_données_intercalaires|rpm données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;rpm;fx;fc;rpm;fx40;fc40;rpm;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;4;9;0;4;16;-1;0;65;418;38; CDS 16s;;;tRNA tRNA;; ;2;10;14;213;1;2;30;-2;3;1;116;367;néant;;;24;;atgj ;1;20;6;171;2;1;36;-3;0;0;199;92;5s CDS;;;**;;atgj ;1;30;8;116;3;2;23;-4;7;338;142;155;173;114;;25;;gtg 1;0;40;27;74;4;2;31;-5;0;0;196;648;250;161;;**;;gtg ;1;50;95;61;5;2;22;-6;0;0;125;195;229;118;;35;;cgt 2;4;60;78;63;6;1;8;-7;0;3;110;144;25;91;;44;;cgt ;0;70;47;80;7;0;11;-8;1;40;106;93;23s 5s;;;**;;cgt 2;3;80;30;75;8;2;18;-9;1;0;350;449;68;;;23;;ggc 2;4;90;21;68;9;0;20;-10;0;6;88;206;16s tRNA;;;45;;ggc 5;4;100;27;59;10;2;14;-11;0;18;81;95;116;;atc;29;;ggc 1;3;110;24;54;11;0;18;-12;0;0;176;168;tRNA 23s;;;**;;ggc ;3;120;25;53;12;1;29;-13;1;8;138;60;240;;atc;54;;cag 1;5;130;18;63;13;0;19;-14;1;20;170;154;243;;atc;**;;cag ;2;140;25;50;14;2;16;-15;0;0;197;93;5s tRNA;;;16;;acc 1;3;150;21;57;15;1;22;-16;0;2;126;195;51;;atgf;18;;acc 3;1;160;16;56;16;0;21;-17;0;10;93;645;51;;atgf;**;;acc 1;2;170;16;42;17;1;16;-18;3;0;50;87;52;;atgf;37;;gac 1;3;180;18;38;18;1;12;-19;1;3;176;74;52;;atgf;**;;gac 1;1;190;16;37;19;0;13;-20;1;5;274;194;51;;atgf;34;;gga 3;5;200;19;32;20;0;5;-21;0;0;214;205;;;;**;;tac 3;0;210;19;37;21;1;17;-22;0;1;250;538;;;;24;;aag ;3;220;8;25;22;0;13;-23;0;5;77;155;;;;**;;aag ;1;230;21;27;23;1;11;-24;0;0;80;110;;;;165;;ccg ;0;240;12;29;24;1;13;-25;0;1;83;92;;;;**;;ccg ;4;250;13;36;25;1;11;-26;3;5;198;76;;;;70;;gcc ;0;260;17;12;26;0;9;-27;0;0;141;54;;;;69;;gcc ;1;270;15;16;27;0;8;-28;0;2;160;176;;;;57;;gcc ;2;280;26;10;28;1;14;-29;2;5;219;387;;;;**;;gcc ;1;290;14;13;29;1;12;-30;0;0;55;210;;;;117;;cca 1;0;300;13;11;30;2;8;-31;0;5;71;84;;;;373;;atgi ;0;310;15;12;31;0;7;-32;0;2;261;184;;;;157;;gca 1;0;320;9;9;32;2;10;-33;0;0;56;126;;;;**;;aca ;0;330;8;12;33;1;12;-34;0;3;225;292;;;;29;;ttc ;0;340;8;8;34;5;4;-35;0;1;989;311;;;;34;;ttc ;1;350;9;8;35;0;4;-36;0;0;106;;;;;33;;ttc ;0;360;6;8;36;3;9;-37;0;2;192;;;;;**;;ttc 1;0;370;8;9;37;3;10;-38;0;5;166;;;;;27;;tgc ;1;380;4;5;38;5;5;-39;0;0;93;;;;;31;;aac 1;1;390;6;8;39;4;6;-40;0;1;271;;;;;**;;aac ;0;400;13;4;40;4;7;-41;0;2;182;;;;;70;;gcg 4;2;reste;99;76;reste;847;1263;-42;1;0;141;;;;;33;;gcg 35;65;total;898;1846;total;906;1853;-43;0;4;94;;;;;**;;gcg 31;63;diagr;795;1761;diagr;55;574;-44;1;2;129;;;;;214;;gaa 0;4; t30;28;500;;;;-45;0;0;123;;;;;**;;gaa ;;;;;;;;-46;0;0;15;;;;;47;;ctg ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;2;8;;;;;153;;ctg ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;250;;;;;48;;ctg ;x;902;46;4;952;;;-49;2;2;99;;;;;47;;ctg ;c;1837;603;9;2449;;;-50;0;2;285;;;;;**;;ctg ;;;;;3401;244;;reste;16;32;250;;;;;;; ;;;;;;3645;;total;46;603;8;;;;;;; ;;;;;;;;;;;379;;;;;;; ;;;;;;;;;;;60;;;;;;; ;;;;;;;;;;;29;;;;;;; ;;;;;;;;;;;172;;;;;;; ;;;;;;;;;;;389;;;;;;; ;;;;;;;;;;;55;;;;;;; ;;;;;;;;;;;125;;;;;;; ;;;;;;;;;;;118;;;;;;; ;;;;;;;;;;;241;;;;;;; ;;;;;;;;;;;138;;;;;;; ;;;;;;;;;;;220;;;;;;; ;;;;;;;;;;;90;;;;;;; ;;;;;;;;;;;113;;;;;;; </pre> =====rpm autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_autres_intercalaires_aas|rpm autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;rpm;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas deb;comp;CDS;3322;4086;198; ;comp;misc_f;4285;4778;239; ;comp;tRNA;5018;5093;199;gca ;comp;misc_f;5293;5425;62; ;comp;misc_f;5488;5583;7; fin;;CDS;5591;6664;; deb;comp;CDS;12473;13267;173; ;comp;rRNA;13441;13555;82;115 ;comp;misc_f;13638;13881;-8; fin;comp;CDS;13874;15127;; deb;;CDS;21325;22362;656; ;;misc_f;23019;23290;32; fin;comp;CDS;23323;23490;; deb;comp;CDS;24015;24287;250; ;comp;rRNA;24538;24652;68;115 ;comp;rRNA;24721;27462;240;2742 ;comp;tRNA;27703;27779;129;atc ;comp;misc_f;27909;28041;5; ;comp;misc_f;28047;28494;-14; fin;;CDS;28481;29194;; deb;comp;CDS;32782;33759;290; ;;misc_f;34050;34145;62; ;;misc_f;34208;34340;129; ;;tRNA;34470;34546;259;atc ;;misc_f;34806;35299;7; ;comp;misc_f;35307;35750;69; ;comp;rRNA;35820;38561;243;2742 ;comp;tRNA;38805;38881;116;atc ;comp;rRNA;38998;40479;268;1482 ;;misc_f;40748;45159;-2406; ;;misc_f;42754;42886;129; ;;tRNA;43016;43092;256;atc ;;misc_f;43349;43842;7; ;;misc_f;43850;44142;601; fin;;CDS;44744;45121;; deb;;CDS;45496;45768;576; ;;misc_f;46345;47084;10; fin;comp;CDS;47095;47433;; deb;comp;CDS;49761;51017;418; ;comp;tRNA;51436;51512;129;atc ;comp;misc_f;51642;51774;62; ;comp;misc_f;51837;51932;84; ;;misc_f;52017;52217;76; ;;misc_f;52294;52918;69; fin;;CDS;52988;53464;; deb;;CDS;53428;53694;87; ;comp;misc_f;53782;53921;72; ;comp;misc_f;53994;54619;90; ;;misc_f;54710;54881;129; ;;tRNA;55011;55087;289;atc ;;misc_f;55377;55746;433; fin;;CDS;56180;56440;; deb;comp;CDS;82891;83088;116; ;comp;tRNA;83205;83280;199;tgg fin;comp;CDS;83480;84178;; deb;;CDS;417242;417412;142; ;;tRNA;417555;417631;24;atgj ;;tRNA;417656;417732;38;atgj fin;comp;CDS;417771;418820;; deb;;CDS;434306;435142;672; ;;misc_f;435815;436065;82; ;;rRNA;436148;436262;51;115 ;;tRNA;436314;436390;196;atgf fin;;CDS;436587;436883;; deb;comp;CDS;467261;468367;193; ;;misc_f;468561;468657;82; ;;rRNA;468740;468854;51;115 ;;tRNA;468906;468982;125;atgf fin;;CDS;469108;469863;; deb;comp;CDS;534521;536161;367; ;;tRNA;536529;536603;92;acg fin;comp;CDS;536696;537778;; deb;;CDS;619174;620157;82; ;;regulatory;620240;620316;45; fin;;CDS;620362;621558;; deb;comp;CDS;658467;658931;110; ;comp;tRNA;659042;659116;155;gtc deb;;CDS;659272;660159;106; ;;tRNA;660266;660340;648;gtc fin;comp;CDS;660989;661800;; deb;comp;CDS;684188;685114;350; ;comp;tRNA;685465;685539;25;gtg ;comp;tRNA;685565;685639;195;gtg fin;;CDS;685835;686251;; deb;comp;CDS;691078;691803;-14; ;;misc_f;691790;691887;82; ;;rRNA;691970;692084;114;115 fin;comp;CDS;692199;694505;; deb;;CDS;750262;751398;161; ;comp;rRNA;751560;751674;82;115 ;comp;misc_f;751757;752004;598; ;;repeat_region;752603;752814;388; fin;;CDS;753203;753760;; deb;comp;CDS;839402;839962;163; ;comp;misc_f;840126;840415;631; fin;comp;CDS;841047;844388;; deb;;CDS;874585;875391;88; ;;tRNA;875480;875556;81;cac fin;;CDS;875638;876117;; deb;;CDS;885688;886299;176; 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gtt;0.52;gct;0;gat;0;ggt;0.52 ttc;179;tcc;155;tac;231;tgc;116 atc;290;acc;158;aac;317;agc;108 ctc;104;ccc;87;cac;118;cgt;303 gtc;176;gcc;170;gac;295;ggc;358 tta;122;tca;143;taa;1.03;tga;66 ata;0.86;aca;143;aaa;384;aga;154 cta;131;cca;144;caa;193;cga;13.4 gta;327;gca;288;gaa;330;gga;116 ttg;105;tcg;85;tag;2.76;tgg;115 atg;604;acg;73;aag;24.3;agg;112 ctg;256;ccg;63;cag;104;cgg;102 gtg;8.4;gcg;7.1;gag;7.8;ggg;74 </pre> ===rru=== ====rru opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_rubr_ATCC_11170/rhodRubr_ATCC11170-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007643.1;rru;;genome;3.8.16;;;;;;;; 64.97%GC;26.12.19 Paris;16s 4 ;55 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rhodospirillum rubrum ATCC 11170;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; comp;16232..16852;;cds;;163;163;;;207;;3'-5' exonuclease;* comp;17016..17102;;ctg;;253;253;;;;;;* ;17356..18378;;cds;;;;;;341;;3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;117072..117287;;cds;;37;37;;;72;;slyX;* comp;117325..117401;;agg;;341;341;;;;;;* ;117743..123022;;cds;;;;;;*1760;;alpha-2-macroglobulin-like protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;149921..151015;;cds;;225;225;;;365;;hp;* ;151241..151317;;cgg;;136;136;;;;;;* comp;151454..152929;;cds;;;;;;492;;chemotaxis sensory transducer protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;189941..191668;;cds;;859;*859;;;576;;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;* ;192528..194004;;16s;;184;;;;1477;;;* ;194189..194265;;atc;;66;;;66;;;;* ;194332..194407;;gca;;362;;;;;;;* ;194770..197527;;23s;;119;;;;2758;;;* ;197647..197761;;5s;;96;;;;115;;;* ;197858..197934;;atgf;;287;287;;;;;;* comp;198222..198455;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;305449..306648;;cds;;257;257;;;400;;Ppx/GppA phosphatase;* ;306906..306979;;cag;;319;319;;;;;;* comp;307299..308303;;cds;;;;;;335;;LacI family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;322896..323807;;cds;;292;292;;;304;;hp;* comp;324100..324174;;caa;;98;98;;;;;;* comp;324273..325601;;cds;;;;;;443;;chemotaxis sensory transducer protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;362552..362881;;cds;;224;224;;;110;;hp;* ;363106..363181;;gcc;+;202;;202;;;;;* ;363384..363459;;gcc;2 gcc;43;43;;;;;;* comp;363503..364531;;cds;;;;;;343;;esterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;407067..407606;;cds;;92;92;;;180;;YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;407699..407790;;agc;;141;141;;;;;;* ;407932..408774;;cds;;;;;;281;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;466945..467925;;cds;;115;115;;;327;;hp;* comp;468041..468126;;tta;;83;83;;;;;;* comp;468210..468458;;cds;;;;;;83;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;559038..559610;;cds;;86;86;;;191;;OsmC-like protein;* ;559697..559772;;aag;;140;140;;;;;;* ;559913..560608;;cds;;;;;;232;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;794877..795188;;cds;;-81;*-81;;;104;;hp;* comp;795108..795188;;Sig-pep;;217;217;;;27;;hp;* ;795406..795496;;tcc;;44;44;;;;;;* ;795541..795846;;cds;;;;;;102;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;908584..910185;;cds;;-102;*-102;;;534;;peptidase M23B;* comp;910084..910185;;Sig-pep;@1;1212;*1212;;;34;;hp;* ;911398..912874;;16s;;182;;;;1477;;;* ;913057..913133;;atc;;66;;;66;;;;* ;913200..913275;;gca;;361;;;;;;;* ;913637..916394;;23s;;118;;;;2758;;;* ;916513..916627;;5s;;95;;;;115;;;* ;916723..916799;;atgf;;573;*573;;;;;;* ;917373..921860;;cds;;;;;;*1496;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1159249..1160091;;cds;;71;71;;;281;;Linocin_M18 bacteriocin protein;* ;1160163..1160238;;gag;;117;117;;;;;;* ;1160356..1160613;;cds;;;;;;86;;prevent-host-death protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1464820..1465122;;cds;;283;283;;;101;;50S ribosomal protein L21;* ;1465406..1465495;;tcg;;139;139;;;;;;* comp;1465635..1466303;;cds;;;;;;223;;cytochrome B561;* ;;;;;;;;;;;;* ;1791953..1792159;;cds;;116;116;;;69;;hp;* comp;1792276..1792351;;gaa;;131;131;;;;;;* comp;1792483..1792689;;cds;;;;;;69;;cold-shock DNA-binding protein family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1824302..1825738;;cds;;98;98;;;479;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;1825837..1825921;;cta;;102;102;;;;;;* ;1826024..1827415;;cds;;;;;;464;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1833133..1833408;;cds;;284;284;;;92;;histone-like DNA-binding protein;* ;1833693..1833768;;gta;;70;70;;;;;;* comp;1833839..1835326;;cds;;;;;;496;;methyl-accepting chemotaxis sensory transducer;* ;;;;;;;;;;;;* ;1933506..1934138;;cds;;-633;*-633;;;211;;hp;* ;1933506..1933652;;Sig-pep;;571;*571;;;49;;hp;* ;1934224..1934300;;cca;;63;63;;;;;;* ;1934364..1934663;;cds;;12;12;;;100;;ETC complex I subunit region;* ;1934676..1934752;;aga;;396;*396;;;;;;* ;1935149..1939624;;cds;;;;;;*1492;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1959133..1959858;;cds;;175;175;;;242;;MerR family transcriptional regulator;* ;1960034..1960110;;ccc;@2;1062;*1062;;;;;;* ;1961173..1961367;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1996760..1998124;;cds;;-120;*-120;;;455;;lytic murein transglycosylase;* comp;1998005..1998124;;Sig-pep;;119;119;;;40;;hp;* ;1998244..1998333;;tca;;927;*927;;;;;;* comp;1999261..1999929;;cds;;;;;;223;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2032027..2032863;;cds;;123;123;;;279;;phage integrase;* comp;2032987..2033062;;aaa;;186;186;;;;;;* comp;2033249..2033755;;cds;;;;;;169;;peptidyl-prolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2093327..2093977;;cds;;295;295;;;217;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;* ;2094273..2094346;;tgc;;81;;81;;;;;* ;2094428..2094502;;aac;;150;150;;;;;;* ;2094653..2094916;;cds;;;;;;88;;prevent-host-death protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2304404..2305834;;cds;;89;89;;;477;;divalent cation transporter;* comp;2305924..2306010;;ctc;;178;178;;;;;;* ;2306189..2306839;;cds;;;;;;217;;lipoate-protein ligase B;* ;;;;;;;;;;;;* ;2331183..2331521;;cds;;73;73;;;113;;hp;* ;2331595..2331671;;atgj;;126;126;;;;;;* comp;2331798..2332040;;cds;;;;;;81;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2411337..2411804;;cds;;-72;*-72;;;156;;CreA;* comp;2411733..2411804;;Sig-pep;;202;202;;;24;;hp;* comp;2412007..2412083;;cac;;75;75;;;;;;* comp;2412159..2413343;;cds;;;;;;395;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2729598..2731271;;cds;;449;*449;;;558;;macrocin-O-methyltransferase;* comp;2731721..2731797;;atgf;;95;;;;;;;* comp;2731893..2732007;;5s;;119;;;115;;;;* comp;2732127..2734884;;23s;;362;;;2758;;;;* comp;2735247..2735322;;gca;;66;;;66;;;;* comp;2735389..2735465;;atc;;184;;;;;;;* comp;2735650..2737126;;16s;;606;*606;;1477;;;;* comp;2737733..2738110;;cds;;;;;;126;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2959802..2961874;;cds;;354;*354;;;*691;;chemotaxis sensory transducer protein;* comp;2962229..2962303;;gtc;;123;123;;;;;;* ;2962427..2963359;;cds;;;;;;311;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3124836..3125033;;cds;;151;151;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;3125185..3125260;;tgg;;343;343;;;;;;* comp;3125604..3126794;;cds;;93;93;;;397;;elongation factor Tu;* comp;3126888..3126961;;gga;;27;;27;;;;;* comp;3126989..3127074;;tac;;37;37;;;;;;* ;3127112..3128158;;cds;;57;57;;;349;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;3128216..3128291;;aca;;127;127;;;;;;* ;3128419..3128652;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3193350..3194507;;cds;;430;*430;;;386;;acyltransferase;* comp;3194938..3195013;;ttc;;103;103;;;;;;* comp;3195117..3195635;;cds;;;;;;173;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3320745..3322115;;cds;;-1371;*-1371;;;457;;virulence protein;* ;3320745..3320816;;Sig-pep;;1389;*1389;;;24;;hp;* comp;3322206..3322281;;atgi;;60;60;;;;;;* comp;3322342..3324432;;cds;;;;;;*697;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3377932..3378114;;cds;;140;140;;;61;;hp;* ;3378255..3378329;;acc;+;165;;165;;;;;* ;3378495..3378569;;acc;2 acc;237;237;;;;;;* ;3378807..3379370;;cds;;234;234;;;188;;hp;* ;3379605..3379681;;gac;;77;77;;;;;;* comp;3379759..3380517;;cds;;;;;;253;;diguanylate phosphodiesterase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3399207..3399494;;cds;;262;262;;;96;;hp;* comp;3399757..3399833;;ccg;;56;56;;;;;;* comp;3399890..3400972;;cds;;;;;;361;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3490378..3491148;;cds;;84;84;;;257;;2-phosphoglycolate phosphatase;* ;3491233..3491307;;gtg;;407;*407;;;;;;* ;3491715..3492080;;cds;;;;;;122;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3719367..3719753;;cds;;163;163;;;129;;hp;* comp;3719917..3719990;;ggg;;95;95;;;;;;* comp;3720086..3720859;;cds;;;;;;258;;enoyl-ACP reductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3805869..3806813;;cds;;130;130;;;315;;inner-membrane translocator;* comp;3806944..3807058;;5s;;116;;;;115;;;* comp;3807175..3809932;;23s;;362;;;;2758;;;* comp;3810295..3810370;;gca;;66;;;66;;;;* comp;3810437..3810513;;atc;;184;;;;;;;* comp;3810698..3812174;;16s;;1227;*1227;;;1477;;;* ;3813402..3814118;;cds;;;;;;239;;transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3824154..3825854;;cds;;76;76;;;567;;phage integrase;* comp;3825931..3826007;;cgt;;387;*387;;;;;;* ;3826395..3827531;;cds;;;;;;379;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4021982..4023163;;cds;;27;27;;;394;;diguanylate phosphodiesterase;* comp;4023191..4023277;;ttg;;224;224;;;;;;* ;4023502..4023855;;cds;;;;;;118;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4058818..4059117;;cds;;187;187;;;100;;hp;* ;4059305..4059380;;gcg;;179;179;;;;;;* comp;4059560..4060126;;cds;;;;;;189;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4105626..4107317;;cds;;-114;*-114;;;564;;chemotaxis sensory transducer;* comp;4107204..4107317;;Sig-pep;;721;*721;;;38;;hp;* comp;4108039..4108113;;acg;;148;148;;;;;;* ;4108262..4108843;;cds;;;;;;194;;D-alpha,beta-D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4261100..4262038;;cds;;269;269;;;313;;thioredoxin-like protein;* ;4262308..4262382;;ggc;;118;118;;;;;;* ;4262501..4263136;;cds;;;;;;212;;lysine exporter protein LysE/YggA;* </pre> ====rru cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_cumuls|rru cumuls]] <pre> rru cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300 avec rRNA;opérons;4;1;;;1;7;1;;100;23;1;0 ;16atcgca235;1;20;;;50;6;40;;200;17;30;3 ;Id-atgf;3;40;1;;100;19;80;;300;16;60;4 ;-;;60;;;150;20;120;;400;17;90;12 ;max a;3;80;;4;200;8;160;;500;8;120;10 ;a doubles;0;100;1;;250;7;200;;600;5;150;3 ;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;2;180;4 ;total aas;11;140;;;350;3;280;;800;0;210;5 sans ;opérons;40;160;;;400;3;320;;900;0;240;8 ;1 aa;36;180;1;;450;3;360;;1000;0;270;4 ;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;300;3 ;a doubles;2;;1;;;10;;;;3;;35 ;total aas;44;;4;4;;95;;0;;91;;91 total aas;;55;;;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;119;66;;208;;;;292;; ;;;variance;79;0;;333;;;;187;; sans jaune;;;moyenne;;;;148;;;;237;;140 ;;;variance;;;;83;;;;132;;69 </pre> ====rru blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_blocs|rru blocs]] <pre> rru blocs;;;;;;; cds;859;576;sulfate;cds;606;126;hp 16s;184;1477;;16s;184;1477; atc;66;;;atc;66;; gca;362;;;gca;362;; 23s;119;2758;;23s;119;2758; 5s;96;115;;5s;95;115; atgf;287;;;atgf;449;; cds;;78;hp;cds;;558;macrocin ;;;;;;; cds;-102;534;peptidase;;;; Sig-pep;1212;34;hp;cds;1227;239;transposase 16s;182;1477;;16s;184;1477; atc;66;;;atc;66;; gca;361;;;gca;362;; 23s;118;2758;;23s;116;2758; 5s;95;115;;5s;130;115; atgf;573;;;cds;;315;inner cds;;1496;hp;;;; ;;;;;;; sulfate;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;;;;;; inner;inner-membrane translocator;;;;;; macrocin;macrocin-O-methyltransferase;;;;;; peptidase;peptidase M23B;;;;;; </pre> ====rru distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_distribution|rru distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rru;;36;;;;;36;;rru;4;;;;;;4;;rru;4;;;;;;4;;rru;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====rru données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_données_intercalaires|rru données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;rru;fx;fc;rru;fx40;fc40;rru;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;81;163;253;CDS 16s ;; ;0;10;47;242;1;4;21;-2;1;0;406;37;841;1193; ;1;20;50;189;2;3;31;-3;0;0;98;299;972;999; 1;0;30;51;116;3;3;38;-4;27;394;224;147;5s CDS;; 1;0;40;27;83;4;4;43;-5;0;0;92;136;;130; 1;0;50;23;99;5;4;29;-6;2;0;141;287;23s 5s;; ;3;60;34;100;6;2;18;-7;0;5;83;257;2* 119;; 1;1;70;31;82;7;5;11;-8;0;42;170;319;118;; 1;3;80;24;87;8;5;22;-9;0;0;86;43;116;; 1;5;90;29;93;9;6;14;-10;3;6;738;115;16s tRNA;;atc ;5;100;30;96;10;11;15;-11;4;22;71;239;180;; ;2;110;38;64;11;7;34;-12;0;0;117;217;178;; 2;2;120;27;67;12;7;30;-13;0;4;131;283;180;; 2;1;130;30;59;13;2;26;-14;2;11;98;139;180;; 3;1;140;25;67;14;2;26;-15;1;0;150;116;tRNA 23s;;gca 2;3;150;28;55;15;8;13;-16;1;2;284;70;347;; ;1;160;27;60;16;3;13;-17;3;11;85;164;346;; 2;3;170;28;64;17;9;16;-18;0;0;63;261;347;; 3;1;180;16;46;18;7;9;-19;1;4;12;123;347;; 1;1;190;32;36;19;3;10;-20;4;3;396;295;5s tRNA;; ;0;200;23;43;20;2;12;-21;1;0;175;178;96;;atgf ;1;210;18;27;21;8;5;-22;1;0;215;126;95;;atgf 1;1;220;21;35;22;8;12;-23;1;1;186;449;95;;atgf 1;1;230;15;32;23;4;11;-24;0;0;150;171;tRNA tRNA;;intra 1;2;240;15;24;24;7;10;-25;1;1;89;166;4*66;;atc gca ;0;250;16;23;25;5;16;-26;2;2;73;90;tRNA tRNA;; 2;0;260;16;27;26;2;8;-27;1;0;202;140;202;;gcc 2;1;270;18;15;27;5;13;-28;0;0;75;77;**;;gcc ;0;280;13;20;28;4;16;-29;1;2;354;387;81;;tgc 2;1;290;17;14;29;3;14;-30;0;0;151;27;**;;aac 2;0;300;17;12;30;5;11;-31;0;2;343;224;27;;gga ;0;310;15;18;31;1;9;-32;0;1;93;187;**;;tac 1;0;320;14;8;32;4;10;-33;0;0;57;179;165;;acc ;0;330;9;6;33;3;7;-34;0;1;127;148;**;;acc ;0;340;7;12;34;2;11;-35;1;0;430;269;;; ;1;350;10;7;35;3;4;-36;0;0;103;;;; ;1;360;11;3;36;3;7;-37;0;0;60;;;; ;0;370;10;10;37;3;10;-38;1;0;237;;;; ;0;380;3;6;38;5;6;-39;0;0;234;;;; 1;0;390;4;5;39;1;9;-40;2;0;262;;;; ;1;400;5;4;40;2;10;-41;1;2;56;;;; 1;5;reste;88;72;reste;787;1498;-42;0;0;84;;;; 35;48;total;963;2140;total;963;2140;-43;0;1;407;;;; 34;43;diagr;874;2056;diagr;175;630;-44;0;0;163;;;; 1;1; t30;148;547;;;;-45;1;0;95;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;103;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;721;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;118;;;; ;x;962;74;1;1037;;;-49;1;0;;;;; ;c;2128;609;12;2749;;;-50;1;0;;;;; ;;;;;3786;160;;reste;9;11;;;;; ;;;;;;3946;;total;74;609;;;;; </pre> =====rru autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_autres_intercalaires_aas|rru autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;rru;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;16232;163;comp; ;tRNA;17016;253;comp;ctg fin;CDS;17356;;; deb;CDS;117072;37;; ;tRNA;117325;299;comp;agg fin;CDS;117701;;; deb;CDS;149921;147;comp; ;tRNA;151241;136;;cgg fin;CDS;151454;;comp; deb;CDS;189941;841;; 16s;rRNA;192510;180;;1477 ;tRNA;194189;66;;atc ;tRNA;194332;347;;gca 23s;rRNA;194755;119;;2758 5s;rRNA;197647;96;;115 ;tRNA;197858;287;;atgf deb;CDS;198222;222;comp; ;repeat_region;198678;145;; fin;CDS;200012;;comp; deb;CDS;211593;261;comp; ;repeat_region;213597;128;; fin;CDS;214303;;comp; deb;CDS;305449;257;comp; ;tRNA;306906;319;;cag fin;CDS;307299;;comp; deb;CDS;322896;406;comp; ;tRNA;324100;98;comp;caa fin;CDS;324273;;comp; deb;CDS;362552;224;; ;tRNA;363106;202;;gcc ;tRNA;363384;43;;gcc fin;CDS;363503;;comp; deb;CDS;407067;92;; ;tRNA;407699;141;;agc fin;CDS;407932;;; deb;CDS;419952;57;; ;repeat_region;420333;228;; fin;CDS;423032;;comp; deb;CDS;466945;115;; ;tRNA;468041;83;comp;tta fin;CDS;468210;;comp; deb;CDS;529650;67;; ;repeat_region;530056;180;; fin;CDS;530734;;comp; deb;CDS;536858;111;comp; ;regulatory;537266;38;; fin;CDS;537511;;; deb;CDS;559038;239;comp; ;tRNA;559697;170;;aag fin;CDS;559943;;; deb;CDS;571949;20;; ;regulatory;572902;194;; fin;CDS;573329;;; deb;CDS;794877;217;comp; ;tRNA;795406;86;;tcc fin;CDS;795583;;; deb;CDS;908584;1193;comp; 16s;rRNA;911379;178;;1477 ;tRNA;913057;66;;atc ;tRNA;913200;346;;gca 23s;rRNA;913622;118;;2758 5s;rRNA;916513;95;;115 ;tRNA;916723;738;;atgf fin;CDS;917538;;; deb;CDS;988887;204;; ;repeat_region;989382;533;; fin;CDS;992381;;comp; deb;CDS;1144656;314;comp; ;ncRNA;1145438;15;comp; fin;CDS;1145882;;comp; deb;CDS;1159249;71;; ;tRNA;1160163;117;;gag fin;CDS;1160356;;; deb;CDS;1339162;168;; ;regulatory;1340533;238;; fin;CDS;1340988;;; deb;CDS;1362782;177;comp; ;repeat_region;1363865;208;; fin;CDS;1364648;;comp; deb;CDS;1464820;283;comp; ;tRNA;1465406;139;;tcg fin;CDS;1465635;;comp; 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;tRNA;2305924;178;comp;ctc fin;CDS;2306189;;; deb;CDS;2318681;138;comp; ;regulatory;2319857;73;; fin;CDS;2320063;;; deb;CDS;2331183;73;; ;tRNA;2331595;126;;atgj fin;CDS;2331798;;comp; deb;CDS;2411337;202;comp; ;tRNA;2412007;75;comp;cac fin;CDS;2412159;;comp; deb;CDS;2550773;186;comp; ;regulatory;2551172;147;; fin;CDS;2551477;;; deb;CDS;2559473;36;; ;tmRNA;2560658;131;; fin;CDS;2561126;;; deb;CDS;2667051;354;; ;repeat_region;2668113;204;; fin;CDS;2669862;;comp; deb;CDS;2714978;129;; ;repeat_region;2715965;262;; fin;CDS;2716563;;; deb;CDS;2729598;449;; ;tRNA;2731721;95;comp;atgf 5s;rRNA;2731893;119;comp;115 23s;rRNA;2732127;347;comp;2758 ;tRNA;2735247;66;comp;gca ;tRNA;2735389;180;comp;atc 16s;rRNA;2735646;972;comp;1477 fin;CDS;2738117;;comp; deb;CDS;2959802;354;comp; ;tRNA;2962229;171;comp;gtc fin;CDS;2962475;;; deb;CDS;3124836;151;comp; ;tRNA;3125185;343;comp;tgg deb;CDS;3125604;93;comp; ;tRNA;3126888;27;comp;gga ;tRNA;3126989;166;comp;tac deb;CDS;3127241;57;; ;tRNA;3128216;127;;aca fin;CDS;3128419;;; deb;CDS;3193350;430;comp; ;tRNA;3194938;103;comp;ttc fin;CDS;3195117;;comp; deb;CDS;3320745;90;; ;tRNA;3322206;60;comp;atgi fin;CDS;3322342;;comp; deb;CDS;3377932;140;comp; ;tRNA;3378255;165;;acc ;tRNA;3378495;237;;acc deb;CDS;3378807;234;; ;tRNA;3379605;77;;gac fin;CDS;3379759;;comp; deb;CDS;3399207;262;comp; ;tRNA;3399757;56;comp;ccg fin;CDS;3399890;;comp; deb;CDS;3490378;84;; ;tRNA;3491233;407;;gtg fin;CDS;3491715;;; deb;CDS;3514107;56;comp; ;regulatory;3515291;4;comp; ;regulatory;3515401;88;comp; fin;CDS;3515601;;comp; deb;CDS;3523910;371;; ;repeat_region;3524497;79;; fin;CDS;3525452;;comp; deb;CDS;3705744;56;comp; ;regulatory;3707042;399;comp; fin;CDS;3707518;;; deb;CDS;3719367;163;comp; ;tRNA;3719917;95;comp;ggg fin;CDS;3720086;;comp; deb;CDS;3805869;130;; 5s;rRNA;3806944;116;comp;115 23s;rRNA;3807175;347;comp;2758 ;tRNA;3810295;66;comp;gca ;tRNA;3810437;180;comp;atc 16s;rRNA;3810694;999;comp;1477 fin;CDS;3813192;;; deb;CDS;3824154;103;comp; ;tRNA;3825931;387;comp;cgt fin;CDS;3826395;;; deb;CDS;3996560;58;comp; ;ncRNA;3998598;106;comp; fin;CDS;3998802;;comp; deb;CDS;4021982;27;; ;tRNA;4023191;224;comp;ttg fin;CDS;4023502;;; deb;CDS;4058818;187;comp; ;tRNA;4059305;179;;gcg fin;CDS;4059560;;comp; deb;CDS;4105626;721;comp; ;tRNA;4108039;148;comp;acg fin;CDS;4108262;;; deb;CDS;4261100;269;comp; ;tRNA;4262308;118;;ggc fin;CDS;4262501;;; </pre> ====rru intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_entre_cds|rru intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> rru;27.1.21 paris;NCBI;10.3.20;;;;;;;;; rru;intercalaires;total;%;intercalaires;moyennes;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;683;18.0;'''négatif ;-8;15;-73 à -1;'''4 352 825;-1;683;610;1 ;'''zéro;13;0.3;;;;;'''intercals;0;13;620;0 ;'''1 à 200;2368;62.5;'''0 à 200;78;58;;'''429 144;5;180;630;5 ;'''201 à 370;535;14.1;'''201 à 370;268;46;;'''9.9%;10;109;640;6 ;'''371 à 600;139;3.7;'''371 à 600;453;60;;;15;155;650;1 ;'''601 à max;48;1.3;'''601 à 1028;733;105;;;20;84;660;4 ;'''total 3786;<201;80.9;'''total 3779;112;136;-73 à 995;;25;86;670;3 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;81;680;1 3818575;1469;-1;683;-70;8;;0;13;35;54;690;2 844364;995;0;13;-60;5;;-1;°81;40;56;700;1 3816901;954;1;25;-50;8;;-2;1;45;59;710;1 3134490;938;2;34;-40;8;;-3;0;50;63;720;0 3477618;929;3;°41;-30;6;'''min à -1;-4;°421;55;67;730;0 1097019;885;4;°47;-20;21;683;-5;0;60;67;740;3 3856065;884;5;°33;-10;75;18.0%;-6;2;65;61;750;0 566184;881;6;20;0;565;;-7;5;70;52;760;1 1833839;873;7;16;10;289;;-8;°42;75;59;770;2 3136049;866;8;°27;20;239;;-9;0;80;52;780;3 2475546;802;9;20;30;167;;-10;9;85;58;790;3 93164;788;10;26;40;110;;-11;°26;90;64;800;0 409696;787;11;°41;50;122;;-12;0;95;51;810;1 400635;785;12;37;60;134;;-13;4;100;75;820;0 1366462;777;13;28;70;113;;-14;°13;105;49;830;0 3456663;777;14;°28;80;111;;-15;1;110;53;840;0 3312945;771;15;21;90;122;'''1 à 100;-16;3;115;49;850;0 550038;769;16;16;100;126;1533;-17;°14;120;45;860;0 2493887;767;17;°25;110;102;41%;-18;0;125;44;870;1 1410707;755;18;16;120;94;;-19;5;130;45;880;1 1423514;739;19;13;130;89;;-20;°7;135;48;890;3 2688282;734;20;°14;140;92;;-21;1;140;44;900;0 3627241;732;21;13;150;83;;-22;1;145;41;910;0 2706640;702;22;°20;160;87;;-23;°2;150;42;920;0 3937050;697;23;15;170;92;;-24;0;155;44;930;1 1011650;686;24;17;180;62;;-25;2;160;43;940;1 742860;682;25;°21;190;68;'''1 à 200;-26;°4;165;42;950;0 3424033;675;26;10;200;66;2368;-27;1;170;50;960;1 139185;669;27;18;210;45;62.5%;-28;0;175;31;970;0 880072;663;28;°20;220;56;;-29;°3;180;31;980;0 1976647;662;29;17;230;47;;-30;0;185;28;990;0 2640270;659;30;16;240;39;;-31;2;190;40;1000;1 90214;657;31;10;250;39;;-32;1;195;39;1010;0 961964;656;32;°14;260;43;;;664;200;27;1020;0 1209394;652;33;10;270;33;'''0 à 200;reste;32;205;19;1030;0 2536913;650;34;13;280;33;2381;total;696;210;26;1040;0 2591508;639;35;7;290;31;;;;215;25;1050;0 55947;637;36;10;300;29;;intercal;<u>frequencef;220;31;1060;0 1786743;636;37;°13;310;33;;600;3738;225;25;1070;0 2231609;636;38;11;320;22;;620;1;230;22;1080;0 3609912;633;39;10;330;15;;640;11;235;18;1090;0 3187318;631;40;°12;340;19;;660;5;240;21;1100;0 ;;reste;2285;350;17;;680;4;245;24;1110;0 ;;total;3786;360;14;'''201 à 370;700;3;250;15;1120;0 ;;;;370;20;535;720;1;255;21;1130;0 ;;;;380;9;14.1%;740;3;260;22;1140;0 ;;;;390;9;;760;1;265;23;1150;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;9;;780;5;270;10;1160;0 2068001;-137;shift2;1009;410;14;;800;3;275;15;1170;0 651352;-122;comp;;420;14;;820;1;280;18;1180;0 2462962;-120;comp;;430;9;;840;0;285;13;1190;0 1155908;-106;comp;;440;4;;860;0;290;18;1200;0 2381188;-104;comp;;450;15;;880;2;295;14;reste;1 3871151;-104;comp;;460;5;;900;3;300;15;total;3786 4292550;-73;shift2;662;470;5;'''371 à 600;920;0;305;18;; 664620;-70;comp;;480;4;139;940;2;310;15;; 3822351;-68;shift2;682;490;4;3.7%;960;1;315;10;; 3867765;-65;shift2;451;500;5;;980;0;320;12;; 1091959;-64;shift2;1268;510;7;;1000;1;325;8;; 3289914;-62;shift2;;520;1;;;47;330;7;; 1568904;-61;shift2;;530;3;;;;335;11;; 465562;-59;comp;;540;4;;;;340;8;; 2309068;-59;shift2;;550;7;;;;345;12;; 780196;-58;shift2;;560;2;;;;350;5;; 2759874;-55;comp;;570;1;;;;355;7;; 3267314;-53;shift2;;580;5;'''601 à max;;;360;7;; 210683;-52;shift2;;590;1;48;;;365;7;; 1365051;-52;shift2;;600;2;1.3%;;;370;13;; 622208;-50;comp;;reste;48;;reste;1;reste;187;; 2342888;-49;comp;;total;3786;;total;3786;total;3786;; </pre> ====rru intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru intercalaires positifs S+]] *Légende: *Tableaux <pre> rru. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; rru;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-13;90;-272;53;818;231;min50;-34;275;-804;94;878;270;min40 31 à 400;12;-97;135;28;833;269;2 parties;13;-61;-91;52;957;156;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;103;46;-;798;dte;20;Sf;181;62;-;739;poly;139;SF 31 à 400;86;41;-;797;dte;36;tf;137;50;-;916;dte;41;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.017;;;;; 41-n;0.829;0.193;0.611;;;;;;;;;;; 1-n;0.861;0.722;0.792;;;;;;;;;14.8.21 Paqris;; rru;fx;fc;;rru;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rru;Sx-;Sc- 0;1;12;;0;1;6;0;1;12;>0;962;-1;0;81 10;47;242;;10;54;118;1;4;21;<0;74;-2;1;0 20;50;189;;20;57;92;2;3;31;zéro;1;-3;0;0 30;51;116;;30;58;56;3;3;38;total;1037;-4;27;394 40;27;83;;40;31;40;4;4;43;;c;-5;0;0 50;23;99;;50;26;48;5;4;29;>0;2128;-6;2;0 60;34;100;;60;39;49;6;2;18;<0;609;-7;0;5 70;31;82;;70;35;40;7;5;11;zéro;12;-8;0;42 80;24;87;;80;27;42;8;5;22;total;2749;-9;0;0 90;29;93;;90;33;45;9;6;14;;;-10;3;6 100;30;96;;100;34;47;10;11;15;;;-11;4;22 110;38;64;;110;43;31;11;7;34;;;-12;0;0 120;27;67;;120;31;33;12;7;30;;;-13;0;4 130;30;59;;130;34;29;13;2;26;;;-14;2;11 140;25;67;;140;29;33;14;2;26;;;-15;1;0 150;28;55;;150;32;27;15;8;13;;;-16;1;2 160;27;60;;160;31;29;16;3;13;;;-17;3;11 170;28;64;;170;32;31;17;9;16;;;-18;0;0 180;16;46;;180;18;22;18;7;9;;;-19;1;4 190;32;36;;190;37;18;19;3;10;;;-20;4;3 200;23;43;;200;26;21;20;2;12;;;-21;1;0 210;18;27;;210;21;13;21;8;5;;;-22;1;0 220;21;35;;220;24;17;22;8;12;;;-23;1;1 230;15;32;;230;17;16;23;4;11;;;-24;0;0 240;15;24;;240;17;12;24;7;10;;;-25;1;1 250;16;23;;250;18;11;25;5;16;;;-26;2;2 260;16;27;;260;18;13;26;2;8;;;-27;1;0 270;18;15;;270;21;7;27;5;13;;;-28;0;0 280;13;20;;280;15;10;28;4;16;;;-29;1;2 290;17;14;;290;19;7;29;3;14;;;-30;0;0 300;17;12;;300;19;6;30;5;11;;;-31;0;2 310;15;18;;310;17;9;31;1;9;;;-32;0;1 320;14;8;;320;16;4;32;4;10;;;-33;0;0 330;9;6;;330;10;3;33;3;7;;;-34;0;1 340;7;12;;340;8;6;34;2;11;;;-35;1;0 350;10;7;;350;11;3;35;3;4;;;-36;0;0 360;11;3;;360;13;1;36;3;7;;;-37;0;0 370;10;10;;370;11;5;37;3;10;;;-38;1;0 380;3;6;;380;3;3;38;5;6;;;-39;0;0 390;4;5;;390;5;2;39;1;9;;;-40;2;0 400;5;4;;400;6;2;40;2;10;;;-41;1;2 reste;88;72;;;;;reste;787;1498;;;-42;0;0 total;963;2140;;t30;169;266;total;963;2140;;;-43;0;1 diagr;874;2056;;;;;diagr;175;630;;;-44;0;0 - t30;726;1509;;;;;;;;;;-45;1;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;reste;9;11 ;;;;;;;;;;;;total;74;609 </pre> ====rru intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_négatifs_S-|rru intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> rru;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;;; comp’;0;1;0;25;0;2;0;0;0;3;4;0;0;2;1;1;3;0;1;4;1;1;0;0;1;2;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;4;69;7 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fin;°CDS;1145882;;comp;;deb;°CDS;2714978;129;;;deb;°CDS;4105626;721;comp deb;°CDS;1159249;71;;;;repeat_region;2715965;262;;;;&tRNA;4108039;148;comp ;&tRNA;1160163;117;;;fin;°CDS;2716563;;;;fin;°CDS;4108262;; fin;°CDS;1160356;;;;;;;;;;deb;°CDS;4261100;269;comp deb;°CDS;1339162;168;;;;;;;;;;&tRNA;4262308;118; ;regulatory;1340533;238;;;;;;;;;fin;°CDS;4262501;; fin;°CDS;1340988;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====rru intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_tRNA|rru intercalaires tRNA]] <pre> rru;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;; ;;;;;;;;;; ;66;;163;comp’;253;;12;56;'''deb; ;202;comp’;37;comp’;299;;57;60;<201;15 ;66;comp’;147;comp’;136;;71;63;total;24 ;81;;;;287;;73;75;taux;63% ;66;comp’;257;comp’;319;;84;83;; ;27;;406;;98;;85;86;'''fin; ;165;;224;comp’;43;;89;95;<201;18 ;66;;92;;141;;92;98;total;25 ;;comp’;115;;83;;93;103;taux;72% ;;comp’;239;;170;;98;117;; 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;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;25;29;54;;;;; ;;total;41;42;83;;;;; ;;taux;61%;69%;65%;;;;; </pre> ===oan=== ====oan opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;oan;;genome;;;;;;;;; 56.1%GC;27.12.19 Paris;16s 4 ;61 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 ;;;;;;;;;;;; chromosom1;;;;;;;;;;;; ;34057..34446;;cds;;224;224;;;130;;TIGR02300 family protein;* ;34671..34746;;gcc;@1;-40;*-40;;;;;;* ;34707..35480;;cds;;;;;;258;;glutathione S-transferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;223549..224394;;cds;;164;164;;;282;;3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase CysQ;* ;224559..224635;;ccg;;109;109;;;;;;* comp;224745..225806;;cds;;;;;;354;;site-specific integrase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;337757..338197;;cds;;158;158;;;147;;DMT family transporter;* comp;338356..338431;;ttc;;171;171;;;;;;* comp;338603..338818;;cds;;;;;;72;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;;;;;;;;;;;;* comp;344419..344598;;cds;;147;147;;;60;;hp;* ;344746..344820;;acc;;397;397;;;;;;* ;345218..346030;;cds;;;;;;271;;DUF2189 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;351922..353328;;cds;;167;167;;;469;;deoxyribodipyrimidine photo-lyase;* comp;353496..353572;;cgt;;159;159;;;;;;* comp;353732..355285;;cds;;;;;;*518;;HAMP domain-containing histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;725472..726479;;cds;;219;219;;;336;;glycosyltransferase family 4 protein;* ;726699..726773;;caa;;61;61;;;;;;* comp;726835..727413;;cds;;;;;;193;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;934613..934987;;cds;;333;333;;;125;;transposase;* comp;935321..935397;;agg;;114;114;;;;;;* comp;935512..936675;;cds;;;;;;388;;amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1049919..1051202;;cds;;24;24;;;428;;cystathionine gamma-synthase family protein;* comp;1051227..1051311;;ttg;@2;593;*593;;;;;;* comp;1051905..1053539;;cds;;;;;;*545;;phosphoethanolamine transferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1081066..1083021;;cds;;998;*998;;;*652;;M23 family metallopeptidase;* ;1084020..1085508;;16s;;268;;;;1489;;;* ;1085777..1085853;;atc;;11;;;11;;;;* ;1085865..1085940;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;1085980..1086168;;cds;@3;38;38;;;63;;P-hp;* ;1086207..1089125;;23s;;186;;;;2919;;;* ;1089312..1089426;;5s;;54;;;;115;;;* ;1089481..1089557;;atgf;;363;363;;;;;;* ;1089921..1090091;;cds;;;;;;57;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1096454..1096912;;cds;;7;7;;;153;;hp;* comp;1096920..1097009;;tcg;;352;352;;;;;;* ;1097362..1097751;;cds;;;;;;130;;50S ribosomal protein L21;* ;;;;;;;;;;;;* ;1311344..1311823;;cds;;211;211;;;160;;hp;* ;1312035..1312109;;gag;;88;88;;;;;;* ;1312198..1312467;;cds;;;;;;90;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1344750..1345565;;cds;;677;*677;;;272;;IclR family transcriptional regulator;* ;1346243..1347731;;16s;;268;;;;1489;;;* ;1348000..1348076;;atc;;11;;;11;;;;* ;1348088..1348163;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;1348203..1348391;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;* ;1348430..1351348;;23s;;186;;;;2919;;;* ;1351535..1351649;;5s;;54;;;;115;;;* ;1351704..1351780;;atgf;;360;360;;;;;;* ;1352141..1353082;;cds;;;;;;314;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1354558..1355604;;cds;;85;85;;;349;;polysaccharide deacetylase family protein;* comp;1355690..1355764;;ggc;;136;136;;;;;;* comp;1355901..1357280;;cds;;;;;;460;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1386666..1387982;;cds;;819;*819;;;439;;hp;* comp;1388802..1388891;;tcc;;374;374;;;;;;* ;1389266..1389589;;cds;;;;;;108;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1405236..1405859;;cds;;139;139;;;208;;5,6-dimethylbenzimidazole synthase;* comp;1405999..1406085;;ctg;;146;146;;;;;;* comp;1406232..1406852;;cds;;;;;;207;;2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1604615..1604854;;cds;;26;26;;;80;;hp;* comp;1604881..1604958;;atgj;;10;10;;;;;;* comp;1604969..1605214;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1639492..1640289;;cds;;-44;*-44;;;266;;hp;* comp;1640246..1640322;;atgj;;55;55;;;;;;* ;1640378..1640572;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1778816..1779571;;cds;;385;385;;;252;;SIMPL domain-containing protein;* ;1779957..1780033;;atgi;;265;265;;;;;;* ;1780299..1780844;;cds;;;;;;182;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* ;;;;;;;;;;;;* >;1945985..1946374;;cds;;721;*721;;;130;;P-hp;* comp;1947096..1947171;;aag;;-38;*-38;;;;;;* comp;1947134..1947319;;cds;;;;;;62;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2014813..2015097;;cds;;103;103;;;95;;DUF2218 domain-containing protein;* comp;2015201..2015275;;gaa;+;146;;146;;;;;* comp;2015422..2015496;;gaa;2 gaa;200;200;;;;;;* comp;2015697..2016962;;cds;;;;;;422;;DUF882 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2040234..2040453;;cds;;91;91;;;73;;hp;* ;2040545..2040629;;tac;;24;;24;;;;;* ;2040654..2040727;;gga;;6;6;;;;;;* comp;2040734..2040916;;cds;;-50;*-50;;;61;;hp;* ;2040867..2042042;;cds;;65;65;;;392;;elongation factor Tu;* ;2042108..2042183;;tgg;;420;*420;;;;;;* ;2042604..2042804;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* ;2168416..2168658;;cds;;28;28;;;81;;PepSY domain-containing protein;* comp;2168687..2168760;;ggg;;289;289;;;;;;* ;2169050..2169946;;cds;;;;;;299;;lipid kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2244184..2245050;;cds;;112;112;;;289;;mechanosensitive ion channel;* comp;2245163..2245248;;tta;;200;200;;;;;;* ;2245449..2246705;;cds;;;;;;419;;threonine ammonia-lyase IlvA;* ;;;;;;;;;;;;* ;2267888..2268835;;cds;;305;305;;;316;;patatin family protein;* ;2269141..2269225;;ctc;;66;66;;;;;;* comp;2269292..2270185;;cds;;;;;;298;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2332394..2333530;;cds;;393;393;;;379;;glycosyltransferase family 2 protein;* comp;2333924..2334000;;cgg;;169;169;;;;;;* comp;2334170..2335792;;cds;;;;;;*541;;ABC-F family ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2339396..2340514;;cds;;1650;*1650;;;373;;porin;* comp;2342165..2342239;;gtg;;178;178;;;;;;* comp;2342418..2344424;;cds;;;;;;*669;;murein L,D-transpeptidase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2369668..2370441;;cds;;152;152;;;258;;NAD kinase;* ;2370594..2370669;;aca;;987;*987;;;;;;* comp;2371657..2372076;;cds;;;;;;140;;SUF system Fe-S cluster assembly protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2442729..2443145;;cds;;299;299;;;139;;hp;* comp;2443445..2443519;;atgf;;70;70;;;;;;* <comp;2443590..2443799;;cds;;;;;;70;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2449947..2451311;;cds;;156;156;;;455;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;2451468..2451550;;cta;;236;236;;;;;;* comp;2451787..2452356;;cds;;;;;;190;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2548914..2550098;;cds;;513;*513;;;395;;alpha/beta hydrolase;* comp;2550612..2550688;;gac;+;245;;245;;;;;* comp;2550934..2551010;;gac;2 gac;328;328;;;;;;* ;2551339..2551956;;cds;;;;;;206;;TetR/AcrR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;2604616..2605908;;cds;;824;*824;;;431;;FAD-binding oxidoreductase;* comp;2606733..2606808;;gta;;264;264;;;;;;* comp;2607073..2607996;;cds;;;;;;308;;sugar kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2641040..2641360;;cds;;97;97;;;107;;YnfA family protein;* ;2641458..2641534;;ccc;;94;94;;;;;;* ;2641629..2642357;;cds;;;;;;243;;SDR family oxidoreductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2696299..2697183;;cds;;54;54;;;295;;transcriptional regulator GcvA;* comp;2697238..2697314;;aga;;123;123;;;;;;* comp;2697438..2697743;;cds;;156;156;;;102;;ETC complex I subunit;* comp;2697900..2697976;;cca;;186;186;;;;;;* ;2698163..2698309;;cds;;;;;;49;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2771579..2772697;;cds;;584;*584;;;373;;porin;* ;2773282..2773372;;agc;;203;203;;;;;;* ;2773576..2774643;;cds;;;;;;356;;porin;* chromosom2;;;;;;;;;;;;* ;149537..151504;;cds;;355;355;;;*656;;selenocysteine-specific translation elongation factor;* ;151860..151955;;tga;;14;14;;;;;;* comp;151970..152605;;cds;;;;;;212;;lipase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;298403..299422;;cds;;300;300;;;340;;TerC family protein;* comp;299723..299796;;cag;;361;361;;;;;;* comp;300158..300460;;cds;;;;;;101;;DUF1127 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;455428..456111;;cds;;713;*713;;;228;;FkbM family methyltransferase;* ;456825..458313;;16s;;268;;;;1489;;;* ;458582..458658;;atc;;11;;;11;;;;* ;458670..458745;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;458785..458973;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;* ;459012..461930;;23s;;186;;;;2919;;;* ;462117..462231;;5s;;54;;;;115;;;* ;462286..462362;;atgf;;-44;*-44;;;;;;* comp;462319..463974;;cds;;;;;;*552;;recombinase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;572059..572721;;cds;;545;*545;;;221;;response regulator transcription factor;* comp;573267..573357;;other;@4;620;*620;;;;;;* comp;573978..575285;;cds;;;;;;436;;SidA/IucD/PvdA family monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;611464..611742;;cds;;88;88;;;93;;hp;* comp;611831..611905;;ggc;;387;387;;;;;;* ;612293..612814;;cds;;;;;;174;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;991265..991999;;cds;;217;217;;;245;;alpha/beta hydrolase;* comp;992217..992306;;tca;;323;323;;;;;;* ;992630..992884;;cds;;;;;;85;;DUF2171 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1031528..1032946;;cds;;607;*607;;;473;;PepSY domain-containing protein;* comp;1033554..1033629;;aaa;;327;327;;;;;;* ;1033957..1035651;;cds;;;;;;*565;;membrane protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1067405..1068742;;cds;;131;131;;;446;;DNA polymerase IV;* ;1068874..1068947;;tgc;;739;*739;;;;;;* ;1069687..1069905;;cds;;;;;;73;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1081639..1082031;;cds;;103;103;;;131;;hp;* comp;1082135..1082209;;aac;;168;168;;;;;;* ;1082378..1082653;;cds;;;;;;92;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1333375..1333587;;cds;;209;209;;;71;;hp;* comp;1333797..1333873;;cac;;352;352;;;;;;* ;1334226..1337393;;cds;;;;;;*1056;;PAS domain S-box protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1473437..1474405;;cds;;269;269;;;323;;nitronate monooxygenase;* ;1474675..1474750;;acg;;156;156;;;;;;* >comp;1474907..1475239;;cds;;;;;;111;;DNA adenine methylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1597496..1597666;;cds;;363;363;;;57;;LysR family transcriptional regulator;* comp;1598030..1598106;;atgf;;54;;;;;;;* comp;1598161..1598275;;5s;;186;;;;115;;;* comp;1598462..1601380;;23s;;38;38;;;2919;;;* <;1601419..1601607;;cds;;39;39;;;63;;P-hp;* comp;1601647..1601722;;gca;;11;;;11;;;;* comp;1601734..1601810;;atc;;268;;;;;;;* comp;1602079..1603567;;16s;;743;*743;;;1489;;;* ;1604311..1605192;;cds;;;;;;294;;ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1720169..1720531;;cds;;113;113;;;121;;response regulator;* ;1720645..1720719;;gtc;;465;*465;;;;;;* ;1721185..1721838;;cds;;;;;;218;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;* </pre> ====oan cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_cumuls|oan cumuls]] <pre> oan cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;4;1;;4;1;5;1;;100;25;1;0 ;16atcgca-cds;4;20;;;50;15;40;;200;20;30;0 ;-;;40;1;;100;12;80;;300;21;60;4 ;-;;60;;;150;12;120;;400;15;90;18 ;max a;3;80;;;200;15;160;;500;11;120;8 ;a doubles;0;100;;;250;7;200;;600;5;150;9 ;spéciaux;0;120;;;300;6;240;;700;3;180;3 ;total aas;12;140;;;350;5;280;;800;0;210;6 sans ;opérons;45;160;1;;400;12;320;;900;0;240;4 ;1 aa;42;180;;;450;1;360;;1000;0;270;6 ;max a;2;200;;;500;1;400;;1100;1;300;8 ;a doubles;2;;1;;;16;;;;0;;35 ;total aas;48;;3;4;;107;;0;;101;;101 total aas;;60;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;138;11;;258;;;;256;; ;;;variance;111;0;;268;;;;180;; sans jaune;;;moyenne;;;;174;;;;218;;150 ;;;variance;;;;117;;;;132;;81 </pre> ====oan blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_blocs|oan blocs]] <pre> oan blocs;;;; Constantes;;;; cds;;intercal;cdsa; 16s;;268;1489; atc;;11;; gca;;39;; cds;;38;63;P-hp 23s;;186;2919; 5s;;54;115; atgf;;;; cds;;;; Variations;;;; blocs 16s;;intercal;cdsa; 1084020..1085508;;998;652;M23 family metallopeptidase ;;363;57;LysR family transcriptional regulator ;;;; 1346243..1347731;;677;272;IclR family transcriptional regulator ;;360;314;LysR family transcriptional regulator ;;;; 456825..458313;;713;228;FkbM family methyltransferase ;;-44;552;recombinase family protein ;;;; 1602079..1603567;;743;294;ATPase ;;363;57;LysR family transcriptional regulator </pre> *Détails <pre> cds;743’;713;677;998’ 16s;268;268;268;268 atc;11;11;11;11 gca;39’;39’;39’;39’ cds;38’;38’;38’;38’ 23s;186;186;186;186 5s;54;54;54;54 atgf;363;-44';360;363 cds;;;; </pre> ====oan distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_distribution|oan distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total oan;;41;;;;;41;;oan;6;;;;;;6;;;;;;;;;;;oan;;;;4;;;4 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;; </pre> ====oan1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_données_intercalaires|oan1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;oan1;fx;fc;oan1;fx40;fc40;oan1;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;12;9;0;12;9;-1;0;93;224;109;CDS 16s;; 1;1;10;42;226;1;3;24;-2;1;0;95;147;678;999; ;0;20;29;119;2;4;45;-3;0;0;164;219;23s 5s;; 2;1;30;16;70;3;5;30;-4;22;215;158;24;2* 194;; ;0;40;21;48;4;4;22;-5;0;0;171;7;16s tRNA;; ;0;50;33;45;5;5;21;-6;1;0;397;352;2*273;;atc 1;0;60;43;49;6;5;12;-7;4;3;167;85;tRNA 23s;; 1;2;70;31;61;7;5;10;-8;2;27;159;374;2* 270;;gca ;0;80;28;67;8;3;20;-9;1;0;172;-44;5s tRNA;; 1;1;90;23;42;9;4;14;-10;1;3;333;186;2* 54;;atgf ;3;100;25;51;10;4;28;-11;2;20;114;385;tRNA tRNA;;intra 1;1;110;20;43;11;4;16;-12;2;0;593;721;2* 11;;atc gca ;2;120;12;52;12;2;16;-13;3;3;363;578;tRNA tRNA;; ;1;130;13;45;13;3;15;-14;2;9;211;318;146;;gaa ;3;140;25;36;14;4;19;-15;3;0;88;28;**;;gaa 1;1;150;23;48;15;1;13;-16;0;1;363;289;24;;tac 1;4;160;24;32;16;3;9;-17;2;4;136;197;**;;gga ;3;170;27;33;17;3;9;-18;1;0;819;66;245;;gac ;3;180;14;34;18;3;12;-19;0;1;139;393;**;;gac 2;0;190;24;30;19;4;4;-20;1;6;146;152;;; 1;1;200;12;32;20;2;6;-21;0;1;26;987;;; ;1;210;14;29;21;2;10;-22;0;2;10;328;;; 1;1;220;22;20;22;3;6;-23;0;2;265;824;;; ;1;230;18;19;23;1;11;-24;0;0;103;54;;; ;1;240;15;27;24;2;6;-25;0;0;200;186;;; ;0;250;15;15;25;1;5;-26;1;4;139;584;;; ;0;260;6;12;26;1;4;-27;0;1;65;;;; ;2;270;12;17;27;3;6;-28;0;0;420;;;; ;0;280;8;16;28;0;6;-29;0;2;112;;;; 1;0;290;9;7;29;1;9;-30;0;0;305;;;; ;1;300;12;17;30;2;7;-31;2;0;169;;;; ;1;310;8;12;31;1;3;-32;0;0;1650;;;; 1;0;320;8;5;32;1;4;-33;0;0;178;;;; 1;0;330;13;14;33;1;8;-34;0;0;299;;;; ;1;340;7;14;34;1;9;-35;0;0;70;;;; ;0;350;9;16;35;2;6;-36;1;0;156;;;; 1;0;360;6;5;36;3;2;-37;0;0;236;;;; ;2;370;6;7;37;3;3;-38;0;1;513;;;; 1;0;380;5;8;38;2;9;-39;0;0;264;;;; 1;0;390;7;5;39;4;1;-40;0;0;97;;;; 1;1;400;4;9;40;3;3;-41;0;0;94;;;; 5;5;reste;70;70;reste;651;1044;-42;0;0;123;;;; 26;44;total;771;1516;total;771;1516;-43;0;0;156;;;; 20;39;diagr;689;1437;diagr;108;463;-44;0;0;203;;;; 3;2; t30;87;415;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;759;55;12;826;;;-49;0;0;;;;; ;c;1507;402;9;1918;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;2744;106;;reste;3;4;;;;; ;;;;;;2850;;total;55;402;;;;; </pre> =====oan1 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_autres_intercalaires_aas|oan1 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;oan1;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas fin;;CDS;85;261;; deb;comp;CDS;20987;21391;93; ;;ncRNA;21485;21582;117; fin;;CDS;21700;23517;; deb;;CDS;34057;34446;224; ;;tRNA;34671;34746;95;gcc fin;;CDS;34842;35480;; deb;comp;CDS;36750;37604;244; ;comp;regulatory;37849;38001;259; fin;;CDS;38261;40249;; deb;;CDS;223549;224394;164; ;;tRNA;224559;224635;109;ccg fin;comp;CDS;224745;225806;; deb;comp;CDS;295366;296238;86; ;comp;regulatory;296325;296481;233; fin;;CDS;296715;298838;; deb;comp;CDS;337757;338197;158; ;comp;tRNA;338356;338431;171;ttc fin;comp;CDS;338603;338818;; deb;comp;CDS;344419;344598;147; ;;tRNA;344746;344820;397;acc fin;;CDS;345218;346030;; deb;comp;CDS;351922;353328;167; ;comp;tRNA;353496;353572;159;cgt fin;comp;CDS;353732;355285;; deb;comp;CDS;424109;425302;91; ;comp;regulatory;425394;425473;298; fin;;CDS;425772;426863;; deb;comp;CDS;725472;726479;219; ;;tRNA;726699;726773;172;caa fin;;CDS;726946;729048;; deb;comp;CDS;934613;934987;333; ;comp;tRNA;935321;935397;114;agg fin;comp;CDS;935512;936675;; deb;;CDS;1049919;1051202;24; ;comp;tRNA;1051227;1051311;593;ttg fin;comp;CDS;1051905;1053539;; deb;comp;CDS;1081066;1083021;999; ;;rRNA;1084021;1085503;273;1483 ;;tRNA;1085777;1085853;11;atc ;;tRNA;1085865;1085940;270;gca ;;rRNA;1086211;1089117;194;2907 ;;rRNA;1089312;1089426;54;115 ;;tRNA;1089481;1089557;363;atgj f fin;;CDS;1089921;1090091;; deb;;CDS;1096454;1096912;7; ;comp;tRNA;1096920;1097009;352;tcg fin;;CDS;1097362;1097751;; deb;comp;CDS;1202605;1203609;41; ;comp;regulatory;1203651;1203765;95; fin;;CDS;1203861;1204517;; deb;;CDS;1263516;1263881;88; ;;ncRNA;1263970;1264128;99; fin;;CDS;1264228;1265223;; deb;;CDS;1311344;1311823;211; ;;tRNA;1312035;1312109;88;gag fin;;CDS;1312198;1312467;; deb;;CDS;1344750;1345565;678; ;;rRNA;1346244;1347726;273;1483 ;;tRNA;1348000;1348076;11;atc ;;tRNA;1348088;1348163;270;gca ;;rRNA;1348434;1351340;194;2907 ;;rRNA;1351535;1351649;54;115 ;;tRNA;1351704;1351780;363;atgj f fin;;CDS;1352144;1353082;; deb;;CDS;1354558;1355604;85; ;comp;tRNA;1355690;1355764;136;ggc fin;comp;CDS;1355901;1357280;; deb;comp;CDS;1386666;1387982;819; ;comp;tRNA;1388802;1388891;374;tcc fin;;CDS;1389266;1389589;; deb;comp;CDS;1405236;1405859;139; ;comp;tRNA;1405999;1406085;146;ctg fin;comp;CDS;1406232;1406852;; deb;comp;CDS;1604615;1604854;26; ;comp;tRNA;1604881;1604958;10;atgj j fin;comp;CDS;1604969;1605214;; deb;;CDS;1639492;1640289;-44; ;comp;tRNA;1640246;1640322;186;atgj j fin;;CDS;1640509;1641465;; deb;comp;CDS;1778816;1779571;385; ;;tRNA;1779957;1780033;265;atgi fin;;CDS;1780299;1780844;; deb;;CDS;1818096;1818755;175; ;;ncRNA;1818931;1819358;205; fin;;CDS;1819564;1820313;; deb;;CDS;1881047;1881754;33; ;comp;tmRNA;1881788;1882155;188; fin;;CDS;1882344;1882655;; deb;;CDS;1917737;1918849;108; ;;regulatory;1918958;1919182;154; fin;;CDS;1919337;1921202;; deb;;CDS;1945985;1946374;721; ;comp;tRNA;1947096;1947171;578;aag fin;;CDS;1947750;1948412;; deb;;CDS;1973835;1975286;48; ;;regulatory;1975335;1975573;50; fin;;CDS;1975624;1975812;; deb;comp;CDS;2014813;2015097;103; ;comp;tRNA;2015201;2015275;146;gaa ;comp;tRNA;2015422;2015496;200;gaa fin;comp;CDS;2015697;2016962;; deb;comp;CDS;2039366;2040226;318; ;;tRNA;2040545;2040629;24;tac ;;tRNA;2040654;2040727;139;gga deb;;CDS;2040867;2042042;65; ;;tRNA;2042108;2042183;420;tgg fin;;CDS;2042604;2042804;; deb;;CDS;2168416;2168658;28; ;comp;tRNA;2168687;2168760;289;ggg fin;;CDS;2169050;2169946;; deb;comp;CDS;2244184;2245050;112; ;comp;tRNA;2245163;2245248;197;tta fin;;CDS;2245446;2246705;; deb;;CDS;2267888;2268835;305; ;;tRNA;2269141;2269225;66;ctc fin;comp;CDS;2269292;2270185;; deb;;CDS;2332394;2333530;393; ;comp;tRNA;2333924;2334000;169;cgg fin;comp;CDS;2334170;2335792;; deb;comp;CDS;2339396;2340514;1650; ;comp;tRNA;2342165;2342239;178;gtg fin;comp;CDS;2342418;2344424;; deb;comp;CDS;2369668;2370441;152; ;;tRNA;2370594;2370669;987;aca fin;comp;CDS;2371657;2372076;; deb;comp;CDS;2442729;2443145;299; ;comp;tRNA;2443445;2443519;70;atgj f fin;comp;CDS;2443590;2443781;; deb;comp;CDS;2449947;2451311;156; ;comp;tRNA;2451468;2451550;236;cta fin;comp;CDS;2451787;2452356;; deb;comp;CDS;2548914;2550098;513; ;comp;tRNA;2550612;2550688;245;gac ;comp;tRNA;2550934;2551010;328;gac fin;;CDS;2551339;2551956;; deb;;CDS;2604616;2605908;824; ;comp;tRNA;2606733;2606808;264;gta fin;comp;CDS;2607073;2607996;; deb;;CDS;2641040;2641360;97; ;;tRNA;2641458;2641534;94;ccc fin;;CDS;2641629;2642357;; deb;;CDS;2696299;2697183;54; ;comp;tRNA;2697238;2697314;123;aga deb;comp;CDS;2697438;2697743;156; ;comp;tRNA;2697900;2697976;186;cca fin;;CDS;2698163;2698309;; deb;comp;CDS;2771579;2772697;584; ;;tRNA;2773282;2773372;203;agc fin;;CDS;2773576;2774643;; deb;;CDS;2886536;2887183;84; </pre> ====oan2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_données_intercalaires|oan2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;oan2;fx;fc;oan2;fx40;fc40;oan2;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;2;1;0;2;1;-1;0;48;355;14;CDS 16s ;; ;0;10;29;159;1;2;26;-2;1;0;300;-44;714;744; 1;0;20;25;104;2;3;23;-3;1;0;361;387;23s 5s;; ;0;30;9;49;3;8;18;-4;12;195;545;217;2* 194;; ;0;40;21;49;4;4;17;-5;0;0;620;323;16s tRNA;; ;0;50;15;25;5;2;14;-6;0;0;88;327;2* 273;;atc ;0;60;17;29;6;3;4;-7;0;2;607;103;tRNA 23s;; ;0;70;13;45;7;5;8;-8;1;16;131;168;2* 270;;gca ;0;80;13;35;8;1;15;-9;0;0;739;352;5s tRNA;; ;1;90;18;32;9;1;12;-10;0;2;209;156;2* 54;;atgf ;0;100;13;31;10;0;22;-11;0;8;269;;tRNA tRNA;;intra 1;0;110;25;29;11;4;26;-12;1;0;363;;2* 11;;atc gca ;1;120;7;32;12;4;19;-13;1;0;113;;;; ;0;130;16;20;13;2;12;-14;0;6;465;;;; ;1;140;12;30;14;2;10;-15;0;0;;;;; ;0;150;10;17;15;2;6;-16;2;0;;;;; 1;0;160;15;20;16;0;6;-17;0;1;;;;; 1;0;170;13;14;17;4;3;-18;1;0;;;;; ;0;180;13;12;18;3;4;-19;1;0;;;;; ;0;190;11;18;19;2;8;-20;0;3;;;;; ;0;200;10;10;20;2;10;-21;1;0;;;;; ;1;210;9;7;21;1;6;-22;0;0;;;;; 1;0;220;10;10;22;2;5;-23;0;1;;;;; ;0;230;5;16;23;0;7;-24;0;0;;;;; ;0;240;6;10;24;2;7;-25;0;1;;;;; ;0;250;7;12;25;1;1;-26;0;0;;;;; ;0;260;6;7;26;0;9;-27;1;0;;;;; ;1;270;5;8;27;0;4;-28;0;1;;;;; ;0;280;6;2;28;3;1;-29;0;1;;;;; ;0;290;2;7;29;0;3;-30;0;0;;;;; ;1;300;6;3;30;0;6;-31;0;0;;;;; ;0;310;8;7;31;0;4;-32;0;2;;;;; ;0;320;3;7;32;1;4;-33;0;0;;;;; 2;0;330;7;4;33;3;7;-34;0;0;;;;; ;0;340;4;5;34;0;3;-35;0;1;;;;; ;0;350;8;1;35;1;5;-36;0;0;;;;; 1;1;360;3;4;36;2;9;-37;0;0;;;;; ;2;370;7;3;37;4;6;-38;0;0;;;;; ;0;380;6;2;38;3;3;-39;0;0;;;;; 1;0;390;3;5;39;4;6;-40;0;0;;;;; ;0;400;2;1;40;3;2;-41;2;0;;;;; ;5;reste;40;32;reste;374;552;-42;0;0;;;;; 10;14;total;460;914;total;460;914;-43;0;0;;;;; 9;9;diagr;418;881;diagr;84;361;-44;0;0;;;;; 1;0; t30;63;312;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;458;28;2;488;;;-49;0;0;;;;; ;c;913;292;1;1206;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1694;46;;reste;2;2;;;;; ;;;;;;1740;;total;28;292;;;;; </pre> =====oan2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_autres_intercalaires_aas|oan2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;oan2;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;149537;151504;355;*; ;;tRNA;151860;151955;14;*;tga fin;comp;CDS;151970;152605;;; deb;;CDS;249965;250795;64;*; ;;regulatory;250860;251074;365;*; fin;;CDS;251440;251661;;; deb;comp;CDS;298403;299422;300;*; ;comp;tRNA;299723;299796;361;*;cag fin;comp;CDS;300158;300460;;; deb;;CDS;455428;456111;714;*; ;;rRNA;456826;458308;273;*;1483 ;;tRNA;458582;458658;11;*;atc ;;tRNA;458670;458745;270;*;gca ;;rRNA;459016;461922;194;*;2907 ;;rRNA;462117;462231;54;*;115 ;;tRNA;462286;462362;-44;*;atgf fin;comp;CDS;462319;463974;;; deb;comp;CDS;572059;572721;545;*; ;comp;tRNA;573267;573357;620;*;other fin;comp;CDS;573978;575285;;; deb;comp;CDS;611464;611742;88;*; ;comp;tRNA;611831;611905;387;*;ggc fin;;CDS;612293;612814;;; deb;;CDS;850872;851594;138;*; ;;regulatory;851733;851842;43;*; fin;;CDS;851886;852806;;; deb;;CDS;991265;991999;217;*; ;comp;tRNA;992217;992306;323;*;tca fin;;CDS;992630;992884;;; deb;comp;CDS;1031528;1032946;607;*; ;comp;tRNA;1033554;1033629;327;*;aaa fin;;CDS;1033957;1035651;;; deb;;CDS;1067405;1068742;131;*; ;;tRNA;1068874;1068947;739;*;tgc fin;;CDS;1069687;1069905;;; deb;;CDS;1081639;1082031;103;*; ;comp;tRNA;1082135;1082209;168;*;aac fin;;CDS;1082378;1082653;;; deb;comp;CDS;1215924;1217189;597;*; ;;regulatory;1217787;1217947;76;*; fin;;CDS;1218024;1218500;;; deb;comp;CDS;1273601;1274704;142;*; ;comp;regulatory;1274847;1274930;495;*; fin;;CDS;1275426;1275572;;; deb;comp;CDS;1327333;1328361;180;*; ;comp;regulatory;1328542;1328776;221;*; fin;;CDS;1328998;1329948;;; deb;comp;CDS;1333375;1333587;209;*; ;comp;tRNA;1333797;1333873;352;*;cac fin;;CDS;1334226;1337393;;; deb;;CDS;1473437;1474405;269;*; ;;tRNA;1474675;1474750;156;*;acg fin;comp;CDS;1474907;1475239;;; deb;comp;CDS;1597496;1597666;363;*; ;comp;tRNA;1598030;1598106;54;*;atgf ;comp;rRNA;1598161;1598275;194;*;115 ;comp;rRNA;1598470;1601376;270;*;2907 ;comp;tRNA;1601647;1601722;11;*;gca ;comp;tRNA;1601734;1601810;273;*;atc ;comp;rRNA;1602084;1603566;744;*;1483 fin;;CDS;1604311;1605192;;; deb;;CDS;1720169;1720531;113;*; ;;tRNA;1720645;1720719;465;*;gtc fin;;CDS;1721185;1721838;;; </pre> ===abq=== ====abq opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_opérons|abq opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;abq;;genome;;;;;;;;; 68.45%GC;29.12.19 Paris;16s 9 ;88 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; ;125527..126444;;cds;;127;127;;;306;;restriction endonuclease;* comp;126572..126647;;gcg;;206;206;;;;;;* ;126854..127138;;cds;;;;;;95;;YggT family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;163237..164982;;cds;;175;175;;;582;;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;* ;165158..165234;;agg;;59;59;;;;;;* ;165294..166022;;cds;;;;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;188235..189860;;cds;;42;42;;;542;;glycosyltransferase;* comp;189903..189977;;acg;;81;81;;;;;;* comp;190059..191987;;cds;;;;;;643;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;250833..251111;;cds;;169;169;;;93;;hp;* comp;251281..251356;;gcc;;141;141;;;;;;* comp;251498..251893;;cds;;;;;;132;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;458142..458459;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;* ;458669..458758;;tcg;;63;63;;;;;;* comp;458822..459664;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;496776..497171;;cds;;162;162;;;132;;cupin domain-containing protein;* comp;497334..497420;;ttg;;137;137;;;;;;* ;497558..498085;;cds;;;;;;176;;disulfide bond formation protein B;* ;;;;;;;;;;;;* comp;615937..616350;;cds;;121;121;;;138;;hp;* comp;616472..616548;;ccg;+;206;;206;;;;;* comp;616755..616831;;ccg;2 ccg;109;109;;;;;;* comp;616941..617957;;cds;;;;;;339;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;748703..749161;;cds;;38;38;;;153;;hp;* comp;749200..749275;;aca;;91;91;;;;;;* comp;749367..750221;;cds;;144;144;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;750366..750451;;tac;;60;;60;;;;;* ;750512..750585;;gga;;81;81;;;;;;* ;750667..751857;;cds;;153;153;;;397;;elongation factor Tu;* ;752011..752086;;tgg;;69;69;;;;;;* ;752156..752353;;cds;;;;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* comp;794457..795983;;cds;;296;296;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;* ;796280..796355;;aag;+;76;;76;;;;;* ;796432..796507;;aag;2 aag;109;109;;;;;;* comp;796617..797057;;cds;;;;;;147;;MaoC family dehydratase;* ;;;;;;;;;;;;* ;870412..872373;;cds;;159;159;;;654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;872533..872608;;atgi;;5;5;;;;;;* comp;872614..873093;;cds;;134;134;;;160;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;873228..873304;;cgt;;212;212;;;;;;* ;873517..874023;;cds;;;;;;169;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;931962..933011;;cds;;68;68;;;350;;low specificity L-threonine aldolase;* ;933080..933155;;gag;+;38;;38;;;;;* ;933194..933269;;gag;2 gag;72;72;;;;;;* comp;933342..934340;;cds;;;;;;333;;transglycosylase SLT domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;997881..998357;;cds;;246;246;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* comp;998604..998678;;acc;;175;175;;;;;;* comp;998854..1000815;;cds;;;;;;654;;polysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1164137..1165048;;cds;;159;159;;;304;;DUF3108 domain-containing protein;* ;1165208..1165282;;gtg;+;132;;132;;;;;* ;1165415..1165489;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;* ;1165721..1165885;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1242416..1242919;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;* ;1243005..1243081;;ccc;;139;139;;;;;;* comp;1243221..1244999;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1353398..1353895;;cds;;118;118;;;166;;hp;* ;1354014..1354091;;cca;;49;49;;;;;;* ;1354141..1354437;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;* ;1354448..1354524;;aga;;443;*443;;;;;;* ;1354968..1355213;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1370270..1370500;;cds;;196;196;;;77;;hp;* comp;1370697..1370772;;aac;@2;220;;220;;;;;* comp;1370993..1371066;;tgc;;218;218;;;;;;* ;1371285..1371941;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1427443..1427733;;cds;;236;236;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;1427970..1428085;;5s;;129;;;;116;;;* comp;1428215..1430967;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;1431234..1431309;;gca;;30;;;30;;;;* comp;1431340..1431416;;atc;;108;;;;;;;* comp;1431525..1433015;;16s;;779;*779;;;1491;;;* ;1433795..1437778;;cds;;;;;;1328;;non-ribosomal peptide synthetase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1576457..1577296;;cds;;243;243;;;280;;aldo/keto reductase;* comp;1577540..1577615;;gaa;;123;123;;;;;;* comp;1577739..1579538;;cds;;;;;;600;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1723089..1723457;;cds;;344;344;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* comp;1723802..1723878;;gac;;164;;164;;;;;* comp;1724043..1724117;;gta;;106;106;;;;;;* comp;1724224..1724496;;cds;;;;;;91;;HU family DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1730385..1731719;;cds;;91;91;;;445;;trigger factor;* comp;1731811..1731895;;cta;;173;173;;;;;;* comp;1732069..1733634;;cds;;;;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1733741..1735207;;cds;;129;129;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;* comp;1735337..1735412;;cac;+;109;;109;;;;;* comp;1735522..1735597;;cac;2 cac;337;337;;;;;;* ;1735935..1736273;;cds;;;;;;113;;P-II family nitrogen regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1951126..1951752;;cds;;149;149;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;* ;1951902..1951987;;tac;;74;74;;;;;;* comp;1952062..1952424;;cds;;;;;;121;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1996903..1997244;;cds;;595;*595;;;114;;hp;* comp;1997840..1997914;;atgj;;131;131;;;;;;* comp;1998046..1999179;;cds;;;;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;;* ;2086487..2088658;;cds;;156;156;;;724;;malate synthase G;* comp;2088815..2088889;;gtc;;234;234;;;;;;* ;2089124..2090002;;cds;;;;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2303404..2303880;;cds;;414;*414;;;159;;bacterioferritin;* comp;2304295..2304377;;tta;;406;*406;;;;;;* comp;2304784..2305029;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2482875..2484518;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;* comp;2484884..2484974;;tcc;;120;120;;;;;;* comp;2485095..2485898;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2640759..2641325;;cds;;149;149;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;2641475..2641549;;ggc;;688;*688;;;;;;* ;2642238..2642915;;cds;;;;;;226;;dimethylmenaquinone methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2764482..2765567;;cds;;659;*659;;;362;;hp;* comp;2766227..2766300;;ggg;;35;35;;;;;;* comp;2766336..2766995;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2781933..2783774;;cds;;187;187;;;614;;EAL and GGDEF domain-containing protein;* comp;2783962..2784077;;5s;;129;;;;116;;;* comp;2784207..2786959;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;2787215..2787290;;gca;;30;;;30;;;;* comp;2787321..2787397;;atc;;108;;;;;;;* comp;2787506..2789006;;16s;;496;*496;;;1501;;;* comp;2789503..2790207;;cds;;;;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2843264..2843443;;cds;;77;77;;;60;;hp;* comp;2843521..2843597;;cgt;;170;170;;;;;;* ;2843768..2844268;;cds;;;;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;* plasmide2;;;;;;;;;;;;* comp;51090..51836;;cds;;481;*481;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* comp;52318..52393;;tgg;;363;*363;;;;;;* ;52757..53587;;cds;;;;;;277;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;809229..810019;;cds;;870;*870;;;264;;IS5 family transposase;* comp;810890..810966;;atgf;;96;;;;;;;* comp;811063..811178;;5s;;127;;;;116;;;* comp;811306..814058;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;814325..814400;;gca;;30;;;30;;;;* comp;814431..814507;;atc;;108;;;;;;;* comp;814616..816106;;16s;;452;*452;;;1491;;;* comp;816559..817443;;cds;;;;;;295;;helix-turn-helix domain-containing protein;* plasmide4;;;;;;;;;;;;* ;196992..199346;;cds;;148;148;;;785;;mechanosensitive ion channel;* ;199495..199581;;ctg;;30;;30;;;;;* ;199612..199687;;gcc;;188;188;;;;;;* ;199876..201333;;cds;;;;;;486;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;237538..238578;;cds;;92;92;;;347;;response regulator;* comp;238671..238747;;cgg;;96;96;;;;;;* comp;238844..239821;;cds;;;;;;326;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;257739..258470;;cds;;125;125;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;258596..258682;;ctc;;123;123;;;;;;* comp;258806..259108;;cds;;;;;;101;;STAS domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;399367..400527;;cds;;278;278;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;* comp;400806..400921;;5s;;129;;;;116;;;* comp;401051..403803;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;404059..404134;;gca;;30;;;30;;;;* comp;404165..404241;;atc;;108;;;;;;;* comp;404350..405850;;16s;;502;*502;;;1501;;;* comp;406353..406547;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;504531..504893;;cds;;82;82;;;121;;response regulator;* ;504976..505051;;aac;;3;;3;;;;;* ;505055..505131;;gac;;4;;4;;;;;* ;505136..505210;;ggc;;102;102;;;;;;* comp;505313..506080;;cds;;83;83;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;506164..506790;;cds;;202;202;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;* comp;506993..507108;;5s;;127;;;;116;;;* comp;507236..509988;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;510255..510330;;gca;;30;;;30;;;;* comp;510361..510437;;atc;;110;;;;;;;* comp;510548..512038;;16s;;615;*615;;;1491;;;* ;512654..513568;;cds;;;;;;305;;lytic transglycosylase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;588108..590768;;cds;;340;340;;;887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;* ;591109..591184;;ttc;;286;286;;;;;;* ;591471..592979;;cds;;;;;;503;;FAD-binding oxidoreductase;* plasmide5;;;;;;;;;;;;* ;86421..87089;;cds;;455;*455;;;223;;RraA family protein;* ;87545..87619;;ggc;;193;193;;;;;;* ;87813..88865;;cds;;;;;;351;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);* plasmide1;;;;@3;;;;;;;;* >comp;115594..115896;;cds;;394;*394;;;101;;P-IS5/IS1182 family transposase;* comp;116291..116367;;atgf;;96;;;;;;;* comp;116464..116579;;5s;;129;;;;116;;;* comp;116709..119461;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;119717..119792;;gca;;30;;;30;;;;* comp;119823..119899;;atc;;108;;;;;;;* comp;120008..121498;;16s;;740;*740;;;1491;;;* ;122239..123597;;cds;;;;;;453;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;217550..218176;;cds;;123;123;;;209;;ribonuclease D;* comp;218300..218386;;ctg;;228;228;;;;;;* ;218615..219604;;cds;;;;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;300477..301733;;cds;;472;*472;;;419;;exonuclease subunit SbcD;* ;302206..303696;;16s;;108;;;;1491;;;* ;303805..303881;;atc;;30;;;30;;;;* ;303912..303987;;gca;;255;;;;;;;* ;304243..306995;;23s;;129;;;;2753;;;* ;307125..307240;;5s;;96;;;;116;;;* ;307337..307413;;atgf;;161;161;;;;;;* <comp;307575..307805;;cds;;;;;;77;;p-ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;466493..467710;;cds;;231;231;;;406;;site-specific integrase;* comp;467942..468031;;tca;;205;205;;;;;;* comp;468237..468809;;cds;;;;;;191;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;512242..512790;;cds;;136;136;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;* ;512927..513002;;aaa;;209;209;;;;;;* ;513212..514036;;cds;;;;;;275;;DUF3618 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;931813..933912;;cds;;79;79;;;700;;membrane protein;* ;933992..934066;;caa;;382;*382;;;;;;* comp;934449..935270;;cds;;;;;;274;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;948715..949743;;cds;;199;199;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;949943..950016;;cag;;246;246;;;;;;* comp;950263..950829;;cds;;;;;;189;;IS3 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* >;971260..971532;;cds;;493;*493;;;91;;P-hp;* comp;972026..972119;;agc;;197;197;;;;;;* ;972317..972550;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1302373..1303350;;cds;;166;166;;;326;;alpha-1,3-fucosyltransferase;* comp;1303517..1303592;;ttc;;98;98;;;;;;* comp;1303691..1303876;;cds;;;;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;;;;;;;;;;;;* ;1349823..1350929;;cds;;145;145;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;1351075..1353828;;23s;;262;;;;2754;;;* comp;1354091..1355591;;16s;@1;676;*676;;;1501;;;* ;1356268..1356726;;cds;;;;;;153;;MarR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1441708..1443066;;cds;;153;153;;;453;;hp;* ;1443220..1443294;;acc;;1;;1;;;;;* ;1443296..1443371;;gcg;;99;;99;;;;;* ;1443471..1443547;;gac;;44;;44;;;;;* ;1443592..1443666;;gtc;;1;;1;;;;;* ;1443668..1443741;;cag;;137;137;;;;;;* comp;1443879..1446428;;cds;;;;;;850;;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1566394..1566612;;cds;;193;193;;;73;;hp;* comp;1566806..1566921;;5s;;128;;;;116;;;* comp;1567050..1569802;;23s;;254;;;;2753;;;* comp;1570057..1570132;;gca;;30;;;30;;;;* comp;1570163..1570239;;atc;;94;;;;;;;* comp;1570334..1571834;;16s;;444;*444;;;1501;;;* comp;1572279..1572707;;cds;;;;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1723583..1724962;;cds;;94;94;;;460;;hp;* comp;1725057..1725143;;ctc;;475;*475;;;;;;* ;1725619..1726311;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1757680..1760568;;cds;;308;308;;;963;;PAS domain-containing protein;* ;1760877..1760963;;ctg;;29;;29;;;;;* ;1760993..1761068;;gcc;;247;247;;;;;;* comp;1761316..1761840;;cds;;;;;;175;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1854042..1855049;;cds;;135;135;;;336;;inorganic phosphate transporter;* comp;1855185..1855259;;ggc;;243;243;;;;;;* ;1855503..1858685;;cds;;;;;;1061;;AAA family ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;1883235..1883816;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;* ;1884027..1884102;;aac;;4;;4;;;;;* ;1884107..1884183;;gac;;32;32;;;;;;* comp;1884216..1884821;;cds;;;;;;202;;hp;* </pre> ====abq cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_cumuls|abq cumuls]] <pre> abq cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300; avec rRNA;opérons;9;1;2;;1;0;1;;100;17;1;0 ;16atcgca235;5;20;3;;50;7;40;;200;29;30;0 ;Id-atgf;3;40;3;8;100;19;80;;300;24;60;2 ;16s23s;1;60;2;;150;26;120;;400;18;90;9 ;max a;3;80;1;;200;20;160;;500;8;120;11 ;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;8;150;8 ;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;5;180;11 ;total aas;19;140;1;;350;4;280;;800;2;210;9 sans ;opérons;51;160;0;;400;4;320;;900;2;240;6 ;1 aa;38;180;1;;450;4;360;;1000;1;270;6 ;max a;5;200;0;;500;7;400;;1100;1;300;8 ;a doubles;5;;2;;;9;;;;1;;46 ;total aas;68;;17;8;;121;;0;;116;;116 total aas;;87;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;72;30;;227;;;;308;; ;;;variance;72;0;;175;;;;230;; sans jaune;;;moyenne;;;;153;;;;249;;166 ;;;variance;;;;74;;;;142;;71 </pre> ====abq blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_blocs|abq blocs]] <pre> abq blocs;;;;;;;;;;;;;;; bloc;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa; cds;779;1328;non ribosom;496;235;PAP2 fam;502;65;hp;615;305;lytic dom;444;143;DUF1489 $16s;108;§1491;;108;§1501;;108;§1501;;110;1491;;94;§1501; atc;30;;;30;;;30;;;30;;;30;; gca;266;;;255;;;255;;;266;;;254;; $23s;129;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;127;2753;;128;§2753; $5s;236;§116;;187;§116;;278;§116;;202;116;;193;§116; cds;;97;YkgJ fam;;614;EAL & GGDEF;;387;PQQ;;209;pyridoxamine;;73;hp ;;;;;;;;;;;;;;; cds;452;295;Hx-t-Hx;740;453;peptido fam;472;419;exo SbcD;;;;;; $16s;108;§1491;;108;§1491;;108;§1491;;;;;;; atc;30;;;30;;;30;;;;;;;; gca;266;;;255;;;255;;;;cds;676;153;MarR fam; $23s;127;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;;$16s;262;§1501;; $5s;96;§116;;96;§116;;96;§116;;;$23s;145;§2754;; atgf;870;;;394;;;161;;;;cds;;369;GNAT fam; cds;;264;IS5 fam;;101;p-IS5/IS1182;;77;p-ATP-bind;;;;;; </pre> ====abq distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_distribution|abq distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;aag2;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;cac2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;ccg2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;gag2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;gtg2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;ggc;gtc;1;gcc;2;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;3 1aa;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;1 >1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total abq;;38;;;;;38;;abq;20;;;;;;20;;abq;10;;;;;;10;;abq;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====abq données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_données_intercalaires|abq données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abq;fx;fc;abq;fx40;fc40;abq;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;4;0;2;4;-1;0;61;59;127;16s tRNA;; 1;1;10;65;170;1;4;13;-2;1;0;42;206;2* 114;;atc ;0;20;54;138;2;4;15;-3;0;0;81;175;tRNA 23s;; ;0;30;57;90;3;10;20;-4;6;199;169;209;267;;gca ;2;40;17;65;4;11;26;-5;0;0;141;63;256;;gca ;2;50;24;74;5;6;24;-6;1;0;162;137;tRNA tRNA;;intra ;1;60;21;59;6;7;12;-7;1;1;121;144;2* 30;;atc gca 1;2;70;24;47;7;8;15;-8;1;20;109;296;tRNA tRNA;; 3;0;80;31;67;8;4;16;-9;0;0;38;109;206;;ccg ;3;90;24;68;9;6;8;-10;1;1;91;5;**;;ccg ;2;100;29;70;10;5;21;-11;1;6;81;212;60;;tac 1;2;110;29;61;11;3;17;-12;0;0;153;72;**;;gga 1;1;120;23;59;12;6;14;-13;0;4;69;246;76;;aag 1;3;130;26;56;13;6;22;-14;1;3;159;165;**;;aag 2;2;140;21;50;14;2;21;-15;0;0;134;139;38;;gag 2;2;150;27;44;15;8;14;-16;0;1;68;118;**;;gag 1;2;160;25;47;16;11;14;-17;3;2;175;218;132;;gtg 2;2;170;33;37;17;1;8;-18;0;1;231;337;**;;gtg 1;2;180;15;41;18;3;7;-19;0;1;85;74;220;;aac 1;0;190;22;24;19;8;13;-20;0;7;49;595;**;;tgc ;1;200;24;36;20;6;8;-21;0;0;10;156;164;;gac 2;0;210;27;24;21;10;8;-22;0;0;443;234;**;;gta 2;0;220;13;24;22;9;8;-23;3;3;196;187;109;;cac ;0;230;18;16;23;5;3;-24;1;0;243;365;**;;cac 1;1;240;17;19;24;4;9;-25;0;1;123;149;;; 1;1;250;14;17;25;7;11;-26;1;2;344;77;;; ;0;260;16;15;26;6;13;-27;0;0;106;170;;; ;0;270;19;17;27;5;11;-28;0;0;91;;;; ;0;280;15;7;28;3;8;-29;3;2;173;;;; ;0;290;9;2;29;0;8;-30;0;0;129;;;; 1;0;300;6;8;30;8;11;-31;0;4;149;;;; ;0;310;7;9;31;0;11;-32;1;0;131;;;; ;0;320;9;7;32;3;5;-33;0;0;414;;;; ;0;330;8;5;33;2;8;-34;0;0;120;;;; 1;0;340;9;3;34;5;6;-35;0;0;688;;;; ;1;350;3;3;35;3;7;-36;0;0;659;;;; ;0;360;5;3;36;1;9;-37;0;0;35;;;; 1;0;370;8;9;37;1;5;-38;3;0;CDS 16s;;;; ;0;380;6;2;38;0;3;-39;0;0;496;779;;; ;0;390;2;7;39;1;4;-40;0;0;23s 5s;;;; ;0;400;4;4;40;1;7;-41;2;1;2* 134;;;; 1;4;reste;82;57;reste;695;1098;-42;0;0;5s CDS;;;; 27;37;total;890;1565;total;890;1565;-43;0;1;236;187;;; 26;33;diagr;806;1504;diagr;193;463;-44;0;0;;;;; 1;1; t30;176;398;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;888;37;2;927;;;-49;1;0;;;;; ;c;1561;330;4;1895;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;2822;104;;reste;5;7;;;;; ;;;;;;2926;;total;37;330;;;;; </pre> =====abq autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_autres_intercalaires_aas|abq autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abq;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;125527;126444;127;*; ;comp;tRNA;126572;126647;206;*;gcg fin;;CDS;126854;127138;;; deb;comp;CDS;163237;164982;175;*; ;;tRNA;165158;165234;59;*;agg fin;;CDS;165294;166022;;; deb;comp;CDS;188235;189860;42;*; ;comp;tRNA;189903;189977;81;*;acg fin;comp;CDS;190059;191987;;; deb;comp;CDS;250833;251111;169;*; ;comp;tRNA;251281;251356;141;*;gcc fin;comp;CDS;251498;251893;;0; deb;;CDS;409912;410451;134;*; ;;ncRNA;410586;410683;99;*; fin;;CDS;410783;412645;;; deb;comp;CDS;458142;458459;209;*; ;;tRNA;458669;458758;63;*;tcg fin;comp;CDS;458822;459664;;; deb;comp;CDS;496776;497171;162;*; ;comp;tRNA;497334;497420;137;*;ttg fin;;CDS;497558;498085;;; deb;comp;CDS;599094;599591;554;*; ;comp;ncRNA;600146;600563;62;*; fin;comp;CDS;600626;601336;;; deb;comp;CDS;615937;616350;121;*; ;comp;tRNA;616472;616548;206;*;ccg ;comp;tRNA;616755;616831;109;*;ccg fin;comp;CDS;616941;617957;;0; deb;comp;CDS;748703;749161;38;*; ;comp;tRNA;749200;749275;91;*;aca deb;comp;CDS;749367;750221;144;*; ;;tRNA;750366;750451;60;*;tac ;;tRNA;750512;750585;81;*;gga deb;;CDS;750667;751857;153;*; ;;tRNA;752011;752086;69;*;tgg fin;;CDS;752156;752353;;; deb;comp;CDS;794457;795983;296;*; ;;tRNA;796280;796355;76;*;aag ;;tRNA;796432;796507;109;*;aag fin;comp;CDS;796617;797057;;; deb;;CDS;870412;872373;159;*; ;;tRNA;872533;872608;5;*;atgi deb;comp;CDS;872614;873093;134;*; ;comp;tRNA;873228;873304;212;*;cgt fin;;CDS;873517;874023;;; deb;;CDS;931977;933011;68;*; ;;tRNA;933080;933155;38;*;gag ;;tRNA;933194;933269;72;*;gag fin;comp;CDS;933342;934340;;0; deb;;CDS;965995;966240;85;*; ;;regulatory;966326;966425;175;*; fin;;CDS;966601;967713;;; deb;;CDS;987790;988104;13;*; ;;ncRNA;988118;988277;39;*; fin;;CDS;988317;988940;;; deb;;CDS;997881;998357;246;*; ;comp;tRNA;998604;998678;175;*;acc fin;comp;CDS;998854;1000815;;; deb;comp;CDS;1164137;1165042;165;*; ;;tRNA;1165208;1165282;132;*;gtg ;;tRNA;1165415;1165489;231;*;gtg fin;;CDS;1165721;1165885;;; deb;;CDS;1242416;1242919;85;*; ;;tRNA;1243005;1243081;139;*;ccc fin;comp;CDS;1243221;1244972;;0; deb;comp;CDS;1353398;1353895;118;*; ;;tRNA;1354014;1354091;49;*;cca deb;;CDS;1354141;1354437;10;*; ;;tRNA;1354448;1354524;443;*;aga fin;;CDS;1354968;1355213;;0; deb;comp;CDS;1370270;1370500;196;*; ;comp;tRNA;1370697;1370772;220;*;aac ;comp;tRNA;1370993;1371066;218;*;tgc fin;;CDS;1371285;1371941;;; deb;comp;CDS;1427443;1427733;236;*; ;comp;rRNA;1427970;1428085;134;*;116 ;comp;rRNA;1428220;1430966;267;*;2747 ;comp;tRNA;1431234;1431309;30;*;gca ;comp;tRNA;1431340;1431416;114;*;atc ;comp;rRNA;1431531;1433015;779;*;1485 fin;;CDS;1433795;1437778;;; deb;comp;CDS;1553335;1555176;116;*; ;comp;regulatory;1555293;1555405;204;*; fin;;CDS;1555610;1555798;;0; deb;comp;CDS;1576457;1577296;243;*; ;comp;tRNA;1577540;1577615;123;*;gaa fin;comp;CDS;1577739;1579538;;; deb;comp;CDS;1723089;1723457;344;*; ;comp;tRNA;1723802;1723878;164;*;gac ;comp;tRNA;1724043;1724117;106;*;gta fin;comp;CDS;1724224;1724496;;; deb;comp;CDS;1730385;1731719;91;*; ;comp;tRNA;1731811;1731895;173;*;cta fin;comp;CDS;1732069;1733634;;; deb;comp;CDS;1733741;1735207;129;*; ;comp;tRNA;1735337;1735412;109;*;cac ;comp;tRNA;1735522;1735597;337;*;cac fin;;CDS;1735935;1736273;;; deb;comp;CDS;1819331;1820473;69;*; ;comp;regulatory;1820543;1820640;161;*; fin;;CDS;1820802;1821179;;0; deb;comp;CDS;1862505;1863443;95;*; ;;tmRNA;1863539;1863915;31;*; fin;;CDS;1863947;1864516;;; deb;;CDS;1951126;1951752;149;*; ;;tRNA;1951902;1951987;74;*;tac fin;comp;CDS;1952062;1952424;;; deb;;CDS;1996903;1997244;595;*; ;comp;tRNA;1997840;1997914;131;*;atgj fin;comp;CDS;1998046;1999179;;; deb;;CDS;2086487;2088658;156;*; ;comp;tRNA;2088815;2088889;234;*;gtc fin;;CDS;2089124;2090002;;; deb;comp;CDS;2281336;2282022;151;*; ;comp;regulatory;2282174;2282326;63;*; fin;comp;CDS;2282390;2284078;;0; deb;comp;CDS;2303404;2303880;414;*; ;comp;tRNA;2304295;2304377;187;*;tta fin;;CDS;2304565;2304732;;0; deb;;CDS;2482875;2484518;365;*; ;comp;tRNA;2484884;2484974;120;*;tcc fin;comp;CDS;2485095;2485898;;0; deb;;CDS;2526814;2528505;73;*; ;;regulatory;2528579;2528683;49;*; fin;;CDS;2528733;2529680;;1; deb;comp;CDS;2640759;2641325;149;*; ;;tRNA;2641475;2641549;688;*;ggc fin;;CDS;2642238;2642915;;; deb;comp;CDS;2764482;2765567;659;*; ;comp;tRNA;2766227;2766300;35;*;ggg fin;comp;CDS;2766336;2766995;;0; deb;;CDS;2781933;2783774;187;*; ;comp;rRNA;2783962;2784077;134;*;116 ;comp;rRNA;2784212;2786958;256;*;2747 ;comp;tRNA;2787215;2787290;30;*;gca ;comp;tRNA;2787321;2787397;114;*;atc ;comp;rRNA;2787512;2789006;496;*;1495 fin;comp;CDS;2789503;2790207;;; deb;;CDS;2843264;2843443;77;*; ;comp;tRNA;2843521;2843597;170;*;cgt fin;;CDS;2843768;2844268;;0; deb;comp;CDS;2886497;2887705;76;*; ;comp;regulatory;2887782;2887861;126;*; fin;;CDS;2887988;2888500;;; </pre> ====abqp données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_données_intercalaires|abqp données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abqp;fx;fc;abqp;fx40;fc40;abqp;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;30;394;228;16s tRNA;;atc ;0;10;35;82;1;7;10;-2;1;0;123;161;2* 114;; 1;0;20;32;85;2;0;10;-3;0;0;231;382;100;; ;0;30;28;64;3;2;10;-4;1;143;205;199;tRNA 23s;;gca 1;0;40;5;60;4;3;10;-5;0;0;136;246;2* 256;; ;0;50;16;34;5;2;7;-6;0;0;209;19;255;; ;0;60;13;39;6;3;8;-7;0;4;79;197;5s tRNA;; ;0;70;14;41;7;4;8;-8;1;11;166;177;2* 96;;atgf ;1;80;16;38;8;1;7;-9;0;0;98;137;tRNA tRNA;;intra ;0;90;9;28;9;2;6;-10;1;1;308;94;3* 30;;atc gca 1;1;100;15;40;10;11;6;-11;2;12;;418;tRNA tRNA;; ;0;110;15;33;11;2;14;-12;1;0;;247;29;;ctg ;0;120;14;24;12;4;6;-13;0;2;;135;**;;gcc ;1;130;15;23;13;9;15;-14;0;3;;351;4;;aac 2;1;140;17;32;14;0;12;-15;0;1;;213;**;;gac ;0;150;21;29;15;2;5;-16;1;2;;32;1;;acc ;0;160;13;30;16;3;10;-17;1;3;CDS 16s;;99;;gcg 1;1;170;20;25;17;2;6;-18;0;0;444;734;44;;gac 1;0;180;11;15;18;3;9;-19;0;1;;472;1;;gtc ;0;190;14;17;19;4;6;-20;0;1;;643;**;;cag 2;0;200;8;17;20;3;2;-21;0;0;5s CDS;;;; ;2;210;9;16;21;5;8;-22;0;1;-;193;;; 1;0;220;12;19;22;5;5;-23;1;3;23s CDS;;;; 1;0;230;6;10;23;4;5;-24;0;0;-;151;;; ;1;240;8;11;24;1;6;-25;0;1;23s 5s;;;; 2;0;250;14;6;25;3;6;-26;1;4;2* 134;;;; ;0;260;8;7;26;0;8;-27;0;0;133;;;; ;0;270;8;3;27;4;7;-28;1;1;;;;; ;0;280;8;6;28;3;7;-29;0;3;;;;; ;0;290;7;5;29;2;7;-30;0;0;;;;; ;0;300;6;6;30;1;5;-31;1;0;;;;; ;1;310;4;4;31;2;9;-32;1;0;;;;; ;0;320;5;3;32;0;7;-33;1;0;;;;; ;0;330;4;6;33;2;5;-34;0;0;;;;; ;0;340;5;6;34;0;4;-35;0;0;;;;; ;0;350;6;0;35;0;11;-36;0;0;;;;; 1;0;360;4;2;36;0;5;-37;1;0;;;;; ;0;370;1;3;37;0;1;-38;0;0;;;;; ;0;380;1;1;38;0;8;-39;0;0;;;;; 1;0;390;1;3;39;0;5;-40;0;0;;;;; ;1;400;5;0;40;1;5;-41;1;0;;;;; 1;0;reste;43;46;reste;396;628;-42;0;0;;;;; 16;10;total;497;921;total;497;921;-43;1;0;;;;; 15;10;diagr;453;873;diagr;100;291;-44;1;0;;;;; 1;0; t30;95;231;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;496;26;1;523;;;-49;0;1;;;;; ;c;919;235;2;1156;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1679;65;;reste;6;7;;;;; ;;;;;;1744;;total;26;235;;;;; </pre> =====abqp autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_autres_intercalaires_aas|abqp autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abqp;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;115594;115896;394;*; ;comp;tRNA;116291;116367;96;*;atgf ;comp;rRNA;116464;116579;134;*;116 ;comp;rRNA;116714;119460;256;*;2747 ;comp;tRNA;119717;119792;30;*;gca ;comp;tRNA;119823;119899;114;*;atc ;comp;rRNA;120014;121498;734;*;1485 fin;;CDS;122233;123597;;0; deb;;CDS;138420;138878;54;*; ;;regulatory;138933;139152;115;*; fin;;CDS;139268;141196;;; deb;comp;CDS;217550;218176;123;*; ;comp;tRNA;218300;218386;228;*;ctg fin;;CDS;218615;219604;;; deb;comp;CDS;241293;242384;76;*; ;comp;regulatory;242461;242590;232;*; fin;comp;CDS;242823;243398;;; deb;comp;CDS;300477;301733;472;*; ;;rRNA;302206;303690;114;*;1485 ;;tRNA;303805;303881;30;*;atc ;;tRNA;303912;303987;256;*;gca ;;rRNA;304244;306990;134;*;2747 ;;rRNA;307125;307240;96;*;116 ;;tRNA;307337;307413;161;*;atgf fin;comp;CDS;307575;307805;;0; deb;;CDS;353736;354107;193;*; ;;regulatory;354301;354527;305;*; fin;;CDS;354833;355231;;; deb;comp;CDS;358353;360380;175;*; ;;regulatory;360556;360807;103;*; fin;;CDS;360911;361297;;0; deb;;CDS;366313;366825;113;*; ;;regulatory;366939;367191;109;*; fin;;CDS;367301;369220;;; deb;comp;CDS;466493;467710;231;*; ;comp;tRNA;467942;468031;205;*;tca fin;comp;CDS;468237;468809;;; deb;;CDS;512242;512790;136;*; ;;tRNA;512927;513002;209;*;aaa fin;;CDS;513212;514036;;; deb;;CDS;931813;933912;79;*; ;;tRNA;933992;934066;382;*;caa fin;comp;CDS;934449;935270;;; deb;comp;CDS;948715;949743;199;*; ;;tRNA;949943;950016;246;*;cag fin;comp;CDS;950263;950616;;; deb;;CDS;970933;972006;19;*; ;comp;tRNA;972026;972119;197;*;agc fin;;CDS;972317;972550;;0; deb;comp;CDS;1161686;1162450;290;*; ;;regulatory;1162741;1162957;38;*; fin;;CDS;1162996;1164069;;; deb;comp;CDS;1302373;1303350;166;*; ;comp;tRNA;1303517;1303592;98;*;ttc fin;comp;CDS;1303691;1303876;;; deb;;CDS;1349865;1350929;151;*; ;comp;rRNA;1351081;1353827;269;*;2747 ;comp;rRNA;1354097;1355591;643;*;1495 fin;;CDS;1356235;1356726;;; deb;comp;CDS;1441708;1443042;177;*; ;;tRNA;1443220;1443294;1;*;acc ;;tRNA;1443296;1443371;99;*;gcg ;;tRNA;1443471;1443547;44;*;gac ;;tRNA;1443592;1443666;1;*;gtc ;;tRNA;1443668;1443741;137;*;cag fin;comp;CDS;1443879;1444727;;; deb;;CDS;1566394;1566612;193;*; ;comp;rRNA;1566806;1566921;133;*;116 ;comp;rRNA;1567055;1569801;255;*;2747 ;comp;tRNA;1570057;1570132;30;*;gca ;comp;tRNA;1570163;1570239;100;*;atc ;comp;rRNA;1570340;1571834;444;*;1495 fin;comp;CDS;1572279;1572707;;; deb;;CDS;1722755;1724962;94;*; ;comp;tRNA;1725057;1725143;418;*;ctc fin;;CDS;1725562;1726311;;; deb;;CDS;1757680;1760568;308;*; ;;tRNA;1760877;1760963;29;*;ctg ;;tRNA;1760993;1761068;247;*;gcc fin;comp;CDS;1761316;1761840;;0; deb;;CDS;1854042;1855049;135;*; ;comp;tRNA;1855185;1855259;351;*;ggc fin;;CDS;1855611;1858685;;0; deb;comp;CDS;1883235;1883813;213;*; ;;tRNA;1884027;1884102;4;*;aac ;;tRNA;1884107;1884183;32;*;gac fin;comp;CDS;1884216;1884821;;; </pre> ===abs=== ====abs opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_opérons|abs opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;abs;;genome;;;;;;;;; 68.45%GC;10.1.20 Paris;16s 5 ;80 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; comp;16414..16980;;cds;;163;163;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;17144..17218;;ggc;;670;*670;;;;;;* ;17889..18566;;cds;;;;;;226;;demethylmenaquinone methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;84790..85017;;cds;;114;114;;;76;;osmotically-inducible lipoprotein B;* comp;85132..85205;;ggg;;35;35;;;;;;* comp;85241..85900;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;93530..94258;;cds;;60;60;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;* comp;94319..94395;;agg;;175;175;;;;;;* ;94571..96262;;cds;;;;;;564;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;131833..132117;;cds;;206;206;;;95;;YggT family protein;* ;132324..132399;;gcg;;140;140;;;;;;* comp;132540..133586;;cds;;;;;;349;;DMT family transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;483582..484082;;cds;;170;170;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;* ;484253..484329;;cgt;;77;77;;;;;;* comp;484407..484586;;cds;;;;;;60;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;536869..537573;;cds;;495;*495;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;* ;538069..539152;;16s’;@1;189;;;;1084;;;* ;539342..540019;;23s°;;127;;;;678;;;* ;540147..540262;;5s;;153;153;;;116;;;* comp;540416..542290;;cds;;;;;;*625;;GGDEF domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;600048..601079;;cds;;79;79;;;344;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;601159..601233;;acg;;81;81;;;;;;* comp;601315..603243;;cds;;;;;;*643;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;656242..656520;;cds;;169;169;;;93;;hp;* comp;656690..656765;;gcc;;141;141;;;;;;* comp;656907..657305;;cds;;;;;;133;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;864141..864458;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;* ;864668..864757;;tcg;;79;79;;;;;;* comp;864837..865679;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;927651..927896;;cds;;392;*392;;;82;;hp;* ;928289..928371;;tta;;175;175;;;;;;* ;928547..929164;;cds;;;;;;206;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1148345..1149223;;cds;;234;234;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;1149458..1149532;;gtc;;106;106;;;;;;* comp;1149639..1151516;;cds;;;;;;*626;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1243974..1245108;;cds;;131;131;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;1245240..1245314;;atgj;;354;*354;;;;;;* comp;1245669..1246637;;cds;;;;;;323;;NAD(+) diphosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1279875..1280237;;cds;;74;74;;;121;;hp;* comp;1280312..1280397;;tac;;148;148;;;;;;* comp;1280546..1281172;;cds;;;;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1500772..1501110;;cds;;338;338;;;113;;P-II family nitrogen regulator;* ;1501449..1501524;;cac;+;109;;109;;;;;* ;1501634..1501709;;cac;2 cac;129;129;;;;;;* ;1501839..1503305;;cds;;106;106;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;* ;1503412..1504977;;cds;;173;173;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;1505151..1505235;;cta;;91;91;;;;;;* ;1505327..1506661;;cds;;;;;;445;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1511745..1512017;;cds;;105;105;;;91;;HU family DNA-binding protein;* ;1512123..1512197;;gta;;163;;163;;;;;* ;1512361..1512437;;gac;;344;344;;;;;;* ;1512782..1513150;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;;* ;1657596..1659397;;cds;;123;123;;;*601;;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;1659521..1659596;;gaa;;234;234;;;;;;* ;1659831..1660671;;cds;;;;;;280;;aldo/keto reductase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1808199..1808735;;cds;;79;79;;;179;;hp;* ;1808815..1808892;;cca;;49;49;;;;;;* ;1808942..1809238;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;* ;1809249..1809325;;aga;;442;*442;;;;;;* ;1809768..1810013;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1825075..1825305;;cds;;210;210;;;77;;hp;* comp;1825516..1825591;;aac;@2;219;;219;;;;;* comp;1825811..1825884;;tgc;;217;217;;;;;;* ;1826102..1826758;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1878424..1878714;;cds;;244;244;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;1878959..1879074;;5s;;123;;;;116;;;* comp;1879198..1881950;;23s;;272;;;;2753;;;* comp;1882223..1882298;;gca;;32;;;32;;;;* comp;1882331..1882407;;atc;;110;;;;;;;* comp;1882518..1883224;;16s°;;100;100;;;707;;;* <comp;1883325..1883763;;cds;;;;;;146;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1896604..1897080;;cds;;192;192;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* comp;1897273..1897347;;acc;;162;162;;;;;;* comp;1897510..1899495;;cds;;;;;;*662;;polysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2032701..2033588;;cds;;165;165;;;296;;DUF3108 domain-containing protein;* ;2033754..2033828;;gtg;+;132;;132;;;;;* ;2033961..2034035;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;* ;2034267..2034431;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2113098..2113601;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;* ;2113687..2113763;;ccc;;140;140;;;;;;* comp;2113904..2115682;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2163405..2167388;;cds;;775;*775;;;*1328;;non-ribosomal peptide synthetase;* ;2168164..2168552;;16s°;;100;;;;389;;;* comp;2168653..2169323;;16s°;;522;*522;;;671;;;* comp;2169846..2170325;;cds;;;;;;160;;DUF2141 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2176963..2177427;;cds;;107;107;;;155;;membrane protein;* comp;2177535..2177610;;gcc;;30;;30;;;;;* comp;2177641..2177727;;ctg;;135;135;;;;;;* comp;2177863..2180208;;cds;;;;;;*782;;mechanosensitive ion channel;* ;;;;;;;;;;;;* ;2233677..2234435;;cds;;92;92;;;253;;hp;* comp;2234528..2234603;;gag;+;38;;38;;;;;* comp;2234642..2234717;;gag;2 gag;68;68;;;;;;* comp;2234786..2235836;;cds;;;;;;350;;p-low specificity L-threonine aldolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2293087..2293593;;cds;;211;211;;;169;;hp;* ;2293805..2293881;;cgt;;137;137;;;;;;* ;2294019..2294495;;cds;;5;5;;;159;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;2294501..2294576;;atgi;;145;145;;;;;;* comp;2294722..2296683;;cds;;;;;;*654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;;* ;2372946..2373401;;cds;;86;86;;;152;;MaoC family dehydratase;* comp;2373488..2373563;;aag;+;74;;74;;;;;* comp;2373638..2373713;;aag;2 aag;309;309;;;;;;* ;2374023..2375549;;cds;;;;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2418203..2418400;;cds;;69;69;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2418470..2418545;;tgg;;152;152;;;;;;* comp;2418698..2419888;;cds;;81;81;;;397;;elongation factor Tu;* comp;2419970..2420043;;gga;;60;;60;;;;;* comp;2420104..2420189;;tac;;144;144;;;;;;* ;2420334..2421188;;cds;;91;91;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;2421280..2421355;;aca;;137;137;;;;;;* ;2421493..2423187;;cds;;;;;;565;;site-specific integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2561207..2562223;;cds;;109;109;;;339;;farnesyltranstransferase;* ;2562333..2562409;;ccg;+;205;;205;;;;;* ;2562615..2562691;;ccg;2 ccg;136;136;;;;;;* ;2562828..2563241;;cds;;;;;;138;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2680406..2680930;;cds;;140;140;;;175;;disulfide bond formation protein B;* ;2681071..2681157;;ttg;;162;162;;;;;;* ;2681320..2681715;;cds;;;;;;132;;cupin domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2856509..2858152;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;* comp;2858518..2858608;;tcc;;118;118;;;;;;* comp;2858727..2859530;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;* plasmide1;;;@3;;;;;;;;;* ;198109..199200;;cds;;84;84;;;364;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;199285..199360;;aaa;;135;135;;;;;;* comp;199496..200044;;cds;;;;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;243776..244348;;cds;;205;205;;;191;;hp;* ;244554..244643;;tca;;143;143;;;;;;* ;244787..245683;;cds;;;;;;299;;diguanylate cyclase;* ;;;;;;;;;;;;* ;338004..339383;;cds;;116;116;;;460;;hp;* comp;339500..339586;;ctc;;257;257;;;;;;* comp;339844..340836;;cds;;;;;;331;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;364473..365501;;cds;;200;200;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;365702..365775;;cag;;746;*746;;;;;;* ;366522..367214;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;474173..477079;;cds;;298;298;;;*969;;PAS domain-containing protein;* ;477378..477464;;ctg;;30;;30;;;;;* ;477495..477570;;gcc;;238;238;;;;;;* ;477809..478123;;cds;;;;;;105;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;599223..600230;;cds;;245;245;;;336;;inorganic phosphate transporter;* comp;600476..600550;;ggc;;351;*351;;;;;;* ;600902..602071;;cds;;;;;;390;;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;629856..631229;;cds;;154;154;;;458;;tetratricopeptide repeat protein;* ;631384..631458;;acc;;1;;1;;;;;* ;631460..631535;;gcg;;99;;99;;;;;* ;631635..631711;;gac;;35;;35;;;;;* ;631747..631821;;gtc;;1;;1;;;;;* ;631823..631896;;cag;;153;153;;;;;;* ;632050..632259;;cds;;;;;;70;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;699265..699846;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;* ;700057..700132;;aac;;4;;4;;;;;* ;700137..700213;;gac;;32;32;;;;;;* comp;700246..700851;;cds;;;;;;202;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;909530..909766;;cds;;153;153;;;79;;hp;* comp;909920..910035;;5s;;127;;;;116;;;* comp;910163..912915;;23s;;271;;;;2753;;;* comp;913187..913262;;gca;;30;;;30;;;;* comp;913293..913369;;atc;;110;;;;;;;* comp;913480..914970;;16s;;486;*486;;;1491;;;* ;915457..916713;;cds;;;;;;419;;exonuclease subunit SbcD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;998160..999149;;cds;;229;229;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;999379..999465;;ctg;;123;123;;;;;;* ;999589..1000215;;cds;;;;;;209;;ribonuclease D;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1098197..1098655;;cds;;675;*675;;;153;;MarR family transcriptional regulator;* ;1099331..1100821;;16s;;107;;;;1491;;;* ;1100929..1101005;;atc;;31;;;31;;;;* ;1101037..1101112;;gca;;271;;;;;;;* ;1101384..1104136;;23s;;147;147;;;2753;;;* comp;1104284..1105390;;cds;;;;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1157171..1157356;;cds;;98;98;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;1157455..1157530;;ttc;;178;178;;;;;;* ;1157709..1158686;;cds;;;;;;326;;alpha-(1,3)-fucosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1394614..1396740;;cds;;453;*453;;;*709;;PAS domain S-box protein;* ;1397194..1397287;;agc;;52;52;;;;;;* comp;1397340..1397858;;cds;;;;;;173;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1399009..1399830;;cds;;301;301;;;274;;hp;* comp;1400132..1400206;;caa;;79;79;;;;;;* comp;1400286..1402379;;cds;;;;;;*698;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1577667..1578095;;cds;;457;*457;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;* ;1578553..1580043;;16s;;110;;;;1491;;;* ;1580154..1580230;;atc;;31;;;31;;;;* ;1580262..1580337;;gca;;269;;;;;;;* ;1580607..1581986;;23s°;;100;;;;1380;;;* ;1582087..1582616;;23s°;;123;;;;530;;;* ;1582740..1582855;;5s;;100;;;;116;;;* ;1582956..1583032;;atgf;;706;*706;;;;;;* ;1583739..1585157;;cds;;;;;;473;;pyruvate kinase;* plasmide2;;;;;;;;;;;;* ;271302..272090;;cds;;529;*529;;;263;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;272620..272695;;tgg;;480;*480;;;;;;* ;273176..273922;;cds;;;;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;449562..450338;;cds;;465;*465;;;259;;IclR family transcriptional regulator;* ;450804..452289;;16s;;584;;;;1486;;;* ;452874..453640;;23s°;;128;;;;767;;;* ;453769..453884;;5s;;101;;;;116;;;* ;453986..454062;;atgf;;359;*359;;;;;;* comp;454422..457751;;cds;;;;;;*1110;;NERD domain-containing protein;* plasmide4;;;;;;;;;;;;* >comp;131140..131621;;cds;;193;193;;;161;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;* ;131815..131891;;atgf;;202;202;;;;;;* comp;132094..132276;;cds;;;;;;61;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;197300..198643;;cds;;738;*738;;;448;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;199382..199953;;16s°;;193;;;;572;;;* ;200147..200223;;atgf;;437;*437;;;;;;* comp;200661..202571;;cds;;;;;;*637;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;246777..248687;;cds;;208;208;;;*637;;RNA-directed DNA polymerase;* comp;248896..248972;;cgg;;96;96;;;;;;* comp;249069..249983;;cds;;;;;;305;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;319641..319943;;cds;;134;134;;;101;;STAS domain-containing protein;* comp;320078..320164;;ctc;;125;125;;;;;;* ;320290..321018;;cds;;;;;;243;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* comp;401067..402227;;cds;;281;281;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;* comp;402509..402624;;5s;;129;;;;116;;;* comp;402754..403402;;23s°;;106;;;;649;;;* comp;403509..403880;;16s°;;502;*502;;;372;;;* comp;404383..404577;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;501394..501756;;cds;;95;95;;;121;;response regulator;* ;501852..501927;;aac;;4;;4;;;;;* ;501932..502008;;gac;;4;;4;;;;;* ;502013..502087;;ggc;;102;102;;;;;;* comp;502190..502957;;cds;;;;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;503041..503667;;cds;;249;249;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;* comp;503917..504474;;16s°;;547;*547;;;558;;;* ;505022..506005;;cds;;;;;;328;;lytic transglycosylase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;601019..603679;;cds;;358;*358;;;*887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;* ;604038..604113;;ttc;;318;318;;;;;;* >;604432..605613;;cds;;;;;;394;;site-specific integrase;* plasmide6;;;;;;;;;;;;* ;88804..89472;;cds;;397;*397;;;223;;RraA family protein;* ;89870..89944;;ggc;;249;249;;;;;;* ;90194..91186;;cds;;;;;;331;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);* </pre> ====abs cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_cumuls|abs cumuls]] <pre> abs cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300; avec rRNA;opérons;10;1;2;;1;0;1;;100;18;1;0 ;16atcgca235;1;20;3;;50;5;40;;200;29;30;0 ;Id-23s°-atgf;1;40;4;4;100;22;80;;300;26;60;3 ;1623s°5atgf;1;60;1;;150;29;120;;400;20;90;10 ;max a;3;80;1;;200;18;160;;500;7;120;9 ;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;6;150;8 ;autres;7;120;1;;300;3;240;;700;9;180;13 ;total aas;10;140;1;;350;5;280;;800;2;210;9 sans ;opérons;51;160;0;;400;7;320;;900;1;240;6 ;1 aa;39;180;1;;450;2;360;;1000;1;270;8 ;max a;5;200;0;;500;6;400;;1100;0;300;7 ;a doubles;5;;2;;;10;;;;2;;48 ;total aas;67;;17;4;;125;;0;;121;;121 total aas;;;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;71;31;;221;;;;308;; ;;;variance;72;1;;168;;;;230;; sans jaune;;;moyenne;;;;151;;;;242;;166 ;;;variance;;;;72;;;;137;;72 </pre> ====abs blocs==== =====abs blocs abrégé===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_abrégé|abs blocs abrégé]] <pre> abs abq;;; abrégé;nom;; 23s RlmB;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;;* 50s L21;50S ribosomal protein L21;;* AAA fam;AAA family ATPase;;* ab hydrolase;alpha/beta hydrolase;;* ab hydrolase f;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;;* AG cyclase;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;;* ak reductase;aldo/keto reductase;;* ATP bind;ATP-binding cassette domain-containing protein;;* bacteriofer;bacterioferritin;;* bif CoA;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;;* bif NAD;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;;* chemotaxis p;methyl-accepting chemotaxis protein;;* cupin dom;cupin domain-containing protein;;* cyclicN bind;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;;* diG cyclase;diguanylate cyclase;;* dip ABC;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;;* disulfide;disulfide bond formation protein B;;* DMT fam;DMT family transporter;;* DUF1489;DUF1489 domain-containing protein;;* DUF2141;DUF2141 domain-containing protein;;* DUF3108;DUF3108 domain-containing protein;;* DUF3618;DUF3618 domain-containing protein;;* EAL & GGDEF;EAL and GGDEF domain-containing protein;;* elonga Tu;elongation factor Tu;;* ETC complex;ETC complex I subunit;;* exo SbcD;exonuclease subunit SbcD;;* FAD bind;FAD-binding oxidoreductase;;* FadR fam;FadR family transcriptional regulator;;* farnesyl;farnesyltranstransferase;;* fucosyl;alpha-1,3-fucosyltransferase;;* GGDEF dom;GGDEF domain-containing protein;;* glycosyl;glycosyltransferase;;* GNAT fam;GNAT family N-acetyltransferase;;* gyrase YacG;DNA gyrase inhibitor YacG;;* Hase HypA;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;;* helicas RecQ;DNA helicase RecQ;;* HU bind;HU family DNA-binding protein;;* Hx-t-Hx;helix-turn-helix transcriptional regulator;;* Hx-t-Hx dom;helix-turn-helix domain-containing protein;;* IclR fam;IclR family transcriptional regulator;;* inorganic P;inorganic phosphate transporter;;* IS3 fam;IS3 family transposase;;* IS5 fam;IS5 family transposase;;* L-iso-Asp;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;;* lipoyl LipB;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;;* low Thr;low specificity L-threonine aldolase;;* lytic dom;lytic transglycosylase domain-containing protein;;* malate G;malate synthase G;;* malonyl CoA;malonyl-CoA decarboxylase;;* MaoC fam;MaoC family dehydratase;;* MarR fam;MarR family transcriptional regulator;;* mecano ion;mechanosensitive ion channel;;* membrane p;membrane protein;;* menaquinone;dimethylmenaquinone methyltransferase;;* MerR fam;MerR family transcriptional regulator;;* methyl trans;methyltransferase domain-containing protein;;* N-acetyl trans;N-acetyltransferase;;* N-formyl Glu;N-formylglutamate amidohydrolase;;* NAD diP;NAD(+) diphosphatase;;* NADH-quinone;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;;* NDUFA9;complex I NDUFA9 subunit family protein;;* NERD dom;NERD domain-containing protein;;* nitrogen NifQ;nitrogen fixation protein NifQ;;* non ribosom;non-ribosomal peptide synthetase;;* osmose LipB;osmotically-inducible lipoprotein B;;* p-ATP-bind;p-ATP-binding protein;;* p-erythrose;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;;* P-II nitrogen;P-II family nitrogen regulator;;* p-IS5/IS1182;P-IS5/IS1182 family transposase;;* p-low Thr;p-low specificity L-threonine aldolase;;* p-ssDNA exo;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;* pantetheine;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;;* PAP2 fam;phosphatase PAP2 family protein;;* PAS dom;PAS domain-containing protein;;* PAS kinase;PAS domain-containing sensor histidine kinase;;* PAS S-box;PAS domain S-box protein;;* peptido fam;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;* peptido Pal;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;;* polymerase;RNA-directed DNA polymerase;;* polysacchard;polysaccharide biosynthesis protein;;* Ppx/GppA;Ppx/GppA family phosphatase;;* PQQ;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;;* Prolyl-tRNA;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;;* pyridoxamine;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;;* pyruvate kin;pyruvate kinase;;* recombinase;recombinase family protein;;* response reg;response regulator;;* restriction end;restriction endonuclease;;* ribonucleaseD;ribonuclease D;;* RraA fam;RraA family protein;;* SDR fam;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;;* sigma RpoD;RNA polymerase sigma factor RpoD;;* sigma-70 fam;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;;* SLT dom;transglycosylase SLT domain-containing protein;;* ss integrase;site-specific integrase;;* Ss-DNA;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;* STAS dom;STAS domain-containing protein;;* subunit SecE;preprotein translocase subunit SecE;;* tetratricopep;tetratricopeptide repeat protein;;* TIGR02300;TIGR02300 family protein;;* trigger factor;trigger factor;;* tRNA MnmA;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;;* Tyr rec/int;tyrosine-type recombinase/integrase;;* UDP-N-acetyl;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);;* xanthine;xanthine phosphoribosyltransferase;;* YggT fam;YggT family protein;;* YkgJ fam;YkgJ family cysteine cluster protein;;* </pre> =====abs blocs tableau===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_tableau|abs blocs tableau]] <pre> abs blocs;;;;;;;;;;; gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé cds;486;419;SbcD;cds;100;146;P-eryt;cds;675;153;MarR 16s;110;1491;;16s°;110;707;;16s;107;1491; atc;30;;;atc;32;;;atc;31;; gca;271;;;gca;272;;;gca;271;; 23s;127;2753;;23s;123;2753;;23s;147;2753; 5s;153;116;;5s;244;116;;cds;;369;GNAT cds;;79;hp;cds;;97;YkgJ;;;; ;;;;;;;;;;; cds;457;143;DUF1489;;;;;;;; 16s;110;1491;;;;;;;;; atc;31;;;;;;;;;; gca;269;;;;;10 cds < 259 sur 20;;;;; 23s°;100;1380;;;;Dont 2 hp + 1 p;;;;; 23s°;123;530;;;;;;;;; 5s;100;116;;;;;;;;; atgf;706;;;;;;;;;; cds;;473;pyruvat;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; cds;465;259;IclR;cds;502;65;hp;cds;495;235;PAP2 16s;584;1486;;16s°;106;372;;16s’;189;1084; 23s°;128;767;;23s°;129;649;;23s°;127;678; 5s;101;116;;5s;281;116;;5s;153;116; atgf;359;;;cds;;387;PQQ;cds;;625;GGDEF cds;;1110;NERD;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; 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(d'où?) 3 fois <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;gtRNAdb;;;;; ;abs;genome;;;;;;;;;abq;genome;;;; 68.45%GC;10.1.20 Paris;80 aas;intercalaires;cdsa;protéines;;;;;68.45%GC;29.12.19 Paris;88 aas;intercalaires;cdsa;protéines; Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;chromosome;;;;;; ;2856509..2858152;cds;365;548;recombinase;* CHA1;;* comp;;;2482875..2484518;cds;365;548;recombinase;* CHA1 comp;2858518..2858608;tcc;118;;;*;;* hp caracter;;comp;2484884..2484974;tcc;120;;;* comp;2858727..2859530;cds;;268;ab hydrolase;* ;;* modif;;comp;2485095..2485898;cds;;268;ab hydrolase;* ;;;;;;;;* déplacé;;;;;;;;* comp;16414..16980;cds;163;189;Prolyl-tRNA;* ;;* d’où?;;comp;2640759..2641325;cds;149;189;Prolyl-tRNA;* ;17144..17218;ggc;670;;;*;;* recomb;;;2641475..2641549;ggc;688;;;* ;17889..18566;cds;;226;menaquinone;*;;* insertion;;;2642238..2642915;cds;;226;menaquinone;* ;;;;;;*;;* bloc?;;;;;;;;* ;84790..85017;cds;114;76;@osmose LipB;* comp;;* réunion;;comp;2764482..2765567;cds;659;362;@hp;* comp;85132..85205;ggg;35;;;*;;* recombi;;comp;2766227..2766300;ggg;35;;;* comp;85241..85900;cds;;220;N-acetyl trans;*;;;;comp;2766336..2766995;cds;;220;N-acetyl trans;* ;;;;;;;;;;;;;;;; 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ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;cac2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;ccg2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;gag2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;gtg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;;gtc;1;gcc;2;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;ggc;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;3 1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;1 >1aa;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total abs;;39;;;;;;;abs;20;;;;;;20;;abs;10;;;;;;10;;abs;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====abs données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_données_intercalaires|abs données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abs;fx;fc;abs;fx40;fc40;abs;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;55;670;163;tRNA 23s;; 1;1;10;65;167;1;4;12;-2;1;0;35;114;272;;gca ;0;20;41;134;2;1;18;-3;0;0;60;175;tRNA tRNA;;contig ;0;30;61;89;3;13;20;-4;3;194;81;206;32;;atc gca ;1;40;24;76;4;13;21;-5;0;0;169;140;tRNA tRNA;; ;1;50;27;62;5;2;24;-6;1;0;141;170;109;;cac ;1;60;25;63;6;14;9;-7;1;4;175;77;**;;cac ;2;70;16;52;7;9;14;-8;0;23;131;79;163;;gta 5;0;80;34;64;8;1;17;-9;0;0;148;209;**;;gac 1;3;90;28;70;9;6;11;-10;1;2;129;79;219;;aac 1;2;100;32;71;10;2;21;-11;0;7;173;187;**;;tgc 2;2;110;29;52;11;3;20;-12;0;0;91;234;132;;gtg 1;1;120;22;59;12;5;13;-13;0;3;105;106;**;;gtg ;2;130;24;59;13;4;23;-14;0;4;344;354;30;;gcc 3;5;140;25;54;14;4;15;-15;1;0;123;74;**;;ctg 1;3;150;21;52;15;4;17;-16;0;1;234;338;38;;gag ;1;160;29;37;16;4;9;-17;4;2;49;79;**;;gag 3;3;170;30;36;17;1;6;-18;0;1;10;217;74;;aag 1;2;180;24;43;18;5;6;-19;1;1;442;192;**;;aag 1;0;190;19;35;19;9;13;-20;1;4;210;165;60;;gga 1;0;200;17;34;20;2;12;-21;0;1;162;140;**;;tac 2;1;210;13;17;21;12;5;-22;0;0;231;107;205;;ccg 2;0;220;23;23;22;12;7;-23;2;3;85;92;**;;ccg ;0;230;13;22;23;3;7;-24;1;0;135;211;;; 1;2;240;13;15;24;9;11;-25;1;2;68;5;;; ;0;250;17;15;25;6;11;-26;0;2;134;86;;; ;0;260;9;15;26;0;9;-27;0;0;145;309;;; ;0;270;18;18;27;5;10;-28;0;0;69;144;;; ;0;280;10;11;28;6;12;-29;5;1;152;140;;; ;0;290;9;10;29;2;9;-30;0;0;81;365;;; ;0;300;10;7;30;6;8;-31;1;2;91;;;; 1;0;310;6;10;31;1;11;-32;1;0;137;;;; ;0;320;7;9;32;1;7;-33;0;0;109;;;; ;0;330;10;3;33;4;10;-34;0;0;136;;;; 1;0;340;11;2;34;4;5;-35;1;1;162;;;; ;1;350;4;2;35;4;6;-36;0;0;118;;;; 1;0;360;5;5;36;1;5;-37;0;0;23s 5s;;;; 1;0;370;8;7;37;6;8;-38;1;0;128;;;; ;0;380;2;3;38;1;8;-39;0;0;5s CDS;;;; ;0;390;4;2;39;2;10;-40;0;0;244;153;;; ;0;400;6;4;40;0;6;-41;0;0;;;;; ;2;reste;90;55;reste;690;1098;-42;0;0;;;;; 30;36;total;883;1570;total;883;1570;-43;0;0;;;;; 30;34;diagr;791;1509;diagr;191;466;-44;0;0;;;;; 1;1; t30;167;390;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;881;34;2;917;;;-49;1;0;;;;; ;c;1564;324;6;1894;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;2811;110;;reste;3;11;;;;; ;;;;;;2921;;total;34;324;;;;; </pre> =====abs autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_autres_intercalaires_aas|abs autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abs;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;16414;16980;163;*; ;;tRNA;17144;17218;670;*;ggc fin;;CDS;17889;18566;;; deb;;CDS;84790;85017;114;*; ;comp;tRNA;85132;85205;35;*;ggg fin;comp;CDS;85241;85900;;0; deb;comp;CDS;93530;94258;60;*; ;comp;tRNA;94319;94395;175;*;agg fin;;CDS;94571;96262;;0; deb;comp;CDS;131833;132117;206;*; ;;tRNA;132324;132399;140;*;gcg fin;comp;CDS;132540;133586;;; deb;comp;CDS;440193;440705;127;*; ;;regulatory;440833;440912;76;*; fin;;CDS;440989;442197;;; deb;comp;CDS;483582;484082;170;*; ;;tRNA;484253;484329;77;*;cgt fin;comp;CDS;484407;484586;;0; deb;;CDS;536869;537573;506;*; ;;misc_f;538080;538894;491;*; ;;misc_f;539386;539554;19;*; ;;misc_f;539574;539733;19;*; ;;misc_f;539753;540001;145;*; ;;rRNA;540147;540262;153;*;116 fin;comp;CDS;540416;542290;;0; deb;;CDS;600048;601079;79;*; ;comp;tRNA;601159;601233;81;*;acg fin;comp;CDS;601315;603243;;; deb;comp;CDS;656242;656520;169;*; ;comp;tRNA;656690;656765;141;*;gcc fin;comp;CDS;656907;657305;;0; deb;;CDS;815905;816444;135;*; ;;ncRNA;816580;816677;99;*; fin;;CDS;816777;818633;;; deb;comp;CDS;864141;864458;209;*; ;;tRNA;864668;864757;79;*;tcg fin;comp;CDS;864837;865679;;; deb;comp;CDS;927934;928101;187;*; ;;tRNA;928289;928371;175;*;tta fin;;CDS;928547;929164;;; deb;;CDS;946069;947757;64;*; ;;regulatory;947822;947974;151;*; fin;;CDS;948126;948812;;; deb;comp;CDS;1148345;1149223;234;*; ;;tRNA;1149458;1149532;106;*;gtc fin;comp;CDS;1149639;1151516;;; deb;;CDS;1244040;1245108;131;*; ;;tRNA;1245240;1245314;354;*;atgj fin;comp;CDS;1245669;1246637;;; deb;;CDS;1279875;1280237;74;*; ;comp;tRNA;1280312;1280397;148;*;tac fin;comp;CDS;1280546;1281172;;; deb;comp;CDS;1369782;1370351;31;*; ;comp;tmRNA;1370383;1370759;95;*; fin;;CDS;1370855;1371793;;; deb;comp;CDS;1414313;1414690;160;*; ;;regulatory;1414851;1414948;69;*; fin;;CDS;1415018;1416172;;; deb;comp;CDS;1500772;1501110;338;*; ;;tRNA;1501449;1501524;109;*;cac ;;tRNA;1501634;1501709;129;*;cac fin;;CDS;1501839;1503305;;; deb;;CDS;1503412;1504977;173;*; ;;tRNA;1505151;1505235;91;*;cta fin;;CDS;1505327;1506661;;; deb;;CDS;1511745;1512017;105;*; ;;tRNA;1512123;1512197;163;*;gta ;;tRNA;1512361;1512437;344;*;gac fin;;CDS;1512782;1513150;;; deb;;CDS;1657596;1659397;123;*; ;;tRNA;1659521;1659596;234;*;gaa fin;;CDS;1659831;1660671;;; deb;comp;CDS;1671855;1672043;204;*; ;;regulatory;1672248;1672360;116;*; fin;;CDS;1672477;1674318;;0; deb;comp;CDS;1808199;1808735;79;*; ;;tRNA;1808815;1808892;49;*;cca deb;;CDS;1808942;1809238;10;*; ;;tRNA;1809249;1809325;442;*;aga fin;;CDS;1809768;1810013;;0; deb;comp;CDS;1825075;1825305;210;*; ;comp;tRNA;1825516;1825591;219;*;aac ;comp;tRNA;1825811;1825884;217;*;tgc fin;;CDS;1826102;1826758;;; deb;comp;CDS;1878424;1878714;244;*; ;comp;rRNA;1878959;1879074;128;*;116 ;comp;rRNA;1879203;1881950;272;*;2748 ;comp;tRNA;1882223;1882298;32;*;gca ;comp;tRNA;1882331;1882407;129;*;atc ;comp;misc_f;1882537;1883185;139;*; fin;comp;CDS;1883325;1883763;;; deb;;CDS;1886482;1886796;13;*; ;;ncRNA;1886810;1886969;39;*; fin;;CDS;1887009;1887617;;; deb;;CDS;1896604;1897080;192;*; ;comp;tRNA;1897273;1897347;162;*;acc fin;comp;CDS;1897510;1899495;;; deb;comp;CDS;2032701;2033588;165;*; ;;tRNA;2033754;2033828;132;*;gtg ;;tRNA;2033961;2034035;231;*;gtg fin;;CDS;2034267;2034431;;; deb;;CDS;2113098;2113601;85;*; ;;tRNA;2113687;2113763;140;*;ccc fin;comp;CDS;2113904;2115682;;0; deb;comp;CDS;2163405;2167388;813;*; ;;misc_f;2168202;2168532;294;*; ;comp;misc_f;2168827;2169315;530;*; fin;comp;CDS;2169846;2170325;;; deb;;CDS;2176963;2177427;107;*; ;comp;tRNA;2177535;2177610;30;*;gcc ;comp;tRNA;2177641;2177727;135;*;ctg fin;comp;CDS;2177863;2180208;;0; deb;comp;CDS;2197944;2199056;175;*; ;comp;regulatory;2199232;2199345;72;*; fin;comp;CDS;2199418;2199663;;0; deb;;CDS;2233677;2234435;92;*; ;comp;tRNA;2234528;2234603;38;*;gag ;comp;tRNA;2234642;2234717;68;*;gag fin;comp;CDS;2234786;2235821;;; deb;comp;CDS;2293087;2293593;211;*; ;;tRNA;2293805;2293881;134;*;cgt deb;;CDS;2294016;2294495;5;*; ;comp;tRNA;2294501;2294576;145;*;atgi fin;comp;CDS;2294722;2296683;;; deb;;CDS;2372946;2373401;86;*; ;comp;tRNA;2373488;2373563;74;*;aag ;comp;tRNA;2373638;2373713;309;*;aag fin;;CDS;2374023;2375549;;1; deb;comp;CDS;2418203;2418400;69;*; ;comp;tRNA;2418470;2418545;152;*;tgg deb;comp;CDS;2418698;2419888;81;*; ;comp;tRNA;2419970;2420043;60;*;gga ;comp;tRNA;2420104;2420189;144;*;tac deb;;CDS;2420334;2421188;91;*; ;;tRNA;2421280;2421355;137;*;aca fin;;CDS;2421493;2423187;;; deb;;CDS;2561207;2562223;109;*; ;;tRNA;2562333;2562409;205;*;ccg ;;tRNA;2562615;2562691;136;*;ccg fin;;CDS;2562828;2563241;;0; deb;;CDS;2577826;2578533;62;*; ;;ncRNA;2578596;2578998;554;*; fin;;CDS;2579553;2580050;;; deb;comp;CDS;2680406;2680930;140;*; ;;tRNA;2681071;2681157;162;*;ttg fin;;CDS;2681320;2681715;;; deb;;CDS;2856509;2858152;365;*; ;comp;tRNA;2858518;2858608;118;*;tcc fin;comp;CDS;2858727;2859530;;0; deb;;CDS;2940550;2940948;67;*; ;;regulatory;2941016;2941120;49;*; fin;;CDS;2941170;2942093;;0; </pre> ====absp données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_données_intercalaires|absp données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;absp;fx;fc;absp;fx40;fc40;absp;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;0;0;0;0;0;-1;0;26;135;84;16s tRNA;; ;0;10;38;87;1;4;8;-2;2;0;205;116;2* 116;;atc ;0;20;28;81;2;1;9;-3;0;0;143;200;113;;atc ;0;30;27;59;3;4;16;-4;2;124;257;245;tRNA 23s;; 1;0;40;12;44;4;7;10;-5;0;0;746;351;272;;gca ;0;50;15;38;5;3;7;-6;0;0;298;178;270;;gca 1;0;60;8;39;6;2;3;-7;0;1;238;213;5s tRNA;; ;0;70;14;33;7;7;7;-8;1;12;153;32;100;;atgf ;1;80;15;31;8;0;11;-9;0;0;123;229;tRNA tRNA;;intra 1;0;90;14;23;9;2;5;-10;1;0;98;52;30;;atc gca ;1;100;9;41;10;8;11;-11;1;6;178;301;2* 31;;atc gca ;0;110;13;29;11;1;7;-12;1;0;453;;tRNA tRNA;; 1;0;120;18;28;12;0;6;-13;0;2;79;;30;;ctg ;1;130;12;24;13;5;14;-14;0;4;706;;**;;gcc ;1;140;15;34;14;1;15;-15;0;0;CDS 16s;;1;;acc ;1;150;18;25;15;3;3;-16;1;1;457;486;99;;gcg ;1;160;8;22;16;4;9;-17;0;2;;642;35;;gac ;0;170;26;30;17;3;6;-18;0;0;23s 5s;;1;;gtc 1;1;180;8;19;18;4;10;-19;0;1;128;;**;;cag ;0;190;10;14;19;3;7;-20;3;1;132;;4;;aac 1;0;200;6;12;20;4;4;-21;0;0;23s CDS;;**;;gac ;1;210;6;10;21;1;6;-22;0;0;-;151;;; 1;0;220;12;17;22;8;3;-23;0;1;5s CDS;;;; 1;0;230;6;9;23;5;5;-24;0;0;-;153;;; ;1;240;12;11;24;1;3;-25;0;1;;;;; 1;0;250;6;13;25;4;9;-26;1;2;;;;; ;1;260;6;8;26;4;9;-27;0;0;;;;; ;0;270;11;9;27;1;8;-28;1;1;;;;; ;0;280;9;5;28;1;8;-29;0;1;;;;; ;0;290;4;3;29;2;4;-30;0;0;;;;; ;1;300;5;5;30;0;4;-31;1;0;;;;; 1;0;310;2;3;31;1;3;-32;0;0;;;;; ;0;320;6;3;32;2;3;-33;0;0;;;;; ;0;330;4;2;33;1;3;-34;0;0;;;;; ;0;340;5;7;34;2;7;-35;0;2;;;;; ;0;350;6;1;35;1;8;-36;0;0;;;;; 1;0;360;2;3;36;1;4;-37;1;0;;;;; ;0;370;1;4;37;1;3;-38;0;2;;;;; ;0;380;0;1;38;0;5;-39;0;0;;;;; ;0;390;1;0;39;2;6;-40;0;0;;;;; ;0;400;2;2;40;1;2;-41;1;1;;;;; ;3;reste;52;44;reste;367;602;-42;0;0;;;;; 11;14;total;472;873;total;472;873;-43;1;0;;;;; 11;11;diagr;420;829;diagr;105;271;-44;1;0;;;;; 0;0; t30;93;227;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;472;25;0;497;;;-49;0;1;;;;; ;c;873;206;0;1079;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1576;54;;reste;5;14;;;;; </pre> =====absp autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_autres_intercalaires_aas|absp autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;absp;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;198109;199200;84;*; ;comp;tRNA;199285;199360;135;*;aaa fin;comp;CDS;199496;200044;;; deb;;CDS;243776;244348;205;*; ;;tRNA;244554;244643;143;*;tca fin;;CDS;244787;245683;;0; deb;;CDS;338004;339383;116;*; ;comp;tRNA;339500;339586;257;*;ctc fin;comp;CDS;339844;340836;;; deb;comp;CDS;364473;365501;200;*; ;;tRNA;365702;365775;746;*;cag fin;;CDS;366522;367214;;; deb;;CDS;474173;477079;298;*; ;;tRNA;477378;477464;30;*;ctg ;;tRNA;477495;477570;238;*;gcc fin;;CDS;477809;478123;;; deb;comp;CDS;496623;497399;289;*; ;;regulatory;497689;497905;38;*; fin;;CDS;497944;499011;;; deb;;CDS;599223;600230;245;*; ;comp;tRNA;600476;600550;351;*;ggc fin;;CDS;600902;602071;;; deb;comp;CDS;629856;631205;178;*; ;;tRNA;631384;631458;1;*;acc ;;tRNA;631460;631535;99;*;gcg ;;tRNA;631635;631711;35;*;gac ;;tRNA;631747;631821;1;*;gtc ;;tRNA;631823;631896;153;*;cag fin;;CDS;632050;632259;;; deb;comp;CDS;699265;699843;213;*; ;;tRNA;700057;700132;4;*;aac ;;tRNA;700137;700213;32;*;gac fin;comp;CDS;700246;700851;;; deb;;CDS;909530;909766;153;*; ;comp;rRNA;909920;910035;132;*;116 ;comp;rRNA;910168;912914;272;*;2747 ;comp;tRNA;913187;913262;30;*;gca ;comp;tRNA;913293;913369;116;*;atc ;comp;rRNA;913486;914970;486;*;1485 fin;;CDS;915457;916713;;; deb;comp;CDS;975367;977091;141;*; ;;regulatory;977233;977362;74;*; fin;;CDS;977437;978516;;; deb;comp;CDS;998160;999149;229;*; ;;tRNA;999379;999465;123;*;ctg fin;;CDS;999589;1000215;;; deb;comp;CDS;1066729;1068657;115;*; ;comp;regulatory;1068773;1068992;54;*; fin;comp;CDS;1069047;1069505;;0; deb;comp;CDS;1098197;1098688;642;*; ;;rRNA;1099331;1100815;113;*;1485 ;;tRNA;1100929;1101005;31;*;atc ;;tRNA;1101037;1101112;272;*;gca ;;rRNA;1101385;1104132;151;*;2748 fin;comp;CDS;1104284;1105390;;; deb;;CDS;1157171;1157356;98;*; ;;tRNA;1157455;1157530;178;*;ttc fin;;CDS;1157709;1158686;;; deb;;CDS;1394614;1396740;453;*; ;;tRNA;1397194;1397287;52;*;agc fin;comp;CDS;1397340;1397858;;; deb;;CDS;1399009;1399830;301;*; ;comp;tRNA;1400132;1400206;79;*;caa fin;comp;CDS;1400286;1402385;;; deb;;CDS;1577667;1578095;457;*; ;;rRNA;1578553;1580037;116;*;1485 ;;tRNA;1580154;1580230;31;*;atc ;;tRNA;1580262;1580337;270;*;gca ;;rRNA;1580608;1582611;128;*;2004 ;;rRNA;1582740;1582855;100;*;116 ;;tRNA;1582956;1583032;706;*;atgf fin;;CDS;1583739;1585157;;0; </pre> ===agr=== ====agr opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_opérons|agr opérons]] <pre> 59.3%GC;29.12.19 Paris;16s 5 ;58 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Agrobacterium sp. H13-3 ;;;;;;;;;;;; chromosoml;;;;;;;;;;;; comp;1064633..1065274;;cds;;296;296;;;214;;hp;* ;1065571..1065655;;ttg;;266;266;;;;;;* ;1065922..1066437;;cds;;;;;;172;;disulfide bond formation protein B;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1178605..1179114;;cds;;256;256;;;170;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;1179371..1179445;;ggc;@1;793;;793;;;;;* comp;1180239..1180315;;atgj;;135;135;;;;;;* comp;1180451..1181647;;cds;;;;;;399;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1320644..1321006;;cds;;318;318;;;121;;hp;* comp;1321325..1321414;;tcg;;197;197;;;;;;* comp;1321612..1322493;;cds;;;;;;294;;dihydrodipicolinate synthase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1361929..1362942;;cds;;554;*554;;;338;;sugar ABC transporter substrate-binding protein;* comp;1363497..1363571;;gtc;;81;81;;;;;;* comp;1363653..1364015;;cds;;;;;;121;;response regulator;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1426814..1427137;;cds;;105;105;;;108;;hp;* ;1427243..1428733;;16s;;337;;;;1491;;;* ;1429071..1429147;;atc;;59;;;59;;;;* ;1429207..1429282;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;1429429..1429626;;cds;@2;241;241;;;66;;P-hp;* ;1429868..1432681;;23s;;242;;;;2814;;;* ;1432924..1433038;;5s;;257;;;;115;;;* ;1433296..1433372;;atgf;;311;311;;;;;;* ;1433684..1434118;;cds;;;;;;145;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;* ;;;;;;;;;;;;* ;1503534..1504520;;cds;;122;122;;;329;;beta-ketoacyl-ACP synthase III;* comp;1504643..1504716;;cag;;123;123;;;;;;* comp;1504840..1505277;;cds;;;;;;146;;Lrp/AsnC family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1605356..1605856;;cds;;71;71;;;167;;hp;* comp;1605928..1606003;;gcc;;152;152;;;;;;* comp;1606156..1606545;;cds;;;;;;130;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1687683..1688015;;cds;;105;105;;;111;;hp;* ;1688121..1689611;;16s;;337;;;;1491;;;* ;1689949..1690025;;atc;;59;;;59;;;;* ;1690085..1690160;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;1690307..1690504;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;1690746..1693559;;23s;;242;;;;2814;;;* ;1693802..1693916;;5s;;257;;;;115;;;* ;1694174..1694250;;atgf;;203;203;;;;;;* comp;1694454..1694645;;cds;;;;;;64;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;2103153..2103404;;cds;;105;105;;;84;;P-hp;* ;2103510..2105000;;16s;;337;;;;1491;;;* ;2105338..2105414;;atc;;59;;;59;;;;* ;2105474..2105549;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;2105696..2105893;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;2106135..2108948;;23s;;242;;;;2814;;;* ;2109191..2109305;;5s;;257;;;;115;;;* ;2109563..2109639;;atgf;;633;*633;;;;;;* ;2110273..2110680;;cds;;;;;;136;;membrane protein;* chromosomc;;;;;;;;;;;;* <comp;56862..57137;;cds;;105;105;;;92;;P-hp;* ;57243..58733;;16s;;337;;;;1491;;;* ;59071..59147;;atc;;59;;;59;;;;* ;59207..59282;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;59429..59626;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;59868..62681;;23s;;242;;;;2814;;;* ;62924..63038;;5s;;257;;;;115;;;* ;63296..63372;;atgf;;196;196;;;;;;* ;63569..65377;;cds;;;;;;*603;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;125821..127722;;cds;;287;287;;;*634;;molecular chaperone DnaK;* comp;128010..128099;;tcc;;220;220;;;;;;* ;128320..128637;;cds;;;;;;106;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;227621..228004;;cds;;240;240;;;128;;membrane protein;* comp;228245..228331;;ctg;;120;120;;;;;;* comp;228452..228757;;cds;;;;;;102;;SelT/SelW/SelH family protein;* ;;;;;;;;;;;;* >;378307..378396;;cds;;40;40;;;30;;P-hp;* ;378437..378513;;cgt;;174;174;;;;;;* ;378688..379500;;cds;;;;;;271;;class I SAM-dependent methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;407277..407435;;cds;;167;167;;;53;;YqaE/Pmp3 family membrane protein;* comp;407603..407678;;acg;;137;137;;;;;;* comp;407816..408778;;cds;;;;;;321;;nitronate monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;425990..427087;;cds;;56;56;;;366;;2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase;* ;427144..427217;;ggg;;154;154;;;;;;* ;427372..428058;;cds;;;;;;229;;aquaporin Z;* ;;;;;;;;;;;;* ;458659..459081;;cds;;285;285;;;141;;hp;* ;459367..459442;;ttc;;246;246;;;;;;* comp;459689..460033;;cds;;;;;;115;;cation:proton antiporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;493759..494025;;cds;;155;155;;;89;;hp;* ;494181..494255;;acc;;195;195;;;;;;* comp;494451..495686;;cds;;;;;;412;;flagellin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;564938..568684;;cds;;361;*361;;;*1249;;PAS domain S-box protein;* ;569046..569122;;cac;;79;79;;;;;;* ;569202..570920;;cds;;;;;;573;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;763448..764356;;cds;;202;202;;;303;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;764559..764633;;caa;;263;263;;;;;;* comp;764897..766549;;cds;;;;;;551;;malate dehydrogenase (quinone);* ;;;;;;;;;;;;* comp;767020..767439;;cds;;264;264;;;140;;hp;* ;767704..767780;;ccg;;159;159;;;;;;* comp;767940..768260;;cds;;;;;;107;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;960360..960701;;cds;;163;163;;;114;;hp;* ;960865..960955;;agc;;500;*500;;;;;;* comp;961456..961671;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1123408..1124136;;cds;;141;141;;;243;;hp;* ;1124278..1124363;;tta;;241;241;;;;;;* ;1124605..1127115;;cds;;;;;;*837;;copper-translocating P-type ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1154411..1154803;;cds;;91;91;;;131;;DUF2934 domain-containing protein;* comp;1154895..1154969;;aac;;176;176;;;;;;* ;1155146..1155424;;cds;;;;;;93;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1162767..1163027;;cds;;138;138;;;87;;hp;* comp;1163166..1163242;;ccc;;218;218;;;;;;* ;1163461..1163997;;cds;;;;;;179;;DUF1269 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1192452..1194650;;cds;;660;*660;;;*733;;esterase-like activity of phytase family protein;* comp;1195311..1195386;;gta;+;446;;446;;;;;* ;1195833..1195909;;gac;2 gac;41;;41;;;;;* ;1195951..1196027;;gac;;435;*435;;;;;;* ;1196463..1196828;;cds;;;;;;122;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;;* ;1421863..1422201;;cds;;134;134;;;113;;hp;* comp;1422336..1422425;;tca;;88;88;;;;;;* comp;1422514..1422678;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1468229..1469110;;cds;;180;180;;;294;;HNH endonuclease;* comp;1469291..1469367;;atgf;;132;132;;;;;;* comp;1469500..1470450;;cds;;;;;;317;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1508458..1508883;;cds;;558;*558;;;142;;PAS domain-containing protein;* comp;1509442..1509526;;ctc;;189;189;;;;;;* ;1509716..1510447;;cds;;;;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;1531160..1531933;;cds;;447;*447;;;258;;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;* ;1532381..1532455;;gaa;;121;121;;;;;;* ;1532577..1532818;;cds;;89;89;;;81;;P-hp;* ;1532908..1532982;;gaa;;129;129;;;;;;* comp;1533112..1534920;;cds;;;;;;*603;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;;;;;;;;;;;;* ;1584509..1584763;;cds;;155;155;;;85;;GlsB/YeaQ/YmgE family stress response membrane protein;* ;1584919..1584994;;aag;;134;134;;;;;;* comp;1585129..1585575;;cds;;;;;;149;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1612420..1613898;;cds;;240;240;;;493;;trigger factor;* comp;1614139..1614221;;cta;;447;*447;;;;;;* <;1614669..1614876;;cds;;;;;;69;;P-hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1672216..1672887;;cds;;245;245;;;224;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* comp;1673133..1673206;;tgc;;240;240;;;;;;* comp;1673447..1673599;;cds;;;;;;51;;DUF3309 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1744688..1745434;;cds;;341;341;;;249;;cytochrome c biogenesis protein CcdA;* ;1745776..1745851;;aaa;;310;310;;;;;;* ;1746162..1746743;;cds;;;;;;194;;DUF1003 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1770727..1772280;;cds;;91;91;;;518;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;1772372..1772448;;cca;;265;265;;;;;;* ;1772714..1773019;;cds;;51;51;;;102;;ETC complex I subunit;* ;1773071..1773147;;aga;;7;7;;;;;;* comp;1773155..1773892;;cds;;;;;;246;;DUF429 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1902337..1902537;;cds;;184;184;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;1902722..1902797;;tgg;;241;241;;;;;;* comp;1903039..1903845;;cds;;;;;;269;;glycosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1908698..1908892;;cds;;70;70;;;65;;hp;* comp;1908963..1909036;;gga;;26;26;26;;;;;* comp;1909063..1909147;;tac;;209;209;;;;;;* ;1909357..1910244;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* ;1922447..1922800;;cds;;55;55;;;118;;hp;* comp;1922856..1922931;;aca;;207;207;;;;;;* ;1923139..1924878;;cds;;;;;;580;;GGDEF domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2079925..2080287;;cds;;156;156;;;121;;hp;* comp;2080444..2080519;;atgi;;178;178;;;;;;* ;2080698..2081441;;cds;;;;;;248;;SIMPL domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2275632..2276138;;cds;;522;*522;;;169;;winged helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;2276661..2276737;;cgg;;287;287;;;;;;* ;2277025..2277264;;cds;;;;;;80;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2388300..2388497;;cds;;87;87;;;66;;hp;* ;2388585..2388659;;ggc;;361;*361;;;;;;* ;2389021..2391024;;cds;;;;;;*668;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2490745..2491854;;cds;;535;*535;;;370;;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;* comp;2492390..2492466;;atgf;;287;;;;115;;;* comp;2492754..2492868;;5s;;242;;;;2814;;;* comp;2493111..2495924;;23s;;241;241;;;;;;* >;2496166..2496363;;cds;;146;146;;;66;;P-hp;* comp;2496510..2496585;;gca;;59;;;59;;;;* comp;2496645..2496721;;atc;;337;;;;;;;* comp;2497059..2498549;;16s;;105;105;;;1491;;;* >;2498655..2498930;;cds;;;;;;92;;P-hp;* </pre> ====agr cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_cumuls|agr cumuls]] <pre> agr cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;5;1;;;1;0;1;;100;24;1;0 ;16atcgca235;0;20;;;50;3;40;;200;30;30;1 ;Id-atgf;5;40;1;;100;12;80;;300;14;60;3 ;16s23s;0;60;1;5;150;22;120;;400;8;90;17 ;max a;3;80;;;200;17;160;;500;2;120;13 ;a doubles;0;100;;;250;18;200;;600;4;150;14 ;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;4;180;5 ;total aas;15;140;;;350;4;280;;800;1;210;1 sans ;opérons;38;160;;;400;2;320;;900;1;240;3 ;1 aa;35;180;;;450;3;360;;1000;0;270;7 ;max a;3;200;;;500;1;400;;1100;0;300;4 ;a doubles;1;;2;;;6;;;;1;;21 ;total aas;42;;4;5;;97;;0;;89;;89 total aas;;57;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;59;;213;;;;230;; ;;;variance;;0;;134;;;;209;; sans jaune;;;moyenne;33;;;172;;;;185;;137 ;;;variance;;;;76;;;;131;;71 </pre> ====agr blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_blocs|agr blocs]] <pre> agr blocs;;;;;;;;; chromoml;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa; cds;105;108;hp;105;111;hp;105;84;P-hp 16s;337;1491;;337;1491;;337;1491; atc;59;;;59;;;59;; gca;146;;;146;;;146;; cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;241;66;P-hp 23s;242;2814;;242;2814;;242;2814; 5s;257;115;;257;115;;257;115; atgf;311;;;203;;;633;; cds;;145;CoA;;64;hp;;136;membrane chromosomc;;;;;;;;; cds;105;92;P-hp;105;92;P-hp;;; 16s;337;1491;;337;1491;;;; atc;59;;;59;;;;; gca;146;;;146;;;;; cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;;; 23s;242;2814;;242;2814;;;; 5s;257;115;;287;115;;;; atgf;196;;;535;;;;; cds;;603;helicase;;370;2Fe-2S;;; ;;;;;;;;; ;;;;;;;;; CoA;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;;;;;;;; helicase;DNA helicase RecQ;;;;;;;; 2Fe-2S;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;;;;;;;; membrane;membrane protein;;;;;;;; </pre> ====agr distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_distribution|agr distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total agr;;35;;;;;35;;agr;5;;;;;;5;;agr;2;;;;;;;;agr;;;;5;;;5 </pre> ====agrc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_données_intercalaires|agrc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;agrc;fx;fc;agrc;fx40;fc40;agrc;x-;c-;cont;x;cont;x;aa ;0;0;9;3;0;9;3;-1;;57;196;220;16s tRNA;; 1;0;10;42;173;1;2;26;-2;5;0;287;240;2* 342;;atc ;0;20;36;142;2;2;20;-3;;0;120;246;tRNA 23s;; ;0;30;28;69;3;11;32;-4;6;226;217;155;2* 585;;gca ;0;40;22;56;4;6;26;-5;;1;174;195;5s tRNA;; 1;0;50;31;39;5;2;11;-6;;0;167;361;257;;atgf 1;2;60;41;42;6;6;14;-7;;2;137;202;287;;atgf 1;0;70;30;63;7;5;8;-8;3;21;56;263;tRNA tRNA;;intra ;0;80;33;53;8;0;6;-9;1;0;154;264;2* 59;;atc gca ;0;90;17;62;9;6;13;-10;;2;285;159;tRNA tRNA;; 1;1;100;21;54;10;2;17;-11;;14;166;163;41;;gac ;0;110;30;55;11;3;25;-12;;0;778;91;**;;gac ;1;120;23;65;12;5;28;-13;;3;141;176;452;;gaa 1;1;130;23;56;13;4;10;-14;1;3;247;218;**;;gaa 2;3;140;21;47;14;3;17;-15;;0;138;41;26;;gga ;1;150;32;41;15;6;13;-16;;0;311;134;**;;tac 3;2;160;16;50;16;4;13;-17;1;5;123;189;;; 1;2;170;19;43;17;1;11;-18;;0;435;129;;; 2;1;180;23;21;18;4;4;-19;3;0;584;134;;; 1;1;190;16;36;19;4;10;-20;1;2;1054;657;;; 1;1;200;17;35;20;2;11;-21;;0;132;341;;; 2;0;210;24;25;21;4;13;-22;1;1;597;265;;; 2;1;220;16;26;22;5;6;-23;1;1;447;7;;; ;0;230;18;15;23;2;8;-24;;0;155;70;;; 1;2;240;19;19;24;3;5;-25;1;0;240;209;;; 1;3;250;13;16;25;2;4;-26;;1;245;55;;; ;0;260;15;11;26;4;9;-27;;0;240;270;;; 4;0;270;12;20;27;4;7;-28;;0;310;156;;; ;0;280;11;11;28;2;4;-29;;1;91;178;;; ;3;290;10;7;29;1;6;-30;1;0;51;522;;; ;0;300;8;16;30;1;7;-31;;0;184;373;;; ;1;310;10;10;31;4;10;-32;1;1;241;;;; ;1;320;10;3;32;2;3;-33;;0;287;;;; ;0;330;5;6;33;2;9;-34;1;0;403;;;; ;0;340;10;6;34;1;8;-35;1;1;535;;;; 1;0;350;6;5;35;2;2;-36;;;CDS 16s;;;; ;0;360;5;5;36;0;9;-37;;;;689;;; 1;0;370;5;5;37;3;5;-38;;;;585;;; 1;0;380;3;7;38;3;1;-39;;;23s 5s;;;; ;0;390;4;9;39;2;3;-40;;;2* 249;;;; ;0;400;5;5;40;3;6;-41;1;1;;;;; 2;8;reste;57;34;reste;659;1023;-42;;;;;;; 31;35;total;796;1466;total;796;1466;-43;;;;;;; 29;27;diagr;730;1429;diagr;128;440;-44;;;;;;; 1;0; t30;106;384;;;;-45;1;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;;;;;; ;x;787;35;9;831;;;-49;1;;;;;; ;c;1463;345;3;1811;;;-50;;;;;;; ;;;;;2642;109;;reste;1;2;;;;; ;;;;;;2751;;total;35;345;;;;; </pre> =====agrc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_autres_intercalaires_aas|agrc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;agr-c;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;54088;56574;669;*; ;;rRNA;57244;58728;342;*;1485 ;;tRNA;59071;59147;59;*;atc ;;tRNA;59207;59282;585;*;gca ;;rRNA;59868;62674;249;*;2807 ;;rRNA;62924;63038;257;*;115 ;;tRNA;63296;63372;196;*;atgf fin;;CDS;63569;65377;;; deb;;CDS;70038;70667;131;*; ;;regulatory;70799;71023;255;*; fin;;CDS;71279;71500;;; deb;comp;CDS;99269;101146;162;*; ;comp;ncRNA;101309;101405;77;*; fin;;CDS;101483;101899;;; deb;comp;CDS;125821;127722;287;*; ;comp;tRNA;128010;128099;220;*;tcc fin;;CDS;128320;128637;;; deb;;CDS;227621;228004;240;*; ;comp;tRNA;228245;228331;120;*;ctg fin;comp;CDS;228452;228757;;; deb;;CDS;376801;378219;217;*; ;;tRNA;378437;378513;174;*;cgt fin;;CDS;378688;379500;;; deb;comp;CDS;407277;407435;167;*; ;comp;tRNA;407603;407678;137;*;acg fin;comp;CDS;407816;408778;;; deb;comp;CDS;424611;425795;42;*; ;comp;regulatory;425838;425916;73;*; deb;;CDS;425990;427087;56;*; ;;tRNA;427144;427217;154;*;ggg fin;;CDS;427372;428058;;; deb;;CDS;458659;459081;285;*; ;;tRNA;459367;459442;246;*;ttc fin;comp;CDS;459689;460033;;; deb;comp;CDS;493759;494025;155;*; ;;tRNA;494181;494255;195;*;acc fin;comp;CDS;494451;495686;;; deb;comp;CDS;564938;568684;361;*; ;;tRNA;569046;569122;166;*;cac fin;;CDS;569289;570920;;; deb;comp;CDS;763448;764356;202;*; ;;tRNA;764559;764633;263;*;caa fin;comp;CDS;764897;766630;;; deb;comp;CDS;767020;767439;264;*; ;;tRNA;767704;767780;159;*;ccg fin;comp;CDS;767940;768260;;; deb;;CDS;829597;830517;91;*; ;;regulatory;830609;830834;165;*; fin;;CDS;831000;831182;;; deb;comp;CDS;960360;960701;163;*; ;;tRNA;960865;960955;778;*;agc fin;;CDS;961734;962801;;; deb;;CDS;1095507;1096961;76;*; ;;misc_f;1097038;1097093;74;*; fin;;CDS;1097168;1098649;;; deb;;CDS;1123408;1124136;141;*; ;;tRNA;1124278;1124363;247;*;tta fin;;CDS;1124611;1127115;;; deb;;CDS;1154411;1154803;91;*; ;comp;tRNA;1154895;1154969;176;*;aac fin;;CDS;1155146;1155424;;; deb;comp;CDS;1162767;1163027;138;*; ;comp;tRNA;1163166;1163242;218;*;ccc fin;;CDS;1163461;1163997;;; deb;comp;CDS;1194859;1194999;311;*; ;comp;tRNA;1195311;1195386;41;*;gta deb;;CDS;1195428;1195709;123;*; ;;tRNA;1195833;1195909;41;*;gac ;;tRNA;1195951;1196027;435;*;gac fin;;CDS;1196463;1196828;;; deb;comp;CDS;1367095;1368234;154;*; ;comp;regulatory;1368389;1368476;124;*; fin;comp;CDS;1368601;1368786;;; deb;;CDS;1421863;1422201;134;*; ;comp;tRNA;1422336;1422425;584;*;tca fin;comp;CDS;1423010;1423237;;; deb;;CDS;1440191;1441231;40;*; ;comp;regulatory;1441272;1441350;365;*; fin;;CDS;1441716;1441916;;; deb;comp;CDS;1467928;1468236;1054;*; ;comp;tRNA;1469291;1469367;132;*;atgf fin;comp;CDS;1469500;1470450;;; deb;comp;CDS;1508458;1508844;597;*; ;comp;tRNA;1509442;1509526;189;*;ctc fin;;CDS;1509716;1510447;;; deb;;CDS;1531160;1531933;447;*; ;;tRNA;1532381;1532455;452;*;gaa ;;tRNA;1532908;1532982;129;*;gaa fin;comp;CDS;1533112;1534914;;; deb;;CDS;1584509;1584763;155;*; ;;tRNA;1584919;1584994;134;*;aag fin;comp;CDS;1585129;1585674;;; deb;comp;CDS;1600224;1600940;97;*; ;comp;regulatory;1601038;1601224;128;*; fin;comp;CDS;1601353;1602183;;; deb;comp;CDS;1612420;1613898;240;*; ;comp;tRNA;1614139;1614221;657;*;cta fin;;CDS;1614879;1615025;;; deb;comp;CDS;1672216;1672887;245;*; ;comp;tRNA;1673133;1673206;240;*;tgc fin;comp;CDS;1673447;1673599;;; deb;comp;CDS;1744688;1745434;341;*; ;;tRNA;1745776;1745851;310;*;aaa fin;;CDS;1746162;1746743;;; deb;comp;CDS;1770727;1772280;91;*; ;comp;tRNA;1772372;1772448;265;*;cca deb;;CDS;1772714;1773019;51;*; ;;tRNA;1773071;1773147;7;*;aga fin;comp;CDS;1773155;1773892;;; deb;comp;CDS;1902337;1902537;184;*; ;comp;tRNA;1902722;1902797;241;*;tgg fin;comp;CDS;1903039;1903845;;; deb;;CDS;1908698;1908892;70;*; ;comp;tRNA;1908963;1909036;26;*;gga ;comp;tRNA;1909063;1909147;209;*;tac fin;;CDS;1909357;1910244;;; deb;;CDS;1922447;1922800;55;*; ;comp;tRNA;1922856;1922931;270;*;aca fin;;CDS;1923202;1924878;;; deb;comp;CDS;1963129;1963437;141;*; ;;tmRNA;1963579;1963951;229;*; fin;;CDS;1964181;1964693;;; deb;comp;CDS;2025879;2026319;399;*; ;comp;ncRNA;2026719;2027124;56;*; fin;comp;CDS;2027181;2028371;;; deb;;CDS;2079925;2080287;156;*; ;comp;tRNA;2080444;2080519;178;*;atgi fin;;CDS;2080698;2081441;;; deb;comp;CDS;2275632;2276138;522;*; ;;tRNA;2276661;2276737;287;*;cgg fin;;CDS;2277025;2277264;;; deb;comp;CDS;2387990;2388211;373;*; ;;tRNA;2388585;2388659;403;*;ggc fin;;CDS;2389063;2391024;;; deb;comp;CDS;2490745;2491854;535;*; ;comp;tRNA;2492390;2492466;287;*;atgf ;comp;rRNA;2492754;2492868;249;*;115 ;comp;rRNA;2493118;2495924;585;*;2807 ;comp;tRNA;2496510;2496585;59;*;gca ;comp;tRNA;2496645;2496721;342;*;atc ;comp;rRNA;2497064;2498548;585;*;1485 fin;;CDS;2499134;2500084;;; deb;comp;CDS;2519640;2521463;94;*; ;comp;regulatory;2521558;2521669;180;*; fin;;CDS;2521850;2522101;;; deb;comp;CDS;2681110;2682123;37;*; ;comp;regulatory;2682161;2682271;45;*; fin;comp;CDS;2682317;2682709;;; deb;comp;CDS;2684632;2685285;90;*; ;;regulatory;2685376;2685452;82;*; fin;;CDS;2685535;2686461;;; deb;comp;CDS;2791781;2792167;154;*; ;comp;regulatory;2792322;2792537;127;*; fin;;CDS;2792665;2793282;;; </pre> ====agrl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_données_intercalaires|agrl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;agrl;fx;fc;agrl;fx40;fc40;agrl;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;46;266;296;16s tRNA;; ;0;10;21;151;1;1;25;-2;1;0;135;256;3* 342;;atc ;0;20;19;126;2;1;19;-3;0;0;318;122;tRNA 23s;; ;0;30;20;63;3;5;18;-4;9;199;197;71;3* 585;;gca ;0;40;19;34;4;4;24;-5;0;0;554;203;5s tRNA;; ;0;50;19;39;5;2;12;-6;1;0;81;;3* 257;;atgf ;0;60;20;50;6;3;8;-7;2;4;311;;tRNA tRNA;;intra ;0;70;18;56;7;1;10;-8;0;23;123;;3* 59;;atc gca 1;0;80;12;39;8;2;11;-9;0;0;152;;tRNA tRNA;; ;1;90;20;30;9;0;8;-10;1;1;633;;-;793;ggc ;0;100;20;32;10;2;16;-11;0;9;CDS 16s;;**;;atgj ;0;110;11;29;11;2;14;-12;0;0;581;714;;; ;0;120;20;30;12;4;20;-13;0;1;2136;;;; 1;1;130;13;27;13;0;20;-14;2;8;23s 5s;;;; ;1;140;15;26;14;1;10;-15;0;0;3* 249;;;; ;0;150;10;26;15;3;9;-16;0;2;;;;; ;1;160;9;21;16;2;10;-17;0;3;;;;; ;0;170;7;20;17;0;13;-18;1;0;;;;; ;0;180;16;14;18;3;15;-19;0;0;;;;; ;0;190;10;19;19;3;11;-20;0;4;;;;; ;1;200;18;17;20;1;4;-21;0;0;;;;; 1;0;210;11;17;21;4;4;-22;0;1;;;;; ;0;220;16;19;22;0;8;-23;0;4;;;;; ;0;230;7;11;23;2;7;-24;0;0;;;;; ;0;240;9;14;24;5;5;-25;0;0;;;;; ;0;250;10;9;25;2;6;-26;0;1;;;;; 1;0;260;7;9;26;1;6;-27;0;0;;;;; ;1;270;10;11;27;1;4;-28;1;0;;;;; ;0;280;3;3;28;1;5;-29;1;1;;;;; ;0;290;7;6;29;2;7;-30;0;0;;;;; 1;0;300;5;11;30;2;11;-31;1;0;;;;; ;0;310;9;5;31;4;5;-32;2;0;;;;; ;2;320;9;5;32;0;4;-33;1;0;;;;; ;0;330;6;3;33;1;1;-34;0;0;;;;; ;0;340;5;5;34;1;3;-35;0;0;;;;; ;0;350;4;1;35;0;5;-36;0;0;;;;; ;0;360;3;2;36;2;3;-37;1;0;;;;; ;0;370;3;6;37;2;8;-38;0;0;;;;; ;0;380;5;6;38;5;5;-39;1;0;;;;; ;0;390;5;2;39;0;0;-40;0;0;;;;; ;0;400;5;3;40;4;0;-41;0;0;;;;; ;2;reste;42;41;reste;419;664;-42;0;0;;;;; 5;10;total;499;1040;total;499;1040;-43;0;0;;;;; 5;8;diagr;456;997;diagr;79;374;-44;0;0;;;;; 0;0; t30;60;340;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;498;25;1;524;;;-49;0;0;;;;; ;c;1038;307;2;1347;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1871;41;;reste;0;0;;;;; ;;;;;;1912;;total;25;307;;;;; </pre> =====agrl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_autres_intercalaires_aas|agrl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;agrl;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;784904;786193;181;*; ;;regulatory;786375;786477;128;*; fin;;CDS;786606;787391;;; deb;comp;CDS;928915;929946;164;*; ;comp;regulatory;930111;930346;39;*; fin;comp;CDS;930386;931264;;0; deb;comp;CDS;1064633;1065274;296;*; ;;tRNA;1065571;1065655;266;*;ttg fin;;CDS;1065922;1066437;;0; deb;comp;CDS;1178605;1179114;256;*; ;;tRNA;1179371;1179445;793;*;ggc ;comp;tRNA;1180239;1180315;135;*;atgj fin;comp;CDS;1180451;1181647;;; deb;comp;CDS;1212291;1213553;234;*; ;comp;ncRNA;1213788;1213946;78;*; fin;comp;CDS;1214025;1214402;;; deb;comp;CDS;1320644;1321006;318;*; ;comp;tRNA;1321325;1321414;197;*;tcg fin;comp;CDS;1321612;1322493;;; deb;comp;CDS;1361929;1362942;554;*; ;comp;tRNA;1363497;1363571;81;*;gtc fin;comp;CDS;1363653;1364015;;0; deb;;CDS;1425957;1426682;561;*; ;;rRNA;1427244;1428728;342;*;1485 ;;tRNA;1429071;1429147;59;*;atc ;;tRNA;1429207;1429282;585;*;gca ;;rRNA;1429868;1432674;249;*;2807 ;;rRNA;1432924;1433038;257;*;115 ;;tRNA;1433296;1433372;311;*;atgf fin;;CDS;1433684;1434118;;; deb;;CDS;1503534;1504520;122;*; ;comp;tRNA;1504643;1504716;123;*;cag fin;comp;CDS;1504840;1505277;;0; deb;;CDS;1605356;1605856;71;*; ;comp;tRNA;1605928;1606003;152;*;gcc fin;comp;CDS;1606156;1606545;;0; deb;comp;CDS;1685461;1687407;714;*; ;;rRNA;1688122;1689606;342;*;1485 ;;tRNA;1689949;1690025;59;*;atc ;;tRNA;1690085;1690160;585;*;gca ;;rRNA;1690746;1693552;249;*;2807 ;;rRNA;1693802;1693916;257;*;115 ;;tRNA;1694174;1694250;203;*;atgf fin;comp;CDS;1694454;1694645;;; deb;;CDS;2101066;2101374;2136;*; ;;rRNA;2103511;2104995;342;*;1485 ;;tRNA;2105338;2105414;59;*;atc ;;tRNA;2105474;2105549;585;*;gca ;;rRNA;2106135;2108941;249;*;2807 ;;rRNA;2109191;2109305;257;*;115 ;;tRNA;2109563;2109639;633;*;atgf fin;;CDS;2110273;2110680;;; </pre> ===aua=== ====aua opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_opérons|aua opérons]] <pre> https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP006367.1;aua;;genome;;pau20rrn;;;;;;; 67%GC;8.8.19 Paris;16s 1;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;cdsd;protéines; Aureimonas sp. AU20;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;; pAU20rrn;;;;;;;;;;;; ;324..1028;;CDS rep;;461;;;;235;;replication initiation protein;* comp;1490..1604;;5s;@1;82;;;;115;;; comp;1687..4515;;23s;;-15;;;;2829;;; comp;4501..4851;;CDS hp;;142;;;;117;;hp; comp;4994..5069;;gca;;33;;;33;;;; comp;5103..5179;;atc;;233;;;;;;; comp;5413..6898;;16s;;1752;;;;1486;;; comp;8651..9109;;CDS hp;;;;;;153;;hp; ;;;;;;;;;;;; Chromosome;;;;;;;;;;;; comp;170900..171925;;CDS;;368;368;;;342;;; ;172294..172378;;ctg;;130;130;;;;130;; ;172509..172772;;CDS;;;;;;88;;; ;;;;;;;;;;;; comp;330094..330690;;CDS;;338;338;;;199;;; ;331029..331103;;ggc;@2;404;;*404;;;;; comp;331508..331584;;atgf;+;44;;44;;;;; comp;331629..331705;;atgf;2 atg;255;255;;;;255;; comp;331961..333217;;CDS;;;;;;419;;; ;;;;;;;;;;;; ;344949..346025;;CDS;;589;589;;;359;589;; ;346615..346704;;tcg;;609;609;;;;;; ;347314..348471;;CDS;;;;;;386;;; ;;;;;;;;;;;; comp;393335..395356;;CDS;;800;*800;;;*674;;; comp;396157..396232;;gcc;;439;439;;;;439;; comp;396672..397094;;CDS;;;;;;141;;; ;;;;;;;;;;;; ;635177..637537;;CDS;;640;640;;;*787;;; comp;638178..638253;;gcg;;182;182;;;;182;; ;638436..638738;;CDS;;;;;;101;;; ;;;;;;;;;;;; comp;924507..925466;;CDS;;529;529;;;320;;; comp;925996..926085;;tcc;;349;349;;;;349;; ;926435..926767;;CDS;;;;;;111;;; ;;;;;;;;;;;; ;1216789..1217439;;CDS;;60;60;;;217;60;; ;1217500..1217576;;agg;;68;68;;;;;; comp;1217645..1218760;;CDS;;;;;;372;;; ;;;;;;;;;;;; ;1350534..1352180;;CDS;@4;-30;*-30;;;*549;;; comp;1352151..1352227;;cgt;+;51;;51;;;;; comp;1352279..1352355;;cgt;2 cgt;169;169;;;;;; comp;1352525..1353967;;CDS;;;;;;*481;;; ;;;;;;;;;;;; ;1401921..1402442;;CDS;;142;142;;;174;142;; ;1402585..1402661;;cac;;585;585;;;;;; ;1403247..1404875;;CDS;;;;;;*543;;; ;;;;;;;;;;;; ;1544580..1546277;;CDS;;455;455;;;*566;;; comp;1546733..1546808;;ttc;@2;161;;161;;;;; ;1546970..1547044;;acc;;414;414;;;;414;; ;1547459..1549516;;CDS;;;;;;*686;;; ;;;;;;;;;;;; ;1609269..1610216;;CDS;;278;278;;;316;;; comp;1610495..1610571;;cgg;;121;121;;;;121;; comp;1610693..1611427;;CDS;;;;;;245;;; ;;;;;;;;;;;; >;1683255..1683581;;CDS;;209;209;;;109;209;; comp;1683791..1683864;;cag;;580;580;;;;;; ;1684445..1685734;;CDS;;;;;;430;;; ;;;;;;;;;;;; ;1700827..1701852;;CDS;;300;300;;;342;;; comp;1702153..1702227;;gtc;+;128;;128;;;;; comp;1702356..1702430;;gtc;3 gtc;186;;186;;;;; comp;1702617..1702691;;gtc;;68;68;;;;68;; comp;1702760..1703125;;CDS;;;;;;122;;; ;;;;;;;;;;;; ;1946715..1946936;;CDS;;6;6;;;74;6;; comp;1946943..1947018;;atgi;;105;105;;;;;; ;1947124..1947345;;CDS;;;;;;74;;; ;;;;;;;;;;;; ;1981934..1983139;;CDS;;139;139;;;402;139;; ;1983279..1983368;;agc;;825;*825;;;;;; ;1984194..1985339;;CDS;;;;;;382;;; ;;;;;;;;;;;; ;1996083..1997171;;CDS;;243;243;;;363;;; comp;1997415..1997490;;acg;;112;112;;;;112;; comp;1997603..1998583;;CDS;;;;;;327;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2263930..2264781;;CDS;;30;30;;;284;30;; comp;2264812..2264886;;gtg;;111;111;;;;;; comp;2264998..2265768;;CDS;;;;;;257;;; ;;;;;;;;;;;; ;2363764..2364786;;CDS;;18;18;;;341;18;; comp;2364805..2364879;;gaa;+;140;;140;;;;; comp;2365020..2365094;;gaa;2 gaa;69;69;;;;69;; comp;2365164..2366144;;CDS;;;;;;327;;; ;;;;;;;;;;;; ;2367774..2368247;;CDS;;105;105;;;158;;; ;2368353..2368429;;cca;@3;43;43;;;;43;; ;2368473..2368778;;CDS;;36;36;;;102;36;; ;2368815..2368890;;aga;;448;448;;;;;; ;2369339..2369929;;CDS;;;;;;197;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2401620..2402732;;CDS;;155;155;;;371;155;; comp;2402888..2402963;;aaa;;169;169;;;;;; ;2403133..2403870;;CDS;;;;;;246;;; ;;;;;;;;;;;; ;2419689..2420852;;CDS;;13;13;;;388;13;; ;2420866..2420955;;tca;;238;238;;;;;; ;2421194..2421934;;CDS;;;;;;247;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2601493..2601858;;CDS;;287;287;;;122;287;; comp;2602146..2602222;;gac;+;58;;58;;;;; comp;2602281..2602357;;gac;2 gac;270;;270;;;;; ;2602628..2602703;;gta;@2;330;330;;;;;; comp;2603034..2603312;;CDS;;;;;;93;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2608494..2609852;;CDS;;73;73;;;*453;73;; comp;2609926..2610009;;cta;;307;307;;;;;; ;2610317..2610460;;CDS;;;;;;48;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2641174..2641824;;CDS;@3;125;125;;;217;125;; comp;2641950..2642023;;tgc;;153;153;;;;;; comp <;2642177..2642443;;CDS;;296;296;;;89;;; ;2642740..2642814;;aac;;269;269;;;;269;; ;2643084..2644127;;CDS;;;;;;348;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2651145..2652935;;CDS;;239;239;;;*597;239;; ;2653175..2653259;;tta;;265;265;;;;;; ;2653525..2653725;;CDS;;;;;;67;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2749758..2750318;;CDS;;3102;*3102;;;187;;; comp;2753421..2753497;;atgf;;83;83;;;;83;; comp;2753581..2754180;;CDS;;;;;;200;;; ;;;;;;;;;;;; ;2768127..2769224;;CDS;;63;63;;;366;63;; comp;2769288..2769364;;ccg;@2;173;;173;;;;; ;2769538..2769612;;caa;;528;528;;;;;; comp;2770141..2770566;;CDS;;;;;;142;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2787112..2788920;;CDS;;217;217;;;*603;217;; comp;2789138..2789214;;ccc;;265;265;;;;;; comp;2789480..2790022;;CDS;;;;;;181;;; ;;;;;;;;;;;; ;2927857..2928789;;CDS;;136;136;;;311;136;; comp;2928926..2929010;;ctc;+;132;;132;;;;; comp;2929143..2929227;;ctc;2 ctc;175;175;;;;;; ;2929403..2930164;;CDS;;;;;;254;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2971057..2971257;;CDS;;130;130;;;67;;; comp;2971388..2971463;;tgg;;53;53;;;;53;; comp;2971517..2972374;;CDS;;;;;;286;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2973322..2974497;;CDS;;291;291;;;392;;; comp;2974789..2974862;;gga;;24;;24;;;;; comp;2974887..2974971;;tac;;259;259;;;;259;; ;2975231..2976097;;CDS;;;;;;289;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2979955..2981049;;CDS;;221;221;;;365;;; ;2981271..2981346;;aca;;55;55;;;;55;; comp;2981402..2981752;;CDS;;;;;;117;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3063743..3064045;;CDS;;106;106;;;101;106;; comp;3064152..3064227;;aag;;147;147;;;;;; comp;3064375..3064803;;CDS;;;;;;143;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3194307..3194906;;CDS;;249;249;;;200;;; ;3195156..3195232;;atgj;;173;173;;;;173;; ;3195406..3196356;;CDS;;;;;;317;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3206006..3206455;;CDS;;743;*743;;;150;;; comp;3207199..3207273;;gag;;50;50;;;;50;; comp;3207324..3207689;;CDS;;;;;;122;;; ;;;;;;;;;;;; ;3398165..3399901;;CDS;;554;554;;;*579;;; ;3400456..3400530;;aac;;115;115;;;;115;; ;3400646..3400924;;CDS;;;;;;93;;; ;;;;;;;;;;;; ;3401737..3403497;;CDS;;227;227;;;*587;;; comp;3403725..3403799;;ggc;;208;;208;;;;; comp;3404008..3404082;;ggg;;74;74;;;;74;; comp;3404157..3404819;;CDS;;;;;;221;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3597872..3598414;;CDS;;370;370;;;181;;; ;3598785..3598869;;ttg;;151;151;;;;151;; comp;3599021..3599251;;CDS;;;;;;77;;; </pre> ====aua cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_cumuls|aua cumuls]] <pre> aua cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;1;1;0;-;1;1;1;0;100;10;1;0 ;16 aas 23 5s ;0;20;0;;50;7;40;7;200;22;30;0 ;16 atc gca hp;1;40;1;;100;10;80;9;300;11;60;1 ;16 cds 23 5s ;0;60;3;;150;14;120;9;400;20;90;7 ;max a;2;80;0;;200;8;160;4;500;5;120;8 ;a doubles;0;100;0;;250;8;200;3;600;6;150;7 ;spéciaux;0;120;0;;300;10;240;4;700;3;180;2 ;total aas;2;140;3;;350;4;280;1;800;1;210;7 sans ;opérons;38;160;0;;400;2;320;0;900;0;240;3 ;1 aa;26;180;2;;450;3;360;2;1000;0;270;5 ;max a;3;200;1;;500;1;400;0;1100;0;300;3 ;a doubles;6;;3;;;12;;1;;0;;35 ;total aas;53;;13;0;;80;;40;;78;;78 total aas;;55;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;131;;;226;;153;;235;;158 ;;;variance;75;;;165;;128;;125;;69 </pre> ====aua blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_blocs|aua blocs]] <pre> CDS ;1752;153;hp 16s;233;1486; atc;33;; gca;142;; CDS;-15;117;hp 23s;82;2829; 5s;461;115; CDS ;;235;replication initiation protein </pre> ====aua distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_distribution|aua distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;aua;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;ctc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;gtc3;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;2;agc;1;gac2;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;;gaa2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;cgt2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;2;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;atgf2;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total aua;;30;;;;;30;;aua;10;;;;;;10;;aua;13;;;;;;13 </pre> ====aua données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_données_intercalaires|aua données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;aua;fx;fc;aua;fx40;fc40;aua;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;3;0;0;3;0;-1;0;87;130;368;16s tRNA;; 1;0;10;50;230;1;1;32;-2;1;0;255;338;233;;atc 1;2;20;38;127;2;1;24;-3;0;0;589;640;tRNA 23s;; ;2;30;38;96;3;9;36;-4;14;345;660;182;478;;gca ;1;40;23;58;4;8;33;-5;0;1;812;349;tRNA tRNA;;intra ;2;50;29;57;5;2;32;-6;1;0;439;68;33;;atc gca 1;2;60;48;59;6;11;13;-7;1;0;529;-30;tRNA tRNA;; 2;2;70;41;77;7;3;11;-8;3;27;60;455;-;404;ggc ;3;80;33;80;8;3;17;-9;0;1;169;278;44;;atgf ;1;90;39;71;9;10;12;-10;0;2;142;209;**;;atgf ;0;100;35;71;10;2;20;-11;0;16;175;580;51;;cgt ;2;110;24;63;11;3;22;-12;1;0;414;300;**;;cgt ;2;120;25;52;12;4;31;-13;1;5;121;6;-;161;ttc 1;4;130;21;63;13;3;12;-14;2;4;68;126;**;;acc 1;1;140;23;57;14;0;13;-15;0;1;139;234;128;;gtc ;2;150;31;69;15;7;8;-16;1;1;112;243;186;;gtc 1;1;160;19;44;16;1;5;-17;0;4;30;18;**;;gtc 1;2;170;21;37;17;3;14;-18;2;0;111;177;140;;gaa 2;2;180;18;35;18;4;6;-19;0;3;69;169;**;;gaa 1;0;190;23;34;19;11;6;-20;1;6;105;330;58;;gac ;0;200;30;32;20;2;10;-21;0;0;43;307;-;270;gac 1;0;210;29;33;21;8;9;-22;0;0;36;296;**;;gta ;0;220;20;35;22;3;15;-23;3;1;170;239;-;173;ccg 2;0;230;21;26;23;3;11;-24;0;0;13;63;**;;caa 2;0;240;22;25;24;5;7;-25;2;0;277;528;132;;ctc 2;0;250;11;26;25;2;13;-26;1;2;287;136;**;;ctc 1;1;260;14;23;26;2;12;-27;1;0;76;175;24;;gga ;3;270;23;19;27;5;10;-28;1;0;125;259;**;;tac 1;1;280;13;10;28;6;5;-29;1;3;72;221;208;;ggc ;1;290;13;19;29;0;8;-30;0;0;269;55;**;;ggg 2;1;300;15;9;30;4;6;-31;1;0;265;249;;; 1;0;310;13;14;31;2;8;-32;1;0;24;311;;; 1;0;320;13;12;32;2;9;-33;0;0;83;227;;; 1;0;330;9;10;33;4;4;-34;0;0;16;370;;; 1;0;340;9;6;34;1;6;-35;0;1;265;151;;; 1;0;350;11;6;35;1;6;-36;1;0;130;;;; ;0;360;8;8;36;5;1;-37;0;0;53;;;; 2;0;370;6;5;37;3;2;-38;1;0;291;;;; ;0;380;7;5;38;1;7;-39;0;0;106;;;; ;0;390;4;7;39;3;6;-40;1;0;147;;;; ;0;400;5;1;40;1;9;-41;0;1;173;;;; 4;7;reste;97;92;reste;823;1292;-42;0;0;743;;;; 35;45;total;975;1803;total;975;1803;-43;0;1;50;;;; 30;38;diagr;875;1711;diagr;149;511;-44;0;0;154;;;; 2;4; t30;126;453;;;;-45;0;0;74;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;CDS 16s;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;1752;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;23s 5s;;;; ;x;972;55;3;1030;;;-49;1;0;82;;;; ;c;1803;523;0;2326;;;-50;1;0;5s CDS;;;; ;;;;;3356;117;;reste;9;10;-;461;;; ;;;;;;3473;;total;55;523;;;;; </pre> =====aua autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_autres_intercalaires_aas|aua autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement <pre> autres intercalaires ;;aua;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;157474;158811;438;*; ;;regulatory;159250;159351;138;*; fin;;CDS;159490;160275;;; deb;comp;CDS;170900;171925;368;*; ;;tRNA;172294;172378;130;*;ctg fin;;CDS;172509;172772;;; deb;comp;CDS;330094;330690;338;*; ;;tRNA;331029;331103;404;*;ggc ;comp;tRNA;331508;331584;44;*;atgf ;comp;tRNA;331629;331705;255;*;atgf fin;comp;CDS;331961;333217;;0; deb;;CDS;344949;346025;589;*; ;;tRNA;346615;346704;660;*;tcg fin;;CDS;347365;348471;;0; deb;comp;CDS;393335;395344;812;*; ;comp;tRNA;396157;396232;439;*;gcc fin;comp;CDS;396672;397094;;0; deb;;CDS;636089;637537;640;*; ;comp;tRNA;638178;638253;182;*;gcg fin;;CDS;638436;638738;;; deb;;CDS;680871;681065;46;*; ;;regulatory;681112;681214;62;*; fin;;CDS;681277;683100;;; deb;comp;CDS;762422;762607;31;*; ;comp;regulatory;762639;762877;116;*; fin;comp;CDS;762994;763371;;; deb;;CDS;894578;894772;102;*; ;;regulatory;894875;895098;119;*; fin;;CDS;895218;896204;;; deb;comp;CDS;924507;925466;529;*; ;comp;tRNA;925996;926085;349;*;tcc fin;;CDS;926435;926767;;; deb;comp;CDS;973959;974375;30;*; ;;ncRNA;974406;974502;208;*; fin;comp;CDS;974711;975313;;0; deb;comp;CDS;1215259;1216272;45;*; ;comp;regulatory;1216318;1216420;368;*; deb;;CDS;1216789;1217439;60;*; ;;tRNA;1217500;1217576;68;*;agg fin;comp;CDS;1217645;1218760;;; deb;;CDS;1350534;1352180;-30;*; ;comp;tRNA;1352151;1352227;51;*;cgt ;comp;tRNA;1352279;1352355;169;*;cgt fin;comp;CDS;1352525;1353967;;0; deb;;CDS;1401921;1402442;142;*; ;;tRNA;1402585;1402661;175;*;cac fin;;CDS;1402837;1402989;;; deb;;CDS;1544580;1546277;455;*; ;comp;tRNA;1546733;1546808;161;*;ttc ;;tRNA;1546970;1547044;414;*;acc fin;;CDS;1547459;1549516;;0; deb;;CDS;1609269;1610216;278;*; ;comp;tRNA;1610495;1610571;121;*;cgg fin;comp;CDS;1610693;1611427;;; deb;;CDS;1619798;1621321;102;*; ;;regulatory;1621424;1621513;147;*; fin;;CDS;1621661;1622968;;; deb;;CDS;1683255;1683581;209;*; ;comp;tRNA;1683791;1683864;580;*;cag fin;;CDS;1684445;1685734;;; deb;;CDS;1700827;1701852;300;*; ;comp;tRNA;1702153;1702227;128;*;gtc ;comp;tRNA;1702356;1702430;186;*;gtc ;comp;tRNA;1702617;1702691;68;*;gtc fin;comp;CDS;1702760;1703125;;0; deb;;CDS;1946715;1946936;6;*; ;comp;tRNA;1946943;1947018;126;*;atgi fin;;CDS;1947145;1947345;;0; deb;;CDS;1981934;1983139;139;*; ;;tRNA;1983279;1983368;234;*;agc fin;comp;CDS;1983603;1984061;;0; deb;;CDS;1996083;1997171;243;*; ;comp;tRNA;1997415;1997490;112;*;acg fin;comp;CDS;1997603;1998583;;0; deb;;CDS;2082120;2083970;0;*; ;;regulatory;2083971;2084083;157;*; fin;;CDS;2084241;2085203;;; deb;comp;CDS;2263930;2264781;30;*; ;comp;tRNA;2264812;2264886;111;*;gtg fin;comp;CDS;2264998;2265768;;0; deb;;CDS;2363764;2364786;18;*; ;comp;tRNA;2364805;2364879;140;*;gaa ;comp;tRNA;2365020;2365094;69;*;gaa fin;comp;CDS;2365164;2366240;;; deb;;CDS;2367774;2368247;105;*; ;;tRNA;2368353;2368429;43;*;cca deb;;CDS;2368473;2368778;36;*; ;;tRNA;2368815;2368890;177;*;aga fin;comp;CDS;2369068;2369220;;0; deb;comp;CDS;2401620;2402717;170;*; ;comp;tRNA;2402888;2402963;169;*;aaa fin;;CDS;2403133;2403870;;; deb;;CDS;2419602;2420852;13;*; ;;tRNA;2420866;2420955;277;*;tca fin;;CDS;2421233;2421934;;; deb;comp;CDS;2601493;2601858;287;*; ;comp;tRNA;2602146;2602222;58;*;gac ;comp;tRNA;2602281;2602357;270;*;gac ;;tRNA;2602628;2602703;330;*;gta fin;comp;CDS;2603034;2603312;;; deb;comp;CDS;2608494;2609849;76;*; ;comp;tRNA;2609926;2610009;307;*;cta fin;;CDS;2610317;2610460;;; deb;comp;CDS;2641174;2641824;125;*; ;comp;tRNA;2641950;2642023;72;*;tgc deb;comp;CDS;2642096;2642443;296;*; ;;tRNA;2642740;2642814;269;*;aac fin;;CDS;2643084;2644127;;; deb;comp;CDS;2651145;2652935;239;*; ;;tRNA;2653175;2653259;265;*;tta fin;;CDS;2653525;2653725;;0; deb;comp;CDS;2753154;2753396;24;*; ;comp;tRNA;2753421;2753497;83;*;atgf fin;comp;CDS;2753581;2754180;;; deb;;CDS;2768127;2769224;63;*; ;comp;tRNA;2769288;2769364;173;*;ccg ;;tRNA;2769538;2769612;528;*;caa fin;comp;CDS;2770141;2770566;;0; deb;comp;CDS;2787112;2789121;16;*; ;comp;tRNA;2789138;2789214;265;*;ccc fin;comp;CDS;2789480;2790022;;; deb;;CDS;2927857;2928789;136;*; ;comp;tRNA;2928926;2929010;132;*;ctc ;comp;tRNA;2929143;2929227;175;*;ctc fin;;CDS;2929403;2930164;;; deb;comp;CDS;2971057;2971257;130;*; ;comp;tRNA;2971388;2971463;53;*;tgg fin;comp;CDS;2971517;2972374;;; deb;comp;CDS;2973322;2974497;291;*; ;comp;tRNA;2974789;2974862;24;*;gga ;comp;tRNA;2974887;2974971;259;*;tac fin;;CDS;2975231;2976097;;0; deb;comp;CDS;2979955;2981049;221;*; ;;tRNA;2981271;2981346;55;*;aca fin;comp;CDS;2981402;2981752;;; deb;comp;CDS;3063743;3064045;106;*; ;comp;tRNA;3064152;3064227;147;*;aag fin;comp;CDS;3064375;3064803;;; deb;;CDS;3082739;3084151;84;*; ;;tmRNA;3084236;3084602;54;*; fin;;CDS;3084657;3085265;;; deb;comp;CDS;3194307;3194906;249;*; ;;tRNA;3195156;3195232;173;*;atgj fin;;CDS;3195406;3196356;;0; deb;comp;CDS;3206006;3206455;743;*; ;comp;tRNA;3207199;3207273;50;*;gag fin;comp;CDS;3207324;3207689;;1; deb;;CDS;3243122;3243553;99;*; ;comp;ncRNA;3243653;3243811;80;*; fin;comp;CDS;3243892;3244527;;; deb;comp;CDS;3301324;3301785;705;*; ;comp;ncRNA;3302491;3302881;111;*; fin;comp;CDS;3302993;3303622;;; deb;comp;CDS;3399971;3400144;311;*; ;;tRNA;3400456;3400530;154;*;aac fin;;CDS;3400685;3400924;;; deb;;CDS;3401737;3403497;227;*; ;comp;tRNA;3403725;3403799;208;*;ggc ;comp;tRNA;3404008;3404082;74;*;ggg fin;comp;CDS;3404157;3404834;;; deb;comp;CDS;3404854;3405936;125;*; ;;regulatory;3406062;3406139;56;*; fin;;CDS;3406196;3407389;;; deb;comp;CDS;3597872;3598414;370;*; ;;tRNA;3598785;3598869;151;*;ttg fin;comp;CDS;3599021;3599251;;0; </pre> ===alpha synthèse=== ====alpha distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_génome|alpha distribution par génome]] <pre> alpha8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total rtb;8;25;;;;0;;;33 rpm;7;30;;;;8;42;5;92 rru;4;36;;;;8;4;3;55 oan;6;41;;;;8;;4;59 abq;20;38;;;;16;10;3;87 abs;20;39;;;;8;10;3;80 agr;5;35;;;;10;2;5;57 aua;10;30;;;;2;13;;55 ;;;;;;;;; total;80;274;0;0;0;60;81;23;518 </pre> ====alpha distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_du_total|alpha distribution du total]] <pre> alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;83 atgi;9;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;33;acc;0;aac;;agc; ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;;gcc;;gac;0;ggc; tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;0;taa;;tga; ata;;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;8;cca;9;caa;8;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;;gca;27;gaa;;gga; ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;0 atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;161;274;0;0;0;0;435;;1-3aas;;;;23;;60;83 </pre> ====alpha distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_type|alpha distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;274;;alpha8;;;;;;;80;;alpha8;;;;;;;81;;alpha6;;;;;;; atgi;9;tct;0;tat;0;atgf;7;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23 att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;8;tcc;8;tac;2;tgc;4;;ttc;1;tcc;;tac;8;tgc;4;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;;acc;5;aac;5;agc;8;;atc;1;acc;3;aac;7;agc;;;atc;;acc;5;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;9;ccc;8;cac;7;cgt;8;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;4;cgt;5;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;8;gcc;5;gac;1;ggc;11;;gtc;2;gcc;5;gac;10;ggc;7;;gtc;3;gcc;6;gac;6;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;8;tca;8;taa;0;tga;1;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;0;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;8;aaa;9;aga;8;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;8;cca;9;caa;8;cga;0;;cta;8;cca;8;caa;6;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;4;gca;1;gaa;6;gga;;;gta;3;gca;1;gaa;2;gga;8;;gta;;gca;;gaa;4;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;7;tcg;7;tag;0;tgg;10;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;7;acg;8;aag;4;agg;6;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;6;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;6;ccg;3;cag;6;cgg;7;;ctg;4;ccg;1;cag;2;cgg;1;;ctg;5;ccg;6;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;3;gcg;4;gag;5;ggg;6;;gtg;;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;6;gcg;3;gag;4;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha 6;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;23;;; </pre> ====alpha par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_par_rapport_au_groupe_de_référence|alpha par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;90;14;38;;;;142; 16;moyen;103;15;16;;;60;134; 14;fort;81;51;27;;23;;182; ; ;274;80;81;;23;60;518; 10;g+cga;46;6;27;;;;79; 2;agg+cgg;13;1;;;;;14; 4;carre ccc;30;7;11;;;;48; 5;autres;1;;;;;;1; ;;90;14;38;;;;142; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;174;27;73;;;;274;26 16;moyen;199;29;31;;;116;259;324 14;fort;156;98;52;;44;;351;650 ;;529;154;156;;44;116;518;729 10;g+cga;89;12;52;;;;153;10 2;agg+cgg;25;2;0;;;;27; 4;carre ccc;58;14;21;;;;93;16 5;autres;2;0;0;;;;2; ;;174;27;73;;;;274; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;207;32;87;326;26;33;18;47 16;moyen;237;34;37;308;324;38;19;20 14;fort;186;117;62;366;650;30;64;33 ;;630;184;186;435;729;274;80;81 10;g+cga;106;14;62;182;10;51;;71 2;agg+cgg;30;2;0;32;;14;; 4;carre ccc;69;16;25;110;16;33;;29 5;autres;2;0;0;2;;1;; ;;207;32;87;326;;90;;38 </pre> ====alpha, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha,_estimation_des_-rRNAs|alpha, estimation des -rRNAs]] <pre> alpha;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 70 génomes total avec rRNA;;;;alpha8;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;70;525; ; ;;indices;;;;70;750;0;0;;alpha8;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;435 atgi;;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;;tct;;tat;;atgf;206;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8 atc;189;acc;;aac;;agc;;;atc;270;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;13;aac;14;agc;8 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;9;aaa;10;aga;8 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;9;caa;8;cga; gta;;gca;191;gaa;;gga;;;gta;;gca;273;gaa;;gga;;;gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6 ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1.4;;ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7 ;;380;;144;;1;525;;;;543;;206;;1;750;;;;134;;159;;142;435 27.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;30.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;16935;0.6;0.3;;indices;sans +16s;;;347;16935;0,6;0,3;;alpha8;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;30;;atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;236;;atgi;113;tct;;tat;;atgf;88 att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;163;tcc;100;tac;125;tgc;100 atc;-1;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;269;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;13;acc;163;aac;175;agc;100 ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;138;ccc;100;cac;138;cgt;163 gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;163;gcc;200;gac;213;ggc;275 tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;100;tca;100;taa;;tga;13 ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;113;aaa;125;aga;100 cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;100;cca;113;caa;100;cga; gta;105;gca;-2;gaa;141;gga;104;;gta;105;gca;271;gaa;141;gga;104;;gta;88;gca;25;gaa;150;gga;100 ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;88;tcg;88;tag;;tgg;125 atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;125;acg;100;aag;125;agg;75 ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;106;;ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;107;;ctg;188;ccg;125;cag;125;cgg;100 gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;113;gcg;113;gag;113;ggg;88 ;;1421;;1529;;1241;4191;;;;1964;;1735;;1242;4941;;;;1675;;1988;;1775;5438 rapports;;72;;88;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;alpha8;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;13;;fiches;45.571;;;fréquences;;;;;atgi;6;tct;;tat;100;atgf;66 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;3190;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;525;;;10;18;;;;ctt;100;cct;100;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;70;;;20;9;;;;gtt;;gct;;gat;100;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;33;tcc;1;tac;17;tgc;5 atc;0;acc;100;aac;100;agc;100;;alpha8;54.375;;;40;6;;;;atc;108;acc;34;aac;37;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;435;;;50;4;39;;;ctc;16;ccc;18;cac;26;cgt;31 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;205;;;60;4;;;;gtc;35;gcc;52;gac;29;ggc;52 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;1;;;;tta;6;tca;2;taa;100;tga;20 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;5;aaa;15;aga;3 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par alpha8;;;;90;0;;;;cta;3;cca;8;caa;12;cga;100 gta;100;gca;-1;gaa;100;gga;100;;est 19 % au dessus;;;;100;2;;;;gta;17;gca;107;gaa;6;gga;4 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;2;;;;ttg;4;tcg;2;tag;100;tgg;18 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;70;;100;;;48;;;;atgj;7;acg;9;aag;36;agg;0 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;99;;atc;189;269;;;;;;;ctg;52;ccg;43;cag;48;cgg;5 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;gca;191;271;;;;;;;gtg;48;gcg;48;gag;52;ggg;20 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;178;;330;;451;959 </pre> ===cvi=== ====cvi opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_opérons|cvi opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Chro_viol_ATCC_12472/chroViol-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_005085.1;cvi;genome;;; 65%GC;30.6.19 Paris;16s 8;98;doubles;intercalaires ;Chromobacterium violaceum ATCC 12472;;;; ;421217..422762;;16s;@1;179 ;422942..423018;;atc;;86 ;423105..423180;;gca;;249 ;423430..426324;;23s;;125 ;426450..426564;;5s;; ;;;;; ;502182..503727;;16s;;79 ;503807..503883;;atc;;12 ;503896..503971;;gca;;250 ;504222..507116;;23s;;122 ;507239..507353;;5s;; ;;;;; comp;682034..682118;;ttg;; ;;;;; ;759824..759908;;tac;; ;;;;; comp;878775..878849;;agg;; ;;;;; ;955155..955230;;gcg;; ;;;;; ;975612..975696;;ctc;; ;;;;; ;1006822..1006897;;ttc;+;6 ;1006904..1006979;;ttc;2 ttc; ;;;;; ;1058518..1058611;;agc;;6 ;1058618..1058694;;cgt;;3 ;1058698..1058772;;gaa;; ;;;;; comp;1061741..1061815;;gaa;+;3 comp;1061819..1061895;;cgt;2 gaa;7 comp;1061903..1061977;;gaa;2cgt;5 comp;1061983..1062059;;cgt;; ;;;;; ;1154020..1155565;;16s;;179 ;1155745..1155821;;atc;;86 ;1155908..1155983;;gca;;250 ;1156234..1159128;;23s;;122 ;1159251..1159365;;5s;; ;;;;; comp;1263556..1263645;;tcg;; ;;;;; ;1273710..1273786;;atgf;; ;;;;; ;1377435..1377510;;ggc;+;23 ;1377534..1377609;;ggc;5 ggc;22 ;1377632..1377707;;ggc;;24 ;1377732..1377807;;ggc;;29 ;1377837..1377912;;ggc;;45 ;1377958..1378031;;tgc;; ;;;;; ;1387010..1387094;;tta;; ;;;;; ;1420085..1420161;;gtc;; ;;;;; ;1427771..1427847;;ccc;; ;;;;; comp;1433244..1433319;;aac;+;32 comp;1433352..1433427;;aac;3 aac;31 comp;1433459..1433534;;aac;; ;;;;; ;1646821..1648366;;16s;;179 ;1648546..1648622;;atc;;86 ;1648709..1648784;;gca;;249 ;1649034..1651928;;23s;;122 ;1652051..1652165;;5s;;89 ;1652255..1652369;;5s;; ;;;;; ;1746117..1746207;;tcc;+;53 ;1746261..1746351;;tcc;2 tcc; ;;;;; ;1978844..1978919;;aac;; ;;;;; comp;2094372..2094447;;cac;+;26 comp;2094474..2094549;;cac;3 cac;45 comp;2094595..2094670;;cac;;27 comp;2094698..2094774;;aga;;18 comp;2094793..2094869;;cca;; ;;;;; comp;2511625..2511712;;tca;; ;;;;; comp;2747299..2747375;;gac;;7 comp;2747383..2747458;;gta;; ;;;;; ;2853221..2853305;;cta;; ;;;;; ;3187082..3187157;;aca;; ;;;;; ;3257362..3257437;;gcc;; ;;;;; ;3262246..3262321;;gcc;+;8 ;3262330..3262405;;gaa;2 gcc;11 ;3262417..3262492;;gcc;; ;;;;; comp;3371478..3371592;;5s;;122 comp;3371715..3374609;;23s;;250 comp;3374860..3374935;;gca;;12 comp;3374948..3375024;;atc;;79 comp;3375104..3376649;;16s;; ;;;;; ;3472822..3472897;;gta;+;12 ;3472910..3472986;;gac;5 gta;26 ;3473013..3473088;;gta;6 gac;12 ;3473101..3473177;;gac;1gtg;26 ;3473204..3473279;;gta;;12 ;3473292..3473368;;gac;;26 ;3473395..3473470;;gta;;12 ;3473483..3473559;;gac;;27 ;3473587..3473663;;gtg;;6 ;3473670..3473746;;gac;;27 ;3473774..3473850;;gtg;;6 ;3473857..3473933;;gac;; ;;;;; ;3622292..3622365;;ggg;; ;;;;; comp;3820120..3820234;;5s;;122 comp;3820357..3823251;;23s;;249 comp;3823501..3823576;;gca;;86 comp;3823663..3823739;;atc;;179 comp;3823919..3825464;;16s;; ;;;;; ;3828836..3828922;;ctg;+;51 ;3828974..3829060;;ctg;4 ctg;33 ;3829094..3829180;;ctg;;57 ;3829238..3829324;;ctg;; ;;;;; ;3854547..3854622;;caa;@2;*557 ;3855180..3855255;;acg;;61 ;3855317..3855393;;ccg;+;78 ;3855472..3855548;;ccg;2 ccg; ;;;;; comp;4059834..4059912;;atgi;; ;;;;; comp;4244591..4244705;;5s;;122 comp;4244828..4247722;;23s;;249 comp;4247972..4248047;;gca;;86 comp;4248134..4248210;;atc;;179 comp;4248390..4249935;;16s;; ;;;;; comp;4325718..4325794;;atgf;; ;;;;; comp;4389268..4389342;;caa;; ;;;;; ;4402077..4402153;;cgg;; ;;;;; comp;4434130..4434244;;5s;;122 comp;4434367..4437261;;23s;;249 comp;4437511..4437586;;gca;;86 comp;4437673..4437749;;atc;;179 comp;4437929..4439474;;16s;; ;;;;; ;4474196..4474272;;atg;+;35 ;4474308..4474384;;atg;2 atg; ;;;;; comp;4529616..4529690;;acc;; ;;;;; comp;4532053..4532128;;tgg;; ;;;;; comp;4533370..4533444;;acc;;24 comp;4533469..4533542;;gga;;52 comp;4533595..4533679;;tac;; ;;;;; comp;4586712..4586787;;aaa;+;38 comp;4586826..4586901;;aag;3 aaa;35 comp;4586937..4587012;;aaa;2 aag;28 comp;4587041..4587116;;aag;;37 comp;4587154..4587229;;aaa;; </pre> ====cvi cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_cumuls|cvi cumuls]] <pre> cvi cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;8;1;0;- ;16 23 5s 0;0;20;16;2 ;16 atc gca;8;40;20; ;16 23 5s a;0;60;6; ;max a;2;80;2; ;a doubles;0;100;0;6 ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;16;140;0; sans ;opérons;37;160;0; ;1 aa;22;180;0; ;max a;12;200;0; ;a doubles;12;;1; ;total aas;82;;45;8 total aas;;98;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;; ;;;variance;; sans jaune;;;moyenne;26;86 ;;;variance;18;0 </pre> ====cvi blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_blocs|cvi blocs]] <pre> cvi blocs;;;;;; 16s;179;1546;79;1546;179;1546 atc;86;;12;;86; gca;249;;250;;250; 23s;125;2895;122;2895;122;2895 5s;;115;;115;;115 ;;;;;; ;;;;;; 5s;122;115;122;115;122;115 23s;250;2895;249;2895;249;2895 gca;12;;86;;86; atc;79;;179;;179; 16s;;1546;;1546;;1546 ;;;;;; 16s;179;1546;;5s;122;115 atc;86;;;23s;249;2895 gca;249;;;gca;86; 23s;122;2895;;atc;179; 5s;89;115;;16s;;1546 5s;;115;;;; </pre> ====cvi distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_distribution|cvi distribution]] <pre> beta1;;;;;;;82;;beta1;;;;;;;22;;beta1;;;;;;;37;;beta1;;;;;;;23 atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc; atc;0;acc;1;aac;4;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;3;agc; ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt; gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;7;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5 tta;1;tca;1;taa;0;tga;0;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;0;aca;1;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;2;cga;0;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;6;gca;0;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;4;ccg;2;cag;0;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg; gtg;1;gcg;2;gag;0;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cvi données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_données_intercalaires|cvi données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cvi;fx;fc;cvi;fx40;fc40;cvi;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa 0;0;0;5;10;0;5;10;-1;0;118;177;152;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;suite 0;2;10;62;334;1;7;58;-2;3;0;58;57;447;506;;7;;gac 0;3;20;33;245;2;3;44;-3;0;0;858;110;370;450;;**;;gta 0;2;30;18;120;3;10;42;-4;22;375;19;46;439;391;;8;;gcc 0;1;40;17;116;4;6;30;-5;0;0;49;190;439;;;11;;gaa 2;3;50;43;99;5;2;25;-6;2;0;329;180;437;;;**;;gcc 1;4;60;71;107;6;8;13;-7;2;10;19;425;23s 5s;;;12;;gta 2;2;70;92;154;7;6;18;-8;0;56;91;707;127;;;26;;gac 1;1;80;56;140;8;5;13;-9;1;0;155;136;7* 124;;;12;;gta 0;3;90;32;83;9;8;41;-10;0;6;51;211;5s CDS;;;26;;gac 1;4;100;52;95;10;7;50;-11;4;31;62;66;280;137;;12;;gta 2;1;110;35;82;11;2;42;-12;1;0;173;225;189;154;;26;;gac 0;1;120;44;73;12;6;26;-13;2;10;120;182;415;101;;12;;gta 0;3;130;43;84;13;4;35;-14;0;21;435;70;213;206;;27;;gac 2;1;140;32;60;14;3;25;-15;0;0;101;49;5s 5s;;;6;;gta 0;0;150;20;51;15;4;21;-16;0;4;183;205;89;;;27;;gac 2;2;160;32;49;16;5;28;-17;3;16;182;151;16s tRNA;;;6;;gtg 0;2;170;22;50;17;0;19;-18;0;0;30;303;6* 182;;atc;**;;gac 1;3;180;20;43;18;3;17;-19;2;3;204;106;2* 82;;atc;51;;ctg 2;2;190;28;39;19;5;18;-20;1;12;98;212;tRNA 23s;;;33;;ctg 0;1;200;36;30;20;1;14;-21;1;0;59;73;3* 254;;gca;57;;ctg 1;2;210;23;35;21;1;16;-22;1;1;360;651;5* 253;;gca;**;;ctg 2;0;220;12;26;22;2;13;-23;1;4;25;97;tRNA tRNA;;intra;61;;acg 1;1;230;17;25;23;1;7;-24;1;0;15;137;6* 86;;atc gca;78;;ccg 0;0;240;23;14;24;3;18;-25;1;2;93;265;2* 12;;atc gca;;;ccg 0;0;250;11;11;25;1;10;-26;0;3;230;;tRNA tRNA;;;35;;atgj 0;0;260;16;13;26;2;13;-27;0;0;130;;6;;ttc;**;;atgj 1;0;270;16;21;27;3;7;-28;1;0;46;;**;;ttc;24;;acc 0;0;280;17;14;28;2;12;-29;1;2;71;;6;;agc;52;;gga 0;0;290;17;11;29;2;13;-30;0;0;48;;3;;cgt;**;;tac 0;0;300;7;15;30;1;11;-31;3;1;411;;**;;gaa;38;;aaa 1;0;310;12;9;31;1;17;-32;2;0;163;;3;;gaa;35;;aag 0;0;320;6;14;32;0;12;-33;0;0;170;;7;;cgt;28;;aaa 0;1;330;2;9;33;4;13;-34;0;0;55;;5;;gaa;37;;aag 0;0;340;10;9;34;0;11;-35;2;1;770;;**;;cgt;**;;aaa 0;0;350;6;5;35;1;9;-36;0;0;201;;23;;ggc;;; 0;1;360;6;5;36;1;11;-37;1;0;92;;22;;ggc;;; 0;0;370;7;11;37;5;9;-38;0;2;747;;24;;ggc;;; 0;0;380;4;6;38;1;9;-39;0;0;151;;29;;ggc;;; 0;0;390;3;7;39;3;10;-40;0;1;89;;45;;ggc;;; 0;0;400;5;6;40;1;15;-41;2;1;6;;**;;tgc;;; 3;5;reste;89;94;reste;967;1599;-42;0;0;87;;32;;aac;;; 25;51;total;1102;2424;total;1102;2424;-43;1;0;125;;31;;aac;;; 22;46;diagr;1008;2320;diagr;130;815;-44;0;3;86;;**;;aac;;; 0;7; t30;113;699;;;;-45;0;0;179;;53;;tcc;;; ;;;;;;;;-46;0;0;64;;**;;tcc;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;10;;26;;cac;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;40;;45;;cac;;; ;x;1097;69;5;1171;;;-49;1;0;139;;27;;cac;;; ;c;2414;687;10;3111;;;-50;1;0;194;;18;;aga;;; ;;;;;4282;205;;reste;6;4;130;;**;;cca;;; ;;;;;;4487;;total;69;687;;;;;;;; </pre> =====cvi autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires_aas|cvi autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cvi;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;242272;116;comp; ;regulatory;243048;76;; fin;CDS;243272;;; deb;CDS;419401;506;comp; ;rRNA;421224;182;;16s ;tRNA;422942;86;;atc ;tRNA;423105;253;;gca ;rRNA;423434;127;;23s ;rRNA;426450;137;;5s fin;CDS;426702;;comp; deb;CDS;500524;447;; ;rRNA;502189;82;;16s ;tRNA;503807;12;;atc ;tRNA;503896;254;;gca ;rRNA;504226;124;;23s ;rRNA;507239;280;;5s fin;CDS;507634;;; deb;CDS;521304;119;comp; ;regulatory;522458;124;; fin;CDS;522848;;; deb;CDS;526333;31;; ;ncRNA;526676;12;; fin;CDS;526872;;; deb;CDS;578634;106;comp; ;ncRNA;581905;130;; fin;CDS;582495;;; deb;CDS;680663;177;comp; ;tRNA;682034;58;comp;ttg fin;CDS;682177;;comp; deb;CDS;758940;152;comp; ;tRNA;759824;57;;tac fin;CDS;759966;;comp; deb;CDS;877002;858;comp; ;tRNA;878775;19;comp;agg fin;CDS;878869;;comp; deb;CDS;952811;49;; ;tRNA;955155;329;;gcg fin;CDS;955560;;; deb;CDS;975236;19;; ;tRNA;975612;91;;ctc fin;CDS;975788;;; deb;CDS;996781;89;comp; ;regulatory;998457;72;; fin;CDS;998621;;; deb;CDS;1006022;155;; ;tRNA;1006822;6;;ttc ;tRNA;1006904;51;;ttc fin;CDS;1007031;;; deb;CDS;1057229;62;; ;tRNA;1058518;6;;agc ;tRNA;1058618;3;;cgt ;tRNA;1058698;110;;gaa deb;CDS;1058883;173;comp; ;tRNA;1061741;3;comp;gaa ;tRNA;1061819;7;comp;cgt ;tRNA;1061903;5;comp;gaa ;tRNA;1061983;46;comp;cgt fin;CDS;1062106;;; deb;CDS;1153105;370;; ;rRNA;1154027;182;;16s ;tRNA;1155745;86;;atc ;tRNA;1155908;254;;gca ;rRNA;1156238;124;;23s ;rRNA;1159251;189;;5s fin;CDS;1159555;;; deb;CDS;1262223;190;; ;tRNA;1263556;120;comp;tcg fin;CDS;1263766;;comp; deb;CDS;1272648;435;; ;tRNA;1273710;180;;atgf fin;CDS;1273967;;comp; deb;CDS;1292860;191;; ;repeat_region;1293342;324;; fin;CDS;1295441;;; deb;CDS;1376752;101;; ;tRNA;1377435;23;;ggc ;tRNA;1377534;22;;ggc ;tRNA;1377632;24;;ggc ;tRNA;1377732;29;;ggc ;tRNA;1377837;45;;ggc ;tRNA;1377958;425;;tgc fin;CDS;1378457;;comp; deb;CDS;1385508;707;comp; ;tRNA;1387010;183;;tta fin;CDS;1387278;;; deb;CDS;1418833;136;comp; ;tRNA;1420085;182;;gtc fin;CDS;1420344;;; deb;CDS;1427387;30;; ;tRNA;1427771;204;;ccc fin;CDS;1428052;;; deb;CDS;1432303;98;comp; ;tRNA;1433244;32;comp;aac ;tRNA;1433352;31;comp;aac ;tRNA;1433459;211;comp;aac fin;CDS;1433746;;; deb;CDS;1451057;323;comp; ;repeat_region;1452712;105;; fin;CDS;1454130;;comp; deb;CDS;1458879;179;; ;repeat_region;1461308;144;; fin;CDS;1462645;;; deb;CDS;1644076;439;; ;rRNA;1646828;182;;16s ;tRNA;1648546;86;;atc ;tRNA;1648709;253;;gca ;rRNA;1649038;124;;23s ;rRNA;1652051;89;;5s ;rRNA;1652255;154;;5s fin;CDS;1652524;;comp; deb;CDS;1689363;107;comp; ;regulatory;1690517;42;comp; fin;CDS;1690745;;comp; deb;CDS;1744930;59;; ;tRNA;1746117;53;;tcc ;tRNA;1746261;360;;tcc fin;CDS;1746712;;; deb;CDS;1786722;25;; ;tRNA;1786963;15;; fin;CDS;1787071;;; deb;CDS;1899096;223;; ;repeat_region;1900978;157;; fin;CDS;1902728;;comp; deb;CDS;1975805;93;; ;tRNA;1978844;66;;aac fin;CDS;1978986;;comp; deb;CDS;2093021;230;; ;tRNA;2094372;26;;cac ;tRNA;2094474;45;;cac ;tRNA;2094595;27;;cac ;tRNA;2094698;18;;aga ;tRNA;2094793;225;;cca fin;CDS;2095095;;comp; deb;CDS;2186305;69;; ;tmRNA;2186992;205;; fin;CDS;2187562;;; deb;CDS;2192639;145;comp; ;regulatory;2193399;4;comp; ;regulatory;2193502;65;comp; fin;CDS;2193653;;comp; deb;CDS;2337863;-1;; ;ncRNA;2338135;0;; fin;CDS;2338210;;; deb;CDS;2511015;130;comp; ;tRNA;2511625;46;comp;tca fin;CDS;2511759;;comp; deb;CDS;2560167;264;comp; ;ncRNA;2560755;168;comp; fin;CDS;2561022;;; deb;CDS;2745389;71;comp; ;tRNA;2747299;7;comp;gac ;tRNA;2747383;48;comp;gta fin;CDS;2747507;;comp; deb;CDS;2852349;182;comp; ;tRNA;2853221;70;;cta fin;CDS;2853376;;comp; deb;CDS;3186574;49;comp; ;tRNA;3187082;411;;aca fin;CDS;3187569;;; deb;CDS;3256344;205;comp; ;tRNA;3257362;151;;gcc fin;CDS;3257589;;comp; deb;CDS;3261178;303;comp; ;tRNA;3262246;8;;gcc ;tRNA;3262330;11;;gaa ;tRNA;3262417;106;;gcc fin;CDS;3262599;;comp; deb;CDS;3368966;415;comp; ;rRNA;3371478;124;comp;5s ;rRNA;3371717;254;comp;23s ;tRNA;3374860;12;comp;gca ;tRNA;3374948;82;comp;atc ;rRNA;3375107;439;comp;16s fin;CDS;3377082;;comp; deb;CDS;3447322;50;comp; ;regulatory;3448389;124;comp; fin;CDS;3448608;;; deb;CDS;3471644;212;comp; ;tRNA;3472822;12;;gta ;tRNA;3472910;26;;gac ;tRNA;3473013;12;;gta ;tRNA;3473101;26;;gac ;tRNA;3473204;12;;gta ;tRNA;3473292;26;;gac ;tRNA;3473395;12;;gta ;tRNA;3473483;27;;gac ;tRNA;3473587;6;;gta ;tRNA;3473670;27;;gac ;tRNA;3473774;6;;gtg ;tRNA;3473857;163;;gac fin;CDS;3474097;;; deb;CDS;3621600;170;; ;tRNA;3622292;55;;ggg fin;CDS;3622421;;; deb;CDS;3727029;40;comp; ;regulatory;3728158;14;comp; ;regulatory;3728271;172;comp; fin;CDS;3728534;;comp; deb;CDS;3818863;213;comp; ;rRNA;3820120;124;comp;5s ;rRNA;3820359;253;comp;23s ;tRNA;3823501;86;comp;gca ;tRNA;3823663;182;comp;atc ;rRNA;3823922;437;comp;16s deb;CDS;3825895;73;comp; ;tRNA;3828836;51;;ctg ;tRNA;3828974;33;;ctg ;tRNA;3829094;57;;ctg ;tRNA;3829238;651;;ctg fin;CDS;3829976;;comp; deb;CDS;3854191;770;comp; ;tRNA;3855180;61;comp;acg ;tRNA;3855317;78;comp;ccg ;tRNA;3855472;97;comp;ccg fin;CDS;3855646;;; deb;CDS;4058859;201;comp; ;tRNA;4059834;92;comp;atgi fin;CDS;4060005;;comp; deb;CDS;4244169;101;; ;rRNA;4244591;124;comp;5s ;rRNA;4244830;253;comp;23s ;tRNA;4247972;86;comp;gca ;tRNA;4248134;182;comp;atc ;rRNA;4248393;450;comp;16s fin;CDS;4250379;;; deb;CDS;4324029;747;comp; ;tRNA;4325718;151;comp;atgf fin;CDS;4325946;;comp; deb;CDS;4388195;89;comp; ;tRNA;4389268;6;comp;caa fin;CDS;4389349;;comp; deb;CDS;4401196;137;comp; ;tRNA;4402077;265;;cgg fin;CDS;4402419;;comp; deb;CDS;4433423;206;; ;rRNA;4434130;124;comp;5s ;rRNA;4434369;253;comp;23s ;tRNA;4437511;86;comp;gca ;tRNA;4437673;182;comp;atc ;rRNA;4437932;391;comp;16s fin;CDS;4439859;;; deb;CDS;4472951;87;; ;tRNA;4474196;35;;atgj ;tRNA;4474308;125;;atgj fin;CDS;4474510;;; deb;CDS;4529035;86;comp; ;tRNA;4529616;179;comp;acc fin;CDS;4529870;;comp; deb;CDS;4531632;64;comp; ;tRNA;4532053;10;comp;tgg deb;CDS;4532139;40;comp; ;tRNA;4533370;24;comp;acc ;tRNA;4533469;52;comp;gga ;tRNA;4533595;139;comp;tac fin;CDS;4533819;;comp; deb;CDS;4549877;87;comp; ;regulatory;4551002;131;; fin;CDS;4551282;;; deb;CDS;4586188;194;comp; ;tRNA;4586712;38;comp;aaa ;tRNA;4586826;35;comp;aag ;tRNA;4586937;28;comp;aaa ;tRNA;4587041;37;comp;aag ;tRNA;4587154;130;comp;aaa fin;CDS;4587360;;comp; </pre> ====cvi intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_entre_cds|cvi intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> cvi;4.2.21 Paris;;cvi 25.12.20;;;;;;;;; cvi;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5;intercal;<u>'''frequencez ;'''négatif;756;17.7;'''négatif ;-8;11;-1 à -102;'''4 751 080;-1;756;610;2 ;'''zéro;15;0.4;;;;;'''intercals;0;15;620;1 ;'''1 à 200;2842;66.4;'''0 à 200;74;55;;'''452 650;5;227;630;2 ;'''201 à 370;455;10.6;'''201 à 370;266;47;;'''9.5%;10;169;640;1 ;'''371 à 600;147;3.4;'''371 à 600;453;59;;;15;168;650;1 ;'''601 à max;67;1.6;'''601 à 1309;795;172;;;20;110;660;4 ;'''total 4282;<201;84.4;'''total 4281;104;142;-102 à 1309;;25;72;670;4 adresse;intercalx;intercal;<u>'''fréquence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul,t %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;66;680;2 1407250;1977;-1;756;-70;6;;0;15;35;68;690;3 2476400;1309;0;15;-60;1;;-1;°118;40;65;700;5 667844;1253;1;°65;-50;4;;-2;3;45;75;710;2 448587;1220;2;47;-40;9;;-3;0;50;67;720;1 357760;1187;3;°52;-30;12;'''min à -1;-4;°397;55;84;730;5 707510;1165;4;36;-20;32;756;-5;0;60;94;740;2 139762;1148;5;27;-10;103;17.7%;-6;2;65;120;750;1 1309853;1098;6;21;0;604;;-7;12;70;126;760;2 2457295;1068;7;°24;10;396;;-8;°56;75;114;770;1 669869;1004;8;18;20;278;;-9;1;80;82;780;1 2288697;984;9;49;30;138;;-10;6;85;62;790;1 1828489;968;10;°57;40;133;'''1 à 100;-11;°35;90;53;800;4 3613803;905;11;44;50;142;1969;-12;1;95;81;810;1 2465473;902;12;32;60;178;46.0%;-13;12;100;66;820;2 2025387;900;13;°39;70;246;;-14;°21;105;60;830;0 869124;888;14;28;80;196;;-15;0;110;57;840;1 2030614;865;15;25;90;115;;-16;4;115;69;850;0 664864;858;16;°33;100;147;;-17;°19;120;48;860;1 2442265;838;17;19;110;117;;-18;0;125;58;870;1 561508;819;18;20;120;117;;-19;5;130;69;880;0 1345805;811;19;°23;130;127;;-20;°13;135;48;890;1 27453;809;20;15;140;92;;-21;1;140;44;900;1 3009727;799;21;°17;150;71;;-22;2;145;41;910;2 914899;796;22;15;160;81;;-23;°5;150;30;920;0 344593;793;23;8;170;72;'''1 à 200;-24;1;155;46;930;0 1783705;791;24;°21;180;63;2842;-25;3;160;35;940;0 1569417;787;25;11;190;67;66.4%;-26;°3;165;41;950;0 3000804;771;26;°15;200;66;;-27;0;170;31;960;0 34255;767;27;10;210;58;;-28;1;175;37;970;1 136535;759;28;°14;220;38;;-29;°3;180;26;980;0 2126902;751;29;15;230;42;;-30;0;185;39;990;1 1360178;742;30;12;240;37;;-31;4;190;28;1000;0 3310655;736;31;°18;250;22;'''0 à 200;-32;2;195;34;1010;1 2140607;733;32;12;260;29;2857;total;75;200;32;1020;0 ;;33;°17;270;37;;reste;26;205;32;1030;0 ;;34;11;280;31;;total;771;210;26;1040;0 ;;35;10;290;28;;;;215;19;1050;0 ;;36;12;300;22;;intercal;<u>'''frequencef;220;19;1060;0 ;;37;°14;310;21;;600;4215;225;21;1070;1 ;;38;10;320;20;;620;3;230;21;1080;0 ;;39;13;330;11;;640;3;235;17;1090;0 ;;40;°16;340;19;'''201 à 370;660;5;240;20;1100;1 ;;reste;2566;350;11;455;680;6;245;11;1110;0 ;;total;4282;360;11;10.6%;700;8;250;11;1120;0 ;;;;370;18;;720;3;255;9;1130;0 ;;;;380;10;;740;7;260;20;1140;0 ;;;;390;10;;760;3;265;17;1150;1 '''adresses;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;11;;780;2;270;20;1160;0 4014450;-102;comp;;410;11;;800;5;275;15;1170;1 1765439;-97;shift2;1671;420;9;;820;3;280;16;1180;0 1246857;-94;shift2;798;430;12;;840;1;285;17;1190;1 4426186;-80;comp;;440;14;;860;1;290;11;1200;0 3511064;-73;shift2;1;450;9;;880;1;295;14;reste;4 3199809;-71;shift2;494;460;5;;900;2;300;8;total;4282 3580355;-61;comp;;470;6;;920;2;305;14;; 4088183;-59;comp;;480;6;;940;;310;7;; 2599768;-57;comp;;490;5;;960;;315;14;; 1062106;-56;comp;;500;1;;980;1;320;6;; 3542032;-50;comp;;510;10;;1000;1;325;5;; 834886;-49;comp;;520;5;;1020;1;330;6;; 2603937;-44;shift2;;530;4;;1040;;335;13;; 2822032;-44;shift2;;540;2;'''371 à 600;1060;;340;6;; 4104968;-44;shift2;;550;4;147;1080;1;345;6;; 283435;-43;comp;;560;3;3.4%;1100;1;350;5;; 226851;-41;comp;;570;5;;1120;;355;6;; 387678;-41;comp;;580;3;'''601 à max;1140;;360;5;; 1796583;-41;shift2;;590;0;67;1160;1;365;10;; 4120154;-40;shift2;;600;2;1.6%;;61;370;8;; 3951302;-38;shift2;;reste;67;;reste;6;reste;214;; 4595659;-38;shift2;;total;4282;;total;4282;total;4282;; </pre> ====cvi intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cvi;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;29;-174;154;42;611;200;max70;&-44;372;-1071;112;852;282;min50 31 à 400;;;;;;;;&5.3;22;-332;69;915;-138;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;131;52;-;581;dte;30;tf;&204;67;;649;poly;203;SF 31 à 400;;;;;;;;&149;52;-;808;poly;107;tF corrélations cvi. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400 ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814 cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696 abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+ 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243 </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60 70, '''t30 t70'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.582;;;;; 41-n;0.931;0.858;0.891;;;;;;;;;;;; 1-n;0.696;0.434;0.549;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; cvi;fx;fc;;cvi;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;;cvi;Sx-;Sc- 0;5;10;;0;5;4;;0;5;10;;x;-1;0;118 10;62;334;;10;62;144;;1;7;58;>0;1097;-2;3;0 20;33;245;;20;33;106;;2;3;44;<0;69;-3;0;0 30;18;120;;30;18;52;;3;10;42;zéro;5;-4;22;375 40;17;116;;40;17;50;;4;6;30;total;1171;-5;0;0 50;43;99;;50;43;43;;5;2;25;;c;-6;2;0 60;71;107;;60;70;46;;6;8;13;>0;2414;-7;2;10 70;92;154;;70;91;66;;7;6;18;<0;687;-8;0;56 80;56;140;;80;56;60;;8;5;13;zéro;10;-9;1;0 90;32;83;;90;32;36;;9;8;41;total;3111;-10;0;6 100;52;95;;100;52;41;;10;7;50;;;-11;4;31 110;35;82;;110;35;35;;11;2;42;;;-12;1;0 120;44;73;;120;44;31;;12;6;26;;;-13;2;10 130;43;84;;130;43;36;;13;4;35;;;-14;0;21 140;32;60;;140;32;26;;14;3;25;;;-15;0;0 150;20;51;;150;20;22;;15;4;21;;;-16;0;4 160;32;49;;160;32;21;;16;5;28;;;-17;3;16 170;22;50;;170;22;22;;17;0;19;;;-18;0;0 180;20;43;;180;20;19;;18;3;17;;;-19;2;3 190;28;39;;190;28;17;;19;5;18;;;-20;1;12 200;36;30;;200;36;13;;20;1;14;;;-21;1;0 210;23;35;;210;23;15;;21;1;16;;;-22;1;1 220;12;26;;220;12;11;;22;2;13;;;-23;1;4 230;17;25;;230;17;11;;23;1;7;;;-24;1;0 240;23;14;;240;23;6;;24;3;18;;;-25;1;2 250;11;11;;250;11;5;;25;1;10;;;-26;0;3 260;16;13;;260;16;6;;26;2;13;;;-27;0;0 270;16;21;;270;16;9;;27;3;7;;;-28;1;0 280;17;14;;280;17;6;;28;2;12;;;-29;1;2 290;17;11;;290;17;5;;29;2;13;;;-30;0;0 300;7;15;;300;7;6;;30;1;11;;;-31;3;1 310;12;9;;310;12;4;;31;1;17;;;-32;2;0 320;6;14;;320;6;6;;32;0;12;;;-33;0;0 330;2;9;;330;2;4;;33;4;13;;;-34;0;0 340;10;9;;340;10;4;;34;0;11;;;-35;2;1 350;6;5;;350;6;2;;35;1;9;;;-36;0;0 360;6;5;;360;6;2;;36;1;11;;;-37;1;0 370;7;11;;370;7;5;;37;5;9;;;-38;0;2 380;4;6;;380;4;3;;38;1;9;;;-39;0;0 390;3;7;;390;3;3;;39;3;10;;;-40;0;1 400;5;6;;400;5;3;;40;1;15;;;-41;2;1 reste;89;94;;;;;;reste;967;1599;;;-42;0;0 total;1102;2424;;t30;112;301;;total;1102;2424;;;-43;1;0 diagr;1008;2320;;t70;333;506;;diagr;130;815;;;-44;0;3 - t30;895;1621;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t70;672;1145;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;6;4 ;;;;;;;;;;;;;total;69;687 </pre> ====cvi intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_négatifs_S-|cvi intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;; comp’;0;3;0;20;0;2;2;0;1;0;3;0;2;0;0;0;2;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;1;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;62;6 continu;118;0;0;377;0;0;10;56;0;6;32;1;10;21;0;4;17;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;2;1;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;694;4 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;22;0;2;2;0;1;0;4;1;2;0;0;0;3;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;3;2;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;6;69 ;Sc-;118;0;0;375;0;0;10;56;0;6;31;0;10;21;0;4;16;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;1;0;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;4;687 </pre> ====cvi autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires|cvi autres intercalaires]] <pre> ;cvi;autres intercalaires;;adresses1;;cvi;autres intercalaires;;adresses2;;;cvi;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;242272;116;comp;;deb;°CDS;1427387;30;;;deb;°CDS;3471644;212;comp ;regulatory;243048;76;;;;&tRNA;1427771;204;;;;&tRNA;3472822;12; fin;°CDS;243272;;;;fin;°CDS;1428052;;;;;&tRNA;3472910;26; deb;°CDS;419401;506;comp;;deb;°CDS;1432303;98;comp;;;&tRNA;3473013;12; ;$rRNA;421224;182;;;;&tRNA;1433244;32;comp;;;&tRNA;3473101;26; ;&tRNA;422942;86;;;;&tRNA;1433352;31;comp;;;&tRNA;3473204;12; ;&tRNA;423105;253;;;;&tRNA;1433459;211;comp;;;&tRNA;3473292;26; ;$rRNA;423434;127;;;fin;°CDS;1433746;;;;;&tRNA;3473395;12; ;$rRNA;426450;137;;;deb;°CDS;1451057;323;comp;;;&tRNA;3473483;27; fin;°CDS;426702;;comp;;;repeat_region;1452712;105;;;;&tRNA;3473587;6; deb;°CDS;500524;447;;;fin;°CDS;1454130;;comp;;;&tRNA;3473670;27; ;$rRNA;502189;82;;;deb;°CDS;1458879;179;;;;&tRNA;3473774;6; ;&tRNA;503807;12;;;;repeat_region;1461308;144;;;;&tRNA;3473857;163; ;&tRNA;503896;254;;;fin;°CDS;1462645;;;;fin;°CDS;3474097;; ;$rRNA;504226;124;;;deb;°CDS;1644076;439;;;deb;°CDS;3621600;170; ;$rRNA;507239;280;;;;$rRNA;1646828;182;;;;&tRNA;3622292;55; fin;°CDS;507634;;;;;&tRNA;1648546;86;;;fin;°CDS;3622421;; deb;°CDS;521304;119;comp;;;&tRNA;1648709;253;;;deb;°CDS;3727029;40;comp ;regulatory;522458;124;;;;$rRNA;1649038;124;;;;regulatory;3728158;14;comp fin;°CDS;522848;;;;;$rRNA;1652051;89;;;;regulatory;3728271;172;comp deb;°CDS;526333;31;;;;$rRNA;1652255;154;;;fin;°CDS;3728534;;comp ;ncRNA;526676;12;;;fin;°CDS;1652524;;comp;;deb;°CDS;3818863;213;comp fin;°CDS;526872;;;;deb;°CDS;1689363;107;comp;;;$rRNA;3820120;124;comp deb;°CDS;578634;106;comp;;;regulatory;1690517;42;comp;;;$rRNA;3820359;253;comp ;ncRNA;581905;130;;;fin;°CDS;1690745;;comp;;;&tRNA;3823501;86;comp fin;°CDS;582495;;;;deb;°CDS;1744930;59;;;;&tRNA;3823663;182;comp deb;°CDS;680663;177;comp;;;&tRNA;1746117;53;;;;$rRNA;3823922;437;comp ;&tRNA;682034;58;comp;;;&tRNA;1746261;360;;;deb;°CDS;3825895;73;comp fin;°CDS;682177;;comp;;fin;°CDS;1746712;;;;;&tRNA;3828836;51; deb;°CDS;758940;152;comp;;deb;°CDS;1786722;25;;;;&tRNA;3828974;33; ;&tRNA;759824;57;;;;&tRNA;1786963;15;;;;&tRNA;3829094;57; fin;°CDS;759966;;comp;;fin;°CDS;1787071;;;;;&tRNA;3829238;651; deb;°CDS;877002;858;comp;;deb;°CDS;1899096;223;;;fin;°CDS;3829976;;comp ;&tRNA;878775;19;comp;;;repeat_region;1900978;157;;;deb;°CDS;3854191;770;comp fin;°CDS;878869;;comp;;fin;°CDS;1902728;;comp;;;&tRNA;3855180;61;comp deb;°CDS;952811;49;;;deb;°CDS;1975805;93;;;;&tRNA;3855317;78;comp ;&tRNA;955155;329;;;;&tRNA;1978844;66;;;;&tRNA;3855472;97;comp fin;°CDS;955560;;;;fin;°CDS;1978986;;comp;;fin;°CDS;3855646;; deb;°CDS;975236;19;;;deb;°CDS;2093021;230;;;deb;°CDS;4058859;201;comp ;&tRNA;975612;91;;;;&tRNA;2094372;26;;;;&tRNA;4059834;92;comp fin;°CDS;975788;;;;;&tRNA;2094474;45;;;fin;°CDS;4060005;;comp deb;°CDS;996781;89;comp;;;&tRNA;2094595;27;;;deb;°CDS;4244169;101; ;regulatory;998457;72;;;;&tRNA;2094698;18;;;;$rRNA;4244591;124;comp fin;°CDS;998621;;;;;&tRNA;2094793;225;;;;$rRNA;4244830;253;comp deb;°CDS;1006022;155;;;fin;°CDS;2095095;;comp;;;&tRNA;4247972;86;comp ;&tRNA;1006822;6;;;deb;°CDS;2186305;69;;;;&tRNA;4248134;182;comp ;&tRNA;1006904;51;;;;tmRNA;2186992;205;;;;$rRNA;4248393;450;comp fin;°CDS;1007031;;;;fin;°CDS;2187562;;;;fin;°CDS;4250379;; deb;°CDS;1057229;62;;;deb;°CDS;2192639;145;comp;;deb;°CDS;4324029;747;comp ;&tRNA;1058518;6;;;;regulatory;2193399;4;comp;;;&tRNA;4325718;151;comp ;&tRNA;1058618;3;;;;regulatory;2193502;65;comp;;fin;°CDS;4325946;;comp ;&tRNA;1058698;110;;;fin;°CDS;2193653;;comp;;deb;°CDS;4388195;89;comp deb;°CDS;1058883;173;comp;;deb;°CDS;2337863;-1;;;;&tRNA;4389268;6;comp ;&tRNA;1061741;3;comp;;;ncRNA;2338135;0;;;fin;°CDS;4389349;;comp ;&tRNA;1061819;7;comp;;fin;°CDS;2338210;;;;deb;°CDS;4401196;137;comp ;&tRNA;1061903;5;comp;;deb;°CDS;2511015;130;comp;;;&tRNA;4402077;265; ;&tRNA;1061983;46;comp;;;&tRNA;2511625;46;comp;;fin;°CDS;4402419;;comp fin;°CDS;1062106;;;;fin;°CDS;2511759;;comp;;deb;°CDS;4433423;206; deb;°CDS;1153105;370;;;deb;°CDS;2560167;264;comp;;;$rRNA;4434130;124;comp ;$rRNA;1154027;182;;;;ncRNA;2560755;168;comp;;;$rRNA;4434369;253;comp ;&tRNA;1155745;86;;;fin;°CDS;2561022;;;;;&tRNA;4437511;86;comp ;&tRNA;1155908;254;;;deb;°CDS;2745389;71;comp;;;&tRNA;4437673;182;comp ;$rRNA;1156238;124;;;;&tRNA;2747299;7;comp;;;$rRNA;4437932;391;comp ;$rRNA;1159251;189;;;;&tRNA;2747383;48;comp;;fin;°CDS;4439859;; fin;°CDS;1159555;;;;fin;°CDS;2747507;;comp;;deb;°CDS;4472951;87; deb;°CDS;1262223;190;;;deb;°CDS;2852349;182;comp;;;&tRNA;4474196;35; ;&tRNA;1263556;120;comp;;;&tRNA;2853221;70;;;;&tRNA;4474308;125; fin;°CDS;1263766;;comp;;fin;°CDS;2853376;;comp;;fin;°CDS;4474510;; deb;°CDS;1272648;435;;;deb;°CDS;3186574;49;comp;;deb;°CDS;4529035;86;comp ;&tRNA;1273710;180;;;;&tRNA;3187082;411;;;;&tRNA;4529616;179;comp fin;°CDS;1273967;;comp;;fin;°CDS;3187569;;;;fin;°CDS;4529870;;comp deb;°CDS;1292860;191;;;deb;°CDS;3256344;205;comp;;deb;°CDS;4531632;64;comp ;repeat_region;1293342;324;;;;&tRNA;3257362;151;;;;&tRNA;4532053;10;comp fin;°CDS;1295441;;;;fin;°CDS;3257589;;comp;;deb;°CDS;4532139;40;comp deb;°CDS;1376752;101;;;deb;°CDS;3261178;303;comp;;;&tRNA;4533370;24;comp ;&tRNA;1377435;23;;;;&tRNA;3262246;8;;;;&tRNA;4533469;52;comp ;&tRNA;1377534;22;;;;&tRNA;3262330;11;;;;&tRNA;4533595;139;comp ;&tRNA;1377632;24;;;;&tRNA;3262417;106;;;fin;°CDS;4533819;;comp ;&tRNA;1377732;29;;;fin;°CDS;3262599;;comp;;deb;°CDS;4549877;87;comp ;&tRNA;1377837;45;;;deb;°CDS;3368966;415;comp;;;regulatory;4551002;131; ;&tRNA;1377958;425;;;;$rRNA;3371478;124;comp;;fin;°CDS;4551282;; fin;°CDS;1378457;;comp;;;$rRNA;3371717;254;comp;;deb;°CDS;4586188;194;comp deb;°CDS;1385508;707;comp;;;&tRNA;3374860;12;comp;;;&tRNA;4586712;38;comp ;&tRNA;1387010;183;;;;&tRNA;3374948;82;comp;;;&tRNA;4586826;35;comp fin;°CDS;1387278;;;;;$rRNA;3375107;439;comp;;;&tRNA;4586937;28;comp deb;°CDS;1418833;136;comp;;fin;°CDS;3377082;;comp;;;&tRNA;4587041;37;comp ;&tRNA;1420085;182;;;deb;°CDS;3447322;50;comp;;;&tRNA;4587154;130;comp fin;°CDS;1420344;;;;;regulatory;3448389;124;comp;;fin;°CDS;4587360;;comp ;;;;;;fin;°CDS;3448608;;;;;;;; </pre> ====cvi intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_tRNA|cvi intercalaires tRNA]] <pre> cvi intercalaires tRNA ;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;177;;58;;19;6;deb; ;;comp’;152;comp’;57;;25;10;<201;22 ;;;858;;19;;30;15;total;27 ;;;49;;329;;40;19;taux;81% ;;;19;;91;;49;46;; ;6;;155;;51;;59;48;fin; ;6 3;;62;comp’;110;;62;51;<201;20 ;3 7 5;;173;comp’;46;;64;55;total;25 ;;comp’;190;;120;;71;58;taux;80% ;;;435;comp’;180;;86;91;; ;;;191;;324;;87;92;total; ;23 22 24 29 45;;101;comp’;425;;89;120;<201;42 ;;comp’;707;;183;;93;125;total;52 ;;comp’;136;;182;;98;130;taux;81% ;;;30;;204;;101;139;; ;32 31;;98;comp’;211;;130;151;; ;53;;59;;360;;155;163;; ;;;25;;15;;170;179;; ;;;93;comp’;66;;173;182;; ;26 45 27 18;;230;comp’;225;;177;183;; ;;;130;;46;;191;204;; ;7;;71;;48;;194;324;; ;;comp’;182;comp’;70;;201;329;; ;;comp’;49;;411;;230;360;; ;;comp’;205;comp’;151;;435;411;; ;8 11;comp’;303;comp’;106;;747;;; ;12 26 12 26 12 26;comp’;212;;163;;858;;comp’;cumuls ;12 27 6 27 6;;;;;;49;46;deb; ;;;170;;55;;73;57;<201;7 ;51 33 57;comp’;73;comp’;651;;136;66;total;12 ;61 78;;770;comp’;97;;137;70;taux;58% ;;;201;;92;;152;97;; ;;;747;;151;;182;106;fin; ;;;89;;6;;190;110;<201;9 ;;comp’;137;comp’;265;;205;151;total;14 ;35;;87;;125;;212;180;taux;64% ;;;86;;179;;303;211;; ;;;64;;10;;707;225;total; ;24 52;;40;;139;;770;265;<201;16 ;38 35 28 37;;194;;130;;-;425;total;26 ;;;;;;;-;651;taux;62% ;;;;;;;;;; continu + comp’;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;29;29;58;;;;;;; total;39;39;78;;;;;;; taux;74%;74%;74%;;;;;;; </pre> ====cvi par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_par_rapport_au_groupe_de_référence|cvi par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;9;7;2;;;;18; 16;moyen;7;3;11;;;16;37; 14;fort;6;27;10;;;;43; ; ;22;37;23;;;16;98; 10;g+cga;3;5;2;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;2;;;;;6; 5;autres;;;;;;;0; ;;9;7;2;;;;18; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;92;71;20;;;;184;26 16;moyen;71;31;112;;;163;378;324 14;fort;61;276;102;;;;439;650 ; ;224;378;235;;;163;98;729 10;g+cgg;31;51;20;;;;102;10 2;agg+cga;20;;;;;;20; 4;carre ccc;41;20;;;;;61;16 5;autres;;;;;;;0; ;;92;71;20;;;;184; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;110;85;24;220;26;41;19;9 16;moyen;85;37;134;256;324;32;8;48 14;fort;73;329;122;524;650;27;73;43 ; ;268;451;280;82;729;22;37;23 10;g+cgg;37;61;24;122;10;;; 2;agg+cga;24;;;24;;;; 4;carre ccc;49;24;;73;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;110;85;24;220;;;; </pre> ====beta, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#beta,_estimation_des_-rRNAs|beta, estimation des -rRNAs]] <pre> 44 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;44;351; ; ;;indices;;;;44;798;0;0;;beta1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;82 atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;10;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;23;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1 atc;159;acc;10;aac;;agc;1;;atc;361;acc;23;aac;;agc;2;;atc;;acc;1;aac;4;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;2;cga; gta;;gca;159;gaa;;gga;10;;gta;;gca;361;gaa;;gga;23;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1 ;;329;;22;;0;351;;;;748;;50;;0;798;;;;21;;43;;18;82 11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;268;15707;5.2;0;;indices;;;;268;15707;5.2;0;;beta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;172;;atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;177;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;200 att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;;act;;aat;;agt; ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;108;tcc;101;tac;84;tgc;142;;ttc;108;tcc;101;tac;107;tgc;142;;ttc;200;tcc;200;tac;200;tgc;100 atc;6;acc;79;aac;184;agc;99;;atc;367;acc;102;aac;184;agc;101;;atc;;acc;100;aac;400;agc;100 ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;100;ccc;100;cac;300;cgt;300 gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;100;gcc;300;gac;700;ggc;500 tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;;aca;100;aaa;300;aga;100 cta;101;cca;137;caa;123;cga;0;;cta;101;cca;137;caa;123;cga;;;cta;100;cca;100;caa;200;cga; gta;118;gca;12;gaa;202;gga;78;;gta;118;gca;373;gaa;202;gga;101;;gta;600;gca;;gaa;400;gga;100 ttg;102;tcg;111;tag;2.6;tgg;102;;ttg;102;tcg;111;tag;3;tgg;102;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;200;acg;100;aag;200;agg;100 ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;400;ccg;200;cag;;cgg;100 gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;100;gcg;200;gag;;ggg;100 ;;1517;;2099;;1440;5057;;;;2265;;2149;;1440;5854;;;;2100;;4300;;1800;8200 rapports;;67;;98;;100;86;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;beta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;97;;fiches;54.068;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;100;tat;;atgf;14 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2379;;;0/0;1;;;;att;100;act;100;aat;100;agt;100 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;353;;;10;12;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;44;;;20;4;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;79;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;46;tcc;50;tac;58;tgc;30 atc;2;acc;78;aac;100;agc;98;;beta1;82;;;40;4;;;;atc;100;acc;21;aac;54;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;82;;;50;6;30;;;ctc;30;ccc;0;cac;64;cgt;38 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;16;;;60;7;;;;gtc;33;gcc;59;gac;65;ggc;55 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;3;;;;tta;45;tca;1;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;12;aaa;60;aga;12 cta;100;cca;100;caa;100;cga;;;L’estimation par beta ;;;;90;1;;;;cta;1;cca;27;caa;39;cga; gta;100;gca;3;gaa;100;gga;77;;est 52% en dessous;;;;100;6;;;;gta;80;gca;100;gaa;50;gga;22 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;10;tag;;tgg;2 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;47;acg;4;aag;49;agg;1 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;52;ccg;54;cag;100;cgg;7 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;10;gcg;61;gag;100;ggg;18 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;328;;618;;335;1281 </pre> ====cvi remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_remarques|cvi remarques]] *code génétique cvi <pre> cvi;;;;;98;;99 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1 atc;8;acc;2;aac;4;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3 gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;1;caa;2;cga; gta;5;gca;8;gaa;4;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1 gtg;2;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ===ade=== ====ade opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_opérons|ade opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Anae_deha_2CP_C/anaeDeha_2CP_C-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_011891.1;ade;genome;;; 75%GC;30.6.19 Paris;16s 2;49;doubles;intercalaires ;Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C;;;; ;8147..8220;;caa;; ;;;;; ;21040..21112;;ttc;; ;;;;; comp;433303..433378;;ggg;; ;;;;; comp;666509..666585;;gac;;6 comp;666592..666666;;gta;; ;;;;; comp;693146..693229;;ctg;; ;;;;; ;851483..851555;;atg;; ;;;;; comp;1057311..1057386;;gcg;; ;;;;; comp;1306222..1306295;;ccc;; ;;;;; ;1442379..1442450;;tgc;; ;;;;; ;1495545..1497102;;16s;@1;187 ;1497290..1497367;;atc;;22 ;1497390..1497465;;gca;;194 ;1497660..1500648;;23s;;152 ;1500801..1500917;;5s;; ;;;;; ;1509186..1509259;;cag;;60 ;1509320..1509394;;gag;; ;;;;; ;1691085..1691160;;gcc;; ;;;;; ;819377..1819453;;atg;; ;;;;; ;2235670..2235741;;gtc;; ;;;;; comp;2314981..2315079;;tga;; ;;;;; comp;2337031..2337104;;atg;; ;;;;; ;2376009..2376080;;gtg;; ;;;;; comp;2429718..2429790;;acg;; ;;;;; comp;2623942..2624017;;tgg;; ;;;;; comp;2625463..2625535;;acc;;22 comp;2625558..2625633;;gga;;63 comp;2625697..2625779;;tac;;46 comp;2625826..2625898;;aca;; ;;;;; ;2653452..2653535;;ttg;; ;;;;; ;2680790..2680871;;ctc;; ;;;;; comp;2747806..2747879;;agg;; ;;;;; ;3029047..3029122;;aac;; ;;;;; comp;3076236..3076352;;5s;;152 comp;3076505..3079493;;23s;;194 comp;3079688..3079763;;gca;;22 comp;3079786..3079863;;atc;;187 comp;3080051..3081608;;16s;; ;;;;; comp;3144286..3144357;;aaa;; ;;;;; ;3156732..3156804;;gaa;; ;;;;; ;3253990..3254063;;cgg;; ;;;;; comp;3793996..3794069;;ccg;; ;;;;; ;3806164..3806249;;tta;; ;;;;; comp;3915708..3915789;;cta;; ;;;;; comp;3920245..3920317;;aag;@2;*248 comp;3920566..3920639;;aga;;*140 comp;3920780..3920854;;cac;;18 comp;3920873..3920946;;cga;;*134 comp;3921081..3921154;;cca;; ;;;;; comp;4121675..4121749;;ggc;; ;;;;; comp;4195371..4195460;;tcc;;*278 comp;4195739..4195829;;tcg;; ;;;;; ;4456675..4456764;;tca;;27 ;4456792..4456883;;agc;;73 ;4456957..4457033;;cgt;; </pre> ====ade cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_cumuls|ade cumuls]] <pre> cvi cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;2;1;0; ;16 23 5s 0;0;20;2; ;16 atc gca;2;40;2;2 ;16 23 5s a;0;60;2; ;max a;2;80;2; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;4;140;2; sans ;opérons;33;160;0; ;1 aa;27;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;0;;2; ;total aas;45;;12;2 total aas;;49;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;93; ;;;variance;90; sans jaune;;;moyenne;39;22 ;;;variance;24;0 </pre> ====ade blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_blocs|ade blocs]] <pre> ade blocs;;;;; 16s;187;1558;5s;152;117 atc;22;;23s;194;2989 gca;194;;gca;22; 23s;152;2989;atc;187; 5s;;117;16s;;1558 </pre> ====ade distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_distribution|ade distribution]] <pre> delta1;;;;;;;49;;delta1;;;;;;;27;;delta1;;;;;;;18 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;1;tac;1;tgc; atc;2;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;1;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;18;27;;;;4;49;;;;*;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====ade données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_données_intercalaires|ade données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;ade;fx;fc;ade;fx40;fc40;ade;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;12;17;0;12;17;-1;0;70;91;220;CDS 16s;; ;1;10;102;373;1;10;35;-2;3;0;44;157;691;; ;2;20;104;251;2;5;63;-3;0;0;158;333;590;; ;0;30;65;128;3;18;55;-4;33;537;119;68;23s 5s;; 2;2;40;33;124;4;14;25;-5;0;0;79;105;2* 152;; ;2;50;22;93;5;7;19;-6;2;0;456;130;5s CDS;; ;3;60;52;104;6;10;24;-7;1;6;157;96;167;75; 2;2;70;49;129;7;9;26;-8;5;20;53;38;16s tRNA;; ;4;80;59;106;8;8;37;-9;0;0;36;222;2* 187;;atc ;1;90;48;99;9;14;51;-10;1;2;350;190;tRNA 23s;; 1;4;100;43;84;10;7;38;-11;4;17;105;111;2* 194;;gca 2;4;110;48;76;11;4;32;-12;1;0;14;124;tRNA tRNA;;intra 1;3;120;44;84;12;12;42;-13;3;7;111;110;2* 22;;atc gca 3;1;130;49;67;13;10;39;-14;4;12;3;94;tRNA tRNA;; ;0;140;46;63;14;7;28;-15;1;0;9;161;6;;gac ;0;150;37;53;15;14;26;-16;1;3;110;193;**;;gta 1;2;160;30;37;16;13;23;-17;7;4;53;226;60;;cag 1;0;170;28;47;17;7;16;-18;0;0;38;127;**;;gag ;1;180;33;41;18;16;19;-19;0;2;77;63;22;;acc 1;1;190;31;50;19;15;14;-20;1;3;92;34;63;;gga 1;0;200;33;22;20;6;12;-21;0;0;406;246;46;;tac ;0;210;30;27;21;7;12;-22;0;2;53;715;**;;aca 1;0;220;28;20;22;8;17;-23;2;6;437;;248;;aag 2;1;230;27;18;23;11;13;-24;0;0;62;;142;;aga ;0;240;17;17;24;10;8;-25;1;0;15;;18;;cac 1;0;250;27;12;25;4;14;-26;0;6;65;;134;;cga ;0;260;28;19;26;8;14;-27;0;0;105;;**;;cca ;0;270;15;15;27;7;9;-28;1;0;100;;278;;tcc ;0;280;17;10;28;7;20;-29;2;2;91;;**;;tcg ;0;290;11;9;29;2;7;-30;0;0;106;;27;;tca ;0;300;11;9;30;1;14;-31;0;0;184;;73;;agc ;1;310;10;11;31;2;13;-32;2;1;230;;**;;cgt ;0;320;8;10;32;1;14;-33;0;0;306;;;; ;0;330;10;5;33;7;15;-34;2;2;78;;;; 1;0;340;3;8;34;7;19;-35;1;1;694;;;; ;1;350;6;3;35;2;11;-36;0;0;130;;;; ;0;360;10;7;36;4;9;-37;1;1;386;;;; ;0;370;5;1;37;2;15;-38;1;0;111;;;; ;0;380;5;4;38;1;8;-39;0;0;81;;;; ;1;390;2;3;39;2;6;-40;1;0;179;;;; ;0;400;3;3;40;5;14;-41;2;0;76;;;; 1;5;reste;69;80;reste;994;1446;-42;0;0;50;;;; 21;42;total;1310;2339;total;1310;2339;-43;0;0;492;;;; 20;37;diagr;1229;2242;diagr;304;876;-44;0;0;;;;; 0;3; t30;271;752;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;2;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;1298;102;12;1412;;;-49;1;0;;;;; ;c;2322;713;17;3052;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;4464;105;;reste;15;9;;;;; ;;;;;;4569;;total;102;713;;;;; </pre> =====ade autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires_aas|ade autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;ade;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;7060;91;; ;tRNA;8147;44;;caa fin;CDS;8265;;; deb;CDS;20441;158;; ;tRNA;21040;220;;ttc fin;CDS;21333;;comp; deb;CDS;432722;119;comp; ;tRNA;433303;79;comp;ggg fin;CDS;433458;;comp; deb;CDS;664814;456;comp; ;tRNA;666509;6;comp;gac ;tRNA;666592;157;comp;gta fin;CDS;666824;;; deb;CDS;691951;157;comp; ;tRNA;693146;333;comp;ctg fin;CDS;693563;;; deb;CDS;849021;53;; ;tRNA;851483;36;;atgi fin;CDS;851592;;; deb;CDS;883315;64;; ;repeat_region;883709;98;; fin;CDS;886703;;comp; deb;CDS;887392;77;comp; ;repeat_region;888746;95;; fin;CDS;892587;;; deb;CDS;1055941;68;; ;tRNA;1057311;105;comp;gcg fin;CDS;1057492;;; deb;CDS;1305647;350;comp; ;tRNA;1306222;105;comp;ccc fin;CDS;1306401;;comp; deb;CDS;1311419;33;comp; ;ncRNA;1312049;302;comp; fin;CDS;1312542;;; deb;CDS;1441648;14;; ;tRNA;1442379;111;;tgc fin;CDS;1442562;;; deb;CDS;1492304;691;; 16s;rRNA;1495545;187;; ;tRNA;1497290;22;;atc ;tRNA;1497390;194;;gca 23s;rRNA;1497660;152;; 5s;rRNA;1500801;75;; fin;CDS;1500993;;comp; deb;CDS;1508769;3;; ;tRNA;1509186;60;;cag ;tRNA;1509320;130;;gag fin;CDS;1509525;;comp; deb;CDS;1690794;9;; ;tRNA;1691085;96;;gcc fin;CDS;1691254;;comp; deb;CDS;1818424;110;; ;tRNA;1819377;53;;atgf fin;CDS;1819507;;; deb;CDS;1968293;141;; ;regulatory;1969289;108;; fin;CDS;1969480;;; deb;CDS;2235017;38;; ;tRNA;2235670;77;;gtc fin;CDS;2235819;;; deb;CDS;2313926;38;; ;tRNA;2314981;92;comp;tga fin;CDS;2315172;;comp; deb;CDS;2335260;406;comp; ;tRNA;2337031;222;comp;atgj fin;CDS;2337327;;; deb;CDS;2375620;53;; ;tRNA;2376009;437;;gtg fin;CDS;2376518;;; deb;CDS;2429105;190;; ;tRNA;2429718;111;comp;acg fin;CDS;2429902;;; deb;CDS;2623487;62;comp; ;tRNA;2623942;15;comp;tgg fin;CDS;2624033;;comp; deb;CDS;2624207;65;comp; ;tRNA;2625463;22;comp;acc ;tRNA;2625558;63;comp;gga ;tRNA;2625697;46;comp;tac ;tRNA;2625826;105;comp;aca fin;CDS;2626004;;comp; deb;CDS;2652965;124;comp; ;tRNA;2653452;100;;ttg fin;CDS;2653636;;; deb;CDS;2680375;91;; ;tRNA;2680790;110;;ctc fin;CDS;2680982;;comp; deb;CDS;2747439;94;; ;tRNA;2747806;106;comp;agg fin;CDS;2747986;;comp; deb;CDS;3027884;161;comp; ;tRNA;3029047;184;;aac fin;CDS;3029307;;; deb;CDS;3075187;167;comp; 5s;rRNA;3076236;152;comp; 23s;rRNA;3076505;194;comp; ;tRNA;3079688;22;comp;gca ;tRNA;3079786;187;comp;atc 16s;rRNA;3080051;590;comp; fin;CDS;3082199;;comp; deb;CDS;3143759;230;comp; ;tRNA;3144286;306;comp;aaa fin;CDS;3144664;;comp; deb;CDS;3155946;78;; ;tRNA;3156732;694;;gaa fin;CDS;3157499;;; deb;CDS;3253083;193;comp; ;tRNA;3253990;130;;cgg fin;CDS;3254194;;; deb;CDS;3372825;107;; ;tmRNA;3373094;219;; fin;CDS;3373664;;; deb;CDS;3793550;226;; ;tRNA;3793996;386;comp;ccg fin;CDS;3794456;;comp; deb;CDS;3805030;111;; ;tRNA;3806164;127;;tta fin;CDS;3806377;;comp; deb;CDS;3914337;81;comp; ;tRNA;3915708;63;comp;cta fin;CDS;3915853;;; deb;CDS;3919322;179;comp; ;tRNA;3920245;248;comp;aag ;tRNA;3920566;142;comp;aga ;tRNA;3920782;18;comp;cac ;tRNA;3920873;134;comp;cga ;tRNA;3921081;76;comp;cca fin;CDS;3921231;;comp; deb;CDS;4031625;149;; ;regulatory;4032113;67;; fin;CDS;4032337;;; deb;CDS;4120462;34;; ;tRNA;4121675;246;comp;ggc fin;CDS;4121996;;; deb;CDS;4164508;430;; ;ncRNA;4166687;43;comp; fin;CDS;4167140;;comp; deb;CDS;4193348;55;comp; ;ncRNA;4195209;68;comp; ;tRNA;4195371;278;comp;tcc ;tRNA;4195739;50;comp;tcg fin;CDS;4195880;;comp; deb;CDS;4454313;715;comp; ;tRNA;4456675;27;;tca ;tRNA;4456792;73;;agc ;tRNA;4456957;492;;cgt fin;CDS;4457526;;; </pre> ====ade intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_entre_cds|ade intercalaires entre cds]] *'''Intercalaires entre cds, Tableau''' <pre> ade;4.2.21 Paris;;ade 16.7.20;;;;;;;;; ade;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5;intercal;<u>'''frequencez ;'''négatif;815;18.3;'''négatif ;-8;15;-1 à -116;'''5 029 329;-1;815;610;5 ;'''zéro;29;0.6;;;;;'''intercals;0;29;620;3 ;'''1 à 200;2987;66.9;'''0 à 200;70;57;;'''42 8947;5;251;630;2 ;'''201 à 370;464;10.4;'''201 à 370;260;44;;'''8.5%;10;224;640;0 ;'''371 à 600;124;2.8;'''371 à 600;469;63;;;15;214;650;3 ;'''601 à max;45;1.0;'''601 à 1160;771;157;;;20;141;660;1 ;'''total 4464;<201;85.8;'''total 4461;93;127;-116 à 1160;;25;104;670;0 adresse;intercal;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;89;680;1 4491815;1915;-1;815;-70;14;;0;29;35;91;690;1 3576176;1774;0;29;-60;8;;-1;°70;40;66;700;1 4068576;1388;1;45;-50;2;;-2;3;45;58;710;1 3337295;1160;2;68;-40;7;;-3;0;50;57;720;2 3373664;1119;3;°73;-30;12;'''min à -1;-4;°570;55;74;730;1 2044486;1080;4;39;-20;26;815;-5;0;60;82;740;2 4163005;1080;5;26;-10;69;18.3%;-6;2;65;92;750;2 1981544;1014;6;°34;0;706;;-7;7;70;86;760;0 427780;984;7;35;10;475;;-8;°25;75;87;770;0 540538;963;8;45;20;355;;-9;0;80;78;780;0 1223737;917;9;°65;30;193;;-10;3;85;70;790;1 1005799;900;10;45;40;157;'''1 à 100;-11;°21;90;77;800;1 4943119;860;11;36;50;115;2068;-12;1;95;66;810;1 4581242;849;12;°54;60;156;46.3%;-13;10;100;61;820;1 104609;834;13;49;70;178;;-14;°16;105;69;830;1 4846209;821;14;35;80;165;;-15;1;110;55;840;1 1084460;817;15;°40;90;147;;-16;4;115;65;850;1 2814006;807;16;36;100;127;;-17;°11;120;63;860;1 2386981;793;17;23;110;124;;-18;0;125;60;870;0 3422997;788;18;°35;120;128;;-19;2;130;56;880;0 494107;749;19;29;130;116;;-20;°4;135;64;890;0 3820597;741;20;18;140;109;;-21;0;140;45;900;1 4073584;732;21;19;150;90;;-22;2;145;50;910;0 1445527;731;22;°25;160;67;;-23;°8;150;40;920;1 3757399;730;23;24;170;75;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;0 4117240;719;24;18;180;74;2987;-25;1;160;31;940;0 3533685;715;25;18;190;81;67%;-26;°6;165;34;950;0 3631148;704;26;°22;200;55;;-27;0;170;41;960;0 2060112;697;27;16;210;57;;-28;1;175;36;970;1 1026522;689;28;°27;220;48;;-29;°4;180;38;980;0 4180297;676;29;9;230;45;;-30;0;185;40;990;1 3200409;660;30;15;240;34;;-31;0;190;41;1000;0 1266186;649;31;15;250;39;;-32;°3;195;29;1010;0 4553826;643;32;15;260;47;;total;66;200;26;1020;1 4101937;641;33;22;270;30;'''0 à 200;reste;40;205;27;1030;0 ;;34;°26;280;27;3016;;844;210;30;1040;0 ;;35;13;290;20;;;;215;26;1050;0 ;;36;13;300;20;;intercal;<u>'''frequencef;220;22;1060;0 ;;37;17;310;21;;600;4419;225;28;1070;0 ;;38;9;320;18;;620;8;230;17;1080;2 ;;39;8;330;15;;640;2;235;13;1090;0 ;;40;°19;340;11;'''201 à 370;660;4;240;21;1100;0 ;;reste;2440;350;9;464;680;1;245;18;1110;0 ;;total;4464;360;17;10.4%;700;2;250;21;1120;1 ;;;;370;6;;720;3;255;23;1130;0 adresse;intercaln;décalage;long;380;9;;740;3;260;24;1140;0 3295433;-116;comp;;390;5;;760;2;265;17;1150;0 4579158;-110;comp;;400;6;;780;;270;13;1160;1 1556750;-109;shift2;738;410;10;;800;2;275;16;1170;0 4555636;-109;comp;;420;4;;820;2;280;11;1180;0 4916430;-107;comp;;430;2;;840;2;285;13;1190;0 3210093;-106;shift2;1146;440;11;;860;2;290;7;1200;0 3997874;-104;comp;;450;5;;880;;295;10;reste;3 2946107;-101;comp;;460;8;;900;1;300;10;total;4464 3213081;-100;shift2;279;470;8;;920;1;305;10;; 1033174;-98;comp;;480;6;;940;;310;11;; 4178347;-86;comp;;490;4;;960;;315;13;; 1150010;-82;comp;;500;4;;980;1;320;5;; 526736;-79;comp;;510;8;;1000;1;325;9;; 1558055;-74;comp;;520;4;;1020;1;330;6;; 178866;-68;shift2;797;530;4;;1040;;335;6;; 4625265;-68;shift2;869;540;7;'''371 à 600;1060;;340;5;; 1268795;-67;;;550;3;124;1080;2;345;6;; 1590849;-67;;;560;6;2.8%;1100;;350;3;; 1222168;-65;;;570;3;;1120;1;355;11;; 3832496;-65;;;580;1;'''601 à max;1140;;360;6;; 23880;-61;;;590;3;45;1160;1;365;5;; 157893;-61;;;600;3;1.0%;;42;370;1;; 4881610;-59;;;reste;45;;reste;3;;169;; 3182922;-55;;;total;4464;;total;4464;;4464;; </pre> ====ade intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ade;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-20;145;-446;69;782;242;min50;&-61;489;-1310;125;843;267;min50 31 à 400;32;-228;356;20;874;238;2 parties;&2.5;38;-356;69;957;-507;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;144;54;-;743;dte;39;Sf;&218;70;-;610;poly;232;SF 31 à 400;112;46;-;807;poly;67;tm;&149;51;-;854;poly;103;tF ;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;; ade. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;14.8.21 Paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.459;;;ade;Sx-;Sc- 41-n;0.867;0.624;0.758;;;;;;;;;;-1;0;70 1-n;0.903;0.879;0.897;;;;;;;;;;-2;3;0 ade;fx;fc;;ade;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;-3;0;0 0;12;17;;0;10;8;;0;12;17;>0;1298;-4;33;537 10;102;373;;10;83;166;;1;10;35;<0;102;-5;0;0 20;104;251;;20;85;112;;2;5;63;zéro;12;-6;2;0 30;65;128;;30;53;57;;3;18;55;total;1412;-7;1;6 40;33;124;;40;27;55;;4;14;25;;c;-8;5;20 50;22;93;;50;18;41;;5;7;19;>0;2322;-9;0;0 60;52;104;;60;42;46;;6;10;24;<0;713;-10;1;2 70;49;129;;70;40;58;;7;9;26;zéro;17;-11;4;17 80;59;106;;80;48;47;;8;8;37;total;3052;-12;1;0 90;48;99;;90;39;44;;9;14;51;;;-13;3;7 100;43;84;;100;35;37;;10;7;38;;;-14;4;12 110;48;76;;110;39;34;;11;4;32;;;-15;1;0 120;44;84;;120;36;37;;12;12;42;;;-16;1;3 130;49;67;;130;40;30;;13;10;39;;;-17;7;4 140;46;63;;140;37;28;;14;7;28;;;-18;0;0 150;37;53;;150;30;24;;15;14;26;;;-19;0;2 160;30;37;;160;24;17;;16;13;23;;;-20;1;3 170;28;47;;170;23;21;;17;7;16;;;-21;0;0 180;33;41;;180;27;18;;18;16;19;;;-22;0;2 190;31;50;;190;25;22;;19;15;14;;;-23;2;6 200;33;22;;200;27;10;;20;6;12;;;-24;0;0 210;30;27;;210;24;12;;21;7;12;;;-25;1;0 220;28;20;;220;23;9;;22;8;17;;;-26;0;6 230;27;18;;230;22;8;;23;11;13;;;-27;0;0 240;17;17;;240;14;8;;24;10;8;;;-28;1;0 250;27;12;;250;22;5;;25;4;14;;;-29;2;2 260;28;19;;260;23;8;;26;8;14;;;-30;0;0 270;15;15;;270;12;7;;27;7;9;;;-31;0;0 280;17;10;;280;14;4;;28;7;20;;;-32;2;1 290;11;9;;290;9;4;;29;2;7;;;-33;0;0 300;11;9;;300;9;4;;30;1;14;;;-34;2;2 310;10;11;;310;8;5;;31;2;13;;;-35;1;1 320;8;10;;320;7;4;;32;1;14;;;-36;0;0 330;10;5;;330;8;2;;33;7;15;;;-37;1;1 340;3;8;;340;2;4;;34;7;19;;;-38;1;0 350;6;3;;350;5;1;;35;2;11;;;-39;0;0 360;10;7;;360;8;3;;36;4;9;;;-40;1;0 370;5;1;;370;4;0;;37;2;15;;;-41;2;0 380;5;4;;380;4;2;;38;1;8;;;-42;0;0 390;2;3;;390;2;1;;39;2;6;;;-43;0;0 400;3;3;;400;2;1;;40;5;14;;;-44;0;0 reste;69;80;;;;;;;994;1446;;;-45;0;0 total;1310;2339;;t30;221;335;;;1310;2339;;;-46;2;0 diagr;1229;2242;;t50;265;432;;;304;876;;;-47;1;0 - t30;958;1490;;;;;;;;;;;-48;0;0 - t50;903;1273;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;15;9 ;;;;;;;;;;;;;total;102;713 </pre> ====ade intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_négatifs_S-|ade intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;; comp’;0;3;0;30;0;2;1;4;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;8;97;14 continu;70;0;0;540;0;0;6;21;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;4;718;10 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;33;0;2;1;5;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;15;102 ;Sc-;70;0;0;537;0;0;6;20;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9;713 </pre> ====ade autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires|ade autres intercalaires]] <pre> deb;°CDS;7060;91;;;deb;°CDS;1818424;110;;;deb;°CDS;3143759;230;comp ;&tRNA;8147;44;;;;&tRNA;1819377;53;;;;&tRNA;3144286;306;comp fin;°CDS;8265;;;;fin;°CDS;1819507;;;;fin;°CDS;3144664;;comp deb;°CDS;20441;158;;;deb;°CDS;1968293;141;;;deb;°CDS;3155946;78; ;&tRNA;21040;220;;;;regulatory;1969289;108;;;;&tRNA;3156732;694; fin;°CDS;21333;;comp;;fin;°CDS;1969480;;;;fin;°CDS;3157499;; deb;°CDS;432722;119;comp;;deb;°CDS;2235017;38;;;deb;°CDS;3253083;193;comp ;&tRNA;433303;79;comp;;;&tRNA;2235670;77;;;;&tRNA;3253990;130; fin;°CDS;433458;;comp;;fin;°CDS;2235819;;;;fin;°CDS;3254194;; deb;°CDS;664814;456;comp;;deb;°CDS;2313926;38;;;deb;°CDS;3372825;107; ;&tRNA;666509;6;comp;;;&tRNA;2314981;92;comp;;;tmRNA;3373094;219; ;&tRNA;666592;157;comp;;fin;°CDS;2315172;;comp;;fin;°CDS;3373664;; fin;°CDS;666824;;;;deb;°CDS;2335260;406;comp;;deb;°CDS;3793550;226; deb;°CDS;691951;157;comp;;;&tRNA;2337031;222;comp;;;&tRNA;3793996;386;comp ;&tRNA;693146;333;comp;;fin;°CDS;2337327;;;;fin;°CDS;3794456;;comp fin;°CDS;693563;;;;deb;°CDS;2375620;53;;;deb;°CDS;3805030;111; deb;°CDS;849021;53;;;;&tRNA;2376009;437;;;;&tRNA;3806164;127; ;&tRNA;851483;36;;;fin;°CDS;2376518;;;;fin;°CDS;3806377;;comp fin;°CDS;851592;;;;deb;°CDS;2429105;190;;;deb;°CDS;3914337;81;comp deb;°CDS;883315;64;;;;&tRNA;2429718;111;comp;;;&tRNA;3915708;63;comp ;repeat_region;883709;98;;;fin;°CDS;2429902;;;;fin;°CDS;3915853;; fin;°CDS;886703;;comp;;deb;°CDS;2623487;62;comp;;deb;°CDS;3919322;179;comp deb;°CDS;887392;77;comp;;;&tRNA;2623942;15;comp;;;&tRNA;3920245;248;comp ;repeat_region;888746;95;;;fin;°CDS;2624033;;comp;;;&tRNA;3920566;142;comp fin;°CDS;892587;;;;deb;°CDS;2624207;65;comp;;;&tRNA;3920782;18;comp deb;°CDS;1055941;68;;;;&tRNA;2625463;22;comp;;;&tRNA;3920873;134;comp ;&tRNA;1057311;105;comp;;;&tRNA;2625558;63;comp;;;&tRNA;3921081;76;comp fin;°CDS;1057492;;;;;&tRNA;2625697;46;comp;;fin;°CDS;3921231;;comp deb;°CDS;1305647;350;comp;;;&tRNA;2625826;105;comp;;deb;°CDS;4031625;149; ;&tRNA;1306222;105;comp;;fin;°CDS;2626004;;comp;;;regulatory;4032113;67; fin;°CDS;1306401;;comp;;deb;°CDS;2652965;124;comp;;fin;°CDS;4032337;; deb;°CDS;1311419;33;comp;;;&tRNA;2653452;100;;;deb;°CDS;4120462;34; ;ncRNA;1312049;302;comp;;fin;°CDS;2653636;;;;;&tRNA;4121675;246;comp fin;°CDS;1312542;;;;deb;°CDS;2680375;91;;;fin;°CDS;4121996;; deb;°CDS;1441648;14;;;;&tRNA;2680790;110;;;deb;°CDS;4164508;430; ;&tRNA;1442379;111;;;fin;°CDS;2680982;;comp;;;ncRNA;4166687;43;comp fin;°CDS;1442562;;;;deb;°CDS;2747439;94;;;fin;°CDS;4167140;;comp deb;°CDS;1492304;691;;;;&tRNA;2747806;106;comp;;deb;°CDS;4193348;55;comp ;$rRNA;1495545;187;;;fin;°CDS;2747986;;comp;;;ncRNA;4195209;68;comp ;&tRNA;1497290;22;;;deb;°CDS;3027884;161;comp;;;&tRNA;4195371;278;comp ;&tRNA;1497390;194;;;;&tRNA;3029047;184;;;;&tRNA;4195739;50;comp ;$rRNA;1497660;152;;;fin;°CDS;3029307;;;;fin;°CDS;4195880;;comp ;$rRNA;1500801;75;;;deb;°CDS;3075187;167;comp;;deb;°CDS;4454313;715;comp fin;°CDS;1500993;;comp;;;$rRNA;3076236;152;comp;;;&tRNA;4456675;27; deb;°CDS;1508769;3;;;;$rRNA;3076505;194;comp;;;&tRNA;4456792;73; ;&tRNA;1509186;60;;;;&tRNA;3079688;22;comp;;;&tRNA;4456957;492; ;&tRNA;1509320;130;;;;&tRNA;3079786;187;comp;;fin;°CDS;4457526;; fin;°CDS;1509525;;comp;;;$rRNA;3080051;590;comp;;;;;; deb;°CDS;1690794;9;;;fin;°CDS;3082199;;comp;;;;;; ;&tRNA;1691085;96;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;1691254;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====ade intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_tRNA|ade intercalaires tRNA]] <pre> ade intercalaires tRNA;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;91;;44;;3;15;deb; ;;;158;comp’;220;;9;36;<201;20 ;;;119;;79;;14;43;total;25 ;6;;456;comp’;156;;38;44;taux;80% ;;;157;comp’;353;;38;50;; ;;;53;;36;;53;53;fin; ;;comp’;68;comp’;105;;53;76;<201;16 ;;;350;;105;;62;77;total;22 ;;;14;;111;;65;79;taux;73% ;60;;3;comp’;130;;78;100;; ;;;9;comp’;96;;81;105;total; ;;;110;;53;;91;105;<201;36 ;;;38;;77;;91;106;total;47 ;;;38;comp’;92;;107;111;taux;77% ;;;406;comp’;222;;110;130;; ;;;53;;437;;111;184;; ;;comp’;190;comp’;111;;119;219;; ;;;62;;15;;157;306;; ;22 63 46;;65;;105;;158;386;; ;;comp’;124;;100;;179;437;; ;;;91;comp’;110;;230;492;; ;;comp’;94;;106;;350;694;; ;;comp’;161;;184;;406;-;; ;;;230;;306;;430;-;; ;;;78;;694;;456;-;comp’;cumuls ;;comp’;193;;130;;34;63;deb; ;;;107;;219;;68;92;<201;7 ;;comp’;226;;386;;94;96;total;9 ;;;111;comp’;127;;124;105;taux;78% ;;;81;comp’;63;;161;110;fin; ;248 142 18 134;;179;;76;;190;111;<201;9 ;;comp’;34;comp’;246;;193;127;total;13 ;;;430;;43;;226;130;taux;69% ;278;;;;50;;715;156;; ;27 73;comp’;715;;492;;-;220;total; ;;;;;;;-;222;<201;16 ;;;;;;;-;246;total;22 ;;;;;;;-;353;taux;73% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;29;25;54;;;;;;; total;34;35;69;;;;;;; taux;85%;71%;78%;;;;;;; </pre> ====ade par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_par_rapport_au_groupe_de_référence|ade par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;ade;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;12;5;;;;;17; 16;moyen;9;6;;;;4;19; 14;fort;6;7;;;;;13; ; ;27;18;;;;4;49; 10;g+cga;5;5;;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;;;;;;4; 5;autres;1;;;;;;1; ;;12;5;;;;;17; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;245;102;;;;;347;26 16;moyen;184;122;;;;82;388;324 14;fort;122;143;;;;;265;650 ; ;551;367;;;;82;49;729 10;g+cgg;102;102;;;;;204;10 2;agg+cga;41;;;;;;41; 4;carre ccc;82;;;;;;82;16 5;autres;20;;;;;;20; ;;245;102;;;;;347; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;ade;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;267;111;;378;26;44;28; 16;moyen;200;133;;333;324;33;33; 14;fort;133;156;;289;650;22;39; ; ;600;400;;45;729;27;18; 10;g+cgg;111;111;;222;10;42;; 2;agg+cga;44;;;44;;17;; 4;carre ccc;89;;;89;16;33;; 5;autres;22;;;22;;8;; ;;267;111;;378;;12;; </pre> ====delta, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#delta,_estimation_des_-rRNAs|delta, estimation des -rRNAs]] <pre> delta;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 19 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;19;90; ; ;;indices;;;;19;474;0;0;;delta1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;à faire;45 atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;45;acc;;aac;;agc;;;atc;237;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;;gca;44;gaa;;gga;;;gta;;gca;232;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;14;;14;;17;45 11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;65;3550;1.4;0;;indices;;;;65;3550;1.4;0;;delta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4500 atgi;97;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;97;tct;;tat;;atgf;149;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100 atc;6;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;243;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100 ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100 gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100 tta;108;tca;108;taa;;tga;86;;tta;108;tca;108;taa;3.1;tga;86;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100 ata;0.0;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100 gta;115;gca;2;gaa;180;gga;105;;gta;115;gca;234;gaa;180;gga;105;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100 ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1558;;1816;;1581;4954;;;;2026;;1821;;1581;5428;;;;1400;;1400;;1700;4500 rapports;;77;;100;;100;91;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;delta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;96;;fiches;57.737;;;fréquences;;;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;30 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1097;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;89;;;10;22;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;19;;;20;12;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;5;;;;ttc;18;tcc;8;tac;15;tgc;7 atc;3;acc;100;aac;100;agc;100;;delta1;45;;;40;3;;;;atc;100;acc;15;aac;18;agc;5 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;45;;;50;2;;;;ctc;22;ccc;6;cac;10;cgt;25 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;4;;;60;1;;;;gtc;0;gcc;24;gac;39;ggc;43 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;7;tca;7;taa;;tga;14 ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;2;aaa;15;aga;6 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par delta;;;;90;0;;;;cta;7;cca;5;caa;10;cga;35 gta;100;gca;1;gaa;100;gga;100;;est 22% en dessous;;;;100;3;;;;gta;13;gca;100;gaa;44;gga;5 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;6;tag;;tgg;10 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;11;acg;2;aag;15;agg;0 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;18;ccg;2;cag;12;cgg;8 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;17;gcg;22;gag;60;ggg;6 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;136;;284;;250;670 </pre> ====ade remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_remarques|ade remarques]] *code génétique ade <pre> ade;;;;;;;49 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ==epsilon== ===Arcobacter nitrofigilis DSM 7299=== ====ant opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_opérons|ant opérons]] *notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc. <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Arco_nitr_DSM_7299/arcoNitr_DSM7299-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_014166.1;ant;génome;;;;;;;;;; 28.4%GC;12.1.21 Paris;16s 4;55;;;;;;;cds dirigé;; Arcobacter nitrofigilis DSM 7299;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; ;167574..168434;;cds;;66;66;;;287;66;4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase;* ;168501..168577;;cga;@1;447;*447;;;;;; ;169025..169261;;cds;;;;;;79;;DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; ;237275..237622;;cds;;305;305;;;116;*305;nucleotide pyrophosphohydrolase;* ;237928..239444;;16s;;111;;;111;;;; ;239556..239632;;atc;;19;;19;;;;; ;239652..239727;;gca;;301;;;301;;;; ;240029..242945;;23s;;202;;;;;;; ;243148..243263;;5s;;354;354;;;;;; comp;243618..244301;;cds;;;;;;228;;bifunctional phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase/phosphoribosyl-ATP diphosphatase HisIE;* ;;;;;;;;;;;; comp;302333..303160;;cds;;155;155;;;276;;AraC family transcriptional regulator;* ;303316..303393;;cca;;10;;10;;;;; ;303404..303480;;cac;;16;;16;;;;; ;303497..303573;;aga;;61;;61;;;;; ;303635..303719;;cta;;96;;96;;;;; ;303816..303892;;atgf;;70;70;;;;70;; ;303963..304103;;cds;;;;;;47;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;316375..317343;;cds;;110;110;;;323;;glycine betaine/L-proline ABC transporter substrate-binding protein ProX";* ;317454..317530;;atgf;;109;109;;;;109;; ;317640..318416;;cds;;;;;;259;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;373519..375741;;cds;;120;120;;;*741;;PAS domain-containing protein;* ;375862..375937;;ttc;;5;;5;;;;; ;375943..376027;;tac;;65;65;;;;65;; ;376093..376725;;cds;;;;;;211;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;597419..598486;;cds;;47;47;;;356;47;class II fructose-bisphosphate aldolase;* ;598534..598618;;ttg;;208;208;;;;;; ;598827..600107;;cds;;;;;;427;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; comp;751446..752990;;cds;@2;73;73;;;515;;cache domain-containing protein;* comp;753064..753140;;gac;+;16;;16;;;;; comp;753157..753232;;gta;2 gac gta gaa;3;;3;;;;; comp;753236..753310;;gaa;2 aaa;31;;31;;;;; comp;753342..753417;;aaa;;8;;8;;;;; comp;753426..753502;;gac;;22;;22;;;;; comp;753525..753600;;gta;;3;;3;;;;; comp;753604..753678;;gaa;;42;;42;;;;; comp;753721..753796;;aaa;;40;40;;;;40;; comp;753837..754343;;cds;;;;;;169;;CinA family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;833388..833978;;cds;;142;142;;;197;;LemA family protein;* comp;834121..834204;;ctc;;93;93;;;;93;; comp;834298..836409;;cds;;;;;;*704;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1445917..1449822;;cds;;93;93;;;*1302;93;hemolysin-type calcium-binding region;* ;1449916..1449991;;gaa;;270;270;;;;;; ;1450262..1450510;;cds;;;;;;83;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;1615201..1615542;;cds;;29;29;;;114;29;hp; ;1615572..1615647;;gtc;;99;99;;;;;; ;1615747..1616595;;cds;;;;;;283;;universal stress protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1703617..1703835;;cds;;1;1;;;73;1;hp; comp;1703837..1703913;;atgf;;12;;12;;;;; comp;1703926..1704000;;caa;;117;117;;;;;; ;1704118..1705149;;cds;;;;;;344;;bifunctional 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase/GTP cyclohydrolase II;* ;;;;;;;;;;;; comp;2221719..2222525;;cds;+;242;242;;;269;;hp; comp;2222768..2222842;;aac;2 aac;33;;33;;;;; comp;2222876..2222950;;aac;;72;72;;;;72;; comp;2223023..2223931;;cds;@3;;;;;303;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2282678..2283442;;cds;;349;349;;;255;;oxidoreductase;* comp;2283792..2283880;;tcc;;81;;81;;;;; comp;2283962..2284038;;gga;;39;;39;;;;; comp;2284078..2284154;;atgi;;15;;15;;;;; comp;2284170..2284259;;agc;;102;102;;;;102;; comp;2284362..2285048;;cds;;;;;;229;;orotidine-5'-phosphate decarboxylase;* ;;;;;;;;;;;; ;2323802..2324866;;cds;@4;12;12;;;355;12;methyltransferase domain-containing protein;* comp;2324879..2324954;;acc;;167;;;167;;;; comp;2325122..2325237;;5s;;202;;;;;;; comp;2325440..2328356;;23s;;300;;;300;;;; comp;2328657..2328732;;gca;;19;;19;;;;; comp;2328752..2328828;;atc;;111;;;111;;;; comp;2328940..2330456;;16s;;378;378;;;;;; comp;2330835..2331530;;cds;;;;;;232;;5'-methylthioadenosine/adenosylhomocysteine nucleosidase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2581821..2582840;;cds;;192;192;;;340;;UDP-glucose 4-epimerase GalE;* comp;2583033..2583108;;tgc;;45;;45;;;;; comp;2583154..2583242;;tca;;16;;16;;;;; comp;2583259..2583345;;tta;;143;143;;;;*143;; ;2583489..2585177;;cds;;;;;;563;;dihydroxy-acid dehydratase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2637277..2637459;;cds;;81;81;;;61;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2637541..2637616;;tgg;;31;31;;;;31;; comp;2637648..2637815;;cds;;;;;;56;;50S ribosomal protein L33;* ;;;;;;;;;;;; comp;2637824..2639032;;cds;;240;240;;;403;;elongation factor Tu;* comp;2639273..2639349;;gga;;8;;8;;;;; comp;2639358..2639442;;tac;;69;;69;;;;; comp;2639512..2639588;;aca;;21;;21;;;;; comp;2639610..2639685;;ttc;;41;41;;;;41;; comp;2639727..2640881;;cds;;;;;;385;;UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine—D-glutamate ligase;* ;;;;;;;;;;;; ;2656033..2656263;;cds;;231;231;;;77;*231;transcriptional antiterminator Rof;* comp;2656495..2656610;;5s;;223;;;;;;; comp;2656834..2659750;;23s;;301;;;301;;;; comp;2660052..2660127;;gca;;19;;19;;;;; comp;2660147..2660223;;atc;;111;;;111;;;; comp;2660335..2661851;;16s;;292;292;;;;;; comp;2662144..2662782;;cds;;;;;;213;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;2693436..2695451;;cds;;95;95;;;*672;;dynamin family protein;* ;2695547..2695621;;caa;;16;;16;;;;; ;2695638..2695724;;tta;;7;;7;;;;; ;2695732..2695808;;gga;;14;;14;;;;; ;2695823..2695898;;aaa;;16;;16;;;;; ;2695915..2695991;;atgf;;14;;14;;;;; ;2696006..2696082;;atgj;;12;;12;;;;; ;2696095..2696171;;aca;;30;;30;;;;; ;2696202..2696290;;tca;;90;90;;;;90;; ;2696381..2696893;;cds;;;;;;171;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;3082950..3083174;;cds;;143;143;;;75;*143;CcoQ/FixQ family Cbb3-type cytochrome c oxidase assembly chaperone;* comp;3083318..3083393;;acc;;173;;;173;;;; comp;3083567..3083682;;5s;;202;;;;;;; comp;3083885..3086801;;23s;;273;;;273;;;; comp;3087075..3087150;;gca;;19;;19;;;;; comp;3087170..3087246;;atc;;111;;;111;;;; comp;3087358..3088874;;16s;;462;*462;;;;;; ;3089337..3090032;;cds;;;;;;232;;Bax inhibitor-1/YccA family protein;* </pre> ====ant cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_cumuls|ant cumuls]] *Notes: * pour les jaunes <pre> ant cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;4;1;0;;1;1;1;1;100;8 ;16 23 5s 0;;20;21;;50;6;20;1;200;5 ;16 atc gca;4;40;6;;100;11;40;3;300;12 ;16 23 5s a;;60;2;;150;8;60;2;400;7 ;max a;3;80;2;;200;2;80;4;500;2 ;a doubles;;100;2;;250;4;100;3;600;2 ;autres;;120;;4;300;2;120;2;700;*1 ;total aas;10;140;;0;350;2;140;0;800;*2 sans ;opérons;16;160;;0;400;2;160;*2;900;0 ;1 aa;7;180;;2;450;*1;180;0;1000;0 ;max a;8;200;;0;500;*1;200;0;1100;0 ;a doubles;2;;;4;;0;;*2;;*1 ;total aas;45;;33;10;;40;;20;;40 total aas;;55;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;25;196;;155;;89;;301 ;;;variance;22;88;;121;;73;;240 sans jaune;;;moyenne;;;;139;;60;;239 ;;;variance;;;;102;;33;;132 </pre> ====ant blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_blocs|ant blocs]] <pre> Blocs 16s ant;;;;;;;; cds;143;12;;cds;231;;cds;305 acc;173;167;;5s;223;;16s;111 5s;202;202;;23s;301;;atc;19 23s;273;300;;gca;19;;gca;301 gca;19;19;;atc;111;;23s;202 atc;111;111;;16s;292;;5s;354 16s;462;378;;cds;;;cds; cds;;;;;;;; </pre> ====ant remarques==== ====ant distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_distribution|ant distribution]] *Notes: atgf gaa ont chacun un 1aa le reste >1aa. aac est un double. <pre> distribution;ant;;;;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;4;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;38;7;;2;;8;55 ;;;;;;; ;;;;;;; distribution;ant;;;;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;4;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total ;24;;28;;3;;55 </pre> ====ant données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_données_intercalaires|ant données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ant;fx;fc;ant;fx40;fc40;ant;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;9;56;0;9;56;-1;0;164;66;155;CDS 16s;;;tRNA tRNA;; 1;0;10;82;479;1;11;109;-2;0;0;447;1;305;462;;10;;cca 1;0;20;52;230;2;16;54;-3;0;0;70;117;378;;;16;;cac ;1;30;35;74;3;3;56;-4;40;221;110;12;292;;;61;;aga ;2;40;17;53;4;7;24;-5;0;2;109;143;23s 5s;;;96;;cta ;2;50;15;63;5;11;22;-6;7;0;120;143;3* 202;;;**;;atgf ;0;60;18;73;6;8;18;-7;0;12;65;;223;;;5;;ttc ;3;70;19;83;7;7;14;-8;5;98;47;;5s CDS;;;**;;tac ;2;80;20;83;8;4;46;-9;3;0;208;;-;354;;16;;gac ;2;90;35;77;9;6;88;-10;1;7;73;;-;231;;3;;gta ;4;100;24;54;10;9;48;-11;3;46;40;;16s tRNA;;;31;;gaa ;3;110;32;40;11;5;43;-12;3;1;142;;4* 111;;atc;8;;aaa 1;1;120;25;51;12;7;45;-13;0;9;93;;tRNA 23s;;;22;;gac ;0;130;27;35;13;8;31;-14;1;34;93;;2* 301;;gca;3;;gta ;0;140;26;31;14;7;15;-15;3;0;270;;300;;gca;42;;gaa 2;1;150;19;29;15;2;19;-16;1;0;29;;273;;gca;**;;aaa 1;0;160;32;21;16;2;19;-17;2;24;99;;5s tRNA;;;12;;atgf ;0;170;9;11;17;3;12;-18;0;0;242;;167;;acc;**;;caa ;0;180;8;22;18;4;22;-19;0;2;72;;173;;acc;33;;aac ;0;190;19;11;19;10;16;-20;1;19;349;;tRNA tRNA;;intra;**;;aac ;1;200;11;15;20;4;8;-21;1;0;102;;4* 19;;atc gca;81;;tcc ;1;210;11;9;21;6;16;-22;0;0;192;;;;;39;;gga ;0;220;9;9;22;4;7;-23;0;9;81;;;;;15;;atgi ;0;230;3;10;23;5;6;-24;1;0;31;;;;;**;;agc ;1;240;6;10;24;2;4;-25;0;2;240;;;;;45;;tgc ;1;250;5;4;25;4;4;-26;1;5;41;;;;;16;;tca ;0;260;8;5;26;2;10;-27;2;0;95;;;;;**;;tta ;1;270;7;2;27;3;5;-28;0;0;90;;;;;8;;gga ;0;280;2;7;28;2;4;-29;1;7;;;;;;69;;tac ;0;290;3;2;29;4;12;-30;0;0;;;;;;21;;aca ;0;300;9;3;30;3;6;-31;0;1;;;;;;**;;ttc ;0;310;4;1;31;3;8;-32;1;5;;;;;;16;;caa ;0;320;1;2;32;1;1;-33;0;0;;;;;;7;;tta ;0;330;3;4;33;2;8;-34;0;0;;;;;;14;;gga ;0;340;0;4;34;1;5;-35;1;2;;;;;;16;;aaa ;1;350;1;1;35;2;5;-36;0;0;;;;;;14;;atgf ;0;360;0;3;36;1;5;-37;0;0;;;;;;12;;atgj ;0;370;1;1;37;1;6;-38;1;3;;;;;;30;;aca ;0;380;1;0;38;2;4;-39;0;0;;;;;;**;;tca ;0;390;1;3;39;2;7;-40;0;0;;;;;;;; ;0;400;1;1;40;2;4;-41;1;0;;;;;;;; ;1;reste;21;30;reste;436;810;-42;0;0;;;;;;;; 6;28;total;631;1702;total;631;1702;-43;1;0;;;;;;;; 6;27;diagr;601;1616;diagr;186;836;-44;0;0;;;;;;;; 2;1; t30;169;783;;;;-45;0;0;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;; ;x;622;83;9;714;;;-49;1;0;;;;;;;; ;c;1646;679;56;2381;;;-50;0;0;;;;;;;; ;;;;;3095;95;;reste;1;6;;;;;;;; ;;;;;;3190;;total;83;679;;;;;;;; </pre> =====ant autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires_aas|ant autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;ant;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;167574;66;; ;tRNA;168501;447;;cga fin;CDS;169025;;; deb;CDS;237275;305;; 16s;rRNA;237928;111;; ;tRNA;239556;19;;atc ;tRNA;239652;301;;gca 23s;rRNA;240029;202;; 5s;rRNA;243148;354;; fin;CDS;243618;;comp; deb;CDS;302333;155;comp; ;tRNA;303316;10;;cca ;tRNA;303404;16;;cac ;tRNA;303497;61;;aga ;tRNA;303635;96;;cta ;tRNA;303816;70;;atgf fin;CDS;303963;;; deb;CDS;316375;110;; ;tRNA;317454;109;;atgf fin;CDS;317640;;; deb;CDS;373519;120;; ;tRNA;375862;5;;ttc ;tRNA;375943;65;;tac fin;CDS;376093;;; deb;CDS;597419;47;; ;tRNA;598534;208;;ttg fin;CDS;598827;;; deb;CDS;751446;73;comp; ;tRNA;753064;16;comp;gac ;tRNA;753157;3;comp;gta ;tRNA;753236;31;comp;gaa ;tRNA;753342;8;comp;aaa ;tRNA;753426;22;comp;gac ;tRNA;753525;3;comp;gta ;tRNA;753604;42;comp;gaa ;tRNA;753721;40;comp;aaa fin;CDS;753837;;comp; deb;CDS;833388;142;comp; ;tRNA;834121;93;comp;ctc fin;CDS;834298;;comp; deb;CDS;1445917;93;; ;tRNA;1449916;270;;gaa fin;CDS;1450262;;; deb;CDS;1615201;29;; ;tRNA;1615572;99;;gtc fin;CDS;1615747;;; deb;CDS;1703617;1;; ;tRNA;1703837;12;comp;atgf ;tRNA;1703926;117;comp;caa fin;CDS;1704118;;; deb;CDS;1907982;-5;; ;ncRNA;1908268;28;comp; fin;CDS;1908619;;comp; deb;CDS;2221719;242;comp; ;tRNA;2222768;33;comp;aac ;tRNA;2222876;72;comp;aac fin;CDS;2223023;;comp; deb;CDS;2282678;349;comp; ;tRNA;2283792;81;comp;tcc ;tRNA;2283962;39;comp;gga ;tRNA;2284078;15;comp;atgi ;tRNA;2284170;102;comp;agc fin;CDS;2284362;;comp; deb;CDS;2323802;12;; ;tRNA;2324879;167;comp;acc 5s;rRNA;2325122;202;comp; 23s;rRNA;2325440;300;comp; ;tRNA;2328657;19;comp;gca ;tRNA;2328752;111;comp;atc 16s;rRNA;2328940;378;comp; fin;CDS;2330835;;comp; deb;CDS;2425110;353;; ;tmRNA;2427398;181;comp; fin;CDS;2427974;;comp; deb;CDS;2581821;192;comp; ;tRNA;2583033;45;comp;tgc ;tRNA;2583154;16;comp;tca ;tRNA;2583259;143;comp;tta fin;CDS;2583489;;; deb;CDS;2637277;81;comp; ;tRNA;2637541;31;comp;tgg fin;CDS;2637648;;comp; deb;CDS;2637824;240;comp; ;tRNA;2639273;8;comp;gga ;tRNA;2639358;69;comp;tac ;tRNA;2639512;21;comp;aca ;tRNA;2639610;41;comp;ttc fin;CDS;2639727;;comp; deb;CDS;2656033;231;; 5s;rRNA;2656495;223;comp; 23s;rRNA;2656834;301;comp; ;tRNA;2660052;19;comp;gca ;tRNA;2660147;111;comp;atc 16s;rRNA;2660335;292;comp; fin;CDS;2662144;;comp; deb;CDS;2693436;95;; ;tRNA;2695547;16;;caa ;tRNA;2695638;7;;tta ;tRNA;2695732;14;;gga ;tRNA;2695823;16;;aaa ;tRNA;2695915;14;;atgf ;tRNA;2696006;12;;atgj ;tRNA;2696095;30;;aca ;tRNA;2696202;90;;tca fin;CDS;2696381;;; deb;CDS;2739487;88;comp; ;Regulatory;2740208;48;comp; fin;CDS;2740399;;comp; deb;CDS;2825449;163;; ;repeat_region;2825927;233;; fin;CDS;2827303;;; deb;CDS;3082950;143;; ;tRNA;3083318;173;comp;acc 5s;rRNA;3083567;202;comp; 23s;rRNA;3083885;273;comp; ;tRNA;3087075;19;comp;gca ;tRNA;3087170;111;comp;atc 16s;rRNA;3087358;462;comp; fin;CDS;3089337;;; </pre> ====ant intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_entre_cds|ant intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> ant;5.2.21 Paris;;ant 24.9.20;;;;;;; ant;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5 ;'''négatif;762;24.6;'''négatif ;-8;9;-1 à -79;'''3 192 235;-1;762 ;'''zéro;65;2.1;;;;;'''intercals;0;65 ;'''1 à 200;2060;66.6;'''0 à 200;56;54;;'''192 251;5;313 ;'''201 à 370;150;4.8;'''201 à 370;258;43;;'''6.0%;10;248 ;'''371 à 600;33;1.1;'''371 à 600;470;68;;;15;182 ;'''601 à max;25;0.8;'''601 à 1028;769;128;;;20;100 ;'''total 3095;<201;93.3;'''total 3094;60;105;-79 à 1028;;25;58 adresse;intercalx;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;Cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;51 184238;1181;-1;762;-70;2;;0;65;35;36 2384649;1028;0;65;-60;1;;-1;°164;40;34 710835;984;1;°120;-50;4;;-2;0;45;33 982825;947;2;70;-40;3;;-3;0;50;45 3045330;924;3;59;-30;14;'''min à -1;-4;°261;55;47 1534263;916;4;31;-20;49;762;-5;2;60;44 2391806;863;5;°33;-10;137;24.6%;-6;7;65;60 269108;850;6;26;0;617;;-7;12;70;42 1454453;848;7;21;10;561;;-8;°103;75;54 1174364;789;8;50;20;282;;-9;3;80;49 1115863;783;9;°94;30;109;;-10;8;85;56 2054584;776;10;57;40;70;'''1 à 100;-11;°49;90;56 2920637;773;11;48;50;78;1586;-12;4;95;31 1754154;772;12;°52;60;91;51.2%;-13;9;100;47 997474;739;13;39;70;102;;-14;°35;105;38 1906747;712;14;22;80;103;;-15;3;110;34 1172194;702;15;°21;90;112;;-16;1;115;45 606029;672;16;21;100;78;;-17;°26;120;31 1071807;649;17;15;110;72;;-18;0;125;35 1204569;642;18;°26;120;76;;-19;2;130;27 792914;628;19;26;130;62;;-20;°20;135;33 2100174;625;20;12;140;57;;-21;1;140;24 949485;617;21;°22;150;48;;-22;0;145;24 2733159;613;22;11;160;53;;-23;°9;150;24 2042643;612;23;11;170;20;'''1 à 200;-24;1;155;21 2270147;596;24;6;180;30;2060;-25;2;160;32 3006396;587;25;8;190;30;66.6%;-26;°6;165;16 2176130;583;26;°12;200;26;;-27;2;170;4 27717;575;27;8;210;20;;-28;0;175;15 1024897;562;28;6;220;18;;-29;°8;180;15 715253;551;29;°16;230;13;;-30;0;185;15 2128182;532;30;9;240;16;;-31;1;190;15 1829788;526;31;°11;250;9;;-32;°6;195;14 1763296;520;32;2;260;13;'''0 à 200;;810;200;12 ;;33;°10;270;9;2125;reste;17;205;11 ;;34;6;280;9;;total;827;210;9 ;;35;7;290;5;;;;215;10 ;;36;6;300;12;;'''intercal;<u>'''frequencef;220;8 ;;37;7;310;5;;600;3070;225;5 ;;38;6;320;3;;620;3;230;8 ;;39;°9;330;7;;640;2;235;6 ;;40;6;340;4;'''201 à 370;660;2;240;10 ;;;1246;350;2;150;680;1;245;6 ;;;3095;360;3;4.8%;700;;250;3 ;;;;370;2;;720;2;255;7 ;;;;380;1;;740;1;260;6 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;4;;760;;265;5 3067823;-79;comp;;400;2;;780;3;270;4 2531271;-71;shift2;1430;410;3;;800;2;275;5 1382616;-65;shift2;248;420;1;;820;;280;4 1058996;-59;shift2;389;430;0;;840;;285;3 2237436;-56;shift2;872;440;0;;860;2;290;2 641645;-55;shift2;861;450;3;;880;1;295;5 1374304;-53;shift2;1223;460;4;;900;;300;7 3090072;-49;;;470;0;;920;1;305;1 542837;-43;;;480;1;;940;1;310;4 2236436;-41;;;490;1;;960;1;315;3 907463;-38;;;500;1;;980;;320;0 984116;-38;;;510;2;;1000;1;325;3 1476725;-38;;;520;2;;1020;;330;4 1904926;-38;;;530;1;;1040;1;335;3 1716281;-35;;;540;1;'''371 à 600;;24;340;1 2233985;-35;;;550;0;33;;;345;0 3184884;-35;;;560;1;1.1%;;;350;2 531215;-32;;;570;1;;;;355;2 642505;-32;;;580;1;'''601 à max;;;360;1 1843228;-32;;;590;2;25;;;365;1 2546649;-32;;;600;1;0.8%;;;370;1 2808157;-32;;;reste;25;;reste;1;reste;58 3127986;-32;;;total;3095;;total;3095;total;3095 </pre> ====ant intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ant;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-25;209;-664;88;680;279;min40;-135;1021;-2424;183;664;252;min40 31 à 400;60;-400;637;9.8;785;222;2 parties;4.8;28;-332;62;888;-194;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;183;63;-;609;poly;70;SF;262;79;-;358;poly;306;SF 31 à 400;132;48;-;673;poly;112;tF;130;43;-;746;poly;142;tF ;;;;;;;;;;;;;; ant. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;0.038;0.255;0.669;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.575;;;;; ;0.730;0.271;0.538;;;;;;;;;;;; ;0.876;0.892;0.886;;;;;;;;;;;; ant;fx;fc;;ant;fx%;fc%;;fre;fx40;fc40;;x;ant;comp’;continu 0;9;56;;0;15;35;;0;9;56;>0;622;-1;0;164 10;82;479;;10;136;296;;1;11;109;<0;83;-2;0;0 20;52;230;;20;87;142;;2;16;54;zéro;9;-3;0;0 30;35;74;;30;58;46;;3;3;56;total;714;-4;40;221 40;17;53;;40;28;33;;4;7;24;;c;-5;0;2 50;15;63;;50;25;39;;5;11;22;>0;1646;-6;7;0 60;18;73;;60;30;45;;6;8;18;<0;679;-7;0;12 70;19;83;;70;32;51;;7;7;14;zéro;56;-8;5;98 80;20;83;;80;33;51;;8;4;46;total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reste;21;30;;;;;;reste;436;810;;;-42;0;0 total;631;1702;;t30;281;485;;total;631;1702;;;-43;1;0 diagr;601;1616;;t60;364;601;;diagr;186;836;;;-44;0;0 - t30;432;833;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;382;644;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;;total;83;679 </pre> ====ant intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_négatifs_S-|ant intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;; comp’;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83;1 continu;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679;6 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total Sx-;;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83 Sc-;;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679 </pre> ====ant autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires|ant autres intercalaires]] <pre> ant;autres intercalaires;;adresses1;;;ant;autres intercalaires;;adresses2;;;ant;autres intercalaires;;adresses3; deb;°CDS;167574;66;;;deb;°CDS;1445917;93;;;deb;°CDS;2637277;81;comp ;&tRNA;168501;447;;;;&tRNA;1449916;270;;;;&tRNA;2637541;31;comp fin;°CDS;169025;;;;fin;°CDS;1450262;;;;fin;°CDS;2637648;;comp deb;°CDS;237275;305;;;deb;°CDS;1615201;29;;;deb;°CDS;2637824;240;comp ;$rRNA;237928;111;;;;&tRNA;1615572;99;;;;&tRNA;2639273;8;comp ;&tRNA;239556;19;;;fin;°CDS;1615747;;;;;&tRNA;2639358;69;comp ;&tRNA;239652;301;;;deb;°CDS;1703617;1;;;;&tRNA;2639512;21;comp ;$rRNA;240029;202;;;;&tRNA;1703837;12;comp;;;&tRNA;2639610;41;comp ;$rRNA;243148;354;;;;&tRNA;1703926;117;comp;;fin;°CDS;2639727;;comp fin;°CDS;243618;;comp;;fin;°CDS;1704118;;;;deb;°CDS;2656033;231; deb;°CDS;302333;155;comp;;deb;°CDS;1907982;-5;;;;$rRNA;2656495;223;comp ;&tRNA;303316;10;;;;ncRNA;1908268;28;comp;;;$rRNA;2656834;301;comp ;&tRNA;303404;16;;;fin;°CDS;1908619;;comp;;;&tRNA;2660052;19;comp ;&tRNA;303497;61;;;deb;°CDS;2221719;242;comp;;;&tRNA;2660147;111;comp ;&tRNA;303635;96;;;;&tRNA;2222768;33;comp;;;$rRNA;2660335;292;comp ;&tRNA;303816;70;;;;&tRNA;2222876;72;comp;;fin;°CDS;2662144;;comp fin;°CDS;303963;;;;fin;°CDS;2223023;;comp;;deb;°CDS;2693436;95; deb;°CDS;316375;110;;;deb;°CDS;2282678;349;comp;;;&tRNA;2695547;16; ;&tRNA;317454;109;;;;&tRNA;2283792;81;comp;;;&tRNA;2695638;7; fin;°CDS;317640;;;;;&tRNA;2283962;39;comp;;;&tRNA;2695732;14; deb;°CDS;373519;120;;;;&tRNA;2284078;15;comp;;;&tRNA;2695823;16; ;&tRNA;375862;5;;;;&tRNA;2284170;102;comp;;;&tRNA;2695915;14; ;&tRNA;375943;65;;;fin;°CDS;2284362;;comp;;;&tRNA;2696006;12; fin;°CDS;376093;;;;deb;°CDS;2323802;12;;;;&tRNA;2696095;30; deb;°CDS;597419;47;;;;&tRNA;2324879;167;comp;;;&tRNA;2696202;90; ;&tRNA;598534;208;;;;$rRNA;2325122;202;comp;;fin;°CDS;2696381;; fin;°CDS;598827;;;;;$rRNA;2325440;300;comp;;deb;°CDS;2739487;88;comp deb;°CDS;751446;73;comp;;;&tRNA;2328657;19;comp;;;Regulatory;2740208;48;comp ;&tRNA;753064;16;comp;;;&tRNA;2328752;111;comp;;fin;°CDS;2740399;;comp ;&tRNA;753157;3;comp;;;$rRNA;2328940;378;comp;;deb;°CDS;2825449;163; ;&tRNA;753236;31;comp;;fin;°CDS;2330835;;comp;;;repeat_region;2825927;233; ;&tRNA;753342;8;comp;;deb;°CDS;2425110;353;;;fin;°CDS;2827303;; ;&tRNA;753426;22;comp;;;tmRNA;2427398;181;comp;;deb;°CDS;3082950;143; ;&tRNA;753525;3;comp;;fin;°CDS;2427974;;comp;;;&tRNA;3083318;173;comp ;&tRNA;753604;42;comp;;deb;°CDS;2581821;192;comp;;;$rRNA;3083567;202;comp ;&tRNA;753721;40;comp;;;&tRNA;2583033;45;comp;;;$rRNA;3083885;273;comp fin;°CDS;753837;;comp;;;&tRNA;2583154;16;comp;;;&tRNA;3087075;19;comp deb;°CDS;833388;142;comp;;;&tRNA;2583259;143;comp;;;&tRNA;3087170;111;comp ;&tRNA;834121;93;comp;;fin;°CDS;2583489;;;;;$rRNA;3087358;462;comp fin;°CDS;834298;;comp;;;;;;;;fin;°CDS;3089337;; </pre> ====ant intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_tRNA|ant intercalaires tRNA]] <pre> ant ;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;66;;447;;29;31;'''deb; ;10 16 61 96;comp’;155;;70;;47;40;<201;11 ;;;110;;109;;66;41;total;14 ;5;;120;;65;;73;65;taux;79% ;;;47;;208;;81;70;'''fin; ;16 3 31 8 22 3 42;;73;;40;;93;73;<201;12 ;;;142;;93;;95;90;total;15 ;;;93;;270;;110;93;taux;80% ;;;29;;99;;120;99;'''total; ;12;comp’;1;;117;;142;102;<201;23 ;33;;242;;73;;192;109;total;29 ;81 39 15;;349;;102;;240;117;taux;79% ;;comp’;12;;;;242;208;; ;45 16;;192;comp’;143;;349;270;; ;;;81;;31;;'''-;447;'''comp’;'''cumuls ;8 69 21;;240;;41;;1;143;'''deb;100% ;16 7 14 16 14 12 30;;95;;90;;12;-;'''fin;100% ;;comp’;143;;;;143;-;'''total;100% ;;;;;;;155;-;; ;;;;;;;;;; comp’+continu;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;15;13;28;;;;;;; total;18;16;34;;;;;;; %;83%;81%;82%;;;;;;; </pre> ====ant par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_par_rapport_au_groupe_de_référence|ant par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;ant;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;3;;;;;;3; 16;moyen;2;12;;;2;8;24; 14;fort;2;24;2;;;;28; ; ;7;36;2;0;2;8;55; 10;g+cga;1;;;;;;1; 2;agg+cgg;;;;;;;0; 4;carre ccc;2;;;;;;2; 5;autres;;;;;;;0; ;;3;0;0;0;0;0;3; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;55;;;;;;55;26 16;moyen;36;218;0;;36;145;436;324 14;fort;36;436;36;;;;509;650 ;;127;655;36;0;36;145;55;729 10;g+cga;18;;;;;;18;10 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;36;;;;;;36;16 5;autres;;;;;;;; ;;55;0;0;0;0;0;55; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;67;;;67;26;;0; 16;moyen;44;267;;311;324;;33; 14;fort;44;533;44;622;650;;67; ;;156;800;44;45;729;;36; 10;g+cga;22;;;22;10;;; 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;44;;;44;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;67;;;67;;;; </pre> ====epsilon, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#epsilon,_estimation_des_-rRNAs|epsilon, estimation des -rRNAs]] <pre> epsilon;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 40 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;40;187; ; ;;indices;;;;40;468;0;0;;epsi1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;45 atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;3;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;80;acc;3;aac;3;agc;;;atc;200;acc;8;aac;8;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;89;gaa;;gga;;;gta;5;gca;223;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;3 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;172;;13;;2;187;;;;430;;33;;5;468;;;;14;;28;;3;45 11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;161;6531;0;0;;indices;;;;161;6531;0;0;;epsi1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4500 atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;104;;atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;106;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;400 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;95;;ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;200;tcc;100;tac;200;tgc;100 atc;-9;acc;92;aac;105;agc;101;;atc;191;acc;99;aac;112;agc;101;;atc;;acc;;aac;200;agc;100 ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt; gtc;98;gcc;95;gac;134;ggc;140;;gtc;98;gcc;95;gac;139;ggc;140;;gtc;100;gcc;;gac;200;ggc; tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;200;tca;200;taa;;tga; ata;0.0;aca;108;aaa;143;aga;124;;ata;;aca;108;aaa;150;aga;124;;ata;;aca;200;aaa;300;aga;100 cta;101;cca;99;caa;109;cga;100;;cta;101;cca;101;caa;109;cga;100;;cta;100;cca;200;caa;100;cga;100 gta;134;gca;-24;gaa;173;gga;111;;gta;139;gca;199;gaa;173;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;300;gga;300 ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;100 atgj;98;acg;1.9;aag;6.5;agg;96;;atgj;98;acg;1.9;aag;9.0;agg;96;;atgj;100;acg;;aag;;agg; ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;23;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;25;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1287;;1663;;641;3591;;;;1717;;1695;;646;4058;;;;1400;;2800;;300;4500 rapports;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;epsi1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;98;;fiches;39.7;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;74 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1588;;;0/0;4;cgt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;avec;188;;;10;13;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;40;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;0;;;;ttc;47;tcc;3;tac;49;tgc;1 atc;-5;acc;92;aac;93;agc;100;;epsi1;45;;;40;2;;;;atc;100;acc;100;aac;48;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;45;;;50;7;23;;;ctc;1;ccc;100;cac;0;cgt; gtc;100;gcc;100;gac;96;ggc;100;;avec;10;;;60;2;;;;gtc;2;gcc;100;gac;33;ggc;100 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;48;tca;50;taa;;tga;100 ata;;aca;100;aaa;95;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;;aca;46;aaa;53;aga;19 cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par epsilon;;;;90;0;;;;cta;1;cca;51;caa;8;cga;0 gta;96;gca;-12;gaa;100;gga;100;;est 13% au dessu;;;;100;18;;;;gta;33;gca;100;gaa;42;gga;63 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;;tgg;0 atgj;100;acg;100;aag;72;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;2;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;;gcg;;gag;90;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100 ;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;127;;546;;3;676 </pre> ===pub=== ====pub opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_opérons|pub opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Cand_Pela_ubique_HTCC1062/candPela_UBIQUE_HTCC1062-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007205.1;ant;génome;;;;;;;;;; 29.2%GC;30.1.21 Paris;16s 1;31;;;;;;;cds dirigé;; Pelagibacter ubique;;;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; ;41060..41653;;cds;;20;20;;;198;;ABC transporter substrate-binding protein;* comp;41674..41750;;atgi;;66;;66;;;;; comp;41817..41891;;gtc;;8;8;;;;8;; comp;41900..43723;;cds;;;;;;*608;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;; comp;114873..116147;;cds;;3;3;;;425;3;CCA tRNA nucleotidyltransferase;* comp;116151..116224;;caa;;32;32;;;;;; comp;116257..117102;;cds;;;;;;282;;4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol kinase;* ;;;;;;;;;;;; comp;319204..319548;;cds;;22;22;;;115;22;4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase;* comp;319571..319645;;ggc;;97;97;;;;;; ;319743..320384;;cds;;;;;;214;;LON peptidase substrate-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;407852..408448;;cds;;68;68;;;199;;DedA family protein;* ;408517..408601;;ttg;;7;7;;;;7;; ;408609..410315;;cds;;;;;;*569;;AMP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;414886..415407;;cds;;26;26;;;174;26;PaaI family thioesterase;* comp;415434..415510;;cgt;;75;75;;;;;; ;415586..416773;;cds;;;;;;396;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;438405..440213;;cds;;2;2;;;*603;2;elongation factor 4;* ;440216..440305;;tcc;;5;5;;;;5;; comp;440311..441081;;cds;;;;;;257;;FkbM family methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;461643..462362;;cds;;2;2;;;240;2;VTT domain-containing protein;* comp;462365..462438;;acc;;101;101;;;;;; ;462540..462737;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;; ;466335..466550;;cds;;5;5;;;72;5;translation initiation factor IF-1;* ;466556..466631;;ttc;;88;88;;;;;; ;466720..466932;;cds;;235;235;;;71;;cold-shock protein;* ;467168..467242;;cac;;5;5;;;;5;; ;467248..468645;;cds;;;;;;466;;histidine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; comp;509729..511027;;cds;;330;*330;;;433;*330;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;511358..512832;;16s;@1;98;;;;;;; ;512931..513007;;atc;;9;;;9;;;; ;513017..513092;;gca;;149;;;;;;; ;513242..515995;;23s;;446;*446;;;;;; ;516442..516975;;cds;;46625;;;;178;;WbuC family cupin fold metalloprotein;* ;;;;;;;;;;;; ;563601..564479;;cds;;52;52;;;293;;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;* ;564532..564646;;5s;;13;13;;;;13;; ;564660..564785;;cds;;;;;;42;;type B 50S ribosomal protein L36;* ;;;;;;;;;;;; ;567715..568413;;cds;;18;18;;;233;;transaldolase;* comp;568432..568508;;atgf;;6;6;;;;6;; comp;568515..568709;;cds;;;;;;65;;30S ribosomal protein S21;* ;;;;;;;;;;;; comp;593396..594376;;cds;;23;23;;;327;;RluA family pseudouridine synthase;* ;594400..594476;;cga;@2;16;16;;;;16;; comp;594493..595425;;cds;;;;;;311;;threonylcarbamoyl-AMP synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;842772..843023;;cds;;101;101;;;84;;DUF1289 domain-containing protein;* ;843125..843209;;cta;;16;16;;;;16;; ;843226..844659;;cds;;;;;;478;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;; ;846722..849106;;cds;;49;49;;;*795;49;endopeptidase La;* ;849156..849231;;gta;;13;;13;;;;; ;849245..849321;;gac;;88;88;;;;;; ;849410..849778;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;; ;934654..936063;;cds;;31;31;;;470;31;potassium transporter Trk;* ;936095..936171;;aga;;170;170;;;;;; ;936342..937382;;cds;;;;;;347;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; ;941232..942389;;cds;;19;19;;;386;19;hp;* comp;942409..942484;;aac;;52;;52;;;;; comp;942537..942610;;tgc;;128;128;;;;;; ;942739..945366;;cds;;;;;;*876;;valine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; ;970015..971127;;cds;;200;200;;;371;;tRNA guanosine(34) transglycosylase Tgt;* ;971328..971403;;aaa;;20;20;;;;20;; comp;971424..972251;;cds;;;;;;276;;M48 family metallopeptidase;* ;;;;;;;;;;;; ;975062..975328;;cds;;0;0;;;89;0;succinate dehydrogenase assembly factor 2;* comp;975329..975418;;tca;;92;92;;;;;; ;975511..976392;;cds;;;;;;294;;EamA family transporter RarD;* ;;;;;;;;;;;; comp;985615..986127;;cds;;93;93;;;171;;zinc-ribbon domain-containing protein;* ;986221..986297;;cca;;4;4;;;;4;; ;986302..986583;;cds;;;;;;94;;ETC complex I subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;988522..990216;;cds;;50;50;;;*565;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;990267..990341;;gaa;;23;23;;;;23;; ;990365..990598;;cds;;;;;;78;;GIY-YIG nuclease family protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1029539..1031752;;cds;;0;0;;;*738;0;lytic transglycosylase domain-containing protein;* comp;1031753..1031844;;agc;;68;68;;;;;; ;1031913..1033166;;cds;;;;;;418;;sarcosine oxidase subunit beta family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1085222..1085413;;cds;;19;19;;;64;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;1085433..1085508;;tgg;;7;7;;;;7;; comp;1085516..1086706;;cds;;47;47;;;397;47;elongation factor Tu;* comp;1086754..1086827;;gga;;46;;46;;;;; comp;1086874..1086959;;tac;;131;131;;;;;; ;1087091..1087834;;cds;;33;33;;;248;33;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;1087868..1087943;;aca;;4;4;;;;4;; comp;1087948..1088727;;cds;;4;4;;;260;4;NAD kinase;* comp;1088732..1088816;;tta;;79;79;;;;;; comp;1088896..1089312;;cds;;;;;;139;;Gamma-glutamylcyclotransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;1165696..1166454;;cds;;141;141;;;253;;pilin;* comp;1166596..1166672;;atgj;;64;64;;;;64;; comp;1166737..1166964;;cds;;;;;;76;;hp;* </pre> ====pub cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_cumuls|pub cumuls]] <pre> pub cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;2;100;11 ;16 atcgca 23;1;20;1;1;50;31;20;18;200;8 ;16 atc23s5s;;40;;;100;11;40;5;300;11 ;16gca23s5s;;60;2;;150;5;60;2;400;7 ;max a;2;80;1;;200;2;80;1;500;6 ;a doubles;;100;;;250;1;100;;600;2 ;autres;;120;;;300;;120;;700;2 ;total aas;2;140;;;350;1;140;;800;2 sans ;opérons;25;160;;;400;;160;;900;1 ;1 aa;21;180;;;450;1;180;;1000; ;max a;2;200;;;500;;200;;1100; ;a doubles;0;;;;;;;1;; ;total aas;29;;4;1;;54;;29;;50 total aas;;31;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;44;9;;63;;27;;299 ;;;variance;22;0;;85;;61;;203 sans jaune;;;moyenne;;;;50;;16;;237 ;;;variance;;;;55;;16;;134 </pre> ====pub blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_blocs|pub blocs]] <pre> Blocs 16s pub;;;; cds;330;433;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* 16s;98;1475;; atc;9;77;; gca;149;76;; 23s;446;2754;; cds;46625;178;WbuC family cupin fold metalloprotein;* ;;;; cds;52;293;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;* 5s;13;115;; cds;;42;type B 50S ribosomal protein L36;* </pre> ====pub distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_distribution|pub distribution]] <pre> distribution;pub;;;;;;31 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;8;21;;;;2;31 ;;1aa;1;11;9;; ;;>1aa;1;2;5;; distribution;scc;;min;inter;max;;29 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total ;13;;14;;2;;29 </pre> ====pub données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_données_intercalaires|pub données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;pub;fx;fc;pub;fx40;fc40;pub;x-;c-;c;x;c;x;aa 2;0;0;13;58;0;13;58;-1;0;152;8;20;CDS 16s;; 3;10;10;39;256;1;4;52;-2;3;0;3;97;;330; 5;2;20;15;51;2;11;58;-3;0;0;32;68;23s CDS;; 1;3;30;15;30;3;6;37;-4;44;79;22;75;446;; ;3;40;19;30;4;5;25;-5;0;1;7;5;5s CDS;; ;3;50;17;32;5;4;26;-6;2;0;26;2;52;; ;0;60;19;29;6;2;13;-7;1;2;2;101;13;; 2;1;70;10;18;7;3;12;-8;14;42;5;18;16s tRNA;; 1;1;80;15;15;8;2;13;-9;7;0;88;23;98;; ;2;90;6;18;9;2;12;-10;0;2;235;16;tRNA 23s;; 3;0;100;7;9;10;0;8;-11;5;30;5;101;149;; 2;0;110;5;7;11;3;5;-12;4;0;6;19;tRNA tRNA;;intra ;0;120;9;8;12;0;7;-13;1;2;16;128;9;;atc gca 1;0;130;7;6;13;0;6;-14;2;18;49;20;tRNA tRNA;; 1;0;140;4;6;14;2;10;-15;0;0;88;0;66;;atgi 1;0;150;3;3;15;0;2;-16;0;2;31;92;**;;gtc ;0;160;6;1;16;2;3;-17;1;9;170;93;13;;gta ;1;170;3;2;17;3;3;-18;2;0;200;0;**;;gac ;0;180;2;3;18;2;6;-19;0;1;4;68;52;;aac ;0;190;1;6;19;0;4;-20;3;10;50;131;**;;tgc ;1;200;4;1;20;3;5;-21;0;0;23;4;46;;gga ;0;210;1;1;21;5;4;-22;0;1;19;141;**;;tac ;0;220;2;1;22;1;4;-23;1;5;7;;;; ;0;230;1;2;23;0;3;-24;3;0;47;;;; ;1;240;1;0;24;3;5;-25;0;1;33;;;; ;0;250;0;1;25;2;2;-26;0;3;4;;;; ;0;260;1;0;26;0;3;-27;0;0;79;;;; ;0;270;1;0;27;2;2;-28;0;1;64;;;; ;0;280;0;1;28;2;2;-29;0;1;;;;; ;0;290;1;0;29;0;3;-30;1;0;;;;; ;0;300;0;0;30;0;2;-31;0;1;;;;; ;0;310;1;0;31;0;3;-32;0;1;;;;; ;0;320;0;2;32;3;5;-33;0;0;;;;; ;0;330;0;0;33;4;1;-34;0;1;;;;; ;0;340;1;0;34;0;2;-35;0;2;;;;; ;0;350;0;0;35;4;4;-36;0;0;;;;; ;0;360;1;0;36;3;4;-37;0;0;;;;; ;0;370;0;0;37;2;3;-38;0;2;;;;; ;0;380;0;0;38;1;1;-39;0;0;;;;; ;0;390;0;0;39;2;4;-40;0;0;;;;; ;0;400;0;0;40;0;3;-41;0;2;;;;; ;0;reste;4;4;reste;135;175;-42;0;0;;;;; 22;28;total;234;601;total;236;600;-43;1;0;;;;; 20;28;diagr;217;539;diagr;88;367;-44;0;1;;;;; 9;15; t30;69;337;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;221;95;13;329;;;-49;0;0;;;;; ;c;543;377;58;978;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1307;79;;reste;0;3;;;;; ;;;;;;1386;;total;95;377;;;;; </pre> =====pub autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires_aas|pub autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pub;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;9267;10214;4;*; ;;tmRNA;10219;10520;-2;*; fin;comp;CDS;10519;10890;;0; deb;comp;CDS;38328;38795;255;*; ;comp;ncRNA;39051;39405;42;*; fin;comp;CDS;39448;40191;;; deb;;CDS;41060;41653;20;*; ;comp;tRNA;41674;41750;66;*;atgi ;comp;tRNA;41817;41891;8;*;gtc fin;comp;CDS;41900;43723;;; deb;comp;CDS;114873;116147;3;*; ;comp;tRNA;116151;116224;32;*;caa fin;comp;CDS;116257;117102;;0; deb;comp;CDS;319204;319548;22;*; ;comp;tRNA;319571;319645;97;*;ggc fin;;CDS;319743;320384;;0; deb;comp;CDS;407852;408448;68;*; ;;tRNA;408517;408601;7;*;ttg fin;;CDS;408609;410315;;; deb;comp;CDS;414886;415407;26;*; ;comp;tRNA;415434;415510;75;*;cgt fin;;CDS;415586;416773;;; deb;;CDS;438405;440213;2;*; ;;tRNA;440216;440305;5;*;tcc fin;comp;CDS;440311;441081;;; deb;;CDS;461643;462362;2;*; ;comp;tRNA;462365;462438;101;*;acc fin;;CDS;462540;462737;;; deb;;CDS;466335;466550;5;*; ;;tRNA;466556;466631;88;*;ttc deb;;CDS;466720;466932;235;*; ;;tRNA;467168;467242;5;*;cac fin;;CDS;467248;468645;;; deb;comp;CDS;496262;498457;70;*; ;comp;regulatory;498528;498615;91;*; fin;;CDS;498707;499813;;1; deb;comp;CDS;509729;511027;330;*; ;;rRNA;511358;512832;98;*;1475 ;;tRNA;512931;513007;9;*;atc ;;tRNA;513017;513092;149;*;gca ;;rRNA;513242;515995;446;*;2754 fin;;CDS;516442;516975;;; deb;;CDS;563601;564479;52;*; ;;rRNA;564532;564646;13;*;115 fin;;CDS;564660;564785;;; deb;;CDS;567715;568413;18;*; ;comp;tRNA;568432;568508;6;*;atgf fin;comp;CDS;568515;568709;;; deb;comp;CDS;593396;594376;23;*; ;;tRNA;594400;594476;16;*;cga fin;comp;CDS;594493;595425;;; deb;;CDS;648881;649762;24;*; ;;regulatory;649787;649876;77;*; fin;;CDS;649954;651060;;; deb;comp;CDS;731869;732777;9;*; ;comp;regulatory;732787;732850;88;*; fin;comp;CDS;732939;733529;;0; deb;;CDS;785951;786466;32;*; ;;regulatory;786499;786587;-13;*; fin;;CDS;786575;788023;;; deb;comp;CDS;842772;843023;101;*; ;;tRNA;843125;843209;16;*;cta fin;;CDS;843226;844659;;; deb;;CDS;846722;849106;49;*; ;;tRNA;849156;849231;13;*;gta ;;tRNA;849245;849321;88;*;gac fin;;CDS;849410;849778;;; deb;;CDS;934654;936063;31;*; ;;tRNA;936095;936171;170;*;aga fin;;CDS;936342;937382;;; deb;;CDS;941232;942389;19;*; ;comp;tRNA;942409;942484;52;*;aac ;comp;tRNA;942537;942610;128;*;tgc fin;;CDS;942739;945366;;; deb;;CDS;970015;971127;200;*; ;;tRNA;971328;971403;20;*;aaa fin;comp;CDS;971424;972251;;0; deb;;CDS;975062;975328;0;*; ;comp;tRNA;975329;975418;92;*;tca fin;;CDS;975511;976392;;; deb;comp;CDS;985615;986127;93;*; ;;tRNA;986221;986297;4;*;cca fin;;CDS;986302;986583;;; deb;;CDS;988522;990216;50;*; ;;tRNA;990267;990341;23;*;gaa fin;;CDS;990365;990598;;; deb;comp;CDS;1005217;1005678;139;*; ;;regulatory;1005818;1005886;4;*; fin;;CDS;1005891;1007219;;1; deb;;CDS;1029539;1031752;0;*; ;comp;tRNA;1031753;1031844;68;*;agc fin;;CDS;1031913;1033166;;; deb;comp;CDS;1085222;1085413;19;*; ;comp;tRNA;1085433;1085508;7;*;tgg deb;comp;CDS;1085516;1086706;47;*; ;comp;tRNA;1086754;1086827;46;*;gga ;comp;tRNA;1086874;1086959;131;*;tac deb;;CDS;1087091;1087834;33;*; ;;tRNA;1087868;1087943;4;*;aca deb;comp;CDS;1087948;1088727;4;*; ;comp;tRNA;1088732;1088816;79;*;tta fin;comp;CDS;1088896;1089312;;1; deb;comp;CDS;1125607;1126158;4;*; ;comp;regulatory;1126163;1126227;3;*; deb;comp;CDS;1126231;1127292;66;*; ;comp;regulatory;1127359;1127423;295;*; fin;comp;CDS;1127719;1127925;;; deb;;CDS;1165696;1166454;141;*; ;comp;tRNA;1166596;1166672;64;*;atgj fin;comp;CDS;1166737;1166964;;; </pre> ====pub intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_entre_cds|pub intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> 28.1.21 paris;24.1.21;1380;pilM ;Pseudo : incomplete, partial in the middle of a contig, missing N-terminus;;;;;; pub;intercalaires;total;%;intercalaires;;;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5 ;'''négatif;473;36.2;'''négatif ;-8;9;-65 à -1;'''1 308 759;-1;473 ;'''zéro;71;5.4;;;;;'''intercals;0;71 ;'''1 à 200;736;56.3;'''0 à 200;37;45;;'''39 179;5;228 ;'''201 à 370;19;1.5;'''201 à 370;260;47;;'''3.0%;10;67 ;'''371 à 600;7;0.5;'''371 à 600;475;70;;;15;35 ;'''601 à max;1;0.1;'''601 et +;-;;;;20;31 ;'''total 1307;<201;97.9;'''total 1306;26;61;-65 à 596;;25;29 adresse;intercalx;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;16 73227;1380;-1;473;-70;0;;0;71;35;26 999551;596;0;71;-60;1;;-1;°152;40;23 1162229;549;1;56;-50;2;;-2;3;45;33 537246;464;2;°69;-40;6;'''-65 à -1;-3;0;50;16 1119848;445;3;43;-30;8;473;-4;°123;55;23 1180952;435;4;30;-20;29;36%;-5;2;60;25 193367;434;5;°30;-10;79;;-6;2;65;15 398173;403;6;15;0;419;;-7;3;70;13 408609;356;7;15;10;295;;-8;°56;75;17 762333;335;8;°15;20;66;;-9;7;80;12 1122717;318;9;14;30;45;'''1 à 100;-10;2;85;10 338267;317;10;8;40;49;649;-11;°35;90;14 997872;304;11;°8;50;49;49.7%;-12;4;95;7 334628;284;12;7;60;48;;-13;3;100;9 675167;279;13;6;70;28;;-14;°20;105;8 1135181;268;14;°12;80;29;;-15;0;110;4 627169;255;15;2;90;24;;-16;2;115;9 1118568;248;16;5;100;16;;-17;°10;120;8 79392;239;17;6;110;12;'''1 à 200;-18;2;125;7 807867;230;18;°8;120;17;736;-19;1;130;6 58997;223;19;4;130;13;56.3%;-20;°13;135;5 1152723;221;20;8;140;10;;-21;0;140;5 761553;219;21;°9;150;6;;-22;1;145;1 782276;217;22;5;160;7;;-23;°6;150;5 612190;216;23;3;170;5;;-24;3;155;2 351261;209;24;°8;180;5;;-25;1;160;5 838936;201;25;4;190;7;'''0 à 200;-26;°3;165;3 744621;200;26;3;200;5;807;-27;0;170;2 166432;195;27;°4;210;2;;-28;1;175;4 625822;195;28;4;220;3;;-29;1;180;1 164576;191;29;3;230;3;;-30;1;185;6 217060;191;30;2;240;1;;-31;1;190;1 1163621;188;31;3;250;1;;-32;1;195;4 798049;185;32;°8;260;1;;;530;200;1 422106;184;33;5;270;1;;reste;14;205;1 288782;182;34;2;280;1;'''201 à 370;total;544;210;1 560488;182;35;°8;290;1;19;;;215;0 262705;181;36;7;300;0;1.5%;;;220;3 469675;181;37;5;310;1;;;;225;2 832239;177;38;2;320;2;;;;230;1 939877;174;39;°6;330;0;;;;235;0 ;;40;3;340;1;;;;240;1 ;;reste;308;350;0;;;;245;0 ;;total;1307;360;1;;;;250;1 ;;;;370;0;;;;255;1 ;;;;380;0;;;;260;0 ;;;;390;0;;;;265;0 ;;;;400;0;;;;270;1 ;;;;410;1;;;;275;0 ;;;;420;0;;;;280;1 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;0;;;;285;1 817687;-65;shift2;2521;440;2;;;;290;0 410672;-59;shift2;856;450;1;;;;295;0 1196013;-56;shift2;445;460;0;;;;300;0 474189;-47;shift2;1222;470;1;;;;305;1 682918;-47;shift2;1435;480;0;;;;310;0 1025350;-44;shift2;544;490;0;;;;315;0 1197066;-43;comp;;500;0;'''371 à 600;;;320;2 584040;-41;shift2;934;510;0;7;;;325;0 707855;-41;shift2;319;520;0;0.5%;;;330;0 802906;-38;shift2;;530;0;;;;335;1 1038898;-38;shift2;;540;0;;;;340;0 279711;-35;shift2;;550;1;;;;345;0 1027659;-35;shift2;;560;0;;;;350;0 928018;-34;shift2;;570;0;;;;355;0 803426;-32;shift2;;580;0;;;;360;1 1176246;-31;shift2;;590;0;'''max;;;365;0 429007;-30;comp;;600;1;1380;;;370;0 992704;-29;shift2;;reste;1;;;;reste;8 1233832;-28;shift2;;total;1307;;;;total;1307 </pre> ====pub intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;; pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pub;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-58;495;-1405;136;853;284;min20;&-236;1732;-3869;256;559;245;min30 31 à 400;-49;437;-1304;133;918;297;2 parties;&-48;403;-1093;97;945;280;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;243;75;-;604;poly;249;SF;&308;88;;221;poly;338;SF 31 à 400;190;60;-;662;poly;256;SF;&117;36;-;580;poly;365;SF ;;;;;;;;;;;;;; pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; </pre> *Diagrammes 400: Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;26.1.22 Paris;;;;;;corrélation;;14.8.21 Paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;0.715;;pub;Sx-;Sc- 41-400;0.908;0.857;0.883;;;;;;;;;;-1;0;152 1-400;0.840;0.866;0.852;;;;;;;;;;-2;3;0 pub;fx;fc;;pub;fx%;fc%;;x;;fx40;fc40;;-3;0;0 0;13;58;;0;60;108;>0;222;0;13;58;;-4;43;80 10;39;256;;10;179;477;<0;92;1;4;52;;-5;1;1 20;15;51;;20;69;95;zéro;13;2;11;58;;-6;1;1 30;15;30;;30;69;56;total;327;3;6;37;;-7;1;2 40;19;30;;40;87;56;;c;4;5;25;;-8;14;42 50;17;32;;50;78;60;>0;541;5;4;26;;-9;7;0 60;19;29;;60;87;54;<0;381;6;2;13;;-10;0;2 70;10;18;;70;46;34;zéro;58;7;3;12;;-11;4;31 80;15;14;;80;69;26;total;980;8;2;13;;-12;3;1 90;6;18;;90;28;34;;;9;2;12;;-13;1;2 100;7;9;;100;32;17;total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reste;4;4;;;;;;;reste;135;175;;-45;0;0 total;235;599;;t30;317;628;;;total;236;600;;-46;0;0 diagr;218;537;;;;;;;diagr;88;367;;-47;0;2 - t30;149;200;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;0;3 ;;;;;;;;;;;;;total;92;381 </pre> ====pub intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_négatifs_S-|pub intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;0;3;0;42;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;2;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;90 continu;152;0;0;81;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;11;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;383 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;43;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;3;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;92 ;Sc-;152;0;0;80;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;10;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;381 </pre> ====pub autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires|pub autres intercalaires]] <pre> pub;autres intercalaires;;adresses1;;;pub;autres intercalaires;;adresses2;;;pub;autres intercalaires;;adresses3; deb;°CDS;9267;4;comp;;deb;°CDS;509729;330;comp;;deb;°CDS;970015;200; ;tmRNA;10219;-2;;;;$rRNA;511358;98;;;;&tRNA;971328;20; fin;°CDS;10519;;comp;;;&tRNA;512931;9;;;fin;°CDS;971424;;comp deb;°CDS;38328;255;comp;;;&tRNA;513017;149;;;deb;°CDS;975062;0; ;ncRNA;39051;42;comp;;;$rRNA;513242;446;;;;&tRNA;975329;92;comp fin;°CDS;39448;;comp;;fin;°CDS;516442;;;;fin;°CDS;975511;; deb;°CDS;41060;20;;;deb;°CDS;563601;52;;;deb;°CDS;985615;93;comp ;&tRNA;41674;66;comp;;;$rRNA;564532;13;;;;&tRNA;986221;4; ;&tRNA;41817;8;comp;;fin;°CDS;564660;;;;fin;°CDS;986302;; fin;°CDS;41900;;comp;;deb;°CDS;567715;18;;;deb;°CDS;988522;50; deb;°CDS;114873;3;comp;;;&tRNA;568432;6;comp;;;&tRNA;990267;23; ;&tRNA;116151;32;comp;;fin;°CDS;568515;;comp;;fin;°CDS;990365;; fin;°CDS;116257;;comp;;deb;°CDS;593396;23;comp;;deb;°CDS;1005217;139;comp deb;°CDS;319204;22;comp;;;&tRNA;594400;16;;;;regulatory;1005818;4; ;&tRNA;319571;97;comp;;fin;°CDS;594493;;comp;;fin;°CDS;1005891;; fin;°CDS;319743;;;;deb;°CDS;648881;24;;;deb;°CDS;1029539;0; deb;°CDS;407852;68;comp;;;regulatory;649787;77;;;;&tRNA;1031753;68;comp ;&tRNA;408517;7;;;fin;°CDS;649954;;;;fin;°CDS;1031913;; fin;°CDS;408609;;;;deb;°CDS;731869;9;comp;;deb;°CDS;1085222;19;comp deb;°CDS;414886;26;comp;;;regulatory;732787;88;comp;;;&tRNA;1085433;7;comp ;&tRNA;415434;75;comp;;fin;°CDS;732939;;comp;;deb;°CDS;1085516;47;comp fin;°CDS;415586;;;;deb;°CDS;785951;32;;;;&tRNA;1086754;46;comp deb;°CDS;438405;2;;;;regulatory;786499;-13;;;;&tRNA;1086874;131;comp ;&tRNA;440216;5;;;fin;°CDS;786575;;;;deb;°CDS;1087091;33; fin;°CDS;440311;;comp;;deb;°CDS;842772;101;comp;;;&tRNA;1087868;4; deb;°CDS;461643;2;;;;&tRNA;843125;16;;;deb;°CDS;1087948;4;comp ;&tRNA;462365;101;comp;;fin;°CDS;843226;;;;;&tRNA;1088732;79;comp fin;°CDS;462540;;;;deb;°CDS;846722;49;;;fin;°CDS;1088896;;comp deb;°CDS;466335;5;;;;&tRNA;849156;13;;;deb;°CDS;1125607;4;comp ;&tRNA;466556;88;;;;&tRNA;849245;88;;;;regulatory;1126163;3;comp deb;°CDS;466720;235;;;fin;°CDS;849410;;;;deb;°CDS;1126231;66;comp ;&tRNA;467168;5;;;deb;°CDS;934654;31;;;;regulatory;1127359;295;comp fin;°CDS;467248;;;;;&tRNA;936095;170;;;fin;°CDS;1127719;;comp deb;°CDS;496262;70;comp;;fin;°CDS;936342;;;;deb;°CDS;1165696;141; ;regulatory;498528;91;comp;;deb;°CDS;941232;19;;;;&tRNA;1166596;64;comp fin;°CDS;498707;;;;;&tRNA;942409;52;comp;;fin;°CDS;1166737;;comp ;;;;;;;&tRNA;942537;128;comp;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;942739;;;;;;;; </pre> ====pub intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_tRNA|pub intercalaires tRNA]] <pre> pub;intercalaires tRNA;;;;;;;;; ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;; ;;;;;;;;;; ;66;comp’;20;;8;;2;4;deb; ;9;;3;;32;;3;5;<201;13 ;13;;22;comp’;97;;4;6;total;14 comp’;52;comp’;68;;7;;5;7;taux;93% ;46;;26;comp’;75;;19;7;fin; ;;;2;comp’;5;;22;8;<201;14 ;;comp’;2;comp’;101;;26;16;total;14 ;;;5;;88;;31;23;taux;100% ;;;235;;5;;33;32;total; ;;comp’;18;;6;;47;64;<201;27 ;;comp’;23;comp’;16;;49;79;total;28 ;;comp’;101;;16;;50;88;taux;96% ;;;49;;88;;200;88;; ;;;31;;170;;235;170;comp’;cumuls ;;comp’;19;comp’;128;;0;4;; ;;;200;comp’;20;;0;5;deb;11 ;;comp’;0;comp’;92;;2;16;<201;100% ;;comp’;93;;4;;18;20;; ;;;50;;23;;19;68;fin;11 ;;comp’;0;comp’;68;;20;75;<201;100% ;;;19;;7;;23;92;; ;;;47;comp’;131;;68;97;total; ;;;33;comp’;4;;93;101;<201;22 ;;;4;;79;;101;128;total;22 ;;comp’;141;;64;;141;131;taux;100% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;24;25;49;;;;; ;;total;25;25;50;;;;; ;;taux;96%;100%;98%;;;;; </pre> ==actino== ===Actinoplanes sp. SE50/110=== ====ase opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_opérons|ase opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acti_SE50_110/actiSp_SE50_110-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017803.1;ase;;genome;;;;;;;; 71.15%GC;13.8.19 Paris;16s 6;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Actinoplanes sp. SE50/110;;;;;;;;;;; ;12658..13392;;CDS;;78;78;;;245;; ;13471..13547;;atc;@1;242;;*242;;;; ;13790..13862;;gca;;202;202;;;;; comp;14065..14607;;CDS;;;;;;181;; ;;;;;;;;;;; ;153733..155094;;CDS;;556;*556;;;454;; ;155651..157174;;16s;;308;;;;1524;; ;157483..160591;;23s;;99;;;;3109;; ;160691..160807;;5s;;134;134;;;117;; comp;160942..161988;;CDS;;;;;;349;; ;;;;;;;;;;; comp;45153..45968;;CDS;;276;276;;;272;; comp;46245..46330;;ctg;;257;257;;;;; ;46588..47385;;CDS;;;;;;266;; ;;;;;;;;;;; ;568633..569007;;CDS;;492;*492;;;125;; ;569500..571022;;16s;;308;;;;1523;; ;571331..574439;;23s;;108;;;;3109;; ;574548..574664;;5s;;245;245;;;117;; ;574910..576340;;CDS;;;;;;477;; ;;;;;;;;;;; comp;66324..66533;;CDS;;177;177;;;70;; comp;66711..66784;;ggg;;151;151;;;;; comp;66936..67442;;CDS;;;;;;169;; ;;;;;;;;;;; comp;145264..145572;;CDS;;595;*595;;;103;; comp;146168..146244;;ttc;;12;;12;;;; comp;146257..146333;;gac;;62;;62;;;; comp;146396..146468;;gaa;;338;338;;;;; comp;146807..148066;;CDS;;;;;;420;; ;;;;;;;;;;; ;164168..164716;;CDS;;92;92;;;183;; ;164809..164883;;aaa;;250;250;;;;; ;165134..166444;;CDS;;;;;;437;; ;;;;;;;;;;; comp;457033..458760;;CDS;;116;116;;;*576;; ;458877..458950;;acg;;74;74;;;;; comp;459025..460758;;CDS;;;;;;*578;; ;;;;;;;;;;; ;627485..628396;;CDS;;42;42;;;304;; ;628439..628515;;gac;;5;5;;;;; comp;628521..629174;;CDS;;;;;;218;; ;;;;;;;;;;; ;645098..645421;;CDS;;355;355;;;108;; ;645777..645849;;agg;;459;*459;;;;; comp;646309..648462;;CDS;;;;;;*718;; ;;;;;;;;;;; ;747312..748337;;CDS;;430;*430;;;342;; comp;748768..748851;;tac;;148;148;;;;; ;749000..749491;;CDS;;;;;;164;; ;;;;;;;;;;; ;752175..754703;;CDS;;94;94;;;*843;; ;754798..754873;;acc;;44;;44;;;; ;754918..754990;;atgj;;138;138;;;;; ;755129..755296;;CDS;;;;;;56;; ;;;;;;;;;;; ;755829..756224;;CDS;;79;79;;;132;; ;756304..756376;;tgg;;103;103;;;;; ;756480..756857;;CDS;;;;;;126;; ;;;;;;;;;;; ;940643..942004;;CDS;;55;55;;;454;; ;942060..942142;;tta;;221;221;;;;; ;942364..943218;;CDS;;;;;;285;; ;;;;;;;;;;; comp;1155560..1155901;;CDS;;200;200;;;114;; comp;1156102..1156177;;gcc;;89;89;;;;; comp;1156267..1156824;;CDS;;;;;;186;; ;;;;;;;;;;; ;1222705..1223634;;CDS;;259;259;;;310;; comp;1223894..1223980;;cta;;244;244;;;;; comp;1224225..1224701;;CDS;;;;;;159;; ;;;;;;;;;;; ;1237525..1238115;;CDS;;91;91;;;197;; ;1238207..1238282;;cac;;54;54;;;;; comp;1238337..1238684;;CDS;;;;;;116;; ;;;;;;;;;;; comp;1248040..1249266;;CDS;;132;132;;;409;; ;1249399..1249474;;aag;+;118;;*118;;;; ;1249593..1249668;;aag;2 aag;-15;*-15;;;;; comp;1249654..1249878;;CDS;@2;;;;;75;; ;;;;;;;;;;; ;1335812..1336096;;CDS;;296;296;;;95;; comp;1336393..1336465;;aga;;13;13;;;;; comp;1336479..1337558;;CDS;;;;;;360;; ;;;;;;;;;;; comp;1399552..1400070;;CDS;;376;376;;;173;; comp;1400447..1400520;;gga;;130;;*130;;;; ;1400651..1400724;;cca;;38;38;;;;; ;1400763..1402112;;CDS;;;;;;450;; ;;;;;;;;;;; comp;1406634..1406849;;CDS;;586;*586;;;72;; ;1407436..1408958;;16s;;307;;;;1523;; ;1409266..1412374;;23s;;99;;;;3109;; ;1412474..1412590;;5s;;122;122;;;117;; comp;1412713..1413510;;CDS;;;;;;266;; ;;;;;;;;;;; comp;1519931..1520254;;CDS;;217;217;;;108;; ;1520472..1520544;;aac;;315;315;;;;; ;1520860..1522122;;CDS;;236;236;;;421;; ;1522359..1522432;;atgi;;1097;*1097;;;;; < comp;1523530..1523919;;CDS;;;;;;130;; ;;;;;;;;;;; ;1604562..1605026;;CDS;;38;38;;;155;; ;1605065..1605139;;gta;;357;357;;;;; <>;1605497..1605583;;CDS;;;;;;29;; ;;;;;;;;;;; comp;1935668..1936510;;CDS;;317;317;;;281;; comp;1936828..1936904;;ttg;;131;131;;;;; ;1937036..1937656;;CDS;;;;;;207;; ;;;;;;;;;;; ;2434408..2435559;;CDS;;19;19;;;384;; comp;2435579..2435661;;ctc;;151;151;;;;; ;2435813..2438881;;CDS;;;;;;*1023;; ;;;;;;;;;;; comp;2570204..2570824;;CDS;;794;*794;;;207;; ;2571619..2573141;;16s;;315;;;;1523;; ;2573457..2576562;;23s;;98;;;;3106;; ;2576661..2576777;;5s;;247;247;;;117;; comp;2577025..2577462;;CDS;;;;;;146;; ;;;;;;;;;;; comp;4900233..4901780;;CDS;;19;19;;;*516;; comp;4901800..4901878;;tgc;;29;;29;;;; comp;4901908..4901981;;gcg;;19;19;;;;; comp;4902001..4902321;;CDS;;23;23;;;107;; comp;4902345..4902417;;gac;;31;31;;;;; comp;4902449..4903369;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; ;5443888..5444526;;CDS;;409;*409;;;213;; ;5444936..5445012;;ctc;;17;;17;;;; ;5445030..5445114;;tac;;29;29;;;;; comp;5445144..5446565;;CDS;;;;;;474;; ;;;;;;;;;;; ;6208479..6209489;;CDS;;101;101;;;337;; comp;6209591..6209666;;cgg;;9;;9;;;; comp;6209676..6209749;;cca;;17;;17;;;; comp;6209767..6209859;;agc;;5;;5;;;; comp;6209865..6209939;;ctg;;4;;4;;;; comp;6209944..6210015;;cag;;8;;8;;;; comp;6210024..6210100;;ggc;;4;;4;;;; comp;6210105..6210177;;cgt;;3;;3;;;; comp;6210181..6210254;;gcc;;43;;43;;;; comp;6210298..6210369;;tgg;;562;*562;;;;; comp;6210932..6212365;;CDS;;;;;;478;; ;;;;;;;;;;; ;6397923..6398423;;CDS;;699;*699;;;167;; ;6399123..6399196;;tgg;;199;;*199;;;; ;6399396..6399468;;ggg;;157;;*157;;;; ;6399626..6399701;;gcc;;61;;61;;;; ;6399763..6399837;;gag;;78;;78;;;; ;6399916..6399992;;gga;;359;;*359;;;; ;6400352..6400426;;ttg;;1;;1;;;; ;6400428..6400500;;acc;;5;;5;;;; ;6400506..6400577;;ggc;;25;25;;;;; ;6400603..6401055;;CDS;;35;35;;;151;; ;6401091..6401163;;cag;;110;;*110;;;; ;6401274..6401350;;ctc;;1;;1;;;; ;6401352..6401427;;acg;;1;;1;;;; ;6401429..6401503;;ctg;;5;;5;;;; ;6401509..6401584;;gcg;;30;;30;;;; ;6401615..6401686;;gac;;5;;5;;;; ;6401692..6401779;;agc;;1;;1;;;; ;6401781..6401854;;atc;;6;6;;;;; ;6401861..6402227;;ncRNA;@3;7;7;;;;; ;6402235..6402309;;cgt;;10;;10;;;; ;6402320..6402395;;other;@4;11;;11;;;; ;6402407..6402477;;aag;;14;;14;;;; ;6402492..6402565;;aga;;11;;11;;;; ;6402577..6402650;;aaa;;1;;1;;;; ;6402652..6402727;;atgf;;1;;1;;;; ;6402729..6402804;;gtc;;1;;1;;;; ;6402806..6402879;;gaa;;5;;5;;;; ;6402885..6402958;;aac;;44;;44;;;; ;6403003..6403088;;tcc;;1;;1;;;; ;6403090..6403163;;gtg;;2;;2;;;; ;6403166..6403239;;cac;;93;;*93;;;; ;6403333..6403405;;other;;411;*411;;;;; comp;6403817..6404185;;CDS;;;;;;123;; ;;;;;;;;;;; ;6543230..6543619;;CDS;;412;*412;;;130;; ;6544032..6544106;;ctg;;152;;*152;;;; ;6544259..6544331;;gca;;410;*410;;;;; ;6544742..6545917;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; ;6934653..6935819;;CDS;;69;69;;;389;; comp;6935889..6935962;;ccc;;51;51;;;;; comp;6936014..6937450;;CDS;;;;;;479;; ;;;;;;;;;;; comp;6991952..6992437;;CDS;;174;174;;;162;; comp;6992612..6992728;;5s;;170;;;;117;; comp;6992899..6996006;;23s;;307;;;;3108;; comp;6996314..6997836;;16s;;531;*531;;;1523;; comp;6998368..6999624;;CDS;;;;;;419;; ;;;;;;;;;;; ;7455514..7456608;;CDS;;167;167;;;365;; comp;7456776..7456847;;gtg;;55;55;;;;; comp;7456903..7457310;;CDS;;;;;;136;; ;;;;;;;;;;; ;7481671..7483989;;CDS;;83;83;;;*773;; comp;7484073..7484189;;5s;;169;;;;117;; comp;7484359..7487466;;23s;;315;;;;3108;; comp;7487782..7489304;;16s;;800;*800;;;1523;; comp;7490105..7490731;;CDS;;;;;;209;; ;;;;;;;;;;; ;7670534..7671652;;CDS;;136;136;;;373;; comp;7671789..7671863;;gtc;;18;;18;;;; comp;7671882..7671952;;tgc;;38;;38;;;; comp;7671991..7672063;;ggc;;116;116;;;;; comp;7672180..7674045;;CDS;;;;;;*622;; ;;;;;;;;;;; ;7710075..7711193;;CDS;;136;136;;;373;; comp;7711330..7711404;;gtc;;28;;28;;;; comp;7711433..7711503;;tgc;;38;;38;;;; comp;7711542..7711614;;ggc;;112;112;;;;; ;7711727..7712905;;CDS;;;;;;393;; ;;;;;;;;;;; ;8111157..8111843;;CDS;;546;*546;;;229;; comp;8112390..8112465;;gag;+;532;;*532;;;; comp;8112998..8113070;;gag;2 gag;57;;57;;;; comp;8113128..8113199;;cag;;451;*451;;;;; comp;8113651..8114457;;CDS;;;;;;269;; ;;;;;;;;;;; ;8275151..8275810;;CDS;;65;65;;;220;; ;8275876..8275950;;cgg;;416;*416;;;;; comp;8276367..8276921;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; comp;8391343..8392530;;CDS;;255;255;;;396;; comp;8392786..8392862;;atgf;;296;296;;;;; comp;8393159..8394607;;CDS;;;;;;483;; ;;;;;;;;;;; comp;8397029..8399113;;CDS;;596;*596;;;*695;; comp;8399710..8399786;;atgf;;71;71;;;;; comp;8399858..8402857;;CDS;;;;;;*1000;; ;;;;;;;;;;; comp;8601686..8603128;;CDS;;81;81;;;481;; comp;8603210..8603280;;caa;;37;37;;;;; comp;8603318..8604199;;CDS;;;;;;294;; ;;;;;;;;;;; ;8623005..8623730;;CDS;;64;64;;;242;; comp;8623795..8623871;;gcg;;171;171;;;;; comp;8624043..8624792;;CDS;;;;;;250;; ;;;;;;;;;;; comp;8821061..8822146;;CDS;;136;136;;;362;; ;8822283..8822356;;aca;;175;175;;;;; comp;8822532..8824421;;CDS;;;;;;*630;; ;;;;;;;;;;; ;8945870..8946763;;CDS;;190;190;;;298;; ;8946954..8947030;;ccg;;204;204;;;;; comp;8947235..8947531;;CDS;;;;;;99;; ;;;;;;;;;;; comp;8963177..8966704;;CDS;;104;104;;;*1176;; comp;8966809..8966904;;ncRNA;;83;83;*83;;;; ;8966988..8967075;;tcc;;270;270;;;;; comp;8967346..8967687;;CDS;;;;;;114;; ;;;;;;;;;;; ;8968639..8969070;;CDS;;521;*521;;;144;; comp;8969592..8969681;;tcg;;116;116;;;;; ;8969798..8970505;;CDS;;;;;;236;; ;;;;;;;;;;; ;9077764..9078855;;CDS;;326;326;;;364;; comp;9079182..9079256;;cgt;;370;370;;;;; comp;9079627..9082830;;CDS;;;;;;*1068;; ;;;;;;;;;;; comp;9084051..9086675;;CDS;;560;*560;;;*875;; comp;9087236..9087311;;cgt;;40;;40;;;; comp;9087352..9087442;;agc;;399;399;;;;; ;9087842..9089017;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;9100587..9101549;;CDS;;77;77;;;321;; ;9101627..9101714;;tca;;144;144;;;;; comp;9101859..9102145;;CDS;;;;;;96;; </pre> ====ase cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_cumuls|ase cumuls]] <pre> ase cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;6;1;8;-;1;1;1;;100;8;30;1 ;16 23 5s 0;6;20;19;;50;16;20;;200;29;60;1 ;16 atc gca;0;40;6;;100;19;40;;300;19;90;3 ;16 23 5s a;0;60;4;;150;17;60;;400;19;120;10 ;max a;0;80;3;;200;9;80;;500;14;150;9 ;a doubles;0;100;2;;250;9;100;;600;3;180;8 ;autres;0;120;2;;300;7;120;;700;3;210;8 ;total aas;0;140;1;;350;4;140;;800;2;240;5 sans ;opérons;45;160;2;;400;5;160;;900;2;270;6 ;1 aa;31;180;0;;450;6;180;;1000;1;300;5 ;max a;29;200;1;;500;3;200;;1100;2;330;4 ;a doubles;2;;3;;;13;;;;1;;43 ;total aas;98;;51;0;;109;;0;;103;;103 total aas;;98;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;58;;;229;;;;328;; ;;;variance;98;;;206;;;;173;; sans jaune;;;moyenne;19;;;147;;;;254;;179 ;;;variance;21;;;104;;;;111;;62 </pre> ====ase blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_blocs|ase blocs]] <pre> ase blocs;;;;;; CDS;556;454;492;125;586;72 16s;308;1524;308;1523;307;1523 23s;99;3109;108;3109;99;3109 5s;134;117;245;117;122;117 CDS;;349;;477;;266 ;;;;;; CDS;794;207;531;419;800;209 16s;315;1523;307;1523;315;1523 23s;98;3106;170;3108;169;3108 5s;247;117;174;117;83;117 CDS;;146;;162;;773 </pre> ====ase remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_remarques|ase remarques]] ====ase distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_distribution|ase distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;2;acc;2;aac;1;agc;3;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;2;ggc;;;gtc;3;gcc;2;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;2;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;3;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ase; ;32;;;;;;;ase;58;;;;;;;;ase;6;;;;;; </pre> ====ase données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_données_intercalaires|ase données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ase;fx;fc;ase;fx40;fc40;ase;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 1;0;0;22;13;0;22;13;-1;0;168;78;202;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite 1;0;10;141;464;1;20;60;-2;18;0;279;257;555;585;;245;;atc;97;;cgt 1;3;20;93;279;2;5;59;-3;0;0;387;185;491;793;;**;;gca;14;;aag ;2;30;92;196;3;23;38;-4;91;885;151;74;530;;;15;;ttc;11;;aga 1;6;40;63;226;4;21;48;-5;0;1;595;8;799;;;62;;gac;1;;aaa 1;2;50;101;178;5;10;43;-6;2;0;338;459;16s 23s;;;**;;gaa;1;;atgf 1;3;60;130;183;6;12;28;-7;11;18;92;430;2* 345;;;47;;acc;1;;gtc 2;1;70;137;193;7;12;31;-8;6;71;274;148;2* 344;;;**;;atgj;5;;gaa 2;3;80;126;160;8;9;37;-9;2;1;434;262;2* 352;;;118;;aag;44;;aac ;2;90;104;171;9;17;53;-10;4;9;817;54;23s 5s;;;**;;aag;1;;tcc 1;3;100;101;126;10;12;67;-11;17;22;42;132;2* 105;;;-;130;gga;2;;gtg 1;1;110;95;122;11;9;49;-12;5;0;1343;-12;114;;;**;;cca;96;;cac 2;2;120;82;98;12;11;33;-13;6;12;94;296;100;;;29;;tgc;**;;other ;0;130;96;96;13;8;33;-14;18;12;138;217;176;;;**;;gcg;152;;ctg 5;2;140;89;88;14;5;26;-15;11;1;79;827;175;;;20;;ctc;**;;gca 1;0;150;62;78;15;11;23;-16;4;5;103;131;5s CDS;;;**;;tac;18;;gtc 1;1;160;73;82;16;17;28;-17;12;6;55;19;245;377;;9;;cgg;38;;tgc 1;0;170;66;71;17;6;23;-18;4;0;221;151;983;122;;17;;cca;**;;ggc 1;2;180;59;57;18;8;12;-19;6;5;203;278;;247;;5;;agc;532;;gag 1;1;190;61;70;19;10;17;-20;5;6;89;32;;83;;4;;ctg;57;;gag ;0;200;65;58;20;8;35;-21;1;0;244;104;;;;11;;cag;**;;cag 2;1;210;55;45;21;15;20;-22;2;3;91;43;tRNA CDS;suite;;4;;ggc;40;;cgt 1;0;220;39;46;22;11;24;-23;8;7;13;411;34;77;;3;;cgt;**;;agc ;1;230;42;53;23;7;23;-24;7;0;373;69;35;1017;;43;;gcc;;; ;0;240;39;37;24;10;14;-25;1;5;38;167;412;;;**;;tgg;;; ;1;250;41;48;25;11;18;-26;8;5;315;136;380;;;199;;tgg;;; 1;0;260;36;17;26;2;24;-27;0;1;47;136;113;;;157;;ggg;;; 1;0;270;43;33;27;17;14;-28;3;4;38;112;178;;;64;;gcc;;; 2;2;280;34;33;28;6;14;-29;3;4;1132;546;51;;;81;;gag;;; ;0;290;23;29;29;4;28;-30;2;0;362;419;55;;;141;;gga;;; 1;1;300;22;29;30;9;17;-31;4;1;19;64;116;;;144;;caa;;; ;0;310;31;21;31;1;22;-32;7;4;19;136;451;;;1;;ttg;;; ;2;320;22;22;32;6;34;-33;2;0;23;175;65;;;5;;acc;;; 1;0;330;16;20;33;10;20;-34;3;1;31;204;135;;;**;;ggc;;; ;1;340;20;32;34;4;23;-35;6;0;22;273;296;;;110;;cag;;; ;1;350;22;24;35;4;22;-36;1;0;409;91;599;;;4;;ctc;;; ;0;360;24;19;36;7;19;-37;1;2;345;116;71;;;1;;acg;;; ;2;370;14;16;37;7;23;-38;5;0;317;329;81;;;5;;ctg;;; ;2;380;11;14;38;7;29;-39;0;0;699;408;37;;;30;;gcg;;; ;1;390;13;14;39;7;14;-40;2;1;;;171;;;5;;gac;;; ;0;400;15;10;40;10;20;-41;0;3;;;190;;;1;;agc;;; 8;11;reste;259;295;reste;2268;2688;-42;2;0;;;370;;;**;;atc;;; 41;60;total;2679;3866;total;2679;3866;-43;2;1;;;524;;;;;;;; 32;49;diagr;2398;3558;diagr;389;1165;-44;2;4;;;;;;;;;;; 2;5; t30;326;939;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;; ;x;2657;352;22;3031;;;-49;0;2;;;;;;;;;;; ;c;3853;1300;13;5166;;;-50;3;0;;;;;;;;;;; ;;;;;8197;183;;reste;53;28;;;;;;;;;;; ;;;;;;8380;;total;352;1300;;;;;;;;;;; </pre> =====ase autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires_aas|ase autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ase;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;12497;78;; ;tRNA;13471;245;;atc ;tRNA;13790;202;;gca fin;CDS;14065;;comp; deb;CDS;45153;279;comp; ;tRNA;46248;257;comp;ctg fin;CDS;46588;;; deb;CDS;65469;387;comp; ;tRNA;66711;151;comp;ggg fin;CDS;66936;;comp; deb;CDS;145264;595;comp; ;tRNA;146168;15;comp;ttc ;tRNA;146260;62;comp;gac ;tRNA;146396;338;comp;gaa fin;CDS;146807;;comp; deb;CDS;153733;555;; ;rRNA;155650;345;;16s ;rRNA;157512;105;;23s ;rRNA;160691;377;;5s fin;CDS;161185;;comp; deb;CDS;164168;92;; ;tRNA;164809;274;;aaa fin;CDS;165158;;; deb;CDS;261106;434;; ;tRNA;262062;817;;aaa fin;CDS;262948;;; deb;CDS;457033;185;comp; ;tRNA;458877;74;;acg fin;CDS;459025;;comp; deb;CDS;568633;491;; ;rRNA;569499;345;;16s ;rRNA;571360;114;;23s ;rRNA;574548;245;;5s fin;CDS;574910;;; deb;CDS;627485;42;; ;tRNA;628439;8;;gac fin;CDS;628521;;comp; deb;CDS;643285;1343;; ;tRNA;645777;459;;agg fin;CDS;646309;;comp; deb;CDS;747348;430;; ;tRNA;748768;148;comp;tac fin;CDS;749000;;; deb;CDS;752175;94;; ;tRNA;754798;47;;acc ;tRNA;754918;138;;atgj fin;CDS;755129;;; deb;CDS;755829;79;; ;tRNA;756304;103;;tgg fin;CDS;756480;;; deb;CDS;940643;55;; ;tRNA;942060;221;;tta fin;CDS;942364;;; deb;CDS;1120784;33;; ;tmRNA;1121477;553;; fin;CDS;1122412;;comp; deb;CDS;1155560;203;comp; ;tRNA;1156105;89;comp;gcc fin;CDS;1156267;;comp; deb;CDS;1222705;262;; ;tRNA;1223897;244;comp;cta fin;CDS;1224225;;comp; deb;CDS;1237525;91;; ;tRNA;1238207;54;;cac fin;CDS;1238337;;comp; deb;CDS;1248040;132;comp; ;tRNA;1249399;118;;aag ;tRNA;1249593;-12;;aag fin;CDS;1249654;;comp; deb;CDS;1335812;296;; ;tRNA;1336393;13;comp;aga fin;CDS;1336479;;comp; deb;CDS;1399552;373;comp; ;tRNA;1400450;130;comp;gga ;tRNA;1400651;38;;cca fin;CDS;1400763;;; deb;CDS;1406634;585;comp; ;rRNA;1407435;344;;16s ;rRNA;1409295;105;;23s ;rRNA;1412474;122;;5s fin;CDS;1412713;;comp; deb;CDS;1519931;217;comp; ;tRNA;1520472;315;;aac fin;CDS;1520860;;; deb;CDS;1522138;47;; ;tRNA;1522359;827;;atgi fin;CDS;1523260;;comp; deb;CDS;1604562;38;; ;tRNA;1605065;1132;;gta fin;CDS;1606269;;; deb;CDS;1618796;261;comp; ;ncRNA;1619690;61;comp; fin;CDS;1620155;;; deb;CDS;1935668;362;comp; ;tRNA;1936828;131;comp;ttg fin;CDS;1937036;;; deb;CDS;2434657;19;; ;tRNA;2435579;151;comp;ctc fin;CDS;2435813;;; deb;CDS;2570204;793;comp; ;rRNA;2571618;352;;16s ;rRNA;2573486;100;;23s ;rRNA;2576661;247;;5s fin;CDS;2577025;;comp; deb;CDS;4900233;19;comp; ;tRNA;4901800;29;comp;tgc ;tRNA;4901908;19;comp;gcg deb;CDS;4902001;23;comp; ;tRNA;4902345;31;comp;gac fin;CDS;4902449;;comp; deb;CDS;4989030;22;; ;tRNA;4989784;278;;other fin;CDS;4990157;;comp; deb;CDS;5443888;409;; ;tRNA;5444936;20;;ctc ;tRNA;5445030;32;;tac fin;CDS;5445144;;comp; deb;CDS;6208479;104;; ;tRNA;6209594;9;comp;cgg ;tRNA;6209676;17;comp;cca ;tRNA;6209767;5;comp;agc ;tRNA;6209865;4;comp;ctg ;tRNA;6209944;11;comp;cag ;tRNA;6210027;4;comp;ggc ;tRNA;6210105;3;comp;cgt ;tRNA;6210181;43;comp;gcc ;tRNA;6210298;345;comp;tgg fin;CDS;6210715;;comp; deb;CDS;6288256;317;comp; ;tRNA;6290910;43;comp;tga fin;CDS;6291049;;; deb;CDS;6397947;699;; ;tRNA;6399123;199;;tgg ;tRNA;6399396;157;;ggg ;tRNA;6399626;64;;gcc ;tRNA;6399763;81;;gag ;tRNA;6399916;141;;gga ;tRNA;6400131;144;;caa ;tRNA;6400352;1;;ttg ;tRNA;6400428;5;;acc ;tRNA;6400506;34;;ggc deb;CDS;6400612;35;; ;tRNA;6401091;110;;cag ;tRNA;6401274;4;;ctc ;tRNA;6401352;1;;acg ;tRNA;6401429;5;;ctg ;tRNA;6401509;30;;gcg ;tRNA;6401615;5;;gac ;tRNA;6401692;1;;agc ;tRNA;6401781;6;;atc ;ncRNA;6401861;7;; ;tRNA;6402235;97;;cgt ;tRNA;6402407;14;;aag ;tRNA;6402492;11;;aga ;tRNA;6402577;1;;aaa ;tRNA;6402652;1;;atgf ;tRNA;6402729;1;;gtc ;tRNA;6402806;5;;gaa ;tRNA;6402885;44;;aac ;tRNA;6403003;1;;tcc ;tRNA;6403090;2;;gtg ;tRNA;6403166;96;;cac ;tRNA;6403333;411;;other fin;CDS;6403817;;comp; deb;CDS;6543191;412;; ;tRNA;6544032;152;;ctg ;tRNA;6544259;380;;gca deb;CDS;6544712;113;; ;tRNA;6546031;178;;gac fin;CDS;6546284;;; deb;CDS;6934653;69;; ;tRNA;6935889;51;comp;ccc fin;CDS;6936014;;comp; deb;CDS;6991353;983;comp; ;rRNA;6992612;176;comp;5s ;rRNA;6992905;344;comp;23s ;rRNA;6996322;530;comp;16s fin;CDS;6998368;;comp; deb;CDS;7455514;167;; ;tRNA;7456776;55;comp;gtg fin;CDS;7456903;;comp; deb;CDS;7481701;83;; ;rRNA;7484073;175;comp;5s ;rRNA;7484365;352;comp;23s ;rRNA;7487790;799;comp;16s fin;CDS;7490105;;comp; deb;CDS;7670534;136;; ;tRNA;7671789;18;comp;gtc ;tRNA;7671882;38;comp;tgc ;tRNA;7671991;116;comp;ggc fin;CDS;7672180;;comp; deb;CDS;7710075;136;; ;tRNA;7711330;28;comp;gtc ;tRNA;7711433;38;comp;tgc ;tRNA;7711542;112;comp;ggc fin;CDS;7711727;;; deb;CDS;8111157;546;; ;tRNA;8112390;532;comp;gag ;tRNA;8112998;57;comp;gag ;tRNA;8113128;451;comp;cag fin;CDS;8113651;;comp; deb;CDS;8275151;65;; ;tRNA;8275876;419;;cgg fin;CDS;8276367;;comp; deb;CDS;8391343;135;comp; ;tRNA;8392786;296;comp;atgf fin;CDS;8393159;;comp; deb;CDS;8397029;599;comp; ;tRNA;8399713;71;comp;atgf fin;CDS;8399858;;comp; deb;CDS;8601686;81;comp; ;tRNA;8603210;37;comp;caa fin;CDS;8603318;;comp; deb;CDS;8623005;64;; ;tRNA;8623795;171;comp;gcg fin;CDS;8624043;;comp; deb;CDS;8821061;136;comp; ;tRNA;8822283;175;;aca fin;CDS;8822532;;comp; deb;CDS;8945870;190;; ;tRNA;8946954;204;;ccg fin;CDS;8947235;;comp; deb;CDS;8963177;104;comp; ;ncRNA;8966809;83;comp; ;tRNA;8966988;273;;tcc fin;CDS;8967346;;comp; deb;CDS;8969168;91;; ;tRNA;8969592;116;comp;tcg fin;CDS;8969798;;; deb;CDS;9077764;329;; ;tRNA;9079185;370;comp;cgt fin;CDS;9079627;;comp; deb;CDS;9084051;524;comp; ;tRNA;9087239;40;comp;cgt ;tRNA;9087352;408;comp;agc fin;CDS;9087851;;; deb;CDS;9100587;77;comp; ;tRNA;9101627;1017;;tca fin;CDS;9102729;;comp; </pre> ====ase intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_entre_cds|ase intercalaires entre cds]] *'''Tableau''' <pre> ase;2.2.21 Paris;;ase 17.12.20;;;;;;;;; ase;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;1652;20.2;'''négatif ;-11;18;-1 à -120;'''9 239 851;-1;1652;610;9 ;'''zéro;35;0.4;;;;;'''intercals;0;35;620;10 ;'''1 à 200;4832;58.9;'''0 à 200;76;56;;'''1 063 558;5;327;630;11 ;'''201 à 370;1047;12.8;'''201 à 370;270;48;;'''11.5%;10;278;640;9 ;'''371 à 600;399;4.9;'''371 à 600;466;64;;;15;208;650;8 ;'''601 à max;232;2.8;'''601 à 1028;901;335;;;20;164;660;5 ;'''total 8197;<201;79.5;'''total 8191;125;189;-120 à 2272;;25;153;670;10 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;135;680;7 3108649;3760;-1;1652;-70;42;;0;35;35;146;690;2 5950001;3290;0;35;-60;13;;-1;°168;40;143;700;3 9227973;3263;1;°80;-50;29;;-2;18;45;135;710;4 5776402;3118;2;64;-40;23;;-3;0;50;144;720;4 6218652;2918;3;61;-30;39;'''min à -1;-4;°976;55;169;730;4 2517961;2663;4;°69;-20;73;1652;-5;1;60;144;740;5 7134889;2272;5;53;-10;159;20.2%;-6;2;65;154;750;6 355339;2255;6;40;0;1309;;-7;29;70;176;760;4 6142216;2155;7;43;10;605;;-8;°77;75;138;770;5 744687;2103;8;46;20;372;;-9;3;80;148;780;3 7132107;2080;9;70;30;288;;-10;13;85;145;790;4 713737;2014;10;°79;40;289;'''1 à 100;-11;°39;90;130;800;5 56486;1991;11;58;50;279;3264;-12;5;95;123;810;3 7915401;1920;12;44;60;313;39.8%;-13;18;100;104;820;5 1728815;1782;13;41;70;330;;-14;°30;105;106;830;3 6917877;1616;14;31;80;286;;-15;12;110;111;840;5 3627392;1532;15;34;90;275;;-16;9;115;101;850;3 6902269;1526;16;°45;100;227;;-17;°18;120;79;860;1 7156539;1508;17;29;110;217;;-18;4;125;101;870;4 4817485;1484;18;20;120;180;;-19;11;130;91;880;4 3228912;1467;19;27;130;192;;-20;°11;135;89;890;4 1528987;1458;20;°43;140;177;;-21;1;140;88;900;1 8078456;1411;21;35;150;140;;-22;5;145;76;910;1 8199307;1409;22;35;160;155;;-23;°15;150;64;920;1 5463416;1395;23;30;170;137;'''1 à 200;-24;7;155;89;930;1 1188761;1392;24;24;180;116;4832;-25;6;160;66;940;1 9239126;1338;25;29;190;131;58.9%;-26;°13;165;76;950;2 3240125;1331;26;26;200;123;;-27;1;170;61;960;0 1083604;1320;27;31;210;100;;-28;7;175;58;970;7 6788001;1297;28;20;220;85;;-29;°7;180;58;980;0 3417418;1292;29;32;230;95;;-30;2;185;67;990;3 6304514;1289;30;26;240;76;'''0 à 200;-31;5;190;64;1000;4 8425004;1285;31;23;250;89;4867;-32;°11;195;72;1010;0 5338257;1267;32;°40;260;53;;;1559;200;51;1020;1 204079;1263;33;30;270;76;;reste;128;205;54;1030;1 6897972;1260;34;27;280;67;;total;1687;210;46;1040;2 ;;35;26;290;52;;;;215;45;1050;3 ;;36;26;300;51;;'''intercal;'''<u>frequence5;220;40;1060;2 ;;37;30;310;52;;600;7965;225;50;1070;0 ;;38;°36;320;44;;650;47;230;45;1080;0 ;;39;21;330;36;;700;27;235;43;1090;3 ;;40;30;340;52;'''201 à 370;750;23;240;33;1100;0 ;;reste;4956;350;46;1047;800;21;245;45;1110;1 ;;total;8197;360;43;12.8%;850;19;250;44;1120;1 ;;;;370;30;;900;14;255;28;1130;1 ;;;;380;25;;950;6;260;25;1140;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;27;;1000;14;265;34;1150;0 1905626;-120;comp;;400;25;;1050;7;270;42;1160;0 1623585;-119;shift2;1160;410;16;;1100;5;275;37;1170;0 3648339;-119;comp;;420;36;;1150;3;280;30;1180;2 5459717;-119;shift2;533;430;19;;1200;4;285;23;1190;1 2592786;-111;comp;;440;20;;1250;2;290;29;1200;1 7166313;-110;shift2;3494;450;19;;1300;11;295;24;reste;42 2954690;-109;;;460;19;;1350;3;300;27;total;8197 3376872;-109;;;470;16;;1400;2;305;28;; 1386988;-107;;;480;20;;1450;2;310;24;; 1241468;-106;;;490;21;;1500;3;315;23;; 2667462;-106;;;500;13;;1550;3;320;21;; 5582768;-106;;;510;22;;1600;0;325;19;; 4986287;-105;;;520;14;;1650;1;330;17;; 5304717;-101;;;530;4;;1700;0;335;33;; 3730598;-100;;;540;16;'''371 à 600;1750;0;340;19;; 5353721;-97;;;550;11;399;1800;1;345;22;; 6351308;-97;;;560;10;4.9%;1850;0;350;24;; 9179797;-95;;;570;12;;1900;0;355;21;; 594603;-94;;;580;14;'''601 à max;1950;1;360;22;; 6906822;-94;;;590;12;232;2000;1;365;12;; 323356;-93;;;600;8;2.8%;;220;370;18;; 1310874;-93;;;reste;232;;reste;12;reste;631;; 5450079;-91;;;total;8197;;total;8197;total;8197;; </pre> ====ase intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> corrélations;;;;;;;;;;;;;; ase. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;; cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;; 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ase;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;19;-108;35;46;872;189;max70;&-43;352;-987;104;910;273;min50 31 à 400;22;-129;74;44;881;195;2 parties;&-18;182;-637;85;976;337;2 parties droite;-a;cste; -;R2;note;R2’;;&-a;cste; -;R2;note;R2’; 1 à 400;125;51; -;847;dte;25;tf;&184;63; -;694;poly;216;SF 31 à 400;129;52; -;849;dte;32;tf;&141;51; -;827;poly;149;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;corrélation;;;;;;;;;;;;; 41-n;0.959;0.922;0.940;;0.346;;;;;;;;;;;;; 1-n;0.814;0.646;0.725;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;; ase;fx;fc;;fx40;fc40;;ase;fx%;fc%;;x;;ase;comp’;continu;ase;comp’;continu 0;22;13;0;22;13;;0;9;4;>0;2657;;-1;0;168;-51;3;0 10;141;464;1;20;60;;10;59;130;<0;352;;-2;18;0;-52;0;3 20;93;279;2;5;59;;20;39;78;zéro;22;;-3;0;0;-53;4;0 30;92;196;3;23;38;;30;38;55;total;3031;;-4;91;885;-54;1;0 40;63;226;4;21;48;;40;26;64;;c;;-5;0;1;-55;0;1 50;101;178;5;10;43;;50;42;50;>0;3853;;-6;2;0;-56;4;0 60;130;183;6;12;28;;60;54;51;<0;1300;;-7;11;18;-57;1;0 70;137;193;7;12;31;;70;57;54;zéro;13;;-8;6;71;-58;3;0 80;126;160;8;9;37;;80;53;45;total;5166;;-9;2;1;-59;4;2 90;104;171;9;17;53;;90;43;48;;;;-10;4;9;-60;0;0 100;101;126;10;12;67;;100;42;35;;;;-11;17;22;-61;0;0 110;95;122;11;9;49;;110;40;34;;;;-12;5;0;-62;2;0 120;82;98;12;11;33;;120;34;28;;;;-13;6;12;-63;0;0 130;96;96;13;8;33;;130;40;27;;;;-14;18;12;-64;1;0 140;89;88;14;5;26;;140;37;25;;;;-15;11;1;-65;3;0 150;62;78;15;11;23;;150;26;22;;;;-16;4;5;-66;1;0 160;73;82;16;17;28;;160;30;23;;;;-17;12;6;-67;2;1 170;66;71;17;6;23;;170;28;20;;;;-18;4;0;-68;2;0 180;59;57;18;8;12;;180;25;16;;;;-19;6;5;-69;1;0 190;61;70;19;10;17;;190;25;20;;;;-20;5;6;-70;0;2 200;65;58;20;8;35;;200;27;16;;;;-21;1;0;-71;0;0 210;55;45;21;15;20;;210;23;13;;;;-22;2;3;-72;2;0 220;39;46;22;11;24;;220;16;13;;;;-23;8;7;-73;0;0 230;42;53;23;7;23;;230;18;15;;;;-24;7;0;-74;1;1 240;39;37;24;10;14;;240;16;10;;;;-25;1;5;-75;0;0 250;41;48;25;11;18;;250;17;13;;;;-26;8;5;-76;0;1 260;36;17;26;2;24;;260;15;5;;;;-27;0;1;-77;0;0 270;43;33;27;17;14;;270;18;9;;;;-28;3;4;-78;0;0 280;34;33;28;6;14;;280;14;9;;;;-29;3;4;-79;0;1 290;23;29;29;4;28;;290;10;8;;;;-30;2;0;-80;1;0 300;22;29;30;9;17;;300;9;8;;;;-31;4;1;-81;1;0 310;31;21;31;1;22;;310;13;6;;;;-32;7;4;-82;2;1 320;22;22;32;6;34;;320;9;6;;;;-33;2;0;-83;0;0 330;16;20;33;10;20;;330;7;6;;;;-34;3;1;-84;0;0 340;20;32;34;4;23;;340;8;9;;;;-35;6;0;-85;0;0 350;22;24;35;4;22;;350;9;7;;;;-36;1;0;-86;2;1 360;24;19;36;7;19;;360;10;5;;;;-37;1;2;-87;1;0 370;14;16;37;7;23;;370;6;4;;;;-38;5;0;-88;1;0 380;11;14;38;7;29;;380;5;4;;;;-39;0;0;-89;0;1 390;13;14;39;7;14;;390;5;4;;;;-40;2;1;-90;0;0 400;15;10;40;10;20;;400;6;3;;;;-41;0;3;-91;0;1 reste;259;295;;2268;2688;;;;;;;;-42;2;0;-92;0;0 total;2679;3866;;2679;3866;;t30;136;264;;;;-43;2;1;-93;2;0 diagr;2398;3558;;389;1165;;t50;204;377;;;;-44;2;4;-94;0;2 - t30;2072;2619;;;;;;;;;;;-45;0;0;-95;0;1 - t50;1908;2215;;;;;;;;;;;-46;0;1;-96;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;2;1;-97;0;2 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;-98;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;2;-99;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;3;0;-100;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;53;28;reste;8;7 ;;;;;;;;;;;;;total;352;1300;total;53;28 </pre> ====ase intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_négatifs_S-|ase intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ase;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;; comp’;0;18;0;84;0;2;10;5;2;4;15;4;4;17;10;4;11;4;5;5;1;2;7;6;1;8;0;2;3;1;3;5;2;3;5;1;1;5;0;1;0;2;2;1;0;0;2;0;0;2;2;0;3;1;0;4;0;2;4;0;0;2;0;1;3;1;2;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;2;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;8;319;49 continu;168;0;0;892;1;0;19;72;1;9;24;1;14;13;2;5;7;0;6;6;0;3;8;1;5;5;1;5;4;1;2;6;0;1;1;0;2;0;0;2;3;0;1;5;0;1;1;0;2;1;1;3;1;0;1;0;1;1;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;2;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;1;6;1333;32 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;ase;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;reste;total ;comp’;0;18;0;91;0;2;11;6;2;4;17;5;6;18;11;4;12;4;6;5;1;2;8;7;1;8;0;3;3;2;4;7;2;3;6;1;1;5;0;2;0;2;2;2;0;0;2;0;0;3;53;352;3;0;4;1;0;4;1;3;4;0;0;2;0;1;3;1;2;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;2;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;8;53 ;continu;168;0;0;885;1;0;18;71;1;9;22;0;12;12;1;5;6;0;5;6;0;3;7;0;5;5;1;4;4;0;1;4;0;1;0;0;2;0;0;1;3;0;1;4;0;1;1;0;2;0;28;1300;0;3;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;2;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;7;28 </pre> ====ase autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires|ase autres intercalaires]] <pre> ase;autres intercalaires;;adresses1;;;ase;autres intercalaires;;adresses2;;;ase;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;12497;78;;;deb;°CDS;1519931;217;comp;;deb;°CDS;6543191;412; ;&tRNA;13471;245;;;;&tRNA;1520472;315;;;;&tRNA;6544032;152; ;&tRNA;13790;202;;;fin;°CDS;1520860;;;;;&tRNA;6544259;380; fin;°CDS;14065;;comp;;deb;°CDS;1522138;47;;;deb;°CDS;6544712;113; deb;°CDS;45153;279;comp;;;&tRNA;1522359;827;;;;&tRNA;6546031;178; ;&tRNA;46248;257;comp;;fin;°CDS;1523260;;comp;;fin;°CDS;6546284;; fin;°CDS;46588;;;;deb;°CDS;1604562;38;;;deb;°CDS;6934653;69; deb;°CDS;65469;387;comp;;;&tRNA;1605065;1132;;;;&tRNA;6935889;51;comp ;&tRNA;66711;151;comp;;fin;°CDS;1606269;;;;fin;°CDS;6936014;;comp fin;°CDS;66936;;comp;;deb;°CDS;1618796;261;comp;;deb;°CDS;6991353;983;comp deb;°CDS;145264;595;comp;;;ncRNA;1619690;61;comp;;;$rRNA;6992612;176;comp ;&tRNA;146168;15;comp;;fin;°CDS;1620155;;;;;$rRNA;6992905;344;comp ;&tRNA;146260;62;comp;;deb;°CDS;1935668;362;comp;;;$rRNA;6996322;530;comp ;&tRNA;146396;338;comp;;;&tRNA;1936828;131;comp;;fin;°CDS;6998368;;comp fin;°CDS;146807;;comp;;fin;°CDS;1937036;;;;deb;°CDS;7455514;167; deb;°CDS;153733;555;;;deb;°CDS;2434657;19;;;;&tRNA;7456776;55;comp ;$rRNA;155650;345;;;;&tRNA;2435579;151;comp;;fin;°CDS;7456903;;comp ;$rRNA;157512;105;;;fin;°CDS;2435813;;;;deb;°CDS;7481701;83; ;$rRNA;160691;377;;;deb;°CDS;2570204;793;comp;;;$rRNA;7484073;175;comp fin;°CDS;161185;;comp;;;$rRNA;2571618;352;;;;$rRNA;7484365;352;comp deb;°CDS;164168;92;;;;$rRNA;2573486;100;;;;$rRNA;7487790;799;comp ;&tRNA;164809;274;;;;$rRNA;2576661;247;;;fin;°CDS;7490105;;comp fin;°CDS;165158;;;;fin;°CDS;2577025;;comp;;deb;°CDS;7670534;136; deb;°CDS;261106;434;;;deb;°CDS;4900233;19;comp;;;&tRNA;7671789;18;comp ;&tRNA;262062;817;;;;&tRNA;4901800;29;comp;;;&tRNA;7671882;38;comp fin;°CDS;262948;;;;;&tRNA;4901908;19;comp;;;&tRNA;7671991;116;comp deb;°CDS;457033;185;comp;;deb;°CDS;4902001;23;comp;;fin;°CDS;7672180;;comp ;&tRNA;458877;74;;;;&tRNA;4902345;31;comp;;deb;°CDS;7710075;136; fin;°CDS;459025;;comp;;fin;°CDS;4902449;;comp;;;&tRNA;7711330;28;comp deb;°CDS;568633;491;;;deb;°CDS;4989030;22;;;;&tRNA;7711433;38;comp ;$rRNA;569499;345;;;;&tRNA;4989784;278;;;;&tRNA;7711542;112;comp ;$rRNA;571360;114;;;fin;°CDS;4990157;;comp;;fin;°CDS;7711727;; ;$rRNA;574548;245;;;deb;°CDS;5443888;409;;;deb;°CDS;8111157;546; fin;°CDS;574910;;;;;&tRNA;5444936;20;;;;&tRNA;8112390;532;comp deb;°CDS;627485;42;;;;&tRNA;5445030;32;;;;&tRNA;8112998;57;comp ;&tRNA;628439;8;;;fin;°CDS;5445144;;comp;;;&tRNA;8113128;451;comp fin;°CDS;628521;;comp;;deb;°CDS;6208479;104;;;fin;°CDS;8113651;;comp deb;°CDS;643285;1343;;;;&tRNA;6209594;9;comp;;deb;°CDS;8275151;65; ;&tRNA;645777;459;;;;&tRNA;6209676;17;comp;;;&tRNA;8275876;419; fin;°CDS;646309;;comp;;;&tRNA;6209767;5;comp;;fin;°CDS;8276367;;comp deb;°CDS;747348;430;;;;&tRNA;6209865;4;comp;;deb;°CDS;8391343;135;comp ;&tRNA;748768;148;comp;;;&tRNA;6209944;11;comp;;;&tRNA;8392786;296;comp fin;°CDS;749000;;;;;&tRNA;6210027;4;comp;;fin;°CDS;8393159;;comp deb;°CDS;752175;94;;;;&tRNA;6210105;3;comp;;deb;°CDS;8397029;599;comp ;&tRNA;754798;47;;;;&tRNA;6210181;43;comp;;;&tRNA;8399713;71;comp ;&tRNA;754918;138;;;;&tRNA;6210298;345;comp;;fin;°CDS;8399858;;comp fin;°CDS;755129;;;;fin;°CDS;6210715;;comp;;deb;°CDS;8601686;81;comp deb;°CDS;755829;79;;;deb;°CDS;6288256;317;comp;;;&tRNA;8603210;37;comp ;&tRNA;756304;103;;;;&tRNA;6290910;43;comp;;fin;°CDS;8603318;;comp fin;°CDS;756480;;;;fin;°CDS;6291049;;;;deb;°CDS;8623005;64; deb;°CDS;940643;55;;;deb;°CDS;6397947;699;;;;&tRNA;8623795;171;comp ;&tRNA;942060;221;;;;&tRNA;6399123;199;;;fin;°CDS;8624043;;comp fin;°CDS;942364;;;;;&tRNA;6399396;157;;;deb;°CDS;8821061;136;comp deb;°CDS;1120784;33;;;;&tRNA;6399626;64;;;;&tRNA;8822283;175; ;tmRNA;1121477;553;;;;&tRNA;6399763;81;;;fin;°CDS;8822532;;comp fin;°CDS;1122412;;comp;;;&tRNA;6399916;141;;;deb;°CDS;8945870;190; deb;°CDS;1155560;203;comp;;;&tRNA;6400131;144;;;;&tRNA;8946954;204; ;&tRNA;1156105;89;comp;;;&tRNA;6400352;1;;;fin;°CDS;8947235;;comp fin;°CDS;1156267;;comp;;;&tRNA;6400428;5;;;deb;°CDS;8963177;104;comp deb;°CDS;1222705;262;;;;&tRNA;6400506;34;;;;ncRNA;8966809;83;comp ;&tRNA;1223897;244;comp;;deb;°CDS;6400612;35;;;;&tRNA;8966988;273; fin;°CDS;1224225;;comp;;;&tRNA;6401091;110;;;fin;°CDS;8967346;;comp deb;°CDS;1237525;91;;;;&tRNA;6401274;4;;;deb;°CDS;8969168;91; ;&tRNA;1238207;54;;;;&tRNA;6401352;1;;;;&tRNA;8969592;116;comp fin;°CDS;1238337;;comp;;;&tRNA;6401429;5;;;fin;°CDS;8969798;; deb;°CDS;1248040;132;comp;;;&tRNA;6401509;30;;;deb;°CDS;9077764;329; ;&tRNA;1249399;118;;;;&tRNA;6401615;5;;;;&tRNA;9079185;370;comp ;&tRNA;1249593;-12;;;;&tRNA;6401692;1;;;fin;°CDS;9079627;;comp fin;°CDS;1249654;;comp;;;&tRNA;6401781;6;;;deb;°CDS;9084051;524;comp deb;°CDS;1335812;296;;;;ncRNA;6401861;7;;;;&tRNA;9087239;40;comp ;&tRNA;1336393;13;comp;;;&tRNA;6402235;97;;;;&tRNA;9087352;408;comp fin;°CDS;1336479;;comp;;;&tRNA;6402407;14;;;fin;°CDS;9087851;; deb;°CDS;1399552;373;comp;;;&tRNA;6402492;11;;;deb;°CDS;9100587;77;comp ;&tRNA;1400450;130;comp;;;&tRNA;6402577;1;;;;&tRNA;9101627;1017; ;&tRNA;1400651;38;;;;&tRNA;6402652;1;;;fin;°CDS;9102729;;comp fin;°CDS;1400763;;;;;&tRNA;6402729;1;;;;;;; deb;°CDS;1406634;585;comp;;;&tRNA;6402806;5;;;;;;; ;$rRNA;1407435;344;;;;&tRNA;6402885;44;;;;;;; ;$rRNA;1409295;105;;;;&tRNA;6403003;1;;;;;;; ;$rRNA;1412474;122;;;;&tRNA;6403090;2;;;;;;; fin;°CDS;1412713;;comp;;;&tRNA;6403166;96;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;6403333;411;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;6403817;;comp;;;;;; </pre> ====ase intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_tRNA|ase intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;245;;78;comp’;202;;19;13;; ;;;279;comp’;257;;22;19;'''deb; ;;;387;;151;;23;31;<201;18 ;15;;595;;338;;35;34;total;32 ;62;;;;;;38;37;taux;56% ;;;92;;274;;42;38;; ;;;434;;817;;47;51;'''fin; ;;comp’;185;comp’;74;;55;55;<201;16 ;;;42;comp’;8;;65;71;total;28 ;;;1343;comp’;459;;78;89;taux;57% ;;comp’;430;comp’;148;;79;103;; ;47;;94;;138;;81;116;'''total; ;;;79;;103;;91;138;<201;34 ;;;55;;221;;92;151;total;60 ;;;203;;89;;94;171;taux;57% ;;comp’;262;;244;;113;178;; ;;;91;comp’;54;;135;221;; ;118;comp’;132;comp’;-12;;190;244;; ;;comp’;296;;13;;203;274;; comp’;130;;373;;38;;279;296;; ;;comp’;217;;315;;317;315;; ;;;47;comp’;827;;362;338;; ;;;38;;1132;;373;345;; ;;;362;comp’;131;;387;370;; ;;comp’;19;comp’;151;;409;380;; ;29;;19;;19;;412;451;; ;;;23;;31;;434;817;; ;;;22;comp’;278;;524;1132;; ;20;;409;comp’;32;;595;'''-;; 5aas;9 17 5 4 11 ;comp’;104;;345;;599;'''-;; 3aas;4 3 43;;;;;;699;'''-;; ;;;317;comp’;43;;1343;'''-;'''comp’;'''cumuls 8aas;199 157 64 81 141 144 1 5;;699;;34;;19;'''-12;; 7aas;110 4 1 5 30 5 1 6ncRNA7;;35;comp’;411;;64;8;'''deb; 11aas ;97 14 11 1 1 1 5 44 1 2 96;;;;;;69;32;<201;12 ;152;;412;;380;;77;43;total;18 ;;;113;;178;;91;54;taux;67% ;;comp’;69;;51;;104;74;; ;;comp’;167;;55;;132;112;'''fin; ;18 38;comp’;136;;116;;136;116;<201;12 ;28 38;comp’;136;comp’;112;;136;131;total;23 ;532 57;comp’;546;;451;;136;148;taux;34% ;;;65;comp’;419;;167;151;; ;;;135;;296;;185;175;'''total; ;;;599;;71;;217;202;<201;24 ;;;81;;37;;262;204;total;41 ;;comp’;64;;171;;296;257;taux;59% ;;comp’;136;comp’;175;;329;273;; ;;;190;comp’;204;;430;278;; ;;;;comp’;273;;546;408;; ;;comp’;91;comp’;116;;'''-;411;; ;;comp’;329;;370;;'''-;419;; ;40;;524;comp’;408;;'''-;459;; ;;comp’;77;comp’;1017;;'''-;827;; ;;;;;;;'''-;1017;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;30;28;58;;;;;;; total;50;51;101;;;;;;; taux;60%;55%;57%;;;;;;; </pre> ===blo=== ====blo opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_opérons|blo opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Bifi_long_NCC2705/bifiLong-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_004307.2;blo;genome;57;;; 60%GC;30.6.19 Paris;16s 4;NCBI;gtRNAdb;doubles;intercalaires ;Bifidobacterium longum NCC2705;;;;; ;115187..115260;;val;gta;; ;;;;;; ;159243..160772;;16s;;@1;430 ;161203..164268;;23s;;;168 ;164437..164556;;5s;;; ;;;;;; comp;207382..207457;;tgg;tgg;; ;;;;;; comp;382849..382924;;aac;aac;+;43 comp;382968..383040;;aac;aac;2 aac; ;;;;;; comp;440078..440150;;aac;aac;; ;;;;;; ;503549..503624;;gly;ggc;+;24 ;503649..503719;;tgc;tgc;2 ggc;41 ;503761..503835;;val;gtc;;45 ;503881..503953;;val;gtg;;31 ;503985..504060;;gly;ggc;; ;;;;;; ;521008..521084;;pro;ccc;; ;;;;;; ;648764..648851;;leu;ctc;; ;;;;;; comp;747296..747369;;arg;cgt;+;29 comp;747399..747472;;arg;cgt;2 cgt; ;;;;;; ;775646..775716;;gln;caa;; ;;;;;; ;778709..778784;;ala;gcc;+;86 ;778871..778946;;ala;gcc;2 gcc; ;;;;;; ;793729..793805;;pro;cca;; ;;;;;; comp;804390..804463;;leu;ttg;; ;;;;;; comp;841055..841136;;leu;tta;; ;;;;;; ;937056..937131;;cac;cac;; ;;;;;; comp;981177..981253;;arg;aga;; ;;;;;; ;1202433..1202505;;thr;acg;;87 ;1202593..1202676;;leu;cta;; ;;;;;; ;1208139..1208211;;thr;acg;; ;;;;;; comp;1264390..1264465;;val;gtg;;48 comp;1264514..1264585;;val;gtc;;46 comp;1264632..1264704;;gly;ggc;; ;;;;;; comp;1280591..1280666;;arg;cgg;; ;;;;;; ;1295466..1295542;;atg;atgf;; ;;;;;; comp;1350001..1350074;;lys;aag;; ;;;;;; comp;1388875..1388950;;lys;aaa;; ;;;;;; ;1410594..1410681;;ser;tcc;; ;;;;;; comp;1424793..1424867;;gln;cag;;36 comp;1424904..1424979;;glu;gag;; ;;;;;; comp;1524142..1524215;;gly;ggg;; ;;;;;; ;1534802..1534887;;leu;ctg;; ;;;;;; ;1606163..1606236;;ile;atc;;42 ;1606279..1606351;;ala;gca;; ;;;;;; comp;1646835..1646911;;thr;aca;; ;;;;;; ;1705902..1707431;;16s;;;429 ;1707861..1710926;;23s;;;168 ;1711095..1711215;;5s;;; ;;;;;; ;1712083..1713614;;16s;;;422 ;1714037..1717102;;23s;;;168 ;1717271..1717390;;5s;;; ;;;;;; ;1769952..1770027;;ala;gcg;; ;;;;;; ;1905665..1905740;;tgg;tgg;; ;;;;;; ;1908902..1910431;;16s;;;428 ;1910860..1913926;;23s;;;168 ;1914095..1914214;;5s;;; ;;;;;; ;1936132..1936205;;gly;gga;; ;;;;;; ;1971396..1971477;;tac;tac;;1 ;1971479..1971550;;thr;acc;;4 ;1971555..1971631;;atg;atgj;; ;;;;;; ;1979312..1979401;;ser;agc;; ;;;;;; ;2016025..2016112;;ser;tcg;; ;;;;;; ;2047072..2047159;;ser;tca;; ;;;;;; comp;2068637..2068713;;pro;ccg;; ;;;;;; comp;2085402..2085473;;glu;gaa;; ;;;;;; ;2087969..2088042;;gac;gac;;47 ;2088090..2088165;;ttc;ttc;; ;;;;;; ;2110850..2110926;;gac;gac;; ;;;;;; ;2130626..2130699;;atg;atgi;; ;;;;;; ;2171440..2171512;;arg;agg;; </pre> ====blo cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_cumuls|blo cumuls]] <pre> blo cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;4;1;1;- ;16 23 5s 0;4;20;1; ;16 atc gca;0;40;4; ;16 23 5s a;0;60;7; ;max a;0;80;0; ;a doubles;0;100;2; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;0; sans ;opérons;41;160;0; ;1 aa;31;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;4;;0; ;total aas;55;;15;0 total aas;;55;;; remarques;;1;;; avec jaune;;;moyenne;41; ;;;variance;24; sans jaune;;;moyenne;34; ;;;variance;16; </pre> ====blo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_blocs|blo blocs]] <pre> blo blocs;;;; 16s;430;1530;422;1532 23s;168;3066;168;3066 5s;;120;;120 ;;;; 16s;429;1530;428;1530 23s;168;3066;168;3067 5s;;121;;120 </pre> ====blo remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_remarques|blo remarques]] ====blo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_distribution|blo distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;1;ggc;3;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total blo;;31;;;;;;;blo;19;;;;;;;;blo;6;;;;;; </pre> ====blo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_données_intercalaires|blo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;blo;fx;fc;blo;fx40;fc40;blo;x-;c-;c;x;c;x;aa 2;1;0;2;1;0;2;1;-1;;52;163;190;CDS 16s;; ;0;10;17;87;1;1;12;-2;1;0;231;284;618;518; ;0;20;8;70;2;1;15;-3;;0;-17;-39;573;; ;0;30;15;50;3;1;8;-4;2;109;154;558;5s 16s;; ;1;40;14;34;4;2;5;-5;;0;148;159;866;; ;0;50;16;40;5;3;9;-6;;1;64;95;16s 23s;; ;2;60;17;51;6;1;9;-7;;1;216;204;432;; 1;4;70;16;43;7;1;4;-8;2;8;60;336;3* 431;; 1;3;80;18;40;8;1;8;-9;;0;187;76;23s 5s;; ;0;90;27;47;9;4;6;-10;;3;117;288;4* 170;; 2;1;100;14;34;10;2;11;-11;;9;116;206;5s CDS;; ;1;110;15;42;11;1;10;-12;;0;94;167;375;188; ;4;120;17;40;12;0;7;-13;;0;218;193;;251; ;2;130;18;38;13;1;7;-14;1;10;206;97;tRNA tRNA;; ;1;140;16;38;14;2;3;-15;;0;272;215;43;;aac ;3;150;15;30;15;1;14;-16;;1;467;175;**;;aac 1;3;160;24;25;16;0;8;-17;1;7;67;580;27;;ggc 1;1;170;12;43;17;0;9;-18;;0;192;469;41;;tgc 1;2;180;20;33;18;1;5;-19;1;2;158;-8;48;;gtc 1;1;190;8;15;19;1;3;-20;1;1;149;62;31;;gtg 1;3;200;10;24;20;1;4;-21;;0;251;356;**;;ggc 3;1;210;15;14;21;0;7;-22;1;0;192;309;29;;cgt 1;2;220;16;16;22;2;6;-23;;0;256;204;**;;cgt ;2;230;12;11;23;2;8;-24;;0;365;519;89;;gcc ;1;240;5;17;24;3;4;-25;1;0;433;333;**;;gcc ;1;250;9;12;25;1;6;-26;;1;113;253;87;;acg 1;2;260;6;11;26;3;7;-27;;0;199;;**;;cta ;0;270;6;17;27;1;3;-28;1;1;75;;48;;gtg ;2;280;11;11;28;1;3;-29;;0;142;;46;;gtc 2;0;290;4;3;29;1;4;-30;;0;74;;**;;ggc ;0;300;5;12;30;1;2;-31;;1;306;;39;;cag 1;1;310;6;7;31;2;6;-32;1;0;871;;**;;gag ;1;320;5;11;32;1;3;-33;;0;102;;42;;atc ;2;330;3;3;33;4;2;-34;;0;314;;**;;gca 2;0;340;7;5;34;1;4;-35;1;0;130;;1;;tac ;0;350;2;3;35;0;2;-36;;0;55;;4;;acc 1;0;360;6;6;36;1;3;-37;;0;329;;**;;atgj ;1;370;3;1;37;1;3;-38;1;0;130;;47;;gac ;1;380;5;4;38;1;2;-39;1;0;37;;**;;ttc ;0;390;2;2;39;1;9;-40;;0;178;;;; ;1;400;3;3;40;2;0;-41;;0;519;;;; 4;5;reste;49;51;reste;443;803;-42;;0;61;;;; 26;56;total;499;1045;total;499;1045;-43;;1;71;;;; 20;50;diagr;448;993;diagr;54;241;-44;;0;376;;;; 0;0; t30;40;207;;;;-45;;0;397;;;; ;;;;;;;;-46;;0;327;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;179;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;245;;;; ;x;497;18;2;517;;;-49;;0;222;;;; ;c;1044;210;1;1255;;;-50;;0;271;;;; ;;;;;1772;128;;reste;2;2;69;;;; ;;;;;;1900;;total;18;210;224;;;; ;;;;;;;;;;;422;;;; ;;;;;;;;;;;117;;;; ;;;;;;;;;;;137;;;; ;;;;;;;;;;;156;;;; </pre> =====blo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires_aas|blo autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;blo;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;54774;6;comp; ;regulatory;55434;84;comp; fin;CDS;55670;;; deb;CDS;114598;163;; ;tRNA;115187;231;;gta fin;CDS;115492;;; deb;CDS;139965;-10;comp; ;regulatory;140900;336;comp; fin;CDS;141345;;; deb;CDS;158126;618;; ;rRNA;159245;432;;16s ;rRNA;161203;170;;23s ;rRNA;164439;188;;5s fin;CDS;164744;;comp; deb;CDS;205431;187;; ;tmRNA;206548;238;; deb;CDS;207183;-17;comp; ;tRNA;207388;154;comp;tgg fin;CDS;207612;;comp; deb;CDS;327271;8;; ;ncRNA;327873;493;comp; fin;CDS;328741;;; deb;CDS;381615;190;; ;tRNA;382849;43;comp;aac ;tRNA;382968;284;comp;aac fin;CDS;383325;;; deb;CDS;439838;-39;; ;tRNA;440078;558;comp;aac fin;CDS;440709;;; deb;CDS;502556;159;comp; ;tRNA;503549;27;;ggc ;tRNA;503649;41;;tgc ;tRNA;503761;48;;gtc ;tRNA;503881;31;;gtg ;tRNA;503985;148;;ggc fin;CDS;504209;;; deb;CDS;518814;64;; ;tRNA;521008;216;;ccc fin;CDS;521298;;; deb;CDS;647871;95;comp; ;tRNA;648764;60;;ctc fin;CDS;648912;;; deb;CDS;745690;187;comp; ;tRNA;747296;29;comp;cgt ;tRNA;747399;117;comp;cgt fin;CDS;747590;;comp; deb;CDS;774507;116;; ;tRNA;775646;94;;caa fin;CDS;775811;;; deb;CDS;777792;218;; ;tRNA;778709;89;;gcc ;tRNA;778871;206;;gcc fin;CDS;779150;;; deb;CDS;790385;272;; ;tRNA;793729;467;;cca fin;CDS;794270;;; deb;CDS;803537;67;comp; ;tRNA;804390;204;comp;ttg fin;CDS;804668;;; deb;CDS;840296;192;comp; ;tRNA;841058;158;comp;tta fin;CDS;841295;;comp; deb;CDS;884674;174;comp; ;regulatory;885043;70;comp; fin;CDS;885217;;comp; deb;CDS;902480;104;comp; ;regulatory;903184;90;comp; fin;CDS;903379;;comp; deb;CDS;935658;336;comp; ;tRNA;937056;149;;cac fin;CDS;937281;;; deb;CDS;980173;251;comp; ;tRNA;981180;76;comp;aga fin;CDS;981330;;; deb;CDS;1200444;288;comp; ;tRNA;1202433;87;;acg ;tRNA;1202593;192;;cta fin;CDS;1202866;;; deb;CDS;1206664;206;comp; ;tRNA;1208139;167;;acg fin;CDS;1208379;;comp; deb;CDS;1263240;256;comp; ;tRNA;1264393;48;comp;gtg ;tRNA;1264514;46;comp;gtc ;tRNA;1264632;193;comp;ggc fin;CDS;1264898;;; deb;CDS;1279836;365;comp; ;tRNA;1280591;97;comp;cgg fin;CDS;1280764;;; deb;CDS;1294216;215;comp; ;tRNA;1295466;433;;atgf fin;CDS;1295976;;; deb;CDS;1349627;113;comp; ;tRNA;1350001;199;comp;aag fin;CDS;1350274;;comp; deb;CDS;1387168;75;comp; ;tRNA;1388878;175;comp;aaa fin;CDS;1389126;;; deb;CDS;1408202;580;comp; ;tRNA;1410594;469;;tcc fin;CDS;1411148;;comp; deb;CDS;1424162;142;comp; ;tRNA;1424793;39;comp;cag ;tRNA;1424907;-8;comp;gag fin;CDS;1424972;;; deb;CDS;1446913;71;comp; ;ncRNA;1448136;433;comp; fin;CDS;1448664;;; deb;CDS;1477877;47;comp; ;regulatory;1479277;128;comp; fin;CDS;1479502;;comp; deb;CDS;1523012;62;; ;tRNA;1524142;74;comp;ggg fin;CDS;1524290;;comp; deb;CDS;1533182;306;; ;tRNA;1534802;871;;ctg fin;CDS;1535759;;; deb;CDS;1605867;102;; ;tRNA;1606163;42;;atc ;tRNA;1606279;356;;gca fin;CDS;1606708;;comp; deb;CDS;1645027;314;comp; ;tRNA;1646838;130;comp;aca fin;CDS;1647042;;comp; deb;CDS;1704570;578;comp; ;rRNA;1705904;431;;16s ;rRNA;1707861;170;;23s ;rRNA;1711097;866;;5s ;rRNA;1712080;431;;16s ;rRNA;1714037;170;;23s ;rRNA;1717273;251;;5s fin;CDS;1717641;;comp; deb;CDS;1769786;55;; ;tRNA;1769952;329;;gcg fin;CDS;1770354;;; deb;CDS;1904329;130;; ;tRNA;1905665;37;;tgg fin;CDS;1905778;;; deb;CDS;1907638;573;; ;rRNA;1908904;431;;16s ;rRNA;1910861;170;;23s ;rRNA;1914097;375;;5s fin;CDS;1914589;;; deb;CDS;1935774;178;; ;tRNA;1936132;519;;gga fin;CDS;1936725;;; deb;CDS;1969854;309;comp; ;tRNA;1971396;1;;tac ;tRNA;1971479;4;;acc ;tRNA;1971555;61;;atgj fin;CDS;1971690;;; deb;CDS;1978293;71;; ;tRNA;1979312;376;;agc fin;CDS;1979775;;; deb;CDS;2014827;397;; ;tRNA;2016025;327;;tcg fin;CDS;2016437;;; deb;CDS;2045606;179;; ;tRNA;2047072;245;;tca fin;CDS;2047402;;; deb;CDS;2067227;222;comp; ;tRNA;2068640;204;comp;ccg fin;CDS;2068918;;; deb;CDS;2084303;271;comp; ;tRNA;2085402;69;comp;gaa fin;CDS;2085543;;comp; deb;CDS;2086731;224;; ;tRNA;2087969;47;;gac ;tRNA;2088090;519;;ttc fin;CDS;2088685;;comp; deb;CDS;2108837;333;comp; ;tRNA;2110850;422;;gac fin;CDS;2111349;;; deb;CDS;2129279;117;; ;tRNA;2130626;137;;atgi fin;CDS;2130837;;; deb;CDS;2170074;253;comp; ;tRNA;2171440;156;;agg fin;CDS;2171669;;; </pre> ====blo intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_entre_cds|blo intercalaires entre cds]] *'''Tableau''' <pre> blo;2.2.21 Paris;;blo 25.10.20;;;;;;; blo;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;228;12.9;'''négatif ;-8;13;-1 à -102;'''2 256 640;-1;228 ;'''zéro;3;0.2;;;;;'''intercals;0;3 ;'''1 à 200;1141;64.4;'''0 à 200;88;57;;'''240 201;5;57 ;'''201 à 370;281;15.9;'''201 à 370;265;46;;'''10.6%;10;47 ;'''371 à 600;85;4.8;'''371 à 600;459;65;;;15;46 ;'''601 à max;34;1.9;'''601 à 1028;732;131;;;20;32 ;'''total 1772;<201;77.4;'''total 1770;133;145;-102 à 1039;;25;39 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;26 1260892;1331;-1;228;-70;3;;0;3;35;25 249292;1253;0;3;-60;0;;-1;°52;40;23 620443;1039;1;13;-50;1;;-2;1;45;27 1772723;1037;2;°16;-40;1;;-3;0;50;29 605939;1003;3;9;-30;5;'''min à -1;-4;°111;55;26 1482011;982;4;7;-20;7;228;-5;0;60;42 2120197;922;5;°12;-10;35;12.9%;-6;1;65;34 1612791;831;6;10;0;179;;-7;1;70;25 1661121;780;7;5;10;104;;-8;°10;75;29 1176021;773;8;9;20;78;;-9;0;80;29 934521;765;9;10;30;65;;-10;3;85;31 1783600;752;10;°13;40;48;'''1 à 100;-11;°9;90;43 1589918;746;11;11;50;56;658;-12;0;95;20 550195;745;12;7;60;68;37.1%;-13;0;100;28 1622403;735;13;8;70;59;;-14;°11;105;34 2035292;729;14;5;80;58;;-15;0;110;23 1358695;698;15;°15;90;74;;-16;1;115;36 1450919;688;16;8;100;48;;-17;°8;120;21 1873696;679;17;9;110;57;;-18;0;125;32 1968887;673;18;6;120;57;;-19;3;130;24 1571609;667;19;4;130;56;;-20;°2;135;33 2192649;666;20;5;140;54;;-21;0;140;21 543951;653;21;7;150;45;;-22;1;145;20 551929;649;22;8;160;49;;-23;0;150;25 1166018;635;23;°10;170;55;'''1 à 200;-24;0;155;24 1199447;631;24;7;180;53;1141;-25;1;160;25 132442;628;25;7;190;23;64.4%;-26;1;165;27 1498961;627;26;°10;200;34;;-27;0;170;28 24634;626;27;4;210;29;;-28;°2;175;28 1942663;620;28;4;220;32;;-29;0;180;25 1750223;618;29;5;230;23;;-30;0;185;10 1648197;606;30;3;240;22;;-31;1;190;13 716378;605;31;8;250;21;'''0 à 200;-32;1;195;20 1804621;603;32;4;260;17;1144;;223;200;14 2208591;593;33;6;270;23;;reste;8;205;17 332770;589;34;5;280;22;;total;231;210;12 1653948;587;35;2;290;7;;;;215;17 618810;586;36;4;300;17;;;;220;15 598849;559;37;4;310;13;;intercal;<u>frequencef;225;12 1698789;559;38;3;320;16;;600;1738;230;11 1425641;557;39;°10;330;6;;620;5;235;14 1925114;557;40;2;340;12;'''201 à 370;640;5;240;8 1592846;554;reste;1246;350;5;281;660;2;245;11 733957;552;total;1 772;360;12;15.9%;680;4;250;10 986367;549;;;370;4;;700;2;255;9 1178750;549;;;380;9;;720;;260;8 1832484;546;;;390;4;;740;2;265;11 ;;;;400;6;;760;3;270;12 ;;;;410;5;;780;3;275;15 ;;;;420;11;;800;;280;7 ;;;;430;3;;820;;285;4 ;;;;440;3;;840;1;290;3 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;450;2;;860;;295;8 516682;-102;comp;;460;4;;880;;300;9 267103;-86;shift2;131;470;3;;900;;305;8 822434;-85;comp;;480;3;;920;;310;5 513572;-53;comp;;490;5;;940;1;315;7 287052;-43;shift2;936;500;3;;960;;320;9 398186;-39;comp;;510;2;;980;;325;2 1553080;-38;;;520;3;;1000;1;330;4 1313073;-35;;;530;3;;1020;1;335;5 1110610;-32;;;540;3;'''371 à 600;1040;2;340;7 2249673;-31;;;550;3;85;;32;345;1 946203;-28;;;560;6;4.8%;;;350;4 2164932;-28;;;570;0;;;;355;7 1823782;-26;;;580;0;'''601 à max;;;360;5 794270;-25;;;590;3;34;;;365;2 2058333;-22;;;600;1;1.9%;;;370;2 268522;-20;;;reste;34;;reste;2;reste;119 1310253;-20;;;total;1772;;total;1772;total;1772 </pre> ====blo intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> blo Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; blo;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;33;-233;362;24;728;235;min20;&-5.7;69;-354;69;868;404;min40 31 à 400;;;;;;;2 parties;&28;-174;163;38;897;207;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;93;44;-;590;poly;138;tF;&159;58;;827;dte;41;Sf 31 à 400;;;;;;;;&136;51;-;861;dte;36;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; ;400;200;250;;;;;-0.109;;;;;; 41-n;0.820;0.406;0.537;;;;;;;;;;; 1-n;0.669;0.038;0.255;;;;;;;;;14.8.21 paris;; blo;fx;fc;;blo;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;blo;Sx-;Sc- 0;2;1;;0;4;1;0;2;1;>0;497;-1;0;52 10;17;87;;10;38;88;1;1;12;<0;18;-2;1;0 20;8;70;;20;18;70;2;1;15;zéro;2;-3;0;0 30;15;50;;30;33;50;3;1;8;total;517;-4;2;109 40;14;34;;40;31;34;4;2;5;;c;-5;0;0 50;16;40;;50;36;40;5;3;9;>0;1044;-6;0;1 60;17;51;;60;38;51;6;1;9;<0;210;-7;0;1 70;16;43;;70;36;43;7;1;4;zéro;1;-8;2;8 80;18;40;;80;40;40;8;1;8;total;1255;-9;0;0 90;27;47;;90;60;47;9;4;6;;;-10;0;3 100;14;34;;100;31;34;10;2;11;total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reste;49;51;;;;;reste;443;803;;;-42;0;0 total;499;1045;;t30;89;208;total;499;1045;;;-43;0;1 diagr;448;993;;;;;diagr;54;241;;;-44;0;0 - t30;408;786;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;2;2 ;;;;;;;;;;;;total;18;210 </pre> ====blo intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_négatifs_S-|blo intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> blo;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;1;;2;;;;2;;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;1;;;;1;;;1;;;1;1;;;;;;;;;;;;2;16 continu;52;0;0;109;0;1;1;8;0;3;9;0;0;10;0;1;7;0;2;2;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;212 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;blo;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;2;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;18 ;Sc-;52;0;0;109;0;1;1;8;0;3;9;0;0;10;0;1;7;0;2;1;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;210 </pre> ====blo autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires|blo autres intercalaires]] <pre> blo;autres intercalaires;;adresses1;;;blo;autres intercalaires;;adresses2;;;blo;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;54774;6;comp;;deb;°CDS;840296;192;comp;;deb;°CDS;1645027;314;comp ;regulatory;55434;84;comp;;;&tRNA;841058;158;comp;;;&tRNA;1646838;130;comp fin;°CDS;55670;;;;fin;°CDS;841295;;comp;;fin;°CDS;1647042;;comp deb;°CDS;114598;163;;;deb;°CDS;884674;174;comp;;deb;°CDS;1704570;578;comp ;&tRNA;115187;231;;;;regulatory;885043;70;comp;;;$rRNA;1705904;431; fin;°CDS;115492;;;;fin;°CDS;885217;;comp;;;$rRNA;1707861;170; deb;°CDS;139965;-10;comp;;deb;°CDS;902480;104;comp;;;$rRNA;1711097;866; ;regulatory;140900;336;comp;;;regulatory;903184;90;comp;;;$rRNA;1712080;431; fin;°CDS;141345;;;;fin;°CDS;903379;;comp;;;$rRNA;1714037;170; deb;°CDS;158126;618;;;deb;°CDS;935658;336;comp;;;$rRNA;1717273;251; ;$rRNA;159245;432;;;;&tRNA;937056;149;;;fin;°CDS;1717641;;comp ;$rRNA;161203;170;;;fin;°CDS;937281;;;;deb;°CDS;1769786;55; ;$rRNA;164439;188;;;deb;°CDS;980173;251;comp;;;&tRNA;1769952;329; fin;°CDS;164744;;comp;;;&tRNA;981180;76;comp;;fin;°CDS;1770354;; deb;°CDS;205431;187;;;fin;°CDS;981330;;;;deb;°CDS;1904329;130; ;tmRNA;206548;238;;;deb;°CDS;1200444;288;comp;;;&tRNA;1905665;37; deb;°CDS;207183;-17;comp;;;&tRNA;1202433;87;;;fin;°CDS;1905778;; ;&tRNA;207388;154;comp;;;&tRNA;1202593;192;;;deb;°CDS;1907638;573; fin;°CDS;207612;;comp;;fin;°CDS;1202866;;;;;$rRNA;1908904;431; deb;°CDS;327271;8;;;deb;°CDS;1206664;206;comp;;;$rRNA;1910861;170; ;ncRNA;327873;493;comp;;;&tRNA;1208139;167;;;;$rRNA;1914097;375; 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;&tRNA;521008;216;;;;&tRNA;1388878;175;comp;;;&tRNA;2047072;245; fin;°CDS;521298;;;;fin;°CDS;1389126;;;;fin;°CDS;2047402;; deb;°CDS;647871;95;comp;;deb;°CDS;1408202;580;comp;;deb;°CDS;2067227;222;comp ;&tRNA;648764;60;;;;&tRNA;1410594;469;;;;&tRNA;2068640;204;comp fin;°CDS;648912;;;;fin;°CDS;1411148;;comp;;fin;°CDS;2068918;; deb;°CDS;745690;187;comp;;deb;°CDS;1424162;142;comp;;deb;°CDS;2084303;271;comp ;&tRNA;747296;29;comp;;;&tRNA;1424793;39;comp;;;&tRNA;2085402;69;comp ;&tRNA;747399;117;comp;;;&tRNA;1424907;-8;comp;;fin;°CDS;2085543;;comp fin;°CDS;747590;;comp;;fin;°CDS;1424972;;;;deb;°CDS;2086731;224; deb;°CDS;774507;116;;;deb;°CDS;1446913;71;comp;;;&tRNA;2087969;47; ;&tRNA;775646;94;;;;ncRNA;1448136;433;comp;;;&tRNA;2088090;519; fin;°CDS;775811;;;;fin;°CDS;1448664;;;;fin;°CDS;2088685;;comp deb;°CDS;777792;218;;;deb;°CDS;1477877;47;comp;;deb;°CDS;2108837;333;comp ;&tRNA;778709;89;;;;regulatory;1479277;128;comp;;;&tRNA;2110850;422; ;&tRNA;778871;206;;;fin;°CDS;1479502;;comp;;fin;°CDS;2111349;; fin;°CDS;779150;;;;deb;°CDS;1523012;62;;;deb;°CDS;2129279;117; deb;°CDS;790385;272;;;;&tRNA;1524142;74;comp;;;&tRNA;2130626;137; ;&tRNA;793729;467;;;fin;°CDS;1524290;;comp;;fin;°CDS;2130837;; fin;°CDS;794270;;;;deb;°CDS;1533182;306;;;deb;°CDS;2170074;253;comp deb;°CDS;803537;67;comp;;;&tRNA;1534802;871;;;;&tRNA;2171440;156; ;&tRNA;804390;204;comp;;fin;°CDS;1535759;;;;fin;°CDS;2171669;; fin;°CDS;804668;;;;deb;°CDS;1605867;102;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1606163;42;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1606279;356;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1606708;;comp;;;;;; </pre> ====blo intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_tRNA|blo intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; *;;;163;;231;;'''-17;60;; ;;;-17;;154;;24;61;'''deb; ;43;comp’;190;comp’;284;;65;69;<201;15 ;;comp’;-39;comp’;558;;67;74;total;26 ;27 41 48 31;comp’;159;;148;;71;94;taux;58% ;;;24;;216;;75;117;; ;;comp’;95;;60;;102;130;'''fin; ;29;;187;;117;;113;137;<201;15 ;;;116;;94;;116;148;total;26 ;89;;218;;206;;117;149;taux;58% ;;;212;;467;;142;154;; ;;;67;comp’;204;;163;156;'''total; ;;;192;;158;;179;158;<201;30 ;;comp’;336;;149;;187;192;total;52 ;;;251;comp’;76;;192;199;taux;58% ;87;comp’;288;;192;;212;206;; ;;comp’;206;comp’;167;;218;216;; ;48 46;;256;comp’;193;;222;231;; ;;;365;comp’;97;;224;245;; ;;comp’;215;;433;;251;327;; ;;;113;;199;;256;329;; ;;;75;comp’;175;;271;376;; ;;comp’;580;comp’;469;;306;422;; ;39;;142;comp’;-8;;314;433;; ;;comp’;62;;74;;365;467;; ;;;306;;871;;397;871;'''comp’;'''cumuls ;42;;102;comp’;356;;'''-39;'''-8;'''deb; ;;;314;;130;;62;76;<201;5 ;;;65;;329;;95;97;total;13 ;1 4;comp’;309;;61;;159;167;taux;38% ;;;71;;376;;190;175;'''fin; ;;;397;;327;;206;193;<201;6 ;;;179;;245;;215;204;total;13 ;;;222;comp’;204;;253;204;taux;46% ;;;271;;69;;288;284;; ;47;;224;comp’;519;;309;356;'''total; ;;comp’;333;;422;;333;469;<201;11 ;;;117;;137;;336;519;total;26 ;;comp’;253;;156;;580;558;taux;42% ;;;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;;;; ;<201;20;21;41;;;;;; ;total;39;39;78;;;;;; ;taux;51%;54%;53%;;;;;; </pre> ===sma=== ====sma opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_opérons|sma opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Stre_aver_MA_4680_NBRC_14893/streAver_MA_4680_NBRC_14893-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_003155.5;sma;;;; 70%GC;30.6.19 Paris;16s 6;74;doubles;intercalaires ;Streptomyces avermitilis MA-4680;;;; ;357776..357847;;gtg;; ;;;;; comp;1219274..1219346;;gga;; ;;;;; comp;1225751..1225823;;gga;; ;;;;; ;1675869..1675942;;atgf;; ;;;;; comp;1965347..1965423;;ccc;; ;;;;; comp;1992012..1992088;;ccc;; ;;;;; comp;2222599..2222686;;ctc;; ;;;;; comp;3072632..3072707;;acc;; ;;;;; comp;3073568..3073684;;5s;@1;84 comp;3073769..3076918;;23s;;288 comp;3077207..3078737;;16s;; ;;;;; comp;3295252..3295324;;gag;+;20 comp;3295345..3295416;;cag;3 gag ;21 comp;3295438..3295510;;gag;2 cag;62 comp;3295573..3295645;;gag;;42 comp;3295688..3295759;;cag;; ;;;;; ;3655871..3655942;;cgg;; ;;;;; comp;3813093..3813166;;atgf;; ;;;;; comp;3815457..3815530;;atgf;; ;;;;; comp;4362610..4362695;;tta;; ;;;;; ;4410534..4410608;;caa;; ;;;;; comp;4542466..4542542;;gcg;; ;;;;; ;4589760..4589835;;agg;; ;;;;; comp;4886830..4886906;;aca;; ;;;;; comp;5024109..5024225;;5s;;84 comp;5024310..5027458;;23s;;288 comp;5027747..5029277;;16s;; ;;;;; comp;5051970..5052043;;atgf;; ;;;;; comp;5055486..5055561;;aaa;; ;;;;; ;5063087..5063159;;gaa;;47 ;5063207..5063281;;gac;;24 ;5063306..5063382;;ttc;; ;;;;; ;5068123..5068197;;gac;; ;;;;; ;5081640..5081711;;gga;;79 ;5081791..5081866;;ggc;; ;;;;; ;5085779..5085854;;ggc;; ;;;;; ;5095224..5095311;;tcc;; ;;;;; ;5129698..5129782;;tcg;; ;;;;; comp;5154937..5155009;;cgt;;205 comp;5155215..5155305;;agc;; ;;;;; comp;5177691..5177777;;tca;; ;;;;; comp;5206939..5207028;;agc;; ;;;;; comp;5299302..5299378;;atc;; ;;;;; ;5304905..5304977;;gca;; ;;;;; ;5322106..5322192;;ctg;; ;;;;; comp;5452769..5452842;;ggg;; ;;;;; comp;5594481..5594554;;ccg;; ;;;;; ;5650316..5650389;;acg;; ;;;;; ;5759342..5760872;;16s;;288 ;5761161..5764309;;23s;;84 ;5764394..5764510;;5s;; ;;;;; ;5950170..5950251;;tac;; ;;;;; ;5956602..5956674;;acc;;46 ;5956721..5956793;;atg;; ;;;;; ;5964532..5964607;;tgg;; ;;;;; ;6124386..6125916;;16s;;288 ;6126205..6129353;;23s;;84 ;6129438..6129554;;5s;; ;;;;; comp;6242261..6242335;;tgc;; ;;;;; comp;6279029..6279112;;cta;; ;;;;; comp;6329202..6329278;;aag;; ;;;;; comp;6335068..6335141;;aag;; ;;;;; comp;6349312..6349385;;aag;; ;;;;; comp;6372705..6372777;;cac;; ;;;;; comp;6501509..6501584;;aga;; ;;;;; comp;6604435..6604508;;gga;;153 comp;6604662..6604738;;cca;; ;;;;; ;6653846..6653918;;gcc;; ;;;;; ;6658303..6658375;;gcc;; ;;;;; ;6875603..6875675;;aac;+;5 ;6875681..6875753;;aac;2 aac;166 ;6875920..6875996;;atgi;; ;;;;; ;7021984..7022058;;gta;; ;;;;; ;7025336..7025415;;gtg;; ;;;;; comp;7471270..7471342;;ttg;; ;;;;; ;7765513..7767043;;16s;;284 ;7767328..7770477;;23s;;133 ;7770611..7770727;;5s;; ;;;;; comp;7937463..7937550;;ctc;; ;;;;; comp;8122352..8122426;;gtc;+;40 comp;8122467..8122538;;gtc;3 gtc;19 comp;8122558..8122629;;gtc;;1 comp;8122631..8122704;;tgc;;38 comp;8122743..8122815;;ggc;; ;;;;; ;8129564..8129635;;gtg;; ;;;;; ;8139938..8140012;;gtg;; ;;;;; ;8328596..8330126;;16s;;288 ;8330415..8333563;;23s;;84 ;8333648..8333764;;5s;; ;;;;; ;8576989..8577062;;ccc;; </pre> ====sma cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_cumuls|sma cumuls]] <pre> sma cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;6;1;1;- ;16 23 5s 0;6;20;3; ;16 atc gca;0;40;4; ;16 23 5s a;0;60;3; ;max a;0;80;2; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;0; sans ;opérons;56;160;1; ;1 aa;48;180;1; ;max a;5;200;0; ;a doubles;3;;1; ;total aas;72;;16;0 total aas;;72;;; remarques;;1;;; avec jaune;;;moyenne;61; ;;;variance;61; sans jaune;;;moyenne;34; ;;;variance;22; </pre> ====sma blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_blocs|sma blocs]] <pre> sma blocs;;;;;; 5s;84;117;84;117;288;1531 23s;288;3150;288;3149;84;3149 16s;;1531;;1531;;117 ;;;;;; 16s;288;1531;284;1531;288;1531 23s;84;3149;133;3150;84;3149 5s;;117;;117;;117 </pre> ====sma remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_remarques|sma remarques]] ====sma données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_données_intercalaires|sma données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;sma;fx;fc;sma;fx40;fc40;sma;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;1;0;9;11;0;9;11;-1;0;126;116;509;CDS 16s;; ;0;10;75;332;1;10;35;-2;4;0;467;132;615;852; ;0;20;67;220;2;3;44;-3;0;0;1265;480;653;675; ;1;30;85;143;3;13;35;-4;15;752;179;36;607;; 2;2;40;73;167;4;14;34;-5;0;0;403;84;641;; 3;1;50;86;141;5;3;47;-6;2;1;430;99;16s 23s;; 5;0;60;86;121;6;9;25;-7;2;12;563;198;5* 312;; ;3;70;78;135;7;9;22;-8;5;56;83;682;308;; 3;0;80;101;144;8;7;27;-9;0;0;91;176;23s 5s;; 1;2;90;101;123;9;3;27;-10;1;7;210;58;5* 89;; 4;3;100;85;131;10;4;36;-11;9;20;229;49;138;; 2;4;110;86;144;11;5;29;-12;0;0;44;57;5s CDS;; 1;6;120;83;122;12;9;22;-13;3;7;112;387;114;114; 2;0;130;91;136;13;5;25;-14;12;9;568;-3;134;; 4;1;140;77;123;14;3;32;-15;3;0;118;183;77;; 1;3;150;84;119;15;10;21;-16;1;5;416;422;144;; 1;0;160;71;111;16;5;21;-17;3;8;426;376;150;; 1;1;170;71;94;17;4;15;-18;3;0;504;56;tRNA tRNA;; 1;1;180;62;75;18;13;13;-19;4;5;112;236;37;;other 4;4;190;73;79;19;6;27;-20;7;11;218;51;37;;other 1;2;200;61;72;20;7;15;-21;0;0;143;116;34;;other ;1;210;59;68;21;11;15;-22;4;1;149;216;**;;tct 1;1;220;41;62;22;6;17;-23;4;4;186;133;20;;gag 2;1;230;45;58;23;7;13;-24;1;0;94;136;21;;cag 1;0;240;52;61;24;12;14;-25;0;4;186;40;62;;gag 1;0;250;51;69;25;8;12;-26;2;3;200;334;42;;gag ;1;260;54;40;26;7;21;-27;0;0;170;182;**;;cag 2;2;270;45;45;27;10;13;-28;0;2;23;408;47;;gaa ;0;280;32;34;28;12;13;-29;2;2;270;520;24;;gac ;1;290;31;50;29;8;18;-30;1;0;65;131;**;;ttc ;1;300;28;40;30;4;7;-31;2;2;183;340;79;;gga 2;0;310;31;41;31;7;17;-32;2;1;294;269;**;;ggc ;0;320;30;30;32;3;23;-33;1;0;63;719;205;;cgt ;0;330;24;41;33;8;16;-34;2;2;256;50;**;;agc 2;0;340;24;31;34;7;20;-35;2;1;120;223;46;;acc ;0;350;27;19;35;4;22;-36;2;0;33;372;**;;atgj ;0;360;20;29;36;7;17;-37;0;1;108;249;-;153;gga ;0;370;20;23;37;9;11;-38;1;1;1408;80;**;;cca 3;0;380;24;25;38;5;13;-39;3;0;88;305;5;;aac 1;0;390;25;33;39;13;13;-40;2;1;107;44;166;;aac ;1;400;13;23;40;10;15;-41;3;1;148;229;**;;atgi 7;12;reste;300;329;reste;2272;3021;-42;1;0;64;58;40;;gtc 59;56;total;2581;3894;total;2581;3894;-43;2;1;131;104;19;;gtc 51;43;diagr;2272;3554;diagr;300;862;-44;0;1;-10;166;1;;gtc 0;1; t30;227;695;;;;-45;0;0;191;310;38;;tgc ;;;;;;;;-46;1;0;117;377;**;;ggc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;185;97;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;97;147;;; ;x;2572;135;9;2716;;;-49;0;2;424;128;;; ;c;3883;1077;11;4971;;;-50;0;3;400;181;;; ;;;;;7687;164;;reste;23;24;105;267;;; ;;;;;;7851;;total;135;1077;261;92;;; ;;;;;;;;;;;105;97;;; ;;;;;;;;;;;544;101;;; ;;;;;;;;;;;39;187;;; ;;;;;;;;;;;285;127;;; ;;;;;;;;;;;;155;;; ;;;;;;;;;;;;76;;; ;;;;;;;;;;;;76;;; </pre> =====sma autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_autres_intercalaires_aas|sma autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;sma;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;357102;357266;509;*; ;;tRNA;357776;357847;116;*;gtg fin;;CDS;357964;359805;;; deb;;CDS;615881;616378;467;*; ;;tRNA;616846;616941;1265;*;tcg fin;;CDS;618207;618728;;; deb;;CDS;1218971;1219141;132;*; ;comp;tRNA;1219274;1219346;480;*;gga fin;;CDS;1219827;1220234;;; deb;;CDS;1674937;1675689;179;*; ;;tRNA;1675869;1675942;36;*;atgf fin;comp;CDS;1675979;1676188;;0; deb;;CDS;1964411;1965265;84;*; ;comp;tRNA;1965350;1965423;99;*;ccc fin;;CDS;1965523;1966050;;; deb;comp;CDS;1990145;1991611;403;*; ;comp;tRNA;1992015;1992088;198;*;ccc fin;;CDS;1992287;1992997;;; deb;comp;CDS;2220285;2222168;430;*; ;comp;tRNA;2222599;2222686;682;*;ctc fin;;CDS;2223369;2223569;;0; deb;comp;CDS;2801738;2802733;176;*; ;;tRNA;2802910;2803004;37;*;other ;;tRNA;2803042;2803136;37;*;other ;;tRNA;2803174;2803268;34;*;other ;;tRNA;2803303;2803400;563;*;tct fin;;CDS;2803964;2804761;;; deb;;CDS;3069826;3072573;58;*; ;comp;tRNA;3072632;3072707;83;*;acc deb;comp;CDS;3072791;3073453;114;*; ;comp;rRNA;3073568;3073684;89;*;117 ;comp;rRNA;3073774;3076897;312;*;3124 ;comp;rRNA;3077210;3078735;615;*;1526 fin;comp;CDS;3079351;3081036;;; deb;;CDS;3294558;3295202;49;*; ;comp;tRNA;3295252;3295324;20;*;gag ;comp;tRNA;3295345;3295416;21;*;cag ;comp;tRNA;3295438;3295510;62;*;gag ;comp;tRNA;3295573;3295645;42;*;gag ;comp;tRNA;3295688;3295759;91;*;cag fin;comp;CDS;3295851;3296585;;; deb;comp;CDS;3655220;3655813;57;*; ;;tRNA;3655871;3655942;387;*;cgg fin;comp;CDS;3656330;3657742;;; deb;;CDS;3812904;3813095;-3;*; ;comp;tRNA;3813093;3813166;210;*;atgf deb;comp;CDS;3813377;3815227;229;*; ;comp;tRNA;3815457;3815530;44;*;atgf fin;comp;CDS;3815575;3818571;;0; deb;;CDS;4361587;4362429;183;*; ;comp;tRNA;4362613;4362695;422;*;tta fin;;CDS;4363118;4363888;;; deb;comp;CDS;4408838;4410157;376;*; ;;tRNA;4410534;4410605;112;*;caa fin;;CDS;4410718;4412166;;; deb;comp;CDS;4541721;4541900;568;*; ;comp;tRNA;4542469;4542542;118;*;gcg fin;comp;CDS;4542661;4544010;;; deb;;CDS;4588309;4589343;416;*; ;;tRNA;4589760;4589835;426;*;agg fin;;CDS;4590262;4590483;;0; deb;;CDS;4885883;4886776;56;*; ;comp;tRNA;4886833;4886906;236;*;aca fin;;CDS;4887143;4888279;;; deb;comp;CDS;5023429;5023974;134;*; ;comp;rRNA;5024109;5024225;89;*;117 ;comp;rRNA;5024315;5027437;312;*;3123 ;comp;rRNA;5027750;5029275;653;*;1526 fin;comp;CDS;5029929;5030477;;0; deb;comp;CDS;5050422;5051465;504;*; ;comp;tRNA;5051970;5052043;112;*;atgf fin;comp;CDS;5052156;5053286;;0; deb;comp;CDS;5054956;5055270;218;*; ;comp;tRNA;5055489;5055561;143;*;aaa fin;comp;CDS;5055705;5057240;;; deb;;CDS;5061300;5062937;149;*; ;;tRNA;5063087;5063159;47;*;gaa ;;tRNA;5063207;5063281;24;*;gac ;;tRNA;5063306;5063379;186;*;ttc fin;;CDS;5063566;5063820;;; deb;;CDS;5064051;5068028;94;*; ;;tRNA;5068123;5068197;186;*;gac fin;;CDS;5068384;5068575;;0; deb;;CDS;5081122;5081439;200;*; ;;tRNA;5081640;5081711;79;*;gga ;;tRNA;5081791;5081866;170;*;ggc fin;;CDS;5082037;5083050;;; deb;;CDS;5085108;5085755;23;*; ;;tRNA;5085779;5085854;51;*;ggc fin;comp;CDS;5085906;5086805;;; 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;;tRNA;8139938;8140009;76;*;gtg fin;comp;CDS;8140086;8140811;;0; deb;comp;CDS;8327473;8327922;675;*; ;;rRNA;8328598;8330123;312;*;1526 ;;rRNA;8330436;8333558;89;*;3123 ;;rRNA;8333648;8333764;150;*;117 fin;;CDS;8333915;8334523;;; deb;;CDS;8575186;8576703;285;*; ;;tRNA;8576989;8577062;76;*;ccc fin;comp;CDS;8577139;8577675;;0; </pre> ====sma distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_distribution|sma distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;4;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;3;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;2;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;3;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;4;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total sma;;48;;;;;;;sma;17;;;;;;;;sma;7;;;;;; </pre> ===ksk=== ====ksk opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_opérons|ksk opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Kita_seta_KM_6054/kitaSeta_KM_6054-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_016109.1;ksk;;;; 72%GC;30.6.19 Paris;16s 9;74;doubles;intercalaires ;Kitasatospora setae KM-6054;;;; comp;631024..631098;;act;; ;;;;; ;976172..976245;;tgc;; ;;;;; comp;1615691..1615765;;gtg;+;206 comp;1615972..1616046;;gtg;2 gtg; ;;;;; ;1621501..1621576;;ggc;;76 ;1621653..1621726;;tgc;;36 ;1621763..1621834;;gtc;+;34 ;1621869..1621940;;gtc;3 gtc;37 ;1621978..1622052;;gtc;; ;;;;; comp;1707344..1707460;;5s;@1;73 comp;1707534..1710667;;23s;;267 comp;1710935..1712463;;16s;; ;;;;; comp;1888620..1888736;;5s;;73 comp;1888810..1891942;;23s;;267 comp;1892210..1893738;;16s;; ;;;;; ;1970574..1970661;;ctc;; ;;;;; ;2264495..2264580;;ttg;; ;;;;; comp;2741186..2741257;;gta;; ;;;;; comp;2788071..2788147;;atgi;; ;;;;; comp;2790422..2790494;;aac;+;5 comp;2790500..2790572;;aac;2 aac; ;;;;; comp;2887231..2887303;;gcc;+;269 comp;2887573..2887645;;gcc;3 gcc;38 comp;2887684..2887756;;gcc;@2; ;;;;; comp;2932411..2932487;;cca;;151 direct;2932639..2932712;;gga;; ;;;;; comp;2982955..2983071;;5s;;73 comp;2983145..2986276;;23s;;266 comp;2986543..2988071;;16s;; ;;;;; ;3018063..3018138;;cac;; ;;;;; ;3036654..3036730;;aag;; ;;;;; ;3044201..3044277;;aag;; ;;;;; ;3111827..3111900;;aag;;129 ;3112030..3112103;;aag;; ;;;;; ;3157748..3157834;;cta;; ;;;;; ;3210241..3210315;;tgc;; ;;;;; comp;3289891..3290007;;5s;;73 comp;3290081..3293213;;23s;;267 comp;3293481..3295009;;16s;; ;;;;; comp;3608705..3608777;;tgg;; ;;;;; comp;3616894..3616969;;atgj;;42 comp;3617012..3617084;;acc;; ;;;;; comp;3618677..3618757;;tac;; ;;;;; comp;3851412..3851488;;aca;; ;;;;; comp;3987214..3987290;;acg;; ;;;;; ;4071208..4071281;;ccg;; ;;;;; ;4095099..4095186;;tcc;; ;;;;; ;4142544..4142633;;tcg;; ;;;;; comp;4160864..4160939;;cgt;+;35 comp;4160975..4161050;;cgt;2 cgt;240 comp;4161291..4161381;;agc;@; ;;;;; comp;4177523..4177608;;tca;; ;;;;; comp;4240397..4240470;;ggg;; ;;;;; ;4285828..4285900;;ggc;+;51 ;4285952..4286027;;ggc;2 ggc; ;;;;; ;4383368..4383444;;atc;; ;;;;; ;4385556..4385631;;gca;; ;;;;; ;4401492..4401575;;ctg;; ;;;;; comp;4622975..4623048;;gac;; ;;;;; comp;4640883..4640959;;ttc;;34 comp;4640994..4641067;;gac;;42 comp;4641110..4641182;;gaa;; ;;;;; ;4651832..4651904;;aaa;; ;;;;; comp;4773547..4773620;;atgf;; ;;;;; comp;4774128..4774201;;atgf;; ;;;;; ;4796510..4798038;;16s;;267 ;4798306..4801439;;23s;;71 ;4801511..4801627;;5s;; ;;;;; ;5027433..5027508;;agg;; ;;;;; ;5076388..5076464;;gcg;; ;;;;; ;5123784..5123856;;acc;; ;;;;; ;5132819..5132892;;caa;; ;;;;; comp;5216466..5216550;;tta;; ;;;;; ;5430075..5430148;;atgf;; ;;;;; comp;5530949..5531020;;cgg;; ;;;;; ;5714968..5715039;;cag;;21 ;5715061..5715133;;gag;+;38 ;5715172..5715244;;gag;3 gag;13 ;5715258..5715330;;gag;2 cag;4 ;5715335..5715409;;cag;; ;;;;; ;5853168..5854696;;16s;;256 ;5854953..5858085;;23s;;73 ;5858159..5858275;;5s;; ;;;;; ;5932168..5933696;;16s;;256 ;5933953..5937085;;23s;;71 ;5937157..5937273;;5s;; ;;;;; ;6074082..6075610;;16s;;264 ;6075875..6079006;;23s; ;73 ;6079080..6079196;;5s;; ;;;;; comp;6104344..6104419;;aga;; ;;;;; ;6400221..6401749;;16s;;267 ;6402017..6405146;;23s; ;106 ;6405253..6405369;;5s;; ;;;;; ;6485836..6485909;;ccc;; ;;;;; ;7355279..7355354;;tgc;;19 ;7355374..7355449;;ggc;; ;;;;; comp;7461078..7461165;;ctc;; </pre> ====ksk cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_cumuls|ksk cumuls]] <pre> ksk cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;9;1;0;- ;16 23 5s 0;9;20;4; ;16 atc gca;0;40;8; ;16 23 5s a;0;60;3; ;max a;0;80;1; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;1; sans ;opérons;49;160;1; ;1 aa;37;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;7;;3; ;total aas;70;;21;0 total aas;;70;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;72; ;;;variance;79; sans jaune;;;moyenne;33; ;;;variance;18; </pre> ====ksk blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_blocs|ksk blocs]] <pre> ksk blocs;;;;;; ;;;;;; 5s;73;117;73;117;73;117 23s;267;3134;267;3133;266;3132 16s;;1529;;1529;;1529 ;;;;;; 16s;73;117;267;1529;256;1529 23s;267;3133;71;3134;73;3133 5s;;1529;;117;;117 ;;;;;; 16s;256;1529;264;1529;267;1529 23s;71;3133;73;3132;106;3130 5s;;117;;117;;117 </pre> ====ksk remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_remarques|ksk remarques]] ====ksk données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_données_intercalaires|ksk données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ksk;fx;fc;ksk;fx40;fc40;ksk;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa 1;1;0;7;4;0;7;4;-1;0;107;188;214;CDS 16s;;;tRNA tRNA;; 1;0;10;98;244;1;2;28;-2;1;0;140;967;619;672;;35;;other ;1;20;92;147;2;1;40;-3;0;1;66;108;525;734;;**;;other ;1;30;100;126;3;4;26;-4;12;663;71;462;645;;;209;;gtg ;1;40;93;170;4;4;29;-5;0;0;108;303;553;;;**;;gtg 2;0;50;75;173;5;3;38;-6;0;1;92;240;452;;;79;;ggc ;3;60;101;159;6;10;16;-7;7;10;156;551;405;;;36;;tgc 3;2;70;104;153;7;47;13;-8;1;45;254;1;611;;;34;;gtc 5;2;80;118;172;8;3;12;-9;1;0;114;92;16s 23s;;;37;;gtc ;3;90;97;176;9;13;19;-10;3;9;176;79;5* 291;;;**;;gtc 3;1;100;102;157;10;11;23;-11;4;22;108;172;290;;;5;;aac 1;5;110;92;183;11;3;27;-12;0;0;101;292;2* 280;;;**;;aac 2;4;120;74;130;12;8;12;-13;4;9;70;299;288;;;269;;gcc ;2;130;70;171;13;9;13;-14;2;16;84;119;23s 5s;;;38;;gcc 2;2;140;68;123;14;3;22;-15;0;1;312;309;6* 78;;;**;;gcc ;3;150;63;112;15;9;10;-16;3;3;139;151;2* 76;;;-;151;cca 2;3;160;74;110;16;9;12;-17;3;12;83;112;108;;;**;;gga ;2;170;62;135;17;9;16;-18;1;0;748;66;5s CDS;;;18;;cga 3;1;180;56;95;18;13;7;-19;0;5;117;176;101;82;;18;;cga 1;1;190;48;106;19;16;13;-20;3;7;88;252;182;;;18;;other ;1;200;48;87;20;13;15;-21;1;0;402;70;251;;;18;;cga 1;0;210;45;69;21;13;7;-22;1;2;329;463;553;;;**;;other 2;0;220;54;57;22;14;14;-23;3;6;52;1447;205;;;129;;aag ;0;230;45;77;23;11;18;-24;1;0;159;310;271;;;**;;aag 1;0;240;44;60;24;11;8;-25;1;1;278;263;3080;;;42;;atgj 1;1;250;40;57;25;12;8;-26;1;3;252;75;239;;;**;;acc 2;3;260;44;43;26;4;13;-27;1;0;58;214;;;;35;;cgt 2;0;270;42;51;27;8;9;-28;4;3;1021;93;;;;240;;cgt ;1;280;36;37;28;9;15;-29;4;2;154;314;;;;**;;agc ;1;290;36;45;29;7;23;-30;2;0;161;201;;;;51;;ggc 2;0;300;30;36;30;11;11;-31;0;2;16;157;;;;**;;ggc 3;0;310;36;33;31;8;18;-32;2;0;285;76;;;;34;;ttc 1;2;320;25;22;32;5;14;-33;0;0;110;353;;;;42;;gac ;1;330;28;22;33;7;11;-34;2;1;116;47;;;;**;;gaa ;0;340;20;22;34;15;19;-35;2;1;109;405;;;;21;;cag 1;0;350;19;23;35;14;19;-36;1;0;145;75;;;;38;;gag 1;0;360;26;20;36;6;17;-37;0;0;122;-3;;;;13;;gag ;0;370;12;20;37;12;18;-38;0;1;245;70;;;;4;;gag ;0;380;18;10;38;8;30;-39;0;0;849;46;;;;**;;gag ;0;390;13;22;39;8;13;-40;2;1;71;180;;;;22;;tgc ;0;400;12;20;40;10;11;-41;0;1;113;246;;;;**;;ggc 8;4;reste;297;316;reste;2174;3304;-42;0;0;149;350;;;;;; 51;52;total;2564;3995;total;2564;3995;-43;0;1;167;80;;;;;; 42;47;diagr;2260;3675;diagr;383;687;-44;0;0;124;183;;;;;; 1;2; t30;290;517;;;;-45;2;0;318;135;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;57;140;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;259;749;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;199;819;;;;;; ;x;2557;93;7;2657;;;-49;1;1;148;251;;;;;; ;c;3991;959;4;4954;;;-50;2;1;-13;94;;;;;; ;;;;;7611;171;;reste;14;21;25;270;;;;;; ;;;;;;7782;;total;93;959;32;;;;;;; </pre> =====ksk autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_autres_intercalaires_aas|ksk autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ksk;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;629741;630835;188;*; ;comp;tRNA;631024;631098;140;*;act fin;comp;CDS;631239;632909;;; deb;comp;CDS;975508;975957;214;*; ;;tRNA;976172;976242;66;*;tgc fin;;CDS;976309;977706;;0; deb;comp;CDS;1013242;1014198;71;*; ;comp;tRNA;1014270;1014354;35;*;other ;comp;tRNA;1014390;1014474;967;*;other fin;;CDS;1015442;1015951;;; deb;;CDS;1614812;1615585;108;*; ;comp;tRNA;1615694;1615765;209;*;gtg ;comp;tRNA;1615975;1616046;462;*;gtg fin;;CDS;1616509;1616922;;; deb;comp;CDS;1620154;1621197;303;*; ;;tRNA;1621501;1621573;79;*;ggc ;;tRNA;1621653;1621726;36;*;tgc ;;tRNA;1621763;1621834;34;*;gtc ;;tRNA;1621869;1621940;37;*;gtc ;;tRNA;1621978;1622052;240;*;gtc fin;comp;CDS;1622293;1622469;;0; deb;comp;CDS;1706631;1707242;101;*; ;comp;rRNA;1707344;1707460;78;*;117 ;comp;rRNA;1707539;1710646;291;*;3108 ;comp;rRNA;1710938;1712461;672;*;1524 fin;;CDS;1713134;1713583;;; deb;;CDS;1888172;1888537;82;*; ;comp;rRNA;1888620;1888736;78;*;117 ;comp;rRNA;1888815;1891921;291;*;3107 ;comp;rRNA;1892213;1893736;619;*;1524 fin;comp;CDS;1894356;1895450;;; deb;comp;CDS;1969567;1970022;551;*; ;;tRNA;1970574;1970661;1;*;ctc fin;comp;CDS;1970663;1971622;;0; deb;comp;CDS;2263749;2264402;92;*; ;;tRNA;2264495;2264577;108;*;ttg fin;;CDS;2264686;2265490;;0; deb;;CDS;2661716;2662345;70;*; ;comp;ncRNA;2662416;2662817;52;*; fin;comp;CDS;2662870;2663124;;1; deb;;CDS;2740927;2741106;79;*; ;comp;tRNA;2741186;2741257;172;*;gta fin;;CDS;2741430;2742695;;; deb;;CDS;2785520;2787781;292;*; ;comp;tRNA;2788074;2788147;299;*;atgi fin;;CDS;2788447;2789340;;; deb;;CDS;2789514;2790302;119;*; ;comp;tRNA;2790422;2790494;5;*;aac ;comp;tRNA;2790500;2790572;309;*;aac fin;;CDS;2790882;2791175;;; deb;comp;CDS;2885846;2887138;92;*; ;comp;tRNA;2887231;2887303;269;*;gcc ;comp;tRNA;2887573;2887645;38;*;gcc ;comp;tRNA;2887684;2887756;156;*;gcc fin;comp;CDS;2887913;2888560;;; deb;comp;CDS;2930765;2932159;254;*; ;comp;tRNA;2932414;2932487;151;*;cca ;;tRNA;2932639;2932712;151;*;gga fin;comp;CDS;2932864;2933883;;; deb;comp;CDS;2982257;2982772;182;*; ;comp;rRNA;2982955;2983071;78;*;117 ;comp;rRNA;2983150;2986255;290;*;3106 ;comp;rRNA;2986546;2988069;525;*;1524 fin;comp;CDS;2988595;2989311;;; deb;;CDS;3017346;3017948;114;*; ;;tRNA;3018063;3018138;176;*;cac fin;;CDS;3018315;3018761;;0; deb;;CDS;3036003;3036545;108;*; ;;tRNA;3036654;3036727;101;*;aag fin;;CDS;3036829;3037074;;1; deb;comp;CDS;3042508;3044088;112;*; ;;tRNA;3044201;3044274;66;*;aag fin;comp;CDS;3044341;3044712;;0; deb;comp;CDS;3073276;3074226;70;*; ;comp;tRNA;3074297;3074387;18;*;cga ;comp;tRNA;3074406;3074496;18;*;cga ;comp;tRNA;3074515;3074605;18;*;other ;comp;tRNA;3074624;3074714;18;*;cga ;comp;tRNA;3074733;3074823;176;*;other fin;;CDS;3075000;3076004;;; deb;;CDS;3110984;3111742;84;*; ;;tRNA;3111827;3111900;129;*;aag ;;tRNA;3112030;3112103;312;*;aag fin;;CDS;3112416;3114647;;; deb;comp;CDS;3155159;3157495;252;*; ;;tRNA;3157748;3157831;70;*;cta fin;comp;CDS;3157902;3158507;;; deb;comp;CDS;3209463;3209777;463;*; ;;tRNA;3210241;3210315;1447;*;tgc fin;comp;CDS;3211763;3211972;;; deb;comp;CDS;3232464;3233834;193;*; ;comp;tmRNA;3234028;3234406;122;*; fin;comp;CDS;3234529;3235011;;; deb;comp;CDS;3289487;3289639;251;*; ;comp;rRNA;3289891;3290007;78;*;117 ;comp;rRNA;3290086;3293192;291;*;3107 ;comp;rRNA;3293484;3295007;645;*;1524 fin;comp;CDS;3295653;3296657;;0; deb;comp;CDS;3608197;3608565;139;*; ;comp;tRNA;3608705;3608777;310;*;tgg fin;;CDS;3609088;3610326;;; deb;comp;CDS;3616649;3616813;83;*; ;comp;tRNA;3616897;3616969;42;*;atgj ;comp;tRNA;3617012;3617084;263;*;acc deb;;CDS;3617348;3618601;75;*; ;comp;tRNA;3618677;3618757;214;*;tac fin;;CDS;3618972;3619460;;; deb;;CDS;3848397;3851321;93;*; ;comp;tRNA;3851415;3851488;314;*;aca fin;;CDS;3851803;3852900;;; deb;comp;CDS;3985689;3986465;748;*; ;comp;tRNA;3987214;3987290;117;*;acg fin;comp;CDS;3987408;3988070;;; deb;;CDS;4070175;4071119;88;*; ;;tRNA;4071208;4071281;402;*;ccg fin;;CDS;4071684;4073162;;; deb;comp;CDS;4092593;4094809;66;*; ;comp;ncRNA;4094876;4094966;132;*; ;;tRNA;4095099;4095183;329;*;tcc fin;;CDS;4095513;4095974;;; deb;;CDS;4142060;4142491;52;*; ;;tRNA;4142544;4142633;159;*;tcg fin;;CDS;4142793;4143458;;0; deb;comp;CDS;4160403;4160585;278;*; ;comp;tRNA;4160864;4160939;35;*;cgt ;comp;tRNA;4160975;4161050;240;*;cgt ;comp;tRNA;4161291;4161381;201;*;agc fin;;CDS;4161583;4164981;;0; deb;comp;CDS;4176515;4177270;252;*; ;comp;tRNA;4177523;4177608;58;*;tca fin;comp;CDS;4177667;4178776;;0; deb;comp;CDS;4235119;4239375;1021;*; ;comp;tRNA;4240397;4240470;157;*;ggg fin;;CDS;4240628;4240849;;; deb;;CDS;4285356;4285673;154;*; ;;tRNA;4285828;4285900;51;*;ggc ;;tRNA;4285952;4286024;161;*;ggc fin;;CDS;4286186;4287187;;; deb;;CDS;4381966;4383351;16;*; ;;tRNA;4383368;4383441;285;*;atc fin;;CDS;4383727;4384749;;; deb;;CDS;4385317;4385445;110;*; ;;tRNA;4385556;4385628;76;*;gca fin;comp;CDS;4385705;4386631;;0; deb;comp;CDS;4400257;4401138;353;*; ;;tRNA;4401492;4401575;47;*;ctg fin;comp;CDS;4401623;4402147;;0; deb;;CDS;4622363;4622569;405;*; ;comp;tRNA;4622975;4623048;116;*;gac fin;comp;CDS;4623165;4627139;;0; deb;comp;CDS;4640228;4640773;109;*; ;comp;tRNA;4640883;4640959;34;*;ttc ;comp;tRNA;4640994;4641067;42;*;gac ;comp;tRNA;4641110;4641182;145;*;gaa fin;comp;CDS;4641328;4641669;;0; deb;;CDS;4651026;4651709;122;*; ;;tRNA;4651832;4651904;245;*;aaa fin;;CDS;4652150;4652317;;0; deb;comp;CDS;4770979;4772697;849;*; ;comp;tRNA;4773547;4773620;75;*;atgf deb;;CDS;4773696;4774130;-3;*; ;comp;tRNA;4774128;4774201;71;*;atgf fin;comp;CDS;4774273;4775532;;0; deb;;CDS;4794735;4795958;553;*; ;;rRNA;4796512;4798035;291;*;1524 ;;rRNA;4798327;4801434;76;*;3108 ;;rRNA;4801511;4801627;280;*;117 fin;;CDS;4801908;4802828;;; deb;;CDS;5026285;5027319;113;*; ;;tRNA;5027433;5027505;70;*;agg fin;comp;CDS;5027576;5028037;;1; deb;;CDS;5075303;5076238;149;*; ;;tRNA;5076388;5076464;46;*;gcg fin;comp;CDS;5076511;5077533;;0; deb;comp;CDS;5121699;5123603;180;*; ;;tRNA;5123784;5123856;167;*;acc fin;;CDS;5124024;5124683;;; deb;comp;CDS;5131586;5132572;246;*; ;;tRNA;5132819;5132889;124;*;caa fin;;CDS;5133014;5134459;;; deb;comp;CDS;5215779;5216147;318;*; ;comp;tRNA;5216466;5216550;350;*;tta fin;;CDS;5216901;5217674;;; deb;;CDS;5427006;5430017;57;*; ;;tRNA;5430075;5430148;259;*;atgf fin;;CDS;5430408;5432459;;; deb;;CDS;5530116;5530868;80;*; ;comp;tRNA;5530949;5531020;183;*;cgg fin;;CDS;5531204;5531737;;; deb;;CDS;5713254;5714768;199;*; ;;tRNA;5714968;5715039;21;*;cag ;;tRNA;5715061;5715133;38;*;gag ;;tRNA;5715172;5715244;13;*;gag ;;tRNA;5715258;5715330;4;*;gag ;;tRNA;5715335;5715409;135;*;gag fin;comp;CDS;5715545;5716258;;0; deb;comp;CDS;5851701;5852435;734;*; ;;rRNA;5853170;5854693;280;*;1524 ;;rRNA;5854974;5858080;78;*;3107 ;;rRNA;5858159;5858275;205;*;117 fin;;CDS;5858481;5859890;;; deb;;CDS;5930032;5931717;452;*; ;;rRNA;5932170;5933693;280;*;1524 ;;rRNA;5933974;5937080;76;*;3107 ;;rRNA;5937157;5937273;271;*;117 fin;;CDS;5937545;5938228;;0; deb;;CDS;6072887;6073678;405;*; ;;rRNA;6074084;6075607;288;*;1524 ;;rRNA;6075896;6079001;78;*;3106 ;;rRNA;6079080;6079196;3080;*;117 fin;;CDS;6082277;6082420;;; deb;;CDS;6103592;6104206;140;*; ;comp;tRNA;6104347;6104419;749;*;aga fin;;CDS;6105169;6105423;;; deb;;CDS;6398346;6399611;611;*; ;;rRNA;6400223;6401746;291;*;1524 ;;rRNA;6402038;6405144;108;*;3107 ;;rRNA;6405253;6405369;239;*;117 fin;;CDS;6405609;6406436;;; deb;;CDS;6484449;6485687;148;*; ;;tRNA;6485836;6485909;819;*;ccc fin;comp;CDS;6486729;6487430;;; deb;comp;CDS;7351591;7353366;251;*; ;;tRNA;7353618;7353693;-13;*;gcc fin;;CDS;7353681;7353821;;; deb;;CDS;7353841;7355253;25;*; ;;tRNA;7355279;7355351;22;*;tgc ;;tRNA;7355374;7355446;32;*;ggc fin;;CDS;7355479;7356687;;0; deb;;CDS;7459688;7460983;94;*; ;comp;tRNA;7461078;7461165;270;*;ctc fin;;CDS;7461436;7462761;;; </pre> ====ksk distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_distribution|ksk distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;3;gac;;ggc;2 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;3;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ksk;;37;;;;;;;ksk;14;;;;;;;;ksk;19;;;;;; </pre> ===actino synthèse=== ====actino distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_génome|actino distribution par génome]] <pre> actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total ase;58;32;;;;0;6;;96 blo;19;31;;;;0;6;;56 sma;17;48;;;;0;7;;72 ksk;14;37;;;;0;19;;70 total;108;148;0;0;0;0;38;0;294 </pre> ====actino distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_du_total|actino distribution du total]] <pre> actino4;;;;;;;294 atgi;4;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;1;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10 atc;5;acc;7;aac;9;agc;7 ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9 gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14 tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5 cta;4;cca;6;caa;3;cga; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7 ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7 atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4 ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5 gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;146;148;;;;0;295 </pre> ====actino distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_type|actino distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38 atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc; ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4 gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2 tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg; ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====actino par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_par_rapport_au_groupe_de_référence|actino par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;55;28;26;;;;109; 16;moyen;50;38;;;;;88; 14;fort;43;42;12;;;;97; ; ;148;108;38;;;;294; 10;g+cga;31;18;15;;;;64; 2;agg+cgg;8;1;;;;;9; 4;carre ccc;15;9;11;;;;35; 5;autres;1;;;;;;1; ;;55;28;26;;;;109; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;187;95;88;;;;371;26 16;moyen;170;129;;;;;299;324 14;fort;146;143;41;;;;330;650 ; ;503;367;129;;;;294;729 10;g+cga;105;61;51;;;;218;10 2;agg+cgg;27;3;;;;;31; 4;carre ccc;51;31;37;;;;119;16 5;autres;3;;;;;;3; ;;187;95;88;;;;371; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;187;95;88;371;26;37;26;68 16;moyen;170;129;;299;324;34;35; 14;fort;146;143;41;330;650;29;39;32 ; ;503;367;129;294;729;148;108;38 10;g+cga;105;61;51;218;10;56;64;58 2;agg+cgg;27;3;;31;;15;4; 4;carre ccc;51;31;37;119;16;27;32;42 5;autres;3;;;3;;2;; ;;187;95;88;371;;55;28;26 </pre> ====actinobacteria, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actinobacteria,_estimation_des_-rRNAs|actinobacteria, estimation des -rRNAs]] <pre> actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 99 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;99;2; ; ;;indices;;;;99;2;0;0;;actino4;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;294 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;7;aac;9;agc;7 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;5;aga;5 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;4;cca;6;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;88;;97;;109;294 26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;86713;0.5;0.2;;;;;;618;21937;0,5;0,2;;actino;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;275 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;25;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;106;tcc;98;tac;104;tgc;118;;ttc;106;tcc;100;tac;104;tgc;118;;ttc;125;tcc;125;tac;125;tgc;250 atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;125;acc;175;aac;225;agc;175 ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;200;ccc;150;cac;125;cgt;225 gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;275;gcc;250;gac;250;ggc;350 tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;125;aga;125 cta;100;cca;100;caa;99;cga;1;;cta;100;cca;100;caa;99;cga;1.4;;cta;100;cca;150;caa;75;cga; gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;100;gca;125;gaa;125;gga;175 ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;125;tcg;100;tag;;tgg;175 atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;100;acg;150;aag;275;agg;100 ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;175;ccg;100;cag;200;cgg;125 gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;250;gcg;150;gag;250;ggg;125 ;;1677;;1634;;1736;5047;;;;1679;;1634;;1736;5049;;;;2200;;2425;;2725;7350 rapports;;100;;100;;100;100;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;actino;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;54.081;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;100;tat;;atgf;51 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;5354;;;0/0;;;;;att;;act;97;aat;;agt;100 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;2;;;10;10;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;99;;;20;12;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;98;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;15;tcc;22;tac;17;tgc;53 atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;actino;73.5;;;40;5;;;;atc;17;acc;37;aac;44;agc;41 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;294;;;50;12;41;;;ctc;44;ccc;29;cac;20;cgt;42 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;0;;;60;4;;;;gtc;47;gcc;48;gac;45;ggc;47 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;0;aaa;17;aga;18 cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par actino ;;;;90;0;;;;cta;0;cca;33;caa;24;cga;100 gta;100;gca;100;gaa;100;gga;100;;est 36% au dessus;;;;100;3;;;;gta;2;gca;5;gaa;19;gga;38 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;16;tcg;20;tag;100;tgg;38 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;2;acg;31;aag;54;agg;4 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;43;ccg;1;cag;45;cgg;16 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;54;gcg;43;gag;43;ggg;17 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;313;;395;;593;1301 </pre> ==cyano== ===npu=== ====npu opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_opérons|npu opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Nost_punc_PCC_73102_ATCC_29133/nostPunc_PCC_73102_ATCC29133-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_010628.1;npu;;genome;;;;;;;; 41.4%GC;12.8.19 Paris;16s 4;79;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Nostoc punctiforme PCC 73102 ATCC 29133 ;;;;;;;;;;; ;199270..199464;;CDS;;237;237;;;65;; comp;199702..199775;;agg;;33;33;;;;; comp;199809..200906;;CDS;;;;;;366;; ;;;;;;;;;;; comp;352653..353060;;CDS;;690;*690;;;136;; comp;353751..353822;;ggc;;147;147;;;;; comp;353970..354548;;CDS;;;;;;193;; ;;;;;;;;;;; ;503259..503606;;CDS;;145;145;;;116;; ;503752..503827;;atgj;+;-1;;*-1;;;; ;503827..503901;;atgj;2 atg;397;397;;;;; ;504299..505384;;CDS;@1;;;;;362;; ;;;;;;;;;;; comp;777899..778429;;CDS;;34;34;;;177;; ;778464..778537;;cgt;;38;38;;;;; comp;778576..779829;;CDS;;;;;;418;; ;;;;;;;;;;; ;878016..878609;;CDS;;384;384;;;198;; ;878994..879064;;tgc;;205;205;;;;; ;879270..879491;;CDS;;;;;;74;; ;;;;;;;;;;; comp;951559..952671;;CDS;;53;53;;;371;; ;952725..952796;;acc;;310;310;;;;; comp;953107..953340;;CDS;;;;;;78;; ;;;;;;;;;;; comp;954493..955170;;CDS;;72;72;;;226;; comp;955243..955315;;aga;;356;356;;;;; ;955672..956331;;CDS;;;;;;220;; ;;;;;;;;;;; ; 1054005..1054811;;CDS;;290;290;;;269;; comp;1055102..1055172;;gga;;50;50;;;;; comp;1055223..1056383;;CDS;;;;;;387;; ;;;;;;;;;;; comp;1175326..1175523;;CDS;;247;247;;;66;; comp;1175771..1175844;;ccg;;138;138;;;;; ;1175983..1176855;;CDS;;;;;;291;; ;;;;;;;;;;; ;1380042..1380593;;CDS;;226;226;;;184;; comp;1380820..1380904;;tcc;;107;107;;;;; ;1381012..1381380;;CDS;;;;;;123;; ;;;;;;;;;;; ;1442145..1442867;;CDS;;32;32;;;241;; ;1442900..1442974;;ttc;;362;362;;;;; ;1443337..1444770;;CDS;;;;;;478;; ;;;;;;;;;;; comp;1650791..1652236;;CDS;;133;133;;;482;; comp;1652370..1652443;;gac;;111;111;;;;; comp;1652555..1653088;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; comp;2020233..2021171;;CDS;;317;317;;;313;; ;2021489..2022985;;16s;;123;;;;1497;; ;2023109..2023185;;atc;;79;;;79;;; ;2023265..2023340;;gca;;249;;;;;; ;2023590..2026486;;23s;;59;;;;2897;; ;2026546..2026663;;5s;;230;230;;;118;; > comp;2026894..2027373;;CDS;;;;;;160;; ;;;;;;;;;;; comp;2303766..2304149;;CDS;;124;124;;;128;; ;2304274..2304349;;cac;;1362;*1362;;;;; ;2305712..2308132;;CDS;;;;;;*807;; ;;;;;;;;;;; comp;3372671..3373291;;CDS;;143;143;;;207;; ;3373435..3373507;;gta;;415;*415;;;;; ;3373923..3374555;;CDS;;;;;;211;; ;;;;;;;;;;; comp;3434121..3435443;;CDS;;204;204;;;441;; comp;3435648..3435739;;agc;;141;141;;;;; comp;3435881..3436813;;CDS;;;;;;311;; ;;;;;;;;;;; ;3439846..3440202;;CDS;@2;-19;*-19;;;119;; comp;3440184..3440257;;gca;;48;;48;;;; comp;3440306..3440378;;aca;+;8;;8;;;; comp;3440387..3440462;;atgf;2 aca;11;;11;;;; comp;3440474..3440546;;cta;;4;;4;;;; comp;3440551..3440623;;ccg;;6;;6;;;; comp;3440630..3440706;;ctc;;2;;2;;;; comp;3440709..3440785;;ctg;;3;;3;;;; comp;3440789..3440861;;cca;;1;;1;;;; comp;3440863..3440940;;tta;;6;;6;;;; comp;3440947..3441023;;ttg;;6;;6;;;; comp;3441030..3441105;;caa;;3;;3;;;; comp;3441109..3441181;;cag;;5;;5;;;; comp;3441187..3441261;;aac;;6;;6;;;; comp;3441268..3441365;;aca;;81;;*81;;;; comp;3441447..3441521;;cgt;;4;;4;;;; comp;3441526..3441615;;agc;;113;;*113;;;; comp;3441729..3441800;;gaa;;58;;58;;;; comp;3441859..3441933;;tgg;;88;;*88;;;; comp;3442022..3442095;;tgc;;132;;*132;;;; comp;3442228..3442301;;gac;;118;118;;;;; comp;3442420..3442614;;CDS;;;;;;65;; ;;;;;;;;;;; ;3448311..3448919;;CDS;;80;80;;;203;; comp;3449000..3449072;;gaa;;120;120;;;;; ;3449193..3449375;;CDS;;;;;;61;; ;;;;;;;;;;; ;4538041..4538745;;CDS;;151;151;;;235;; ;4538897..4538981;;tcg;;194;194;;;;; ;4539176..4540357;;CDS;;;;;;394;; ;;;;;;;;;;; comp;4869164..4869988;;CDS;;584;*584;;;275;; comp;4870573..4870646;;cca;;298;298;;;;; comp;4870945..4871493;;CDS;;;;;;183;; ;;;;;;;;;;; comp;5426384..5427841;;CDS;;100;100;;;486;; comp;5427942..5428018;;atgf;;46;46;;;;; comp;5428065..5429018;;CDS;;;;;;318;; ;;;;;;;;;;; comp;5480844..5481563;;CDS;;407;*407;;;240;; comp;5481971..5482043;;gcc;;94;94;;;;; comp;5482138..5482332;;CDS;;;;;;65;; ;;;;;;;;;;; ;5510568..5511620;;CDS;;319;319;;;351;; comp;5511940..5512057;;5s;;59;;;;118;; comp;5512117..5515016;;23s;;249;;;;2900;; comp;5515266..5515341;;gca;;82;;;82;;; comp;5515424..5515497;;atc;;123;;;;;; comp;5515621..5517117;;16s;;682;*682;;;1497;; comp;5517800..5519035;;CDS;;;;;;412;; ;;;;;;;;;;; comp;5572068..5572769;;CDS;;290;290;;;234;; ;5573060..5573132;;atgi;;153;153;;;;; comp;5573286..5573720;;CDS;;;;;;145;; ;;;;;;;;;;; ;5573827..5574450;;CDS;;93;93;;;208;; comp;5574544..5574615;;aca;;345;345;;;;; ;5574961..5575881;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; < comp;5655591..5655800;;CDS;;21;21;;;70;; comp;5655822..5655893;;aac;;144;144;;;;; comp;5656038..5656589;;CDS;;;;;;184;; ;;;;;;;;;;; ;5688669..5689538;;CDS;;75;75;;;290;; ;5689614..5689689;;ttc;;663;*663;;;;; comp;5690353..5692080;;CDS;;;;;;*576;; ;;;;;;;;;;; ;5756596..5757801;;CDS;;66;66;;;402;; ;5757868..5757940;;cgg;;400;400;;;;; comp;5758341..5759045;;CDS;;;;;;235;; ;;;;;;;;;;; comp;6075820..6077016;;CDS;;175;175;;;399;; comp;6077192..6077263;;ggg;;171;171;;;;; comp;6077435..6078052;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; comp;6083633..6084493;;CDS;;676;*676;;;287;; ;6085170..6086666;;16s;;123;;;;1497;; ;6086790..6086866;;atc;;79;;;79;;; ;6086946..6087021;;gca;;249;;;;;; ;6087271..6090169;;23s;;59;;;;2899;; ;6090229..6090346;;5s;;176;176;;;118;; comp;6090523..6090720;;CDS;;;;;;66;; ;;;;;;;;;;; comp;6498176..6499135;;CDS;;149;149;;;320;; comp;6499285..6499402;;5s;;59;;;;118;; comp;6499462..6502360;;23s;;249;;;;2899;; comp;6502610..6502685;;gca;;79;;;79;;; comp;6502765..6502841;;atc;;123;;;;;; comp;6502965..6504461;;16s;;315;315;;;1497;; ;6504777..6505643;;CDS;;;;;;289;; ;;;;;;;;;;; ;6889916..6890785;;CDS;;61;61;;;290;; ;6890847..6890918;;aaa;;294;294;;;;; comp;6891213..6892148;;CDS;;;;;;312;; ;;;;;;;;;;; ;6948457..6949644;;CDS;;162;162;;;396;; ;6949807..6949888;;cta;;400;400;;;;; ;6950289..6950609;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; comp;6980662..6982233;;CDS;;171;171;;;*524;; ;6982405..6982478;;gtc;;1521;*1521;;;;; comp;6984000..6985919;;CDS;;;;;;*640;; ;;;;;;;;;;; ;7066111..7067829;;CDS;;232;232;;;*573;; comp;7068062..7068133;;caa;;270;270;;;;; comp;7068404..7069606;;CDS;;;;;;401;; ;;;;;;;;;;; comp;7071719..7071991;;CDS;;39;39;;;91;; comp;7072031..7072114;;ttg;;109;109;;;;; comp;7072224..7073345;;CDS;;;;;;374;; ;;;;;;;;;;; comp;7074644..7076011;;CDS;;409;*409;;;456;; ;7076421..7076502;;ctg;;95;95;;;;; ;7076598..7077374;;CDS;;;;;;259;; ;;;;;;;;;;; ;7130044..7131132;;CDS;;131;131;;;363;; comp;7131264..7131335;;acg;;33;33;;;;; ;7131369..7131662;;CDS;;;;;;98;; ;;;;;;;;;;; ;7224805..7225167;;CDS;;146;146;;;121;; ;7225314..7225386;;tgg;;378;378;;;;; ;7225765..7225986;;CDS;;;;;;74;; ;;;;;;;;;;; comp;7346902..7348245;;CDS;;396;396;;;448;; ;7348642..7348724;;ctc;;127;127;;;;; ;7348852..7349475;;CDS;;;;;;208;; ;;;;;;;;;;; ;7506243..7506593;;CDS;;747;*747;;;117;; comp;7507341..7507414;;ccc;;50;50;;;;; comp;7507465..7507830;;CDS;;;;;;122;; ;;;;;;;;;;; ;7517008..7519347;;CDS;;167;167;;;*780;; ;7519515..7519588;;atgj;;213;213;;;;; <> comp;7519802..7520109;;CDS;;;;;;103;; ;;;;;;;;;;; comp;7571389..7571706;;CDS;;895;*895;;;106;; comp;7572602..7572676;;aag;;63;63;;;;; comp;7572740..7574992;;CDS;;;;;;*751;; ;;;;;;;;;;; comp;7610323..7610769;;CDS;;481;*481;;;149;; comp;7611251..7611323;;gca;;71;71;;;;; ;7611395..7612312;;CDS;;;;;;306;; ;;;;;;;;;;; ;7936008..7936736;;CDS;;65;65;;;243;; ;7936802..7936874;;gcg;;437;*437;;;;; ;7937312..7938874;;CDS;;;;;;*521;; ;;;;;;;;;;; ;7972961..7973239;;CDS;;313;313;;;93;; comp;7973553..7973624;;acc;;88;;*88;;;; comp;7973713..7973798;;tac;;124;124;;;;; comp;7973923..7974897;;CDS;;;;;;325;; ;;;;;;;;;;; ;7975047..7975976;;CDS;;100;100;;;310;; ;7976077..7976161;;tca;;374;374;;;;; ;7976536..7978545;;CDS;;;;;;*670;; </pre> ====npu cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_cumuls|npu cumuls]] <pre> npu cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;4;1;2;;1;1;1;;100;13;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;12;;50;10;40;;200;21;60;0 ;16 atc gca;4;40;0;;100;14;80;;300;22;90;10 ;16 23 5s a;0;60;2;;150;18;120;;400;19;120;9 ;max a;2;80;0;3;200;9;160;;500;10;150;7 ;a doubles;0;100;3;1;250;8;200;;600;4;180;3 ;autres;0;120;1;;300;5;240;;700;2;210;10 ;total aas;8;140;1;;350;6;280;;800;2;240;7 sans ;opérons;43;160;0;;400;9;320;;900;1;270;4 ;1 aa;40;180;0;;450;4;360;;1000;0;300;6 ;max a;20;200;0;;500;1;400;;1100;0;330;9 ;a doubles;2;;0;;;9;;;;0;;29 ;total aas;64;;21;4;;94;;0;;94;;94 total aas;;72;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;32;79;;254;;;;279;; ;;;variance;43;0;;254;;;;171;; sans jaune;;;moyenne;11;;;176;;;;240;;188 ;;;variance;17;;;111;;;;122;;85 </pre> ====npu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_blocs|npu blocs]] <pre> npu blocs;;;; CDS;317;313;676;287 16s;123;1497;123;1497 atc;79;;79; gca;249;;249; 23s;59;2897;59;2899 5s;230;118;176;118 CDS;;160;;66 ;;;; CDS;319;351;149;320 5s;59;118;59;118 23s;249;2900;249;2899 gca;82;;79; atc;123;;123; 16s;682;1497;315;1497 CDS;;412;;289 </pre> ====npu remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_remarques|npu remarques]] <pre> gtRNAdb;;;;;;;79;;cumuls;;;;;;;72 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;2;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;4;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;4;acc;2;aac;2;agc;2 ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;2 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;1;aca;2;aaa;2;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;1;aga;1 cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1 ttg;3;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;3;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;3;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ====npu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_distribution|npu distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total npu;;39;;;;;;;npu;21;;;;;;;;npu;4;;;;;; </pre> ====npu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_données_intercalaires|npu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;npu;fx;fc;npu;fx40;fc40;npu;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;4;15;0;4;15;-1;0;54;33;237;CDS 16s;; ;1;10;50;188;1;2;22;-2;6;0;690;34;;317; ;0;20;52;152;2;4;24;-3;0;1;147;38;;317; ;1;30;43;135;3;8;22;-4;15;135;145;356;;676; 3;4;40;53;132;4;8;16;-5;1;0;397;290;;315; ;3;50;54;142;5;10;25;-6;2;0;216;518;23s 5s;; 1;0;60;63;142;6;3;17;-7;1;8;615;138;4* 61;; 1;4;70;74;115;7;2;17;-8;1;34;5;226;5s CDS;; 2;2;80;59;146;8;6;16;-9;1;0;231;107;149;68; ;0;90;64;129;9;5;12;-10;1;6;384;124;;319; 1;4;100;59;129;10;2;17;-11;0;27;205;143;;176; 2;1;110;63;168;11;8;15;-12;0;0;72;102;16s tRNA;; ;2;120;61;138;12;3;17;-13;0;11;50;80;4* 131;;atc 1;2;130;56;101;13;5;15;-14;2;23;37;327;tRNA 23s;; 3;1;140;84;119;14;8;23;-15;1;1;247;51;4* 260;;gca 1;6;150;63;107;15;4;15;-16;0;5;705;290;tRNA tRNA;;intra 1;1;160;60;99;16;3;9;-17;0;15;145;153;4* 82;;atc gca ;2;170;48;104;17;4;16;-18;2;0;32;93;tRNA tRNA;; 1;2;180;49;81;18;2;9;-19;1;1;368;345;-1;;atgj ;0;190;47;79;19;10;19;-20;1;10;133;666;**;;atgj ;1;200;49;73;20;5;14;-21;1;0;111;137;44;;other ;2;210;60;55;21;3;15;-22;0;2;1365;427;**;;other ;1;220;33;65;22;7;5;-23;2;6;415;294;156;;aaa 1;0;230;29;69;23;3;11;-24;0;0;204;171;7;;other 2;1;240;38;54;24;4;10;-25;0;2;141;1521;6;;cac ;1;250;39;63;25;3;11;-26;2;8;118;232;48;;gca ;0;260;31;74;26;4;19;-27;1;0;409;409;8;;aca ;2;270;33;53;27;7;15;-28;2;4;151;131;10;;atgf ;0;280;31;53;28;5;18;-29;3;1;194;33;4;;cta 2;0;290;34;47;29;3;16;-30;0;0;599;396;6;;ccg 1;1;300;42;48;30;4;15;-31;0;2;298;747;5;;ctc 1;0;310;25;42;31;6;13;-32;0;4;100;301;3;;ctg ;1;320;27;42;32;3;12;-33;2;0;46;71;1;;cca 1;0;330;26;33;33;6;12;-34;0;0;407;70;6;;tta ;0;340;22;37;34;4;7;-35;0;6;94;;6;;ttg 1;0;350;34;43;35;3;10;-36;0;0;24;;3;;caa 1;0;360;27;42;36;10;16;-37;1;4;144;;5;;cag ;1;370;15;20;37;4;13;-38;2;5;75;;6;;aac ;2;380;36;33;38;5;17;-39;0;0;66;;81;;aca ;1;390;18;17;39;10;19;-40;0;1;268;;4;;cgt 1;1;400;16;29;40;2;13;-41;0;1;175;;4;;agc 6;11;reste;535;586;reste;2104;3377;-42;0;0;171;;7;;tac 34;62;total;2306;3999;total;2306;3999;-43;0;1;61;;62;;gaa 28;51;diagr;1767;3398;diagr;198;607;-44;1;1;162;;3;;tgg 0;2; t30;145;475;;;;-45;0;0;313;;11;;atgi ;;;;;;;;-46;1;0;270;;3;;tgc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;1;39;;4;;other ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;109;;**;;gac ;x;2302;67;4;2373;;;-49;0;0;95;;88;;acc ;c;3984;402;15;4401;;;-50;0;0;146;;**;;tac ;;;;;6774;157;;reste;12;22;378;;;; ;;;;;;6931;;total;67;402;127;;;; ;;;;;;;;;;;50;;;; ;;;;;;;;;;;167;;;; ;;;;;;;;;;;898;;;; ;;;;;;;;;;;63;;;; ;;;;;;;;;;;481;;;; ;;;;;;;;;;;65;;;; ;;;;;;;;;;;437;;;; ;;;;;;;;;;;124;;;; ;;;;;;;;;;;100;;;; ;;;;;;;;;;;374;;;; </pre> =====npu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_autres_intercalaires_aas|npu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;npu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;199270;199464;237;*; ;comp;tRNA;199702;199775;33;*;agg fin;comp;CDS;199809;200906;;0; deb;comp;CDS;352653;353060;690;*; ;comp;tRNA;353751;353822;147;*;ggc fin;comp;CDS;353970;354548;;; deb;;CDS;503259;503606;145;*; ;;tRNA;503752;503827;-1;*;atgj ;;tRNA;503827;503901;397;*;atgj deb;;CDS;504299;505384;216;*; ;;tRNA;505601;505673;615;*;ata fin;;CDS;506289;507815;;; deb;;CDS;727418;728587;5;*; ;;tRNA;728593;728664;231;*;other fin;;CDS;728896;730239;;; deb;comp;CDS;777899;778429;34;*; ;;tRNA;778464;778537;38;*;cgt fin;comp;CDS;778576;779829;;; deb;;CDS;878016;878609;384;*; ;;tRNA;878994;879064;205;*;tgc fin;;CDS;879270;879491;;; deb;comp;CDS;954493;955170;72;*; ;comp;tRNA;955243;955315;356;*;aga fin;;CDS;955672;956331;;; deb;;CDS;1054005;1054811;290;*; ;comp;tRNA;1055102;1055172;50;*;gga fin;comp;CDS;1055223;1056383;;; deb;comp;CDS;1081601;1082335;518;*; ;;tRNA;1082854;1082983;44;*;other ;;tRNA;1083028;1083149;37;*;other fin;;CDS;1083187;1084788;;; deb;comp;CDS;1175326;1175523;247;*; ;comp;tRNA;1175771;1175844;138;*;ccg fin;;CDS;1175983;1176855;;; deb;;CDS;1380042;1380593;226;*; ;comp;tRNA;1380820;1380904;107;*;tcc fin;;CDS;1381012;1381380;;; deb;;CDS;1440092;1440529;705;*; ;;tRNA;1441235;1441304;145;*;other fin;;CDS;1441450;1441650;;; deb;;CDS;1442145;1442867;32;*; ;;tRNA;1442900;1442968;368;*;ttc fin;;CDS;1443337;1444770;;; deb;;CDS;1484155;1484853;46;*; ;;ncRNA;1484900;1485316;115;*; fin;;CDS;1485432;1486151;;; deb;comp;CDS;1650791;1652236;133;*; ;comp;tRNA;1652370;1652443;111;*;gac fin;comp;CDS;1652555;1653130;;0; deb;comp;CDS;2020233;2021171;317;*; ;;rRNA;2021489;2022977;131;*;1489 ;;tRNA;2023109;2023182;82;*;atc ;;tRNA;2023265;2023337;260;*;gca ;;rRNA;2023598;2026484;61;*;2887 ;;rRNA;2026546;2026663;68;*;118 fin;comp;CDS;2026732;2026957;;; deb;comp;CDS;2303766;2304149;124;*; ;;tRNA;2304274;2304346;1365;*;cac fin;;CDS;2305712;2308132;;0; deb;comp;CDS;3372671;3373291;143;*; ;;tRNA;3373435;3373507;415;*;gta fin;;CDS;3373923;3374555;;; deb;comp;CDS;3434121;3435443;204;*; ;comp;tRNA;3435648;3435739;141;*;agc fin;comp;CDS;3435881;3436813;;; deb;;CDS;3438597;3439685;102;*; ;comp;tRNA;3439788;3439858;156;*;aaa ;comp;tRNA;3440015;3440097;7;*;other ;comp;tRNA;3440105;3440177;6;*;cac ;comp;tRNA;3440184;3440257;48;*;gca ;comp;tRNA;3440306;3440378;8;*;aca ;comp;tRNA;3440387;3440463;10;*;atgf ;comp;tRNA;3440474;3440546;4;*;cta ;comp;tRNA;3440551;3440623;6;*;ccg ;comp;tRNA;3440630;3440706;5;*;ctc ;comp;tRNA;3440712;3440785;3;*;ctg ;comp;tRNA;3440789;3440861;1;*;cca ;comp;tRNA;3440863;3440940;6;*;tta ;comp;tRNA;3440947;3441023;6;*;ttg ;comp;tRNA;3441030;3441105;3;*;caa ;comp;tRNA;3441109;3441181;5;*;cag ;comp;tRNA;3441187;3441261;6;*;aac ;comp;tRNA;3441268;3441365;81;*;aca ;comp;tRNA;3441447;3441521;4;*;cgt ;comp;tRNA;3441526;3441615;4;*;agc ;comp;tRNA;3441620;3441721;7;*;tac ;comp;tRNA;3441729;3441799;62;*;gaa ;comp;tRNA;3441862;3441933;3;*;tgg ;comp;tRNA;3441937;3442010;11;*;atgi ;comp;tRNA;3442022;3442095;3;*;tgc ;comp;tRNA;3442099;3442223;4;*;other ;comp;tRNA;3442228;3442301;118;*;gac fin;comp;CDS;3442420;3442614;;0; deb;;CDS;3448311;3448919;80;*; ;comp;tRNA;3449000;3449072;327;*;gaa fin;;CDS;3449400;3451319;;; deb;;CDS;3675128;3675659;409;*; ;;tRNA;3676069;3676151;51;*;tca fin;comp;CDS;3676203;3676421;;; deb;;CDS;4538041;4538745;151;*; ;;tRNA;4538897;4538981;194;*;tcg fin;;CDS;4539176;4540357;;0; deb;comp;CDS;4869164;4869973;599;*; ;comp;tRNA;4870573;4870646;298;*;cca fin;comp;CDS;4870945;4871493;;0; deb;comp;CDS;5108061;5113469;362;*; ;comp;ncRNA;5113832;5114015;60;*; fin;comp;CDS;5114076;5115230;;; deb;comp;CDS;5426384;5427841;100;*; ;comp;tRNA;5427942;5428018;46;*;atgf fin;comp;CDS;5428065;5429018;;; deb;comp;CDS;5480844;5481563;407;*; ;comp;tRNA;5481971;5482043;94;*;gcc fin;comp;CDS;5482138;5482332;;; deb;;CDS;5510568;5511620;319;*; ;comp;rRNA;5511940;5512057;61;*;118 ;comp;rRNA;5512119;5515008;260;*;2890 ;comp;tRNA;5515269;5515341;82;*;gca ;comp;tRNA;5515424;5515497;131;*;atc ;comp;rRNA;5515629;5517117;317;*;1489 fin;;CDS;5517435;5517515;;0; deb;comp;CDS;5572068;5572769;290;*; ;;tRNA;5573060;5573132;153;*;atgi fin;comp;CDS;5573286;5573720;;0; deb;;CDS;5573827;5574450;93;*; ;comp;tRNA;5574544;5574615;345;*;aca fin;;CDS;5574961;5575881;;; deb;comp;CDS;5655654;5655797;24;*; ;comp;tRNA;5655822;5655893;144;*;aac fin;comp;CDS;5656038;5656589;;; deb;;CDS;5688669;5689538;75;*; ;;tRNA;5689614;5689686;666;*;ttc fin;comp;CDS;5690353;5692080;;; deb;;CDS;5756596;5757801;66;*; ;;tRNA;5757868;5757940;137;*;cgg fin;comp;CDS;5758078;5758233;;; deb;;CDS;6022666;6023613;294;*; ;;tmRNA;6023908;6024297;537;*; fin;comp;CDS;6024835;6025290;;0; deb;comp;CDS;6048961;6050142;268;*; ;comp;tRNA;6050411;6050520;427;*;other fin;;CDS;6050948;6051328;;; deb;comp;CDS;6075820;6077016;175;*; ;comp;tRNA;6077192;6077263;171;*;ggg fin;comp;CDS;6077435;6078040;;; deb;comp;CDS;6083633;6084493;676;*; ;;rRNA;6085170;6086658;131;*;1489 ;;tRNA;6086790;6086863;82;*;atc ;;tRNA;6086946;6087018;260;*;gca ;;rRNA;6087279;6090167;61;*;2889 ;;rRNA;6090229;6090346;176;*;118 fin;comp;CDS;6090523;6090720;;; deb;comp;CDS;6498176;6499135;149;*; ;comp;rRNA;6499285;6499402;61;*;118 ;comp;rRNA;6499464;6502352;260;*;2889 ;comp;tRNA;6502613;6502685;82;*;gca ;comp;tRNA;6502768;6502841;131;*;atc ;comp;rRNA;6502973;6504461;315;*;1489 fin;;CDS;6504777;6505643;;0; deb;;CDS;6889916;6890785;61;*; ;;tRNA;6890847;6890918;294;*;aaa fin;comp;CDS;6891213;6892148;;; deb;;CDS;6948457;6949644;162;*; ;;tRNA;6949807;6949888;313;*;cta fin;;CDS;6950202;6950609;;0; deb;comp;CDS;6980662;6982233;171;*; ;;tRNA;6982405;6982478;1521;*;gtc fin;comp;CDS;6984000;6985919;;0; deb;;CDS;7066111;7067829;232;*; ;comp;tRNA;7068062;7068133;270;*;caa fin;comp;CDS;7068404;7069606;;; deb;comp;CDS;7071719;7071991;39;*; ;comp;tRNA;7072031;7072114;109;*;ttg fin;comp;CDS;7072224;7073345;;; deb;comp;CDS;7074644;7076011;409;*; ;;tRNA;7076421;7076502;95;*;ctg fin;;CDS;7076598;7077374;;0; deb;;CDS;7130044;7131132;131;*; ;comp;tRNA;7131264;7131335;33;*;acg fin;;CDS;7131369;7131662;;0; deb;;CDS;7224805;7225167;146;*; ;;tRNA;7225314;7225386;378;*;tgg fin;;CDS;7225765;7225986;;; deb;comp;CDS;7324019;7324405;25;*; ;comp;ncRNA;7324431;7324527;37;*; fin;comp;CDS;7324565;7324831;;0; deb;comp;CDS;7346902;7348245;396;*; ;;tRNA;7348642;7348724;127;*;ctc fin;;CDS;7348852;7349475;;; deb;;CDS;7506243;7506593;747;*; ;comp;tRNA;7507341;7507414;50;*;ccc fin;comp;CDS;7507465;7507830;;; deb;;CDS;7517041;7519347;167;*; ;;tRNA;7519515;7519588;301;*;atgj fin;comp;CDS;7519890;7520066;;; deb;comp;CDS;7571389;7571706;898;*; ;comp;tRNA;7572605;7572676;63;*;aag fin;comp;CDS;7572740;7574992;;; deb;comp;CDS;7610323;7610769;481;*; ;comp;tRNA;7611251;7611323;71;*;gca fin;;CDS;7611395;7612312;;0; deb;;CDS;7936008;7936736;65;*; ;;tRNA;7936802;7936874;437;*;gcg fin;;CDS;7937312;7938874;;; deb;;CDS;7973321;7973482;70;*; ;comp;tRNA;7973553;7973624;88;*;acc ;comp;tRNA;7973713;7973798;124;*;tac fin;comp;CDS;7973923;7974897;;0; deb;;CDS;7975047;7975976;100;*; ;;tRNA;7976077;7976161;374;*;tca fin;;CDS;7976536;7978545;;; </pre> ===pmg=== ====pmg opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_opérons|pmg opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Proc_mari_MIT_9301/procMari_MIT_9301-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009091.1;pmg;;genome;;;;;;;; 31.3%GC;13.8.19 Paris;16s 1;37;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Prochlorococcus marinus str. MIT 9301;;;;;;;;;;; comp;74235..75521;;CDS;;4;4;;;429;; comp;75526..75607;;ctt;;259;259;;;;; ;75867..77216;;CDS;;;;;;450;; ;;;;;;;;;;; ;132034..132708;;CDS;;49;49;;;225;; ;132758..132829;;aac;;566;*566;;;;; ;133396..133845;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; comp;239249..240268;;CDS;;170;170;;;340;; comp;240439..240520;;cta;;71;71;;;;; ;240592..241041;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; comp;257573..258844;;CDS;;77;77;;;424;; comp;258922..258995;;cgt;;86;86;;;;; ;259082..259333;;CDS;;;;;;84;; ;;;;;;;;;;; comp;272771..274039;;CDS;;18;18;;;423;; comp;274058..274130;;atgi;;141;141;;;;; ;274272..274832;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; ;305431..305850;;CDS;;84;84;;;140;; comp;305935..306010;;ttc;;91;91;;;;; comp;306102..307331;;CDS;;;;;;410;; ;;;;;;;;;;; ;313891..314472;;CDS;;178;178;;;194;; comp;314651..314722;;aca;;65;65;;;;; comp;314788..315120;;CDS;;;;;;111;; ;;;;;;;;;;; comp;320549..321988;;CDS;;603;*603;;;480;; ;322592..324074;;16s;;125;;;;;; ;324200..324273;;atc;;12;;;12;;; ;324286..324358;;gca;;256;;;;;; ;324615..327496;;23s;;60;;;;;; ;327557..327673;;5s;;43;43;;;;; comp;327717..328595;;CDS;;;;;;293;; ;;;;;;;;;;; comp;354976..355167;;CDS;;88;88;;;64;; comp;355256..355327;;acc;;10;;10;;;; comp;355338..355419;;tac;;102;102;;;;; ;355522..355962;;CDS;;;;;;147;; ;;;;;;;;;;; comp;434230..435660;;CDS;;17;17;;;477;; comp;435678..435751;;gac;;149;149;;;;; comp;435901..436095;;CDS;;35;35;;;65;; comp;436131..436203;;tgg;;53;53;;;;; comp;436257..436727;;CDS;;;;;;157;; ;;;;;;;;;;; ;521448..522497;;CDS;;99;99;;;350;; ;522597..522682;;tta;;78;78;;;;; ;522761..522994;;CDS;;;;;;78;; ;;;;;;;;;;; comp;609397..609897;;CDS;;249;249;;;167;; comp;610147..610233;;tca;;404;*404;;;;; ;610638..611399;;CDS;;;;;;254;; ;;;;;;;;;;; ;774440..775240;;CDS;;210;210;;;267;; comp;775451..775524;;ccc;;27;27;;;;; comp;775552..776280;;CDS;;;;;;243;; ;;;;;;;;;;; comp;828018..828392;;CDS;;49;49;;;125;; ;828442..828528;;tcc;;214;214;;;;; ;828743..830740;;CDS;;;;;;*666;; ;;;;;;;;;;; ;868731..869213;;CDS;;29;29;;;161;; ;869243..869316;;atgj;;67;67;;;;; ;869384..869671;;CDS;;;;;;96;; ;;;;;;;;;;; ;909742..910707;;CDS;;45;45;;;322;; ;910753..910829;;atgf;;591;*591;;;;; ;911421..911810;;CDS;;;;;;130;; ;;;;;;;;;;; ;996073..996609;;CDS;;16;16;;;179;; comp;996626..996698;;gaa;;41;41;;;;; comp;996740..997858;;CDS;;;;;;373;; ;;;;;;;;;;; comp;1040019..1040135;;CDS;;177;177;;;39;; ;1040313..1040384;;aaa;;512;*512;;;;; ;1040897..1041004;;CDS;;;;;;36;; ;;;;;;;;;;; ;1044863..1045423;;CDS;;276;276;;;187;; ;1045700..1045773;;cca;;188;188;;;;; comp;1045962..1046666;;CDS;;;;;;235;; ;;;;;;;;;;; ;1134197..1134427;;CDS;;251;251;;;77;; comp;1134679..1134763;;tcg;;63;63;;;;; comp;1134827..1135849;;CDS;;;;;;341;; ;;;;;;;;;;; comp;1163424..1164092;;CDS;;138;138;;;223;; ;1164231..1164304;;aga;;27;27;;;;; ;1164332..1165600;;CDS;;;;;;423;; ;;;;;;;;;;; ;1212124..1212894;;CDS;;58;58;;;257;; comp;1212953..1213025;;gcc;;129;129;;;;; comp;1213155..1214180;;CDS;;;;;;342;; ;;;;;;;;;;; ;1253753..1255123;;CDS;;525;*525;;;457;; ;1255649..1255730;;ttg;;5;5;;;;; ;1255736..1256911;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;1259549..1260784;;CDS;;131;131;;;412;; ;1260916..1260988;;cac;;72;72;;;;; ;1261061..1262455;;CDS;;;;;;465;; ;;;;;;;;;;; ;1275239..1277272;;CDS;;0;*0;;;*678;; comp;1277273..1277343;;gga;;112;112;;;;; ;1277456..1278802;;CDS;;;;;;449;; ;;;;;;;;;;; ;1308006..1308797;;CDS;;50;50;;;264;; ;1308848..1308919;;gtc;;67;67;;;;; ;1308987..1309604;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; comp;1419657..1419893;;CDS;;54;54;;;79;; ;1419948..1420019;;acg;;100;100;;;;; ;1420120..1420440;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; ;1453287..1454075;;CDS;;35;35;;;263;; comp;1454111..1454199;;agc;;61;61;;;;; comp;1454261..1455460;;CDS;;;;;;400;; ;;;;;;;;;;; ;1472925..1473932;;CDS;;94;94;;;336;; ;1474027..1474098;;caa;;16;16;;;;; ;1474115..1474891;;CDS;;;;;;259;; ;;;;;;;;;;; comp;1485558..1486649;;CDS;;77;77;;;364;; ;1486727..1486800;;cgg;;11;11;;;;; comp;1486812..1487258;;CDS;;;;;;149;; ;;;;;;;;;;; comp;1500099..1501325;;CDS;;42;42;;;409;; ;1501368..1501438;;tgc;@1;364;364;;;;; comp;1501803..1502447;;CDS;;;;;;215;; ;;;;;;;;;;; comp;1517796..1518128;;CDS;;78;78;;;111;; comp;1518207..1518280;;agg;;38;38;;;;; ;1518319..1518700;;ncRNA;;21;21;;;;; ;1518722..1519471;;CDS;;;;;;250;; ;;;;;;;;;;; comp;1554202..1554633;;CDS;;45;45;;;144;; comp;1554679..1554750;;ggc;;61;61;;;;; comp;1554812..1555288;;CDS;;;;;;159;; ;;;;;;;;;;; comp;1600898..1601284;;CDS;@2;-30;*-30;;;129;; comp;1601255..1601326;;gta;;98;98;;;;; ;1601425..1602279;;CDS;;;;;;285;; </pre> ====pmg cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_cumuls|pmg cumuls]] <pre> pmg cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;;100;9;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;1;1;50;22;40;;200;20;60;2 ;16 atc gca;1;40;;;100;23;80;;300;15;90;6 ;16 23 5s a;0;60;;;150;7;120;;400;10;120;4 ;max a;2;80;;;200;4;160;;500;13;150;9 ;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;0;180;5 ;autres;0;120;;;300;3;240;;700;2;210;4 ;total aas;2;140;;;350;0;280;;800;0;240;4 sans ;opérons;34;160;;;400;1;320;;900;0;270;8 ;1 aa;33;180;;;450;1;360;;1000;0;300;2 ;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;330;1 ;a doubles;0;;;;;5;;;;0;;24 ;total aas;35;;1;1;;71;;0;;69;;69 total aas;;37;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;10;12;;127;;;;260;; ;;;variance;0;0;;146;;;;147;; sans jaune;;;moyenne;;;;93;;;;248;;170 ;;;variance;;;;76;;;;130;;74 </pre> ====pmg blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_blocs|pmg blocs]] <pre> pmg bloc;; CDS;603;480 16s;125;1483 atc;12; gca;256; 23s;60;2882 5s;43;117 CDS;;293 </pre> ====pmg remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_remarques|pmg remarques]] *code génétique de pmg <pre> Remarques;;;;;;;37 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata; ;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====pmg distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_distribution|pmg distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total pmg;;33;;;;;;;pmg;2;;;;;;;;pmg;0;;;;;; </pre> ====pmg données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_données_intercalaires|pmg données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;pmg;fx;fc;pmg;fx40;fc40;pmg;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;11;34;0;11;34;-1;0;36;4;259;16s tRNA;; ;2;10;117;198;1;18;17;-2;0;0;49;71;125;;atc 2;3;20;39;116;2;16;27;-3;0;0;566;86;tRNA 23s;; ;2;30;26;71;3;22;25;-4;40;69;185;141;258;;gca 1;1;40;14;64;4;11;26;-5;0;0;77;87;tRNA tRNA;;intra 2;5;50;22;51;5;9;18;-6;2;0;18;178;12;;atc gca 2;1;60;22;45;6;12;23;-7;0;1;91;102;tRNA tRNA;; ;6;70;22;50;7;9;10;-8;11;13;65;404;10;;acc 2;4;80;34;46;8;8;11;-9;1;0;88;210;**;;tac 2;1;90;21;42;9;6;27;-10;0;2;17;49;;; 1;4;100;28;31;10;6;14;-11;3;11;149;16;;; 1;0;110;16;27;11;1;19;-12;2;0;35;177;;; 1;0;120;12;23;12;2;14;-13;0;3;53;188;;; ;1;130;14;17;13;5;14;-14;3;6;99;251;;; 2;0;140;26;17;14;6;6;-15;3;0;78;138;;; 1;1;150;15;7;15;5;12;-16;3;2;249;58;;; ;0;160;14;13;16;4;10;-17;4;3;27;131;;; ;0;170;9;9;17;5;11;-18;1;0;214;0;;; 2;0;180;12;9;18;6;11;-19;0;0;29;112;;; 1;1;190;13;5;19;2;6;-20;3;1;67;54;;; ;0;200;8;1;20;3;13;-21;2;0;45;35;;; 2;0;210;7;5;21;2;2;-22;2;0;591;77;;; ;1;220;6;5;22;4;7;-23;2;0;41;11;;; ;0;230;6;8;23;4;4;-24;2;0;512;42;;; ;0;240;3;3;24;5;8;-25;0;2;276;210;;; ;1;250;5;2;25;0;5;-26;1;3;63;98;;; 2;0;260;6;2;26;2;6;-27;1;0;342;;;; ;0;270;3;3;27;4;11;-28;1;0;129;;;; ;1;280;3;1;28;3;9;-29;0;0;525;;;; ;0;290;3;3;29;0;8;-30;1;0;5;;;; ;0;300;8;3;30;2;11;-31;0;0;72;;;; ;0;310;2;1;31;4;3;-32;1;0;50;;;; ;0;320;2;4;32;1;9;-33;0;0;67;;;; ;0;330;5;3;33;1;7;-34;0;0;100;;;; ;0;340;6;2;34;1;1;-35;1;0;61;;;; ;1;350;5;0;35;1;7;-36;0;0;94;;;; ;0;360;0;1;36;1;11;-37;0;0;16;;;; ;0;370;2;2;37;0;6;-38;1;0;78;;;; ;0;380;1;3;38;2;6;-39;0;0;45;;;; ;0;390;1;0;39;1;6;-40;0;0;61;;;; ;0;400;1;2;40;2;8;-41;0;1;-30;;;; 1;4;reste;27;21;reste;390;467;-42;1;0;CDS 16s;;;; 26;40;total;597;950;total;597;950;-43;1;0;-;601;;; 24;36;diagr;559;895;diagr;196;449;-44;0;1;23s 5s;;;; 2;7; t30;182;385;;;;-45;0;0;64;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;5s CDS;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;-;43;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;586;95;11;692;;;-49;0;0;;;;; ;c;916;158;34;1108;;;-50;0;2;;;;; ;;;;;1800;84;;reste;2;2;;;;; ;;;;;;1884;;total;95;158;;;;; </pre> =====pmg autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires_aas|pmg autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pmg;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;65120;306;; ;tmRNA;66389;44;comp; fin;CDS;66707;;; deb;CDS;74235;4;comp; ;tRNA;75526;259;comp;ctt fin;CDS;75867;;; deb;CDS;132034;49;; ;tRNA;132758;566;;aac fin;CDS;133396;;; deb;CDS;239249;185;comp; ;tRNA;240439;71;comp;cta fin;CDS;240592;;; deb;CDS;257573;77;comp; ;tRNA;258922;86;comp;cgt fin;CDS;259082;;; deb;CDS;272771;18;comp; ;tRNA;274058;141;comp;atgi fin;CDS;274272;;; deb;CDS;305431;87;; ;tRNA;305938;91;comp;ttc fin;CDS;306102;;comp; deb;CDS;313891;178;; ;tRNA;314651;65;comp;aca fin;CDS;314788;;comp; deb;CDS;320549;601;comp; 16s;rRNA;322590;125;;1483 ;tRNA;324200;12;;atc ;tRNA;324286;258;;gca ;rRNA;324617;64;;2882 ;rRNA;327557;43;;117 fin;CDS;327717;;comp; deb;CDS;354976;88;comp; ;tRNA;355256;10;comp;acc ;tRNA;355338;102;comp;tac fin;CDS;355522;;; deb;CDS;434230;17;comp; ;tRNA;435678;149;comp;gac deb;CDS;435901;35;comp; ;tRNA;436131;53;comp;tgg fin;CDS;436257;;comp; deb;CDS;521448;99;; ;tRNA;522597;78;;tta fin;CDS;522761;;; deb;CDS;609397;249;comp; ;tRNA;610147;404;comp;tca fin;CDS;610638;;; deb;CDS;656308;17;; ;ncRNA;657516;162;; fin;CDS;657863;;; deb;CDS;774440;210;; ;tRNA;775451;27;comp;ccc fin;CDS;775552;;comp; deb;CDS;828018;49;comp; ;tRNA;828442;214;;tcc fin;CDS;828743;;; deb;CDS;868731;29;; ;tRNA;869243;67;;atgj fin;CDS;869384;;; deb;CDS;909742;45;; ;tRNA;910753;591;;atgf fin;CDS;911421;;; deb;CDS;996073;16;; ;tRNA;996626;41;comp;gaa fin;CDS;996740;;comp; deb;CDS;1040019;177;comp; ;tRNA;1040313;512;;aaa fin;CDS;1040897;;; deb;CDS;1044863;276;; ;tRNA;1045700;188;;cca fin;CDS;1045962;;comp; deb;CDS;1134197;251;; ;tRNA;1134679;63;comp;tcg fin;CDS;1134827;;comp; deb;CDS;1163424;138;comp; ;tRNA;1164231;342;;aga fin;CDS;1164647;;; deb;CDS;1212124;58;; ;tRNA;1212953;129;comp;gcc fin;CDS;1213155;;comp; deb;CDS;1253753;525;; ;tRNA;1255649;5;;ttg fin;CDS;1255736;;; deb;CDS;1259549;131;comp; ;tRNA;1260916;72;;cac fin;CDS;1261061;;; deb;CDS;1264859;12;; ;ncRNA;1265987;47;comp; fin;CDS;1266131;;; deb;CDS;1275239;0;; ;tRNA;1277273;112;comp;gga fin;CDS;1277456;;; deb;CDS;1308006;50;; ;tRNA;1308848;67;;gtc fin;CDS;1308987;;; deb;CDS;1419657;54;comp; ;tRNA;1419948;100;;acg fin;CDS;1420120;;; deb;CDS;1453287;35;; ;tRNA;1454111;61;comp;agc fin;CDS;1454261;;comp; deb;CDS;1472925;94;; ;tRNA;1474027;16;;caa fin;CDS;1474115;;; deb;CDS;1485558;77;comp; ;tRNA;1486727;11;;cgg fin;CDS;1486812;;comp; deb;CDS;1500099;42;comp; ;tRNA;1501368;210;;tgc fin;CDS;1501649;;comp; deb;CDS;1517796;78;comp; ;tRNA;1518207;38;comp;agg ;ncRNA;1518319;21;; fin;CDS;1518722;;; deb;CDS;1526173;34;comp; ;regulatory;1527578;66;comp; fin;CDS;1527743;;comp; deb;CDS;1554202;45;comp; ;tRNA;1554679;61;comp;ggc fin;CDS;1554812;;comp; deb;CDS;1600898;-30;comp; ;tRNA;1601255;98;comp;gta fin;CDS;1601425;;; </pre> ====pmg intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_entre_cds|pmg intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> pmg;9.2.21 Paris;;Pmg 8.2.21;;;;;;; ;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;253;14.1;'''négatif ;-10;11;-1 à -67;'''1641879;-1;253 ;'''zéro;45;2.5;;;;;'''intercals;0;45 ;'''1 à 200;1326;73.7;'''0 à 200;55;51;;'''139122;5;189 ;'''201 à 370;120;6.7;'''201 à 370;270;48;;'''8.5%;10;126 ;'''371 à 600;42;2.3;'''371 à 600;452;60;;;15;84 ;'''601 à max;14;0.8;'''601 à 1051;778;154;;;20;71 ;'''total 1800;<201;90.2;'''total 1798;74;114;-67 à 1051;;25;41 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>fréquence-1;30;56 1337910;1643;-1;253;-70;0;;0;45;35;35 344859;1208;0;°45;-60;3;;-1;°36;40;43 1131068;1051;1;35;-50;3;;-2;0;45;34 1332255;987;2;43;-40;4;;-3;0;50;39 666029;950;3;°47;-30;4;'''min à -1;-4;°109;55;34 1046608;901;4;37;-20;20;253;-5;0;60;33 873756;800;5;27;-10;46;14.1%;-6;2;65;30 1082452;696;6;°35;0;218;;-7;1;70;42 1073300;690;7;19;10;315;;-8;°24;75;36 1086818;679;8;19;20;155;;-9;1;80;44 1350077;676;9;°33;30;97;;-10;2;85;36 947641;638;10;20;40;78;'''1 à 100;-11;°14;90;27 1340696;638;11;20;50;73;1059;-12;2;95;22 1274338;625;12;16;60;67;58.8%;-13;3;100;37 1330270;579;13;°19;70;72;;-14;°9;105;20 1040897;574;14;12;80;80;;-15;3;110;23 39429;566;15;17;90;63;;-16;5;115;19 956617;560;16;14;100;59;;-17;°7;120;16 1328069;560;17;16;110;43;;-18;1;125;15 1331574;540;18;°17;120;35;;-19;0;130;16 1071397;523;19;8;130;31;;-20;°4;135;23 661816;518;20;16;140;43;;-21;2;140;20 1341490;508;21;4;150;22;;-22;2;145;14 660601;495;22;11;160;27;;-23;°2;150;8 872185;484;23;8;170;18;'''1 à 200;-24;2;155;18 353338;478;24;°13;180;21;1326;-25;2;160;9 134240;471;25;5;190;18;74%;-26;°4;165;8 1198984;467;26;8;200;9;;-27;1;170;10 332235;461;27;°15;210;12;;-28;1;175;8 892293;459;28;12;220;11;;-29;0;180;13 948687;458;29;8;230;14;;-30;1;185;9 1321313;450;30;°13;240;6;;-31;0;190;9 924950;449;31;7;250;7;'''0 à 200;-32;1;195;6 914728;448;32;10;260;8;1371;;77;200;3 1066510;445;33;°8;270;6;;reste;12;205;7 938157;441;34;2;280;4;;total;298;210;5 226447;435;35;8;290;6;;;;215;4 1188279;430;36;°12;300;11;;intercal;<u>frequencef;220;7 773451;421;37;6;310;3;;600;1786;225;8 858898;421;38;8;320;6;;620;;230;6 ;;39;7;330;8;;640;3;235;3 ;;40;10;340;8;'''201 à 370;660;;240;3 ;;reste;857;350;5;120;680;2;245;3 ;;total;1527;360;1;6.7%;700;2;250;4 ;;;;370;4;;720;;255;4 ;;;;380;4;;740;;260;4 1631675;-67;comp;;390;1;;760;;265;3 701382;-65;shfit2;592;400;3;;780;;270;3 886946;-61;comp;;410;6;;800;1;275;3 1045962;-59;shfit2;646;420;1;;820;;280;1 828743;-50;shfit2;1948;430;4;;840;;285;5 1349614;-50;shfit2;463;440;1;;860;;290;1 1425201;-44;shfit2;1765;450;5;;880;;295;6 1539296;-43;comp;;460;2;;900;;300;5 1249293;-42;comp;;470;2;;920;1;305;1 244064;-41;shfit2;295;480;2;;940;;310;2 162356;-38;;;490;1;;960;1;315;3 20410;-35;;;500;1;;980;;320;3 427059;-32;;;510;1;;1000;1;325;7 587323;-30;;;520;1;;1020;;330;1 1611400;-28;;;530;1;;1040;;335;3 744978;-27;;;540;1;'''371 à 600;1060;1;340;5 303832;-26;;;550;0;42;;12;345;3 489984;-26;;;560;2;2.3%;;;350;2 808548;-26;;;570;1;;;;355;1 1223639;-26;;;580;2;'''601 à max;;;360;0 1181603;-25;;;590;0;14;;;365;3 1209844;-25;;;600;0;0.8%;;;370;1 27867;-24;;;reste;14;;reste;2;reste;56 975566;-24;;;total;1800;;total;1800;total;1800 </pre> ====pmg intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_positifs_S+|pmg intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pmg;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-67;515;-1295;119;607;256;min40;&-107;844;-2106;170;869;263;min60 31 à 400;23;-124;47;41;774;180;2 parties;&-35;327;-1017;107;973;311;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;194;65;-;428;poly;179;SF;&78;69;;501;poly;368;SF 31 à 400;122;45;-;726;dte;48;tm;&153;49;-;687;poly;286;SF ;;;;;;;;;;;;;; pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;24.1.22 paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.703;;;pmg;Sx-;Sc- 41-n;0.856;0.728;0.802;;;;;;;;;;-1;0;36 1-n;0.928;0.904;0.915;;;;;;;;;;-2;0;0 pmg;fx;fc;;pmg;fx%;fc%;;pmg;fx40;fc40;;x;-3;0;0 0;11;34;;0;20;38;;0;11;34;>0;586;-4;40;69 10;117;198;;10;209;221;;1;18;17;<0;95;-5;0;0 20;39;116;;20;70;130;;2;16;27;zéro;11;-6;2;0 30;26;71;;30;47;79;;3;22;25;total;692;-7;0;1 40;14;64;;40;25;72;;4;11;26;;c;-8;11;13 50;22;51;;50;39;57;;5;9;18;>0;916;-9;1;0 60;22;45;;60;39;50;;6;12;23;<0;158;-10;0;2 70;22;50;;70;39;56;;7;9;10;zéro;34;-11;3;11 80;34;46;;80;61;51;;8;8;11;total;1108;-12;2;0 90;21;42;;90;38;47;;9;6;27;;;-13;0;3 100;28;31;;100;50;35;;10;6;14;total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reste;27;21;;;;;;reste;390;467;;;-45;0;0 total;597;950;;t30;326;430;;total;597;950;;;-46;0;0 diagr;559;895;;;;;;diagr;196;449;;;-47;0;0 - t30;377;510;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;;;reste;2;2 ;;;;;;;;;;;;;total;95;158 </pre> ====pmg intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_négatifs_S-|pmg intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp';0;0;0;37;0;2;0;10;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;91 continu;36;0;0;72;0;0;1;14;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;2;162 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;33;0;2;0;11;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;88 ;Sc-;36;0;0;69;0;0;1;13;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;3;159 </pre> ====pmg autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires|pmg autres intercalaires]] <pre> deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin deb;°CDS;65120;306;;;deb;°CDS;521448;99;;;deb;°CDS;1259549;131;comp ;tmRNA;66389;44;comp;;;&tRNA;522597;78;;;;&tRNA;1260916;72; fin;°CDS;66707;;;;fin;°CDS;522761;;;;fin;°CDS;1261061;; deb;°CDS;74235;4;comp;;deb;°CDS;609397;249;comp;;deb;°CDS;1264859;12; ;&tRNA;75526;259;comp;;;&tRNA;610147;404;comp;;;ncRNA;1265987;47;comp fin;°CDS;75867;;;;fin;°CDS;610638;;;;fin;°CDS;1266131;; deb;°CDS;132034;49;;;deb;°CDS;656308;17;;;deb;°CDS;1275239;0; ;&tRNA;132758;566;;;;ncRNA;657516;162;;;;&tRNA;1277273;112;comp fin;°CDS;133396;;;;fin;°CDS;657863;;;;fin;°CDS;1277456;; deb;°CDS;239249;185;comp;;deb;°CDS;774440;210;;;deb;°CDS;1308006;50; ;&tRNA;240439;71;comp;;;&tRNA;775451;27;comp;;;&tRNA;1308848;67; fin;°CDS;240592;;;;fin;°CDS;775552;;comp;;fin;°CDS;1308987;; deb;°CDS;257573;77;comp;;deb;°CDS;828018;49;comp;;deb;°CDS;1419657;54;comp ;&tRNA;258922;86;comp;;;&tRNA;828442;214;;;;&tRNA;1419948;100; fin;°CDS;259082;;;;fin;°CDS;828743;;;;fin;°CDS;1420120;; deb;°CDS;272771;18;comp;;deb;°CDS;868731;29;;;deb;°CDS;1453287;35; ;&tRNA;274058;141;comp;;;&tRNA;869243;67;;;;&tRNA;1454111;61;comp fin;°CDS;274272;;;;fin;°CDS;869384;;;;fin;°CDS;1454261;;comp deb;°CDS;305431;87;;;deb;°CDS;909742;45;;;deb;°CDS;1472925;94; ;&tRNA;305938;91;comp;;;&tRNA;910753;591;;;;&tRNA;1474027;16; fin;°CDS;306102;;comp;;fin;°CDS;911421;;;;fin;°CDS;1474115;; deb;°CDS;313891;178;;;deb;°CDS;996073;16;;;deb;°CDS;1485558;77;comp ;&tRNA;314651;65;comp;;;&tRNA;996626;41;comp;;;&tRNA;1486727;11; fin;°CDS;314788;;comp;;fin;°CDS;996740;;comp;;fin;°CDS;1486812;;comp deb;°CDS;320549;601;comp;;deb;°CDS;1040019;177;comp;;deb;°CDS;1500099;42;comp ;$rRNA;322590;125;;;;&tRNA;1040313;512;;;;&tRNA;1501368;210; ;&tRNA;324200;12;;;fin;°CDS;1040897;;;;fin;°CDS;1501649;;comp ;&tRNA;324286;258;;;deb;°CDS;1044863;276;;;deb;°CDS;1517796;78;comp ;$rRNA;324617;64;;;;&tRNA;1045700;188;;;;&tRNA;1518207;38;comp ;$rRNA;327557;43;;;fin;°CDS;1045962;;comp;;;ncRNA;1518319;21; fin;°CDS;327717;;comp;;deb;°CDS;1134197;251;;;fin;°CDS;1518722;; deb;°CDS;354976;88;comp;;;&tRNA;1134679;63;comp;;deb;°CDS;1526173;34;comp ;&tRNA;355256;10;comp;;fin;°CDS;1134827;;comp;;;regulatory;1527578;66;comp ;&tRNA;355338;102;comp;;deb;°CDS;1163424;138;comp;;fin;°CDS;1527743;;comp fin;°CDS;355522;;;;;&tRNA;1164231;342;;;deb;°CDS;1554202;45;comp deb;°CDS;434230;17;comp;;fin;°CDS;1164647;;;;;&tRNA;1554679;61;comp ;&tRNA;435678;149;comp;;deb;°CDS;1212124;58;;;fin;°CDS;1554812;;comp deb;°CDS;435901;35;comp;;;&tRNA;1212953;129;comp;;deb;°CDS;1600898;-30;comp ;&tRNA;436131;53;comp;;fin;°CDS;1213155;;comp;;;&tRNA;1601255;98;comp fin;°CDS;436257;;comp;;deb;°CDS;1253753;525;;;fin;°CDS;1601425;; ;;;;;;&tRNA;1255649;5;;; ;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1255736;;;; ;;; </pre> ====pmg intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_tRNA|pmg intercalaires tRNA]] <pre> pmg;relevés;;;;;;proportion des intercalaires <201;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls;;;deb;fin;total ;;;;;;;;;;;;<201;29;25;54 ;;;4;comp’;259;;-30;5;deb;;;total;34;33;67 ;;;49;;566;;4;16;<201;16;;taux;85%;76%;81% ;;;185;comp’;71;;17;27;total;19;;;;; ;;;77;comp’;86;;18;41;%;84%;;;;; ;;;18;comp’;141;;29;53;;;;;;; ;;comp’;87;;91;;35;61;fin;;;;;; ;;comp’;178;;65;;45;61;<201;17;;;;; ;10;;88;comp’;102;;45;63;total;22;;;;; ;;;17;;149;;49;65;%;77%;;;;; ;;;35;;53;;50;67;;;;;;; ;;;99;;78;;77;67;total;;;;;; ;;;249;comp’;404;;78;72;<201;33;;;;; ;;comp’;210;;27;;88;78;total;41;;;;; ;;comp’;49;;214;;94;91;%;80%;;;;; ;;;29;;67;;99;100;;;;;;; ;;;45;;591;;185;129;;;;;;; ;;comp’;16;;41;;249;149;;;;;;; ;;comp’;177;;512;;276;214;;;;;;; ;;;276;comp’;188;;525;342;;;;;;; ;;comp’;251;;63;;-;512;;;;;;; ;;comp’;138;;342;;-;566;;;;;;; ;;comp’;58;;129;;-;591;comp’;cumuls;;;;; ;;;525;;5;;0;11;deb;;;;;; ;;comp’;131;;72;;16;71;<201;13;;;;; ;;comp’;0;comp’;112;;35;86;total;15;;;;; ;;;50;;67;;42;98;%;87%;;;;; ;;comp’;54;;100;;49;102;;;;;;; ;;comp’;35;;61;;54;112;fin;;;;;; ;;;94;;16;;58;141;<201;8;;;;; ;;comp’;77;comp’;11;;77;188;total;11;;;;; ;;comp’;42;comp’;210;;87;210;%;73%;;;;; ;;;78;;;;131;259;;;;;;; ;;;45;;61;;138;404;total;;;;;; ;;;-30;comp’;98;;177;-;<201;21;;;;; ;;;;;;;178;-;total;26;;;;; ;;;;;;;210;-;%;81%;;;;; ;;;;;;;251;-;;;;;;; </pre> ===cyano synthèse=== ====cyano distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_génome|cyano distribution par génome]] ====cyano distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_du_total|cyano distribution du total]] <pre> cyano2;;;;;;;99 atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3 atc;;acc;3;aac;3;agc;3 ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3 gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2 tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2 cta;3;cca;3;caa;3;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2 ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2 ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2 gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;27;72;;;;;99 ;;;;;;; cyano2;;;;;;; atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;5;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;5;gaa;;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;4;;;;;10;10 </pre> ====cyano distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_type|cyano distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4 atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;27;72;;;;;99;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====cyano par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_par_rapport_au_groupe_de_référence|cyano par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;19;4;;;;;23; 16;moyen;27;10;2;;;10;49; 14;fort;26;9;2;;;;37; ; ;72;23;4;;;10;109; 10;g+cga;8;2;;;;;10; 2;agg+cgg;4;;;;;;4; 4;carre ccc;6;2;;;;;8; 5;autres;1;;;;;;1; ;;19;4;;;;;23; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;174;37;;;;;211;26 16;moyen;248;92;18;;;92;450;324 14;fort;239;83;18;;;;339;650 ; ;661;211;37;;;92;109;729 10;g+cgg;73;18;;;;;92;10 2;agg+cga;37;;;;;;37; 4;carre ccc;55;18;;;;;73;16 5;autres;9;;;;;;9; ;;174;37;;;;;211; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;192;40;;232;26;26;17; 16;moyen;273;101;20;394;324;38;43; 14;fort;263;91;20;374;650;36;39; ; ;727;232;40;99;729;72;23; 10;g+cgg;81;20;;101;10;42;; 2;agg+cga;40;;;40;;21;; 4;carre ccc;61;20;;81;16;32;; 5;autres;10;;;10;;5;; ;;192;40;;232;;19;; </pre> ====cyano, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano,_estimation_des_-rRNAs|cyano, estimation des -rRNAs]] <pre> actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 31 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;31;103; ; ;;indices;;;;31;332;0;0;;cyano2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;99 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3 atc;58;acc;;aac;;agc;;;atc;187;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;3;agc;3 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;2;aga;2 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;3;cga; gta;;gca;45;gaa;;gga;;;gta;;gca;145;gaa;;gga;;;gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;39;;37;;23;99 27.5.20 Tanger;;;;cyano;total;ttt;tgt;;25.11.20 Paris;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;3959;3.6;0.0;;;;;;84;3959;3.6;0.0;;cyano2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;98;;atgi;105;tct;;tat;;atgf;98;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;150 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;7.1;act;2.4;aat;3.6;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;17;cct;2.4;cat;2.4;cgc;1.2;;ctt;50;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;1.2;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;150 atc;8;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;195;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;;acc;150;aac;150;agc;150 ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;150 gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;100;gcc;100;gac;150;ggc;100 tta;83;tca;114;taa;;tga;0;;tta;83;tca;114;taa;2.4;tga;;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;;aca;200;aaa;100;aga;100 cta;118;cca;130;caa;114;cga;2;;cta;118;cca;130;caa;114;cga;2.4;;cta;150;cca;150;caa;150;cga; gta;111;gca;48;gaa;118;gga;111;;gta;111;gca;193;gaa;118;gga;111;;gta;100;gca;100;gaa;150;gga;100 ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;150;tcg;100;tag;;tgg;150 atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;200;acg;100;aag;50;agg;100 ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;100;ccg;100;cag;50;cgg;100 gtg;43;gcg;82;gag;8;ggg;76;;gtg;43;gcg;82;gag;8.3;ggg;76;;gtg;;gcg;50;gag;;ggg;50 ;;1574;;1607;;1156;4337;;;;1906;;1607;;1171;4684;;;;1950;;1850;;1150;4950 rapports;;83;;100;;99;93;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;cyano2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;48.549;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;35 att;;act;29;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1505;;;0/0;1;;;;att;;act;100;aat;;agt;100 ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;avec;119;;;10;12;;;;ctt;98;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;31;;;20;9;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;14;;;;ttc;19;tcc;2;tac;15;tgc;25 atc;4;acc;100;aac;100;agc;100;;cyano2;49.5;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;22;agc;24 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;99;;;50;2;40;;;ctc;6;ccc;1;cac;9;cgt;26 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;10;;;60;1;;;;gtc;2;gcc;7;gac;21;ggc;7 tta;100;tca;100;taa;;tga;;;genom;2;;;70;0;;;;tta;17;tca;12;taa;;tga; ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;43;aaa;13;aga;12 cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;21;cca;13;caa;24;cga;100 gta;100;gca;25;gaa;100;gga;100;;est 2% au dessus;;;;100;5;;;;gta;10;gca;52;gaa;21;gga;10 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;12;tag;100;tgg;27 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;41;acg;2;aag;24;agg;23 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;8;ccg;15;cag;74;cgg;0 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;39;gag;100;ggg;34 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;330;;279;;337;946 </pre> ==bacteroide== ===myr=== ====myr opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_opérons|myr opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Myro_A21/myroSp_A21-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP010327.1;myr;;genome;;;;;;; 34.1%GC;14.8.19 Paris;16s 8;101;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd Myroides sp. A21;;;;;;;;;; comp;151454..152776;;CDS;;270;270;;;441; comp;153047..153134;;tca;;208;208;;;; comp;153343..154476;;CDS;;;;;;378; ;;;;;;;;;; ;211346..212332;;CDS;;123;123;;;329; comp;212456..212530;;gta;+;27;;27;;; comp;212558..212635;;gta;5 gta;27;;27;;; comp;212663..212740;;gta;;27;;27;;; comp;212768..212845;;gta;;42;;42;;; comp;212888..212965;;gta;;92;92;;;; comp;213058..214275;;CDS;;;;;;406; ;;;;;;;;;; comp;294948..295334;;CDS;;146;146;;;129; comp;295481..295554;;aga;;28;;28;;; comp;295583..295660;;cca;;7;;7;;; comp;295668..295751;;agc;;280;280;;;; ;296032..297210;;CDS;;;;;;393; ;;;;;;;;;; ;327067..328053;;CDS;;112;112;;;329; comp;328166..328241;;aaa;+;698;;*698;;; comp;328940..329021;;ctc;6 aaa;87;;*87;;; comp;329109..329184;;aaa;@1;31;;31;;; comp;329216..329291;;aaa;;36;;36;;; comp;329328..329403;;aaa;;45;;45;;; comp;329449..329524;;aaa;;33;;33;;; comp;329558..329633;;aaa;;129;129;;;; ;329763..330281;;CDS;;;;;;173; ;;;;;;;;;; comp;353908..354384;;CDS;;259;259;;;159; comp;354644..354753;;5s;;107;;;;110; comp;354861..357744;;23s;;150;;;;2884; comp;357895..357971;;gca;;88;;;88;; comp;358060..358136;;atc;;75;;;;; comp;358212..359735;;16s;;265;;;;1524; comp;360001..360110;;5s;;103;;;;110; comp;360214..363107;;23s;;150;;;;2894; comp;363258..363334;;gca;;88;;;88;; comp;363423..363499;;atc;;75;;;;; comp;363575..365098;;16s;;687;*687;;;1524; comp;365786..366973;;CDS;;;;;;396; ;;;;;;;;;; comp;407344..408819;;CDS;;141;141;;;492; comp;408961..409037;;aca;+;33;;33;;; comp;409071..409147;;aca;5 aca;38;;38;;; comp;409186..409262;;aca;;39;;39;;; comp;409302..409378;;aca;;41;;41;;; comp;409420..409493;;aca;;81;81;;;; comp;409575..409838;;CDS;;;;;;88; ;;;;;;;;;; comp;550792..551043;;CDS;;37;37;;;84; comp;551081..551155;;gaa;+;40;;40;;; comp;551196..551267;;gaa;6 gaa;37;;37;;; comp;551305..551376;;gaa;;38;;38;;; comp;551415..551486;;gaa;;35;;35;;; comp;551522..551596;;gaa;;38;;38;;; comp;551635..551706;;gaa;;75;75;;;; comp;551782..553257;;CDS;;;;;;492; ;;;;;;;;;; comp;571079..574315;;CDS;;165;165;;;*1079; comp;574481..574590;;5s;;107;;;;110; comp;574698..577581;;23s;;118;;;;2884; comp;577700..577776;;gca;;88;;;88;; comp;577865..577941;;atc;;76;;;;; comp;578018..579541;;16s;;264;;;;1524; comp;579806..579915;;5s;;106;;;;110; comp;580022..582915;;23s;;150;;;;2894; comp;583066..583142;;gca;;88;;;88;; comp;583231..583307;;atc;;77;;;;; comp;583385..584908;;16s;;1070;*1070;;;1524; comp;585979..586545;;CDS;;;;;;189; ;;;;;;;;;; comp;719558..719755;;CDS;;13;13;;;66; comp;719769..719842;;tgg;;60;60;;;; comp;719903..721090;;CDS;;58;58;;;396; comp;721149..721220;;acc;;20;;20;;; comp;721241..721321;;tac;;27;;27;;; comp;721349..721425;;aca;;93;93;;;; comp;721519..721818;;CDS;;;;;;100; ;;;;;;;;;; ;781522..782178;;CDS;;76;76;;;219; ;782255..782330;;atgf;;93;93;;;; ;782424..782978;;CDS;;;;;;185; ;;;;;;;;;; comp;783008..783451;;CDS;;332;332;;;148; ;783784..783859;;atgf;;110;110;;;; comp;783970..785886;;CDS;;;;;;*639; ;;;;;;;;;; comp;814859..815281;;CDS;;541;*541;;;141; comp;815823..815899;;cga;;10;10;;;; comp;815910..816362;;CDS;;;;;;151; ;;;;;;;;;; ;868515..869267;;CDS;;37;37;;;251; comp;869305..869380;;gga;+;34;;34;;; comp;869415..869490;;gga;6 gga;34;;34;;; comp;869525..869600;;gga;;34;;34;;; comp;869635..869710;;gga;;34;;34;;; comp;869745..869820;;gga;;37;;37;;; comp;869858..869930;;gga;;242;242;;;; ;870173..870646;;CDS;;;;;;158; ;;;;;;;;;; ;1010425..1011210;;CDS;;92;92;;;262; comp;1011303..1011376;;caa;+;221;;*221;;; comp;1011598..1011668;;caa;2 caa;183;183;;;; ;1011852..1015055;;CDS;;;;;;*1068; ;;;;;;;;;; comp;1110980..1111921;;CDS;;158;158;;;314; ;1112080..1112162;;ttg;;44;44;;;; comp;1112207..1112701;;CDS;;;;;;165; ;;;;;;;;;; ;1113809..1114273;;CDS;;158;158;;;155; comp;1114432..1114541;;5s;;105;;;;110; comp;1114647..1117530;;23s;;150;;;;2884; comp;1117681..1117757;;gca;;88;;;88;; comp;1117846..1117922;;atc;;75;;;;; comp;1117998..1119521;;16s;;266;;;;1524; comp;1119788..1119897;;5s;;105;;;;110; comp;1120003..1122896;;23s;;150;;;;2894; comp;1123047..1123123;;gca;;88;;;88;; comp;1123212..1123288;;atc;;77;;;;; comp;1123366..1124889;;16s;;77;;;;1524; comp;1126238..1126311;;aac;;90;90;;;; comp;1126402..1127745;;CDS;;;;;;448; ;;;;;;;;;; ;1214932..1215615;;CDS;;101;101;;;228; comp;1215717..1215790;;tgc;;88;88;;;; comp;1215879..1216235;;CDS;;;;;;119; ;;;;;;;;;; ;1391184..1391825;;CDS;;85;85;;;214; ;1391911..1391987;;aac;+;370;;*370;;; ;1392358..1392434;;aac;2 aac;590;*590;;;; comp;1393025..1393459;;CDS;;;;;;145; ;;;;;;;;;; ;1597909..1598226;;CDS;;635;*635;;;106; ;1598862..1598938;;gac;+;148;;*148;;; ;1599087..1599163;;gac;3 gac;202;;*202;;; ;1599366..1599442;;gac;;169;169;;;; comp;1599612..1600157;;CDS;;;;;;182; ;;;;;;;;;; comp;1643091..1644479;;CDS;;132;132;;;463; ;1644612..1644696;;cta;+;183;;*183;;; ;1644880..1644961;;cta;2 cta;314;314;;;; ;1645276..1646115;;CDS;;;;;;280; ;;;;;;;;;; ;1721814..1722689;;CDS;;66;66;;;292; comp;1722756..1722826;;tgg;;51;51;;;; comp;1722878..1723252;;CDS;;;;;;125; ;;;;;;;;;; comp;1738209..1739033;;CDS;;183;183;;;275; comp;1739217..1739293;;atgi;+;24;;24;;; comp;1739318..1739394;;atgi;2 atgi;69;69;;;; comp;1739464..1739865;;CDS;;;;;;134; ;;;;;;;;;; >;1924596..1926158;;CDS;+;-41;*-41;;;*521; comp;1926118..1926206;;tta;2 tta;341;;*341;;; comp;1926548..1926633;;tta;@2;320;320;;;; <;1926954..1927025;;CDS;;;;;;24; ;;;;;;;;;; ;1928728..1929714;;CDS;;125;125;;;329; comp;1929840..1929925;;tta;;147;147;;;; comp;1930073..1930444;;CDS;;108;108;;;124; comp;1930553..1930638;;tta;;6;;6;;; comp;1930645..1930720;;ggc;;201;201;;;; comp;1930922..1933519;;CDS;;;;;;*866; ;;;;;;;;;; comp;1961822..1962571;;CDS;;128;128;;;250; ;1962700..1962775;;ttc;+;32;;32;;; ;1962808..1962883;;ttc;3 ttc;23;;23;;; ;1962907..1962982;;ttc;;97;97;;;; comp;1963080..1964066;;CDS;;;;;;329; ;;;;;;;;;; ;2082191..2082733;;CDS;;1103;*1103;;;181; ;2083837..2085360;;16s;;77;;;;1524; ;2085438..2085514;;atc;;88;;;88;; ;2085603..2085679;;gca;;150;;;;; ;2085830..2088713;;23s;;106;;;;2884; ;2088820..2088929;;5s;;156;156;;;110; ;2089086..2089943;;CDS;;;;;;286; ;;;;;;;;;; ;2147912..2148241;;CDS;;286;286;;;110; ;2148528..2148604;;cgt;+;49;;49;;; ;2148654..2148730;;cgt;2 cgt;69;69;;;; ;2148800..2149288;;CDS;;;;;;163; ;;;;;;;;;; comp;2207990..2208685;;CDS;;111;111;;;232; comp;2208797..2208872;;atgf;;106;106;;;; comp;2208979..2209605;;CDS;;147;147;;;209; comp;2209753..2209829;;atgj;;145;145;;;; ;2209975..2210361;;CDS;;;;;;129; ;;;;;;;;;; comp;2425634..2426896;;CDS;;299;299;;;421; comp;2427196..2427270;;cca;;353;353;;;; ;2427624..2428565;;CDS;;;;;;314; ;;;;;;;;;; comp;2434061..2435053;;CDS;;125;125;;;331; comp;2435179..2435252;;atgj;;366;366;;;; ;2435619..2436269;;CDS;;;;;;217; ;;;;;;;;;; ;2561350..2563341;;CDS;;1072;*1072;;;*664; ;2564414..2565937;;16s;;74;;;;1524; ;2566012..2566088;;atc;;90;;;90;; ;2566179..2566255;;gca;;118;;;;; ;2566374..2569256;;23s;;105;;;;2883; ;2569362..2569471;;5s;;279;279;;;110; ;2569751..2571682;;CDS;;;;;;*610; ;;;;;;;;;; comp;2676791..2678620;;CDS;;235;235;;;*610; comp;2678856..2678940;;tca;;497;*497;;;; ;2679438..2681390;;CDS;;;;;;*651; ;;;;;;;;;; comp;2977513..2977920;;CDS;;497;*497;;;136; comp;2978418..2978492;;gta;;61;61;;;; comp;2978554..2978928;;CDS;;;;;;125; ;;;;;;;;;; ;3228192..3228908;;CDS;;79;79;;;239; ;3228988..3229064;;cac;+;23;;23;;; ;3229088..3229164;;cac;4 cac;22;;22;;; ;3229187..3229263;;cac;;21;;21;;; ;3229285..3229361;;cac;;40;40;;;; comp;3229402..3230577;;CDS;;;;;;392; ;;;;;;;;;; comp;3394869..3395093;;CDS;;90;90;;;75; comp;3395184..3395268;;tca;;215;215;;;; comp;3395484..3396884;;CDS;;;;;;467; ;;;;;;;;;; ;3457542..3458360;;CDS;;150;150;;;273; ;3458511..3458594;;tac;+;49;;49;;; ;3458644..3458727;;tac;4 tac;48;;48;;; ;3458776..3458859;;tac;;41;;41;;; ;3458901..3458984;;tac;;309;309;;;; comp;3459294..3460415;;CDS;;;;;;374; ;;;;;;;;;; ;3951958..3953367;;CDS;;595;*595;;;470; ;3953963..3954039;;aga;+;80;;80;;; ;3954120..3954196;;aga;2 aga;36;36;;;; comp;3954233..3954712;;CDS;;;;;;160; ;;;;;;;;;; ;3975219..3976205;;CDS;;99;99;;;329; comp;3976305..3976379;;cca;+;36;;36;;; comp;3976416..3976493;;cca;2 cca;7;;7;;; comp;3976501..3976587;;agc;;965;*965;;;; ;3977553..3978161;;CDS;;;;;;203; </pre> ====myr cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_cumuls|myr cumuls]] <pre> myr cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;8;1;0;;1;1;1;;100;6;30;1 ;16 23 5s 0;0;20;4;;50;7;20;;200;25;60;0 ;16 atc gca;8;40;28;;100;21;40;;300;16;90;4 ;16 23 5s a;0;60;7;;150;18;60;;400;14;120;4 ;max a;2;80;1;;200;7;80;;500;9;150;10 ;a doubles;0;100;1;8;250;5;100;;600;1;180;8 ;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;5;210;6 ;total aas;16;140;0;;350;4;140;;800;0;240;6 sans ;opérons;34;160;1;;400;2;160;;900;1;270;3 ;1 aa;13;180;0;;450;0;180;;1000;0;300;5 ;max a;7;200;1;;500;2;200;;1100;2;330;6 ;a doubles;17;;5;;;9;;;;0;;26 ;total aas;85;;48;8;;82;;0;;79;;79 total aas;;101;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;74;88;;223;;;;302;; ;;;variance;120;0;;242;;;;209;; sans jaune;;;moyenne;33;;;144;;;;244;;189 ;;;variance;13;;;90;;;;122;;78 </pre> ====myr blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_blocs|myr blocs]] <pre> myr blocs;;;;;;; CDS;259;159;165;1079;CDS;158;155 5s;107;110;107;110;5s;105;110 23s;150;2884;118;2884;23s;150;2884 gca;88;;88;;gca;88; atc;75;;76;;atc;75; 16s;265;1524;264;1524;16s;266;1524 5s;103;110;106;110;5s;105;110 23s;150;2894;150;2894;23s;150;2894 gca;88;;88;;gca;88; atc;75;;77;;atc;77; 16s;687;1524;1070;1524;16s;77;1524 CDS;;396;;189;aac;90; ;;;;;CDS;;448 ;;;;;;; CDS;1103;181;1072;664;;; 16s;77;1524;74;1524;;; atc;88;;90;;;; gca;150;;118;;;; 23s;106;2884;105;2883;;; 5s;156;110;279;110;;; CDS;;286;;644;;; </pre> ====myr remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_remarques|myr remarques]] *code génétique de myr <pre> myr;;;;;;;101 atgi;2;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;3;tcc;;tac;5;tgc;1 atc;8;acc;1;aac;3;agc;2 ctc;1;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;3;ggc;1 tta;4;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;6;aaa;6;aga;3 cta;2;cca;4;caa;2;cga;1 gta;6;gca;8;gaa;6;gga;6 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2 atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====myr distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_distribution|myr distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2 cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total myr;;16;;;;;;;myr;11;;;;;;;;myr;57;;;;;; </pre> ====myr données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_données_intercalaires|myr données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;myr;fx;fc;myr;fx40;fc40;myr;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 1;0;0;5;13;0;5;13;-1;0;71;273;123;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;1;10;26;435;1;0;66;-2;0;0;208;280;688;;;30;;gta;52;;cgt ;2;20;12;251;2;5;78;-3;0;2;92;115;1071;;;30;;gta;**;;cgt ;0;30;21;130;3;5;61;-4;9;60;146;466;1104;;;30;;gta;22;;tgc 2;2;40;38;83;4;3;56;-5;0;0;144;73;1073;;;42;;gta;22;;tgc 2;0;50;50;69;5;1;29;-6;3;0;81;129;5s 16s;;;**;;gta;22;;tgc ;3;60;47;69;6;1;42;-7;0;10;209;332;266;;;31;;aga;22;;tgc 1;2;70;54;98;7;4;23;-8;0;34;32;113;265;;;7;;cca;**;;tgc 1;4;80;51;80;8;2;32;-9;0;0;40;40;267;;;**;;agc;26;;cac ;5;90;29;96;9;1;25;-10;0;3;75;95;23s 5s;;;90;;ctc;25;;cac 3;3;100;35;88;10;4;23;-11;2;28;16;183;2* 109;;;34;;aaa;24;;cac 1;2;110;22;73;11;1;41;-12;0;0;60;158;105;;;39;;aaa;**;;cac 2;1;120;32;67;12;2;46;-13;1;1;58;47;2* 108;;;48;;aaa;49;;tac 4;1;130;28;42;13;0;19;-14;0;22;93;104;3* 107;;;36;;aaa;51;;tac 1;0;140;22;49;14;1;27;-15;1;0;76;593;5s CDS;;;**;;aaa;44;;tac 1;5;150;28;51;15;2;16;-16;0;2;96;169;259;;;36;;aca;**;;tac 1;0;160;30;30;16;1;19;-17;1;15;544;132;165;;;41;;aca;83;;aga 1;0;170;26;32;17;1;24;-18;1;0;10;66;156;;;42;;aca;**;;aga ;0;180;21;33;18;2;19;-19;0;1;242;-38;279;;;41;;aca;39;;cca 1;1;190;22;29;19;1;21;-20;1;6;90;381;16s tRNA;;;**;;aca;10;;cca ;0;200;20;24;20;1;19;-21;0;0;88;125;3* 80;;atc;40;;gaa;**;;agc ;3;210;19;22;21;0;15;-22;0;0;85;128;81;;atc;37;;gaa;;; ;1;220;12;21;22;4;15;-23;0;7;635;100;3* 82;;atc;38;;gaa;;; ;0;230;17;17;23;0;15;-24;0;0;314;145;79;;atc;38;;gaa;;; ;1;240;19;20;24;0;18;-25;0;1;51;353;tRNA 23s;;;38;;gaa;;; ;1;250;16;15;25;0;14;-26;0;4;186;366;6*151;;gca;**;;gaa;;; ;0;260;14;16;26;2;10;-27;0;0;69;497;2* 119;;gca;20;;acc;;; ;0;270;17;22;27;5;9;-28;0;0;147;43;tRNA 16s;;;30;;tac;;; 1;1;280;9;8;28;4;12;-29;0;3;108;312;90;;aac;**;;aca;;; ;1;290;11;14;29;4;10;-30;0;0;201;39;tRNA tRNA;;intra;37;;gga;;; ;2;300;12;8;30;2;12;-31;0;0;286;99;7* 91;;atc gca;37;;gga;;; ;0;310;12;12;31;4;8;-32;0;1;72;965;93;;atc gca;37;;gga;;; 1;1;320;10;16;32;1;14;-33;0;0;114;;;;;37;;gga;;; ;0;330;10;11;33;3;5;-34;0;3;106;;;;;37;;gga;;; 1;0;340;5;7;34;5;9;-35;0;1;150;;;;;**;;gga;;; ;0;350;4;12;35;2;3;-36;0;0;299;;;;;221;;caa;;; 1;0;360;11;9;36;7;10;-37;0;0;125;;;;;**;;caa;;; 1;0;370;6;6;37;3;8;-38;0;2;235;;;;;373;;aac;;; ;0;380;2;7;38;2;7;-39;0;0;20;;;;;**;;aac;;; 1;0;390;3;5;39;5;13;-40;0;0;294;;;;;151;;gac;;; ;0;400;5;4;40;6;6;-41;0;2;497;;;;;202;;gac;;; 4;4;reste;146;180;reste;877;1362;-42;0;0;61;;;;;**;;gac;;; 32;47;total;979;2274;total;979;2274;-43;0;0;79;;;;;186;;cta;;; 27;43;diagr;828;2081;diagr;97;899;-44;0;1;90;;;;;**;;cta;;; 0;3; t30;59;816;;;;-45;0;0;215;;;;;24;;atgi;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;**;;atgi;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;341;;tta;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;**;;tta;;; ;x;974;20;5;999;;;-49;0;0;;;;;;9;;tta;;; ;c;2261;282;13;2556;;;-50;0;0;;;;;;**;;ggc;;; ;;;;;3555;199;;reste;1;0;;;;;;35;;ttc;;; ;;;;;;3754;;total;20;282;;;;;;26;;ttc;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;ttc;;; </pre> =====myr autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires_aas|myr autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;myr;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;151454;273;comp; ;tRNA;153050;208;comp;tca fin;CDS;153343;;comp; deb;CDS;171836;177;comp; ;regulatory;174323;162;; fin;CDS;174673;;comp; deb;CDS;211346;123;; ;tRNA;212456;30;comp;gta ;tRNA;212561;30;comp;gta ;tRNA;212666;30;comp;gta ;tRNA;212771;42;comp;gta ;tRNA;212888;92;comp;gta fin;CDS;213058;;comp; deb;CDS;294948;146;comp; ;tRNA;295481;31;comp;aga ;tRNA;295586;7;comp;cca ;tRNA;295668;280;comp;agc fin;CDS;296032;;; deb;CDS;327067;115;; ;tRNA;328169;466;comp;aaa deb;CDS;328708;73;; ;tRNA;328940;90;comp;ctc ;tRNA;329112;34;comp;aaa ;tRNA;329219;39;comp;aaa ;tRNA;329331;48;comp;aaa ;tRNA;329452;36;comp;aaa ;tRNA;329561;129;comp;aaa fin;CDS;329763;;; deb;CDS;353908;259;comp; ;rRNA;354644;109;comp;5s ;rRNA;354863;151;comp;23s ;tRNA;357898;91;comp;gca ;tRNA;358063;80;comp;atc ;rRNA;358217;266;comp;16s ;rRNA;360001;105;comp;5s ;rRNA;360216;151;comp;23s ;tRNA;363261;91;comp;gca ;tRNA;363426;80;comp;atc ;rRNA;363580;688;comp;16s fin;CDS;365786;;comp; deb;CDS;407344;144;comp; ;tRNA;408964;36;comp;aca ;tRNA;409074;41;comp;aca ;tRNA;409189;42;comp;aca ;tRNA;409305;41;comp;aca ;tRNA;409420;81;comp;aca fin;CDS;409575;;comp; deb;CDS;539601;209;comp; ;tRNA;542039;32;comp;other fin;CDS;542191;;comp; deb;CDS;550792;40;comp; ;tRNA;551084;40;comp;gaa ;tRNA;551196;37;comp;gaa ;tRNA;551305;38;comp;gaa ;tRNA;551415;38;comp;gaa ;tRNA;551525;38;comp;gaa ;tRNA;551635;75;comp;gaa fin;CDS;551782;;comp; deb;CDS;571079;165;comp; ;rRNA;574481;109;comp;5s ;rRNA;574700;119;comp;23s ;tRNA;577703;91;comp;gca ;tRNA;577868;81;comp;atc ;rRNA;578023;265;comp;16s ;rRNA;579806;108;comp;5s ;rRNA;580024;151;comp;23s ;tRNA;583069;91;comp;gca ;tRNA;583234;82;comp;atc ;rRNA;583390;1071;comp;16s fin;CDS;585979;;comp; deb;CDS;719558;16;comp; ;tRNA;719772;60;comp;tgg deb;CDS;719903;58;comp; ;tRNA;721149;20;comp;acc ;tRNA;721241;30;comp;tac ;tRNA;721352;93;comp;aca fin;CDS;721519;;comp; deb;CDS;781522;76;; ;tRNA;782255;96;;atgf fin;CDS;782424;;; deb;CDS;783008;332;comp; ;tRNA;783784;113;;atgf fin;CDS;783970;;comp; deb;CDS;814859;544;comp; ;tRNA;815826;10;comp;cga fin;CDS;815910;;comp; deb;CDS;868515;40;; ;tRNA;869308;37;comp;gga ;tRNA;869418;37;comp;gga ;tRNA;869528;37;comp;gga ;tRNA;869638;37;comp;gga ;tRNA;869748;37;comp;gga ;tRNA;869858;242;comp;gga fin;CDS;870173;;comp; deb;CDS;887776;96;; ;regulatory;888352;64;; fin;CDS;888516;;; deb;CDS;900643;77;comp; ;regulatory;902862;75;comp; fin;CDS;903026;;comp; deb;CDS;1010425;95;; ;tRNA;1011306;221;comp;caa ;tRNA;1011598;183;comp;caa fin;CDS;1011852;;; deb;CDS;1110980;158;comp; ;tRNA;1112080;47;;ttg fin;CDS;1112207;;comp; deb;CDS;1113809;158;; ;rRNA;1114432;107;comp;5s ;rRNA;1114649;151;comp;23s ;tRNA;1117684;91;comp;gca ;tRNA;1117849;80;comp;atc ;rRNA;1118003;267;comp;16s ;rRNA;1119788;107;comp;5s ;rRNA;1120005;151;comp;23s ;tRNA;1123050;91;comp;gca ;tRNA;1123215;82;comp;atc ;rRNA;1123371;1349;comp;16s ;tRNA;1126238;90;comp;aac fin;CDS;1126402;;comp; deb;CDS;1214932;104;; ;tRNA;1215720;88;comp;tgc fin;CDS;1215879;;comp; deb;CDS;1391184;85;; ;tRNA;1391911;373;;aac ;tRNA;1392358;593;;aac fin;CDS;1393025;;comp; deb;CDS;1597909;635;; ;tRNA;1598862;151;;gac ;tRNA;1599087;202;;gac ;tRNA;1599366;169;;gac fin;CDS;1599612;;comp; deb;CDS;1604664;112;comp; ;regulatory;1606846;57;comp; fin;CDS;1607085;;comp; deb;CDS;1643091;132;comp; ;tRNA;1644612;186;;cta ;tRNA;1644880;314;;cta fin;CDS;1645276;;; deb;CDS;1721814;66;; ;tRNA;1722756;51;comp;tgg fin;CDS;1722878;;comp; deb;CDS;1738209;186;comp; ;tRNA;1739220;24;comp;atgi ;tRNA;1739318;69;comp;atgi fin;CDS;1739464;;comp; deb;CDS;1924596;-38;; ;tRNA;1926121;341;comp;tta ;tRNA;1926548;381;comp;tta fin;CDS;1927015;;; deb;CDS;1928728;125;; ;tRNA;1929840;147;comp;tta deb;CDS;1930073;108;comp; ;tRNA;1930553;9;comp;tta ;tRNA;1930648;201;comp;ggc fin;CDS;1930922;;comp; deb;CDS;1961822;128;comp; ;tRNA;1962700;35;;ttc ;tRNA;1962808;26;;ttc ;tRNA;1962907;100;;ttc fin;CDS;1963080;;comp; deb;CDS;2082191;1104;; ;rRNA;2083838;82;;16s ;tRNA;2085438;91;;atc ;tRNA;2085603;151;;gca ;rRNA;2085828;108;;23s ;rRNA;2088820;156;;5s fin;CDS;2089086;;; deb;CDS;2147912;286;; ;tRNA;2148528;52;;cgt ;tRNA;2148654;72;;cgt fin;CDS;2148800;;; deb;CDS;2207990;114;comp; ;tRNA;2208800;106;comp;atgf deb;CDS;2208979;150;comp; ;tRNA;2209756;145;comp;atgj fin;CDS;2209975;;; deb;CDS;2224025;53;comp; ;ncRNA;2225644;58;comp; fin;CDS;2225810;;comp; deb;CDS;2302059;133;; ;regulatory;2303686;199;; fin;CDS;2304079;;; deb;CDS;2425634;299;comp; ;tRNA;2427196;353;comp;cca fin;CDS;2427624;;; deb;CDS;2434061;125;comp; ;tRNA;2435179;366;comp;atgj fin;CDS;2435619;;; deb;CDS;2505104;88;comp; ;ncRNA;2506290;93;; fin;CDS;2506482;;comp; deb;CDS;2561350;1073;; ;rRNA;2564415;79;;16s ;tRNA;2566012;93;;atc ;tRNA;2566179;119;;gca ;rRNA;2566372;107;;23s ;rRNA;2569362;279;;5s fin;CDS;2569751;;; deb;CDS;2640485;167;comp; ;regulatory;2641078;541;comp; fin;CDS;2641765;;; deb;CDS;2676791;235;comp; ;tRNA;2678856;497;comp;tca fin;CDS;2679438;;; deb;CDS;2729998;20;; ;tRNA;2731143;22;;tgc ;tRNA;2731236;22;;tgc ;tRNA;2731329;22;;tgc ;tRNA;2731422;22;;tgc ;tRNA;2731515;294;;tgc fin;CDS;2731880;;; deb;CDS;2977513;497;comp; ;tRNA;2978418;61;comp;gta fin;CDS;2978554;;comp; deb;CDS;3228192;79;; ;tRNA;3228988;26;;cac ;tRNA;3229088;25;;cac ;tRNA;3229187;24;;cac ;tRNA;3229285;43;;cac fin;CDS;3229402;;comp; deb;CDS;3299472;99;; ;tmRNA;3300558;220;comp; fin;CDS;3301177;;; deb;CDS;3394869;90;comp; ;tRNA;3395184;215;comp;tca fin;CDS;3395484;;comp; deb;CDS;3457542;150;; ;tRNA;3458511;49;;tac ;tRNA;3458644;51;;tac ;tRNA;3458776;44;;tac ;tRNA;3458901;312;;tac fin;CDS;3459294;;comp; deb;CDS;3475368;61;comp; ;regulatory;3476731;337;comp; fin;CDS;3477177;;; deb;CDS;3488568;61;comp; ;regulatory;3489832;337;comp; fin;CDS;3490278;;; deb;CDS;3951958;595;; ;tRNA;3953963;83;;aga ;tRNA;3954120;39;;aga fin;CDS;3954233;;comp; deb;CDS;3975219;99;; ;tRNA;3976305;39;comp;cca ;tRNA;3976419;10;comp;cca ;tRNA;3976504;965;comp;agc fin;CDS;3977553;;; deb;CDS;4054689;76;; ;ncRNA;4055338;275;comp; fin;CDS;4055928;;; </pre> ====myr intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_entre_cds|myr intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> myr;2.2.21 Paris;;Myr 18.1.21;;;;;;;;; myr;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>fréquencez ;'''négatif;302;8.5;'''négatif ;-9;10;-1 à -68;'''4 155 464;-1;302;610;6 ;'''zéro;18;0.5;;;;;'''intercals;0;18;620;2 ;'''1 à 200;2443;68.7;'''0 à 200;67;56;;'''507 186;5;304;630;6 ;'''201 à 370;440;12.4;'''201 à 370;271;47;;'''12.2%;10;157;640;4 ;'''371 à 600;202;5.7;'''371 à 600;470;61;;;15;155;650;2 ;'''601 à max;150;4.2;'''601 à 1353;802;166;;;20;108;660;8 ;'''total 3555;<201;77.7;'''total 3549;139;188;-68 à 1353;;25;81;670;5 adresse;intercalx;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>eréquence-1;30;70;680;3 1253774;2764;-1;302;-70;0;;0;18;35;54;690;3 4076145;2069;0;18;-60;1;;-1;°71;40;67;700;2 3818684;1978;1;66;-50;0;;-2;0;45;52;710;10 3657182;1824;2;°83;-40;5;;-3;2;50;67;720;4 4012754;1661;3;66;-30;7;'''min à -1;-4;°69;55;67;730;2 3629577;1544;4;59;-20;22;302;-5;0;60;49;740;10 2952529;1353;5;30;-10;78;8.5%;-6;3;65;78;750;2 3023352;1312;6;°43;0;207;;-7;10;70;74;760;6 3091776;1283;7;27;10;461;;-8;°34;75;64;770;4 3063256;1274;8;34;20;263;;-9;0;80;67;780;5 792903;1218;9;26;30;151;;-10;3;85;56;790;4 128855;1210;10;27;40;121;'''1 à 100;-11;°30;90;69;800;5 1814854;1180;11;42;50;119;1762;-12;0;95;73;810;3 2893024;1157;12;°48;60;116;49.6%;-13;2;100;50;820;2 3791894;1149;13;19;70;152;;-14;°22;105;50;830;2 1764716;1121;14;28;80;131;;-15;1;110;45;840;3 3858117;1092;15;18;90;125;;-16;2;115;55;850;1 2631119;1079;16;20;100;123;;-17;°16;120;44;860;1 3204160;1074;17;°25;110;95;;-18;1;125;38;870;0 3970791;1045;18;21;120;99;;-19;1;130;32;880;1 638891;1022;19;22;130;70;;-20;°7;135;37;890;3 3392036;1020;20;20;140;71;;-21;0;140;34;900;1 3864400;1007;21;15;150;79;;-22;0;145;40;910;3 1410445;1003;22;°19;160;60;;-23;°7;150;39;920;2 3966467;1001;23;15;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;2 180046;997;24;18;180;54;2443;-25;1;160;24;940;1 226066;997;25;°14;190;51;69%;-26;°4;165;38;950;0 102898;986;26;12;200;44;;-27;0;170;20;960;2 1232294;981;27;14;210;41;;-28;0;175;25;970;0 66244;978;28;°16;220;33;;-29;°3;180;29;980;1 1851963;956;29;14;230;34;;-30;0;185;24;990;2 2836755;953;30;14;240;39;;-31;0;190;27;1000;2 3339204;937;31;12;250;31;;-32;1;195;23;1010;3 485591;928;32;°15;260;30;;;308;200;21;1020;1 1163082;925;33;8;270;39;;reste;12;205;21;1030;1 2704567;918;34;14;280;17;;total;320;210;20;1040;0 1624776;912;35;5;290;25;;;;215;19;1050;1 1989125;909;36;°17;300;20;;intercal;<u>fréquencef;220;14;1060;0 2763942;909;37;11;310;24;;600;3405;225;17;1070;0 3941959;907;38;9;320;26;;650;20;230;17;1080;2 3569216;896;39;°18;330;21;;700;21;235;16;1090;0 3279840;890;40;12;340;12;'''201 à 370;750;28;240;23;1100;1 3713046;890;reste;2239;350;16;440;800;24;245;16;1110;0 1258251;888;total;3555;360;20;12%;850;11;250;15;1120;0 3954233;874;;;370;12;;900;6;255;14;1130;1 248335;860;;;380;9;;950;8;260;16;1140;0 ;;;;390;8;;1000;7;265;17;1150;1 ;;;;400;9;;1050;6;270;22;1160;1 adresse;intercaln;décalage;long;410;15;;1100;3;275;14;1170;0 849554;-68;comp;;420;12;;1150;2;280;3;1180;1 3465496;-47;shift2;473;430;11;;1200;2;285;14;1190;0 3335648;-46;shift2;705;440;9;;1250;2;290;11;1200;0 1686663;-44;shift2;464;450;18;;1300;2;295;11;reste;12 626279;-41;;;460;9;;1350;1;300;9;total;150 3285379;-41;;;470;14;;1400;1;305;18;; 569581;-38;;;480;10;;1450;0;310;6;; 3645168;-38;;;490;11;;1500;0;315;11;; 3007311;-35;;;500;5;;1550;1;320;15;; 890595;-34;;;510;9;;1600;0;325;10;; 1138331;-34;;;520;5;;1650;0;330;11;; 1639425;-34;;;530;9;;1700;1;335;4;; 1509236;-32;;;540;3;'''371 à 600;;146;340;8;; 2356195;-29;;;550;7;202;;;345;11;; 2927121;-29;;;560;6;5.7%;;;350;5;; 3218460;-29;;;570;7;;;;355;11;; 74410;-26;;;580;4;'''601 à max;;;360;9;; 1241101;-26;;;590;6;150;;;365;6;; 1964711;-26;;;600;6;4.2%;;;370;6;; 3675717;-26;;;reste;150;;reste;4;reste;352;; 424302;-25;;;total;3555;;toal;3555;toal;3555;; </pre> ====myr intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> myr. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; myr;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;33;-213;270;32;708;215;max70;&-94;717;-1739;143;742;254;min50 31 à 400;;;;;;;;&7.8;-12;-192;52;897;51;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-7;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;112;48;-;640;poly;68;tm;&215;69;;452;poly;290;SF 31 à 400;;;;;;;;&117;42;-;811;poly;86;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.078;;;;; 41-n;0.872;0.649;0.764;;;;;;;;;;;; 1-n;0.323;-0.143;0.041;;;;;;;;;;14.8.21 paris;; myr;fx;fc;;myr;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;myr;Sx-;Sc- 0;5;13;;0;6;6;;0;5;13;>0;974;-1;0;71 10;26;435;;10;31;209;;1;0;66;<0;20;-2;0;0 20;12;251;;20;14;121;;2;5;78;zéro;5;-3;0;2 30;21;130;;30;25;62;;3;5;61;total;999;-4;9;60 40;38;83;;40;46;40;;4;3;56;;c;-5;0;0 50;50;69;;50;60;33;;5;1;29;>0;2261;-6;3;0 60;47;69;;60;57;33;;6;1;42;<0;282;-7;0;10 70;54;98;;70;65;47;;7;4;23;zéro;13;-8;0;34 80;51;80;;80;62;38;;8;2;32;total;2556;-9;0;0 90;29;96;;90;35;46;;9;1;25;;;-10;0;3 100;35;88;;100;42;42;;10;4;23;;;-11;2;28 110;22;73;;110;27;35;;11;1;41;;;-12;0;0 120;32;67;;120;39;32;;12;2;46;;;-13;1;1 130;28;42;;130;34;20;;13;0;19;;;-14;0;22 140;22;49;;140;27;24;;14;1;27;;;-15;1;0 150;28;51;;150;34;25;;15;2;16;;;-16;0;2 160;30;30;;160;36;14;;16;1;19;;;-17;1;15 170;26;32;;170;31;15;;17;1;24;;;-18;1;0 180;21;33;;180;25;16;;18;2;19;;;-19;0;1 190;22;29;;190;27;14;;19;1;21;;;-20;1;6 200;20;24;;200;24;12;;20;1;19;;;-21;0;0 210;19;22;;210;23;11;;21;0;15;;;-22;0;0 220;12;21;;220;14;10;;22;4;15;;;-23;0;7 230;17;17;;230;21;8;;23;0;15;;;-24;0;0 240;19;20;;240;23;10;;24;0;18;;;-25;0;1 250;16;15;;250;19;7;;25;0;14;;;-26;0;4 260;14;16;;260;17;8;;26;2;10;;;-27;0;0 270;17;22;;270;21;11;;27;5;9;;;-28;0;0 280;9;8;;280;11;4;;28;4;12;;;-29;0;3 290;11;14;;290;13;7;;29;4;10;;;-30;0;0 300;12;8;;300;14;4;;30;2;12;;;-31;0;0 310;12;12;;310;14;6;;31;4;8;;;-32;0;1 320;10;16;;320;12;8;;32;1;14;;;-33;0;0 330;10;11;;330;12;5;;33;3;5;;;-34;0;3 340;5;7;;340;6;3;;34;5;9;;;-35;0;1 350;4;12;;350;5;6;;35;2;3;;;-36;0;0 360;11;9;;360;13;4;;36;7;10;;;-37;0;0 370;6;6;;370;7;3;;37;3;8;;;-38;0;2 380;2;7;;380;2;3;;38;2;7;;;-39;0;0 390;3;5;;390;4;2;;39;5;13;;;-40;0;0 400;5;4;;400;6;2;;40;6;6;;;-41;0;2 reste;146;180;;;;;;reste;877;1362;;;-42;0;0 total;979;2274;;t30;71;392;;total;979;2274;;;-43;0;0 diagr;828;2081;;t60;234;498;;diagr;97;899;;;-44;0;1 - t30;769;1265;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;634;1044;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;1;0 ;;;;;;;;;;;;;total;20;282 </pre> ====myr intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_négatifs_S-|myr intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;9;;3;;;;;2;;1;;1;;1;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;20 continu;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;9;0;3;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;20 ;Sc-;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282 </pre> ====myr autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires|myr autres intercalaires]] <pre> myr1 ;adresse1;;;;;myr2 ;adresse2;;;;;myr3;adresse3;;; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;151454;273;comp;;deb;°CDS;814859;544;comp;;deb;°CDS;2147912;286; ;&tRNA;153050;208;comp;;;&tRNA;815826;10;comp;;;&tRNA;2148528;52; fin;°CDS;153343;;comp;;fin;°CDS;815910;;comp;;;&tRNA;2148654;72; deb;°CDS;171836;177;comp;;deb;°CDS;868515;40;;;fin;°CDS;2148800;; ;regulatory;174323;162;;;;&tRNA;869308;37;comp;;deb;°CDS;2207990;114;comp fin;°CDS;174673;;comp;;;&tRNA;869418;37;comp;;;&tRNA;2208800;106;comp deb;°CDS;211346;123;;;;&tRNA;869528;37;comp;;deb;°CDS;2208979;150;comp ;&tRNA;212456;30;comp;;;&tRNA;869638;37;comp;;;&tRNA;2209756;145;comp ;&tRNA;212561;30;comp;;;&tRNA;869748;37;comp;;fin;°CDS;2209975;; ;&tRNA;212666;30;comp;;;&tRNA;869858;242;comp;;deb;°CDS;2224025;53;comp ;&tRNA;212771;42;comp;;fin;°CDS;870173;;comp;;;ncRNA;2225644;58;comp ;&tRNA;212888;92;comp;;deb;°CDS;887776;96;;;fin;°CDS;2225810;;comp fin;°CDS;213058;;comp;;;regulatory;888352;64;;;deb;°CDS;2302059;133; deb;°CDS;294948;146;comp;;fin;°CDS;888516;;;;;regulatory;2303686;199; ;&tRNA;295481;31;comp;;deb;°CDS;900643;77;comp;;fin;°CDS;2304079;; ;&tRNA;295586;7;comp;;;regulatory;902862;75;comp;;deb;°CDS;2425634;299;comp ;&tRNA;295668;280;comp;;fin;°CDS;903026;;comp;;;&tRNA;2427196;353;comp fin;°CDS;296032;;;;deb;°CDS;1010425;95;;;fin;°CDS;2427624;; deb;°CDS;327067;115;;;;&tRNA;1011306;221;comp;;deb;°CDS;2434061;125;comp ;&tRNA;328169;466;comp;;;&tRNA;1011598;183;comp;;;&tRNA;2435179;366;comp deb;°CDS;328708;73;;;fin;°CDS;1011852;;;;fin;°CDS;2435619;; ;&tRNA;328940;90;comp;;deb;°CDS;1110980;158;comp;;deb;°CDS;2505104;88;comp ;&tRNA;329112;34;comp;;;&tRNA;1112080;47;;;;ncRNA;2506290;93; ;&tRNA;329219;39;comp;;fin;°CDS;1112207;;comp;;fin;°CDS;2506482;;comp ;&tRNA;329331;48;comp;;deb;°CDS;1113809;158;;;deb;°CDS;2561350;1073; ;&tRNA;329452;36;comp;;;$rRNA;1114432;107;comp;;;$rRNA;2564415;79; ;&tRNA;329561;129;comp;;;$rRNA;1114649;151;comp;;;&tRNA;2566012;93; fin;°CDS;329763;;;;;&tRNA;1117684;91;comp;;;&tRNA;2566179;119; deb;°CDS;353908;259;comp;;;&tRNA;1117849;80;comp;;;$rRNA;2566372;107; ;$rRNA;354644;109;comp;;;$rRNA;1118003;267;comp;;;$rRNA;2569362;279; ;$rRNA;354863;151;comp;;;$rRNA;1119788;107;comp;;fin;°CDS;2569751;; ;&tRNA;357898;91;comp;;;$rRNA;1120005;151;comp;;deb;°CDS;2640485;167;comp ;&tRNA;358063;80;comp;;;&tRNA;1123050;91;comp;;;regulatory;2641078;541;comp ;$rRNA;358217;266;comp;;;&tRNA;1123215;82;comp;;fin;°CDS;2641765;; 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fin;°CDS;542191;;comp;;deb;°CDS;1604664;112;comp;;;&tRNA;3229088;25; deb;°CDS;550792;40;comp;;;regulatory;1606846;57;comp;;;&tRNA;3229187;24; ;&tRNA;551084;40;comp;;fin;°CDS;1607085;;comp;;;&tRNA;3229285;43; ;&tRNA;551196;37;comp;;deb;°CDS;1643091;132;comp;;fin;°CDS;3229402;;comp ;&tRNA;551305;38;comp;;;&tRNA;1644612;186;;;deb;°CDS;3299472;99; ;&tRNA;551415;38;comp;;;&tRNA;1644880;314;;;;tmRNA;3300558;220;comp ;&tRNA;551525;38;comp;;fin;°CDS;1645276;;;;fin;°CDS;3301177;; ;&tRNA;551635;75;comp;;deb;°CDS;1721814;66;;;deb;°CDS;3394869;90;comp fin;°CDS;551782;;comp;;;&tRNA;1722756;51;comp;;;&tRNA;3395184;215;comp deb;°CDS;571079;165;comp;;fin;°CDS;1722878;;comp;;fin;°CDS;3395484;;comp ;$rRNA;574481;109;comp;;deb;°CDS;1738209;186;comp;;deb;°CDS;3457542;150; ;$rRNA;574700;119;comp;;;&tRNA;1739220;24;comp;;;&tRNA;3458511;49; ;&tRNA;577703;91;comp;;;&tRNA;1739318;69;comp;;;&tRNA;3458644;51; ;&tRNA;577868;81;comp;;fin;°CDS;1739464;;comp;;;&tRNA;3458776;44; ;$rRNA;578023;265;comp;;deb;°CDS;1924596;-38;;;;&tRNA;3458901;312; 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deb;°CDS;783008;332;comp;;;&tRNA;2085438;91;;;deb;°CDS;4054689;76; ;&tRNA;783784;113;;;;&tRNA;2085603;151;;;;ncRNA;4055338;275;comp fin;°CDS;783970;;comp;;;$rRNA;2085828;108;;;fin;°CDS;4055928;; ;;;;;;;$rRNA;2088820;156;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;2089086;;;;;;;; </pre> ====myr intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_tRNA|myr intercalaires tRNA]] <pre> myr intercalaires tRNA;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;;;; ;;;;;;;deb;fin;continu;cumuls ;;;273;;208;;;;; ;30*3 42;comp’;123;;92;;16;10;'''deb; ;31 7;;146;comp’;280;;20;32;<201;18 ;;comp’;115;comp’;466;;40;51;total;26 ;90 34 39 48 36;comp’;73;comp’;129;;54;60;%;69% ;36 41 42 41;;144;;81;;58;61;; ;;;209;;32;;76;69;'''fin; ;40 37 38*3;;40;;75;;79;72;<201;15 ;;;16;;60;;85;75;total;22 ;20 30;;58;;93;;90;81;%;68% ;;;76;;96;;90;88;; ;;comp’;332;comp’;113;;108;92;'''total; ;;;54;;10;;114;93;<201;33 ;37*5;comp’;40;;242;;125;96;total;48 ;221;comp’;95;comp’;183;;144;106;%;69% ;;comp’;158;comp’;47;;146;147;; ;;;;comp’;90;;150;201;; ;;comp’;104;;88;;150;208;; ;373;;85;comp’;593;;186;215;; ;151 202;;635;comp’;169;;209;220;; ;186;comp’;132;;314;;235;242;; ;;comp’;66;;51;;273;294;; ;24;;186;;69;;286;314;; ;341;comp’;-38;comp’;381;;299;-;; ;;comp’;125;;147;;497;-;; ;9;;108;;201;;595;-;; ;35 26;comp’;128;comp’;100;;635;-;'''comp’;'''cumuls ;52;;286;;72;;'''-38;39;'''deb; ;;;114;;106;;40;43;<201;12 ;;;150;comp’;145;;66;47;total;13 ;;;299;comp’;353;;73;90;%;92% ;;;125;comp’;366;;95;100;; ;;;235;comp’;497;;104;113;'''fin; ;22*4;;20;;294;;115;129;<201;10 ;;;497;;61;;123;145;total;18 ;26 25 24;;79;comp’;43;;125;169;%;56% ;;;90;;220;;128;183;; ;;;90;;215;;132;280;'''total; ;49 51 44;;150;comp’;312;;158;312;<201;22 ;83;;595;comp’;39;;332;353;total;31 ;;;;;;;_;366;%;71% ;;;;;;;_;381;; ;;;;;;;_;466;; ;;;;;;;_;497;; ;;;;;;;_;593;; ;;deb;fin;total;;;;;; ;<201;30;25;55;;;;;; ;total;39;40;79;;;;;; ;taux;77%;63%;70%;;;;;; </pre> ===fps=== ====fps opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_opérons|fps opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Flav_psyc_JIP02_86/flavPsyc-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009613.3;fps;;genome;;;;;;;; 32.4%GC;14.8.19 Paris;16s 6;49;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Flavobacterium psychrophilum JIP02/86;;;;;;;;;;; ;3517..4200;;CDS;;43;43;;;228;; comp;4244..4317;;tgc;;104;104;;;;; comp;4422..4781;;CDS;;;;;;120;; ;;;;;;;;;;; ;113561..114154;;CDS;;107;107;;;198;; comp;114262..114335;;aac;;147;147;;;;; comp;114483..115817;;CDS;;;;;;445;; ;;;;;;;;;;; comp;190346..191287;;CDS;;175;175;;;314;; ;191463..191545;;ttg;@1;290;;*290;;;; comp;191836..191920;;cta;;132;132;;;;; ;192053..193441;;CDS;;;;;;463;; ;;;;;;;;;;; comp;295744..295950;;CDS;;179;179;;;69;; comp;296130..296203;;atgi;;86;86;;;;; comp;296290..296694;;CDS;;;;;;135;; ;;;;;;;;;;; comp;318122..319414;;CDS;;896;*896;;;431;; comp;320311..320387;;gac;;86;86;;;;; comp;320474..321400;;CDS;;;;;;309;; ;;;;;;;;;;; comp;371118..374348;;CDS;;154;154;;;1077;; ;374503..374576;;caa;;47;47;;;;; comp;374624..375631;;CDS;;;;;;336;; ;;;;;;;;;;; comp;464114..466717;;CDS;;125;125;;;868;; 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;;;;;;;;;;; ;852715..853170;;CDS;;128;128;;;152;; comp;853299..853375;;cac;;75;75;;;;; comp;853451..854167;;CDS;;;;;;239;; ;;;;;;;;;;; ;897041..897184;;CDS;;75;75;;;48;; ;897260..897336;;cgt;;46;46;;;;; ;897383..897955;;CDS;;;;;;191;; ;;;;;;;;;;; comp;982868..984043;;CDS;;254;254;;;392;; ;984298..984384;;agc;;15;;15;;;; ;984400..984477;;cca;;30;;30;;;; ;984508..984584;;aga;;93;93;;;;; ;984678..985880;;CDS;;;;;;401;; ;;;;;;;;;;; comp;1110660..1112606;;CDS;;1082;*1082;;;649;; ;1113689..1115188;;16s;;110;;;;1500;; ;1115299..1115375;;atc;;158;;;158;;; ;1115534..1115610;;gca;;213;;;;;; ;1115824..1118708;;23s;;156;;;;2885;; ;1118865..1118970;;5s;;282;282;;;106;; comp;1119253..1120218;;CDS;;;;;;322;; ;;;;;;;;;;; comp;1123344..1124324;;CDS;;-981;*-981;;;327;; comp;1123344..1124324;;rpr;@2;191;191;;;981;; comp;1124516..1124698;;rpr;;20;20;;;183;; comp;1124719..1124862;;rpr;;289;289;;;144;; comp;1125152..1125229;;gta;;82;82;;;;; comp;1125312..1125686;;CDS;;;;;;125;; ;;;;;;;;;;; ;1285199..1285477;;CDS;;148;148;;;93;; ;1285626..1285710;;tac;;473;*473;;;;; ;1286184..1286810;;CDS;;;;;;209;; ;;;;;;;;;;; ;1309373..1310833;;CDS;;1079;*1079;;;487;; comp;1311913..1312018;;5s;;156;;;;106;; comp;1312175..1315059;;23s;;213;;;;2885;; comp;1315273..1315349;;gca;;158;;;158;;; comp;1315508..1315584;;atc;;110;;;;;; comp;1315695..1317194;;16s;;1276;*1276;;;1500;; ;1318471..1319160;;CDS;;;;;;230;; ;;;;;;;;;;; comp;1395138..1395728;;CDS;;73;73;;;197;; comp;1395802..1396536;;rpr;;93;93;;;735;; comp;1396630..1397052;;rpr;;248;248;;;423;; comp;1397301..1397388;;tca;;135;135;;;;; comp;1397524..1398660;;CDS;;;;;;379;; ;;;;;;;;;;; comp;1622342..1622755;;CDS;;100;100;;;138;; comp;1622856..1622929;;aca;;79;79;;;;; comp;1623009..1623275;;CDS;;;;;;89;; ;;;;;;;;;;; comp;1815453..1816334;;CDS;;239;239;;;294;; ;1816574..1816649;;atgf;+;31;;31;;;; ;1816681..1816756;;atgf;2 atgf;591;*591;;;;; ;1817348..1817794;;CDS;;;;;;149;; ;;;;;;;;;;; ;1859580..1860149;;CDS;;305;305;;;190;; comp;1860455..1860531;;atgj;;143;143;;;;; ;1860675..1861067;;CDS;;;;;;131;; ;;;;;;;;;;; comp;1904719..1905537;;CDS;;26;26;;;273;; comp;1905564..1905637;;cga;;70;70;;;;; comp;1905708..1906157;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; ;1995546..1996253;;CDS;;35;35;;;236;; comp;1996289..1996361;;gga;;281;281;;;;; ;1996643..1997074;;CDS;;;;;;144;; ;;;;;;;;;;; ;2088032..2088418;;CDS;;105;105;;;129;; ;2088524..2089369;;rpr;;116;;;;846;; comp;2089486..2089591;;5s;;156;;;;106;; comp;2089748..2092632;;23s;;213;;;;2885;; comp;2092846..2092922;;gca;;158;;;158;;; comp;2093081..2093157;;atc;;110;;;;;; comp;2093268..2094767;;16s;;1570;*1570;;;1500;; comp;2096338..2099241;;CDS;;;;;;968;; ;;;;;;;;;;; ;2182840..2185440;;CDS;;138;138;;;867;; ;2185579..2185654;;ggc;;40;;40;;;; ;2185695..2185782;;tta;;93;93;;;;; comp;2185876..2190132;;CDS;;;;;;1419;; ;;;;;;;;;;; comp;2295987..2296184;;CDS;;14;14;;;66;; comp;2296199..2296272;;tgg;;61;61;;;;; comp;2296334..2297521;;CDS;;55;55;;;396;; comp;2297577..2297651;;acc;;83;;*83;;;; comp;2297735..2297818;;tac;;138;;*138;;;; comp;2297957..2298033;;aca;;90;90;;;;; comp;2298124..2298426;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; ;2506720..2507055;;CDS;;288;288;;;112;; comp;2507344..2507449;;5s;;156;;;;106;; comp;2507606..2510490;;23s;;213;;;;2885;; comp;2510704..2510780;;gca;;158;;;158;;; comp;2510939..2511015;;atc;;110;;;;;; comp;2511126..2512625;;16s;;1010;*1010;;;1500;; comp;2513636..2514889;;CDS;;;;;;418;; ;;;;;;;;;;; ;2632307..2633335;;CDS;;53;53;;;343;; ;2633389..2633476;;tcc;;246;246;;;;; ;2633723..2634982;;CDS;;;;;;420;; ;;;;;;;;;;; comp;2752993..2753322;;CDS;;64;64;;;110;; ;2753387..2753463;;gcc;;105;105;;;;; comp;2753569..2757033;;CDS;;;;;;1155;; ;;;;;;;;;;; comp;2800796..2801521;;CDS;;98;98;;;242;; ;2801620..2801695;;ttc;;299;299;;;;; comp;2801995..2802723;;gene;@3;406;*406;;;243;; comp;2803130..2803444;;CDS;;;;;;105;; </pre> ====fps cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_cumuls|fps cumuls]] <pre> fps cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;6;1;0;;1;1;1;;100;6;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;1;;50;7;20;;200;19;60;1 ;16 atc gca;6;40;6;;100;20;40;;300;12;90;4 ;16 23 5s a;0;60;0;;150;13;60;;400;10;120;6 ;max a;2;80;0;;200;6;80;;500;10;150;8 ;a doubles;0;100;1;;250;5;100;;600;1;180;2 ;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;1;210;5 ;total aas;12;140;1;;350;2;140;;800;0;240;5 sans ;opérons;26;160;0;6;400;0;160;;900;2;270;4 ;1 aa;19;180;0;;450;1;180;;1000;1;300;2 ;max a;3;200;0;;500;1;200;;1100;1;330;4 ;a doubles;3;;1;;;10;;;;2;;24 ;total aas;37;;10;6;;72;;0;;65;;65 total aas;;49;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;72;158;;257;;;;333;; ;;;variance;85;0;;374;;;;276;; sans jaune;;;moyenne;30;;;135;;;;246;;181 ;;;variance;9;;;82;;;;126;;78 </pre> ====fps blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_blocs|fps blocs]] <pre> fps blocs;;;;;; CDS;1042;226;1149;84;1082;649 16s;110;1500;110;1500;110;1500 atc;158;;158;;158; gca;213;;213;;213; 23s;156;2885;156;2885;156;2885 5s;204;106;931;106;282;106 CDS;;251;;599;;322 ;;;;;; ;;;105;129;; CDS;1079;487;116;846;288;112 5s;156;106;156;106;156;106 23s;213;2885;213;2885;213;2885 gca;158;;158;;158; atc;110;;110;;110; 16s;1276;1500;1570;1500;1010;1500 CDS;;230;;968;;418 </pre> ====fps remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_remarques|fps remarques]] *code génétique fps <pre> fps;;;;;;;49 atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;6;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;6;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====fps données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_données_intercalaires|fps données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;fps;fx;fc;fps;fx40;fc40;fps;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;7;12;0;7;12;-1;0;60;104;46;16s tRNA;; ;0;10;18;323;1;0;60;-2;1;0;147;107;6* 105;;atc ;1;20;9;108;2;5;50;-3;0;0;86;175;tRNA 23s;; ;1;30;17;53;3;2;38;-4;22;46;899;132;6* 214;;gca 1;0;40;13;77;4;0;29;-5;0;0;86;133;tRNA tRNA;;intra 2;1;50;11;76;5;1;33;-6;2;0;128;151;6* 161;;atc gca ;2;60;23;65;6;2;31;-7;0;3;91;50;tRNA tRNA;; 1;2;70;16;67;7;2;17;-8;0;28;165;163;-;296;ttg ;3;80;25;79;8;2;16;-9;3;0;81;312;**;;cta ;5;90;24;72;9;1;18;-10;0;3;75;128;43;;ctc 2;2;100;32;56;10;3;31;-11;2;17;75;210;26;;aaa 2;1;110;29;50;11;2;14;-12;2;0;49;131;**;;aaa ;0;120;14;46;12;3;14;-13;1;3;96;254;31;;gaa 1;1;130;19;31;13;0;11;-14;1;14;456;239;**;;gaa 3;2;140;13;28;14;1;11;-15;0;0;82;308;15;;agc 1;2;150;15;35;15;1;15;-16;0;1;148;143;33;;cca 1;0;160;16;37;16;0;6;-17;1;10;476;35;**;;aga 1;1;170;20;34;17;0;14;-18;1;0;248;281;34;;atgf 1;0;180;13;23;18;1;7;-19;1;2;135;96;**;;atgf ;0;190;13;25;19;1;5;-20;1;3;259;64;43;;ggc ;0;200;13;13;20;0;11;-21;0;0;79;108;**;;tta 1;0;210;7;19;21;2;4;-22;0;0;594;98;86;;acc ;0;220;6;12;22;6;8;-23;0;4;26;302;141;;tac ;0;230;12;19;23;0;5;-24;0;0;70;;**;;aca 1;0;240;5;17;24;1;9;-25;0;0;138;;;; ;2;250;8;17;25;2;3;-26;0;4;17;;;; 1;1;260;7;9;26;2;9;-27;1;0;61;;;; ;0;270;5;14;27;0;4;-28;0;1;58;;;; ;0;280;6;14;28;0;2;-29;1;1;90;;;; 1;0;290;6;12;29;1;2;-30;1;0;53;;;; ;0;300;10;13;30;3;7;-31;0;1;249;;;; 2;0;310;8;12;31;1;10;-32;0;1;CDS 16s;;;; 1;0;320;9;10;32;0;11;-33;0;0;1035;1075;;; ;0;330;10;12;33;0;9;-34;1;0;1142;1269;;; ;0;340;5;10;34;2;5;-35;0;2;1563;;;; ;0;350;4;5;35;1;5;-36;0;0;1003;;;; ;0;360;1;7;36;4;6;-37;0;0;23s 5s;;;; ;0;370;3;3;37;0;1;-38;0;0;6* 154;;;; ;0;380;5;4;38;3;5;-39;0;0;5s CDS;;;; ;0;390;5;3;39;0;8;-40;0;1;202;268;;; ;0;400;3;2;40;2;17;-41;0;0;;280;;; ;4;reste;74;101;reste;495;1052;-42;0;0;;268;;; 23;31;total;559;1625;total;559;1625;-43;0;0;;114;;; 23;27;diagr;478;1512;diagr;57;561;-44;0;0;;286;;; 0;2; t30;44;484;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;552;42;7;601;;;-49;0;0;;;;; ;c;1613;209;12;1834;;;-50;0;1;;;;; ;;;;;2435;115;;reste;0;3;;;;; ;;;;;;2550;;total;42;209;;;;; </pre> =====fps autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_autres_intercalaires_aas|fps autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;fps;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;3517;4200;46;*; ;comp;tRNA;4247;4317;104;*;tga fin;comp;CDS;4422;4781;;0; deb;;CDS;113561;114154;107;*; ;comp;tRNA;114262;114335;147;*;aac fin;comp;CDS;114483;115817;;; deb;comp;CDS;190346;191287;175;*; ;;tRNA;191463;191542;296;*;ttg ;comp;tRNA;191839;191920;132;*;cta fin;;CDS;192053;193441;;; deb;;CDS;295793;295996;133;*; ;comp;tRNA;296130;296203;86;*;atgi fin;comp;CDS;296290;296694;;0; deb;comp;CDS;318122;319414;899;*; ;comp;tRNA;320314;320387;86;*;gac fin;comp;CDS;320474;321400;;; deb;comp;CDS;371118;374351;151;*; ;;tRNA;374503;374573;50;*;caa fin;comp;CDS;374624;375631;;0; deb;comp;CDS;431782;433344;51;*; ;comp;ncRNA;433396;433502;51;*; fin;comp;CDS;433554;433847;;; deb;comp;CDS;464114;466717;128;*; ;comp;tRNA;466846;466920;163;*;cca fin;;CDS;467084;468346;;0; deb;;CDS;507944;508621;1035;*; ;;rRNA;509657;511168;105;*;1512 ;;tRNA;511274;511347;161;*;atc ;;tRNA;511509;511582;214;*;gca ;;rRNA;511797;514683;154;*;2887 ;;rRNA;514838;514947;202;*;110 fin;;CDS;515150;515902;;; deb;;CDS;586281;586805;94;*; ;;regulatory;586900;587164;29;*; fin;;CDS;587194;589056;;; deb;;CDS;596537;597679;312;*; ;comp;tRNA;597992;598074;43;*;ctc ;comp;tRNA;598118;598190;26;*;aaa ;comp;tRNA;598217;598289;128;*;aaa fin;;CDS;598418;598936;;1; deb;;CDS;642117;643595;91;*; ;;tRNA;643687;643758;31;*;gaa ;;tRNA;643790;643861;165;*;gaa deb;;CDS;644027;644278;1142;*; ;;rRNA;645421;646932;105;*;1512 ;;tRNA;647038;647111;161;*;atc ;;tRNA;647273;647346;214;*;gca ;;rRNA;647561;650447;154;*;2887 ;;rRNA;650602;650711;268;*;110 fin;comp;CDS;650980;651266;;0; deb;;CDS;659297;660505;37;*; ;;tmRNA;660543;660939;63;*; fin;comp;CDS;661003;661833;;; deb;;CDS;726614;727399;210;*; ;comp;tRNA;727610;727684;81;*;gta fin;comp;CDS;727766;728980;;0; deb;;CDS;852715;853170;131;*; ;comp;tRNA;853302;853375;75;*;cac fin;comp;CDS;853451;854167;;0; deb;;CDS;897041;897184;75;*; ;;tRNA;897260;897333;49;*;cgt fin;;CDS;897383;897955;;0; deb;comp;CDS;982868;984043;254;*; ;;tRNA;984298;984384;15;*;agc ;;tRNA;984400;984474;33;*;cca ;;tRNA;984508;984581;96;*;aga fin;;CDS;984678;985880;;1; deb;comp;CDS;1110660;1112606;1075;*; ;;rRNA;1113682;1115193;105;*;1512 ;;tRNA;1115299;1115372;161;*;atc ;;tRNA;1115534;1115607;214;*;gca ;;rRNA;1115822;1118708;154;*;2887 ;;rRNA;1118863;1118972;280;*;110 fin;comp;CDS;1119253;1120218;;; deb;comp;CDS;1124516;1124698;456;*; ;comp;tRNA;1125155;1125229;82;*;gta fin;comp;CDS;1125312;1125686;;; deb;comp;CDS;1141104;1142156;88;*; ;;ncRNA;1142245;1142342;13;*; fin;;CDS;1142356;1142553;;; deb;;CDS;1285061;1285477;148;*; ;;tRNA;1285626;1285707;476;*;tac fin;;CDS;1286184;1286810;;; deb;;CDS;1311356;1311642;268;*; ;comp;rRNA;1311911;1312020;154;*;110 ;comp;rRNA;1312175;1315061;214;*;2887 ;comp;tRNA;1315276;1315349;161;*;gca ;comp;tRNA;1315511;1315584;105;*;atc ;comp;rRNA;1315690;1317201;1269;*;1512 deb;;CDS;1318471;1319160;0;*; ;comp;ncRNA;1319161;1319480;341;*; fin;;CDS;1319822;1323886;;; deb;;CDS;1325084;1325431;419;*; ;;repeat_region;1325851;1326881;279;*; fin;comp;CDS;1327161;1328027;;0; deb;comp;CDS;1395802;1397052;248;*; ;comp;tRNA;1397301;1397388;135;*;tca fin;comp;CDS;1397524;1398660;;; deb;comp;CDS;1622342;1622596;259;*; ;comp;tRNA;1622856;1622929;79;*;aca fin;comp;CDS;1623009;1623275;;; deb;comp;CDS;1815453;1816334;239;*; ;;tRNA;1816574;1816646;34;*;atgf ;;tRNA;1816681;1816753;594;*;atgf fin;;CDS;1817348;1817794;;; deb;;CDS;1859580;1860149;308;*; ;comp;tRNA;1860458;1860531;143;*;atgj fin;;CDS;1860675;1861067;;; deb;comp;CDS;1904719;1905537;26;*; ;comp;tRNA;1905564;1905637;70;*;cga fin;comp;CDS;1905708;1906157;;; deb;;CDS;1995546;1996253;35;*; ;comp;tRNA;1996289;1996361;281;*;gga fin;;CDS;1996643;1997074;;; deb;;CDS;2088524;2089369;114;*; ;comp;rRNA;2089484;2089593;154;*;110 ;comp;rRNA;2089748;2092634;214;*;2887 ;comp;tRNA;2092849;2092922;161;*;gca ;comp;tRNA;2093084;2093157;105;*;atc ;comp;rRNA;2093263;2094774;1563;*;1512 fin;comp;CDS;2096338;2099241;;; deb;comp;CDS;2145831;2146037;66;*; ;comp;regulatory;2146104;2146199;493;*; fin;comp;CDS;2146693;2148675;;; deb;;CDS;2182840;2185440;138;*; ;;tRNA;2185579;2185651;43;*;ggc ;;tRNA;2185695;2185779;96;*;tta fin;comp;CDS;2185876;2190132;;; deb;comp;CDS;2295987;2296184;17;*; ;comp;tRNA;2296202;2296272;61;*;tgg deb;comp;CDS;2296334;2297521;58;*; ;comp;tRNA;2297580;2297651;86;*;acc ;comp;tRNA;2297738;2297818;141;*;tac ;comp;tRNA;2297960;2298033;90;*;aca fin;comp;CDS;2298124;2298426;;; deb;;CDS;2506720;2507055;286;*; ;comp;rRNA;2507342;2507451;154;*;110 ;comp;rRNA;2507606;2510492;214;*;2887 ;comp;tRNA;2510707;2510780;161;*;gca ;comp;tRNA;2510942;2511015;105;*;atc ;comp;rRNA;2511121;2512632;1003;*;1512 fin;comp;CDS;2513636;2514889;;0; deb;;CDS;2632307;2633335;53;*; ;;tRNA;2633389;2633473;249;*;tcc fin;;CDS;2633723;2634982;;; deb;comp;CDS;2752993;2753322;64;*; ;;tRNA;2753387;2753460;108;*;gcc fin;comp;CDS;2753569;2757033;;; deb;comp;CDS;2800796;2801521;98;*; ;;tRNA;2801620;2801692;302;*;ttc fin;comp;CDS;2801995;2802585;;; </pre> ====fps distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_distribution|fps distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;; </pre> ===bacteroide synthèse=== ====bacteroide distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_génome|bacteroide distribution par génome]] <pre> bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total myr;11;16;;;1;16;57;;101 fps;11;20;;;;12;6;;49 total;22;36;0;0;1;28;63;0;150 </pre> ====bacteroide distribution du total==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_du_total|bacteroide distribution du total]] <pre> bact2;;;;;;;150 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2 atc;14;acc;2;aac;3;agc;3 ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3 gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4 cta;3;cca;6;caa;3;cga;2 gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;85;36;;;1 -16s tac;28;150 </pre> ====bacteroide distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_type|bacteroide distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> bact2;;;;;;;150;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc; atc;14;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2 cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====bacteroide par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacteroide par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;3;2;0;;;;5; 16;moyen;16;10;12;;;28;66; 14;fort;17;10;51;;;1;79; ; ;36;22;63;;;29;150; 10;g+cga;2;;;;;;2; 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;1;2;;;;;3; 5;autres;;;;;;;; ;;3;2;;;;;5; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;20;13;;;;;33;26 16;moyen;107;67;80;;;187;440;324 14;fort;113;67;340;;;7;527;650 ; ;240;147;420;;;193;150;729 10;g+cgg;13;;;;;;13;10 2;agg+cga;;;;;;;; 4;carre ccc;7;13;;;;;20;16 5;autres;;;;;;;; ;;20;13;;;;;33; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;25;17;;41;26;8;9; 16;moyen;132;83;99;314;324;44;45;19 14;fort;140;83;421;645;650;47;45;81 ; ;298;182;521;121;729;36;22;63 10;g+cgg;17;;;17;10;;; 2;agg+cga;;;;;;;; 4;carre ccc;8;17;;25;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;25;17;;41;;;; </pre> ====bacteroide, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide,_estimation_des_-rRNAs|bacteroide, estimation des -rRNAs]] <pre> bacteroide;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 29 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;29;210; ; ;;indices;;;;29;725;0;0;;bact2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;121 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2 atc;104;acc;;aac;1;agc;;;atc;359;acc;;aac;3.4;agc;;;atc;;acc;2;aac;3;agc;3 ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3.4;;ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;3.4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;8;aaa;8;aga;4 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3.4;caa;;cga;;;cta;3;cca;6;caa;3;cga;2 gta;;gca;102;gaa;;gga;;;gta;;gca;352;gaa;;gga;;;gta;9;gca;;gaa;8;gga;7 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;207;;3;;0;210;;;;714;;10;;0;725;;;;39;;77;;5;121 27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;7096;1.4;0.7;;;;;;146;7096;1.4;0.7;;bact2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;129;;atgi;105;tct;0.7;tat;0.7;atgf;129;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;250 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;0.7;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.7;cct;1.4;cat;;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;200;tcc;50;tac;350;tgc;100 atc;-64;acc;102;aac;127;agc;110;;atc;295;acc;102;aac;130;agc;110;;atc;;acc;100;aac;150;agc;150 ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;131;;ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;134;;ctc;100;ccc;;cac;250;cgt;150 gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;;gcc;50;gac;200;ggc;100 tta;112;tca;122;taa;6.2;tga;2;;tta;112;tca;125;taa;6.2;tga;2.1;;tta;200;tca;200;taa;;tga; ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;;aca;400;aaa;400;aga;200 cta;109;cca;146;caa;113;cga;42;;cta;109;cca;149;caa;113;cga;42;;cta;150;cca;300;caa;150;cga;100 gta;184;gca;-66;gaa;181;gga;141;;gta;184;gca;286;gaa;181;gga;141;;gta;450;gca;;gaa;400;gga;350 ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;150 atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;150;acg;;aag;;agg; ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;3;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;3.4;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1350;;2103;;670;4122;;;;2064;;2113;;669;4846;;;;1950;;3850;;250;6050 rapports;;65;;100;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;bact2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;53.759;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;48 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1559;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt;100 ctt;129;cct;;cat;;cgc;;;avec;218;;;10;3;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;29;;;20;4;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;36;tcc;49;tac;57;tgc;16 atc;-22;acc;100;aac;97;agc;100;;bact2;60.5;;;40;4;;;;atc;100;acc;2;aac;16;agc;27 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;97;;sans;121;;;50;4;21;;;ctc;1;ccc;100;cac;54;cgt;13 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;29;;;60;9;;;;gtc;100;gcc;40;gac;14;ggc;34 tta;100;tca;97;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;0;;;;tta;44;tca;39;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;60;aaa;54;aga;46 cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;27;cca;51;caa;25;cga;58 gta;100;gca;-23;gaa;100;gga;100;;est 12% au dessus;;;;100;18;;;;gta;59;gca;100;gaa;55;gga;60 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;100;tgg;22 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;24;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;381;;579;;99;1059 </pre> ==tenericutes== ===abra=== ====abra opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_opérons|abra opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_bras_O502/achoBras_O502-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022549.1;abra;;genome;;;;;;;; 35.8%GC;15.8.19 Paris;16s 4;45;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Acholeplasma brassicae;;;;;;;;;;; ;253257..253430;;CDS;;86;86;;;58;; ;253517..253601;;tac;;214;;;;;; ;253816..255351;;16s;;137;;;;1536;; ;255489..255565;;atc;;88;;;;;; ;255654..258507;;23s;;34;;;;2854;; ;258542..258652;;5s;;11;;;;111;; ;258664..258740;;aac;;149;;;;;; ;258890..259000;;5s;;11;;;;111;; ;259012..259088;;aac;;860;*860;;;;; ;259949..260053;;CDS;;432;;;;35;; ;260486..262021;;16s;;137;;;;1536;; ;262159..262235;;atc;;88;;;;;; ;262324..265177;;23s;;34;;;;2854;; ;265212..265322;;5s;@1;14;;;;111;; ;265337..265412;;gta;;44;;;44;;; ;265457..265532;;aca;;11;;;11;;; ;265544..265619;;aaa;;7;;;7;;; ;265627..265713;;tta;;8;;;8;;; ;265722..265797;;gca;;72;;;72;;; ;265870..265946;;atgj;;7;;;7;;; ;265954..266030;;atgi;;44;;;44;;; ;266075..266165;;tca;;8;;;8;;; ;266174..266250;;atgf;;4;;;4;;; ;266255..266330;;gac;;11;;;11;;; ;266342..266417;;ttc;;137;137;;;;; ;266555..267409;;CDS;;;;;;285;; ;;;;;;;;;;; ;582446..584125;;CDS;;49;49;;;*560;; ;584175..584260;;ctc;;170;170;;;;; ;584431..586110;;CDS;;;;;;*560;; ;;;;;;;;;;; ;625631..626317;;CDS;;84;84;;;229;; comp;626402..626476;;ggc;;66;;66;;;; comp;626543..626619;;cca;;17;;17;;;; comp;626637..626713;;cga;;13;;13;;;; comp;626727..626802;;gac;;149;149;;;;; ;626952..627599;;CDS;;;;;;216;; ;;;;;;;;;;; ;633526..634710;;CDS;;63;63;;;395;; comp;634774..634847;;acc;;76;76;;;;; ;634924..636651;;CDS;;;;;;*576;; ;;;;;;;;;;; ;755442..756548;;CDS;;64;64;;;369;; comp;756613..756688;;aag;;130;130;;;;; ;756819..757373;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; ;807788..808216;;CDS;;108;108;;;143;; ;808325..808401;;aga;;216;216;;;;; ;808618..808854;;CDS;;;;;;79;; ;;;;;;;;;;; ;829563..829871;;CDS;;155;155;;;103;; ;830027..830102;;agg;;27;27;;;;; ;830130..831458;;CDS;;;;;;443;; ;;;;;;;;;;; comp;1176200..1176799;;CDS;;398;398;;;200;; comp;1177198..1177291;;tcg;;8;;8;;;; comp;1177300..1177375;;gcc;;569;*569;;;;; comp;1177945..1179252;;CDS;;;;;;436;; ;;;;;;;;;;; ;1187918..1188148;;CDS;;382;382;;;77;; ;1188531..1188621;;tcc;;66;66;;;;; ;1188688..1189761;;CDS;;;;;;358;; ;;;;;;;;;;; comp;1194077..1194568;;CDS;;206;206;;;164;; comp;1194775..1194859;;ttg;;10;10;;;;; comp;1194870..1196045;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;1251487..1252329;;CDS;;68;68;;;281;; ;1252398..1252472;;gtc;;44;44;;;;; comp;1252517..1252873;;CDS;;;;;;119;; ;;;;;;;;;;; comp;1416224..1416484;;CDS;;301;301;;;87;; comp;1416786..1416859;;tgc;;92;92;;;;; comp;1416952..1418427;;CDS;;;;;;492;; ;;;;;;;;;;; comp;1427372..1427890;;CDS;@2;379;379;;;173;; comp;1428270..1428343;;gga;;9;;9;;;; comp;1428353..1428429;;cca;;1;;1;;;; comp;1428431..1428507;;cgt;;8;;8;;;; comp;1428516..1428591;;gaa;;73;73;;;;; comp;1428665..1429210;;CDS;;;;;;182;; ;;;;;;;;;;; comp;1431948..1432259;;CDS;;96;96;;;104;; comp;1432356..1432432;;aac;;11;;;;;; comp;1432444..1432554;;5s;;34;;;;111;; comp;1432589..1435442;;23s;;158;;;;2854;; comp;1435601..1437135;;16s;;432;;;;1535;; comp;1437568..1437672;;CDS;;860;*860;;;35;; comp;1438533..1438609;;aac;;11;;;;;; comp;1438621..1438731;;5s;@3;149;;;;111;; comp;1438881..1438957;;aac;;11;;;;;; comp;1438969..1439079;;5s;;34;;;;111;; comp;1439114..1441967;;23s;;159;;;;2854;; comp;1442127..1443662;;16s;;431;*431;;;1536;; comp;1444094..1444624;;CDS;;;;;;177;; ;;;;;;;;;;; comp;1532381..1533052;;CDS;;262;262;;;224;; comp;1533315..1533399;;cta;;46;46;;;;; comp;1533446..1535560;;CDS;;;;;;*705;; ;;;;;;;;;;; comp;1540295..1540534;;CDS;;171;171;;;80;; comp;1540706..1540780;;tgg;;47;47;;;;; comp;1540828..1541754;;CDS;;137;137;;;;; ;1541892..1541967;;cac;;63;;63;;;; ;1542031..1542104;;caa;;37;37;;;;; comp;1542142..1542357;;CDS;;;;;;72;; ;;;;;;;;;;; comp;1716869..1717186;;CDS;;854;*854;;;106;; comp;1718041..1718116;;acg;;87;87;;;;; comp;1718204..1718947;;CDS;;;;;;248;; ;;;;;;;;;;; comp;1742909..1743664;;CDS;;487;*487;;;252;; comp;1744152..1744227;;gaa;;109;109;;;;; comp;1744337..1744720;;CDS;;;;;;128;; ;;;;;;;;;;; comp;1747424..1747726;;CDS;;100;100;;;101;; comp;1747827..1747919;;agc;;102;102;;;;; comp;1748022..1750199;;CDS;;;;;;*726;; </pre> ====abra cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_cumuls|abra cumuls]] <pre> abra cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;4;1;1;0;1;0;1;;100;8;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;5;7;50;7;20;;200;13;60;3 ;16 atc 235 a;2;40;0;0;100;12;40;;300;7;90;5 ;16 23 5s a;2;60;0;2;150;7;60;;400;4;120;5 ;max a;12;80;2;1;200;3;80;;500;3;150;2 ;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;3;180;3 ;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;0;210;3 ;total aas;19;140;0;0;350;1;140;;800;2;240;3 sans ;opérons;18;160;0;0;400;3;160;;900;0;270;2 ;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;;1000;0;300;2 ;max a;4;200;0;0;500;1;200;;1100;0;330;0 ;a doubles;0;;0;0;;4;;;;0;;12 ;total aas;26;;8;10;;42;;0;;40;;40 total aas;;45;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;209;;;;254;; ;;;variance;;;;226;;;;187;; sans jaune;;;moyenne;23;22;;131;;;;201;;148 ;;;variance;26;23;;101;;;;127;;74 </pre> ====abra blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_blocs|abra blocs]] <pre> abra blocs;; CDS;86;58 tac;214; 16s;137;1536 atc;88; 23s;34;2854 5s;11;111 aac;149; 5s;11;111 aac;860; CDS;432;35 16s;137;1536 atc;88; 23s;34;2854 5s;14;111 gta;44; ;; CDS;96;104 aac;11; 5s;34;111 23s;158;2854 16s;432;1535 CDS;860;35 aac;11; 5s;149;111 aac;11; 5s;34;111 23s;159;2854 16s;431;1536 CDS;;177 </pre> ====abra remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_remarques|abra remarques]] *code génétique abra <pre> abra;;;;;;;45 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;5;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====abra distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_distribution|abra distribution]] *code génétique abra <pre> tenericutes;sans rRNA;>1 aas 12;1aas ;avant 16s;après 5s;après 16s; abra;;gac gaa;14;1;16;2;45 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;5;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====abra données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_données_intercalaires|abra données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abra;fx;fc;abra;fx40;fc40;abra;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;68;86;84;tRNA 16s;; ;1;10;5;208;1;0;58;-2;0;0;860;149;215;;tac ;0;20;9;127;2;1;40;-3;0;0;140;63;16s tRNA;; ;1;30;10;51;3;1;21;-4;2;141;49;76;2* 145;;atc ;0;40;17;34;4;0;29;-5;0;2;170;64;tRNA 23s;; 1;3;50;19;35;5;0;7;-6;0;0;108;130;2* 89;;atc ;0;60;18;31;6;0;6;-7;0;1;216;68;5s tRNA;; 3;1;70;15;42;7;0;4;-8;0;70;155;44;5* 11;;aac 1;1;80;14;35;8;0;15;-9;1;0;27;137;14;;gta 1;2;90;9;32;9;2;16;-10;0;3;434;714;tRNA 5s;; ;3;100;10;23;10;1;12;-11;0;34;569;;2* 149;;aac ;3;110;8;35;11;0;19;-12;1;0;382;;tRNA tRNA;;contig ;0;120;16;29;12;1;33;-13;0;1;66;;44;;gta 1;0;130;12;31;13;0;13;-14;1;24;206;;11;;aca 1;1;140;7;24;14;3;11;-15;0;0;10;;7;;aaa 1;0;150;10;30;15;1;13;-16;0;1;301;;8;;tta ;1;160;10;26;16;0;7;-17;1;16;92;;72;;gca ;1;170;2;13;17;1;6;-18;0;0;415;;7;;atgj ;1;180;8;14;18;0;11;-19;0;1;73;;44;;atgi ;0;190;9;14;19;1;7;-20;0;12;96;;8;;tca ;0;200;4;9;20;2;7;-21;0;0;860;;4;;atgf ;1;210;4;7;21;2;5;-22;0;1;262;;11;;gac ;1;220;3;13;22;0;7;-23;0;6;46;;**;;ttc ;0;230;2;8;23;1;14;-24;1;0;171;;tRNA tRNA;; ;0;240;7;3;24;2;4;-25;0;1;47;;66;;ggc ;0;250;1;6;25;0;5;-26;1;4;854;;17;;cca ;0;260;3;8;26;2;5;-27;0;0;87;;13;;cga ;1;270;3;7;27;2;3;-28;0;0;493;;**;;gac ;0;280;2;6;28;1;1;-29;0;1;109;;8;;tcg ;0;290;1;3;29;0;3;-30;0;0;100;;**;;gcc ;0;300;4;1;30;0;4;-31;0;1;CDS 16s;;9;;gga ;1;310;0;1;31;0;4;-32;0;1;433;;1;;cca ;0;320;2;8;32;2;6;-33;0;0;433;;8;;cgt ;0;330;2;2;33;1;3;-34;0;0;432;;**;;gaa ;0;340;0;1;34;3;1;-35;0;2;16s 23s;;63;;cac ;0;350;2;1;35;1;3;-36;0;0;167;;**;;caa ;0;360;2;2;36;3;6;-37;0;0;168;;;; ;0;370;0;6;37;2;4;-38;0;2;23s 5s;;;; ;0;380;1;4;38;3;3;-39;0;0;4* 35;;;; ;1;390;0;4;39;1;2;-40;0;0;;;;; ;0;400;4;1;40;1;2;-41;0;0;;;;; 1;7;reste;14;33;reste;229;547;-42;0;0;;;;; 10;31;total;270;980;total;271;979;-43;0;0;;;;; 9;24;diagr;255;935;diagr;41;420;-44;0;0;;;;; 0;2; t30;24;386;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;269;8;1;278;;;-49;0;1;;;;; ;c;968;409;12;1389;;;-50;0;1;;;;; ;;;;;1667;128;;reste;0;13;;;;; ;;;;;;1795;;total;8;409;;;;; </pre> =====abra autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires_aas|abra autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abra;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;6032;8602;39;*; ;;misc_binding;8642;8842;66;*; fin;;CDS;8909;10186;;; deb;;CDS;58474;59019;199;*; ;;misc_binding;59219;59468;96;*; fin;;CDS;59565;60740;;; deb;;CDS;175843;176448;64;*; ;;regulatory;176513;176610;67;*; fin;;CDS;176678;178138;;; deb;;CDS;226433;226846;115;*; ;;regulatory;226962;227062;128;*; fin;;CDS;227191;228555;;; deb;;CDS;241700;242158;14;*; ;;ncRNA;242173;242267;222;*; fin;;CDS;242490;243404;;; deb;;CDS;253260;253430;86;*; ;;tRNA;253517;253601;215;*;tac ;;rRNA;253817;255343;145;*;16s ;;tRNA;255489;255565;89;*;atc ;;rRNA;255655;258506;35;*;23s ;;rRNA;258542;258652;11;*;5s ;;tRNA;258664;258740;149;*;aac ;;rRNA;258890;259000;11;*;5s ;;tRNA;259012;259088;860;*;aac deb;;CDS;259949;260053;433;*; ;;rRNA;260487;262013;145;*;16s ;;tRNA;262159;262235;89;*;atc ;;rRNA;262325;265176;35;*;23s ;;rRNA;265212;265322;14;*;5s ;;tRNA;265337;265412;44;*;gta ;;tRNA;265457;265532;11;*;aca ;;tRNA;265544;265619;7;*;aaa ;;tRNA;265627;265713;8;*;tta ;;tRNA;265722;265797;72;*;gca ;;tRNA;265870;265946;7;*;atgj ;;tRNA;265954;266030;44;*;atgi ;;tRNA;266075;266165;8;*;tca ;;tRNA;266174;266250;4;*;atgf ;;tRNA;266255;266330;11;*;gac ;;tRNA;266342;266417;140;*;ttc fin;;CDS;266558;267409;;; deb;;CDS;296513;297367;98;*; ;;misc_binding;297466;297674;30;*; fin;;CDS;297705;299270;;; deb;;CDS;326721;327413;0;*; ;;misc_feature;327414;327533;18;*; fin;;CDS;327552;328049;;; deb;;CDS;574175;574945;-5;*; ;;misc_binding;574941;575144;43;*; fin;;CDS;575188;576195;;; deb;;CDS;582446;584125;49;*; ;;tRNA;584175;584260;170;*;ctc fin;;CDS;584431;586110;;; deb;;CDS;625631;626317;84;*; ;comp;tRNA;626402;626476;66;*;ggc ;comp;tRNA;626543;626619;17;*;cca ;comp;tRNA;626637;626713;13;*;cga ;comp;tRNA;626727;626802;149;*;gac fin;;CDS;626952;627599;;; deb;;CDS;633550;634710;63;*; ;comp;tRNA;634774;634847;76;*;acc fin;;CDS;634924;636651;;; deb;;CDS;690994;692286;64;*; ;;regulatory;692351;692446;55;*; fin;;CDS;692502;693653;;; deb;;CDS;755442;756548;64;*; ;comp;tRNA;756613;756688;130;*;aag fin;;CDS;756819;757373;;; deb;;CDS;807788;808216;108;*; ;;tRNA;808325;808401;216;*;aga fin;;CDS;808618;808854;;0; deb;comp;CDS;818257;818448;29;*; ;comp;ncRNA;818478;818549;-2;*; fin;comp;CDS;818548;818796;;; deb;;CDS;829563;829871;155;*; ;;tRNA;830027;830102;27;*;agg fin;;CDS;830130;831458;;; deb;;CDS;862237;863004;104;*; ;;regulatory;863109;863206;46;*; fin;;CDS;863253;863771;;1; deb;;CDS;951162;951842;56;*; ;;misc_feature;951899;952022;10;*; fin;;CDS;952033;952593;;; deb;;CDS;979156;980118;92;*; ;comp;ncRNA;980211;980543;41;*; fin;comp;CDS;980585;980917;;; deb;comp;CDS;1000286;1000837;45;*; ;comp;misc_binding;1000883;1001091;36;*; fin;comp;CDS;1001128;1001976;;; deb;comp;CDS;1033802;1034467;48;*; ;comp;regulatory;1034516;1034590;41;*; ;comp;regulatory;1034632;1034706;43;*; fin;comp;CDS;1034750;1035400;;; deb;comp;CDS;1043459;1044169;55;*; ;comp;regulatory;1044225;1044298;61;*; fin;comp;CDS;1044360;1045796;;; deb;comp;CDS;1055719;1056522;197;*; ;comp;misc_binding;1056720;1056926;146;*; fin;;CDS;1057073;1058293;;; deb;comp;CDS;1125033;1127627;53;*; ;comp;misc_binding;1127681;1127864;34;*; fin;comp;CDS;1127899;1128741;;; deb;comp;CDS;1135303;1135953;71;*; ;comp;regulatory;1136025;1136141;48;*; fin;comp;CDS;1136190;1137014;;0; deb;comp;CDS;1176200;1176763;434;*; ;comp;tRNA;1177198;1177291;8;*;tcg ;comp;tRNA;1177300;1177375;569;*;gcc fin;comp;CDS;1177945;1179252;;; deb;comp;CDS;1187918;1188148;382;*; ;comp;tRNA;1188531;1188621;66;*;tcc fin;comp;CDS;1188688;1189704;;; deb;comp;CDS;1194077;1194568;206;*; ;comp;tRNA;1194775;1194859;10;*;ttg fin;comp;CDS;1194870;1196045;;; deb;comp;CDS;1221355;1222416;217;*; ;;tmRNA;1222634;1222981;262;*; fin;;CDS;1223244;1223657;;; deb;comp;CDS;1251487;1252329;68;*; ;;tRNA;1252398;1252472;44;*;gtc fin;comp;CDS;1252517;1252873;;0; deb;comp;CDS;1416224;1416484;301;*; ;comp;tRNA;1416786;1416859;92;*;tgc fin;comp;CDS;1416952;1418427;;0; deb;comp;CDS;1427372;1427854;415;*; ;comp;tRNA;1428270;1428343;9;*;gga ;comp;tRNA;1428353;1428429;1;*;cca ;comp;tRNA;1428431;1428507;8;*;cgt ;comp;tRNA;1428516;1428591;73;*;gaa fin;comp;CDS;1428665;1429210;;; deb;comp;CDS;1431948;1432259;96;*; ;comp;tRNA;1432356;1432432;11;*;aac ;comp;rRNA;1432444;1432554;35;*;5s ;comp;rRNA;1432590;1435441;167;*;23s ;comp;rRNA;1435609;1437134;433;*;16s deb;comp;CDS;1437568;1437672;860;*; ;comp;tRNA;1438533;1438609;11;*;aac ;comp;rRNA;1438621;1438731;149;*;5s ;comp;tRNA;1438881;1438957;11;*;aac ;comp;rRNA;1438969;1439079;35;*;5s ;comp;rRNA;1439115;1441966;168;*;23s ;comp;rRNA;1442135;1443661;432;*;16s fin;comp;CDS;1444094;1444618;;; deb;comp;CDS;1453717;1454874;96;*; ;comp;regulatory;1454971;1455142;38;*; fin;comp;CDS;1455181;1455630;;; deb;comp;CDS;1532381;1533052;262;*; ;comp;tRNA;1533315;1533399;46;*;cta fin;comp;CDS;1533446;1535560;;; deb;comp;CDS;1540295;1540534;171;*; ;comp;tRNA;1540706;1540780;47;*;tgg deb;comp;CDS;1540828;1541754;137;*; ;;tRNA;1541892;1541967;63;*;cac ;;tRNA;1542031;1542104;714;*;caa fin;comp;CDS;1542819;1544120;;0; deb;comp;CDS;1716869;1717186;854;*; ;comp;tRNA;1718041;1718116;87;*;acg fin;comp;CDS;1718204;1718947;;; deb;comp;CDS;1729328;1729618;30;*; ;comp;regulatory;1729649;1729758;73;*; fin;comp;CDS;1729832;1730329;;; deb;comp;CDS;1742909;1743658;493;*; ;comp;tRNA;1744152;1744227;109;*;gaa fin;comp;CDS;1744337;1744720;;; deb;comp;CDS;1747424;1747726;100;*; ;comp;tRNA;1747827;1747919;102;*;agc fin;comp;CDS;1748022;1750199;;; deb;comp;CDS;1796937;1799234;102;*; ;comp;regulatory;1799337;1799515;112;*; fin;comp;CDS;1799628;1800182;;0; </pre> ====abra intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_entre_cds|abra intercalaires entre cds]] *'''intercalaires entre cds''', tableau. <pre> abra;3.2.21 Paris;;abra 13.12.20;;;;;;; abra;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5 ;négatif;417;25.0;négatif ;-10;12;-1 à -73;1,877,792;-1;417 ;zéro;13;0.8;;;;;intercals;0;13 ;1 à 200;1055;63.3;0 à 200;65;57;;135,857;5;157 ;201 à 370;121;7.3;201 à 370;265;48;;7%;10;56 ;371 à 600;42;2.5;371 à 600;442;62;;;15;94 ;601 à max;19;1.1;601 à 1230;852;195;;;20;42 ;Total 1667;<201;89.1;Total 1665;79;132;-73 à 1230;;25;40 adresse;intercalx;intercal;fréquence1;intercal;fréquence6;cumul et %;intercal;fréquence-1;30;21 1537782;1230;-1;417;-70;3;;0;13;35;24 1707618;1229;0;13;-60;9;;-1;°68;40;27 1578501;1176;1;°58;-50;2;;-2;0;45;26 1526950;1027;2;41;-40;2;;-3;0;50;28 87364;968;3;22;-30;6;min à -1;-4;°143;55;29 826414;926;4;°29;-20;27;417;-5;2;60;20 171283;878;5;7;-10;83;25.0%;-6;0;65;30 1768322;822;6;6;0;298;;-7;1;70;27 819242;821;7;4;10;213;;-8;°70;75;22 1769594;816;8;15;20;136;;-9;1;80;27 158518;793;9;°18;30;61;;-10;3;85;22 1412625;756;10;13;40;51;1 à 100;-11;°34;90;19 968622;741;11;19;50;54;744;-12;1;95;16 1738100;729;12;°34;60;49;44.6%;-13;1;100;17 816181;706;13;13;70;57;;-14;°25;105;17 1683910;675;14;14;80;49;;-15;0;110;26 1186776;646;15;°14;90;41;;-16;1;115;25 1529536;628;16;7;100;33;;-17;°17;120;20 133841;619;17;7;110;43;;-18;0;125;26 1183129;595;18;°11;120;45;;-19;1;130;17 1861159;579;19;8;130;43;;-20;°12;135;18 615740;575;20;9;140;31;;-21;0;140;13 1171702;555;21;7;150;40;;-22;1;145;21 1525837;555;22;7;160;36;;-23;°6;150;19 153593;526;23;°15;170;15;1 à 200;-24;1;155;20 1714960;500;24;6;180;22;1055;-25;1;160;16 1842150;494;25;5;190;23;63.3%;-26;°5;165;7 1168850;483;26;7;200;13;;-27;0;170;8 1834829;483;27;5;210;11;;-28;0;175;10 556334;476;28;2;220;16;;-29;1;180;12 151602;474;29;3;230;10;;-30;0;185;13 493661;465;30;4;240;10;0 à 200;-31;1;190;10 1274718;449;31;4;250;7;1068;-32;1;195;10 1681282;446;32;°8;260;11;;total;410;200;3 1503782;443;33;4;270;10;;reste;20;205;5 178131;441;34;4;280;8;;;430;210;6 1728410;438;35;4;290;4;;;;215;12 1022865;434;36;°9;300;5;;intercal;fréquencef;220;4 36959;428;37;6;310;1;;600;1648;225;1 ;;38;6;320;10;;620;1;230;9 ;;39;3;330;4;;640;1;235;7 ;;40;3;340;1;201 à 370;660;1;240;3 ;;reste;776;350;3;121;680;1;245;2 ;;total;1471;360;4;7.3%;700;;250;5 ;;;;370;6;;720;1;255;8 adresse;intercaln;décalage;long;380;5;;740;1;260;3 1040608;-92;shift2;815;390;4;;760;2;265;7 1766313;-86;shift2;1001;400;5;;780;;270;3 1083669;-73;shift2;816;410;4;;800;1;275;7 169623;-67;shift2;654;420;2;;820;1;280;1 353304;-67;shift2;864;430;3;;840;2;285;1 758070;-67;shift2;864;440;2;;860;;290;3 891412;-67;shift2;864;450;4;;880;1;295;3 1155286;-67;shift2;654;460;0;;900;;300;2 1646854;-67;shift2;864;470;1;;920;;305;0 1690631;-67;shift2;654;480;2;;940;1;310;1 1714097;-67;shift2;864;490;2;;960;;315;7 1793555;-67;shift2;654;500;2;;980;1;320;3 1485635;-59;shift2;629;510;0;;1000;;325;1 738923;-50;shift2;293;520;0;;1020;;330;3 1668172;-49;shift2;315;530;1;;1040;1;335;0 1847532;-47;shift2;227;540;0;371 à 600;;16;340;1 904492;-38;shift2;962;550;0;42;;;345;1 1129734;-38;shift2;413;560;2;2.5%;;;350;2 844539;-35;shift2;;570;0;;;;355;4 986747;-35;shift2;;580;2;601 à max;;;360;0 1114675;-32;shift2;;590;0;19;;;365;3 526681;-31;shift2;;600;1;1.1%;;;370;3 1072749;-29;shift2;;reste;19;;reste;3;reste;61 251649;-26;shift2;;total;1667;;total;1667;total;1667 </pre> ====abra intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> corrélations et fréquences faibles;;;;;;;;;;;;;; abra. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;; abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;; 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; ;;;;;;;;;;;;;; diagrammes;;;;;;;;;;;;;; abra;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;53;-314;342;39;734;197;max50;&-99;750;-1818;148;702;253;min60 31 à 400;;;;;;;;&21;-104;-7.3;42;912;165;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;148;55;-;638;poly;96;tF;&223;71;;425;poly;277;SF 31 à 400;;;;;;;;&118;42;-;827;poly;85;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et faibles fréquences <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.243;;;;; 41-n;0.874;0.716;0.797;;;;;;;;;;;; 1-n;0.312;-0.163;0.059;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; abra;fx;fc;;abra;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;abra;Sx-;Sc- 0;1;12;;0;4;13;;0;1;12;>0;270;-1;0;68 10;5;208;;10;20;223;;1;0;58;<0;8;-2;0;0 20;9;127;;20;35;136;;2;1;40;zéro;1;-3;0;0 30;10;51;;30;39;55;;3;1;21;total;279;-4;2;141 40;17;34;;40;66;36;;4;0;29;;c;-5;0;2 50;19;35;;50;74;37;;5;0;7;>0;967;-6;0;0 60;18;31;;60;70;33;;6;0;6;<0;409;-7;0;1 70;15;42;;70;59;45;;7;0;4;zéro;12;-8;0;70 80;15;34;;80;59;36;;8;0;15;total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reste;14;33;;;;;;reste;229;547;;;-42;0;0 total;271;979;;t30;94;413;;total;271;979;;;-43;0;0 diagr;256;934;;;;;;diagr;41;420;;;-44;0;0 - t30;232;548;;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;;reste;0;13 ;;;;;;;;;;;;;total;8;409 </pre> ====abra intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_négatifs_S-|abra intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ;;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; abra;comp’;;;;1;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;6 ;continu;68;0;0;142;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;411 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;abra;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;8 ;Sc-;68;0;0;141;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;4;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;409 </pre> ====abra autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra autres intercalaires]] *Légende: ° pour cyan, & pour jaune, $ pour rouge. <pre> deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens deb;°CDS;6032;39;;;deb;°CDS;633550;63;;;deb;°CDS;1221355;217;comp ;misc_binding;8642;66;;;;&tRNA;634774;76;comp;;;tmRNA;1222634;262; fin;°CDS;8909;;;;fin;°CDS;634924;;;;fin;°CDS;1223244;; deb;°CDS;58474;199;;;deb;°CDS;690994;64;;;deb;°CDS;1251487;68;comp ;misc_binding;59219;96;;;;regulatory;692351;55;;;;&tRNA;1252398;44; fin;°CDS;59565;;;;fin;°CDS;692502;;;;fin;°CDS;1252517;;comp deb;°CDS;175843;64;;;deb;°CDS;755442;64;;;deb;°CDS;1416224;301;comp ;regulatory;176513;67;;;;&tRNA;756613;130;comp;;;&tRNA;1416786;92;comp fin;°CDS;176678;;;;fin;°CDS;756819;;;;fin;°CDS;1416952;;comp deb;°CDS;226433;115;;;deb;°CDS;807788;108;;;deb;°CDS;1427372;415;comp ;regulatory;226962;128;;;;&tRNA;808325;216;;;;&tRNA;1428270;9;comp fin;°CDS;227191;;;;fin;°CDS;808618;;;;;&tRNA;1428353;1;comp deb;°CDS;241700;14;;;deb;°CDS;818257;29;comp;;;&tRNA;1428431;8;comp ;ncRNA;242173;222;;;;ncRNA;818478;-2;comp;;;&tRNA;1428516;73;comp fin;°CDS;242490;;;;fin;°CDS;818548;;comp;;fin;°CDS;1428665;;comp deb;°CDS;253260;86;;;deb;°CDS;829563;155;;;deb;°CDS;1431948;96;comp ;&tRNA;253517;215;;;;&tRNA;830027;27;;;;&tRNA;1432356;11;comp ;$rRNA;253817;145;;;fin;°CDS;830130;;;;;$rRNA;1432444;35;comp ;&tRNA;255489;89;;;deb;°CDS;862237;104;;;;$rRNA;1432590;167;comp ;$rRNA;255655;35;;;;regulatory;863109;46;;;;$rRNA;1435609;433;comp ;$rRNA;258542;11;;;fin;°CDS;863253;;;;deb;°CDS;1437568;860;comp ;&tRNA;258664;149;;;deb;°CDS;951162;56;;;;&tRNA;1438533;11;comp ;$rRNA;258890;11;;;;misc_feature;951899;10;;;;$rRNA;1438621;149;comp ;&tRNA;259012;860;;;fin;°CDS;952033;;;;;&tRNA;1438881;11;comp deb;°CDS;259949;433;;;deb;°CDS;979156;92;;;;$rRNA;1438969;35;comp ;$rRNA;260487;145;;;;ncRNA;980211;41;comp;;;$rRNA;1439115;168;comp ;&tRNA;262159;89;;;fin;°CDS;980585;;comp;;;$rRNA;1442135;432;comp ;$rRNA;262325;35;;;deb;°CDS;1000286;45;comp;;fin;°CDS;1444094;;comp ;$rRNA;265212;14;;;;misc_binding;1000883;36;comp;;deb;°CDS;1453717;96;comp ;&tRNA;265337;44;;;fin;°CDS;1001128;;comp;;;regulatory;1454971;38;comp ;&tRNA;265457;11;;;deb;°CDS;1033802;48;comp;;fin;°CDS;1455181;;comp ;&tRNA;265544;7;;;;regulatory;1034516;41;comp;;deb;°CDS;1532381;262;comp ;&tRNA;265627;8;;;;regulatory;1034632;43;comp;;;&tRNA;1533315;46;comp ;&tRNA;265722;72;;;fin;°CDS;1034750;;comp;;fin;°CDS;1533446;;comp ;&tRNA;265870;7;;;deb;°CDS;1043459;55;comp;;deb;°CDS;1540295;171;comp ;&tRNA;265954;44;;;;regulatory;1044225;61;comp;;;&tRNA;1540706;47;comp ;&tRNA;266075;8;;;fin;°CDS;1044360;;comp;;deb;°CDS;1540828;137;comp ;&tRNA;266174;4;;;deb;°CDS;1055719;197;comp;;;&tRNA;1541892;63; ;&tRNA;266255;11;;;;misc_binding;1056720;146;comp;;;&tRNA;1542031;714; ;&tRNA;266342;140;;;fin;°CDS;1057073;;;;fin;°CDS;1542819;;comp fin;°CDS;266558;;;;deb;°CDS;1125033;53;comp;;deb;°CDS;1716869;854;comp deb;°CDS;296513;98;;;;misc_binding;1127681;34;comp;;;&tRNA;1718041;87;comp ;misc_binding;297466;30;;;fin;°CDS;1127899;;comp;;fin;°CDS;1718204;;comp fin;°CDS;297705;;;;deb;°CDS;1135303;71;comp;;deb;°CDS;1729328;30;comp deb;°CDS;326721;0;;;;regulatory;1136025;48;comp;;;regulatory;1729649;73;comp ;misc_feature;327414;18;;;fin;°CDS;1136190;;comp;;fin;°CDS;1729832;;comp fin;°CDS;327552;;;;deb;°CDS;1176200;434;comp;;deb;°CDS;1742909;493;comp deb;°CDS;574175;-5;;;;&tRNA;1177198;8;comp;;;&tRNA;1744152;109;comp ;misc_binding;574941;43;;;;&tRNA;1177300;569;comp;;fin;°CDS;1744337;;comp fin;°CDS;575188;;;;fin;°CDS;1177945;;comp;;deb;°CDS;1747424;100;comp deb;°CDS;582446;49;;;deb;°CDS;1187918;382;;;;&tRNA;1747827;102;comp ;&tRNA;584175;170;;;;&tRNA;1188531;66;;;fin;°CDS;1748022;;comp fin;°CDS;584431;;;;fin;°CDS;1188688;;;;deb;°CDS;1796937;102;comp deb;°CDS;625631;84;;;deb;°CDS;1194077;206;comp;;;regulatory;1799337;112;comp ;&tRNA;626402;66;comp;;;&tRNA;1194775;10;comp;;fin;°CDS;1799628;;comp ;&tRNA;626543;17;comp;;fin;°CDS;1194870;;comp;;;;;; ;&tRNA;626637;13;comp;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;626727;149;comp;;;;;;;;;;;; fin;CDS;626952;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====abra intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_tRNA|abra intercalaires tRNA]] <pre> abra;intercalaires tRNA;;;;;;proportion des intercalaires <201;;; comp’;entre tRNAs;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;44 11 7 8 72 ;;86;;860;;49;10;deb; ;7 44 8 4 11;;;;140;;86;27;<201;7 ;;;49;;170;;96;46;total;15 ;66 17 13;comp’;84;comp’;149;;100;47;%;47% ;;comp’;63;comp’;76;;108;66;; ;;comp’;64;comp’;130;;155;73;fin; ;;;108;;216;;171;87;<201;12 ;;;155;;27;;206;92;total;16 ;8;;424;;569;;262;102;%;75% ;;;382;;66;;301;109;; ;;;206;;10;;382;140;total; ;;comp’;68;comp’;44;;415;170;<201;19 ;;;301;;92;;424;216;total;31 ;9 1 8;;415;;73;;493;569;%;61% ;;;96;;860;;854;860;; ;;;262;;46;;-;860;comp’;cumuls ;;;171;;47;;63;44;deb;100% ;63;comp’;137;comp’;714;;64;76;; ;;;854;;87;;68;130;fin;80% ;;;493;;109;;84;149;; ;;;100;;102;;137;714;total;90% </pre> ===apal=== ====apal opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_opérons|apal opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_palm_J233/achoPalm_J233-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022538.1;apal;;genome;;;;;;;; 29%GC;16.8.19 Paris;16s 2 ;35;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Acholeplasma palmae J233;;;;;;;;;;; ;161706..162593;;CDS;;132;132;;;296;; ;162726..162816;;agc;;9;;9;;;; ;162826..162901;;gaa;;126;126;;;;; ;163028..163522;;CDS;;;;;;165;; ;;;;;;;;;;; comp;205002..205226;;CDS;;72;72;;;75;; comp;205299..205373;;tgg;;73;73;;;;; comp;205447..206382;;CDS;;133;133;;;;; ;206516..206591;;cac;;14;;14;;;; ;206606..206680;;caa;;34;;34;;;; ;206715..206797;;cta;;168;168;;;;; ;206966..207208;;CDS;;;;;;81;; ;;;;;;;;;;; ;294770..296290;;CDS;;347;347;;;*507;; ;296638..298160;;16s;;128;;;;1523;; ;298289..301126;;23s;;34;;;;2838;; ;301161..301268;;5s;;51;;;;108;; ;301320..301396;;aac;;118;118;;;;; ;301515..301835;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; ;303638..304993;;CDS;;70;70;;;452;; ;305064..305139;;gaa;@1;9;;9;;;; ;305149..305225;;cgt;;71;;71;;;; ;305297..305373;;cca;;13;;13;;;; ;305387..305461;;gga;;86;86;;;;; ;305548..308184;;CDS;;;;;;*879;; ;;;;;;;;;;; ;326174..327313;;CDS;;91;91;;;380;; ;327405..327478;;tgc;;527;*527;;;;; comp;328006..328539;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; ;435096..436751;;CDS;;48;48;;;*552;; ;436800..436885;;ctc;;214;214;;;;; ;437100..438890;;CDS;;;;;;*597;; ;;;;;;;;;;; ;441323..442294;;CDS;;38;38;;;324;; comp;442333..442407;;ggc;;100;100;;;;; ;442508..443650;;CDS;;;;;;381;; ;;;;;;;;;;; ;443640..444197;;CDS;;93;93;;;186;; comp;444291..444364;;acc;;133;133;;;;; ;444498..444695;;CDS;;;;;;66;; ;;;;;;;;;;; ;644468..646315;;CDS;;124;124;;;*616;; ;646440..646516;;aga;;251;251;;;;; ;646768..647322;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; ;669786..670511;;CDS;;45;45;;;242;; ;670557..670632;;cgg;;1;;;;;; ;670634..670722;;tcc;;133;133;;;;; ;670856..671359;;CDS;;;;;;168;; ;;;;;;;;;;; comp;837575..837796;;CDS;;157;157;;;74;; comp;837954..838029;;aag;;214;214;;;;; ;838244..838888;;CDS;;;;;;215;; ;;;;;;;;;;; comp;1172026..1173090;;CDS;;112;112;;;355;; comp;1173203..1173285;;ttg;;82;82;;;;; comp;1173368..1175038;;CDS;;;;;;*557;; ;;;;;;;;;;; comp;1456398..1457315;;CDS;;72;72;;;306;; comp;1457388..1457463;;gac;;40;40;;;;; comp;1457504..1458355;;CDS;;154;154;;;284;; comp;1458510..1458585;;ttc;;7;;;7;;; comp;1458593..1458668;;gac;;4;;;4;;; comp;1458673..1458749;;atgf;;55;;;55;;; comp;1458805..1458895;;tca;;22;;;22;;; comp;1458918..1458994;;atgi;;4;;;4;;; comp;1458999..1459075;;atgj;;45;;;45;;; comp;1459121..1459196;;gca;;5;;;5;;; comp;1459202..1459286;;tta;;20;;;20;;; comp;1459307..1459382;;aaa;;6;;;6;;; comp;1459389..1459464;;aca;;15;;;15;;; comp;1459480..1459555;;gta;;21;;;;;; comp;1459577..1459684;;5s;@2;34;;;;108;; comp;1459719..1462556;;23s;;50;;;;2838;; comp;1462607..1462682;;gca;;6;;;6;;; comp;1462689..1462765;;atc;;110;;;;;; comp;1462876..1464398;;16s;;206;;;;1523;; comp;1464605..1464688;;tac;;114;114;;;;; comp;1464803..1464973;;cds;;;;;;;; </pre> ====apal cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_cumuls|apal cumuls]] <pre> apal cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;0;1;;100;5;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;4;8;50;4;20;;200;6;60;1 ;16 atc gca;1;40;1;1;100;9;40;;300;4;90;4 ;16 23 5s a;1;60;0;2;150;9;60;;400;5;120;1 ;max a;14;80;1;0;200;3;80;;500;1;150;0 ;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;4;180;3 ;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;1;210;2 ;total aas;15;140;0;0;350;1;140;;800;0;240;1 sans ;opérons;14;160;0;0;400;0;160;;900;1;270;1 ;1 aa;9;180;0;0;450;0;180;;1000;0;300;2 ;max a;4;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2 ;a doubles;0;;0;0;;1;;;;0;;10 ;total aas;20;;6;11;;30;;0;;27;;27 total aas;;35;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;136;;;;307;; ;;;variance;;;;100;;;;208;; sans jaune;;;moyenne;25;17;;122;;;;218;;177 ;;;variance;24;18;;68;;;;120;;91 </pre> ====apal blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_blocs|apal blocs]] <pre> apal blocs;;;;; gta;21;;CDS;347; 5s;34;108;16s;128;1523 23s;50;2838;23s;34;2838 gca;6;;5s;51;108 atc;110;;aac;118; 16s;206;1523;CDS;; tac;114;;;; CDS;;;;; </pre> ====apal remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_remarques|apal remarques]] *code génétique apal <pre> apal;;;;;;;35 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;1;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====apal distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_distribution|apal distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total apal;;9; ;;;;;;apal;9;;;;;;;;apal;0;;;;;; </pre> ====apal données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_données_intercalaires|apal données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;apal;fx;fc;apal;fx40;fc40;apal;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;0;10;0;0;10;-1;;43;132;133;16s tRNA;; ;0;10;6;163;1;0;42;-2;;0;126;527;118;;atc ;0;20;4;157;2;0;26;-3;;0;72;38;tRNA 16s;; ;0;30;11;37;3;0;17;-4;2;102;73;100;206;;tac 1;1;40;9;34;4;0;14;-5;;0;168;93;tRNA 23s;;gca ;2;50;8;35;5;0;10;-6;1;0;139;133;51;; ;0;60;12;41;6;2;4;-7;;1;70;214;5s tRNA;; ;1;70;7;37;7;2;6;-8;2;44;137;;51;;aac ;2;80;8;29;8;1;10;-9;;0;91;;21;;gta ;1;90;6;31;9;1;15;-10;;1;48;;tRNA tRNA;;intra 2;1;100;11;33;10;0;19;-11;1;33;214;;6;;atc gca ;0;110;6;24;11;0;18;-12;;0;124;;tRNA tRNA;;contig ;2;120;14;31;12;0;23;-13;;2;251;;7;;ttc ;2;130;9;23;13;2;15;-14;;17;45;;4;;gac 2;5;140;11;26;14;0;16;-15;;0;133;;55;;atgf ;0;150;4;17;15;0;18;-16;;1;157;;22;;tca ;2;160;7;16;16;0;9;-17;;13;112;;4;;atgi ;1;170;10;11;17;0;15;-18;;0;82;;45;;atgj ;0;180;6;13;18;1;18;-19;;0;138;;5;;gca ;0;190;4;14;19;0;13;-20;;8;40;;20;;tta ;0;200;3;11;20;1;12;-21;;0;154;;6;;aaa ;0;210;4;10;21;2;1;-22;;0;114;;15;;aca 1;1;220;4;7;22;2;5;-23;;5;CDS 16s;;**;;gta ;0;230;4;5;23;0;5;-24;;0;347;;tRNA tRNA;; ;0;240;3;7;24;3;6;-25;;1;206;;9;;agc ;0;250;1;6;25;0;7;-26;;9;16s 23s;;**;;gaa ;1;260;0;9;26;0;7;-27;;0;137;;14;;cac ;0;270;3;6;27;1;3;-28;;0;23s 5s;;34;;caa ;0;280;0;5;28;1;0;-29;;5;35;;**;;cta ;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;;;9;;gaa ;0;300;0;3;30;2;3;-31;;0;;;71;;cgt ;0;310;0;1;31;1;3;-32;;3;;;13;;cca ;0;320;1;6;32;1;6;-33;;0;;;**;;gga ;0;330;4;4;33;1;2;-34;;0;;;1;;cgg ;0;340;2;2;34;0;5;-35;;2;;;**;;tcc ;0;350;1;4;35;1;1;-36;;0;;;;; ;0;360;0;0;36;0;1;-37;;0;;;;; ;0;370;1;2;37;0;2;-38;;1;;;;; ;0;380;0;3;38;1;6;-39;;0;;;;; ;0;390;0;5;39;3;4;-40;;1;;;;; ;0;400;0;3;40;1;4;-41;;0;;;;; 1;0;reste;5;38;reste;160;518;-42;;0;;;;; 7;22;total;190;919;total;190;919;-43;;0;;;;; 6;22;diagr;185;871;diagr;30;391;-44;;0;;;;; 0;0; t30;21;357;;;;-45;;0;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;; ;x;190;6;0;196;;;-49;;0;;;;; ;c;909;294;10;1213;;;-50;;0;;;;; ;;;;;1409;97;;reste;;2;;;;; ;;;;;;1506;;total;6;294;;;;; </pre> =====apal autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_autres_intercalaires_aas|apal autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;apal;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas fin;;CDS;292;1638;;; deb;;CDS;82590;85343;109;*; ;;regulatory;85453;85552;216;*; fin;;CDS;85769;86557;;; deb;;CDS;86565;87845;35;*; ;;misc_binding;87881;88073;51;*; fin;;CDS;88125;89402;;; deb;;CDS;161706;162593;132;*; ;;tRNA;162726;162816;9;*;agc ;;tRNA;162826;162901;126;*;gaa fin;;CDS;163028;163522;;; deb;comp;CDS;205002;205226;72;*; ;comp;tRNA;205299;205373;73;*;tgg deb;comp;CDS;205447;206382;133;*; ;;tRNA;206516;206591;14;*;cac ;;tRNA;206606;206680;34;*;caa ;;tRNA;206715;206797;168;*;cta fin;;CDS;206966;207208;;; deb;comp;CDS;278906;279901;56;*; ;comp;misc_binding;279958;280136;8;*; fin;comp;CDS;280145;281908;;0; deb;;CDS;294770;296290;347;*; ;;rRNA;296638;298152;137;*;1515 ;;rRNA;298290;301125;35;*;2836 ;;rRNA;301161;301268;51;*;108 ;;tRNA;301320;301396;139;*;aac fin;;CDS;301536;301835;;; deb;;CDS;303638;304993;70;*; ;;tRNA;305064;305139;9;*;gaa ;;tRNA;305149;305225;71;*;cgt ;;tRNA;305297;305373;13;*;cca ;;tRNA;305387;305461;137;*;gga fin;;CDS;305599;308184;;; deb;;CDS;310206;311093;42;*; ;;repeat_region;311136;314336;391;*; fin;;CDS;314728;315327;;; deb;;CDS;326174;327313;91;*; ;;tRNA;327405;327478;527;*;tgc fin;comp;CDS;328006;328539;;0; deb;;CDS;426740;427501;5;*; ;;misc_binding;427507;427707;40;*; fin;;CDS;427748;428767;;; deb;;CDS;435096;436751;48;*; ;;tRNA;436800;436885;214;*;ctc fin;;CDS;437100;438890;;; deb;;CDS;441323;442294;38;*; ;comp;tRNA;442333;442407;100;*;ggc fin;;CDS;442508;443650;;; deb;;CDS;443640;444197;93;*; ;comp;tRNA;444291;444364;133;*;acc fin;;CDS;444498;444695;;; deb;;CDS;480393;481697;56;*; ;;regulatory;481754;481850;51;*; fin;;CDS;481902;483050;;; deb;;CDS;575929;577302;54;*; ;;regulatory;577357;577432;44;*; fin;;CDS;577477;578175;;; deb;;CDS;583894;584502;19;*; ;;regulatory;584522;584597;56;*; fin;;CDS;584654;585274;;; deb;;CDS;644468;646315;124;*; ;;tRNA;646440;646516;251;*;aga fin;;CDS;646768;647322;;; deb;;CDS;669786;670511;45;*; ;;tRNA;670557;670632;1;*;cgg ;;tRNA;670634;670722;133;*;tcc fin;;CDS;670856;671359;;; deb;;CDS;778517;780295;54;*; ;;misc_binding;780350;780540;55;*; fin;;CDS;780596;783169;;; deb;comp;CDS;837575;837796;157;*; ;comp;tRNA;837954;838029;214;*;aag fin;;CDS;838244;838888;;; deb;comp;CDS;859225;859602;141;*; ;;regulatory;859744;859842;69;*; fin;;CDS;859912;860478;;0; deb;;CDS;900888;901286;41;*; ;;ncRNA;901328;901664;157;*; fin;;CDS;901822;906708;;; deb;;CDS;930603;931235;52;*; ;;tmRNA;931288;931628;154;*; fin;;CDS;931783;934152;;; deb;comp;CDS;997671;998201;47;*; ;comp;misc_binding;998249;998458;29;*; fin;comp;CDS;998488;998940;;; deb;comp;CDS;1099021;1099650;75;*; ;comp;regulatory;1099726;1099840;44;*; fin;comp;CDS;1099885;1100643;;0; deb;comp;CDS;1172026;1173090;112;*; ;comp;tRNA;1173203;1173285;82;*;ttg fin;comp;CDS;1173368;1175038;;; deb;comp;CDS;1296140;1297378;79;*; ;comp;regulatory;1297458;1297558;175;*; fin;;CDS;1297734;1298978;;; deb;comp;CDS;1395785;1396276;13;*; ;comp;misc_feature;1396290;1396409;2;*; fin;comp;CDS;1396412;1397101;;; deb;comp;CDS;1420757;1422160;117;*; ;comp;regulatory;1422278;1422379;175;*; fin;comp;CDS;1422555;1422713;;0; deb;comp;CDS;1424704;1426260;38;*; ;comp;misc_binding;1426299;1426505;43;*; fin;comp;CDS;1426549;1427391;;; deb;comp;CDS;1456398;1457249;138;*; ;comp;tRNA;1457388;1457463;40;*;gac deb;comp;CDS;1457504;1458355;154;*; ;comp;tRNA;1458510;1458585;7;*;ttc ;comp;tRNA;1458593;1458668;4;*;gac ;comp;tRNA;1458673;1458749;55;*;atgf ;comp;tRNA;1458805;1458895;22;*;tca ;comp;tRNA;1458918;1458994;4;*;atgi ;comp;tRNA;1458999;1459075;45;*;atgj ;comp;tRNA;1459121;1459196;5;*;gca ;comp;tRNA;1459202;1459286;20;*;tta ;comp;tRNA;1459307;1459382;6;*;aaa ;comp;tRNA;1459389;1459464;15;*;aca ;comp;tRNA;1459480;1459555;21;*;gta ;comp;rRNA;1459577;1459684;35;*;108 ;comp;rRNA;1459720;1462555;51;*;2836 ;comp;tRNA;1462607;1462682;6;*;gca ;comp;tRNA;1462689;1462765;118;*;atc ;comp;rRNA;1462884;1464398;206;*;1515 ;comp;tRNA;1464605;1464688;114;*;tac fin;comp;CDS;1464803;1464973;;; deb;comp;CDS;1471917;1474742;32;*; ;comp;ncRNA;1474775;1474868;9;*; fin;comp;CDS;1474878;1475336;;; deb;comp;CDS;1547053;1548444;47;*; ;comp;misc_binding;1548492;1548707;39;*; fin;comp;CDS;1548747;1549406;;; deb;comp;CDS;1554025;1554159;291;*; </pre> ===tenericutes synthèse=== ====tenericutes distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_génome|tenericutes distribution par génome]] <pre> tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total abra;12;14; ;11;1;2;;5;45 apal;9;9; ;11;1;4;;1;35 total;21;23;0;22;2;6;0;6;80 </pre> ====tenericutes distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_du_total|tenericutes distribution du total]] <pre> tener2;;;;;;;66 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2 atc;;acc;2;aac;;agc;2 ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;2 cta;2;cca;3;caa;2;cga;1 gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2 ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;21;23;;22;;;66 ;;;;;;; tener2;;;;;;;14 atgi; ;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;2;tgc; atc;4;acc;;aac;6;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;2;gaa;;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj; ;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;6 1-3aas;2;6;66 </pre> ====tenericutes distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_type|tenericutes distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;22 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga; cta;2;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;2;gaa;;gga; ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;21;23;;22;;;66;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====tenericutes par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_par_rapport_au_groupe_de_référence|tenericutes par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;7;3;;;;;10; 16;moyen;13;4;;10;;6;33; 14;fort;3;14;;12;6;2;37; ; ;23;21;;22;6;8;80; 10;g+cga;3;2;;;;;5; 2;agg+cgg;1;;;;;;1; 4;carre ccc;3;1;;;;;4; 5;autres;;;;;;;; ;;7;3;;;;;10; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;88;38;;;;;125;26 16;moyen;163;50;;125;;75;413;324 14;fort;38;175;;150;75;25;463;650 ; ;288;263;;275;75;100;80;729 10;g+cgg;38;25;;;;;63;10 2;agg+cga;13;;;;;;13; 4;carre ccc;38;13;;;;;50;16 5;autres;;;;;;;; ;;88;38;;;;;125; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;159;68;;227;26;30;14; 16;moyen;295;91;;386;324;57;19; 14;fort;68;318;;386;650;13;67; ; ;523;477;;44;729;23;21; 10;g+cgg;68;45;;114;10;;; 2;agg+cga;23;;;23;;;; 4;carre ccc;68;23;;91;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;159;68;;227;;;; </pre> ====tenericutes, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes,_estimation_des_-rRNAs|tenericutes, estimation des -rRNAs]] <pre> tenericutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 20 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;20;93; ; ;;indices;;;;20;465;0;0;;tener2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;44 atgi;5;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;25;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;;tac;5;tgc;;;ttc;25;tcc;;tac;25;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2 atc;10;acc;;aac;11;agc;;;atc;50;acc;;aac;55;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;25;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;2 tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;25;tca;25;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;6;aaa;7;aga;;;ata;;aca;30;aaa;35;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;2 cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;10;cca;;caa;;cga;;;cta;2;cca;3;caa;2;cga;1 gta;8;gca;7;gaa;2;gga;;;gta;40;gca;35;gaa;10;gga;;;gta;;gca;;gaa;4;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;5;acg;;aag;;agg;;;atgj;25;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;39;;54;;0;93;;;;195;;270;;0;465;;;;17;;17;;10;44 27.5.20 Tanger;;;;tener;total;ttt;tgt;;10.1.21 Paris;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;112;3535;0.9;0;;;;;;112;3535;0.9;0;;tener2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;62;tct;;tat;;atgf;71;;atgi;87;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;79;tcc;40;tac;75;tgc;99;;ttc;104;tcc;40;tac;100;tgc;99;;ttc;;tcc;50;tac;;tgc;100 atc;53;acc;71;aac;49;agc;99;;atc;103;acc;71;aac;104;agc;99;;atc;;acc;100;aac;;agc;100 ctc;32;ccc;0.0;cac;100;cgt;72;;ctc;32;ccc;;cac;100;cgt;72;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100 gtc;1.8;gcc;0.9;gac;77;ggc;56;;gtc;1.8;gcc;0.9;gac;102;ggc;56;;gtc;50;gcc;50;gac;100;ggc;100 tta;73;tca;75;taa;;tga;90;;tta;98;tca;100;taa;;tga;90;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;8;aca;73;aaa;86;aga;103;;ata;8.0;aca;103;aaa;121;aga;103;;ata;;aca;;aaa;;aga;100 cta;90;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;150;caa;100;cga;50 gta;65;gca;69;gaa;94;gga;102;;gta;105;gca;104;gaa;104;gga;102;;gta;;gca;;gaa;200;gga;100 ttg;98;tcg;33;tag;0.0;tgg;100;;ttg;98;tcg;33;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;50;tag;;tgg;100 atgj;69;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;94;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;;acg;50;aag;100;agg;50 ctg;0;ccg;0;cag;0;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1201;;1101;;349;2651;;;;1396;;1371;;329;3096;;;;850;;850;;500;2200 rapports;;86;;80;;106;86;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;tener2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;71;tct;;tat;;atgf;74;;fiches;28.45;;;fréquences;;;;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;569;;;0/0;7;;;;att;100;act;100;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;93;;;10;9;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;20;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;100 ttc;76;tcc;100;tac;75;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;100;tcc;20;tac;100;tgc;1 atc;51;acc;100;aac;47;agc;100;;tener2;22;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;100;agc;1 ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100;;sans;44;;;50;2;19;;;ctc;68;ccc;;cac;0;cgt;28 gtc;100;gcc;100;gac;75;ggc;100;;avec;36;;;60;2;;;;gtc;96;gcc;98;gac;23;ggc;44 tta;74;tca;75;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;1;;;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100 ata;100;aca;71;aaa;71;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;100;aaa;100;aga;3 cta;90;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par tener;;;;90;0;;;;cta;10;cca;34;caa;3;cga;24 gta;62;gca;66;gaa;90;gga;100;;est 23% en dessous;;;;100;19;;;;gta;100;gca;100;gaa;53;gga;2 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;34;tag;;tgg;0 atgj;73;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;100;acg;50;aag;38;agg;56 ctg;;ccg;;cag;;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;100 gtg;;gcg;;gag;;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;100 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;66;;187;;441;693 </pre> ==spirochète== ===Sphaerochaeta coccoides DSM 17374=== ====scc opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_opérons|scc opérons]] *Notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc. <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Spha_cocc_DSM_17374/sphaCocc_DSM17374-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_015436.1;scc;génome;;;;;;;;;; 50.6%GC;12.1.21 Paris;16s 3;47;;;;;;;cds dirigé;; Sphaerochaeta coccoides DSM 17374 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; comp;215073..215231;;cds;;1194;*1194;;;53;;hp; comp;216426..216498;;gcg;@1;369;369;;;;*369;; comp;216868..217047;;cds;;;;;;60;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;243358..244170;;cds;@2;812;*812;;;271;;HAD-IIB family hydrolase;* ;244983..246519;;16s;;132;;;132;;;; ;246652..246725;;atc;;79;;;79;;;; ;246805..249778;;23s;;72;;;;;;; ;249851..249962;;5s;;175;175;;;;175;; ;250138..250947;;cds;;;;;;270;;metal ABC transporter permease;* ;;;;;;;;;;;; ;300128..301798;;cds;;669;*669;;;557;;formate--tetrahydrofolate ligase;* ;302468..302539;;ggg;;452;*452;;;;*452;; ;302992..304032;;cds;;;;;;347;;ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;316296..317216;;cds;;152;152;;;307;152;phosphatase PAP2 family protein;* ;317369..317442;;gac;;176;176;;;;;; ;317619..318692;;cds;;;;;;358;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;; ;330207..331004;;cds;;16;16;;;266;16;class I SAM-dependent methyltransferase;* comp;331021..331104;;ttg;;251;251;;;;;; ;331356..333446;;cds;;;;;;*697;;patatin-like phospholipase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;345290..346216;;cds;;228;228;;;309;;hp; comp;346445..346517;;ccg;;182;182;;;;182;; comp;346700..347059;;cds;;;;;;120;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;422975..424363;;cds;;71;71;;;463;71;sulfatase-like hydrolase/transferase;* comp;424435..424506;;gtc;;252;252;;;;;; ;424759..426600;;cds;;;;;;614;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;436852..438168;;cds;;237;237;;;439;;MFS transporter;* comp;438406..438477;;gtg;;202;202;;;;202;; ;438680..440152;;cds;;;;;;491;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;481186..482484;;cds;;180;180;;;433;;HD domain-containing protein;* ;482665..482737;;atgj;;82;82;;;;82;; ;482820..483494;;cds;;;;;;225;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;530805..532313;;cds;;82;82;;;503;82;IMP dehydrogenase;* ;532396..532467;;gta;;310;310;;;;;; ;532778..533485;;cds;;;;;;236;;YggS family pyridoxal phosphate-dependent enzyme;* ;;;;;;;;;;;; ;568939..569700;;cds;;102;102;;;254;102;NAD-dependent deacetylase;* ;569803..569874;;gga;;412;412;;;;;; ;570287..570952;;cds;;;;;;222;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;636017..636391;;cds;;52;52;;;125;52;chorismate mutase;* ;636444..636517;;aca;;334;334;;;;;; comp;636852..637013;;cds;;;;;;54;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;717326..717772;;cds;;66;66;;;149;66;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;717839..717920;;tac;;230;230;;;;;; ;718151..719386;;cds;;;;;;412;;aminopeptidase;* ;;;;;;;;;;;; comp;721419..723056;;cds;@3;67;67;;;546;67;ATP-binding cassette domain-containing protein;* comp;723124..723195;;gag;;10;;10;;;;; comp;723206..723276;;cag;;104;104;;;;;; comp;723381..723911;;cds;;;;;;177;;adenine phosphoribosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;724974..725225;;cds;;236;236;;;84;;hp; comp;725462..725533;;acg;;124;124;;;;124;; comp;725658..728366;;cds;;;;;;*903;;pyruvate, phosphate dikinase;* ;;;;;;;;;;;; comp;767509..768549;;cds;;350;350;;;347;*350;DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family protein;* comp;768900..769011;;5s;;72;;;;;;; comp;769084..772057;;23s;;40;;;40;;;; comp;772098..772171;;gca;;137;;;137;;;; comp;772309..773845;;16s;;535;*535;;;;;; ;774381..774947;;cds;;;;;;189;;peroxiredoxin;* ;;;;;;;;;;;; ;783089..784627;;cds;;273;273;;;513;;glycoside hydrolase family 43 protein;* comp;784901..784972;;gaa;;43;;43;;;;; comp;785016..785088;;aaa;;223;223;;;;223;; ;785312..787483;;cds;;;;;;*724;;cadmium-translocating P-type ATPase;* ;;;;;;;;;;;; comp;877367..879202;;cds;;447;447;;;612;*447;translational GTPase TypA;* comp;879650..879761;;5s;;72;;;;;;; comp;879834..882807;;23s;;40;;;40;;;; comp;882848..882921;;gca;;137;;;137;;;; comp;883059..884595;;16s;;648;*648;;;;;; ;885244..885867;;cds;;;;;;208;;GNAT family N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;900855..901490;;cds;;73;73;;;212;73;Fic family protein;* comp;901564..901637;;ccc;;214;214;;;;;; ;901852..903519;;cds;;;;;;556;;Alpha-glucosidase;* ;;;;;;;;;;;; ;928254..930545;;cds;;138;138;;;*764;138;AAA family ATPase;* ;930684..930755;;cac;;32;;32;;;;; ;930788..930861;;cga;;38;;38;;;;; ;930900..930972;;aag;;37;;37;;;;; ;931010..931091;;cta;;36;;36;;;;; ;931128..931199;;ggc;;423;423;;;;;; ;931623..932981;;cds;;;;;;453;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;; ;937885..939693;;cds;;171;171;;;603;171;oligoendopeptidase F;* ;939865..939938;;aga;;437;437;;;;;; ;940376..940579;;cds;;;;;;68;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;974079..974468;;cds;@4;223;223;;;130;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;974692..974775;;ctc;;153;153;;;;153;; comp;974929..975384;;cds;;112;112;;;152;;VOC family protein;* comp;975497..975569;;cca;;95;95;;;;95;; ;975665..976339;;cds;;;;;;225;;endonuclease III;* ;;;;;;;;;;;; ;1069506..1069922;;cds;;81;81;;;139;;hp; comp;1070004..1070087;;tta;;78;78;;;;78;; ;1070166..1070981;;cds;;;;;;272;;TatD family hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1113338..1113928;;cds;;247;247;;;197;247;NAD(P)H-dependent oxidoreductase;* ;1114176..1114248;;aac;;247;247;;;;;; comp;1114496..1117318;;cds;;;;;;*941;;5'-nucleotidase C-terminal domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1126672..1127604;;cds;;173;173;;;311;173;DUF362 domain-containing protein;* ;1127778..1127850;;caa;;193;193;;;;;; comp;1128044..1128334;;cds;;;;;;97;;septation regulator SpoVG;* ;;;;;;;;;;;; comp;1257969..1258763;;cds;;140;140;;;265;;nucleotidyltransferase domain-containing protein;* ;1258904..1258977;;agg;;79;79;;;;79;; ;1259057..1259779;;cds;;;;;;241;;nitroreductase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1273039..1273944;;cds;;217;217;;;302;;DNA-protecting protein DprA;* ;1274162..1274234;;ttc;;103;103;;;;103;; comp;1274338..1274865;;cds;;;;;;176;;cysteine hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1363097..1364389;;cds;;432;432;;;431;;H(+)-transporting two-sector ATPase;* ;1364822..1364894;;atgf;;213;213;;;;213;; ;1365108..1366457;;cds;;;;;;450;;Trk system potassium transporter TrkA;* ;;;;;;;;;;;; comp;1478531..1479448;;cds;;196;196;;;306;196;hp; ;1479645..1479718;;cgg;;256;256;;;;;; comp;1479975..1481738;;cds;;;;;;588;;ABC transporter ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1522454..1523143;;cds;;86;86;;;230;;hp; ;1523230..1523301;;tgc;;34;34;;;;34;; comp;1523336..1523890;;cds;;;;;;185;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;1540671..1541807;;cds;;186;186;;;379;186;DUF2974 domain-containing protein;* comp;1541994..1542066;;gcc;;351;351;;;;;; ;1542418..1544223;;cds;;;;;;602;;IS1634 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;1691238..1692578;;cds;;189;189;;;447;189;sn-glycerol-1-phosphate dehydrogenase;* ;1692768..1692851;;ctg;;564;*564;;;;;; ;1693416..1693646;;cds;;;;;;77;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1760709..1761905;;cds;;185;185;;;399;185;hp; ;1762091..1762164;;atgi;;316;316;;;;;; comp;1762481..1765135;;cds;;;;;;*885;;valine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2034849..2035028;;cds;@4;32;32;;;60;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2035061..2035134;;tgg;;26;26;;;;26;; comp;2035161..2035337;;cds;;64;64;;;59;64;50S ribosomal protein L33;* comp;2035402..2035474;;acc;;246;246;;;;;; ;2035721..2036506;;cds;;;;;;262;;HAD family hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; ;2185380..2186171;;cds;@5;84;84;;;264;84;16S rRNA (uracil(1498)-N(3))-methyltransferase;* ;2186256..2186340;;tca;;40;;40;;;;; ;2186381..2186467;;agc;;25;;25;;;;; ;2186493..2186566;;cgc;;16;;16;;;;; ;2186583..2186669;;tcg;;40;;40;;;;; ;2186710..2186795;;tcc;;13;;;;;;; ;2186809..2186906;;ncRNA;;133;133;;;*33;;; comp;2187040..2188236;;cds;;;;;;399;;transposase;* </pre> ====scc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_cumuls|scc cumuls]] *Notes: * pour le nombre de jaunes <pre> scc cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;3;1;0;;1;0;1;0;100;9 ;16 23 5s 0;;20;2;;50;4;20;1;200;11 ;16 atc23s5s;1;40;7;2;100;14;40;2;300;16 ;16gca23s5s;2;60;1;0;150;8;60;1;400;11 ;max a;1;80;;1;200;13;80;7;500;9 ;a doubles;;100;;0;250;13;100;4;600;6 ;autres;;120;;0;300;4;120;2;700;5 ;total aas;3;140;;3;350;4;140;2;800;*2 sans ;opérons;34;160;;;400;2;160;2;900;*1 ;1 aa;30;180;;;450;5;180;3;1000;*2 ;max a;5;200;;;500;*1;200;5;1100; ;a doubles;0;;;;;*6;;*4;; ;total aas;44;;10;6;;74;;33;;72 total aas;;47;;;;;;;*4;;*6 remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;32;94;;236;;154;;343 ;;;variance;11;47;;196;;108;;215 sans jaune;;;moyenne;;;;188;;124;;299 ;;;variance;;;;110;;64;;164 </pre> ====scc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_blocs|scc blocs]] <pre> cds;812;;cds;350;447 16s;132;;5s;72;72 atc;79;;23s;40;40 23s;72;;gca;137;137 5s;175;;16s;535;648 cds;;;cds;; </pre> ====scc remarques==== ====scc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_distribution|scc distribution]] <pre> distribution;scc;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;14;30;;;;3;47 ;;;;;;; ;;;;;;; distribution;scc;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;inter;;max;;min;;total ;17;;13;;17;;47 </pre> ====scc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_données_intercalaires|scc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;scc;fx;fc;scc;fx40;fc40;scc;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;39;1194;152;16s tRNA;; ;0;10;9;164;1;1;31;-2;1;0;369;16;132;;atc 1;0;20;15;120;2;0;27;-3;0;0;669;251;2* 137;;gca ;1;30;25;55;3;3;23;-4;2;156;452;71;tRNA 23s;; 1;1;40;11;50;4;1;7;-5;0;0;176;252;79;;atc ;0;50;20;52;5;0;13;-6;2;0;228;237;2* 40;;gca ;1;60;10;31;6;0;4;-7;0;6;182;202;tRNA tRNA;; ;3;70;18;44;7;2;8;-8;0;31;82;180;10;;gag 3;1;80;15;38;8;0;11;-9;2;0;82;334;**;;cag 2;3;90;17;36;9;1;20;-10;0;5;310;273;43;;gaa 1;0;100;27;28;10;1;20;-11;4;15;102;223;**;;aaa 1;2;110;13;31;11;0;12;-12;2;0;412;73;32;;cac ;1;120;18;23;12;2;15;-13;1;2;52;214;38;;cga ;1;130;17;21;13;2;16;-14;0;17;66;95;37;;aag 1;1;140;16;23;14;2;16;-15;1;0;230;81;36;;cta ;0;150;10;20;15;1;12;-16;1;4;67;78;**;;ggc 1;1;160;12;18;16;0;8;-17;2;7;104;247;40;;tca ;0;170;15;12;17;1;7;-18;1;0;236;247;25;;agc 2;2;180;14;14;18;0;15;-19;0;0;124;173;16;;cgc 1;3;190;9;13;19;4;7;-20;0;10;138;193;40;;tcg 2;0;200;11;17;20;3;12;-21;0;0;423;140;**;;tcc 1;0;210;6;15;21;2;5;-22;0;0;171;217;;; 2;1;220;13;14;22;0;6;-23;2;2;437;103;;; 1;3;230;10;9;23;1;9;-24;1;1;223;432;;; 1;1;240;14;8;24;4;8;-25;0;2;153;196;;; 3;0;250;10;7;25;3;6;-26;2;5;112;256;;; 3;0;260;5;7;26;3;9;-27;0;0;79;86;;; ;0;270;6;9;27;4;3;-28;0;0;213;34;;; 1;0;280;3;7;28;0;5;-29;0;2;186;351;;; ;0;290;7;8;29;3;3;-30;0;0;189;185;;; ;0;300;4;8;30;5;1;-31;1;1;564;316;;; ;1;310;3;8;31;2;7;-32;1;2;32;246;;; 1;0;320;6;10;32;1;2;-33;0;0;26;;;; ;0;330;2;6;33;1;3;-34;0;1;64;;;; 1;0;340;8;3;34;0;8;-35;0;0;84;;;; ;0;350;1;6;35;1;5;-36;0;0;CDS 16s;;;; 1;0;360;5;7;36;1;5;-37;0;0;812;;;; ;1;370;1;5;37;2;2;-38;0;0;350;;;; ;0;380;3;5;38;2;7;-39;0;0;447;;;; ;0;390;5;5;39;1;9;-40;0;0;23s 5s;;;; ;0;400;2;4;40;0;2;-41;0;2;3* 72;;;; 1;7;reste;39;34;reste;395;606;-42;0;0;5s CDS;;;; 32;35;total;457;1001;total;457;1001;-43;0;0;350;175;;; 31;28;diagr;416;961;diagr;60;389;-44;0;2;447;;;; 1;1; t30;49;339;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;455;28;2;485;;;-49;0;0;;;;; ;c;995;319;6;1320;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1805;104;;reste;1;6;;;;; ;;;;;;1909;;total;28;319;;;;; </pre> =====scc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires_aas|scc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;scc;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;215073;1194;comp; ;tRNA;216426;369;comp;gcg fin;CDS;216868;;comp; deb;CDS;243358;812;; ;rRNA;244983;132;;16s ;tRNA;246652;79;;atc ;rRNA;246805;72;;23s ;rRNA;249851;175;;5s fin;CDS;250138;;comp; deb;CDS;300128;669;; ;tRNA;302468;452;;ggg fin;CDS;302992;;; deb;CDS;316296;152;comp; ;tRNA;317369;176;;gac fin;CDS;317619;;; deb;CDS;330207;16;; ;tRNA;331021;251;comp;ttg fin;CDS;331356;;; deb;CDS;345290;228;comp; ;tRNA;346445;182;comp;ccg fin;CDS;346700;;comp; deb;CDS;422975;71;; ;tRNA;424435;252;comp;gtc fin;CDS;424759;;; deb;CDS;436852;237;; ;tRNA;438406;202;comp;gtg fin;CDS;438680;;; deb;CDS;481186;180;comp; ;tRNA;482665;82;;atgj fin;CDS;482820;;; deb;CDS;530805;82;; ;tRNA;532396;310;;gta fin;CDS;532778;;; deb;CDS;568939;102;; ;tRNA;569803;412;;gga fin;CDS;570287;;; deb;CDS;636017;52;; ;tRNA;636444;334;;aca fin;CDS;636852;;comp; deb;CDS;640192;79;; ;tmRNA;640610;334;; fin;CDS;641322;;comp; deb;CDS;711173;51;; ;ncRNA;712064;10;comp; fin;CDS;712417;;comp; deb;CDS;717326;66;; ;tRNA;717839;230;;tac fin;CDS;718151;;; deb;CDS;721419;67;comp; ;tRNA;723124;10;comp;gag ;tRNA;723206;104;comp;cag fin;CDS;723381;;comp; deb;CDS;724974;236;comp; ;tRNA;725462;124;comp;acg fin;CDS;725658;;comp; deb;CDS;767509;350;comp; ;rRNA;768900;72;comp;5s ;rRNA;769084;40;comp;23s ;tRNA;772098;137;comp;gca ;rRNA;772309;535;comp;16s fin;CDS;774381;;; deb;CDS;783089;273;; ;tRNA;784901;43;comp;gaa ;tRNA;785016;223;comp;aaa fin;CDS;785312;;; deb;CDS;877367;447;comp; ;rRNA;879650;72;comp;5s ;rRNA;879834;40;comp;23s ;tRNA;882848;137;comp;gca ;rRNA;883059;648;comp;16s fin;CDS;885244;;; deb;CDS;900855;73;; ;tRNA;901564;214;comp;ccc fin;CDS;901852;;; deb;CDS;928254;138;; ;tRNA;930684;32;;cac ;tRNA;930788;38;;cga ;tRNA;930900;37;;aag ;tRNA;931010;36;;cta ;tRNA;931128;423;;ggc fin;CDS;931623;;; deb;CDS;937885;171;; ;tRNA;939865;437;;aga fin;CDS;940376;;; deb;CDS;974079;223;comp; ;tRNA;974692;153;comp;ctc deb;CDS;974929;112;comp; ;tRNA;975497;95;comp;cca fin;CDS;975665;;; deb;CDS;1069506;81;; ;tRNA;1070004;78;comp;tta fin;CDS;1070166;;; deb;CDS;1084097;24;; ;regulatory;1084535;39;; fin;CDS;1084670;;; deb;CDS;1113338;247;comp; ;tRNA;1114176;247;;aac fin;CDS;1114496;;comp; deb;CDS;1126672;173;comp; ;tRNA;1127778;193;;caa fin;CDS;1128044;;comp; deb;CDS;1257969;140;comp; ;tRNA;1258904;79;;agg fin;CDS;1259057;;; deb;CDS;1273039;217;comp; ;tRNA;1274162;103;;ttc fin;CDS;1274338;;comp; deb;CDS;1301674;54;; ;repeat_region;1302007;4;; fin;CDS;1306496;;; deb;CDS;1319568;73;; ;repeat_region;1319986;84;; fin;CDS;1322087;;comp; deb;CDS;1363097;432;comp; ;tRNA;1364822;213;;atgf fin;CDS;1365108;;; deb;CDS;1478531;196;comp; ;tRNA;1479645;256;;cgg fin;CDS;1479975;;comp; deb;CDS;1522454;86;comp; ;tRNA;1523230;34;;tgc fin;CDS;1523336;;comp; deb;CDS;1540671;186;comp; ;tRNA;1541994;351;comp;gcc fin;CDS;1542418;;; deb;CDS;1691238;189;; ;tRNA;1692768;564;;ctg fin;CDS;1693416;;; deb;CDS;1760709;185;comp; ;tRNA;1762091;316;;atgi fin;CDS;1762481;;comp; deb;CDS;2034849;32;comp; ;tRNA;2035061;26;comp;tgg deb;CDS;2035161;64;comp; ;tRNA;2035402;246;comp;acc fin;CDS;2035721;;; deb;CDS;2185380;84;; ;tRNA;2186256;40;;tca ;tRNA;2186381;25;;agc ;tRNA;2186493;16;;cgc ;tRNA;2186583;40;;tcg ;tRNA;2186710;13;;tcc ;ncRNA;2186809;133;; fin;CDS;2187040;;comp; </pre> ====scc intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_entre_cds|scc intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> scc;3.2.21 Paris;;scc 16.7.20;;;;;;; scc;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;347;19.2;'''négatif ;-10;13;-1 à -74;'''2 227 296;-1;347 ;'''zéro;8;0.4;;;;;'''intercals;0;8 ;'''1 à 200;1112;61.6;'''0 à 200;69;57;;'''195 310;5;106 ;'''201 à 370;241;13.4;'''201 à 370;269;49;;'''8.8%;10;67 ;'''371 à 600;78;4.3;'''371 à 600;445;63;;;15;78 ;'''601 à max;19;1.1;'''601 à 1048;779;145;;;20;57 ;'''total 1805;<201;81;'''total 1800;103;136;-74 à 1048;;25;44 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>fréquence-1;30;36 1398976;1670;-1;347;-70;2;;0;8;35;30 1167746;1666;0;8;-60;2;;-1;°39;40;31 1943263;1598;1;°32;-50;3;;-2;1;45;39 2221165;1229;2;27;-40;6;;-3;0;50;33 940376;1048;3;26;-30;6;'''min à -1;-4;°158;55;27 2116721;960;4;8;-20;27;347;-5;0;60;14 1197192;959;5;°13;-10;62;19.2%;-6;2;65;36 1728512;916;6;4;0;247;;-7;6;70;26 1917725;874;7;10;10;173;;-8;°31;75;22 972954;867;8;11;20;135;;-9;2;80;31 1554925;775;9;°21;30;80;;-10;5;85;26 1997696;715;10;21;40;61;'''1 à 100;-11;°19;90;27 1693573;700;11;12;50;72;785;-12;2;95;33 1314184;671;12;°17;60;41;43.5%;-13;3;100;22 1528150;655;13;18;70;62;;-14;°17;105;23 1659099;643;14;18;80;53;;-15;1;110;21 1773078;643;15;°13;90;53;;-16;5;115;20 1732369;635;16;8;100;55;'''0 à 200;-17;°9;120;21 356981;617;17;8;110;44;1120;-18;1;125;20 137346;590;18;°15;120;41;;-19;0;130;18 1639500;590;19;11;130;38;;-20;°10;135;20 977451;580;20;°15;140;39;;-21;0;140;19 661808;579;21;7;150;30;;-22;0;145;16 1611095;565;22;6;160;30;;-23;°4;150;14 1590201;563;23;°10;170;27;'''1 à 200;-24;2;155;17 1330173;561;24;12;180;28;1112;-25;2;160;13 379215;558;25;9;190;22;62%;-26;°7;165;15 1755945;548;26;°12;200;28;;-27;0;170;12 191845;527;27;7;210;21;;-28;0;175;12 1897378;525;28;5;220;27;;-29;°2;180;16 72886;522;29;6;230;19;;-30;0;185;12 1978592;521;30;6;240;22;;-31;2;190;10 511329;515;31;°9;250;17;;-32;°3;195;14 220737;512;32;3;260;12;;;42;200;14 1410834;511;33;4;270;15;;reste;14;205;11 ;;34;8;280;10;;total;355;210;10 ;;35;6;290;15;;;;215;20 ;;36;6;300;12;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;7 ;;37;4;310;11;;600;1786;225;11 ;;38;9;320;16;;620;1;230;8 ;;39;°10;330;8;;640;1;235;10 ;;40;2;340;11;'''201 à 370;660;3;240;12 ;;reste;1 001;350;7;241;680;1;245;8 ;;total;1 805;360;12;13.4%;700;1;250;9 ;;;;370;6;;720;1;255;7 ;;;;380;8;;740;;260;5 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;10;;760;;265;8 438680;-120;comp;;400;6;;780;1;270;7 1693416;-74;shift2;158;410;7;;800;;275;4 277564;-68;shift2;1487;420;8;;820;;280;6 1935981;-68;shift2;686;430;4;;840;;285;6 964418;-59;shift2;296;440;4;;860;;290;9 1721260;-59;shift2;1127;450;1;;880;2;295;8 482820;-53;shift2;623;460;1;;900;;300;4 1283977;-47;comp;;470;5;;920;1;305;6 1310625;-46;shift2;417;480;3;;940;;310;5 1544483;-44;shift2;374;490;2;;960;2;315;9 1705959;-44;shift2;1007;500;2;;980;;320;7 950419;-41;;;510;1;;1000;;325;4 1249575;-41;;;520;3;;1020;;330;4 2054241;-34;;;530;4;;1040;;335;4 937251;-32;;;540;0;'''371 à 600;1060;1;340;7 1154295;-32;;;550;1;78;;15;345;2 1972305;-32;;;560;1;4.3%;;;350;5 485333;-31;;;570;3;;;;355;4 1666650;-31;;;580;2;'''601 à max;;;360;8 952193;-29;;;590;2;19;;;365;4 1123783;-29;;;600;0;1.1%;;;370;2 669889;-26;;;reste;19;;reste;4;reste;97 733006;-26;;;total;1805;;total;1805;total;1805 </pre> ====scc intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> scc Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; scc;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;30;-200;266;31;690;222;max30;&-86;660;-1605;134;830;256;min60 31 à 400;;;;;;;2 parties;&-7;162;-551;72;949;318;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;104;46;-;619;poly;71;tF;&197;65;;499;poly;331;SF 31 à 400;;;;;;;;&114;43;-;787;poly;162;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.177;;;;;; 41-n;0.748;0.440;0.530;;;;;;;;;;; 1-n;0.367;-0.088;0.049;;;;;;;;;14.8.21 paris;; scc;fx;fc;;scc;fx%;fc%;scc;fx40;fc40;;x;scc;Sx-;Sc- 0;2;6;;0;5;6;0;2;6;>0;455;-1;0;39 10;9;164;;10;22;171;1;1;31;<0;28;-2;1;0 20;15;120;;20;36;125;2;0;27;zéro;2;-3;0;0 30;25;55;;30;60;57;3;3;23;total;485;-4;2;156 40;11;50;;40;26;52;4;1;7;;c;-5;0;0 50;20;52;;50;48;54;5;0;13;>0;995;-6;2;0 60;10;31;;60;24;32;6;0;4;<0;319;-7;0;6 70;18;44;;70;43;46;7;2;8;zéro;6;-8;0;31 80;15;38;;80;36;40;8;0;11;total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reste;39;34;;;;;reste;395;606;;;-42;0;0 total;457;1001;;t30;118;353;total;457;1001;;;-43;0;0 diagr;416;961;;;;;diagr;60;389;;;-44;0;2 - t30;367;622;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;1;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;total;28;319 </pre> ====scc intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_négatifs_S-|scc intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320 comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;4;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;28 ;Sc-;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;15;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;319 </pre> ====scc autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires|scc autres intercalaires]] <pre> ;scc;autres intercalaires;;adresses1;;;scc;autres intercalaires;;adresses2;;;scc;autres intercalaires;;adresses3 ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;215073;1194;comp;;deb;°CDS;721419;67;comp;;deb;°CDS;1113338;247;comp ;&tRNA;216426;369;comp;;;&tRNA;723124;10;comp;;;&tRNA;1114176;247; fin;°CDS;216868;;comp;;;&tRNA;723206;104;comp;;fin;°CDS;1114496;;comp deb;°CDS;243358;812;;;fin;°CDS;723381;;comp;;deb;°CDS;1126672;173;comp ;$rRNA;244983;132;;;deb;°CDS;724974;236;comp;;;&tRNA;1127778;193; ;&tRNA;246652;79;;;;&tRNA;725462;124;comp;;fin;°CDS;1128044;;comp ;$rRNA;246805;72;;;fin;°CDS;725658;;comp;;deb;°CDS;1257969;140;comp ;$rRNA;249851;175;;;deb;°CDS;767509;350;comp;;;&tRNA;1258904;79; fin;°CDS;250138;;comp;;;$rRNA;768900;72;comp;;fin;°CDS;1259057;; deb;°CDS;300128;669;;;;$rRNA;769084;40;comp;;deb;°CDS;1273039;217;comp ;&tRNA;302468;452;;;;&tRNA;772098;137;comp;;;&tRNA;1274162;103; fin;°CDS;302992;;;;;$rRNA;772309;535;comp;;fin;°CDS;1274338;;comp deb;°CDS;316296;152;comp;;fin;°CDS;774381;;;;deb;°CDS;1301674;54; ;&tRNA;317369;176;;;deb;°CDS;783089;273;;;;repeat_region;1302007;4; fin;°CDS;317619;;;;;&tRNA;784901;43;comp;;fin;°CDS;1306496;; deb;°CDS;330207;16;;;;&tRNA;785016;223;comp;;deb;°CDS;1319568;73; ;&tRNA;331021;251;comp;;fin;°CDS;785312;;;;;repeat_region;1319986;84; fin;°CDS;331356;;;;deb;°CDS;877367;447;comp;;fin;°CDS;1322087;;comp deb;°CDS;345290;228;comp;;;$rRNA;879650;72;comp;;deb;°CDS;1363097;432;comp ;&tRNA;346445;182;comp;;;$rRNA;879834;40;comp;;;&tRNA;1364822;213; fin;°CDS;346700;;comp;;;&tRNA;882848;137;comp;;fin;°CDS;1365108;; deb;°CDS;422975;71;;;;$rRNA;883059;648;comp;;deb;°CDS;1478531;196;comp ;&tRNA;424435;252;comp;;fin;°CDS;885244;;;;;&tRNA;1479645;256; fin;°CDS;424759;;;;deb;°CDS;900855;73;;;fin;°CDS;1479975;;comp deb;°CDS;436852;237;;;;&tRNA;901564;214;comp;;deb;°CDS;1522454;86;comp ;&tRNA;438406;202;comp;;fin;°CDS;901852;;;;;&tRNA;1523230;34; fin;°CDS;438680;;;;deb;°CDS;928254;138;;;fin;°CDS;1523336;;comp deb;°CDS;481186;180;comp;;;&tRNA;930684;32;;;deb;°CDS;1540671;186;comp ;&tRNA;482665;82;;;;&tRNA;930788;38;;;;&tRNA;1541994;351;comp fin;°CDS;482820;;;;;&tRNA;930900;37;;;fin;°CDS;1542418;; deb;°CDS;530805;82;;;;&tRNA;931010;36;;;deb;°CDS;1691238;189; ;&tRNA;532396;310;;;;&tRNA;931128;423;;;;&tRNA;1692768;564; fin;°CDS;532778;;;;fin;°CDS;931623;;;;fin;°CDS;1693416;; deb;°CDS;568939;102;;;deb;°CDS;937885;171;;;deb;°CDS;1760709;185;comp ;&tRNA;569803;412;;;;&tRNA;939865;437;;;;&tRNA;1762091;316; fin;°CDS;570287;;;;fin;°CDS;940376;;;;fin;°CDS;1762481;;comp deb;°CDS;636017;52;;;deb;°CDS;974079;223;comp;;deb;°CDS;2034849;32;comp ;&tRNA;636444;334;;;;&tRNA;974692;153;comp;;;&tRNA;2035061;26;comp fin;°CDS;636852;;comp;;deb;°CDS;974929;112;comp;;deb;°CDS;2035161;64;comp deb;°CDS;640192;79;;;;&tRNA;975497;95;comp;;;&tRNA;2035402;246;comp ;tmRNA;640610;334;;;fin;°CDS;975665;;;;fin;°CDS;2035721;; fin;°CDS;641322;;comp;;deb;°CDS;1069506;81;;;deb;°CDS;2185380;84; deb;°CDS;711173;51;;;;&tRNA;1070004;78;comp;;;&tRNA;2186256;40; ;ncRNA;712064;10;comp;;fin;°CDS;1070166;;;;;&tRNA;2186381;25; fin;°CDS;712417;;comp;;deb;°CDS;1084097;24;;;;&tRNA;2186493;16; deb;°CDS;717326;66;;;;regulatory;1084535;39;;;;&tRNA;2186583;40; ;&tRNA;717839;230;;;fin;°CDS;1084670;;;;;&tRNA;2186710;13; fin;°CDS;718151;;;;;;;;;;;ncRNA;2186809;133; ;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;2187040;;comp </pre> ====scc intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_tRNA|scc intercalaires tRNA]] <pre> scc;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;1194;;369;;32;26;deb; ;;;669;;452;;52;79;<201;13 ;;comp’;152;;176;;64;82;total;18 ;;comp’;16;comp’;251;;66;104;taux;72% ;;;228;;182;;67;124;; ;;comp’;71;comp’;252;;82;153;fin; ;;comp’;237;comp’;202;;84;176;<201;8 ;;comp’;180;;82;;102;182;total;17 ;;;82;;310;;112;213;taux;47% ;;;102;;412;;138;230;; ;;;52;comp’;334;;171;310;total; ;;;66;;230;;186;369;<201;21 ;10;;67;;104;;189;412;total;35 ;;;236;;124;;223;423;taux;60% ;43;comp’;273;comp’;223;;228;437;; ;;comp’;73;comp’;214;;236;452;; ;32 38 37 36;;138;;423;;669;564;; ;;;171;;437;;1194;;comp’;cumuls ;;;223;;153;;16;34;deb; ;;;112;comp’;95;;71;78;<201;11 ;;comp’;81;comp’;78;;73;95;total;16 ;;comp’;247;comp’;247;;81;103;taux;69% ;;comp’;173;comp’;193;;86;193;; ;;comp’;140;;79;;140;202;fin; ;;comp’;217;comp’;103;;152;214;<201;5 ;;comp’;432;;213;;173;223;total;16 ;;comp’;196;comp’;256;;180;246;taux;31% ;;comp’;86;comp’;34;;185;247;; ;;;186;comp’;351;;196;251;total; ;;;189;;564;;217;252;<201;16 ;;comp’;185;comp’;316;;237;256;total;32 ;;;32;;26;;247;316;taux;50% ;;;64;comp’;246;;273;334;; ;40 25 16 40 13;;84;;;;432;351;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;24;13;37;;;;;;; total;34;33;67;;;;;;; taux;71%;39%;55%;;;;;;; </pre> ====scc par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_par_rapport_au_groupe_de_référence|scc par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;scc;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;11;6;;;;;17; 16;moyen;9;5;;;;3;17; 14;fort;10;3;;;;;13; ; ;30;14;0;0;0;3;47; 10;g+cga;5;6;;;;;11; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;;;;;;4; 5;autres;;;;;;;0; ;;11;6;0;0;0;0;17; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;234;128;;;;;362;26 16;moyen;191;106;;;;64;362;324 14;fort;213;64;;;;;277;650 ;;638;298;;;;64;47;729 10;g+cga;106;128;;;;;234;10 2;agg+cgg;43;;;;;;43; 4;carre ccc;85;;;;;;85;16 5;autres;;;;;;;; ;;234;128;;;;;362; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;250;136;;386;26;37;43; 16;moyen;205;114;;318;324;30;36; 14;fort;227;68;;295;650;33;21; ;;682;318;;44;729;30;14; 10;g+cga;114;136;;250;10;45;100; 2;agg+cgg;45;;;45;;18;; 4;carre ccc;91;;;91;16;36;; 5;autres;;;;;;;; ;;250;136;;386;;11;6; </pre> ===spirochetes, estimation des -rRNAs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#spirochetes,_estimation_des_-rRNAs|spirochetes, estimation des -rRNAs]] <pre> spirochetes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 13 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;13;21; ; ;;indices;;;;13;162;0;0;;spiro1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;44 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;9;acc;;aac;;agc;;;atc;69;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;;gca;12;gaa;;gga;;;gta;;gca;92;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;;;;;;;;;;162;;0;;0;162;;;;14;;14;;16;44 11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;73;2823;0;0;;indices;;;;73;2823;0;0;;spiro1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4400 atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100 atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100 ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt; gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100 tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100 gta;101;gca;22;gaa;82;gga;100;;gta;101;gca;114;gaa;82;gga;100;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100 ttg;100;tcg;41;tag;0;tgg;100;;ttg;100;tcg;41;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1398;;1326;;891;3615;;;;1560;;1326;;891;3777;;;;1400;;1400;;1600;4400 rapports;;90;;100;;100;96;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;spiro1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;37.31;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;485;;;0/0;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;100;;avec;22;;;10;27;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;10 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;13;;;20;2;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;1;;;;ttc;20;tcc;0;tac;0;tgc;0 atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;spiro1;44;;;40;1;;;;atc;100;acc;0;aac;0;agc;0 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;44;;;50;5;36;;;ctc;3;ccc;45;cac;0;cgt;100 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;3;;;60;6;;;;gtc;45;gcc;41;gac;7;ggc;3 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100 ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;0;aaa;0;aga;1 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par spiro;;;;90;0;;;;cta;0;cca;0;caa;0;cga;8 gta;100;gca;19;gaa;100;gga;100;;est 18% au dessus;;;;100;5;;;;gta;1;gca;100;gaa;18;gga;0 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;59;tag;;tgg;0 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;3;acg;42;aag;22;agg;34 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;48;ccg;58;cag;58;cgg;53 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;66;gcg;59;gag;60;ggg;79 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;56;;62;;732;850 </pre> ==archeo== ===mfi=== ====mfi opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_opérons|mfi opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_form/methForm-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_LN515531.1;mfi;;genome;;;;;;;; 41.2%GC;17.8.19 Paris;16s 2 ;47;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Methanobacterium formicicum DSM1535;;;;;;;;;;; ;157153..157563;;CDS;;36;36;;;137;; comp;157600..157683;;ctc;;246;246;;;;; ;157930..158232;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; comp;211693..213681;;CDS;;206;206;;;*663;; ;213888..213971;;tcg;;281;281;;;;; ;214253..215677;;CDS;;;;;;475;; ;;;;;;;;;;; comp;314088..314264;;CDS;;50;50;;;59;; comp;314315..314487;;caa;@1;-1;*-1;;;;; comp;314487..314654;;CDS;;;;;;56;; ;;;;;;;;;;; comp;317759..318211;;CDS;;198;198;;;151;; comp;318410..318494;;tcc;;177;177;;;;; comp;318672..319634;;CDS;;;;;;321;; ;;;;;;;;;;; comp;419250..419975;;CDS;;156;156;;;242;; comp;420132..420204;;aac;;29;29;;;;; comp;420234..420545;;CDS;;;;;;104;; ;;;;;;;;;;; comp;466570..467484;;CDS;;223;223;;;305;; comp;467708..467792;;agc;;186;186;;;;; comp;467979..468294;;ncRNA;@2;122;122;;;316;; ;468417..469397;;CDS;;;;;;327;; ;;;;;;;;;;; ;681116..681676;;CDS;;37;37;;;187;; comp;681714..681786;;gcg;;195;195;;;;; comp;681982..682488;;CDS;;;;;;169;; ;;;;;;;;;;; ;695936..696538;;CDS;;939;*939;;;201;; comp;697478..697600;;5s;;305;;;;123;; comp;697906..700772;;23s;;233;;;;2867;; comp;701006..701079;;gca;;87;;;;;; comp;701167..702646;;16s;;724;*724;;;1480;; ;703371..704336;;CDS;;;;;;322;; ;;;;;;;;;;; comp;746487..747290;;CDS;;155;155;;;268;; comp;747446..747518;;acc;;85;;*85;;;; comp;747604..747686;;tta;;303;303;;;;; ;747990..748163;;CDS;;;;;;58;; ;;;;;;;;;;; comp;800615..801820;;CDS;;43;43;;;402;; comp;801864..801935;;caa;;72;72;;;;; comp;802008..802697;;CDS;;;;;;230;; ;;;;;;;;;;; comp;963425..964432;;CDS;;273;273;;;336;; ;964706..964778;;aac;;5;;5;;;; ;964784..964857;;atgi;;58;;58;;;; ;964916..964990;;gaa;;53;;53;;;; ;965044..965127;;cta;;29;;29;;;; ;965157..965232;;cac;;146;146;;;;; ;965379..965717;;CDS;;;;;;113;; ;;;;;;;;;;; comp;974621..974842;;CDS;;564;*564;;;74;; ;975407..975480;;aag;;90;;*90;;;; ;975571..975653;;ttg;;504;;*504;;;; ;976158..976231;;aaa;;148;148;;;;; comp;976380..976679;;CDS;;;;;;100;; ;;;;;;;;;;; comp;1006329..1008095;;CDS;;397;397;;;*589;; ;1008493..1008614;;5s;@3;748;;;;122;; ;1009363..1009485;;5s;;286;;;;123;; ;1009772..1012638;;23s;;233;;;;2867;; ;1012872..1012945;;gca;;72;;;;;; ;1013018..1014497;;16s;;454;*454;;;1480;; ;1014952..1016097;;CDS;;;;;;382;; ;;;;;;;;;;; comp;1088211..1088831;;CDS;;53;53;;;207;; comp;1088885..1089038;;tgg;@1;40;;40;;;; comp;1089079..1089150;;tgc;;212;212;;;;; comp;1089363..1089746;;CDS;;;;;;128;; ;;;;;;;;;;; ;1143658..1144137;;CDS;;166;166;;;160;; comp;1144304..1144610;;ncRNA;@2;14;14;;;307;; comp;1144625..1144699;;atgf;;139;139;;;;; comp;1144839..1145162;;CDS;;;;;;108;; ;;;;;;;;;;; ;1153368..1154087;;CDS;;56;56;;;240;; ;1154144..1154217;;aga;;62;;62;;;; ;1154280..1154354;;agg;;552;*552;;;;; comp;1154907..1156157;;CDS;;;;;;417;; ;;;;;;;;;;; ;1247204..1247659;;CDS;;4;4;;;152;; comp;1247664..1247739;;cga;;133;133;;;;; comp;1247873..1248481;;CDS;;;;;;203;; ;;;;;;;;;;; comp;1320721..1321641;;CDS;;183;183;;;307;; ;1321825..1321896;;gta;;99;;*99;;;; ;1321996..1322067;;gtg;;228;228;;;;; comp;1322296..1323084;;CDS;;;;;;263;; ;;;;;;;;;;; comp;1403886..1409507;;CDS;;351;351;;;*1874;; comp;1409859..1409930;;cgc;;222;222;;;;; comp;1410153..1410620;;CDS;;;;;;156;; ;;;;;;;;;;; ;1532795..1533088;;CDS;;127;127;;;98;; comp;1533216..1533325;;atgj;@1;246;246;;;;; ;1533572..1534402;;CDS;;;;;;277;; ;;;;;;;;;;; ;1541929..1542321;;CDS;;127;127;;;131;; ;1542449..1542522;;ggg;;1;*1;;;;; comp;1542524..1543528;;CDS;;;;;;335;; ;;;;;;;;;;; ;1602054..1603277;;CDS;;257;257;;;408;; ;1603535..1603608;;aca;;76;;76;;;; ;1603685..1603759;;cca;;44;;44;;;; ;1603804..1603877;;tac;;170;;*170;;;; ;1604048..1604119;;gac;;7;;7;;;; ;1604127..1604200;;aaa;;24;24;;;;; ;1604225..1604461;;CDS;;;;;;79;; ;;;;;;;;;;; ;1617553..1617861;;CDS;;187;187;;;103;; ;1618049..1618133;;tca;;252;252;;;;; ;1618386..1619444;;CDS;;;;;;353;; ;;;;;;;;;;; comp;1692202..1692552;;CDS;;271;271;;;117;; comp;1692824..1692895;;cag;;156;156;;;;; comp;1693052..1693972;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; ;1887796..1888038;;CDS;;136;136;;;81;; ;1888175..1888257;;ctg;;193;193;;;;; ;1888451..1891267;;CDS;;;;;;*939;; ;;;;;;;;;;; ;2057488..2057883;;CDS;;230;230;;;132;; ;2058114..2058184;;tgc;;143;143;;;;; ;2058328..2059713;;CDS;;;;;;462;; ;;;;;;;;;;; ;2128536..2129312;;CDS;;123;123;;;259;; ;2129436..2129509;;acg;;362;362;;;;; comp;2129872..2130963;;CDS;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; comp;2204492..2204932;;CDS;;178;178;;;147;; ;2205111..2205182;;gtc;;4;;4;;;; ;2205187..2205259;;ttc;;283;283;;;;; comp;2205543..2205875;;CDS;;;;;;111;; ;;;;;;;;;;; ;2317208..2317498;;CDS;;271;271;;;97;; ;2317770..2317842;;atc;;460;*460;;;;; ;2318303..2318863;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; comp;2414821..2415903;;CDS;;491;*491;;;361;; ;2416395..2416468;;gcc;;303;303;;;;; comp;2416772..2417797;;CDS;;;;;;342;; ;;;;;;;;;;; comp;2432399..2432848;;CDS;;537;*537;;;150;; ;2433386..2433459;;ggc;;2;;2;;;; ;2433462..2433535;;gga;;326;326;;;;; comp;2433862..2434263;;CDS;;;;;;134;; </pre> ====mfi cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_cumuls|mfi cumuls]] <pre> mfi cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;-;1;2;1;;100;9;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;4;;50;8;20;;200;21;60;3 ;16 gca 235;2;40;2;;100;3;40;;300;10;90;3 ;16 23 5s a;0;60;3;;150;10;60;;400;12;120;10 ;max a;1;80;2;;200;12;80;;500;5;150;7 ;a doubles;0;100;3;;250;8;100;;600;1;180;5 ;autres;2;120;0;;300;7;120;;700;1;210;5 ;total aas;2;140;0;;350;3;140;;800;0;240;2 sans ;opérons;29;160;0;;400;3;160;;900;0;270;4 ;1 aa;20;180;1;;450;0;180;;1000;1;300;1 ;max a;5;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;6 ;a doubles;0;;1;;;5;;;;1;;15 ;total aas;45;;16;0;;64;;0;;61;;61 total aas;;47;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;83;;;224;;;;266;; ;;;variance;121;;;176;;;;265;; sans jaune;;;moyenne;35;;;178;;;;213;;171 ;;;variance;27;;;96;;;;115;;81 </pre> ====mfi blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_blocs|mfi blocs]] <pre> mfi blocs;; CDS;939;201 5s;305;123 23s;233;2867 gca;87; 16s;724;1480 CDS;;322 ;; CDS;397;589 5s;748;122 5s;286;123 23s;233;2867 gca;72; 16s;454;1480 CDS;;382 </pre> ====mfi remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_remarques|mfi remarques]] <pre> mfi;;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;1;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;1;caa;2;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;;cag;1;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ====mfi distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_distribution|mfi distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;;;;;; atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;;;;;; ctc;1;ccc;;cac;;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;;;;;;; gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;;;;;; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1;;ata;;;;;;; cta;;cca;;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;;;;;; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;; ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;;;;;; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;;;;;; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mfi;;20;;;;;;;mfi;25;;;;;2;47;;mfi;0;;;;;; </pre> ====mfi données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_données_intercalaires|mfi données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mfi;fx;fc;mfi;fx40;fc40;mfi;x-;c-;c;x;c;x;aa ;1;0;0;29;0;0;29;-1;;22;281;36;16s tRNA;; 2;0;10;12;146;1;0;20;-2;;0;50;246;87;;gca ;0;20;6;108;2;1;25;-3;;0;-1;206;72;;gca ;2;30;18;58;3;0;14;-4;1;70;198;37;tRNA 23s;; 2;0;40;14;56;4;1;20;-5;;0;177;303;2* 233;;gca ;2;50;11;53;5;1;14;-6;1;0;156;273;tRNA tRNA;; ;2;60;15;58;6;2;7;-7;;0;29;564;85;;acc ;0;70;17;61;7;0;8;-8;1;27;223;148;**;;tta ;1;80;14;57;8;1;10;-9;;0;195;552;5;;aac ;0;90;21;61;9;4;14;-10;;3;155;4;58;;atgi ;0;100;16;67;10;2;14;-11;;11;43;183;53;;gaa ;0;110;10;46;11;0;17;-12;;0;72;228;29;;cta ;0;120;23;51;12;1;12;-13;;4;146;127;**;;cac 1;2;130;22;52;13;0;18;-14;;3;53;246;90;;aag ;3;140;21;40;14;0;16;-15;;0;212;1;504;;ttg 1;2;150;23;47;15;0;3;-16;;1;139;362;**;;aaa ;3;160;21;39;16;0;10;-17;;3;56;178;40;;tgg ;0;170;15;28;17;1;8;-18;;0;133;283;**;;tgc 1;1;180;17;27;18;2;12;-19;;1;351;491;62;;aga 1;1;190;20;34;19;2;5;-20;;1;222;303;**;;agg ;3;200;16;27;20;0;7;-21;;0;127;537;99;;gta 1;0;210;13;28;21;2;6;-22;;0;257;326;**;;gtg ;1;220;17;21;22;3;4;-23;;2;24;;76;;aca 1;3;230;11;30;23;2;8;-24;;0;187;;44;;cca ;0;240;14;24;24;0;12;-25;;0;252;;170;;tac 2;0;250;9;22;25;1;6;-26;;0;271;;7;;gac ;2;260;7;17;26;2;0;-27;;0;156;;**;;aaa ;0;270;17;18;27;2;9;-28;;0;136;;4;;gtc 1;2;280;10;16;28;2;5;-29;;1;193;;**;;ttc 1;1;290;5;12;29;3;4;-30;;0;230;;2;;ggc ;0;300;5;14;30;1;4;-31;;0;143;;**;;gga 2;0;310;13;14;31;1;6;-32;;2;123;;;; ;0;320;12;14;32;5;5;-33;;0;271;;;; 1;0;330;11;17;33;2;10;-34;;1;460;;;; ;0;340;8;6;34;1;5;-35;;2;CDS 16s;;;; ;0;350;7;8;35;2;5;-36;;0;454;724;;; ;1;360;7;10;36;0;3;-37;;0;23s 5s;;;; 1;0;370;9;7;37;0;5;-38;;1;305;;;; ;0;380;6;11;38;0;7;-39;;0;286;;;; ;0;390;9;8;39;0;8;-40;;0;5s 5s;;;; ;0;400;5;10;40;3;2;-41;;0;748;;;; 4;1;reste;99;93;reste;576;1148;-42;;0;5s CDS;;;; 22;34;total;626;1545;total;626;1545;-43;;1;;939;;; 18;32;diagr;527;1423;diagr;50;368;-44;;2;;397;;; 2;2; t30;36;312;;;;-45;;0;;;;; ;;;;;;;;-46;;2;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;; ;x;626;5;0;631;;;-49;;0;;;;; ;c;1516;167;29;1712;;;-50;;0;;;;; ;;;;;2343;87;;reste;2;7;;;;; ;;;;;;2430;;total;5;167;;;;; </pre> =====mfi autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_autres_intercalaires_aas|mfi autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;mfi;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;157153;157563;36;*; ;comp;tRNA;157600;157683;246;*;ctc fin;;CDS;157930;158232;;0; deb;comp;CDS;211693;213681;206;*; ;;tRNA;213888;213971;281;*;tcg fin;;CDS;214253;215677;;0; deb;comp;CDS;314088;314264;50;*; ;comp;tRNA;314315;314487;-1;*;caa fin;comp;CDS;314487;314654;;; deb;comp;CDS;317759;318211;198;*; ;comp;tRNA;318410;318494;177;*;tcc fin;comp;CDS;318672;319634;;; deb;comp;CDS;419250;419975;156;*; ;comp;tRNA;420132;420204;29;*;aac fin;comp;CDS;420234;420545;;; deb;comp;CDS;466570;467484;223;*; ;comp;tRNA;467708;467792;186;*;agc ;comp;ncRNA;467979;468294;122;*; fin;;CDS;468417;469397;;; deb;;CDS;681116;681676;37;*; ;comp;tRNA;681714;681786;195;*;gcg fin;comp;CDS;681982;682488;;0; deb;;CDS;695936;696538;939;*; ;comp;rRNA;697478;697600;305;*;123 ;comp;rRNA;697906;700772;233;*;2867 ;comp;tRNA;701006;701079;87;*;gca ;comp;rRNA;701167;702646;724;*;1480 fin;;CDS;703371;704336;;0; deb;comp;CDS;746487;747290;155;*; ;comp;tRNA;747446;747518;85;*;acc ;comp;tRNA;747604;747686;303;*;tta fin;;CDS;747990;748163;;; deb;comp;CDS;800615;801820;43;*; ;comp;tRNA;801864;801935;72;*;caa fin;comp;CDS;802008;802697;;; deb;comp;CDS;963425;964432;273;*; ;;tRNA;964706;964778;5;*;aac ;;tRNA;964784;964857;58;*;atgi ;;tRNA;964916;964990;53;*;gaa ;;tRNA;965044;965127;29;*;cta ;;tRNA;965157;965232;146;*;cac fin;;CDS;965379;965717;;; deb;comp;CDS;974621;974842;564;*; ;;tRNA;975407;975480;90;*;aag ;;tRNA;975571;975653;504;*;ttg ;;tRNA;976158;976231;148;*;aaa fin;comp;CDS;976380;976679;;0; deb;;CDS;1006329;1008095;397;*; ;comp;rRNA;1008493;1008614;748;*;122 ;comp;rRNA;1009363;1009485;286;*;123 ;comp;rRNA;1009772;1012638;233;*;2867 ;comp;tRNA;1012872;1012945;72;*;gca ;comp;rRNA;1013018;1014497;454;*;1480 fin;comp;CDS;1014952;1016097;;; deb;comp;CDS;1088211;1088831;53;*; ;comp;tRNA;1088885;1089038;40;*;tgg ;comp;tRNA;1089079;1089150;212;*;tgc fin;comp;CDS;1089363;1089746;;0; deb;;CDS;1143658;1144137;166;*; ;comp;ncRNA;1144304;1144610;14;*; ;comp;tRNA;1144625;1144699;139;*;atgf fin;comp;CDS;1144839;1145162;;; deb;;CDS;1153368;1154087;56;*; ;;tRNA;1154144;1154217;62;*;aga ;;tRNA;1154280;1154354;552;*;agg fin;comp;CDS;1154907;1156157;;; deb;;CDS;1247204;1247659;4;*; ;comp;tRNA;1247664;1247739;133;*;cga fin;comp;CDS;1247873;1248481;;; deb;comp;CDS;1320721;1321641;183;*; ;;tRNA;1321825;1321896;99;*;gta ;;tRNA;1321996;1322067;228;*;gtg fin;comp;CDS;1322296;1323084;;0; deb;comp;CDS;1403886;1409507;351;*; ;comp;tRNA;1409859;1409930;222;*;cgc fin;comp;CDS;1410153;1410620;;; deb;;CDS;1532795;1533088;127;*; ;comp;tRNA;1533216;1533325;246;*;atgj fin;;CDS;1533572;1534402;;0; deb;;CDS;1541929;1542321;127;*; ;;tRNA;1542449;1542522;1;*;ggg fin;comp;CDS;1542524;1543528;;; deb;;CDS;1602054;1603277;257;*; ;;tRNA;1603535;1603608;76;*;aca ;;tRNA;1603685;1603759;44;*;cca ;;tRNA;1603804;1603877;170;*;tac ;;tRNA;1604048;1604119;7;*;gac ;;tRNA;1604127;1604200;24;*;aaa fin;;CDS;1604225;1604461;;; deb;;CDS;1617553;1617861;187;*; ;;tRNA;1618049;1618133;252;*;tca fin;;CDS;1618386;1619444;;0; deb;comp;CDS;1692202;1692552;271;*; ;comp;tRNA;1692824;1692895;156;*;cag fin;comp;CDS;1693052;1693972;;; deb;;CDS;1887796;1888038;136;*; ;;tRNA;1888175;1888257;193;*;ctg fin;;CDS;1888451;1891267;;; deb;;CDS;2057488;2057883;230;*; ;;tRNA;2058114;2058184;143;*;tgc fin;;CDS;2058328;2059713;;; deb;;CDS;2128536;2129312;123;*; ;;tRNA;2129436;2129509;362;*;acg fin;comp;CDS;2129872;2130963;;; deb;comp;CDS;2204492;2204932;178;*; ;;tRNA;2205111;2205182;4;*;gtc ;;tRNA;2205187;2205259;283;*;ttc fin;comp;CDS;2205543;2205875;;; deb;;CDS;2317208;2317498;271;*; ;;tRNA;2317770;2317842;460;*;atc fin;;CDS;2318303;2318863;;0; deb;comp;CDS;2414821;2415903;491;*; ;;tRNA;2416395;2416468;303;*;gcc fin;comp;CDS;2416772;2417797;;; deb;comp;CDS;2432399;2432848;537;*; ;;tRNA;2433386;2433459;2;*;ggc ;;tRNA;2433462;2433535;326;*;gga fin;comp;CDS;2433862;2434263;;0; </pre> ===mja=== ====mja opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_opérons|mja opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_jann_DSM_2661/methJann1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000909.1;mja;;genome;;;;;;;; 31.3%GC;17.8.19 Paris;16s 2 ;37;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661;;;;;;;;;;; comp;96499..97053;;CDS;;372;372;;;185;; comp;97426..97537;;atgj;@1;91;;*91;;;; ;97629..97716;;ctc;;241;241;;;;; ;97958..99259;;CDS;;;;;;434;; ;;;;;;;;;;; comp;110328..111545;;CDS;;222;222;;;406;; ;111768..111852;;tga ;;21;21;;;;; ;111874..112785;;CDS;;;;;;304;; ;;;;;;;;;;; ;137244..138245;;CDS;;98;98;;;334;; comp;138344..138419;;gtg;;59;59;;;;; comp;138479..138781;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; ;153070..154479;;CDS;;182;182;;;470;; comp;154662..157639;;23s;;207;;;;2978;; comp;157847..157919;;gca;;64;;;;;; comp;157984..159463;;16s;;340;340;;;1480;; ;159804..160085;;CDS;;;;;;94;; ;;;;;;;;;;; comp;185874..186671;;CDS;;306;306;;;266;; ;186978..187066;;tcc;;71;71;;;;; ;187138..187590;;CDS;;;;;;151;; ;;;;;;;;;;; ;190579..190800;;CDS;;31;31;;;74;; ;190832..190908;;ccc;;32;32;;;;; ;190941..191114;;CDS;;;;;;58;; ;;;;;;;;;;; comp;214560..215060;;CDS;;149;149;;;167;; ;215210..215297;;tta;;154;154;;;;; ;215452..216240;;CDS;;;;;;263;; ;;;;;;;;;;; ;226386..227639;;CDS;;64;64;;;418;; comp;227704..227780;;gcc;;239;239;;;;; ;228020..229720;;CDS;;;;;;*567;; ;;;;;;;;;;; ;303613..303927;;CDS;;64;64;;;105;; ;303992..304081;;tca;;230;230;;;;; comp;304312..304752;;CDS;;;;;;147;; ;;;;;;;;;;; comp;357984..358547;;CDS;;220;220;;;188;; ;358768..358845;;aga;;23;;23;;;; ;358869..358943;;gaa;;164;164;;;;; ;359108..359923;;CDS;;;;;;272;; ;;;;;;;;;;; ;359108..359923;;CDS;;48;48;;;272;; comp;359972..360047;;atgf;;103;103;;;;; comp;360151..361485;;CDS;;;;;;445;; ;;;;;;;;;;; ;401945..402796;;CDS;;171;171;;;284;; comp;402968..403044;;gtc;;229;229;;;;; ;403274..403834;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; comp;618311..618757;;CDS;;402;*402;;;149;; comp;619160..619234;;tgc;;63;63;;;;; comp;619298..619915;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; ;636394..637449;;CDS;;133;133;;;352;; ;637583..637659;;ttc;;7;;;7;;; ;637667..637742;;aac;;29;;;29;;; ;637772..637849;;atgi;;18;;;18;;; ;637868..637942;;gaa;;39;;;39;;; ;637982..638069;;cta;;11;;;11;;; ;638081..638152;;cac;;295;;;;;; ;638448..639930;;16s;;64;;;;1483;; ;639995..640067;;gca;;207;;;;;; ;640275..643254;;23s;;78;;;;2980;; ;643333..643447;;5s;;56;;;;115;; ;643504..643761;;ncRNA;@2;232;232;;;258;; ;643994..644962;;CDS;;;;;;323;; ;;;;;;;;;;; ;762859..763608;;CDS;;157;157;;;250;; comp;763766..763842;;acc;;178;;*178;;;; ;764021..764096;;caa;;50;50;;;;; ;764147..764818;;CDS;;;;;;224;; ;;;;;;;;;;; ;862207..862410;;CDS;;179;179;;;68;; ;862590..862661;;cga;;41;41;;;;; ;862703..863392;;CDS;;86;86;;;230;; ;863479..863555;;aca;;14;;;14;;; ;863570..863647;;cca;;8;;;8;;; ;863656..863732;;tac;;83;;;83;;; ;863816..863889;;aaa;;13;;;;;; ;863903..864017;;5s;@3;46;;;;115;; ;864064..864141;;gac;;80;80;;;;; ;864222..864842;;CDS;;;;;;207;; ;;;;;;;;;;; ;871492..873447;;CDS;;238;238;;;*652;; comp;873686..873763;;atc;;102;102;;;;; comp;873866..875110;;CDS;;;;;;415;; ;;;;;;;;;;; comp;882566..883615;;CDS;;65;65;;;350;; ;883681..883754;;gta;;123;123;;;;; comp;883878..884297;;CDS;;;;;;140;; ;;;;;;;;;;; comp;1037197..1038504;;CDS;;39;39;;;436;; comp;1038544..1038620;;cgc;@4;1;*1;;;;; comp;1038622..1039386;;CDS;;;;;;255;; ;;;;;;;;;;; comp;1148669..1149934;;CDS;;210;210;;;422;; ;1150145..1150220;;ggc;;34;;34;;;; ;1150255..1150330;;gga;;243;243;;;;; ;1150574..1151254;;CDS;;;;;;227;; ;;;;;;;;;;; comp;1188906..1189772;;CDS;;172;172;;;289;; ;1189945..1190055;;tgg;@1;95;95;;;;; ;1190151..1190684;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; comp;1312335..1312781;;CDS;;383;383;;;149;; ;1313165..1313249;;agc;;177;177;;;;; ;1313427..1314617;;CDS;;;;;;397;; </pre> ====mja cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_cumuls|mja cumuls]] <pre> mja cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;1;1;;100;4;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;0;5;50;7;20;;200;12;60;1 ;16 atc gca;0;40;2;2;100;10;40;;300;13;90;2 ;16 23 5s a;0;60;0;0;150;5;60;;400;6;120;3 ;max a;7;80;0;0;200;8;80;;500;8;150;4 ;a doubles;0;100;1;1;250;10;100;;600;1;180;3 ;autres;2;120;0;0;300;0;120;;700;1;210;5 ;total aas;13;140;0;0;350;2;140;;800;0;240;3 sans ;opérons;20;160;0;0;400;2;160;;900;0;270;4 ;1 aa;16;180;1;0;450;1;180;;1000;0;300;4 ;max a;2;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2 ;a doubles;0;;0;0;;0;;;;0;;14 ;total aas;24;;4;8;;46;;0;;45;;45 total aas;;37;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;82;26;;154;;;;269;; ;;;variance;71;25;;102;;;;137;; sans jaune;;;moyenne;29;18;;152;;;;253;;194 ;;;variance;8;12;;95;;;;117;;74 </pre> ====mja blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_blocs|mja blocs]] <pre> mja blocs;; CDS;182; 23s;207;2978 gca;64; 16s;340;1480 CDS;; ;; cac;295; 16s;64;1483 gca;207; 23s;78;2980 5s;56;115 ncRNA;232;258 CDS;; ;; aaa;13; 5s;46;115 gac;80; CDS;; </pre> ====mja remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_remarques|mja remarques]] <pre> mja;;;;;;;37 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====mja distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_distribution|mja distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;;;;;; atc;1;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;;;;;; ctc;;ccc;1;cac;;cgc;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;;;;;; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;;;;;; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;;;;;; cta;;cca;;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;;;;;; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;; ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;;;;;; atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;;;;;; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;; gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mja;;16;;;;;;;mja;8;;;;;;;;mja;0;;;;;; </pre> ====mja données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_données_intercalaires|mja données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mja;fx;fc;mja;fx40;fc40;mja;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;10;11;0;10;11;-1;0;25;372;250;tRNA 16s;; ;1;10;49;179;1;12;18;-2;0;0;241;98;295;;cac ;1;20;31;154;2;12;28;-3;0;0;19;306;16s tRNA;; ;0;30;17;91;3;3;6;-4;26;51;59;149;2* 64;;gca ;3;40;16;50;4;6;32;-5;0;2;71;64;tRNA 23s;; 1;2;50;11;50;5;0;11;-6;4;0;31;239;2* 207;;gca ;1;60;10;45;6;5;4;-7;2;1;32;230;5s tRNA;; 2;2;70;14;44;7;2;5;-8;2;12;154;220;80;;gac ;2;80;14;34;8;5;15;-9;3;0;64;48;tRNA 5s;; ;1;90;28;43;9;3;32;-10;0;1;164;171;13;;aaa 1;1;100;19;36;10;1;28;-11;2;10;103;229;tRNA tRNA;;contig ;2;110;10;28;11;7;16;-12;3;0;402;157;7;;ttc ;0;120;16;30;12;4;22;-13;0;4;63;238;29;;aac 1;0;130;14;28;13;3;17;-14;1;9;133;65;18;;atgi ;1;140;19;32;14;5;13;-15;3;0;50;123;39;;gaa 1;0;150;7;27;15;2;13;-16;0;2;179;210;11;;cta 1;1;160;13;18;16;1;14;-17;0;5;41;172;**;;cac ;1;170;9;12;17;2;10;-18;2;0;86;383;14;;aca 2;2;180;14;14;18;2;17;-19;0;2;80;;8;;cca ;0;190;13;11;19;3;18;-20;0;6;102;;83;;tac ;0;200;10;15;20;2;14;-21;1;0;39;;**;;aaa 1;0;210;5;10;21;4;16;-22;0;0;1;;tRNA tRNA;; 1;0;220;11;11;22;4;11;-23;1;6;243;;91;;atgj 2;0;230;7;10;23;1;9;-24;1;0;95;;**;;ctc 2;0;240;3;9;24;3;11;-25;1;3;177;;23;;aga 1;2;250;3;9;25;2;12;-26;0;1;5s 16s;;**;;gaa ;0;260;0;7;26;1;9;-27;0;0;-;340;178;;acc ;0;270;6;7;27;2;6;-28;0;1;CDS 23s;;**;;caa ;0;280;2;7;28;0;3;-29;1;3;-;182;34;;ggc ;0;290;4;10;29;0;6;-30;0;0;23s 5s;;**;;gga ;0;300;3;1;30;0;8;-31;0;0;78;;;; 1;0;310;2;3;31;3;4;-32;0;3;;;;; ;0;320;6;6;32;2;4;-33;0;0;;;;; ;0;330;1;2;33;1;11;-34;0;2;;;;; ;0;340;3;3;34;2;11;-35;0;1;;;;; ;0;350;2;1;35;0;1;-36;0;0;;;;; ;0;360;3;3;36;1;4;-37;0;0;;;;; ;0;370;3;3;37;1;3;-38;0;3;;;;; ;1;380;3;2;38;1;5;-39;1;0;;;;; 1;0;390;3;0;39;4;7;-40;0;0;;;;; ;0;400;3;1;40;1;0;-41;0;2;;;;; ;1;reste;24;12;reste;318;584;-42;0;0;;;;; 18;25;total;441;1069;total;441;1069;-43;0;0;;;;; 18;24;diagr;407;1046;diagr;113;474;-44;0;1;;;;; 0;2; t30;97;424;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;; ;x;431;56;10;497;;;-49;0;1;;;;; ;c;1058;163;11;1232;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1729;99;;reste;1;6;;;;; ;;;;;;1828;;total;56;163;;;;; </pre> =====mja autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires_aas|mja autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *'''Attention''': Correction erreur fin de génome <pre> autres intercalaires;;mja;;;;; deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;;rpr;378;2126;89;*; fin;comp;CDS;2216;3343;;; deb;comp;CDS;96499;97053;372;*; ;comp;tRNA;97426;97537;91;*;atgj ;;tRNA;97629;97716;241;*;ctc fin;;CDS;97958;99259;;; deb;comp;CDS;110328;111515;250;*; ;;tRNA;111766;111854;19;*;tga fin;;CDS;111874;112785;;1; deb;;CDS;131467;132552;369;*; ;;rpr;132922;133999;114;*; fin;comp;CDS;134114;134959;;; deb;;CDS;137244;138245;98;*; ;comp;tRNA;138344;138419;59;*;gtg fin;comp;CDS;138479;138781;;0; deb;;CDS;153070;154479;182;*; ;comp;rRNA;154662;157639;207;*;23s ;comp;tRNA;157847;157919;64;*;gca ;comp;rRNA;157984;159463;340;*;16s fin;;CDS;159804;160085;;; deb;comp;CDS;185874;186671;306;*; ;;tRNA;186978;187066;71;*;tcc fin;;CDS;187138;187590;;; deb;;CDS;190579;190800;31;*; ;;tRNA;190832;190908;32;*;ccc fin;;CDS;190941;191114;;; deb;comp;CDS;214560;215060;149;*; ;;tRNA;215210;215297;154;*;tta fin;;CDS;215452;216240;;; deb;;CDS;226386;227639;64;*; ;comp;tRNA;227704;227780;239;*;gcc fin;;CDS;228020;229720;;; deb;;CDS;235984;236169;394;*; ;;rpr;236564;238184;97;*; fin;comp;CDS;238282;238725;;0; deb;;CDS;303622;303927;64;*; ;;tRNA;303992;304081;230;*;tca fin;comp;CDS;304312;304752;;; deb;comp;CDS;351301;351564;129;*; ;;rpr;351694;352468;374;*; fin;comp;CDS;352843;353142;;; deb;comp;CDS;357984;358547;220;*; ;;tRNA;358768;358845;23;*;aga ;;tRNA;358869;358943;164;*;gaa deb;;CDS;359108;359923;48;*; ;comp;tRNA;359972;360047;103;*;atgf fin;comp;CDS;360151;361485;;0; deb;;CDS;401945;402796;171;*; ;comp;tRNA;402968;403044;229;*;gtc fin;;CDS;403274;403834;;; deb;;CDS;427091;428104;467;*; ;;rpr;428572;429636;39;*; fin;comp;CDS;429676;430632;;0; deb;comp;CDS;498208;500886;604;*; ;;rpr;501491;501989;52;*; fin;comp;CDS;502042;502485;;; deb;comp;CDS;506108;506779;484;*; ;;rpr;507264;508115;282;*; fin;;CDS;508398;509819;;; deb;comp;CDS;551189;552289;251;*; ;;ncRNA;552541;552856;28;*; fin;;CDS;552885;553364;;; deb;comp;CDS;618311;618757;402;*; ;comp;tRNA;619160;619234;63;*;tgc fin;comp;CDS;619298;619915;;0; deb;;CDS;636394;637449;133;*; ;;tRNA;637583;637659;7;*;ttc ;;tRNA;637667;637742;29;*;aac ;;tRNA;637772;637849;18;*;atgi ;;tRNA;637868;637942;39;*;gaa ;;tRNA;637982;638069;11;*;cta ;;tRNA;638081;638152;295;*;cac ;;rRNA;638448;639930;64;*;16s ;;tRNA;639995;640067;207;*;gca ;;rRNA;640275;643254;78;*;23s ;;rRNA;643333;643447;56;*;5s ;;ncRNA;643504;643761;232;*; fin;;CDS;643994;644962;;1; deb;;CDS;762859;763608;157;*; ;comp;tRNA;763766;763842;178;*;acc ;;tRNA;764021;764096;50;*;caa fin;;CDS;764147;764818;;0; deb;comp;CDS;857400;857993;118;*; ;;rpr;858112;858343;532;*; fin;;CDS;858876;860228;;; deb;;CDS;862207;862410;179;*; ;;tRNA;862590;862661;41;*;cga deb;;CDS;862703;863392;86;*; ;;tRNA;863479;863555;14;*;aca ;;tRNA;863570;863647;8;*;cca ;;tRNA;863656;863732;83;*;tac ;;tRNA;863816;863889;13;*;aaa ;;rRNA;863903;864017;46;*;5s ;;tRNA;864064;864141;80;*;gac fin;;CDS;864222;864842;;; deb;;CDS;871492;873447;238;*; ;comp;tRNA;873686;873763;102;*;atc fin;comp;CDS;873866;875110;;0; deb;comp;CDS;882566;883615;65;*; ;;tRNA;883681;883754;123;*;gta fin;comp;CDS;883878;884297;;0; deb;comp;CDS;1033083;1034345;474;*; ;;rpr;1034820;1035754;93;*; fin;comp;CDS;1035848;1036873;;; deb;comp;CDS;1037197;1038504;39;*; ;comp;tRNA;1038544;1038620;1;*;cgc fin;comp;CDS;1038622;1039386;;; deb;comp;CDS;1047158;1048804;568;*; ;;rpr;1049373;1050302;181;*; fin;;CDS;1050484;1051014;;0; deb;comp;CDS;1148669;1149934;210;*; ;;tRNA;1150145;1150220;34;*;ggc ;;tRNA;1150255;1150330;243;*;gga fin;;CDS;1150574;1151254;;; deb;comp;CDS;1188906;1189772;172;*; ;;tRNA;1189945;1190055;95;*;tgg fin;;CDS;1190151;1190684;;0; deb;;CDS;1218598;1219764;79;*; ;;rpr;1219844;1220165;479;*; fin;comp;CDS;1220645;1222306;;; deb;;CDS;1266436;1266561;484;*; ;;rpr;1267046;1267714;79;*; fin;comp;CDS;1267794;1268189;;; deb;comp;CDS;1312335;1312781;383;*; ;;tRNA;1313165;1313249;177;*;agc fin;;CDS;1313427;1314617;;; deb;;CDS;1455222;1456646;68;*; ;;rpr;1456715;1457335;384;*; fin;comp;CDS;1457720;1458889;;0; deb;;CDS;1568600;1569889;484;*; ;;rpr;1570374;1570895;121;*; fin;comp;CDS;1571017;1572063;;; deb;;CDS;1574035;1575045;473;*; ;;rpr;1575519;1576383;223;*; fin;;CDS;1576607;1577287;;0; deb;comp;CDS;1664008;1664862;377;*; </pre> ====mja intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_entre_cds|mja intercalaires entre cds]] *'''Les intercalaires négatifs:''' <pre> mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;0;0;0;25;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;53 continu;25;0;0;52;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;1;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;7;166 </pre> *'''Le Tableau''' <pre> mja;4.2.21 Paris;;mja 9.4.20;;;;;;; ;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquence5 ;'''négatif;219;12.7;'''négatif ;-13;14;-1 à -83;'''1 664 970;-1;219 ;'''zéro;21;1.2;;;;;'''intercals;0;21 ;'''1 à 200;1275;73.7;'''0 à 200;64;56;;'''151 580;5;128 ;'''201 à 370;166;9.6;'''201 à 370;265;47;;'''9.1%;10;100 ;'''371 à 600;36;2.1;'''371 à 600;438;51;;;15;102 ;'''601 à max;12;0.7;'''601 à 1028;675;39;;;20;83 ;'''total 1729;<201;88;'''total 1727;85;109;-83 à 724;;25;73 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;35 470326;1019;-1;219;-70;3;;0;21;35;39 47370;859;0;21;-60;3;;-1;°25;40;27 451281;848;1;30;-50;1;;-2;0;45;36 449897;724;2;°40;-40;5;;-3;0;50;25 291222;711;3;9;-30;10;'''min à -1;-4;°77;55;18 623421;694;4;°38;-20;25;219;-5;2;60;37 1432395;694;5;11;-10;44;12.7%;-6;4;65;22 694012;687;6;9;0;149;;-7;3;70;36 1461617;685;7;7;10;228;;-8;°14;75;21 1176472;629;8;20;20;185;;-9;3;80;27 328329;625;9;°35;30;108;;-10;1;85;27 911715;622;10;29;40;66;'''1 à 100;-11;°12;90;44 106958;542;11;23;50;61;935;-12;3;95;22 91672;527;12;26;60;55;54.0%;-13;4;100;33 692428;522;13;20;70;58;;-14;°10;105;21 256182;501;14;18;80;48;;-15;3;110;17 1370826;495;15;15;90;71;;-16;2;115;21 15863;490;16;15;100;55;;-17;°5;120;25 424100;489;17;12;110;38;;-18;2;125;22 1547813;489;18;19;120;46;;-19;2;130;20 73799;487;19;°21;130;42;;-20;°6;135;25 1128054;479;20;16;140;51;;-21;1;140;26 777753;478;21;°20;150;34;;-22;0;145;18 983847;478;22;15;160;31;;-23;°7;150;16 1338520;474;23;10;170;21;'''1 à 200;-24;1;155;15 518562;472;24;°14;180;28;1275;-25;4;160;16 410085;456;25;14;190;24;74%;-26;°1;165;11 1291124;450;26;10;200;25;;-27;0;170;10 1607321;446;27;8;210;15;;-28;1;175;16 1596121;439;28;3;220;22;;-29;°4;180;12 439827;431;29;6;230;17;;-30;0;185;10 489906;417;30;8;240;12;;-31;0;190;14 966335;417;31;7;250;12;'''0 à 200;-32;°5;195;16 7338;412;32;6;260;7;1296;;223;200;9 325298;411;33;12;270;13;;reste;17;205;6 1119539;406;34;°13;280;9;;total;240;210;9 258119;400;35;1;290;14;;;;215;11 ;;36;5;300;4;;;;220;11 ;;37;4;310;5;;;;225;5 ;;38;6;320;12;;;;230;12 ;;39;°11;330;3;;;;235;5 ;;40;1;340;6;'''201 à 370;;;240;7 ;;reste;902;350;3;166;;;245;6 ;;total;1729;360;6;9.6%;;;250;6 ;;;;370;6;;;;255;4 ;;;;380;5;;;;260;3 ;;;;390;3;;;;265;7 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;4;;;;270;6 349543;-83;shift2;635;410;1;;;;275;7 541115;-73;shift2;498;420;4;;;;280;2 575292;-71;shift2;146;430;0;;;;285;9 125178;-64;shift2;246;440;2;;;;290;5 1600078;-62;comp;;450;2;;;;295;3 1611178;-62;shift2;1499;460;1;;;;300;1 28018;-59;shift2;497;470;0;;;;305;4 316817;-49;shift2;495;480;5;;;;310;1 1478759;-48;comp;;490;4;;;;315;6 739648;-44;shift2;851;500;1;;;;320;6 875683;-41;shift2;635;510;1;;;;325;3 1378478;-41;shift2;1910;520;0;;;;330;0 12869;-39;;;530;2;;;;335;5 1051112;-38;;;540;0;'''371 à 600;;;340;1 1285398;-38;;;550;1;36;;;345;2 1623026;-38;;;560;0;2.1%;;;350;1 697374;-35;;;570;0;;;;355;3 1152607;-34;;;580;0;'''601 à max;;;360;3 1328814;-34;;;590;0;12;;;365;4 139527;-32;;;600;0;0.7%;;;370;2 312088;-32;;;reste;12;;;;reste;49 352843;-32;;;total;1729;;;;total;1729 </pre> ====mja intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; mja;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-16;150;-532;77;660;313;min50;&-94;719;-1762;147;856;255;min40 31 à 400;47;-300;424;21;711;213;2 parties;&-6.2;87;-410;65;964;468;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;154;57;-;582;poly;78;SF;&227;71;;537;poly;319;SF 31 à 400;115;46;-;623;poly;88;tF;&128;44;-;859;poly;105;SF ;;;;;;;;;;;;;; mja. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.502;;;;; 41-n;0.776;0.326;0.571;;;;;;;;;;; 1-n;0.881;0.844;0.857;;;;;;;;;14.8.21 paris;; mja;fx;fc;;mja;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;mja;Sx-;Sc- 0;10;11;;0;25;11;0;10;11;>0;429;-1;0;25 10;49;179;;10;121;171;1;12;18;<0;56;-2;0;0 20;31;154;;20;76;147;2;12;28;zéro;10;-3;0;0 30;17;91;;30;42;87;3;3;6;total;495;-4;26;51 40;16;50;;40;39;48;4;6;32;;c;-5;0;2 50;11;50;;50;27;48;5;0;11;>0;1060;-6;4;0 60;10;45;;60;25;43;6;5;4;<0;163;-7;2;1 70;14;44;;70;34;42;7;2;5;zéro;11;-8;2;12 80;14;34;;80;34;32;8;5;15;total;1234;-9;3;0 90;28;43;;90;69;41;9;3;32;;;-10;0;1 100;19;36;;100;47;34;10;1;28;total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reste;23;13;;;;;reste;316;586;;;-42;0;0 total;439;1071;;t30;239;405;total;439;1071;;;-43;0;0 diagr;406;1047;;;;;diagr;113;474;;;-44;0;1 - t30;309;623;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;1;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;total;56;163 </pre> ====mja intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_négatifs_S-|mja intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320 comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;26;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;3;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;56 ;Sc-;25;0;0;51;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;0;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;6;163 </pre> ====mja autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires|mja autres intercalaires]] <pre> mja;autres intercalaires;;adresses1;;;mja;autres intercalaires;;adresses2;;;mja;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;1664008;?;comp;;deb;°CDS;862207;179;;;deb;°CDS;857400;118;comp ;repeat_region;378;89;;;;&tRNA;862590;41;;;;repeat_region;858112;532; fin;°CDS;2216;;comp;;deb;°CDS;862703;86;;;fin;°CDS;858876;; deb;°CDS;96499;372;comp;;;&tRNA;863479;14;;;deb;°CDS;871492;238; ;&tRNA;97426;91;comp;;;&tRNA;863570;8;;;;&tRNA;873686;102;comp ;&tRNA;97629;241;;;;&tRNA;863656;83;;;fin;°CDS;873866;;comp fin;°CDS;97958;;;;;&tRNA;863816;13;;;deb;°CDS;882566;65;comp deb;°CDS;110328;250;comp;;;$rRNA;863903;46;;;;&tRNA;883681;123; ;&tRNA;111766;19;;;;&tRNA;864064;80;;;fin;°CDS;883878;;comp fin;°CDS;111874;;;;fin;°CDS;864222;;;;deb;°CDS;1033083;474;comp deb;°CDS;131467;369;;;deb;°CDS;401945;171;;;;repeat_region;1034820;93; ;repeat_region;132922;114;;;;&tRNA;402968;229;comp;;fin;°CDS;1035848;;comp fin;°CDS;134114;;comp;;fin;°CDS;403274;;;;deb;°CDS;1037197;39;comp deb;°CDS;137244;98;;;deb;°CDS;427091;467;;;;&tRNA;1038544;1;comp ;&tRNA;138344;59;comp;;;repeat_region;428572;39;;;fin;°CDS;1038622;;comp fin;°CDS;138479;;comp;;fin;°CDS;429676;;comp;;deb;°CDS;1047158;568;comp deb;°CDS;153070;182;;;deb;°CDS;498208;604;comp;;;repeat_region;1049373;181; ;$rRNA;154662;207;comp;;;repeat_region;501491;52;;;fin;°CDS;1050484;; ;&tRNA;157847;64;comp;;fin;°CDS;502042;;comp;;deb;°CDS;1148669;210;comp ;$rRNA;157984;340;comp;;deb;°CDS;506108;484;comp;;;&tRNA;1150145;34; fin;°CDS;159804;;;;;repeat_region;507264;282;;;;&tRNA;1150255;243; deb;°CDS;185874;306;comp;;fin;°CDS;508398;;;;fin;°CDS;1150574;; ;&tRNA;186978;71;;;deb;°CDS;551189;251;comp;;deb;°CDS;1188906;172;comp fin;°CDS;187138;;;;;ncRNA;552541;28;;;;&tRNA;1189945;95; deb;°CDS;190579;31;;;fin;°CDS;552885;;;;fin;°CDS;1190151;; ;&tRNA;190832;32;;;deb;°CDS;618311;402;comp;;deb;°CDS;1218598;79; fin;°CDS;190941;;;;;&tRNA;619160;63;comp;;;repeat_region;1219844;479; deb;°CDS;214560;149;comp;;fin;°CDS;619298;;comp;;fin;°CDS;1220645;;comp ;&tRNA;215210;154;;;deb;°CDS;636394;133;;;deb;°CDS;1266436;484; fin;°CDS;215452;;;;;&tRNA;637583;7;;;;repeat_region;1267046;79; deb;°CDS;226386;64;;;;&tRNA;637667;29;;;fin;°CDS;1267794;;comp ;&tRNA;227704;239;comp;;;&tRNA;637772;18;;;deb;°CDS;1312335;383;comp fin;°CDS;228020;;;;;&tRNA;637868;39;;;;&tRNA;1313165;177; deb;°CDS;235984;394;;;;&tRNA;637982;11;;;fin;°CDS;1313427;; ;repeat_region;236564;97;;;;&tRNA;638081;295;;;deb;°CDS;1455222;68; fin;°CDS;238282;;comp;;;$rRNA;638448;64;;;;repeat_region;1456715;384; deb;°CDS;303622;64;;;;&tRNA;639995;207;;;fin;°CDS;1457720;;comp ;&tRNA;303992;230;;;;$rRNA;640275;78;;;deb;°CDS;1568600;484; fin;°CDS;304312;;comp;;;$rRNA;643333;56;;;;repeat_region;1570374;121; deb;°CDS;351301;129;comp;;;ncRNA;643504;232;;;fin;°CDS;1571017;;comp ;repeat_region;351694;374;;;fin;°CDS;643994;;;;deb;°CDS;1574035;473; fin;°CDS;352843;;comp;;deb;°CDS;762859;157;;;;repeat_region;1575519;223; deb;°CDS;357984;220;comp;;;&tRNA;763766;178;comp;;fin;°CDS;1576607;; ;&tRNA;358768;23;;;;&tRNA;764021;50;;;;;;; ;&tRNA;358869;164;;;fin;°CDS;764147;;;;;;;; deb;°CDS;359108;48;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;359972;103;comp;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;360151;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====mja intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_tRNA|mja intercalaires tRNA]] <pre> mja;intercalaires tRNA;;;;;;;;; ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;continu;cumuls ;;;;;;;;;; comp’;91;;372;;241;;31;1;'''deb; ;23;comp’;250;;19;;39;19;<201;6 ;7;comp’;98;;59;;64;32;total;8 ;29;comp’;306;;71;;86;41;taux;75% ;18;;31;;32;;133;50;; ;39;comp’;149;;154;;179;59;'''fin; ;11;comp’;64;comp’;239;;372;63;<201;15 comp’;178;;64;comp’;230;;402;71;total;17 ;14;comp’;220;;164;;'''-;80;taux;88% ;8;comp’;48;;103;;'''-;95;; ;83;comp’;171;comp’;229;;'''-;102;'''total; ;34;;402;;63;;'''-;103;<201;21 ;;;133;;;;'''-;154;total;25 ;;comp’;157;;50;;'''-;164;taux;84% ;;;179;;41;;'''-;177;; ;;;86;;80;;'''-;241;; ;;comp’;238;;102;;'''-;243;'''comp’;'''cumuls ;;comp’;65;comp’;123;;48;123;'''deb; ;;;39;;1;;64;229;<201;8 ;;comp’;210;;243;;65;230;total;14 ;;comp’;172;;95;;98;239;taux;57% ;;comp’;383;;177;;149;'''-;; ;;;;;;;157;'''-;'''fin; ;;;;;;;171;'''-;<201;1 ;;;;;;;172;'''-;total;4 ;;;;;;;210;'''-;taux;25% ;;;;;;;220;'''-;; ;;;;;;;238;'''-;'''total; ;;;;;;;250;'''-;<201;9 ;;;;;;;306;'''-;total;18 ;;;;;;;383;'''-;taux;50% ;;;;;;;;;; ;;;;;deb;fin;total;;; ;;;;<201;14;16;30;;; ;;;;total;22;21;43;;; ;;;;taux;64%;76%;70%;;; </pre> ===mba=== ====mba opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_opérons|mba opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_bark_Fusaro/methBark1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007355.1;mba;;genome;;;;;;;;; 39.2%GC;2.2.20 Paris;16s 3 ;62;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Methanosarcina barkeri str. Fusaro;;;;;;;;;;;; ;91192..91938;;cds;;137;137;;;249;;DUF429 domain-containing protein;* comp;92076..92160;;ctc;+;132;;*132;;;;;* comp;92293..92377;;ctc;2 ctc;298;298;;;;;;* comp;92676..93476;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;* ;;;;;;;;;;;;* comp;98630..99337;;cds;;535;*535;;;236;;ABC transporter ATP-binding protein;* comp;99873..99955;;tcc;;222;222;;;;;;* comp;100178..101194;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;* ;;;;;;;;;;;;* comp;146979..147518;;cds;;80;80;;;180;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;147599..147670;;acc;;198;198;;;;;;* comp;147869..148381;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;199345..200268;;cds;;492;*492;;;308;;aldolase;* comp;200761..200833;;aac;+;71;;71;;;;;* comp;200905..200979;;atgi;2 aac;119;;*119;;;;;* comp;201099..201171;;aac;;964;*964;;;;;;* ;202136..202366;;cds;;;;;;77;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;260990..261532;;cds;;173;173;;;181;;nitroreductase family protein";* ;261706..261777;;cgg;;673;*673;;;;;;* ;262451..262960;;cds;;;;;;170;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;463836..464723;;cds;;2075;*2075;;;296;;polyprenyl synthetase family protein;* ;466799..466870;;gga;;94;;*94;;;;;* ;466965..467049;;cta;;221;221;;;;;;* comp;467271..468818;;cds;;;;;;*516;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;473154..473723;;cds;;298;298;;;190;;hp;* comp;474022..474096;;gag;;246;246;;;;;;* comp;474343..475584;;cds;;;;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;692109..692987;;cds;;349;349;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;* ;693337..693411;;aga;;400;400;;;;;;* comp;693812..694420;;cds;;;;;;203;;sulfite exporter TauE/SafE family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;703446..703958;;cds;;488;*488;;;171;;biotin transporter BioY;* ;704447..704521;;agg;;283;283;;;;;;* ;704805..705284;;cds;;;;;;160;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;800463..800642;;cds;;799;*799;;;60;;hp;* comp;801442..801526;;agc;;137;137;;;;;;* comp;801664..801978;;ncRNA;@1;327;327;;;315;;;* ;802306..803931;;cds;;;;;;*542;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1109819..1110013;;cds;;15;15;;;65;;hp;* ;1110029..1110103;;atgf;+;63;;63;;;;;* ;1110167..1110241;;atgf;3 atg;63;;63;;;;;* ;1110305..1110379;;atgf;;273;273;;;;;;* ;1110653..1111984;;cds;;;;;;444;;signal recognition particle protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1134460..1135074;;cds;;235;235;;;205;;endonuclease III;* comp;1135310..1135381;;tgc;+;65;;65;;;;;* comp;1135447..1135518;;tgc;2 tgc;126;126;;;;;;* comp;1135645..1136277;;cds;;;;;;211;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1137210..1137680;;cds;;488;*488;;;157;;P-bacterioferritin;* comp;1138169..1138290;;5s;;129;;;;122;;;* comp;1138420..1141252;;23s;;222;;;;2833;;;* comp;1141475..1142963;;16s;;830;*830;;;1489;;;* ;1143794..1145302;;cds;;;;;;*503;;2-isopropylmalate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1249870..1250040;;cds;;423;*423;;;57;;CopG family transcriptional regulator;* comp;1250464..1250537;;aag;;546;*546;;;;;;* ;1251084..1251290;;cds;;;;;;69;;TRAM domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1315521..1315691;;cds;@2;-12;*-12;;;57;;hp;* comp;1315680..1315751;;cgc;;174;174;;;;;;* ;1315926..1317110;;cds;;;;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1514831..1515373;;cds;;1133;*1133;;;181;;ArsR family transcriptional regulator;* ;1516507..1516579;;caa;;760;*760;;;;;;* comp;1517340..1517663;;cds;;;;;;108;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1538879..1539286;;cds;;36;36;;;136;;sensor histidine kinase;* comp;1539323..1539395;;other;@3;1249;*1249;;;73;;;* >comp;1540645..1540794;;cds;;;;;;50;;PKD domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1546247..1547791;;cds;;576;*576;;;*515;;aminotransferase class V-fold PLP-dependent enzyme;* comp;1548368..1548441;;aca;;448;*448;;;;;;* <;1548890..1549093;;cds;;;;;;68;;matrixin family metalloprotease;* ;;;;;;;;;;;;* ;1550566..1550760;;cds;;745;*745;;;65;;DeoR family transcriptional regulator;* comp;1551506..1551579;;aca;;506;*506;;;;;;* ;1552086..1552640;;cds;;;;;;185;;YkgJ family cysteine cluster protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1621639..1622835;;cds;;433;*433;;;399;;methionine adenosyltransferase;* ;1623269..1623384;;tac;@4;112;;*112;;;;;* ;1623497..1623569;;gac;;300;300;;;;;;* comp;1623870..1624067;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1714788..1715069;;cds;;154;154;;;94;;hp;* comp;1715224..1715295;;acg;;187;187;;;;;;* comp;1715483..1716493;;cds;;;;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1755811..1755993;;cds;;113;113;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;* comp;1756107..1756181;;ccg;@5;0;*0;;;;;;* comp;1756182..1756370;;cds;;;;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;* ;;;;;;;;;;;;* ;1842058..1842195;;cds;;16;16;;;46;;hp;* comp;1842212..1842285;;gtg;;717;*717;;;;;;* ;1843003..1843767;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1852573..1852896;;cds;;1364;*1364;;;108;;PadR family transcriptional regulator;* comp;1854261..1854338;;ccc;;198;198;;;;;;* comp;1854537..1855097;;cds;;;;;;187;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1908225..1908989;;cds;;349;349;;;255;;hp;* comp;1909339..1909530;;tgg;;445;*445;;;;;;* >;1909976..1910152;;cds;;;;;;59;;nitrogenase reductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1926717..1927178;;cds;;183;183;;;154;;DUF4145 domain-containing protein;* comp;1927362..1927445;;tcg;;125;125;;;;;;* comp;1927571..1928944;;cds;;;;;;458;;endonuclease Q family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2005431..2007053;;cds;;2315;*2315;;;*541;;PKD domain-containing protein;* comp;2009369..2009443;;cca;;199;199;;;;;;* comp;2009643..2010194;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2026807..2028456;;cds;;314;314;;;*550;;ATP-dependent DNA ligase;* ;2028771..2028842;;ggg;;513;*513;;;;;;* comp;2029356..2029766;;cds;;;;;;137;;PaaI family thioesterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2157926..2158684;;cds;;567;*567;;;253;;hp;* ;2159252..2159362;;atgj;;349;349;;;;;;* ;2159712..2160225;;cds;;;;;;171;;amidohydrolase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2194967..2195302;;cds;;713;*713;;;112;;translation initiation factor eIF-1A;* ;2196016..2197504;;16s;;222;;;;1489;;;* ;2197727..2200559;;23s;;129;;;;2833;;;* ;2200689..2200810;;5s;;607;*607;;;122;;;* comp;2201418..2201615;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;2434335..2434609;;cds;;603;*603;;;92;;nucleoside deaminase;* comp;2435213..2435284;;gcc;;223;;*223;;;;;* ;2435508..2435584;;atc;+;74;;74;;;;;* ;2435659..2435735;;atc;2 atc;241;241;;;;;;* comp;2435977..2436390;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;2622097..2624025;;cds;;1489;*1489;;;*643;;replication factor C large subunit;* ;2625515..2625588;;gta;;1102;*1102;;;;;;* ;2626691..2626918;;cds;;;;;;76;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2650514..2651296;;cds;;164;164;;;261;;thiazole biosynthesis protein;* ;2651461..2651532;;cac;;218;218;;;;;;* ;2651751..2653460;;cds;;;;;;*570;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2663547..2664668;;cds;;318;318;;;374;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* comp;2664987..2665058;;ggc;;263;263;;;;;;* ;2665322..2666563;;cds;;;;;;414;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2856552..2857409;;cds;;134;134;;;286;;hp;* comp;2857544..2857628;;tca;;153;153;;;;;;* comp;2857782..2858546;;cds;;;;;;255;;peptidylprolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3326036..3326557;;cds;;539;*539;;;174;;hp;* ;3327097..3327168;;tgc;;995;*995;;;;;;* ;3328164..3328898;;cds;;;;;;245;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3994472..3994921;;cds;;514;*514;;;150;;IS200/IS605 family transposase;* comp;3995436..3995529;;cga;;477;*477;;;;;;* ;3996007..3996714;;cds;;;;;;236;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4005709..4006026;;cds;;269;269;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;* ;4006296..4006378;;ttg;;860;*860;;;;;;* ;4007239..4009012;;rpr;@6;169;169;;;1774;;Family CRISPR;* comp;4009182..4009478;;cds;;;;;;99;;CRISPR-associated endonuclease Cas2;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4031590..4031871;;cds;;1075;*1075;;;94;;hp;* ;4032947..4033019;;cag;;182;182;;;;;;* comp;4033202..4033765;;cds;;;;;;188;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4041205..4041960;;cds;;96;96;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;4042057..4042141;;tta;;375;375;;;;;;* comp;4042517..4044976;;cds;;;;;;*820;;beta-propeller fold lactonase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4045359..4048274;;cds;;718;*718;;;*972;;PKD domain-containing protein;* ;4048993..4049077;;tta;;35;35;;;;;;* comp;4049113..4052403;;cds;;241;241;;;*1097;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* ;4052645..4052729;;tta;;177;177;;;;;;* comp;4052907..4053395;;cds;;;;;;163;;MarR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;4407561..4407830;;cds;;64;64;;;90;;elongation factor 1-beta;* ;4407895..4407966;;gcg;;675;*675;;;;;;* comp;4408642..4409715;;cds;;;;;;358;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4504139..4504300;;cds;;536;*536;;;54;;hp;* comp;4504837..4504921;;ctg;;220;220;;;;;;* comp;4505142..4506050;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4551177..4551851;;cds;;566;*566;;;225;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;4552418..4552491;;gtc;+;94;;*94;;;;;* ;4552586..4552660;;ttc;2 gtc;7;;7;;;;;* ;4552668..4552739;;ggc;2 ttc;61;;61;;;;;* ;4552801..4552874;;gtc;2 ggc;94;;*94;;;;;* ;4552969..4553043;;ttc;;7;;7;;;;;* ;4553051..4553122;;ggc;;717;*717;;;;;;* ;4553840..4554052;;cds;;;;;;71;;MoaD/ThiS family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;4617920..4618339;;cds;;200;200;;;140;;hp;* ;4618540..4618617;;gaa;;351;351;;;;;;* ;4618969..4619190;;cds;;377;377;;;74;;hp;* ;4619568..4619645;;gaa;;214;214;;;;;;* comp;4619860..4620678;;cds;;;;;;273;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4673041..4673643;;cds;;289;289;;;201;;adenosylcobinamide amidohydrolase;* comp;4673933..4674054;;5s;;129;;;;122;;;* comp;4674184..4677016;;23s;;135;;;;2833;;;* comp;4677152..4677224;;gca;;79;;;;;;;* comp;4677304..4678792;;16s;;1242;*1242;;;1489;;;* ;4680035..4680817;;cds;;;;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4759174..4759410;;cds;;89;89;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;* comp;4759500..4759576;;aaa;;655;*655;;;;;;* comp;4760232..4760801;;cds;;;;;;190;;DJ-1/PfpI family protein;* </pre> ====mba cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_cumuls|mba cumuls]] <pre> mba cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;2;1;;100;25;30;0 ;16 23 5s 0;2;20;2;;50;4;20;;200;27;60;7 ;16 gca 235;1;40;0;;100;4;40;;300;21;90;14 ;16 23 5s a;0;60;0;;150;6;60;;400;8;120;8 ;max a;1;80;6;;200;14;80;;500;4;150;5 ;a doubles;0;100;3;;250;9;100;;600;7;180;10 ;autres;0;120;2;;300;8;120;;700;1;210;11 ;total aas;1;140;1;;350;6;140;;800;0;240;4 sans ;opérons;44;160;0;;400;4;160;;900;1;270;10 ;1 aa;37;180;0;;450;4;180;;1000;1;300;4 ;max a;6;200;0;;500;4;200;;1100;1;330;2 ;a doubles;6;;1;;;35;;;;0;;21 ;total aas;61;;15;0;;100;;0;;96;;96 total aas;;62;;;;;;;;;;; remarques;;6;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;85;;;457;;;;240;; ;;;variance;52;;;407;;;;194;; sans jaune;;;moyenne;51;;;210;;;;186;;158 ;;;variance;28;;;98;;;;106;;78 </pre> ====mba blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_blocs|mba blocs]] <pre> mba blocs;;;; cds;289;201;adenosylcobinamide amidohydrolase;* 5s;129;122;;* 23s;135;2833;;* gca;79;;;* 16s;1242;1489;;* cds;;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;;;; cds;713;112;translation initiation factor eIF-1A;* 16s;222;1489;;* 23s;129;2833;;* 5s;607;122;;* cds;;66;hp;* ;;;; cds;488;157;P-bacterioferritin;* 5s;129;122;;* 23s;222;2833;;* 16s;830;1489;;* cds;;503;2-isopropylmalate synthase;* </pre> ====mba remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_remarques|mba remarques]] <pre> mba;;;;;;62;62 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;4 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3 tta;3;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====mba distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_distribution|mba distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc; gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;3;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mba;;37;;;;;;;mba;14;;;;;;;;mba;9;;;;;; </pre> ====mba données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_données_intercalaires|mba données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mba;fx;fc;mba;fx40;fc40;mba;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;1;0;1;21;0;1;21;-1;0;33;298;137;CDS 16s;; ;0;10;8;155;1;0;22;-2;2;0;535;790;;835; 1;1;20;13;127;2;2;31;-3;0;2;222;2075;;718; ;0;30;11;72;3;0;12;-4;3;117;80;221;;1247; 1;1;40;19;74;4;2;17;-5;1;0;198;298;16s 23s;; ;0;50;12;54;5;1;23;-6;2;0;492;349;2*209;; ;0;60;18;61;6;0;15;-7;0;5;173;400;23s 5s;; ;1;70;11;48;7;0;4;-8;0;33;673;488;3*74;; ;1;80;16;54;8;2;4;-9;0;1;246;546;5s CDS;; ;1;90;18;53;9;0;8;-10;0;4;307;-12;;488; 1;0;100;17;37;10;1;19;-11;0;13;799;174;;607; ;0;110;16;38;11;2;16;-12;0;0;15;286;;289; ;1;120;30;43;12;0;8;-13;1;4;273;760;16s tRNA;; ;2;130;11;39;13;0;19;-14;3;15;235;448;85;;gca 2;0;140;20;35;14;2;13;-15;0;0;126;745;tRNA 23s;; ;0;150;19;52;15;1;12;-16;0;5;423;506;116;;gca 1;1;160;22;25;16;1;13;-17;1;11;36;300;tRNA tRNA;; ;1;170;14;44;17;0;11;-18;0;5;1249;154;132;;ctc 2;1;180;24;36;18;3;13;-19;0;4;576;16;**;;ctc 2;1;190;29;46;19;1;7;-20;1;7;433;717;71;;aac ;4;200;27;30;20;3;15;-21;0;0;187;445;119;;atgi ;0;210;18;21;21;1;8;-22;0;1;113;183;**;;aac 1;2;220;31;43;22;4;8;-23;1;5;0;314;94;;gga 1;1;230;20;31;23;2;4;-24;0;0;1379;513;**;;cta ;1;240;15;32;24;0;14;-25;0;5;198;241;63;;atgf 2;1;250;24;27;25;1;4;-26;1;8;349;318;63;;atgf ;0;260;25;34;26;0;6;-27;0;1;125;263;**;;atgf 1;1;270;18;35;27;1;10;-28;0;3;2315;134;65;;tgc ;1;280;18;37;28;1;4;-29;0;1;199;514;**;;tgc 1;0;290;16;26;29;1;4;-30;0;0;567;477;112;;tac 2;1;300;12;23;30;0;10;-31;0;0;349;1075;**;;gac ;1;310;19;24;31;1;2;-32;0;4;603;182;223;;gcc 2;0;320;17;27;32;0;6;-33;0;0;1489;96;74;;atc ;0;330;14;23;33;0;8;-34;1;0;1102;375;**;;atc ;0;340;27;22;34;3;7;-35;1;5;164;718;94;;gtc 1;2;350;12;28;35;1;11;-36;0;0;218;35;7;;ttc ;1;360;14;18;36;6;8;-37;0;0;153;241;61;;ggc ;0;370;11;20;37;0;9;-38;0;3;539;177;94;;gtc 1;1;380;12;24;38;0;11;-39;0;0;995;675;7;;ttc ;0;390;8;15;39;4;6;-40;0;0;269;566;**;;ggc 1;0;400;19;18;40;4;6;-41;1;1;64;214;;; 17;19;reste;527;709;reste;1181;1932;-42;0;0;536;;;; 41;49;total;1233;2381;total;1233;2381;-43;0;0;220;;;; 23;29;diagr;705;1651;diagr;51;428;-44;0;1;717;;;; 1;1; t30;32;354;;;;-45;0;0;200;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;351;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;377;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;89;;;; ;x;1232;22;1;1255;;;-49;0;3;655;;;; ;c;2360;307;21;2688;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;3943;128;;reste;3;6;;;;; ;;;;;;4071;;total;22;307;;;;; </pre> =====mba autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_autres_intercalaires_aas|mba autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;mba;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;91192;137;; ;tRNA;92076;132;comp;ctc ;tRNA;92293;298;comp;ctc fin;CDS;92676;;comp; deb;CDS;98630;535;comp; ;tRNA;99873;222;comp;tcc fin;CDS;100178;;comp; deb;CDS;146979;80;comp; ;tRNA;147599;198;comp;acc fin;CDS;147869;;comp; deb;CDS;199345;492;comp; ;tRNA;200761;71;comp;aac ;tRNA;200905;119;comp;atgi ;tRNA;201099;790;comp;aac fin;CDS;201962;;; deb;CDS;260990;173;; ;tRNA;261706;673;;cgg fin;CDS;262451;;; deb;CDS;355894;309;; ;repeat_region;356467;137;; fin;CDS;359947;;; deb;CDS;463836;2075;comp; ;tRNA;466799;94;;gga ;tRNA;466965;221;;cta fin;CDS;467271;;comp; deb;CDS;473154;298;; ;tRNA;474022;246;comp;gag fin;CDS;474343;;comp; deb;CDS;692109;349;comp; ;tRNA;693337;400;;aga fin;CDS;693812;;comp; deb;CDS;703446;488;comp; ;tRNA;704447;307;;agg fin;CDS;704829;;; deb;CDS;800463;799;comp; ;tRNA;801442;137;comp;agc ;ncRNA;801664;327;comp; fin;CDS;802306;;; deb;CDS;1109819;15;; ;tRNA;1110029;63;;atgf ;tRNA;1110167;63;;atgf ;tRNA;1110305;273;;atgf fin;CDS;1110653;;; deb;CDS;1134460;235;comp; ;tRNA;1135310;65;comp;tgc ;tRNA;1135447;126;comp;tgc fin;CDS;1135645;;comp; deb;CDS;1137210;488;; ;rRNA;1138169;74;comp;122 ;rRNA;1138365;209;comp;2833 ;rRNA;1141481;835;comp;1489 fin;CDS;1143794;;; deb;CDS;1249870;423;comp; ;tRNA;1250464;546;comp;aag fin;CDS;1251084;;; deb;CDS;1315521;-12;; ;tRNA;1315680;174;comp;cgc fin;CDS;1315926;;; deb;CDS;1516050;286;comp; ;tRNA;1516507;760;;caa fin;CDS;1517340;;comp; deb;CDS;1538879;36;comp; ;tRNA;1539323;1249;comp;other fin;CDS;1540645;;comp; deb;CDS;1546247;576;comp; ;tRNA;1548368;448;comp;aca fin;CDS;1548890;;; deb;CDS;1550566;745;; ;tRNA;1551506;506;comp;aca fin;CDS;1552086;;; deb;CDS;1621639;433;; ;tRNA;1623269;112;;tac ;tRNA;1623497;300;;gac fin;CDS;1623870;;comp; deb;CDS;1657967;616;comp; ;repeat_region;1660242;74;; fin;CDS;1661656;;; deb;CDS;1714788;154;; ;tRNA;1715224;187;comp;acg fin;CDS;1715483;;comp; deb;CDS;1755811;113;comp; ;tRNA;1756107;0;comp;ccg fin;CDS;1756182;;comp; deb;CDS;1842058;16;; ;tRNA;1842212;717;comp;gtg fin;CDS;1843003;;; deb;CDS;1852573;1379;comp; ;tRNA;1854261;198;comp;ccc fin;CDS;1854537;;comp; deb;CDS;1908225;349;comp; ;tRNA;1909339;445;comp;tgg fin;CDS;1909976;;; deb;CDS;1926495;183;; ;tRNA;1927362;125;comp;tcg fin;CDS;1927571;;comp; deb;CDS;1975038;78;; ;ncRNA;1976292;428;comp; fin;CDS;1977078;;; deb;CDS;2005431;2315;comp; ;tRNA;2009369;199;comp;cca fin;CDS;2009643;;comp; deb;CDS;2026807;314;comp; ;tRNA;2028771;513;;ggg fin;CDS;2029356;;comp; deb;CDS;2157926;567;; ;tRNA;2159252;349;;atgj fin;CDS;2159712;;; deb;CDS;2194967;718;comp; ;rRNA;2196021;209;;1489 ;rRNA;2197708;74;;2833 ;rRNA;2200689;607;;122 fin;CDS;2201418;;comp; deb;CDS;2434335;603;comp; ;tRNA;2435213;223;comp;gcc ;tRNA;2435508;74;;atc ;tRNA;2435659;241;;atc fin;CDS;2435977;;comp; deb;CDS;2622097;1489;; ;tRNA;2625515;1102;;gta fin;CDS;2626691;;; deb;CDS;2650514;164;; ;tRNA;2651461;218;;cac fin;CDS;2651751;;; deb;CDS;2663547;318;; ;tRNA;2664987;263;comp;ggc fin;CDS;2665322;;; deb;CDS;2856552;134;; ;tRNA;2857544;153;comp;tca fin;CDS;2857782;;comp; deb;CDS;3326036;539;; ;tRNA;3327097;995;;tgc fin;CDS;3328164;;; deb;CDS;3994472;514;; ;tRNA;3995436;477;comp;cga fin;CDS;3996007;;; deb;CDS;4005709;269;; ;tRNA;4006296;860;;ttg ;repeat_region;4007239;169;; fin;CDS;4009182;;comp; deb;CDS;4031590;1075;comp; ;tRNA;4032947;182;;cag fin;CDS;4033202;;comp; deb;CDS;4041205;96;comp; ;tRNA;4042057;375;;tta fin;CDS;4042517;;comp; deb;CDS;4045359;718;comp; ;tRNA;4048993;35;;tta deb;CDS;4049113;241;comp; ;tRNA;4052645;177;;tta fin;CDS;4052907;;comp; deb;CDS;4407561;64;; ;tRNA;4407895;675;;gcg fin;CDS;4408642;;comp; deb;CDS;4504139;536;comp; ;tRNA;4504837;220;comp;ctg fin;CDS;4505142;;comp; deb;CDS;4551177;566;comp; ;tRNA;4552418;94;;gtc ;tRNA;4552586;7;;ttc ;tRNA;4552668;61;;ggc ;tRNA;4552801;94;;gtc ;tRNA;4552969;7;;ttc ;tRNA;4553051;717;;ggc fin;CDS;4553840;;; deb;CDS;4617920;200;; ;tRNA;4618540;351;;gaa deb;CDS;4618969;377;; ;tRNA;4619568;214;;gaa fin;CDS;4619860;;comp; deb;CDS;4673041;289;; ;rRNA;4673933;74;comp;122 ;rRNA;4674129;116;comp;2833 ;tRNA;4677152;85;comp;gca ;rRNA;4677310;1247;comp;1489 fin;CDS;4680035;;; deb;CDS;4759174;89;comp; ;tRNA;4759500;655;comp;aaa fin;CDS;4760232;;comp; </pre> ====mba intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_entre_cds|mba intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> mba;4.2.21 Paris;;mba 17.12.20;;;;;;;;; mba;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;329;8.3;'''négatif ;-12;13;-1 à -74;'''4 837 408;-1;329;610;21 ;'''zéro;22;0.6;;;;;'''intercals;0;22;620;23 ;'''1 à 200;1478;37.5;'''0 à 200;85;62;;'''1 292 909;5;110;630;21 ;'''201 à 370;782;19.8;'''201 à 370;278;48;;'''26.7%;10;53;640;20 ;'''371 à 600;643;16.3;'''371 à 600;475;66;;;15;73;650;14 ;'''601 à max;689;17.5;'''601 à 1028;920;310;;;20;67;660;22 ;'''total 3943;<201;46;'''total 3938;324;341;-74 à 2323;;25;46;670;14 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;37;680;28 3095040;2919;-1;329;-70;1;;0;22;35;39;690;6 526434;2894;0;22;-60;0;;-1;°33;40;54;700;11 1788553;2705;1;22;-50;8;;-2;2;45;35;710;20 2002090;2693;2;°33;-40;7;;-3;2;50;31;720;14 4631335;2517;3;12;-30;14;'''min à -1;-4;°120;55;34;730;7 818173;2323;4;19;-20;34;329;-5;1;60;45;740;16 2797830;2322;5;°24;-10;66;8.3%;-6;2;65;34;750;20 3799612;2309;6;15;0;221;;-7;5;70;25;760;12 376145;2299;7;4;10;163;;-8;°33;75;34;770;18 3653740;2282;8;6;20;140;;-9;1;80;36;780;12 4809596;2233;9;8;30;83;;-10;4;85;41;790;8 1187952;2165;10;°20;40;93;'''1 à 100;-11;°13;90;30;800;7 4415180;2161;11;18;50;66;878;-12;0;95;27;810;6 3268995;2076;12;8;60;79;22.3%;-13;5;100;27;820;8 372411;1964;13;°19;70;59;;-14;°18;105;23;830;8 3552425;1946;14;15;80;70;;-15;0;110;31;840;9 3151269;1901;15;13;90;71;;-16;5;115;32;850;13 3603917;1870;16;°14;100;54;;-17;°12;120;41;860;6 542032;1854;17;11;110;54;;-18;5;125;25;870;18 682785;1848;18;°16;120;73;;-19;4;130;25;880;8 3195397;1797;19;8;130;50;;-20;°8;135;24;890;10 2484625;1761;20;°18;140;55;;-21;0;140;31;900;9 3100209;1754;21;9;150;71;;-22;1;145;42;910;7 2724177;1733;22;°12;160;47;;-23;°6;150;29;920;5 912406;1712;23;6;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;23;930;4 2448660;1707;24;°14;180;60;1478;-25;5;160;24;940;7 2750853;1677;25;5;190;75;37.5%;-26;°9;165;22;950;15 4703857;1624;26;6;200;57;;-27;1;170;36;960;9 974831;1613;27;°11;210;39;;-28;3;175;29;970;5 4637075;1600;28;5;220;74;;-29;°1;180;31;980;9 2503952;1596;29;5;230;51;;-30;0;185;39;990;8 511626;1595;30;°10;240;47;;-31;0;190;36;1000;9 2705610;1569;31;3;250;51;'''0 à 200;-32;°4;195;33;1010;3 3908084;1568;32;6;260;59;1500;;325;200;24;1020;9 2490112;1557;33;8;270;53;;reste;26;205;19;1030;4 63786;1555;34;10;280;55;;total;351;210;20;1040;7 136653;1553;35;12;290;42;;;;215;46;1050;3 958597;1549;36;°14;300;35;;;;220;28;1060;7 301149;1548;37;9;310;43;;;;225;29;1070;10 1165546;1516;38;°11;320;44;;'''intercal;'''<u>frequencef;230;22;1080;5 ;;39;10;330;37;;600;3254;235;24;1090;3 ;;40;10;340;49;'''201 à 370;700;180;240;23;1100;1 ;;reste;3113;350;40;782;800;134;245;29;1110;8 ;;total;3943;360;32;19.8%;900;95;250;22;1120;4 ;;;;370;31;;1000;78;255;30;1130;3 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;36;;1100;52;260;29;1140;4 4403838;-74;comp;;390;23;;1200;41;265;26;1150;3 1874377;-59;shift2;688;400;37;;1300;30;270;27;1160;5 4136612;-59;shift2;694;410;34;;1400;22;275;22;1170;4 493240;-56;shift2;127;420;31;;1500;15;280;33;1180;3 942901;-56;shift2;601;430;43;;1600;13;285;20;1190;3 4169341;-56;shift2;238;440;34;;1700;3;290;22;1200;4 4335751;-56;shift2;445;450;30;;1800;6;295;20;;580 4374865;-55;comp;;460;27;;1900;3;300;15;reste;109 2801727;-51;comp;;470;31;;2000;3;305;18;total;3943 1742959;-49;shift2;2660;480;28;;2100;1;310;25;; 2882494;-49;shift2;1325;490;28;;2200;2;315;24;; 3292321;-49;shift2;101;500;26;;2300;3;320;20;; 2440972;-47;shift2;664;510;22;;2400;3;325;19;; 4561346;-44;shift2;1744;520;32;;2500;0;330;18;; 1057681;-41;shift2;394;530;25;;2600;1;335;21;; 1723225;-41;comp;;540;20;'''371 à 600;2700;1;340;28;; 82489;-38;;;550;23;643;2800;1;345;21;; 222695;-38;;;560;22;16.3%;2900;1;350;19;; 3533580;-38;;;570;22;;3000;1;355;19;; 1573832;-35;;;580;28;'''601 à max;;689;360;13;; 1931905;-35;;;590;18;689;;;365;15;; 3122151;-35;;;600;23;17.5%;;;370;16;; 3337334;-35;;;reste;689;;reste;0;reste;1332;; 4054645;-35;;;total;3943;;total;3943;total;3943;; </pre> ====mba intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> mba Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; mba;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;4.9;-71;219;11;350;483;min10;-50;359;-832;80;823;239;min50 1 à 600;5.8;-62;170;7.4;465;354;2 parties;-6.7;100;-498;10;789;495;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;2;25;-;1;poly;348;tF;104;46;;536;poly;287;SF 1 à 600;14;20;-;156;poly;309;tF;80;59;-;580;poly;209;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélation et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;800;;;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;corrélation;;;;;;;;complément à 800;; 41-n;0.154;-0.330;-0.221;0.639;;;;;;;-0.074;;;;;;;;effectifs;; 1-n;-0.223;-0.512;-0.477;;;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;;; mba;fx;fc;;mba;fx%;fc%;mba;fx;fc;;fx40;fc40;;x;mba;Sx-;Sc-;;mba;fx;fc 0;1;21;;0;1;13;;;;0;1;21;>0;1232;-1;0;33;;410;13;21 10;8;155;;10;11;94;410;13;21;1;0;22;<0;22;-2;2;0;;420;13;18 20;13;127;;20;18;77;420;13;18;2;2;31;zéro;1;-3;0;2;;430;19;24 30;11;72;;30;16;44;430;19;24;3;0;12;total;1255;-4;3;117;;440;15;19 40;19;74;;40;27;45;440;15;19;4;2;17;;c;-5;1;0;;450;14;16 50;12;54;;50;17;33;450;14;16;5;1;23;>0;2360;-6;2;0;;460;7;20 60;18;61;;60;26;37;460;7;20;6;0;15;<0;307;-7;0;5;;470;11;20 70;11;48;;70;16;29;470;11;20;7;0;4;zéro;21;-8;0;33;;480;7;21 80;16;54;;80;23;33;480;7;21;8;2;4;total;2688;-9;0;1;;490;14;14 90;18;53;;90;26;32;490;14;14;9;0;8;;;-10;0;4;;500;12;14 100;17;37;;100;24;22;500;12;14;10;1;19;;;-11;0;13;;510;5;17 110;16;38;;110;23;23;510;5;17;11;2;16;;;-12;0;0;;520;15;17 120;30;43;;120;43;26;520;15;17;12;0;8;;;-13;1;4;;530;8;17 130;11;39;;130;16;24;530;8;17;13;0;19;;;-14;3;15;;540;6;14 140;20;35;;140;28;21;540;6;14;14;2;13;;;-15;0;0;;550;15;8 150;19;52;;150;27;31;550;15;8;15;1;12;;;-16;0;5;;560;10;12 160;22;25;;160;31;15;560;10;12;16;1;13;;;-17;1;11;;570;14;8 170;14;44;;170;20;27;570;14;8;17;0;11;;;-18;0;5;;580;13;15 180;24;36;;180;34;22;580;13;15;18;3;13;;;-19;0;4;;590;8;10 190;29;46;;190;41;28;590;8;10;19;1;7;;;-20;1;7;;600;13;10 200;27;30;;200;38;18;600;13;10;20;3;15;;;-21;0;0;;610;10;11 210;18;21;;210;26;13;610;10;11;21;1;8;;;-22;0;1;;620;7;16 220;31;43;;220;44;26;620;7;16;22;4;8;;;-23;1;5;;630;9;12 230;20;31;;230;28;19;630;9;12;23;2;4;;;-24;0;0;;640;7;13 240;15;32;;240;21;19;640;7;13;24;0;14;;;-25;0;5;;650;4;10 250;24;27;;250;34;16;650;4;10;25;1;4;;;-26;1;8;;660;8;14 260;25;34;;260;35;21;660;8;14;26;0;6;;;-27;0;1;;670;4;10 270;18;35;;270;26;21;670;4;10;27;1;10;;;-28;0;3;;680;12;16 280;18;37;;280;26;22;680;12;16;28;1;4;;;-29;0;1;;690;2;4 290;16;26;;290;23;16;690;2;4;29;1;4;;;-30;0;0;;700;5;6 300;12;23;;300;17;14;700;5;6;30;0;10;;;-31;0;0;;710;8;12 310;19;24;;310;27;15;710;8;12;31;1;2;;;-32;0;4;;720;5;9 320;17;27;;320;24;16;720;5;9;32;0;6;;;-33;0;0;;730;3;4 330;14;23;;330;20;14;730;3;4;33;0;8;;;-34;1;0;;740;5;11 340;27;22;;340;38;13;740;5;11;34;3;7;;;-35;1;5;;750;9;11 350;12;28;;350;17;17;750;9;11;35;1;11;;;-36;0;0;;760;6;6 360;14;18;;360;20;11;760;6;6;36;6;8;;;-37;0;0;;770;10;8 370;11;20;;370;16;12;770;10;8;37;0;9;;;-38;0;3;;780;3;9 380;12;24;;380;17;15;780;3;9;38;0;11;;;-39;0;0;;790;5;3 390;8;15;;390;11;9;790;5;3;39;4;6;;;-40;0;0;;800;2;5 400;19;18;;400;27;11;800;2;5;40;4;6;;;-41;1;1;;;1061;2156 reste;527;709;;;;;reste;171;204;reste;1181;1932;;;-42;0;0;;;; total;1233;2381;;t30;45;214;total;1233;2381;total;1233;2381;;;-43;0;0;;;; diagr;705;1651;;;;;diagr;356;505;diagr;51;428;;;-44;0;1;;;; - t30;673;1297;;;;;;;;;;;;;-45;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-46;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-47;0;1;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-49;0;3;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-50;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;reste;3;6;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;total;22;307;;;; </pre> ====mba intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_négatifs_S-|mba intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;2;;1;1;2;;;;;;;1;3;;;1;;;1;;;;;;1;;;;;;;;1;1;;;;;;1;;;;;;;;;;2;18 continu;33;0;2;119;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;6;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;7;311 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;3;1;2;0;0;0;0;0;0;1;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;22 ;Sc-;33;0;2;117;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;5;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;6;307 </pre> ====mba autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_autres_intercalaires|mba autres intercalaires]] <pre> ;mba;autres intercalaires;;adresses1;;mba;autres intercalaires;;adresses2;;;mba;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;91192;137;;;deb;°CDS;1516050;286;comp;;deb;°CDS;2622097;1489; ;&tRNA;92076;132;comp;;;&tRNA;1516507;760;;;;&tRNA;2625515;1102; ;&tRNA;92293;298;comp;;fin;°CDS;1517340;;comp;;fin;°CDS;2626691;; fin;°CDS;92676;;comp;;deb;°CDS;1538879;36;comp;;deb;°CDS;2650514;164; deb;°CDS;98630;535;comp;;;&tRNA;1539323;1249;comp;;;&tRNA;2651461;218; ;&tRNA;99873;222;comp;;fin;°CDS;1540645;;comp;;fin;°CDS;2651751;; fin;°CDS;100178;;comp;;deb;°CDS;1546247;576;comp;;deb;°CDS;2663547;318; deb;°CDS;146979;80;comp;;;&tRNA;1548368;448;comp;;;&tRNA;2664987;263;comp ;&tRNA;147599;198;comp;;fin;°CDS;1548890;;;;fin;°CDS;2665322;; fin;°CDS;147869;;comp;;deb;°CDS;1550566;745;;;deb;°CDS;2856552;134; deb;°CDS;199345;492;comp;;;&tRNA;1551506;506;comp;;;&tRNA;2857544;153;comp ;&tRNA;200761;71;comp;;fin;°CDS;1552086;;;;fin;°CDS;2857782;;comp ;&tRNA;200905;119;comp;;deb;°CDS;1621639;433;;;deb;°CDS;3326036;539; ;&tRNA;201099;790;comp;;;&tRNA;1623269;112;;;;&tRNA;3327097;995; fin;°CDS;201962;;;;;&tRNA;1623497;300;;;fin;°CDS;3328164;; deb;°CDS;260990;173;;;fin;°CDS;1623870;;comp;;deb;°CDS;3994472;514; ;&tRNA;261706;673;;;deb;°CDS;1657967;616;comp;;;&tRNA;3995436;477;comp fin;°CDS;262451;;;;;repeat_region;1660242;74;;;fin;°CDS;3996007;; deb;°CDS;355894;309;;;fin;°CDS;1661656;;;;deb;°CDS;4005709;269; ;repeat_region;356467;137;;;deb;°CDS;1714788;154;;;;&tRNA;4006296;860; fin;°CDS;359947;;;;;&tRNA;1715224;187;comp;;;repeat_region;4007239;169; deb;°CDS;463836;2075;comp;;fin;°CDS;1715483;;comp;;fin;°CDS;4009182;;comp ;&tRNA;466799;94;;;deb;°CDS;1755811;113;comp;;deb;°CDS;4031590;1075;comp ;&tRNA;466965;221;;;;&tRNA;1756107;0;comp;;;&tRNA;4032947;182; fin;°CDS;467271;;comp;;fin;°CDS;1756182;;comp;;fin;°CDS;4033202;;comp deb;°CDS;473154;298;;;deb;°CDS;1842058;16;;;deb;°CDS;4041205;96;comp ;&tRNA;474022;246;comp;;;&tRNA;1842212;717;comp;;;&tRNA;4042057;375; fin;°CDS;474343;;comp;;fin;°CDS;1843003;;;;fin;°CDS;4042517;;comp deb;°CDS;692109;349;comp;;deb;°CDS;1852573;1379;comp;;deb;°CDS;4045359;718;comp ;&tRNA;693337;400;;;;&tRNA;1854261;198;comp;;;&tRNA;4048993;35; 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;&tRNA;1135447;126;comp;;fin;°CDS;2029356;;comp;;;&tRNA;4553051;717; fin;°CDS;1135645;;comp;;deb;°CDS;2157926;567;;;fin;°CDS;4553840;; deb;°CDS;1137210;488;;;;&tRNA;2159252;349;;;deb;°CDS;4617920;200; ;$rRNA;1138169;74;comp;;fin;°CDS;2159712;;;;;&tRNA;4618540;351; ;$rRNA;1138365;209;comp;;deb;°CDS;2194967;718;comp;;deb;°CDS;4618969;377; ;$rRNA;1141481;835;comp;;;$rRNA;2196021;209;;;;&tRNA;4619568;214; fin;°CDS;1143794;;;;;$rRNA;2197708;74;;;fin;°CDS;4619860;;comp deb;°CDS;1249870;423;comp;;;$rRNA;2200689;607;;;deb;°CDS;4673041;289; ;&tRNA;1250464;546;comp;;fin;°CDS;2201418;;comp;;;$rRNA;4673933;74;comp fin;°CDS;1251084;;;;deb;°CDS;2434335;603;comp;;;$rRNA;4674129;116;comp deb;°CDS;1315521;-12;;;;&tRNA;2435213;223;comp;;;&tRNA;4677152;85;comp ;&tRNA;1315680;174;comp;;;&tRNA;2435508;74;;;;$rRNA;4677310;1247;comp fin;°CDS;1315926;;;;;&tRNA;2435659;241;;;fin;°CDS;4680035;; ;;;;;;fin;°CDS;2435977;;comp;;deb;°CDS;4759174;89;comp ;;;;;;;;;;;;;&tRNA;4759500;655;comp ;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;4760232;;comp </pre> ====mba intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_tRNA|mba intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aa;comp’;cds aa deb;comp’;cds aa fin ;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;132;comp’;137;;298;;15;0;'''deb; ;;;535;;222;;36;125;<201;9 ;;;80;;198;;64;126;total;25 ;71 119;;492;comp’;790;;80;153;taux;36% ;;;173;;673;;89;187;; ;94;comp’;2075;comp’;221;;113;198;'''fin; ;;comp’;298;;246;;164;198;<201;8 ;;comp’;349;comp’;400;;173;199;total;23 ;;comp’;488;;307;;200;218;taux;35% ;;;799;;;;235;220;; ;63 63;;15;;273;;269;222;'''total; ;65;;235;;126;;349;246;<201;17 ;;;423;comp’;546;;377;273;total;48 ;;comp’;-12;comp’;174;;423;298;taux;35% ;;comp’;286;comp’;760;;433;307;; ;;;36;;1249;;535;349;; ;;;576;comp’;448;;536;351;; ;;comp’;745;comp’;506;;539;655;; ;112;;433;comp’;300;;567;673;; ;;comp’;154;;187;;576;717;; ;;;113;;0;;603;995;; ;;comp’;16;comp’;717;;799;1102;; ;;;1379;;198;;1379;1249;; ;;;349;comp’;445;;1489;-;; ;;comp’;183;;125;;2315;-;'''comp’;'''cumuls ;;;2315;;199;;'''-12;35;; ;;comp’;314;comp’;513;;16;174;'''deb; ;;;567;;349;;96;177;<201;7 '''comp’;'''223;;603;comp’;241;;134;182;total;21 ;'''74;;;;;;137;214;taux;33% ;;;1489;;1102;;154;221;; ;;;164;;218;;183;241;'''fin; 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WH1;;;;;;;;;;;; comp;38726..40264;;cds;;698;*698;;;*513;;2-isopropylmalate synthase;* ;40963..42450;;16s;;208;;;;1488;;;* ;42659..45491;;23s;;130;;;;2833;;;* ;45622..45743;;5s;;857;*857;;;122;;;* ;46601..47164;;cds;;102;102;;;188;;hp;* ;47267..47338;;tgc;+;72;;72;;;;;* ;47411..47482;;tgc;2 tgc;411;*411;;;;;;* ;47894..48508;;cds;;;;;;205;;endonuclease III;* ;;;;;;;;;;;;* comp;71092..72423;;cds;;384;384;;;444;;signal recognition particle protein;* comp;72808..72882;;atgf;+;89;;*89;;;;;* comp;72972..73046;;atgf;2 atgf;234;234;;;;;;* ;73281..73472;;cds;;;;;;64;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;175573..176153;;cds;;163;163;;;194;;hp;* comp;176317..176389;;gac;;111;;*111;;;;;* comp;176501..176614;;tac;@1;295;295;;;;;;* ;176910..177248;;cds;;;;;;113;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;214884..215966;;cds;;801;*801;;;361;;hp;* comp;216768..216841;;aca;;150;150;;;;;;* ;216992..217582;;cds;;;;;;197;;aldolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;372219..373091;;cds;;558;*558;;;291;;hp;* comp;373650..373723;;gtg;;340;340;;;;;;* ;374064..374828;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;* ;;;;;;;;;;;;* comp;379248..381950;;cds;;1076;*1076;;;*901;;DNA mismatch repair protein MutS;* comp;383027..383104;;ccc;;193;193;;;;;;* comp;383298..383882;;cds;;;;;;195;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;532751..533176;;cds;;356;356;;;142;;hp;* comp;533533..533607;;cca;;149;149;;;;;;* comp;533757..534308;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;598666..599850;;cds;;170;170;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;* ;600021..600092;;cgc;;341;341;;;;;;* ;600434..600868;;cds;;;;;;145;;cell surface lipoprotein;* ;;;;;;;;;;;;* ;680493..681734;;cds;;185;185;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;* ;681920..681994;;gag;;242;242;;;;;;* >;682237..682560;;cds;;;;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* ;689062..689631;;cds;;36;36;;;190;;phosphatase PAP2 family protein;* comp;689668..689752;;cta;;73;;73;;;;;* comp;689826..689897;;gga;;1481;*1481;;;;;;* ;691379..691483;;cds;;;;;;35;;CcmD family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;793563..795017;;cds;;111;111;;;485;;p-IS66 family transposase;* comp;795129..795213;;ctc;+;117;;*117;;;;;* comp;795331..795418;;ctc;2 ctc;235;235;;;;;;* comp;795654..796454;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;* ;;;;;;;;;;;;* ;810088..810471;;cds;;861;*861;;;128;;hp;* comp;811333..811415;;tcc;;123;123;;;;;;* comp;811539..812555;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;* ;;;;;;;;;;;;* comp;893309..894232;;cds;;391;391;;;308;;aldolase;* comp;894624..894696;;aac;+;87;;*87;;;;;* comp;894784..894858;;atgi;2 aac;110;;*110;;;;;* comp;894969..895041;;aac;;1415;*1415;;;;;;* comp;896457..897506;;cds;;;;;;350;;TIGR00303 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;949570..950112;;cds;;208;208;;;181;;nitroreductase family protein;* ;950321..950392;;cgg;;498;*498;;;;;;* comp;950891..952300;;cds;;;;;;470;;NADPH-dependent glutamate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1088496..1090946;;cds;;360;360;;;*817;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* comp;1091307..1091378;;gcc;;227;;*227;;;;;* ;1091606..1091682;;atc;+;62;;62;;;;;* ;1091745..1091818;;atc;2 atc;353;353;;;;;;* comp;1092172..1092585;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1155736..1156137;;cds;;210;210;;;134;;AsnC family transcriptional regulator;* ;1156348..1156425;;gaa;+;718;;*718;;;;;* ;1157144..1157221;;gaa;2 gaa;233;233;;;;;;* comp;1157455..1158645;;cds;@4;;;;;397;;ISH3 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1199367..1200149;;cds;;967;*967;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;1201117..1202604;;16s;;80;;;;1488;;;* ;1202685..1202757;;gca;;135;;;;;;;* ;1202893..1205725;;23s;;130;;;;2833;;;* ;1205856..1205977;;5s;;5;5;;;122;;;* comp;1205983..1206231;;cds;;;;;;83;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1207508..1211485;;cds;;12;12;;;*1326;;PAS domain S-box protein;* comp;1211498..1211582;;ctg;;190;190;;;;;;* comp;1211773..1212681;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1220571..1220783;;cds;;596;*596;;;71;;MoaD/ThiS family protein;* comp;1221380..1221451;;ggc;+;25;;25;;;;;* comp;1221477..1221551;;ttc;2 ggc;57;;57;;;;;* comp;1221609..1221682;;gtc;2 ttc;71;;71;;;;;* comp;1221754..1221825;;ggc;2 gtc;25;;25;;;;;* comp;1221851..1221925;;ttc;;118;;*118;;;;;* comp;1222044..1222117;;gtc;;358;358;;;;;;* ;1222476..1223792;;cds;;;;;;439;;methanogenesis marker 16 metalloprotein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1400830..1401773;;cds;;914;*914;;;315;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;1402688..1402761;;gta;;287;287;;;;;;* ;1403049..1403276;;cds;;;;;;76;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1504221..1505630;;cds;;686;*686;;;470;;F0F1 ATP synthase subunit beta;* comp;1506317..1506410;;cga;;750;*750;;;;;;* ;1507161..1508039;;cds;;;;;;293;;response regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1513245..1513562;;cds;;213;213;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;* ;1513776..1513858;;ttg;;268;268;;;;;;* >;1514127..1514647;;cds;;;;;;174;;p-IS1634 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1887880..1888338;;cds;;392;392;;;153;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein;* comp;1888731..1888802;;ggc;;378;378;;;;;;* ;1889181..1890518;;cds;;;;;;446;;DHH family phosphoesterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1962666..1963553;;cds;;130;130;;;296;;hp;* comp;1963684..1963768;;tta;;235;235;;;;;;* ;1964004..1964759;;cds;;;;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1971331..1971852;;cds;;319;319;;;174;;hp;* comp;1972172..1972244;;cag;;204;204;;;;;;* comp;1972449..1972850;;cds;;;;;;134;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2170713..2172446;;cds;;156;156;;;*578;;radical SAM protein;* comp;2172603..2172674;;cac;;174;174;;;;;;* comp;2172849..2173631;;cds;;;;;;261;;thiazole biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;2320809..2321131;;cds;;141;141;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;* comp;2321273..2321344;;gcg;;65;65;;;;;;* comp;2321410..2321679;;cds;;;;;;90;;elongation factor 1-beta;* ;;;;;;;;;;;;* ;2387890..2388675;;cds;;150;150;;;262;;peptidylprolyl isomerase;* ;2388826..2388911;;tca;;326;326;;;;;;* comp;2389238..2389453;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2678132..2678368;;cds;;85;85;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;* comp;2678454..2678530;;aaa;;824;*824;;;;;;* comp;2679355..2679537;;cds;;;;;;61;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3091524..3091754;;cds;;271;271;;;77;;hp;* comp;3092026..3092147;;5s;;130;;;;122;;;* comp;3092278..3095110;;23s;;208;;;;2833;;;* comp;3095319..3096806;;16s;;839;*839;;;1488;;;* ;3097646..3097975;;cds;;;;;;110;;translation initiation factor eIF-1A;* ;;;;;;;;;;;; comp;3153517..3155214;;cds;;599;*599;;;*566;;diguanylate phosphodiesterase;* comp;3155814..3155923;;atgj;;799;*799;;;;;;* ;3156723..3157106;;cds;;;;;;128;;tRNA CCA-pyrophosphorylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3241682..3242944;;cds;;473;*473;;;421;;diaminopimelate decarboxylase;* ;3243418..3243489;;ggg;;377;377;;;;;;* ;3243867..3244073;;cds;;;;;;69;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3341829..3342017;;cds;@2;0;*0;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;* ;3342018..3342092;;ccg;;112;112;;;;;;* ;3342205..3342387;;cds;;;;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;* ;;;;;;;;;;;;* ;3358176..3359186;;cds;;533;*533;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;* ;3359720..3359791;;acg;;52;52;;;;;;* comp;3359844..3360305;;cds;;;;;;154;;peroxiredoxin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3397316..3398947;;cds;;422;*422;;;*544;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;* ;3399370..3399684;;ncRNA;@3;149;149;;;315;;;* ;3399834..3399918;;agc;;230;230;;;;;;* ;3400149..3400847;;cds;;;;;;233;;ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3435506..3436918;;cds;;181;181;;;471;;phosphotransferase;* ;3437100..3437183;;tcg;;273;273;;;;;;* ;3437457..3437948;;cds;;870;*870;;;164;;rubrerythrin family protein;* ;3438819..3438989;;cds;;107;107;;;57;;hp;* ;3439097..3439289;;tgg;;42;42;;;;;;* comp;3439332..3439484;;cds;;;;;;51;;hp MLELDILDLDILDLDILDLKILELEILELEVLELEILELEILELEVLVQS;* ;;;;;;;;;;;;* ;3456114..3456473;;cds;;260;260;;;120;;hp;* comp;3456734..3456805;;acc;;200;200;;;;;;* comp;3457006..3457518;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3583589..3584044;;cds;;295;295;;;152;;N-acetyltransferase;* comp;3584340..3584414;;agg;;339;339;;;;;;* ;3584754..3585317;;cds;;;;;;188;;biotin transporter BioY;* ;;;;;;;;;;;;* ;3593430..3593861;;cds;;343;343;;;144;;PspC domain-containing protein;* comp;3594205..3594279;;aga;;348;348;;;;;;* ;3594628..3595506;;cds;;;;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3603458..3603697;;cds;;389;389;;;80;;type II toxin-antitoxin system HicB family antitoxin;* ;3604087..3604159;;caa;;633;*633;;;;;;* comp;3604793..3606301;;cds;;;;;;*503;;lipopolysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3856073..3856279;;cds;;402;*402;;;69;;TRAM domain-containing protein;* ;3856682..3856755;;aag;;498;*498;;;;;;* ;3857254..3857424;;cds;;;;;;57;;CopG family transcriptional regulator;* </pre> ====mfe cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_cumuls|mfe cumuls]] <pre> mfe cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;1;1;;100;18;30;0 ;16 23 5s 0;2;20;0;;50;4;20;;200;29;60;4 ;16 gca 235;1;40;2;;100;3;40;;300;12;90;14 ;16 23 5s a;0;60;1;;150;11;60;;400;9;120;6 ;max a;1;80;4;;200;9;80;;500;9;150;8 ;a doubles;0;100;2;;250;10;100;;600;5;180;7 ;autres;0;120;4;;300;7;120;;700;0;210;9 ;total aas;1;140;0;;350;7;140;;800;0;240;1 sans ;opérons;40;160;0;;400;10;160;;900;1;270;6 ;1 aa;31;180;0;;450;3;180;;1000;1;300;4 ;max a;6;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;3 ;a doubles;7;;2;;;20;;;;1;;23 ;total aas;55;;15;0;;88;;0;;85;;85 total aas;;56;;;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;131;;;376;;;;255;; ;;;variance;169;;;299;;;;210;; sans jaune;;;moyenne;55;;;223;;;;207;;157 ;;;variance;21;;;108;;;;127;;80 </pre> ====mfe blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_blocs|mfe blocs]] <pre> mfe blocs;;;; cds;698;513;2-isopropylmalate synthase;* 16s;208;1488;;* 23s;130;2833;;* 5s;857;122;;* cds;102;188;hp;* ;;;; cds;967;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* 16s;80;1488;;* gca;135;;;* 23s;130;2833;;* 5s;5;122;;* cds;;83;hp;* ;;;; cds;271;77;hp;* 5s;130;122;;* 23s;208;2833;;* 16s;839;1488;;* cds;;110;translation initiation factor eIF-1A;* </pre> ====mfe remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_remarques|mfe remarques]] <pre> mfe;;;;;;56;56 atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====mfe distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_distribution|mfe distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc; gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mfe;;31;;;;;;;mfe;14;;;;;;;;mfe;10;;;;;; </pre> ====mfe données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_données_intercalaires|mfe données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mfe;fx;fc;mfe;fx40;fc40;mfe;x-;c-;c;x;c;x;aa ;1;0;1;17;0;1;17;-1;;26;102;207;CDS 16s;; ;0;10;11;152;1;2;28;-2;1;0;411;295;;704; 1;0;20;15;94;2;0;29;-3;;0;384;150;;973; ;0;30;21;74;3;1;16;-4;4;116;225;340;;845; 1;0;40;22;60;4;1;15;-5;;0;801;170;16s 23s;; 1;0;50;24;58;5;1;18;-6;;0;558;36;2* 196;; 1;0;60;11;41;6;1;14;-7;;4;1076;1611;23s 5s;; ;1;70;18;55;7;2;3;-8;;27;193;861;3* 74;; ;0;80;23;52;8;1;7;-9;2;0;356;498;5s CDS;; ;1;90;24;43;9;1;8;-10;2;6;149;360;857;5; ;0;100;18;41;10;1;14;-11;;10;332;353;;271; ;2;110;25;48;11;2;15;-12;1;0;185;233;16s tRNA;; ;2;120;24;44;12;0;11;-13;;5;296;12;84;;gca 1;1;130;30;46;13;2;12;-14;1;11;111;358;tRNA 23s;; ;0;140;10;40;14;3;8;-15;;1;235;774;119;;gca 1;3;150;25;36;15;3;10;-16;;1;123;392;tRNA tRNA;; ;1;160;13;41;16;2;3;-17;1;9;391;378;72;;tgc 1;0;170;25;35;17;1;7;-18;;1;1415;130;**;;tgc ;1;180;22;31;18;0;8;-19;;1;208;235;89;;atgf ;3;190;14;38;19;2;12;-20;;5;210;319;**;;atgf ;2;200;11;28;20;0;8;-21;;0;190;326;111;;gac 1;3;210;17;42;21;0;11;-22;;1;596;799;**;;tac ;1;220;27;29;22;0;3;-23;;3;914;473;73;;cta ;2;230;24;32;23;3;9;-24;;1;287;52;**;;gga 2;1;240;18;34;24;2;12;-25;;3;686;42;117;;ctc ;0;250;10;20;25;0;8;-26;;2;213;260;**;;ctc 1;0;260;18;34;26;0;10;-27;;0;268;339;87;;aac ;1;270;14;26;27;1;5;-28;;1;204;343;110;;atgi ;1;280;16;21;28;11;10;-29;;0;156;348;**;;aac ;1;290;16;20;29;1;2;-30;;0;174;633;-;227;gcc 1;2;300;19;25;30;3;4;-31;;0;141;402;62;;atc ;0;310;10;21;31;2;6;-32;;1;65;;**;;atc 1;0;320;14;24;32;2;3;-33;1;0;150;;718;;gaa 1;0;330;15;23;33;1;1;-34;;0;85;;**;;gaa 2;1;340;12;20;34;2;7;-35;;6;824;;25;;ggc 2;0;350;13;22;35;2;4;-36;;0;599;;57;;ttc 3;1;360;13;14;36;2;4;-37;;0;377;;71;;gtc ;0;370;13;13;37;1;10;-38;;0;0;;25;;ggc 1;1;380;15;17;38;3;5;-39;1;0;112;;118;;ttc ;2;390;12;18;39;4;8;-40;;0;533;;**;;gtc 1;1;400;12;15;40;3;12;-41;;4;230;;;; 8;12;reste;372;467;reste;997;1614;-42;;0;181;;;; 31;48;total;1067;2011;total;1067;2011;-43;;0;273;;;; 23;35;diagr;694;1527;diagr;69;380;-44;;0;107;;;; 1;0; t30;47;320;;;;-45;;0;200;;;; ;;;;;;;;-46;;0;295;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;389;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;498;;;; ;x;1066;17;1;1084;;;-49;;0;;;;; ;c;1994;250;17;2261;;;-50;;0;;;;; ;;;;;3345;122;;reste;3;3;;;;; ;;;;;;3467;;total;17;250;;;;; </pre> =====mfe autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_autres_intercalaires_aas|mfe autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;mfe;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;38726;40264;704;*; ;;rRNA;40969;42446;196;*;1478 ;;rRNA;42643;45547;74;*;2905 ;;rRNA;45622;45743;857;*;122 deb;;CDS;46601;47164;102;*; ;;tRNA;47267;47338;72;*;tgc ;;tRNA;47411;47482;411;*;tgc fin;;CDS;47894;48508;;; deb;comp;CDS;71092;72423;384;*; ;comp;tRNA;72808;72882;89;*;atgf ;comp;tRNA;72972;73046;207;*;atgf fin;;CDS;73254;73472;;0; deb;comp;CDS;175573;176091;225;*; ;comp;tRNA;176317;176389;111;*;gac ;comp;tRNA;176501;176614;295;*;tac fin;;CDS;176910;177248;;0; deb;comp;CDS;214884;215966;801;*; ;comp;tRNA;216768;216841;150;*;aca fin;;CDS;216992;217582;;; deb;comp;CDS;372219;373091;558;*; ;comp;tRNA;373650;373723;340;*;gtg fin;;CDS;374064;374828;;0; deb;comp;CDS;379248;381950;1076;*; ;comp;tRNA;383027;383104;193;*;ccc fin;comp;CDS;383298;383828;;; deb;;CDS;508114;509238;100;*; ;comp;ncRNA;509339;509698;415;*; fin;;CDS;510114;511253;;; deb;comp;CDS;532751;533176;356;*; ;comp;tRNA;533533;533607;149;*;cca fin;comp;CDS;533757;534308;;; deb;comp;CDS;598666;599850;170;*; ;;tRNA;600021;600092;332;*;cgc fin;;CDS;600425;600868;;0; deb;;CDS;680493;681734;185;*; ;;tRNA;681920;681994;296;*;gag fin;;CDS;682291;682578;;0; deb;;CDS;689098;689631;36;*; ;comp;tRNA;689668;689752;73;*;cta ;comp;tRNA;689826;689897;1611;*;gga fin;;CDS;691509;691889;;; deb;comp;CDS;793563;795017;111;*; ;comp;tRNA;795129;795213;117;*;ctc ;comp;tRNA;795331;795418;235;*;ctc fin;comp;CDS;795654;796454;;; deb;;CDS;810088;810471;861;*; ;comp;tRNA;811333;811415;123;*;tcc fin;comp;CDS;811539;812555;;; deb;comp;CDS;893309;894232;391;*; ;comp;tRNA;894624;894696;87;*;aac ;comp;tRNA;894784;894858;110;*;atgi ;comp;tRNA;894969;895041;1415;*;aac fin;comp;CDS;896457;897506;;; deb;;CDS;949570;950112;208;*; ;;tRNA;950321;950392;498;*;cgg fin;comp;CDS;950891;952300;;; deb;;CDS;1088496;1090946;360;*; ;comp;tRNA;1091307;1091378;227;*;gcc ;;tRNA;1091606;1091682;62;*;atc ;;tRNA;1091745;1091818;353;*;atc fin;comp;CDS;1092172;1092585;;; deb;;CDS;1155748;1156137;210;*; ;;tRNA;1156348;1156425;718;*;gaa ;;tRNA;1157144;1157221;233;*;gaa fin;comp;CDS;1157455;1158645;;; deb;comp;CDS;1199367;1200149;973;*; ;;rRNA;1201123;1202600;84;*;1478 ;;tRNA;1202685;1202757;119;*;gca ;;rRNA;1202877;1205781;74;*;2905 ;;rRNA;1205856;1205977;5;*;122 fin;comp;CDS;1205983;1206231;;; deb;;CDS;1207508;1211485;12;*; ;comp;tRNA;1211498;1211582;190;*;ctg fin;comp;CDS;1211773;1212681;;; deb;comp;CDS;1220571;1220783;596;*; ;comp;tRNA;1221380;1221451;25;*;ggc ;comp;tRNA;1221477;1221551;57;*;ttc ;comp;tRNA;1221609;1221682;71;*;gtc ;comp;tRNA;1221754;1221825;25;*;ggc ;comp;tRNA;1221851;1221925;118;*;ttc ;comp;tRNA;1222044;1222117;358;*;gtc fin;;CDS;1222476;1223792;;0; deb;;CDS;1400830;1401773;914;*; ;;tRNA;1402688;1402761;287;*;gta fin;;CDS;1403049;1403276;;; deb;comp;CDS;1504221;1505630;686;*; ;comp;tRNA;1506317;1506410;774;*;cga fin;;CDS;1507185;1508039;;0; deb;;CDS;1513245;1513562;213;*; ;;tRNA;1513776;1513858;268;*;ttg fin;;CDS;1514127;1514647;;; deb;;CDS;1887880;1888338;392;*; ;comp;tRNA;1888731;1888802;378;*;ggc fin;;CDS;1889181;1890518;;; deb;;CDS;1962666;1963553;130;*; ;comp;tRNA;1963684;1963768;235;*;tta fin;;CDS;1964004;1964759;;; deb;;CDS;1971373;1971852;319;*; ;comp;tRNA;1972172;1972244;204;*;cag fin;comp;CDS;1972449;1972850;;; deb;comp;CDS;2066516;2069038;121;*; ;;repeat_region;2069160;2069707;535;*; fin;;CDS;2070243;2071250;;; deb;comp;CDS;2073346;2074599;417;*; ;;repeat_region;2075017;2076588;535;*; fin;;CDS;2077124;2077771;;0; deb;comp;CDS;2170713;2172446;156;*; ;comp;tRNA;2172603;2172674;174;*;cac fin;comp;CDS;2172849;2173631;;; deb;;CDS;2231846;2232133;164;*; ;;repeat_region;2232298;2233846;77;*; fin;;CDS;2233924;2235552;;0; deb;comp;CDS;2320856;2321131;141;*; ;comp;tRNA;2321273;2321344;65;*;gcg fin;comp;CDS;2321410;2321679;;; deb;;CDS;2387890;2388675;150;*; ;;tRNA;2388826;2388911;326;*;tca fin;comp;CDS;2389238;2389453;;; deb;comp;CDS;2678132;2678368;85;*; ;comp;tRNA;2678454;2678530;824;*;aaa fin;comp;CDS;2679355;2679537;;; deb;;CDS;2969291;2969554;306;*; ;;repeat_region;2969861;2971629;480;*; fin;;CDS;2972110;2973468;;; deb;;CDS;2979566;2980078;280;*; ;;repeat_region;2980359;2981568;343;*; ;;repeat_region;2981912;2982974;5;*; fin;;CDS;2982980;2983372;;; deb;;CDS;3091533;3091754;271;*; ;comp;rRNA;3092026;3092147;74;*;122 ;comp;rRNA;3092222;3095126;196;*;2905 ;comp;rRNA;3095323;3096800;845;*;1478 fin;;CDS;3097646;3097975;;; deb;comp;CDS;3153517;3155214;599;*; ;comp;tRNA;3155814;3155923;799;*;atgj fin;;CDS;3156723;3157106;;; deb;comp;CDS;3241682;3242944;473;*; ;;tRNA;3243418;3243489;377;*;ggg fin;;CDS;3243867;3244073;;0; deb;;CDS;3341829;3342017;0;*; ;;tRNA;3342018;3342092;112;*;ccg fin;;CDS;3342205;3342387;;; deb;;CDS;3358176;3359186;533;*; ;;tRNA;3359720;3359791;52;*;acg fin;comp;CDS;3359844;3360305;;; deb;comp;CDS;3397316;3398947;422;*; ;;ncRNA;3399370;3399684;149;*; ;;tRNA;3399834;3399918;230;*;agc fin;;CDS;3400149;3400847;;; deb;;CDS;3435506;3436918;181;*; ;;tRNA;3437100;3437183;273;*;tcg fin;;CDS;3437457;3437948;;; deb;;CDS;3438819;3438989;107;*; ;;tRNA;3439097;3439289;42;*;tgg fin;comp;CDS;3439332;3439484;;0; deb;;CDS;3456114;3456473;260;*; ;comp;tRNA;3456734;3456805;200;*;acc fin;comp;CDS;3457006;3457518;;; deb;comp;CDS;3583589;3584044;295;*; ;comp;tRNA;3584340;3584414;339;*;agg fin;;CDS;3584754;3585317;;; deb;;CDS;3593430;3593861;343;*; ;comp;tRNA;3594205;3594279;348;*;aga fin;;CDS;3594628;3595506;;; deb;;CDS;3603458;3603697;389;*; ;;tRNA;3604087;3604159;633;*;caa fin;comp;CDS;3604793;3606301;;; deb;comp;CDS;3856073;3856279;402;*; ;;tRNA;3856682;3856755;498;*;aag fin;;CDS;3857254;3857424;;0; </pre> ===archées synthèse=== ====archées distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_génome|archées distribution par génome]] <pre> arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total mba;14;37;;;;1;9;;61 mfe;14;31;;;;1;10;;56 mfi;25;20;;;;2;;;47 mja;8;16;1;4;6;2;;;37 total;61;104;1;4;6;6;19;0;201 ;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;;;; </pre> ====archées distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_du_total|archées distribution du total]] <pre> atgi;4;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;4;tac;4;tgc;8 atc;6;acc;4;aac;7;agc;4 ctc;6;ccc;3;cac;4;cgc;4 gtc;6;gcc;4;gac;4;ggc;8 tta;6;tca;4;taa;;tga;1 ata;;aca;5;aaa;5;aga;4 cta;4;cca;4;caa;5;cga;4 gta;4;gca;6;gaa;7;gga;4 ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4 atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3 ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2 gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3 arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;80;104;1;4;6;6;201 ;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;; </pre> ====archées distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_type|archées distribution par type]] <pre> ;;;;;;;104;;;;;;;;;61;;;;;;;;;19 atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;4;tac;;tgc;3;;ttc;5;tcc;;tac;3;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;4 atc;2;acc;2;aac;1;agc;4;;atc;;acc;2;aac;5;agc;;;atc;4;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;3;cac;2;cgc;4;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;4;ccc;;cac;;cgc; gtc;1;gcc;2;gac;;ggc;2;;gtc;5;gcc;2;gac;3;ggc;6;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;5;tca;4;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;3;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;2;caa;4;cga;4;;cta;3;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;3;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;2;tcg;3;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;3;aag;2;agg;2;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;3;gcg;3;gag;2;ggg;3;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; archées;1aa;104;;;;;;;archées;>1aa;61;;;;;;;archées;duplica;19;;;;; ;;4;4;;;;;;;;37;61;;;;;;;;0;0;;;; ;;68;65;;;;;;;;7;11;;;;;;;;4;21;;;; ;;32;31;;;;;;;;17;28;;;;;;;;15;79;;;; </pre> ====archées par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_par_rapport_au_groupe_de_référence|archées par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;40;11;4;;;;55; 16;moyen;39;16;8;;;9;72; 14;fort;25;34;7;4;;4;74; ; ;104;61;19;4;;13;201; 10;g+cgg;26;2;;;;;28; 2;agg+cga;6;1;;;;;7; 4;carre ccc;7;8;4;;;;19; 5;autres;1;;;;;;1; ;;40;11;4;;;;55; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;199;55;20;;;;274;26 16;moyen;194;80;40;;;45;358;324 14;fort;124;169;35;20;;20;368;650 ; ;517;303;95;20;;65;201;729 10;g+cgg;129;10;;;;;139;10 2;agg+cga;30;5;;;;;35; 4;carre ccc;35;40;20;;;;95;16 5;autres;5;;;;;;5; ;;199;55;20;;;;274; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;217;60;22;299;26;38;18; 16;moyen;212;87;43;342;324;38;26; 14;fort;136;185;38;359;650;24;56; ; ;565;332;103;184;729;104;61; 10;g+cgg;141;11;;152;10;65;; 2;agg+cga;33;5;;38;;15;; 4;carre ccc;38;43;22;103;16;18;; 5;autres;5;;;5;;3;; ;;217;60;22;299;;40;; </pre> ====euryarchaeota, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#euryarchaeota,_estimation_des_-rRNAs|euryarchaeota, estimation des -rRNAs]] <pre> euryarchaeota;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 63 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;63;124; ; ;;indices;;;;63;197;0;0;;eury4;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;184 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;2;tac;;tgc;28;;ttc;;tcc;3;tac;;tgc;44;;ttc;5;tcc;4;tac;3;tgc;8 atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc;;;atc;6;acc;4;aac;6;agc;4 ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;6;ccc;3;cac;3;cgc;4 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;6;gcc;4;gac;3;ggc;8 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;6;tca;4;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;5;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;5;cga;4 gta;;gca;87;gaa;;gga;;;gta;;gca;138;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;6;gga;4 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4 atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3 ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;3;;ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3 ;;118;;3;;3;124;;;;187;;4.76190476190476;;5;197;;;;63;;66;;55;184 11.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;16.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;143;6935;0;0;;eury4;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4600 atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;75;tct;;tat;;atgf;175 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;102;tac;104;tgc;137;;ttc;122;tcc;106;tac;104;tgc;181;;ttc;125;tcc;100;tac;75;tgc;200 atc;119;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;121;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;150;acc;100;aac;150;agc;100 ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;150;ccc;75;cac;75;cgc;100 gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;150;gcc;100;gac;75;ggc;200 tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;150;tca;100;taa;;tga;25 ata;;aca;110;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;110;aaa;110;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;75;cca;75;caa;125;cga;100 gta;103;gca;13;gaa;132;gga;103;;gta;103;gca;151;gaa;132;gga;103;;gta;100;gca;;gaa;150;gga;100 ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;75;tcg;75;tag;;tgg;100 atgj;101;acg;90;aag;85;agg;88;;atgj;101;acg;90;aag;87;agg;88;;atgj;100;acg;75;aag;75;agg;75 ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;68;;ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;71;;ctg;75;ccg;50;cag;75;cgg;50 gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;100;gcg;75;gag;50;ggg;75 ;;1569;;1607;;1475;4651;;;;1757;;1612;;1480;4848;;;;1575;;1650;;1375;4600 rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;eury4;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;41.778;;;fréquences;;;;;atgi;24;tct;;tat;;atgf;28 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2632;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;100;;avec;150;;;10;17;;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;100;;genom;63;;;20;14;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;97;tac;100;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;2;tcc;2;tac;28;tgc;32 atc;99;acc;100;aac;100;agc;100;;archeo;46;;;40;3;;;;atc;20;acc;4;aac;19;agc;4 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgc;;;sans;184;;;50;2;46;;;ctc;19;ccc;19;cac;26;cgc;2 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;17;;;60;0;;;;gtc;19;gcc;1;gac;39;ggc;29 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;29;tca;1;taa;;tga;50 ata;;aca;100;aaa;96;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;9;aaa;5;aga;3 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par archeo;;;;90;0;;;;cta;27;cca;27;caa;13;cga;3 gta;100;gca;9;gaa;100;gga;100;;est 10% au dessus;;;;100;0;;;;gta;3;gca;100;gaa;12;gga;3 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;14;tcg;14;tag;;tgg;2 atgj;100;acg;100;aag;98;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;1;acg;17;aag;12;agg;15 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;96;;;;;;;;;;;ctg;12;ccg;36;cag;14;cgg;27 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;9;gcg;11;gag;40;ggg;5 rapports;;89;;100;;100;96;;;;;;;;;;;diff;;301;;220;;311;832 </pre> ==génomes synthèse== ===Les intercalaires entre cds d'un génome=== ====Fréquences des intercalaires cds-cds, courbes puissance==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds,_courbes_puissance|puissance]] *Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre classe <pre> ;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600; gen;cds;K6;'- a6;R2;K6 %0;;K12;'- a12;R2;k12/k6;a% ;;;;;;;;;;; pub;1,307;19,910;&1.63;89;&15,233;;;;;; ant;3,095;158,387;&'''1.80;85;&'''51,175;;;;;; abra;1,667;17,186;&1.41;81;10,310;;;;;; pmg;1,800;48,983;&1.62;85;&27,213;;;;;; mja;1,729;25,564;&1.45;81;&14,777;;;;;; fin rang faible;;;1.00;;2,121;;;;;5.0;1 rang moyen;;;1.18;;4,599;;;;;9.9;16 ;;;1.33;;12,201;;;;;17.6;31 rru;3,786;46,193;&1.4;73;12,201;;157,774;1.66;79;3.4;16 eco;4,024;64,507;&1.46;74;&16,031;;;;;; cvi;4,282;5,941;&1.42;79;1,387;;272,330;1.76;85;&'''45.8;19 ade;4,464;83,541;&1.51;81;&18,714;;344,171;1.81;86;4.1;17 bsu;4,213;110,979;&1.58;79;&26,323;;;;;; cbn;2,491;24,707;1.33;74;9,919;;;;;; afn;2,038;16,580;1.32;74;8,131;;;;;; ase;8,197;38,168;1.20;82;4,656;;537,079;1.74;84;14.1;31 scc;1,805;13,461;1.30;77;7,458;;;;;; Début rang fort;;;1.40;;14,777;;;;;30.0;39 rtb;793;1,117;°0.97;68;°1,409;;1,119;0.98;75;°'''1.0;°'''1 spl;4,213;6,234;°0.93;79;°1,480;;109,920;1.52;79;17.6;&39 pmq;7,223;15,320;°1.00;72;°2,121;;459,123;1.70;80;&30.0;&41 cbei;5,623;3,288;°0.73;79;°585;;111,913;1.45;75;&34.0;&50 blo;1,772;8,149;1.18;71;4,599;;;;;; myr;3,555;19,289;1.22;87;5,426;;97,139;1.55;87;°5.0;21 mba;3,943;561;°'''0.47;80;°'''142;;5,558;0.93;71;9.9;&49 </pre> *Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre pente a37 <pre> ;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600; gen;cds;K;-a;R2;K %;;K;-a;R2;k12/k6;a% pub;1 307;19 910;&1,63;89;&15 233;;;;;; rtb;793;1 117;°0,97;68;°1 409;;1 119;0,98;75;°1,0;°1 rru;3 786;46 193;&1,40;73;12 201;;157 774;1,66;79;°3,4;16 ;;;;;;;;;;; eco;4 024;64 507;&1,46;74;&16 031;;;;;; spl;4 213;6 234;°0,93;79;°1 480;;109 920;1,52;79;17,6;&39 ;;;;;;;;;;; bsu;4 216;110 979;&1,58;79;&26 323;;;;;; pmq;7 223;15 320;°1,00;72;°2 121;;459 123;1,70;80;&30,0;&41 ;;;;;;;;;;; cbn;2 491;24 707;1,33;74;9 919;;;;;; cbei;5 623;3 288;°0,73;79;°585;;111 913;1,45;75;&34,0;&50 ;;;;;;;;;;; ase;8 197;38 168;1,20;82;4 656;;537 079;1,74;84;14,1;31 blo;1 772;8 149;1,18;71;4 599;;;;;; ;;;;;;;;;;; myr;3 555;19 289;1,22;87;5 426;;97 139;1,55;87;°5,0;21 pmg;1 800;48 983;&1,62;85;&27 213;;;;;; abra;1 667;17 186;&1,41;81;10 310;;;;;; cvi;4 282;5 941;&1,42;79;°1 387;;272 330;1,76;85;&45,8;19 ade;4 464;83 541;&1,51;81;&18 714;;344 171;1,81;86;°4,1;17 ant;3 095;158 387;&1,80;85;&51 175;;;;;; afn;2 039;16 580;1,32;74;8 131;;;;;; scc;1 805;13 461;1,30;77;7 458;;;;;; mja;1 730;25 564;&1,45;81;&14 777;;;;;; mba;3 943;561;°0,47;80;°142;;5 558;0,93;71;9,9;&49 </pre> ====Fréquences des intercalaires cds-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds|cds-cds]] <pre> génome;nombre cds;intercalaires;200;rapport;26-370;;;total;;;;;;;;génome;;;;;;; gen;n-cds;inter%;moy;rap;a37;b37;R2;cds;<0;100;200;370;600;max;freq5;gen;<0;100;200;370;600;max;freq5 pub;1,343;3.0;37;14;5.93;17.15;63;1307;473;720;87;19;7;1;365;pub;362;551;67;15;5;1;''438 rtb;828;20.2;85;109;3.05;11.85;58;793;102;248;187;84;52;120;396;rtb;129;313;236;106;66;151;''573 rru;3,854;9.9;78;89;18.99;71.15;91;3786;683;1546;835;535;139;48;2 289;rru;180;408;221;141;37;13;'''738 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; eco;4,285;9.1;72;76;20.08;74.15;88;4024;738;1730;810;572;142;32;2 346;eco;183;430;201;142;35;8;714 spl;4,269;14.1;82;105;17.06;72.54;76;4213;426;1561;905;776;378;167;2 651;spl;101;371;215;184;90;40;700 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; bsu;4,325;9.5;72;64;29.29;'''96.38;81;4213;608;2086;971;412;118;18;2 606;bsu;144;495;230;98;28;4;'''723 pmq;7,258;13.8;88;130;28.46;'''126.75;90;7223;795;2448;1722;1520;506;232;4 818;pmq;110;339;238;210;70;32;'''750 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cbn;2,521;11.3;71;79;14.59;53.49;82;2491;176;1201;577;394;117;26;1 678;cbn;71;482;232;158;47;10;'''725 cbei;5,665;17.9;83;136;14.71;'''79.19;83;5622;400;1788;1188;1240;713;293;3 434;cbei;71;318;211;221;127;52;658 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ase;8,256;11.5;76;79;43.46;'''155.74;88;8197;1652;3299;1568;1047;399;232;4 749;ase;202;402;191;128;49;28;'''726 blo;1,824;10.6;88;116;9.53;36.46;78;1772;228;661;483;281;85;34;1 201;blo;129;373;273;159;48;19;'''778 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; myr;3,611;12.2;67;63;19.62;69.35;84;3555;302;1780;681;440;202;150;2 078;myr;85;501;192;124;57;42;639 pmg;1,839;8.5;55;35;11.99;37.52;76;1800;253;1104;267;120;42;14;935;pmg;141;613;148;67;23;8;''604 abra;1,712;7.2;65;57;8.52;28.44;82;1667;417;757;311;121;42;19;787;abra;250;454;187;73;25;11;630 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cvi;4,345;9.5;74;67;26.50;'''89.98;78;4282;756;1984;873;455;147;67;2 551;cvi;177;463;204;106;34;16;'''723 ade;4,506;8.5;70;66;25.60;'''87.68;90;4464;815;2097;919;464;124;45;2 517;ade;183;470;206;104;28;10;690 ant;3,119;6.0;56;38;16.12;51.22;81;3095;762;1651;474;150;33;25;1 309;ant;246;533;153;48;11;8;''561 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; afn;2,093;9.5;66;75;8.68;33.73;77;2038;307;934;401;304;69;23;1 128;afn;151;458;197;149;34;11;652 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; scc;1,847;8.8;69;72;8.68;31.86;82;1805;347;793;327;241;78;19;1 001;scc;192;439;181;134;43;11;687 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; mja;1,768;9.1;64;53;9.96;33.76;80;1729;219;956;340;166;36;12;955;mja;127;553;197;96;20;7;632 mba;3,995;26.7;85;154;5.54;38.77;46;3943;329;900;600;782;643;689;1 911;mba;83;228;152;198;163;175;''529 rang;X1 000;;;;;;;;;;;;;;;rang;;;;;;; faible;1350-2500;3-7;37-55;14-64;3-6;12-17;46-63;;;;;;;;;faible;70-100;230-375;65-150;15-70;5-25;4-15;438-604 moyen;3100-4500;8.5 -11.5;64-72;66-109;9-17;28-74;76-84;;;;;;;;;moyen;110-180;400-500;180-210;100-150;30-60;20-50;630-714 fort;5700-8300;12-27;78-88;116-154;19-43;79-156;88-91;;;;;;;;;fort;190-360;530-610;220-270;160-220;70-160;150-175;723-778 effectif;9 9 3;3 12 6;3 11 7;7 10 4;3 10 8;2 13 6;3 13 5;;;;;;;;;effectif;5 11 5;6 11 4;4 11 6;4 11 6;5 11 5;13 6 2; 5 9 7 </pre> ====Classement des génomes cds-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_cds-cds|Classement]] <pre> gen;n-cds;%;moy;rap;a37;R2;;<0;100;200;370;600;max '''pub;1m;''3;''37;''14;''5.93;''63;;'''362;'''551;''67;''15;''5;''1 '''ant;3m;''6;''56;''38;°16.12;°81;;'''246;'''533;''153;''48;''11;''8 '''abra;2m;''7;<u>65;''57;''8.52;°82;;'''250;°454;°187;''73;''25;<u>11 '''pmg;2m;<u>8,5;''55;''35;<u>11.99;°76;;°141;'''613;''148;''67;''23;''8 '''mja;2m;°9;<u>64;''53;''9.96;°80;;°127;'''553;°197;°96;''20;''7 ;;;;;;;;;;;;; fin rang faible;;''7,2;''56;''64;''10;''63;;''101;''375;''153;''73;''25;''8 ;;;;;;;;;;;;; rang moyen;;8.5;64;66;12;76;;110;402;181;96;28;10 ;;11.5;72;109;20;84;;183;502;211;149;57;16 ;;;;;;;;;;;;; '''rru;4M;°10;<u>'''78;°89;°18.99;'''91;;°180;°408;<u>'''221;°141;°37;°13 '''eco;4M;°9;°72;°76;°20.08;'''88;;°183;°430;°201;°142;°35;<u>''8 '''cvi;4M;°9,5;°74;°67;'''26.50;°78;;°177;°463;°204;°106;°34;°16 '''ade;4M;°8,5;°70;°66;'''25.60;'''90;;°183;°470;°206;°104;°28;°10 '''bsu;4M;°9,5;°72;<u>''64;'''29.29;°81;;°144;°495;<u>'''230;°98;°28;''4 '''cbn;2m;°11;°71;°79;°14.59;°82;;''71;°482;<u>'''232;<u>'''158;°47;°10 '''afn;2m;°9,5;°66;°75;''8.68;°77;;°151;°458;°197;°149;°34;°11 '''ase;'''8M;°11,5;°76;°79;'''43.46;'''88;;'''202;°402;°191;°128;°49;'''28 '''scc;2m;°9;°69;°72;''8.68;°82;;<u>'''192;°439;°181;°134;°43;°11 ;;;;;;;;;;;;; Début rang fort;;'''12,2;'''78;'''116;'''25.6;'''88;;'''192;'''533;'''221;'''158;'''66;'''19 ;;;;;;;;;;;;; '''rtb;1m;'''20;'''85;<u>109;''3.05;''58;;°129;''313;'''236;°106;'''66;'''151 '''spl;4M;'''14;'''82;<u>105;°17.06;°76;;''101;''371;<u>215;'''184;'''90;'''40 &'''pmq;'''7M;'''14;'''88;'''130;'''28.46;'''90;;<u>110;''339;'''238;'''210;'''70;'''32 &'''cbei;'''6M;'''18;'''83;'''136;°14.71;°83;;''71;''318;<u>211;'''221;'''127;'''52 '''blo;2m;<u>11;'''88;'''116;''9.53;°78;;°129;''373;'''273;'''159;°48;'''19 '''myr;4M;'''12;°67;''63;°19.62;°84;;''85;°501;°192;°124;<u>57;'''42 &'''mba;4M;'''27;'''85;'''154;''5.54;''46;;''83;''228;''152;'''198;'''163;'''175 </pre> ====Les intercalaires tRNAs-cds==== =====comparaison continu-discontinu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_continu-discontinu|comparaison continu-discontinu]] *Total des nuls cds-cds <pre> gen;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total nuls;13;29;11;65;35;3;27;19;11;15;29;22;21;18;46;31;71;13;5;8;18;510 </pre> *tableau <pre> ;détail;tRNA-cds positifs;;;;ensemble;cds-cds négatifs;;;; gen;deb;fin;deb’;fin’;total;cds;<0;reste32;reste32%;comp’/<0%;min’-min% abra;7;12;5;4;41;1 667;417;20;4,8;1,4;117 ade;20;16;7;9;69;4 464;815;40;4,9;11,9;6 afn;20;17;2;5;53;2 038;307;21;6,8;1,3;31 ant;11;12;4;1;34;3 095;762;17;2,2;10,9;11 ase;18;16;12;12;101;8 197;1 652;128;7,7;19,3;1 blo;15;15;5;6;78;1 772;228;8;3,5;7,0;17 bsu;3;5;7;5;28;4 213;608;52;8,6;3,9;182 cbei;9;5;4;1;47;5 622;400;24;6,0;2,8;59 cbn;12;12;2;2;40;2 491;176;6;3,4;4,5;54 cvi;22;20;7;9;78;4 282;756;26;3,4;8,2;5 eco;10;11;5;7;65;4 024;738;55;7,5;12,3;107 mba;9;8;7;4;90;3 943;329;26;7,9;5,5;23 mja;6;15;8;1;43;1 729;219;17;7,8;24,2;29 myr;18;15;12;10;79;3 555;302;12;4,0;6,6;37 pmg;16;17;13;8;67;1 800;253;12;4,7;36,0;3 pmq;8;11;2;5;42;7 223;795;52;6,5;4,3;45 pub;13;14;11;11;50;1 307;473;14;3,0;19,0;41 rru;15;18;10;11;83;3 786;683;32;4,7;10,1;12 rtb;9;12;0;2;56;793;102;7;6,9;2,9;35 scc;13;8;11;5;67;1 805;347;14;4,0;7,8;47 spl;9;9;4;3;62;4 213;426;10;2,3;2,8;61 total;263;268;138;121;1273;72 023;10 788;593;5,5;11,8; ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; 10,6,21;con;;cds-cds négatifs continus;;;;;comp’;cds-cds négatifs discontinus;; gen;total;min;con1;con4;c1/c4;reste50;reste50 %;total;min;reste50;reste50 % abra;411;-92;68;142;0,48;13;3,2;6;-24;0; ade;718;-109;70;540;0,13;10;1,4;97;-116;14;14,4 afn;303;-113;38;129;0,29;9;3,0;4;-83;1;25,0 ant;679;-71;164;221;0,74;6;0,9;83;-79;1;1,2 ase;1333;-119;168;892;0,19;32;2,4;319;-120;49;15,4 blo;212;-86;52;109;0,48;2;0,9;16;-102;2;12,5 bsu;578;-7 616;72;233;0,31;17;2,9;30;-361;7;23,3 cbei;389;-110;71;82;0,87;4;1,0;11;-60;1;9,1 cbn;168;-47;34;28;1,21;0;;8;-27;0; cvi;694;-97;118;377;0,31;4;0,6;62;-102;6;9,7 eco;647;-2 400;163;261;0,62;22;3,4;91;-723;11;12,1 mba;311;-59;33;119;0,28;7;2,3;18;-74;2;11,1 mja;166;-83;25;52;0,48;7;4,2;53;-62;0; myr;282;-47;71;60;1,18;0;;20;-68;1;5,0 pmg;162;-65;36;72;0,50;2;1,2;91;-67;2;2,2 pmq;761;-119;80;387;0,21;17;2,2;34;-75;4;11,8 pub;383;-65;152;81;1,88;3;0,8;90;-43;0; rru;614;-137;81;396;0,20;13;2,1;69;-122;7;10,1 rtb;99;-50;10;33;0,30;0;;3;-35;0; scc;320;-74;39;156;0,25;6;1,9;27;-120;1;3,7 spl;414;-98;126;136;0,93;5;1,2;12;-52;1;8,3 total;9 644;;1 671;4 506;0,37;179;1,9;1 144;;110;9,6 </pre> =====Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Rareté_des_tRNA-cds_négatifs_et_petits_positifs|Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs]] *Total des '''tRNAs-cds des 22 génomes''' qui regroupent 11 négatifs: Ci-dessous le total des blocs de tRNAs sans rRNAs (ligne "opérons sans" dans "genome.opérons"). Multiplié par 2 il donne le total des tRNA-cds sans les tRNAs-cds des blocs avec rRNA. J'ai estimé le total de ces derniers à 5% des 1ers. Donc le total des tRNA-cds estimé pour ces 22 génomes est de 1340 + 67 = 1407. <pre> tRNA-cds;ecoN;vha;amed;rpl;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;ppm;lbu;ban;psor;cdc;cdc;hmo;fps;npu;apal;mfi;mfe;total opérons;50;27;38;29;47;45;51;51;38;38;29;23;9;8;5;6;24;26;43;14;29;40;670 </pre> *'''Tableau''' <pre> tRNA-cds négatifs;;; genome;adresse;tRNA;inter Intercalaire continu nc;;; vha chr2;1842556;ctc;-36 amed;779541;caa;-21 oan;1945985;aag;-38 oan;34057;gcc;-40 ppm plasm;7953;gac;-24 hmo;2497882;gtg;-10 mfi;314088;caa;-1 pmg;1600898;gta;-30 blo;207388;tgg;-17 Intercalaire discontinu xc comp’;;; rpm;1941413;agc;-30 oan;1639492;atgj;-44 aua;1350534;cgt;-30 npu;3439846;gca;-19 mba;1315521;cgc;-12 spl;552630;tga*;-23 myr;1926118;tta;-38 ase;1249593;aag;-12 blo;440078;aac;-39 blo;1424907;gag;-8 total;;19; cds-cds;cds 40;tRNA-cds;;;;;; gen;S40%;total;R40;R40%;taux;Rc+;Rx+; abra;&37,3;41;2;4,9;&7,6;2;; ade;32,6;69;8;11,6;2,8;7;1; afn;&35,8;53;4;7,5;4,7;4;; ant;&45,1;34;5;14,7;3,1;3;2; ase;23,9;100;14;14,0;1,7;11;3; blo;19,1;75;1;1,3;&14,4;1;; bsu;34,6;28;0;0;&'''9,7;;; cbei;19,0;47;3;6,4;3,0;1;2; cbn;29,3;40;0;0;&'''11,7;;; cvi;26,9;78;8;10,3;2,6;8;; eco;29,1;65;4;6,2;4,7;1;3; mba;°13,3;88;4;4,5;2,9;2;2; mja;&39,4;43;5;11,6;3,4;5;; myr;30,8;78;7;9,0;3,4;5;2; pmg;&42,9;65;11;16,9;2,5;8;3; pmq;19,1;42;1;2,4;&8,0;1;; pub;&'''59,6;48;27;'''56,3;°'''1,1;18;9; rru;26,1;83;3;3,6;&7,2;1;3; rtb;20,3;56;6;10,7;1,9;6;; scc;31,0;67;4;6,0;5,2;2;2; spl;20,0;61;1;1,6;&12,2;;1; total;27,1;1261;118;9,4;2,9;86;33; ;;;;;;;; ;27±7;;;;3,4±1,7;;Rx+%;% 27,7 </pre> =====Les cds-cds positif-négatif===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds-cds_positif-négatif|Les cds-cds positif-négatif]] <pre> taux de 1-40;;;;;;;; gen;<0 %;<1;reste;total;1-40;>0;1-40 %;1-32 % abra;;430;776;1 667;461;1237;37;95 ade;18;844;2440;4464;1180;3620;33;95 afn;15;318;1104;2038;616;1720;36;93 ant;25;827;1246;3095;1022;2268;45;98 ase;20;1687;4956;8197;1554;6510;24;92 blo;13;231;1246;1772;295;1541;19;97 bsu;14;635;2341;4213;1237;3578;35;91 cbei;7;419;4214;5622;989;5203;19;94 cbn;7;187;1628;2491;676;2304;29;97 cvi;18;771;2566;4282;945;3511;27;97 eco;18;767;2310;4024;947;3257;29;93 mba;8;351;3113;3943;479;3592;13;92 mja;13;240;903;1730;587;1490;39;92 myr;9;320;2239;3555;996;3235;31;96 pmg;14;298;857;1800;645;1502;43;95 pmq;11;826;5173;7223;1224;6397;19;94 pub;36;544;308;1307;455;763;60;97 rru;18;696;2285;3786;805;3090;26;95 rtb;13;107;547;793;139;686;20;93 scc;19;355;1001;1805;449;1450;31;96 spl;10;444;3017;4213;752;3769;20;98 total;;11297;;72019;16453;60722;27;94,5 écart;;;;;;;27±7;95±3 22.2.22;génomes. Les intercalaires cds-cds, continu – discontinu;;;;;;;;;;;; lien a;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra]];;;;;;;;;;22.2.22;; lien S;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];;;;;;;;;;;; lien a;total;nc;ac;ax;lien S;Sc-;Sx-;Sx-%;Sc+;Sx+;Sx+%;S-%;total S abra;1795;37;78;13;abra;409;8;°1.9;979;271;°22;&25;1667 ade;4569;22;57;26;ade;713;102;12.5;2339;1310;&36;18;4464 afn;2192;44;88;22;afn;303;4;°1.3;1385;346;20;15;2038 ant;3190;47;37;11;ant;679;83;10.9;1702;631;27;&25;3095 ase;8380;65;69;49;ase;1300;352;21.3;3866;2679;&41;20;8197 blo;1900;24;71;33;blo;210;18;7.9;1045;499;32;13;1772 bsu;4537;&99;&205;20;bsu;573;35;5.8;2515;1090;30;14;4213 cbei;5814;&106;68;18;cbei;390;10;°2.5;4010;1212;23;°7;5622 cbn;2638;87;45;15;cbn;167;9;5.1;1773;542;°23;°7;2491 cvi;4487;79;85;41;cvi;687;69;9.1;2424;1102;31;18;4282 eco;4700;65;&580;31;eco;644;94;12.7;2211;1075;33;18;4024 mba;4071;22;54;52;mba;307;22;6.7;2381;1233;34;°8;3943 mja;1828;21;41;37;mja;163;56;&25.6;1071;439;29;13;1729 myr;3754;87;69;43;myr;282;20;6.6;2274;979;30;°8;3555 pmg;1884;v5;45;34;pmg;158;95;&37.5;950;597;&39;14;1800 pmq;7479;&185;51;20;pmq;753;42;5.3;4543;1885;29;11;7223 pub;1386;°7;44;28;pub;381;92;19.5;599;235;28;&36;1307 rru;3946;23;79;58;rru;614;69;10.1;2140;963;31;18;3786 rtb;868;°5;51;19;rtb;98;4;°3.9;506;185;27;13;793 scc;1909;20;47;37;scc;319;28;8.1;1001;457;31;19;1805 spl;4466;&141;70;42;spl;414;12;°2.8;2486;1301;34;10;4213 total;75793;1191;1934;649;;9564;1224;11.3;42200;19031;31;15;72019 écart;;;;;;;;10±9;;;30±5;16±7; tRNA-cds continu-discontinu;;; gen;nc+; xc+;xc+% abra;31;10;24 ade;47;22;32 afn;43;10;19 ant;29;5;15 ase*;60;41;41 blo*;52;26;33 bsu;12;16;57 cbei;35;12;26 cbn;30;10;25 cvi;52;26;33 eco;37;28;43 mba;48;42;47 mja;25;18;42 myr*;48;31;39 pmg*;41;26;39 pmq;27;15;36 pub;28;22;44 rru;49;34;41 rtb;40;16;29 scc;35;32;48 spl*;39;23;37 total;808;465;37 écart;;;37±7 </pre> =====comparaison cds-cds et tRNA-cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_cds-cds_et_tRNA-cds|comparaison cds-cds et tRNA-cds]] <pre> ;caractéristiques;;;;;;petit;;grand; gen;p;cds;tRNAs;petit;grand;<0;inf;sup;inf;sup abra;0,854;1712;40;27;13;;-8,87;-6.14;-2.37;5.57 ant;0,911;3119;32;16;10;;-0,84;0,58;0,27;6,28 mja;0,858;1768;42;19;10;;0,28;2,87;1,41;9,49 pmg;0,886;1839;66;31;20;1;-0,69;1,86;0,49;9,78 pub;0,866;1343;50;25;17;;-1,78;0,88;-2,60;6,07 ;;;;;;;;;; ade;0,827;4506;68;30;21;;0,98;4,97;-3,20;7,65 afn;0,771;2093;52;26;17;;-3,63;0,91;-6,54;3,48 ase;0,744;8256;100;39;17;1;3,31;10,25;3,14;17,06 bsu;0,848;4325;26;11;8;;0,62;2,78;-1,88;4,59 cbn;0,768;2521;34;13;8;;1,22;4,95;-2,03;6,08 cvi;0,810;4345;78;38;20;;-2,73;1,92;-0,33;11,54 eco;0,773;4285;56;20;7;;4,22;8,90;4,54;14,92 rru;0,767;3854;80;39;15;;-4,03;1,70;2,33;14,78 spl;0,651;4269;60;19;5;1;2,95;9,99;1,97;12,62 ;;;;;;;;;; blo;0,741;1824;78;27;11;3;3,58;9,59;2,79;14,73 cbei;0,570;5665;40;13;5;;-0,17;6,77;-2,69;5,68 mba;0,415;3995;88;21;5;1;1,06;13,51;-2,54;7,36 myr;0,757;3611;78;35;18;1;-2,16;3,66;-2,35;9,85 pmq;0,649;7258;32;15;5;;-3,61;1,66;-2,22;5,68 rtb;0,630;828;56;18;5;;2,52;9,80;0,92;11,27 scc;0,768;1847;66;27;9;;1,64;6,82;4,82;16,12 ;fréquence;;moyenne;;;;;pourcentage;; gen;cds-cds;ADN;cds-cds;tRNA-cds;diff;grd;pet;grd%;pet%;taux abra;1250;135857;109;224;115;358;91;'''229;20;'''2,5 ant;2333;192251;82;126;44;184;68;123;21;1,4 mja;1511;151580;100;148;48;203;94;102;7;1,1 pmg;1547;139122;90;128;38;196;61;118;47;1,5 pub;834;39179;47;51;4;86;16;83;'''201;1,5 ;;;;;;;;;; ade;3649;428947;118;164;46;225;102;92;16;1,1 afn;1732;220467;127;144;17;199;89;56;43;0,9 ase;6545;1063558;162;239;76;346;130;113;25;1,3 bsu;3607;401590;111;188;77;241;135;116;'''-18;0,9 cbn;2315;313764;136;181;45;234;127;73;7;'''0,8 cvi;3526;452650;128;178;50;270;86;111;49;1,4 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vha;5 432;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" amed;4 285;*;*;*;ok;*;*;ok;2;" ecoN;5 157;*;*;*;*;*;ok;*;1;" rpm;3 484;*;ok;*;ok;ok;*;*;3; oan;4 900;*;*;*;*-;*;*;ok;1;" abq;6 576;*;*;*;ok;*;*;ok;2;" abs;6 817;*;*;*;ok;ok;*;ok;3;" agr;5 159;*;*;*;*-;*;*;ok;1;" aua;4 721;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" rpl;850;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" ppm;5 384;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" lbu;1 838;*;ok;ok;ok;ok;*;ok;5; ban;5 700;*;*-;*;ok;*-;ok;ok;3;" psor;3 368;*-;ok;ok;ok;ok;*-;ok;5; cdc;3 614;*;ok;*-;ok;ok;ok;ok;5; hmo;2 707;*;*-;*;ok;ok;*;ok;3;" fps;2 478;*-;ok;ok;ok;ok;*;*;4; npu;7 484;*;*;*;*;*;*;ok;1;" apal;1 453;ok;ok;ok;ok;ok;*;*;5; mfi;3 381;*;*;*;ok;*;ok;ok;3;" mfe;2 374;*;*;*;*;*;ok;*;1;" ;total ok;1;6;4;12;8;9;16;; </pre> *'''Les résultats''' <pre> cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;mba;1,1;13,5;;-3,5;6,4;;afn;-3,6;0,9;;-6,5;3,5 vha;5,2;9,0;;7,2;16,9;;vha;1,4;8,1;;0,9;11,0;;vha;-5,7;3,9;;-4,4;3,3;;vha;4,4;8,9;;5,5;15,5 amed;1,4;5,9;;7,5;19,1;;amed;-3,6;4,4;;-1,4;10,6;;amed;-13,4;-1,9;;-9,2;0,0;;amed;0,4;5,8;;5,0;17,0 ecoN;12,6;17,8;;12,1;25,5;;ecoN;6,2;15,5;;0,1;14,0;;ecoN;-6,8;6,6;;-10,7;0,0;;ecoN;11,2;17,5;;8,8;22,7 rpm;-3,1;1,9;;1,6;14,2;;rpm;-8,8;-0,1;;-9,0;4,1;;rpm;-20,3;-7,8;;-18,4;-8,4;;rpm;-4,3;1,7;;-1,3;11,7 oan;6,1;10,9;;7,4;19,7;;oan;0,6;9,1;;-2,7;10,1;;oan;-10,5;1,8;;-11,7;-1,9;;oan;4,9;10,7;;4,6;17,4 abq;0,7;5,9;;6,9;20,1;;abq;-5,5;3,6;;-4,6;9,0;;abq;-18,0;-4,8;;-15,0;-4,5;;abq;-0,6;5,6;;3,8;17,4 abs;1,4;6,8;;4,3;18,0;;abs;-5,2;4,3;;-8,2;6,0;;abs;-18,6;-5,0;;-19,5;-8,6;;abs;0,1;6,5;;0,9;15,0 agr;5,3;9,9;;6,1;17,8;;agr;0,3;8,4;;-3,1;9,1;;agr;-9,9;1,8;;-11,1;-1,8;;agr;4,3;9,8;;3,6;15,7 aua;7,3;11,9;;8,7;20,5;;aua;2,1;10,3;;-0,8;11,6;;aua;-8,3;3,6;;-9,0;0,4;;aua;6,2;11,7;;6,1;18,3 rpl;6,0;10,0;;8,4;18,4;;rpl;2,1;9,0;;1,6;12,0;;rpl;-5,6;4,4;;-4,2;3,8;;rpl;5,2;9,9;;6,5;16,9 ppm;5,0;9,0;;7,4;17,4;;ppm;1,1;8,0;;0,6;11,0;;ppm;-6,6;3,4;;-5,2;2,8;;ppm;4,2;8,9;;5,5;15,9 lbu;-0,6;3,0;;-0,5;8,7;;lbu;-4,0;2,3;;-6,1;3,4;;lbu;-10,4;-1,3;;-10,7;-3,4;;lbu;-1,3;2,9;;-2,0;7,4 ban;0,7;2,8;;0,6;5,9;;ban;-0,8;2,9;;-1,4;4,2;;ban;-3,4;1,9;;-2,8;1,5;;ban;0,3;2,8;;0,0;5,5 psor;-0,4;1,8;;-0,9;4,8;;psor;-2,1;1,9;;-3,2;2,7;;psor;-4,9;0,8;;-4,7;-0,2;;psor;-0,8;1,9;;-1,6;4,3 cdc;0,0;1,7;;0,2;4,4;;cdc;-1,1;1,9;;-1,1;3,3;;cdc;-2,8;1,4;;-1,8;1,6;;cdc;-0,3;1,7;;-0,2;4,2 hmo;0,5;4,0;;2,0;10,9;;hmo;-2,8;3,4;;-3,4;5,9;;hmo;-9,0;-0,1;;-7,8;-0,7;;hmo;-0,2;3,9;;0,5;9,7 fps;-1,9;2,0;;-2,2;7,7;;fps;-5,7;1,1;;-8,8;1,5;;fps;-13,2;-3,3;;-14,3;-6,4;;fps;-2,7;1,9;;-4,0;6,2 npu;-0,9;3,9;;11,4;23,7;;npu;-6,4;2,1;;1,3;14,1;;npu;-17,5;-5,2;;-7,7;2,1;;npu;-2,1;3,7;;8,6;21,4 apal;-1,8;0,9;;-3,9;3,0;;apal;-4,0;0,8;;-7,1;0,0;;apal;-7,9;-1,0;;-9,5;-4,0;;apal;-2,3;0,9;;-4,8;2,3 mfi;2,0;6,0;;4,4;14,4;;mfi;-1,9;5,0;;-2,4;8,0;;mfi;-9,6;0,4;;-8,2;-0,2;;mfi;1,2;5,9;;2,5;12,9 mfe;14,3;18,9;;14,7;26,5;;mfe;9,1;17,3;;5,2;17,6;;mfe;-1,3;10,6;;-3,0;6,4;;mfe;13,2;18,7;;12,1;24,3 **;;;;;;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;; rru;-2,8;1,9;;5,3;17,3;;mba;12,4;21,0;;5,6;18,6;;myr;-1,3;4,6;;-1,9;10,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7 bsu;0,2;2,9;;-2,9;4,0;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;vha;4,1;8,9;;4,8;14,9;;vha;-0,8;7,2;;-1,3;8,2 eco;14,3;18,9;;14,7;26,5;;cbei;1,6;7,5;;-1,0;7,8;;amed;-0,1;5,7;;4,2;16,2;;amed;-6,6;2,9;;-4,7;6,7 cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;spl;2,9;10,0;;1,9;12,5;;ecoN;10,7;17,4;;7,6;21,6;;ecoN;2,3;13,2;;-4,4;8,9 ade;0,6;4,9;;-4,2;6,9;;myr;-4,9;3,3;;-7,8;4,6;;rpm;-4,7;1,5;;-2,4;10,7;;rpm;;;;; cbn;1,9;4,9;;-0,8;7,1;;blo;0,6;8,5;;-1,8;10,1;;oan;4,4;10,6;;3,6;16,5;;oan;2,3;13,2;;-4,4;8,9 afn;-2,8;1,0;;-4,8;4,9;;rtb;;;;;;;abq;-1,1;5,4;;2,6;16,3;;abq;-9,3;1,5;;-8,9;4,1 scc;2,7;7,0;;7,2;18,1;;;;;;;;;abs;-0,5;6,3;;-0,4;13,9;;abs;-9,2;2,0;;-12,9;0,6 ase;6,6;11,8;;9,1;22,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7;;agr;3,8;9,7;;2,6;14,8;;agr;-2,8;6,8;;-6,4;5,1 ;;;;;;;pub;-8,5;-0,7;;-13,6;-4,2;;aua;5,7;11,6;;5,1;17,5;;aua;-1,1;8,6;;-4,2;7,5 pub;-1,78;0,88;;-2,60;6,07;;ant;-6,1;0,1;;-8,5;-1,1;;rpl;4,8;9,8;;5,8;16,3;;rpl;-0,3;7,9;;-0,9;9,0 vha;;;;;;;pmg;-9,3;-0,5;;-14,9;-4,3;;ppm;3,8;8,8;;4,8;15,3;;ppm;-1,3;6,9;;-1,9;8,0 amed;;;;;;;abra;-4,8;1,2;;-2,8;4,5;;lbu;-1,6;2,9;;-2,6;6,9;;lbu;-6,0;1,5;;-8,0;1,0 ecoN;;;;;;;mja;-5,4;1,7;;-7,5;1,1;;ban;0,2;2,9;;-0,2;5,4;;ban;-1,7;2,7;;-2,1;3,2 rpm;-1,6;2,0;;6,2;17,7;;;;;;;;;psor;-1,0;1,9;;-1,8;4,1;;psor;-3,0;1,7;;-3,9;1,7 oan;;;;;;;rru;-11,3;-1,5;;-7,9;3,9;;cdc;-0,4;1,8;;-0,4;4,1;;cdc;-1,7;1,8;;-1,5;2,7 abq;;;;;;;bsu;-3,2;2,4;;-7,2;-0,4;;hmo;-0,5;3,9;;0,0;9,2;;hmo;-4,7;2,6;;-5,2;3,5 abs;;;;;;;eco;5,9;15,6;;1,8;13,5;;fps;-3,1;1,9;;-4,7;5,6;;fps;-8,0;0,0;;-11,1;-1,4 agr;;;;;;;cvi;-11,1;-1,4;;-13,2;-1,5;;npu;-2,6;3,6;;7,6;20,5;;npu;-9,8;0,3;;-2,4;9,7 aua;;;;;;;ade;-6,8;2,2;;-15,4;-4,5;;apal;-2,5;0,9;;-5,1;2,0;;apal;-5,2;0,4;;-8,2;-1,4 rpl;;;;;;;cbn;-2,3;4,1;;-6,3;1,4;;mfi;0,8;5,8;;1,8;12,3;;mfi;-4,3;3,9;;-4,9;5,0 ppm;;;;;;;afn;-8,8;-0,8;;-13,3;-3,8;;mfe;12,7;18,6;;11,1;23,5;;mfe;;;;; lbu;;;;;;;scc;-4,6;4,4;;-3,7;7,1;;;;;;;;;;;;;; ban;;;;;;;ase;-3,7;7,2;;-7,4;5,9;;;;;;;;;;;;;; psor;0,0;1,6;;0,1;5,3;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cdc;;;;;;;mba;9,0;19,1;;1,8;14,1;;;;;;;;;;;;;; hmo;;;;;;;pmq;-5,1;1,1;;-3,5;3,9;;;;;;;;;;;;;; fps;-0,9;1,9;;0,7;9,7;;cbei;;;;;;;;;;;;;;;;;;; npu;;;;;;;spl;1,2;9,7;;-0,4;9,9;;;;;;;;;;;;;; apal;-1,2;0,7;;-2,4;3,9;;myr;-8,1;1,6;;-11,2;0,5;;;;;;;;;;;;;; mfi;;;;;;;blo;-2,3;7,0;;-4,9;6,3;;;;;;;;;;;;;; mfe;;;;;;;rtb;0,7;8,9;;-0,9;9,0;;;;;;;;;;;;;; **;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ant;-1,4;0,8;;-1,5;5,5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; pmg;-1,1;1,9;;-0,9;8,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; abra;-0,3;1,8;;3,9;10,6;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; mja;0,4;2,8;;1,8;9,7;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; afn;-1,8;0,9;;-1,9;6,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> *'''Les génomes et leurs tRNAs, petit grand''' <pre> test;vha;amed;ecoN;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;apal; cds;5,432;4 285;5 157;3 484;4 900;6 576;6 817;5 159;4 721;1 453; petit;18;32;33;43;32;43;46;29;28;13; grand;5;11;14;21;14;18;23;13;11;9; totat sans -;52;74;100;88;84;96;104;76;78;26; total;54;76;100;90;90;96;104;76;80;26; grand sans -;(4);(10);;(20);(13);;;;;; ;;;;;;;;;;; test;rpl;ppm;lbu;ban;psor;cdc;hmo;fps;npu;mfi;mfe cds;850;5 384;1 838;5 700;3 368;3 614;2 707;2 478;7 484;3 381;2 374 petit;19;20;21;6;8;4;19;26;39;23;21 grand;5;6;11;2;4;1;8;15;10;9;5 totat sans -;56;56;46;16;18;10;44;54;84;56;78 total;56;58;46;16;18;10;46;54;86;58;78 grand sans -;;(5);;;;;(9);;(9);(8); ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;ko;ko;ko;ko;ok;ok;ko;ok;ko;ko; p;0,415;0,858;0,773;0,827;0,649;0,570;0,911;0,866;0,768;0,848; q;0,585;0,142;0,227;0,173;0,351;0,430;0,089;0,134;0,232;0,152; compare;mba;mja;eco;ade;pmq;cbei;ant;pub;cbn;bsu; cds;3 995;1 768;4 285;4 506;7 258;5 665;3 119;1 343;2 521;4 325; petit;21;19;21;30;15;13;16;25;13;11; grand;6;10;5;21;5;5;10;17;8;8; totat sans -;86;42;78;68;32;40;32;50;34;26; total;88;42;78;68;32;40;32;50;34;26; grand sans -;(5);;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;ok;ok;ko;ko;ko;ok;ko;ko;ko;ko;ok p;0,771;0,810;0,744;0,741;0,886;0,757;0,854;0,768;0,651;0,767;0,630 q;0,229;0,190;0,256;0,259;0,114;0,243;0,146;0,232;0,349;0,233;0,370 compare;afn;cvi;ase;blo;pmg;myr;abra;scc;spl;rru;rtb cds;2 093;4 345;8 256;1 824;1 839;3 611;1 712;1 847;4 269;3 854;828 petit;26;38;39;27;31;35;14;27;19;39;18 grand;17;20;17;11;20;18;4;9;5;15;5 totat sans -;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56 total;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56 </pre> *'''Les calculs des bornes''' <pre> ;compare;test;;;;;;;;; ;afn;eco;;;;;;;;; ;0,771;21;;;;;;;;; ;0,229;5;;;;;;;;; ;;78;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;3995;;;;3614;cds;bornes;p;q;;tRNAs archeo;cds total;total;<0;0-200;reste;;petit;0,771;0,229;;78 mba cds-cds;3995;3943;329;1500;2114;;34,181;p2;2pq;1-q2;q2 mba cds %;;;83;415;585;;39,741;0,595;0,353;0,948;0,052 mba tRNA;;88;1;27;60;;grand;varq;varp;attendus; calculs;proba;effect;attendu;plage;2σ;;17,074;nq2(1-q2);np2(1-p2);petit;grand petit;0,771;21;37;22 – 35;2,8;;29,336;1,932;9,398;36,961;23,205 grand;0,229;5;23,2;2 – 12;6,1;;;;;; ;;;;;;;34;40;;17;29 ;;;;;;;;;;; ;;;;;;bornes;13,2;18,7;;12,1;24,3 ;;;;;;petit;inf;sup;grand;inf;sup </pre> =====Récapitulatif des taux discontinu/continu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Récapitulatif_des_taux_discontinu/continu|Récapitulatif des taux discontinu/continu]] <pre> >0;;;<0;;;total;taux tRNA-cds;;;tRNA-cds;;;; Rc+;Rx+;Rx+ %;Rc-;Rx-;Rx- %;;R- % 808;464;&36,5;2;6;&75;1280;&0,6 cds-cds;;;cds-cds;;;; Sc+;Sx+;Sx+ %;Sc-;Sx-;Sx- %;;S- % 42200;19031;&31,08;9564;1224;&11,3;72019;&15,0 cn;ac;ax;ax%;a%;intercal;;Sx% 1191;1934;649;&25,1;&3,4;75793;;28,1 </pre> =====Les taux de discontinus par classe génomique===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_taux_de_discontinus_par_classe_génomique|Les taux de discontinus par classe génomique]] <pre> gen;Sx-%;Sx+%;S-%;Rx+%;ax% $I;;;;; abra;°1,4;°22;&25;°24;°6 ant;&10,9;27;&25;°15;°8 mja;&24,2;30;13;42;&36 pmg;&36,0;&39;14;39;&41 pub;&19,0;29;&36;44;&45 $II;;;;; ade;&11,9;&36;18;32;13 afn;°1,3;°20;15;°19;11 ase;&19,3;&42;20;41;11 bsu;4,9;30;14;&57;16 cbn;4,5;°23;°7;°25;°5 cvi;8,2;32;18;33;18 eco;&12,3;33;18;43;&35 rru;&10,1;31;18;41;&33 spl;°2,8;34;10;37;11 $III;;;;; blo;7,0;32;13;33;18 cbei;°2,8;°23;°7;°26;°6 mba;5,5;34;°8;&47;28 myr;6,6;30;°8;39;9 pmq;4,3;29;11;36;°4 rtb;°2,9;27;13;29;25 scc;7,8;32;19;&48;18 total;10,6;31;15;37;19 écart;10±6;31±4;15±5;37±7;19±10 </pre> =====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds]] *Tableau <pre> 14.8.21;continu;;;comp’;;; inter;nc;nc%;pc;nx;nx%;px;diff -1;1671;'''17.5;;0;0;; -2;4;0.0;;40;3.3;; -3;5;0.1;;0;0;; -4;&4476;'''46.8;<u>0.38;°410;'''33.5;<u>0.10; -5;9;0.1;;3;0.2;; -6;4;0.0;;35;2.9;;16 -7;139;1.5;;19;1.6;; -8;&945;'''9.9;0.15;°51;'''4.2;1.06; -9;3;0.0;;25;2.0;;14 -10;93;1.0;;11;0.9;; -11;&498;'''5.2;0.19;°52;'''4.3;0.69; -12;2;0.0;;23;1.9;;8 -13;94;1.0;;15;1.2;; -14;&329;'''3.4;0.29;°45;'''3.7;0.84; -15;1;0.0;;25;2.0;;12 -16;58;0.6;;13;1.1;; -17;&235;'''2.5;0.25;°42;'''3.4;0.90; -18;5;0.1;;13;1.1;;1 -19;43;0.4;;12;1.0;; -20;&162;'''1.7;0.30;°24;'''2.0;1.04; -21;0;0;;11;0.9;;3 -22;22;0.2;;8;0.7;; -23;&107;'''1.1;0.21;°20;'''1.6;0.95; -24;1;0.0;;19;1.6;;8 -25;34;0.4;;11;0.9;; -26;&101;'''1.1;0.35;°21;'''1.7;1.43; -27;2;0.0;;6;0.5;; -2 -28;19;0.2;;8;0.7;; -29;&61;'''0.6;0.34;°10;'''0.8;1.40; -30;0;0;;5;0.4;; -3 -31;16;0.2;;8;0.7;; -32;&45;'''0.5;0.36;°18;'''1.5;0.72; -33;0;0;;3;0.2;; -4 -34;15;0.2;;7;0.6;; -35;&35;'''0.4;0.43;°19;'''1.6;0.53; -36;0;0;;3;0.2;;0 -37;9;0.1;;3;0.2;; -38;&31;'''0.3;0.29;°12;'''1.0;0.50; -39;0;0;;3;0.2;; -4 -40;5;0.1;;7;0.6;; -41;&34;'''0.4;0.15;°8;'''0.7;1.25; -42;0;0;;4;0.3;; -2 -43;16;0.2;;6;0.5;; -44;&24;'''0.3;0.67;°4;'''0.3;2.50; -45;0;0;;2;0.2;; -1 -46;5;0.1;;3;0.2;; -47;&11;'''0.1;0.45;°4;'''0.3;1.25; -48;0;0;;2;0.2;; -2 -49;11;0.1;;4;0.3;; -50;&9;'''0.1;1.22;°6;'''0.5;1.00; reste;169;1.8;;120;9.8;; total;9558;100.0;;1223;100.0;; </pre> *Fréquences des <span id="nd50">négatifs</span>, détails jusqu'à -50 pour les continus et jusqu'à -80 pour les discontinus <pre> 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0 6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1 7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1 8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3 1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58 1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7 total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12 gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl 1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2 3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5 5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0 6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0 7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0 8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2 9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0 10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0 11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0 12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0 13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0 14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0 15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1 16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0 17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1 18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0 19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0 21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0 22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0 23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0 24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0 25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0 26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0 27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0 28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0 30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0 31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0 33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0 35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0 36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0 39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0 40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0 41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0 42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0 44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0 49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0 51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0 52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1 53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0 56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0 63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0 69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl -1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126 -2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0 -4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136 -5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0 -6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0 -7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10 -8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46 -9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8 -11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28 -12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0 -13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5 -14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15 -15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3 -17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8 -18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1 -20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7 -21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0 -23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4 -24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 -25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0 -26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2 -27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1 -29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2 -30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0 -32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3 -33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1 -35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0 -36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 -38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1 -39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 -41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1 -42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1 -44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0 -45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0 -47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0 -48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0 -50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0 ;169;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;2;16;3;11;0;6;5 ;9558;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;158;753;381;609;98;319;414 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl </pre> =====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds._Diagrammes|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes]] *Tableau <pre> 14.8.21;;diagrammes;;;;;;;;;;; ;R2;;;abscisses modulo 3;;;;;abscisses modulo 1;;moyennes;; fréquence;droite;exp;p4;-a;b;-x;x’;w;'-x1;x’1;m;e;m/e continu 50;;;;;;;;;;;;; 6;537;190;585;0,1;4;36;4;6;107;3.5;1.2;1.66;0.72 7;735;855;971;2,6;111;72;176;245;215;132;38.6;40.2;0.96 8;608;973;987;14,8;603;100;1389;2611;301;841;175.1;253.9;0.69 discontinu 50;;;;;;;;;;;;; 6’;820;912;913;0.7;32;72;54;45;217;43;11.9;10.8;1.11 7’;806;779;835;0.3;17;36;22;26;109;19;9.0;4.5;1.99 8’;857;888;933;1.2;56;61;97;56;184;71;22.4;17.0;1.32 discontinu 80;;;;;;;;;;;;; 6”;667;834;931;0.4;23;51;32;45;152;28;7.8;9.76;0.80 7”;806;769;887;0.2;15;38;22;21;115;19;6.2;5.04;1.22 8”;739;874;949;0.6;42;48;70;80;144;55;14.8;16.14;0.92 </pre> =====Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_négatifs_cds-cds,_recouvrements|Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements]] <pre> recouvrements;;intercalaires cds-cds recouvrements;;;;;;;; bsu;;;;;;eco;;;; intercal;add1;add2;shift;couvre;;intercal;add1;add2;shift;couvre continu;;;;;;continu;;;; -7616;387744;398495;°-7475;141;;-2400;164730;167264;&0;2400 ;390880;391020;;;;;164865;167264;; ;;;;;;-2130;&2731600;2733729;444;2130 -500;3717238;3717825;°-20;480;;;2731600;2734173;; ;3717326;3717805;;;;-1295;&492092;493386;637;1295 ;;;;;;;492092;494023;; -492;2909520;2910011;735;492;;-897;&4577958;4578854;483;897 ;2909520;2910746;;;;;4577958;4579337;; ;;;;;;-729;1179520;1180359;&0;729 -164;1252815;1253021;52;164;;;1179631;1180359;; ;1252858;1253073;;;;-448;1639030;1639527;°-193;255 ;;;;;;;1639080;1639334;; -154;2466721;2467953;209;154;;-242;578107;578568;°-59;183 ;2467800;2468162;;;;;578327;578509;; ;;;;;;-212;508875;511379;&0;212 -143;1916663;1917097;205;143;;;511168;511379;; ;1916955;1917302;;;;-153;&16751;16903;57;153 ;;;;;;;16751;16960;; discontinu;;;;;;discontinu;;;; -361;2601528;2603339;°-64;297;;-723;3111128;3111988;°-663;60 ;2602979;2603275;;;;;3111266;3111325;; ;;;;;;-530;3838248;3839171;°-470;60 -127;3666841;3667059;°-43;84;;;3838642;3838701;; ;3666933;3667016;;;;-527;10643;11356;°-41;486 ;;;;;;;10830;11315;; -93;2652993;2653463;1410;93;;-436;3796948;3798207;°-361;75 ;2653371;2654873;;;;;3797772;3797846;; ;;;;;;-210;3993739;3994059;276;210 ;;;;;;;3993850;3994335;; </pre> =====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus===== ======Tableau cds-cds négatifs discontinus====== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_discontinus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus]] <pre> 14.8.21;recompte;;rouge pour les peu significatifs;;;;couleurs uniformisées;;;“p pour périodiques;;;; ;;génomes à forts cds-cds négatifs discontinues ;trié sur x‰ ;;;puis;génomes à faibles cds-cds négatifs discontinues;;;;;;; clde;gen;r80;“6;“7;“8;“p;x6;x7;x8;x‰ ;cds;“5;x5;“80 1;'''pub;0;§17;3;25;&45;§38;7;56;&<u>70.4;1307;&47;51;&92 2;'''pmg;0;§16;9;30;&55;§29;16;55;&48.9;1800;&33;38;&88 3;'''ase;17;?48;55;123;&<u>226;?21;24;54;&42.9;<u>'''8197;&<u>109;31;&<u>335 4;'''mja;0;@19;3;8;&30;@63;10;27;&32.4;1730;&26;46;&56 5;'''ant;0;@20;5;18;&43;@47;12;42;&26.8;3095;&40;48;&83 6;'''eco;10;§15;6;18;&39;§38;15;46;&23.4;'''4024;&45;48;&84 7;'''ade;9;?4;17;36;&57;?7;30;63;&22.8;'''4464;&36;35;&93 8;'''rru;5;?6;13;22;&41;?15;32;54;&19.5;'''3786;&28;38;&69 9;'''cvi;1;?7;16;20;&43;?16;37;47;&16.1;'''4282;&25;36;&68 10;'''scc;1;§9;3;12;&24;§38;13;50;&15.5;1805;°3;11;27 11;'''blo;2;?1;4;8;13;?8;31;62;10.2;1772;°3;17;°16 12;'''bsu;4;?5;7;5;17;?29;41;29;8.3;'''4215;14;40;31 13;'''myr;0;§5;1;5;11;§45;9;45;5.6;'''3555;9;45;20 14;'''pmq;1;§8;5;14;&27;§30;19;52;5.8;'''7223;14;33;41 15;'''mba;0;?3;3;10;16;?19;19;63;5.6;'''3943;°6;27;22 16;'''rtb;0;§0;0;3;$3;§0;0;100;$5.0;793;$1;25;$4 17;'''abra;0;@3;0;3;$6;@50;0;50;$4.8;1667;$2;25;$8 18;'''cbn;0;@5;0;4;$9;@56;0;44;$3.6;2491;$0;0;$9 19;'''spl;0;?1;1;3;°5;?20;20;60;°2.8;'''4213;7;58;°12 20;'''cbei;0;?2;2;3;°7;?29;29;43;°2.0;'''5622;°4;36;°11 21;'''afn;1;@1;1;0;$2;@50;50;0;$2.0;2039;$1;25;$3 ;'''total;51;195;154;370;719;27;21;51;17.0;72023;453;37;1172 ;;;;;;;;;;;;;; §;bgcolor="#e8f2a8"|;;?;bgcolor="#bbe333"|;;@;bgcolor="#ff00ff"|;;;;;;; </pre> *<span id="cdmc">Coefficient</span> de détermination, moyenne et corrélation: effectifs <pre> 14.8.21 Effectifs des cds-cds négatifs continus 14.8.21 Effectifs des cds-cds négatifs discontinus gen r50 “5 “6 “7 “8 total cds r80 “5 “6 “7 “8 total abra 13 211 0 11 174 409 1667 0 2 3 0 3 8 ade 9 607 0 25 72 713 4464 9 36 4 17 36 102 afn 9 167 2 20 105 303 2039 1 1 1 1 0 4 ant 6 387 1 33 252 679 3095 0 40 20 5 18 83 ase 28 1054 3 70 145 1300 8197 17 109 48 55 123 352 blo 2 161 1 10 36 210 1772 2 3 1 4 8 18 bsu 17 305 0 42 209 573 4215 4 14 5 7 5 35 cbei 4 153 0 32 200 389 5622 0 4 2 2 3 11 cbn 0 62 0 23 82 167 2491 0 0 5 0 4 9 cvi 4 493 0 38 152 687 4282 1 25 7 16 20 69 eco 22 423 0 47 152 644 4024 10 45 15 6 18 94 mba 6 152 7 34 108 307 3943 0 6 3 3 10 22 mja 6 78 0 17 62 163 1730 0 26 19 3 8 56 myr 0 133 0 22 127 282 3555 0 9 5 1 5 20 pmg 2 105 0 10 41 158 1800 0 33 16 9 30 88 pmq 16 466 1 44 226 753 7223 1 14 8 5 14 42 pub 3 233 2 14 129 381 1307 0 47 17 3 25 92 rru 11 475 0 26 97 609 3786 5 28 6 13 22 74 rtb 0 43 0 9 46 98 793 0 1 0 0 3 4 scc 6 195 1 22 95 319 1805 1 3 9 3 12 28 spl 5 262 0 30 117 414 4213 0 7 1 1 3 12 total 169 6165 18 579 2627 9558 72023 51 453 195 154 370 1223 </pre> *Coefficient de détermination, moyenne et corrélation:Résultats <pre> ‰. ;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs continus;;;;;;;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs discontinus;;;;;;‰. ;;;;;;;;;;;;; gen;c50‰. ;c5‰. ;c6‰. ;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;x80‰. ;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. ;;;;;c5‰. ;;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. abra;78.0;1265.7;0.0;66.0;1043.8;2453.5;;0.0;12.0;18.0;0.0;18.0;48.0;;;1;;248.9;;55.6;161.3;670.4;;;0.0;0.0;0.0;0.0;19.6 ade;20.2;1359.8;0.0;56.0;161.3;1597.2;;20.2;80.6;9.0;38.1;80.6;228.5;;;2;;272.1;;56.0;176.9;691.9;;;4.9;2.4;0.0;5.3;19.6 afn;44.1;819.0;9.8;98.1;515.0;1486.0;;4.9;4.9;4.9;4.9;0.0;19.6;;;3;;374.1;;56.4;203.2;778.6;;;7.1;3.6;0.0;7.1;28.5 ant;19.4;1250.4;3.2;106.6;814.2;2193.9;;0.0;129.2;64.6;16.2;58.2;268.2;;;4;;385.5;;56.9;227.8;793.2;;;12.0;4.9;2.4;11.9;36.1 ase;34.2;1285.8;3.7;85.4;176.9;1585.9;;20.7;133.0;58.6;67.1;150.1;429.4;;;5;;450.9;;60.9;256.2;877.8;;;12.6;5.6;2.8;14.1;48.0 blo;11.3;908.6;5.6;56.4;203.2;1185.1;;11.3;16.9;5.6;22.6;45.1;101.6;;;6;;542.2;;61.9;273.9;942.2;;;15.2;7.6;3.6;16.1;50.4 bsu;40.3;723.6;0.0;99.6;495.8;1359.4;;9.5;33.2;11.9;16.6;11.9;83.0;;;7;;583.3;;66.0;277.7;982.7;;;16.6;9.0;4.9;18.0;55.8 cbei;7.1;272.1;0.0;56.9;355.7;691.9;;0.0;7.1;3.6;3.6;5.3;19.6;;;8;;621.9;;68.7;312.9;1042.5;;;16.6;11.1;6.9;19.4;56.3 cbn;0.0;248.9;0.0;92.3;329.2;670.4;;0.0;0.0;20.1;0.0;16.1;36.1;;;9;;645.2;;71.2;329.2;1185.1;;;16.9;11.9;7.6;25.4;58.1 cvi;9.3;1151.3;0.0;88.7;355.0;1604.4;;2.3;58.4;16.3;37.4;46.7;161.1;;;10;;723.6;;85.4;355.0;1235.8;;;19.4;14.1;14.9;37.8;83.0 eco;54.7;1051.2;0.0;116.8;377.7;1600.4;;24.9;111.8;37.3;14.9;44.7;233.6;;;11;;819.0;;86.2;355.7;1359.4;;;25.3;15.8;16.2;44.7;101.6 mba;15.2;385.5;17.8;86.2;273.9;778.6;;0.0;15.2;7.6;7.6;25.4;55.8;;;12;;908.6;;88.7;357.2;1486.0;;;33.2;16.3;16.6;45.1;155.1 mja;34.7;450.9;0.0;98.3;358.4;942.2;;0.0;150.3;109.8;17.3;46.2;323.7;;;13;;1051.2;;92.3;358.4;1585.9;;;58.4;18.0;16.6;46.2;161.1 myr;0.0;374.1;0.0;61.9;357.2;793.2;;0.0;25.3;14.1;2.8;14.1;56.3;;;14;;1080.3;;98.1;377.7;1597.2;;;74.0;20.1;17.3;46.7;195.5 pmg;11.1;583.3;0.0;55.6;227.8;877.8;;0.0;183.3;88.9;50.0;166.7;488.9;;;15;;1151.3;;98.3;495.8;1600.4;;;80.6;37.3;22.6;58.1;228.5 pmq;22.2;645.2;1.4;60.9;312.9;1042.5;;1.4;19.4;11.1;6.9;19.4;58.1;;;16;;1250.4;;99.6;515.0;1604.4;;;111.8;49.9;23.0;58.2;233.6 pub;23.0;1782.7;15.3;107.1;987.0;2915.1;;0.0;359.6;130.1;23.0;191.3;703.9;;;17;;1254.6;;106.6;526.3;1608.6;;;129.2;58.6;34.3;66.5;268.2 rru;29.1;1254.6;0.0;68.7;256.2;1608.6;;13.2;74.0;15.8;34.3;58.1;195.5;;;18;;1265.7;;107.1;580.1;1767.3;;;133.0;64.6;37.4;80.6;323.7 rtb;0.0;542.2;0.0;113.5;580.1;1235.8;;0.0;12.6;0.0;0.0;37.8;50.4;;;19;;1285.8;;113.5;814.2;2193.9;;;150.3;88.9;38.1;150.1;429.4 scc;33.2;1080.3;5.5;121.9;526.3;1767.3;;5.5;16.6;49.9;16.6;66.5;155.1;;;20;;1359.8;;116.8;987.0;2453.5;;;183.3;109.8;50.0;166.7;488.9 spl;11.9;621.9;0.0;71.2;277.7;982.7;;0.0;16.6;2.4;2.4;7.1;28.5;;;21;;1782.7;;121.9;1043.8;2915.1;;;359.6;130.1;67.1;191.3;703.9 total;23.5;856.0;2.5;80.4;364.7;1327.1;;7.1;62.9;27.1;21.4;51.4;169.8;;;;;;;;;;;;;;;; moyenne;23.8;859.9;3.0;84.2;427.9;1398.7;;5.4;69.5;32.4;18.2;52.8;178.3;;;R2 progrès;;;;;;;;;;;;; écart;19.6;422.8;5.2;22.4;248.2;592.6;;8.0;86.6;37.6;18.2;53.8;181.3;;;droite;;967;;978;793;889;;;687;753;850;758;783 m/e;1.2;2.0;0.6;3.8;1.7;2.4;;0.7;0.8;0.9;1.0;1.0;1.0;;;exponentiel;;957;;975;941;967;;;969;980;956;961;986 R2 corel;c5;;;0.193;0.420;;R2 corel;x5;;0.888;0.494;0.853;;;;a;;0.089;;0.043;0.081;0.065;;;0.202;0.195;0.183;0.165;0.171 ;c7;;;;0.420;;;x6;;;0.392;0.754;;;;b;;283.156;;50.427;153.421;628.757;;;3.747;1.976;1.444;5.367;16.404 ;;;;;;;;x7;;;;0.745;;;;;;;;;;;;;;;;; R2 deter;c5;;;0.037;0.176;;R2 deter;x5;;0.788;0.244;0.728;;;;;;;;;;;;;;;;; ;c7;;;;0.177;;;x6;;;0.154;0.569;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;x7;;;;0.555;;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ======Fréquences cds-cds négatifs discontinus jusqu'à 80, détails====== *Fréquences <span id="disc80">des</span> discontinus jusqu'à 80, détails des cumuls <pre> 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0;51;;9 6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1;;;43 7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1;;;27 8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3;;;70 1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58;;;30 1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7;;;64 total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12;1172;;204 gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles 1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;;0 2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2;2;;10 3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;;0 4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5;4;;52 5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;5;;2 6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0;6;;13 7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0;7;;1 8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2;8;;7 9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0;9;;6 10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0;10;;2 11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0;11;;11 12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0;12;;4 13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;13;;3 14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0;14;;9 15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1;15;;3 16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0;16;;2 17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1;17;;10 18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0;18;;2 19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;19;;2 20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0;20;;5 21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0;21;;2 22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;22;;2 23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0;23;;3 24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0;24;;2 25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;25;;4 26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0;26;;8 27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;27;;1 28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;28;;1 29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;29;;0 30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;30;;0 31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;31;;1 32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;32;;3 33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;33;;0 34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;34;;2 35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0;35;;4 36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;36;;2 37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;37;;0 38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;38;;2 39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;39;;1 40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;40;;2 41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;41;;1 42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;42;;1 43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;43;;0 44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;44;;1 45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;45;;1 46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;46;;1 47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;47;;1 48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;48;;0 49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;49;;0 50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;50;;1 51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;51;;2 52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;52;;1 53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;53;;0 54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;54;;0 55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;55;;1 56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;56;;0 57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;57;;0 58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;58;;1 59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;59;;0 60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;60;;1 61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;61;;0 62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;62;;0 63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;63;;0 64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;64;;0 65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;65;;1 66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;66;;0 67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;67;;0 68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;68;;1 69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;69;;1 70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;70;;0 71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;71;;1 72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;72;;0 73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;73;;1 74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;74;;1 75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;75;;1 76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;76;;0 77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;77;;0 78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;78;;0 79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;79;;0 80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;80;;0 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles </pre> ======Restes des cds-cds négatifs====== *Restes <span id="rcdsn">des</span> cds-cds négatifs <pre> 14.8.21;;discont;cont;cont;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;6;14;2;0;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;7;12;48;17;65;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;8;19;43;44;87;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;6;15;0;15;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;51;108;61;169;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;cont;cont;;discontinu;;; ;6;2;2;;6;7;0;;6;1;0;;6;4;0;;6;0;0;0;;;; ;7;1;11;;7;6;18;;7;3;11;;7;2;8;;7;12;5;17;;;; ;8;3;9;;8;4;10;;8;8;9;;8;3;15;;8;25;19;44;1;;; ;reste;5;9;;reste;0;0;;reste;1;6;;reste;0;0;;reste;0;0;0;;;; ;;11;31;;;17;28;;;13;26;;;9;23;;;37;24;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Les occurrences des négatifs autres que ceux des tableaux des continus jusqu’à -50 et des discontinus jusqu’à -80;;;;;;;;;;;;;;;;;discontinu;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;-89;1;;;;;;; eco;discontinu;continu;;ase;discontinu;continu;;bsu;discontinu;continu;;scc;discontinu;continu;;pmq;continu;;ant;continu;;;Les restes ;jusqu’à -56;;1;1;-51;;*;0;-58;;1;2;-120;1;;0;-53;1;1;-71;1;1;continus;169;50 -66;;1;0;-52;;3;2;-59;;1;1;-74;;1;1;-55;1;2;-65;1;1;discontinus;51;80 -75;;1;0;-53;;*;1;-65;;1;1;-68;;2;1;-56;2;1;-59;1;1;;; -82;1;7;2;-55;;1;2;-82;;1;2;-59;;2;1;-65;2;1;-56;1;1;;discontinu;continu -85;;1;2;-57;;*;0;-86;1;;1;-53;;1;1;-74;1;1;-55;1;2;eco;10;22 -86;1;;1;-58;;*;2;-91;;1;2;ok;1;6;;-89;*;1;-53;1;1;ase;17;28 -89;;1;1;-59;;2;1;-92;;1;1;rru;discontinu;continu;;-95;2;1;;;;bsu;4;17 -102;1;;0;-67;;1;2;-93;1;;0;-122;1;;1;-119;2;1;cbei;continu;;pmq;1;16 -113;1;;1;-70;;2;2;-94;;1;2;-120;1;;0;-116;1;1;-110;1;1;ade;9;9 -129;1;;0;-74;;1;1;-95;;1;1;-106;1;;2;-115;1;2;-64;1;2;abra;0;13 -210;1;;0;-76;;1;2;-361;1;;2;-104;2;;1;-113;1;1;-64;1;2;afn;1;9 -436;1;;2;-79;;1;2;-127;1;;2;-137;;1;1;-101;2;1;-62;1;1;ant;0;6 -527;1;;1;-81;1;;0;-7616;;1;1;-104;;*;1;;16;;;;;blo;2;2 -530;1;;1;-82;2;1;2;-500;;1;1;-73;;1;2;;;;mba;continu;;cbei;0;4 -723;1;;0;-86;2;1;1;-492;;1;0;-68;;1;1;pub;continu;;-59;2;1;cvi;1;4 -110;;1;1;-87;1;;0;-164;;1;1;-65;;1;1;-65;1;1;-56;4;1;mba;0;6 -153;;1;0;-88;1;;2;-154;;1;2;-64;;1;2;-59;1;1;-51;*;0;mja;0;6 -212;;1;1;-89;;1;1;-143;;1;1;-62;;1;1;-56;1;1;;;;pmg;0;2 -242;;1;1;-91;;1;2;-119;;1;1;-61;;1;2;;;;mja;continu;;pub;0;3 -448;;1;2;-93;2;;0;-113;;1;1;-59;;1;1;spl;continu;;-83;1;1;rru;5;11 -729;;1;0;-94;;2;2;-101;;1;1;-58;;*;2;-98;1;1;-73;1;2;scc;1;6 -897;;1;0;-95;;1;1;;4;17;;-53;;1;1;-77;1;1;-71;1;1;spl;0;5 -1295;;1;1;-97;;2;2;ade;discontinu;continu;;-52;;2;2;-56;1;1;-64;1;2;;51;169 -2130;;1;0;-100;;1;2;-55;;1;2;;5;11;;-53;2;1;-62;1;1;;; -2400;;1;0;-120;1;;0;-61;;2;2;;;;;;;;-59;1;1;;; ;10;22;;-119;1;;1;-67;;1;2;blo;discontinu;continu;;abra;continu;;;;;;; afn;discontinu;continu;;-111;1;;0;-68;;2;1;-102;1;;0;-92;1;1;pmg;continu;;;; -83;1;;1;-109;2;;2;-116;1;;1;-85;1;;2;-86;1;1;-65;1;1;;; -113;;1;1;-107;1;;1;-110;1;;1;-86;;1;1;-73;1;2;-59;1;1;;; -79;;1;2;-106;1;;2;-107;1;;1;-53;;1;1;-67;9;2;;;;;; -74;;1;1;-105;1;;0;-104;1;;1;;2;2;;-59;1;1;;;;;; -71;;1;1;-119;;2;1;-101;1;;1;cvi;discontinu;continu;;;;;;24;;;; -68;;1;1;-110;;1;1;-98;1;;1;-102;1;;0;;37;;;;;;; -67;;2;2;-106;;2;2;-86;1;;1;-97;;1;2;;;;;;;;; -59;;1;1;-101;;1;1;-82;1;;2;-94;;1;2;;;;;;;;; -53;;1;1;;17;28;;-109;1;1;2;-73;;1;2;;;;;;;;; ;1;9;;;;;;-106;;1;2;-71;;1;1;;;;;;;;; ;;;;;;;;-100;;1;2;;1;4;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;9;9;;;9;23;;;;;;;;;; </pre> =====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_continus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus]] *Tableau cds-cds-c <pre> *Tableau cds-cds-c;;;;;;;;;;;; 14.8.21;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;;;;;; gen;r50;continu;“6;“7;“8;“p;c8;c7;1-5”;c5;c‰;cds '''cbn;0;167;;23;82;105;78;21.9;62;<u>'''37;<u>'''67;°2 491 '''cbei;4;389;;32;200;232;86;°13.8;153;'''39;'''69;&5 622 '''mba;6;307;'''7;34;108;149;77;22.8;152;°50;'''78;3 943 '''myr;0;282;;22;127;149;85;°14.8;133;°47;'''79;3 555 '''pmg;2;158;;10;41;51;80;19.6;105;66;°88;°1 800 '''mja;6;163;;17;62;79;79;21.5;78;°48;°94;'''1 730 '''spl;5;414;;30;117;147;80;20.4;262;63;°98;4 213 '''pmq;16;753;1;44;226;271;84;°16.2;466;62;°104;&7 223 '''blo;2;210;1;10;36;47;79;21.3;161;&77;119;'''1 772 '''rtb;0;98;;9;46;55;84;°16.4;43;'''44;124;<u>'''793 '''bsu;17;573;;42;209;251;83;°16.7;305;53;136;4 215 '''afn;9;303;2;20;105;127;84;°15.7;167;°55;149;°2 039 '''ase;28;'''1300;3;70;145;218;68;&32.1;1054;&81;158.6;&<u>8 197 '''ade;9;713;;25;72;97;74;&25.8;607;&<u>85;159.7;4 464 '''eco;22;644;;47;152;199;76;23.6;423;66;160.0;4 024 '''cvi;4;687;;38;152;190;80;20.0;493;&72;160.4;4 282 '''rru;11;609;;26;97;123;79;21.1;475;&78;160.9;3 786 '''scc;6;319;1;22;95;118;81;18.6;195;61;&177;°1 805 '''ant;6;679;1;33;252;286;89;'''11.5;387;°57;&219;3 095 '''abra;13;409;;11;174;185;94;<u>'''5.9;211;°52;&245;'''1 667 '''pub;3;381;2;14;129;145;90;'''9.7;233;61;&<u>292;'''1 307 '''total;169;9558;18;579;2627;3224;82;18.0;6165;64;134;72 023 </pre> *Tableau cds-cds-x <pre> *Tableau cds-cds-x;;;;;;;;; 14.8.21;;;;;;;;; négatifs continus;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;discontinus par -6;; gen;c5‰;c7‰;c8‰;c‰;c1/c4;cds;x6;x5;x‰ '''cbn;'''25;9.2;°33;<u>'''67;&121;°2 491;@56;0;$3.6 '''cbei;'''27;5.7;°36;'''69;&87;&5 622;?29;36;°2.0 '''mba;'''39;8.6;°27;'''78;°28;3555;?19;27;5.6 '''myr;'''37;6.2;°36;'''79;&118;3943;§45;45;5.6 '''pmg;58;5.6;'''23;°88;52;°1 800;§29;38;&48.9 '''mja;45;9.8;°36;°94;49;'''1 730;@63;46;&32.4 '''spl;62;7.1;°28;°98;&93;4213;?20;58;°2.8 '''pmq;65;6.1;°31;°104;'''21;&7 223;§30;33;5.8 '''blo;91;5.6;'''20;119;48;'''1 772;?8;17;10.2 '''rtb;54;11.3;58;124;°30;<u>'''793;§0;25;$5.0 '''bsu;72;10.0;50;136;°31;4215;?29;40;8.3 '''afn;82;9.8;51;149;°29;°2 039;@50;25;$2.0 '''ase;129;8.5;'''18;158.6;'''19;&<u>8 197;?21;31;&42.9 '''ade;136;5.6;'''16;159.7;<u>'''13;4464;?7;35;&22.8 '''eco;105;11.7;°38;160.0;63;4024;§38;48;&23.4 '''cvi;115;8.9;°35;160.4;°31;3786;?16;36;&16.1 '''rru;125;6.9;°26;160.9;'''21;4282;?15;38;&19.5 '''scc;108;12.2;53;&177;'''25;°1 805;§38;11;&15.5 '''ant;125;10.7;&81;&219;&74;3095;@47;48;&26.8 '''abra;127;6.6;&104;&245;48;'''1 667;@50;25;$4.8 '''pub;178;10.7;&99;&<u>292;&<u>190;'''1 307;§38;51;&<u>70.4 '''total;86;8.0;36;134;37;72023;27;37;17.0 ;;;;;;;;; ? bbe333;;;;;;;;; § e8f2a8;;;;;;;;; @ ff00ff;;;;;;;;; </pre> *Fréquences <span id="fncont">des</span> intercalaires négatifs continus jusqu'à 50, détails <pre> negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl -1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126 -2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0 -4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136 -5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0 -6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0 -7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10 -8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46 -9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8 -11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28 -12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0 -13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5 -14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15 -15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3 -17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8 -18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1 -20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7 -21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0 -23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4 -24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 -25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0 -26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2 -27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1 -29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2 -30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0 -32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3 -33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1 -35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0 -36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 -38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1 -39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 -41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1 -42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1 -44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0 -45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0 -47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0 -48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0 -50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0 ;170;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;3;16;3;11;0;6;5 ;9559;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;159;753;381;609;98;319;414 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 9559;?;?;?;?;?;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;total;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl 6;18;0;0;2;1;3;1;0;0;0;0;0;7;0;0;0;1;2;0;0;1;0 7;579;11;25;20;33;70;10;42;32;23;38;47;34;17;22;10;44;14;26;9;22;30 8;2627;174;72;105;252;145;36;209;200;82;152;152;108;62;127;41;226;129;97;46;95;117 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; “7/t”;18;6;26;16;12;32;21;17;14;22;20;24;23;22;15;20;16;10;21;16;19;20 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; total;3224;185;97;127;286;218;47;251;232;105;190;199;149;79;149;51;271;145;123;55;118;147 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; % 6+7+8 / 50;34;47;14;43;42;17;23;45;60;63;28;32;50;50;53;33;37;38;21;56;38;36 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; %1-5/total;64;52;85;55;57;81;77;53;39;37;72;66;50;48;47;66;62;61;78;44;61;63 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; c1/c4;0.37;0.48;0.13;0.29;0.74;0.19;0.48;0.31;0.87;1.21;0.31;0.63;0.28;0.49;1.18;0.52;0.21;1.90;0.21;0.30;0.25;0.93 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 1-5”;6165;211;607;167;387;1054;161;305;153;62;493;423;152;78;133;105;466;233;475;43;195;262 </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400]] *Légende <pre> 12.2.22 Paris;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Diagramme 400;;Poly3;1 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;1 à 400;Sc+;;;;;;;;;; ;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;;; gen;m50x;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;m50c;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;classe;;;;;12.2.22 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];min 50;-13;90;818;231;20;874;Sf;{{tri1|6}}b1;°rru;50;-34;275;878;270;139;2056;{{tri1|6}}b1;b1;Sf;°rru;20;6;{{tri1|6}}b1 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];max 80;45;-332;496;246;191;118;tF;{{tri1|14}}c3;§rtb;50;-36;279;569;258;82 Sm;402;{{tri1|14}}c3;c3;tF;§rtb;191;14;{{tri1|14}}c3 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];min 20;-58;495;853;284;249;218;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;50;-236;1732;559;245;338;537;{{tri1|1}}a1;a1;SF;$pub;249;1;{{tri1|1}}a1 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];max 70;29;-174;611;200;30;1008;tf;{{tri1|8}}b2;°cvi;50;-44;372;852;282;203;2320;{{tri1|8}}b2;b2;tf;°cvi;30;7;{{tri1|8}}b2 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];min 50;-20;145;782;242;39;1229;Sf;{{tri1|5}}b1;°ade;50;-61;489;843;267;232;2242;{{tri1|5}}b1;b1;Sf;°ade;39;5;{{tri1|5}}b1 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];min 50;-25;209;680;279;70;601;Sm;{{tri1|4}}a2;$ant;40;-135;1021;664;252;306;1616;{{tri1|4}}a2;a2;Sm;$ant;70;4;{{tri1|4}}a2 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];max 50;22;-151;532;230;43;1003;tm;{{tri1|11}}c2;eco;50;-74;565;805;255;265;2130;{{tri1|11}}c2;c2;tm;eco;43;11;{{tri1|11}}c2 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];max 80;47;-333;611;236;336;1071;tF;{{tri1|16}}c5;§spl;50;-47;363;806;257;192;2215;{{tri1|16}}c5;c5;tF;§spl;336;16;{{tri1|16}}c5 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];max 40;-6.4;69;458;359;18;1028;Sf;{{tri1|9}}c1;bsu;50;-41;352;790;286;173;2444;{{tri1|9}}c1;c1;Sf;bsu;18;9;{{tri1|9}}c1 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];régulier;31;-283;878;304;813;1614;tF;{{tri1|19}}d2;&pmq;70;-29;229;946;263;140;4164;{{tri1|19}}d2;d2;tF;&pmq;813;19;{{tri1|19}}d2 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];max 50;16;-109;454;227;27;489;tf;{{tri1|10}}c1;cbn;50;-50;394;855;263;203;1701;{{tri1|10}}c1;c1;tf;cbn;27;10;{{tri1|10}}c1 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];régulier;32;-258;712;269;708;946;tF;{{tri1|18}}d2;&cbei;50;-46;338;779;245;213;3399;{{tri1|18}}d2;d2;tF;&cbei;708;18;{{tri1|18}}d2 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];max 4-14;29;-227;486;261;183;328;tF;{{tri1|15}}c4;§afn;50;-95;712;722;250;297;1323;{{tri1|15}}c4;c4;tF;§afn;183;15;{{tri1|15}}c4 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];max 70;19;-108;872;189;25;2398;tf;{{tri1|7}}b2;°ase;50;-43;352;910;273;216;3558;{{tri1|7}}b2;b2;tf;°ase;25;8;{{tri1|7}}b2 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];régulier;33;-233;728;235;138;448;tF;{{tri1|21}}d3;&'''blo;40;-5.7;69;868;404;41 Sf;993;{{tri1|21}}d3;d3;tF;&'''blo;138;21;{{tri1|21}}d3 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];min 50;-16;150;660;313;78;406;Sm;{{tri1|3}}a2;$mja;50;-94;719;856;255;319;1047;{{tri1|3}}a2;a2;Sm;$mja;78;3;{{tri1|3}}a2 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];régulier;4.9;-71;350;483;348;705;tF;{{tri1|17}}d1;&mba;50;-50;359;823;239;287;1651;{{tri1|17}}d1;d1;tF;&mba;348;17;{{tri1|17}}d1 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];max 70;33;-213;708;215;68;828;tm;{{tri1|12}}c2;myr;50;-94;717;742;254;290;2081;{{tri1|12}}c2;c2;tm;myr;68;12;{{tri1|12}}c2 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];min 40;-67;515;607;256;179;559;SF;{{tri1|2}}a1;$pmg;60;-107;844;869;263;368;895;{{tri1|2}}a1;a1;SF;$pmg;179;2;{{tri1|2}}a1 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];max 50;53;-314;734;197;96;256;tF;{{tri1|13}}c3;§abra;60;-99;750;702;253;277;934;{{tri1|13}}c3;c3;tF;§abra;96;13;{{tri1|13}}c3 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];régulier;30;-200;690;222;71;416;tm;{{tri1|20}}d3;&'''scc;60;-86;660;830;256;331;961;{{tri1|20}}d3;d3;tm;&'''scc;71;20;{{tri1|20}}d3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;Poly3;31 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;31 à 400;Sc+;;;;;bgcolor="#66ffff"|;;°;99ff99;§; ;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;bgcolor="#ffff00"|;;&;00ccff;$; gen;teff;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;f3;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;;;;;; °[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];3786;12;-97;833;269;36;726;tf;{{tri1|6}}b1;°rru;tm;13;-61;957;156;41;1509;{{tri1|6}}b1;;a1;$pub;249;1; §[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];793;;;;;;;;{{tri1|14}}c3;§rtb;tF;70;-478;788;228;190;284;{{tri1|14}}c3;;a1;$pmg;179;2; $[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];1307;-49;437;918;297;256;149;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;SF;-48;403;945;280;365;200;{{tri1|1}}a1;;a2;$ant;70;4; °[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];4282;;;;;;;;{{tri1|8}}b2;°cvi;tF;5.3;22;915;-138;107;1621;{{tri1|8}}b2;;a2;$mja;78;3; °[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];4464;32;-228;874;238;67;958;tm;{{tri1|5}}b1;°ade;tF;2.5;38;957;-507;103;1490;{{tri1|5}}b1;;b1;°ade;39;5; $[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];3095;60;-400;785;222;112;432;tF;{{tri1|4}}a2;$ant;tF;4.8;28;888;-194;142;833;{{tri1|4}}a2;;b2;°cvi;30;7; [[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];4024;;;;;;;;{{tri1|11}}c2;eco;tm;7.6;-18;934;79;61;1389;{{tri1|11}}c2;;b2;°ase;25;8; §[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];4213;;;;;;;;{{tri1|16}}c5;§spl;tf;10.3;-50;915;162;30;1618;{{tri1|16}}c5;;b1;°rru;20;6; [[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];4216;48;-359;861;249;167;645;tF 51;{{tri1|9}}c1;bsu;tF;12;-27;954;75;104;1424;{{tri1|9}}c1;;c1;bsu;18;9; &[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];7223;;;;;;;;{{tri1|19}}d2;&pmq;Sm;-13;112;937;287;51;3257;{{tri1|19}}d2;;c1;cbn;27;10; [[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];2493;;;;;;;;{{tri1|10}}c1;cbn;tm;8.8;-32;932;121;41;1171;{{tri1|10}}c1;;c2;eco;43;11; &[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];5623;;;;;;;;{{tri1|18}}d2;&cbei;Sf;-13;15;935;38;8;2571;{{tri1|18}}d2;;c2;myr;68;12; §[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];2039;;;;;;;;{{tri1|15}}c4;§afn;tm;9.5;-42;904;147;45;791;{{tri1|15}}c4;;c3;§abra;96;13; °[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];8197;;;;;;;;{{tri1|7}}b2;°ase;SF;-18;182;976;337;149;2619;{{tri1|7}}b2;;c3;§rtb;191;14; &[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];1773;;;;;;;;{{tri1|21}}d3;&'''blo;tf;28;-174;897;207;36;786;{{tri1|21}}d3;;c4;§afn;183;15; $[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];1729;47;-300;711;213;88;309;tF;{{tri1|3}}a2;$mja;SF;-6.2;87;964;468;105;623;{{tri1|3}}a2;;c5;§spl;336;16; &[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];3943;;;;;;;;{{tri1|17}}d1;&mba;SF;-6.7;100;789;495;209;2156;{{tri1|17}}d1;;d1;&mba;348;17; [[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];3555;;;;;;;;{{tri1|12}}c2;myr;tF;7.8;-12;897;51;86;1265;{{tri1|12}}c2;;d2;&cbei;708;18; $[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];1800;23;-124;774;180;48;377;tm;{{tri1|2}}a1;$pmg;SF;-35;327;973;311;286;510;{{tri1|2}}a1;;d2;&pmq;813;19; §[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];1667;;;;;;;;{{tri1|13}}c3;§abra;tF;21;-104;912;165;85;548;{{tri1|13}}c3;;d3;&'''scc;71;20; &[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];1805;;;;;;;;{{tri1|20}}d3;&'''scc;SF;-17;162;949;318;162;622;{{tri1|20}}d3;;d3;&'''blo;138;21; </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Corrélations_400_et_faibles_fréquences|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences]] *Légende <pre> ;;12.2.22 Paris;Corrélations x+/c+;;;;;;;;;;Faibles fréquences;;;;;;;;;;;;; ;;;effectifs diagramme;;Corrélations;;;;;;;;1-30 ‰ ;;;teff;;0 ‰;;<0 ‰;;eff40;;corel40;classe; ;;gen;x+;c+;41-250;41-200;diff;1-250;mini;clx+;;gen;x+; c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+; c+;x+/c+;clx+; °rru;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];874;2056;611;193;418;792;min40;{{tri1|6}}b1;;°[[:image:Pro1-2.png|rru]];169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;{{tri1|6}}b1;°rru §rtb;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];118;402;148;-105;253;-165;min30;{{tri1|14}}c3;;§[[:image:Pr-bc1.png|rtb]];51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;{{tri1|14}}c3;§rtb $pub;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];218;537;883;857;26;852;min20;{{tri1|1}}a1;;$[[:image:Pro1-2.png|pub]];317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;{{tri1|1}}a1;$pub °cvi;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];1008;2320;891;858;33;549;min30;{{tri1|8}}b2;;°[[:image:Pro-2.png|cvi]];112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;{{tri1|8}}b2;°cvi °ade;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];1229;2242;758;624;134;897;min50;{{tri1|5}}b1;;°[[:image:Pro-2.png|ade]];221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;{{tri1|5}}b1;°ade $ant;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];601;1616;538;271;267;886;min40;{{tri1|4}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|ant]];281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;{{tri1|4}}a2;$ant eco;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];1003;2130;440;296;144;-64;min20;{{tri1|11}}c2;;[[:image:Pro-2.png|eco]];63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;{{tri1|11}}c2;eco §spl;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];1071;2215;784;735;49;-202;min10;{{tri1|16}}c5;;§[[:image:Pro1-2.png|spl]];37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;{{tri1|16}}c5;§spl bsu;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];1028;2444;282;8;274;257;min10;{{tri1|9}}c1;;[[:image:Bac-2.png|bsu]];140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;{{tri1|9}}c1;bsu &pmq;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];1614;4164;-651;-832;181;-825;min10;{{tri1|19}}d2;;&[[:image:Bac1-2.png|pmq]];32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;{{tri1|19}}d2;&pmq cbn;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];489;1701;508;548;-40;-112;min20;{{tri1|10}}c1;;[[:image:Bac1-2.png|cbn]];65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;{{tri1|10}}c1;cbn &cbei;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];946;3399;-377;-510;133;-646;min10;{{tri1|18}}d2;;&[[:image:Bac-2.png|cbei]];26;244;0.11;1219;4404;0;4;9;88;35;954;272;{{tri1|18}}d2;&cbei §afn;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];328;1323;101;-26;127;-407;min10;{{tri1|15}}c4;;§[[:image:Bac-2.png|afn]];46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;{{tri1|15}}c4;§afn °ase;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];2398;3558;940;922;18;725;min40;{{tri1|7}}b2;;°[[:image:Bac-2.png|ase]];135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;{{tri1|7}}b2;°ase &'''blo;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];448;993;537;406;131;255;min20;{{tri1|21}}d3;;&[[:image:Pr-bc1.png|blo]];89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;{{tri1|21}}d3;&'''blo $mja;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];406;1047;571;326;245;857;min30;{{tri1|3}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|mja]];239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;{{tri1|3}}a2;$mja &mba;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];705;1651;-221;-330;109;-477;min10;{{tri1|17}}d1;;&[[:image:Bac1-2.png|mba]];45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;{{tri1|17}}d1;&mba myr;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];828;2081;764;649;115;41;min20;{{tri1|12}}c2;;[[:image:Pro1-2.png|myr]];71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;{{tri1|12}}c2;myr $pmg;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];559;895;802;728;74;915;min40;{{tri1|2}}a1;;$[[:image:Bac-2.png|pmg]];326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;{{tri1|2}}a1;$pmg §abra;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];256;934;797;716;81;59;min10;{{tri1|13}}c3;;§[[:image:Pro1-2.png|abra]];94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;{{tri1|13}}c3;§abra &'''scc;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];416;961;530;440;90;49;min10;{{tri1|20}}d3;;&[[:image:Bac1-2.png|scc]];118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;{{tri1|20}}d3;&'''scc </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Taux_des_x+_dans_les_diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400]] *Légende <pre> 12.2.22;;;gen;x+;c+;%x+ 1;x+;c+;%x+ 31;x+;c+;%x+ t;t-1;31-1;clx+ 1;°rru;;°[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];874;2056;30;726;1509;32;972;2131;31;1.5;<u>2.7;{{tri1|6}}b1 2;§rtb;;§[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];118;402;'''23;112;284;'''28;189;505;27;'''4.5;5.6;{{tri1|14}}c3 3;$pub;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];218;538;29;149;200;43;239;595;29;-0.2;'''13.9;{{tri1|1}}a1 4;°cvi;;°[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];1008;2320;30;895;1621;36;1115;2410;32;1.3;5.3;{{tri1|8}}b2 5;°ade;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];1229;2242;35;958;1490;39;1320;2325;36;0.8;3.7;{{tri1|5}}b1 6;$ant;;$[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];601;1616;27;432;833;34;639;1694;27;0.3;7.0;{{tri1|4}}a2 7;eco;;[[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];1003;2130;32;940;1389;40;1076;2210;33;0.7;'''8.3;{{tri1|11}}c2 8;§spl;;§[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];1071;2215;33;1031;1618;39;1304;2482;34;1.8;6.3;{{tri1|16}}c5 9;bsu;;[[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];1028;2444;30;884;1629;35;1092;2513;30;0.7;5.6;{{tri1|9}}c1 10;&pmq;;&[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];1614;4164;28;1562;3257;32;1893;4535;29;1.5;4.5;{{tri1|19}}d2 11;cbn;;[[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];489;1701;'''22;457;1171;'''28;543;1776;23;1.1;5.7;{{tri1|10}}c1 12;&cbei;;&[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];946;3399;'''22;921;2571;'''26;1213;4011;23;1.4;4.6;{{tri1|18}}d2 13;§afn;;§[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];328;1323;'''20;313;791;'''28;349;1386;20;0.2;'''8.5;{{tri1|15}}c4 14;°ase;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];2398;3558;40;2072;2619;44;2726;3819;42;1.4;3.9;{{tri1|7}}b2 15;&'''blo;;&[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];448;993;31;408;786;34;502;1044;32;1.4;<u>3.1;{{tri1|21}}d3 16;$mja;;$[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];406;1047;28;309;623;33;447;1063;30;1.7;5.2;{{tri1|3}}a2 17;&mba;;&[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];705;1651;30;673;1297;34;1237;2378;34;'''4.3;4.2;{{tri1|17}}d1 18;myr;;[[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];828;2081;28;769;1265;38;981;2270;30;1.7;'''9.3;{{tri1|12}}c2 19;$pmg;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];559;895;38;377;510;43;604;942;39;0.6;4.1;{{tri1|2}}a1 20;§abra;;§[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];256;934;'''22;232;548;'''30;273;977;22;0.3;'''8.2;{{tri1|13}}c3 21;&'''scc;;&[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];416;961;30;367;622;37;462;993;32;1.5;6.9;{{tri1|20}}d3 </pre> =====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_continus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40]] *Légende *Tableau <pre> Sc+ 40;Diagrammes polynôme de d° 15;;;;;;;;;;;;Pourcentage des tranches de 7 fréquences;;;;;Effectif des tranches de 7 fréquences;;;;; gen;R2;min1;max1;min;max;pente;mx1;mx;pente0;diagr;type;gen;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;total '''rtb;$721;5;8;2;7;&'''1.7;4;13;&-10.7;$131;pr1;'''rtb;&'''39;&27;&18;10;'''6;48;33;22;13;8;124 '''pub;&981;6;8;13;13;$0;2;58;&-11.0;&367;pr2;'''pub;$63;$17;$8;'''6;'''6;223;61;27;21;20;352 '''rru;&882;7;11;11;34;&5.8;4;43;&-11.3;&630;pro1;'''rru;&32;&28;&13;15;11;191;167;78;86;66;588 '''cvi;&897;6;10;13;50;&9.3;1;58;&-9.0;&815;pro;'''cvi;&30;&30;&17;11;11;230;232;133;80;86;761 '''ade;&929;5;9;19;51;&8.0;2;63;&-14.7;&876;pro;'''ade;&30;&32;&15;12;11;247;267;122;95;93;824 '''ant;&923;7;9;14;88;&'''37.0;1;109;&-15.8;&836;pro;'''ant;&'''37;&39;&14;'''5;'''6;297;316;112;40;45;810 '''eco;&894;5;9;13;61;&12.0;2;54;&-13.7;&902;pro;'''eco;&27;&35;&17;12;'''8;232;295;146;103;71;847 '''spl;&881;6;10;13;33;&5.0;2;53;&-10.0;&683;pro1;'''spl;&30;&31;&15;13;11;193;202;94;86;73;648 '''bsu;°897;8;12;7;53;°11.5;1;41;°-4.9;°935;bac;'''bsu;°22;°25;°28;15;11;189;220;245;128;96;878 '''pmq;$758;9;14;10;45;°7.0;1;52;°-5.3;°1155;bac1;'''pmq;°25;°19;°22;18;17;255;192;224;181;177;1029 '''cbn;°891;8;12;9;32;°5.8;1;37;°-4.0;°620;bac1;'''cbn;°23;°24;°23;18;12;134;136;133;101;67;571 '''cbei;°873;7;12;8;51;°8.6;1;55;°-7.8;°954;bac;'''cbei;°22;°27;°25;15;11;194;242;220;138;101;895 '''afn;°829;7;12;5;46;°8.2;1;38;°-5.5;°580;bac;'''afn;°25;°30;°26;13;'''7;138;167;143;71;37;556 '''ase;°827;6;10;28;67;°9.8;1;60;°-6.4;°1165;bac-a;'''ase;$29;°28;$15;12;16;307;298;158;131;166;1060 '''blo;$636;7;10;4;11;°'''2.3;2;15;°'''-2.2;$241;bc1;'''blo;°28;°23;°22;17;10;62;52;50;37;23;224 '''mja;$670;6;9;4;32;&9.3;4;32;&-14.0;&474;pro-a;'''mja;$23;&31;$22;13;10;104;143;102;61;45;455 '''mba;$732;7;10;4;19;°5.0;2;31;-5.4;°428;bac1-a;'''mba;$32;°22;°20;13;12;124;87;79;50;48;388 '''myr;&922;7;12;23;46;&4.6;2;78;&-11.0;&899;pro1-a;'''myr;&'''42;$25;&16;11;'''7;355;213;133;93;61;855 '''pmg;$776;7;9;10;27;°8.5;2;27;°-3.4;°449;bac-b;'''pmg;$35;°25;$16;12;11;146;105;65;50;46;412 '''abra;&895;7;12;4;33;&5.8;1;58;&-9.0;&420;pro1;'''abra;&'''41;&30;&14;10;'''6;165;119;56;39;24;403 '''scc;°855;6;9;4;20;°5.3;1;31;°-5.4;°389;bac1-b;'''scc;$31;°30;$18;13;'''8;113;110;66;46;29;364 ;;;;;;;; ;ant;7;10;14;48;11.3;; ;ant;7;8;14;46;32;; ;;;;;;;; ;;moyenne;7.8;;;;; ;;écart;2.4;;;;; ;;m/e;3.2;;;;; </pre> *<span id="fc40">Données</span> <pre> fc40;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total 0;12;17;9;56;13;1;25;19;10;10;16;21;11;13;33;26;58;12;4;6;17;389 1;58;35;38;109;60;12;41;55;37;58;43;22;18;66;17;52;52;21;10;31;46;883 2;40;63;25;54;59;15;31;39;31;44;51;31;28;78;27;46;58;31;7;27;53;841 3;21;55;20;56;38;8;34;23;13;42;44;12;6;61;25;35;37;38;8;23;29;631 4;29;25;28;24;48;5;27;36;12;30;26;17;32;56;26;34;25;43;13;7;22;572 5;7;19;13;22;43;9;19;17;17;25;13;23;11;29;18;28;26;29;2;13;16;399 6;6;24;9;18;28;9;21;16;13;13;12;15;4;42;23;32;13;18;5;4;13;340 7;4;26;5;14;31;4;16;8;11;18;23;4;5;23;10;28;12;11;3;8;14;281 8;15;37;7;46;37;8;7;15;9;13;15;4;15;32;11;12;13;22;7;11;29;370 9;16;51;19;88;53;6;16;23;10;41;56;8;32;25;27;10;12;14;7;20;29;568 10;12;38;16;48;67;11;19;17;19;50;58;19;28;23;14;21;8;15;2;20;33;539 11;19;32;28;43;49;10;32;48;22;42;48;16;16;41;19;23;5;34;5;12;27;571 12;33;42;46;45;33;7;54;51;32;26;39;8;22;46;14;38;7;30;5;15;35;628 13;13;39;29;31;33;7;46;41;22;35;22;19;17;19;14;43;6;26;3;16;20;501 14;11;28;22;15;26;3;47;47;22;25;37;13;13;27;6;45;10;26;4;16;29;472 15;13;26;37;19;23;14;52;43;23;21;23;12;13;16;12;39;2;13;5;12;15;433 16;7;23;24;19;28;8;31;29;20;28;20;13;14;19;10;34;3;13;5;8;10;366 17;6;16;10;12;23;9;41;25;16;19;19;11;10;24;11;25;3;16;1;7;13;317 18;11;19;25;22;12;5;44;38;20;17;19;13;17;19;11;36;6;9;3;15;20;381 19;7;14;12;16;17;3;23;23;14;18;14;7;18;21;6;29;4;10;3;7;14;280 20;7;12;15;8;35;4;29;30;20;14;23;15;14;19;13;24;5;12;3;12;10;324 21;5;12;20;16;20;7;25;32;20;16;17;8;16;15;2;37;4;5;2;5;12;296 22;7;17;13;7;24;6;29;25;17;13;18;8;11;15;7;32;4;12;2;6;12;285 23;14;13;11;6;23;8;22;18;12;7;13;4;9;15;4;23;3;11;0;9;13;238 24;4;8;9;4;14;4;24;21;13;18;19;14;11;18;8;45;5;10;4;8;19;280 25;5;14;9;4;18;6;15;23;19;10;10;4;12;14;5;28;2;16;3;6;3;226 26;5;14;5;10;24;7;12;22;10;13;14;6;9;10;6;15;3;8;2;9;9;213 27;3;9;14;5;14;3;12;18;17;7;14;10;6;9;11;24;2;13;0;3;21;215 28;1;20;10;4;14;3;14;11;13;12;8;4;3;12;9;14;2;16;2;5;9;186 29;3;7;3;12;28;4;17;16;12;13;9;4;6;10;8;25;3;14;2;3;11;210 30;4;14;10;6;17;2;15;18;14;11;14;10;8;12;11;30;2;11;0;1;11;221 31;4;13;5;8;22;6;16;18;11;17;7;2;4;8;3;26;3;9;0;7;17;206 32;6;14;5;1;34;3;12;13;5;12;7;6;4;14;9;20;5;10;2;2;9;193 33;3;15;3;8;20;2;18;11;11;13;7;8;11;5;7;26;1;7;3;3;8;190 34;1;19;5;5;23;4;7;12;8;11;8;7;11;9;1;20;2;11;0;8;9;181 35;3;11;6;5;22;2;11;13;6;9;7;11;1;3;7;31;4;4;1;5;8;170 36;6;9;3;5;19;3;13;9;8;11;15;8;4;10;11;23;4;7;1;5;6;180 37;4;15;8;6;23;3;5;8;11;9;7;9;3;8;6;24;3;10;2;2;6;172 38;3;8;3;4;29;2;11;11;8;9;7;11;5;7;6;24;1;6;0;7;10;172 39;2;6;6;7;14;9;21;15;10;10;8;6;7;13;6;27;4;9;2;9;7;198 40;2;14;4;4;20;0;7;16;12;15;7;6;0;6;8;28;3;10;2;2;6;172 reste;547;1446;796;810;2688;803;1557;3042;1143;1599;1375;1932;586;1362;467;3361;175;1498;371;606;1786;27950 total;979;2339;1385;1702;3866;1045;2518;4015;1773;2424;2212;2381;1071;2274;949;4543;600;2140;506;1001;2486;42209 diagr;420;876;580;836;1165;241;936;954;620;815;821;428;474;899;449;1156;367;630;131;389;683;13870 </pre> =====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_discontinus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40]] *Légende <pre> 13.9.21 Paris;;publié;;;;;;;;;;;;; Sx+ 40;;;;; gen;poly3;mod3;tot;diagr;note ;;;;; '''rru;°253;5;12;175; '''rtb;;;;8; '''pub;;;;88; '''cvi;499;8;11;130; '''ade;443;8;11;304; '''ant;574;°'''1;9;186; '''eco;'''647;6;11;129;parabole '''spl;;;;69; '''bsu;'''789;5;9;302;croit '''pmq;;;;68; '''cbn;;;;56; '''cbei;;;;35; '''afn;;;;36; '''ase;°315;10;17;389;P15 611 '''blo;;;;54; '''mja;467;4;12;113; '''mba;;;;51; '''myr;;;;97; '''pmg;'''831;5;7;196;décroit '''abra;;;;41; '''scc;;;;60; ;;;;; ;Modulo 3;total;prévu;; ;5;7;;; ;16;22;;; ;10;17;;; ;5;9;;; ;6;11;;; ;5;12;;; ;47;78;26;; ;Jusqu’à 129;;;; ;51;90;30;; ;Jusqu’à 113;;;; </pre> =====Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Intercalaires_entre_tRNA_et_rRNA_en_continu_discontinu|Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu]] *Les tRNA-tRNA x+ <pre> ;tRNA-tRNA; ;x+;pbs aua;ggc-atgf;404 ;ttc-acc;161 ;gac-gta;270 ;ccg-caa;173 ase;gga-cca;130 mja;atgj-ctc;91 ;acc-caa;178 ksk;cca-gga;151 mba;gcc-atc;223 mfe;gcc-atc;227 fps;ttg-cta;290 vpb;cgt-cgt;56 "8 cgt avec 6 intercalaires 56-57 et 1 de 210" rtb;cgg-caa;60 ;gac-gcc;1051 rpl;cgg-caa;49 ;gac-gcc;830 agr;atgj-ggc;793 ;gac-gta;446 lbu;gaa-ctt;151 npu;atgj-atgj;-1 </pre> *'''Tableau''' <pre> tRNA rRNA continu discontinu;;;;;;;;les génomes à discontinu;;; type;total;c+;x+;c-;x-;x+%;;gen;x+;gen;x+ tRNA;1745;1714;19;1;0;1,1;;ase;1;; t-rRNA;814;810;4*;0;0;;;ksk;1;vpb;1 rRNA;1043;1043;0;0;0;;;mja;2;rtb;2 aa interne;127;127;0;0;0;;;mba;1;rpl;2 genomes;50;50;13;;;26;;mfe;1;agr;2 4*;cdc8;aaa-5s;23s’-16s;16s’-16s’;16s-5s;;;fps;1;aua;4 adresse;;4229303;4229975;4189696;4179150;;;npu;c-;lbu;1 ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;c- (-1pbs);; </pre> ===Les blocs à tRNA=== ===Les cds dans les blocs à tRNA=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds_dans_les blocs à tRNA|cds]] <pre> 27.9.20 Paris;;Les cds dans les blocs tRNA sans rRNA;;;d’après les annexes ;;;;; ;;;;; génome;sens;adresse;nom;cds aa;intercal [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma|gamma]];autres rien;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal]];comp ;2042057..2043241 ;tuf1 ;395;117 ;comp ;2043359..2043431;;acc gga tac aca; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_opérons|eco]];comp ;1287087..1287176 ;tpr ;30;67 ;comp ;1287244..1287328 ;;tac tac; ;;4175754..4175829;;acc aca tac gga;114 ;;4175944..4177128 ;tufb ;395; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_opérons|ecoN]];comp ;2192566..2192655;;tcg;93 ;;2192749..2193546 ;DgsA;266;100 ;;2193647..2193722;;aac; ;comp ;2236186..2236261;;aac;4 ;;2236266..2237909 ;YeeO;548;100 ;;2238010..2238085;;aac; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed]];comp ;3913378..3913454;;tgg;52 ;comp ;3913507..3914691 ;cds;395;171 ;comp ;3914863..3914937;;gga ; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha|alpha]];;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm]];comp ;659042..659116 ;;gtc ;155 ;comp ;659272..660159 ;hydrolase;296;106 ;comp ;660266..660340;;gtc ; ;comp ;2114823..2114899;;aga;55 ;comp ;2114955..2115251 ;ETC;96;71 ;comp ;2115323..2115399;;cca ; ; ;2632171..2632246 ;;gcc ;166 ;< ;2632413..2632965 ;transposase;184;-41* ;;2632925..2633473 ;hp;183;30 ;comp ;2633504..2633579 ;;aca ;93 ;comp ;2633673..2634200 ;transferase;176;271 ;comp ;2634472..2634561 ;;tcg; ;;2863981..2864056;aca;;15 ;;2864072..2864317 ;DUF2829;82;8 ;;2864326..2864401;aaa;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru]];;1934224..1934300;;cca ;63 ;;1934364..1934663 ;ETC;100;12 ;;1934676..1934752;;aga; ;comp ;3124836..3125033 ;translocase;66;151 ;comp ;3125185..3125260 ;;tgg ;343 ;comp ;3125604..3126794 ;ef tu;397;93 ;comp ;3126888..3126961 ;;gga ; ;comp ;3126989..3127074 ;;tac ;37 ;;3127112..3128158 ;RlmB;349;57 ;;3128216..3128291 ;;aca ;127 ;;3128419..3128652;hp;78; ;;3378495..3378569;;acc;237 ;;3378807..3379370 ;hp;188;234 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan]];comp ;2040234..2040453 ;hp;73;91 ;;2040545..2040629 ;;tac ; ;;2040654..2040727 ;;gga ;6 ;comp ;2040734..2040916 ;hp;61;-50* ;;2040867..2042042 ;ef Tu;392;65 ;;2042108..2042183 ;;tgg ;420 ;;2042604..2042804 ;translocase;67; ;comp ;2697238..2697314;;aga;123 ;comp ;2697438..2697743 ;ETC;102;156 ;comp ;2697900..2697976;;cca ; 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;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;; ;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;; ;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;; ;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;;;;;;;; ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;;;;;;;; ;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;;;;;;;; ;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;;;;;;;; ;tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;; ;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2;;;;;;;;; ;cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;;;;;;;; ;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6;;;;;;;;; ;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; ;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; 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;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga;;;;;;;;;; ;cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;; ;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;; ;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; ;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;; ;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; ;fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;11 ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 ;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 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aaa3;tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;;;;;;;; caa2;ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;;;;;;;; cag2;cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;;;;;;;; atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;;;;;;;; cgt4;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;;;;;;;; ggc3;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;;;;;;;; ;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;; séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;;;;;;;; (aaa gta)2 aaa3;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;;;;;;;; ;eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;29;;;;;;29;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;34;;;;;;;;;20;;;;;;;;;44;;;;;;;;; 3 gtc2;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;;;;;;;; gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;;;;;;;; 2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;;;;;;;; gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;;;;;;;; tac2;ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;;;;;;;; aaa3;atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;;;;;;;; atgf3;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;;;;;;;; ggc3;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;;;;;;;; atc :;tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;;;;;;;; 4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;;;;;;;; gaa :;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;;;;;;;; 7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;;;;;;;; acc :;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;;;;;;;; 2 5s >aa aa;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s >aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;;;;;;;; ;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;; gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;;;;;;;; séquences;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; (aaa gta)2 aaa3;ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;912;;;;;;;;;1047;;;;;;;;;493;;;;;;;;;751 ;atgi;30;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;7;tct;0;tat;0;atgf;36;;atgi;2;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;14;tct;0;tat;0;atgf;31 ;att;0;act;3;aat;0;agt;1;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0 ;ctt;4;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0 ;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0 ;ttc;21;tcc;37;tac;7;tgc;16;;ttc;35;tcc;6;tac;44;tgc;38;;ttc;9;tcc;2;tac;28;tgc;4;;ttc;28;tcc;10;tac;26;tgc;17 ;atc;4;acc;18;aac;28;agc;18;;atc;7;acc;22;aac;35;agc;34;;atc;2;acc;5;aac;22;agc;0;;atc;15;acc;9;aac;38;agc;15 ;ctc;30;ccc;28;cac;14;cgt;15;;ctc;15;ccc;1;cac;34;cgt;19;;ctc;2;ccc;0;cac;11;cgt;49;;ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30 ;gtc;19;gcc;16;gac;14;ggc;17;;gtc;11;gcc;14;gac;54;ggc;59;;gtc;28;gcc;25;gac;13;ggc;43;;gtc;5;gcc;1;gac;41;ggc;38 ;tta;18;tca;36;taa;0;tga;9;;tta;31;tca;12;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;4;taa;0;tga;0;;tta;24;tca;19;taa;0;tga;0 ;ata;1;aca;19;aaa;17;aga;29;;ata;1;aca;43;aaa;44;aga;21;;ata;0;aca;7;aaa;25;aga;2;;ata;0;aca;33;aaa;41;aga;15 ;cta;21;cca;20;caa;19;cga;3;;cta;32;cca;39;caa;37;cga;7;;cta;8;cca;4;caa;12;cga;0;;cta;20;cca;33;caa;29;cga;0 ;gta;13;gca;4;gaa;15;gga;15;;gta;54;gca;7;gaa;52;gga;45;;gta;26;gca;0;gaa;25;gga;6;;gta;51;gca;17;gaa;42;gga;25 ;ttg;34;tcg;26;tag;0;tgg;31;;ttg;8;tcg;5;tag;0;tgg;13;;ttg;2;tcg;0;tag;0;tgg;2;;ttg;7;tcg;2;tag;0;tgg;12 ;atgj;15;acg;28;aag;18;agg;31;;atgj;39;acg;5;aag;12;agg;1;;atgj;6;acg;0;aag;16;agg;0;;atgj;23;acg;2;aag;0;agg;0 ;ctg;20;ccg;15;cag;9;cgg;24;;ctg;16;ccg;4;cag;14;cgg;10;;ctg;28;ccg;8;cag;10;cgg;0;;ctg;9;ccg;1;cag;0;cgg;0 ;gtg;10;gcg;13;gag;9;ggg;20;;gtg;5;gcg;5;gag;5;ggg;6;;gtg;8;gcg;3;gag;12;ggg;0;;gtg;0;gcg;0;gag;1;ggg;1 ;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;total;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;751;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;(sans abra apl 729);;; </pre> ===Les totaux des types=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_totaux_des_types|Les totaux des types]] <pre> bacts;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total ;1047;912;13;751;11;304;493;135;3666 </pre> ===La référence +5s >3=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#La_référence_+5s_>3|La référence +5s >3]] <pre> La référence;;;;;;; +5s;sans 1-3aas;;729;;;; atgi;12;tct;;tat;;atgf;29 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;26;tcc;10;tac;26;tgc;17 atc;15;acc;9;aac;38;agc;15 ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30 gtc;5;gcc;1;gac;39;ggc;38 tta;22;tca;17;taa;;tga; ata;;aca;31;aaa;39;aga;15 cta;20;cca;33;caa;29;cga; gta;49;gca;15;gaa;42;gga;25 ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;12 atgj;21;acg;2;aag;;agg; ctg;9;ccg;1;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1 ;;;;;;; faible 21;19;0.9;;;;; moyen 16;236;14.8;;;;; fort 14;474;33.9;;;;; ;729;;;;;; g+cga 10;7;0.7;;;;; agg+cgg;0;;;;;; 4 ccc;12;3.0;;;;; autres 5;0;;;;;; ;19;;;;;; </pre> ===totaux par rapport au groupe de référence=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#totaux_par_rapport_au_groupe_de_référence|totaux par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;317;124;114;19;2;7;583; 16;moyen;345;327;80;246;43;253;1294; 14;fort;250;596;299;486;90;68;1789; ; ;912;1047;493;751;135;328;3666; 10;g+cga;151;68;57;7;;;283; 2;agg+cgg;55;11;;12;1;;79; 4;carre ccc;93;41;55;;1;7;197; 5;autres;18;4;2;;;;24; ;;317;124;114;19;2;7;583; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;86;34;31;5;1;2;159;26 16;moyen;94;89;22;67;12;69;353;324 14;fort;68;163;82;133;25;19;488;650 ; ;249;286;134;205;37;89;3666;729 10;g+cgg;41;19;16;2;;;77;10 2;agg+cga;15;3;;3;0.3;;22; 4;carre ccc;25;11;15;;0.3;2;54;16 5;autres;5;1.1;0.5;;;;7; ;;86;34;31;5;0.5;2;159; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;129;51;46;226;26;35;12;23 16;moyen;141;133;33;307;324;38;31;16 14;fort;102;243;122;467;650;27;57;61 ; ;372;427;201;2452;729;912;1047;493 10;g+cgg;62;28;23;113;10;48;55;50 2;agg+cga;22;4; ;27;;17;9; 4;carre ccc;38;17;22;77;16;29;33;48 5;autres;7;2;0.8;10;;6;3;2 ;;129;51;46;226;;317;124;114 </pre> ==Caractérisation des tRNAs== ===Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Caractérisation_d'un_tRNA_par_les_4_processus_+5s_1aa_>1aa_duplication|Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication]] <pre> gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;;; atgi;14;30;7;2;tct;;;;;tat;;;;;atgf;31;30;36;30;;; att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;; ctt;;4;3;2;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;; gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;; ttc;28;21;35;9;tcc;10;37;6;2;tac;26;7;44;28;tgc;17;16;38;4;;tener2;2*11 atc;15;4;7;2;acc;9;18;22;5;aac;38;28;35;22;agc;15;18;34;;;atgi j f;tca ctc;4;30;15;2;ccc;2;28;1;;cac;20;14;34;11;cgt;30;15;19;49;;ttc;aca gtc;5;19;11;28;gcc;1;16;14;25;gac;41;14;54;13;ggc;38;17;59;43;;tta;gca tta;24;18;31;2;tca;19;36;12;4;taa;;;;;tga;;9;;;;gta;gac ata;;1;1;0;aca;33;19;43;7;aaa;41;17;44;25;aga;15;29;21;2;;aaa;+5s cta;20;21;32;8;cca;33;20;39;4;caa;29;19;37;12;cga;;3;7;;;; gta;51;13;54;26;gca;17;4;7;;gaa;42;15;52;25;gga;25;15;45;6;;; ttg;7;34;8;2;tcg;2;26;5;;tag;;;;;tgg;12;31;13;2;;; atgj;23;15;39;6;acg;2;28;5;;aag;;18;12;16;agg;;31;1;;;; ctg;9;20;16;28;ccg;1;15;4;8;cag;;9;14;10;cgg;;24;10;;;; gtg;;10;5;8;gcg;;13;5;3;gag;1;9;5;12;ggg;1;20;6;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;200;240;264;125;;129;263;163;58;;238;150;331;174;;184;259;289;136;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;751;912;1047;493;;3203;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Pour 1000;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;;; atgi;19;33;7;4;tct;;;;;tat;;;;;atgf;41;33;34;61;;; att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;; ctt;;4;3;4;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;; gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;; ttc;37;23;33;18;tcc;13;41;6;4;tac;35;8;42;57;tgc;23;18;36;8;;; atc;20;4;7;4;acc;12;20;21;10;aac;51;31;33;45;agc;20;20;32;;;; ctc;5;33;14;4;ccc;3;31;1;;cac;27;15;32;22;cgt;40;16;18;99;;; gtc;7;21;11;57;gcc;1;18;13;51;gac;55;15;52;26;ggc;51;19;56;87;;; tta;32;20;30;4;tca;25;39;11;8;taa;;;;;tga;;10;;;;; ata;;1;1;;aca;44;21;41;14;aaa;55;19;42;51;aga;20;32;20;4;;; cta;27;23;31;16;cca;44;22;37;8;caa;39;21;35;24;cga;;3;7;;;; gta;68;14;52;53;gca;23;4;7;;gaa;56;16;50;51;gga;33;16;43;12;;; ttg;9;37;8;4;tcg;3;29;5;;tag;;;;;tgg;16;34;12;4;;; atgj;31;16;37;12;acg;3;31;5;;aag;;20;11;32;agg;;34;1;;;; ctg;12;22;15;57;ccg;1;16;4;16;cag;;10;13;20;cgg;;26;10;;;; gtg;;11;5;16;gcg;;14;5;6;gag;1;10;5;24;ggg;1;22;6;;;; </pre> ====Construction du tableau avec les sous-totaux==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|Construction du tableau avec les sous-totaux]] *Lien tableur au tableau de contrôle: [[#Les_totaux_des_g%C3%A9nomes_par_type|tableau]] *Notes: Pour le 1er tRNA d'une colonne je somme sur une colonne de type, des sous totaux ci-dessous, et je copie "formule" pour les autres tRNAs de la colonne. Je récupère l'argument de cette somme sur un txt. Pour les arguments des 2 autres types (colonne) je change le nom de la colonne dans txt et je copie l'argument dans SOMME(). *Les sous-totaux: D'abord j'ai sommé le total (totaux de la fin du tableau de contrôle). Je repère les lignes de chaque clade pour faire le sous-total du clade. Ce n'est pas la peine de cliquer sur chaque case. Il suffit de récupérer l'argument de la somme de tous les génomes d'une colonne et de découper cet argument d'après le relevé des lignes de chaque clade. <pre> bact2;;;;;;;121;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63;;bact2;;;;;;;0 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;9;gca;;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;1 -16s tac;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;;;tener2;;;;;;;22 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; 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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6 1-3aas aac;2 -16s tac;; cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4;;cyano2;;;;;;; atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;10;109;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38;;;;;;;;; atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;; atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc;;;;;;;;;; ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;;;;;;;;; gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2;;;;;;;;; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;; cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;; ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;;;;;;;; ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg;;;;;;;;;; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; ;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; clos8;;;;;;;628;;clos8;;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302 atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11 att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 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;;+16s;gca;atc;aaa;gta;gcc;gaa;total;;;alpha;gama;baci;clos;tener;; ;;gama;29;23;8;8;2;33;103;;atgf;23;;2;2;;; ;;clos;26;11;;;5;;42;;gac;;23;2;1;;; ;;afn;2;2;;;;;4;;aac;;;4;7;6;; ;;baci;16;15;;;;;31;;acc;;9;1;1;;; ;;alpha +bd;37;43;;;;;80;;tgg;;8;;1;;; ;;b t c;21;23;;;;;44;;tca;;4;;;;; ;;actino;0;0;0;0;0;0;0;;gaa;;1;;2;;; ;;total;131;117;8;8;7;33;304;;tcc;;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;23;45;10;14;6;; ;;;;;;;;;;;autres;;;;37;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;+16s;;;référence +5s;;;;304;;total 1-3aas;;;;;;;135 ;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27 ;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; ;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1 ;;atc;117;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;11;aac;17;agc; ;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt; ;;gtc;;gcc;7;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4 ;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1 ;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; ;;gta;8;gca;131;gaa;33;gga;;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1 ;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9 ;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 ;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;;inter;;max;;min;;total;;;;;;;;; ;;;248;;49;;7;;304;;alpha gama;;clostridia;;;baci clos tener;;baci ;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;-16s;-5s;;référence +5s;;;;24;;total 1-3aas;;;référence +5s;;;;135 -16s;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27 2 gga;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 2 tac;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; aac;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; agc;;ttc;;tcc;1;tac;2;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1 atc;;atc;1;acc;;aac;6;agc;1;;atc;;acc;11;aac;17;agc; cgt;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt; gca;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4 tca;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; tcc;;ata;;aca;3;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1 ;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; -5s;;gta;;gca;1;gaa;;gga;7;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1 3 aca;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9 5 gga;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; 5 aac;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 ;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;;inter;;max;;min;;total;;*;inter;;max;;min;;total ;;;5;;19;;0;;24;;;43;;90;;2;;135 </pre> ====Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_processus_+16s_et_1-3aas_des_fiches_mémoires|Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires]] <pre> +16s;;;référence +5s;;;;3957;;+16s;;;;;;;1000 atgi;;cds;121;16s;1039;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1235;acc;;aac;;agc;;;atc;442;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;11;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;11;aga;;;ata;;aca;;aaa;4;aga; cta;;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga; gta;13;gca;1249;gaa;272;gga;;;gta;5;gca;447;gaa;97;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total ;2484;;302;;11;;2797;;;888;;108;;4;;1000 ;;;;;;;;;;;;;;;; 1-3aas;;;;;;;736;;1-3aas;;;;;;;1000 atgi;15;tct;;tat;;atgf;172;;atgi;20;tct;;tat;;atgf;234 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;2;tac;12;tgc;7;;ttc;29;tcc;3;tac;16;tgc;10 atc;3;acc;82;aac;73;agc;1;;atc;4;acc;111;aac;99;agc;1 ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;4;;ctc;3;ccc;;cac;3;cgt;5 gtc;;gcc;;gac;172;ggc;12;;gtc;;gcc;;gac;234;ggc;16 tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;7;tca;7;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;17;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;23;aga;1 cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga; gta;5;gca;14;gaa;7;gga;12;;gta;7;gca;19;gaa;10;gga;16 ttg;;tcg;;tag;;tgg;78;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;106 atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;3 gtg;1;gcg;;gag;;ggg;2;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3 ;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total ;218;;510;;8;;736;;;296;;693;;11;;1000 </pre> ====Classement des tRNAs avec les 8 processus==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_tRNAs_avec_les_8_processus|Classement des tRNAs avec les 8 processus]] <pre> ;Classement des tRNAs;;;;À 1000 par processus;;;;;;;;; ;+5s;1aa;>1aa;dup;1-3aas;+16s;;;+5s;1aa;>1aa;dup;1-3aas;+16s atgf;41;33;34;61;234;1;;tca;25;39;11;8;7;- aac;51;31;33;45;99;-;;aga;20;32;20;4;1;- I;;;;;;;;atgi;19;33;7;4;20;- gaa;56;16;50;51;10;97;;tcc;13;41;6;4;3;- gac;55;15;52;26;234;-;;ttg;9;37;8;4;-;- gta;68;14;52;53;7;5;;ctc;5;33;14;4;3;- aaa;55;19;42;51;23;4;;I;;;;;; ggc;51;19;56;87;16;-;;ccc;3;31;1;0;-;- tac;35;8;42;57;7;-;;tcg;3;29;5;0;-;- II;;;;;;;;acg;3;31;5;0;1;- aca;44;21;41;14;1;-;;agg;0;34;1;0;-;- cca;44;22;37;8;1;2;;cgg;0;26;10;0;3;- caa;39;21;35;24;1;-;;ggg;1;22;6;0;3;- ttc;37;23;33;18;29;-;;II;;;;;; gga;33;16;43;12;16;-;;ctg;12;22;15;57;1;- tta;32;20;30;4;7;-;;gtc;7;21;11;57;-;- atgj;31;16;37;12;1;-;;gcc;1;18;13;51;-;4 cta;27;23;31;16;-;-;;aag;0;20;11;32;-;- cac;27;15;32;22;3;-;;gag;1;10;5;24;-;- III;;;;;;;;cag;0;10;13;20;-;- tgc;23;18;36;8;10;-;;ccg;1;16;4;16;-;- agc;20;20;32;0;1;-;;gtg;0;11;5;16;1;- IV;;;;;;;;gcg;0;14;5;6;-;- cgt;40;16;18;99;5;-;;III;;;;;; V;;;;;;;;cga;0;3;7;0;-;- gca;23;4;7;0;19;447;;ata;0;1;1;0;-;- atc;20;4;7;4;4;442;;tga;0;10;0;0;-;- ;;;;;;;;IV;;;;;; VI;;;;;;;;ctt;0;4;3;4;-;- acc;12;20;21;10;111;-;;act;0;3;0;0;-;- tgg;16;34;12;4;106;-;;agt;0;1;0;0;-;- </pre> ==Les intercalaires dans les genome.cumuls== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_dans_les_genome.cumuls|Les intercalaires dans les genome.cumuls]] *'''Récapitulatif des chapitres cumuls''' * - ne sont pris en compte que les moyennes en excluant quelques valeurs extrêmes (sans jaunes) * - Les 2 dernières colonnes cdsa et cdsa300 sont en aas. * - 19*, erreur dans la lecture de la colonne ( à corriger ant-cumuls et scc-cumuls) <pre> ;sans rRNA;avec rRNA;cds;cdsd;;cdsa;cdsa 300;notes gamme;200;200;500;500;;1100;330; ;;;;;;;; pub;44;9;50;16;;239;-; rtb;57;-;193;-;;269;176; rru;119;66;148;-;;237;140; cvi;26;86;-;-;;-;-; ade;39;22;-;-;;-;-; ant;25;*19;139;60;;239;-; rpl;56;-;191;-;;243;172; rpm;39;-;147;-;;252;170; oan;138;11;258;-;;256;-; abq;72;30;153;-;;249;166; abs;71;31;151;-;;242;166; agr;33;59;172;-;;185;137; aua;131;-;226;153;;235;158; ;;;;;;;; spl;58;-;-;-;;-;-; vpb;43;26;-;-;;-;-; eal;53;-;-;-;;-;-; eco;57;-;-;-;;-;-; ecoN;31;32;178;127;;260;172; vha;46;30;183;86;;240;-; amed;49;-;214;156;;274;-; ;;;;;;;; bsu;14;17;-;-;;-;-; lmo;11;20;-;-;;-;-; lam;14;12;-;-;;-;-; ppm;20;17;193;150;;292;229;cdsj ? pmq;16;14;207;126;;235;213;cdsd ? lbu;14;29;159;114;;275;-; ban;14;15;165;132;;191;-; ;;;;;;;; psor;9;10;173;95;;220;-; cdc;14;9;206;165;;286;-; cdc8;14;10;182;155;;208;-; cbc;15;15;-;-;;-;-; cbn;14;14;-;-;;-;-; cle;19;22;-;-;;-;-; hmo;8;8;196;137;;230;-; cbei;18;7;350;195;;328;-; afn;12;-;-;-;;-;-; ;;;;;;;; ase;19;-;147;-;;254;179; blo;34;-;-;-;;-;-; sma;34;-;-;-;;-;-; ksk;33;-;-;-;;-;-; ;;;;;;;; myr;33;-;144;-;;244;189; fps;30;-;135;-;;246;181; ;;;;;;;; pnu;11;-;176;-;;240;188; pmg;10;12;93;-;;248;170; ;;;;;;;; abra;23;22;131;-;;201;148; apal;25;17;122;-;;218;177; ;;;;;;;; scc;32;*;188;124;;299;-; ;;;;;;;; mja;29;18;152;-;;253;194; mba;51;-;210;-;;186;158; mfi;35;-;178;-;;213;171; mfe;55;-;223;-;;207;157; </pre> jyeycyvi8hl9o6vg33kluczi78gx7zw 880694 880676 2022-07-24T09:08:46Z Mekkiwik 5298 /* pmg autres intercalaires aas */ wikitext text/x-wiki {{Annexe | idfaculté = biologie | numéro = 12 | niveau = | précédent = [[../archeo/]] | suivant = [[../Apmq/]] }} __TOC__ ==bacilli== ===Bacillus subtilis=== ====bsu==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#Bacillus subtilis|bsu]] <pre> Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168;;;; 43.6%GC;7.3.19 Paris;86;doubles;intercal ;;;; ;9810..11364;16s;@2;99 ;11464..11540;atc;;11 ;11552..11627;gca;;81 ;11709..14636;23s;;55 ;14692..14810;5s;; ;;;; ; 22292..22384;tca;; ;;;; ;30279..31832;16s;;99 ;31932..32008;atc;;11 ;32020..32095;gca;;81 ;32177..35103;23s;;133 ;35237..35355;5s;; ;;;; ;70181..70257;atg;;9 ;70267..70338;gaa;; ;;;; ;90536..92089;16s;@1;164 ;92254..95181;23s;;55 ;95237..95354;5s;;20 ;95375..95450;gta;;4 ;95455..95530;aca;;36 ;95567..95642;aaa;;6 ;95649..95731;cta;;40 ;95772..95846;ggc;;14 ;95861..95946;tta;;9 ;95956..96032;cgt;;27 ;96060..96136;cca;;9 ;96146..96221;gca;;170 ;96392..97945;16s;;164 ;98110..101037;23s;;55 ;101093..101211;5s;; ;;;; ;160893..162445;16s;;164 ;162610..165535;23s;;55 ;165591..165707;5s;;46 ;165754..165825;aac;;4 ;165830..165902;acc;;56 ;165959..166033;ggc;;30 ;166064..166140;cgt;;27 ;166168..166244;cca;;8 ;166253..166328;gca;;171 ;166500..168053;16s;;164 ;168218..171141;23s;;55 ;171197..171314;5s;;183 ;171498..173049;16s;;164 ;173214..176141;23s;;55 ;176197..176315;5s;; ;;;; ;194205..194279;gaa;;3 ;194283..194358;gta;;4 ;194363..194435;aca;;22 ;194458..194542;tac;;4 ;194547..194621;caa;; ;;;; ;528704..528778;aac;;4 ;528783..528873;agc;;29 ;528903..528974;gaa;;11 ;528986..529060;caa;;26 ;529087..529162;aaa;;11 ;529174..529255;cta;;80 ;529336..529422;ctc;; ;;;; ;635110..635186;cgt;;13 ;635200..635273;gga;;159 ;635433..636987;16s;;167 ;637155..640082;23s;;55 ;640138..640254;5s;;13 ;640268..640344;atgf;;60 ;640405..640481;gac;; ;;;; ;946696..948250;16s;;167 ;948418..951345;23s;;111 ;951457..951572;5s;;9 ;951582..951656;aac;;5 ;951662..951753;tcc;;34 ;951788..951859;gaa;;9 ;951869..951944;gta;;9 ;951954..952030;atgf;;11 ;952042..952118;gac;;12 ;952131..952206;ttc;;5 ;952212..952284;aca;;22 ;952307..952391;tac;;5 ;952397..952470;tgg;;24 ;952495..952570;cac;;9 ;952580..952651;caa;;49 ;952701..952775;ggc;;5 ;952781..952851;tgc;;7 ;952859..952947;tta;@3;265 ;953213..953294;ttg;; ;;;; ;967065..967138;gga;; ;;;; ;1262789..1262861;gtc;; ;;;; comp;2003276..2003348;agg;; ;;;; ;2563889..2563959;caa;; ;;;; comp;2899816..2899889;aga;; ;;;; comp;3171879..3171950;gaa;;25 comp;3171976..3172066;agc;;3 comp;3172070..3172144;aac;;10 comp;3172155..3172231;atc;;15 comp;3172247..3172320;gga;;10 comp;3172331..3172406;cac;;17 comp;3172424..3172499;ttc;;12 comp;3172512..3172588;gac;;11 comp;3172600..3172676;atgf;;17 comp;3172694..3172786;tca;;6 comp;3172793..3172869;atgi;;2 comp;3172872..3172948;atgj;;19 comp;3172968..3173040;gca;;5 comp;3173046..3173122;cca;;15 comp;3173138..3173214;cgt;;9 comp;3173224..3173309;tta;;14 comp;3173324..3173398;ggc;;5 comp;3173404..3173490;ctg;;10 comp;3173501..3173576;aaa;;37 comp;3173614..3173689;aca;;32 comp;3173722..3173797;gta;;20 comp;3173818..3173935;5s;;55 comp;3173991..3176918;23s;;167 comp;3177086..3178640;16s;; ;;;; comp;3194455..3194527;gcc;; ;;;; comp;3545889..3545964;cgg;; ;;;; comp;4154787..4154859;ttc;;35 comp;4154895..4154971;gac;;81 comp;4155053..4155124;gaa;;9 comp;4155134..4155209;aaa;; </pre> ====bsu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_blocs|bsu blocs]] <pre> bsu blocs;;;;;;;;; Types;;;;;;;;; I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2;II3 16s;167;167;164;164;;16s;164;164;164 23s;111;55;55;55;;23s;55;55;55 5s;9;20;46;20;;5s;;; ;5;32;4;4;;;;; ;aac;gta;aac;gta;;;;; ;**15aas;**20aas;**5aas;** 8aas;;;;; III;;;;;;IV;;; 16s;99;99;;;;cgt;13;; atc;11;11;;;;gga;159;; gca;81;81;;;;16s;167;; 23s;55;133;;;;23s;55;; 5s;;;;;;5s;13;; ;;;;;;atgf;60;; ;;;;;;gac;;; Groupes;;;;;;;;; ;16s;164;;;;16s;164;; I3;23s;55;;;I4;23s;55;; ;5s;46;;;;5s;20;; ;aac;4;;;;gta;4;; ;**4aas;8;;;;** 7aas;9;; ;gca;171;;;;gca;170;; II1;16s;164;;;II3;16s;164;; ;23s;55;;;;23s;55;; II2;5s;183;;;;5s;;; ;16s;164;;;;;;; ;23s;55;;;;;;; ;5s;;;;;;;; </pre> ====bsu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_données_intercalaires|bsu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;bsu;fx;fc;bsu;fx40;fc40;bsu;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;25;0;2;25;-1;0;72;134;111;tRNA 16s;;;tRNA tRNA;;contig ;0;10;28;231;1;3;41;-2;0;4;168;179;170;;gca;4;;gta ;0;20;46;398;2;2;31;-3;0;0;199;82;171;;gca;36;;aca ;0;30;70;185;3;3;34;-4;14;229;227;333;159;;gga;6;;aaa ;0;40;158;121;4;2;27;-5;0;0;122;78;16s tRNA;;;40;;cta ;0;50;81;84;5;3;19;-6;2;0;180;193;2* 99;;atc;14;;ggc 1;1;60;22;92;6;0;21;-7;1;11;52;90;tRNA 23s;;;9;;tta ;0;70;21;119;7;5;16;-8;1;75;130;172;2* 81;;gca;27;;cgt ;0;80;32;121;8;3;7;-9;1;0;232;840;5s tRNA;;;9;;cca ;0;90;22;112;9;3;16;-10;1;5;107;93;2* 20;;gta;**;;gca ;0;100;25;91;10;4;19;-11;1;43;383;86;46;;aac;4;;aac 1;1;110;24;106;11;0;32;-12;0;0;223;66;13;;atgf;56;;acc ;0;120;39;87;12;3;53;-13;0;6;;63;9;;aac;30;;ggc 2;2;130;41;86;13;5;46;-14;1;19;;106;tRNA tRNA;;intra;27;;cgt 1;1;140;27;66;14;12;47;-15;0;0;;284;2* 11;;atc gca;8;;cca ;0;150;42;68;15;4;52;-16;1;5;;269;tRNA tRNA;;;**;;gca ;0;160;34;66;16;3;31;-17;0;18;CDS 16s;;9;;atgj;13;;cgt 1;1;170;33;58;17;6;41;-18;0;0;350;349;**;;gaa;**;;gga 1;1;180;29;53;18;5;44;-19;1;4;243;;3;;gaa;60;;atgf ;0;190;25;34;19;5;23;-20;1;11;309;;4;;gta;**;;gac 1;1;200;19;34;20;3;29;-21;0;0;291;;22;;aca;5;;aac ;0;210;28;30;21;2;25;-22;0;2;5s 16s;;4;;tac;34;;tcc ;0;220;17;14;22;2;29;-23;0;8;183;;**;;caa;9;;gaa 2;2;230;24;20;23;3;22;-24;0;0;16s 23s;;4;;aac;9;;gta 1;1;240;16;27;24;7;24;-25;1;1;5* 164;;29;;agc;11;;atgf ;0;250;16;18;25;4;15;-26;0;8;3* 167;;11;;gaa;12;;gac ;0;260;13;13;26;13;12;-27;0;0;23s 5s;;26;;caa;5;;ttc ;0;270;19;16;27;12;12;-28;0;0;8* 55;;11;;aaa;22;;aca ;0;280;13;16;28;3;14;-29;0;6;133;;80;;cta;5;;tac ;0;290;13;6;29;10;17;-30;0;0;111;;**;;ctc;24;;tgg ;0;300;6;9;30;14;15;-31;0;1;5s CDS;;35;;ttc;9;;cac ;0;310;8;8;31;9;16;-32;0;2;175;36;81;;gac;49;;caa ;0;320;5;6;32;10;12;-33;0;0;237;;9;;gaa;5;;ggc ;0;330;1;8;33;16;18;-34;0;1;767;;**;;aaa;7;;tgc ;0;340;8;9;34;11;7;-35;0;3;;;;;;265;;tta ;0;350;5;6;35;16;11;-36;0;0;;;;;;**;;ttg ;0;360;4;4;36;19;13;-37;0;1;;;;;;25;;gaa ;0;370;4;2;37;13;5;-38;0;2;;;;;;3;;agc ;0;380;4;7;38;17;11;-39;0;0;;;;;;10;;aac 1;1;390;5;8;39;26;21;-40;1;1;;;;;;15;;atc ;0;400;1;2;40;21;7;-41;0;8;;;;;;10;;gga ;0;reste;60;49;reste;786;1555;-42;1;0;;;;;;17;;cac 12;12;total;1090;2515;total;1090;2515;-43;0;3;;;;;;12;;ttc 12;12;diagr;1028;2441;diagr;302;935;-44;0;2;;;;;;11;;gac 0;0; t30;144;814;;;;-45;0;0;;;;;;17;;atgf ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;6;;tca ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;;2;;atgi ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;19;;atgj ;x;1088;35;2;1125;;;-49;0;1;;;;;;5;;gca ;c;2490;573;25;3088;;;-50;0;2;;;;;;15;;cca ;;;;;4213;324;;reste;7;17;;;;;;9;;cgt ;;;;;;4537;;total;35;573;;;;;;14;;tta ;;;;;;;;;;;;;;;;5;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;10;;ctg ;;;;;;;;;;;;;;;;37;;aaa ;;;;;;;;;;;;;;;;32;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta </pre> =====bsu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires_aas|bsu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> ;autres intercalaires;;bsu;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;6994;350;; ;rRNA;9810;99;;16s ;tRNA;11464;11;;atc ;tRNA;11552;81;;gca ;rRNA;11709;55;;23s ;rRNA;14692;36;;5s fin;CDS;14847;;comp; deb;CDS;19968;52;; ;misc_RNA;20611;56;; deb;CDS;20880;134;; ;tRNA;22292;111;;tca fin;CDS;22496;;comp; deb;CDS;25852;41;; ;misc_RNA;26379;81;; fin;CDS;26814;;; deb;CDS;29772;243;; ;rRNA;30279;99;;16s ;tRNA;31932;11;;atc ;tRNA;32020;81;;gca ;rRNA;32177;133;;23s ;rRNA;35237;175;;5s fin;CDS;35531;;; deb;CDS;69626;168;; ;tRNA;70181;9;;atgj ;tRNA;70267;199;;gaa fin;CDS;70538;;; deb;CDS;88727;309;; ;rRNA;90536;164;;16s ;rRNA;92254;55;;23s ;rRNA;95237;20;;5s ;tRNA;95375;4;;gta ;tRNA;95455;36;;aca ;tRNA;95567;6;;aaa ;tRNA;95649;40;;cta ;tRNA;95772;14;;ggc ;tRNA;95861;9;;tta ;tRNA;95956;27;;cgt ;tRNA;96060;9;;cca ;tRNA;96146;170;;gca ;rRNA;96392;164;;16s ;rRNA;98110;55;;23s ;rRNA;101093;237;;5s fin;CDS;101449;;; deb;CDS;119111;45;; ;misc_RNA;119855;65;; fin;CDS;120061;;; deb;CDS;152937;56;; ;misc_RNA;153737;48;; fin;CDS;153842;;; deb;CDS;159779;349;comp; ;rRNA;160893;164;;16s ;rRNA;162610;55;;23s ;rRNA;165591;46;;5s ;tRNA;165754;4;;aac ;tRNA;165830;56;;acc ;tRNA;165959;30;;ggc ;tRNA;166064;27;;cgt ;tRNA;166168;8;;cca ;tRNA;166253;171;;gca ;rRNA;166500;164;;16s ;rRNA;168218;55;;23s ;rRNA;171197;183;;5s ;rRNA;171498;164;;16s ;rRNA;173214;55;;23s ;rRNA;176197;767;;5s fin;CDS;177083;;; deb;CDS;193570;179;comp; ;tRNA;194205;3;;gaa ;tRNA;194283;4;;gta ;tRNA;194363;22;;aca ;tRNA;194458;4;;tac ;tRNA;194547;227;;caa fin;CDS;194849;;; deb;CDS;198497;173;; ;misc_RNA;200017;89;; fin;CDS;200277;;; deb;CDS;275838;56;; ;misc_RNA;276815;97;; fin;CDS;277160;;; deb;CDS;473803;103;; ;misc_RNA;474329;133;; fin;CDS;474731;;; deb;CDS;483845;135;; ;misc_RNA;486092;196;; fin;CDS;486432;;; deb;CDS;528129;122;; ;tRNA;528704;4;;aac ;tRNA;528783;29;;agc ;tRNA;528903;11;;gaa ;tRNA;528986;26;;caa ;tRNA;529087;11;;aaa ;tRNA;529174;80;;cta ;tRNA;529336;82;;ctc fin;CDS;529505;;comp; deb;CDS;532292;30;; ;misc_RNA;532583;115;; fin;CDS;532758;;; deb;CDS;559264;67;; ;misc_RNA;559532;540;; fin;CDS;560151;;; deb;CDS;625125;54;; ;misc_RNA;626346;175;; fin;CDS;626622;;; deb;CDS;634651;333;comp; ;tRNA;635110;13;;cgt ;tRNA;635200;159;;gga ;rRNA;635433;167;;16s ;rRNA;637155;55;;23s ;rRNA;640138;13;;5s ;tRNA;640268;60;;atgf ;tRNA;640405;180;;gac fin;CDS;640662;;; deb;CDS;692740;143;; ;misc_RNA;694425;134;; fin;CDS;694662;;; deb;CDS;698092;79;; ;misc_RNA;698369;140;; fin;CDS;698612;;; deb;CDS;945520;291;; ;rRNA;946696;167;;16s ;rRNA;948418;111;;23s ;rRNA;951457;9;;5s ;tRNA;951582;5;;aac ;tRNA;951662;34;;tcc ;tRNA;951788;9;;gaa ;tRNA;951869;9;;gta ;tRNA;951954;11;;atgf ;tRNA;952042;12;;gac ;tRNA;952131;5;;ttc ;tRNA;952212;22;;aca ;tRNA;952307;5;;tac ;tRNA;952397;24;;tgg ;tRNA;952495;9;;cac ;tRNA;952580;49;;caa ;tRNA;952701;5;;ggc ;tRNA;952781;7;;tgc ;tRNA;952859;265;;tta ;tRNA;953213;78;;ttg fin;CDS;953373;;comp; deb;CDS;954893;69;; ;misc_RNA;955655;132;; fin;CDS;955895;;; deb;CDS;966671;193;comp; ;tRNA;967065;90;;gga fin;CDS;967229;;comp; deb;CDS;1178757;89;; ;misc_RNA;1180685;106;; fin;CDS;1180909;;; deb;CDS;1218113;58;; ;misc_RNA;1219164;470;; fin;CDS;1219849;;; deb;CDS;1233133;104;; ;misc_RNA;1233405;70;; fin;CDS;1233614;;; deb;CDS;1240356;61;; ;misc_RNA;1242262;78;; fin;CDS;1242449;;; deb;CDS;1257414;167;; ;misc_RNA;1258304;67;; fin;CDS;1258492;;; deb;CDS;1261426;172;comp; ;tRNA;1262789;840;;gtc fin;CDS;1263702;;comp; deb;CDS;1375777;32;; ;misc_RNA;1376328;77;; fin;CDS;1376517;;; deb;CDS;1377243;87;; ;misc_RNA;1378233;52;; fin;CDS;1378496;;; deb;CDS;1383320;127;; ;misc_RNA;1385736;132;; fin;CDS;1386024;;; deb;CDS;1391040;96;; ;misc_RNA;1391739;101;; fin;CDS;1391953;;; deb;CDS;1395371;113;; ;misc_RNA;1395622;237;; fin;CDS;1396013;;; deb;CDS;1409912;55;; ;misc_RNA;1410633;-113;; fin;CDS;1410654;;; deb;CDS;1423241;92;; ;misc_RNA;1424527;83;; fin;CDS;1424767;;; deb;CDS;1425641;38;; ;misc_RNA;1426876;84;; fin;CDS;1427061;;; deb;CDS;1438092;138;; ;misc_RNA;1439274;129;; fin;CDS;1439448;;; deb;CDS;1456092;46;; ;misc_RNA;1457005;30;; fin;CDS;1457187;;; deb;CDS;1482248;85;; ;misc_RNA;1483557;476;; fin;CDS;1484117;;; deb;CDS;1533327;368;; ;misc_RNA;1534070;-161;; fin;CDS;1534120;;; deb;CDS;1568924;2;; ;misc_RNA;1569199;199;; fin;CDS;1569519;;; ;misc_RNA;1607367;87;; deb;CDS;1612521;62;; ;misc_RNA;1613078;52;; fin;CDS;1613357;;; deb;CDS;1617210;39;; ;misc_RNA;1618161;26;; deb;CDS;1618304;3;; ;misc_RNA;1618853;52;; deb;CDS;1619023;0;; ;misc_RNA;1620331;30;; fin;CDS;1620476;;; deb;CDS;1629320;144;; ;misc_RNA;1630115;161;; fin;CDS;1630382;;; deb;CDS;1675171;78;; ;misc_RNA;1675981;19;; fin;CDS;1676042;;; deb;CDS;1727133;10;; ;misc_RNA;1731457;101;; fin;CDS;1731776;;; deb;CDS;1778337;183;; ;misc_RNA;1780404;63;; fin;CDS;1780618;;; deb;CDS;1914630;-4;; ;misc_RNA;1914992;-52;; fin;CDS;1915221;;; deb;CDS;1916955;198;; ;misc_RNA;1917501;58;; fin;CDS;1917639;;; deb;CDS;2002637;93;; ;tRNA;2003276;52;comp;agg fin;CDS;2003401;;comp; deb;CDS;2024042;83;; ;misc_RNA;2025160;148;; fin;CDS;2025400;;; deb;CDS;2069262;170;; ;misc_RNA;2069732;-233;; fin;CDS;2069883;;; deb;CDS;2076206;469;; ;misc_RNA;2079096;10;; fin;CDS;2079214;;; deb;CDS;2094010;123;; ;misc_RNA;2095909;238;; fin;CDS;2096350;;; deb;CDS;2159981;-1389;; ;misc_RNA;2160390;-630;; fin;CDS;2160565;;; deb;CDS;2162108;-2547;; ;misc_feature;2163068;420;; ;misc_RNA;2164643;682;; fin;CDS;2165577;;; deb;CDS;2208328;61;; ;ncRNA;2208590;-26;; fin;CDS;2208855;;; deb;CDS;2219514;-23;; ;misc_RNA;2219743;-66;; fin;CDS;2219784;;; deb;CDS;2273594;-6;; ;misc_RNA;2273705;104;; fin;CDS;2273989;;; deb;CDS;2319440;88;; ;misc_RNA;2320113;141;; fin;CDS;2320355;;; deb;CDS;2330075;87;; ;misc_RNA;2331320;58;; fin;CDS;2331779;;; deb;CDS;2410017;-9;; ;misc_RNA;2410581;197;; fin;CDS;2411086;;; deb;CDS;2430258;129;; ;misc_RNA;2431473;119;; fin;CDS;2431737;;; deb;CDS;2471787;133;; ;misc_RNA;2472880;25;; fin;CDS;2473151;;; deb;CDS;2548245;73;; ;misc_RNA;2549407;168;; fin;CDS;2549775;;; deb;CDS;2562966;86;comp; ;tRNA;2563889;66;;caa fin;CDS;2564026;;comp; deb;CDS;2607762;82;; ;misc_RNA;2608732;39;; fin;CDS;2608946;;; deb;CDS;2624785;39;; ;misc_RNA;2625952;69;; fin;CDS;2626112;;; deb;CDS;2646594;292;; ;misc_RNA;2647405;-208;; fin;CDS;2647456;;; deb;CDS;2678240;-77;; ;misc_RNA;2678343;233;; deb;CDS;2678799;-13;; ;misc_RNA;2678876;127;; fin;CDS;2679142;;; deb;CDS;2773356;136;; ;misc_RNA;2773783;6;; fin;CDS;2773890;;; ;misc_RNA;2800890;43;; deb;CDS;2813643;83;; ;misc_RNA;2814491;51;; fin;CDS;2814743;;; deb;CDS;2816535;89;; ;misc_RNA;2817899;59;; fin;CDS;2818191;;; deb;CDS;2855518;13;; ;misc_RNA;2855840;57;; fin;CDS;2855973;;; deb;CDS;2866664;59;; ;misc_RNA;2869366;165;; fin;CDS;2869754;;; deb;CDS;2895248;121;; ;misc_RNA;2897094;447;; fin;CDS;2897788;;; deb;CDS;2898931;63;; ;tRNA;2899816;130;comp;aga fin;CDS;2900020;;comp; deb;CDS;2909520;125;; ;misc_RNA;2910872;64;; fin;CDS;2911116;;; deb;CDS;2952828;61;; ;misc_RNA;2953411;244;; fin;CDS;2953795;;; deb;CDS;2959257;43;; ;misc_RNA;2961232;106;; fin;CDS;2961586;;; deb;CDS;3033696;153;; ;misc_RNA;3035589;8;; fin;CDS;3035730;;; deb;CDS;3036603;23;; ;misc_RNA;3037895;44;; fin;CDS;3038213;;; deb;CDS;3102629;109;; ;misc_RNA;3105153;102;; fin;CDS;3105470;;; deb;CDS;3127825;167;; ;misc_RNA;3129195;196;; fin;CDS;3129530;;; deb;CDS;3169763;232;comp; ;tRNA;3171879;25;comp;gaa ;tRNA;3171976;3;comp;agc ;tRNA;3172070;10;comp;aac ;tRNA;3172155;15;comp;atc ;tRNA;3172247;10;comp;gga ;tRNA;3172331;17;comp;cac ;tRNA;3172424;12;comp;ttc ;tRNA;3172512;11;comp;gac ;tRNA;3172600;17;comp;atgf ;tRNA;3172694;6;comp;tca ;tRNA;3172793;2;comp;atgi ;tRNA;3172872;19;comp;atgj ;tRNA;3172968;5;comp;gca ;tRNA;3173046;15;comp;cca ;tRNA;3173138;9;comp;cgt ;tRNA;3173224;14;comp;tta ;tRNA;3173324;5;comp;ggc ;tRNA;3173404;10;comp;ctg ;tRNA;3173501;37;comp;aaa ;tRNA;3173614;32;comp;aca ;tRNA;3173722;20;comp;gta ;rRNA;3173818;55;comp;5s ;rRNA;3173991;167;comp;23s ;rRNA;3177086;464;comp;16s ;misc_RNA;3179105;99;; fin;CDS;3179306;;; deb;CDS;3187503;124;; ;misc_RNA;3188173;72;; fin;CDS;3188414;;; deb;CDS;3193863;106;; ;tRNA;3194455;107;comp;gcc fin;CDS;3194635;;comp; deb;CDS;3334646;423;; ;ncRNA;3335414;205;; fin;CDS;3335751;;; deb;CDS;3359995;156;; ;misc_RNA;3360937;-211;; fin;CDS;3360974;;; deb;CDS;3363266;105;; ;misc_RNA;3364397;114;; fin;CDS;3364618;;; deb;CDS;3403493;108;; ;misc_RNA;3404546;158;; fin;CDS;3404835;;; deb;CDS;3419656;103;; ;misc_RNA;3421169;116;; fin;CDS;3421465;;; deb;CDS;3449732;185;; ;misc_RNA;3450712;176;; fin;CDS;3451248;;; deb;CDS;3489910;68;; ;misc_RNA;3491322;97;; fin;CDS;3491655;;; deb;CDS;3544642;284;; ;tRNA;3545889;269;comp;cgg fin;CDS;3546234;;; deb;CDS;3854256;53;; ;misc_RNA;3856226;31;; ;misc_RNA;3856479;81;; fin;CDS;3856782;;; deb;CDS;3946394;0;; ;misc_RNA;3946910;41;; fin;CDS;3947158;;; ;misc_RNA;3988840;388;; deb;CDS;3997221;65;; ;misc_RNA;3997775;82;; deb;CDS;3997964;68;; ;misc_RNA;3999166;77;; fin;CDS;3999350;;; deb;CDS;4004288;386;; ;misc_RNA;4005523;126;; fin;CDS;4005752;;; deb;CDS;4095915;89;; ;misc_RNA;4096997;6;; fin;CDS;4097416;;; deb;CDS;4153696;383;comp; ;tRNA;4154787;35;comp;ttc ;tRNA;4154895;81;comp;gac ;tRNA;4155053;9;comp;gaa ;tRNA;4155134;223;comp;aaa fin;CDS;4155433;;comp; deb;CDS;4169166;189;; ;misc_RNA;4169802;125;; fin;CDS;4170045;;; </pre> ====bsu intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_entre_cds|bsu intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> 23.2.22;;;;;;;;;; bsu;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;608;14.4;'''négatif ;-12;19;-1 à -164;'''4 215 606;-1;608 ;'''zéro;27;0.6;;;;;'''intercals;0;27 ;'''1 à 200;3030;71.9;'''0 à 200;72;56;;'''401 590;5;165 ;'''201 à 370;412;9.8;'''201 à 370;258;44;;'''9.5%;10;94 ;'''371 à 600;118;2.8;'''371 à 600;458;67;;;15;254 ;'''601 à max;18;0.4;'''601 à 1021;755;132;;;20;190 ;'''total 4213;<201;87.0;'''total 4207;92;113;-164 à 1021;;25;133 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;122 390880;7511;-1;608;-70;19;;0;27;35;126 3671416;1306;0;27;-60;2;;-1;°72;40;153 2160565;1021;1;°44;-50;5;;-2;4;45;100 2221061;952;2;33;-40;19;;-3;0;50;65 2226176;950;3;37;-30;10;'''min à -1;-4;°243;55;54 1886057;824;4;°29;-20;38;608;-5;0;60;60 2733772;809;5;22;-10;105;14.4%;-6;2;65;62 785543;783;6;21;0;437;;-7;12;70;78 3699446;783;7;21;10;259;;-8;°76;75;84 2060817;777;8;10;20;444;;-9;1;80;69 875428;731;9;19;30;255;;-10;6;85;83 1446317;682;10;23;40;279;'''1 à 100;-11;°44;90;51 2051329;669;11;32;50;165;2059;-12;0;95;59 2054599;627;12;°56;60;114;48.9%;-13;6;100;57 873402;625;13;°51;70;140;;-14;°20;105;57 1872812;623;14;°59;80;153;;-15;0;110;73 1278565;619;15;°56;90;134;;-16;6;115;65 1900080;602;16;34;100;116;;-17;°18;120;61 1944113;594;17;°47;110;130;;-18;0;125;66 2091705;594;18;°49;120;126;;-19;5;130;61 548710;588;19;28;130;127;;-20;°12;135;51 674832;584;20;°32;140;93;;-21;0;140;42 554669;582;21;27;150;110;;-22;2;145;62 2708943;582;22;31;160;100;;-23;°8;150;48 4172387;577;23;25;170;91;'''1 à 200;-24;0;155;54 376032;573;24;°31;180;82;3030;-25;2;160;46 661630;573;25;19;190;59;71.9%;-26;°8;165;53 820867;572;26;25;200;53;;-27;0;170;38 560151;567;27;°24;210;58;;-28;0;175;42 2225337;560;28;17;220;31;;-29;°6;180;40 1883166;559;29;27;230;44;;-30;0;185;32 1441291;558;30;°29;240;43;;-31;1;190;27 3977791;555;31;25;250;34;'''0 à 200;-32;°2;195;32 552616;552;32;22;260;26;3057;;583;200;21 1269733;550;33;°34;270;35;;reste;52;205;34 2465966;548;34;18;280;29;;total;635;210;24 2763025;546;35;27;290;19;;;;215;15 2701979;544;36;°32;300;15;;;;220;16 3534118;538;37;18;310;16;;'''intercal;'''<u>frequencef;225;17 4128119;533;38;28;320;11;;600;4195;230;27 599107;531;39;°47;330;9;;620;2;235;24 ;;40;28;340;17;'''201 à 370;640;3;240;19 ;;reste;2341;350;11;412;660;0;245;19 ;;total;4213;360;8;9.8%;680;1;250;15 ;;1-40;1237;370;6;;700;1;255;15 ;;;;380;11;;720;0;260;11 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;13;;740;1;265;20 387744;-7616;cont;'''141;400;3;;760;0;270;15 3717238;-500;cont;'''480;410;11;;780;1;275;17 2909520;-492;cont;492;420;7;;800;2;280;12 2601528;-361;comp’;'''297;430;9;;820;1;285;11 1252815;-164;cont;164;440;3;;840;1;290;8 2466721;-154;cont;154;450;7;;860;0;295;7 1916663;-143;cont;143;460;1;;880;0;300;8 3666841;-127;comp’;'''84;470;5;;900;0;305;8 2693597;-119;cont;119;480;5;;920;0;310;8 538322;-113;cont;113;490;8;;940;0;315;4 1322014;-101;cont;101;500;3;;960;2;320;7 238164;-95;cont;95;510;2;;980;0;325;5 1526859;-94;cont;94;520;4;;1000;0;330;4 2652993;-93;comp’;93;530;3;;1020;0;335;12 2758043;-92;cont;92;540;3;'''371 à 600;1040;1;340;5 3755967;-91;cont;91;550;4;118;;16;345;6 2154781;-86;cont;86;560;5;2.8%;;;350;5 2705398;-82;cont;82;570;1;;;;355;6 2154705;-71;cont;71;580;4;'''601 à max;;;360;2 989712;-69;comp’;69;590;4;18;;;365;4 2413585;-65;cont;65;600;2;0.4%;;;370;2 2381919;-59;cont;59;reste;18;;reste;2;reste;136 ;;;;total;4213;;total;4213;total;4213 </pre> ====bsu intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> bsu Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; bsu;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-6.4;69;-338;67;458;359;max40;&-41;352;-1040;112;790;286;min50 51 à 400;48;-359;711;-11;861;249;2 parties;&12;-27;-230;64;954;75;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;152;56;-;440;dte;18;max40;&211;68;;617;poly;173;SF 51 à 400;94;40;-;694;poly;167;tF;&145;50;-;850;poly;104;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.432;;;;;; 41-n;0.660;0.008;0.283;;;;;;;;;;; 1-n;0.471;0.152;0.258;;;;;;;;;20.2.22;; bsu;fx;fc;;bsu;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;bsu;Sx-;Sc- 0;2;25;;0;2;10;0;2;25;>0;1088;-1;0;72 10;28;231;;10;27;95;1;3;41;<0;35;-2;0;4 20;46;398;;20;45;163;2;2;31;zéro;2;-3;0;0 30;70;185;;30;68;76;3;3;34;total;1125;-4;14;229 40;158;121;;40;154;50;4;2;27;;c;-5;0;0 50;81;84;;50;79;34;5;3;19;>0;2490;-6;2;0 60;22;92;;60;21;38;6;0;21;<0;573;-7;1;11 70;21;119;;70;20;49;7;5;16;zéro;25;-8;1;75 80;32;121;;80;31;50;8;3;7;;3088;-9;1;0 90;22;112;;90;21;46;9;3;16;;;-10;1;5 100;25;91;;100;24;37;10;4;19;total;4213;-11;1;43 110;24;106;;110;23;43;11;0;32;;;-12;0;0 120;39;87;;120;38;36;12;3;53;;;-13;0;6 130;41;86;;130;40;35;13;5;46;;;-14;1;19 140;27;66;;140;26;27;14;12;47;;;-15;0;0 150;42;68;;150;41;28;15;4;52;;;-16;1;5 160;34;66;;160;33;27;16;3;31;;;-17;0;18 170;33;58;;170;32;24;17;6;41;;;-18;0;0 180;29;53;;180;28;22;18;5;44;;;-19;1;4 190;25;34;;190;24;14;19;5;23;;;-20;1;11 200;19;34;;200;18;14;20;3;29;;;-21;0;0 210;28;30;;210;27;12;21;2;25;;;-22;0;2 220;17;14;;220;17;6;22;2;29;;;-23;0;8 230;24;20;;230;23;8;23;3;22;;;-24;0;0 240;16;27;;240;16;11;24;7;24;;;-25;1;1 250;16;18;;250;16;7;25;4;15;;;-26;0;8 260;13;13;;260;13;5;26;13;12;;;-27;0;0 270;19;16;;270;18;7;27;12;12;;;-28;0;0 280;13;16;;280;13;7;28;3;14;;;-29;0;6 290;13;6;;290;13;2;29;10;17;;;-30;0;0 300;6;9;;300;6;4;30;14;15;;;-31;0;1 310;8;8;;310;8;3;31;9;16;;;-32;0;2 320;5;6;;320;5;2;32;10;12;;;-33;0;0 330;1;8;;330;1;3;33;16;18;;;-34;0;1 340;8;9;;340;8;4;34;11;7;;;-35;0;3 350;5;6;;350;5;2;35;16;11;;;-36;0;0 360;4;4;;360;4;2;36;19;13;;;-37;0;1 370;4;2;;370;4;1;37;13;5;;;-38;0;2 380;4;7;;380;4;3;38;17;11;;;-39;0;0 390;5;8;;390;5;3;39;26;21;;;-40;1;1 400;1;2;;400;1;1;40;21;7;;;-41;0;8 reste;60;49;;;;;reste;786;1555;;;-42;1;0 total;1090;2515;;t30;140;333;total;1090;2515;;;-43;0;3 diagr;1028;2441;;t50;373;417;diagr;302;935;;;-44;0;2 - t30;884;1627;;;;;;;;;;-45;0;0 - t50;645;1422;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;2 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;;reste;7;17 ;;;;;;;;;;;;total;35;573 </pre> ====bsu intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_négatifs_S-|bsu intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;10;;2;1;1;1;;1;;;1;;1;;;1;1;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;7;30 continu;72;4;0;233;0;0;11;75;0;6;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;578 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;14;0;2;1;1;1;1;1;0;0;1;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;7;35 ;Sc-;72;4;0;229;0;0;11;75;0;5;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;573 </pre> ====bsu autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires|bsu autres intercalaires]] <pre> 23.2.22;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; bsu;autres intercalaires;;adresses1;;;bsu;autres intercalaires;;adresses2;;;bsu;autres intercalaires;;adresses3;;;bsu;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;6994;350;;;deb;°CDS;634651;333;comp;;deb;°CDS;1629320;144;;;deb;°CDS;2909520;125; ;$rRNA;9810;99;;;;&tRNA;635110;13;;;;misc_R;1630115;161;;;;misc_R;2910872;64; ;&tRNA;11464;11;;;;&tRNA;635200;159;;;fin;°CDS;1630382;;;;fin;°CDS;2911116;; ;&tRNA;11552;81;;;;$rRNA;635433;167;;;deb;°CDS;1675171;78;;;deb;°CDS;2952828;61; ;$rRNA;11709;55;;;;$rRNA;637155;55;;;;misc_R;1675981;19;;;;misc_R;2953411;244; ;$rRNA;14692;36;;;;$rRNA;640138;13;;;fin;°CDS;1676042;;;;fin;°CDS;2953795;; fin;°CDS;14847;;comp;;;&tRNA;640268;60;;;deb;°CDS;1727133;10;;;deb;°CDS;2959257;43; deb;°CDS;19968;52;;;;&tRNA;640405;180;;;;misc_R;1731457;101;;;;misc_R;2961232;106; ;misc_R;20611;56;;;fin;°CDS;640662;;;;fin;°CDS;1731776;;;;fin;°CDS;2961586;; deb;°CDS;20880;134;;;deb;°CDS;692740;143;;;deb;°CDS;1778337;183;;;deb;°CDS;3033696;153; ;&tRNA;22292;111;;;;misc_R;694425;134;;;;misc_R;1780404;63;;;;misc_R;3035589;8; fin;°CDS;22496;;comp;;fin;°CDS;694662;;;;fin;°CDS;1780618;;;;fin;°CDS;3035730;; deb;°CDS;25852;41;;;deb;°CDS;698092;79;;;deb;°CDS;1914630;-4;;;deb;°CDS;3036603;23; ;misc_R;26379;81;;;;misc_R;698369;140;;;;misc_R;1914992;-52;;;;misc_R;3037895;44; fin;°CDS;26814;;;;fin;°CDS;698612;;;;fin;°CDS;1915221;;;;fin;°CDS;3038213;; deb;°CDS;29772;243;;;deb;°CDS;945520;291;;;deb;°CDS;1916955;198;;;deb;°CDS;3102629;109; ;$rRNA;30279;99;;;;$rRNA;946696;167;;;;misc_R;1917501;58;;;;misc_R;3105153;102; ;&tRNA;31932;11;;;;$rRNA;948418;111;;;fin;°CDS;1917639;;;;fin;°CDS;3105470;; ;&tRNA;32020;81;;;;$rRNA;951457;9;;;deb;°CDS;2002637;93;;;deb;°CDS;3127825;167; ;$rRNA;32177;133;;;;&tRNA;951582;5;;;;&tRNA;2003276;52;comp;;;misc_R;3129195;196; ;$rRNA;35237;175;;;;&tRNA;951662;34;;;fin;°CDS;2003401;;comp;;fin;°CDS;3129530;; fin;°CDS;35531;;;;;&tRNA;951788;9;;;deb;°CDS;2024042;83;;;deb;°CDS;3169763;232;comp deb;°CDS;69626;168;;;;&tRNA;951869;9;;;;misc_R;2025160;148;;;;&tRNA;3171879;25;comp ;&tRNA;70181;9;;;;&tRNA;951954;11;;;fin;°CDS;2025400;;;;;&tRNA;3171976;3;comp ;&tRNA;70267;199;;;;&tRNA;952042;12;;;deb;°CDS;2069262;170;;;;&tRNA;3172070;10;comp fin;°CDS;70538;;;;;&tRNA;952131;5;;;;misc_R;2069732;-233;;;;&tRNA;3172155;15;comp deb;°CDS;88727;309;;;;&tRNA;952212;22;;;fin;°CDS;2069883;;;;;&tRNA;3172247;10;comp ;$rRNA;90536;164;;;;&tRNA;952307;5;;;deb;°CDS;2076206;469;;;;&tRNA;3172331;17;comp ;$rRNA;92254;55;;;;&tRNA;952397;24;;;;misc_R;2079096;10;;;;&tRNA;3172424;12;comp ;$rRNA;95237;20;;;;&tRNA;952495;9;;;fin;°CDS;2079214;;;;;&tRNA;3172512;11;comp ;&tRNA;95375;4;;;;&tRNA;952580;49;;;deb;°CDS;2094010;123;;;;&tRNA;3172600;17;comp ;&tRNA;95455;36;;;;&tRNA;952701;5;;;;misc_R;2095909;238;;;;&tRNA;3172694;6;comp ;&tRNA;95567;6;;;;&tRNA;952781;7;;;fin;°CDS;2096350;;;;;&tRNA;3172793;2;comp ;&tRNA;95649;40;;;;&tRNA;952859;265;;;deb;°CDS;2159981;-1389;;;;&tRNA;3172872;19;comp ;&tRNA;95772;14;;;;&tRNA;953213;78;;;;misc_R;2160390;-630;;;;&tRNA;3172968;5;comp ;&tRNA;95861;9;;;fin;°CDS;953373;;comp;;fin;°CDS;2160565;;;;;&tRNA;3173046;15;comp ;&tRNA;95956;27;;;deb;°CDS;954893;69;;;deb;°CDS;2162108;-2547;;;;&tRNA;3173138;9;comp ;&tRNA;96060;9;;;;misc_R;955655;132;;;;misc_f;2163068;420;;;;&tRNA;3173224;14;comp ;&tRNA;96146;170;;;fin;°CDS;955895;;;;;misc_R;2164643;682;;;;&tRNA;3173324;5;comp ;$rRNA;96392;164;;;deb;°CDS;966671;193;comp;;fin;°CDS;2165577;;;;;&tRNA;3173404;10;comp ;$rRNA;98110;55;;;;&tRNA;967065;90;;;deb;°CDS;2208328;61;;;;&tRNA;3173501;37;comp ;$rRNA;101093;237;;;fin;°CDS;967229;;comp;;;ncRNA;2208590;-26;;;;&tRNA;3173614;32;comp fin;°CDS;101449;;;;deb;°CDS;1178757;89;;;fin;°CDS;2208855;;;;;&tRNA;3173722;20;comp deb;°CDS;119111;45;;;;misc_R;1180685;106;;;deb;°CDS;2219514;-23;;;;$rRNA;3173818;55;comp ;misc_R;119855;65;;;fin;°CDS;1180909;;;;;misc_R;2219743;-66;;;;$rRNA;3173991;167;comp fin;°CDS;120061;;;;deb;°CDS;1218113;58;;;fin;°CDS;2219784;;;;;$rRNA;3177086;464;comp deb;°CDS;152937;56;;;;misc_R;1219164;470;;;deb;°CDS;2273594;-6;;;;misc_R;3179105;99; ;misc_R;153737;48;;;fin;°CDS;1219849;;;;;misc_R;2273705;104;;;fin;°CDS;3179306;; fin;°CDS;153842;;;;deb;°CDS;1233133;104;;;fin;°CDS;2273989;;;;deb;°CDS;3187503;124; deb;°CDS;159779;349;comp;;;misc_R;1233405;70;;;deb;°CDS;2319440;88;;;;misc_R;3188173;72; ;$rRNA;160893;164;;;fin;°CDS;1233614;;;;;misc_R;2320113;141;;;fin;°CDS;3188414;; ;$rRNA;162610;55;;;deb;°CDS;1240356;61;;;fin;°CDS;2320355;;;;deb;°CDS;3193863;106; ;$rRNA;165591;46;;;;misc_R;1242262;78;;;deb;°CDS;2330075;87;;;;&tRNA;3194455;107;comp ;&tRNA;165754;4;;;fin;°CDS;1242449;;;;;misc_R;2331320;58;;;fin;°CDS;3194635;;comp ;&tRNA;165830;56;;;deb;°CDS;1257414;167;;;fin;°CDS;2331779;;;;deb;°CDS;3334646;423; ;&tRNA;165959;30;;;;misc_R;1258304;67;;;deb;°CDS;2410017;-9;;;;ncRNA;3335414;205; ;&tRNA;166064;27;;;fin;°CDS;1258492;;;;;misc_R;2410581;197;;;fin;°CDS;3335751;; ;&tRNA;166168;8;;;deb;°CDS;1261426;172;comp;;fin;°CDS;2411086;;;;deb;°CDS;3359995;156; ;&tRNA;166253;171;;;;&tRNA;1262789;840;;;deb;°CDS;2430258;129;;;;misc_R;3360937;-211; 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;&tRNA;194547;227;;;fin;°CDS;1391953;;;;;misc_R;2608732;39;;;fin;°CDS;3451248;; fin;°CDS;194849;;;;deb;°CDS;1395371;113;;;fin;°CDS;2608946;;;;deb;°CDS;3489910;68; deb;°CDS;198497;173;;;;misc_R;1395622;237;;;deb;°CDS;2624785;39;;;;misc_R;3491322;97; ;misc_R;200017;89;;;fin;°CDS;1396013;;;;;misc_R;2625952;69;;;fin;°CDS;3491655;; fin;°CDS;200277;;;;deb;°CDS;1409912;55;;;fin;°CDS;2626112;;;;deb;°CDS;3544642;284; deb;°CDS;275838;56;;;;misc_R;1410633;-113;;;deb;°CDS;2646594;292;;;;&tRNA;3545889;269;comp ;misc_R;276815;97;;;fin;°CDS;1410654;;;;;misc_R;2647405;-208;;;fin;°CDS;3546234;; fin;°CDS;277160;;;;deb;°CDS;1423241;92;;;fin;°CDS;2647456;;;;deb;°CDS;3854256;53; deb;°CDS;473803;103;;;;misc_R;1424527;83;;;deb;°CDS;2678240;-77;;;;misc_R;3856226;31; ;misc_R;474329;133;;;fin;°CDS;1424767;;;;;misc_R;2678343;233;;;;misc_R;3856479;81; fin;°CDS;474731;;;;deb;°CDS;1425641;38;;;deb;°CDS;2678799;-13;;;fin;°CDS;3856782;; deb;°CDS;483845;135;;;;misc_R;1426876;84;;;;misc_R;2678876;127;;;deb;°CDS;3946394;0; ;misc_R;486092;196;;;fin;°CDS;1427061;;;;fin;°CDS;2679142;;;;;misc_R;3946910;41; fin;°CDS;486432;;;;deb;°CDS;1438092;138;;;deb;°CDS;2773356;136;;;fin;°CDS;3947158;; deb;°CDS;528129;122;;;;misc_R;1439274;129;;;;misc_R;2773783;6;;;deb;°CDS;3987927;76;comp ;&tRNA;528704;4;;;fin;°CDS;1439448;;;;fin;°CDS;2773890;;;;;misc_R;3988840;388;comp ;&tRNA;528783;29;;;deb;°CDS;1456092;46;;;deb;°CDS;2798174;79;comp;;fin;°CDS;3989331;; ;&tRNA;528903;11;;;;misc_R;1457005;30;;;;misc_R;2800890;43;comp;;deb;°CDS;3997221;65; ;&tRNA;528986;26;;;fin;°CDS;1457187;;;;fin;°CDS;2801141;;comp;;;misc_R;3997775;82; ;&tRNA;529087;11;;;deb;°CDS;1482248;85;;;deb;°CDS;2813643;83;;;deb;°CDS;3997964;68; ;&tRNA;529174;80;;;;misc_R;1483557;476;;;;misc_R;2814491;51;;;;misc_R;3999166;77; ;&tRNA;529336;82;;;fin;°CDS;1484117;;;;fin;°CDS;2814743;;;;fin;°CDS;3999350;; fin;°CDS;529505;;comp;;deb;°CDS;1533327;368;;;deb;°CDS;2816535;89;;;deb;°CDS;4004288;386; deb;°CDS;532292;30;;;;misc_R;1534070;-161;;;;misc_R;2817899;59;;;;misc_R;4005523;126; ;misc_R;532583;115;;;fin;°CDS;1534120;;;;fin;°CDS;2818191;;;;fin;°CDS;4005752;; fin;°CDS;532758;;;;deb;°CDS;1568924;2;;;deb;°CDS;2855518;13;;;deb;°CDS;4095915;89; deb;°CDS;559264;67;;;;misc_R;1569199;199;;;;misc_R;2855840;57;;;;misc_R;4096997;6; ;misc_R;559532;540;;;fin;°CDS;1569519;;;;fin;°CDS;2855973;;;;fin;°CDS;4097416;; fin;°CDS;560151;;;;deb;°CDS;1606560;12;;;deb;°CDS;2866664;59;;;deb;°CDS;4153696;383;comp deb;°CDS;625125;54;;;;misc_R;1607367;87;;;;misc_R;2869366;165;;;;&tRNA;4154787;35;comp ;misc_R;626346;175;;;fin;°CDS;1607556;;;;fin;°CDS;2869754;;;;;&tRNA;4154895;81;comp fin;°CDS;626622;;;;deb;°CDS;1612521;62;;;deb;°CDS;2895248;121;;;;&tRNA;4155053;9;comp &emsp*;;;;;;;misc_R;1613078;52;;;;misc_R;2897094;447;;;;&tRNA;4155134;223;comp &emsp*;;;;;;fin;°CDS;1613357;;;;fin;°CDS;2897788;;;;fin;°CDS;4155433;;comp &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1617210;39;;;deb;°CDS;2898931;63;;;deb;°CDS;4169166;189; &emsp*;;;;;;;misc_R;1618161;26;;;;&tRNA;2899816;130;comp;;;misc_R;4169802;125; &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1618304;3;;;fin;°CDS;2900020;;comp;;fin;°CDS;4170045;; &emsp*;;;;;;;misc_R;1618853;52;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1619023;0;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;;misc_R;1620331;30;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;fin;°CDS;1620476;;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; </pre> ====bsu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_distribution|bsu distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; avant 16s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; cgt;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; gga;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1 ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;3;agc;1 après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;3 atgf;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4 gac;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;1;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga; ;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;2;cga;;;;;;;;;;;;cta;1;cca;3;caa;1;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;4;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;3;gaa;2;gga;1 ;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 ;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;bsu;;8;;;;;8;;bsu;18;;;;;;18;;;;;;;;;;;bsu;;;;52;2;;56 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;;; </pre> ====bsu lmo==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_lmo|bsu lmo]] <pre> bsu-lmo comparaison;;10.11.19 Tanger;;;comparaisons internes bsu, lmo;;;; bsu;intercal;lmo;intercal;diff;bsu;intercal;bsu;intercal;diff gaa;25;gaa;5;-20;16s;167;16s;167; agc;3;agc;34;31;23s;55;23s;111; aac;10;aac;6;-4;5s;20;5s;9; atc;15;atc;25;10;gta;32;aac;5; gga;10;gga;23;13;aca;37;tcc;34; cac;17;cac;28;11;aaa;10;gaa;9; ttc;12;ttc;4;-8;ctg;5;gta;9; gac;11;gac;4;-7;ggc;14;atgf;11;0 atgf;17;atgf;42;25;tta;9;gac;12;0 tca;6;tca;22;16;cgt;15;ttc;5; atgi;2;atgi;11;9;cca;5;aca;22; atgj;19;atgj;42;23;gca;19;tac;5; gca;5;gca;22;17;atgj;2;tgg;24; cca;15;cca;10;-5;atgi;6;cac;9; cgt;9;cgt;9;0;tca;17;caa;49; tta;14;tta;14;0;atgf;11;ggc;5; ggc;5;ggc;15;10;gac;12;tgc;7; ctg;10;cta;5;-5;ttc;17;tta;265; aaa;37;aaa;41;4;cac;10;ttg;; aca;32;aca;8;-24;gga;15;;; gta;20;gta;13;;atc;10;16s;164; 5s;55;5s;81;;aac;3;23s;55; 23s;167;23s;244;;agc;25;5s;20; 16s;;16s;;;gaa;;gta;4;-28 ;;;;;;;aca;36;-1 16s;167;16s;127;;;;aaa;6;-4 23s;111;atc;46;;;;cta;40;35 5s;9;gca;172;;;;ggc;14;0 aac;5;23s;80;;;;tta;9;0 tcc;34;5s;14;;;;cgt;27;12 gaa;9;aac;6;1;;;cca;9;4 gta;9;tcc;33;-1;;;gca;170; atgf;11;gaa;56;47;;;;; gac;12;gta;21;12;lmo;intercal;lmo;intercal;diff ttc;5;atgf;6;-5;16s;244;16s;127; aca;22;gac;4;-8;23s;81;atc;46; tac;5;ttc;20;;5s;13;gca;172; tgg;24;tac;7;2;gta;8;23s;80; cac;9;tgg;15;-9;aca;41;5s;14; caa;49;cac;29;20;aaa;5;aac;6; ggc;5;caa;5;-44;cta;15;tcc;33; tgc;7;ggc;19;14;ggc;14;gaa;56; tta;265;tgc;45;;tta;9;gta;21; ttg;;ttg;;;cgt;10;atgf;6;2 ;;;;;cca;22;gac;4;0 16s;164;16s;244;;gca;42;ttc;20; 23s;55;23s;80;;atgj;11;tac;7; 5s;20;5s;13;;atgi;22;tgg;15; gta;4;gta;8;4;tca;42;cac;29; aca;36;aca;41;5;atgf;4;caa;5; aaa;6;aaa;5;-1;gac;4;ggc;19; cta;40;cta;14;-26;ttc;28;tgc;45; ggc;14;ggc;21;7;cac;23;ttg;; tta;9;tta;12;3;gga;25;;; cgt;27;cgt;10;-17;atc;6;16s;244; cca;9;cca;19;10;aac;34;23s;80; gca;170;gca;341;;agc;5;5s;13; ;;;;;gaa;;gta;8;0 ;;;;;;;aca;41;0 ;;;;;;;aaa;5;0 ;;;;;;;cta;14;-1 ;;;;;;;ggc;21;7 ;;;;;;;tta;12;3 ;;;;;;;cgt;10;0 ;;;;;;;cca;19;-3 ;;;;;;;gca;341; ;;;;;;;;; bsu;intercal;lmo;intercal;diff;entre génomes;;;intra génome; gaa;3;gaa;157;;gamme;fréquence;;gamme;fréquence gta;4;acg;9;;-15;5;;-7;1 aca;22;tac;11;;-14;;;-6; tac;4;caa;6;;-13;;;-5; caa;;aaa;;;-12;;;-4;1 ;;;;;-11;;;-3;1 aga;;aga;;;-10;;;-2; ;;;;;-9;1;;-1;2 cgg;;cgg;;;-8;2;;0;9 ;;;;;-7;1;;1; gga;;gga;;;-6;;;2;1 ;;;;;-5;3;;3;1 gtc;;gtc;;;-4;1;;4;1 ;;;;;-3;;;5; agg;;cgt;;;-2;;;6; ;;;;;-1;2;;7;1 caa;;ctc;;;0;2;;;2 ;;;;;1;1;;total;20 gcc;;tcg;;;2;1;; -2+2;11 ;;;;;3;1;;; tca;;;;;4;2;;; ;;;;;5;1;;; atg;9;aac;3;;6;;;; gaa;;agc;;;7;1;;; ;;;;;8;;;; ;;gaa;27;;9;1;;; ;;gac;;;10;3;;; ;;;;;11;1;;; cgt;13;16s;127;;12;1;;; gga;159;atc;46;;13;1;;; 16s;167;gca;172;;14;1;;; 23s;55;23s;80;;15;;;; 5s;13;5s;14;;;7;;; atgf;60;aac;24;;total;39;;; gac;;acc;;; -2+2;6;;; </pre> ===Listeria monocytogenes=== ====lmo==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo opérons|lmo]] <pre> Listeria monocytogenes EGD-e;;;; 37.9%GC;7.3.19 Paris;67;doubles;intercal ;82705..82777;aag;; ;237466..239020;16s;@1;244 ;239265..242195;23s;;80 ;242276..242385;5s;;13 ;242399..242471;gta;;8 ;242480..242555;aca;;41 ;242597..242669;aaa;;5 ;242675..242756;cta;;14 ;242771..242842;ggc;;21 ;242864..242949;tta;;12 ;242962..243035;cgt;;10 ;243046..243119;cca;;19 ;243139..243214;gca;;341 ;243556..245041;16s;;244 ;245286..248216;23s;;80 ;248297..248406;5s;; ;;;; ;677464..677553;tcg;; ;;;; ;936656..936728;aac;;3 ;936732..936819;agc;; ;;;; ;940017..940088;gaa;;27 ;940116..940188;gac;; ;;;; ;970867..970937;gga;; ;;;; ;1266675..1266748;aga;; ;;;; comp;1740916..1740987;gaa;;5 comp;1740993..1741083;agc;;34 comp;1741118..1741190;aac;;6 comp;1741197..1741270;atc;;25 comp;1741296..1741366;gga;;23 comp;1741390..1741462;cac;;28 comp;1741491..1741563;ttc;;4 comp;1741568..1741643;gac;;4 comp;1741648..1741721;atgf;;42 comp;1741764..1741853;tca;;22 comp;1741876..1741949;atgi;;11 comp;1741961..1742034;atgj;;42 comp;1742077..1742149;gca;;22 comp;1742172..1742245;cca;;10 comp;1742256..1742329;cgt;;9 comp;1742339..1742424;tta;;14 comp;1742439..1742513;ggc;;15 comp;1742529..1742610;cta;;5 comp;1742616..1742688;aaa;;41 comp;1742730..1742805;aca;;8 comp;1742814..1742886;gta;;13 comp;1742900..1743009;5s;;81 comp;1743091..1746021;23s;;244 comp;1746266..1747811;16s;; ;;;; ;1776112..1776183;cgt;; ;;;; comp;1848821..1848930;5s;;81 comp;1849012..1851942;23s;;244 comp;1852187..1853732;16s;; ;;;; ;2162187..2162273;ctc;; ;;;; ;2215375..2215446;gaa;;157 ;2215604..2215677;acg;;9 ;2215687..2215770;tac;;11 ;2215782..2215856;caa;;6 ;2215863..2215935;aaa;; ;;;; comp;2436493..2436576;ttg;;45 comp;2436622..2436695;tgc;;19 comp;2436715..2436786;ggc;;5 comp;2436792..2436863;caa;;29 comp;2436893..2436965;cac;;15 comp;2436981..2437054;tgg;;7 comp;2437062..2437145;tac;;20 comp;2437166..2437238;ttc;;4 comp;2437243..2437318;gac;;6 comp;2437325..2437398;atgf;;21 comp;2437420..2437495;gta;;56 comp;2437552..2437623;gaa;;33 comp;2437657..2437745;tcc;;6 comp;2437752..2437827;aac;;14 comp;2437842..2437951;5s;;80 comp;2438032..2440962;23s;;172 comp;2441135..2441210;gca;;46 comp;2441257..2441330;atc;;127 comp;2441458..2443003;16s;@2; ;;;; comp;2540230..2540301;cgg;; ;;;; comp;2672664..2672736;acc;;24 comp;2672761..2672836;aac;;14 comp;2672851..2672960;5s;;80 comp;2673041..2675971;23s;;172 comp;2676144..2676219;gca;;46 comp;2676266..2676339;atc;;127 comp;2676467..2678012;16s;; ;;;; ;2930362..2930434;gtc;; </pre> ====lmo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_distribution|lmo distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; aac;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1 ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;0;aac;2;agc;1 ;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2 ;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;2;tca;1;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga; ;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;2;caa;1;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;2;gaa;2;gga;1 ;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 ;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;lmo;;8;;;;;8;;lmo;9;;;;;;9;;;;;;;;;;;lmo;;;;44;;;44 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;;; </pre> ====lmo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_données_intercalaires|lmo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;lmo;fx;fc;lmo;fx40;fc40;lmo;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;27;0;1;27;-1;;61;87;68;tRNA 16s;;;tRNA tRNA;;contig ;0;10;10;183;1;1;32;-2;;0;181;940;341;;gca;5;;gaa ;0;20;20;345;2;2;40;-3;;0;52;370;16s tRNA;;;34;;agc ;1;30;20;147;3;1;33;-4;3;173;382;73;2* 127;;atc;6;;aac ;0;40;80;64;4;0;11;-5;;0;197;132;tRNA 23s;;;25;;atc 2;0;50;79;45;5;2;19;-6;;0;127;49;2* 172;;gca;23;;gga 1;1;60;21;46;6;0;16;-7;;0;99;333;5s tRNA;;;28;;cac 1;1;70;12;69;7;0;5;-8;;57;110;118;2* 13;;gta;4;;ttc 1;0;80;13;69;8;3;5;-9;;0;366;56;2* 14;;aac;4;;gac ;1;90;10;69;9;1;13;-10;1;3;66;44;tRNA tRNA;;intra;42;;atgf ;1;100;9;54;10;0;9;-11;2;22;128;;8;;gta;22;;tca ;1;110;9;88;11;1;26;-12;;0;351;;41;;aca;11;;atgi 1;1;120;14;74;12;2;52;-13;;3;119;;5;;aaa;42;;atgj ;2;130;21;57;13;3;31;-14;;14;152;;14;;cta;22;;gca 1;0;140;14;52;14;0;36;-15;;0;21;;21;;ggc;10;;cca ;0;150;13;48;15;4;46;-16;1;2;CDS 16s;;12;;tta;9;;cgt ;1;160;26;42;16;0;42;-17;;13;445;;10;;cgt;14;;tta ;0;170;15;28;17;2;21;-18;1;0;451;;19;;cca;15;;ggc ;0;180;11;30;18;3;43;-19;;2;344;;**;;gca;5;;cta ;1;190;10;25;19;3;26;-20;;7;364;;2* 46;;gca;41;;aaa ;1;200;19;35;20;2;22;-21;;0;289;;**;;atc;8;;aca ;0;210;13;23;21;0;30;-22;;2;16s 23s;;24;;acc;**;;gta ;0;220;14;14;22;3;25;-23;;6;4* 244;;**;;aac;45;;ttg ;0;230;9;16;23;2;16;-24;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;;19;;tgc ;0;240;11;16;24;5;18;-25;;1;4* 80;;3;;aac;5;;ggc ;0;250;11;10;25;1;9;-26;;4;2* 81;;**;;agc;29;;caa ;0;260;9;16;26;2;10;-27;;0;5s CDS;;27;;gaa;15;;cac ;0;270;6;5;27;1;16;-28;;1;148;;**;;gac;7;;tgg ;0;280;3;17;28;0;8;-29;;4;130;;157;;gaa;20;;tac ;0;290;1;14;29;1;6;-30;;0;;;9;;acg;4;;ttc ;0;300;7;12;30;5;9;-31;1;0;;;11;;tac;6;;gac ;0;310;6;5;31;6;8;-32;;1;;;6;;caa;21;;atgf ;0;320;5;7;32;7;5;-33;;0;;;**;;aaa;56;;gta ;0;330;5;9;33;2;9;-34;;0;;;;;;33;;gaa 1;0;340;4;7;34;7;7;-35;;1;;;;;;6;;tcc ;0;350;2;5;35;6;10;-36;;0;;;;;;**;;aac ;1;360;2;5;36;8;9;-37;;1;;;;;;;; 1;1;370;3;9;37;7;3;-38;;1;;;;;;;; ;0;380;1;3;38;14;0;-39;;0;;;;;;;; ;1;390;8;6;39;10;6;-40;;1;;;;;;;; ;0;400;3;2;40;13;7;-41;;2;;;;;;;; 1;0;reste;37;51;reste;456;1082;-42;;0;;;;;;;; 10;15;total;587;1849;total;587;1848;-43;;0;;;;;;;; 9;15;diagr;549;1771;diagr;130;739;-44;;2;;;;;;;; 0;1; t30;50;675;;;;-45;;0;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;1;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;; ;x;586;10;1;597;;;-49;;1;;;;;;;; ;c;1822;393;27;2242;;;-50;;0;;;;;;;; ;;;;;2839;101;;reste;1;7;;;;;;;; ;;;;;;2940;;total;10;393;;;;;;;; </pre> =====lmo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Construction: remarque sur les nombreux regulatory <pre> autres intercalaires;;lmo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;81661;82617;87;*; ;;tRNA;82705;82777;181;*;aag fin;;CDS;82959;84437;;; deb;;CDS;235524;237020;445;*; ;;rRNA;237466;239020;244;*;1555 ;;rRNA;239265;242195;80;*;2931 ;;rRNA;242276;242385;13;*;110 ;;tRNA;242399;242471;8;*;gta ;;tRNA;242480;242555;41;*;aca ;;tRNA;242597;242669;5;*;aaa ;;tRNA;242675;242756;14;*;cta ;;tRNA;242771;242842;21;*;ggc ;;tRNA;242864;242949;12;*;tta ;;tRNA;242962;243035;10;*;cgt ;;tRNA;243046;243119;19;*;cca ;;tRNA;243139;243214;341;*;gca ;;rRNA;243556;245041;244;*;1486 ;;rRNA;245286;248216;80;*;2931 ;;rRNA;248297;248406;148;*;110 fin;;CDS;248555;249013;;; deb;;CDS;676802;677395;68;*; ;comp;tRNA;677464;677553;940;*;tcg fin;;CDS;678494;679123;;; deb;;CDS;936136;936603;52;*; ;;tRNA;936656;936728;3;*;aac ;;tRNA;936732;936819;382;*;agc fin;;CDS;937202;937594;;; deb;;CDS;939106;939819;197;*; ;;tRNA;940017;940088;27;*;gaa ;;tRNA;940116;940188;127;*;gac fin;;CDS;940316;940696;;; deb;comp;CDS;969549;970496;370;*; ;;tRNA;970867;970937;99;*;gga fin;;CDS;971037;972176;;; deb;;CDS;1266040;1266564;110;*; ;;tRNA;1266675;1266748;366;*;aga fin;;CDS;1267115;1268473;;0; deb;comp;CDS;1739674;1740849;66;*; ;comp;tRNA;1740916;1740987;5;*;gaa ;comp;tRNA;1740993;1741083;34;*;agc ;comp;tRNA;1741118;1741190;6;*;aac ;comp;tRNA;1741197;1741270;25;*;atc ;comp;tRNA;1741296;1741366;23;*;gga ;comp;tRNA;1741390;1741462;28;*;cac ;comp;tRNA;1741491;1741563;4;*;ttc ;comp;tRNA;1741568;1741643;4;*;gac ;comp;tRNA;1741648;1741721;42;*;atgf ;comp;tRNA;1741764;1741853;22;*;tca ;comp;tRNA;1741876;1741949;11;*;atgi ;comp;tRNA;1741961;1742034;42;*;atgj ;comp;tRNA;1742077;1742149;22;*;gca ;comp;tRNA;1742172;1742245;10;*;cca ;comp;tRNA;1742256;1742329;9;*;cgt ;comp;tRNA;1742339;1742424;14;*;tta ;comp;tRNA;1742439;1742513;15;*;ggc ;comp;tRNA;1742529;1742610;5;*;cta ;comp;tRNA;1742616;1742688;41;*;aaa ;comp;tRNA;1742730;1742805;8;*;aca ;comp;tRNA;1742814;1742886;13;*;gta ;comp;rRNA;1742900;1743009;81;*;110 ;comp;rRNA;1743091;1746021;244;*;2931 ;comp;rRNA;1746266;1747811;451;*;1546 fin;comp;CDS;1748263;1748709;;; deb;;CDS;1774991;1775983;128;*; ;;tRNA;1776112;1776183;73;*;cgt fin;comp;CDS;1776257;1776829;;; deb;comp;CDS;1848166;1848690;130;*; ;comp;rRNA;1848821;1848930;81;*;110 ;comp;rRNA;1849012;1851942;244;*;2931 ;comp;rRNA;1852187;1853732;344;*;1546 fin;comp;CDS;1854077;1854682;;0; deb;comp;CDS;2161161;2162054;132;*; ;;tRNA;2162187;2162273;49;*;ctc fin;comp;CDS;2162323;2164011;;; deb;comp;CDS;2213218;2215041;333;*; ;;tRNA;2215375;2215446;157;*;gaa ;;tRNA;2215604;2215677;9;*;acg ;;tRNA;2215687;2215770;11;*;tac ;;tRNA;2215782;2215856;6;*;caa ;;tRNA;2215863;2215935;118;*;aaa fin;comp;CDS;2216054;2216743;;0; deb;comp;CDS;2435023;2436141;351;*; ;comp;tRNA;2436493;2436576;45;*;ttg ;comp;tRNA;2436622;2436695;19;*;tgc ;comp;tRNA;2436715;2436786;5;*;ggc ;comp;tRNA;2436792;2436863;29;*;caa ;comp;tRNA;2436893;2436965;15;*;cac ;comp;tRNA;2436981;2437054;7;*;tgg ;comp;tRNA;2437062;2437145;20;*;tac ;comp;tRNA;2437166;2437238;4;*;ttc ;comp;tRNA;2437243;2437318;6;*;gac ;comp;tRNA;2437325;2437398;21;*;atgf ;comp;tRNA;2437420;2437495;56;*;gta ;comp;tRNA;2437552;2437623;33;*;gaa ;comp;tRNA;2437657;2437745;6;*;tcc ;comp;tRNA;2437752;2437827;14;*;aac ;comp;rRNA;2437842;2437951;80;*;110 ;comp;rRNA;2438032;2440962;172;*;2931 ;comp;tRNA;2441135;2441210;46;*;gca ;comp;tRNA;2441257;2441330;127;*;atc ;comp;rRNA;2441458;2443003;364;*;1546 fin;comp;CDS;2443368;2444126;;; deb;;CDS;2539838;2540173;56;*; ;comp;tRNA;2540230;2540301;119;*;cgg fin;comp;CDS;2540421;2541857;;0; deb;comp;CDS;2671624;2672511;152;*; ;comp;tRNA;2672664;2672736;24;*;acc ;comp;tRNA;2672761;2672836;14;*;aac ;comp;rRNA;2672851;2672960;80;*;110 ;comp;rRNA;2673041;2675971;172;*;2931 ;comp;tRNA;2676144;2676219;46;*;gca ;comp;tRNA;2676266;2676339;127;*;atc ;comp;rRNA;2676467;2678012;289;*;1546 fin;comp;CDS;2678302;2679330;;0; deb;;CDS;2929315;2930340;21;*; ;;tRNA;2930362;2930434;44;*;gtc fin;comp;CDS;2930479;2932473;;; </pre> ====lmo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_blocs|lmo blocs]] <pre> lmo blocs;;;;;;;; Types;;;;;;;; I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2 16s;;244;;244;;16s;244;244 23s;;81;;80;;23s;80;81 5s;;13;;13;;5s;; ;;8;;8;;;; ;;gta;;gta;;;; ;;**20aas;;**8aas;;;; III;;;;;;IV;; 16s;127;127;;;;;; atc;46;46;;;;;; gca;172;172;;;;;; 23s;80;80;;;;;; 5s;14;14;;;;;; ;6;24;;;;;; ;aac;aac;;;;;; ;**13aas;acc;;;;;; Groupes;;;;;;;; ;;;;;;16s;244; ;;;;;I4;23s;80; ;;;;;;5s;13; ;;;;;;gta;8; ;;;;;;**7aas;19; ;;;;;;gca;341; ;;;;;;16s;244; ;;;;;II1;23s;80; ;;;;;;5s;; </pre> ===lam=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_opérons|lam]] <pre> ;Lactobacillus amylovorus strain 30SC;;; 38%GC;30.6.19 Paris;63;doubles;intercal ;447399..448972;16s;@1;125 ;449098..449172;atc;;52 ;449225..449297;gca;;115 ;449413..452324;23s;;68 ;452393..452509;5s;;4 ;452514..452586;gta;;2 ;452589..452661;aaa;;13 ;452675..452756;cta;;23 ;452780..452852;aca;;10 ;452863..452934;ggc;;11 ;452946..453031;tta;;8 ;453040..453113;cgt;;5 ;453119..453192;cca;;29 ;453222..453295;atg;;12 ;453308..453381;atgi;;27 ;453409..453482;atgf;;3 ;453486..453559;gac;;6 ;453566..453638;ttc;;19 ;453658..453728;gga;;5 ;453734..453808;atc;;2 ;453811..453900;agc;; ;;;; ;57091..58664;16s;;125 ;58790..58864;atc;;52 ;58917..58989;gca;;115 ;59105..62016;23s;;68 ;62085..62201;5s;;13 ;62215..62287;aac;; ;;;; ;469566..471139;16s;@2;9 ;471149..471334;cds1; hp 186;-3 ;471332..474243;23s;;68 ;474312..474428;5s;;13 ;474442..474514;aac;; ;;;; comp;1709284..1709374;tcc;;10 comp;1709385..1709457;aac;;13 comp;1709471..1709587;5s;;68 comp;1709656..1712567;23s;;-3 comp;1712565..1712750;cds2;hp 186;9 comp;1712760..1714333;16s;; ;;;; comp;79386..79458;aag;; ;;;; comp;79913..79985;aag;; ;;;; ;193922..193994;acc;; ;;;; comp;210866..210939;ggg;; ;;;; ;287678..287752;ggc;+;111 ;287864..287938;ggc;3 ggc;109 ;288048..288122;ggc;;35 ;288158..288231;ccg;; ;;;; ;457611..457682;gaa;;35 ;457718..457804;tca;;9 ;457814..457887;atgf;;3 ;457891..457964;gac;;6 ;457971..458046;ttc;;4 ;458051..458132;tac;;4 ;458137..458207;tgg;;12 ;458220..458295;cac;;4 ;458300..458371;caa;;23 ;458395..458465;tgc;;40 ;458506..458590;ttg;; ;;;; ;474442..474514;aac;; ;;;; ;507688..507760;acg;; ;;;; ;526886..526957;caa;; ;;;; ;551550..551631;tac;;34 ;551666..551737;caa;; ;;;; ;567329..567416;ctt;; ;;;; ;583327..583413;tca;;6 ;583420..583493;gac;;7 ;583501..583576;cac;;4 ;583581..583653;gta;; ;;;; ;642034..642106;agg;; ;;;; comp;729370..729441;cgg;; ;;;; ;784793..784864;gag;; ;;;; ;917887..917975;tcg;; ;;;; ;1456724..1456800;aga;; ;;;; ;1681218..1681301;ctg;; ;;;; comp;1707998..1708070;gta;;5 comp;1708076..1708147;gaa;; ;;;; ;1987190..1987263;cgt;;8 ;1987272..1987345;cca;; </pre> ===lam blocs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_blocs|lam blocs]] <pre> lam blocs;;;;; 16s;125;1574;16s;9;1574 atc;52;;cds1;-3;62 gca;115;;23s;68;2912 23s;68;2912;5s;13;117 5s;4;117;aac;; gta;;;;; ;;;;; 16s;125;1574;16s;9;1574 atc;52;;cds2;-3;62 gca;115;;23s;68;2912 23s;68;2912;5s;13;117 5s;13;117;aac;; aac;;;;; </pre> ====lam distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_distribution|lam distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; après 5s;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; 3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; tcc;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc; ;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;;aac;;agc;1 >1aa;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1 ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga; ;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1 ;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; ;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;lam;;14;;;;;14;;lam;22;;;;;;22;;lam;3;;;;;;3;;lam;;;;16;;;16 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;; </pre> ====lam données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_données_intercalaires|lam données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;lam;fx;fc;lam;fx40;fc40;lam;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;16;0;2;16;-1;;96;222;163;16s tRNA;; ;0;10;8;202;1;1;30;-2;;0;169;85;2* 133;;atc ;0;20;3;162;2;1;38;-3;;0;114;135;tRNA 23s;; ;0;30;12;70;3;2;28;-4;8;49;118;59;2* 118;;gca 1;1;40;27;36;4;0;13;-5;;0;139;212;5s tRNA;; ;0;50;36;39;5;0;11;-6;;0;71;59;3* 13;;aac 3;3;60;39;55;6;0;13;-7;;1;41;39;4;;gta ;0;70;29;66;7;2;7;-8;;38;76;117;tRNA tRNA;;intra ;0;80;17;56;8;2;16;-9;;0;168;239;2* 52;;atc gca 3;3;90;12;43;9;0;23;-10;1;2;222;88;tRNA tRNA;;contig 1;1;100;29;57;10;0;23;-11;1;20;121;129;2;;gta ;0;110;13;57;11;0;23;-12;;0;337;150;13;;aaa 1;1;120;16;43;12;2;17;-13;;1;57;99;23;;cta 1;1;130;15;34;13;0;16;-14;;12;181;82;10;;aca 1;1;140;14;29;14;0;16;-15;;0;278;58;11;;ggc 1;1;150;19;22;15;0;21;-16;;0;65;;8;;tta ;0;160;18;18;16;0;19;-17;1;9;202;;5;;cgt 1;1;170;16;17;17;1;13;-18;;0;81;;29;;cca ;0;180;13;19;18;0;14;-19;;1;86;;12;;atgj ;0;190;12;24;19;0;11;-20;;9;101;;27;;atgi ;0;200;14;13;20;0;12;-21;;0;71;;3;;atgf ;0;210;10;13;21;0;11;-22;;1;57;;6;;gac 1;1;220;8;9;22;0;8;-23;1;3;33;;19;;ttc ;0;230;7;15;23;3;4;-24;;0;134;;5;;gga 1;1;240;6;15;24;2;10;-25;;3;161;;2;;atc ;0;250;4;9;25;2;7;-26;1;4;141;;**;;agc ;0;260;9;8;26;2;11;-27;;0;107;;10;;tcc ;0;270;5;11;27;0;5;-28;;0;213;;**;;aac ;0;280;5;2;28;0;9;-29;1;3;CDS 16s;;tRNA tRNA;; ;0;290;5;7;29;0;4;-30;;0;562;513;111;;ggc ;0;300;4;7;30;3;1;-31;;1;744;649;112;;ggc ;0;310;7;4;31;4;5;-32;;4;16s 23s;;35;;ggc ;0;320;4;5;32;6;0;-33;;0;2* 203;;**;;ccg ;0;330;2;11;33;5;7;-34;;0;23s 5s;;35;;gaa ;0;340;3;2;34;1;4;-35;;1;4* 69;;9;;tca ;0;350;2;4;35;3;4;-36;;0;;;3;;atgf ;0;360;4;7;36;1;3;-37;;2;;;6;;gac ;0;370;2;4;37;2;6;-38;;1;;;7;;ttc ;0;380;1;7;38;1;2;-39;;0;;;4;;tac ;0;390;4;3;39;0;2;-40;;0;;;12;;tgg ;0;400;0;2;40;4;3;-41;;0;;;7;;cac ;0;reste;27;25;reste;431;762;-42;;0;;;23;;caa 15;15;total;483;1248;total;483;1248;-43;;0;;;40;;tgc 15;15;diagr;454;1207;diagr;50;470;-44;;1;;;**;;ttg 0;0; t30;23;434;;;;-45;;0;;;6;;tca ;;;;;;;;-46;;1;;;7;;gac ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;6;;;4;;cac ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;**;;gta ;x;481;15;2;498;;;-49;;0;;;5;;gta ;c;1232;272;16;1520;;;-50;1;3;;;**;;gaa ;;;;;2018;152;;reste;;0;;;8;;cgt ;;;;;;2170;;total;15;272;;;**;;cca </pre> =====lam autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_autres_intercalaires_aas|lam autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;lam;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;19323;20024;163;*; ;;tRNA;20188;20261;222;*;act fin;;CDS;20484;21764;;; deb;;CDS;56117;56530;562;*; ;;rRNA;57093;58656;133;*;1564 ;;tRNA;58790;58864;52;*;atc ;;tRNA;58917;58989;118;*;gca ;;rRNA;59108;62015;69;*;2908 ;;rRNA;62085;62201;13;*;117 ;;tRNA;62215;62287;85;*;aac fin;comp;CDS;62373;63296;;0; deb;comp;CDS;78479;79216;169;*; ;comp;tRNA;79386;79458;114;*;aag deb;comp;CDS;79573;79794;118;*; ;comp;tRNA;79913;79985;135;*;aag fin;;CDS;80121;80837;;; deb;comp;CDS;108050;109663;110;*; ;comp;regulatory;109774;109947;47;*; fin;comp;CDS;109995;110627;;0; deb;;CDS;193447;193782;139;*; ;;tRNA;193922;193994;71;*;acc fin;;CDS;194066;195379;;; deb;;CDS;210147;210809;59;*; ;comp;tRNA;210869;210939;41;*;ggg fin;comp;CDS;210981;211580;;0; deb;;CDS;213163;213804;53;*; ;;regulatory;213858;214021;76;*; fin;;CDS;214098;216761;;; deb;comp;CDS;243078;243656;73;*; ;comp;regulatory;243730;243827;60;*; fin;comp;CDS;243888;244490;;1; deb;comp;CDS;287010;287465;212;*; ;;tRNA;287678;287752;111;*;ggc ;;tRNA;287864;287935;112;*;ggc ;;tRNA;288048;288122;35;*;ggc ;;tRNA;288158;288231;76;*;ccg fin;;CDS;288308;288763;;; deb;comp;CDS;363306;363677;90;*; ;;misc_f;363768;363889;43;*; fin;;CDS;363933;364445;;; deb;;CDS;366810;367316;45;*; ;;ncRNA;367362;367456;54;*; fin;;CDS;367511;369319;;; deb;comp;CDS;445892;446887;513;*; ;;rRNA;447401;448964;133;*;1564 ;;tRNA;449098;449172;52;*;atc ;;tRNA;449225;449297;118;*;gca ;;rRNA;449416;452323;69;*;2908 ;;rRNA;452393;452509;4;*;117 ;;tRNA;452514;452586;2;*;gta ;;tRNA;452589;452661;13;*;aaa ;;tRNA;452675;452756;23;*;cta ;;tRNA;452780;452852;10;*;aca ;;tRNA;452863;452934;11;*;ggc ;;tRNA;452946;453031;8;*;tta ;;tRNA;453040;453113;5;*;cgt ;;tRNA;453119;453192;29;*;cca ;;tRNA;453222;453295;12;*;atgj ;;tRNA;453308;453381;27;*;atgi ;;tRNA;453409;453482;3;*;atgf ;;tRNA;453486;453559;6;*;gac ;;tRNA;453566;453638;19;*;ttc ;;tRNA;453658;453728;5;*;gga ;;tRNA;453734;453808;2;*;atc ;;tRNA;453811;453900;168;*;agc fin;;CDS;454069;454491;;; deb;;CDS;454491;457388;222;*; ;;tRNA;457611;457682;35;*;gaa ;;tRNA;457718;457804;9;*;tca ;;tRNA;457814;457887;3;*;atgf ;;tRNA;457891;457964;6;*;gac ;;tRNA;457971;458043;7;*;ttc ;;tRNA;458051;458132;4;*;tac ;;tRNA;458137;458207;12;*;tgg ;;tRNA;458220;458292;7;*;cac ;;tRNA;458300;458371;23;*;caa ;;tRNA;458395;458465;40;*;tgc ;;tRNA;458506;458590;121;*;ttg fin;;CDS;458712;459875;;; deb;;CDS;467495;468823;744;*; ;;rRNA;469568;471131;203;*;1564 ;;rRNA;471335;474242;69;*;2908 ;;rRNA;474312;474428;13;*;117 ;;tRNA;474442;474514;337;*;aac fin;;CDS;474852;475862;;; deb;;CDS;507082;507630;57;*; ;;tRNA;507688;507760;59;*;acg fin;comp;CDS;507820;509192;;0; deb;;CDS;526021;526704;181;*; ;;tRNA;526886;526957;278;*;caa fin;;CDS;527236;528015;;; deb;;CDS;528027;528719;574;*; ;;regulatory;529294;529457;80;*; fin;;CDS;529538;532225;;; deb;comp;CDS;546953;548239;77;*; ;comp;regulatory;548317;548377;91;*; fin;comp;CDS;548469;548831;;; deb;;CDS;551035;551484;65;*; ;;tRNA;551550;551631;34;*;tac ;;tRNA;551666;551737;202;*;caa fin;;CDS;551940;553055;;; deb;;CDS;566792;567247;81;*; ;;tRNA;567329;567413;86;*;ctt fin;;CDS;567500;568147;;; deb;;CDS;582725;583225;101;*; ;;tRNA;583327;583413;6;*;tca ;;tRNA;583420;583493;7;*;gac ;;tRNA;583501;583576;4;*;cac ;;tRNA;583581;583653;71;*;gta fin;;CDS;583725;585191;;0; deb;;CDS;606557;608326;26;*; ;;regulatory;608353;608445;50;*; fin;;CDS;608496;609074;;; deb;comp;CDS;609745;610383;156;*; ;;misc_b;610540;610782;243;*; fin;;CDS;611026;611766;;; deb;;CDS;640648;641976;57;*; ;;tRNA;642034;642106;39;*;agg fin;comp;CDS;642146;642334;;0; deb;;CDS;728387;729252;117;*; ;comp;tRNA;729370;729441;239;*;cgg fin;;CDS;729681;730712;;; deb;;CDS;770203;771387;52;*; ;;tmRNA;771440;771806;177;*; fin;;CDS;771984;772877;;; deb;comp;CDS;783691;784704;88;*; ;;tRNA;784793;784864;33;*;gag fin;;CDS;784898;784993;;0; deb;comp;CDS;877491;878846;218;*; ;;regulatory;879065;879235;91;*; fin;;CDS;879327;880637;;; deb;comp;CDS;916780;917757;129;*; ;;tRNA;917887;917975;134;*;tcg fin;;CDS;918110;919498;;; deb;comp;CDS;923642;924574;136;*; ;;misc_b;924711;924950;42;*; fin;;CDS;924993;925847;;; deb;;CDS;982901;983617;27;*; ;;regulatory;983645;983759;77;*; fin;;CDS;983837;984526;;; deb;comp;CDS;1011692;1012501;102;*; ;;regulatory;1012604;1012662;43;*; fin;;CDS;1012706;1013095;;; deb;;CDS;1095103;1095633;116;*; ;;misc_b;1095750;1096001;60;*; fin;;CDS;1096062;1097180;;; deb;;CDS;1152540;1155044;66;*; ;;misc_b;1155111;1155358;64;*; fin;;CDS;1155423;1156802;;; deb;comp;CDS;1212112;1213236;72;*; ;comp;ncRNA;1213309;1213675;26;*; fin;comp;CDS;1213702;1214121;;; deb;;CDS;1322695;1324020;55;*; ;;misc_b;1324076;1324319;57;*; fin;;CDS;1324377;1325738;;0; deb;comp;CDS;1449420;1449731;14;*; ;comp;misc_f;1449746;1449826;68;*; fin;comp;CDS;1449895;1451271;;0; deb;comp;CDS;1455677;1456573;150;*; ;;tRNA;1456724;1456800;99;*;aga fin;comp;CDS;1456900;1458480;;; deb;comp;CDS;1593167;1594216;37;*; ;comp;misc_b;1594254;1594461;38;*; fin;comp;CDS;1594500;1594850;;; deb;comp;CDS;1606331;1606858;26;*; ;comp;misc_f;1606885;1606996;53;*; fin;comp;CDS;1607050;1608747;;; deb;comp;CDS;1679837;1681135;82;*; ;;tRNA;1681218;1681301;161;*; fin;;CDS;1681463;1681780;;;ctg deb;comp;CDS;1706640;1707839;-3;*; ;comp;regulatory;1707837;1707930;67;*; ;comp;tRNA;1707998;1708070;5;*;gta ;comp;tRNA;1708076;1708147;141;*;gaa deb;comp;CDS;1708289;1709176;107;*; ;comp;tRNA;1709284;1709374;10;*;tcc ;comp;tRNA;1709385;1709457;13;*;aac ;;rRNA;1709471;1709587;69;*;117 ;;rRNA;1709657;1712564;203;*;2908 ;;rRNA;1712768;1714331;649;*;1564 fin;comp;CDS;1714981;1716288;;; deb;comp;CDS;1765715;1766362;152;*; ;comp;misc_b;1766515;1766748;43;*; fin;comp;CDS;1766792;1769098;;0; deb;;CDS;1985984;1986976;213;*; ;;tRNA;1987190;1987263;8;*;cgt ;;tRNA;1987272;1987345;58;*;cca deb;comp;CDS;1987404;1988462;121;*; ;;misc_b;1988584;1988828;71;*; fin;;CDS;1988900;1989913;;0; deb;;CDS;2017560;2019416;56;*; ;;misc_f;2019473;2019530;40;*; fin;;CDS;2019571;2020740;;; deb;;CDS;2039362;2040669;131;*; ;;regulatory;2040801;2040898;72;*; fin;;CDS;2040971;2042281;;; deb;;CDS;2043158;2043412;56;*; ;;misc_b;2043469;2043702;76;*; fin;;CDS;2043779;2045407;;0; </pre> ===ppm=== ====opérons==== =====ppm chromosome===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm opérons|ppm opérons]] *Chromosome<br> <pre> 45.5%GC;26.7.19 Paris;16s 13;110;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;; ;10545..11633;;CDS;;327;327;;;363; ;11961..13519;;16s;;280;;;;; ;13800..16728;;23s;;143;;;;; ;16872..16988;;5s;;232;232;;;;232 ;17221..17640;;CDS;;93 855;;;;140; ;;;;;;;;;; comp;111496..112530;;CDS;;616;;;;345; ;113147..114705;;16s;;207;;;;; ;114913..117843;;23s;;76;;;;; ;117920..118036;;5s;;343;343;;;; ;118380..119837;;CDS;;3 348;;;;486; ;;;;;;;;;; ;123186..124469;;CDS;;90;90;;;428;90 ;124560..124648;;tca;;145;145;;;; ;124794..125135;;CDS;;55 592;;;;114; ;;;;;;;;;; ;180728..181003;;CDS;;412;;;;92; ;181416..182974;;16s;;108;;;;; ;183083..183199;;5s;@1;39;;;;; ;183239..183315;;atc;;20;;;20;; ;183336..183411;;gca;;128;;;;; ;183540..186468;;23s;;130;;;;; ;186599..186690;;agc;;28;;;28;; ;186719..186795;;atgj;;10;;;10;; ;186806..186881;;gta;;4;;;4;; ;186886..186961;;aca;;19;;;19;; ;186981..187057;;gac;;77;;;77;; ;187135..187210;;ttc;;6;;;6;; ;187217..187302;;tac;;7;;;7;; ;187310..187385;;aaa;;154;154;;;;154 ;187540..188682;;CDS;;24 062;;;;381; ;;;;;;;;;; comp;212745..213341;;CDS;;211;211;;;199;211 comp;213553..213624;;cgg;;259;259;;;; ;213884..214921;;CDS;;238 832;;;;346; ;;;;;;;;;; ;453754..455364;;CDS;;392;;;;537; ;455757..457315;;16s;;207;;;;; ;457523..460453;;23s;;76;;;;; ;460530..460646;;5s;;34;;;;; ;460681..460757;;atc;;22;;;22;; ;460780..460855;;gca;;4;;;4;; ;460860..460935;;aac;;34;;;34;; ;460970..461043;;atgj;;3;;;3;; ;461047..461138;;agc;;31;;;31;; ;461170..461241;;gaa;;6;;;6;; ;461248..461323;;gta;;10;;;10;; ;461334..461407;;atgf;;25;;;25;; ;461433..461509;;gac;;50;;;50;; ;461560..461635;;ttc;;22;;;22;; ;461658..461733;;aca;;5;;;5;; ;461739..461824;;tac;;16;;;16;; ;461841..461913;;cac;;18;;;18;; ;461932..462006;;caa;;4;;;4;; ;462011..462086;;aaa;;15;;;15;; ;462102..462189;;ctg;;6;;;6;; ;462196..462270;;ggc;;10;;;10;; ;462281..462351;;tgc;;26;;;26;; ;462378..462454;;cgt;;22;;;22;; ;462477..462550;;cca;;9;;;9;; ;462560..462630;;gga;;204;204;;;;204 comp;462835..463938;;CDS;;1 537;;;;368; ;;;;;;;;;; ;465476..466216;;CDS;;524;;;;247; ;466741..468299;;16s;;207;;;;; ;468507..471434;;23s;;76;;;;; ;471511..471627;;5s;;629;;;;; ;472257..473588;;CDS;;103 459;;;;444; ;;;;;;;;;; ;577048..577794;;CDS;;1 116;;;;249; ;578911..580469;;16s;;207;;;;; ;580677..583607;;23s;;76;;;;; ;583684..583800;;5s;;82;;;;; ;583883..583958;;gca;;4;;;4;; ;583963..584038;;aac;;3;;;3;; ;584042..584133;;tcc;;19;;;19;; ;584153..584224;;gaa;;9;;;9;; ;584234..584309;;gta;;29;;;29;; ;584339..584412;;atgf;;25;;;25;; ;584438..584514;;gac;;13;;;13;; ;584528..584603;;aca;;4;;;4;; ;584608..584693;;tac;;102;;;102;; ;584796..584870;;caa;;4;;;4;; ;584875..584950;;aaa;;12;;;12;; ;584963..585043;;cta;;10;;;10;; ;585054..585128;;ggc;;5;;;5;; ;585134..585210;;cgt;;12;;;12;; ;585223..585302;;ttg;;7;;;7;; ;585310..585386;;cca;;7;;;7;; ;585394..585464;;gga;;1 133;;;;; ;586598..587560;;CDS;;22 016;;;;321; ;;;;;;;;;; ;609577..609924;;CDS;;73;73;;;116;73 ;609998..610069;;acg;;1 613;;;;; comp;611683..612030;;CDS;;140 810;;;;116; ;;;;;;;;;; ;752841..754124;;CDS;;611;;;;428; ;754736..756294;;16s;;208;;;;; ;756503..759431;;23s;;75;;;;; ;759507..759623;;5s;;183;183;;;;183 comp;759807..760232;;CDS;;173 078;;;;142; ;;;;;;;;;; ;933311..934681;;CDS;;449;;;;457; ;935131..936689;;16s;;221;;;;; ;936911..939839;;23s;;76;;;;; ;939916..940032;;5s;;216;216;;;;216 ;940249..941241;;CDS;;521 183;;;;331; ;;;;;;;;;; ;1462425..1462937;;CDS;;44;44;;;171;44 ;1462982..1463057;;aac;;1;;1;;; ;1463059..1463147;;agc;;122;122;;;; comp;1463270..1464145;;CDS;;74;;;;292; ;;;;;;;;;; comp;1464220..1464981;;CDS;;246;246;;;254; ;1465228..1465299;;gaa;;86;;86;;; ;1465386..1465461;;aaa;;15;;15;;; ;1465477..1465562;;ctc;;162;162;;;;162 ;1465725..1466180;;CDS;;1 667;;;;152; ;;;;;;;;;; comp;1467848..1468585;;CDS;;262;262;;;246; ;1468848..1468930;;ctc;;148;148;;;;148 comp;1469079..1469564;;CDS;;112 990;;;;162; ;;;;;;;;;; ;1582555..1583361;;CDS;;490;;;;269; ;1583852..1583925;;ccc;;244;244;;;; comp;1584170..1585441;;CDS;;32 099;;;;424; ;;;;;;;;;; ;1617541..1619682;;CDS;;107;107;;;714;107 ;1619790..1619860;;gga;;265;265;;;; ;1620126..1621163;;CDS;;254 529;;;;346; ;;;;;;;;;; ;1875693..1876160;;CDS;;129;129;;;156;129 ;1876290..1876365;;gcc;;11;;11;;; ;1876377..1876449;;aag;;520;;;;; comp;1876970..1877974;;CDS;;55 215;;;;335; ;;;;;;;;;; comp;1933190..1933630;;CDS;;381;;;;147; ;1934012..1934096;;ctg;;91;91;;;;91 comp;1934188..1934718;;CDS;;74 847;;;;177; ;;;;;;;;;; comp;2009566..2010102;;CDS;;222;222;;;179; ;2010325..2010409;;ctg;;213;213;;;; ;2010623..2011135;;CDS;;432 608;;;;171; ;;;;;;;;;; ;2443744..2448333;;CDS;;540;;;;1530; ;2448874..2450432;;16s;;400;;;;; ;2450833..2453761;;23s;;143;;;;; ;2453905..2454021;;5s;;236;236;;;;236 comp;2454258..2455367;;CDS;;186 804;;;;370; ;;;;;;;;;; ;2642172..2643329;;CDS;;426;;;;386; ;2643756..2645314;;16s;;343;;;;; ;2645658..2648586;;23s;;144;;;;; ;2648731..2648847;;5s;;156;156;;;;156 ;2649004..2649228;;CDS;;884 577;;;;75; ;;;;;;;;;; comp;3533806..3534249;;CDS;;139;139;;;148;139 ;3534389..3534460;;gtc;;279;279;;;; comp;3534740..3535069;;CDS;;103 837;;;;110; ;;;;;;;;;; ;3638907..3639338;;CDS;;728;;;;144; comp;3640067..3640152;;tta;;249;249;;;;249 ;3640402..3640560;;CDS;;28 092;;;;53; ;;;;;;;;;; ;3668653..3669450;;CDS;;247;247;;;266; comp;3669698..3669766;;atg;;267;267;;;; comp;3670034..3670234;;CDS;;54 456;;;;67; ;;;;;;;;;; ;3724691..3725086;;CDS;;122;122;;;132;122 comp;3725209..3725282;;atgi;;435;;;;; comp;3725718..3726359;;CDS;;612 148;;;;214; ;;;;;;;;;; comp;4338508..4339209;;CDS;;107;107;;;234;107 comp;4339317..4339390;;cca;;7;;;7;; comp;4339398..4339477;;ttg;;12;;;12;; comp;4339490..4339566;;cgt;;5;;;5;; comp;4339572..4339646;;ggc;;35;;;35;; comp;4339682..4339757;;aaa;;28;;;28;; comp;4339786..4339862;;gac;;26;;;26;; comp;4339889..4339965;;atgf;;30;;;30;; comp;4339996..4340071;;gta;;9;;;9;; comp;4340081..4340152;;gaa;;17;;;17;; comp;4340170..4340261;;tcc;;3;;;3;; comp;4340265..4340340;;aac;;18;;;;; comp;4340359..4340475;;5s;;76;;;;; comp;4340552..4343482;;23s;;400;;;;; comp;4343883..4345441;;16s;;493;;;;; comp;4345935..4347563;;CDS;;46 596;;;;543; ;;;;;;;;;; comp;4394160..4395092;;CDS;;238;238;;;311; ;4395331..4395404;;aga;;214;214;;;; ;4395619..4396383;;CDS;;49 894;;;;255; ;;;;;;;;;; ;4446278..4447621;;CDS;;207;207;;;448; comp;4447829..4447902;;aga;;174;174;;;; ;4448077..4448370;;CDS;;256 556;;;;98; ;;;;;;;;;; ;4704927..4705187;;CDS;;361;;;;87; comp;4705549..4705627;;ttg;;11;;11;;; comp;4705639..4705713;;tgc;;11;;11;;; comp;4705725..4705796;;ggc;;6;;6;;; comp;4705803..4705877;;caa;;9;;9;;; comp;4705887..4705959;;cac;;17;;17;;; comp;4705977..4706050;;tgg;;7;;7;;; comp;4706058..4706143;;tac;;4;;4;;; comp;4706148..4706223;;aca;;22;;22;;; comp;4706246..4706318;;ttc;;35;;35;;; comp;4706354..4706430;;gac;;15;;15;;; comp;4706446..4706522;;atgf;;25;;25;;; comp;4706548..4706623;;gta;;58;;58;;; comp;4706682..4706753;;gaa;;17;;17;;; comp;4706771..4706862;;tcc;;3;;3;;; comp;4706866..4706941;;aac;;326;326;;;; comp;4707268..4707597;;CDS;;279 544;;;;110; ;;;;;;;;;; comp;4987142..4989934;;CDS;;726;;;;931; comp;4990661..4990731;;gga;;9;;;9;; comp;4990741..4990814;;cca;;22;;;22;; comp;4990837..4990913;;cgt;;5;;;5;; comp;4990919..4990993;;ggc;;10;;;10;; comp;4991004..4991084;;cta;;11;;;11;; comp;4991096..4991171;;aaa;;4;;;4;; comp;4991176..4991250;;caa;;55;;;55;; comp;4991306..4991381;;gta;;11;;;11;; comp;4991393..4991464;;gaa;;11;;;11;; comp;4991476..4991548;;acc;;3;;;3;; comp;4991552..4991627;;aac;;18;;;;; comp;4991646..4991762;;5s;;76;;;;; comp;4991839..4994768;;23s;;129;;;;; comp;4994898..4994973;;gca;;20;;;20;; comp;4994994..4995070;;atc;;38;;;;; comp;4995109..4995225;;5s;;93;;;;; comp;4995319..4996877;;16s;;367;;;;; comp;4997245..4997475;;CDS;;60 140;;;;77; ;;;;;;;;;; comp;5057616..5058803;;CDS;;163;163;;;396;163 comp;5058967..5059083;;5s;;76;;;;; comp;5059160..5062089;;23s;;185;;;;; comp;5062275..5062350;;gca;;89;;;;; comp;5062440..5063998;;16s;;380;;;;; comp;5064379..5066394;;CDS;;647 899;;;;672; ;;;;;;;;;; ;5714294..5714611;;CDS;;206;206;;;106; comp;5714818..5714908;;tcg;;77;77;;;;77 comp;5714986..5715210;;CDS;;;;;;75; </pre> =====ppm plasmide===== *Plasmide<br> <pre> plasmide;pSC2;37.6%GC;51;;;;;;; ;;;;;;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé ;3920..4174;;CDS;;536;536;;;85; ;4711..4803;;agc;+;5;;5;;; ;4809..4883;;tgc;3 aac;63;;63;;; ;4947..5021;;gaa;2 atc;7;;7;;; ;5029..5105;;ctt;2 caa;6;;6;;; ;5112..5186;;cca;2 cca;101;;101;;; ;5288..5361;;tgg;2 cga;4;;4;;; ;5366..5444;;tac;2 gaa;4;;4;;; ;5449..5522;;caa;2 tac;6;;6;;; ;5529..5605;;cac;3 tgg;5;;5;;; ;5611..5686;;gac;;125;;125;;; ;5812..5887;;gga;;10;;10;;; ;5898..5973;;aac;@1;4;;4;;; ;5978..6066;;tac;ctt;9;;9;;; ;6076..6153;;ata;ata;4;;4;;; ;6158..6231;;caa;;4;;4;;; ;6236..6311;;atgi;;5;;5;;; ;6317..6392;;aac;;4;;4;;; ;6397..6470;;tgg;;131;;131;;; ;6602..6678;;gaa;;5;;5;;; ;6684..6757;;ggc;;55;;55;;; ;6813..6885;;ttc;;22;;22;;; ;6908..6983;;cga;;4;;4;;; ;6988..7065;;cca;;5;;5;;; ;7071..7155;;ttg;;5;;5;;; ;7161..7235;;atc;;5;;5;;; ;7241..7317;;atgf;;5;;5;;; ;7323..7398;;gca;;109;;109;;; ;7508..7584;;cga;;3;;3;;; ;7588..7668;;cta;;13;;13;;; ;7682..7758;;atc;;8;;8;;; ;7767..7841;;aac;;4;;4;;; ;7846..7919;;tgg;;33;33;;;;33 ;7953..8324;;CDS;@4;-24;-24;;;124; ;8301..8378;;gac;;8;;8;;; ;8387..8473;;tac;;86;;86;;; ;8560..8632;;aaa;;14;;14;;; ;8647..8720;;gga;;4;;4;;; ;8725..8800;;ttc;;7;;7;;; ;8808..8882;;acg;@2;100;100;;;; comp;8983..9600;;CDS;acg;89;89;;;206; ;9690..9771;;tta;;3;;3;;; ;9775..9849;;aca;;35;35;;;;35 comp;9885..10169;;CDS;;150;;;;95; ;;;;;;;;;; comp;10320..10622;;CDS;;116;116;;;101; ;10739..10813;;aca;;18;18;;;;18 comp;10832..11146;;CDS;;216;;;;105; ;;;;;;;;;; comp;11363..11599;;CDS;;94;94;;;79;94 ;11694..11768;;aga;;103;103;;;; ;11872..12312;;CDS;;195;;;;147; ;;;;;;;;;; comp;12508..12756;;CDS;;293;293;;;83; ;13050..13126;;atc;;72;72;;;;72 ;13199..14083;;CDS;;226;226;;;295; ;;;;;;;;;; ;14310..14385;;tcg;+;8;;8;;; ;14394..14481;;tcc;2 tcg;7;;7;;; ;14489..14563;;ctt;@3;3;;3;;; ;14567..14654;;tcg;tcg;5;;5;;; ;14660..14751;;tca;ctt;119;119;;;;119 ;14871..15080;;CDS;;212044;;;;70; ;;;;;;;;;; comp;227125..227388;;CDS;;444;444;;;88; comp;227833..227903;;gga;;248;248;;;;248 comp;228152..228391;;CDS;;1401;;;;80; ;;;;;;;;;; comp;229793..229999;;CDS;;24;24;;;69;24 comp;230024..230108;;tca;;289;289;;;; comp;230398..230640;;CDS;;231;;;;81; ;;;;;;;;;; comp;230872..231393;;CDS;;161;161;;;174;161 comp;231555..231640;;tta;;977;977;;;; ;232618..233067;;CDS;;277050;;;;150; ;510118..1;;;;;;;;; </pre> =====ppm plasmide MAJ===== <pre> plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2 MAJ;;;plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2;;; 23.10.19 Tanger;;;;;;26.7.19 Paris;;;; ;;49 aas;doubles;intercalaires;;;;51 aas;doubles;intercalaires 3920..4174;;cds hp;;;;3920..4174;;CDS;;536 4711..4803;;agc;+;;;4711..4803;;agc;+;5 4809..4883;;tgc;3 aac;;;4809..4883;;tgc;3 aac;63 4947..5021;;gaa;2 atc;;;4947..5021;;gaa;2 atc;7 5029..5105;;ctt;2 cca;;;5029..5105;;ctt;2 caa;6 5112..5186;;cca;2 cga;;;5112..5186;;cca;2 cca;101 5288..5361;;tgg;2 gaa;;;5288..5361;;tgg;2 cga;4 5366..5441;;tat;3 tgg;7;;5366..5444;;tac;2 gaa;4 5449..5522;;caa;;;;5449..5522;;caa;2 tac;6 5529..5605;;cac;;;;5529..5605;;cac;3 tgg;5 5611..5686;;gac;;;;5611..5686;;gac;;125 5812..5887;;gga;;;;5812..5887;;gga;;10 5898..5973;;aac;@1;;;5898..5973;;aac;@1;4 5978..6066;;tac;ctt;;;5978..6066;;tac;ctt;9 6076..6153;;ata;ata;82;;6076..6153;;ata;ata;4 ;;****;tat;;;6158..6231;;caa;;4 6236..6311;;atgi;;;;6236..6311;;atgi;;5 6317..6392;;aac;;;;6317..6392;;aac;;4 6397..6470;;tgg;;;;6397..6470;;tgg;;131 6602..6678;;gaa;;;;6602..6678;;gaa;;5 6684..6757;;ggc;;;;6684..6757;;ggc;;55 6813..6885;;ttc;;;;6813..6885;;ttc;;22 6908..6980;;cga;;7;;6908..6983;;cga;;4 6988..7065;;cca;;;;6988..7065;;cca;;5 7071..7155;;ttg;;;;7071..7155;;ttg;;5 7161..7235;;atc;;4;;7161..7235;;atc;;5 7240..7317;;atgf;;;;7241..7317;;atgf;;5 7323..7398;;gca;;;;7323..7398;;gca;;109 7508..7584;;cga;;;;7508..7584;;cga;;3 7588..7668;;cta;;;;7588..7668;;cta;;13 7682..7758;;atc;;;;7682..7758;;atc;;8 7767..7841;;aac;;;;7767..7841;;aac;;4 7846..7919;;tgg;;;;7846..7919;;tgg;;33 7953..8324;;cds hp;;;;7953..8324;;CDS;@4;-24 8301..8378;;gac;;;;8301..8378;;gac;;8 8387..8473;;tac;;;;8387..8473;;tac;;86 8560..8632;;aaa;;;;8560..8632;;aaa;;14 8647..8720;;gga;;;;8647..8720;;gga;;4 8725..8800;;ttc;;;;8725..8800;;ttc;;7 8808..8882;;acg;@2;;;8808..8882;;acg;@2;100 8983..9600;;cds hp;acg;;comp;8983..9600;;CDS;acg;89 9690..9771;;tta;;;;9690..9771;;tta;;3 9775..9849;;aca;;;;9775..9849;;aca;;35 9885..10169;;cds hp;;;comp;9885..10169;;CDS;;150 ;;;;;;;;;; 10320..10622;;cds hp;;;comp;10320..10622;;CDS;;116 10739..10813;;aca;;;;10739..10813;;aca;;18 10832..11146;;cds hp;;;comp;10832..11146;;CDS;;216 ;;;;;;;;;; 11363..11599;;cds hp;;;comp;11363..11599;;CDS;;94 11694..11765;;aga;;85;;11694..11768;;aga;;103 11851..12312;;cds rev-trans;;;;11872..12312;;CDS;;195 ;;;;;;;;;; 12508..12756;;cds trans-rg;;442;comp;12508..12756;;CDS;;293 ****;;****;;;;13050..13126;;atc;;72 13199..14083;;cds hp;;;;13199..14083;;CDS;;226 ;;;;;;;;;; 14310..14385;;tcg;+;;;14310..14385;;tcg;+;8 14394..14481;;tcc;2 tcg;;;14394..14481;;tcc;2 tcg;7 14489..14560;;ctt;@3;6;;14489..14563;;ctt;@3;3 14567..14654;;tcg;tcg;;;14567..14654;;tcg;tcg;5 14660..14751;;tca;ctt;;;14660..14751;;tca;ctt;119 14871..15080;;cds hp;;;;14871..15080;;CDS;;212044 ;;;;;;;;;; 227125..227388;;cds hp;;;comp;227125..227388;;CDS;;444 227833..227903;;gga;;;comp;227833..227903;;gga;;248 228152..228391;;cds hp;;;comp;228152..228391;;CDS;;1401 ;;;;;;;;;; 229793..229999;;cds hp;;;comp;229793..229999;;CDS;;24 230024..230108;;tca;;783;comp;230024..230108;;tca;;289 ****;;****;;;comp;230398..230640;;CDS;;231 ;;;;;;;;;; 230872..231393;;;cds hp;;comp;230872..231393;;CDS;;161 231558..231640;;tta;;;comp;231555..231640;;tta;;977 232618..233067;;cds hp;;;;232618..233067;;CDS;;277050 510118..1;;;;;;510118..1;;;; </pre> ====ppm cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_cumuls|ppm cumuls]] *Chromosome<br> <pre> Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; ;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;; ;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd avec rRNA;opérons;13;1;1;0;1;0;100;8;5;40;0 ;16 23 5s 0;7;20;12;46;50;1;200;20;17;60;1 ;16 5 atc gca;2;40;3;15;100;4;300;10;6;80;2 ;16 23 5s a;3;60;1;2;150;8;400;13;9;100;2 ;max a;21;80;0;1;200;6;500;7;4;120;2 ;a doubles;0;100;1;0;250;15;600;2;0;140;3 ;16 gca 23 5s ;1;120;0;1;300;5;700;1;0;160;3 ;total aas;73;140;0;0;350;3;800;1;1;180;2 sans ;opérons;19;160;0;0;400;5;900;0;0;200;1 ;1 aa;15;180;0;0;450;4;1000;1;0;220;3 ;max a;15;200;0;0;500;2;1100;0;0;240;2 ;a doubles;0;;0;0;;11;;1;0;;1 ;total aas;37;;18;65;;64;;64;42;;22 total aas;;110;moyenne;20;17;;193;;292;229;;150 remarques;;1;variance;21;17;;73;;234;123;;58 jaune;;;;;;;sans;;;sans;; </pre> *Plasmide<br> <pre> Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;; plasmide;;;;;;;;;;;; ;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;; ;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd avec rRNA;opérons;0;1;0;;1;1;60;0;;40;4 ;16 23 5s 0;;20;33;;50;4;80;4;;60;0 ;16 5 atc gca;;40;1;;100;4;100;5;;80;1 ;16 23 5s a;;60;1;;150;3;120;2;;100;1 ;max a;;80;1;;200;1;140;1;;120;1 ;a doubles;;100;1;;250;2;160;2;;140;0 ;16 gca 23 5s ;;120;2;;300;2;180;1;;160;0 ;total aas;;140;2;;350;0;200;0;;180;1 sans ;opérons;10;160;0;;400;0;220;1;;200;0 ;1 aa;6;180;0;;450;1;240;0;;220;0 ;max a;32;200;0;;500;0;260;0;;240;0 ;a doubles;2;;0;;;2;;1;;;1 ;total aas;51;;41;;;20;;17;;;9 total aas;;51;moyenne;6;;;126;;102;;;89 remarques;;3;variance;3;;;92;;32;;;77 ;jaune;;;sans;;;sans;;sans;;; </pre> ====ppm blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_blocs|ppm blocs]] <pre> ppm blocs;;;;;;; cds;392;;cds;1116;;cds;493 $16s;207;;$16s;207;;$16s;400 $23s;76;;$23s;76;;$23s;76 $5s;34;;$5s;82;;$5s;18 atc;22;;gca;4;;aac;3 19aas;*;;15aas;*;;9aas;* gga;'''204’;;gga;1133;;cca;107 cds;;;cds;;;cds; ;;;;;;; cds;367;;cds;412;;cds;380 $16s;93;;$16s;108;;$16s;89 $5s;38;;$5s;39;;gca;185 atc;20;;atc;20;;$23s;76 gca;129;;gca;128;;$5s;163 $23s;76;;$23s;130;;cds; $5s;18;;agc;28;;; aac;3;;6aas;*;;; 9aas;*;;aaa;154;;; gga;726;;cds;;;; cds;;;;;;; ;;;;;;; cds;327;'''616’;524;611;449;540;426 $16s;280;207;207;208;221;400;343 $23s;143;76;76;75;76;143;144 $5s;232;343;629;'''183’;216;'''236’;156 cds;;;;;;; ;;;;;;; $5s;constant;39 aas;117 pbs;;;; </pre> ====ppm distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_distribution|ppm distribution]] *Chromosome <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;2;tac;3;tgc;1 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;4;agc;2 ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;4 gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;4 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;5;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;2;gaa;4;gga;3 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;;;;;;;;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ppm;;15;;;;;15;;ppm;22;;;;;;22;;;;;;;;;;;ppm;;;;68;;;68 </pre> *Plasmide <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;3;tgc;1 atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;3;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;2 gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;2;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ppm;;6;;;;;6;;ppm;45;;;;;;45 </pre> ====ppm données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_données_intercalaires|ppm données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ppm;fx;fc;ppm;fx40;fc40;ppm;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;19;0;0;19;-1;0;59;90;259;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;16;226;1;0;46;-2;0;0;145;204;98;;gca;28;;agc;7;;cca ;0;20;20;240;2;2;33;-3;0;0;157;94;tRNA 23s;;;10;;atgj;12;;ttg ;0;30;11;212;3;0;22;-4;7;229;226;122;129;;gca;4;;gta;5;;cgt ;0;40;16;141;4;2;28;-5;0;0;1133;246;130;;gca;19;;aca;38;;ggc ;1;50;22;136;5;4;25;-6;0;0;73;262;186;;gca;77;;gac;28;;aaa ;0;60;16;103;6;3;17;-7;0;6;44;148;5s tRNA;;;9;;ttc;26;;gac ;0;70;33;103;7;0;14;-8;2;76;165;130;39;;atc;7;;tac;30;;atgf ;2;80;46;105;8;3;12;-9;1;0;107;244;34;;atc;**;;aaa;9;;gta ;1;90;60;114;9;0;13;-10;1;4;265;520;82;;gca;22;;atc;17;;gaa 2;0;100;49;98;10;2;16;-11;2;27;129;381;2* 18;;aac;4;;gca;3;;tcc ;2;110;51;110;11;3;12;-12;1;0;213;91;38;;atc;34;;aac;**;;aac ;0;120;58;96;12;2;31;-13;1;1;270;222;23s tRNA;;;3;;atgj;9;;gga 3;2;130;54;91;13;2;25;-14;0;22;123;139;131;;agc;31;;agc;22;;cca 1;0;140;45;93;14;2;30;-15;0;0;107;279;tRNA tRNA;;intra;6;;gaa;5;;cgt 1;1;150;53;69;15;2;23;-16;1;1;214;504;2* 20;;atc gca;10;;gta;10;;ggc ;1;160;43;87;16;2;29;-17;1;18;1861;249;tRNA tRNA;;;25;;atgf;11;;cta ;1;170;40;88;17;3;21;-18;0;0;2208;247;1;;aac;50;;gac;4;;aaa 1;0;180;29;79;18;1;22;-19;0;1;726;122;**;;agc;25;;ttc;55;;caa ;0;190;32;84;19;1;21;-20;1;15;77;238;86;;gaa;5;;aca;11;;gta ;0;200;35;74;20;2;26;-21;0;0;;207;15;;aaa;16;;tac;11;;gaa 3;0;210;40;54;21;1;20;-22;0;1;;174;**;;ctc;18;;cac;3;;acc ;2;220;35;56;22;0;21;-23;0;11;;206;11;;gcc;4;;caa;**;;aac 1;1;230;36;62;23;1;22;-24;0;1;CDS 16s;;**;;aag;15;;aaa;;; 1;0;240;28;45;24;0;19;-25;0;5;323;612;11;;ttg;6;;ctg;;; 4;0;250;37;44;25;3;16;-26;1;10;408;570;11;;tgc;10;;ggc;;; 1;0;260;16;36;26;0;24;-27;0;0;388;;6;;ggc;26;;tgc;;; 1;2;270;22;28;27;2;25;-28;0;1;520;;9;;caa;22;;cgt;;; 1;0;280;28;44;28;4;20;-29;0;6;607;;17;;cac;9;;cca;;; ;0;290;19;28;29;0;21;-30;0;0;445;;7;;tgg;**;;gga;;; ;0;300;20;22;30;0;24;-31;0;0;536;;4;;tac;4;;gca;;; ;0;310;15;23;31;3;14;-32;2;3;422;;22;;aca;3;;aac;;; ;0;320;14;20;32;1;19;-33;1;0;489;;35;;ttc;19;;tcc;;; ;0;330;10;21;33;2;16;-34;0;1;363;;15;;gac;9;;gaa;;; ;0;340;14;15;34;0;15;-35;0;4;376;;25;;atgf;29;;gta;;; ;0;350;12;22;35;1;14;-36;0;0;16s 23s;;58;;gta;25;;atgf;;; ;0;360;11;20;36;0;20;-37;0;0;290;;17;;gaa;13;;gac;;; ;0;370;11;8;37;2;8;-38;1;1;4* 217;;3;;tcc;4;;aca;;; ;0;380;6;14;38;3;14;-39;0;0;218;;**;;aac;102;;tac;;; 1;0;390;4;18;39;3;12;-40;0;2;231;;;;;4;;caa;;; ;0;400;9;7;40;1;9;-41;1;2;2* 410;;;;;12;;aaa;;; 2;4;reste;151;221;reste;1196;2338;-42;0;0;353;;;;;10;;cta;;; 23;20;total;1267;3176;total;1259;3176;-43;0;0;23s 5s;;;;;5;;ggc;;; 21;16;diagr;1116;2936;diagr;63;819;-44;0;4;6* 77;;;;;12;;cgt;;; 0;0; t30;47;678;;;;-45;1;0;3* 78;;;;;7;;ttg;;; ;;;;;;;;-46;0;0;144;;;;;7;;cca;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;2* 145;;;;;**;;gga;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;16s 5s;;;;;;;;;; ;x;1267;29;0;1296;;;-49;0;1;117;;;;;;;;;; ;c;3157;523;19;3699;;;-50;0;2;102;;;;;;;;;; ;;;;;4995;190;;reste;3;7;5s CDS;;;;;;;;;; ;;;;;;5185;;total;29;523;232;176;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;343;183;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;216;236;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;383;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;163;;;;;;;;;; </pre> =====ppm autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_autres_intercalaires_aas|ppm autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;ppm;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;10545;11633;323;*; ;;rRNA;11957;13510;290;*;1554 ;;rRNA;13801;16726;145;*;2926 ;;rRNA;16872;16988;232;*;117 fin;;CDS;17221;17640;;0; deb;comp;CDS;111496;112530;612;*; ;;rRNA;113143;114696;217;*;1554 ;;rRNA;114914;117842;77;*;2929 ;;rRNA;117920;118036;343;*;117 fin;;CDS;118380;119837;;; deb;;CDS;123186;124469;90;*; ;;tRNA;124560;124648;145;*;tca fin;;CDS;124794;125135;;; deb;;CDS;176747;176944;111;*; ;;ncRNA;177056;177322;155;*; fin;;CDS;177478;179229;;; deb;;CDS;180728;181003;408;*; ;;rRNA;181412;182965;117;*;1554 ;;rRNA;183083;183199;39;*;117 ;;tRNA;183239;183315;20;*;atc ;;tRNA;183336;183411;129;*;gca ;;rRNA;183541;186467;131;*;2927 ;;tRNA;186599;186690;28;*;agc ;;tRNA;186719;186795;10;*;atgj ;;tRNA;186806;186881;4;*;gta ;;tRNA;186886;186961;19;*;aca ;;tRNA;186981;187057;77;*;gac ;;tRNA;187135;187207;9;*;ttc ;;tRNA;187217;187302;7;*;tac ;;tRNA;187310;187382;157;*;aaa fin;;CDS;187540;188682;;; deb;comp;CDS;212745;213326;226;*; ;comp;tRNA;213553;213624;259;*;cgg fin;;CDS;213884;214921;;; deb;;CDS;224658;225137;255;*; ;;tmRNA;225393;225757;618;*; fin;;CDS;226376;227050;;; deb;;CDS;453754;455364;388;*; ;;rRNA;455753;457306;217;*;1554 ;;rRNA;457524;460452;77;*;2929 ;;rRNA;460530;460646;34;*;117 ;;tRNA;460681;460757;22;*;atc ;;tRNA;460780;460855;4;*;gca ;;tRNA;460860;460935;34;*;aac ;;tRNA;460970;461043;3;*;atgj ;;tRNA;461047;461138;31;*;agc ;;tRNA;461170;461241;6;*;gaa ;;tRNA;461248;461323;10;*;gta ;;tRNA;461334;461407;25;*;atgf ;;tRNA;461433;461509;50;*;gac ;;tRNA;461560;461632;25;*;ttc ;;tRNA;461658;461733;5;*;aca ;;tRNA;461739;461824;16;*;tac ;;tRNA;461841;461913;18;*;cac ;;tRNA;461932;462006;4;*;caa ;;tRNA;462011;462086;15;*;aaa ;;tRNA;462102;462189;6;*;ctg ;;tRNA;462196;462270;10;*;ggc ;;tRNA;462281;462351;26;*;tgc ;;tRNA;462378;462454;22;*;cgt ;;tRNA;462477;462550;9;*;cca ;;tRNA;462560;462630;204;*;gga fin;comp;CDS;462835;463938;;; deb;;CDS;465476;466216;520;*; ;;rRNA;466737;468290;217;*;1554 ;;rRNA;468508;471432;78;*;2925 ;;rRNA;471511;471627;176;*;117 fin;comp;CDS;471804;471962;;0; deb;comp;CDS;578235;578336;570;*; ;;rRNA;578907;580460;217;*;1554 ;;rRNA;580678;583605;78;*;2928 ;;rRNA;583684;583800;82;*;117 ;;tRNA;583883;583958;4;*;gca ;;tRNA;583963;584038;3;*;aac ;;tRNA;584042;584133;19;*;tcc ;;tRNA;584153;584224;9;*;gaa ;;tRNA;584234;584309;29;*;gta ;;tRNA;584339;584412;25;*;atgf ;;tRNA;584438;584514;13;*;gac ;;tRNA;584528;584603;4;*;aca ;;tRNA;584608;584693;102;*;tac ;;tRNA;584796;584870;4;*;caa ;;tRNA;584875;584950;12;*;aaa ;;tRNA;584963;585043;10;*;cta ;;tRNA;585054;585128;5;*;ggc ;;tRNA;585134;585210;12;*;cgt ;;tRNA;585223;585302;7;*;ttg ;;tRNA;585310;585386;7;*;cca ;;tRNA;585394;585464;1133;*;gga fin;;CDS;586598;587560;;0; deb;;CDS;609577;609924;73;*; ;;tRNA;609998;610069;94;*;acg fin;comp;CDS;610164;610445;;; deb;;CDS;752841;754124;607;*; ;;rRNA;754732;756285;218;*;1554 ;;rRNA;756504;759429;77;*;2926 ;;rRNA;759507;759623;183;*;117 fin;comp;CDS;759807;760232;;0; deb;;CDS;933311;934681;445;*; ;;rRNA;935127;936680;231;*;1554 ;;rRNA;936912;939838;77;*;2927 ;;rRNA;939916;940032;216;*;117 fin;;CDS;940249;941241;;; deb;;CDS;1462425;1462937;44;*; ;;tRNA;1462982;1463057;1;*;aac ;;tRNA;1463059;1463147;122;*;agc fin;comp;CDS;1463270;1464145;;; deb;comp;CDS;1464220;1464981;246;*; ;;tRNA;1465228;1465299;86;*;gaa ;;tRNA;1465386;1465461;15;*;aaa ;;tRNA;1465477;1465559;165;*;ctc fin;;CDS;1465725;1466180;;; deb;comp;CDS;1467848;1468585;262;*; ;;tRNA;1468848;1468930;148;*;ctc fin;comp;CDS;1469079;1469564;;0; deb;comp;CDS;1583500;1583721;130;*; ;;tRNA;1583852;1583925;244;*;ccc fin;comp;CDS;1584170;1585441;;0; deb;;CDS;1617541;1619682;107;*; ;;tRNA;1619790;1619860;265;*;gga fin;;CDS;1620126;1621163;;; deb;;CDS;1875693;1876160;129;*; ;;tRNA;1876290;1876365;11;*;gcc ;;tRNA;1876377;1876449;520;*;aag fin;comp;CDS;1876970;1877974;;; deb;comp;CDS;1933190;1933630;381;*; ;;tRNA;1934012;1934096;91;*;ctg fin;comp;CDS;1934188;1934718;;0; deb;;CDS;1982038;1982799;58;*; ;;ncRNA;1982858;1983052;216;*; fin;;CDS;1983269;1983661;;0; deb;comp;CDS;2009566;2010102;222;*; ;;tRNA;2010325;2010409;213;*;ctg fin;;CDS;2010623;2011135;;; deb;;CDS;2443744;2448333;536;*; ;;rRNA;2448870;2450423;410;*;1554 ;;rRNA;2450834;2453760;144;*;2927 ;;rRNA;2453905;2454021;236;*;117 fin;comp;CDS;2454258;2455367;;; deb;;CDS;2642172;2643329;422;*; ;;rRNA;2643752;2645305;353;*;1554 ;;rRNA;2645659;2648585;145;*;2927 ;;rRNA;2648731;2648847;383;*;117 fin;;CDS;2649231;2650082;;; deb;comp;CDS;3533806;3534249;139;*; ;;tRNA;3534389;3534460;279;*;gtc fin;comp;CDS;3534740;3535069;;; deb;;CDS;3639395;3639562;504;*; ;comp;tRNA;3640067;3640152;249;*;tta fin;;CDS;3640402;3640560;;; deb;;CDS;3668653;3669450;247;*; ;comp;tRNA;3669698;3669763;270;*;atgj fin;comp;CDS;3670034;3670234;;; deb;;CDS;3724691;3725086;122;*; ;comp;tRNA;3725209;3725282;123;*;atgi fin;comp;CDS;3725406;3725570;;; deb;;CDS;3796407;3797627;286;*; ;comp;ncRNA;3797914;3798312;79;*; fin;comp;CDS;3798392;3798958;;; deb;comp;CDS;4338508;4339209;107;*; ;comp;tRNA;4339317;4339390;7;*;cca ;comp;tRNA;4339398;4339477;12;*;ttg ;comp;tRNA;4339490;4339566;5;*;cgt ;comp;tRNA;4339572;4339646;38;*;ggc ;comp;tRNA;4339685;4339757;28;*;aaa ;comp;tRNA;4339786;4339862;26;*;gac ;comp;tRNA;4339889;4339965;30;*;atgf ;comp;tRNA;4339996;4340071;9;*;gta ;comp;tRNA;4340081;4340152;17;*;gaa ;comp;tRNA;4340170;4340261;3;*;tcc ;comp;tRNA;4340265;4340340;18;*;aac ;comp;rRNA;4340359;4340475;78;*;117 ;comp;rRNA;4340554;4343481;410;*;2928 ;comp;rRNA;4343892;4345445;489;*;1554 fin;comp;CDS;4345935;4347563;;; deb;comp;CDS;4394160;4395092;238;*; ;;tRNA;4395331;4395404;214;*;aga fin;;CDS;4395619;4396383;;0; deb;;CDS;4446278;4447621;207;*; ;comp;tRNA;4447829;4447902;174;*;aga fin;;CDS;4448077;4448370;;0; deb;comp;CDS;4703166;4703687;1861;*; ;comp;tRNA;4705549;4705627;11;*;ttg ;comp;tRNA;4705639;4705713;11;*;tgc ;comp;tRNA;4705725;4705796;6;*;ggc ;comp;tRNA;4705803;4705877;9;*;caa ;comp;tRNA;4705887;4705959;17;*;cac ;comp;tRNA;4705977;4706050;7;*;tgg ;comp;tRNA;4706058;4706143;4;*;tac ;comp;tRNA;4706148;4706223;22;*;aca ;comp;tRNA;4706246;4706318;35;*;ttc ;comp;tRNA;4706354;4706430;15;*;gac ;comp;tRNA;4706446;4706522;25;*;atgf ;comp;tRNA;4706548;4706623;58;*;gta ;comp;tRNA;4706682;4706753;17;*;gaa ;comp;tRNA;4706771;4706862;3;*;tcc ;comp;tRNA;4706866;4706941;2208;*;aac fin;comp;CDS;4709150;4710085;;; deb;comp;CDS;4987142;4989934;726;*; ;comp;tRNA;4990661;4990731;9;*;gga ;comp;tRNA;4990741;4990814;22;*;cca ;comp;tRNA;4990837;4990913;5;*;cgt ;comp;tRNA;4990919;4990993;10;*;ggc ;comp;tRNA;4991004;4991084;11;*;cta ;comp;tRNA;4991096;4991171;4;*;aaa ;comp;tRNA;4991176;4991250;55;*;caa ;comp;tRNA;4991306;4991381;11;*;gta ;comp;tRNA;4991393;4991464;11;*;gaa ;comp;tRNA;4991476;4991548;3;*;acc ;comp;tRNA;4991552;4991627;18;*;aac ;comp;rRNA;4991646;4991762;77;*;117 ;comp;rRNA;4991840;4994767;130;*;2928 ;comp;tRNA;4994898;4994973;20;*;gca ;comp;tRNA;4994994;4995070;38;*;atc ;comp;rRNA;4995109;4995225;102;*;117 ;comp;rRNA;4995328;4996881;363;*;1554 fin;comp;CDS;4997245;4997475;;; deb;comp;CDS;5057616;5058803;163;*; ;comp;rRNA;5058967;5059083;77;*;117 ;comp;rRNA;5059161;5062088;186;*;2928 ;comp;tRNA;5062275;5062350;98;*;gca ;comp;rRNA;5062449;5064002;376;*;1554 fin;comp;CDS;5064379;5066394;;; deb;;CDS;5714294;5714611;206;*; ;comp;tRNA;5714818;5714908;77;*;tcg fin;comp;CDS;5714986;5715210;;; </pre> ===pmq=== ====pmq opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq opérons|pmq opérons]] <pre> 58.3%GC;24.7.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Paenibacillus mucilaginosus 3016;;;;;;;;; ;9206..10276;CDS;;322;322;;;357; ;10599..12139;16s;;269;;;;; ;12409..15343;23s;;95;;;;; ;15439..15555;5s;;178;178;;;;178 ;15734..17190;CDS;;3061;;;;486; ;;;;;;;;; ;20252..21532;CDS;;47;47;;;427;47 ;21580..21666;tca;;140;140;;;; ;21807..22157;CDS hp;@1;17;;;;117; ;22175..22357;CDS hp;;23;;;;*61; ;22381..22524;CDS hp;;86;;;;*48; comp;22611..22796;CDS hp;;138;;;;*62; comp;22935..25265;CDS replicase;;156;;;;*777; ;;;;;;;;; ;25422..26165;CDS;;220;220;;;248; comp;26386..26460;cgg;;183;183;;;;183 ;26644..27168;CDS;;151287;;;;175; ;;;;;;;;; ;178456..179454;CDS;;298;298;;;333; ;179753..181299;16s;;254;;;;; ;181554..184488;23s;;168;;;;; ;184657..184773;5s;;15;;;;; ;184789..184876;agc;;29;;;29;; ;184906..184982;atgj;;39;;;39;; ;185022..185097;gta;;15;;;15;; ;185113..185189;atgf;;14;;;14;; ;185204..185280;gac;;48;;;48;; ;185329..185404;ttc;;5;;;5;; ;185410..185485;aca;;9;;;9;; ;185495..185579;tac;;15;;;15;; ;185595..185670;aaa;;183;183;;;;183 comp;185854..187104;CDS;;30460;;;;417; ;;;;;;;;; comp;217565..218146;CDS;;129;129;;;194;129 comp;218276..218350;cgg;;261;261;;;; ;218612..219643;CDS;;34238;;;;344; ;;;;;;;;; ;253882..254526;CDS;;677;*677;;;215; ;255204..256745;16s;;268;;;;; ;257014..259948;23s;;95;;;;; ;260044..260160;5s;;55;;;;; ;260216..260292;atc;;19;;;19;; ;260312..260387;gca;+;16;;;16;; ;260404..260475;gaa;2 gca;9;;;9;; ;260485..260569;tac;;20;;;20;; ;260590..260665;aac;;3;;;3;; ;260669..260744;gta;;19;;;19;; ;260764..260840;gac;;20;;;20;; ;260861..260933;ttc;;15;;;15;; ;260949..261021;aaa;;10;;;10;; ;261032..261118;ctg;;3;;;3;; ;261122..261196;ggc;;12;;;12;; ;261209..261280;tgc;;15;;;15;; ;261296..261369;cgt;;5;;;5;; ;261375..261448;cca;;158;;;*158;; ;261607..261682;gca;;4;;;4;; ;261687..261759;acc;;5;;;5;; ;261765..261854;tcg;;19;;;19;; ;261874..261961;agc;;17;;;17;; ;261979..262054;gtc;;5;;;5;; ;262060..262134;acg;;39;;;39;; ;262174..262262;tcc;;41;;;41;; ;262304..262386;ctc;;283;283;;;;*283 ;262670..263515;CDS;;314679;;;;282; ;;;;;;;;; ;578195..579055;CDS;;324;324;;;287; ;579380..580921;16s;;258;;;;; ;581180..584114;23s;;166;;;;; ;584281..584397;5s;;31;;;;; ;584429..584505;aac;;6;;;6;; ;584512..584600;tcc;;38;;;38;; ;584639..584710;gaa;;11;;;11;; ;584722..584797;gta;;17;;;17;; ;584815..584891;atgf;;15;;;15;; ;584907..584983;gac;;67;;;67;; ;585051..585125;acg;;11;;;11;; ;585137..585212;cac;;10;;;10;; ;585223..585297;caa;;5;;;5;; ;585303..585378;aaa;;17;;;17;; ;585396..585470;ggc;+;40;;;40;; ;585511..585585;ggc;2 ggc;24;;;24;; ;585610..585692;ttg;;5;;;5;; ;585698..585774;cca;;19;;;19;; ;585794..585867;gga;;1;;;1;; ;585869..585942;aga;;187;187;;;;187 ;586130..586885;CDS;;85587;;;;252; ;;;;;;;;; ;672473..672949;CDS;;18;18;;;159;18 ;672968..673043;aac;;7;;7;;; ;673051..673138;agc;@2;297;;297;;; ;673436..673507;gaa;;9;;9;;; ;673517..673599;ctc;;180;180;;;; ;673780..674199;CDS;;182;;;;140; ;;;;;;;;; ;674382..675278;CDS;;159;159;;;299; ;675438..675520;ctc;;64;64;;;;64 ;675585..675833;CDS;;18450;;;;83; ;;;;;;;;; ;694284..695636;CDS;;797;*797;;;451; ;696434..697974;16s;;261;;;;; ;698236..701170;23s;;94;;;;; ;701265..701381;5s;;43;;;;; ;701425..701498;atc;;11;;;11;; ;701510..701584;gaa;;5;;;5;; ;701590..701665;gtc;;5;;;5;; ;701671..701747;atgf;;4;;;4;; ;701752..701825;tgg;;9;;;9;; ;701835..701909;caa;;8;;;8;; ;701918..701990;aaa;;18;;;18;; ;702009..702095;ctg;;4;;;4;; ;702100..702174;ggc;;11;;;11;; ;702186..702259;cgt;;12;;;12;; ;702272..702348;cca;;577;*577;;;;*577 ;702926..703120;CDS;;370320;;;;65; ;;;;;;;;; ;1073441..1074214;CDS;;373;373;;;258; ;1074588..1076136;16s;;260;;;;; ;1076397..1079331;23s;;168;;;;; ;1079500..1079616;5s;;9;;;;; ;1079626..1079701;aac;;6;;;6;; ;1079708..1079796;tcc;;38;;;38;; ;1079835..1079906;gaa;;11;;;11;; ;1079918..1079993;gta;;17;;;17;; ;1080011..1080087;atgf;;13;;;13;; ;1080101..1080177;gac;;49;;;49;; ;1080227..1080302;ttc;;4;;;4;; ;1080307..1080382;aca;;13;;;13;; ;1080396..1080481;tac;;8;;;8;; ;1080490..1080560;tgg;;13;;;13;; ;1080574..1080649;cac;;26;;;26;; ;1080676..1080747;caa;;9;;;9;; ;1080757..1080831;ggc;;12;;;12;; ;1080844..1080917;tgc;;10;;;10;; ;1080928..1081016;tta;;20;;;20;; ;1081037..1081113;cgt;;3;;;3;; ;1081117..1081199;ttg;;147;147;;;;147 ;1081347..1081973;CDS;;128630;;;;209; ;;;;;;;;; ;1210604..1213519;CDS;;354;354;;;972; ;1213874..1213949;gca;;16;;16;;; ;1213966..1214037;gaa;;12;;12;;; ;1214050..1214125;gta;;16;;16;;; ;1214142..1214218;gac;;17;;17;;; ;1214236..1214311;cac;;9;;9;;; ;1214321..1214395;caa;;9;;9;;; ;1214405..1214477;aaa;;8;;8;;; ;1214486..1214572;ctg;;3;;3;;; ;1214576..1214647;ggc;;169;169;;;;169 comp;1214817..1215602;CDS;;378784;;;;262; ;;;;;;;;; ;1594387..1594665;CDS;;537;*537;;;93; ;1595203..1596743;16s;;252;;;;; ;1596996..1599930;23s;;94;;;;; ;1600025..1600141;5s;;43;;;;; ;1600185..1600261;atc;;19;;;19;; ;1600281..1600356;gca;;17;;;17;; ;1600374..1600445;gaa;;8;;;8;; ;1600454..1600529;gta;+;5;;;5;; ;1600535..1600610;aca;2 gta;10;;;10;; ;1600621..1600705;tac;;18;;;18;; ;1600724..1600799;aac;;4;;;4;; ;1600804..1600879;gta;;21;;;21;; ;1600901..1600977;atgf;;12;;;12;; ;1600990..1601066;gac;;34;;;34;; ;1601101..1601176;cac;;13;;;13;; ;1601190..1601264;caa;;8;;;8;; ;1601273..1601345;aaa;;17;;;17;; ;1601363..1601448;ctc;;13;;;13;; ;1601462..1601548;ctg;;5;;;5;; ;1601554..1601628;ggc;;14;;;14;; ;1601643..1601713;tgc;;10;;;10;; ;1601724..1601797;cgt;;5;;;5;; ;1601803..1601876;cca;;105;105;;;;105 ;1601982..1602245;CDS;;232535;;;;88; ;;;;;;;;; ;1834781..1835260;CDS;;106;106;;;160;106 ;1835367..1835439;gcc;;137;137;;;; comp;1835577..1835978;CDS;;371114;;;;134; ;;;;;;;;; comp;2207093..2208091;CDS;;192;192;;;333;192 ;2208284..2208367;ctg;+;49;;49;;; ;2208417..2208500;ctg;2 ctg;315;315;;;; ;2208816..2209952;CDS;;1246561;;;;379; ;;;;;;;;; ;3456514..3456786;CDS;;256;256;;;91; ;3457043..3457119;ccc;;142;142;;;;142 ;3457262..3457483;CDS;;1547757;;;;74; ;;;;;;;;; comp;5005241..5005426;CDS;;127;127;;;62;127 comp;5005554..5005636;ctc;;40;;40;;; comp;5005677..5005765;tcc;;13;;13;;; comp;5005779..5005852;atg;;19;;19;;; comp;5005872..5005958;tcg;;167;167;;;; ;5006126..5006220;ncRNA;;1377035;;;;32; ;;;;;;;;; comp;6383256..6384173;CDS;;228;228;;;306; ;6384402..6384477;gtc;;69;69;;;;69 comp;6384547..6385458;CDS;;5453;;;;304; ;;;;;;;;; comp;6390912..6391130;CDS;;142;142;;;73;142 comp;6391273..6391358;tta;;7;;7;;; comp;6391366..6391442;atgi;;19;;19;;; comp;6391462..6391538;atgf;;370;370;;;; comp;6391909..6392460;CDS;;962046;;;;184; ;;;;;;;;; ;7354507..7354737;CDS;;342;342;;;77;*342 comp;7355080..7355162;ctc;;28;;;28;; comp;7355191..7355279;tcc;;12;;;12;; comp;7355292..7355368;atgf;;14;;;14;; comp;7355383..7355459;atgj;;14;;;14;; comp;7355474..7355561;agc;;8;;;8;; comp;7355570..7355659;tcg;;4;;;4;; comp;7355664..7355736;acc;;4;;;4;; comp;7355741..7355816;gca;;119;;;;; ;7355936..7356030;ncRNA;@3;36;;;;; comp;7356067..7356140;cca;;6;;;6;; comp;7356147..7356220;cgt;;104;;;*104;; comp;7356325..7356396;ggc;;7;;;7;; comp;7356404..7356490;ctg;;9;;;9;; comp;7356500..7356572;aaa;;9;;;9;; comp;7356582..7356656;caa;;9;;;9;; comp;7356666..7356741;cac;;17;;;17;; comp;7356759..7356835;gac;;12;;;12;; comp;7356848..7356923;gta;;4;;;4;; comp;7356928..7357003;aac;;15;;;15;; comp;7357019..7357103;tac;;8;;;8;; comp;7357112..7357187;aca;;5;;;5;; comp;7357193..7357264;gaa;;15;;;15;; comp;7357280..7357355;gcc;;9;;;9;; comp;7357365..7357438;atc;;54;;;;; comp;7357493..7357609;5s;;112;;;;; comp;7357722..7360655;23s;;258;;;;; comp;7360914..7362454;16s;;403;*403;;;; ;7362858..7363397;CDS;;254752;;;;180; ;;;;;;;;; ;7618150..7618842;CDS;;280;280;;;231;*280 comp;7619123..7619193;ggg;;335;335;;;; ;7619529..7620461;CDS;;46171;;;;311; ;;;;;;;;; comp;7666633..7668069;CDS;;104;104;;;479;104 comp;7668174..7668244;ggg;;5;;;5;; comp;7668250..7668326;cca;;106;;;*106;; comp;7668433..7668506;cgt;;11;;;11;; comp;7668518..7668592;ggc;;5;;;5;; comp;7668598..7668684;ctg;;13;;;13;; comp;7668698..7668783;ctc;;16;;;16;; comp;7668800..7668872;aaa;;10;;;10;; comp;7668883..7668967;tac;;28;;;28;; comp;7668996..7669071;ttc;;12;;;;; comp;7669084..7669200;5s;;159;;;;; comp;7669360..7672297;23s;;256;;;;; comp;7672554..7674095;16s;;537;*537;;;; ;7674633..7675382;CDS;;177794;;;;250; ;;;;;;;;; comp;7853177..7853761;CDS;;57;57;;;195;57 comp;7853819..7853892;cac;;230;;230;;; comp;7854123..7854196;cac;;404;*404;;;; comp;7854601..7854801;CDS;;245639;;;;67; ;;;;;;;;; comp;8100441..8100854;CDS;;123;123;;;138;123 comp;8100978..8101094;5s;;167;;;;; comp;8101262..8104180;23s;;248;;;;; comp;8104429..8105969;16s;;325;325;;;; comp;8106295..8106636;CDS;;45281;;;;114; ;;;;;;;;; comp;8151918..8152448;CDS;;460;*460;;;177;*460 comp;8152909..8153031;5s;;94;;;;; comp;8153126..8156060;23s;;258;;;;; comp;8156319..8157859;16s;;456;*456;;;; ;8158316..8158642;CDS;;98285;;;;109; ;;;;;;;;; ;8256928..8257746;CDS;;83;83;;;273;83 comp;8257830..8257903;gga;;5;;;5;; comp;8257909..8257985;cca;;16;;;16;; comp;8258002..8258078;cgt;;4;;;4;; comp;8258083..8258157;ggc;;8;;;8;; comp;8258166..8258248;cta;;42;;;42;; comp;8258291..8258366;aaa;;8;;;8;; comp;8258375..8258449;caa;;9;;;9;; comp;8258459..8258532;tgg;;4;;;4;; comp;8258537..8258613;atgf;;5;;;5;; comp;8258619..8258694;gtc;;5;;;5;; comp;8258700..8258774;gaa;;11;;;11;; comp;8258786..8258859;atc;;43;;;;; comp;8258903..8259019;5s;;94;;;;; comp;8259114..8262048;23s;;255;;;;; comp;8262304..8263845;16s;;306;306;;;; comp;8264152..8264370;CDS;;58373;;;;73; ;;;;;;;;; comp;8322744..8323205;CDS;;393;393;;;154;*393 comp;8323599..8323715;5s;;94;;;;; comp;8323810..8326748;23s;;258;;;;; comp;8327007..8328547;16s;;369;369;;;; comp;8328917..8330413;CDS;;21505;;;;499; ;;;;;;;;; comp;8351919..8354414;CDS;;396;396;;;832; comp;8354811..8354884;atg;;149;149;;;;149 comp;8355034..8355537;CDS;;34450;;;;168; ;;;;;;;;; ;8389988..8390512;CDS;;296;296;;;175;*296 comp;8390809..8390925;5s;;94;;;;; comp;8391020..8393954;23s;;259;;;;; comp;8394214..8395754;16s;;234;234;;;; comp;8395989..8396255;CDS;;220222;;;;89; ;;;;;;;;; comp;8616478..8616924;CDS;;417;*417;;;149; ;8617342..8617418;gac;;157;157;;;;157 ;8617576..8618541;CDS;;105821;;;;322; ;;;;;;;;; ;8724363..8724614;CDS;;455;*455;;;84; comp;8725070..8725160;tcg;;165;165;;;;165 comp;8725326..8725559;CDS;;9205;;;;78; ;;opéron;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd </pre> ====pmq cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_cumuls|pmq cumuls]] <pre> pmq;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cds dirigé;gammes;cdsa;cdsd avec rRNA;opérons;14;1;0;1;1;0;1;0;100;15;8 ;16 23 5s 0;5;20;14;107;50;3;20;1;200;18;10 ;16 atc gca;0;40;1;12;100;4;40;0;300;12;6 ;16 23 5s a;9;60;1;4;150;11;60;2;400;9;3 ;max a;23;80;0;1;200;11;80;2;500;6;4 ;a doubles;3;100;0;0;250;3;100;1;600;0;0 ;spéciaux;0;120;0;2;300;6;120;3;700;0;0 ;total aas;138;140;0;0;350;7;140;3;800;0;0 sans ;opérons;17;160;0;1;400;6;160;5;900;1;0 ;1 aa;11;180;0;0;450;3;180;3;1000;1;0 ;max a;9;200;0;0;500;3;200;4;1100;0;0 ;a doubles;1;;2;0;;5;;7;;0;0 ;total aas;35;;18;128;;62;;31;;62;31 total aas;;173;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;16;;;;;;235;213 ;;;variance;;20;;;;;;184;122 sans jaune;;;moyenne;16;14;;207;;126;;; ;;;variance;12;11;;106;;49;;; </pre> ====pmq blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_blocs|pmq blocs]] <pre> Les blocs à rRNAs pmq;;;;; CDS;298;324;373;12; 16s;254;258;260;159; 23s;168;166;168;256; 5s;15;31;9;537; 1er aa;agc;aac;aac;ttc; aas;9;16;17;9; CDS;183;187;147;104; ;;;;; CDS;677;797;537;54;43 16s;268;261;252;112;94 23s;95;94;94;258;255 5s;55;43;43;403;306 atc / aas;22;11;19;23;12 CDS;283;577;105;342;83 ;;;;; CDS;322;123;460;393;296 16s;269;167;94;94;94 23s;95;248;258;258;259 5s;178;325;456;369;234 </pre> ====pmq distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_distribution|pmq distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ggc2 5s;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;4;tac;6;tgc;3 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;2;aac;5;agc;3 ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;4;cgt;7 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;3;gcc;1;gac;6;ggc;9 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;8;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;7;caa;6;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;1;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;4;gaa;7;gga;2 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;2;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total pmq;;11;;;;;11;;pmq;22;;;;;;22;;pmq;2;;;;;;2;;pmq;;;;138;;;138 </pre> ====pmq données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_données_intercalaires|pmq données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;pmq;fx;fc;pmq;fx40;fc40;pmq;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;5;26;0;5;26;-1;0;80;47;222;23s 5s;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;15;298;1;1;52;-2;3;0;137;183;2* 97;;;29;;agc;11;;atc;28;;ctc ;1;20;15;336;2;1;46;-3;0;1;129;183;2* 170;;;39;;atgj;5;;gaa;12;;tcc ;0;30;22;273;3;1;35;-4;11;384;283;261;168;;;15;;gta;5;;gtc;14;;atgf ;0;40;16;249;4;1;34;-5;0;1;187;169;6* 96;;;14;;atgf;4;;atgf;14;;atgj ;1;50;22;194;5;1;28;-6;3;1;18;137;113;;;48;;gac;9;;tgg;8;;agc ;0;60;24;156;6;1;32;-7;0;5;180;192;161;;;5;;ttc;8;;caa;4;;tcg ;1;70;32;142;7;2;28;-8;0;76;159;228;169;;;9;;aca;18;;aaa;4;;acc 1;1;80;47;168;8;2;12;-9;1;0;64;72;5s CDS;;;15;;tac;7;;ctg;;119;gca 1;1;90;44;163;9;4;10;-10;1;8;577;342;178;296;;**;;aaa;11;;ggc;;36;ncRNA ;0;100;53;148;10;1;21;-11;2;32;150;280;123;;;19;;atc;12;;cgt;6;;cca ;3;110;53;123;11;1;23;-12;0;0;354;335;460;;;16;;gca;**;;cca;104;;cgt ;0;120;61;117;12;0;38;-13;0;7;105;86;393;;;9;;gaa;6;;aac;7;;ggc ;1;130;77;120;13;1;43;-14;2;27;106;417;5s tRNA;;;20;;tac;38;;tcc;9;;ctg 1;1;140;60;95;14;1;45;-15;0;0;315;455;15;;agc;3;;aac;11;;gaa;9;;aaa ;4;150;64;119;15;3;39;-16;0;5;256;;55;;atc;19;;gta;17;;gta;9;;caa ;2;160;67;87;16;2;34;-17;2;17;142;;54;;atc;20;;gac;13;;atgf;17;;cac 1;1;170;75;94;17;1;25;-18;0;0;394;;3* 43;;atc;15;;ttc;49;;gac;12;;gac ;1;180;66;111;18;3;36;-19;0;1;142;;9;;aac;10;;aaa;4;;ttc;4;;gta 2;1;190;81;93;19;3;29;-20;1;14;75;;31;;aac;3;;ctg;13;;aca;15;;aac 1;0;200;65;94;20;0;24;-21;0;0;104;;12;;ttc;12;;ggc;8;;tac;8;;tac ;0;210;65;86;21;6;37;-22;1;5;84;;tRNA tRNA;;;15;;tgc;13;;tgg;5;;aca ;0;220;58;86;22;1;32;-23;0;13;404;;7;;aac;5;;cgt;26;;cac;15;;gaa 2;0;230;52;79;23;3;23;-24;0;0;396;;297;;agc;158;;cca;9;;caa;9;;gcc ;0;240;54;87;24;2;45;-25;1;3;149;;9;;gaa;4;;gca;12;;ggc;**;;atc ;0;250;47;74;25;0;28;-26;3;13;157;;**;;ctc;5;;acc;10;;tgc;5;;ggg ;1;260;41;66;26;5;15;-27;0;0;165;;16;;gca;19;;tcg;20;;tta;106;;cca 1;0;270;43;60;27;2;24;-28;0;0;CDS 16s;;12;;gaa;17;;agc;3;;cgt;11;;cgt 1;0;280;35;59;28;2;14;-29;0;8;318;399;16;;gta;5;;gtc;**;;ttg;5;;ggc ;1;290;30;44;29;0;25;-30;0;0;299;533;17;;gac;39;;acg;19;;atc;13;;ctg ;0;300;23;35;30;1;30;-31;0;2;673;;9;;cac;41;;tcc;17;;gca;16;;ctc ;0;310;35;45;31;0;26;-32;1;8;320;;9;;caa;**;;ctc;8;;gaa;10;;aaa ;1;320;28;32;32;2;20;-33;0;0;793;;8;;aaa;10;;aac;5;;gta;28;;tac ;0;330;28;41;33;1;26;-34;1;2;377;;3;;ctg;38;;tcc;10;;aca;**;;ttc 1;0;340;21;27;34;3;20;-35;1;6;533;;**;;ggc;11;;gaa;18;;tac;5;;gga 1;0;350;25;33;35;1;31;-36;2;0;321;;49;;ctg;17;;gta;4;;aac;16;;cca ;1;360;19;22;36;1;23;-37;0;2;272;;**;;ctg;15;;atgf;21;;gta;4;;cgt ;0;370;14;26;37;3;24;-38;0;2;302;;40;;ctc;67;;gac;12;;atgf;8;;ggc ;0;380;12;32;38;1;24;-39;0;0;365;;13;;tcc;11;;acg;34;;gac;42;;cta ;0;390;15;24;39;2;27;-40;0;1;230;;19;;atgj;10;;cac;13;;cac;8;;aaa ;2;400;10;26;40;2;28;-41;0;5;16s 23s;;**;;tcg;5;;caa;8;;caa;9;;caa 2;2;reste;266;353;reste;1812;3361;-42;0;0;2* 280;;7;;tta;17;;aaa;17;;aaa;4;;tgg 15;27;total;1885;4543;total;1885;4543;-43;0;0;266;;19;;atgi;40;;ggc;13;;ctc;5;;atgf 13;25;diagr;1614;4164;diagr;68;1156;-44;1;3;272;;**;;atgf;24;;ggc;5;;ctg;5;;gtc 0;1; t30;52;907;;;;-45;0;0;271;;230;;cac;8;;ttg;14;;ggc;11;;gaa ;;;;;;;;-46;0;1;263;;**;;cac;19;;cca;10;;tgc;**;;atc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;4* 269;;;;;1;;gga;5;;cgt;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;268;;;;;**;;aga;**;;cca;;; ;x;1880;42;5;1927;;;-49;0;2;259;;;;;;;;;;;;; ;c;4517;753;26;5296;;;-50;0;1;267;;;;;;;;;;;;; ;;;;;7223;256;;reste;5;16;270;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;7479;;total;42;753;;;;;;;;;;;;;; </pre> =====pmq autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires_aas|pmq autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;pmq;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;9206;318;; ;rRNA;10595;280;;16s ;rRNA;12412;97;;23s ;rRNA;15439;178;;5s fin;CDS;15734;;; deb;CDS;20252;47;; ;tRNA;21580;137;;tca fin;CDS;21807;;; deb;CDS;25422;222;; ;tRNA;26388;183;comp;cgg fin;CDS;26644;;; deb;CDS;178456;299;; ;rRNA;179754;266;;16s ;rRNA;181557;170;;23s ;rRNA;184657;15;;5s ;tRNA;184789;29;;agc ;tRNA;184906;39;;atgj ;tRNA;185022;15;;gta ;tRNA;185113;14;;atgf ;tRNA;185204;48;;gac ;tRNA;185329;5;;ttc ;tRNA;185410;9;;aca ;tRNA;185495;15;;tac ;tRNA;185595;183;;aaa fin;CDS;185854;;comp; deb;CDS;217565;129;comp; ;tRNA;218276;261;comp;cgg fin;CDS;218612;;; deb;CDS;230970;186;; ;tmRNA;231642;140;; fin;CDS;232145;;; deb;CDS;253921;673;; ;rRNA;255200;280;;16s ;rRNA;257017;97;;23s ;rRNA;260044;55;;5s ;tRNA;260216;19;;atc ;tRNA;260312;16;;gca ;tRNA;260404;9;;gaa ;tRNA;260485;20;;tac ;tRNA;260590;3;;aac ;tRNA;260669;19;;gta ;tRNA;260764;20;;gac ;tRNA;260861;15;;ttc ;tRNA;260949;10;;aaa ;tRNA;261032;3;;ctg ;tRNA;261122;12;;ggc ;tRNA;261209;15;;tgc ;tRNA;261296;5;;cgt ;tRNA;261375;158;;cca ;tRNA;261607;4;;gca ;tRNA;261687;5;;acc ;tRNA;261765;19;;tcg ;tRNA;261874;17;;agc ;tRNA;261979;5;;gtc ;tRNA;262060;39;;acg ;tRNA;262174;41;;tcc ;tRNA;262304;283;;ctc fin;CDS;262670;;; deb;CDS;578195;320;; ;rRNA;579376;269;;16s ;rRNA;581183;168;;23s ;rRNA;584281;31;;5s ;tRNA;584429;10;;aac ;tRNA;584512;38;;tcc ;tRNA;584639;11;;gaa ;tRNA;584722;17;;gta ;tRNA;584815;15;;atgf ;tRNA;584907;67;;gac ;tRNA;585051;11;;acg ;tRNA;585137;10;;cac ;tRNA;585223;5;;caa ;tRNA;585303;17;;aaa ;tRNA;585396;40;;ggc ;tRNA;585511;24;;ggc ;tRNA;585610;8;;ttg ;tRNA;585698;19;;cca ;tRNA;585794;1;;gga ;tRNA;585869;187;;aga fin;CDS;586130;;; deb;CDS;672473;18;; ;tRNA;672968;7;;aac ;tRNA;673051;297;;agc ;tRNA;673436;9;;gaa ;tRNA;673517;180;;ctc fin;CDS;673780;;; deb;CDS;674382;159;; ;tRNA;675438;64;;ctc fin;CDS;675585;;; deb;CDS;694284;793;; ;rRNA;696430;272;;16s ;rRNA;698239;96;;23s ;rRNA;701265;43;;5s ;tRNA;701425;11;;atc ;tRNA;701510;5;;gaa ;tRNA;701590;5;;gtc ;tRNA;701671;4;;atgf ;tRNA;701752;9;;tgg ;tRNA;701835;8;;caa ;tRNA;701918;18;;aaa ;tRNA;702009;7;;ctg ;tRNA;702100;11;;ggc ;tRNA;702186;12;;cgt ;tRNA;702272;577;;cca fin;CDS;702926;;; deb;CDS;1073441;377;; ;rRNA;1074592;271;;16s ;rRNA;1076400;170;;23s ;rRNA;1079500;9;;5s ;tRNA;1079626;6;;aac ;tRNA;1079708;38;;tcc ;tRNA;1079835;11;;gaa ;tRNA;1079918;17;;gta ;tRNA;1080011;13;;atgf ;tRNA;1080101;49;;gac ;tRNA;1080227;4;;ttc ;tRNA;1080307;13;;aca ;tRNA;1080396;8;;tac ;tRNA;1080490;13;;tgg ;tRNA;1080574;26;;cac ;tRNA;1080676;9;;caa ;tRNA;1080757;12;;ggc ;tRNA;1080844;10;;tgc ;tRNA;1080928;20;;tta ;tRNA;1081037;3;;cgt ;tRNA;1081117;150;;ttg fin;CDS;1081347;;; deb;CDS;1210625;354;; ;tRNA;1213874;16;;gca ;tRNA;1213966;12;;gaa ;tRNA;1214050;16;;gta ;tRNA;1214142;17;;gac ;tRNA;1214236;9;;cac ;tRNA;1214321;9;;caa ;tRNA;1214405;8;;aaa ;tRNA;1214486;3;;ctg ;tRNA;1214576;169;;ggc fin;CDS;1214817;;comp; deb;CDS;1594387;533;; ;rRNA;1595199;263;;16s ;rRNA;1596999;96;;23s ;rRNA;1600025;43;;5s ;tRNA;1600185;19;;atc ;tRNA;1600281;17;;gca ;tRNA;1600374;8;;gaa ;tRNA;1600454;5;;gta ;tRNA;1600535;10;;aca ;tRNA;1600621;18;;tac ;tRNA;1600724;4;;aac ;tRNA;1600804;21;;gta ;tRNA;1600901;12;;atgf ;tRNA;1600990;34;;gac ;tRNA;1601101;13;;cac ;tRNA;1601190;8;;caa ;tRNA;1601273;17;;aaa ;tRNA;1601363;13;;ctc ;tRNA;1601462;5;;ctg ;tRNA;1601554;14;;ggc ;tRNA;1601643;10;;tgc ;tRNA;1601724;5;;cgt ;tRNA;1601803;105;;cca fin;CDS;1601982;;; deb;CDS;1834781;106;; ;tRNA;1835367;137;;gcc fin;CDS;1835577;;comp; deb;CDS;2147627;89;; ;ncRNA;2148556;114;; fin;CDS;2148850;;; deb;CDS;2207093;192;comp; ;tRNA;2208284;49;;ctg ;tRNA;2208417;315;;ctg fin;CDS;2208816;;; deb;CDS;3456514;256;; ;tRNA;3457043;142;;ccc fin;CDS;3457262;;; deb;CDS;5004536;394;comp; ;tRNA;5005554;40;comp;ctc ;tRNA;5005677;13;comp;tcc ;tRNA;5005779;19;comp;atgj ;tRNA;5005872;167;comp;tcg ;ncRNA;5006126;132;; fin;CDS;5006353;;; deb;CDS;6383256;228;comp; ;tRNA;6384402;72;;gtc fin;CDS;6384547;;comp; deb;CDS;6390912;142;comp; ;tRNA;6391273;7;comp;tta ;tRNA;6391366;19;comp;atgi ;tRNA;6391462;75;comp;atgf fin;CDS;6391614;;comp; deb;CDS;6561157;118;; ;ncRNA;6563228;95;comp; fin;CDS;6563744;;comp; deb;CDS;7354507;342;; ;tRNA;7355080;28;comp;ctc ;tRNA;7355191;12;comp;tcc ;tRNA;7355292;14;comp;atgf ;tRNA;7355383;14;comp;atgj ;tRNA;7355474;8;comp;agc ;tRNA;7355570;4;comp;tcg ;tRNA;7355664;4;comp;acc ;tRNA;7355741;119;comp;gca ;ncRNA;7355936;36;; ;tRNA;7356067;6;comp;cca ;tRNA;7356147;104;comp;cgt ;tRNA;7356325;7;comp;ggc ;tRNA;7356404;9;comp;ctg ;tRNA;7356500;9;comp;aaa ;tRNA;7356582;9;comp;caa ;tRNA;7356666;17;comp;cac ;tRNA;7356759;12;comp;gac ;tRNA;7356848;4;comp;gta ;tRNA;7356928;15;comp;aac ;tRNA;7357019;8;comp;tac ;tRNA;7357112;5;comp;aca ;tRNA;7357193;15;comp;gaa ;tRNA;7357280;9;comp;gcc ;tRNA;7357365;54;comp;atc ;rRNA;7357493;113;comp;5s ;rRNA;7357723;269;comp;23s ;rRNA;7360922;399;comp;16s fin;CDS;7362858;;; deb;CDS;7618150;280;; ;tRNA;7619123;335;comp;ggg fin;CDS;7619529;;; deb;CDS;7666633;104;comp; ;tRNA;7668174;5;comp;ggg ;tRNA;7668250;106;comp;cca ;tRNA;7668433;11;comp;cgt ;tRNA;7668518;5;comp;ggc ;tRNA;7668598;13;comp;ctg ;tRNA;7668698;16;comp;ctc ;tRNA;7668800;10;comp;aaa ;tRNA;7668883;28;comp;tac ;tRNA;7668996;12;comp;ttc ;rRNA;7669084;161;comp;5s ;rRNA;7669362;268;comp;23s ;rRNA;7672563;533;comp;16s fin;CDS;7674633;;; deb;CDS;7853177;84;comp; ;tRNA;7853819;230;comp;cac ;tRNA;7854123;404;comp;cac fin;CDS;7854601;;comp; deb;CDS;8100441;123;comp; ;rRNA;8100978;169;comp;5s ;rRNA;8101264;259;comp;23s ;rRNA;8104437;321;comp;16s fin;CDS;8106295;;comp; deb;CDS;8151918;460;comp; ;rRNA;8152909;96;comp;5s ;rRNA;8153128;269;comp;23s ;rRNA;8156327;272;comp;16s fin;CDS;8158136;;comp; deb;CDS;8256928;86;; ;tRNA;8257833;5;comp;gga ;tRNA;8257909;16;comp;cca ;tRNA;8258002;4;comp;cgt ;tRNA;8258083;8;comp;ggc ;tRNA;8258166;42;comp;cta ;tRNA;8258291;8;comp;aaa ;tRNA;8258375;9;comp;caa ;tRNA;8258459;4;comp;tgg ;tRNA;8258537;5;comp;atgf ;tRNA;8258619;5;comp;gtc ;tRNA;8258700;11;comp;gaa ;tRNA;8258786;43;comp;atc ;rRNA;8258903;96;comp;5s ;rRNA;8259116;267;comp;23s ;rRNA;8262313;302;comp;16s fin;CDS;8264152;;comp; deb;CDS;8322744;393;comp; ;rRNA;8323599;96;comp;5s ;rRNA;8323812;269;comp;23s ;rRNA;8327015;365;comp;16s fin;CDS;8328917;;comp; deb;CDS;8351919;396;comp; ;tRNA;8354811;149;comp;atgj fin;CDS;8355034;;comp; deb;CDS;8389988;296;; ;rRNA;8390809;96;comp;5s ;rRNA;8391022;270;comp;23s ;rRNA;8394222;230;comp;16s fin;CDS;8395989;;comp; deb;CDS;8399622;208;comp; ;ncRNA;8400892;47;comp; fin;CDS;8401203;;comp; deb;CDS;8616478;417;comp; ;tRNA;8617342;157;;gac fin;CDS;8617576;;; deb;CDS;8724363;455;; ;tRNA;8725070;165;comp;tcg fin;CDS;8725326;;comp; </pre> ====pmq intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_entre_cds|pmq intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> ;;;pmq 9.11.20;;;;;;;;; pmq;8.2.21 Paris;;pmq 7.2.21;;;;;;;;; pmq;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquence5;intercal;<u>fréquencez ;'''négatif;795;11.0;'''négatif ;-11;16;-1 à -119;'''8 739 048;-1;795;610;15 ;'''zéro;31;0.4;;;;;'''intercals;0;31;620;10 ;'''1 à 200;4139;57.3;'''0 à 200;88;60;;'''1 202 544;5;200;630;6 ;'''201 à 370;1520;21.0;'''201 à 370;266;46;;'''13.8%;10;113;640;6 ;'''371 à 600;506;7.0;'''371 à 600;460;65;;;15;194;650;10 ;'''601 à max;232;3.2;'''601 à 1028;861;248;;;20;157;660;8 ;'''total 7223;<201;68.7;'''total 7223;165;188;-119 à 1742;;25;177;670;5 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;118;680;5 6589209;1742;-1;795;-70;13;;0;31;35;130;690;6 6004770;1651;0;31;-60;3;;-1;°80;40;135;700;4 4375163;1613;1;°53;-50;6;;-2;3;45;110;710;5 3234976;1576;2;°47;-40;14;;-3;1;50;106;720;5 1433663;1551;3;36;-30;27;'''min à -1;-4;°395;55;93;730;5 1961332;1546;4;35;-20;62;795;-5;1;60;87;740;5 1948392;1534;5;29;-10;104;11.0%;-6;4;65;99;750;4 8025788;1532;6;°33;0;597;;-7;5;70;75;760;6 6672573;1521;7;°30;10;313;;-8;°76;75;106;770;5 4064508;1497;8;14;20;351;;-9;1;80;109;780;4 1735863;1428;9;14;30;295;;-10;9;85;99;790;3 4067449;1378;10;22;40;265;'''1 à 100;-11;°34;90;108;800;5 2875626;1352;11;24;50;216;2448;-12;0;95;98;810;3 896926;1351;12;°38;60;180;33.9%;-13;7;100;103;820;5 6351796;1318;13;°44;70;174;;-14;°29;105;92;830;6 2069562;1279;14;°46;80;215;;-15;0;110;84;840;1 1529184;1277;15;°42;90;207;;-16;5;115;93;850;1 1897252;1277;16;36;100;201;;-17;°19;120;85;860;7 2910237;1276;17;26;110;176;;-18;0;125;100;870;2 3749065;1276;18;°39;120;178;;-19;1;130;97;880;2 4906359;1270;19;32;130;197;;-20;°15;135;72;890;3 1921516;1263;20;24;140;155;;-21;0;140;83;900;3 880003;1252;21;°43;150;183;;-22;6;145;89;910;3 5858747;1240;22;33;160;154;;-23;°13;150;94;920;2 5950046;1211;23;26;170;169;'''1 à 200;-24;0;155;77;930;4 8085655;1206;24;°47;180;177;4139;-25;4;160;77;940;5 7588882;1203;25;28;190;174;57.3%;-26;°16;165;84;950;2 7315024;1200;26;20;200;159;;-27;0;170;85;960;2 5662979;1189;27;°26;210;151;;-28;0;175;91;970;2 8557915;1186;28;16;220;144;;-29;°8;180;86;980;0 359256;1184;29;25;230;131;;-30;0;185;87;990;2 7839445;1169;30;°31;240;141;;-31;2;190;87;1000;2 1773925;1157;31;26;250;121;'''0 à 200;-32;°9;195;80;1010;2 3687367;1141;32;22;260;107;4170;;774;200;79;1020;1 1886363;1109;33;°27;270;103;;reste;52;205;81;1030;2 7335994;1095;34;23;280;94;;total;826;210;70;1040;2 5259590;1088;35;°32;290;74;;;;215;82;1050;2 3089348;1087;36;24;300;58;;;;220;62;1060;4 3287601;1084;37;27;310;80;;'''intercal;'''<u>fréquence5;225;65;1070;0 933373;1077;38;25;320;60;;600;6991;230;66;1080;1 8231158;1055;39;°29;330;69;;650;47;235;68;1090;3 1233491;1054;40;°30;340;48;'''201 à 370;700;28;240;73;1100;1 1379835;1052;reste;5173;350;58;1520;750;24;245;59;1110;1 1438197;1052;total;7223;360;41;21.0%;800;23;250;62;1120;0 2970387;1045;;;370;40;;850;16;255;55;1130;0 5913926;1042;;;380;44;;900;17;260;52;1140;0 7192953;1040;;;390;39;;950;16;265;51;1150;1 247705;1038;;;400;36;;1000;8;270;52;1160;1 1687282;1027;;;410;29;;1050;9;275;42;1170;1 7301491;1024;;;420;25;;1100;9;280;52;1180;0 2362680;1013;;;430;35;;1150;2;285;35;1190;3 ;;;;440;31;;1200;6;290;39;1200;1 ;;;;450;19;;1250;4;295;29;;205 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;460;25;;1300;8;300;29;reste;27 4544722;-119;shift 2;16105;470;17;;1350;1;305;45;total;232 5318942;-119;shift 3;18655;480;21;;1400;3;310;35;; 1976860;-116;shift 4;1615;490;20;;1450;1;315;33;; 5337597;-115;shift 5;1973;500;26;;1500;1;320;27;; 3673911;-113;shift 6;419;510;13;;1550;4;325;30;; 5433750;-101;shift 7;5002;520;14;;1600;2;330;39;; 7350606;-101;shift 8;832;530;14;;1650;1;335;28;; 2131496;-95;shift 9;1189;540;19;'''371 à 600;;230;340;20;; 4669248;-95;;;550;20;506;;;345;34;; 2553569;-89;;;560;12;7.0%;;;350;24;; 2198194;-75;;;570;15;;;;355;28;; 1029214;-74;;;580;9;'''601 à max;;;360;13;; 7372543;-73;;;590;11;232;;;365;21;; 1297148;-65;;;600;12;3.2%;;;370;19;; 3921139;-65;;;reste;232;;reste;2;reste;738;; 6624824;-65;;;total;7223;;total;7223;total;7223;; </pre> ====pmq intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;; pmq Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; pmq;min10;1614;4164;5778;458;-832;-651;181;-866;-825;-61;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; 32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pmq;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;31;-283;664;-7.0;878;304;max190;&-29;229;-645;79;946;263;min70 31 à 400;;;;;;;2 parties;&-13;112;-388;63;937;287;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;28;31;-;65;poly;813;tF;&143;54;;806;poly;140;SF 31 à 400;;;;;;;;&113;46;-;886;dte;51;Sf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.207;;24.1.22 Paris;;;; 41-n;0.458;-0.832;-0.651;;;;;;;;;;; 1-n;-0.061;-0.866;-0.825;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; pmq;fx;fc;;pmq;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;pmq;Sx-;Sc- 0;5;26;;0;3;6;0;5;26;>0;1880;-1;0;80 10;15;298;;10;9;72;1;1;52;<0;42;-2;3;0 20;15;336;;20;9;81;2;1;46;zéro;5;-3;0;1 30;22;273;;30;14;66;3;1;35;total;1927;-4;11;384 40;16;249;;40;10;60;4;1;34;;c;-5;0;1 50;22;194;;50;14;47;5;1;28;>0;4517;-6;3;1 60;24;156;;60;15;37;6;1;32;<0;753;-7;0;5 70;32;142;;70;20;34;7;2;28;zéro;26;-8;0;76 80;47;168;;80;29;40;8;2;12;total;5296;-9;1;0 90;44;163;;90;27;39;9;4;10;;;-10;1;8 100;53;148;;100;33;36;10;1;21;total;7223;-11;2;32 110;53;123;;110;33;30;11;1;23;;;-12;0;0 120;61;117;;120;38;28;12;0;38;;;-13;0;7 130;77;120;;130;48;29;13;1;43;;;-14;2;27 140;60;95;;140;37;23;14;1;45;;;-15;0;0 150;64;119;;150;40;29;15;3;39;;;-16;0;5 160;67;87;;160;42;21;16;2;34;;;-17;2;17 170;75;94;;170;46;23;17;1;25;;;-18;0;0 180;66;111;;180;41;27;18;3;36;;;-19;0;1 190;81;93;;190;50;22;19;3;29;;;-20;1;14 200;65;94;;200;40;23;20;0;24;;;-21;0;0 210;65;86;;210;40;21;21;6;37;;;-22;1;5 220;58;86;;220;36;21;22;1;32;;;-23;0;13 230;52;79;;230;32;19;23;3;23;;;-24;0;0 240;54;87;;240;33;21;24;2;45;;;-25;1;3 250;47;74;;250;29;18;25;0;28;;;-26;3;13 260;41;66;;260;25;16;26;5;15;;;-27;0;0 270;43;60;;270;27;14;27;2;24;;;-28;0;0 280;35;59;;280;22;14;28;2;14;;;-29;0;8 290;30;44;;290;19;11;29;0;25;;;-30;0;0 300;23;35;;300;14;8;30;1;30;;;-31;0;2 310;35;45;;310;22;11;31;0;26;;;-32;1;8 320;28;32;;320;17;8;32;2;20;;;-33;0;0 330;28;41;;330;17;10;33;1;26;;;-34;1;2 340;21;27;;340;13;6;34;3;20;;;-35;1;6 350;25;33;;350;15;8;35;1;31;;;-36;2;0 360;19;22;;360;12;5;36;1;23;;;-37;0;2 370;14;26;;370;9;6;37;3;24;;;-38;0;2 380;12;32;;380;7;8;38;1;24;;;-39;0;0 390;15;24;;390;9;6;39;2;27;;;-40;0;1 400;10;26;;400;6;6;40;2;28;;;-41;0;5 reste;266;353;;;;;reste;1812;3361;;;-42;0;0 total;1885;4543;;t30;32;218;total;1885;4543;;;-43;0;0 diagr;1614;4164;;;;;diagr;68;1156;;;-44;1;3 - t30;1562;3257;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;2 ;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;reste;5;16 ;;;;;;;;;;;;total;42;753 </pre> ====pmq intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_négatifs_S-|pmq intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;;à partir de 51 comp’;0;3;0;8;0;3;0;0;1;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;34;4 continu;80;0;1;387;1;1;5;76;0;9;32;0;7;27;0;5;18;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;3;7;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;0;0;1;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;7;761;17 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;11;0;3;0;0;1;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;1;1;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;5;42 ;Sc-;80;0;1;384;1;1;5;76;0;8;32;0;7;27;0;5;17;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;2;6;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;16;753 </pre> ====pmq autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires|pmq autres intercalaires]] <pre> pmq;autres intercalaires;;adresses1;;;pmq;autres intercalaires;;adresses2;;;pmq;autres intercalaires;;adresses3;;;pmq;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;9206;318;;;deb;°CDS;672473;18;;;deb;°CDS;1834781;106;;;deb;°CDS;7666633;104;comp ;$rRNA;10595;280;;;;&tRNA;672968;7;;;;&tRNA;1835367;137;;;;&tRNA;7668174;5;comp ;$rRNA;12412;97;;;;&tRNA;673051;297;;;fin;°CDS;1835577;;comp;;;&tRNA;7668250;106;comp ;$rRNA;15439;178;;;;&tRNA;673436;9;;;deb;°CDS;2147627;89;;;;&tRNA;7668433;11;comp fin;°CDS;15734;;;;;&tRNA;673517;180;;;;ncRNA;2148556;114;;;;&tRNA;7668518;5;comp deb;°CDS;20252;47;;;fin;°CDS;673780;;;;fin;°CDS;2148850;;;;;&tRNA;7668598;13;comp ;&tRNA;21580;137;;;deb;°CDS;674382;159;;;deb;°CDS;2207093;192;comp;;;&tRNA;7668698;16;comp fin;°CDS;21807;;;;;&tRNA;675438;64;;;;&tRNA;2208284;49;;;;&tRNA;7668800;10;comp deb;°CDS;25422;222;;;fin;°CDS;675585;;;;;&tRNA;2208417;315;;;;&tRNA;7668883;28;comp ;&tRNA;26388;183;comp;;deb;°CDS;694284;793;;;fin;°CDS;2208816;;;;;&tRNA;7668996;12;comp fin;°CDS;26644;;;;;$rRNA;696430;272;;;deb;°CDS;3456514;256;;;;$rRNA;7669084;161;comp deb;°CDS;178456;299;;;;$rRNA;698239;96;;;;&tRNA;3457043;142;;;;$rRNA;7669362;268;comp ;$rRNA;179754;266;;;;$rRNA;701265;43;;;fin;°CDS;3457262;;;;;$rRNA;7672563;533;comp ;$rRNA;181557;170;;;;&tRNA;701425;11;;;deb;°CDS;5004536;394;comp;;fin;°CDS;7674633;; ;$rRNA;184657;15;;;;&tRNA;701510;5;;;;&tRNA;5005554;40;comp;;deb;°CDS;7853177;84;comp ;&tRNA;184789;29;;;;&tRNA;701590;5;;;;&tRNA;5005677;13;comp;;;&tRNA;7853819;230;comp ;&tRNA;184906;39;;;;&tRNA;701671;4;;;;&tRNA;5005779;19;comp;;;&tRNA;7854123;404;comp ;&tRNA;185022;15;;;;&tRNA;701752;9;;;;&tRNA;5005872;167;comp;;fin;°CDS;7854601;;comp ;&tRNA;185113;14;;;;&tRNA;701835;8;;;;ncRNA;5006126;132;;;deb;°CDS;8100441;123;comp ;&tRNA;185204;48;;;;&tRNA;701918;18;;;fin;°CDS;5006353;;;;;$rRNA;8100978;169;comp ;&tRNA;185329;5;;;;&tRNA;702009;7;;;deb;°CDS;6383256;228;comp;;;$rRNA;8101264;259;comp ;&tRNA;185410;9;;;;&tRNA;702100;11;;;;&tRNA;6384402;72;;;;$rRNA;8104437;321;comp ;&tRNA;185495;15;;;;&tRNA;702186;12;;;fin;°CDS;6384547;;comp;;fin;°CDS;8106295;;comp ;&tRNA;185595;183;;;;&tRNA;702272;577;;;deb;°CDS;6390912;142;comp;;deb;°CDS;8151918;460;comp fin;°CDS;185854;;comp;;fin;°CDS;702926;;;;;&tRNA;6391273;7;comp;;;$rRNA;8152909;96;comp deb;°CDS;217565;129;comp;;deb;°CDS;1073441;377;;;;&tRNA;6391366;19;comp;;;$rRNA;8153128;269;comp ;&tRNA;218276;261;comp;;;$rRNA;1074592;271;;;;&tRNA;6391462;75;comp;;;$rRNA;8156327;272;comp fin;°CDS;218612;;;;;$rRNA;1076400;170;;;fin;°CDS;6391614;;comp;;fin;°CDS;8158136;;comp deb;°CDS;230970;186;;;;$rRNA;1079500;9;;;deb;°CDS;6561157;118;;;deb;°CDS;8256928;86; ;tmRNA;231642;140;;;;&tRNA;1079626;6;;;;ncRNA;6563228;95;comp;;;&tRNA;8257833;5;comp fin;°CDS;232145;;;;;&tRNA;1079708;38;;;fin;°CDS;6563744;;comp;;;&tRNA;8257909;16;comp deb;°CDS;253921;673;;;;&tRNA;1079835;11;;;deb;°CDS;7354507;342;;;;&tRNA;8258002;4;comp ;$rRNA;255200;280;;;;&tRNA;1079918;17;;;;&tRNA;7355080;28;comp;;;&tRNA;8258083;8;comp ;$rRNA;257017;97;;;;&tRNA;1080011;13;;;;&tRNA;7355191;12;comp;;;&tRNA;8258166;42;comp ;$rRNA;260044;55;;;;&tRNA;1080101;49;;;;&tRNA;7355292;14;comp;;;&tRNA;8258291;8;comp ;&tRNA;260216;19;;;;&tRNA;1080227;4;;;;&tRNA;7355383;14;comp;;;&tRNA;8258375;9;comp ;&tRNA;260312;16;;;;&tRNA;1080307;13;;;;&tRNA;7355474;8;comp;;;&tRNA;8258459;4;comp ;&tRNA;260404;9;;;;&tRNA;1080396;8;;;;&tRNA;7355570;4;comp;;;&tRNA;8258537;5;comp ;&tRNA;260485;20;;;;&tRNA;1080490;13;;;;&tRNA;7355664;4;comp;;;&tRNA;8258619;5;comp ;&tRNA;260590;3;;;;&tRNA;1080574;26;;;;&tRNA;7355741;119;comp;;;&tRNA;8258700;11;comp ;&tRNA;260669;19;;;;&tRNA;1080676;9;;;;ncRNA;7355936;36;;;;&tRNA;8258786;43;comp ;&tRNA;260764;20;;;;&tRNA;1080757;12;;;;&tRNA;7356067;6;comp;;;$rRNA;8258903;96;comp ;&tRNA;260861;15;;;;&tRNA;1080844;10;;;;&tRNA;7356147;104;comp;;;$rRNA;8259116;267;comp ;&tRNA;260949;10;;;;&tRNA;1080928;20;;;;&tRNA;7356325;7;comp;;;$rRNA;8262313;302;comp ;&tRNA;261032;3;;;;&tRNA;1081037;3;;;;&tRNA;7356404;9;comp;;fin;°CDS;8264152;;comp ;&tRNA;261122;12;;;;&tRNA;1081117;150;;;;&tRNA;7356500;9;comp;;deb;°CDS;8322744;393;comp ;&tRNA;261209;15;;;fin;°CDS;1081347;;;;;&tRNA;7356582;9;comp;;;$rRNA;8323599;96;comp ;&tRNA;261296;5;;;deb;°CDS;1210625;354;;;;&tRNA;7356666;17;comp;;;$rRNA;8323812;269;comp ;&tRNA;261375;158;;;;&tRNA;1213874;16;;;;&tRNA;7356759;12;comp;;;$rRNA;8327015;365;comp ;&tRNA;261607;4;;;;&tRNA;1213966;12;;;;&tRNA;7356848;4;comp;;fin;°CDS;8328917;;comp ;&tRNA;261687;5;;;;&tRNA;1214050;16;;;;&tRNA;7356928;15;comp;;deb;°CDS;8351919;396;comp ;&tRNA;261765;19;;;;&tRNA;1214142;17;;;;&tRNA;7357019;8;comp;;;&tRNA;8354811;149;comp ;&tRNA;261874;17;;;;&tRNA;1214236;9;;;;&tRNA;7357112;5;comp;;fin;°CDS;8355034;;comp ;&tRNA;261979;5;;;;&tRNA;1214321;9;;;;&tRNA;7357193;15;comp;;deb;°CDS;8389988;296; ;&tRNA;262060;39;;;;&tRNA;1214405;8;;;;&tRNA;7357280;9;comp;;;$rRNA;8390809;96;comp ;&tRNA;262174;41;;;;&tRNA;1214486;3;;;;&tRNA;7357365;54;comp;;;$rRNA;8391022;270;comp ;&tRNA;262304;283;;;;&tRNA;1214576;169;;;;$rRNA;7357493;113;comp;;;$rRNA;8394222;230;comp fin;°CDS;262670;;;;fin;°CDS;1214817;;comp;;;$rRNA;7357723;269;comp;;fin;°CDS;8395989;;comp deb;°CDS;578195;320;;;deb;°CDS;1594387;533;;;;$rRNA;7360922;399;comp;;deb;°CDS;8399622;208;comp ;$rRNA;579376;269;;;;$rRNA;1595199;263;;;fin;°CDS;7362858;;;;;ncRNA;8400892;47;comp ;$rRNA;581183;168;;;;$rRNA;1596999;96;;;deb;°CDS;7618150;280;;;fin;°CDS;8401203;;comp ;$rRNA;584281;31;;;;$rRNA;1600025;43;;;;&tRNA;7619123;335;comp;;deb;°CDS;8616478;417;comp ;&tRNA;584429;10;;;;&tRNA;1600185;19;;;fin;°CDS;7619529;;;;;&tRNA;8617342;157; ;&tRNA;584512;38;;;;&tRNA;1600281;17;;;;;;;;;fin;°CDS;8617576;; ;&tRNA;584639;11;;;;&tRNA;1600374;8;;;;;;;;;deb;°CDS;8724363;455; ;&tRNA;584722;17;;;;&tRNA;1600454;5;;;;;;;;;;&tRNA;8725070;165;comp ;&tRNA;584815;15;;;;&tRNA;1600535;10;;;;;;;;;fin;°CDS;8725326;;comp ;&tRNA;584907;67;;;;&tRNA;1600621;18;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585051;11;;;;&tRNA;1600724;4;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585137;10;;;;&tRNA;1600804;21;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585223;5;;;;&tRNA;1600901;12;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585303;17;;;;&tRNA;1600990;34;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585396;40;;;;&tRNA;1601101;13;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585511;24;;;;&tRNA;1601190;8;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585610;8;;;;&tRNA;1601273;17;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585698;19;;;;&tRNA;1601363;13;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585794;1;;;;&tRNA;1601462;5;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585869;187;;;;&tRNA;1601554;14;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;586130;;;;;&tRNA;1601643;10;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1601724;5;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1601803;105;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1601982;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====pmq intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_tRNA-cds|pmq intercalaires tRNA-cds]] <pre> pmq;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;47;;137;;18;64;'''deb; comp’;222;comp’;183;;47;75;<201;8 ;;comp’;183;;84;105;total;12 ;129;comp’;261;;104;137;taux;67% ;;;283;;106;142;'''fin; ;;;187;;129;149;<201;11 ;18;;180;;142;150;total;15 ;159;;64;;159;157;taux;73% ;;;577;;256;165;; ;;;150;;354;180;'''total; ;354;comp’;169;;394;187;<201;19 ;;;105;;396;283;total;27 ;106;comp’;137;;'''-;315;taux;70% comp’;192;;315;;'''-;404;; ;256;;142;;'''-;577;'''comp’;'''cumuls ;394;;;;86;72;; comp’;228;comp’;72;;192;137;'''deb;2 ;142;;75;;222;169;;8 comp’;342;;;;228;183;; comp’;280;comp’;335;;280;183;'''fin;5 ;104;;;;342;261;;7 ;84;;404;;417;335;'''total; comp’;86;;;;455;'''-;<201;7 ;396;;149;;;;total;15 comp’;417;;157;;;;taux;47% comp’;455;;165;;;;; ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;; <201;10;16;26;;;;; total;20;22;42;;;;; taux;50%;73%;62%;;;;; </pre> ===lbu=== ====lbu opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_opérons|lbu opérons]] <pre> 49.8%GC;29.7.19 Paris;16s 8;;;;;;;; Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC BAA-365 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé comp;18533..19237;CDS;;128;128;;;235;128 ;19366..19438;act;@1;195;195;;;; ;19634..20371;CDS;;6912;;;;246; ;;;;;;;;; ;27284..29785;CDS;;276;276;;;*834; ;30062..30134;act;;134;134;;;;134 ;30269..30907;CDS;;11768;;;;213; ;;;;;;;;; ;42676..43248;cds hp;;451;*451;;;*191; ;43700..45271;16s;;209;;;;; ;45481..48391;23s;;69;;;;; ;48461..48577;5s;;275;275;;;;275 ;48853..49091;cds hp;;56679;;;;80; ;;;;;;;;; comp;105771..106547;CDS;;56;56;;;259;56 comp;106604..106679;aag;;125;125;;;; ;106805..107533;CDS;;103754;;;;243; ;;;;;;;;; ;211288..212553;CDS;;94;94;;;422; ;212648..212720;acc;;23;23;;;;23 comp<;212744..213262;CDS;;64997;;;;173; ;;;;;;;;; ;278260..278928;CDS;;69;69;;;223;69 comp;278998..279068;ggg;;181;181;;;; ;279250..280275;CDS;;44047;;;;342; ;;;;;;;;; comp;324323..324949;CDS;;117;117;;;209;117 ;325067..325138;ggc;+;4;;4;;; ;325143..325216;ccg;2 ggc;108;;;;; ;325325..325399;ggc;;155;155;;;; ;325555..326016;CDS;;37886;;;;154; ;;;;;;;;; ;363903..364394;CDS;;98;98;;;164;98 ;364493..364564;caa;;614;*614;;;; ;365179..366360;CDS;;-14;;;;*394; ;;;;;;;;; ;366347..367402;CDS;;75;75;;;352; ;367478..367559;tac;;5;;5;;; ;367565..367636;caa;;62;62;;;;62 <;367699..368318;CDS;;14127;;;;207; ;;;;;;;;; ;382446..382907;CDS;;30;30;;;154;30 ;382938..383026;ctt;;118;118;;;; ;383145..383768;CDS;;70441;;;;208; ;;;;;;;;; ;454210..455529;CDS;;61;61;;;440;61 ;455591..455665;agg;;341;341;;;; ;456007..457035;CDS;;75557;;;;343; ;;;;;;;;; ;532593..533285;CDS;;82;82;;;231;82 comp;533368..533442;cgg;;296;296;;;; ;533739..534782;CDS;;48963;;;;348; ;;;;;;;;; ;583746..584728;CDS;;57;57;;;328;57 comp;584786..584858;cag;;5;;5;;; comp;584864..584935;gag;;170;170;;;; ;585106..586110;CDS;;94988;;;;335; ;;;;;;;;; ;681099..682741;CDS;;518;*518;;;*548; ;683260..684831;16s;;106;;;;; ;684938..685011;atc;;69;;;69;; ;685081..685153;gca;;127;;;;; ;685281..688191;23s;;68;;;;; ;688260..688376;5s;;208;208;;;;208 comp;688585..689801;CDS;;55794;;;;406; ;;;;;;;;; comp;745596..745821;CDS;;134;134;;;75;134 comp;745956..746044;tcg;;787;*787;;;; ;746832..749597;CDS;;36741;;;;*922; ;;;;;;;;; ;786339..787004;CDS;;54;54;;;222;54 ;787059..787142;ctg;;109;109;;;; comp;787252..787872;CDS;;2072;;;;207; ;;;;;;;;; comp;789945..791867;CDS;;613;*613;;;*641; ;792481..794052;16s;;105;;;;; ;794158..794231;atc;;69;;;69;; ;794301..794373;gca;;126;;;;; ;794500..797410;23s;;69;;;;; ;797480..797596;5s;;87;87;;;;87 ;797684..798559;CDS;;36;;;;292; ;;;;;;;;; comp;798596..800178;CDS;;530;*530;;;*528; ;800709..800781;aac;@2;3;;3;;; ;800785..800858;cca;;24;;24;;; ;800883..800954;ggc;;30;;30;;; ;800985..801058;cgt;;2;;2;;; ;801061..801133;gta;;3;;3;;; ;801137..801208;gaa;;42;;42;;; ;801251..801338;tca;;9;;9;;; ;801348..801421;atgf;;3;;3;;; ;801425..801498;gac;;6;;6;;; ;801505..801577;ttc;;8;;8;;; ;801586..801667;tac;;4;;4;;; ;801672..801742;tgg;;13;;13;;; ;801756..801831;cac;;26;;26;;; ;801858..801928;tgc;;28;;28;;; ;801957..802041;ttg;;356;356;;;;356 ;802398..802961;CDS;;284259;;;;188; ;;;;;;;;; comp;1087221..1088531;CDS;;157;157;;;437;157 comp;1088689..1088760;caa;;656;*656;;;; comp;1089417..1090313;CDS;;173317;;;;*299; ;;;;;;;;; comp;1263631..1265769;CDS;;188;188;;;*713;188 comp;1265958..1266031;aga;;222;222;;;; ;1266254..1268632;CDS;;84103;;;;*793; ;;;;;;;;; comp;1352736..1354022;CDS;;98;98;;;429;98 ;1354121..1354204;ctg;;204;204;;;; comp;1354409..1354928;CDS;;13182;;;;173; ;;;;;;;;; comp;1368111..1369307;CDS;;161;161;;;399;161 comp;1369469..1369541;gta;;3;;;3;; comp;1369545..1369616;gaa;;138;;;*138;; comp;1369755..1369828;atgj;;6;;;6;; comp;1369835..1369925;tcc;;8;;;8;; comp;1369934..1370006;aac;;7;;;;; comp;1370014..1370130;5s;;69;;;;; comp;1370200..1373111;23s;;126;;;;; comp;1373238..1373310;gca;;69;;;69;; comp;1373380..1373453;atc;;105;;;;; comp;1373559..1375130;16s;;547;*547;;;; ;1375678..1376604;CDS;;102845;;;;*309; ;;;;;;;;; comp;1479450..1479824;CDS;;200;200;;;125; comp;1480025..1480101;gac;;26;;;26;; comp;1480128..1480199;gaa;;3;;;3;; comp;1480203..1480275;gta;;2;;;2;; comp;1480278..1480351;cgt;;35;;;35;; comp;1480387..1480458;ggc;;36;;;;; comp;1480495..1480611;5s;;68;;;;; comp;1480680..1483590;23s;;208;;;;; comp;1483799..1485370;16s;;153;153;;;;153 comp;1485524..1485716;CDS;;20944;;;;64; ;;;;;;;;; comp;1506661..1507464;CDS;;270;270;;;268; comp;1507735..1507807;aag;+;34;;34;;; comp;1507842..1507914;aag;5 aag;33;;33;;; comp;1507948..1508020;aag;;33;;33;;; comp;1508054..1508126;aag;@3;33;;33;;; comp;1508160..1508232;aag;;130;130;;;;130 comp;1508363..1509226;CDS;;167;;;;288; ;;;;;;;;; ;1509394..1510872;CDS;;106;106;;;493;106 comp;1510979..1511051;gta;;3;;3;;; comp;1511055..1511126;gaa;;151;;*151;;; ;1511278..1511366;ctt;;113;113;;;; ;1511480..1512010;CDS;;21195;;;;177; ;;;;;;;;; comp;1533206..1534129;CDS;;355;355;;;308; comp;1534485..1534557;acg;;154;154;;;;154 comp;1534712..1535950;CDS;;18502;;;;413; ;;;;;;;;; ;1554453..1554638;CDS;;303;303;;;62;303 comp;1554942..1555029;agc;;673;*673;;;; comp;1555703..1556203;CDS;;595;;;;*167; ;;;;;;;;; ;1556799..1558178;CDS;;277;277;;;460; comp;1558456..1558572;5s;;68;;;;; comp;1558641..1561551;23s;;126;;;;; comp;1561678..1561750;gca;;69;;;69;; comp;1561820..1561893;atc;;105;;;;; comp;1561999..1563570;16s;;189;189;;;;189 ;1563760..1563948;CDS;;19274;;;;63; ;;;;;;;;; comp;1583223..1584392;CDS;;151;151;;;390;151 comp;1584544..1584628;ttg;+;17;;17;;; comp;1584646..1584730;ttg;2 ttg;28;;28;;; comp;1584759..1584829;tgc;2 ttc;26;;26;;; comp;1584856..1584931;cac;2 atgf;13;;13;;; comp;1584945..1585015;tgg;;4;;4;;; comp;1585020..1585101;tac;;8;;8;;; comp;1585110..1585182;ttc;;6;;6;;; comp;1585189..1585262;gac;;3;;3;;; comp;1585266..1585339;atgf;;9;;9;;; comp;1585349..1585436;tca;;42;;42;;; comp;1585479..1585550;gaa;;258;;*258;;; comp;1585809..1585899;agc;;2;;2;;; comp;1585902..1585975;atc;;3;;3;;; comp;1585979..1586049;gga;;14;;14;;; comp;1586064..1586136;ttc;;17;;17;;; comp;1586154..1586227;atgf;;11;;11;;; comp;1586239..1586312;atgi;;12;;12;;; comp;1586325..1586398;atg;;36;;36;;; comp;1586435..1586508;cca;;6;;6;;; comp;1586515..1586588;cgt;;5;;5;;; comp;1586594..1586679;tta;;15;;15;;; comp;1586695..1586766;ggc;;4;;4;;; comp;1586771..1586843;aca;;11;;11;;; comp;1586855..1586936;cta;;12;;12;;; comp;1586949..1587021;aaa;;2;;2;;; comp;1587024..1587096;gta;;157;157;;;; comp;1587254..1588681;CDS;;539;;;;476; ;;;;;;;;; comp;1589221..1590557;CDS;;156;156;;;446;156 comp;1590714..1590830;5s;;68;;;;; comp;1590899..1593809;23s;;126;;;;; comp;1593936..1594008;gca;;69;;;69;; comp;1594078..1594151;atc;;105;;;;; comp;1594257..1595828;16s;;581;*581;;;; comp;1596410..1597276;CDS;;189853;;;;*289; ;;;;;;;;; comp;1787130..1788440;CDS;;298;298;;;437;298 comp;1788739..1788855;5s;;68;;;;; comp;1788924..1791834;23s;@4;208;;;;; comp;1792043..1793614;16s;;436;*436;;;; comp;1794051..1794596;CDS;;-8;;;;*182; comp;1794589..1795436;CDS;;138;138;;;283;138 comp;1795575..1795648;gac;;3;;;3;; comp;1795652..1795724;gta;;2;;;2;; comp;1795727..1795800;cgt;;35;;;35;; comp;1795836..1795907;ggc;;19;;;19;; comp;1795927..1796000;cca;;3;;;3;; comp;1796004..1796076;aac;;7;;;;; comp;1796084..1796200;5s;;68;;;;; comp;1796269..1799179;23s;;208;;;;; comp;1799388..1800959;16s;;501;*501;;;; comp;1801461..1802087;CDS;;;;;;*209; </pre> ====lbu cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_cumuls|lbu cumuls]] <pre> lbu cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;0;1;0;100;5 ;16 23 5s 0;2;20;33;9;50;2;20;0;200;11 ;16 atc gca;5;40;11;3;100;12;40;2;300;19 ;16 23 5s a;2;60;2;0;150;11;60;3;400;11 ;max a;7;80;0;5;200;14;80;3;500;11 ;a doubles;0;100;0;0;250;3;100;4;600;2 ;autres;0;120;0;0;300;6;120;2;700;1 ;total aas;26;140;0;1;350;2;140;5;800;2 sans ;opérons;23;160;1;0;400;2;160;5;900;1 ;1 aa;16;180;0;0;450;1;180;1;1000;1 ;max a;26;200;0;0;500;1;200;2;1100;0 ;a doubles;3;;1;0;;10;;5;;0 ;total aas;72;;48;18;;64;;32;;64 total aas;;98;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;138;;320 ;;;variance;;;;;;81;;182 sans jaune;;;moyenne;14;29;;159;;114;;275 ;;;variance;12;29;;85;;50;;122 </pre> ====lbu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_blocs|lbu blocs]] <pre> lbu blocs;;;;;;; cds;'''277’;;cds;156;;cds;298 $5s;68;;$5s;68;;$5s;68 $23s;126;;$23s;126;;$23s;208 gca;69;;gca;69;;$16s;436 atc;105;;atc;105;;cds;-8 $16s;'''189’;;$16s;581;;cds;138 cds;;;cds;;;gac;3 ;;;;;;4aas;* cds;518;;cds;'''613’;;aac;7 $16s;106;;$16s;105;;$5s;68 atc;69;;atc;69;;$23s;208 gca;127;;gca;126;;$16s;501 $23s;68;;$23s;69;;cds; $5s;'''208’;;$5s;87;;; cds;;;cds;;;; ;;;;;;; cds;161;;cds hp;451;;cds;200 gta;3;;$16s;209;;gac;26 3aas;*;;$23s;69;;3aas;* aac;7;;$5s;275;;ggc;36 $5s;69;;cds hp;;;$5s;68 $23s;126;;;;;$23s;208 gca;69;;;;;$16s;153 atc;105;;;;;cds; $16s;'''547’;;;;;; cds;;;;;;; </pre> ====lbu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_distribution|lbu distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttg2;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;aag5;atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;2;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;3;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;2;gga; ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total lbu;;16;;;;;16;;lbu;49;;;;;;49;;lbu;7;;;;;;7;;lbu;;;;16;;;16 </pre> ====lbu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_données_intercalaires|lbu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;lbu;fx;fc;lbu;fx40;fc40;lbu;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;10;0;2;10;-1;1;80;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;1;142;1;0;24;-2;1;0;195;128;114;;atc;4;;ggc 1;0;20;2;128;2;0;36;-3;;1;95;125;4* 113;;atc;108;;ccg ;1;30;9;78;3;0;15;-4;4;55;134;11;tRNA 23s;;;**;;ggc ;0;40;17;35;4;0;10;-5;;0;59;69;128;;gca;5;;tac ;0;50;22;43;5;0;11;-6;;0;94;181;4* 127;;gca;**;;caa 1;2;60;27;43;6;0;5;-7;;3;158;117;5s tRNA;;;5;;cag 1;1;70;31;40;7;0;3;-8;1;38;98;85;2* 7;;aac;**;;gag ;1;80;26;34;8;0;4;-9;;0;119;296;36;;ggc;3;;aac 1;0;90;19;33;9;1;17;-10;;1;75;57;tRNA tRNA;;intra;24;;cca 1;3;100;21;39;10;0;17;-11;;24;137;170;5* 69;;atc gca;30;;ggc 2;1;110;15;43;11;0;15;-12;;0;30;787;tRNA tRNA;;contigu;2;;cgt 1;2;120;8;37;12;1;16;-13;;1;121;109;3;;gta;3;;gta 2;3;130;14;25;13;0;12;-14;1;17;61;530;138;;gaa;42;;gaa ;2;140;20;32;14;0;15;-15;2;0;341;222;6;;atgj;9;;tca ;0;150;10;25;15;0;16;-16;;0;204;98;8;;tcc;3;;atgf ;5;160;6;34;16;0;12;-17;;7;54;204;**;;aac;6;;gac 1;0;170;8;29;17;0;10;-18;;1;356;106;26;;gac;8;;ttc ;0;180;15;21;18;1;11;-19;;1;157;303;3;;gaa;4;;tac 1;1;190;8;16;19;0;12;-20;;5;126;;2;;gta;13;;tgg ;1;200;11;14;20;0;9;-21;;0;188;;35;;cgt;29;;cac 1;2;210;7;16;21;0;11;-22;;3;203;;**;;ggc;28;;tgc ;0;220;8;14;22;1;17;-23;;3;270;;2;;gta;**;;ttg 1;0;230;7;11;23;1;7;-24;;0;130;;35;;cgt;34;;aag ;0;240;5;13;24;1;5;-25;;2;113;;19;;ggc;33;;aag ;0;250;10;9;25;1;7;-26;;4;355;;3;;cca;33;;aag ;0;260;7;7;26;1;8;-27;;0;154;;**;;aac;33;;aag ;1;270;5;8;27;1;6;-28;;2;673;;;;;**;;aag ;0;280;7;7;28;1;5;-29;2;3;151;;;;;3;;gta ;0;290;2;12;29;2;5;-30;;0;157;;;;;-;151;gaa 1;0;300;1;5;30;0;7;-31;;2;102;;;;;**;;ctt 1;0;310;4;8;31;1;4;-32;;4;CDS 16s;;;;;17;;ttg ;0;320;7;2;32;0;4;-33;;0;451;613;;;;28;;ttg ;0;330;6;8;33;1;6;-34;;0;518;547;;;;29;;tgc ;0;340;5;2;34;1;2;-35;;3;510;295;;;;13;;cac ;1;350;0;4;35;0;3;-36;;0;258;;;;;4;;tgg ;2;360;1;2;36;1;4;-37;;0;298;;;;;8;;tac ;0;370;1;5;37;1;2;-38;;0;501;;;;;6;;ttc ;0;380;0;3;38;1;2;-39;1;0;23s 5s;;;;;3;;gac ;0;390;1;7;39;5;6;-40;;1;3* 71;;;;;9;;atgf ;0;400;3;3;40;6;2;-41;;0;6* 701;;;;;42;;tca 2;1;reste;32;51;reste;380;705;-42;;0;16s 23s;;;;;261;;gaa 18;30;total;411;1098;total;411;1098;-43;;0;218;;;;;2;;agc 16;29;diagr;377;1037;diagr;29;383;-44;1;0;3* 217;;;;;3;;atc 1;1; t30;12;348;;;;-45;;0;5s CDS;;;;;14;;gga ;;;;;;;;-46;;2;308;208;;;;17;;ttc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;87;277;;;;11;;atgf ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;156;;;;;12;;atgi ;x;409;20;2;431;;;-49;;1;298;;;;;36;;atgj ;c;1088;280;10;1378;;;-50;;15;;;;;;6;;cca ;;;;;1809;198;;reste;6;0;;;;;;5;;cgt ;;;;;;2007;;total;20;280;;;;;;15;;tta ;;;;;;;;;;;;;;;;4;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;11;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;12;;cta ;;;;;;;;;;;;;;;;2;;aaa ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta </pre> =====lbu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_autres_intercalaires_aas|lbu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;lbu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;18533;19237;128;*; ;;tRNA;19366;19438;195;*;act fin;;CDS;19634;20371;;; deb;;CDS;29805;29966;95;*; ;;tRNA;30062;30134;134;*;act fin;;CDS;30269;30907;;; deb;;CDS;42676;43248;451;*; ;;rRNA;43700;45263;218;*;1564 ;;rRNA;45482;48389;71;*;2908 ;;rRNA;48461;48577;308;*;117 fin;;CDS;48886;49215;;; deb;;CDS;64875;65066;71;*; ;;misc_b;65138;65377;147;*; fin;;CDS;65525;65743;;; deb;comp;CDS;105771;106547;59;*; ;comp;tRNA;106607;106679;125;*;aag fin;;CDS;106805;107533;;; deb;comp;CDS;118390;119745;29;*; ;comp;regulatory;119775;119862;185;*; fin;;CDS;120048;121523;;; deb;comp;CDS;134737;136320;120;*; ;comp;regulatory;136441;136616;92;*; fin;comp;CDS;136709;137335;;0; deb;;CDS;211288;212553;94;*; ;;tRNA;212648;212720;11;*;acc fin;comp;CDS;212732;213079;;; deb;;CDS;215354;216541;50;*; ;;misc_b;216592;216828;95;*; fin;;CDS;216924;217778;;; deb;comp;CDS;242936;243505;67;*; ;comp;regulatory;243573;243670;189;*; fin;;CDS;243860;245017;;; deb;;CDS;278260;278928;69;*; ;comp;tRNA;278998;279068;181;*;ggg fin;;CDS;279250;280275;;; deb;;CDS;280740;281354;106;*; ;;regulatory;281461;281624;89;*; fin;;CDS;281714;284404;;; deb;comp;CDS;324323;324949;117;*; ;;tRNA;325067;325138;4;*;ggc ;;tRNA;325143;325216;108;*;ccg ;;tRNA;325325;325396;158;*;ggc fin;;CDS;325555;326016;;; deb;;CDS;363903;364394;98;*; ;;tRNA;364493;364564;119;*;caa fin;;CDS;364684;364854;;; deb;;CDS;366347;367402;75;*; ;;tRNA;367478;367559;5;*;tac ;;tRNA;367565;367636;137;*;caa fin;;CDS;367774;368166;;; deb;;CDS;382446;382907;30;*; ;;tRNA;382938;383023;121;*;ctt fin;;CDS;383145;383768;;; deb;;CDS;425577;426662;66;*; ;;regulatory;426729;426825;44;*; fin;;CDS;426870;427439;;0; deb;;CDS;454210;455529;61;*; ;;tRNA;455591;455665;341;*;agg fin;;CDS;456007;457035;;; deb;;CDS;532593;533285;85;*; ;comp;tRNA;533371;533442;296;*;cgg fin;;CDS;533739;534782;;; deb;;CDS;574078;575265;66;*; ;;tmRNA;575332;575693;294;*; fin;;CDS;575988;576143;;; deb;;CDS;583246;584728;57;*; ;comp;tRNA;584786;584858;5;*;cag ;comp;tRNA;584864;584935;170;*;gag fin;;CDS;585106;586110;;; deb;;CDS;673933;676341;66;*; ;;misc_b;676408;676655;83;*; fin;;CDS;676739;677599;;; deb;;CDS;681099;682741;518;*; ;;rRNA;683260;684823;114;*;1564 ;;tRNA;684938;685011;69;*;atc ;;tRNA;685081;685153;128;*;gca ;;rRNA;685282;688189;70;*;2908 ;;rRNA;688260;688376;208;*;117 fin;comp;CDS;688585;689738;;; deb;;CDS;727702;728421;27;*; ;;regulatory;728449;728564;80;*; fin;;CDS;728645;729349;;; deb;comp;CDS;745596;745751;204;*; ;comp;tRNA;745956;746044;787;*;tcg fin;;CDS;746832;749597;;; deb;;CDS;755313;756185;29;*; ;;repeat_region;756215;757463;258;*; fin;;CDS;757722;758336;;; deb;;CDS;786339;787004;54;*; ;;tRNA;787059;787142;109;*;ctg fin;comp;CDS;787252;787872;;0; deb;comp;CDS;789978;791867;613;*; ;;rRNA;792481;794044;113;*;1564 ;;tRNA;794158;794231;69;*;atc ;;tRNA;794301;794373;127;*;gca ;;rRNA;794501;797408;71;*;2908 ;;rRNA;797480;797596;87;*;117 fin;;CDS;797684;798559;;0; deb;comp;CDS;798596;800178;530;*; ;;tRNA;800709;800781;3;*;aac ;;tRNA;800785;800858;24;*;cca ;;tRNA;800883;800954;30;*;ggc ;;tRNA;800985;801058;2;*;cgt ;;tRNA;801061;801133;3;*;gta ;;tRNA;801137;801208;42;*;gaa ;;tRNA;801251;801338;9;*;tca ;;tRNA;801348;801421;3;*;atgf ;;tRNA;801425;801498;6;*;gac ;;tRNA;801505;801577;8;*;ttc ;;tRNA;801586;801667;4;*;tac ;;tRNA;801672;801742;13;*;tgg ;;tRNA;801756;801828;29;*;cac ;;tRNA;801858;801928;28;*;tgc ;;tRNA;801957;802041;356;*;ttg fin;;CDS;802398;804017;;; deb;;CDS;862229;862693;29;*; ;;ncRNA;862723;863083;125;*; fin;;CDS;863209;864333;;; deb;comp;CDS;905582;905794;173;*; ;comp;misc_b;905968;906185;390;*; fin;;CDS;906576;907085;;0; deb;comp;CDS;952333;952842;390;*; ;;misc_b;953233;953450;173;*; fin;;CDS;953624;953836;;; deb;comp;CDS;1087221;1088531;157;*; ;comp;tRNA;1088689;1088760;126;*;caa fin;comp;CDS;1088887;1089033;;; deb;comp;CDS;1242851;1243162;16;*; ;comp;misc_f;1243179;1243255;147;*; fin;;CDS;1243403;1243759;;0; deb;comp;CDS;1263631;1265769;188;*; ;comp;tRNA;1265958;1266031;222;*;aga fin;;CDS;1266254;1268632;;; deb;comp;CDS;1297694;1298743;37;*; ;comp;misc_b;1298781;1298982;42;*; fin;comp;CDS;1299025;1299375;;; deb;comp;CDS;1309324;1309845;47;*; ;comp;misc_f;1309893;1310004;394;*; fin;;CDS;1310399;1311799;;0; deb;comp;CDS;1352736;1354022;98;*; ;;tRNA;1354121;1354204;204;*;ctg fin;comp;CDS;1354409;1355976;;; deb;comp;CDS;1368111;1369307;-3;*; ;comp;regulatory;1369305;1369392;76;*; ;comp;tRNA;1369469;1369541;3;*;gta ;comp;tRNA;1369545;1369616;138;*;gaa ;comp;tRNA;1369755;1369828;6;*;atgj ;comp;tRNA;1369835;1369925;8;*;tcc ;comp;tRNA;1369934;1370006;7;*;aac ;comp;rRNA;1370014;1370130;71;*;117 ;comp;rRNA;1370202;1373110;127;*;2909 ;comp;tRNA;1373238;1373310;69;*;gca ;comp;tRNA;1373380;1373453;113;*;atc ;comp;rRNA;1373567;1375130;547;*;1564 fin;;CDS;1375678;1376604;;; deb;comp;CDS;1418883;1420661;53;*; ;comp;ncRNA;1420715;1420811;9;*; fin;comp;CDS;1420821;1421330;;; deb;comp;CDS;1434541;1435050;33;*; ;comp;misc_f;1435084;1435213;440;*; fin;;CDS;1435654;1436972;;; deb;comp;CDS;1479450;1479824;203;*; ;comp;tRNA;1480028;1480101;26;*;gac ;comp;tRNA;1480128;1480199;3;*;gaa ;comp;tRNA;1480203;1480275;2;*;gta ;comp;tRNA;1480278;1480351;35;*;cgt ;comp;tRNA;1480387;1480458;36;*;ggc ;comp;rRNA;1480495;1480611;70;*;117 ;comp;rRNA;1480682;1483589;217;*;2908 ;comp;rRNA;1483807;1485370;510;*;1564 fin;comp;CDS;1485881;1487044;;; deb;comp;CDS;1506661;1507464;270;*; ;comp;tRNA;1507735;1507807;34;*;aag ;comp;tRNA;1507842;1507914;33;*;aag ;comp;tRNA;1507948;1508020;33;*;aag ;comp;tRNA;1508054;1508126;33;*;aag ;comp;tRNA;1508160;1508232;130;*;aag fin;comp;CDS;1508363;1509226;;0; deb;;CDS;1509394;1510872;106;*; ;comp;tRNA;1510979;1511051;3;*;gta ;comp;tRNA;1511055;1511126;151;*;gaa ;;tRNA;1511278;1511366;113;*;ctt fin;;CDS;1511480;1512010;;0; deb;comp;CDS;1533206;1534129;355;*; ;comp;tRNA;1534485;1534557;154;*;acg fin;comp;CDS;1534712;1535950;;0; deb;;CDS;1554441;1554638;303;*; ;comp;tRNA;1554942;1555029;673;*;agc fin;comp;CDS;1555703;1556164;;0; deb;;CDS;1556799;1558178;277;*; ;comp;rRNA;1558456;1558572;70;*;117 ;comp;rRNA;1558643;1561550;127;*;2908 ;comp;tRNA;1561678;1561750;69;*;gca ;comp;tRNA;1561820;1561893;113;*;act ;comp;rRNA;1562007;1563570;258;*;1564 fin;comp;CDS;1563829;1564131;;0; deb;comp;CDS;1583223;1584392;151;*; ;comp;tRNA;1584544;1584628;17;*;ttg ;comp;tRNA;1584646;1584730;28;*;ttg ;comp;tRNA;1584759;1584829;29;*;tgc ;comp;tRNA;1584859;1584931;13;*;cac ;comp;tRNA;1584945;1585015;4;*;tgg ;comp;tRNA;1585020;1585101;8;*;tac ;comp;tRNA;1585110;1585182;6;*;ttc ;comp;tRNA;1585189;1585262;3;*;gac ;comp;tRNA;1585266;1585339;9;*;atgf ;comp;tRNA;1585349;1585436;42;*;tca ;comp;tRNA;1585479;1585550;261;*;gaa ;comp;tRNA;1585812;1585899;2;*;agc ;comp;tRNA;1585902;1585975;3;*;atc ;comp;tRNA;1585979;1586049;14;*;gga ;comp;tRNA;1586064;1586136;17;*;ttc ;comp;tRNA;1586154;1586227;11;*;atgf ;comp;tRNA;1586239;1586312;12;*;atgi ;comp;tRNA;1586325;1586398;36;*;atgj ;comp;tRNA;1586435;1586508;6;*;cca ;comp;tRNA;1586515;1586588;5;*;cgt ;comp;tRNA;1586594;1586679;15;*;tta ;comp;tRNA;1586695;1586766;4;*;ggc ;comp;tRNA;1586771;1586843;11;*;aca ;comp;tRNA;1586855;1586936;12;*;cta ;comp;tRNA;1586949;1587021;2;*;aaa ;comp;tRNA;1587024;1587096;157;*;gta fin;comp;CDS;1587254;1588681;;; 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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP009902;ban*;;genome;;;;;;aas;cds dirigé 35.1%GC;15.8.19 Paris;16s 11;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Bacillus anthracis strain 2002013094;;;;;;;;;; ;618142..618366;;CDS;;188;188;;;75;188 ;618555..618627;;gtc;;419;*419;;;; comp;619047..619235;;CDS;;;;;;63; ;;;;;;;;;; comp;1102183..1102602;;CDS;;130;130;;;140;130 comp;1102733..1102804;;gaa;+;1;;;1;; comp;1102806..1102880;;aac;2 aca;8;;;8;; comp;1102889..1102965;;atc;2 tca;11;;;11;; comp;1102977..1103047;;tgg;;6;;;6;; comp;1103054..1103126;;aca;;9;;;9;; comp;1103136..1103211;;ttc;;9;;;9;; comp;1103221..1103296;;gac;;4;;;4;; comp;1103301..1103377;;atgf;;20;;;20;; comp;1103398..1103490;;tca;;54;;;54;; comp;1103545..1103637;;tca;;20;;;20;; comp;1103658..1103730;;gca;;16;;;16;; comp;1103747..1103820;;cca;;10;;;10;; comp;1103831..1103904;;cgt;;3;;;3;; comp;1103908..1103996;;tta;;16;;;16;; comp;1104013..1104087;;ggc;;29;;;29;; comp;1104117..1104197;;cta;;22;;;22;; comp;1104220..1104295;;cac;;9;;;9;; 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;;;;;;;;;; comp;1702642..1703788;;CDS;;114;114;;;382;114 comp;1703903..1703975;;gca;;10;;;10;; comp;1703986..1704057;;ggc;;5;;;5;; comp;1704063..1704138;;aaa;;5;;;5;; comp;1704144..1704218;;caa;;65;;;65;; comp;1704284..1704366;;tac;;17;;;17;; comp;1704384..1704459;;gta;;5;;;5;; comp;1704465..1704539;;gaa;;24;;;24;; comp;1704564..1704636;;acc;;4;;;4;; comp;1704641..1704715;;aac;;9;;;;; comp;1704725..1704840;;5s;;82;;;;; comp;1704923..1707851;;23s;;141;;;;; comp;1707993..1709545;;16s;;223;223;;;; comp;1709769..1709987;;CDS;;;;;;73; ;;;;;;;;;; comp;1767157..1767618;;CDS;;206;206;;;154;206 comp;1767825..1767940;;5s;;45;;;;; comp;1767986..1770913;;23s;;141;;;;; comp;1771055..1772608;;16s;;372;*372;;;; comp;1772981..1774480;;CDS;;;;;;*500; ;;;;;;;;;; comp;1787717..1790188;;CDS;;259;259;;;*824; comp;1790448..1790519;;gaa;;13;;13;;; comp;1790533..1790606;;atgj;@2;160;160;;;;160 comp;1790767..1791249;;CDS;;;;;;161; ;;;;;;;;;; comp;1820538..1820717;;CDS;;190;190;;;60;190 comp;1820908..1821023;;5s;;44;;;;; comp;1821068..1823996;;23s;;77;;;;; comp;1824074..1824149;;gca;;8;;;8;; comp;1824158..1824234;;atc;;130;;;;; comp;1824365..1825919;;16s;;217;217;;;; comp;1826137..1826406;;CDS;;;;;;90; ;;;;;;;;;; comp;1832600..1832992;;CDS;;166;166;;;131; comp;1833159..1833251;;tca;;156;156;;;;156 comp;1833408..1834682;;CDS;;;;;;425; ;;;;;;;;;; ;1839668..1840669;;CDS;;34;34;;;334;34 comp;1840704..1840819;;5s;;44;;;;; comp;1840864..1843791;;23s;;76;;;;; comp;1843868..1843943;;gca;;8;;;8;; comp;1843952..1844028;;atc;;130;;;;; comp;1844159..1845713;;16s;;240;240;;;; comp;1845954..1848425;;CDS;;;;;;*824; ;;;;;;;;;; ;1873838..1875127;;CDS;;139;139;;;430;139 ;1875267..1875342;;aaa;;13;;13;;; ;1875356..1875427;;gaa;;21;;21;;; ;1875449..1875524;;gac;;41;;41;;; ;1875566..1875638;;ttc;;403;*403;;;; ;1876042..1876749;;CDS;;;;;;236; ;;;;;;;;;; comp;2217640..2217846;;CDS;;205;205;;;69;205 ;2218052..2218130;;cgg;;255;255;;;; ;2218386..2219693;;CDS;;;;;;436; ;;;;;;;;;; comp;2428815..2429495;;CDS;;404;*404;;;227; ;2429900..2431456;;16s;;139;;;;; ;2431596..2434524;;23s;;97;;;;; ;2434622..2434737;;5s;;4;;;;; ;2434742..2434817;;gta;+;4;;;4;; ;2434822..2434897;;aca;2 cta;9;;;9;; ;2434907..2434982;;cac;2 aca;22;;;22;; ;2435005..2435085;;cta;;29;;;29;; ;2435115..2435189;;ggc;;16;;;16;; ;2435206..2435294;;tta;;3;;;3;; ;2435298..2435371;;cgt;;10;;;10;; ;2435382..2435455;;cca;;16;;;16;; ;2435472..2435544;;gca;;20;;;20;; ;2435565..2435657;;tca;;54;;;54;; ;2435712..2435805;;cta;;20;;;20;; ;2435826..2435902;;atgf;;1;;;1;; ;2435904..2435979;;gac;;12;;;12;; ;2435992..2436067;;ttc;;14;;;14;; ;2436082..2436157;;aca;;10;;;10;; ;2436168..2436243;;aaa;;13;;;13;; ;2436257..2436327;;gga;;10;;;10;; ;2436338..2436414;;atc;;7;;;7;; ;2436422..2436496;;aac;;7;;;7;; ;2436504..2436594;;agc;;6;;;6;; ;2436601..2436672;;gaa;;59;59;;;;59 ;2436732..2436842;;CDS;;;;;;37; ;;;;;;;;;; ;2798971..2799474;;CDS;;109;109;;;168;109 ;2799584..2799657;;gga;;1;;1;;; ;2799659..2799735;;aga;;407;*407;;;; ;2800143..2800343;;CDS;;;;;;67; ;;;;;;;;;; comp;2991608..2992366;;CDS;;242;242;;;253; ;2992609..2992682;;atgi;;221;221;;;;221 ;2992904..2993515;;CDS;;;;;;204; </pre> ====ban cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_cumuls|ban cumuls]] <pre> ban* cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;3;2;1;0;1;0;100;10 ;16 23 5s 0;4;20;25;47;50;2;20;1;200;9 ;16 atc gca;2;40;3;6;100;3;40;1;300;6 ;16 23 5s a;5;60;4;2;150;6;60;2;400;4 ;max a;21;80;0;2;200;7;80;0;500;4 ;a doubles;2;100;2;0;250;8;100;1;600;1 ;autres;0;120;0;0;300;3;120;4;700;1 ;total aas;66;140;0;0;350;0;140;2;800;0 sans ;opérons;9;160;0;0;400;2;160;2;900;2 ;1 aa;5;180;0;0;450;3;180;0;1000;0 ;max a;33;200;0;0;500;0;200;2;1100;1 ;a doubles;1;;0;0;;0;;4;;0 ;total aas;46;;37;59;;34;;19;;38 total aas;;112;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;18;15;;232;;132;;274 ;;;variance;21;14;;143;;62;;238 sans jaune;;;moyenne;14;;;165;;;;191 ;;;variance;14;;;71;;;;124 </pre> ====ban blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_blocs|ban blocs]] <pre> ban intercalaires des 11 clusters à rrnas;;;;;;;; cds;694’;;cds;386’;;cds;114; 16s;141;;16s;141;;aac;*; 23s;97;;23s;96;;31aas;1; 5s;4;;5s;9;;gga;75; gta;*;;aac;*;;16s;141; 17aas;1;;9aas;10;;23s;46; gaa;130;;ttg;207’;;5s;12; cds;;;cds;;;atgf;3; ;;;;;;gac;174; cds;223;;cds;404’;;cds;; 16s;141;;16s;139;;;; 23s;82;;23s;97;;cds;217;240 5s;9;;5s;4;;16s;130;130 aac;*;;gta;4;;atc;8;8 7aas;10;;19aas;*;;gca;77;76 gca;114;;gaa;59;;23s;44;44 cds;;;cds;;;5s;190;34’ ;;;;;;cds;; cds;476’;451’;294;372;;;; 16s;173;142;153;141;;;; 23s;49;46;45;45;;;; 5s;57’;99’;14’;206;;;; cds;;;;;;;; </pre> ====ban distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_distribution|ban distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;tca2 5s;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;2;tgc;1 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;3;acc;2;aac;6;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;4 gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;6 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;4;tca;5;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;5;aaa;4;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;5;cca;4;caa;4;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;6;gca;4;gaa;6;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ban;;5;;;;;5;;ban;8;;;;;;8;;;;;;;;;;;ban;;;;93;;;93 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;33 -16s;; </pre> ====ban données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_données_intercalaires|ban données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ban;fx;fc;ban;fx40;fc40;ban;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;33;0;0;33;-1;;73;188;419;16s tRNA;;;tRNA tRNA;suite;contigu;tRNA tRNA;suite;contigu ;0;10;16;234;1;1;38;-2;;1;130;210;2* 132;;atc;14;;tgc;10;;gca ;0;20;41;427;2;2;35;-3;;0;198;205;;;;5;;ggc;5;;ggc ;0;30;81;192;3;2;40;-4;3;241;115;242;tRNA 16s;;;63;;caa;5;;aaa ;0;40;134;137;4;3;33;-5;;0;174;;76;;gaa;19;;cac;65;;caa ;0;50;84;97;5;1;20;-6;;0;114;;tRNA 23s;;gca;7;;tgg;17;;tac ;0;60;75;97;6;0;22;-7;;3;114;;80;;;17;;tac;5;;gta ;0;70;35;120;7;3;10;-8;1;84;259;;79;;;5;;gta;24;;gaa ;0;80;36;127;8;1;7;-9;2;0;160;;5s tRNA;;;24;;gaa;4;;acc ;0;90;38;94;9;0;12;-10;;3;166;;2* 4;;gta;4;;acc;**;;aac ;0;100;57;108;10;3;17;-11;1;30;156;;2* 9;;aac;**;;aac;4;;gta ;1;110;44;135;11;3;31;-12;1;0;139;;12;;atgf;3;;gac;9;;aca ;3;120;52;132;12;2;63;-13;;10;403;;tRNA tRNA;;intra;**;;atgf;22;;cac ;1;130;45;108;13;4;42;-14;1;19;258;;2* 8;;atc gca;1;;gga;29;;cta ;1;140;38;89;14;6;50;-15;;0;657;;tRNA tRNA;;;4;;cca;16;;ggc ;0;150;55;94;15;2;62;-16;;5;109;;13;;gaa;3;;cgt;3;;tta ;2;160;37;82;16;4;37;-17;;15;410;;**;;atgj;16;;tta;10;;cgt ;1;170;45;66;17;4;39;-18;;0;221;;139;;;29;;ggc;16;;cca ;1;180;39;55;18;5;40;-19;;3;CDS 16s;;13;;aaa;14;;cta;20;;gca ;1;190;42;62;19;3;31;-20;;15;295;695;21;;gaa;5;;aaa;54;;tca ;1;200;42;51;20;8;32;-21;;0;224;387;41;;gac;87;;caa;20;;cta 2;0;210;34;65;21;1;29;-22;;3;373;477;**;;ttc;46;;gac;1;;atgf ;0;220;25;48;22;6;21;-23;;10;218;452;1;;gga;4;;gta;12;;gac ;1;230;30;43;23;7;29;-24;;0;241;404;**;;aga;1;;gaa;14;;ttc ;0;240;28;35;24;10;21;-25;1;5;23s 5s;;tRNA tRNA;;contigu;8;;aac;10;;aca 1;0;250;22;30;25;6;16;-26;;10;2* 101;;1;;gaa;11;;atc;13;;aaa ;2;260;25;25;26;6;18;-27;;0;100;;8;;aac;6;;tgg;10;;gga ;0;270;22;36;27;9;20;-28;1;3;3* 50;;11;;atc;9;;aca;7;;atc ;0;280;26;29;28;13;12;-29;;2;2* 49;;6;;tgg;8;;ttc;7;;aac ;0;290;15;28;29;13;16;-30;;0;86;;9;;aca;4;;gac;6;;agc ;0;300;20;28;30;10;10;-31;;1;2* 48;;9;;ttc;20;;atgf;**;;gaa ;0;310;12;32;31;10;22;-32;;6;16s 23s;;4;;gac;54;;tca;;; ;0;320;17;19;32;5;13;-33;;0;5* 146;;20;;atgf;20;;tca;;; ;0;330;11;26;33;15;17;-34;;1;147;;54;;tca;16;;gca;;; ;0;340;22;28;34;10;12;-35;;6;177;;20;;tca;10;;cca;;; ;0;350;8;27;35;18;12;-36;;0;158;;16;;gca;3;;cgt;;; ;0;360;19;17;36;12;16;-37;;2;144;;10;;cca;16;;tta;;; ;0;370;11;17;37;11;13;-38;;2;5s CDS;;3;;cgt;29;;ggc;;; ;0;380;13;13;38;12;13;-39;;0;190;57;16;;tta;13;;cta;;; ;0;390;10;20;39;19;11;-40;;0;206;99;29;;ggc;5;;aaa;;; ;0;400;10;15;40;22;8;-41;;0;;14;22;;cta;87;;caa;;; 1;3;reste;163;168;reste;1307;2266;-42;1;0;;34;9;;cac;46;;gac;;; 4;18;total;1579;3289;total;1579;3289;-43;;0;;;4;;aca;4;;gta;;; 3;15;diagr;1416;3088;diagr;272;990;-44;;2;;;**;;gta;8;;gaa;;; 0;0; t30;138;853;;;;-45;;0;;;;;;3;;agc;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;**;;aac;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;; ;x;1579;13;0;1592;;;-49;;1;;;;;;;;;;; ;c;3256;564;33;3853;;;-50;;8;;;;;;;;;;; ;;;;;5445;173;;reste;1;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;5618;;total;13;564;;;;;;;;;;; </pre> =====ban autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_autres_intercalaires_aas|ban autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ban;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;342504;342953;175;*; ;comp;ncRNA;343129;343312;21;*; ;comp;ncRNA;343334;343516;116;*; fin;comp;CDS;343633;344466;;; deb;comp;CDS;359943;361082;180;*; ;comp;ncRNA;361263;361653;87;*; fin;comp;CDS;361741;362079;;; deb;;CDS;618142;618366;188;*; ;;tRNA;618555;618627;419;*;gtc fin;comp;CDS;619047;619235;;; deb;comp;CDS;1102183;1102602;130;*; ;comp;tRNA;1102733;1102804;1;*;gaa ;comp;tRNA;1102806;1102880;8;*;aac ;comp;tRNA;1102889;1102965;11;*;atc ;comp;tRNA;1102977;1103047;6;*;tgg ;comp;tRNA;1103054;1103126;9;*;aca ;comp;tRNA;1103136;1103211;9;*;ttc ;comp;tRNA;1103221;1103296;4;*;gac ;comp;tRNA;1103301;1103377;20;*;atgf ;comp;tRNA;1103398;1103490;54;*;tca ;comp;tRNA;1103545;1103637;20;*;tca ;comp;tRNA;1103658;1103730;16;*;gca ;comp;tRNA;1103747;1103820;10;*;cca ;comp;tRNA;1103831;1103904;3;*;cgt ;comp;tRNA;1103908;1103996;16;*;tta ;comp;tRNA;1104013;1104087;29;*;ggc ;comp;tRNA;1104117;1104197;22;*;cta ;comp;tRNA;1104220;1104295;9;*;cac ;comp;tRNA;1104305;1104380;4;*;aca ;comp;tRNA;1104385;1104460;4;*;gta ;comp;rRNA;1104465;1104580;101;*;116 ;comp;rRNA;1104682;1107601;146;*;2920 ;comp;rRNA;1107748;1109298;695;*;1551 fin;;CDS;1109994;1113038;;0; deb;comp;CDS;1306706;1307848;198;*; ;comp;tRNA;1308047;1308120;115;*;gga fin;comp;CDS;1308236;1308889;;; deb;;CDS;1312025;1312345;210;*; ;comp;tRNA;1312556;1312637;10;*;ttg ;comp;tRNA;1312648;1312718;14;*;tgc ;comp;tRNA;1312733;1312807;5;*;ggc ;comp;tRNA;1312813;1312887;63;*;caa ;comp;tRNA;1312951;1313026;19;*;cac ;comp;tRNA;1313046;1313119;7;*;tgg ;comp;tRNA;1313127;1313210;17;*;tac ;comp;tRNA;1313228;1313303;5;*;gta ;comp;tRNA;1313309;1313383;24;*;gaa ;comp;tRNA;1313408;1313480;4;*;acc ;comp;tRNA;1313485;1313559;9;*;aac ;comp;rRNA;1313569;1313684;100;*;116 ;comp;rRNA;1313785;1316706;146;*;2922 ;comp;rRNA;1316853;1318404;387;*;1552 fin;;CDS;1318792;1319148;;0; deb;;CDS;1556278;1556507;57;*; ;comp;rRNA;1556565;1556680;50;*;116 ;comp;rRNA;1556731;1560125;177;*;3395 ;comp;rRNA;1560303;1562131;477;*;1829 fin;;CDS;1562609;1563322;;; deb;;CDS;1566949;1567219;99;*; ;comp;rRNA;1567319;1567434;50;*;116 ;comp;rRNA;1567485;1570406;147;*;2922 ;comp;rRNA;1570554;1572114;452;*;1561 fin;;CDS;1572567;1574498;;; deb;;CDS;1579539;1580615;14;*; ;comp;rRNA;1580630;1580745;49;*;116 ;comp;rRNA;1580795;1583909;158;*;3115 ;comp;rRNA;1584068;1585719;295;*;1652 fin;comp;CDS;1586015;1587520;;; deb;comp;CDS;1600693;1601166;174;*; ;comp;tRNA;1601341;1601416;3;*;gac ;comp;tRNA;1601420;1601496;12;*;atgf ;comp;rRNA;1601509;1601624;50;*;116 ;comp;rRNA;1601675;1604595;146;*;2921 ;comp;rRNA;1604742;1606293;76;*;1552 ;comp;tRNA;1606370;1606440;1;*;gga ;comp;tRNA;1606442;1606518;4;*;cca ;comp;tRNA;1606523;1606599;3;*;cgt ;comp;tRNA;1606603;1606691;16;*;tta ;comp;tRNA;1606708;1606782;29;*;ggc ;comp;tRNA;1606812;1606892;14;*;cta ;comp;tRNA;1606907;1606982;5;*;aaa ;comp;tRNA;1606988;1607062;87;*;caa ;comp;tRNA;1607150;1607225;46;*;gac ;comp;tRNA;1607272;1607347;4;*;gta ;comp;tRNA;1607352;1607426;1;*;gaa ;comp;tRNA;1607428;1607502;8;*;aac ;comp;tRNA;1607511;1607587;11;*;atc ;comp;tRNA;1607599;1607669;6;*;tgg ;comp;tRNA;1607676;1607748;9;*;aca ;comp;tRNA;1607758;1607833;8;*;ttc ;comp;tRNA;1607842;1607917;4;*;gac ;comp;tRNA;1607922;1607998;20;*;atgf ;comp;tRNA;1608019;1608111;54;*;tca ;comp;tRNA;1608166;1608258;20;*;tca ;comp;tRNA;1608279;1608351;16;*;gca ;comp;tRNA;1608368;1608441;10;*;cca ;comp;tRNA;1608452;1608525;3;*;cgt ;comp;tRNA;1608529;1608617;16;*;tta ;comp;tRNA;1608634;1608708;29;*;ggc ;comp;tRNA;1608738;1608818;13;*;cta ;comp;tRNA;1608832;1608907;5;*;aaa ;comp;tRNA;1608913;1608987;87;*;caa ;comp;tRNA;1609075;1609150;46;*;gac ;comp;tRNA;1609197;1609272;4;*;gta ;comp;tRNA;1609277;1609351;8;*;gaa ;comp;tRNA;1609360;1609450;3;*;agc ;comp;tRNA;1609454;1609528;114;*;aac fin;comp;CDS;1609643;1610101;;0; deb;comp;CDS;1702642;1703788;114;*; ;comp;tRNA;1703903;1703975;10;*;gca ;comp;tRNA;1703986;1704057;5;*;ggc ;comp;tRNA;1704063;1704138;5;*;aaa ;comp;tRNA;1704144;1704218;65;*;caa ;comp;tRNA;1704284;1704366;17;*;tac ;comp;tRNA;1704384;1704459;5;*;gta ;comp;tRNA;1704465;1704539;24;*;gaa ;comp;tRNA;1704564;1704636;4;*;acc ;comp;tRNA;1704641;1704715;9;*;aac ;comp;rRNA;1704725;1704840;86;*;116 ;comp;rRNA;1704927;1707848;146;*;2922 ;comp;rRNA;1707995;1709544;224;*;1550 fin;comp;CDS;1709769;1709987;;0; deb;comp;CDS;1767157;1767618;206;*; ;comp;rRNA;1767825;1767940;49;*;116 ;comp;rRNA;1767990;1770910;146;*;2921 ;comp;rRNA;1771057;1772607;373;*;1551 fin;comp;CDS;1772981;1774480;;; deb;comp;CDS;1787717;1790188;259;*; ;comp;tRNA;1790448;1790519;13;*;gaa ;comp;tRNA;1790533;1790606;160;*;atgj fin;comp;CDS;1790767;1791249;;; deb;comp;CDS;1820538;1820717;190;*; ;comp;rRNA;1820908;1821023;48;*;116 ;comp;rRNA;1821072;1823993;80;*;2922 ;comp;tRNA;1824074;1824149;8;*;gca ;comp;tRNA;1824158;1824234;132;*;atc ;comp;rRNA;1824367;1825918;218;*;1552 fin;comp;CDS;1826137;1826406;;; deb;comp;CDS;1827820;1829508;132;*; ;comp;ncRNA;1829641;1829905;79;*; fin;comp;CDS;1829985;1830485;;0; deb;comp;CDS;1832600;1832992;166;*; ;comp;tRNA;1833159;1833251;156;*;tca fin;comp;CDS;1833408;1834682;;; deb;;CDS;1839668;1840669;34;*; ;comp;rRNA;1840704;1840819;48;*;116 ;comp;rRNA;1840868;1843788;79;*;2921 ;comp;tRNA;1843868;1843943;8;*;gca ;comp;tRNA;1843952;1844028;132;*;atc ;comp;rRNA;1844161;1845712;241;*;1552 fin;comp;CDS;1845954;1848425;;; deb;;CDS;1873838;1875127;139;*; ;;tRNA;1875267;1875342;13;*;aaa ;;tRNA;1875356;1875427;21;*;gaa ;;tRNA;1875449;1875524;41;*;gac ;;tRNA;1875566;1875638;403;*;ttc fin;;CDS;1876042;1876749;;; deb;comp;CDS;2217640;2217846;205;*; ;;tRNA;2218052;2218127;258;*;cgg fin;;CDS;2218386;2219693;;; deb;;CDS;2250178;2250645;126;*; ;;tmRNA;2250772;2251126;407;*; fin;;CDS;2251534;2252211;;; deb;comp;CDS;2428815;2429495;404;*; ;;rRNA;2429900;2431454;144;*;1555 ;;rRNA;2431599;2434520;101;*;2922 ;;rRNA;2434622;2434737;4;*;116 ;;tRNA;2434742;2434817;4;*;gta ;;tRNA;2434822;2434897;9;*;aca ;;tRNA;2434907;2434982;22;*;cac ;;tRNA;2435005;2435085;29;*;cta ;;tRNA;2435115;2435189;16;*;ggc ;;tRNA;2435206;2435294;3;*;tta ;;tRNA;2435298;2435371;10;*;cgt ;;tRNA;2435382;2435455;16;*;cca ;;tRNA;2435472;2435544;20;*;gca ;;tRNA;2435565;2435657;54;*;tca ;;tRNA;2435712;2435805;20;*;cta ;;tRNA;2435826;2435902;1;*;atgf ;;tRNA;2435904;2435979;12;*;gac ;;tRNA;2435992;2436067;14;*;ttc ;;tRNA;2436082;2436157;10;*;aca ;;tRNA;2436168;2436243;13;*;aaa ;;tRNA;2436257;2436327;10;*;gga ;;tRNA;2436338;2436414;7;*;atc ;;tRNA;2436422;2436496;7;*;aac ;;tRNA;2436504;2436594;6;*;agc ;;tRNA;2436601;2436672;657;*;gaa fin;;CDS;2437330;2438274;;0; deb;;CDS;2798971;2799474;109;*; ;;tRNA;2799584;2799657;1;*;gga ;;tRNA;2799659;2799732;410;*;aga fin;;CDS;2800143;2800343;;0; deb;comp;CDS;2991608;2992366;242;*; ;;tRNA;2992609;2992682;221;*;atgi fin;;CDS;2992904;2993515;;; </pre> ====ban séquences==== <pre> 33 aas;inter;21 aas;inter;19 aas;inter;11 aas;inter ;;;;;;; gga;1;;;;;ttg;10 cca;4;;;;;tgc;14 cgt;3;;;;;ggc;5 tta;16;;;;;caa;63 ggc;29;;;;;cac;19 cta;14;;;;;tgg;7 aaa;5;;;;;tac;17 caa;87;;;;;gta;5 gac;46;gaa;6;;;gaa;24 gta;4;agc;7;;;acc;4 gaa;1;aac;7;gaa;1;aac; aac;8;atc;10;aac;8;; atc;11;gga;13;atc;11;; tgg;6;aaa;10;tgg;6;; aca;9;aca;14;aca;9;; ttc;8;ttc;12;ttc;9;; gac;4;gac;1;gac;4;; atgf;20;atgf;20;atgf;20;; tca;54;cta;54;tca;54;9 aas;inter tca;20;tca;20;tca;20;; gca;16;gca;16;gca;16;gca;10 cca;10;cca;10;cca;10;ggc;5 cgt;3;cgt;3;cgt;3;aaa;5 tta;16;tta;16;tta;16;caa;65 ggc;29;ggc;29;ggc;29;tac;17 cta;13;cta;22;cta;22;gta;5 aaa;5;cac;9;cac;9;gaa;24 caa;87;aca;4;aca;4;acc;4 gac;46;gta;;gta;;aac; gta;4;;;;;; gaa;8;;;;;; agc;3;;;;;; aac;;;;;;; </pre> ===bacilli synthèse=== ====bacilli distribution par génome==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_génome|bacilli distribution par génome]] <pre> baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total bsu;18;8;;52;2;4;;2;86 lmo;9;8;;44;;4;;2;67 lam;22;14;;16;;4;3;4;63 ppm;67;21;;68;;5;;;161 pmq;22;11;;138;;0;2;;173 lbu;49;16;;16;;10;7;;98 ban;8;5;;60;33;4;;2;112 ;;;;;;;;; total;195;83;0;394;35;31;12;10;760 </pre> ====bacilli distribution du total==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_du_total|bacilli distribution du total]] <pre> baci8;Sans 2 16s, 10 13aas et 31 +16s;;;;;;717;;baci8;Le reste;;;;;;43 atgi;8;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc; atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;15;acc;1;aac;4;agc; ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1 gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3 tta;16;tca;17;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;16;gaa;;gga;1 ttg;13;tcg;10;tag;;tgg;15;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg; atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;;acg;;aag;5;agg; ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total type;207;83;0;394;33;0;717;;type;12;;;10;2;31;43 </pre> ====bacilli distribution par type==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_type|bacilli distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> baci8;;;;;;;717;;baci8;;;;;;;83;;baci8;;;;;;;195;;baci8;;;;;;;12;;baci8;;;;;;;427 atgi;8;tct;0;tat;0;atgf;25;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;18 att;0;act;2;aat;0;agt;0;;att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;5;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;0;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;14;tcc;9;tac;13;tgc;7 atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;1;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;3;acc;;aac;9;agc;6;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;12;acc;6;aac;22;agc;10 ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;3;ccc;2;cac;;cgt;1;;ctc;4;ccc;;cac;9;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;23 gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;5;gcc;2;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;11;ggc;7;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;3;gcc;1;gac;22;ggc;29 tta;16;tca;17;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;5;taa;;tga;;;tta;3;tca;5;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;11;tca;7;taa;;tga; ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;1;aaa;;aga;7;;ata;1;aca;4;aaa;8;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;18;aaa;22;aga;1 cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;3;cca;5;caa;10;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;12;cca;22;caa;15;cga; gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;;gaa;;gga;5;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;28;gca;15;gaa;23;gga;10 ttg;13;tcg;10;tag;0;tgg;15;;ttg;;tcg;5;tag;;tgg;;;ttg;4;tcg;3;tag;;tgg;7;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;8 atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;2;acg;3;aag;4;agg;3;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;8;acg;2;aag;;agg; ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;1;ccg;2;cag;1;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====bacilli par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacilli par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;43;21;5;13;;;82; 16;moyen;27;59;4;135;2;31;227; 14;fort;13;115;3;279;8;2;418; ; ;83;195;12;427;10;33;760; 10;g+cga;16;12;5;5;;;38; 2;agg+cgg;11;0;;;;;11; 4;carre ccc;12;5;;8;;;25; 5;autres;4;4;;;;;8; ;;43;21;5;13;;;82; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;baci ‰;ref. ‰ 21;faible;57;28;7;17;;;108;26 16;moyen;36;78;5;178;3;41;299;324 14;fort;17;151;4;367;11;3;550;650 ;;109;257;16;562;13;43;760;729 10;g+cga;21;16;7;7;;;50;10 2;agg+cgg;14;;;;;;14; 4;carre ccc;16;7;;11;;;33;16 5;autres;5;5;;;;;11; ;;57;28;7;17;;;108; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;148;72;17;238;26;52;11; 16;moyen;93;203;14;310;324;33;30; 14;fort;45;397;10;452;650;16;59; ;;286;672;41;290;729;83;195; 10;g+cga;55;41;17;114;;37;; 2;agg+cgg;38;;;38;;26;; 4;carre ccc;41;17;;59;;28;; 5;autres;14;14;;28;;9;; ;;148;72;17;238;;43;; </pre> ====bacilli, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli,_estimation_des_-rRNAs|bacilli, estimation des -rRNAs]] <pre> ;;;;;;;;bacilli;;;;;;;;;;;;;;;;; 32 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;32;1889;0;0;;indices;;;;32;5903;0;0;;baci7;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;290 atgi;20;tct;;tat;;atgf;91;;atgi;63;tct;;tat;;atgf;284;;atgi;5;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;2;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;5;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;63;tcc;30;tac;56;tgc;30;;ttc;197;tcc;94;tac;175;tgc;94;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5 atc;92;acc;27;aac;99;agc;38;;atc;288;acc;84;aac;309;agc;119;;atc;4;acc;2;aac;10;agc;7 ctc;15;ccc;;cac;53;cgt;82;;ctc;47;ccc;;cac;166;cgt;256;;ctc;7;ccc;2;cac;9;cgt;4 gtc;3;gcc;1;gac;106;ggc;101;;gtc;9.4;gcc;3.1;gac;331;ggc;316;;gtc;5;gcc;3;gac;12;ggc;10 tta;59;tca;49;taa;;tga;;;tta;184;tca;153;taa;;tga;;;tta;5;tca;10;taa;;tga; ata;;aca;87;aaa;84;aga;1;;ata;0;aca;272;aaa;263;aga;3.1;;ata;1;aca;5;aaa;8;aga;8 cta;54;cca;77;caa;69;cga;;;cta;169;cca;241;caa;216;cga;;;cta;3;cca;5;caa;14;cga;2 gta;113;gca;122;gaa;94;gga;49;;gta;353;gca;381;gaa;294;gga;153;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;9 ttg;32;tcg;2;tag;;tgg;42;;ttg;100;tcg;6.3;tag;;tgg;131;;ttg;6;tcg;8;tag;;tgg;7 atgj;32;acg;3;aag;;agg;;;atgj;100;acg;9.4;aag;;agg;;;atgj;6;acg;5;aag;10;agg;3 ctg;12;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;37.5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;2;cag;1;cgg;8 gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3.1;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg;3 ;;693;;1171;;25;1889;;;;2166;;3659;;78;5903;;;;90;;131;;69;290 29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;49366;0,2;0;;indices;sans +16s;;;618;49366;0,2;0;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;84;tct;0.3;tat;0.5;atgf;1;;atgi;146;tct;0.3;tat;0.5;atgf;285;;atgi;71;tct;;tat;;atgf;100 att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;;act;29;aat;;agt; ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;71;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;75;tcc;26;tac;64;tgc;23;;ttc;272;tcc;120;tac;239;tgc;117;;ttc;129;tcc;43;tac;157;tgc;71 atc;23;acc;8;aac;69;agc;40;;atc;310;acc;92;aac;378;agc;159;;atc;57;acc;29;aac;143;agc;100 ctc;28;ccc;6.1;cac;20;cgt;32;;ctc;75;ccc;6.1;cac;186;cgt;288;;ctc;100;ccc;29;cac;129;cgt;57 gtc;44;gcc;27;gac;55;ggc;-6;;gtc;53;gcc;30;gac;386;ggc;310;;gtc;71;gcc;43;gac;171;ggc;143 tta;27;tca;91;taa;1.1;tga;1.8;;tta;211;tca;244;taa;1.1;tga;1.8;;tta;71;tca;143;taa;;tga; ata;2.1;aca;22;aaa;78;aga;116;;ata;2.1;aca;294;aaa;340;aga;119;;ata;14;aca;71;aaa;114;aga;114 cta;30;cca;2;caa;83;cga;6.3;;cta;199;cca;243;caa;299;cga;6.3;;cta;43;cca;71;caa;200;cga;29 gta;44;gca;62;gaa;174;gga;152;;gta;397;gca;443;gaa;468;gga;305;;gta;114;gca;29;gaa;271;gga;129 ttg;25;tcg;41;tag;0.8;tgg;6;;ttg;125;tcg;47;tag;0.8;tgg;137;;ttg;86;tcg;114;tag;;tgg;100 atgj;52;acg;38;aag;73;agg;72;;atgj;152;acg;47;aag;73;agg;72;;atgj;86;acg;71;aag;143;agg;43 ctg;22.5;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;60;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;114;ccg;29;cag;14;cgg;114 gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;15;;gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;18;;gtg;;gcg;;gag;29;ggg;43 ;;654;;845;;582;2081;;;;2820;;4504;;660;7984;;;;1286;;1871;;986;4143 rapports;;23;;19;;88;26;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;57;tct;;tat;;atgf;0.2;;fiches;28.90625;;;fréquences;;;;;atgi;14;tct;100;tat;100;atgf;99 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;925;;;0/0;0;;;;att;100;act;62;aat;100;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;1902;;;10;2;;;;ctt;34;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;32;;;20;3;;;;gtt;100;gct;100;gat;;ggt; ttc;28;tcc;22;tac;27;tgc;20;;;;;;30;1;;;;ttc;42;tcc;39;tac;59;tgc;67 atc;7;acc;8;aac;18;agc;25;;baci7;41.429;;;40;9;;;;atc;61;acc;73;aac;52;agc;60 ctc;38;ccc;100;cac;11;cgt;11;;sans;290;;;50;6;21;;;ctc;72;ccc;79;cac;84;cgt;44 gtc;82;gcc;90;gac;14;ggc;-2;;avec;470;;;60;5;;;;gtc;39;gcc;37;gac;68;ggc;104 tta;13;tca;37;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;9;;;;tta;63;tca;36;taa;100;tga;100 ata;100;aca;8;aaa;23;aga;97;;;;;;80;5;;;;ata;85;aca;69;aaa;32;aga;1 cta;15;cca;1.0;caa;28;cga;100;;L’estimation par baci7;;;;90;3;;;;cta;29;cca;97;caa;58;cga;78 gta;11;gca;14;gaa;37;gga;50;;est 43 % au dessus;;;;100;6;;;;gta;62;gca;54;gaa;36;gga;15 ttg;20;tcg;87;tag;;tgg;4;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;71;tcg;64;tag;100;tgg;94 atgj;34;acg;80;aag;100;agg;100;;32;;100;;;50;;;;atgj;39;acg;47;aag;49;agg;40 ctg;38;ccg;100;cag;100;cgg;100;;atc;45;310;;;;;;;ctg;80;ccg;34;cag;16;cgg;5 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;83;;gca;59;443;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;44;ggg;65 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;867;;838;;850;2554 </pre> ==clostridia== ===psor=== ====psor opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_opérons|psor opérons]] <pre> 27.3%GC;8.8.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Paeniclostridium sordellii AM370;;;;;;;;; ;9847..10620;CDS;;205;205;;;258; ;10826..12332;16s;;196;;;;; ;12529..15445;23s;;78;;;;; ;15524..15640;5s;;85;85;;;;85 ;15726..15947;CDS;;;;;;74; ;;;;;;;;; ;18845..19297;CDS;;3;3;;;151;3 ;19301..19393;tcc;;27;;;;; ;19421..19685;ncRNA;;152;152;;;; ;19838..21478;CDS;;;;;;*547; ;;;;;;;;; ;24343..24570;CDS;;309;309;;;76; ;24880..26386;16s;;196;;;;; ;26583..29499;23s;;122;;;;; ;29622..29738;5s;;5;;;5;; ;29744..29832;tta;+;13;;;13;; ;29846..29921;atgf;3 aaa;15;;;15;; ;29937..30011;gaa;6 atg;9;;;9;; ;30021..30094;gga;3 gta;6;;;6;; ;30101..30176;gta;1 cgt;5;;;5;; ;30182..30258;gac;1 ggc;16;;;16;; ;30275..30350;aac;2 fois suite;4;;;4;; ;30355..30429;aca;aac aca aga;4;;;4;; ;30434..30518;tac;caa cac cca;15;;;15;; ;30534..30617;cta;cta gaa gac;14;;;14;; ;30632..30708;aga;gga tac tca;7;;;7;; ;30716..30791;caa;tgc tta ttc;11;;;11;; ;30803..30878;aaa;;6;;;6;; ;30885..30973;tca;;3;;;3;; ;30977..31052;ttc;;9;;;9;; ;31062..31138;atgj;;8;;;8;; ;31147..31223;atgi;;21;;;21;; ;31245..31321;cca;;6;;;6;; ;31328..31404;cac;;4;;;4;; ;31409..31482;tgc;;25;;;25;; ;31508..31596;tta;;13;;;13;; ;31610..31685;atgf;;15;;;15;; ;31701..31775;gaa;;9;;;9;; ;31785..31858;gga;;6;;;6;; ;31865..31940;gta;;5;;;5;; ;31946..32022;gac;;16;;;16;; ;32039..32114;aac;;4;;;4;; ;32119..32193;aca;;4;;;4;; ;32198..32282;tac;;15;;;15;; ;32298..32381;cta;;11;;;11;; ;32393..32467;ggc;;13;;;13;; ;32481..32557;aga;;7;;;7;; ;32565..32640;caa;;11;;;11;; ;32652..32727;aaa;;6;;;6;; ;32734..32822;tca;;3;;;3;; ;32826..32901;ttc;;9;;;9;; ;32911..32987;atgj;;8;;;8;; ;32996..33072;atgi;;21;;;21;; ;33094..33170;cca;;6;;;6;; ;33177..33253;cac;;9;;;9;; ;33263..33338;aaa;;21;;;21;; ;33360..33433;tgc;;6;;;6;; ;33440..33516;cgt;;10;;;;; ;33527..33602;gta;;162;162;;;;162 ;33765..34016;CDS;;;;;;84; ;;;;;;;;; ;34042..34455;CDS;;249;249;;;138; ;34705..36211;16s;;196;;;;; ;36408..39324;23s;;78;;;;; ;39403..39519;5s;;402;*402;;;; comp;39922..40113;CDS;;348;348;;;64; ;40462..41968;16s;;196;;;;; ;42165..45081;23s;;78;;;;; ;45160..45276;5s;;180;180;;;;*180 ;45457..47394;CDS;;;;;;*646; ;;;;;;;;; ;101428..102144;CDS;;276;276;;;239; ;102421..103927;16s;;54;;;;; ;103982..104057;gca;;114;;;;; ;104172..107096;23s;;41;;;;; ;107138..107211;gga;;11;;;;; ;107223..107339;5s;;99;99;;;;99 comp;107439..108617;CDS;;;;;;393; ;;;;;;;;; ;111345..111884;CDS;;431;*431;;;180; ;112316..113822;16s;;54;;;;; ;113877..113952;gca;;114;;;;; ;114067..116982;23s;;193;;;;; ;117176..117292;5s;;5;;;;; ;117298..117386;tta;;9;;;9;; ;117396..117472;atgi;;123;;;;; ;117596..119102;16s;;54;;;;; ;119157..119232;gca;;114;;;;; ;119347..122263;23s;;193;;;;; ;122457..122573;5s;;5;;;;; ;122579..122667;tta;;9;;;9;; ;122677..122753;atgi;;123;;;;; ;122877..124383;16s;;54;;;;; ;124438..124513;gca;;114;;;;; ;124628..127549;23s;;78;;;;; ;127628..127744;5s;;100;100;;;;100 ;127845..129260;CDS;;;;;;472; ;;;;;;;;; ;215388..216260;CDS;;264;264;;;291; ;216525..218030;16s;;123;;;;; ;218154..218229;gca;;152;;;;; ;218382..221296;23s;;50;;;;; ;221347..221420;gga;;12;;;;; ;221433..221549;5s;;109;109;;;;109 ;221659..221940;CDS;;525;*525;;;94; ;222466..223972;16s;;196;;;;; ;224169..227083;23s;;144;;;;; ;227228..227344;5s;;228;228;;;;*228 ;227573..227989;CDS;;;;;;139; ;;;;;;;;; ;449964..450266;CDS;;253;253;;;101; ;450520..452026;16s;;196;;;;; ;452223..455139;23s;;144;;;;; ;455284..455400;5s;;112;112;;;;112 comp;455513..456616;CDS;;;;;;368; ;;;;;;;;; ;498418..499074;CDS;;189;189;;;219; ;499264..500770;16s;;118;;;;; ;500889..500964;gca;;95;;;;; ;501060..503976;23s;;144;;;;; ;504121..504237;5s;;131;131;;;;131 ;504369..504551;CDS;;;;;;61; ;;;;;;;;; ;546886..550416;CDS;;41;41;;;*1177;*41 comp;550458..550544;ttg;;138;138;;;; ;550683..553325;CDS;;;;;;*881; ;;;;;;;;; ;608009..608683;CDS;;195;195;;;225; ;608879..608975;tga;;37;37;;;;37 comp;609013..609732;CDS;;;;;;240; ;;;;;;;;; ;815939..816655;CDS;;71;71;;;239;71 ;816727..816800;tgc;;12;;12;;; ;816813..816888;aac;;3;;3;;; ;816892..816966;aca;;285;285;;;; ;817252..818727;CDS;;;;;;492; ;;;;;;;;; ;1284870..1288097;CDS;;111;111;;;*1076;*111 ;1288209..1288297;cta;;426;*426;;;; ;1288724..1290853;CDS;;;;;;*710; ;;;;;;;;; ;1445161..1445664;CDS;;135;135;;;168;135 ;1445800..1445868;other;@1;258;258;;;; ;1446127..1446813;CDS;;;;;;229; ;;;;;;;;; ;2267513..2267698;CDS;@2;306;306;;;62;*306 comp;2268005..2268088;cta;;404;*404;;;; ;2268493..2269758;CDS;;;;;;422; ;;;;;;;;; ;3094098..3094784;CDS;;40;40;;;229;40 comp;3094825..3094941;5s;;78;;;;; comp;3095020..3097936;23s;;194;;;;; comp;3098131..3099637;16s;;276;276;;;; comp;3099914..3101161;CDS;;;;;;416; ;;;;;;;;; ;3159922..3160827;CDS;;37;37;;;302;37 comp;3160865..3160956;agc;;120;120;;;; comp;3161077..3161376;CDS;;;;;;100; ;;;;;;;;; comp;3274188..3274733;CDS;;245;245;;;182;*245 comp;3274979..3275095;5s;@3;12;;;;; comp;3275108..3275181;gga;;107;;;;; comp;3275289..3278214;23s;;137;;;;; comp;3278352..3279858;16s;;253;253;;;; comp;3280112..3280690;CDS;;;;;;193; ;;;;;;;;; comp;3303104..3304150;CDS;;124;124;;;349;124 comp;3304275..3304459;riboswitch;@4;96;;;;; comp;3304556..3304672;5s;;11;;;;; comp;3304684..3304758;aca;;116;;;;; comp;3304875..3307789;23s;;196;;;;; comp;3307986..3309492;16s;;364;*364;;;; ;3309857..3310504;CDS;;;;;;216; ;;;;;;;;; comp;3438683..3439531;CDS;;142;142;;;283;142 comp;3439674..3439750;aga;;7;;;7;; comp;3439758..3439832;ggc;;9;;;9;; comp;3439842..3439918;gac;;5;;;5;; comp;3439924..3439999;gta;;8;;;8;; comp;3440008..3440082;gaa;;5;;;;; comp;3440088..3440204;5s;;40;;;;; comp;3440245..3443168;23s;;112;;;;; comp;3443281..3443356;gca;;109;;;;; comp;3443466..3444972;16s;;138;;;;; comp;3445111..3445187;atgj;+;13;;;13;; comp;3445201..3445276;ttc;3 atg;6;;;6;; comp;3445283..3445359;atc;2 cca;6;;;6;; comp;3445366..3445442;cca;2 gga;31;;;31;; comp;3445474..3445549;tgg;2 aac;11;;;11;; comp;3445561..3445637;atgi;;6;;;6;; comp;3445644..3445720;cca;;6;;;6;; comp;3445727..3445817;agc;;11;;;11;; comp;3445829..3445917;tca;;6;;;6;; comp;3445924..3445999;aaa;;12;;;12;; comp;3446012..3446087;caa;;6;;;6;; comp;3446094..3446170;aga;;19;;;19;; comp;3446190..3446263;gga;;11;;;11;; comp;3446275..3446359;tac;;4;;;4;; comp;3446364..3446438;aca;;4;;;4;; comp;3446443..3446518;aac;;31;;;31;; comp;3446550..3446625;aac;;16;;;16;; comp;3446642..3446718;gac;;5;;;5;; comp;3446724..3446799;gta;;6;;;6;; comp;3446806..3446879;gga;;9;;;9;; comp;3446889..3446963;gaa;;15;;;15;; comp;3446979..3447054;atgf;;13;;;13;; comp;3447068..3447156;tta;;5;;;;; comp;3447162..3447278;5s;;213;;;;; comp;3447492..3450406;23s;;196;;;;; comp;3450603..3452109;16s;;239;239;;;; comp;3452349..3452552;CDS;;;;;;68; ;;;;;;;;; comp;3523330..3524046;CDS;;129;129;;;239;129 comp;3524176..3524251;gta;+;8;;8;;; comp;3524260..3524334;gaa;2 fois;20;;20;;; comp;3524355..3524430;aaa;gta gaa aaa;10;;10;;; comp;3524441..3524515;aca;;10;;10;;; comp;3524526..3524602;gac;;7;;7;;; comp;3524610..3524685;gta;;9;;9;;; comp;3524695..3524769;gaa;;5;;5;;; comp;3524775..3524850;aaa;;289;289;;;; ;3525140..3526039;CDS;;;;;;300; </pre> ====psor cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_cumuls|psor cumuls]] <pre> psor cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;17;1;0;0;1;0;1;0;100;9 ;16 23 5s 0;6;20;9;65;50;5;20;1;200;8 ;16 atc gca;0;40;0;6;100;4;40;3;300;13 ;16 23 5s a;2;60;0;0;150;10;60;1;400;4 ;max a;44;80;0;0;200;5;80;1;500;4 ;a doubles;2;100;0;0;250;5;100;3;600;1 ;autres;9;120;0;0;300;8;120;3;700;1 ;total aas;87;140;0;0;350;3;140;4;800;1 sans ;opérons;8;160;0;0;400;1;160;1;900;1 ;1 aa;6;180;0;0;450;4;180;2;1000;0 ;max a;8;200;0;0;500;0;200;0;1100;1 ;a doubles;1;;0;0;;1;;3;;1 ;total aas;17;;9;71;;46;;22;;44 total aas;;104;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;9;10;;206;;119;;304 ;;;variance;5;6;;121;;73;;257 sans jaune;;;moyenne;;;;173;;95;;220 ;;;variance;;;;90;;45;;121 </pre> ====psor blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_blocs|psor blocs]] <pre> I;;I2;I3;I4;;;II;;III;;IV;IV1;IV2 ;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;CDS;124;;; ;;;;;;;CDS;245;riboswitch;96;;; CDS;205;249;348;525;253;40;5s;12;5s;11;CDS;309;5 16s;196;196;196;196;196;78;gga;107;aca;116;16s;196;213 23s;78;78;78;144;144;194;23s;137;23s;196;23s;122;196 5s;85;402;180;228;112;276;16s;253;16s;364;5s;5;239 CDS;;;;;;;CDS;;CDS;;tta;; V;;V2;VI;VI1;VII;VII1;VIII;VIII1;IX;;X;X1; ;;;;;;;;;;;;; CDS;276;264;CDS;431;;;;;CDS;189;gaa;5; 16s;54;123;16s;54;16s;54;16s;54;16s;118;5s;40; gca;114;152;gca;114;gca;114;gca;114;gca;95;23s;112; 23s;41;50;23s;193;23s;193;23s;78;23s;144;gca;109; gga;11;12;5s;5;5s;5;5s;100;5s;131;16s;138; 5s;99;109;tta;9;tta;9;CDS;;CDS;;atgj;; CDS;;;atgi;123;atgi;123;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;; ;CDS;431;;CDS;309;;CDS;142;;CDS;264;; VI;16s;54;IV1;16s;196;;* * * *4aas;8;V2;16s;123;; ;gca;114;;23s;122;;gaa;5;;gca;152;; ;23s;193;;5s;5;;5s;40;;23s;50;; ;5s;5;;tta;13;;23s;112;;gga;12;; ;tta;9;;* * * * 42aas;10;;gca;109;;5s;109;; ;atgi;123;;gta;162;X1;16s;138;;CDS;525;; VII;16s;54;;CDS;25;;atgj;13;I4;16s;196;; ;gca;114;;CDS;249;;* * * *21aas;13;;23s;144;; ;23s;193;I2;16s;196;;tta;5;;5s;228;; ;5s;5;;23s;78;;5s;213;;CDS;;; ;tta;9;;5s;402;;23s;196;;;;; ;atgi;123;;CDS;348;IV2;16s;239;;;;; VIII;16s;54;I3;16s;196;;CDS;;;;;; ;gca;114;;23s;78;;;;;;;; ;23s;78;;5s;180;;;;;;;; ;5s;100;;CDS;;;;;;;;; ;CDS;;;;;;;;;;;; </pre> ====psor distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_distribution|psor distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;3 gga;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca ;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;;;;;;;;;1-3 aas;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;;;;;;;;;2 tta;atc;1;acc;;aac;4;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;2 atgi;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4 cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total psor;;5 *;;;;;5;;psor;12;;;;;;12;;;;;;;;;;;psor;;;4;72;;7;87 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3 aas;;; </pre> ====psor données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_données_intercalaires|psor données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;psor;fx;fc;psor;fx40;fc40;psor;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;23;0;0;23;-1;;52;3;41;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;1;10;8;223;1;1;40;-2;;0;162;138;4* 54;;gca;13;;tta;13;;atgj ;0;20;16;347;2;0;52;-3;;0;195;37;123;;gca;15;;atgf;6;;ttc ;0;30;42;182;3;0;19;-4;1;23;71;306;118;;gca;9;;gaa;6;;atc 2;0;40;52;86;4;0;22;-5;;3;285;404;109;;gca;6;;gga;31;;cca 1;0;50;45;48;5;1;15;-6;;0;111;37;tRNA 23s;;;5;;gta;11;;tgg ;0;60;21;74;6;1;3;-7;;18;426;289;4* 114;;gca;16;;gac;6;;atgi ;0;70;28;60;7;1;4;-8;;50;135;;152;;gca;4;;aac;6;;cca ;1;80;19;87;8;1;15;-9;;0;258;;95;;gca;4;;aca;11;;agc ;0;90;19;67;9;3;24;-10;;2;120;;109;;gca;15;;tac;6;;tca ;0;100;9;76;10;0;29;-11;1;31;142;;23s tRNA;;;14;;cta;12;;aaa ;0;110;18;75;11;2;44;-12;;0;129;;41;;gga;7;;aga;6;;caa ;2;120;15;85;12;1;46;-13;;1;CDS 16s;;50;;gga;11;;caa;19;;aga ;1;130;12;65;13;1;34;-14;;19;205;348;107;;gga;6;;aaa;11;;gga 1;1;140;24;68;14;1;41;-15;;0;309;264;116;;aca;3;;tca;4;;tac ;1;150;17;63;15;1;31;-16;;3;249;364;5s tRNA;;;9;;ttc;4;;aca ;0;160;27;59;16;1;30;-17;;7;276;;4* 5;;tta;8;;atgj;31;;aac ;1;170;26;62;17;2;34;-18;;0;431;;5;;gaa;21;;atgi;16;;aac ;0;180;19;44;18;1;36;-19;;1;525;;tRNA 5s;;;6;;cca;5;;gac ;0;190;24;48;19;3;26;-20;;7;253;;11;;gga;4;;cac;6;;gta ;1;200;22;36;20;3;25;-21;;0;189;;2* 12;;gga;25;;tgc;9;;gga ;0;210;20;40;21;2;20;-22;;1;276;;11;;aca;13;;tta;15;;gaa ;0;220;13;35;22;1;19;-23;;2;253;;tRNA tRNA;;intra;15;;atgf;13;;atgf ;0;230;18;25;23;3;22;-24;;0;239;;2* 9;;tta atgi;9;;gaa;**;;tta ;0;240;15;28;24;2;24;-25;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;;6;;gga;;; ;0;250;7;18;25;3;19;-26;;4;5* 78;;12;;tgc;5;;gta;;; ;1;260;13;24;26;6;16;-27;;0;122;;3;;aac;16;;gac;;; ;0;270;8;15;27;6;18;-28;;0;2* 193;;**;;aca;4;;aac;;; ;0;280;7;22;28;6;14;-29;;3;3* 144;;8;;gta;4;;aca;;; 1;1;290;9;14;29;4;10;-30;;0;40;;20;;gaa;15;;tac;;; ;0;300;13;15;30;9;20;-31;;1;213;;10;;aaa;11;;cta;;; 1;0;310;3;19;31;4;14;-32;;1;16s 23s;;10;;aca;13;;ggc;;; ;0;320;9;11;32;3;12;-33;;0;8* 196;;7;;gac;7;;aga;;; ;0;330;6;14;33;5;8;-34;;0;194;;9;;gta;11;;caa;;; ;0;340;6;10;34;5;5;-35;;0;137;;5;;gaa;6;;aaa;;; ;0;350;4;9;35;7;13;-36;;0;5s CDS;;**;;aaa;3;;tca;;; ;0;360;4;10;36;5;8;-37;;0;85;402;;;;9;;ttc;;; ;0;370;6;8;37;5;2;-38;;0;180;99;;;;8;;atgj;;; ;0;380;2;9;38;8;8;-39;;0;100;112;;;;21;;atgi;;; ;0;390;1;8;39;2;7;-40;;0;109;40;;;;6;;cca;;; ;0;400;2;7;40;8;9;-41;;1;228;;;;;9;;cac;;; 1;1;reste;63;131;reste;574;1489;-42;;0;131;;;;;21;;aaa;;; 7;12;total;692;2350;total;692;2350;-43;;0;245;;;;;6;;tgc;;; 6;11;diagr;629;2196;diagr;118;838;-44;;0;;;;;;10;;cgt;;; 0;1; t30;66;752;;;;-45;;0;;;;;;**;;gta;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;7;;aga;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;9;;ggc;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;5;;gac;;; ;x;692;3;0;695;;;-49;;0;;;;;;8;;gta;;; ;c;2327;235;23;2585;;;-50;;1;;;;;;**;;gaa;;; ;;;;;3280;227;;reste;1;1;;;;;;;;;;; ;;;;;;3507;;total;3;235;;;;;;;;;;; </pre> =====psor autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_autres_intercalaires_aas|psor autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;psor;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas fin;;CDS;1;1332;; deb;;CDS;9847;10620;205; ;;rRNA;10826;12332;196;1507 ;;rRNA;12529;15445;78;2917 ;;rRNA;15524;15640;85;117 fin;;CDS;15726;15947;; deb;;CDS;18845;19297;3; ;;tRNA;19301;19393;27;tcc ;;ncRNA;19421;19685;152; fin;;CDS;19838;21478;; deb;;CDS;24343;24570;309; ;;rRNA;24880;26386;196;1507 ;;rRNA;26583;29499;122;2917 ;;rRNA;29622;29738;5;117 ;;tRNA;29744;29832;13;tta ;;tRNA;29846;29921;15;atgf ;;tRNA;29937;30011;9;gaa ;;tRNA;30021;30094;6;gga ;;tRNA;30101;30176;5;gta ;;tRNA;30182;30258;16;gac ;;tRNA;30275;30350;4;aac ;;tRNA;30355;30429;4;aca ;;tRNA;30434;30518;15;tac ;;tRNA;30534;30617;14;cta ;;tRNA;30632;30708;7;aga ;;tRNA;30716;30791;11;caa ;;tRNA;30803;30878;6;aaa ;;tRNA;30885;30973;3;tca ;;tRNA;30977;31052;9;ttc ;;tRNA;31062;31138;8;atgj ;;tRNA;31147;31223;21;atgi ;;tRNA;31245;31321;6;cca ;;tRNA;31328;31404;4;cac ;;tRNA;31409;31482;25;tgc ;;tRNA;31508;31596;13;tta ;;tRNA;31610;31685;15;atgf ;;tRNA;31701;31775;9;gaa ;;tRNA;31785;31858;6;gga ;;tRNA;31865;31940;5;gta ;;tRNA;31946;32022;16;gac ;;tRNA;32039;32114;4;aac ;;tRNA;32119;32193;4;aca ;;tRNA;32198;32282;15;tac ;;tRNA;32298;32381;11;cta ;;tRNA;32393;32467;13;ggc ;;tRNA;32481;32557;7;aga ;;tRNA;32565;32640;11;caa ;;tRNA;32652;32727;6;aaa ;;tRNA;32734;32822;3;tca ;;tRNA;32826;32901;9;ttc ;;tRNA;32911;32987;8;atgj ;;tRNA;32996;33072;21;atgi ;;tRNA;33094;33170;6;cca ;;tRNA;33177;33253;9;cac ;;tRNA;33263;33338;21;aaa ;;tRNA;33360;33433;6;tgc ;;tRNA;33440;33516;10;cgt ;;tRNA;33527;33602;162;gta fin;;CDS;33765;34016;; deb;;CDS;34042;34455;249; ;;rRNA;34705;36211;196;1507 ;;rRNA;36408;39324;78;2917 ;;rRNA;39403;39519;402;117 deb;comp;CDS;39922;40113;348; ;;rRNA;40462;41968;196;1507 ;;rRNA;42165;45081;78;2917 ;;rRNA;45160;45276;180;117 fin;;CDS;45457;47394;; deb;;CDS;101428;102144;276; ;;rRNA;102421;103927;54;1507 ;;tRNA;103982;104057;114;gca ;;rRNA;104172;107096;41;2925 ;;tRNA;107138;107211;11;gga ;;rRNA;107223;107339;99;117 fin;comp;CDS;107439;108617;; deb;;CDS;111345;111884;431; ;;rRNA;112316;113822;54;1507 ;;tRNA;113877;113952;114;gca ;;rRNA;114067;116982;193;2916 ;;rRNA;117176;117292;5;117 ;;tRNA;117298;117386;9;tta ;;tRNA;117396;117472;123;atgi ;;rRNA;117596;119102;54;1507 ;;tRNA;119157;119232;114;gca ;;rRNA;119347;122263;193;2917 ;;rRNA;122457;122573;5;117 ;;tRNA;122579;122667;9;tta ;;tRNA;122677;122753;123;atgi ;;rRNA;122877;124383;54;1507 ;;tRNA;124438;124513;114;gca ;;rRNA;124628;127549;78;2922 ;;rRNA;127628;127744;100;117 fin;;CDS;127845;129260;; deb;;CDS;157173;157352;467; ;;regulatory;157820;157903;46; fin;;CDS;157950;158441;; deb;comp;CDS;215388;216260;264; ;;rRNA;216525;218030;123;1506 ;;tRNA;218154;218229;152;gca ;;rRNA;218382;221296;50;2915 ;;tRNA;221347;221420;12;gga ;;rRNA;221433;221549;109;117 deb;;CDS;221659;221940;525; ;;rRNA;222466;223972;196;1507 ;;rRNA;224169;227083;144;2915 ;;rRNA;227228;227344;228;117 fin;;CDS;227573;227989;; deb;;CDS;349139;349594;119; ;;tmRNA;349714;350063;508; fin;;CDS;350572;351813;; deb;;CDS;449964;450266;253; ;;rRNA;450520;452026;196;1507 ;;rRNA;452223;455139;144;2917 ;;rRNA;455284;455400;112;117 fin;comp;CDS;455513;456616;; deb;;CDS;498418;499074;189; ;;rRNA;499264;500770;118;1507 ;;tRNA;500889;500964;95;gca ;;rRNA;501060;503976;144;2917 ;;rRNA;504121;504237;131;117 fin;;CDS;504369;504551;; deb;;CDS;535194;536090;85; ;;ncRNA;536176;536362;27; fin;comp;CDS;536390;537400;; deb;;CDS;546886;550416;41; ;comp;tRNA;550458;550544;138;ttg fin;;CDS;550683;553325;; deb;;CDS;608009;608683;195; ;;tRNA;608879;608975;37;tga fin;comp;CDS;609013;609732;; deb;;CDS;664519;665208;281; 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dir ;378341..380728;;cds;;583;*583;2388;;796;;cadmium-translocating P-type ATPase dir ;381312..382819;;16s;;311;;1508;;;; dir ;383131..386030;;23s;;126;;2900;;;; dir ;386157..386273;;5s;;177;177;117;;;177; dir ;386451..387059;;cds;;;;609;;203;;DedA family protein ;;;;;;;;;;; comp;833130..833894;;cds;;258;258;765;;255;;DeoR/GlpR transcriptional regulator dir ;834153..834243;;agc;;87;87;91;;;87; dir ;834331..835119;;cds;;;;789;;263;;flagellar motor protein ;;;;;;;;;;; dir ;1089165..1090139;;cds;;239;239;975;;325;239;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase dir ;1090379..1091886;;16s;;320;;1508;;;; dir ;1092207..1095106;;23s;;91;;2900;;;; dir ;1095198..1095271;;gga;@2;8;;74;;;; dir ;1095280..1095396;;5s;;273;273;117;;;; dir ;1095670..1097688;;cds;;;;2019;;673;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase ;;;;;;;;;;; comp;1181549..1182958;;cds;;1374;*1374;1410;;470;;MBOAT family protein comp;1184333..1184415;;ttg;;318;318;83;;;318; dir ;1184734..1187382;;cds;;;;2649;;883;;DNA polymerase I ;;;;;;;;;;; dir ;1835768..1837498;;cds;;109;109;1731;;577;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein dir ;1837608..1837688;;cta;;231;231;81;;;; <dir ;1837920..1838093;;cds;;;;174;;58;;HXXEE domain-containing protein ;;;;;;;;;;; dir ;2981767..2982444;;cds;;159;159;678;;226;159;sortase SrtB comp;2982604..2982678;;aca;@3;94;;75;;;; comp;2982773..2985672;;23s;;184;;2900;;;; comp;2985857..2987364;;16s;;340;340;1508;;;; dir ;2987705..2988643;;cds;;;;939;;313;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase ;;;;;;;;;;; comp;3787361..3788431;;cds;;454;*454;1071;;357;;ABC transporter ATP-binding protein comp;3788886..3789002;;5s;;126;;117;;;; comp;3789129..3792028;;23s;;281;;2900;;;; comp;3792310..3793817;;16s;;191;191;1508;;;191; comp;3794009..3794587;;cds;;;;579;;193;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase ;;;;;;;;;;; comp;3944262..3944453;;cds;;119;119;192;;64;119;DUF378 domain-containing protein comp;3944573..3944689;;5s;;126;;117;;;; comp;3944816..3947715;;23s;;217;;2900;;;; comp;3947933..3949440;;16s;;282;282;1508;;;; comp;3949723..3950004;;cds;;221;221;282;;94;;hp comp;3950226..3951755;;cds;;;;1530;;510;;lysine--tRNA ligase ;;;;;;;;;;; dir ;4084445..4085437;;cds;;382;*382;993;;331;;DNA replication protein DnaC comp;4085820..4085894;;aca;;33;;75;;;; comp;4085928..4086003;;gta;;4;;76;;;; comp;4086008..4086082;;gaa;;6;;75;;;; comp;4086089..4086164;;aaa;;326;326;76;;;326; comp;4086491..4087780;;cds;;;;1290;;430;;adenylosuccinate synthase </pre> ====cdc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_cumuls|cdc cumuls]] <pre> cdc cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;;0;1;1;1;1;100;3 ;16 23 5s 0;3;20;2;61;50;1;20;0;200;5 ;16 gca 235;3;40;1;4;100;3;40;0;300;7 ;16 23 5s a;2;60;;1;150;3;60;0;400;5 ;max a;43;80;;0;200;4;80;1;500;3 ;a doubles;2;100;;2;250;4;100;1;600;3 ;autres;2;120;;0;300;4;120;2;700;1 ;total aas;75;140;;0;350;4;140;1;800;2 sans ;opérons;5;160;;0;400;2;160;1;900;1 ;1 aa;4;180;;0;450;0;180;1;1000;0 ;max a;4;200;;0;500;1;200;1;1100;0 ;a doubles;0;;;0;;5;;4;;1 ;total aas;8;;3;68;;32;;13;;31 total aas;;83;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;14;12;;313;;165;;378 ;;;variance;;15;;283;;94;;259 sans jaune;;;moyenne;;9;;206;;;;286 ;;;variance;;5;;107;;;;144 </pre> ====cdc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_blocs|cdc blocs]] <pre> 7.11.19 Tanger;;;;;;;;;;;;;; cdc blocs;groupes;;types;;;;absents;;;;;;; ;cds;281;I;;;;;II;;III;;IV;IV1;IV2 IV2;16s;279;;;;;;;;;;;; ;23s;131;CDS;583;454;119;;cds;239;;;;; ;5s;6;16s;311;126;126;;16s;320;cds;159;cds;505;281 ;aac;4;23s;126;281;217;;23s;91;aca;94;16s;279;279 ;**16aas;3;5s;177;191;282;;gga;8;23s;184;23s;180;131 ;ttc;7;CDS;;;;;5s;273;16s;340;5s;6;6 ;atgj;114;;;;;;cds;;cds;;aac;6;4 VIII1;16s;68;;;;;;;;;;;; ;gca;271;;;;;;V;;V2;VI;VI1;VII;VII1 ;23s;126;;;;;;;;;;;; ;5s;213;;;;;;;;;;;; ;cds;372;;;;;;;;;;;; ;cds;21;;;;;;VIII;VIII1;IX;;X;X1; ;cds;776;;;;;;;;;;cds;21; X1;16s;52;;;;;;atgj;114;cds;179;cds;776; ;gca;373;;;;;;16s;68;16s;52;16s;52; ;23s;126;;;;;;gca;271;gca;249;gca;373; ;5s;7;;;;;;23s;126;23s;111;23s;126; ;aac;5;;;;;;5s;213;5s;126;5s;7; ;**7aas;9;;;;;;cds;372;cds;;aac;5; ;aga;975;;;;;;;;;;;; ;cds;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cdc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_distribution|cdc distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;2;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;gga 1;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca 1;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;1;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4 cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;3;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cdc;;4 *;;;;;4;;cdc;4;;;;;;4;;;;;;;;;;;cdc;;;2 *;70;;3;75 </pre> ====cdc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_données_intercalaires|cdc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cdc;fx;fc;cdc;fx40;fc40;cdc;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;0;37;0;0;37;-1;;59;0;258;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;3;242;1;0;52;-2;;0;75;318;3* 55;;gca;6;;aac;4;;aac ;0;20;0;311;2;0;55;-3;;1;975;159;tRNA 16s;;;15;;tta;5;;gaa ;0;30;0;210;3;1;21;-4;1;44;87;382;116;;atgj;7;;atgf;5;;gta ;0;40;1;134;4;2;26;-5;;0;1374;;tRNA 23s;;;9;;gaa;10;;gac ;0;50;2;79;5;0;15;-6;;0;109;;250;;gca;5;;gga;14;;aca ;0;60;7;80;6;0;6;-7;;16;150;;272;;;5;;gta;9;;tac ;0;70;7;66;7;0;11;-8;;61;242;;374;;;9;;gac;10;;gga ;1;80;10;68;8;0;12;-9;;0;326;;23s tRNA;;;14;;aca;9;;aga ;1;90;17;63;9;0;20;-10;;3;CDS 16s;;92;;gga;8;;tac;11;;caa ;0;100;17;67;10;0;24;-11;;30;181;507;95;;aca;29;;cta;2;;aaa ;1;110;13;85;11;0;35;-12;;0;283;342;5s tRNA;;;7;;aga;17;;tca ;0;120;25;74;12;0;45;-13;;7;778;;2* 6;;aac;88;;caa;8;;agc ;0;130;22;55;13;0;25;-14;;17;585;;7;;aac;3;;tca;85;;cca ;0;140;20;44;14;0;41;-15;;0;241;;tRNA 5s;;;6;;ttc;60;;tgg ;1;150;16;50;15;0;30;-16;;2;193;;8;;gga;14;;atgj;6;;cca 1;0;160;25;41;16;0;26;-17;;12;284;;tRNA tRNA;;;23;;atgi;3;;atc ;0;170;23;34;17;0;35;-18;;0;23s 5s;;33;;aca;7;;cca;7;;ttc ;0;180;19;39;18;0;29;-19;;1;114;;4;;gta;8;;cac;**;;atgj ;0;190;24;46;19;0;21;-20;;8;181;;6;;gaa;7;;aaa;5;;aac ;0;200;13;39;20;0;24;-21;;0;132;;**;;aaa;6;;tgc;15;;tta ;0;210;20;29;21;0;25;-22;;0;5* 127;;;;;5;;aac;7;;atgf ;0;220;27;40;22;0;18;-23;;5;16s 23s;;;;;15;;tta;14;;gaa ;0;230;16;32;23;0;24;-24;;1;2* 283;;;;;7;;atgf;5;;gga ;0;240;8;27;24;0;22;-25;;1;315;;;;;9;;gaa;5;;gta ;1;250;12;28;25;0;22;-26;;5;324;;;;;5;;gga;10;;gac 1;0;260;18;32;26;0;17;-27;;0;188;;;;;5;;gta;9;;ggc ;0;270;19;31;27;0;18;-28;;0;285;;;;;9;;gac;**;;aga ;0;280;16;22;28;0;23;-29;;6;221;;;;;14;;aca;;; ;0;290;12;34;29;0;23;-30;;0;5s CDS;;;;;9;;tac;;; ;0;300;14;24;30;0;18;-31;;0;126;213;;;;23;;cta;;; ;0;310;8;24;31;0;21;-32;;5;177;;;;;24;;ggc;;; 1;0;320;14;24;32;0;17;-33;;0;273;;;;;9;;aga;;; ;1;330;12;24;33;0;12;-34;;0;454;;;;;8;;caa;;; ;0;340;13;17;34;0;12;-35;;1;119;;;;;2;;aaa;;; ;0;350;6;15;35;0;18;-36;;0;;;;;;3;;tca;;; ;0;360;11;15;36;0;14;-37;;1;;;;;;6;;ttc;;; ;0;370;9;17;37;0;10;-38;;0;;;;;;14;;atgj;;; ;0;380;6;16;38;0;11;-39;;0;;;;;;17;;atgi;;; 1;0;390;7;16;39;0;10;-40;;1;;;;;;8;;cac;;; ;0;400;3;12;40;1;9;-41;;0;;;;;;7;;aaa;;; ;2;reste;125;246;reste;636;1655;-42;;0;;;;;;7;;tgc;;; 4;9;total;640;2589;total;640;2589;-43;;0;;;;;;12;;cgt;;; 4;6;diagr;515;2306;diagr;4;897;-44;;1;;;;;;**;;gta;;; 0;0; t30;3;763;;;;-45;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;; ;x;640;2;0;642;;;-49;;0;;;;;;;;;;; ;c;2552;296;37;2885;;;-50;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;3527;282;;reste;1;5;;;;;;;;;;; ;;;;;;3809;;total;2;296;;;;;;;;;;; </pre> =====cdc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_autres_intercalaires_aas|cdc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cdc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;9857;10630;181;*; ;;rRNA;10812;12314;55;*;1503 ;;tRNA;12370;12445;250;*;gca ;;rRNA;12696;15593;114;*;2898 ;;rRNA;15708;15824;126;*;117 fin;;CDS;15951;16460;;; deb;;CDS;16472;17353;126;*; ;;misc_b;17480;17686;124;*; fin;;CDS;17811;19082;;; deb;;CDS;19402;19857;0;*; ;;tRNA;19858;19949;37;*;tcc ;;ncRNA;19987;20251;76;*; fin;;CDS;20328;21965;;; deb;comp;CDS;23419;24624;507;*; ;;rRNA;25132;26634;283;*;1503 ;;rRNA;26918;29815;181;*;2898 ;;rRNA;29997;30113;6;*;117 ;;tRNA;30120;30194;6;*;aac ;;tRNA;30201;30286;15;*;tta ;;tRNA;30302;30377;7;*;atgf ;;tRNA;30385;30459;9;*;gaa ;;tRNA;30469;30542;5;*;gga ;;tRNA;30548;30623;5;*;gta ;;tRNA;30629;30705;9;*;gac ;;tRNA;30715;30789;14;*;aca ;;tRNA;30804;30888;8;*;tac ;;tRNA;30897;30980;29;*;cta ;;tRNA;31010;31086;7;*;aga ;;tRNA;31094;31169;88;*;caa ;;tRNA;31258;31346;3;*;tca ;;tRNA;31350;31425;6;*;ttc ;;tRNA;31432;31505;14;*;atgj ;;tRNA;31520;31596;23;*;atgi ;;tRNA;31620;31696;7;*;cca ;;tRNA;31704;31780;8;*;cac ;;tRNA;31789;31864;7;*;aaa ;;tRNA;31872;31945;6;*;tgc ;;tRNA;31952;32026;5;*;aac ;;tRNA;32032;32117;15;*;tta ;;tRNA;32133;32208;7;*;atgf ;;tRNA;32216;32290;9;*;gaa ;;tRNA;32300;32373;5;*;gga ;;tRNA;32379;32454;5;*;gta ;;tRNA;32460;32536;9;*;gac ;;tRNA;32546;32620;14;*;aca ;;tRNA;32635;32719;9;*;tac ;;tRNA;32729;32812;23;*;cta ;;tRNA;32836;32910;24;*;ggc ;;tRNA;32935;33011;9;*;aga ;;tRNA;33021;33096;8;*;caa ;;tRNA;33105;33180;2;*;aaa ;;tRNA;33183;33271;3;*;tca ;;tRNA;33275;33350;6;*;ttc ;;tRNA;33357;33430;14;*;atgj ;;tRNA;33445;33521;17;*;atgi ;;tRNA;33539;33615;8;*;cac ;;tRNA;33624;33699;7;*;aaa ;;tRNA;33707;33780;7;*;tgc ;;tRNA;33788;33864;12;*;cgt ;;tRNA;33877;33952;75;*;gta fin;;CDS;34028;34441;;; deb;;CDS;72345;72830;94;*; ;;misc_b;72925;73133;63;*; fin;;CDS;73197;74912;;; deb;;CDS;90506;91204;51;*; ;;misc_f;91256;91384;42;*; fin;;CDS;91427;91933;;; deb;;CDS;127011;127715;283;*; ;;rRNA;127999;129502;283;*;1504 ;;rRNA;129786;132684;132;*;2899 ;;rRNA;132817;132933;6;*;117 ;;tRNA;132940;133014;4;*;aac ;;tRNA;133019;133093;5;*;gaa ;;tRNA;133099;133174;5;*;gta ;;tRNA;133180;133256;10;*;gac ;;tRNA;133267;133341;14;*;aca ;;tRNA;133356;133440;9;*;tac ;;tRNA;133450;133523;10;*;gga ;;tRNA;133534;133610;9;*;aga ;;tRNA;133620;133695;11;*;caa ;;tRNA;133707;133782;2;*;aaa ;;tRNA;133785;133873;17;*;tca ;;tRNA;133891;133981;8;*;agc ;;tRNA;133990;134066;85;*;cca ;;tRNA;134152;134227;60;*;tgg ;;tRNA;134288;134364;6;*;cca ;;tRNA;134371;134447;3;*;atc ;;tRNA;134451;134526;7;*;ttc ;;tRNA;134534;134610;116;*;atgj ;;rRNA;134727;136128;55;*;1402 ;;tRNA;136184;136259;272;*;gca ;;rRNA;136532;139429;127;*;2898 ;;rRNA;139557;139673;213;*;117 fin;comp;CDS;139887;141071;;0; deb;;CDS;143817;144356;778;*; ;;rRNA;145135;146637;55;*;1503 ;;tRNA;146693;146768;374;*;gca ;;rRNA;147143;150040;127;*;2898 ;;rRNA;150168;150284;7;*;117 ;;tRNA;150292;150366;5;*;aac ;;tRNA;150372;150457;15;*;tta ;;tRNA;150473;150548;7;*;atgf ;;tRNA;150556;150630;14;*;gaa ;;tRNA;150645;150718;5;*;gga ;;tRNA;150724;150799;5;*;gta ;;tRNA;150805;150881;10;*;gac ;;tRNA;150892;150966;9;*;ggc ;;tRNA;150976;151049;975;*;aga fin;;CDS;152025;152864;;; deb;comp;CDS;171557;172066;188;*; ;;regulatory;172255;172358;136;*; fin;;CDS;172495;173688;;; deb;;CDS;193614;194780;59;*; ;;regulatory;194840;194957;124;*; fin;;CDS;195082;195687;;; deb;;CDS;253195;254327;59;*; ;;regulatory;254387;254488;220;*; fin;;CDS;254709;256244;;; deb;;CDS;309184;310275;308;*; ;;regulatory;310584;310674;406;*; fin;;CDS;311081;311398;;; deb;;CDS;378341;380728;585;*; ;;rRNA;381314;382816;315;*;1503 ;;rRNA;383132;386029;127;*;2898 ;;rRNA;386157;386273;177;*;117 fin;;CDS;386451;387059;;0; deb;;CDS;393173;394945;131;*; ;;regulatory;395077;395269;188;*; fin;;CDS;395458;396210;;; deb;comp;CDS;518815;519642;205;*; ;;regulatory;519848;519954;69;*; fin;;CDS;520024;520344;;0; deb;;CDS;601016;601618;560;*; ;;misc_b;602179;602417;63;*; fin;;CDS;602481;604400;;; deb;;CDS;703255;703989;800;*; ;;regulatory;704790;704866;264;*; fin;;CDS;705131;706387;;; deb;;CDS;774245;775042;343;*; ;;misc_b;775386;775620;49;*; fin;;CDS;775670;776689;;; deb;comp;CDS;833130;833894;258;*; ;;tRNA;834153;834243;87;*;agc fin;;CDS;834331;835119;;; deb;;CDS;840990;843056;591;*; ;;misc_b;843648;843858;225;*; fin;;CDS;844084;844899;;; deb;;CDS;1027707;1028153;147;*; ;;misc_b;1028301;1028547;123;*; fin;;CDS;1028671;1030413;;; deb;;CDS;1089165;1090139;241;*; ;;rRNA;1090381;1091883;324;*;1503 ;;rRNA;1092208;1095105;92;*;2898 ;;tRNA;1095198;1095271;8;*;gga ;;rRNA;1095280;1095396;273;*;117 fin;;CDS;1095670;1097688;;; deb;;CDS;1140023;1140928;114;*; ;;ncRNA;1141043;1141223;182;*; fin;;CDS;1141406;1142623;;0; deb;comp;CDS;1181549;1182958;1374;*; ;comp;tRNA;1184333;1184415;318;*;ttg fin;;CDS;1184734;1187382;;; deb;;CDS;1221766;1222134;91;*; ;;regulatory;1222226;1222332;102;*; fin;;CDS;1222435;1223640;;0; deb;;CDS;1292920;1293819;907;*; ;;repeat_region;1294727;1295680;1216;*; fin;;CDS;1296897;1297052;;; deb;;CDS;1347580;1348659;142;*; ;;misc_b;1348802;1349040;67;*; fin;;CDS;1349108;1351747;;; deb;;CDS;1503182;1503538;530;*; ;;repeat_region;1504069;1504755;391;*; fin;comp;CDS;1505147;1506880;;; deb;comp;CDS;1512381;1512557;53;*; ;comp;regulatory;1512611;1512707;354;*; fin;comp;CDS;1513062;1513736;;; deb;;CDS;1583597;1584714;449;*; ;;regulatory;1585164;1585270;105;*; fin;;CDS;1585376;1586341;;; deb;;CDS;1612685;1614778;660;*; ;;repeat_region;1615439;1615732;167;*; fin;comp;CDS;1615900;1616184;;0; deb;;CDS;1620655;1621623;151;*; ;;misc_b;1621775;1622027;71;*; fin;;CDS;1622099;1623307;;0; deb;;CDS;1668527;1669288;160;*; ;;misc_b;1669449;1669706;112;*; fin;;CDS;1669819;1670058;;; deb;;CDS;1708973;1709134;741;*; ;;repeat_region;1709876;1710232;238;*; fin;;CDS;1710471;1710659;;; deb;;CDS;1710778;1711644;452;*; ;;repeat_region;1712097;1712386;122;*; fin;;CDS;1712509;1713036;;; deb;;CDS;1745654;1747510;82;*; ;;misc_b;1747593;1747833;65;*; ;;misc_b;1747899;1748134;84;*; fin;;CDS;1748219;1749436;;; deb;;CDS;1770800;1771111;92;*; ;;regulatory;1771204;1771296;99;*; fin;;CDS;1771396;1772190;;; deb;comp;CDS;1833191;1833988;112;*; ;comp;regulatory;1834101;1834206;91;*; deb;comp;CDS;1834298;1835284;163;*; ;;regulatory;1835448;1835624;143;*; deb;;CDS;1835768;1837498;109;*; ;;tRNA;1837608;1837688;896;*;cta ;;regulatory;1838585;1838689;209;*; fin;;CDS;1838899;1839933;;; deb;comp;CDS;1847745;1849016;646;*; ;;repeat_region;1849663;1850878;408;*; fin;;CDS;1851287;1851574;;0; deb;comp;CDS;1869839;1870468;364;*; ;;regulatory;1870833;1870876;100;*; fin;;CDS;1870977;1871945;;; deb;comp;CDS;1886422;1887495;161;*; ;comp;regulatory;1887657;1887778;188;*; deb;;CDS;1887967;1890450;87;*; ;;regulatory;1890538;1890649;141;*; fin;;CDS;1890791;1892092;;; deb;;CDS;1903300;1903731;430;*; ;;misc_b;1904162;1904373;162;*; fin;;CDS;1904536;1905825;;; deb;;CDS;1963260;1964567;85;*; ;;misc_b;1964653;1964915;125;*; fin;;CDS;1965041;1965844;;; deb;;CDS;1974995;1975732;110;*; ;;misc_b;1975843;1976050;252;*; fin;;CDS;1976303;1977502;;; deb;;CDS;2015338;2017995;53;*; ;;regulatory;2018049;2018151;109;*; fin;;CDS;2018261;2019526;;; deb;comp;CDS;2142818;2143108;130;*; ;comp;regulatory;2143239;2143338;619;*; ;;regulatory;2143958;2144047;52;*; fin;;CDS;2144100;2144276;;0; deb;comp;CDS;2153631;2154182;150;*; ;comp;misc_b;2154333;2154596;435;*; fin;comp;CDS;2155032;2155430;;; deb;comp;CDS;2155785;2156270;82;*; ;comp;regulatory;2156353;2156446;556;*; deb;comp;CDS;2157003;2157185;226;*; ;;regulatory;2157412;2157509;54;*; fin;;CDS;2157564;2157740;;; deb;comp;CDS;2192160;2193194;253;*; ;comp;misc_b;2193448;2193661;222;*; fin;comp;CDS;2193884;2194648;;0; deb;comp;CDS;2199791;2200075;110;*; ;;repeat_region;2200186;2200869;830;*; fin;comp;CDS;2201700;2202572;;; deb;comp;CDS;2207935;2209128;81;*; ;comp;regulatory;2209210;2209378;110;*; fin;comp;CDS;2209489;2210106;;; deb;comp;CDS;2274866;2276242;93;*; ;comp;regulatory;2276336;2276438;249;*; fin;;CDS;2276688;2278034;;; deb;comp;CDS;2289838;2290746;801;*; ;;misc_b;2291548;2291779;107;*; fin;;CDS;2291887;2293368;;; deb;comp;CDS;2432824;2434221;76;*; ;comp;misc_b;2434298;2434531;168;*; fin;comp;CDS;2434700;2434903;;; deb;comp;CDS;2473840;2475960;427;*; ;;regulatory;2476388;2476476;189;*; fin;;CDS;2476666;2478033;;0; deb;comp;CDS;2501260;2501931;184;*; ;;regulatory;2502116;2502205;53;*; fin;;CDS;2502259;2502435;;; deb;comp;CDS;2524251;2524823;182;*; ;comp;regulatory;2525006;2525107;105;*; fin;comp;CDS;2525213;2526364;;; deb;comp;CDS;2555495;2555866;103;*; ;comp;regulatory;2555970;2556080;331;*; fin;comp;CDS;2556412;2558106;;0; deb;comp;CDS;2595509;2596213;63;*; ;comp;regulatory;2596277;2596371;195;*; fin;comp;CDS;2596567;2597583;;; deb;comp;CDS;2695506;2696213;150;*; ;comp;tRNA;2696364;2696460;242;*;tga fin;comp;CDS;2696703;2697542;;; deb;comp;CDS;2719492;2720808;86;*; ;comp;misc_b;2720895;2721106;78;*; fin;comp;CDS;2721185;2721980;;0; deb;comp;CDS;2845118;2845816;42;*; ;comp;misc_b;2845859;2846099;90;*; fin;comp;CDS;2846190;2847593;;0; deb;comp;CDS;2854480;2857587;92;*; ;comp;misc_b;2857680;2857912;174;*; fin;comp;CDS;2858087;2858614;;; deb;comp;CDS;2947183;2948184;58;*; ;comp;misc_b;2948243;2948498;133;*; fin;comp;CDS;2948632;2949822;;; deb;comp;CDS;2957885;2958538;329;*; ;;regulatory;2958868;2958969;72;*; fin;;CDS;2959042;2960385;;; deb;comp;CDS;2978480;2981023;277;*; ;comp;ncRNA;2981301;2981635;131;*; deb;;CDS;2981767;2982444;159;*; ;comp;tRNA;2982604;2982678;95;*;aca ;comp;rRNA;2982774;2985671;188;*;2898 ;comp;rRNA;2985860;2987362;342;*;1503 fin;;CDS;2987705;2988643;;0; deb;comp;CDS;3090012;3095975;123;*; ;comp;regulatory;3096099;3096184;171;*; fin;comp;CDS;3096356;3097759;;; deb;comp;CDS;3135811;3136473;99;*; ;comp;regulatory;3136573;3136658;185;*; deb;comp;CDS;3136844;3139798;112;*; ;comp;regulatory;3139911;3139996;125;*; fin;comp;CDS;3140122;3141300;;0; deb;comp;CDS;3244007;3244435;189;*; ;;repeat_region;3244625;3246042;183;*; fin;comp;CDS;3246226;3246492;;; deb;comp;CDS;3274824;3275954;227;*; ;comp;regulatory;3276182;3276363;52;*; fin;comp;CDS;3276416;3277309;;; deb;comp;CDS;3405889;3407280;143;*; ;comp;regulatory;3407424;3407603;271;*; fin;comp;CDS;3407875;3409527;;; deb;comp;CDS;3489429;3490850;579;*; ;;repeat_region;3491430;3492052;252;*; fin;comp;CDS;3492305;3494290;;; deb;;CDS;3508604;3509509;673;*; ;comp;tmRNA;3510183;3510532;157;*; fin;comp;CDS;3510690;3511145;;0; deb;;CDS;3600566;3601447;77;*; ;;regulatory;3601525;3601699;172;*; fin;;CDS;3601872;3602873;;; deb;comp;CDS;3636881;3639547;75;*; ;comp;misc_b;3639623;3639885;300;*; fin;comp;CDS;3640186;3641013;;; deb;comp;CDS;3654516;3655193;579;*; ;comp;regulatory;3655773;3655856;232;*; fin;comp;CDS;3656089;3656931;;; deb;comp;CDS;3689422;3690501;287;*; ;;regulatory;3690789;3690904;174;*; fin;;CDS;3691079;3692449;;0; deb;comp;CDS;3749041;3749442;795;*; ;;regulatory;3750238;3750334;53;*; fin;;CDS;3750388;3750564;;; deb;comp;CDS;3787361;3788431;454;*; ;comp;rRNA;3788886;3789002;127;*;117 ;comp;rRNA;3789130;3792027;285;*;2898 ;comp;rRNA;3792313;3793815;193;*;1503 fin;comp;CDS;3794009;3794587;;; deb;comp;CDS;3810367;3811866;129;*; ;comp;regulatory;3811996;3812175;66;*; fin;comp;CDS;3812242;3812856;;; deb;comp;CDS;3905129;3905650;161;*; ;comp;regulatory;3905812;3905897;839;*; fin;comp;CDS;3906737;3907687;;; deb;comp;CDS;3931996;3933933;83;*; ;comp;misc_b;3934017;3934263;65;*; fin;comp;CDS;3934329;3934850;;; deb;comp;CDS;3944262;3944453;119;*; ;comp;rRNA;3944573;3944689;127;*;117 ;comp;rRNA;3944817;3947714;221;*;2898 ;comp;rRNA;3947936;3949438;284;*;1503 fin;comp;CDS;3949723;3949917;;; deb;;CDS;4084445;4085437;382;*; ;comp;tRNA;4085820;4085894;33;*;aca ;comp;tRNA;4085928;4086003;4;*;gta ;comp;tRNA;4086008;4086082;6;*;gaa ;comp;tRNA;4086089;4086164;326;*;aaa fin;comp;CDS;4086491;4087780;;; </pre> ====cdc psor==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_psor|cdc psor]] <pre> cdc-psor comparaison;;7.11.19 Tanger;;;comparaisons internes cdc, psor;;;; cdc;intercal;psor;intercal;diff;cdc;intercal;cdc;intercal;diff cds;505;CDS;309;;cds;505;cds;281; 16s;279;16s;196;;16s;279;16s;279; 23s;180;23s;122;;23s;180;23s;131; 5s;6;5s;5;;5s;6;5s;6; aac;6;tta;13;;aac;6;aac;4; tta;15;atg;15;-2;tta;15;gaa;5; atgf;7;gaa;9;8;atgf;7;gta;5; gaa;9;gga;6;0;gaa;9;gac;10; gga;5;gta;5;1;gga;5;aca;14; gta;5;gac;16;;gta;5;tac;9;0 gac;9;aac;4;;gac;9;gga;10;1 aca;14;aca;4;-10;aca;14;aga;9;0 tac;8;tac;15;7;tac;8;caa;11; cta;29;cta;14;-15;cta;29;aaa;2; aga;7;aga;7;0;aga;7;tca;17;2 caa;88;caa;11;;caa;88;agc;8; tca;3;aaa;6;;tca;3;cca;85; ttc;6;tca;3;0;ttc;6;tgg;60; atgj;11;ttc;9;3;atgj;11;cca;6; atgi;23;atg;8;-3;atgi;23;atc;3; cca;7;atg;21;-2;cca;7;ttc;7; cac;8;cca;6;-1;cac;8;atgj;114; aaa;7;cac;4;;aaa;7;16s;; tgc;6;tgc;25;;tgc;6;cds;776; aac;5;tta;13;-2;aac;5;16s;52; tta;15;atg;15;8;tta;15;gca;373; atgf;7;gaa;9;0;atgf;7;23s;126; gaa;9;gga;6;1;gaa;9;5s;7; gga;5;gta;5;0;gga;5;aac;5; gta;5;gac;16;;gta;5;tta;15;0 gac;9;aac;4;;gac;9;atgf;7;1 aca;14;aca;4;-10;aca;14;gaa;14;0 tac;9;tac;15;6;tac;9;gga;5; cta;23;cta;11;-12;cta;23;gta;5; ggc;24;ggc;13;-11;ggc;24;gac;10; aga;9;aga;7;-2;aga;9;ggc;9;0 caa;8;caa;11;3;caa;8;aga;975;3 aaa;2;aaa;6;4;aaa;2;cds;;0 tca;3;tca;3;0;tca;3;;; ttc;6;ttc;9;3;ttc;6;;; atgj;11;atg;8;-3;atgj;11;;; atgi;17;atg;21;;atgi;17;;; cac;8;cca;6;;cac;8;;; aaa;7;cac;9;1;aaa;7;;; tgc;7;aaa;21;14;tgc;7;;; cgt;12;tgc;6;-1;cgt;12;;; gta;75;cgt;10;-2;gta;75;;; cds;;gta;162;;cds;;;; ;;CDS;;;;;;; ;;;;;psor;;psor;intercal;diff cds;776;;;;CDS;309;CDS;239; 16s;52;;;;16s;196;16s;196; gca;373;;;;23s;122;23s;213; 23s;126;;;;5s;5;5s;5; 5s;7;atg;138;;tta;13;tta;13;0 aac;5;16s;109;;atg;15;atg;15;0 tta;15;gca;112;;gaa;9;gaa;9;0 atgf;7;23s;40;;gga;6;gga;6;0 gaa;14;5s;5;;gta;5;gta;5;0 gga;5;gaa;8;;gac;16;gac;16;0 gta;5;gta;5;0;aac;4;aac;31; gac;10;gac;9;-1;aca;4;aac;4; ggc;9;ggc;7;-2;tac;15;aca;4;0 aga;975;aga;142;;cta;14;tac;11;-4 cds;;CDS;;;aga;7;gga;19;5 ;;;;;caa;11;aga;6;-1 cds;281;CDS;239;;aaa;6;caa;12;1 16s;279;16s;196;;tca;3;aaa;6;0 23s;131;23s;213;;ttc;9;tca;11; 5s;6;5s;5;;atg;8;agc;6; aac;4;tta;13;;atg;21;cca;6; gaa;5;atg;15;;cca;6;atg;11; gta;5;gaa;9;;cac;4;tgg;31; gac;10;gga;6;;tgc;25;cca;6; aca;14;gta;5;;tta;13;atc;6;0 tac;9;gac;16;;atg;15;ttc;13;0 gga;10;aac;31;;gaa;9;atg;138;0 aga;9;aac;4;;gga;6;16s;;0 caa;11;aca;4;-10;gta;5;atg;138;0 aaa;2;tac;11;2;gac;16;16s;109;0 tca;17;gga;19;9;aac;4;gca;112; agc;8;aga;6;-3;aca;4;23s;40;0 cca;85;caa;12;1;tac;15;5s;5; tgg;60;aaa;6;4;cta;11;gaa;8; cca;6;tca;11;-6;ggc;13;gta;5; atc;3;agc;6;-2;aga;7;gac;9;-1 ttc;7;cca;6;;caa;11;ggc;7;1 atgj;114;atg;11;;aaa;6;aga;142;0 16s;;tgg;31;-29;tca;3;CDS;; ;;cca;6;0;ttc;9;;; ;;atc;6;3;atg;8;;; ;;ttc;13;6;atg;21;;; ;;atg;138;;cca;6;;; ;;16s;;;cac;9;;; ;;;;;aaa;21;;; ;;CDS;129;;tgc;6;;; ;;gta;8;;cgt;10;;; ;;gaa;20;;gta;162;;; ;;aaa;10;;CDS;;;; cds;382;aca;10;;;;;; aca;33;gac;7;;;;;; gta;4;gta;9;5;;;;; gaa;6;gaa;5;-1;;;;; aaa;326;aaa;289;;;;;; cds;;CDS;;;;;;; ;;;;;;;;; cdc-psor coservation des cds;;;;;fréquence des diff psor-cdc des intercalaires;;;; cdc;intercal;psor;intercal;protéines;;gamme;fréquence;; cds;0;CDS;3;151 – 152;;-15;2;; tcc;37;tcc;27;;;-14;;; ncRNA;76;ncRNA;152;547 – 546;;-13;;; cds;;CDS;;;;-12;1;; ;;;;;;-11;1;; cds;1374;CDS;41;470 – 1177;;-10;3;; ttg;318;ttg;138;883 – 881;;-9;;; cds;;CDS;;;;-8;;; ;;;;;;-7;;; cds;109;CDS;111;577 – 1076;;-6;1;; cta;231;cta;426;;;-5;;; cds;;CDS;;58 – 577;;-4;;; ;;;;;;-3;3;; cds;258;CDS;37;255 – 302;;-2;7;; agc;87;agc;120;;;-1;4;; cds;;CDS;;263 – 100;;0;8;; ;;;;;;1;4;; ;;CDS;306;62;;2;1;; ;;cta;404;422;;3;4;; ;;CDS;;;;4;2;; ;;;;;;5;1;; ;;CDS;135;;;6;2;; ;;other;258;;;7;1;; ;;CDS;;;;8;2;; ;;;;;;9;1;; ;;CDS;195;;;10;;; ;;tga;37;;;11;;; ;;CDS;;;;12;;; ;;;;;;13;;; ;;CDS;71;;;14;1;; ;;tgc;12;;;15;;; ;;aac;3;;;;;; ;;aca;285;;;total;49;; ;;CDS;;;;sous t. -2+2;24;; </pre> ===cdc8=== ====cdc8 opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_opérons|cdc8 opérons]] <pre> 28.6%GC;11.9.19 Paris;16s 16 ;110 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;pbs;CDS dirigé;protéines Peptoclostridium difficile M68;;;;;;;;;;; dir ;4299490..4300134;;cds;;214;214;;;645;;tyrosine-type recombinase/integrase dir ;4300349..4300807;;cds;@1;554;*554;;;459;;helix-turn-helix domain-containing protein dir ;4301362..4303101;;cds;;0;0;;;*1740;;hypothetical protein dir ;4303102..4303305;;cds;;167;167;;;204;;hp dir ;4303473..4304299;;23s°;;132;;;;827;; dir ;4304432..4304548;;5s;+;6;;;;117;; dir ;4304555..4304629;;aac;;4;;;4;75;; dir ;4304634..4304708;;gaa;2 cca;5;;;5;75;; dir ;4304714..4304789;;gta;;5;;;5;76;; dir ;4304795..4304871;;gac;;11;;;11;77;; dir ;4304883..4304957;;aca;;14;;;14;75;; dir ;4304972..4305056;;tac;;9;;;9;85;; dir ;4305066..4305139;;gga;;10;;;10;74;; dir ;4305150..4305226;;aga;;9;;;9;77;; dir ;4305236..4305311;;caa;;11;;;11;76;; dir ;4305323..4305398;;aaa;;2;;;2;76;; dir ;4305401..4305489;;tca;;18;;;18;89;; dir ;4305508..4305598;;agc;;8;;;8;91;; dir ;4305607..4305683;;cca;;85;;;*85;77;; dir ;4305769..4305844;;tgg;;60;;;*60;76;; dir ;4305905..4305981;;cca;;5;;;5;77;; dir ;4305987..4306063;;atc;;3;;;3;77;; dir ;4306067..4306142;;ttc;;7;;;7;76;; dir ;4306150..4306226;;atgj;;114;;;;77;; dir ;4306341..4307538;;16s;;0;0;;;1198;0; dir ;4307539..4308225;;cds;;100;100;;;687;;xylose isomerase dir ;1..796;4308325;23s°;;181;;;;796;; dir ;978..1094;;5s;;6;;;;117;; dir ;1101..1175;;aac;+;6;;;6;75;; dir ;1182..1267;;tta;3 aaa;15;;;15;86;; dir ;1283..1358;;atgf;3 gta;7;;;7;76;; dir ;1366..1440;;gaa;;9;;;9;75;; dir ;1450..1523;;gga;;5;;;5;74;; dir ;1529..1604;;gta;;5;;;5;76;; dir ;1610..1686;;gac;;9;;;9;77;; dir ;1696..1770;;aca;;14;;;14;75;; dir ;1785..1869;;tac;;10;;;10;85;; 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dir ;4615..4690;;aaa;;7;;;7;76;; dir ;4698..4771;;tgc;;7;;;7;74;; dir ;4779..4855;;cgt;;12;;;12;77;; dir ;4868..4943;;gta;;75;75;;;76;75; dir ;5019..5432;;cds;;308;308;;;414;;hp dir ;5741..9172;;cds;;;;;;*3432;;pyruvate carboxylase ;;;;;;;;;;; dir ;94032..94736;;cds;;281;281;;;705;281;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD dir ;95018..95994;;16s°;;100;;;;977;; dir ;96095..97613;;23s°;;126;;;;1519;; dir ;97740..97856;;5s;;7;;;;117;; dir ;97864..97938;;aac;;6;;;6;75;; dir ;97945..98030;;tta;;15;;;15;86;; dir ;98046..98121;;atgf;;7;;;7;76;; dir ;98129..98203;;gaa;;8;;;8;75;; dir ;98212..98285;;gga;;4;;;4;74;; dir ;98290..98365;;gta;;5;;;5;76;; dir ;98371..98447;;gac;;10;;;10;77;; dir ;98458..98532;;ggc;;9;;;9;75;; dir ;98542..98615;;aga;;954;*954;;;74;; dir ;99570..100409;;cds;;;;;;840;;TIGR00159 family protein ;;;;;;;;;;; dir ;306829..309216;;cds;;733;;;;*2388;;cadmium-translocating P-type ATPase <> comp;309950..310076;;cds;;1;1;;;127;1;glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A dir ;310078..311313;;23s°;;126;;;;1236;; dir ;311440..311556;;5s;;177;177;;;117;; dir ;311734..312342;;cds;;;;;;609;;DedA family protein ;;;;;;;;;;; comp;861856..862620;;cds;;258;258;;;765;;DeoR/GlpR transcriptional regulator dir ;862879..862969;;agc;;87;87;;;91;87; dir ;863057..863845;;cds;;;;;;789;;flagellar motor protein ;;;;;;;;;;; dir ;1106477..1107451;;cds;;238;238;;;975;238;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase dir ;1107690..1109197;;16s;@2;320;;;;1508;; dir ;1109518..1112416;;23s;;91;;;;2899;; dir ;1112508..1112581;;gga;;8;;;;74;; dir ;1112590..1112706;;5s;;273;273;;;117;; dir ;1112980..1114998;;cds;;;;;;*2019;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase ;;;;;;;;;;; comp;1196804..1198213;;cds;;1378;*1378;;;*1410;;MBOAT family protein comp;1199592..1199674;;ttg;;318;318;;;83;318; dir ;1199993..1202641;;cds;;;;;;*2649;;DNA polymerase I ;;;;;;;;;;; dir ;1850896..1852626;;cds;;109;109;;;*1731;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein dir ;1852736..1852816;;cta;;334;334;;;81;; dir ;1853151..1853666;;cds;;;;;;516;;HXXEE domain-containing protein ;;;;;;;;;;; dir ;3024038..3024715;;cds;;150;150;;;678;150;sortase SrtB comp;3024866..3024940;;aca;@3;93;;;;75;; comp;3025034..3027933;;23s;;184;;;;2900;; comp;3028118..3029625;;16s;;374;374;;;1508;; dir ;3030000..3030938;;cds;;;;;;939;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase ;;;;;;;;;;; dir ;3805298..3806743;;cds;;208;208;;;*1446;;tyrosine-type recombinase/integrase comp;3806952..3807028;;agg;;61;61;;;77;61; <comp;3807090..3808790;;cds;;;;;;*1701;;formate dehydrogenase subunit alpha ;;;;;;;;;;; comp;3875816..3876886;;cds;;452;*452;;;1071;;ABC transporter ATP-binding protein comp;3877339..3877455;;5s;;125;;;;117;; comp;3877581..3880480;;23s;;261;;;;2900;; comp;3880742..3882249;;16s;;190;190;;;1508;190; comp;3882440..3883018;;cds;;;;;;579;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase ;;;;;;;;;;; comp;4017523..4017714;;cds;;118;118;;;192;118;DUF378 domain-containing protein comp;4017833..4017949;;5s;;126;;;;117;; comp;4018076..4020975;;23s;;321;;;;2900;; comp;4021297..4022804;;16s;;292;292;;;1508;; 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comp;4217110..4218529;;23s°;;250;;;;1420;; comp;4218780..4218855;;gca;;52;;;;76;; comp;4218908..4219471;;16s°;;100;;;;564;; comp;4219572..4219856;;23s°;;217;;;;285;; comp;4220074..4221581;;16s;;179;179;;;1508;179; >comp;4221761..4222206;;cds;;386;386;;;446;386;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor dir ;4222593..4224100;;16s;;321;;;;1508;; dir ;4224422..4227321;;23s;;181;;;;2900;; dir ;4227503..4227619;;5s;;6;;;;117;; dir ;4227626..4227700;;aac;;6;;;6;75;; dir ;4227707..4227792;;tta;;15;;;15;86;; dir ;4227808..4227883;;atgf;;7;;;7;76;; dir ;4227891..4227965;;gaa;;9;;;9;75;; dir ;4227975..4228048;;gga;;5;;;5;74;; dir ;4228054..4228129;;gta;;5;;;5;76;; dir ;4228135..4228211;;gac;;9;;;9;77;; dir ;4228221..4228295;;aca;;14;;;14;75;; dir ;4228310..4228394;;tac;;10;;;10;85;; dir ;4228405..4228488;;cta;;28;;;28;84;; dir ;4228517..4228593;;aga;;7;;;7;77;; dir ;4228601..4228676;;caa;;89;;;*89;76;; dir ;4228766..4228854;;tca;;3;;;3;89;; dir ;4228858..4228933;;ttc;;6;;;6;76;; dir ;4228940..4229016;;atgj;;11;;;11;77;; 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comp;4253521..4253596;;gca;;52;;;;76;; comp;4253649..4254226;;16s°;;282;282;;;578;; dir ;4254509..4254712;;cds;;12;12;;;204;;hp dir ;4254725..4256002;;cds;;;;;;*1278;;phage portal protein </pre> ====cdc8 cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cumuls|cdc8 cumuls]] <pre> cdc8 cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;21;1;;0;1;4;1;3;100;6 ;16 23 5s 0;4;20;2;77;50;2;20;0;200;8 ;16 gca 235;2;40;1;6;100;7;40;0;300;11 ;16 23 5s a;5;60;;0;150;5;60;0;400;5 ;max a;43;80;;1;200;5;80;2;500;5 ;a doubles;2;100;;3;250;6;100;3;600;5 ;autres;10;120;;0;300;5;120;3;700;1 ;total aas;98;140;;0;350;4;140;1;800;1 sans ;opérons;6;160;;0;400;4;160;1;900;1 ;1 aa;5;180;;0;450;0;180;1;1000;0 ;max a;4;200;;0;500;2;200;1;1100;0 ;a doubles;0;;;0;;4;;7;;1 ;total aas;9;;3;87;;48;;22;;44 total aas;;108;;;;;;;;; remarques;;7;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;14;14;;256;;155;;330 ;;;variance;;16;;252;;109;;234 sans jaune;;;moyenne;;10;;182;;;;208 ;;;variance;;6;;117;;;;97 </pre> ====cdc8 blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_blocs|cdc8 blocs]] <pre> cdc8 blocs;;;;;;;; Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupe;intercal ;cds;554;;cds;150;;cds;496 ;cds;0;;aca;93;;16s;321 ;cds;168;;23s;184;;23s°;100 ;23s°;133;III;16s;374;;cds;111 IV2;5s;7;;cds;;;cds;228 ;aac;5;;;;;16s;321 ;**16aas;8;;cds;452;;23s°;101 ;atgj;115;;5s;125;;23s°;250 IV1;16s;1;;23s;261;;gca;52 ;cds;100;I2;16s;190;;16s°;100 ;23s°;182;;cds;;;23s°;217 ;5s;7;;;;;16s;179 ;aac;7;;cds;118;;cds;386 ;**41aas;13;;5s;126;IV3;16s;321 ;gta;76;;23s;321;;23s;181 ;cds;308;I3;16s;292;;5s;6 ;cds;;;cds;;;aac;6 ;;;;;;;**17aas;8 ;cds;281;;cds;179;;aaa;353 ;16s°;100;;16s;161;;5s;126 ;23s°;126;;5s;201;;23s;582 X1;5s;7;I1;23s;217;I4;16s;217 ;aac;6;;16s;108;;23s;126 ;**7aas;9;;atgi;11;;5s;216 ;aga;954;;tta;5;;cds;372 ;cds;;;5s;201;;cds;21 ;;;;23s;375;;cds;778 ;cds;733;VII1;gca;52;IV4;16s;261 ;cds;1;;16s’;100;;23s;201 ;23s°;126;;16s’;52;;5s;5 ;5s;177;;gca;248;;tta;11 ;cds;;;23s°;100;;atgi;108 ;;;;16s°;321;;16s;184 ;cds;238;;23s;100;;23s°;100 II;16s;320;;16s°;320;;cds;112 ;23s;91;;23s°;100;;23s’;375 ;gga;8;;23s’;126;;gca;52 ;5s;273;;5s;127;;16s°;282 ;cds;;;cds;;;cds; </pre> ====cdc8 cdc psor 43==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_43|cdc8 cdc psor 43]] <pre> cdc8;43aas;cdc;43aas;;;cdc8;43aas;psor;44aas; 16s;1;;;;;16s;1;;; cds;100;16s;279;;;cds;100;16s;196; 23s°;181;23s;180;-1;;23s°;181;23s;122; 5s;6;5s;6;0;;5s;6;5s;5; aac;6;aac;6;0;;aac;6;tta;13;-2 tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8 atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0 gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1 gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0 gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16; gac;9;gac;9;0;;gac;9;aac;4; aca;14;aca;14;0;;aca;14;aca;4;-10 tac;10;tac;8;-2;;tac;10;tac;15;5 cta;28;cta;29;1;;cta;28;cta;14;-14 aga;7;aga;7;0;;aga;7;aga;7;0 caa;89;caa;88;-1;;caa;89;caa;11; tca;3;tca;3;0;;tca;3;aaa;6; ttc;6;ttc;6;0;;ttc;6;tca;3;0 atgj;11;atgj;11;0;;atgj;11;ttc;9;3 atgi;29;atgi;23;-6;;atgi;29;atg;8;-3 cca;7;cca;7;0;;cca;7;atg;21;-8 cac;8;cac;8;0;;cac;8;cca;6;-1 aaa;7;aaa;7;0;;aaa;7;cac;4; tgc;6;tgc;6;0;;tgc;6;tgc;25; aac;6;aac;5;-1;;aac;6;tta;13;-2 tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8 atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0 gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1 gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0 gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16; 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;comp;3882440..3883018;cds;;579;precorrin;;;dir ;4237342..4237458;5s;216;117;;;;;; ;;;;;;;;;comp;4237675..4238859;cds;372;1185;B6;;;;; ;comp;4017523..4017714;cds;118;192;DUF378;;5;dir ;4239232..4241583;cds;21;2352;Art-red;;;;; ;comp;4017833..4017949;5s;126;117;;;;dir ;4241605..4242144;cds;778;540;Art-reda;;;;; 14;comp;4018076..4020975;23s;321;2900;;;insert;dir ;4242923..4244459;16s;261;1537;;;;;; ;comp;4021297..4022804;16s;292;1508;;;insert;dir ;4244721..4247619;23s;201;2899;;;;;; ;comp;4023097..4023378;cds;221;282;hp-282;;insert;dir ;4247821..4247937;5s;5;117;;111345..111884;CDS;431;540;Art-reda ;comp;4023600..4025129;cds;;1530;K-ligase;;insert;dir ;4247943..4248031;tta;11;89;;112316..113822;16s;54;; ;;;;;;;;insert;dir ;4248043..4248119;atgi;108;77;;113877..113952;gca;114;; ;dir ;4135881..4136873;cds;383;993; DnaC;;insert;dir ;4248228..4249735;16s;184;1508;;114067..116982;23s;193;; ;comp;4137257..4137331;aca;33;75;;;insert;dir ;4249920..4250564;23s°;100;645;;117176..117292;5s;5;; 15;comp;4137365..4137440;gta;4;76;;;insert;<dir ;4250665..4250923;cds;112;259;hp-259;117298..117386;tta;9;; 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;cdc8;pbs;cdc;pbs;psor;pbs seleno A;309950..310076;127;0;;-; Y-r;457663..457878;216;457207..457422;216;-; ;1237414..1237986;573;1223841..1224413;573;; ;1291413..1292327;915;1277836..1278750;915;; ;1418672..1419580;909;1405262..1406170;909;; ;2120221..2121348;1128;;;; ;2785863..2786042;180;;;; ;3564835..3565434;600;;;; Y-r2;3805298..3806743;1446;;;; Y-r1;4299490..4300134;645;;;; Helix;351106..351336;231;391813..392001;189;-; ;379952..380503;552;429510..430061;552;; ;456588..456776;189;461727..462398;672;; ;1187185..1187736;552;1169984..1170535;552;; ;1466364..1466783;420;1292255..1292926;672;; ;1467749..1468147;399;1454375..1454773;399;; ;1605760..1606344;585;1517855..1518619;765;; ;1694358..1694750;393;1592306..1592890;585;; ;1936722..1937267;546;1682266..1682658;393;; ;2105662..2106711;1050;1695592..1696284;693;; ;2196549..2198204;1656;1916424..1916630;207;; ;2342487..2342690;204;1922813..1923358;546;; ;2353934..2354578;645;2164151..2165806;1656;; ;2378761..2379891;1131;2308386..2308589;204;; ;2721795..2722316;522;2319833..2320477;645;; ;3485137..3486024;888;2344477..2345607;1131;; ;3570953..3571183;231;2501260..2501931;672;; ;3571660..3571878;219;2688255..2688776;522;; ;3804379..3804627;249;3459701..3460588;888;; ;3804878..3805279;402;3475449..3475589;141;; ;4286854..4287222;369;;;; ;4288799..4289518;720;;;; ;4300349..4300807;459;;;; xylose;3383443..3384780;1338;3349843..3351180;1338;0; ;<4307539..4308225;687;;;; CHAP;<4213228..>4213849;622;0;;-; A-1chlor;4213961..4214620;660;0;;0; SigB2;4221761..4222206;446;0;;0; fdHa;4221761..4222206;1701;3711229..3713373;2145;-; R-deca;0;;0;;127845..129260;1416 ;;;;;876023..877522;1500 phagePP;1448919..1449983;1065;1435547..1436611;1065;1489507..1490769;1263 ;1450539..1450985;447;1437167..1437613;447;; ;1709611..1711050;1440;1697521..1698963;1443;; ;1718404..1718844;441;1708192..1708632;441;; ;3560756..3561910;1155;3841162..3842367;1206;; ;4254725..4256002;1278;;;; ;4260531..4261586;1056;;;; ;4262058..4262474;417;;;; hp-204;4254509..4254712;204;;;; phagePP;4254725..4256002;1278;;;; phageHM;4255980..4256741;762;;;; hp;;;3840525..3841067;543;; phagePP;;;3841162..3842367;1206;; hydrolase;;;3842345..3842512;168;; terminase;;;;;1487770..1489491;1722 phagePP;;;;;1489507..1490769;1263 Clp;;;;;1490762..1491607;846 </pre> ====cdc8 cdc abrégé protéines==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_abrégé_protéines|cdc8 cdc abrégé protéines]] <pre> A-1chlor;type A-1 chloramphenicol O-acetyltransferase ABC;ABC transporter ATP-binding protein Ala amid;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase Art-red;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase Art-reda;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein B6;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase cad;cadmium-translocating P-type ATPase CHAP;CHAP domain-containing protein CwlD;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD DedA;DedA family protein DeoR;DeoR/GlpR transcriptional regulator DnaC;DNA replication protein DnaC DUF378;DUF378 domain-containing protein fdHa;formate dehydrogenase subunit alpha flagellar;flagellar motor protein Glyco-tr;glycosyl transferase Helix;helix-turn-helix domain-containing protein hp-1740;hp-1740 hp-204;hp-204 hp-282;hp-282 hp-414;hp-414 HXXEE;HXXEE domain-containing protein III-tau;DNA polymerase III subunit gamma/tau K-ligase;lysine--tRNA ligase S-ligase;serine--tRNA ligase lactam;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase Mannosyl;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase MBOAT;MBOAT family protein mecano;mechanosensitive ion channel NadR;transcription repressor NadR NhaC;Na+/H+ antiporter NhaC family protein Nuc-de;nucleoside deaminase phagePP;phage portal protein PolyI;DNA polymerase I precorrin;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase pyruvate;pyruvate carboxylase R-deca;arginine decarboxylase seleno;glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A SigB;SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor SigB2;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor SrtB;sortase SrtB succinate;adenylosuccinate synthase TIGR;TIGR00159 family protein xylose;xylose isomerase Y-r1;tyrosine-type recombinase/integrase – 1 Y-r2;tyrosine-type recombinase/integrase – 2 </pre> ====cdc8 cdc psor stats==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_stats|cdc8 cdc psor stats]] <pre> NCBI du 13.11.19;cdc8;cdc;psor date;15-MAR-2017;18-MAY-2017;08-JAN-2018 DNA circulaire;4 308 325;4 110 554;3 550 458 Genes (total) ;4 025;3 807;3 528 CDS (total) ;3 870;3 691;3 368 Genes (coding) ;3 763;3 615;3 327 CDS (coding) ;3 763;3 615;3 327 Genes (RNA) ;155;116;160 RRNAs (5S, 16S, 23S); 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17 complete rRNAs ; 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17 tRNAs ;108;83;105 ncRNAs ;4;4;4 Pseudo Genes (total) ;107;76;41 Pseudo Genes (ambiguous residues) ; 0 of 107; 0 of 76; 0 of 41 Pseudo Genes (frameshifted) ; 60 of 107; 42 of 76; 4 of 41 Pseudo Genes (incomplete) ; 35 of 107; 30 of 76; 18 of 41 Pseudo Genes (internal stop) ; 31 of 107; 18 of 76; 22 of 41 Pseudo Genes (multiple problems) ; 18 of 107; 12 of 76; 3 of 41 CRISPR Arrays ;4;9; - ;;; Décompte du 19.11.19;;; hypothetical protein;609;523;1 256 hp / cds (total);0,16;0,14;0,37 </pre> ====cdc8 distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_distribution|cdc8 distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga; cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cdc8;;5;;;;;5;;cdc8;4;;;;;;9 </pre> ====cdc8 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_données_intercalaires|cdc8 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cdc8;fx;fc;cdc8;fx40;fc40;cdc8;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;0;39;0;0;39;-1;;71;75;258;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;5;241;1;0;48;-2;;0;954;318;55;;gca;6;;aac;6;;aac ;0;20;3;344;2;0;53;-3;;1;87;150;tRNA 16s;;;15;;tta;15;;tta ;0;30;4;232;3;1;24;-4;1;51;1378;208;2* 110;;atgi;7;;atgf;7;;atgf ;0;40;0;138;4;2;29;-5;;0;109;383;116;;atgj;9;;gaa;9;;gaa ;0;50;4;89;5;0;15;-6;;0;334;;tRNA 23s;;;5;;gga;5;;gga ;0;60;9;87;6;0;7;-7;;15;150;;376;;gca;5;;gta;5;;gta ;1;70;6;73;7;0;11;-8;1;68;264;;23s tRNA;;;9;;gac;9;;gac ;1;80;11;66;8;0;13;-9;;0;67;;94;;aca;14;;aca;14;;aca ;1;90;15;73;9;1;21;-10;;2;331;;8;;gga;10;;tac;10;;tac ;0;100;21;72;10;1;20;-11;;32;0;;5s tRNA;;;28;;cta;28;;cta ;1;110;16;84;11;0;38;-12;;0;CDS 16s;;3* 6;;aac;7;;aga;7;;aga ;0;120;23;86;12;0;46;-13;;7;240;376;7;;aac;89;;caa;89;;caa ;0;130;25;53;13;1;30;-14;;15;192;498;2* 5;;tta;3;;tca;3;;tca ;0;140;21;49;14;0;39;-15;;0;294;81;-;353;aaa;6;;ttc;6;;ttc 1;1;150;15;53;15;0;36;-16;;2;181;388;tRNA tRNA;;intra;14;;atgj;14;;atgj ;0;160;23;44;16;0;28;-17;1;14;181;;2* 11;;atgi;29;;atgi;29;;atgi ;0;170;24;38;17;1;45;-18;;0;780;;**;;tta;7;;cca;7;;cca ;0;180;22;44;18;1;31;-19;;1;16s 23s;;tRNA tRNA;;;8;;cac;8;;cac ;0;190;26;43;19;0;27;-20;;7;324;;33;;aca;7;;aaa;**;;aaa ;0;200;18;43;20;0;24;-21;;0;188;;4;;gta;6;;tgc;4;;aac 1;0;210;22;36;21;1;24;-22;1;0;2* 265;;6;;gaa;6;;aac;5;;gaa ;0;220;25;39;22;0;22;-23;;6;2* 325;;**;;aaa;15;;tta;5;;gta ;0;230;14;30;23;0;28;-24;;1;2* 221;;;;;7;;atgf;11;;gac ;0;240;9;27;24;0;21;-25;;0;23s 5s;;;;;9;;gaa;14;;aca ;0;250;15;30;25;1;27;-26;;6;126;;;;;5;;gga;9;;tac 1;0;260;15;30;26;1;19;-27;;0;2* 127;;;;;5;;gta;10;;gga ;1;270;18;30;27;0;19;-28;;1;3* 202;;;;;9;;gac;9;;aga ;0;280;12;19;28;1;26;-29;;8;182;;;;;14;;aca;11;;caa ;0;290;16;38;29;0;24;-30;;0;5s CDS;;;;;9;;tac;2;;aaa ;0;300;17;23;30;0;22;-31;;1;177;216;;;;24;;cta;18;;tca ;0;310;7;29;31;0;20;-32;;5;273;;;;;24;;ggc;8;;agc 1;0;320;18;22;32;0;18;-33;;0;452;;;;;9;;aga;85;;cca ;0;330;14;30;33;0;13;-34;;0;118;;;;;8;;caa;60;;tgg ;2;340;9;13;34;0;12;-35;;2;127;;;;;2;;aaa;5;;cca ;0;350;6;15;35;0;17;-36;;0;5s 16s;;;;;3;;tca;3;;atc ;0;360;16;18;36;0;14;-37;;0;-;161;;;;6;;ttc;7;;ttc ;0;370;7;16;37;0;13;-38;;1;;;;;;14;;atgj;**;;atgj ;0;380;6;17;38;0;11;-39;;0;;;;;;17;;atgi;;; 1;0;390;7;14;39;0;10;-40;;1;;;;;;8;;cac;;; ;0;400;4;18;40;0;10;-41;;0;;;;;;7;;aaa;;; ;2;reste;138;242;reste;674;1733;-42;;0;;;;;;7;;tgc;;; 5;11;total;686;2727;total;686;2727;-43;;0;;;;;;12;;cgt;;; 5;8;diagr;548;2446;diagr;12;955;-44;;1;;;;;;**;;gta;;; 0;0; t30;12;817;;;;-45;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;; ;x;686;4;0;690;;;-49;;0;;;;;;;;;;; ;c;2688;326;39;3053;;;-50;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;3743;348;;reste;;5;;;;;;;;;;; ;;;;;;4091;;total;4;326;;;;;;;;;;; </pre> =====cdc8 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_autres_intercalaires_aas|cdc8 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cdc8;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;;misc_f;1;795;182;*; ;;rRNA;978;1094;6;*;117 ;;tRNA;1101;1175;6;*;aac ;;tRNA;1182;1267;15;*;tta ;;tRNA;1283;1358;7;*;atgf ;;tRNA;1366;1440;9;*;gaa ;;tRNA;1450;1523;5;*;gga ;;tRNA;1529;1604;5;*;gta ;;tRNA;1610;1686;9;*;gac ;;tRNA;1696;1770;14;*;aca ;;tRNA;1785;1869;10;*;tac ;;tRNA;1880;1963;28;*;cta ;;tRNA;1992;2068;7;*;aga ;;tRNA;2076;2151;89;*;caa ;;tRNA;2241;2329;3;*;tca ;;tRNA;2333;2408;6;*;ttc ;;tRNA;2415;2488;14;*;atgj ;;tRNA;2503;2579;29;*;atgi ;;tRNA;2609;2685;7;*;cca ;;tRNA;2693;2769;8;*;cac ;;tRNA;2778;2853;7;*;aaa ;;tRNA;2861;2934;6;*;tgc ;;tRNA;2941;3015;6;*;aac ;;tRNA;3022;3107;15;*;tta ;;tRNA;3123;3198;7;*;atgf ;;tRNA;3206;3280;9;*;gaa ;;tRNA;3290;3363;5;*;gga ;;tRNA;3369;3444;5;*;gta ;;tRNA;3450;3526;9;*;gac ;;tRNA;3536;3610;14;*;aca ;;tRNA;3625;3709;9;*;tac ;;tRNA;3719;3802;24;*;cta ;;tRNA;3827;3901;24;*;ggc ;;tRNA;3926;4002;9;*;aga ;;tRNA;4012;4087;8;*;caa ;;tRNA;4096;4171;2;*;aaa ;;tRNA;4174;4262;3;*;tca ;;tRNA;4266;4341;6;*;ttc ;;tRNA;4348;4421;14;*;atgj ;;tRNA;4436;4512;17;*;atgi ;;tRNA;4530;4606;8;*;cac ;;tRNA;4615;4690;7;*;aaa ;;tRNA;4698;4771;7;*;tgc ;;tRNA;4779;4855;12;*;cgt ;;tRNA;4868;4943;75;*;gta fin;;CDS;5019;5432;;; deb;;CDS;43312;43797;94;*; ;;misc_b;43892;44100;63;*; fin;;CDS;44164;45882;;; deb;;CDS;57549;58247;51;*; ;;misc_f;58299;58427;42;*; fin;;CDS;58470;58976;;; deb;;CDS;93984;94736;291;*; ;;misc_f;95028;95862;232;*; ;;misc_f;96095;96344;50;*; ;;misc_f;96395;96725;9;*; ;;misc_f;96735;97600;139;*; ;;rRNA;97740;97856;7;*;117 ;;tRNA;97864;97938;6;*;aac ;;tRNA;97945;98030;15;*;tta ;;tRNA;98046;98121;7;*;atgf ;;tRNA;98129;98203;8;*;gaa ;;tRNA;98212;98285;4;*;gga ;;tRNA;98290;98365;5;*;gta ;;tRNA;98371;98447;10;*;gac ;;tRNA;98458;98532;9;*;ggc ;;tRNA;98542;98615;954;*;aga fin;;CDS;99570;100409;;; deb;comp;CDS;119142;119651;188;*; ;;regulatory;119840;119943;135;*; fin;;CDS;120079;121272;;; deb;;CDS;141169;142335;59;*; ;;regulatory;142395;142512;124;*; fin;;CDS;142637;143242;;; deb;;CDS;192887;194019;59;*; ;;regulatory;194079;194180;220;*; fin;;CDS;194401;195936;;; deb;;CDS;240412;241887;526;*; ;;regulatory;242414;242504;406;*; fin;;CDS;242911;243228;;; deb;comp;CDS;309950;310076;16;*; ;;misc_f;310093;310425;9;*; ;;misc_f;310435;311300;139;*; ;;rRNA;311440;311556;177;*;117 fin;;CDS;311734;312342;;0; deb;;CDS;318620;320392;131;*; ;;regulatory;320524;320716;181;*; fin;;CDS;320898;321650;;; deb;comp;CDS;522666;523493;205;*; ;;regulatory;523699;523805;69;*; fin;;CDS;523875;524195;;0; deb;;CDS;605941;606543;375;*; ;;misc_b;606919;607151;63;*; fin;;CDS;607215;609134;;; deb;;CDS;727895;728629;644;*; ;;regulatory;729274;729350;262;*; fin;;CDS;729613;730869;;; deb;;CDS;801271;802068;383;*; ;;misc_b;802452;802685;49;*; fin;;CDS;802735;803754;;; deb;comp;CDS;861856;862620;258;*; ;;tRNA;862879;862969;87;*;agc fin;;CDS;863057;863845;;; deb;;CDS;869869;871935;594;*; ;;misc_b;872530;872740;225;*; fin;;CDS;872966;873781;;; deb;;CDS;1044480;1044926;147;*; ;;misc_b;1045074;1045320;122;*; fin;;CDS;1045443;1047185;;; deb;;CDS;1106477;1107451;240;*; ;;rRNA;1107692;1109194;324;*;1503 ;;rRNA;1109519;1112415;92;*;2897 ;;tRNA;1112508;1112581;8;*;gga ;;rRNA;1112590;1112706;273;*;117 fin;;CDS;1112980;1114998;;; deb;;CDS;1157234;1158145;114;*; ;;ncRNA;1158260;1158440;182;*; fin;;CDS;1158623;1159840;;0; deb;comp;CDS;1196804;1198213;1378;*; ;comp;tRNA;1199592;1199674;318;*;ttg fin;;CDS;1199993;1202641;;; deb;;CDS;1235339;1235707;91;*; ;;regulatory;1235799;1235905;102;*; fin;;CDS;1236008;1237213;;0; deb;;CDS;1360996;1362075;141;*; ;;misc_b;1362217;1362455;67;*; fin;;CDS;1362523;1365162;;; deb;comp;CDS;1527009;1527185;53;*; ;comp;regulatory;1527239;1527335;341;*; fin;comp;CDS;1527677;1528351;;; deb;;CDS;1597387;1598331;288;*; ;;regulatory;1598620;1598726;105;*; fin;;CDS;1598832;1599797;;; deb;;CDS;1625872;1627965;660;*; ;;repeat_region;1628626;1629050;897;*; fin;;CDS;1629948;1630766;;0; deb;;CDS;1634212;1635180;151;*; ;;misc_b;1635332;1635584;72;*; fin;;CDS;1635657;1636865;;0; deb;;CDS;1682039;1682800;159;*; ;;misc_b;1682960;1683217;112;*; fin;;CDS;1683330;1683569;;; deb;;CDS;1719185;1719346;735;*; ;;repeat_region;1720082;1720376;117;*; fin;;CDS;1720494;1721246;;; deb;;CDS;1767472;1769328;81;*; ;;misc_b;1769410;1769650;65;*; ;;misc_b;1769716;1769951;84;*; fin;;CDS;1770036;1771253;;; deb;;CDS;1792609;1792920;92;*; ;;regulatory;1793013;1793105;99;*; fin;;CDS;1793205;1793999;;; deb;comp;CDS;1848320;1849117;112;*; ;comp;regulatory;1849230;1849335;91;*; deb;comp;CDS;1849427;1850413;163;*; ;;regulatory;1850577;1850753;142;*; deb;;CDS;1850896;1852626;109;*; ;;tRNA;1852736;1852816;334;*;cta deb;;CDS;1853151;1853666;475;*; ;;regulatory;1854142;1854246;209;*; fin;;CDS;1854456;1855490;;; deb;comp;CDS;1862461;1863732;644;*; ;;repeat_region;1864377;1864796;406;*; fin;;CDS;1865203;1865490;;0; deb;comp;CDS;1883751;1884380;364;*; ;;regulatory;1884745;1884788;100;*; fin;;CDS;1884889;1885857;;; deb;comp;CDS;1900325;1901437;131;*; ;comp;regulatory;1901569;1901690;188;*; deb;;CDS;1901879;1904362;88;*; ;;regulatory;1904451;1904562;141;*; fin;;CDS;1904704;1906005;;; deb;;CDS;1917211;1917642;430;*; ;;misc_b;1918073;1918284;162;*; fin;;CDS;1918447;1919736;;; deb;;CDS;1979975;1981282;85;*; ;;misc_b;1981368;1981630;125;*; fin;;CDS;1981756;1982559;;; deb;;CDS;1991720;1992457;110;*; ;;misc_b;1992568;1992775;252;*; fin;;CDS;1993028;1994227;;; deb;;CDS;2033932;2036589;53;*; ;;regulatory;2036643;2036745;109;*; fin;;CDS;2036855;2038120;;; deb;comp;CDS;2174937;2175227;130;*; ;comp;regulatory;2175358;2175457;617;*; ;;regulatory;2176075;2176164;52;*; fin;;CDS;2176217;2176393;;0; deb;comp;CDS;2183867;2184418;151;*; ;comp;misc_b;2184570;2184833;435;*; fin;comp;CDS;2185269;2185667;;; deb;comp;CDS;2186020;2186505;82;*; ;comp;regulatory;2186588;2186681;177;*; fin;;CDS;2186859;2186990;;0; deb;comp;CDS;2226535;2227569;253;*; ;comp;misc_b;2227823;2228036;218;*; fin;comp;CDS;2228255;2229019;;0; deb;comp;CDS;2242205;2243398;81;*; ;comp;regulatory;2243480;2243648;110;*; fin;comp;CDS;2243759;2244376;;; deb;comp;CDS;2309004;2310380;93;*; ;comp;regulatory;2310474;2310576;248;*; fin;;CDS;2310825;2312171;;; deb;comp;CDS;2323975;2324883;801;*; ;;misc_b;2325685;2325916;107;*; fin;;CDS;2326024;2327505;;; deb;comp;CDS;2460052;2461448;76;*; ;comp;misc_b;2461525;2461758;168;*; fin;comp;CDS;2461927;2462130;;; 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deb;;CDS;4241605;4242144;780;*; ;;rRNA;4242925;4244456;265;*;1532 ;;rRNA;4244722;4247618;202;*;2897 ;;rRNA;4247821;4247937;5;*;117 ;;tRNA;4247943;4248031;11;*;tta ;;tRNA;4248043;4248119;110;*;atgi ;;rRNA;4248230;4249732;202;*;1503 ;;misc_f;4249935;4250480;184;*; fin;;CDS;4250665;4250923;;; deb;;CDS;4250940;4251038;87;*; ;comp;rRNA;4251126;4253130;390;*;2005 ;comp;tRNA;4253521;4253596;68;*;gca ;comp;misc_f;4253665;4253797;18;*; ;comp;misc_f;4253816;4254229;294;*; fin;;CDS;4254524;4254712;;; deb;;CDS;4303117;4303305;167;*; ;;misc_f;4303473;4304013;15;*; ;;misc_f;4304029;4304286;145;*; ;;rRNA;4304432;4304548;6;*;117 ;;tRNA;4304555;4304629;4;*;aac ;;tRNA;4304634;4304708;5;*;gaa ;;tRNA;4304714;4304789;5;*;gta ;;tRNA;4304795;4304871;11;*;gac ;;tRNA;4304883;4304957;14;*;aca ;;tRNA;4304972;4305056;9;*;tac ;;tRNA;4305066;4305139;10;*;gga ;;tRNA;4305150;4305226;9;*;aga ;;tRNA;4305236;4305311;11;*;caa ;;tRNA;4305323;4305398;2;*;aaa ;;tRNA;4305401;4305489;18;*;tca ;;tRNA;4305508;4305598;8;*;agc ;;tRNA;4305607;4305683;85;*;cca ;;tRNA;4305769;4305844;60;*;tgg ;;tRNA;4305905;4305981;5;*;cca ;;tRNA;4305987;4306063;3;*;atc ;;tRNA;4306067;4306142;7;*;ttc ;;tRNA;4306150;4306226;116;*;atgj ;;rRNA;4306343;4307677;2;*;1335 deb;;CDS;4307680;4308225;0;*; </pre> ===cbc=== ====cbc opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_opérons|cbc* opérons]] <pre> 28%GC;30.6.19 Paris;16s 5;;52;doubles;intercalaires Clostridium botulinum CDC_297;;;NCBI;gtRNAdb;; comp;1309334..1309408;;Glu;gag;; ;;;;;; comp;1385938..1386012;;Asn;aac;;8 comp;1386021..1386134;;5s;;;108 comp;1386243..1389140;;23s;;;228 comp;1389369..1390866;;16s;;@1; ;;;;;; comp;1392997..1393072;;Phe;ttc;;7 comp;1393080..1393193;;5s;;;108 comp;1393302..1396199;;23s;;;228 comp;1396428..1397925;;16s;;; ;;;;;; comp;1408673..1408762;;Ser;tcc;; ;;;;;; comp;1412183..1412259;;Arg;agg;; ;;;;;; comp;1415464..1415540;;Arg;cgt;;84 comp;1415625..1415715;;Ser;agc;+;20 comp;1415736..1415826;;Ser;tca;2 agc;306 comp;1416133..1416223;;Ser;agc;2 tca;20 comp;1416244..1416334;;Ser;tca;@4; ;;;;;; comp;1425969..1426044;;Ala;gca;;3 comp;1426048..1426124;;Met;atgi;;8 comp;1426133..1426246;;5s;;;79 comp;1426326..1427823;;16s;;@2;117 comp;1427941..1428051;;MNEGCDRILIVVARWQVSKNKKMLTKIKKRATIIKH;CDS 108pb;; ;;;;;; ;1694943..1695017;;Gln;cag;; ;;;;;; comp;1722580..1722664;;Tyr;tac;;5 comp;1722670..1722745;;Thr;aca;; ;;;;;; comp;1841437..1841510;;Cys;tgc;; ;;;;;; comp;1842698..1842811;;5s;;;108 comp;1842920..1845817;;23s;;;228 comp;1846046..1847543;;16s;;; ;;;;;; ;1890534..1890608;;Glu;gaa;+;17 ;1890626..1890701;;Val;gta;3 gaa;9 ;1890711..1890787;;Asp;gac;3 gta;4 ;1890792..1890867;;Thr;aca;3 gac;5 ;1890873..1890947;;Glu;gaa;2 aca;18 ;1890966..1891041;;Val;gta;;7 ;1891049..1891125;;Asp;gac;;57 ;1891183..1891257;;Glu;gaa;;17 ;1891275..1891350;;Val;gta;;9 ;1891360..1891436;;Asp;gac;;4 ;1891441..1891516;;Thr;aca;; ;;;;;; comp;1948153..1948228;;Pro;cca;; ;;;;;; ;1969157..1969245;;Leu;tta;;4 ;1969250..1969325;;Met;atgf;+;53 ;1969379..1969454;;Met;atgf;2 atgf;10 ;1969465..1969541;;Met;atg;; ;;;;;; ;1987541..1989040;;16s;;@3;226 ;1989267..1992166;;23s;;;93 ;1992260..1992375;;5s;;;7 ;1992383..1992457;;Asn;aac;+;27 ;1992485..1992559;;Asn;aac;; ;;;;;; ;2013239..2013313;;Gly;ggg;;18 ;2013332..2013407;;Thr;acc;; ;;;;;; ;2222515..2222590;;Trp;tgg;; ;;;;;; ;2294767..2294842;;Pro;cca;+;7 ;2294850..2294923;;Gly;gga;2 cca;6 ;2294930..2295006;;Arg;aga;2 gga;5 ;2295012..2295087;;Lys;aag;;26 ;2295114..2295189;;Pro;cca;;29 ;2295219..2295292;;Gly;gga;;24 ;2295317..2295393;;Arg;cga;; ;;;;;; ;2402556..2402631;;Val;gta;;5 ;2402637..2402713;;Asp;gac;;3 ;2402717..2402792;;Phe;ttc;;4 ;2402797..2402871;;Gly;ggc;;9 ;2402881..2402954;;Cys;tgc;; ;;;;;; ;2517305..2517391;;Leu;ttg;; ;;;;;; ;2548708..2548792;;Leu;ctc;; ;;;;;; ;2583298..2583388;;SeC;tga;; </pre> ====cbc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_cumuls|cbc* cumuls]] <pre> cbc* cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;5;1;0;0 ;16 23 5s 0;1;20;22;1 ;16 atc gca;0;40;3;1 ;16 23 5s a;3;60;2;0 ;max a;2;80;0;0 ;a doubles;1;100;1;0 ;spéciaux;1;120;0;0 ;total aas;6;140;0;0 sans ;opérons;17;160;0;0 ;1 aa;10;180;0;0 ;max a;11;200;0;0 ;a doubles;4;;0;0 ;total aas;46;;28;2 total aas;;52;;; remarques;;4;;; avec jaune;;;moyenne;17;15 ;;;variance;19; sans jaune;;;moyenne;15; ;;;variance;14; </pre> ====cbc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_blocs|cbc* blocs]] <pre> cbc* blocs;;;; aac;8;7;-; 5s;108;108;108;226 23s;228;228;228;93 16s;;;-;7 ;;;; gca;3;;; atgi;8;;; 5s;79;;; 16s;;;; </pre> ====cbc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_distribution|cbc distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;1-3 aas att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;gca ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;atgi gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aac ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttc atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;aac2 ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;>1aa tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;atgf2 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;; atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;; ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total; cbc*;;10;;;;;10;;cbc*;36;;;;;;34;;cbc*;2;;;;;;2; </pre> ====cbc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_données_intercalaires|cbc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;cbc;fx;fc;cbc;fx40;fc40;cbc;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;24;0;1;24;-1;;72;1018;103;5s tRNA;; ;0;10;5;198;1;1;55;-2;;0;419;184;8;;aac ;0;20;2;293;2;2;38;-3;;0;732;35;7;;ttc 1;0;30;11;166;3;0;14;-4;3;58;389;227;8;;atgi 1;0;40;15;108;4;1;18;-5;;0;156;30;7;;aac ;0;50;9;61;5;0;15;-6;1;0;164;90;tRNA tRNA;;contig ;2;60;11;83;6;0;11;-7;;4;276;431;3;;gca ;2;70;13;65;7;0;3;-8;;40;162;584;**;;atgi ;2;80;12;73;8;1;18;-9;;0;53;;27;;aac 1;1;90;12;68;9;0;10;-10;;8;170;;**;;aac ;2;100;16;58;10;0;16;-11;;25;318;;tRNA tRNA;; 1;0;110;18;52;11;0;28;-12;;0;80;;84;;cgt ;0;120;19;66;12;0;44;-13;;3;172;;20;;agc ;0;130;19;59;13;0;28;-14;;13;92;;306;;tca ;0;140;16;61;14;0;32;-15;;0;77;;20;;agc ;2;150;15;64;15;0;36;-16;;1;142;;**;;tca ;1;160;19;48;16;0;21;-17;;11;328;;9;;gta ;3;170;15;48;17;0;26;-18;;0;187;;4;;gac ;1;180;17;46;18;1;30;-19;1;4;64;;5;;aca 1;1;190;19;32;19;0;24;-20;;11;82;;18;;gaa ;0;200;20;39;20;1;24;-21;;0;51;;7;;gta ;0;210;17;44;21;2;17;-22;;2;239;;57;;gac ;0;220;16;31;22;1;21;-23;;8;145;;17;;gaa 1;0;230;15;40;23;1;14;-24;;0;387;;9;;gta ;1;240;7;36;24;0;20;-25;;1;64;;4;;gac ;0;250;15;18;25;0;22;-26;;6;313;;**;;aca ;0;260;12;22;26;1;13;-27;;0;97;;4;;tta ;0;270;14;35;27;3;17;-28;;2;556;;53;;atgf ;1;280;15;31;28;0;18;-29;;2;754;;10;;atgf ;0;290;12;29;29;2;12;-30;;0;745;;**;;atgj ;0;300;18;27;30;1;12;-31;;2;CDS 16s;;18;;ggg ;0;310;11;29;31;2;9;-32;;3;909;;**;;acc ;2;320;16;21;32;0;9;-33;;0;387;;7;;cca ;1;330;23;18;33;1;12;-34;;1;117;;6;;gga ;0;340;12;14;34;3;13;-35;;1;416;;5;;aga ;0;350;9;25;35;1;13;-36;;0;570;;26;;aag ;0;360;10;27;36;4;12;-37;;0;16s 23s;;29;;cca ;0;370;13;24;37;1;11;-38;;3;3* 228;;24;;gga ;0;380;12;22;38;1;6;-39;;0;226;;**;;cga ;2;390;8;19;39;2;12;-40;;0;23s 5s;;5;;gta ;0;400;8;22;40;0;11;-41;;0;3* 108;;3;;gac 2;6;reste;172;326;reste;685;1783;-42;;0;93;;4;;ttc 8;30;total;719;2572;total;719;2572;-43;;0;16s 5s;;9;;ggc 6;24;diagr;546;2222;diagr;33;765;-44;1;1;79;;**;;tgc 1;0; t30;18;657;;;;-45;;0;5s CDS;;;; ;;;;;;;;-46;;0;363;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;; ;x;718;7;1;726;;;-49;;0;;;;; ;c;2548;288;24;2860;;;-50;;1;;;;; ;;;;;3586;88;;reste;1;4;;;;; ;;;;;;3674;;total;7;288;;;;; </pre> =====cbc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_autres_intercalaires_aas|cbc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;1307968;1308315;1018;*; ;comp;tRNA;1309334;1309408;419;*;gag fin;comp;CDS;1309828;1312056;;; deb;;CDS;1384971;1385834;103;*; ;comp;tRNA;1385938;1386012;8;*;aac ;comp;rRNA;1386021;1386134;108;*;114 ;comp;rRNA;1386243;1389140;228;*;2898 ;comp;rRNA;1389369;1390866;909;*;1498 deb;comp;CDS;1391776;1392264;732;*; ;comp;tRNA;1392997;1393072;7;*;ttc ;comp;rRNA;1393080;1393193;108;*;114 ;comp;rRNA;1393302;1396199;228;*;2898 ;comp;rRNA;1396428;1397925;387;*;1498 fin;comp;CDS;1398313;1399257;;; deb;comp;CDS;1406658;1408283;389;*; ;comp;tRNA;1408673;1408762;156;*;tcc fin;comp;CDS;1408919;1409365;;; deb;comp;CDS;1411833;1412018;164;*; ;comp;tRNA;1412183;1412259;184;*;agg fin;;CDS;1412444;1412764;;; deb;;CDS;1414541;1415428;35;*; ;comp;tRNA;1415464;1415540;84;*;cgt ;comp;tRNA;1415625;1415715;20;*;agc ;comp;tRNA;1415736;1415826;306;*;tca ;comp;tRNA;1416133;1416223;20;*;agc ;comp;tRNA;1416244;1416334;276;*;tca fin;comp;CDS;1416611;1417891;;; deb;comp;CDS;1425354;1425806;162;*; ;comp;tRNA;1425969;1426044;3;*;gca ;comp;tRNA;1426048;1426124;8;*;atgi ;comp;rRNA;1426133;1426246;79;*;114 ;comp;rRNA;1426326;1427823;117;*;1498 fin;comp;CDS;1427941;1428051;;; deb;;CDS;1694365;1694889;53;*; ;;tRNA;1694943;1695017;170;*;cag fin;;CDS;1695188;1695592;;; deb;comp;CDS;1721086;1722261;318;*; ;comp;tRNA;1722580;1722664;5;*;tac ;comp;tRNA;1722670;1722745;227;*;aca fin;;CDS;1722973;1723695;;; deb;;CDS;1840498;1841406;30;*; ;comp;tRNA;1841437;1841510;80;*;tgc deb;comp;CDS;1841591;1842334;363;*; ;comp;rRNA;1842698;1842811;108;*;114 ;comp;rRNA;1842920;1845817;228;*;2898 ;comp;rRNA;1846046;1847543;416;*;1498 fin;comp;CDS;1847960;1850440;;; deb;;CDS;1889552;1890361;172;*; ;;tRNA;1890534;1890608;17;*;gaa ;;tRNA;1890626;1890701;9;*;gta ;;tRNA;1890711;1890787;4;*;gac ;;tRNA;1890792;1890867;5;*;aca ;;tRNA;1890873;1890947;18;*;gaa ;;tRNA;1890966;1891041;7;*;gta ;;tRNA;1891049;1891125;57;*;gac ;;tRNA;1891183;1891257;17;*;gaa ;;tRNA;1891275;1891350;9;*;gta ;;tRNA;1891360;1891436;4;*;gac ;;tRNA;1891441;1891516;90;*;aca fin;comp;CDS;1891607;1892584;;; deb;comp;CDS;1946711;1948060;92;*; ;comp;tRNA;1948153;1948228;77;*;cca fin;comp;CDS;1948306;1948614;;; deb;;CDS;1968610;1969014;142;*; ;;tRNA;1969157;1969245;4;*;tta ;;tRNA;1969250;1969325;53;*;atgf ;;tRNA;1969379;1969454;10;*;atgf ;;tRNA;1969465;1969541;328;*;atgj fin;;CDS;1969870;1972257;;; deb;;CDS;1985594;1986970;570;*; ;;rRNA;1987541;1989040;226;*;1500 ;;rRNA;1989267;1992166;93;*;2900 ;;rRNA;1992260;1992375;7;*;116 ;;tRNA;1992383;1992457;27;*;aac ;;tRNA;1992485;1992559;187;*;aac fin;;CDS;1992747;1994819;;; deb;;CDS;2012533;2013174;64;*; ;;tRNA;2013239;2013313;18;*;ggg ;;tRNA;2013332;2013407;82;*;acc fin;;CDS;2013490;2014683;;; deb;;CDS;2222077;2222463;51;*; ;;tRNA;2222515;2222590;239;*;tgg fin;;CDS;2222830;2224086;;0; deb;;CDS;2294151;2294621;145;*; ;;tRNA;2294767;2294842;7;*;cca ;;tRNA;2294850;2294923;6;*;gga ;;tRNA;2294930;2295006;5;*;aga ;;tRNA;2295012;2295087;26;*;aag ;;tRNA;2295114;2295189;29;*;cca ;;tRNA;2295219;2295292;24;*;gga ;;tRNA;2295317;2295393;387;*;cga fin;;CDS;2295781;2297040;;; deb;;CDS;2401601;2402491;64;*; ;;tRNA;2402556;2402631;5;*;gta ;;tRNA;2402637;2402713;3;*;gac ;;tRNA;2402717;2402792;4;*;ttc ;;tRNA;2402797;2402871;9;*;ggc ;;tRNA;2402881;2402954;313;*;tgc fin;;CDS;2403268;2403963;;; deb;comp;CDS;2515386;2516873;431;*; ;;tRNA;2517305;2517391;584;*;ttg fin;comp;CDS;2517976;2518125;;; deb;;CDS;2548065;2548610;97;*; ;;tRNA;2548708;2548792;556;*;ctc fin;;CDS;2549349;2549786;;0; deb;;CDS;2580636;2582543;754;*; ;;tRNA;2583298;2583388;745;*;tga fin;;CDS;2584134;2585648;;; </pre> ===cbn=== ====cbn opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_opérons|cbn opérons]] <pre> 28%GC;30.6.19 Paris;16s 10;86;doubles;intercal;aa;avec aa ;Clostridium botulinum BKT015925;;;;;; ;20666..20741;;acg;;;; ;;;;;;; ;36413..36487;;gaa;+;12;12; ;36500..36575;;gta;2 gaa;13;13; ;36589..36665;;gac;2 gta;5;5; ;36671..36746;;aca;2 gac;18;18; ;36765..36839;;gaa;2 aca;12;12; ;36852..36927;;gta;;13;13; ;36941..37017;;gac;;5;5; ;37023..37098;;aca;;;; ;;;;;;; ;137366..137441;;cca;;;; ;;;;;;; ;161964..162052;;tta;+;5;5; ;162058..162133;;atgf;3 tta;5;5; ;162139..162215;;atgj;3 atgf;46;46; ;162262..162350;;tta;2 atgj;5;5; ;162356..162431;;atgf;;30;30; ;162462..162538;;atgj;;46;46; ;162585..162673;;tta;;5;5; ;162679..162754;;atgf;;;; ;;;;;;; ;76258..176332;;aac;;;; ;;;;;;; ;180177..181695;;16s;@5;233;; ;181929..184836;;23s;;45;; ;184882..184956;;aac;+;14;; ;184971..185087;;5s;;7;; ;185095..185169;;aac;2 aac;;; ;;;;;;; ;222409..222484;;acc;;;; ;;;;;;; comp;578417..578492;;cag;;;; ;;;;;;; comp;944747..944833;;ttg;;;; ;;;;;;; ;955546..955630;;ctt;;;; ;;;;;;; ;1026946..1027021;;gta;;17;17;17 ;1027039..1027115;;gac;;14;14;14 ;1027130..1027205;;ttc;;4;4;4 ;1027210..1027284;;ggc;;8;8;8 ;1027293..1027367;;tgc;+;57;57;57 ;1027425..1027499;;tgc;2 tgc;;; ;;;;;;; comp;2030816..2030890;;aac;;45;; comp;2030936..2033842;;23s;;96;; comp;2033939..2034015;;atc;;7;;7 comp;2034023..2034098;;gca;;121;; comp;2034220..2035734;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2283768..2283884;;5s;;95;; comp;2283980..2286886;;23s;;233;; comp;2287120..2288638;;16s;@3;464;; comp;2289103..2289176;;gga;;15;;15 comp;2289192..2289268;;atc;;7;;7 comp;2289276..2289351;;gca;;;; ;;;;;;; comp;2350598..2350674;;cga;+;21;21; comp;2350696..2350769;;gga;4 gga;28;28; comp;2350798..2350873;;aaa;2 aaa;4;4; comp;2350878..2350952;;caa;2 caa;4;4; comp;2350957..2351032;;cac;2 cac;5;5; comp;2351038..2351112;;aag;3 aag;3;3; comp;2351116..2351192;;aga;3 aga;6;6; comp;2351199..2351272;;gga;2 cca;4;4; comp;2351277..2351352;;cca;2 ggc;21;21; comp;2351374..2351449;;aag;;5;5; comp;2351455..2351531;;aga;;5;5; comp;2351537..2351610;;gga;;5;5; comp;2351616..2351690;;ggc;;3;3; comp;2351694..2351777;;cta;;22;22; comp;2351800..2351875;;aaa;;4;4; comp;2351880..2351954;;caa;;4;4; comp;2351959..2352034;;cac;;5;5; comp;2352040..2352115;;aag;;5;5; comp;2352121..2352197;;aga;;5;5; comp;2352203..2352276;;gga;;5;5; comp;2352282..2352356;;ggc;;6;6; comp;2352363..2352438;;cca;;;; ;;;;;;; comp;2432784..2432859;;tgg;;;; ;;;;;;; comp;2454880..2454964;;tac;+;39;39; comp;2455004..2455079;;gta;2 tac;8;8; comp;2455088..2455172;;tac;;4;4; comp;2455177..2455252;;aca;;;; ;;;;;;; comp;2697795..2697911;;5s;@1;31;; comp;2697943..2700847;;23s;;233;; comp;2701081..2702599;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2703946..2704021;;aaa;;311;;311 comp;2704333..2704408;;ttc;;5;; comp;2704414..2704530;;5s;;336;; comp;2704867..2704942;;ttc;;5;; comp;2704948..2705064;;5s;;97;; comp;2705162..2708066;;23s;;233;; comp;2708300..2709814;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2721253..2721328;;aaa;@2;5;; comp;2721334..2721450;;5s;;95;; comp;2721546..2724452;;23s;;233;; comp;2724686..2726203;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2731902..2731976;;gag;;61;;61 comp;2732038..2732112;;caa;;6;;6 comp;2732119..2732195;;aga;;4;;4 comp;2732200..2732273;;gga;;19;;19 comp;2732293..2732376;;cta;;16;;16 comp;2732393..2732467;;gaa;;4;; comp;2732472..2732588;;5s;;97;; comp;2732686..2735592;;23s;@4;94;; comp;2735687..2735763;;atc;;3;; comp;2735767..2735842;;gca;;74;; comp;2735917..2737435;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2742262..2742351;;tcc;;;; ;;;;;;; comp;2743220..2743312;;tcg;;;; ;;;;;;; comp;2743891..2743967;;agg;;;; ;;;;;;; comp;2748534..2748610;;cgt;;144;144; comp;2748755..2748845;;agc;;23;23; comp;2748869..2748959;;tca;+;69;69; comp;2749029..2749119;;tca;2 tca;;; ;;;;;;; comp;2758688..2758763;;gca;;4;;4 comp;2758768..2758844;;atgi;;3;; comp;2758848..2758964;;5s;;73;; comp;2759038..2761942;;23s;;233;; comp;2762176..2763694;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2150504..2150620;;5s;;31;; comp;2150652..2153560;;23s;;233;; comp;2153794..2155308;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2169525..2169641;;5s;;32;; comp;2169674..2172579;;23s;;233;; comp;2172813..2174331;;16s;;;; ;;;;;;; sur plasmide;;;tgg;;;; </pre> ====cbn cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_cumuls|cbn cumuls]] <pre> cbn cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;10;1;0;0 ;16 23 5s 0;3;20;34;9 ;16 gca atc;2;40;7;0 ;16 23 5s a;4;60;3;0 ;max a;8;80;1;1 ;a doubles;1;100;0;0 ;spéciaux;1;120;0;0 ;total aas;22;140;0;0 sans ;opérons;18;160;1;0 ;1 aa;12;180;0;0 ;max a;22;200;0;0 ;a doubles;6;;0;0 ;total aas;64;;46;10 total aas;;86;;; remarques;;5;;; avec jaune;;;moyenne;17; ;;;variance;25; sans jaune;;;moyenne;14;14 ;;;variance;15;17 </pre> ====cbn blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_blocs|cbn blocs]] <pre> cbn blocs;;;;;; 5s;31;31;32;;; 23s;233;233;233;;; 16s;;;;;; ;;;;;ttc;5 ;;;;;5s;336 aaa;5;3;;;ttc;5 5s;95;73;5s;95;5s;97 23s;233;233;23s;233;23s;233 16s;aaa;atgi;16s;464;16s; ;;;gga;15;; 16s;233;;;;; 23s;45;;;;; aac;14;;;;; 5s;7;;;;; aac;;;;;; gaa;4;;;;; 5s;97;aac;45;;; 23s;94;23s;96;;; atc;3;atc;7;;; gca;74;gca;121;;; 16s;;16s;;;; </pre> ====cbn distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_distribution|cbn distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;avant 5s;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;2 aac;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;4-8 aas;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;gag;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;caa;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;aga;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;gga;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga;3;;ata;;aca;;aaa;;aga;;cta;ata;;aca;;aaa;;aga;1 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa;cta;1;cca;;caa;1;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;>1aa;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;3;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgc2;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;tca2;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cbn;;12;;;;;12;;cbn;48;;;;;;48;;cbn;4;;;;;;4;;cbn;;;;6;;;6 </pre> ====cbn données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_données_intercalaires|cbn données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cbn;fx;fc;cbn;fx40;fc40;cbn;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;10;0;1;10;-1;;34;214;206;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;10;172;1;1;37;-2;;0;168;307;124;;gca;12;;gaa ;0;20;3;211;2;1;31;-3;;0;131;106;77;;gca;13;;gta ;0;30;19;147;3;2;13;-4;;28;158;480;tRNA 23s;;;5;;gac ;0;40;24;90;4;2;12;-5;;0;115;435;97;;atc;18;;aca ;0;50;34;60;5;0;17;-6;1;0;275;60;95;;atc;12;;gaa 1;2;60;28;67;6;0;13;-7;;5;140;348;23s tRNA;;;13;;gta ;5;70;26;71;7;1;11;-8;1;30;106;104;2* 48;;aac;5;;gac ;2;80;17;53;8;0;9;-9;1;0;67;255;5s tRNA;;;**;;aca ;1;90;13;59;9;1;10;-10;;6;261;130;7;;aac;5;;tta ;1;100;18;68;10;2;19;-11;2;13;59;;13;;ttc;5;;atgf 2;1;110;12;42;11;0;22;-12;1;0;82;;15;;ttc;46;;atgj ;3;120;16;50;12;0;32;-13;;2;379;;5;;aaa;5;;tta 1;1;130;24;50;13;0;22;-14;;7;265;;4;;gaa;30;;atgf ;2;140;4;50;14;0;22;-15;;0;117;;3;;atgi;46;;atgj ;0;150;12;49;15;0;23;-16;;3;233;;tRNA 5s;;;5;;tta ;1;160;7;45;16;1;20;-17;1;10;199;;336;;ttc;**;;atgf ;1;170;16;48;17;1;16;-18;;0;73;;tRNA tRNA;;intra;17;;gta ;0;180;16;36;18;0;20;-19;;2;295;;7;;gca atc;14;;gac ;1;190;12;42;19;1;14;-20;;7;58;;3;;gca atc;4;;ttc ;1;200;15;31;20;0;20;-21;1;0;324;;tRNA tRNA;;contig;8;;ggc 1;0;210;11;27;21;0;20;-22;;1;183;;311;;aaa;57;;tgc ;1;220;12;29;22;1;17;-23;;2;80;;**;;ttc;**;;tgc ;0;230;11;30;23;3;12;-24;;0;245;;61;;gag;15;;gga ;1;240;15;19;24;1;13;-25;;1;408;;6;;caa;7;;atc ;1;250;14;14;25;1;19;-26;;2;111;;4;;aga;**;;gca 1;0;260;14;16;26;2;10;-27;1;0;64;;19;;gga;21;;cga ;2;270;11;10;27;3;17;-28;;1;69;;16;;cta;28;;gga ;1;280;6;8;28;3;13;-29;;5;65;;**;;gaa;4;;aaa ;0;290;9;10;29;2;12;-30;;0;95;;4;;gca;4;;caa ;1;300;11;21;30;3;14;-31;;1;61;;**;;atgi;5;;cac 1;0;310;4;7;31;2;11;-32;;1;125;;;;;3;;aag ;0;320;5;7;32;2;5;-33;;0;CDS 16s;;;;;6;;aga ;1;330;5;11;33;4;11;-34;;0;453;111;;;;4;;gga ;0;340;11;5;34;0;8;-35;;2;423;;;;;21;;cca 1;0;350;4;9;35;1;6;-36;;0;424;;;;;5;;aag ;0;360;2;12;36;3;8;-37;;0;111;;;;;5;;aga ;0;370;6;8;37;2;11;-38;;0;423;;;;;5;;gga ;1;380;6;7;38;1;8;-39;;0;346;;;;;3;;ggc ;0;390;1;6;39;7;10;-40;;0;393;;;;;22;;cta ;0;400;5;4;40;2;12;-41;;1;402;;;;;4;;aaa 2;1;reste;54;62;reste;485;1143;-42;;0;369;;;;;4;;caa 10;32;total;544;1773;total;542;1773;-43;;0;16s 23s;;;;;5;;cac 8;31;diagr;489;1701;diagr;56;620;-44;;1;8* 237;;;;;5;;aag 0;0; t30;32;530;;;;-45;;0;23s 5s;;;;;5;;aga ;;;;;;;;-46;;1;2* 34;;;;;5;;gga ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;35;;;;;6;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;2* 98;;;;;**;;cca ;x;541;9;1;551;;;-49;;0;2* 100;;;;;39;;tac ;c;1763;167;10;1940;;;-50;;0;76;;;;;8;;gta ;;;;;2491;147;;reste;0;0;5s CDS;;;;;4;;tac ;;;;;;2638;;total;9;167;128;590;;;;**;;aca ;;;;;;;;;;;138;144;;;;144;;cgt ;;;;;;;;;;;;;;;;23;;agc ;;;;;;;;;;;;;;;;69;;tca ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tca </pre> =====cbn autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires_aas|cbn autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbn;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;20118;206;comp; ;tRNA;20666;214;;acg fin;CDS;20956;;; deb;CDS;34861;307;comp; ;tRNA;36413;12;;gaa ;tRNA;36500;13;;gta ;tRNA;36589;5;;gac ;tRNA;36671;18;;aca ;tRNA;36765;12;;gaa ;tRNA;36852;13;;gta ;tRNA;36941;5;;gac ;tRNA;37023;106;;aca fin;CDS;37205;;comp; deb;CDS;135851;168;comp; ;tRNA;137366;131;comp;cca fin;CDS;137573;;comp; deb;CDS;161395;158;; ;tRNA;161964;5;;tta ;tRNA;162058;5;;atgf ;tRNA;162139;46;;atgj ;tRNA;162262;5;;tta ;tRNA;162356;30;;atgf ;tRNA;162462;46;;atgj ;tRNA;162585;5;;tta ;tRNA;162679;480;;atgf fin;CDS;163235;;comp; deb;CDS;174610;115;; ;tRNA;176258;275;;aac fin;CDS;176608;;; deb;CDS;178351;453;; ;rRNA;180181;237;;16s ;rRNA;181930;48;;23s ;tRNA;184882;14;;aac ;rRNA;184971;7;;5s ;tRNA;185095;435;;aac fin;CDS;185605;;comp; deb;CDS;221558;140;; ;tRNA;222409;106;;aac fin;CDS;222591;;; deb;CDS;577193;60;; ;tRNA;578417;67;comp;cag fin;CDS;578560;;comp; deb;CDS;943937;261;comp; ;tRNA;944747;348;comp;ttg fin;CDS;945182;;; deb;CDS;954881;59;; ;tRNA;955546;82;;ctt fin;CDS;955713;;; deb;CDS;1025682;379;; ;tRNA;1026946;17;;gta ;tRNA;1027039;14;;gac ;tRNA;1027130;4;;ttc ;tRNA;1027210;8;;ggc ;tRNA;1027293;57;;tgc ;tRNA;1027425;265;;tgc fin;CDS;1027765;;; deb;CDS;1679540;6;; ;gene;1680008;128;comp; fin;CDS;1681704;;comp; deb;CDS;1865810;45;; ;gene;1866395;88;; fin;CDS;1867620;;comp; deb;CDS;2029941;104;; ;tRNA;2030816;48;comp;aac ;rRNA;2030939;97;comp;23s ;tRNA;2033939;7;comp;atc ;tRNA;2034023;124;comp;gca ;rRNA;2034223;423;comp;16s fin;CDS;2036154;;comp; deb;CDS;2149914;128;comp; ;rRNA;2150504;34;comp;5s ;rRNA;2150655;237;comp;23s ;rRNA;2153797;424;comp;16s fin;CDS;2155729;;comp; deb;CDS;2168490;590;; ;rRNA;2169533;35;comp;5s ;rRNA;2169677;237;comp;23s ;rRNA;2172816;111;comp;16s fin;CDS;2174439;;; deb;CDS;2281037;144;; ;rRNA;2283779;98;comp;5s ;rRNA;2283983;237;comp;23s ;rRNA;2287123;111;comp;16s deb;CDS;2288746;117;comp; ;tRNA;2289103;15;comp;gga ;tRNA;2289192;7;comp;atc ;tRNA;2289276;233;comp;gca fin;CDS;2289585;;comp; deb;CDS;2349136;199;comp; ;tRNA;2350598;21;comp;cga ;tRNA;2350696;28;comp;gga ;tRNA;2350798;4;comp;aaa ;tRNA;2350878;4;comp;caa ;tRNA;2350957;5;comp;cac ;tRNA;2351038;3;comp;aag ;tRNA;2351116;6;comp;aga ;tRNA;2351199;4;comp;gga ;tRNA;2351277;21;comp;cca ;tRNA;2351374;5;comp;aag ;tRNA;2351455;5;comp;aga ;tRNA;2351537;5;comp;gga ;tRNA;2351616;3;comp;ggc ;tRNA;2351694;22;comp;cta ;tRNA;2351800;4;comp;aaa ;tRNA;2351880;4;comp;caa ;tRNA;2351959;5;comp;cac ;tRNA;2352040;5;comp;aag ;tRNA;2352121;5;comp;aga ;tRNA;2352203;5;comp;gga ;tRNA;2352282;6;comp;ggc ;tRNA;2352363;73;comp;cca fin;CDS;2352512;;comp; deb;CDS;2430767;295;comp; ;tRNA;2432784;58;comp;tgg fin;CDS;2432918;;comp; deb;CDS;2453380;324;comp; ;tRNA;2454880;39;comp;tac ;tRNA;2455004;8;comp;gta ;tRNA;2455088;4;comp;tac ;tRNA;2455177;255;comp;aca fin;CDS;2455508;;; deb;CDS;2696774;138;comp; ;rRNA;2697803;34;comp;5s ;rRNA;2697946;237;comp;23s ;rRNA;2701084;423;comp;16s deb;CDS;2703019;183;comp; ;tRNA;2703946;311;comp;aaa ;tRNA;2704333;13;comp;ttc ;rRNA;2704422;336;comp;5s ;tRNA;2704867;15;comp;ttc ;rRNA;2704958;100;comp;5s ;rRNA;2705165;237;comp;23s ;rRNA;2708303;346;comp;16s fin;CDS;2710157;;comp; deb;CDS;2720030;80;comp; ;tRNA;2721253;5;comp;aaa ;rRNA;2721334;98;comp;5s ;rRNA;2721549;237;comp;23s ;rRNA;2724689;393;comp;16s fin;CDS;2726593;;comp; deb;CDS;2730964;245;comp; ;tRNA;2731902;61;comp;gag ;tRNA;2732038;6;comp;caa ;tRNA;2732119;4;comp;aga ;tRNA;2732200;19;comp;gga ;tRNA;2732293;16;comp;cta ;tRNA;2732393;4;comp;gaa ;rRNA;2732472;100;comp;5s ;rRNA;2732689;95;comp;23s ;tRNA;2735687;3;comp;atc ;tRNA;2735767;77;comp;gca ;rRNA;2735920;402;comp;16s fin;CDS;2737834;;comp; deb;CDS;2740228;408;comp; ;tRNA;2742262;111;comp;tcc deb;CDS;2742463;64;comp; ;tRNA;2743220;69;comp;tcg deb;CDS;2743382;65;comp; ;tRNA;2743891;130;comp;agg fin;CDS;2744098;;; deb;CDS;2746633;95;comp; ;tRNA;2748534;144;comp;cgt ;tRNA;2748755;23;comp;agc ;tRNA;2748869;69;comp;tca ;tRNA;2749029;61;comp;tca fin;CDS;2749181;;comp; deb;CDS;2758098;125;comp; ;tRNA;2758688;4;comp;gca ;tRNA;2758768;3;comp;atgi ;rRNA;2758848;76;comp;5s ;rRNA;2759041;237;comp;23s ;rRNA;2762179;369;comp;16s fin;CDS;2764060;;comp; </pre> ====cbn intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_entre_cds|cbn intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> cbn;2.2.21 Paris;;cbn 31.1.14;;;;;;; cbn;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;176;7.1;'''négatif ;-11;10;-1 à -47;'''2 773 157;-1;176 ;'''zéro;11;0.4;;;;;'''intercals;0;11 ;'''1 à 200;1767;70.9;'''0 à 200;71;60;;'''313 764;5;116 ;'''201 à 370;394;15.8;'''201 à 370;266;48;;'''11.3%;10;66 ;'''371 à 600;117;4.7;'''371 à 600;464;65;;;15;121 ;'''601 à max;26;1.0;'''601 à 1028;810;204;;;20;93 ;'''total 2491;<201;78.4;'''total 2491;125;141;-47 à 1443;;25;87 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;79 624731;1443;-1;176;-70;0;;0;11;35;50 834812;1270;0;11;-60;0;;-1;°34;40;64 1909773;1149;1;°38;-50;0;;-2;0;45;44 1395656;1025;2;°32;-40;4;;-3;0;50;50 1366434;952;3;15;-30;4;'''min à -1;-4;°28;55;60 2662601;856;4;14;-20;21;176;-5;0;60;35 1385645;836;5;°17;-10;47;7.1%;-6;1;65;56 754437;826;6;13;0;111;;-7;5;70;41 1803918;777;7;12;10;182;;-8;°31;75;32 1826878;759;8;9;20;214;;-9;1;80;38 1307165;753;9;11;30;166;;-10;6;85;35 627889;751;10;°21;40;114;'''1 à 100;-11;°15;90;37 1388755;748;11;22;50;94;1190;-12;1;95;40 2579132;747;12;°32;60;95;47.8%;-13;2;100;46 1789056;745;13;22;70;97;;-14;°7;105;28 1830367;730;14;22;80;70;;-15;0;110;26 841754;723;15;°23;90;72;;-16;3;115;35 1855513;710;16;21;100;86;;-17;°11;120;31 2136552;703;17;17;110;54;;-18;0;125;41 390878;696;18;°20;120;66;;-19;2;130;33 943107;680;19;15;130;74;;-20;°7;135;25 2674137;655;20;20;140;54;;-21;1;140;29 1095841;652;21;°20;150;61;;-22;1;145;30 2644575;626;22;18;160;52;;-23;°2;150;31 261153;625;23;15;170;64;'''1 à 200;-24;0;155;21 1887215;619;24;14;180;52;1767;-25;1;160;31 2676061;600;25;°20;190;54;70.9%;-26;°2;5;34 2443011;582;26;12;200;46;;-27;1;170;30 1811650;581;27;°20;210;38;;-28;1;175;27 1933429;576;28;16;220;41;;-29;°5;180;25 1797999;574;29;14;230;41;;-30;0;185;23 2550424;574;30;°17;240;34;;-31;1;190;31 2050753;573;31;13;250;28;;-32;1;195;23 923904;572;32;7;260;30;'''0 à 200;;181;200;23 313619;570;33;°15;270;21;1778;reste;6;205;19 1471664;569;34;8;280;14;;total;187;210;19 1133306;567;35;7;290;19;;;;215;17 262285;563;36;11;300;32;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;24 ;;37;°13;310;11;;600;2465;225;25 ;;38;9;320;12;;620;1;230;16 ;;39;°17;330;16;;640;2;235;17 ;;40;14;340;16;'''201 à 370;660;2;240;17 ;;reste;1628;350;13;394;680;1;245;15 ;;total;2491;360;14;15.8%;700;1;250;13 ;;;;370;14;;720;2;255;15 ;;;;380;13;;740;2;260;15 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;7;;760;6;265;10 1144166;-47;shift 2;1795;400;9;;780;1;270;11 369225;-46;shift 2;3395;410;5;;800;0;275;9 1579583;-44;shift 2;487;420;6;;820;0;280;5 430053;-41;;;430;3;;840;2;285;9 1494403;-35;;;440;2;;860;1;290;10 1957540;-35;;;450;8;;880;0;295;15 733250;-32;;;460;6;;900;0;300;17 271633;-31;;;470;5;;920;0;305;6 913392;-29;;;480;5;;940;0;310;5 1503608;-29;;;490;6;;960;1;315;9 1620962;-29;;;500;7;;980;0;320;3 1725747;-29;;;510;6;;1000;0;325;13 1823162;-29;;;520;1;;1020;0;330;3 2449289;-28;;;530;1;'''371 à 600;1040;1;335;5 1086603;-27;;;540;11;117;1060;0;340;11 783920;-26;;;550;2;4.7%;1080;0;345;4 2471206;-26;;;560;2;;1100;0;350;9 2107067;-25;;;570;4;'''601 à max;1120;0;355;10 292336;-23;;;580;5;26;1140;0;360;4 2553714;-23;;;590;2;1.0%;1160;1;365;8 2686151;-22;;;600;1;;;24;370;6 1577865;-21;;;reste;26;;reste;2;reste;143 500363;-20;;;total;2491;;total;2491;total;2491 </pre> ====cbn intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cbn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; cbn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;15;-107;126;33;450;238;max50;&-50;394;-1048;106;855;263;min50 31 à 400;;;;;;;;&8.8;-32;-123;49;932;121;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;86;43;-;424;dte;26;tf;&184;63;-;652;poly;203;SF 31 à 400;;;-;;;;;&120;45;-;891;dte;41;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.731;0.543;0.505;;;;;-0.382;;;;;; 1-n;0.271;-0.222;-0.114;;;;;;;;;14.8.21 paris;; cbn;fx;fc;;cbn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbn;Sx-;Sc- 0;1;10;;0;2;6;0;1;10;>0;543;-1;0;34 10;10;172;;10;20;101;1;1;37;<0;9;-2;0;0 20;3;211;;20;6;124;2;1;31;zéro;1;-3;0;0 30;19;147;;30;39;86;3;2;13;total;553;-4;0;28 40;24;90;;40;49;53;4;2;12;;c;-5;0;0 50;34;60;;50;70;35;5;0;17;>0;1763;-6;1;0 60;28;67;;60;57;39;6;0;13;<0;167;-7;0;5 70;26;71;;70;53;42;7;1;11;zéro;10;-8;1;30 80;17;53;;80;35;31;8;0;9;total;1940;-9;1;0 90;13;59;;90;27;35;9;1;10;;;-10;0;6 100;18;68;;100;37;40;10;2;19;total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reste;54;62;;;;;reste;487;1143;;;-42;0;0 total;544;1773;;t30;65;312;total;544;1773;;;-43;0;0 diagr;489;1701;;;;;diagr;56;620;;;-44;0;1 - t30;457;1171;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;0;0 ;;;;;;;;;;;;total;9;167 </pre> ====cbn intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_négatifs_S-|cbn intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;;;1;;;1;;2;1;;;;;1;;;;1;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;0;8 continu;34;0;0;28;0;0;5;31;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;168 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;0;0;1;0;1;1;0;2;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9 ;Sc-;34;0;0;28;0;0;5;30;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;167 </pre> ====cbn autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires|cbn autres intercalaires]] <pre> deb;°CDS;20118;206;comp;;deb;°CDS;1865810;45;;;deb;°CDS;2453380;324;comp ;&tRNA;20666;214;;;;gene;1866395;88;;;;&tRNA;2454880;39;comp fin;°CDS;20956;;;;fin;°CDS;1867620;;comp;;;&tRNA;2455004;8;comp deb;°CDS;34861;307;comp;;deb;°CDS;2029941;104;;;;&tRNA;2455088;4;comp ;&tRNA;36413;12;;;;&tRNA;2030816;48;comp;;;&tRNA;2455177;255;comp ;&tRNA;36500;13;;;;$rRNA;2030939;97;comp;;fin;°CDS;2455508;; ;&tRNA;36589;5;;;;&tRNA;2033939;7;comp;;deb;°CDS;2696774;138;comp ;&tRNA;36671;18;;;;&tRNA;2034023;124;comp;;;$rRNA;2697803;34;comp ;&tRNA;36765;12;;;;$rRNA;2034223;423;comp;;;$rRNA;2697946;237;comp ;&tRNA;36852;13;;;fin;°CDS;2036154;;comp;;;$rRNA;2701084;423;comp ;&tRNA;36941;5;;;deb;°CDS;2149914;128;comp;;deb;°CDS;2703019;183;comp ;&tRNA;37023;106;;;;$rRNA;2150504;34;comp;;;&tRNA;2703946;311;comp fin;°CDS;37205;;comp;;;$rRNA;2150655;237;comp;;;&tRNA;2704333;13;comp deb;°CDS;135851;168;comp;;;$rRNA;2153797;424;comp;;;$rRNA;2704422;336;comp ;&tRNA;137366;131;comp;;fin;°CDS;2155729;;comp;;;&tRNA;2704867;15;comp fin;°CDS;137573;;comp;;deb;°CDS;2168490;590;;;;$rRNA;2704958;100;comp deb;°CDS;161395;158;;;;$rRNA;2169533;35;comp;;;$rRNA;2705165;237;comp ;&tRNA;161964;5;;;;$rRNA;2169677;237;comp;;;$rRNA;2708303;346;comp ;&tRNA;162058;5;;;;$rRNA;2172816;111;comp;;fin;°CDS;2710157;;comp ;&tRNA;162139;46;;;fin;°CDS;2174439;;;;deb;°CDS;2720030;80;comp ;&tRNA;162262;5;;;deb;°CDS;2281037;144;;;;&tRNA;2721253;5;comp ;&tRNA;162356;30;;;;$rRNA;2283779;98;comp;;;$rRNA;2721334;98;comp ;&tRNA;162462;46;;;;$rRNA;2283983;237;comp;;;$rRNA;2721549;237;comp ;&tRNA;162585;5;;;;$rRNA;2287123;111;comp;;;$rRNA;2724689;393;comp ;&tRNA;162679;480;;;deb;°CDS;2288746;117;comp;;fin;°CDS;2726593;;comp fin;°CDS;163235;;comp;;;&tRNA;2289103;15;comp;;deb;°CDS;2730964;245;comp deb;°CDS;174610;115;;;;&tRNA;2289192;7;comp;;;&tRNA;2731902;61;comp ;&tRNA;176258;275;;;;&tRNA;2289276;233;comp;;;&tRNA;2732038;6;comp fin;°CDS;176608;;;;fin;°CDS;2289585;;comp;;;&tRNA;2732119;4;comp deb;°CDS;178351;453;;;deb;°CDS;2349136;199;comp;;;&tRNA;2732200;19;comp ;$rRNA;180181;237;;;;&tRNA;2350598;21;comp;;;&tRNA;2732293;16;comp ;$rRNA;181930;48;;;;&tRNA;2350696;28;comp;;;&tRNA;2732393;4;comp ;&tRNA;184882;14;;;;&tRNA;2350798;4;comp;;;$rRNA;2732472;100;comp ;$rRNA;184971;7;;;;&tRNA;2350878;4;comp;;;$rRNA;2732689;95;comp ;&tRNA;185095;435;;;;&tRNA;2350957;5;comp;;;&tRNA;2735687;3;comp fin;°CDS;185605;;comp;;;&tRNA;2351038;3;comp;;;&tRNA;2735767;77;comp deb;°CDS;221558;140;;;;&tRNA;2351116;6;comp;;;$rRNA;2735920;402;comp ;&tRNA;222409;106;;;;&tRNA;2351199;4;comp;;fin;°CDS;2737834;;comp fin;°CDS;222591;;;;;&tRNA;2351277;21;comp;;deb;°CDS;2740228;408;comp deb;°CDS;577193;60;;;;&tRNA;2351374;5;comp;;;&tRNA;2742262;111;comp ;&tRNA;578417;67;comp;;;&tRNA;2351455;5;comp;;deb;°CDS;2742463;64;comp fin;°CDS;578560;;comp;;;&tRNA;2351537;5;comp;;;&tRNA;2743220;69;comp deb;°CDS;943937;261;comp;;;&tRNA;2351616;3;comp;;deb;°CDS;2743382;65;comp ;&tRNA;944747;348;comp;;;&tRNA;2351694;22;comp;;;&tRNA;2743891;130;comp fin;°CDS;945182;;;;;&tRNA;2351800;4;comp;;fin;°CDS;2744098;; deb;°CDS;954881;59;;;;&tRNA;2351880;4;comp;;deb;°CDS;2746633;95;comp ;&tRNA;955546;82;;;;&tRNA;2351959;5;comp;;;&tRNA;2748534;144;comp fin;°CDS;955713;;;;;&tRNA;2352040;5;comp;;;&tRNA;2748755;23;comp deb;°CDS;1025682;379;;;;&tRNA;2352121;5;comp;;;&tRNA;2748869;69;comp ;&tRNA;1026946;17;;;;&tRNA;2352203;5;comp;;;&tRNA;2749029;61;comp ;&tRNA;1027039;14;;;;&tRNA;2352282;6;comp;;fin;°CDS;2749181;;comp ;&tRNA;1027130;4;;;;&tRNA;2352363;73;comp;;deb;°CDS;2758098;125;comp ;&tRNA;1027210;8;;;fin;°CDS;2352512;;comp;;;&tRNA;2758688;4;comp ;&tRNA;1027293;57;;;deb;°CDS;2430767;295;comp;;;&tRNA;2758768;3;comp ;&tRNA;1027425;265;;;;&tRNA;2432784;58;comp;;;$rRNA;2758848;76;comp fin;°CDS;1027765;;;;fin;°CDS;2432918;;comp;;;$rRNA;2759041;237;comp deb;°CDS;1679540;6;;;;;;;;;;$rRNA;2762179;369;comp ;gene;1680008;128;comp;;;;;;;;fin;°CDS;2764060;;comp fin;°CDS;1681704;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====cbn intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_tRNA-cds|cbn intercalaires tRNA-cds]] <pre> cbn;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls comp’;206;;214;;59;58;; comp’;307;comp’;106;;64;61;'''deb; ;168;;131;;65;67;<201;12 ;158;comp’;480;;80;69;total;18 ;115;;275;;98;73;taux;67% ;;comp’;435;;115;82;; ;140;;106;;125;106;'''fin; comp’;60;;67;;140;111;<201;9 ;261;comp’;348;;158;131;total;12 ;59;;82;;168;214;taux;75% ;379;;265;;183;265;; comp’;104;;;;199;275;'''total; ;199;;73;;245;;<201;21 ;295;;58;;261;;total;30 ;324;comp’;255;;295;;taux;70% ;183;;;;324;;; ;80;;;;379;;; ;245;;;;408;;'''comp’;'''cumuls ;408;;111;;60;106;'''deb;2 ;64;;69;;104;130;;4 ;65;comp’;130;;206;255;'''fin;2 ;98;;61;;307;348;;6 ;125;;;;'''-;435;'''total; ;;;;;'''-;480;<201;4 ;;;;;;;total;10 ;;;;;;;taux;40% ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;; ;<201;14;11;25;;;; ;total;22;18;40;;;; ;taux;64%;61%;63%;;;; </pre> ===cle=== ====cle opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_opérons|cle opérons]] <pre> 34.3%GC;30.6.19 Paris;16s 11;104;doubles;intercalaires;; ;Clostridium lentocellum DSM 5427;;;;;; ;10157..10246;;agc;@1;202;; ;10449..11981;;16s;;72;; ;12054..12171;;5s;;4;; ;12176..12248;;gca;;262;; ;12511..15414;;23s;;55;; ;15470..15543;;gac;;61;;61 ;15605..15677;;gta;;7;;7 ;15685..15757;;aca;;34;;34 ;15792..15872;;tac;;12;;12 ;15885..15961;;atgj;;3;;3 ;15965..16040;;ttc;;3;;3 ;16044..16116;;aaa;;;; ;;;;;30118;; ;46235..47767;;16s;@3;21284;; ;;;;;;; ;69052..71964;;23s;;;; ;;;;;4873;; ;76838..78371;;16s;;72;; ;78444..78561;;5s;;5;; ;78567..78639;;gca;;282;; ;78922..81829;;23s;;;; ;;;;;904;; ;82734..82851;;5s;;4;; ;82856..82928;;ggc;;;; ;;;;;1463;; ;84392..85929;;16s;;72;; ;86002..86119;;5s;;4;; ;86124..86196;;gca;;280;; ;86477..89386;;23s;;;; ;;;;;7380;; ;96767..96884;;5s;;89;; ;96974..97047;;ggc;;;; ;;;;;5082;; ;102130..102204;;cag;;;; ;;;;;;; ;104716..104799;;tta;;13;13; ;104813..104898;;tca;;;; ;;;;;;; ;141499..143034;;16s;;138;; ;143173..143290;;5s;;7;; ;143298..143374;;atc; ;258;; ;143633..146538;;23s;;;; ;;;;;;; ;150968..151085;;5s;@4;4;; ;151090..151161;;gaa;;457;; ;151619..153160;;16s;;605;; ;153766..156671;;23s;;475;; ;157147..157219;;aaa;;9;;9 ;157229..157299;;gga;;6;;6 ;157306..157379;;aga;;;; ;;;;;4223;; ;161603..161720;;5s;;4;; ;161725..161797;;ggc;;;; ;;;;;11104;; ;172902..172973;;gaa;;23;23; ;172997..173071;;cca;;45;45; ;173117..173189;;aaa;;11;11; ;173201..173274;;gac;;56;56; ;173331..173403;;gta;;7;7; ;173411..173494;;tta;;187;187; ;173682..173754;;aca;;26;26; ;173781..173861;;tac;;10;10; ;173872..173948;;atgj;;31;31; ;173980..174052;;ttc;;;; ;;;;;248498;; ;422551..424086;;16s;;;; ;;;;;113898;; ;537985..540890;;23s;;;; ;;;;;25153;; ;566044..566117;;cac;;23;23; ;566141..566212;;caa;;32;32; ;566245..566330;;tca;;;; ;;;;;;; ;571984..573519;;16s;;72;; ;573592..573709;;5s;;4;; ;573714..573786;;gca;;282;; ;574069..576975;;23s;;;; ;;;;;25302;; ;602278..603812;;16s;;137;; ;603950..604067;;5s;;;; ;;;;;11014;; ;615082..617987;;23s;;;; ;;;;;21159;; ;639147..639362;;16s°;@5;;; ;;;;;98139;; ;737502..737619;;5s;;4;; ;737624..737696;;ggc;;;; ;;;;;3291;; ;740988..741058;;gga;;;; ;;;;;;; ;759839..759920;;cta;;;; ;;;;;;; ;911999..912083;;ctt;+;148;148; ;912232..912316;;ctt;2 ctt;;; ;;;;;;; ;1035192..1035265;;cga;;;; ;;;;;;; ;1061152..1061225;;agg;;;; ;;;;;;; comp;1136376..1136448;;ccc;;;; ;;;;;;; ;1229184..1230718;;16s;@2;72;; ;1230791..1230908;;5s;;7;; ;1230916..1230989;;atc;;53;;53 ;1231043..1231115;;gca;;261;; ;1231377..1234282;;23s;;110;; ;1234393..1234464;;aac;+;9;;9 ;1234474..1234545;;gaa;2 tgc ;6;;6 ;1234552..1234622;;tgc;2 aac;23;;23 ;1234646..1234717;;aac;;58;;58 ;1234776..1234846;;tgc;;;; ;;;;;;; ;1280211..1280283;;atgf;;;; ;;;;;;; ;1283250..1283320;;gga;+;5;5; ;1283326..1283399;;aga;2 gga;5;5; ;1283405..1283478;;cac;2 aga;31;31; ;1283510..1283581;;caa;2 caa;23;23; ;1283605..1283677;;aaa;;30;30; ;1283708..1283792;;cta;;23;23; ;1283816..1283886;;gga;;5;5; ;1283892..1283965;;aga;;6;6; ;1283972..1284043;;caa;;;; ;;;;;;; ;1299560..1299632;;ggc;;4;4; ;1299637..1299711;;cca;;;; ;;;;;;; ;1346208..1346290;;ctg;;;; ;;;;;;; ;1363346..1363428;;ctg;;;; ;;;;;;; ;1515234..1515305;;gaa;;62;62; ;1515368..1515442;;cca;;22;22; ;1515465..1515537;;aaa;;;; ;;;;;;; ;1597292..1597364;;acg;;;; ;;;;;;; ;1611976..1612042;;acg;;;; ;;;;;;; ;2065352..2065425;;ata;;;; ;;;;;;; comp;2090478..2090550;;acc;;;; ;;;;;;; ;2394421..2394501;;tac;;3;3; ;2394505..2394577;;ttc;;;; ;;;;;;; ;2592342..2592422;;ttg;;;; ;;;;;;; ;2606024..2606104;;ttg;;;; ;;;;;;; comp;2737232..2737304;;gcc;;;; ;;;;;;; comp;2798802..2798874;;aag;;;; ;;;;;;; comp;2881571..2881642;;gag;;;; ;;;;;;; comp;3215471..3215545;;cca;;;; ;;;;;;; comp;3252582..3252655;;atgj;;7;7; comp;3252663..3252735;;gta;;4;4; comp;3252740..3252813;;gac;;10;10; comp;3252824..3252896;;tgg;;20;20; comp;3252917..3252988;;aac;;;; ;;;;;683;; comp;3253672..3253748;;atgj;;7;;7 comp;3253756..3253828;;gta;;9;;9 comp;3253838..3253910;;tgg;;18;;18 comp;3253929..3254000;;aac;;60;; comp;3254061..3256967;;23s;;;; ;;;;;362637;; comp;3619605..3619677;;aca;+;4;;4 comp;3619682..3619755;;cgt;2 cgt;50;;50 comp;3619806..3619879;;cgt;2 aca;27;;27 comp;3619907..3619990;;tta;;3;;3 comp;3619994..3620069;;gta;;47;;47 comp;3620117..3620190;;gac;;22;;22 comp;3620213..3620289;;atgi;;23;;23 comp;3620313..3620385;;aca;;14;;14 comp;3620400..3620471;;gaa;;9;;9 comp;3620481..3620552;;aac;;110;; comp;3620663..3623568;;23s;;261;; comp;3623830..3623902;;gca;;53;;53 comp;3623956..3624029;;atc;;7;; comp;3624037..3624154;;5s;;72;; comp;3624227..3625761;;16s;;149;; comp;3625911..3625999;;tcc;;33;;33 comp;3626033..3626118;;tca;;;; ;;;;;;; comp;3714637..3714709;;gta;;1;1; comp;3714711..3714787;;atgj;;;; </pre> ====cle cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_cumuls|cle cumuls]] <pre> cle cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;19;1;1;0 ;16 5 aa 23;5;20;14;15 ;16 5 atc gca;2;40;10;6 ;solo;11;60;2;5 ;max a;14;80;1;1 ;a doubles;2;100;0;0 ;indéterminé;1;120;0;0 ;total aas;46;140;0;0 sans ;opérons;29;160;1;0 ;1 aa;19;180;0;0 ;max a;10;200;1;0 ;a doubles;2;;0;0 ;total aas;59;;30;27 total aas;;105;;; remarques;;5;;; avec jaune;;;moyenne;29; ;;;variance;41; sans jaune;;;moyenne;19;22 ;;;variance;16;19 </pre> ====cle blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_blocs|cle blocs]] <pre> cle blocs;;; Solitaires;;; 16s;*2;16s°;@5 ;;; 23s;*3;; ;;; 5s;3*4;89; ggc;;; ;;; aac;60;; 23s;;; ;;; 16s;137;; 5s;;; ;;; 16s;72;72;72 5s;5;4;4 gca;282;280;282 23s;;; ;;; ;;agc;202 16s;138;16s;72 5s;7;5s;4 atc;258;gca;262 23s;;23s;55 ;;gac;61 ;;; ;;; ;;aac;110 16s;72;23s;261 5s;7;gca;53 atc;53;atc;7 gca;261;5s;72 23s;110;16s;149 aac;9;tcc;33 ;;; ;;; 5s;4;;@4 gaa;457;; 16s;605;; 23s;475;; aaa;9;; </pre> ====cle distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_distribution|cle distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;après 16s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;1-3;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;(atcgca)2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;aaa;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gca4;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aga;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;atc1;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;gga;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;4;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;16s5saa23s;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;4 ggc;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;gaa;tta;1;tca;;taa;;tga; ata;1;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;1;;cta;1;cca;3;caa;3;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;cgt2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;3;gca;;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;ctt2;gta;3;gca;;gaa;2;gga; ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;2;aag;1;agg;1;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;16s5saa23s;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cle;;19;;;;;19;;cle;38;;;;;;38;;cle;2;;;;;;2;;cle;;;;26;3;9;26 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;8 1-3aas;;; </pre> ====cle données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_données_intercalaires|cle données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cle;fx;fc;cle;fx40;fc40;cle;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;35;0;0;35;-1;0;78;421;212;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;; ;0;10;9;278;1;0;56;-2;0;0;121;409;437;347;;61;;gac;13;;tta ;0;20;6;387;2;0;50;-3;0;0;275;214;643;;;7;;gta;**;;tca ;1;30;5;213;3;0;36;-4;8;107;757;50;302;;;34;;aca;23;;gaa ;0;40;12;144;4;2;24;-5;0;1;262;622;325;;;12;;tac;45;;cca 1;1;50;21;85;5;2;20;-6;1;0;487;66;602;;;3;;atgj;11;;aaa ;1;60;27;93;6;1;8;-7;0;10;207;224;331;;;3;;ttc;56;;gac 1;1;70;20;88;7;1;7;-8;1;72;92;142;323;;;**;;aaa;7;;gta ;1;80;37;104;8;2;12;-9;0;0;289;264;16s CDS;;;9;;aaa;187;;tta 1;0;90;35;84;9;1;30;-10;0;5;489;142;695;228;;6;;gga;26;;aca ;4;100;29;82;10;0;35;-11;1;41;125;405;16s 5s;;;**;;aga;10;;tac ;1;110;24;80;11;2;55;-12;0;0;322;227;6* 79;;;9;;aac;31;;atgj ;3;120;17;65;12;0;64;-13;1;7;121;454;146;;;6;;gaa;**;;ttc 1;5;130;26;79;13;2;39;-14;1;28;342;139;144;;;23;;tgc;23;;cac 1;1;140;21;63;14;0;32;-15;1;0;44;445;16s 23s;;;58;;aac;32;;caa 3;2;150;21;79;15;1;42;-16;1;2;61;195;613;;;**;;tgc;**;;tca 1;1;160;31;72;16;0;37;-17;0;12;231;154;CDS 5s;;;7;;atgj;148;;ctt ;0;170;26;55;17;0;36;-18;0;0;132;201;335;228;;9;;gta;**;;ctt ;2;180;21;50;18;1;28;-19;0;2;75;527;;343;;18;;tgg;5;;gga ;0;190;39;58;19;0;34;-20;1;14;125;409;;184;;**;;aac;5;;aga 1;1;200;22;50;20;0;20;-21;0;0;112;149;;301;;4;;aca;31;;cac 1;2;210;24;48;21;0;25;-22;1;2;91;87;5s CDS;;;50;;cgt;23;;caa 2;1;220;20;42;22;0;21;-23;0;8;53;125;301;;;27;;cgt;30;;aaa 2;1;230;25;28;23;0;24;-24;0;0;124;;tRNA 16s;;;6;;tta;26;;cta ;2;240;13;30;24;0;24;-25;0;5;473;;204;;agc;47;;gta;5;;gga ;1;250;17;32;25;2;18;-26;1;9;141;;459;;gaa;25;;gac;6;;aga ;0;260;15;41;26;0;18;-27;0;0;174;;151;;tcc;23;;atgi;**;;caa 1;2;270;17;35;27;1;31;-28;0;1;198;;23s tRNA;;;14;;aca;4;;ggc ;1;280;14;26;28;0;18;-29;0;8;101;;56;;gac;9;;gaa;**;;cca ;1;290;14;22;29;0;16;-30;0;0;238;;476;;aaa;**;;aac;62;;gaa ;0;300;14;29;30;2;18;-31;0;1;29;;2* 111;;aac;33;;tcc;22;;cca ;1;310;10;21;31;3;21;-32;2;8;93;;61;;aac;**;;tca;**;;aaa ;0;320;8;20;32;2;26;-33;0;0;223;;tRNA 23s;;;;;;3;;tac ;2;330;5;7;33;0;10;-34;0;1;112;;263;;gca;;;;**;;ttc ;0;340;11;14;34;2;7;-35;0;2;95;;2* 283;;gca;;;;7;;atgj ;1;350;4;12;35;2;9;-36;0;0;155;;284;;gca;;;;4;;gta ;0;360;10;22;36;1;13;-37;0;0;523;;262;;atc;;;;10;;gac ;0;370;6;14;37;1;19;-38;0;2;178;;2* 262;;gca;;;;20;;tgg ;0;380;10;9;38;1;15;-39;0;0;141;;5s tRNA;;;;;;**;;aac ;0;390;4;13;39;0;13;-40;0;0;116;;3* 4;;gca;;;;4;;gta ;0;400;6;6;40;0;11;-41;0;2;212;;5;;gca;;;;**;;atgj 7;6;reste;83;185;reste;747;1843;-42;0;0;209;;89;;ggc;;;;;; 23;46;total;779;2900;total;779;2900;-43;0;0;329;;3* 7;;atc;;;;;; 16;40;diagr;696;2680;diagr;32;1022;-44;1;0;267;;4;;gaa;;;;;; 0;1; t30;20;878;;;;-45;0;0;249;;3* 4;;ggc;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;310;;tRNA tRNA;;intra;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;2* 53;;atc;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;**;;gca;;;;;; ;x;779;21;0;800;;;-49;0;0;;;;;;;;;;; ;c;2865;441;35;3341;;;-50;0;1;;;;;;;;;;; ;;;;;4141;273;;reste;0;10;;;;;;;;;;; ;;;;;;4414;;total;21;441;;;;;;;;;;; </pre> =====cle autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_autres_intercalaires_aas|cle autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cle;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;8716;9735;421;*; ;;tRNA;10157;10246;204;*;agc ;;rRNA;10451;11974;79;*;1524 ;;rRNA;12054;12171;4;*;118 ;;tRNA;12176;12248;263;*;gca ;;rRNA;12512;15413;56;*;2902 ;;tRNA;15470;15543;61;*;gac ;;tRNA;15605;15677;7;*;gta ;;tRNA;15685;15757;34;*;aca ;;tRNA;15792;15872;12;*;tac ;;tRNA;15885;15961;3;*;atgj ;;tRNA;15965;16040;3;*;ttc ;;tRNA;16044;16116;121;*;aaa fin;;CDS;16238;16705;;; deb;;CDS;44432;45799;437;*; ;;rRNA;46237;47760;695;*;1524 fin;;CDS;48456;50240;;0; deb;;CDS;66902;68521;531;*; ;;rRNA;69053;71963;313;*;2911 fin;;CDS;72277;72981;;; deb;;CDS;72981;76196;643;*; ;;rRNA;76840;78364;79;*;1525 ;;rRNA;78444;78561;5;*;118 ;;tRNA;78567;78639;283;*;gca ;;rRNA;78923;81828;188;*;2906 deb;comp;CDS;82017;82505;228;*; ;;rRNA;82734;82851;4;*;118 ;;tRNA;82856;82928;275;*;ggc deb;;CDS;83204;84091;302;*; ;;rRNA;84394;85922;79;*;1529 ;;rRNA;86002;86119;4;*;118 ;;tRNA;86124;86196;284;*;gca ;;rRNA;86481;89385;237;*;2905 fin;;CDS;89623;90231;;; deb;comp;CDS;94411;96423;343;*; ;;rRNA;96767;96884;89;*;118 ;;tRNA;96974;97044;757;*;ggc fin;;CDS;97802;98497;;; deb;comp;CDS;101240;101917;212;*; ;;tRNA;102130;102201;409;*;cag fin;comp;CDS;102611;103510;;; deb;comp;CDS;103635;104501;214;*; ;;tRNA;104716;104799;13;*;tta ;;tRNA;104813;104898;262;*;tca fin;;CDS;105161;106408;;; deb;comp;CDS;135278;135838;80;*; ;comp;regulatory;135919;136018;495;*; fin;;CDS;136514;138715;;; deb;;CDS;140906;141175;325;*; ;;rRNA;141501;143026;146;*;1526 ;;rRNA;143173;143290;7;*;118 ;;tRNA;143298;143371;262;*;atc ;;rRNA;143634;146537;299;*;2904 fin;;CDS;146837;147139;;0; deb;;CDS;149226;150632;335;*; ;;rRNA;150968;151085;4;*;118 ;;tRNA;151090;151161;459;*;gaa ;;rRNA;151621;153153;613;*;1533 ;;rRNA;153767;156670;476;*;2904 ;;tRNA;157147;157219;9;*;aaa ;;tRNA;157229;157299;6;*;gga ;;tRNA;157306;157379;487;*;aga fin;;CDS;157867;158490;;; deb;comp;CDS;160912;161418;184;*; ;;rRNA;161603;161720;4;*;118 ;;tRNA;161725;161797;50;*;ggc fin;comp;CDS;161848;162624;;; deb;comp;CDS;162740;165070;522;*; ;;misc_b;165593;165910;56;*; fin;;CDS;165967;167493;;; deb;comp;CDS;171336;172279;622;*; ;;tRNA;172902;172973;23;*;gaa ;;tRNA;172997;173071;45;*;cca ;;tRNA;173117;173189;11;*;aaa ;;tRNA;173201;173274;56;*;gac ;;tRNA;173331;173403;7;*;gta ;;tRNA;173411;173494;187;*;tta ;;tRNA;173682;173754;26;*;aca ;;tRNA;173781;173861;10;*;tac ;;tRNA;173872;173948;31;*;atgj ;;tRNA;173980;174052;207;*;ttc fin;;CDS;174260;174673;;; deb;comp;CDS;190039;190368;288;*; ;;misc_b;190657;190881;79;*; fin;;CDS;190961;192721;;; deb;comp;CDS;421861;422205;347;*; ;;rRNA;422553;424078;228;*;1526 fin;comp;CDS;424307;425017;;0; deb;;CDS;459976;460971;367;*; ;;regulatory;461339;461464;137;*; fin;;CDS;461602;462906;;0; deb;comp;CDS;473892;474338;416;*; ;;regulatory;474755;474880;137;*; fin;;CDS;475018;476358;;; deb;;CDS;536211;537422;563;*; ;;rRNA;537986;540889;357;*;2904 fin;;CDS;541247;541735;;0; deb;;CDS;564995;565951;92;*; ;;tRNA;566044;566117;23;*;cac ;;tRNA;566141;566212;32;*;caa ;;tRNA;566245;566330;289;*;tca fin;;CDS;566620;567750;;; deb;;CDS;570670;571383;602;*; ;;rRNA;571986;573512;79;*;1527 ;;rRNA;573592;573709;4;*;118 ;;tRNA;573714;573786;283;*;gca ;;rRNA;574070;576974;187;*;2905 fin;;CDS;577162;578526;;; deb;;CDS;601262;601948;331;*; ;;rRNA;602280;603805;144;*;1526 ;;rRNA;603950;604067;301;*;118 fin;;CDS;604369;605106;;; deb;;CDS;614484;614675;407;*; ;;rRNA;615083;617986;260;*;2904 fin;comp;CDS;618247;619251;;0; deb;;CDS;685823;686155;210;*; ;;misc_b;686366;686632;51;*; fin;;CDS;686684;686965;;; deb;comp;CDS;736286;737200;301;*; ;;rRNA;737502;737619;4;*;118 ;;tRNA;737624;737696;489;*;ggc fin;;CDS;738186;738905;;; deb;;CDS;740293;740862;125;*; ;;tRNA;740988;741058;322;*;gga fin;;CDS;741381;742271;;; deb;;CDS;757105;759717;121;*; ;;tRNA;759839;759920;66;*;cta fin;comp;CDS;759987;760835;;0; deb;;CDS;786859;787458;71;*; ;;misc_b;787530;787823;195;*; fin;;CDS;788019;789995;;; deb;;CDS;825593;830971;885;*; ;;regulatory;831857;832030;230;*; fin;;CDS;832261;833262;;; deb;comp;CDS;910521;911774;224;*; ;;tRNA;911999;912083;148;*;ctt ;;tRNA;912232;912316;342;*;ctt fin;;CDS;912659;914539;;0; deb;;CDS;1015700;1016551;80;*; ;;misc_b;1016632;1016837;131;*; fin;;CDS;1016969;1018252;;0; deb;;CDS;1034743;1035147;44;*; ;;tRNA;1035192;1035265;142;*;cga fin;comp;CDS;1035408;1036631;;; deb;;CDS;1060209;1061090;61;*; ;;tRNA;1061152;1061225;231;*;agg fin;;CDS;1061457;1061942;;0; deb;;CDS;1135668;1136111;264;*; ;comp;tRNA;1136376;1136448;142;*;ccc fin;;CDS;1136591;1137205;;; deb;;CDS;1181242;1181676;81;*; ;;ncRNA;1181758;1182021;95;*; fin;comp;CDS;1182117;1183028;;; deb;;CDS;1228173;1228862;323;*; ;;rRNA;1229186;1230711;79;*;1526 ;;rRNA;1230791;1230908;7;*;118 ;;tRNA;1230916;1230989;53;*;atc ;;tRNA;1231043;1231115;262;*;gca ;;rRNA;1231378;1234281;111;*;2904 ;;tRNA;1234393;1234464;9;*;aac ;;tRNA;1234474;1234545;6;*;gaa ;;tRNA;1234552;1234622;23;*;tgc ;;tRNA;1234646;1234717;58;*;aac ;;tRNA;1234776;1234846;132;*;tgc fin;;CDS;1234979;1235152;;; deb;;CDS;1279854;1280135;75;*; ;;tRNA;1280211;1280283;125;*;atgf fin;;CDS;1280409;1281519;;; deb;;CDS;1282595;1283137;112;*; ;;tRNA;1283250;1283320;5;*;gga ;;tRNA;1283326;1283399;5;*;aga ;;tRNA;1283405;1283478;31;*;cac ;;tRNA;1283510;1283581;23;*;caa ;;tRNA;1283605;1283677;30;*;aaa ;;tRNA;1283708;1283789;26;*;cta ;;tRNA;1283816;1283886;5;*;gga ;;tRNA;1283892;1283965;6;*;aga ;;tRNA;1283972;1284043;405;*;caa fin;comp;CDS;1284449;1284907;;0; deb;;CDS;1298530;1299468;91;*; ;;tRNA;1299560;1299632;4;*;ggc ;;tRNA;1299637;1299711;227;*;cca fin;comp;CDS;1299939;1300463;;; deb;;CDS;1317893;1318795;58;*; ;;misc_b;1318854;1319058;143;*; fin;;CDS;1319202;1320467;;; deb;;CDS;1330208;1331050;68;*; ;;regulatory;1331119;1331225;168;*; fin;;CDS;1331394;1332701;;; deb;;CDS;1344739;1346154;53;*; ;;tRNA;1346208;1346290;124;*;ctg fin;;CDS;1346415;1347350;;; deb;;CDS;1361763;1362872;473;*; ;;tRNA;1363346;1363428;454;*;ctg fin;comp;CDS;1363883;1365469;;; deb;;CDS;1501342;1502331;88;*; ;;misc_b;1502420;1502635;130;*; fin;;CDS;1502766;1505162;;0; deb;;CDS;1514802;1515092;141;*; ;;tRNA;1515234;1515305;62;*;gaa ;;tRNA;1515368;1515442;22;*;cca ;;tRNA;1515465;1515537;174;*;aaa fin;;CDS;1515712;1516611;;; deb;comp;CDS;1536473;1538146;169;*; ;;misc_b;1538316;1538527;148;*; fin;;CDS;1538676;1539512;;; deb;;CDS;1558609;1559226;150;*; ;;ncRNA;1559377;1559568;105;*; fin;;CDS;1559674;1560162;;; deb;comp;CDS;1596655;1597152;139;*; ;;tRNA;1597292;1597364;198;*;acg fin;;CDS;1597563;1600298;;0; deb;;CDS;1776389;1777042;54;*; ;;regulatory;1777097;1777202;89;*; fin;;CDS;1777292;1778305;;; deb;;CDS;1809551;1811686;53;*; ;;regulatory;1811740;1811862;110;*; fin;;CDS;1811973;1812599;;0; deb;;CDS;1897547;1898221;77;*; ;;misc_b;1898299;1898549;46;*; fin;;CDS;1898596;1899603;;; deb;;CDS;2051328;2051531;445;*; ;comp;tRNA;2051977;2052063;101;*;acc fin;comp;CDS;2052165;2053262;;; deb;;CDS;2064667;2065113;238;*; ;;tRNA;2065352;2065425;29;*;ata fin;;CDS;2065455;2066012;;; deb;;CDS;2089815;2090282;195;*; ;comp;tRNA;2090478;2090550;93;*;acc fin;comp;CDS;2090644;2091279;;0; deb;;CDS;2125666;2126805;19;*; ;;misc_b;2126825;2127056;63;*; fin;;CDS;2127120;2127326;;; deb;comp;CDS;2290223;2291446;61;*; ;comp;misc_b;2291508;2291704;185;*; fin;;CDS;2291890;2293848;;0; deb;;CDS;2378236;2379462;104;*; ;;misc_b;2379567;2379785;50;*; fin;;CDS;2379836;2380420;;; deb;comp;CDS;2393679;2394266;154;*; ;;tRNA;2394421;2394501;3;*;tac ;;tRNA;2394505;2394577;223;*;ttc fin;;CDS;2394801;2396147;;; deb;comp;CDS;2447012;2447701;85;*; ;comp;regulatory;2447787;2447882;852;*; fin;comp;CDS;2448735;2450363;;; deb;comp;CDS;2573684;2574703;297;*; ;;ncRNA;2575001;2575351;65;*; fin;comp;CDS;2575417;2577075;;; deb;comp;CDS;2589039;2590424;65;*; ;comp;misc_b;2590490;2590663;90;*; fin;comp;CDS;2590754;2591524;;; deb;comp;CDS;2591541;2592140;201;*; ;;tRNA;2592342;2592422;112;*;ttg fin;;CDS;2592535;2593464;;0; deb;comp;CDS;2603463;2605496;527;*; ;;tRNA;2606024;2606100;409;*;ttg fin;comp;CDS;2606510;2606668;;; deb;comp;CDS;2735781;2737136;95;*; ;comp;tRNA;2737232;2737304;155;*;gcc fin;comp;CDS;2737460;2738386;;0; deb;comp;CDS;2797787;2798278;523;*; ;comp;tRNA;2798802;2798874;178;*;aag fin;comp;CDS;2799053;2800327;;; deb;comp;CDS;2820846;2822237;109;*; ;comp;misc_b;2822347;2822575;116;*; fin;comp;CDS;2822692;2823483;;; deb;comp;CDS;2848560;2849579;82;*; ;comp;misc_b;2849662;2849892;105;*; fin;comp;CDS;2849998;2851539;;; deb;comp;CDS;2880836;2881429;141;*; ;comp;tRNA;2881571;2881642;116;*;gag fin;comp;CDS;2881759;2882100;;; deb;comp;CDS;2978303;2979394;255;*; ;comp;regulatory;2979650;2979765;74;*; fin;comp;CDS;2979840;2980706;;; deb;comp;CDS;3048813;3049790;231;*; ;comp;tmRNA;3050022;3050370;186;*; fin;comp;CDS;3050557;3051027;;0; deb;comp;CDS;3096224;3097831;76;*; ;comp;misc_b;3097908;3098167;611;*; fin;comp;CDS;3098779;3100596;;0; deb;comp;CDS;3190635;3191126;123;*; ;comp;misc_f;3191250;3191389;88;*; deb;comp;CDS;3191478;3193451;103;*; ;comp;misc_b;3193555;3193827;401;*; fin;comp;CDS;3194229;3194576;;; deb;comp;CDS;3214425;3215258;212;*; ;comp;tRNA;3215471;3215545;209;*;cca fin;comp;CDS;3215755;3217302;;; deb;comp;CDS;3252067;3252252;329;*; ;comp;tRNA;3252582;3252655;7;*;atgj ;comp;tRNA;3252663;3252735;4;*;gta ;comp;tRNA;3252740;3252813;10;*;gac ;comp;tRNA;3252824;3252896;20;*;tgg ;comp;tRNA;3252917;3252988;149;*;aac deb;;CDS;3253138;3253587;87;*; ;comp;tRNA;3253675;3253748;7;*;atgj ;comp;tRNA;3253756;3253828;9;*;gta ;comp;tRNA;3253838;3253910;18;*;tgg ;comp;tRNA;3253929;3254000;61;*;aac ;comp;rRNA;3254062;3256966;336;*;2905 fin;comp;CDS;3257303;3257995;;0; deb;comp;CDS;3407358;3408182;69;*; ;comp;regulatory;3408252;3408361;113;*; fin;comp;CDS;3408475;3410325;;; deb;comp;CDS;3489519;3490856;58;*; ;comp;regulatory;3490915;3491016;261;*; fin;;CDS;3491278;3492633;;0; deb;;CDS;3618295;3619479;125;*; ;comp;tRNA;3619605;3619677;4;*;aca ;comp;tRNA;3619682;3619755;50;*;cgt ;comp;tRNA;3619806;3619879;27;*;cgt ;comp;tRNA;3619907;3619990;6;*;tta ;comp;tRNA;3619997;3620069;47;*;gta ;comp;tRNA;3620117;3620190;25;*;gac ;comp;tRNA;3620216;3620289;23;*;atgi ;comp;tRNA;3620313;3620385;14;*;aca ;comp;tRNA;3620400;3620471;9;*;gaa ;comp;tRNA;3620481;3620552;111;*;aac ;comp;rRNA;3620664;3623567;262;*;2904 ;comp;tRNA;3623830;3623902;53;*;gca ;comp;tRNA;3623956;3624029;7;*;atc ;comp;rRNA;3624037;3624154;79;*;118 ;comp;rRNA;3624234;3625759;151;*;1526 ;comp;tRNA;3625911;3625999;33;*;tcc ;comp;tRNA;3626033;3626118;267;*;tca fin;comp;CDS;3626386;3627084;;0; deb;comp;CDS;3713386;3714387;249;*; ;comp;tRNA;3714637;3714709;4;*;gta ;comp;tRNA;3714714;3714787;310;*;atgj fin;comp;CDS;3715098;3715457;;; deb;comp;CDS;3740094;3741623;336;*; ;comp;regulatory;3741960;3742137;71;*; fin;comp;CDS;3742209;3742868;;; deb;comp;CDS;3876932;3877417;18;*; ;comp;misc_f;3877436;3877575;59;*; fin;comp;CDS;3877635;3878774;;; deb;comp;CDS;3921947;3923137;87;*; ;comp;regulatory;3923225;3923325;65;*; fin;comp;CDS;3923391;3923816;;; deb;comp;CDS;3971663;3972166;188;*; ;;misc_b;3972355;3972601;74;*; fin;;CDS;3972676;3975807;;0; deb;comp;CDS;4298681;4299859;146;*; ;comp;misc_b;4300006;4300267;210;*; fin;;CDS;4300478;4301533;;0; deb;comp;CDS;4552288;4553814;82;*; ;comp;misc_b;4553897;4554160;196;*; fin;;CDS;4554357;4554878;;0; deb;comp;CDS;4592703;4593860;153;*; ;comp;regulatory;4594014;4594127;357;*; fin;;CDS;4594485;4595609;;; deb;comp;CDS;4661871;4663577;550;*; ;;regulatory;4664128;4664228;86;*; fin;;CDS;4664315;4664980;;0; deb;comp;CDS;4694284;4695744;237;*; ;comp;regulatory;4695982;4696073;275;*; fin;comp;CDS;4696349;4697491;;0; </pre> ===hmo=== ====hmo opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_opérons|hmo opérons]] <pre> 57%GC;24.7.19 Paris;16s ;109;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé Heliobacterium modesticaldum Ice1 ATCC 51547 ;;;;;;;;;; ;103699..104088;;CDS;;380;;;;130; ;;;;;;;;;; ;104469..105695;;CDS;;186;186;;;409;186 comp;105882..105956;;ggc;;1;;1;;; comp;105958..106044;;ctg;;321;321;;;; comp;106366..106929;;CDS;@1;241;241;;;188;241 comp;107171..107246;;aca;;202;202;;;;202 comp;107449..108183;;CDS;;111772;;;;245; ;;;;;;;;;; comp;219956..220483;;CDS;;260;260;;;176;260 comp;220744..220820;;gac;;5;;;5;; comp;220826..220901;;gta;;10;;;10;; comp;220912..220987;;gaa;;4;;;4;; comp;220992..221067;;aaa;;18;;;18;; comp;221086..221160;;caa;;103;;;;; comp;221264..224182;;23s;;237;;;;; comp;224420..224495;;gcc;;64;;;;; comp;224560..224676;;5s;@2;328;;;;; comp;225005..226536;;16s;;651;651;;;; comp;227188..228162;;CDS;;98792;;;;325; ;;;;;;;;;; comp;326955..328340;;CDS;;178;178;;;462;178 comp;328519..328601;;cta;;65;;65;;; comp;328667..328743;;aga;;60;;60;;; comp;328804..328880;;cca;;568;568;;;; comp;329449..330090;;CDS;;57730;;;;214; ;;;;;;;;;; comp;387821..388105;;CDS;;135;135;;;95; ;388241..388317;;ccc;;7;;7;;; ;388325..388410;;tac;;47;47;;;;47 comp;388458..388742;;CDS;;588493;;;;95; ;;;;;;;;;; comp;977236..978504;;CDS;;439;439;;;423; comp;978944..981860;;23s;;237;;;;; comp;982098..982173;;gcc;;64;;;;; comp;982238..982354;;5s;;328;;;;; comp;982683..984208;;16s;;460;;;;; comp;984669..984744;;tgg;@3;5;;;5;; comp;984750..984824;;cgg;;207;207;;;;207 comp;985032..987656;;CDS;;26258;;;;875; ;;;;;;;;;; comp;1013915..1014760;;CDS;;105;105;;;282;105 comp;1014866..1014942;;gac;;75;;75;;; comp;1015018..1015093;;gaa;;265;265;;;; comp;1015359..1016642;;CDS;;40115;;;;428; ;;;;;;;;;; ;1056758..1058014;;CDS;;121;121;;;419;121 comp;1058136..1058233;;tga;;173;173;;;; ;1058407..1058733;;CDS;;62951;;;;109; ;;;;;;;;;; ;1121685..1122878;;CDS;;588;588;;;398; ;1123467..1124998;;16s;;328;;;;; ;1125327..1125443;;5s;;64;;;;; ;1125508..1125583;;gcc;;233;;;;; ;1125817..1128734;;23s;;337;337;;;;337 >;1129072..1129785;;CDS;;24938;;;;238; ;;;;;;;;;; ;1154724..1155224;;CDS;;99;99;;;167; ;1155324..1155413;;tca;;56;56;;;;56 comp;1155470..1156627;;CDS;;13350;;;;386; ;;;;;;;;;; ;1169978..1171828;;CDS;;129;129;;;617;129 ;1171958..1172034;;cgt;;85;;85;;; ;1172120..1172196;;agg;;181;181;;;; ;1172378..1172812;;CDS;;62;62;;;145;62 ;1172875..1172966;;tcg;;548;548;;;; ;1173515..1174330;;CDS;;6655;;;;272; ;;;;;;;;;; comp;1180986..1182974;;CDS;;444;444;;;663; ;1183419..1183512;;tcc;;39;39;;;;39 ;1183552..1183817;;ncRNA;;11908;;;;89; ;;;;;;;;;; ;1195726..1195998;;CDS;;181;181;;;91; ;1196180..1196255;;gcg;;151;151;;;;151 ;1196407..1197051;;CDS;;86894;;;;215; ;;;;;;;;;; comp;1283946..1285331;;CDS;;177;177;;;462;177 ;1285509..1285584;;atgf;;5;;5;;; ;1285590..1285667;;atgj;;7;;7;;; ;1285675..1285750;;gaa;;542;542;;;; ;1286293..1287630;;CDS;;63447;;;;446; ;;;;;;;;;; ;1351078..1352549;;CDS;;704;704;;;491; ;1353254..1354786;;16s;;252;;;;; ;1355039..1355155;;5s;;64;;;;; ;1355220..1355296;;atc;;194;;;;; ;1355491..1358408;;23s;;112;;;;; ;1358521..1358595;;aac;;109;109;;;;109 comp;1358705..1358926;;CDS;;139555;;;;74; ;;;;;;;;;; ;1498482..1498898;;CDS;;535;535;;;139; comp;1499434..1499509;;acg;;238;238;;;;238 ;1499748..1500836;;CDS;;262182;;;;363; ;;;;;;;;;; ;1763019..1763858;;CDS;;68;68;;;280;68 ;1763927..1764003;;gac;;4;;4;;; ;1764008..1764083;;ttc;;3;;3;;; ;1764087..1764161;;ggc;;92;92;;;; comp;1764254..1764493;;CDS;;72;72;;;80;72 ;1764566..1764641;;tgc;;18;;18;;; ;1764660..1764746;;tta;;253;253;;;; comp;1765000..1765467;;CDS;;52131;;;;156; ;;;;;;;;;; ;1817599..1818318;;CDS;;487;487;;;240; ;1818806..1820337;;16s;;252;;;;; ;1820590..1820706;;5s;;64;;;;; ;1820771..1820847;;atc;;6;;;6;; ;1820854..1820929;;gca;;229;;;;; ;1821159..1824076;;23s;;112;;;;; ;1824189..1824263;;aac;;6;;;6;; ;1824270..1824345;;atgf;;243;243;;;;243 ;1824589..1825014;;CDS;;168198;;;;142; ;;;;;;;;;; ;1993213..1994328;;CDS;;99;99;;;372; ;1994428..1994502;;atgi;;41;41;;;;41 ;1994544..1995368;;CDS;;284281;;;;275; ;;;;;;;;;; ;2279650..2279997;;CDS ;;541;541;;;116; ;2280539..2282070;;16s;;253;;;;; ;2282324..2282440;;5s;;64;;;;; ;2282505..2282580;;gcc;;234;;;;; ;2282815..2285735;;23s;;119;;;;; ;2285855..2285948;;tcc;;6;;;6;; ;2285955..2286031;;ccg;;10;;;10;; ;2286042..2286115;;gga;;14;;;14;; ;2286130..2286205;;cac;;1;;;1;; ;2286207..2286281;;tgc;;9;;;9;; ;2286291..2286367;;gtc;;3;;;3;; ;2286371..2286446;;ttc;;6;;;6;; ;2286453..2286537;;tac;;4;;;4;; ;2286542..2286616;;caa;;17;;;17;; ;2286634..2286709;;aaa;;4;;;4;; ;2286714..2286789;;gaa;;5;;;5;; ;2286795..2286870;;gta;;5;;;5;; ;2286876..2286952;;gac;;7;;;7;; ;2286960..2287050;;agc;;43;;;43;; ;2287094..2287170;;ccc;;30;;;30;; ;2287201..2287287;;ctg;;3;;;3;; ;2287291..2287365;;ggc;;4;;;4;; ;2287370..2287446;;cgt;;4;;;4;; ;2287451..2287526;;acc;;352;352;;;;352 ;2287879..2288343;;CDS ;;33184;;;;155; ;;;;;;;;;; comp;2321528..2322544;;CDS ;;268;268;;;339; comp;2322813..2322889;;gtc;;9;;9;;; comp;2322899..2322973;;cgg;;81;81;;;;81 comp;2323055..2323243;;CDS ;;3375;;;;63; ;;;;;;;;;; ;2326619..2327947;;CDS ;;464;464;;;443;464 ;2328412..2329943;;16s;;327;;;;; ;2330271..2330387;;5s;;226;;;;; ;2330614..2333532;;23s;;98;;;;; ;2333631..2333706;;aaa;;4;;;4;; ;2333711..2333786;;acc;;8;;;8;; ;2333795..2333877;;ctc;;89;89;;;;89 comp;2333967..2334704;;CDS;;7389;;;;246; ;;;;;;;;;; ;2342094..2342804;;CDS;;155;155;;;237;155 comp;2342960..2343030;;ttc;;213;213;;;; ;2343244..2343936;;CDS;;563;563;;;231; ;2344500..2346025;;16s;;252;;;;; ;2346278..2346394;;5s;;64;;;;; ;2346459..2346535;;atc;;141;;;;; ;2346677..2349594;;23s;;100;;;;; ;2349695..2349769;;aac;;6;;;6;; ;2349776..2349851;;atgf;;102;102;;;;102 ;2349954..2350976;;CDS;;113601;;;;341; ;;;;;;;;;; ;2464578..2465114;;CDS;;271;271;;;179;271 comp;2465386..2465461;;aca;;432;432;;;; ;2465894..2466226;;CDS;;4722;;;;111; ;;;;;;;;;; ;2470949..2471977;;CDS;;69;69;;;343;69 ;2472047..2472133;;ctg;;678;678;;;; ;2472812..2473192;;CDS;;22232;;;;127; ;;;;;;;;;; ;2495425..2496048;;CDS;;402;402;;;208; comp;2496451..2496527;;gtc;;4;;4;;; comp;2496532..2496609;;atgj;;175;175;;;;175 ;2496785..2497120;;CDS;;217;217;;;112; comp;2497338..2497420;;ctc;;7;;7;;; comp;2497428..2497503;;acc;;18;;18;;; comp;2497522..2497596;;tgg;;14;;14;;; comp;2497611..2497684;;ggg;;19;;19;;; comp;2497704..2497778;;ggc;;7;;7;;; comp;2497786..2497873;;ttg;;8;;8;;; comp;2497882..2497958;;gtg;;-10;-10;;;;-10 comp;2497949..2498185;;CDS;;66;66;;;79;66 ;2498252..2498328;;ccg;;314;314;;;; comp;2498643..2499506;;CDS;;55292;;;;288; ;;;;;;;;;; ;2554799..2554984;;CDS;;109;109;;;62;109 ;2555094..2555169;;gaa;;2;;2;;; ;2555172..2555247;;ttc;;6;;6;;; ;2555254..2555338;;tac;;4;;4;;; ;2555343..2555417;;caa;;18;;18;;; ;2555436..2555511;;aaa;;4;;4;;; ;2555516..2555590;;ggc;;9;;9;;; ;2555600..2555675;;cac;;117;117;;;; comp;2555793..2557049;;CDS;;235940;;;;419; ;;;;;;;;;; comp;2792990..2793442;;CDS;;219;219;;;151;219 comp;2793662..2796583;;23s;;236;;;;; comp;2796820..2796895;;gca;;6;;;6;; comp;2796902..2796978;;atc;;64;;;;; comp;2797043..2797159;;5s;;328;;;;; comp;2797488..2799019;;16s;;505;;;;; comp;2799525..2799599;;ggc;+;1;;;1;; comp;2799601..2799687;;ctg;2 ggc;32;;;32;; comp;2799720..2799796;;ccc;;42;;;42;; comp;2799839..2799915;;cgt;;4;;;4;; comp;2799920..2799994;;ggc;;120;;;120;; comp;2800115..2800192;;atgj;;42;;;42;; comp;2800235..2800325;;agc;;16;;;16;; comp;2800342..2800417;;atgf;;6;;;6;; comp;2800424..2800498;;aac;;7;;;7;; comp;2800506..2800581;;gaa;;4;;;4;; comp;2800586..2800661;;aaa;;18;;;18;; comp;2800680..2800754;;caa;;4;;;4;; comp;2800759..2800843;;tac;;91;;;91;; comp;2800935..2801011;;gtc;;7;;;7;; comp;2801019..2801093;;tgc;;325;325;;;; ;2801419..2801724;;CDS;;230813;;;;102; ;;;;;;;;;; ;3032538..3032729;;CDS;;109;109;;;64;109 comp;3032839..3035757;;23s;;233;;;;; comp;3035991..3036066;;gcc;;64;;;;; comp;3036131..3036247;;5s;;253;;;;; comp;3036501..3038026;;16s;;779;779;;;; comp;3038806..3040017;;CDS;;232;;;;404; ;;;;;;;;;; comp;3040250..3042013;;CDS;;;;;;588; </pre> ====hmo cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_cumuls|hmo cumuls]] <pre> hmo cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;1;2;1;1;40;1;100;10 ;16 5s gcc 23;5;20;20;34;50;3;80;8;200;16 ;16 5s atc 23;2;40;0;2;100;11;120;7;300;14 ;16 5 23s a;1;60;1;3;150;9;160;4;400;8 ;max a;20;80;2;0;200;9;200;4;500;11 ;a doubles;1;100;1;1;250;8;240;4;600;0 ;16 5s atc gca;2;120;0;1;300;5;280;4;700;2 ;total aas;60;140;0;0;350;4;320;0;800;0 sans ;opérons;24;160;0;0;400;1;360;2;900;1 ;1 aa;12;180;0;0;450;4;400;0;1000;0 ;max a;7;200;0;0;500;2;440;0;1100;0 ;a doubles;0;;0;0;;11;;1;;0 ;total aas;49;;25;43;;68;;35;;62 total aas;;109;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;8;8;;196;;137;;230 ;;;variance;6;7;;120;;71;;128 </pre> ====hmo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_blocs|hmo blocs]] <pre> hmo blocs;;;;;tgg CDS ;541;651;588;779;460 16s;253;328;328;253;328 5s;64;64;64;64;64 gcc;234;237;233;233;237 23s;119;103;337;109;439 tcc;tcc;caa;cds;cds;cds ;;;;; CDS;704;563;;CDS ;464 16s;252;252;;16s;327 5s;64;64;;5s;226 atc;194;141;;23s;98 23s;112;100;;aaa; aac;aac;aac;;; ;;;;; ;;ggc;;; CDS;487;505;;; 16s;252;328;;; 5s;64;64;;; atc;6;6;;; gca;229;236;;; 23s;112;219;;; aac;aac;cds;;; </pre> ====hmo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_distribution|hmo distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;1-3 aas;atgi;;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;ctc;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;acc;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;1;;;;;;;;;;aaa;ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;;;;;;;;;2 atgf;atc;;acc;1;aac;1;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;;;;;;;;;tgg;ctc;;ccc;2;cac;1;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;4;;;;;;;;;;cgg;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;3 tta;;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;3;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;;;;;;;;;;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;1 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;1;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;;;;;;;;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;1;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total hmo;;12;;;;;12;;hmo;37;;;;;;37;;;;;;;;;;;hmo;;;;39;;11;39 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;10 1-3 aas;;; </pre> ====hmo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_données_intercalaires|hmo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;hmo;fx;fc;hmo;fx40;fc40;hmo;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;17;0;0;17;-1;0;36;321;186;23s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;; ;0;10;9;183;1;1;21;-2;1;0;268;135;103;;caa;5;;gac;1;;ggc ;0;20;10;167;2;3;38;-3;0;0;202;121;2* 112;;aac;10;;gta;**;;ctg ;0;30;4;109;3;0;37;-4;3;149;260;173;119;;tcc;4;;gaa;65;;cta ;0;40;6;77;4;0;21;-5;0;0;268;56;98;;aaa;18;;aaa;60;;aga ;0;50;9;70;5;0;18;-6;0;0;176;444;100;;aac;**;;caa;**;;cca 1;0;60;9;64;6;2;9;-7;0;11;1012;159;tRNA 23s;;;6;;aac;7;;ccc ;3;70;8;66;7;0;8;-8;0;23;159;535;2* 241;;gcc;**;;atgf;**;;tac 1;0;80;12;71;8;0;7;-9;0;1;207;238;2* 237;;gcc;6;;tcc;5;;tgg 1;1;90;27;71;9;3;11;-10;0;7;165;92;198;;atc;10;;ccg;**;;cgg 1;2;100;7;68;10;0;13;-11;0;17;265;72;233;;gca;14;;gga;75;;gac ;1;110;18;66;11;1;15;-12;0;0;99;253;238;;gcc;1;;cac;**;;gaa 1;1;120;18;53;12;1;16;-13;1;8;129;89;145;;atc;9;;tgc;85;;cgt 1;2;130;16;56;13;1;24;-14;0;15;157;158;240;;gca;3;;gtc;**;;agg 1;0;140;16;47;14;0;23;-15;1;0;62;222;5s tRNA;;;6;;ttc;5;;atgf ;1;150;16;57;15;0;15;-16;0;0;551;271;5* 64;;gcc;4;;tac;7;;atgj 2;2;160;12;43;16;0;13;-17;0;12;181;432;4* 64;;atc;17;;caa;**;;gaa ;1;170;10;46;17;1;16;-18;0;0;205;402;tRNA tRNA;;intra;4;;aaa;4;;gac 2;1;180;16;36;18;1;18;-19;0;3;542;175;2* 6;;atc;5;;gaa;3;;ttc 1;1;190;10;32;19;3;11;-20;0;8;431;217;**;;gca;5;;gta;**;;ggc ;0;200;7;31;20;2;16;-21;0;0;68;314;;;;7;;gac;18;;tgc ;3;210;14;24;21;2;16;-22;0;2;243;117;;;;43;;agc;**;;tta 1;0;220;8;32;22;0;6;-23;0;5;99;325;;;;30;;ccc;9;;gtc 1;0;230;15;20;23;0;9;-24;0;0;116;;;;;3;;ctg;**;;cgg 1;0;240;16;27;24;0;12;-25;0;4;352;;;;;4;;ggc;4;;gtc ;1;250;15;30;25;0;4;-26;0;2;268;;;;;4;;cgt;**;;atgj 1;1;260;10;23;26;0;12;-27;0;0;81;;;;;**;;acc;7;;ctc ;4;270;7;17;27;0;19;-28;0;2;126;;;;;4;;aaa;18;;acc 1;0;280;7;21;28;1;13;-29;0;1;69;;;;;8;;acc;14;;tgg ;0;290;7;20;29;0;8;-30;0;0;148;;;;;**;;ctc;19;;ggg ;0;300;6;16;30;1;10;-31;0;1;109;;;;;6;;aac;7;;ggc ;0;310;5;13;31;1;11;-32;1;3;CDS 16s;;;;;**;;atgf;8;;ttg 1;0;320;7;10;32;1;8;-33;0;0;652;;;;;1;;ggc;-;293;gtg 1;1;330;12;12;33;0;14;-34;1;1;20;;;;;32;;ctg;**;;ccg ;0;340;1;11;34;0;6;-35;0;1;559;;;;;42;;ccc;2;;gaa ;0;350;6;6;35;1;6;-36;0;0;705;;;;;4;;cgt;6;;ttc ;1;360;3;10;36;1;11;-37;0;2;488;;;;;120;;ggc;4;;tac ;0;370;12;13;37;0;7;-38;0;2;542;;;;;42;;atgj;18;;caa ;0;380;3;11;38;1;4;-39;0;0;459;;;;;16;;agc;4;;aaa ;0;390;6;7;39;0;4;-40;1;0;558;;;;;6;;atgf;9;;ggc ;0;400;2;6;40;1;6;-41;0;0;506;;;;;7;;aac;**;;cac 4;4;reste;58;108;reste;431;1314;-42;0;0;774;;;;;4;;gaa;;; 23;31;total;460;1867;total;460;1867;-43;0;0;5s 23s;;;;;18;;aaa;;; 19;27;diagr;402;1742;diagr;29;536;-44;0;0;230;;;;;4;;caa;;; 0;0; t30;23;459;;;;-45;0;0;16s 5s;;;;;91;;tac;;; ;;;;;;;;-46;0;0;4* 337;;;;;7;;gtc;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;3* 261;;;;;**;;tgc;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;2* 262;;;;;;;;;; ;x;460;11;0;471;;;-49;0;0;336;;;;;;;;;; ;c;1850;332;17;2199;;;-50;0;15;23s CDS;;;;;;;;;; ;;;;;2670;223;;reste;2;0;463;109;;;;;;;;; ;;;;;;2893;;total;11;332;322;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;223;;;;;;;;;; </pre> =====hmo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_autres_intercalaires_aas|hmo autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;hmo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;83932;85227;106;*; ;comp;regulatory;85334;85456;283;*; fin;;CDS;85740;86651;;; deb;;CDS;104469;105695;186;*; ;comp;tRNA;105882;105956;1;*;ggc ;comp;tRNA;105958;106044;321;*;ctg deb;comp;CDS;106366;106902;268;*; ;comp;tRNA;107171;107246;202;*;aca fin;comp;CDS;107449;108138;;; deb;comp;CDS;119439;119855;458;*; ;comp;regulatory;120314;120402;165;*; fin;comp;CDS;120568;129390;;; deb;comp;CDS;219956;220483;260;*; ;comp;tRNA;220744;220820;5;*;gac ;comp;tRNA;220826;220901;10;*;gta ;comp;tRNA;220912;220987;4;*;gaa ;comp;tRNA;220992;221067;18;*;aaa ;comp;tRNA;221086;221160;103;*;caa ;comp;rRNA;221264;224178;241;*;2915 ;comp;tRNA;224420;224495;64;*;gcc ;comp;rRNA;224560;224676;337;*;117 ;comp;rRNA;225014;226535;652;*;1522 fin;comp;CDS;227188;228162;;; deb;;CDS;268169;269791;139;*; ;;repeat_region;269931;271232;197;*; fin;comp;CDS;271430;272362;;; deb;comp;CDS;326955;328250;268;*; ;comp;tRNA;328519;328601;65;*;cta ;comp;tRNA;328667;328743;60;*;aga ;comp;tRNA;328804;328880;176;*;cca fin;comp;CDS;329057;329254;;; deb;;CDS;377234;378433;102;*; ;;ncRNA;378536;378894;134;*; fin;;CDS;379029;380159;;; deb;;CDS;384528;384812;140;*; ;;misc_b;384953;385256;391;*; fin;;CDS;385648;387258;;0; deb;comp;CDS;387821;388105;135;*; ;;tRNA;388241;388317;7;*;ccc ;;tRNA;388325;388410;1012;*;tac fin;;CDS;389423;390235;;0; deb;comp;CDS;562422;562793;296;*; ;;regulatory;563090;563272;296;*; fin;;CDS;563569;564243;;; deb;comp;CDS;574512;575822;83;*; ;comp;regulatory;575906;576021;352;*; fin;;CDS;576374;577480;;0; deb;comp;CDS;600853;602214;294;*; ;;repeat_region;602509;603596;212;*; fin;comp;CDS;603809;605377;;; deb;;CDS;644127;645932;398;*; ;comp;tmRNA;646331;646683;325;*; fin;;CDS;647009;648202;;0; deb;comp;CDS;977236;978480;463;*; ;comp;rRNA;978944;981856;241;*;2913 ;comp;tRNA;982098;982173;64;*;gcc ;comp;rRNA;982238;982354;337;*;117 ;comp;rRNA;982692;984213;20;*;1522 deb;comp;CDS;984234;984509;159;*; ;comp;tRNA;984669;984744;5;*;tgg ;comp;tRNA;984750;984824;207;*;cgg fin;comp;CDS;985032;987656;;; deb;comp;CDS;1013915;1014700;165;*; ;comp;tRNA;1014866;1014942;75;*;gac ;comp;tRNA;1015018;1015093;265;*;gaa fin;comp;CDS;1015359;1016642;;0; deb;;CDS;1056587;1058014;121;*; ;comp;tRNA;1058136;1058233;173;*;tga fin;;CDS;1058407;1058733;;; deb;;CDS;1121685;1122878;589;*; ;;rRNA;1123468;1124989;337;*;1522 ;;rRNA;1125327;1125443;64;*;117 ;;tRNA;1125508;1125583;237;*;gcc ;;rRNA;1125821;1128734;322;*;2914 fin;;CDS;1129057;1129959;;; deb;;CDS;1145930;1146832;103;*; ;;misc_b;1146936;1147145;99;*; fin;;CDS;1147245;1148408;;; deb;;CDS;1154724;1155224;99;*; ;;tRNA;1155324;1155413;56;*;tca fin;comp;CDS;1155470;1156627;;; deb;;CDS;1169978;1171828;129;*; ;;tRNA;1171958;1172034;85;*;cgt ;;tRNA;1172120;1172196;157;*;agg deb;;CDS;1172354;1172812;62;*; ;;tRNA;1172875;1172966;551;*;tcg fin;;CDS;1173518;1174330;;; deb;comp;CDS;1180986;1182974;444;*; ;;tRNA;1183419;1183512;39;*;tcc ;;ncRNA;1183552;1183817;122;*; fin;;CDS;1183940;1185760;;0; deb;;CDS;1195726;1195998;181;*; ;;tRNA;1196180;1196255;205;*;gcg fin;;CDS;1196461;1197051;;; deb;comp;CDS;1202248;1202961;83;*; ;comp;regulatory;1203045;1203106;414;*; fin;;CDS;1203521;1205617;;; deb;comp;CDS;1283946;1285349;159;*; ;;tRNA;1285509;1285584;5;*;atgf ;;tRNA;1285590;1285667;7;*;atgj ;;tRNA;1285675;1285750;542;*;gaa fin;;CDS;1286293;1287630;;0; deb;;CDS;1351078;1352549;705;*; ;;rRNA;1353255;1354777;261;*;1523 ;;rRNA;1355039;1355155;64;*;117 ;;tRNA;1355220;1355296;198;*;atc ;;rRNA;1355495;1358408;112;*;2914 ;;tRNA;1358521;1358595;431;*;aac fin;;CDS;1359027;1360454;;0; deb;;CDS;1387701;1388411;58;*; ;;misc_f;1388470;1388647;25;*; fin;;CDS;1388673;1389203;;; deb;;CDS;1498482;1498898;535;*; ;comp;tRNA;1499434;1499509;238;*;acg fin;;CDS;1499748;1500836;;0; deb;comp;CDS;1553617;1554957;296;*; ;;regulatory;1555254;1555354;211;*; fin;;CDS;1555566;1556966;;0; deb;;CDS;1733682;1734398;211;*; ;;regulatory;1734610;1734715;150;*; fin;;CDS;1734866;1736005;;; deb;;CDS;1763019;1763858;68;*; ;;tRNA;1763927;1764003;4;*;gac ;;tRNA;1764008;1764083;3;*;ttc ;;tRNA;1764087;1764161;92;*;ggc deb;comp;CDS;1764254;1764493;72;*; ;;tRNA;1764566;1764641;18;*;tgc ;;tRNA;1764660;1764746;253;*;tta fin;comp;CDS;1765000;1765479;;0; deb;;CDS;1817623;1818318;488;*; ;;rRNA;1818807;1820328;261;*;1522 ;;rRNA;1820590;1820706;64;*;117 ;;tRNA;1820771;1820847;6;*;atc ;;tRNA;1820854;1820929;233;*;gca ;;rRNA;1821163;1824076;112;*;2914 ;;tRNA;1824189;1824263;6;*;aac ;;tRNA;1824270;1824345;243;*;atgf fin;;CDS;1824589;1825014;;; deb;;CDS;1854540;1855880;78;*; ;;regulatory;1855959;1856148;170;*; ;;regulatory;1856319;1856511;32;*; fin;;CDS;1856544;1857368;;; deb;;CDS;1882378;1883172;126;*; ;;regulatory;1883299;1883521;158;*; fin;;CDS;1883680;1884993;;; deb;;CDS;1993213;1994328;99;*; ;;tRNA;1994428;1994502;116;*;atgi fin;;CDS;1994619;1995368;;; deb;comp;CDS;2030610;2030810;83;*; ;comp;regulatory;2030894;2030999;259;*; fin;comp;CDS;2031259;2032233;;0; deb;;CDS;2073488;2074249;237;*; ;;regulatory;2074487;2074659;123;*; fin;;CDS;2074783;2076180;;; deb;;CDS;2145684;2146346;57;*; ;;regulatory;2146404;2146520;136;*; fin;;CDS;2146657;2147781;;; deb;;CDS;2279650;2279997;542;*; ;;rRNA;2280540;2282061;262;*;1522 ;;rRNA;2282324;2282440;64;*;117 ;;tRNA;2282505;2282580;238;*;gcc ;;rRNA;2282819;2285735;119;*;2917 ;;tRNA;2285855;2285948;6;*;tcc ;;tRNA;2285955;2286031;10;*;ccg ;;tRNA;2286042;2286115;14;*;gga ;;tRNA;2286130;2286205;1;*;cac ;;tRNA;2286207;2286281;9;*;tgc ;;tRNA;2286291;2286367;3;*;gtc ;;tRNA;2286371;2286446;6;*;ttc ;;tRNA;2286453;2286537;4;*;tac ;;tRNA;2286542;2286616;17;*;caa ;;tRNA;2286634;2286709;4;*;aaa ;;tRNA;2286714;2286789;5;*;gaa ;;tRNA;2286795;2286870;5;*;gta ;;tRNA;2286876;2286952;7;*;gac ;;tRNA;2286960;2287050;43;*;agc ;;tRNA;2287094;2287170;30;*;ccc ;;tRNA;2287201;2287287;3;*;ctg ;;tRNA;2287291;2287365;4;*;ggc ;;tRNA;2287370;2287446;4;*;cgt ;;tRNA;2287451;2287526;352;*;acc fin;;CDS;2287879;2288343;;; deb;;CDS;2303367;2303639;73;*; ;;regulatory;2303713;2303896;104;*; fin;;CDS;2304001;2304804;;; deb;comp;CDS;2321528;2322544;268;*; ;comp;tRNA;2322813;2322889;9;*;gtc ;comp;tRNA;2322899;2322973;81;*;cgg fin;comp;CDS;2323055;2323441;;0; deb;;CDS;2326619;2327947;459;*; ;;rRNA;2328407;2329934;336;*;1528 ;;rRNA;2330271;2330387;230;*;117 ;;rRNA;2330618;2333532;98;*;2915 ;;tRNA;2333631;2333706;4;*;aaa ;;tRNA;2333711;2333786;8;*;acc ;;tRNA;2333795;2333877;89;*;ctc fin;comp;CDS;2333967;2334704;;; deb;;CDS;2342094;2342804;158;*; ;comp;tRNA;2342963;2343030;222;*;ttc deb;;CDS;2343253;2343936;558;*; ;;rRNA;2344495;2346016;261;*;1522 ;;rRNA;2346278;2346394;64;*;117 ;;tRNA;2346459;2346535;145;*;atc ;;rRNA;2346681;2349594;100;*;2914 ;;tRNA;2349695;2349769;6;*;aac ;;tRNA;2349776;2349851;126;*;atgf fin;;CDS;2349978;2350976;;; deb;;CDS;2375597;2375872;14;*; ;;regulatory;2375887;2376057;106;*; fin;;CDS;2376164;2377375;;; deb;;CDS;2464578;2465114;271;*; ;comp;tRNA;2465386;2465461;432;*;aca fin;;CDS;2465894;2466226;;0; deb;;CDS;2471030;2471977;69;*; ;;tRNA;2472047;2472133;148;*;ctg fin;;CDS;2472282;2472431;;; deb;;CDS;2478637;2479455;61;*; ;;misc_b;2479517;2479758;48;*; fin;;CDS;2479807;2480301;;; deb;comp;CDS;2488189;2488956;8;*; ;comp;regulatory;2488965;2489129;204;*; fin;;CDS;2489334;2491055;;; deb;;CDS;2495461;2496048;402;*; ;comp;tRNA;2496451;2496527;4;*;gtc ;comp;tRNA;2496532;2496609;175;*;atgj deb;;CDS;2496785;2497120;217;*; ;comp;tRNA;2497338;2497420;7;*;ctc ;comp;tRNA;2497428;2497503;18;*;acc ;comp;tRNA;2497522;2497596;14;*;tgg ;comp;tRNA;2497611;2497684;19;*;ggg ;comp;tRNA;2497704;2497778;7;*;ggc ;comp;tRNA;2497786;2497873;8;*;ttg ;comp;tRNA;2497882;2497958;293;*;gtg ;;tRNA;2498252;2498328;314;*;ccg fin;comp;CDS;2498643;2499167;;0; deb;;CDS;2525576;2528362;87;*; ;;ncRNA;2528450;2528627;152;*; fin;;CDS;2528780;2529436;;; deb;;CDS;2554799;2554984;109;*; ;;tRNA;2555094;2555169;2;*;gaa ;;tRNA;2555172;2555247;6;*;ttc ;;tRNA;2555254;2555338;4;*;tac ;;tRNA;2555343;2555417;18;*;caa ;;tRNA;2555436;2555511;4;*;aaa ;;tRNA;2555516;2555590;9;*;ggc ;;tRNA;2555600;2555675;117;*;cac fin;comp;CDS;2555793;2557220;;; deb;comp;CDS;2792990;2793442;223;*; ;comp;rRNA;2793666;2796579;240;*;2914 ;comp;tRNA;2796820;2796895;6;*;gca ;comp;tRNA;2796902;2796978;64;*;atc ;comp;rRNA;2797043;2797159;337;*;117 ;comp;rRNA;2797497;2799018;506;*;1522 ;comp;tRNA;2799525;2799599;1;*;ggc ;comp;tRNA;2799601;2799687;32;*;ctg ;comp;tRNA;2799720;2799796;42;*;ccc ;comp;tRNA;2799839;2799915;4;*;cgt ;comp;tRNA;2799920;2799994;120;*;ggc ;comp;tRNA;2800115;2800192;42;*;atgj ;comp;tRNA;2800235;2800325;16;*;agc ;comp;tRNA;2800342;2800417;6;*;atgf ;comp;tRNA;2800424;2800498;7;*;aac ;comp;tRNA;2800506;2800581;4;*;gaa ;comp;tRNA;2800586;2800661;18;*;aaa ;comp;tRNA;2800680;2800754;4;*;caa ;comp;tRNA;2800759;2800843;91;*;tac ;comp;tRNA;2800935;2801011;7;*;gtc ;comp;tRNA;2801019;2801093;325;*;tgc fin;;CDS;2801419;2801724;;; deb;;CDS;3032538;3032729;109;*; ;comp;rRNA;3032839;3035753;237;*;2915 ;comp;tRNA;3035991;3036066;64;*;gcc ;comp;rRNA;3036131;3036247;262;*;117 ;comp;rRNA;3036510;3038031;774;*;1522 fin;comp;CDS;3038806;3040017;;; </pre> ===cbei=== ====cbei opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_opérons|cbei opérons]] <pre> 29.65%GC;29.7.19 Paris;16s 16 ;;;;;;;; Clostridium beijerinckii strain NCIMB 14988;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé ;6477551..6480031;;CDS;;496;496;;;827; ;6480528..6482044;;16s;;213;;;;; ;6482258..6485171;;23s;;108;;;;; ;6485280..6485394;;5s;;14;;;;; ;15..91;;atgi;;1;;;1;; ;93..168;;gca;;85;85;;;;85 ;254..769;;CDS;;1940;;;;172; ;;;;;;;;;; ;2710..2937;;CDS;;119;119;;;76;119 ;3057..3147;;tca;+;30;;30;;; ;3178..3268;;agc;2 tca;241;;*241;;; ;3510..3600;;tca;2 agc;18;;18;;; ;3619..3709;;agc;;125;125;;;; ;3835..4350;;CDS;;9470;;;;172; ;;;;;;;;;; ;13821..14726;;CDS;;187;187;;;302; ;14914..14988;;cgt;;34;34;;;;34 comp;15023..15913;;CDS;;109014;;;;297; ;;;;;;;;;; ;124928..125338;;CDS;;275;275;;;137;275 ;125614..125702;;tta;+;20;;20;;; ;125723..125798;;atgf;4 tta;7;;7;;; ;125806..125882;;atgj;4 atgf;6;;6;;; ;125889..125977;;tta;2 atgj;22;;22;;; ;126000..126075;;atgf;;7;;7;;; ;126083..126159;;atgj;;6;;6;;; ;126166..126254;;tta;;21;;21;;; ;126276..126351;;atgf;;70;;70;;; ;126422..126510;;tta;;21;;21;;; ;126532..126607;;atgf;;664;664;;;; ;127272..129683;;CDS;;8954;;;;804; ;;;;;;;;;; ;138638..140143;;CDS;;307;307;;;502; ;140451..140525;;aac;+;234;;*234;;; ;140760..140834;;aac;3 aac;439;;*439;;; ;141274..141348;;aac;@6;299;299;;;;299 ;141648..143039;;CDS;;1587;;;;464; ;;;;;;;;;; comp;144627..145649;;CDS;;543;543;;;341; ;146193..147709;;16s;;140;;;;; ;147850..147925;;gca;;3;;;3;; ;147929..148005;;atc;;111;;;;; ;148117..151030;;23s;;70;;;;; ;151101..151217;;5s;;5;;;5;; ;151223..151298;;ttc;;4;;;;; ;151303..151377;;tgc;;167;167;;;;167 ;151545..151841;;CDS;;25608;;;;99; ;;;;;;;;;; ;177450..178097;;CDS;;76;76;;;216; ;178174..178249;;acc;;65;65;;;;65 ;178315..179508;;CDS;;134221;;;;398; ;;;;;;;;;; ;313730..316207;;CDS;;90;90;;;826;90 ;316298..316382;;cta;;4;;4;;; ;316387..316461;;ggg;;120;120;;;; comp;316582..316986;;CDS;;85487;;;;135; ;;;;;;;;;; ;402474..402953;;CDS;;125;125;;;160;125 ;403079..403154;;cca;+;17;;17;;; ;403172..403245;;gga;2x;149;;*149;;; ;403395..403471;;aga;cca gga aga;6;;6;;; ;403478..403553;;cca;;16;;16;;; ;403570..403643;;gga;;35;;35;;; ;403679..403755;;aga;;5;;5;;; ;403761..403836;;cac;;3;;3;;; ;403840..403914;;caa;2x;7;;7;;; ;403922..403997;;aaa;caa aaa cta ;18;;18;;; ;404016..404100;;cta;ggc gga ;5;;5;;; ;404106..404180;;ggc;;25;;25;;; ;404206..404279;;gga;;5;;5;;; ;404285..404360;;aag;;57;;57;;; ;404418..404492;;caa;;7;;7;;; ;404500..404575;;aaa;;18;;18;;; ;404594..404678;;cta;;5;;5;;; ;404684..404758;;ggc;;25;;25;;; ;404784..404857;;gga;;46;;46;;; ;404904..404980;;cga;;325;325;;;; <;405306..405467;;CDS;;8393;;;;54; ;;;;;;;;;; ;413861..415921;;CDS;;385;385;;;687; ;416307..417823;;16s;@5;132;;;;; ;417956..418032;;atc;;84;;;;; ;418117..421031;;23s;;71;;;;; ;421103..421177;;aac;;345;345;;;;345 ;421523..422449;;CDS;;63814;;;;309; ;;;;;;;;;; ;486264..486668;;CDS;;159;159;;;135;159 ;486828..486912;;tac;+;9;;9;;; ;486922..486997;;gta;3 tac;27;;27;;; ;487025..487099;;aca;2 gta;12;;12;;; ;487112..487196;;tac;2 aca;9;;9;;; ;487206..487281;;gta;;30;;30;;; ;487312..487386;;aca;;12;;12;;; ;487399..487483;;tac;;451;451;;;; ;487935..489110;;CDS;;50956;;;;392; ;;;;;;;;;; ;540067..540969;;CDS;;187;187;;;301;187 ;541157..541231;;tgg;;208;208;;;; ;541440..541820;;CDS;;97;;;;127; ;;;;;;;;;; comp;541918..542985;;CDS;;252;252;;;356;252 ;543238..543312;;tgg;;354;354;;;; ;543667..544683;;CDS;;347735;;;;339; ;;;;;;;;;; ;892419..893339;;CDS;;560;560;;;307; ;893900..895416;;16s;;137;;;;; ;895554..895629;;gca;;118;;;;; ;895748..898661;;23s;;204;;;;; ;898866..898982;;5s;;552;552;;;;*552 ;899535..900446;;CDS;;351;;;;304; ;;;;;;;;;; ;900798..902048;;CDS;;704;704;;;417; ;902753..904269;;16s;;339;;;;; ;904609..907522;;23s;;273;;;;; ;907796..907912;;5s;;69;69;;;;69 comp;907982..908449;;CDS;;43545;;;;156; ;;;;;;;;;; ;951995..952630;;CDS;;97;97;;;212;97 ;952728..952813;;ctc;;396;396;;;; ;953210..954919;;CDS;;784414;;;;570; ;;;;;;;;;; ;1739334..1739933;;CDS;;380;380;;;200;380 ;1740314..1740389;;cac;;3;;3;;; ;1740393..1740467;;cag;;5;;5;;; ;1740473..1740548;;aaa;;443;443;;;; comp;1740992..1742350;;CDS;;151829;;;;453; ;;;;;;;;;; ;1894180..1895406;;CDS;;34;34;;;409;34 comp;1895441..1895527;;ttg;;574;574;;;; ;1896102..1896794;;CDS;;200701;;;;231; ;;;;;;;;;; ;2097496..2097915;;CDS;;722;722;;;140; ;2098638..2100154;;16s;;502;;;;; ;2100657..2103569;;23s;;205;;;;; ;2103775..2103891;;5s;;315;315;;;;315 ;2104207..2104905;;CDS;;234313;;;;233; ;;;;;;;;;; ;2339219..2340322;;CDS;;662;662;;;368; ;2340985..2342501;;16s;;338;;;;; ;2342840..2345755;;23s;;140;;;;; ;2345896..2345970;;aac;;3;;;;; ;2345974..2346090;;5s;;429;429;;;;429 ;2346520..2348088;;CDS;;3574;;;;523; ;;;;;;;;;; ;2351663..2352139;;CDS;;568;568;;;159; ;2352708..2354224;;16s;;338;;;;; ;2354563..2357477;;23s;;140;;;;; ;2357618..2357692;;aac;;3;;;;; ;2357696..2357812;;5s;;90;90;;;;90 ;2357903..2358316;;CDS;;406783;;;;138; ;;;;;;;;;; ;2765100..2765525;;CDS;;625;625;;;142; ;2766151..2767667;;16s;;503;;;;; ;2768171..2771082;;23s;;202;;;;; ;2771285..2771401;;5s;;5;;;;; ;2771407..2771482;;ttc;;6;;;6;; ;2771489..2771565;;gac;;25;;;25;; ;2771591..2771665;;gaa;;448;448;;;;448 ;2772114..2774864;;CDS;;781818;;;;917; ;;;;;;;;;; ;3556683..3557051;;CDS;;565;565;;;123;*565 ;3557617..3557691;;gag;;925;925;;;; comp;3558617..3559759;;CDS;;192275;;;;381; ;;;;;;;;;; comp;3752035..3752652;;CDS;;245;245;;;206;245 comp;3752898..3752985;;agt;@1;711;711;;;; comp;3753697..3755112;;CDS;;501326;;;;472; ;;;;;;;;;; comp;4256439..4258403;;CDS;;267;267;;;655;267 comp;4258671..4258746;;aaa;;79;;79;;; comp;4258826..4258901;;cac;;7;;7;;; comp;4258909..4258985;;aga;;35;;35;;; comp;4259021..4259094;;gga;;752;752;;;; ;4259847..4260392;;CDS;;619853;;;;182; ;;;;;;;;;; comp;4880246..4880488;;CDS;;508;508;;;81;*508 comp;4880997..4881113;;5s;;274;;;;; comp;4881388..4884300;;23s;;578;;;;; comp;4884879..4886395;;16s;;703;703;;;; comp;4887099..4888034;;CDS;;1272704;;;;312; ;;;;;;;;;; comp;6160739..6161977;;CDS;;343;343;;;413; ;6162321..6162396;;cca;;242;242;;;;242 ;6162639..6163283;;CDS;;2040;;;;215; ;;;;;;;;;; ;6165324..6165734;;CDS;;222;222;;;137; comp;6165957..6166032;;ttc;;5;;;;; comp;6166038..6166154;;5s;@2;188;188;;;;188 ;6166343..6167074;;CDS;;8085;;;;244; ;;;;;;;;;; comp;6175160..6175597;;CDS;;249;249;;;146;249 comp;6175847..6175922;;gca;;1;;;1;; comp;6175924..6176000;;atgi;;44;;;;; comp;6176045..6176161;;5s;;138;;;;; comp;6176300..6179216;;23s;;339;;;;; comp;6179556..6181072;;16s;;567;567;;;; comp;6181640..6182446;;CDS;;223;;;;269; ;;;;;;;;;; ;6182670..6183419;;CDS;;190;190;;;250;190 comp;6183610..6183685;;aaa;+;5;;;;; comp;6183691..6183807;;5s;2 aaa;159;159;;;;159 comp;6183967..6184914;;CDS;@3;294;294;;;316;294 comp;6185209..6185284;;aaa;;7;;;;; comp;6185292..6185408;;5s;;138;;;;; comp;6185547..6188463;;23s;;339;;;;; comp;6188803..6190319;;16s;;771;771;;;; comp;6191091..6192203;;CDS;;7306;;;;371; ;;;;;;;;;; comp;6199510..6202059;;CDS;;661;661;;;850; comp;6202721..6202837;;5s;@4;139;;;;; comp;6202977..6205893;;23s;;339;;;;; comp;6206233..6207749;;16s;;1102;;;;; comp;6208852..6208968;;5s;;138;;;;; comp;6209107..6212023;;23s;;339;;;;; comp;6212363..6213879;;16s;;502;502;;;;*502 comp;6214382..6215329;;CDS;;90019;;;;316; ;;;;;;;;;; comp;6305349..6306314;;CDS;;123;123;;;322;123 comp;6306438..6306527;;tcc;;281;281;;;; comp;6306809..6307984;;CDS;;66527;;;;392; ;;;;;;;;;; ;6374512..6375684;;CDS;;125;125;;;391;125 comp;6375810..6375884;;agg;;303;303;;;; comp;6376188..6378578;;CDS;;13398;;;;797; ;;;;;;;;;; comp;6391977..6392753;;CDS;;114;114;;;259;114 comp;6392868..6392984;;5s;;134;;;;; comp;6393119..6396033;;23s;;214;;;;; comp;6396248..6397764;;16s;;1120;;;;; comp;6398885..6399001;;5s;;139;;;;; comp;6399141..6402055;;23s;;214;;;;; comp;6402270..6403786;;16s;;748;748;;;; comp;6404535..6405107;;CDS;;31702;;;;191; ;;;;;;;;;; ;6436810..6437790;;CDS;;192;192;;;327; comp;6437983..6438059;;gac;+;6;;6;;; comp;6438066..6438141;;gta;3x;14;;14;;; comp;6438156..6438230;;gaa;gac gta ;29;;29;;; comp;6438260..6438334;;aca;gaa aca – 1;10;;10;;; comp;6438345..6438421;;gac;;6;;6;;; comp;6438428..6438503;;gta;;16;;16;;; comp;6438520..6438594;;gaa;;29;;29;;; comp;6438624..6438698;;aca;;10;;10;;; comp;6438709..6438785;;gac;;6;;6;;; comp;6438792..6438867;;gta;;14;;14;;; comp;6438882..6438956;;gaa;;162;162;;;;162 comp;6439119..6439685;;CDS;;37865;;;;189; </pre> ====cbei cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_cumuls|cbei cumuls]] <pre> cbei cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;17;1;0;2;1;0;1;0;100;4 ;16 23 5s 0;7;20;34;3;50;2;50;2;200;19 ;16 atc gca;1;40;12;1;100;7;100;6;300;11 ;16 23 5s a;4;60;2;0;150;7;150;5;400;20 ;max a;4;80;2;0;200;9;200;7;500;6 ;a doubles;1;100;0;0;250;5;250;3;600;3 ;autres;6;120;0;0;300;6;300;5;700;2 ;total aas;19;140;0;0;350;6;350;2;800;1 sans ;opérons;20;160;1;0;400;4;400;1;900;4 ;1 aa;11;180;0;0;450;3;450;2;1000;1 ;max a;19;200;0;0;500;2;500;0;1100;0 ;a doubles;5;;3;0;;21;;4;;0 ;total aas;74;;54;6;;72;;37;;71 total aas;;93;;;;;;;;; remarques;;6;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;18;7;;350;;195;;328 ;;;variance;17;9;;225;;111;;206 </pre> ====cbei blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_blocs|cbei blocs]] <pre> cbei blocs;;;; 16s;213;503;339; 23s;108;202;138; 5s;14;5;44; atgi;atgi;ttc;atgi; ;;;; 16s;339;502;578; 23s;273;205;274; 5s;;;; ;;;; aaa;5;;; 5s;159;5s;139;134 cds;294;23s;339;214 aaa;7;16s;1102;1120 5s;138;5s;138;139 23s;339;23s;339;214 16s;;16s;; ;;;; 16s;338;338;16s;140 23s;140;140;gca;3 aac;3;3;atc;111 5s;aac;aac;23s;70 ;;;5s;5 ;;;ttc; ;;;; 16s;137;;16s;132 gca;118;;atc;84 23s;204;;23s;71 5s;;;aac; ;;;; ttc;5;;; 5s;;;; </pre> ====cbei distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_distribution|cbei distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4 aac 3 -5 et 3 >1;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt; aaa 2 +5 et 4 >1;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gca 2+16s, 2+5s;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;3;tgc; les +5s sont;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;3;agc;2 des 1-3aas;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt; ;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;2 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;2;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;3 ;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;1 ;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;3;gga;5 ;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; ;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;1;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 ;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;cbei;;11;;;;;11;;cbei;63;;;;;;63 </pre> ====cbei données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_données_intercalaires|cbei données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cbei;fx;fc;cbei;fx40;fc40;cbei;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;19;0;0;19;-1;;71;85;34;5s 16s;;;tRNA tRNA;;intra;tRNA tRNA;suite; ;0;10;6;249;1;3;55;-2;;0;119;120;1107;;;3;;gca atc;17;;cca ;1;20;12;375;2;1;39;-3;;0;125;252;1125;;;tRNA tRNA;;contig;149;;gga ;0;30;7;204;3;0;23;-4;2;83;187;443;5s CDS;;;1;;atgi;6;;aga 2;0;40;10;126;4;0;36;-5;1;0;275;34;552;69;;**;;gca;16;;cca ;0;50;10;119;5;0;17;-6;;0;664;574;315;188;;4;;ttc;35;;gga ;0;60;24;126;6;1;16;-7;;8;307;505;429;114;;**;;tgc;5;;aga ;1;70;30;98;7;0;8;-8;1;72;299;752;90;;;6;;ttc;3;;cac ;1;80;25;95;8;0;15;-9;;0;681;343;508;;;25;;gac;7;;caa ;2;90;19;100;9;0;23;-10;;5;76;222;159;;;**;;gaa;18;;aaa ;1;100;33;101;10;1;17;-11;;38;65;190;661;;;1;;gca;5;;cta ;0;110;34;103;11;3;48;-12;;0;90;125;23s 5s;;;**;;atgi;25;;ggc 1;1;120;29;89;12;2;51;-13;;4;125;192;70;;;tRNA tRNA;;;5;;gga 1;2;130;34;79;13;0;41;-14;;21;325;;204;;;30;;tca;57;;aag ;1;140;38;85;14;0;47;-15;;0;345;;273;;;241;;agc;7;;caa ;0;150;31;103;15;1;43;-16;;3;159;;205;;;18;;tca;18;;aaa ;1;160;47;86;16;2;29;-17;;21;451;;202;;;**;;agc;5;;cta ;1;170;32;86;17;0;25;-18;;0;187;;274;;;20;;tta;25;;ggc ;0;180;30;78;18;0;38;-19;;2;208;;138;;;7;;atgf;46;;gga 1;2;190;33;68;19;2;23;-20;;11;354;;138;;;6;;atgj;**;;cga 1;0;200;24;79;20;2;30;-21;1;0;97;;139;;;22;;tta;9;;tac ;1;210;38;63;21;2;32;-22;;1;396;;138;;;7;;atgf;27;;gta ;0;220;23;76;22;0;25;-23;;9;380;;134;;;6;;atgj;12;;aca 1;0;230;28;60;23;0;18;-24;;0;448;;139;;;21;;tta;9;;tac ;0;240;25;61;24;0;21;-25;1;1;565;;108;;;70;;atgf;30;;gta ;3;250;35;47;25;0;23;-26;1;10;248;;16s tRNA;;;21;;tta;12;;aca 1;0;260;23;60;26;1;22;-27;;0;13;;140;;gca;**;;atgf;**;;tac ;1;270;17;62;27;0;18;-28;;4;267;;132;;atc;234;;aac;3;;cac ;1;280;21;62;28;1;11;-29;;5;242;;137;;gca;439;;aac;5;;cag ;1;290;18;48;29;2;16;-30;;0;249;;tRNA 23s;;;**;;aac;**;;aaa ;2;300;26;53;30;1;18;-31;;0;294;;111;;atc;3;;gca;79;;aaa ;2;310;21;38;31;0;18;-32;;0;135;;84;;atc;**;;atc;7;;cac ;0;320;24;38;32;1;13;-33;;0;281;;71;;aac;4;;cta;35;;aga ;1;330;23;46;33;1;11;-34;;0;303;;118;;gca;**;;ggg;**;;gga ;0;340;17;36;34;2;12;-35;;4;162;;140;;aac;;;;6;;gac 1;1;350;18;40;35;0;13;-36;;0;CDS 16s;;140;;aac;;;;14;;gta ;1;360;15;28;36;1;9;-37;;1;548;;5s tRNA;;;;;;29;;gaa ;0;370;15;35;37;0;8;-38;1;4;390;;5;;ttc;;;;10;;aca ;1;380;18;35;38;2;11;-39;;0;565;;3;;aac;;;;6;;gac ;0;390;20;37;39;2;15;-40;;1;709;;3;;aac;;;;16;;gta ;1;400;13;25;40;1;16;-41;;1;727;;5;;ttc;;;;29;;gaa 4;5;reste;262;597;reste;1177;3037;-42;;0;667;;5;;ttc;;;;10;;aca 13;35;total;1208;4015;total;1212;4010;-43;;1;573;;44;;atgi;;;;6;;gac 9;30;diagr;946;3399;diagr;35;954;-44;;2;282;;5;;aaa;;;;14;;gta 0;1; t30;25;828;;;;-45;;0;703;;7;;aaa;;;;**;;gaa ;;;;;;;;-46;1;0;572;;14;;atgi;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;776;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;507;;;;;;;;;; ;x;1212;10;0;1222;;;-49;;1;753;;;;;;;;;; ;c;3991;390;19;4400;;;-50;;1;501;;;;;;;;;; ;;;;;5622;192;;reste;1;4;;;;;;;;;;; ;;;;;;5814;;total;10;390;;;;;;;;;;; </pre> =====cbei autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires_aas|cbei autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbei;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas ;tRNA;15;1;;atgi ;tRNA;93;85;;gca fin;CDS;254;;; deb;CDS;2710;119;; ;tRNA;3057;30;;tca ;tRNA;3178;241;;agc ;tRNA;3510;18;;tca ;tRNA;3619;125;;agc fin;CDS;3835;;; deb;CDS;13821;187;; ;tRNA;14914;34;;cgt fin;CDS;15023;;comp; deb;CDS;124928;275;; ;tRNA;125614;20;;tta ;tRNA;125723;7;;atgf ;tRNA;125806;6;;atgj ;tRNA;125889;22;;tta ;tRNA;126000;7;;atgf ;tRNA;126083;6;;atgj ;tRNA;126166;21;;tta ;tRNA;126276;70;;atgf ;tRNA;126422;21;;tta ;tRNA;126532;664;;atgf fin;CDS;127272;;; deb;CDS;138638;307;; ;tRNA;140451;234;;aac ;tRNA;140760;439;;aac ;tRNA;141274;299;;aac fin;CDS;141648;;; deb;CDS;144627;548;; 16s;rRNA;146198;140;; ;tRNA;147850;3;;gca ;tRNA;147929;111;;atc 23s;rRNA;148117;70;; 5s;rRNA;151101;5;; ;tRNA;151223;4;;ttc ;tRNA;151303;681;;tgc fin;CDS;152059;;; deb;CDS;177450;76;; ;tRNA;178174;65;;acc fin;CDS;178315;;; deb;CDS;313730;90;; ;tRNA;316298;4;;cta ;tRNA;316387;120;;ggg fin;CDS;316582;;comp; deb;CDS;402474;125;; ;tRNA;403079;17;;cca ;tRNA;403172;149;;gga ;tRNA;403395;6;;aga ;tRNA;403478;16;;cca ;tRNA;403570;35;;gga ;tRNA;403679;5;;aga ;tRNA;403761;3;;cac ;tRNA;403840;7;;caa ;tRNA;403922;18;;aaa ;tRNA;404016;5;;cta ;tRNA;404106;25;;ggc ;tRNA;404206;5;;gga ;tRNA;404285;57;;aag ;tRNA;404418;7;;caa ;tRNA;404500;18;;aaa ;tRNA;404594;5;;cta ;tRNA;404684;25;;ggc ;tRNA;404784;46;;gga ;tRNA;404904;325;;cga fin;CDS;405306;;; deb;CDS;413861;390;; 16s;rRNA;416312;132;; ;tRNA;417956;84;;atc 23s;rRNA;418117;71;; ;tRNA;421103;345;;aac fin;CDS;421523;;; deb;CDS;486264;159;; ;tRNA;486828;9;;tac ;tRNA;486922;27;;gta ;tRNA;487025;12;;aca ;tRNA;487112;9;;tac ;tRNA;487206;30;;gta ;tRNA;487312;12;;aca ;tRNA;487399;451;;tac fin;CDS;487935;;; deb;CDS;540067;187;; ;tRNA;541157;208;;tgg fin;CDS;541440;;; deb;CDS;541918;252;comp; ;tRNA;543238;354;; fin;CDS;543667;;; deb;CDS;772270;262;; ;tmRNA;774356;871;; fin;CDS;775585;;; deb;CDS;892419;565;; 16s;rRNA;893905;137;; ;tRNA;895554;118;;gca 23s;rRNA;895748;204;; 5s;rRNA;898866;552;; fin;CDS;899535;;; deb;CDS;900798;709;; 16s;rRNA;902758;339;; 23s;rRNA;904609;273;; 5s;rRNA;907796;69;; fin;CDS;907982;;comp; deb;CDS;951995;97;; ;tRNA;952728;396;;ctc fin;CDS;953210;;; deb;CDS;1017389;70;; ;ncRNA;1017765;758;; fin;CDS;1018872;;; deb;CDS;1646835;56;; ;ncRNA;1647290;182;; fin;CDS;1647666;;comp; deb;CDS;1739334;380;; ;tRNA;1740314;3;;cac ;tRNA;1740393;5;;cag ;tRNA;1740473;443;;aaa fin;CDS;1740992;;comp; deb;CDS;1846157;-183;; ;gene;1847876;588;; fin;CDS;1848647;;; deb;CDS;1894180;34;; ;tRNA;1895441;574;comp;ttg fin;CDS;1896102;;; deb;CDS;2097496;727;; 16s;rRNA;2098643;502;; 23s;rRNA;2100657;205;; 5s;rRNA;2103775;315;; fin;CDS;2104207;;; deb;CDS;2296804;104;; ;ncRNA;2297577;380;comp; fin;CDS;2298150;;; deb;CDS;2305297;275;; ;ncRNA;2306778;230;comp; fin;CDS;2307274;;; deb;CDS;2339219;667;; 16s;rRNA;2340990;338;; 23s;rRNA;2342840;140;; ;tRNA;2345896;3;;aac 5s;rRNA;2345974;429;; fin;CDS;2346520;;; deb;CDS;2351663;573;; 16s;rRNA;2352713;338;; 23s;rRNA;2354563;140;; ;tRNA;2357618;3;;aac 5s;rRNA;2357696;90;; fin;CDS;2357903;;; deb;CDS;2765706;282;; 16s;rRNA;2766156;503;; 23s;rRNA;2768171;202;; 5s;rRNA;2771285;5;; ;tRNA;2771407;6;;ttc ;tRNA;2771489;25;;gac ;tRNA;2771591;448;;gaa fin;CDS;2772114;;; deb;CDS;3556683;565;; ;tRNA;3557617;505;;gag fin;CDS;3558197;;comp; deb;CDS;3752035;248;comp; ;tRNA;3752901;13;comp;agt fin;CDS;3752999;;comp; deb;CDS;4256439;267;comp; ;tRNA;4258671;79;comp;aaa ;tRNA;4258826;7;comp;cac ;tRNA;4258909;35;comp;aga ;tRNA;4259021;752;comp;gga fin;CDS;4259847;;; deb;CDS;4880246;508;comp; 5s;rRNA;4880997;274;comp; 23s;rRNA;4881388;578;comp; 16s;rRNA;4884879;703;comp; fin;CDS;4887099;;comp; deb;CDS;6160739;343;comp; ;tRNA;6162321;242;;cca fin;CDS;6162639;;; deb;CDS;6165324;222;; ;tRNA;6165957;5;comp;ttc 5s;rRNA;6166038;188;comp; fin;CDS;6166343;;; deb;CDS;6175160;249;comp; ;tRNA;6175847;1;comp;gca ;tRNA;6175924;44;comp;atgi 5s;rRNA;6176045;138;comp; 23s;rRNA;6176300;339;comp; 16s;rRNA;6179556;572;comp; fin;CDS;6181640;;comp; deb;CDS;6182670;190;; ;tRNA;6183610;5;comp;aaa 5s;rRNA;6183691;159;comp; deb;CDS;6183967;294;comp; ;tRNA;6185209;7;comp;aaa 5s;rRNA;6185292;138;comp; 23s;rRNA;6185547;339;comp; 16s;rRNA;6188803;776;comp; fin;CDS;6191091;;comp; deb;CDS;6199510;661;comp; 5s;rRNA;6202721;139;comp; 23s;rRNA;6202977;339;comp; 16s;rRNA;6206233;1107;comp; 5s;rRNA;6208852;138;comp; 23s;rRNA;6209107;339;comp; 16s;rRNA;6212363;507;comp; fin;CDS;6214382;;comp; deb;CDS;6256716;154;; ;ncRNA;6257755;316;comp; fin;CDS;6258338;;comp; deb;CDS;6305349;135;comp; ;tRNA;6306438;281;comp;tcc fin;CDS;6306809;;comp; deb;CDS;6374512;125;; ;tRNA;6375810;303;comp;agg fin;CDS;6376188;;comp; deb;CDS;6391977;114;comp; 5s;rRNA;6392868;134;comp; 23s;rRNA;6393119;214;comp; 16s;rRNA;6396248;1125;comp; 5s;rRNA;6398885;139;comp; 23s;rRNA;6399141;214;comp; 16s;rRNA;6402270;753;comp; fin;CDS;6404535;;comp; deb;CDS;6436810;192;; ;tRNA;6437983;6;comp;gac ;tRNA;6438066;14;comp;gta ;tRNA;6438156;29;comp;gaa ;tRNA;6438260;10;comp;aca ;tRNA;6438345;6;comp;gac ;tRNA;6438428;16;comp;gta ;tRNA;6438520;29;comp;gaa ;tRNA;6438624;10;comp;aca ;tRNA;6438709;6;comp;gac ;tRNA;6438792;14;comp;gta ;tRNA;6438882;162;comp;gaa fin;CDS;6439119;;comp; deb;CDS;6477551;501;; 16s;rRNA;6480533;213;; 23s;rRNA;6482258;108;; 5s;rRNA;6485280;14;; </pre> ====cbei intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_entre_cds|cbei intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> cbei;2.2.21 Paris;;cbei 31.7.20;;;;;;;;; cbei;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;400;7.1;'''négatif ;-11;12;-1 à -64;'''6 485 394;-1;400;610;14 ;'''zéro;19;0.3;;;;;'''intercals;0;19;620;19 ;'''1 à 200;2957;52.6;'''0 à 200;83;61;;'''1 159 420;5;174;630;8 ;'''201 à 370;1240;22.1;'''201 à 370;275;48;;'''17.9%;10;81;640;14 ;'''371 à 600;713;12.7;'''371 à 600;464;66;;;15;236;650;10 ;'''601 à max;293;5.2;'''601 à 1028;808;203;;;20;151;660;8 ;'''total 5623;<201;60.0;'''total 5620;205;211;-64 à 1555;;25;121;670;13 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;90;680;7 1860894;2121;-1;400;-70;1;;0;19;35;71;690;9 1898453;1881;0;19;-60;4;;-1;°71;40;65;700;14 4639922;1555;1;°58;-50;1;;-2;0;45;61;710;7 6361933;1545;2;°40;-40;8;;-3;0;50;68;720;8 5176736;1499;3;23;-30;10;'''min à -1;-4;°85;55;81;730;6 2532196;1482;4;36;-20;44;400;-5;1;60;69;740;12 3181990;1469;5;17;-10;94;7.1%;-6;0;65;68;750;5 4033167;1431;6;17;0;257;;-7;8;70;60;760;6 4590435;1429;7;8;10;255;;-8;°73;75;70;770;7 3571512;1391;8;15;20;387;;-9;0;80;50;780;4 4428508;1372;9;23;30;211;;-10;5;85;61;790;8 5504697;1348;10;18;40;136;;-11;°38;90;58;800;4 1486045;1326;11;°51;50;129;;-12;0;95;76;810;2 2570075;1302;12;°53;60;150;;-13;4;100;58;820;6 4602139;1289;13;41;70;128;'''1 à 100;-14;°21;105;68;830;5 3981561;1239;14;°47;80;120;1769;-15;0;110;69;840;5 4621836;1226;15;°44;90;119;31.5%;-16;3;115;53;850;3 4088892;1221;16;31;100;134;;-17;°21;120;65;860;2 4296061;1207;17;25;110;137;;-18;0;125;48;870;2 6061011;1205;18;°38;120;118;;-19;2;130;65;880;5 2648455;1201;19;25;130;113;;-20;°11;135;65;890;2 4064421;1178;20;32;140;123;;-21;1;140;58;900;4 4839562;1176;21;°34;150;134;;-22;1;145;67;910;4 3909835;1173;22;25;160;133;;-23;°9;150;67;920;4 2456047;1153;23;18;170;118;'''1 à 200;-24;0;155;65;930;1 3569689;1127;24;21;180;108;2957;-25;2;160;68;940;2 3023607;1112;25;°23;190;101;52.6%;-26;°11;165;64;950;0 4726206;1107;26;°23;200;103;;-27;0;170;54;960;3 1550735;1102;27;18;210;101;;-28;4;175;53;970;3 4395515;1078;28;12;220;99;;-29;°5;180;55;980;1 1099864;1072;29;18;230;88;;-30;0;185;44;990;2 3075992;1065;30;°19;240;86;;-31;0;190;57;1000;4 3857530;1064;31;°18;250;82;'''0 à 200;-32;0;195;51;1010;3 776201;1058;32;14;260;83;2976;;395;200;52;1020;4 2291086;1058;33;12;270;79;;reste;24;205;53;1030;2 5939293;1054;34;°14;280;83;;total;419;210;48;1040;3 2680682;1051;35;°13;290;66;;;;215;38;1050;0 3035780;1051;36;10;300;79;;;;220;61;1060;5 4035399;1040;37;8;310;59;;'''intercal;'''<u>frequencef;225;45;1070;2 6351672;1032;38;13;320;62;;600;5330;230;43;1080;2 2453621;1031;39;°17;330;69;;650;65;235;40;1090;0 5871985;1027;40;°17;340;53;'''201 à 370;700;51;240;46;1100;0 5197163;1021;reste;4215;350;58;1240;750;38;245;39;1110;2 ;;total;5623;360;43;22.1%;800;29;250;43;1120;1 ;;;;370;50;;850;21;255;46;1130;1 ;;;;380;53;;900;15;260;37;1140;0 ;;;;390;57;;950;11;265;38;1150;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;38;;1000;13;270;41;1160;1 4624137;-110;shift 2;673;410;48;;1050;12;275;48;1170;0 1868484;-64;shift 2;608;420;44;;1100;9;280;35;1180;3 3204859;-64;shift 2;665;430;32;;1150;4;285;37;1190;0 2485518;-62;shift 2;184;440;36;;1200;4;290;29;1200;0 3963063;-60;;;450;42;;1250;6;295;41;reste;21 2029018;-50;;;460;39;;1300;1;300;38;total;293 5912545;-49;;;470;28;;1350;3;305;30;; 5354783;-47;;;480;27;;1400;2;310;29;; 1515675;-46;;;490;24;;1450;2;315;28;; 4067020;-44;;;500;28;;1500;3;320;34;; 5920392;-44;;;510;23;;1550;1;325;33;; 1552479;-43;;;520;19;;1600;1;330;36;; 330305;-41;;;530;23;;;291;335;26;; 4488902;-40;;;540;27;'''371 à 600;;;340;27;; 2489800;-38;;;550;18;714;;;345;33;; 2856876;-38;;;560;27;12.7%;;;350;25;; 4401424;-38;;;570;21;;;;355;26;; 4678887;-38;;;580;20;'''601 à max;;;360;17;; 5785183;-38;;;590;20;293;;;365;28;; 3964014;-37;;;600;20;5.2%;;;370;22;; 1257344;-35;;;reste;293;;reste;2;reste;1007;; 4675094;-35;;;total;5623;;total;5623;total;5623;; </pre> ====cbei intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cbei Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;20.2.22; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; pmq;min10;1613;4170;5783;455;-834;-652;182;-867;-826;-61;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; 32;217;0.15;1926;5302;3;5;22;142;68;1155;-203;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; cbei;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;32;-258;570;-3.2;723;269;max160;&-46;339;-824;83;780;246;min50 31 à 400;12.7;-134;357;3.5;790;352;*;&-1.4;16;-123;40;937;391;1 partie droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;5;26;-;4;poly;708;tF;&123;50;-;566;poly;214;SF 31 à 400;36;30;-;345;poly;445;tF *;&75;37;-;929;dte;8;Sf * diagramme en effectifs de 1 à 600;;;;;;;;;;;;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélation et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;;;;; 41-n;0.402;-0.509;-0.375;;;;;0.272;;;;;;;;complément à 800;; 1-n;-0.290;-0.649;-0.648;;;;;;;;;20.2.22;;;;effectifs;; cbei;fx;fc;;cbei;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbei;Sx-;Sc-;;cbei;fx;fc 0;0;19;;0;0;6;0;0;19;>0;1212;-1;;71;;410;17;31 10;6;249;;10;6;73;1;3;55;<0;10;-2;;0;;420;12;32 20;12;375;;20;13;110;2;1;39;zéro;0;-3;;0;;430;6;26 30;7;204;;30;7;60;3;0;23;total;1222;-4;2;83;;440;11;25 40;10;126;;40;11;37;4;0;36;;c;-5;1;0;;450;19;23 50;10;119;;50;11;35;5;0;17;>0;3991;-6;;0;;460;13;26 60;24;126;;60;25;37;6;1;16;<0;390;-7;;8;;470;11;17 70;30;98;;70;32;29;7;0;8;zéro;19;-8;1;72;;480;6;21 80;25;95;;80;26;28;8;0;15;total;4400;-9;;0;;490;9;15 90;19;100;;90;20;29;9;0;23;;;-10;;5;;500;10;18 100;33;101;;100;35;30;10;1;17;total;5622;-11;;38;;510;6;16 110;34;103;;110;36;30;11;3;48;;;-12;;0;;520;2;17 120;29;89;;120;31;26;12;2;51;;;-13;;4;;530;5;18 130;34;79;;130;36;23;13;0;41;;5203;-14;;21;;540;7;20 140;38;85;;140;40;25;14;0;47;;;-15;;0;;550;5;13 150;32;102;;150;34;30;15;1;43;;;-16;;3;;560;12;15 160;47;86;;160;49;25;16;2;29;;;-17;;21;;570;7;14 170;33;85;;170;35;25;17;0;25;;;-18;;0;;580;4;16 180;30;78;;180;32;23;18;0;38;;;-19;;2;;590;9;11 190;33;68;;190;35;20;19;2;23;;;-20;;11;;600;9;11 200;24;79;;200;25;23;20;2;30;;;-21;1;0;;610;2;12 210;38;63;;210;40;19;21;2;32;;;-22;;1;;620;4;15 220;24;75;;220;25;22;22;0;25;;;-23;;9;;630;3;5 230;28;60;;230;29;18;23;0;18;;;-24;;0;;640;4;10 240;25;61;;240;26;18;24;0;21;;;-25;1;1;;650;2;8 250;35;47;;250;37;14;25;0;23;;;-26;1;10;;660;3;5 260;23;60;;260;24;18;26;1;22;;;-27;;0;;670;3;10 270;18;61;;270;19;18;27;0;18;;;-28;;4;;680;4;3 280;21;62;;280;22;18;28;1;11;;;-29;;5;;690;1;8 290;18;48;;290;19;14;29;2;16;;;-30;;0;;700;6;8 300;26;53;;300;27;16;30;1;18;;;-31;;0;;710;3;4 310;21;38;;310;22;11;31;0;18;;;-32;;0;;720;2;6 320;24;38;;320;25;11;32;1;13;;;-33;;0;;730;3;3 330;23;46;;330;24;14;33;1;11;;;-34;;0;;740;5;7 340;17;36;;340;18;11;34;2;12;;;-35;;4;;750;2;3 350;18;40;;350;19;12;35;0;13;;;-36;;0;;760;1;5 360;15;28;;360;16;8;36;1;9;;;-37;;1;;770;1;6 370;15;35;;370;16;10;37;0;8;;;-38;1;4;;780;1;3 380;18;35;;380;19;10;38;2;11;;;-39;;0;;790;0;8 390;20;37;;390;21;11;39;2;15;;;-40;;1;;800;1;3 400;13;25;;400;14;7;40;1;16;;;-41;;1;;reste;31;79 reste;262;596;;;;;reste;1177;3037;;;-42;;0;;total;231;517 total;1212;4010;;t30;26;244;total;1212;4010;;;-43;;1;;;; diagr;950;3395;;;;;diagr;35;954;;;-44;;2;;;; - t30;925;2567;;;;;;;;;;-45;;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-46;1;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-47;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;-48;;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-49;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;-50;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;reste;1;4;;;; ;;;;;;;;;;;;total;10;390;;;; </pre> ====cbei intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_négatifs_S-|cbei intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;3;1;;;1;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;;;;;1;11 continu;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;total ;Sx-;0;0;0;3;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;11 ;Sc-;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389 </pre> ====cbei autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires|cbei autres intercalaires]] <pre> cbei;autres intercalaires;;adresses1;;;cbei;autres intercalaires;;adresses2;;;cbei;autres intercalaires;;adresses3;; ;&tRNA;15;1;;;deb;°CDS;540067;187;;;deb;°CDS;4256439;267;comp; ;&tRNA;93;85;;;;&tRNA;541157;208;;;;&tRNA;4258671;79;comp; fin;°CDS;254;;;;fin;°CDS;541440;;;;;&tRNA;4258826;7;comp; deb;°CDS;2710;119;;;deb;°CDS;541918;252;comp;;;&tRNA;4258909;35;comp; ;&tRNA;3057;30;;;;&tRNA;543238;354;;;;&tRNA;4259021;752;comp; ;&tRNA;3178;241;;;fin;°CDS;543667;;;;fin;°CDS;4259847;;; ;&tRNA;3510;18;;;deb;°CDS;772270;262;;;deb;°CDS;4880246;508;comp; ;&tRNA;3619;125;;;;tmRNA;774356;871;;;;$rRNA;4880997;274;comp; fin;°CDS;3835;;;;fin;°CDS;775585;;;;;$rRNA;4881388;578;comp; deb;°CDS;13821;187;;;deb;°CDS;892419;565;;;;$rRNA;4884879;703;comp; ;&tRNA;14914;34;;;;$rRNA;893905;137;;;fin;°CDS;4887099;;comp; fin;°CDS;15023;;comp;;;&tRNA;895554;118;;;deb;°CDS;6160739;343;comp; deb;°CDS;124928;275;;;;$rRNA;895748;204;;;;&tRNA;6162321;242;; ;&tRNA;125614;20;;;;$rRNA;898866;552;;;fin;°CDS;6162639;;; ;&tRNA;125723;7;;;fin;°CDS;899535;;;;deb;°CDS;6165324;222;; ;&tRNA;125806;6;;;deb;°CDS;900798;709;;;;&tRNA;6165957;5;comp; ;&tRNA;125889;22;;;;$rRNA;902758;339;;;;$rRNA;6166038;188;comp; ;&tRNA;126000;7;;;;$rRNA;904609;273;;;fin;°CDS;6166343;;; ;&tRNA;126083;6;;;;$rRNA;907796;69;;;deb;°CDS;6175160;249;comp; ;&tRNA;126166;21;;;fin;°CDS;907982;;comp;;;&tRNA;6175847;1;comp; ;&tRNA;126276;70;;;deb;°CDS;951995;97;;;;&tRNA;6175924;44;comp; ;&tRNA;126422;21;;;;&tRNA;952728;396;;;;$rRNA;6176045;138;comp; ;&tRNA;126532;664;;;fin;°CDS;953210;;;;;$rRNA;6176300;339;comp; fin;°CDS;127272;;;;deb;°CDS;1017389;70;;;;$rRNA;6179556;572;comp; deb;°CDS;138638;307;;;;ncRNA;1017765;758;;;fin;°CDS;6181640;;comp; ;&tRNA;140451;234;;;fin;°CDS;1018872;;;;deb;°CDS;6182670;190;; ;&tRNA;140760;439;;;deb;°CDS;1646835;56;;;;&tRNA;6183610;5;comp; ;&tRNA;141274;299;;;;ncRNA;1647290;182;;;;$rRNA;6183691;159;comp; fin;°CDS;141648;;;;fin;°CDS;1647666;;comp;;deb;°CDS;6183967;294;comp; deb;°CDS;144627;548;;;deb;°CDS;1739334;380;;;;&tRNA;6185209;7;comp; ;$rRNA;146198;140;;;;&tRNA;1740314;3;;;;$rRNA;6185292;138;comp; ;&tRNA;147850;3;;;;&tRNA;1740393;5;;;;$rRNA;6185547;339;comp; ;&tRNA;147929;111;;;;&tRNA;1740473;443;;;;$rRNA;6188803;776;comp; ;$rRNA;148117;70;;;fin;°CDS;1740992;;comp;;fin;°CDS;6191091;;comp; ;$rRNA;151101;5;;;deb;°CDS;1846157;-183;;;deb;°CDS;6199510;661;comp; ;&tRNA;151223;4;;;;gene;1847876;588;;;;$rRNA;6202721;139;comp; ;&tRNA;151303;681;;;fin;°CDS;1848647;;;;;$rRNA;6202977;339;comp; fin;°CDS;152059;;;;deb;°CDS;1894180;34;;;;$rRNA;6206233;1107;comp; deb;°CDS;177450;76;;;;&tRNA;1895441;574;comp;;;$rRNA;6208852;138;comp; ;&tRNA;178174;65;;;fin;°CDS;1896102;;;;;$rRNA;6209107;339;comp; fin;°CDS;178315;;;;deb;°CDS;2097496;727;;;;$rRNA;6212363;507;comp; deb;°CDS;313730;90;;;;$rRNA;2098643;502;;;fin;°CDS;6214382;;comp; ;&tRNA;316298;4;;;;$rRNA;2100657;205;;;deb;°CDS;6256716;154;; ;&tRNA;316387;120;;;;$rRNA;2103775;315;;;;ncRNA;6257755;316;comp; fin;°CDS;316582;;comp;;fin;°CDS;2104207;;;;fin;°CDS;6258338;;comp; deb;°CDS;402474;125;;;deb;°CDS;2296804;104;;;deb;°CDS;6305349;135;comp; ;&tRNA;403079;17;;;;ncRNA;2297577;380;comp;;;&tRNA;6306438;281;comp; ;&tRNA;403172;149;;;fin;°CDS;2298150;;;;fin;°CDS;6306809;;comp; ;&tRNA;403395;6;;;deb;°CDS;2305297;275;;;deb;°CDS;6374512;125;; ;&tRNA;403478;16;;;;ncRNA;2306778;230;comp;;;&tRNA;6375810;303;comp; ;&tRNA;403570;35;;;fin;°CDS;2307274;;;;fin;°CDS;6376188;;comp; ;&tRNA;403679;5;;;deb;°CDS;2339219;667;;;deb;°CDS;6391977;114;comp; ;&tRNA;403761;3;;;;$rRNA;2340990;338;;;;$rRNA;6392868;134;comp; ;&tRNA;403840;7;;;;$rRNA;2342840;140;;;;$rRNA;6393119;214;comp; ;&tRNA;403922;18;;;;&tRNA;2345896;3;;;;$rRNA;6396248;1125;comp; ;&tRNA;404016;5;;;;$rRNA;2345974;429;;;;$rRNA;6398885;139;comp; ;&tRNA;404106;25;;;fin;°CDS;2346520;;;;;$rRNA;6399141;214;comp; ;&tRNA;404206;5;;;deb;°CDS;2351663;573;;;;$rRNA;6402270;753;comp; ;&tRNA;404285;57;;;;$rRNA;2352713;338;;;fin;°CDS;6404535;;comp; ;&tRNA;404418;7;;;;$rRNA;2354563;140;;;deb;°CDS;6436810;192;; ;&tRNA;404500;18;;;;&tRNA;2357618;3;;;;&tRNA;6437983;6;comp; ;&tRNA;404594;5;;;;$rRNA;2357696;90;;;;&tRNA;6438066;14;comp; ;&tRNA;404684;25;;;fin;°CDS;2357903;;;;;&tRNA;6438156;29;comp; ;&tRNA;404784;46;;;deb;°CDS;2765706;282;;;;&tRNA;6438260;10;comp; ;&tRNA;404904;325;;;;$rRNA;2766156;503;;;;&tRNA;6438345;6;comp; fin;°CDS;405306;;;;;$rRNA;2768171;202;;;;&tRNA;6438428;16;comp; deb;°CDS;413861;390;;;;$rRNA;2771285;5;;;;&tRNA;6438520;29;comp; ;$rRNA;416312;132;;;;&tRNA;2771407;6;;;;&tRNA;6438624;10;comp; ;&tRNA;417956;84;;;;&tRNA;2771489;25;;;;&tRNA;6438709;6;comp; ;$rRNA;418117;71;;;;&tRNA;2771591;448;;;;&tRNA;6438792;14;comp; ;&tRNA;421103;345;;;fin;°CDS;2772114;;;;;&tRNA;6438882;162;comp; fin;°CDS;421523;;;;deb;°CDS;3556683;565;;;fin;°CDS;6439119;;comp; deb;°CDS;486264;159;;;;&tRNA;3557617;505;;;deb;°CDS;6477551;501;;erreur à corriger ;&tRNA;486828;9;;;fin;°CDS;3558197;;comp;;;$rRNA;6480533;213;; ;&tRNA;486922;27;;;deb;°CDS;3752035;248;comp;;;$rRNA;6482258;108;; ;&tRNA;487025;12;;;;&tRNA;3752901;13;comp;;;$rRNA;6485280;14;; ;&tRNA;487112;9;;;fin;°CDS;3752999;;comp;;;;;;; ;&tRNA;487206;30;;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;487312;12;;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;487399;451;;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;487935;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cbei intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_tRNA-cds|cbei intercalaires tRNA-cds]] <pre> cbei;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;85;;76;13;; ;119;;125;;90;65;deb; ;187;comp’;34;;97;85;<201;9 ;275;;664;;119;125;total;17 ;307;;299;;125;162;taux;53% ;;;681;;135;208;; ;76;;65;;159;242;fin; ;90;comp’;120;;187;281;<201;5 ;125;;325;;187;299;total;18 ;;;345;;248;303;taux;28% ;159;;451;;249;325;; ;187;;208;;267;345;total; comp’;252;;354;;275;354;<201;14 ;97;;396;;294;396;total;35 ;380;comp’;443;;307;448;taux;40% comp’;34;comp’;574;;380;451;; ;;;448;;565;664;; ;565;comp’;505;;-;681;comp’;cumuls ;248;;13;;34;120;deb;4 ;267;comp’;752;;125;443;;7 comp’;343;;242;;190;505;fin;1 comp’;222;;;;192;574;;5 ;249;;;;222;752;total; comp’;190;;;;252;-;<201;5 ;294;;;;343;-;total;12 ;135;;281;;;;taux;42% comp’;125;;303;;;;; comp’;192;;162;;;;; ;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;; ;<201;13;6;19;;;; ;total;24;23;47;;;; ;taux;54%;26%;40%;;;; </pre> ===afn=== ====afn opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_opérons|afn opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Acid_ferm_DSM_20731/;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_013740.1;afn;;;; 56%GC;30.6.19 Paris;16s 6;60;doubles;intercalaires ;Acidaminococcus fermentans DSM 20731;;;; ;24678..26242;;16s;@1;359 ;26602..29507;;23s;;228 ;29736..29852;;5s;; ;;;;; ;36819..36894;;acg;; ;;;;; ;57713..59277;;16s;;359 ;59637..62543;;23s;;228 ;62772..62888;;5s;; ;;;;; ;169459..169534;;gcc;; ;;;;; ;249791..249867;;agg;; ;;;;; comp;274627..274703;;cgt;; ;;;;; ;311123..311198;;aca;;22 ;311221..311305;;tac;;5 ;311311..311386;;atg;;3 ;311390..311465;;acc;;6 ;311472..311548;;atgf;; ;;;;; ;380482..382046;;16s;;251 ;382298..385204;;23s;;229 ;385434..385550;;5s;; ;;;;; ;461553..461627;;aac;;3 ;461631..461705;;gaa;;8 ;461714..461789;;gta;;50 ;461840..461916;;cca;;11 ;461928..462001;;gga;;8 ;462010..462086;;aga;; ;;;;; ;526984..527070;;ctg;+;30 ;527101..527186;;ctc;2 ctg;52 ;527239..527325;;ctg;; ;;;;; ;578049..578123;;ggc;; ;;;;; ;636984..638548;;16s;@2;94 ;638643..638719;;atc;;66 ;638786..638861;;gca;;273 ;639135..642040;;23s;;139 ;642180..642296;;5s;; ;;;;; ;712229..712304;;cac;;18 ;712323..712398;;caa;;3 ;712402..712477;;aaa;;16 ;712494..712577;;cta;; ;;;;; comp;724421..724497;;gtc;; ;;;;; ;774880..774956;;gac;;4 ;774961..775036;;ttc;;8 ;775045..775119;;ggc;;9 ;775129..775202;;tgc;;13 ;775216..775304;;tta;; ;;;;; ;796654..796728;;cgg;; ;;;;; ;842393..842469;;gac;;2 ;842472..842547;;ttc;;8 ;842556..842630;;ggc;;9 ;842640..842713;;tgc;; ;;;;; ;889670..889746;;ccc;; ;;;;; ;906136..906210;;aac;; ;;;;; ;1022783..1022859;;gac;;2 ;1022862..1022936;;ggc;;1 ;1022938..1023011;;tgg;; ;;;;; ;1555201..1555277;;ccg;; ;;;;; comp;1567911..1567999;;tca;; ;;;;; comp;1613773..1613863;;agc;; ;;;;; ;1702659..1702744;;ttg;; ;;;;; comp;1711770..1711886;;5s;;228 comp;1712115..1715021;;23s;;359 comp;1715381..1716945;;16s;; ;;;;; comp;1823852..1823927;;gta;;6 comp;1823934..1824008;;gaa;;8 comp;1824017..1824092;;aag;; ;;;;; ;1909446..1909536;;tcc;; ;;;;; comp;1911342..1911429;;tcg;; ;;;;; comp;1974984..1975058;;atgi;; ;;;;; comp;1984782..1984856;;gag;;12 comp;1984869..1984942;;cag;+;111 comp;1985054..1985127;;cag;2 cag; ;;;;; comp;2072279..2072395;;5s;;228 comp;2072624..2075529;;23s;;298 comp;2075828..2075903;;gca;;66 comp;2075970..2076046;;atc;;94 comp;2076141..2077705;;16s;; ;;;;; ;2148343..2148418;;gcg;; ;;;;; comp;2287117..2287192;;aaa;; ;;;;; comp;2303018..2303094;;gtg;; ;;;;; comp;2323563..2323636;;ggg;; </pre> ====afn cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_cumuls|afn cumuls]] <pre> afn cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;6;1;1;- ;16 23 5s 0;4;20;21; ;16 atc gca;2;40;2; ;16 23 5s a;0;60;2; ;max a;2;80;0; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;1; ;total aas;4;140;0; sans ;opérons;29;160;0; ;1 aa;20;180;0; ;max a;6;200;0; ;a doubles;2;;0; ;total aas;56;;27;0 total aas;;60;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;16; ;;;variance;23; sans jaune;;;moyenne;12; ;;;variance;13; </pre> ====afn blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_blocs|afn blocs]] <pre> afn blocs;;;;;; 16s;359;1565;359;1565;251;1565 23s;228;2906;228;2907;229;2907 5s;;117;;117;;117 ;;;;;; 16s;94;1565;;5s;228;117 atc;66;;;23s;298;2906 gca;273;;;gca;66; 23s;139;2906;;atc;94; 5s;;117;;16s;;1565 ;;;;;; 5s;228;117;;;; 23s;359;2907;;;; 16s;;1565;;;; </pre> ====afn remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_remarques|afn remarques]] <pre> afn;;;;;;;60 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;2;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====negativicutes distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes_distribution|negativicutes distribution]] <pre> 22.1.21 Paris;;tRNAs total des negatives;;;;;;;;;;;;;; genomes;;total;;;total;ttt;tgt;;1-3aas;;;;total;;ttt;tgt 9;;582;;;571;;;;;;;;58;;; atgi;8;tct;;tat;;atgf;15;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;17;tcc;10;tac;16;tgc;13;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;17;acc;11;aac;26;agc;11;;atc;18;acc;;aac;6;agc;1 ctc;11;ccc;7;cac;10;cgt;16;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;8;gcc;7;gac;24;ggc;33;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;11;tca;10;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;13;aaa;20;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;9;cca;11;caa;13;cga;2;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;24;gca;21;gaa;25;gga;10;;gta;;gca;21;gaa;1;gga; ttg;11;tcg;9;tag;;tgg;13;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4 atgj;12;acg;9;aag;10;agg;9;;atgj;;acg;1;aag;;agg; ctg;10;ccg;7;cag;11;cgg;9;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;186;;263;;122;571;;;;7;;11;;1;19 9-23;;;;total;;ttt;tgt;;-rRNA;;;;total;;ttt;tgt ;;;;92;;;;;attention au -2;;;;421;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;7;tct;;tat;;atgf;12 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;2;tac;3;tgc;2;;ttc;11;tcc;8;tac;12;tgc;11 atc;1;acc;;aac;5;agc;2;;atc;-2;acc;11;aac;15;agc;8 ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;4;;ctc;9;ccc;7;cac;5;cgt;10 gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;8;gcc;7;gac;17;ggc;30 tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;7;tca;9;taa;;tga;1 ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;8;aaa;15;aga;9 cta;1;cca;2;caa;5;cga;;;cta;8;cca;9;caa;7;cga;2 gta;7;gca;;gaa;5;gga;4;;gta;17;gca;0;gaa;19;gga;6 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;9;tcg;9;tag;;tgg;7 atgj;1;acg;;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;8;aag;8;agg;9 ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;7;cag;11;cgg;9 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8 ;;24;;64;;4;92;;;;118;;188;;117;423 ;;;;;;;;;;;116;;188;;117;421 </pre> ====afn distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_distribution|afn distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total afn;;20;;;;;20;;afn;34;;;;;;34;;afn;2;;;;;;2 </pre> ====afn données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_données_intercalaires|afn données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;afn;fx;fc;afn;fx40;fc40;afn;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;9;0;2;9;-1;0;38;105;361;16s 23s;;;tRNA tRNA;;intra ;0;10;4;180;1;1;38;-2;0;0;105;51;3* 359;;;2* 66;;atc gca ;0;20;3;248;2;2;25;-3;0;0;122;188;251;;;tRNA tRNA;; ;3;30;7;105;3;0;20;-4;1;129;195;268;23s 5s;;;22;;aca ;1;40;21;48;4;0;28;-5;0;0;200;61;4* 228;;;5;;tac ;2;50;15;38;5;0;13;-6;0;1;131;80;229;;;3;;atgj 1;2;60;16;44;6;0;9;-7;0;6;74;134;139;;;6;;acc 2;0;70;5;42;7;0;5;-8;0;41;266;393;5s CDS;;;**;;atgf 1;4;80;8;41;8;0;7;-9;0;1;145;158;286;266;;3;;aac ;1;90;8;45;9;1;19;-10;0;1;54;91;296;262;;8;;gaa 1;3;100;11;34;10;0;16;-11;0;19;131;70;;512;;50;;gta ;4;110;10;32;11;1;28;-12;0;0;194;196;;193;;11;;cca ;3;120;8;42;12;0;46;-13;0;5;96;;16s tRNA;;;8;;gga ;3;130;15;43;13;1;29;-14;0;8;214;;2* 94;;atc;**;;aga 1;4;140;21;34;14;0;22;-15;0;0;111;;tRNA 23s;;;30;;ctg ;1;150;13;29;15;0;37;-16;0;3;73;;273;;gca;52;;ctc 1;2;160;14;27;16;0;24;-17;0;10;159;;298;;gca;**;;ctg ;0;170;10;28;17;0;10;-18;0;0;119;;;;;18;;cac ;0;180;2;22;18;0;25;-19;0;2;127;;;;;3;;caa 1;1;190;13;13;19;1;12;-20;0;6;71;;;;;16;;aaa 1;3;200;13;12;20;0;15;-21;0;0;156;;;;;**;;cta ;0;210;10;15;21;1;20;-22;0;0;58;;;;;4;;gac ;2;220;12;20;22;1;13;-23;0;4;102;;;;;8;;ttc ;1;230;9;25;23;0;11;-24;0;0;137;;;;;9;;ggc ;0;240;12;21;24;1;9;-25;0;0;112;;;;;13;;tgc ;0;250;6;12;25;0;9;-26;0;4;24;;;;;**;;tta ;0;260;7;9;26;0;6;-27;0;0;21;;;;;2;;gac 1;1;270;5;16;27;1;14;-28;0;0;93;;;;;8;;ttc ;0;280;6;10;28;0;10;-29;0;3;215;;;;;9;;ggc ;0;290;5;6;29;2;3;-30;0;0;76;;;;;**;;tgc ;0;300;8;9;30;1;10;-31;0;2;379;;;;;2;;gac ;0;310;4;11;31;2;5;-32;0;2;83;;;;;1;;ggc ;0;320;4;4;32;2;5;-33;0;0;182;;;;;**;;tgg ;0;330;5;8;33;2;3;-34;0;0;136;;;;;6;;gta ;0;340;1;8;34;5;5;-35;0;3;23;;;;;8;;gaa ;0;350;3;9;35;2;6;-36;0;0;222;;;;;**;;aag ;0;360;2;8;36;3;3;-37;0;1;39;;;;;12;;gag 1;0;370;4;10;37;0;8;-38;0;2;122;;;;;111;;cag ;1;380;4;4;38;3;3;-39;0;0;106;;;;;**;;cag ;0;390;3;4;39;2;6;-40;1;0;91;;;;;;; 1;1;400;1;6;40;0;4;-41;0;1;451;;;;;;; ;2;reste;16;54;reste;309;795;-42;0;0;45;;;;;;; 12;45;total;346;1385;total;346;1385;-43;0;0;486;;;;;;; 12;43;diagr;328;1322;diagr;35;581;-44;0;1;45;;;;;;; 0;3; t30;14;533;;;;-45;1;0;393;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;CDS 16s;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;319;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;346;;;;;;; ;x;344;4;2;350;;;-49;0;0;485;;;;;;; ;c;1376;303;9;1688;;;-50;0;1;300;;;;;;; ;;;;;2038;154;;reste;1;9;391;;;;;;; ;;;;;;2192;;total;4;303;265;;;;;;; </pre> =====afn autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires_aas|afn autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *contrôlé le 21.7.22 <pre> autres intercalaires;;afn;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;23699;24358;319;*; ;;rRNA;24678;26242;359;*;16s ;;rRNA;26602;29507;228;*;23s ;;rRNA;29736;29852;286;*;5s fin;;CDS;30139;30339;;0; deb;;CDS;35919;36713;105;*; ;;tRNA;36819;36894;105;*;acg fin;;CDS;37000;37914;;; deb;;CDS;56077;57366;346;*; ;;rRNA;57713;59277;359;*;16s ;;rRNA;59637;62543;228;*;23s ;;rRNA;62772;62888;266;*;5s fin;comp;CDS;63155;64390;;0; deb;;CDS;168443;169336;122;*; ;;tRNA;169459;169534;361;*;gcc fin;comp;CDS;169896;170894;;; deb;comp;CDS;181646;182656;89;*; ;comp;misc_b;182746;182986;130;*; fin;comp;CDS;183117;183803;;; deb;comp;CDS;183775;185160;510;*; ;;misc_b;185671;185909;146;*; fin;;CDS;186056;187753;;; deb;;CDS;249164;249595;195;*; ;;tRNA;249791;249867;51;*;agg fin;comp;CDS;249919;250062;;; deb;;CDS;253385;254824;90;*; ;;misc_b;254915;255170;84;*; fin;;CDS;255255;256238;;; deb;comp;CDS;273899;274426;200;*; ;comp;tRNA;274627;274703;188;*;cgt fin;;CDS;274892;276166;;; deb;;CDS;310188;310991;131;*; ;;tRNA;311123;311198;22;*;aca ;;tRNA;311221;311305;5;*;tac ;;tRNA;311311;311386;3;*;atgj ;;tRNA;311390;311465;6;*;acc ;;tRNA;311472;311548;74;*;atgf fin;;CDS;311623;312816;;; deb;;CDS;359181;360227;58;*; ;;regulatory;360286;360394;52;*; fin;;CDS;360447;361625;;; deb;;CDS;378908;379996;485;*; ;;rRNA;380482;382046;251;*;16s ;;rRNA;382298;385204;229;*;23s ;;rRNA;385434;385550;262;*;5s fin;comp;CDS;385813;386838;;; deb;;CDS;414288;416231;246;*; ;;regulatory;416478;416590;98;*; fin;;CDS;416689;417768;;; deb;;CDS;460654;461286;266;*; ;;tRNA;461553;461627;3;*;aac ;;tRNA;461631;461705;8;*;gaa ;;tRNA;461714;461789;50;*;gta ;;tRNA;461840;461916;11;*;cca ;;tRNA;461928;462001;8;*;gga ;;tRNA;462010;462086;145;*;aga fin;;CDS;462232;463230;;; deb;;CDS;466993;468717;232;*; ;;misc_b;468950;469148;36;*; fin;;CDS;469185;471839;;; deb;;CDS;526396;526929;54;*; ;;tRNA;526984;527070;30;*;ctg ;;tRNA;527101;527186;52;*;ctc ;;tRNA;527239;527325;268;*;ctg fin;comp;CDS;527594;528586;;0; deb;comp;CDS;570200;571507;65;*; ;comp;regulatory;571573;571669;209;*; fin;;CDS;571879;575394;;; deb;;CDS;577378;577917;131;*; ;;tRNA;578049;578123;194;*;ggc fin;;CDS;578318;579067;;; deb;;CDS;635289;636683;300;*; ;;rRNA;636984;638548;94;*;16s ;;tRNA;638643;638719;66;*;atc ;;tRNA;638786;638861;273;*;gca ;;rRNA;639135;642040;139;*;23s ;;rRNA;642180;642296;296;*;5s fin;;CDS;642593;643381;;0; deb;;CDS;677296;678177;181;*; ;;misc_f;678359;678410;368;*; fin;;CDS;678779;679798;;; deb;;CDS;711704;712132;96;*; ;;tRNA;712229;712304;18;*;cac ;;tRNA;712323;712398;3;*;caa ;;tRNA;712402;712477;16;*;aaa ;;tRNA;712494;712577;61;*;cta fin;comp;CDS;712639;712809;;0; deb;;CDS;723480;724340;80;*; ;comp;tRNA;724421;724497;134;*;gtc fin;;CDS;724632;725645;;; deb;;CDS;774399;774665;214;*; ;;tRNA;774880;774956;4;*;gac ;;tRNA;774961;775036;8;*;ttc ;;tRNA;775045;775119;9;*;ggc ;;tRNA;775129;775202;13;*;tgc ;;tRNA;775216;775304;111;*;tta fin;;CDS;775416;776684;;; deb;;CDS;796146;796580;73;*; ;;tRNA;796654;796728;159;*;cgg fin;;CDS;796888;797310;;; deb;;CDS;841590;842273;119;*; ;;tRNA;842393;842469;2;*;gac ;;tRNA;842472;842547;8;*;ttc ;;tRNA;842556;842630;9;*;ggc ;;tRNA;842640;842713;127;*;tgc fin;;CDS;842841;843362;;; deb;;CDS;881739;882029;121;*; ;;repeat_reg;882151;886170;278;*; fin;;CDS;886449;887618;;; deb;;CDS;889017;889598;71;*; ;;tRNA;889670;889746;156;*;ccc fin;;CDS;889903;891513;;; deb;;CDS;905286;906077;58;*; ;;tRNA;906136;906210;102;*;aac fin;;CDS;906313;907125;;; deb;;CDS;913707;915986;78;*; ;;regulatory;916065;916164;91;*; fin;;CDS;916256;917077;;; deb;;CDS;947642;948565;32;*; ;;ncRNA;948598;948943;38;*; fin;;CDS;948982;949302;;; deb;comp;CDS;1017827;1018843;92;*; ;;misc_b;1018936;1019130;36;*; fin;;CDS;1019167;1020189;;; deb;;CDS;1020207;1022645;137;*; ;;tRNA;1022783;1022859;2;*;gac ;;tRNA;1022862;1022936;1;*;ggc ;;tRNA;1022938;1023011;112;*;tgg fin;;CDS;1023124;1023423;;; deb;comp;CDS;1111497;1112716;73;*; ;comp;misc_b;1112790;1113035;267;*; fin;;CDS;1113303;1114085;;; deb;;CDS;1305277;1306137;298;*; ;;regulatory;1306436;1306545;70;*; fin;;CDS;1306616;1307653;;; deb;;CDS;1328649;1328930;26;*; ;;tmRNA;1328957;1329305;406;*; fin;comp;CDS;1329712;1332120;;; deb;comp;CDS;1403493;1404494;52;*; ;comp;misc_b;1404547;1404789;111;*; fin;comp;CDS;1404901;1406295;;; deb;comp;CDS;1485384;1487072;59;*; ;comp;misc_b;1487132;1487376;146;*; fin;comp;CDS;1487523;1488698;;; deb;;CDS;1536256;1537929;68;*; ;;regulatory;1537998;1538074;113;*;erreur fin;;CDS;1538188;1539855;;0; deb;;CDS;1553542;1555176;24;*; ;;tRNA;1555201;1555277;393;*;ccg fin;comp;CDS;1555671;1556342;;; deb;comp;CDS;1567689;1567889;21;*; ;comp;tRNA;1567911;1567999;93;*;tca fin;comp;CDS;1568093;1568569;;; deb;;CDS;1612826;1613614;158;*; ;comp;tRNA;1613773;1613863;215;*;agc fin;comp;CDS;1614079;1614846;;0; deb;comp;CDS;1668440;1668919;42;*; ;comp;ncRNA;1668962;1669144;51;*; fin;comp;CDS;1669196;1669855;;0; deb;;CDS;1701767;1702582;76;*; ;;tRNA;1702659;1702744;91;*;ttg fin;comp;CDS;1702836;1703666;;; deb;;CDS;1710214;1711257;512;*; ;comp;rRNA;1711770;1711886;228;*;5s ;comp;rRNA;1712115;1715021;359;*;23s ;comp;rRNA;1715381;1716945;391;*;16s fin;comp;CDS;1717337;1718857;;; deb;comp;CDS;1823002;1823472;379;*; ;comp;tRNA;1823852;1823927;6;*;gta ;comp;tRNA;1823934;1824008;8;*;gaa ;comp;tRNA;1824017;1824092;83;*;aag fin;comp;CDS;1824176;1825210;;; deb;comp;CDS;1907578;1909263;182;*; ;;tRNA;1909446;1909536;53;*;tcc ;;ncRNA;1909590;1909689;115;*; deb;comp;CDS;1909805;1911205;136;*; ;comp;tRNA;1911342;1911429;23;*;tcg fin;comp;CDS;1911453;1911932;;; deb;comp;CDS;1912058;1912981;43;*; ;comp;misc_b;1913025;1913256;130;*; fin;;CDS;1913387;1914049;;; deb;comp;CDS;1973889;1974761;222;*; ;comp;tRNA;1974984;1975058;39;*;atgi fin;comp;CDS;1975098;1976867;;; deb;comp;CDS;1983694;1984659;122;*; ;comp;tRNA;1984782;1984856;12;*;gag ;comp;tRNA;1984869;1984942;111;*;cag ;comp;tRNA;1985054;1985127;106;*;cag fin;comp;CDS;1985234;1985980;;; deb;;CDS;2070538;2072085;193;*; ;comp;rRNA;2072279;2072395;228;*;5s ;comp;rRNA;2072624;2075529;298;*;23s ;comp;tRNA;2075828;2075903;66;*;gca ;comp;tRNA;2075970;2076046;94;*;atc ;comp;rRNA;2076141;2077705;265;*;16s fin;comp;CDS;2077971;2079029;;; deb;;CDS;2147697;2148251;91;*; ;;tRNA;2148343;2148418;70;*;gcg fin;comp;CDS;2148489;2148716;;; deb;comp;CDS;2285667;2286665;451;*; ;comp;tRNA;2287117;2287192;45;*;aaa fin;comp;CDS;2287238;2288464;;; deb;comp;CDS;2301950;2302531;486;*; ;comp;tRNA;2303018;2303094;45;*;gtg fin;comp;CDS;2303140;2303844;;; deb;comp;CDS;2322585;2323169;393;*; ;comp;tRNA;2323563;2323636;196;*;ggg fin;;CDS;2323833;2328641;;0; </pre> ====afn intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_entre_cds|afn intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> afn;23.2.22 Paris;;afn 30.8.20;;;;;;; afn;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquenceffrequence5 ;'''négatif;307;15.1;'''négatif ;-10;14;-1 à -83;'''2 329 769;-1;307 ;'''zéro;11;0.5;;;;;'''intercals;0;11 ;'''1 à 200;1324;65.0;'''0 à 200;66;58;;'''220 467;5;127 ;'''201 à 370;304;14.9;'''201 à 370;267;49;;'''9.5%;10;57 ;'''371 à 600;69;3.4;'''371 à 600;449;59;;;15;164 ;'''601 à max;23;1.1;'''601 à 992;743;108;;;20;87 ;'''total 2038;<201;80.6;'''total 2034;105;133;-83 à 992;;25;65 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquenceffréquence6;cumul et %;intercal;<u>fréquenceffréquence-1;30;47 1555671;2261;-1;307;-70;5;;0;11;35;37 1949615;1154;0;11;-60;3;;-1;°38;40;32 1841522;1130;1;°39;-50;3;;-2;0;45;25 1001677;992;2;27;-40;4;;-3;0;50;28 434858;957;3;20;-30;10;'''min à -1;-4;°130;55;31 865205;922;4;°28;-20;17;307;-5;0;60;29 463581;845;5;13;-10;48;15.1%;-6;1;65;23 1969579;795;6;9;0;228;;-7;6;70;24 1287774;772;7;5;10;184;;-8;°41;75;32 843665;744;8;7;20;251;;-9;1;80;17 1081454;736;9;°20;30;112;;-10;1;85;25 34;721;10;16;40;69;;-11;°19;90;28 1347444;718;11;29;50;53;;-12;0;95;16 2155062;701;12;°46;60;60;;-13;5;100;29 1227328;693;13;30;70;48;;-14;°8;105;20 893831;683;14;22;80;49;;-15;0;110;22 1185969;679;15;°37;90;53;'''1 à 100;-16;3;115;28 1657318;677;16;24;100;45;923;-17;°10;120;22 1282010;667;17;10;110;42;45.3%;-18;0;125;29 872797;649;18;°25;120;50;;-19;2;130;29 1240102;647;19;13;130;58;;-20;°6;135;24 1246797;636;20;15;140;55;;-21;0;140;31 117980;628;21;°21;150;42;;-22;0;145;20 867763;580;22;14;160;41;;-23;°4;150;22 406827;567;23;11;170;38;'''1 à 200;-24;0;155;18 1121221;551;24;°10;180;24;1324;-25;0;160;23 2231462;551;25;9;190;26;65%;-26;4;165;21 901417;550;26;6;200;25;;-27;0;170;17 39288;548;27;°15;210;25;;-28;0;175;11 791634;544;28;10;220;32;;-29;°3;180;13 1481233;542;29;5;230;34;;-30;0;185;8 691218;519;30;°11;240;33;'''0 à 200;-31;2;190;18 1388835;517;31;7;250;18;1335;-32;2;195;16 2163709;515;32;7;260;16;;total;297;200;9 1189403;513;33;5;270;21;;reste;21;205;15 1783994;508;34;°10;280;16;;;318;210;10 1749779;507;35;8;290;11;;;;215;18 847959;503;36;6;300;17;;intercal;<u>fréquencef;220;14 1268481;502;37;8;310;15;;600;2015;225;23 ;;38;6;320;8;;620;;230;11 ;;39;8;330;13;;640;2;235;14 ;;40;4;340;9;'''201 à 370;660;2;240;19 ;;reste;1104;350;12;304;680;3;245;7 ;;total;2038;360;10;14.9%;700;2;250;11 ;;;;370;14;;720;2;255;5 2109623;-113;shift2;425;380;8;;740;2;260;11 598105;-83;comp;;390;7;;760;1;265;7 1667526;-79;shift2;915;400;7;;780;1;270;14 2031132;-74;shift2;614;410;1;;800;1;275;5 935587;-71;shift2;518;420;5;;820;;280;11 2283155;-68;shift2;1952;430;2;;840;;285;8 846262;-67;shift2;132;440;4;;860;1;290;3 1528664;-67;shift2;108;450;4;;880;;295;7 1794682;-59;shift2;1601;460;3;;900;;300;10 808710;-53;shift2;1034;470;1;;920;;305;10 1101239;-50;shift2;2423;480;5;;940;1;310;5 287845;-45;;;490;1;;960;1;315;4 532761;-44;;;500;5;;980;;320;4 50634;-41;;;510;4;;1000;1;325;8 434100;-40;;;520;4;;1020;;330;5 276227;-38;;;530;0;;1040;;335;3 629222;-38;;;540;0;'''371 à 600;1060;;340;6 1090320;-37;;;550;4;69;1080;;345;9 503812;-35;;;560;2;3.4%;1100;;350;3 1225885;-35;;;570;1;;1120;;355;3 1260789;-35;;;580;1;'''601 à max;1140;1;360;7 706234;-32;;;590;0;23;1160;1;365;8 2148489;-32;;;600;0;1.1%;;22;370;6 460032;-31;;;reste;23;;reste;1;reste;92 1743849;-31;;;total;2038;;total;2038;total;2038 </pre> ====afn intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> afn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; 46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; afn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;29;-227;419;16;486;261;max40,140;&-95;712;-1690;137;722;250;min50 31 à 400;;;;;;;2 parties;&9.5;-42;-63;38;904;147;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;75;40;-;303;poly;183;tF;&197;65;;425;poly;297;SF 31 à 400;;;;;;;;&92;36;-;859;dte;45;tm </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.607;-0.017;0.108;;;;;-0.369;;;;;; 1-n;-0.008;-0.467;-0.407;;;;;;;;;14.8.21 paris;; afn;fx;fc;;afn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;afn;Sx-;Sc- 0;2;9;;0;6;7;0;2;9;>0;344;-1;0;38 10;4;180;;10;12;136;1;1;38;<0;4;-2;0;0 20;3;248;;20;9;188;2;2;25;zéro;2;-3;0;0 30;8;104;;30;24;79;3;0;20;total;350;-4;1;129 40;21;48;;40;64;36;4;0;28;;c;-5;0;0 50;15;38;;50;46;29;5;0;13;>0;1376;-6;0;1 60;16;44;;60;49;33;6;0;9;<0;303;-7;0;6 70;5;42;;70;15;32;7;0;5;zéro;9;-8;0;41 80;8;41;;80;24;31;8;0;7;total;1688;-9;0;1 90;8;45;;90;24;34;9;1;19;;;-10;0;1 100;11;34;;100;34;26;10;0;16;total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reste;16;54;;;;;reste;308;796;;;-42;0;0 total;346;1385;;t30;46;402;total;346;1385;;;-43;0;0 diagr;328;1322;;;;;diagr;36;580;;;-44;0;1 - t30;313;790;;;;;;;;;;-45;1;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;reste;1;9 ;;;;;;;;;;;;total;4;303 </pre> ====afn intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_négatifs_S-|afn intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;1;;;;;;1;4 continu;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303 </pre> 14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;4 ;Sc-;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303 </pre> ====afn autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires|afn autres intercalaires]] <pre> afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1; deb;°CDS;23699;319;;;deb;°CDS;635289;300;;;deb;°CDS;1485384;59;comp ;$rRNA;24678;359;;;;$rRNA;636984;94;;;;misc_binding;1487132;146;comp ;$rRNA;26602;228;;;;&tRNA;638643;66;;;fin;°CDS;1487523;;comp ;$rRNA;29736;286;;;;&tRNA;638786;273;;;deb;°CDS;1536256;68; fin;°CDS;30139;;;;;$rRNA;639135;139;;;;regulatory;1537998;113; deb;°CDS;35919;105;;;;$rRNA;642180;296;;;fin;°CDS;1538188;; ;&tRNA;36819;105;;;fin;°CDS;642593;;;;deb;°CDS;1553542;24; fin;°CDS;37000;;;;deb;°CDS;677296;181;;;;&tRNA;1555201;393; deb;°CDS;56077;346;;;;misc_feature;678359;368;;;fin;°CDS;1555671;;comp ;$rRNA;57713;359;;;fin;°CDS;678779;;;;deb;°CDS;1567689;21;comp ;$rRNA;59637;228;;;deb;°CDS;711704;96;;;;&tRNA;1567911;93;comp ;$rRNA;62772;266;;;;&tRNA;712229;18;;;fin;°CDS;1568093;;comp fin;°CDS;63155;;comp;;;&tRNA;712323;3;;;deb;°CDS;1612826;158; deb;°CDS;168443;122;;;;&tRNA;712402;16;;;;&tRNA;1613773;215;comp ;&tRNA;169459;361;;;;&tRNA;712494;61;;;fin;°CDS;1614079;;comp fin;°CDS;169896;;comp;;fin;°CDS;712639;;comp;;deb;°CDS;1668440;42;comp deb;°CDS;181646;89;comp;;deb;°CDS;723480;80;;;;ncRNA;1668962;51;comp ;misc_binding;182746;130;comp;;;&tRNA;724421;134;comp;;fin;°CDS;1669196;;comp fin;°CDS;183117;;comp;;fin;°CDS;724632;;;;deb;°CDS;1701767;76; deb;°CDS;183775;510;comp;;deb;°CDS;774399;214;;;;&tRNA;1702659;91; ;misc_binding;185671;146;;;;&tRNA;774880;4;;;fin;°CDS;1702836;;comp fin;°CDS;186056;;;;;&tRNA;774961;8;;;deb;°CDS;1710214;512; deb;°CDS;249164;195;;;;&tRNA;775045;9;;;;$rRNA;1711770;228;comp ;&tRNA;249791;51;;;;&tRNA;775129;13;;;;$rRNA;1712115;359;comp fin;°CDS;249919;;comp;;;&tRNA;775216;111;;;;$rRNA;1715381;391;comp deb;°CDS;253385;90;;;fin;°CDS;775416;;;;fin;°CDS;1717337;;comp ;misc_binding;254915;84;;;deb;°CDS;796146;73;;;deb;°CDS;1823002;379;comp fin;°CDS;255255;;;;;&tRNA;796654;159;;;;&tRNA;1823852;6;comp deb;°CDS;273899;200;comp;;fin;°CDS;796888;;;;;&tRNA;1823934;8;comp ;&tRNA;274627;188;comp;;deb;°CDS;841590;119;;;;&tRNA;1824017;83;comp fin;°CDS;274892;;;;;&tRNA;842393;2;;;fin;°CDS;1824176;;comp deb;°CDS;310188;131;;;;&tRNA;842472;8;;;deb;°CDS;1907578;182;comp ;&tRNA;311123;22;;;;&tRNA;842556;9;;;;&tRNA;1909446;53;comp ;&tRNA;311221;5;;;;&tRNA;842640;127;;;;ncRNA;1909590;115; ;&tRNA;311311;3;;;fin;°CDS;842841;;;;deb;°CDS;1909805;136; ;&tRNA;311390;6;;;deb;°CDS;881739;121;;;;&tRNA;1911342;23; ;&tRNA;311472;74;;;;repeat_region;882151;278;;;fin;°CDS;1911453;; fin;°CDS;311623;;;;fin;°CDS;886449;;;;deb;°CDS;1912058;43;comp deb;°CDS;359181;58;;;deb;°CDS;889017;71;;;;misc_binding;1913025;130;comp ;regulatory;360286;52;;;;&tRNA;889670;156;;;fin;°CDS;1913387;; fin;°CDS;360447;;;;fin;°CDS;889903;;;;deb;°CDS;1973889;222;comp deb;°CDS;378908;485;;;deb;°CDS;905286;58;;;;&tRNA;1974984;39;comp ;$rRNA;380482;251;;;;&tRNA;906136;102;;;fin;°CDS;1975098;;comp ;$rRNA;382298;229;;;fin;°CDS;906313;;;;deb;°CDS;1983694;122;comp ;$rRNA;385434;262;;;deb;°CDS;913707;78;;;;&tRNA;1984782;12;comp fin;°CDS;385813;;comp;;;regulatory;916065;91;;;;&tRNA;1984869;111;comp deb;°CDS;414288;246;;;fin;°CDS;916256;;;;;&tRNA;1985054;106;comp ;regulatory;416478;98;;;deb;°CDS;947642;32;;;fin;°CDS;1985234;;comp fin;°CDS;416689;;;;;ncRNA;948598;38;;;deb;°CDS;2070538;193; deb;°CDS;460654;266;;;fin;°CDS;948982;;;;;$rRNA;2072279;228;comp ;&tRNA;461553;3;;;deb;°CDS;1017827;92;comp;;;$rRNA;2072624;298;comp ;&tRNA;461631;8;;;;misc_binding;1018936;36;;;;&tRNA;2075828;66;comp ;&tRNA;461714;50;;;fin;°CDS;1019167;;;;;&tRNA;2075970;94;comp ;&tRNA;461840;11;;;deb;°CDS;1020207;137;;;;$rRNA;2076141;265;comp ;&tRNA;461928;8;;;;&tRNA;1022783;2;;;fin;°CDS;2077971;;comp ;&tRNA;462010;145;;;;&tRNA;1022862;1;;;deb;°CDS;2147697;91; fin;°CDS;462232;;;;;&tRNA;1022938;112;;;;&tRNA;2148343;70; deb;°CDS;466993;232;;;fin;°CDS;1023124;;;;fin;°CDS;2148489;;comp ;misc_binding;468950;36;;;deb;°CDS;1111497;73;comp;;deb;°CDS;2285667;451;comp fin;°CDS;469185;;;;;misc_binding;1112790;267;comp;;;&tRNA;2287117;45;comp deb;°CDS;526396;54;;;fin;°CDS;1113303;;;;fin;°CDS;2287238;;comp ;&tRNA;526984;30;;;deb;°CDS;1305277;298;;;deb;°CDS;2301950;486;comp ;&tRNA;527101;52;;;;regulatory;1306436;70;;;;&tRNA;2303018;45;comp ;&tRNA;527239;268;;;fin;°CDS;1306616;;;;fin;°CDS;2303140;;comp fin;°CDS;527594;;comp;;deb;°CDS;1328649;26;;;deb;°CDS;2322585;393;comp deb;°CDS;570200;65;comp;;;tmRNA;1328957;406;;;;&tRNA;2323563;196;comp ;regulatory;571573;209;comp;;fin;°CDS;1329712;;comp;;fin;°CDS;2323833;; fin;°CDS;571879;;;;deb;°CDS;1403493;52;comp;;;;;; deb;°CDS;577378;131;;;;misc_binding;1404547;111;comp;;;;;; ;&tRNA;578049;194;;;fin;°CDS;1404901;;comp;;;;;; fin;°CDS;578318;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====afn intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_tRNA|afn intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;105;;105;;21;23;deb; ;;;122;comp’;361;;24;39;<201;20 ;;;195;comp’;51;;54;45;total;25 ;3 8 50 11 8;;200;comp’;188;;58;70;%;80% ;;;131;;145;;71;83;; ;30 52;;54;comp’;268;;73;93;fin; ;;;131;;194;;76;102;<201;17 ;18 3 16;;96;comp’;61;;91;105;total;18 ;;comp’;80;comp’;134;;96;106;%;94% ;4 8 9 13;;214;;111;;105;111;; ;;;73;;159;;119;112;total; ;2 8 9;;119;;127;;122;127;<201;37 ;;;71;;156;;122;145;total;43 ;;;58;;102;;131;156;%;86% ;2 1;;137;;112;;131;159;; ;;;24;comp’;393;;136;194;; ;;;21;;93;;137;196;; ;;comp’;158;;215;;182;215;; ;;;76;comp’;91;;195;;; ;6 8;;379;;83;;200;;; ;;;182;;;;214;;; ;;;136;;23;;222;;; ;;;222;;39;;379;;; ;12 111;;122;;106;;393;;; ;;;91;comp’;70;;451;;comp’;cumuls ;;;451;;45;;80;51;deb;2 ;;;393;comp’;196;;158;61;<201;100% ;;;;;;;;91;fin; ;;;;;;;;134;<201;5 ;deb;fin;total;;;;;188;total;8 <201;22;22;44;;;;;268;%;63% total;27;26;53;;;;;361;total;10 taux;81%;85%;83%;;;;;393;<201;70% </pre> ====afn par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_par_rapport_au_groupe_de_référence|afn par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;11;3;2;;;;16; 16;moyen;5;12;;;;4;21; 14;fort;4;19;;;;;23; ; ;20;34;2;;;4;60; 10;g+cga;6;2;2;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;3;1;;;;;4; 5;autres;;;;;;;; ;;11;3;2;;;;16; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;183;50;33;;;;267;26 16;moyen;83;200;0;;;67;350;324 14;fort;67;317;0;;;;383;650 ; ;333;567;33;;;67;60;729 10;g+cgg;100;33;33;;;;167;10 2;agg+cga;33;;;;;;33; 4;carre ccc;50;17;;;;;67;16 5;autres;;;;;;;; ;;183;50;33;;;;267; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;afn;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;196;54;36;286;26;55;9; 16;moyen;89;214;;304;324;25;35; 14;fort;71;339;;411;650;20;56; ; ;357;607;36;56;729;20;34; 10;g+cgg;107;36;36;179;10;55;; 2;agg+cga;36;;;36;;18;; 4;carre ccc;54;18;;71;16;27;; 5;autres;;;;;;;; ;;196;54;36;286;;11;; </pre> ===negativicutes, estimation des -rRNAs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes,_estimation_des_-rRNAs|negativicutes, estimation des -rRNAs]] <pre> negativicutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 9 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;9;149; ; ;;indices;;;;9;1656;0;0;;neg1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;56 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;33;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;2;tac;4;tgc;2;;ttc;67;tcc;22;tac;44;tgc;22;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;18;acc;;aac;11;agc;3;;atc;200;acc;;aac;122;agc;33;;atc;;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;6;;ctc;22;ccc;;cac;56;cgt;67;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;78;ggc;33;;gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4 tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;44;tca;11;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;56;aaa;56;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;2;caa;6;cga;;;cta;11;cca;22;caa;67;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;7;gca;21;gaa;6;gga;4;;gta;78;gca;233;gaa;67;gga;44;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;6;;ttg;22;tcg;;tag;;tgg;67;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;11;aag;22;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;22;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;69;;75;;5;149;;;;767;;833;;56;1656;;;;16;;24;;16;56 11.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;22.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;9;571;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;5600 atgi;78;tct;;tat;;atgf;133;;atgi;89;tct;;tat;;atgf;167;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;89;tac;133;tgc;122;;ttc;189;tcc;111;tac;178;tgc;144;;ttc;200;tcc;100;tac;100;tgc;200 atc;-11;acc;122;aac;167;agc;89;;atc;189;acc;122;aac;289;agc;122;;atc;;acc;100;aac;200;agc;100 ctc;100;ccc;78;cac;56;cgt;111;;ctc;122;ccc;78;cac;111;cgt;178;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100 gtc;89;gcc;78;gac;189;ggc;333;;gtc;89;gcc;78;gac;267;ggc;367;;gtc;100;gcc;100;gac;300;ggc;400 tta;78;tca;100;taa;;tga;11;;tta;122;tca;111;taa;;tga;11;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;;aca;89;aaa;167;aga;100;;ata;;aca;144;aaa;222;aga;100;;ata;;aca;100;aaa;200;aga;100 cta;89;cca;100;caa;78;cga;22;;cta;100;cca;122;caa;144;cga;22;;cta;100;cca;100;caa;100;cga; gta;189;gca;0;gaa;211;gga;67;;gta;267;gca;233;gaa;278;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;200;gga;100 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;78;;ttg;122;tcg;100;tag;;tgg;144;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;122;acg;89;aag;89;agg;100;;atgj;133;acg;100;aag;111;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;89;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;111;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;200;ccg;100;cag;200;cgg;100 gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1300;;2089;;1300;4689;;;;2067;;2922;;1356;6344;;;;1600;;2400;;1600;5600 rapports;;63;;71;;96;74;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;88;tct;;tat;;atgf;80;;fiches;50.667;;;fréquences;;;;;atgi;22;tct;;tat;;atgf;25 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;456;;;0/0;2;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;152;;;10;11;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;9;;;20;13;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;65;tcc;80;tac;75;tgc;85;;;;;;30;9;;;;ttc;39;tcc;11;tac;25;tgc;39 atc;-6;acc;100;aac;58;agc;73;;neg1;56;;;40;5;;;;atc;100;acc;18;aac;17;agc;11 ctc;82;ccc;100;cac;50;cgt;63;;sans;56;;;50;3;41;;;ctc;0;ccc;22;cac;44;cgt;10 gtc;100;gcc;100;gac;71;ggc;91;;avec;4;;;60;2;;;;gtc;11;gcc;22;gac;37;ggc;17 tta;64;tca;90;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;22;tca;0;taa;;tga;100 ata;;aca;62;aaa;75;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;11;aaa;17;aga;0 cta;89;cca;82;caa;54;cga;100;;L’estimation par nega;;;;90;0;;;;cta;11;cca;0;caa;22;cga;100 gta;71;gca;0;gaa;76;gga;60;;est 10% au dessus;;;;100;3;;;;gta;6;gca;;gaa;5;gga;33 ttg;82;tcg;100;tag;;tgg;54;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;0;tag;;tgg;22 atgj;92;acg;89;aag;80;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;18;acg;11;aag;11;agg;0 ctg;80;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;56;ccg;22;cag;39;cgg;0 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;56;gcg;44;gag;44;ggg;11 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;275;;263;;294;832 </pre> ===clostridia synthèse=== ====clostridia distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_génome|clostridia distribution par génome]] <pre> clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total psor;12;5;4;72;;7;;4;104 cdc;4;4;2;70;;3;;;83 cdc8;4;5;2;89;;4;;4;108 cbc*;36;10;;0;;0;;6;52 cbn;52;12;2;6;3;4;;7;86 cle;40;19;;26;3;9;;8;105 hmo;37;12;;39;;11;;10;109 cbei;63;11;3;0;;4;;12;93 ;;;;;;;;; total;248;78;13;302;6;42;0;51;740 </pre> ====clostridia distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_du_total|clostridia distribution du total]] <pre> clos8;;;;;;;628;;;;;;;;;57;;;;;;;;;55 atgi;10;tct;;tat;;atgf;22;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;1;acc;1;aac;7;agc;1;;atc;11;acc;;aac;5;agc; ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;4;;gtc;;gcc;5;gac;;ggc; tta;22;tca;19;taa;;tga;3;;tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;;aga; cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;41;gca;;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;5;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;26;gaa;;gga;5 ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;11;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;248;78;13;302;6;42;740;;;;;;51;6;;57;;total;8;;13;;;42;55 ;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;;;;;;;;; </pre> ====clostridia distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_type|clostridia distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> clos8;;;;;;;628;;clos8;1208;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302 atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11 att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;1;tcc;6;tac;;tgc;1;;ttc;6;tcc;;tac;10;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;12;tcc;1;tac;13;tgc;10 atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;;acc;3;aac;1;agc;3;;atc;;acc;3;aac;5;agc;5;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;3;acc;3;aac;16;agc;5 ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;8;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;2;cac;8;cgt;7 gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;15;ggc;11;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;17;ggc;9 tta;22;tca;19;taa;0;tga;3;;tta;;tca;1;taa;;tga;3;;tta;11;tca;6;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;11;tca;10;taa;;tga; ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;1;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;15;aaa;14;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;13;aaa;17;aga;14 cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;5;cca;4;caa;;cga;1;;cta;6;cca;10;caa;8;cga;3;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;11;caa;14;cga; gta;41;gca;0;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;13;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;21;gca;;gaa;19;gga;15 ttg;9;tcg;2;tag;0;tgg;11;;ttg;8;tcg;2;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4 atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;4;aag;1;agg;5;;atgj;10;acg;;aag;5;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;13;acg;;aag;;agg; ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;3;ccg;1;cag;3;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;1;gag;3;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;248;78;13;302;6;42;740;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====clostridia par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_par_rapport_au_groupe_de_référence|clostridia par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;31;19;2;6;2;5;65; 16;moyen;36;66;4;101;20;42;269; 14;fort;11;155;2;195;29;14;406; ; ;78;240;8;302;51;61;740; 10;g+cga;16;13;;2;;;31; 2;agg+cgg;5;2;;;1;;8; 4;carre ccc;4;4;;4;1;5;13; 5;autres;6;;2;;;;8; ;;31;19;2;6;2;5;65; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;42;26;3;8;3;7;88;26 16;moyen;49;89;5;136;27;57;364;324 14;fort;15;209;3;264;39;19;549;650 ; ;105;324;11;408;69;82;740;729 10;g+cga;22;18;;3;;;42;10 2;agg+cgg;7;3;;;1;;11; 4;carre ccc;5;5;;5;1;7;18;16 5;autres;8;0;3;0;;;11; ;;42;26;3;8;3;7;88; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;95;58;6;160;26;40;8; 16;moyen;110;202;12;325;324;46;28; 14;fort;34;475;6;515;650;14;65; ; ;239;736;25;326;729;78;240; 10;g+cga;49;40;;89;10;52;; 2;agg+cgg;15;6;;21;;16;; 4;carre ccc;12;12;;25;16;13;; 5;autres;18;;6;25;;19;; ;;95;58;6;160;;31;; </pre> ====clostridia, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia,_estimation_des_-rRNAs|clostridia, estimation des -rRNAs]] <pre> clostridia;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 43 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;43;856; ; ;;indices;;;;43;1991;;;;clos8;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;326 atgi;29;tct;;tat;;atgf;30;;atgi;67;tct;;tat;;atgf;70;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;1 ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;44;tcc;1;tac;26;tgc;16;;ttc;102;tcc;2.3;tac;60;tgc;37;;ttc;7;tcc;6;tac;10;tgc;6 atc;72;acc;10;aac;64;agc;11;;atc;167;acc;23;aac;149;agc;26;;atc;;acc;6;aac;6;agc;8 ctc;2;ccc;3;cac;12;cgt;8;;ctc;4.7;ccc;7.0;cac;28;cgt;19;;ctc;3;ccc;2;cac;8;cgt;4 gtc;4;gcc;12;gac;40;ggc;23;;gtc;9.3;gcc;28;gac;93;ggc;53;;gtc;2;gcc;1;gac;15;ggc;11 tta;19;tca;13;taa;;tga;;;tta;44;tca;30;taa;;tga;;;tta;11;tca;9;taa;;tga;3 ata;;aca;29;aaa;48;aga;21;;ata;;aca;67;aaa;112;aga;49;;ata;1;aca;17;aaa;14;aga;10 cta;18;cca;17;caa;25;cga;1;;cta;42;cca;40;caa;58;cga;2.3;;cta;11;cca;14;caa;8;cga;4 gta;38;gca;92;gaa;45;gga;31;;gta;88;gca;214;gaa;105;gga;72;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;14 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;9;;ttg;;tcg;2.3;tag;;tgg;21;;ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;7 atgj;18;acg;3;aag;2;agg;1;;atgj;42;acg;7.0;aag;4.7;agg;2.3;;atgj;10;acg;4;aag;6;agg;6 ctg;5;ccg;2;cag;1;cgg;3;;ctg;12;ccg;4.7;cag;2.3;cgg;7.0;;ctg;4;ccg;1;cag;4;cgg;1 gtg;1;gcg;;gag;4;ggg;2;;gtg;2.3;gcg;;gag;9.3;ggg;4.7;;gtg;1;gcg;1;gag;3;ggg;3 ;;346;;468;;42;856;;;;805;;1088;;98;1991;;;;107;;168;;51;326 27.5.20 Tanger;;;;clos;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;clos8;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;11144;4.0;0.6;;indices;sans +16s;;;174;11144;4.0;0.6;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;92;tct;1.1;tat;;atgf;117;;atgi;159;tct;1.1;tat;;atgf;187;;atgi;13;tct;;tat;;atgf;138 att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;;act;;aat;;agt;13 ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;38;cct;;cat;;cgc; gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;104;tcc;101;tac;127;tgc;114;;ttc;206;tcc;103;tac;187;tgc;151;;ttc;88;tcc;75;tac;125;tgc;75 atc;-15;acc;79;aac;99;agc;107;;atc;152;acc;102;aac;248;agc;133;;atc;;acc;75;aac;75;agc;100 ctc;76;ccc;55;cac;112;cgt;97;;ctc;81;ccc;62;cac;140;cgt;116;;ctc;38;ccc;25;cac;100;cgt;50 gtc;44;gcc;33;gac;149;ggc;167;;gtc;53;gcc;61;gac;242;ggc;220;;gtc;25;gcc;13;gac;188;ggc;138 tta;128;tca;112;taa;1.1;tga;55;;tta;172;tca;142;taa;1.1;tga;55;;tta;138;tca;113;taa;;tga;38 ata;2.9;aca;151;aaa;159;aga;125;;ata;2.9;aca;218;aaa;271;aga;174;;ata;13;aca;213;aaa;175;aga;125 cta;106;cca;123;caa;98;cga;46;;cta;148;cca;163;caa;156;cga;48;;cta;138;cca;175;caa;100;cga;50 gta;198;gca;5;gaa;134;gga;171;;gta;286;gca;219;gaa;239;gga;243;;gta;250;gca;;gaa;213;gga;175 ttg;108;tcg;81;tag;2.3;tgg;99;;ttg;108;tcg;83;tag;2.3;tgg;120;;ttg;113;tcg;25;tag;;tgg;88 atgj;90;acg;70;aag;115;agg;94;;atgj;132;acg;77;aag;120;agg;96;;atgj;125;acg;50;aag;75;agg;75 ctg;64;ccg;59;cag;75;cgg;53;;ctg;76;ccg;64;cag;77;cgg;60;;ctg;50;ccg;13;cag;50;cgg;13 gtg;32;gcg;35;gag;74;ggg;65;;gtg;34;gcg;35;gag;83;ggg;70;;gtg;13;gcg;13;gag;38;ggg;38 ;;1426;;1894;;1080;4400;;;;2231;;2982;;1177;6390;;;;1325;;2100;;638;4063 rapports;;64;;64;;92;69;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;58;tct;;tat;;atgf;63;;fiches;47.674;;;fréquences;;;;;atgi;86;tct;100;tat;;atgf;15 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2050;;;0/0;;;;;att;100;act;;aat;;agt;95 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;888;;;10;11;;;;ctt;59;cct;100;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;43;;;20;6;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt; ttc;50;tcc;98;tac;68;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;16;tcc;26;tac;1;tgc;34 atc;-10;acc;77;aac;40;agc;81;;clos8;40.75;;;40;5;;;;atc;100;acc;5;aac;24;agc;7 ctc;94;ccc;89;cac;80;cgt;84;;sans;326;;;50;4;36;;;ctc;51;ccc;55;cac;11;cgt;49 gtc;82;gcc;54;gac;62;ggc;76;;avec;752;;;60;3;;;;gtc;43;gcc;62;gac;21;ggc;17 tta;74;tca;79;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;4;;;;tta;7;tca;1;taa;100;tga;32 ata;100;aca;69;aaa;59;aga;72;;;;;;80;3;;;;ata;77;aca;29;aaa;9;aga;0 cta;72;cca;75.7;caa;63;cga;95;;L’estimation par clos8;;;;90;1;;;;cta;23;cca;29;caa;2;cga;9 gta;69;gca;2;gaa;56;gga;70;;est 15 % en dessous;;;;100;2;;;;gta;21;gca;100;gaa;37;gga;2 ttg;100;tcg;97;tag;;tgg;83;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;4;tcg;69;tag;100;tgg;12 atgj;68;acg;91;aag;96;agg;98;;43;;100;;;49;;;;atgj;28;acg;29;aag;35;agg;20 ctg;85;ccg;93;cag;97;cgg;88;;atc;59;152;;;;;;;ctg;22;ccg;79;cag;33;cgg;76 gtg;93;gcg;100;gag;89;ggg;93;;gca;73;219;;;;;;;gtg;61;gcg;64;gag;49;ggg;43 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;265;;272;;944;1481 </pre> ==gamma== ===Shewanella=== ====spl opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_opérons|spl opérons]] <pre> 39.1%GC;30.6.19 Paris;16s 11;147;doubles;intercalaires ;Shewanella pealeana;;;; ;45136..46685;;16s;@1;339 ;47025..49946;;23s;;112 ;50059..50174;;5s;; ;;;;; ;51490..53039;;16s;;339 ;53379..56298;;23s;;114 ;56413..56528;;5s;; ;;;;; ;182271..183820;;16s;@2;71 ;183892..183968;;atc;;65 ;184034..184109;;gca;;364 ;184474..187395;;23s;;112 ;187508..187623;;5s;;100 ;187724..187800;;gac;; ;;;;; ;191614..191689;;aca;;8 ;191698..191782;;tac;;35 ;191818..191891;;gga;; ;;;;; ;235182..236731;;16s;;374 ;237106..240025;;23s;;114 ;240140..240255;;5s;; ;;;;; ;243631..245180;;16s;;338 ;245519..248440;;23s;;113 ;248554..248669;;5s;;68 ;248738..248813;;acc;;17 ;248831..248946;;5s;; ;;;;; ;416766..416842;;cgg;;39 ;416882..416957;;cac;;41 ;416999..417075;;cca;+;58 ;417134..417210;;cca;2 cca; ;;;;; ;493711..495260;;16s;;339 ;495600..498519;;23s;;114 ;498634..498749;;5s;; ;;;;; ;641376..641466;;tca;@3;1172 ;642639..642729;;tca;; ;;;;; ;645847..647396;;16s;;71 ;647468..647544;;atc;;65 ;647610..647685;;gca;;329 ;648015..650937;;23s;;156 ;651094..651209;;5s;; ;;;;; ;728115..728199;;ttg;; ;;;;; comp;1168942..1169018;;atgi;; ;;;;; comp;1339706..1339781;;aca;+;52 comp;1339834..1339909;;ttc;2 ttc;539 comp;1340449..1340524;;aca;2 aca;52 comp;1340577..1340652;;ttc;; ;;;;; comp;1342467..1342542;;aca;;52 comp;1342595..1342670;;ttc;; ;;;;; ;1456724..1456815;;agc;;21 ;1456837..1456913;;cgt;+;30 ;1456944..1457020;;cgt;7 cgt;32 ;1457053..1457129;;cgt;3 agc;30 ;1457160..1457236;;cgt;;33 ;1457270..1457346;;cgt;;9 ;1457356..1457447;;agc;;76 ;1457524..1457600;;cgt;;35 ;1457636..1457712;;cgt;;9 ;1457722..1457813;;agc;; ;;;;; comp;1627363..1627438;;agg;; ;;;;; comp;1770483..1770558;;gta;+;37 comp;1770596..1770671;;gta;11 gta;37 comp;1770709..1770784;;gta;;37 comp;1770822..1770897;;gta;;37 comp;1770935..1771010;;gta;;37 comp;1771048..1771123;;gta;;37 comp;1771161..1771236;;gta;;37 comp;1771274..1771349;;gta;;37 comp;1771387..1771462;;gta;;37 comp;1771500..1771575;;gta;;39 comp;1771615..1771690;;gta;; ;;;;; ;1773910..1773985;;gcc;+;80 ;1774066..1774141;;gaa;13 gaa;102 ;1774244..1774319;;gaa;2 gcc;102 ;1774422..1774497;;gaa;;102 ;1774600..1774675;;gaa;;102 ;1774778..1774853;;gaa;;102 ;1774956..1775031;;gaa;;102 ;1775134..1775209;;gaa;;102 ;1775312..1775387;;gaa;;253 ;1775641..1775716;;gaa;;102 ;1775819..1775894;;gaa;;102 ;1775997..1776072;;gaa;;102 ;1776175..1776250;;gaa;;102 ;1776353..1776428;;gaa;;47 ;1776476..1776551;;gcc;; ;;;;; ;2081297..2082846;;16s;;338 ;2083185..2086104;;23s;;114 ;2086219..2086334;;5s;; ;;;;; comp;2143274..2143350;;ccc;; ;;;;; comp;2366164..2366240;;atgf;+;40 comp;2366281..2366357;;atgf;4 atgf;40 comp;2366398..2366474;;atgf;;40 comp;2366515..2366591;;atgf;; ;;;;; ;2376218..2376308;;tca;; ;;;;; ;2379767..2379842;;ggc;;13 ;2379856..2379929;;tgc;;85 ;2380015..2380100;;tta;; ;;;;; ;2550857..2550932;;ggc;;13 ;2550946..2551019;;tgc;+;95 ;2551115..2551200;;tta;3 tgc;634 ;2551835..2551908;;tgc;3 tta;95 ;2552004..2552089;;tta;;479 ;2552569..2552642;;tgc;;132 ;2552775..2552860;;tta;; ;;;;; ;2558019..2558109;;tca;; ;;;;; comp;2717566..2717655;;tcc;; ;;;;; comp;2759730..2759806;;atgf;+;189 comp;2759996..2760072;;atgf;4 atgf;45 comp;2760118..2760194;;gtc;2 gtc;2 comp;2760197..2760273;;atgf;;35 comp;2760309..2760385;;gtc;;13 comp;2760399..2760475;;atgf;; ;;;;; ;2858823..2858907;;tac;+;30 ;2858938..2859022;;tac;5 tac;85 ;2859108..2859192;;tac;;107 ;2859300..2859384;;tac;;107 ;2859492..2859576;;tac;; ;;;;; ;2866268..2866343;;aac;+;45 ;2866389..2866464;;aac;7aac;41 ;2866506..2866581;;aac;;26 ;2866608..2866683;;aac;;32 ;2866716..2866791;;aac;;33 ;2866825..2866900;;aac;;40 ;2866941..2867016;;aac;; ;;;;; comp;2929429..2929505;;gac;+;97 comp;2929603..2929679;;gac;4 gac;97 comp;2929777..2929853;;gac;;83 comp;2929937..2930013;;gac;; ;;;;; comp;3120289..3120364;;aaa;+;58 comp;3120423..3120498;;aaa;12 aaa;58 comp;3120557..3120632;;aaa;;58 comp;3120691..3120766;;aaa;;59 comp;3120826..3120901;;aaa;;57 comp;3120959..3121034;;aaa;;58 comp;3121093..3121168;;aaa;;58 comp;3121227..3121302;;aaa;;59 comp;3121362..3121437;;aaa;;58 comp;3121496..3121571;;aaa;;59 comp;3121631..3121706;;aaa;;59 comp;3121766..3121841;;aaa;; ;;;;; comp;3269860..3269935;;cac;;8 comp;3269944..3270020;;aga;;63 comp;3270084..3270160;;cca;; ;;;;; comp;3757983..3758059;;atgf;; comp;3758163..3758249;;ctc;; ;;;;; comp;3835257..3835331;;caa;+;51 comp;3835383..3835467;;cta;5 caa;131 comp;3835599..3835673;;caa;5 cta;20 comp;3835694..3835778;;cta;3 atg;96 comp;3835875..3835949;;caa;;49 comp;3835999..3836083;;cta;;211 comp;3836295..3836371;;atg;;5 comp;3836377..3836451;;caa;;47 comp;3836499..3836583;;cta;;55 comp;3836639..3836715;;atg;;5 comp;3836721..3836795;;caa;;47 comp;3836843..3836927;;cta;;55 comp;3836983..3837059;;atg;; ;;;;; comp;3862885..3862961;;tgg;+;167 comp;3863129..3863205;;tgg;2 tgg; ;;;;; comp;3867049..3867164;;5s;;114 comp;3867279..3870198;;23s;;338 comp;3870537..3872086;;16s;; ;;;;; ;3882154..3882229;;ttc;; ;;;;; comp;4331488..4331563;;ggc;+;130 comp;4331694..4331769;;ggc;6 ggc;47 comp;4331817..4331892;;ggc;;162 comp;4332055..4332130;;ggc;;16 comp;4332147..4332222;;ggc;;48 comp;4332271..4332346;;ggc;; ;;;;; comp;4616881..4616996;;5s;;112 comp;4617109..4620030;;23s;;364 comp;4620395..4620470;;gca;;65 comp;4620536..4620612;;atc;;71 comp;4620684..4622233;;16s;; ;;;;; comp;5129770..5129846;;gac;;100 comp;5129947..5130062;;5s;;115 comp;5130178..5133097;;23s; ;339 comp;5133437..5134986;;16s;; </pre> ====spl cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_cumuls|spl cumuls]] <pre> spl cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;0;;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;6;20;12;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;27;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;2;60;28;;150;;60;;400; ;max a;3;80;3;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;8;;250;;100;;600; ;spéciaux;0;120;13;;300;;120;;700; ;total aas;9;140;3;;350;;140;;800; sans ;opérons;29;160;0;;400;;160;;900; ;1 aa;8;180;2;;450;;180;;1000; ;max a;15;200;1;;500;;200;;1100; ;a doubles;15;;6;;;;;;; ;total aas;133;;103;;;0;;0;;0 total aas;;142;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;88;;;;;;; ;;;variance;143;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;58;;;;;;; ;;;variance;35;;;;;;; </pre> ====spl blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_blocs|spl blocs]] <pre> spl blocs;;;;;;; 16s;339;339;374;339;338;338; 23s;112;114;114;114;114;114; 5s;;;;;;; ;;;;;;; 16s;71;71;71;16s;338;16s;339 atc;65;65;65;23s;113;23s;115 gca;364;329;364;5s;68;5s;100 23s;112;156;112;acc;17;gac; 5s;100;;;5s;;; gac;;;;;;; </pre> ====spl distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_distribution|spl distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;2 gac;ttc;3;tcc;;tac;;tgc;4;cca2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;cca2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;3;tac5;atc;;acc;;aac;7;agc;;tac5;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;7;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;séquences;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;8;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;(aca ttc)2;tta;4;tca;;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;2;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;(tgc tta)3;ata;;aca;4;aaa;;aga;1;gaa13;ata;;aca;;aaa;12;aga;;gaa13;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;(atf gtc)2;cta;5;cca;1;caa;5;cga;;atgf4+2;cta;;cca;2;caa;;cga;;atgf4+2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;(caa cta atgj)3 ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;cgt5+2;gta;11;gca;;gaa;13;gga;;cgt5+2;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;ou;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;1;(caa cta)5;atgj;3;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total spl;;8;;;;;8;;spl;46;;;;;;46;;spl;79;;;;;;79;;spl;;;;3;;;3 </pre> ====spl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_données_intercalaires|spl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;5s CDS;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;spl;fx;fc;spl;fx40;fc40;spl;x-;c-;c;x;c;x;;c;x;;c;x; 1;0;0;1;17;0;1;17;-1;;126;606;234;16s 23s;;;tRNA tRNA;;suite;tRNA tRNA;;suite ;0;10;8;284;1;0;46;-2;2;0;195;236;4* 349;;;37;;gta;45;;aac ;0;20;19;193;2;0;53;-3;;0;155;320;384;;;37;;gta;41;;aac ;0;30;13;120;3;1;29;-4;5;136;789;-23;3* 348;;;37;;gta;26;;aac 1;0;40;29;86;4;0;22;-5;;0;695;286;5s CDS;;;37;;gta;32;;aac ;0;50;17;74;5;1;16;-6;;0;220;330;703;339;;37;;gta;33;;aac ;0;60;39;80;6;2;13;-7;;10;441;117;727;454;;37;;gta;40;;aac ;0;70;50;72;7;2;14;-8;2;46;913;500;;768;;37;;gta;**;;aac ;0;80;68;100;8;1;29;-9;;0;1058;545;;304;;37;;gta;97;;gac ;1;90;53;92;9;1;29;-10;;8;581;34;;454;;37;;gta;97;;gac 1;0;100;56;90;10;0;33;-11;;28;176;705;;798;;39;;gta;83;;gac ;1;110;38;64;11;2;27;-12;;0;257;977;16s tRNA;;;**;;gta;**;;gac 1;2;120;54;73;12;1;35;-13;;5;104;136;3* 74;;atc;80;;gcc;58;;aaa ;1;130;44;84;13;3;20;-14;;15;134;383;tRNA 23s;;;102;;gaa;58;;aaa 1;1;140;26;56;14;1;29;-15;1;0;455;254;371;;gca;102;;gaa;58;;aaa ;0;150;27;51;15;5;15;-16;;3;216;545;336;;gca;102;;gaa;59;;aaa ;4;160;30;52;16;0;10;-17;1;8;152;184;371;;gca;102;;gaa;57;;aaa ;1;170;31;49;17;3;13;-18;;0;530;98;5s tRNA;;;102;;gaa;58;;aaa ;3;180;36;53;18;2;20;-19;;1;595;291;100;;gac;102;;gaa;58;;aaa 2;1;190;24;43;19;1;14;-20;;7;89;1011;68;;acc;102;;gaa;59;;aaa ;3;200;34;36;20;1;10;-21;;0;178;465;100;;gac;253;;gaa;58;;aaa ;0;210;24;37;21;2;12;-22;;0;192;289;tRNA 5s;;;102;;gaa;59;;aaa ;2;220;25;39;22;1;12;-23;;4;353;187;17;;acc;102;;gaa;59;;aaa ;0;230;25;33;23;0;13;-24;;0;315;;tRNA tRNA;;intra;102;;gaa;**;;aaa 2;0;240;27;32;24;4;19;-25;;0;187;;3* 65;;atc gca;102;;gaa;8;;cac ;0;250;23;25;25;3;3;-26;;2;572;;tRNA tRNA;;;47;;gaa;63;;aga 1;2;260;22;30;26;0;9;-27;;0;124;;8;;aca;**;;gcc;**;;cca ;0;270;23;31;27;2;21;-28;;1;830;;35;;tac;40;;atgf;103;;atgf ;0;280;24;23;28;0;9;-29;;2;193;;**;;gga;40;;atgf;**;;ctc 2;0;290;27;29;29;1;11;-30;;0;255;;39;;cgg;40;;atgf;51;;caa 1;0;300;21;23;30;0;11;-31;;0;157;;41;;cac;**;;atgf;131;;cta ;0;310;18;18;31;3;17;-32;;3;114;;58;;cca;13;;ggc;20;;caa 1;1;320;16;19;32;4;9;-33;;0;162;;**;;cca;85;;tgc;96;;cta 1;0;330;11;18;33;3;8;-34;;1;495;;1172;;tca;**;;tta;49;;caa ;0;340;16;20;34;5;9;-35;;0;180;;**;;tca;13;;ggc;211;;cta ;0;350;13;17;35;2;8;-36;;0;160;;52;;aca;95;;tgc;5;;atgj ;1;360;14;16;36;1;6;-37;;0;663;;539;;ttc;634;;tta;47;;caa ;0;370;15;22;37;4;6;-38;;1;113;;52;;aca;95;;tgc;55;;cta ;0;380;10;9;38;5;10;-39;;0;427;;**;;ttc;479;;tta;5;;atgj 1;0;390;14;10;39;1;7;-40;;0;CDS 16s ;;52;;aca;132;;tgc;47;;caa ;0;400;10;9;40;1;6;-41;;1;647;614;**;;ttc;**;;tta;55;;cta 7;15;reste;230;253;reste;1235;1782;-42;;0;988;687;21;;agc;128;;cat;**;;atgj 23;39;total;1305;2482;total;1305;2482;-43;;1;876;1908;30;;cgt;128;;cat;167;;tgg 15;24;diagr;1074;2212;diagr;69;683;-44;;0;206;1178;32;;cgt;189;;atgf;**;;tgg 0;0; t30;40;597;;;;-45;;0;611;807;30;;cgt;45;;atgf;20;;ggc ;;;;;;;;-46;;0;5s 16s;;33;;cgt;2;;gtc;13;;ggt ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;1319;;9;;cgt;35;;atgf;47;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;23s 5s;;76;;agc;13;;gtc;47;;ggc ;x;1304;12;1;1317;;;-49;;0;8* 132;;35;;cgt;**;;atgf;15;;ggt ;c;2465;414;17;2896;;;-50;;0;2* 133;;9;;cgt;30;;tac;16;;ggc ;;;;;4213;253;;reste;1;5;177;;**;;agc;85;;tac;48;;ggc ;;;;;;4466;;total;12;414;;;;;;107;;tac;**;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;107;;tac;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tac;;; </pre> =====spl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires_aas|spl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;spl;;;;; deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;43968;44525;614;*; ;;rRNA;45140;46682;349;*;16s ;;rRNA;47032;49926;132;*;23s ;;rRNA;50059;50174;1319;*;5s ;;rRNA;51494;53036;349;*;16s ;;rRNA;53386;56280;132;*;23s ;;rRNA;56413;56528;339;*;5s fin;comp;CDS;56868;57011;;; deb;comp;CDS;146328;146498;-16;*; ;comp;regulatory;146483;146744;188;*; fin;;CDS;146933;149083;;; deb;comp;CDS;181132;181587;687;*; ;;rRNA;182275;183817;74;*;16s ;;tRNA;183892;183968;65;*;atc ;;tRNA;184034;184109;371;*;gca ;;rRNA;184481;187375;132;*;23s ;;rRNA;187508;187623;100;*;5s ;;tRNA;187724;187800;606;*;gac fin;;CDS;188407;189432;;; deb;comp;CDS;190429;191379;234;*; ;;tRNA;191614;191689;8;*;aca ;;tRNA;191698;191782;35;*;tac ;;tRNA;191818;191891;195;*;gga fin;;CDS;192087;193271;;; deb;;CDS;233942;234538;647;*; ;;rRNA;235186;236728;384;*;16s ;;rRNA;237113;240007;132;*;23s ;;rRNA;240140;240255;454;*;5s deb;comp;CDS;240710;241726;1908;*; ;;rRNA;243635;245177;348;*;16s ;;rRNA;245526;248420;133;*;23s ;;rRNA;248554;248669;68;*;5s ;;tRNA;248738;248813;17;*;acc ;;rRNA;248831;248946;703;*;5s fin;;CDS;249650;250924;;0; deb;;CDS;282426;283268;135;*; ;;ncRNA;283404;283755;313;*; fin;comp;CDS;284069;285322;;; deb;comp;CDS;413908;416529;236;*; ;;tRNA;416766;416842;39;*;cgg ;;tRNA;416882;416957;41;*;cac ;;tRNA;416999;417075;58;*;cca ;;tRNA;417134;417210;320;*;cca fin;comp;CDS;417531;419450;;; deb;comp;CDS;492003;492536;1178;*; ;;rRNA;493715;495257;349;*;16s ;;rRNA;495607;498501;132;*;23s ;;rRNA;498634;498749;768;*;5s fin;comp;CDS;499518;500534;;; deb;;CDS;550745;552652;-23;*; ;comp;tRNA;552630;552724;286;*;tga fin;;CDS;553011;553874;;; deb;;CDS;640018;641220;155;*; ;;tRNA;641376;641466;1172;*;tca ;;tRNA;642639;642729;789;*;tca deb;;CDS;643519;644862;988;*; ;;rRNA;645851;647393;74;*;16s ;;tRNA;647468;647544;65;*;atc ;;tRNA;647610;647685;336;*;gca ;;rRNA;648022;650916;177;*;23s ;;rRNA;651094;651209;727;*;5s fin;;CDS;651937;653757;;0; deb;comp;CDS;727650;727784;330;*; ;;tRNA;728115;728199;695;*;ttg fin;;CDS;728895;730808;;0; deb;;CDS;878528;879232;406;*; ;;regulatory;879639;879784;204;*; fin;;CDS;879989;881359;;; deb;;CDS;1166653;1168824;117;*; ;comp;tRNA;1168942;1169018;220;*;atgi fin;comp;CDS;1169239;1171089;;; deb;;CDS;1284512;1284730;-193;*; ;comp;misc_f;1284538;1284656;121;*; fin;comp;CDS;1284778;1285140;;0; deb;;CDS;1337892;1339205;500;*; ;comp;tRNA;1339706;1339781;52;*;aca ;comp;tRNA;1339834;1339909;539;*;ttc ;comp;tRNA;1340449;1340524;52;*;aca ;comp;tRNA;1340577;1340652;545;*;ttc deb;;CDS;1341198;1342432;34;*; ;comp;tRNA;1342467;1342542;52;*;aca ;comp;tRNA;1342595;1342670;441;*;ttc fin;comp;CDS;1343112;1343390;;; deb;;CDS;1455613;1455810;913;*; ;;tRNA;1456724;1456815;21;*;agc ;;tRNA;1456837;1456913;30;*;cgt ;;tRNA;1456944;1457020;32;*;cgt ;;tRNA;1457053;1457129;30;*;cgt ;;tRNA;1457160;1457236;33;*;cgt ;;tRNA;1457270;1457346;9;*;cgt ;;tRNA;1457356;1457447;76;*;agc ;;tRNA;1457524;1457600;35;*;cgt ;;tRNA;1457636;1457712;9;*;cgt ;;tRNA;1457722;1457813;1058;*;agc fin;;CDS;1458872;1459117;;; deb;comp;CDS;1564741;1565973;165;*; ;comp;tmRNA;1566139;1566494;110;*; fin;comp;CDS;1566605;1567099;;0; deb;comp;CDS;1625951;1626781;581;*; ;comp;tRNA;1627363;1627438;176;*;agg fin;comp;CDS;1627615;1628784;;0; deb;comp;CDS;1769998;1770225;257;*; ;comp;tRNA;1770483;1770558;37;*;gta ;comp;tRNA;1770596;1770671;37;*;gta ;comp;tRNA;1770709;1770784;37;*;gta ;comp;tRNA;1770822;1770897;37;*;gta ;comp;tRNA;1770935;1771010;37;*;gta ;comp;tRNA;1771048;1771123;37;*;gta ;comp;tRNA;1771161;1771236;37;*;gta ;comp;tRNA;1771274;1771349;37;*;gta ;comp;tRNA;1771387;1771462;37;*;gta ;comp;tRNA;1771500;1771575;39;*;gta ;comp;tRNA;1771615;1771690;705;*;gta deb;;CDS;1772396;1773805;104;*; ;;tRNA;1773910;1773985;80;*;gcc ;;tRNA;1774066;1774141;102;*;gaa ;;tRNA;1774244;1774319;102;*;gaa ;;tRNA;1774422;1774497;102;*;gaa ;;tRNA;1774600;1774675;102;*;gaa ;;tRNA;1774778;1774853;102;*;gaa ;;tRNA;1774956;1775031;102;*;gaa ;;tRNA;1775134;1775209;102;*;gaa ;;tRNA;1775312;1775387;253;*;gaa ;;tRNA;1775641;1775716;102;*;gaa ;;tRNA;1775819;1775894;102;*;gaa ;;tRNA;1775997;1776072;102;*;gaa ;;tRNA;1776175;1776250;102;*;gaa ;;tRNA;1776353;1776428;47;*;gaa ;;tRNA;1776476;1776551;977;*;gcc fin;comp;CDS;1777529;1779358;;0; deb;comp;CDS;1928606;1930189;113;*; ;comp;misc_f;1930303;1930412;474;*; fin;;CDS;1930887;1931621;;; deb;;CDS;2079870;2080424;876;*; ;;rRNA;2081301;2082843;348;*;16s ;;rRNA;2083192;2086086;132;*;23s ;;rRNA;2086219;2086334;304;*;5s fin;comp;CDS;2086639;2087564;;; deb;;CDS;2142913;2143137;136;*; ;comp;tRNA;2143274;2143350;134;*;ccc fin;comp;CDS;2143485;2145269;;; deb;;CDS;2225993;2226382;125;*; ;;regulatory;2226508;2226638;52;*; fin;;CDS;2226691;2228829;;; deb;comp;CDS;2365103;2365708;455;*; ;comp;tRNA;2366164;2366240;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366281;2366357;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366398;2366474;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366515;2366591;383;*;atgf fin;;CDS;2366975;2369110;;; deb;comp;CDS;2374251;2375963;254;*; ;;tRNA;2376218;2376308;216;*;tca fin;;CDS;2376525;2377169;;; deb;;CDS;2379066;2379614;152;*; ;;tRNA;2379767;2379842;13;*;ggc ;;tRNA;2379856;2379929;85;*;tgc ;;tRNA;2380015;2380100;530;*;tta fin;;CDS;2380631;2381200;;; deb;;CDS;2548825;2550261;595;*; ;;tRNA;2550857;2550932;13;*;ggc ;;tRNA;2550946;2551019;95;*;tgc ;;tRNA;2551115;2551200;634;*;tta ;;tRNA;2551835;2551908;95;*;tgc ;;tRNA;2552004;2552089;479;*;tta ;;tRNA;2552569;2552642;132;*;tgc ;;tRNA;2552775;2552860;545;*;tta fin;comp;CDS;2553406;2553735;;; deb;;CDS;2556685;2557929;89;*; ;;tRNA;2558019;2558109;184;*;tca fin;comp;CDS;2558294;2559073;;; deb;;CDS;2716829;2717467;98;*; ;comp;tRNA;2717566;2717655;178;*;tcc fin;comp;CDS;2717834;2719828;;; deb;comp;CDS;2758794;2759069;192;*; ;comp;tRNA;2759262;2759367;128;*;cat ;comp;tRNA;2759496;2759601;128;*;cat ;comp;tRNA;2759730;2759806;189;*;atgf ;comp;tRNA;2759996;2760072;45;*;atgf ;comp;tRNA;2760118;2760194;2;*;gtc ;comp;tRNA;2760197;2760273;35;*;atgf ;comp;tRNA;2760309;2760385;13;*;gtc ;comp;tRNA;2760399;2760475;353;*;atgf fin;comp;CDS;2760829;2762043;;; deb;comp;CDS;2858049;2858531;291;*; ;;tRNA;2858823;2858907;30;*;tac ;;tRNA;2858938;2859022;85;*;tac ;;tRNA;2859108;2859192;107;*;tac ;;tRNA;2859300;2859384;107;*;tac ;;tRNA;2859492;2859576;315;*;tac fin;;CDS;2859892;2860968;;0; deb;comp;CDS;2863253;2865256;1011;*; ;;tRNA;2866268;2866343;45;*;aac ;;tRNA;2866389;2866464;41;*;aac ;;tRNA;2866506;2866581;26;*;aac ;;tRNA;2866608;2866683;32;*;aac ;;tRNA;2866716;2866791;33;*;aac ;;tRNA;2866825;2866900;40;*;aac ;;tRNA;2866941;2867016;187;*;aac fin;;CDS;2867204;2869120;;; deb;comp;CDS;2904901;2906862;188;*; ;comp;regulatory;2907051;2907149;230;*; fin;comp;CDS;2907380;2908291;;0; deb;comp;CDS;2926979;2928856;572;*; ;comp;tRNA;2929429;2929505;97;*;gac ;comp;tRNA;2929603;2929679;97;*;gac ;comp;tRNA;2929777;2929853;83;*;gac ;comp;tRNA;2929937;2930013;124;*;gac fin;comp;CDS;2930138;2931472;;; deb;comp;CDS;3118298;3119458;830;*; ;comp;tRNA;3120289;3120364;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120423;3120498;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120557;3120632;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120691;3120766;59;*;aaa ;comp;tRNA;3120826;3120901;57;*;aaa ;comp;tRNA;3120959;3121034;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121093;3121168;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121227;3121302;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121362;3121437;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121496;3121571;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121631;3121706;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121766;3121841;193;*;aaa fin;comp;CDS;3122035;3122760;;; deb;;CDS;3243130;3243747;634;*; ;comp;ncRNA;3244382;3244478;176;*; fin;comp;CDS;3244655;3244972;;0; deb;comp;CDS;3268300;3269604;255;*; ;comp;tRNA;3269860;3269935;8;*;cac ;comp;tRNA;3269944;3270020;63;*;aga ;comp;tRNA;3270084;3270160;465;*;cca fin;;CDS;3270626;3271480;;0; deb;comp;CDS;3757370;3757825;157;*; ;comp;tRNA;3757983;3758059;103;*;atgf ;comp;tRNA;3758163;3758249;114;*;ctc fin;comp;CDS;3758364;3758699;;; deb;comp;CDS;3834636;3835094;162;*; ;comp;tRNA;3835257;3835331;51;*;caa ;comp;tRNA;3835383;3835467;131;*;cta ;comp;tRNA;3835599;3835673;20;*;caa ;comp;tRNA;3835694;3835778;96;*;cta ;comp;tRNA;3835875;3835949;49;*;caa ;comp;tRNA;3835999;3836083;211;*;cta ;comp;tRNA;3836295;3836371;5;*;atgj ;comp;tRNA;3836377;3836451;47;*;caa ;comp;tRNA;3836499;3836583;55;*;cta ;comp;tRNA;3836639;3836715;5;*;atgj ;comp;tRNA;3836721;3836795;47;*;caa ;comp;tRNA;3836843;3836927;55;*;cta ;comp;tRNA;3836983;3837059;495;*;atgj fin;comp;CDS;3837555;3838646;;; deb;comp;CDS;3862357;3862704;180;*; ;comp;tRNA;3862885;3862961;167;*;tgg ;comp;tRNA;3863129;3863205;160;*;tgg fin;comp;CDS;3863366;3864334;;; deb;;CDS;3865578;3866594;454;*; ;comp;rRNA;3867049;3867164;132;*;5s ;comp;rRNA;3867297;3870191;348;*;23s ;comp;rRNA;3870540;3872082;807;*;16s fin;;CDS;3872890;3873405;;0; deb;comp;CDS;3879732;3881864;289;*; ;;tRNA;3882154;3882229;187;*;ttc fin;comp;CDS;3882417;3884279;;0; deb;comp;CDS;3930329;3932182;122;*; ;comp;regulatory;3932305;3932527;233;*; fin;comp;CDS;3932761;3933408;;0; deb;;CDS;4051244;4051564;82;*; ;;ncRNA;4051647;4051828;251;*; fin;comp;CDS;4052080;4052250;;; deb;comp;CDS;4130284;4131048;211;*; ;comp;regulatory;4131260;4131412;506;*; fin;comp;CDS;4131919;4132536;;0; deb;;CDS;4146436;4146708;183;*; ;;regulatory;4146892;4146991;94;*; fin;;CDS;4147086;4148081;;0; deb;comp;CDS;4330369;4330824;663;*; ;comp;tRNA;4331488;4331563;20;*;ggc ;comp;tRNA;4331584;4331680;13;*;ggt ;comp;tRNA;4331694;4331769;47;*;ggc ;comp;tRNA;4331817;4331892;47;*;ggc ;comp;tRNA;4331940;4332039;15;*;ggt ;comp;tRNA;4332055;4332130;16;*;ggc ;comp;tRNA;4332147;4332222;48;*;ggc ;comp;tRNA;4332271;4332346;113;*;ggc fin;comp;CDS;4332460;4333005;;0; deb;comp;CDS;4446808;4448991;66;*; ;comp;regulatory;4449058;4449140;441;*; fin;;CDS;4449582;4449893;;; deb;comp;CDS;4452358;4453668;212;*; ;;regulatory;4453881;4453980;104;*; fin;;CDS;4454085;4455455;;0; deb;;CDS;4615072;4616082;798;*; ;comp;rRNA;4616881;4616996;132;*;5s ;comp;rRNA;4617129;4620023;371;*;23s ;comp;tRNA;4620395;4620470;65;*;gca ;comp;tRNA;4620536;4620612;74;*;atc ;comp;rRNA;4620687;4622229;206;*;16s fin;comp;CDS;4622436;4623133;;; deb;comp;CDS;5003438;5004418;-13;*; ;comp;regulatory;5004406;5004542;257;*; fin;;CDS;5004800;5006449;;0; deb;comp;CDS;5129088;5129342;427;*; ;comp;tRNA;5129770;5129846;100;*;gac ;comp;rRNA;5129947;5130062;133;*;5s ;comp;rRNA;5130196;5133090;349;*;23s ;comp;rRNA;5133440;5134982;611;*;16s fin;comp;CDS;5135594;5137015;;0; </pre> ====spl intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_entre_cds|spl intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> spl;31.1.21 Paris;NCBI;spl 24-9-2020;;;;;;;;; spl;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;426;10.1;'''négatif ;-7;10;-1 à -98;'''5 174 581;-1;426;610;5 ;'''zéro;18;0.4;;;;;'''intercals;0;18;620;10 ;'''1 à 200;2448;58.1;'''0 à 200;82;58;;'''730 981;5;168;630;7 ;'''201 à 370;776;18.4;'''201 à 370;274;48;;'''14.1%;10;124;640;6 ;'''371 à 600;378;9.0;'''371 à 600;462;62;;;15;138;650;6 ;'''601 à max;167;4.0;'''601 à 1028;849;331;;;20;74;660;6 ;'''total 4213;<201;68.6;'''total 4213;173;207;-98 à 3180;;25;69;670;7 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;64;680;6 3787762;3180;-1;426;-70;2;;0;18;35;68;690;3 2676990;2727;0;18;-60;0;;-1;°126;40;47;700;5 4795292;1942;1;°46;-50;4;;-2;2;45;49;710;6 3628609;1722;2;°53;-40;2;;-3;0;50;42;720;6 1384243;1674;3;°30;-30;5;'''min à -1;-4;°141;55;52;730;2 5168395;1593;4;22;-20;16;426;-5;0;60;67;740;7 1692692;1489;5;17;-10;70;10.1%;-6;0;65;56;750;4 4989087;1401;6;15;0;345;;-7;10;70;66;760;1 5017524;1331;7;16;10;292;;-8;°48;75;77;770;3 1530827;1329;8;°30;20;212;;-9;0;80;91;780;3 4000859;1318;9;°30;30;133;;-10;8;85;67;790;4 1999942;1254;10;°33;40;115;'''1 à 100;-11;°28;90;78;800;4 1605218;1225;11;°29;50;91;1561;-12;0;95;65;810;2 897237;1221;12;°36;60;119;37.1%;-13;5;100;81;820;3 1570703;1178;13;23;70;122;;-14;°15;105;41;830;1 4927424;1166;14;°30;80;168;;-15;1;110;61;840;3 1817514;1161;15;20;90;145;;-16;3;115;52;850;2 3532660;1157;16;10;100;146;;-17;°9;120;75;860;1 1716642;1154;17;16;110;102;;-18;0;125;64;870;4 1413389;1150;18;°22;120;127;;-19;1;130;64;880;2 2276940;1141;19;15;130;128;;-20;°7;135;37;890;3 600202;1140;20;11;140;82;;-21;0;140;45;900;1 1996502;1103;21;°14;150;78;;-22;0;145;45;910;2 3325479;1046;22;13;160;82;;-23;°4;150;33;920;2 223647;1016;23;13;170;80;'''1 à 200;-24;0;155;43;930;1 3589524;1016;24;°23;180;89;2448;-25;0;160;39;940;3 967539;1009;25;6;190;67;58.1%;-26;°2;165;42;950;3 4112640;1007;26;9;200;70;;-27;0;170;38;960;3 4903734;975;27;°23;210;61;;-28;1;175;45;970;1 3472661;968;28;9;220;64;;-29;°2;180;44;980;1 750412;959;29;12;230;58;;-30;0;185;34;990;0 2804938;959;30;11;240;59;;-31;0;190;33;1000;0 2670476;957;31;°20;250;48;;-32;°3;195;35;1010;2 2620635;946;32;13;260;52;;;434;200;35;1020;2 2967190;944;33;11;270;54;;reste;10;205;33;1030;0 4243039;944;34;°14;280;47;'''0 à 200;total;444;210;28;1040;0 2002234;937;35;10;290;56;2466;;;215;23;1050;1 3578230;936;36;7;300;44;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;41;1060;0 4121391;933;37;°10;310;36;;600;4046;225;35;1070;0 1500535;926;38;°15;320;35;;650;34;230;23;1080;0 4952031;915;39;8;330;29;;700;27;235;32;1090;0 2490814;912;40;7;340;36;'''201 à 370;750;25;240;27;1100;0 2028503;909;reste;3017;350;30;776;800;15;245;25;1110;1 4150415;904;total;4213;360;30;18.4%;850;11;250;23;1120;0 2127775;897;;;370;37;;900;11;255;26;1130;0 1003095;887;;;380;19;;950;11;260;26;1140;1 2921392;885;;;390;24;;1000;5;265;31;1150;2 2262088;884;;;400;19;;1050;5;270;23;1160;2 2877064;877;;;410;32;;1100;0;275;24;1170;2 4984821;874;;;420;31;;1150;4;280;23;1180;1 4474909;866;;;430;24;;1200;5;285;30;1190;0 1417740;865;;;440;20;;1250;2;290;26;1200;0 4759907;862;;;450;20;;1300;1;295;19;reste;14 3297697;861;;;460;20;;1350;3;300;25;total;167 ;;;;470;19;;1400;0;305;20;; ;;;;480;12;;1450;1;310;16;; '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;490;12;;1500;1;315;20;; 4734113;-98;shift2;629;500;19;;1550;0;320;15;; 4557422;-77;shift2;764;510;13;;1600;1;325;15;; 2893452;-56;shift2;1688;520;14;;1650;0;330;14;; 4567483;-53;shift2;4142;530;12;;1700;1;335;17;; 5067715;-53;shift2;2369;540;12;'''371 à 600;1750;1;340;19;; 4015714;-52;comp;;550;9;378;1800;0;345;15;; 1735201;-43;shift2;;560;11;9.0%;1850;0;350;15;; 1578876;-41;shift2;;570;15;;1900;0;355;15;; 164778;-38;shift2;;580;7;'''601 à max;1950;1;360;15;; 5173629;-34;shift2;;590;7;167;;165;365;19;; 73781;-32;shift2;;600;7;4.0%;;;370;18;; 2497076;-32;shift2;;reste;167;;reste;2;reste;545;; 2892533;-32;shift2;;total;4213;;total;4213;total;4213;; </pre> ====spl intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> spl. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; ;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; spl;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;47;-333;594;7.7;611;236;max80;-47;363;-934;95;806;257;min50 31 à 400;-;-;-;-;-;-;;10.3;-50;-57;43;915;162;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;59;37;-;275;poly;336;tF;158;57;;614;poly;192;SF 31 à 400;;;;;;;;106;43;-;885;dte;30;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;-0.342;;;;; 41-n;0.884;0.735;0.784;;;;;;;;;;; 1-n;0.172;-0.353;-0.202;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; spl;fx;fc;;spl;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;spl;Sx-;Sc- 0;1;17;;0;1;8;0;1;17;>0;1300;-1;0;126 10;8;284;;10;7;128;1;0;46;<0;12;-2;2;0 20;19;193;;20;18;87;2;0;53;zéro;1;-3;0;0 30;13;120;;30;12;54;3;1;29;total;1313;-4;5;136 40;29;86;;40;27;39;4;0;22;;c;-5;0;0 50;16;75;;50;15;34;5;1;16;>0;2469;-6;0;0 60;39;80;;60;36;36;6;2;13;<0;414;-7;0;10 70;50;72;;70;47;33;7;2;14;zéro;17;-8;2;46 80;67;101;;80;63;46;8;1;29;total;2900;-9;0;0 90;52;93;;90;49;42;9;1;29;;;-10;0;8 100;56;90;;100;52;41;10;0;33;;;-11;0;28 110;38;64;;110;35;29;11;2;27;;;-12;0;0 120;54;73;;120;50;33;12;1;35;;;-13;0;5 130;44;84;;130;41;38;13;3;20;;;-14;0;15 140;26;56;;140;24;25;14;1;29;;;-15;1;0 150;27;51;;150;25;23;15;5;15;;;-16;0;3 160;30;52;;160;28;23;16;0;10;;;-17;1;8 170;30;50;;170;28;23;17;3;13;;;-18;0;0 180;36;53;;180;34;24;18;2;20;;;-19;0;1 190;24;43;;190;22;19;19;1;14;;;-20;0;7 200;33;37;;200;31;17;20;1;10;;;-21;0;0 210;24;37;;210;22;17;21;2;12;;;-22;0;0 220;25;39;;220;23;18;22;1;12;;;-23;0;4 230;25;33;;230;23;15;23;0;13;;;-24;0;0 240;28;31;;240;26;14;24;4;19;;;-25;0;0 250;23;25;;250;21;11;25;3;3;;;-26;0;2 260;22;30;;260;21;14;26;0;9;;;-27;0;0 270;23;31;;270;21;14;27;2;21;;;-28;0;1 280;25;22;;280;23;10;28;0;9;;;-29;0;2 290;27;29;;290;25;13;29;1;11;;;-30;0;0 300;20;24;;300;19;11;30;0;11;;;-31;0;0 310;18;18;;310;17;8;31;3;17;;;-32;0;3 320;16;19;;320;15;9;32;4;9;;;-33;0;0 330;11;18;;330;10;8;33;3;8;;;-34;0;1 340;16;20;;340;15;9;34;5;9;;;-35;0;0 350;13;17;;350;12;8;35;2;8;;;-36;0;0 360;14;16;;360;13;7;36;1;6;;;-37;0;0 370;15;22;;370;14;10;37;4;6;;;-38;0;1 380;10;9;;380;9;4;38;5;10;;;-39;0;0 390;14;10;;390;13;5;39;1;7;;;-40;0;0 400;11;8;;400;10;4;40;1;6;;;-41;0;1 reste;229;254;;;;;reste;1231;1786;;;-42;0;0 total;1301;2486;;t30;37;270;total;1301;2486;;;-43;0;1 diagr;1071;2215;;t60;116;378;diagr;69;683;;;-44;0;0 - t30;1031;1618;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;947;1377;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;5 ;;;;;;;;;;;;total;12;414 ;;;;;;;;;;;;-52;1; </pre> ====spl intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_négatifs_S-|spl intercalaires négatifs S-]] 9.6.21 Paris <pre> spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;2;;5;;;;2;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;12 continu;126;0;0;136;0;0;10;46;0;8;28;0;5;15;0;3;8;0;1;7;0;0;4;0;0;2;0;1;2;0;0;3;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;5;414 </pre> *14.8.21 Paris <pre> 14.8.21 Paris;spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;5;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;12 ;Sc-;126;0;0;136;0;0;10;46;0;8;28;0;5;15;0;3;8;0;1;7;0;0;4;0;0;2;0;1;2;0;0;3;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;5;414 </pre> ====spl autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires|spl autres intercalaires]] <pre> spl;autres intercalaires;;adresses1;;;spl;autres intercalaires;;adresses2;;;spl;autres intercalaires;;adresses3;;;spl;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;43968;614;comp;;deb;°CDS;1337892;500;;;deb;°CDS;2379066;152;;;deb;°CDS;3757370;157;comp ;$rRNA;45140;349;;;;&tRNA;1339706;52;comp;;;&tRNA;2379767;13;;;;&tRNA;3757983;103;comp ;$rRNA;47032;132;;;;&tRNA;1339834;539;comp;;;&tRNA;2379856;85;;;;&tRNA;3758163;114;comp ;$rRNA;50059;1319;;;;&tRNA;1340449;52;comp;;;&tRNA;2380015;530;;;fin;°CDS;3758364;;comp ;$rRNA;51494;349;;;;&tRNA;1340577;545;comp;;fin;°CDS;2380631;;;;deb;°CDS;3834636;162;comp ;$rRNA;53386;132;;;deb;°CDS;1341198;34;;;deb;°CDS;2548825;595;;;;&tRNA;3835257;51;comp ;$rRNA;56413;339;;;;&tRNA;1342467;52;comp;;;&tRNA;2550857;13;;;;&tRNA;3835383;131;comp fin;°CDS;56868;;comp;;;&tRNA;1342595;441;comp;;;&tRNA;2550946;95;;;;&tRNA;3835599;20;comp deb;°CDS;146328;-16;comp;;fin;°CDS;1343112;;comp;;;&tRNA;2551115;634;;;;&tRNA;3835694;96;comp ;regulatory;146483;188;comp;;deb;°CDS;1455613;913;;;;&tRNA;2551835;95;;;;&tRNA;3835875;49;comp fin;°CDS;146933;;;;;&tRNA;1456724;21;;;;&tRNA;2552004;479;;;;&tRNA;3835999;211;comp deb;°CDS;181132;687;comp;;;&tRNA;1456837;30;;;;&tRNA;2552569;132;;;;&tRNA;3836295;5;comp ;$rRNA;182275;74;;;;&tRNA;1456944;32;;;;&tRNA;2552775;545;;;;&tRNA;3836377;47;comp ;&tRNA;183892;65;;;;&tRNA;1457053;30;;;fin;°CDS;2553406;;comp;;;&tRNA;3836499;55;comp ;&tRNA;184034;371;;;;&tRNA;1457160;33;;;deb;°CDS;2556685;89;;;;&tRNA;3836639;5;comp ;$rRNA;184481;132;;;;&tRNA;1457270;9;;;;&tRNA;2558019;184;;;;&tRNA;3836721;47;comp ;$rRNA;187508;100;;;;&tRNA;1457356;76;;;fin;°CDS;2558294;;comp;;;&tRNA;3836843;55;comp ;&tRNA;187724;606;;;;&tRNA;1457524;35;;;deb;°CDS;2716829;98;;;;&tRNA;3836983;495;comp fin;°CDS;188407;;;;;&tRNA;1457636;9;;;;&tRNA;2717566;178;;;fin;°CDS;3837555;;comp deb;°CDS;190429;234;comp;;;&tRNA;1457722;1058;;;fin;°CDS;2717834;;comp;;deb;°CDS;3862357;180;comp ;&tRNA;191614;8;;;fin;°CDS;1458872;;;;deb;°CDS;2758794;192;comp;;;&tRNA;3862885;167;comp ;&tRNA;191698;35;;;deb;°CDS;1564741;165;comp;;;&tRNA;2759262;128;comp;;;&tRNA;3863129;160;comp ;&tRNA;191818;195;;;;tmRNA;1566139;110;comp;;;&tRNA;2759496;128;comp;;fin;°CDS;3863366;;comp fin;°CDS;192087;;;;fin;°CDS;1566605;;comp;;;&tRNA;2759730;189;comp;;deb;°CDS;3865578;454; deb;°CDS;233942;647;;;deb;°CDS;1625951;581;comp;;;&tRNA;2759996;45;comp;;;$rRNA;3867049;132;comp ;$rRNA;235186;384;;;;&tRNA;1627363;176;comp;;;&tRNA;2760118;2;comp;;;$rRNA;3867297;348;comp ;$rRNA;237113;132;;;fin;°CDS;1627615;;comp;;;&tRNA;2760197;35;comp;;;$rRNA;3870540;807;comp ;$rRNA;240140;454;;;deb;°CDS;1769998;257;comp;;;&tRNA;2760309;13;comp;;fin;°CDS;3872890;; deb;°CDS;240710;1908;comp;;;&tRNA;1770483;37;;;;&tRNA;2760399;353;comp;;deb;°CDS;3879732;289;comp ;$rRNA;243635;348;;;;&tRNA;1770596;37;;;fin;°CDS;2760829;;comp;;;&tRNA;3882154;187; ;$rRNA;245526;133;;;;&tRNA;1770709;37;;;deb;°CDS;2858049;291;comp;;fin;°CDS;3882417;;comp ;$rRNA;248554;68;;;;&tRNA;1770822;37;;;;&tRNA;2858823;30;;;deb;°CDS;3930329;122;comp ;&tRNA;248738;17;;;;&tRNA;1770935;37;;;;&tRNA;2858938;85;;;;regulatory;3932305;233;comp ;$rRNA;248831;703;;;;&tRNA;1771048;37;;;;&tRNA;2859108;107;;;fin;°CDS;3932761;;comp fin;°CDS;249650;;;;;&tRNA;1771161;37;;;;&tRNA;2859300;107;;;deb;°CDS;4051244;82; deb;°CDS;282426;135;;;;&tRNA;1771274;37;;;;&tRNA;2859492;315;;;;ncRNA;4051647;251; ;ncRNA;283404;313;;;;&tRNA;1771387;37;;;fin;°CDS;2859892;;;;fin;°CDS;4052080;;comp fin;°CDS;284069;;comp;;;&tRNA;1771500;39;;;deb;°CDS;2863253;1011;comp;;deb;°CDS;4130284;211;comp deb;°CDS;413908;236;comp;;;&tRNA;1771615;705;;;;&tRNA;2866268;45;;;;regulatory;4131260;506;comp ;&tRNA;416766;39;;;deb;°CDS;1772396;104;;;;&tRNA;2866389;41;;;fin;°CDS;4131919;;comp ;&tRNA;416882;41;;;;&tRNA;1773910;80;;;;&tRNA;2866506;26;;;deb;°CDS;4146436;183; ;&tRNA;416999;58;;;;&tRNA;1774066;102;;;;&tRNA;2866608;32;;;;regulatory;4146892;94; ;&tRNA;417134;320;;;;&tRNA;1774244;102;;;;&tRNA;2866716;33;;;fin;°CDS;4147086;; fin;°CDS;417531;;comp;;;&tRNA;1774422;102;;;;&tRNA;2866825;40;;;deb;°CDS;4330369;663;comp deb;°CDS;492003;1178;comp;;;&tRNA;1774600;102;;;;&tRNA;2866941;187;;;;&tRNA;4331488;20;comp ;$rRNA;493715;349;;;;&tRNA;1774778;102;;;fin;°CDS;2867204;;;;;&tRNA;4331584;13;comp ;$rRNA;495607;132;;;;&tRNA;1774956;102;;;deb;°CDS;2904901;188;comp;;;&tRNA;4331694;47;comp ;$rRNA;498634;768;;;;&tRNA;1775134;102;;;;regulatory;2907051;230;comp;;;&tRNA;4331817;47;comp fin;°CDS;499518;;comp;;;&tRNA;1775312;253;;;fin;°CDS;2907380;;comp;;;&tRNA;4331940;15;comp deb;°CDS;550745;-23;;;;&tRNA;1775641;102;;;deb;°CDS;2926979;572;comp;;;&tRNA;4332055;16;comp ;&tRNA;552630;286;comp;;;&tRNA;1775819;102;;;;&tRNA;2929429;97;comp;;;&tRNA;4332147;48;comp fin;°CDS;553011;;;;;&tRNA;1775997;102;;;;&tRNA;2929603;97;comp;;;&tRNA;4332271;113;comp deb;°CDS;640018;155;;;;&tRNA;1776175;102;;;;&tRNA;2929777;83;comp;;fin;°CDS;4332460;;comp ;&tRNA;641376;1172;;;;&tRNA;1776353;47;;;;&tRNA;2929937;124;comp;;deb;°CDS;4446808;66;comp ;&tRNA;642639;789;;;;&tRNA;1776476;977;;;fin;°CDS;2930138;;comp;;;regulatory;4449058;441;comp deb;°CDS;643519;988;;;fin;°CDS;1777529;;comp;;deb;°CDS;3118298;830;comp;;fin;°CDS;4449582;; 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aa1;aa2;aa3;;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls &234;&455;&830;;;;;606;;89;113;; 8;40*3;58*3;;comp’;&234;;195;;98;114;'''deb; 35;&152;59;;comp’;&236;comp’;320;;104;124;<201;9 &236;13;57;;comp’;-23;comp’;286;;152;134;total;18 39;85;58*2;;;&155;;789;;155;160;taux;50% 41;&595;59;;comp’;330;;695;;157;176;; 58;13;58;;comp’;117;;220;;162;187;'''fin; &155;95;59*2;;comp’;&500;comp’;545;;180;193;<201;9 1172;634;&255;;comp’;&34;;441;;192;195;total;21 &500;95;8;;;&913;;1058;;255;216;taux;43% 52;479;63;;;581;;176;;427;220;; 539;132;&157;;comp’;&257;;705;;455;315;'''total; 52;&192;103;;;&104;comp’;977;;572;353;<201;18 &34;128*2;&162;;comp’;136;;134;;581;441;total;39 52;189;51;;;&455;comp’;383;;595;495;taux;46% &913;45;131;;comp’;254;;216;;663;530;; 21;2;20;;;&152;;530;;830;606;; 30;35;96;;;89;comp’;184;;913;695;; 32;13;49;;;98;;178;;'''-;705;; 30;&291;211;;;&595;comp’;545;;'''-;789;; 33;30;5;;;&192;;353;;'''-;1058;'''comp’;'''cumuls 9;85;47;;comp’;&291;;315;;-23;178;'''deb; 76;107*2;55;;comp’;&1011;;187;;34;184;<201;4 35;&1011;5;;;&572;;124;;117;187;total;13 9;45;47;;;&830;;193;;136;286;taux;31% &257;41;55;;;&255;comp’;465;;234;320;'''fin; 37*9;26;&180;;;&157;;114;;236;383;<201;3 39;32;167;;;&162;;495;;254;465;total;10 &104;33;&663;;;&180;;160;;257;545;taux;30% 80;40;20;;comp’;289;comp’;187;;289;545;; 102*7;&572;13;;;&663;;113;;291;977;'''total; 253;97*2;47*2;;;427;;;;330;'''-;<201;7 102*4;83;15;;;;;;;500;'''-;total;23 47;;16;;;;;;;1011;'''-;taux;30% ;;48;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;deb;fin;total ;;;;;;;;;<201;13;12;25 ;;;;;;;;;total;31;31;62 ;;;;;;;;;taux;42%;39%;40% </pre> ===Vibrio parahaemolyticus=== ====vpb opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_opérons|vpb opérons]] <pre> 45.3%GC;6.7.19 Paris;16s 11 ;126;doubles;intercalaires Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr1;; ;33614..35175;;16s;@4;80 ;35256..35331;;gaa;;2 ;35334..35409;;aaa;;30 ;35440..35515;;gta;;55 comp;35571..35768;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;59 ;35828..38743;;23s;;73 ;38817..38932;;5s;; ;;;;; ;49997..50073;;cgg;;32 ;50106..50181;;cac;+;72 ;50254..50330;;cca;2 cac;49 ;50380..50455;;cac;2 cca;24 ;50480..50556;;cca;; ;;;;; comp;400045..400120;;atgi;; ;;;;; ;577971..579532;;16s;;88 ;579621..579696;;gcc;;12 ;579709..579784;;gaa;;258 ;580043..582958;;23s;;73 ;583032..583147;;5s;;30 ;583178..583254;;gac;;35 ;583290..583366;;tgg;; ;;;;; comp;769649..769733;;cta;+;29 comp;769763..769847;;cta;10 cta;47 comp;769895..769971;;atg;4 atg;24 comp;769996..770080;;cta;5 caa;52 comp;770133..770207;;caa;;29 comp;770237..770321;;cta;;53 comp;770375..770451;;atg;;24 comp;770476..770560;;cta;;52 comp;770613..770687;;caa;;29 comp;770717..770801;;cta;;54 comp;770856..770930;;caa;;29 comp;770960..771044;;cta;;35 comp;771080..771154;;caa;;48 comp;771203..771287;;cta;;31 comp;771319..771403;;cta;;77 comp;771481..771557;;atg;;77 comp;771635..771709;;caa;;31 comp;771741..771825;;cta;;40 comp;771866..771942;;atg;; ;;;;; ;786939..787015;;cca;; ;;;;; comp;802315..802391;;agg;; ;;;;; ;910219..910295;;aga;; ;;;;; comp;982089..982173;;tac;+;81 comp;982255..982339;;tac;4 tac;81 comp;982421..982505;;tac;;81 comp;982587..982671;;tac;; ;;;;; ;1124715..1124802;;tcc;; ;;;;; ;1418321..1418397;;gtc;+;32 ;1418430..1418506;;gtc;2gtc; ;;;;; comp;1988127..1988202;;ggc;+;10 comp;1988213..1988299;;tta;2 ggc;76 comp;1988376..1988451;;ggc;;20 comp;1988472..1988545;;tgc;; ;;;;; ;2164082..2164157;;aac;; ;;;;; ;2193593..2193683;;tca;; ;;;;; comp;2547884..2547960;;atgf;;56 comp;2548017..2548100;;ctc;; ;;;;; ;2652092..2652168;;cgt;+;56 comp;2652225..2652301;;cgt;9 cgt;57 comp;2652359..2652435;;cgt;2 agc;57 comp;2652493..2652569;;cgt;;57 comp;2652627..2652703;;cgt;;57 comp;2652761..2652837;;cgt;;56 comp;2652894..2652970;;cgt;;210 comp;2653181..2653257;;cgt;;31 comp;2653289..2653380;;agc;@5;320 comp;2653701..2653777;;cgt;;31 comp;2653809..2653900;;agc;; ;;;;; ;2735697..2735772;;ttc;+;64 ;2735837..2735912;;aca;3 ttc;7 ;2735920..2735995;;ttc;2 aca;70 ;2736066..2736141;;aac;2 aac;71 ;2736213..2736288;;aca;;7 ;2736296..2736371;;ttc;;43 ;2736415..2736490;;aac;; ;;;;; ;2738623..2738698;;ttc;;51 ;2738750..2738825;;aca;+;21 ;2738847..2738922;;aac;2 aca;39 ;2738962..2739037;;aca;2 aac;15 ;2739053..2739128;;aac;; ;;;;; comp;2741263..2741339;;gac;;31 comp;2741371..2741487;;5s;;57 comp;2741545..2741620;;acc;;100 comp;2741721..2741836;;5s;;73 comp;2741910..2744825;;23s;;257 comp;2745083..2745158;;gca;;41 comp;2745200..2745276;;atc;;56 comp;2745333..2746894;;16s;; ;;;;; comp;2755928..2756012;;ttg;; ;;;;; comp;2847646..2847722;;tgg;;68 comp;2847791..2847867;;gac;;30 comp;2847898..2848013;;5s;;73 comp;2848087..2851002;;23s;;258 comp;2851261..2851336;;gaa;;80 comp;2851417..2852978;;16s;; ;;;;; comp;2987485..2987561;;atgf;+;56 comp;2987618..2987693;;ggc;5 atgf;18 comp;2987712..2987788;;atgf;8 ggc;35 comp;2987824..2987899;;ggc;;50 comp;2987950..2988025;;ggc;;49 comp;2988075..2988150;;ggc;;49 comp;2988200..2988275;;ggc;;30 comp;2988306..2988382;;atgf;;55 comp;2988438..2988513;;ggc;;30 comp;2988544..2988620;;atgf;;39 comp;2988660..2988735;;ggc;;19 comp;2988755..2988831;;atgf;;35 comp;2988867..2988942;;ggc;; ;;;;; comp;3060924..3061000;;tgg;;68 comp;3061069..3061145;;gac;;30 comp;3061176..3061291;;5s;;73 comp;3061365..3064280;;23s;;257 comp;3064538..3064613;;gta;;14 comp;3064628..3064703;;gca;;32 comp;3064736..3064811;;aaa;;2 comp;3064814..3064889;;gaa;;80 comp;3064970..3066531;;16s;@3;319 comp;3066851..3066966;;5s;;73 comp;3067040..3069955;;23s;;261 comp;3070217..3071778;;16s;; ;;;;; comp;3105094..3105169;;acc;;13 comp;3105183..3105257;;gga;;35 comp;3105293..3105377;;tac;;36 comp;3105414..3105489;;aca;; ;;;;; comp;3111073..3111149;;gac;;30 comp;3111180..3111295;;5s;;73 comp;3111369..3114284;;23s;;261 comp;3114546..3116107;;16s;@1;317 comp;3116425..3116540;;5s;;73 comp;3116614..3119529;;23s;;261 comp;3119791..3121352;;16s;; ;;;;; comp;3175944..3176034;;tca;;69 comp;3176104..3176219;;5s;;73 comp;3176293..3179211;;23s;;257 comp;3179469..3179544;;gca;;41 comp;3179586..3179662;;atc;;56 comp;3179719..3181280;;16s;@2; ;;;;; comp;3217187..3217263;;gac;;30 comp;3217294..3217409;;5s;;73 comp;3217483..3220398;;23s;;59 ;3220458..3220655;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;55 comp;3220711..3220786;;gta;;30 comp;3220817..3220892;;aaa;;2 comp;3220895..3220970;;gaa;;80 comp;3221051..3222612;;16s;; Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr2;; ;132908..134469;;16s;;80 ;134550..134625;;gaa;;2 ;134628..134703;;aaa;;16 ;134720..134795;;gca;;14 ;134810..134885;;gta;;54 comp;134940..135122;;MTSHQSCLQFLNMMQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKLLKS;CDS 180;19 ;135142..138059;;23s;;73 ;138133..138248;;5s;;69 ;138318..138408;;tca;; ;;;;; comp;192886..192969;;ctc;; ;;;;; comp;591931..592021;;tca;; ;;;;; comp;1009457..1009530;;tgc;;73 comp;1009604..1009690;;tta;; ;;;;; comp;1021568..1021641;;tgc;;73 comp;1021715..1021801;;tta;; ;;;;; comp;1029973..1030048;;ggc;;3 comp;1030052..1030125;;tgc;; </pre> ====vpb cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_cumuls|vpb cumuls]] <pre> vpb cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;9;8;50;;20;;200; ;16 atc gca;2;40;24;4;100;;40;;300; ;16 23 5s a;1;60;21;2;150;;60;;400; ;max a;6;80;9;2;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;3;0;250;;100;;600; ;spéciaux;6;120;0;0;300;;120;;700; ;total aas;33;140;0;0;350;;140;;800; sans ;opérons;25;160;0;0;400;;160;;900; ;1 aa;11;180;0;0;450;;180;;1000; ;max a;19;200;0;0;500;;200;;1100; ;a doubles;8;;1;0;;;;;; ;total aas;93;;67;16;;0;;0;;0 total aas;;126;;;;;;;;; remarques;;5;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;46;26;;;;;; ;;;variance;29;22;;;;;; sans jaune;;;moyenne;43;;;;;;; ;;;variance;17;;;;;;; </pre> ====vpb blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_blocs|vpb blocs]] <pre> vpb blocs;;;;;;; 16s;80;16s;80;16s;80;; gaa;2;gaa;2;gaa;2;; aaa;30;aaa;30;aaa;16;; gta;55;gta;55;gca;14;; cds 198;59;cds 198;59;gta;54;; 23s;73;23s;73;cds 180;19;; 5s;;5s;30;23s;73;; ;;gac;;5s;69;; ;;;;tca;;; ;;;;;;; 16s;56;16s;56;16s;88;16s;80 atc;41;atc;41;gcc;12;gaa;258 gca;257;gca;257;gaa;258;23s;73 23s;73;23s;73;23s;73;5s;30 5s;100;5s;69;5s;30;gac; acc;57;tca;;gac;;; 5s;31;;;;;; gac;;;;;;; ;;;;;;; 16s;261;16s;261;;;; 23s;73;23s;73;;;; 5s;319;5s;317;;;; 16s;80;16s;261;;;; gaa;2;23s;73;;;; aaa;32;5s;30;;;; gca;14;gac;;;;; gta;257;;;;;; 23s;73;;;;;; 5s;30;;;;;; gac;;;;;;; </pre> ====vpb distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_distribution|vpb distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;ggc4;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;4;ggc4;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;;ggc4;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;acc 5s + 1 >a;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;8;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;7;tca 2 5s+ 2 a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;4;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;6;cca;2;caa;5;cga;;;cta;4;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;4;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total vpb;;11;;;;;11;;vpb;60;;;;;;60;;vpb;22;;;;;;22;;vpb;;;;12;;;12 </pre> ====vpb1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_données_intercalaires|vpb1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;vpb1;fx;fc;vpb1;fx40;fc40;vpb1;x-;c-;c;x;c;x;;c;x;;c;x; ;0;0;1;9;0;1;9;-1;;83;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;suite; ;0;10;12;254;1;2;25;-2;;0;284;337;97;;gcc;32;;cgg;64;;ttc ;3;20;12;187;2;1;45;-3;;0;140;243;2* 65;;atc;72;;cac;7;;aca ;0;30;9;114;3;2;36;-4;2;115;366;139;4* 89;;gaa;49;;cac;70;;ttc ;0;40;16;74;4;1;16;-5;;0;18;259;tRNA 23s;;;24;;cac;71;;aac ;1;50;26;58;5;0;24;-6;1;0;268;290;2* 264;;gca;**;;cac;7;;aca ;0;60;35;45;6;1;8;-7;;7;179;203;2* 265;;gaa;29;;cta;43;;ttc ;0;70;57;54;7;1;15;-8;1;41;50;477;264;;gta;47;;cta;**;;aac ;0;80;56;57;8;2;21;-9;;0;144;282;2* 319;;gta;24;;atgj;51;;ttc ;0;90;48;57;9;1;44;-10;;4;457;95;5s tRNA;;;52;;cta;21;;aca 3;1;100;36;48;10;1;20;-11;2;29;179;587;5* 30;;gac;29;;caa;39;;aac ;1;110;36;60;11;1;25;-12;;0;736;168;31;;gac;53;;cta;15;;aca ;0;120;20;53;12;0;31;-13;;3;390;135;100;;acc;24;;atgj;**;;aac ;0;130;33;50;13;0;21;-14;;21;327;302;69;;tca;52;;cta;56;;atgf 2;1;140;22;38;14;1;23;-15;1;0;153;456;tRNA 5s;;;29;;caa;18;;ggc ;1;150;15;47;15;2;18;-16;;1;227;620;57;;acc;54;;cta;35;;atgf ;2;160;13;47;16;0;9;-17;;12;15;96;tRNA tRNA;intra;;29;;caa;50;;ggc 1;0;170;16;47;17;1;19;-18;;0;569;206;2;;gaa;35;;cta;49;;ggc ;2;180;11;42;18;3;17;-19;;2;243;497;30;;aaa;48;;caa;49;;ggc ;1;190;18;31;19;2;8;-20;;10;11;964;**;;gta;31;;cta;30;;ggc ;0;200;16;31;20;2;16;-21;1;0;243;93;12;;gcc;77;;cta;55;;atgf 2;0;210;9;26;21;2;14;-22;1;2;100;;**;;gaa;77;;atgj;30;;ggc ;0;220;15;21;22;0;8;-23;;5;272;;41;;gca;31;;caa;39;;atgf ;1;230;14;26;23;0;9;-24;;0;234;;**;;atc;40;;cta;19;;ggc ;1;240;8;21;24;1;20;-25;;1;565;;14;;gta;**;;atgj;35;;atgf 1;2;250;8;22;25;0;10;-26;;1;190;;32;;gca;81;;tac;**;;ggc 1;0;260;12;15;26;1;15;-27;;0;156;;2;;aaa;81;;tac;13;;acc ;1;270;15;17;27;1;6;-28;;0;103;;**;;gaa;81;;tac;35;;gga ;1;280;8;12;28;1;18;-29;;2;CDS 16s;;41;;gca;**;;tac;36;;tac 2;1;290;12;15;29;2;5;-30;;0;454;556;**;;atc;32;;gtc;**;;aca ;0;300;9;19;30;1;9;-31;;0;504;496;30;;gta;**;;gtc;;; 1;0;310;7;18;31;1;11;-32;;1;487;;2;;aaa;10;;ggc;;; ;0;320;12;6;32;1;11;-33;;0;575;;**;;gaa;76;;tta;;; ;1;330;6;8;33;3;6;-34;;1;817;;tRNA tRNA;contig;;20;;ggc;;; 1;0;340;4;6;34;4;9;-35;;2;472;;35;;gac;**;;tgc;;; ;0;350;11;8;35;0;5;-36;;0;5s 16s;;**;;tgg;56;;atgf;;; ;0;360;7;4;36;0;10;-37;;0;319;;2* 68;;tgg;**;;ctc;;; ;1;370;8;6;37;2;6;-38;;0;317;;**;;gac;56;;cgt;;; ;0;380;5;4;38;1;6;-39;;0;16s 23s;;;;;57;;cgt;;; ;1;390;7;3;39;2;6;-40;;0;3* 277;;;;;57;;cgt;;; ;0;400;7;4;40;2;4;-41;1;0;23s 5s;;;;;57;;cgt;;; 6;4;reste;90;93;reste;732;1119;-42;;0;10* 91;;;;;57;;cgt;;; 20;27;total;782;1757;total;782;1757;-43;;0;5s CDS;;;;;56;;cgt;;; 14;23;diagr;691;1655;diagr;49;629;-44;1;0;;110;;;;210;;cgt;;; 0;3;t30;33;555;;;;-45;;0;;;;;;31;;cgt;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;**;;agc;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;;;;;;31;;cgt;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;**;;agc;;; ;x;781;13;1;795;;;-49;;0;;;;;;;;;;; ;c;1748;344;9;2101;;;-50;;1;;;;;;;;;;; ;;;;;2896;203;;reste;1;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;3099;;total;13;344;;;;;;;;;;; </pre> ====vpb2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_données_intercalaires|vpb2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;vpb2;fx;fc;vpb2;fx40;fc40;vpb2;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;11;0;1;11;-1;;50;32;501;16s tRNA;; ;0;10;11;116;1;0;18;-2;1;0;843;563;89;;gaa ;0;20;6;71;2;1;16;-3;;0;356;24;tRNA 23s;; 1;0;30;11;46;3;2;7;-4;4;53;221;329;263;;gta 1;1;40;8;27;4;1;6;-5;;0;222;678;5s tRNA;; ;0;50;17;21;5;0;4;-6;1;0;;537;69;;tca ;0;60;14;28;6;0;6;-7;;1;;314;tRNA tRNA;intra; ;0;70;29;30;7;1;4;-8;;23;;34;2;;gaa ;0;80;39;25;8;1;8;-9;;0;CDS 16s;;16;;aaa ;0;90;32;33;9;3;29;-10;;1;468;;14;;gca ;0;100;28;24;10;2;18;-11;1;11;;;**;;gta ;0;110;24;18;11;0;14;-12;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;; ;0;120;29;19;12;1;13;-13;;1;91;;73;;tgc ;0;130;18;17;13;1;5;-14;3;6;;;**;;tta ;0;140;11;16;14;0;6;-15;;0;;;73;;tgc ;0;150;16;15;15;1;8;-16;;0;;;**;;tta ;0;160;15;30;16;0;4;-17;;6;;;3;;ggc ;0;170;10;19;17;0;2;-18;;0;;;**;;tgc ;0;180;8;23;18;1;9;-19;;1;;;;; ;0;190;11;17;19;2;3;-20;;2;;;;; ;0;200;7;3;20;0;7;-21;;0;;;;; ;0;210;14;16;21;1;7;-22;;0;;;;; ;0;220;9;14;22;1;6;-23;1;2;;;;; ;2;230;9;13;23;0;4;-24;;0;;;;; ;0;240;13;18;24;0;5;-25;;0;;;;; ;0;250;14;9;25;1;4;-26;;4;;;;; ;0;260;12;7;26;1;4;-27;;0;;;;; ;0;270;11;9;27;3;4;-28;;0;;;;; ;0;280;6;8;28;2;6;-29;;2;;;;; ;0;290;7;6;29;0;3;-30;;0;;;;; ;0;300;3;9;30;2;3;-31;;0;;;;; ;0;310;2;6;31;0;3;-32;;1;;;;; 1;0;320;6;3;32;0;5;-33;;0;;;;; 1;0;330;8;3;33;1;3;-34;;0;;;;; ;0;340;5;8;34;1;2;-35;;1;;;;; ;0;350;1;8;35;1;2;-36;;0;;;;; ;1;360;6;8;36;1;1;-37;;0;;;;; ;0;370;5;2;37;1;3;-38;;1;;;;; ;0;380;7;2;38;1;1;-39;1;0;;;;; ;0;390;3;5;39;2;2;-40;;1;;;;; ;0;400;4;2;40;0;5;-41;;0;;;;; 4;1;reste;71;63;reste;524;557;-42;;0;;;;; 8;5;total;561;828;total;561;828;-43;;0;;;;; 4;4;diagr;489;754;diagr;36;260;-44;;0;;;;; 1;0;t30;28;233;;;;-45;;0;;;;; ;;;;;;;;-46;;1;;;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;; ;x;560;14;1;575;;;-49;;0;;;;; ;c;817;171;11;999;;;-50;;3;;;;; ;;;;;1574;32;;reste;1;0;;;;; ;;;;;;1606;;total;14;171;;;;; </pre> =====vpb1 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_autres_intercalaires_aas|vpb1 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vpb1;;;;; deb;;CDS;32632;33159;454;*; ;;rRNA;33614;35166;89;*;1553 ;;tRNA;35256;35331;2;*;gaa ;;tRNA;35334;35409;30;*;aaa ;;tRNA;35440;35515;319;*;gta ;;rRNA;35835;38725;91;*;2891 ;;rRNA;38817;38932;110;*;116 fin;comp;CDS;39043;39933;;0; deb;comp;CDS;49246;49659;337;*; ;;tRNA;49997;50073;32;*;cgg ;;tRNA;50106;50181;72;*;cac ;;tRNA;50254;50330;49;*;cac ;;tRNA;50380;50455;24;*;cac ;;tRNA;50480;50556;243;*;cac fin;comp;CDS;50800;51525;;0; deb;;CDS;330209;330847;37;*; ;;regulatory;330885;331020;72;*; fin;;CDS;331093;332085;;; deb;comp;CDS;398957;399760;284;*; ;comp;tRNA;400045;400120;140;*;atgi fin;comp;CDS;400261;402123;;; deb;;CDS;447282;448145;166;*; ;;ncRNA;448312;448741;175;*; fin;;CDS;448917;449867;;; deb;comp;CDS;503781;504251;439;*; ;;misc_f;504691;504810;54;*; fin;;CDS;504865;507324;;; deb;comp;CDS;568478;569656;13;*; ;comp;misc_f;569670;569792;107;*; fin;comp;CDS;569900;570226;;; deb;;CDS;574893;577466;504;*; ;;rRNA;577971;579523;97;*;1553 ;;tRNA;579621;579696;12;*;gcc ;;tRNA;579709;579784;265;*;gaa ;;rRNA;580050;582940;91;*;2891 ;;rRNA;583032;583147;30;*;116 ;;tRNA;583178;583254;35;*;gac ;;tRNA;583290;583366;366;*;tgg fin;;CDS;583733;584065;;; deb;comp;CDS;670277;672010;111;*; ;comp;tmRNA;672122;672489;67;*; fin;comp;CDS;672557;673042;;0; deb;;CDS;768334;769509;139;*; ;comp;tRNA;769649;769733;29;*;cta ;comp;tRNA;769763;769847;47;*;cta ;comp;tRNA;769895;769971;24;*;atgj ;comp;tRNA;769996;770080;52;*;cta ;comp;tRNA;770133;770207;29;*;caa ;comp;tRNA;770237;770321;53;*;cta ;comp;tRNA;770375;770451;24;*;atgj ;comp;tRNA;770476;770560;52;*;cta ;comp;tRNA;770613;770687;29;*;caa ;comp;tRNA;770717;770801;54;*;cta ;comp;tRNA;770856;770930;29;*;caa ;comp;tRNA;770960;771044;35;*;cta ;comp;tRNA;771080;771154;48;*;caa ;comp;tRNA;771203;771287;31;*;cta ;comp;tRNA;771319;771403;77;*;cta ;comp;tRNA;771481;771557;77;*;atgj ;comp;tRNA;771635;771709;31;*;caa ;comp;tRNA;771741;771825;40;*;cta ;comp;tRNA;771866;771942;18;*;atgj fin;comp;CDS;771961;772221;;; deb;comp;CDS;786539;786679;259;*; ;;tRNA;786939;787015;290;*;cca fin;comp;CDS;787306;788178;;0; deb;comp;CDS;801540;802046;268;*; ;comp;tRNA;802315;802391;179;*;agg fin;comp;CDS;802571;803704;;0; deb;comp;CDS;909155;910015;203;*; ;;tRNA;910219;910295;50;*;aga fin;;CDS;910346;910864;;; deb;;CDS;980739;981611;477;*; ;comp;tRNA;982089;982173;81;*;tac ;comp;tRNA;982255;982339;81;*;tac ;comp;tRNA;982421;982505;81;*;tac ;comp;tRNA;982587;982671;282;*;tac fin;;CDS;982954;984048;;; deb;;CDS;997215;999218;137;*; ;;ncRNA;999356;999452;132;*; fin;;CDS;999585;1000319;;0; deb;comp;CDS;1081601;1082191;116;*; ;comp;regulatory;1082308;1082397;266;*; fin;comp;CDS;1082664;1083668;;; deb;;CDS;1124121;1124570;144;*; ;;tRNA;1124715;1124802;457;*;tcc fin;;CDS;1125260;1126897;;; deb;comp;CDS;1170475;1170882;597;*; ;;regulatory;1171480;1171660;113;*; fin;;CDS;1171774;1173375;;0; deb;comp;CDS;1176029;1176982;364;*; ;;misc_f;1177347;1177484;54;*; fin;;CDS;1177539;1178435;;; deb;;CDS;1417803;1418141;179;*; ;;tRNA;1418321;1418397;32;*;gtc ;;tRNA;1418430;1418506;95;*;gtc fin;comp;CDS;1418602;1419771;;; deb;comp;CDS;1803089;1803247;528;*; ;;regulatory;1803776;1803877;118;*; fin;;CDS;1803996;1805372;;0; deb;comp;CDS;1984514;1987390;736;*; ;comp;tRNA;1988127;1988202;10;*;ggc ;comp;tRNA;1988213;1988299;76;*;tta ;comp;tRNA;1988376;1988451;20;*;ggc ;comp;tRNA;1988472;1988545;390;*;tgc fin;comp;CDS;1988936;1989493;;; deb;;CDS;2000638;2000763;-54;*; ;;misc_f;2000710;2000813;125;*; fin;;CDS;2000939;2002516;;; deb;comp;CDS;2157175;2158164;-12;*; ;comp;regulatory;2158153;2158286;173;*; fin;;CDS;2158460;2159353;;0; deb;comp;CDS;2161464;2163494;587;*; ;;tRNA;2164082;2164157;327;*;aac fin;;CDS;2164485;2165063;;; deb;;CDS;2191631;2193439;153;*; ;;tRNA;2193593;2193683;168;*;tca fin;comp;CDS;2193852;2194760;;0; deb;comp;CDS;2547201;2547656;227;*; ;comp;tRNA;2547884;2547960;56;*;atgf ;comp;tRNA;2548017;2548100;15;*;ctc fin;comp;CDS;2548116;2548454;;; deb;comp;CDS;2651265;2651522;569;*; ;comp;tRNA;2652092;2652168;56;*;cgt ;comp;tRNA;2652225;2652301;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652359;2652435;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652493;2652569;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652627;2652703;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652761;2652837;56;*;cgt ;comp;tRNA;2652894;2652970;210;*;cgt ;comp;tRNA;2653181;2653257;31;*;cgt ;comp;tRNA;2653289;2653380;243;*;agc deb;comp;CDS;2653624;2653689;11;*; ;comp;tRNA;2653701;2653777;31;*;cgt ;comp;tRNA;2653809;2653900;243;*;agc fin;comp;CDS;2654144;2654341;;; deb;;CDS;2699087;2699395;8;*; ;;ncRNA;2699404;2699588;4;*; fin;;CDS;2699593;2700186;;; deb;;CDS;2734457;2735596;100;*; ;;tRNA;2735697;2735772;64;*;ttc ;;tRNA;2735837;2735912;7;*;aca ;;tRNA;2735920;2735995;70;*;ttc ;;tRNA;2736066;2736141;71;*;aac ;;tRNA;2736213;2736288;7;*;aca ;;tRNA;2736296;2736371;43;*;ttc ;;tRNA;2736415;2736490;272;*;aac deb;;CDS;2736763;2738388;234;*; ;;tRNA;2738623;2738698;51;*;ttc ;;tRNA;2738750;2738825;21;*;aca ;;tRNA;2738847;2738922;39;*;aac ;;tRNA;2738962;2739037;15;*;aca ;;tRNA;2739053;2739128;135;*;aac deb;comp;CDS;2739264;2740697;565;*; ;comp;tRNA;2741263;2741339;31;*;gac ;comp;rRNA;2741371;2741487;57;*;117 ;comp;tRNA;2741545;2741620;100;*;acc ;comp;rRNA;2741721;2741836;91;*;116 ;comp;rRNA;2741928;2744818;264;*;2891 ;comp;tRNA;2745083;2745158;41;*;gca ;comp;tRNA;2745200;2745276;65;*;atc ;comp;rRNA;2745342;2746894;487;*;1553 fin;comp;CDS;2747382;2748635;;; deb;;CDS;2754342;2755625;302;*; ;comp;tRNA;2755928;2756012;190;*;ttg fin;comp;CDS;2756203;2756868;;0; deb;comp;CDS;2838215;2839336;326;*; ;;regulatory;2839663;2839841;102;*; fin;;CDS;2839944;2841296;;0; deb;;CDS;2847001;2847189;456;*; ;comp;tRNA;2847646;2847722;68;*;tgg ;comp;tRNA;2847791;2847867;30;*;gac ;comp;rRNA;2847898;2848013;91;*;116 ;comp;rRNA;2848105;2850995;265;*;2891 ;comp;tRNA;2851261;2851336;89;*;gaa ;comp;rRNA;2851426;2852978;575;*;1553 fin;comp;CDS;2853554;2854333;;; deb;;CDS;2985737;2986864;620;*; ;comp;tRNA;2987485;2987561;56;*;atgf ;comp;tRNA;2987618;2987693;18;*;ggc ;comp;tRNA;2987712;2987788;35;*;atgf ;comp;tRNA;2987824;2987899;50;*;ggc ;comp;tRNA;2987950;2988025;49;*;ggc ;comp;tRNA;2988075;2988150;49;*;ggc ;comp;tRNA;2988200;2988275;30;*;ggc ;comp;tRNA;2988306;2988382;55;*;atgf ;comp;tRNA;2988438;2988513;30;*;ggc ;comp;tRNA;2988544;2988620;39;*;atgf ;comp;tRNA;2988660;2988735;19;*;ggc ;comp;tRNA;2988755;2988831;35;*;atgf ;comp;tRNA;2988867;2988942;156;*;ggc fin;comp;CDS;2989099;2989644;;0; deb;;CDS;3060116;3060827;96;*; ;comp;tRNA;3060924;3061000;68;*;tgg ;comp;tRNA;3061069;3061145;30;*;gac ;comp;rRNA;3061176;3061291;91;*;116 ;comp;rRNA;3061383;3064273;264;*;2891 ;comp;tRNA;3064538;3064613;14;*;gta ;comp;tRNA;3064628;3064703;32;*;gca ;comp;tRNA;3064736;3064811;2;*;aaa ;comp;tRNA;3064814;3064889;89;*;gaa ;comp;rRNA;3064979;3066531;319;*;1553 ;comp;rRNA;3066851;3066966;91;*;116 ;comp;rRNA;3067058;3069948;277;*;2891 ;comp;rRNA;3070226;3071778;817;*;1553 fin;comp;CDS;3072596;3074731;;; deb;comp;CDS;3103806;3104990;103;*; ;comp;tRNA;3105094;3105169;13;*;acc ;comp;tRNA;3105183;3105257;35;*;gga ;comp;tRNA;3105293;3105377;36;*;tac ;comp;tRNA;3105414;3105489;206;*;aca fin;;CDS;3105696;3106619;;0; deb;;CDS;3109235;3110575;497;*; ;comp;tRNA;3111073;3111149;30;*;gac ;comp;rRNA;3111180;3111295;91;*;116 ;comp;rRNA;3111387;3114277;277;*;2891 ;comp;rRNA;3114555;3116107;317;*;1553 ;comp;rRNA;3116425;3116540;91;*;116 ;comp;rRNA;3116632;3119522;277;*;2891 ;comp;rRNA;3119800;3121352;556;*;1553 fin;;CDS;3121909;3122364;;1; deb;comp;CDS;3123914;3125749;55;*; ;comp;regulatory;3125805;3126005;184;*; fin;;CDS;3126190;3127299;;0; deb;;CDS;3173798;3174979;964;*; ;comp;tRNA;3175944;3176034;69;*;tca ;comp;rRNA;3176104;3176219;91;*;116 ;comp;rRNA;3176311;3179204;264;*;2894 ;comp;tRNA;3179469;3179544;41;*;gca ;comp;tRNA;3179586;3179662;65;*;atc ;comp;rRNA;3179728;3181280;472;*;1553 fin;comp;CDS;3181753;3182466;;; deb;comp;CDS;3213224;3215164;168;*; ;comp;regulatory;3215333;3215431;61;*; fin;comp;CDS;3215493;3215876;;0; deb;;CDS;3216111;3217093;93;*; ;comp;tRNA;3217187;3217263;30;*;gac ;comp;rRNA;3217294;3217409;91;*;116 ;comp;rRNA;3217501;3220391;319;*;2891 ;comp;tRNA;3220711;3220786;30;*;gta ;comp;tRNA;3220817;3220892;2;*;aaa ;comp;tRNA;3220895;3220970;89;*;gaa ;comp;rRNA;3221060;3222612;496;*;1553 fin;;CDS;3223109;3223657;;0; </pre> =====vpb2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_autres_intercalaires_aas|vpb2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vpb2;;;;; deb;comp;CDS;126972;127829;96;*; ;comp;regulatory;127926;128033;312;*; fin;;CDS;128346;129731;;; deb;;CDS;131915;132439;468;*; ;;rRNA;132908;134460;89;*;1553 ;;tRNA;134550;134625;2;*;gaa ;;tRNA;134628;134703;16;*;aaa ;;tRNA;134720;134795;14;*;gca ;;tRNA;134810;134885;263;*;gta ;;rRNA;135149;138041;91;*;2893 ;;rRNA;138133;138248;69;*;116 ;;tRNA;138318;138408;501;*;tca fin;comp;CDS;138910;139266;;; deb;comp;CDS;192242;192853;32;*; ;comp;tRNA;192886;192969;563;*;ctc fin;;CDS;193533;194741;;0; deb;;CDS;590953;591906;24;*; ;comp;tRNA;591931;592021;329;*;tca fin;;CDS;592351;593031;;0; deb;comp;CDS;1006811;1008613;843;*; ;comp;tRNA;1009457;1009530;73;*;tgc ;comp;tRNA;1009604;1009690;678;*;tta fin;;CDS;1010369;1012618;;0; deb;comp;CDS;1019688;1021211;356;*; ;comp;tRNA;1021568;1021641;73;*;tgc ;comp;tRNA;1021715;1021801;537;*;tta fin;;CDS;1022339;1023970;;; deb;comp;CDS;1028849;1029751;221;*; ;comp;tRNA;1029973;1030048;3;*;ggc ;comp;tRNA;1030052;1030125;222;*;tgc fin;comp;CDS;1030348;1031802;;; deb;comp;CDS;1124360;1124878;314;*; ;;tRNA;1125193;1125267;34;*;gga fin;comp;CDS;1125302;1126159;;; deb;;CDS;1291846;1292463;104;*; ;;regulatory;1292568;1292708;113;*; fin;;CDS;1292822;1293478;;; deb;;CDS;1311512;1311652;298;*; ;;regulatory;1311951;1312050;89;*; fin;;CDS;1312140;1313153;;; deb;;CDS;1632173;1633153;424;*; ;;regulatory;1633578;1633682;100;*; fin;;CDS;1633783;1635246;;0; </pre> ===Escherichia albertii=== ====eal opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal opérons]] <pre> 49.6%GC;10.3.19 Paris;16s 7;89;doubles;intercalaires Escherichia albertii;;;;; ;219063..219144;;tac;+;212 ;219357..219438;;tac;2 tac; ;;;;; ;413135..413219;;tcc;; ;;;;; ;462888..462972;;tca;; ;;;;; comp;489120..489191;;gga;;6 comp;489198..489270;;aca;; ;;;;; ;615149..615233;;tcc;; ;;;;; comp;756823..756895;;aaa;+;5 comp;756901..756973;;gta;3 aaa ;48 comp;757022..757094;;aaa;2 gta;5 comp;757100..757172;;gta;;48 comp;757221..757293;;aaa;; ;;;;; ;834529..834602;;atgj;+;10 ;834613..834694;;cta;2atgj ;26 ;834721..834792;;caa;2caa ;37 ;834830..834901;;caa;2 cag;18 ;834920..834993;;atgj;;51 ;835045..835116;;cag;;35 ;835152..835223;;cag;; ;;;;; comp;968958..969031;;aga;; ;;;;; comp;1192416..1192488;;acg;; ;;;;; comp;1269526..1269599;;gac;; ;;;;; comp;1277040..1277113;;gac;;52 comp;1277166..1277285;;5s;@1;169 comp;1277455..1280377;;23s;;186 comp;1280564..1280636;;gca;;45 comp;1280682..1280755;;atc;;70 comp;1280826..1282367;;16s;; ;;;;; ;1567231..1567314;;ctg;+;31 ;1567346..1567429;;ctg;3 ctg;35 ;1567465..1567548;;ctg;; ;;;;; comp;1657309..1657390;;ttg;; ;;;;; comp;1765401..1765473;;ggc;+;159 comp;1765633..1765705;;ggc;2 ggc; ;;;;; ;1795516..1795588;;ttc;; ;;;;; comp;2006002..2006121;;5s;;169 comp;2006291..2009214;;23s;;186 comp;2009401..2009473;;gca;;45 comp;2009519..2009592;;atc;;70 comp;2009663..2011202;;16s;; ;;;;; comp;2042057..2043241;;tuf1;CDS 1185pb;117 comp;2043359..2043431;;acc;;9 comp;2043441..2043512;;gga;;119 comp;2043632..2043713;;tac;;11 comp;2043725..2043797;;aca;@3; ;;;;; comp;2047429..2047548;;5s;;169 comp;2047718..2050648;;23s;;186 comp;2050835..2050907;;gca;;45 comp;2050953..2051026;;atc;;68 comp;2051095..2052636;;16s;; ;;;;; comp;2208305..2208424;;5s;@2;169 comp;2208594..2211517;;23s;;198 comp;2211716..2211788;;gaa;;85 comp;2211874..2213418;;16s;; ;;;;; comp;2267554..2267627;;cca;;43 comp;2267671..2267754;;ctg;;23 comp;2267778..2267850;;cac;;61 comp;2267912..2267985;;cgg;; ;;;;; comp;2305358..2305430;;tgg;;11 comp;2305442..2305515;;gac;;52 comp;2305568..2305687;;5s;;169 comp;2305857..2308779;;23s;;198 comp;2308978..2309050;;gaa;;85 comp;2309136..2310676;;16s;; ;;;;; comp;2426158..2426248;;tga;; ;;;;; ;2556305..2556378;;ccg;; ;;;;; ;2810766..2812307;;16s;;85 ;2812393..2812465;;gaa;;198 ;2812664..2815586;;23s;;169 ;2815756..2815875;;5s;;151 ;2816027..2816099;;acc;;40 ;2816140..2816259;;5s;; ;;;;; ;2911129..2911212;;ctc;; ;;;;; ; 2913088..2913161;;atgf;; ;;;;; comp;3010332..3010404;;atgi;; ;;;;; comp;3177717..3177789;;ttc;; ;;;;; ;3301617..3301687;;ggg;; ;;;;; comp;3366868..3366941;;atgf;+;37 comp;3366979..3367052;;atgf;3 atgf;37 comp;3367090..3367163;;atgf;; ;;;;; ;3469914..3470003;;agc;;6 ;3470010..3470083;;cgt;+;201 ;3470285..3470358;;cgt;3 cgt;200 ; 3470559..3470632;;cgt;; ;;;;; ;3505321..3505393;;atgi;; ;;;;; ;3563056..3564598;;16s;;85 ;3564684..3564756;;gaa;;198 ;3564955..3567876;;23s;;169 ;3568046..3568165;;5s;; ;;;;; comp;3779750..3779822;;aaa;;7 comp;3779830..3779902;;gta;+;47 comp;3779950..3780022;;gta;2 gta; ;;;;; ;3782718..3782790;;gcc;+;42 ;3782833..3782905;;gcc;2 gcc; ;;;;; comp;3810369..3810440;;agg;; ;;;;; comp;3993500..3993573;;ccc;; ;;;;; comp;4232176..4232248;;aac;; ;;;;; ;4233996..4234068;;aac;; ;;;;; comp;4242952..4243024;;aac;; ;;;;; comp;4248342..4248414;;aac;; ;;;;; ;4249406..4249492;;tcg;; ;;;;; ;4256696..4256768;;atgi;;100 ;4256869..4256942;;aga;; ;;;;; ;4317980..4318052;;ggc;;56 ;4318109..4318179;;tgc;;14 ;4318194..4318277;;tta;; ;;;;; comp;4556753..4556826;;gtc;+;7 comp;4556834..4556907;;gtc;2 gtc; </pre> ====eal cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_cumuls|eal cumuls]] <pre> eal cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;8;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;0;60;7;;150;;60;;400; ;max a;3;80;1;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;1;;250;;100;;600; ;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700; ;total aas;13;140;0;;350;;140;;800; sans ;opérons;38;160;1;;400;;160;;900; ;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000; ;max a;7;200;1;;500;;200;;1100; ;a doubles;10;;2;;;;;;; ;total aas;71;;33;0;;0;;0;;0 total aas;;84;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;53;;;;;;; ;;;variance;59;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; </pre> ====eal blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_blocs|eal blocs]] <pre> eal blocs;;; 16s;70;70;68 atc;45;45;45 gca;186;186;186 23s;169;169;169 5s;52;; gac;;; ;;; 16s;85;85;85 gaa;198;198;198 23s;169;169;169 5s;52;; gac;;; ;;; 16s;85;; gaa;198;; 23s;169;; 5s;151;; acc;40;; 5s;;; </pre> ====eal distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_distribution|eal distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;atgi 2a+>a;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;2;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;1;caa2;tta;1;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;cag2;ata;;aca;2;aaa;4;aga;1;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;atgf3;cta;1;cca;1;caa;;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;2;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;2;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;aaa (gta aaa)2;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total eal;;23;;;;;23;;eal;25;;;;;;25;;eal;23;;;;;;23;;eal;;;;4;;;4 </pre> ====eal données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_données_intercalaires|eal données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;eal;fx;fc;eal;fx40;fc40;eal;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;12;18;0;12;18;-1;0;157;158;376;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;45;323;1;5;35;-2;4;0;294;233;2* 70;;atc;212;;tac 1;1;20;26;264;2;8;39;-3;0;0;162;276;68;;atc;**;;tac ;0;30;28;126;3;10;50;-4;39;250;479;441;4* 85;;gaa;6;;gga 1;0;40;60;94;4;4;29;-5;0;0;284;601;tRNA 23s;;;**;;aca 2;1;50;80;91;5;1;17;-6;2;0;170;156;3* 186;;gca;5;;aaa 3;0;60;55;106;6;4;15;-7;2;13;164;256;4* 198;;gaa;48;;gta ;0;70;43;83;7;2;18;-8;1;58;223;248;5s tRNA;;;5;;aaa 2;1;80;31;75;8;3;18;-9;3;0;114;17;2* 52;;gac;48;;gta ;0;90;42;75;9;3;47;-10;2;6;437;41;151;;acc;**;;aaa 2;3;100;38;74;10;5;55;-11;0;37;132;195;tRNA 5s;;;10;;atgj 1;3;110;40;77;11;2;42;-12;1;0;165;272;40;;acc;26;;cta 1;3;120;27;61;12;2;36;-13;0;2;189;120;tRNA tRNA;intra;;37;;caa 1;1;130;37;57;13;2;19;-14;10;17;189;37;3* 45;;atc gca;18;;caa 1;1;140;33;55;14;1;47;-15;1;0;210;92;tRNA tRNA;contig;;51;;atgj ;3;150;34;50;15;6;26;-16;2;2;106;184;11;;tgg;35;;cag 1;2;160;38;45;16;3;25;-17;3;8;117;347;**;;gac;**;;cag 1;5;170;26;31;17;3;18;-18;2;0;150;59;;;;31;;ctg ;0;180;24;37;18;4;14;-19;1;5;102;125;;;;35;;ctg 1;2;190;43;31;19;1;17;-20;2;10;167;78;;;;**;;ctg 1;2;200;21;30;20;2;20;-21;0;0;398;237;;;;159;;ggc ;2;210;24;30;21;2;18;-22;1;1;91;510;;;;**;;ggc ;0;220;36;33;22;3;18;-23;1;7;408;367;;;;9;;acc ;1;230;21;23;23;0;11;-24;3;0;14;235;;;;119;;gga 3;0;240;13;19;24;3;17;-25;2;4;203;135;;;;11;;tac 2;0;250;15;25;25;4;9;-26;4;6;200;243;;;;**;;aca 1;0;260;19;27;26;5;7;-27;1;0;105;102;;;;43;;cca ;0;270;18;25;27;2;12;-28;1;3;144;58;;;;23;;ctc 2;0;280;14;22;28;5;4;-29;2;6;345;162;;;;61;;cac ;2;290;10;23;29;3;8;-30;3;0;315;71;;;;**;;cgg 1;1;300;7;19;30;1;22;-31;1;2;283;324;;;;37;;atgf ;0;310;11;16;31;6;8;-32;0;5;150;41;;;;37;;atgf ;1;320;15;10;32;4;7;-33;2;0;123;93;;;;**;;atgf 1;0;330;13;12;33;3;11;-34;1;0;192;55;;;;6;;agc ;0;340;9;5;34;5;10;-35;1;5;74;298;;;;201;;cgt 1;1;350;3;12;35;3;8;-36;0;0;100;;;;;200;;cgt ;0;360;6;14;36;6;11;-37;0;0;655;;;;;**;;cgt 1;0;370;13;8;37;5;11;-38;1;2;100;;;;;7;;aaa 1;0;380;15;10;38;11;9;-39;2;0;49;;;;;47;;gta ;0;390;10;3;39;14;9;-40;0;1;502;;;;;**;;gta ;1;400;8;9;40;3;10;-41;2;2;151;;;;;42;;gcc 3;5;reste;122;138;reste;1014;1461;-42;0;0;111;;;;;**;;gcc 35;42;total;1185;2286;total;1185;2286;-43;0;2;CDS 16s;;;;;100;;atgi 32;37;diagr;1051;2130;diagr;159;807;-44;0;1;364;339;;;;**;;aga 1;1;t30;99;713;;;;-45;0;0;370;477;;;;56;;ggc ;;;;;;;;-46;1;1;161;467;;;;14;;tgc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;2;0;;264;;;;**;;tta ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;3;0;23s 5s;;;;;7;;gtc ;x;1173;119;12;1304;;;-49;2;0;7* 169;;;;;**;;gtc ;c;2268;617;18;2903;;;-50;1;0;5s CDS;;;;;;; ;;;;;4207;537;;reste;7;4;300;113;;;;;; ;;;;;;4744;;total;119;617;56;98;;;;;; ;;;;;;;;;;;;460;;;;;; </pre> =====eal autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_autres_intercalaires_aas|eal autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;eal;;;;; deb;;CDS;1006;1392;99;*; ;comp;gene;1492;5941;-3070;*; fin;;CDS;2872;2988;;; deb;;CDS;3611;3976;-366;*; ;;mobile_el;3611;4839;-906;*; fin;;CDS;3934;4839;;; deb;;CDS;14985;15332;-348;*; ;;mobile_el;14985;16921;-1540;*; ;;gene;15382;16569;549;*; fin;;CDS;17119;18501;;; deb;comp;CDS;34568;34681;26;*; ;;gene;34708;38448;-4;*; fin;;CDS;38445;39989;;; deb;comp;CDS;99647;99793;-25;*; ;;gene;99769;99909;51;*; fin;;CDS;99961;100896;;0; deb;comp;CDS;102850;103833;195;*; ;;gene;104029;105320;30;*; fin;comp;CDS;105351;105914;;0; deb;;CDS;191840;192184;85;*; ;comp;gene;192270;193340;282;*; fin;comp;CDS;193623;194339;;0; deb;;CDS;199369;199794;-426;*; ;;mobile_el;199369;201785;-1995;*; fin;;CDS;199791;200141;;; deb;;CDS;218062;218904;158;*; ;;tRNA;219063;219144;212;*;tac ;;tRNA;219357;219438;376;*;tac fin;comp;CDS;219815;220912;;; deb;comp;CDS;239027;239722;104;*; ;comp;gene;239827;239964;271;*; fin;;CDS;240236;241336;;0; deb;comp;CDS;242534;244144;22;*; ;comp;gene;244167;244856;122;*; deb;;CDS;244979;245305;-327;*; ;;mobile_el;244979;246192;-891;*; fin;;CDS;245302;246192;;0; deb;;CDS;277602;278456;130;*; ;;gene;278587;280453;49;*; fin;comp;CDS;280503;280757;;0; deb;comp;CDS;285209;286279;9;*; ;comp;gene;286289;287587;329;*; fin;;CDS;287917;289449;;0; deb;comp;CDS;297458;298864;-1407;*; ;comp;mobile_el;297458;299261;-348;*; fin;comp;CDS;298914;299261;;; deb;comp;CDS;300053;300712;71;*; ;comp;gene;300784;300984;220;*; fin;;CDS;301205;301894;;; deb;comp;CDS;303386;307822;-3485;*; ;;repeat_reg;304338;304360;-23;*; ;;misc_f;304338;304432;-72;*; ;;repeat_reg;304361;304409;0;*; ;;repeat_reg;304410;304432;3985;*; fin;;CDS;308418;308762;;; deb;;CDS;309802;310167;-366;*; ;;mobile_el;309802;311030;-906;*; fin;;CDS;310125;311030;;; deb;;CDS;313323;313712;-232;*; ;;repeat_reg;313481;313501;-21;*; ;;misc_f;313481;313581;-93;*; ;;repeat_reg;313489;313509;-13;*; ;;repeat_reg;313497;313517;-16;*; ;;repeat_reg;313502;313520;-11;*; ;;repeat_reg;313510;313528;276;*; fin;comp;CDS;313805;314563;;; deb;comp;CDS;316137;316262;245;*; ;;gene;316508;316948;113;*; fin;comp;CDS;317062;318312;;1; deb;;CDS;332934;333359;-426;*; ;;mobile_el;332934;335350;-1995;*; fin;;CDS;333356;333706;;; deb;comp;CDS;411963;412901;233;*; ;;tRNA;413135;413219;276;*;tcc fin;comp;CDS;413496;414182;;; deb;;CDS;422060;426022;39;*; ;comp;gene;426062;426701;264;*; fin;;CDS;426966;427097;;; deb;comp;CDS;461328;462446;441;*; ;;tRNA;462888;462972;601;*;tca fin;comp;CDS;463574;463717;;0; deb;;CDS;463890;464255;-366;*; ;;mobile_el;463890;465118;-906;*; fin;;CDS;464213;465118;;; deb;comp;CDS;488610;488825;294;*; ;comp;tRNA;489120;489191;6;*;gga ;comp;tRNA;489198;489270;162;*;aca fin;comp;CDS;489433;489567;;; deb;comp;CDS;522240;523853;-1614;*; ;comp;mobile_el;522240;524454;-605;*; ;comp;gene;523850;524032;-4;*; fin;comp;CDS;524029;524454;;; deb;comp;CDS;545508;546056;180;*; ;comp;gene;546237;548084;260;*; fin;comp;CDS;548345;552805;;; deb;;CDS;590349;590696;-348;*; ;;mobile_el;590349;592284;-1539;*; fin;;CDS;590746;592284;;0; deb;comp;CDS;603716;607669;-1361;*; ;;repeat_reg;606309;606328;-20;*; ;;misc_f;606309;606445;-117;*; ;;repeat_reg;606329;606347;0;*; ;;repeat_reg;606348;606367;0;*; ;;repeat_reg;606368;606386;0;*; ;;repeat_reg;606387;606406;0;*; ;;repeat_reg;606407;606425;0;*; ;;repeat_reg;606426;606445;1358;*; fin;comp;CDS;607804;608298;;0; deb;;CDS;614451;614669;479;*; ;;tRNA;615149;615233;284;*;tcc fin;;CDS;615518;615646;;0; deb;;CDS;625353;625628;-276;*; ;;mobile_el;625353;626050;-504;*; fin;;CDS;625547;626050;;; deb;comp;CDS;660139;661350;273;*; ;;gene;661624;662214;34;*; fin;comp;CDS;662249;662533;;0; deb;;CDS;664227;664940;-14;*; ;comp;gene;664927;666254;7;*; fin;comp;CDS;666262;668610;;; deb;comp;CDS;730722;731225;-504;*; ;comp;mobile_el;730722;731371;-228;*; fin;comp;CDS;731144;731419;;0; deb;comp;CDS;747736;748551;79;*; ;comp;gene;748631;749979;68;*; fin;comp;CDS;750048;750362;;0; deb;comp;CDS;756185;756652;170;*; ;comp;tRNA;756823;756895;5;*;aaa ;comp;tRNA;756901;756973;48;*;gta ;comp;tRNA;757022;757094;5;*;aaa ;comp;tRNA;757100;757172;48;*;gta ;comp;tRNA;757221;757293;164;*;aaa fin;comp;CDS;757458;758249;;; deb;;CDS;782199;782768;47;*; ;;gene;782816;785265;13;*; fin;;CDS;785279;786010;;; deb;comp;CDS;797253;797513;3;*; ;comp;gene;797517;798173;1830;*; fin;comp;CDS;800004;803876;;; deb;;CDS;832389;834305;223;*; ;;tRNA;834529;834602;10;*;atgj ;;tRNA;834613;834694;26;*;cta ;;tRNA;834721;834792;37;*;caa ;;tRNA;834830;834901;18;*;caa ;;tRNA;834920;834993;51;*;atgj ;;tRNA;835045;835116;35;*;cag ;;tRNA;835152;835223;156;*;cag fin;comp;CDS;835380;836555;;0; deb;comp;CDS;849004;850455;-4;*; ;comp;gene;850452;851159;103;*; fin;;CDS;851263;851817;;0; deb;comp;CDS;957178;958083;-906;*; ;comp;mobile_el;957178;958406;-366;*; fin;comp;CDS;958041;958406;;; deb;comp;CDS;958518;960056;-1539;*; ;comp;mobile_el;958518;960453;-348;*; deb;comp;CDS;960106;960453;867;*; ;;gene;961321;961434;545;*; fin;;CDS;961980;962675;;; 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K-12 substr. MG1655;;;;;;; 50.6%GC;10.3.19 Paris;16s 7 ;89;doubles;interca;EcoCyc;adIP ;223771..225312;;16s;;68;opéron; ;225381..225457;;atc;;42;ileV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30045] ;225500..225575;;gca;;183;« ; ;225759..228662;;23s;;93;« ; ;228756..228875;;5s;@1;52;« ; ;228928..229004;;gac;;;aspU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30024] ;;;;;;; ;236931..237007;;gac;;;; ;;;;;;; ;262871..262946;;acg;;;; ;;;;;;; ;564723..564799;;aga;;;; ;;;;;;; comp;696430..696504;;cag;+;37;opéron; comp;696542..696616;;cag;2 cag;47;glnT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30029] comp;696664..696740;;atg;2 atg;15;« ; comp;696756..696830;;caa;2 caa;34;« ; comp;696865..696939;;caa;;23;« ; comp;696963..697047;;cta;;9;« ; comp;697057..697133;;atg;;;; ;;;;;;; ;780554..780629;;aaa;+;135;lysT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30055] ;780765..780840;;gta;5 aaa;2;opéron; ;780843..780918;;aaa;2 gta;149;« ; ;781068..781143;;gta;;3;valZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6389] ;781147..781222;;aaa;;146;opéron; ;781369..781444;;aaa;;132;lysZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6391] ;781577..781652;;aaa;;;lysQ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6392] ;;;;;;EcoCyc;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30055&chromosome=COLI-K12] comp;925884..925971;;tcc;;;InfA-serW;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30096&chromosome=COLI-K12] ;;;;;;; comp;1031625..1031712;;tca;;;; ;;;;;;; comp;1097565..1097652;;tcc;;;; ;;;;;;; comp;1287087..1287176;;tpr ;cds 90pb;67;tpr; comp;1287244..1287328;;tac;+;209;opéron; comp;1287538..1287622;;tac;2 tac;;tyrT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30106] ;;;;;;; ; 1746435..1746511;;gtc;+;4;valV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30111] ; 1746516..1746592;;gtc;2 gtc;;opéron; ;;;;;;«RNA 67pb; comp;1991815..1991901;;tta;;12;leuZ;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1983402/2000314] comp;1991914..1991987;;tgc;;54;« ; comp;1992042..1992117;;ggc;;;opéron; ;;;;;;; comp;2043468..2043557;;tcg;;;; ;;;;;;; ;2044549..2044624;;aac;;;; ;;;;;;; comp;2058027..2058102;;aac;;;; ;;;;;;; ; 2059851..2059926;;aac;;;; ;;;;;;; ;2062260..2062335;;aac;;;; ;;;;;;; ;2286211..2286287;;ccc;;;; ;;;;;;; ;2466309..2466383;;agg;;;; ;;;;;;; comp;2518041..2518116;;gcc;+;39;alaX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30012] comp;2518156..2518231;;gcc;2 gcc;;opéron; ;;;;;;; ;2520931..2521006;;gta;+;44;valU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30110] ;2521051..2521126;;gta;3gta;46;opéron; ;2521173..2521248;;gta;;4;« ; ;2521253..2521328;;aaa;;;« ; ;;;;;;; comp;2726069..2726188;;5s;@2;92;opéron; comp;2726281..2729184;;23s;;184;; comp;2729369..2729444;;gaa;;171;; comp;2729616..2731157;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2785762..2785837;;atgi;;;; ;;;;;;; comp;2817784..2817860;;cgt;+;198;« ; comp;2818059..2818135;;cgt;4 cgt;62;« ; comp;2818198..2818274;;cgt;;198;« ; comp;2818473..2818549;;cgt;;3;opéron; comp;2818553..2818645;;agc;;;serV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30013] ;;;;;;; ;2947387..2947463;;atgf;+;33;opéron; ;2947497..2947573;;atgf;3 atgf;33;metW;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG31117] ;2947607..2947683;;atgf;;;« ; ;;;;;;; comp;2998984..2999057;;ggg;;;; ;;;;;;; ;3110366..3110441;;ttc;;;; ;;;;;;; ;3215598..3215673;;atgi;;;; ;;;;;;; comp;3318213..3318289;;atgf;;;; ;;;;;;; comp;3322072..3322158;;ctc;;;; ;;;;;;; comp;3423423..3423542;;5s;;37;« ; comp;3423580..3423655;;acc;;12;« ; comp;3423668..3423787;;5s;;92;« ; comp;3423880..3426783;;23s;;174;« ; comp;3426958..3427033;;gca;;42;« ; comp;3427076..3427152;;atc;;68;ileU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30044] comp;3427221..3428762;;16s;;;opéron; ;;;;;;; comp;3708616..3708692;;ccg;;;; ;;;;;;; ;3836222..3836316;;tga;;;; ;;;;;;ecoliwiki;[https://ecoliwiki.org/colipedia/index.php/Category:rRNA_operons] ;3941808..3943349;;16s;;85;gltU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30033] ;3943435..3943510;;gaa;;193;opéron; ;3943704..3946607;;23s;;92;« ; ;3946700..3946819;;5s;;52;« ; ;3946872..3946948;;gac;;8;aspT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30023] ;3946957..3947032;;tgg;;;trpT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30105] ;;;;;;; ;3982375..3982451;;cgg;;57;argX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30017] ;3982509..3982585;;cac;;20;opéron; ;3982606..3982692;;ctg;;42;« ; ;3982735..3982811;;cca;;;« ; ;;;;;;; ;4035531..4037072;;16s;;68;opéron; ;4037141..4037217;;atc;;42;ileT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30043] ;4037260..4037335;;gca;;183;« ; ;4037519..4040423;;23s;;93;« ; ;4040517..4040636;;5s;;;« ; ;;;;;;; ;4166659..4168200;;16s;;171;opéron; ;4168372..4168447;;gaa;;193;; ;4168641..4171544;;23s;;92;; ;4171637..4171756;;5s;;;; ;;;;;;; ;4175388..4175463;;aca;@3;8;thrU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30101] ;4175472..4175556;;tac;;116;opéron; ;4175673..4175747;;gga;;6;« ; ;4175754..4175829;;acc;;114;« ; ;4175944..4177128;;tufb;cds 1185 pb;;« ; ;;;;;;; ;4208147..4209688;;16s;;85;opéron; ;4209774..4209849;;gaa;;193;; ;4210043..4212946;;23s;;93;; ;4213040..4213159;;5s;;;; ;;;;;;; comp;4362551..4362626;;ttc;;;; ;;;;;;; ;4392360..4392435;;ggc;+;36;opéron; ;4392472..4392547;;ggc;3 ggc;35;glyX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30040] ;4392583..4392658;;ggc;;;« ; ;;;;;;; ;4496405..4496489;;ttg;;;; ;;;;;;; comp;4606079..4606165;;ctg;+;34;opéron; comp;4606200..4606286;;ctg;3 ctg;28;leuV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30051] comp;4606315..4606401;;ctg;;;« ; </pre> ====eco cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cumuls|eco cumuls]] <pre> eco cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;10;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;0;60;6;;150;;60;;400; ;max a;3;80;1;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;0;;250;;100;;600; ;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700; ;total aas;14;140;2;;350;;140;;800; sans ;opérons;36;160;2;;400;;160;;900; ;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000; ;max a;7;200;2;;500;;200;;1100; ;a doubles;10;;1;;;;;;; ;total aas;72;;36;0;;0;;0;;0 total aas;;86;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;57;;;;;;; ;;;variance;60;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; </pre> ====eco cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cds|eco cds]] <pre> les CDS eco pour opérons;;;;;;;;; clusters;6.8.19 Paris ;;;interca;cdsa;promoteur;terminateur;notes; ;222833..223408;;cds;362;192;sigma FIS;;; ;223771..225312;;16s;68;;;;; ;225381..225457;;atc;42;;;;; ;225500..225575;;gca;183;;;;; ;225759..228662;;23s;93;;;;; ;228756..228875;;5s;52;;;;; ;228928..229004;;gac;162;;Terminateur;+ sigma;; ;229167..229970;;cds;;268;;;; ;;;;;;;;; comp;2724448..2725746;;cds;322;433;rien;début opéron ;rien; comp;2726069..2726188;;5s;92;;;;; comp;2726281..2729184;;23s;184;;;;; comp;2729369..2729444;;gaa;171;;;;; comp;2729616..2731157;;16s;442;;sigma FIS;;; comp;2731600..2734173;;cds;;858;;;; ;;;;;;;;; ;3422436..3423194;;cds;228;253;Terminateur;fin opéron ;rien; comp;3423423..3423542;;5s;37;;;;; comp;3423580..3423655;;acc;12;;;;; comp;3423668..3423787;;5s;92;;;;; comp;3423880..3426783;;23s;174;;;;; comp;3426958..3427033;;gca;42;;;;; comp;3427076..3427152;;atc;68;;;;; comp;3427221..3428762;;16s;473;;sigma FIS;;; ;3429236..3429790;;cds;;185;;;; ;;;;;;;;; comp;3940635..3941327;;cds;480;231;sigma FIS;;; ;3941808..3943349;;16s;85;;;;; ;3943435..3943510;;gaa;193;;;;; ;3943704..3946607;;23s;92;;;;; ;3946700..3946819;;5s;52;;;;; ;3946872..3946948;;gac;8;;;;; ;3946957..3947032;;tgg;95;;Terminateur;fin opéron ;rien; comp;3947128..3947967;;cds;;280;;;; ;;;;;;;;; ;4034608..4035153;;cds;377;182;Sigma Lrp-leu;;; ;4035531..4037072;;16s;68;;;;; ;4037141..4037217;;atc;42;;;;; ;4037260..4037335;;gca;183;;;;; ;4037519..4040423;;23s;93;;;;; ;4040517..4040636;;5s;228;;;;; ;4040865..4040900;;rprg;5;;pas de Term;fin opéron ;rien; comp;4040906..4041433;;cds;;176;;;; ;;;;;;;;; ;4165428..4166285;;cds;373;286;Sigma Lrp-leu;;; ;4166659..4168200;;16s;171;;;;; ;4168372..4168447;;gaa;193;;;;; ;4168641..4171544;;23s;92;;;;; ;4171637..4171756;;5s;300;;Terminateur;début opéron ;rien; ;4172057..4173085;;cds;;343;;;; ;;;;;;;;; comp;4205943..4207532;;cds;614;530;sigma FIS;;; ;4208147..4209688;;16s;85;;;;; ;4209774..4209849;;gaa;193;;;;; ;4210043..4212946;;23s;93;;;;; ;4213040..4213159;;5s;74;;Terminateur;début opéron ;rien; ;4213234..4213617;;cds;;128;;;; ;;;;;;;;; ;695101..696276;;cds;31;392;;;; comp;696308..696378;;rprg;51;;Terminateur;fin opéron;rien; comp;696430..696504;;cag;37;;;;; comp;696542..696616;;cag;47;;;;; comp;696664..696740;;atg;15;;;;; comp;696756..696830;;caa;34;;;;; comp;696865..696939;;caa;23;;;;; comp;696963..697047;;cta;9;;;;; comp;697057..697133;;atg;379;;sigma FIS;fin opéron;rien; comp;697513..699177;;cds;;555;;;; ;;;;;;;;; ;779598..780389;;cds;164;264;sigma FIS;fin opéron;rien; ;780554..780629;;aaa;135;;;;; ;780765..780840;;gta;2;;;;; ;780843..780918;;aaa;149;;;;; ;781068..781143;;gta;3;;;;; ;781147..781222;;aaa;146;;;;; ;781369..781444;;aaa;132;;;;; ;781577..781652;;aaa;432;;Terminateur;début opéron;NadR pas sigma; ;782085..783128;;cds;;348;;;; ;;;;;;;;; ;1286709..1286984;;cds;81;92;Terminateur;;; comp;1287066..1287236;;ncRNA;-150;;;;; comp;1287087..1287176;;tpr ;67;30;;;; comp;1287244..1287328;;tac;209;;;;; comp;1287538..1287622;;tac;159;;sigma FIS;;; comp;1287782..1288624;;cds;;281;;;; ;;;;;;;;; solitaires;;;;promoteur;terminateur;interc avant;interc après;protéines;lien ;236931..237007;;gac;sigma FIS;Term 1;133;328;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=228513/245425] ;262871..262946;;acg;sigma FIS;rien;115;204;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=262297/263521] ;564723..564799;;aga;sigma FIS;rien;243;16;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=564149/565373] comp;925884..925971;;InfA-tcc;sigma FIS;Term 1;344;254;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30096&chromosome=COLI-K12] comp;1031625..1031712;;tca;sigma FIS;Term 2;207;427;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1023213/1040125] comp;1097565..1097652;;tcc;sigma FIS;Term 4;736;234;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1089153/1106065] comp;2043468..2043557;;tcg;sigma -;Term 1;570;94;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2035057/2051969] ;2044549..2044624;;aac;sigma -;Term 1;101;314;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2036131/2053043] comp;2058027..2058102;;aac;sigma -;Term 1;453;101;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2049609/2066521] ; 2059851..2059926;;aac;sigma -;Term 1;5;38;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2051433/2068345] ;2062260..2062335;;aac;sigma NtrC;rien;327;56;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2053842/2070754] ;2286211..2286287;;ccc;sigma FIS;Term 1;75;103;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2277793/2294705] ;2466309..2466383;;agg;sigma -;Term 1;76;162;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2457890/2474802] comp;2785762..2785837;;atgi;rien;rien;410;-37;évidence faible1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2777344/2794256] comp;2998984..2999057;;ggg;sigma FIS;rien;156;79;évidence faible;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2990565/3007477] ;3110366..3110441;;ttc;sigma FIS;Term 1;106;149;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3101948/3118860] ;3215598..3215673;;atgi;sigma -;Term 1;125;54;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3207180/3224092] comp;3318213..3318289;;atgf;sigma FIS;Term 2;207;348;protéines1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3309795/3326707] comp;3322072..3322158;;ctc;sigma -;Term 1;459;15;protéine2;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3313659/3330571] comp;3708616..3708692;;ccg;sigma FIS;Term 2;911;92;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3700198/3717110] ;3836222..3836316;;tga;sigma -;rien;293;109;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3827813/3844725] comp;4362551..4362626;;ttc;sigma FIS;Term 1;198;107;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4354133/4371045] ;4496405..4496489;;ttg;sigma FIS;Term 1;196;261;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4487991/4504903] </pre> ====eco blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_blocs|eco blocs]] <pre> eco blocs;;;; 16s;68;16s;68;68 atc;42;atc;42;42 gca;174;gca;183;183 23s;92;23s;93;93 5s;12;5s;52; acc;37;gac;; 5s;;;; ;;;; 16s;85;171;171;85 gaa;193;184;193;193 23s;92;92;92;93 5s;52;;; gac;;;; </pre> ====eco distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_distribution|eco distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta3;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;3;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;;23;;4;;;29;;eco;;;;4;;;4 </pre> ====eco données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_données_intercalaires|eco données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;eco;fx;fc;eco;fx40;fc40;eco;c-;x-;c;x;c;x;;c;x; ;0;0;13;16;0;13;16;-1;162;0;162;242;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; 1;0;10;35;345;1;4;43;-2;0;2;132;153;2* 171;;gaa;37;;cag ;1;20;10;265;2;6;51;-3;0;0;327;343;3* 68;;atc;47;;cag ;0;30;18;135;3;10;44;-4;260;43;114;426;2* 85;;gaa;15;;atgj 2;0;40;63;79;4;5;27;-5;0;0;379;735;tRNA 23s;;;34;;caa ;0;50;78;73;5;1;14;-6;0;0;164;233;184;;gaa;23;;caa 2;0;60;51;104;6;3;13;-7;14;1;432;307;174;;gca;9;;cta ;1;70;37;89;7;3;24;-8;59;1;253;569;3* 193;;gaa;**;;atgj 1;3;80;21;88;8;1;15;-9;0;2;206;93;2* 183;;gca;135;;aaa ;0;90;29;67;9;2;56;-10;6;0;67;452;5s tRNA;;;2;;gta 2;3;100;34;82;10;0;58;-11;34;0;159;4;12;;acc;149;;aaa ;4;110;36;83;11;2;48;-12;0;1;107;37;2* 52;;gac;3;;gta ;2;120;32;58;12;3;39;-13;3;0;151;326;tRNA 5s;;;146;;aaa 1;0;130;33;52;13;0;23;-14;14;5;100;55;37;;acc;132;;aaa ;1;140;39;51;14;0;37;-15;0;0;313;235;tRNA tRNA;;intra;**;;aaa 1;1;150;28;50;15;1;23;-16;2;1;100;258;3* 42;;atc gca;209;;tac 1;3;160;39;41;16;2;20;-17;10;0;74;264;;;;**;;tac ;2;170;32;41;17;1;19;-18;0;2;75;208;;;;4;;gtc ;0;180;22;41;18;0;19;-19;4;1;208;73;;;;**;;gtc ;0;190;30;37;19;0;14;-20;9;1;750;148;;;;12;;tta 1;0;200;29;31;20;1;23;-21;0;2;280;124;;;;54;;tgc 1;4;210;35;36;21;1;17;-22;3;0;315;53;;;;**;;ggc ;0;220;29;37;22;0;18;-23;6;1;155;347;;;;39;;ggc ;0;230;20;20;23;1;13;-24;0;2;78;292;;;;**;;ggc 2;1;240;24;18;24;6;19;-25;2;2;105;95;;;;44;;gta 1;0;250;24;17;25;0;10;-26;7;1;206;361;;;;46;;gta 1;1;260;22;26;26;1;14;-27;0;1;458;195;;;;4;;gta 1;1;270;14;14;27;0;14;-28;3;1;14;38;;;;**;;aaa ;1;280;21;16;28;4;8;-29;4;1;910;;;;;198;;cgt ;0;290;17;21;29;2;9;-30;0;1;91;;;;;62;;cgt 1;0;300;9;17;30;3;13;-31;1;0;102;;;;;198;;cgt 1;0;310;9;13;31;3;6;-32;5;1;146;;;;;3;;cgt ;2;320;16;12;32;3;7;-33;0;1;114;;;;;**;;agc 1;1;330;7;11;33;2;7;-34;0;0;106;;;;;33;;atgf ;0;340;11;6;34;7;8;-35;1;3;210;;;;;33;;atgf 2;0;350;2;9;35;5;7;-36;0;0;233;;;;;**;;atgf ;0;360;11;10;36;4;15;-37;1;0;267;;;;;8;;gac 1;0;370;7;12;37;11;7;-38;1;1;CDS 16s ;;;;;**;;tgg ;1;380;18;4;38;6;7;-39;0;1;362;473;;;;57;;cgg ;0;390;6;3;39;14;8;-40;0;0;442;480;;;;20;;cac ;0;400;6;10;40;8;7;-41;0;1;377;614;;;;42;;ctg 5;4;reste;57;64;reste;935;1364;-42;0;0;373;;;;;**;;cca 29;37;total;1074;2204;total;1074;2204;-43;8;0;23s 5s;;;;;8;;aca 24;33;diagr;1004;2124;diagr;126;824;-44;1;1;3* 93;;;;;116;;tac 1;1;t30;63;745;;;;-45;0;0;4* 92;;;;;6;;gga ;;;;;;;;-46;0;0;5s CDS;;;;;**;;acc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;300;81;;;;36;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;1;74;228;;;;35;;ggc ;x;1061;95;13;1169;;;-49;1;0;;269;;;;**;;ggc ;c;2188;647;16;2851;;;-50;1;0;;;;;;34;;ctg ;;;;;4020;712;;reste;25;13;;;;;;28;;ctg ;;;;;;4732;;total;647;95;;;;;;**;;ctg </pre> =====eco autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires_aas|eco autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> ;autres intercalaires;;eco27622;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre inter;aas deb;;CDS;14168;15298;88;; ;;mobile_el;15387;16731;-1287;*; fin;;CDS;15445;16557;;; deb;comp;CDS;16751;16960;-9;; ;;ncRNA;16952;17010;478;*; fin;;CDS;17489;18655;;; deb;;CDS;18715;19620;175;; ;comp;mobile_el;19796;20563;-753;*; fin;comp;CDS;19811;20314;;; deb;comp;CDS;74497;75480;35;; ;comp;ncRNA;75516;75608;35;*; deb;comp;CDS;75644;77299;67;; ;;ncRNA;77367;77593;-206;*; fin;;CDS;77388;77519;;; deb;;CDS;91413;93179;-695;; ;;ncRNA;92485;92658;507;*; fin;;CDS;93166;94653;;; deb;comp;CDS;188712;189506;205;; ;;ncRNA;189712;189847;26;*; fin;;CDS;189874;190599;;; deb;;CDS;193521;194717;66;; ;;ncRNA;194784;194844;58;*; fin;;CDS;194903;195664;;; deb;;CDS;222833;223408;362;; 16s;;rRNA;223771;225312;68;*; ;;tRNA;225381;225457;42;*;atc 23s;;tRNA;225500;225575;183;*;gca 5s;;rRNA;225759;228662;93;*; ;;rRNA;228756;228875;52;*; ;;tRNA;228928;229004;162;*;gac fin;;CDS;229167;229970;;; deb;;CDS;236067;236798;132;; ;;tRNA;236931;237007;327;*;gac fin;;CDS;237335;238120;;; deb;comp;CDS;238257;238736;9;; ;comp;gene;238746;239084;105;*; ;;gene;239190;239378;40;*; fin;comp;CDS;239419;240189;;; deb;;CDS;247637;248134;223;; ;comp;gene;248358;250070;1;*; ;;gene;250072;250827;70;*; fin;;CDS;250898;251953;;; deb;;CDS;252709;253161;305;; ;;gene;253467;253733;-32;*; ;;gene;253702;254202;56;*; fin;comp;CDS;254259;255716;;; deb;;CDS;256527;257771;57;; ;;misc_f;257829;257899;8;*; ;comp;mobile_el;257908;258675;-753;*; fin;comp;CDS;257923;258426;;; deb;comp;CDS;258345;258620;55;; ;;misc_f;258676;259006;38;*; fin;comp;CDS;259045;260100;;; deb;;CDS;261503;262756;114;; ;;tRNA;262871;262946;-49;*;acg ;;misc_f;262898;297205;-34056;*; ;comp;gene;263150;263212;115;*; fin;comp;CDS;263328;263669;;; deb;comp;CDS;266110;266553;-1;; ;comp;gene;266553;266774;1;*; ;comp;gene;266776;266967;216;*; fin;comp;CDS;267184;268005;;; deb;comp;CDS;269289;270182;23;; ;;mobile_el;270206;270540;-263;*; ;;misc_f;270278;270540;0;*; ;;mobile_el;270541;271761;-1159;*; deb;;CDS;270603;271754;7;; ;;mobile_el;271762;272190;-427;*; ;;misc_f;271764;272190;389;*; ;;ncRNA;272580;272654;192;*; deb;;CDS;272847;273992;-38;; ;comp;mobile_el;273955;275149;-1049;*; fin;comp;CDS;274101;275081;;; deb;comp;CDS;277756;278802;11;; ;comp;gene;278814;279162;0;*; ;comp;mobile_el;279163;279930;-753;*; fin;comp;CDS;279178;279681;;; deb;comp;CDS;279600;279875;55;; ;;gene;279931;280104;-174;*; ;;mobile_el;279931;280111;2;*; ;comp;gene;280114;280362;-249;*; ;comp;mobile_el;280114;280425;-41;*; fin;comp;CDS;280385;280735;;; deb;;CDS;290510;290638;-5;; ;comp;mobile_el;290634;291401;-753;*; fin;comp;CDS;290649;291152;;; deb;comp;CDS;313141;313242;473;; ;comp;gene;313716;313805;551;*; ;;gene;314357;315244;-16;*; ;;mobile_el;315229;316483;-1193;*; fin;;CDS;315291;315590;;; deb;;CDS;315587;316453;-4;; ;comp;gene;316450;317136;302;*; ;;gene;317439;317567;158;*; fin;comp;CDS;317726;318319;;; deb;comp;CDS;380069;380842;1;; ;comp;misc_f;380844;381260;-1;*; ;;mobile_el;381260;382590;-1240;*; fin;;CDS;381351;381716;;; deb;;CDS;381674;382579;11;; ;comp;misc_f;382591;382872;-134;*; fin;comp;CDS;382739;383935;;; deb;comp;CDS;388753;389727;523;; ;;misc_f;390251;391708;-117;*; deb;comp;CDS;391592;391648;60;; ;comp;mobile_el;391709;392966;-1228;*; fin;comp;CDS;391739;392605;;; deb;comp;CDS;392602;392901;68;; ;;misc_f;392970;394418;87;*; fin;;CDS;394506;395129;;; deb;;CDS;408177;408461;147;; ;;gene;408609;408950;-4;*; fin;;CDS;408947;409030;;; deb;comp;CDS;475982;476371;76;; ;;ncRNA;476448;476561;110;*; fin;;CDS;476672;477025;;; deb;comp;CDS;506603;507082;121;; ;;ncRNA;507204;507287;-2;*; fin;comp;CDS;507286;508080;;; deb;;CDS;527581;527949;-1;; ;;gene;527949;528659;-20;*; ;;gene;528640;529130;366;*; ;;gene;529497;529592;52;*; fin;comp;CDS;529645;530016;;; deb;;CDS;533011;533826;-198;; ;;ncRNA;533629;533863;52;*; fin;;CDS;533916;535697;;; deb;comp;CDS;563848;564480;242;; ;;tRNA;564723;564799;-45;*;aga ;;misc_f;564755;586056;-21242;*; deb;comp;CDS;564815;565978;-121;; ;comp;gene;565858;566079;18;*; ;comp;gene;566098;566361;14;*; ;;gene;566376;566687;-4;*; ;;misc_f;566684;566776;0;*; ;;mobile_el;566777;568034;-1193;*; fin;;CDS;566842;567141;;; deb;;CDS;567138;568004;30;; ;;misc_f;568035;568247;67;*; fin;;CDS;568315;568647;;; deb;;CDS;573956;574339;189;; ;comp;misc_f;574529;574586;4;*; ;comp;mobile_el;574591;575785;-1049;*; deb;comp;CDS;574737;575717;68;; ;comp;misc_f;575786;576825;572;*; fin;;CDS;577398;577613;;; deb;;CDS;580834;581379;-26;; ;;gene;581354;581662;-129;*; deb;;CDS;581534;582097;54;; ;comp;gene;582152;582806;68;*; fin;;CDS;582875;583060;;; deb;comp;CDS;606265;607383;349;; ;comp;ncRNA;607733;607792;43;*; deb;;CDS;607836;607988;18;; ;;mobile_el;608007;609351;-1287;*; fin;;CDS;608065;609177;;; deb;comp;CDS;657555;657938;92;; ;;gene;658031;658818;128;*; fin;;CDS;658947;659150;;; deb;comp;CDS;685929;686669;11;; ;comp;ncRNA;686681;686843;-5;*; deb;comp;CDS;686839;687747;103;; ;comp;mobile_el;687851;689045;-1049;*; fin;comp;CDS;687997;688977;;; deb;;CDS;695101;696276;153;; ;comp;tRNA;696430;696504;37;*;cag ;comp;tRNA;696542;696616;47;*;cag ;comp;tRNA;696664;696740;15;*;atgj ;comp;tRNA;696756;696830;34;*;caa ;comp;tRNA;696865;696939;23;*;caa ;comp;tRNA;696963;697047;9;*;cta ;comp;tRNA;697057;697133;379;*;atgj fin;comp;CDS;697513;699177;;; deb;;CDS;706093;707757;478;; ;;ncRNA;708236;708333;0;*; fin;;CDS;708334;709740;;; deb;;CDS;715412;715906;40;; ;comp;gene;715947;716597;123;*; ;comp;gene;716721;716870;75;*; fin;comp;CDS;716946;718265;;; deb;;CDS;733776;734102;117;; ;;gene;734220;735653;-4;*; fin;;CDS;735650;736219;;; deb;;CDS;736445;736699;200;; ;;gene;736900;737961;130;*; fin;;CDS;738092;738853;;; deb;;CDS;764180;765049;0;; ;;ncRNA;765050;765150;2;*; fin;comp;CDS;765153;765875;;; deb;;CDS;779598;780389;164;; ;;tRNA;780554;780629;135;*;aaa ;;tRNA;780765;780840;2;*;gta ;;tRNA;780843;780918;149;*;aaa ;;tRNA;781068;781143;3;*;gta ;;tRNA;781147;781222;146;*;aaa ;;tRNA;781369;781444;132;*;aaa ;;tRNA;781577;781652;432;*;aaa fin;;CDS;782085;783128;;; deb;;CDS;836351;837436;-2;; ;comp;ncRNA;837435;837531;-29;*; fin;;CDS;837503;837562;;; deb;comp;CDS;851014;852597;127;; ;comp;ncRNA;852725;853064;-196;*; fin;comp;CDS;852869;852997;;; deb;;CDS;887423;887959;19;; ;comp;ncRNA;887979;888057;76;*; fin;comp;CDS;888134;889819;;; deb;;CDS;923264;925540;343;; ;comp;tRNA;925884;925971;253;*;tcc fin;comp;CDS;926225;926443;;; deb;comp;CDS;1030759;1031418;206;; ;comp;tRNA;1031625;1031712;426;*;tca fin;;CDS;1032139;1033257;;; deb;comp;CDS;1049439;1049744;33;; ;;mobile_el;1049778;1050545;-713;*; fin;;CDS;1049833;1050108;;; deb;;CDS;1079305;1080813;542;; ;;gene;1081356;1082185;57;*; fin;;CDS;1082243;1083370;;; deb;;CDS;1092876;1094234;10;; ;comp;mobile_el;1094245;1095502;-1228;*; fin;comp;CDS;1094275;1095141;;; deb;comp;CDS;1095138;1095437;106;; ;;gene;1095544;1095846;-4;*; deb;;CDS;1095843;1096829;735;; ;comp;tRNA;1097565;1097652;233;*;tcc fin;;CDS;1097886;1098824;;; deb;;CDS;1140033;1140986;-1;; ;;ncRNA;1140986;1141063;118;*; fin;comp;CDS;1141182;1144367;;; 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deb;;CDS;4156850;4158223;54;; ;comp;ncRNA;4158278;4158394;95;*; fin;;CDS;4158490;4159407;;; deb;;CDS;4165428;4166285;373;; 16s;;rRNA;4166659;4168200;171;*; ;;tRNA;4168372;4168447;193;*;gaa 23s;;rRNA;4168641;4171544;92;*; 5s;;rRNA;4171637;4171756;300;*; fin;;CDS;4172057;4173085;;; deb;comp;CDS;4174076;4175026;361;; ;;tRNA;4175388;4175463;8;*;aca ;;tRNA;4175472;4175556;116;*;tac ;;tRNA;4175673;4175747;6;*;gga ;;tRNA;4175754;4175829;114;*;acc fin;;CDS;4175944;4177128;;; deb;;CDS;4189786;4190325;1;; ;comp;ncRNA;4190327;4190487;247;*; fin;comp;CDS;4190735;4191868;;; deb;comp;CDS;4205943;4207532;614;; 16s;;rRNA;4208147;4209688;85;*; ;;tRNA;4209774;4209849;193;*;gaa 23s;;rRNA;4210043;4212946;93;*; 5s;;rRNA;4213040;4213159;74;*; fin;;CDS;4213234;4213617;;; deb;;CDS;4218596;4220332;-1454;; ;;ncRNA;4218879;4218963;1337;*; fin;comp;CDS;4220301;4222487;;; deb;comp;CDS;4240779;4242254;276;; ;comp;ncRNA;4242531;4242633;-8;*; fin;comp;CDS;4242626;4243516;;; deb;;CDS;4249554;4250474;228;; ;;gene;4250703;4252283;222;*; fin;;CDS;4252506;4253003;;; deb;;CDS;4262840;4263082;56;; ;;ncRNA;4263139;4263249;-2;*; fin;comp;CDS;4263248;4264231;;; deb;;CDS;4277469;4277933;-8;; ;comp;ncRNA;4277926;4278066;412;*; fin;;CDS;4278479;4279828;;; deb;comp;CDS;4321697;4322422;20;; ;comp;gene;4322443;4323281;54;*; fin;comp;CDS;4323336;4324352;;; deb;comp;CDS;4360396;4361934;256;; ;comp;gene;4362191;4362353;197;*; ;comp;tRNA;4362551;4362626;106;*;ttc fin;comp;CDS;4362733;4363308;;; deb;comp;CDS;4365472;4366773;65;; ;comp;ncRNA;4366839;4366951;-61;*; fin;comp;CDS;4366891;4368327;;; deb;;CDS;4391604;4392149;210;; ;;tRNA;4392360;4392435;36;*;ggc ;;tRNA;4392472;4392547;35;*;ggc ;;tRNA;4392583;4392658;233;*;ggc fin;;CDS;4392892;4392945;;; deb;comp;CDS;4426628;4427422;271;; ;;gene;4427694;4428095;-17;*; fin;comp;CDS;4428079;4428717;;; deb;;CDS;4457959;4459311;176;; ;;gene;4459488;4459855;44;*; fin;comp;CDS;4459900;4460364;;; deb;comp;CDS;4495190;4496209;195;; ;;tRNA;4496405;4496489;185;*;ttg ;;misc_f;4496675;4497940;-1191;*; ;;gene;4496750;4497940;240;*; ;;mobile_el;4498181;4499511;-1240;*; fin;;CDS;4498272;4498637;;; deb;;CDS;4498595;4499500;92;; ;comp;gene;4499593;4500791;468;*; deb;;CDS;4501260;4501589;500;; ;comp;mobile_el;4502090;4503515;-1413;*; fin;comp;CDS;4502103;4503431;;; deb;;CDS;4506448;4506573;52;; ;comp;gene;4506626;4506856;4;*; ;;gene;4506861;4507109;15;*; ;;mobile_el;4507125;4507458;-262;*; ;;misc_f;4507197;4507451;7;*; ;comp;mobile_el;4507459;4508679;-1214;*; deb;comp;CDS;4507466;4508617;62;; ;comp;mobile_el;4508680;4509006;-323;*; ;comp;gene;4508684;4508942;64;*; ;;mobile_el;4509007;4509801;-793;*; ;;misc_f;4509009;4509479;-1;*; ;;misc_f;4509479;4509793;10;*; ;;gene;4509804;4510133;556;*; fin;comp;CDS;4510690;4511457;;; deb;;CDS;4518372;4518440;31;; ;;mobile_el;4518472;4519239;-713;*; deb;;CDS;4518527;4518802;-82;; ;;gene;4518721;4519224;113;*; fin;comp;CDS;4519338;4520324;;; deb;comp;CDS;4527549;4527980;-4;; ;;ncRNA;4527977;4528066;44;*; fin;comp;CDS;4528111;4528917;;; deb;comp;CDS;4530530;4531651;398;; ;comp;gene;4532050;4532310;126;*; fin;comp;CDS;4532437;4533183;;; deb;comp;CDS;4533796;4534053;376;; ;comp;gene;4534430;4534675;339;*; ;;gene;4535015;4536031;565;*; fin;;CDS;4536597;4536695;;; deb;comp;CDS;4568692;4568727;270;; ;;gene;4568998;4569918;243;*; fin;comp;CDS;4570162;4571574;;; deb;;CDS;4572414;4573931;203;; ;;gene;4574135;4576855;56;*; fin;comp;CDS;4576912;4577958;;; deb;comp;CDS;4579499;4579840;-6;; ;;ncRNA;4579835;4579911;156;*; fin;comp;CDS;4580068;4581462;;; deb;;CDS;4605804;4606040;38;; ;comp;tRNA;4606079;4606165;34;*;ctg ;comp;tRNA;4606200;4606286;28;*;ctg ;comp;tRNA;4606315;4606401;267;*;ctg fin;comp;CDS;4606669;4607700;;; </pre> ====eco intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_entre_cds|eco intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> eco;6.2.21 Paris;;eco 23-9-2020;;;;;;; eco;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;738;18.3;'''négatif ;-9;14;-1 à -89;'''4 641 652;-1;738 ;'''zéro;29;0.7;;;;;'''intercals;0;29 ;'''1 à 200;2511;62.4;'''0 à 200;72;58;;'''421 229;5;203 ;'''201 à 370;572;14.2;'''201 à 370;264;47;;'''9.1%;10;174 ;'''371 à 600;142;3.5;'''371 à 600;440;60;;;15;176 ;'''601 à max;32;0.8;'''601 à 1028;693;97;;;20;99 ;'''total 4024;<201;81.5;'''total 4004;103;126;-89 à 950;;25;85 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;67 4538785;1455;-1;738;-70;30;;0;29;35;56 2901896;1372;0;29;-60;2;;-1;°163;40;87 2876581;950;1;°47;-50;2;;-2;2;45;80 2405703;919;2;°57;-40;12;;-3;0;50;72 4077449;852;3;°54;-30;18;'''min à -1;-4;°303;55;82 767978;846;4;°31;-20;45;738;-5;0;60;72 1985139;796;5;14;-10;84;18.3%;-6;0;65;66 310746;775;6;16;0;574;;-7;15;70;60 1253085;768;7;°26;10;377;;-8;°60;75;57 1102546;754;8;16;20;275;;-9;2;80;52 3111266;728;9;°58;30;152;;-10;6;85;50 2303905;714;10;°58;40;143;'''1 à 100;-11;°34;90;49 2455083;680;11;°50;50;152;1701;-12;1;95;58 3353121;674;12;42;60;154;42.3%;-13;3;100;56 1907448;669;13;23;70;126;;-14;°20;105;56 2798091;668;14;°37;80;109;;-15;0;110;64 83622;659;15;24;90;99;;-16;3;115;40 2136104;658;16;22;100;114;;-17;°10;120;51 4325298;657;17;20;110;120;;-18;2;125;34 4294481;641;18;19;120;91;;-19;5;130;53 1299567;634;19;14;130;87;;-20;°9;135;41 2404629;630;20;°24;140;90;;-21;2;140;49 4502103;626;21;18;150;78;;-22;3;145;26 582875;620;22;18;160;81;;-23;°7;150;52 4602088;618;23;14;170;72;'''1 à 200;-24;2;155;51 3922060;616;24;°25;180;62;2511;-25;4;160;30 384059;615;25;10;190;68;62.4%;-26;°8;165;36 3550080;611;26;15;200;61;;-27;1;170;36 1711523;610;27;14;210;72;;-28;4;175;34 1292509;604;28;12;220;66;;-29;°5;180;28 985894;602;29;11;230;40;;-30;1;185;36 88028;601;30;15;240;41;'''0 à 200;-31;1;190;32 4150447;597;31;9;250;41;2540;-32;°7;195;31 654583;588;32;10;260;47;;;712;200;30 1089866;586;33;10;270;27;;reste;55;205;39 ;;34;15;280;37;;total;767;210;33 ;;35;12;290;38;;;;215;29 ;;36;°19;300;26;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;37 ;;37;18;310;22;;600;3992;225;16 ;;38;13;320;29;;610;4;230;24 ;;39;°22;330;18;;620;5;235;19 ;;40;15;340;18;'''201 à 370;630;2;240;22 ;;reste;2310;350;11;572;640;1;245;24 ;;total;4024;360;20;14.2%;650;1;250;17 ;;;;370;19;;660;3;255;19 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;23;;670;2;260;28 164730;-2400;cont;2400;390;9;;680;2;265;15 2731600;-2130;cont;2130;400;18;;690;0;270;12 492092;-1295;cont;1295;410;10;;700;0;275;23 4577958;-897;cont;897;420;7;;710;0;280;14 1179520;-729;cont;729;430;13;;720;1;285;21 3111128;-723;comp';'''20;440;8;;730;1;290;17 3838248;-530;comp';'''20;450;3;;740;0;295;17 10643;-527;comp';'''486;460;8;;750;0;300;9 1639030;-448;cont;'''255;470;4;;760;1;305;10 3796948;-436;comp';'''75;480;6;;770;1;310;12 578107;-242;cont;'''123;490;3;;780;1;315;14 508875;-212;cont;212;500;4;;790;0;320;15 3993739;-210;comp';210;510;1;;800;1;325;8 16751;-153;cont;153;520;5;;810;0;330;10 1240260;-129;comp';129;530;3;;820;0;335;10 4011076;-113;comp';113;540;3;'''371 à 600;830;0;340;8 1491922;-110;cont;110;550;4;142;840;0;345;7 3086145;-102;comp';102;560;3;3.5%;850;1;350;4 3519465;-89;cont;89;570;1;;860;1;355;13 1529922;-86;comp';86;580;3;'''601 à max;total;28;360;7 2475873;-85;cont;85;590;2;32;;;365;13 19811;-82;cont;82;600;1;0.8%;;;370;6 257923;-82;cont;82;reste;32;;reste;4;reste;174 279178;-82;cont;82;total;4024;;total;4024;total;4024 </pre> ====eco intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> eco Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; eco;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;22;-151;195;32;532;230;max50;-74;565;-1405;124;805;255;min50 31 à 400;;;;;;;;7.6;-18;-162;50;934;79;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;94;44;-;489;dte;43;tm;197;65;-;540;poly;265;SF 31 à 400;;;;;;;;117;43;-;873;poly;61;tm </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> 25.1.22 Paris;;;;;;;;;;;;; ;400;200;250;;corrélation;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;-0.119;;;;;;;; 41-n;0.735;0.296;0.440;;;;;;;;;; 1-n;0.287;-0.178;-0.064;;;;;;;;25.1.22 Paris;; eco;fx;fc;;fx40;fc40;eco;fx%;fc%;;x;eco;Sx-;Sc- 0;13;16;0;13;16;0;13;8;>0;1062;-1;0;163 10;36;341;1;4;43;10;36;160;<0;94;-2;2;0 20;11;264;2;6;51;20;11;124;zéro;13;-3;0;0 30;16;136;3;10;44;30;16;64;total;1169;-4;43;260 40;63;80;4;5;26;40;63;38;;c;-5;0;0 50;79;73;5;1;13;50;79;34;>0;2195;-6;0;0 60;51;103;6;4;12;60;51;48;<0;644;-7;1;14 70;37;89;7;3;23;70;37;42;zéro;16;-8;1;59 80;20;89;8;1;15;80;20;42;total;2855;-9;2;0 90;30;69;9;2;56;90;30;32;;;-10;0;6 100;32;82;10;0;58;100;32;38;total;4024;-11;0;34 110;36;84;11;2;48;110;36;39;;;-12;1;0 120;32;59;12;3;39;120;32;28;;;-13;0;3 130;34;53;13;1;22;130;34;25;;;-14;5;15 140;39;51;14;0;37;140;39;24;;;-15;0;0 150;29;49;15;1;23;150;29;23;;;-16;1;2 160;39;42;16;2;20;160;39;20;;;-17;0;10 170;32;40;17;1;19;170;32;19;;;-18;2;0 180;22;40;18;0;19;180;22;19;;;-19;1;4 190;30;38;19;0;14;190;30;18;;;-20;1;8 200;29;32;20;1;23;200;29;15;;;-21;2;0 210;35;37;21;1;17;210;35;17;;;-22;0;3 220;29;37;22;0;18;220;29;17;;;-23;1;6 230;21;19;23;1;13;230;21;9;;;-24;2;0 240;23;18;24;6;19;240;23;8;;;-25;2;2 250;24;17;25;0;10;250;24;8;;;-26;1;7 260;22;25;26;1;14;260;22;12;;;-27;1;0 270;12;15;27;0;14;270;12;7;;;-28;1;3 280;20;17;28;4;8;280;20;8;;;-29;1;4 290;17;21;29;2;9;290;17;10;;;-30;1;0 300;9;17;30;1;14;300;9;8;;;-31;0;1 310;9;13;31;2;7;310;9;6;;;-32;2;5 320;16;13;32;3;7;320;16;6;;;-33;1;0 330;8;10;33;3;7;330;8;5;;;-34;0;0 340;12;6;34;7;8;340;12;3;;;-35;3;1 350;2;9;35;5;7;350;2;4;;;-36;0;0 360;10;10;36;4;15;360;10;5;;;-37;0;1 370;6;13;37;11;7;370;6;6;;;-38;1;1 380;18;5;38;6;7;380;18;2;;;-39;1;0 390;6;3;39;14;8;390;6;1;;;-40;0;0 400;7;11;40;8;7;400;7;5;;;-41;1;0 reste;59;65;reste;936;1374;;;;;;-42;0;0 total;1075;2211;total;1075;2211;t30;63;348;;;-43;0;8 diagr;1003;2130;diagr;126;821;t60;218;302;;;-44;1;1 - t30;940;1389;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;747;1133;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;-48;1;0 ;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;reste;11;21 ;;;;;;;;;;;total;94;644 </pre> ====eco intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_négatifs_S-|eco intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;; comp’;0;2;0;42;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;0;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;8;91;11 continu;163;0;0;261;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;1;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;7;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;10;647;22 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;43;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;1;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;11;94 ;Sc-;163;0;0;260;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;0;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;22;644 </pre> ====eco autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires|eco autres intercalaires]] <pre> eco;autres intercalaires;;adresses1;;;eco;autres intercalaires;;adresses2;;;eco;autres intercalaires;;adresses3;;;eco;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;14168;88;;;deb;°CDS;1205731;-74;;;deb;°CDS;2170532;30;;;deb;°CDS;3579768;116; ;mobile;15387;-1287;;;;gene;1206131;-10;;;;misc_f;2171429;105;;;;ncRNA;3580922;121; fin;°CDS;15445;;;;fin;°CDS;1206913;;;;deb;°CDS;2171833;47;;;fin;°CDS;3581138;; deb;°CDS;16751;-9;;;deb;°CDS;1208517;-1;;;;gene;2172921;3;;;deb;°CDS;3581863;-4; ;ncRNA;16952;482;;;;gene;1209119;29;;;fin;°CDS;2174282;;;;;misc_f;3583038;0; fin;°CDS;17489;;;;fin;°CDS;1209685;;;;deb;°CDS;2196474;111;;;;mobile;3583428;-713; deb;°CDS;18715;175;;;deb;°CDS;1210346;233;;;;gene;2197410;9;;;fin;°CDS;3583483;; ;mobile;19796;-753;;;;gene;1211413;102;;;fin;°CDS;2200279;;;;deb;°CDS;3583677;24; fin;°CDS;19811;;;;fin;°CDS;1211680;;;;deb;°CDS;2226509;52;;;;misc_f;3584205;94; deb;°CDS;74497;35;;;deb;°CDS;1218983;399;;;;gene;2227323;223;;;fin;°CDS;3584404;; ;ncRNA;75516;35;;;;gene;1219601;56;;;fin;°CDS;2228982;;;;deb;°CDS;3623399;104; deb;°CDS;75644;67;;;fin;°CDS;1222305;;;;deb;°CDS;2284376;74;;;;gene;3623887;245; ;ncRNA;77367;-206;;;deb;°CDS;1223264;114;;;;&tRNA;2286211;102;;;fin;°CDS;3624378;; fin;°CDS;77388;;;;;gene;1223564;371;;;;misc_f;2286390;4;;;deb;°CDS;3630968;261; deb;°CDS;188712;205;;;fin;°CDS;1224279;;;;;mobile;2288919;-1049;;;;gene;3632852;382; ;ncRNA;189712;26;;;deb;°CDS;1238879;238;;;deb;°CDS;2289065;68;;;fin;°CDS;3634841;; fin;°CDS;189874;;;;;mobile;1240188;-30;;;;misc_f;2290114;319;;;deb;°CDS;3647705;274; deb;°CDS;222833;362;;;fin;°CDS;1240260;;;;fin;°CDS;2290500;;;;;ncRNA;3648063;149; ;$rRNA;223771;68;;;deb;°CDS;1269168;47;;;deb;°CDS;2311646;334;;;;ncRNA;3648294;152; ;&tRNA;225381;42;;;;ncRNA;1269323;313;;;;ncRNA;2313084;311;;;fin;°CDS;3648528;; ;&tRNA;225500;183;;;deb;°CDS;1269703;47;;;fin;°CDS;2313488;;;;deb;°CDS;3650237;628; ;$rRNA;225759;93;;;;ncRNA;1269858;314;;;deb;°CDS;2328148;0;;;;misc_f;3651291;-1; ;$rRNA;228756;52;;;deb;°CDS;1270238;47;;;;gene;2329798;-67;;;;mobile;3652036;-1049; ;&tRNA;228928;162;;;;ncRNA;1270393;288;;;fin;°CDS;2334336;;;;deb;°CDS;3652182;73; fin;°CDS;229167;;;;fin;°CDS;1270749;;;;deb;°CDS;2348822;214;;;;misc_f;3653236;247; deb;°CDS;236067;132;;;deb;°CDS;1286709;81;;;;gene;2349687;41;;;fin;°CDS;3653961;; ;&tRNA;236931;327;;;;ncRNA;1287066;-150;;;fin;°CDS;2349935;;;;deb;°CDS;3656995;417; fin;°CDS;237335;;;;deb;°CDS;1287087;67;comp;;deb;°CDS;2356904;12;;;;ncRNA;3657985;311; deb;°CDS;238257;9;;;;&tRNA;1287244;209;comp;;;gene;2357816;40;;;deb;°CDS;3658366;98; ;gene;238746;105;;;;&tRNA;1287538;159;comp;;fin;°CDS;2358042;;;;;ncRNA;3658992;149; ;gene;239190;40;;;fin;°CDS;1287782;;comp;;deb;°CDS;2451584;19;;;fin;°CDS;3659232;; fin;°CDS;239419;;;;deb;°CDS;1293527;281;;;;gene;2452356;81;;;deb;°CDS;3663890;245; deb;°CDS;247637;223;;;;gene;1294426;-897;;;fin;°CDS;2455083;;;;;ncRNA;3664864;16; ;gene;248358;1;;;;mobile;1294426;40;;;deb;°CDS;2465301;75;;;fin;°CDS;3664986;; ;gene;250072;70;;;fin;°CDS;1295446;;;;;&tRNA;2466309;-15;;;deb;°CDS;3692618;-4; fin;°CDS;250898;;;;deb;°CDS;1298598;253;;;;misc_f;2466369;-10039;;;;gene;3695233;11; deb;°CDS;252709;305;;;;mobile;1299499;-1127;;;fin;°CDS;2466545;;;;fin;°CDS;3695997;; ;gene;253467;-32;;;fin;°CDS;1299567;;;;deb;°CDS;2470497;159;;;deb;°CDS;3699980;48; ;gene;253702;56;;;deb;°CDS;1380148;13;;;;gene;2470803;-29;;;;ncRNA;3700136;363; fin;°CDS;254259;;;;;gene;1380821;-1;;;deb;°CDS;2471077;26;;;fin;°CDS;3700563;; deb;°CDS;256527;57;;;;gene;1381789;44;;;;gene;2471544;49;;;deb;°CDS;3706098;910;comp ;misc_f;257829;8;;;fin;°CDS;1381947;;;;fin;°CDS;2472112;;;;;&tRNA;3708616;91;comp ;mobile;257908;-753;;;deb;°CDS;1394891;121;;;deb;°CDS;2476310;73;;;fin;°CDS;3708784;;comp fin;°CDS;257923;;;;;mobile;1396044;-1127;;;;gene;2476584;95;;;deb;°CDS;3720448;-153; deb;°CDS;258345;55;;;fin;°CDS;1396112;;;;fin;°CDS;2476694;;;;;gene;3720448;0; ;misc_f;258676;38;;;deb;°CDS;1404741;8;;;deb;°CDS;2513042;28;;;;mobile;3720633;-1396; fin;°CDS;259045;;;;;ncRNA;1405658;227;;;;mobile;2514273;-1287;;;fin;°CDS;3720680;; deb;°CDS;261503;114;;;fin;°CDS;1405979;;;;fin;°CDS;2514331;;;;deb;°CDS;3721198;26; ;&tRNA;262871;-49;;;deb;°CDS;1408050;95;;;deb;°CDS;2515643;208;;;;gene;3722076;222; ;misc_f;262898;-34056;;;;ncRNA;1409129;57;;;;&tRNA;2518041;39;comp;;fin;°CDS;3722328;; 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;&tRNA;1097565;233;comp;;deb;°CDS;2152469;182;;;fin;°CDS;3420134;;;;fin;°CDS;4536597;; fin;°CDS;1097886;;;;;ncRNA;2153311;-106;;;deb;°CDS;3422436;228;;;deb;°CDS;4567287;478; deb;°CDS;1146011;-7;;;deb;°CDS;2153349;237;;;;$rRNA;3423423;37;;;;gene;4568998;243; ;ncRNA;1146589;36;;;;ncRNA;2153646;-101;;;;&tRNA;3423580;12;;;fin;°CDS;4570162;; fin;°CDS;1146794;;;;fin;°CDS;2153681;;;;;$rRNA;3423668;92;;;deb;°CDS;4572414;203; deb;°CDS;1195123;-165;;;deb;°CDS;2165668;84;;;;$rRNA;3423880;174;;;;gene;4574135;56; ;misc_f;1196209;-14546;;;;ncRNA;2167114;-18;;;;&tRNA;3426958;42;;;fin;°CDS;4576912;; fin;°CDS;1196867;;;;;misc_f;2167183;-510;;;;&tRNA;3427076;68;;;deb;°CDS;4579499;-6; deb;°CDS;1203822;9;;;deb;°CDS;2167302;81;;;;$rRNA;3427221;473;;;;ncRNA;4579835;156; ;gene;1204170;-234;;;;gene;2167602;168;;;fin;°CDS;3429236;;;;fin;°CDS;4580068;; deb;°CDS;1204170;-1137;;;fin;°CDS;2167989;;;;deb;°CDS;3558268;-19;;;deb;°CDS;4605804;38; ;gene;1204401;11;;;deb;°CDS;2168712;81;;;;gene;3559848;16;;;;&tRNA;4606079;34;comp fin;°CDS;1205549;;;;;misc_f;2169693;3;;;fin;°CDS;3560622;;;;;&tRNA;4606200;28;comp ;;;;;;;mobile;2170171;-1193;;;;;;;;;;&tRNA;4606315;267;comp ;;;;;;fin;°CDS;2170236;;;;;;;;;;fin;°CDS;4606669;;comp </pre> ====eco intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_tRNA|eco intercalaires tRNA]] <pre> eco;intercalaires tRNAs;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;162;;67;14;; ;;;132;;327;;74;78;; ;;;114;;;;75;91;'''deb; ;;comp’;242;;;;100;100;<201;10 6 aas;37 47 15 34 23 9;comp’;153;;379;;102;106;total;17 6 aas;135 2 149 3 146 132;;164;;432;;105;107;taux;59% ;;comp’;343;;253;;114;114;; ;;;206;comp’;426;;128;146;'''fin; ;;comp’;735;comp’;233;;132;151;<201;11 ;209;;67;;159;;155;159;total;20 ;4;comp’;307;;107;;164;162;taux;55% ;12 54;;-;;151;;206;235;; ;;comp’;569;comp’;93;;206;253;'''total; ;;;100;;313;;210;267;<201;21 ;;comp’;452;;100;;280;313;total;37 ;;comp’;4;comp’;37;;458;315;taux;57% ;;comp’;326;comp’;55;;750;327;; ;;;74;;;;910;379;; ;;;75;;;;233;432;comp’;cumuls ;39;comp’;208;;235;;4;37;; ;44 46 4;comp’;258;comp’;264;;38;53;; ;;;750;;;;124;55;'''deb; 4 aas;198 62 198 3;;280;;315;;153;73;<201;5 ;;comp’;208;comp’;73;;195;93;total;17 ;33 33;;155;;78;;208;95;taux;29% ;;;105;comp’;148;;208;148;; ;;comp’;124;comp’;53;;242;233;'''fin; ;;;206;comp’;347;;258;264;<201;7 ;;;458;;14;;292;347;total;11 ;;;910;;91;;307;426;taux;64% ;;comp’;292;;;;326;'''-;; ;8;;;comp’;95;;343;'''-;'''total; ;57 20 42;;102;;146;;361;'''-;<201;12 ;8 116 6;comp’;361;;114;;452;'''-;total;28 ;;;;;106;;569;'''-;taux;43% ;36 35;;210;;233;;735;'''-;; ;;comp’;195;;;;;;; ;34 28;comp’;38;;267;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;deb;fin;total ;;;;;;;<201;15;18;33 ;;;;;;;total;34;31;65 ;;;;;;;taux;44%;58%;51% </pre> ===Escherichia coli Nissle 1917=== ====ecoN opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_opérons|ecoN opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Esch_coli_Nissle_1917/eschColi_NISSLE_1917-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP007799.1;ecoN;;genome;;;;;;;;; 50%GC;21.8.19 Paris;16s 10 ;123 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;; Escherichia coli Nissle 1917 ;;;;;;;;;;;; ;231864..232436;;CDS;;365;365;;;191;;D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase;* ;232802..234321;;16s;;73;;;;1520;;; ;234395..234471;;gaa;;12;;;12;;;; ;234484..234557;;gca;;174;;;;;;; ;234732..237319;;23s;;83;;;;2588;;; ;237403..237518;;5s;;54;;;;116;;; ;237573..237649;;gac;;162;162;;;;162;; ;237812..238615;;CDS;;;;;;268;;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;* ;;;;;;;;;;;; ;244934..245665;;CDS;;132;132;;;244;;DNA polymerase III subunit epsilon;* ;245798..245874;;gac;;120;120;;;;120;; comp;245995..246852;;CDS;;;;;;286;;DUF4942 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;367329..368582;;CDS;;114;114;;;418;114;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;* ;368697..368772;;acg;;154;154;;;;;; ;368927..369265;;CDS;;;;;;113;;DUF4102 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;631149..632015;;CDS;;270;270;;;289;;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;* ;632286..632362;;aga;;15;15;;;;15;; comp;632378..632997;;CDS;;;;;;207;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;733188..734363;;CDS;;153;153;;;392;153;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;* comp;734517..734591;;cag;+;37;;37;;;;; comp;734629..734703;;cag;2 cag;48;;48;;;;; comp;734752..734828;;atgj;2 atgj;15;;15;;;;; comp;734844..734918;;caa;2 caa;34;;34;;;;; comp;734953..735027;;caa;;23;;23;;;;; comp;735051..735135;;cta;;10;;10;;;;; comp;735146..735222;;atgj;;380;380;;;;;; comp;735603..737267;;CDS;;;;;;555;;asparagine synthase B;* ;;;;;;;;;;;; ;807377..808169;;CDS;;164;164;;;264;164;Pseudo, cell division protein CpoB;* ;808334..808409;;aaa;+;35;;35;;;;; ;808445..808520;;gta;5 aaa;2;;2;;;;; ;808523..808598;;aaa;2 gta;51;;51;;;;; ;808650..808725;;gta;;3;;3;;;;; ;808729..808804;;aaa;;48;;48;;;;; ;808853..808928;;aaa;;33;;33;;;;; ;808962..809037;;aaa;;277;277;;;;;; ;809315..810358;;CDS;;;;;;348;;quinolinate synthase NadA;* ;;;;;;;;;;;; ;950069..952345;;CDS;;343;343;;;*759;343;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;* comp;952689..952776;;tcc;;253;253;;;;;; comp;953030..953248;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;* ;;;;;;;;;;;; comp;1047224..1047883;;CDS;;206;206;;;220;206;FtsH protease modulator YccA;* comp;1048090..1048177;;tca;;426;*426;;;;;; ;1048604..1049722;;CDS;;;;;;373;;hydrogenase 1 small subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;1183656..1184018;;CDS;;463;*463;;;121;;hp;* ;1184482..1184558;;aga;;278;278;;;;278;; > comp;1184837..1185786;;CDS;;;;;;317;;Pseudo, IS4 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;1213982..1214809;;CDS;;165;165;;;276;165;DUF4942 domain-containing protein;* comp;1214975..1215062;;tcc;;233;233;;;;;; ;1215296..1216234;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;* ;;;;;;;;;;;; ;1216817..1217098;;CDS;;165;165;;;94;165;DUF4942 domain-containing protein;* comp;1217264..1217351;;tcc;;234;234;;;;;; ;1217586..1218524;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;* ;;;;;;;;;;;; ;1457038..1458129;;CDS;;16;16;;;364;16;acyl-CoA desaturase;* comp;1458146..1458277;;ncRNA;;46;;;;44;;RtT sRNA; comp;1458324..1458408;;tac;+;33;;33;;;;; comp;1458442..1458526;;tac;2 tac;159;159;;;;;; comp;1458686..1459528;;CDS;;;;;;281;;formyltetrahydrofolate deformylase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1829066..1830322;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1830630..1830706;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1830711..1830787;;gtc;2 gtc;6;6;;;;6;; <;1830794..1831177;;CDS;@4;;;;;128;;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;* ;;;;;;;;;;;; comp;1831218..1832474;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1832782..1832858;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1832863..1832939;;gtc;2 gtc;8;8;;;;8;; <;1832948..1833280;;CDS;;;;;;111;;Pseudo, MATE family efflux transporter;* ;;;;;;;;;;;; comp;1833321..1834577;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1834885..1834961;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1834966..1835042;;gtc;2 gtc;108;108;;;;108;; ;1835151..1835456;;CDS;;;;;;102;;monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2115794..2116459;;CDS;;195;195;;;222;;UPF0149 family protein YecA;* comp;2116655..2116741;;tta;;12;;12;;;;; comp;2116754..2116827;;tgc;;53;;53;;;;; comp;2116881..2116956;;ggc;;151;151;;;;151;; comp;2117108..2117656;;CDS;;;;;;183;;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2191451..2192287;;CDS;;278;278;;;279;;hp;* comp;2192566..2192655;;tcg;;93;93;;;;93;; ;2192749..2193546;;CDS;;100;100;;;266;100;DgsA anti-repressor MtfA;* ;2193647..2193722;;aac;;161;161;;;;;; ;2193884..2195146;;CDS;;;;;;421;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;2232607..2233323;;CDS;;453;*453;;;239;;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;* comp;2233777..2233852;;acc;;326;326;;;;326;; ;2234179..2235096;;CDS;;;;;;306;;nitrogen assimilation transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; ;2235198..2236148;;CDS;;37;37;;;317;;HTH-type transcriptional regulator Cbl;* comp;2236186..2236261;;aac;;4;4;;;;4;; ;2236266..2237909;;CDS;;100;100;;;548;100;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;* ;2238010..2238085;;aac;;161;161;;;;;; ;2238247..2239518;;CDS;;;;;;424;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;2546968..2548728;;CDS;;74;74;;;587;74;cardiolipin transport protein PbgA;* ;2548803..2548879;;ccc;;101;101;;;;;; comp;2548981..2549136;;CDS;;;;;;52;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;2717780..2718712;;CDS;;75;75;;;311;75;formate/nitrite transporter family protein;* ;2718788..2718862;;agg;;437;*437;;;;;; comp;2719300..2719830;;CDS;;;;;;177;;OmpH family outer membrane protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2768744..2770933;;CDS;;206;206;;;*730;206;sensor domain-containing phosphodiesterase;* comp;2771140..2771215;;gcc;+;39;;39;;;;; comp;2771255..2771330;;gcc;2 gcc;220;220;;;;;; ;2771551..2771910;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;2772355..2773770;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;* ;2774029..2774104;;gta;+;43;;43;;;;; ;2774148..2774223;;gta;3 gta;46;;46;;;;; ;2774270..2774345;;gta;;4;;4;;;;; ;2774350..2774425;;aaa;;110;110;;;;110;; comp;2774536..2775420;;CDS;;;;;;295;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;2959205..2960503;;CDS;;323;323;;;433;323;alpha-ketoglutarate permease;* comp;2960827..2960942;;5s;;83;;;;116;;; comp;2961026..2965477;;23s;;184;;;;4452;;; comp;2965662..2965737;;gaa;;431;;;;;;; comp;2966169..2967720;;16s;;441;*441;;;1552;;; comp;2968162..2970735;;CDS;;;;;;*858;;ATP-dependent chaperone ClpB;* ;;;;;;;;;;;; comp;3027207..3027773;;CDS;;280;280;;;189;280;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;* comp;3028054..3028130;;cgt;+;63;;63;;;;; comp;3028194..3028270;;cgt;5 cgt;62;;62;;;;; comp;3028333..3028409;;cgt;;62;;62;;;;; comp;3028472..3028548;;cgt;;64;;64;;;;; comp;3028613..3028689;;cgt;;3;;3;;;;; comp;3028693..3028785;;agc;;315;315;;;;;; comp;3029101..3029286;;CDS;;;;;;62;;carbon storage regulator CsrA;* ;;;;;;;;;;;; comp;3157337..3158434;;CDS;;208;208;;;366;208;murein transglycosylase A;* ;3158643..3158719;;atgf;+;33;;33;;;;; ;3158753..3158829;;atgf;3 atgf;33;;33;;;;; ;3158863..3158939;;atgf;;635;*635;;;;;; ;3159575..3160075;;CDS;;;;;;167;;type VI secretion system contractile sheath small subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;3230172..3231401;;CDS;;316;316;;;410;;HAAAP family serine/threonine permease;* comp;3231718..3231791;;ggg;;78;78;;;;78;; comp;3231870..3232625;;CDS;;;;;;252;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;;;;;;;;;;;; ;3341048..3341755;;CDS;;105;105;;;236;105;DUF554 domain-containing protein;* ;3341861..3341936;;ttc;;197;197;;;;;; ;3342134..3343399;;CDS;;;;;;422;;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;3569308..3569814;;CDS;;124;124;;;169;;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;* ;3569939..3570014;;atgi;;53;53;;;;53;; comp;3570068..3570832;;CDS;;;;;;255;;NADPH-dependent ferric chelate reductase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3670227..3670679;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3670886..3670962;;atgf;;347;347;;;;;; >;3671310..3672155;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3673935..3674387;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3674594..3674670;;atgf;;347;347;;;;;; >;3675018..3675869;;CDS;;;;;;284;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3677794..3678246;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3678453..3678529;;atgf;;347;347;;;;;; >;3678877..3679722;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3681532..3681984;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3682191..3682267;;atgf;;347;347;;;;;; ;3682615..3683958;;CDS;;;;;;448;;argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3683966..3685591;;CDS;;456;*456;;;542;;phosphoethanolamine transferase;* comp;3686048..3686134;;ctc;;14;14;;;;14;; comp;3686149..3686481;;CDS;;;;;;111;;preprotein translocase subunit SecG;* ;;;;;;;;;;;; ;3784553..3785311;;CDS;;62;62;;;253;62;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;* comp;3785374..3785489;;5s;@3;39;;;;116;;; comp;3785529..3785605;;acc;;14;;;;;;; comp;3785620..3785735;;5s;;777;;;;116;;; comp;3786513..3786588;;acc;;14;;;;;;; comp;3786603..3786718;;5s;;1834;;;;116;;; comp;3788553..3788628;;gaa;;1360;*1360;;;;;; ;3789989..3790543;;CDS;;;;;;185;;gamma carbonic anhydrase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;4078635..4080242;;CDS;;743;*743;;;536;;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;* comp;4080986..4081062;;ccg;;91;91;;;;91;; comp;4081154..4082845;;CDS;;;;;;564;;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;4205966..4207348;;CDS;;292;292;;;461;292;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;* ;4207641..4207735;;tga;;300;300;;;;;; >;4208036..4208857;;CDS;;;;;;274;;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;4338643..4339335;;CDS;;479;*479;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;4339815..4341342;;16s;;73;;;;1528;;; ;4341416..4341491;;gaa;;184;;;;;;; ;4341676..4344286;;23s;;83;;;;2611;;; ;4344370..4344485;;5s;;53;;;;116;;; ;4344539..4344615;;gac;;8;;;;;;; ;4344624..4344699;;tgg;;95;95;;;;95;; comp;4344795..4345634;;CDS;;;;;;280;;HTH-type transcriptional regulator HdfR;* ;;;;;;;;;;;; ;4377681..4379066;;CDS;;102;102;;;462;102;amino acid permease;* ;4379169..4379245;;cgg;;58;;58;;;;; ;4379304..4379379;;cac;;20;;20;;;;; ;4379400..4379486;;ctg;;42;;42;;;;; ;4379529..4379605;;cca;;146;146;;;;;; ;4379752..4380987;;CDS;;;;;;412;;anaerobic sulfatase maturase;* ;;;;;;;;;;;; ;4460971..4461516;;CDS;;377;377;;;182;;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;* ;4461894..4463631;;16s;;56;;;;1738;;; ;4463688..4463764;;atc;;42;;;42;;;; ;4463807..4463882;;gca;;165;;;;;;; ;4464048..4467338;;23s;;83;;;;3291;;; ;4467422..4467537;;5s;;104;104;;;116;104;; comp;4467642..4468169;;CDS;;;;;;176;;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;* ;;;;;;;;;;;; ;4605577..4606434;;CDS;;374;374;;;286;;glutamate racemase;* ;4606809..4608362;;16s;;363;;;;1554;;; ;4608726..4608801;;gaa;;1112;;;;;;; ;4609914..4610029;;5s;;136;136;;;116;136;; ;4610166..4611194;;CDS;;;;;;343;;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;* ;;;;;;;;;;;; comp;4612185..4613135;;CDS;;361;361;;;317;;type I pantothenate kinase;* ;4613497..4613572;;aca;;8;;8;;;;; ;4613581..4613665;;tac;;116;;*116;;;;; ;4613782..4613856;;gga;;6;;6;;;;; ;4613863..4613938;;acc;;114;114;;;;114;; ;4614053..4615237;;CDS;;;;;;395;;elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;; comp;4642984..4644573;;CDS;;616;*616;;;530;;bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;* ;4645190..4646378;;16s’;@1;83;83;;;1189;83;; ;4646462..4648150;;CDS;;436;*436;;;563;;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;* ;4648587..4648662;;gaa;;185;;;;;;; ;4648848..4651319;;23s;;83;;;;2472;;; ;4651403..4651518;;5s;;76;76;;;116;76;; ;4651595..4651978;;CDS;;;;;;128;;hypothetical protein;* ;;;;;;;;;;;; < comp;4834504..4834961;;CDS;;197;197;;;153;;pseudo, integrase;* comp;4835159..4835234;;ttc;;106;106;;;;106;; comp;4835341..4835916;;CDS;;;;;;192;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; ;4864628..4865173;;CDS;;210;210;;;182;210;oligoribonuclease;* ;4865384..4865459;;ggc;+;36;;36;;;;; ;4865496..4865571;;ggc;3 ggc;35;;35;;;;; ;4865607..4865682;;ggc;;233;233;;;;;; ;4865916..4865969;;CDS;;;;;;18;;hp;* ;;;;;;;;;;;; comp;4974178..4975197;;CDS;;195;195;;;340;;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;* ;4975393..4975477;;ttg;;39;39;;;;39;; <> comp;4975517..4976055;;CDS;;;;;;180;;pseudo, IS630 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;5042527..5042763;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;* comp;5042802..5042888;;ctg;+;34;;34;;;;; comp;5042923..5043009;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;; comp;5043038..5043124;;ctg;;290;290;;;;;; comp;5043415..5044446;;CDS;;;;;;344;;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;* ;;;;;;;;;;;; comp;5079375..5079581;;CDS;;117;117;;;69;117;AlpA family transcriptional regulator;* ;5079699..5081218;;16s;;73;;;;1520;;; ;5081292..5081368;;gaa;;12;;;12;;;; ;5081381..5081454;;gca;;366;366;;;;;; ;5081821..5082018;;CDS;;524;*524;;;66;;hypothetical protein;* comp;5082543..5082754;;CDS;;;;;;71;;hypothetical protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;5090325..5090876;;CDS;;1808;*1808;;;184;;MarR family transcriptional regulator;* comp;5092685..5092760;;gaa;;588;*588;;;;*588;; < comp ;5093349..5093474;;CDS;;592;*592;;;42;;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;* ;5094067..5094142;;gaa;+;1472;;;*1472;;;; ;5095615..5095691;;atc;3 gaa;42;;;42;;;; ;5095734..5095809;;atc;2 atc;1130;;;*1130;;;; ;5096940..5097015;;gaa;;1145;;;*1145;;;; ;5098161..5098236;;gaa;;185;;;;;;; ;5098422..5100893;;23s;;83;;;;2472;;; ;5100977..5101092;;5s;;76;76;;;116;76;; ;5101169..5101552;;CDS;;63;63;;;128;;hypothetical protein;* comp;5101616..5102059;;CDS;;;;;;148;;acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;5124754..5125197;;CDS;;63;63;;;148;;acetyltransferase;* comp;5125261..5125644;;CDS;;76;76;;;128;;hypothetical protein;* comp;5125721..5125836;;5s;;83;;;;116;;; comp;5125920..5128366;;23s’;@2;-10;*-10;;;2447;*-10;; <;5128357..5128479;;CDS;;;;;;41;;pilus assembly protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;5252659..5253870;;CDS;;300;300;;;404;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;5254171..5254249;;tga;;292;292;;;;292;; >;5254542..5255171;;CDS;;;;;;210;;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;* ;;;;;;;;;;;; > comp;5305902..5306228;;CDS;;0;0;;;109;0;pseudo, hp;* comp;5306229..5306302;;atc;;1096;*1096;;;;;; ;5307399..5308450;;CDS;;;;;;351;;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;* ;;;;;;;;;;;; comp;5321144..5321869;;CDS;;206;206;;;242;206;pseudo, histidine kinase;* comp;5322076..5322151;;gcc;+;39;;39;;;;; comp;5322191..5322266;;gcc;3 gcc;39;;39;;;;; comp;5322306..5322381;;gcc;;220;220;;;;;; ;5322602..5322961;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;5323406..5324821;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;* ;5325080..5325155;;gta;+;44;;44;;;;; ;5325200..5325275;;gta;2 gta;0;0;;;;0;; <;5325276..5325389;;CDS;;;;;;38;;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; >;5375524..5376270;;CDS;;891;*891;;;249;*891;pseudo, AI-2E family transporter;* ;5377162..5377237;;gaa;;1047;*1047;;;;;; comp;5378285..5379589;;CDS;;;;;;435;;isocitrate lyase;* ;;;;;;;;;;;; comp >;5341397..5341492;;CDS;;-2;*-2;;;32;*-2;ABC transporter ATP-binding protein;* comp;5341491..5344303;;23s;;174;;;;2813;;; comp;5344478..5344553;;gca;;42;;;42;;;; comp;5344596..5344672;;atc;;56;;;;;;; comp;5344729..5346282;;16s;;1063;;;;1554;;; comp;5347346..5347421;;gca;;42;;;42;;;; comp;5347464..5347540;;atc;;56;;;;;;; comp;5347597..5349150;;16s;;365;365;;;1554;;; comp;5349516..5350088;;CDS;;187;187;;;191;;D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase;* >;5350276..5350914;;CDS;;;;;;213;;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;* ;;;;;;;;;;;; > comp;5359583..5360512;;CDS;;120;120;;;310;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;5360633..5360708;;gca;;42;;;;;;; comp;5360751..5360827;;atc;;56;;;;;;; comp;5360884..5362138;;16s’;;1;1;;;1255;1;; < comp;5362140..5363543;;CDS;;;;;;468;;IS66 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;5425965..5426201;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;* comp;5426240..5426325;;ctg;+;26;;26;;;;a disparu le 20.12.19;* comp;5426352..5426438;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;; comp;5426467..5426553;;ctg;;63;63;;;;;; < comp;5426617..5427150;;CDS;;;;;;178;;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; >;5433568..5433687;;CDS;;39;39;;;40;39;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;* comp;5433727..5433814;;tcc;;253;253;;;;;; comp;5434068..5434286;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;* </pre> ====ecoN cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_cumuls|ecoN cumuls]] <pre> ecoN cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;12;1;0;;1;5;1;5;100;16;1;0 ;16 23 5s;0;20;13;2;50;11;40;10;200;34;30;1 ;16 atc gca;2;40;17;;100;17;80;7;300;29;60;6 ;16 gaa 235;2;60;9;4;150;16;120;16;400;18;90;8 ;max a;5;80;4;;200;15;160;3;500;18;120;8 ;a doubles;1;100;0;;250;14;200;4;600;8;150;7 ;spéciaux;8;120;1;;300;14;240;9;700;0;180;11 ;total aas;27;140;0;;350;12;280;2;800;2;210;11 sans ;opérons;50;160;0;;400;7;320;2;900;1;240;6 ;1 aa;32;180;0;;450;4;360;3;1000;0;270;9 ;max a;7;200;0;;500;4;400;0;1100;0;300;12 ;a doubles;15;;0;;;11;;2;;0;;0 ;total aas;94;;44;6;;130;;63;;126;;79 total aas;;121;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;33;32;;253;;142;;272;;172 ;;;variance;23;15;;258;;145;;162;;79 sans jaune;;;moyenne;31;;;178;;127;;260;; ;;;variance;19;;;109;;91;;142;; </pre> ====ecoN blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_blocs|ecoN blocs]] <pre> ecoN blocs;;;;;;;;;;;; gène;interca;pbs;cdsa;;;gène;interca;pbs;cdsa;;;rRNAs cds;365;;191;D-glycero;;cds;374;;286;Glu race;;16s 16s;73;1520;;;;16s;363;1554;;;;1189 gaa;12;;;;;gaa;1112;;;;;1255 gca;174;;;;;5s;136;116;;;;1520 23s;83;2588;;;;cds;;;343;UDP-N;;1520 5s;54;116;;;;;;;;;;1528 gac;162;;;;;cds;117;;69;tr AlpA;;1552 cds;;;268;gluDkgB;;16s;73;1520;;;;1554 ;;;;;;gaa;12;;;;;1554 cds;323;;433;glutarate pm;;gca;366;;;;;1554 5s;83;116;;;;cds;524;;66;hp-66;;1738 23s;184;4452;;;;cds;;;71;hp-71;; gaa;431;;;;;;;;;;; 16s;441;1552;;;;cds;-2;;32;ABC 32;;23s cds;;;858;ClpB dep;;23s;174;2813;;;;2447 ;;;;;;gca;42;;;;;2472 cds;616;;530;AICAR2;;atc;56;;;;;2472 16s’;83;1189;;;;16s;1063;1554;;;;2588 cds;436;;563;kinase isocit;;gca;42;;;;;2611 gaa;185;;;;;atc;56;;;;;2813 23s;83;2472;;;;16s;365;1554;;;;3291 5s;76;116;;;;cds;187;;191;D-glycero;;4452 cds;;;128;hp-128;;cds;;;213;ABC MetN;; ;;;;;;;;;;;;5s cds;62;;253;pu-ABC;;cds;120;;310;Tyr recb 310;;116 x 11 5s;39;116;;;;gca;42;;;;; acc;14;;;;;atc;56;;;;; 5s;777;116;;;;16s’;1;1255;;;; acc;14;;;;;cds;;;468;IS66;; 5s;1834;116;;;;;;;;;; gaa;1360;;;;;cds;63;;148;transferase;; cds;;;185;gc anhydrase;;cds;76;;128;hp-128;; ;;;;;;5s;83;116;;;; cds;377;;182;porphyrine M;;23s’;-10;2447;;;; 16s;56;1738;;;;cds;;;41;pilus;; atc;42;;;;;;;;;;; gca;165;;;;;cds;1808;;184;MarR ;; 23s;83;3291;;;;gaa;588;;;;; 5s;104;116;;;;cds;592;;42;sn-glycerol;; cds;;;176;Mlb pB;;gaa;1472;;;;; ;;;;;;atc;42;;;;; cds;479;;231;FadR tr ;;atc;1130;;;;; 16s;73;1528;;;;gaa;1145;;;;; gaa;184;;;;;gaa;185;;;;; 23s;83;2611;;;;23s;83;2472;;;; 5s;53;116;;;;5s;76;116;;;; gac;8;;;;;cds;63;;128;hp-128;; tgg;95;;;;;cds;;;148;transferase;; cds;;;280;HdfR HTH;;;;;;;; </pre> ====ecoN distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_distribution|ecoN distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;atc;;acc;2;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;1;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s >aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;ecoN;;;;6;;;6 </pre> ====ecoN eco==== =====ecoN eco tableaux===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_eco_tableaux|ecoN eco tableaux]] <pre> ;;;;;;rouge;ff6600;$;jaune;ffff00;#;;;;;;;;;;; ;;eco ecoN;;;;orange;ffcc00;&;cyan;66ffff;°;gris2;dddddd;];;;;;;;; ;;;;;;jaunev;ccff66;@;turquoise;33ff99;%;Jaunev 5;669900;(;;;;;;;; ;19.12.19 Paris;;pour les cds;;;bleu;00ccff;§;gris1;eeeeee;[;;;;;;;;;;; ;Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;eco;;;;;;;;ecoN;;;;;;;;;;;;; cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;ecoN suite;sens;;gènes;interca;cdsa;cds eco1;;222833..223408;cds;362;192;@D-glycero;;ecoN1;;231864..232436;CDS;365;191;@D-glycero;;EcoN 48;comp;5079375..5079581;CDS;117;69;tr AlpA ;;223771..225312;$16s;68;&1542;;;;;232802..234321;$16s;73;&1520;;;ok;;5079699..5081218;$16s;73;&1520; ;;225381..225457;atc;42;;;;;;234395..234471;gaa;12;;;;;;5081292..5081368;gaa;12;; ;;225500..225575;gca;183;;;;;;234484..234557;gca;174;;;;;;5081381..5081454;gca;366;; ;;225759..228662;$23s;93;&2904;;;;;234732..237319;$23s;83;&2588;;;;;5081821..5082018;CDS;524;66;hp-66 ;;228756..228875;$5s;52;&120;;;;;237403..237518;$5s;54;&116;;;;comp;5082543..5082754;CDS;;71;hp-71 ;;228928..229004;gac;162;;;;;;237573..237649;gac;162;;;;;;;;;; ;;229167..229970;cds;;268;@metDkgB;;;;237812..238615;CDS;;268;@gluDkgB;;eco1;;222833..223408;cds;[362;192;]D-glycero ;;;;;;;;;;;;;;;;;;223771..225312;$16s;[68;&1542; eco2;;236067..236798;cds;132;244;@DNAIIIe;;ecoN2;;244934..245665;CDS;132;244;@DNAIIIe;;;;225381..225457;atc;[42;; ;;236931..237007;gac;327;;;;;;245798..245874;gac;120;;;;;;225500..225575;gca;[183;; ;;237335..238120;cds;;262;§lipo YafT;;;comp;245995..246852;CDS;;286;§DUF4942;;;;225759..228662;$23s;93;&2904; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;228756..228875;$5s;52;&120; eco3;;261503..262756;cds;114;418;@glu5dH;;ecoN3;;367329..368582;CDS;114;418;@glu5dH;;;;228928..229004;gac;162;; ;;262871..262946;acg;203;;;;;;368697..368772;acg;154;;;;;;229167..229970;cds;;268;@metDkgB ;comp;263150..263212;cds;;21;§YdiA;;;;368927..369265;CDS;;113;§DUF4102;;EcoN 56;comp >;5341397..5341492;CDS;-2;32;]ABC 32 ;;262898..297205;#phage;;11436;pp CP4-6;;;;;;;;;;ok;comp;5341491..5344303;$23s;]174;&2813; ;;;;;;;;;;;;;;;;;comp;5344478..5344553;gca;]42;; eco4;comp;563848..564480;cds;242;211;§put FimZ;;ecoN4;comp;631149..632015;CDS;270;289;§cyclo FolD;;;comp;5344596..5344672;atc;]56;; 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XapR;DNA-binding transcriptional activator XapR;;;;;* permease;aa permease;amino acid permease;;;;;* ABC bind;ABC 32;ABC transporter ATP-binding protein;;;;;* ABC bind;ABC MetN;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;;;;;* desaturase;acyl-CoA ;acyl-CoA desaturase;;;;;* adhesin;adhes YdhQ;adhesin-like autotransporter YdhQ;;;;;* adhesin;adhes YejO;adhesin-like autotransporter YejO, gene fragment 2 of yejO, misc_feature ;;;;;* hydrolase ;AICAR1;bifunctional AICAR transformylase/IMP cyclohydrolase;;;;;* hydrolase ;AICAR2;bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;;;;;* amidase;Ala C;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase C;;;;;* maturase;ans maturase;anaerobic sulfatase maturase;;;;;* synthetase;Arg-suc;argininosuccinate synthetase;;;;;* integrase;arm-type;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;;;;;* synthetase;Asn B;asparagine synthetase B;;;;;* protease b;ATP ClpA;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;;;;;* kinase;B5 kinase;pantothenate kinase;;;;;* kinase;B5 kinase I;type I pantothenate kinase;;;;;* transporter;barrel;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;;;;;* tr-regulator;CadC;DNA-binding transcriptional activator CadC;;;;;* cardiolipin ;cardiolipine;cardiolipin transport protein PbgA;;;;;* transferase;CDP-diacyl;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;;;;;* division;cell CpoB;cell division coordinator CpoB;;;;;* chaperone;ClpB;ClpB chaperone;;;;;* chaperone;ClpB dep;ATP-dependent chaperone ClpB;;;;;* storage;Csr;carbon storage regulator;;;;;* storage;CsrA;carbon storage regulator CsrA;;;;;* hydrolase ;cyclo FolD;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;;;;;* phosphatase;D-glycero;D-glycero-beta-D-manno-heptose-1,7-bisphosphate 7-phosphatase;;;;;* ABC bind;dip ABC;dipeptide ABC transporter periplasmic binding protein;;;;;* polymerase;DNAIIIe;DNA polymerase III subunit epsilon;;;;;* ABC bind;DppA;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;;;;;* DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF4102;DUF4102 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF4942;DUF4942 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF5507;DUF5507 domain-containing protein YpjC;;;;;* DUF;DUF554 ;DUF554 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF554 Yqg;DUF554 domain-containing protein YqgA;;;;;* peptidase;ErfK;L,D-transpeptidase ErfK;;;;;* exporter;exporter;FMN/FAD exporter;;;;;* tr-regulator;FadR tr ;FadR family transcriptional regulator;;;;;* reductase;ferric ;NADPH-dependent ferric chelate reductase;;;;;* phosphatase;fructose;fructose-1-phosphatase;;;;;* phosphatase;fructose 6;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;;;;;* deformylase;fTHF;formyltetrahydrofolate deformylase;;;;;* protase;FtsH;modulator of FtsH protease;;;;;* protease;FtsH YccA;FtsH protease modulator YccA;;;;;* glycosylase;G/U;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;;;;;* glycosylase;G/U station;stationary phase mismatch/uracil DNA glycosylase;;;;;* transferase;G1207;16S rRNA m(2)G1207 methyltransferase;;;;;* transferase;G1207 RsmC;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;;;;;* anhydrase;gc anhydrase;gamma carbonic anhydrase family protein;;;;;* ligase;Glu ligase;glutamate--tRNA ligase;;;;;* racemase;Glu race;glutamate racemase;;;;;* dehydrogenase;glu5dH;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;;;;;* reductase;gluDkgB;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;;;;;* permease;glutarate pm;alpha-ketoglutarate permease;;;;;* symporter;glutarate sm;alpha-ketoglutarate:H(+) symporter;;;;;* peptidase;glycan DD;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;;;;* synthetase;glycerolP;phosphatidylglycerophosphate synthase;;;;;* transporter;glycoside-p5;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;* reductase;glyoxyl A;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A;;;;;* reductase;glyoxyl GhrA;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;;;;;* permease;HAAAP;HAAAP family serine/threonine permease;;;;;* tr-regulator;HdfR;DNA-binding transcriptional dual regulator HdfR;;;;;* tr-regulator;HdfR HTH;HTH-type transcriptional regulator HdfR;;;;;* hydrogenase;Hnase1;hydrogenase 1 small subunit;;;;;* hp;hp-121;hp-121;;;;; hp;hp-128;hypothetical protein;;;;;* hp;hp-18;hp-18;;;;;* adhesin;Inv-adhesin;inverse autotransporter adhesin;;;;;* transposase;IS66;IS66 family transposase;;;;;* lyase;isocitrate;isocitrate lyase;;;;;* transferase;kdo2;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;;;;;* kinase/Pase;kinase isocit;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;;;;;* prophage;KpLE1;CPS-53 (KpLE1) prophage, prophage CPS-53 integrase;;;;;* lipoprotein;lipo YafT;lipoprotein YafT;;;;;* tr-regulator;LysR;LysR family transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;MarR;MarR family transcriptional regulator;;;;;* reductase;metDkgB;methylglyoxal reductase DkgB;;;;;* GDP;Mlb adapt;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis adaptor protein;;;;;* GDP;Mlb pB;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;;;;;* oxygenase;mono-O2;monooxygenase;;;;;* titration;Mtf;Mlc titration factor;;;;;* tr-regulator;MtfA;DgsA anti-repressor MtfA;;;;;* glycosylase;murein;murein transglycosylase A;;;;;* glycosylase;murein lytic;membrane-bound lytic murein transglycosylase A;;;;;* reductase;NADPH- Ah;aldehyde reductase, NADPH-dependent;;;;;* reductase;NADPH- Ahr;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;;;;;* transporter;nitrite;formate/nitrite transporter family protein;;;;;* hydroxylase;octaprenyl;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;;;;;* rnase;oligo-rnase;oligoribonuclease;;;;;* protein;OmpH;OmpH family outer membrane protein;;;;;* transferase;p-Ada;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;;;;;* transporter;p-AI-2E;pseudo, AI-2E family transporter;;;;;* synthetase;p-Arg-sc 282;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;* synthetase;p-Arg-sc 284;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;* division;p-cell CpoB;Pseudo, cell division protein CpoB;;;;;* DUF;p-DUF4102;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;;;;;* transporter;p-glycoside;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;* kinase;p-His kinase;pseudo, histidine kinase;;;;;* hp;p-hp;pseudo, hp 109;;;;;* integrase;p-integrase;pseudo, integrase;;;;;* transposase;p-IS4;Pseudo, IS4 family transposase;;;;;* transposase;p-IS630 ;pseudo, IS630 family transposase;;;;;* transporter;p-MATE;Pseudo, MATE family efflux transporter;;;;;* transporter;p-MdtK;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;;;;;* amidase;p-Nam;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;;;;;* tr-regulator;p-pu-tr 38;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* protein;p-un-YchS;putative uncharacterized protein YchS;;;;;* gene;p-yicT;p-yicT;;;;;* transferase;Pet;phosphoethanolamine transferase;;;;;* protein;pilus;pilus assembly protein;;;;;* dehydrogenase;porphyrine M;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;;;;;* oxidase;porphyrine O;protoporphyrinogen oxidase;;;;;* prophage;pp CP4-6;note="cryptic prophage CP4-6" misc_feature;;;;;* prophage;pp CPS-53;cryptic prophage CPS-53, misc_feature;;;;;* prophage;pp DLP12;note="cryptic prophage DLP12" misc_feature;;;;;* prophage;pp PR-Y;cryptic prophage PR-Y;;;;;* protein;protein YjjZ;protein YjjZ;;;;;* protein;protein YrdA;protein YrdA;;;;;* tr-regulator;pu- YfeC;putative DNA-binding transcriptional regulator YfeC;;;;;* ABC bind;pu-ABC;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;;;;;* exporter;pu-arabi;putative arabinose exporter;;;;;* sulfatase;pu-AslB;putative anaerobic sulfatase maturation enzyme AslB;;;;;* cardiolipin ;pu-cardiolip;putative cardiolipin transport protein;;;;;* cytochrome;pu-cytochrom;putative cytochrome;;;;;* hydrolase;pu-hydrolase;putative hydrolase, inner membrane;;;;;* integrase;pu-KpLE2;KpLE2 phage-like element putative integrase;;;;;* peptidase;pu-LysM;LysM domain-containing putative peptidase lipoprotein YgeR;;;;;* GMP;pu-sensor;putative c-di-GMP phosphodiesterase PdeA;;;;;* protein;Pu-ssM;putative type II secretion system M-type protein;;;;;* tr-regulator;pu-tr 120;putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;pu-tr YieP;putative transcriptional regulator YieP;;;;;* tr-regulator;pu-tr YjdC;putative DNA-binding transcriptional regulator YjdC;;;;;* tr-regulator;pu-tr-YeeN;putative transcriptional regulator YeeN;;;;;* protein;pu-unYgaQ;putative uncharacterized protein YgaQ;;;;;* oxygenase;pu-YdhR;putative monooxygenase YdhR;;;;;* ABC bind;pu-YhdZ;putative ABC transporter ATP-binding subunit YhdZ;;;;;* transporter;pu-YicJ;putative xyloside transporter YicJ;;;;;* transporter;pu-YifK;putative transporter YifK;;;;;* prophage;put DLP12;DLP12 prophage putative integrase;;;;;* tr-regulator;put FimZ;putative LuxR family transcriptional regulator FimZ;;;;;* synthetase;quino;quinolinate synthase;;;;;* synthetase;quino NadA;quinolinate synthase NadA;;;;;* ribosome;RimP;ribosome maturation factor RimP;;;;;* rpt;rpt-29;rpt-29;;;;; rpt;rpt-34;rpt_type=other;;;;;* rpt;rpt-36;rpt_type=other;;;;;* rpt;rpt71;rpt_type=other 71;;;;;* sRNA;RttR sRNA;small RNA RttR;;;;;* translocase;SecE;Sec translocon subunit SecE;;;;;* translocase;SecG-p;preprotein translocase subunit SecG;;;;;* translocase;SecG-t;Sec translocon subunit SecG;;;;;* esterase;sensor;sensor domain-containing phosphodiesterase;;;;;* ABC bind;sn-glycerol;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;;;;;* protein;sscs VI;type VI secretion system contractile sheath small subunit;;;;;* protein;stress;stress response protein;;;;;* tr-regulator;tact Cbl;DNA-binding transcriptional activator Cbl;;;;;* translation;tif IF-1;translation initiation factor IF-1;;;;;* protein;tpr;protamine-like protein;;;;;* tr-regulator;tr 192;transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr AlpA;AlpA family transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr-Cbl;HTH-type transcriptional regulator Cbl;;;;;* tr-regulator;tr-Nac;DNA-binding transcriptional dual regulator Nac;;;;;* tr-regulator;tr-nitrogen;nitrogen assimilation transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr-YebC;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* transferase;transferase;acetyltransferase;;;;;* transporter;trp-YeeO;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;;;;;* translation;tuf;elongation factor Tu;;;;;* translation;tufb;tufb, translation elongation factor Tu 2;;;;;* integrase;Tyr recb 207;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 404;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 421;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 424;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* reductase;UDP-N;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;;;;;* protein;un-YcdU;uncharacterized protein YcdU;;;;;* protein;un-YjeV;uncharacterized protein YjeV;;;;;* protein;UPF0149 YecA;UPF0149 family protein YecA;;;;;* protein;YdiA;YdiA family protein;;;;;* protein;YfdC;inner membrane protein YfdC;;;;;* protein;YgeQ;protein YgeQ;;;;;* gene;yjdQ;gene="yjdQ";;;;;* DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;* transposase;p-IS630;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;;;;;* </pre> ====ecoN données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_données_intercalaires|ecoN données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;ecoN;fx;fc;ecoN;fx40;fc40;ecoN;x-;c-;c;x;c;x;;c;x; ;2;0;18;29;0;18;29;-1;2;173;162;120;CDS 16s ;;;tRNA tRNA;;suite 1;2;10;44;403;1;10;51;-2;4;5;132;15;385;479;;4;;gtc 1;1;20;22;337;2;9;61;-3;2;0;114;153;441;117;;**;;gtc ;0;30;23;182;3;9;58;-4;39;328;154;343;377;;;4;;gtc 4;1;40;90;109;4;3;27;-5;2;2;32;426;374;;;**;;gtc ;0;50;95;113;5;2;18;-6;0;0;380;278;365;;;12;;tta 1;0;60;69;147;6;4;17;-7;1;16;164;165;672;;;53;;tgc ;1;70;48;109;7;3;24;-8;2;81;277;233;23s 5s;;;**;;ggc ;3;80;36;110;8;1;16;-9;3;2;253;165;6* 95;;;39;;gcc ;0;90;39;112;9;1;66;-10;0;7;206;234;1881;;;**;;gcc 2;3;100;43;99;10;2;65;-11;1;48;463;307;23s CDS;;;43;;gta 1;4;110;36;96;11;1;53;-12;2;3;159;307;331;;;46;;gta 1;3;120;38;70;12;7;53;-13;1;6;6;307;385;;;4;;gta 2;0;130;37;63;13;0;29;-14;5;23;8;93;5s CDS;;;**;;aaa ;1;140;43;52;14;0;38;-15;0;0;108;453;323;62;;63;;cgt 1;1;150;29;68;15;2;39;-16;1;3;195;326;136;104;;62;;cgt 1;3;160;44;50;16;6;29;-17;1;11;151;37;3* 76;;;62;;cgt 2;4;170;27;45;17;4;21;-18;3;0;278;4;16s tRNA;;;64;;cgt ;0;180;28;42;18;0;34;-19;2;4;100;125;3* 85;;gaa;3;;cgt ;0;190;38;44;19;1;18;-20;1;9;161;437;443;;gaa;**;;agc 1;3;200;34;36;20;1;23;-21;0;0;100;220;375;;gaa;33;;atgf 1;8;210;31;36;21;1;24;-22;0;3;161;258;4* 68;;atc;33;;atgf 2;0;220;35;43;22;0;23;-23;0;8;74;110;tRNA 16s;;;**;;atgf ;0;230;26;30;23;2;11;-24;2;0;75;208;1063;;gca;8;;gac 2;1;240;21;25;24;4;27;-25;2;2;206;316;tRNA 23s;;;**;;tgg ;0;250;27;18;25;0;19;-26;1;9;280;124;269;;gaa;58;;cgg 2;2;260;27;24;26;1;15;-27;1;0;315;53;2* 193;;gaa;20;;cac ;0;270;18;23;27;2;25;-28;1;3;635;347;2* 194;;gaa;42;;ctg 1;3;280;24;20;28;4;8;-29;4;5;78;347;174;;gca;**;;cca ;1;290;19;18;29;5;14;-30;4;0;105;347;183;;;8;;aca 2;2;300;9;15;30;4;16;-31;0;0;197;347;5s tRNA;;;116;;tac 3;0;310;13;17;31;4;13;-32;1;7;206;1360;54;;gac;6;;gga 1;1;320;22;12;32;3;12;-33;0;0;206;292;2* 14;;acc;**;;acc 1;0;330;11;16;33;7;9;-34;0;0;206;95;53;;gac;36;;ggc ;0;340;14;8;34;9;17;-35;2;4;206;361;tRNA 5s;;;35;;ggc 5;0;350;5;15;35;11;8;-36;0;0;456;195;39;;acc;**;;ggc ;0;360;9;12;36;4;15;-37;1;3;14;39;777;;acc;34;;ctg 1;0;370;10;14;37;10;5;-38;2;1;743;38;1360;;gaa;28;;ctg ;1;380;19;12;38;12;7;-39;2;0;91;1174;1112;;gaa;**;;ctg ;0;390;10;9;39;13;10;-40;1;1;300;592;tRNA tRNA;;intra;1472;;gaa ;0;400;9;14;40;17;13;-41;1;1;102;292;4* 42;;atc gca;42;;atc 7;7;reste;142;125;reste;1185;1762;-42;0;0;146;1096;tRNA tRNA;;début;2351;;atc 46;58;total;1382;2822;total;1382;2822;-43;0;3;114;220;37;;cag;**;;gaa 39;49;diagr;1222;2668;diagr;179;1031;-44;1;0;436;258;48;;cag;39;;gcc 2;3;t30;89;922;;;;-45;0;0;197;150;15;;atgj;39;;gcc ;;;;;;;;-46;0;0;106;39;34;;caa;**;;gcc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;210;;23;;caa;44;;gta ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;233;;10;;cta;**;;gta ;x;1364;105;18;1487;;;-49;0;0;290;;**;;atgj;28;;ctg ;c;2793;782;29;3604;;;-50;0;1;1537;;35;;aaa;**;;ctg ;;;;;5091;217;;reste;5;10;588;;2;;gta;;; ;;;;;;5308;;total;105;782;300;;51;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;0;;3;;gta;;; ;;;;;;;;;;;206;;48;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;0;;33;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;120;;**;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;63;;33;;tac;;; ;;;;;;;;;;;253;;**;;tac;;; </pre> =====ecoN autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_autres_intercalaires_aas|ecoN autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ecoN;;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas;longueur fin;;CDS;190;255;;;; deb;;CDS;231864;232436;365;*;; ;;rRNA;232802;234309;85;*;16s;1508 ;;tRNA;234395;234471;269;*;gaa; ;;rRNA;234741;237307;95;*;23s;2567 ;;rRNA;237403;237518;54;*;5s;116 ;;tRNA;237573;237649;162;*;gac; fin;;CDS;237812;238615;;1;; deb;;CDS;244934;245665;132;*;; ;;tRNA;245798;245874;120;*;gac; fin;comp;CDS;245995;246852;;0;; deb;;CDS;367329;368582;114;*;; ;;tRNA;368697;368772;154;*;acg; fin;;CDS;368927;369265;;0;; deb;comp;CDS;555847;556158;162;*;; ;;ncRNA;556321;556417;119;*;; fin;;CDS;556537;556890;;0;; deb;;CDS;632056;632253;32;*;; ;;tRNA;632286;632362;15;*;aga; fin;comp;CDS;632378;632979;;0;; deb;;CDS;733188;734363;153;*;; ;comp;tRNA;734517;734591;37;*;cag; ;comp;tRNA;734629;734703;48;*;cag; ;comp;tRNA;734752;734828;15;*;atgj; ;comp;tRNA;734844;734918;34;*;caa; ;comp;tRNA;734953;735027;23;*;caa; 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fin;comp;CDS;1458686;1459528;;;; deb;comp;CDS;1829066;1830322;307;*;; ;;tRNA;1830630;1830706;4;*;gtc; ;;tRNA;1830711;1830787;6;*;gtc; fin;;CDS;1830794;1831177;;0;; deb;comp;CDS;1831218;1832474;307;*;; ;;tRNA;1832782;1832858;4;*;gtc; ;;tRNA;1832863;1832939;8;*;gtc; fin;;CDS;1832948;1833280;;0;; deb;comp;CDS;1833321;1834577;307;*;; ;;tRNA;1834885;1834961;4;*;gtc; ;;tRNA;1834966;1835042;108;*;gtc; fin;;CDS;1835151;1835456;;;; deb;;CDS;1857352;1858464;185;*;; ;;ncRNA;1858650;1858757;135;*;; fin;;CDS;1858893;1859249;;;; deb;comp;CDS;2115794;2116459;195;*;; ;comp;tRNA;2116655;2116741;12;*;tta; ;comp;tRNA;2116754;2116827;53;*;tgc; ;comp;tRNA;2116881;2116956;151;*;ggc; fin;comp;CDS;2117108;2117656;;;; deb;comp;CDS;2191451;2192287;278;*;; ;comp;tRNA;2192566;2192655;93;*;tcg; deb;;CDS;2192749;2193546;100;*;; ;;tRNA;2193647;2193722;161;*;aac; fin;;CDS;2193884;2195146;;0;; deb;;CDS;2232607;2233323;453;*;; ;comp;tRNA;2233777;2233852;326;*;acc; fin;;CDS;2234179;2235096;;;; deb;;CDS;2235198;2236148;37;*;; 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comp;106004..106079;;ggc;7 ggc;35;;35;;; comp;106115..106190;;ggc;5 atgf;35;;35;;; comp;106226..106301;;ggc;;18;;18;;; comp;106320..106396;;atgf;;39;;39;;; comp;106436..106511;;ggc;;90;;90;;; comp;106602..106678;;atgf;;39;;39;;; comp;106718..106793;;ggc;;18;;18;;; comp;106812..106888;;atgf;;39;;39;;; comp;106928..107003;;ggc;;18;;18;;; comp;107022..107098;;atgf;;39;;39;;; comp;107138..107213;;ggc;;156;156;;;;156 comp;107370..107915;;CDS;;81764;;;;182; ;;;;;;;;;; ;189680..190715;;CDS;;101;101;;;345;101 comp;190817..190933;;5s;;107;;;;; comp;191041..193955;;23s;;290;;;;; comp;194246..194321;;gca;;43;;;43;; comp;194365..194441;;atc;;97;;;;; comp;194539..196096;;16s;@2;371;;;;; comp;196468..196584;;5s;;77;;;;; comp;196662..199576;;23s;;290;;;;; comp;199867..199942;;gca;;43;;;43;; comp;199986..200062;;atc;;97;;;;; comp;200160..201717;;16s;;853;*853;;;;*853 comp;202571..204706;;CDS;;29595;;;;*712; ;;;;;;;;;; comp;234302..235486;;CDS;;101;101;;;395;101 comp;235588..235663;;acc;;13;;13;;; comp;235677..235751;;gga;;35;;35;;; comp;235787..235871;;tac;;52;;52;;; comp;235924..235999;;aca;;206;206;;;; ;236206..237129;;CDS;;4144;;;;308; ;;;;;;;;;; comp;241274..242467;;CDS;;546;*546;;;*398;*546 comp;243014..243090;;tgg;;68;;;68;; comp;243159..243235;;gac;;32;;;;; comp;243268..243384;;5s;;117;;;;; comp;243502..246404;;23s;;310;;;;; comp;246715..246790;;gta;;30;;;30;; comp;246821..246896;;aaa;;2;;;2;; comp;246899..246974;;gaa;;122;;;;; comp;247097..248654;;16s;;554;*554;;;;*554 ;249209..249664;;CDS;;60596;;;;*152; ;;;;;;;;;; ;310261..311296;;CDS;;121;121;;;345;121 comp;311418..311508;;tca;;91;;;;; comp;311600..311716;;5s;;108;;;;; comp;311825..314739;;23s;;289;;;;; comp;315029..315104;;gca;;43;;;43;; comp;315148..315224;;atc;;56;;;;; comp;315281..316842;;16s;;471;*471;;;;*471 comp;317314..318027;;CDS;;40242;;;;*238; ;;;;;;;;;; ;358270..359305;;CDS;;147;147;;;345; comp;359453..359529;;gac;;31;;;;; comp;359561..359677;;5s;;108;;;;; comp;359786..362700;;23s;;310;;;;; comp;363011..363086;;gta;;30;;;30;; comp;363117..363192;;aaa;;2;;;2;; comp;363195..363270;;gaa;;82;;;;; comp;363353..364914;;16s;;83;83;;;;83 comp;364998..365133;;CDS;;84252;;;;45; ;;;;;;;;;; ;449386..449521;;CDS;;83;83;;;45;83 ;449605..451162;;16s;;122;;;;; ;451285..451360;;gaa;;2;;;2;; ;451363..451438;;aaa;;9;;;9;; ;451448..451523;;gca;;37;;;37;; ;451561..451636;;gta;;51;51;;;;51 comp;451688..451873;;CDS;;16;16;;;62;16 ;451890..454804;;23s;;77;;;;; ;454882..454998;;5s;;32;;;;; ;455031..455107;;gac;;162;162;;;; comp;455270..455533;;CDS;;11718;;;;88; ;;;;;;;;;; comp;467252..467665;;CDS;;361;361;;;138; ;468027..468103;;cgg;;35;;35;;; ;468139..468214;;cac;;76;;76;;; ;468291..468367;;cca;;46;;46;;; ;468414..468489;;cac;;64;;64;;; ;468554..468630;;cca;;194;194;;;;194 comp;468825..469550;;CDS;;365688;;;;242; ;;;;;;;;;; comp;835239..835550;;CDS;;138;138;;;104;138 comp;835689..835764;;atgi;;145;145;;;; comp;835910..837772;;CDS;;182191;;;;621; ;;;;;;;;;; ;1019964..1020128;;CDS;;119;119;;;55; ;1020248..1021805;;16s;;129;;;;; ;1021935..1022010;;gcc;;41;;;41;; ;1022052..1022127;;gaa;;55;55;;;;55 comp;1022183..1022368;;CDS;;16;16;;;62;16 ;1022385..1025299;;23s;;111;;;;; ;1025411..1025527;;5s;;31;;;;; ;1025559..1025635;;gac;;35;;;35;; ;1025671..1025747;;tgg;;3;3;;;;3 comp;1025751..1025933;;CDS;;225465;;;;61; ;;;;;;;;;; ;1251399..1252574;;CDS;;158;158;;;392; comp;1252733..1252817;;cta;+;54;;54;;; comp;1252872..1252946;;caa;5 cta;46;;46;;; comp;1252993..1253077;;cta;3 atgj;21;;21;;; comp;1253099..1253183;;cta;2 caa;18;;18;;; comp;1253202..1253278;;atgj;;23;;23;;; comp;1253302..1253386;;cta;;70;;70;;; comp;1253457..1253533;;atgj;;79;;79;;; comp;1253613..1253687;;caa;;31;;31;;; comp;1253719..1253803;;cta;;39;;39;;; comp;1253843..1253919;;atgj;;26;26;;;;26 comp;1253946..1254157;;CDS;;14564;;;;71; ;;;;;;;;;; comp;1268722..1268862;;CDS;;260;260;;;47; ;1269123..1269199;;cca;;243;243;;;;*243 comp;1269443..1269628;;CDS;;16361;;;;62; ;;;;;;;;;; ;1285990..1286571;;CDS;;88;88;;;194; comp;1286660..1286736;;agg;;68;68;;;;68 comp;1286805..1287938;;CDS;;116753;;;;378; ;;;;;;;;;; comp;1404692..1405552;;CDS;;204;204;;;287;*204 ;1405757..1405833;;aga;;244;244;;;; ;1406078..1407685;;CDS;;49950;;;;536; ;;;;;;;;;; ;1457636..1458508;;CDS;;407;407;;;291; comp;1458916..1459000;;tac;+;100;;100;;; comp;1459101..1459185;;tac;4 tac;100;;100;;; comp;1459286..1459370;;tac;@7;100;;100;;; comp;1459471..1459555;;tac;;282;282;;;;*282 ;1459838..1460935;;CDS;;170368;;;;366; ;;;;;;;;;; ;1631304..1631753;;CDS;;144;144;;;150;144 ;1631898..1631985;;tcc;;312;312;;;; ;1632298..1632684;;CDS;;550413;;;;129; ;;;;;;;;;; ;2183098..2183436;;CDS;;179;179;;;113; ;2183616..2183692;;gtc;+;46;;46;;; ;2183739..2183815;;gtc;2 gtc;149;149;;;;149 ;2183965..2185344;;CDS;;578546;;;;460; ;;;;;;;;;; comp;2763891..2766782;;CDS;;763;*763;;;*964;*763 comp;2767546..2767621;;ggc;+;11;;11;;; comp;2767633..2767719;;tta;2 ggc;78;;78;;; comp;2767798..2767873;;ggc;;37;;37;;; comp;2767911..2767984;;tgc;;400;400;;;;*400 comp;2768385..2768942;;CDS;;82481;;;;186; ;;;;;;;;;; ;2851424..2851855;;CDS;;62;62;;;144;62 ;2851918..2851992;;gga;;333;333;;;; ;2852326..2852970;;CDS;;133282;;;;215; ;;;;;;;;;; comp;2986253..2986402;;CDS;;1;*1;;;50;1 ;2986404..2986479;;aac;;372;372;;;; ;2986852..2989149;;CDS;;60873;;;;766; ;;;;;;;;;; ;3050023..3051831;;CDS;;139;139;;;603;139 ;3051971..3052061;;tca;;321;321;;;; ;3052383..3053693;;CDS;;384243;;;;437; ;;;;;;;;;; comp;3437937..3438392;;CDS;;233;233;;;152; comp;3438626..3438702;;atgf;;56;;56;;; comp;3438759..3438842;;ctc;;18;18;;;;18 comp;3438861..3439199;;CDS;;113972;;;;113; ;;;;;;;;;; comp;3553172..3554167;;CDS;;189;189;;;332;189 comp;3554357..3554433;;cgt;+;59;;59;;; comp;3554493..3554569;;cgt;7 cgt;57;;57;;; comp;3554627..3554703;;cgt;2 agc;57;;57;;; comp;3554761..3554837;;cgt;;57;;57;;; comp;3554895..3554971;;cgt;;57;;57;;; comp;3555029..3555105;;cgt;;85;;85;;; comp;3555191..3555282;;agc;;29;;29;;; comp;3555312..3555388;;cgt;;31;;31;;; comp;3555420..3555511;;agc;;243;243;;;; comp;3555755..3555952;;CDS;;83212;;;;66; ;;;;;;;;;; ;3639165..3640295;;CDS;;108;108;;;377;108 ;3640404..3640479;;ttc;+;51;;51;;; ;3640531..3640606;;aca;3 ttc;7;;7;;; ;3640614..3640689;;ttc;2 aca;43;;43;;; ;3640733..3640808;;aac;2 aac;69;;69;;; ;3640878..3640953;;aca;;10;;10;;; ;3640964..3641039;;ttc;;42;;42;;; ;3641082..3641158;;aac;;292;292;;;; ;3641451..3643076;;CDS;;233;233;;;542; ;3643310..3643385;;ttc;;51;;51;;; ;3643437..3643512;;aca;+;21;;21;;; ;3643534..3643609;;aac;2 aca;39;;39;;; ;3643649..3643724;;aca;2 aac;15;;15;;; ;3643740..3643815;;aac;;156;156;;;;156 comp;3643972..3645405;;CDS;;561;*561;;;*478;*561 comp;3645967..3646043;;gac;;31;;;;; comp;3646075..3646191;;5s;;57;;;;; comp;3646249..3646324;;acc;;100;;;;; comp;3646425..3646541;;5s;;111;;;;; comp;3646653..3649567;;23s;;-13;*-13;;;;*-13 comp;3649555..3649797;;CDS;@3;35;35;;;81;35 comp;3649833..3649908;;gca;;43;;;43;; comp;3649952..3650028;;atc;;97;;;;; comp;3650126..3651683;;16s;;557;*557;;;;*557 comp;3652241..3653491;;CDS;;9514;;;;*417; ;;;;;;;;;; comp;3663006..3663598;;CDS;;181;181;;;198; comp;3663780..3663864;;ttg;;177;177;;;;177 comp;3664042..3664707;;CDS;;93515;;;;222; ;;;;;;;;;; ;3758223..3759258;;CDS;;578;*578;;;*345;*578 comp;3759837..3759913;;gac;;68;;;;; comp;3759982..3760098;;5s;;111;;;;; comp;3760210..3763124;;23s;;290;;;;; comp;3763415..3763490;;gca;;43;;;43;; comp;3763534..3763610;;atc;;97;;;;; comp;3763708..3765265;;16s;;86;;;;; comp;3765351;;16s;début;;;;;; Chromosome II;;;;;;;;;; comp;673782..674186;;CDS;;358;358;;;135; comp;674545..674635;;tca;;329;329;;;;*329 ;674965..675645;;CDS;;205537;;;;227; ;;;;;;;;;; ;881183..882640;;CDS;;244;244;;;486;*244 ;882885..882958;;tgc;;302;302;;;; ;883261..883725;;CDS;;1229;;;;155; ;;;;;;;;;; ;884955..886649;;CDS;;245;245;;;565;*245 ;886895..886981;;tta;;97;;97;;; ;887079..887154;;ggc;;5;;5;;; ;887160..887233;;tgc;;317;317;;;; ;887551..889074;;CDS;;465;;;;508; ;;;;;;;;;; comp;889540..890328;;CDS;;386;386;;;263; ;890715..890801;;tta;+;53;;53;;; ;890855..890928;;tgc;2 tgc;181;;*181;;; ;891110..891183;;tgc;;366;366;;;;*366 ;891550..891891;;CDS;;443950;;;;114; ;;;;;;;;;; ;1335842..1336042;;CDS;;17;17;;;;17 ;1336060..1336134;;gga;;272;272;;;; comp;1336407..1337222;;CDS;;505333;;;;272; ;;;;;;;;;; ;1842556..1842741;;CDS;;-36;*-36;;;62;*-36 ;1842706..1842789;;ctc;;29;29;;;;29 ;1842819..1843430;;CDS;;77699;;;;204; ;;;;;;;;;; ;1921130..1921561;;CDS;;62;62;;;144;62 ;1921624..1921698;;gga;;337;337;;;; comp;1922036..1922209;;CDS;;15660;;;;58; ;;;;;;;;;; comp;1937870..1939129;;CDS;;84;84;;;420; comp;1939214..1939304;;tca;;90;;;;; comp;1939395..1939511;;5s;;77;;;;; comp;1939589..1942503;;23s;;306;;;;; comp;1942810..1942885;;gta;;35;;;35;; comp;1942921..1942996;;gca;;24;;;24;; comp;1943021..1943096;;aaa;;2;;;2;; comp;1943099..1943174;;gaa;;114;;;;; comp;1943289..1944850;;16s;;83;83;;;;83 comp;1944934..1945071;;CDS;;;;;;46; </pre> ====vha cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_cumuls|vha cumuls]] <pre> vha cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;0;0;1;3;1;1;100;17 ;16 aas 23 5s ;3;20;10;5;50;8;20;5;200;17 ;16 atc gca;4;40;17;6;100;10;40;3;300;10 ;16 cds 23 5s ;3;60;16;6;150;12;60;2;400;13 ;max a;5;80;6;1;200;9;80;3;500;6 ;a doubles;0;100;6;0;250;9;100;3;600;4 ;spéciaux;1;120;0;0;300;4;120;3;700;2 ;total aas;37;140;0;0;350;7;140;3;800;2 sans ;opérons;27;160;1;0;400;6;160;4;900;0 ;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;1;1000;1 ;max a;12;200;1;0;500;1;200;2;1100;0 ;a doubles;10;;0;0;;8;;8;;0 ;total aas;84;;57;18;;78;;38;;72 total aas;;121;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;30;;;;;;266 ;;;variance;;19;;;;;;199 sans jaune;;;moyenne;46;;;183;;86;;240 ;;;variance;25;;;114;;59;;178 </pre> ====vha blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_blocs|vha blocs]] <pre> vha blocs;;;;;;; cds;853;cds;471;cds;103 $16s;97;$16s;56;$16s;<u>86 atc;43;atc;43;$16s;97 gca;290;gca;289;atc;43 $23s;77;$23s;108;gca;290 $5s;<u>371;$5s;91;$23s;111 $16s;97;tca;121;$5s;68 atc;43;cds;;gac;578 gca;290;;;cds; $23s;107;;;; $5s;101;;;; cds;;;;; ;;;;; cds;554;cds;83;cds;119 $16s;122;$16s;82;$16s;129 gaa;2;gaa;2;gcc;41 aaa;30;aaa;30;gaa;55 gta;310;gta;310;&cds;16 $23s;117;$23s;108;$23s;111 $5s;32;$5s;31;$5s;31 gac;68;gac;147;gac;35 tgg;546;cds;;tgg;3 cds;;;;cds; ;;;;; cds;83;cds;83;cds;557 $16s;114;$16s;122;$16s;97 gaa;2;gaa;2;atc;43 aaa;24;aaa;9;gca;35 gca;35;gca;37;&cds;-13 gta;306;gta;51;$23s;111 $23s;77;&cds;16;$5s;100 $5s;90;$23s;77;acc;57 tca;84;$5s;32;$5s;31 cds;;gac;162;gac;561 ;;cds;;cds; </pre> ====vha distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_distribution|vha distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;cgt6;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;ggc3;atc;;acc;;aac;;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;6;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;acc 5s + 1 >a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;3;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;3;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;gga 1>a + 3a;ata;;aca;5;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;3;séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2 atgj;;acg;;aag;;agg;1;(cac cca)2;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total vha;;14;;;;;14;ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;51;;;;;;51;;vha;19;;;;;;19;;vha;;;;11;;;11 </pre> ====vha1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_données_intercalaires|vha1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;vha1;fx;fc;vha1;fx40;fc40;vha1;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;3;9;0;3;9;-1;0;98;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;0;10;11;246;1;1;30;-2;0;0;156;529;4* 102;;atc;13;;acc ;1;20;16;193;2;1;40;-3;0;2;101;206;65;;atc;35;;gga ;0;30;16;96;3;2;39;-4;9;141;546;121;2* 127;;gaa;52;;tac ;0;40;29;76;4;0;17;-5;0;1;138;147;91;;gaa;**;;aca ;0;50;22;55;5;1;25;-6;1;0;145;162;134;;gcc;35;;cgg ;0;60;37;90;6;0;11;-7;0;10;284;361;tRNA 23s;;;76;;cac ;2;70;64;61;7;1;13;-8;1;37;497;194;3* 297;;gca;46;;cca ;0;80;43;62;8;2;16;-9;1;0;68;260;2* 317;;gta;64;;cac 1;0;90;46;56;9;0;31;-10;0;2;159;158;296;;gca;**;;cca ;0;100;41;55;10;3;24;-11;1;26;144;260;272;;gca;54;;cta ;2;110;40;59;11;0;21;-12;0;0;312;88;260;;gta;46;;caa ;0;120;28;67;12;0;32;-13;0;4;179;204;264;;gaa;21;;cta 1;0;130;23;55;13;1;27;-14;0;20;149;407;5s tRNA;;;18;;cta ;2;140;24;54;14;2;27;-15;2;0;763;282;2* 32;;gac;23;;atgj 1;3;150;24;51;15;0;13;-16;0;3;400;558;3* 31;;gac;70;;cta 2;2;160;28;54;16;3;9;-17;0;11;62;321;68;;gac;79;;atgj 1;0;170;20;38;17;2;18;-18;0;0;363;156;91;;tca;31;;caa ;2;180;22;45;18;1;22;-19;0;4;372;578;100;;acc;39;;cta ;2;190;18;35;19;2;11;-20;0;13;139;;tRNA 5s;;;**;;atgj 1;0;200;17;30;20;5;13;-21;1;0;233;;57;;acc;100;;tac 2;0;210;15;38;21;1;15;-22;1;1;18;;tRNA tRNA;;intra;100;;tac ;0;220;17;25;22;4;8;-23;0;5;189;;5* 43;;gca;100;;tac ;0;230;15;27;23;1;11;-24;0;0;243;;**;;atc;**;;tac ;2;240;21;26;24;3;9;-25;0;1;108;;2* 30;;gta;46;;gtc ;1;250;10;21;25;0;9;-26;0;2;292;;2;;aaa;**;;gtc 2;0;260;16;22;26;1;8;-27;0;0;233;;**;;gaa;11;;ggc ;0;270;10;16;27;2;12;-28;0;0;558;;2;;gaa;78;;tta ;0;280;14;16;28;2;8;-29;0;1;181;;9;;aaa;37;;ggc 1;1;290;12;15;29;1;7;-30;0;0;177;;37;;gca;**;;tgc ;1;300;15;17;30;1;9;-31;0;0;CDS 16s;;**;;gta;56;;atgf ;0;310;8;20;31;3;11;-32;1;5;631;554;41;;gcc;**;;ctc ;1;320;7;13;32;3;6;-33;0;0;853;492;**;;gaa;59;;cgt 1;0;330;15;9;33;3;6;-34;0;1;471;;tRNA tRNA;;contig;57;;cgt ;0;340;8;9;34;3;8;-35;0;5;451;;68;;tgg;57;;cgt ;0;350;15;7;35;1;6;-36;0;0;543;;**;;gac;57;;cgt ;0;360;7;7;36;1;8;-37;0;0;557;;35;;gac;57;;cgt 1;1;370;7;6;37;5;5;-38;1;3;16s 16s;;**;;tgg;85;;cgt ;1;380;4;7;38;5;9;-39;0;0;0;deb fin chr c;tRNA tRNA;;;29;;agc ;0;390;7;7;39;2;7;-40;0;1;5s 16s;;158;;atgf;31;;cgt ;1;400;14;4;40;3;10;-41;1;0;371;;35;;ggc;**;;agc 4;4;reste;125;146;reste;859;1325;-42;0;0;23s 5s;;35;;ggc;51;;ttc 18;29;total;934;1945;total;934;1945;-43;0;0;125;;18;;ggc;7;;aca 14;25;diagr;806;1790;diagr;72;611;-44;1;2;2* 95;;39;;atgf;43;;ttc 0;1;t30;43;535;;;;-45;0;0;135;;90;;ggc;69;;aac ;;;;;;;;-46;0;0;2* 126;;39;;atgf;10;;aca ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;3* 129;;18;;ggc;42;;ttc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;5s CDS;;39;;atgf;**;;aac ;x;931;25;3;959;;;-49;0;0;;101;18;;ggc;51;;ttc ;c;1936;402;9;2347;;;-50;2;3;;;39;;atgf;21;;aca ;;;;;3306;190;;reste;0;0;;;**;;ggc;39;;aac ;;;;;;3496;;total;25;402;;;;;;15;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;aac </pre> ====vha1 autres intercalaires aas==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vha1;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;comp;rRNA;1;1384;631;*;1384 fin;comp;CDS;2016;2795;;; deb;;CDS;104112;105239;529;*; ;comp;tRNA;105769;105845;158;*;atgf ;comp;tRNA;106004;106079;35;*;ggc ;comp;tRNA;106115;106190;35;*;ggc ;comp;tRNA;106226;106301;18;*;ggc ;comp;tRNA;106320;106396;39;*;atgf ;comp;tRNA;106436;106511;90;*;ggc ;comp;tRNA;106602;106678;39;*;atgf ;comp;tRNA;106718;106793;18;*;ggc ;comp;tRNA;106812;106888;39;*;atgf ;comp;tRNA;106928;107003;18;*;ggc ;comp;tRNA;107022;107098;39;*;atgf ;comp;tRNA;107138;107213;156;*;ggc fin;comp;CDS;107370;107915;;0; deb;;CDS;189680;190715;101;*; ;comp;rRNA;190817;190933;125;*;117 ;comp;rRNA;191059;193948;297;*;2890 ;comp;tRNA;194246;194321;43;*;gca ;comp;tRNA;194365;194441;102;*;atc ;comp;rRNA;194544;196096;371;*;1553 ;comp;rRNA;196468;196584;95;*;117 ;comp;rRNA;196680;199569;297;*;2890 ;comp;tRNA;199867;199942;43;*;gca ;comp;tRNA;199986;200062;102;*;atc ;comp;rRNA;200165;201717;853;*;1553 fin;comp;CDS;202571;204706;;; deb;comp;CDS;234302;235486;101;*; ;comp;tRNA;235588;235663;13;*;acc ;comp;tRNA;235677;235751;35;*;gga ;comp;tRNA;235787;235871;52;*;tac ;comp;tRNA;235924;235999;206;*;aca fin;;CDS;236206;237129;;0; deb;comp;CDS;241274;242467;546;*; ;comp;tRNA;243014;243090;68;*;tgg ;comp;tRNA;243159;243235;32;*;gac ;comp;rRNA;243268;243384;135;*;117 ;comp;rRNA;243520;246397;317;*;2878 ;comp;tRNA;246715;246790;30;*;gta ;comp;tRNA;246821;246896;2;*;aaa ;comp;tRNA;246899;246974;127;*;gaa ;comp;rRNA;247102;248654;554;*;1553 fin;;CDS;249209;249664;;1; deb;comp;CDS;251637;253490;57;*; ;comp;regulatory;253548;253749;184;*; fin;;CDS;253934;255043;;0; deb;;CDS;310261;311296;121;*; ;comp;tRNA;311418;311508;91;*;tca ;comp;rRNA;311600;311716;126;*;117 ;comp;rRNA;311843;314732;296;*;2890 ;comp;tRNA;315029;315104;43;*;gca ;comp;tRNA;315148;315224;65;*;atc ;comp;rRNA;315290;316842;471;*;1553 fin;comp;CDS;317314;318027;;; deb;comp;CDS;352647;354587;165;*; ;comp;regulatory;354753;354851;61;*; fin;comp;CDS;354913;355296;;; deb;;CDS;358270;359305;147;*; ;comp;tRNA;359453;359529;31;*;gac ;comp;rRNA;359561;359677;126;*;117 ;comp;rRNA;359804;362693;317;*;2890 ;comp;tRNA;363011;363086;30;*;gta ;comp;tRNA;363117;363192;2;*;aaa ;comp;tRNA;363195;363270;91;*;gaa ;comp;rRNA;363362;364914;492;*;1553 fin;;CDS;365407;365958;;0; deb;;CDS;448626;449153;451;*; ;;rRNA;449605;451157;127;*;1553 ;;tRNA;451285;451360;2;*;gaa ;;tRNA;451363;451438;9;*;aaa ;;tRNA;451448;451523;37;*;gca ;;tRNA;451561;451636;260;*;gta ;;rRNA;451897;454786;95;*;2890 ;;rRNA;454882;454998;32;*;117 ;;tRNA;455031;455107;162;*;gac fin;comp;CDS;455270;455566;;; deb;comp;CDS;467252;467665;361;*; ;;tRNA;468027;468103;35;*;cgg ;;tRNA;468139;468214;76;*;cac ;;tRNA;468291;468367;46;*;cca ;;tRNA;468414;468489;64;*;cac ;;tRNA;468554;468630;194;*;cca fin;comp;CDS;468825;469550;;0; deb;;CDS;769806;770444;32;*; ;;regulatory;770477;770626;68;*; fin;;CDS;770695;771687;;; deb;comp;CDS;835239;835550;138;*; ;comp;tRNA;835689;835764;145;*;atgi fin;comp;CDS;835910;837772;;; deb;;CDS;883125;883988;533;*; ;;ncRNA;884522;884950;176;*; fin;;CDS;885127;886077;;; deb;comp;CDS;941166;941636;439;*; ;;misc_f;942076;942195;53;*; fin;;CDS;942249;944708;;; deb;comp;CDS;1010675;1011853;13;*; ;comp;misc_f;1011867;1011988;108;*; fin;comp;CDS;1012097;1012423;;; deb;;CDS;1017131;1019704;543;*; ;;rRNA;1020248;1021800;134;*;1553 ;;tRNA;1021935;1022010;41;*;gcc ;;tRNA;1022052;1022127;264;*;gaa ;;rRNA;1022392;1025281;129;*;2890 ;;rRNA;1025411;1025527;31;*;117 ;;tRNA;1025559;1025635;35;*;gac ;;tRNA;1025671;1025747;260;*;tgg fin;comp;CDS;1026008;1026983;;0; deb;comp;CDS;1138561;1139793;183;*; ;comp;tmRNA;1139977;1140344;68;*; fin;comp;CDS;1140413;1140898;;0; deb;;CDS;1251399;1252574;158;*; ;comp;tRNA;1252733;1252817;54;*;cta ;comp;tRNA;1252872;1252946;46;*;caa ;comp;tRNA;1252993;1253077;21;*;cta ;comp;tRNA;1253099;1253183;18;*;cta ;comp;tRNA;1253202;1253278;23;*;atgj ;comp;tRNA;1253302;1253386;70;*;cta ;comp;tRNA;1253457;1253533;79;*;atgj ;comp;tRNA;1253613;1253687;31;*;caa ;comp;tRNA;1253719;1253803;39;*;cta ;comp;tRNA;1253843;1253919;284;*;atgj fin;comp;CDS;1254204;1255295;;; deb;comp;CDS;1268722;1268862;260;*; ;;tRNA;1269123;1269199;497;*;cca fin;;CDS;1269697;1270497;;0; deb;;CDS;1286065;1286571;88;*; ;comp;tRNA;1286660;1286736;68;*;agg fin;comp;CDS;1286805;1287938;;0; deb;comp;CDS;1404692;1405552;204;*; ;;tRNA;1405757;1405833;159;*;aga fin;;CDS;1405993;1407685;;; deb;;CDS;1457636;1458508;407;*; ;comp;tRNA;1458916;1459000;100;*;tac ;comp;tRNA;1459101;1459185;100;*;tac ;comp;tRNA;1459286;1459370;100;*;tac ;comp;tRNA;1459471;1459555;282;*;tac fin;;CDS;1459838;1460935;;; deb;;CDS;1470331;1472328;142;*; ;;ncRNA;1472471;1472567;143;*; fin;;CDS;1472711;1473337;;; deb;comp;CDS;1587286;1587876;116;*; ;comp;regulatory;1587993;1588082;279;*; fin;comp;CDS;1588362;1589366;;; deb;;CDS;1631304;1631753;144;*; ;;tRNA;1631898;1631985;312;*;tcc fin;;CDS;1632298;1632684;;; deb;;CDS;1842140;1843741;180;*; ;;misc_f;1843922;1844060;53;*; fin;;CDS;1844114;1845010;;; deb;;CDS;2183098;2183436;179;*; ;;tRNA;2183616;2183692;46;*;gtc ;;tRNA;2183739;2183815;149;*;gtc fin;;CDS;2183965;2185344;;; deb;comp;CDS;2484550;2484708;529;*; ;;regulatory;2485238;2485339;116;*; fin;;CDS;2485456;2486832;;; deb;comp;CDS;2763891;2766782;763;*; ;comp;tRNA;2767546;2767621;11;*;ggc ;comp;tRNA;2767633;2767719;78;*;tta ;comp;tRNA;2767798;2767873;37;*;ggc ;comp;tRNA;2767911;2767984;400;*;tgc fin;comp;CDS;2768385;2768942;;; deb;;CDS;2780030;2780155;-54;*; ;;misc_f;2780102;2780205;125;*; fin;;CDS;2780331;2781896;;; deb;;CDS;2851424;2851855;62;*; ;;tRNA;2851918;2851992;363;*;gga fin;;CDS;2852356;2852970;;0; deb;comp;CDS;2977057;2978046;-12;*; ;comp;regulatory;2978035;2978168;175;*; fin;;CDS;2978344;2979249;;0; deb;comp;CDS;2983815;2985845;558;*; ;;tRNA;2986404;2986479;372;*;aac fin;;CDS;2986852;2989149;;; deb;;CDS;3050023;3051831;139;*; ;;tRNA;3051971;3052061;321;*;tca fin;comp;CDS;3052383;3053693;;; deb;comp;CDS;3437937;3438392;233;*; ;comp;tRNA;3438626;3438702;56;*;atgf ;comp;tRNA;3438759;3438842;18;*;ctc fin;comp;CDS;3438861;3439199;;; deb;comp;CDS;3553172;3554167;189;*; ;comp;tRNA;3554357;3554433;59;*;cgt ;comp;tRNA;3554493;3554569;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554627;3554703;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554761;3554837;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554895;3554971;57;*;cgt ;comp;tRNA;3555029;3555105;85;*;cgt ;comp;tRNA;3555191;3555282;29;*;agc ;comp;tRNA;3555312;3555388;31;*;cgt ;comp;tRNA;3555420;3555511;243;*;agc fin;comp;CDS;3555755;3555952;;; deb;;CDS;3603439;3603747;8;*; ;;ncRNA;3603756;3603940;5;*; fin;;CDS;3603946;3604539;;; deb;;CDS;3639165;3640295;108;*; ;;tRNA;3640404;3640479;51;*;ttc ;;tRNA;3640531;3640606;7;*;aca ;;tRNA;3640614;3640689;43;*;ttc ;;tRNA;3640733;3640808;69;*;aac ;;tRNA;3640878;3640953;10;*;aca ;;tRNA;3640964;3641039;42;*;ttc ;;tRNA;3641082;3641158;292;*;aac deb;;CDS;3641451;3643076;233;*; ;;tRNA;3643310;3643385;51;*;ttc ;;tRNA;3643437;3643512;21;*;aca ;;tRNA;3643534;3643609;39;*;aac ;;tRNA;3643649;3643724;15;*;aca ;;tRNA;3643740;3643815;156;*;aac deb;comp;CDS;3643972;3645408;558;*; ;comp;tRNA;3645967;3646043;31;*;gac ;comp;rRNA;3646075;3646191;57;*;117 ;comp;tRNA;3646249;3646324;100;*;acc ;comp;rRNA;3646425;3646541;129;*;117 ;comp;rRNA;3646671;3649560;272;*;2890 ;comp;tRNA;3649833;3649908;43;*;gca ;comp;tRNA;3649952;3650028;102;*;atc ;comp;rRNA;3650131;3651683;557;*;1553 fin;comp;CDS;3652241;3653491;;; deb;comp;CDS;3663006;3663598;181;*; ;comp;tRNA;3663780;3663864;177;*;ttg fin;comp;CDS;3664042;3664707;;0; deb;;CDS;3758223;3759258;578;*; ;comp;tRNA;3759837;3759913;68;*;gac ;comp;rRNA;3759982;3760098;129;*;117 ;comp;rRNA;3760228;3763117;297;*;2890 ;comp;tRNA;3763415;3763490;43;*;gca ;comp;tRNA;3763534;3763610;102;*;atc ;comp;rRNA;3763713;3765265;0;*;1553 autres intercalaires;;vha1;;;;; ;;;;;;; ;;;;;;; ;;;;;;; ;;;;;;; ;comp;rRNA;1;1384;631;*;1384 fin;comp;CDS;2016;2795;;; deb;;CDS;104112;105239;529;*; ;comp;tRNA;105769;105845;158;*;atgf ;comp;tRNA;106004;106079;35;*;ggc ;comp;tRNA;106115;106190;35;*;ggc ;comp;tRNA;106226;106301;18;*;ggc ;comp;tRNA;106320;106396;39;*;atgf ;comp;tRNA;106436;106511;90;*;ggc ;comp;tRNA;106602;106678;39;*;atgf ;comp;tRNA;106718;106793;18;*;ggc ;comp;tRNA;106812;106888;39;*;atgf ;comp;tRNA;106928;107003;18;*;ggc ;comp;tRNA;107022;107098;39;*;atgf ;comp;tRNA;107138;107213;156;*;ggc fin;comp;CDS;107370;107915;;0; deb;;CDS;189680;190715;101;*; ;comp;rRNA;190817;190933;125;*;117 ;comp;rRNA;191059;193948;297;*;2890 ;comp;tRNA;194246;194321;43;*;gca ;comp;tRNA;194365;194441;102;*;atc ;comp;rRNA;194544;196096;371;*;1553 ;comp;rRNA;196468;196584;95;*;117 ;comp;rRNA;196680;199569;297;*;2890 ;comp;tRNA;199867;199942;43;*;gca ;comp;tRNA;199986;200062;102;*;atc ;comp;rRNA;200165;201717;853;*;1553 fin;comp;CDS;202571;204706;;; deb;comp;CDS;234302;235486;101;*; ;comp;tRNA;235588;235663;13;*;acc ;comp;tRNA;235677;235751;35;*;gga ;comp;tRNA;235787;235871;52;*;tac ;comp;tRNA;235924;235999;206;*;aca fin;;CDS;236206;237129;;0; deb;comp;CDS;241274;242467;546;*; ;comp;tRNA;243014;243090;68;*;tgg ;comp;tRNA;243159;243235;32;*;gac ;comp;rRNA;243268;243384;135;*;117 ;comp;rRNA;243520;246397;317;*;2878 ;comp;tRNA;246715;246790;30;*;gta ;comp;tRNA;246821;246896;2;*;aaa ;comp;tRNA;246899;246974;127;*;gaa ;comp;rRNA;247102;248654;554;*;1553 </pre> ====vha2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_données_intercalaires|vha2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;vha2;fx;fc;vha2;fx40;fc40;vha2;x-;c-;c;x;c;x;aa ;1;0;1;16;0;1;16;-1;0;62;412;329;16s tRNA;; ;0;10;14;120;1;0;14;-2;2;0;244;386;123;;gaa ;0;20;14;97;2;2;14;-3;0;0;302;325;tRNA 23s;; ;1;30;14;53;3;0;13;-4;3;77;245;272;313;;gta ;0;40;15;19;4;1;13;-5;0;1;317;337;5s tRNA;; ;0;50;15;35;5;2;6;-6;2;0;366;;90;;tca ;0;60;25;50;6;1;5;-7;0;4;-36;;tRNA tRNA;;intra ;1;70;33;42;7;2;2;-8;0;22;29;;35;;gta ;0;80;38;39;8;1;11;-9;1;0;62;;24;;gca ;1;90;31;35;9;2;27;-10;0;2;84;;2;;aaa ;0;100;31;34;10;3;15;-11;4;17;CDS 16s;;**;;gaa ;0;110;26;25;11;1;18;-12;0;0;448;;tRNA tRNA;; ;0;120;31;48;12;2;25;-13;0;2;23s 5s;;97;;tta ;0;130;20;32;13;0;7;-14;0;11;95;;5;;ggc ;0;140;20;30;14;2;12;-15;1;0;;;**;;tgc ;0;150;21;24;15;1;8;-16;0;1;;;53;;tta ;0;160;12;21;16;0;7;-17;0;8;;;181;;tgc ;0;170;13;23;17;2;4;-18;0;0;;;**;;tgc ;0;180;13;21;18;0;6;-19;0;1;;;;; ;0;190;14;15;19;4;7;-20;1;1;;;;; ;0;200;13;11;20;2;3;-21;0;0;;;;; ;0;210;11;20;21;1;9;-22;0;0;;;;; ;0;220;12;20;22;2;10;-23;0;2;;;;; ;0;230;11;15;23;3;5;-24;0;0;;;;; ;0;240;15;14;24;1;3;-25;0;0;;;;; ;2;250;9;9;25;1;2;-26;0;3;;;;; ;0;260;11;12;26;2;9;-27;0;0;;;;; ;0;270;9;17;27;1;3;-28;0;0;;;;; 1;0;280;8;10;28;0;4;-29;1;2;;;;; ;0;290;13;13;29;3;4;-30;0;0;;;;; ;0;300;6;13;30;0;4;-31;1;1;;;;; ;1;310;14;7;31;0;3;-32;3;1;;;;; ;1;320;6;5;32;2;6;-33;0;0;;;;; 2;0;330;7;6;33;3;2;-34;0;1;;;;; 1;0;340;7;7;34;2;1;-35;0;4;;;;; ;0;350;7;5;35;3;2;-36;0;0;;;;; ;0;360;4;4;36;1;1;-37;0;0;;;;; ;1;370;9;5;37;2;1;-38;0;1;;;;; ;0;380;10;7;38;0;1;-39;1;0;;;;; 1;0;390;5;4;39;1;1;-40;0;0;;;;; ;0;400;5;8;40;1;1;-41;0;0;;;;; ;1;reste;96;84;reste;631;770;-42;0;0;;;;; 5;10;total;689;1075;total;689;1075;-43;0;0;;;;; 5;8;diagr;592;975;diagr;57;289;-44;0;0;;;;; 0;1;t30;42;270;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;;;;; ;x;688;25;1;714;;;-49;0;0;;;;; ;c;1059;227;16;1302;;;-50;3;3;;;;; ;;;;;2016;33;;reste;0;0;;;;; ;;;;;;2049;;total;25;227;;;;; </pre> =====vha2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_autres_intercalaires_aas|vha2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vha2;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;545001;545657;173;*; ;comp;regulatory;545831;545971;122;*; fin;comp;CDS;546094;546711;;; deb;comp;CDS;673809;674132;412;*; ;comp;tRNA;674545;674635;329;*;tca fin;;CDS;674965;675645;;; deb;;CDS;881183;882640;244;*; ;;tRNA;882885;882958;302;*;tgc fin;;CDS;883261;883725;;; deb;;CDS;884955;886649;245;*; ;;tRNA;886895;886981;97;*;tta ;;tRNA;887079;887154;5;*;ggc ;;tRNA;887160;887233;317;*;tgc fin;;CDS;887551;889074;;; deb;comp;CDS;889540;890328;386;*; ;;tRNA;890715;890801;53;*;tta ;;tRNA;890855;890928;181;*;tgc ;;tRNA;891110;891183;366;*;tgc fin;;CDS;891550;891992;;; deb;comp;CDS;1335216;1335734;325;*; ;;tRNA;1336060;1336134;272;*;gga fin;comp;CDS;1336407;1337222;;; deb;;CDS;1582077;1582217;305;*; ;;regulatory;1582523;1582622;100;*; fin;;CDS;1582723;1583730;;; deb;;CDS;1842556;1842741;-36;*; ;;tRNA;1842706;1842789;29;*;ctc fin;;CDS;1842819;1843430;;0; deb;;CDS;1921130;1921561;62;*; ;;tRNA;1921624;1921698;337;*;gga fin;comp;CDS;1922036;1922209;;; deb;comp;CDS;1937870;1939129;84;*; ;comp;tRNA;1939214;1939304;90;*;tca ;comp;rRNA;1939395;1939511;95;*;117 ;comp;rRNA;1939607;1942496;313;*;2890 ;comp;tRNA;1942810;1942885;35;*;gta ;comp;tRNA;1942921;1942996;24;*;gca ;comp;tRNA;1943021;1943096;2;*;aaa ;comp;tRNA;1943099;1943174;123;*;gaa ;comp;rRNA;1943298;1944850;468;*;1553 fin;comp;CDS;1945319;1945843;;0; deb;comp;CDS;1948023;1949408;356;*; ;;regulatory;1949765;1949875;108;*; fin;;CDS;1949984;1950871;;; </pre> ===Aeromonas media WS=== ====amed opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed opérons]] <pre> 61.2%GC;25.7.19 Paris;16s ;126;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd Aeromonas media WS;;;;;;;;;; ;6590..7159;;CDS;;3;;;;190; ;;;;;;;;;; comp;7163..8359;;CDS;;512;*512;;;399; ;8872..10421;;16s;;66;;;;; ;10488..10564;;atc;;10;;;10;; ;10575..10650;;gca;;231;;;;; ;10882..13800;;23s;;98;;;;; ;13899..14013;;5s;;386;*386;;;;*386 ;14400..14717;;CDS;;102422;;;;106; ;;;;;;;;;; ;117140..117850;;CDS;;47;47;;;237;47 ;117898..117973;;ttc;;52;;52;;; ;118026..118101;;aca;;3;;3;;; ;118105..118180;;ttc;;45;;45;;; ;118226..118301;;aac;;252;252;;;; ;118554..119573;;CDS;;50489;;;;340; ;;;;;;;;;; comp;170063..170329;;CDS;;103;103;;;89;103 comp;170433..170518;;ctg;+;71;;71;;; comp;170590..170675;;ctg;5 ctg;46;;46;;; comp;170722..170807;;ctg;;46;;46;;; comp;170854..170939;;ctg;;51;;51;;; comp;170991..171076;;ctg;;116;116;;;; comp;171193..172653;;CDS;;146173;;;;487; ;;;;;;;;;; ;318827..320692;;CDS;;190;190;;;622;190 ;320883..320959;;atgi;;244;244;;;; comp;321204..323780;;CDS;;62601;;;;*859; ;;;;;;;;;; ;386382..386732;;CDS;;514;*514;;;117; ;387247..388802;;16s;;268;;;;; ;389071..389146;;gaa;;245;;;;; ;389392..392312;;23s;;104;;;;; ;392417..392531;;5s;;268;268;;;;268 comp;392800..394413;;CDS;;81847;;;;538; ;;;;;;;;;; ;476261..476482;;CDS;;64;64;;;74;64 comp;476547..476622;;aac;;5;;5;;; comp;476628..476703;;ttc;;622;*622;;;; ;477326..477547;;CDS;;22721;;;;*74; ;;;;;;;;;; ;500269..500814;;CDS;;177;177;;;182;177 ;500992..501067;;ggc;+;24;;24;;; ;501092..501167;;ggc;6 ggc;29;;29;;; ;501197..501272;;ggc;;38;;38;;; ;501311..501386;;ggc;;25;;25;;; ;501412..501487;;ggc;;23;;23;;; ;501511..501586;;ggc;;363;*363;;;; comp;501950..502159;;CDS;;4810;;;;70; ;;;;;;;;;; ;506970..507110;;CDS;;236;236;;;47;236 ;507347..507422;;gcc;+;28;;28;;; ;507451..507526;;gcc;5 gcc;66;;66;;; ;507593..507668;;gcc;;58;;58;;; ;507727..507802;;gcc;;40;;40;;; ;507843..507918;;gcc;;471;*471;;;; ;508390..508473;;riboswitch;@1;134002;;;;28; ;;;;;;;;;; ;642476..642802;;CDS;;9;9;;;109;9 ;642812..642896;;ctc;;91;;91;;; ;642988..643064;;atgf;;166;166;;;; ;643231..643689;;CDS;;128528;;;;153; ;;;;;;;;;; ;772218..774050;;CDS;;195;195;;;611;195 comp;774246..774329;;cta;+;8;;8;;; comp;774338..774414;;atg;3 atg;38;;38;;; comp;774453..774527;;caa;4 caa;47;;47;;; comp;774575..774649;;caa;;17;;17;;; comp;774667..774743;;atg;;35;;35;;; comp;774779..774853;;caa;;47;;47;;; comp;774901..774975;;caa;;13;;13;;; comp;774989..775065;;atg;;235;235;;;; comp;775301..776392;;CDS;;3148;;;;364; ;;;;;;;;;; comp;779541..780557;;CDS;;104;104;;;339;104 comp;780662..780736;;caa;;-21;*-21;;;;*-21 comp;780716..781612;;CDS;;373301;;;;299; ;;;;;;;;;; comp;1154914..1155384;;CDS;;131;131;;;157;131 comp;1155516..1155592;;ccc;;226;226;;;; comp;1155819..1157162;;CDS;;67691;;;;448; ;;;;;;;;;; comp;1224854..1226290;;CDS;;301;301;;;479; comp;1226592..1226667;;aac;;2;;2;;; comp;1226670..1226744;;gga;;164;164;;;;164 comp;1226909..1227181;;CDS;;13604;;;;91; ;;;;;;;;;; comp;1240786..1241733;;CDS;;350;*350;;;316; comp;1242084..1242156;;aac;+;2;;2;;; comp;1242159..1242234;;aac;2 aac;49;49;;;;49 ;1242284..1242496;;CDS;;294;;;;71; ;;;;;;;;;; ;1242791..1244527;;CDS;;181;181;;;579;181 ;1244709..1244796;;tcc;;407;*407;;;; ;1245204..1246064;;CDS;;161293;;;;287; ;;;;;;;;;; comp;1407358..1408338;;CDS;;410;*410;;;327; comp;1408749..1408836;;tcc;;177;177;;;;177 comp;1409014..1409631;;CDS;;34595;;;;206; ;;;;;;;;;; ;1444227..1444688;;CDS;;146;146;;;154; ;1444835..1444922;;tcc;;127;127;;;;127 ;1445050..1446834;;CDS;;14349;;;;595; ;;;;;;;;;; comp;1461184..1462401;;CDS;;163;163;;;406;163 comp;1462565..1462640;;cac;;124;;124;;; comp;1462765..1462838;;aga;;240;240;;;; comp;1463079..1464389;;CDS;;61984;;;;437; ;;;;;;;;;; comp;1526374..1527606;;CDS;;151;151;;;411;151 comp;1527758..1527833;;cac;;123;;123;;; comp;1527957..1528033;;aga;;36;;36;;; comp;1528070..1528146;;cca;;203;203;;;; ;1528350..1529207;;CDS;;60230;;;;286; ;;;;;;;;;; ;1589438..1589644;;CDS;;138;138;;;69; comp;1589783..1589858;;aac;;132;132;;;;132 ;1589991..1592003;;CDS;;57434;;;;671; ;;;;;;;;;; ;1649438..1651867;;CDS;;104;104;;;*810;104 comp;1651972..1652048;;gtc;+;36;;36;;; comp;1652085..1652161;;gtc;5 gtc;26;;26;;; comp;1652188..1652264;;gtc;;15;;15;;; comp;1652280..1652356;;gtc;;11;;11;;; comp;1652368..1652444;;gtc;;170;170;;;; comp;1652615..1653994;;CDS;;277443;;;;460; ;;;;;;;;;; comp;1931438..1932934;;CDS;;145;145;;;499;145 comp;1933080..1933156;;atgf;+;110;;110;;; comp;1933267..1933343;;atgf;9 atgf;102;;102;;; comp;1933446..1933522;;atgf;@2;101;;101;;; comp;1933624..1933700;;atgf;;101;;101;;; comp;1933802..1933877;;atgf;;103;;103;;; comp;1933981..1934057;;atgf;;102;;102;;; comp;1934160..1934236;;atgf;;102;;102;;; comp;1934339..1934415;;atgf;;92;;92;;; comp;1934508..1934584;;atgf;;268;268;;;; comp;1934853..1935572;;CDS;;490897;;;;240; ;;;;;;;;;; comp;2426470..2427675;;CDS;;350;350;;;402; comp;2428026..2428112;;tta;;40;;40;;; comp;2428153..2428226;;tgc;;35;;35;;; comp;2428262..2428337;;ggc;;181;181;;;;181 comp;2428519..2429073;;CDS;;117921;;;;185; ;;;;;;;;;; comp;2546995..2547534;;CDS;;271;271;;;180;271 ;2547806..2547882;;ccc;;1103;*1103;;;; ;2548986..2550593;;CDS;;107760;;;;*536; ;;;;;;;;;; ;2658354..2659094;;CDS;;87;87;;;247;87 ;2659182..2659257;;acg;;108;108;;;; < comp;2659366..2659705;;CDS;;198821;;;;113; ;;;;;;;;;; comp;2858527..2859036;;CDS;;126;126;;;170; ;2859163..2859247;;tac;+;30;;30;;; ;2859278..2859362;;tac;2 tac;121;121;;;;121 comp;2859484..2863335;;CDS;;115303;;;;*1284; ;;;;;;;;;; ;2978639..2979358;;CDS;;119;119;;;240;119 comp;2979478..2979552;;gga;;104;;104;;; comp;2979657..2979730;;ggg;;201;201;;;; ;2979932..2981701;;CDS;;41492;;;;590; ;;;;;;;;;; ;3023194..3023487;;CDS;;75;75;;;98;75 comp;3023563..3023636;;tgc;;57;;57;;; comp;3023694..3023769;;ggc;;248;248;;;; ;3024018..3027455;;CDS;;17375;;;;*1146; ;;;;;;;;;; ;3044831..3045361;;CDS;;133;133;;;177;133 comp;3045495..3045584;;tcg;;380;*380;;;; ;3045965..3046882;;CDS;;221147;;;;306; ;;;;;;;;;; comp;3268030..3268398;;CDS;;318;318;;;123; comp;3268717..3268804;;tca;;198;198;;;;198 ;3269003..3269752;;CDS;;20717;;;;250; ;;;;;;;;;; ;3290470..3291624;;CDS;;50;50;;;385;50 ;3291675..3291751;;agg;;126;126;;;; comp;3291878..3292804;;CDS;;41865;;;;309; ;;;;;;;;;; ;3334670..3335758;;CDS;;230;230;;;363; ;3335989..3336073;;tac;+;32;;32;;; ;3336106..3336190;;tac;3 tac;45;;45;;; ;3336236..3336320;;tac;;135;135;;;;135 ;3336456..3336731;;CDS;;169091;;;;92; ;;;;;;;;;; comp;3505823..3506272;;CDS;;275;275;;;150;275 comp;3506548..3506662;;5s;;101;;;;; comp;3506764..3509682;;23s;;229;;;;; comp;3509912..3509987;;gaa;;218;;;;; comp;3510206..3511760;;16s;;592;*592;;;; ;3512353..3515220;;CDS;;161083;;;;*956; ;;;;;;;;;; comp;3676304..3677323;;CDS;;113;113;;;340; comp;3677437..3677521;;ttg;;49;49;;;;49 ;3677571..3678182;;CDS;;9862;;;;204; ;;;;;;;;;; ;3688045..3688872;;CDS;;369;*369;;;276; comp;3689242..3689318;;cgt;+;25;;25;;; comp;3689344..3689420;;cgt;5 cgt;25;;25;;; comp;3689446..3689522;;cgt;;26;;26;;; comp;3689549..3689625;;cgt;;98;;98;;; comp;3689724..3689800;;cgt;;4;;4;;; comp;3689805..3689897;;agc;;213;213;;;;213 comp;3690111..3690299;;CDS;;196546;;;;63; ;;;;;;;;;; ;3886846..3887601;;CDS;;302;302;;;252;302 comp;3887904..3887980;;gac;;98;;;;; comp;3888079..3888193;;5s;;105;;;;; comp;3888299..3891217;;23s;;231;;;;; comp;3891449..3891524;;gca;;10;;;10;; comp;3891535..3891611;;atc;;66;;;;; comp;3891678..3893232;;16s;;420;*420;;;; comp;3893653..3894195;;CDS;;18750;;;;181; ;;;;;;;;;; comp;3912946..3913317;;CDS;;60;60;;;124; comp;3913378..3913454;;tgg;;52;52;;;;52 comp;3913507..3914691;;CDS;@3;171;171;;;395;171 comp;3914863..3914937;;gga;;38;;38;;; comp;3914976..3915060;;tac;;263;263;;;; ;3915324..3916262;;CDS;;45900;;;;313; ;;;;;;;;;; comp;3962163..3963533;;CDS;;306;306;;;457; comp;3963840..3963916;;tgg;;202;202;;;;202 ;3964119..3964703;;CDS;;59641;;;;195; ;;;;;;;;;; comp;4024345..4026816;;CDS;;658;*658;;;*824; comp;4027475..4027551;;ccg;;140;140;;;;140 comp;4027692..4028417;;CDS;;80995;;;;242; ;;;;;;;;;; ;4109413..4111986;;CDS;;99;99;;;*858; comp;4112086..4112200;;5s;;101;;;;; comp;4112302..4115220;;23s;;231;;;;; comp;4115452..4115527;;gaa;;192;;;;; comp;4115720..4117273;;16s;;94;94;;;;94 comp;4117368..4117547;;CDS;;32227;;;;60; ;;;;;;;;;; comp;4149775..4150248;;CDS;;204;204;;;158;204 comp;4150453..4150529;;cca;;58;;58;;; comp;4150588..4150673;;ctg;;20;;20;;; comp;4150694..4150769;;cac;;49;;49;;; comp;4150819..4150895;;cgg;;258;258;;;; ;4151154..4151744;;CDS;;74862;;;;197; ;;;;;;;;;; ;4226607..4227725;;CDS;;428;*428;;;373; ;4228154..4229708;;16s;;192;;;;; ;4229901..4229976;;gaa;;229;;;;; ;4230206..4233124;;23s;;104;;;;; ;4233229..4233343;;5s;;106;;;;; ;4233450..4233525;;acc;;23;;;;; ;4233549..4233663;;5s;;164;164;;;;164 ;4233828..4234793;;CDS;;119351;;;;322; ;;;;;;;;;; comp;4354145..4355686;;CDS;;622;*622;;;*514; ;4356309..4357863;;16s;;268;;;;; ;4358132..4358207;;gaa;;230;;;;; ;4358438..4361364;;23s;;102;;;;; ;4361467..4361581;;5s;;106;;;;; ;4361688..4361763;;acc;;233;233;;;;233 ;4361997..4363241;;CDS;;71363;;;;415; ;;;;;;;;;; ;4434605..4435198;;CDS;;465;*465;;;198; ;4435664..4437217;;16s;;219;;;;; ;4437437..4437512;;gaa;;229;;;;; ;4437742..4440657;;23s;;103;;;;; ;4440761..4440875;;5s;;98;;;;; ;4440974..4441050;;gac;;167;167;;;;167 ;4441218..4442054;;CDS;;39919;;;;279; ;;;;;;;;;; comp;4481974..4482513;;CDS;;477;*477;;;180; ;4482991..4484545;;16s;;513;;;;; ;4485059..4485549;;23s°;;37;;;;; comp;4485587..4486115;;23s°;;229;;;;; comp;4486345..4486419;;gaa;;218;;;;; comp;4486638..4488193;;16s;;94;94;;;;94 comp;4488288..4488509;;CDS;;72132;;;;74; ;;;;;;;;;; comp;4560642..4561676;;CDS;;192;192;;;345; comp;4561869..4561944;;gta;+;18;;18;;; comp;4561963..4562038;;aaa;7 gta;34;;34;;; comp;4562073..4562148;;gta;5 aaa;18;;18;;; comp;4562167..4562242;;aaa;2 aag;23;;23;;; comp;4562266..4562341;;gta;;18;;18;;; comp;4562360..4562435;;aaa;;23;;23;;; comp;4562459..4562534;;gta;;18;;18;;; comp;4562553..4562628;;aaa;;34;;34;;; comp;4562663..4562738;;gta;;22;;22;;; comp;4562761..4562836;;aag;;46;;46;;; comp;4562883..4562958;;gta;;22;;22;;; comp;4562981..4563056;;aag;;46;;46;;; comp;4563103..4563178;;gta;;32;;32;;; comp;4563211..4563286;;aaa;;174;174;;;;174 comp;4563461..4564276;;CDS;;70895;;;;272; ;;;;;;;;;; comp;4635172..4636173;;CDS;;275;275;;;334;275 comp;4636449..4636525;;gac;;95;;;;; comp;4636621..4636735;;5s;;101;;;;; comp;4636837..4639756;;23s;;231;;;;; comp;4639988..4640063;;gca;;10;;;10;; comp;4640074..4640150;;atc;;66;;;;; comp;4640217..4641771;;16s;;512;*512;;;; ;4642284..4643480;;CDS;;3;;;;399; ;;;;;;;;;; comp;4643484..4644053;;CDS;;;;;;190; </pre> ====amed cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_cumuls|amed cumuls]] <pre> amed cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;0;-;1;1;40;1;100;14 ;16 gaa 23 5s ;6;20;15;;50;5;60;5;200;21 ;16 atc gca;3;40;27;;100;8;80;2;300;15 ;16 23 5s ;0;60;14;;150;19;100;3;400;18 ;max a;3;80;2;;200;17;120;4;500;11 ;a doubles;0;100;3;;250;13;140;7;600;6 ;spéciaux;1;120;8;;300;8;160;2;700;3 ;total aas;18;140;2;;350;6;180;8;800;0 sans ;opérons;38;160;0;;400;4;200;5;900;4 ;1 aa;16;180;0;;450;4;220;3;1000;1 ;max a;14;200;0;;500;3;240;2;1100;0 ;a doubles;12;;0;;;8;;6;;2 ;total aas;109;;71;0;;96;;48;;95 total aas;;127;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;49;;;;;156;; ;;;variance;34;;;;;77;; sans jaune;;;moyenne;;;;214;;;;274 ;;;variance;;;;122;;;;157 </pre> ====amed blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_blocs|amed blocs]] <pre> amed blocs;;;;; cds;512;cds;302;cds;275 16s;66;gac;98;gac;95 atc;10;5s;105;5s;101 gca;231;23s;231;23s;231 23s;98;gca;10;gca;10 5s;386;atc;66;atc;66 ;;16s;420;16s;512 ;;;;; cds;514;275;99;; 16s;268;101;101;; gaa;245;229;231;; 23s;104;218;192;; 5s;268;592;94;; ;;;;; cds;428;CDS;622;cds;465 16s;192;16s;268;16s;219 gaa;229;gaa;230;gaa;229 23s;104;23s;102;23s;103 5s;106;5s;106;5s;98 acc;23;acc;233;gac;167 5s;164;;;; </pre> ====amed distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_distribution|amed distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;9;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;3;tac;;tgc;;tac3+2;ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;2;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;aac2;atc;;acc;;aac;3;agc;1;aac2;atc;;acc;;aac;2;agc;;aac2;atc;;acc;2;aac;;agc; ctc;;ccc;2;cac;;cgt;;caa2+2;ctc;1;ccc;;cac;3;cgt;;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;atgf9;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;atgf9;gtc;5;gcc;5;gac;;ggc;6;atgf9;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;cgt5;tta;1;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;1;aaa;5;aga;2;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;;gaa;;gga;3;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;séquences;atgj;3;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;(atgj caa2)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total amed;;16;;;;;16;;amed;47;;;;;;47;;amed;46;;;;;;46;;amed;;;;5;;;5 </pre> ====amed autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_autres_intercalaires|amed autres intercalaires]] <pre> autres intercalaires;;amed;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7163;8359;516;*; ;;rRNA;8876;10415;72;*;1540 ;;tRNA;10488;10564;10;*;atc ;;tRNA;10575;10650;238;*;gca ;;rRNA;10889;13778;120;*;2890 ;;rRNA;13899;14013;386;*;115 fin;;CDS;14400;14717;;; deb;;CDS;45743;46576;187;*; ;;ncRNA;46764;47150;46;*; fin;;CDS;47197;48777;;0; deb;;CDS;117188;117850;47;*; ;;tRNA;117898;117973;52;*;ttc ;;tRNA;118026;118101;3;*;aca ;;tRNA;118105;118180;45;*;ttc ;;tRNA;118226;118301;252;*;aac fin;;CDS;118554;119573;;; deb;comp;CDS;170063;170329;103;*; ;comp;tRNA;170433;170518;71;*;ctg ;comp;tRNA;170590;170675;46;*;ctg ;comp;tRNA;170722;170807;46;*;ctg ;comp;tRNA;170854;170939;51;*;ctg ;comp;tRNA;170991;171076;116;*;ctg fin;comp;CDS;171193;172653;;; deb;;CDS;318836;320692;190;*; ;;tRNA;320883;320959;244;*;atgi fin;comp;CDS;321204;323780;;; deb;;CDS;386382;386732;518;*; ;;rRNA;387251;388796;274;*;1546 ;;tRNA;389071;389146;252;*;gaa ;;rRNA;389399;392290;126;*;2892 ;;rRNA;392417;392531;268;*;115 fin;comp;CDS;392800;394413;;0; deb;;CDS;476261;476482;64;*; ;comp;tRNA;476547;476622;5;*;aac ;comp;tRNA;476628;476703;881;*;ttc fin;comp;CDS;477585;478565;;; deb;;CDS;500269;500814;177;*; ;;tRNA;500992;501067;24;*;ggc ;;tRNA;501092;501167;29;*;ggc ;;tRNA;501197;501272;38;*;ggc ;;tRNA;501311;501386;25;*;ggc ;;tRNA;501412;501487;23;*;ggc ;;tRNA;501511;501586;363;*;ggc fin;comp;CDS;501950;502159;;; deb;;CDS;505552;507110;236;*; ;;tRNA;507347;507422;28;*;gcc ;;tRNA;507451;507526;66;*;gcc ;;tRNA;507593;507668;58;*;gcc ;;tRNA;507727;507802;40;*;gcc ;;tRNA;507843;507918;471;*;gcc ;;regulatory;508390;508473;148;*; fin;;CDS;508622;511627;;0; deb;;CDS;642476;642802;9;*; ;;tRNA;642812;642896;91;*;ctc ;;tRNA;642988;643064;166;*;atgf fin;;CDS;643231;643689;;; deb;;CDS;772218;774050;195;*; ;comp;tRNA;774246;774329;8;*;cta ;comp;tRNA;774338;774414;38;*;atgj ;comp;tRNA;774453;774527;47;*;caa ;comp;tRNA;774575;774649;17;*;caa ;comp;tRNA;774667;774743;35;*;atgj ;comp;tRNA;774779;774853;47;*;caa ;comp;tRNA;774901;774975;13;*;caa ;comp;tRNA;774989;775065;235;*;atgj fin;comp;CDS;775301;776392;;; deb;comp;CDS;779541;780488;173;*; ;comp;tRNA;780662;780736;-21;*;caa fin;comp;CDS;780716;781630;;; deb;comp;CDS;1154914;1155384;131;*; ;comp;tRNA;1155516;1155592;226;*;ccc fin;comp;CDS;1155819;1157162;;0; deb;comp;CDS;1224854;1226290;301;*; ;comp;tRNA;1226592;1226667;2;*;aac ;comp;tRNA;1226670;1226744;460;*;gga fin;comp;CDS;1227205;1228818;;; deb;comp;CDS;1240786;1241733;425;*; ;comp;tRNA;1242159;1242234;556;*;aac deb;;CDS;1242791;1244527;181;*; ;;tRNA;1244709;1244796;83;*;tcc fin;;CDS;1244880;1246145;;0; deb;comp;CDS;1407358;1408665;83;*; ;comp;tRNA;1408749;1408836;177;*;tcc fin;comp;CDS;1409014;1409631;;; deb;;CDS;1444233;1444688;146;*; ;;tRNA;1444835;1444922;127;*;tcc fin;;CDS;1445050;1446834;;; deb;comp;CDS;1461184;1462401;163;*; ;comp;tRNA;1462565;1462640;438;*;cac fin;comp;CDS;1463079;1464389;;; deb;comp;CDS;1526374;1527606;151;*; ;comp;tRNA;1527758;1527833;123;*;cac ;comp;tRNA;1527957;1528033;36;*;aga ;comp;tRNA;1528070;1528146;203;*;cca fin;;CDS;1528350;1529207;;0; deb;comp;CDS;1587325;1589010;772;*; ;comp;tRNA;1589783;1589858;132;*;aac fin;;CDS;1589991;1592003;;; deb;;CDS;1649438;1651867;104;*; ;comp;tRNA;1651972;1652048;36;*;gtc ;comp;tRNA;1652085;1652161;26;*;gtc ;comp;tRNA;1652188;1652264;15;*;gtc ;comp;tRNA;1652280;1652356;11;*;gtc ;comp;tRNA;1652368;1652444;170;*;gtc fin;comp;CDS;1652615;1653994;;; deb;comp;CDS;1734629;1735525;28;*; ;comp;misc_f;1735554;1735678;185;*; fin;;CDS;1735864;1736109;;; deb;comp;CDS;1931438;1932934;145;*; ;comp;tRNA;1933080;1933156;110;*;atgf ;comp;tRNA;1933267;1933343;102;*;atgf ;comp;tRNA;1933446;1933522;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933624;1933700;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933802;1933877;103;*;atgf ;comp;tRNA;1933981;1934057;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934160;1934236;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934339;1934415;92;*;atgf ;comp;tRNA;1934508;1934584;268;*;atgf fin;comp;CDS;1934853;1935572;;; deb;;CDS;1977322;1978332;353;*; ;comp;ncRNA;1978686;1978779;94;*; fin;;CDS;1978874;1979143;;0; deb;comp;CDS;1980394;1981206;97;*; ;comp;ncRNA;1981304;1981397;269;*; fin;;CDS;1981667;1981849;;0; deb;comp;CDS;1997119;1998258;85;*; ;comp;ncRNA;1998344;1998440;102;*; fin;comp;CDS;1998543;1999331;;; deb;;CDS;2154455;2154631;277;*; ;;ncRNA;2154909;2155037;-9;*; fin;comp;CDS;2155029;2155319;;0; deb;;CDS;2234810;2235142;16;*; ;;ncRNA;2235159;2235341;133;*; fin;comp;CDS;2235475;2236674;;; deb;comp;CDS;2426470;2427675;350;*; ;comp;tRNA;2428026;2428112;40;*;tta ;comp;tRNA;2428153;2428226;35;*;tgc ;comp;tRNA;2428262;2428337;181;*;ggc fin;comp;CDS;2428519;2429073;;; deb;comp;CDS;2546995;2547534;271;*; ;;tRNA;2547806;2547882;259;*;ccc fin;;CDS;2548142;2548282;;; deb;;CDS;2658354;2659094;87;*; ;;tRNA;2659182;2659257;114;*;acg fin;;CDS;2659372;2659665;;0; deb;comp;CDS;2827175;2828170;-13;*; ;comp;regulatory;2828158;2828297;79;*; fin;;CDS;2828377;2830089;;; deb;comp;CDS;2858527;2859036;126;*; ;;tRNA;2859163;2859247;30;*;tac ;;tRNA;2859278;2859362;121;*;tac fin;comp;CDS;2859484;2863335;;; deb;;CDS;2953473;2953961;121;*; ;;tmRNA;2954083;2954442;177;*; fin;;CDS;2954620;2955903;;; deb;;CDS;2978639;2979358;119;*; ;comp;tRNA;2979478;2979552;104;*;gga ;comp;tRNA;2979657;2979730;201;*;ggg fin;;CDS;2979932;2981701;;; deb;;CDS;3023194;3023487;75;*; ;comp;tRNA;3023563;3023636;57;*;tgc ;comp;tRNA;3023694;3023769;248;*;ggc fin;;CDS;3024018;3027455;;0; deb;;CDS;3044891;3045361;133;*; ;comp;tRNA;3045495;3045584;380;*;tcg fin;;CDS;3045965;3046882;;; deb;comp;CDS;3052964;3053617;105;*; ;comp;regulatory;3053723;3053869;209;*; fin;;CDS;3054079;3054915;;0; deb;comp;CDS;3093394;3094776;249;*; ;comp;regulatory;3095026;3095141;508;*; fin;;CDS;3095650;3096798;;0; deb;comp;CDS;3268030;3268398;318;*; ;comp;tRNA;3268717;3268804;198;*;tca fin;;CDS;3269003;3269752;;0; deb;comp;CDS;3286866;3287465;164;*; ;;misc_f;3287630;3287752;38;*; fin;;CDS;3287791;3288963;;0; deb;;CDS;3290470;3291624;50;*; ;;tRNA;3291675;3291751;126;*;agg fin;comp;CDS;3291878;3292798;;0; deb;;CDS;3334670;3335758;230;*; ;;tRNA;3335989;3336073;32;*;tac ;;tRNA;3336106;3336190;45;*;tac ;;tRNA;3336236;3336320;135;*;tac fin;;CDS;3336456;3336731;;; deb;comp;CDS;3382564;3385161;111;*; ;comp;regulatory;3385273;3385359;203;*; fin;comp;CDS;3385563;3389024;;; deb;comp;CDS;3497173;3497463;91;*; ;;regulatory;3497555;3497645;99;*; fin;;CDS;3497745;3498725;;; deb;comp;CDS;3505823;3506272;275;*; ;comp;rRNA;3506548;3506662;123;*;115 ;comp;rRNA;3506786;3509675;236;*;2890 ;comp;tRNA;3509912;3509987;224;*;gaa ;comp;rRNA;3510212;3511756;596;*;1545 fin;;CDS;3512353;3515220;;; deb;comp;CDS;3676304;3677323;113;*; ;comp;tRNA;3677437;3677521;142;*;ttg fin;;CDS;3677664;3678182;;0; deb;;CDS;3688045;3688872;369;*; ;comp;tRNA;3689242;3689318;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689344;3689420;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689446;3689522;26;*;cgt ;comp;tRNA;3689549;3689625;98;*;cgt ;comp;tRNA;3689724;3689800;4;*;cgt ;comp;tRNA;3689805;3689897;213;*;agc fin;comp;CDS;3690111;3690299;;; deb;;CDS;3886846;3887601;302;*; ;comp;tRNA;3887904;3887980;98;*;gac ;comp;rRNA;3888079;3888193;127;*;115 ;comp;rRNA;3888321;3891210;238;*;2890 ;comp;tRNA;3891449;3891524;10;*;gca ;comp;tRNA;3891535;3891611;72;*;atc ;comp;rRNA;3891684;3893228;424;*;1545 fin;comp;CDS;3893653;3894195;;; deb;comp;CDS;3912946;3913317;60;*; ;comp;tRNA;3913378;3913454;52;*;tgg deb;comp;CDS;3913507;3914691;171;*; ;comp;tRNA;3914863;3914937;38;*;gga ;comp;tRNA;3914976;3915060;263;*;tac fin;;CDS;3915324;3916262;;0; deb;comp;CDS;3962163;3963533;306;*; ;comp;tRNA;3963840;3963916;202;*;tgg fin;;CDS;3964119;3964703;;; deb;comp;CDS;4024345;4026816;658;*; ;comp;tRNA;4027475;4027551;140;*;ccg fin;comp;CDS;4027692;4028417;;; deb;;CDS;4109413;4111986;99;*; ;comp;rRNA;4112086;4112200;123;*;115 ;comp;rRNA;4112324;4115213;238;*;2890 ;comp;tRNA;4115452;4115527;198;*;gaa ;comp;rRNA;4115726;4117269;627;*;1544 fin;;CDS;4117897;4118388;;0; deb;comp;CDS;4119290;4121155;51;*; ;comp;regulatory;4121207;4121385;207;*; fin;;CDS;4121593;4122102;;; deb;comp;CDS;4149775;4150278;174;*; ;comp;tRNA;4150453;4150529;58;*;cca ;comp;tRNA;4150588;4150673;20;*;ctg ;comp;tRNA;4150694;4150769;49;*;cac ;comp;tRNA;4150819;4150895;258;*;cgg fin;;CDS;4151154;4151744;;; deb;;CDS;4226547;4227725;432;*; ;;rRNA;4228158;4229702;198;*;1545 ;;tRNA;4229901;4229976;236;*;gaa ;;rRNA;4230213;4233102;126;*;2890 ;;rRNA;4233229;4233343;106;*;115 ;;tRNA;4233450;4233525;23;*;acc ;;rRNA;4233549;4233663;164;*;115 fin;;CDS;4233828;4234793;;; deb;comp;CDS;4354145;4355686;626;*; ;;rRNA;4356313;4357857;274;*;1545 ;;tRNA;4358132;4358207;237;*;gaa ;;rRNA;4358445;4361342;124;*;2898 ;;rRNA;4361467;4361581;106;*;115 ;;tRNA;4361688;4361763;233;*;acc fin;;CDS;4361997;4363241;;; deb;;CDS;4434674;4435198;469;*; ;;rRNA;4435668;4437211;225;*;1544 ;;tRNA;4437437;4437512;236;*;gaa ;;rRNA;4437749;4440638;122;*;2890 ;;rRNA;4440761;4440875;98;*;115 ;;tRNA;4440974;4441050;167;*;gac fin;;CDS;4441218;4442054;;0; deb;comp;CDS;4481974;4482513;481;*; ;;rRNA;4482995;4484539;547;*;1545 ;;misc_f;4485087;4486108;236;*; ;comp;tRNA;4486345;4486419;224;*;gaa ;comp;rRNA;4486644;4488189;559;*;1546 fin;comp;CDS;4488749;4489795;;; deb;comp;CDS;4560642;4561715;153;*; ;comp;tRNA;4561869;4561944;18;*;gta ;comp;tRNA;4561963;4562038;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562073;4562148;18;*;gta ;comp;tRNA;4562167;4562242;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562266;4562341;18;*;gta ;comp;tRNA;4562360;4562435;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562459;4562534;18;*;gta ;comp;tRNA;4562553;4562628;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562663;4562738;22;*;gta ;comp;tRNA;4562761;4562836;46;*;aag ;comp;tRNA;4562883;4562958;22;*;gta ;comp;tRNA;4562981;4563056;46;*;aag ;comp;tRNA;4563103;4563178;32;*;gta ;comp;tRNA;4563211;4563286;174;*;aaa fin;comp;CDS;4563461;4564267;;; deb;;CDS;4626091;4627785;262;*; ;;regulatory;4628048;4628133;65;*; fin;;CDS;4628199;4629623;;; deb;comp;CDS;4635172;4636104;344;*; ;comp;tRNA;4636449;4636525;95;*;gac ;comp;rRNA;4636621;4636735;120;*;115 ;comp;rRNA;4636856;4639749;238;*;2894 ;comp;tRNA;4639988;4640063;10;*;gca ;comp;tRNA;4640074;4640150;72;*;atc ;comp;rRNA;4640223;4641767;516;*;1545 fin;;CDS;4642284;4643480;;0; deb;comp;CDS;4698779;4700680;360;*; ;comp;regulatory;4701041;4701154;88;*; fin;;CDS;4701243;4702160;;; </pre> ====amed données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_données_intercalaires|amed données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;amed;fx;fc;amed;fx40;fc40;amed;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;2;12;0;2;12;-1;0;91;47;244;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;1;10;38;225;1;2;26;-2;1;0;252;64;518;516;;52;;ttc;40;;tta ;0;20;20;167;2;0;41;-3;0;0;103;363;424;596;;3;;aca;35;;tgc ;0;30;23;110;3;4;34;-4;8;212;116;195;432;627;;45;;ttc;**;;ggc ;0;40;34;92;4;9;18;-5;0;0;190;556;469;626;;**;;aac;30;;tac ;2;50;43;75;5;0;12;-6;1;0;881;203;599;481;;71;;ctg;**;;tac ;2;60;76;92;6;6;6;-7;0;10;177;132;;516;;46;;ctg;104;;gga 1;0;70;90;111;7;4;12;-8;3;47;236;104;23s 5s;;;46;;ctg;**;;ggg 1;0;80;100;99;8;6;17;-9;1;0;9;271;2* 120;;;51;;ctg;57;;tgc ;3;90;59;120;9;3;34;-10;0;2;166;126;2* 126;;;**;;ctg;**;;ggc ;0;100;54;90;10;4;25;-11;2;31;235;121;2* 123;;;5;;aac;32;;tac 1;1;110;58;112;11;1;21;-12;0;0;173;119;127;;;**;;ttc;45;;tac 1;3;120;50;96;12;3;18;-13;2;6;-21;201;124;;;24;;ggc;**;;tac 3;1;130;35;81;13;2;20;-14;1;7;131;75;122;;;29;;ggc;25;;cgt 2;3;140;30;74;14;2;22;-15;1;0;226;248;5s CDS;;;38;;ggc;25;;cgt 1;2;150;25;72;15;1;14;-16;0;8;301;133;386;268;;25;;ggc;26;;cgt ;2;160;33;70;16;3;13;-17;0;4;460;380;275;99;;23;;ggc;98;;cgt ;4;170;29;32;17;2;20;-18;1;0;425;198;164;;;**;;ggc;4;;cgt ;6;180;35;50;18;1;17;-19;1;1;181;126;16s tRNA;;;28;;gcc;**;;agc ;3;190;25;44;19;2;6;-20;1;7;83;142;3* 72;;atc;66;;gcc;38;;gga 2;0;200;37;53;20;3;16;-21;1;0;83;369;2* 274;;gaa;58;;gcc;**;;tac 3;0;210;39;48;21;3;11;-22;2;1;177;302;2* 198;;gaa;40;;gcc;58;;cca ;1;220;25;34;22;0;8;-23;0;1;146;263;224;;gaa;**;;gcc;20;;ctg ;2;230;30;26;23;1;16;-24;0;0;127;202;225;;gaa;91;;ctc;49;;cac ;3;240;26;30;24;3;10;-25;1;2;163;258;tRNA 23s;;;**;;atgf;**;;cgg 2;0;250;20;26;25;3;13;-26;0;1;438;;3* 238;;gca;8;;cta;18;;gta 1;2;260;21;25;26;1;7;-27;0;0;151;;252;;gaa;38;;atgj;34;;aaa 1;1;270;22;36;27;4;10;-28;0;0;772;;3* 236;;gaa;47;;caa;18;;gta 1;0;280;25;28;28;2;11;-29;1;1;170;;237;;gaa;17;;caa;23;;aaa ;0;290;13;24;29;2;15;-30;0;0;145;;238;;gaa;35;;atgj;18;;gta ;0;300;8;14;30;4;9;-31;0;1;268;;5s tRNA;;;47;;caa;23;;aaa 1;2;310;19;17;31;3;9;-32;0;0;350;;98;;gac;13;;caa;18;;gta ;1;320;12;14;32;3;11;-33;2;0;181;;2* 106;;acc;**;;atgj;34;;aaa ;0;330;8;15;33;4;11;-34;0;2;259;;98;;gac;2;;aac;22;;gta ;0;340;9;8;34;1;9;-35;2;2;87;;95;;gac;**;;gga;46;;aag ;2;350;13;13;35;1;12;-36;1;0;114;;tRNA 5s;;;123;;cac;22;;gta ;0;360;15;8;36;1;5;-37;0;0;318;;23;;acc;36;;aga;46;;aag 2;0;370;7;5;37;5;4;-38;1;0;50;;tRNA tRNA;;intra;**;;cca;32;;gta 1;0;380;8;7;38;7;13;-39;0;0;230;;3* 10;;atc;36;;gtc;**;;aaa ;0;390;7;9;39;7;10;-40;0;0;135;;**;;gca;26;;gtc;;; ;0;400;10;9;40;2;8;-41;0;0;113;;;;;15;;gtc;;; 1;6;reste;110;109;reste;1226;1776;-42;0;0;213;;;;;11;;gtc;;; 25;54;total;1343;2382;total;1343;2382;-43;0;0;60;;;;;**;;gtc;;; 24;47;diagr;1231;2261;diagr;115;594;-44;0;1;52;;;;;110;;atgf;;; 0;1;t30;81;502;;;;-45;0;0;171;;;;;102;;atgf;;; ;;;;;;;;-46;3;0;306;;;;;101;;atgf;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;658;;;;;101;;atgf;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;140;;;;;103;;atgf;;; ;x;1341;42;2;1385;;;-49;0;0;174;;;;;102;;atgf;;; ;c;2370;444;12;2826;;;-50;1;0;233;;;;;102;;atgf;;; ;;;;;4211;239;;reste;4;6;167;;;;;92;;atgf;;; ;;;;;;4450;;total;42;444;153;;;;;**;;atgf;;; ;;;;;;;;;;;174;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;344;;;;;;;;;; </pre> ===gamma synthèse=== ====gamma distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_génome|gamma distribution par génome]] <pre> gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total spl;46;8;;;;6;79;3;142 vpb;60;11;;;;21;22;12;126 vha;51;14;;;;26;19;11;121 amed;47;16;;;;13;46;5;127 eal;25;23;;;;10;23;4;85 eco;20;23;;;;10;29;4;86 ecoN;20;34;;;;17;44;6;121 ;;;;;;;;; total;269;129;0;0;0;103;262;45;808 </pre> ====gamma distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_du_total|gamma distribution du total]] <pre> gama7;;;;;;;660;;gamma7;;;;;;;148 atgi;11;tct;;tat;;atgf;48;;atgi;;tct;;tat;;atgf;0 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;23;acc;9;aac;;agc; ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;2;gac;23;ggc; tta;14;tca;12;taa;;tga;4;;tta;;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;8;aga; cta;24;cca;14;caa;23;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;34;gca;;gaa;17;gga;14;;gta;8;gca;29;gaa;34;gga; ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8 atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;531;129;0;0;0;0;660;;1-3aas;;;;45;;103;148 </pre> ====gamma distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_type|gamma distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> gama7;;;;;;;660;;gama7;;;;;;;129;;gama7;;;;;;;269;;gama7;;;;;;;262;;gama7;;;;;;;45 atgi;11;tct;0;tat;0;atgf;48;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;18;;atgi;;tct;;tat;;atgf;24;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;7;tcc;14;tac;;tgc;1;;ttc;14;tcc;;tac;6;tgc;15;;ttc;;tcc;;tac;24;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;1;acc;1;aac;14;agc;;;atc;;acc;5;aac;11;agc;11;;atc;2;acc;;aac;9;agc;;;atc;;acc;9;aac;;agc; ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;5;ccc;6;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;38;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;17;;gtc;19;gcc;14;gac;4;ggc;29;;gtc;;gcc;;gac;23;ggc; tta;14;tca;12;taa;0;tga;4;;tta;;tca;10;taa;;tga;4;;tta;14;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;4;taa;;tga; ata;0;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;6;;ata;;aca;19;aaa;15;aga;4;;ata;;aca;;aaa;18;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;24;cca;14;caa;23;cga;0;;cta;;cca;2;caa;1;cga;;;cta;18;cca;10;caa;12;cga;;;cta;6;cca;2;caa;10;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;34;gca;0;gaa;17;gga;14;;gta;;gca;;gaa;4;gga;4;;gta;13;gca;;gaa;;gga;10;;gta;21;gca;;gaa;13;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga; ttg;7;tcg;4;tag;0;tgg;4;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8 atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;4;aag;;agg;7;;atgj;19;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;4;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;;cag;;cgg;7;;ctg;17;ccg;;cag;6;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;45;;; </pre> ====gamma par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_par_rapport_au_groupe_de_référence|gamma par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;37;18;39;;;2;96; 16;moyen;51;104;31;;21;52;259; 14;fort;41;147;192;;24;49;453; ; ;129;269;262;;45;103;808; 10;g+cga;15;3;6;;;;24; 2;agg+cgg;7;7;;;;;14; 4;carre ccc;11;8;33;;;2;54; 5;autres;4;;;;;;4; ;;37;18;39;;;2;96; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;gama ‰;ref. ‰ 21;faible;46;22;48;;;2;119;26 16;moyen;63;129;38;;26;64;321;324 14;fort;51;182;238;;30;61;561;650 ;;160;333;324;;56;127;808;729 10;g+cga;19;4;7;;;;30;10 2;agg+cgg;9;9;;;;;17; 4;carre ccc;14;10;41;;;2;67;16 5;autres;5;;;;;;5; ;;46;22;48;;;2;119; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;56;27;59;142;26;29;7;15 16;moyen;77;158;47;282;324;40;39;12 14;fort;62;223;291;576;650;32;55;73 ;;195;408;397;660;729;129;269;262 10;g+cga;23;5;9;36;10;41;;15 2;agg+cgg;11;11;;21;;19;; 4;carre ccc;17;12;50;79;16;30;;85 5;autres;6;;;6;;11;; ;;56;27;59;142;;37;;39 </pre> ====gamma, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma,_estimation_des_-rRNAs|gamma, estimation des -rRNAs]] <pre> gamma;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 144 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;144;1536; ; ;;indices;;;;144;1067;0;0;;gama7;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;660 atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;48 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18 atc;373;acc;57;aac;;agc;3;;atc;259;acc;40;aac;;agc;2;;atc;3;acc;6;aac;34;agc;11 ctc;;ccc;;cac;10;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;7;cgt;;;ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40 gtc;;gcc;3;gac;151;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;105;ggc;;;gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46 tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;14;tca;12;taa;;tga;4 ata;;aca;;aaa;13;aga;;;ata;;aca;;aaa;9;aga;;;ata;;aca;19;aaa;33;aga;10 cta;;cca;14;caa;;cga;;;cta;;cca;10;caa;;cga;;;cta;24;cca;14;caa;23;cga; gta;14;gca;378;gaa;423;gga;;;gta;10;gca;263;gaa;294;gga;;;gta;34;gca;;gaa;17;gga;14 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;73;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;51;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4 atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7 ctg;;ccg;;cag;;cgg;11;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;4 ;;900;;622;;14;1536;;;;625;;432;;10;1067;;;;186;;380;;94;660 27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;86713;1.5;0;;avec +16s;;;;1183;86713;1.5;0;;gama7;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;290;;atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;292;;atgi;157;tct;;tat;;atgf;686 att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;173;tcc;152;tac;226;tgc;114;;ttc;175;tcc;152;tac;227;tgc;114;;ttc;300;tcc;200;tac;429;tgc;257 atc;26;acc;115;aac;311;agc;104;;atc;285;acc;155;aac;311;agc;106;;atc;43;acc;86;aac;486;agc;157 ctc;102;ccc;86;cac;108;cgt;298;;ctc;102;ccc;86;cac;115;cgt;298;;ctc;129;ccc;86;cac;171;cgt;571 gtc;173;gcc;165;gac;184;ggc;351;;gtc;173;gcc;167;gac;289;ggc;351;;gtc;300;gcc;229;gac;100;ggc;657 tta;119;tca;138;taa;1.0;tga;64;;tta;120;tca;140;taa;1.0;tga;64;;tta;200;tca;171;taa;;tga;57 ata;0.8;aca;141;aaa;368;aga;151;;ata;0.8;aca;141;aaa;377;aga;151;;ata;;aca;271;aaa;471;aga;143 cta;128;cca;131;caa;189;cga;13;;cta;128;cca;141;caa;189;cga;13;;cta;343;cca;200;caa;329;cga; gta;311;gca;21;gaa;30;gga;114;;gta;321;gca;283;gaa;324;gga;114;;gta;486;gca;;gaa;243;gga;200 ttg;102;tcg;83;tag;2.7;tgg;62;;ttg;103;tcg;83;tag;2.7;tgg;113;;ttg;100;tcg;57;tag;;tgg;57 atgj;169;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;170;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;271;acg;57;aag;29;agg;100 ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;92;;ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;100;;ctg;300;ccg;57;cag;86;cgg;100 gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;57 ;;1892;;3118;;1244;6254;;;;2517;;3550;;1254;7321;;;;2657;;5429;;1343;9429 rapports;;75;;88;;99;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;gama7;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;99;;fiches;57.882;;;fréquences;;;;;atgi;17;tct;100;tat;100;atgf;58 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;8335;;;0/0;;;;;att;100;act;100;aat;100;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;1401;;;10;7;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;144;;;20;7;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt;100 ttc;99;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;42;tcc;24;tac;47;tgc;56 atc;9;acc;74;aac;100;agc;98;;gama7;94.2857142857143;;;40;8;;;;atc;39;acc;26;aac;36;agc;34 ctc;100;ccc;100;cac;94;cgt;100;;sans;660;;;50;10;38;;;ctc;21;ccc;0;cac;37;cgt;48 gtc;100;gcc;99;gac;64;ggc;100;;avec;148;;;60;2;;;;gtc;42;gcc;28;gac;46;ggc;47 tta;99;tca;99;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;1;;;;tta;40;tca;20;taa;100;tga;11 ata;100;aca;100;aaa;98;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;48;aaa;22;aga;5 cta;100;cca;93;caa;100;cga;100;;L’estimation par gama7;;;;90;1;;;;cta;63;cca;34;caa;42;cga;100 gta;97;gca;7;gaa;9;gga;100;;est 62% au dessus;;;;100;6;;;;gta;36;gca;100;gaa;88;gga;43 ttg;99;tcg;100;tag;100;tgg;55;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;31;tag;100;tgg;8 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;38;acg;20;aag;16;agg;9 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;92;;;;;;;;;;;ctg;16;ccg;8;cag;16;cgg;8 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;21 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;425;;656;;229;1310 </pre> ==alpha== ===rtb=== ====rtb opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_opérons|rtb opérons]] <pre> 29.0%GC;31.12.19 Paris;16s 1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rickettsia typhi str. B9991CWPP ;;;;;;;;;;;; comp;7429..8469;;cds;;381;381;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;* comp;8851..8926;;ttc;;368;368;;;;;;* ;9295..10278;;cds;;;;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;* ;;;;;;;;;;;;* ;14663..18055;;cds;;108;108;;;1131;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;18164..18238;;gaa;;1394;*1394;;;;;;* comp;19633..20106;;cds;;;;;;158;;crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;48065..48709;;cds;;278;278;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;* comp;48988..49064;;atgf;;110;110;;;;;;* comp;49175..49411;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;* ;;;;;;;;;;;;* comp;73627..73929;;cds;;17;17;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;* comp;73947..74021;;acc;;139;139;;;;;;* comp;74161..75417;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* ;155064..157163;;cds;;143;143;;;700;;elongation factor G;* ;157307..157382;;tgg;;167;167;;;;;;* ;157550..157750;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* ;189197..189400;;cds;;889;*889;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;* comp;190290..190365;;acg;;142;142;;;;;;* comp;190508..192814;;cds;;;;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;* ;;;;;;;;;;;;* ;255010..255921;;cds;;732;*732;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;* ;256654..259439;;23s;;206;;;;2786;;;* ;259646..259760;;5s;;173;173;;;115;;;* comp;259934..261007;;cds;;;;;;358;;cell division protein ZapE;* ;;;;;;;;;;;;* ;291358..291843;;cds;;35;35;;;162;;30S ribosomal protein S9;* ;291879..291955;;atgj;;1364;*1364;;;;;;* comp;293320..293805;;cds;;;;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;335194..336996;;cds;;402;402;;;601;;elongation factor 4;* ;337399..337473;;aac;;633;*633;;;;;;* comp;338107..338793;;cds;;;;;;229;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;440466..440933;;cds;;496;496;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;* ;441430..441504;;tgc;;31;31;;;;;;* ;441536..442456;;cds;;;;;;307;;site-specific tyrosine recombinase XerD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;469056..469781;;cds;;218;218;;;242;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;* ;470000..470075;;aaa;;15;;15;;;;;* ;470091..470167;;atc;;1922;*1922;;;;;;* ;472090..472662;;cds;;;;;;191;;GTP cyclohydrolase I FolE;* ;;;;;;;;;;;;* comp;564534..565562;;cds;;1530;*1530;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;* comp;567093..567180;;tcc;;218;218;;;;;;* comp;567399..568145;;cds;;;;;;249;;NTP transferase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;583250..584149;;cds;;1278;*1278;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;* comp;585428..585518;;tca;;58;58;;;;;;* comp;585577..586569;;cds;;;;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;;* ;598723..599706;;cds;;26;26;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;* ;599733..599809;;cgg;;60;;60;;;;;* comp;599870..599944;;caa;;62;62;;;;;;* comp;600007..601779;;cds;;;;;;591;;aminopeptidase P family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;644357..644745;;cds;;499;499;;;130;;p-ribosome-associated translation inhibitor RaiA;* ;645245..645321;;gac;@1;1051;;1051;;;;;* comp;646373..646448;;gcc;;222;222;;;;;;* comp;646671..647276;;cds;;;;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;* ;;;;;;;;;;;;* comp;649389..650048;;cds;;452;452;;;220;;(d)CMP kinase;* ;650501..650577;;gtc;;1274;*1274;;;;;;* comp;651852..652094;;cds;;;;;;81;;HU family DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;696163..697398;;cds;;1535;*1535;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;* ;698934..699010;;cgt;;1028;*1028;;;;;;* ;700039..705720;;cds;;;;;;1894;;alpha-2-macroglobulin family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;727560..728087;;cds;;1164;*1164;;;176;;copper chaperone Pcu(A)C;* comp;729252..729326;;gca;;32;32;;;;;;* comp;729359..729574;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;739215..740075;;cds;;181;181;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;* ;740257..740343;;ctc;;246;246;;;;;;* ;740590..741960;;cds;;1199;*1199;;;457;;magnesium transporter;* ;743160..743234;;ggc;;1090;*1090;;;;;;* ;744325..744753;;cds;;;;;;143;;preprotein translocase subunit YajC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;775944..777866;;cds;;2465;*2465;;;641;;hp;* comp;780332..781831;;16s;;1854;*1854;;;1500;;;* comp;783686..785485;;cds;;;;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;814590..814823;;cds;;349;349;;;78;;hp;* comp;815173..815248;;gta;;68;68;;;;;;* comp;815317..815589;;cds;;;;;;91;;30S ribosomal protein S20;* ;;;;;;;;;;;;* comp;829300..830484;;cds;;82;82;;;395;;elongation factor Tu;* comp;830567..830640;;gga;;95;;95;;;;;* comp;830736..830821;;tac;;183;183;;;;;;* ;831005..831733;;cds;;;;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* ;839841..839969;;cds;;145;145;;;43;;dimethyladenosine transferase;* ;840115..840200;;tta;;2009;*2009;;;;;;* ;842210..842446;;cds;;;;;;79;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;876906..877589;;cds;;401;401;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;* ;877991..878067;;cac;;145;145;;;;;;* ;878213..879943;;cds;;;;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;918938..919882;;cds;;951;*951;;;315;;ACP S-malonyltransferase;* ;920834..920925;;agc;;1945;*1945;;;;;;* comp;922871..924049;;cds;;;;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;961209..962297;;cds;;41;41;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;* comp;962339..962415;;atgi;;390;390;;;;;;* comp;962806..963273;;cds;;;;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* ;;;;;;;;;;;;* ;1023375..1023626;;cds;;1585;*1585;;;84;;BolA family transcriptional regulator;* ;1025212..1025288;;cca;;17;17;;;;;;* ;1025306..1025521;;cds;;;;;;72;;translation initiation factor IF-1;* ;;;;;;;;;;;;* ;1053321..1054139;;cds;;2191;*2191;;;273;;alpha/beta hydrolase;* comp;1056331..1056407;;aga;;98;98;;;;;;* ;1056506..1056823;;cds;;;;;;106;;DUF167 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1098776..1099240;;cds;;40;40;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;* comp;1099281..1099365;;cta;;145;145;;;;;;* comp;1099511..1100662;;cds;;;;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1102351..1102980;;cds;;475;475;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* comp;1103456..1103530;;aca;;130;130;;;;;;* comp;1103661..1103996;;cds;;;;;;112;;30S ribosomal protein S16;* </pre> ====rtb cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_cumuls|rtb cumuls]] <pre> rtb cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;11;30;0 ;23s5s;1;20;1;;50;8;40;;200;13;60;1 ;16s;1;40;;;100;5;80;;300;12;90;9 ;16s23s;0;60;1;;150;9;120;;400;13;120;4 ;max a;0;80;;;200;4;160;;500;3;150;2 ;a doubles;0;100;1;;250;4;200;;600;3;180;7 ;spéciaux;0;120;;;300;1;240;;700;3;210;3 ;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;4 sans ;opérons;29;160;;;400;3;320;;900;0;270;3 ;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;3 ;max a;2;200;;;500;4;400;;1100;0;330;5 ;a doubles;0;;1;;;21;;;;2;;20 ;total aas;33;;4;0;;62;;0;;61;;61 total aas;;33;;;;21;1430;;;;;; remarques;;1;;;;;491;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;612;;;;310;; ;;;variance;;;;665;;;;291;; sans jaune;;;moyenne;57;;;193;;;;269;;176 ;;;variance;40;;;148;;;;176;;86 </pre> ====rtb blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_blocs|rtb blocs]] ====rtb distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_distribution|rtb distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rtb;;25;;;;;25;;rtb;8;;;;;;8 </pre> ====rtb données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_données_intercalaires|rtb données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;rtb;fx;fc;rtb;fx40;fc40;rtb;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;4;0;1;4;-1;0;10;381;368;tRNA tRNA;; ;0;10;2;64;1;0;10;-2;1;0;108;1394;15;;aaa ;2;20;3;37;2;0;7;-3;0;0;278;411;**;;atc ;1;30;1;17;3;0;8;-4;0;33;110;633;60;;cgg ;4;40;2;13;4;0;13;-5;0;0;17;496;**;;caa ;1;50;3;7;5;2;2;-6;0;0;139;218;1051;;gac ;1;60;4;9;6;0;5;-7;0;2;143;1278;**;;gcc ;2;70;6;16;7;0;3;-8;0;16;167;499;95;;gga ;0;80;12;9;8;0;7;-9;0;0;142;452;**;;tac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reste;66;100;reste;176;371;-42;0;0;130;;;; 16;42;total;186;505;total;185;506;-43;0;0;CDS 16s;;;; 4;30;diagr;118;402;diagr;8;131;-44;0;0;1854;;;; 0;3; t30;6;118;;;;-45;0;0;16s CDS;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;2466;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;CDS 23s;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;736;;;; ;x;185;4;1;190;;;-49;0;0;23s 5s;;;; ;c;501;98;4;603;;;-50;1;0;228;;;; ;;;;;793;75;;reste;0;0;5s CDS;;;; ;;;;;;868;;total;4;98;;173;;; </pre> =====rtb autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires_aas|rtb autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;rtb;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7429;8469;381;*; ;comp;tRNA;8851;8926;368;*;ttc fin;;CDS;9295;10278;;; deb;;CDS;14663;18055;108;*; ;;tRNA;18164;18238;1394;*;gaa fin;comp;CDS;19633;20106;;; deb;comp;CDS;48065;48709;278;*; ;comp;tRNA;48988;49064;110;*;atgf fin;comp;CDS;49175;49411;;; deb;comp;CDS;73627;73929;17;*; ;comp;tRNA;73947;74021;139;*;acc fin;comp;CDS;74161;75417;;; deb;;CDS;155064;157163;143;*; ;;tRNA;157307;157382;167;*;tgg fin;;CDS;157550;157750;;; deb;comp;CDS;189738;189878;411;*; ;comp;tRNA;190290;190365;142;*;acg fin;comp;CDS;190508;192814;;; deb;;CDS;255010;255921;736;*; ;;rRNA;256658;259417;228;*;23s ;;rRNA;259646;259760;173;*;5s fin;comp;CDS;259934;261007;;; deb;;CDS;291358;291843;35;*; ;;tRNA;291879;291955;1364;*;atgj fin;comp;CDS;293320;293805;;; deb;;CDS;335194;336996;402;*; ;;tRNA;337399;337473;633;*;aac fin;comp;CDS;338107;338793;;; deb;comp;CDS;440466;440933;496;*; ;;tRNA;441430;441504;31;*;tgc fin;;CDS;441536;442456;;; deb;comp;CDS;469056;469781;218;*; ;;tRNA;470000;470075;15;*;aaa ;;tRNA;470091;470167;1922;*;atc fin;;CDS;472090;472662;;; deb;comp;CDS;564534;565562;1530;*; ;comp;tRNA;567093;567180;218;*;tcc fin;comp;CDS;567399;568145;;; deb;;CDS;583250;584149;1278;*; ;comp;tRNA;585428;585518;58;*;tca fin;comp;CDS;585577;586569;;0; deb;;CDS;598723;599706;26;*; ;;tRNA;599733;599809;60;*;cgg ;comp;tRNA;599870;599944;62;*;caa fin;comp;CDS;600007;601779;;; deb;comp;CDS;608541;609209;176;*; ;comp;ncRNA;609386;609769;248;*; fin;;CDS;610018;612660;;; deb;comp;CDS;644395;644745;499;*; ;;tRNA;645245;645321;1051;*;gac ;comp;tRNA;646373;646448;222;*;gcc fin;comp;CDS;646671;647276;;; deb;comp;CDS;649389;650048;452;*; ;;tRNA;650501;650577;1274;*;gtc fin;comp;CDS;651852;652094;;; deb;comp;CDS;696163;697398;1535;*; ;;tRNA;698934;699010;1028;*;cgt fin;;CDS;700039;705720;;0; deb;comp;CDS;727560;728087;1164;*; ;comp;tRNA;729252;729326;32;*;cga fin;comp;CDS;729359;729574;;; deb;;CDS;739215;740075;181;*; ;;tRNA;740257;740343;246;*;ctc deb;;CDS;740590;741960;1199;*; ;;tRNA;743160;743234;1090;*;ggc fin;;CDS;744325;744753;;; deb;comp;CDS;775944;777866;2466;*; ;comp;rRNA;780333;781831;1854;*;16s fin;comp;CDS;783686;785485;;; deb;comp;CDS;814590;814823;349;*; ;comp;tRNA;815173;815248;68;*;gta fin;comp;CDS;815317;815589;;; deb;comp;CDS;829300;830484;82;*; ;comp;tRNA;830567;830640;95;*;gga ;comp;tRNA;830736;830821;183;*;tac fin;;CDS;831005;831733;;; deb;comp;CDS;839520;839732;382;*; ;;tRNA;840115;840200;2009;*;tta fin;;CDS;842210;842446;;; deb;comp;CDS;876906;877589;401;*; ;;tRNA;877991;878067;145;*;cac fin;;CDS;878213;879943;;; deb;comp;CDS;911079;911558;179;*; ;comp;tmRNA;911738;912287;74;*; fin;;CDS;912362;913186;;; deb;;CDS;918938;919882;951;*; ;;tRNA;920834;920925;1945;*;agc fin;comp;CDS;922871;924049;;; deb;comp;CDS;941489;942730;156;*; ;comp;ncRNA;942887;943045;9;*; fin;comp;CDS;943055;943372;;; deb;comp;CDS;961209;962297;41;*; ;comp;tRNA;962339;962415;390;*;atgi fin;comp;CDS;962806;963273;;; deb;;CDS;1023375;1023626;1585;*; ;;tRNA;1025212;1025288;17;*;cca fin;;CDS;1025306;1025521;;; deb;;CDS;1053321;1054139;2191;*; ;comp;tRNA;1056331;1056407;98;*;aga fin;;CDS;1056506;1056823;;; deb;;CDS;1090984;1091625;14;*; ;;ncRNA;1091640;1091733;152;*; fin;;CDS;1091886;1093411;;; deb;comp;CDS;1098776;1099240;40;*; ;comp;tRNA;1099281;1099365;145;*;cta fin;comp;CDS;1099511;1100662;;; deb;comp;CDS;1102351;1102980;475;*; ;comp;tRNA;1103456;1103530;130;*;aca fin;comp;CDS;1103661;1103996;;; </pre> ====rtb intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_entre_cds|rtb intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> rtb;28.1.21 Paris;NCBI;7.12.2020;;;;;;;;; rtb;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5;intercal;frequencez ;'''négatif;102;12.9;'''négatif ;-11;10;-50 à -1;'''1 112 957;-1;102;610;1 ;'''zéro;5;0.6;;;;;'''intercals;0;5;620;2 ;'''1 à 200;430;54.2;'''0 à 200;85;61;;'''224 467;5;42;630;1 ;'''201 à 370;84;10.6;'''201 à 370;261;43;;'''20.2%;10;24;640;3 ;'''371 à 600;52;6.6;'''371 à 600;481;63;;;15;24;650;2 ;'''601 à max;120;15.1;'''601 à 1028;1173;515;;;20;16;660;3 ;'''total 793;<201;67.7;'''total 793;282;445;-50 à 3216;;25;12;670;0 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul, %;intercal;fréquence;30;6;680;7 665700;3216;-1;102;-70;0;;0;5;35;7;690;0 1032528;3065;0;5;-60;0;;-1;°10;40;8;700;1 506416;2624;1;°10;-50;1;;-2;1;45;2;710;1 64385;2360;2;7;-40;1;;-3;0;50;8;720;2 801292;2313;3;8;-30;5;'''min à -1;-4;°33;55;5;730;2 272796;2262;4;°13;-20;12;102;-5;0;60;8;740;0 131965;2171;5;4;-10;21;12.9%;-6;0;65;10;750;1 763244;2078;6;5;0;67;;-7;2;70;12;760;1 101695;2071;7;3;10;66;;-8;°16;75;9;770;2 446016;1893;8;°7;20;40;;-9;0;80;12;780;2 905133;1870;9;°7;30;18;;-10;1;85;9;790;0 141270;1858;10;2;40;15;'''1 à 100;-11;°2;90;4;800;1 570117;1846;11;°6;50;10;243;-12;0;95;10;810;3 129767;1794;12;5;60;13;30.6%;-13;3;100;15;820;0 378376;1765;13;3;70;22;;-14;°7;105;11;830;4 232652;1743;14;5;80;21;;-15;0;110;12;840;0 871293;1715;15;5;90;13;;-16;1;115;10;850;1 998041;1656;16;°6;100;25;;-17;°7;120;10;860;1 359936;1637;17;1;110;23;;-18;0;125;13;870;0 1014216;1621;18;3;120;20;;-19;0;130;8;880;1 847537;1581;19;3;130;21;;-20;°2;135;16;890;1 338816;1539;20;3;140;26;;-21;0;140;10;900;1 808693;1532;21;2;150;17;;-22;1;145;10;910;2 950532;1524;22;2;160;17;'''1 à 200;-23;°3;150;7;920;1 969491;1524;23;1;170;21;430;-24;0;155;8;930;1 706435;1485;24;°4;180;16;54%;-25;1;160;9;940;1 536071;1468;25;3;190;15;;-26;°5;165;12;950;3 638208;1464;26;2;200;11;;-27;0;170;9;960;0 597131;1463;27;0;210;7;;;100;175;9;970;0 544938;1446;28;2;220;7;;reste;7;180;7;980;1 235220;1444;29;2;230;11;;total;107;185;8;990;0 90984;1401;30;0;240;8;;;;190;7;1000;1 693395;1374;31;0;250;9;;'''intercal;'''<u>fréquencef;195;6;1010;1 422301;1373;32;3;260;9;'''0 à 200;600;673;200;5;1020;1 678698;1370;33;3;270;6;435;650;9;205;3;1030;1 476675;1354;34;0;280;3;;700;11;210;4;1040;1 1079428;1335;35;1;290;6;;750;6;215;3;1050;2 270767;1318;36;1;300;1;;800;6;220;4;1060;2 687447;1302;37;2;310;3;;850;8;225;5;1070;1 49408;1282;38;0;320;3;;900;4;230;6;1080;1 247450;1266;39;2;330;2;;950;8;235;5;1090;0 398128;1260;40;3;340;2;;1000;2;240;3;1100;0 577310;1255;reste;547;350;3;;1050;6;245;6;1110;2 676898;1227;total;793;360;2;'''201 à 370;1100;4;250;3;1120;2 425653;1184;;;370;2;84;1150;7;255;5;1130;1 915284;1182;;;380;0;10.6%;1200;5;260;4;1140;0 ;;;;390;1;;1250;1;265;4;1150;2 ;;;;400;5;;1300;4;270;2;1160;0 ;;;;410;4;;1350;3;275;1;1170;2 ;;;;420;3;;1400;4;280;2;1180;1 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;2;;1450;3;285;3;1190;2 384083;-50;comp;;440;2;;1500;4;290;3;1200;0 523034;-41;shift2;646;450;3;;1550;4;295;1;reste;44 362986;-38;shift2;850;460;2;;1600;1;300;0;total;793 864784;-38;shift2;2407;470;1;;1650;2;305;3;; 628502;-35;shift2;571;480;2;;1700;1;310;0;; 1068153;-35;comp;;490;3;;1750;2;315;1;; 1110540;-32;shift2;997;500;3;;1800;2;320;2;; 511489;-26;shift2;;510;4;'''371 à 600;1850;1;325;2;; 661241;-26;shift2;;520;3;52;1900;3;330;0;; 710083;-26;shift2;;530;3;6.6%;1950;0;335;1;; 899806;-26;shift2;;540;0;;2000;0;340;1;; 1089393;-26;shift2;;550;0;;2050;0;345;2;; 417665;-25;shift2;;560;3;;2100;2;350;1;; 276966;-23;shift2;;570;3;;2150;0;355;1;; 480829;-23;shift2;;580;1;'''601 à max;2200;1;360;1;; 981350;-23;shift2;;590;1;120;;114;365;1;; 110015;-22;shift2;;600;3;15.1%;;;370;1;; 415433;-20;shift2;;reste;120;;reste;6;reste;172;; 748256;-20;shift2;;total;793;;total;793;total;793;; </pre> ====rtb intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> rtb Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; afn;min10;328;1323;1651;603;-26;101;127;-468;-407;-9;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; 46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; rtb;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;45;-332;590;12;496;246;max80;&-36;279;-782;91;569;258;min50 31 à 400;;;;;;;;&70;-478;827;-4.5;788;228;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;91;44;-;304;poly;191;tF;&174;61;-;487;poly;82;Sm 31 à 400;;;;;;;;&-36;44;-;598;poly;190;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.536;-0.105;0.148;;;;;-0.081;;;;;; 1-n;0.202;-0.277;-0.165;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; rtb;fx;fc;;rtb;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rtb;Sx-;Sc- 0;1;4;;0;8;10;0;1;4;>0;184;-1;0;10 10;2;64;;10;17;159;1;0;10;<0;4;-2;1;0 20;3;37;;20;25;92;2;0;7;zéro;1;-3;0;0 30;1;17;;30;8;42;3;0;8;total;189;-4;0;33 40;2;13;;40;17;32;4;0;13;;c;-5;0;0 50;3;7;;50;25;17;5;2;2;>0;502;-6;0;0 60;4;9;;60;34;22;6;0;5;<0;98;-7;0;2 70;6;16;;70;51;40;7;0;3;zéro;4;-8;0;16 80;12;9;;80;102;22;8;0;7;total;604;-9;0;0 90;6;7;;90;51;17;9;0;7;;;-10;0;1 100;5;20;;100;42;50;10;0;2;;;-11;0;2 110;6;17;;110;51;42;11;1;5;;;-12;0;0 120;3;17;;120;25;42;12;0;5;;;-13;0;3 130;3;18;;130;25;45;13;0;3;;;-14;1;6 140;5;21;;140;42;52;14;1;4;;;-15;0;0 150;3;14;;150;25;35;15;0;5;;;-16;0;1 160;4;13;;160;34;32;16;1;5;;;-17;0;7 170;4;17;;170;34;42;17;0;1;;;-18;0;0 180;4;12;;180;34;30;18;0;3;;;-19;0;0 190;4;11;;190;34;27;19;0;3;;;-20;0;2 200;2;9;;200;17;22;20;0;3;;;-21;0;0 210;3;4;;210;25;10;21;0;2;;;-22;0;1 220;3;4;;220;25;10;22;0;2;;;-23;0;3 230;3;8;;230;25;20;23;1;0;;;-24;0;0 240;3;5;;240;25;12;24;0;4;;;-25;0;1 250;3;6;;250;25;15;25;0;3;;;-26;0;5 260;4;5;;260;34;12;26;0;2;;;-27;0;0 270;4;2;;270;34;5;27;0;0;;;-28;0;0 280;3;0;;280;25;0;28;0;2;;;-29;0;0 290;4;2;;290;34;5;29;0;2;;;-30;0;0 300;0;1;;300;0;2;30;0;0;;;-31;0;0 310;2;1;;310;17;2;31;0;0;;;-32;0;1 320;0;3;;320;0;7;32;1;2;;;-33;0;0 330;0;2;;330;0;5;33;0;3;;;-34;0;0 340;1;1;;340;8;2;34;0;0;;;-35;1;1 350;1;2;;350;8;5;35;0;1;;;-36;0;0 360;0;2;;360;0;5;36;0;1;;;-37;0;0 370;0;2;;370;0;5;37;0;2;;;-38;0;2 380;0;0;;380;0;0;38;0;0;;;-39;0;0 390;0;1;;390;0;2;39;0;2;;;-40;0;0 400;2;3;;400;17;7;40;1;2;;;-41;0;1 reste;66;100;;;;;reste;176;371;;;-42;0;0 total;185;506;;t30;51;294;total;185;506;;;-43;0;0 diagr;118;402;;;;;diagr;8;131;;;-44;0;0 - t30;112;284;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;reste;0;0 ;;;;;;;;;;;;total;4;98 </pre> ====rtb intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_négatifs_S-|rtb intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;0;3 continu;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;99 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;4 ;Sc-;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;98 </pre> ====rtb autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires|rtb autres intercalaires]] <pre> rtb;les autres intercalaires;;adresses1;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses2;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses3; deb; °CDS;7429;381;comp;;deb; °CDS;564534;1530;comp;;deb; °CDS;829300;82;comp ; &tRNA;8851;368;comp;;; &tRNA;567093;218;comp;;; &tRNA;830567;95;comp fin; °CDS;9295;;;;fin; °CDS;567399;;comp;;; &tRNA;830736;183;comp deb; °CDS;14663;108;;;deb; °CDS;583250;1278;;;fin; °CDS;831005;; ; &tRNA;18164;1394;;;; &tRNA;585428;58;comp;;deb; °CDS;839520;382; fin; °CDS;19633;;comp;;fin; °CDS;585577;;comp;;; &tRNA;840115;2009; deb; °CDS;48065;278;comp;;deb; °CDS;598723;26;;;fin; °CDS;842210;; ; &tRNA;48988;110;comp;;; &tRNA;599733;60;;;deb; °CDS;876906;401;comp fin; °CDS;49175;;comp;;; &tRNA;599870;62;comp;;; &tRNA;877991;145; deb; °CDS;73627;17;comp;;fin; °CDS;600007;;comp;;fin; °CDS;878213;; ; &tRNA;73947;139;comp;;deb; °CDS;608541;176;comp;;deb; °CDS;911079;179;comp fin; °CDS;74161;;comp;;; ncRNA;609386;248;comp;;; tmRNA;911738;74;comp deb; °CDS;155064;143;;;fin; °CDS;610018;;;;fin; °CDS;912362;; ; &tRNA;157307;167;;;deb; °CDS;644395;499;comp;;deb; °CDS;918938;951; fin; °CDS;157550;;;;; &tRNA;645245;1051;;;; &tRNA;920834;1945; deb; °CDS;189738;411;;;; &tRNA;646373;222;comp;;fin; °CDS;922871;;comp ; &tRNA;190290;142;comp;;fin; °CDS;646671;;comp;;deb; °CDS;941489;156;comp fin; °CDS;190508;;comp;;deb; °CDS;649389;452;comp;;; ncRNA;942887;9;comp deb; °CDS;255010;736;;;; &tRNA;650501;1274;;;fin; °CDS;943055;;comp 23s; $rRNA;256658;228;;;fin; °CDS;651852;;comp;;deb; °CDS;961209;41;comp 5s; $rRNA;259646;173;;;deb; °CDS;696163;1535;comp;;; &tRNA;962339;390;comp fin; °CDS;259934;;comp;;; &tRNA;698934;1028;;;fin; °CDS;962806;;comp deb; °CDS;291358;35;;;fin; °CDS;700039;;;;deb; °CDS;1023375;1585; ; &tRNA;291879;1364;;;deb; °CDS;727560;1164;comp;;; &tRNA;1025212;17; fin; °CDS;293320;;;;; &tRNA;729252;32;comp;;fin; °CDS;1025306;; deb; °CDS;335194;402;;;fin; °CDS;729359;;comp;;deb; °CDS;1053321;2191; ; &tRNA;337399;633;;;deb; °CDS;739215;181;;;; &tRNA;1056331;98;comp fin; °CDS;338107;;comp;;; &tRNA;740257;246;;;fin; °CDS;1056506;; deb; °CDS;440466;496;comp;;deb; °CDS;740590;1199;;;deb; °CDS;1090984;14; ; &tRNA;441430;31;;;; &tRNA;743160;1090;;;; ncRNA;1091640;152; fin; °CDS;441536;;;;fin; °CDS;744325;;;;fin; °CDS;1091886;; deb; °CDS;469056;218;comp;;deb; °CDS;775944;2466;comp;;deb; °CDS;1098776;40;comp ; &tRNA;470000;15;;;16s; $rRNA;780333;1854;comp;;; &tRNA;1099281;145;comp ; &tRNA;470091;1922;;;fin; °CDS;783686;;comp;;fin; °CDS;1099511;;comp fin; °CDS;472090;;;;deb; °CDS;814590;349;comp;;deb; °CDS;1102351;475;comp ;;;;;;; &tRNA;815173;68;comp;;; &tRNA;1103456;130;comp ;;;;;;fin; °CDS;815317;;comp;;fin; °CDS;1103661;;comp </pre> ====rtb intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_tRNA|rtb intercalaires tRNA]] <pre> ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;; ;;;;;;;;;; ;15;;381;comp’;368;;17;31;'''deb; comp’;60;;108;comp’;1394;;26;32;<201;9 comp’;1051;;278;;110;;35;58;total;19 ;95;;17;;139;;40;62;taux;47% ;;;143;;167;;82;68;; ;;comp’;411;;142;;108;110;'''fin; ;;;;;;;143;130;<201;12 ;;;35;;1364;;176;139;total;21 ;;;402;comp’;633;;181;142;taux;57% ;;comp’;496;;31;;278;145;; ;;comp’;218;;1922;;349;145;'''total; ;;;1530;;218;;381;167;<201;21 ;;comp’;1278;;58;;382;218;total;40 ;;;26;;62;;402;222;taux;53% ;;;176;;248;;475;246;; ;;comp’;499;;222;;951;248;; ;;comp’;452;comp’;1274;;1164;1028;; ;;comp’;1535;;1028;;1199;1090;; ;;;1164;;32;;1530;1364;; ;;;181;;246;;'''-;1922;; ;;;1199;;1090;;'''-;2009;'''comp’;'''cumuls ;;;349;;68;;218;98;'''deb;9 ;;;82;comp’;183;;401;183;<201;0 ;;;382;;2009;;411;368;'''fin;7 ;;comp’;401;;145;;452;633;<201;2 ;;;951;comp’;1945;;496;1274;; ;;comp’;2191;comp’;98;;499;1394;'''total; ;;;40;;145;;1278;1945;<201;2 ;;;475;;130;;1535;'''-;total;16 ;;;;;;;2191;'''-;taux;13% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;9;14;23;;;;; ;;total;28;28;56;;;;; ;;taux;32%;50%;41%;;;;; </pre> ===rpl=== ====rpl opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_opérons|rpl opérons]] <pre> 29.0%GC;30.12.19 Paris;16s 1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rickettsia prowazekii str. Breinl ;;;;;;;;;;;; comp;31462..31892;;cds;;263;263;;;144;;p-preprotein translocase subunit YajC;* comp;32156..32181;;rpr;;870;870;;;26;;tandem;* comp;33052..33126;;ggc;;1253;1253;;;;;;* comp;34380..35750;;cds;;256;256;;;;;magnesium transporter;* comp;36007..36093;;ctc;;190;190;;;;;;* comp;36284..37144;;cds;;;;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;46825..47040;;cds;;31;31;;;72;;hp;* ;47072..47146;;gca;;1964;1964;;;;;;* ;49111..49650;;cds;;;;;;180;;copper chaperone Pcu(A)C;* ;;;;;;;;;;;;* comp;71150..76816;;cds;;933;933;;;1889;;alpha-2-macroglobulin family protein;* comp;77750..77826;;cgt;;1179;1179;;;;;;* ;79006..80241;;cds;;;;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;;* ;121704..121946;;cds;;984;984;;;81;;HU family DNA-binding protein;* comp;122931..123007;;gtc;;446;446;;;;;;* ;123454..124113;;cds;;;;;;220;;(d)CMP kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;126222..126827;;cds;;236;236;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;* ;127064..127139;;gcc;@1;830;;830;;;;;* comp;127970..128046;;gac;;365;365;;;;;;* ;128412..128843;;cds;;;;;;144;;ribosome-associated translation inhibitor RaiA;* ;;;;;;;;;;;;* ;171237..173012;;cds;;50;50;;;592;;aminopeptidase P family protein;* ;173063..173137;;caa;;49;;49;;;;;* comp;173187..173263;;cgg;;18;18;;;;;;* comp;173282..174265;;cds;;;;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;186344..187336;;cds;;58;58;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;* ;187395..187484;;tca;;354;354;;;;;;* comp;187839..188738;;cds;;;;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;* ;;;;;;;;;;;;* ;203097..203846;;cds;;219;219;;;250;;bifunctional N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase/glucosamine-1-phosphate acetyltransferase;* ;204066..204153;;tcc;;1457;1457;;;;;;* ;205611..206639;;cds;;;;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;299321..300853;;cds;;419;419;;;511;;hp;* comp;301273..301349;;atc;;15;;15;;;;;* comp;301365..301440;;aaa;;219;219;;;;;;* ;301660..302400;;cds;;;;;;247;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;328700..329635;;cds;;22;22;;;312;;site-specific tyrosine recombinase XerD;* comp;329658..329732;;tgc;;499;499;;;;;;* ;330232..330699;;cds;;;;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;429121..429807;;cds;;723;723;;;229;;hp;* comp;430531..430605;;aac;;359;359;;;;;;* comp;430965..432767;;cds;;;;;;601;;elongation factor 4;* ;;;;;;;;;;;;* ;473867..474352;;cds;;928;928;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;* comp;475281..475357;;atgj;;40;40;;;;;;* comp;475398..475883;;cds;;;;;;162;;30S ribosomal protein S9;* ;;;;;;;;;;;;* ;506934..508007;;cds;;183;183;;;358;;cell division protein ZapE;* comp;508191..508305;;5s;;240;;;;115;;;* comp;508546..511330;;23s;;716;716;;;2785;;;* comp;512047..512958;;cds;;;;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;577419..579725;;cds;;138;138;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;* ;579864..579939;;acg;;1026;1026;;;;;;* comp;580966..581169;;cds;;;;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;612439..612639;;cds;;143;143;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;612783..612858;;tgg;;143;143;;;;;;* comp;613002..615101;;cds;;;;;;700;;elongation factor G;* ;;;;;;;;;;;;* comp;656226..656870;;cds;;296;296;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;* comp;657167..657243;;atgf;;119;119;;;;;;* comp;657363..657599;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;* ;;;;;;;;;;;;* comp;678911..679213;;cds;;19;19;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;* comp;679233..679307;;acc;;159;159;;;;;;* comp;679467..680723;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;746326..746529;;cds;;1664;1664;;;68;;hp;* comp;748194..748268;;gaa;;109;109;;;;;;* comp;748378..749421;;cds;;;;;;348;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;756703..757686;;cds;;363;363;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;* ;758050..758125;;ttc;;564;564;;;;;;* ;758690..759730;;cds;;;;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;776202..776537;;cds;;154;154;;;112;;30S ribosomal protein S16;* ;776692..776766;;aca;;467;467;;;;;;* ;777234..777863;;cds;;;;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;779197..780348;;cds;;140;140;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;* ;780489..780573;;cta;;37;37;;;;;;* ;780611..781075;;cds;;;;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;* ;;;;;;;;;;;;* comp;823242..823559;;cds;;98;98;;;106;;DUF167 domain-containing protein;* ;823658..823734;;aga;;1364;1364;;;;;;* comp;825099..825230;;cds;;;;;;44;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;854241..854456;;cds;;17;17;;;72;;translation initiation factor IF-1;* comp;854474..854550;;cca;;1573;1573;;;;;;* comp;856124..856357;;cds;;;;;;78;;BolA family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;915034..915501;;cds;;391;391;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* ;915893..915969;;atgi;;41;41;;;;;;* ;916011..917099;;cds;;;;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;* ;;;;;;;;;;;;* ;953564..954742;;cds;;696;696;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* comp;955439..955530;;agc;;898;898;;;;;;* comp;956429..957373;;cds;;;;;;315;;ACP S-malonyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1009435..1011165;;cds;;142;142;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* comp;1011308..1011384;;cac;;346;346;;;;;;* ;1011731..1012414;;cds;;;;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1045414..1045656;;cds;;2381;2381;;;81;;hp;* comp;1048038..1048123;;tta;;135;135;;;;;;* comp;1048259..1048387;;cds;;;;;;43;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1056245..1056973;;cds;;188;188;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;1057162..1057247;;tac;;105;;105;;;;;* ;1057353..1057426;;gga;;82;82;;;;;;* ;1057509..1058693;;cds;;;;;;395;;elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;;* ;1072391..1072663;;cds;;62;62;;;91;;30S ribosomal protein S20;* ;1072726..1072801;;gta;;1181;1181;;;;;;* comp;1073983..1074648;;cds;;;;;;222;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1102136..1103935;;cds;;1458;1462;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;1105394..1106893;;16s;;1462;1462;;;1500;;;* ;1108356..1109301,1..184;;cds;;;;;;377;;P-hp;* </pre> ====rpl cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_cumuls|rpl cumuls]] <pre> rpl cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;12;30;0 ;23s5s;1;20;1;;50;9;40;;200;11;60;2 ;16s;1;40;;;100;4;80;;300;12;90;9 ;16s23s;0;60;1;;150;8;120;;400;15;120;4 ;max a;0;80;;;200;5;160;;500;2;150;2 ;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;4;180;6 ;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;2;210;2 ;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;5 sans ;opérons;29;160;;;400;5;320;;900;0;270;3 ;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;2 ;max a;2;200;;;500;2;400;;1100;0;330;5 ;a doubles;0;;1;;;21;;;;1;;20 ;total aas;33;;4;0;;63;;0;;60;;60 total aas;;33;;;;21;1204;;;;;; remarques;;1;;;;;453;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;528;;;;293;; ;;;variance;;;;558;;;;271;; sans jaune;;;moyenne;56;;;191;;;;243;;172 ;;;variance;45;;;140;;;;145;;89 </pre> ====rpl blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_blocs|rpl blocs]] ====rpl distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_distribution|rpl distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rpl;;25;;;;;25;;rpl;8;;;;;;8 </pre> ====rpl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_données_intercalaires|rpl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;rpl;fx;fc;rpl;fx40;fc40;rpl;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;0;5;0;0;5;-1;;10;1159;1179;tRNA tRNA;; ;0;10;2;64;1;0;8;-2;1;0;1253;984;;830;gcc ;3;20;4;35;2;0;10;-3;;0;256;446;**;;gac ;1;30;2;19;3;0;9;-4;;35;190;365;;49;caa ;3;40;4;11;4;0;11;-5;;0;31;354;**;;cgg ;2;50;1;8;5;2;4;-6;;0;1964;219;15;;atc ;1;60;4;10;6;0;4;-7;;2;933;499;**;;aaa ;1;70;5;14;7;0;3;-8;;17;236;723;105;;tac ;0;80;12;13;8;0;6;-9;;0;50;928;**;;gga ;1;90;7;18;9;0;6;-10;;1;18;1026;;; 1;0;100;4;16;10;0;3;-11;;2;58;1999;;; ;1;110;3;19;11;0;3;-12;;0;219;363;;; ;1;120;7;17;12;1;7;-13;;3;1457;98;;; ;0;130;4;21;13;0;3;-14;1;7;419;1971;;; ;2;140;3;17;14;1;2;-15;;0;22;696;;; ;3;150;3;14;15;1;3;-16;;1;359;346;;; ;2;160;3;22;16;1;4;-17;;6;40;373;;; ;0;170;4;16;17;0;2;-18;;0;138;188;;; ;0;180;6;8;18;0;4;-19;;0;143;1181;;; 1;1;190;4;10;19;0;4;-20;;1;143;;;; ;0;200;2;9;20;0;3;-21;;0;296;;;; ;0;210;3;4;21;0;5;-22;;1;119;;;; 1;1;220;6;5;22;0;1;-23;;5;19;;;; ;0;230;3;9;23;1;1;-24;;0;159;;;; ;1;240;0;5;24;0;6;-25;;1;109;;;; ;0;250;5;8;25;0;3;-26;;4;564;;;; ;1;260;4;5;26;0;1;-27;;0;154;;;; ;0;270;4;1;27;1;0;-28;;0;467;;;; ;0;280;0;4;28;0;1;-29;;0;140;;;; ;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;37;;;; ;1;300;1;0;30;0;1;-31;;0;17;;;; ;0;310;1;3;31;0;0;-32;;1;1573;;;; ;0;320;1;3;32;1;4;-33;;0;391;;;; ;0;330;0;1;33;1;3;-34;;0;41;;;; ;0;340;0;0;34;0;2;-35;1;1;898;;;; 1;0;350;3;4;35;1;0;-36;;0;142;;;; 1;1;360;0;1;36;0;0;-37;;0;2381;;;; 2;0;370;1;4;37;0;1;-38;;3;82;;;; 1;0;380;2;1;38;0;0;-39;;0;62;;;; ;0;390;4;1;39;1;1;-40;;0;CDS 16s;;;; ;1;400;1;0;40;0;0;-41;;1;1458;;;; 11;11;reste;59;102;reste;171;393;-42;;0;16s CDS;;;; 19;39;total;183;527;total;183;527;-43;;0;1463;;;; 8;28;diagr;124;420;diagr;12;129;-44;;1;CDS 23s;;;; 0;4; t30;8;118;;;;-45;;0;719;;;; ;;;;;;;;-46;;0;23s 5s;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;261;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;5s CDS;;;; ;x;183;5;0;188;;;-49;;0;-;183;;; ;c;522;103;5;630;;;-50;1;0;;;;; ;;;;;818;75;;reste;1;0;;;;; ;;;;;;893;;total;5;103;;;;; </pre> =====rpl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_autres_intercalaires_aas|rpl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;rpl;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;31462;31892;1159;*; ;comp;tRNA;33052;33126;1253;*;ggc deb;comp;CDS;34380;35750;256;*; ;comp;tRNA;36007;36093;190;*;ctc fin;comp;CDS;36284;37144;;0; deb;;CDS;46825;47040;31;*; ;;tRNA;47072;47146;1964;*;gca fin;;CDS;49111;49650;;; deb;comp;CDS;71150;76816;933;*; ;comp;tRNA;77750;77826;1179;*;cgt fin;;CDS;79006;80241;;; deb;;CDS;121704;121946;984;*; ;comp;tRNA;122931;123007;446;*;gtc fin;;CDS;123454;124113;;; deb;;CDS;126222;126827;236;*; ;;tRNA;127064;127139;830;*;gcc ;comp;tRNA;127970;128046;365;*;gac fin;;CDS;128412;128915;;; deb;comp;CDS;160532;163174;244;*; ;;ncRNA;163419;163803;171;*; fin;;CDS;163975;164643;;; deb;;CDS;171237;173012;50;*; ;;tRNA;173063;173137;49;*;caa ;comp;tRNA;173187;173263;18;*;cgg fin;comp;CDS;173282;174265;;; deb;;CDS;186344;187336;58;*; ;;tRNA;187395;187484;354;*;tca fin;comp;CDS;187839;188738;;; deb;;CDS;203097;203846;219;*; ;;tRNA;204066;204153;1457;*;tcc fin;;CDS;205611;206639;;0; deb;comp;CDS;299321;300853;419;*; ;comp;tRNA;301273;301349;15;*;atc ;comp;tRNA;301365;301440;219;*;aaa fin;;CDS;301660;302400;;; deb;comp;CDS;328700;329635;22;*; ;comp;tRNA;329658;329732;499;*;tgc fin;;CDS;330232;330699;;; deb;;CDS;429121;429807;723;*; ;comp;tRNA;430531;430605;359;*;aac fin;comp;CDS;430965;432767;;0; deb;;CDS;473867;474352;928;*; ;comp;tRNA;475281;475357;40;*;atgj fin;comp;CDS;475398;475883;;; deb;;CDS;506934;508007;183;*; ;comp;rRNA;508191;508305;261;*;115 ;comp;rRNA;508567;511327;719;*;2761 fin;comp;CDS;512047;512958;;; deb;;CDS;577419;579725;138;*; ;;tRNA;579864;579939;1026;*;acg fin;comp;CDS;580966;581169;;0; deb;comp;CDS;612439;612639;143;*; ;comp;tRNA;612783;612858;143;*;tgg fin;comp;CDS;613002;615101;;; deb;comp;CDS;656226;656870;296;*; ;comp;tRNA;657167;657243;119;*;atgf fin;comp;CDS;657363;657599;;; deb;comp;CDS;678911;679213;19;*; ;comp;tRNA;679233;679307;159;*;acc fin;comp;CDS;679467;680723;;; deb;;CDS;745691;746194;1999;*; ;comp;tRNA;748194;748268;109;*;gaa fin;comp;CDS;748378;749594;;; deb;comp;CDS;756703;757686;363;*; ;;tRNA;758050;758125;564;*;ttc fin;;CDS;758690;759730;;; deb;;CDS;776202;776537;154;*; ;;tRNA;776692;776766;467;*;aca fin;;CDS;777234;777863;;; deb;;CDS;779197;780348;140;*; ;;tRNA;780489;780573;37;*;cta fin;;CDS;780611;781075;;0; deb;comp;CDS;786459;787982;143;*; ;comp;ncRNA;788126;788219;14;*; fin;comp;CDS;788234;788875;;0; deb;comp;CDS;823242;823559;98;*; ;;tRNA;823658;823734;1971;*;aga fin;comp;CDS;825706;826527;;; deb;comp;CDS;854241;854456;17;*; ;comp;tRNA;854474;854550;1573;*;cca fin;comp;CDS;856124;856357;;0; deb;;CDS;915034;915501;391;*; ;;tRNA;915893;915969;41;*;atgi fin;;CDS;916011;917099;;; deb;;CDS;934616;934933;9;*; ;;ncRNA;934943;935101;153;*; fin;;CDS;935255;936496;;0; deb;;CDS;953564;954742;696;*; ;comp;tRNA;955439;955530;898;*;agc fin;comp;CDS;956429;957373;;; deb;comp;CDS;963044;963856;74;*; ;;tmRNA;963931;964460;185;*; fin;;CDS;964646;965125;;; deb;comp;CDS;1009435;1011165;142;*; ;comp;tRNA;1011308;1011384;346;*;cac fin;;CDS;1011731;1012414;;; deb;comp;CDS;1045414;1045656;2381;*; ;comp;tRNA;1048038;1048123;373;*;tta fin;;CDS;1048497;1048709;;; deb;comp;CDS;1056245;1056973;188;*; ;;tRNA;1057162;1057247;105;*;tac ;;tRNA;1057353;1057426;82;*;gga fin;;CDS;1057509;1058693;;; deb;;CDS;1072391;1072663;62;*; ;;tRNA;1072726;1072801;1181;*;gta fin;comp;CDS;1073983;1074648;;; deb;;CDS;1102136;1103935;1458;*; ;;rRNA;1105394;1106892;1463;*;1499 fin;;CDS;1108356;17;;; </pre> ===rpm=== ====rpm opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm opérons]] <pre> ;20 m23s;17 m16s;;;;;;;;;; ;;9 m16s seuls;;;;;;;;;; http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_phot_DSM_122/rhodPhot_DSM122-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017059.1;rpm;;genome;24.12.19;;;;;;;; 64.7%GC;26.12.19 Paris;16s 7;95 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rhodospirillum photometricum DSM 122;;;;;;;;;;;; comp;3322..4194;;cds;;30;30;;;291;;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein;* comp;4225..4821;;23s°;@1;196;;;;595;;;* comp;5018..5093;;gca;;182;;;;;;;* comp;5276..5684;;16s°;;38;38;;;407;;;* ;5723..6664;;cds;;;;;;314;;SEL1-like repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp <;12458..13198;;cds;;242;242;;;247;;p-transposase;* comp;13441..13555;;5s;@2;72;;;;113;;;* comp;13628..13880;;23s°;;-7;*-7;;;251;;;* comp;13874..15127;;cds;;;;;;418;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;21325..22362;;cds;;586;*586;;;346;;hp;* ;22949..23237;;16s°;;85;85;;;287;;;* comp;23323..23490;;cds;;;;;;56;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;24015..24287;;cds;;250;250;;;91;;TraYdomain-containingprotein;* comp;24538..24652;;5s;;71;;;;113;;;* comp;24724..27490;;23s;;212;;;;2765;;;* comp;27703..27779;;atc;;112;;;;;;;* comp;27892..28378;;16s°;;18;18;;;485;;;* <>;28397..29119;;cds;;;;;;241;;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;32782..33759;;cds;;190;190;;;326;;glycosyltransferase;* ;33950..34357;;16s°;;112;;;;406;;;* ;34470..34546;;atc;;216;;;;;;;* ;34763..35591;;23s°;;44;;;;827;;;* comp;35636..35750;;5s;;72;;;;113;;;* comp;35823..38589;;23s;;215;;;;2765;;;* comp;38805..38881;;atc;;112;;;;;;;* comp;38994..40502;;16s;;260;;;;1507;;;* comp;40763..42629;;23s°;;-15;;;;1865;;;* ;42615..42903;;16s°;;112;;;;287;;;* ;43016..43092;;atc;;213;;;;;;;* ;43306..44132;;23s°;;-1;;;;825;;;* comp;44132..44835;;23s°;;-5;*-5;;;702;;;* ;44831..45121;;cds;;;;;;97;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* <;45496..45768;;cds;;553;*553;;;91;;p-glycosyl transferase family 1;* ;46322..47040;;16s°;;0;*0;;;717;;;* comp;47041..47433;;cds;;;;;;131;;winged helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;49761..51017;;cds;;128;128;;;419;;glycosyltransferase;* comp;51146..51221;;23s°;;214;;;;74;;;* comp;51436..51512;;atc;;112;;;;;;;* comp;51625..52017;;16s°;;-7;;;;391;;;* ;52011..52881;;23s°;;106;106;;;869;;;* ;52988..53464;;cds;;-37;*-37;;;159;;hp;* >;53428..53694;;cds;;86;86;;;89;;p-glycosyltransferase;* comp;53781..54709;;23s°;;26;;;;927;;;* ;54736..54898;;16s°;;112;;;;161;;;* ;55011..55087;;atc;;216;;;;;;;* ;55304..55741;;23s°;;438;*438;;;436;;;* ;56180..56440;;cds;;;;;;87;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;82891..83088;;cds;;116;116;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;83205..83280;;tgg;;199;199;;;;;;* >comp;83480..84178;;cds;;;;;;233;;p-elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;;* ;417242..417412;;cds;;142;142;;;57;;tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase;* ;417555..417631;;atgj;+;24;;24;;;;;* ;417656..417732;;atgj;2 atgj;38;38;;;;;;* comp;417771..418796;;cds;;;;;;342;;tRNA epoxyqueuosine(34) reductase QueG;* ;;;;;;;;;;;;* ;434306..435142;;cds;;512;*512;;;279;;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase;* ;435655..435842;;16s°;;-6;;;;186;;;* ;435837..436075;;23s°;;72;;;;237;;;* ;436148..436262;;5s;;51;;;;113;;;* ;436314..436390;;atgf;;196;196;;;;;;* ;436587..436883;;cds;;;;;;99;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;467261..468370;;cds;;167;167;;;370;;3-isopropylmalate dehydrogenase;* ;468538..468667;;23s°;;72;;;;128;;;* ;468740..468854;;5s;;51;;;;113;;;* ;468906..468982;;atgf;;125;125;;;;;;* ;469108..469863;;cds;;;;;;252;;SAM-dependent chlorinase/fluorinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;534521..536161;;cds;;367;367;;;547;;glucose-6-phosphate isomerase;* ;536529..536603;;acg;;92;92;;;;;;* comp;536696..537778;;cds;;;;;;361;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;658467..658931;;cds;;110;110;;;155;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;659042..659116;;gtc;;155;155;;;;;;* ;659272..660159;;cds;;106;106;;;296;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;660266..660340;;gtc;;648;*648;;;;;;* comp;660989..661800;;cds;;;;;;271;;p-N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* 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;875638..876117;;cds;;;;;;160;;CreA family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;885688..886299;;cds;;176;176;;;204;;LysE family translocator;* ;886476..886552;;ccc;;144;144;;;;;;* comp;886697..887233;;cds;;;;;;179;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;932708..934243;;cds;;93;93;;;512;;Fic family protein;* comp;934337..934413;;cgt;+;35;;35;;;;;* comp;934449..934525;;cgt;3 cgt;44;;44;;;;;* comp;934570..934646;;cgt;;449;*449;;;;;;* ;935096..936175;;cds;;;;;;360;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;978995..979396;;cds;;138;138;;;134;;MFS transporter;* comp;979535..979609;;ggc;+;23;;23;;;;;* comp;979633..979707;;ggc;4 ggc;45;;45;;;;;* comp;979753..979827;;ggc;;29;;29;;;;;* comp;979857..979931;;ggc;;206;206;;;;;;* ;980138..981679;;cds;;;;;;514;;murein biosynthesis integral membrane protein MurJ;* ;;;;;;;;;;;;* ;997575..997898;;cds;;95;95;;;108;;DUF1476 domain-containing protein;* comp;997994..998067;;cag;+;54;;54;;;;;* comp;998122..998195;;cag;2 cag;168;168;;;;;;* ;998364..999509;;cds;;;;;;382;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1050081..1051028;;cds;;60;60;;;316;;NnrS family protein;* comp;1051089..1051163;;acc;+;16;;16;;;;;* comp;1051180..1051254;;acc;3 acc;18;;18;;;;;* comp;1051273..1051347;;acc;;170;170;;;;;;* comp;1051518..1053305;;cds;;;;;;596;;EAL domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1197836..1199341;;cds;;197;197;;;502;;aldehyde dehydrogenase;* ;1199539..1199623;;cta;;126;126;;;;;;* ;1199750..1201090;;cds;;;;;;447;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1206196..1206501;;cds;;93;93;;;102;;HU family DNA-binding protein;* ;1206595..1206670;;gta;;50;50;;;;;;* ;1206721..1207092;;cds;;;;;;124;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1213113..1214459;;cds;;210;210;;;449;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit;* comp;1214670..1214874;;16s°;;600;*600;;;203;;;* comp;1215475..1216716;;cds;;;;;;414;;polyphosphate kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1349719..1350132;;cds;;109;109;;;138;;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha;* comp;1350242..1350608;;23s°;;212;;;;365;;;* comp;1350821..1350897;;atc;;115;;;;;;;* comp;1351013..1351438;;16s°;;23;23;;;424;;;* < comp;1351462..1352160;;cds;;;;;;233;;p-tetratricopeptide repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1359745..1360302;;cds;;176;176;;;186;;hp;* ;1360479..1360555;;gac;+;37;;37;;;;;* ;1360593..1360669;;gac;2 gac;274;274;;;;;;* ;1360944..1361204;;cds;;;;;;87;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1416615..1417769;;cds;;214;214;;;385;;glycosyltransferase family 61 protein;* ;1417984..1418074;;tcc;;154;154;;;;;;* comp;1418229..1419095;;cds;;;;;;289;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1472421..1473403;;cds;;250;250;;;328;;biotin synthase BioB;* comp;1473654..1473740;;ttg;;77;77;;;;;;* comp;1473818..1474678;;cds;;;;;;287;;homocysteine S-methyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1735298..1736380;;cds;;209;209;;;361;;DUF262 domain-containing protein;* ;1736590..1736859;;23s°;;72;;;;268;;;* ;1736932..1737046;;5s;;52;;;;113;;;* ;1737099..1737175;;atgf;;93;93;;;;;;* comp;1737269..1737694;;cds;;;;;;142;;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1812365..1813924;;cds;;894;*894;;;520;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;1814819..1815040;;16s°;;-7;*-7;;;222;;;* <comp;1815034..1815837;;cds;;80;80;;;268;;p-elongation factor Tu;* comp;1815918..1815991;;gga;;34;;34;;;;;* comp;1816026..1816111;;tac;;144;144;;;;;;* ;1816256..1817143;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1833109..1833603;;cds;;83;83;;;165;;MBL fold metallo-hydrolase;* comp;1833687..1833762;;aag;+;24;;24;;;;;* comp;1833787..1833862;;aag;2 aag;198;198;;;;;;* comp;1834061..1835224;;cds;;;;;;388;;rod shape-determining protein RodA;* ;;;;;;;;;;;;* >;1941413..1943059;;cds;;-30;*-30;;;549;;p-recombinase family protein;* comp;1943030..1943121;;agc;;160;160;;;;;;* comp;1943282..1944133;;cds;;;;;;284;;FAD-dependent thymidylate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2087696..2090938;;cds;;705;*705;;;1081;;PAS domain-containing protein;* ;2091644..2091826;;16s°;;7;7;;;181;;;* ;2091834..2092247;;cds;;;;;;138;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2095044..2095490;;cds;;48;48;;;149;;hp;* comp;2095539..2095733;;16s°;;614;*614;;;193;;;* comp;2096348..2097337;;cds;;;;;;330;;trypsin-like serine protease;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2113248..2114603;;cds;;219;219;;;452;;hp;* comp;2114823..2114899;;aga;;55;55;;;;;;* comp;2114955..2115251;;cds;;71;71;;;99;;ETC complex I subunit;* comp;2115323..2115399;;cca;;261;261;;;;;;* comp;2115661..2115960;;cds;;;;;;100;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2144042..2146288;;cds;;308;308;;;749;;HAMP domain-containing protein;* ;2146597..2147256;;23s°;;72;;;;658;;;* ;2147329..2147443;;5s;;52;;;;113;;;* ;2147496..2147572;;atgf;;645;*645;;;;;;* comp;2148218..2148664;;cds;;;;;;149;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2268003..2268461;;cds;;87;87;;;153;;23S rRNA (pseudouridine(1915)-N(3))-methyltransferase RlmH;* comp;2268549..2268625;;ccg;+;165;;*165;;;;;* comp;2268791..2268867;;ccg;2 ccg;56;56;;;;;;* comp;2268924..2269910;;cds;;;;;;329;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2321621..2322145;;cds;;332;332;;;175;;hp;* ;2322478..2322554;;ccc;;225;225;;;;;;* ;2322780..2322974;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2393295..2396009;;cds;@3;1003;*1003;;;905;;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3;* ;2397013..2397919;;16s°;;2;2;;;905;;;* ;2397922..2400888;;cds;;;;;;989;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2517845..2520559;;cds;;229;229;;;905;;phosphoenolpyruvate carboxylase;* comp;2520789..2520903;;5s;;72;;;;113;;;* comp;2520976..2521339;;23s°;;189;189;;;362;;;* comp;2521529..2522152;;cds;;;;;;208;;3-isopropylmalate dehydratase small subunit;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2596508..2596738;;cds;;989;989;;;77;;motility twitching protein PilT;* comp;2597728..2597815;;tca;;194;194;;;;;;* ;2598010..2599204;;cds;;;;;;398;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2621435..2622058;;cds;;106;106;;;208;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* comp;2622165..2622251;;ctc;;202;202;;;;;;* ;2622454..2623107;;cds;;;;;;218;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;2631201..2631554;;cds;;192;192;;;118;;hp;* ;2631747..2631822;;gcc;+;70;;70;;;;;* ;2631893..2631968;;gcc;4 gcc;69;;69;;;;;* ;2632038..2632113;;gcc;;57;;57;;;;;* ;2632171..2632246;;gcc;;166;166;;;;;;* <;2632413..2632965;;cds;;-41;*-41;;;184;;p-IS256 family transposase;* ;2632925..2633473;;cds;;30;30;;;183;;hp;* comp;2633504..2633579;;aca;;93;93;;;;;;* comp;2633673..2634200;;cds;;271;271;;;176;;N-acetyltransferase;* comp;2634472..2634561;;tcg;;155;155;;;;;;* ;2634717..2635742;;cds;;;;;;342;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2655872..2656489;;cds;;182;182;;;206;;YitT family protein;* comp;2656672..2656747;;gag;;141;141;;;;;;* comp;2656889..2657674;;cds;;;;;;262;;MetQ/NlpA family ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2758160..2758312;;cds;;110;110;;;51;;light-harvesting protein;* comp;2758423..2758509;;tta;;94;94;;;;;;* comp;2758604..2759899;;cds;;;;;;432;;bifunctional folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* >;2768823..2769518;;cds;;-12;*-12;;;232;;methyltransferase;* ;2769507..2769776;;23s°;;71;;;;268;;;* ;2769848..2769962;;5s;;118;118;;;113;;;* comp;2770081..2771016;;cds;;;;;;312;;tetratricopeptide repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2792922..2794778;;cds;;129;129;;;619;;glutathione-regulated potassium-efflux system protein KefB;* ;2794908..2794982;;caa;;92;92;;;;;;* comp;2795075..2795686;;cds;;;;;;204;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2862755..2862982;;cds;;123;123;;;76;;hp;* ;2863106..2863182;;cca;;117;;*117;;;;;* ;2863300..2863374;;atgi;;373;;*373;;;;;* ;2863748..2863823;;gca;;157;;*157;;;;;* ;2863981..2864056;;aca;;15;;;;;;;* ;2864072..2864317;;cds;;8;;;;82;;DUF2829 domain-containing protein;* ;2864326..2864401;;aaa;;250;250;;;;;;* >;2864652..2865041;;cds;;;;;;130;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2867066..2868112;;cds;;76;76;;;349;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;2868189..2868264;;aaa;;99;99;;;;;;* comp;2868364..2868870;;cds;;;;;;169;;peptidylprolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2893891..2894430;;cds;;25;25;;;180;;phage portal protein;* ;2894456..2894570;;5s;;51;;;;113;;;* ;2894622..2894698;;atgf;;285;285;;;;;;* ;2894984..2895400;;cds;;;;;;139;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3034652..3035092;;cds;;250;250;;;147;;hp;* comp;3035343..3035418;;aaa;;8;8;;;;;;* comp;3035427..3035986;;cds;;;;;;187;;DUF2829 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3305068..3306534;;cds;;379;*379;;;489;;S8 family serine peptidase;* comp;3306914..3306989;;ttc;+;29;;29;;;;;* comp;3307019..3307094;;ttc;4 ttc;34;;34;;;;;* comp;3307129..3307204;;ttc;;33;;33;;;;;* comp;3307238..3307313;;ttc;;60;60;;;;;;* comp;3307374..3308864;;cds;;;;;;497;;RimK family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3332977..3334356;;cds;;54;54;;;460;;type II secretion system protein;* ;3334411..3334487;;cgg;;176;176;;;;;;* < comp;3334664..3335983;;cds;;;;;;440;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3408217..3409026;;cds;;91;91;;;270;;hp;* comp;3409118..3409232;;5s;;71;;;;113;;;* comp;3409304..3409410;;23s°;;1;*1;;;105;;;* <;3409412..3409711;;cds;;;;;;100;;p-IS5/IS1182 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3456276..3461666;;cds;;387;*387;;;1797;;alpha-2-macroglobulin family protein;* ;3462054..3462130;;agg;;29;29;;;;;;* ;3462160..3462951;;cds;;;;;;264;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3500025..3500675;;cds;;210;210;;;217;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;3500886..3500959;;tgc;+;27;;27;;;;;* ;3500987..3501061;;aac;2 aac;31;;31;;;;;* ;3501093..3501167;;aac;;84;84;;;;;;* comp;3501252..3501659;;cds;;;;;;136;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3639978..3641276;;cds;;172;172;;;433;;outer membrane efflux protein;* ;3641449..3641525;;gcg;+;70;;70;;;;;* ;3641596..3641671;;gcg;3 gcg;33;;33;;;;;* ;3641705..3641780;;gcg;;389;*389;;;;;;* ;3642170..3644392;;cds;;;;;;741;;sigma-54-dependent Fis family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;3651524..3652711;;cds;;55;55;;;396;;aminotransferase;* ;3652767..3652843;;cac;;202;202;;;;;;* <comp;3653046..3653543;;cds;;;;;;166;;arsenical-resistance protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;3710072..3710840;;cds;;126;126;;;256;;TonB family protein;* comp;3710967..3711042;;gaa;+;214;;*214;;;;;* comp;3711257..3711332;;gaa;2 gaa;125;125;;;;;;* comp;3711458..3711664;;cds;;;;;;69;;cold-shock protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3727874..3729085;;cds;;828;*828;;;404;;hp;* ;3729914..3730068;;16s°;;87;87;;;153;;;* ;3730156..3730545;;cds;;;;;;130;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3804728..3805231;;cds;;118;118;;;168;;response regulator;* comp;3805350..3805425;;gag;;241;241;;;;;;* comp;3805667..3806140;;cds;;;;;;158;;transcription elongation factor GreA;* ;;;;;;;;;;;;* ;3813820..3815895;;cds;;138;138;;;692;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;3816034..3816109;;atgi;;94;94;;;;;;* ;3816204..3818993;;cds;;;;;;930;;diguanylate cyclase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3827982..3828878;;cds;;90;90;;;299;;phosphoserine phosphatase SerB;* comp;3828969..3829042;;ggg;@5;292;292;;;;;;* ;3829335..3830670;;cds;;;;;;445;;chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3832305..3833264;;cds;;311;311;;;320;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;3833576..3833662;;ctg;+;47;;47;;;;;* ;3833710..3833796;;ctg;5 ctg;153;;*153;;;;;* ;3833950..3834036;;ctg;;48;;48;;;;;* ;3834085..3834171;;ctg;;47;;47;;;;;* ;3834219..3834305;;ctg;;113;113;;;;;;* ;3834419..3835039;;cds;;;;;;207;;ribonuclease D;* </pre> ====rpm cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_cumuls|rpm cumuls]] <pre> rpm cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300 avec rRNA;opérons;27;1;0;;1;9;1;;100;20;1;0 ;16s°atc23s°;7;20;2;;50;15;40;;200;35;30;0 ;16s°gca23s°;1;40;14;;100;30;80;;300;30;60;3 ;16s°23s°;1;60;7;;150;24;120;;400;23;90;10 ;max a;1;80;3;;200;23;160;;500;14;120;10 ;a doubles;0;100;0;;250;16;200;;600;7;150;14 ;spéciaux;18;120;1;;300;5;240;;700;2;180;13 ;total aas;13;140;0;;350;4;280;;800;3;210;11 sans ;opérons;47;160;2;;400;5;320;;900;0;240;6 ;1 aa;30;180;1;;450;2;360;;1000;4;270;9 ;max a;5;200;0;;500;0;400;;1100;1;300;9 ;a doubles;15;;2;;;14;;;;2;;56 ;total aas;79;;32;0;;147;;0;;141;;141 total aas;;92;;;;;;;;;;; remarques;;5;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;69;;;194;;;;310;; ;;;variance;75;;;197;;;;248;; sans jaune;;;moyenne;39;;;147;;;;252;;170 ;;;variance;16;;;112;;;;134;;71 </pre> ====rpm blocs==== ====rpm blocs protéines==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_protéines|rpm blocs protéines]] <pre> 23s;23s rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB 3-isop;3-isopropylmalate dehydrogenase 3-isop-sub;3-isopropylmalate dehydratase small subunit acetyl;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit cas3;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3 CDP;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase ComF;ComF family protein CRISPR;CRISPR DUF262;DUF262 domain-containing protein FeFe;[FeFe] hydrogenase H-cluster radical SAM maturase HydE glyco;glycosyltransferase HAMP;HAMP domain-containing protein LysM ;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein methyl;methyltransferase NAD;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha p-elon;p-elongation factor Tu p-EscV;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein p-glyco;p-glycosyltransferase P-glyco1;p-glycosyl transferase family 1 p-IS5;p-IS5/IS1182 family transposase p-tetra;p-tetratricopeptide repeat protein p-trans;p-transposase PAS;PAS domain-containing protein peptido;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein phage;phage portal protein phospho;phosphoenolpyruvate carboxylase polypho;polyphosphate kinase respons;response regulator SAM;SAM-dependent chlorinase/fluorinase SEL1;SEL1-like repeat protein tetra;tetratricopeptide repeat protein TraY;TraY domain-containing protein trypsin;trypsin-like serine protease type II;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin VWA;VWA domain-containing protein winged ;winged helix-turn-helix domain-containing protein </pre> ====rpm blocs construits==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_construits|rpm blocs construits]] *Notes: J'ai gardé les symboles de coloration. Il suffit de les rechercher et les remplacer et sans désélectionner colorer comme suite: *: - '''*''' jaune, ffff00 *: - '''$''' orange, ff6600 *: - '''?''' cyan, 66ffff *: - '''§''' vert, 99ff33 *: - '''&''' bleu, 00ccff *: - '''(''' gris, dddddd *: - enlever le '''gras''', et <u>surligne</u>. <pre> rpm blocs;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;9 blocs 16s° solitaires, 6 blocs atc gca;;;;;;;;;;9 blocs 23s°5s, 3 blocs complets;;;;;; sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait;;sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait ;21325..22362;;cds;586;346;hp;1493;;;comp;13874..15127;;cds;-7;418;hp;1505; ;22949..23237;;*16s°;85;§287;;;;;comp;13628..13880;;*23s°;?72;§251;;; comp;23323..23490;;cds;;56;hp;;b3;;comp;13441..13555;;$5s;242;§113;;; ;;;;;;;;;;comp <;12458..13198;;cds;;247;p-trans;;b5 <;45496..45768;;cds;553;91;p-glyco1;1383;;;;;;;;;;; ;46322..47040;;*16s°;0;§717;;;;;comp;691078..691773;;cds;4;232;ComF;814; comp;47041..47433;;cds;;131;winged ;;b4;;;691778..691897;;*23s°;?72;§118;;; 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ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;atgj2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;cag2;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;;ccg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;;gac;;ggc;;cgt3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;ctg5;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;3;aga;1;gaa2;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;gac2;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;gcc4;gta;;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;gcg3;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc4;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;gtg2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;2;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;2;ggg;1;ttc4;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;3;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;gca >1 16s;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rpm;;30;;;;;30;;rpm;7;;;;;;7;;rpm;42;;;;;;42;;rpm;;;;5;;;5 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;5 1-3aas;;; </pre> ====rpm données intercalaires==== autres intercalaires aas *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_données_intercalaires|rpm données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;rpm;fx;fc;rpm;fx40;fc40;rpm;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;4;9;0;4;16;-1;0;65;418;38; CDS 16s;;;tRNA tRNA;; ;2;10;14;213;1;2;30;-2;3;1;116;367;néant;;;24;;atgj ;1;20;6;171;2;1;36;-3;0;0;199;92;5s CDS;;;**;;atgj ;1;30;8;116;3;2;23;-4;7;338;142;155;173;114;;25;;gtg 1;0;40;27;74;4;2;31;-5;0;0;196;648;250;161;;**;;gtg ;1;50;95;61;5;2;22;-6;0;0;125;195;229;118;;35;;cgt 2;4;60;78;63;6;1;8;-7;0;3;110;144;25;91;;44;;cgt ;0;70;47;80;7;0;11;-8;1;40;106;93;23s 5s;;;**;;cgt 2;3;80;30;75;8;2;18;-9;1;0;350;449;68;;;23;;ggc 2;4;90;21;68;9;0;20;-10;0;6;88;206;16s tRNA;;;45;;ggc 5;4;100;27;59;10;2;14;-11;0;18;81;95;116;;atc;29;;ggc 1;3;110;24;54;11;0;18;-12;0;0;176;168;tRNA 23s;;;**;;ggc ;3;120;25;53;12;1;29;-13;1;8;138;60;240;;atc;54;;cag 1;5;130;18;63;13;0;19;-14;1;20;170;154;243;;atc;**;;cag ;2;140;25;50;14;2;16;-15;0;0;197;93;5s tRNA;;;16;;acc 1;3;150;21;57;15;1;22;-16;0;2;126;195;51;;atgf;18;;acc 3;1;160;16;56;16;0;21;-17;0;10;93;645;51;;atgf;**;;acc 1;2;170;16;42;17;1;16;-18;3;0;50;87;52;;atgf;37;;gac 1;3;180;18;38;18;1;12;-19;1;3;176;74;52;;atgf;**;;gac 1;1;190;16;37;19;0;13;-20;1;5;274;194;51;;atgf;34;;gga 3;5;200;19;32;20;0;5;-21;0;0;214;205;;;;**;;tac 3;0;210;19;37;21;1;17;-22;0;1;250;538;;;;24;;aag ;3;220;8;25;22;0;13;-23;0;5;77;155;;;;**;;aag ;1;230;21;27;23;1;11;-24;0;0;80;110;;;;165;;ccg ;0;240;12;29;24;1;13;-25;0;1;83;92;;;;**;;ccg ;4;250;13;36;25;1;11;-26;3;5;198;76;;;;70;;gcc ;0;260;17;12;26;0;9;-27;0;0;141;54;;;;69;;gcc ;1;270;15;16;27;0;8;-28;0;2;160;176;;;;57;;gcc ;2;280;26;10;28;1;14;-29;2;5;219;387;;;;**;;gcc ;1;290;14;13;29;1;12;-30;0;0;55;210;;;;117;;cca 1;0;300;13;11;30;2;8;-31;0;5;71;84;;;;373;;atgi ;0;310;15;12;31;0;7;-32;0;2;261;184;;;;157;;gca 1;0;320;9;9;32;2;10;-33;0;0;56;126;;;;**;;aca ;0;330;8;12;33;1;12;-34;0;3;225;292;;;;29;;ttc ;0;340;8;8;34;5;4;-35;0;1;989;311;;;;34;;ttc ;1;350;9;8;35;0;4;-36;0;0;106;;;;;33;;ttc ;0;360;6;8;36;3;9;-37;0;2;192;;;;;**;;ttc 1;0;370;8;9;37;3;10;-38;0;5;166;;;;;27;;tgc ;1;380;4;5;38;5;5;-39;0;0;93;;;;;31;;aac 1;1;390;6;8;39;4;6;-40;0;1;271;;;;;**;;aac ;0;400;13;4;40;4;7;-41;0;2;182;;;;;70;;gcg 4;2;reste;99;76;reste;847;1263;-42;1;0;141;;;;;33;;gcg 35;65;total;898;1846;total;906;1853;-43;0;4;94;;;;;**;;gcg 31;63;diagr;795;1761;diagr;55;574;-44;1;2;129;;;;;214;;gaa 0;4; t30;28;500;;;;-45;0;0;123;;;;;**;;gaa ;;;;;;;;-46;0;0;15;;;;;47;;ctg ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;2;8;;;;;153;;ctg ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;250;;;;;48;;ctg ;x;902;46;4;952;;;-49;2;2;99;;;;;47;;ctg ;c;1837;603;9;2449;;;-50;0;2;285;;;;;**;;ctg ;;;;;3401;244;;reste;16;32;250;;;;;;; ;;;;;;3645;;total;46;603;8;;;;;;; ;;;;;;;;;;;379;;;;;;; ;;;;;;;;;;;60;;;;;;; ;;;;;;;;;;;29;;;;;;; ;;;;;;;;;;;172;;;;;;; ;;;;;;;;;;;389;;;;;;; ;;;;;;;;;;;55;;;;;;; ;;;;;;;;;;;125;;;;;;; ;;;;;;;;;;;118;;;;;;; ;;;;;;;;;;;241;;;;;;; ;;;;;;;;;;;138;;;;;;; ;;;;;;;;;;;220;;;;;;; ;;;;;;;;;;;90;;;;;;; ;;;;;;;;;;;113;;;;;;; </pre> =====rpm autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_autres_intercalaires_aas|rpm autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;rpm;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas deb;comp;CDS;3322;4086;198; ;comp;misc_f;4285;4778;239; ;comp;tRNA;5018;5093;199;gca ;comp;misc_f;5293;5425;62; ;comp;misc_f;5488;5583;7; fin;;CDS;5591;6664;; deb;comp;CDS;12473;13267;173; ;comp;rRNA;13441;13555;82;115 ;comp;misc_f;13638;13881;-8; fin;comp;CDS;13874;15127;; deb;;CDS;21325;22362;656; ;;misc_f;23019;23290;32; fin;comp;CDS;23323;23490;; deb;comp;CDS;24015;24287;250; ;comp;rRNA;24538;24652;68;115 ;comp;rRNA;24721;27462;240;2742 ;comp;tRNA;27703;27779;129;atc ;comp;misc_f;27909;28041;5; ;comp;misc_f;28047;28494;-14; fin;;CDS;28481;29194;; deb;comp;CDS;32782;33759;290; ;;misc_f;34050;34145;62; ;;misc_f;34208;34340;129; ;;tRNA;34470;34546;259;atc ;;misc_f;34806;35299;7; ;comp;misc_f;35307;35750;69; ;comp;rRNA;35820;38561;243;2742 ;comp;tRNA;38805;38881;116;atc ;comp;rRNA;38998;40479;268;1482 ;;misc_f;40748;45159;-2406; ;;misc_f;42754;42886;129; ;;tRNA;43016;43092;256;atc ;;misc_f;43349;43842;7; ;;misc_f;43850;44142;601; fin;;CDS;44744;45121;; deb;;CDS;45496;45768;576; ;;misc_f;46345;47084;10; fin;comp;CDS;47095;47433;; deb;comp;CDS;49761;51017;418; ;comp;tRNA;51436;51512;129;atc ;comp;misc_f;51642;51774;62; ;comp;misc_f;51837;51932;84; ;;misc_f;52017;52217;76; ;;misc_f;52294;52918;69; fin;;CDS;52988;53464;; deb;;CDS;53428;53694;87; ;comp;misc_f;53782;53921;72; ;comp;misc_f;53994;54619;90; ;;misc_f;54710;54881;129; ;;tRNA;55011;55087;289;atc ;;misc_f;55377;55746;433; fin;;CDS;56180;56440;; deb;comp;CDS;82891;83088;116; ;comp;tRNA;83205;83280;199;tgg fin;comp;CDS;83480;84178;; deb;;CDS;417242;417412;142; ;;tRNA;417555;417631;24;atgj ;;tRNA;417656;417732;38;atgj fin;comp;CDS;417771;418820;; deb;;CDS;434306;435142;672; ;;misc_f;435815;436065;82; ;;rRNA;436148;436262;51;115 ;;tRNA;436314;436390;196;atgf fin;;CDS;436587;436883;; deb;comp;CDS;467261;468367;193; ;;misc_f;468561;468657;82; ;;rRNA;468740;468854;51;115 ;;tRNA;468906;468982;125;atgf fin;;CDS;469108;469863;; deb;comp;CDS;534521;536161;367; ;;tRNA;536529;536603;92;acg fin;comp;CDS;536696;537778;; deb;;CDS;619174;620157;82; ;;regulatory;620240;620316;45; fin;;CDS;620362;621558;; deb;comp;CDS;658467;658931;110; ;comp;tRNA;659042;659116;155;gtc deb;;CDS;659272;660159;106; ;;tRNA;660266;660340;648;gtc fin;comp;CDS;660989;661800;; deb;comp;CDS;684188;685114;350; ;comp;tRNA;685465;685539;25;gtg ;comp;tRNA;685565;685639;195;gtg fin;;CDS;685835;686251;; deb;comp;CDS;691078;691803;-14; ;;misc_f;691790;691887;82; ;;rRNA;691970;692084;114;115 fin;comp;CDS;692199;694505;; deb;;CDS;750262;751398;161; ;comp;rRNA;751560;751674;82;115 ;comp;misc_f;751757;752004;598; ;;repeat_region;752603;752814;388; fin;;CDS;753203;753760;; deb;comp;CDS;839402;839962;163; ;comp;misc_f;840126;840415;631; fin;comp;CDS;841047;844388;; deb;;CDS;874585;875391;88; ;;tRNA;875480;875556;81;cac fin;;CDS;875638;876117;; deb;;CDS;885688;886299;176; 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gtt;0.52;gct;0;gat;0;ggt;0.52 ttc;179;tcc;155;tac;231;tgc;116 atc;290;acc;158;aac;317;agc;108 ctc;104;ccc;87;cac;118;cgt;303 gtc;176;gcc;170;gac;295;ggc;358 tta;122;tca;143;taa;1.03;tga;66 ata;0.86;aca;143;aaa;384;aga;154 cta;131;cca;144;caa;193;cga;13.4 gta;327;gca;288;gaa;330;gga;116 ttg;105;tcg;85;tag;2.76;tgg;115 atg;604;acg;73;aag;24.3;agg;112 ctg;256;ccg;63;cag;104;cgg;102 gtg;8.4;gcg;7.1;gag;7.8;ggg;74 </pre> ===rru=== ====rru opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_rubr_ATCC_11170/rhodRubr_ATCC11170-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007643.1;rru;;genome;3.8.16;;;;;;;; 64.97%GC;26.12.19 Paris;16s 4 ;55 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rhodospirillum rubrum ATCC 11170;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; comp;16232..16852;;cds;;163;163;;;207;;3'-5' exonuclease;* comp;17016..17102;;ctg;;253;253;;;;;;* ;17356..18378;;cds;;;;;;341;;3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;117072..117287;;cds;;37;37;;;72;;slyX;* comp;117325..117401;;agg;;341;341;;;;;;* ;117743..123022;;cds;;;;;;*1760;;alpha-2-macroglobulin-like protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;149921..151015;;cds;;225;225;;;365;;hp;* ;151241..151317;;cgg;;136;136;;;;;;* comp;151454..152929;;cds;;;;;;492;;chemotaxis sensory transducer protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;189941..191668;;cds;;859;*859;;;576;;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;* ;192528..194004;;16s;;184;;;;1477;;;* ;194189..194265;;atc;;66;;;66;;;;* ;194332..194407;;gca;;362;;;;;;;* ;194770..197527;;23s;;119;;;;2758;;;* ;197647..197761;;5s;;96;;;;115;;;* ;197858..197934;;atgf;;287;287;;;;;;* comp;198222..198455;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;305449..306648;;cds;;257;257;;;400;;Ppx/GppA phosphatase;* ;306906..306979;;cag;;319;319;;;;;;* comp;307299..308303;;cds;;;;;;335;;LacI family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;322896..323807;;cds;;292;292;;;304;;hp;* comp;324100..324174;;caa;;98;98;;;;;;* comp;324273..325601;;cds;;;;;;443;;chemotaxis sensory transducer protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;362552..362881;;cds;;224;224;;;110;;hp;* ;363106..363181;;gcc;+;202;;202;;;;;* ;363384..363459;;gcc;2 gcc;43;43;;;;;;* comp;363503..364531;;cds;;;;;;343;;esterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;407067..407606;;cds;;92;92;;;180;;YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;407699..407790;;agc;;141;141;;;;;;* ;407932..408774;;cds;;;;;;281;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;466945..467925;;cds;;115;115;;;327;;hp;* comp;468041..468126;;tta;;83;83;;;;;;* comp;468210..468458;;cds;;;;;;83;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;559038..559610;;cds;;86;86;;;191;;OsmC-like protein;* ;559697..559772;;aag;;140;140;;;;;;* ;559913..560608;;cds;;;;;;232;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;794877..795188;;cds;;-81;*-81;;;104;;hp;* comp;795108..795188;;Sig-pep;;217;217;;;27;;hp;* ;795406..795496;;tcc;;44;44;;;;;;* ;795541..795846;;cds;;;;;;102;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;908584..910185;;cds;;-102;*-102;;;534;;peptidase M23B;* comp;910084..910185;;Sig-pep;@1;1212;*1212;;;34;;hp;* ;911398..912874;;16s;;182;;;;1477;;;* ;913057..913133;;atc;;66;;;66;;;;* ;913200..913275;;gca;;361;;;;;;;* ;913637..916394;;23s;;118;;;;2758;;;* ;916513..916627;;5s;;95;;;;115;;;* ;916723..916799;;atgf;;573;*573;;;;;;* ;917373..921860;;cds;;;;;;*1496;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1159249..1160091;;cds;;71;71;;;281;;Linocin_M18 bacteriocin protein;* ;1160163..1160238;;gag;;117;117;;;;;;* ;1160356..1160613;;cds;;;;;;86;;prevent-host-death protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1464820..1465122;;cds;;283;283;;;101;;50S ribosomal protein L21;* ;1465406..1465495;;tcg;;139;139;;;;;;* comp;1465635..1466303;;cds;;;;;;223;;cytochrome B561;* ;;;;;;;;;;;;* ;1791953..1792159;;cds;;116;116;;;69;;hp;* comp;1792276..1792351;;gaa;;131;131;;;;;;* comp;1792483..1792689;;cds;;;;;;69;;cold-shock DNA-binding protein family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1824302..1825738;;cds;;98;98;;;479;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;1825837..1825921;;cta;;102;102;;;;;;* ;1826024..1827415;;cds;;;;;;464;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1833133..1833408;;cds;;284;284;;;92;;histone-like DNA-binding protein;* ;1833693..1833768;;gta;;70;70;;;;;;* comp;1833839..1835326;;cds;;;;;;496;;methyl-accepting chemotaxis sensory transducer;* ;;;;;;;;;;;;* ;1933506..1934138;;cds;;-633;*-633;;;211;;hp;* ;1933506..1933652;;Sig-pep;;571;*571;;;49;;hp;* ;1934224..1934300;;cca;;63;63;;;;;;* ;1934364..1934663;;cds;;12;12;;;100;;ETC complex I subunit region;* ;1934676..1934752;;aga;;396;*396;;;;;;* ;1935149..1939624;;cds;;;;;;*1492;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1959133..1959858;;cds;;175;175;;;242;;MerR family transcriptional regulator;* ;1960034..1960110;;ccc;@2;1062;*1062;;;;;;* ;1961173..1961367;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1996760..1998124;;cds;;-120;*-120;;;455;;lytic murein transglycosylase;* comp;1998005..1998124;;Sig-pep;;119;119;;;40;;hp;* ;1998244..1998333;;tca;;927;*927;;;;;;* comp;1999261..1999929;;cds;;;;;;223;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2032027..2032863;;cds;;123;123;;;279;;phage integrase;* comp;2032987..2033062;;aaa;;186;186;;;;;;* comp;2033249..2033755;;cds;;;;;;169;;peptidyl-prolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2093327..2093977;;cds;;295;295;;;217;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;* ;2094273..2094346;;tgc;;81;;81;;;;;* ;2094428..2094502;;aac;;150;150;;;;;;* ;2094653..2094916;;cds;;;;;;88;;prevent-host-death protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2304404..2305834;;cds;;89;89;;;477;;divalent cation transporter;* comp;2305924..2306010;;ctc;;178;178;;;;;;* ;2306189..2306839;;cds;;;;;;217;;lipoate-protein ligase B;* ;;;;;;;;;;;;* ;2331183..2331521;;cds;;73;73;;;113;;hp;* ;2331595..2331671;;atgj;;126;126;;;;;;* comp;2331798..2332040;;cds;;;;;;81;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2411337..2411804;;cds;;-72;*-72;;;156;;CreA;* comp;2411733..2411804;;Sig-pep;;202;202;;;24;;hp;* comp;2412007..2412083;;cac;;75;75;;;;;;* comp;2412159..2413343;;cds;;;;;;395;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2729598..2731271;;cds;;449;*449;;;558;;macrocin-O-methyltransferase;* comp;2731721..2731797;;atgf;;95;;;;;;;* comp;2731893..2732007;;5s;;119;;;115;;;;* comp;2732127..2734884;;23s;;362;;;2758;;;;* comp;2735247..2735322;;gca;;66;;;66;;;;* comp;2735389..2735465;;atc;;184;;;;;;;* comp;2735650..2737126;;16s;;606;*606;;1477;;;;* comp;2737733..2738110;;cds;;;;;;126;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2959802..2961874;;cds;;354;*354;;;*691;;chemotaxis sensory transducer protein;* comp;2962229..2962303;;gtc;;123;123;;;;;;* ;2962427..2963359;;cds;;;;;;311;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3124836..3125033;;cds;;151;151;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;3125185..3125260;;tgg;;343;343;;;;;;* comp;3125604..3126794;;cds;;93;93;;;397;;elongation factor Tu;* comp;3126888..3126961;;gga;;27;;27;;;;;* comp;3126989..3127074;;tac;;37;37;;;;;;* ;3127112..3128158;;cds;;57;57;;;349;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;3128216..3128291;;aca;;127;127;;;;;;* ;3128419..3128652;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3193350..3194507;;cds;;430;*430;;;386;;acyltransferase;* comp;3194938..3195013;;ttc;;103;103;;;;;;* comp;3195117..3195635;;cds;;;;;;173;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3320745..3322115;;cds;;-1371;*-1371;;;457;;virulence protein;* ;3320745..3320816;;Sig-pep;;1389;*1389;;;24;;hp;* comp;3322206..3322281;;atgi;;60;60;;;;;;* comp;3322342..3324432;;cds;;;;;;*697;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3377932..3378114;;cds;;140;140;;;61;;hp;* ;3378255..3378329;;acc;+;165;;165;;;;;* ;3378495..3378569;;acc;2 acc;237;237;;;;;;* ;3378807..3379370;;cds;;234;234;;;188;;hp;* ;3379605..3379681;;gac;;77;77;;;;;;* comp;3379759..3380517;;cds;;;;;;253;;diguanylate phosphodiesterase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3399207..3399494;;cds;;262;262;;;96;;hp;* comp;3399757..3399833;;ccg;;56;56;;;;;;* comp;3399890..3400972;;cds;;;;;;361;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3490378..3491148;;cds;;84;84;;;257;;2-phosphoglycolate phosphatase;* ;3491233..3491307;;gtg;;407;*407;;;;;;* ;3491715..3492080;;cds;;;;;;122;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3719367..3719753;;cds;;163;163;;;129;;hp;* comp;3719917..3719990;;ggg;;95;95;;;;;;* comp;3720086..3720859;;cds;;;;;;258;;enoyl-ACP reductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3805869..3806813;;cds;;130;130;;;315;;inner-membrane translocator;* comp;3806944..3807058;;5s;;116;;;;115;;;* comp;3807175..3809932;;23s;;362;;;;2758;;;* comp;3810295..3810370;;gca;;66;;;66;;;;* comp;3810437..3810513;;atc;;184;;;;;;;* comp;3810698..3812174;;16s;;1227;*1227;;;1477;;;* ;3813402..3814118;;cds;;;;;;239;;transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3824154..3825854;;cds;;76;76;;;567;;phage integrase;* comp;3825931..3826007;;cgt;;387;*387;;;;;;* ;3826395..3827531;;cds;;;;;;379;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4021982..4023163;;cds;;27;27;;;394;;diguanylate phosphodiesterase;* comp;4023191..4023277;;ttg;;224;224;;;;;;* ;4023502..4023855;;cds;;;;;;118;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4058818..4059117;;cds;;187;187;;;100;;hp;* ;4059305..4059380;;gcg;;179;179;;;;;;* comp;4059560..4060126;;cds;;;;;;189;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4105626..4107317;;cds;;-114;*-114;;;564;;chemotaxis sensory transducer;* comp;4107204..4107317;;Sig-pep;;721;*721;;;38;;hp;* comp;4108039..4108113;;acg;;148;148;;;;;;* ;4108262..4108843;;cds;;;;;;194;;D-alpha,beta-D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4261100..4262038;;cds;;269;269;;;313;;thioredoxin-like protein;* ;4262308..4262382;;ggc;;118;118;;;;;;* ;4262501..4263136;;cds;;;;;;212;;lysine exporter protein LysE/YggA;* </pre> ====rru cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_cumuls|rru cumuls]] <pre> rru cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300 avec rRNA;opérons;4;1;;;1;7;1;;100;23;1;0 ;16atcgca235;1;20;;;50;6;40;;200;17;30;3 ;Id-atgf;3;40;1;;100;19;80;;300;16;60;4 ;-;;60;;;150;20;120;;400;17;90;12 ;max a;3;80;;4;200;8;160;;500;8;120;10 ;a doubles;0;100;1;;250;7;200;;600;5;150;3 ;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;2;180;4 ;total aas;11;140;;;350;3;280;;800;0;210;5 sans ;opérons;40;160;;;400;3;320;;900;0;240;8 ;1 aa;36;180;1;;450;3;360;;1000;0;270;4 ;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;300;3 ;a doubles;2;;1;;;10;;;;3;;35 ;total aas;44;;4;4;;95;;0;;91;;91 total aas;;55;;;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;119;66;;208;;;;292;; ;;;variance;79;0;;333;;;;187;; sans jaune;;;moyenne;;;;148;;;;237;;140 ;;;variance;;;;83;;;;132;;69 </pre> ====rru blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_blocs|rru blocs]] <pre> rru blocs;;;;;;; cds;859;576;sulfate;cds;606;126;hp 16s;184;1477;;16s;184;1477; atc;66;;;atc;66;; gca;362;;;gca;362;; 23s;119;2758;;23s;119;2758; 5s;96;115;;5s;95;115; atgf;287;;;atgf;449;; cds;;78;hp;cds;;558;macrocin ;;;;;;; cds;-102;534;peptidase;;;; Sig-pep;1212;34;hp;cds;1227;239;transposase 16s;182;1477;;16s;184;1477; atc;66;;;atc;66;; gca;361;;;gca;362;; 23s;118;2758;;23s;116;2758; 5s;95;115;;5s;130;115; atgf;573;;;cds;;315;inner cds;;1496;hp;;;; ;;;;;;; sulfate;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;;;;;; inner;inner-membrane translocator;;;;;; macrocin;macrocin-O-methyltransferase;;;;;; peptidase;peptidase M23B;;;;;; </pre> ====rru distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_distribution|rru distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rru;;36;;;;;36;;rru;4;;;;;;4;;rru;4;;;;;;4;;rru;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====rru données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_données_intercalaires|rru données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;rru;fx;fc;rru;fx40;fc40;rru;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;81;163;253;CDS 16s ;; ;0;10;47;242;1;4;21;-2;1;0;406;37;841;1193; ;1;20;50;189;2;3;31;-3;0;0;98;299;972;999; 1;0;30;51;116;3;3;38;-4;27;394;224;147;5s CDS;; 1;0;40;27;83;4;4;43;-5;0;0;92;136;;130; 1;0;50;23;99;5;4;29;-6;2;0;141;287;23s 5s;; ;3;60;34;100;6;2;18;-7;0;5;83;257;2* 119;; 1;1;70;31;82;7;5;11;-8;0;42;170;319;118;; 1;3;80;24;87;8;5;22;-9;0;0;86;43;116;; 1;5;90;29;93;9;6;14;-10;3;6;738;115;16s tRNA;;atc ;5;100;30;96;10;11;15;-11;4;22;71;239;180;; ;2;110;38;64;11;7;34;-12;0;0;117;217;178;; 2;2;120;27;67;12;7;30;-13;0;4;131;283;180;; 2;1;130;30;59;13;2;26;-14;2;11;98;139;180;; 3;1;140;25;67;14;2;26;-15;1;0;150;116;tRNA 23s;;gca 2;3;150;28;55;15;8;13;-16;1;2;284;70;347;; ;1;160;27;60;16;3;13;-17;3;11;85;164;346;; 2;3;170;28;64;17;9;16;-18;0;0;63;261;347;; 3;1;180;16;46;18;7;9;-19;1;4;12;123;347;; 1;1;190;32;36;19;3;10;-20;4;3;396;295;5s tRNA;; ;0;200;23;43;20;2;12;-21;1;0;175;178;96;;atgf ;1;210;18;27;21;8;5;-22;1;0;215;126;95;;atgf 1;1;220;21;35;22;8;12;-23;1;1;186;449;95;;atgf 1;1;230;15;32;23;4;11;-24;0;0;150;171;tRNA tRNA;;intra 1;2;240;15;24;24;7;10;-25;1;1;89;166;4*66;;atc gca ;0;250;16;23;25;5;16;-26;2;2;73;90;tRNA tRNA;; 2;0;260;16;27;26;2;8;-27;1;0;202;140;202;;gcc 2;1;270;18;15;27;5;13;-28;0;0;75;77;**;;gcc ;0;280;13;20;28;4;16;-29;1;2;354;387;81;;tgc 2;1;290;17;14;29;3;14;-30;0;0;151;27;**;;aac 2;0;300;17;12;30;5;11;-31;0;2;343;224;27;;gga ;0;310;15;18;31;1;9;-32;0;1;93;187;**;;tac 1;0;320;14;8;32;4;10;-33;0;0;57;179;165;;acc ;0;330;9;6;33;3;7;-34;0;1;127;148;**;;acc ;0;340;7;12;34;2;11;-35;1;0;430;269;;; ;1;350;10;7;35;3;4;-36;0;0;103;;;; ;1;360;11;3;36;3;7;-37;0;0;60;;;; ;0;370;10;10;37;3;10;-38;1;0;237;;;; ;0;380;3;6;38;5;6;-39;0;0;234;;;; 1;0;390;4;5;39;1;9;-40;2;0;262;;;; ;1;400;5;4;40;2;10;-41;1;2;56;;;; 1;5;reste;88;72;reste;787;1498;-42;0;0;84;;;; 35;48;total;963;2140;total;963;2140;-43;0;1;407;;;; 34;43;diagr;874;2056;diagr;175;630;-44;0;0;163;;;; 1;1; t30;148;547;;;;-45;1;0;95;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;103;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;721;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;118;;;; ;x;962;74;1;1037;;;-49;1;0;;;;; ;c;2128;609;12;2749;;;-50;1;0;;;;; ;;;;;3786;160;;reste;9;11;;;;; ;;;;;;3946;;total;74;609;;;;; </pre> =====rru autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_autres_intercalaires_aas|rru autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;rru;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;16232;163;comp; ;tRNA;17016;253;comp;ctg fin;CDS;17356;;; deb;CDS;117072;37;; ;tRNA;117325;299;comp;agg fin;CDS;117701;;; deb;CDS;149921;147;comp; ;tRNA;151241;136;;cgg fin;CDS;151454;;comp; deb;CDS;189941;841;; 16s;rRNA;192510;180;;1477 ;tRNA;194189;66;;atc ;tRNA;194332;347;;gca 23s;rRNA;194755;119;;2758 5s;rRNA;197647;96;;115 ;tRNA;197858;287;;atgf deb;CDS;198222;222;comp; ;repeat_region;198678;145;; fin;CDS;200012;;comp; deb;CDS;211593;261;comp; ;repeat_region;213597;128;; fin;CDS;214303;;comp; deb;CDS;305449;257;comp; ;tRNA;306906;319;;cag fin;CDS;307299;;comp; deb;CDS;322896;406;comp; ;tRNA;324100;98;comp;caa fin;CDS;324273;;comp; deb;CDS;362552;224;; ;tRNA;363106;202;;gcc ;tRNA;363384;43;;gcc fin;CDS;363503;;comp; deb;CDS;407067;92;; ;tRNA;407699;141;;agc fin;CDS;407932;;; deb;CDS;419952;57;; ;repeat_region;420333;228;; fin;CDS;423032;;comp; deb;CDS;466945;115;; ;tRNA;468041;83;comp;tta fin;CDS;468210;;comp; deb;CDS;529650;67;; ;repeat_region;530056;180;; fin;CDS;530734;;comp; deb;CDS;536858;111;comp; ;regulatory;537266;38;; fin;CDS;537511;;; deb;CDS;559038;239;comp; ;tRNA;559697;170;;aag fin;CDS;559943;;; deb;CDS;571949;20;; ;regulatory;572902;194;; fin;CDS;573329;;; deb;CDS;794877;217;comp; ;tRNA;795406;86;;tcc fin;CDS;795583;;; deb;CDS;908584;1193;comp; 16s;rRNA;911379;178;;1477 ;tRNA;913057;66;;atc ;tRNA;913200;346;;gca 23s;rRNA;913622;118;;2758 5s;rRNA;916513;95;;115 ;tRNA;916723;738;;atgf fin;CDS;917538;;; deb;CDS;988887;204;; ;repeat_region;989382;533;; fin;CDS;992381;;comp; deb;CDS;1144656;314;comp; ;ncRNA;1145438;15;comp; fin;CDS;1145882;;comp; deb;CDS;1159249;71;; ;tRNA;1160163;117;;gag fin;CDS;1160356;;; deb;CDS;1339162;168;; ;regulatory;1340533;238;; fin;CDS;1340988;;; deb;CDS;1362782;177;comp; ;repeat_region;1363865;208;; fin;CDS;1364648;;comp; deb;CDS;1464820;283;comp; ;tRNA;1465406;139;;tcg fin;CDS;1465635;;comp; 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;tRNA;2305924;178;comp;ctc fin;CDS;2306189;;; deb;CDS;2318681;138;comp; ;regulatory;2319857;73;; fin;CDS;2320063;;; deb;CDS;2331183;73;; ;tRNA;2331595;126;;atgj fin;CDS;2331798;;comp; deb;CDS;2411337;202;comp; ;tRNA;2412007;75;comp;cac fin;CDS;2412159;;comp; deb;CDS;2550773;186;comp; ;regulatory;2551172;147;; fin;CDS;2551477;;; deb;CDS;2559473;36;; ;tmRNA;2560658;131;; fin;CDS;2561126;;; deb;CDS;2667051;354;; ;repeat_region;2668113;204;; fin;CDS;2669862;;comp; deb;CDS;2714978;129;; ;repeat_region;2715965;262;; fin;CDS;2716563;;; deb;CDS;2729598;449;; ;tRNA;2731721;95;comp;atgf 5s;rRNA;2731893;119;comp;115 23s;rRNA;2732127;347;comp;2758 ;tRNA;2735247;66;comp;gca ;tRNA;2735389;180;comp;atc 16s;rRNA;2735646;972;comp;1477 fin;CDS;2738117;;comp; deb;CDS;2959802;354;comp; ;tRNA;2962229;171;comp;gtc fin;CDS;2962475;;; deb;CDS;3124836;151;comp; ;tRNA;3125185;343;comp;tgg deb;CDS;3125604;93;comp; ;tRNA;3126888;27;comp;gga ;tRNA;3126989;166;comp;tac deb;CDS;3127241;57;; ;tRNA;3128216;127;;aca fin;CDS;3128419;;; deb;CDS;3193350;430;comp; ;tRNA;3194938;103;comp;ttc fin;CDS;3195117;;comp; deb;CDS;3320745;90;; ;tRNA;3322206;60;comp;atgi fin;CDS;3322342;;comp; deb;CDS;3377932;140;comp; ;tRNA;3378255;165;;acc ;tRNA;3378495;237;;acc deb;CDS;3378807;234;; ;tRNA;3379605;77;;gac fin;CDS;3379759;;comp; deb;CDS;3399207;262;comp; ;tRNA;3399757;56;comp;ccg fin;CDS;3399890;;comp; deb;CDS;3490378;84;; ;tRNA;3491233;407;;gtg fin;CDS;3491715;;; deb;CDS;3514107;56;comp; ;regulatory;3515291;4;comp; ;regulatory;3515401;88;comp; fin;CDS;3515601;;comp; deb;CDS;3523910;371;; ;repeat_region;3524497;79;; fin;CDS;3525452;;comp; deb;CDS;3705744;56;comp; ;regulatory;3707042;399;comp; fin;CDS;3707518;;; deb;CDS;3719367;163;comp; ;tRNA;3719917;95;comp;ggg fin;CDS;3720086;;comp; deb;CDS;3805869;130;; 5s;rRNA;3806944;116;comp;115 23s;rRNA;3807175;347;comp;2758 ;tRNA;3810295;66;comp;gca ;tRNA;3810437;180;comp;atc 16s;rRNA;3810694;999;comp;1477 fin;CDS;3813192;;; deb;CDS;3824154;103;comp; ;tRNA;3825931;387;comp;cgt fin;CDS;3826395;;; deb;CDS;3996560;58;comp; ;ncRNA;3998598;106;comp; fin;CDS;3998802;;comp; deb;CDS;4021982;27;; ;tRNA;4023191;224;comp;ttg fin;CDS;4023502;;; deb;CDS;4058818;187;comp; ;tRNA;4059305;179;;gcg fin;CDS;4059560;;comp; deb;CDS;4105626;721;comp; ;tRNA;4108039;148;comp;acg fin;CDS;4108262;;; deb;CDS;4261100;269;comp; ;tRNA;4262308;118;;ggc fin;CDS;4262501;;; </pre> ====rru intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_entre_cds|rru intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> rru;27.1.21 paris;NCBI;10.3.20;;;;;;;;; rru;intercalaires;total;%;intercalaires;moyennes;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;683;18.0;'''négatif ;-8;15;-73 à -1;'''4 352 825;-1;683;610;1 ;'''zéro;13;0.3;;;;;'''intercals;0;13;620;0 ;'''1 à 200;2368;62.5;'''0 à 200;78;58;;'''429 144;5;180;630;5 ;'''201 à 370;535;14.1;'''201 à 370;268;46;;'''9.9%;10;109;640;6 ;'''371 à 600;139;3.7;'''371 à 600;453;60;;;15;155;650;1 ;'''601 à max;48;1.3;'''601 à 1028;733;105;;;20;84;660;4 ;'''total 3786;<201;80.9;'''total 3779;112;136;-73 à 995;;25;86;670;3 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;81;680;1 3818575;1469;-1;683;-70;8;;0;13;35;54;690;2 844364;995;0;13;-60;5;;-1;°81;40;56;700;1 3816901;954;1;25;-50;8;;-2;1;45;59;710;1 3134490;938;2;34;-40;8;;-3;0;50;63;720;0 3477618;929;3;°41;-30;6;'''min à -1;-4;°421;55;67;730;0 1097019;885;4;°47;-20;21;683;-5;0;60;67;740;3 3856065;884;5;°33;-10;75;18.0%;-6;2;65;61;750;0 566184;881;6;20;0;565;;-7;5;70;52;760;1 1833839;873;7;16;10;289;;-8;°42;75;59;770;2 3136049;866;8;°27;20;239;;-9;0;80;52;780;3 2475546;802;9;20;30;167;;-10;9;85;58;790;3 93164;788;10;26;40;110;;-11;°26;90;64;800;0 409696;787;11;°41;50;122;;-12;0;95;51;810;1 400635;785;12;37;60;134;;-13;4;100;75;820;0 1366462;777;13;28;70;113;;-14;°13;105;49;830;0 3456663;777;14;°28;80;111;;-15;1;110;53;840;0 3312945;771;15;21;90;122;'''1 à 100;-16;3;115;49;850;0 550038;769;16;16;100;126;1533;-17;°14;120;45;860;0 2493887;767;17;°25;110;102;41%;-18;0;125;44;870;1 1410707;755;18;16;120;94;;-19;5;130;45;880;1 1423514;739;19;13;130;89;;-20;°7;135;48;890;3 2688282;734;20;°14;140;92;;-21;1;140;44;900;0 3627241;732;21;13;150;83;;-22;1;145;41;910;0 2706640;702;22;°20;160;87;;-23;°2;150;42;920;0 3937050;697;23;15;170;92;;-24;0;155;44;930;1 1011650;686;24;17;180;62;;-25;2;160;43;940;1 742860;682;25;°21;190;68;'''1 à 200;-26;°4;165;42;950;0 3424033;675;26;10;200;66;2368;-27;1;170;50;960;1 139185;669;27;18;210;45;62.5%;-28;0;175;31;970;0 880072;663;28;°20;220;56;;-29;°3;180;31;980;0 1976647;662;29;17;230;47;;-30;0;185;28;990;0 2640270;659;30;16;240;39;;-31;2;190;40;1000;1 90214;657;31;10;250;39;;-32;1;195;39;1010;0 961964;656;32;°14;260;43;;;664;200;27;1020;0 1209394;652;33;10;270;33;'''0 à 200;reste;32;205;19;1030;0 2536913;650;34;13;280;33;2381;total;696;210;26;1040;0 2591508;639;35;7;290;31;;;;215;25;1050;0 55947;637;36;10;300;29;;intercal;<u>frequencef;220;31;1060;0 1786743;636;37;°13;310;33;;600;3738;225;25;1070;0 2231609;636;38;11;320;22;;620;1;230;22;1080;0 3609912;633;39;10;330;15;;640;11;235;18;1090;0 3187318;631;40;°12;340;19;;660;5;240;21;1100;0 ;;reste;2285;350;17;;680;4;245;24;1110;0 ;;total;3786;360;14;'''201 à 370;700;3;250;15;1120;0 ;;;;370;20;535;720;1;255;21;1130;0 ;;;;380;9;14.1%;740;3;260;22;1140;0 ;;;;390;9;;760;1;265;23;1150;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;9;;780;5;270;10;1160;0 2068001;-137;shift2;1009;410;14;;800;3;275;15;1170;0 651352;-122;comp;;420;14;;820;1;280;18;1180;0 2462962;-120;comp;;430;9;;840;0;285;13;1190;0 1155908;-106;comp;;440;4;;860;0;290;18;1200;0 2381188;-104;comp;;450;15;;880;2;295;14;reste;1 3871151;-104;comp;;460;5;;900;3;300;15;total;3786 4292550;-73;shift2;662;470;5;'''371 à 600;920;0;305;18;; 664620;-70;comp;;480;4;139;940;2;310;15;; 3822351;-68;shift2;682;490;4;3.7%;960;1;315;10;; 3867765;-65;shift2;451;500;5;;980;0;320;12;; 1091959;-64;shift2;1268;510;7;;1000;1;325;8;; 3289914;-62;shift2;;520;1;;;47;330;7;; 1568904;-61;shift2;;530;3;;;;335;11;; 465562;-59;comp;;540;4;;;;340;8;; 2309068;-59;shift2;;550;7;;;;345;12;; 780196;-58;shift2;;560;2;;;;350;5;; 2759874;-55;comp;;570;1;;;;355;7;; 3267314;-53;shift2;;580;5;'''601 à max;;;360;7;; 210683;-52;shift2;;590;1;48;;;365;7;; 1365051;-52;shift2;;600;2;1.3%;;;370;13;; 622208;-50;comp;;reste;48;;reste;1;reste;187;; 2342888;-49;comp;;total;3786;;total;3786;total;3786;; </pre> ====rru intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru intercalaires positifs S+]] *Légende: *Tableaux <pre> rru. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; rru;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-13;90;-272;53;818;231;min50;-34;275;-804;94;878;270;min40 31 à 400;12;-97;135;28;833;269;2 parties;13;-61;-91;52;957;156;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;103;46;-;798;dte;20;Sf;181;62;-;739;poly;139;SF 31 à 400;86;41;-;797;dte;36;tf;137;50;-;916;dte;41;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.017;;;;; 41-n;0.829;0.193;0.611;;;;;;;;;;; 1-n;0.861;0.722;0.792;;;;;;;;;14.8.21 Paqris;; rru;fx;fc;;rru;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rru;Sx-;Sc- 0;1;12;;0;1;6;0;1;12;>0;962;-1;0;81 10;47;242;;10;54;118;1;4;21;<0;74;-2;1;0 20;50;189;;20;57;92;2;3;31;zéro;1;-3;0;0 30;51;116;;30;58;56;3;3;38;total;1037;-4;27;394 40;27;83;;40;31;40;4;4;43;;c;-5;0;0 50;23;99;;50;26;48;5;4;29;>0;2128;-6;2;0 60;34;100;;60;39;49;6;2;18;<0;609;-7;0;5 70;31;82;;70;35;40;7;5;11;zéro;12;-8;0;42 80;24;87;;80;27;42;8;5;22;total;2749;-9;0;0 90;29;93;;90;33;45;9;6;14;;;-10;3;6 100;30;96;;100;34;47;10;11;15;;;-11;4;22 110;38;64;;110;43;31;11;7;34;;;-12;0;0 120;27;67;;120;31;33;12;7;30;;;-13;0;4 130;30;59;;130;34;29;13;2;26;;;-14;2;11 140;25;67;;140;29;33;14;2;26;;;-15;1;0 150;28;55;;150;32;27;15;8;13;;;-16;1;2 160;27;60;;160;31;29;16;3;13;;;-17;3;11 170;28;64;;170;32;31;17;9;16;;;-18;0;0 180;16;46;;180;18;22;18;7;9;;;-19;1;4 190;32;36;;190;37;18;19;3;10;;;-20;4;3 200;23;43;;200;26;21;20;2;12;;;-21;1;0 210;18;27;;210;21;13;21;8;5;;;-22;1;0 220;21;35;;220;24;17;22;8;12;;;-23;1;1 230;15;32;;230;17;16;23;4;11;;;-24;0;0 240;15;24;;240;17;12;24;7;10;;;-25;1;1 250;16;23;;250;18;11;25;5;16;;;-26;2;2 260;16;27;;260;18;13;26;2;8;;;-27;1;0 270;18;15;;270;21;7;27;5;13;;;-28;0;0 280;13;20;;280;15;10;28;4;16;;;-29;1;2 290;17;14;;290;19;7;29;3;14;;;-30;0;0 300;17;12;;300;19;6;30;5;11;;;-31;0;2 310;15;18;;310;17;9;31;1;9;;;-32;0;1 320;14;8;;320;16;4;32;4;10;;;-33;0;0 330;9;6;;330;10;3;33;3;7;;;-34;0;1 340;7;12;;340;8;6;34;2;11;;;-35;1;0 350;10;7;;350;11;3;35;3;4;;;-36;0;0 360;11;3;;360;13;1;36;3;7;;;-37;0;0 370;10;10;;370;11;5;37;3;10;;;-38;1;0 380;3;6;;380;3;3;38;5;6;;;-39;0;0 390;4;5;;390;5;2;39;1;9;;;-40;2;0 400;5;4;;400;6;2;40;2;10;;;-41;1;2 reste;88;72;;;;;reste;787;1498;;;-42;0;0 total;963;2140;;t30;169;266;total;963;2140;;;-43;0;1 diagr;874;2056;;;;;diagr;175;630;;;-44;0;0 - t30;726;1509;;;;;;;;;;-45;1;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;reste;9;11 ;;;;;;;;;;;;total;74;609 </pre> ====rru intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_négatifs_S-|rru intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> rru;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;;; comp’;0;1;0;25;0;2;0;0;0;3;4;0;0;2;1;1;3;0;1;4;1;1;0;0;1;2;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;4;69;7 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fin;°CDS;1145882;;comp;;deb;°CDS;2714978;129;;;deb;°CDS;4105626;721;comp deb;°CDS;1159249;71;;;;repeat_region;2715965;262;;;;&tRNA;4108039;148;comp ;&tRNA;1160163;117;;;fin;°CDS;2716563;;;;fin;°CDS;4108262;; fin;°CDS;1160356;;;;;;;;;;deb;°CDS;4261100;269;comp deb;°CDS;1339162;168;;;;;;;;;;&tRNA;4262308;118; ;regulatory;1340533;238;;;;;;;;;fin;°CDS;4262501;; fin;°CDS;1340988;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====rru intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_tRNA|rru intercalaires tRNA]] <pre> rru;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;; ;;;;;;;;;; ;66;;163;comp’;253;;12;56;'''deb; ;202;comp’;37;comp’;299;;57;60;<201;15 ;66;comp’;147;comp’;136;;71;63;total;24 ;81;;;;287;;73;75;taux;63% ;66;comp’;257;comp’;319;;84;83;; ;27;;406;;98;;85;86;'''fin; ;165;;224;comp’;43;;89;95;<201;18 ;66;;92;;141;;92;98;total;25 ;;comp’;115;;83;;93;103;taux;72% ;;comp’;239;;170;;98;117;; 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;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;25;29;54;;;;; ;;total;41;42;83;;;;; ;;taux;61%;69%;65%;;;;; </pre> ===oan=== ====oan opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;oan;;genome;;;;;;;;; 56.1%GC;27.12.19 Paris;16s 4 ;61 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 ;;;;;;;;;;;; chromosom1;;;;;;;;;;;; ;34057..34446;;cds;;224;224;;;130;;TIGR02300 family protein;* ;34671..34746;;gcc;@1;-40;*-40;;;;;;* ;34707..35480;;cds;;;;;;258;;glutathione S-transferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;223549..224394;;cds;;164;164;;;282;;3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase CysQ;* ;224559..224635;;ccg;;109;109;;;;;;* comp;224745..225806;;cds;;;;;;354;;site-specific integrase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;337757..338197;;cds;;158;158;;;147;;DMT family transporter;* comp;338356..338431;;ttc;;171;171;;;;;;* comp;338603..338818;;cds;;;;;;72;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;;;;;;;;;;;;* comp;344419..344598;;cds;;147;147;;;60;;hp;* ;344746..344820;;acc;;397;397;;;;;;* ;345218..346030;;cds;;;;;;271;;DUF2189 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;351922..353328;;cds;;167;167;;;469;;deoxyribodipyrimidine photo-lyase;* comp;353496..353572;;cgt;;159;159;;;;;;* comp;353732..355285;;cds;;;;;;*518;;HAMP domain-containing histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;725472..726479;;cds;;219;219;;;336;;glycosyltransferase family 4 protein;* ;726699..726773;;caa;;61;61;;;;;;* comp;726835..727413;;cds;;;;;;193;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;934613..934987;;cds;;333;333;;;125;;transposase;* comp;935321..935397;;agg;;114;114;;;;;;* comp;935512..936675;;cds;;;;;;388;;amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1049919..1051202;;cds;;24;24;;;428;;cystathionine gamma-synthase family protein;* comp;1051227..1051311;;ttg;@2;593;*593;;;;;;* comp;1051905..1053539;;cds;;;;;;*545;;phosphoethanolamine transferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1081066..1083021;;cds;;998;*998;;;*652;;M23 family metallopeptidase;* ;1084020..1085508;;16s;;268;;;;1489;;;* ;1085777..1085853;;atc;;11;;;11;;;;* ;1085865..1085940;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;1085980..1086168;;cds;@3;38;38;;;63;;P-hp;* ;1086207..1089125;;23s;;186;;;;2919;;;* ;1089312..1089426;;5s;;54;;;;115;;;* ;1089481..1089557;;atgf;;363;363;;;;;;* ;1089921..1090091;;cds;;;;;;57;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1096454..1096912;;cds;;7;7;;;153;;hp;* comp;1096920..1097009;;tcg;;352;352;;;;;;* ;1097362..1097751;;cds;;;;;;130;;50S ribosomal protein L21;* ;;;;;;;;;;;;* ;1311344..1311823;;cds;;211;211;;;160;;hp;* ;1312035..1312109;;gag;;88;88;;;;;;* ;1312198..1312467;;cds;;;;;;90;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1344750..1345565;;cds;;677;*677;;;272;;IclR family transcriptional regulator;* ;1346243..1347731;;16s;;268;;;;1489;;;* ;1348000..1348076;;atc;;11;;;11;;;;* ;1348088..1348163;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;1348203..1348391;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;* ;1348430..1351348;;23s;;186;;;;2919;;;* ;1351535..1351649;;5s;;54;;;;115;;;* ;1351704..1351780;;atgf;;360;360;;;;;;* ;1352141..1353082;;cds;;;;;;314;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1354558..1355604;;cds;;85;85;;;349;;polysaccharide deacetylase family protein;* comp;1355690..1355764;;ggc;;136;136;;;;;;* comp;1355901..1357280;;cds;;;;;;460;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1386666..1387982;;cds;;819;*819;;;439;;hp;* comp;1388802..1388891;;tcc;;374;374;;;;;;* ;1389266..1389589;;cds;;;;;;108;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1405236..1405859;;cds;;139;139;;;208;;5,6-dimethylbenzimidazole synthase;* comp;1405999..1406085;;ctg;;146;146;;;;;;* comp;1406232..1406852;;cds;;;;;;207;;2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1604615..1604854;;cds;;26;26;;;80;;hp;* comp;1604881..1604958;;atgj;;10;10;;;;;;* comp;1604969..1605214;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1639492..1640289;;cds;;-44;*-44;;;266;;hp;* comp;1640246..1640322;;atgj;;55;55;;;;;;* ;1640378..1640572;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1778816..1779571;;cds;;385;385;;;252;;SIMPL domain-containing protein;* ;1779957..1780033;;atgi;;265;265;;;;;;* ;1780299..1780844;;cds;;;;;;182;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* ;;;;;;;;;;;;* >;1945985..1946374;;cds;;721;*721;;;130;;P-hp;* comp;1947096..1947171;;aag;;-38;*-38;;;;;;* comp;1947134..1947319;;cds;;;;;;62;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2014813..2015097;;cds;;103;103;;;95;;DUF2218 domain-containing protein;* comp;2015201..2015275;;gaa;+;146;;146;;;;;* comp;2015422..2015496;;gaa;2 gaa;200;200;;;;;;* comp;2015697..2016962;;cds;;;;;;422;;DUF882 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2040234..2040453;;cds;;91;91;;;73;;hp;* ;2040545..2040629;;tac;;24;;24;;;;;* ;2040654..2040727;;gga;;6;6;;;;;;* comp;2040734..2040916;;cds;;-50;*-50;;;61;;hp;* ;2040867..2042042;;cds;;65;65;;;392;;elongation factor Tu;* ;2042108..2042183;;tgg;;420;*420;;;;;;* ;2042604..2042804;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* ;2168416..2168658;;cds;;28;28;;;81;;PepSY domain-containing protein;* comp;2168687..2168760;;ggg;;289;289;;;;;;* ;2169050..2169946;;cds;;;;;;299;;lipid kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2244184..2245050;;cds;;112;112;;;289;;mechanosensitive ion channel;* comp;2245163..2245248;;tta;;200;200;;;;;;* ;2245449..2246705;;cds;;;;;;419;;threonine ammonia-lyase IlvA;* ;;;;;;;;;;;;* ;2267888..2268835;;cds;;305;305;;;316;;patatin family protein;* ;2269141..2269225;;ctc;;66;66;;;;;;* comp;2269292..2270185;;cds;;;;;;298;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2332394..2333530;;cds;;393;393;;;379;;glycosyltransferase family 2 protein;* comp;2333924..2334000;;cgg;;169;169;;;;;;* comp;2334170..2335792;;cds;;;;;;*541;;ABC-F family ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2339396..2340514;;cds;;1650;*1650;;;373;;porin;* comp;2342165..2342239;;gtg;;178;178;;;;;;* comp;2342418..2344424;;cds;;;;;;*669;;murein L,D-transpeptidase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2369668..2370441;;cds;;152;152;;;258;;NAD kinase;* ;2370594..2370669;;aca;;987;*987;;;;;;* comp;2371657..2372076;;cds;;;;;;140;;SUF system Fe-S cluster assembly protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2442729..2443145;;cds;;299;299;;;139;;hp;* comp;2443445..2443519;;atgf;;70;70;;;;;;* <comp;2443590..2443799;;cds;;;;;;70;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2449947..2451311;;cds;;156;156;;;455;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;2451468..2451550;;cta;;236;236;;;;;;* comp;2451787..2452356;;cds;;;;;;190;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2548914..2550098;;cds;;513;*513;;;395;;alpha/beta hydrolase;* comp;2550612..2550688;;gac;+;245;;245;;;;;* comp;2550934..2551010;;gac;2 gac;328;328;;;;;;* ;2551339..2551956;;cds;;;;;;206;;TetR/AcrR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;2604616..2605908;;cds;;824;*824;;;431;;FAD-binding oxidoreductase;* comp;2606733..2606808;;gta;;264;264;;;;;;* comp;2607073..2607996;;cds;;;;;;308;;sugar kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2641040..2641360;;cds;;97;97;;;107;;YnfA family protein;* ;2641458..2641534;;ccc;;94;94;;;;;;* ;2641629..2642357;;cds;;;;;;243;;SDR family oxidoreductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2696299..2697183;;cds;;54;54;;;295;;transcriptional regulator GcvA;* comp;2697238..2697314;;aga;;123;123;;;;;;* comp;2697438..2697743;;cds;;156;156;;;102;;ETC complex I subunit;* comp;2697900..2697976;;cca;;186;186;;;;;;* ;2698163..2698309;;cds;;;;;;49;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2771579..2772697;;cds;;584;*584;;;373;;porin;* ;2773282..2773372;;agc;;203;203;;;;;;* ;2773576..2774643;;cds;;;;;;356;;porin;* chromosom2;;;;;;;;;;;;* ;149537..151504;;cds;;355;355;;;*656;;selenocysteine-specific translation elongation factor;* ;151860..151955;;tga;;14;14;;;;;;* comp;151970..152605;;cds;;;;;;212;;lipase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;298403..299422;;cds;;300;300;;;340;;TerC family protein;* comp;299723..299796;;cag;;361;361;;;;;;* comp;300158..300460;;cds;;;;;;101;;DUF1127 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;455428..456111;;cds;;713;*713;;;228;;FkbM family methyltransferase;* ;456825..458313;;16s;;268;;;;1489;;;* ;458582..458658;;atc;;11;;;11;;;;* ;458670..458745;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;458785..458973;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;* ;459012..461930;;23s;;186;;;;2919;;;* ;462117..462231;;5s;;54;;;;115;;;* ;462286..462362;;atgf;;-44;*-44;;;;;;* comp;462319..463974;;cds;;;;;;*552;;recombinase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;572059..572721;;cds;;545;*545;;;221;;response regulator transcription factor;* comp;573267..573357;;other;@4;620;*620;;;;;;* comp;573978..575285;;cds;;;;;;436;;SidA/IucD/PvdA family monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;611464..611742;;cds;;88;88;;;93;;hp;* comp;611831..611905;;ggc;;387;387;;;;;;* ;612293..612814;;cds;;;;;;174;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;991265..991999;;cds;;217;217;;;245;;alpha/beta hydrolase;* comp;992217..992306;;tca;;323;323;;;;;;* ;992630..992884;;cds;;;;;;85;;DUF2171 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1031528..1032946;;cds;;607;*607;;;473;;PepSY domain-containing protein;* comp;1033554..1033629;;aaa;;327;327;;;;;;* ;1033957..1035651;;cds;;;;;;*565;;membrane protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1067405..1068742;;cds;;131;131;;;446;;DNA polymerase IV;* ;1068874..1068947;;tgc;;739;*739;;;;;;* ;1069687..1069905;;cds;;;;;;73;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1081639..1082031;;cds;;103;103;;;131;;hp;* comp;1082135..1082209;;aac;;168;168;;;;;;* ;1082378..1082653;;cds;;;;;;92;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1333375..1333587;;cds;;209;209;;;71;;hp;* comp;1333797..1333873;;cac;;352;352;;;;;;* ;1334226..1337393;;cds;;;;;;*1056;;PAS domain S-box protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1473437..1474405;;cds;;269;269;;;323;;nitronate monooxygenase;* ;1474675..1474750;;acg;;156;156;;;;;;* >comp;1474907..1475239;;cds;;;;;;111;;DNA adenine methylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1597496..1597666;;cds;;363;363;;;57;;LysR family transcriptional regulator;* comp;1598030..1598106;;atgf;;54;;;;;;;* comp;1598161..1598275;;5s;;186;;;;115;;;* comp;1598462..1601380;;23s;;38;38;;;2919;;;* <;1601419..1601607;;cds;;39;39;;;63;;P-hp;* comp;1601647..1601722;;gca;;11;;;11;;;;* comp;1601734..1601810;;atc;;268;;;;;;;* comp;1602079..1603567;;16s;;743;*743;;;1489;;;* ;1604311..1605192;;cds;;;;;;294;;ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1720169..1720531;;cds;;113;113;;;121;;response regulator;* ;1720645..1720719;;gtc;;465;*465;;;;;;* ;1721185..1721838;;cds;;;;;;218;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;* </pre> ====oan cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_cumuls|oan cumuls]] <pre> oan cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;4;1;;4;1;5;1;;100;25;1;0 ;16atcgca-cds;4;20;;;50;15;40;;200;20;30;0 ;-;;40;1;;100;12;80;;300;21;60;4 ;-;;60;;;150;12;120;;400;15;90;18 ;max a;3;80;;;200;15;160;;500;11;120;8 ;a doubles;0;100;;;250;7;200;;600;5;150;9 ;spéciaux;0;120;;;300;6;240;;700;3;180;3 ;total aas;12;140;;;350;5;280;;800;0;210;6 sans ;opérons;45;160;1;;400;12;320;;900;0;240;4 ;1 aa;42;180;;;450;1;360;;1000;0;270;6 ;max a;2;200;;;500;1;400;;1100;1;300;8 ;a doubles;2;;1;;;16;;;;0;;35 ;total aas;48;;3;4;;107;;0;;101;;101 total aas;;60;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;138;11;;258;;;;256;; ;;;variance;111;0;;268;;;;180;; sans jaune;;;moyenne;;;;174;;;;218;;150 ;;;variance;;;;117;;;;132;;81 </pre> ====oan blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_blocs|oan blocs]] <pre> oan blocs;;;; Constantes;;;; cds;;intercal;cdsa; 16s;;268;1489; atc;;11;; gca;;39;; cds;;38;63;P-hp 23s;;186;2919; 5s;;54;115; atgf;;;; cds;;;; Variations;;;; blocs 16s;;intercal;cdsa; 1084020..1085508;;998;652;M23 family metallopeptidase ;;363;57;LysR family transcriptional regulator ;;;; 1346243..1347731;;677;272;IclR family transcriptional regulator ;;360;314;LysR family transcriptional regulator ;;;; 456825..458313;;713;228;FkbM family methyltransferase ;;-44;552;recombinase family protein ;;;; 1602079..1603567;;743;294;ATPase ;;363;57;LysR family transcriptional regulator </pre> *Détails <pre> cds;743’;713;677;998’ 16s;268;268;268;268 atc;11;11;11;11 gca;39’;39’;39’;39’ cds;38’;38’;38’;38’ 23s;186;186;186;186 5s;54;54;54;54 atgf;363;-44';360;363 cds;;;; </pre> ====oan distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_distribution|oan distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total oan;;41;;;;;41;;oan;6;;;;;;6;;;;;;;;;;;oan;;;;4;;;4 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;; </pre> ====oan1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_données_intercalaires|oan1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;oan1;fx;fc;oan1;fx40;fc40;oan1;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;12;9;0;12;9;-1;0;93;224;109;CDS 16s;; 1;1;10;42;226;1;3;24;-2;1;0;95;147;678;999; ;0;20;29;119;2;4;45;-3;0;0;164;219;23s 5s;; 2;1;30;16;70;3;5;30;-4;22;215;158;24;2* 194;; ;0;40;21;48;4;4;22;-5;0;0;171;7;16s tRNA;; ;0;50;33;45;5;5;21;-6;1;0;397;352;2*273;;atc 1;0;60;43;49;6;5;12;-7;4;3;167;85;tRNA 23s;; 1;2;70;31;61;7;5;10;-8;2;27;159;374;2* 270;;gca ;0;80;28;67;8;3;20;-9;1;0;172;-44;5s tRNA;; 1;1;90;23;42;9;4;14;-10;1;3;333;186;2* 54;;atgf ;3;100;25;51;10;4;28;-11;2;20;114;385;tRNA tRNA;;intra 1;1;110;20;43;11;4;16;-12;2;0;593;721;2* 11;;atc gca ;2;120;12;52;12;2;16;-13;3;3;363;578;tRNA tRNA;; ;1;130;13;45;13;3;15;-14;2;9;211;318;146;;gaa ;3;140;25;36;14;4;19;-15;3;0;88;28;**;;gaa 1;1;150;23;48;15;1;13;-16;0;1;363;289;24;;tac 1;4;160;24;32;16;3;9;-17;2;4;136;197;**;;gga ;3;170;27;33;17;3;9;-18;1;0;819;66;245;;gac ;3;180;14;34;18;3;12;-19;0;1;139;393;**;;gac 2;0;190;24;30;19;4;4;-20;1;6;146;152;;; 1;1;200;12;32;20;2;6;-21;0;1;26;987;;; ;1;210;14;29;21;2;10;-22;0;2;10;328;;; 1;1;220;22;20;22;3;6;-23;0;2;265;824;;; ;1;230;18;19;23;1;11;-24;0;0;103;54;;; ;1;240;15;27;24;2;6;-25;0;0;200;186;;; ;0;250;15;15;25;1;5;-26;1;4;139;584;;; ;0;260;6;12;26;1;4;-27;0;1;65;;;; ;2;270;12;17;27;3;6;-28;0;0;420;;;; ;0;280;8;16;28;0;6;-29;0;2;112;;;; 1;0;290;9;7;29;1;9;-30;0;0;305;;;; ;1;300;12;17;30;2;7;-31;2;0;169;;;; ;1;310;8;12;31;1;3;-32;0;0;1650;;;; 1;0;320;8;5;32;1;4;-33;0;0;178;;;; 1;0;330;13;14;33;1;8;-34;0;0;299;;;; ;1;340;7;14;34;1;9;-35;0;0;70;;;; ;0;350;9;16;35;2;6;-36;1;0;156;;;; 1;0;360;6;5;36;3;2;-37;0;0;236;;;; ;2;370;6;7;37;3;3;-38;0;1;513;;;; 1;0;380;5;8;38;2;9;-39;0;0;264;;;; 1;0;390;7;5;39;4;1;-40;0;0;97;;;; 1;1;400;4;9;40;3;3;-41;0;0;94;;;; 5;5;reste;70;70;reste;651;1044;-42;0;0;123;;;; 26;44;total;771;1516;total;771;1516;-43;0;0;156;;;; 20;39;diagr;689;1437;diagr;108;463;-44;0;0;203;;;; 3;2; t30;87;415;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;759;55;12;826;;;-49;0;0;;;;; ;c;1507;402;9;1918;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;2744;106;;reste;3;4;;;;; ;;;;;;2850;;total;55;402;;;;; </pre> =====oan1 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_autres_intercalaires_aas|oan1 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;oan1;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas fin;;CDS;85;261;; deb;comp;CDS;20987;21391;93; ;;ncRNA;21485;21582;117; fin;;CDS;21700;23517;; deb;;CDS;34057;34446;224; ;;tRNA;34671;34746;95;gcc fin;;CDS;34842;35480;; deb;comp;CDS;36750;37604;244; ;comp;regulatory;37849;38001;259; fin;;CDS;38261;40249;; deb;;CDS;223549;224394;164; ;;tRNA;224559;224635;109;ccg fin;comp;CDS;224745;225806;; deb;comp;CDS;295366;296238;86; ;comp;regulatory;296325;296481;233; fin;;CDS;296715;298838;; deb;comp;CDS;337757;338197;158; ;comp;tRNA;338356;338431;171;ttc fin;comp;CDS;338603;338818;; deb;comp;CDS;344419;344598;147; ;;tRNA;344746;344820;397;acc fin;;CDS;345218;346030;; deb;comp;CDS;351922;353328;167; ;comp;tRNA;353496;353572;159;cgt fin;comp;CDS;353732;355285;; deb;comp;CDS;424109;425302;91; ;comp;regulatory;425394;425473;298; fin;;CDS;425772;426863;; deb;comp;CDS;725472;726479;219; ;;tRNA;726699;726773;172;caa fin;;CDS;726946;729048;; deb;comp;CDS;934613;934987;333; ;comp;tRNA;935321;935397;114;agg fin;comp;CDS;935512;936675;; deb;;CDS;1049919;1051202;24; ;comp;tRNA;1051227;1051311;593;ttg fin;comp;CDS;1051905;1053539;; deb;comp;CDS;1081066;1083021;999; ;;rRNA;1084021;1085503;273;1483 ;;tRNA;1085777;1085853;11;atc ;;tRNA;1085865;1085940;270;gca ;;rRNA;1086211;1089117;194;2907 ;;rRNA;1089312;1089426;54;115 ;;tRNA;1089481;1089557;363;atgj f fin;;CDS;1089921;1090091;; deb;;CDS;1096454;1096912;7; ;comp;tRNA;1096920;1097009;352;tcg fin;;CDS;1097362;1097751;; deb;comp;CDS;1202605;1203609;41; ;comp;regulatory;1203651;1203765;95; fin;;CDS;1203861;1204517;; deb;;CDS;1263516;1263881;88; ;;ncRNA;1263970;1264128;99; fin;;CDS;1264228;1265223;; deb;;CDS;1311344;1311823;211; ;;tRNA;1312035;1312109;88;gag fin;;CDS;1312198;1312467;; deb;;CDS;1344750;1345565;678; ;;rRNA;1346244;1347726;273;1483 ;;tRNA;1348000;1348076;11;atc ;;tRNA;1348088;1348163;270;gca ;;rRNA;1348434;1351340;194;2907 ;;rRNA;1351535;1351649;54;115 ;;tRNA;1351704;1351780;363;atgj f fin;;CDS;1352144;1353082;; deb;;CDS;1354558;1355604;85; ;comp;tRNA;1355690;1355764;136;ggc fin;comp;CDS;1355901;1357280;; deb;comp;CDS;1386666;1387982;819; ;comp;tRNA;1388802;1388891;374;tcc fin;;CDS;1389266;1389589;; deb;comp;CDS;1405236;1405859;139; ;comp;tRNA;1405999;1406085;146;ctg fin;comp;CDS;1406232;1406852;; deb;comp;CDS;1604615;1604854;26; ;comp;tRNA;1604881;1604958;10;atgj j fin;comp;CDS;1604969;1605214;; deb;;CDS;1639492;1640289;-44; ;comp;tRNA;1640246;1640322;186;atgj j fin;;CDS;1640509;1641465;; deb;comp;CDS;1778816;1779571;385; ;;tRNA;1779957;1780033;265;atgi fin;;CDS;1780299;1780844;; deb;;CDS;1818096;1818755;175; ;;ncRNA;1818931;1819358;205; fin;;CDS;1819564;1820313;; deb;;CDS;1881047;1881754;33; ;comp;tmRNA;1881788;1882155;188; fin;;CDS;1882344;1882655;; deb;;CDS;1917737;1918849;108; ;;regulatory;1918958;1919182;154; fin;;CDS;1919337;1921202;; deb;;CDS;1945985;1946374;721; ;comp;tRNA;1947096;1947171;578;aag fin;;CDS;1947750;1948412;; deb;;CDS;1973835;1975286;48; ;;regulatory;1975335;1975573;50; fin;;CDS;1975624;1975812;; deb;comp;CDS;2014813;2015097;103; ;comp;tRNA;2015201;2015275;146;gaa ;comp;tRNA;2015422;2015496;200;gaa fin;comp;CDS;2015697;2016962;; deb;comp;CDS;2039366;2040226;318; ;;tRNA;2040545;2040629;24;tac ;;tRNA;2040654;2040727;139;gga deb;;CDS;2040867;2042042;65; ;;tRNA;2042108;2042183;420;tgg fin;;CDS;2042604;2042804;; deb;;CDS;2168416;2168658;28; ;comp;tRNA;2168687;2168760;289;ggg fin;;CDS;2169050;2169946;; deb;comp;CDS;2244184;2245050;112; ;comp;tRNA;2245163;2245248;197;tta fin;;CDS;2245446;2246705;; deb;;CDS;2267888;2268835;305; ;;tRNA;2269141;2269225;66;ctc fin;comp;CDS;2269292;2270185;; deb;;CDS;2332394;2333530;393; ;comp;tRNA;2333924;2334000;169;cgg fin;comp;CDS;2334170;2335792;; deb;comp;CDS;2339396;2340514;1650; ;comp;tRNA;2342165;2342239;178;gtg fin;comp;CDS;2342418;2344424;; deb;comp;CDS;2369668;2370441;152; ;;tRNA;2370594;2370669;987;aca fin;comp;CDS;2371657;2372076;; deb;comp;CDS;2442729;2443145;299; ;comp;tRNA;2443445;2443519;70;atgj f fin;comp;CDS;2443590;2443781;; deb;comp;CDS;2449947;2451311;156; ;comp;tRNA;2451468;2451550;236;cta fin;comp;CDS;2451787;2452356;; deb;comp;CDS;2548914;2550098;513; ;comp;tRNA;2550612;2550688;245;gac ;comp;tRNA;2550934;2551010;328;gac fin;;CDS;2551339;2551956;; deb;;CDS;2604616;2605908;824; ;comp;tRNA;2606733;2606808;264;gta fin;comp;CDS;2607073;2607996;; deb;;CDS;2641040;2641360;97; ;;tRNA;2641458;2641534;94;ccc fin;;CDS;2641629;2642357;; deb;;CDS;2696299;2697183;54; ;comp;tRNA;2697238;2697314;123;aga deb;comp;CDS;2697438;2697743;156; ;comp;tRNA;2697900;2697976;186;cca fin;;CDS;2698163;2698309;; deb;comp;CDS;2771579;2772697;584; ;;tRNA;2773282;2773372;203;agc fin;;CDS;2773576;2774643;; deb;;CDS;2886536;2887183;84; </pre> ====oan2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_données_intercalaires|oan2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;oan2;fx;fc;oan2;fx40;fc40;oan2;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;2;1;0;2;1;-1;0;48;355;14;CDS 16s ;; ;0;10;29;159;1;2;26;-2;1;0;300;-44;714;744; 1;0;20;25;104;2;3;23;-3;1;0;361;387;23s 5s;; ;0;30;9;49;3;8;18;-4;12;195;545;217;2* 194;; ;0;40;21;49;4;4;17;-5;0;0;620;323;16s tRNA;; ;0;50;15;25;5;2;14;-6;0;0;88;327;2* 273;;atc ;0;60;17;29;6;3;4;-7;0;2;607;103;tRNA 23s;; ;0;70;13;45;7;5;8;-8;1;16;131;168;2* 270;;gca ;0;80;13;35;8;1;15;-9;0;0;739;352;5s tRNA;; ;1;90;18;32;9;1;12;-10;0;2;209;156;2* 54;;atgf ;0;100;13;31;10;0;22;-11;0;8;269;;tRNA tRNA;;intra 1;0;110;25;29;11;4;26;-12;1;0;363;;2* 11;;atc gca ;1;120;7;32;12;4;19;-13;1;0;113;;;; ;0;130;16;20;13;2;12;-14;0;6;465;;;; ;1;140;12;30;14;2;10;-15;0;0;;;;; ;0;150;10;17;15;2;6;-16;2;0;;;;; 1;0;160;15;20;16;0;6;-17;0;1;;;;; 1;0;170;13;14;17;4;3;-18;1;0;;;;; ;0;180;13;12;18;3;4;-19;1;0;;;;; ;0;190;11;18;19;2;8;-20;0;3;;;;; ;0;200;10;10;20;2;10;-21;1;0;;;;; ;1;210;9;7;21;1;6;-22;0;0;;;;; 1;0;220;10;10;22;2;5;-23;0;1;;;;; ;0;230;5;16;23;0;7;-24;0;0;;;;; ;0;240;6;10;24;2;7;-25;0;1;;;;; ;0;250;7;12;25;1;1;-26;0;0;;;;; ;0;260;6;7;26;0;9;-27;1;0;;;;; ;1;270;5;8;27;0;4;-28;0;1;;;;; ;0;280;6;2;28;3;1;-29;0;1;;;;; ;0;290;2;7;29;0;3;-30;0;0;;;;; ;1;300;6;3;30;0;6;-31;0;0;;;;; ;0;310;8;7;31;0;4;-32;0;2;;;;; ;0;320;3;7;32;1;4;-33;0;0;;;;; 2;0;330;7;4;33;3;7;-34;0;0;;;;; ;0;340;4;5;34;0;3;-35;0;1;;;;; ;0;350;8;1;35;1;5;-36;0;0;;;;; 1;1;360;3;4;36;2;9;-37;0;0;;;;; ;2;370;7;3;37;4;6;-38;0;0;;;;; ;0;380;6;2;38;3;3;-39;0;0;;;;; 1;0;390;3;5;39;4;6;-40;0;0;;;;; ;0;400;2;1;40;3;2;-41;2;0;;;;; ;5;reste;40;32;reste;374;552;-42;0;0;;;;; 10;14;total;460;914;total;460;914;-43;0;0;;;;; 9;9;diagr;418;881;diagr;84;361;-44;0;0;;;;; 1;0; t30;63;312;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;458;28;2;488;;;-49;0;0;;;;; ;c;913;292;1;1206;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1694;46;;reste;2;2;;;;; ;;;;;;1740;;total;28;292;;;;; </pre> =====oan2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_autres_intercalaires_aas|oan2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;oan2;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;149537;151504;355;*; ;;tRNA;151860;151955;14;*;tga fin;comp;CDS;151970;152605;;; deb;;CDS;249965;250795;64;*; ;;regulatory;250860;251074;365;*; fin;;CDS;251440;251661;;; deb;comp;CDS;298403;299422;300;*; ;comp;tRNA;299723;299796;361;*;cag fin;comp;CDS;300158;300460;;; deb;;CDS;455428;456111;714;*; ;;rRNA;456826;458308;273;*;1483 ;;tRNA;458582;458658;11;*;atc ;;tRNA;458670;458745;270;*;gca ;;rRNA;459016;461922;194;*;2907 ;;rRNA;462117;462231;54;*;115 ;;tRNA;462286;462362;-44;*;atgf fin;comp;CDS;462319;463974;;; deb;comp;CDS;572059;572721;545;*; ;comp;tRNA;573267;573357;620;*;other fin;comp;CDS;573978;575285;;; deb;comp;CDS;611464;611742;88;*; ;comp;tRNA;611831;611905;387;*;ggc fin;;CDS;612293;612814;;; deb;;CDS;850872;851594;138;*; ;;regulatory;851733;851842;43;*; fin;;CDS;851886;852806;;; deb;;CDS;991265;991999;217;*; ;comp;tRNA;992217;992306;323;*;tca fin;;CDS;992630;992884;;; deb;comp;CDS;1031528;1032946;607;*; ;comp;tRNA;1033554;1033629;327;*;aaa fin;;CDS;1033957;1035651;;; deb;;CDS;1067405;1068742;131;*; ;;tRNA;1068874;1068947;739;*;tgc fin;;CDS;1069687;1069905;;; deb;;CDS;1081639;1082031;103;*; ;comp;tRNA;1082135;1082209;168;*;aac fin;;CDS;1082378;1082653;;; deb;comp;CDS;1215924;1217189;597;*; ;;regulatory;1217787;1217947;76;*; fin;;CDS;1218024;1218500;;; deb;comp;CDS;1273601;1274704;142;*; ;comp;regulatory;1274847;1274930;495;*; fin;;CDS;1275426;1275572;;; deb;comp;CDS;1327333;1328361;180;*; ;comp;regulatory;1328542;1328776;221;*; fin;;CDS;1328998;1329948;;; deb;comp;CDS;1333375;1333587;209;*; ;comp;tRNA;1333797;1333873;352;*;cac fin;;CDS;1334226;1337393;;; deb;;CDS;1473437;1474405;269;*; ;;tRNA;1474675;1474750;156;*;acg fin;comp;CDS;1474907;1475239;;; deb;comp;CDS;1597496;1597666;363;*; ;comp;tRNA;1598030;1598106;54;*;atgf ;comp;rRNA;1598161;1598275;194;*;115 ;comp;rRNA;1598470;1601376;270;*;2907 ;comp;tRNA;1601647;1601722;11;*;gca ;comp;tRNA;1601734;1601810;273;*;atc ;comp;rRNA;1602084;1603566;744;*;1483 fin;;CDS;1604311;1605192;;; deb;;CDS;1720169;1720531;113;*; ;;tRNA;1720645;1720719;465;*;gtc fin;;CDS;1721185;1721838;;; </pre> ===abq=== ====abq opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_opérons|abq opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;abq;;genome;;;;;;;;; 68.45%GC;29.12.19 Paris;16s 9 ;88 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; ;125527..126444;;cds;;127;127;;;306;;restriction endonuclease;* comp;126572..126647;;gcg;;206;206;;;;;;* ;126854..127138;;cds;;;;;;95;;YggT family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;163237..164982;;cds;;175;175;;;582;;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;* ;165158..165234;;agg;;59;59;;;;;;* ;165294..166022;;cds;;;;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;188235..189860;;cds;;42;42;;;542;;glycosyltransferase;* comp;189903..189977;;acg;;81;81;;;;;;* comp;190059..191987;;cds;;;;;;643;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;250833..251111;;cds;;169;169;;;93;;hp;* comp;251281..251356;;gcc;;141;141;;;;;;* comp;251498..251893;;cds;;;;;;132;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;458142..458459;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;* ;458669..458758;;tcg;;63;63;;;;;;* comp;458822..459664;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;496776..497171;;cds;;162;162;;;132;;cupin domain-containing protein;* comp;497334..497420;;ttg;;137;137;;;;;;* ;497558..498085;;cds;;;;;;176;;disulfide bond formation protein B;* ;;;;;;;;;;;;* comp;615937..616350;;cds;;121;121;;;138;;hp;* comp;616472..616548;;ccg;+;206;;206;;;;;* comp;616755..616831;;ccg;2 ccg;109;109;;;;;;* comp;616941..617957;;cds;;;;;;339;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;748703..749161;;cds;;38;38;;;153;;hp;* comp;749200..749275;;aca;;91;91;;;;;;* comp;749367..750221;;cds;;144;144;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;750366..750451;;tac;;60;;60;;;;;* ;750512..750585;;gga;;81;81;;;;;;* ;750667..751857;;cds;;153;153;;;397;;elongation factor Tu;* ;752011..752086;;tgg;;69;69;;;;;;* ;752156..752353;;cds;;;;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* comp;794457..795983;;cds;;296;296;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;* ;796280..796355;;aag;+;76;;76;;;;;* ;796432..796507;;aag;2 aag;109;109;;;;;;* comp;796617..797057;;cds;;;;;;147;;MaoC family dehydratase;* ;;;;;;;;;;;;* ;870412..872373;;cds;;159;159;;;654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;872533..872608;;atgi;;5;5;;;;;;* comp;872614..873093;;cds;;134;134;;;160;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;873228..873304;;cgt;;212;212;;;;;;* ;873517..874023;;cds;;;;;;169;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;931962..933011;;cds;;68;68;;;350;;low specificity L-threonine aldolase;* ;933080..933155;;gag;+;38;;38;;;;;* ;933194..933269;;gag;2 gag;72;72;;;;;;* comp;933342..934340;;cds;;;;;;333;;transglycosylase SLT domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;997881..998357;;cds;;246;246;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* comp;998604..998678;;acc;;175;175;;;;;;* comp;998854..1000815;;cds;;;;;;654;;polysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1164137..1165048;;cds;;159;159;;;304;;DUF3108 domain-containing protein;* ;1165208..1165282;;gtg;+;132;;132;;;;;* ;1165415..1165489;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;* ;1165721..1165885;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1242416..1242919;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;* ;1243005..1243081;;ccc;;139;139;;;;;;* comp;1243221..1244999;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1353398..1353895;;cds;;118;118;;;166;;hp;* ;1354014..1354091;;cca;;49;49;;;;;;* ;1354141..1354437;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;* ;1354448..1354524;;aga;;443;*443;;;;;;* ;1354968..1355213;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1370270..1370500;;cds;;196;196;;;77;;hp;* comp;1370697..1370772;;aac;@2;220;;220;;;;;* comp;1370993..1371066;;tgc;;218;218;;;;;;* ;1371285..1371941;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1427443..1427733;;cds;;236;236;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;1427970..1428085;;5s;;129;;;;116;;;* comp;1428215..1430967;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;1431234..1431309;;gca;;30;;;30;;;;* comp;1431340..1431416;;atc;;108;;;;;;;* comp;1431525..1433015;;16s;;779;*779;;;1491;;;* ;1433795..1437778;;cds;;;;;;1328;;non-ribosomal peptide synthetase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1576457..1577296;;cds;;243;243;;;280;;aldo/keto reductase;* comp;1577540..1577615;;gaa;;123;123;;;;;;* comp;1577739..1579538;;cds;;;;;;600;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1723089..1723457;;cds;;344;344;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* comp;1723802..1723878;;gac;;164;;164;;;;;* comp;1724043..1724117;;gta;;106;106;;;;;;* comp;1724224..1724496;;cds;;;;;;91;;HU family DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1730385..1731719;;cds;;91;91;;;445;;trigger factor;* comp;1731811..1731895;;cta;;173;173;;;;;;* comp;1732069..1733634;;cds;;;;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1733741..1735207;;cds;;129;129;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;* comp;1735337..1735412;;cac;+;109;;109;;;;;* comp;1735522..1735597;;cac;2 cac;337;337;;;;;;* ;1735935..1736273;;cds;;;;;;113;;P-II family nitrogen regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1951126..1951752;;cds;;149;149;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;* ;1951902..1951987;;tac;;74;74;;;;;;* comp;1952062..1952424;;cds;;;;;;121;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1996903..1997244;;cds;;595;*595;;;114;;hp;* comp;1997840..1997914;;atgj;;131;131;;;;;;* comp;1998046..1999179;;cds;;;;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;;* ;2086487..2088658;;cds;;156;156;;;724;;malate synthase G;* comp;2088815..2088889;;gtc;;234;234;;;;;;* ;2089124..2090002;;cds;;;;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2303404..2303880;;cds;;414;*414;;;159;;bacterioferritin;* comp;2304295..2304377;;tta;;406;*406;;;;;;* comp;2304784..2305029;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2482875..2484518;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;* comp;2484884..2484974;;tcc;;120;120;;;;;;* comp;2485095..2485898;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2640759..2641325;;cds;;149;149;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;2641475..2641549;;ggc;;688;*688;;;;;;* ;2642238..2642915;;cds;;;;;;226;;dimethylmenaquinone methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2764482..2765567;;cds;;659;*659;;;362;;hp;* comp;2766227..2766300;;ggg;;35;35;;;;;;* comp;2766336..2766995;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2781933..2783774;;cds;;187;187;;;614;;EAL and GGDEF domain-containing protein;* comp;2783962..2784077;;5s;;129;;;;116;;;* comp;2784207..2786959;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;2787215..2787290;;gca;;30;;;30;;;;* comp;2787321..2787397;;atc;;108;;;;;;;* comp;2787506..2789006;;16s;;496;*496;;;1501;;;* comp;2789503..2790207;;cds;;;;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2843264..2843443;;cds;;77;77;;;60;;hp;* comp;2843521..2843597;;cgt;;170;170;;;;;;* ;2843768..2844268;;cds;;;;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;* plasmide2;;;;;;;;;;;;* comp;51090..51836;;cds;;481;*481;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* comp;52318..52393;;tgg;;363;*363;;;;;;* ;52757..53587;;cds;;;;;;277;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;809229..810019;;cds;;870;*870;;;264;;IS5 family transposase;* comp;810890..810966;;atgf;;96;;;;;;;* comp;811063..811178;;5s;;127;;;;116;;;* comp;811306..814058;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;814325..814400;;gca;;30;;;30;;;;* comp;814431..814507;;atc;;108;;;;;;;* comp;814616..816106;;16s;;452;*452;;;1491;;;* comp;816559..817443;;cds;;;;;;295;;helix-turn-helix domain-containing protein;* plasmide4;;;;;;;;;;;;* ;196992..199346;;cds;;148;148;;;785;;mechanosensitive ion channel;* ;199495..199581;;ctg;;30;;30;;;;;* ;199612..199687;;gcc;;188;188;;;;;;* ;199876..201333;;cds;;;;;;486;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;237538..238578;;cds;;92;92;;;347;;response regulator;* comp;238671..238747;;cgg;;96;96;;;;;;* comp;238844..239821;;cds;;;;;;326;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;257739..258470;;cds;;125;125;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;258596..258682;;ctc;;123;123;;;;;;* comp;258806..259108;;cds;;;;;;101;;STAS domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;399367..400527;;cds;;278;278;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;* comp;400806..400921;;5s;;129;;;;116;;;* comp;401051..403803;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;404059..404134;;gca;;30;;;30;;;;* comp;404165..404241;;atc;;108;;;;;;;* comp;404350..405850;;16s;;502;*502;;;1501;;;* comp;406353..406547;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;504531..504893;;cds;;82;82;;;121;;response regulator;* ;504976..505051;;aac;;3;;3;;;;;* ;505055..505131;;gac;;4;;4;;;;;* ;505136..505210;;ggc;;102;102;;;;;;* comp;505313..506080;;cds;;83;83;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;506164..506790;;cds;;202;202;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;* comp;506993..507108;;5s;;127;;;;116;;;* comp;507236..509988;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;510255..510330;;gca;;30;;;30;;;;* comp;510361..510437;;atc;;110;;;;;;;* comp;510548..512038;;16s;;615;*615;;;1491;;;* ;512654..513568;;cds;;;;;;305;;lytic transglycosylase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;588108..590768;;cds;;340;340;;;887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;* ;591109..591184;;ttc;;286;286;;;;;;* ;591471..592979;;cds;;;;;;503;;FAD-binding oxidoreductase;* plasmide5;;;;;;;;;;;;* ;86421..87089;;cds;;455;*455;;;223;;RraA family protein;* ;87545..87619;;ggc;;193;193;;;;;;* ;87813..88865;;cds;;;;;;351;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);* plasmide1;;;;@3;;;;;;;;* >comp;115594..115896;;cds;;394;*394;;;101;;P-IS5/IS1182 family transposase;* comp;116291..116367;;atgf;;96;;;;;;;* comp;116464..116579;;5s;;129;;;;116;;;* comp;116709..119461;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;119717..119792;;gca;;30;;;30;;;;* comp;119823..119899;;atc;;108;;;;;;;* comp;120008..121498;;16s;;740;*740;;;1491;;;* ;122239..123597;;cds;;;;;;453;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;217550..218176;;cds;;123;123;;;209;;ribonuclease D;* comp;218300..218386;;ctg;;228;228;;;;;;* ;218615..219604;;cds;;;;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;300477..301733;;cds;;472;*472;;;419;;exonuclease subunit SbcD;* ;302206..303696;;16s;;108;;;;1491;;;* ;303805..303881;;atc;;30;;;30;;;;* ;303912..303987;;gca;;255;;;;;;;* ;304243..306995;;23s;;129;;;;2753;;;* ;307125..307240;;5s;;96;;;;116;;;* ;307337..307413;;atgf;;161;161;;;;;;* <comp;307575..307805;;cds;;;;;;77;;p-ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;466493..467710;;cds;;231;231;;;406;;site-specific integrase;* comp;467942..468031;;tca;;205;205;;;;;;* comp;468237..468809;;cds;;;;;;191;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;512242..512790;;cds;;136;136;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;* ;512927..513002;;aaa;;209;209;;;;;;* ;513212..514036;;cds;;;;;;275;;DUF3618 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;931813..933912;;cds;;79;79;;;700;;membrane protein;* ;933992..934066;;caa;;382;*382;;;;;;* comp;934449..935270;;cds;;;;;;274;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;948715..949743;;cds;;199;199;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;949943..950016;;cag;;246;246;;;;;;* comp;950263..950829;;cds;;;;;;189;;IS3 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* >;971260..971532;;cds;;493;*493;;;91;;P-hp;* comp;972026..972119;;agc;;197;197;;;;;;* ;972317..972550;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1302373..1303350;;cds;;166;166;;;326;;alpha-1,3-fucosyltransferase;* comp;1303517..1303592;;ttc;;98;98;;;;;;* comp;1303691..1303876;;cds;;;;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;;;;;;;;;;;;* ;1349823..1350929;;cds;;145;145;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;1351075..1353828;;23s;;262;;;;2754;;;* comp;1354091..1355591;;16s;@1;676;*676;;;1501;;;* ;1356268..1356726;;cds;;;;;;153;;MarR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1441708..1443066;;cds;;153;153;;;453;;hp;* ;1443220..1443294;;acc;;1;;1;;;;;* ;1443296..1443371;;gcg;;99;;99;;;;;* ;1443471..1443547;;gac;;44;;44;;;;;* ;1443592..1443666;;gtc;;1;;1;;;;;* ;1443668..1443741;;cag;;137;137;;;;;;* comp;1443879..1446428;;cds;;;;;;850;;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1566394..1566612;;cds;;193;193;;;73;;hp;* comp;1566806..1566921;;5s;;128;;;;116;;;* comp;1567050..1569802;;23s;;254;;;;2753;;;* comp;1570057..1570132;;gca;;30;;;30;;;;* comp;1570163..1570239;;atc;;94;;;;;;;* comp;1570334..1571834;;16s;;444;*444;;;1501;;;* comp;1572279..1572707;;cds;;;;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1723583..1724962;;cds;;94;94;;;460;;hp;* comp;1725057..1725143;;ctc;;475;*475;;;;;;* ;1725619..1726311;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1757680..1760568;;cds;;308;308;;;963;;PAS domain-containing protein;* ;1760877..1760963;;ctg;;29;;29;;;;;* ;1760993..1761068;;gcc;;247;247;;;;;;* comp;1761316..1761840;;cds;;;;;;175;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1854042..1855049;;cds;;135;135;;;336;;inorganic phosphate transporter;* comp;1855185..1855259;;ggc;;243;243;;;;;;* ;1855503..1858685;;cds;;;;;;1061;;AAA family ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;1883235..1883816;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;* ;1884027..1884102;;aac;;4;;4;;;;;* ;1884107..1884183;;gac;;32;32;;;;;;* comp;1884216..1884821;;cds;;;;;;202;;hp;* </pre> ====abq cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_cumuls|abq cumuls]] <pre> abq cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300; avec rRNA;opérons;9;1;2;;1;0;1;;100;17;1;0 ;16atcgca235;5;20;3;;50;7;40;;200;29;30;0 ;Id-atgf;3;40;3;8;100;19;80;;300;24;60;2 ;16s23s;1;60;2;;150;26;120;;400;18;90;9 ;max a;3;80;1;;200;20;160;;500;8;120;11 ;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;8;150;8 ;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;5;180;11 ;total aas;19;140;1;;350;4;280;;800;2;210;9 sans ;opérons;51;160;0;;400;4;320;;900;2;240;6 ;1 aa;38;180;1;;450;4;360;;1000;1;270;6 ;max a;5;200;0;;500;7;400;;1100;1;300;8 ;a doubles;5;;2;;;9;;;;1;;46 ;total aas;68;;17;8;;121;;0;;116;;116 total aas;;87;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;72;30;;227;;;;308;; ;;;variance;72;0;;175;;;;230;; sans jaune;;;moyenne;;;;153;;;;249;;166 ;;;variance;;;;74;;;;142;;71 </pre> ====abq blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_blocs|abq blocs]] <pre> abq blocs;;;;;;;;;;;;;;; bloc;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa; cds;779;1328;non ribosom;496;235;PAP2 fam;502;65;hp;615;305;lytic dom;444;143;DUF1489 $16s;108;§1491;;108;§1501;;108;§1501;;110;1491;;94;§1501; atc;30;;;30;;;30;;;30;;;30;; gca;266;;;255;;;255;;;266;;;254;; $23s;129;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;127;2753;;128;§2753; $5s;236;§116;;187;§116;;278;§116;;202;116;;193;§116; cds;;97;YkgJ fam;;614;EAL & GGDEF;;387;PQQ;;209;pyridoxamine;;73;hp ;;;;;;;;;;;;;;; cds;452;295;Hx-t-Hx;740;453;peptido fam;472;419;exo SbcD;;;;;; $16s;108;§1491;;108;§1491;;108;§1491;;;;;;; atc;30;;;30;;;30;;;;;;;; gca;266;;;255;;;255;;;;cds;676;153;MarR fam; $23s;127;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;;$16s;262;§1501;; $5s;96;§116;;96;§116;;96;§116;;;$23s;145;§2754;; atgf;870;;;394;;;161;;;;cds;;369;GNAT fam; cds;;264;IS5 fam;;101;p-IS5/IS1182;;77;p-ATP-bind;;;;;; </pre> ====abq distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_distribution|abq distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;aag2;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;cac2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;ccg2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;gag2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;gtg2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;ggc;gtc;1;gcc;2;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;3 1aa;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;1 >1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total abq;;38;;;;;38;;abq;20;;;;;;20;;abq;10;;;;;;10;;abq;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====abq données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_données_intercalaires|abq données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abq;fx;fc;abq;fx40;fc40;abq;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;4;0;2;4;-1;0;61;59;127;16s tRNA;; 1;1;10;65;170;1;4;13;-2;1;0;42;206;2* 114;;atc ;0;20;54;138;2;4;15;-3;0;0;81;175;tRNA 23s;; ;0;30;57;90;3;10;20;-4;6;199;169;209;267;;gca ;2;40;17;65;4;11;26;-5;0;0;141;63;256;;gca ;2;50;24;74;5;6;24;-6;1;0;162;137;tRNA tRNA;;intra ;1;60;21;59;6;7;12;-7;1;1;121;144;2* 30;;atc gca 1;2;70;24;47;7;8;15;-8;1;20;109;296;tRNA tRNA;; 3;0;80;31;67;8;4;16;-9;0;0;38;109;206;;ccg ;3;90;24;68;9;6;8;-10;1;1;91;5;**;;ccg ;2;100;29;70;10;5;21;-11;1;6;81;212;60;;tac 1;2;110;29;61;11;3;17;-12;0;0;153;72;**;;gga 1;1;120;23;59;12;6;14;-13;0;4;69;246;76;;aag 1;3;130;26;56;13;6;22;-14;1;3;159;165;**;;aag 2;2;140;21;50;14;2;21;-15;0;0;134;139;38;;gag 2;2;150;27;44;15;8;14;-16;0;1;68;118;**;;gag 1;2;160;25;47;16;11;14;-17;3;2;175;218;132;;gtg 2;2;170;33;37;17;1;8;-18;0;1;231;337;**;;gtg 1;2;180;15;41;18;3;7;-19;0;1;85;74;220;;aac 1;0;190;22;24;19;8;13;-20;0;7;49;595;**;;tgc ;1;200;24;36;20;6;8;-21;0;0;10;156;164;;gac 2;0;210;27;24;21;10;8;-22;0;0;443;234;**;;gta 2;0;220;13;24;22;9;8;-23;3;3;196;187;109;;cac ;0;230;18;16;23;5;3;-24;1;0;243;365;**;;cac 1;1;240;17;19;24;4;9;-25;0;1;123;149;;; 1;1;250;14;17;25;7;11;-26;1;2;344;77;;; ;0;260;16;15;26;6;13;-27;0;0;106;170;;; ;0;270;19;17;27;5;11;-28;0;0;91;;;; ;0;280;15;7;28;3;8;-29;3;2;173;;;; ;0;290;9;2;29;0;8;-30;0;0;129;;;; 1;0;300;6;8;30;8;11;-31;0;4;149;;;; ;0;310;7;9;31;0;11;-32;1;0;131;;;; ;0;320;9;7;32;3;5;-33;0;0;414;;;; ;0;330;8;5;33;2;8;-34;0;0;120;;;; 1;0;340;9;3;34;5;6;-35;0;0;688;;;; ;1;350;3;3;35;3;7;-36;0;0;659;;;; ;0;360;5;3;36;1;9;-37;0;0;35;;;; 1;0;370;8;9;37;1;5;-38;3;0;CDS 16s;;;; ;0;380;6;2;38;0;3;-39;0;0;496;779;;; ;0;390;2;7;39;1;4;-40;0;0;23s 5s;;;; ;0;400;4;4;40;1;7;-41;2;1;2* 134;;;; 1;4;reste;82;57;reste;695;1098;-42;0;0;5s CDS;;;; 27;37;total;890;1565;total;890;1565;-43;0;1;236;187;;; 26;33;diagr;806;1504;diagr;193;463;-44;0;0;;;;; 1;1; t30;176;398;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;888;37;2;927;;;-49;1;0;;;;; ;c;1561;330;4;1895;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;2822;104;;reste;5;7;;;;; ;;;;;;2926;;total;37;330;;;;; </pre> =====abq autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_autres_intercalaires_aas|abq autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abq;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;125527;126444;127;*; ;comp;tRNA;126572;126647;206;*;gcg fin;;CDS;126854;127138;;; deb;comp;CDS;163237;164982;175;*; ;;tRNA;165158;165234;59;*;agg fin;;CDS;165294;166022;;; deb;comp;CDS;188235;189860;42;*; ;comp;tRNA;189903;189977;81;*;acg fin;comp;CDS;190059;191987;;; deb;comp;CDS;250833;251111;169;*; ;comp;tRNA;251281;251356;141;*;gcc fin;comp;CDS;251498;251893;;0; deb;;CDS;409912;410451;134;*; ;;ncRNA;410586;410683;99;*; fin;;CDS;410783;412645;;; deb;comp;CDS;458142;458459;209;*; ;;tRNA;458669;458758;63;*;tcg fin;comp;CDS;458822;459664;;; deb;comp;CDS;496776;497171;162;*; ;comp;tRNA;497334;497420;137;*;ttg fin;;CDS;497558;498085;;; deb;comp;CDS;599094;599591;554;*; ;comp;ncRNA;600146;600563;62;*; fin;comp;CDS;600626;601336;;; deb;comp;CDS;615937;616350;121;*; ;comp;tRNA;616472;616548;206;*;ccg ;comp;tRNA;616755;616831;109;*;ccg fin;comp;CDS;616941;617957;;0; deb;comp;CDS;748703;749161;38;*; ;comp;tRNA;749200;749275;91;*;aca deb;comp;CDS;749367;750221;144;*; ;;tRNA;750366;750451;60;*;tac ;;tRNA;750512;750585;81;*;gga deb;;CDS;750667;751857;153;*; ;;tRNA;752011;752086;69;*;tgg fin;;CDS;752156;752353;;; deb;comp;CDS;794457;795983;296;*; ;;tRNA;796280;796355;76;*;aag ;;tRNA;796432;796507;109;*;aag fin;comp;CDS;796617;797057;;; deb;;CDS;870412;872373;159;*; ;;tRNA;872533;872608;5;*;atgi deb;comp;CDS;872614;873093;134;*; ;comp;tRNA;873228;873304;212;*;cgt fin;;CDS;873517;874023;;; deb;;CDS;931977;933011;68;*; ;;tRNA;933080;933155;38;*;gag ;;tRNA;933194;933269;72;*;gag fin;comp;CDS;933342;934340;;0; deb;;CDS;965995;966240;85;*; ;;regulatory;966326;966425;175;*; fin;;CDS;966601;967713;;; deb;;CDS;987790;988104;13;*; ;;ncRNA;988118;988277;39;*; fin;;CDS;988317;988940;;; deb;;CDS;997881;998357;246;*; ;comp;tRNA;998604;998678;175;*;acc fin;comp;CDS;998854;1000815;;; deb;comp;CDS;1164137;1165042;165;*; ;;tRNA;1165208;1165282;132;*;gtg ;;tRNA;1165415;1165489;231;*;gtg fin;;CDS;1165721;1165885;;; deb;;CDS;1242416;1242919;85;*; ;;tRNA;1243005;1243081;139;*;ccc fin;comp;CDS;1243221;1244972;;0; deb;comp;CDS;1353398;1353895;118;*; ;;tRNA;1354014;1354091;49;*;cca deb;;CDS;1354141;1354437;10;*; ;;tRNA;1354448;1354524;443;*;aga fin;;CDS;1354968;1355213;;0; deb;comp;CDS;1370270;1370500;196;*; ;comp;tRNA;1370697;1370772;220;*;aac ;comp;tRNA;1370993;1371066;218;*;tgc fin;;CDS;1371285;1371941;;; deb;comp;CDS;1427443;1427733;236;*; ;comp;rRNA;1427970;1428085;134;*;116 ;comp;rRNA;1428220;1430966;267;*;2747 ;comp;tRNA;1431234;1431309;30;*;gca ;comp;tRNA;1431340;1431416;114;*;atc ;comp;rRNA;1431531;1433015;779;*;1485 fin;;CDS;1433795;1437778;;; deb;comp;CDS;1553335;1555176;116;*; ;comp;regulatory;1555293;1555405;204;*; fin;;CDS;1555610;1555798;;0; deb;comp;CDS;1576457;1577296;243;*; ;comp;tRNA;1577540;1577615;123;*;gaa fin;comp;CDS;1577739;1579538;;; deb;comp;CDS;1723089;1723457;344;*; ;comp;tRNA;1723802;1723878;164;*;gac ;comp;tRNA;1724043;1724117;106;*;gta fin;comp;CDS;1724224;1724496;;; deb;comp;CDS;1730385;1731719;91;*; ;comp;tRNA;1731811;1731895;173;*;cta fin;comp;CDS;1732069;1733634;;; deb;comp;CDS;1733741;1735207;129;*; ;comp;tRNA;1735337;1735412;109;*;cac ;comp;tRNA;1735522;1735597;337;*;cac fin;;CDS;1735935;1736273;;; deb;comp;CDS;1819331;1820473;69;*; ;comp;regulatory;1820543;1820640;161;*; fin;;CDS;1820802;1821179;;0; deb;comp;CDS;1862505;1863443;95;*; ;;tmRNA;1863539;1863915;31;*; fin;;CDS;1863947;1864516;;; deb;;CDS;1951126;1951752;149;*; ;;tRNA;1951902;1951987;74;*;tac fin;comp;CDS;1952062;1952424;;; deb;;CDS;1996903;1997244;595;*; ;comp;tRNA;1997840;1997914;131;*;atgj fin;comp;CDS;1998046;1999179;;; deb;;CDS;2086487;2088658;156;*; ;comp;tRNA;2088815;2088889;234;*;gtc fin;;CDS;2089124;2090002;;; deb;comp;CDS;2281336;2282022;151;*; ;comp;regulatory;2282174;2282326;63;*; fin;comp;CDS;2282390;2284078;;0; deb;comp;CDS;2303404;2303880;414;*; ;comp;tRNA;2304295;2304377;187;*;tta fin;;CDS;2304565;2304732;;0; deb;;CDS;2482875;2484518;365;*; ;comp;tRNA;2484884;2484974;120;*;tcc fin;comp;CDS;2485095;2485898;;0; deb;;CDS;2526814;2528505;73;*; ;;regulatory;2528579;2528683;49;*; fin;;CDS;2528733;2529680;;1; deb;comp;CDS;2640759;2641325;149;*; ;;tRNA;2641475;2641549;688;*;ggc fin;;CDS;2642238;2642915;;; deb;comp;CDS;2764482;2765567;659;*; ;comp;tRNA;2766227;2766300;35;*;ggg fin;comp;CDS;2766336;2766995;;0; deb;;CDS;2781933;2783774;187;*; ;comp;rRNA;2783962;2784077;134;*;116 ;comp;rRNA;2784212;2786958;256;*;2747 ;comp;tRNA;2787215;2787290;30;*;gca ;comp;tRNA;2787321;2787397;114;*;atc ;comp;rRNA;2787512;2789006;496;*;1495 fin;comp;CDS;2789503;2790207;;; deb;;CDS;2843264;2843443;77;*; ;comp;tRNA;2843521;2843597;170;*;cgt fin;;CDS;2843768;2844268;;0; deb;comp;CDS;2886497;2887705;76;*; ;comp;regulatory;2887782;2887861;126;*; fin;;CDS;2887988;2888500;;; </pre> ====abqp données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_données_intercalaires|abqp données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abqp;fx;fc;abqp;fx40;fc40;abqp;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;30;394;228;16s tRNA;;atc ;0;10;35;82;1;7;10;-2;1;0;123;161;2* 114;; 1;0;20;32;85;2;0;10;-3;0;0;231;382;100;; ;0;30;28;64;3;2;10;-4;1;143;205;199;tRNA 23s;;gca 1;0;40;5;60;4;3;10;-5;0;0;136;246;2* 256;; ;0;50;16;34;5;2;7;-6;0;0;209;19;255;; ;0;60;13;39;6;3;8;-7;0;4;79;197;5s tRNA;; ;0;70;14;41;7;4;8;-8;1;11;166;177;2* 96;;atgf ;1;80;16;38;8;1;7;-9;0;0;98;137;tRNA tRNA;;intra ;0;90;9;28;9;2;6;-10;1;1;308;94;3* 30;;atc gca 1;1;100;15;40;10;11;6;-11;2;12;;418;tRNA tRNA;; ;0;110;15;33;11;2;14;-12;1;0;;247;29;;ctg ;0;120;14;24;12;4;6;-13;0;2;;135;**;;gcc ;1;130;15;23;13;9;15;-14;0;3;;351;4;;aac 2;1;140;17;32;14;0;12;-15;0;1;;213;**;;gac ;0;150;21;29;15;2;5;-16;1;2;;32;1;;acc ;0;160;13;30;16;3;10;-17;1;3;CDS 16s;;99;;gcg 1;1;170;20;25;17;2;6;-18;0;0;444;734;44;;gac 1;0;180;11;15;18;3;9;-19;0;1;;472;1;;gtc ;0;190;14;17;19;4;6;-20;0;1;;643;**;;cag 2;0;200;8;17;20;3;2;-21;0;0;5s CDS;;;; ;2;210;9;16;21;5;8;-22;0;1;-;193;;; 1;0;220;12;19;22;5;5;-23;1;3;23s CDS;;;; 1;0;230;6;10;23;4;5;-24;0;0;-;151;;; ;1;240;8;11;24;1;6;-25;0;1;23s 5s;;;; 2;0;250;14;6;25;3;6;-26;1;4;2* 134;;;; ;0;260;8;7;26;0;8;-27;0;0;133;;;; ;0;270;8;3;27;4;7;-28;1;1;;;;; ;0;280;8;6;28;3;7;-29;0;3;;;;; ;0;290;7;5;29;2;7;-30;0;0;;;;; ;0;300;6;6;30;1;5;-31;1;0;;;;; ;1;310;4;4;31;2;9;-32;1;0;;;;; ;0;320;5;3;32;0;7;-33;1;0;;;;; ;0;330;4;6;33;2;5;-34;0;0;;;;; ;0;340;5;6;34;0;4;-35;0;0;;;;; ;0;350;6;0;35;0;11;-36;0;0;;;;; 1;0;360;4;2;36;0;5;-37;1;0;;;;; ;0;370;1;3;37;0;1;-38;0;0;;;;; ;0;380;1;1;38;0;8;-39;0;0;;;;; 1;0;390;1;3;39;0;5;-40;0;0;;;;; ;1;400;5;0;40;1;5;-41;1;0;;;;; 1;0;reste;43;46;reste;396;628;-42;0;0;;;;; 16;10;total;497;921;total;497;921;-43;1;0;;;;; 15;10;diagr;453;873;diagr;100;291;-44;1;0;;;;; 1;0; t30;95;231;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;496;26;1;523;;;-49;0;1;;;;; ;c;919;235;2;1156;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1679;65;;reste;6;7;;;;; ;;;;;;1744;;total;26;235;;;;; </pre> =====abqp autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_autres_intercalaires_aas|abqp autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abqp;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;115594;115896;394;*; ;comp;tRNA;116291;116367;96;*;atgf ;comp;rRNA;116464;116579;134;*;116 ;comp;rRNA;116714;119460;256;*;2747 ;comp;tRNA;119717;119792;30;*;gca ;comp;tRNA;119823;119899;114;*;atc ;comp;rRNA;120014;121498;734;*;1485 fin;;CDS;122233;123597;;0; deb;;CDS;138420;138878;54;*; ;;regulatory;138933;139152;115;*; fin;;CDS;139268;141196;;; deb;comp;CDS;217550;218176;123;*; ;comp;tRNA;218300;218386;228;*;ctg fin;;CDS;218615;219604;;; deb;comp;CDS;241293;242384;76;*; ;comp;regulatory;242461;242590;232;*; fin;comp;CDS;242823;243398;;; deb;comp;CDS;300477;301733;472;*; ;;rRNA;302206;303690;114;*;1485 ;;tRNA;303805;303881;30;*;atc ;;tRNA;303912;303987;256;*;gca ;;rRNA;304244;306990;134;*;2747 ;;rRNA;307125;307240;96;*;116 ;;tRNA;307337;307413;161;*;atgf fin;comp;CDS;307575;307805;;0; deb;;CDS;353736;354107;193;*; ;;regulatory;354301;354527;305;*; fin;;CDS;354833;355231;;; deb;comp;CDS;358353;360380;175;*; ;;regulatory;360556;360807;103;*; fin;;CDS;360911;361297;;0; deb;;CDS;366313;366825;113;*; ;;regulatory;366939;367191;109;*; fin;;CDS;367301;369220;;; deb;comp;CDS;466493;467710;231;*; ;comp;tRNA;467942;468031;205;*;tca fin;comp;CDS;468237;468809;;; deb;;CDS;512242;512790;136;*; ;;tRNA;512927;513002;209;*;aaa fin;;CDS;513212;514036;;; deb;;CDS;931813;933912;79;*; ;;tRNA;933992;934066;382;*;caa fin;comp;CDS;934449;935270;;; deb;comp;CDS;948715;949743;199;*; ;;tRNA;949943;950016;246;*;cag fin;comp;CDS;950263;950616;;; deb;;CDS;970933;972006;19;*; ;comp;tRNA;972026;972119;197;*;agc fin;;CDS;972317;972550;;0; deb;comp;CDS;1161686;1162450;290;*; ;;regulatory;1162741;1162957;38;*; fin;;CDS;1162996;1164069;;; deb;comp;CDS;1302373;1303350;166;*; ;comp;tRNA;1303517;1303592;98;*;ttc fin;comp;CDS;1303691;1303876;;; deb;;CDS;1349865;1350929;151;*; ;comp;rRNA;1351081;1353827;269;*;2747 ;comp;rRNA;1354097;1355591;643;*;1495 fin;;CDS;1356235;1356726;;; deb;comp;CDS;1441708;1443042;177;*; ;;tRNA;1443220;1443294;1;*;acc ;;tRNA;1443296;1443371;99;*;gcg ;;tRNA;1443471;1443547;44;*;gac ;;tRNA;1443592;1443666;1;*;gtc ;;tRNA;1443668;1443741;137;*;cag fin;comp;CDS;1443879;1444727;;; deb;;CDS;1566394;1566612;193;*; ;comp;rRNA;1566806;1566921;133;*;116 ;comp;rRNA;1567055;1569801;255;*;2747 ;comp;tRNA;1570057;1570132;30;*;gca ;comp;tRNA;1570163;1570239;100;*;atc ;comp;rRNA;1570340;1571834;444;*;1495 fin;comp;CDS;1572279;1572707;;; deb;;CDS;1722755;1724962;94;*; ;comp;tRNA;1725057;1725143;418;*;ctc fin;;CDS;1725562;1726311;;; deb;;CDS;1757680;1760568;308;*; ;;tRNA;1760877;1760963;29;*;ctg ;;tRNA;1760993;1761068;247;*;gcc fin;comp;CDS;1761316;1761840;;0; deb;;CDS;1854042;1855049;135;*; ;comp;tRNA;1855185;1855259;351;*;ggc fin;;CDS;1855611;1858685;;0; deb;comp;CDS;1883235;1883813;213;*; ;;tRNA;1884027;1884102;4;*;aac ;;tRNA;1884107;1884183;32;*;gac fin;comp;CDS;1884216;1884821;;; </pre> ===abs=== ====abs opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_opérons|abs opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;abs;;genome;;;;;;;;; 68.45%GC;10.1.20 Paris;16s 5 ;80 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; comp;16414..16980;;cds;;163;163;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;17144..17218;;ggc;;670;*670;;;;;;* ;17889..18566;;cds;;;;;;226;;demethylmenaquinone methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;84790..85017;;cds;;114;114;;;76;;osmotically-inducible lipoprotein B;* comp;85132..85205;;ggg;;35;35;;;;;;* comp;85241..85900;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;93530..94258;;cds;;60;60;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;* comp;94319..94395;;agg;;175;175;;;;;;* ;94571..96262;;cds;;;;;;564;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;131833..132117;;cds;;206;206;;;95;;YggT family protein;* ;132324..132399;;gcg;;140;140;;;;;;* comp;132540..133586;;cds;;;;;;349;;DMT family transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;483582..484082;;cds;;170;170;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;* ;484253..484329;;cgt;;77;77;;;;;;* comp;484407..484586;;cds;;;;;;60;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;536869..537573;;cds;;495;*495;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;* ;538069..539152;;16s’;@1;189;;;;1084;;;* ;539342..540019;;23s°;;127;;;;678;;;* ;540147..540262;;5s;;153;153;;;116;;;* comp;540416..542290;;cds;;;;;;*625;;GGDEF domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;600048..601079;;cds;;79;79;;;344;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;601159..601233;;acg;;81;81;;;;;;* comp;601315..603243;;cds;;;;;;*643;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;656242..656520;;cds;;169;169;;;93;;hp;* comp;656690..656765;;gcc;;141;141;;;;;;* comp;656907..657305;;cds;;;;;;133;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;864141..864458;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;* ;864668..864757;;tcg;;79;79;;;;;;* comp;864837..865679;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;927651..927896;;cds;;392;*392;;;82;;hp;* ;928289..928371;;tta;;175;175;;;;;;* ;928547..929164;;cds;;;;;;206;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1148345..1149223;;cds;;234;234;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;1149458..1149532;;gtc;;106;106;;;;;;* comp;1149639..1151516;;cds;;;;;;*626;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1243974..1245108;;cds;;131;131;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;1245240..1245314;;atgj;;354;*354;;;;;;* comp;1245669..1246637;;cds;;;;;;323;;NAD(+) diphosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1279875..1280237;;cds;;74;74;;;121;;hp;* comp;1280312..1280397;;tac;;148;148;;;;;;* comp;1280546..1281172;;cds;;;;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1500772..1501110;;cds;;338;338;;;113;;P-II family nitrogen regulator;* ;1501449..1501524;;cac;+;109;;109;;;;;* ;1501634..1501709;;cac;2 cac;129;129;;;;;;* ;1501839..1503305;;cds;;106;106;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;* ;1503412..1504977;;cds;;173;173;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;1505151..1505235;;cta;;91;91;;;;;;* ;1505327..1506661;;cds;;;;;;445;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1511745..1512017;;cds;;105;105;;;91;;HU family DNA-binding protein;* ;1512123..1512197;;gta;;163;;163;;;;;* ;1512361..1512437;;gac;;344;344;;;;;;* ;1512782..1513150;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;;* ;1657596..1659397;;cds;;123;123;;;*601;;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;1659521..1659596;;gaa;;234;234;;;;;;* ;1659831..1660671;;cds;;;;;;280;;aldo/keto reductase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1808199..1808735;;cds;;79;79;;;179;;hp;* ;1808815..1808892;;cca;;49;49;;;;;;* ;1808942..1809238;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;* ;1809249..1809325;;aga;;442;*442;;;;;;* ;1809768..1810013;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1825075..1825305;;cds;;210;210;;;77;;hp;* comp;1825516..1825591;;aac;@2;219;;219;;;;;* comp;1825811..1825884;;tgc;;217;217;;;;;;* ;1826102..1826758;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1878424..1878714;;cds;;244;244;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;1878959..1879074;;5s;;123;;;;116;;;* comp;1879198..1881950;;23s;;272;;;;2753;;;* comp;1882223..1882298;;gca;;32;;;32;;;;* comp;1882331..1882407;;atc;;110;;;;;;;* comp;1882518..1883224;;16s°;;100;100;;;707;;;* <comp;1883325..1883763;;cds;;;;;;146;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1896604..1897080;;cds;;192;192;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* comp;1897273..1897347;;acc;;162;162;;;;;;* comp;1897510..1899495;;cds;;;;;;*662;;polysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2032701..2033588;;cds;;165;165;;;296;;DUF3108 domain-containing protein;* ;2033754..2033828;;gtg;+;132;;132;;;;;* ;2033961..2034035;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;* ;2034267..2034431;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2113098..2113601;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;* ;2113687..2113763;;ccc;;140;140;;;;;;* comp;2113904..2115682;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2163405..2167388;;cds;;775;*775;;;*1328;;non-ribosomal peptide synthetase;* ;2168164..2168552;;16s°;;100;;;;389;;;* comp;2168653..2169323;;16s°;;522;*522;;;671;;;* comp;2169846..2170325;;cds;;;;;;160;;DUF2141 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2176963..2177427;;cds;;107;107;;;155;;membrane protein;* comp;2177535..2177610;;gcc;;30;;30;;;;;* comp;2177641..2177727;;ctg;;135;135;;;;;;* comp;2177863..2180208;;cds;;;;;;*782;;mechanosensitive ion channel;* ;;;;;;;;;;;;* ;2233677..2234435;;cds;;92;92;;;253;;hp;* comp;2234528..2234603;;gag;+;38;;38;;;;;* comp;2234642..2234717;;gag;2 gag;68;68;;;;;;* comp;2234786..2235836;;cds;;;;;;350;;p-low specificity L-threonine aldolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2293087..2293593;;cds;;211;211;;;169;;hp;* ;2293805..2293881;;cgt;;137;137;;;;;;* ;2294019..2294495;;cds;;5;5;;;159;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;2294501..2294576;;atgi;;145;145;;;;;;* comp;2294722..2296683;;cds;;;;;;*654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;;* ;2372946..2373401;;cds;;86;86;;;152;;MaoC family dehydratase;* comp;2373488..2373563;;aag;+;74;;74;;;;;* comp;2373638..2373713;;aag;2 aag;309;309;;;;;;* ;2374023..2375549;;cds;;;;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2418203..2418400;;cds;;69;69;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2418470..2418545;;tgg;;152;152;;;;;;* comp;2418698..2419888;;cds;;81;81;;;397;;elongation factor Tu;* comp;2419970..2420043;;gga;;60;;60;;;;;* comp;2420104..2420189;;tac;;144;144;;;;;;* ;2420334..2421188;;cds;;91;91;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;2421280..2421355;;aca;;137;137;;;;;;* ;2421493..2423187;;cds;;;;;;565;;site-specific integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2561207..2562223;;cds;;109;109;;;339;;farnesyltranstransferase;* ;2562333..2562409;;ccg;+;205;;205;;;;;* ;2562615..2562691;;ccg;2 ccg;136;136;;;;;;* ;2562828..2563241;;cds;;;;;;138;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2680406..2680930;;cds;;140;140;;;175;;disulfide bond formation protein B;* ;2681071..2681157;;ttg;;162;162;;;;;;* ;2681320..2681715;;cds;;;;;;132;;cupin domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2856509..2858152;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;* comp;2858518..2858608;;tcc;;118;118;;;;;;* comp;2858727..2859530;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;* plasmide1;;;@3;;;;;;;;;* ;198109..199200;;cds;;84;84;;;364;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;199285..199360;;aaa;;135;135;;;;;;* comp;199496..200044;;cds;;;;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;243776..244348;;cds;;205;205;;;191;;hp;* ;244554..244643;;tca;;143;143;;;;;;* ;244787..245683;;cds;;;;;;299;;diguanylate cyclase;* ;;;;;;;;;;;;* ;338004..339383;;cds;;116;116;;;460;;hp;* comp;339500..339586;;ctc;;257;257;;;;;;* comp;339844..340836;;cds;;;;;;331;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;364473..365501;;cds;;200;200;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;365702..365775;;cag;;746;*746;;;;;;* ;366522..367214;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;474173..477079;;cds;;298;298;;;*969;;PAS domain-containing protein;* ;477378..477464;;ctg;;30;;30;;;;;* ;477495..477570;;gcc;;238;238;;;;;;* ;477809..478123;;cds;;;;;;105;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;599223..600230;;cds;;245;245;;;336;;inorganic phosphate transporter;* comp;600476..600550;;ggc;;351;*351;;;;;;* ;600902..602071;;cds;;;;;;390;;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;629856..631229;;cds;;154;154;;;458;;tetratricopeptide repeat protein;* ;631384..631458;;acc;;1;;1;;;;;* ;631460..631535;;gcg;;99;;99;;;;;* ;631635..631711;;gac;;35;;35;;;;;* ;631747..631821;;gtc;;1;;1;;;;;* ;631823..631896;;cag;;153;153;;;;;;* ;632050..632259;;cds;;;;;;70;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;699265..699846;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;* ;700057..700132;;aac;;4;;4;;;;;* ;700137..700213;;gac;;32;32;;;;;;* comp;700246..700851;;cds;;;;;;202;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;909530..909766;;cds;;153;153;;;79;;hp;* comp;909920..910035;;5s;;127;;;;116;;;* comp;910163..912915;;23s;;271;;;;2753;;;* comp;913187..913262;;gca;;30;;;30;;;;* comp;913293..913369;;atc;;110;;;;;;;* comp;913480..914970;;16s;;486;*486;;;1491;;;* ;915457..916713;;cds;;;;;;419;;exonuclease subunit SbcD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;998160..999149;;cds;;229;229;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;999379..999465;;ctg;;123;123;;;;;;* ;999589..1000215;;cds;;;;;;209;;ribonuclease D;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1098197..1098655;;cds;;675;*675;;;153;;MarR family transcriptional regulator;* ;1099331..1100821;;16s;;107;;;;1491;;;* ;1100929..1101005;;atc;;31;;;31;;;;* ;1101037..1101112;;gca;;271;;;;;;;* ;1101384..1104136;;23s;;147;147;;;2753;;;* comp;1104284..1105390;;cds;;;;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1157171..1157356;;cds;;98;98;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;1157455..1157530;;ttc;;178;178;;;;;;* ;1157709..1158686;;cds;;;;;;326;;alpha-(1,3)-fucosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1394614..1396740;;cds;;453;*453;;;*709;;PAS domain S-box protein;* ;1397194..1397287;;agc;;52;52;;;;;;* comp;1397340..1397858;;cds;;;;;;173;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1399009..1399830;;cds;;301;301;;;274;;hp;* comp;1400132..1400206;;caa;;79;79;;;;;;* comp;1400286..1402379;;cds;;;;;;*698;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1577667..1578095;;cds;;457;*457;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;* ;1578553..1580043;;16s;;110;;;;1491;;;* ;1580154..1580230;;atc;;31;;;31;;;;* ;1580262..1580337;;gca;;269;;;;;;;* ;1580607..1581986;;23s°;;100;;;;1380;;;* ;1582087..1582616;;23s°;;123;;;;530;;;* ;1582740..1582855;;5s;;100;;;;116;;;* ;1582956..1583032;;atgf;;706;*706;;;;;;* ;1583739..1585157;;cds;;;;;;473;;pyruvate kinase;* plasmide2;;;;;;;;;;;;* ;271302..272090;;cds;;529;*529;;;263;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;272620..272695;;tgg;;480;*480;;;;;;* ;273176..273922;;cds;;;;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;449562..450338;;cds;;465;*465;;;259;;IclR family transcriptional regulator;* ;450804..452289;;16s;;584;;;;1486;;;* ;452874..453640;;23s°;;128;;;;767;;;* ;453769..453884;;5s;;101;;;;116;;;* ;453986..454062;;atgf;;359;*359;;;;;;* comp;454422..457751;;cds;;;;;;*1110;;NERD domain-containing protein;* plasmide4;;;;;;;;;;;;* >comp;131140..131621;;cds;;193;193;;;161;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;* ;131815..131891;;atgf;;202;202;;;;;;* comp;132094..132276;;cds;;;;;;61;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;197300..198643;;cds;;738;*738;;;448;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;199382..199953;;16s°;;193;;;;572;;;* ;200147..200223;;atgf;;437;*437;;;;;;* comp;200661..202571;;cds;;;;;;*637;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;246777..248687;;cds;;208;208;;;*637;;RNA-directed DNA polymerase;* comp;248896..248972;;cgg;;96;96;;;;;;* comp;249069..249983;;cds;;;;;;305;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;319641..319943;;cds;;134;134;;;101;;STAS domain-containing protein;* comp;320078..320164;;ctc;;125;125;;;;;;* ;320290..321018;;cds;;;;;;243;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* comp;401067..402227;;cds;;281;281;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;* comp;402509..402624;;5s;;129;;;;116;;;* comp;402754..403402;;23s°;;106;;;;649;;;* comp;403509..403880;;16s°;;502;*502;;;372;;;* comp;404383..404577;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;501394..501756;;cds;;95;95;;;121;;response regulator;* ;501852..501927;;aac;;4;;4;;;;;* ;501932..502008;;gac;;4;;4;;;;;* ;502013..502087;;ggc;;102;102;;;;;;* comp;502190..502957;;cds;;;;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;503041..503667;;cds;;249;249;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;* comp;503917..504474;;16s°;;547;*547;;;558;;;* ;505022..506005;;cds;;;;;;328;;lytic transglycosylase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;601019..603679;;cds;;358;*358;;;*887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;* ;604038..604113;;ttc;;318;318;;;;;;* >;604432..605613;;cds;;;;;;394;;site-specific integrase;* plasmide6;;;;;;;;;;;;* ;88804..89472;;cds;;397;*397;;;223;;RraA family protein;* ;89870..89944;;ggc;;249;249;;;;;;* ;90194..91186;;cds;;;;;;331;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);* </pre> ====abs cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_cumuls|abs cumuls]] <pre> abs cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300; avec rRNA;opérons;10;1;2;;1;0;1;;100;18;1;0 ;16atcgca235;1;20;3;;50;5;40;;200;29;30;0 ;Id-23s°-atgf;1;40;4;4;100;22;80;;300;26;60;3 ;1623s°5atgf;1;60;1;;150;29;120;;400;20;90;10 ;max a;3;80;1;;200;18;160;;500;7;120;9 ;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;6;150;8 ;autres;7;120;1;;300;3;240;;700;9;180;13 ;total aas;10;140;1;;350;5;280;;800;2;210;9 sans ;opérons;51;160;0;;400;7;320;;900;1;240;6 ;1 aa;39;180;1;;450;2;360;;1000;1;270;8 ;max a;5;200;0;;500;6;400;;1100;0;300;7 ;a doubles;5;;2;;;10;;;;2;;48 ;total aas;67;;17;4;;125;;0;;121;;121 total aas;;;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;71;31;;221;;;;308;; ;;;variance;72;1;;168;;;;230;; sans jaune;;;moyenne;;;;151;;;;242;;166 ;;;variance;;;;72;;;;137;;72 </pre> ====abs blocs==== =====abs blocs abrégé===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_abrégé|abs blocs abrégé]] <pre> abs abq;;; abrégé;nom;; 23s RlmB;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;;* 50s L21;50S ribosomal protein L21;;* AAA fam;AAA family ATPase;;* ab hydrolase;alpha/beta hydrolase;;* ab hydrolase f;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;;* AG cyclase;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;;* ak reductase;aldo/keto reductase;;* ATP bind;ATP-binding cassette domain-containing protein;;* bacteriofer;bacterioferritin;;* bif CoA;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;;* bif NAD;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;;* chemotaxis p;methyl-accepting chemotaxis protein;;* cupin dom;cupin domain-containing protein;;* cyclicN bind;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;;* diG cyclase;diguanylate cyclase;;* dip ABC;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;;* disulfide;disulfide bond formation protein B;;* DMT fam;DMT family transporter;;* DUF1489;DUF1489 domain-containing protein;;* DUF2141;DUF2141 domain-containing protein;;* DUF3108;DUF3108 domain-containing protein;;* DUF3618;DUF3618 domain-containing protein;;* EAL & GGDEF;EAL and GGDEF domain-containing protein;;* elonga Tu;elongation factor Tu;;* ETC complex;ETC complex I subunit;;* exo SbcD;exonuclease subunit SbcD;;* FAD bind;FAD-binding oxidoreductase;;* FadR fam;FadR family transcriptional regulator;;* farnesyl;farnesyltranstransferase;;* fucosyl;alpha-1,3-fucosyltransferase;;* GGDEF dom;GGDEF domain-containing protein;;* glycosyl;glycosyltransferase;;* GNAT fam;GNAT family N-acetyltransferase;;* gyrase YacG;DNA gyrase inhibitor YacG;;* Hase HypA;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;;* helicas RecQ;DNA helicase RecQ;;* HU bind;HU family DNA-binding protein;;* Hx-t-Hx;helix-turn-helix transcriptional regulator;;* Hx-t-Hx dom;helix-turn-helix domain-containing protein;;* IclR fam;IclR family transcriptional regulator;;* inorganic P;inorganic phosphate transporter;;* IS3 fam;IS3 family transposase;;* IS5 fam;IS5 family transposase;;* L-iso-Asp;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;;* lipoyl LipB;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;;* low Thr;low specificity L-threonine aldolase;;* lytic dom;lytic transglycosylase domain-containing protein;;* malate G;malate synthase G;;* malonyl CoA;malonyl-CoA decarboxylase;;* MaoC fam;MaoC family dehydratase;;* MarR fam;MarR family transcriptional regulator;;* mecano ion;mechanosensitive ion channel;;* membrane p;membrane protein;;* menaquinone;dimethylmenaquinone methyltransferase;;* MerR fam;MerR family transcriptional regulator;;* methyl trans;methyltransferase domain-containing protein;;* N-acetyl trans;N-acetyltransferase;;* N-formyl Glu;N-formylglutamate amidohydrolase;;* NAD diP;NAD(+) diphosphatase;;* NADH-quinone;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;;* NDUFA9;complex I NDUFA9 subunit family protein;;* NERD dom;NERD domain-containing protein;;* nitrogen NifQ;nitrogen fixation protein NifQ;;* non ribosom;non-ribosomal peptide synthetase;;* osmose LipB;osmotically-inducible lipoprotein B;;* p-ATP-bind;p-ATP-binding protein;;* p-erythrose;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;;* P-II nitrogen;P-II family nitrogen regulator;;* p-IS5/IS1182;P-IS5/IS1182 family transposase;;* p-low Thr;p-low specificity L-threonine aldolase;;* p-ssDNA exo;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;* pantetheine;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;;* PAP2 fam;phosphatase PAP2 family protein;;* PAS dom;PAS domain-containing protein;;* PAS kinase;PAS domain-containing sensor histidine kinase;;* PAS S-box;PAS domain S-box protein;;* peptido fam;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;* peptido Pal;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;;* polymerase;RNA-directed DNA polymerase;;* polysacchard;polysaccharide biosynthesis protein;;* Ppx/GppA;Ppx/GppA family phosphatase;;* PQQ;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;;* Prolyl-tRNA;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;;* pyridoxamine;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;;* pyruvate kin;pyruvate kinase;;* recombinase;recombinase family protein;;* response reg;response regulator;;* restriction end;restriction endonuclease;;* ribonucleaseD;ribonuclease D;;* RraA fam;RraA family protein;;* SDR fam;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;;* sigma RpoD;RNA polymerase sigma factor RpoD;;* sigma-70 fam;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;;* SLT dom;transglycosylase SLT domain-containing protein;;* ss integrase;site-specific integrase;;* Ss-DNA;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;* STAS dom;STAS domain-containing protein;;* subunit SecE;preprotein translocase subunit SecE;;* tetratricopep;tetratricopeptide repeat protein;;* TIGR02300;TIGR02300 family protein;;* trigger factor;trigger factor;;* tRNA MnmA;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;;* Tyr rec/int;tyrosine-type recombinase/integrase;;* UDP-N-acetyl;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);;* xanthine;xanthine phosphoribosyltransferase;;* YggT fam;YggT family protein;;* YkgJ fam;YkgJ family cysteine cluster protein;;* </pre> =====abs blocs tableau===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_tableau|abs blocs tableau]] <pre> abs blocs;;;;;;;;;;; gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé cds;486;419;SbcD;cds;100;146;P-eryt;cds;675;153;MarR 16s;110;1491;;16s°;110;707;;16s;107;1491; atc;30;;;atc;32;;;atc;31;; gca;271;;;gca;272;;;gca;271;; 23s;127;2753;;23s;123;2753;;23s;147;2753; 5s;153;116;;5s;244;116;;cds;;369;GNAT cds;;79;hp;cds;;97;YkgJ;;;; ;;;;;;;;;;; cds;457;143;DUF1489;;;;;;;; 16s;110;1491;;;;;;;;; atc;31;;;;;;;;;; gca;269;;;;;10 cds < 259 sur 20;;;;; 23s°;100;1380;;;;Dont 2 hp + 1 p;;;;; 23s°;123;530;;;;;;;;; 5s;100;116;;;;;;;;; atgf;706;;;;;;;;;; cds;;473;pyruvat;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; cds;465;259;IclR;cds;502;65;hp;cds;495;235;PAP2 16s;584;1486;;16s°;106;372;;16s’;189;1084; 23s°;128;767;;23s°;129;649;;23s°;127;678; 5s;101;116;;5s;281;116;;5s;153;116; atgf;359;;;cds;;387;PQQ;cds;;625;GGDEF cds;;1110;NERD;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; 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(d'où?) 3 fois <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;gtRNAdb;;;;; ;abs;genome;;;;;;;;;abq;genome;;;; 68.45%GC;10.1.20 Paris;80 aas;intercalaires;cdsa;protéines;;;;;68.45%GC;29.12.19 Paris;88 aas;intercalaires;cdsa;protéines; Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;chromosome;;;;;; ;2856509..2858152;cds;365;548;recombinase;* CHA1;;* comp;;;2482875..2484518;cds;365;548;recombinase;* CHA1 comp;2858518..2858608;tcc;118;;;*;;* hp caracter;;comp;2484884..2484974;tcc;120;;;* comp;2858727..2859530;cds;;268;ab hydrolase;* ;;* modif;;comp;2485095..2485898;cds;;268;ab hydrolase;* ;;;;;;;;* déplacé;;;;;;;;* comp;16414..16980;cds;163;189;Prolyl-tRNA;* ;;* d’où?;;comp;2640759..2641325;cds;149;189;Prolyl-tRNA;* ;17144..17218;ggc;670;;;*;;* recomb;;;2641475..2641549;ggc;688;;;* ;17889..18566;cds;;226;menaquinone;*;;* insertion;;;2642238..2642915;cds;;226;menaquinone;* ;;;;;;*;;* bloc?;;;;;;;;* ;84790..85017;cds;114;76;@osmose LipB;* comp;;* réunion;;comp;2764482..2765567;cds;659;362;@hp;* comp;85132..85205;ggg;35;;;*;;* recombi;;comp;2766227..2766300;ggg;35;;;* comp;85241..85900;cds;;220;N-acetyl trans;*;;;;comp;2766336..2766995;cds;;220;N-acetyl trans;* ;;;;;;;;;;;;;;;; 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ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;cac2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;ccg2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;gag2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;gtg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;;gtc;1;gcc;2;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;ggc;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;3 1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;1 >1aa;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total abs;;39;;;;;;;abs;20;;;;;;20;;abs;10;;;;;;10;;abs;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====abs données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_données_intercalaires|abs données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abs;fx;fc;abs;fx40;fc40;abs;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;55;670;163;tRNA 23s;; 1;1;10;65;167;1;4;12;-2;1;0;35;114;272;;gca ;0;20;41;134;2;1;18;-3;0;0;60;175;tRNA tRNA;;contig ;0;30;61;89;3;13;20;-4;3;194;81;206;32;;atc gca ;1;40;24;76;4;13;21;-5;0;0;169;140;tRNA tRNA;; ;1;50;27;62;5;2;24;-6;1;0;141;170;109;;cac ;1;60;25;63;6;14;9;-7;1;4;175;77;**;;cac ;2;70;16;52;7;9;14;-8;0;23;131;79;163;;gta 5;0;80;34;64;8;1;17;-9;0;0;148;209;**;;gac 1;3;90;28;70;9;6;11;-10;1;2;129;79;219;;aac 1;2;100;32;71;10;2;21;-11;0;7;173;187;**;;tgc 2;2;110;29;52;11;3;20;-12;0;0;91;234;132;;gtg 1;1;120;22;59;12;5;13;-13;0;3;105;106;**;;gtg ;2;130;24;59;13;4;23;-14;0;4;344;354;30;;gcc 3;5;140;25;54;14;4;15;-15;1;0;123;74;**;;ctg 1;3;150;21;52;15;4;17;-16;0;1;234;338;38;;gag ;1;160;29;37;16;4;9;-17;4;2;49;79;**;;gag 3;3;170;30;36;17;1;6;-18;0;1;10;217;74;;aag 1;2;180;24;43;18;5;6;-19;1;1;442;192;**;;aag 1;0;190;19;35;19;9;13;-20;1;4;210;165;60;;gga 1;0;200;17;34;20;2;12;-21;0;1;162;140;**;;tac 2;1;210;13;17;21;12;5;-22;0;0;231;107;205;;ccg 2;0;220;23;23;22;12;7;-23;2;3;85;92;**;;ccg ;0;230;13;22;23;3;7;-24;1;0;135;211;;; 1;2;240;13;15;24;9;11;-25;1;2;68;5;;; ;0;250;17;15;25;6;11;-26;0;2;134;86;;; ;0;260;9;15;26;0;9;-27;0;0;145;309;;; ;0;270;18;18;27;5;10;-28;0;0;69;144;;; ;0;280;10;11;28;6;12;-29;5;1;152;140;;; ;0;290;9;10;29;2;9;-30;0;0;81;365;;; ;0;300;10;7;30;6;8;-31;1;2;91;;;; 1;0;310;6;10;31;1;11;-32;1;0;137;;;; ;0;320;7;9;32;1;7;-33;0;0;109;;;; ;0;330;10;3;33;4;10;-34;0;0;136;;;; 1;0;340;11;2;34;4;5;-35;1;1;162;;;; ;1;350;4;2;35;4;6;-36;0;0;118;;;; 1;0;360;5;5;36;1;5;-37;0;0;23s 5s;;;; 1;0;370;8;7;37;6;8;-38;1;0;128;;;; ;0;380;2;3;38;1;8;-39;0;0;5s CDS;;;; ;0;390;4;2;39;2;10;-40;0;0;244;153;;; ;0;400;6;4;40;0;6;-41;0;0;;;;; ;2;reste;90;55;reste;690;1098;-42;0;0;;;;; 30;36;total;883;1570;total;883;1570;-43;0;0;;;;; 30;34;diagr;791;1509;diagr;191;466;-44;0;0;;;;; 1;1; t30;167;390;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;881;34;2;917;;;-49;1;0;;;;; ;c;1564;324;6;1894;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;2811;110;;reste;3;11;;;;; ;;;;;;2921;;total;34;324;;;;; </pre> =====abs autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_autres_intercalaires_aas|abs autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abs;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;16414;16980;163;*; ;;tRNA;17144;17218;670;*;ggc fin;;CDS;17889;18566;;; deb;;CDS;84790;85017;114;*; ;comp;tRNA;85132;85205;35;*;ggg fin;comp;CDS;85241;85900;;0; deb;comp;CDS;93530;94258;60;*; ;comp;tRNA;94319;94395;175;*;agg fin;;CDS;94571;96262;;0; deb;comp;CDS;131833;132117;206;*; ;;tRNA;132324;132399;140;*;gcg fin;comp;CDS;132540;133586;;; deb;comp;CDS;440193;440705;127;*; ;;regulatory;440833;440912;76;*; fin;;CDS;440989;442197;;; deb;comp;CDS;483582;484082;170;*; ;;tRNA;484253;484329;77;*;cgt fin;comp;CDS;484407;484586;;0; deb;;CDS;536869;537573;506;*; ;;misc_f;538080;538894;491;*; ;;misc_f;539386;539554;19;*; ;;misc_f;539574;539733;19;*; ;;misc_f;539753;540001;145;*; ;;rRNA;540147;540262;153;*;116 fin;comp;CDS;540416;542290;;0; deb;;CDS;600048;601079;79;*; ;comp;tRNA;601159;601233;81;*;acg fin;comp;CDS;601315;603243;;; deb;comp;CDS;656242;656520;169;*; ;comp;tRNA;656690;656765;141;*;gcc fin;comp;CDS;656907;657305;;0; deb;;CDS;815905;816444;135;*; ;;ncRNA;816580;816677;99;*; fin;;CDS;816777;818633;;; deb;comp;CDS;864141;864458;209;*; ;;tRNA;864668;864757;79;*;tcg fin;comp;CDS;864837;865679;;; deb;comp;CDS;927934;928101;187;*; ;;tRNA;928289;928371;175;*;tta fin;;CDS;928547;929164;;; deb;;CDS;946069;947757;64;*; ;;regulatory;947822;947974;151;*; fin;;CDS;948126;948812;;; deb;comp;CDS;1148345;1149223;234;*; ;;tRNA;1149458;1149532;106;*;gtc fin;comp;CDS;1149639;1151516;;; deb;;CDS;1244040;1245108;131;*; ;;tRNA;1245240;1245314;354;*;atgj fin;comp;CDS;1245669;1246637;;; deb;;CDS;1279875;1280237;74;*; ;comp;tRNA;1280312;1280397;148;*;tac fin;comp;CDS;1280546;1281172;;; deb;comp;CDS;1369782;1370351;31;*; ;comp;tmRNA;1370383;1370759;95;*; fin;;CDS;1370855;1371793;;; deb;comp;CDS;1414313;1414690;160;*; ;;regulatory;1414851;1414948;69;*; fin;;CDS;1415018;1416172;;; deb;comp;CDS;1500772;1501110;338;*; ;;tRNA;1501449;1501524;109;*;cac ;;tRNA;1501634;1501709;129;*;cac fin;;CDS;1501839;1503305;;; deb;;CDS;1503412;1504977;173;*; ;;tRNA;1505151;1505235;91;*;cta fin;;CDS;1505327;1506661;;; deb;;CDS;1511745;1512017;105;*; ;;tRNA;1512123;1512197;163;*;gta ;;tRNA;1512361;1512437;344;*;gac fin;;CDS;1512782;1513150;;; deb;;CDS;1657596;1659397;123;*; ;;tRNA;1659521;1659596;234;*;gaa fin;;CDS;1659831;1660671;;; deb;comp;CDS;1671855;1672043;204;*; ;;regulatory;1672248;1672360;116;*; fin;;CDS;1672477;1674318;;0; deb;comp;CDS;1808199;1808735;79;*; ;;tRNA;1808815;1808892;49;*;cca deb;;CDS;1808942;1809238;10;*; ;;tRNA;1809249;1809325;442;*;aga fin;;CDS;1809768;1810013;;0; deb;comp;CDS;1825075;1825305;210;*; ;comp;tRNA;1825516;1825591;219;*;aac ;comp;tRNA;1825811;1825884;217;*;tgc fin;;CDS;1826102;1826758;;; deb;comp;CDS;1878424;1878714;244;*; ;comp;rRNA;1878959;1879074;128;*;116 ;comp;rRNA;1879203;1881950;272;*;2748 ;comp;tRNA;1882223;1882298;32;*;gca ;comp;tRNA;1882331;1882407;129;*;atc ;comp;misc_f;1882537;1883185;139;*; fin;comp;CDS;1883325;1883763;;; deb;;CDS;1886482;1886796;13;*; ;;ncRNA;1886810;1886969;39;*; fin;;CDS;1887009;1887617;;; deb;;CDS;1896604;1897080;192;*; ;comp;tRNA;1897273;1897347;162;*;acc fin;comp;CDS;1897510;1899495;;; deb;comp;CDS;2032701;2033588;165;*; ;;tRNA;2033754;2033828;132;*;gtg ;;tRNA;2033961;2034035;231;*;gtg fin;;CDS;2034267;2034431;;; deb;;CDS;2113098;2113601;85;*; ;;tRNA;2113687;2113763;140;*;ccc fin;comp;CDS;2113904;2115682;;0; deb;comp;CDS;2163405;2167388;813;*; ;;misc_f;2168202;2168532;294;*; ;comp;misc_f;2168827;2169315;530;*; fin;comp;CDS;2169846;2170325;;; deb;;CDS;2176963;2177427;107;*; ;comp;tRNA;2177535;2177610;30;*;gcc ;comp;tRNA;2177641;2177727;135;*;ctg fin;comp;CDS;2177863;2180208;;0; deb;comp;CDS;2197944;2199056;175;*; ;comp;regulatory;2199232;2199345;72;*; fin;comp;CDS;2199418;2199663;;0; deb;;CDS;2233677;2234435;92;*; ;comp;tRNA;2234528;2234603;38;*;gag ;comp;tRNA;2234642;2234717;68;*;gag fin;comp;CDS;2234786;2235821;;; deb;comp;CDS;2293087;2293593;211;*; ;;tRNA;2293805;2293881;134;*;cgt deb;;CDS;2294016;2294495;5;*; ;comp;tRNA;2294501;2294576;145;*;atgi fin;comp;CDS;2294722;2296683;;; deb;;CDS;2372946;2373401;86;*; ;comp;tRNA;2373488;2373563;74;*;aag ;comp;tRNA;2373638;2373713;309;*;aag fin;;CDS;2374023;2375549;;1; deb;comp;CDS;2418203;2418400;69;*; ;comp;tRNA;2418470;2418545;152;*;tgg deb;comp;CDS;2418698;2419888;81;*; ;comp;tRNA;2419970;2420043;60;*;gga ;comp;tRNA;2420104;2420189;144;*;tac deb;;CDS;2420334;2421188;91;*; ;;tRNA;2421280;2421355;137;*;aca fin;;CDS;2421493;2423187;;; deb;;CDS;2561207;2562223;109;*; ;;tRNA;2562333;2562409;205;*;ccg ;;tRNA;2562615;2562691;136;*;ccg fin;;CDS;2562828;2563241;;0; deb;;CDS;2577826;2578533;62;*; ;;ncRNA;2578596;2578998;554;*; fin;;CDS;2579553;2580050;;; deb;comp;CDS;2680406;2680930;140;*; ;;tRNA;2681071;2681157;162;*;ttg fin;;CDS;2681320;2681715;;; deb;;CDS;2856509;2858152;365;*; ;comp;tRNA;2858518;2858608;118;*;tcc fin;comp;CDS;2858727;2859530;;0; deb;;CDS;2940550;2940948;67;*; ;;regulatory;2941016;2941120;49;*; fin;;CDS;2941170;2942093;;0; </pre> ====absp données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_données_intercalaires|absp données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;absp;fx;fc;absp;fx40;fc40;absp;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;0;0;0;0;0;-1;0;26;135;84;16s tRNA;; ;0;10;38;87;1;4;8;-2;2;0;205;116;2* 116;;atc ;0;20;28;81;2;1;9;-3;0;0;143;200;113;;atc ;0;30;27;59;3;4;16;-4;2;124;257;245;tRNA 23s;; 1;0;40;12;44;4;7;10;-5;0;0;746;351;272;;gca ;0;50;15;38;5;3;7;-6;0;0;298;178;270;;gca 1;0;60;8;39;6;2;3;-7;0;1;238;213;5s tRNA;; ;0;70;14;33;7;7;7;-8;1;12;153;32;100;;atgf ;1;80;15;31;8;0;11;-9;0;0;123;229;tRNA tRNA;;intra 1;0;90;14;23;9;2;5;-10;1;0;98;52;30;;atc gca ;1;100;9;41;10;8;11;-11;1;6;178;301;2* 31;;atc gca ;0;110;13;29;11;1;7;-12;1;0;453;;tRNA tRNA;; 1;0;120;18;28;12;0;6;-13;0;2;79;;30;;ctg ;1;130;12;24;13;5;14;-14;0;4;706;;**;;gcc ;1;140;15;34;14;1;15;-15;0;0;CDS 16s;;1;;acc ;1;150;18;25;15;3;3;-16;1;1;457;486;99;;gcg ;1;160;8;22;16;4;9;-17;0;2;;642;35;;gac ;0;170;26;30;17;3;6;-18;0;0;23s 5s;;1;;gtc 1;1;180;8;19;18;4;10;-19;0;1;128;;**;;cag ;0;190;10;14;19;3;7;-20;3;1;132;;4;;aac 1;0;200;6;12;20;4;4;-21;0;0;23s CDS;;**;;gac ;1;210;6;10;21;1;6;-22;0;0;-;151;;; 1;0;220;12;17;22;8;3;-23;0;1;5s CDS;;;; 1;0;230;6;9;23;5;5;-24;0;0;-;153;;; ;1;240;12;11;24;1;3;-25;0;1;;;;; 1;0;250;6;13;25;4;9;-26;1;2;;;;; ;1;260;6;8;26;4;9;-27;0;0;;;;; ;0;270;11;9;27;1;8;-28;1;1;;;;; ;0;280;9;5;28;1;8;-29;0;1;;;;; ;0;290;4;3;29;2;4;-30;0;0;;;;; ;1;300;5;5;30;0;4;-31;1;0;;;;; 1;0;310;2;3;31;1;3;-32;0;0;;;;; ;0;320;6;3;32;2;3;-33;0;0;;;;; ;0;330;4;2;33;1;3;-34;0;0;;;;; ;0;340;5;7;34;2;7;-35;0;2;;;;; ;0;350;6;1;35;1;8;-36;0;0;;;;; 1;0;360;2;3;36;1;4;-37;1;0;;;;; ;0;370;1;4;37;1;3;-38;0;2;;;;; ;0;380;0;1;38;0;5;-39;0;0;;;;; ;0;390;1;0;39;2;6;-40;0;0;;;;; ;0;400;2;2;40;1;2;-41;1;1;;;;; ;3;reste;52;44;reste;367;602;-42;0;0;;;;; 11;14;total;472;873;total;472;873;-43;1;0;;;;; 11;11;diagr;420;829;diagr;105;271;-44;1;0;;;;; 0;0; t30;93;227;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;472;25;0;497;;;-49;0;1;;;;; ;c;873;206;0;1079;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1576;54;;reste;5;14;;;;; </pre> =====absp autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_autres_intercalaires_aas|absp autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;absp;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;198109;199200;84;*; ;comp;tRNA;199285;199360;135;*;aaa fin;comp;CDS;199496;200044;;; deb;;CDS;243776;244348;205;*; ;;tRNA;244554;244643;143;*;tca fin;;CDS;244787;245683;;0; deb;;CDS;338004;339383;116;*; ;comp;tRNA;339500;339586;257;*;ctc fin;comp;CDS;339844;340836;;; deb;comp;CDS;364473;365501;200;*; ;;tRNA;365702;365775;746;*;cag fin;;CDS;366522;367214;;; deb;;CDS;474173;477079;298;*; ;;tRNA;477378;477464;30;*;ctg ;;tRNA;477495;477570;238;*;gcc fin;;CDS;477809;478123;;; deb;comp;CDS;496623;497399;289;*; ;;regulatory;497689;497905;38;*; fin;;CDS;497944;499011;;; deb;;CDS;599223;600230;245;*; ;comp;tRNA;600476;600550;351;*;ggc fin;;CDS;600902;602071;;; deb;comp;CDS;629856;631205;178;*; ;;tRNA;631384;631458;1;*;acc ;;tRNA;631460;631535;99;*;gcg ;;tRNA;631635;631711;35;*;gac ;;tRNA;631747;631821;1;*;gtc ;;tRNA;631823;631896;153;*;cag fin;;CDS;632050;632259;;; deb;comp;CDS;699265;699843;213;*; ;;tRNA;700057;700132;4;*;aac ;;tRNA;700137;700213;32;*;gac fin;comp;CDS;700246;700851;;; deb;;CDS;909530;909766;153;*; ;comp;rRNA;909920;910035;132;*;116 ;comp;rRNA;910168;912914;272;*;2747 ;comp;tRNA;913187;913262;30;*;gca ;comp;tRNA;913293;913369;116;*;atc ;comp;rRNA;913486;914970;486;*;1485 fin;;CDS;915457;916713;;; deb;comp;CDS;975367;977091;141;*; ;;regulatory;977233;977362;74;*; fin;;CDS;977437;978516;;; deb;comp;CDS;998160;999149;229;*; ;;tRNA;999379;999465;123;*;ctg fin;;CDS;999589;1000215;;; deb;comp;CDS;1066729;1068657;115;*; ;comp;regulatory;1068773;1068992;54;*; fin;comp;CDS;1069047;1069505;;0; deb;comp;CDS;1098197;1098688;642;*; ;;rRNA;1099331;1100815;113;*;1485 ;;tRNA;1100929;1101005;31;*;atc ;;tRNA;1101037;1101112;272;*;gca ;;rRNA;1101385;1104132;151;*;2748 fin;comp;CDS;1104284;1105390;;; deb;;CDS;1157171;1157356;98;*; ;;tRNA;1157455;1157530;178;*;ttc fin;;CDS;1157709;1158686;;; deb;;CDS;1394614;1396740;453;*; ;;tRNA;1397194;1397287;52;*;agc fin;comp;CDS;1397340;1397858;;; deb;;CDS;1399009;1399830;301;*; ;comp;tRNA;1400132;1400206;79;*;caa fin;comp;CDS;1400286;1402385;;; deb;;CDS;1577667;1578095;457;*; ;;rRNA;1578553;1580037;116;*;1485 ;;tRNA;1580154;1580230;31;*;atc ;;tRNA;1580262;1580337;270;*;gca ;;rRNA;1580608;1582611;128;*;2004 ;;rRNA;1582740;1582855;100;*;116 ;;tRNA;1582956;1583032;706;*;atgf fin;;CDS;1583739;1585157;;0; </pre> ===agr=== ====agr opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_opérons|agr opérons]] <pre> 59.3%GC;29.12.19 Paris;16s 5 ;58 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Agrobacterium sp. H13-3 ;;;;;;;;;;;; chromosoml;;;;;;;;;;;; comp;1064633..1065274;;cds;;296;296;;;214;;hp;* ;1065571..1065655;;ttg;;266;266;;;;;;* ;1065922..1066437;;cds;;;;;;172;;disulfide bond formation protein B;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1178605..1179114;;cds;;256;256;;;170;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;1179371..1179445;;ggc;@1;793;;793;;;;;* comp;1180239..1180315;;atgj;;135;135;;;;;;* comp;1180451..1181647;;cds;;;;;;399;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1320644..1321006;;cds;;318;318;;;121;;hp;* comp;1321325..1321414;;tcg;;197;197;;;;;;* comp;1321612..1322493;;cds;;;;;;294;;dihydrodipicolinate synthase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1361929..1362942;;cds;;554;*554;;;338;;sugar ABC transporter substrate-binding protein;* comp;1363497..1363571;;gtc;;81;81;;;;;;* comp;1363653..1364015;;cds;;;;;;121;;response regulator;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1426814..1427137;;cds;;105;105;;;108;;hp;* ;1427243..1428733;;16s;;337;;;;1491;;;* ;1429071..1429147;;atc;;59;;;59;;;;* ;1429207..1429282;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;1429429..1429626;;cds;@2;241;241;;;66;;P-hp;* ;1429868..1432681;;23s;;242;;;;2814;;;* ;1432924..1433038;;5s;;257;;;;115;;;* ;1433296..1433372;;atgf;;311;311;;;;;;* ;1433684..1434118;;cds;;;;;;145;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;* ;;;;;;;;;;;;* ;1503534..1504520;;cds;;122;122;;;329;;beta-ketoacyl-ACP synthase III;* comp;1504643..1504716;;cag;;123;123;;;;;;* comp;1504840..1505277;;cds;;;;;;146;;Lrp/AsnC family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1605356..1605856;;cds;;71;71;;;167;;hp;* comp;1605928..1606003;;gcc;;152;152;;;;;;* comp;1606156..1606545;;cds;;;;;;130;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1687683..1688015;;cds;;105;105;;;111;;hp;* ;1688121..1689611;;16s;;337;;;;1491;;;* ;1689949..1690025;;atc;;59;;;59;;;;* ;1690085..1690160;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;1690307..1690504;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;1690746..1693559;;23s;;242;;;;2814;;;* ;1693802..1693916;;5s;;257;;;;115;;;* ;1694174..1694250;;atgf;;203;203;;;;;;* comp;1694454..1694645;;cds;;;;;;64;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;2103153..2103404;;cds;;105;105;;;84;;P-hp;* ;2103510..2105000;;16s;;337;;;;1491;;;* ;2105338..2105414;;atc;;59;;;59;;;;* ;2105474..2105549;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;2105696..2105893;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;2106135..2108948;;23s;;242;;;;2814;;;* ;2109191..2109305;;5s;;257;;;;115;;;* ;2109563..2109639;;atgf;;633;*633;;;;;;* ;2110273..2110680;;cds;;;;;;136;;membrane protein;* chromosomc;;;;;;;;;;;;* <comp;56862..57137;;cds;;105;105;;;92;;P-hp;* ;57243..58733;;16s;;337;;;;1491;;;* ;59071..59147;;atc;;59;;;59;;;;* ;59207..59282;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;59429..59626;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;59868..62681;;23s;;242;;;;2814;;;* ;62924..63038;;5s;;257;;;;115;;;* ;63296..63372;;atgf;;196;196;;;;;;* ;63569..65377;;cds;;;;;;*603;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;125821..127722;;cds;;287;287;;;*634;;molecular chaperone DnaK;* comp;128010..128099;;tcc;;220;220;;;;;;* ;128320..128637;;cds;;;;;;106;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;227621..228004;;cds;;240;240;;;128;;membrane protein;* comp;228245..228331;;ctg;;120;120;;;;;;* comp;228452..228757;;cds;;;;;;102;;SelT/SelW/SelH family protein;* ;;;;;;;;;;;;* >;378307..378396;;cds;;40;40;;;30;;P-hp;* ;378437..378513;;cgt;;174;174;;;;;;* ;378688..379500;;cds;;;;;;271;;class I SAM-dependent methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;407277..407435;;cds;;167;167;;;53;;YqaE/Pmp3 family membrane protein;* comp;407603..407678;;acg;;137;137;;;;;;* comp;407816..408778;;cds;;;;;;321;;nitronate monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;425990..427087;;cds;;56;56;;;366;;2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase;* ;427144..427217;;ggg;;154;154;;;;;;* ;427372..428058;;cds;;;;;;229;;aquaporin Z;* ;;;;;;;;;;;;* ;458659..459081;;cds;;285;285;;;141;;hp;* ;459367..459442;;ttc;;246;246;;;;;;* comp;459689..460033;;cds;;;;;;115;;cation:proton antiporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;493759..494025;;cds;;155;155;;;89;;hp;* ;494181..494255;;acc;;195;195;;;;;;* comp;494451..495686;;cds;;;;;;412;;flagellin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;564938..568684;;cds;;361;*361;;;*1249;;PAS domain S-box protein;* ;569046..569122;;cac;;79;79;;;;;;* ;569202..570920;;cds;;;;;;573;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;763448..764356;;cds;;202;202;;;303;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;764559..764633;;caa;;263;263;;;;;;* comp;764897..766549;;cds;;;;;;551;;malate dehydrogenase (quinone);* ;;;;;;;;;;;;* comp;767020..767439;;cds;;264;264;;;140;;hp;* ;767704..767780;;ccg;;159;159;;;;;;* comp;767940..768260;;cds;;;;;;107;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;960360..960701;;cds;;163;163;;;114;;hp;* ;960865..960955;;agc;;500;*500;;;;;;* comp;961456..961671;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1123408..1124136;;cds;;141;141;;;243;;hp;* ;1124278..1124363;;tta;;241;241;;;;;;* ;1124605..1127115;;cds;;;;;;*837;;copper-translocating P-type ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1154411..1154803;;cds;;91;91;;;131;;DUF2934 domain-containing protein;* comp;1154895..1154969;;aac;;176;176;;;;;;* ;1155146..1155424;;cds;;;;;;93;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1162767..1163027;;cds;;138;138;;;87;;hp;* comp;1163166..1163242;;ccc;;218;218;;;;;;* ;1163461..1163997;;cds;;;;;;179;;DUF1269 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1192452..1194650;;cds;;660;*660;;;*733;;esterase-like activity of phytase family protein;* comp;1195311..1195386;;gta;+;446;;446;;;;;* ;1195833..1195909;;gac;2 gac;41;;41;;;;;* ;1195951..1196027;;gac;;435;*435;;;;;;* ;1196463..1196828;;cds;;;;;;122;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;;* ;1421863..1422201;;cds;;134;134;;;113;;hp;* comp;1422336..1422425;;tca;;88;88;;;;;;* comp;1422514..1422678;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1468229..1469110;;cds;;180;180;;;294;;HNH endonuclease;* comp;1469291..1469367;;atgf;;132;132;;;;;;* comp;1469500..1470450;;cds;;;;;;317;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1508458..1508883;;cds;;558;*558;;;142;;PAS domain-containing protein;* comp;1509442..1509526;;ctc;;189;189;;;;;;* ;1509716..1510447;;cds;;;;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;1531160..1531933;;cds;;447;*447;;;258;;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;* ;1532381..1532455;;gaa;;121;121;;;;;;* ;1532577..1532818;;cds;;89;89;;;81;;P-hp;* ;1532908..1532982;;gaa;;129;129;;;;;;* comp;1533112..1534920;;cds;;;;;;*603;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;;;;;;;;;;;;* ;1584509..1584763;;cds;;155;155;;;85;;GlsB/YeaQ/YmgE family stress response membrane protein;* ;1584919..1584994;;aag;;134;134;;;;;;* comp;1585129..1585575;;cds;;;;;;149;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1612420..1613898;;cds;;240;240;;;493;;trigger factor;* comp;1614139..1614221;;cta;;447;*447;;;;;;* <;1614669..1614876;;cds;;;;;;69;;P-hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1672216..1672887;;cds;;245;245;;;224;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* comp;1673133..1673206;;tgc;;240;240;;;;;;* comp;1673447..1673599;;cds;;;;;;51;;DUF3309 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1744688..1745434;;cds;;341;341;;;249;;cytochrome c biogenesis protein CcdA;* ;1745776..1745851;;aaa;;310;310;;;;;;* ;1746162..1746743;;cds;;;;;;194;;DUF1003 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1770727..1772280;;cds;;91;91;;;518;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;1772372..1772448;;cca;;265;265;;;;;;* ;1772714..1773019;;cds;;51;51;;;102;;ETC complex I subunit;* ;1773071..1773147;;aga;;7;7;;;;;;* comp;1773155..1773892;;cds;;;;;;246;;DUF429 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1902337..1902537;;cds;;184;184;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;1902722..1902797;;tgg;;241;241;;;;;;* comp;1903039..1903845;;cds;;;;;;269;;glycosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1908698..1908892;;cds;;70;70;;;65;;hp;* comp;1908963..1909036;;gga;;26;26;26;;;;;* comp;1909063..1909147;;tac;;209;209;;;;;;* ;1909357..1910244;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* ;1922447..1922800;;cds;;55;55;;;118;;hp;* comp;1922856..1922931;;aca;;207;207;;;;;;* ;1923139..1924878;;cds;;;;;;580;;GGDEF domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2079925..2080287;;cds;;156;156;;;121;;hp;* comp;2080444..2080519;;atgi;;178;178;;;;;;* ;2080698..2081441;;cds;;;;;;248;;SIMPL domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2275632..2276138;;cds;;522;*522;;;169;;winged helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;2276661..2276737;;cgg;;287;287;;;;;;* ;2277025..2277264;;cds;;;;;;80;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2388300..2388497;;cds;;87;87;;;66;;hp;* ;2388585..2388659;;ggc;;361;*361;;;;;;* ;2389021..2391024;;cds;;;;;;*668;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2490745..2491854;;cds;;535;*535;;;370;;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;* comp;2492390..2492466;;atgf;;287;;;;115;;;* comp;2492754..2492868;;5s;;242;;;;2814;;;* comp;2493111..2495924;;23s;;241;241;;;;;;* >;2496166..2496363;;cds;;146;146;;;66;;P-hp;* comp;2496510..2496585;;gca;;59;;;59;;;;* comp;2496645..2496721;;atc;;337;;;;;;;* comp;2497059..2498549;;16s;;105;105;;;1491;;;* >;2498655..2498930;;cds;;;;;;92;;P-hp;* </pre> ====agr cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_cumuls|agr cumuls]] <pre> agr cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;5;1;;;1;0;1;;100;24;1;0 ;16atcgca235;0;20;;;50;3;40;;200;30;30;1 ;Id-atgf;5;40;1;;100;12;80;;300;14;60;3 ;16s23s;0;60;1;5;150;22;120;;400;8;90;17 ;max a;3;80;;;200;17;160;;500;2;120;13 ;a doubles;0;100;;;250;18;200;;600;4;150;14 ;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;4;180;5 ;total aas;15;140;;;350;4;280;;800;1;210;1 sans ;opérons;38;160;;;400;2;320;;900;1;240;3 ;1 aa;35;180;;;450;3;360;;1000;0;270;7 ;max a;3;200;;;500;1;400;;1100;0;300;4 ;a doubles;1;;2;;;6;;;;1;;21 ;total aas;42;;4;5;;97;;0;;89;;89 total aas;;57;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;59;;213;;;;230;; ;;;variance;;0;;134;;;;209;; sans jaune;;;moyenne;33;;;172;;;;185;;137 ;;;variance;;;;76;;;;131;;71 </pre> ====agr blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_blocs|agr blocs]] <pre> agr blocs;;;;;;;;; chromoml;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa; cds;105;108;hp;105;111;hp;105;84;P-hp 16s;337;1491;;337;1491;;337;1491; atc;59;;;59;;;59;; gca;146;;;146;;;146;; cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;241;66;P-hp 23s;242;2814;;242;2814;;242;2814; 5s;257;115;;257;115;;257;115; atgf;311;;;203;;;633;; cds;;145;CoA;;64;hp;;136;membrane chromosomc;;;;;;;;; cds;105;92;P-hp;105;92;P-hp;;; 16s;337;1491;;337;1491;;;; atc;59;;;59;;;;; gca;146;;;146;;;;; cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;;; 23s;242;2814;;242;2814;;;; 5s;257;115;;287;115;;;; atgf;196;;;535;;;;; cds;;603;helicase;;370;2Fe-2S;;; ;;;;;;;;; ;;;;;;;;; CoA;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;;;;;;;; helicase;DNA helicase RecQ;;;;;;;; 2Fe-2S;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;;;;;;;; membrane;membrane protein;;;;;;;; </pre> ====agr distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_distribution|agr distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total agr;;35;;;;;35;;agr;5;;;;;;5;;agr;2;;;;;;;;agr;;;;5;;;5 </pre> ====agrc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_données_intercalaires|agrc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;agrc;fx;fc;agrc;fx40;fc40;agrc;x-;c-;cont;x;cont;x;aa ;0;0;9;3;0;9;3;-1;;57;196;220;16s tRNA;; 1;0;10;42;173;1;2;26;-2;5;0;287;240;2* 342;;atc ;0;20;36;142;2;2;20;-3;;0;120;246;tRNA 23s;; ;0;30;28;69;3;11;32;-4;6;226;217;155;2* 585;;gca ;0;40;22;56;4;6;26;-5;;1;174;195;5s tRNA;; 1;0;50;31;39;5;2;11;-6;;0;167;361;257;;atgf 1;2;60;41;42;6;6;14;-7;;2;137;202;287;;atgf 1;0;70;30;63;7;5;8;-8;3;21;56;263;tRNA tRNA;;intra ;0;80;33;53;8;0;6;-9;1;0;154;264;2* 59;;atc gca ;0;90;17;62;9;6;13;-10;;2;285;159;tRNA tRNA;; 1;1;100;21;54;10;2;17;-11;;14;166;163;41;;gac ;0;110;30;55;11;3;25;-12;;0;778;91;**;;gac ;1;120;23;65;12;5;28;-13;;3;141;176;452;;gaa 1;1;130;23;56;13;4;10;-14;1;3;247;218;**;;gaa 2;3;140;21;47;14;3;17;-15;;0;138;41;26;;gga ;1;150;32;41;15;6;13;-16;;0;311;134;**;;tac 3;2;160;16;50;16;4;13;-17;1;5;123;189;;; 1;2;170;19;43;17;1;11;-18;;0;435;129;;; 2;1;180;23;21;18;4;4;-19;3;0;584;134;;; 1;1;190;16;36;19;4;10;-20;1;2;1054;657;;; 1;1;200;17;35;20;2;11;-21;;0;132;341;;; 2;0;210;24;25;21;4;13;-22;1;1;597;265;;; 2;1;220;16;26;22;5;6;-23;1;1;447;7;;; ;0;230;18;15;23;2;8;-24;;0;155;70;;; 1;2;240;19;19;24;3;5;-25;1;0;240;209;;; 1;3;250;13;16;25;2;4;-26;;1;245;55;;; ;0;260;15;11;26;4;9;-27;;0;240;270;;; 4;0;270;12;20;27;4;7;-28;;0;310;156;;; ;0;280;11;11;28;2;4;-29;;1;91;178;;; ;3;290;10;7;29;1;6;-30;1;0;51;522;;; ;0;300;8;16;30;1;7;-31;;0;184;373;;; ;1;310;10;10;31;4;10;-32;1;1;241;;;; ;1;320;10;3;32;2;3;-33;;0;287;;;; ;0;330;5;6;33;2;9;-34;1;0;403;;;; ;0;340;10;6;34;1;8;-35;1;1;535;;;; 1;0;350;6;5;35;2;2;-36;;;CDS 16s;;;; ;0;360;5;5;36;0;9;-37;;;;689;;; 1;0;370;5;5;37;3;5;-38;;;;585;;; 1;0;380;3;7;38;3;1;-39;;;23s 5s;;;; ;0;390;4;9;39;2;3;-40;;;2* 249;;;; ;0;400;5;5;40;3;6;-41;1;1;;;;; 2;8;reste;57;34;reste;659;1023;-42;;;;;;; 31;35;total;796;1466;total;796;1466;-43;;;;;;; 29;27;diagr;730;1429;diagr;128;440;-44;;;;;;; 1;0; t30;106;384;;;;-45;1;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;;;;;; ;x;787;35;9;831;;;-49;1;;;;;; ;c;1463;345;3;1811;;;-50;;;;;;; ;;;;;2642;109;;reste;1;2;;;;; ;;;;;;2751;;total;35;345;;;;; </pre> =====agrc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_autres_intercalaires_aas|agrc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;agr-c;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;54088;56574;669;*; ;;rRNA;57244;58728;342;*;1485 ;;tRNA;59071;59147;59;*;atc ;;tRNA;59207;59282;585;*;gca ;;rRNA;59868;62674;249;*;2807 ;;rRNA;62924;63038;257;*;115 ;;tRNA;63296;63372;196;*;atgf fin;;CDS;63569;65377;;; deb;;CDS;70038;70667;131;*; ;;regulatory;70799;71023;255;*; fin;;CDS;71279;71500;;; deb;comp;CDS;99269;101146;162;*; ;comp;ncRNA;101309;101405;77;*; fin;;CDS;101483;101899;;; deb;comp;CDS;125821;127722;287;*; ;comp;tRNA;128010;128099;220;*;tcc fin;;CDS;128320;128637;;; deb;;CDS;227621;228004;240;*; ;comp;tRNA;228245;228331;120;*;ctg fin;comp;CDS;228452;228757;;; deb;;CDS;376801;378219;217;*; ;;tRNA;378437;378513;174;*;cgt fin;;CDS;378688;379500;;; deb;comp;CDS;407277;407435;167;*; ;comp;tRNA;407603;407678;137;*;acg fin;comp;CDS;407816;408778;;; deb;comp;CDS;424611;425795;42;*; ;comp;regulatory;425838;425916;73;*; deb;;CDS;425990;427087;56;*; ;;tRNA;427144;427217;154;*;ggg fin;;CDS;427372;428058;;; deb;;CDS;458659;459081;285;*; ;;tRNA;459367;459442;246;*;ttc fin;comp;CDS;459689;460033;;; deb;comp;CDS;493759;494025;155;*; ;;tRNA;494181;494255;195;*;acc fin;comp;CDS;494451;495686;;; deb;comp;CDS;564938;568684;361;*; ;;tRNA;569046;569122;166;*;cac fin;;CDS;569289;570920;;; deb;comp;CDS;763448;764356;202;*; ;;tRNA;764559;764633;263;*;caa fin;comp;CDS;764897;766630;;; deb;comp;CDS;767020;767439;264;*; ;;tRNA;767704;767780;159;*;ccg fin;comp;CDS;767940;768260;;; deb;;CDS;829597;830517;91;*; ;;regulatory;830609;830834;165;*; fin;;CDS;831000;831182;;; deb;comp;CDS;960360;960701;163;*; ;;tRNA;960865;960955;778;*;agc fin;;CDS;961734;962801;;; deb;;CDS;1095507;1096961;76;*; ;;misc_f;1097038;1097093;74;*; fin;;CDS;1097168;1098649;;; deb;;CDS;1123408;1124136;141;*; ;;tRNA;1124278;1124363;247;*;tta fin;;CDS;1124611;1127115;;; deb;;CDS;1154411;1154803;91;*; ;comp;tRNA;1154895;1154969;176;*;aac fin;;CDS;1155146;1155424;;; deb;comp;CDS;1162767;1163027;138;*; ;comp;tRNA;1163166;1163242;218;*;ccc fin;;CDS;1163461;1163997;;; deb;comp;CDS;1194859;1194999;311;*; ;comp;tRNA;1195311;1195386;41;*;gta deb;;CDS;1195428;1195709;123;*; ;;tRNA;1195833;1195909;41;*;gac ;;tRNA;1195951;1196027;435;*;gac fin;;CDS;1196463;1196828;;; deb;comp;CDS;1367095;1368234;154;*; ;comp;regulatory;1368389;1368476;124;*; fin;comp;CDS;1368601;1368786;;; deb;;CDS;1421863;1422201;134;*; ;comp;tRNA;1422336;1422425;584;*;tca fin;comp;CDS;1423010;1423237;;; deb;;CDS;1440191;1441231;40;*; ;comp;regulatory;1441272;1441350;365;*; fin;;CDS;1441716;1441916;;; deb;comp;CDS;1467928;1468236;1054;*; ;comp;tRNA;1469291;1469367;132;*;atgf fin;comp;CDS;1469500;1470450;;; deb;comp;CDS;1508458;1508844;597;*; ;comp;tRNA;1509442;1509526;189;*;ctc fin;;CDS;1509716;1510447;;; deb;;CDS;1531160;1531933;447;*; ;;tRNA;1532381;1532455;452;*;gaa ;;tRNA;1532908;1532982;129;*;gaa fin;comp;CDS;1533112;1534914;;; deb;;CDS;1584509;1584763;155;*; ;;tRNA;1584919;1584994;134;*;aag fin;comp;CDS;1585129;1585674;;; deb;comp;CDS;1600224;1600940;97;*; ;comp;regulatory;1601038;1601224;128;*; fin;comp;CDS;1601353;1602183;;; deb;comp;CDS;1612420;1613898;240;*; ;comp;tRNA;1614139;1614221;657;*;cta fin;;CDS;1614879;1615025;;; deb;comp;CDS;1672216;1672887;245;*; ;comp;tRNA;1673133;1673206;240;*;tgc fin;comp;CDS;1673447;1673599;;; deb;comp;CDS;1744688;1745434;341;*; ;;tRNA;1745776;1745851;310;*;aaa fin;;CDS;1746162;1746743;;; deb;comp;CDS;1770727;1772280;91;*; ;comp;tRNA;1772372;1772448;265;*;cca deb;;CDS;1772714;1773019;51;*; ;;tRNA;1773071;1773147;7;*;aga fin;comp;CDS;1773155;1773892;;; deb;comp;CDS;1902337;1902537;184;*; ;comp;tRNA;1902722;1902797;241;*;tgg fin;comp;CDS;1903039;1903845;;; deb;;CDS;1908698;1908892;70;*; ;comp;tRNA;1908963;1909036;26;*;gga ;comp;tRNA;1909063;1909147;209;*;tac fin;;CDS;1909357;1910244;;; deb;;CDS;1922447;1922800;55;*; ;comp;tRNA;1922856;1922931;270;*;aca fin;;CDS;1923202;1924878;;; deb;comp;CDS;1963129;1963437;141;*; ;;tmRNA;1963579;1963951;229;*; fin;;CDS;1964181;1964693;;; deb;comp;CDS;2025879;2026319;399;*; ;comp;ncRNA;2026719;2027124;56;*; fin;comp;CDS;2027181;2028371;;; deb;;CDS;2079925;2080287;156;*; ;comp;tRNA;2080444;2080519;178;*;atgi fin;;CDS;2080698;2081441;;; deb;comp;CDS;2275632;2276138;522;*; ;;tRNA;2276661;2276737;287;*;cgg fin;;CDS;2277025;2277264;;; deb;comp;CDS;2387990;2388211;373;*; ;;tRNA;2388585;2388659;403;*;ggc fin;;CDS;2389063;2391024;;; deb;comp;CDS;2490745;2491854;535;*; ;comp;tRNA;2492390;2492466;287;*;atgf ;comp;rRNA;2492754;2492868;249;*;115 ;comp;rRNA;2493118;2495924;585;*;2807 ;comp;tRNA;2496510;2496585;59;*;gca ;comp;tRNA;2496645;2496721;342;*;atc ;comp;rRNA;2497064;2498548;585;*;1485 fin;;CDS;2499134;2500084;;; deb;comp;CDS;2519640;2521463;94;*; ;comp;regulatory;2521558;2521669;180;*; fin;;CDS;2521850;2522101;;; deb;comp;CDS;2681110;2682123;37;*; ;comp;regulatory;2682161;2682271;45;*; fin;comp;CDS;2682317;2682709;;; deb;comp;CDS;2684632;2685285;90;*; ;;regulatory;2685376;2685452;82;*; fin;;CDS;2685535;2686461;;; deb;comp;CDS;2791781;2792167;154;*; ;comp;regulatory;2792322;2792537;127;*; fin;;CDS;2792665;2793282;;; </pre> ====agrl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_données_intercalaires|agrl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;agrl;fx;fc;agrl;fx40;fc40;agrl;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;46;266;296;16s tRNA;; ;0;10;21;151;1;1;25;-2;1;0;135;256;3* 342;;atc ;0;20;19;126;2;1;19;-3;0;0;318;122;tRNA 23s;; ;0;30;20;63;3;5;18;-4;9;199;197;71;3* 585;;gca ;0;40;19;34;4;4;24;-5;0;0;554;203;5s tRNA;; ;0;50;19;39;5;2;12;-6;1;0;81;;3* 257;;atgf ;0;60;20;50;6;3;8;-7;2;4;311;;tRNA tRNA;;intra ;0;70;18;56;7;1;10;-8;0;23;123;;3* 59;;atc gca 1;0;80;12;39;8;2;11;-9;0;0;152;;tRNA tRNA;; ;1;90;20;30;9;0;8;-10;1;1;633;;-;793;ggc ;0;100;20;32;10;2;16;-11;0;9;CDS 16s;;**;;atgj ;0;110;11;29;11;2;14;-12;0;0;581;714;;; ;0;120;20;30;12;4;20;-13;0;1;2136;;;; 1;1;130;13;27;13;0;20;-14;2;8;23s 5s;;;; ;1;140;15;26;14;1;10;-15;0;0;3* 249;;;; ;0;150;10;26;15;3;9;-16;0;2;;;;; ;1;160;9;21;16;2;10;-17;0;3;;;;; ;0;170;7;20;17;0;13;-18;1;0;;;;; ;0;180;16;14;18;3;15;-19;0;0;;;;; ;0;190;10;19;19;3;11;-20;0;4;;;;; ;1;200;18;17;20;1;4;-21;0;0;;;;; 1;0;210;11;17;21;4;4;-22;0;1;;;;; ;0;220;16;19;22;0;8;-23;0;4;;;;; ;0;230;7;11;23;2;7;-24;0;0;;;;; ;0;240;9;14;24;5;5;-25;0;0;;;;; ;0;250;10;9;25;2;6;-26;0;1;;;;; 1;0;260;7;9;26;1;6;-27;0;0;;;;; ;1;270;10;11;27;1;4;-28;1;0;;;;; ;0;280;3;3;28;1;5;-29;1;1;;;;; ;0;290;7;6;29;2;7;-30;0;0;;;;; 1;0;300;5;11;30;2;11;-31;1;0;;;;; ;0;310;9;5;31;4;5;-32;2;0;;;;; ;2;320;9;5;32;0;4;-33;1;0;;;;; ;0;330;6;3;33;1;1;-34;0;0;;;;; ;0;340;5;5;34;1;3;-35;0;0;;;;; ;0;350;4;1;35;0;5;-36;0;0;;;;; ;0;360;3;2;36;2;3;-37;1;0;;;;; ;0;370;3;6;37;2;8;-38;0;0;;;;; ;0;380;5;6;38;5;5;-39;1;0;;;;; ;0;390;5;2;39;0;0;-40;0;0;;;;; ;0;400;5;3;40;4;0;-41;0;0;;;;; ;2;reste;42;41;reste;419;664;-42;0;0;;;;; 5;10;total;499;1040;total;499;1040;-43;0;0;;;;; 5;8;diagr;456;997;diagr;79;374;-44;0;0;;;;; 0;0; t30;60;340;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;498;25;1;524;;;-49;0;0;;;;; ;c;1038;307;2;1347;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1871;41;;reste;0;0;;;;; ;;;;;;1912;;total;25;307;;;;; </pre> =====agrl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_autres_intercalaires_aas|agrl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;agrl;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;784904;786193;181;*; ;;regulatory;786375;786477;128;*; fin;;CDS;786606;787391;;; deb;comp;CDS;928915;929946;164;*; ;comp;regulatory;930111;930346;39;*; fin;comp;CDS;930386;931264;;0; deb;comp;CDS;1064633;1065274;296;*; ;;tRNA;1065571;1065655;266;*;ttg fin;;CDS;1065922;1066437;;0; deb;comp;CDS;1178605;1179114;256;*; ;;tRNA;1179371;1179445;793;*;ggc ;comp;tRNA;1180239;1180315;135;*;atgj fin;comp;CDS;1180451;1181647;;; deb;comp;CDS;1212291;1213553;234;*; ;comp;ncRNA;1213788;1213946;78;*; fin;comp;CDS;1214025;1214402;;; deb;comp;CDS;1320644;1321006;318;*; ;comp;tRNA;1321325;1321414;197;*;tcg fin;comp;CDS;1321612;1322493;;; deb;comp;CDS;1361929;1362942;554;*; ;comp;tRNA;1363497;1363571;81;*;gtc fin;comp;CDS;1363653;1364015;;0; deb;;CDS;1425957;1426682;561;*; ;;rRNA;1427244;1428728;342;*;1485 ;;tRNA;1429071;1429147;59;*;atc ;;tRNA;1429207;1429282;585;*;gca ;;rRNA;1429868;1432674;249;*;2807 ;;rRNA;1432924;1433038;257;*;115 ;;tRNA;1433296;1433372;311;*;atgf fin;;CDS;1433684;1434118;;; deb;;CDS;1503534;1504520;122;*; ;comp;tRNA;1504643;1504716;123;*;cag fin;comp;CDS;1504840;1505277;;0; deb;;CDS;1605356;1605856;71;*; ;comp;tRNA;1605928;1606003;152;*;gcc fin;comp;CDS;1606156;1606545;;0; deb;comp;CDS;1685461;1687407;714;*; ;;rRNA;1688122;1689606;342;*;1485 ;;tRNA;1689949;1690025;59;*;atc ;;tRNA;1690085;1690160;585;*;gca ;;rRNA;1690746;1693552;249;*;2807 ;;rRNA;1693802;1693916;257;*;115 ;;tRNA;1694174;1694250;203;*;atgf fin;comp;CDS;1694454;1694645;;; deb;;CDS;2101066;2101374;2136;*; ;;rRNA;2103511;2104995;342;*;1485 ;;tRNA;2105338;2105414;59;*;atc ;;tRNA;2105474;2105549;585;*;gca ;;rRNA;2106135;2108941;249;*;2807 ;;rRNA;2109191;2109305;257;*;115 ;;tRNA;2109563;2109639;633;*;atgf fin;;CDS;2110273;2110680;;; </pre> ===aua=== ====aua opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_opérons|aua opérons]] <pre> https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP006367.1;aua;;genome;;pau20rrn;;;;;;; 67%GC;8.8.19 Paris;16s 1;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;cdsd;protéines; Aureimonas sp. AU20;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;; pAU20rrn;;;;;;;;;;;; ;324..1028;;CDS rep;;461;;;;235;;replication initiation protein;* comp;1490..1604;;5s;@1;82;;;;115;;; comp;1687..4515;;23s;;-15;;;;2829;;; comp;4501..4851;;CDS hp;;142;;;;117;;hp; comp;4994..5069;;gca;;33;;;33;;;; comp;5103..5179;;atc;;233;;;;;;; comp;5413..6898;;16s;;1752;;;;1486;;; comp;8651..9109;;CDS hp;;;;;;153;;hp; ;;;;;;;;;;;; Chromosome;;;;;;;;;;;; comp;170900..171925;;CDS;;368;368;;;342;;; ;172294..172378;;ctg;;130;130;;;;130;; ;172509..172772;;CDS;;;;;;88;;; ;;;;;;;;;;;; comp;330094..330690;;CDS;;338;338;;;199;;; ;331029..331103;;ggc;@2;404;;*404;;;;; comp;331508..331584;;atgf;+;44;;44;;;;; comp;331629..331705;;atgf;2 atg;255;255;;;;255;; comp;331961..333217;;CDS;;;;;;419;;; ;;;;;;;;;;;; ;344949..346025;;CDS;;589;589;;;359;589;; ;346615..346704;;tcg;;609;609;;;;;; ;347314..348471;;CDS;;;;;;386;;; ;;;;;;;;;;;; comp;393335..395356;;CDS;;800;*800;;;*674;;; comp;396157..396232;;gcc;;439;439;;;;439;; comp;396672..397094;;CDS;;;;;;141;;; ;;;;;;;;;;;; ;635177..637537;;CDS;;640;640;;;*787;;; comp;638178..638253;;gcg;;182;182;;;;182;; ;638436..638738;;CDS;;;;;;101;;; ;;;;;;;;;;;; comp;924507..925466;;CDS;;529;529;;;320;;; comp;925996..926085;;tcc;;349;349;;;;349;; ;926435..926767;;CDS;;;;;;111;;; ;;;;;;;;;;;; ;1216789..1217439;;CDS;;60;60;;;217;60;; ;1217500..1217576;;agg;;68;68;;;;;; comp;1217645..1218760;;CDS;;;;;;372;;; ;;;;;;;;;;;; ;1350534..1352180;;CDS;@4;-30;*-30;;;*549;;; comp;1352151..1352227;;cgt;+;51;;51;;;;; comp;1352279..1352355;;cgt;2 cgt;169;169;;;;;; comp;1352525..1353967;;CDS;;;;;;*481;;; ;;;;;;;;;;;; ;1401921..1402442;;CDS;;142;142;;;174;142;; ;1402585..1402661;;cac;;585;585;;;;;; ;1403247..1404875;;CDS;;;;;;*543;;; ;;;;;;;;;;;; ;1544580..1546277;;CDS;;455;455;;;*566;;; comp;1546733..1546808;;ttc;@2;161;;161;;;;; ;1546970..1547044;;acc;;414;414;;;;414;; ;1547459..1549516;;CDS;;;;;;*686;;; ;;;;;;;;;;;; ;1609269..1610216;;CDS;;278;278;;;316;;; comp;1610495..1610571;;cgg;;121;121;;;;121;; comp;1610693..1611427;;CDS;;;;;;245;;; ;;;;;;;;;;;; >;1683255..1683581;;CDS;;209;209;;;109;209;; comp;1683791..1683864;;cag;;580;580;;;;;; ;1684445..1685734;;CDS;;;;;;430;;; ;;;;;;;;;;;; ;1700827..1701852;;CDS;;300;300;;;342;;; comp;1702153..1702227;;gtc;+;128;;128;;;;; comp;1702356..1702430;;gtc;3 gtc;186;;186;;;;; comp;1702617..1702691;;gtc;;68;68;;;;68;; comp;1702760..1703125;;CDS;;;;;;122;;; ;;;;;;;;;;;; ;1946715..1946936;;CDS;;6;6;;;74;6;; comp;1946943..1947018;;atgi;;105;105;;;;;; ;1947124..1947345;;CDS;;;;;;74;;; ;;;;;;;;;;;; ;1981934..1983139;;CDS;;139;139;;;402;139;; ;1983279..1983368;;agc;;825;*825;;;;;; ;1984194..1985339;;CDS;;;;;;382;;; ;;;;;;;;;;;; ;1996083..1997171;;CDS;;243;243;;;363;;; comp;1997415..1997490;;acg;;112;112;;;;112;; comp;1997603..1998583;;CDS;;;;;;327;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2263930..2264781;;CDS;;30;30;;;284;30;; comp;2264812..2264886;;gtg;;111;111;;;;;; comp;2264998..2265768;;CDS;;;;;;257;;; ;;;;;;;;;;;; ;2363764..2364786;;CDS;;18;18;;;341;18;; comp;2364805..2364879;;gaa;+;140;;140;;;;; comp;2365020..2365094;;gaa;2 gaa;69;69;;;;69;; comp;2365164..2366144;;CDS;;;;;;327;;; ;;;;;;;;;;;; ;2367774..2368247;;CDS;;105;105;;;158;;; ;2368353..2368429;;cca;@3;43;43;;;;43;; ;2368473..2368778;;CDS;;36;36;;;102;36;; ;2368815..2368890;;aga;;448;448;;;;;; ;2369339..2369929;;CDS;;;;;;197;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2401620..2402732;;CDS;;155;155;;;371;155;; comp;2402888..2402963;;aaa;;169;169;;;;;; ;2403133..2403870;;CDS;;;;;;246;;; ;;;;;;;;;;;; ;2419689..2420852;;CDS;;13;13;;;388;13;; ;2420866..2420955;;tca;;238;238;;;;;; ;2421194..2421934;;CDS;;;;;;247;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2601493..2601858;;CDS;;287;287;;;122;287;; comp;2602146..2602222;;gac;+;58;;58;;;;; comp;2602281..2602357;;gac;2 gac;270;;270;;;;; ;2602628..2602703;;gta;@2;330;330;;;;;; comp;2603034..2603312;;CDS;;;;;;93;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2608494..2609852;;CDS;;73;73;;;*453;73;; comp;2609926..2610009;;cta;;307;307;;;;;; ;2610317..2610460;;CDS;;;;;;48;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2641174..2641824;;CDS;@3;125;125;;;217;125;; comp;2641950..2642023;;tgc;;153;153;;;;;; comp <;2642177..2642443;;CDS;;296;296;;;89;;; ;2642740..2642814;;aac;;269;269;;;;269;; ;2643084..2644127;;CDS;;;;;;348;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2651145..2652935;;CDS;;239;239;;;*597;239;; ;2653175..2653259;;tta;;265;265;;;;;; ;2653525..2653725;;CDS;;;;;;67;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2749758..2750318;;CDS;;3102;*3102;;;187;;; comp;2753421..2753497;;atgf;;83;83;;;;83;; comp;2753581..2754180;;CDS;;;;;;200;;; ;;;;;;;;;;;; ;2768127..2769224;;CDS;;63;63;;;366;63;; comp;2769288..2769364;;ccg;@2;173;;173;;;;; ;2769538..2769612;;caa;;528;528;;;;;; comp;2770141..2770566;;CDS;;;;;;142;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2787112..2788920;;CDS;;217;217;;;*603;217;; comp;2789138..2789214;;ccc;;265;265;;;;;; comp;2789480..2790022;;CDS;;;;;;181;;; ;;;;;;;;;;;; ;2927857..2928789;;CDS;;136;136;;;311;136;; comp;2928926..2929010;;ctc;+;132;;132;;;;; comp;2929143..2929227;;ctc;2 ctc;175;175;;;;;; ;2929403..2930164;;CDS;;;;;;254;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2971057..2971257;;CDS;;130;130;;;67;;; comp;2971388..2971463;;tgg;;53;53;;;;53;; comp;2971517..2972374;;CDS;;;;;;286;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2973322..2974497;;CDS;;291;291;;;392;;; comp;2974789..2974862;;gga;;24;;24;;;;; comp;2974887..2974971;;tac;;259;259;;;;259;; ;2975231..2976097;;CDS;;;;;;289;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2979955..2981049;;CDS;;221;221;;;365;;; ;2981271..2981346;;aca;;55;55;;;;55;; comp;2981402..2981752;;CDS;;;;;;117;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3063743..3064045;;CDS;;106;106;;;101;106;; comp;3064152..3064227;;aag;;147;147;;;;;; comp;3064375..3064803;;CDS;;;;;;143;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3194307..3194906;;CDS;;249;249;;;200;;; ;3195156..3195232;;atgj;;173;173;;;;173;; ;3195406..3196356;;CDS;;;;;;317;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3206006..3206455;;CDS;;743;*743;;;150;;; comp;3207199..3207273;;gag;;50;50;;;;50;; comp;3207324..3207689;;CDS;;;;;;122;;; ;;;;;;;;;;;; ;3398165..3399901;;CDS;;554;554;;;*579;;; ;3400456..3400530;;aac;;115;115;;;;115;; ;3400646..3400924;;CDS;;;;;;93;;; ;;;;;;;;;;;; ;3401737..3403497;;CDS;;227;227;;;*587;;; comp;3403725..3403799;;ggc;;208;;208;;;;; comp;3404008..3404082;;ggg;;74;74;;;;74;; comp;3404157..3404819;;CDS;;;;;;221;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3597872..3598414;;CDS;;370;370;;;181;;; ;3598785..3598869;;ttg;;151;151;;;;151;; comp;3599021..3599251;;CDS;;;;;;77;;; </pre> ====aua cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_cumuls|aua cumuls]] <pre> aua cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;1;1;0;-;1;1;1;0;100;10;1;0 ;16 aas 23 5s ;0;20;0;;50;7;40;7;200;22;30;0 ;16 atc gca hp;1;40;1;;100;10;80;9;300;11;60;1 ;16 cds 23 5s ;0;60;3;;150;14;120;9;400;20;90;7 ;max a;2;80;0;;200;8;160;4;500;5;120;8 ;a doubles;0;100;0;;250;8;200;3;600;6;150;7 ;spéciaux;0;120;0;;300;10;240;4;700;3;180;2 ;total aas;2;140;3;;350;4;280;1;800;1;210;7 sans ;opérons;38;160;0;;400;2;320;0;900;0;240;3 ;1 aa;26;180;2;;450;3;360;2;1000;0;270;5 ;max a;3;200;1;;500;1;400;0;1100;0;300;3 ;a doubles;6;;3;;;12;;1;;0;;35 ;total aas;53;;13;0;;80;;40;;78;;78 total aas;;55;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;131;;;226;;153;;235;;158 ;;;variance;75;;;165;;128;;125;;69 </pre> ====aua blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_blocs|aua blocs]] <pre> CDS ;1752;153;hp 16s;233;1486; atc;33;; gca;142;; CDS;-15;117;hp 23s;82;2829; 5s;461;115; CDS ;;235;replication initiation protein </pre> ====aua distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_distribution|aua distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;aua;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;ctc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;gtc3;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;2;agc;1;gac2;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;;gaa2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;cgt2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;2;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;atgf2;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total aua;;30;;;;;30;;aua;10;;;;;;10;;aua;13;;;;;;13 </pre> ====aua données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_données_intercalaires|aua données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;aua;fx;fc;aua;fx40;fc40;aua;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;3;0;0;3;0;-1;0;87;130;368;16s tRNA;; 1;0;10;50;230;1;1;32;-2;1;0;255;338;233;;atc 1;2;20;38;127;2;1;24;-3;0;0;589;640;tRNA 23s;; ;2;30;38;96;3;9;36;-4;14;345;660;182;478;;gca ;1;40;23;58;4;8;33;-5;0;1;812;349;tRNA tRNA;;intra ;2;50;29;57;5;2;32;-6;1;0;439;68;33;;atc gca 1;2;60;48;59;6;11;13;-7;1;0;529;-30;tRNA tRNA;; 2;2;70;41;77;7;3;11;-8;3;27;60;455;-;404;ggc ;3;80;33;80;8;3;17;-9;0;1;169;278;44;;atgf ;1;90;39;71;9;10;12;-10;0;2;142;209;**;;atgf ;0;100;35;71;10;2;20;-11;0;16;175;580;51;;cgt ;2;110;24;63;11;3;22;-12;1;0;414;300;**;;cgt ;2;120;25;52;12;4;31;-13;1;5;121;6;-;161;ttc 1;4;130;21;63;13;3;12;-14;2;4;68;126;**;;acc 1;1;140;23;57;14;0;13;-15;0;1;139;234;128;;gtc ;2;150;31;69;15;7;8;-16;1;1;112;243;186;;gtc 1;1;160;19;44;16;1;5;-17;0;4;30;18;**;;gtc 1;2;170;21;37;17;3;14;-18;2;0;111;177;140;;gaa 2;2;180;18;35;18;4;6;-19;0;3;69;169;**;;gaa 1;0;190;23;34;19;11;6;-20;1;6;105;330;58;;gac ;0;200;30;32;20;2;10;-21;0;0;43;307;-;270;gac 1;0;210;29;33;21;8;9;-22;0;0;36;296;**;;gta ;0;220;20;35;22;3;15;-23;3;1;170;239;-;173;ccg 2;0;230;21;26;23;3;11;-24;0;0;13;63;**;;caa 2;0;240;22;25;24;5;7;-25;2;0;277;528;132;;ctc 2;0;250;11;26;25;2;13;-26;1;2;287;136;**;;ctc 1;1;260;14;23;26;2;12;-27;1;0;76;175;24;;gga ;3;270;23;19;27;5;10;-28;1;0;125;259;**;;tac 1;1;280;13;10;28;6;5;-29;1;3;72;221;208;;ggc ;1;290;13;19;29;0;8;-30;0;0;269;55;**;;ggg 2;1;300;15;9;30;4;6;-31;1;0;265;249;;; 1;0;310;13;14;31;2;8;-32;1;0;24;311;;; 1;0;320;13;12;32;2;9;-33;0;0;83;227;;; 1;0;330;9;10;33;4;4;-34;0;0;16;370;;; 1;0;340;9;6;34;1;6;-35;0;1;265;151;;; 1;0;350;11;6;35;1;6;-36;1;0;130;;;; ;0;360;8;8;36;5;1;-37;0;0;53;;;; 2;0;370;6;5;37;3;2;-38;1;0;291;;;; ;0;380;7;5;38;1;7;-39;0;0;106;;;; ;0;390;4;7;39;3;6;-40;1;0;147;;;; ;0;400;5;1;40;1;9;-41;0;1;173;;;; 4;7;reste;97;92;reste;823;1292;-42;0;0;743;;;; 35;45;total;975;1803;total;975;1803;-43;0;1;50;;;; 30;38;diagr;875;1711;diagr;149;511;-44;0;0;154;;;; 2;4; t30;126;453;;;;-45;0;0;74;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;CDS 16s;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;1752;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;23s 5s;;;; ;x;972;55;3;1030;;;-49;1;0;82;;;; ;c;1803;523;0;2326;;;-50;1;0;5s CDS;;;; ;;;;;3356;117;;reste;9;10;-;461;;; ;;;;;;3473;;total;55;523;;;;; </pre> =====aua autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_autres_intercalaires_aas|aua autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement <pre> autres intercalaires ;;aua;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;157474;158811;438;*; ;;regulatory;159250;159351;138;*; fin;;CDS;159490;160275;;; deb;comp;CDS;170900;171925;368;*; ;;tRNA;172294;172378;130;*;ctg fin;;CDS;172509;172772;;; deb;comp;CDS;330094;330690;338;*; ;;tRNA;331029;331103;404;*;ggc ;comp;tRNA;331508;331584;44;*;atgf ;comp;tRNA;331629;331705;255;*;atgf fin;comp;CDS;331961;333217;;0; deb;;CDS;344949;346025;589;*; ;;tRNA;346615;346704;660;*;tcg fin;;CDS;347365;348471;;0; deb;comp;CDS;393335;395344;812;*; ;comp;tRNA;396157;396232;439;*;gcc fin;comp;CDS;396672;397094;;0; deb;;CDS;636089;637537;640;*; ;comp;tRNA;638178;638253;182;*;gcg fin;;CDS;638436;638738;;; deb;;CDS;680871;681065;46;*; ;;regulatory;681112;681214;62;*; fin;;CDS;681277;683100;;; deb;comp;CDS;762422;762607;31;*; ;comp;regulatory;762639;762877;116;*; fin;comp;CDS;762994;763371;;; deb;;CDS;894578;894772;102;*; ;;regulatory;894875;895098;119;*; fin;;CDS;895218;896204;;; deb;comp;CDS;924507;925466;529;*; ;comp;tRNA;925996;926085;349;*;tcc fin;;CDS;926435;926767;;; deb;comp;CDS;973959;974375;30;*; ;;ncRNA;974406;974502;208;*; fin;comp;CDS;974711;975313;;0; deb;comp;CDS;1215259;1216272;45;*; ;comp;regulatory;1216318;1216420;368;*; deb;;CDS;1216789;1217439;60;*; ;;tRNA;1217500;1217576;68;*;agg fin;comp;CDS;1217645;1218760;;; deb;;CDS;1350534;1352180;-30;*; ;comp;tRNA;1352151;1352227;51;*;cgt ;comp;tRNA;1352279;1352355;169;*;cgt fin;comp;CDS;1352525;1353967;;0; deb;;CDS;1401921;1402442;142;*; ;;tRNA;1402585;1402661;175;*;cac fin;;CDS;1402837;1402989;;; deb;;CDS;1544580;1546277;455;*; ;comp;tRNA;1546733;1546808;161;*;ttc ;;tRNA;1546970;1547044;414;*;acc fin;;CDS;1547459;1549516;;0; deb;;CDS;1609269;1610216;278;*; ;comp;tRNA;1610495;1610571;121;*;cgg fin;comp;CDS;1610693;1611427;;; deb;;CDS;1619798;1621321;102;*; ;;regulatory;1621424;1621513;147;*; fin;;CDS;1621661;1622968;;; deb;;CDS;1683255;1683581;209;*; ;comp;tRNA;1683791;1683864;580;*;cag fin;;CDS;1684445;1685734;;; deb;;CDS;1700827;1701852;300;*; ;comp;tRNA;1702153;1702227;128;*;gtc ;comp;tRNA;1702356;1702430;186;*;gtc ;comp;tRNA;1702617;1702691;68;*;gtc fin;comp;CDS;1702760;1703125;;0; deb;;CDS;1946715;1946936;6;*; ;comp;tRNA;1946943;1947018;126;*;atgi fin;;CDS;1947145;1947345;;0; deb;;CDS;1981934;1983139;139;*; ;;tRNA;1983279;1983368;234;*;agc fin;comp;CDS;1983603;1984061;;0; deb;;CDS;1996083;1997171;243;*; ;comp;tRNA;1997415;1997490;112;*;acg fin;comp;CDS;1997603;1998583;;0; deb;;CDS;2082120;2083970;0;*; ;;regulatory;2083971;2084083;157;*; fin;;CDS;2084241;2085203;;; deb;comp;CDS;2263930;2264781;30;*; ;comp;tRNA;2264812;2264886;111;*;gtg fin;comp;CDS;2264998;2265768;;0; deb;;CDS;2363764;2364786;18;*; ;comp;tRNA;2364805;2364879;140;*;gaa ;comp;tRNA;2365020;2365094;69;*;gaa fin;comp;CDS;2365164;2366240;;; deb;;CDS;2367774;2368247;105;*; ;;tRNA;2368353;2368429;43;*;cca deb;;CDS;2368473;2368778;36;*; ;;tRNA;2368815;2368890;177;*;aga fin;comp;CDS;2369068;2369220;;0; deb;comp;CDS;2401620;2402717;170;*; ;comp;tRNA;2402888;2402963;169;*;aaa fin;;CDS;2403133;2403870;;; deb;;CDS;2419602;2420852;13;*; ;;tRNA;2420866;2420955;277;*;tca fin;;CDS;2421233;2421934;;; deb;comp;CDS;2601493;2601858;287;*; ;comp;tRNA;2602146;2602222;58;*;gac ;comp;tRNA;2602281;2602357;270;*;gac ;;tRNA;2602628;2602703;330;*;gta fin;comp;CDS;2603034;2603312;;; deb;comp;CDS;2608494;2609849;76;*; ;comp;tRNA;2609926;2610009;307;*;cta fin;;CDS;2610317;2610460;;; deb;comp;CDS;2641174;2641824;125;*; ;comp;tRNA;2641950;2642023;72;*;tgc deb;comp;CDS;2642096;2642443;296;*; ;;tRNA;2642740;2642814;269;*;aac fin;;CDS;2643084;2644127;;; deb;comp;CDS;2651145;2652935;239;*; ;;tRNA;2653175;2653259;265;*;tta fin;;CDS;2653525;2653725;;0; deb;comp;CDS;2753154;2753396;24;*; ;comp;tRNA;2753421;2753497;83;*;atgf fin;comp;CDS;2753581;2754180;;; deb;;CDS;2768127;2769224;63;*; ;comp;tRNA;2769288;2769364;173;*;ccg ;;tRNA;2769538;2769612;528;*;caa fin;comp;CDS;2770141;2770566;;0; deb;comp;CDS;2787112;2789121;16;*; ;comp;tRNA;2789138;2789214;265;*;ccc fin;comp;CDS;2789480;2790022;;; deb;;CDS;2927857;2928789;136;*; ;comp;tRNA;2928926;2929010;132;*;ctc ;comp;tRNA;2929143;2929227;175;*;ctc fin;;CDS;2929403;2930164;;; deb;comp;CDS;2971057;2971257;130;*; ;comp;tRNA;2971388;2971463;53;*;tgg fin;comp;CDS;2971517;2972374;;; deb;comp;CDS;2973322;2974497;291;*; ;comp;tRNA;2974789;2974862;24;*;gga ;comp;tRNA;2974887;2974971;259;*;tac fin;;CDS;2975231;2976097;;0; deb;comp;CDS;2979955;2981049;221;*; ;;tRNA;2981271;2981346;55;*;aca fin;comp;CDS;2981402;2981752;;; deb;comp;CDS;3063743;3064045;106;*; ;comp;tRNA;3064152;3064227;147;*;aag fin;comp;CDS;3064375;3064803;;; deb;;CDS;3082739;3084151;84;*; ;;tmRNA;3084236;3084602;54;*; fin;;CDS;3084657;3085265;;; deb;comp;CDS;3194307;3194906;249;*; ;;tRNA;3195156;3195232;173;*;atgj fin;;CDS;3195406;3196356;;0; deb;comp;CDS;3206006;3206455;743;*; ;comp;tRNA;3207199;3207273;50;*;gag fin;comp;CDS;3207324;3207689;;1; deb;;CDS;3243122;3243553;99;*; ;comp;ncRNA;3243653;3243811;80;*; fin;comp;CDS;3243892;3244527;;; deb;comp;CDS;3301324;3301785;705;*; ;comp;ncRNA;3302491;3302881;111;*; fin;comp;CDS;3302993;3303622;;; deb;comp;CDS;3399971;3400144;311;*; ;;tRNA;3400456;3400530;154;*;aac fin;;CDS;3400685;3400924;;; deb;;CDS;3401737;3403497;227;*; ;comp;tRNA;3403725;3403799;208;*;ggc ;comp;tRNA;3404008;3404082;74;*;ggg fin;comp;CDS;3404157;3404834;;; deb;comp;CDS;3404854;3405936;125;*; ;;regulatory;3406062;3406139;56;*; fin;;CDS;3406196;3407389;;; deb;comp;CDS;3597872;3598414;370;*; ;;tRNA;3598785;3598869;151;*;ttg fin;comp;CDS;3599021;3599251;;0; </pre> ===alpha synthèse=== ====alpha distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_génome|alpha distribution par génome]] <pre> alpha8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total rtb;8;25;;;;0;;;33 rpm;7;30;;;;8;42;5;92 rru;4;36;;;;8;4;3;55 oan;6;41;;;;8;;4;59 abq;20;38;;;;16;10;3;87 abs;20;39;;;;8;10;3;80 agr;5;35;;;;10;2;5;57 aua;10;30;;;;2;13;;55 ;;;;;;;;; total;80;274;0;0;0;60;81;23;518 </pre> ====alpha distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_du_total|alpha distribution du total]] <pre> alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;83 atgi;9;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;33;acc;0;aac;;agc; ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;;gcc;;gac;0;ggc; tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;0;taa;;tga; ata;;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;8;cca;9;caa;8;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;;gca;27;gaa;;gga; ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;0 atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;161;274;0;0;0;0;435;;1-3aas;;;;23;;60;83 </pre> ====alpha distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_type|alpha distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;274;;alpha8;;;;;;;80;;alpha8;;;;;;;81;;alpha6;;;;;;; atgi;9;tct;0;tat;0;atgf;7;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23 att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;8;tcc;8;tac;2;tgc;4;;ttc;1;tcc;;tac;8;tgc;4;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;;acc;5;aac;5;agc;8;;atc;1;acc;3;aac;7;agc;;;atc;;acc;5;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;9;ccc;8;cac;7;cgt;8;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;4;cgt;5;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;8;gcc;5;gac;1;ggc;11;;gtc;2;gcc;5;gac;10;ggc;7;;gtc;3;gcc;6;gac;6;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;8;tca;8;taa;0;tga;1;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;0;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;8;aaa;9;aga;8;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;8;cca;9;caa;8;cga;0;;cta;8;cca;8;caa;6;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;4;gca;1;gaa;6;gga;;;gta;3;gca;1;gaa;2;gga;8;;gta;;gca;;gaa;4;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;7;tcg;7;tag;0;tgg;10;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;7;acg;8;aag;4;agg;6;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;6;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;6;ccg;3;cag;6;cgg;7;;ctg;4;ccg;1;cag;2;cgg;1;;ctg;5;ccg;6;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;3;gcg;4;gag;5;ggg;6;;gtg;;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;6;gcg;3;gag;4;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha 6;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;23;;; </pre> ====alpha par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_par_rapport_au_groupe_de_référence|alpha par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;90;14;38;;;;142; 16;moyen;103;15;16;;;60;134; 14;fort;81;51;27;;23;;182; ; ;274;80;81;;23;60;518; 10;g+cga;46;6;27;;;;79; 2;agg+cgg;13;1;;;;;14; 4;carre ccc;30;7;11;;;;48; 5;autres;1;;;;;;1; ;;90;14;38;;;;142; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;174;27;73;;;;274;26 16;moyen;199;29;31;;;116;259;324 14;fort;156;98;52;;44;;351;650 ;;529;154;156;;44;116;518;729 10;g+cga;89;12;52;;;;153;10 2;agg+cgg;25;2;0;;;;27; 4;carre ccc;58;14;21;;;;93;16 5;autres;2;0;0;;;;2; ;;174;27;73;;;;274; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;207;32;87;326;26;33;18;47 16;moyen;237;34;37;308;324;38;19;20 14;fort;186;117;62;366;650;30;64;33 ;;630;184;186;435;729;274;80;81 10;g+cga;106;14;62;182;10;51;;71 2;agg+cgg;30;2;0;32;;14;; 4;carre ccc;69;16;25;110;16;33;;29 5;autres;2;0;0;2;;1;; ;;207;32;87;326;;90;;38 </pre> ====alpha, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha,_estimation_des_-rRNAs|alpha, estimation des -rRNAs]] <pre> alpha;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 70 génomes total avec rRNA;;;;alpha8;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;70;525; ; ;;indices;;;;70;750;0;0;;alpha8;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;435 atgi;;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;;tct;;tat;;atgf;206;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8 atc;189;acc;;aac;;agc;;;atc;270;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;13;aac;14;agc;8 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;9;aaa;10;aga;8 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;9;caa;8;cga; gta;;gca;191;gaa;;gga;;;gta;;gca;273;gaa;;gga;;;gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6 ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1.4;;ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7 ;;380;;144;;1;525;;;;543;;206;;1;750;;;;134;;159;;142;435 27.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;30.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;16935;0.6;0.3;;indices;sans +16s;;;347;16935;0,6;0,3;;alpha8;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;30;;atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;236;;atgi;113;tct;;tat;;atgf;88 att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;163;tcc;100;tac;125;tgc;100 atc;-1;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;269;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;13;acc;163;aac;175;agc;100 ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;138;ccc;100;cac;138;cgt;163 gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;163;gcc;200;gac;213;ggc;275 tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;100;tca;100;taa;;tga;13 ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;113;aaa;125;aga;100 cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;100;cca;113;caa;100;cga; gta;105;gca;-2;gaa;141;gga;104;;gta;105;gca;271;gaa;141;gga;104;;gta;88;gca;25;gaa;150;gga;100 ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;88;tcg;88;tag;;tgg;125 atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;125;acg;100;aag;125;agg;75 ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;106;;ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;107;;ctg;188;ccg;125;cag;125;cgg;100 gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;113;gcg;113;gag;113;ggg;88 ;;1421;;1529;;1241;4191;;;;1964;;1735;;1242;4941;;;;1675;;1988;;1775;5438 rapports;;72;;88;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;alpha8;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;13;;fiches;45.571;;;fréquences;;;;;atgi;6;tct;;tat;100;atgf;66 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;3190;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;525;;;10;18;;;;ctt;100;cct;100;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;70;;;20;9;;;;gtt;;gct;;gat;100;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;33;tcc;1;tac;17;tgc;5 atc;0;acc;100;aac;100;agc;100;;alpha8;54.375;;;40;6;;;;atc;108;acc;34;aac;37;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;435;;;50;4;39;;;ctc;16;ccc;18;cac;26;cgt;31 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;205;;;60;4;;;;gtc;35;gcc;52;gac;29;ggc;52 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;1;;;;tta;6;tca;2;taa;100;tga;20 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;5;aaa;15;aga;3 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par alpha8;;;;90;0;;;;cta;3;cca;8;caa;12;cga;100 gta;100;gca;-1;gaa;100;gga;100;;est 19 % au dessus;;;;100;2;;;;gta;17;gca;107;gaa;6;gga;4 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;2;;;;ttg;4;tcg;2;tag;100;tgg;18 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;70;;100;;;48;;;;atgj;7;acg;9;aag;36;agg;0 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;99;;atc;189;269;;;;;;;ctg;52;ccg;43;cag;48;cgg;5 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;gca;191;271;;;;;;;gtg;48;gcg;48;gag;52;ggg;20 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;178;;330;;451;959 </pre> ===cvi=== ====cvi opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_opérons|cvi opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Chro_viol_ATCC_12472/chroViol-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_005085.1;cvi;genome;;; 65%GC;30.6.19 Paris;16s 8;98;doubles;intercalaires ;Chromobacterium violaceum ATCC 12472;;;; ;421217..422762;;16s;@1;179 ;422942..423018;;atc;;86 ;423105..423180;;gca;;249 ;423430..426324;;23s;;125 ;426450..426564;;5s;; ;;;;; ;502182..503727;;16s;;79 ;503807..503883;;atc;;12 ;503896..503971;;gca;;250 ;504222..507116;;23s;;122 ;507239..507353;;5s;; ;;;;; comp;682034..682118;;ttg;; ;;;;; ;759824..759908;;tac;; ;;;;; comp;878775..878849;;agg;; ;;;;; ;955155..955230;;gcg;; ;;;;; ;975612..975696;;ctc;; ;;;;; ;1006822..1006897;;ttc;+;6 ;1006904..1006979;;ttc;2 ttc; ;;;;; ;1058518..1058611;;agc;;6 ;1058618..1058694;;cgt;;3 ;1058698..1058772;;gaa;; ;;;;; comp;1061741..1061815;;gaa;+;3 comp;1061819..1061895;;cgt;2 gaa;7 comp;1061903..1061977;;gaa;2cgt;5 comp;1061983..1062059;;cgt;; ;;;;; ;1154020..1155565;;16s;;179 ;1155745..1155821;;atc;;86 ;1155908..1155983;;gca;;250 ;1156234..1159128;;23s;;122 ;1159251..1159365;;5s;; ;;;;; comp;1263556..1263645;;tcg;; ;;;;; ;1273710..1273786;;atgf;; ;;;;; ;1377435..1377510;;ggc;+;23 ;1377534..1377609;;ggc;5 ggc;22 ;1377632..1377707;;ggc;;24 ;1377732..1377807;;ggc;;29 ;1377837..1377912;;ggc;;45 ;1377958..1378031;;tgc;; ;;;;; ;1387010..1387094;;tta;; ;;;;; ;1420085..1420161;;gtc;; ;;;;; ;1427771..1427847;;ccc;; ;;;;; comp;1433244..1433319;;aac;+;32 comp;1433352..1433427;;aac;3 aac;31 comp;1433459..1433534;;aac;; ;;;;; ;1646821..1648366;;16s;;179 ;1648546..1648622;;atc;;86 ;1648709..1648784;;gca;;249 ;1649034..1651928;;23s;;122 ;1652051..1652165;;5s;;89 ;1652255..1652369;;5s;; ;;;;; ;1746117..1746207;;tcc;+;53 ;1746261..1746351;;tcc;2 tcc; ;;;;; ;1978844..1978919;;aac;; ;;;;; comp;2094372..2094447;;cac;+;26 comp;2094474..2094549;;cac;3 cac;45 comp;2094595..2094670;;cac;;27 comp;2094698..2094774;;aga;;18 comp;2094793..2094869;;cca;; ;;;;; comp;2511625..2511712;;tca;; ;;;;; comp;2747299..2747375;;gac;;7 comp;2747383..2747458;;gta;; ;;;;; ;2853221..2853305;;cta;; ;;;;; ;3187082..3187157;;aca;; ;;;;; ;3257362..3257437;;gcc;; ;;;;; ;3262246..3262321;;gcc;+;8 ;3262330..3262405;;gaa;2 gcc;11 ;3262417..3262492;;gcc;; ;;;;; comp;3371478..3371592;;5s;;122 comp;3371715..3374609;;23s;;250 comp;3374860..3374935;;gca;;12 comp;3374948..3375024;;atc;;79 comp;3375104..3376649;;16s;; ;;;;; ;3472822..3472897;;gta;+;12 ;3472910..3472986;;gac;5 gta;26 ;3473013..3473088;;gta;6 gac;12 ;3473101..3473177;;gac;1gtg;26 ;3473204..3473279;;gta;;12 ;3473292..3473368;;gac;;26 ;3473395..3473470;;gta;;12 ;3473483..3473559;;gac;;27 ;3473587..3473663;;gtg;;6 ;3473670..3473746;;gac;;27 ;3473774..3473850;;gtg;;6 ;3473857..3473933;;gac;; ;;;;; ;3622292..3622365;;ggg;; ;;;;; comp;3820120..3820234;;5s;;122 comp;3820357..3823251;;23s;;249 comp;3823501..3823576;;gca;;86 comp;3823663..3823739;;atc;;179 comp;3823919..3825464;;16s;; ;;;;; ;3828836..3828922;;ctg;+;51 ;3828974..3829060;;ctg;4 ctg;33 ;3829094..3829180;;ctg;;57 ;3829238..3829324;;ctg;; ;;;;; ;3854547..3854622;;caa;@2;*557 ;3855180..3855255;;acg;;61 ;3855317..3855393;;ccg;+;78 ;3855472..3855548;;ccg;2 ccg; ;;;;; comp;4059834..4059912;;atgi;; ;;;;; comp;4244591..4244705;;5s;;122 comp;4244828..4247722;;23s;;249 comp;4247972..4248047;;gca;;86 comp;4248134..4248210;;atc;;179 comp;4248390..4249935;;16s;; ;;;;; comp;4325718..4325794;;atgf;; ;;;;; comp;4389268..4389342;;caa;; ;;;;; ;4402077..4402153;;cgg;; ;;;;; comp;4434130..4434244;;5s;;122 comp;4434367..4437261;;23s;;249 comp;4437511..4437586;;gca;;86 comp;4437673..4437749;;atc;;179 comp;4437929..4439474;;16s;; ;;;;; ;4474196..4474272;;atg;+;35 ;4474308..4474384;;atg;2 atg; ;;;;; comp;4529616..4529690;;acc;; ;;;;; comp;4532053..4532128;;tgg;; ;;;;; comp;4533370..4533444;;acc;;24 comp;4533469..4533542;;gga;;52 comp;4533595..4533679;;tac;; ;;;;; comp;4586712..4586787;;aaa;+;38 comp;4586826..4586901;;aag;3 aaa;35 comp;4586937..4587012;;aaa;2 aag;28 comp;4587041..4587116;;aag;;37 comp;4587154..4587229;;aaa;; </pre> ====cvi cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_cumuls|cvi cumuls]] <pre> cvi cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;8;1;0;- ;16 23 5s 0;0;20;16;2 ;16 atc gca;8;40;20; ;16 23 5s a;0;60;6; ;max a;2;80;2; ;a doubles;0;100;0;6 ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;16;140;0; sans ;opérons;37;160;0; ;1 aa;22;180;0; ;max a;12;200;0; ;a doubles;12;;1; ;total aas;82;;45;8 total aas;;98;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;; ;;;variance;; sans jaune;;;moyenne;26;86 ;;;variance;18;0 </pre> ====cvi blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_blocs|cvi blocs]] <pre> cvi blocs;;;;;; 16s;179;1546;79;1546;179;1546 atc;86;;12;;86; gca;249;;250;;250; 23s;125;2895;122;2895;122;2895 5s;;115;;115;;115 ;;;;;; ;;;;;; 5s;122;115;122;115;122;115 23s;250;2895;249;2895;249;2895 gca;12;;86;;86; atc;79;;179;;179; 16s;;1546;;1546;;1546 ;;;;;; 16s;179;1546;;5s;122;115 atc;86;;;23s;249;2895 gca;249;;;gca;86; 23s;122;2895;;atc;179; 5s;89;115;;16s;;1546 5s;;115;;;; </pre> ====cvi distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_distribution|cvi distribution]] <pre> beta1;;;;;;;82;;beta1;;;;;;;22;;beta1;;;;;;;37;;beta1;;;;;;;23 atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc; atc;0;acc;1;aac;4;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;3;agc; ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt; gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;7;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5 tta;1;tca;1;taa;0;tga;0;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;0;aca;1;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;2;cga;0;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;6;gca;0;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;4;ccg;2;cag;0;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg; gtg;1;gcg;2;gag;0;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cvi données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_données_intercalaires|cvi données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cvi;fx;fc;cvi;fx40;fc40;cvi;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa 0;0;0;5;10;0;5;10;-1;0;118;177;152;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;suite 0;2;10;62;334;1;7;58;-2;3;0;58;57;447;506;;7;;gac 0;3;20;33;245;2;3;44;-3;0;0;858;110;370;450;;**;;gta 0;2;30;18;120;3;10;42;-4;22;375;19;46;439;391;;8;;gcc 0;1;40;17;116;4;6;30;-5;0;0;49;190;439;;;11;;gaa 2;3;50;43;99;5;2;25;-6;2;0;329;180;437;;;**;;gcc 1;4;60;71;107;6;8;13;-7;2;10;19;425;23s 5s;;;12;;gta 2;2;70;92;154;7;6;18;-8;0;56;91;707;127;;;26;;gac 1;1;80;56;140;8;5;13;-9;1;0;155;136;7* 124;;;12;;gta 0;3;90;32;83;9;8;41;-10;0;6;51;211;5s CDS;;;26;;gac 1;4;100;52;95;10;7;50;-11;4;31;62;66;280;137;;12;;gta 2;1;110;35;82;11;2;42;-12;1;0;173;225;189;154;;26;;gac 0;1;120;44;73;12;6;26;-13;2;10;120;182;415;101;;12;;gta 0;3;130;43;84;13;4;35;-14;0;21;435;70;213;206;;27;;gac 2;1;140;32;60;14;3;25;-15;0;0;101;49;5s 5s;;;6;;gta 0;0;150;20;51;15;4;21;-16;0;4;183;205;89;;;27;;gac 2;2;160;32;49;16;5;28;-17;3;16;182;151;16s tRNA;;;6;;gtg 0;2;170;22;50;17;0;19;-18;0;0;30;303;6* 182;;atc;**;;gac 1;3;180;20;43;18;3;17;-19;2;3;204;106;2* 82;;atc;51;;ctg 2;2;190;28;39;19;5;18;-20;1;12;98;212;tRNA 23s;;;33;;ctg 0;1;200;36;30;20;1;14;-21;1;0;59;73;3* 254;;gca;57;;ctg 1;2;210;23;35;21;1;16;-22;1;1;360;651;5* 253;;gca;**;;ctg 2;0;220;12;26;22;2;13;-23;1;4;25;97;tRNA tRNA;;intra;61;;acg 1;1;230;17;25;23;1;7;-24;1;0;15;137;6* 86;;atc gca;78;;ccg 0;0;240;23;14;24;3;18;-25;1;2;93;265;2* 12;;atc gca;;;ccg 0;0;250;11;11;25;1;10;-26;0;3;230;;tRNA tRNA;;;35;;atgj 0;0;260;16;13;26;2;13;-27;0;0;130;;6;;ttc;**;;atgj 1;0;270;16;21;27;3;7;-28;1;0;46;;**;;ttc;24;;acc 0;0;280;17;14;28;2;12;-29;1;2;71;;6;;agc;52;;gga 0;0;290;17;11;29;2;13;-30;0;0;48;;3;;cgt;**;;tac 0;0;300;7;15;30;1;11;-31;3;1;411;;**;;gaa;38;;aaa 1;0;310;12;9;31;1;17;-32;2;0;163;;3;;gaa;35;;aag 0;0;320;6;14;32;0;12;-33;0;0;170;;7;;cgt;28;;aaa 0;1;330;2;9;33;4;13;-34;0;0;55;;5;;gaa;37;;aag 0;0;340;10;9;34;0;11;-35;2;1;770;;**;;cgt;**;;aaa 0;0;350;6;5;35;1;9;-36;0;0;201;;23;;ggc;;; 0;1;360;6;5;36;1;11;-37;1;0;92;;22;;ggc;;; 0;0;370;7;11;37;5;9;-38;0;2;747;;24;;ggc;;; 0;0;380;4;6;38;1;9;-39;0;0;151;;29;;ggc;;; 0;0;390;3;7;39;3;10;-40;0;1;89;;45;;ggc;;; 0;0;400;5;6;40;1;15;-41;2;1;6;;**;;tgc;;; 3;5;reste;89;94;reste;967;1599;-42;0;0;87;;32;;aac;;; 25;51;total;1102;2424;total;1102;2424;-43;1;0;125;;31;;aac;;; 22;46;diagr;1008;2320;diagr;130;815;-44;0;3;86;;**;;aac;;; 0;7; t30;113;699;;;;-45;0;0;179;;53;;tcc;;; ;;;;;;;;-46;0;0;64;;**;;tcc;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;10;;26;;cac;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;40;;45;;cac;;; ;x;1097;69;5;1171;;;-49;1;0;139;;27;;cac;;; ;c;2414;687;10;3111;;;-50;1;0;194;;18;;aga;;; ;;;;;4282;205;;reste;6;4;130;;**;;cca;;; ;;;;;;4487;;total;69;687;;;;;;;; </pre> =====cvi autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires_aas|cvi autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cvi;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;242272;116;comp; ;regulatory;243048;76;; fin;CDS;243272;;; deb;CDS;419401;506;comp; ;rRNA;421224;182;;16s ;tRNA;422942;86;;atc ;tRNA;423105;253;;gca ;rRNA;423434;127;;23s ;rRNA;426450;137;;5s fin;CDS;426702;;comp; deb;CDS;500524;447;; ;rRNA;502189;82;;16s ;tRNA;503807;12;;atc ;tRNA;503896;254;;gca ;rRNA;504226;124;;23s ;rRNA;507239;280;;5s fin;CDS;507634;;; deb;CDS;521304;119;comp; ;regulatory;522458;124;; fin;CDS;522848;;; deb;CDS;526333;31;; ;ncRNA;526676;12;; fin;CDS;526872;;; deb;CDS;578634;106;comp; ;ncRNA;581905;130;; fin;CDS;582495;;; deb;CDS;680663;177;comp; ;tRNA;682034;58;comp;ttg fin;CDS;682177;;comp; deb;CDS;758940;152;comp; ;tRNA;759824;57;;tac fin;CDS;759966;;comp; deb;CDS;877002;858;comp; ;tRNA;878775;19;comp;agg fin;CDS;878869;;comp; deb;CDS;952811;49;; ;tRNA;955155;329;;gcg fin;CDS;955560;;; deb;CDS;975236;19;; ;tRNA;975612;91;;ctc fin;CDS;975788;;; deb;CDS;996781;89;comp; ;regulatory;998457;72;; fin;CDS;998621;;; deb;CDS;1006022;155;; ;tRNA;1006822;6;;ttc ;tRNA;1006904;51;;ttc fin;CDS;1007031;;; deb;CDS;1057229;62;; ;tRNA;1058518;6;;agc ;tRNA;1058618;3;;cgt ;tRNA;1058698;110;;gaa deb;CDS;1058883;173;comp; ;tRNA;1061741;3;comp;gaa ;tRNA;1061819;7;comp;cgt ;tRNA;1061903;5;comp;gaa ;tRNA;1061983;46;comp;cgt fin;CDS;1062106;;; deb;CDS;1153105;370;; ;rRNA;1154027;182;;16s ;tRNA;1155745;86;;atc ;tRNA;1155908;254;;gca ;rRNA;1156238;124;;23s ;rRNA;1159251;189;;5s fin;CDS;1159555;;; deb;CDS;1262223;190;; ;tRNA;1263556;120;comp;tcg fin;CDS;1263766;;comp; deb;CDS;1272648;435;; ;tRNA;1273710;180;;atgf fin;CDS;1273967;;comp; deb;CDS;1292860;191;; ;repeat_region;1293342;324;; fin;CDS;1295441;;; deb;CDS;1376752;101;; ;tRNA;1377435;23;;ggc ;tRNA;1377534;22;;ggc ;tRNA;1377632;24;;ggc ;tRNA;1377732;29;;ggc ;tRNA;1377837;45;;ggc ;tRNA;1377958;425;;tgc fin;CDS;1378457;;comp; deb;CDS;1385508;707;comp; ;tRNA;1387010;183;;tta fin;CDS;1387278;;; deb;CDS;1418833;136;comp; ;tRNA;1420085;182;;gtc fin;CDS;1420344;;; deb;CDS;1427387;30;; ;tRNA;1427771;204;;ccc fin;CDS;1428052;;; deb;CDS;1432303;98;comp; ;tRNA;1433244;32;comp;aac ;tRNA;1433352;31;comp;aac ;tRNA;1433459;211;comp;aac fin;CDS;1433746;;; deb;CDS;1451057;323;comp; ;repeat_region;1452712;105;; fin;CDS;1454130;;comp; deb;CDS;1458879;179;; ;repeat_region;1461308;144;; fin;CDS;1462645;;; deb;CDS;1644076;439;; ;rRNA;1646828;182;;16s ;tRNA;1648546;86;;atc ;tRNA;1648709;253;;gca ;rRNA;1649038;124;;23s ;rRNA;1652051;89;;5s ;rRNA;1652255;154;;5s fin;CDS;1652524;;comp; deb;CDS;1689363;107;comp; ;regulatory;1690517;42;comp; fin;CDS;1690745;;comp; deb;CDS;1744930;59;; ;tRNA;1746117;53;;tcc ;tRNA;1746261;360;;tcc fin;CDS;1746712;;; deb;CDS;1786722;25;; ;tRNA;1786963;15;; fin;CDS;1787071;;; deb;CDS;1899096;223;; ;repeat_region;1900978;157;; fin;CDS;1902728;;comp; deb;CDS;1975805;93;; ;tRNA;1978844;66;;aac fin;CDS;1978986;;comp; deb;CDS;2093021;230;; ;tRNA;2094372;26;;cac ;tRNA;2094474;45;;cac ;tRNA;2094595;27;;cac ;tRNA;2094698;18;;aga ;tRNA;2094793;225;;cca fin;CDS;2095095;;comp; deb;CDS;2186305;69;; ;tmRNA;2186992;205;; fin;CDS;2187562;;; deb;CDS;2192639;145;comp; ;regulatory;2193399;4;comp; ;regulatory;2193502;65;comp; fin;CDS;2193653;;comp; deb;CDS;2337863;-1;; ;ncRNA;2338135;0;; fin;CDS;2338210;;; deb;CDS;2511015;130;comp; ;tRNA;2511625;46;comp;tca fin;CDS;2511759;;comp; deb;CDS;2560167;264;comp; ;ncRNA;2560755;168;comp; fin;CDS;2561022;;; deb;CDS;2745389;71;comp; ;tRNA;2747299;7;comp;gac ;tRNA;2747383;48;comp;gta fin;CDS;2747507;;comp; deb;CDS;2852349;182;comp; ;tRNA;2853221;70;;cta fin;CDS;2853376;;comp; deb;CDS;3186574;49;comp; ;tRNA;3187082;411;;aca fin;CDS;3187569;;; deb;CDS;3256344;205;comp; ;tRNA;3257362;151;;gcc fin;CDS;3257589;;comp; deb;CDS;3261178;303;comp; ;tRNA;3262246;8;;gcc ;tRNA;3262330;11;;gaa ;tRNA;3262417;106;;gcc fin;CDS;3262599;;comp; deb;CDS;3368966;415;comp; ;rRNA;3371478;124;comp;5s ;rRNA;3371717;254;comp;23s ;tRNA;3374860;12;comp;gca ;tRNA;3374948;82;comp;atc ;rRNA;3375107;439;comp;16s fin;CDS;3377082;;comp; deb;CDS;3447322;50;comp; ;regulatory;3448389;124;comp; fin;CDS;3448608;;; deb;CDS;3471644;212;comp; ;tRNA;3472822;12;;gta ;tRNA;3472910;26;;gac ;tRNA;3473013;12;;gta ;tRNA;3473101;26;;gac ;tRNA;3473204;12;;gta ;tRNA;3473292;26;;gac ;tRNA;3473395;12;;gta ;tRNA;3473483;27;;gac ;tRNA;3473587;6;;gta ;tRNA;3473670;27;;gac ;tRNA;3473774;6;;gtg ;tRNA;3473857;163;;gac fin;CDS;3474097;;; deb;CDS;3621600;170;; ;tRNA;3622292;55;;ggg fin;CDS;3622421;;; deb;CDS;3727029;40;comp; ;regulatory;3728158;14;comp; ;regulatory;3728271;172;comp; fin;CDS;3728534;;comp; deb;CDS;3818863;213;comp; ;rRNA;3820120;124;comp;5s ;rRNA;3820359;253;comp;23s ;tRNA;3823501;86;comp;gca ;tRNA;3823663;182;comp;atc ;rRNA;3823922;437;comp;16s deb;CDS;3825895;73;comp; ;tRNA;3828836;51;;ctg ;tRNA;3828974;33;;ctg ;tRNA;3829094;57;;ctg ;tRNA;3829238;651;;ctg fin;CDS;3829976;;comp; deb;CDS;3854191;770;comp; ;tRNA;3855180;61;comp;acg ;tRNA;3855317;78;comp;ccg ;tRNA;3855472;97;comp;ccg fin;CDS;3855646;;; deb;CDS;4058859;201;comp; ;tRNA;4059834;92;comp;atgi fin;CDS;4060005;;comp; deb;CDS;4244169;101;; ;rRNA;4244591;124;comp;5s ;rRNA;4244830;253;comp;23s ;tRNA;4247972;86;comp;gca ;tRNA;4248134;182;comp;atc ;rRNA;4248393;450;comp;16s fin;CDS;4250379;;; deb;CDS;4324029;747;comp; ;tRNA;4325718;151;comp;atgf fin;CDS;4325946;;comp; deb;CDS;4388195;89;comp; ;tRNA;4389268;6;comp;caa fin;CDS;4389349;;comp; deb;CDS;4401196;137;comp; ;tRNA;4402077;265;;cgg fin;CDS;4402419;;comp; deb;CDS;4433423;206;; ;rRNA;4434130;124;comp;5s ;rRNA;4434369;253;comp;23s ;tRNA;4437511;86;comp;gca ;tRNA;4437673;182;comp;atc ;rRNA;4437932;391;comp;16s fin;CDS;4439859;;; deb;CDS;4472951;87;; ;tRNA;4474196;35;;atgj ;tRNA;4474308;125;;atgj fin;CDS;4474510;;; deb;CDS;4529035;86;comp; ;tRNA;4529616;179;comp;acc fin;CDS;4529870;;comp; deb;CDS;4531632;64;comp; ;tRNA;4532053;10;comp;tgg deb;CDS;4532139;40;comp; ;tRNA;4533370;24;comp;acc ;tRNA;4533469;52;comp;gga ;tRNA;4533595;139;comp;tac fin;CDS;4533819;;comp; deb;CDS;4549877;87;comp; ;regulatory;4551002;131;; fin;CDS;4551282;;; deb;CDS;4586188;194;comp; ;tRNA;4586712;38;comp;aaa ;tRNA;4586826;35;comp;aag ;tRNA;4586937;28;comp;aaa ;tRNA;4587041;37;comp;aag ;tRNA;4587154;130;comp;aaa fin;CDS;4587360;;comp; </pre> ====cvi intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_entre_cds|cvi intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> cvi;4.2.21 Paris;;cvi 25.12.20;;;;;;;;; cvi;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5;intercal;<u>'''frequencez ;'''négatif;756;17.7;'''négatif ;-8;11;-1 à -102;'''4 751 080;-1;756;610;2 ;'''zéro;15;0.4;;;;;'''intercals;0;15;620;1 ;'''1 à 200;2842;66.4;'''0 à 200;74;55;;'''452 650;5;227;630;2 ;'''201 à 370;455;10.6;'''201 à 370;266;47;;'''9.5%;10;169;640;1 ;'''371 à 600;147;3.4;'''371 à 600;453;59;;;15;168;650;1 ;'''601 à max;67;1.6;'''601 à 1309;795;172;;;20;110;660;4 ;'''total 4282;<201;84.4;'''total 4281;104;142;-102 à 1309;;25;72;670;4 adresse;intercalx;intercal;<u>'''fréquence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul,t %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;66;680;2 1407250;1977;-1;756;-70;6;;0;15;35;68;690;3 2476400;1309;0;15;-60;1;;-1;°118;40;65;700;5 667844;1253;1;°65;-50;4;;-2;3;45;75;710;2 448587;1220;2;47;-40;9;;-3;0;50;67;720;1 357760;1187;3;°52;-30;12;'''min à -1;-4;°397;55;84;730;5 707510;1165;4;36;-20;32;756;-5;0;60;94;740;2 139762;1148;5;27;-10;103;17.7%;-6;2;65;120;750;1 1309853;1098;6;21;0;604;;-7;12;70;126;760;2 2457295;1068;7;°24;10;396;;-8;°56;75;114;770;1 669869;1004;8;18;20;278;;-9;1;80;82;780;1 2288697;984;9;49;30;138;;-10;6;85;62;790;1 1828489;968;10;°57;40;133;'''1 à 100;-11;°35;90;53;800;4 3613803;905;11;44;50;142;1969;-12;1;95;81;810;1 2465473;902;12;32;60;178;46.0%;-13;12;100;66;820;2 2025387;900;13;°39;70;246;;-14;°21;105;60;830;0 869124;888;14;28;80;196;;-15;0;110;57;840;1 2030614;865;15;25;90;115;;-16;4;115;69;850;0 664864;858;16;°33;100;147;;-17;°19;120;48;860;1 2442265;838;17;19;110;117;;-18;0;125;58;870;1 561508;819;18;20;120;117;;-19;5;130;69;880;0 1345805;811;19;°23;130;127;;-20;°13;135;48;890;1 27453;809;20;15;140;92;;-21;1;140;44;900;1 3009727;799;21;°17;150;71;;-22;2;145;41;910;2 914899;796;22;15;160;81;;-23;°5;150;30;920;0 344593;793;23;8;170;72;'''1 à 200;-24;1;155;46;930;0 1783705;791;24;°21;180;63;2842;-25;3;160;35;940;0 1569417;787;25;11;190;67;66.4%;-26;°3;165;41;950;0 3000804;771;26;°15;200;66;;-27;0;170;31;960;0 34255;767;27;10;210;58;;-28;1;175;37;970;1 136535;759;28;°14;220;38;;-29;°3;180;26;980;0 2126902;751;29;15;230;42;;-30;0;185;39;990;1 1360178;742;30;12;240;37;;-31;4;190;28;1000;0 3310655;736;31;°18;250;22;'''0 à 200;-32;2;195;34;1010;1 2140607;733;32;12;260;29;2857;total;75;200;32;1020;0 ;;33;°17;270;37;;reste;26;205;32;1030;0 ;;34;11;280;31;;total;771;210;26;1040;0 ;;35;10;290;28;;;;215;19;1050;0 ;;36;12;300;22;;intercal;<u>'''frequencef;220;19;1060;0 ;;37;°14;310;21;;600;4215;225;21;1070;1 ;;38;10;320;20;;620;3;230;21;1080;0 ;;39;13;330;11;;640;3;235;17;1090;0 ;;40;°16;340;19;'''201 à 370;660;5;240;20;1100;1 ;;reste;2566;350;11;455;680;6;245;11;1110;0 ;;total;4282;360;11;10.6%;700;8;250;11;1120;0 ;;;;370;18;;720;3;255;9;1130;0 ;;;;380;10;;740;7;260;20;1140;0 ;;;;390;10;;760;3;265;17;1150;1 '''adresses;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;11;;780;2;270;20;1160;0 4014450;-102;comp;;410;11;;800;5;275;15;1170;1 1765439;-97;shift2;1671;420;9;;820;3;280;16;1180;0 1246857;-94;shift2;798;430;12;;840;1;285;17;1190;1 4426186;-80;comp;;440;14;;860;1;290;11;1200;0 3511064;-73;shift2;1;450;9;;880;1;295;14;reste;4 3199809;-71;shift2;494;460;5;;900;2;300;8;total;4282 3580355;-61;comp;;470;6;;920;2;305;14;; 4088183;-59;comp;;480;6;;940;;310;7;; 2599768;-57;comp;;490;5;;960;;315;14;; 1062106;-56;comp;;500;1;;980;1;320;6;; 3542032;-50;comp;;510;10;;1000;1;325;5;; 834886;-49;comp;;520;5;;1020;1;330;6;; 2603937;-44;shift2;;530;4;;1040;;335;13;; 2822032;-44;shift2;;540;2;'''371 à 600;1060;;340;6;; 4104968;-44;shift2;;550;4;147;1080;1;345;6;; 283435;-43;comp;;560;3;3.4%;1100;1;350;5;; 226851;-41;comp;;570;5;;1120;;355;6;; 387678;-41;comp;;580;3;'''601 à max;1140;;360;5;; 1796583;-41;shift2;;590;0;67;1160;1;365;10;; 4120154;-40;shift2;;600;2;1.6%;;61;370;8;; 3951302;-38;shift2;;reste;67;;reste;6;reste;214;; 4595659;-38;shift2;;total;4282;;total;4282;total;4282;; </pre> ====cvi intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cvi;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;29;-174;154;42;611;200;max70;&-44;372;-1071;112;852;282;min50 31 à 400;;;;;;;;&5.3;22;-332;69;915;-138;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;131;52;-;581;dte;30;tf;&204;67;;649;poly;203;SF 31 à 400;;;;;;;;&149;52;-;808;poly;107;tF corrélations cvi. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400 ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814 cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696 abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+ 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243 </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60 70, '''t30 t70'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.582;;;;; 41-n;0.931;0.858;0.891;;;;;;;;;;;; 1-n;0.696;0.434;0.549;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; cvi;fx;fc;;cvi;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;;cvi;Sx-;Sc- 0;5;10;;0;5;4;;0;5;10;;x;-1;0;118 10;62;334;;10;62;144;;1;7;58;>0;1097;-2;3;0 20;33;245;;20;33;106;;2;3;44;<0;69;-3;0;0 30;18;120;;30;18;52;;3;10;42;zéro;5;-4;22;375 40;17;116;;40;17;50;;4;6;30;total;1171;-5;0;0 50;43;99;;50;43;43;;5;2;25;;c;-6;2;0 60;71;107;;60;70;46;;6;8;13;>0;2414;-7;2;10 70;92;154;;70;91;66;;7;6;18;<0;687;-8;0;56 80;56;140;;80;56;60;;8;5;13;zéro;10;-9;1;0 90;32;83;;90;32;36;;9;8;41;total;3111;-10;0;6 100;52;95;;100;52;41;;10;7;50;;;-11;4;31 110;35;82;;110;35;35;;11;2;42;;;-12;1;0 120;44;73;;120;44;31;;12;6;26;;;-13;2;10 130;43;84;;130;43;36;;13;4;35;;;-14;0;21 140;32;60;;140;32;26;;14;3;25;;;-15;0;0 150;20;51;;150;20;22;;15;4;21;;;-16;0;4 160;32;49;;160;32;21;;16;5;28;;;-17;3;16 170;22;50;;170;22;22;;17;0;19;;;-18;0;0 180;20;43;;180;20;19;;18;3;17;;;-19;2;3 190;28;39;;190;28;17;;19;5;18;;;-20;1;12 200;36;30;;200;36;13;;20;1;14;;;-21;1;0 210;23;35;;210;23;15;;21;1;16;;;-22;1;1 220;12;26;;220;12;11;;22;2;13;;;-23;1;4 230;17;25;;230;17;11;;23;1;7;;;-24;1;0 240;23;14;;240;23;6;;24;3;18;;;-25;1;2 250;11;11;;250;11;5;;25;1;10;;;-26;0;3 260;16;13;;260;16;6;;26;2;13;;;-27;0;0 270;16;21;;270;16;9;;27;3;7;;;-28;1;0 280;17;14;;280;17;6;;28;2;12;;;-29;1;2 290;17;11;;290;17;5;;29;2;13;;;-30;0;0 300;7;15;;300;7;6;;30;1;11;;;-31;3;1 310;12;9;;310;12;4;;31;1;17;;;-32;2;0 320;6;14;;320;6;6;;32;0;12;;;-33;0;0 330;2;9;;330;2;4;;33;4;13;;;-34;0;0 340;10;9;;340;10;4;;34;0;11;;;-35;2;1 350;6;5;;350;6;2;;35;1;9;;;-36;0;0 360;6;5;;360;6;2;;36;1;11;;;-37;1;0 370;7;11;;370;7;5;;37;5;9;;;-38;0;2 380;4;6;;380;4;3;;38;1;9;;;-39;0;0 390;3;7;;390;3;3;;39;3;10;;;-40;0;1 400;5;6;;400;5;3;;40;1;15;;;-41;2;1 reste;89;94;;;;;;reste;967;1599;;;-42;0;0 total;1102;2424;;t30;112;301;;total;1102;2424;;;-43;1;0 diagr;1008;2320;;t70;333;506;;diagr;130;815;;;-44;0;3 - t30;895;1621;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t70;672;1145;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;6;4 ;;;;;;;;;;;;;total;69;687 </pre> ====cvi intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_négatifs_S-|cvi intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;; comp’;0;3;0;20;0;2;2;0;1;0;3;0;2;0;0;0;2;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;1;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;62;6 continu;118;0;0;377;0;0;10;56;0;6;32;1;10;21;0;4;17;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;2;1;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;694;4 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;22;0;2;2;0;1;0;4;1;2;0;0;0;3;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;3;2;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;6;69 ;Sc-;118;0;0;375;0;0;10;56;0;6;31;0;10;21;0;4;16;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;1;0;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;4;687 </pre> ====cvi autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires|cvi autres intercalaires]] <pre> ;cvi;autres intercalaires;;adresses1;;cvi;autres intercalaires;;adresses2;;;cvi;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;242272;116;comp;;deb;°CDS;1427387;30;;;deb;°CDS;3471644;212;comp ;regulatory;243048;76;;;;&tRNA;1427771;204;;;;&tRNA;3472822;12; fin;°CDS;243272;;;;fin;°CDS;1428052;;;;;&tRNA;3472910;26; deb;°CDS;419401;506;comp;;deb;°CDS;1432303;98;comp;;;&tRNA;3473013;12; ;$rRNA;421224;182;;;;&tRNA;1433244;32;comp;;;&tRNA;3473101;26; ;&tRNA;422942;86;;;;&tRNA;1433352;31;comp;;;&tRNA;3473204;12; ;&tRNA;423105;253;;;;&tRNA;1433459;211;comp;;;&tRNA;3473292;26; ;$rRNA;423434;127;;;fin;°CDS;1433746;;;;;&tRNA;3473395;12; ;$rRNA;426450;137;;;deb;°CDS;1451057;323;comp;;;&tRNA;3473483;27; fin;°CDS;426702;;comp;;;repeat_region;1452712;105;;;;&tRNA;3473587;6; deb;°CDS;500524;447;;;fin;°CDS;1454130;;comp;;;&tRNA;3473670;27; ;$rRNA;502189;82;;;deb;°CDS;1458879;179;;;;&tRNA;3473774;6; ;&tRNA;503807;12;;;;repeat_region;1461308;144;;;;&tRNA;3473857;163; ;&tRNA;503896;254;;;fin;°CDS;1462645;;;;fin;°CDS;3474097;; ;$rRNA;504226;124;;;deb;°CDS;1644076;439;;;deb;°CDS;3621600;170; ;$rRNA;507239;280;;;;$rRNA;1646828;182;;;;&tRNA;3622292;55; fin;°CDS;507634;;;;;&tRNA;1648546;86;;;fin;°CDS;3622421;; deb;°CDS;521304;119;comp;;;&tRNA;1648709;253;;;deb;°CDS;3727029;40;comp ;regulatory;522458;124;;;;$rRNA;1649038;124;;;;regulatory;3728158;14;comp fin;°CDS;522848;;;;;$rRNA;1652051;89;;;;regulatory;3728271;172;comp deb;°CDS;526333;31;;;;$rRNA;1652255;154;;;fin;°CDS;3728534;;comp ;ncRNA;526676;12;;;fin;°CDS;1652524;;comp;;deb;°CDS;3818863;213;comp fin;°CDS;526872;;;;deb;°CDS;1689363;107;comp;;;$rRNA;3820120;124;comp deb;°CDS;578634;106;comp;;;regulatory;1690517;42;comp;;;$rRNA;3820359;253;comp ;ncRNA;581905;130;;;fin;°CDS;1690745;;comp;;;&tRNA;3823501;86;comp fin;°CDS;582495;;;;deb;°CDS;1744930;59;;;;&tRNA;3823663;182;comp deb;°CDS;680663;177;comp;;;&tRNA;1746117;53;;;;$rRNA;3823922;437;comp ;&tRNA;682034;58;comp;;;&tRNA;1746261;360;;;deb;°CDS;3825895;73;comp fin;°CDS;682177;;comp;;fin;°CDS;1746712;;;;;&tRNA;3828836;51; deb;°CDS;758940;152;comp;;deb;°CDS;1786722;25;;;;&tRNA;3828974;33; ;&tRNA;759824;57;;;;&tRNA;1786963;15;;;;&tRNA;3829094;57; fin;°CDS;759966;;comp;;fin;°CDS;1787071;;;;;&tRNA;3829238;651; deb;°CDS;877002;858;comp;;deb;°CDS;1899096;223;;;fin;°CDS;3829976;;comp ;&tRNA;878775;19;comp;;;repeat_region;1900978;157;;;deb;°CDS;3854191;770;comp fin;°CDS;878869;;comp;;fin;°CDS;1902728;;comp;;;&tRNA;3855180;61;comp deb;°CDS;952811;49;;;deb;°CDS;1975805;93;;;;&tRNA;3855317;78;comp ;&tRNA;955155;329;;;;&tRNA;1978844;66;;;;&tRNA;3855472;97;comp fin;°CDS;955560;;;;fin;°CDS;1978986;;comp;;fin;°CDS;3855646;; deb;°CDS;975236;19;;;deb;°CDS;2093021;230;;;deb;°CDS;4058859;201;comp ;&tRNA;975612;91;;;;&tRNA;2094372;26;;;;&tRNA;4059834;92;comp fin;°CDS;975788;;;;;&tRNA;2094474;45;;;fin;°CDS;4060005;;comp deb;°CDS;996781;89;comp;;;&tRNA;2094595;27;;;deb;°CDS;4244169;101; ;regulatory;998457;72;;;;&tRNA;2094698;18;;;;$rRNA;4244591;124;comp fin;°CDS;998621;;;;;&tRNA;2094793;225;;;;$rRNA;4244830;253;comp deb;°CDS;1006022;155;;;fin;°CDS;2095095;;comp;;;&tRNA;4247972;86;comp ;&tRNA;1006822;6;;;deb;°CDS;2186305;69;;;;&tRNA;4248134;182;comp ;&tRNA;1006904;51;;;;tmRNA;2186992;205;;;;$rRNA;4248393;450;comp fin;°CDS;1007031;;;;fin;°CDS;2187562;;;;fin;°CDS;4250379;; deb;°CDS;1057229;62;;;deb;°CDS;2192639;145;comp;;deb;°CDS;4324029;747;comp ;&tRNA;1058518;6;;;;regulatory;2193399;4;comp;;;&tRNA;4325718;151;comp ;&tRNA;1058618;3;;;;regulatory;2193502;65;comp;;fin;°CDS;4325946;;comp ;&tRNA;1058698;110;;;fin;°CDS;2193653;;comp;;deb;°CDS;4388195;89;comp deb;°CDS;1058883;173;comp;;deb;°CDS;2337863;-1;;;;&tRNA;4389268;6;comp ;&tRNA;1061741;3;comp;;;ncRNA;2338135;0;;;fin;°CDS;4389349;;comp ;&tRNA;1061819;7;comp;;fin;°CDS;2338210;;;;deb;°CDS;4401196;137;comp ;&tRNA;1061903;5;comp;;deb;°CDS;2511015;130;comp;;;&tRNA;4402077;265; ;&tRNA;1061983;46;comp;;;&tRNA;2511625;46;comp;;fin;°CDS;4402419;;comp fin;°CDS;1062106;;;;fin;°CDS;2511759;;comp;;deb;°CDS;4433423;206; deb;°CDS;1153105;370;;;deb;°CDS;2560167;264;comp;;;$rRNA;4434130;124;comp ;$rRNA;1154027;182;;;;ncRNA;2560755;168;comp;;;$rRNA;4434369;253;comp ;&tRNA;1155745;86;;;fin;°CDS;2561022;;;;;&tRNA;4437511;86;comp ;&tRNA;1155908;254;;;deb;°CDS;2745389;71;comp;;;&tRNA;4437673;182;comp ;$rRNA;1156238;124;;;;&tRNA;2747299;7;comp;;;$rRNA;4437932;391;comp ;$rRNA;1159251;189;;;;&tRNA;2747383;48;comp;;fin;°CDS;4439859;; fin;°CDS;1159555;;;;fin;°CDS;2747507;;comp;;deb;°CDS;4472951;87; deb;°CDS;1262223;190;;;deb;°CDS;2852349;182;comp;;;&tRNA;4474196;35; ;&tRNA;1263556;120;comp;;;&tRNA;2853221;70;;;;&tRNA;4474308;125; fin;°CDS;1263766;;comp;;fin;°CDS;2853376;;comp;;fin;°CDS;4474510;; deb;°CDS;1272648;435;;;deb;°CDS;3186574;49;comp;;deb;°CDS;4529035;86;comp ;&tRNA;1273710;180;;;;&tRNA;3187082;411;;;;&tRNA;4529616;179;comp fin;°CDS;1273967;;comp;;fin;°CDS;3187569;;;;fin;°CDS;4529870;;comp deb;°CDS;1292860;191;;;deb;°CDS;3256344;205;comp;;deb;°CDS;4531632;64;comp ;repeat_region;1293342;324;;;;&tRNA;3257362;151;;;;&tRNA;4532053;10;comp fin;°CDS;1295441;;;;fin;°CDS;3257589;;comp;;deb;°CDS;4532139;40;comp deb;°CDS;1376752;101;;;deb;°CDS;3261178;303;comp;;;&tRNA;4533370;24;comp ;&tRNA;1377435;23;;;;&tRNA;3262246;8;;;;&tRNA;4533469;52;comp ;&tRNA;1377534;22;;;;&tRNA;3262330;11;;;;&tRNA;4533595;139;comp ;&tRNA;1377632;24;;;;&tRNA;3262417;106;;;fin;°CDS;4533819;;comp ;&tRNA;1377732;29;;;fin;°CDS;3262599;;comp;;deb;°CDS;4549877;87;comp ;&tRNA;1377837;45;;;deb;°CDS;3368966;415;comp;;;regulatory;4551002;131; ;&tRNA;1377958;425;;;;$rRNA;3371478;124;comp;;fin;°CDS;4551282;; fin;°CDS;1378457;;comp;;;$rRNA;3371717;254;comp;;deb;°CDS;4586188;194;comp deb;°CDS;1385508;707;comp;;;&tRNA;3374860;12;comp;;;&tRNA;4586712;38;comp ;&tRNA;1387010;183;;;;&tRNA;3374948;82;comp;;;&tRNA;4586826;35;comp fin;°CDS;1387278;;;;;$rRNA;3375107;439;comp;;;&tRNA;4586937;28;comp deb;°CDS;1418833;136;comp;;fin;°CDS;3377082;;comp;;;&tRNA;4587041;37;comp ;&tRNA;1420085;182;;;deb;°CDS;3447322;50;comp;;;&tRNA;4587154;130;comp fin;°CDS;1420344;;;;;regulatory;3448389;124;comp;;fin;°CDS;4587360;;comp ;;;;;;fin;°CDS;3448608;;;;;;;; </pre> ====cvi intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_tRNA|cvi intercalaires tRNA]] <pre> cvi intercalaires tRNA ;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;177;;58;;19;6;deb; ;;comp’;152;comp’;57;;25;10;<201;22 ;;;858;;19;;30;15;total;27 ;;;49;;329;;40;19;taux;81% ;;;19;;91;;49;46;; ;6;;155;;51;;59;48;fin; ;6 3;;62;comp’;110;;62;51;<201;20 ;3 7 5;;173;comp’;46;;64;55;total;25 ;;comp’;190;;120;;71;58;taux;80% ;;;435;comp’;180;;86;91;; ;;;191;;324;;87;92;total; ;23 22 24 29 45;;101;comp’;425;;89;120;<201;42 ;;comp’;707;;183;;93;125;total;52 ;;comp’;136;;182;;98;130;taux;81% ;;;30;;204;;101;139;; ;32 31;;98;comp’;211;;130;151;; ;53;;59;;360;;155;163;; ;;;25;;15;;170;179;; ;;;93;comp’;66;;173;182;; ;26 45 27 18;;230;comp’;225;;177;183;; ;;;130;;46;;191;204;; ;7;;71;;48;;194;324;; ;;comp’;182;comp’;70;;201;329;; ;;comp’;49;;411;;230;360;; ;;comp’;205;comp’;151;;435;411;; ;8 11;comp’;303;comp’;106;;747;;; ;12 26 12 26 12 26;comp’;212;;163;;858;;comp’;cumuls ;12 27 6 27 6;;;;;;49;46;deb; ;;;170;;55;;73;57;<201;7 ;51 33 57;comp’;73;comp’;651;;136;66;total;12 ;61 78;;770;comp’;97;;137;70;taux;58% ;;;201;;92;;152;97;; ;;;747;;151;;182;106;fin; ;;;89;;6;;190;110;<201;9 ;;comp’;137;comp’;265;;205;151;total;14 ;35;;87;;125;;212;180;taux;64% ;;;86;;179;;303;211;; ;;;64;;10;;707;225;total; ;24 52;;40;;139;;770;265;<201;16 ;38 35 28 37;;194;;130;;-;425;total;26 ;;;;;;;-;651;taux;62% ;;;;;;;;;; continu + comp’;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;29;29;58;;;;;;; total;39;39;78;;;;;;; taux;74%;74%;74%;;;;;;; </pre> ====cvi par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_par_rapport_au_groupe_de_référence|cvi par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;9;7;2;;;;18; 16;moyen;7;3;11;;;16;37; 14;fort;6;27;10;;;;43; ; ;22;37;23;;;16;98; 10;g+cga;3;5;2;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;2;;;;;6; 5;autres;;;;;;;0; ;;9;7;2;;;;18; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;92;71;20;;;;184;26 16;moyen;71;31;112;;;163;378;324 14;fort;61;276;102;;;;439;650 ; ;224;378;235;;;163;98;729 10;g+cgg;31;51;20;;;;102;10 2;agg+cga;20;;;;;;20; 4;carre ccc;41;20;;;;;61;16 5;autres;;;;;;;0; ;;92;71;20;;;;184; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;110;85;24;220;26;41;19;9 16;moyen;85;37;134;256;324;32;8;48 14;fort;73;329;122;524;650;27;73;43 ; ;268;451;280;82;729;22;37;23 10;g+cgg;37;61;24;122;10;;; 2;agg+cga;24;;;24;;;; 4;carre ccc;49;24;;73;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;110;85;24;220;;;; </pre> ====beta, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#beta,_estimation_des_-rRNAs|beta, estimation des -rRNAs]] <pre> 44 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;44;351; ; ;;indices;;;;44;798;0;0;;beta1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;82 atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;10;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;23;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1 atc;159;acc;10;aac;;agc;1;;atc;361;acc;23;aac;;agc;2;;atc;;acc;1;aac;4;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;2;cga; gta;;gca;159;gaa;;gga;10;;gta;;gca;361;gaa;;gga;23;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1 ;;329;;22;;0;351;;;;748;;50;;0;798;;;;21;;43;;18;82 11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;268;15707;5.2;0;;indices;;;;268;15707;5.2;0;;beta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;172;;atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;177;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;200 att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;;act;;aat;;agt; ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;108;tcc;101;tac;84;tgc;142;;ttc;108;tcc;101;tac;107;tgc;142;;ttc;200;tcc;200;tac;200;tgc;100 atc;6;acc;79;aac;184;agc;99;;atc;367;acc;102;aac;184;agc;101;;atc;;acc;100;aac;400;agc;100 ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;100;ccc;100;cac;300;cgt;300 gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;100;gcc;300;gac;700;ggc;500 tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;;aca;100;aaa;300;aga;100 cta;101;cca;137;caa;123;cga;0;;cta;101;cca;137;caa;123;cga;;;cta;100;cca;100;caa;200;cga; gta;118;gca;12;gaa;202;gga;78;;gta;118;gca;373;gaa;202;gga;101;;gta;600;gca;;gaa;400;gga;100 ttg;102;tcg;111;tag;2.6;tgg;102;;ttg;102;tcg;111;tag;3;tgg;102;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;200;acg;100;aag;200;agg;100 ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;400;ccg;200;cag;;cgg;100 gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;100;gcg;200;gag;;ggg;100 ;;1517;;2099;;1440;5057;;;;2265;;2149;;1440;5854;;;;2100;;4300;;1800;8200 rapports;;67;;98;;100;86;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;beta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;97;;fiches;54.068;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;100;tat;;atgf;14 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2379;;;0/0;1;;;;att;100;act;100;aat;100;agt;100 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;353;;;10;12;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;44;;;20;4;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;79;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;46;tcc;50;tac;58;tgc;30 atc;2;acc;78;aac;100;agc;98;;beta1;82;;;40;4;;;;atc;100;acc;21;aac;54;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;82;;;50;6;30;;;ctc;30;ccc;0;cac;64;cgt;38 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;16;;;60;7;;;;gtc;33;gcc;59;gac;65;ggc;55 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;3;;;;tta;45;tca;1;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;12;aaa;60;aga;12 cta;100;cca;100;caa;100;cga;;;L’estimation par beta ;;;;90;1;;;;cta;1;cca;27;caa;39;cga; gta;100;gca;3;gaa;100;gga;77;;est 52% en dessous;;;;100;6;;;;gta;80;gca;100;gaa;50;gga;22 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;10;tag;;tgg;2 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;47;acg;4;aag;49;agg;1 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;52;ccg;54;cag;100;cgg;7 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;10;gcg;61;gag;100;ggg;18 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;328;;618;;335;1281 </pre> ====cvi remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_remarques|cvi remarques]] *code génétique cvi <pre> cvi;;;;;98;;99 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1 atc;8;acc;2;aac;4;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3 gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;1;caa;2;cga; gta;5;gca;8;gaa;4;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1 gtg;2;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ===ade=== ====ade opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_opérons|ade opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Anae_deha_2CP_C/anaeDeha_2CP_C-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_011891.1;ade;genome;;; 75%GC;30.6.19 Paris;16s 2;49;doubles;intercalaires ;Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C;;;; ;8147..8220;;caa;; ;;;;; ;21040..21112;;ttc;; ;;;;; comp;433303..433378;;ggg;; ;;;;; comp;666509..666585;;gac;;6 comp;666592..666666;;gta;; ;;;;; comp;693146..693229;;ctg;; ;;;;; ;851483..851555;;atg;; ;;;;; comp;1057311..1057386;;gcg;; ;;;;; comp;1306222..1306295;;ccc;; ;;;;; ;1442379..1442450;;tgc;; ;;;;; ;1495545..1497102;;16s;@1;187 ;1497290..1497367;;atc;;22 ;1497390..1497465;;gca;;194 ;1497660..1500648;;23s;;152 ;1500801..1500917;;5s;; ;;;;; ;1509186..1509259;;cag;;60 ;1509320..1509394;;gag;; ;;;;; ;1691085..1691160;;gcc;; ;;;;; ;819377..1819453;;atg;; ;;;;; ;2235670..2235741;;gtc;; ;;;;; comp;2314981..2315079;;tga;; ;;;;; comp;2337031..2337104;;atg;; ;;;;; ;2376009..2376080;;gtg;; ;;;;; comp;2429718..2429790;;acg;; ;;;;; comp;2623942..2624017;;tgg;; ;;;;; comp;2625463..2625535;;acc;;22 comp;2625558..2625633;;gga;;63 comp;2625697..2625779;;tac;;46 comp;2625826..2625898;;aca;; ;;;;; ;2653452..2653535;;ttg;; ;;;;; ;2680790..2680871;;ctc;; ;;;;; comp;2747806..2747879;;agg;; ;;;;; ;3029047..3029122;;aac;; ;;;;; comp;3076236..3076352;;5s;;152 comp;3076505..3079493;;23s;;194 comp;3079688..3079763;;gca;;22 comp;3079786..3079863;;atc;;187 comp;3080051..3081608;;16s;; ;;;;; comp;3144286..3144357;;aaa;; ;;;;; ;3156732..3156804;;gaa;; ;;;;; ;3253990..3254063;;cgg;; ;;;;; comp;3793996..3794069;;ccg;; ;;;;; ;3806164..3806249;;tta;; ;;;;; comp;3915708..3915789;;cta;; ;;;;; comp;3920245..3920317;;aag;@2;*248 comp;3920566..3920639;;aga;;*140 comp;3920780..3920854;;cac;;18 comp;3920873..3920946;;cga;;*134 comp;3921081..3921154;;cca;; ;;;;; comp;4121675..4121749;;ggc;; ;;;;; comp;4195371..4195460;;tcc;;*278 comp;4195739..4195829;;tcg;; ;;;;; ;4456675..4456764;;tca;;27 ;4456792..4456883;;agc;;73 ;4456957..4457033;;cgt;; </pre> ====ade cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_cumuls|ade cumuls]] <pre> cvi cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;2;1;0; ;16 23 5s 0;0;20;2; ;16 atc gca;2;40;2;2 ;16 23 5s a;0;60;2; ;max a;2;80;2; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;4;140;2; sans ;opérons;33;160;0; ;1 aa;27;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;0;;2; ;total aas;45;;12;2 total aas;;49;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;93; ;;;variance;90; sans jaune;;;moyenne;39;22 ;;;variance;24;0 </pre> ====ade blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_blocs|ade blocs]] <pre> ade blocs;;;;; 16s;187;1558;5s;152;117 atc;22;;23s;194;2989 gca;194;;gca;22; 23s;152;2989;atc;187; 5s;;117;16s;;1558 </pre> ====ade distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_distribution|ade distribution]] <pre> delta1;;;;;;;49;;delta1;;;;;;;27;;delta1;;;;;;;18 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;1;tac;1;tgc; atc;2;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;1;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;18;27;;;;4;49;;;;*;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====ade données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_données_intercalaires|ade données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;ade;fx;fc;ade;fx40;fc40;ade;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;12;17;0;12;17;-1;0;70;91;220;CDS 16s;; ;1;10;102;373;1;10;35;-2;3;0;44;157;691;; ;2;20;104;251;2;5;63;-3;0;0;158;333;590;; ;0;30;65;128;3;18;55;-4;33;537;119;68;23s 5s;; 2;2;40;33;124;4;14;25;-5;0;0;79;105;2* 152;; ;2;50;22;93;5;7;19;-6;2;0;456;130;5s CDS;; ;3;60;52;104;6;10;24;-7;1;6;157;96;167;75; 2;2;70;49;129;7;9;26;-8;5;20;53;38;16s tRNA;; ;4;80;59;106;8;8;37;-9;0;0;36;222;2* 187;;atc ;1;90;48;99;9;14;51;-10;1;2;350;190;tRNA 23s;; 1;4;100;43;84;10;7;38;-11;4;17;105;111;2* 194;;gca 2;4;110;48;76;11;4;32;-12;1;0;14;124;tRNA tRNA;;intra 1;3;120;44;84;12;12;42;-13;3;7;111;110;2* 22;;atc gca 3;1;130;49;67;13;10;39;-14;4;12;3;94;tRNA tRNA;; ;0;140;46;63;14;7;28;-15;1;0;9;161;6;;gac ;0;150;37;53;15;14;26;-16;1;3;110;193;**;;gta 1;2;160;30;37;16;13;23;-17;7;4;53;226;60;;cag 1;0;170;28;47;17;7;16;-18;0;0;38;127;**;;gag ;1;180;33;41;18;16;19;-19;0;2;77;63;22;;acc 1;1;190;31;50;19;15;14;-20;1;3;92;34;63;;gga 1;0;200;33;22;20;6;12;-21;0;0;406;246;46;;tac ;0;210;30;27;21;7;12;-22;0;2;53;715;**;;aca 1;0;220;28;20;22;8;17;-23;2;6;437;;248;;aag 2;1;230;27;18;23;11;13;-24;0;0;62;;142;;aga ;0;240;17;17;24;10;8;-25;1;0;15;;18;;cac 1;0;250;27;12;25;4;14;-26;0;6;65;;134;;cga ;0;260;28;19;26;8;14;-27;0;0;105;;**;;cca ;0;270;15;15;27;7;9;-28;1;0;100;;278;;tcc ;0;280;17;10;28;7;20;-29;2;2;91;;**;;tcg ;0;290;11;9;29;2;7;-30;0;0;106;;27;;tca ;0;300;11;9;30;1;14;-31;0;0;184;;73;;agc ;1;310;10;11;31;2;13;-32;2;1;230;;**;;cgt ;0;320;8;10;32;1;14;-33;0;0;306;;;; ;0;330;10;5;33;7;15;-34;2;2;78;;;; 1;0;340;3;8;34;7;19;-35;1;1;694;;;; ;1;350;6;3;35;2;11;-36;0;0;130;;;; ;0;360;10;7;36;4;9;-37;1;1;386;;;; ;0;370;5;1;37;2;15;-38;1;0;111;;;; ;0;380;5;4;38;1;8;-39;0;0;81;;;; ;1;390;2;3;39;2;6;-40;1;0;179;;;; ;0;400;3;3;40;5;14;-41;2;0;76;;;; 1;5;reste;69;80;reste;994;1446;-42;0;0;50;;;; 21;42;total;1310;2339;total;1310;2339;-43;0;0;492;;;; 20;37;diagr;1229;2242;diagr;304;876;-44;0;0;;;;; 0;3; t30;271;752;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;2;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;1298;102;12;1412;;;-49;1;0;;;;; ;c;2322;713;17;3052;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;4464;105;;reste;15;9;;;;; ;;;;;;4569;;total;102;713;;;;; </pre> =====ade autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires_aas|ade autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;ade;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;7060;91;; ;tRNA;8147;44;;caa fin;CDS;8265;;; deb;CDS;20441;158;; ;tRNA;21040;220;;ttc fin;CDS;21333;;comp; deb;CDS;432722;119;comp; ;tRNA;433303;79;comp;ggg fin;CDS;433458;;comp; deb;CDS;664814;456;comp; ;tRNA;666509;6;comp;gac ;tRNA;666592;157;comp;gta fin;CDS;666824;;; deb;CDS;691951;157;comp; ;tRNA;693146;333;comp;ctg fin;CDS;693563;;; deb;CDS;849021;53;; ;tRNA;851483;36;;atgi fin;CDS;851592;;; deb;CDS;883315;64;; ;repeat_region;883709;98;; fin;CDS;886703;;comp; deb;CDS;887392;77;comp; ;repeat_region;888746;95;; fin;CDS;892587;;; deb;CDS;1055941;68;; ;tRNA;1057311;105;comp;gcg fin;CDS;1057492;;; deb;CDS;1305647;350;comp; ;tRNA;1306222;105;comp;ccc fin;CDS;1306401;;comp; deb;CDS;1311419;33;comp; ;ncRNA;1312049;302;comp; fin;CDS;1312542;;; deb;CDS;1441648;14;; ;tRNA;1442379;111;;tgc fin;CDS;1442562;;; deb;CDS;1492304;691;; 16s;rRNA;1495545;187;; ;tRNA;1497290;22;;atc ;tRNA;1497390;194;;gca 23s;rRNA;1497660;152;; 5s;rRNA;1500801;75;; fin;CDS;1500993;;comp; deb;CDS;1508769;3;; ;tRNA;1509186;60;;cag ;tRNA;1509320;130;;gag fin;CDS;1509525;;comp; deb;CDS;1690794;9;; ;tRNA;1691085;96;;gcc fin;CDS;1691254;;comp; deb;CDS;1818424;110;; ;tRNA;1819377;53;;atgf fin;CDS;1819507;;; deb;CDS;1968293;141;; ;regulatory;1969289;108;; fin;CDS;1969480;;; deb;CDS;2235017;38;; ;tRNA;2235670;77;;gtc fin;CDS;2235819;;; deb;CDS;2313926;38;; ;tRNA;2314981;92;comp;tga fin;CDS;2315172;;comp; deb;CDS;2335260;406;comp; ;tRNA;2337031;222;comp;atgj fin;CDS;2337327;;; deb;CDS;2375620;53;; ;tRNA;2376009;437;;gtg fin;CDS;2376518;;; deb;CDS;2429105;190;; ;tRNA;2429718;111;comp;acg fin;CDS;2429902;;; deb;CDS;2623487;62;comp; ;tRNA;2623942;15;comp;tgg fin;CDS;2624033;;comp; deb;CDS;2624207;65;comp; ;tRNA;2625463;22;comp;acc ;tRNA;2625558;63;comp;gga ;tRNA;2625697;46;comp;tac ;tRNA;2625826;105;comp;aca fin;CDS;2626004;;comp; deb;CDS;2652965;124;comp; ;tRNA;2653452;100;;ttg fin;CDS;2653636;;; deb;CDS;2680375;91;; ;tRNA;2680790;110;;ctc fin;CDS;2680982;;comp; deb;CDS;2747439;94;; ;tRNA;2747806;106;comp;agg fin;CDS;2747986;;comp; deb;CDS;3027884;161;comp; ;tRNA;3029047;184;;aac fin;CDS;3029307;;; deb;CDS;3075187;167;comp; 5s;rRNA;3076236;152;comp; 23s;rRNA;3076505;194;comp; ;tRNA;3079688;22;comp;gca ;tRNA;3079786;187;comp;atc 16s;rRNA;3080051;590;comp; fin;CDS;3082199;;comp; deb;CDS;3143759;230;comp; ;tRNA;3144286;306;comp;aaa fin;CDS;3144664;;comp; deb;CDS;3155946;78;; ;tRNA;3156732;694;;gaa fin;CDS;3157499;;; deb;CDS;3253083;193;comp; ;tRNA;3253990;130;;cgg fin;CDS;3254194;;; deb;CDS;3372825;107;; ;tmRNA;3373094;219;; fin;CDS;3373664;;; deb;CDS;3793550;226;; ;tRNA;3793996;386;comp;ccg fin;CDS;3794456;;comp; deb;CDS;3805030;111;; ;tRNA;3806164;127;;tta fin;CDS;3806377;;comp; deb;CDS;3914337;81;comp; ;tRNA;3915708;63;comp;cta fin;CDS;3915853;;; deb;CDS;3919322;179;comp; ;tRNA;3920245;248;comp;aag ;tRNA;3920566;142;comp;aga ;tRNA;3920782;18;comp;cac ;tRNA;3920873;134;comp;cga ;tRNA;3921081;76;comp;cca fin;CDS;3921231;;comp; deb;CDS;4031625;149;; ;regulatory;4032113;67;; fin;CDS;4032337;;; deb;CDS;4120462;34;; ;tRNA;4121675;246;comp;ggc fin;CDS;4121996;;; deb;CDS;4164508;430;; ;ncRNA;4166687;43;comp; fin;CDS;4167140;;comp; deb;CDS;4193348;55;comp; ;ncRNA;4195209;68;comp; ;tRNA;4195371;278;comp;tcc ;tRNA;4195739;50;comp;tcg fin;CDS;4195880;;comp; deb;CDS;4454313;715;comp; ;tRNA;4456675;27;;tca ;tRNA;4456792;73;;agc ;tRNA;4456957;492;;cgt fin;CDS;4457526;;; </pre> ====ade intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_entre_cds|ade intercalaires entre cds]] *'''Intercalaires entre cds, Tableau''' <pre> ade;4.2.21 Paris;;ade 16.7.20;;;;;;;;; ade;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5;intercal;<u>'''frequencez ;'''négatif;815;18.3;'''négatif ;-8;15;-1 à -116;'''5 029 329;-1;815;610;5 ;'''zéro;29;0.6;;;;;'''intercals;0;29;620;3 ;'''1 à 200;2987;66.9;'''0 à 200;70;57;;'''42 8947;5;251;630;2 ;'''201 à 370;464;10.4;'''201 à 370;260;44;;'''8.5%;10;224;640;0 ;'''371 à 600;124;2.8;'''371 à 600;469;63;;;15;214;650;3 ;'''601 à max;45;1.0;'''601 à 1160;771;157;;;20;141;660;1 ;'''total 4464;<201;85.8;'''total 4461;93;127;-116 à 1160;;25;104;670;0 adresse;intercal;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;89;680;1 4491815;1915;-1;815;-70;14;;0;29;35;91;690;1 3576176;1774;0;29;-60;8;;-1;°70;40;66;700;1 4068576;1388;1;45;-50;2;;-2;3;45;58;710;1 3337295;1160;2;68;-40;7;;-3;0;50;57;720;2 3373664;1119;3;°73;-30;12;'''min à -1;-4;°570;55;74;730;1 2044486;1080;4;39;-20;26;815;-5;0;60;82;740;2 4163005;1080;5;26;-10;69;18.3%;-6;2;65;92;750;2 1981544;1014;6;°34;0;706;;-7;7;70;86;760;0 427780;984;7;35;10;475;;-8;°25;75;87;770;0 540538;963;8;45;20;355;;-9;0;80;78;780;0 1223737;917;9;°65;30;193;;-10;3;85;70;790;1 1005799;900;10;45;40;157;'''1 à 100;-11;°21;90;77;800;1 4943119;860;11;36;50;115;2068;-12;1;95;66;810;1 4581242;849;12;°54;60;156;46.3%;-13;10;100;61;820;1 104609;834;13;49;70;178;;-14;°16;105;69;830;1 4846209;821;14;35;80;165;;-15;1;110;55;840;1 1084460;817;15;°40;90;147;;-16;4;115;65;850;1 2814006;807;16;36;100;127;;-17;°11;120;63;860;1 2386981;793;17;23;110;124;;-18;0;125;60;870;0 3422997;788;18;°35;120;128;;-19;2;130;56;880;0 494107;749;19;29;130;116;;-20;°4;135;64;890;0 3820597;741;20;18;140;109;;-21;0;140;45;900;1 4073584;732;21;19;150;90;;-22;2;145;50;910;0 1445527;731;22;°25;160;67;;-23;°8;150;40;920;1 3757399;730;23;24;170;75;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;0 4117240;719;24;18;180;74;2987;-25;1;160;31;940;0 3533685;715;25;18;190;81;67%;-26;°6;165;34;950;0 3631148;704;26;°22;200;55;;-27;0;170;41;960;0 2060112;697;27;16;210;57;;-28;1;175;36;970;1 1026522;689;28;°27;220;48;;-29;°4;180;38;980;0 4180297;676;29;9;230;45;;-30;0;185;40;990;1 3200409;660;30;15;240;34;;-31;0;190;41;1000;0 1266186;649;31;15;250;39;;-32;°3;195;29;1010;0 4553826;643;32;15;260;47;;total;66;200;26;1020;1 4101937;641;33;22;270;30;'''0 à 200;reste;40;205;27;1030;0 ;;34;°26;280;27;3016;;844;210;30;1040;0 ;;35;13;290;20;;;;215;26;1050;0 ;;36;13;300;20;;intercal;<u>'''frequencef;220;22;1060;0 ;;37;17;310;21;;600;4419;225;28;1070;0 ;;38;9;320;18;;620;8;230;17;1080;2 ;;39;8;330;15;;640;2;235;13;1090;0 ;;40;°19;340;11;'''201 à 370;660;4;240;21;1100;0 ;;reste;2440;350;9;464;680;1;245;18;1110;0 ;;total;4464;360;17;10.4%;700;2;250;21;1120;1 ;;;;370;6;;720;3;255;23;1130;0 adresse;intercaln;décalage;long;380;9;;740;3;260;24;1140;0 3295433;-116;comp;;390;5;;760;2;265;17;1150;0 4579158;-110;comp;;400;6;;780;;270;13;1160;1 1556750;-109;shift2;738;410;10;;800;2;275;16;1170;0 4555636;-109;comp;;420;4;;820;2;280;11;1180;0 4916430;-107;comp;;430;2;;840;2;285;13;1190;0 3210093;-106;shift2;1146;440;11;;860;2;290;7;1200;0 3997874;-104;comp;;450;5;;880;;295;10;reste;3 2946107;-101;comp;;460;8;;900;1;300;10;total;4464 3213081;-100;shift2;279;470;8;;920;1;305;10;; 1033174;-98;comp;;480;6;;940;;310;11;; 4178347;-86;comp;;490;4;;960;;315;13;; 1150010;-82;comp;;500;4;;980;1;320;5;; 526736;-79;comp;;510;8;;1000;1;325;9;; 1558055;-74;comp;;520;4;;1020;1;330;6;; 178866;-68;shift2;797;530;4;;1040;;335;6;; 4625265;-68;shift2;869;540;7;'''371 à 600;1060;;340;5;; 1268795;-67;;;550;3;124;1080;2;345;6;; 1590849;-67;;;560;6;2.8%;1100;;350;3;; 1222168;-65;;;570;3;;1120;1;355;11;; 3832496;-65;;;580;1;'''601 à max;1140;;360;6;; 23880;-61;;;590;3;45;1160;1;365;5;; 157893;-61;;;600;3;1.0%;;42;370;1;; 4881610;-59;;;reste;45;;reste;3;;169;; 3182922;-55;;;total;4464;;total;4464;;4464;; </pre> ====ade intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ade;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-20;145;-446;69;782;242;min50;&-61;489;-1310;125;843;267;min50 31 à 400;32;-228;356;20;874;238;2 parties;&2.5;38;-356;69;957;-507;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;144;54;-;743;dte;39;Sf;&218;70;-;610;poly;232;SF 31 à 400;112;46;-;807;poly;67;tm;&149;51;-;854;poly;103;tF ;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;; ade. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;14.8.21 Paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.459;;;ade;Sx-;Sc- 41-n;0.867;0.624;0.758;;;;;;;;;;-1;0;70 1-n;0.903;0.879;0.897;;;;;;;;;;-2;3;0 ade;fx;fc;;ade;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;-3;0;0 0;12;17;;0;10;8;;0;12;17;>0;1298;-4;33;537 10;102;373;;10;83;166;;1;10;35;<0;102;-5;0;0 20;104;251;;20;85;112;;2;5;63;zéro;12;-6;2;0 30;65;128;;30;53;57;;3;18;55;total;1412;-7;1;6 40;33;124;;40;27;55;;4;14;25;;c;-8;5;20 50;22;93;;50;18;41;;5;7;19;>0;2322;-9;0;0 60;52;104;;60;42;46;;6;10;24;<0;713;-10;1;2 70;49;129;;70;40;58;;7;9;26;zéro;17;-11;4;17 80;59;106;;80;48;47;;8;8;37;total;3052;-12;1;0 90;48;99;;90;39;44;;9;14;51;;;-13;3;7 100;43;84;;100;35;37;;10;7;38;;;-14;4;12 110;48;76;;110;39;34;;11;4;32;;;-15;1;0 120;44;84;;120;36;37;;12;12;42;;;-16;1;3 130;49;67;;130;40;30;;13;10;39;;;-17;7;4 140;46;63;;140;37;28;;14;7;28;;;-18;0;0 150;37;53;;150;30;24;;15;14;26;;;-19;0;2 160;30;37;;160;24;17;;16;13;23;;;-20;1;3 170;28;47;;170;23;21;;17;7;16;;;-21;0;0 180;33;41;;180;27;18;;18;16;19;;;-22;0;2 190;31;50;;190;25;22;;19;15;14;;;-23;2;6 200;33;22;;200;27;10;;20;6;12;;;-24;0;0 210;30;27;;210;24;12;;21;7;12;;;-25;1;0 220;28;20;;220;23;9;;22;8;17;;;-26;0;6 230;27;18;;230;22;8;;23;11;13;;;-27;0;0 240;17;17;;240;14;8;;24;10;8;;;-28;1;0 250;27;12;;250;22;5;;25;4;14;;;-29;2;2 260;28;19;;260;23;8;;26;8;14;;;-30;0;0 270;15;15;;270;12;7;;27;7;9;;;-31;0;0 280;17;10;;280;14;4;;28;7;20;;;-32;2;1 290;11;9;;290;9;4;;29;2;7;;;-33;0;0 300;11;9;;300;9;4;;30;1;14;;;-34;2;2 310;10;11;;310;8;5;;31;2;13;;;-35;1;1 320;8;10;;320;7;4;;32;1;14;;;-36;0;0 330;10;5;;330;8;2;;33;7;15;;;-37;1;1 340;3;8;;340;2;4;;34;7;19;;;-38;1;0 350;6;3;;350;5;1;;35;2;11;;;-39;0;0 360;10;7;;360;8;3;;36;4;9;;;-40;1;0 370;5;1;;370;4;0;;37;2;15;;;-41;2;0 380;5;4;;380;4;2;;38;1;8;;;-42;0;0 390;2;3;;390;2;1;;39;2;6;;;-43;0;0 400;3;3;;400;2;1;;40;5;14;;;-44;0;0 reste;69;80;;;;;;;994;1446;;;-45;0;0 total;1310;2339;;t30;221;335;;;1310;2339;;;-46;2;0 diagr;1229;2242;;t50;265;432;;;304;876;;;-47;1;0 - t30;958;1490;;;;;;;;;;;-48;0;0 - t50;903;1273;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;15;9 ;;;;;;;;;;;;;total;102;713 </pre> ====ade intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_négatifs_S-|ade intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;; comp’;0;3;0;30;0;2;1;4;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;8;97;14 continu;70;0;0;540;0;0;6;21;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;4;718;10 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;33;0;2;1;5;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;15;102 ;Sc-;70;0;0;537;0;0;6;20;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9;713 </pre> ====ade autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires|ade autres intercalaires]] <pre> deb;°CDS;7060;91;;;deb;°CDS;1818424;110;;;deb;°CDS;3143759;230;comp ;&tRNA;8147;44;;;;&tRNA;1819377;53;;;;&tRNA;3144286;306;comp fin;°CDS;8265;;;;fin;°CDS;1819507;;;;fin;°CDS;3144664;;comp deb;°CDS;20441;158;;;deb;°CDS;1968293;141;;;deb;°CDS;3155946;78; ;&tRNA;21040;220;;;;regulatory;1969289;108;;;;&tRNA;3156732;694; fin;°CDS;21333;;comp;;fin;°CDS;1969480;;;;fin;°CDS;3157499;; deb;°CDS;432722;119;comp;;deb;°CDS;2235017;38;;;deb;°CDS;3253083;193;comp ;&tRNA;433303;79;comp;;;&tRNA;2235670;77;;;;&tRNA;3253990;130; fin;°CDS;433458;;comp;;fin;°CDS;2235819;;;;fin;°CDS;3254194;; deb;°CDS;664814;456;comp;;deb;°CDS;2313926;38;;;deb;°CDS;3372825;107; ;&tRNA;666509;6;comp;;;&tRNA;2314981;92;comp;;;tmRNA;3373094;219; ;&tRNA;666592;157;comp;;fin;°CDS;2315172;;comp;;fin;°CDS;3373664;; fin;°CDS;666824;;;;deb;°CDS;2335260;406;comp;;deb;°CDS;3793550;226; deb;°CDS;691951;157;comp;;;&tRNA;2337031;222;comp;;;&tRNA;3793996;386;comp ;&tRNA;693146;333;comp;;fin;°CDS;2337327;;;;fin;°CDS;3794456;;comp fin;°CDS;693563;;;;deb;°CDS;2375620;53;;;deb;°CDS;3805030;111; deb;°CDS;849021;53;;;;&tRNA;2376009;437;;;;&tRNA;3806164;127; ;&tRNA;851483;36;;;fin;°CDS;2376518;;;;fin;°CDS;3806377;;comp fin;°CDS;851592;;;;deb;°CDS;2429105;190;;;deb;°CDS;3914337;81;comp deb;°CDS;883315;64;;;;&tRNA;2429718;111;comp;;;&tRNA;3915708;63;comp ;repeat_region;883709;98;;;fin;°CDS;2429902;;;;fin;°CDS;3915853;; fin;°CDS;886703;;comp;;deb;°CDS;2623487;62;comp;;deb;°CDS;3919322;179;comp deb;°CDS;887392;77;comp;;;&tRNA;2623942;15;comp;;;&tRNA;3920245;248;comp ;repeat_region;888746;95;;;fin;°CDS;2624033;;comp;;;&tRNA;3920566;142;comp fin;°CDS;892587;;;;deb;°CDS;2624207;65;comp;;;&tRNA;3920782;18;comp deb;°CDS;1055941;68;;;;&tRNA;2625463;22;comp;;;&tRNA;3920873;134;comp ;&tRNA;1057311;105;comp;;;&tRNA;2625558;63;comp;;;&tRNA;3921081;76;comp fin;°CDS;1057492;;;;;&tRNA;2625697;46;comp;;fin;°CDS;3921231;;comp deb;°CDS;1305647;350;comp;;;&tRNA;2625826;105;comp;;deb;°CDS;4031625;149; ;&tRNA;1306222;105;comp;;fin;°CDS;2626004;;comp;;;regulatory;4032113;67; fin;°CDS;1306401;;comp;;deb;°CDS;2652965;124;comp;;fin;°CDS;4032337;; deb;°CDS;1311419;33;comp;;;&tRNA;2653452;100;;;deb;°CDS;4120462;34; ;ncRNA;1312049;302;comp;;fin;°CDS;2653636;;;;;&tRNA;4121675;246;comp fin;°CDS;1312542;;;;deb;°CDS;2680375;91;;;fin;°CDS;4121996;; deb;°CDS;1441648;14;;;;&tRNA;2680790;110;;;deb;°CDS;4164508;430; ;&tRNA;1442379;111;;;fin;°CDS;2680982;;comp;;;ncRNA;4166687;43;comp fin;°CDS;1442562;;;;deb;°CDS;2747439;94;;;fin;°CDS;4167140;;comp deb;°CDS;1492304;691;;;;&tRNA;2747806;106;comp;;deb;°CDS;4193348;55;comp ;$rRNA;1495545;187;;;fin;°CDS;2747986;;comp;;;ncRNA;4195209;68;comp ;&tRNA;1497290;22;;;deb;°CDS;3027884;161;comp;;;&tRNA;4195371;278;comp ;&tRNA;1497390;194;;;;&tRNA;3029047;184;;;;&tRNA;4195739;50;comp ;$rRNA;1497660;152;;;fin;°CDS;3029307;;;;fin;°CDS;4195880;;comp ;$rRNA;1500801;75;;;deb;°CDS;3075187;167;comp;;deb;°CDS;4454313;715;comp fin;°CDS;1500993;;comp;;;$rRNA;3076236;152;comp;;;&tRNA;4456675;27; deb;°CDS;1508769;3;;;;$rRNA;3076505;194;comp;;;&tRNA;4456792;73; ;&tRNA;1509186;60;;;;&tRNA;3079688;22;comp;;;&tRNA;4456957;492; ;&tRNA;1509320;130;;;;&tRNA;3079786;187;comp;;fin;°CDS;4457526;; fin;°CDS;1509525;;comp;;;$rRNA;3080051;590;comp;;;;;; deb;°CDS;1690794;9;;;fin;°CDS;3082199;;comp;;;;;; ;&tRNA;1691085;96;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;1691254;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====ade intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_tRNA|ade intercalaires tRNA]] <pre> ade intercalaires tRNA;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;91;;44;;3;15;deb; ;;;158;comp’;220;;9;36;<201;20 ;;;119;;79;;14;43;total;25 ;6;;456;comp’;156;;38;44;taux;80% ;;;157;comp’;353;;38;50;; ;;;53;;36;;53;53;fin; ;;comp’;68;comp’;105;;53;76;<201;16 ;;;350;;105;;62;77;total;22 ;;;14;;111;;65;79;taux;73% ;60;;3;comp’;130;;78;100;; ;;;9;comp’;96;;81;105;total; ;;;110;;53;;91;105;<201;36 ;;;38;;77;;91;106;total;47 ;;;38;comp’;92;;107;111;taux;77% ;;;406;comp’;222;;110;130;; ;;;53;;437;;111;184;; ;;comp’;190;comp’;111;;119;219;; ;;;62;;15;;157;306;; ;22 63 46;;65;;105;;158;386;; ;;comp’;124;;100;;179;437;; ;;;91;comp’;110;;230;492;; ;;comp’;94;;106;;350;694;; ;;comp’;161;;184;;406;-;; ;;;230;;306;;430;-;; ;;;78;;694;;456;-;comp’;cumuls ;;comp’;193;;130;;34;63;deb; ;;;107;;219;;68;92;<201;7 ;;comp’;226;;386;;94;96;total;9 ;;;111;comp’;127;;124;105;taux;78% ;;;81;comp’;63;;161;110;fin; ;248 142 18 134;;179;;76;;190;111;<201;9 ;;comp’;34;comp’;246;;193;127;total;13 ;;;430;;43;;226;130;taux;69% ;278;;;;50;;715;156;; ;27 73;comp’;715;;492;;-;220;total; ;;;;;;;-;222;<201;16 ;;;;;;;-;246;total;22 ;;;;;;;-;353;taux;73% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;29;25;54;;;;;;; total;34;35;69;;;;;;; taux;85%;71%;78%;;;;;;; </pre> ====ade par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_par_rapport_au_groupe_de_référence|ade par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;ade;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;12;5;;;;;17; 16;moyen;9;6;;;;4;19; 14;fort;6;7;;;;;13; ; ;27;18;;;;4;49; 10;g+cga;5;5;;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;;;;;;4; 5;autres;1;;;;;;1; ;;12;5;;;;;17; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;245;102;;;;;347;26 16;moyen;184;122;;;;82;388;324 14;fort;122;143;;;;;265;650 ; ;551;367;;;;82;49;729 10;g+cgg;102;102;;;;;204;10 2;agg+cga;41;;;;;;41; 4;carre ccc;82;;;;;;82;16 5;autres;20;;;;;;20; ;;245;102;;;;;347; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;ade;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;267;111;;378;26;44;28; 16;moyen;200;133;;333;324;33;33; 14;fort;133;156;;289;650;22;39; ; ;600;400;;45;729;27;18; 10;g+cgg;111;111;;222;10;42;; 2;agg+cga;44;;;44;;17;; 4;carre ccc;89;;;89;16;33;; 5;autres;22;;;22;;8;; ;;267;111;;378;;12;; </pre> ====delta, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#delta,_estimation_des_-rRNAs|delta, estimation des -rRNAs]] <pre> delta;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 19 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;19;90; ; ;;indices;;;;19;474;0;0;;delta1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;à faire;45 atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;45;acc;;aac;;agc;;;atc;237;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;;gca;44;gaa;;gga;;;gta;;gca;232;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;14;;14;;17;45 11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;65;3550;1.4;0;;indices;;;;65;3550;1.4;0;;delta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4500 atgi;97;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;97;tct;;tat;;atgf;149;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100 atc;6;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;243;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100 ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100 gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100 tta;108;tca;108;taa;;tga;86;;tta;108;tca;108;taa;3.1;tga;86;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100 ata;0.0;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100 gta;115;gca;2;gaa;180;gga;105;;gta;115;gca;234;gaa;180;gga;105;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100 ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1558;;1816;;1581;4954;;;;2026;;1821;;1581;5428;;;;1400;;1400;;1700;4500 rapports;;77;;100;;100;91;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;delta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;96;;fiches;57.737;;;fréquences;;;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;30 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1097;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;89;;;10;22;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;19;;;20;12;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;5;;;;ttc;18;tcc;8;tac;15;tgc;7 atc;3;acc;100;aac;100;agc;100;;delta1;45;;;40;3;;;;atc;100;acc;15;aac;18;agc;5 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;45;;;50;2;;;;ctc;22;ccc;6;cac;10;cgt;25 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;4;;;60;1;;;;gtc;0;gcc;24;gac;39;ggc;43 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;7;tca;7;taa;;tga;14 ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;2;aaa;15;aga;6 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par delta;;;;90;0;;;;cta;7;cca;5;caa;10;cga;35 gta;100;gca;1;gaa;100;gga;100;;est 22% en dessous;;;;100;3;;;;gta;13;gca;100;gaa;44;gga;5 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;6;tag;;tgg;10 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;11;acg;2;aag;15;agg;0 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;18;ccg;2;cag;12;cgg;8 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;17;gcg;22;gag;60;ggg;6 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;136;;284;;250;670 </pre> ====ade remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_remarques|ade remarques]] *code génétique ade <pre> ade;;;;;;;49 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ==epsilon== ===Arcobacter nitrofigilis DSM 7299=== ====ant opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_opérons|ant opérons]] *notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc. <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Arco_nitr_DSM_7299/arcoNitr_DSM7299-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_014166.1;ant;génome;;;;;;;;;; 28.4%GC;12.1.21 Paris;16s 4;55;;;;;;;cds dirigé;; Arcobacter nitrofigilis DSM 7299;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; ;167574..168434;;cds;;66;66;;;287;66;4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase;* ;168501..168577;;cga;@1;447;*447;;;;;; ;169025..169261;;cds;;;;;;79;;DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; ;237275..237622;;cds;;305;305;;;116;*305;nucleotide pyrophosphohydrolase;* ;237928..239444;;16s;;111;;;111;;;; ;239556..239632;;atc;;19;;19;;;;; ;239652..239727;;gca;;301;;;301;;;; ;240029..242945;;23s;;202;;;;;;; ;243148..243263;;5s;;354;354;;;;;; comp;243618..244301;;cds;;;;;;228;;bifunctional phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase/phosphoribosyl-ATP diphosphatase HisIE;* ;;;;;;;;;;;; comp;302333..303160;;cds;;155;155;;;276;;AraC family transcriptional regulator;* ;303316..303393;;cca;;10;;10;;;;; ;303404..303480;;cac;;16;;16;;;;; ;303497..303573;;aga;;61;;61;;;;; ;303635..303719;;cta;;96;;96;;;;; ;303816..303892;;atgf;;70;70;;;;70;; ;303963..304103;;cds;;;;;;47;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;316375..317343;;cds;;110;110;;;323;;glycine betaine/L-proline ABC transporter substrate-binding protein ProX";* ;317454..317530;;atgf;;109;109;;;;109;; ;317640..318416;;cds;;;;;;259;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;373519..375741;;cds;;120;120;;;*741;;PAS domain-containing protein;* ;375862..375937;;ttc;;5;;5;;;;; ;375943..376027;;tac;;65;65;;;;65;; ;376093..376725;;cds;;;;;;211;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;597419..598486;;cds;;47;47;;;356;47;class II fructose-bisphosphate aldolase;* ;598534..598618;;ttg;;208;208;;;;;; ;598827..600107;;cds;;;;;;427;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; comp;751446..752990;;cds;@2;73;73;;;515;;cache domain-containing protein;* comp;753064..753140;;gac;+;16;;16;;;;; comp;753157..753232;;gta;2 gac gta gaa;3;;3;;;;; comp;753236..753310;;gaa;2 aaa;31;;31;;;;; comp;753342..753417;;aaa;;8;;8;;;;; comp;753426..753502;;gac;;22;;22;;;;; comp;753525..753600;;gta;;3;;3;;;;; comp;753604..753678;;gaa;;42;;42;;;;; comp;753721..753796;;aaa;;40;40;;;;40;; comp;753837..754343;;cds;;;;;;169;;CinA family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;833388..833978;;cds;;142;142;;;197;;LemA family protein;* comp;834121..834204;;ctc;;93;93;;;;93;; comp;834298..836409;;cds;;;;;;*704;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1445917..1449822;;cds;;93;93;;;*1302;93;hemolysin-type calcium-binding region;* ;1449916..1449991;;gaa;;270;270;;;;;; ;1450262..1450510;;cds;;;;;;83;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;1615201..1615542;;cds;;29;29;;;114;29;hp; ;1615572..1615647;;gtc;;99;99;;;;;; ;1615747..1616595;;cds;;;;;;283;;universal stress protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1703617..1703835;;cds;;1;1;;;73;1;hp; comp;1703837..1703913;;atgf;;12;;12;;;;; comp;1703926..1704000;;caa;;117;117;;;;;; ;1704118..1705149;;cds;;;;;;344;;bifunctional 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase/GTP cyclohydrolase II;* ;;;;;;;;;;;; comp;2221719..2222525;;cds;+;242;242;;;269;;hp; comp;2222768..2222842;;aac;2 aac;33;;33;;;;; comp;2222876..2222950;;aac;;72;72;;;;72;; comp;2223023..2223931;;cds;@3;;;;;303;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2282678..2283442;;cds;;349;349;;;255;;oxidoreductase;* comp;2283792..2283880;;tcc;;81;;81;;;;; comp;2283962..2284038;;gga;;39;;39;;;;; comp;2284078..2284154;;atgi;;15;;15;;;;; comp;2284170..2284259;;agc;;102;102;;;;102;; comp;2284362..2285048;;cds;;;;;;229;;orotidine-5'-phosphate decarboxylase;* ;;;;;;;;;;;; ;2323802..2324866;;cds;@4;12;12;;;355;12;methyltransferase domain-containing protein;* comp;2324879..2324954;;acc;;167;;;167;;;; comp;2325122..2325237;;5s;;202;;;;;;; comp;2325440..2328356;;23s;;300;;;300;;;; comp;2328657..2328732;;gca;;19;;19;;;;; comp;2328752..2328828;;atc;;111;;;111;;;; comp;2328940..2330456;;16s;;378;378;;;;;; comp;2330835..2331530;;cds;;;;;;232;;5'-methylthioadenosine/adenosylhomocysteine nucleosidase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2581821..2582840;;cds;;192;192;;;340;;UDP-glucose 4-epimerase GalE;* comp;2583033..2583108;;tgc;;45;;45;;;;; comp;2583154..2583242;;tca;;16;;16;;;;; comp;2583259..2583345;;tta;;143;143;;;;*143;; ;2583489..2585177;;cds;;;;;;563;;dihydroxy-acid dehydratase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2637277..2637459;;cds;;81;81;;;61;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2637541..2637616;;tgg;;31;31;;;;31;; comp;2637648..2637815;;cds;;;;;;56;;50S ribosomal protein L33;* ;;;;;;;;;;;; comp;2637824..2639032;;cds;;240;240;;;403;;elongation factor Tu;* comp;2639273..2639349;;gga;;8;;8;;;;; comp;2639358..2639442;;tac;;69;;69;;;;; comp;2639512..2639588;;aca;;21;;21;;;;; comp;2639610..2639685;;ttc;;41;41;;;;41;; comp;2639727..2640881;;cds;;;;;;385;;UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine—D-glutamate ligase;* ;;;;;;;;;;;; ;2656033..2656263;;cds;;231;231;;;77;*231;transcriptional antiterminator Rof;* comp;2656495..2656610;;5s;;223;;;;;;; comp;2656834..2659750;;23s;;301;;;301;;;; comp;2660052..2660127;;gca;;19;;19;;;;; comp;2660147..2660223;;atc;;111;;;111;;;; comp;2660335..2661851;;16s;;292;292;;;;;; comp;2662144..2662782;;cds;;;;;;213;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;2693436..2695451;;cds;;95;95;;;*672;;dynamin family protein;* ;2695547..2695621;;caa;;16;;16;;;;; ;2695638..2695724;;tta;;7;;7;;;;; ;2695732..2695808;;gga;;14;;14;;;;; ;2695823..2695898;;aaa;;16;;16;;;;; ;2695915..2695991;;atgf;;14;;14;;;;; ;2696006..2696082;;atgj;;12;;12;;;;; ;2696095..2696171;;aca;;30;;30;;;;; ;2696202..2696290;;tca;;90;90;;;;90;; ;2696381..2696893;;cds;;;;;;171;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;3082950..3083174;;cds;;143;143;;;75;*143;CcoQ/FixQ family Cbb3-type cytochrome c oxidase assembly chaperone;* comp;3083318..3083393;;acc;;173;;;173;;;; comp;3083567..3083682;;5s;;202;;;;;;; comp;3083885..3086801;;23s;;273;;;273;;;; comp;3087075..3087150;;gca;;19;;19;;;;; comp;3087170..3087246;;atc;;111;;;111;;;; comp;3087358..3088874;;16s;;462;*462;;;;;; ;3089337..3090032;;cds;;;;;;232;;Bax inhibitor-1/YccA family protein;* </pre> ====ant cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_cumuls|ant cumuls]] *Notes: * pour les jaunes <pre> ant cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;4;1;0;;1;1;1;1;100;8 ;16 23 5s 0;;20;21;;50;6;20;1;200;5 ;16 atc gca;4;40;6;;100;11;40;3;300;12 ;16 23 5s a;;60;2;;150;8;60;2;400;7 ;max a;3;80;2;;200;2;80;4;500;2 ;a doubles;;100;2;;250;4;100;3;600;2 ;autres;;120;;4;300;2;120;2;700;*1 ;total aas;10;140;;0;350;2;140;0;800;*2 sans ;opérons;16;160;;0;400;2;160;*2;900;0 ;1 aa;7;180;;2;450;*1;180;0;1000;0 ;max a;8;200;;0;500;*1;200;0;1100;0 ;a doubles;2;;;4;;0;;*2;;*1 ;total aas;45;;33;10;;40;;20;;40 total aas;;55;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;25;196;;155;;89;;301 ;;;variance;22;88;;121;;73;;240 sans jaune;;;moyenne;;;;139;;60;;239 ;;;variance;;;;102;;33;;132 </pre> ====ant blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_blocs|ant blocs]] <pre> Blocs 16s ant;;;;;;;; cds;143;12;;cds;231;;cds;305 acc;173;167;;5s;223;;16s;111 5s;202;202;;23s;301;;atc;19 23s;273;300;;gca;19;;gca;301 gca;19;19;;atc;111;;23s;202 atc;111;111;;16s;292;;5s;354 16s;462;378;;cds;;;cds; cds;;;;;;;; </pre> ====ant remarques==== ====ant distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_distribution|ant distribution]] *Notes: atgf gaa ont chacun un 1aa le reste >1aa. aac est un double. <pre> distribution;ant;;;;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;4;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;38;7;;2;;8;55 ;;;;;;; ;;;;;;; distribution;ant;;;;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;4;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total ;24;;28;;3;;55 </pre> ====ant données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_données_intercalaires|ant données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ant;fx;fc;ant;fx40;fc40;ant;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;9;56;0;9;56;-1;0;164;66;155;CDS 16s;;;tRNA tRNA;; 1;0;10;82;479;1;11;109;-2;0;0;447;1;305;462;;10;;cca 1;0;20;52;230;2;16;54;-3;0;0;70;117;378;;;16;;cac ;1;30;35;74;3;3;56;-4;40;221;110;12;292;;;61;;aga ;2;40;17;53;4;7;24;-5;0;2;109;143;23s 5s;;;96;;cta ;2;50;15;63;5;11;22;-6;7;0;120;143;3* 202;;;**;;atgf ;0;60;18;73;6;8;18;-7;0;12;65;;223;;;5;;ttc ;3;70;19;83;7;7;14;-8;5;98;47;;5s CDS;;;**;;tac ;2;80;20;83;8;4;46;-9;3;0;208;;-;354;;16;;gac ;2;90;35;77;9;6;88;-10;1;7;73;;-;231;;3;;gta ;4;100;24;54;10;9;48;-11;3;46;40;;16s tRNA;;;31;;gaa ;3;110;32;40;11;5;43;-12;3;1;142;;4* 111;;atc;8;;aaa 1;1;120;25;51;12;7;45;-13;0;9;93;;tRNA 23s;;;22;;gac ;0;130;27;35;13;8;31;-14;1;34;93;;2* 301;;gca;3;;gta ;0;140;26;31;14;7;15;-15;3;0;270;;300;;gca;42;;gaa 2;1;150;19;29;15;2;19;-16;1;0;29;;273;;gca;**;;aaa 1;0;160;32;21;16;2;19;-17;2;24;99;;5s tRNA;;;12;;atgf ;0;170;9;11;17;3;12;-18;0;0;242;;167;;acc;**;;caa ;0;180;8;22;18;4;22;-19;0;2;72;;173;;acc;33;;aac ;0;190;19;11;19;10;16;-20;1;19;349;;tRNA tRNA;;intra;**;;aac ;1;200;11;15;20;4;8;-21;1;0;102;;4* 19;;atc gca;81;;tcc ;1;210;11;9;21;6;16;-22;0;0;192;;;;;39;;gga ;0;220;9;9;22;4;7;-23;0;9;81;;;;;15;;atgi ;0;230;3;10;23;5;6;-24;1;0;31;;;;;**;;agc ;1;240;6;10;24;2;4;-25;0;2;240;;;;;45;;tgc ;1;250;5;4;25;4;4;-26;1;5;41;;;;;16;;tca ;0;260;8;5;26;2;10;-27;2;0;95;;;;;**;;tta ;1;270;7;2;27;3;5;-28;0;0;90;;;;;8;;gga ;0;280;2;7;28;2;4;-29;1;7;;;;;;69;;tac ;0;290;3;2;29;4;12;-30;0;0;;;;;;21;;aca ;0;300;9;3;30;3;6;-31;0;1;;;;;;**;;ttc ;0;310;4;1;31;3;8;-32;1;5;;;;;;16;;caa ;0;320;1;2;32;1;1;-33;0;0;;;;;;7;;tta ;0;330;3;4;33;2;8;-34;0;0;;;;;;14;;gga ;0;340;0;4;34;1;5;-35;1;2;;;;;;16;;aaa ;1;350;1;1;35;2;5;-36;0;0;;;;;;14;;atgf ;0;360;0;3;36;1;5;-37;0;0;;;;;;12;;atgj ;0;370;1;1;37;1;6;-38;1;3;;;;;;30;;aca ;0;380;1;0;38;2;4;-39;0;0;;;;;;**;;tca ;0;390;1;3;39;2;7;-40;0;0;;;;;;;; ;0;400;1;1;40;2;4;-41;1;0;;;;;;;; ;1;reste;21;30;reste;436;810;-42;0;0;;;;;;;; 6;28;total;631;1702;total;631;1702;-43;1;0;;;;;;;; 6;27;diagr;601;1616;diagr;186;836;-44;0;0;;;;;;;; 2;1; t30;169;783;;;;-45;0;0;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;; ;x;622;83;9;714;;;-49;1;0;;;;;;;; ;c;1646;679;56;2381;;;-50;0;0;;;;;;;; ;;;;;3095;95;;reste;1;6;;;;;;;; ;;;;;;3190;;total;83;679;;;;;;;; </pre> =====ant autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires_aas|ant autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;ant;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;167574;66;; ;tRNA;168501;447;;cga fin;CDS;169025;;; deb;CDS;237275;305;; 16s;rRNA;237928;111;; ;tRNA;239556;19;;atc ;tRNA;239652;301;;gca 23s;rRNA;240029;202;; 5s;rRNA;243148;354;; fin;CDS;243618;;comp; deb;CDS;302333;155;comp; ;tRNA;303316;10;;cca ;tRNA;303404;16;;cac ;tRNA;303497;61;;aga ;tRNA;303635;96;;cta ;tRNA;303816;70;;atgf fin;CDS;303963;;; deb;CDS;316375;110;; ;tRNA;317454;109;;atgf fin;CDS;317640;;; deb;CDS;373519;120;; ;tRNA;375862;5;;ttc ;tRNA;375943;65;;tac fin;CDS;376093;;; deb;CDS;597419;47;; ;tRNA;598534;208;;ttg fin;CDS;598827;;; deb;CDS;751446;73;comp; ;tRNA;753064;16;comp;gac ;tRNA;753157;3;comp;gta ;tRNA;753236;31;comp;gaa ;tRNA;753342;8;comp;aaa ;tRNA;753426;22;comp;gac ;tRNA;753525;3;comp;gta ;tRNA;753604;42;comp;gaa ;tRNA;753721;40;comp;aaa fin;CDS;753837;;comp; deb;CDS;833388;142;comp; ;tRNA;834121;93;comp;ctc fin;CDS;834298;;comp; deb;CDS;1445917;93;; ;tRNA;1449916;270;;gaa fin;CDS;1450262;;; deb;CDS;1615201;29;; ;tRNA;1615572;99;;gtc fin;CDS;1615747;;; deb;CDS;1703617;1;; ;tRNA;1703837;12;comp;atgf ;tRNA;1703926;117;comp;caa fin;CDS;1704118;;; deb;CDS;1907982;-5;; ;ncRNA;1908268;28;comp; fin;CDS;1908619;;comp; deb;CDS;2221719;242;comp; ;tRNA;2222768;33;comp;aac ;tRNA;2222876;72;comp;aac fin;CDS;2223023;;comp; deb;CDS;2282678;349;comp; ;tRNA;2283792;81;comp;tcc ;tRNA;2283962;39;comp;gga ;tRNA;2284078;15;comp;atgi ;tRNA;2284170;102;comp;agc fin;CDS;2284362;;comp; deb;CDS;2323802;12;; ;tRNA;2324879;167;comp;acc 5s;rRNA;2325122;202;comp; 23s;rRNA;2325440;300;comp; ;tRNA;2328657;19;comp;gca ;tRNA;2328752;111;comp;atc 16s;rRNA;2328940;378;comp; fin;CDS;2330835;;comp; deb;CDS;2425110;353;; ;tmRNA;2427398;181;comp; fin;CDS;2427974;;comp; deb;CDS;2581821;192;comp; ;tRNA;2583033;45;comp;tgc ;tRNA;2583154;16;comp;tca ;tRNA;2583259;143;comp;tta fin;CDS;2583489;;; deb;CDS;2637277;81;comp; ;tRNA;2637541;31;comp;tgg fin;CDS;2637648;;comp; deb;CDS;2637824;240;comp; ;tRNA;2639273;8;comp;gga ;tRNA;2639358;69;comp;tac ;tRNA;2639512;21;comp;aca ;tRNA;2639610;41;comp;ttc fin;CDS;2639727;;comp; deb;CDS;2656033;231;; 5s;rRNA;2656495;223;comp; 23s;rRNA;2656834;301;comp; ;tRNA;2660052;19;comp;gca ;tRNA;2660147;111;comp;atc 16s;rRNA;2660335;292;comp; fin;CDS;2662144;;comp; deb;CDS;2693436;95;; ;tRNA;2695547;16;;caa ;tRNA;2695638;7;;tta ;tRNA;2695732;14;;gga ;tRNA;2695823;16;;aaa ;tRNA;2695915;14;;atgf ;tRNA;2696006;12;;atgj ;tRNA;2696095;30;;aca ;tRNA;2696202;90;;tca fin;CDS;2696381;;; deb;CDS;2739487;88;comp; ;Regulatory;2740208;48;comp; fin;CDS;2740399;;comp; deb;CDS;2825449;163;; ;repeat_region;2825927;233;; fin;CDS;2827303;;; deb;CDS;3082950;143;; ;tRNA;3083318;173;comp;acc 5s;rRNA;3083567;202;comp; 23s;rRNA;3083885;273;comp; ;tRNA;3087075;19;comp;gca ;tRNA;3087170;111;comp;atc 16s;rRNA;3087358;462;comp; fin;CDS;3089337;;; </pre> ====ant intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_entre_cds|ant intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> ant;5.2.21 Paris;;ant 24.9.20;;;;;;; ant;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5 ;'''négatif;762;24.6;'''négatif ;-8;9;-1 à -79;'''3 192 235;-1;762 ;'''zéro;65;2.1;;;;;'''intercals;0;65 ;'''1 à 200;2060;66.6;'''0 à 200;56;54;;'''192 251;5;313 ;'''201 à 370;150;4.8;'''201 à 370;258;43;;'''6.0%;10;248 ;'''371 à 600;33;1.1;'''371 à 600;470;68;;;15;182 ;'''601 à max;25;0.8;'''601 à 1028;769;128;;;20;100 ;'''total 3095;<201;93.3;'''total 3094;60;105;-79 à 1028;;25;58 adresse;intercalx;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;Cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;51 184238;1181;-1;762;-70;2;;0;65;35;36 2384649;1028;0;65;-60;1;;-1;°164;40;34 710835;984;1;°120;-50;4;;-2;0;45;33 982825;947;2;70;-40;3;;-3;0;50;45 3045330;924;3;59;-30;14;'''min à -1;-4;°261;55;47 1534263;916;4;31;-20;49;762;-5;2;60;44 2391806;863;5;°33;-10;137;24.6%;-6;7;65;60 269108;850;6;26;0;617;;-7;12;70;42 1454453;848;7;21;10;561;;-8;°103;75;54 1174364;789;8;50;20;282;;-9;3;80;49 1115863;783;9;°94;30;109;;-10;8;85;56 2054584;776;10;57;40;70;'''1 à 100;-11;°49;90;56 2920637;773;11;48;50;78;1586;-12;4;95;31 1754154;772;12;°52;60;91;51.2%;-13;9;100;47 997474;739;13;39;70;102;;-14;°35;105;38 1906747;712;14;22;80;103;;-15;3;110;34 1172194;702;15;°21;90;112;;-16;1;115;45 606029;672;16;21;100;78;;-17;°26;120;31 1071807;649;17;15;110;72;;-18;0;125;35 1204569;642;18;°26;120;76;;-19;2;130;27 792914;628;19;26;130;62;;-20;°20;135;33 2100174;625;20;12;140;57;;-21;1;140;24 949485;617;21;°22;150;48;;-22;0;145;24 2733159;613;22;11;160;53;;-23;°9;150;24 2042643;612;23;11;170;20;'''1 à 200;-24;1;155;21 2270147;596;24;6;180;30;2060;-25;2;160;32 3006396;587;25;8;190;30;66.6%;-26;°6;165;16 2176130;583;26;°12;200;26;;-27;2;170;4 27717;575;27;8;210;20;;-28;0;175;15 1024897;562;28;6;220;18;;-29;°8;180;15 715253;551;29;°16;230;13;;-30;0;185;15 2128182;532;30;9;240;16;;-31;1;190;15 1829788;526;31;°11;250;9;;-32;°6;195;14 1763296;520;32;2;260;13;'''0 à 200;;810;200;12 ;;33;°10;270;9;2125;reste;17;205;11 ;;34;6;280;9;;total;827;210;9 ;;35;7;290;5;;;;215;10 ;;36;6;300;12;;'''intercal;<u>'''frequencef;220;8 ;;37;7;310;5;;600;3070;225;5 ;;38;6;320;3;;620;3;230;8 ;;39;°9;330;7;;640;2;235;6 ;;40;6;340;4;'''201 à 370;660;2;240;10 ;;;1246;350;2;150;680;1;245;6 ;;;3095;360;3;4.8%;700;;250;3 ;;;;370;2;;720;2;255;7 ;;;;380;1;;740;1;260;6 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;4;;760;;265;5 3067823;-79;comp;;400;2;;780;3;270;4 2531271;-71;shift2;1430;410;3;;800;2;275;5 1382616;-65;shift2;248;420;1;;820;;280;4 1058996;-59;shift2;389;430;0;;840;;285;3 2237436;-56;shift2;872;440;0;;860;2;290;2 641645;-55;shift2;861;450;3;;880;1;295;5 1374304;-53;shift2;1223;460;4;;900;;300;7 3090072;-49;;;470;0;;920;1;305;1 542837;-43;;;480;1;;940;1;310;4 2236436;-41;;;490;1;;960;1;315;3 907463;-38;;;500;1;;980;;320;0 984116;-38;;;510;2;;1000;1;325;3 1476725;-38;;;520;2;;1020;;330;4 1904926;-38;;;530;1;;1040;1;335;3 1716281;-35;;;540;1;'''371 à 600;;24;340;1 2233985;-35;;;550;0;33;;;345;0 3184884;-35;;;560;1;1.1%;;;350;2 531215;-32;;;570;1;;;;355;2 642505;-32;;;580;1;'''601 à max;;;360;1 1843228;-32;;;590;2;25;;;365;1 2546649;-32;;;600;1;0.8%;;;370;1 2808157;-32;;;reste;25;;reste;1;reste;58 3127986;-32;;;total;3095;;total;3095;total;3095 </pre> ====ant intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ant;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-25;209;-664;88;680;279;min40;-135;1021;-2424;183;664;252;min40 31 à 400;60;-400;637;9.8;785;222;2 parties;4.8;28;-332;62;888;-194;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;183;63;-;609;poly;70;SF;262;79;-;358;poly;306;SF 31 à 400;132;48;-;673;poly;112;tF;130;43;-;746;poly;142;tF ;;;;;;;;;;;;;; ant. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;0.038;0.255;0.669;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.575;;;;; ;0.730;0.271;0.538;;;;;;;;;;;; ;0.876;0.892;0.886;;;;;;;;;;;; ant;fx;fc;;ant;fx%;fc%;;fre;fx40;fc40;;x;ant;comp’;continu 0;9;56;;0;15;35;;0;9;56;>0;622;-1;0;164 10;82;479;;10;136;296;;1;11;109;<0;83;-2;0;0 20;52;230;;20;87;142;;2;16;54;zéro;9;-3;0;0 30;35;74;;30;58;46;;3;3;56;total;714;-4;40;221 40;17;53;;40;28;33;;4;7;24;;c;-5;0;2 50;15;63;;50;25;39;;5;11;22;>0;1646;-6;7;0 60;18;73;;60;30;45;;6;8;18;<0;679;-7;0;12 70;19;83;;70;32;51;;7;7;14;zéro;56;-8;5;98 80;20;83;;80;33;51;;8;4;46;total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reste;21;30;;;;;;reste;436;810;;;-42;0;0 total;631;1702;;t30;281;485;;total;631;1702;;;-43;1;0 diagr;601;1616;;t60;364;601;;diagr;186;836;;;-44;0;0 - t30;432;833;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;382;644;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;;total;83;679 </pre> ====ant intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_négatifs_S-|ant intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;; comp’;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83;1 continu;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679;6 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total Sx-;;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83 Sc-;;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679 </pre> ====ant autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires|ant autres intercalaires]] <pre> ant;autres intercalaires;;adresses1;;;ant;autres intercalaires;;adresses2;;;ant;autres intercalaires;;adresses3; deb;°CDS;167574;66;;;deb;°CDS;1445917;93;;;deb;°CDS;2637277;81;comp ;&tRNA;168501;447;;;;&tRNA;1449916;270;;;;&tRNA;2637541;31;comp fin;°CDS;169025;;;;fin;°CDS;1450262;;;;fin;°CDS;2637648;;comp deb;°CDS;237275;305;;;deb;°CDS;1615201;29;;;deb;°CDS;2637824;240;comp ;$rRNA;237928;111;;;;&tRNA;1615572;99;;;;&tRNA;2639273;8;comp ;&tRNA;239556;19;;;fin;°CDS;1615747;;;;;&tRNA;2639358;69;comp ;&tRNA;239652;301;;;deb;°CDS;1703617;1;;;;&tRNA;2639512;21;comp ;$rRNA;240029;202;;;;&tRNA;1703837;12;comp;;;&tRNA;2639610;41;comp ;$rRNA;243148;354;;;;&tRNA;1703926;117;comp;;fin;°CDS;2639727;;comp fin;°CDS;243618;;comp;;fin;°CDS;1704118;;;;deb;°CDS;2656033;231; deb;°CDS;302333;155;comp;;deb;°CDS;1907982;-5;;;;$rRNA;2656495;223;comp ;&tRNA;303316;10;;;;ncRNA;1908268;28;comp;;;$rRNA;2656834;301;comp ;&tRNA;303404;16;;;fin;°CDS;1908619;;comp;;;&tRNA;2660052;19;comp ;&tRNA;303497;61;;;deb;°CDS;2221719;242;comp;;;&tRNA;2660147;111;comp ;&tRNA;303635;96;;;;&tRNA;2222768;33;comp;;;$rRNA;2660335;292;comp ;&tRNA;303816;70;;;;&tRNA;2222876;72;comp;;fin;°CDS;2662144;;comp fin;°CDS;303963;;;;fin;°CDS;2223023;;comp;;deb;°CDS;2693436;95; deb;°CDS;316375;110;;;deb;°CDS;2282678;349;comp;;;&tRNA;2695547;16; ;&tRNA;317454;109;;;;&tRNA;2283792;81;comp;;;&tRNA;2695638;7; fin;°CDS;317640;;;;;&tRNA;2283962;39;comp;;;&tRNA;2695732;14; deb;°CDS;373519;120;;;;&tRNA;2284078;15;comp;;;&tRNA;2695823;16; ;&tRNA;375862;5;;;;&tRNA;2284170;102;comp;;;&tRNA;2695915;14; ;&tRNA;375943;65;;;fin;°CDS;2284362;;comp;;;&tRNA;2696006;12; fin;°CDS;376093;;;;deb;°CDS;2323802;12;;;;&tRNA;2696095;30; deb;°CDS;597419;47;;;;&tRNA;2324879;167;comp;;;&tRNA;2696202;90; ;&tRNA;598534;208;;;;$rRNA;2325122;202;comp;;fin;°CDS;2696381;; fin;°CDS;598827;;;;;$rRNA;2325440;300;comp;;deb;°CDS;2739487;88;comp deb;°CDS;751446;73;comp;;;&tRNA;2328657;19;comp;;;Regulatory;2740208;48;comp ;&tRNA;753064;16;comp;;;&tRNA;2328752;111;comp;;fin;°CDS;2740399;;comp ;&tRNA;753157;3;comp;;;$rRNA;2328940;378;comp;;deb;°CDS;2825449;163; ;&tRNA;753236;31;comp;;fin;°CDS;2330835;;comp;;;repeat_region;2825927;233; ;&tRNA;753342;8;comp;;deb;°CDS;2425110;353;;;fin;°CDS;2827303;; ;&tRNA;753426;22;comp;;;tmRNA;2427398;181;comp;;deb;°CDS;3082950;143; ;&tRNA;753525;3;comp;;fin;°CDS;2427974;;comp;;;&tRNA;3083318;173;comp ;&tRNA;753604;42;comp;;deb;°CDS;2581821;192;comp;;;$rRNA;3083567;202;comp ;&tRNA;753721;40;comp;;;&tRNA;2583033;45;comp;;;$rRNA;3083885;273;comp fin;°CDS;753837;;comp;;;&tRNA;2583154;16;comp;;;&tRNA;3087075;19;comp deb;°CDS;833388;142;comp;;;&tRNA;2583259;143;comp;;;&tRNA;3087170;111;comp ;&tRNA;834121;93;comp;;fin;°CDS;2583489;;;;;$rRNA;3087358;462;comp fin;°CDS;834298;;comp;;;;;;;;fin;°CDS;3089337;; </pre> ====ant intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_tRNA|ant intercalaires tRNA]] <pre> ant ;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;66;;447;;29;31;'''deb; ;10 16 61 96;comp’;155;;70;;47;40;<201;11 ;;;110;;109;;66;41;total;14 ;5;;120;;65;;73;65;taux;79% ;;;47;;208;;81;70;'''fin; ;16 3 31 8 22 3 42;;73;;40;;93;73;<201;12 ;;;142;;93;;95;90;total;15 ;;;93;;270;;110;93;taux;80% ;;;29;;99;;120;99;'''total; ;12;comp’;1;;117;;142;102;<201;23 ;33;;242;;73;;192;109;total;29 ;81 39 15;;349;;102;;240;117;taux;79% ;;comp’;12;;;;242;208;; ;45 16;;192;comp’;143;;349;270;; ;;;81;;31;;'''-;447;'''comp’;'''cumuls ;8 69 21;;240;;41;;1;143;'''deb;100% ;16 7 14 16 14 12 30;;95;;90;;12;-;'''fin;100% ;;comp’;143;;;;143;-;'''total;100% ;;;;;;;155;-;; ;;;;;;;;;; comp’+continu;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;15;13;28;;;;;;; total;18;16;34;;;;;;; %;83%;81%;82%;;;;;;; </pre> ====ant par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_par_rapport_au_groupe_de_référence|ant par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;ant;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;3;;;;;;3; 16;moyen;2;12;;;2;8;24; 14;fort;2;24;2;;;;28; ; ;7;36;2;0;2;8;55; 10;g+cga;1;;;;;;1; 2;agg+cgg;;;;;;;0; 4;carre ccc;2;;;;;;2; 5;autres;;;;;;;0; ;;3;0;0;0;0;0;3; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;55;;;;;;55;26 16;moyen;36;218;0;;36;145;436;324 14;fort;36;436;36;;;;509;650 ;;127;655;36;0;36;145;55;729 10;g+cga;18;;;;;;18;10 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;36;;;;;;36;16 5;autres;;;;;;;; ;;55;0;0;0;0;0;55; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;67;;;67;26;;0; 16;moyen;44;267;;311;324;;33; 14;fort;44;533;44;622;650;;67; ;;156;800;44;45;729;;36; 10;g+cga;22;;;22;10;;; 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;44;;;44;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;67;;;67;;;; </pre> ====epsilon, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#epsilon,_estimation_des_-rRNAs|epsilon, estimation des -rRNAs]] <pre> epsilon;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 40 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;40;187; ; ;;indices;;;;40;468;0;0;;epsi1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;45 atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;3;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;80;acc;3;aac;3;agc;;;atc;200;acc;8;aac;8;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;89;gaa;;gga;;;gta;5;gca;223;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;3 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;172;;13;;2;187;;;;430;;33;;5;468;;;;14;;28;;3;45 11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;161;6531;0;0;;indices;;;;161;6531;0;0;;epsi1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4500 atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;104;;atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;106;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;400 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;95;;ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;200;tcc;100;tac;200;tgc;100 atc;-9;acc;92;aac;105;agc;101;;atc;191;acc;99;aac;112;agc;101;;atc;;acc;;aac;200;agc;100 ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt; gtc;98;gcc;95;gac;134;ggc;140;;gtc;98;gcc;95;gac;139;ggc;140;;gtc;100;gcc;;gac;200;ggc; tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;200;tca;200;taa;;tga; ata;0.0;aca;108;aaa;143;aga;124;;ata;;aca;108;aaa;150;aga;124;;ata;;aca;200;aaa;300;aga;100 cta;101;cca;99;caa;109;cga;100;;cta;101;cca;101;caa;109;cga;100;;cta;100;cca;200;caa;100;cga;100 gta;134;gca;-24;gaa;173;gga;111;;gta;139;gca;199;gaa;173;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;300;gga;300 ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;100 atgj;98;acg;1.9;aag;6.5;agg;96;;atgj;98;acg;1.9;aag;9.0;agg;96;;atgj;100;acg;;aag;;agg; ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;23;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;25;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1287;;1663;;641;3591;;;;1717;;1695;;646;4058;;;;1400;;2800;;300;4500 rapports;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;epsi1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;98;;fiches;39.7;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;74 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1588;;;0/0;4;cgt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;avec;188;;;10;13;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;40;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;0;;;;ttc;47;tcc;3;tac;49;tgc;1 atc;-5;acc;92;aac;93;agc;100;;epsi1;45;;;40;2;;;;atc;100;acc;100;aac;48;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;45;;;50;7;23;;;ctc;1;ccc;100;cac;0;cgt; gtc;100;gcc;100;gac;96;ggc;100;;avec;10;;;60;2;;;;gtc;2;gcc;100;gac;33;ggc;100 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;48;tca;50;taa;;tga;100 ata;;aca;100;aaa;95;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;;aca;46;aaa;53;aga;19 cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par epsilon;;;;90;0;;;;cta;1;cca;51;caa;8;cga;0 gta;96;gca;-12;gaa;100;gga;100;;est 13% au dessu;;;;100;18;;;;gta;33;gca;100;gaa;42;gga;63 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;;tgg;0 atgj;100;acg;100;aag;72;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;2;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;;gcg;;gag;90;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100 ;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;127;;546;;3;676 </pre> ===pub=== ====pub opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_opérons|pub opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Cand_Pela_ubique_HTCC1062/candPela_UBIQUE_HTCC1062-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007205.1;ant;génome;;;;;;;;;; 29.2%GC;30.1.21 Paris;16s 1;31;;;;;;;cds dirigé;; Pelagibacter ubique;;;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; ;41060..41653;;cds;;20;20;;;198;;ABC transporter substrate-binding protein;* comp;41674..41750;;atgi;;66;;66;;;;; comp;41817..41891;;gtc;;8;8;;;;8;; comp;41900..43723;;cds;;;;;;*608;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;; comp;114873..116147;;cds;;3;3;;;425;3;CCA tRNA nucleotidyltransferase;* comp;116151..116224;;caa;;32;32;;;;;; comp;116257..117102;;cds;;;;;;282;;4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol kinase;* ;;;;;;;;;;;; comp;319204..319548;;cds;;22;22;;;115;22;4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase;* comp;319571..319645;;ggc;;97;97;;;;;; ;319743..320384;;cds;;;;;;214;;LON peptidase substrate-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;407852..408448;;cds;;68;68;;;199;;DedA family protein;* ;408517..408601;;ttg;;7;7;;;;7;; ;408609..410315;;cds;;;;;;*569;;AMP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;414886..415407;;cds;;26;26;;;174;26;PaaI family thioesterase;* comp;415434..415510;;cgt;;75;75;;;;;; ;415586..416773;;cds;;;;;;396;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;438405..440213;;cds;;2;2;;;*603;2;elongation factor 4;* ;440216..440305;;tcc;;5;5;;;;5;; comp;440311..441081;;cds;;;;;;257;;FkbM family methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;461643..462362;;cds;;2;2;;;240;2;VTT domain-containing protein;* comp;462365..462438;;acc;;101;101;;;;;; ;462540..462737;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;; ;466335..466550;;cds;;5;5;;;72;5;translation initiation factor IF-1;* ;466556..466631;;ttc;;88;88;;;;;; ;466720..466932;;cds;;235;235;;;71;;cold-shock protein;* ;467168..467242;;cac;;5;5;;;;5;; ;467248..468645;;cds;;;;;;466;;histidine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; comp;509729..511027;;cds;;330;*330;;;433;*330;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;511358..512832;;16s;@1;98;;;;;;; ;512931..513007;;atc;;9;;;9;;;; ;513017..513092;;gca;;149;;;;;;; ;513242..515995;;23s;;446;*446;;;;;; ;516442..516975;;cds;;46625;;;;178;;WbuC family cupin fold metalloprotein;* ;;;;;;;;;;;; ;563601..564479;;cds;;52;52;;;293;;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;* ;564532..564646;;5s;;13;13;;;;13;; ;564660..564785;;cds;;;;;;42;;type B 50S ribosomal protein L36;* ;;;;;;;;;;;; ;567715..568413;;cds;;18;18;;;233;;transaldolase;* comp;568432..568508;;atgf;;6;6;;;;6;; comp;568515..568709;;cds;;;;;;65;;30S ribosomal protein S21;* ;;;;;;;;;;;; comp;593396..594376;;cds;;23;23;;;327;;RluA family pseudouridine synthase;* ;594400..594476;;cga;@2;16;16;;;;16;; comp;594493..595425;;cds;;;;;;311;;threonylcarbamoyl-AMP synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;842772..843023;;cds;;101;101;;;84;;DUF1289 domain-containing protein;* ;843125..843209;;cta;;16;16;;;;16;; ;843226..844659;;cds;;;;;;478;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;; ;846722..849106;;cds;;49;49;;;*795;49;endopeptidase La;* ;849156..849231;;gta;;13;;13;;;;; ;849245..849321;;gac;;88;88;;;;;; ;849410..849778;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;; ;934654..936063;;cds;;31;31;;;470;31;potassium transporter Trk;* ;936095..936171;;aga;;170;170;;;;;; ;936342..937382;;cds;;;;;;347;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; ;941232..942389;;cds;;19;19;;;386;19;hp;* comp;942409..942484;;aac;;52;;52;;;;; comp;942537..942610;;tgc;;128;128;;;;;; ;942739..945366;;cds;;;;;;*876;;valine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; ;970015..971127;;cds;;200;200;;;371;;tRNA guanosine(34) transglycosylase Tgt;* ;971328..971403;;aaa;;20;20;;;;20;; comp;971424..972251;;cds;;;;;;276;;M48 family metallopeptidase;* ;;;;;;;;;;;; ;975062..975328;;cds;;0;0;;;89;0;succinate dehydrogenase assembly factor 2;* comp;975329..975418;;tca;;92;92;;;;;; ;975511..976392;;cds;;;;;;294;;EamA family transporter RarD;* ;;;;;;;;;;;; comp;985615..986127;;cds;;93;93;;;171;;zinc-ribbon domain-containing protein;* ;986221..986297;;cca;;4;4;;;;4;; ;986302..986583;;cds;;;;;;94;;ETC complex I subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;988522..990216;;cds;;50;50;;;*565;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;990267..990341;;gaa;;23;23;;;;23;; ;990365..990598;;cds;;;;;;78;;GIY-YIG nuclease family protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1029539..1031752;;cds;;0;0;;;*738;0;lytic transglycosylase domain-containing protein;* comp;1031753..1031844;;agc;;68;68;;;;;; ;1031913..1033166;;cds;;;;;;418;;sarcosine oxidase subunit beta family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1085222..1085413;;cds;;19;19;;;64;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;1085433..1085508;;tgg;;7;7;;;;7;; comp;1085516..1086706;;cds;;47;47;;;397;47;elongation factor Tu;* comp;1086754..1086827;;gga;;46;;46;;;;; comp;1086874..1086959;;tac;;131;131;;;;;; ;1087091..1087834;;cds;;33;33;;;248;33;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;1087868..1087943;;aca;;4;4;;;;4;; comp;1087948..1088727;;cds;;4;4;;;260;4;NAD kinase;* comp;1088732..1088816;;tta;;79;79;;;;;; comp;1088896..1089312;;cds;;;;;;139;;Gamma-glutamylcyclotransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;1165696..1166454;;cds;;141;141;;;253;;pilin;* comp;1166596..1166672;;atgj;;64;64;;;;64;; comp;1166737..1166964;;cds;;;;;;76;;hp;* </pre> ====pub cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_cumuls|pub cumuls]] <pre> pub cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;2;100;11 ;16 atcgca 23;1;20;1;1;50;31;20;18;200;8 ;16 atc23s5s;;40;;;100;11;40;5;300;11 ;16gca23s5s;;60;2;;150;5;60;2;400;7 ;max a;2;80;1;;200;2;80;1;500;6 ;a doubles;;100;;;250;1;100;;600;2 ;autres;;120;;;300;;120;;700;2 ;total aas;2;140;;;350;1;140;;800;2 sans ;opérons;25;160;;;400;;160;;900;1 ;1 aa;21;180;;;450;1;180;;1000; ;max a;2;200;;;500;;200;;1100; ;a doubles;0;;;;;;;1;; ;total aas;29;;4;1;;54;;29;;50 total aas;;31;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;44;9;;63;;27;;299 ;;;variance;22;0;;85;;61;;203 sans jaune;;;moyenne;;;;50;;16;;237 ;;;variance;;;;55;;16;;134 </pre> ====pub blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_blocs|pub blocs]] <pre> Blocs 16s pub;;;; cds;330;433;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* 16s;98;1475;; atc;9;77;; gca;149;76;; 23s;446;2754;; cds;46625;178;WbuC family cupin fold metalloprotein;* ;;;; cds;52;293;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;* 5s;13;115;; cds;;42;type B 50S ribosomal protein L36;* </pre> ====pub distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_distribution|pub distribution]] <pre> distribution;pub;;;;;;31 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;8;21;;;;2;31 ;;1aa;1;11;9;; ;;>1aa;1;2;5;; distribution;scc;;min;inter;max;;29 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total ;13;;14;;2;;29 </pre> ====pub données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_données_intercalaires|pub données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;pub;fx;fc;pub;fx40;fc40;pub;x-;c-;c;x;c;x;aa 2;0;0;13;58;0;13;58;-1;0;152;8;20;CDS 16s;; 3;10;10;39;256;1;4;52;-2;3;0;3;97;;330; 5;2;20;15;51;2;11;58;-3;0;0;32;68;23s CDS;; 1;3;30;15;30;3;6;37;-4;44;79;22;75;446;; ;3;40;19;30;4;5;25;-5;0;1;7;5;5s CDS;; ;3;50;17;32;5;4;26;-6;2;0;26;2;52;; ;0;60;19;29;6;2;13;-7;1;2;2;101;13;; 2;1;70;10;18;7;3;12;-8;14;42;5;18;16s tRNA;; 1;1;80;15;15;8;2;13;-9;7;0;88;23;98;; ;2;90;6;18;9;2;12;-10;0;2;235;16;tRNA 23s;; 3;0;100;7;9;10;0;8;-11;5;30;5;101;149;; 2;0;110;5;7;11;3;5;-12;4;0;6;19;tRNA tRNA;;intra ;0;120;9;8;12;0;7;-13;1;2;16;128;9;;atc gca 1;0;130;7;6;13;0;6;-14;2;18;49;20;tRNA tRNA;; 1;0;140;4;6;14;2;10;-15;0;0;88;0;66;;atgi 1;0;150;3;3;15;0;2;-16;0;2;31;92;**;;gtc ;0;160;6;1;16;2;3;-17;1;9;170;93;13;;gta ;1;170;3;2;17;3;3;-18;2;0;200;0;**;;gac ;0;180;2;3;18;2;6;-19;0;1;4;68;52;;aac ;0;190;1;6;19;0;4;-20;3;10;50;131;**;;tgc ;1;200;4;1;20;3;5;-21;0;0;23;4;46;;gga ;0;210;1;1;21;5;4;-22;0;1;19;141;**;;tac ;0;220;2;1;22;1;4;-23;1;5;7;;;; ;0;230;1;2;23;0;3;-24;3;0;47;;;; ;1;240;1;0;24;3;5;-25;0;1;33;;;; ;0;250;0;1;25;2;2;-26;0;3;4;;;; ;0;260;1;0;26;0;3;-27;0;0;79;;;; ;0;270;1;0;27;2;2;-28;0;1;64;;;; ;0;280;0;1;28;2;2;-29;0;1;;;;; ;0;290;1;0;29;0;3;-30;1;0;;;;; ;0;300;0;0;30;0;2;-31;0;1;;;;; ;0;310;1;0;31;0;3;-32;0;1;;;;; ;0;320;0;2;32;3;5;-33;0;0;;;;; ;0;330;0;0;33;4;1;-34;0;1;;;;; ;0;340;1;0;34;0;2;-35;0;2;;;;; ;0;350;0;0;35;4;4;-36;0;0;;;;; ;0;360;1;0;36;3;4;-37;0;0;;;;; ;0;370;0;0;37;2;3;-38;0;2;;;;; ;0;380;0;0;38;1;1;-39;0;0;;;;; ;0;390;0;0;39;2;4;-40;0;0;;;;; ;0;400;0;0;40;0;3;-41;0;2;;;;; ;0;reste;4;4;reste;135;175;-42;0;0;;;;; 22;28;total;234;601;total;236;600;-43;1;0;;;;; 20;28;diagr;217;539;diagr;88;367;-44;0;1;;;;; 9;15; t30;69;337;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;221;95;13;329;;;-49;0;0;;;;; ;c;543;377;58;978;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1307;79;;reste;0;3;;;;; ;;;;;;1386;;total;95;377;;;;; </pre> =====pub autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires_aas|pub autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pub;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;9267;10214;4;*; ;;tmRNA;10219;10520;-2;*; fin;comp;CDS;10519;10890;;0; deb;comp;CDS;38328;38795;255;*; ;comp;ncRNA;39051;39405;42;*; fin;comp;CDS;39448;40191;;; deb;;CDS;41060;41653;20;*; ;comp;tRNA;41674;41750;66;*;atgi ;comp;tRNA;41817;41891;8;*;gtc fin;comp;CDS;41900;43723;;; deb;comp;CDS;114873;116147;3;*; ;comp;tRNA;116151;116224;32;*;caa fin;comp;CDS;116257;117102;;0; deb;comp;CDS;319204;319548;22;*; ;comp;tRNA;319571;319645;97;*;ggc fin;;CDS;319743;320384;;0; deb;comp;CDS;407852;408448;68;*; ;;tRNA;408517;408601;7;*;ttg fin;;CDS;408609;410315;;; deb;comp;CDS;414886;415407;26;*; ;comp;tRNA;415434;415510;75;*;cgt fin;;CDS;415586;416773;;; deb;;CDS;438405;440213;2;*; ;;tRNA;440216;440305;5;*;tcc fin;comp;CDS;440311;441081;;; deb;;CDS;461643;462362;2;*; ;comp;tRNA;462365;462438;101;*;acc fin;;CDS;462540;462737;;; deb;;CDS;466335;466550;5;*; ;;tRNA;466556;466631;88;*;ttc deb;;CDS;466720;466932;235;*; ;;tRNA;467168;467242;5;*;cac fin;;CDS;467248;468645;;; deb;comp;CDS;496262;498457;70;*; ;comp;regulatory;498528;498615;91;*; fin;;CDS;498707;499813;;1; deb;comp;CDS;509729;511027;330;*; ;;rRNA;511358;512832;98;*;1475 ;;tRNA;512931;513007;9;*;atc ;;tRNA;513017;513092;149;*;gca ;;rRNA;513242;515995;446;*;2754 fin;;CDS;516442;516975;;; deb;;CDS;563601;564479;52;*; ;;rRNA;564532;564646;13;*;115 fin;;CDS;564660;564785;;; deb;;CDS;567715;568413;18;*; ;comp;tRNA;568432;568508;6;*;atgf fin;comp;CDS;568515;568709;;; deb;comp;CDS;593396;594376;23;*; ;;tRNA;594400;594476;16;*;cga fin;comp;CDS;594493;595425;;; deb;;CDS;648881;649762;24;*; ;;regulatory;649787;649876;77;*; fin;;CDS;649954;651060;;; deb;comp;CDS;731869;732777;9;*; ;comp;regulatory;732787;732850;88;*; fin;comp;CDS;732939;733529;;0; deb;;CDS;785951;786466;32;*; ;;regulatory;786499;786587;-13;*; fin;;CDS;786575;788023;;; deb;comp;CDS;842772;843023;101;*; ;;tRNA;843125;843209;16;*;cta fin;;CDS;843226;844659;;; deb;;CDS;846722;849106;49;*; ;;tRNA;849156;849231;13;*;gta ;;tRNA;849245;849321;88;*;gac fin;;CDS;849410;849778;;; deb;;CDS;934654;936063;31;*; ;;tRNA;936095;936171;170;*;aga fin;;CDS;936342;937382;;; deb;;CDS;941232;942389;19;*; ;comp;tRNA;942409;942484;52;*;aac ;comp;tRNA;942537;942610;128;*;tgc fin;;CDS;942739;945366;;; deb;;CDS;970015;971127;200;*; ;;tRNA;971328;971403;20;*;aaa fin;comp;CDS;971424;972251;;0; deb;;CDS;975062;975328;0;*; ;comp;tRNA;975329;975418;92;*;tca fin;;CDS;975511;976392;;; deb;comp;CDS;985615;986127;93;*; ;;tRNA;986221;986297;4;*;cca fin;;CDS;986302;986583;;; deb;;CDS;988522;990216;50;*; ;;tRNA;990267;990341;23;*;gaa fin;;CDS;990365;990598;;; deb;comp;CDS;1005217;1005678;139;*; ;;regulatory;1005818;1005886;4;*; fin;;CDS;1005891;1007219;;1; deb;;CDS;1029539;1031752;0;*; ;comp;tRNA;1031753;1031844;68;*;agc fin;;CDS;1031913;1033166;;; deb;comp;CDS;1085222;1085413;19;*; ;comp;tRNA;1085433;1085508;7;*;tgg deb;comp;CDS;1085516;1086706;47;*; ;comp;tRNA;1086754;1086827;46;*;gga ;comp;tRNA;1086874;1086959;131;*;tac deb;;CDS;1087091;1087834;33;*; ;;tRNA;1087868;1087943;4;*;aca deb;comp;CDS;1087948;1088727;4;*; ;comp;tRNA;1088732;1088816;79;*;tta fin;comp;CDS;1088896;1089312;;1; deb;comp;CDS;1125607;1126158;4;*; ;comp;regulatory;1126163;1126227;3;*; deb;comp;CDS;1126231;1127292;66;*; ;comp;regulatory;1127359;1127423;295;*; fin;comp;CDS;1127719;1127925;;; deb;;CDS;1165696;1166454;141;*; ;comp;tRNA;1166596;1166672;64;*;atgj fin;comp;CDS;1166737;1166964;;; </pre> ====pub intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_entre_cds|pub intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> 28.1.21 paris;24.1.21;1380;pilM ;Pseudo : incomplete, partial in the middle of a contig, missing N-terminus;;;;;; pub;intercalaires;total;%;intercalaires;;;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5 ;'''négatif;473;36.2;'''négatif ;-8;9;-65 à -1;'''1 308 759;-1;473 ;'''zéro;71;5.4;;;;;'''intercals;0;71 ;'''1 à 200;736;56.3;'''0 à 200;37;45;;'''39 179;5;228 ;'''201 à 370;19;1.5;'''201 à 370;260;47;;'''3.0%;10;67 ;'''371 à 600;7;0.5;'''371 à 600;475;70;;;15;35 ;'''601 à max;1;0.1;'''601 et +;-;;;;20;31 ;'''total 1307;<201;97.9;'''total 1306;26;61;-65 à 596;;25;29 adresse;intercalx;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;16 73227;1380;-1;473;-70;0;;0;71;35;26 999551;596;0;71;-60;1;;-1;°152;40;23 1162229;549;1;56;-50;2;;-2;3;45;33 537246;464;2;°69;-40;6;'''-65 à -1;-3;0;50;16 1119848;445;3;43;-30;8;473;-4;°123;55;23 1180952;435;4;30;-20;29;36%;-5;2;60;25 193367;434;5;°30;-10;79;;-6;2;65;15 398173;403;6;15;0;419;;-7;3;70;13 408609;356;7;15;10;295;;-8;°56;75;17 762333;335;8;°15;20;66;;-9;7;80;12 1122717;318;9;14;30;45;'''1 à 100;-10;2;85;10 338267;317;10;8;40;49;649;-11;°35;90;14 997872;304;11;°8;50;49;49.7%;-12;4;95;7 334628;284;12;7;60;48;;-13;3;100;9 675167;279;13;6;70;28;;-14;°20;105;8 1135181;268;14;°12;80;29;;-15;0;110;4 627169;255;15;2;90;24;;-16;2;115;9 1118568;248;16;5;100;16;;-17;°10;120;8 79392;239;17;6;110;12;'''1 à 200;-18;2;125;7 807867;230;18;°8;120;17;736;-19;1;130;6 58997;223;19;4;130;13;56.3%;-20;°13;135;5 1152723;221;20;8;140;10;;-21;0;140;5 761553;219;21;°9;150;6;;-22;1;145;1 782276;217;22;5;160;7;;-23;°6;150;5 612190;216;23;3;170;5;;-24;3;155;2 351261;209;24;°8;180;5;;-25;1;160;5 838936;201;25;4;190;7;'''0 à 200;-26;°3;165;3 744621;200;26;3;200;5;807;-27;0;170;2 166432;195;27;°4;210;2;;-28;1;175;4 625822;195;28;4;220;3;;-29;1;180;1 164576;191;29;3;230;3;;-30;1;185;6 217060;191;30;2;240;1;;-31;1;190;1 1163621;188;31;3;250;1;;-32;1;195;4 798049;185;32;°8;260;1;;;530;200;1 422106;184;33;5;270;1;;reste;14;205;1 288782;182;34;2;280;1;'''201 à 370;total;544;210;1 560488;182;35;°8;290;1;19;;;215;0 262705;181;36;7;300;0;1.5%;;;220;3 469675;181;37;5;310;1;;;;225;2 832239;177;38;2;320;2;;;;230;1 939877;174;39;°6;330;0;;;;235;0 ;;40;3;340;1;;;;240;1 ;;reste;308;350;0;;;;245;0 ;;total;1307;360;1;;;;250;1 ;;;;370;0;;;;255;1 ;;;;380;0;;;;260;0 ;;;;390;0;;;;265;0 ;;;;400;0;;;;270;1 ;;;;410;1;;;;275;0 ;;;;420;0;;;;280;1 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;0;;;;285;1 817687;-65;shift2;2521;440;2;;;;290;0 410672;-59;shift2;856;450;1;;;;295;0 1196013;-56;shift2;445;460;0;;;;300;0 474189;-47;shift2;1222;470;1;;;;305;1 682918;-47;shift2;1435;480;0;;;;310;0 1025350;-44;shift2;544;490;0;;;;315;0 1197066;-43;comp;;500;0;'''371 à 600;;;320;2 584040;-41;shift2;934;510;0;7;;;325;0 707855;-41;shift2;319;520;0;0.5%;;;330;0 802906;-38;shift2;;530;0;;;;335;1 1038898;-38;shift2;;540;0;;;;340;0 279711;-35;shift2;;550;1;;;;345;0 1027659;-35;shift2;;560;0;;;;350;0 928018;-34;shift2;;570;0;;;;355;0 803426;-32;shift2;;580;0;;;;360;1 1176246;-31;shift2;;590;0;'''max;;;365;0 429007;-30;comp;;600;1;1380;;;370;0 992704;-29;shift2;;reste;1;;;;reste;8 1233832;-28;shift2;;total;1307;;;;total;1307 </pre> ====pub intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;; pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pub;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-58;495;-1405;136;853;284;min20;&-236;1732;-3869;256;559;245;min30 31 à 400;-49;437;-1304;133;918;297;2 parties;&-48;403;-1093;97;945;280;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;243;75;-;604;poly;249;SF;&308;88;;221;poly;338;SF 31 à 400;190;60;-;662;poly;256;SF;&117;36;-;580;poly;365;SF ;;;;;;;;;;;;;; pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; </pre> *Diagrammes 400: Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;26.1.22 Paris;;;;;;corrélation;;14.8.21 Paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;0.715;;pub;Sx-;Sc- 41-400;0.908;0.857;0.883;;;;;;;;;;-1;0;152 1-400;0.840;0.866;0.852;;;;;;;;;;-2;3;0 pub;fx;fc;;pub;fx%;fc%;;x;;fx40;fc40;;-3;0;0 0;13;58;;0;60;108;>0;222;0;13;58;;-4;43;80 10;39;256;;10;179;477;<0;92;1;4;52;;-5;1;1 20;15;51;;20;69;95;zéro;13;2;11;58;;-6;1;1 30;15;30;;30;69;56;total;327;3;6;37;;-7;1;2 40;19;30;;40;87;56;;c;4;5;25;;-8;14;42 50;17;32;;50;78;60;>0;541;5;4;26;;-9;7;0 60;19;29;;60;87;54;<0;381;6;2;13;;-10;0;2 70;10;18;;70;46;34;zéro;58;7;3;12;;-11;4;31 80;15;14;;80;69;26;total;980;8;2;13;;-12;3;1 90;6;18;;90;28;34;;;9;2;12;;-13;1;2 100;7;9;;100;32;17;total;1307;10;0;8;;-14;2;18 110;6;6;;110;28;11;;;11;3;5;;-15;0;0 120;9;8;;120;41;15;;;12;0;7;;-16;0;2 130;7;6;;130;32;11;;;13;0;6;;-17;1;9 140;4;6;;140;18;11;;;14;2;10;;-18;2;0 150;3;3;;150;14;6;;;15;0;2;;-19;0;1 160;6;1;;160;28;2;;;16;2;3;;-20;3;10 170;3;2;;170;14;4;;;17;3;3;;-21;0;0 180;2;3;;180;9;6;;;18;2;6;;-22;0;1 190;1;6;;190;5;11;;;19;0;4;;-23;1;5 200;4;1;;200;18;2;;;20;3;5;;-24;3;0 210;1;1;;210;5;2;;;21;5;4;;-25;0;1 220;2;1;;220;9;2;;;22;1;4;;-26;0;3 230;1;2;;230;5;4;;;23;0;3;;-27;0;0 240;1;0;;240;5;0;;;24;3;5;;-28;0;1 250;0;1;;250;0;2;;;25;2;2;;-29;0;1 260;1;0;;260;5;0;;;26;0;3;;-30;1;0 270;1;0;;270;5;0;;;27;2;2;;-31;0;1 280;0;1;;280;0;2;;;28;2;2;;-32;0;1 290;1;0;;290;5;0;;;29;0;3;;-33;0;0 300;0;0;;300;0;0;;;30;0;2;;-34;0;1 310;1;0;;310;5;0;;;31;0;3;;-35;0;2 320;0;2;;320;0;4;;;32;3;5;;-36;0;0 330;0;0;;330;0;0;;;33;4;1;;-37;0;0 340;1;0;;340;5;0;;;34;0;2;;-38;0;2 350;0;0;;350;0;0;;;35;4;4;;-39;0;0 360;1;0;;360;5;0;;;36;3;4;;-40;0;0 370;0;0;;370;0;0;;;37;2;3;;-41;0;2 380;0;0;;380;0;0;;;38;1;1;;-42;0;0 390;0;0;;390;0;0;;;39;2;4;;-43;1;0 400;0;0;;400;0;0;;;40;0;3;;-44;0;1 reste;4;4;;;;;;;reste;135;175;;-45;0;0 total;235;599;;t30;317;628;;;total;236;600;;-46;0;0 diagr;218;537;;;;;;;diagr;88;367;;-47;0;2 - t30;149;200;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;0;3 ;;;;;;;;;;;;;total;92;381 </pre> ====pub intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_négatifs_S-|pub intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;0;3;0;42;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;2;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;90 continu;152;0;0;81;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;11;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;383 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;43;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;3;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;92 ;Sc-;152;0;0;80;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;10;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;381 </pre> ====pub autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires|pub autres intercalaires]] <pre> pub;autres intercalaires;;adresses1;;;pub;autres intercalaires;;adresses2;;;pub;autres intercalaires;;adresses3; deb;°CDS;9267;4;comp;;deb;°CDS;509729;330;comp;;deb;°CDS;970015;200; ;tmRNA;10219;-2;;;;$rRNA;511358;98;;;;&tRNA;971328;20; fin;°CDS;10519;;comp;;;&tRNA;512931;9;;;fin;°CDS;971424;;comp deb;°CDS;38328;255;comp;;;&tRNA;513017;149;;;deb;°CDS;975062;0; ;ncRNA;39051;42;comp;;;$rRNA;513242;446;;;;&tRNA;975329;92;comp fin;°CDS;39448;;comp;;fin;°CDS;516442;;;;fin;°CDS;975511;; deb;°CDS;41060;20;;;deb;°CDS;563601;52;;;deb;°CDS;985615;93;comp ;&tRNA;41674;66;comp;;;$rRNA;564532;13;;;;&tRNA;986221;4; ;&tRNA;41817;8;comp;;fin;°CDS;564660;;;;fin;°CDS;986302;; fin;°CDS;41900;;comp;;deb;°CDS;567715;18;;;deb;°CDS;988522;50; deb;°CDS;114873;3;comp;;;&tRNA;568432;6;comp;;;&tRNA;990267;23; ;&tRNA;116151;32;comp;;fin;°CDS;568515;;comp;;fin;°CDS;990365;; fin;°CDS;116257;;comp;;deb;°CDS;593396;23;comp;;deb;°CDS;1005217;139;comp deb;°CDS;319204;22;comp;;;&tRNA;594400;16;;;;regulatory;1005818;4; ;&tRNA;319571;97;comp;;fin;°CDS;594493;;comp;;fin;°CDS;1005891;; fin;°CDS;319743;;;;deb;°CDS;648881;24;;;deb;°CDS;1029539;0; deb;°CDS;407852;68;comp;;;regulatory;649787;77;;;;&tRNA;1031753;68;comp ;&tRNA;408517;7;;;fin;°CDS;649954;;;;fin;°CDS;1031913;; fin;°CDS;408609;;;;deb;°CDS;731869;9;comp;;deb;°CDS;1085222;19;comp deb;°CDS;414886;26;comp;;;regulatory;732787;88;comp;;;&tRNA;1085433;7;comp ;&tRNA;415434;75;comp;;fin;°CDS;732939;;comp;;deb;°CDS;1085516;47;comp fin;°CDS;415586;;;;deb;°CDS;785951;32;;;;&tRNA;1086754;46;comp deb;°CDS;438405;2;;;;regulatory;786499;-13;;;;&tRNA;1086874;131;comp ;&tRNA;440216;5;;;fin;°CDS;786575;;;;deb;°CDS;1087091;33; fin;°CDS;440311;;comp;;deb;°CDS;842772;101;comp;;;&tRNA;1087868;4; deb;°CDS;461643;2;;;;&tRNA;843125;16;;;deb;°CDS;1087948;4;comp ;&tRNA;462365;101;comp;;fin;°CDS;843226;;;;;&tRNA;1088732;79;comp fin;°CDS;462540;;;;deb;°CDS;846722;49;;;fin;°CDS;1088896;;comp deb;°CDS;466335;5;;;;&tRNA;849156;13;;;deb;°CDS;1125607;4;comp ;&tRNA;466556;88;;;;&tRNA;849245;88;;;;regulatory;1126163;3;comp deb;°CDS;466720;235;;;fin;°CDS;849410;;;;deb;°CDS;1126231;66;comp ;&tRNA;467168;5;;;deb;°CDS;934654;31;;;;regulatory;1127359;295;comp fin;°CDS;467248;;;;;&tRNA;936095;170;;;fin;°CDS;1127719;;comp deb;°CDS;496262;70;comp;;fin;°CDS;936342;;;;deb;°CDS;1165696;141; ;regulatory;498528;91;comp;;deb;°CDS;941232;19;;;;&tRNA;1166596;64;comp fin;°CDS;498707;;;;;&tRNA;942409;52;comp;;fin;°CDS;1166737;;comp ;;;;;;;&tRNA;942537;128;comp;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;942739;;;;;;;; </pre> ====pub intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_tRNA|pub intercalaires tRNA]] <pre> pub;intercalaires tRNA;;;;;;;;; ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;; ;;;;;;;;;; ;66;comp’;20;;8;;2;4;deb; ;9;;3;;32;;3;5;<201;13 ;13;;22;comp’;97;;4;6;total;14 comp’;52;comp’;68;;7;;5;7;taux;93% ;46;;26;comp’;75;;19;7;fin; ;;;2;comp’;5;;22;8;<201;14 ;;comp’;2;comp’;101;;26;16;total;14 ;;;5;;88;;31;23;taux;100% ;;;235;;5;;33;32;total; ;;comp’;18;;6;;47;64;<201;27 ;;comp’;23;comp’;16;;49;79;total;28 ;;comp’;101;;16;;50;88;taux;96% ;;;49;;88;;200;88;; ;;;31;;170;;235;170;comp’;cumuls ;;comp’;19;comp’;128;;0;4;; ;;;200;comp’;20;;0;5;deb;11 ;;comp’;0;comp’;92;;2;16;<201;100% ;;comp’;93;;4;;18;20;; ;;;50;;23;;19;68;fin;11 ;;comp’;0;comp’;68;;20;75;<201;100% ;;;19;;7;;23;92;; ;;;47;comp’;131;;68;97;total; ;;;33;comp’;4;;93;101;<201;22 ;;;4;;79;;101;128;total;22 ;;comp’;141;;64;;141;131;taux;100% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;24;25;49;;;;; ;;total;25;25;50;;;;; ;;taux;96%;100%;98%;;;;; </pre> ==actino== ===Actinoplanes sp. SE50/110=== ====ase opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_opérons|ase opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acti_SE50_110/actiSp_SE50_110-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017803.1;ase;;genome;;;;;;;; 71.15%GC;13.8.19 Paris;16s 6;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Actinoplanes sp. SE50/110;;;;;;;;;;; ;12658..13392;;CDS;;78;78;;;245;; ;13471..13547;;atc;@1;242;;*242;;;; ;13790..13862;;gca;;202;202;;;;; comp;14065..14607;;CDS;;;;;;181;; ;;;;;;;;;;; ;153733..155094;;CDS;;556;*556;;;454;; ;155651..157174;;16s;;308;;;;1524;; ;157483..160591;;23s;;99;;;;3109;; ;160691..160807;;5s;;134;134;;;117;; comp;160942..161988;;CDS;;;;;;349;; ;;;;;;;;;;; comp;45153..45968;;CDS;;276;276;;;272;; comp;46245..46330;;ctg;;257;257;;;;; ;46588..47385;;CDS;;;;;;266;; ;;;;;;;;;;; ;568633..569007;;CDS;;492;*492;;;125;; ;569500..571022;;16s;;308;;;;1523;; ;571331..574439;;23s;;108;;;;3109;; ;574548..574664;;5s;;245;245;;;117;; ;574910..576340;;CDS;;;;;;477;; ;;;;;;;;;;; comp;66324..66533;;CDS;;177;177;;;70;; comp;66711..66784;;ggg;;151;151;;;;; comp;66936..67442;;CDS;;;;;;169;; ;;;;;;;;;;; comp;145264..145572;;CDS;;595;*595;;;103;; comp;146168..146244;;ttc;;12;;12;;;; comp;146257..146333;;gac;;62;;62;;;; comp;146396..146468;;gaa;;338;338;;;;; comp;146807..148066;;CDS;;;;;;420;; ;;;;;;;;;;; ;164168..164716;;CDS;;92;92;;;183;; ;164809..164883;;aaa;;250;250;;;;; ;165134..166444;;CDS;;;;;;437;; ;;;;;;;;;;; comp;457033..458760;;CDS;;116;116;;;*576;; ;458877..458950;;acg;;74;74;;;;; comp;459025..460758;;CDS;;;;;;*578;; ;;;;;;;;;;; ;627485..628396;;CDS;;42;42;;;304;; ;628439..628515;;gac;;5;5;;;;; comp;628521..629174;;CDS;;;;;;218;; ;;;;;;;;;;; ;645098..645421;;CDS;;355;355;;;108;; ;645777..645849;;agg;;459;*459;;;;; comp;646309..648462;;CDS;;;;;;*718;; ;;;;;;;;;;; ;747312..748337;;CDS;;430;*430;;;342;; comp;748768..748851;;tac;;148;148;;;;; ;749000..749491;;CDS;;;;;;164;; ;;;;;;;;;;; ;752175..754703;;CDS;;94;94;;;*843;; ;754798..754873;;acc;;44;;44;;;; ;754918..754990;;atgj;;138;138;;;;; ;755129..755296;;CDS;;;;;;56;; ;;;;;;;;;;; ;755829..756224;;CDS;;79;79;;;132;; ;756304..756376;;tgg;;103;103;;;;; ;756480..756857;;CDS;;;;;;126;; ;;;;;;;;;;; ;940643..942004;;CDS;;55;55;;;454;; ;942060..942142;;tta;;221;221;;;;; ;942364..943218;;CDS;;;;;;285;; ;;;;;;;;;;; comp;1155560..1155901;;CDS;;200;200;;;114;; comp;1156102..1156177;;gcc;;89;89;;;;; comp;1156267..1156824;;CDS;;;;;;186;; ;;;;;;;;;;; ;1222705..1223634;;CDS;;259;259;;;310;; comp;1223894..1223980;;cta;;244;244;;;;; comp;1224225..1224701;;CDS;;;;;;159;; ;;;;;;;;;;; ;1237525..1238115;;CDS;;91;91;;;197;; ;1238207..1238282;;cac;;54;54;;;;; comp;1238337..1238684;;CDS;;;;;;116;; ;;;;;;;;;;; comp;1248040..1249266;;CDS;;132;132;;;409;; ;1249399..1249474;;aag;+;118;;*118;;;; ;1249593..1249668;;aag;2 aag;-15;*-15;;;;; comp;1249654..1249878;;CDS;@2;;;;;75;; ;;;;;;;;;;; ;1335812..1336096;;CDS;;296;296;;;95;; comp;1336393..1336465;;aga;;13;13;;;;; comp;1336479..1337558;;CDS;;;;;;360;; ;;;;;;;;;;; comp;1399552..1400070;;CDS;;376;376;;;173;; comp;1400447..1400520;;gga;;130;;*130;;;; ;1400651..1400724;;cca;;38;38;;;;; ;1400763..1402112;;CDS;;;;;;450;; ;;;;;;;;;;; comp;1406634..1406849;;CDS;;586;*586;;;72;; ;1407436..1408958;;16s;;307;;;;1523;; ;1409266..1412374;;23s;;99;;;;3109;; ;1412474..1412590;;5s;;122;122;;;117;; comp;1412713..1413510;;CDS;;;;;;266;; ;;;;;;;;;;; comp;1519931..1520254;;CDS;;217;217;;;108;; ;1520472..1520544;;aac;;315;315;;;;; ;1520860..1522122;;CDS;;236;236;;;421;; ;1522359..1522432;;atgi;;1097;*1097;;;;; < comp;1523530..1523919;;CDS;;;;;;130;; ;;;;;;;;;;; ;1604562..1605026;;CDS;;38;38;;;155;; ;1605065..1605139;;gta;;357;357;;;;; <>;1605497..1605583;;CDS;;;;;;29;; ;;;;;;;;;;; comp;1935668..1936510;;CDS;;317;317;;;281;; comp;1936828..1936904;;ttg;;131;131;;;;; ;1937036..1937656;;CDS;;;;;;207;; ;;;;;;;;;;; ;2434408..2435559;;CDS;;19;19;;;384;; comp;2435579..2435661;;ctc;;151;151;;;;; ;2435813..2438881;;CDS;;;;;;*1023;; ;;;;;;;;;;; comp;2570204..2570824;;CDS;;794;*794;;;207;; ;2571619..2573141;;16s;;315;;;;1523;; ;2573457..2576562;;23s;;98;;;;3106;; ;2576661..2576777;;5s;;247;247;;;117;; comp;2577025..2577462;;CDS;;;;;;146;; ;;;;;;;;;;; comp;4900233..4901780;;CDS;;19;19;;;*516;; comp;4901800..4901878;;tgc;;29;;29;;;; comp;4901908..4901981;;gcg;;19;19;;;;; comp;4902001..4902321;;CDS;;23;23;;;107;; comp;4902345..4902417;;gac;;31;31;;;;; comp;4902449..4903369;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; ;5443888..5444526;;CDS;;409;*409;;;213;; ;5444936..5445012;;ctc;;17;;17;;;; ;5445030..5445114;;tac;;29;29;;;;; comp;5445144..5446565;;CDS;;;;;;474;; ;;;;;;;;;;; ;6208479..6209489;;CDS;;101;101;;;337;; comp;6209591..6209666;;cgg;;9;;9;;;; comp;6209676..6209749;;cca;;17;;17;;;; comp;6209767..6209859;;agc;;5;;5;;;; comp;6209865..6209939;;ctg;;4;;4;;;; comp;6209944..6210015;;cag;;8;;8;;;; comp;6210024..6210100;;ggc;;4;;4;;;; comp;6210105..6210177;;cgt;;3;;3;;;; comp;6210181..6210254;;gcc;;43;;43;;;; comp;6210298..6210369;;tgg;;562;*562;;;;; comp;6210932..6212365;;CDS;;;;;;478;; ;;;;;;;;;;; ;6397923..6398423;;CDS;;699;*699;;;167;; ;6399123..6399196;;tgg;;199;;*199;;;; ;6399396..6399468;;ggg;;157;;*157;;;; ;6399626..6399701;;gcc;;61;;61;;;; ;6399763..6399837;;gag;;78;;78;;;; ;6399916..6399992;;gga;;359;;*359;;;; ;6400352..6400426;;ttg;;1;;1;;;; ;6400428..6400500;;acc;;5;;5;;;; ;6400506..6400577;;ggc;;25;25;;;;; ;6400603..6401055;;CDS;;35;35;;;151;; ;6401091..6401163;;cag;;110;;*110;;;; ;6401274..6401350;;ctc;;1;;1;;;; ;6401352..6401427;;acg;;1;;1;;;; ;6401429..6401503;;ctg;;5;;5;;;; ;6401509..6401584;;gcg;;30;;30;;;; ;6401615..6401686;;gac;;5;;5;;;; ;6401692..6401779;;agc;;1;;1;;;; ;6401781..6401854;;atc;;6;6;;;;; ;6401861..6402227;;ncRNA;@3;7;7;;;;; ;6402235..6402309;;cgt;;10;;10;;;; ;6402320..6402395;;other;@4;11;;11;;;; ;6402407..6402477;;aag;;14;;14;;;; ;6402492..6402565;;aga;;11;;11;;;; ;6402577..6402650;;aaa;;1;;1;;;; ;6402652..6402727;;atgf;;1;;1;;;; ;6402729..6402804;;gtc;;1;;1;;;; ;6402806..6402879;;gaa;;5;;5;;;; ;6402885..6402958;;aac;;44;;44;;;; ;6403003..6403088;;tcc;;1;;1;;;; ;6403090..6403163;;gtg;;2;;2;;;; ;6403166..6403239;;cac;;93;;*93;;;; ;6403333..6403405;;other;;411;*411;;;;; comp;6403817..6404185;;CDS;;;;;;123;; ;;;;;;;;;;; ;6543230..6543619;;CDS;;412;*412;;;130;; ;6544032..6544106;;ctg;;152;;*152;;;; ;6544259..6544331;;gca;;410;*410;;;;; ;6544742..6545917;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; ;6934653..6935819;;CDS;;69;69;;;389;; comp;6935889..6935962;;ccc;;51;51;;;;; comp;6936014..6937450;;CDS;;;;;;479;; ;;;;;;;;;;; comp;6991952..6992437;;CDS;;174;174;;;162;; comp;6992612..6992728;;5s;;170;;;;117;; comp;6992899..6996006;;23s;;307;;;;3108;; comp;6996314..6997836;;16s;;531;*531;;;1523;; comp;6998368..6999624;;CDS;;;;;;419;; ;;;;;;;;;;; ;7455514..7456608;;CDS;;167;167;;;365;; comp;7456776..7456847;;gtg;;55;55;;;;; comp;7456903..7457310;;CDS;;;;;;136;; ;;;;;;;;;;; ;7481671..7483989;;CDS;;83;83;;;*773;; comp;7484073..7484189;;5s;;169;;;;117;; comp;7484359..7487466;;23s;;315;;;;3108;; comp;7487782..7489304;;16s;;800;*800;;;1523;; comp;7490105..7490731;;CDS;;;;;;209;; ;;;;;;;;;;; ;7670534..7671652;;CDS;;136;136;;;373;; comp;7671789..7671863;;gtc;;18;;18;;;; comp;7671882..7671952;;tgc;;38;;38;;;; comp;7671991..7672063;;ggc;;116;116;;;;; comp;7672180..7674045;;CDS;;;;;;*622;; ;;;;;;;;;;; ;7710075..7711193;;CDS;;136;136;;;373;; comp;7711330..7711404;;gtc;;28;;28;;;; comp;7711433..7711503;;tgc;;38;;38;;;; comp;7711542..7711614;;ggc;;112;112;;;;; ;7711727..7712905;;CDS;;;;;;393;; ;;;;;;;;;;; ;8111157..8111843;;CDS;;546;*546;;;229;; comp;8112390..8112465;;gag;+;532;;*532;;;; comp;8112998..8113070;;gag;2 gag;57;;57;;;; comp;8113128..8113199;;cag;;451;*451;;;;; comp;8113651..8114457;;CDS;;;;;;269;; ;;;;;;;;;;; ;8275151..8275810;;CDS;;65;65;;;220;; ;8275876..8275950;;cgg;;416;*416;;;;; comp;8276367..8276921;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; comp;8391343..8392530;;CDS;;255;255;;;396;; comp;8392786..8392862;;atgf;;296;296;;;;; comp;8393159..8394607;;CDS;;;;;;483;; ;;;;;;;;;;; comp;8397029..8399113;;CDS;;596;*596;;;*695;; comp;8399710..8399786;;atgf;;71;71;;;;; comp;8399858..8402857;;CDS;;;;;;*1000;; ;;;;;;;;;;; comp;8601686..8603128;;CDS;;81;81;;;481;; comp;8603210..8603280;;caa;;37;37;;;;; comp;8603318..8604199;;CDS;;;;;;294;; ;;;;;;;;;;; ;8623005..8623730;;CDS;;64;64;;;242;; comp;8623795..8623871;;gcg;;171;171;;;;; comp;8624043..8624792;;CDS;;;;;;250;; ;;;;;;;;;;; comp;8821061..8822146;;CDS;;136;136;;;362;; ;8822283..8822356;;aca;;175;175;;;;; comp;8822532..8824421;;CDS;;;;;;*630;; ;;;;;;;;;;; ;8945870..8946763;;CDS;;190;190;;;298;; ;8946954..8947030;;ccg;;204;204;;;;; comp;8947235..8947531;;CDS;;;;;;99;; ;;;;;;;;;;; comp;8963177..8966704;;CDS;;104;104;;;*1176;; comp;8966809..8966904;;ncRNA;;83;83;*83;;;; ;8966988..8967075;;tcc;;270;270;;;;; comp;8967346..8967687;;CDS;;;;;;114;; ;;;;;;;;;;; ;8968639..8969070;;CDS;;521;*521;;;144;; comp;8969592..8969681;;tcg;;116;116;;;;; ;8969798..8970505;;CDS;;;;;;236;; ;;;;;;;;;;; ;9077764..9078855;;CDS;;326;326;;;364;; comp;9079182..9079256;;cgt;;370;370;;;;; comp;9079627..9082830;;CDS;;;;;;*1068;; ;;;;;;;;;;; comp;9084051..9086675;;CDS;;560;*560;;;*875;; comp;9087236..9087311;;cgt;;40;;40;;;; comp;9087352..9087442;;agc;;399;399;;;;; ;9087842..9089017;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;9100587..9101549;;CDS;;77;77;;;321;; ;9101627..9101714;;tca;;144;144;;;;; comp;9101859..9102145;;CDS;;;;;;96;; </pre> ====ase cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_cumuls|ase cumuls]] <pre> ase cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;6;1;8;-;1;1;1;;100;8;30;1 ;16 23 5s 0;6;20;19;;50;16;20;;200;29;60;1 ;16 atc gca;0;40;6;;100;19;40;;300;19;90;3 ;16 23 5s a;0;60;4;;150;17;60;;400;19;120;10 ;max a;0;80;3;;200;9;80;;500;14;150;9 ;a doubles;0;100;2;;250;9;100;;600;3;180;8 ;autres;0;120;2;;300;7;120;;700;3;210;8 ;total aas;0;140;1;;350;4;140;;800;2;240;5 sans ;opérons;45;160;2;;400;5;160;;900;2;270;6 ;1 aa;31;180;0;;450;6;180;;1000;1;300;5 ;max a;29;200;1;;500;3;200;;1100;2;330;4 ;a doubles;2;;3;;;13;;;;1;;43 ;total aas;98;;51;0;;109;;0;;103;;103 total aas;;98;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;58;;;229;;;;328;; ;;;variance;98;;;206;;;;173;; sans jaune;;;moyenne;19;;;147;;;;254;;179 ;;;variance;21;;;104;;;;111;;62 </pre> ====ase blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_blocs|ase blocs]] <pre> ase blocs;;;;;; CDS;556;454;492;125;586;72 16s;308;1524;308;1523;307;1523 23s;99;3109;108;3109;99;3109 5s;134;117;245;117;122;117 CDS;;349;;477;;266 ;;;;;; CDS;794;207;531;419;800;209 16s;315;1523;307;1523;315;1523 23s;98;3106;170;3108;169;3108 5s;247;117;174;117;83;117 CDS;;146;;162;;773 </pre> ====ase remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_remarques|ase remarques]] ====ase distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_distribution|ase distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;2;acc;2;aac;1;agc;3;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;2;ggc;;;gtc;3;gcc;2;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;2;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;3;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ase; ;32;;;;;;;ase;58;;;;;;;;ase;6;;;;;; </pre> ====ase données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_données_intercalaires|ase données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ase;fx;fc;ase;fx40;fc40;ase;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 1;0;0;22;13;0;22;13;-1;0;168;78;202;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite 1;0;10;141;464;1;20;60;-2;18;0;279;257;555;585;;245;;atc;97;;cgt 1;3;20;93;279;2;5;59;-3;0;0;387;185;491;793;;**;;gca;14;;aag ;2;30;92;196;3;23;38;-4;91;885;151;74;530;;;15;;ttc;11;;aga 1;6;40;63;226;4;21;48;-5;0;1;595;8;799;;;62;;gac;1;;aaa 1;2;50;101;178;5;10;43;-6;2;0;338;459;16s 23s;;;**;;gaa;1;;atgf 1;3;60;130;183;6;12;28;-7;11;18;92;430;2* 345;;;47;;acc;1;;gtc 2;1;70;137;193;7;12;31;-8;6;71;274;148;2* 344;;;**;;atgj;5;;gaa 2;3;80;126;160;8;9;37;-9;2;1;434;262;2* 352;;;118;;aag;44;;aac ;2;90;104;171;9;17;53;-10;4;9;817;54;23s 5s;;;**;;aag;1;;tcc 1;3;100;101;126;10;12;67;-11;17;22;42;132;2* 105;;;-;130;gga;2;;gtg 1;1;110;95;122;11;9;49;-12;5;0;1343;-12;114;;;**;;cca;96;;cac 2;2;120;82;98;12;11;33;-13;6;12;94;296;100;;;29;;tgc;**;;other ;0;130;96;96;13;8;33;-14;18;12;138;217;176;;;**;;gcg;152;;ctg 5;2;140;89;88;14;5;26;-15;11;1;79;827;175;;;20;;ctc;**;;gca 1;0;150;62;78;15;11;23;-16;4;5;103;131;5s CDS;;;**;;tac;18;;gtc 1;1;160;73;82;16;17;28;-17;12;6;55;19;245;377;;9;;cgg;38;;tgc 1;0;170;66;71;17;6;23;-18;4;0;221;151;983;122;;17;;cca;**;;ggc 1;2;180;59;57;18;8;12;-19;6;5;203;278;;247;;5;;agc;532;;gag 1;1;190;61;70;19;10;17;-20;5;6;89;32;;83;;4;;ctg;57;;gag ;0;200;65;58;20;8;35;-21;1;0;244;104;;;;11;;cag;**;;cag 2;1;210;55;45;21;15;20;-22;2;3;91;43;tRNA CDS;suite;;4;;ggc;40;;cgt 1;0;220;39;46;22;11;24;-23;8;7;13;411;34;77;;3;;cgt;**;;agc ;1;230;42;53;23;7;23;-24;7;0;373;69;35;1017;;43;;gcc;;; ;0;240;39;37;24;10;14;-25;1;5;38;167;412;;;**;;tgg;;; ;1;250;41;48;25;11;18;-26;8;5;315;136;380;;;199;;tgg;;; 1;0;260;36;17;26;2;24;-27;0;1;47;136;113;;;157;;ggg;;; 1;0;270;43;33;27;17;14;-28;3;4;38;112;178;;;64;;gcc;;; 2;2;280;34;33;28;6;14;-29;3;4;1132;546;51;;;81;;gag;;; ;0;290;23;29;29;4;28;-30;2;0;362;419;55;;;141;;gga;;; 1;1;300;22;29;30;9;17;-31;4;1;19;64;116;;;144;;caa;;; ;0;310;31;21;31;1;22;-32;7;4;19;136;451;;;1;;ttg;;; ;2;320;22;22;32;6;34;-33;2;0;23;175;65;;;5;;acc;;; 1;0;330;16;20;33;10;20;-34;3;1;31;204;135;;;**;;ggc;;; ;1;340;20;32;34;4;23;-35;6;0;22;273;296;;;110;;cag;;; ;1;350;22;24;35;4;22;-36;1;0;409;91;599;;;4;;ctc;;; ;0;360;24;19;36;7;19;-37;1;2;345;116;71;;;1;;acg;;; ;2;370;14;16;37;7;23;-38;5;0;317;329;81;;;5;;ctg;;; ;2;380;11;14;38;7;29;-39;0;0;699;408;37;;;30;;gcg;;; ;1;390;13;14;39;7;14;-40;2;1;;;171;;;5;;gac;;; ;0;400;15;10;40;10;20;-41;0;3;;;190;;;1;;agc;;; 8;11;reste;259;295;reste;2268;2688;-42;2;0;;;370;;;**;;atc;;; 41;60;total;2679;3866;total;2679;3866;-43;2;1;;;524;;;;;;;; 32;49;diagr;2398;3558;diagr;389;1165;-44;2;4;;;;;;;;;;; 2;5; t30;326;939;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;; ;x;2657;352;22;3031;;;-49;0;2;;;;;;;;;;; ;c;3853;1300;13;5166;;;-50;3;0;;;;;;;;;;; ;;;;;8197;183;;reste;53;28;;;;;;;;;;; ;;;;;;8380;;total;352;1300;;;;;;;;;;; </pre> =====ase autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires_aas|ase autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ase;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;12497;78;; ;tRNA;13471;245;;atc ;tRNA;13790;202;;gca fin;CDS;14065;;comp; deb;CDS;45153;279;comp; ;tRNA;46248;257;comp;ctg fin;CDS;46588;;; deb;CDS;65469;387;comp; ;tRNA;66711;151;comp;ggg fin;CDS;66936;;comp; deb;CDS;145264;595;comp; ;tRNA;146168;15;comp;ttc ;tRNA;146260;62;comp;gac ;tRNA;146396;338;comp;gaa fin;CDS;146807;;comp; deb;CDS;153733;555;; ;rRNA;155650;345;;16s ;rRNA;157512;105;;23s ;rRNA;160691;377;;5s fin;CDS;161185;;comp; deb;CDS;164168;92;; ;tRNA;164809;274;;aaa fin;CDS;165158;;; deb;CDS;261106;434;; ;tRNA;262062;817;;aaa fin;CDS;262948;;; deb;CDS;457033;185;comp; ;tRNA;458877;74;;acg fin;CDS;459025;;comp; deb;CDS;568633;491;; ;rRNA;569499;345;;16s ;rRNA;571360;114;;23s ;rRNA;574548;245;;5s fin;CDS;574910;;; deb;CDS;627485;42;; ;tRNA;628439;8;;gac fin;CDS;628521;;comp; deb;CDS;643285;1343;; ;tRNA;645777;459;;agg fin;CDS;646309;;comp; deb;CDS;747348;430;; ;tRNA;748768;148;comp;tac fin;CDS;749000;;; deb;CDS;752175;94;; ;tRNA;754798;47;;acc ;tRNA;754918;138;;atgj fin;CDS;755129;;; deb;CDS;755829;79;; ;tRNA;756304;103;;tgg fin;CDS;756480;;; deb;CDS;940643;55;; ;tRNA;942060;221;;tta fin;CDS;942364;;; deb;CDS;1120784;33;; ;tmRNA;1121477;553;; fin;CDS;1122412;;comp; deb;CDS;1155560;203;comp; ;tRNA;1156105;89;comp;gcc fin;CDS;1156267;;comp; deb;CDS;1222705;262;; ;tRNA;1223897;244;comp;cta fin;CDS;1224225;;comp; deb;CDS;1237525;91;; ;tRNA;1238207;54;;cac fin;CDS;1238337;;comp; deb;CDS;1248040;132;comp; ;tRNA;1249399;118;;aag ;tRNA;1249593;-12;;aag fin;CDS;1249654;;comp; deb;CDS;1335812;296;; ;tRNA;1336393;13;comp;aga fin;CDS;1336479;;comp; deb;CDS;1399552;373;comp; ;tRNA;1400450;130;comp;gga ;tRNA;1400651;38;;cca fin;CDS;1400763;;; deb;CDS;1406634;585;comp; ;rRNA;1407435;344;;16s ;rRNA;1409295;105;;23s ;rRNA;1412474;122;;5s fin;CDS;1412713;;comp; deb;CDS;1519931;217;comp; ;tRNA;1520472;315;;aac fin;CDS;1520860;;; deb;CDS;1522138;47;; ;tRNA;1522359;827;;atgi fin;CDS;1523260;;comp; deb;CDS;1604562;38;; ;tRNA;1605065;1132;;gta fin;CDS;1606269;;; deb;CDS;1618796;261;comp; ;ncRNA;1619690;61;comp; fin;CDS;1620155;;; deb;CDS;1935668;362;comp; ;tRNA;1936828;131;comp;ttg fin;CDS;1937036;;; deb;CDS;2434657;19;; ;tRNA;2435579;151;comp;ctc fin;CDS;2435813;;; deb;CDS;2570204;793;comp; ;rRNA;2571618;352;;16s ;rRNA;2573486;100;;23s ;rRNA;2576661;247;;5s fin;CDS;2577025;;comp; deb;CDS;4900233;19;comp; ;tRNA;4901800;29;comp;tgc ;tRNA;4901908;19;comp;gcg deb;CDS;4902001;23;comp; ;tRNA;4902345;31;comp;gac fin;CDS;4902449;;comp; deb;CDS;4989030;22;; ;tRNA;4989784;278;;other fin;CDS;4990157;;comp; deb;CDS;5443888;409;; ;tRNA;5444936;20;;ctc ;tRNA;5445030;32;;tac fin;CDS;5445144;;comp; deb;CDS;6208479;104;; ;tRNA;6209594;9;comp;cgg ;tRNA;6209676;17;comp;cca ;tRNA;6209767;5;comp;agc ;tRNA;6209865;4;comp;ctg ;tRNA;6209944;11;comp;cag ;tRNA;6210027;4;comp;ggc ;tRNA;6210105;3;comp;cgt ;tRNA;6210181;43;comp;gcc ;tRNA;6210298;345;comp;tgg fin;CDS;6210715;;comp; deb;CDS;6288256;317;comp; ;tRNA;6290910;43;comp;tga fin;CDS;6291049;;; deb;CDS;6397947;699;; ;tRNA;6399123;199;;tgg ;tRNA;6399396;157;;ggg ;tRNA;6399626;64;;gcc ;tRNA;6399763;81;;gag ;tRNA;6399916;141;;gga ;tRNA;6400131;144;;caa ;tRNA;6400352;1;;ttg ;tRNA;6400428;5;;acc ;tRNA;6400506;34;;ggc deb;CDS;6400612;35;; ;tRNA;6401091;110;;cag ;tRNA;6401274;4;;ctc ;tRNA;6401352;1;;acg ;tRNA;6401429;5;;ctg ;tRNA;6401509;30;;gcg ;tRNA;6401615;5;;gac ;tRNA;6401692;1;;agc ;tRNA;6401781;6;;atc ;ncRNA;6401861;7;; ;tRNA;6402235;97;;cgt ;tRNA;6402407;14;;aag ;tRNA;6402492;11;;aga ;tRNA;6402577;1;;aaa ;tRNA;6402652;1;;atgf ;tRNA;6402729;1;;gtc ;tRNA;6402806;5;;gaa ;tRNA;6402885;44;;aac ;tRNA;6403003;1;;tcc ;tRNA;6403090;2;;gtg ;tRNA;6403166;96;;cac ;tRNA;6403333;411;;other fin;CDS;6403817;;comp; deb;CDS;6543191;412;; ;tRNA;6544032;152;;ctg ;tRNA;6544259;380;;gca deb;CDS;6544712;113;; ;tRNA;6546031;178;;gac fin;CDS;6546284;;; deb;CDS;6934653;69;; ;tRNA;6935889;51;comp;ccc fin;CDS;6936014;;comp; deb;CDS;6991353;983;comp; ;rRNA;6992612;176;comp;5s ;rRNA;6992905;344;comp;23s ;rRNA;6996322;530;comp;16s fin;CDS;6998368;;comp; deb;CDS;7455514;167;; ;tRNA;7456776;55;comp;gtg fin;CDS;7456903;;comp; deb;CDS;7481701;83;; ;rRNA;7484073;175;comp;5s ;rRNA;7484365;352;comp;23s ;rRNA;7487790;799;comp;16s fin;CDS;7490105;;comp; deb;CDS;7670534;136;; ;tRNA;7671789;18;comp;gtc ;tRNA;7671882;38;comp;tgc ;tRNA;7671991;116;comp;ggc fin;CDS;7672180;;comp; deb;CDS;7710075;136;; ;tRNA;7711330;28;comp;gtc ;tRNA;7711433;38;comp;tgc ;tRNA;7711542;112;comp;ggc fin;CDS;7711727;;; deb;CDS;8111157;546;; ;tRNA;8112390;532;comp;gag ;tRNA;8112998;57;comp;gag ;tRNA;8113128;451;comp;cag fin;CDS;8113651;;comp; deb;CDS;8275151;65;; ;tRNA;8275876;419;;cgg fin;CDS;8276367;;comp; deb;CDS;8391343;135;comp; ;tRNA;8392786;296;comp;atgf fin;CDS;8393159;;comp; deb;CDS;8397029;599;comp; ;tRNA;8399713;71;comp;atgf fin;CDS;8399858;;comp; deb;CDS;8601686;81;comp; ;tRNA;8603210;37;comp;caa fin;CDS;8603318;;comp; deb;CDS;8623005;64;; ;tRNA;8623795;171;comp;gcg fin;CDS;8624043;;comp; deb;CDS;8821061;136;comp; ;tRNA;8822283;175;;aca fin;CDS;8822532;;comp; deb;CDS;8945870;190;; ;tRNA;8946954;204;;ccg fin;CDS;8947235;;comp; deb;CDS;8963177;104;comp; ;ncRNA;8966809;83;comp; ;tRNA;8966988;273;;tcc fin;CDS;8967346;;comp; deb;CDS;8969168;91;; ;tRNA;8969592;116;comp;tcg fin;CDS;8969798;;; deb;CDS;9077764;329;; ;tRNA;9079185;370;comp;cgt fin;CDS;9079627;;comp; deb;CDS;9084051;524;comp; ;tRNA;9087239;40;comp;cgt ;tRNA;9087352;408;comp;agc fin;CDS;9087851;;; deb;CDS;9100587;77;comp; ;tRNA;9101627;1017;;tca fin;CDS;9102729;;comp; </pre> ====ase intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_entre_cds|ase intercalaires entre cds]] *'''Tableau''' <pre> ase;2.2.21 Paris;;ase 17.12.20;;;;;;;;; ase;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;1652;20.2;'''négatif ;-11;18;-1 à -120;'''9 239 851;-1;1652;610;9 ;'''zéro;35;0.4;;;;;'''intercals;0;35;620;10 ;'''1 à 200;4832;58.9;'''0 à 200;76;56;;'''1 063 558;5;327;630;11 ;'''201 à 370;1047;12.8;'''201 à 370;270;48;;'''11.5%;10;278;640;9 ;'''371 à 600;399;4.9;'''371 à 600;466;64;;;15;208;650;8 ;'''601 à max;232;2.8;'''601 à 1028;901;335;;;20;164;660;5 ;'''total 8197;<201;79.5;'''total 8191;125;189;-120 à 2272;;25;153;670;10 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;135;680;7 3108649;3760;-1;1652;-70;42;;0;35;35;146;690;2 5950001;3290;0;35;-60;13;;-1;°168;40;143;700;3 9227973;3263;1;°80;-50;29;;-2;18;45;135;710;4 5776402;3118;2;64;-40;23;;-3;0;50;144;720;4 6218652;2918;3;61;-30;39;'''min à -1;-4;°976;55;169;730;4 2517961;2663;4;°69;-20;73;1652;-5;1;60;144;740;5 7134889;2272;5;53;-10;159;20.2%;-6;2;65;154;750;6 355339;2255;6;40;0;1309;;-7;29;70;176;760;4 6142216;2155;7;43;10;605;;-8;°77;75;138;770;5 744687;2103;8;46;20;372;;-9;3;80;148;780;3 7132107;2080;9;70;30;288;;-10;13;85;145;790;4 713737;2014;10;°79;40;289;'''1 à 100;-11;°39;90;130;800;5 56486;1991;11;58;50;279;3264;-12;5;95;123;810;3 7915401;1920;12;44;60;313;39.8%;-13;18;100;104;820;5 1728815;1782;13;41;70;330;;-14;°30;105;106;830;3 6917877;1616;14;31;80;286;;-15;12;110;111;840;5 3627392;1532;15;34;90;275;;-16;9;115;101;850;3 6902269;1526;16;°45;100;227;;-17;°18;120;79;860;1 7156539;1508;17;29;110;217;;-18;4;125;101;870;4 4817485;1484;18;20;120;180;;-19;11;130;91;880;4 3228912;1467;19;27;130;192;;-20;°11;135;89;890;4 1528987;1458;20;°43;140;177;;-21;1;140;88;900;1 8078456;1411;21;35;150;140;;-22;5;145;76;910;1 8199307;1409;22;35;160;155;;-23;°15;150;64;920;1 5463416;1395;23;30;170;137;'''1 à 200;-24;7;155;89;930;1 1188761;1392;24;24;180;116;4832;-25;6;160;66;940;1 9239126;1338;25;29;190;131;58.9%;-26;°13;165;76;950;2 3240125;1331;26;26;200;123;;-27;1;170;61;960;0 1083604;1320;27;31;210;100;;-28;7;175;58;970;7 6788001;1297;28;20;220;85;;-29;°7;180;58;980;0 3417418;1292;29;32;230;95;;-30;2;185;67;990;3 6304514;1289;30;26;240;76;'''0 à 200;-31;5;190;64;1000;4 8425004;1285;31;23;250;89;4867;-32;°11;195;72;1010;0 5338257;1267;32;°40;260;53;;;1559;200;51;1020;1 204079;1263;33;30;270;76;;reste;128;205;54;1030;1 6897972;1260;34;27;280;67;;total;1687;210;46;1040;2 ;;35;26;290;52;;;;215;45;1050;3 ;;36;26;300;51;;'''intercal;'''<u>frequence5;220;40;1060;2 ;;37;30;310;52;;600;7965;225;50;1070;0 ;;38;°36;320;44;;650;47;230;45;1080;0 ;;39;21;330;36;;700;27;235;43;1090;3 ;;40;30;340;52;'''201 à 370;750;23;240;33;1100;0 ;;reste;4956;350;46;1047;800;21;245;45;1110;1 ;;total;8197;360;43;12.8%;850;19;250;44;1120;1 ;;;;370;30;;900;14;255;28;1130;1 ;;;;380;25;;950;6;260;25;1140;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;27;;1000;14;265;34;1150;0 1905626;-120;comp;;400;25;;1050;7;270;42;1160;0 1623585;-119;shift2;1160;410;16;;1100;5;275;37;1170;0 3648339;-119;comp;;420;36;;1150;3;280;30;1180;2 5459717;-119;shift2;533;430;19;;1200;4;285;23;1190;1 2592786;-111;comp;;440;20;;1250;2;290;29;1200;1 7166313;-110;shift2;3494;450;19;;1300;11;295;24;reste;42 2954690;-109;;;460;19;;1350;3;300;27;total;8197 3376872;-109;;;470;16;;1400;2;305;28;; 1386988;-107;;;480;20;;1450;2;310;24;; 1241468;-106;;;490;21;;1500;3;315;23;; 2667462;-106;;;500;13;;1550;3;320;21;; 5582768;-106;;;510;22;;1600;0;325;19;; 4986287;-105;;;520;14;;1650;1;330;17;; 5304717;-101;;;530;4;;1700;0;335;33;; 3730598;-100;;;540;16;'''371 à 600;1750;0;340;19;; 5353721;-97;;;550;11;399;1800;1;345;22;; 6351308;-97;;;560;10;4.9%;1850;0;350;24;; 9179797;-95;;;570;12;;1900;0;355;21;; 594603;-94;;;580;14;'''601 à max;1950;1;360;22;; 6906822;-94;;;590;12;232;2000;1;365;12;; 323356;-93;;;600;8;2.8%;;220;370;18;; 1310874;-93;;;reste;232;;reste;12;reste;631;; 5450079;-91;;;total;8197;;total;8197;total;8197;; </pre> ====ase intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> corrélations;;;;;;;;;;;;;; ase. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;; cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;; 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ase;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;19;-108;35;46;872;189;max70;&-43;352;-987;104;910;273;min50 31 à 400;22;-129;74;44;881;195;2 parties;&-18;182;-637;85;976;337;2 parties droite;-a;cste; -;R2;note;R2’;;&-a;cste; -;R2;note;R2’; 1 à 400;125;51; -;847;dte;25;tf;&184;63; -;694;poly;216;SF 31 à 400;129;52; -;849;dte;32;tf;&141;51; -;827;poly;149;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;corrélation;;;;;;;;;;;;; 41-n;0.959;0.922;0.940;;0.346;;;;;;;;;;;;; 1-n;0.814;0.646;0.725;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;; ase;fx;fc;;fx40;fc40;;ase;fx%;fc%;;x;;ase;comp’;continu;ase;comp’;continu 0;22;13;0;22;13;;0;9;4;>0;2657;;-1;0;168;-51;3;0 10;141;464;1;20;60;;10;59;130;<0;352;;-2;18;0;-52;0;3 20;93;279;2;5;59;;20;39;78;zéro;22;;-3;0;0;-53;4;0 30;92;196;3;23;38;;30;38;55;total;3031;;-4;91;885;-54;1;0 40;63;226;4;21;48;;40;26;64;;c;;-5;0;1;-55;0;1 50;101;178;5;10;43;;50;42;50;>0;3853;;-6;2;0;-56;4;0 60;130;183;6;12;28;;60;54;51;<0;1300;;-7;11;18;-57;1;0 70;137;193;7;12;31;;70;57;54;zéro;13;;-8;6;71;-58;3;0 80;126;160;8;9;37;;80;53;45;total;5166;;-9;2;1;-59;4;2 90;104;171;9;17;53;;90;43;48;;;;-10;4;9;-60;0;0 100;101;126;10;12;67;;100;42;35;;;;-11;17;22;-61;0;0 110;95;122;11;9;49;;110;40;34;;;;-12;5;0;-62;2;0 120;82;98;12;11;33;;120;34;28;;;;-13;6;12;-63;0;0 130;96;96;13;8;33;;130;40;27;;;;-14;18;12;-64;1;0 140;89;88;14;5;26;;140;37;25;;;;-15;11;1;-65;3;0 150;62;78;15;11;23;;150;26;22;;;;-16;4;5;-66;1;0 160;73;82;16;17;28;;160;30;23;;;;-17;12;6;-67;2;1 170;66;71;17;6;23;;170;28;20;;;;-18;4;0;-68;2;0 180;59;57;18;8;12;;180;25;16;;;;-19;6;5;-69;1;0 190;61;70;19;10;17;;190;25;20;;;;-20;5;6;-70;0;2 200;65;58;20;8;35;;200;27;16;;;;-21;1;0;-71;0;0 210;55;45;21;15;20;;210;23;13;;;;-22;2;3;-72;2;0 220;39;46;22;11;24;;220;16;13;;;;-23;8;7;-73;0;0 230;42;53;23;7;23;;230;18;15;;;;-24;7;0;-74;1;1 240;39;37;24;10;14;;240;16;10;;;;-25;1;5;-75;0;0 250;41;48;25;11;18;;250;17;13;;;;-26;8;5;-76;0;1 260;36;17;26;2;24;;260;15;5;;;;-27;0;1;-77;0;0 270;43;33;27;17;14;;270;18;9;;;;-28;3;4;-78;0;0 280;34;33;28;6;14;;280;14;9;;;;-29;3;4;-79;0;1 290;23;29;29;4;28;;290;10;8;;;;-30;2;0;-80;1;0 300;22;29;30;9;17;;300;9;8;;;;-31;4;1;-81;1;0 310;31;21;31;1;22;;310;13;6;;;;-32;7;4;-82;2;1 320;22;22;32;6;34;;320;9;6;;;;-33;2;0;-83;0;0 330;16;20;33;10;20;;330;7;6;;;;-34;3;1;-84;0;0 340;20;32;34;4;23;;340;8;9;;;;-35;6;0;-85;0;0 350;22;24;35;4;22;;350;9;7;;;;-36;1;0;-86;2;1 360;24;19;36;7;19;;360;10;5;;;;-37;1;2;-87;1;0 370;14;16;37;7;23;;370;6;4;;;;-38;5;0;-88;1;0 380;11;14;38;7;29;;380;5;4;;;;-39;0;0;-89;0;1 390;13;14;39;7;14;;390;5;4;;;;-40;2;1;-90;0;0 400;15;10;40;10;20;;400;6;3;;;;-41;0;3;-91;0;1 reste;259;295;;2268;2688;;;;;;;;-42;2;0;-92;0;0 total;2679;3866;;2679;3866;;t30;136;264;;;;-43;2;1;-93;2;0 diagr;2398;3558;;389;1165;;t50;204;377;;;;-44;2;4;-94;0;2 - t30;2072;2619;;;;;;;;;;;-45;0;0;-95;0;1 - t50;1908;2215;;;;;;;;;;;-46;0;1;-96;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;2;1;-97;0;2 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;-98;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;2;-99;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;3;0;-100;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;53;28;reste;8;7 ;;;;;;;;;;;;;total;352;1300;total;53;28 </pre> ====ase intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_négatifs_S-|ase intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ase;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;; comp’;0;18;0;84;0;2;10;5;2;4;15;4;4;17;10;4;11;4;5;5;1;2;7;6;1;8;0;2;3;1;3;5;2;3;5;1;1;5;0;1;0;2;2;1;0;0;2;0;0;2;2;0;3;1;0;4;0;2;4;0;0;2;0;1;3;1;2;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;2;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;8;319;49 continu;168;0;0;892;1;0;19;72;1;9;24;1;14;13;2;5;7;0;6;6;0;3;8;1;5;5;1;5;4;1;2;6;0;1;1;0;2;0;0;2;3;0;1;5;0;1;1;0;2;1;1;3;1;0;1;0;1;1;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;2;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;1;6;1333;32 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;ase;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;reste;total ;comp’;0;18;0;91;0;2;11;6;2;4;17;5;6;18;11;4;12;4;6;5;1;2;8;7;1;8;0;3;3;2;4;7;2;3;6;1;1;5;0;2;0;2;2;2;0;0;2;0;0;3;53;352;3;0;4;1;0;4;1;3;4;0;0;2;0;1;3;1;2;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;2;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;8;53 ;continu;168;0;0;885;1;0;18;71;1;9;22;0;12;12;1;5;6;0;5;6;0;3;7;0;5;5;1;4;4;0;1;4;0;1;0;0;2;0;0;1;3;0;1;4;0;1;1;0;2;0;28;1300;0;3;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;2;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;7;28 </pre> ====ase autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires|ase autres intercalaires]] <pre> ase;autres intercalaires;;adresses1;;;ase;autres intercalaires;;adresses2;;;ase;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;12497;78;;;deb;°CDS;1519931;217;comp;;deb;°CDS;6543191;412; ;&tRNA;13471;245;;;;&tRNA;1520472;315;;;;&tRNA;6544032;152; ;&tRNA;13790;202;;;fin;°CDS;1520860;;;;;&tRNA;6544259;380; fin;°CDS;14065;;comp;;deb;°CDS;1522138;47;;;deb;°CDS;6544712;113; deb;°CDS;45153;279;comp;;;&tRNA;1522359;827;;;;&tRNA;6546031;178; ;&tRNA;46248;257;comp;;fin;°CDS;1523260;;comp;;fin;°CDS;6546284;; fin;°CDS;46588;;;;deb;°CDS;1604562;38;;;deb;°CDS;6934653;69; deb;°CDS;65469;387;comp;;;&tRNA;1605065;1132;;;;&tRNA;6935889;51;comp ;&tRNA;66711;151;comp;;fin;°CDS;1606269;;;;fin;°CDS;6936014;;comp fin;°CDS;66936;;comp;;deb;°CDS;1618796;261;comp;;deb;°CDS;6991353;983;comp deb;°CDS;145264;595;comp;;;ncRNA;1619690;61;comp;;;$rRNA;6992612;176;comp ;&tRNA;146168;15;comp;;fin;°CDS;1620155;;;;;$rRNA;6992905;344;comp ;&tRNA;146260;62;comp;;deb;°CDS;1935668;362;comp;;;$rRNA;6996322;530;comp ;&tRNA;146396;338;comp;;;&tRNA;1936828;131;comp;;fin;°CDS;6998368;;comp fin;°CDS;146807;;comp;;fin;°CDS;1937036;;;;deb;°CDS;7455514;167; deb;°CDS;153733;555;;;deb;°CDS;2434657;19;;;;&tRNA;7456776;55;comp ;$rRNA;155650;345;;;;&tRNA;2435579;151;comp;;fin;°CDS;7456903;;comp ;$rRNA;157512;105;;;fin;°CDS;2435813;;;;deb;°CDS;7481701;83; ;$rRNA;160691;377;;;deb;°CDS;2570204;793;comp;;;$rRNA;7484073;175;comp fin;°CDS;161185;;comp;;;$rRNA;2571618;352;;;;$rRNA;7484365;352;comp deb;°CDS;164168;92;;;;$rRNA;2573486;100;;;;$rRNA;7487790;799;comp ;&tRNA;164809;274;;;;$rRNA;2576661;247;;;fin;°CDS;7490105;;comp fin;°CDS;165158;;;;fin;°CDS;2577025;;comp;;deb;°CDS;7670534;136; deb;°CDS;261106;434;;;deb;°CDS;4900233;19;comp;;;&tRNA;7671789;18;comp ;&tRNA;262062;817;;;;&tRNA;4901800;29;comp;;;&tRNA;7671882;38;comp fin;°CDS;262948;;;;;&tRNA;4901908;19;comp;;;&tRNA;7671991;116;comp deb;°CDS;457033;185;comp;;deb;°CDS;4902001;23;comp;;fin;°CDS;7672180;;comp ;&tRNA;458877;74;;;;&tRNA;4902345;31;comp;;deb;°CDS;7710075;136; fin;°CDS;459025;;comp;;fin;°CDS;4902449;;comp;;;&tRNA;7711330;28;comp deb;°CDS;568633;491;;;deb;°CDS;4989030;22;;;;&tRNA;7711433;38;comp ;$rRNA;569499;345;;;;&tRNA;4989784;278;;;;&tRNA;7711542;112;comp ;$rRNA;571360;114;;;fin;°CDS;4990157;;comp;;fin;°CDS;7711727;; ;$rRNA;574548;245;;;deb;°CDS;5443888;409;;;deb;°CDS;8111157;546; fin;°CDS;574910;;;;;&tRNA;5444936;20;;;;&tRNA;8112390;532;comp deb;°CDS;627485;42;;;;&tRNA;5445030;32;;;;&tRNA;8112998;57;comp ;&tRNA;628439;8;;;fin;°CDS;5445144;;comp;;;&tRNA;8113128;451;comp fin;°CDS;628521;;comp;;deb;°CDS;6208479;104;;;fin;°CDS;8113651;;comp deb;°CDS;643285;1343;;;;&tRNA;6209594;9;comp;;deb;°CDS;8275151;65; ;&tRNA;645777;459;;;;&tRNA;6209676;17;comp;;;&tRNA;8275876;419; fin;°CDS;646309;;comp;;;&tRNA;6209767;5;comp;;fin;°CDS;8276367;;comp deb;°CDS;747348;430;;;;&tRNA;6209865;4;comp;;deb;°CDS;8391343;135;comp ;&tRNA;748768;148;comp;;;&tRNA;6209944;11;comp;;;&tRNA;8392786;296;comp fin;°CDS;749000;;;;;&tRNA;6210027;4;comp;;fin;°CDS;8393159;;comp deb;°CDS;752175;94;;;;&tRNA;6210105;3;comp;;deb;°CDS;8397029;599;comp ;&tRNA;754798;47;;;;&tRNA;6210181;43;comp;;;&tRNA;8399713;71;comp ;&tRNA;754918;138;;;;&tRNA;6210298;345;comp;;fin;°CDS;8399858;;comp fin;°CDS;755129;;;;fin;°CDS;6210715;;comp;;deb;°CDS;8601686;81;comp deb;°CDS;755829;79;;;deb;°CDS;6288256;317;comp;;;&tRNA;8603210;37;comp ;&tRNA;756304;103;;;;&tRNA;6290910;43;comp;;fin;°CDS;8603318;;comp fin;°CDS;756480;;;;fin;°CDS;6291049;;;;deb;°CDS;8623005;64; deb;°CDS;940643;55;;;deb;°CDS;6397947;699;;;;&tRNA;8623795;171;comp ;&tRNA;942060;221;;;;&tRNA;6399123;199;;;fin;°CDS;8624043;;comp fin;°CDS;942364;;;;;&tRNA;6399396;157;;;deb;°CDS;8821061;136;comp deb;°CDS;1120784;33;;;;&tRNA;6399626;64;;;;&tRNA;8822283;175; ;tmRNA;1121477;553;;;;&tRNA;6399763;81;;;fin;°CDS;8822532;;comp fin;°CDS;1122412;;comp;;;&tRNA;6399916;141;;;deb;°CDS;8945870;190; deb;°CDS;1155560;203;comp;;;&tRNA;6400131;144;;;;&tRNA;8946954;204; ;&tRNA;1156105;89;comp;;;&tRNA;6400352;1;;;fin;°CDS;8947235;;comp fin;°CDS;1156267;;comp;;;&tRNA;6400428;5;;;deb;°CDS;8963177;104;comp deb;°CDS;1222705;262;;;;&tRNA;6400506;34;;;;ncRNA;8966809;83;comp ;&tRNA;1223897;244;comp;;deb;°CDS;6400612;35;;;;&tRNA;8966988;273; fin;°CDS;1224225;;comp;;;&tRNA;6401091;110;;;fin;°CDS;8967346;;comp deb;°CDS;1237525;91;;;;&tRNA;6401274;4;;;deb;°CDS;8969168;91; ;&tRNA;1238207;54;;;;&tRNA;6401352;1;;;;&tRNA;8969592;116;comp fin;°CDS;1238337;;comp;;;&tRNA;6401429;5;;;fin;°CDS;8969798;; deb;°CDS;1248040;132;comp;;;&tRNA;6401509;30;;;deb;°CDS;9077764;329; ;&tRNA;1249399;118;;;;&tRNA;6401615;5;;;;&tRNA;9079185;370;comp ;&tRNA;1249593;-12;;;;&tRNA;6401692;1;;;fin;°CDS;9079627;;comp fin;°CDS;1249654;;comp;;;&tRNA;6401781;6;;;deb;°CDS;9084051;524;comp deb;°CDS;1335812;296;;;;ncRNA;6401861;7;;;;&tRNA;9087239;40;comp ;&tRNA;1336393;13;comp;;;&tRNA;6402235;97;;;;&tRNA;9087352;408;comp fin;°CDS;1336479;;comp;;;&tRNA;6402407;14;;;fin;°CDS;9087851;; deb;°CDS;1399552;373;comp;;;&tRNA;6402492;11;;;deb;°CDS;9100587;77;comp ;&tRNA;1400450;130;comp;;;&tRNA;6402577;1;;;;&tRNA;9101627;1017; ;&tRNA;1400651;38;;;;&tRNA;6402652;1;;;fin;°CDS;9102729;;comp fin;°CDS;1400763;;;;;&tRNA;6402729;1;;;;;;; deb;°CDS;1406634;585;comp;;;&tRNA;6402806;5;;;;;;; ;$rRNA;1407435;344;;;;&tRNA;6402885;44;;;;;;; ;$rRNA;1409295;105;;;;&tRNA;6403003;1;;;;;;; ;$rRNA;1412474;122;;;;&tRNA;6403090;2;;;;;;; fin;°CDS;1412713;;comp;;;&tRNA;6403166;96;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;6403333;411;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;6403817;;comp;;;;;; </pre> ====ase intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_tRNA|ase intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;245;;78;comp’;202;;19;13;; ;;;279;comp’;257;;22;19;'''deb; ;;;387;;151;;23;31;<201;18 ;15;;595;;338;;35;34;total;32 ;62;;;;;;38;37;taux;56% ;;;92;;274;;42;38;; ;;;434;;817;;47;51;'''fin; ;;comp’;185;comp’;74;;55;55;<201;16 ;;;42;comp’;8;;65;71;total;28 ;;;1343;comp’;459;;78;89;taux;57% ;;comp’;430;comp’;148;;79;103;; ;47;;94;;138;;81;116;'''total; ;;;79;;103;;91;138;<201;34 ;;;55;;221;;92;151;total;60 ;;;203;;89;;94;171;taux;57% ;;comp’;262;;244;;113;178;; ;;;91;comp’;54;;135;221;; ;118;comp’;132;comp’;-12;;190;244;; ;;comp’;296;;13;;203;274;; comp’;130;;373;;38;;279;296;; ;;comp’;217;;315;;317;315;; ;;;47;comp’;827;;362;338;; ;;;38;;1132;;373;345;; ;;;362;comp’;131;;387;370;; ;;comp’;19;comp’;151;;409;380;; ;29;;19;;19;;412;451;; ;;;23;;31;;434;817;; ;;;22;comp’;278;;524;1132;; ;20;;409;comp’;32;;595;'''-;; 5aas;9 17 5 4 11 ;comp’;104;;345;;599;'''-;; 3aas;4 3 43;;;;;;699;'''-;; ;;;317;comp’;43;;1343;'''-;'''comp’;'''cumuls 8aas;199 157 64 81 141 144 1 5;;699;;34;;19;'''-12;; 7aas;110 4 1 5 30 5 1 6ncRNA7;;35;comp’;411;;64;8;'''deb; 11aas ;97 14 11 1 1 1 5 44 1 2 96;;;;;;69;32;<201;12 ;152;;412;;380;;77;43;total;18 ;;;113;;178;;91;54;taux;67% ;;comp’;69;;51;;104;74;; ;;comp’;167;;55;;132;112;'''fin; ;18 38;comp’;136;;116;;136;116;<201;12 ;28 38;comp’;136;comp’;112;;136;131;total;23 ;532 57;comp’;546;;451;;136;148;taux;34% ;;;65;comp’;419;;167;151;; ;;;135;;296;;185;175;'''total; ;;;599;;71;;217;202;<201;24 ;;;81;;37;;262;204;total;41 ;;comp’;64;;171;;296;257;taux;59% ;;comp’;136;comp’;175;;329;273;; ;;;190;comp’;204;;430;278;; ;;;;comp’;273;;546;408;; ;;comp’;91;comp’;116;;'''-;411;; ;;comp’;329;;370;;'''-;419;; ;40;;524;comp’;408;;'''-;459;; ;;comp’;77;comp’;1017;;'''-;827;; ;;;;;;;'''-;1017;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;30;28;58;;;;;;; total;50;51;101;;;;;;; taux;60%;55%;57%;;;;;;; </pre> ===blo=== ====blo opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_opérons|blo opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Bifi_long_NCC2705/bifiLong-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_004307.2;blo;genome;57;;; 60%GC;30.6.19 Paris;16s 4;NCBI;gtRNAdb;doubles;intercalaires ;Bifidobacterium longum NCC2705;;;;; ;115187..115260;;val;gta;; ;;;;;; ;159243..160772;;16s;;@1;430 ;161203..164268;;23s;;;168 ;164437..164556;;5s;;; ;;;;;; comp;207382..207457;;tgg;tgg;; ;;;;;; comp;382849..382924;;aac;aac;+;43 comp;382968..383040;;aac;aac;2 aac; ;;;;;; comp;440078..440150;;aac;aac;; ;;;;;; ;503549..503624;;gly;ggc;+;24 ;503649..503719;;tgc;tgc;2 ggc;41 ;503761..503835;;val;gtc;;45 ;503881..503953;;val;gtg;;31 ;503985..504060;;gly;ggc;; ;;;;;; ;521008..521084;;pro;ccc;; ;;;;;; ;648764..648851;;leu;ctc;; ;;;;;; comp;747296..747369;;arg;cgt;+;29 comp;747399..747472;;arg;cgt;2 cgt; ;;;;;; ;775646..775716;;gln;caa;; ;;;;;; ;778709..778784;;ala;gcc;+;86 ;778871..778946;;ala;gcc;2 gcc; ;;;;;; ;793729..793805;;pro;cca;; ;;;;;; comp;804390..804463;;leu;ttg;; ;;;;;; comp;841055..841136;;leu;tta;; ;;;;;; ;937056..937131;;cac;cac;; ;;;;;; comp;981177..981253;;arg;aga;; ;;;;;; ;1202433..1202505;;thr;acg;;87 ;1202593..1202676;;leu;cta;; ;;;;;; ;1208139..1208211;;thr;acg;; ;;;;;; comp;1264390..1264465;;val;gtg;;48 comp;1264514..1264585;;val;gtc;;46 comp;1264632..1264704;;gly;ggc;; ;;;;;; comp;1280591..1280666;;arg;cgg;; ;;;;;; ;1295466..1295542;;atg;atgf;; ;;;;;; comp;1350001..1350074;;lys;aag;; ;;;;;; comp;1388875..1388950;;lys;aaa;; ;;;;;; ;1410594..1410681;;ser;tcc;; ;;;;;; comp;1424793..1424867;;gln;cag;;36 comp;1424904..1424979;;glu;gag;; ;;;;;; comp;1524142..1524215;;gly;ggg;; ;;;;;; ;1534802..1534887;;leu;ctg;; ;;;;;; ;1606163..1606236;;ile;atc;;42 ;1606279..1606351;;ala;gca;; ;;;;;; comp;1646835..1646911;;thr;aca;; ;;;;;; ;1705902..1707431;;16s;;;429 ;1707861..1710926;;23s;;;168 ;1711095..1711215;;5s;;; ;;;;;; ;1712083..1713614;;16s;;;422 ;1714037..1717102;;23s;;;168 ;1717271..1717390;;5s;;; ;;;;;; ;1769952..1770027;;ala;gcg;; ;;;;;; ;1905665..1905740;;tgg;tgg;; ;;;;;; ;1908902..1910431;;16s;;;428 ;1910860..1913926;;23s;;;168 ;1914095..1914214;;5s;;; ;;;;;; ;1936132..1936205;;gly;gga;; ;;;;;; ;1971396..1971477;;tac;tac;;1 ;1971479..1971550;;thr;acc;;4 ;1971555..1971631;;atg;atgj;; ;;;;;; ;1979312..1979401;;ser;agc;; ;;;;;; ;2016025..2016112;;ser;tcg;; ;;;;;; ;2047072..2047159;;ser;tca;; ;;;;;; comp;2068637..2068713;;pro;ccg;; ;;;;;; comp;2085402..2085473;;glu;gaa;; ;;;;;; ;2087969..2088042;;gac;gac;;47 ;2088090..2088165;;ttc;ttc;; ;;;;;; ;2110850..2110926;;gac;gac;; ;;;;;; ;2130626..2130699;;atg;atgi;; ;;;;;; ;2171440..2171512;;arg;agg;; </pre> ====blo cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_cumuls|blo cumuls]] <pre> blo cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;4;1;1;- ;16 23 5s 0;4;20;1; ;16 atc gca;0;40;4; ;16 23 5s a;0;60;7; ;max a;0;80;0; ;a doubles;0;100;2; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;0; sans ;opérons;41;160;0; ;1 aa;31;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;4;;0; ;total aas;55;;15;0 total aas;;55;;; remarques;;1;;; avec jaune;;;moyenne;41; ;;;variance;24; sans jaune;;;moyenne;34; ;;;variance;16; </pre> ====blo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_blocs|blo blocs]] <pre> blo blocs;;;; 16s;430;1530;422;1532 23s;168;3066;168;3066 5s;;120;;120 ;;;; 16s;429;1530;428;1530 23s;168;3066;168;3067 5s;;121;;120 </pre> ====blo remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_remarques|blo remarques]] ====blo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_distribution|blo distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;1;ggc;3;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total blo;;31;;;;;;;blo;19;;;;;;;;blo;6;;;;;; </pre> ====blo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_données_intercalaires|blo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;blo;fx;fc;blo;fx40;fc40;blo;x-;c-;c;x;c;x;aa 2;1;0;2;1;0;2;1;-1;;52;163;190;CDS 16s;; ;0;10;17;87;1;1;12;-2;1;0;231;284;618;518; ;0;20;8;70;2;1;15;-3;;0;-17;-39;573;; ;0;30;15;50;3;1;8;-4;2;109;154;558;5s 16s;; ;1;40;14;34;4;2;5;-5;;0;148;159;866;; ;0;50;16;40;5;3;9;-6;;1;64;95;16s 23s;; ;2;60;17;51;6;1;9;-7;;1;216;204;432;; 1;4;70;16;43;7;1;4;-8;2;8;60;336;3* 431;; 1;3;80;18;40;8;1;8;-9;;0;187;76;23s 5s;; ;0;90;27;47;9;4;6;-10;;3;117;288;4* 170;; 2;1;100;14;34;10;2;11;-11;;9;116;206;5s CDS;; ;1;110;15;42;11;1;10;-12;;0;94;167;375;188; ;4;120;17;40;12;0;7;-13;;0;218;193;;251; ;2;130;18;38;13;1;7;-14;1;10;206;97;tRNA tRNA;; ;1;140;16;38;14;2;3;-15;;0;272;215;43;;aac ;3;150;15;30;15;1;14;-16;;1;467;175;**;;aac 1;3;160;24;25;16;0;8;-17;1;7;67;580;27;;ggc 1;1;170;12;43;17;0;9;-18;;0;192;469;41;;tgc 1;2;180;20;33;18;1;5;-19;1;2;158;-8;48;;gtc 1;1;190;8;15;19;1;3;-20;1;1;149;62;31;;gtg 1;3;200;10;24;20;1;4;-21;;0;251;356;**;;ggc 3;1;210;15;14;21;0;7;-22;1;0;192;309;29;;cgt 1;2;220;16;16;22;2;6;-23;;0;256;204;**;;cgt ;2;230;12;11;23;2;8;-24;;0;365;519;89;;gcc ;1;240;5;17;24;3;4;-25;1;0;433;333;**;;gcc ;1;250;9;12;25;1;6;-26;;1;113;253;87;;acg 1;2;260;6;11;26;3;7;-27;;0;199;;**;;cta ;0;270;6;17;27;1;3;-28;1;1;75;;48;;gtg ;2;280;11;11;28;1;3;-29;;0;142;;46;;gtc 2;0;290;4;3;29;1;4;-30;;0;74;;**;;ggc ;0;300;5;12;30;1;2;-31;;1;306;;39;;cag 1;1;310;6;7;31;2;6;-32;1;0;871;;**;;gag ;1;320;5;11;32;1;3;-33;;0;102;;42;;atc ;2;330;3;3;33;4;2;-34;;0;314;;**;;gca 2;0;340;7;5;34;1;4;-35;1;0;130;;1;;tac ;0;350;2;3;35;0;2;-36;;0;55;;4;;acc 1;0;360;6;6;36;1;3;-37;;0;329;;**;;atgj ;1;370;3;1;37;1;3;-38;1;0;130;;47;;gac ;1;380;5;4;38;1;2;-39;1;0;37;;**;;ttc ;0;390;2;2;39;1;9;-40;;0;178;;;; ;1;400;3;3;40;2;0;-41;;0;519;;;; 4;5;reste;49;51;reste;443;803;-42;;0;61;;;; 26;56;total;499;1045;total;499;1045;-43;;1;71;;;; 20;50;diagr;448;993;diagr;54;241;-44;;0;376;;;; 0;0; t30;40;207;;;;-45;;0;397;;;; ;;;;;;;;-46;;0;327;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;179;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;245;;;; ;x;497;18;2;517;;;-49;;0;222;;;; ;c;1044;210;1;1255;;;-50;;0;271;;;; ;;;;;1772;128;;reste;2;2;69;;;; ;;;;;;1900;;total;18;210;224;;;; ;;;;;;;;;;;422;;;; ;;;;;;;;;;;117;;;; ;;;;;;;;;;;137;;;; ;;;;;;;;;;;156;;;; </pre> =====blo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires_aas|blo autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;blo;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;54774;6;comp; ;regulatory;55434;84;comp; fin;CDS;55670;;; deb;CDS;114598;163;; ;tRNA;115187;231;;gta fin;CDS;115492;;; deb;CDS;139965;-10;comp; ;regulatory;140900;336;comp; fin;CDS;141345;;; deb;CDS;158126;618;; ;rRNA;159245;432;;16s ;rRNA;161203;170;;23s ;rRNA;164439;188;;5s fin;CDS;164744;;comp; deb;CDS;205431;187;; ;tmRNA;206548;238;; deb;CDS;207183;-17;comp; ;tRNA;207388;154;comp;tgg fin;CDS;207612;;comp; deb;CDS;327271;8;; ;ncRNA;327873;493;comp; fin;CDS;328741;;; deb;CDS;381615;190;; ;tRNA;382849;43;comp;aac ;tRNA;382968;284;comp;aac fin;CDS;383325;;; deb;CDS;439838;-39;; ;tRNA;440078;558;comp;aac fin;CDS;440709;;; deb;CDS;502556;159;comp; ;tRNA;503549;27;;ggc ;tRNA;503649;41;;tgc ;tRNA;503761;48;;gtc ;tRNA;503881;31;;gtg ;tRNA;503985;148;;ggc fin;CDS;504209;;; deb;CDS;518814;64;; ;tRNA;521008;216;;ccc fin;CDS;521298;;; deb;CDS;647871;95;comp; ;tRNA;648764;60;;ctc fin;CDS;648912;;; deb;CDS;745690;187;comp; ;tRNA;747296;29;comp;cgt ;tRNA;747399;117;comp;cgt fin;CDS;747590;;comp; deb;CDS;774507;116;; ;tRNA;775646;94;;caa fin;CDS;775811;;; deb;CDS;777792;218;; ;tRNA;778709;89;;gcc ;tRNA;778871;206;;gcc fin;CDS;779150;;; deb;CDS;790385;272;; ;tRNA;793729;467;;cca fin;CDS;794270;;; deb;CDS;803537;67;comp; ;tRNA;804390;204;comp;ttg fin;CDS;804668;;; deb;CDS;840296;192;comp; ;tRNA;841058;158;comp;tta fin;CDS;841295;;comp; deb;CDS;884674;174;comp; ;regulatory;885043;70;comp; fin;CDS;885217;;comp; deb;CDS;902480;104;comp; ;regulatory;903184;90;comp; fin;CDS;903379;;comp; deb;CDS;935658;336;comp; ;tRNA;937056;149;;cac fin;CDS;937281;;; deb;CDS;980173;251;comp; ;tRNA;981180;76;comp;aga fin;CDS;981330;;; deb;CDS;1200444;288;comp; ;tRNA;1202433;87;;acg ;tRNA;1202593;192;;cta fin;CDS;1202866;;; deb;CDS;1206664;206;comp; ;tRNA;1208139;167;;acg fin;CDS;1208379;;comp; deb;CDS;1263240;256;comp; ;tRNA;1264393;48;comp;gtg ;tRNA;1264514;46;comp;gtc ;tRNA;1264632;193;comp;ggc fin;CDS;1264898;;; deb;CDS;1279836;365;comp; ;tRNA;1280591;97;comp;cgg fin;CDS;1280764;;; deb;CDS;1294216;215;comp; ;tRNA;1295466;433;;atgf fin;CDS;1295976;;; deb;CDS;1349627;113;comp; ;tRNA;1350001;199;comp;aag fin;CDS;1350274;;comp; deb;CDS;1387168;75;comp; ;tRNA;1388878;175;comp;aaa fin;CDS;1389126;;; deb;CDS;1408202;580;comp; ;tRNA;1410594;469;;tcc fin;CDS;1411148;;comp; deb;CDS;1424162;142;comp; ;tRNA;1424793;39;comp;cag ;tRNA;1424907;-8;comp;gag fin;CDS;1424972;;; deb;CDS;1446913;71;comp; ;ncRNA;1448136;433;comp; fin;CDS;1448664;;; deb;CDS;1477877;47;comp; ;regulatory;1479277;128;comp; fin;CDS;1479502;;comp; deb;CDS;1523012;62;; ;tRNA;1524142;74;comp;ggg fin;CDS;1524290;;comp; deb;CDS;1533182;306;; ;tRNA;1534802;871;;ctg fin;CDS;1535759;;; deb;CDS;1605867;102;; ;tRNA;1606163;42;;atc ;tRNA;1606279;356;;gca fin;CDS;1606708;;comp; deb;CDS;1645027;314;comp; ;tRNA;1646838;130;comp;aca fin;CDS;1647042;;comp; deb;CDS;1704570;578;comp; ;rRNA;1705904;431;;16s ;rRNA;1707861;170;;23s ;rRNA;1711097;866;;5s ;rRNA;1712080;431;;16s ;rRNA;1714037;170;;23s ;rRNA;1717273;251;;5s fin;CDS;1717641;;comp; deb;CDS;1769786;55;; ;tRNA;1769952;329;;gcg fin;CDS;1770354;;; deb;CDS;1904329;130;; ;tRNA;1905665;37;;tgg fin;CDS;1905778;;; deb;CDS;1907638;573;; ;rRNA;1908904;431;;16s ;rRNA;1910861;170;;23s ;rRNA;1914097;375;;5s fin;CDS;1914589;;; deb;CDS;1935774;178;; ;tRNA;1936132;519;;gga fin;CDS;1936725;;; deb;CDS;1969854;309;comp; ;tRNA;1971396;1;;tac ;tRNA;1971479;4;;acc ;tRNA;1971555;61;;atgj fin;CDS;1971690;;; deb;CDS;1978293;71;; ;tRNA;1979312;376;;agc fin;CDS;1979775;;; deb;CDS;2014827;397;; ;tRNA;2016025;327;;tcg fin;CDS;2016437;;; deb;CDS;2045606;179;; ;tRNA;2047072;245;;tca fin;CDS;2047402;;; deb;CDS;2067227;222;comp; ;tRNA;2068640;204;comp;ccg fin;CDS;2068918;;; deb;CDS;2084303;271;comp; ;tRNA;2085402;69;comp;gaa fin;CDS;2085543;;comp; deb;CDS;2086731;224;; ;tRNA;2087969;47;;gac ;tRNA;2088090;519;;ttc fin;CDS;2088685;;comp; deb;CDS;2108837;333;comp; ;tRNA;2110850;422;;gac fin;CDS;2111349;;; deb;CDS;2129279;117;; ;tRNA;2130626;137;;atgi fin;CDS;2130837;;; deb;CDS;2170074;253;comp; ;tRNA;2171440;156;;agg fin;CDS;2171669;;; </pre> ====blo intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_entre_cds|blo intercalaires entre cds]] *'''Tableau''' <pre> blo;2.2.21 Paris;;blo 25.10.20;;;;;;; blo;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;228;12.9;'''négatif ;-8;13;-1 à -102;'''2 256 640;-1;228 ;'''zéro;3;0.2;;;;;'''intercals;0;3 ;'''1 à 200;1141;64.4;'''0 à 200;88;57;;'''240 201;5;57 ;'''201 à 370;281;15.9;'''201 à 370;265;46;;'''10.6%;10;47 ;'''371 à 600;85;4.8;'''371 à 600;459;65;;;15;46 ;'''601 à max;34;1.9;'''601 à 1028;732;131;;;20;32 ;'''total 1772;<201;77.4;'''total 1770;133;145;-102 à 1039;;25;39 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;26 1260892;1331;-1;228;-70;3;;0;3;35;25 249292;1253;0;3;-60;0;;-1;°52;40;23 620443;1039;1;13;-50;1;;-2;1;45;27 1772723;1037;2;°16;-40;1;;-3;0;50;29 605939;1003;3;9;-30;5;'''min à -1;-4;°111;55;26 1482011;982;4;7;-20;7;228;-5;0;60;42 2120197;922;5;°12;-10;35;12.9%;-6;1;65;34 1612791;831;6;10;0;179;;-7;1;70;25 1661121;780;7;5;10;104;;-8;°10;75;29 1176021;773;8;9;20;78;;-9;0;80;29 934521;765;9;10;30;65;;-10;3;85;31 1783600;752;10;°13;40;48;'''1 à 100;-11;°9;90;43 1589918;746;11;11;50;56;658;-12;0;95;20 550195;745;12;7;60;68;37.1%;-13;0;100;28 1622403;735;13;8;70;59;;-14;°11;105;34 2035292;729;14;5;80;58;;-15;0;110;23 1358695;698;15;°15;90;74;;-16;1;115;36 1450919;688;16;8;100;48;;-17;°8;120;21 1873696;679;17;9;110;57;;-18;0;125;32 1968887;673;18;6;120;57;;-19;3;130;24 1571609;667;19;4;130;56;;-20;°2;135;33 2192649;666;20;5;140;54;;-21;0;140;21 543951;653;21;7;150;45;;-22;1;145;20 551929;649;22;8;160;49;;-23;0;150;25 1166018;635;23;°10;170;55;'''1 à 200;-24;0;155;24 1199447;631;24;7;180;53;1141;-25;1;160;25 132442;628;25;7;190;23;64.4%;-26;1;165;27 1498961;627;26;°10;200;34;;-27;0;170;28 24634;626;27;4;210;29;;-28;°2;175;28 1942663;620;28;4;220;32;;-29;0;180;25 1750223;618;29;5;230;23;;-30;0;185;10 1648197;606;30;3;240;22;;-31;1;190;13 716378;605;31;8;250;21;'''0 à 200;-32;1;195;20 1804621;603;32;4;260;17;1144;;223;200;14 2208591;593;33;6;270;23;;reste;8;205;17 332770;589;34;5;280;22;;total;231;210;12 1653948;587;35;2;290;7;;;;215;17 618810;586;36;4;300;17;;;;220;15 598849;559;37;4;310;13;;intercal;<u>frequencef;225;12 1698789;559;38;3;320;16;;600;1738;230;11 1425641;557;39;°10;330;6;;620;5;235;14 1925114;557;40;2;340;12;'''201 à 370;640;5;240;8 1592846;554;reste;1246;350;5;281;660;2;245;11 733957;552;total;1 772;360;12;15.9%;680;4;250;10 986367;549;;;370;4;;700;2;255;9 1178750;549;;;380;9;;720;;260;8 1832484;546;;;390;4;;740;2;265;11 ;;;;400;6;;760;3;270;12 ;;;;410;5;;780;3;275;15 ;;;;420;11;;800;;280;7 ;;;;430;3;;820;;285;4 ;;;;440;3;;840;1;290;3 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;450;2;;860;;295;8 516682;-102;comp;;460;4;;880;;300;9 267103;-86;shift2;131;470;3;;900;;305;8 822434;-85;comp;;480;3;;920;;310;5 513572;-53;comp;;490;5;;940;1;315;7 287052;-43;shift2;936;500;3;;960;;320;9 398186;-39;comp;;510;2;;980;;325;2 1553080;-38;;;520;3;;1000;1;330;4 1313073;-35;;;530;3;;1020;1;335;5 1110610;-32;;;540;3;'''371 à 600;1040;2;340;7 2249673;-31;;;550;3;85;;32;345;1 946203;-28;;;560;6;4.8%;;;350;4 2164932;-28;;;570;0;;;;355;7 1823782;-26;;;580;0;'''601 à max;;;360;5 794270;-25;;;590;3;34;;;365;2 2058333;-22;;;600;1;1.9%;;;370;2 268522;-20;;;reste;34;;reste;2;reste;119 1310253;-20;;;total;1772;;total;1772;total;1772 </pre> ====blo intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> blo Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; blo;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;33;-233;362;24;728;235;min20;&-5.7;69;-354;69;868;404;min40 31 à 400;;;;;;;2 parties;&28;-174;163;38;897;207;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;93;44;-;590;poly;138;tF;&159;58;;827;dte;41;Sf 31 à 400;;;;;;;;&136;51;-;861;dte;36;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; ;400;200;250;;;;;-0.109;;;;;; 41-n;0.820;0.406;0.537;;;;;;;;;;; 1-n;0.669;0.038;0.255;;;;;;;;;14.8.21 paris;; blo;fx;fc;;blo;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;blo;Sx-;Sc- 0;2;1;;0;4;1;0;2;1;>0;497;-1;0;52 10;17;87;;10;38;88;1;1;12;<0;18;-2;1;0 20;8;70;;20;18;70;2;1;15;zéro;2;-3;0;0 30;15;50;;30;33;50;3;1;8;total;517;-4;2;109 40;14;34;;40;31;34;4;2;5;;c;-5;0;0 50;16;40;;50;36;40;5;3;9;>0;1044;-6;0;1 60;17;51;;60;38;51;6;1;9;<0;210;-7;0;1 70;16;43;;70;36;43;7;1;4;zéro;1;-8;2;8 80;18;40;;80;40;40;8;1;8;total;1255;-9;0;0 90;27;47;;90;60;47;9;4;6;;;-10;0;3 100;14;34;;100;31;34;10;2;11;total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reste;49;51;;;;;reste;443;803;;;-42;0;0 total;499;1045;;t30;89;208;total;499;1045;;;-43;0;1 diagr;448;993;;;;;diagr;54;241;;;-44;0;0 - t30;408;786;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;2;2 ;;;;;;;;;;;;total;18;210 </pre> ====blo intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_négatifs_S-|blo intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> blo;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;1;;2;;;;2;;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;1;;;;1;;;1;;;1;1;;;;;;;;;;;;2;16 continu;52;0;0;109;0;1;1;8;0;3;9;0;0;10;0;1;7;0;2;2;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;212 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;blo;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;2;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;18 ;Sc-;52;0;0;109;0;1;1;8;0;3;9;0;0;10;0;1;7;0;2;1;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;210 </pre> ====blo autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires|blo autres intercalaires]] <pre> blo;autres intercalaires;;adresses1;;;blo;autres intercalaires;;adresses2;;;blo;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;54774;6;comp;;deb;°CDS;840296;192;comp;;deb;°CDS;1645027;314;comp ;regulatory;55434;84;comp;;;&tRNA;841058;158;comp;;;&tRNA;1646838;130;comp fin;°CDS;55670;;;;fin;°CDS;841295;;comp;;fin;°CDS;1647042;;comp deb;°CDS;114598;163;;;deb;°CDS;884674;174;comp;;deb;°CDS;1704570;578;comp ;&tRNA;115187;231;;;;regulatory;885043;70;comp;;;$rRNA;1705904;431; fin;°CDS;115492;;;;fin;°CDS;885217;;comp;;;$rRNA;1707861;170; deb;°CDS;139965;-10;comp;;deb;°CDS;902480;104;comp;;;$rRNA;1711097;866; ;regulatory;140900;336;comp;;;regulatory;903184;90;comp;;;$rRNA;1712080;431; fin;°CDS;141345;;;;fin;°CDS;903379;;comp;;;$rRNA;1714037;170; deb;°CDS;158126;618;;;deb;°CDS;935658;336;comp;;;$rRNA;1717273;251; ;$rRNA;159245;432;;;;&tRNA;937056;149;;;fin;°CDS;1717641;;comp ;$rRNA;161203;170;;;fin;°CDS;937281;;;;deb;°CDS;1769786;55; ;$rRNA;164439;188;;;deb;°CDS;980173;251;comp;;;&tRNA;1769952;329; fin;°CDS;164744;;comp;;;&tRNA;981180;76;comp;;fin;°CDS;1770354;; deb;°CDS;205431;187;;;fin;°CDS;981330;;;;deb;°CDS;1904329;130; ;tmRNA;206548;238;;;deb;°CDS;1200444;288;comp;;;&tRNA;1905665;37; deb;°CDS;207183;-17;comp;;;&tRNA;1202433;87;;;fin;°CDS;1905778;; ;&tRNA;207388;154;comp;;;&tRNA;1202593;192;;;deb;°CDS;1907638;573; fin;°CDS;207612;;comp;;fin;°CDS;1202866;;;;;$rRNA;1908904;431; deb;°CDS;327271;8;;;deb;°CDS;1206664;206;comp;;;$rRNA;1910861;170; ;ncRNA;327873;493;comp;;;&tRNA;1208139;167;;;;$rRNA;1914097;375; 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;&tRNA;521008;216;;;;&tRNA;1388878;175;comp;;;&tRNA;2047072;245; fin;°CDS;521298;;;;fin;°CDS;1389126;;;;fin;°CDS;2047402;; deb;°CDS;647871;95;comp;;deb;°CDS;1408202;580;comp;;deb;°CDS;2067227;222;comp ;&tRNA;648764;60;;;;&tRNA;1410594;469;;;;&tRNA;2068640;204;comp fin;°CDS;648912;;;;fin;°CDS;1411148;;comp;;fin;°CDS;2068918;; deb;°CDS;745690;187;comp;;deb;°CDS;1424162;142;comp;;deb;°CDS;2084303;271;comp ;&tRNA;747296;29;comp;;;&tRNA;1424793;39;comp;;;&tRNA;2085402;69;comp ;&tRNA;747399;117;comp;;;&tRNA;1424907;-8;comp;;fin;°CDS;2085543;;comp fin;°CDS;747590;;comp;;fin;°CDS;1424972;;;;deb;°CDS;2086731;224; deb;°CDS;774507;116;;;deb;°CDS;1446913;71;comp;;;&tRNA;2087969;47; ;&tRNA;775646;94;;;;ncRNA;1448136;433;comp;;;&tRNA;2088090;519; fin;°CDS;775811;;;;fin;°CDS;1448664;;;;fin;°CDS;2088685;;comp deb;°CDS;777792;218;;;deb;°CDS;1477877;47;comp;;deb;°CDS;2108837;333;comp ;&tRNA;778709;89;;;;regulatory;1479277;128;comp;;;&tRNA;2110850;422; ;&tRNA;778871;206;;;fin;°CDS;1479502;;comp;;fin;°CDS;2111349;; fin;°CDS;779150;;;;deb;°CDS;1523012;62;;;deb;°CDS;2129279;117; deb;°CDS;790385;272;;;;&tRNA;1524142;74;comp;;;&tRNA;2130626;137; ;&tRNA;793729;467;;;fin;°CDS;1524290;;comp;;fin;°CDS;2130837;; fin;°CDS;794270;;;;deb;°CDS;1533182;306;;;deb;°CDS;2170074;253;comp deb;°CDS;803537;67;comp;;;&tRNA;1534802;871;;;;&tRNA;2171440;156; ;&tRNA;804390;204;comp;;fin;°CDS;1535759;;;;fin;°CDS;2171669;; fin;°CDS;804668;;;;deb;°CDS;1605867;102;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1606163;42;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1606279;356;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1606708;;comp;;;;;; </pre> ====blo intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_tRNA|blo intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; *;;;163;;231;;'''-17;60;; ;;;-17;;154;;24;61;'''deb; ;43;comp’;190;comp’;284;;65;69;<201;15 ;;comp’;-39;comp’;558;;67;74;total;26 ;27 41 48 31;comp’;159;;148;;71;94;taux;58% ;;;24;;216;;75;117;; ;;comp’;95;;60;;102;130;'''fin; ;29;;187;;117;;113;137;<201;15 ;;;116;;94;;116;148;total;26 ;89;;218;;206;;117;149;taux;58% ;;;212;;467;;142;154;; ;;;67;comp’;204;;163;156;'''total; ;;;192;;158;;179;158;<201;30 ;;comp’;336;;149;;187;192;total;52 ;;;251;comp’;76;;192;199;taux;58% ;87;comp’;288;;192;;212;206;; ;;comp’;206;comp’;167;;218;216;; ;48 46;;256;comp’;193;;222;231;; ;;;365;comp’;97;;224;245;; ;;comp’;215;;433;;251;327;; ;;;113;;199;;256;329;; ;;;75;comp’;175;;271;376;; ;;comp’;580;comp’;469;;306;422;; ;39;;142;comp’;-8;;314;433;; ;;comp’;62;;74;;365;467;; ;;;306;;871;;397;871;'''comp’;'''cumuls ;42;;102;comp’;356;;'''-39;'''-8;'''deb; ;;;314;;130;;62;76;<201;5 ;;;65;;329;;95;97;total;13 ;1 4;comp’;309;;61;;159;167;taux;38% ;;;71;;376;;190;175;'''fin; ;;;397;;327;;206;193;<201;6 ;;;179;;245;;215;204;total;13 ;;;222;comp’;204;;253;204;taux;46% ;;;271;;69;;288;284;; ;47;;224;comp’;519;;309;356;'''total; ;;comp’;333;;422;;333;469;<201;11 ;;;117;;137;;336;519;total;26 ;;comp’;253;;156;;580;558;taux;42% ;;;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;;;; ;<201;20;21;41;;;;;; ;total;39;39;78;;;;;; ;taux;51%;54%;53%;;;;;; </pre> ===sma=== ====sma opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_opérons|sma opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Stre_aver_MA_4680_NBRC_14893/streAver_MA_4680_NBRC_14893-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_003155.5;sma;;;; 70%GC;30.6.19 Paris;16s 6;74;doubles;intercalaires ;Streptomyces avermitilis MA-4680;;;; ;357776..357847;;gtg;; ;;;;; comp;1219274..1219346;;gga;; ;;;;; comp;1225751..1225823;;gga;; ;;;;; ;1675869..1675942;;atgf;; ;;;;; comp;1965347..1965423;;ccc;; ;;;;; comp;1992012..1992088;;ccc;; ;;;;; comp;2222599..2222686;;ctc;; ;;;;; comp;3072632..3072707;;acc;; ;;;;; comp;3073568..3073684;;5s;@1;84 comp;3073769..3076918;;23s;;288 comp;3077207..3078737;;16s;; ;;;;; comp;3295252..3295324;;gag;+;20 comp;3295345..3295416;;cag;3 gag ;21 comp;3295438..3295510;;gag;2 cag;62 comp;3295573..3295645;;gag;;42 comp;3295688..3295759;;cag;; ;;;;; ;3655871..3655942;;cgg;; ;;;;; comp;3813093..3813166;;atgf;; ;;;;; comp;3815457..3815530;;atgf;; ;;;;; comp;4362610..4362695;;tta;; ;;;;; ;4410534..4410608;;caa;; ;;;;; comp;4542466..4542542;;gcg;; ;;;;; ;4589760..4589835;;agg;; ;;;;; comp;4886830..4886906;;aca;; ;;;;; comp;5024109..5024225;;5s;;84 comp;5024310..5027458;;23s;;288 comp;5027747..5029277;;16s;; ;;;;; comp;5051970..5052043;;atgf;; ;;;;; comp;5055486..5055561;;aaa;; ;;;;; ;5063087..5063159;;gaa;;47 ;5063207..5063281;;gac;;24 ;5063306..5063382;;ttc;; ;;;;; ;5068123..5068197;;gac;; ;;;;; ;5081640..5081711;;gga;;79 ;5081791..5081866;;ggc;; ;;;;; ;5085779..5085854;;ggc;; ;;;;; ;5095224..5095311;;tcc;; ;;;;; ;5129698..5129782;;tcg;; ;;;;; comp;5154937..5155009;;cgt;;205 comp;5155215..5155305;;agc;; ;;;;; comp;5177691..5177777;;tca;; ;;;;; comp;5206939..5207028;;agc;; ;;;;; comp;5299302..5299378;;atc;; ;;;;; ;5304905..5304977;;gca;; ;;;;; ;5322106..5322192;;ctg;; ;;;;; comp;5452769..5452842;;ggg;; ;;;;; comp;5594481..5594554;;ccg;; ;;;;; ;5650316..5650389;;acg;; ;;;;; ;5759342..5760872;;16s;;288 ;5761161..5764309;;23s;;84 ;5764394..5764510;;5s;; ;;;;; ;5950170..5950251;;tac;; ;;;;; ;5956602..5956674;;acc;;46 ;5956721..5956793;;atg;; ;;;;; ;5964532..5964607;;tgg;; ;;;;; ;6124386..6125916;;16s;;288 ;6126205..6129353;;23s;;84 ;6129438..6129554;;5s;; ;;;;; comp;6242261..6242335;;tgc;; ;;;;; comp;6279029..6279112;;cta;; ;;;;; comp;6329202..6329278;;aag;; ;;;;; comp;6335068..6335141;;aag;; ;;;;; comp;6349312..6349385;;aag;; ;;;;; comp;6372705..6372777;;cac;; ;;;;; comp;6501509..6501584;;aga;; ;;;;; comp;6604435..6604508;;gga;;153 comp;6604662..6604738;;cca;; ;;;;; ;6653846..6653918;;gcc;; ;;;;; ;6658303..6658375;;gcc;; ;;;;; ;6875603..6875675;;aac;+;5 ;6875681..6875753;;aac;2 aac;166 ;6875920..6875996;;atgi;; ;;;;; ;7021984..7022058;;gta;; ;;;;; ;7025336..7025415;;gtg;; ;;;;; comp;7471270..7471342;;ttg;; ;;;;; ;7765513..7767043;;16s;;284 ;7767328..7770477;;23s;;133 ;7770611..7770727;;5s;; ;;;;; comp;7937463..7937550;;ctc;; ;;;;; comp;8122352..8122426;;gtc;+;40 comp;8122467..8122538;;gtc;3 gtc;19 comp;8122558..8122629;;gtc;;1 comp;8122631..8122704;;tgc;;38 comp;8122743..8122815;;ggc;; ;;;;; ;8129564..8129635;;gtg;; ;;;;; ;8139938..8140012;;gtg;; ;;;;; ;8328596..8330126;;16s;;288 ;8330415..8333563;;23s;;84 ;8333648..8333764;;5s;; ;;;;; ;8576989..8577062;;ccc;; </pre> ====sma cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_cumuls|sma cumuls]] <pre> sma cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;6;1;1;- ;16 23 5s 0;6;20;3; ;16 atc gca;0;40;4; ;16 23 5s a;0;60;3; ;max a;0;80;2; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;0; sans ;opérons;56;160;1; ;1 aa;48;180;1; ;max a;5;200;0; ;a doubles;3;;1; ;total aas;72;;16;0 total aas;;72;;; remarques;;1;;; avec jaune;;;moyenne;61; ;;;variance;61; sans jaune;;;moyenne;34; ;;;variance;22; </pre> ====sma blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_blocs|sma blocs]] <pre> sma blocs;;;;;; 5s;84;117;84;117;288;1531 23s;288;3150;288;3149;84;3149 16s;;1531;;1531;;117 ;;;;;; 16s;288;1531;284;1531;288;1531 23s;84;3149;133;3150;84;3149 5s;;117;;117;;117 </pre> ====sma remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_remarques|sma remarques]] ====sma données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_données_intercalaires|sma données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;sma;fx;fc;sma;fx40;fc40;sma;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;1;0;9;11;0;9;11;-1;0;126;116;509;CDS 16s;; ;0;10;75;332;1;10;35;-2;4;0;467;132;615;852; ;0;20;67;220;2;3;44;-3;0;0;1265;480;653;675; ;1;30;85;143;3;13;35;-4;15;752;179;36;607;; 2;2;40;73;167;4;14;34;-5;0;0;403;84;641;; 3;1;50;86;141;5;3;47;-6;2;1;430;99;16s 23s;; 5;0;60;86;121;6;9;25;-7;2;12;563;198;5* 312;; ;3;70;78;135;7;9;22;-8;5;56;83;682;308;; 3;0;80;101;144;8;7;27;-9;0;0;91;176;23s 5s;; 1;2;90;101;123;9;3;27;-10;1;7;210;58;5* 89;; 4;3;100;85;131;10;4;36;-11;9;20;229;49;138;; 2;4;110;86;144;11;5;29;-12;0;0;44;57;5s CDS;; 1;6;120;83;122;12;9;22;-13;3;7;112;387;114;114; 2;0;130;91;136;13;5;25;-14;12;9;568;-3;134;; 4;1;140;77;123;14;3;32;-15;3;0;118;183;77;; 1;3;150;84;119;15;10;21;-16;1;5;416;422;144;; 1;0;160;71;111;16;5;21;-17;3;8;426;376;150;; 1;1;170;71;94;17;4;15;-18;3;0;504;56;tRNA tRNA;; 1;1;180;62;75;18;13;13;-19;4;5;112;236;37;;other 4;4;190;73;79;19;6;27;-20;7;11;218;51;37;;other 1;2;200;61;72;20;7;15;-21;0;0;143;116;34;;other ;1;210;59;68;21;11;15;-22;4;1;149;216;**;;tct 1;1;220;41;62;22;6;17;-23;4;4;186;133;20;;gag 2;1;230;45;58;23;7;13;-24;1;0;94;136;21;;cag 1;0;240;52;61;24;12;14;-25;0;4;186;40;62;;gag 1;0;250;51;69;25;8;12;-26;2;3;200;334;42;;gag ;1;260;54;40;26;7;21;-27;0;0;170;182;**;;cag 2;2;270;45;45;27;10;13;-28;0;2;23;408;47;;gaa ;0;280;32;34;28;12;13;-29;2;2;270;520;24;;gac ;1;290;31;50;29;8;18;-30;1;0;65;131;**;;ttc ;1;300;28;40;30;4;7;-31;2;2;183;340;79;;gga 2;0;310;31;41;31;7;17;-32;2;1;294;269;**;;ggc ;0;320;30;30;32;3;23;-33;1;0;63;719;205;;cgt ;0;330;24;41;33;8;16;-34;2;2;256;50;**;;agc 2;0;340;24;31;34;7;20;-35;2;1;120;223;46;;acc ;0;350;27;19;35;4;22;-36;2;0;33;372;**;;atgj ;0;360;20;29;36;7;17;-37;0;1;108;249;-;153;gga ;0;370;20;23;37;9;11;-38;1;1;1408;80;**;;cca 3;0;380;24;25;38;5;13;-39;3;0;88;305;5;;aac 1;0;390;25;33;39;13;13;-40;2;1;107;44;166;;aac ;1;400;13;23;40;10;15;-41;3;1;148;229;**;;atgi 7;12;reste;300;329;reste;2272;3021;-42;1;0;64;58;40;;gtc 59;56;total;2581;3894;total;2581;3894;-43;2;1;131;104;19;;gtc 51;43;diagr;2272;3554;diagr;300;862;-44;0;1;-10;166;1;;gtc 0;1; t30;227;695;;;;-45;0;0;191;310;38;;tgc ;;;;;;;;-46;1;0;117;377;**;;ggc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;185;97;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;97;147;;; ;x;2572;135;9;2716;;;-49;0;2;424;128;;; ;c;3883;1077;11;4971;;;-50;0;3;400;181;;; ;;;;;7687;164;;reste;23;24;105;267;;; ;;;;;;7851;;total;135;1077;261;92;;; ;;;;;;;;;;;105;97;;; ;;;;;;;;;;;544;101;;; ;;;;;;;;;;;39;187;;; ;;;;;;;;;;;285;127;;; ;;;;;;;;;;;;155;;; ;;;;;;;;;;;;76;;; ;;;;;;;;;;;;76;;; </pre> =====sma autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_autres_intercalaires_aas|sma autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;sma;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;357102;357266;509;*; ;;tRNA;357776;357847;116;*;gtg fin;;CDS;357964;359805;;; deb;;CDS;615881;616378;467;*; ;;tRNA;616846;616941;1265;*;tcg fin;;CDS;618207;618728;;; deb;;CDS;1218971;1219141;132;*; ;comp;tRNA;1219274;1219346;480;*;gga fin;;CDS;1219827;1220234;;; deb;;CDS;1674937;1675689;179;*; ;;tRNA;1675869;1675942;36;*;atgf fin;comp;CDS;1675979;1676188;;0; deb;;CDS;1964411;1965265;84;*; ;comp;tRNA;1965350;1965423;99;*;ccc fin;;CDS;1965523;1966050;;; deb;comp;CDS;1990145;1991611;403;*; ;comp;tRNA;1992015;1992088;198;*;ccc fin;;CDS;1992287;1992997;;; deb;comp;CDS;2220285;2222168;430;*; ;comp;tRNA;2222599;2222686;682;*;ctc fin;;CDS;2223369;2223569;;0; deb;comp;CDS;2801738;2802733;176;*; ;;tRNA;2802910;2803004;37;*;other ;;tRNA;2803042;2803136;37;*;other ;;tRNA;2803174;2803268;34;*;other ;;tRNA;2803303;2803400;563;*;tct fin;;CDS;2803964;2804761;;; deb;;CDS;3069826;3072573;58;*; ;comp;tRNA;3072632;3072707;83;*;acc deb;comp;CDS;3072791;3073453;114;*; ;comp;rRNA;3073568;3073684;89;*;117 ;comp;rRNA;3073774;3076897;312;*;3124 ;comp;rRNA;3077210;3078735;615;*;1526 fin;comp;CDS;3079351;3081036;;; deb;;CDS;3294558;3295202;49;*; ;comp;tRNA;3295252;3295324;20;*;gag ;comp;tRNA;3295345;3295416;21;*;cag ;comp;tRNA;3295438;3295510;62;*;gag ;comp;tRNA;3295573;3295645;42;*;gag ;comp;tRNA;3295688;3295759;91;*;cag fin;comp;CDS;3295851;3296585;;; deb;comp;CDS;3655220;3655813;57;*; ;;tRNA;3655871;3655942;387;*;cgg fin;comp;CDS;3656330;3657742;;; deb;;CDS;3812904;3813095;-3;*; ;comp;tRNA;3813093;3813166;210;*;atgf deb;comp;CDS;3813377;3815227;229;*; ;comp;tRNA;3815457;3815530;44;*;atgf fin;comp;CDS;3815575;3818571;;0; deb;;CDS;4361587;4362429;183;*; ;comp;tRNA;4362613;4362695;422;*;tta fin;;CDS;4363118;4363888;;; deb;comp;CDS;4408838;4410157;376;*; ;;tRNA;4410534;4410605;112;*;caa fin;;CDS;4410718;4412166;;; deb;comp;CDS;4541721;4541900;568;*; ;comp;tRNA;4542469;4542542;118;*;gcg fin;comp;CDS;4542661;4544010;;; deb;;CDS;4588309;4589343;416;*; ;;tRNA;4589760;4589835;426;*;agg fin;;CDS;4590262;4590483;;0; deb;;CDS;4885883;4886776;56;*; ;comp;tRNA;4886833;4886906;236;*;aca fin;;CDS;4887143;4888279;;; deb;comp;CDS;5023429;5023974;134;*; ;comp;rRNA;5024109;5024225;89;*;117 ;comp;rRNA;5024315;5027437;312;*;3123 ;comp;rRNA;5027750;5029275;653;*;1526 fin;comp;CDS;5029929;5030477;;0; deb;comp;CDS;5050422;5051465;504;*; ;comp;tRNA;5051970;5052043;112;*;atgf fin;comp;CDS;5052156;5053286;;0; deb;comp;CDS;5054956;5055270;218;*; ;comp;tRNA;5055489;5055561;143;*;aaa fin;comp;CDS;5055705;5057240;;; deb;;CDS;5061300;5062937;149;*; ;;tRNA;5063087;5063159;47;*;gaa ;;tRNA;5063207;5063281;24;*;gac ;;tRNA;5063306;5063379;186;*;ttc fin;;CDS;5063566;5063820;;; deb;;CDS;5064051;5068028;94;*; ;;tRNA;5068123;5068197;186;*;gac fin;;CDS;5068384;5068575;;0; deb;;CDS;5081122;5081439;200;*; ;;tRNA;5081640;5081711;79;*;gga ;;tRNA;5081791;5081866;170;*;ggc fin;;CDS;5082037;5083050;;; deb;;CDS;5085108;5085755;23;*; ;;tRNA;5085779;5085854;51;*;ggc fin;comp;CDS;5085906;5086805;;; 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;;tRNA;8139938;8140009;76;*;gtg fin;comp;CDS;8140086;8140811;;0; deb;comp;CDS;8327473;8327922;675;*; ;;rRNA;8328598;8330123;312;*;1526 ;;rRNA;8330436;8333558;89;*;3123 ;;rRNA;8333648;8333764;150;*;117 fin;;CDS;8333915;8334523;;; deb;;CDS;8575186;8576703;285;*; ;;tRNA;8576989;8577062;76;*;ccc fin;comp;CDS;8577139;8577675;;0; </pre> ====sma distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_distribution|sma distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;4;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;3;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;2;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;3;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;4;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total sma;;48;;;;;;;sma;17;;;;;;;;sma;7;;;;;; </pre> ===ksk=== ====ksk opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_opérons|ksk opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Kita_seta_KM_6054/kitaSeta_KM_6054-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_016109.1;ksk;;;; 72%GC;30.6.19 Paris;16s 9;74;doubles;intercalaires ;Kitasatospora setae KM-6054;;;; comp;631024..631098;;act;; ;;;;; ;976172..976245;;tgc;; ;;;;; comp;1615691..1615765;;gtg;+;206 comp;1615972..1616046;;gtg;2 gtg; ;;;;; ;1621501..1621576;;ggc;;76 ;1621653..1621726;;tgc;;36 ;1621763..1621834;;gtc;+;34 ;1621869..1621940;;gtc;3 gtc;37 ;1621978..1622052;;gtc;; ;;;;; comp;1707344..1707460;;5s;@1;73 comp;1707534..1710667;;23s;;267 comp;1710935..1712463;;16s;; ;;;;; comp;1888620..1888736;;5s;;73 comp;1888810..1891942;;23s;;267 comp;1892210..1893738;;16s;; ;;;;; ;1970574..1970661;;ctc;; ;;;;; ;2264495..2264580;;ttg;; ;;;;; comp;2741186..2741257;;gta;; ;;;;; comp;2788071..2788147;;atgi;; ;;;;; comp;2790422..2790494;;aac;+;5 comp;2790500..2790572;;aac;2 aac; ;;;;; comp;2887231..2887303;;gcc;+;269 comp;2887573..2887645;;gcc;3 gcc;38 comp;2887684..2887756;;gcc;@2; ;;;;; comp;2932411..2932487;;cca;;151 direct;2932639..2932712;;gga;; ;;;;; comp;2982955..2983071;;5s;;73 comp;2983145..2986276;;23s;;266 comp;2986543..2988071;;16s;; ;;;;; ;3018063..3018138;;cac;; ;;;;; ;3036654..3036730;;aag;; ;;;;; ;3044201..3044277;;aag;; ;;;;; ;3111827..3111900;;aag;;129 ;3112030..3112103;;aag;; ;;;;; ;3157748..3157834;;cta;; ;;;;; ;3210241..3210315;;tgc;; ;;;;; comp;3289891..3290007;;5s;;73 comp;3290081..3293213;;23s;;267 comp;3293481..3295009;;16s;; ;;;;; comp;3608705..3608777;;tgg;; ;;;;; comp;3616894..3616969;;atgj;;42 comp;3617012..3617084;;acc;; ;;;;; comp;3618677..3618757;;tac;; ;;;;; comp;3851412..3851488;;aca;; ;;;;; comp;3987214..3987290;;acg;; ;;;;; ;4071208..4071281;;ccg;; ;;;;; ;4095099..4095186;;tcc;; ;;;;; ;4142544..4142633;;tcg;; ;;;;; comp;4160864..4160939;;cgt;+;35 comp;4160975..4161050;;cgt;2 cgt;240 comp;4161291..4161381;;agc;@; ;;;;; comp;4177523..4177608;;tca;; ;;;;; comp;4240397..4240470;;ggg;; ;;;;; ;4285828..4285900;;ggc;+;51 ;4285952..4286027;;ggc;2 ggc; ;;;;; ;4383368..4383444;;atc;; ;;;;; ;4385556..4385631;;gca;; ;;;;; ;4401492..4401575;;ctg;; ;;;;; comp;4622975..4623048;;gac;; ;;;;; comp;4640883..4640959;;ttc;;34 comp;4640994..4641067;;gac;;42 comp;4641110..4641182;;gaa;; ;;;;; ;4651832..4651904;;aaa;; ;;;;; comp;4773547..4773620;;atgf;; ;;;;; comp;4774128..4774201;;atgf;; ;;;;; ;4796510..4798038;;16s;;267 ;4798306..4801439;;23s;;71 ;4801511..4801627;;5s;; ;;;;; ;5027433..5027508;;agg;; ;;;;; ;5076388..5076464;;gcg;; ;;;;; ;5123784..5123856;;acc;; ;;;;; ;5132819..5132892;;caa;; ;;;;; comp;5216466..5216550;;tta;; ;;;;; ;5430075..5430148;;atgf;; ;;;;; comp;5530949..5531020;;cgg;; ;;;;; ;5714968..5715039;;cag;;21 ;5715061..5715133;;gag;+;38 ;5715172..5715244;;gag;3 gag;13 ;5715258..5715330;;gag;2 cag;4 ;5715335..5715409;;cag;; ;;;;; ;5853168..5854696;;16s;;256 ;5854953..5858085;;23s;;73 ;5858159..5858275;;5s;; ;;;;; ;5932168..5933696;;16s;;256 ;5933953..5937085;;23s;;71 ;5937157..5937273;;5s;; ;;;;; ;6074082..6075610;;16s;;264 ;6075875..6079006;;23s; ;73 ;6079080..6079196;;5s;; ;;;;; comp;6104344..6104419;;aga;; ;;;;; ;6400221..6401749;;16s;;267 ;6402017..6405146;;23s; ;106 ;6405253..6405369;;5s;; ;;;;; ;6485836..6485909;;ccc;; ;;;;; ;7355279..7355354;;tgc;;19 ;7355374..7355449;;ggc;; ;;;;; comp;7461078..7461165;;ctc;; </pre> ====ksk cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_cumuls|ksk cumuls]] <pre> ksk cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;9;1;0;- ;16 23 5s 0;9;20;4; ;16 atc gca;0;40;8; ;16 23 5s a;0;60;3; ;max a;0;80;1; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;1; sans ;opérons;49;160;1; ;1 aa;37;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;7;;3; ;total aas;70;;21;0 total aas;;70;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;72; ;;;variance;79; sans jaune;;;moyenne;33; ;;;variance;18; </pre> ====ksk blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_blocs|ksk blocs]] <pre> ksk blocs;;;;;; ;;;;;; 5s;73;117;73;117;73;117 23s;267;3134;267;3133;266;3132 16s;;1529;;1529;;1529 ;;;;;; 16s;73;117;267;1529;256;1529 23s;267;3133;71;3134;73;3133 5s;;1529;;117;;117 ;;;;;; 16s;256;1529;264;1529;267;1529 23s;71;3133;73;3132;106;3130 5s;;117;;117;;117 </pre> ====ksk remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_remarques|ksk remarques]] ====ksk données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_données_intercalaires|ksk données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ksk;fx;fc;ksk;fx40;fc40;ksk;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa 1;1;0;7;4;0;7;4;-1;0;107;188;214;CDS 16s;;;tRNA tRNA;; 1;0;10;98;244;1;2;28;-2;1;0;140;967;619;672;;35;;other ;1;20;92;147;2;1;40;-3;0;1;66;108;525;734;;**;;other ;1;30;100;126;3;4;26;-4;12;663;71;462;645;;;209;;gtg ;1;40;93;170;4;4;29;-5;0;0;108;303;553;;;**;;gtg 2;0;50;75;173;5;3;38;-6;0;1;92;240;452;;;79;;ggc ;3;60;101;159;6;10;16;-7;7;10;156;551;405;;;36;;tgc 3;2;70;104;153;7;47;13;-8;1;45;254;1;611;;;34;;gtc 5;2;80;118;172;8;3;12;-9;1;0;114;92;16s 23s;;;37;;gtc ;3;90;97;176;9;13;19;-10;3;9;176;79;5* 291;;;**;;gtc 3;1;100;102;157;10;11;23;-11;4;22;108;172;290;;;5;;aac 1;5;110;92;183;11;3;27;-12;0;0;101;292;2* 280;;;**;;aac 2;4;120;74;130;12;8;12;-13;4;9;70;299;288;;;269;;gcc ;2;130;70;171;13;9;13;-14;2;16;84;119;23s 5s;;;38;;gcc 2;2;140;68;123;14;3;22;-15;0;1;312;309;6* 78;;;**;;gcc ;3;150;63;112;15;9;10;-16;3;3;139;151;2* 76;;;-;151;cca 2;3;160;74;110;16;9;12;-17;3;12;83;112;108;;;**;;gga ;2;170;62;135;17;9;16;-18;1;0;748;66;5s CDS;;;18;;cga 3;1;180;56;95;18;13;7;-19;0;5;117;176;101;82;;18;;cga 1;1;190;48;106;19;16;13;-20;3;7;88;252;182;;;18;;other ;1;200;48;87;20;13;15;-21;1;0;402;70;251;;;18;;cga 1;0;210;45;69;21;13;7;-22;1;2;329;463;553;;;**;;other 2;0;220;54;57;22;14;14;-23;3;6;52;1447;205;;;129;;aag ;0;230;45;77;23;11;18;-24;1;0;159;310;271;;;**;;aag 1;0;240;44;60;24;11;8;-25;1;1;278;263;3080;;;42;;atgj 1;1;250;40;57;25;12;8;-26;1;3;252;75;239;;;**;;acc 2;3;260;44;43;26;4;13;-27;1;0;58;214;;;;35;;cgt 2;0;270;42;51;27;8;9;-28;4;3;1021;93;;;;240;;cgt ;1;280;36;37;28;9;15;-29;4;2;154;314;;;;**;;agc ;1;290;36;45;29;7;23;-30;2;0;161;201;;;;51;;ggc 2;0;300;30;36;30;11;11;-31;0;2;16;157;;;;**;;ggc 3;0;310;36;33;31;8;18;-32;2;0;285;76;;;;34;;ttc 1;2;320;25;22;32;5;14;-33;0;0;110;353;;;;42;;gac ;1;330;28;22;33;7;11;-34;2;1;116;47;;;;**;;gaa ;0;340;20;22;34;15;19;-35;2;1;109;405;;;;21;;cag 1;0;350;19;23;35;14;19;-36;1;0;145;75;;;;38;;gag 1;0;360;26;20;36;6;17;-37;0;0;122;-3;;;;13;;gag ;0;370;12;20;37;12;18;-38;0;1;245;70;;;;4;;gag ;0;380;18;10;38;8;30;-39;0;0;849;46;;;;**;;gag ;0;390;13;22;39;8;13;-40;2;1;71;180;;;;22;;tgc ;0;400;12;20;40;10;11;-41;0;1;113;246;;;;**;;ggc 8;4;reste;297;316;reste;2174;3304;-42;0;0;149;350;;;;;; 51;52;total;2564;3995;total;2564;3995;-43;0;1;167;80;;;;;; 42;47;diagr;2260;3675;diagr;383;687;-44;0;0;124;183;;;;;; 1;2; t30;290;517;;;;-45;2;0;318;135;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;57;140;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;259;749;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;199;819;;;;;; ;x;2557;93;7;2657;;;-49;1;1;148;251;;;;;; ;c;3991;959;4;4954;;;-50;2;1;-13;94;;;;;; ;;;;;7611;171;;reste;14;21;25;270;;;;;; ;;;;;;7782;;total;93;959;32;;;;;;; </pre> =====ksk autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_autres_intercalaires_aas|ksk autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ksk;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;629741;630835;188;*; ;comp;tRNA;631024;631098;140;*;act fin;comp;CDS;631239;632909;;; deb;comp;CDS;975508;975957;214;*; ;;tRNA;976172;976242;66;*;tgc fin;;CDS;976309;977706;;0; deb;comp;CDS;1013242;1014198;71;*; ;comp;tRNA;1014270;1014354;35;*;other ;comp;tRNA;1014390;1014474;967;*;other fin;;CDS;1015442;1015951;;; deb;;CDS;1614812;1615585;108;*; ;comp;tRNA;1615694;1615765;209;*;gtg ;comp;tRNA;1615975;1616046;462;*;gtg fin;;CDS;1616509;1616922;;; deb;comp;CDS;1620154;1621197;303;*; ;;tRNA;1621501;1621573;79;*;ggc ;;tRNA;1621653;1621726;36;*;tgc ;;tRNA;1621763;1621834;34;*;gtc ;;tRNA;1621869;1621940;37;*;gtc ;;tRNA;1621978;1622052;240;*;gtc fin;comp;CDS;1622293;1622469;;0; deb;comp;CDS;1706631;1707242;101;*; ;comp;rRNA;1707344;1707460;78;*;117 ;comp;rRNA;1707539;1710646;291;*;3108 ;comp;rRNA;1710938;1712461;672;*;1524 fin;;CDS;1713134;1713583;;; deb;;CDS;1888172;1888537;82;*; ;comp;rRNA;1888620;1888736;78;*;117 ;comp;rRNA;1888815;1891921;291;*;3107 ;comp;rRNA;1892213;1893736;619;*;1524 fin;comp;CDS;1894356;1895450;;; deb;comp;CDS;1969567;1970022;551;*; ;;tRNA;1970574;1970661;1;*;ctc fin;comp;CDS;1970663;1971622;;0; deb;comp;CDS;2263749;2264402;92;*; ;;tRNA;2264495;2264577;108;*;ttg fin;;CDS;2264686;2265490;;0; deb;;CDS;2661716;2662345;70;*; ;comp;ncRNA;2662416;2662817;52;*; fin;comp;CDS;2662870;2663124;;1; deb;;CDS;2740927;2741106;79;*; ;comp;tRNA;2741186;2741257;172;*;gta fin;;CDS;2741430;2742695;;; deb;;CDS;2785520;2787781;292;*; ;comp;tRNA;2788074;2788147;299;*;atgi fin;;CDS;2788447;2789340;;; deb;;CDS;2789514;2790302;119;*; ;comp;tRNA;2790422;2790494;5;*;aac ;comp;tRNA;2790500;2790572;309;*;aac fin;;CDS;2790882;2791175;;; deb;comp;CDS;2885846;2887138;92;*; ;comp;tRNA;2887231;2887303;269;*;gcc ;comp;tRNA;2887573;2887645;38;*;gcc ;comp;tRNA;2887684;2887756;156;*;gcc fin;comp;CDS;2887913;2888560;;; deb;comp;CDS;2930765;2932159;254;*; ;comp;tRNA;2932414;2932487;151;*;cca ;;tRNA;2932639;2932712;151;*;gga fin;comp;CDS;2932864;2933883;;; deb;comp;CDS;2982257;2982772;182;*; ;comp;rRNA;2982955;2983071;78;*;117 ;comp;rRNA;2983150;2986255;290;*;3106 ;comp;rRNA;2986546;2988069;525;*;1524 fin;comp;CDS;2988595;2989311;;; deb;;CDS;3017346;3017948;114;*; ;;tRNA;3018063;3018138;176;*;cac fin;;CDS;3018315;3018761;;0; deb;;CDS;3036003;3036545;108;*; ;;tRNA;3036654;3036727;101;*;aag fin;;CDS;3036829;3037074;;1; deb;comp;CDS;3042508;3044088;112;*; ;;tRNA;3044201;3044274;66;*;aag fin;comp;CDS;3044341;3044712;;0; deb;comp;CDS;3073276;3074226;70;*; ;comp;tRNA;3074297;3074387;18;*;cga ;comp;tRNA;3074406;3074496;18;*;cga ;comp;tRNA;3074515;3074605;18;*;other ;comp;tRNA;3074624;3074714;18;*;cga ;comp;tRNA;3074733;3074823;176;*;other fin;;CDS;3075000;3076004;;; deb;;CDS;3110984;3111742;84;*; ;;tRNA;3111827;3111900;129;*;aag ;;tRNA;3112030;3112103;312;*;aag fin;;CDS;3112416;3114647;;; deb;comp;CDS;3155159;3157495;252;*; ;;tRNA;3157748;3157831;70;*;cta fin;comp;CDS;3157902;3158507;;; deb;comp;CDS;3209463;3209777;463;*; ;;tRNA;3210241;3210315;1447;*;tgc fin;comp;CDS;3211763;3211972;;; deb;comp;CDS;3232464;3233834;193;*; ;comp;tmRNA;3234028;3234406;122;*; fin;comp;CDS;3234529;3235011;;; deb;comp;CDS;3289487;3289639;251;*; ;comp;rRNA;3289891;3290007;78;*;117 ;comp;rRNA;3290086;3293192;291;*;3107 ;comp;rRNA;3293484;3295007;645;*;1524 fin;comp;CDS;3295653;3296657;;0; deb;comp;CDS;3608197;3608565;139;*; ;comp;tRNA;3608705;3608777;310;*;tgg fin;;CDS;3609088;3610326;;; deb;comp;CDS;3616649;3616813;83;*; ;comp;tRNA;3616897;3616969;42;*;atgj ;comp;tRNA;3617012;3617084;263;*;acc deb;;CDS;3617348;3618601;75;*; ;comp;tRNA;3618677;3618757;214;*;tac fin;;CDS;3618972;3619460;;; deb;;CDS;3848397;3851321;93;*; ;comp;tRNA;3851415;3851488;314;*;aca fin;;CDS;3851803;3852900;;; deb;comp;CDS;3985689;3986465;748;*; ;comp;tRNA;3987214;3987290;117;*;acg fin;comp;CDS;3987408;3988070;;; deb;;CDS;4070175;4071119;88;*; ;;tRNA;4071208;4071281;402;*;ccg fin;;CDS;4071684;4073162;;; deb;comp;CDS;4092593;4094809;66;*; ;comp;ncRNA;4094876;4094966;132;*; ;;tRNA;4095099;4095183;329;*;tcc fin;;CDS;4095513;4095974;;; deb;;CDS;4142060;4142491;52;*; ;;tRNA;4142544;4142633;159;*;tcg fin;;CDS;4142793;4143458;;0; deb;comp;CDS;4160403;4160585;278;*; ;comp;tRNA;4160864;4160939;35;*;cgt ;comp;tRNA;4160975;4161050;240;*;cgt ;comp;tRNA;4161291;4161381;201;*;agc fin;;CDS;4161583;4164981;;0; deb;comp;CDS;4176515;4177270;252;*; ;comp;tRNA;4177523;4177608;58;*;tca fin;comp;CDS;4177667;4178776;;0; deb;comp;CDS;4235119;4239375;1021;*; ;comp;tRNA;4240397;4240470;157;*;ggg fin;;CDS;4240628;4240849;;; deb;;CDS;4285356;4285673;154;*; ;;tRNA;4285828;4285900;51;*;ggc ;;tRNA;4285952;4286024;161;*;ggc fin;;CDS;4286186;4287187;;; deb;;CDS;4381966;4383351;16;*; ;;tRNA;4383368;4383441;285;*;atc fin;;CDS;4383727;4384749;;; deb;;CDS;4385317;4385445;110;*; ;;tRNA;4385556;4385628;76;*;gca fin;comp;CDS;4385705;4386631;;0; deb;comp;CDS;4400257;4401138;353;*; ;;tRNA;4401492;4401575;47;*;ctg fin;comp;CDS;4401623;4402147;;0; deb;;CDS;4622363;4622569;405;*; ;comp;tRNA;4622975;4623048;116;*;gac fin;comp;CDS;4623165;4627139;;0; deb;comp;CDS;4640228;4640773;109;*; ;comp;tRNA;4640883;4640959;34;*;ttc ;comp;tRNA;4640994;4641067;42;*;gac ;comp;tRNA;4641110;4641182;145;*;gaa fin;comp;CDS;4641328;4641669;;0; deb;;CDS;4651026;4651709;122;*; ;;tRNA;4651832;4651904;245;*;aaa fin;;CDS;4652150;4652317;;0; deb;comp;CDS;4770979;4772697;849;*; ;comp;tRNA;4773547;4773620;75;*;atgf deb;;CDS;4773696;4774130;-3;*; ;comp;tRNA;4774128;4774201;71;*;atgf fin;comp;CDS;4774273;4775532;;0; deb;;CDS;4794735;4795958;553;*; ;;rRNA;4796512;4798035;291;*;1524 ;;rRNA;4798327;4801434;76;*;3108 ;;rRNA;4801511;4801627;280;*;117 fin;;CDS;4801908;4802828;;; deb;;CDS;5026285;5027319;113;*; ;;tRNA;5027433;5027505;70;*;agg fin;comp;CDS;5027576;5028037;;1; deb;;CDS;5075303;5076238;149;*; ;;tRNA;5076388;5076464;46;*;gcg fin;comp;CDS;5076511;5077533;;0; deb;comp;CDS;5121699;5123603;180;*; ;;tRNA;5123784;5123856;167;*;acc fin;;CDS;5124024;5124683;;; deb;comp;CDS;5131586;5132572;246;*; ;;tRNA;5132819;5132889;124;*;caa fin;;CDS;5133014;5134459;;; deb;comp;CDS;5215779;5216147;318;*; ;comp;tRNA;5216466;5216550;350;*;tta fin;;CDS;5216901;5217674;;; deb;;CDS;5427006;5430017;57;*; ;;tRNA;5430075;5430148;259;*;atgf fin;;CDS;5430408;5432459;;; deb;;CDS;5530116;5530868;80;*; ;comp;tRNA;5530949;5531020;183;*;cgg fin;;CDS;5531204;5531737;;; deb;;CDS;5713254;5714768;199;*; ;;tRNA;5714968;5715039;21;*;cag ;;tRNA;5715061;5715133;38;*;gag ;;tRNA;5715172;5715244;13;*;gag ;;tRNA;5715258;5715330;4;*;gag ;;tRNA;5715335;5715409;135;*;gag fin;comp;CDS;5715545;5716258;;0; deb;comp;CDS;5851701;5852435;734;*; ;;rRNA;5853170;5854693;280;*;1524 ;;rRNA;5854974;5858080;78;*;3107 ;;rRNA;5858159;5858275;205;*;117 fin;;CDS;5858481;5859890;;; deb;;CDS;5930032;5931717;452;*; ;;rRNA;5932170;5933693;280;*;1524 ;;rRNA;5933974;5937080;76;*;3107 ;;rRNA;5937157;5937273;271;*;117 fin;;CDS;5937545;5938228;;0; deb;;CDS;6072887;6073678;405;*; ;;rRNA;6074084;6075607;288;*;1524 ;;rRNA;6075896;6079001;78;*;3106 ;;rRNA;6079080;6079196;3080;*;117 fin;;CDS;6082277;6082420;;; deb;;CDS;6103592;6104206;140;*; ;comp;tRNA;6104347;6104419;749;*;aga fin;;CDS;6105169;6105423;;; deb;;CDS;6398346;6399611;611;*; ;;rRNA;6400223;6401746;291;*;1524 ;;rRNA;6402038;6405144;108;*;3107 ;;rRNA;6405253;6405369;239;*;117 fin;;CDS;6405609;6406436;;; deb;;CDS;6484449;6485687;148;*; ;;tRNA;6485836;6485909;819;*;ccc fin;comp;CDS;6486729;6487430;;; deb;comp;CDS;7351591;7353366;251;*; ;;tRNA;7353618;7353693;-13;*;gcc fin;;CDS;7353681;7353821;;; deb;;CDS;7353841;7355253;25;*; ;;tRNA;7355279;7355351;22;*;tgc ;;tRNA;7355374;7355446;32;*;ggc fin;;CDS;7355479;7356687;;0; deb;;CDS;7459688;7460983;94;*; ;comp;tRNA;7461078;7461165;270;*;ctc fin;;CDS;7461436;7462761;;; </pre> ====ksk distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_distribution|ksk distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;3;gac;;ggc;2 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;3;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ksk;;37;;;;;;;ksk;14;;;;;;;;ksk;19;;;;;; </pre> ===actino synthèse=== ====actino distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_génome|actino distribution par génome]] <pre> actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total ase;58;32;;;;0;6;;96 blo;19;31;;;;0;6;;56 sma;17;48;;;;0;7;;72 ksk;14;37;;;;0;19;;70 total;108;148;0;0;0;0;38;0;294 </pre> ====actino distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_du_total|actino distribution du total]] <pre> actino4;;;;;;;294 atgi;4;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;1;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10 atc;5;acc;7;aac;9;agc;7 ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9 gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14 tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5 cta;4;cca;6;caa;3;cga; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7 ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7 atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4 ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5 gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;146;148;;;;0;295 </pre> ====actino distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_type|actino distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38 atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc; ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4 gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2 tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg; ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====actino par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_par_rapport_au_groupe_de_référence|actino par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;55;28;26;;;;109; 16;moyen;50;38;;;;;88; 14;fort;43;42;12;;;;97; ; ;148;108;38;;;;294; 10;g+cga;31;18;15;;;;64; 2;agg+cgg;8;1;;;;;9; 4;carre ccc;15;9;11;;;;35; 5;autres;1;;;;;;1; ;;55;28;26;;;;109; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;187;95;88;;;;371;26 16;moyen;170;129;;;;;299;324 14;fort;146;143;41;;;;330;650 ; ;503;367;129;;;;294;729 10;g+cga;105;61;51;;;;218;10 2;agg+cgg;27;3;;;;;31; 4;carre ccc;51;31;37;;;;119;16 5;autres;3;;;;;;3; ;;187;95;88;;;;371; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;187;95;88;371;26;37;26;68 16;moyen;170;129;;299;324;34;35; 14;fort;146;143;41;330;650;29;39;32 ; ;503;367;129;294;729;148;108;38 10;g+cga;105;61;51;218;10;56;64;58 2;agg+cgg;27;3;;31;;15;4; 4;carre ccc;51;31;37;119;16;27;32;42 5;autres;3;;;3;;2;; ;;187;95;88;371;;55;28;26 </pre> ====actinobacteria, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actinobacteria,_estimation_des_-rRNAs|actinobacteria, estimation des -rRNAs]] <pre> actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 99 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;99;2; ; ;;indices;;;;99;2;0;0;;actino4;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;294 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;7;aac;9;agc;7 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;5;aga;5 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;4;cca;6;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;88;;97;;109;294 26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;86713;0.5;0.2;;;;;;618;21937;0,5;0,2;;actino;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;275 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;25;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;106;tcc;98;tac;104;tgc;118;;ttc;106;tcc;100;tac;104;tgc;118;;ttc;125;tcc;125;tac;125;tgc;250 atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;125;acc;175;aac;225;agc;175 ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;200;ccc;150;cac;125;cgt;225 gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;275;gcc;250;gac;250;ggc;350 tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;125;aga;125 cta;100;cca;100;caa;99;cga;1;;cta;100;cca;100;caa;99;cga;1.4;;cta;100;cca;150;caa;75;cga; gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;100;gca;125;gaa;125;gga;175 ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;125;tcg;100;tag;;tgg;175 atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;100;acg;150;aag;275;agg;100 ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;175;ccg;100;cag;200;cgg;125 gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;250;gcg;150;gag;250;ggg;125 ;;1677;;1634;;1736;5047;;;;1679;;1634;;1736;5049;;;;2200;;2425;;2725;7350 rapports;;100;;100;;100;100;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;actino;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;54.081;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;100;tat;;atgf;51 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;5354;;;0/0;;;;;att;;act;97;aat;;agt;100 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;2;;;10;10;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;99;;;20;12;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;98;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;15;tcc;22;tac;17;tgc;53 atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;actino;73.5;;;40;5;;;;atc;17;acc;37;aac;44;agc;41 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;294;;;50;12;41;;;ctc;44;ccc;29;cac;20;cgt;42 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;0;;;60;4;;;;gtc;47;gcc;48;gac;45;ggc;47 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;0;aaa;17;aga;18 cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par actino ;;;;90;0;;;;cta;0;cca;33;caa;24;cga;100 gta;100;gca;100;gaa;100;gga;100;;est 36% au dessus;;;;100;3;;;;gta;2;gca;5;gaa;19;gga;38 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;16;tcg;20;tag;100;tgg;38 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;2;acg;31;aag;54;agg;4 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;43;ccg;1;cag;45;cgg;16 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;54;gcg;43;gag;43;ggg;17 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;313;;395;;593;1301 </pre> ==cyano== ===npu=== ====npu opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_opérons|npu opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Nost_punc_PCC_73102_ATCC_29133/nostPunc_PCC_73102_ATCC29133-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_010628.1;npu;;genome;;;;;;;; 41.4%GC;12.8.19 Paris;16s 4;79;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Nostoc punctiforme PCC 73102 ATCC 29133 ;;;;;;;;;;; ;199270..199464;;CDS;;237;237;;;65;; comp;199702..199775;;agg;;33;33;;;;; comp;199809..200906;;CDS;;;;;;366;; ;;;;;;;;;;; comp;352653..353060;;CDS;;690;*690;;;136;; comp;353751..353822;;ggc;;147;147;;;;; comp;353970..354548;;CDS;;;;;;193;; ;;;;;;;;;;; ;503259..503606;;CDS;;145;145;;;116;; ;503752..503827;;atgj;+;-1;;*-1;;;; ;503827..503901;;atgj;2 atg;397;397;;;;; ;504299..505384;;CDS;@1;;;;;362;; ;;;;;;;;;;; comp;777899..778429;;CDS;;34;34;;;177;; ;778464..778537;;cgt;;38;38;;;;; comp;778576..779829;;CDS;;;;;;418;; ;;;;;;;;;;; ;878016..878609;;CDS;;384;384;;;198;; ;878994..879064;;tgc;;205;205;;;;; ;879270..879491;;CDS;;;;;;74;; ;;;;;;;;;;; comp;951559..952671;;CDS;;53;53;;;371;; ;952725..952796;;acc;;310;310;;;;; comp;953107..953340;;CDS;;;;;;78;; ;;;;;;;;;;; comp;954493..955170;;CDS;;72;72;;;226;; comp;955243..955315;;aga;;356;356;;;;; ;955672..956331;;CDS;;;;;;220;; ;;;;;;;;;;; ; 1054005..1054811;;CDS;;290;290;;;269;; comp;1055102..1055172;;gga;;50;50;;;;; comp;1055223..1056383;;CDS;;;;;;387;; ;;;;;;;;;;; comp;1175326..1175523;;CDS;;247;247;;;66;; comp;1175771..1175844;;ccg;;138;138;;;;; ;1175983..1176855;;CDS;;;;;;291;; ;;;;;;;;;;; ;1380042..1380593;;CDS;;226;226;;;184;; comp;1380820..1380904;;tcc;;107;107;;;;; ;1381012..1381380;;CDS;;;;;;123;; ;;;;;;;;;;; ;1442145..1442867;;CDS;;32;32;;;241;; ;1442900..1442974;;ttc;;362;362;;;;; ;1443337..1444770;;CDS;;;;;;478;; ;;;;;;;;;;; comp;1650791..1652236;;CDS;;133;133;;;482;; comp;1652370..1652443;;gac;;111;111;;;;; comp;1652555..1653088;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; comp;2020233..2021171;;CDS;;317;317;;;313;; ;2021489..2022985;;16s;;123;;;;1497;; ;2023109..2023185;;atc;;79;;;79;;; ;2023265..2023340;;gca;;249;;;;;; ;2023590..2026486;;23s;;59;;;;2897;; ;2026546..2026663;;5s;;230;230;;;118;; > comp;2026894..2027373;;CDS;;;;;;160;; ;;;;;;;;;;; comp;2303766..2304149;;CDS;;124;124;;;128;; ;2304274..2304349;;cac;;1362;*1362;;;;; ;2305712..2308132;;CDS;;;;;;*807;; ;;;;;;;;;;; comp;3372671..3373291;;CDS;;143;143;;;207;; ;3373435..3373507;;gta;;415;*415;;;;; ;3373923..3374555;;CDS;;;;;;211;; ;;;;;;;;;;; comp;3434121..3435443;;CDS;;204;204;;;441;; comp;3435648..3435739;;agc;;141;141;;;;; comp;3435881..3436813;;CDS;;;;;;311;; ;;;;;;;;;;; ;3439846..3440202;;CDS;@2;-19;*-19;;;119;; comp;3440184..3440257;;gca;;48;;48;;;; comp;3440306..3440378;;aca;+;8;;8;;;; comp;3440387..3440462;;atgf;2 aca;11;;11;;;; comp;3440474..3440546;;cta;;4;;4;;;; comp;3440551..3440623;;ccg;;6;;6;;;; comp;3440630..3440706;;ctc;;2;;2;;;; comp;3440709..3440785;;ctg;;3;;3;;;; comp;3440789..3440861;;cca;;1;;1;;;; comp;3440863..3440940;;tta;;6;;6;;;; comp;3440947..3441023;;ttg;;6;;6;;;; comp;3441030..3441105;;caa;;3;;3;;;; comp;3441109..3441181;;cag;;5;;5;;;; comp;3441187..3441261;;aac;;6;;6;;;; comp;3441268..3441365;;aca;;81;;*81;;;; comp;3441447..3441521;;cgt;;4;;4;;;; comp;3441526..3441615;;agc;;113;;*113;;;; comp;3441729..3441800;;gaa;;58;;58;;;; comp;3441859..3441933;;tgg;;88;;*88;;;; comp;3442022..3442095;;tgc;;132;;*132;;;; comp;3442228..3442301;;gac;;118;118;;;;; comp;3442420..3442614;;CDS;;;;;;65;; ;;;;;;;;;;; ;3448311..3448919;;CDS;;80;80;;;203;; comp;3449000..3449072;;gaa;;120;120;;;;; ;3449193..3449375;;CDS;;;;;;61;; ;;;;;;;;;;; ;4538041..4538745;;CDS;;151;151;;;235;; ;4538897..4538981;;tcg;;194;194;;;;; ;4539176..4540357;;CDS;;;;;;394;; ;;;;;;;;;;; comp;4869164..4869988;;CDS;;584;*584;;;275;; comp;4870573..4870646;;cca;;298;298;;;;; comp;4870945..4871493;;CDS;;;;;;183;; ;;;;;;;;;;; comp;5426384..5427841;;CDS;;100;100;;;486;; comp;5427942..5428018;;atgf;;46;46;;;;; comp;5428065..5429018;;CDS;;;;;;318;; ;;;;;;;;;;; comp;5480844..5481563;;CDS;;407;*407;;;240;; comp;5481971..5482043;;gcc;;94;94;;;;; comp;5482138..5482332;;CDS;;;;;;65;; ;;;;;;;;;;; ;5510568..5511620;;CDS;;319;319;;;351;; comp;5511940..5512057;;5s;;59;;;;118;; comp;5512117..5515016;;23s;;249;;;;2900;; comp;5515266..5515341;;gca;;82;;;82;;; comp;5515424..5515497;;atc;;123;;;;;; comp;5515621..5517117;;16s;;682;*682;;;1497;; comp;5517800..5519035;;CDS;;;;;;412;; ;;;;;;;;;;; comp;5572068..5572769;;CDS;;290;290;;;234;; ;5573060..5573132;;atgi;;153;153;;;;; comp;5573286..5573720;;CDS;;;;;;145;; ;;;;;;;;;;; ;5573827..5574450;;CDS;;93;93;;;208;; comp;5574544..5574615;;aca;;345;345;;;;; ;5574961..5575881;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; < comp;5655591..5655800;;CDS;;21;21;;;70;; comp;5655822..5655893;;aac;;144;144;;;;; comp;5656038..5656589;;CDS;;;;;;184;; ;;;;;;;;;;; ;5688669..5689538;;CDS;;75;75;;;290;; ;5689614..5689689;;ttc;;663;*663;;;;; comp;5690353..5692080;;CDS;;;;;;*576;; ;;;;;;;;;;; ;5756596..5757801;;CDS;;66;66;;;402;; ;5757868..5757940;;cgg;;400;400;;;;; comp;5758341..5759045;;CDS;;;;;;235;; ;;;;;;;;;;; comp;6075820..6077016;;CDS;;175;175;;;399;; comp;6077192..6077263;;ggg;;171;171;;;;; comp;6077435..6078052;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; comp;6083633..6084493;;CDS;;676;*676;;;287;; ;6085170..6086666;;16s;;123;;;;1497;; ;6086790..6086866;;atc;;79;;;79;;; ;6086946..6087021;;gca;;249;;;;;; ;6087271..6090169;;23s;;59;;;;2899;; ;6090229..6090346;;5s;;176;176;;;118;; comp;6090523..6090720;;CDS;;;;;;66;; ;;;;;;;;;;; comp;6498176..6499135;;CDS;;149;149;;;320;; comp;6499285..6499402;;5s;;59;;;;118;; comp;6499462..6502360;;23s;;249;;;;2899;; comp;6502610..6502685;;gca;;79;;;79;;; comp;6502765..6502841;;atc;;123;;;;;; comp;6502965..6504461;;16s;;315;315;;;1497;; ;6504777..6505643;;CDS;;;;;;289;; ;;;;;;;;;;; ;6889916..6890785;;CDS;;61;61;;;290;; ;6890847..6890918;;aaa;;294;294;;;;; comp;6891213..6892148;;CDS;;;;;;312;; ;;;;;;;;;;; ;6948457..6949644;;CDS;;162;162;;;396;; ;6949807..6949888;;cta;;400;400;;;;; ;6950289..6950609;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; comp;6980662..6982233;;CDS;;171;171;;;*524;; ;6982405..6982478;;gtc;;1521;*1521;;;;; comp;6984000..6985919;;CDS;;;;;;*640;; ;;;;;;;;;;; ;7066111..7067829;;CDS;;232;232;;;*573;; comp;7068062..7068133;;caa;;270;270;;;;; comp;7068404..7069606;;CDS;;;;;;401;; ;;;;;;;;;;; comp;7071719..7071991;;CDS;;39;39;;;91;; comp;7072031..7072114;;ttg;;109;109;;;;; comp;7072224..7073345;;CDS;;;;;;374;; ;;;;;;;;;;; comp;7074644..7076011;;CDS;;409;*409;;;456;; ;7076421..7076502;;ctg;;95;95;;;;; ;7076598..7077374;;CDS;;;;;;259;; ;;;;;;;;;;; ;7130044..7131132;;CDS;;131;131;;;363;; comp;7131264..7131335;;acg;;33;33;;;;; ;7131369..7131662;;CDS;;;;;;98;; ;;;;;;;;;;; ;7224805..7225167;;CDS;;146;146;;;121;; ;7225314..7225386;;tgg;;378;378;;;;; ;7225765..7225986;;CDS;;;;;;74;; ;;;;;;;;;;; comp;7346902..7348245;;CDS;;396;396;;;448;; ;7348642..7348724;;ctc;;127;127;;;;; ;7348852..7349475;;CDS;;;;;;208;; ;;;;;;;;;;; ;7506243..7506593;;CDS;;747;*747;;;117;; comp;7507341..7507414;;ccc;;50;50;;;;; comp;7507465..7507830;;CDS;;;;;;122;; ;;;;;;;;;;; ;7517008..7519347;;CDS;;167;167;;;*780;; ;7519515..7519588;;atgj;;213;213;;;;; <> comp;7519802..7520109;;CDS;;;;;;103;; ;;;;;;;;;;; comp;7571389..7571706;;CDS;;895;*895;;;106;; comp;7572602..7572676;;aag;;63;63;;;;; comp;7572740..7574992;;CDS;;;;;;*751;; ;;;;;;;;;;; comp;7610323..7610769;;CDS;;481;*481;;;149;; comp;7611251..7611323;;gca;;71;71;;;;; ;7611395..7612312;;CDS;;;;;;306;; ;;;;;;;;;;; ;7936008..7936736;;CDS;;65;65;;;243;; ;7936802..7936874;;gcg;;437;*437;;;;; ;7937312..7938874;;CDS;;;;;;*521;; ;;;;;;;;;;; ;7972961..7973239;;CDS;;313;313;;;93;; comp;7973553..7973624;;acc;;88;;*88;;;; comp;7973713..7973798;;tac;;124;124;;;;; comp;7973923..7974897;;CDS;;;;;;325;; ;;;;;;;;;;; ;7975047..7975976;;CDS;;100;100;;;310;; ;7976077..7976161;;tca;;374;374;;;;; ;7976536..7978545;;CDS;;;;;;*670;; </pre> ====npu cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_cumuls|npu cumuls]] <pre> npu cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;4;1;2;;1;1;1;;100;13;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;12;;50;10;40;;200;21;60;0 ;16 atc gca;4;40;0;;100;14;80;;300;22;90;10 ;16 23 5s a;0;60;2;;150;18;120;;400;19;120;9 ;max a;2;80;0;3;200;9;160;;500;10;150;7 ;a doubles;0;100;3;1;250;8;200;;600;4;180;3 ;autres;0;120;1;;300;5;240;;700;2;210;10 ;total aas;8;140;1;;350;6;280;;800;2;240;7 sans ;opérons;43;160;0;;400;9;320;;900;1;270;4 ;1 aa;40;180;0;;450;4;360;;1000;0;300;6 ;max a;20;200;0;;500;1;400;;1100;0;330;9 ;a doubles;2;;0;;;9;;;;0;;29 ;total aas;64;;21;4;;94;;0;;94;;94 total aas;;72;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;32;79;;254;;;;279;; ;;;variance;43;0;;254;;;;171;; sans jaune;;;moyenne;11;;;176;;;;240;;188 ;;;variance;17;;;111;;;;122;;85 </pre> ====npu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_blocs|npu blocs]] <pre> npu blocs;;;; CDS;317;313;676;287 16s;123;1497;123;1497 atc;79;;79; gca;249;;249; 23s;59;2897;59;2899 5s;230;118;176;118 CDS;;160;;66 ;;;; CDS;319;351;149;320 5s;59;118;59;118 23s;249;2900;249;2899 gca;82;;79; atc;123;;123; 16s;682;1497;315;1497 CDS;;412;;289 </pre> ====npu remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_remarques|npu remarques]] <pre> gtRNAdb;;;;;;;79;;cumuls;;;;;;;72 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;2;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;4;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;4;acc;2;aac;2;agc;2 ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;2 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;1;aca;2;aaa;2;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;1;aga;1 cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1 ttg;3;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;3;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;3;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ====npu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_distribution|npu distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total npu;;39;;;;;;;npu;21;;;;;;;;npu;4;;;;;; </pre> ====npu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_données_intercalaires|npu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;npu;fx;fc;npu;fx40;fc40;npu;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;4;15;0;4;15;-1;0;54;33;237;CDS 16s;; ;1;10;50;188;1;2;22;-2;6;0;690;34;;317; ;0;20;52;152;2;4;24;-3;0;1;147;38;;317; ;1;30;43;135;3;8;22;-4;15;135;145;356;;676; 3;4;40;53;132;4;8;16;-5;1;0;397;290;;315; ;3;50;54;142;5;10;25;-6;2;0;216;518;23s 5s;; 1;0;60;63;142;6;3;17;-7;1;8;615;138;4* 61;; 1;4;70;74;115;7;2;17;-8;1;34;5;226;5s CDS;; 2;2;80;59;146;8;6;16;-9;1;0;231;107;149;68; ;0;90;64;129;9;5;12;-10;1;6;384;124;;319; 1;4;100;59;129;10;2;17;-11;0;27;205;143;;176; 2;1;110;63;168;11;8;15;-12;0;0;72;102;16s tRNA;; ;2;120;61;138;12;3;17;-13;0;11;50;80;4* 131;;atc 1;2;130;56;101;13;5;15;-14;2;23;37;327;tRNA 23s;; 3;1;140;84;119;14;8;23;-15;1;1;247;51;4* 260;;gca 1;6;150;63;107;15;4;15;-16;0;5;705;290;tRNA tRNA;;intra 1;1;160;60;99;16;3;9;-17;0;15;145;153;4* 82;;atc gca ;2;170;48;104;17;4;16;-18;2;0;32;93;tRNA tRNA;; 1;2;180;49;81;18;2;9;-19;1;1;368;345;-1;;atgj ;0;190;47;79;19;10;19;-20;1;10;133;666;**;;atgj ;1;200;49;73;20;5;14;-21;1;0;111;137;44;;other ;2;210;60;55;21;3;15;-22;0;2;1365;427;**;;other ;1;220;33;65;22;7;5;-23;2;6;415;294;156;;aaa 1;0;230;29;69;23;3;11;-24;0;0;204;171;7;;other 2;1;240;38;54;24;4;10;-25;0;2;141;1521;6;;cac ;1;250;39;63;25;3;11;-26;2;8;118;232;48;;gca ;0;260;31;74;26;4;19;-27;1;0;409;409;8;;aca ;2;270;33;53;27;7;15;-28;2;4;151;131;10;;atgf ;0;280;31;53;28;5;18;-29;3;1;194;33;4;;cta 2;0;290;34;47;29;3;16;-30;0;0;599;396;6;;ccg 1;1;300;42;48;30;4;15;-31;0;2;298;747;5;;ctc 1;0;310;25;42;31;6;13;-32;0;4;100;301;3;;ctg ;1;320;27;42;32;3;12;-33;2;0;46;71;1;;cca 1;0;330;26;33;33;6;12;-34;0;0;407;70;6;;tta ;0;340;22;37;34;4;7;-35;0;6;94;;6;;ttg 1;0;350;34;43;35;3;10;-36;0;0;24;;3;;caa 1;0;360;27;42;36;10;16;-37;1;4;144;;5;;cag ;1;370;15;20;37;4;13;-38;2;5;75;;6;;aac ;2;380;36;33;38;5;17;-39;0;0;66;;81;;aca ;1;390;18;17;39;10;19;-40;0;1;268;;4;;cgt 1;1;400;16;29;40;2;13;-41;0;1;175;;4;;agc 6;11;reste;535;586;reste;2104;3377;-42;0;0;171;;7;;tac 34;62;total;2306;3999;total;2306;3999;-43;0;1;61;;62;;gaa 28;51;diagr;1767;3398;diagr;198;607;-44;1;1;162;;3;;tgg 0;2; t30;145;475;;;;-45;0;0;313;;11;;atgi ;;;;;;;;-46;1;0;270;;3;;tgc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;1;39;;4;;other ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;109;;**;;gac ;x;2302;67;4;2373;;;-49;0;0;95;;88;;acc ;c;3984;402;15;4401;;;-50;0;0;146;;**;;tac ;;;;;6774;157;;reste;12;22;378;;;; ;;;;;;6931;;total;67;402;127;;;; ;;;;;;;;;;;50;;;; ;;;;;;;;;;;167;;;; ;;;;;;;;;;;898;;;; ;;;;;;;;;;;63;;;; ;;;;;;;;;;;481;;;; ;;;;;;;;;;;65;;;; ;;;;;;;;;;;437;;;; ;;;;;;;;;;;124;;;; ;;;;;;;;;;;100;;;; ;;;;;;;;;;;374;;;; </pre> =====npu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_autres_intercalaires_aas|npu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;npu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;199270;199464;237;*; ;comp;tRNA;199702;199775;33;*;agg fin;comp;CDS;199809;200906;;0; deb;comp;CDS;352653;353060;690;*; ;comp;tRNA;353751;353822;147;*;ggc fin;comp;CDS;353970;354548;;; deb;;CDS;503259;503606;145;*; ;;tRNA;503752;503827;-1;*;atgj ;;tRNA;503827;503901;397;*;atgj deb;;CDS;504299;505384;216;*; ;;tRNA;505601;505673;615;*;ata fin;;CDS;506289;507815;;; deb;;CDS;727418;728587;5;*; ;;tRNA;728593;728664;231;*;other fin;;CDS;728896;730239;;; deb;comp;CDS;777899;778429;34;*; ;;tRNA;778464;778537;38;*;cgt fin;comp;CDS;778576;779829;;; deb;;CDS;878016;878609;384;*; ;;tRNA;878994;879064;205;*;tgc fin;;CDS;879270;879491;;; deb;comp;CDS;954493;955170;72;*; ;comp;tRNA;955243;955315;356;*;aga fin;;CDS;955672;956331;;; deb;;CDS;1054005;1054811;290;*; ;comp;tRNA;1055102;1055172;50;*;gga fin;comp;CDS;1055223;1056383;;; deb;comp;CDS;1081601;1082335;518;*; ;;tRNA;1082854;1082983;44;*;other ;;tRNA;1083028;1083149;37;*;other fin;;CDS;1083187;1084788;;; deb;comp;CDS;1175326;1175523;247;*; ;comp;tRNA;1175771;1175844;138;*;ccg fin;;CDS;1175983;1176855;;; deb;;CDS;1380042;1380593;226;*; ;comp;tRNA;1380820;1380904;107;*;tcc fin;;CDS;1381012;1381380;;; deb;;CDS;1440092;1440529;705;*; ;;tRNA;1441235;1441304;145;*;other fin;;CDS;1441450;1441650;;; deb;;CDS;1442145;1442867;32;*; ;;tRNA;1442900;1442968;368;*;ttc fin;;CDS;1443337;1444770;;; deb;;CDS;1484155;1484853;46;*; ;;ncRNA;1484900;1485316;115;*; fin;;CDS;1485432;1486151;;; deb;comp;CDS;1650791;1652236;133;*; ;comp;tRNA;1652370;1652443;111;*;gac fin;comp;CDS;1652555;1653130;;0; deb;comp;CDS;2020233;2021171;317;*; ;;rRNA;2021489;2022977;131;*;1489 ;;tRNA;2023109;2023182;82;*;atc ;;tRNA;2023265;2023337;260;*;gca ;;rRNA;2023598;2026484;61;*;2887 ;;rRNA;2026546;2026663;68;*;118 fin;comp;CDS;2026732;2026957;;; deb;comp;CDS;2303766;2304149;124;*; ;;tRNA;2304274;2304346;1365;*;cac fin;;CDS;2305712;2308132;;0; deb;comp;CDS;3372671;3373291;143;*; ;;tRNA;3373435;3373507;415;*;gta fin;;CDS;3373923;3374555;;; deb;comp;CDS;3434121;3435443;204;*; ;comp;tRNA;3435648;3435739;141;*;agc fin;comp;CDS;3435881;3436813;;; deb;;CDS;3438597;3439685;102;*; ;comp;tRNA;3439788;3439858;156;*;aaa ;comp;tRNA;3440015;3440097;7;*;other ;comp;tRNA;3440105;3440177;6;*;cac ;comp;tRNA;3440184;3440257;48;*;gca ;comp;tRNA;3440306;3440378;8;*;aca ;comp;tRNA;3440387;3440463;10;*;atgf ;comp;tRNA;3440474;3440546;4;*;cta ;comp;tRNA;3440551;3440623;6;*;ccg ;comp;tRNA;3440630;3440706;5;*;ctc ;comp;tRNA;3440712;3440785;3;*;ctg ;comp;tRNA;3440789;3440861;1;*;cca ;comp;tRNA;3440863;3440940;6;*;tta ;comp;tRNA;3440947;3441023;6;*;ttg ;comp;tRNA;3441030;3441105;3;*;caa ;comp;tRNA;3441109;3441181;5;*;cag ;comp;tRNA;3441187;3441261;6;*;aac ;comp;tRNA;3441268;3441365;81;*;aca ;comp;tRNA;3441447;3441521;4;*;cgt ;comp;tRNA;3441526;3441615;4;*;agc ;comp;tRNA;3441620;3441721;7;*;tac ;comp;tRNA;3441729;3441799;62;*;gaa ;comp;tRNA;3441862;3441933;3;*;tgg ;comp;tRNA;3441937;3442010;11;*;atgi ;comp;tRNA;3442022;3442095;3;*;tgc ;comp;tRNA;3442099;3442223;4;*;other ;comp;tRNA;3442228;3442301;118;*;gac fin;comp;CDS;3442420;3442614;;0; deb;;CDS;3448311;3448919;80;*; ;comp;tRNA;3449000;3449072;327;*;gaa fin;;CDS;3449400;3451319;;; deb;;CDS;3675128;3675659;409;*; ;;tRNA;3676069;3676151;51;*;tca fin;comp;CDS;3676203;3676421;;; deb;;CDS;4538041;4538745;151;*; ;;tRNA;4538897;4538981;194;*;tcg fin;;CDS;4539176;4540357;;0; deb;comp;CDS;4869164;4869973;599;*; ;comp;tRNA;4870573;4870646;298;*;cca fin;comp;CDS;4870945;4871493;;0; deb;comp;CDS;5108061;5113469;362;*; ;comp;ncRNA;5113832;5114015;60;*; fin;comp;CDS;5114076;5115230;;; deb;comp;CDS;5426384;5427841;100;*; ;comp;tRNA;5427942;5428018;46;*;atgf fin;comp;CDS;5428065;5429018;;; deb;comp;CDS;5480844;5481563;407;*; ;comp;tRNA;5481971;5482043;94;*;gcc fin;comp;CDS;5482138;5482332;;; deb;;CDS;5510568;5511620;319;*; ;comp;rRNA;5511940;5512057;61;*;118 ;comp;rRNA;5512119;5515008;260;*;2890 ;comp;tRNA;5515269;5515341;82;*;gca ;comp;tRNA;5515424;5515497;131;*;atc ;comp;rRNA;5515629;5517117;317;*;1489 fin;;CDS;5517435;5517515;;0; deb;comp;CDS;5572068;5572769;290;*; ;;tRNA;5573060;5573132;153;*;atgi fin;comp;CDS;5573286;5573720;;0; deb;;CDS;5573827;5574450;93;*; ;comp;tRNA;5574544;5574615;345;*;aca fin;;CDS;5574961;5575881;;; deb;comp;CDS;5655654;5655797;24;*; ;comp;tRNA;5655822;5655893;144;*;aac fin;comp;CDS;5656038;5656589;;; deb;;CDS;5688669;5689538;75;*; ;;tRNA;5689614;5689686;666;*;ttc fin;comp;CDS;5690353;5692080;;; deb;;CDS;5756596;5757801;66;*; ;;tRNA;5757868;5757940;137;*;cgg fin;comp;CDS;5758078;5758233;;; deb;;CDS;6022666;6023613;294;*; ;;tmRNA;6023908;6024297;537;*; fin;comp;CDS;6024835;6025290;;0; deb;comp;CDS;6048961;6050142;268;*; ;comp;tRNA;6050411;6050520;427;*;other fin;;CDS;6050948;6051328;;; deb;comp;CDS;6075820;6077016;175;*; ;comp;tRNA;6077192;6077263;171;*;ggg fin;comp;CDS;6077435;6078040;;; deb;comp;CDS;6083633;6084493;676;*; ;;rRNA;6085170;6086658;131;*;1489 ;;tRNA;6086790;6086863;82;*;atc ;;tRNA;6086946;6087018;260;*;gca ;;rRNA;6087279;6090167;61;*;2889 ;;rRNA;6090229;6090346;176;*;118 fin;comp;CDS;6090523;6090720;;; deb;comp;CDS;6498176;6499135;149;*; ;comp;rRNA;6499285;6499402;61;*;118 ;comp;rRNA;6499464;6502352;260;*;2889 ;comp;tRNA;6502613;6502685;82;*;gca ;comp;tRNA;6502768;6502841;131;*;atc ;comp;rRNA;6502973;6504461;315;*;1489 fin;;CDS;6504777;6505643;;0; deb;;CDS;6889916;6890785;61;*; ;;tRNA;6890847;6890918;294;*;aaa fin;comp;CDS;6891213;6892148;;; deb;;CDS;6948457;6949644;162;*; ;;tRNA;6949807;6949888;313;*;cta fin;;CDS;6950202;6950609;;0; deb;comp;CDS;6980662;6982233;171;*; ;;tRNA;6982405;6982478;1521;*;gtc fin;comp;CDS;6984000;6985919;;0; deb;;CDS;7066111;7067829;232;*; ;comp;tRNA;7068062;7068133;270;*;caa fin;comp;CDS;7068404;7069606;;; deb;comp;CDS;7071719;7071991;39;*; ;comp;tRNA;7072031;7072114;109;*;ttg fin;comp;CDS;7072224;7073345;;; deb;comp;CDS;7074644;7076011;409;*; ;;tRNA;7076421;7076502;95;*;ctg fin;;CDS;7076598;7077374;;0; deb;;CDS;7130044;7131132;131;*; ;comp;tRNA;7131264;7131335;33;*;acg fin;;CDS;7131369;7131662;;0; deb;;CDS;7224805;7225167;146;*; ;;tRNA;7225314;7225386;378;*;tgg fin;;CDS;7225765;7225986;;; deb;comp;CDS;7324019;7324405;25;*; ;comp;ncRNA;7324431;7324527;37;*; fin;comp;CDS;7324565;7324831;;0; deb;comp;CDS;7346902;7348245;396;*; ;;tRNA;7348642;7348724;127;*;ctc fin;;CDS;7348852;7349475;;; deb;;CDS;7506243;7506593;747;*; ;comp;tRNA;7507341;7507414;50;*;ccc fin;comp;CDS;7507465;7507830;;; deb;;CDS;7517041;7519347;167;*; ;;tRNA;7519515;7519588;301;*;atgj fin;comp;CDS;7519890;7520066;;; deb;comp;CDS;7571389;7571706;898;*; ;comp;tRNA;7572605;7572676;63;*;aag fin;comp;CDS;7572740;7574992;;; deb;comp;CDS;7610323;7610769;481;*; ;comp;tRNA;7611251;7611323;71;*;gca fin;;CDS;7611395;7612312;;0; deb;;CDS;7936008;7936736;65;*; ;;tRNA;7936802;7936874;437;*;gcg fin;;CDS;7937312;7938874;;; deb;;CDS;7973321;7973482;70;*; ;comp;tRNA;7973553;7973624;88;*;acc ;comp;tRNA;7973713;7973798;124;*;tac fin;comp;CDS;7973923;7974897;;0; deb;;CDS;7975047;7975976;100;*; ;;tRNA;7976077;7976161;374;*;tca fin;;CDS;7976536;7978545;;; </pre> ===pmg=== ====pmg opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_opérons|pmg opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Proc_mari_MIT_9301/procMari_MIT_9301-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009091.1;pmg;;genome;;;;;;;; 31.3%GC;13.8.19 Paris;16s 1;37;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Prochlorococcus marinus str. MIT 9301;;;;;;;;;;; comp;74235..75521;;CDS;;4;4;;;429;; comp;75526..75607;;ctt;;259;259;;;;; ;75867..77216;;CDS;;;;;;450;; ;;;;;;;;;;; ;132034..132708;;CDS;;49;49;;;225;; ;132758..132829;;aac;;566;*566;;;;; ;133396..133845;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; comp;239249..240268;;CDS;;170;170;;;340;; comp;240439..240520;;cta;;71;71;;;;; ;240592..241041;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; comp;257573..258844;;CDS;;77;77;;;424;; comp;258922..258995;;cgt;;86;86;;;;; ;259082..259333;;CDS;;;;;;84;; ;;;;;;;;;;; comp;272771..274039;;CDS;;18;18;;;423;; comp;274058..274130;;atgi;;141;141;;;;; ;274272..274832;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; ;305431..305850;;CDS;;84;84;;;140;; comp;305935..306010;;ttc;;91;91;;;;; comp;306102..307331;;CDS;;;;;;410;; ;;;;;;;;;;; ;313891..314472;;CDS;;178;178;;;194;; comp;314651..314722;;aca;;65;65;;;;; comp;314788..315120;;CDS;;;;;;111;; ;;;;;;;;;;; comp;320549..321988;;CDS;;603;*603;;;480;; ;322592..324074;;16s;;125;;;;;; ;324200..324273;;atc;;12;;;12;;; ;324286..324358;;gca;;256;;;;;; ;324615..327496;;23s;;60;;;;;; ;327557..327673;;5s;;43;43;;;;; comp;327717..328595;;CDS;;;;;;293;; ;;;;;;;;;;; comp;354976..355167;;CDS;;88;88;;;64;; comp;355256..355327;;acc;;10;;10;;;; comp;355338..355419;;tac;;102;102;;;;; ;355522..355962;;CDS;;;;;;147;; ;;;;;;;;;;; comp;434230..435660;;CDS;;17;17;;;477;; comp;435678..435751;;gac;;149;149;;;;; comp;435901..436095;;CDS;;35;35;;;65;; comp;436131..436203;;tgg;;53;53;;;;; comp;436257..436727;;CDS;;;;;;157;; ;;;;;;;;;;; ;521448..522497;;CDS;;99;99;;;350;; ;522597..522682;;tta;;78;78;;;;; ;522761..522994;;CDS;;;;;;78;; ;;;;;;;;;;; comp;609397..609897;;CDS;;249;249;;;167;; comp;610147..610233;;tca;;404;*404;;;;; ;610638..611399;;CDS;;;;;;254;; ;;;;;;;;;;; ;774440..775240;;CDS;;210;210;;;267;; comp;775451..775524;;ccc;;27;27;;;;; comp;775552..776280;;CDS;;;;;;243;; ;;;;;;;;;;; comp;828018..828392;;CDS;;49;49;;;125;; ;828442..828528;;tcc;;214;214;;;;; ;828743..830740;;CDS;;;;;;*666;; ;;;;;;;;;;; ;868731..869213;;CDS;;29;29;;;161;; ;869243..869316;;atgj;;67;67;;;;; ;869384..869671;;CDS;;;;;;96;; ;;;;;;;;;;; ;909742..910707;;CDS;;45;45;;;322;; ;910753..910829;;atgf;;591;*591;;;;; ;911421..911810;;CDS;;;;;;130;; ;;;;;;;;;;; ;996073..996609;;CDS;;16;16;;;179;; comp;996626..996698;;gaa;;41;41;;;;; comp;996740..997858;;CDS;;;;;;373;; ;;;;;;;;;;; comp;1040019..1040135;;CDS;;177;177;;;39;; ;1040313..1040384;;aaa;;512;*512;;;;; ;1040897..1041004;;CDS;;;;;;36;; ;;;;;;;;;;; ;1044863..1045423;;CDS;;276;276;;;187;; ;1045700..1045773;;cca;;188;188;;;;; comp;1045962..1046666;;CDS;;;;;;235;; ;;;;;;;;;;; ;1134197..1134427;;CDS;;251;251;;;77;; comp;1134679..1134763;;tcg;;63;63;;;;; comp;1134827..1135849;;CDS;;;;;;341;; ;;;;;;;;;;; comp;1163424..1164092;;CDS;;138;138;;;223;; ;1164231..1164304;;aga;;27;27;;;;; ;1164332..1165600;;CDS;;;;;;423;; ;;;;;;;;;;; ;1212124..1212894;;CDS;;58;58;;;257;; comp;1212953..1213025;;gcc;;129;129;;;;; comp;1213155..1214180;;CDS;;;;;;342;; ;;;;;;;;;;; ;1253753..1255123;;CDS;;525;*525;;;457;; ;1255649..1255730;;ttg;;5;5;;;;; ;1255736..1256911;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;1259549..1260784;;CDS;;131;131;;;412;; ;1260916..1260988;;cac;;72;72;;;;; ;1261061..1262455;;CDS;;;;;;465;; ;;;;;;;;;;; ;1275239..1277272;;CDS;;0;*0;;;*678;; comp;1277273..1277343;;gga;;112;112;;;;; ;1277456..1278802;;CDS;;;;;;449;; ;;;;;;;;;;; ;1308006..1308797;;CDS;;50;50;;;264;; ;1308848..1308919;;gtc;;67;67;;;;; ;1308987..1309604;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; comp;1419657..1419893;;CDS;;54;54;;;79;; ;1419948..1420019;;acg;;100;100;;;;; ;1420120..1420440;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; ;1453287..1454075;;CDS;;35;35;;;263;; comp;1454111..1454199;;agc;;61;61;;;;; comp;1454261..1455460;;CDS;;;;;;400;; ;;;;;;;;;;; ;1472925..1473932;;CDS;;94;94;;;336;; ;1474027..1474098;;caa;;16;16;;;;; ;1474115..1474891;;CDS;;;;;;259;; ;;;;;;;;;;; comp;1485558..1486649;;CDS;;77;77;;;364;; ;1486727..1486800;;cgg;;11;11;;;;; comp;1486812..1487258;;CDS;;;;;;149;; ;;;;;;;;;;; comp;1500099..1501325;;CDS;;42;42;;;409;; ;1501368..1501438;;tgc;@1;364;364;;;;; comp;1501803..1502447;;CDS;;;;;;215;; ;;;;;;;;;;; comp;1517796..1518128;;CDS;;78;78;;;111;; comp;1518207..1518280;;agg;;38;38;;;;; ;1518319..1518700;;ncRNA;;21;21;;;;; ;1518722..1519471;;CDS;;;;;;250;; ;;;;;;;;;;; comp;1554202..1554633;;CDS;;45;45;;;144;; comp;1554679..1554750;;ggc;;61;61;;;;; comp;1554812..1555288;;CDS;;;;;;159;; ;;;;;;;;;;; comp;1600898..1601284;;CDS;@2;-30;*-30;;;129;; comp;1601255..1601326;;gta;;98;98;;;;; ;1601425..1602279;;CDS;;;;;;285;; </pre> ====pmg cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_cumuls|pmg cumuls]] <pre> pmg cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;;100;9;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;1;1;50;22;40;;200;20;60;2 ;16 atc gca;1;40;;;100;23;80;;300;15;90;6 ;16 23 5s a;0;60;;;150;7;120;;400;10;120;4 ;max a;2;80;;;200;4;160;;500;13;150;9 ;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;0;180;5 ;autres;0;120;;;300;3;240;;700;2;210;4 ;total aas;2;140;;;350;0;280;;800;0;240;4 sans ;opérons;34;160;;;400;1;320;;900;0;270;8 ;1 aa;33;180;;;450;1;360;;1000;0;300;2 ;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;330;1 ;a doubles;0;;;;;5;;;;0;;24 ;total aas;35;;1;1;;71;;0;;69;;69 total aas;;37;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;10;12;;127;;;;260;; ;;;variance;0;0;;146;;;;147;; sans jaune;;;moyenne;;;;93;;;;248;;170 ;;;variance;;;;76;;;;130;;74 </pre> ====pmg blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_blocs|pmg blocs]] <pre> pmg bloc;; CDS;603;480 16s;125;1483 atc;12; gca;256; 23s;60;2882 5s;43;117 CDS;;293 </pre> ====pmg remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_remarques|pmg remarques]] *code génétique de pmg <pre> Remarques;;;;;;;37 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata; ;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====pmg distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_distribution|pmg distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total pmg;;33;;;;;;;pmg;2;;;;;;;;pmg;0;;;;;; </pre> ====pmg données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_données_intercalaires|pmg données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;pmg;fx;fc;pmg;fx40;fc40;pmg;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;11;34;0;11;34;-1;0;36;4;259;16s tRNA;; ;2;10;117;198;1;18;17;-2;0;0;49;71;125;;atc 2;3;20;39;116;2;16;27;-3;0;0;566;86;tRNA 23s;; ;2;30;26;71;3;22;25;-4;40;69;185;141;258;;gca 1;1;40;14;64;4;11;26;-5;0;0;77;87;tRNA tRNA;;intra 2;5;50;22;51;5;9;18;-6;2;0;18;178;12;;atc gca 2;1;60;22;45;6;12;23;-7;0;1;91;102;tRNA tRNA;; ;6;70;22;50;7;9;10;-8;11;13;65;404;10;;acc 2;4;80;34;46;8;8;11;-9;1;0;88;210;**;;tac 2;1;90;21;42;9;6;27;-10;0;2;17;49;;; 1;4;100;28;31;10;6;14;-11;3;11;149;16;;; 1;0;110;16;27;11;1;19;-12;2;0;35;177;;; 1;0;120;12;23;12;2;14;-13;0;3;53;188;;; ;1;130;14;17;13;5;14;-14;3;6;99;251;;; 2;0;140;26;17;14;6;6;-15;3;0;78;138;;; 1;1;150;15;7;15;5;12;-16;3;2;249;58;;; ;0;160;14;13;16;4;10;-17;4;3;27;131;;; ;0;170;9;9;17;5;11;-18;1;0;214;0;;; 2;0;180;12;9;18;6;11;-19;0;0;29;112;;; 1;1;190;13;5;19;2;6;-20;3;1;67;54;;; ;0;200;8;1;20;3;13;-21;2;0;45;35;;; 2;0;210;7;5;21;2;2;-22;2;0;591;77;;; ;1;220;6;5;22;4;7;-23;2;0;41;11;;; ;0;230;6;8;23;4;4;-24;2;0;512;42;;; ;0;240;3;3;24;5;8;-25;0;2;276;210;;; ;1;250;5;2;25;0;5;-26;1;3;63;98;;; 2;0;260;6;2;26;2;6;-27;1;0;342;;;; ;0;270;3;3;27;4;11;-28;1;0;129;;;; ;1;280;3;1;28;3;9;-29;0;0;525;;;; ;0;290;3;3;29;0;8;-30;1;0;5;;;; ;0;300;8;3;30;2;11;-31;0;0;72;;;; ;0;310;2;1;31;4;3;-32;1;0;50;;;; ;0;320;2;4;32;1;9;-33;0;0;67;;;; ;0;330;5;3;33;1;7;-34;0;0;100;;;; ;0;340;6;2;34;1;1;-35;1;0;61;;;; ;1;350;5;0;35;1;7;-36;0;0;94;;;; ;0;360;0;1;36;1;11;-37;0;0;16;;;; ;0;370;2;2;37;0;6;-38;1;0;78;;;; ;0;380;1;3;38;2;6;-39;0;0;45;;;; ;0;390;1;0;39;1;6;-40;0;0;61;;;; ;0;400;1;2;40;2;8;-41;0;1;-30;;;; 1;4;reste;27;21;reste;390;467;-42;1;0;CDS 16s;;;; 26;40;total;597;950;total;597;950;-43;1;0;-;601;;; 24;36;diagr;559;895;diagr;196;449;-44;0;1;23s 5s;;;; 2;7; t30;182;385;;;;-45;0;0;64;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;5s CDS;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;-;43;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;586;95;11;692;;;-49;0;0;;;;; ;c;916;158;34;1108;;;-50;0;2;;;;; ;;;;;1800;84;;reste;2;2;;;;; ;;;;;;1884;;total;95;158;;;;; </pre> =====pmg autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires_aas|pmg autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pmg;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;65120;66082;306;*; ;comp;tmRNA;66389;66662;44;*; fin;;CDS;66707;67831;;0; deb;comp;CDS;74235;75521;4;*; ;comp;tRNA;75526;75607;259;*;ctt fin;;CDS;75867;77216;;0; deb;;CDS;132034;132708;49;*; ;;tRNA;132758;132829;566;*;aac fin;;CDS;133396;133845;;; deb;comp;CDS;239249;240253;185;*; ;;tRNA;240439;240520;71;*;cta fin;;CDS;240592;241041;;; deb;comp;CDS;257573;258844;77;*; ;comp;tRNA;258922;258995;86;*;cgt fin;;CDS;259082;259333;;; deb;comp;CDS;272771;274039;18;*; ;comp;tRNA;274058;274130;141;*;atgi fin;;CDS;274272;274832;;; deb;;CDS;305431;305850;87;*; ;comp;tRNA;305938;306010;91;*;ttc fin;comp;CDS;306102;307331;;; deb;;CDS;313891;314472;178;*; ;comp;tRNA;314651;314722;65;*;aca fin;comp;CDS;314788;315123;;; deb;comp;CDS;320549;321988;601;*; ;;rRNA;322590;324074;125;*;1483 ;;tRNA;324200;324273;12;*;atc ;;tRNA;324286;324358;258;*;gca ;;rRNA;324617;327492;64;*;2882 ;;rRNA;327557;327673;43;*;117 fin;comp;CDS;327717;328595;;; deb;comp;CDS;354976;355167;88;*; ;comp;tRNA;355256;355327;10;*;acc ;comp;tRNA;355338;355419;102;*;tac fin;;CDS;355522;355962;;; deb;comp;CDS;434230;435660;17;*; ;comp;tRNA;435678;435751;149;*;gac deb;comp;CDS;435901;436095;35;*; ;comp;tRNA;436131;436203;53;*;tgg fin;comp;CDS;436257;436595;;; deb;;CDS;521448;522497;99;*; ;;tRNA;522597;522682;78;*;tta fin;;CDS;522761;522994;;; deb;comp;CDS;609397;609897;249;*; ;comp;tRNA;610147;610233;404;*;tca fin;;CDS;610638;611399;;0; deb;;CDS;656308;657498;17;*; ;;ncRNA;657516;657700;162;*; fin;;CDS;657863;658162;;; deb;;CDS;774440;775240;210;*; ;comp;tRNA;775451;775524;27;*;ccc fin;comp;CDS;775552;776280;;; deb;comp;CDS;828018;828392;49;*; ;;tRNA;828442;828528;214;*;tcc fin;;CDS;828743;830740;;; deb;;CDS;868731;869213;29;*; ;;tRNA;869243;869316;67;*;atgj fin;;CDS;869384;869671;;; deb;;CDS;909742;910707;45;*; ;;tRNA;910753;910829;591;*;atgf fin;;CDS;911421;911810;;; deb;;CDS;996073;996609;16;*; ;comp;tRNA;996626;996698;41;*;gaa fin;comp;CDS;996740;997858;;0; deb;comp;CDS;1040019;1040135;177;*; ;;tRNA;1040313;1040384;512;*;aaa fin;;CDS;1040897;1041004;;0; deb;;CDS;1044863;1045423;276;*; ;;tRNA;1045700;1045773;188;*;cca fin;comp;CDS;1045962;1046666;;; deb;;CDS;1134197;1134427;251;*; ;comp;tRNA;1134679;1134763;63;*;tcg fin;comp;CDS;1134827;1135849;;0; deb;comp;CDS;1163424;1164092;138;*; ;;tRNA;1164231;1164304;342;*;aga fin;;CDS;1164647;1165600;;0; deb;;CDS;1212124;1212894;58;*; ;comp;tRNA;1212953;1213025;129;*;gcc fin;comp;CDS;1213155;1214180;;0; deb;;CDS;1253753;1255123;525;*; ;;tRNA;1255649;1255730;5;*;ttg fin;;CDS;1255736;1256911;;; deb;comp;CDS;1259549;1260784;131;*; ;;tRNA;1260916;1260988;72;*;cac fin;;CDS;1261061;1262455;;; deb;;CDS;1264859;1265974;12;*; ;comp;ncRNA;1265987;1266083;47;*; fin;;CDS;1266131;1266904;;1; deb;;CDS;1275239;1277272;0;*; ;comp;tRNA;1277273;1277343;112;*;gga fin;;CDS;1277456;1278802;;; deb;;CDS;1308006;1308797;50;*; ;;tRNA;1308848;1308919;67;*;gtc fin;;CDS;1308987;1309604;;; deb;comp;CDS;1419657;1419893;54;*; ;;tRNA;1419948;1420019;100;*;acg fin;;CDS;1420120;1420440;;; deb;;CDS;1453287;1454075;35;*; ;comp;tRNA;1454111;1454199;61;*;agc fin;comp;CDS;1454261;1455460;;0; deb;;CDS;1472925;1473932;94;*; ;;tRNA;1474027;1474098;16;*;caa fin;;CDS;1474115;1474891;;; deb;comp;CDS;1485558;1486649;77;*; ;;tRNA;1486727;1486800;11;*;cgg fin;comp;CDS;1486812;1487258;;; deb;comp;CDS;1500099;1501325;42;*; ;;tRNA;1501368;1501438;210;*;tgc fin;comp;CDS;1501649;1501816;;; deb;comp;CDS;1517796;1518128;78;*; ;comp;tRNA;1518207;1518280;38;*;agg ;;ncRNA;1518319;1518700;21;*; fin;;CDS;1518722;1519471;;0; deb;comp;CDS;1526173;1527543;34;*; ;comp;regulatory;1527578;1527676;66;*; fin;comp;CDS;1527743;1527955;;; deb;comp;CDS;1554202;1554633;45;*; ;comp;tRNA;1554679;1554750;61;*;ggc fin;comp;CDS;1554812;1555288;;; deb;comp;CDS;1600898;1601284;-30;*; ;comp;tRNA;1601255;1601326;98;*;gta fin;;CDS;1601425;1602279;;; </pre> ====pmg intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_entre_cds|pmg intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> pmg;9.2.21 Paris;;Pmg 8.2.21;;;;;;; ;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;253;14.1;'''négatif ;-10;11;-1 à -67;'''1641879;-1;253 ;'''zéro;45;2.5;;;;;'''intercals;0;45 ;'''1 à 200;1326;73.7;'''0 à 200;55;51;;'''139122;5;189 ;'''201 à 370;120;6.7;'''201 à 370;270;48;;'''8.5%;10;126 ;'''371 à 600;42;2.3;'''371 à 600;452;60;;;15;84 ;'''601 à max;14;0.8;'''601 à 1051;778;154;;;20;71 ;'''total 1800;<201;90.2;'''total 1798;74;114;-67 à 1051;;25;41 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>fréquence-1;30;56 1337910;1643;-1;253;-70;0;;0;45;35;35 344859;1208;0;°45;-60;3;;-1;°36;40;43 1131068;1051;1;35;-50;3;;-2;0;45;34 1332255;987;2;43;-40;4;;-3;0;50;39 666029;950;3;°47;-30;4;'''min à -1;-4;°109;55;34 1046608;901;4;37;-20;20;253;-5;0;60;33 873756;800;5;27;-10;46;14.1%;-6;2;65;30 1082452;696;6;°35;0;218;;-7;1;70;42 1073300;690;7;19;10;315;;-8;°24;75;36 1086818;679;8;19;20;155;;-9;1;80;44 1350077;676;9;°33;30;97;;-10;2;85;36 947641;638;10;20;40;78;'''1 à 100;-11;°14;90;27 1340696;638;11;20;50;73;1059;-12;2;95;22 1274338;625;12;16;60;67;58.8%;-13;3;100;37 1330270;579;13;°19;70;72;;-14;°9;105;20 1040897;574;14;12;80;80;;-15;3;110;23 39429;566;15;17;90;63;;-16;5;115;19 956617;560;16;14;100;59;;-17;°7;120;16 1328069;560;17;16;110;43;;-18;1;125;15 1331574;540;18;°17;120;35;;-19;0;130;16 1071397;523;19;8;130;31;;-20;°4;135;23 661816;518;20;16;140;43;;-21;2;140;20 1341490;508;21;4;150;22;;-22;2;145;14 660601;495;22;11;160;27;;-23;°2;150;8 872185;484;23;8;170;18;'''1 à 200;-24;2;155;18 353338;478;24;°13;180;21;1326;-25;2;160;9 134240;471;25;5;190;18;74%;-26;°4;165;8 1198984;467;26;8;200;9;;-27;1;170;10 332235;461;27;°15;210;12;;-28;1;175;8 892293;459;28;12;220;11;;-29;0;180;13 948687;458;29;8;230;14;;-30;1;185;9 1321313;450;30;°13;240;6;;-31;0;190;9 924950;449;31;7;250;7;'''0 à 200;-32;1;195;6 914728;448;32;10;260;8;1371;;77;200;3 1066510;445;33;°8;270;6;;reste;12;205;7 938157;441;34;2;280;4;;total;298;210;5 226447;435;35;8;290;6;;;;215;4 1188279;430;36;°12;300;11;;intercal;<u>frequencef;220;7 773451;421;37;6;310;3;;600;1786;225;8 858898;421;38;8;320;6;;620;;230;6 ;;39;7;330;8;;640;3;235;3 ;;40;10;340;8;'''201 à 370;660;;240;3 ;;reste;857;350;5;120;680;2;245;3 ;;total;1527;360;1;6.7%;700;2;250;4 ;;;;370;4;;720;;255;4 ;;;;380;4;;740;;260;4 1631675;-67;comp;;390;1;;760;;265;3 701382;-65;shfit2;592;400;3;;780;;270;3 886946;-61;comp;;410;6;;800;1;275;3 1045962;-59;shfit2;646;420;1;;820;;280;1 828743;-50;shfit2;1948;430;4;;840;;285;5 1349614;-50;shfit2;463;440;1;;860;;290;1 1425201;-44;shfit2;1765;450;5;;880;;295;6 1539296;-43;comp;;460;2;;900;;300;5 1249293;-42;comp;;470;2;;920;1;305;1 244064;-41;shfit2;295;480;2;;940;;310;2 162356;-38;;;490;1;;960;1;315;3 20410;-35;;;500;1;;980;;320;3 427059;-32;;;510;1;;1000;1;325;7 587323;-30;;;520;1;;1020;;330;1 1611400;-28;;;530;1;;1040;;335;3 744978;-27;;;540;1;'''371 à 600;1060;1;340;5 303832;-26;;;550;0;42;;12;345;3 489984;-26;;;560;2;2.3%;;;350;2 808548;-26;;;570;1;;;;355;1 1223639;-26;;;580;2;'''601 à max;;;360;0 1181603;-25;;;590;0;14;;;365;3 1209844;-25;;;600;0;0.8%;;;370;1 27867;-24;;;reste;14;;reste;2;reste;56 975566;-24;;;total;1800;;total;1800;total;1800 </pre> ====pmg intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_positifs_S+|pmg intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pmg;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-67;515;-1295;119;607;256;min40;&-107;844;-2106;170;869;263;min60 31 à 400;23;-124;47;41;774;180;2 parties;&-35;327;-1017;107;973;311;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;194;65;-;428;poly;179;SF;&78;69;;501;poly;368;SF 31 à 400;122;45;-;726;dte;48;tm;&153;49;-;687;poly;286;SF ;;;;;;;;;;;;;; pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;24.1.22 paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.703;;;pmg;Sx-;Sc- 41-n;0.856;0.728;0.802;;;;;;;;;;-1;0;36 1-n;0.928;0.904;0.915;;;;;;;;;;-2;0;0 pmg;fx;fc;;pmg;fx%;fc%;;pmg;fx40;fc40;;x;-3;0;0 0;11;34;;0;20;38;;0;11;34;>0;586;-4;40;69 10;117;198;;10;209;221;;1;18;17;<0;95;-5;0;0 20;39;116;;20;70;130;;2;16;27;zéro;11;-6;2;0 30;26;71;;30;47;79;;3;22;25;total;692;-7;0;1 40;14;64;;40;25;72;;4;11;26;;c;-8;11;13 50;22;51;;50;39;57;;5;9;18;>0;916;-9;1;0 60;22;45;;60;39;50;;6;12;23;<0;158;-10;0;2 70;22;50;;70;39;56;;7;9;10;zéro;34;-11;3;11 80;34;46;;80;61;51;;8;8;11;total;1108;-12;2;0 90;21;42;;90;38;47;;9;6;27;;;-13;0;3 100;28;31;;100;50;35;;10;6;14;total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reste;27;21;;;;;;reste;390;467;;;-45;0;0 total;597;950;;t30;326;430;;total;597;950;;;-46;0;0 diagr;559;895;;;;;;diagr;196;449;;;-47;0;0 - t30;377;510;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;;;reste;2;2 ;;;;;;;;;;;;;total;95;158 </pre> ====pmg intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_négatifs_S-|pmg intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp';0;0;0;37;0;2;0;10;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;91 continu;36;0;0;72;0;0;1;14;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;2;162 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;33;0;2;0;11;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;88 ;Sc-;36;0;0;69;0;0;1;13;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;3;159 </pre> ====pmg autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires|pmg autres intercalaires]] <pre> deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin deb;°CDS;65120;306;;;deb;°CDS;521448;99;;;deb;°CDS;1259549;131;comp ;tmRNA;66389;44;comp;;;&tRNA;522597;78;;;;&tRNA;1260916;72; fin;°CDS;66707;;;;fin;°CDS;522761;;;;fin;°CDS;1261061;; deb;°CDS;74235;4;comp;;deb;°CDS;609397;249;comp;;deb;°CDS;1264859;12; ;&tRNA;75526;259;comp;;;&tRNA;610147;404;comp;;;ncRNA;1265987;47;comp fin;°CDS;75867;;;;fin;°CDS;610638;;;;fin;°CDS;1266131;; deb;°CDS;132034;49;;;deb;°CDS;656308;17;;;deb;°CDS;1275239;0; ;&tRNA;132758;566;;;;ncRNA;657516;162;;;;&tRNA;1277273;112;comp fin;°CDS;133396;;;;fin;°CDS;657863;;;;fin;°CDS;1277456;; deb;°CDS;239249;185;comp;;deb;°CDS;774440;210;;;deb;°CDS;1308006;50; ;&tRNA;240439;71;comp;;;&tRNA;775451;27;comp;;;&tRNA;1308848;67; fin;°CDS;240592;;;;fin;°CDS;775552;;comp;;fin;°CDS;1308987;; deb;°CDS;257573;77;comp;;deb;°CDS;828018;49;comp;;deb;°CDS;1419657;54;comp ;&tRNA;258922;86;comp;;;&tRNA;828442;214;;;;&tRNA;1419948;100; fin;°CDS;259082;;;;fin;°CDS;828743;;;;fin;°CDS;1420120;; deb;°CDS;272771;18;comp;;deb;°CDS;868731;29;;;deb;°CDS;1453287;35; ;&tRNA;274058;141;comp;;;&tRNA;869243;67;;;;&tRNA;1454111;61;comp fin;°CDS;274272;;;;fin;°CDS;869384;;;;fin;°CDS;1454261;;comp deb;°CDS;305431;87;;;deb;°CDS;909742;45;;;deb;°CDS;1472925;94; ;&tRNA;305938;91;comp;;;&tRNA;910753;591;;;;&tRNA;1474027;16; fin;°CDS;306102;;comp;;fin;°CDS;911421;;;;fin;°CDS;1474115;; deb;°CDS;313891;178;;;deb;°CDS;996073;16;;;deb;°CDS;1485558;77;comp ;&tRNA;314651;65;comp;;;&tRNA;996626;41;comp;;;&tRNA;1486727;11; fin;°CDS;314788;;comp;;fin;°CDS;996740;;comp;;fin;°CDS;1486812;;comp deb;°CDS;320549;601;comp;;deb;°CDS;1040019;177;comp;;deb;°CDS;1500099;42;comp ;$rRNA;322590;125;;;;&tRNA;1040313;512;;;;&tRNA;1501368;210; ;&tRNA;324200;12;;;fin;°CDS;1040897;;;;fin;°CDS;1501649;;comp ;&tRNA;324286;258;;;deb;°CDS;1044863;276;;;deb;°CDS;1517796;78;comp ;$rRNA;324617;64;;;;&tRNA;1045700;188;;;;&tRNA;1518207;38;comp ;$rRNA;327557;43;;;fin;°CDS;1045962;;comp;;;ncRNA;1518319;21; fin;°CDS;327717;;comp;;deb;°CDS;1134197;251;;;fin;°CDS;1518722;; deb;°CDS;354976;88;comp;;;&tRNA;1134679;63;comp;;deb;°CDS;1526173;34;comp ;&tRNA;355256;10;comp;;fin;°CDS;1134827;;comp;;;regulatory;1527578;66;comp ;&tRNA;355338;102;comp;;deb;°CDS;1163424;138;comp;;fin;°CDS;1527743;;comp fin;°CDS;355522;;;;;&tRNA;1164231;342;;;deb;°CDS;1554202;45;comp deb;°CDS;434230;17;comp;;fin;°CDS;1164647;;;;;&tRNA;1554679;61;comp ;&tRNA;435678;149;comp;;deb;°CDS;1212124;58;;;fin;°CDS;1554812;;comp deb;°CDS;435901;35;comp;;;&tRNA;1212953;129;comp;;deb;°CDS;1600898;-30;comp ;&tRNA;436131;53;comp;;fin;°CDS;1213155;;comp;;;&tRNA;1601255;98;comp fin;°CDS;436257;;comp;;deb;°CDS;1253753;525;;;fin;°CDS;1601425;; ;;;;;;&tRNA;1255649;5;;; ;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1255736;;;; ;;; </pre> ====pmg intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_tRNA|pmg intercalaires tRNA]] <pre> pmg;relevés;;;;;;proportion des intercalaires <201;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls;;;deb;fin;total ;;;;;;;;;;;;<201;29;25;54 ;;;4;comp’;259;;-30;5;deb;;;total;34;33;67 ;;;49;;566;;4;16;<201;16;;taux;85%;76%;81% ;;;185;comp’;71;;17;27;total;19;;;;; ;;;77;comp’;86;;18;41;%;84%;;;;; ;;;18;comp’;141;;29;53;;;;;;; ;;comp’;87;;91;;35;61;fin;;;;;; ;;comp’;178;;65;;45;61;<201;17;;;;; ;10;;88;comp’;102;;45;63;total;22;;;;; ;;;17;;149;;49;65;%;77%;;;;; ;;;35;;53;;50;67;;;;;;; ;;;99;;78;;77;67;total;;;;;; ;;;249;comp’;404;;78;72;<201;33;;;;; ;;comp’;210;;27;;88;78;total;41;;;;; ;;comp’;49;;214;;94;91;%;80%;;;;; ;;;29;;67;;99;100;;;;;;; ;;;45;;591;;185;129;;;;;;; ;;comp’;16;;41;;249;149;;;;;;; ;;comp’;177;;512;;276;214;;;;;;; ;;;276;comp’;188;;525;342;;;;;;; ;;comp’;251;;63;;-;512;;;;;;; ;;comp’;138;;342;;-;566;;;;;;; ;;comp’;58;;129;;-;591;comp’;cumuls;;;;; ;;;525;;5;;0;11;deb;;;;;; ;;comp’;131;;72;;16;71;<201;13;;;;; ;;comp’;0;comp’;112;;35;86;total;15;;;;; ;;;50;;67;;42;98;%;87%;;;;; ;;comp’;54;;100;;49;102;;;;;;; ;;comp’;35;;61;;54;112;fin;;;;;; ;;;94;;16;;58;141;<201;8;;;;; ;;comp’;77;comp’;11;;77;188;total;11;;;;; ;;comp’;42;comp’;210;;87;210;%;73%;;;;; ;;;78;;;;131;259;;;;;;; ;;;45;;61;;138;404;total;;;;;; ;;;-30;comp’;98;;177;-;<201;21;;;;; ;;;;;;;178;-;total;26;;;;; ;;;;;;;210;-;%;81%;;;;; ;;;;;;;251;-;;;;;;; </pre> ===cyano synthèse=== ====cyano distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_génome|cyano distribution par génome]] ====cyano distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_du_total|cyano distribution du total]] <pre> cyano2;;;;;;;99 atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3 atc;;acc;3;aac;3;agc;3 ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3 gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2 tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2 cta;3;cca;3;caa;3;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2 ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2 ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2 gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;27;72;;;;;99 ;;;;;;; cyano2;;;;;;; atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;5;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;5;gaa;;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;4;;;;;10;10 </pre> ====cyano distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_type|cyano distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4 atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;27;72;;;;;99;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====cyano par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_par_rapport_au_groupe_de_référence|cyano par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;19;4;;;;;23; 16;moyen;27;10;2;;;10;49; 14;fort;26;9;2;;;;37; ; ;72;23;4;;;10;109; 10;g+cga;8;2;;;;;10; 2;agg+cgg;4;;;;;;4; 4;carre ccc;6;2;;;;;8; 5;autres;1;;;;;;1; ;;19;4;;;;;23; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;174;37;;;;;211;26 16;moyen;248;92;18;;;92;450;324 14;fort;239;83;18;;;;339;650 ; ;661;211;37;;;92;109;729 10;g+cgg;73;18;;;;;92;10 2;agg+cga;37;;;;;;37; 4;carre ccc;55;18;;;;;73;16 5;autres;9;;;;;;9; ;;174;37;;;;;211; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;192;40;;232;26;26;17; 16;moyen;273;101;20;394;324;38;43; 14;fort;263;91;20;374;650;36;39; ; ;727;232;40;99;729;72;23; 10;g+cgg;81;20;;101;10;42;; 2;agg+cga;40;;;40;;21;; 4;carre ccc;61;20;;81;16;32;; 5;autres;10;;;10;;5;; ;;192;40;;232;;19;; </pre> ====cyano, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano,_estimation_des_-rRNAs|cyano, estimation des -rRNAs]] <pre> actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 31 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;31;103; ; ;;indices;;;;31;332;0;0;;cyano2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;99 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3 atc;58;acc;;aac;;agc;;;atc;187;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;3;agc;3 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;2;aga;2 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;3;cga; gta;;gca;45;gaa;;gga;;;gta;;gca;145;gaa;;gga;;;gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;39;;37;;23;99 27.5.20 Tanger;;;;cyano;total;ttt;tgt;;25.11.20 Paris;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;3959;3.6;0.0;;;;;;84;3959;3.6;0.0;;cyano2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;98;;atgi;105;tct;;tat;;atgf;98;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;150 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;7.1;act;2.4;aat;3.6;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;17;cct;2.4;cat;2.4;cgc;1.2;;ctt;50;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;1.2;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;150 atc;8;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;195;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;;acc;150;aac;150;agc;150 ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;150 gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;100;gcc;100;gac;150;ggc;100 tta;83;tca;114;taa;;tga;0;;tta;83;tca;114;taa;2.4;tga;;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;;aca;200;aaa;100;aga;100 cta;118;cca;130;caa;114;cga;2;;cta;118;cca;130;caa;114;cga;2.4;;cta;150;cca;150;caa;150;cga; gta;111;gca;48;gaa;118;gga;111;;gta;111;gca;193;gaa;118;gga;111;;gta;100;gca;100;gaa;150;gga;100 ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;150;tcg;100;tag;;tgg;150 atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;200;acg;100;aag;50;agg;100 ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;100;ccg;100;cag;50;cgg;100 gtg;43;gcg;82;gag;8;ggg;76;;gtg;43;gcg;82;gag;8.3;ggg;76;;gtg;;gcg;50;gag;;ggg;50 ;;1574;;1607;;1156;4337;;;;1906;;1607;;1171;4684;;;;1950;;1850;;1150;4950 rapports;;83;;100;;99;93;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;cyano2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;48.549;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;35 att;;act;29;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1505;;;0/0;1;;;;att;;act;100;aat;;agt;100 ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;avec;119;;;10;12;;;;ctt;98;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;31;;;20;9;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;14;;;;ttc;19;tcc;2;tac;15;tgc;25 atc;4;acc;100;aac;100;agc;100;;cyano2;49.5;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;22;agc;24 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;99;;;50;2;40;;;ctc;6;ccc;1;cac;9;cgt;26 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;10;;;60;1;;;;gtc;2;gcc;7;gac;21;ggc;7 tta;100;tca;100;taa;;tga;;;genom;2;;;70;0;;;;tta;17;tca;12;taa;;tga; ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;43;aaa;13;aga;12 cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;21;cca;13;caa;24;cga;100 gta;100;gca;25;gaa;100;gga;100;;est 2% au dessus;;;;100;5;;;;gta;10;gca;52;gaa;21;gga;10 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;12;tag;100;tgg;27 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;41;acg;2;aag;24;agg;23 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;8;ccg;15;cag;74;cgg;0 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;39;gag;100;ggg;34 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;330;;279;;337;946 </pre> ==bacteroide== ===myr=== ====myr opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_opérons|myr opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Myro_A21/myroSp_A21-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP010327.1;myr;;genome;;;;;;; 34.1%GC;14.8.19 Paris;16s 8;101;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd Myroides sp. A21;;;;;;;;;; comp;151454..152776;;CDS;;270;270;;;441; comp;153047..153134;;tca;;208;208;;;; comp;153343..154476;;CDS;;;;;;378; ;;;;;;;;;; ;211346..212332;;CDS;;123;123;;;329; comp;212456..212530;;gta;+;27;;27;;; comp;212558..212635;;gta;5 gta;27;;27;;; comp;212663..212740;;gta;;27;;27;;; comp;212768..212845;;gta;;42;;42;;; comp;212888..212965;;gta;;92;92;;;; comp;213058..214275;;CDS;;;;;;406; ;;;;;;;;;; comp;294948..295334;;CDS;;146;146;;;129; comp;295481..295554;;aga;;28;;28;;; comp;295583..295660;;cca;;7;;7;;; comp;295668..295751;;agc;;280;280;;;; ;296032..297210;;CDS;;;;;;393; ;;;;;;;;;; ;327067..328053;;CDS;;112;112;;;329; comp;328166..328241;;aaa;+;698;;*698;;; comp;328940..329021;;ctc;6 aaa;87;;*87;;; comp;329109..329184;;aaa;@1;31;;31;;; comp;329216..329291;;aaa;;36;;36;;; comp;329328..329403;;aaa;;45;;45;;; comp;329449..329524;;aaa;;33;;33;;; comp;329558..329633;;aaa;;129;129;;;; ;329763..330281;;CDS;;;;;;173; ;;;;;;;;;; comp;353908..354384;;CDS;;259;259;;;159; comp;354644..354753;;5s;;107;;;;110; comp;354861..357744;;23s;;150;;;;2884; comp;357895..357971;;gca;;88;;;88;; comp;358060..358136;;atc;;75;;;;; comp;358212..359735;;16s;;265;;;;1524; comp;360001..360110;;5s;;103;;;;110; comp;360214..363107;;23s;;150;;;;2894; comp;363258..363334;;gca;;88;;;88;; comp;363423..363499;;atc;;75;;;;; comp;363575..365098;;16s;;687;*687;;;1524; comp;365786..366973;;CDS;;;;;;396; ;;;;;;;;;; comp;407344..408819;;CDS;;141;141;;;492; comp;408961..409037;;aca;+;33;;33;;; comp;409071..409147;;aca;5 aca;38;;38;;; comp;409186..409262;;aca;;39;;39;;; comp;409302..409378;;aca;;41;;41;;; comp;409420..409493;;aca;;81;81;;;; comp;409575..409838;;CDS;;;;;;88; ;;;;;;;;;; comp;550792..551043;;CDS;;37;37;;;84; comp;551081..551155;;gaa;+;40;;40;;; comp;551196..551267;;gaa;6 gaa;37;;37;;; comp;551305..551376;;gaa;;38;;38;;; comp;551415..551486;;gaa;;35;;35;;; comp;551522..551596;;gaa;;38;;38;;; comp;551635..551706;;gaa;;75;75;;;; comp;551782..553257;;CDS;;;;;;492; ;;;;;;;;;; comp;571079..574315;;CDS;;165;165;;;*1079; comp;574481..574590;;5s;;107;;;;110; comp;574698..577581;;23s;;118;;;;2884; comp;577700..577776;;gca;;88;;;88;; comp;577865..577941;;atc;;76;;;;; comp;578018..579541;;16s;;264;;;;1524; comp;579806..579915;;5s;;106;;;;110; comp;580022..582915;;23s;;150;;;;2894; comp;583066..583142;;gca;;88;;;88;; comp;583231..583307;;atc;;77;;;;; comp;583385..584908;;16s;;1070;*1070;;;1524; comp;585979..586545;;CDS;;;;;;189; ;;;;;;;;;; comp;719558..719755;;CDS;;13;13;;;66; comp;719769..719842;;tgg;;60;60;;;; comp;719903..721090;;CDS;;58;58;;;396; comp;721149..721220;;acc;;20;;20;;; comp;721241..721321;;tac;;27;;27;;; comp;721349..721425;;aca;;93;93;;;; comp;721519..721818;;CDS;;;;;;100; ;;;;;;;;;; ;781522..782178;;CDS;;76;76;;;219; ;782255..782330;;atgf;;93;93;;;; ;782424..782978;;CDS;;;;;;185; ;;;;;;;;;; comp;783008..783451;;CDS;;332;332;;;148; ;783784..783859;;atgf;;110;110;;;; comp;783970..785886;;CDS;;;;;;*639; ;;;;;;;;;; comp;814859..815281;;CDS;;541;*541;;;141; comp;815823..815899;;cga;;10;10;;;; comp;815910..816362;;CDS;;;;;;151; ;;;;;;;;;; ;868515..869267;;CDS;;37;37;;;251; comp;869305..869380;;gga;+;34;;34;;; comp;869415..869490;;gga;6 gga;34;;34;;; comp;869525..869600;;gga;;34;;34;;; comp;869635..869710;;gga;;34;;34;;; comp;869745..869820;;gga;;37;;37;;; comp;869858..869930;;gga;;242;242;;;; ;870173..870646;;CDS;;;;;;158; ;;;;;;;;;; ;1010425..1011210;;CDS;;92;92;;;262; comp;1011303..1011376;;caa;+;221;;*221;;; comp;1011598..1011668;;caa;2 caa;183;183;;;; ;1011852..1015055;;CDS;;;;;;*1068; ;;;;;;;;;; comp;1110980..1111921;;CDS;;158;158;;;314; ;1112080..1112162;;ttg;;44;44;;;; comp;1112207..1112701;;CDS;;;;;;165; ;;;;;;;;;; ;1113809..1114273;;CDS;;158;158;;;155; comp;1114432..1114541;;5s;;105;;;;110; comp;1114647..1117530;;23s;;150;;;;2884; comp;1117681..1117757;;gca;;88;;;88;; comp;1117846..1117922;;atc;;75;;;;; comp;1117998..1119521;;16s;;266;;;;1524; comp;1119788..1119897;;5s;;105;;;;110; comp;1120003..1122896;;23s;;150;;;;2894; comp;1123047..1123123;;gca;;88;;;88;; comp;1123212..1123288;;atc;;77;;;;; comp;1123366..1124889;;16s;;77;;;;1524; comp;1126238..1126311;;aac;;90;90;;;; comp;1126402..1127745;;CDS;;;;;;448; ;;;;;;;;;; ;1214932..1215615;;CDS;;101;101;;;228; comp;1215717..1215790;;tgc;;88;88;;;; comp;1215879..1216235;;CDS;;;;;;119; ;;;;;;;;;; ;1391184..1391825;;CDS;;85;85;;;214; ;1391911..1391987;;aac;+;370;;*370;;; ;1392358..1392434;;aac;2 aac;590;*590;;;; comp;1393025..1393459;;CDS;;;;;;145; ;;;;;;;;;; ;1597909..1598226;;CDS;;635;*635;;;106; ;1598862..1598938;;gac;+;148;;*148;;; ;1599087..1599163;;gac;3 gac;202;;*202;;; ;1599366..1599442;;gac;;169;169;;;; comp;1599612..1600157;;CDS;;;;;;182; ;;;;;;;;;; comp;1643091..1644479;;CDS;;132;132;;;463; ;1644612..1644696;;cta;+;183;;*183;;; ;1644880..1644961;;cta;2 cta;314;314;;;; ;1645276..1646115;;CDS;;;;;;280; ;;;;;;;;;; ;1721814..1722689;;CDS;;66;66;;;292; comp;1722756..1722826;;tgg;;51;51;;;; comp;1722878..1723252;;CDS;;;;;;125; ;;;;;;;;;; comp;1738209..1739033;;CDS;;183;183;;;275; comp;1739217..1739293;;atgi;+;24;;24;;; comp;1739318..1739394;;atgi;2 atgi;69;69;;;; comp;1739464..1739865;;CDS;;;;;;134; ;;;;;;;;;; >;1924596..1926158;;CDS;+;-41;*-41;;;*521; comp;1926118..1926206;;tta;2 tta;341;;*341;;; comp;1926548..1926633;;tta;@2;320;320;;;; <;1926954..1927025;;CDS;;;;;;24; ;;;;;;;;;; ;1928728..1929714;;CDS;;125;125;;;329; comp;1929840..1929925;;tta;;147;147;;;; comp;1930073..1930444;;CDS;;108;108;;;124; comp;1930553..1930638;;tta;;6;;6;;; comp;1930645..1930720;;ggc;;201;201;;;; comp;1930922..1933519;;CDS;;;;;;*866; ;;;;;;;;;; comp;1961822..1962571;;CDS;;128;128;;;250; ;1962700..1962775;;ttc;+;32;;32;;; ;1962808..1962883;;ttc;3 ttc;23;;23;;; ;1962907..1962982;;ttc;;97;97;;;; comp;1963080..1964066;;CDS;;;;;;329; ;;;;;;;;;; ;2082191..2082733;;CDS;;1103;*1103;;;181; ;2083837..2085360;;16s;;77;;;;1524; ;2085438..2085514;;atc;;88;;;88;; ;2085603..2085679;;gca;;150;;;;; ;2085830..2088713;;23s;;106;;;;2884; ;2088820..2088929;;5s;;156;156;;;110; ;2089086..2089943;;CDS;;;;;;286; ;;;;;;;;;; ;2147912..2148241;;CDS;;286;286;;;110; ;2148528..2148604;;cgt;+;49;;49;;; ;2148654..2148730;;cgt;2 cgt;69;69;;;; ;2148800..2149288;;CDS;;;;;;163; ;;;;;;;;;; comp;2207990..2208685;;CDS;;111;111;;;232; comp;2208797..2208872;;atgf;;106;106;;;; comp;2208979..2209605;;CDS;;147;147;;;209; comp;2209753..2209829;;atgj;;145;145;;;; ;2209975..2210361;;CDS;;;;;;129; ;;;;;;;;;; comp;2425634..2426896;;CDS;;299;299;;;421; comp;2427196..2427270;;cca;;353;353;;;; ;2427624..2428565;;CDS;;;;;;314; ;;;;;;;;;; comp;2434061..2435053;;CDS;;125;125;;;331; comp;2435179..2435252;;atgj;;366;366;;;; ;2435619..2436269;;CDS;;;;;;217; ;;;;;;;;;; ;2561350..2563341;;CDS;;1072;*1072;;;*664; ;2564414..2565937;;16s;;74;;;;1524; ;2566012..2566088;;atc;;90;;;90;; ;2566179..2566255;;gca;;118;;;;; ;2566374..2569256;;23s;;105;;;;2883; ;2569362..2569471;;5s;;279;279;;;110; ;2569751..2571682;;CDS;;;;;;*610; ;;;;;;;;;; comp;2676791..2678620;;CDS;;235;235;;;*610; comp;2678856..2678940;;tca;;497;*497;;;; ;2679438..2681390;;CDS;;;;;;*651; ;;;;;;;;;; comp;2977513..2977920;;CDS;;497;*497;;;136; comp;2978418..2978492;;gta;;61;61;;;; comp;2978554..2978928;;CDS;;;;;;125; ;;;;;;;;;; ;3228192..3228908;;CDS;;79;79;;;239; ;3228988..3229064;;cac;+;23;;23;;; ;3229088..3229164;;cac;4 cac;22;;22;;; ;3229187..3229263;;cac;;21;;21;;; ;3229285..3229361;;cac;;40;40;;;; comp;3229402..3230577;;CDS;;;;;;392; ;;;;;;;;;; comp;3394869..3395093;;CDS;;90;90;;;75; comp;3395184..3395268;;tca;;215;215;;;; comp;3395484..3396884;;CDS;;;;;;467; ;;;;;;;;;; ;3457542..3458360;;CDS;;150;150;;;273; ;3458511..3458594;;tac;+;49;;49;;; ;3458644..3458727;;tac;4 tac;48;;48;;; ;3458776..3458859;;tac;;41;;41;;; ;3458901..3458984;;tac;;309;309;;;; comp;3459294..3460415;;CDS;;;;;;374; ;;;;;;;;;; ;3951958..3953367;;CDS;;595;*595;;;470; ;3953963..3954039;;aga;+;80;;80;;; ;3954120..3954196;;aga;2 aga;36;36;;;; comp;3954233..3954712;;CDS;;;;;;160; ;;;;;;;;;; ;3975219..3976205;;CDS;;99;99;;;329; comp;3976305..3976379;;cca;+;36;;36;;; comp;3976416..3976493;;cca;2 cca;7;;7;;; comp;3976501..3976587;;agc;;965;*965;;;; ;3977553..3978161;;CDS;;;;;;203; </pre> ====myr cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_cumuls|myr cumuls]] <pre> myr cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;8;1;0;;1;1;1;;100;6;30;1 ;16 23 5s 0;0;20;4;;50;7;20;;200;25;60;0 ;16 atc gca;8;40;28;;100;21;40;;300;16;90;4 ;16 23 5s a;0;60;7;;150;18;60;;400;14;120;4 ;max a;2;80;1;;200;7;80;;500;9;150;10 ;a doubles;0;100;1;8;250;5;100;;600;1;180;8 ;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;5;210;6 ;total aas;16;140;0;;350;4;140;;800;0;240;6 sans ;opérons;34;160;1;;400;2;160;;900;1;270;3 ;1 aa;13;180;0;;450;0;180;;1000;0;300;5 ;max a;7;200;1;;500;2;200;;1100;2;330;6 ;a doubles;17;;5;;;9;;;;0;;26 ;total aas;85;;48;8;;82;;0;;79;;79 total aas;;101;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;74;88;;223;;;;302;; ;;;variance;120;0;;242;;;;209;; sans jaune;;;moyenne;33;;;144;;;;244;;189 ;;;variance;13;;;90;;;;122;;78 </pre> ====myr blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_blocs|myr blocs]] <pre> myr blocs;;;;;;; CDS;259;159;165;1079;CDS;158;155 5s;107;110;107;110;5s;105;110 23s;150;2884;118;2884;23s;150;2884 gca;88;;88;;gca;88; atc;75;;76;;atc;75; 16s;265;1524;264;1524;16s;266;1524 5s;103;110;106;110;5s;105;110 23s;150;2894;150;2894;23s;150;2894 gca;88;;88;;gca;88; atc;75;;77;;atc;77; 16s;687;1524;1070;1524;16s;77;1524 CDS;;396;;189;aac;90; ;;;;;CDS;;448 ;;;;;;; CDS;1103;181;1072;664;;; 16s;77;1524;74;1524;;; atc;88;;90;;;; gca;150;;118;;;; 23s;106;2884;105;2883;;; 5s;156;110;279;110;;; CDS;;286;;644;;; </pre> ====myr remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_remarques|myr remarques]] *code génétique de myr <pre> myr;;;;;;;101 atgi;2;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;3;tcc;;tac;5;tgc;1 atc;8;acc;1;aac;3;agc;2 ctc;1;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;3;ggc;1 tta;4;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;6;aaa;6;aga;3 cta;2;cca;4;caa;2;cga;1 gta;6;gca;8;gaa;6;gga;6 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2 atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====myr distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_distribution|myr distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2 cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total myr;;16;;;;;;;myr;11;;;;;;;;myr;57;;;;;; </pre> ====myr données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_données_intercalaires|myr données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;myr;fx;fc;myr;fx40;fc40;myr;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 1;0;0;5;13;0;5;13;-1;0;71;273;123;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;1;10;26;435;1;0;66;-2;0;0;208;280;688;;;30;;gta;52;;cgt ;2;20;12;251;2;5;78;-3;0;2;92;115;1071;;;30;;gta;**;;cgt ;0;30;21;130;3;5;61;-4;9;60;146;466;1104;;;30;;gta;22;;tgc 2;2;40;38;83;4;3;56;-5;0;0;144;73;1073;;;42;;gta;22;;tgc 2;0;50;50;69;5;1;29;-6;3;0;81;129;5s 16s;;;**;;gta;22;;tgc ;3;60;47;69;6;1;42;-7;0;10;209;332;266;;;31;;aga;22;;tgc 1;2;70;54;98;7;4;23;-8;0;34;32;113;265;;;7;;cca;**;;tgc 1;4;80;51;80;8;2;32;-9;0;0;40;40;267;;;**;;agc;26;;cac ;5;90;29;96;9;1;25;-10;0;3;75;95;23s 5s;;;90;;ctc;25;;cac 3;3;100;35;88;10;4;23;-11;2;28;16;183;2* 109;;;34;;aaa;24;;cac 1;2;110;22;73;11;1;41;-12;0;0;60;158;105;;;39;;aaa;**;;cac 2;1;120;32;67;12;2;46;-13;1;1;58;47;2* 108;;;48;;aaa;49;;tac 4;1;130;28;42;13;0;19;-14;0;22;93;104;3* 107;;;36;;aaa;51;;tac 1;0;140;22;49;14;1;27;-15;1;0;76;593;5s CDS;;;**;;aaa;44;;tac 1;5;150;28;51;15;2;16;-16;0;2;96;169;259;;;36;;aca;**;;tac 1;0;160;30;30;16;1;19;-17;1;15;544;132;165;;;41;;aca;83;;aga 1;0;170;26;32;17;1;24;-18;1;0;10;66;156;;;42;;aca;**;;aga ;0;180;21;33;18;2;19;-19;0;1;242;-38;279;;;41;;aca;39;;cca 1;1;190;22;29;19;1;21;-20;1;6;90;381;16s tRNA;;;**;;aca;10;;cca ;0;200;20;24;20;1;19;-21;0;0;88;125;3* 80;;atc;40;;gaa;**;;agc ;3;210;19;22;21;0;15;-22;0;0;85;128;81;;atc;37;;gaa;;; ;1;220;12;21;22;4;15;-23;0;7;635;100;3* 82;;atc;38;;gaa;;; ;0;230;17;17;23;0;15;-24;0;0;314;145;79;;atc;38;;gaa;;; ;1;240;19;20;24;0;18;-25;0;1;51;353;tRNA 23s;;;38;;gaa;;; ;1;250;16;15;25;0;14;-26;0;4;186;366;6*151;;gca;**;;gaa;;; ;0;260;14;16;26;2;10;-27;0;0;69;497;2* 119;;gca;20;;acc;;; ;0;270;17;22;27;5;9;-28;0;0;147;43;tRNA 16s;;;30;;tac;;; 1;1;280;9;8;28;4;12;-29;0;3;108;312;90;;aac;**;;aca;;; ;1;290;11;14;29;4;10;-30;0;0;201;39;tRNA tRNA;;intra;37;;gga;;; ;2;300;12;8;30;2;12;-31;0;0;286;99;7* 91;;atc gca;37;;gga;;; ;0;310;12;12;31;4;8;-32;0;1;72;965;93;;atc gca;37;;gga;;; 1;1;320;10;16;32;1;14;-33;0;0;114;;;;;37;;gga;;; ;0;330;10;11;33;3;5;-34;0;3;106;;;;;37;;gga;;; 1;0;340;5;7;34;5;9;-35;0;1;150;;;;;**;;gga;;; ;0;350;4;12;35;2;3;-36;0;0;299;;;;;221;;caa;;; 1;0;360;11;9;36;7;10;-37;0;0;125;;;;;**;;caa;;; 1;0;370;6;6;37;3;8;-38;0;2;235;;;;;373;;aac;;; ;0;380;2;7;38;2;7;-39;0;0;20;;;;;**;;aac;;; 1;0;390;3;5;39;5;13;-40;0;0;294;;;;;151;;gac;;; ;0;400;5;4;40;6;6;-41;0;2;497;;;;;202;;gac;;; 4;4;reste;146;180;reste;877;1362;-42;0;0;61;;;;;**;;gac;;; 32;47;total;979;2274;total;979;2274;-43;0;0;79;;;;;186;;cta;;; 27;43;diagr;828;2081;diagr;97;899;-44;0;1;90;;;;;**;;cta;;; 0;3; t30;59;816;;;;-45;0;0;215;;;;;24;;atgi;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;**;;atgi;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;341;;tta;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;**;;tta;;; ;x;974;20;5;999;;;-49;0;0;;;;;;9;;tta;;; ;c;2261;282;13;2556;;;-50;0;0;;;;;;**;;ggc;;; ;;;;;3555;199;;reste;1;0;;;;;;35;;ttc;;; ;;;;;;3754;;total;20;282;;;;;;26;;ttc;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;ttc;;; </pre> =====myr autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires_aas|myr autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;myr;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;151454;273;comp; ;tRNA;153050;208;comp;tca fin;CDS;153343;;comp; deb;CDS;171836;177;comp; ;regulatory;174323;162;; fin;CDS;174673;;comp; deb;CDS;211346;123;; ;tRNA;212456;30;comp;gta ;tRNA;212561;30;comp;gta ;tRNA;212666;30;comp;gta ;tRNA;212771;42;comp;gta ;tRNA;212888;92;comp;gta fin;CDS;213058;;comp; deb;CDS;294948;146;comp; ;tRNA;295481;31;comp;aga ;tRNA;295586;7;comp;cca ;tRNA;295668;280;comp;agc fin;CDS;296032;;; deb;CDS;327067;115;; ;tRNA;328169;466;comp;aaa deb;CDS;328708;73;; ;tRNA;328940;90;comp;ctc ;tRNA;329112;34;comp;aaa ;tRNA;329219;39;comp;aaa ;tRNA;329331;48;comp;aaa ;tRNA;329452;36;comp;aaa ;tRNA;329561;129;comp;aaa fin;CDS;329763;;; deb;CDS;353908;259;comp; ;rRNA;354644;109;comp;5s ;rRNA;354863;151;comp;23s ;tRNA;357898;91;comp;gca ;tRNA;358063;80;comp;atc ;rRNA;358217;266;comp;16s ;rRNA;360001;105;comp;5s ;rRNA;360216;151;comp;23s ;tRNA;363261;91;comp;gca ;tRNA;363426;80;comp;atc ;rRNA;363580;688;comp;16s fin;CDS;365786;;comp; deb;CDS;407344;144;comp; ;tRNA;408964;36;comp;aca ;tRNA;409074;41;comp;aca ;tRNA;409189;42;comp;aca ;tRNA;409305;41;comp;aca ;tRNA;409420;81;comp;aca fin;CDS;409575;;comp; deb;CDS;539601;209;comp; ;tRNA;542039;32;comp;other fin;CDS;542191;;comp; deb;CDS;550792;40;comp; ;tRNA;551084;40;comp;gaa ;tRNA;551196;37;comp;gaa ;tRNA;551305;38;comp;gaa ;tRNA;551415;38;comp;gaa ;tRNA;551525;38;comp;gaa ;tRNA;551635;75;comp;gaa fin;CDS;551782;;comp; deb;CDS;571079;165;comp; ;rRNA;574481;109;comp;5s ;rRNA;574700;119;comp;23s ;tRNA;577703;91;comp;gca ;tRNA;577868;81;comp;atc ;rRNA;578023;265;comp;16s ;rRNA;579806;108;comp;5s ;rRNA;580024;151;comp;23s ;tRNA;583069;91;comp;gca ;tRNA;583234;82;comp;atc ;rRNA;583390;1071;comp;16s fin;CDS;585979;;comp; deb;CDS;719558;16;comp; ;tRNA;719772;60;comp;tgg deb;CDS;719903;58;comp; ;tRNA;721149;20;comp;acc ;tRNA;721241;30;comp;tac ;tRNA;721352;93;comp;aca fin;CDS;721519;;comp; deb;CDS;781522;76;; ;tRNA;782255;96;;atgf fin;CDS;782424;;; deb;CDS;783008;332;comp; ;tRNA;783784;113;;atgf fin;CDS;783970;;comp; deb;CDS;814859;544;comp; ;tRNA;815826;10;comp;cga fin;CDS;815910;;comp; deb;CDS;868515;40;; ;tRNA;869308;37;comp;gga ;tRNA;869418;37;comp;gga ;tRNA;869528;37;comp;gga ;tRNA;869638;37;comp;gga ;tRNA;869748;37;comp;gga ;tRNA;869858;242;comp;gga fin;CDS;870173;;comp; deb;CDS;887776;96;; ;regulatory;888352;64;; fin;CDS;888516;;; deb;CDS;900643;77;comp; ;regulatory;902862;75;comp; fin;CDS;903026;;comp; deb;CDS;1010425;95;; ;tRNA;1011306;221;comp;caa ;tRNA;1011598;183;comp;caa fin;CDS;1011852;;; deb;CDS;1110980;158;comp; ;tRNA;1112080;47;;ttg fin;CDS;1112207;;comp; deb;CDS;1113809;158;; ;rRNA;1114432;107;comp;5s ;rRNA;1114649;151;comp;23s ;tRNA;1117684;91;comp;gca ;tRNA;1117849;80;comp;atc ;rRNA;1118003;267;comp;16s ;rRNA;1119788;107;comp;5s ;rRNA;1120005;151;comp;23s ;tRNA;1123050;91;comp;gca ;tRNA;1123215;82;comp;atc ;rRNA;1123371;1349;comp;16s ;tRNA;1126238;90;comp;aac fin;CDS;1126402;;comp; deb;CDS;1214932;104;; ;tRNA;1215720;88;comp;tgc fin;CDS;1215879;;comp; deb;CDS;1391184;85;; ;tRNA;1391911;373;;aac ;tRNA;1392358;593;;aac fin;CDS;1393025;;comp; deb;CDS;1597909;635;; ;tRNA;1598862;151;;gac ;tRNA;1599087;202;;gac ;tRNA;1599366;169;;gac fin;CDS;1599612;;comp; deb;CDS;1604664;112;comp; ;regulatory;1606846;57;comp; fin;CDS;1607085;;comp; deb;CDS;1643091;132;comp; ;tRNA;1644612;186;;cta ;tRNA;1644880;314;;cta fin;CDS;1645276;;; deb;CDS;1721814;66;; ;tRNA;1722756;51;comp;tgg fin;CDS;1722878;;comp; deb;CDS;1738209;186;comp; ;tRNA;1739220;24;comp;atgi ;tRNA;1739318;69;comp;atgi fin;CDS;1739464;;comp; deb;CDS;1924596;-38;; ;tRNA;1926121;341;comp;tta ;tRNA;1926548;381;comp;tta fin;CDS;1927015;;; deb;CDS;1928728;125;; ;tRNA;1929840;147;comp;tta deb;CDS;1930073;108;comp; ;tRNA;1930553;9;comp;tta ;tRNA;1930648;201;comp;ggc fin;CDS;1930922;;comp; deb;CDS;1961822;128;comp; ;tRNA;1962700;35;;ttc ;tRNA;1962808;26;;ttc ;tRNA;1962907;100;;ttc fin;CDS;1963080;;comp; deb;CDS;2082191;1104;; ;rRNA;2083838;82;;16s ;tRNA;2085438;91;;atc ;tRNA;2085603;151;;gca ;rRNA;2085828;108;;23s ;rRNA;2088820;156;;5s fin;CDS;2089086;;; deb;CDS;2147912;286;; ;tRNA;2148528;52;;cgt ;tRNA;2148654;72;;cgt fin;CDS;2148800;;; deb;CDS;2207990;114;comp; ;tRNA;2208800;106;comp;atgf deb;CDS;2208979;150;comp; ;tRNA;2209756;145;comp;atgj fin;CDS;2209975;;; deb;CDS;2224025;53;comp; ;ncRNA;2225644;58;comp; fin;CDS;2225810;;comp; deb;CDS;2302059;133;; ;regulatory;2303686;199;; fin;CDS;2304079;;; deb;CDS;2425634;299;comp; ;tRNA;2427196;353;comp;cca fin;CDS;2427624;;; deb;CDS;2434061;125;comp; ;tRNA;2435179;366;comp;atgj fin;CDS;2435619;;; deb;CDS;2505104;88;comp; ;ncRNA;2506290;93;; fin;CDS;2506482;;comp; deb;CDS;2561350;1073;; ;rRNA;2564415;79;;16s ;tRNA;2566012;93;;atc ;tRNA;2566179;119;;gca ;rRNA;2566372;107;;23s ;rRNA;2569362;279;;5s fin;CDS;2569751;;; deb;CDS;2640485;167;comp; ;regulatory;2641078;541;comp; fin;CDS;2641765;;; deb;CDS;2676791;235;comp; ;tRNA;2678856;497;comp;tca fin;CDS;2679438;;; deb;CDS;2729998;20;; ;tRNA;2731143;22;;tgc ;tRNA;2731236;22;;tgc ;tRNA;2731329;22;;tgc ;tRNA;2731422;22;;tgc ;tRNA;2731515;294;;tgc fin;CDS;2731880;;; deb;CDS;2977513;497;comp; ;tRNA;2978418;61;comp;gta fin;CDS;2978554;;comp; deb;CDS;3228192;79;; ;tRNA;3228988;26;;cac ;tRNA;3229088;25;;cac ;tRNA;3229187;24;;cac ;tRNA;3229285;43;;cac fin;CDS;3229402;;comp; deb;CDS;3299472;99;; ;tmRNA;3300558;220;comp; fin;CDS;3301177;;; deb;CDS;3394869;90;comp; ;tRNA;3395184;215;comp;tca fin;CDS;3395484;;comp; deb;CDS;3457542;150;; ;tRNA;3458511;49;;tac ;tRNA;3458644;51;;tac ;tRNA;3458776;44;;tac ;tRNA;3458901;312;;tac fin;CDS;3459294;;comp; deb;CDS;3475368;61;comp; ;regulatory;3476731;337;comp; fin;CDS;3477177;;; deb;CDS;3488568;61;comp; ;regulatory;3489832;337;comp; fin;CDS;3490278;;; deb;CDS;3951958;595;; ;tRNA;3953963;83;;aga ;tRNA;3954120;39;;aga fin;CDS;3954233;;comp; deb;CDS;3975219;99;; ;tRNA;3976305;39;comp;cca ;tRNA;3976419;10;comp;cca ;tRNA;3976504;965;comp;agc fin;CDS;3977553;;; deb;CDS;4054689;76;; ;ncRNA;4055338;275;comp; fin;CDS;4055928;;; </pre> ====myr intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_entre_cds|myr intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> myr;2.2.21 Paris;;Myr 18.1.21;;;;;;;;; myr;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>fréquencez ;'''négatif;302;8.5;'''négatif ;-9;10;-1 à -68;'''4 155 464;-1;302;610;6 ;'''zéro;18;0.5;;;;;'''intercals;0;18;620;2 ;'''1 à 200;2443;68.7;'''0 à 200;67;56;;'''507 186;5;304;630;6 ;'''201 à 370;440;12.4;'''201 à 370;271;47;;'''12.2%;10;157;640;4 ;'''371 à 600;202;5.7;'''371 à 600;470;61;;;15;155;650;2 ;'''601 à max;150;4.2;'''601 à 1353;802;166;;;20;108;660;8 ;'''total 3555;<201;77.7;'''total 3549;139;188;-68 à 1353;;25;81;670;5 adresse;intercalx;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>eréquence-1;30;70;680;3 1253774;2764;-1;302;-70;0;;0;18;35;54;690;3 4076145;2069;0;18;-60;1;;-1;°71;40;67;700;2 3818684;1978;1;66;-50;0;;-2;0;45;52;710;10 3657182;1824;2;°83;-40;5;;-3;2;50;67;720;4 4012754;1661;3;66;-30;7;'''min à -1;-4;°69;55;67;730;2 3629577;1544;4;59;-20;22;302;-5;0;60;49;740;10 2952529;1353;5;30;-10;78;8.5%;-6;3;65;78;750;2 3023352;1312;6;°43;0;207;;-7;10;70;74;760;6 3091776;1283;7;27;10;461;;-8;°34;75;64;770;4 3063256;1274;8;34;20;263;;-9;0;80;67;780;5 792903;1218;9;26;30;151;;-10;3;85;56;790;4 128855;1210;10;27;40;121;'''1 à 100;-11;°30;90;69;800;5 1814854;1180;11;42;50;119;1762;-12;0;95;73;810;3 2893024;1157;12;°48;60;116;49.6%;-13;2;100;50;820;2 3791894;1149;13;19;70;152;;-14;°22;105;50;830;2 1764716;1121;14;28;80;131;;-15;1;110;45;840;3 3858117;1092;15;18;90;125;;-16;2;115;55;850;1 2631119;1079;16;20;100;123;;-17;°16;120;44;860;1 3204160;1074;17;°25;110;95;;-18;1;125;38;870;0 3970791;1045;18;21;120;99;;-19;1;130;32;880;1 638891;1022;19;22;130;70;;-20;°7;135;37;890;3 3392036;1020;20;20;140;71;;-21;0;140;34;900;1 3864400;1007;21;15;150;79;;-22;0;145;40;910;3 1410445;1003;22;°19;160;60;;-23;°7;150;39;920;2 3966467;1001;23;15;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;2 180046;997;24;18;180;54;2443;-25;1;160;24;940;1 226066;997;25;°14;190;51;69%;-26;°4;165;38;950;0 102898;986;26;12;200;44;;-27;0;170;20;960;2 1232294;981;27;14;210;41;;-28;0;175;25;970;0 66244;978;28;°16;220;33;;-29;°3;180;29;980;1 1851963;956;29;14;230;34;;-30;0;185;24;990;2 2836755;953;30;14;240;39;;-31;0;190;27;1000;2 3339204;937;31;12;250;31;;-32;1;195;23;1010;3 485591;928;32;°15;260;30;;;308;200;21;1020;1 1163082;925;33;8;270;39;;reste;12;205;21;1030;1 2704567;918;34;14;280;17;;total;320;210;20;1040;0 1624776;912;35;5;290;25;;;;215;19;1050;1 1989125;909;36;°17;300;20;;intercal;<u>fréquencef;220;14;1060;0 2763942;909;37;11;310;24;;600;3405;225;17;1070;0 3941959;907;38;9;320;26;;650;20;230;17;1080;2 3569216;896;39;°18;330;21;;700;21;235;16;1090;0 3279840;890;40;12;340;12;'''201 à 370;750;28;240;23;1100;1 3713046;890;reste;2239;350;16;440;800;24;245;16;1110;0 1258251;888;total;3555;360;20;12%;850;11;250;15;1120;0 3954233;874;;;370;12;;900;6;255;14;1130;1 248335;860;;;380;9;;950;8;260;16;1140;0 ;;;;390;8;;1000;7;265;17;1150;1 ;;;;400;9;;1050;6;270;22;1160;1 adresse;intercaln;décalage;long;410;15;;1100;3;275;14;1170;0 849554;-68;comp;;420;12;;1150;2;280;3;1180;1 3465496;-47;shift2;473;430;11;;1200;2;285;14;1190;0 3335648;-46;shift2;705;440;9;;1250;2;290;11;1200;0 1686663;-44;shift2;464;450;18;;1300;2;295;11;reste;12 626279;-41;;;460;9;;1350;1;300;9;total;150 3285379;-41;;;470;14;;1400;1;305;18;; 569581;-38;;;480;10;;1450;0;310;6;; 3645168;-38;;;490;11;;1500;0;315;11;; 3007311;-35;;;500;5;;1550;1;320;15;; 890595;-34;;;510;9;;1600;0;325;10;; 1138331;-34;;;520;5;;1650;0;330;11;; 1639425;-34;;;530;9;;1700;1;335;4;; 1509236;-32;;;540;3;'''371 à 600;;146;340;8;; 2356195;-29;;;550;7;202;;;345;11;; 2927121;-29;;;560;6;5.7%;;;350;5;; 3218460;-29;;;570;7;;;;355;11;; 74410;-26;;;580;4;'''601 à max;;;360;9;; 1241101;-26;;;590;6;150;;;365;6;; 1964711;-26;;;600;6;4.2%;;;370;6;; 3675717;-26;;;reste;150;;reste;4;reste;352;; 424302;-25;;;total;3555;;toal;3555;toal;3555;; </pre> ====myr intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> myr. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; myr;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;33;-213;270;32;708;215;max70;&-94;717;-1739;143;742;254;min50 31 à 400;;;;;;;;&7.8;-12;-192;52;897;51;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-7;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;112;48;-;640;poly;68;tm;&215;69;;452;poly;290;SF 31 à 400;;;;;;;;&117;42;-;811;poly;86;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.078;;;;; 41-n;0.872;0.649;0.764;;;;;;;;;;;; 1-n;0.323;-0.143;0.041;;;;;;;;;;14.8.21 paris;; myr;fx;fc;;myr;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;myr;Sx-;Sc- 0;5;13;;0;6;6;;0;5;13;>0;974;-1;0;71 10;26;435;;10;31;209;;1;0;66;<0;20;-2;0;0 20;12;251;;20;14;121;;2;5;78;zéro;5;-3;0;2 30;21;130;;30;25;62;;3;5;61;total;999;-4;9;60 40;38;83;;40;46;40;;4;3;56;;c;-5;0;0 50;50;69;;50;60;33;;5;1;29;>0;2261;-6;3;0 60;47;69;;60;57;33;;6;1;42;<0;282;-7;0;10 70;54;98;;70;65;47;;7;4;23;zéro;13;-8;0;34 80;51;80;;80;62;38;;8;2;32;total;2556;-9;0;0 90;29;96;;90;35;46;;9;1;25;;;-10;0;3 100;35;88;;100;42;42;;10;4;23;;;-11;2;28 110;22;73;;110;27;35;;11;1;41;;;-12;0;0 120;32;67;;120;39;32;;12;2;46;;;-13;1;1 130;28;42;;130;34;20;;13;0;19;;;-14;0;22 140;22;49;;140;27;24;;14;1;27;;;-15;1;0 150;28;51;;150;34;25;;15;2;16;;;-16;0;2 160;30;30;;160;36;14;;16;1;19;;;-17;1;15 170;26;32;;170;31;15;;17;1;24;;;-18;1;0 180;21;33;;180;25;16;;18;2;19;;;-19;0;1 190;22;29;;190;27;14;;19;1;21;;;-20;1;6 200;20;24;;200;24;12;;20;1;19;;;-21;0;0 210;19;22;;210;23;11;;21;0;15;;;-22;0;0 220;12;21;;220;14;10;;22;4;15;;;-23;0;7 230;17;17;;230;21;8;;23;0;15;;;-24;0;0 240;19;20;;240;23;10;;24;0;18;;;-25;0;1 250;16;15;;250;19;7;;25;0;14;;;-26;0;4 260;14;16;;260;17;8;;26;2;10;;;-27;0;0 270;17;22;;270;21;11;;27;5;9;;;-28;0;0 280;9;8;;280;11;4;;28;4;12;;;-29;0;3 290;11;14;;290;13;7;;29;4;10;;;-30;0;0 300;12;8;;300;14;4;;30;2;12;;;-31;0;0 310;12;12;;310;14;6;;31;4;8;;;-32;0;1 320;10;16;;320;12;8;;32;1;14;;;-33;0;0 330;10;11;;330;12;5;;33;3;5;;;-34;0;3 340;5;7;;340;6;3;;34;5;9;;;-35;0;1 350;4;12;;350;5;6;;35;2;3;;;-36;0;0 360;11;9;;360;13;4;;36;7;10;;;-37;0;0 370;6;6;;370;7;3;;37;3;8;;;-38;0;2 380;2;7;;380;2;3;;38;2;7;;;-39;0;0 390;3;5;;390;4;2;;39;5;13;;;-40;0;0 400;5;4;;400;6;2;;40;6;6;;;-41;0;2 reste;146;180;;;;;;reste;877;1362;;;-42;0;0 total;979;2274;;t30;71;392;;total;979;2274;;;-43;0;0 diagr;828;2081;;t60;234;498;;diagr;97;899;;;-44;0;1 - t30;769;1265;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;634;1044;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;1;0 ;;;;;;;;;;;;;total;20;282 </pre> ====myr intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_négatifs_S-|myr intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;9;;3;;;;;2;;1;;1;;1;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;20 continu;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;9;0;3;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;20 ;Sc-;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282 </pre> ====myr autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires|myr autres intercalaires]] <pre> myr1 ;adresse1;;;;;myr2 ;adresse2;;;;;myr3;adresse3;;; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;151454;273;comp;;deb;°CDS;814859;544;comp;;deb;°CDS;2147912;286; ;&tRNA;153050;208;comp;;;&tRNA;815826;10;comp;;;&tRNA;2148528;52; fin;°CDS;153343;;comp;;fin;°CDS;815910;;comp;;;&tRNA;2148654;72; deb;°CDS;171836;177;comp;;deb;°CDS;868515;40;;;fin;°CDS;2148800;; ;regulatory;174323;162;;;;&tRNA;869308;37;comp;;deb;°CDS;2207990;114;comp fin;°CDS;174673;;comp;;;&tRNA;869418;37;comp;;;&tRNA;2208800;106;comp deb;°CDS;211346;123;;;;&tRNA;869528;37;comp;;deb;°CDS;2208979;150;comp ;&tRNA;212456;30;comp;;;&tRNA;869638;37;comp;;;&tRNA;2209756;145;comp ;&tRNA;212561;30;comp;;;&tRNA;869748;37;comp;;fin;°CDS;2209975;; ;&tRNA;212666;30;comp;;;&tRNA;869858;242;comp;;deb;°CDS;2224025;53;comp ;&tRNA;212771;42;comp;;fin;°CDS;870173;;comp;;;ncRNA;2225644;58;comp ;&tRNA;212888;92;comp;;deb;°CDS;887776;96;;;fin;°CDS;2225810;;comp fin;°CDS;213058;;comp;;;regulatory;888352;64;;;deb;°CDS;2302059;133; deb;°CDS;294948;146;comp;;fin;°CDS;888516;;;;;regulatory;2303686;199; ;&tRNA;295481;31;comp;;deb;°CDS;900643;77;comp;;fin;°CDS;2304079;; ;&tRNA;295586;7;comp;;;regulatory;902862;75;comp;;deb;°CDS;2425634;299;comp ;&tRNA;295668;280;comp;;fin;°CDS;903026;;comp;;;&tRNA;2427196;353;comp fin;°CDS;296032;;;;deb;°CDS;1010425;95;;;fin;°CDS;2427624;; deb;°CDS;327067;115;;;;&tRNA;1011306;221;comp;;deb;°CDS;2434061;125;comp ;&tRNA;328169;466;comp;;;&tRNA;1011598;183;comp;;;&tRNA;2435179;366;comp deb;°CDS;328708;73;;;fin;°CDS;1011852;;;;fin;°CDS;2435619;; ;&tRNA;328940;90;comp;;deb;°CDS;1110980;158;comp;;deb;°CDS;2505104;88;comp ;&tRNA;329112;34;comp;;;&tRNA;1112080;47;;;;ncRNA;2506290;93; ;&tRNA;329219;39;comp;;fin;°CDS;1112207;;comp;;fin;°CDS;2506482;;comp ;&tRNA;329331;48;comp;;deb;°CDS;1113809;158;;;deb;°CDS;2561350;1073; ;&tRNA;329452;36;comp;;;$rRNA;1114432;107;comp;;;$rRNA;2564415;79; ;&tRNA;329561;129;comp;;;$rRNA;1114649;151;comp;;;&tRNA;2566012;93; fin;°CDS;329763;;;;;&tRNA;1117684;91;comp;;;&tRNA;2566179;119; deb;°CDS;353908;259;comp;;;&tRNA;1117849;80;comp;;;$rRNA;2566372;107; ;$rRNA;354644;109;comp;;;$rRNA;1118003;267;comp;;;$rRNA;2569362;279; ;$rRNA;354863;151;comp;;;$rRNA;1119788;107;comp;;fin;°CDS;2569751;; ;&tRNA;357898;91;comp;;;$rRNA;1120005;151;comp;;deb;°CDS;2640485;167;comp ;&tRNA;358063;80;comp;;;&tRNA;1123050;91;comp;;;regulatory;2641078;541;comp ;$rRNA;358217;266;comp;;;&tRNA;1123215;82;comp;;fin;°CDS;2641765;; 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fin;°CDS;542191;;comp;;deb;°CDS;1604664;112;comp;;;&tRNA;3229088;25; deb;°CDS;550792;40;comp;;;regulatory;1606846;57;comp;;;&tRNA;3229187;24; ;&tRNA;551084;40;comp;;fin;°CDS;1607085;;comp;;;&tRNA;3229285;43; ;&tRNA;551196;37;comp;;deb;°CDS;1643091;132;comp;;fin;°CDS;3229402;;comp ;&tRNA;551305;38;comp;;;&tRNA;1644612;186;;;deb;°CDS;3299472;99; ;&tRNA;551415;38;comp;;;&tRNA;1644880;314;;;;tmRNA;3300558;220;comp ;&tRNA;551525;38;comp;;fin;°CDS;1645276;;;;fin;°CDS;3301177;; ;&tRNA;551635;75;comp;;deb;°CDS;1721814;66;;;deb;°CDS;3394869;90;comp fin;°CDS;551782;;comp;;;&tRNA;1722756;51;comp;;;&tRNA;3395184;215;comp deb;°CDS;571079;165;comp;;fin;°CDS;1722878;;comp;;fin;°CDS;3395484;;comp ;$rRNA;574481;109;comp;;deb;°CDS;1738209;186;comp;;deb;°CDS;3457542;150; ;$rRNA;574700;119;comp;;;&tRNA;1739220;24;comp;;;&tRNA;3458511;49; ;&tRNA;577703;91;comp;;;&tRNA;1739318;69;comp;;;&tRNA;3458644;51; ;&tRNA;577868;81;comp;;fin;°CDS;1739464;;comp;;;&tRNA;3458776;44; ;$rRNA;578023;265;comp;;deb;°CDS;1924596;-38;;;;&tRNA;3458901;312; 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deb;°CDS;783008;332;comp;;;&tRNA;2085438;91;;;deb;°CDS;4054689;76; ;&tRNA;783784;113;;;;&tRNA;2085603;151;;;;ncRNA;4055338;275;comp fin;°CDS;783970;;comp;;;$rRNA;2085828;108;;;fin;°CDS;4055928;; ;;;;;;;$rRNA;2088820;156;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;2089086;;;;;;;; </pre> ====myr intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_tRNA|myr intercalaires tRNA]] <pre> myr intercalaires tRNA;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;;;; ;;;;;;;deb;fin;continu;cumuls ;;;273;;208;;;;; ;30*3 42;comp’;123;;92;;16;10;'''deb; ;31 7;;146;comp’;280;;20;32;<201;18 ;;comp’;115;comp’;466;;40;51;total;26 ;90 34 39 48 36;comp’;73;comp’;129;;54;60;%;69% ;36 41 42 41;;144;;81;;58;61;; ;;;209;;32;;76;69;'''fin; ;40 37 38*3;;40;;75;;79;72;<201;15 ;;;16;;60;;85;75;total;22 ;20 30;;58;;93;;90;81;%;68% ;;;76;;96;;90;88;; ;;comp’;332;comp’;113;;108;92;'''total; ;;;54;;10;;114;93;<201;33 ;37*5;comp’;40;;242;;125;96;total;48 ;221;comp’;95;comp’;183;;144;106;%;69% ;;comp’;158;comp’;47;;146;147;; ;;;;comp’;90;;150;201;; ;;comp’;104;;88;;150;208;; ;373;;85;comp’;593;;186;215;; ;151 202;;635;comp’;169;;209;220;; ;186;comp’;132;;314;;235;242;; ;;comp’;66;;51;;273;294;; ;24;;186;;69;;286;314;; ;341;comp’;-38;comp’;381;;299;-;; ;;comp’;125;;147;;497;-;; ;9;;108;;201;;595;-;; ;35 26;comp’;128;comp’;100;;635;-;'''comp’;'''cumuls ;52;;286;;72;;'''-38;39;'''deb; ;;;114;;106;;40;43;<201;12 ;;;150;comp’;145;;66;47;total;13 ;;;299;comp’;353;;73;90;%;92% ;;;125;comp’;366;;95;100;; ;;;235;comp’;497;;104;113;'''fin; ;22*4;;20;;294;;115;129;<201;10 ;;;497;;61;;123;145;total;18 ;26 25 24;;79;comp’;43;;125;169;%;56% ;;;90;;220;;128;183;; ;;;90;;215;;132;280;'''total; ;49 51 44;;150;comp’;312;;158;312;<201;22 ;83;;595;comp’;39;;332;353;total;31 ;;;;;;;_;366;%;71% ;;;;;;;_;381;; ;;;;;;;_;466;; ;;;;;;;_;497;; ;;;;;;;_;593;; ;;deb;fin;total;;;;;; ;<201;30;25;55;;;;;; ;total;39;40;79;;;;;; ;taux;77%;63%;70%;;;;;; </pre> ===fps=== ====fps opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_opérons|fps opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Flav_psyc_JIP02_86/flavPsyc-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009613.3;fps;;genome;;;;;;;; 32.4%GC;14.8.19 Paris;16s 6;49;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Flavobacterium psychrophilum JIP02/86;;;;;;;;;;; ;3517..4200;;CDS;;43;43;;;228;; comp;4244..4317;;tgc;;104;104;;;;; comp;4422..4781;;CDS;;;;;;120;; ;;;;;;;;;;; ;113561..114154;;CDS;;107;107;;;198;; comp;114262..114335;;aac;;147;147;;;;; comp;114483..115817;;CDS;;;;;;445;; ;;;;;;;;;;; comp;190346..191287;;CDS;;175;175;;;314;; ;191463..191545;;ttg;@1;290;;*290;;;; comp;191836..191920;;cta;;132;132;;;;; ;192053..193441;;CDS;;;;;;463;; ;;;;;;;;;;; comp;295744..295950;;CDS;;179;179;;;69;; comp;296130..296203;;atgi;;86;86;;;;; comp;296290..296694;;CDS;;;;;;135;; ;;;;;;;;;;; comp;318122..319414;;CDS;;896;*896;;;431;; comp;320311..320387;;gac;;86;86;;;;; comp;320474..321400;;CDS;;;;;;309;; ;;;;;;;;;;; comp;371118..374348;;CDS;;154;154;;;1077;; ;374503..374576;;caa;;47;47;;;;; comp;374624..375631;;CDS;;;;;;336;; ;;;;;;;;;;; comp;464114..466717;;CDS;;125;125;;;868;; 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;;;;;;;;;;; ;852715..853170;;CDS;;128;128;;;152;; comp;853299..853375;;cac;;75;75;;;;; comp;853451..854167;;CDS;;;;;;239;; ;;;;;;;;;;; ;897041..897184;;CDS;;75;75;;;48;; ;897260..897336;;cgt;;46;46;;;;; ;897383..897955;;CDS;;;;;;191;; ;;;;;;;;;;; comp;982868..984043;;CDS;;254;254;;;392;; ;984298..984384;;agc;;15;;15;;;; ;984400..984477;;cca;;30;;30;;;; ;984508..984584;;aga;;93;93;;;;; ;984678..985880;;CDS;;;;;;401;; ;;;;;;;;;;; comp;1110660..1112606;;CDS;;1082;*1082;;;649;; ;1113689..1115188;;16s;;110;;;;1500;; ;1115299..1115375;;atc;;158;;;158;;; ;1115534..1115610;;gca;;213;;;;;; ;1115824..1118708;;23s;;156;;;;2885;; ;1118865..1118970;;5s;;282;282;;;106;; comp;1119253..1120218;;CDS;;;;;;322;; ;;;;;;;;;;; comp;1123344..1124324;;CDS;;-981;*-981;;;327;; comp;1123344..1124324;;rpr;@2;191;191;;;981;; comp;1124516..1124698;;rpr;;20;20;;;183;; comp;1124719..1124862;;rpr;;289;289;;;144;; comp;1125152..1125229;;gta;;82;82;;;;; comp;1125312..1125686;;CDS;;;;;;125;; ;;;;;;;;;;; ;1285199..1285477;;CDS;;148;148;;;93;; ;1285626..1285710;;tac;;473;*473;;;;; ;1286184..1286810;;CDS;;;;;;209;; ;;;;;;;;;;; ;1309373..1310833;;CDS;;1079;*1079;;;487;; comp;1311913..1312018;;5s;;156;;;;106;; comp;1312175..1315059;;23s;;213;;;;2885;; comp;1315273..1315349;;gca;;158;;;158;;; comp;1315508..1315584;;atc;;110;;;;;; comp;1315695..1317194;;16s;;1276;*1276;;;1500;; ;1318471..1319160;;CDS;;;;;;230;; ;;;;;;;;;;; comp;1395138..1395728;;CDS;;73;73;;;197;; comp;1395802..1396536;;rpr;;93;93;;;735;; comp;1396630..1397052;;rpr;;248;248;;;423;; comp;1397301..1397388;;tca;;135;135;;;;; comp;1397524..1398660;;CDS;;;;;;379;; ;;;;;;;;;;; comp;1622342..1622755;;CDS;;100;100;;;138;; comp;1622856..1622929;;aca;;79;79;;;;; comp;1623009..1623275;;CDS;;;;;;89;; ;;;;;;;;;;; comp;1815453..1816334;;CDS;;239;239;;;294;; ;1816574..1816649;;atgf;+;31;;31;;;; ;1816681..1816756;;atgf;2 atgf;591;*591;;;;; ;1817348..1817794;;CDS;;;;;;149;; ;;;;;;;;;;; ;1859580..1860149;;CDS;;305;305;;;190;; comp;1860455..1860531;;atgj;;143;143;;;;; ;1860675..1861067;;CDS;;;;;;131;; ;;;;;;;;;;; comp;1904719..1905537;;CDS;;26;26;;;273;; comp;1905564..1905637;;cga;;70;70;;;;; comp;1905708..1906157;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; ;1995546..1996253;;CDS;;35;35;;;236;; comp;1996289..1996361;;gga;;281;281;;;;; ;1996643..1997074;;CDS;;;;;;144;; ;;;;;;;;;;; ;2088032..2088418;;CDS;;105;105;;;129;; ;2088524..2089369;;rpr;;116;;;;846;; comp;2089486..2089591;;5s;;156;;;;106;; comp;2089748..2092632;;23s;;213;;;;2885;; comp;2092846..2092922;;gca;;158;;;158;;; comp;2093081..2093157;;atc;;110;;;;;; comp;2093268..2094767;;16s;;1570;*1570;;;1500;; comp;2096338..2099241;;CDS;;;;;;968;; ;;;;;;;;;;; ;2182840..2185440;;CDS;;138;138;;;867;; ;2185579..2185654;;ggc;;40;;40;;;; ;2185695..2185782;;tta;;93;93;;;;; comp;2185876..2190132;;CDS;;;;;;1419;; ;;;;;;;;;;; comp;2295987..2296184;;CDS;;14;14;;;66;; comp;2296199..2296272;;tgg;;61;61;;;;; comp;2296334..2297521;;CDS;;55;55;;;396;; comp;2297577..2297651;;acc;;83;;*83;;;; comp;2297735..2297818;;tac;;138;;*138;;;; comp;2297957..2298033;;aca;;90;90;;;;; comp;2298124..2298426;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; ;2506720..2507055;;CDS;;288;288;;;112;; comp;2507344..2507449;;5s;;156;;;;106;; comp;2507606..2510490;;23s;;213;;;;2885;; comp;2510704..2510780;;gca;;158;;;158;;; comp;2510939..2511015;;atc;;110;;;;;; comp;2511126..2512625;;16s;;1010;*1010;;;1500;; comp;2513636..2514889;;CDS;;;;;;418;; ;;;;;;;;;;; ;2632307..2633335;;CDS;;53;53;;;343;; ;2633389..2633476;;tcc;;246;246;;;;; ;2633723..2634982;;CDS;;;;;;420;; ;;;;;;;;;;; comp;2752993..2753322;;CDS;;64;64;;;110;; ;2753387..2753463;;gcc;;105;105;;;;; comp;2753569..2757033;;CDS;;;;;;1155;; ;;;;;;;;;;; comp;2800796..2801521;;CDS;;98;98;;;242;; ;2801620..2801695;;ttc;;299;299;;;;; comp;2801995..2802723;;gene;@3;406;*406;;;243;; comp;2803130..2803444;;CDS;;;;;;105;; </pre> ====fps cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_cumuls|fps cumuls]] <pre> fps cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;6;1;0;;1;1;1;;100;6;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;1;;50;7;20;;200;19;60;1 ;16 atc gca;6;40;6;;100;20;40;;300;12;90;4 ;16 23 5s a;0;60;0;;150;13;60;;400;10;120;6 ;max a;2;80;0;;200;6;80;;500;10;150;8 ;a doubles;0;100;1;;250;5;100;;600;1;180;2 ;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;1;210;5 ;total aas;12;140;1;;350;2;140;;800;0;240;5 sans ;opérons;26;160;0;6;400;0;160;;900;2;270;4 ;1 aa;19;180;0;;450;1;180;;1000;1;300;2 ;max a;3;200;0;;500;1;200;;1100;1;330;4 ;a doubles;3;;1;;;10;;;;2;;24 ;total aas;37;;10;6;;72;;0;;65;;65 total aas;;49;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;72;158;;257;;;;333;; ;;;variance;85;0;;374;;;;276;; sans jaune;;;moyenne;30;;;135;;;;246;;181 ;;;variance;9;;;82;;;;126;;78 </pre> ====fps blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_blocs|fps blocs]] <pre> fps blocs;;;;;; CDS;1042;226;1149;84;1082;649 16s;110;1500;110;1500;110;1500 atc;158;;158;;158; gca;213;;213;;213; 23s;156;2885;156;2885;156;2885 5s;204;106;931;106;282;106 CDS;;251;;599;;322 ;;;;;; ;;;105;129;; CDS;1079;487;116;846;288;112 5s;156;106;156;106;156;106 23s;213;2885;213;2885;213;2885 gca;158;;158;;158; atc;110;;110;;110; 16s;1276;1500;1570;1500;1010;1500 CDS;;230;;968;;418 </pre> ====fps remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_remarques|fps remarques]] *code génétique fps <pre> fps;;;;;;;49 atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;6;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;6;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====fps données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_données_intercalaires|fps données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;fps;fx;fc;fps;fx40;fc40;fps;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;7;12;0;7;12;-1;0;60;104;46;16s tRNA;; ;0;10;18;323;1;0;60;-2;1;0;147;107;6* 105;;atc ;1;20;9;108;2;5;50;-3;0;0;86;175;tRNA 23s;; ;1;30;17;53;3;2;38;-4;22;46;899;132;6* 214;;gca 1;0;40;13;77;4;0;29;-5;0;0;86;133;tRNA tRNA;;intra 2;1;50;11;76;5;1;33;-6;2;0;128;151;6* 161;;atc gca ;2;60;23;65;6;2;31;-7;0;3;91;50;tRNA tRNA;; 1;2;70;16;67;7;2;17;-8;0;28;165;163;-;296;ttg ;3;80;25;79;8;2;16;-9;3;0;81;312;**;;cta ;5;90;24;72;9;1;18;-10;0;3;75;128;43;;ctc 2;2;100;32;56;10;3;31;-11;2;17;75;210;26;;aaa 2;1;110;29;50;11;2;14;-12;2;0;49;131;**;;aaa ;0;120;14;46;12;3;14;-13;1;3;96;254;31;;gaa 1;1;130;19;31;13;0;11;-14;1;14;456;239;**;;gaa 3;2;140;13;28;14;1;11;-15;0;0;82;308;15;;agc 1;2;150;15;35;15;1;15;-16;0;1;148;143;33;;cca 1;0;160;16;37;16;0;6;-17;1;10;476;35;**;;aga 1;1;170;20;34;17;0;14;-18;1;0;248;281;34;;atgf 1;0;180;13;23;18;1;7;-19;1;2;135;96;**;;atgf ;0;190;13;25;19;1;5;-20;1;3;259;64;43;;ggc ;0;200;13;13;20;0;11;-21;0;0;79;108;**;;tta 1;0;210;7;19;21;2;4;-22;0;0;594;98;86;;acc ;0;220;6;12;22;6;8;-23;0;4;26;302;141;;tac ;0;230;12;19;23;0;5;-24;0;0;70;;**;;aca 1;0;240;5;17;24;1;9;-25;0;0;138;;;; ;2;250;8;17;25;2;3;-26;0;4;17;;;; 1;1;260;7;9;26;2;9;-27;1;0;61;;;; ;0;270;5;14;27;0;4;-28;0;1;58;;;; ;0;280;6;14;28;0;2;-29;1;1;90;;;; 1;0;290;6;12;29;1;2;-30;1;0;53;;;; ;0;300;10;13;30;3;7;-31;0;1;249;;;; 2;0;310;8;12;31;1;10;-32;0;1;CDS 16s;;;; 1;0;320;9;10;32;0;11;-33;0;0;1035;1075;;; ;0;330;10;12;33;0;9;-34;1;0;1142;1269;;; ;0;340;5;10;34;2;5;-35;0;2;1563;;;; ;0;350;4;5;35;1;5;-36;0;0;1003;;;; ;0;360;1;7;36;4;6;-37;0;0;23s 5s;;;; ;0;370;3;3;37;0;1;-38;0;0;6* 154;;;; ;0;380;5;4;38;3;5;-39;0;0;5s CDS;;;; ;0;390;5;3;39;0;8;-40;0;1;202;268;;; ;0;400;3;2;40;2;17;-41;0;0;;280;;; ;4;reste;74;101;reste;495;1052;-42;0;0;;268;;; 23;31;total;559;1625;total;559;1625;-43;0;0;;114;;; 23;27;diagr;478;1512;diagr;57;561;-44;0;0;;286;;; 0;2; t30;44;484;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;552;42;7;601;;;-49;0;0;;;;; ;c;1613;209;12;1834;;;-50;0;1;;;;; ;;;;;2435;115;;reste;0;3;;;;; ;;;;;;2550;;total;42;209;;;;; </pre> =====fps autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_autres_intercalaires_aas|fps autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;fps;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;3517;4200;46;*; ;comp;tRNA;4247;4317;104;*;tga fin;comp;CDS;4422;4781;;0; deb;;CDS;113561;114154;107;*; ;comp;tRNA;114262;114335;147;*;aac fin;comp;CDS;114483;115817;;; deb;comp;CDS;190346;191287;175;*; ;;tRNA;191463;191542;296;*;ttg ;comp;tRNA;191839;191920;132;*;cta fin;;CDS;192053;193441;;; deb;;CDS;295793;295996;133;*; ;comp;tRNA;296130;296203;86;*;atgi fin;comp;CDS;296290;296694;;0; deb;comp;CDS;318122;319414;899;*; ;comp;tRNA;320314;320387;86;*;gac fin;comp;CDS;320474;321400;;; deb;comp;CDS;371118;374351;151;*; ;;tRNA;374503;374573;50;*;caa fin;comp;CDS;374624;375631;;0; deb;comp;CDS;431782;433344;51;*; ;comp;ncRNA;433396;433502;51;*; fin;comp;CDS;433554;433847;;; deb;comp;CDS;464114;466717;128;*; ;comp;tRNA;466846;466920;163;*;cca fin;;CDS;467084;468346;;0; deb;;CDS;507944;508621;1035;*; ;;rRNA;509657;511168;105;*;1512 ;;tRNA;511274;511347;161;*;atc ;;tRNA;511509;511582;214;*;gca ;;rRNA;511797;514683;154;*;2887 ;;rRNA;514838;514947;202;*;110 fin;;CDS;515150;515902;;; deb;;CDS;586281;586805;94;*; ;;regulatory;586900;587164;29;*; fin;;CDS;587194;589056;;; deb;;CDS;596537;597679;312;*; ;comp;tRNA;597992;598074;43;*;ctc ;comp;tRNA;598118;598190;26;*;aaa ;comp;tRNA;598217;598289;128;*;aaa fin;;CDS;598418;598936;;1; deb;;CDS;642117;643595;91;*; ;;tRNA;643687;643758;31;*;gaa ;;tRNA;643790;643861;165;*;gaa deb;;CDS;644027;644278;1142;*; ;;rRNA;645421;646932;105;*;1512 ;;tRNA;647038;647111;161;*;atc ;;tRNA;647273;647346;214;*;gca ;;rRNA;647561;650447;154;*;2887 ;;rRNA;650602;650711;268;*;110 fin;comp;CDS;650980;651266;;0; deb;;CDS;659297;660505;37;*; ;;tmRNA;660543;660939;63;*; fin;comp;CDS;661003;661833;;; deb;;CDS;726614;727399;210;*; ;comp;tRNA;727610;727684;81;*;gta fin;comp;CDS;727766;728980;;0; deb;;CDS;852715;853170;131;*; ;comp;tRNA;853302;853375;75;*;cac fin;comp;CDS;853451;854167;;0; deb;;CDS;897041;897184;75;*; ;;tRNA;897260;897333;49;*;cgt fin;;CDS;897383;897955;;0; deb;comp;CDS;982868;984043;254;*; ;;tRNA;984298;984384;15;*;agc ;;tRNA;984400;984474;33;*;cca ;;tRNA;984508;984581;96;*;aga fin;;CDS;984678;985880;;1; deb;comp;CDS;1110660;1112606;1075;*; ;;rRNA;1113682;1115193;105;*;1512 ;;tRNA;1115299;1115372;161;*;atc ;;tRNA;1115534;1115607;214;*;gca ;;rRNA;1115822;1118708;154;*;2887 ;;rRNA;1118863;1118972;280;*;110 fin;comp;CDS;1119253;1120218;;; deb;comp;CDS;1124516;1124698;456;*; ;comp;tRNA;1125155;1125229;82;*;gta fin;comp;CDS;1125312;1125686;;; deb;comp;CDS;1141104;1142156;88;*; ;;ncRNA;1142245;1142342;13;*; fin;;CDS;1142356;1142553;;; deb;;CDS;1285061;1285477;148;*; ;;tRNA;1285626;1285707;476;*;tac fin;;CDS;1286184;1286810;;; deb;;CDS;1311356;1311642;268;*; ;comp;rRNA;1311911;1312020;154;*;110 ;comp;rRNA;1312175;1315061;214;*;2887 ;comp;tRNA;1315276;1315349;161;*;gca ;comp;tRNA;1315511;1315584;105;*;atc ;comp;rRNA;1315690;1317201;1269;*;1512 deb;;CDS;1318471;1319160;0;*; ;comp;ncRNA;1319161;1319480;341;*; fin;;CDS;1319822;1323886;;; deb;;CDS;1325084;1325431;419;*; ;;repeat_region;1325851;1326881;279;*; fin;comp;CDS;1327161;1328027;;0; deb;comp;CDS;1395802;1397052;248;*; ;comp;tRNA;1397301;1397388;135;*;tca fin;comp;CDS;1397524;1398660;;; deb;comp;CDS;1622342;1622596;259;*; ;comp;tRNA;1622856;1622929;79;*;aca fin;comp;CDS;1623009;1623275;;; deb;comp;CDS;1815453;1816334;239;*; ;;tRNA;1816574;1816646;34;*;atgf ;;tRNA;1816681;1816753;594;*;atgf fin;;CDS;1817348;1817794;;; deb;;CDS;1859580;1860149;308;*; ;comp;tRNA;1860458;1860531;143;*;atgj fin;;CDS;1860675;1861067;;; deb;comp;CDS;1904719;1905537;26;*; ;comp;tRNA;1905564;1905637;70;*;cga fin;comp;CDS;1905708;1906157;;; deb;;CDS;1995546;1996253;35;*; ;comp;tRNA;1996289;1996361;281;*;gga fin;;CDS;1996643;1997074;;; deb;;CDS;2088524;2089369;114;*; ;comp;rRNA;2089484;2089593;154;*;110 ;comp;rRNA;2089748;2092634;214;*;2887 ;comp;tRNA;2092849;2092922;161;*;gca ;comp;tRNA;2093084;2093157;105;*;atc ;comp;rRNA;2093263;2094774;1563;*;1512 fin;comp;CDS;2096338;2099241;;; deb;comp;CDS;2145831;2146037;66;*; ;comp;regulatory;2146104;2146199;493;*; fin;comp;CDS;2146693;2148675;;; deb;;CDS;2182840;2185440;138;*; ;;tRNA;2185579;2185651;43;*;ggc ;;tRNA;2185695;2185779;96;*;tta fin;comp;CDS;2185876;2190132;;; deb;comp;CDS;2295987;2296184;17;*; ;comp;tRNA;2296202;2296272;61;*;tgg deb;comp;CDS;2296334;2297521;58;*; ;comp;tRNA;2297580;2297651;86;*;acc ;comp;tRNA;2297738;2297818;141;*;tac ;comp;tRNA;2297960;2298033;90;*;aca fin;comp;CDS;2298124;2298426;;; deb;;CDS;2506720;2507055;286;*; ;comp;rRNA;2507342;2507451;154;*;110 ;comp;rRNA;2507606;2510492;214;*;2887 ;comp;tRNA;2510707;2510780;161;*;gca ;comp;tRNA;2510942;2511015;105;*;atc ;comp;rRNA;2511121;2512632;1003;*;1512 fin;comp;CDS;2513636;2514889;;0; deb;;CDS;2632307;2633335;53;*; ;;tRNA;2633389;2633473;249;*;tcc fin;;CDS;2633723;2634982;;; deb;comp;CDS;2752993;2753322;64;*; ;;tRNA;2753387;2753460;108;*;gcc fin;comp;CDS;2753569;2757033;;; deb;comp;CDS;2800796;2801521;98;*; ;;tRNA;2801620;2801692;302;*;ttc fin;comp;CDS;2801995;2802585;;; </pre> ====fps distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_distribution|fps distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;; </pre> ===bacteroide synthèse=== ====bacteroide distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_génome|bacteroide distribution par génome]] <pre> bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total myr;11;16;;;1;16;57;;101 fps;11;20;;;;12;6;;49 total;22;36;0;0;1;28;63;0;150 </pre> ====bacteroide distribution du total==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_du_total|bacteroide distribution du total]] <pre> bact2;;;;;;;150 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2 atc;14;acc;2;aac;3;agc;3 ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3 gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4 cta;3;cca;6;caa;3;cga;2 gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;85;36;;;1 -16s tac;28;150 </pre> ====bacteroide distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_type|bacteroide distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> bact2;;;;;;;150;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc; atc;14;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2 cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====bacteroide par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacteroide par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;3;2;0;;;;5; 16;moyen;16;10;12;;;28;66; 14;fort;17;10;51;;;1;79; ; ;36;22;63;;;29;150; 10;g+cga;2;;;;;;2; 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;1;2;;;;;3; 5;autres;;;;;;;; ;;3;2;;;;;5; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;20;13;;;;;33;26 16;moyen;107;67;80;;;187;440;324 14;fort;113;67;340;;;7;527;650 ; ;240;147;420;;;193;150;729 10;g+cgg;13;;;;;;13;10 2;agg+cga;;;;;;;; 4;carre ccc;7;13;;;;;20;16 5;autres;;;;;;;; ;;20;13;;;;;33; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;25;17;;41;26;8;9; 16;moyen;132;83;99;314;324;44;45;19 14;fort;140;83;421;645;650;47;45;81 ; ;298;182;521;121;729;36;22;63 10;g+cgg;17;;;17;10;;; 2;agg+cga;;;;;;;; 4;carre ccc;8;17;;25;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;25;17;;41;;;; </pre> ====bacteroide, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide,_estimation_des_-rRNAs|bacteroide, estimation des -rRNAs]] <pre> bacteroide;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 29 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;29;210; ; ;;indices;;;;29;725;0;0;;bact2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;121 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2 atc;104;acc;;aac;1;agc;;;atc;359;acc;;aac;3.4;agc;;;atc;;acc;2;aac;3;agc;3 ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3.4;;ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;3.4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;8;aaa;8;aga;4 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3.4;caa;;cga;;;cta;3;cca;6;caa;3;cga;2 gta;;gca;102;gaa;;gga;;;gta;;gca;352;gaa;;gga;;;gta;9;gca;;gaa;8;gga;7 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;207;;3;;0;210;;;;714;;10;;0;725;;;;39;;77;;5;121 27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;7096;1.4;0.7;;;;;;146;7096;1.4;0.7;;bact2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;129;;atgi;105;tct;0.7;tat;0.7;atgf;129;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;250 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;0.7;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.7;cct;1.4;cat;;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;200;tcc;50;tac;350;tgc;100 atc;-64;acc;102;aac;127;agc;110;;atc;295;acc;102;aac;130;agc;110;;atc;;acc;100;aac;150;agc;150 ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;131;;ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;134;;ctc;100;ccc;;cac;250;cgt;150 gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;;gcc;50;gac;200;ggc;100 tta;112;tca;122;taa;6.2;tga;2;;tta;112;tca;125;taa;6.2;tga;2.1;;tta;200;tca;200;taa;;tga; ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;;aca;400;aaa;400;aga;200 cta;109;cca;146;caa;113;cga;42;;cta;109;cca;149;caa;113;cga;42;;cta;150;cca;300;caa;150;cga;100 gta;184;gca;-66;gaa;181;gga;141;;gta;184;gca;286;gaa;181;gga;141;;gta;450;gca;;gaa;400;gga;350 ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;150 atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;150;acg;;aag;;agg; ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;3;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;3.4;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1350;;2103;;670;4122;;;;2064;;2113;;669;4846;;;;1950;;3850;;250;6050 rapports;;65;;100;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;bact2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;53.759;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;48 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1559;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt;100 ctt;129;cct;;cat;;cgc;;;avec;218;;;10;3;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;29;;;20;4;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;36;tcc;49;tac;57;tgc;16 atc;-22;acc;100;aac;97;agc;100;;bact2;60.5;;;40;4;;;;atc;100;acc;2;aac;16;agc;27 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;97;;sans;121;;;50;4;21;;;ctc;1;ccc;100;cac;54;cgt;13 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;29;;;60;9;;;;gtc;100;gcc;40;gac;14;ggc;34 tta;100;tca;97;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;0;;;;tta;44;tca;39;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;60;aaa;54;aga;46 cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;27;cca;51;caa;25;cga;58 gta;100;gca;-23;gaa;100;gga;100;;est 12% au dessus;;;;100;18;;;;gta;59;gca;100;gaa;55;gga;60 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;100;tgg;22 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;24;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;381;;579;;99;1059 </pre> ==tenericutes== ===abra=== ====abra opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_opérons|abra opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_bras_O502/achoBras_O502-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022549.1;abra;;genome;;;;;;;; 35.8%GC;15.8.19 Paris;16s 4;45;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Acholeplasma brassicae;;;;;;;;;;; ;253257..253430;;CDS;;86;86;;;58;; ;253517..253601;;tac;;214;;;;;; ;253816..255351;;16s;;137;;;;1536;; ;255489..255565;;atc;;88;;;;;; ;255654..258507;;23s;;34;;;;2854;; ;258542..258652;;5s;;11;;;;111;; ;258664..258740;;aac;;149;;;;;; ;258890..259000;;5s;;11;;;;111;; ;259012..259088;;aac;;860;*860;;;;; ;259949..260053;;CDS;;432;;;;35;; ;260486..262021;;16s;;137;;;;1536;; ;262159..262235;;atc;;88;;;;;; ;262324..265177;;23s;;34;;;;2854;; ;265212..265322;;5s;@1;14;;;;111;; ;265337..265412;;gta;;44;;;44;;; ;265457..265532;;aca;;11;;;11;;; ;265544..265619;;aaa;;7;;;7;;; ;265627..265713;;tta;;8;;;8;;; ;265722..265797;;gca;;72;;;72;;; ;265870..265946;;atgj;;7;;;7;;; ;265954..266030;;atgi;;44;;;44;;; ;266075..266165;;tca;;8;;;8;;; ;266174..266250;;atgf;;4;;;4;;; ;266255..266330;;gac;;11;;;11;;; ;266342..266417;;ttc;;137;137;;;;; ;266555..267409;;CDS;;;;;;285;; ;;;;;;;;;;; ;582446..584125;;CDS;;49;49;;;*560;; ;584175..584260;;ctc;;170;170;;;;; ;584431..586110;;CDS;;;;;;*560;; ;;;;;;;;;;; ;625631..626317;;CDS;;84;84;;;229;; comp;626402..626476;;ggc;;66;;66;;;; comp;626543..626619;;cca;;17;;17;;;; comp;626637..626713;;cga;;13;;13;;;; comp;626727..626802;;gac;;149;149;;;;; ;626952..627599;;CDS;;;;;;216;; ;;;;;;;;;;; ;633526..634710;;CDS;;63;63;;;395;; comp;634774..634847;;acc;;76;76;;;;; ;634924..636651;;CDS;;;;;;*576;; ;;;;;;;;;;; ;755442..756548;;CDS;;64;64;;;369;; comp;756613..756688;;aag;;130;130;;;;; ;756819..757373;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; ;807788..808216;;CDS;;108;108;;;143;; ;808325..808401;;aga;;216;216;;;;; ;808618..808854;;CDS;;;;;;79;; ;;;;;;;;;;; ;829563..829871;;CDS;;155;155;;;103;; ;830027..830102;;agg;;27;27;;;;; ;830130..831458;;CDS;;;;;;443;; ;;;;;;;;;;; comp;1176200..1176799;;CDS;;398;398;;;200;; comp;1177198..1177291;;tcg;;8;;8;;;; comp;1177300..1177375;;gcc;;569;*569;;;;; comp;1177945..1179252;;CDS;;;;;;436;; ;;;;;;;;;;; ;1187918..1188148;;CDS;;382;382;;;77;; ;1188531..1188621;;tcc;;66;66;;;;; ;1188688..1189761;;CDS;;;;;;358;; ;;;;;;;;;;; comp;1194077..1194568;;CDS;;206;206;;;164;; comp;1194775..1194859;;ttg;;10;10;;;;; comp;1194870..1196045;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;1251487..1252329;;CDS;;68;68;;;281;; ;1252398..1252472;;gtc;;44;44;;;;; comp;1252517..1252873;;CDS;;;;;;119;; ;;;;;;;;;;; comp;1416224..1416484;;CDS;;301;301;;;87;; comp;1416786..1416859;;tgc;;92;92;;;;; comp;1416952..1418427;;CDS;;;;;;492;; ;;;;;;;;;;; comp;1427372..1427890;;CDS;@2;379;379;;;173;; comp;1428270..1428343;;gga;;9;;9;;;; comp;1428353..1428429;;cca;;1;;1;;;; comp;1428431..1428507;;cgt;;8;;8;;;; comp;1428516..1428591;;gaa;;73;73;;;;; comp;1428665..1429210;;CDS;;;;;;182;; ;;;;;;;;;;; comp;1431948..1432259;;CDS;;96;96;;;104;; comp;1432356..1432432;;aac;;11;;;;;; comp;1432444..1432554;;5s;;34;;;;111;; comp;1432589..1435442;;23s;;158;;;;2854;; comp;1435601..1437135;;16s;;432;;;;1535;; comp;1437568..1437672;;CDS;;860;*860;;;35;; comp;1438533..1438609;;aac;;11;;;;;; comp;1438621..1438731;;5s;@3;149;;;;111;; comp;1438881..1438957;;aac;;11;;;;;; comp;1438969..1439079;;5s;;34;;;;111;; comp;1439114..1441967;;23s;;159;;;;2854;; comp;1442127..1443662;;16s;;431;*431;;;1536;; comp;1444094..1444624;;CDS;;;;;;177;; ;;;;;;;;;;; comp;1532381..1533052;;CDS;;262;262;;;224;; comp;1533315..1533399;;cta;;46;46;;;;; comp;1533446..1535560;;CDS;;;;;;*705;; ;;;;;;;;;;; comp;1540295..1540534;;CDS;;171;171;;;80;; comp;1540706..1540780;;tgg;;47;47;;;;; comp;1540828..1541754;;CDS;;137;137;;;;; ;1541892..1541967;;cac;;63;;63;;;; ;1542031..1542104;;caa;;37;37;;;;; comp;1542142..1542357;;CDS;;;;;;72;; ;;;;;;;;;;; comp;1716869..1717186;;CDS;;854;*854;;;106;; comp;1718041..1718116;;acg;;87;87;;;;; comp;1718204..1718947;;CDS;;;;;;248;; ;;;;;;;;;;; comp;1742909..1743664;;CDS;;487;*487;;;252;; comp;1744152..1744227;;gaa;;109;109;;;;; comp;1744337..1744720;;CDS;;;;;;128;; ;;;;;;;;;;; comp;1747424..1747726;;CDS;;100;100;;;101;; comp;1747827..1747919;;agc;;102;102;;;;; comp;1748022..1750199;;CDS;;;;;;*726;; </pre> ====abra cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_cumuls|abra cumuls]] <pre> abra cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;4;1;1;0;1;0;1;;100;8;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;5;7;50;7;20;;200;13;60;3 ;16 atc 235 a;2;40;0;0;100;12;40;;300;7;90;5 ;16 23 5s a;2;60;0;2;150;7;60;;400;4;120;5 ;max a;12;80;2;1;200;3;80;;500;3;150;2 ;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;3;180;3 ;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;0;210;3 ;total aas;19;140;0;0;350;1;140;;800;2;240;3 sans ;opérons;18;160;0;0;400;3;160;;900;0;270;2 ;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;;1000;0;300;2 ;max a;4;200;0;0;500;1;200;;1100;0;330;0 ;a doubles;0;;0;0;;4;;;;0;;12 ;total aas;26;;8;10;;42;;0;;40;;40 total aas;;45;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;209;;;;254;; ;;;variance;;;;226;;;;187;; sans jaune;;;moyenne;23;22;;131;;;;201;;148 ;;;variance;26;23;;101;;;;127;;74 </pre> ====abra blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_blocs|abra blocs]] <pre> abra blocs;; CDS;86;58 tac;214; 16s;137;1536 atc;88; 23s;34;2854 5s;11;111 aac;149; 5s;11;111 aac;860; CDS;432;35 16s;137;1536 atc;88; 23s;34;2854 5s;14;111 gta;44; ;; CDS;96;104 aac;11; 5s;34;111 23s;158;2854 16s;432;1535 CDS;860;35 aac;11; 5s;149;111 aac;11; 5s;34;111 23s;159;2854 16s;431;1536 CDS;;177 </pre> ====abra remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_remarques|abra remarques]] *code génétique abra <pre> abra;;;;;;;45 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;5;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====abra distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_distribution|abra distribution]] *code génétique abra <pre> tenericutes;sans rRNA;>1 aas 12;1aas ;avant 16s;après 5s;après 16s; abra;;gac gaa;14;1;16;2;45 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;5;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====abra données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_données_intercalaires|abra données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abra;fx;fc;abra;fx40;fc40;abra;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;68;86;84;tRNA 16s;; ;1;10;5;208;1;0;58;-2;0;0;860;149;215;;tac ;0;20;9;127;2;1;40;-3;0;0;140;63;16s tRNA;; ;1;30;10;51;3;1;21;-4;2;141;49;76;2* 145;;atc ;0;40;17;34;4;0;29;-5;0;2;170;64;tRNA 23s;; 1;3;50;19;35;5;0;7;-6;0;0;108;130;2* 89;;atc ;0;60;18;31;6;0;6;-7;0;1;216;68;5s tRNA;; 3;1;70;15;42;7;0;4;-8;0;70;155;44;5* 11;;aac 1;1;80;14;35;8;0;15;-9;1;0;27;137;14;;gta 1;2;90;9;32;9;2;16;-10;0;3;434;714;tRNA 5s;; ;3;100;10;23;10;1;12;-11;0;34;569;;2* 149;;aac ;3;110;8;35;11;0;19;-12;1;0;382;;tRNA tRNA;;contig ;0;120;16;29;12;1;33;-13;0;1;66;;44;;gta 1;0;130;12;31;13;0;13;-14;1;24;206;;11;;aca 1;1;140;7;24;14;3;11;-15;0;0;10;;7;;aaa 1;0;150;10;30;15;1;13;-16;0;1;301;;8;;tta ;1;160;10;26;16;0;7;-17;1;16;92;;72;;gca ;1;170;2;13;17;1;6;-18;0;0;415;;7;;atgj ;1;180;8;14;18;0;11;-19;0;1;73;;44;;atgi ;0;190;9;14;19;1;7;-20;0;12;96;;8;;tca ;0;200;4;9;20;2;7;-21;0;0;860;;4;;atgf ;1;210;4;7;21;2;5;-22;0;1;262;;11;;gac ;1;220;3;13;22;0;7;-23;0;6;46;;**;;ttc ;0;230;2;8;23;1;14;-24;1;0;171;;tRNA tRNA;; ;0;240;7;3;24;2;4;-25;0;1;47;;66;;ggc ;0;250;1;6;25;0;5;-26;1;4;854;;17;;cca ;0;260;3;8;26;2;5;-27;0;0;87;;13;;cga ;1;270;3;7;27;2;3;-28;0;0;493;;**;;gac ;0;280;2;6;28;1;1;-29;0;1;109;;8;;tcg ;0;290;1;3;29;0;3;-30;0;0;100;;**;;gcc ;0;300;4;1;30;0;4;-31;0;1;CDS 16s;;9;;gga ;1;310;0;1;31;0;4;-32;0;1;433;;1;;cca ;0;320;2;8;32;2;6;-33;0;0;433;;8;;cgt ;0;330;2;2;33;1;3;-34;0;0;432;;**;;gaa ;0;340;0;1;34;3;1;-35;0;2;16s 23s;;63;;cac ;0;350;2;1;35;1;3;-36;0;0;167;;**;;caa ;0;360;2;2;36;3;6;-37;0;0;168;;;; ;0;370;0;6;37;2;4;-38;0;2;23s 5s;;;; ;0;380;1;4;38;3;3;-39;0;0;4* 35;;;; ;1;390;0;4;39;1;2;-40;0;0;;;;; ;0;400;4;1;40;1;2;-41;0;0;;;;; 1;7;reste;14;33;reste;229;547;-42;0;0;;;;; 10;31;total;270;980;total;271;979;-43;0;0;;;;; 9;24;diagr;255;935;diagr;41;420;-44;0;0;;;;; 0;2; t30;24;386;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;269;8;1;278;;;-49;0;1;;;;; ;c;968;409;12;1389;;;-50;0;1;;;;; ;;;;;1667;128;;reste;0;13;;;;; ;;;;;;1795;;total;8;409;;;;; </pre> =====abra autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires_aas|abra autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abra;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;6032;8602;39;*; ;;misc_binding;8642;8842;66;*; fin;;CDS;8909;10186;;; deb;;CDS;58474;59019;199;*; ;;misc_binding;59219;59468;96;*; fin;;CDS;59565;60740;;; deb;;CDS;175843;176448;64;*; ;;regulatory;176513;176610;67;*; fin;;CDS;176678;178138;;; deb;;CDS;226433;226846;115;*; ;;regulatory;226962;227062;128;*; fin;;CDS;227191;228555;;; deb;;CDS;241700;242158;14;*; ;;ncRNA;242173;242267;222;*; fin;;CDS;242490;243404;;; deb;;CDS;253260;253430;86;*; ;;tRNA;253517;253601;215;*;tac ;;rRNA;253817;255343;145;*;16s ;;tRNA;255489;255565;89;*;atc ;;rRNA;255655;258506;35;*;23s ;;rRNA;258542;258652;11;*;5s ;;tRNA;258664;258740;149;*;aac ;;rRNA;258890;259000;11;*;5s ;;tRNA;259012;259088;860;*;aac deb;;CDS;259949;260053;433;*; ;;rRNA;260487;262013;145;*;16s ;;tRNA;262159;262235;89;*;atc ;;rRNA;262325;265176;35;*;23s ;;rRNA;265212;265322;14;*;5s ;;tRNA;265337;265412;44;*;gta ;;tRNA;265457;265532;11;*;aca ;;tRNA;265544;265619;7;*;aaa ;;tRNA;265627;265713;8;*;tta ;;tRNA;265722;265797;72;*;gca ;;tRNA;265870;265946;7;*;atgj ;;tRNA;265954;266030;44;*;atgi ;;tRNA;266075;266165;8;*;tca ;;tRNA;266174;266250;4;*;atgf ;;tRNA;266255;266330;11;*;gac ;;tRNA;266342;266417;140;*;ttc fin;;CDS;266558;267409;;; deb;;CDS;296513;297367;98;*; ;;misc_binding;297466;297674;30;*; fin;;CDS;297705;299270;;; deb;;CDS;326721;327413;0;*; ;;misc_feature;327414;327533;18;*; fin;;CDS;327552;328049;;; deb;;CDS;574175;574945;-5;*; ;;misc_binding;574941;575144;43;*; fin;;CDS;575188;576195;;; deb;;CDS;582446;584125;49;*; ;;tRNA;584175;584260;170;*;ctc fin;;CDS;584431;586110;;; deb;;CDS;625631;626317;84;*; ;comp;tRNA;626402;626476;66;*;ggc ;comp;tRNA;626543;626619;17;*;cca ;comp;tRNA;626637;626713;13;*;cga ;comp;tRNA;626727;626802;149;*;gac fin;;CDS;626952;627599;;; deb;;CDS;633550;634710;63;*; ;comp;tRNA;634774;634847;76;*;acc fin;;CDS;634924;636651;;; deb;;CDS;690994;692286;64;*; ;;regulatory;692351;692446;55;*; fin;;CDS;692502;693653;;; deb;;CDS;755442;756548;64;*; ;comp;tRNA;756613;756688;130;*;aag fin;;CDS;756819;757373;;; deb;;CDS;807788;808216;108;*; ;;tRNA;808325;808401;216;*;aga fin;;CDS;808618;808854;;0; deb;comp;CDS;818257;818448;29;*; ;comp;ncRNA;818478;818549;-2;*; fin;comp;CDS;818548;818796;;; deb;;CDS;829563;829871;155;*; ;;tRNA;830027;830102;27;*;agg fin;;CDS;830130;831458;;; deb;;CDS;862237;863004;104;*; ;;regulatory;863109;863206;46;*; fin;;CDS;863253;863771;;1; deb;;CDS;951162;951842;56;*; ;;misc_feature;951899;952022;10;*; fin;;CDS;952033;952593;;; deb;;CDS;979156;980118;92;*; ;comp;ncRNA;980211;980543;41;*; fin;comp;CDS;980585;980917;;; deb;comp;CDS;1000286;1000837;45;*; ;comp;misc_binding;1000883;1001091;36;*; fin;comp;CDS;1001128;1001976;;; deb;comp;CDS;1033802;1034467;48;*; ;comp;regulatory;1034516;1034590;41;*; ;comp;regulatory;1034632;1034706;43;*; fin;comp;CDS;1034750;1035400;;; deb;comp;CDS;1043459;1044169;55;*; ;comp;regulatory;1044225;1044298;61;*; fin;comp;CDS;1044360;1045796;;; deb;comp;CDS;1055719;1056522;197;*; ;comp;misc_binding;1056720;1056926;146;*; fin;;CDS;1057073;1058293;;; deb;comp;CDS;1125033;1127627;53;*; ;comp;misc_binding;1127681;1127864;34;*; fin;comp;CDS;1127899;1128741;;; deb;comp;CDS;1135303;1135953;71;*; ;comp;regulatory;1136025;1136141;48;*; fin;comp;CDS;1136190;1137014;;0; deb;comp;CDS;1176200;1176763;434;*; ;comp;tRNA;1177198;1177291;8;*;tcg ;comp;tRNA;1177300;1177375;569;*;gcc fin;comp;CDS;1177945;1179252;;; deb;comp;CDS;1187918;1188148;382;*; ;comp;tRNA;1188531;1188621;66;*;tcc fin;comp;CDS;1188688;1189704;;; deb;comp;CDS;1194077;1194568;206;*; ;comp;tRNA;1194775;1194859;10;*;ttg fin;comp;CDS;1194870;1196045;;; deb;comp;CDS;1221355;1222416;217;*; ;;tmRNA;1222634;1222981;262;*; fin;;CDS;1223244;1223657;;; deb;comp;CDS;1251487;1252329;68;*; ;;tRNA;1252398;1252472;44;*;gtc fin;comp;CDS;1252517;1252873;;0; deb;comp;CDS;1416224;1416484;301;*; ;comp;tRNA;1416786;1416859;92;*;tgc fin;comp;CDS;1416952;1418427;;0; deb;comp;CDS;1427372;1427854;415;*; ;comp;tRNA;1428270;1428343;9;*;gga ;comp;tRNA;1428353;1428429;1;*;cca ;comp;tRNA;1428431;1428507;8;*;cgt ;comp;tRNA;1428516;1428591;73;*;gaa fin;comp;CDS;1428665;1429210;;; deb;comp;CDS;1431948;1432259;96;*; ;comp;tRNA;1432356;1432432;11;*;aac ;comp;rRNA;1432444;1432554;35;*;5s ;comp;rRNA;1432590;1435441;167;*;23s ;comp;rRNA;1435609;1437134;433;*;16s deb;comp;CDS;1437568;1437672;860;*; ;comp;tRNA;1438533;1438609;11;*;aac ;comp;rRNA;1438621;1438731;149;*;5s ;comp;tRNA;1438881;1438957;11;*;aac ;comp;rRNA;1438969;1439079;35;*;5s ;comp;rRNA;1439115;1441966;168;*;23s ;comp;rRNA;1442135;1443661;432;*;16s fin;comp;CDS;1444094;1444618;;; deb;comp;CDS;1453717;1454874;96;*; ;comp;regulatory;1454971;1455142;38;*; fin;comp;CDS;1455181;1455630;;; deb;comp;CDS;1532381;1533052;262;*; ;comp;tRNA;1533315;1533399;46;*;cta fin;comp;CDS;1533446;1535560;;; deb;comp;CDS;1540295;1540534;171;*; ;comp;tRNA;1540706;1540780;47;*;tgg deb;comp;CDS;1540828;1541754;137;*; ;;tRNA;1541892;1541967;63;*;cac ;;tRNA;1542031;1542104;714;*;caa fin;comp;CDS;1542819;1544120;;0; deb;comp;CDS;1716869;1717186;854;*; ;comp;tRNA;1718041;1718116;87;*;acg fin;comp;CDS;1718204;1718947;;; deb;comp;CDS;1729328;1729618;30;*; ;comp;regulatory;1729649;1729758;73;*; fin;comp;CDS;1729832;1730329;;; deb;comp;CDS;1742909;1743658;493;*; ;comp;tRNA;1744152;1744227;109;*;gaa fin;comp;CDS;1744337;1744720;;; deb;comp;CDS;1747424;1747726;100;*; ;comp;tRNA;1747827;1747919;102;*;agc fin;comp;CDS;1748022;1750199;;; deb;comp;CDS;1796937;1799234;102;*; ;comp;regulatory;1799337;1799515;112;*; fin;comp;CDS;1799628;1800182;;0; </pre> ====abra intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_entre_cds|abra intercalaires entre cds]] *'''intercalaires entre cds''', tableau. <pre> abra;3.2.21 Paris;;abra 13.12.20;;;;;;; abra;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5 ;négatif;417;25.0;négatif ;-10;12;-1 à -73;1,877,792;-1;417 ;zéro;13;0.8;;;;;intercals;0;13 ;1 à 200;1055;63.3;0 à 200;65;57;;135,857;5;157 ;201 à 370;121;7.3;201 à 370;265;48;;7%;10;56 ;371 à 600;42;2.5;371 à 600;442;62;;;15;94 ;601 à max;19;1.1;601 à 1230;852;195;;;20;42 ;Total 1667;<201;89.1;Total 1665;79;132;-73 à 1230;;25;40 adresse;intercalx;intercal;fréquence1;intercal;fréquence6;cumul et %;intercal;fréquence-1;30;21 1537782;1230;-1;417;-70;3;;0;13;35;24 1707618;1229;0;13;-60;9;;-1;°68;40;27 1578501;1176;1;°58;-50;2;;-2;0;45;26 1526950;1027;2;41;-40;2;;-3;0;50;28 87364;968;3;22;-30;6;min à -1;-4;°143;55;29 826414;926;4;°29;-20;27;417;-5;2;60;20 171283;878;5;7;-10;83;25.0%;-6;0;65;30 1768322;822;6;6;0;298;;-7;1;70;27 819242;821;7;4;10;213;;-8;°70;75;22 1769594;816;8;15;20;136;;-9;1;80;27 158518;793;9;°18;30;61;;-10;3;85;22 1412625;756;10;13;40;51;1 à 100;-11;°34;90;19 968622;741;11;19;50;54;744;-12;1;95;16 1738100;729;12;°34;60;49;44.6%;-13;1;100;17 816181;706;13;13;70;57;;-14;°25;105;17 1683910;675;14;14;80;49;;-15;0;110;26 1186776;646;15;°14;90;41;;-16;1;115;25 1529536;628;16;7;100;33;;-17;°17;120;20 133841;619;17;7;110;43;;-18;0;125;26 1183129;595;18;°11;120;45;;-19;1;130;17 1861159;579;19;8;130;43;;-20;°12;135;18 615740;575;20;9;140;31;;-21;0;140;13 1171702;555;21;7;150;40;;-22;1;145;21 1525837;555;22;7;160;36;;-23;°6;150;19 153593;526;23;°15;170;15;1 à 200;-24;1;155;20 1714960;500;24;6;180;22;1055;-25;1;160;16 1842150;494;25;5;190;23;63.3%;-26;°5;165;7 1168850;483;26;7;200;13;;-27;0;170;8 1834829;483;27;5;210;11;;-28;0;175;10 556334;476;28;2;220;16;;-29;1;180;12 151602;474;29;3;230;10;;-30;0;185;13 493661;465;30;4;240;10;0 à 200;-31;1;190;10 1274718;449;31;4;250;7;1068;-32;1;195;10 1681282;446;32;°8;260;11;;total;410;200;3 1503782;443;33;4;270;10;;reste;20;205;5 178131;441;34;4;280;8;;;430;210;6 1728410;438;35;4;290;4;;;;215;12 1022865;434;36;°9;300;5;;intercal;fréquencef;220;4 36959;428;37;6;310;1;;600;1648;225;1 ;;38;6;320;10;;620;1;230;9 ;;39;3;330;4;;640;1;235;7 ;;40;3;340;1;201 à 370;660;1;240;3 ;;reste;776;350;3;121;680;1;245;2 ;;total;1471;360;4;7.3%;700;;250;5 ;;;;370;6;;720;1;255;8 adresse;intercaln;décalage;long;380;5;;740;1;260;3 1040608;-92;shift2;815;390;4;;760;2;265;7 1766313;-86;shift2;1001;400;5;;780;;270;3 1083669;-73;shift2;816;410;4;;800;1;275;7 169623;-67;shift2;654;420;2;;820;1;280;1 353304;-67;shift2;864;430;3;;840;2;285;1 758070;-67;shift2;864;440;2;;860;;290;3 891412;-67;shift2;864;450;4;;880;1;295;3 1155286;-67;shift2;654;460;0;;900;;300;2 1646854;-67;shift2;864;470;1;;920;;305;0 1690631;-67;shift2;654;480;2;;940;1;310;1 1714097;-67;shift2;864;490;2;;960;;315;7 1793555;-67;shift2;654;500;2;;980;1;320;3 1485635;-59;shift2;629;510;0;;1000;;325;1 738923;-50;shift2;293;520;0;;1020;;330;3 1668172;-49;shift2;315;530;1;;1040;1;335;0 1847532;-47;shift2;227;540;0;371 à 600;;16;340;1 904492;-38;shift2;962;550;0;42;;;345;1 1129734;-38;shift2;413;560;2;2.5%;;;350;2 844539;-35;shift2;;570;0;;;;355;4 986747;-35;shift2;;580;2;601 à max;;;360;0 1114675;-32;shift2;;590;0;19;;;365;3 526681;-31;shift2;;600;1;1.1%;;;370;3 1072749;-29;shift2;;reste;19;;reste;3;reste;61 251649;-26;shift2;;total;1667;;total;1667;total;1667 </pre> ====abra intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> corrélations et fréquences faibles;;;;;;;;;;;;;; abra. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;; abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;; 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; ;;;;;;;;;;;;;; diagrammes;;;;;;;;;;;;;; abra;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;53;-314;342;39;734;197;max50;&-99;750;-1818;148;702;253;min60 31 à 400;;;;;;;;&21;-104;-7.3;42;912;165;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;148;55;-;638;poly;96;tF;&223;71;;425;poly;277;SF 31 à 400;;;;;;;;&118;42;-;827;poly;85;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et faibles fréquences <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.243;;;;; 41-n;0.874;0.716;0.797;;;;;;;;;;;; 1-n;0.312;-0.163;0.059;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; abra;fx;fc;;abra;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;abra;Sx-;Sc- 0;1;12;;0;4;13;;0;1;12;>0;270;-1;0;68 10;5;208;;10;20;223;;1;0;58;<0;8;-2;0;0 20;9;127;;20;35;136;;2;1;40;zéro;1;-3;0;0 30;10;51;;30;39;55;;3;1;21;total;279;-4;2;141 40;17;34;;40;66;36;;4;0;29;;c;-5;0;2 50;19;35;;50;74;37;;5;0;7;>0;967;-6;0;0 60;18;31;;60;70;33;;6;0;6;<0;409;-7;0;1 70;15;42;;70;59;45;;7;0;4;zéro;12;-8;0;70 80;15;34;;80;59;36;;8;0;15;total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reste;14;33;;;;;;reste;229;547;;;-42;0;0 total;271;979;;t30;94;413;;total;271;979;;;-43;0;0 diagr;256;934;;;;;;diagr;41;420;;;-44;0;0 - t30;232;548;;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;;reste;0;13 ;;;;;;;;;;;;;total;8;409 </pre> ====abra intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_négatifs_S-|abra intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ;;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; abra;comp’;;;;1;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;6 ;continu;68;0;0;142;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;411 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;abra;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;8 ;Sc-;68;0;0;141;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;4;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;409 </pre> ====abra autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra autres intercalaires]] *Légende: ° pour cyan, & pour jaune, $ pour rouge. <pre> deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens deb;°CDS;6032;39;;;deb;°CDS;633550;63;;;deb;°CDS;1221355;217;comp ;misc_binding;8642;66;;;;&tRNA;634774;76;comp;;;tmRNA;1222634;262; fin;°CDS;8909;;;;fin;°CDS;634924;;;;fin;°CDS;1223244;; deb;°CDS;58474;199;;;deb;°CDS;690994;64;;;deb;°CDS;1251487;68;comp ;misc_binding;59219;96;;;;regulatory;692351;55;;;;&tRNA;1252398;44; fin;°CDS;59565;;;;fin;°CDS;692502;;;;fin;°CDS;1252517;;comp deb;°CDS;175843;64;;;deb;°CDS;755442;64;;;deb;°CDS;1416224;301;comp ;regulatory;176513;67;;;;&tRNA;756613;130;comp;;;&tRNA;1416786;92;comp fin;°CDS;176678;;;;fin;°CDS;756819;;;;fin;°CDS;1416952;;comp deb;°CDS;226433;115;;;deb;°CDS;807788;108;;;deb;°CDS;1427372;415;comp ;regulatory;226962;128;;;;&tRNA;808325;216;;;;&tRNA;1428270;9;comp fin;°CDS;227191;;;;fin;°CDS;808618;;;;;&tRNA;1428353;1;comp deb;°CDS;241700;14;;;deb;°CDS;818257;29;comp;;;&tRNA;1428431;8;comp ;ncRNA;242173;222;;;;ncRNA;818478;-2;comp;;;&tRNA;1428516;73;comp fin;°CDS;242490;;;;fin;°CDS;818548;;comp;;fin;°CDS;1428665;;comp deb;°CDS;253260;86;;;deb;°CDS;829563;155;;;deb;°CDS;1431948;96;comp ;&tRNA;253517;215;;;;&tRNA;830027;27;;;;&tRNA;1432356;11;comp ;$rRNA;253817;145;;;fin;°CDS;830130;;;;;$rRNA;1432444;35;comp ;&tRNA;255489;89;;;deb;°CDS;862237;104;;;;$rRNA;1432590;167;comp ;$rRNA;255655;35;;;;regulatory;863109;46;;;;$rRNA;1435609;433;comp ;$rRNA;258542;11;;;fin;°CDS;863253;;;;deb;°CDS;1437568;860;comp ;&tRNA;258664;149;;;deb;°CDS;951162;56;;;;&tRNA;1438533;11;comp ;$rRNA;258890;11;;;;misc_feature;951899;10;;;;$rRNA;1438621;149;comp ;&tRNA;259012;860;;;fin;°CDS;952033;;;;;&tRNA;1438881;11;comp deb;°CDS;259949;433;;;deb;°CDS;979156;92;;;;$rRNA;1438969;35;comp ;$rRNA;260487;145;;;;ncRNA;980211;41;comp;;;$rRNA;1439115;168;comp ;&tRNA;262159;89;;;fin;°CDS;980585;;comp;;;$rRNA;1442135;432;comp ;$rRNA;262325;35;;;deb;°CDS;1000286;45;comp;;fin;°CDS;1444094;;comp ;$rRNA;265212;14;;;;misc_binding;1000883;36;comp;;deb;°CDS;1453717;96;comp ;&tRNA;265337;44;;;fin;°CDS;1001128;;comp;;;regulatory;1454971;38;comp ;&tRNA;265457;11;;;deb;°CDS;1033802;48;comp;;fin;°CDS;1455181;;comp ;&tRNA;265544;7;;;;regulatory;1034516;41;comp;;deb;°CDS;1532381;262;comp ;&tRNA;265627;8;;;;regulatory;1034632;43;comp;;;&tRNA;1533315;46;comp ;&tRNA;265722;72;;;fin;°CDS;1034750;;comp;;fin;°CDS;1533446;;comp ;&tRNA;265870;7;;;deb;°CDS;1043459;55;comp;;deb;°CDS;1540295;171;comp ;&tRNA;265954;44;;;;regulatory;1044225;61;comp;;;&tRNA;1540706;47;comp ;&tRNA;266075;8;;;fin;°CDS;1044360;;comp;;deb;°CDS;1540828;137;comp ;&tRNA;266174;4;;;deb;°CDS;1055719;197;comp;;;&tRNA;1541892;63; ;&tRNA;266255;11;;;;misc_binding;1056720;146;comp;;;&tRNA;1542031;714; ;&tRNA;266342;140;;;fin;°CDS;1057073;;;;fin;°CDS;1542819;;comp fin;°CDS;266558;;;;deb;°CDS;1125033;53;comp;;deb;°CDS;1716869;854;comp deb;°CDS;296513;98;;;;misc_binding;1127681;34;comp;;;&tRNA;1718041;87;comp ;misc_binding;297466;30;;;fin;°CDS;1127899;;comp;;fin;°CDS;1718204;;comp fin;°CDS;297705;;;;deb;°CDS;1135303;71;comp;;deb;°CDS;1729328;30;comp deb;°CDS;326721;0;;;;regulatory;1136025;48;comp;;;regulatory;1729649;73;comp ;misc_feature;327414;18;;;fin;°CDS;1136190;;comp;;fin;°CDS;1729832;;comp fin;°CDS;327552;;;;deb;°CDS;1176200;434;comp;;deb;°CDS;1742909;493;comp deb;°CDS;574175;-5;;;;&tRNA;1177198;8;comp;;;&tRNA;1744152;109;comp ;misc_binding;574941;43;;;;&tRNA;1177300;569;comp;;fin;°CDS;1744337;;comp fin;°CDS;575188;;;;fin;°CDS;1177945;;comp;;deb;°CDS;1747424;100;comp deb;°CDS;582446;49;;;deb;°CDS;1187918;382;;;;&tRNA;1747827;102;comp ;&tRNA;584175;170;;;;&tRNA;1188531;66;;;fin;°CDS;1748022;;comp fin;°CDS;584431;;;;fin;°CDS;1188688;;;;deb;°CDS;1796937;102;comp deb;°CDS;625631;84;;;deb;°CDS;1194077;206;comp;;;regulatory;1799337;112;comp ;&tRNA;626402;66;comp;;;&tRNA;1194775;10;comp;;fin;°CDS;1799628;;comp ;&tRNA;626543;17;comp;;fin;°CDS;1194870;;comp;;;;;; ;&tRNA;626637;13;comp;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;626727;149;comp;;;;;;;;;;;; fin;CDS;626952;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====abra intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_tRNA|abra intercalaires tRNA]] <pre> abra;intercalaires tRNA;;;;;;proportion des intercalaires <201;;; comp’;entre tRNAs;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;44 11 7 8 72 ;;86;;860;;49;10;deb; ;7 44 8 4 11;;;;140;;86;27;<201;7 ;;;49;;170;;96;46;total;15 ;66 17 13;comp’;84;comp’;149;;100;47;%;47% ;;comp’;63;comp’;76;;108;66;; ;;comp’;64;comp’;130;;155;73;fin; ;;;108;;216;;171;87;<201;12 ;;;155;;27;;206;92;total;16 ;8;;424;;569;;262;102;%;75% ;;;382;;66;;301;109;; ;;;206;;10;;382;140;total; ;;comp’;68;comp’;44;;415;170;<201;19 ;;;301;;92;;424;216;total;31 ;9 1 8;;415;;73;;493;569;%;61% ;;;96;;860;;854;860;; ;;;262;;46;;-;860;comp’;cumuls ;;;171;;47;;63;44;deb;100% ;63;comp’;137;comp’;714;;64;76;; ;;;854;;87;;68;130;fin;80% ;;;493;;109;;84;149;; ;;;100;;102;;137;714;total;90% </pre> ===apal=== ====apal opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_opérons|apal opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_palm_J233/achoPalm_J233-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022538.1;apal;;genome;;;;;;;; 29%GC;16.8.19 Paris;16s 2 ;35;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Acholeplasma palmae J233;;;;;;;;;;; ;161706..162593;;CDS;;132;132;;;296;; ;162726..162816;;agc;;9;;9;;;; ;162826..162901;;gaa;;126;126;;;;; ;163028..163522;;CDS;;;;;;165;; ;;;;;;;;;;; comp;205002..205226;;CDS;;72;72;;;75;; comp;205299..205373;;tgg;;73;73;;;;; comp;205447..206382;;CDS;;133;133;;;;; ;206516..206591;;cac;;14;;14;;;; ;206606..206680;;caa;;34;;34;;;; ;206715..206797;;cta;;168;168;;;;; ;206966..207208;;CDS;;;;;;81;; ;;;;;;;;;;; ;294770..296290;;CDS;;347;347;;;*507;; ;296638..298160;;16s;;128;;;;1523;; ;298289..301126;;23s;;34;;;;2838;; ;301161..301268;;5s;;51;;;;108;; ;301320..301396;;aac;;118;118;;;;; ;301515..301835;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; ;303638..304993;;CDS;;70;70;;;452;; ;305064..305139;;gaa;@1;9;;9;;;; ;305149..305225;;cgt;;71;;71;;;; ;305297..305373;;cca;;13;;13;;;; ;305387..305461;;gga;;86;86;;;;; ;305548..308184;;CDS;;;;;;*879;; ;;;;;;;;;;; ;326174..327313;;CDS;;91;91;;;380;; ;327405..327478;;tgc;;527;*527;;;;; comp;328006..328539;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; ;435096..436751;;CDS;;48;48;;;*552;; ;436800..436885;;ctc;;214;214;;;;; ;437100..438890;;CDS;;;;;;*597;; ;;;;;;;;;;; ;441323..442294;;CDS;;38;38;;;324;; comp;442333..442407;;ggc;;100;100;;;;; ;442508..443650;;CDS;;;;;;381;; ;;;;;;;;;;; ;443640..444197;;CDS;;93;93;;;186;; comp;444291..444364;;acc;;133;133;;;;; ;444498..444695;;CDS;;;;;;66;; ;;;;;;;;;;; ;644468..646315;;CDS;;124;124;;;*616;; ;646440..646516;;aga;;251;251;;;;; ;646768..647322;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; ;669786..670511;;CDS;;45;45;;;242;; ;670557..670632;;cgg;;1;;;;;; ;670634..670722;;tcc;;133;133;;;;; ;670856..671359;;CDS;;;;;;168;; ;;;;;;;;;;; comp;837575..837796;;CDS;;157;157;;;74;; comp;837954..838029;;aag;;214;214;;;;; ;838244..838888;;CDS;;;;;;215;; ;;;;;;;;;;; comp;1172026..1173090;;CDS;;112;112;;;355;; comp;1173203..1173285;;ttg;;82;82;;;;; comp;1173368..1175038;;CDS;;;;;;*557;; ;;;;;;;;;;; comp;1456398..1457315;;CDS;;72;72;;;306;; comp;1457388..1457463;;gac;;40;40;;;;; comp;1457504..1458355;;CDS;;154;154;;;284;; comp;1458510..1458585;;ttc;;7;;;7;;; comp;1458593..1458668;;gac;;4;;;4;;; comp;1458673..1458749;;atgf;;55;;;55;;; comp;1458805..1458895;;tca;;22;;;22;;; comp;1458918..1458994;;atgi;;4;;;4;;; comp;1458999..1459075;;atgj;;45;;;45;;; comp;1459121..1459196;;gca;;5;;;5;;; comp;1459202..1459286;;tta;;20;;;20;;; comp;1459307..1459382;;aaa;;6;;;6;;; comp;1459389..1459464;;aca;;15;;;15;;; comp;1459480..1459555;;gta;;21;;;;;; comp;1459577..1459684;;5s;@2;34;;;;108;; comp;1459719..1462556;;23s;;50;;;;2838;; comp;1462607..1462682;;gca;;6;;;6;;; comp;1462689..1462765;;atc;;110;;;;;; comp;1462876..1464398;;16s;;206;;;;1523;; comp;1464605..1464688;;tac;;114;114;;;;; comp;1464803..1464973;;cds;;;;;;;; </pre> ====apal cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_cumuls|apal cumuls]] <pre> apal cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;0;1;;100;5;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;4;8;50;4;20;;200;6;60;1 ;16 atc gca;1;40;1;1;100;9;40;;300;4;90;4 ;16 23 5s a;1;60;0;2;150;9;60;;400;5;120;1 ;max a;14;80;1;0;200;3;80;;500;1;150;0 ;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;4;180;3 ;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;1;210;2 ;total aas;15;140;0;0;350;1;140;;800;0;240;1 sans ;opérons;14;160;0;0;400;0;160;;900;1;270;1 ;1 aa;9;180;0;0;450;0;180;;1000;0;300;2 ;max a;4;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2 ;a doubles;0;;0;0;;1;;;;0;;10 ;total aas;20;;6;11;;30;;0;;27;;27 total aas;;35;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;136;;;;307;; ;;;variance;;;;100;;;;208;; sans jaune;;;moyenne;25;17;;122;;;;218;;177 ;;;variance;24;18;;68;;;;120;;91 </pre> ====apal blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_blocs|apal blocs]] <pre> apal blocs;;;;; gta;21;;CDS;347; 5s;34;108;16s;128;1523 23s;50;2838;23s;34;2838 gca;6;;5s;51;108 atc;110;;aac;118; 16s;206;1523;CDS;; tac;114;;;; CDS;;;;; </pre> ====apal remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_remarques|apal remarques]] *code génétique apal <pre> apal;;;;;;;35 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;1;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====apal distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_distribution|apal distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total apal;;9; ;;;;;;apal;9;;;;;;;;apal;0;;;;;; </pre> ====apal données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_données_intercalaires|apal données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;apal;fx;fc;apal;fx40;fc40;apal;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;0;10;0;0;10;-1;;43;132;133;16s tRNA;; ;0;10;6;163;1;0;42;-2;;0;126;527;118;;atc ;0;20;4;157;2;0;26;-3;;0;72;38;tRNA 16s;; ;0;30;11;37;3;0;17;-4;2;102;73;100;206;;tac 1;1;40;9;34;4;0;14;-5;;0;168;93;tRNA 23s;;gca ;2;50;8;35;5;0;10;-6;1;0;139;133;51;; ;0;60;12;41;6;2;4;-7;;1;70;214;5s tRNA;; ;1;70;7;37;7;2;6;-8;2;44;137;;51;;aac ;2;80;8;29;8;1;10;-9;;0;91;;21;;gta ;1;90;6;31;9;1;15;-10;;1;48;;tRNA tRNA;;intra 2;1;100;11;33;10;0;19;-11;1;33;214;;6;;atc gca ;0;110;6;24;11;0;18;-12;;0;124;;tRNA tRNA;;contig ;2;120;14;31;12;0;23;-13;;2;251;;7;;ttc ;2;130;9;23;13;2;15;-14;;17;45;;4;;gac 2;5;140;11;26;14;0;16;-15;;0;133;;55;;atgf ;0;150;4;17;15;0;18;-16;;1;157;;22;;tca ;2;160;7;16;16;0;9;-17;;13;112;;4;;atgi ;1;170;10;11;17;0;15;-18;;0;82;;45;;atgj ;0;180;6;13;18;1;18;-19;;0;138;;5;;gca ;0;190;4;14;19;0;13;-20;;8;40;;20;;tta ;0;200;3;11;20;1;12;-21;;0;154;;6;;aaa ;0;210;4;10;21;2;1;-22;;0;114;;15;;aca 1;1;220;4;7;22;2;5;-23;;5;CDS 16s;;**;;gta ;0;230;4;5;23;0;5;-24;;0;347;;tRNA tRNA;; ;0;240;3;7;24;3;6;-25;;1;206;;9;;agc ;0;250;1;6;25;0;7;-26;;9;16s 23s;;**;;gaa ;1;260;0;9;26;0;7;-27;;0;137;;14;;cac ;0;270;3;6;27;1;3;-28;;0;23s 5s;;34;;caa ;0;280;0;5;28;1;0;-29;;5;35;;**;;cta ;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;;;9;;gaa ;0;300;0;3;30;2;3;-31;;0;;;71;;cgt ;0;310;0;1;31;1;3;-32;;3;;;13;;cca ;0;320;1;6;32;1;6;-33;;0;;;**;;gga ;0;330;4;4;33;1;2;-34;;0;;;1;;cgg ;0;340;2;2;34;0;5;-35;;2;;;**;;tcc ;0;350;1;4;35;1;1;-36;;0;;;;; ;0;360;0;0;36;0;1;-37;;0;;;;; ;0;370;1;2;37;0;2;-38;;1;;;;; ;0;380;0;3;38;1;6;-39;;0;;;;; ;0;390;0;5;39;3;4;-40;;1;;;;; ;0;400;0;3;40;1;4;-41;;0;;;;; 1;0;reste;5;38;reste;160;518;-42;;0;;;;; 7;22;total;190;919;total;190;919;-43;;0;;;;; 6;22;diagr;185;871;diagr;30;391;-44;;0;;;;; 0;0; t30;21;357;;;;-45;;0;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;; ;x;190;6;0;196;;;-49;;0;;;;; ;c;909;294;10;1213;;;-50;;0;;;;; ;;;;;1409;97;;reste;;2;;;;; ;;;;;;1506;;total;6;294;;;;; </pre> =====apal autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_autres_intercalaires_aas|apal autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;apal;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas fin;;CDS;292;1638;;; deb;;CDS;82590;85343;109;*; ;;regulatory;85453;85552;216;*; fin;;CDS;85769;86557;;; deb;;CDS;86565;87845;35;*; ;;misc_binding;87881;88073;51;*; fin;;CDS;88125;89402;;; deb;;CDS;161706;162593;132;*; ;;tRNA;162726;162816;9;*;agc ;;tRNA;162826;162901;126;*;gaa fin;;CDS;163028;163522;;; deb;comp;CDS;205002;205226;72;*; ;comp;tRNA;205299;205373;73;*;tgg deb;comp;CDS;205447;206382;133;*; ;;tRNA;206516;206591;14;*;cac ;;tRNA;206606;206680;34;*;caa ;;tRNA;206715;206797;168;*;cta fin;;CDS;206966;207208;;; deb;comp;CDS;278906;279901;56;*; ;comp;misc_binding;279958;280136;8;*; fin;comp;CDS;280145;281908;;0; deb;;CDS;294770;296290;347;*; ;;rRNA;296638;298152;137;*;1515 ;;rRNA;298290;301125;35;*;2836 ;;rRNA;301161;301268;51;*;108 ;;tRNA;301320;301396;139;*;aac fin;;CDS;301536;301835;;; deb;;CDS;303638;304993;70;*; ;;tRNA;305064;305139;9;*;gaa ;;tRNA;305149;305225;71;*;cgt ;;tRNA;305297;305373;13;*;cca ;;tRNA;305387;305461;137;*;gga fin;;CDS;305599;308184;;; deb;;CDS;310206;311093;42;*; ;;repeat_region;311136;314336;391;*; fin;;CDS;314728;315327;;; deb;;CDS;326174;327313;91;*; ;;tRNA;327405;327478;527;*;tgc fin;comp;CDS;328006;328539;;0; deb;;CDS;426740;427501;5;*; ;;misc_binding;427507;427707;40;*; fin;;CDS;427748;428767;;; deb;;CDS;435096;436751;48;*; ;;tRNA;436800;436885;214;*;ctc fin;;CDS;437100;438890;;; deb;;CDS;441323;442294;38;*; ;comp;tRNA;442333;442407;100;*;ggc fin;;CDS;442508;443650;;; deb;;CDS;443640;444197;93;*; ;comp;tRNA;444291;444364;133;*;acc fin;;CDS;444498;444695;;; deb;;CDS;480393;481697;56;*; ;;regulatory;481754;481850;51;*; fin;;CDS;481902;483050;;; deb;;CDS;575929;577302;54;*; ;;regulatory;577357;577432;44;*; fin;;CDS;577477;578175;;; deb;;CDS;583894;584502;19;*; ;;regulatory;584522;584597;56;*; fin;;CDS;584654;585274;;; deb;;CDS;644468;646315;124;*; ;;tRNA;646440;646516;251;*;aga fin;;CDS;646768;647322;;; deb;;CDS;669786;670511;45;*; ;;tRNA;670557;670632;1;*;cgg ;;tRNA;670634;670722;133;*;tcc fin;;CDS;670856;671359;;; deb;;CDS;778517;780295;54;*; ;;misc_binding;780350;780540;55;*; fin;;CDS;780596;783169;;; deb;comp;CDS;837575;837796;157;*; ;comp;tRNA;837954;838029;214;*;aag fin;;CDS;838244;838888;;; deb;comp;CDS;859225;859602;141;*; ;;regulatory;859744;859842;69;*; fin;;CDS;859912;860478;;0; deb;;CDS;900888;901286;41;*; ;;ncRNA;901328;901664;157;*; fin;;CDS;901822;906708;;; deb;;CDS;930603;931235;52;*; ;;tmRNA;931288;931628;154;*; fin;;CDS;931783;934152;;; deb;comp;CDS;997671;998201;47;*; ;comp;misc_binding;998249;998458;29;*; fin;comp;CDS;998488;998940;;; deb;comp;CDS;1099021;1099650;75;*; ;comp;regulatory;1099726;1099840;44;*; fin;comp;CDS;1099885;1100643;;0; deb;comp;CDS;1172026;1173090;112;*; ;comp;tRNA;1173203;1173285;82;*;ttg fin;comp;CDS;1173368;1175038;;; deb;comp;CDS;1296140;1297378;79;*; ;comp;regulatory;1297458;1297558;175;*; fin;;CDS;1297734;1298978;;; deb;comp;CDS;1395785;1396276;13;*; ;comp;misc_feature;1396290;1396409;2;*; fin;comp;CDS;1396412;1397101;;; deb;comp;CDS;1420757;1422160;117;*; ;comp;regulatory;1422278;1422379;175;*; fin;comp;CDS;1422555;1422713;;0; deb;comp;CDS;1424704;1426260;38;*; ;comp;misc_binding;1426299;1426505;43;*; fin;comp;CDS;1426549;1427391;;; deb;comp;CDS;1456398;1457249;138;*; ;comp;tRNA;1457388;1457463;40;*;gac deb;comp;CDS;1457504;1458355;154;*; ;comp;tRNA;1458510;1458585;7;*;ttc ;comp;tRNA;1458593;1458668;4;*;gac ;comp;tRNA;1458673;1458749;55;*;atgf ;comp;tRNA;1458805;1458895;22;*;tca ;comp;tRNA;1458918;1458994;4;*;atgi ;comp;tRNA;1458999;1459075;45;*;atgj ;comp;tRNA;1459121;1459196;5;*;gca ;comp;tRNA;1459202;1459286;20;*;tta ;comp;tRNA;1459307;1459382;6;*;aaa ;comp;tRNA;1459389;1459464;15;*;aca ;comp;tRNA;1459480;1459555;21;*;gta ;comp;rRNA;1459577;1459684;35;*;108 ;comp;rRNA;1459720;1462555;51;*;2836 ;comp;tRNA;1462607;1462682;6;*;gca ;comp;tRNA;1462689;1462765;118;*;atc ;comp;rRNA;1462884;1464398;206;*;1515 ;comp;tRNA;1464605;1464688;114;*;tac fin;comp;CDS;1464803;1464973;;; deb;comp;CDS;1471917;1474742;32;*; ;comp;ncRNA;1474775;1474868;9;*; fin;comp;CDS;1474878;1475336;;; deb;comp;CDS;1547053;1548444;47;*; ;comp;misc_binding;1548492;1548707;39;*; fin;comp;CDS;1548747;1549406;;; deb;comp;CDS;1554025;1554159;291;*; </pre> ===tenericutes synthèse=== ====tenericutes distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_génome|tenericutes distribution par génome]] <pre> tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total abra;12;14; ;11;1;2;;5;45 apal;9;9; ;11;1;4;;1;35 total;21;23;0;22;2;6;0;6;80 </pre> ====tenericutes distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_du_total|tenericutes distribution du total]] <pre> tener2;;;;;;;66 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2 atc;;acc;2;aac;;agc;2 ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;2 cta;2;cca;3;caa;2;cga;1 gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2 ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;21;23;;22;;;66 ;;;;;;; tener2;;;;;;;14 atgi; ;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;2;tgc; atc;4;acc;;aac;6;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;2;gaa;;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj; ;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;6 1-3aas;2;6;66 </pre> ====tenericutes distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_type|tenericutes distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;22 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga; cta;2;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;2;gaa;;gga; ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;21;23;;22;;;66;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====tenericutes par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_par_rapport_au_groupe_de_référence|tenericutes par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;7;3;;;;;10; 16;moyen;13;4;;10;;6;33; 14;fort;3;14;;12;6;2;37; ; ;23;21;;22;6;8;80; 10;g+cga;3;2;;;;;5; 2;agg+cgg;1;;;;;;1; 4;carre ccc;3;1;;;;;4; 5;autres;;;;;;;; ;;7;3;;;;;10; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;88;38;;;;;125;26 16;moyen;163;50;;125;;75;413;324 14;fort;38;175;;150;75;25;463;650 ; ;288;263;;275;75;100;80;729 10;g+cgg;38;25;;;;;63;10 2;agg+cga;13;;;;;;13; 4;carre ccc;38;13;;;;;50;16 5;autres;;;;;;;; ;;88;38;;;;;125; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;159;68;;227;26;30;14; 16;moyen;295;91;;386;324;57;19; 14;fort;68;318;;386;650;13;67; ; ;523;477;;44;729;23;21; 10;g+cgg;68;45;;114;10;;; 2;agg+cga;23;;;23;;;; 4;carre ccc;68;23;;91;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;159;68;;227;;;; </pre> ====tenericutes, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes,_estimation_des_-rRNAs|tenericutes, estimation des -rRNAs]] <pre> tenericutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 20 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;20;93; ; ;;indices;;;;20;465;0;0;;tener2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;44 atgi;5;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;25;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;;tac;5;tgc;;;ttc;25;tcc;;tac;25;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2 atc;10;acc;;aac;11;agc;;;atc;50;acc;;aac;55;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;25;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;2 tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;25;tca;25;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;6;aaa;7;aga;;;ata;;aca;30;aaa;35;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;2 cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;10;cca;;caa;;cga;;;cta;2;cca;3;caa;2;cga;1 gta;8;gca;7;gaa;2;gga;;;gta;40;gca;35;gaa;10;gga;;;gta;;gca;;gaa;4;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;5;acg;;aag;;agg;;;atgj;25;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;39;;54;;0;93;;;;195;;270;;0;465;;;;17;;17;;10;44 27.5.20 Tanger;;;;tener;total;ttt;tgt;;10.1.21 Paris;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;112;3535;0.9;0;;;;;;112;3535;0.9;0;;tener2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;62;tct;;tat;;atgf;71;;atgi;87;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;79;tcc;40;tac;75;tgc;99;;ttc;104;tcc;40;tac;100;tgc;99;;ttc;;tcc;50;tac;;tgc;100 atc;53;acc;71;aac;49;agc;99;;atc;103;acc;71;aac;104;agc;99;;atc;;acc;100;aac;;agc;100 ctc;32;ccc;0.0;cac;100;cgt;72;;ctc;32;ccc;;cac;100;cgt;72;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100 gtc;1.8;gcc;0.9;gac;77;ggc;56;;gtc;1.8;gcc;0.9;gac;102;ggc;56;;gtc;50;gcc;50;gac;100;ggc;100 tta;73;tca;75;taa;;tga;90;;tta;98;tca;100;taa;;tga;90;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;8;aca;73;aaa;86;aga;103;;ata;8.0;aca;103;aaa;121;aga;103;;ata;;aca;;aaa;;aga;100 cta;90;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;150;caa;100;cga;50 gta;65;gca;69;gaa;94;gga;102;;gta;105;gca;104;gaa;104;gga;102;;gta;;gca;;gaa;200;gga;100 ttg;98;tcg;33;tag;0.0;tgg;100;;ttg;98;tcg;33;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;50;tag;;tgg;100 atgj;69;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;94;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;;acg;50;aag;100;agg;50 ctg;0;ccg;0;cag;0;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1201;;1101;;349;2651;;;;1396;;1371;;329;3096;;;;850;;850;;500;2200 rapports;;86;;80;;106;86;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;tener2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;71;tct;;tat;;atgf;74;;fiches;28.45;;;fréquences;;;;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;569;;;0/0;7;;;;att;100;act;100;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;93;;;10;9;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;20;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;100 ttc;76;tcc;100;tac;75;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;100;tcc;20;tac;100;tgc;1 atc;51;acc;100;aac;47;agc;100;;tener2;22;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;100;agc;1 ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100;;sans;44;;;50;2;19;;;ctc;68;ccc;;cac;0;cgt;28 gtc;100;gcc;100;gac;75;ggc;100;;avec;36;;;60;2;;;;gtc;96;gcc;98;gac;23;ggc;44 tta;74;tca;75;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;1;;;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100 ata;100;aca;71;aaa;71;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;100;aaa;100;aga;3 cta;90;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par tener;;;;90;0;;;;cta;10;cca;34;caa;3;cga;24 gta;62;gca;66;gaa;90;gga;100;;est 23% en dessous;;;;100;19;;;;gta;100;gca;100;gaa;53;gga;2 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;34;tag;;tgg;0 atgj;73;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;100;acg;50;aag;38;agg;56 ctg;;ccg;;cag;;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;100 gtg;;gcg;;gag;;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;100 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;66;;187;;441;693 </pre> ==spirochète== ===Sphaerochaeta coccoides DSM 17374=== ====scc opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_opérons|scc opérons]] *Notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc. <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Spha_cocc_DSM_17374/sphaCocc_DSM17374-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_015436.1;scc;génome;;;;;;;;;; 50.6%GC;12.1.21 Paris;16s 3;47;;;;;;;cds dirigé;; Sphaerochaeta coccoides DSM 17374 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; comp;215073..215231;;cds;;1194;*1194;;;53;;hp; comp;216426..216498;;gcg;@1;369;369;;;;*369;; comp;216868..217047;;cds;;;;;;60;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;243358..244170;;cds;@2;812;*812;;;271;;HAD-IIB family hydrolase;* ;244983..246519;;16s;;132;;;132;;;; ;246652..246725;;atc;;79;;;79;;;; ;246805..249778;;23s;;72;;;;;;; ;249851..249962;;5s;;175;175;;;;175;; ;250138..250947;;cds;;;;;;270;;metal ABC transporter permease;* ;;;;;;;;;;;; ;300128..301798;;cds;;669;*669;;;557;;formate--tetrahydrofolate ligase;* ;302468..302539;;ggg;;452;*452;;;;*452;; ;302992..304032;;cds;;;;;;347;;ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;316296..317216;;cds;;152;152;;;307;152;phosphatase PAP2 family protein;* ;317369..317442;;gac;;176;176;;;;;; ;317619..318692;;cds;;;;;;358;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;; ;330207..331004;;cds;;16;16;;;266;16;class I SAM-dependent methyltransferase;* comp;331021..331104;;ttg;;251;251;;;;;; ;331356..333446;;cds;;;;;;*697;;patatin-like phospholipase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;345290..346216;;cds;;228;228;;;309;;hp; comp;346445..346517;;ccg;;182;182;;;;182;; comp;346700..347059;;cds;;;;;;120;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;422975..424363;;cds;;71;71;;;463;71;sulfatase-like hydrolase/transferase;* comp;424435..424506;;gtc;;252;252;;;;;; ;424759..426600;;cds;;;;;;614;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;436852..438168;;cds;;237;237;;;439;;MFS transporter;* comp;438406..438477;;gtg;;202;202;;;;202;; ;438680..440152;;cds;;;;;;491;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;481186..482484;;cds;;180;180;;;433;;HD domain-containing protein;* ;482665..482737;;atgj;;82;82;;;;82;; ;482820..483494;;cds;;;;;;225;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;530805..532313;;cds;;82;82;;;503;82;IMP dehydrogenase;* ;532396..532467;;gta;;310;310;;;;;; ;532778..533485;;cds;;;;;;236;;YggS family pyridoxal phosphate-dependent enzyme;* ;;;;;;;;;;;; ;568939..569700;;cds;;102;102;;;254;102;NAD-dependent deacetylase;* ;569803..569874;;gga;;412;412;;;;;; ;570287..570952;;cds;;;;;;222;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;636017..636391;;cds;;52;52;;;125;52;chorismate mutase;* ;636444..636517;;aca;;334;334;;;;;; comp;636852..637013;;cds;;;;;;54;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;717326..717772;;cds;;66;66;;;149;66;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;717839..717920;;tac;;230;230;;;;;; ;718151..719386;;cds;;;;;;412;;aminopeptidase;* ;;;;;;;;;;;; comp;721419..723056;;cds;@3;67;67;;;546;67;ATP-binding cassette domain-containing protein;* comp;723124..723195;;gag;;10;;10;;;;; comp;723206..723276;;cag;;104;104;;;;;; comp;723381..723911;;cds;;;;;;177;;adenine phosphoribosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;724974..725225;;cds;;236;236;;;84;;hp; comp;725462..725533;;acg;;124;124;;;;124;; comp;725658..728366;;cds;;;;;;*903;;pyruvate, phosphate dikinase;* ;;;;;;;;;;;; comp;767509..768549;;cds;;350;350;;;347;*350;DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family protein;* comp;768900..769011;;5s;;72;;;;;;; comp;769084..772057;;23s;;40;;;40;;;; comp;772098..772171;;gca;;137;;;137;;;; comp;772309..773845;;16s;;535;*535;;;;;; ;774381..774947;;cds;;;;;;189;;peroxiredoxin;* ;;;;;;;;;;;; ;783089..784627;;cds;;273;273;;;513;;glycoside hydrolase family 43 protein;* comp;784901..784972;;gaa;;43;;43;;;;; comp;785016..785088;;aaa;;223;223;;;;223;; ;785312..787483;;cds;;;;;;*724;;cadmium-translocating P-type ATPase;* ;;;;;;;;;;;; comp;877367..879202;;cds;;447;447;;;612;*447;translational GTPase TypA;* comp;879650..879761;;5s;;72;;;;;;; comp;879834..882807;;23s;;40;;;40;;;; comp;882848..882921;;gca;;137;;;137;;;; comp;883059..884595;;16s;;648;*648;;;;;; ;885244..885867;;cds;;;;;;208;;GNAT family N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;900855..901490;;cds;;73;73;;;212;73;Fic family protein;* comp;901564..901637;;ccc;;214;214;;;;;; ;901852..903519;;cds;;;;;;556;;Alpha-glucosidase;* ;;;;;;;;;;;; ;928254..930545;;cds;;138;138;;;*764;138;AAA family ATPase;* ;930684..930755;;cac;;32;;32;;;;; ;930788..930861;;cga;;38;;38;;;;; ;930900..930972;;aag;;37;;37;;;;; ;931010..931091;;cta;;36;;36;;;;; ;931128..931199;;ggc;;423;423;;;;;; ;931623..932981;;cds;;;;;;453;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;; ;937885..939693;;cds;;171;171;;;603;171;oligoendopeptidase F;* ;939865..939938;;aga;;437;437;;;;;; ;940376..940579;;cds;;;;;;68;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;974079..974468;;cds;@4;223;223;;;130;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;974692..974775;;ctc;;153;153;;;;153;; comp;974929..975384;;cds;;112;112;;;152;;VOC family protein;* comp;975497..975569;;cca;;95;95;;;;95;; ;975665..976339;;cds;;;;;;225;;endonuclease III;* ;;;;;;;;;;;; ;1069506..1069922;;cds;;81;81;;;139;;hp; comp;1070004..1070087;;tta;;78;78;;;;78;; ;1070166..1070981;;cds;;;;;;272;;TatD family hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1113338..1113928;;cds;;247;247;;;197;247;NAD(P)H-dependent oxidoreductase;* ;1114176..1114248;;aac;;247;247;;;;;; comp;1114496..1117318;;cds;;;;;;*941;;5'-nucleotidase C-terminal domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1126672..1127604;;cds;;173;173;;;311;173;DUF362 domain-containing protein;* ;1127778..1127850;;caa;;193;193;;;;;; comp;1128044..1128334;;cds;;;;;;97;;septation regulator SpoVG;* ;;;;;;;;;;;; comp;1257969..1258763;;cds;;140;140;;;265;;nucleotidyltransferase domain-containing protein;* ;1258904..1258977;;agg;;79;79;;;;79;; ;1259057..1259779;;cds;;;;;;241;;nitroreductase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1273039..1273944;;cds;;217;217;;;302;;DNA-protecting protein DprA;* ;1274162..1274234;;ttc;;103;103;;;;103;; comp;1274338..1274865;;cds;;;;;;176;;cysteine hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1363097..1364389;;cds;;432;432;;;431;;H(+)-transporting two-sector ATPase;* ;1364822..1364894;;atgf;;213;213;;;;213;; ;1365108..1366457;;cds;;;;;;450;;Trk system potassium transporter TrkA;* ;;;;;;;;;;;; comp;1478531..1479448;;cds;;196;196;;;306;196;hp; ;1479645..1479718;;cgg;;256;256;;;;;; comp;1479975..1481738;;cds;;;;;;588;;ABC transporter ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1522454..1523143;;cds;;86;86;;;230;;hp; ;1523230..1523301;;tgc;;34;34;;;;34;; comp;1523336..1523890;;cds;;;;;;185;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;1540671..1541807;;cds;;186;186;;;379;186;DUF2974 domain-containing protein;* comp;1541994..1542066;;gcc;;351;351;;;;;; ;1542418..1544223;;cds;;;;;;602;;IS1634 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;1691238..1692578;;cds;;189;189;;;447;189;sn-glycerol-1-phosphate dehydrogenase;* ;1692768..1692851;;ctg;;564;*564;;;;;; ;1693416..1693646;;cds;;;;;;77;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1760709..1761905;;cds;;185;185;;;399;185;hp; ;1762091..1762164;;atgi;;316;316;;;;;; comp;1762481..1765135;;cds;;;;;;*885;;valine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2034849..2035028;;cds;@4;32;32;;;60;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2035061..2035134;;tgg;;26;26;;;;26;; comp;2035161..2035337;;cds;;64;64;;;59;64;50S ribosomal protein L33;* comp;2035402..2035474;;acc;;246;246;;;;;; ;2035721..2036506;;cds;;;;;;262;;HAD family hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; ;2185380..2186171;;cds;@5;84;84;;;264;84;16S rRNA (uracil(1498)-N(3))-methyltransferase;* ;2186256..2186340;;tca;;40;;40;;;;; ;2186381..2186467;;agc;;25;;25;;;;; ;2186493..2186566;;cgc;;16;;16;;;;; ;2186583..2186669;;tcg;;40;;40;;;;; ;2186710..2186795;;tcc;;13;;;;;;; ;2186809..2186906;;ncRNA;;133;133;;;*33;;; comp;2187040..2188236;;cds;;;;;;399;;transposase;* </pre> ====scc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_cumuls|scc cumuls]] *Notes: * pour le nombre de jaunes <pre> scc cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;3;1;0;;1;0;1;0;100;9 ;16 23 5s 0;;20;2;;50;4;20;1;200;11 ;16 atc23s5s;1;40;7;2;100;14;40;2;300;16 ;16gca23s5s;2;60;1;0;150;8;60;1;400;11 ;max a;1;80;;1;200;13;80;7;500;9 ;a doubles;;100;;0;250;13;100;4;600;6 ;autres;;120;;0;300;4;120;2;700;5 ;total aas;3;140;;3;350;4;140;2;800;*2 sans ;opérons;34;160;;;400;2;160;2;900;*1 ;1 aa;30;180;;;450;5;180;3;1000;*2 ;max a;5;200;;;500;*1;200;5;1100; ;a doubles;0;;;;;*6;;*4;; ;total aas;44;;10;6;;74;;33;;72 total aas;;47;;;;;;;*4;;*6 remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;32;94;;236;;154;;343 ;;;variance;11;47;;196;;108;;215 sans jaune;;;moyenne;;;;188;;124;;299 ;;;variance;;;;110;;64;;164 </pre> ====scc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_blocs|scc blocs]] <pre> cds;812;;cds;350;447 16s;132;;5s;72;72 atc;79;;23s;40;40 23s;72;;gca;137;137 5s;175;;16s;535;648 cds;;;cds;; </pre> ====scc remarques==== ====scc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_distribution|scc distribution]] <pre> distribution;scc;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;14;30;;;;3;47 ;;;;;;; ;;;;;;; distribution;scc;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;inter;;max;;min;;total ;17;;13;;17;;47 </pre> ====scc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_données_intercalaires|scc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;scc;fx;fc;scc;fx40;fc40;scc;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;39;1194;152;16s tRNA;; ;0;10;9;164;1;1;31;-2;1;0;369;16;132;;atc 1;0;20;15;120;2;0;27;-3;0;0;669;251;2* 137;;gca ;1;30;25;55;3;3;23;-4;2;156;452;71;tRNA 23s;; 1;1;40;11;50;4;1;7;-5;0;0;176;252;79;;atc ;0;50;20;52;5;0;13;-6;2;0;228;237;2* 40;;gca ;1;60;10;31;6;0;4;-7;0;6;182;202;tRNA tRNA;; ;3;70;18;44;7;2;8;-8;0;31;82;180;10;;gag 3;1;80;15;38;8;0;11;-9;2;0;82;334;**;;cag 2;3;90;17;36;9;1;20;-10;0;5;310;273;43;;gaa 1;0;100;27;28;10;1;20;-11;4;15;102;223;**;;aaa 1;2;110;13;31;11;0;12;-12;2;0;412;73;32;;cac ;1;120;18;23;12;2;15;-13;1;2;52;214;38;;cga ;1;130;17;21;13;2;16;-14;0;17;66;95;37;;aag 1;1;140;16;23;14;2;16;-15;1;0;230;81;36;;cta ;0;150;10;20;15;1;12;-16;1;4;67;78;**;;ggc 1;1;160;12;18;16;0;8;-17;2;7;104;247;40;;tca ;0;170;15;12;17;1;7;-18;1;0;236;247;25;;agc 2;2;180;14;14;18;0;15;-19;0;0;124;173;16;;cgc 1;3;190;9;13;19;4;7;-20;0;10;138;193;40;;tcg 2;0;200;11;17;20;3;12;-21;0;0;423;140;**;;tcc 1;0;210;6;15;21;2;5;-22;0;0;171;217;;; 2;1;220;13;14;22;0;6;-23;2;2;437;103;;; 1;3;230;10;9;23;1;9;-24;1;1;223;432;;; 1;1;240;14;8;24;4;8;-25;0;2;153;196;;; 3;0;250;10;7;25;3;6;-26;2;5;112;256;;; 3;0;260;5;7;26;3;9;-27;0;0;79;86;;; ;0;270;6;9;27;4;3;-28;0;0;213;34;;; 1;0;280;3;7;28;0;5;-29;0;2;186;351;;; ;0;290;7;8;29;3;3;-30;0;0;189;185;;; ;0;300;4;8;30;5;1;-31;1;1;564;316;;; ;1;310;3;8;31;2;7;-32;1;2;32;246;;; 1;0;320;6;10;32;1;2;-33;0;0;26;;;; ;0;330;2;6;33;1;3;-34;0;1;64;;;; 1;0;340;8;3;34;0;8;-35;0;0;84;;;; ;0;350;1;6;35;1;5;-36;0;0;CDS 16s;;;; 1;0;360;5;7;36;1;5;-37;0;0;812;;;; ;1;370;1;5;37;2;2;-38;0;0;350;;;; ;0;380;3;5;38;2;7;-39;0;0;447;;;; ;0;390;5;5;39;1;9;-40;0;0;23s 5s;;;; ;0;400;2;4;40;0;2;-41;0;2;3* 72;;;; 1;7;reste;39;34;reste;395;606;-42;0;0;5s CDS;;;; 32;35;total;457;1001;total;457;1001;-43;0;0;350;175;;; 31;28;diagr;416;961;diagr;60;389;-44;0;2;447;;;; 1;1; t30;49;339;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;455;28;2;485;;;-49;0;0;;;;; ;c;995;319;6;1320;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1805;104;;reste;1;6;;;;; ;;;;;;1909;;total;28;319;;;;; </pre> =====scc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires_aas|scc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;scc;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;215073;1194;comp; ;tRNA;216426;369;comp;gcg fin;CDS;216868;;comp; deb;CDS;243358;812;; ;rRNA;244983;132;;16s ;tRNA;246652;79;;atc ;rRNA;246805;72;;23s ;rRNA;249851;175;;5s fin;CDS;250138;;comp; deb;CDS;300128;669;; ;tRNA;302468;452;;ggg fin;CDS;302992;;; deb;CDS;316296;152;comp; ;tRNA;317369;176;;gac fin;CDS;317619;;; deb;CDS;330207;16;; ;tRNA;331021;251;comp;ttg fin;CDS;331356;;; deb;CDS;345290;228;comp; ;tRNA;346445;182;comp;ccg fin;CDS;346700;;comp; deb;CDS;422975;71;; ;tRNA;424435;252;comp;gtc fin;CDS;424759;;; deb;CDS;436852;237;; ;tRNA;438406;202;comp;gtg fin;CDS;438680;;; deb;CDS;481186;180;comp; ;tRNA;482665;82;;atgj fin;CDS;482820;;; deb;CDS;530805;82;; ;tRNA;532396;310;;gta fin;CDS;532778;;; deb;CDS;568939;102;; ;tRNA;569803;412;;gga fin;CDS;570287;;; deb;CDS;636017;52;; ;tRNA;636444;334;;aca fin;CDS;636852;;comp; deb;CDS;640192;79;; ;tmRNA;640610;334;; fin;CDS;641322;;comp; deb;CDS;711173;51;; ;ncRNA;712064;10;comp; fin;CDS;712417;;comp; deb;CDS;717326;66;; ;tRNA;717839;230;;tac fin;CDS;718151;;; deb;CDS;721419;67;comp; ;tRNA;723124;10;comp;gag ;tRNA;723206;104;comp;cag fin;CDS;723381;;comp; deb;CDS;724974;236;comp; ;tRNA;725462;124;comp;acg fin;CDS;725658;;comp; deb;CDS;767509;350;comp; ;rRNA;768900;72;comp;5s ;rRNA;769084;40;comp;23s ;tRNA;772098;137;comp;gca ;rRNA;772309;535;comp;16s fin;CDS;774381;;; deb;CDS;783089;273;; ;tRNA;784901;43;comp;gaa ;tRNA;785016;223;comp;aaa fin;CDS;785312;;; deb;CDS;877367;447;comp; ;rRNA;879650;72;comp;5s ;rRNA;879834;40;comp;23s ;tRNA;882848;137;comp;gca ;rRNA;883059;648;comp;16s fin;CDS;885244;;; deb;CDS;900855;73;; ;tRNA;901564;214;comp;ccc fin;CDS;901852;;; deb;CDS;928254;138;; ;tRNA;930684;32;;cac ;tRNA;930788;38;;cga ;tRNA;930900;37;;aag ;tRNA;931010;36;;cta ;tRNA;931128;423;;ggc fin;CDS;931623;;; deb;CDS;937885;171;; ;tRNA;939865;437;;aga fin;CDS;940376;;; deb;CDS;974079;223;comp; ;tRNA;974692;153;comp;ctc deb;CDS;974929;112;comp; ;tRNA;975497;95;comp;cca fin;CDS;975665;;; deb;CDS;1069506;81;; ;tRNA;1070004;78;comp;tta fin;CDS;1070166;;; deb;CDS;1084097;24;; ;regulatory;1084535;39;; fin;CDS;1084670;;; deb;CDS;1113338;247;comp; ;tRNA;1114176;247;;aac fin;CDS;1114496;;comp; deb;CDS;1126672;173;comp; ;tRNA;1127778;193;;caa fin;CDS;1128044;;comp; deb;CDS;1257969;140;comp; ;tRNA;1258904;79;;agg fin;CDS;1259057;;; deb;CDS;1273039;217;comp; ;tRNA;1274162;103;;ttc fin;CDS;1274338;;comp; deb;CDS;1301674;54;; ;repeat_region;1302007;4;; fin;CDS;1306496;;; deb;CDS;1319568;73;; ;repeat_region;1319986;84;; fin;CDS;1322087;;comp; deb;CDS;1363097;432;comp; ;tRNA;1364822;213;;atgf fin;CDS;1365108;;; deb;CDS;1478531;196;comp; ;tRNA;1479645;256;;cgg fin;CDS;1479975;;comp; deb;CDS;1522454;86;comp; ;tRNA;1523230;34;;tgc fin;CDS;1523336;;comp; deb;CDS;1540671;186;comp; ;tRNA;1541994;351;comp;gcc fin;CDS;1542418;;; deb;CDS;1691238;189;; ;tRNA;1692768;564;;ctg fin;CDS;1693416;;; deb;CDS;1760709;185;comp; ;tRNA;1762091;316;;atgi fin;CDS;1762481;;comp; deb;CDS;2034849;32;comp; ;tRNA;2035061;26;comp;tgg deb;CDS;2035161;64;comp; ;tRNA;2035402;246;comp;acc fin;CDS;2035721;;; deb;CDS;2185380;84;; ;tRNA;2186256;40;;tca ;tRNA;2186381;25;;agc ;tRNA;2186493;16;;cgc ;tRNA;2186583;40;;tcg ;tRNA;2186710;13;;tcc ;ncRNA;2186809;133;; fin;CDS;2187040;;comp; </pre> ====scc intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_entre_cds|scc intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> scc;3.2.21 Paris;;scc 16.7.20;;;;;;; scc;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;347;19.2;'''négatif ;-10;13;-1 à -74;'''2 227 296;-1;347 ;'''zéro;8;0.4;;;;;'''intercals;0;8 ;'''1 à 200;1112;61.6;'''0 à 200;69;57;;'''195 310;5;106 ;'''201 à 370;241;13.4;'''201 à 370;269;49;;'''8.8%;10;67 ;'''371 à 600;78;4.3;'''371 à 600;445;63;;;15;78 ;'''601 à max;19;1.1;'''601 à 1048;779;145;;;20;57 ;'''total 1805;<201;81;'''total 1800;103;136;-74 à 1048;;25;44 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>fréquence-1;30;36 1398976;1670;-1;347;-70;2;;0;8;35;30 1167746;1666;0;8;-60;2;;-1;°39;40;31 1943263;1598;1;°32;-50;3;;-2;1;45;39 2221165;1229;2;27;-40;6;;-3;0;50;33 940376;1048;3;26;-30;6;'''min à -1;-4;°158;55;27 2116721;960;4;8;-20;27;347;-5;0;60;14 1197192;959;5;°13;-10;62;19.2%;-6;2;65;36 1728512;916;6;4;0;247;;-7;6;70;26 1917725;874;7;10;10;173;;-8;°31;75;22 972954;867;8;11;20;135;;-9;2;80;31 1554925;775;9;°21;30;80;;-10;5;85;26 1997696;715;10;21;40;61;'''1 à 100;-11;°19;90;27 1693573;700;11;12;50;72;785;-12;2;95;33 1314184;671;12;°17;60;41;43.5%;-13;3;100;22 1528150;655;13;18;70;62;;-14;°17;105;23 1659099;643;14;18;80;53;;-15;1;110;21 1773078;643;15;°13;90;53;;-16;5;115;20 1732369;635;16;8;100;55;'''0 à 200;-17;°9;120;21 356981;617;17;8;110;44;1120;-18;1;125;20 137346;590;18;°15;120;41;;-19;0;130;18 1639500;590;19;11;130;38;;-20;°10;135;20 977451;580;20;°15;140;39;;-21;0;140;19 661808;579;21;7;150;30;;-22;0;145;16 1611095;565;22;6;160;30;;-23;°4;150;14 1590201;563;23;°10;170;27;'''1 à 200;-24;2;155;17 1330173;561;24;12;180;28;1112;-25;2;160;13 379215;558;25;9;190;22;62%;-26;°7;165;15 1755945;548;26;°12;200;28;;-27;0;170;12 191845;527;27;7;210;21;;-28;0;175;12 1897378;525;28;5;220;27;;-29;°2;180;16 72886;522;29;6;230;19;;-30;0;185;12 1978592;521;30;6;240;22;;-31;2;190;10 511329;515;31;°9;250;17;;-32;°3;195;14 220737;512;32;3;260;12;;;42;200;14 1410834;511;33;4;270;15;;reste;14;205;11 ;;34;8;280;10;;total;355;210;10 ;;35;6;290;15;;;;215;20 ;;36;6;300;12;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;7 ;;37;4;310;11;;600;1786;225;11 ;;38;9;320;16;;620;1;230;8 ;;39;°10;330;8;;640;1;235;10 ;;40;2;340;11;'''201 à 370;660;3;240;12 ;;reste;1 001;350;7;241;680;1;245;8 ;;total;1 805;360;12;13.4%;700;1;250;9 ;;;;370;6;;720;1;255;7 ;;;;380;8;;740;;260;5 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;10;;760;;265;8 438680;-120;comp;;400;6;;780;1;270;7 1693416;-74;shift2;158;410;7;;800;;275;4 277564;-68;shift2;1487;420;8;;820;;280;6 1935981;-68;shift2;686;430;4;;840;;285;6 964418;-59;shift2;296;440;4;;860;;290;9 1721260;-59;shift2;1127;450;1;;880;2;295;8 482820;-53;shift2;623;460;1;;900;;300;4 1283977;-47;comp;;470;5;;920;1;305;6 1310625;-46;shift2;417;480;3;;940;;310;5 1544483;-44;shift2;374;490;2;;960;2;315;9 1705959;-44;shift2;1007;500;2;;980;;320;7 950419;-41;;;510;1;;1000;;325;4 1249575;-41;;;520;3;;1020;;330;4 2054241;-34;;;530;4;;1040;;335;4 937251;-32;;;540;0;'''371 à 600;1060;1;340;7 1154295;-32;;;550;1;78;;15;345;2 1972305;-32;;;560;1;4.3%;;;350;5 485333;-31;;;570;3;;;;355;4 1666650;-31;;;580;2;'''601 à max;;;360;8 952193;-29;;;590;2;19;;;365;4 1123783;-29;;;600;0;1.1%;;;370;2 669889;-26;;;reste;19;;reste;4;reste;97 733006;-26;;;total;1805;;total;1805;total;1805 </pre> ====scc intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> scc Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; scc;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;30;-200;266;31;690;222;max30;&-86;660;-1605;134;830;256;min60 31 à 400;;;;;;;2 parties;&-7;162;-551;72;949;318;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;104;46;-;619;poly;71;tF;&197;65;;499;poly;331;SF 31 à 400;;;;;;;;&114;43;-;787;poly;162;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.177;;;;;; 41-n;0.748;0.440;0.530;;;;;;;;;;; 1-n;0.367;-0.088;0.049;;;;;;;;;14.8.21 paris;; scc;fx;fc;;scc;fx%;fc%;scc;fx40;fc40;;x;scc;Sx-;Sc- 0;2;6;;0;5;6;0;2;6;>0;455;-1;0;39 10;9;164;;10;22;171;1;1;31;<0;28;-2;1;0 20;15;120;;20;36;125;2;0;27;zéro;2;-3;0;0 30;25;55;;30;60;57;3;3;23;total;485;-4;2;156 40;11;50;;40;26;52;4;1;7;;c;-5;0;0 50;20;52;;50;48;54;5;0;13;>0;995;-6;2;0 60;10;31;;60;24;32;6;0;4;<0;319;-7;0;6 70;18;44;;70;43;46;7;2;8;zéro;6;-8;0;31 80;15;38;;80;36;40;8;0;11;total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reste;39;34;;;;;reste;395;606;;;-42;0;0 total;457;1001;;t30;118;353;total;457;1001;;;-43;0;0 diagr;416;961;;;;;diagr;60;389;;;-44;0;2 - t30;367;622;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;1;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;total;28;319 </pre> ====scc intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_négatifs_S-|scc intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320 comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;4;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;28 ;Sc-;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;15;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;319 </pre> ====scc autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires|scc autres intercalaires]] <pre> ;scc;autres intercalaires;;adresses1;;;scc;autres intercalaires;;adresses2;;;scc;autres intercalaires;;adresses3 ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;215073;1194;comp;;deb;°CDS;721419;67;comp;;deb;°CDS;1113338;247;comp ;&tRNA;216426;369;comp;;;&tRNA;723124;10;comp;;;&tRNA;1114176;247; fin;°CDS;216868;;comp;;;&tRNA;723206;104;comp;;fin;°CDS;1114496;;comp deb;°CDS;243358;812;;;fin;°CDS;723381;;comp;;deb;°CDS;1126672;173;comp ;$rRNA;244983;132;;;deb;°CDS;724974;236;comp;;;&tRNA;1127778;193; ;&tRNA;246652;79;;;;&tRNA;725462;124;comp;;fin;°CDS;1128044;;comp ;$rRNA;246805;72;;;fin;°CDS;725658;;comp;;deb;°CDS;1257969;140;comp ;$rRNA;249851;175;;;deb;°CDS;767509;350;comp;;;&tRNA;1258904;79; fin;°CDS;250138;;comp;;;$rRNA;768900;72;comp;;fin;°CDS;1259057;; deb;°CDS;300128;669;;;;$rRNA;769084;40;comp;;deb;°CDS;1273039;217;comp ;&tRNA;302468;452;;;;&tRNA;772098;137;comp;;;&tRNA;1274162;103; fin;°CDS;302992;;;;;$rRNA;772309;535;comp;;fin;°CDS;1274338;;comp deb;°CDS;316296;152;comp;;fin;°CDS;774381;;;;deb;°CDS;1301674;54; ;&tRNA;317369;176;;;deb;°CDS;783089;273;;;;repeat_region;1302007;4; fin;°CDS;317619;;;;;&tRNA;784901;43;comp;;fin;°CDS;1306496;; deb;°CDS;330207;16;;;;&tRNA;785016;223;comp;;deb;°CDS;1319568;73; ;&tRNA;331021;251;comp;;fin;°CDS;785312;;;;;repeat_region;1319986;84; fin;°CDS;331356;;;;deb;°CDS;877367;447;comp;;fin;°CDS;1322087;;comp deb;°CDS;345290;228;comp;;;$rRNA;879650;72;comp;;deb;°CDS;1363097;432;comp ;&tRNA;346445;182;comp;;;$rRNA;879834;40;comp;;;&tRNA;1364822;213; fin;°CDS;346700;;comp;;;&tRNA;882848;137;comp;;fin;°CDS;1365108;; deb;°CDS;422975;71;;;;$rRNA;883059;648;comp;;deb;°CDS;1478531;196;comp ;&tRNA;424435;252;comp;;fin;°CDS;885244;;;;;&tRNA;1479645;256; fin;°CDS;424759;;;;deb;°CDS;900855;73;;;fin;°CDS;1479975;;comp deb;°CDS;436852;237;;;;&tRNA;901564;214;comp;;deb;°CDS;1522454;86;comp ;&tRNA;438406;202;comp;;fin;°CDS;901852;;;;;&tRNA;1523230;34; fin;°CDS;438680;;;;deb;°CDS;928254;138;;;fin;°CDS;1523336;;comp deb;°CDS;481186;180;comp;;;&tRNA;930684;32;;;deb;°CDS;1540671;186;comp ;&tRNA;482665;82;;;;&tRNA;930788;38;;;;&tRNA;1541994;351;comp fin;°CDS;482820;;;;;&tRNA;930900;37;;;fin;°CDS;1542418;; deb;°CDS;530805;82;;;;&tRNA;931010;36;;;deb;°CDS;1691238;189; ;&tRNA;532396;310;;;;&tRNA;931128;423;;;;&tRNA;1692768;564; fin;°CDS;532778;;;;fin;°CDS;931623;;;;fin;°CDS;1693416;; deb;°CDS;568939;102;;;deb;°CDS;937885;171;;;deb;°CDS;1760709;185;comp ;&tRNA;569803;412;;;;&tRNA;939865;437;;;;&tRNA;1762091;316; fin;°CDS;570287;;;;fin;°CDS;940376;;;;fin;°CDS;1762481;;comp deb;°CDS;636017;52;;;deb;°CDS;974079;223;comp;;deb;°CDS;2034849;32;comp ;&tRNA;636444;334;;;;&tRNA;974692;153;comp;;;&tRNA;2035061;26;comp fin;°CDS;636852;;comp;;deb;°CDS;974929;112;comp;;deb;°CDS;2035161;64;comp deb;°CDS;640192;79;;;;&tRNA;975497;95;comp;;;&tRNA;2035402;246;comp ;tmRNA;640610;334;;;fin;°CDS;975665;;;;fin;°CDS;2035721;; fin;°CDS;641322;;comp;;deb;°CDS;1069506;81;;;deb;°CDS;2185380;84; deb;°CDS;711173;51;;;;&tRNA;1070004;78;comp;;;&tRNA;2186256;40; ;ncRNA;712064;10;comp;;fin;°CDS;1070166;;;;;&tRNA;2186381;25; fin;°CDS;712417;;comp;;deb;°CDS;1084097;24;;;;&tRNA;2186493;16; deb;°CDS;717326;66;;;;regulatory;1084535;39;;;;&tRNA;2186583;40; ;&tRNA;717839;230;;;fin;°CDS;1084670;;;;;&tRNA;2186710;13; fin;°CDS;718151;;;;;;;;;;;ncRNA;2186809;133; ;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;2187040;;comp </pre> ====scc intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_tRNA|scc intercalaires tRNA]] <pre> scc;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;1194;;369;;32;26;deb; ;;;669;;452;;52;79;<201;13 ;;comp’;152;;176;;64;82;total;18 ;;comp’;16;comp’;251;;66;104;taux;72% ;;;228;;182;;67;124;; ;;comp’;71;comp’;252;;82;153;fin; ;;comp’;237;comp’;202;;84;176;<201;8 ;;comp’;180;;82;;102;182;total;17 ;;;82;;310;;112;213;taux;47% ;;;102;;412;;138;230;; ;;;52;comp’;334;;171;310;total; ;;;66;;230;;186;369;<201;21 ;10;;67;;104;;189;412;total;35 ;;;236;;124;;223;423;taux;60% ;43;comp’;273;comp’;223;;228;437;; ;;comp’;73;comp’;214;;236;452;; ;32 38 37 36;;138;;423;;669;564;; ;;;171;;437;;1194;;comp’;cumuls ;;;223;;153;;16;34;deb; ;;;112;comp’;95;;71;78;<201;11 ;;comp’;81;comp’;78;;73;95;total;16 ;;comp’;247;comp’;247;;81;103;taux;69% ;;comp’;173;comp’;193;;86;193;; ;;comp’;140;;79;;140;202;fin; ;;comp’;217;comp’;103;;152;214;<201;5 ;;comp’;432;;213;;173;223;total;16 ;;comp’;196;comp’;256;;180;246;taux;31% ;;comp’;86;comp’;34;;185;247;; ;;;186;comp’;351;;196;251;total; ;;;189;;564;;217;252;<201;16 ;;comp’;185;comp’;316;;237;256;total;32 ;;;32;;26;;247;316;taux;50% ;;;64;comp’;246;;273;334;; ;40 25 16 40 13;;84;;;;432;351;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;24;13;37;;;;;;; total;34;33;67;;;;;;; taux;71%;39%;55%;;;;;;; </pre> ====scc par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_par_rapport_au_groupe_de_référence|scc par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;scc;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;11;6;;;;;17; 16;moyen;9;5;;;;3;17; 14;fort;10;3;;;;;13; ; ;30;14;0;0;0;3;47; 10;g+cga;5;6;;;;;11; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;;;;;;4; 5;autres;;;;;;;0; ;;11;6;0;0;0;0;17; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;234;128;;;;;362;26 16;moyen;191;106;;;;64;362;324 14;fort;213;64;;;;;277;650 ;;638;298;;;;64;47;729 10;g+cga;106;128;;;;;234;10 2;agg+cgg;43;;;;;;43; 4;carre ccc;85;;;;;;85;16 5;autres;;;;;;;; ;;234;128;;;;;362; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;250;136;;386;26;37;43; 16;moyen;205;114;;318;324;30;36; 14;fort;227;68;;295;650;33;21; ;;682;318;;44;729;30;14; 10;g+cga;114;136;;250;10;45;100; 2;agg+cgg;45;;;45;;18;; 4;carre ccc;91;;;91;16;36;; 5;autres;;;;;;;; ;;250;136;;386;;11;6; </pre> ===spirochetes, estimation des -rRNAs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#spirochetes,_estimation_des_-rRNAs|spirochetes, estimation des -rRNAs]] <pre> spirochetes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 13 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;13;21; ; ;;indices;;;;13;162;0;0;;spiro1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;44 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;9;acc;;aac;;agc;;;atc;69;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;;gca;12;gaa;;gga;;;gta;;gca;92;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;;;;;;;;;;162;;0;;0;162;;;;14;;14;;16;44 11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;73;2823;0;0;;indices;;;;73;2823;0;0;;spiro1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4400 atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100 atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100 ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt; gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100 tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100 gta;101;gca;22;gaa;82;gga;100;;gta;101;gca;114;gaa;82;gga;100;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100 ttg;100;tcg;41;tag;0;tgg;100;;ttg;100;tcg;41;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1398;;1326;;891;3615;;;;1560;;1326;;891;3777;;;;1400;;1400;;1600;4400 rapports;;90;;100;;100;96;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;spiro1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;37.31;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;485;;;0/0;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;100;;avec;22;;;10;27;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;10 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;13;;;20;2;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;1;;;;ttc;20;tcc;0;tac;0;tgc;0 atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;spiro1;44;;;40;1;;;;atc;100;acc;0;aac;0;agc;0 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;44;;;50;5;36;;;ctc;3;ccc;45;cac;0;cgt;100 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;3;;;60;6;;;;gtc;45;gcc;41;gac;7;ggc;3 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100 ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;0;aaa;0;aga;1 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par spiro;;;;90;0;;;;cta;0;cca;0;caa;0;cga;8 gta;100;gca;19;gaa;100;gga;100;;est 18% au dessus;;;;100;5;;;;gta;1;gca;100;gaa;18;gga;0 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;59;tag;;tgg;0 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;3;acg;42;aag;22;agg;34 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;48;ccg;58;cag;58;cgg;53 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;66;gcg;59;gag;60;ggg;79 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;56;;62;;732;850 </pre> ==archeo== ===mfi=== ====mfi opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_opérons|mfi opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_form/methForm-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_LN515531.1;mfi;;genome;;;;;;;; 41.2%GC;17.8.19 Paris;16s 2 ;47;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Methanobacterium formicicum DSM1535;;;;;;;;;;; ;157153..157563;;CDS;;36;36;;;137;; comp;157600..157683;;ctc;;246;246;;;;; ;157930..158232;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; comp;211693..213681;;CDS;;206;206;;;*663;; ;213888..213971;;tcg;;281;281;;;;; ;214253..215677;;CDS;;;;;;475;; ;;;;;;;;;;; comp;314088..314264;;CDS;;50;50;;;59;; comp;314315..314487;;caa;@1;-1;*-1;;;;; comp;314487..314654;;CDS;;;;;;56;; ;;;;;;;;;;; comp;317759..318211;;CDS;;198;198;;;151;; comp;318410..318494;;tcc;;177;177;;;;; comp;318672..319634;;CDS;;;;;;321;; ;;;;;;;;;;; comp;419250..419975;;CDS;;156;156;;;242;; comp;420132..420204;;aac;;29;29;;;;; comp;420234..420545;;CDS;;;;;;104;; ;;;;;;;;;;; comp;466570..467484;;CDS;;223;223;;;305;; comp;467708..467792;;agc;;186;186;;;;; comp;467979..468294;;ncRNA;@2;122;122;;;316;; ;468417..469397;;CDS;;;;;;327;; ;;;;;;;;;;; ;681116..681676;;CDS;;37;37;;;187;; comp;681714..681786;;gcg;;195;195;;;;; comp;681982..682488;;CDS;;;;;;169;; ;;;;;;;;;;; ;695936..696538;;CDS;;939;*939;;;201;; comp;697478..697600;;5s;;305;;;;123;; comp;697906..700772;;23s;;233;;;;2867;; comp;701006..701079;;gca;;87;;;;;; comp;701167..702646;;16s;;724;*724;;;1480;; ;703371..704336;;CDS;;;;;;322;; ;;;;;;;;;;; comp;746487..747290;;CDS;;155;155;;;268;; comp;747446..747518;;acc;;85;;*85;;;; comp;747604..747686;;tta;;303;303;;;;; ;747990..748163;;CDS;;;;;;58;; ;;;;;;;;;;; comp;800615..801820;;CDS;;43;43;;;402;; comp;801864..801935;;caa;;72;72;;;;; comp;802008..802697;;CDS;;;;;;230;; ;;;;;;;;;;; comp;963425..964432;;CDS;;273;273;;;336;; ;964706..964778;;aac;;5;;5;;;; ;964784..964857;;atgi;;58;;58;;;; ;964916..964990;;gaa;;53;;53;;;; ;965044..965127;;cta;;29;;29;;;; ;965157..965232;;cac;;146;146;;;;; ;965379..965717;;CDS;;;;;;113;; ;;;;;;;;;;; comp;974621..974842;;CDS;;564;*564;;;74;; ;975407..975480;;aag;;90;;*90;;;; ;975571..975653;;ttg;;504;;*504;;;; ;976158..976231;;aaa;;148;148;;;;; comp;976380..976679;;CDS;;;;;;100;; ;;;;;;;;;;; comp;1006329..1008095;;CDS;;397;397;;;*589;; ;1008493..1008614;;5s;@3;748;;;;122;; ;1009363..1009485;;5s;;286;;;;123;; ;1009772..1012638;;23s;;233;;;;2867;; ;1012872..1012945;;gca;;72;;;;;; ;1013018..1014497;;16s;;454;*454;;;1480;; ;1014952..1016097;;CDS;;;;;;382;; ;;;;;;;;;;; comp;1088211..1088831;;CDS;;53;53;;;207;; comp;1088885..1089038;;tgg;@1;40;;40;;;; comp;1089079..1089150;;tgc;;212;212;;;;; comp;1089363..1089746;;CDS;;;;;;128;; ;;;;;;;;;;; ;1143658..1144137;;CDS;;166;166;;;160;; comp;1144304..1144610;;ncRNA;@2;14;14;;;307;; comp;1144625..1144699;;atgf;;139;139;;;;; comp;1144839..1145162;;CDS;;;;;;108;; ;;;;;;;;;;; ;1153368..1154087;;CDS;;56;56;;;240;; ;1154144..1154217;;aga;;62;;62;;;; ;1154280..1154354;;agg;;552;*552;;;;; comp;1154907..1156157;;CDS;;;;;;417;; ;;;;;;;;;;; ;1247204..1247659;;CDS;;4;4;;;152;; comp;1247664..1247739;;cga;;133;133;;;;; comp;1247873..1248481;;CDS;;;;;;203;; ;;;;;;;;;;; comp;1320721..1321641;;CDS;;183;183;;;307;; ;1321825..1321896;;gta;;99;;*99;;;; ;1321996..1322067;;gtg;;228;228;;;;; comp;1322296..1323084;;CDS;;;;;;263;; ;;;;;;;;;;; comp;1403886..1409507;;CDS;;351;351;;;*1874;; comp;1409859..1409930;;cgc;;222;222;;;;; comp;1410153..1410620;;CDS;;;;;;156;; ;;;;;;;;;;; ;1532795..1533088;;CDS;;127;127;;;98;; comp;1533216..1533325;;atgj;@1;246;246;;;;; ;1533572..1534402;;CDS;;;;;;277;; ;;;;;;;;;;; ;1541929..1542321;;CDS;;127;127;;;131;; ;1542449..1542522;;ggg;;1;*1;;;;; comp;1542524..1543528;;CDS;;;;;;335;; ;;;;;;;;;;; ;1602054..1603277;;CDS;;257;257;;;408;; ;1603535..1603608;;aca;;76;;76;;;; ;1603685..1603759;;cca;;44;;44;;;; ;1603804..1603877;;tac;;170;;*170;;;; ;1604048..1604119;;gac;;7;;7;;;; ;1604127..1604200;;aaa;;24;24;;;;; ;1604225..1604461;;CDS;;;;;;79;; ;;;;;;;;;;; ;1617553..1617861;;CDS;;187;187;;;103;; ;1618049..1618133;;tca;;252;252;;;;; ;1618386..1619444;;CDS;;;;;;353;; ;;;;;;;;;;; comp;1692202..1692552;;CDS;;271;271;;;117;; comp;1692824..1692895;;cag;;156;156;;;;; comp;1693052..1693972;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; ;1887796..1888038;;CDS;;136;136;;;81;; ;1888175..1888257;;ctg;;193;193;;;;; ;1888451..1891267;;CDS;;;;;;*939;; ;;;;;;;;;;; ;2057488..2057883;;CDS;;230;230;;;132;; ;2058114..2058184;;tgc;;143;143;;;;; ;2058328..2059713;;CDS;;;;;;462;; ;;;;;;;;;;; ;2128536..2129312;;CDS;;123;123;;;259;; ;2129436..2129509;;acg;;362;362;;;;; comp;2129872..2130963;;CDS;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; comp;2204492..2204932;;CDS;;178;178;;;147;; ;2205111..2205182;;gtc;;4;;4;;;; ;2205187..2205259;;ttc;;283;283;;;;; comp;2205543..2205875;;CDS;;;;;;111;; ;;;;;;;;;;; ;2317208..2317498;;CDS;;271;271;;;97;; ;2317770..2317842;;atc;;460;*460;;;;; ;2318303..2318863;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; comp;2414821..2415903;;CDS;;491;*491;;;361;; ;2416395..2416468;;gcc;;303;303;;;;; comp;2416772..2417797;;CDS;;;;;;342;; ;;;;;;;;;;; comp;2432399..2432848;;CDS;;537;*537;;;150;; ;2433386..2433459;;ggc;;2;;2;;;; ;2433462..2433535;;gga;;326;326;;;;; comp;2433862..2434263;;CDS;;;;;;134;; </pre> ====mfi cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_cumuls|mfi cumuls]] <pre> mfi cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;-;1;2;1;;100;9;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;4;;50;8;20;;200;21;60;3 ;16 gca 235;2;40;2;;100;3;40;;300;10;90;3 ;16 23 5s a;0;60;3;;150;10;60;;400;12;120;10 ;max a;1;80;2;;200;12;80;;500;5;150;7 ;a doubles;0;100;3;;250;8;100;;600;1;180;5 ;autres;2;120;0;;300;7;120;;700;1;210;5 ;total aas;2;140;0;;350;3;140;;800;0;240;2 sans ;opérons;29;160;0;;400;3;160;;900;0;270;4 ;1 aa;20;180;1;;450;0;180;;1000;1;300;1 ;max a;5;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;6 ;a doubles;0;;1;;;5;;;;1;;15 ;total aas;45;;16;0;;64;;0;;61;;61 total aas;;47;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;83;;;224;;;;266;; ;;;variance;121;;;176;;;;265;; sans jaune;;;moyenne;35;;;178;;;;213;;171 ;;;variance;27;;;96;;;;115;;81 </pre> ====mfi blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_blocs|mfi blocs]] <pre> mfi blocs;; CDS;939;201 5s;305;123 23s;233;2867 gca;87; 16s;724;1480 CDS;;322 ;; CDS;397;589 5s;748;122 5s;286;123 23s;233;2867 gca;72; 16s;454;1480 CDS;;382 </pre> ====mfi remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_remarques|mfi remarques]] <pre> mfi;;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;1;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;1;caa;2;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;;cag;1;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ====mfi distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_distribution|mfi distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;;;;;; atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;;;;;; ctc;1;ccc;;cac;;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;;;;;;; gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;;;;;; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1;;ata;;;;;;; cta;;cca;;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;;;;;; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;; ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;;;;;; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;;;;;; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mfi;;20;;;;;;;mfi;25;;;;;2;47;;mfi;0;;;;;; </pre> ====mfi données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_données_intercalaires|mfi données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mfi;fx;fc;mfi;fx40;fc40;mfi;x-;c-;c;x;c;x;aa ;1;0;0;29;0;0;29;-1;;22;281;36;16s tRNA;; 2;0;10;12;146;1;0;20;-2;;0;50;246;87;;gca ;0;20;6;108;2;1;25;-3;;0;-1;206;72;;gca ;2;30;18;58;3;0;14;-4;1;70;198;37;tRNA 23s;; 2;0;40;14;56;4;1;20;-5;;0;177;303;2* 233;;gca ;2;50;11;53;5;1;14;-6;1;0;156;273;tRNA tRNA;; ;2;60;15;58;6;2;7;-7;;0;29;564;85;;acc ;0;70;17;61;7;0;8;-8;1;27;223;148;**;;tta ;1;80;14;57;8;1;10;-9;;0;195;552;5;;aac ;0;90;21;61;9;4;14;-10;;3;155;4;58;;atgi ;0;100;16;67;10;2;14;-11;;11;43;183;53;;gaa ;0;110;10;46;11;0;17;-12;;0;72;228;29;;cta ;0;120;23;51;12;1;12;-13;;4;146;127;**;;cac 1;2;130;22;52;13;0;18;-14;;3;53;246;90;;aag ;3;140;21;40;14;0;16;-15;;0;212;1;504;;ttg 1;2;150;23;47;15;0;3;-16;;1;139;362;**;;aaa ;3;160;21;39;16;0;10;-17;;3;56;178;40;;tgg ;0;170;15;28;17;1;8;-18;;0;133;283;**;;tgc 1;1;180;17;27;18;2;12;-19;;1;351;491;62;;aga 1;1;190;20;34;19;2;5;-20;;1;222;303;**;;agg ;3;200;16;27;20;0;7;-21;;0;127;537;99;;gta 1;0;210;13;28;21;2;6;-22;;0;257;326;**;;gtg ;1;220;17;21;22;3;4;-23;;2;24;;76;;aca 1;3;230;11;30;23;2;8;-24;;0;187;;44;;cca ;0;240;14;24;24;0;12;-25;;0;252;;170;;tac 2;0;250;9;22;25;1;6;-26;;0;271;;7;;gac ;2;260;7;17;26;2;0;-27;;0;156;;**;;aaa ;0;270;17;18;27;2;9;-28;;0;136;;4;;gtc 1;2;280;10;16;28;2;5;-29;;1;193;;**;;ttc 1;1;290;5;12;29;3;4;-30;;0;230;;2;;ggc ;0;300;5;14;30;1;4;-31;;0;143;;**;;gga 2;0;310;13;14;31;1;6;-32;;2;123;;;; ;0;320;12;14;32;5;5;-33;;0;271;;;; 1;0;330;11;17;33;2;10;-34;;1;460;;;; ;0;340;8;6;34;1;5;-35;;2;CDS 16s;;;; ;0;350;7;8;35;2;5;-36;;0;454;724;;; ;1;360;7;10;36;0;3;-37;;0;23s 5s;;;; 1;0;370;9;7;37;0;5;-38;;1;305;;;; ;0;380;6;11;38;0;7;-39;;0;286;;;; ;0;390;9;8;39;0;8;-40;;0;5s 5s;;;; ;0;400;5;10;40;3;2;-41;;0;748;;;; 4;1;reste;99;93;reste;576;1148;-42;;0;5s CDS;;;; 22;34;total;626;1545;total;626;1545;-43;;1;;939;;; 18;32;diagr;527;1423;diagr;50;368;-44;;2;;397;;; 2;2; t30;36;312;;;;-45;;0;;;;; ;;;;;;;;-46;;2;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;; ;x;626;5;0;631;;;-49;;0;;;;; ;c;1516;167;29;1712;;;-50;;0;;;;; ;;;;;2343;87;;reste;2;7;;;;; ;;;;;;2430;;total;5;167;;;;; </pre> =====mfi autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_autres_intercalaires_aas|mfi autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;mfi;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;157153;157563;36;*; ;comp;tRNA;157600;157683;246;*;ctc fin;;CDS;157930;158232;;0; deb;comp;CDS;211693;213681;206;*; ;;tRNA;213888;213971;281;*;tcg fin;;CDS;214253;215677;;0; deb;comp;CDS;314088;314264;50;*; ;comp;tRNA;314315;314487;-1;*;caa fin;comp;CDS;314487;314654;;; deb;comp;CDS;317759;318211;198;*; ;comp;tRNA;318410;318494;177;*;tcc fin;comp;CDS;318672;319634;;; deb;comp;CDS;419250;419975;156;*; ;comp;tRNA;420132;420204;29;*;aac fin;comp;CDS;420234;420545;;; deb;comp;CDS;466570;467484;223;*; ;comp;tRNA;467708;467792;186;*;agc ;comp;ncRNA;467979;468294;122;*; fin;;CDS;468417;469397;;; deb;;CDS;681116;681676;37;*; ;comp;tRNA;681714;681786;195;*;gcg fin;comp;CDS;681982;682488;;0; deb;;CDS;695936;696538;939;*; ;comp;rRNA;697478;697600;305;*;123 ;comp;rRNA;697906;700772;233;*;2867 ;comp;tRNA;701006;701079;87;*;gca ;comp;rRNA;701167;702646;724;*;1480 fin;;CDS;703371;704336;;0; deb;comp;CDS;746487;747290;155;*; ;comp;tRNA;747446;747518;85;*;acc ;comp;tRNA;747604;747686;303;*;tta fin;;CDS;747990;748163;;; deb;comp;CDS;800615;801820;43;*; ;comp;tRNA;801864;801935;72;*;caa fin;comp;CDS;802008;802697;;; deb;comp;CDS;963425;964432;273;*; ;;tRNA;964706;964778;5;*;aac ;;tRNA;964784;964857;58;*;atgi ;;tRNA;964916;964990;53;*;gaa ;;tRNA;965044;965127;29;*;cta ;;tRNA;965157;965232;146;*;cac fin;;CDS;965379;965717;;; deb;comp;CDS;974621;974842;564;*; ;;tRNA;975407;975480;90;*;aag ;;tRNA;975571;975653;504;*;ttg ;;tRNA;976158;976231;148;*;aaa fin;comp;CDS;976380;976679;;0; deb;;CDS;1006329;1008095;397;*; ;comp;rRNA;1008493;1008614;748;*;122 ;comp;rRNA;1009363;1009485;286;*;123 ;comp;rRNA;1009772;1012638;233;*;2867 ;comp;tRNA;1012872;1012945;72;*;gca ;comp;rRNA;1013018;1014497;454;*;1480 fin;comp;CDS;1014952;1016097;;; deb;comp;CDS;1088211;1088831;53;*; ;comp;tRNA;1088885;1089038;40;*;tgg ;comp;tRNA;1089079;1089150;212;*;tgc fin;comp;CDS;1089363;1089746;;0; deb;;CDS;1143658;1144137;166;*; ;comp;ncRNA;1144304;1144610;14;*; ;comp;tRNA;1144625;1144699;139;*;atgf fin;comp;CDS;1144839;1145162;;; deb;;CDS;1153368;1154087;56;*; ;;tRNA;1154144;1154217;62;*;aga ;;tRNA;1154280;1154354;552;*;agg fin;comp;CDS;1154907;1156157;;; deb;;CDS;1247204;1247659;4;*; ;comp;tRNA;1247664;1247739;133;*;cga fin;comp;CDS;1247873;1248481;;; deb;comp;CDS;1320721;1321641;183;*; ;;tRNA;1321825;1321896;99;*;gta ;;tRNA;1321996;1322067;228;*;gtg fin;comp;CDS;1322296;1323084;;0; deb;comp;CDS;1403886;1409507;351;*; ;comp;tRNA;1409859;1409930;222;*;cgc fin;comp;CDS;1410153;1410620;;; deb;;CDS;1532795;1533088;127;*; ;comp;tRNA;1533216;1533325;246;*;atgj fin;;CDS;1533572;1534402;;0; deb;;CDS;1541929;1542321;127;*; ;;tRNA;1542449;1542522;1;*;ggg fin;comp;CDS;1542524;1543528;;; deb;;CDS;1602054;1603277;257;*; ;;tRNA;1603535;1603608;76;*;aca ;;tRNA;1603685;1603759;44;*;cca ;;tRNA;1603804;1603877;170;*;tac ;;tRNA;1604048;1604119;7;*;gac ;;tRNA;1604127;1604200;24;*;aaa fin;;CDS;1604225;1604461;;; deb;;CDS;1617553;1617861;187;*; ;;tRNA;1618049;1618133;252;*;tca fin;;CDS;1618386;1619444;;0; deb;comp;CDS;1692202;1692552;271;*; ;comp;tRNA;1692824;1692895;156;*;cag fin;comp;CDS;1693052;1693972;;; deb;;CDS;1887796;1888038;136;*; ;;tRNA;1888175;1888257;193;*;ctg fin;;CDS;1888451;1891267;;; deb;;CDS;2057488;2057883;230;*; ;;tRNA;2058114;2058184;143;*;tgc fin;;CDS;2058328;2059713;;; deb;;CDS;2128536;2129312;123;*; ;;tRNA;2129436;2129509;362;*;acg fin;comp;CDS;2129872;2130963;;; deb;comp;CDS;2204492;2204932;178;*; ;;tRNA;2205111;2205182;4;*;gtc ;;tRNA;2205187;2205259;283;*;ttc fin;comp;CDS;2205543;2205875;;; deb;;CDS;2317208;2317498;271;*; ;;tRNA;2317770;2317842;460;*;atc fin;;CDS;2318303;2318863;;0; deb;comp;CDS;2414821;2415903;491;*; ;;tRNA;2416395;2416468;303;*;gcc fin;comp;CDS;2416772;2417797;;; deb;comp;CDS;2432399;2432848;537;*; ;;tRNA;2433386;2433459;2;*;ggc ;;tRNA;2433462;2433535;326;*;gga fin;comp;CDS;2433862;2434263;;0; </pre> ===mja=== ====mja opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_opérons|mja opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_jann_DSM_2661/methJann1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000909.1;mja;;genome;;;;;;;; 31.3%GC;17.8.19 Paris;16s 2 ;37;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661;;;;;;;;;;; comp;96499..97053;;CDS;;372;372;;;185;; comp;97426..97537;;atgj;@1;91;;*91;;;; ;97629..97716;;ctc;;241;241;;;;; ;97958..99259;;CDS;;;;;;434;; ;;;;;;;;;;; comp;110328..111545;;CDS;;222;222;;;406;; ;111768..111852;;tga ;;21;21;;;;; ;111874..112785;;CDS;;;;;;304;; ;;;;;;;;;;; ;137244..138245;;CDS;;98;98;;;334;; comp;138344..138419;;gtg;;59;59;;;;; comp;138479..138781;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; ;153070..154479;;CDS;;182;182;;;470;; comp;154662..157639;;23s;;207;;;;2978;; comp;157847..157919;;gca;;64;;;;;; comp;157984..159463;;16s;;340;340;;;1480;; ;159804..160085;;CDS;;;;;;94;; ;;;;;;;;;;; comp;185874..186671;;CDS;;306;306;;;266;; ;186978..187066;;tcc;;71;71;;;;; ;187138..187590;;CDS;;;;;;151;; ;;;;;;;;;;; ;190579..190800;;CDS;;31;31;;;74;; ;190832..190908;;ccc;;32;32;;;;; ;190941..191114;;CDS;;;;;;58;; ;;;;;;;;;;; comp;214560..215060;;CDS;;149;149;;;167;; ;215210..215297;;tta;;154;154;;;;; ;215452..216240;;CDS;;;;;;263;; ;;;;;;;;;;; ;226386..227639;;CDS;;64;64;;;418;; comp;227704..227780;;gcc;;239;239;;;;; ;228020..229720;;CDS;;;;;;*567;; ;;;;;;;;;;; ;303613..303927;;CDS;;64;64;;;105;; ;303992..304081;;tca;;230;230;;;;; comp;304312..304752;;CDS;;;;;;147;; ;;;;;;;;;;; comp;357984..358547;;CDS;;220;220;;;188;; ;358768..358845;;aga;;23;;23;;;; ;358869..358943;;gaa;;164;164;;;;; ;359108..359923;;CDS;;;;;;272;; ;;;;;;;;;;; ;359108..359923;;CDS;;48;48;;;272;; comp;359972..360047;;atgf;;103;103;;;;; comp;360151..361485;;CDS;;;;;;445;; ;;;;;;;;;;; ;401945..402796;;CDS;;171;171;;;284;; comp;402968..403044;;gtc;;229;229;;;;; ;403274..403834;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; comp;618311..618757;;CDS;;402;*402;;;149;; comp;619160..619234;;tgc;;63;63;;;;; comp;619298..619915;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; ;636394..637449;;CDS;;133;133;;;352;; ;637583..637659;;ttc;;7;;;7;;; ;637667..637742;;aac;;29;;;29;;; ;637772..637849;;atgi;;18;;;18;;; ;637868..637942;;gaa;;39;;;39;;; ;637982..638069;;cta;;11;;;11;;; ;638081..638152;;cac;;295;;;;;; ;638448..639930;;16s;;64;;;;1483;; ;639995..640067;;gca;;207;;;;;; ;640275..643254;;23s;;78;;;;2980;; ;643333..643447;;5s;;56;;;;115;; ;643504..643761;;ncRNA;@2;232;232;;;258;; ;643994..644962;;CDS;;;;;;323;; ;;;;;;;;;;; ;762859..763608;;CDS;;157;157;;;250;; comp;763766..763842;;acc;;178;;*178;;;; ;764021..764096;;caa;;50;50;;;;; ;764147..764818;;CDS;;;;;;224;; ;;;;;;;;;;; ;862207..862410;;CDS;;179;179;;;68;; ;862590..862661;;cga;;41;41;;;;; ;862703..863392;;CDS;;86;86;;;230;; ;863479..863555;;aca;;14;;;14;;; ;863570..863647;;cca;;8;;;8;;; ;863656..863732;;tac;;83;;;83;;; ;863816..863889;;aaa;;13;;;;;; ;863903..864017;;5s;@3;46;;;;115;; ;864064..864141;;gac;;80;80;;;;; ;864222..864842;;CDS;;;;;;207;; ;;;;;;;;;;; ;871492..873447;;CDS;;238;238;;;*652;; comp;873686..873763;;atc;;102;102;;;;; comp;873866..875110;;CDS;;;;;;415;; ;;;;;;;;;;; comp;882566..883615;;CDS;;65;65;;;350;; ;883681..883754;;gta;;123;123;;;;; comp;883878..884297;;CDS;;;;;;140;; ;;;;;;;;;;; comp;1037197..1038504;;CDS;;39;39;;;436;; comp;1038544..1038620;;cgc;@4;1;*1;;;;; comp;1038622..1039386;;CDS;;;;;;255;; ;;;;;;;;;;; comp;1148669..1149934;;CDS;;210;210;;;422;; ;1150145..1150220;;ggc;;34;;34;;;; ;1150255..1150330;;gga;;243;243;;;;; ;1150574..1151254;;CDS;;;;;;227;; ;;;;;;;;;;; comp;1188906..1189772;;CDS;;172;172;;;289;; ;1189945..1190055;;tgg;@1;95;95;;;;; ;1190151..1190684;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; comp;1312335..1312781;;CDS;;383;383;;;149;; ;1313165..1313249;;agc;;177;177;;;;; ;1313427..1314617;;CDS;;;;;;397;; </pre> ====mja cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_cumuls|mja cumuls]] <pre> mja cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;1;1;;100;4;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;0;5;50;7;20;;200;12;60;1 ;16 atc gca;0;40;2;2;100;10;40;;300;13;90;2 ;16 23 5s a;0;60;0;0;150;5;60;;400;6;120;3 ;max a;7;80;0;0;200;8;80;;500;8;150;4 ;a doubles;0;100;1;1;250;10;100;;600;1;180;3 ;autres;2;120;0;0;300;0;120;;700;1;210;5 ;total aas;13;140;0;0;350;2;140;;800;0;240;3 sans ;opérons;20;160;0;0;400;2;160;;900;0;270;4 ;1 aa;16;180;1;0;450;1;180;;1000;0;300;4 ;max a;2;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2 ;a doubles;0;;0;0;;0;;;;0;;14 ;total aas;24;;4;8;;46;;0;;45;;45 total aas;;37;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;82;26;;154;;;;269;; ;;;variance;71;25;;102;;;;137;; sans jaune;;;moyenne;29;18;;152;;;;253;;194 ;;;variance;8;12;;95;;;;117;;74 </pre> ====mja blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_blocs|mja blocs]] <pre> mja blocs;; CDS;182; 23s;207;2978 gca;64; 16s;340;1480 CDS;; ;; cac;295; 16s;64;1483 gca;207; 23s;78;2980 5s;56;115 ncRNA;232;258 CDS;; ;; aaa;13; 5s;46;115 gac;80; CDS;; </pre> ====mja remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_remarques|mja remarques]] <pre> mja;;;;;;;37 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====mja distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_distribution|mja distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;;;;;; atc;1;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;;;;;; ctc;;ccc;1;cac;;cgc;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;;;;;; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;;;;;; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;;;;;; cta;;cca;;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;;;;;; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;; ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;;;;;; atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;;;;;; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;; gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mja;;16;;;;;;;mja;8;;;;;;;;mja;0;;;;;; </pre> ====mja données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_données_intercalaires|mja données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mja;fx;fc;mja;fx40;fc40;mja;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;10;11;0;10;11;-1;0;25;372;250;tRNA 16s;; ;1;10;49;179;1;12;18;-2;0;0;241;98;295;;cac ;1;20;31;154;2;12;28;-3;0;0;19;306;16s tRNA;; ;0;30;17;91;3;3;6;-4;26;51;59;149;2* 64;;gca ;3;40;16;50;4;6;32;-5;0;2;71;64;tRNA 23s;; 1;2;50;11;50;5;0;11;-6;4;0;31;239;2* 207;;gca ;1;60;10;45;6;5;4;-7;2;1;32;230;5s tRNA;; 2;2;70;14;44;7;2;5;-8;2;12;154;220;80;;gac ;2;80;14;34;8;5;15;-9;3;0;64;48;tRNA 5s;; ;1;90;28;43;9;3;32;-10;0;1;164;171;13;;aaa 1;1;100;19;36;10;1;28;-11;2;10;103;229;tRNA tRNA;;contig ;2;110;10;28;11;7;16;-12;3;0;402;157;7;;ttc ;0;120;16;30;12;4;22;-13;0;4;63;238;29;;aac 1;0;130;14;28;13;3;17;-14;1;9;133;65;18;;atgi ;1;140;19;32;14;5;13;-15;3;0;50;123;39;;gaa 1;0;150;7;27;15;2;13;-16;0;2;179;210;11;;cta 1;1;160;13;18;16;1;14;-17;0;5;41;172;**;;cac ;1;170;9;12;17;2;10;-18;2;0;86;383;14;;aca 2;2;180;14;14;18;2;17;-19;0;2;80;;8;;cca ;0;190;13;11;19;3;18;-20;0;6;102;;83;;tac ;0;200;10;15;20;2;14;-21;1;0;39;;**;;aaa 1;0;210;5;10;21;4;16;-22;0;0;1;;tRNA tRNA;; 1;0;220;11;11;22;4;11;-23;1;6;243;;91;;atgj 2;0;230;7;10;23;1;9;-24;1;0;95;;**;;ctc 2;0;240;3;9;24;3;11;-25;1;3;177;;23;;aga 1;2;250;3;9;25;2;12;-26;0;1;5s 16s;;**;;gaa ;0;260;0;7;26;1;9;-27;0;0;-;340;178;;acc ;0;270;6;7;27;2;6;-28;0;1;CDS 23s;;**;;caa ;0;280;2;7;28;0;3;-29;1;3;-;182;34;;ggc ;0;290;4;10;29;0;6;-30;0;0;23s 5s;;**;;gga ;0;300;3;1;30;0;8;-31;0;0;78;;;; 1;0;310;2;3;31;3;4;-32;0;3;;;;; ;0;320;6;6;32;2;4;-33;0;0;;;;; ;0;330;1;2;33;1;11;-34;0;2;;;;; ;0;340;3;3;34;2;11;-35;0;1;;;;; ;0;350;2;1;35;0;1;-36;0;0;;;;; ;0;360;3;3;36;1;4;-37;0;0;;;;; ;0;370;3;3;37;1;3;-38;0;3;;;;; ;1;380;3;2;38;1;5;-39;1;0;;;;; 1;0;390;3;0;39;4;7;-40;0;0;;;;; ;0;400;3;1;40;1;0;-41;0;2;;;;; ;1;reste;24;12;reste;318;584;-42;0;0;;;;; 18;25;total;441;1069;total;441;1069;-43;0;0;;;;; 18;24;diagr;407;1046;diagr;113;474;-44;0;1;;;;; 0;2; t30;97;424;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;; ;x;431;56;10;497;;;-49;0;1;;;;; ;c;1058;163;11;1232;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1729;99;;reste;1;6;;;;; ;;;;;;1828;;total;56;163;;;;; </pre> =====mja autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires_aas|mja autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *'''Attention''': Correction erreur fin de génome <pre> autres intercalaires;;mja;;;;; deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;;rpr;378;2126;89;*; fin;comp;CDS;2216;3343;;; deb;comp;CDS;96499;97053;372;*; ;comp;tRNA;97426;97537;91;*;atgj ;;tRNA;97629;97716;241;*;ctc fin;;CDS;97958;99259;;; deb;comp;CDS;110328;111515;250;*; ;;tRNA;111766;111854;19;*;tga fin;;CDS;111874;112785;;1; deb;;CDS;131467;132552;369;*; ;;rpr;132922;133999;114;*; fin;comp;CDS;134114;134959;;; deb;;CDS;137244;138245;98;*; ;comp;tRNA;138344;138419;59;*;gtg fin;comp;CDS;138479;138781;;0; deb;;CDS;153070;154479;182;*; ;comp;rRNA;154662;157639;207;*;23s ;comp;tRNA;157847;157919;64;*;gca ;comp;rRNA;157984;159463;340;*;16s fin;;CDS;159804;160085;;; deb;comp;CDS;185874;186671;306;*; ;;tRNA;186978;187066;71;*;tcc fin;;CDS;187138;187590;;; deb;;CDS;190579;190800;31;*; ;;tRNA;190832;190908;32;*;ccc fin;;CDS;190941;191114;;; deb;comp;CDS;214560;215060;149;*; ;;tRNA;215210;215297;154;*;tta fin;;CDS;215452;216240;;; deb;;CDS;226386;227639;64;*; ;comp;tRNA;227704;227780;239;*;gcc fin;;CDS;228020;229720;;; deb;;CDS;235984;236169;394;*; ;;rpr;236564;238184;97;*; fin;comp;CDS;238282;238725;;0; deb;;CDS;303622;303927;64;*; ;;tRNA;303992;304081;230;*;tca fin;comp;CDS;304312;304752;;; deb;comp;CDS;351301;351564;129;*; ;;rpr;351694;352468;374;*; fin;comp;CDS;352843;353142;;; deb;comp;CDS;357984;358547;220;*; ;;tRNA;358768;358845;23;*;aga ;;tRNA;358869;358943;164;*;gaa deb;;CDS;359108;359923;48;*; ;comp;tRNA;359972;360047;103;*;atgf fin;comp;CDS;360151;361485;;0; deb;;CDS;401945;402796;171;*; ;comp;tRNA;402968;403044;229;*;gtc fin;;CDS;403274;403834;;; deb;;CDS;427091;428104;467;*; ;;rpr;428572;429636;39;*; fin;comp;CDS;429676;430632;;0; deb;comp;CDS;498208;500886;604;*; ;;rpr;501491;501989;52;*; fin;comp;CDS;502042;502485;;; deb;comp;CDS;506108;506779;484;*; ;;rpr;507264;508115;282;*; fin;;CDS;508398;509819;;; deb;comp;CDS;551189;552289;251;*; ;;ncRNA;552541;552856;28;*; fin;;CDS;552885;553364;;; deb;comp;CDS;618311;618757;402;*; ;comp;tRNA;619160;619234;63;*;tgc fin;comp;CDS;619298;619915;;0; deb;;CDS;636394;637449;133;*; ;;tRNA;637583;637659;7;*;ttc ;;tRNA;637667;637742;29;*;aac ;;tRNA;637772;637849;18;*;atgi ;;tRNA;637868;637942;39;*;gaa ;;tRNA;637982;638069;11;*;cta ;;tRNA;638081;638152;295;*;cac ;;rRNA;638448;639930;64;*;16s ;;tRNA;639995;640067;207;*;gca ;;rRNA;640275;643254;78;*;23s ;;rRNA;643333;643447;56;*;5s ;;ncRNA;643504;643761;232;*; fin;;CDS;643994;644962;;1; deb;;CDS;762859;763608;157;*; ;comp;tRNA;763766;763842;178;*;acc ;;tRNA;764021;764096;50;*;caa fin;;CDS;764147;764818;;0; deb;comp;CDS;857400;857993;118;*; ;;rpr;858112;858343;532;*; fin;;CDS;858876;860228;;; deb;;CDS;862207;862410;179;*; ;;tRNA;862590;862661;41;*;cga deb;;CDS;862703;863392;86;*; ;;tRNA;863479;863555;14;*;aca ;;tRNA;863570;863647;8;*;cca ;;tRNA;863656;863732;83;*;tac ;;tRNA;863816;863889;13;*;aaa ;;rRNA;863903;864017;46;*;5s ;;tRNA;864064;864141;80;*;gac fin;;CDS;864222;864842;;; deb;;CDS;871492;873447;238;*; ;comp;tRNA;873686;873763;102;*;atc fin;comp;CDS;873866;875110;;0; deb;comp;CDS;882566;883615;65;*; ;;tRNA;883681;883754;123;*;gta fin;comp;CDS;883878;884297;;0; deb;comp;CDS;1033083;1034345;474;*; ;;rpr;1034820;1035754;93;*; fin;comp;CDS;1035848;1036873;;; deb;comp;CDS;1037197;1038504;39;*; ;comp;tRNA;1038544;1038620;1;*;cgc fin;comp;CDS;1038622;1039386;;; deb;comp;CDS;1047158;1048804;568;*; ;;rpr;1049373;1050302;181;*; fin;;CDS;1050484;1051014;;0; deb;comp;CDS;1148669;1149934;210;*; ;;tRNA;1150145;1150220;34;*;ggc ;;tRNA;1150255;1150330;243;*;gga fin;;CDS;1150574;1151254;;; deb;comp;CDS;1188906;1189772;172;*; ;;tRNA;1189945;1190055;95;*;tgg fin;;CDS;1190151;1190684;;0; deb;;CDS;1218598;1219764;79;*; ;;rpr;1219844;1220165;479;*; fin;comp;CDS;1220645;1222306;;; deb;;CDS;1266436;1266561;484;*; ;;rpr;1267046;1267714;79;*; fin;comp;CDS;1267794;1268189;;; deb;comp;CDS;1312335;1312781;383;*; ;;tRNA;1313165;1313249;177;*;agc fin;;CDS;1313427;1314617;;; deb;;CDS;1455222;1456646;68;*; ;;rpr;1456715;1457335;384;*; fin;comp;CDS;1457720;1458889;;0; deb;;CDS;1568600;1569889;484;*; ;;rpr;1570374;1570895;121;*; fin;comp;CDS;1571017;1572063;;; deb;;CDS;1574035;1575045;473;*; ;;rpr;1575519;1576383;223;*; fin;;CDS;1576607;1577287;;0; deb;comp;CDS;1664008;1664862;377;*; </pre> ====mja intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_entre_cds|mja intercalaires entre cds]] *'''Les intercalaires négatifs:''' <pre> mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;0;0;0;25;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;53 continu;25;0;0;52;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;1;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;7;166 </pre> *'''Le Tableau''' <pre> mja;4.2.21 Paris;;mja 9.4.20;;;;;;; ;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquence5 ;'''négatif;219;12.7;'''négatif ;-13;14;-1 à -83;'''1 664 970;-1;219 ;'''zéro;21;1.2;;;;;'''intercals;0;21 ;'''1 à 200;1275;73.7;'''0 à 200;64;56;;'''151 580;5;128 ;'''201 à 370;166;9.6;'''201 à 370;265;47;;'''9.1%;10;100 ;'''371 à 600;36;2.1;'''371 à 600;438;51;;;15;102 ;'''601 à max;12;0.7;'''601 à 1028;675;39;;;20;83 ;'''total 1729;<201;88;'''total 1727;85;109;-83 à 724;;25;73 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;35 470326;1019;-1;219;-70;3;;0;21;35;39 47370;859;0;21;-60;3;;-1;°25;40;27 451281;848;1;30;-50;1;;-2;0;45;36 449897;724;2;°40;-40;5;;-3;0;50;25 291222;711;3;9;-30;10;'''min à -1;-4;°77;55;18 623421;694;4;°38;-20;25;219;-5;2;60;37 1432395;694;5;11;-10;44;12.7%;-6;4;65;22 694012;687;6;9;0;149;;-7;3;70;36 1461617;685;7;7;10;228;;-8;°14;75;21 1176472;629;8;20;20;185;;-9;3;80;27 328329;625;9;°35;30;108;;-10;1;85;27 911715;622;10;29;40;66;'''1 à 100;-11;°12;90;44 106958;542;11;23;50;61;935;-12;3;95;22 91672;527;12;26;60;55;54.0%;-13;4;100;33 692428;522;13;20;70;58;;-14;°10;105;21 256182;501;14;18;80;48;;-15;3;110;17 1370826;495;15;15;90;71;;-16;2;115;21 15863;490;16;15;100;55;;-17;°5;120;25 424100;489;17;12;110;38;;-18;2;125;22 1547813;489;18;19;120;46;;-19;2;130;20 73799;487;19;°21;130;42;;-20;°6;135;25 1128054;479;20;16;140;51;;-21;1;140;26 777753;478;21;°20;150;34;;-22;0;145;18 983847;478;22;15;160;31;;-23;°7;150;16 1338520;474;23;10;170;21;'''1 à 200;-24;1;155;15 518562;472;24;°14;180;28;1275;-25;4;160;16 410085;456;25;14;190;24;74%;-26;°1;165;11 1291124;450;26;10;200;25;;-27;0;170;10 1607321;446;27;8;210;15;;-28;1;175;16 1596121;439;28;3;220;22;;-29;°4;180;12 439827;431;29;6;230;17;;-30;0;185;10 489906;417;30;8;240;12;;-31;0;190;14 966335;417;31;7;250;12;'''0 à 200;-32;°5;195;16 7338;412;32;6;260;7;1296;;223;200;9 325298;411;33;12;270;13;;reste;17;205;6 1119539;406;34;°13;280;9;;total;240;210;9 258119;400;35;1;290;14;;;;215;11 ;;36;5;300;4;;;;220;11 ;;37;4;310;5;;;;225;5 ;;38;6;320;12;;;;230;12 ;;39;°11;330;3;;;;235;5 ;;40;1;340;6;'''201 à 370;;;240;7 ;;reste;902;350;3;166;;;245;6 ;;total;1729;360;6;9.6%;;;250;6 ;;;;370;6;;;;255;4 ;;;;380;5;;;;260;3 ;;;;390;3;;;;265;7 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;4;;;;270;6 349543;-83;shift2;635;410;1;;;;275;7 541115;-73;shift2;498;420;4;;;;280;2 575292;-71;shift2;146;430;0;;;;285;9 125178;-64;shift2;246;440;2;;;;290;5 1600078;-62;comp;;450;2;;;;295;3 1611178;-62;shift2;1499;460;1;;;;300;1 28018;-59;shift2;497;470;0;;;;305;4 316817;-49;shift2;495;480;5;;;;310;1 1478759;-48;comp;;490;4;;;;315;6 739648;-44;shift2;851;500;1;;;;320;6 875683;-41;shift2;635;510;1;;;;325;3 1378478;-41;shift2;1910;520;0;;;;330;0 12869;-39;;;530;2;;;;335;5 1051112;-38;;;540;0;'''371 à 600;;;340;1 1285398;-38;;;550;1;36;;;345;2 1623026;-38;;;560;0;2.1%;;;350;1 697374;-35;;;570;0;;;;355;3 1152607;-34;;;580;0;'''601 à max;;;360;3 1328814;-34;;;590;0;12;;;365;4 139527;-32;;;600;0;0.7%;;;370;2 312088;-32;;;reste;12;;;;reste;49 352843;-32;;;total;1729;;;;total;1729 </pre> ====mja intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; mja;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-16;150;-532;77;660;313;min50;&-94;719;-1762;147;856;255;min40 31 à 400;47;-300;424;21;711;213;2 parties;&-6.2;87;-410;65;964;468;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;154;57;-;582;poly;78;SF;&227;71;;537;poly;319;SF 31 à 400;115;46;-;623;poly;88;tF;&128;44;-;859;poly;105;SF ;;;;;;;;;;;;;; mja. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.502;;;;; 41-n;0.776;0.326;0.571;;;;;;;;;;; 1-n;0.881;0.844;0.857;;;;;;;;;14.8.21 paris;; mja;fx;fc;;mja;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;mja;Sx-;Sc- 0;10;11;;0;25;11;0;10;11;>0;429;-1;0;25 10;49;179;;10;121;171;1;12;18;<0;56;-2;0;0 20;31;154;;20;76;147;2;12;28;zéro;10;-3;0;0 30;17;91;;30;42;87;3;3;6;total;495;-4;26;51 40;16;50;;40;39;48;4;6;32;;c;-5;0;2 50;11;50;;50;27;48;5;0;11;>0;1060;-6;4;0 60;10;45;;60;25;43;6;5;4;<0;163;-7;2;1 70;14;44;;70;34;42;7;2;5;zéro;11;-8;2;12 80;14;34;;80;34;32;8;5;15;total;1234;-9;3;0 90;28;43;;90;69;41;9;3;32;;;-10;0;1 100;19;36;;100;47;34;10;1;28;total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reste;23;13;;;;;reste;316;586;;;-42;0;0 total;439;1071;;t30;239;405;total;439;1071;;;-43;0;0 diagr;406;1047;;;;;diagr;113;474;;;-44;0;1 - t30;309;623;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;1;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;total;56;163 </pre> ====mja intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_négatifs_S-|mja intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320 comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;26;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;3;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;56 ;Sc-;25;0;0;51;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;0;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;6;163 </pre> ====mja autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires|mja autres intercalaires]] <pre> mja;autres intercalaires;;adresses1;;;mja;autres intercalaires;;adresses2;;;mja;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;1664008;?;comp;;deb;°CDS;862207;179;;;deb;°CDS;857400;118;comp ;repeat_region;378;89;;;;&tRNA;862590;41;;;;repeat_region;858112;532; fin;°CDS;2216;;comp;;deb;°CDS;862703;86;;;fin;°CDS;858876;; deb;°CDS;96499;372;comp;;;&tRNA;863479;14;;;deb;°CDS;871492;238; ;&tRNA;97426;91;comp;;;&tRNA;863570;8;;;;&tRNA;873686;102;comp ;&tRNA;97629;241;;;;&tRNA;863656;83;;;fin;°CDS;873866;;comp fin;°CDS;97958;;;;;&tRNA;863816;13;;;deb;°CDS;882566;65;comp deb;°CDS;110328;250;comp;;;$rRNA;863903;46;;;;&tRNA;883681;123; ;&tRNA;111766;19;;;;&tRNA;864064;80;;;fin;°CDS;883878;;comp fin;°CDS;111874;;;;fin;°CDS;864222;;;;deb;°CDS;1033083;474;comp deb;°CDS;131467;369;;;deb;°CDS;401945;171;;;;repeat_region;1034820;93; ;repeat_region;132922;114;;;;&tRNA;402968;229;comp;;fin;°CDS;1035848;;comp fin;°CDS;134114;;comp;;fin;°CDS;403274;;;;deb;°CDS;1037197;39;comp deb;°CDS;137244;98;;;deb;°CDS;427091;467;;;;&tRNA;1038544;1;comp ;&tRNA;138344;59;comp;;;repeat_region;428572;39;;;fin;°CDS;1038622;;comp fin;°CDS;138479;;comp;;fin;°CDS;429676;;comp;;deb;°CDS;1047158;568;comp deb;°CDS;153070;182;;;deb;°CDS;498208;604;comp;;;repeat_region;1049373;181; ;$rRNA;154662;207;comp;;;repeat_region;501491;52;;;fin;°CDS;1050484;; ;&tRNA;157847;64;comp;;fin;°CDS;502042;;comp;;deb;°CDS;1148669;210;comp ;$rRNA;157984;340;comp;;deb;°CDS;506108;484;comp;;;&tRNA;1150145;34; fin;°CDS;159804;;;;;repeat_region;507264;282;;;;&tRNA;1150255;243; deb;°CDS;185874;306;comp;;fin;°CDS;508398;;;;fin;°CDS;1150574;; ;&tRNA;186978;71;;;deb;°CDS;551189;251;comp;;deb;°CDS;1188906;172;comp fin;°CDS;187138;;;;;ncRNA;552541;28;;;;&tRNA;1189945;95; deb;°CDS;190579;31;;;fin;°CDS;552885;;;;fin;°CDS;1190151;; ;&tRNA;190832;32;;;deb;°CDS;618311;402;comp;;deb;°CDS;1218598;79; fin;°CDS;190941;;;;;&tRNA;619160;63;comp;;;repeat_region;1219844;479; deb;°CDS;214560;149;comp;;fin;°CDS;619298;;comp;;fin;°CDS;1220645;;comp ;&tRNA;215210;154;;;deb;°CDS;636394;133;;;deb;°CDS;1266436;484; fin;°CDS;215452;;;;;&tRNA;637583;7;;;;repeat_region;1267046;79; deb;°CDS;226386;64;;;;&tRNA;637667;29;;;fin;°CDS;1267794;;comp ;&tRNA;227704;239;comp;;;&tRNA;637772;18;;;deb;°CDS;1312335;383;comp fin;°CDS;228020;;;;;&tRNA;637868;39;;;;&tRNA;1313165;177; deb;°CDS;235984;394;;;;&tRNA;637982;11;;;fin;°CDS;1313427;; ;repeat_region;236564;97;;;;&tRNA;638081;295;;;deb;°CDS;1455222;68; fin;°CDS;238282;;comp;;;$rRNA;638448;64;;;;repeat_region;1456715;384; deb;°CDS;303622;64;;;;&tRNA;639995;207;;;fin;°CDS;1457720;;comp ;&tRNA;303992;230;;;;$rRNA;640275;78;;;deb;°CDS;1568600;484; fin;°CDS;304312;;comp;;;$rRNA;643333;56;;;;repeat_region;1570374;121; deb;°CDS;351301;129;comp;;;ncRNA;643504;232;;;fin;°CDS;1571017;;comp ;repeat_region;351694;374;;;fin;°CDS;643994;;;;deb;°CDS;1574035;473; fin;°CDS;352843;;comp;;deb;°CDS;762859;157;;;;repeat_region;1575519;223; deb;°CDS;357984;220;comp;;;&tRNA;763766;178;comp;;fin;°CDS;1576607;; ;&tRNA;358768;23;;;;&tRNA;764021;50;;;;;;; ;&tRNA;358869;164;;;fin;°CDS;764147;;;;;;;; deb;°CDS;359108;48;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;359972;103;comp;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;360151;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====mja intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_tRNA|mja intercalaires tRNA]] <pre> mja;intercalaires tRNA;;;;;;;;; ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;continu;cumuls ;;;;;;;;;; comp’;91;;372;;241;;31;1;'''deb; ;23;comp’;250;;19;;39;19;<201;6 ;7;comp’;98;;59;;64;32;total;8 ;29;comp’;306;;71;;86;41;taux;75% ;18;;31;;32;;133;50;; ;39;comp’;149;;154;;179;59;'''fin; ;11;comp’;64;comp’;239;;372;63;<201;15 comp’;178;;64;comp’;230;;402;71;total;17 ;14;comp’;220;;164;;'''-;80;taux;88% ;8;comp’;48;;103;;'''-;95;; ;83;comp’;171;comp’;229;;'''-;102;'''total; ;34;;402;;63;;'''-;103;<201;21 ;;;133;;;;'''-;154;total;25 ;;comp’;157;;50;;'''-;164;taux;84% ;;;179;;41;;'''-;177;; ;;;86;;80;;'''-;241;; ;;comp’;238;;102;;'''-;243;'''comp’;'''cumuls ;;comp’;65;comp’;123;;48;123;'''deb; ;;;39;;1;;64;229;<201;8 ;;comp’;210;;243;;65;230;total;14 ;;comp’;172;;95;;98;239;taux;57% ;;comp’;383;;177;;149;'''-;; ;;;;;;;157;'''-;'''fin; ;;;;;;;171;'''-;<201;1 ;;;;;;;172;'''-;total;4 ;;;;;;;210;'''-;taux;25% ;;;;;;;220;'''-;; ;;;;;;;238;'''-;'''total; ;;;;;;;250;'''-;<201;9 ;;;;;;;306;'''-;total;18 ;;;;;;;383;'''-;taux;50% ;;;;;;;;;; ;;;;;deb;fin;total;;; ;;;;<201;14;16;30;;; ;;;;total;22;21;43;;; ;;;;taux;64%;76%;70%;;; </pre> ===mba=== ====mba opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_opérons|mba opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_bark_Fusaro/methBark1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007355.1;mba;;genome;;;;;;;;; 39.2%GC;2.2.20 Paris;16s 3 ;62;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Methanosarcina barkeri str. Fusaro;;;;;;;;;;;; ;91192..91938;;cds;;137;137;;;249;;DUF429 domain-containing protein;* comp;92076..92160;;ctc;+;132;;*132;;;;;* comp;92293..92377;;ctc;2 ctc;298;298;;;;;;* comp;92676..93476;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;* ;;;;;;;;;;;;* comp;98630..99337;;cds;;535;*535;;;236;;ABC transporter ATP-binding protein;* comp;99873..99955;;tcc;;222;222;;;;;;* comp;100178..101194;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;* ;;;;;;;;;;;;* comp;146979..147518;;cds;;80;80;;;180;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;147599..147670;;acc;;198;198;;;;;;* comp;147869..148381;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;199345..200268;;cds;;492;*492;;;308;;aldolase;* comp;200761..200833;;aac;+;71;;71;;;;;* comp;200905..200979;;atgi;2 aac;119;;*119;;;;;* comp;201099..201171;;aac;;964;*964;;;;;;* ;202136..202366;;cds;;;;;;77;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;260990..261532;;cds;;173;173;;;181;;nitroreductase family protein";* ;261706..261777;;cgg;;673;*673;;;;;;* ;262451..262960;;cds;;;;;;170;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;463836..464723;;cds;;2075;*2075;;;296;;polyprenyl synthetase family protein;* ;466799..466870;;gga;;94;;*94;;;;;* ;466965..467049;;cta;;221;221;;;;;;* comp;467271..468818;;cds;;;;;;*516;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;473154..473723;;cds;;298;298;;;190;;hp;* comp;474022..474096;;gag;;246;246;;;;;;* comp;474343..475584;;cds;;;;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;692109..692987;;cds;;349;349;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;* ;693337..693411;;aga;;400;400;;;;;;* comp;693812..694420;;cds;;;;;;203;;sulfite exporter TauE/SafE family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;703446..703958;;cds;;488;*488;;;171;;biotin transporter BioY;* ;704447..704521;;agg;;283;283;;;;;;* ;704805..705284;;cds;;;;;;160;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;800463..800642;;cds;;799;*799;;;60;;hp;* comp;801442..801526;;agc;;137;137;;;;;;* comp;801664..801978;;ncRNA;@1;327;327;;;315;;;* ;802306..803931;;cds;;;;;;*542;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1109819..1110013;;cds;;15;15;;;65;;hp;* ;1110029..1110103;;atgf;+;63;;63;;;;;* ;1110167..1110241;;atgf;3 atg;63;;63;;;;;* ;1110305..1110379;;atgf;;273;273;;;;;;* ;1110653..1111984;;cds;;;;;;444;;signal recognition particle protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1134460..1135074;;cds;;235;235;;;205;;endonuclease III;* comp;1135310..1135381;;tgc;+;65;;65;;;;;* comp;1135447..1135518;;tgc;2 tgc;126;126;;;;;;* comp;1135645..1136277;;cds;;;;;;211;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1137210..1137680;;cds;;488;*488;;;157;;P-bacterioferritin;* comp;1138169..1138290;;5s;;129;;;;122;;;* comp;1138420..1141252;;23s;;222;;;;2833;;;* comp;1141475..1142963;;16s;;830;*830;;;1489;;;* ;1143794..1145302;;cds;;;;;;*503;;2-isopropylmalate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1249870..1250040;;cds;;423;*423;;;57;;CopG family transcriptional regulator;* comp;1250464..1250537;;aag;;546;*546;;;;;;* ;1251084..1251290;;cds;;;;;;69;;TRAM domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1315521..1315691;;cds;@2;-12;*-12;;;57;;hp;* comp;1315680..1315751;;cgc;;174;174;;;;;;* ;1315926..1317110;;cds;;;;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1514831..1515373;;cds;;1133;*1133;;;181;;ArsR family transcriptional regulator;* ;1516507..1516579;;caa;;760;*760;;;;;;* comp;1517340..1517663;;cds;;;;;;108;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1538879..1539286;;cds;;36;36;;;136;;sensor histidine kinase;* comp;1539323..1539395;;other;@3;1249;*1249;;;73;;;* >comp;1540645..1540794;;cds;;;;;;50;;PKD domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1546247..1547791;;cds;;576;*576;;;*515;;aminotransferase class V-fold PLP-dependent enzyme;* comp;1548368..1548441;;aca;;448;*448;;;;;;* <;1548890..1549093;;cds;;;;;;68;;matrixin family metalloprotease;* ;;;;;;;;;;;;* ;1550566..1550760;;cds;;745;*745;;;65;;DeoR family transcriptional regulator;* comp;1551506..1551579;;aca;;506;*506;;;;;;* ;1552086..1552640;;cds;;;;;;185;;YkgJ family cysteine cluster protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1621639..1622835;;cds;;433;*433;;;399;;methionine adenosyltransferase;* ;1623269..1623384;;tac;@4;112;;*112;;;;;* ;1623497..1623569;;gac;;300;300;;;;;;* comp;1623870..1624067;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1714788..1715069;;cds;;154;154;;;94;;hp;* comp;1715224..1715295;;acg;;187;187;;;;;;* comp;1715483..1716493;;cds;;;;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1755811..1755993;;cds;;113;113;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;* comp;1756107..1756181;;ccg;@5;0;*0;;;;;;* comp;1756182..1756370;;cds;;;;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;* ;;;;;;;;;;;;* ;1842058..1842195;;cds;;16;16;;;46;;hp;* comp;1842212..1842285;;gtg;;717;*717;;;;;;* ;1843003..1843767;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1852573..1852896;;cds;;1364;*1364;;;108;;PadR family transcriptional regulator;* comp;1854261..1854338;;ccc;;198;198;;;;;;* comp;1854537..1855097;;cds;;;;;;187;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1908225..1908989;;cds;;349;349;;;255;;hp;* comp;1909339..1909530;;tgg;;445;*445;;;;;;* >;1909976..1910152;;cds;;;;;;59;;nitrogenase reductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1926717..1927178;;cds;;183;183;;;154;;DUF4145 domain-containing protein;* comp;1927362..1927445;;tcg;;125;125;;;;;;* comp;1927571..1928944;;cds;;;;;;458;;endonuclease Q family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2005431..2007053;;cds;;2315;*2315;;;*541;;PKD domain-containing protein;* comp;2009369..2009443;;cca;;199;199;;;;;;* comp;2009643..2010194;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2026807..2028456;;cds;;314;314;;;*550;;ATP-dependent DNA ligase;* ;2028771..2028842;;ggg;;513;*513;;;;;;* comp;2029356..2029766;;cds;;;;;;137;;PaaI family thioesterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2157926..2158684;;cds;;567;*567;;;253;;hp;* ;2159252..2159362;;atgj;;349;349;;;;;;* ;2159712..2160225;;cds;;;;;;171;;amidohydrolase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2194967..2195302;;cds;;713;*713;;;112;;translation initiation factor eIF-1A;* ;2196016..2197504;;16s;;222;;;;1489;;;* ;2197727..2200559;;23s;;129;;;;2833;;;* ;2200689..2200810;;5s;;607;*607;;;122;;;* comp;2201418..2201615;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;2434335..2434609;;cds;;603;*603;;;92;;nucleoside deaminase;* comp;2435213..2435284;;gcc;;223;;*223;;;;;* ;2435508..2435584;;atc;+;74;;74;;;;;* ;2435659..2435735;;atc;2 atc;241;241;;;;;;* comp;2435977..2436390;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;2622097..2624025;;cds;;1489;*1489;;;*643;;replication factor C large subunit;* ;2625515..2625588;;gta;;1102;*1102;;;;;;* ;2626691..2626918;;cds;;;;;;76;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2650514..2651296;;cds;;164;164;;;261;;thiazole biosynthesis protein;* ;2651461..2651532;;cac;;218;218;;;;;;* ;2651751..2653460;;cds;;;;;;*570;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2663547..2664668;;cds;;318;318;;;374;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* comp;2664987..2665058;;ggc;;263;263;;;;;;* ;2665322..2666563;;cds;;;;;;414;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2856552..2857409;;cds;;134;134;;;286;;hp;* comp;2857544..2857628;;tca;;153;153;;;;;;* comp;2857782..2858546;;cds;;;;;;255;;peptidylprolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3326036..3326557;;cds;;539;*539;;;174;;hp;* ;3327097..3327168;;tgc;;995;*995;;;;;;* ;3328164..3328898;;cds;;;;;;245;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3994472..3994921;;cds;;514;*514;;;150;;IS200/IS605 family transposase;* comp;3995436..3995529;;cga;;477;*477;;;;;;* ;3996007..3996714;;cds;;;;;;236;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4005709..4006026;;cds;;269;269;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;* ;4006296..4006378;;ttg;;860;*860;;;;;;* ;4007239..4009012;;rpr;@6;169;169;;;1774;;Family CRISPR;* comp;4009182..4009478;;cds;;;;;;99;;CRISPR-associated endonuclease Cas2;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4031590..4031871;;cds;;1075;*1075;;;94;;hp;* ;4032947..4033019;;cag;;182;182;;;;;;* comp;4033202..4033765;;cds;;;;;;188;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4041205..4041960;;cds;;96;96;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;4042057..4042141;;tta;;375;375;;;;;;* comp;4042517..4044976;;cds;;;;;;*820;;beta-propeller fold lactonase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4045359..4048274;;cds;;718;*718;;;*972;;PKD domain-containing protein;* ;4048993..4049077;;tta;;35;35;;;;;;* comp;4049113..4052403;;cds;;241;241;;;*1097;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* ;4052645..4052729;;tta;;177;177;;;;;;* comp;4052907..4053395;;cds;;;;;;163;;MarR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;4407561..4407830;;cds;;64;64;;;90;;elongation factor 1-beta;* ;4407895..4407966;;gcg;;675;*675;;;;;;* comp;4408642..4409715;;cds;;;;;;358;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4504139..4504300;;cds;;536;*536;;;54;;hp;* comp;4504837..4504921;;ctg;;220;220;;;;;;* comp;4505142..4506050;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4551177..4551851;;cds;;566;*566;;;225;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;4552418..4552491;;gtc;+;94;;*94;;;;;* ;4552586..4552660;;ttc;2 gtc;7;;7;;;;;* ;4552668..4552739;;ggc;2 ttc;61;;61;;;;;* ;4552801..4552874;;gtc;2 ggc;94;;*94;;;;;* ;4552969..4553043;;ttc;;7;;7;;;;;* ;4553051..4553122;;ggc;;717;*717;;;;;;* ;4553840..4554052;;cds;;;;;;71;;MoaD/ThiS family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;4617920..4618339;;cds;;200;200;;;140;;hp;* ;4618540..4618617;;gaa;;351;351;;;;;;* ;4618969..4619190;;cds;;377;377;;;74;;hp;* ;4619568..4619645;;gaa;;214;214;;;;;;* comp;4619860..4620678;;cds;;;;;;273;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4673041..4673643;;cds;;289;289;;;201;;adenosylcobinamide amidohydrolase;* comp;4673933..4674054;;5s;;129;;;;122;;;* comp;4674184..4677016;;23s;;135;;;;2833;;;* comp;4677152..4677224;;gca;;79;;;;;;;* comp;4677304..4678792;;16s;;1242;*1242;;;1489;;;* ;4680035..4680817;;cds;;;;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4759174..4759410;;cds;;89;89;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;* comp;4759500..4759576;;aaa;;655;*655;;;;;;* comp;4760232..4760801;;cds;;;;;;190;;DJ-1/PfpI family protein;* </pre> ====mba cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_cumuls|mba cumuls]] <pre> mba cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;2;1;;100;25;30;0 ;16 23 5s 0;2;20;2;;50;4;20;;200;27;60;7 ;16 gca 235;1;40;0;;100;4;40;;300;21;90;14 ;16 23 5s a;0;60;0;;150;6;60;;400;8;120;8 ;max a;1;80;6;;200;14;80;;500;4;150;5 ;a doubles;0;100;3;;250;9;100;;600;7;180;10 ;autres;0;120;2;;300;8;120;;700;1;210;11 ;total aas;1;140;1;;350;6;140;;800;0;240;4 sans ;opérons;44;160;0;;400;4;160;;900;1;270;10 ;1 aa;37;180;0;;450;4;180;;1000;1;300;4 ;max a;6;200;0;;500;4;200;;1100;1;330;2 ;a doubles;6;;1;;;35;;;;0;;21 ;total aas;61;;15;0;;100;;0;;96;;96 total aas;;62;;;;;;;;;;; remarques;;6;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;85;;;457;;;;240;; ;;;variance;52;;;407;;;;194;; sans jaune;;;moyenne;51;;;210;;;;186;;158 ;;;variance;28;;;98;;;;106;;78 </pre> ====mba blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_blocs|mba blocs]] <pre> mba blocs;;;; cds;289;201;adenosylcobinamide amidohydrolase;* 5s;129;122;;* 23s;135;2833;;* gca;79;;;* 16s;1242;1489;;* cds;;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;;;; cds;713;112;translation initiation factor eIF-1A;* 16s;222;1489;;* 23s;129;2833;;* 5s;607;122;;* cds;;66;hp;* ;;;; cds;488;157;P-bacterioferritin;* 5s;129;122;;* 23s;222;2833;;* 16s;830;1489;;* cds;;503;2-isopropylmalate synthase;* </pre> ====mba remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_remarques|mba remarques]] <pre> mba;;;;;;62;62 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;4 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3 tta;3;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====mba distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_distribution|mba distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc; gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;3;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mba;;37;;;;;;;mba;14;;;;;;;;mba;9;;;;;; </pre> ====mba données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_données_intercalaires|mba données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mba;fx;fc;mba;fx40;fc40;mba;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;1;0;1;21;0;1;21;-1;0;33;298;137;CDS 16s;; ;0;10;8;155;1;0;22;-2;2;0;535;790;;835; 1;1;20;13;127;2;2;31;-3;0;2;222;2075;;718; ;0;30;11;72;3;0;12;-4;3;117;80;221;;1247; 1;1;40;19;74;4;2;17;-5;1;0;198;298;16s 23s;; ;0;50;12;54;5;1;23;-6;2;0;492;349;2*209;; ;0;60;18;61;6;0;15;-7;0;5;173;400;23s 5s;; ;1;70;11;48;7;0;4;-8;0;33;673;488;3*74;; ;1;80;16;54;8;2;4;-9;0;1;246;546;5s CDS;; ;1;90;18;53;9;0;8;-10;0;4;307;-12;;488; 1;0;100;17;37;10;1;19;-11;0;13;799;174;;607; ;0;110;16;38;11;2;16;-12;0;0;15;286;;289; ;1;120;30;43;12;0;8;-13;1;4;273;760;16s tRNA;; ;2;130;11;39;13;0;19;-14;3;15;235;448;85;;gca 2;0;140;20;35;14;2;13;-15;0;0;126;745;tRNA 23s;; ;0;150;19;52;15;1;12;-16;0;5;423;506;116;;gca 1;1;160;22;25;16;1;13;-17;1;11;36;300;tRNA tRNA;; ;1;170;14;44;17;0;11;-18;0;5;1249;154;132;;ctc 2;1;180;24;36;18;3;13;-19;0;4;576;16;**;;ctc 2;1;190;29;46;19;1;7;-20;1;7;433;717;71;;aac ;4;200;27;30;20;3;15;-21;0;0;187;445;119;;atgi ;0;210;18;21;21;1;8;-22;0;1;113;183;**;;aac 1;2;220;31;43;22;4;8;-23;1;5;0;314;94;;gga 1;1;230;20;31;23;2;4;-24;0;0;1379;513;**;;cta ;1;240;15;32;24;0;14;-25;0;5;198;241;63;;atgf 2;1;250;24;27;25;1;4;-26;1;8;349;318;63;;atgf ;0;260;25;34;26;0;6;-27;0;1;125;263;**;;atgf 1;1;270;18;35;27;1;10;-28;0;3;2315;134;65;;tgc ;1;280;18;37;28;1;4;-29;0;1;199;514;**;;tgc 1;0;290;16;26;29;1;4;-30;0;0;567;477;112;;tac 2;1;300;12;23;30;0;10;-31;0;0;349;1075;**;;gac ;1;310;19;24;31;1;2;-32;0;4;603;182;223;;gcc 2;0;320;17;27;32;0;6;-33;0;0;1489;96;74;;atc ;0;330;14;23;33;0;8;-34;1;0;1102;375;**;;atc ;0;340;27;22;34;3;7;-35;1;5;164;718;94;;gtc 1;2;350;12;28;35;1;11;-36;0;0;218;35;7;;ttc ;1;360;14;18;36;6;8;-37;0;0;153;241;61;;ggc ;0;370;11;20;37;0;9;-38;0;3;539;177;94;;gtc 1;1;380;12;24;38;0;11;-39;0;0;995;675;7;;ttc ;0;390;8;15;39;4;6;-40;0;0;269;566;**;;ggc 1;0;400;19;18;40;4;6;-41;1;1;64;214;;; 17;19;reste;527;709;reste;1181;1932;-42;0;0;536;;;; 41;49;total;1233;2381;total;1233;2381;-43;0;0;220;;;; 23;29;diagr;705;1651;diagr;51;428;-44;0;1;717;;;; 1;1; t30;32;354;;;;-45;0;0;200;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;351;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;377;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;89;;;; ;x;1232;22;1;1255;;;-49;0;3;655;;;; ;c;2360;307;21;2688;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;3943;128;;reste;3;6;;;;; ;;;;;;4071;;total;22;307;;;;; </pre> =====mba autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_autres_intercalaires_aas|mba autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;mba;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;91192;137;; ;tRNA;92076;132;comp;ctc ;tRNA;92293;298;comp;ctc fin;CDS;92676;;comp; deb;CDS;98630;535;comp; ;tRNA;99873;222;comp;tcc fin;CDS;100178;;comp; deb;CDS;146979;80;comp; ;tRNA;147599;198;comp;acc fin;CDS;147869;;comp; deb;CDS;199345;492;comp; ;tRNA;200761;71;comp;aac ;tRNA;200905;119;comp;atgi ;tRNA;201099;790;comp;aac fin;CDS;201962;;; deb;CDS;260990;173;; ;tRNA;261706;673;;cgg fin;CDS;262451;;; deb;CDS;355894;309;; ;repeat_region;356467;137;; fin;CDS;359947;;; deb;CDS;463836;2075;comp; ;tRNA;466799;94;;gga ;tRNA;466965;221;;cta fin;CDS;467271;;comp; deb;CDS;473154;298;; ;tRNA;474022;246;comp;gag fin;CDS;474343;;comp; deb;CDS;692109;349;comp; ;tRNA;693337;400;;aga fin;CDS;693812;;comp; deb;CDS;703446;488;comp; ;tRNA;704447;307;;agg fin;CDS;704829;;; deb;CDS;800463;799;comp; ;tRNA;801442;137;comp;agc ;ncRNA;801664;327;comp; fin;CDS;802306;;; deb;CDS;1109819;15;; ;tRNA;1110029;63;;atgf ;tRNA;1110167;63;;atgf ;tRNA;1110305;273;;atgf fin;CDS;1110653;;; deb;CDS;1134460;235;comp; ;tRNA;1135310;65;comp;tgc ;tRNA;1135447;126;comp;tgc fin;CDS;1135645;;comp; deb;CDS;1137210;488;; ;rRNA;1138169;74;comp;122 ;rRNA;1138365;209;comp;2833 ;rRNA;1141481;835;comp;1489 fin;CDS;1143794;;; deb;CDS;1249870;423;comp; ;tRNA;1250464;546;comp;aag fin;CDS;1251084;;; deb;CDS;1315521;-12;; ;tRNA;1315680;174;comp;cgc fin;CDS;1315926;;; deb;CDS;1516050;286;comp; ;tRNA;1516507;760;;caa fin;CDS;1517340;;comp; deb;CDS;1538879;36;comp; ;tRNA;1539323;1249;comp;other fin;CDS;1540645;;comp; deb;CDS;1546247;576;comp; ;tRNA;1548368;448;comp;aca fin;CDS;1548890;;; deb;CDS;1550566;745;; ;tRNA;1551506;506;comp;aca fin;CDS;1552086;;; deb;CDS;1621639;433;; ;tRNA;1623269;112;;tac ;tRNA;1623497;300;;gac fin;CDS;1623870;;comp; deb;CDS;1657967;616;comp; ;repeat_region;1660242;74;; fin;CDS;1661656;;; deb;CDS;1714788;154;; ;tRNA;1715224;187;comp;acg fin;CDS;1715483;;comp; deb;CDS;1755811;113;comp; ;tRNA;1756107;0;comp;ccg fin;CDS;1756182;;comp; deb;CDS;1842058;16;; ;tRNA;1842212;717;comp;gtg fin;CDS;1843003;;; deb;CDS;1852573;1379;comp; ;tRNA;1854261;198;comp;ccc fin;CDS;1854537;;comp; deb;CDS;1908225;349;comp; ;tRNA;1909339;445;comp;tgg fin;CDS;1909976;;; deb;CDS;1926495;183;; ;tRNA;1927362;125;comp;tcg fin;CDS;1927571;;comp; deb;CDS;1975038;78;; ;ncRNA;1976292;428;comp; fin;CDS;1977078;;; deb;CDS;2005431;2315;comp; ;tRNA;2009369;199;comp;cca fin;CDS;2009643;;comp; deb;CDS;2026807;314;comp; ;tRNA;2028771;513;;ggg fin;CDS;2029356;;comp; deb;CDS;2157926;567;; ;tRNA;2159252;349;;atgj fin;CDS;2159712;;; deb;CDS;2194967;718;comp; ;rRNA;2196021;209;;1489 ;rRNA;2197708;74;;2833 ;rRNA;2200689;607;;122 fin;CDS;2201418;;comp; deb;CDS;2434335;603;comp; ;tRNA;2435213;223;comp;gcc ;tRNA;2435508;74;;atc ;tRNA;2435659;241;;atc fin;CDS;2435977;;comp; deb;CDS;2622097;1489;; ;tRNA;2625515;1102;;gta fin;CDS;2626691;;; deb;CDS;2650514;164;; ;tRNA;2651461;218;;cac fin;CDS;2651751;;; deb;CDS;2663547;318;; ;tRNA;2664987;263;comp;ggc fin;CDS;2665322;;; deb;CDS;2856552;134;; ;tRNA;2857544;153;comp;tca fin;CDS;2857782;;comp; deb;CDS;3326036;539;; ;tRNA;3327097;995;;tgc fin;CDS;3328164;;; deb;CDS;3994472;514;; ;tRNA;3995436;477;comp;cga fin;CDS;3996007;;; deb;CDS;4005709;269;; ;tRNA;4006296;860;;ttg ;repeat_region;4007239;169;; fin;CDS;4009182;;comp; deb;CDS;4031590;1075;comp; ;tRNA;4032947;182;;cag fin;CDS;4033202;;comp; deb;CDS;4041205;96;comp; ;tRNA;4042057;375;;tta fin;CDS;4042517;;comp; deb;CDS;4045359;718;comp; ;tRNA;4048993;35;;tta deb;CDS;4049113;241;comp; ;tRNA;4052645;177;;tta fin;CDS;4052907;;comp; deb;CDS;4407561;64;; ;tRNA;4407895;675;;gcg fin;CDS;4408642;;comp; deb;CDS;4504139;536;comp; ;tRNA;4504837;220;comp;ctg fin;CDS;4505142;;comp; deb;CDS;4551177;566;comp; ;tRNA;4552418;94;;gtc ;tRNA;4552586;7;;ttc ;tRNA;4552668;61;;ggc ;tRNA;4552801;94;;gtc ;tRNA;4552969;7;;ttc ;tRNA;4553051;717;;ggc fin;CDS;4553840;;; deb;CDS;4617920;200;; ;tRNA;4618540;351;;gaa deb;CDS;4618969;377;; ;tRNA;4619568;214;;gaa fin;CDS;4619860;;comp; deb;CDS;4673041;289;; ;rRNA;4673933;74;comp;122 ;rRNA;4674129;116;comp;2833 ;tRNA;4677152;85;comp;gca ;rRNA;4677310;1247;comp;1489 fin;CDS;4680035;;; deb;CDS;4759174;89;comp; ;tRNA;4759500;655;comp;aaa fin;CDS;4760232;;comp; </pre> ====mba intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_entre_cds|mba intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> mba;4.2.21 Paris;;mba 17.12.20;;;;;;;;; mba;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;329;8.3;'''négatif ;-12;13;-1 à -74;'''4 837 408;-1;329;610;21 ;'''zéro;22;0.6;;;;;'''intercals;0;22;620;23 ;'''1 à 200;1478;37.5;'''0 à 200;85;62;;'''1 292 909;5;110;630;21 ;'''201 à 370;782;19.8;'''201 à 370;278;48;;'''26.7%;10;53;640;20 ;'''371 à 600;643;16.3;'''371 à 600;475;66;;;15;73;650;14 ;'''601 à max;689;17.5;'''601 à 1028;920;310;;;20;67;660;22 ;'''total 3943;<201;46;'''total 3938;324;341;-74 à 2323;;25;46;670;14 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;37;680;28 3095040;2919;-1;329;-70;1;;0;22;35;39;690;6 526434;2894;0;22;-60;0;;-1;°33;40;54;700;11 1788553;2705;1;22;-50;8;;-2;2;45;35;710;20 2002090;2693;2;°33;-40;7;;-3;2;50;31;720;14 4631335;2517;3;12;-30;14;'''min à -1;-4;°120;55;34;730;7 818173;2323;4;19;-20;34;329;-5;1;60;45;740;16 2797830;2322;5;°24;-10;66;8.3%;-6;2;65;34;750;20 3799612;2309;6;15;0;221;;-7;5;70;25;760;12 376145;2299;7;4;10;163;;-8;°33;75;34;770;18 3653740;2282;8;6;20;140;;-9;1;80;36;780;12 4809596;2233;9;8;30;83;;-10;4;85;41;790;8 1187952;2165;10;°20;40;93;'''1 à 100;-11;°13;90;30;800;7 4415180;2161;11;18;50;66;878;-12;0;95;27;810;6 3268995;2076;12;8;60;79;22.3%;-13;5;100;27;820;8 372411;1964;13;°19;70;59;;-14;°18;105;23;830;8 3552425;1946;14;15;80;70;;-15;0;110;31;840;9 3151269;1901;15;13;90;71;;-16;5;115;32;850;13 3603917;1870;16;°14;100;54;;-17;°12;120;41;860;6 542032;1854;17;11;110;54;;-18;5;125;25;870;18 682785;1848;18;°16;120;73;;-19;4;130;25;880;8 3195397;1797;19;8;130;50;;-20;°8;135;24;890;10 2484625;1761;20;°18;140;55;;-21;0;140;31;900;9 3100209;1754;21;9;150;71;;-22;1;145;42;910;7 2724177;1733;22;°12;160;47;;-23;°6;150;29;920;5 912406;1712;23;6;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;23;930;4 2448660;1707;24;°14;180;60;1478;-25;5;160;24;940;7 2750853;1677;25;5;190;75;37.5%;-26;°9;165;22;950;15 4703857;1624;26;6;200;57;;-27;1;170;36;960;9 974831;1613;27;°11;210;39;;-28;3;175;29;970;5 4637075;1600;28;5;220;74;;-29;°1;180;31;980;9 2503952;1596;29;5;230;51;;-30;0;185;39;990;8 511626;1595;30;°10;240;47;;-31;0;190;36;1000;9 2705610;1569;31;3;250;51;'''0 à 200;-32;°4;195;33;1010;3 3908084;1568;32;6;260;59;1500;;325;200;24;1020;9 2490112;1557;33;8;270;53;;reste;26;205;19;1030;4 63786;1555;34;10;280;55;;total;351;210;20;1040;7 136653;1553;35;12;290;42;;;;215;46;1050;3 958597;1549;36;°14;300;35;;;;220;28;1060;7 301149;1548;37;9;310;43;;;;225;29;1070;10 1165546;1516;38;°11;320;44;;'''intercal;'''<u>frequencef;230;22;1080;5 ;;39;10;330;37;;600;3254;235;24;1090;3 ;;40;10;340;49;'''201 à 370;700;180;240;23;1100;1 ;;reste;3113;350;40;782;800;134;245;29;1110;8 ;;total;3943;360;32;19.8%;900;95;250;22;1120;4 ;;;;370;31;;1000;78;255;30;1130;3 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;36;;1100;52;260;29;1140;4 4403838;-74;comp;;390;23;;1200;41;265;26;1150;3 1874377;-59;shift2;688;400;37;;1300;30;270;27;1160;5 4136612;-59;shift2;694;410;34;;1400;22;275;22;1170;4 493240;-56;shift2;127;420;31;;1500;15;280;33;1180;3 942901;-56;shift2;601;430;43;;1600;13;285;20;1190;3 4169341;-56;shift2;238;440;34;;1700;3;290;22;1200;4 4335751;-56;shift2;445;450;30;;1800;6;295;20;;580 4374865;-55;comp;;460;27;;1900;3;300;15;reste;109 2801727;-51;comp;;470;31;;2000;3;305;18;total;3943 1742959;-49;shift2;2660;480;28;;2100;1;310;25;; 2882494;-49;shift2;1325;490;28;;2200;2;315;24;; 3292321;-49;shift2;101;500;26;;2300;3;320;20;; 2440972;-47;shift2;664;510;22;;2400;3;325;19;; 4561346;-44;shift2;1744;520;32;;2500;0;330;18;; 1057681;-41;shift2;394;530;25;;2600;1;335;21;; 1723225;-41;comp;;540;20;'''371 à 600;2700;1;340;28;; 82489;-38;;;550;23;643;2800;1;345;21;; 222695;-38;;;560;22;16.3%;2900;1;350;19;; 3533580;-38;;;570;22;;3000;1;355;19;; 1573832;-35;;;580;28;'''601 à max;;689;360;13;; 1931905;-35;;;590;18;689;;;365;15;; 3122151;-35;;;600;23;17.5%;;;370;16;; 3337334;-35;;;reste;689;;reste;0;reste;1332;; 4054645;-35;;;total;3943;;total;3943;total;3943;; </pre> ====mba intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> mba Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; mba;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;4.9;-71;219;11;350;483;min10;-50;359;-832;80;823;239;min50 1 à 600;5.8;-62;170;7.4;465;354;2 parties;-6.7;100;-498;10;789;495;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;2;25;-;1;poly;348;tF;104;46;;536;poly;287;SF 1 à 600;14;20;-;156;poly;309;tF;80;59;-;580;poly;209;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélation et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;800;;;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;corrélation;;;;;;;;complément à 800;; 41-n;0.154;-0.330;-0.221;0.639;;;;;;;-0.074;;;;;;;;effectifs;; 1-n;-0.223;-0.512;-0.477;;;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;;; mba;fx;fc;;mba;fx%;fc%;mba;fx;fc;;fx40;fc40;;x;mba;Sx-;Sc-;;mba;fx;fc 0;1;21;;0;1;13;;;;0;1;21;>0;1232;-1;0;33;;410;13;21 10;8;155;;10;11;94;410;13;21;1;0;22;<0;22;-2;2;0;;420;13;18 20;13;127;;20;18;77;420;13;18;2;2;31;zéro;1;-3;0;2;;430;19;24 30;11;72;;30;16;44;430;19;24;3;0;12;total;1255;-4;3;117;;440;15;19 40;19;74;;40;27;45;440;15;19;4;2;17;;c;-5;1;0;;450;14;16 50;12;54;;50;17;33;450;14;16;5;1;23;>0;2360;-6;2;0;;460;7;20 60;18;61;;60;26;37;460;7;20;6;0;15;<0;307;-7;0;5;;470;11;20 70;11;48;;70;16;29;470;11;20;7;0;4;zéro;21;-8;0;33;;480;7;21 80;16;54;;80;23;33;480;7;21;8;2;4;total;2688;-9;0;1;;490;14;14 90;18;53;;90;26;32;490;14;14;9;0;8;;;-10;0;4;;500;12;14 100;17;37;;100;24;22;500;12;14;10;1;19;;;-11;0;13;;510;5;17 110;16;38;;110;23;23;510;5;17;11;2;16;;;-12;0;0;;520;15;17 120;30;43;;120;43;26;520;15;17;12;0;8;;;-13;1;4;;530;8;17 130;11;39;;130;16;24;530;8;17;13;0;19;;;-14;3;15;;540;6;14 140;20;35;;140;28;21;540;6;14;14;2;13;;;-15;0;0;;550;15;8 150;19;52;;150;27;31;550;15;8;15;1;12;;;-16;0;5;;560;10;12 160;22;25;;160;31;15;560;10;12;16;1;13;;;-17;1;11;;570;14;8 170;14;44;;170;20;27;570;14;8;17;0;11;;;-18;0;5;;580;13;15 180;24;36;;180;34;22;580;13;15;18;3;13;;;-19;0;4;;590;8;10 190;29;46;;190;41;28;590;8;10;19;1;7;;;-20;1;7;;600;13;10 200;27;30;;200;38;18;600;13;10;20;3;15;;;-21;0;0;;610;10;11 210;18;21;;210;26;13;610;10;11;21;1;8;;;-22;0;1;;620;7;16 220;31;43;;220;44;26;620;7;16;22;4;8;;;-23;1;5;;630;9;12 230;20;31;;230;28;19;630;9;12;23;2;4;;;-24;0;0;;640;7;13 240;15;32;;240;21;19;640;7;13;24;0;14;;;-25;0;5;;650;4;10 250;24;27;;250;34;16;650;4;10;25;1;4;;;-26;1;8;;660;8;14 260;25;34;;260;35;21;660;8;14;26;0;6;;;-27;0;1;;670;4;10 270;18;35;;270;26;21;670;4;10;27;1;10;;;-28;0;3;;680;12;16 280;18;37;;280;26;22;680;12;16;28;1;4;;;-29;0;1;;690;2;4 290;16;26;;290;23;16;690;2;4;29;1;4;;;-30;0;0;;700;5;6 300;12;23;;300;17;14;700;5;6;30;0;10;;;-31;0;0;;710;8;12 310;19;24;;310;27;15;710;8;12;31;1;2;;;-32;0;4;;720;5;9 320;17;27;;320;24;16;720;5;9;32;0;6;;;-33;0;0;;730;3;4 330;14;23;;330;20;14;730;3;4;33;0;8;;;-34;1;0;;740;5;11 340;27;22;;340;38;13;740;5;11;34;3;7;;;-35;1;5;;750;9;11 350;12;28;;350;17;17;750;9;11;35;1;11;;;-36;0;0;;760;6;6 360;14;18;;360;20;11;760;6;6;36;6;8;;;-37;0;0;;770;10;8 370;11;20;;370;16;12;770;10;8;37;0;9;;;-38;0;3;;780;3;9 380;12;24;;380;17;15;780;3;9;38;0;11;;;-39;0;0;;790;5;3 390;8;15;;390;11;9;790;5;3;39;4;6;;;-40;0;0;;800;2;5 400;19;18;;400;27;11;800;2;5;40;4;6;;;-41;1;1;;;1061;2156 reste;527;709;;;;;reste;171;204;reste;1181;1932;;;-42;0;0;;;; total;1233;2381;;t30;45;214;total;1233;2381;total;1233;2381;;;-43;0;0;;;; diagr;705;1651;;;;;diagr;356;505;diagr;51;428;;;-44;0;1;;;; - t30;673;1297;;;;;;;;;;;;;-45;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-46;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-47;0;1;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-49;0;3;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-50;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;reste;3;6;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;total;22;307;;;; </pre> ====mba intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_négatifs_S-|mba intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;2;;1;1;2;;;;;;;1;3;;;1;;;1;;;;;;1;;;;;;;;1;1;;;;;;1;;;;;;;;;;2;18 continu;33;0;2;119;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;6;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;7;311 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;3;1;2;0;0;0;0;0;0;1;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;22 ;Sc-;33;0;2;117;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;5;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;6;307 </pre> ====mba autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_autres_intercalaires|mba autres intercalaires]] <pre> ;mba;autres intercalaires;;adresses1;;mba;autres intercalaires;;adresses2;;;mba;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;91192;137;;;deb;°CDS;1516050;286;comp;;deb;°CDS;2622097;1489; ;&tRNA;92076;132;comp;;;&tRNA;1516507;760;;;;&tRNA;2625515;1102; ;&tRNA;92293;298;comp;;fin;°CDS;1517340;;comp;;fin;°CDS;2626691;; fin;°CDS;92676;;comp;;deb;°CDS;1538879;36;comp;;deb;°CDS;2650514;164; deb;°CDS;98630;535;comp;;;&tRNA;1539323;1249;comp;;;&tRNA;2651461;218; ;&tRNA;99873;222;comp;;fin;°CDS;1540645;;comp;;fin;°CDS;2651751;; fin;°CDS;100178;;comp;;deb;°CDS;1546247;576;comp;;deb;°CDS;2663547;318; deb;°CDS;146979;80;comp;;;&tRNA;1548368;448;comp;;;&tRNA;2664987;263;comp ;&tRNA;147599;198;comp;;fin;°CDS;1548890;;;;fin;°CDS;2665322;; fin;°CDS;147869;;comp;;deb;°CDS;1550566;745;;;deb;°CDS;2856552;134; deb;°CDS;199345;492;comp;;;&tRNA;1551506;506;comp;;;&tRNA;2857544;153;comp ;&tRNA;200761;71;comp;;fin;°CDS;1552086;;;;fin;°CDS;2857782;;comp ;&tRNA;200905;119;comp;;deb;°CDS;1621639;433;;;deb;°CDS;3326036;539; ;&tRNA;201099;790;comp;;;&tRNA;1623269;112;;;;&tRNA;3327097;995; fin;°CDS;201962;;;;;&tRNA;1623497;300;;;fin;°CDS;3328164;; deb;°CDS;260990;173;;;fin;°CDS;1623870;;comp;;deb;°CDS;3994472;514; ;&tRNA;261706;673;;;deb;°CDS;1657967;616;comp;;;&tRNA;3995436;477;comp fin;°CDS;262451;;;;;repeat_region;1660242;74;;;fin;°CDS;3996007;; deb;°CDS;355894;309;;;fin;°CDS;1661656;;;;deb;°CDS;4005709;269; ;repeat_region;356467;137;;;deb;°CDS;1714788;154;;;;&tRNA;4006296;860; fin;°CDS;359947;;;;;&tRNA;1715224;187;comp;;;repeat_region;4007239;169; deb;°CDS;463836;2075;comp;;fin;°CDS;1715483;;comp;;fin;°CDS;4009182;;comp ;&tRNA;466799;94;;;deb;°CDS;1755811;113;comp;;deb;°CDS;4031590;1075;comp ;&tRNA;466965;221;;;;&tRNA;1756107;0;comp;;;&tRNA;4032947;182; fin;°CDS;467271;;comp;;fin;°CDS;1756182;;comp;;fin;°CDS;4033202;;comp deb;°CDS;473154;298;;;deb;°CDS;1842058;16;;;deb;°CDS;4041205;96;comp ;&tRNA;474022;246;comp;;;&tRNA;1842212;717;comp;;;&tRNA;4042057;375; fin;°CDS;474343;;comp;;fin;°CDS;1843003;;;;fin;°CDS;4042517;;comp deb;°CDS;692109;349;comp;;deb;°CDS;1852573;1379;comp;;deb;°CDS;4045359;718;comp ;&tRNA;693337;400;;;;&tRNA;1854261;198;comp;;;&tRNA;4048993;35; 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;&tRNA;1135447;126;comp;;fin;°CDS;2029356;;comp;;;&tRNA;4553051;717; fin;°CDS;1135645;;comp;;deb;°CDS;2157926;567;;;fin;°CDS;4553840;; deb;°CDS;1137210;488;;;;&tRNA;2159252;349;;;deb;°CDS;4617920;200; ;$rRNA;1138169;74;comp;;fin;°CDS;2159712;;;;;&tRNA;4618540;351; ;$rRNA;1138365;209;comp;;deb;°CDS;2194967;718;comp;;deb;°CDS;4618969;377; ;$rRNA;1141481;835;comp;;;$rRNA;2196021;209;;;;&tRNA;4619568;214; fin;°CDS;1143794;;;;;$rRNA;2197708;74;;;fin;°CDS;4619860;;comp deb;°CDS;1249870;423;comp;;;$rRNA;2200689;607;;;deb;°CDS;4673041;289; ;&tRNA;1250464;546;comp;;fin;°CDS;2201418;;comp;;;$rRNA;4673933;74;comp fin;°CDS;1251084;;;;deb;°CDS;2434335;603;comp;;;$rRNA;4674129;116;comp deb;°CDS;1315521;-12;;;;&tRNA;2435213;223;comp;;;&tRNA;4677152;85;comp ;&tRNA;1315680;174;comp;;;&tRNA;2435508;74;;;;$rRNA;4677310;1247;comp fin;°CDS;1315926;;;;;&tRNA;2435659;241;;;fin;°CDS;4680035;; ;;;;;;fin;°CDS;2435977;;comp;;deb;°CDS;4759174;89;comp ;;;;;;;;;;;;;&tRNA;4759500;655;comp ;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;4760232;;comp </pre> ====mba intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_tRNA|mba intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aa;comp’;cds aa deb;comp’;cds aa fin ;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;132;comp’;137;;298;;15;0;'''deb; ;;;535;;222;;36;125;<201;9 ;;;80;;198;;64;126;total;25 ;71 119;;492;comp’;790;;80;153;taux;36% ;;;173;;673;;89;187;; ;94;comp’;2075;comp’;221;;113;198;'''fin; ;;comp’;298;;246;;164;198;<201;8 ;;comp’;349;comp’;400;;173;199;total;23 ;;comp’;488;;307;;200;218;taux;35% ;;;799;;;;235;220;; ;63 63;;15;;273;;269;222;'''total; ;65;;235;;126;;349;246;<201;17 ;;;423;comp’;546;;377;273;total;48 ;;comp’;-12;comp’;174;;423;298;taux;35% ;;comp’;286;comp’;760;;433;307;; ;;;36;;1249;;535;349;; ;;;576;comp’;448;;536;351;; ;;comp’;745;comp’;506;;539;655;; ;112;;433;comp’;300;;567;673;; ;;comp’;154;;187;;576;717;; ;;;113;;0;;603;995;; ;;comp’;16;comp’;717;;799;1102;; ;;;1379;;198;;1379;1249;; ;;;349;comp’;445;;1489;-;; ;;comp’;183;;125;;2315;-;'''comp’;'''cumuls ;;;2315;;199;;'''-12;35;; ;;comp’;314;comp’;513;;16;174;'''deb; ;;;567;;349;;96;177;<201;7 '''comp’;'''223;;603;comp’;241;;134;182;total;21 ;'''74;;;;;;137;214;taux;33% ;;;1489;;1102;;154;221;; ;;;164;;218;;183;241;'''fin; 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WH1;;;;;;;;;;;; comp;38726..40264;;cds;;698;*698;;;*513;;2-isopropylmalate synthase;* ;40963..42450;;16s;;208;;;;1488;;;* ;42659..45491;;23s;;130;;;;2833;;;* ;45622..45743;;5s;;857;*857;;;122;;;* ;46601..47164;;cds;;102;102;;;188;;hp;* ;47267..47338;;tgc;+;72;;72;;;;;* ;47411..47482;;tgc;2 tgc;411;*411;;;;;;* ;47894..48508;;cds;;;;;;205;;endonuclease III;* ;;;;;;;;;;;;* comp;71092..72423;;cds;;384;384;;;444;;signal recognition particle protein;* comp;72808..72882;;atgf;+;89;;*89;;;;;* comp;72972..73046;;atgf;2 atgf;234;234;;;;;;* ;73281..73472;;cds;;;;;;64;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;175573..176153;;cds;;163;163;;;194;;hp;* comp;176317..176389;;gac;;111;;*111;;;;;* comp;176501..176614;;tac;@1;295;295;;;;;;* ;176910..177248;;cds;;;;;;113;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;214884..215966;;cds;;801;*801;;;361;;hp;* comp;216768..216841;;aca;;150;150;;;;;;* ;216992..217582;;cds;;;;;;197;;aldolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;372219..373091;;cds;;558;*558;;;291;;hp;* comp;373650..373723;;gtg;;340;340;;;;;;* ;374064..374828;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;* ;;;;;;;;;;;;* comp;379248..381950;;cds;;1076;*1076;;;*901;;DNA mismatch repair protein MutS;* comp;383027..383104;;ccc;;193;193;;;;;;* comp;383298..383882;;cds;;;;;;195;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;532751..533176;;cds;;356;356;;;142;;hp;* comp;533533..533607;;cca;;149;149;;;;;;* comp;533757..534308;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;598666..599850;;cds;;170;170;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;* ;600021..600092;;cgc;;341;341;;;;;;* ;600434..600868;;cds;;;;;;145;;cell surface lipoprotein;* ;;;;;;;;;;;;* ;680493..681734;;cds;;185;185;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;* ;681920..681994;;gag;;242;242;;;;;;* >;682237..682560;;cds;;;;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* ;689062..689631;;cds;;36;36;;;190;;phosphatase PAP2 family protein;* comp;689668..689752;;cta;;73;;73;;;;;* comp;689826..689897;;gga;;1481;*1481;;;;;;* ;691379..691483;;cds;;;;;;35;;CcmD family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;793563..795017;;cds;;111;111;;;485;;p-IS66 family transposase;* comp;795129..795213;;ctc;+;117;;*117;;;;;* comp;795331..795418;;ctc;2 ctc;235;235;;;;;;* comp;795654..796454;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;* ;;;;;;;;;;;;* ;810088..810471;;cds;;861;*861;;;128;;hp;* comp;811333..811415;;tcc;;123;123;;;;;;* comp;811539..812555;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;* ;;;;;;;;;;;;* comp;893309..894232;;cds;;391;391;;;308;;aldolase;* comp;894624..894696;;aac;+;87;;*87;;;;;* comp;894784..894858;;atgi;2 aac;110;;*110;;;;;* comp;894969..895041;;aac;;1415;*1415;;;;;;* comp;896457..897506;;cds;;;;;;350;;TIGR00303 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;949570..950112;;cds;;208;208;;;181;;nitroreductase family protein;* ;950321..950392;;cgg;;498;*498;;;;;;* comp;950891..952300;;cds;;;;;;470;;NADPH-dependent glutamate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1088496..1090946;;cds;;360;360;;;*817;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* comp;1091307..1091378;;gcc;;227;;*227;;;;;* ;1091606..1091682;;atc;+;62;;62;;;;;* ;1091745..1091818;;atc;2 atc;353;353;;;;;;* comp;1092172..1092585;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1155736..1156137;;cds;;210;210;;;134;;AsnC family transcriptional regulator;* ;1156348..1156425;;gaa;+;718;;*718;;;;;* ;1157144..1157221;;gaa;2 gaa;233;233;;;;;;* comp;1157455..1158645;;cds;@4;;;;;397;;ISH3 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1199367..1200149;;cds;;967;*967;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;1201117..1202604;;16s;;80;;;;1488;;;* ;1202685..1202757;;gca;;135;;;;;;;* ;1202893..1205725;;23s;;130;;;;2833;;;* ;1205856..1205977;;5s;;5;5;;;122;;;* comp;1205983..1206231;;cds;;;;;;83;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1207508..1211485;;cds;;12;12;;;*1326;;PAS domain S-box protein;* comp;1211498..1211582;;ctg;;190;190;;;;;;* comp;1211773..1212681;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1220571..1220783;;cds;;596;*596;;;71;;MoaD/ThiS family protein;* comp;1221380..1221451;;ggc;+;25;;25;;;;;* comp;1221477..1221551;;ttc;2 ggc;57;;57;;;;;* comp;1221609..1221682;;gtc;2 ttc;71;;71;;;;;* comp;1221754..1221825;;ggc;2 gtc;25;;25;;;;;* comp;1221851..1221925;;ttc;;118;;*118;;;;;* comp;1222044..1222117;;gtc;;358;358;;;;;;* ;1222476..1223792;;cds;;;;;;439;;methanogenesis marker 16 metalloprotein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1400830..1401773;;cds;;914;*914;;;315;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;1402688..1402761;;gta;;287;287;;;;;;* ;1403049..1403276;;cds;;;;;;76;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1504221..1505630;;cds;;686;*686;;;470;;F0F1 ATP synthase subunit beta;* comp;1506317..1506410;;cga;;750;*750;;;;;;* ;1507161..1508039;;cds;;;;;;293;;response regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1513245..1513562;;cds;;213;213;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;* ;1513776..1513858;;ttg;;268;268;;;;;;* >;1514127..1514647;;cds;;;;;;174;;p-IS1634 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1887880..1888338;;cds;;392;392;;;153;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein;* comp;1888731..1888802;;ggc;;378;378;;;;;;* ;1889181..1890518;;cds;;;;;;446;;DHH family phosphoesterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1962666..1963553;;cds;;130;130;;;296;;hp;* comp;1963684..1963768;;tta;;235;235;;;;;;* ;1964004..1964759;;cds;;;;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1971331..1971852;;cds;;319;319;;;174;;hp;* comp;1972172..1972244;;cag;;204;204;;;;;;* comp;1972449..1972850;;cds;;;;;;134;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2170713..2172446;;cds;;156;156;;;*578;;radical SAM protein;* comp;2172603..2172674;;cac;;174;174;;;;;;* comp;2172849..2173631;;cds;;;;;;261;;thiazole biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;2320809..2321131;;cds;;141;141;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;* comp;2321273..2321344;;gcg;;65;65;;;;;;* comp;2321410..2321679;;cds;;;;;;90;;elongation factor 1-beta;* ;;;;;;;;;;;;* ;2387890..2388675;;cds;;150;150;;;262;;peptidylprolyl isomerase;* ;2388826..2388911;;tca;;326;326;;;;;;* comp;2389238..2389453;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2678132..2678368;;cds;;85;85;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;* comp;2678454..2678530;;aaa;;824;*824;;;;;;* comp;2679355..2679537;;cds;;;;;;61;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3091524..3091754;;cds;;271;271;;;77;;hp;* comp;3092026..3092147;;5s;;130;;;;122;;;* comp;3092278..3095110;;23s;;208;;;;2833;;;* comp;3095319..3096806;;16s;;839;*839;;;1488;;;* ;3097646..3097975;;cds;;;;;;110;;translation initiation factor eIF-1A;* ;;;;;;;;;;;; comp;3153517..3155214;;cds;;599;*599;;;*566;;diguanylate phosphodiesterase;* comp;3155814..3155923;;atgj;;799;*799;;;;;;* ;3156723..3157106;;cds;;;;;;128;;tRNA CCA-pyrophosphorylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3241682..3242944;;cds;;473;*473;;;421;;diaminopimelate decarboxylase;* ;3243418..3243489;;ggg;;377;377;;;;;;* ;3243867..3244073;;cds;;;;;;69;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3341829..3342017;;cds;@2;0;*0;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;* ;3342018..3342092;;ccg;;112;112;;;;;;* ;3342205..3342387;;cds;;;;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;* ;;;;;;;;;;;;* ;3358176..3359186;;cds;;533;*533;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;* ;3359720..3359791;;acg;;52;52;;;;;;* comp;3359844..3360305;;cds;;;;;;154;;peroxiredoxin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3397316..3398947;;cds;;422;*422;;;*544;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;* ;3399370..3399684;;ncRNA;@3;149;149;;;315;;;* ;3399834..3399918;;agc;;230;230;;;;;;* ;3400149..3400847;;cds;;;;;;233;;ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3435506..3436918;;cds;;181;181;;;471;;phosphotransferase;* ;3437100..3437183;;tcg;;273;273;;;;;;* ;3437457..3437948;;cds;;870;*870;;;164;;rubrerythrin family protein;* ;3438819..3438989;;cds;;107;107;;;57;;hp;* ;3439097..3439289;;tgg;;42;42;;;;;;* comp;3439332..3439484;;cds;;;;;;51;;hp MLELDILDLDILDLDILDLKILELEILELEVLELEILELEILELEVLVQS;* ;;;;;;;;;;;;* ;3456114..3456473;;cds;;260;260;;;120;;hp;* comp;3456734..3456805;;acc;;200;200;;;;;;* comp;3457006..3457518;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3583589..3584044;;cds;;295;295;;;152;;N-acetyltransferase;* comp;3584340..3584414;;agg;;339;339;;;;;;* ;3584754..3585317;;cds;;;;;;188;;biotin transporter BioY;* ;;;;;;;;;;;;* ;3593430..3593861;;cds;;343;343;;;144;;PspC domain-containing protein;* comp;3594205..3594279;;aga;;348;348;;;;;;* ;3594628..3595506;;cds;;;;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3603458..3603697;;cds;;389;389;;;80;;type II toxin-antitoxin system HicB family antitoxin;* ;3604087..3604159;;caa;;633;*633;;;;;;* comp;3604793..3606301;;cds;;;;;;*503;;lipopolysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3856073..3856279;;cds;;402;*402;;;69;;TRAM domain-containing protein;* ;3856682..3856755;;aag;;498;*498;;;;;;* ;3857254..3857424;;cds;;;;;;57;;CopG family transcriptional regulator;* </pre> ====mfe cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_cumuls|mfe cumuls]] <pre> mfe cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;1;1;;100;18;30;0 ;16 23 5s 0;2;20;0;;50;4;20;;200;29;60;4 ;16 gca 235;1;40;2;;100;3;40;;300;12;90;14 ;16 23 5s a;0;60;1;;150;11;60;;400;9;120;6 ;max a;1;80;4;;200;9;80;;500;9;150;8 ;a doubles;0;100;2;;250;10;100;;600;5;180;7 ;autres;0;120;4;;300;7;120;;700;0;210;9 ;total aas;1;140;0;;350;7;140;;800;0;240;1 sans ;opérons;40;160;0;;400;10;160;;900;1;270;6 ;1 aa;31;180;0;;450;3;180;;1000;1;300;4 ;max a;6;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;3 ;a doubles;7;;2;;;20;;;;1;;23 ;total aas;55;;15;0;;88;;0;;85;;85 total aas;;56;;;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;131;;;376;;;;255;; ;;;variance;169;;;299;;;;210;; sans jaune;;;moyenne;55;;;223;;;;207;;157 ;;;variance;21;;;108;;;;127;;80 </pre> ====mfe blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_blocs|mfe blocs]] <pre> mfe blocs;;;; cds;698;513;2-isopropylmalate synthase;* 16s;208;1488;;* 23s;130;2833;;* 5s;857;122;;* cds;102;188;hp;* ;;;; cds;967;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* 16s;80;1488;;* gca;135;;;* 23s;130;2833;;* 5s;5;122;;* cds;;83;hp;* ;;;; cds;271;77;hp;* 5s;130;122;;* 23s;208;2833;;* 16s;839;1488;;* cds;;110;translation initiation factor eIF-1A;* </pre> ====mfe remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_remarques|mfe remarques]] <pre> mfe;;;;;;56;56 atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====mfe distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_distribution|mfe distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc; gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mfe;;31;;;;;;;mfe;14;;;;;;;;mfe;10;;;;;; </pre> ====mfe données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_données_intercalaires|mfe données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mfe;fx;fc;mfe;fx40;fc40;mfe;x-;c-;c;x;c;x;aa ;1;0;1;17;0;1;17;-1;;26;102;207;CDS 16s;; ;0;10;11;152;1;2;28;-2;1;0;411;295;;704; 1;0;20;15;94;2;0;29;-3;;0;384;150;;973; ;0;30;21;74;3;1;16;-4;4;116;225;340;;845; 1;0;40;22;60;4;1;15;-5;;0;801;170;16s 23s;; 1;0;50;24;58;5;1;18;-6;;0;558;36;2* 196;; 1;0;60;11;41;6;1;14;-7;;4;1076;1611;23s 5s;; ;1;70;18;55;7;2;3;-8;;27;193;861;3* 74;; ;0;80;23;52;8;1;7;-9;2;0;356;498;5s CDS;; ;1;90;24;43;9;1;8;-10;2;6;149;360;857;5; ;0;100;18;41;10;1;14;-11;;10;332;353;;271; ;2;110;25;48;11;2;15;-12;1;0;185;233;16s tRNA;; ;2;120;24;44;12;0;11;-13;;5;296;12;84;;gca 1;1;130;30;46;13;2;12;-14;1;11;111;358;tRNA 23s;; ;0;140;10;40;14;3;8;-15;;1;235;774;119;;gca 1;3;150;25;36;15;3;10;-16;;1;123;392;tRNA tRNA;; ;1;160;13;41;16;2;3;-17;1;9;391;378;72;;tgc 1;0;170;25;35;17;1;7;-18;;1;1415;130;**;;tgc ;1;180;22;31;18;0;8;-19;;1;208;235;89;;atgf ;3;190;14;38;19;2;12;-20;;5;210;319;**;;atgf ;2;200;11;28;20;0;8;-21;;0;190;326;111;;gac 1;3;210;17;42;21;0;11;-22;;1;596;799;**;;tac ;1;220;27;29;22;0;3;-23;;3;914;473;73;;cta ;2;230;24;32;23;3;9;-24;;1;287;52;**;;gga 2;1;240;18;34;24;2;12;-25;;3;686;42;117;;ctc ;0;250;10;20;25;0;8;-26;;2;213;260;**;;ctc 1;0;260;18;34;26;0;10;-27;;0;268;339;87;;aac ;1;270;14;26;27;1;5;-28;;1;204;343;110;;atgi ;1;280;16;21;28;11;10;-29;;0;156;348;**;;aac ;1;290;16;20;29;1;2;-30;;0;174;633;-;227;gcc 1;2;300;19;25;30;3;4;-31;;0;141;402;62;;atc ;0;310;10;21;31;2;6;-32;;1;65;;**;;atc 1;0;320;14;24;32;2;3;-33;1;0;150;;718;;gaa 1;0;330;15;23;33;1;1;-34;;0;85;;**;;gaa 2;1;340;12;20;34;2;7;-35;;6;824;;25;;ggc 2;0;350;13;22;35;2;4;-36;;0;599;;57;;ttc 3;1;360;13;14;36;2;4;-37;;0;377;;71;;gtc ;0;370;13;13;37;1;10;-38;;0;0;;25;;ggc 1;1;380;15;17;38;3;5;-39;1;0;112;;118;;ttc ;2;390;12;18;39;4;8;-40;;0;533;;**;;gtc 1;1;400;12;15;40;3;12;-41;;4;230;;;; 8;12;reste;372;467;reste;997;1614;-42;;0;181;;;; 31;48;total;1067;2011;total;1067;2011;-43;;0;273;;;; 23;35;diagr;694;1527;diagr;69;380;-44;;0;107;;;; 1;0; t30;47;320;;;;-45;;0;200;;;; ;;;;;;;;-46;;0;295;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;389;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;498;;;; ;x;1066;17;1;1084;;;-49;;0;;;;; ;c;1994;250;17;2261;;;-50;;0;;;;; ;;;;;3345;122;;reste;3;3;;;;; ;;;;;;3467;;total;17;250;;;;; </pre> =====mfe autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_autres_intercalaires_aas|mfe autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;mfe;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;38726;40264;704;*; ;;rRNA;40969;42446;196;*;1478 ;;rRNA;42643;45547;74;*;2905 ;;rRNA;45622;45743;857;*;122 deb;;CDS;46601;47164;102;*; ;;tRNA;47267;47338;72;*;tgc ;;tRNA;47411;47482;411;*;tgc fin;;CDS;47894;48508;;; deb;comp;CDS;71092;72423;384;*; ;comp;tRNA;72808;72882;89;*;atgf ;comp;tRNA;72972;73046;207;*;atgf fin;;CDS;73254;73472;;0; deb;comp;CDS;175573;176091;225;*; ;comp;tRNA;176317;176389;111;*;gac ;comp;tRNA;176501;176614;295;*;tac fin;;CDS;176910;177248;;0; deb;comp;CDS;214884;215966;801;*; ;comp;tRNA;216768;216841;150;*;aca fin;;CDS;216992;217582;;; deb;comp;CDS;372219;373091;558;*; ;comp;tRNA;373650;373723;340;*;gtg fin;;CDS;374064;374828;;0; deb;comp;CDS;379248;381950;1076;*; ;comp;tRNA;383027;383104;193;*;ccc fin;comp;CDS;383298;383828;;; deb;;CDS;508114;509238;100;*; ;comp;ncRNA;509339;509698;415;*; fin;;CDS;510114;511253;;; deb;comp;CDS;532751;533176;356;*; ;comp;tRNA;533533;533607;149;*;cca fin;comp;CDS;533757;534308;;; deb;comp;CDS;598666;599850;170;*; ;;tRNA;600021;600092;332;*;cgc fin;;CDS;600425;600868;;0; deb;;CDS;680493;681734;185;*; ;;tRNA;681920;681994;296;*;gag fin;;CDS;682291;682578;;0; deb;;CDS;689098;689631;36;*; ;comp;tRNA;689668;689752;73;*;cta ;comp;tRNA;689826;689897;1611;*;gga fin;;CDS;691509;691889;;; deb;comp;CDS;793563;795017;111;*; ;comp;tRNA;795129;795213;117;*;ctc ;comp;tRNA;795331;795418;235;*;ctc fin;comp;CDS;795654;796454;;; deb;;CDS;810088;810471;861;*; ;comp;tRNA;811333;811415;123;*;tcc fin;comp;CDS;811539;812555;;; deb;comp;CDS;893309;894232;391;*; ;comp;tRNA;894624;894696;87;*;aac ;comp;tRNA;894784;894858;110;*;atgi ;comp;tRNA;894969;895041;1415;*;aac fin;comp;CDS;896457;897506;;; deb;;CDS;949570;950112;208;*; ;;tRNA;950321;950392;498;*;cgg fin;comp;CDS;950891;952300;;; deb;;CDS;1088496;1090946;360;*; ;comp;tRNA;1091307;1091378;227;*;gcc ;;tRNA;1091606;1091682;62;*;atc ;;tRNA;1091745;1091818;353;*;atc fin;comp;CDS;1092172;1092585;;; deb;;CDS;1155748;1156137;210;*; ;;tRNA;1156348;1156425;718;*;gaa ;;tRNA;1157144;1157221;233;*;gaa fin;comp;CDS;1157455;1158645;;; deb;comp;CDS;1199367;1200149;973;*; ;;rRNA;1201123;1202600;84;*;1478 ;;tRNA;1202685;1202757;119;*;gca ;;rRNA;1202877;1205781;74;*;2905 ;;rRNA;1205856;1205977;5;*;122 fin;comp;CDS;1205983;1206231;;; deb;;CDS;1207508;1211485;12;*; ;comp;tRNA;1211498;1211582;190;*;ctg fin;comp;CDS;1211773;1212681;;; deb;comp;CDS;1220571;1220783;596;*; ;comp;tRNA;1221380;1221451;25;*;ggc ;comp;tRNA;1221477;1221551;57;*;ttc ;comp;tRNA;1221609;1221682;71;*;gtc ;comp;tRNA;1221754;1221825;25;*;ggc ;comp;tRNA;1221851;1221925;118;*;ttc ;comp;tRNA;1222044;1222117;358;*;gtc fin;;CDS;1222476;1223792;;0; deb;;CDS;1400830;1401773;914;*; ;;tRNA;1402688;1402761;287;*;gta fin;;CDS;1403049;1403276;;; deb;comp;CDS;1504221;1505630;686;*; ;comp;tRNA;1506317;1506410;774;*;cga fin;;CDS;1507185;1508039;;0; deb;;CDS;1513245;1513562;213;*; ;;tRNA;1513776;1513858;268;*;ttg fin;;CDS;1514127;1514647;;; deb;;CDS;1887880;1888338;392;*; ;comp;tRNA;1888731;1888802;378;*;ggc fin;;CDS;1889181;1890518;;; deb;;CDS;1962666;1963553;130;*; ;comp;tRNA;1963684;1963768;235;*;tta fin;;CDS;1964004;1964759;;; deb;;CDS;1971373;1971852;319;*; ;comp;tRNA;1972172;1972244;204;*;cag fin;comp;CDS;1972449;1972850;;; deb;comp;CDS;2066516;2069038;121;*; ;;repeat_region;2069160;2069707;535;*; fin;;CDS;2070243;2071250;;; deb;comp;CDS;2073346;2074599;417;*; ;;repeat_region;2075017;2076588;535;*; fin;;CDS;2077124;2077771;;0; deb;comp;CDS;2170713;2172446;156;*; ;comp;tRNA;2172603;2172674;174;*;cac fin;comp;CDS;2172849;2173631;;; deb;;CDS;2231846;2232133;164;*; ;;repeat_region;2232298;2233846;77;*; fin;;CDS;2233924;2235552;;0; deb;comp;CDS;2320856;2321131;141;*; ;comp;tRNA;2321273;2321344;65;*;gcg fin;comp;CDS;2321410;2321679;;; deb;;CDS;2387890;2388675;150;*; ;;tRNA;2388826;2388911;326;*;tca fin;comp;CDS;2389238;2389453;;; deb;comp;CDS;2678132;2678368;85;*; ;comp;tRNA;2678454;2678530;824;*;aaa fin;comp;CDS;2679355;2679537;;; deb;;CDS;2969291;2969554;306;*; ;;repeat_region;2969861;2971629;480;*; fin;;CDS;2972110;2973468;;; deb;;CDS;2979566;2980078;280;*; ;;repeat_region;2980359;2981568;343;*; ;;repeat_region;2981912;2982974;5;*; fin;;CDS;2982980;2983372;;; deb;;CDS;3091533;3091754;271;*; ;comp;rRNA;3092026;3092147;74;*;122 ;comp;rRNA;3092222;3095126;196;*;2905 ;comp;rRNA;3095323;3096800;845;*;1478 fin;;CDS;3097646;3097975;;; deb;comp;CDS;3153517;3155214;599;*; ;comp;tRNA;3155814;3155923;799;*;atgj fin;;CDS;3156723;3157106;;; deb;comp;CDS;3241682;3242944;473;*; ;;tRNA;3243418;3243489;377;*;ggg fin;;CDS;3243867;3244073;;0; deb;;CDS;3341829;3342017;0;*; ;;tRNA;3342018;3342092;112;*;ccg fin;;CDS;3342205;3342387;;; deb;;CDS;3358176;3359186;533;*; ;;tRNA;3359720;3359791;52;*;acg fin;comp;CDS;3359844;3360305;;; deb;comp;CDS;3397316;3398947;422;*; ;;ncRNA;3399370;3399684;149;*; ;;tRNA;3399834;3399918;230;*;agc fin;;CDS;3400149;3400847;;; deb;;CDS;3435506;3436918;181;*; ;;tRNA;3437100;3437183;273;*;tcg fin;;CDS;3437457;3437948;;; deb;;CDS;3438819;3438989;107;*; ;;tRNA;3439097;3439289;42;*;tgg fin;comp;CDS;3439332;3439484;;0; deb;;CDS;3456114;3456473;260;*; ;comp;tRNA;3456734;3456805;200;*;acc fin;comp;CDS;3457006;3457518;;; deb;comp;CDS;3583589;3584044;295;*; ;comp;tRNA;3584340;3584414;339;*;agg fin;;CDS;3584754;3585317;;; deb;;CDS;3593430;3593861;343;*; ;comp;tRNA;3594205;3594279;348;*;aga fin;;CDS;3594628;3595506;;; deb;;CDS;3603458;3603697;389;*; ;;tRNA;3604087;3604159;633;*;caa fin;comp;CDS;3604793;3606301;;; deb;comp;CDS;3856073;3856279;402;*; ;;tRNA;3856682;3856755;498;*;aag fin;;CDS;3857254;3857424;;0; </pre> ===archées synthèse=== ====archées distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_génome|archées distribution par génome]] <pre> arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total mba;14;37;;;;1;9;;61 mfe;14;31;;;;1;10;;56 mfi;25;20;;;;2;;;47 mja;8;16;1;4;6;2;;;37 total;61;104;1;4;6;6;19;0;201 ;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;;;; </pre> ====archées distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_du_total|archées distribution du total]] <pre> atgi;4;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;4;tac;4;tgc;8 atc;6;acc;4;aac;7;agc;4 ctc;6;ccc;3;cac;4;cgc;4 gtc;6;gcc;4;gac;4;ggc;8 tta;6;tca;4;taa;;tga;1 ata;;aca;5;aaa;5;aga;4 cta;4;cca;4;caa;5;cga;4 gta;4;gca;6;gaa;7;gga;4 ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4 atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3 ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2 gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3 arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;80;104;1;4;6;6;201 ;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;; </pre> ====archées distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_type|archées distribution par type]] <pre> ;;;;;;;104;;;;;;;;;61;;;;;;;;;19 atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;4;tac;;tgc;3;;ttc;5;tcc;;tac;3;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;4 atc;2;acc;2;aac;1;agc;4;;atc;;acc;2;aac;5;agc;;;atc;4;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;3;cac;2;cgc;4;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;4;ccc;;cac;;cgc; gtc;1;gcc;2;gac;;ggc;2;;gtc;5;gcc;2;gac;3;ggc;6;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;5;tca;4;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;3;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;2;caa;4;cga;4;;cta;3;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;3;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;2;tcg;3;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;3;aag;2;agg;2;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;3;gcg;3;gag;2;ggg;3;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; archées;1aa;104;;;;;;;archées;>1aa;61;;;;;;;archées;duplica;19;;;;; ;;4;4;;;;;;;;37;61;;;;;;;;0;0;;;; ;;68;65;;;;;;;;7;11;;;;;;;;4;21;;;; ;;32;31;;;;;;;;17;28;;;;;;;;15;79;;;; </pre> ====archées par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_par_rapport_au_groupe_de_référence|archées par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;40;11;4;;;;55; 16;moyen;39;16;8;;;9;72; 14;fort;25;34;7;4;;4;74; ; ;104;61;19;4;;13;201; 10;g+cgg;26;2;;;;;28; 2;agg+cga;6;1;;;;;7; 4;carre ccc;7;8;4;;;;19; 5;autres;1;;;;;;1; ;;40;11;4;;;;55; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;199;55;20;;;;274;26 16;moyen;194;80;40;;;45;358;324 14;fort;124;169;35;20;;20;368;650 ; ;517;303;95;20;;65;201;729 10;g+cgg;129;10;;;;;139;10 2;agg+cga;30;5;;;;;35; 4;carre ccc;35;40;20;;;;95;16 5;autres;5;;;;;;5; ;;199;55;20;;;;274; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;217;60;22;299;26;38;18; 16;moyen;212;87;43;342;324;38;26; 14;fort;136;185;38;359;650;24;56; ; ;565;332;103;184;729;104;61; 10;g+cgg;141;11;;152;10;65;; 2;agg+cga;33;5;;38;;15;; 4;carre ccc;38;43;22;103;16;18;; 5;autres;5;;;5;;3;; ;;217;60;22;299;;40;; </pre> ====euryarchaeota, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#euryarchaeota,_estimation_des_-rRNAs|euryarchaeota, estimation des -rRNAs]] <pre> euryarchaeota;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 63 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;63;124; ; ;;indices;;;;63;197;0;0;;eury4;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;184 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;2;tac;;tgc;28;;ttc;;tcc;3;tac;;tgc;44;;ttc;5;tcc;4;tac;3;tgc;8 atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc;;;atc;6;acc;4;aac;6;agc;4 ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;6;ccc;3;cac;3;cgc;4 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;6;gcc;4;gac;3;ggc;8 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;6;tca;4;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;5;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;5;cga;4 gta;;gca;87;gaa;;gga;;;gta;;gca;138;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;6;gga;4 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4 atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3 ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;3;;ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3 ;;118;;3;;3;124;;;;187;;4.76190476190476;;5;197;;;;63;;66;;55;184 11.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;16.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;143;6935;0;0;;eury4;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4600 atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;75;tct;;tat;;atgf;175 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;102;tac;104;tgc;137;;ttc;122;tcc;106;tac;104;tgc;181;;ttc;125;tcc;100;tac;75;tgc;200 atc;119;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;121;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;150;acc;100;aac;150;agc;100 ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;150;ccc;75;cac;75;cgc;100 gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;150;gcc;100;gac;75;ggc;200 tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;150;tca;100;taa;;tga;25 ata;;aca;110;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;110;aaa;110;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;75;cca;75;caa;125;cga;100 gta;103;gca;13;gaa;132;gga;103;;gta;103;gca;151;gaa;132;gga;103;;gta;100;gca;;gaa;150;gga;100 ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;75;tcg;75;tag;;tgg;100 atgj;101;acg;90;aag;85;agg;88;;atgj;101;acg;90;aag;87;agg;88;;atgj;100;acg;75;aag;75;agg;75 ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;68;;ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;71;;ctg;75;ccg;50;cag;75;cgg;50 gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;100;gcg;75;gag;50;ggg;75 ;;1569;;1607;;1475;4651;;;;1757;;1612;;1480;4848;;;;1575;;1650;;1375;4600 rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;eury4;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;41.778;;;fréquences;;;;;atgi;24;tct;;tat;;atgf;28 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2632;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;100;;avec;150;;;10;17;;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;100;;genom;63;;;20;14;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;97;tac;100;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;2;tcc;2;tac;28;tgc;32 atc;99;acc;100;aac;100;agc;100;;archeo;46;;;40;3;;;;atc;20;acc;4;aac;19;agc;4 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgc;;;sans;184;;;50;2;46;;;ctc;19;ccc;19;cac;26;cgc;2 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;17;;;60;0;;;;gtc;19;gcc;1;gac;39;ggc;29 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;29;tca;1;taa;;tga;50 ata;;aca;100;aaa;96;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;9;aaa;5;aga;3 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par archeo;;;;90;0;;;;cta;27;cca;27;caa;13;cga;3 gta;100;gca;9;gaa;100;gga;100;;est 10% au dessus;;;;100;0;;;;gta;3;gca;100;gaa;12;gga;3 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;14;tcg;14;tag;;tgg;2 atgj;100;acg;100;aag;98;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;1;acg;17;aag;12;agg;15 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;96;;;;;;;;;;;ctg;12;ccg;36;cag;14;cgg;27 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;9;gcg;11;gag;40;ggg;5 rapports;;89;;100;;100;96;;;;;;;;;;;diff;;301;;220;;311;832 </pre> ==génomes synthèse== ===Les intercalaires entre cds d'un génome=== ====Fréquences des intercalaires cds-cds, courbes puissance==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds,_courbes_puissance|puissance]] *Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre classe <pre> ;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600; gen;cds;K6;'- a6;R2;K6 %0;;K12;'- a12;R2;k12/k6;a% ;;;;;;;;;;; pub;1,307;19,910;&1.63;89;&15,233;;;;;; ant;3,095;158,387;&'''1.80;85;&'''51,175;;;;;; abra;1,667;17,186;&1.41;81;10,310;;;;;; pmg;1,800;48,983;&1.62;85;&27,213;;;;;; mja;1,729;25,564;&1.45;81;&14,777;;;;;; fin rang faible;;;1.00;;2,121;;;;;5.0;1 rang moyen;;;1.18;;4,599;;;;;9.9;16 ;;;1.33;;12,201;;;;;17.6;31 rru;3,786;46,193;&1.4;73;12,201;;157,774;1.66;79;3.4;16 eco;4,024;64,507;&1.46;74;&16,031;;;;;; cvi;4,282;5,941;&1.42;79;1,387;;272,330;1.76;85;&'''45.8;19 ade;4,464;83,541;&1.51;81;&18,714;;344,171;1.81;86;4.1;17 bsu;4,213;110,979;&1.58;79;&26,323;;;;;; cbn;2,491;24,707;1.33;74;9,919;;;;;; afn;2,038;16,580;1.32;74;8,131;;;;;; ase;8,197;38,168;1.20;82;4,656;;537,079;1.74;84;14.1;31 scc;1,805;13,461;1.30;77;7,458;;;;;; Début rang fort;;;1.40;;14,777;;;;;30.0;39 rtb;793;1,117;°0.97;68;°1,409;;1,119;0.98;75;°'''1.0;°'''1 spl;4,213;6,234;°0.93;79;°1,480;;109,920;1.52;79;17.6;&39 pmq;7,223;15,320;°1.00;72;°2,121;;459,123;1.70;80;&30.0;&41 cbei;5,623;3,288;°0.73;79;°585;;111,913;1.45;75;&34.0;&50 blo;1,772;8,149;1.18;71;4,599;;;;;; myr;3,555;19,289;1.22;87;5,426;;97,139;1.55;87;°5.0;21 mba;3,943;561;°'''0.47;80;°'''142;;5,558;0.93;71;9.9;&49 </pre> *Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre pente a37 <pre> ;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600; gen;cds;K;-a;R2;K %;;K;-a;R2;k12/k6;a% pub;1 307;19 910;&1,63;89;&15 233;;;;;; rtb;793;1 117;°0,97;68;°1 409;;1 119;0,98;75;°1,0;°1 rru;3 786;46 193;&1,40;73;12 201;;157 774;1,66;79;°3,4;16 ;;;;;;;;;;; eco;4 024;64 507;&1,46;74;&16 031;;;;;; spl;4 213;6 234;°0,93;79;°1 480;;109 920;1,52;79;17,6;&39 ;;;;;;;;;;; bsu;4 216;110 979;&1,58;79;&26 323;;;;;; pmq;7 223;15 320;°1,00;72;°2 121;;459 123;1,70;80;&30,0;&41 ;;;;;;;;;;; cbn;2 491;24 707;1,33;74;9 919;;;;;; cbei;5 623;3 288;°0,73;79;°585;;111 913;1,45;75;&34,0;&50 ;;;;;;;;;;; ase;8 197;38 168;1,20;82;4 656;;537 079;1,74;84;14,1;31 blo;1 772;8 149;1,18;71;4 599;;;;;; ;;;;;;;;;;; myr;3 555;19 289;1,22;87;5 426;;97 139;1,55;87;°5,0;21 pmg;1 800;48 983;&1,62;85;&27 213;;;;;; abra;1 667;17 186;&1,41;81;10 310;;;;;; cvi;4 282;5 941;&1,42;79;°1 387;;272 330;1,76;85;&45,8;19 ade;4 464;83 541;&1,51;81;&18 714;;344 171;1,81;86;°4,1;17 ant;3 095;158 387;&1,80;85;&51 175;;;;;; afn;2 039;16 580;1,32;74;8 131;;;;;; scc;1 805;13 461;1,30;77;7 458;;;;;; mja;1 730;25 564;&1,45;81;&14 777;;;;;; mba;3 943;561;°0,47;80;°142;;5 558;0,93;71;9,9;&49 </pre> ====Fréquences des intercalaires cds-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds|cds-cds]] <pre> génome;nombre cds;intercalaires;200;rapport;26-370;;;total;;;;;;;;génome;;;;;;; gen;n-cds;inter%;moy;rap;a37;b37;R2;cds;<0;100;200;370;600;max;freq5;gen;<0;100;200;370;600;max;freq5 pub;1,343;3.0;37;14;5.93;17.15;63;1307;473;720;87;19;7;1;365;pub;362;551;67;15;5;1;''438 rtb;828;20.2;85;109;3.05;11.85;58;793;102;248;187;84;52;120;396;rtb;129;313;236;106;66;151;''573 rru;3,854;9.9;78;89;18.99;71.15;91;3786;683;1546;835;535;139;48;2 289;rru;180;408;221;141;37;13;'''738 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; eco;4,285;9.1;72;76;20.08;74.15;88;4024;738;1730;810;572;142;32;2 346;eco;183;430;201;142;35;8;714 spl;4,269;14.1;82;105;17.06;72.54;76;4213;426;1561;905;776;378;167;2 651;spl;101;371;215;184;90;40;700 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; bsu;4,325;9.5;72;64;29.29;'''96.38;81;4213;608;2086;971;412;118;18;2 606;bsu;144;495;230;98;28;4;'''723 pmq;7,258;13.8;88;130;28.46;'''126.75;90;7223;795;2448;1722;1520;506;232;4 818;pmq;110;339;238;210;70;32;'''750 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cbn;2,521;11.3;71;79;14.59;53.49;82;2491;176;1201;577;394;117;26;1 678;cbn;71;482;232;158;47;10;'''725 cbei;5,665;17.9;83;136;14.71;'''79.19;83;5622;400;1788;1188;1240;713;293;3 434;cbei;71;318;211;221;127;52;658 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ase;8,256;11.5;76;79;43.46;'''155.74;88;8197;1652;3299;1568;1047;399;232;4 749;ase;202;402;191;128;49;28;'''726 blo;1,824;10.6;88;116;9.53;36.46;78;1772;228;661;483;281;85;34;1 201;blo;129;373;273;159;48;19;'''778 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; myr;3,611;12.2;67;63;19.62;69.35;84;3555;302;1780;681;440;202;150;2 078;myr;85;501;192;124;57;42;639 pmg;1,839;8.5;55;35;11.99;37.52;76;1800;253;1104;267;120;42;14;935;pmg;141;613;148;67;23;8;''604 abra;1,712;7.2;65;57;8.52;28.44;82;1667;417;757;311;121;42;19;787;abra;250;454;187;73;25;11;630 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cvi;4,345;9.5;74;67;26.50;'''89.98;78;4282;756;1984;873;455;147;67;2 551;cvi;177;463;204;106;34;16;'''723 ade;4,506;8.5;70;66;25.60;'''87.68;90;4464;815;2097;919;464;124;45;2 517;ade;183;470;206;104;28;10;690 ant;3,119;6.0;56;38;16.12;51.22;81;3095;762;1651;474;150;33;25;1 309;ant;246;533;153;48;11;8;''561 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; afn;2,093;9.5;66;75;8.68;33.73;77;2038;307;934;401;304;69;23;1 128;afn;151;458;197;149;34;11;652 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; scc;1,847;8.8;69;72;8.68;31.86;82;1805;347;793;327;241;78;19;1 001;scc;192;439;181;134;43;11;687 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; mja;1,768;9.1;64;53;9.96;33.76;80;1729;219;956;340;166;36;12;955;mja;127;553;197;96;20;7;632 mba;3,995;26.7;85;154;5.54;38.77;46;3943;329;900;600;782;643;689;1 911;mba;83;228;152;198;163;175;''529 rang;X1 000;;;;;;;;;;;;;;;rang;;;;;;; faible;1350-2500;3-7;37-55;14-64;3-6;12-17;46-63;;;;;;;;;faible;70-100;230-375;65-150;15-70;5-25;4-15;438-604 moyen;3100-4500;8.5 -11.5;64-72;66-109;9-17;28-74;76-84;;;;;;;;;moyen;110-180;400-500;180-210;100-150;30-60;20-50;630-714 fort;5700-8300;12-27;78-88;116-154;19-43;79-156;88-91;;;;;;;;;fort;190-360;530-610;220-270;160-220;70-160;150-175;723-778 effectif;9 9 3;3 12 6;3 11 7;7 10 4;3 10 8;2 13 6;3 13 5;;;;;;;;;effectif;5 11 5;6 11 4;4 11 6;4 11 6;5 11 5;13 6 2; 5 9 7 </pre> ====Classement des génomes cds-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_cds-cds|Classement]] <pre> gen;n-cds;%;moy;rap;a37;R2;;<0;100;200;370;600;max '''pub;1m;''3;''37;''14;''5.93;''63;;'''362;'''551;''67;''15;''5;''1 '''ant;3m;''6;''56;''38;°16.12;°81;;'''246;'''533;''153;''48;''11;''8 '''abra;2m;''7;<u>65;''57;''8.52;°82;;'''250;°454;°187;''73;''25;<u>11 '''pmg;2m;<u>8,5;''55;''35;<u>11.99;°76;;°141;'''613;''148;''67;''23;''8 '''mja;2m;°9;<u>64;''53;''9.96;°80;;°127;'''553;°197;°96;''20;''7 ;;;;;;;;;;;;; fin rang faible;;''7,2;''56;''64;''10;''63;;''101;''375;''153;''73;''25;''8 ;;;;;;;;;;;;; rang moyen;;8.5;64;66;12;76;;110;402;181;96;28;10 ;;11.5;72;109;20;84;;183;502;211;149;57;16 ;;;;;;;;;;;;; '''rru;4M;°10;<u>'''78;°89;°18.99;'''91;;°180;°408;<u>'''221;°141;°37;°13 '''eco;4M;°9;°72;°76;°20.08;'''88;;°183;°430;°201;°142;°35;<u>''8 '''cvi;4M;°9,5;°74;°67;'''26.50;°78;;°177;°463;°204;°106;°34;°16 '''ade;4M;°8,5;°70;°66;'''25.60;'''90;;°183;°470;°206;°104;°28;°10 '''bsu;4M;°9,5;°72;<u>''64;'''29.29;°81;;°144;°495;<u>'''230;°98;°28;''4 '''cbn;2m;°11;°71;°79;°14.59;°82;;''71;°482;<u>'''232;<u>'''158;°47;°10 '''afn;2m;°9,5;°66;°75;''8.68;°77;;°151;°458;°197;°149;°34;°11 '''ase;'''8M;°11,5;°76;°79;'''43.46;'''88;;'''202;°402;°191;°128;°49;'''28 '''scc;2m;°9;°69;°72;''8.68;°82;;<u>'''192;°439;°181;°134;°43;°11 ;;;;;;;;;;;;; Début rang fort;;'''12,2;'''78;'''116;'''25.6;'''88;;'''192;'''533;'''221;'''158;'''66;'''19 ;;;;;;;;;;;;; '''rtb;1m;'''20;'''85;<u>109;''3.05;''58;;°129;''313;'''236;°106;'''66;'''151 '''spl;4M;'''14;'''82;<u>105;°17.06;°76;;''101;''371;<u>215;'''184;'''90;'''40 &'''pmq;'''7M;'''14;'''88;'''130;'''28.46;'''90;;<u>110;''339;'''238;'''210;'''70;'''32 &'''cbei;'''6M;'''18;'''83;'''136;°14.71;°83;;''71;''318;<u>211;'''221;'''127;'''52 '''blo;2m;<u>11;'''88;'''116;''9.53;°78;;°129;''373;'''273;'''159;°48;'''19 '''myr;4M;'''12;°67;''63;°19.62;°84;;''85;°501;°192;°124;<u>57;'''42 &'''mba;4M;'''27;'''85;'''154;''5.54;''46;;''83;''228;''152;'''198;'''163;'''175 </pre> ====Les intercalaires tRNAs-cds==== =====comparaison continu-discontinu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_continu-discontinu|comparaison continu-discontinu]] *Total des nuls cds-cds <pre> gen;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total nuls;13;29;11;65;35;3;27;19;11;15;29;22;21;18;46;31;71;13;5;8;18;510 </pre> *tableau <pre> ;détail;tRNA-cds positifs;;;;ensemble;cds-cds négatifs;;;; gen;deb;fin;deb’;fin’;total;cds;<0;reste32;reste32%;comp’/<0%;min’-min% abra;7;12;5;4;41;1 667;417;20;4,8;1,4;117 ade;20;16;7;9;69;4 464;815;40;4,9;11,9;6 afn;20;17;2;5;53;2 038;307;21;6,8;1,3;31 ant;11;12;4;1;34;3 095;762;17;2,2;10,9;11 ase;18;16;12;12;101;8 197;1 652;128;7,7;19,3;1 blo;15;15;5;6;78;1 772;228;8;3,5;7,0;17 bsu;3;5;7;5;28;4 213;608;52;8,6;3,9;182 cbei;9;5;4;1;47;5 622;400;24;6,0;2,8;59 cbn;12;12;2;2;40;2 491;176;6;3,4;4,5;54 cvi;22;20;7;9;78;4 282;756;26;3,4;8,2;5 eco;10;11;5;7;65;4 024;738;55;7,5;12,3;107 mba;9;8;7;4;90;3 943;329;26;7,9;5,5;23 mja;6;15;8;1;43;1 729;219;17;7,8;24,2;29 myr;18;15;12;10;79;3 555;302;12;4,0;6,6;37 pmg;16;17;13;8;67;1 800;253;12;4,7;36,0;3 pmq;8;11;2;5;42;7 223;795;52;6,5;4,3;45 pub;13;14;11;11;50;1 307;473;14;3,0;19,0;41 rru;15;18;10;11;83;3 786;683;32;4,7;10,1;12 rtb;9;12;0;2;56;793;102;7;6,9;2,9;35 scc;13;8;11;5;67;1 805;347;14;4,0;7,8;47 spl;9;9;4;3;62;4 213;426;10;2,3;2,8;61 total;263;268;138;121;1273;72 023;10 788;593;5,5;11,8; ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; 10,6,21;con;;cds-cds négatifs continus;;;;;comp’;cds-cds négatifs discontinus;; gen;total;min;con1;con4;c1/c4;reste50;reste50 %;total;min;reste50;reste50 % abra;411;-92;68;142;0,48;13;3,2;6;-24;0; ade;718;-109;70;540;0,13;10;1,4;97;-116;14;14,4 afn;303;-113;38;129;0,29;9;3,0;4;-83;1;25,0 ant;679;-71;164;221;0,74;6;0,9;83;-79;1;1,2 ase;1333;-119;168;892;0,19;32;2,4;319;-120;49;15,4 blo;212;-86;52;109;0,48;2;0,9;16;-102;2;12,5 bsu;578;-7 616;72;233;0,31;17;2,9;30;-361;7;23,3 cbei;389;-110;71;82;0,87;4;1,0;11;-60;1;9,1 cbn;168;-47;34;28;1,21;0;;8;-27;0; cvi;694;-97;118;377;0,31;4;0,6;62;-102;6;9,7 eco;647;-2 400;163;261;0,62;22;3,4;91;-723;11;12,1 mba;311;-59;33;119;0,28;7;2,3;18;-74;2;11,1 mja;166;-83;25;52;0,48;7;4,2;53;-62;0; myr;282;-47;71;60;1,18;0;;20;-68;1;5,0 pmg;162;-65;36;72;0,50;2;1,2;91;-67;2;2,2 pmq;761;-119;80;387;0,21;17;2,2;34;-75;4;11,8 pub;383;-65;152;81;1,88;3;0,8;90;-43;0; rru;614;-137;81;396;0,20;13;2,1;69;-122;7;10,1 rtb;99;-50;10;33;0,30;0;;3;-35;0; scc;320;-74;39;156;0,25;6;1,9;27;-120;1;3,7 spl;414;-98;126;136;0,93;5;1,2;12;-52;1;8,3 total;9 644;;1 671;4 506;0,37;179;1,9;1 144;;110;9,6 </pre> =====Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Rareté_des_tRNA-cds_négatifs_et_petits_positifs|Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs]] *Total des '''tRNAs-cds des 22 génomes''' qui regroupent 11 négatifs: Ci-dessous le total des blocs de tRNAs sans rRNAs (ligne "opérons sans" dans "genome.opérons"). Multiplié par 2 il donne le total des tRNA-cds sans les tRNAs-cds des blocs avec rRNA. J'ai estimé le total de ces derniers à 5% des 1ers. Donc le total des tRNA-cds estimé pour ces 22 génomes est de 1340 + 67 = 1407. <pre> tRNA-cds;ecoN;vha;amed;rpl;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;ppm;lbu;ban;psor;cdc;cdc;hmo;fps;npu;apal;mfi;mfe;total opérons;50;27;38;29;47;45;51;51;38;38;29;23;9;8;5;6;24;26;43;14;29;40;670 </pre> *'''Tableau''' <pre> tRNA-cds négatifs;;; genome;adresse;tRNA;inter Intercalaire continu nc;;; vha chr2;1842556;ctc;-36 amed;779541;caa;-21 oan;1945985;aag;-38 oan;34057;gcc;-40 ppm plasm;7953;gac;-24 hmo;2497882;gtg;-10 mfi;314088;caa;-1 pmg;1600898;gta;-30 blo;207388;tgg;-17 Intercalaire discontinu xc comp’;;; rpm;1941413;agc;-30 oan;1639492;atgj;-44 aua;1350534;cgt;-30 npu;3439846;gca;-19 mba;1315521;cgc;-12 spl;552630;tga*;-23 myr;1926118;tta;-38 ase;1249593;aag;-12 blo;440078;aac;-39 blo;1424907;gag;-8 total;;19; cds-cds;cds 40;tRNA-cds;;;;;; gen;S40%;total;R40;R40%;taux;Rc+;Rx+; abra;&37,3;41;2;4,9;&7,6;2;; ade;32,6;69;8;11,6;2,8;7;1; afn;&35,8;53;4;7,5;4,7;4;; ant;&45,1;34;5;14,7;3,1;3;2; ase;23,9;100;14;14,0;1,7;11;3; blo;19,1;75;1;1,3;&14,4;1;; bsu;34,6;28;0;0;&'''9,7;;; cbei;19,0;47;3;6,4;3,0;1;2; cbn;29,3;40;0;0;&'''11,7;;; cvi;26,9;78;8;10,3;2,6;8;; eco;29,1;65;4;6,2;4,7;1;3; mba;°13,3;88;4;4,5;2,9;2;2; mja;&39,4;43;5;11,6;3,4;5;; myr;30,8;78;7;9,0;3,4;5;2; pmg;&42,9;65;11;16,9;2,5;8;3; pmq;19,1;42;1;2,4;&8,0;1;; pub;&'''59,6;48;27;'''56,3;°'''1,1;18;9; rru;26,1;83;3;3,6;&7,2;1;3; rtb;20,3;56;6;10,7;1,9;6;; scc;31,0;67;4;6,0;5,2;2;2; spl;20,0;61;1;1,6;&12,2;;1; total;27,1;1261;118;9,4;2,9;86;33; ;;;;;;;; ;27±7;;;;3,4±1,7;;Rx+%;% 27,7 </pre> =====Les cds-cds positif-négatif===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds-cds_positif-négatif|Les cds-cds positif-négatif]] <pre> taux de 1-40;;;;;;;; gen;<0 %;<1;reste;total;1-40;>0;1-40 %;1-32 % abra;;430;776;1 667;461;1237;37;95 ade;18;844;2440;4464;1180;3620;33;95 afn;15;318;1104;2038;616;1720;36;93 ant;25;827;1246;3095;1022;2268;45;98 ase;20;1687;4956;8197;1554;6510;24;92 blo;13;231;1246;1772;295;1541;19;97 bsu;14;635;2341;4213;1237;3578;35;91 cbei;7;419;4214;5622;989;5203;19;94 cbn;7;187;1628;2491;676;2304;29;97 cvi;18;771;2566;4282;945;3511;27;97 eco;18;767;2310;4024;947;3257;29;93 mba;8;351;3113;3943;479;3592;13;92 mja;13;240;903;1730;587;1490;39;92 myr;9;320;2239;3555;996;3235;31;96 pmg;14;298;857;1800;645;1502;43;95 pmq;11;826;5173;7223;1224;6397;19;94 pub;36;544;308;1307;455;763;60;97 rru;18;696;2285;3786;805;3090;26;95 rtb;13;107;547;793;139;686;20;93 scc;19;355;1001;1805;449;1450;31;96 spl;10;444;3017;4213;752;3769;20;98 total;;11297;;72019;16453;60722;27;94,5 écart;;;;;;;27±7;95±3 22.2.22;génomes. Les intercalaires cds-cds, continu – discontinu;;;;;;;;;;;; lien a;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra]];;;;;;;;;;22.2.22;; lien S;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];;;;;;;;;;;; lien a;total;nc;ac;ax;lien S;Sc-;Sx-;Sx-%;Sc+;Sx+;Sx+%;S-%;total S abra;1795;37;78;13;abra;409;8;°1.9;979;271;°22;&25;1667 ade;4569;22;57;26;ade;713;102;12.5;2339;1310;&36;18;4464 afn;2192;44;88;22;afn;303;4;°1.3;1385;346;20;15;2038 ant;3190;47;37;11;ant;679;83;10.9;1702;631;27;&25;3095 ase;8380;65;69;49;ase;1300;352;21.3;3866;2679;&41;20;8197 blo;1900;24;71;33;blo;210;18;7.9;1045;499;32;13;1772 bsu;4537;&99;&205;20;bsu;573;35;5.8;2515;1090;30;14;4213 cbei;5814;&106;68;18;cbei;390;10;°2.5;4010;1212;23;°7;5622 cbn;2638;87;45;15;cbn;167;9;5.1;1773;542;°23;°7;2491 cvi;4487;79;85;41;cvi;687;69;9.1;2424;1102;31;18;4282 eco;4700;65;&580;31;eco;644;94;12.7;2211;1075;33;18;4024 mba;4071;22;54;52;mba;307;22;6.7;2381;1233;34;°8;3943 mja;1828;21;41;37;mja;163;56;&25.6;1071;439;29;13;1729 myr;3754;87;69;43;myr;282;20;6.6;2274;979;30;°8;3555 pmg;1884;v5;45;34;pmg;158;95;&37.5;950;597;&39;14;1800 pmq;7479;&185;51;20;pmq;753;42;5.3;4543;1885;29;11;7223 pub;1386;°7;44;28;pub;381;92;19.5;599;235;28;&36;1307 rru;3946;23;79;58;rru;614;69;10.1;2140;963;31;18;3786 rtb;868;°5;51;19;rtb;98;4;°3.9;506;185;27;13;793 scc;1909;20;47;37;scc;319;28;8.1;1001;457;31;19;1805 spl;4466;&141;70;42;spl;414;12;°2.8;2486;1301;34;10;4213 total;75793;1191;1934;649;;9564;1224;11.3;42200;19031;31;15;72019 écart;;;;;;;;10±9;;;30±5;16±7; tRNA-cds continu-discontinu;;; gen;nc+; xc+;xc+% abra;31;10;24 ade;47;22;32 afn;43;10;19 ant;29;5;15 ase*;60;41;41 blo*;52;26;33 bsu;12;16;57 cbei;35;12;26 cbn;30;10;25 cvi;52;26;33 eco;37;28;43 mba;48;42;47 mja;25;18;42 myr*;48;31;39 pmg*;41;26;39 pmq;27;15;36 pub;28;22;44 rru;49;34;41 rtb;40;16;29 scc;35;32;48 spl*;39;23;37 total;808;465;37 écart;;;37±7 </pre> =====comparaison cds-cds et tRNA-cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_cds-cds_et_tRNA-cds|comparaison cds-cds et tRNA-cds]] <pre> ;caractéristiques;;;;;;petit;;grand; gen;p;cds;tRNAs;petit;grand;<0;inf;sup;inf;sup abra;0,854;1712;40;27;13;;-8,87;-6.14;-2.37;5.57 ant;0,911;3119;32;16;10;;-0,84;0,58;0,27;6,28 mja;0,858;1768;42;19;10;;0,28;2,87;1,41;9,49 pmg;0,886;1839;66;31;20;1;-0,69;1,86;0,49;9,78 pub;0,866;1343;50;25;17;;-1,78;0,88;-2,60;6,07 ;;;;;;;;;; ade;0,827;4506;68;30;21;;0,98;4,97;-3,20;7,65 afn;0,771;2093;52;26;17;;-3,63;0,91;-6,54;3,48 ase;0,744;8256;100;39;17;1;3,31;10,25;3,14;17,06 bsu;0,848;4325;26;11;8;;0,62;2,78;-1,88;4,59 cbn;0,768;2521;34;13;8;;1,22;4,95;-2,03;6,08 cvi;0,810;4345;78;38;20;;-2,73;1,92;-0,33;11,54 eco;0,773;4285;56;20;7;;4,22;8,90;4,54;14,92 rru;0,767;3854;80;39;15;;-4,03;1,70;2,33;14,78 spl;0,651;4269;60;19;5;1;2,95;9,99;1,97;12,62 ;;;;;;;;;; blo;0,741;1824;78;27;11;3;3,58;9,59;2,79;14,73 cbei;0,570;5665;40;13;5;;-0,17;6,77;-2,69;5,68 mba;0,415;3995;88;21;5;1;1,06;13,51;-2,54;7,36 myr;0,757;3611;78;35;18;1;-2,16;3,66;-2,35;9,85 pmq;0,649;7258;32;15;5;;-3,61;1,66;-2,22;5,68 rtb;0,630;828;56;18;5;;2,52;9,80;0,92;11,27 scc;0,768;1847;66;27;9;;1,64;6,82;4,82;16,12 ;fréquence;;moyenne;;;;;pourcentage;; gen;cds-cds;ADN;cds-cds;tRNA-cds;diff;grd;pet;grd%;pet%;taux abra;1250;135857;109;224;115;358;91;'''229;20;'''2,5 ant;2333;192251;82;126;44;184;68;123;21;1,4 mja;1511;151580;100;148;48;203;94;102;7;1,1 pmg;1547;139122;90;128;38;196;61;118;47;1,5 pub;834;39179;47;51;4;86;16;83;'''201;1,5 ;;;;;;;;;; ade;3649;428947;118;164;46;225;102;92;16;1,1 afn;1732;220467;127;144;17;199;89;56;43;0,9 ase;6545;1063558;162;239;76;346;130;113;25;1,3 bsu;3607;401590;111;188;77;241;135;116;'''-18;0,9 cbn;2315;313764;136;181;45;234;127;73;7;'''0,8 cvi;3526;452650;128;178;50;270;86;111;49;1,4 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vha;5 432;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" amed;4 285;*;*;*;ok;*;*;ok;2;" ecoN;5 157;*;*;*;*;*;ok;*;1;" rpm;3 484;*;ok;*;ok;ok;*;*;3; oan;4 900;*;*;*;*-;*;*;ok;1;" abq;6 576;*;*;*;ok;*;*;ok;2;" abs;6 817;*;*;*;ok;ok;*;ok;3;" agr;5 159;*;*;*;*-;*;*;ok;1;" aua;4 721;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" rpl;850;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" ppm;5 384;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" lbu;1 838;*;ok;ok;ok;ok;*;ok;5; ban;5 700;*;*-;*;ok;*-;ok;ok;3;" psor;3 368;*-;ok;ok;ok;ok;*-;ok;5; cdc;3 614;*;ok;*-;ok;ok;ok;ok;5; hmo;2 707;*;*-;*;ok;ok;*;ok;3;" fps;2 478;*-;ok;ok;ok;ok;*;*;4; npu;7 484;*;*;*;*;*;*;ok;1;" apal;1 453;ok;ok;ok;ok;ok;*;*;5; mfi;3 381;*;*;*;ok;*;ok;ok;3;" mfe;2 374;*;*;*;*;*;ok;*;1;" ;total ok;1;6;4;12;8;9;16;; </pre> *'''Les résultats''' <pre> cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;mba;1,1;13,5;;-3,5;6,4;;afn;-3,6;0,9;;-6,5;3,5 vha;5,2;9,0;;7,2;16,9;;vha;1,4;8,1;;0,9;11,0;;vha;-5,7;3,9;;-4,4;3,3;;vha;4,4;8,9;;5,5;15,5 amed;1,4;5,9;;7,5;19,1;;amed;-3,6;4,4;;-1,4;10,6;;amed;-13,4;-1,9;;-9,2;0,0;;amed;0,4;5,8;;5,0;17,0 ecoN;12,6;17,8;;12,1;25,5;;ecoN;6,2;15,5;;0,1;14,0;;ecoN;-6,8;6,6;;-10,7;0,0;;ecoN;11,2;17,5;;8,8;22,7 rpm;-3,1;1,9;;1,6;14,2;;rpm;-8,8;-0,1;;-9,0;4,1;;rpm;-20,3;-7,8;;-18,4;-8,4;;rpm;-4,3;1,7;;-1,3;11,7 oan;6,1;10,9;;7,4;19,7;;oan;0,6;9,1;;-2,7;10,1;;oan;-10,5;1,8;;-11,7;-1,9;;oan;4,9;10,7;;4,6;17,4 abq;0,7;5,9;;6,9;20,1;;abq;-5,5;3,6;;-4,6;9,0;;abq;-18,0;-4,8;;-15,0;-4,5;;abq;-0,6;5,6;;3,8;17,4 abs;1,4;6,8;;4,3;18,0;;abs;-5,2;4,3;;-8,2;6,0;;abs;-18,6;-5,0;;-19,5;-8,6;;abs;0,1;6,5;;0,9;15,0 agr;5,3;9,9;;6,1;17,8;;agr;0,3;8,4;;-3,1;9,1;;agr;-9,9;1,8;;-11,1;-1,8;;agr;4,3;9,8;;3,6;15,7 aua;7,3;11,9;;8,7;20,5;;aua;2,1;10,3;;-0,8;11,6;;aua;-8,3;3,6;;-9,0;0,4;;aua;6,2;11,7;;6,1;18,3 rpl;6,0;10,0;;8,4;18,4;;rpl;2,1;9,0;;1,6;12,0;;rpl;-5,6;4,4;;-4,2;3,8;;rpl;5,2;9,9;;6,5;16,9 ppm;5,0;9,0;;7,4;17,4;;ppm;1,1;8,0;;0,6;11,0;;ppm;-6,6;3,4;;-5,2;2,8;;ppm;4,2;8,9;;5,5;15,9 lbu;-0,6;3,0;;-0,5;8,7;;lbu;-4,0;2,3;;-6,1;3,4;;lbu;-10,4;-1,3;;-10,7;-3,4;;lbu;-1,3;2,9;;-2,0;7,4 ban;0,7;2,8;;0,6;5,9;;ban;-0,8;2,9;;-1,4;4,2;;ban;-3,4;1,9;;-2,8;1,5;;ban;0,3;2,8;;0,0;5,5 psor;-0,4;1,8;;-0,9;4,8;;psor;-2,1;1,9;;-3,2;2,7;;psor;-4,9;0,8;;-4,7;-0,2;;psor;-0,8;1,9;;-1,6;4,3 cdc;0,0;1,7;;0,2;4,4;;cdc;-1,1;1,9;;-1,1;3,3;;cdc;-2,8;1,4;;-1,8;1,6;;cdc;-0,3;1,7;;-0,2;4,2 hmo;0,5;4,0;;2,0;10,9;;hmo;-2,8;3,4;;-3,4;5,9;;hmo;-9,0;-0,1;;-7,8;-0,7;;hmo;-0,2;3,9;;0,5;9,7 fps;-1,9;2,0;;-2,2;7,7;;fps;-5,7;1,1;;-8,8;1,5;;fps;-13,2;-3,3;;-14,3;-6,4;;fps;-2,7;1,9;;-4,0;6,2 npu;-0,9;3,9;;11,4;23,7;;npu;-6,4;2,1;;1,3;14,1;;npu;-17,5;-5,2;;-7,7;2,1;;npu;-2,1;3,7;;8,6;21,4 apal;-1,8;0,9;;-3,9;3,0;;apal;-4,0;0,8;;-7,1;0,0;;apal;-7,9;-1,0;;-9,5;-4,0;;apal;-2,3;0,9;;-4,8;2,3 mfi;2,0;6,0;;4,4;14,4;;mfi;-1,9;5,0;;-2,4;8,0;;mfi;-9,6;0,4;;-8,2;-0,2;;mfi;1,2;5,9;;2,5;12,9 mfe;14,3;18,9;;14,7;26,5;;mfe;9,1;17,3;;5,2;17,6;;mfe;-1,3;10,6;;-3,0;6,4;;mfe;13,2;18,7;;12,1;24,3 **;;;;;;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;; rru;-2,8;1,9;;5,3;17,3;;mba;12,4;21,0;;5,6;18,6;;myr;-1,3;4,6;;-1,9;10,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7 bsu;0,2;2,9;;-2,9;4,0;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;vha;4,1;8,9;;4,8;14,9;;vha;-0,8;7,2;;-1,3;8,2 eco;14,3;18,9;;14,7;26,5;;cbei;1,6;7,5;;-1,0;7,8;;amed;-0,1;5,7;;4,2;16,2;;amed;-6,6;2,9;;-4,7;6,7 cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;spl;2,9;10,0;;1,9;12,5;;ecoN;10,7;17,4;;7,6;21,6;;ecoN;2,3;13,2;;-4,4;8,9 ade;0,6;4,9;;-4,2;6,9;;myr;-4,9;3,3;;-7,8;4,6;;rpm;-4,7;1,5;;-2,4;10,7;;rpm;;;;; cbn;1,9;4,9;;-0,8;7,1;;blo;0,6;8,5;;-1,8;10,1;;oan;4,4;10,6;;3,6;16,5;;oan;2,3;13,2;;-4,4;8,9 afn;-2,8;1,0;;-4,8;4,9;;rtb;;;;;;;abq;-1,1;5,4;;2,6;16,3;;abq;-9,3;1,5;;-8,9;4,1 scc;2,7;7,0;;7,2;18,1;;;;;;;;;abs;-0,5;6,3;;-0,4;13,9;;abs;-9,2;2,0;;-12,9;0,6 ase;6,6;11,8;;9,1;22,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7;;agr;3,8;9,7;;2,6;14,8;;agr;-2,8;6,8;;-6,4;5,1 ;;;;;;;pub;-8,5;-0,7;;-13,6;-4,2;;aua;5,7;11,6;;5,1;17,5;;aua;-1,1;8,6;;-4,2;7,5 pub;-1,78;0,88;;-2,60;6,07;;ant;-6,1;0,1;;-8,5;-1,1;;rpl;4,8;9,8;;5,8;16,3;;rpl;-0,3;7,9;;-0,9;9,0 vha;;;;;;;pmg;-9,3;-0,5;;-14,9;-4,3;;ppm;3,8;8,8;;4,8;15,3;;ppm;-1,3;6,9;;-1,9;8,0 amed;;;;;;;abra;-4,8;1,2;;-2,8;4,5;;lbu;-1,6;2,9;;-2,6;6,9;;lbu;-6,0;1,5;;-8,0;1,0 ecoN;;;;;;;mja;-5,4;1,7;;-7,5;1,1;;ban;0,2;2,9;;-0,2;5,4;;ban;-1,7;2,7;;-2,1;3,2 rpm;-1,6;2,0;;6,2;17,7;;;;;;;;;psor;-1,0;1,9;;-1,8;4,1;;psor;-3,0;1,7;;-3,9;1,7 oan;;;;;;;rru;-11,3;-1,5;;-7,9;3,9;;cdc;-0,4;1,8;;-0,4;4,1;;cdc;-1,7;1,8;;-1,5;2,7 abq;;;;;;;bsu;-3,2;2,4;;-7,2;-0,4;;hmo;-0,5;3,9;;0,0;9,2;;hmo;-4,7;2,6;;-5,2;3,5 abs;;;;;;;eco;5,9;15,6;;1,8;13,5;;fps;-3,1;1,9;;-4,7;5,6;;fps;-8,0;0,0;;-11,1;-1,4 agr;;;;;;;cvi;-11,1;-1,4;;-13,2;-1,5;;npu;-2,6;3,6;;7,6;20,5;;npu;-9,8;0,3;;-2,4;9,7 aua;;;;;;;ade;-6,8;2,2;;-15,4;-4,5;;apal;-2,5;0,9;;-5,1;2,0;;apal;-5,2;0,4;;-8,2;-1,4 rpl;;;;;;;cbn;-2,3;4,1;;-6,3;1,4;;mfi;0,8;5,8;;1,8;12,3;;mfi;-4,3;3,9;;-4,9;5,0 ppm;;;;;;;afn;-8,8;-0,8;;-13,3;-3,8;;mfe;12,7;18,6;;11,1;23,5;;mfe;;;;; lbu;;;;;;;scc;-4,6;4,4;;-3,7;7,1;;;;;;;;;;;;;; ban;;;;;;;ase;-3,7;7,2;;-7,4;5,9;;;;;;;;;;;;;; psor;0,0;1,6;;0,1;5,3;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cdc;;;;;;;mba;9,0;19,1;;1,8;14,1;;;;;;;;;;;;;; hmo;;;;;;;pmq;-5,1;1,1;;-3,5;3,9;;;;;;;;;;;;;; fps;-0,9;1,9;;0,7;9,7;;cbei;;;;;;;;;;;;;;;;;;; npu;;;;;;;spl;1,2;9,7;;-0,4;9,9;;;;;;;;;;;;;; apal;-1,2;0,7;;-2,4;3,9;;myr;-8,1;1,6;;-11,2;0,5;;;;;;;;;;;;;; mfi;;;;;;;blo;-2,3;7,0;;-4,9;6,3;;;;;;;;;;;;;; mfe;;;;;;;rtb;0,7;8,9;;-0,9;9,0;;;;;;;;;;;;;; **;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ant;-1,4;0,8;;-1,5;5,5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; pmg;-1,1;1,9;;-0,9;8,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; abra;-0,3;1,8;;3,9;10,6;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; mja;0,4;2,8;;1,8;9,7;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; afn;-1,8;0,9;;-1,9;6,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> *'''Les génomes et leurs tRNAs, petit grand''' <pre> test;vha;amed;ecoN;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;apal; cds;5,432;4 285;5 157;3 484;4 900;6 576;6 817;5 159;4 721;1 453; petit;18;32;33;43;32;43;46;29;28;13; grand;5;11;14;21;14;18;23;13;11;9; totat sans -;52;74;100;88;84;96;104;76;78;26; total;54;76;100;90;90;96;104;76;80;26; grand sans -;(4);(10);;(20);(13);;;;;; ;;;;;;;;;;; test;rpl;ppm;lbu;ban;psor;cdc;hmo;fps;npu;mfi;mfe cds;850;5 384;1 838;5 700;3 368;3 614;2 707;2 478;7 484;3 381;2 374 petit;19;20;21;6;8;4;19;26;39;23;21 grand;5;6;11;2;4;1;8;15;10;9;5 totat sans -;56;56;46;16;18;10;44;54;84;56;78 total;56;58;46;16;18;10;46;54;86;58;78 grand sans -;;(5);;;;;(9);;(9);(8); ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;ko;ko;ko;ko;ok;ok;ko;ok;ko;ko; p;0,415;0,858;0,773;0,827;0,649;0,570;0,911;0,866;0,768;0,848; q;0,585;0,142;0,227;0,173;0,351;0,430;0,089;0,134;0,232;0,152; compare;mba;mja;eco;ade;pmq;cbei;ant;pub;cbn;bsu; cds;3 995;1 768;4 285;4 506;7 258;5 665;3 119;1 343;2 521;4 325; petit;21;19;21;30;15;13;16;25;13;11; grand;6;10;5;21;5;5;10;17;8;8; totat sans -;86;42;78;68;32;40;32;50;34;26; total;88;42;78;68;32;40;32;50;34;26; grand sans -;(5);;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;ok;ok;ko;ko;ko;ok;ko;ko;ko;ko;ok p;0,771;0,810;0,744;0,741;0,886;0,757;0,854;0,768;0,651;0,767;0,630 q;0,229;0,190;0,256;0,259;0,114;0,243;0,146;0,232;0,349;0,233;0,370 compare;afn;cvi;ase;blo;pmg;myr;abra;scc;spl;rru;rtb cds;2 093;4 345;8 256;1 824;1 839;3 611;1 712;1 847;4 269;3 854;828 petit;26;38;39;27;31;35;14;27;19;39;18 grand;17;20;17;11;20;18;4;9;5;15;5 totat sans -;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56 total;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56 </pre> *'''Les calculs des bornes''' <pre> ;compare;test;;;;;;;;; ;afn;eco;;;;;;;;; ;0,771;21;;;;;;;;; ;0,229;5;;;;;;;;; ;;78;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;3995;;;;3614;cds;bornes;p;q;;tRNAs archeo;cds total;total;<0;0-200;reste;;petit;0,771;0,229;;78 mba cds-cds;3995;3943;329;1500;2114;;34,181;p2;2pq;1-q2;q2 mba cds %;;;83;415;585;;39,741;0,595;0,353;0,948;0,052 mba tRNA;;88;1;27;60;;grand;varq;varp;attendus; calculs;proba;effect;attendu;plage;2σ;;17,074;nq2(1-q2);np2(1-p2);petit;grand petit;0,771;21;37;22 – 35;2,8;;29,336;1,932;9,398;36,961;23,205 grand;0,229;5;23,2;2 – 12;6,1;;;;;; ;;;;;;;34;40;;17;29 ;;;;;;;;;;; ;;;;;;bornes;13,2;18,7;;12,1;24,3 ;;;;;;petit;inf;sup;grand;inf;sup </pre> =====Récapitulatif des taux discontinu/continu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Récapitulatif_des_taux_discontinu/continu|Récapitulatif des taux discontinu/continu]] <pre> >0;;;<0;;;total;taux tRNA-cds;;;tRNA-cds;;;; Rc+;Rx+;Rx+ %;Rc-;Rx-;Rx- %;;R- % 808;464;&36,5;2;6;&75;1280;&0,6 cds-cds;;;cds-cds;;;; Sc+;Sx+;Sx+ %;Sc-;Sx-;Sx- %;;S- % 42200;19031;&31,08;9564;1224;&11,3;72019;&15,0 cn;ac;ax;ax%;a%;intercal;;Sx% 1191;1934;649;&25,1;&3,4;75793;;28,1 </pre> =====Les taux de discontinus par classe génomique===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_taux_de_discontinus_par_classe_génomique|Les taux de discontinus par classe génomique]] <pre> gen;Sx-%;Sx+%;S-%;Rx+%;ax% $I;;;;; abra;°1,4;°22;&25;°24;°6 ant;&10,9;27;&25;°15;°8 mja;&24,2;30;13;42;&36 pmg;&36,0;&39;14;39;&41 pub;&19,0;29;&36;44;&45 $II;;;;; ade;&11,9;&36;18;32;13 afn;°1,3;°20;15;°19;11 ase;&19,3;&42;20;41;11 bsu;4,9;30;14;&57;16 cbn;4,5;°23;°7;°25;°5 cvi;8,2;32;18;33;18 eco;&12,3;33;18;43;&35 rru;&10,1;31;18;41;&33 spl;°2,8;34;10;37;11 $III;;;;; blo;7,0;32;13;33;18 cbei;°2,8;°23;°7;°26;°6 mba;5,5;34;°8;&47;28 myr;6,6;30;°8;39;9 pmq;4,3;29;11;36;°4 rtb;°2,9;27;13;29;25 scc;7,8;32;19;&48;18 total;10,6;31;15;37;19 écart;10±6;31±4;15±5;37±7;19±10 </pre> =====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds]] *Tableau <pre> 14.8.21;continu;;;comp’;;; inter;nc;nc%;pc;nx;nx%;px;diff -1;1671;'''17.5;;0;0;; -2;4;0.0;;40;3.3;; -3;5;0.1;;0;0;; -4;&4476;'''46.8;<u>0.38;°410;'''33.5;<u>0.10; -5;9;0.1;;3;0.2;; -6;4;0.0;;35;2.9;;16 -7;139;1.5;;19;1.6;; -8;&945;'''9.9;0.15;°51;'''4.2;1.06; -9;3;0.0;;25;2.0;;14 -10;93;1.0;;11;0.9;; -11;&498;'''5.2;0.19;°52;'''4.3;0.69; -12;2;0.0;;23;1.9;;8 -13;94;1.0;;15;1.2;; -14;&329;'''3.4;0.29;°45;'''3.7;0.84; -15;1;0.0;;25;2.0;;12 -16;58;0.6;;13;1.1;; -17;&235;'''2.5;0.25;°42;'''3.4;0.90; -18;5;0.1;;13;1.1;;1 -19;43;0.4;;12;1.0;; -20;&162;'''1.7;0.30;°24;'''2.0;1.04; -21;0;0;;11;0.9;;3 -22;22;0.2;;8;0.7;; -23;&107;'''1.1;0.21;°20;'''1.6;0.95; -24;1;0.0;;19;1.6;;8 -25;34;0.4;;11;0.9;; -26;&101;'''1.1;0.35;°21;'''1.7;1.43; -27;2;0.0;;6;0.5;; -2 -28;19;0.2;;8;0.7;; -29;&61;'''0.6;0.34;°10;'''0.8;1.40; -30;0;0;;5;0.4;; -3 -31;16;0.2;;8;0.7;; -32;&45;'''0.5;0.36;°18;'''1.5;0.72; -33;0;0;;3;0.2;; -4 -34;15;0.2;;7;0.6;; -35;&35;'''0.4;0.43;°19;'''1.6;0.53; -36;0;0;;3;0.2;;0 -37;9;0.1;;3;0.2;; -38;&31;'''0.3;0.29;°12;'''1.0;0.50; -39;0;0;;3;0.2;; -4 -40;5;0.1;;7;0.6;; -41;&34;'''0.4;0.15;°8;'''0.7;1.25; -42;0;0;;4;0.3;; -2 -43;16;0.2;;6;0.5;; -44;&24;'''0.3;0.67;°4;'''0.3;2.50; -45;0;0;;2;0.2;; -1 -46;5;0.1;;3;0.2;; -47;&11;'''0.1;0.45;°4;'''0.3;1.25; -48;0;0;;2;0.2;; -2 -49;11;0.1;;4;0.3;; -50;&9;'''0.1;1.22;°6;'''0.5;1.00; reste;169;1.8;;120;9.8;; total;9558;100.0;;1223;100.0;; </pre> *Fréquences des <span id="nd50">négatifs</span>, détails jusqu'à -50 pour les continus et jusqu'à -80 pour les discontinus <pre> 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0 6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1 7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1 8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3 1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58 1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7 total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12 gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl 1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2 3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5 5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0 6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0 7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0 8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2 9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0 10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0 11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0 12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0 13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0 14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0 15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1 16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0 17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1 18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0 19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0 21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0 22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0 23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0 24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0 25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0 26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0 27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0 28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0 30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0 31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0 33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0 35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0 36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0 39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0 40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0 41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0 42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0 44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0 49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0 51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0 52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1 53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0 56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0 63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0 69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl -1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126 -2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0 -4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136 -5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0 -6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0 -7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10 -8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46 -9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8 -11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28 -12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0 -13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5 -14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15 -15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3 -17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8 -18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1 -20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7 -21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0 -23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4 -24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 -25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0 -26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2 -27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1 -29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2 -30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0 -32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3 -33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1 -35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0 -36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 -38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1 -39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 -41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1 -42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1 -44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0 -45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0 -47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0 -48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0 -50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0 ;169;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;2;16;3;11;0;6;5 ;9558;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;158;753;381;609;98;319;414 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl </pre> =====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds._Diagrammes|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes]] *Tableau <pre> 14.8.21;;diagrammes;;;;;;;;;;; ;R2;;;abscisses modulo 3;;;;;abscisses modulo 1;;moyennes;; fréquence;droite;exp;p4;-a;b;-x;x’;w;'-x1;x’1;m;e;m/e continu 50;;;;;;;;;;;;; 6;537;190;585;0,1;4;36;4;6;107;3.5;1.2;1.66;0.72 7;735;855;971;2,6;111;72;176;245;215;132;38.6;40.2;0.96 8;608;973;987;14,8;603;100;1389;2611;301;841;175.1;253.9;0.69 discontinu 50;;;;;;;;;;;;; 6’;820;912;913;0.7;32;72;54;45;217;43;11.9;10.8;1.11 7’;806;779;835;0.3;17;36;22;26;109;19;9.0;4.5;1.99 8’;857;888;933;1.2;56;61;97;56;184;71;22.4;17.0;1.32 discontinu 80;;;;;;;;;;;;; 6”;667;834;931;0.4;23;51;32;45;152;28;7.8;9.76;0.80 7”;806;769;887;0.2;15;38;22;21;115;19;6.2;5.04;1.22 8”;739;874;949;0.6;42;48;70;80;144;55;14.8;16.14;0.92 </pre> =====Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_négatifs_cds-cds,_recouvrements|Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements]] <pre> recouvrements;;intercalaires cds-cds recouvrements;;;;;;;; bsu;;;;;;eco;;;; intercal;add1;add2;shift;couvre;;intercal;add1;add2;shift;couvre continu;;;;;;continu;;;; -7616;387744;398495;°-7475;141;;-2400;164730;167264;&0;2400 ;390880;391020;;;;;164865;167264;; ;;;;;;-2130;&2731600;2733729;444;2130 -500;3717238;3717825;°-20;480;;;2731600;2734173;; ;3717326;3717805;;;;-1295;&492092;493386;637;1295 ;;;;;;;492092;494023;; -492;2909520;2910011;735;492;;-897;&4577958;4578854;483;897 ;2909520;2910746;;;;;4577958;4579337;; ;;;;;;-729;1179520;1180359;&0;729 -164;1252815;1253021;52;164;;;1179631;1180359;; ;1252858;1253073;;;;-448;1639030;1639527;°-193;255 ;;;;;;;1639080;1639334;; -154;2466721;2467953;209;154;;-242;578107;578568;°-59;183 ;2467800;2468162;;;;;578327;578509;; ;;;;;;-212;508875;511379;&0;212 -143;1916663;1917097;205;143;;;511168;511379;; ;1916955;1917302;;;;-153;&16751;16903;57;153 ;;;;;;;16751;16960;; discontinu;;;;;;discontinu;;;; -361;2601528;2603339;°-64;297;;-723;3111128;3111988;°-663;60 ;2602979;2603275;;;;;3111266;3111325;; ;;;;;;-530;3838248;3839171;°-470;60 -127;3666841;3667059;°-43;84;;;3838642;3838701;; ;3666933;3667016;;;;-527;10643;11356;°-41;486 ;;;;;;;10830;11315;; -93;2652993;2653463;1410;93;;-436;3796948;3798207;°-361;75 ;2653371;2654873;;;;;3797772;3797846;; ;;;;;;-210;3993739;3994059;276;210 ;;;;;;;3993850;3994335;; </pre> =====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus===== ======Tableau cds-cds négatifs discontinus====== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_discontinus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus]] <pre> 14.8.21;recompte;;rouge pour les peu significatifs;;;;couleurs uniformisées;;;“p pour périodiques;;;; ;;génomes à forts cds-cds négatifs discontinues ;trié sur x‰ ;;;puis;génomes à faibles cds-cds négatifs discontinues;;;;;;; clde;gen;r80;“6;“7;“8;“p;x6;x7;x8;x‰ ;cds;“5;x5;“80 1;'''pub;0;§17;3;25;&45;§38;7;56;&<u>70.4;1307;&47;51;&92 2;'''pmg;0;§16;9;30;&55;§29;16;55;&48.9;1800;&33;38;&88 3;'''ase;17;?48;55;123;&<u>226;?21;24;54;&42.9;<u>'''8197;&<u>109;31;&<u>335 4;'''mja;0;@19;3;8;&30;@63;10;27;&32.4;1730;&26;46;&56 5;'''ant;0;@20;5;18;&43;@47;12;42;&26.8;3095;&40;48;&83 6;'''eco;10;§15;6;18;&39;§38;15;46;&23.4;'''4024;&45;48;&84 7;'''ade;9;?4;17;36;&57;?7;30;63;&22.8;'''4464;&36;35;&93 8;'''rru;5;?6;13;22;&41;?15;32;54;&19.5;'''3786;&28;38;&69 9;'''cvi;1;?7;16;20;&43;?16;37;47;&16.1;'''4282;&25;36;&68 10;'''scc;1;§9;3;12;&24;§38;13;50;&15.5;1805;°3;11;27 11;'''blo;2;?1;4;8;13;?8;31;62;10.2;1772;°3;17;°16 12;'''bsu;4;?5;7;5;17;?29;41;29;8.3;'''4215;14;40;31 13;'''myr;0;§5;1;5;11;§45;9;45;5.6;'''3555;9;45;20 14;'''pmq;1;§8;5;14;&27;§30;19;52;5.8;'''7223;14;33;41 15;'''mba;0;?3;3;10;16;?19;19;63;5.6;'''3943;°6;27;22 16;'''rtb;0;§0;0;3;$3;§0;0;100;$5.0;793;$1;25;$4 17;'''abra;0;@3;0;3;$6;@50;0;50;$4.8;1667;$2;25;$8 18;'''cbn;0;@5;0;4;$9;@56;0;44;$3.6;2491;$0;0;$9 19;'''spl;0;?1;1;3;°5;?20;20;60;°2.8;'''4213;7;58;°12 20;'''cbei;0;?2;2;3;°7;?29;29;43;°2.0;'''5622;°4;36;°11 21;'''afn;1;@1;1;0;$2;@50;50;0;$2.0;2039;$1;25;$3 ;'''total;51;195;154;370;719;27;21;51;17.0;72023;453;37;1172 ;;;;;;;;;;;;;; §;bgcolor="#e8f2a8"|;;?;bgcolor="#bbe333"|;;@;bgcolor="#ff00ff"|;;;;;;; </pre> *<span id="cdmc">Coefficient</span> de détermination, moyenne et corrélation: effectifs <pre> 14.8.21 Effectifs des cds-cds négatifs continus 14.8.21 Effectifs des cds-cds négatifs discontinus gen r50 “5 “6 “7 “8 total cds r80 “5 “6 “7 “8 total abra 13 211 0 11 174 409 1667 0 2 3 0 3 8 ade 9 607 0 25 72 713 4464 9 36 4 17 36 102 afn 9 167 2 20 105 303 2039 1 1 1 1 0 4 ant 6 387 1 33 252 679 3095 0 40 20 5 18 83 ase 28 1054 3 70 145 1300 8197 17 109 48 55 123 352 blo 2 161 1 10 36 210 1772 2 3 1 4 8 18 bsu 17 305 0 42 209 573 4215 4 14 5 7 5 35 cbei 4 153 0 32 200 389 5622 0 4 2 2 3 11 cbn 0 62 0 23 82 167 2491 0 0 5 0 4 9 cvi 4 493 0 38 152 687 4282 1 25 7 16 20 69 eco 22 423 0 47 152 644 4024 10 45 15 6 18 94 mba 6 152 7 34 108 307 3943 0 6 3 3 10 22 mja 6 78 0 17 62 163 1730 0 26 19 3 8 56 myr 0 133 0 22 127 282 3555 0 9 5 1 5 20 pmg 2 105 0 10 41 158 1800 0 33 16 9 30 88 pmq 16 466 1 44 226 753 7223 1 14 8 5 14 42 pub 3 233 2 14 129 381 1307 0 47 17 3 25 92 rru 11 475 0 26 97 609 3786 5 28 6 13 22 74 rtb 0 43 0 9 46 98 793 0 1 0 0 3 4 scc 6 195 1 22 95 319 1805 1 3 9 3 12 28 spl 5 262 0 30 117 414 4213 0 7 1 1 3 12 total 169 6165 18 579 2627 9558 72023 51 453 195 154 370 1223 </pre> *Coefficient de détermination, moyenne et corrélation:Résultats <pre> ‰. ;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs continus;;;;;;;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs discontinus;;;;;;‰. ;;;;;;;;;;;;; gen;c50‰. ;c5‰. ;c6‰. ;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;x80‰. ;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. ;;;;;c5‰. ;;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. abra;78.0;1265.7;0.0;66.0;1043.8;2453.5;;0.0;12.0;18.0;0.0;18.0;48.0;;;1;;248.9;;55.6;161.3;670.4;;;0.0;0.0;0.0;0.0;19.6 ade;20.2;1359.8;0.0;56.0;161.3;1597.2;;20.2;80.6;9.0;38.1;80.6;228.5;;;2;;272.1;;56.0;176.9;691.9;;;4.9;2.4;0.0;5.3;19.6 afn;44.1;819.0;9.8;98.1;515.0;1486.0;;4.9;4.9;4.9;4.9;0.0;19.6;;;3;;374.1;;56.4;203.2;778.6;;;7.1;3.6;0.0;7.1;28.5 ant;19.4;1250.4;3.2;106.6;814.2;2193.9;;0.0;129.2;64.6;16.2;58.2;268.2;;;4;;385.5;;56.9;227.8;793.2;;;12.0;4.9;2.4;11.9;36.1 ase;34.2;1285.8;3.7;85.4;176.9;1585.9;;20.7;133.0;58.6;67.1;150.1;429.4;;;5;;450.9;;60.9;256.2;877.8;;;12.6;5.6;2.8;14.1;48.0 blo;11.3;908.6;5.6;56.4;203.2;1185.1;;11.3;16.9;5.6;22.6;45.1;101.6;;;6;;542.2;;61.9;273.9;942.2;;;15.2;7.6;3.6;16.1;50.4 bsu;40.3;723.6;0.0;99.6;495.8;1359.4;;9.5;33.2;11.9;16.6;11.9;83.0;;;7;;583.3;;66.0;277.7;982.7;;;16.6;9.0;4.9;18.0;55.8 cbei;7.1;272.1;0.0;56.9;355.7;691.9;;0.0;7.1;3.6;3.6;5.3;19.6;;;8;;621.9;;68.7;312.9;1042.5;;;16.6;11.1;6.9;19.4;56.3 cbn;0.0;248.9;0.0;92.3;329.2;670.4;;0.0;0.0;20.1;0.0;16.1;36.1;;;9;;645.2;;71.2;329.2;1185.1;;;16.9;11.9;7.6;25.4;58.1 cvi;9.3;1151.3;0.0;88.7;355.0;1604.4;;2.3;58.4;16.3;37.4;46.7;161.1;;;10;;723.6;;85.4;355.0;1235.8;;;19.4;14.1;14.9;37.8;83.0 eco;54.7;1051.2;0.0;116.8;377.7;1600.4;;24.9;111.8;37.3;14.9;44.7;233.6;;;11;;819.0;;86.2;355.7;1359.4;;;25.3;15.8;16.2;44.7;101.6 mba;15.2;385.5;17.8;86.2;273.9;778.6;;0.0;15.2;7.6;7.6;25.4;55.8;;;12;;908.6;;88.7;357.2;1486.0;;;33.2;16.3;16.6;45.1;155.1 mja;34.7;450.9;0.0;98.3;358.4;942.2;;0.0;150.3;109.8;17.3;46.2;323.7;;;13;;1051.2;;92.3;358.4;1585.9;;;58.4;18.0;16.6;46.2;161.1 myr;0.0;374.1;0.0;61.9;357.2;793.2;;0.0;25.3;14.1;2.8;14.1;56.3;;;14;;1080.3;;98.1;377.7;1597.2;;;74.0;20.1;17.3;46.7;195.5 pmg;11.1;583.3;0.0;55.6;227.8;877.8;;0.0;183.3;88.9;50.0;166.7;488.9;;;15;;1151.3;;98.3;495.8;1600.4;;;80.6;37.3;22.6;58.1;228.5 pmq;22.2;645.2;1.4;60.9;312.9;1042.5;;1.4;19.4;11.1;6.9;19.4;58.1;;;16;;1250.4;;99.6;515.0;1604.4;;;111.8;49.9;23.0;58.2;233.6 pub;23.0;1782.7;15.3;107.1;987.0;2915.1;;0.0;359.6;130.1;23.0;191.3;703.9;;;17;;1254.6;;106.6;526.3;1608.6;;;129.2;58.6;34.3;66.5;268.2 rru;29.1;1254.6;0.0;68.7;256.2;1608.6;;13.2;74.0;15.8;34.3;58.1;195.5;;;18;;1265.7;;107.1;580.1;1767.3;;;133.0;64.6;37.4;80.6;323.7 rtb;0.0;542.2;0.0;113.5;580.1;1235.8;;0.0;12.6;0.0;0.0;37.8;50.4;;;19;;1285.8;;113.5;814.2;2193.9;;;150.3;88.9;38.1;150.1;429.4 scc;33.2;1080.3;5.5;121.9;526.3;1767.3;;5.5;16.6;49.9;16.6;66.5;155.1;;;20;;1359.8;;116.8;987.0;2453.5;;;183.3;109.8;50.0;166.7;488.9 spl;11.9;621.9;0.0;71.2;277.7;982.7;;0.0;16.6;2.4;2.4;7.1;28.5;;;21;;1782.7;;121.9;1043.8;2915.1;;;359.6;130.1;67.1;191.3;703.9 total;23.5;856.0;2.5;80.4;364.7;1327.1;;7.1;62.9;27.1;21.4;51.4;169.8;;;;;;;;;;;;;;;; moyenne;23.8;859.9;3.0;84.2;427.9;1398.7;;5.4;69.5;32.4;18.2;52.8;178.3;;;R2 progrès;;;;;;;;;;;;; écart;19.6;422.8;5.2;22.4;248.2;592.6;;8.0;86.6;37.6;18.2;53.8;181.3;;;droite;;967;;978;793;889;;;687;753;850;758;783 m/e;1.2;2.0;0.6;3.8;1.7;2.4;;0.7;0.8;0.9;1.0;1.0;1.0;;;exponentiel;;957;;975;941;967;;;969;980;956;961;986 R2 corel;c5;;;0.193;0.420;;R2 corel;x5;;0.888;0.494;0.853;;;;a;;0.089;;0.043;0.081;0.065;;;0.202;0.195;0.183;0.165;0.171 ;c7;;;;0.420;;;x6;;;0.392;0.754;;;;b;;283.156;;50.427;153.421;628.757;;;3.747;1.976;1.444;5.367;16.404 ;;;;;;;;x7;;;;0.745;;;;;;;;;;;;;;;;; R2 deter;c5;;;0.037;0.176;;R2 deter;x5;;0.788;0.244;0.728;;;;;;;;;;;;;;;;; ;c7;;;;0.177;;;x6;;;0.154;0.569;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;x7;;;;0.555;;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ======Fréquences cds-cds négatifs discontinus jusqu'à 80, détails====== *Fréquences <span id="disc80">des</span> discontinus jusqu'à 80, détails des cumuls <pre> 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0;51;;9 6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1;;;43 7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1;;;27 8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3;;;70 1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58;;;30 1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7;;;64 total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12;1172;;204 gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles 1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;;0 2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2;2;;10 3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;;0 4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5;4;;52 5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;5;;2 6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0;6;;13 7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0;7;;1 8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2;8;;7 9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0;9;;6 10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0;10;;2 11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0;11;;11 12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0;12;;4 13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;13;;3 14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0;14;;9 15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1;15;;3 16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0;16;;2 17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1;17;;10 18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0;18;;2 19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;19;;2 20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0;20;;5 21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0;21;;2 22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;22;;2 23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0;23;;3 24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0;24;;2 25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;25;;4 26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0;26;;8 27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;27;;1 28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;28;;1 29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;29;;0 30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;30;;0 31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;31;;1 32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;32;;3 33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;33;;0 34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;34;;2 35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0;35;;4 36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;36;;2 37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;37;;0 38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;38;;2 39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;39;;1 40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;40;;2 41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;41;;1 42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;42;;1 43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;43;;0 44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;44;;1 45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;45;;1 46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;46;;1 47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;47;;1 48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;48;;0 49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;49;;0 50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;50;;1 51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;51;;2 52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;52;;1 53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;53;;0 54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;54;;0 55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;55;;1 56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;56;;0 57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;57;;0 58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;58;;1 59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;59;;0 60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;60;;1 61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;61;;0 62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;62;;0 63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;63;;0 64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;64;;0 65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;65;;1 66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;66;;0 67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;67;;0 68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;68;;1 69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;69;;1 70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;70;;0 71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;71;;1 72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;72;;0 73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;73;;1 74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;74;;1 75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;75;;1 76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;76;;0 77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;77;;0 78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;78;;0 79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;79;;0 80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;80;;0 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles </pre> ======Restes des cds-cds négatifs====== *Restes <span id="rcdsn">des</span> cds-cds négatifs <pre> 14.8.21;;discont;cont;cont;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;6;14;2;0;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;7;12;48;17;65;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;8;19;43;44;87;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;6;15;0;15;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;51;108;61;169;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;cont;cont;;discontinu;;; ;6;2;2;;6;7;0;;6;1;0;;6;4;0;;6;0;0;0;;;; ;7;1;11;;7;6;18;;7;3;11;;7;2;8;;7;12;5;17;;;; ;8;3;9;;8;4;10;;8;8;9;;8;3;15;;8;25;19;44;1;;; ;reste;5;9;;reste;0;0;;reste;1;6;;reste;0;0;;reste;0;0;0;;;; ;;11;31;;;17;28;;;13;26;;;9;23;;;37;24;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Les occurrences des négatifs autres que ceux des tableaux des continus jusqu’à -50 et des discontinus jusqu’à -80;;;;;;;;;;;;;;;;;discontinu;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;-89;1;;;;;;; eco;discontinu;continu;;ase;discontinu;continu;;bsu;discontinu;continu;;scc;discontinu;continu;;pmq;continu;;ant;continu;;;Les restes ;jusqu’à -56;;1;1;-51;;*;0;-58;;1;2;-120;1;;0;-53;1;1;-71;1;1;continus;169;50 -66;;1;0;-52;;3;2;-59;;1;1;-74;;1;1;-55;1;2;-65;1;1;discontinus;51;80 -75;;1;0;-53;;*;1;-65;;1;1;-68;;2;1;-56;2;1;-59;1;1;;; -82;1;7;2;-55;;1;2;-82;;1;2;-59;;2;1;-65;2;1;-56;1;1;;discontinu;continu -85;;1;2;-57;;*;0;-86;1;;1;-53;;1;1;-74;1;1;-55;1;2;eco;10;22 -86;1;;1;-58;;*;2;-91;;1;2;ok;1;6;;-89;*;1;-53;1;1;ase;17;28 -89;;1;1;-59;;2;1;-92;;1;1;rru;discontinu;continu;;-95;2;1;;;;bsu;4;17 -102;1;;0;-67;;1;2;-93;1;;0;-122;1;;1;-119;2;1;cbei;continu;;pmq;1;16 -113;1;;1;-70;;2;2;-94;;1;2;-120;1;;0;-116;1;1;-110;1;1;ade;9;9 -129;1;;0;-74;;1;1;-95;;1;1;-106;1;;2;-115;1;2;-64;1;2;abra;0;13 -210;1;;0;-76;;1;2;-361;1;;2;-104;2;;1;-113;1;1;-64;1;2;afn;1;9 -436;1;;2;-79;;1;2;-127;1;;2;-137;;1;1;-101;2;1;-62;1;1;ant;0;6 -527;1;;1;-81;1;;0;-7616;;1;1;-104;;*;1;;16;;;;;blo;2;2 -530;1;;1;-82;2;1;2;-500;;1;1;-73;;1;2;;;;mba;continu;;cbei;0;4 -723;1;;0;-86;2;1;1;-492;;1;0;-68;;1;1;pub;continu;;-59;2;1;cvi;1;4 -110;;1;1;-87;1;;0;-164;;1;1;-65;;1;1;-65;1;1;-56;4;1;mba;0;6 -153;;1;0;-88;1;;2;-154;;1;2;-64;;1;2;-59;1;1;-51;*;0;mja;0;6 -212;;1;1;-89;;1;1;-143;;1;1;-62;;1;1;-56;1;1;;;;pmg;0;2 -242;;1;1;-91;;1;2;-119;;1;1;-61;;1;2;;;;mja;continu;;pub;0;3 -448;;1;2;-93;2;;0;-113;;1;1;-59;;1;1;spl;continu;;-83;1;1;rru;5;11 -729;;1;0;-94;;2;2;-101;;1;1;-58;;*;2;-98;1;1;-73;1;2;scc;1;6 -897;;1;0;-95;;1;1;;4;17;;-53;;1;1;-77;1;1;-71;1;1;spl;0;5 -1295;;1;1;-97;;2;2;ade;discontinu;continu;;-52;;2;2;-56;1;1;-64;1;2;;51;169 -2130;;1;0;-100;;1;2;-55;;1;2;;5;11;;-53;2;1;-62;1;1;;; -2400;;1;0;-120;1;;0;-61;;2;2;;;;;;;;-59;1;1;;; ;10;22;;-119;1;;1;-67;;1;2;blo;discontinu;continu;;abra;continu;;;;;;; afn;discontinu;continu;;-111;1;;0;-68;;2;1;-102;1;;0;-92;1;1;pmg;continu;;;; -83;1;;1;-109;2;;2;-116;1;;1;-85;1;;2;-86;1;1;-65;1;1;;; -113;;1;1;-107;1;;1;-110;1;;1;-86;;1;1;-73;1;2;-59;1;1;;; -79;;1;2;-106;1;;2;-107;1;;1;-53;;1;1;-67;9;2;;;;;; -74;;1;1;-105;1;;0;-104;1;;1;;2;2;;-59;1;1;;;;;; -71;;1;1;-119;;2;1;-101;1;;1;cvi;discontinu;continu;;;;;;24;;;; -68;;1;1;-110;;1;1;-98;1;;1;-102;1;;0;;37;;;;;;; -67;;2;2;-106;;2;2;-86;1;;1;-97;;1;2;;;;;;;;; -59;;1;1;-101;;1;1;-82;1;;2;-94;;1;2;;;;;;;;; -53;;1;1;;17;28;;-109;1;1;2;-73;;1;2;;;;;;;;; ;1;9;;;;;;-106;;1;2;-71;;1;1;;;;;;;;; ;;;;;;;;-100;;1;2;;1;4;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;9;9;;;9;23;;;;;;;;;; </pre> =====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_continus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus]] *Tableau cds-cds-c <pre> *Tableau cds-cds-c;;;;;;;;;;;; 14.8.21;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;;;;;; gen;r50;continu;“6;“7;“8;“p;c8;c7;1-5”;c5;c‰;cds '''cbn;0;167;;23;82;105;78;21.9;62;<u>'''37;<u>'''67;°2 491 '''cbei;4;389;;32;200;232;86;°13.8;153;'''39;'''69;&5 622 '''mba;6;307;'''7;34;108;149;77;22.8;152;°50;'''78;3 943 '''myr;0;282;;22;127;149;85;°14.8;133;°47;'''79;3 555 '''pmg;2;158;;10;41;51;80;19.6;105;66;°88;°1 800 '''mja;6;163;;17;62;79;79;21.5;78;°48;°94;'''1 730 '''spl;5;414;;30;117;147;80;20.4;262;63;°98;4 213 '''pmq;16;753;1;44;226;271;84;°16.2;466;62;°104;&7 223 '''blo;2;210;1;10;36;47;79;21.3;161;&77;119;'''1 772 '''rtb;0;98;;9;46;55;84;°16.4;43;'''44;124;<u>'''793 '''bsu;17;573;;42;209;251;83;°16.7;305;53;136;4 215 '''afn;9;303;2;20;105;127;84;°15.7;167;°55;149;°2 039 '''ase;28;'''1300;3;70;145;218;68;&32.1;1054;&81;158.6;&<u>8 197 '''ade;9;713;;25;72;97;74;&25.8;607;&<u>85;159.7;4 464 '''eco;22;644;;47;152;199;76;23.6;423;66;160.0;4 024 '''cvi;4;687;;38;152;190;80;20.0;493;&72;160.4;4 282 '''rru;11;609;;26;97;123;79;21.1;475;&78;160.9;3 786 '''scc;6;319;1;22;95;118;81;18.6;195;61;&177;°1 805 '''ant;6;679;1;33;252;286;89;'''11.5;387;°57;&219;3 095 '''abra;13;409;;11;174;185;94;<u>'''5.9;211;°52;&245;'''1 667 '''pub;3;381;2;14;129;145;90;'''9.7;233;61;&<u>292;'''1 307 '''total;169;9558;18;579;2627;3224;82;18.0;6165;64;134;72 023 </pre> *Tableau cds-cds-x <pre> *Tableau cds-cds-x;;;;;;;;; 14.8.21;;;;;;;;; négatifs continus;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;discontinus par -6;; gen;c5‰;c7‰;c8‰;c‰;c1/c4;cds;x6;x5;x‰ '''cbn;'''25;9.2;°33;<u>'''67;&121;°2 491;@56;0;$3.6 '''cbei;'''27;5.7;°36;'''69;&87;&5 622;?29;36;°2.0 '''mba;'''39;8.6;°27;'''78;°28;3555;?19;27;5.6 '''myr;'''37;6.2;°36;'''79;&118;3943;§45;45;5.6 '''pmg;58;5.6;'''23;°88;52;°1 800;§29;38;&48.9 '''mja;45;9.8;°36;°94;49;'''1 730;@63;46;&32.4 '''spl;62;7.1;°28;°98;&93;4213;?20;58;°2.8 '''pmq;65;6.1;°31;°104;'''21;&7 223;§30;33;5.8 '''blo;91;5.6;'''20;119;48;'''1 772;?8;17;10.2 '''rtb;54;11.3;58;124;°30;<u>'''793;§0;25;$5.0 '''bsu;72;10.0;50;136;°31;4215;?29;40;8.3 '''afn;82;9.8;51;149;°29;°2 039;@50;25;$2.0 '''ase;129;8.5;'''18;158.6;'''19;&<u>8 197;?21;31;&42.9 '''ade;136;5.6;'''16;159.7;<u>'''13;4464;?7;35;&22.8 '''eco;105;11.7;°38;160.0;63;4024;§38;48;&23.4 '''cvi;115;8.9;°35;160.4;°31;3786;?16;36;&16.1 '''rru;125;6.9;°26;160.9;'''21;4282;?15;38;&19.5 '''scc;108;12.2;53;&177;'''25;°1 805;§38;11;&15.5 '''ant;125;10.7;&81;&219;&74;3095;@47;48;&26.8 '''abra;127;6.6;&104;&245;48;'''1 667;@50;25;$4.8 '''pub;178;10.7;&99;&<u>292;&<u>190;'''1 307;§38;51;&<u>70.4 '''total;86;8.0;36;134;37;72023;27;37;17.0 ;;;;;;;;; ? bbe333;;;;;;;;; § e8f2a8;;;;;;;;; @ ff00ff;;;;;;;;; </pre> *Fréquences <span id="fncont">des</span> intercalaires négatifs continus jusqu'à 50, détails <pre> negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl -1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126 -2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0 -4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136 -5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0 -6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0 -7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10 -8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46 -9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8 -11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28 -12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0 -13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5 -14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15 -15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3 -17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8 -18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1 -20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7 -21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0 -23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4 -24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 -25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0 -26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2 -27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1 -29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2 -30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0 -32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3 -33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1 -35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0 -36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 -38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1 -39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 -41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1 -42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1 -44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0 -45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0 -47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0 -48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0 -50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0 ;170;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;3;16;3;11;0;6;5 ;9559;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;159;753;381;609;98;319;414 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 9559;?;?;?;?;?;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;total;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl 6;18;0;0;2;1;3;1;0;0;0;0;0;7;0;0;0;1;2;0;0;1;0 7;579;11;25;20;33;70;10;42;32;23;38;47;34;17;22;10;44;14;26;9;22;30 8;2627;174;72;105;252;145;36;209;200;82;152;152;108;62;127;41;226;129;97;46;95;117 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; “7/t”;18;6;26;16;12;32;21;17;14;22;20;24;23;22;15;20;16;10;21;16;19;20 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; total;3224;185;97;127;286;218;47;251;232;105;190;199;149;79;149;51;271;145;123;55;118;147 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; % 6+7+8 / 50;34;47;14;43;42;17;23;45;60;63;28;32;50;50;53;33;37;38;21;56;38;36 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; %1-5/total;64;52;85;55;57;81;77;53;39;37;72;66;50;48;47;66;62;61;78;44;61;63 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; c1/c4;0.37;0.48;0.13;0.29;0.74;0.19;0.48;0.31;0.87;1.21;0.31;0.63;0.28;0.49;1.18;0.52;0.21;1.90;0.21;0.30;0.25;0.93 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 1-5”;6165;211;607;167;387;1054;161;305;153;62;493;423;152;78;133;105;466;233;475;43;195;262 </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400]] *Légende <pre> 12.2.22 Paris;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Diagramme 400;;Poly3;1 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;1 à 400;Sc+;;;;;;;;;; ;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;;; gen;m50x;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;m50c;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;classe;;;;;12.2.22 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];min 50;-13;90;818;231;20;874;Sf;{{tri1|6}}b1;°rru;50;-34;275;878;270;139;2056;{{tri1|6}}b1;b1;Sf;°rru;20;6;{{tri1|6}}b1 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];max 80;45;-332;496;246;191;118;tF;{{tri1|14}}c3;§rtb;50;-36;279;569;258;82 Sm;402;{{tri1|14}}c3;c3;tF;§rtb;191;14;{{tri1|14}}c3 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];min 20;-58;495;853;284;249;218;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;50;-236;1732;559;245;338;537;{{tri1|1}}a1;a1;SF;$pub;249;1;{{tri1|1}}a1 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];max 70;29;-174;611;200;30;1008;tf;{{tri1|8}}b2;°cvi;50;-44;372;852;282;203;2320;{{tri1|8}}b2;b2;tf;°cvi;30;7;{{tri1|8}}b2 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];min 50;-20;145;782;242;39;1229;Sf;{{tri1|5}}b1;°ade;50;-61;489;843;267;232;2242;{{tri1|5}}b1;b1;Sf;°ade;39;5;{{tri1|5}}b1 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];min 50;-25;209;680;279;70;601;Sm;{{tri1|4}}a2;$ant;40;-135;1021;664;252;306;1616;{{tri1|4}}a2;a2;Sm;$ant;70;4;{{tri1|4}}a2 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];max 50;22;-151;532;230;43;1003;tm;{{tri1|11}}c2;eco;50;-74;565;805;255;265;2130;{{tri1|11}}c2;c2;tm;eco;43;11;{{tri1|11}}c2 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];max 80;47;-333;611;236;336;1071;tF;{{tri1|16}}c5;§spl;50;-47;363;806;257;192;2215;{{tri1|16}}c5;c5;tF;§spl;336;16;{{tri1|16}}c5 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];max 40;-6.4;69;458;359;18;1028;Sf;{{tri1|9}}c1;bsu;50;-41;352;790;286;173;2444;{{tri1|9}}c1;c1;Sf;bsu;18;9;{{tri1|9}}c1 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];régulier;31;-283;878;304;813;1614;tF;{{tri1|19}}d2;&pmq;70;-29;229;946;263;140;4164;{{tri1|19}}d2;d2;tF;&pmq;813;19;{{tri1|19}}d2 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];max 50;16;-109;454;227;27;489;tf;{{tri1|10}}c1;cbn;50;-50;394;855;263;203;1701;{{tri1|10}}c1;c1;tf;cbn;27;10;{{tri1|10}}c1 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];régulier;32;-258;712;269;708;946;tF;{{tri1|18}}d2;&cbei;50;-46;338;779;245;213;3399;{{tri1|18}}d2;d2;tF;&cbei;708;18;{{tri1|18}}d2 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];max 4-14;29;-227;486;261;183;328;tF;{{tri1|15}}c4;§afn;50;-95;712;722;250;297;1323;{{tri1|15}}c4;c4;tF;§afn;183;15;{{tri1|15}}c4 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];max 70;19;-108;872;189;25;2398;tf;{{tri1|7}}b2;°ase;50;-43;352;910;273;216;3558;{{tri1|7}}b2;b2;tf;°ase;25;8;{{tri1|7}}b2 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];régulier;33;-233;728;235;138;448;tF;{{tri1|21}}d3;&'''blo;40;-5.7;69;868;404;41 Sf;993;{{tri1|21}}d3;d3;tF;&'''blo;138;21;{{tri1|21}}d3 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];min 50;-16;150;660;313;78;406;Sm;{{tri1|3}}a2;$mja;50;-94;719;856;255;319;1047;{{tri1|3}}a2;a2;Sm;$mja;78;3;{{tri1|3}}a2 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];régulier;4.9;-71;350;483;348;705;tF;{{tri1|17}}d1;&mba;50;-50;359;823;239;287;1651;{{tri1|17}}d1;d1;tF;&mba;348;17;{{tri1|17}}d1 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];max 70;33;-213;708;215;68;828;tm;{{tri1|12}}c2;myr;50;-94;717;742;254;290;2081;{{tri1|12}}c2;c2;tm;myr;68;12;{{tri1|12}}c2 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];min 40;-67;515;607;256;179;559;SF;{{tri1|2}}a1;$pmg;60;-107;844;869;263;368;895;{{tri1|2}}a1;a1;SF;$pmg;179;2;{{tri1|2}}a1 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];max 50;53;-314;734;197;96;256;tF;{{tri1|13}}c3;§abra;60;-99;750;702;253;277;934;{{tri1|13}}c3;c3;tF;§abra;96;13;{{tri1|13}}c3 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];régulier;30;-200;690;222;71;416;tm;{{tri1|20}}d3;&'''scc;60;-86;660;830;256;331;961;{{tri1|20}}d3;d3;tm;&'''scc;71;20;{{tri1|20}}d3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;Poly3;31 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;31 à 400;Sc+;;;;;bgcolor="#66ffff"|;;°;99ff99;§; ;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;bgcolor="#ffff00"|;;&;00ccff;$; gen;teff;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;f3;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;;;;;; °[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];3786;12;-97;833;269;36;726;tf;{{tri1|6}}b1;°rru;tm;13;-61;957;156;41;1509;{{tri1|6}}b1;;a1;$pub;249;1; §[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];793;;;;;;;;{{tri1|14}}c3;§rtb;tF;70;-478;788;228;190;284;{{tri1|14}}c3;;a1;$pmg;179;2; $[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];1307;-49;437;918;297;256;149;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;SF;-48;403;945;280;365;200;{{tri1|1}}a1;;a2;$ant;70;4; °[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];4282;;;;;;;;{{tri1|8}}b2;°cvi;tF;5.3;22;915;-138;107;1621;{{tri1|8}}b2;;a2;$mja;78;3; °[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];4464;32;-228;874;238;67;958;tm;{{tri1|5}}b1;°ade;tF;2.5;38;957;-507;103;1490;{{tri1|5}}b1;;b1;°ade;39;5; $[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];3095;60;-400;785;222;112;432;tF;{{tri1|4}}a2;$ant;tF;4.8;28;888;-194;142;833;{{tri1|4}}a2;;b2;°cvi;30;7; [[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];4024;;;;;;;;{{tri1|11}}c2;eco;tm;7.6;-18;934;79;61;1389;{{tri1|11}}c2;;b2;°ase;25;8; §[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];4213;;;;;;;;{{tri1|16}}c5;§spl;tf;10.3;-50;915;162;30;1618;{{tri1|16}}c5;;b1;°rru;20;6; [[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];4216;48;-359;861;249;167;645;tF 51;{{tri1|9}}c1;bsu;tF;12;-27;954;75;104;1424;{{tri1|9}}c1;;c1;bsu;18;9; &[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];7223;;;;;;;;{{tri1|19}}d2;&pmq;Sm;-13;112;937;287;51;3257;{{tri1|19}}d2;;c1;cbn;27;10; [[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];2493;;;;;;;;{{tri1|10}}c1;cbn;tm;8.8;-32;932;121;41;1171;{{tri1|10}}c1;;c2;eco;43;11; &[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];5623;;;;;;;;{{tri1|18}}d2;&cbei;Sf;-13;15;935;38;8;2571;{{tri1|18}}d2;;c2;myr;68;12; §[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];2039;;;;;;;;{{tri1|15}}c4;§afn;tm;9.5;-42;904;147;45;791;{{tri1|15}}c4;;c3;§abra;96;13; °[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];8197;;;;;;;;{{tri1|7}}b2;°ase;SF;-18;182;976;337;149;2619;{{tri1|7}}b2;;c3;§rtb;191;14; &[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];1773;;;;;;;;{{tri1|21}}d3;&'''blo;tf;28;-174;897;207;36;786;{{tri1|21}}d3;;c4;§afn;183;15; $[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];1729;47;-300;711;213;88;309;tF;{{tri1|3}}a2;$mja;SF;-6.2;87;964;468;105;623;{{tri1|3}}a2;;c5;§spl;336;16; &[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];3943;;;;;;;;{{tri1|17}}d1;&mba;SF;-6.7;100;789;495;209;2156;{{tri1|17}}d1;;d1;&mba;348;17; [[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];3555;;;;;;;;{{tri1|12}}c2;myr;tF;7.8;-12;897;51;86;1265;{{tri1|12}}c2;;d2;&cbei;708;18; $[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];1800;23;-124;774;180;48;377;tm;{{tri1|2}}a1;$pmg;SF;-35;327;973;311;286;510;{{tri1|2}}a1;;d2;&pmq;813;19; §[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];1667;;;;;;;;{{tri1|13}}c3;§abra;tF;21;-104;912;165;85;548;{{tri1|13}}c3;;d3;&'''scc;71;20; &[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];1805;;;;;;;;{{tri1|20}}d3;&'''scc;SF;-17;162;949;318;162;622;{{tri1|20}}d3;;d3;&'''blo;138;21; </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Corrélations_400_et_faibles_fréquences|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences]] *Légende <pre> ;;12.2.22 Paris;Corrélations x+/c+;;;;;;;;;;Faibles fréquences;;;;;;;;;;;;; ;;;effectifs diagramme;;Corrélations;;;;;;;;1-30 ‰ ;;;teff;;0 ‰;;<0 ‰;;eff40;;corel40;classe; ;;gen;x+;c+;41-250;41-200;diff;1-250;mini;clx+;;gen;x+; c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+; c+;x+/c+;clx+; °rru;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];874;2056;611;193;418;792;min40;{{tri1|6}}b1;;°[[:image:Pro1-2.png|rru]];169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;{{tri1|6}}b1;°rru §rtb;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];118;402;148;-105;253;-165;min30;{{tri1|14}}c3;;§[[:image:Pr-bc1.png|rtb]];51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;{{tri1|14}}c3;§rtb $pub;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];218;537;883;857;26;852;min20;{{tri1|1}}a1;;$[[:image:Pro1-2.png|pub]];317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;{{tri1|1}}a1;$pub °cvi;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];1008;2320;891;858;33;549;min30;{{tri1|8}}b2;;°[[:image:Pro-2.png|cvi]];112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;{{tri1|8}}b2;°cvi °ade;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];1229;2242;758;624;134;897;min50;{{tri1|5}}b1;;°[[:image:Pro-2.png|ade]];221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;{{tri1|5}}b1;°ade $ant;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];601;1616;538;271;267;886;min40;{{tri1|4}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|ant]];281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;{{tri1|4}}a2;$ant eco;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];1003;2130;440;296;144;-64;min20;{{tri1|11}}c2;;[[:image:Pro-2.png|eco]];63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;{{tri1|11}}c2;eco §spl;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];1071;2215;784;735;49;-202;min10;{{tri1|16}}c5;;§[[:image:Pro1-2.png|spl]];37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;{{tri1|16}}c5;§spl bsu;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];1028;2444;282;8;274;257;min10;{{tri1|9}}c1;;[[:image:Bac-2.png|bsu]];140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;{{tri1|9}}c1;bsu &pmq;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];1614;4164;-651;-832;181;-825;min10;{{tri1|19}}d2;;&[[:image:Bac1-2.png|pmq]];32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;{{tri1|19}}d2;&pmq cbn;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];489;1701;508;548;-40;-112;min20;{{tri1|10}}c1;;[[:image:Bac1-2.png|cbn]];65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;{{tri1|10}}c1;cbn &cbei;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];946;3399;-377;-510;133;-646;min10;{{tri1|18}}d2;;&[[:image:Bac-2.png|cbei]];26;244;0.11;1219;4404;0;4;9;88;35;954;272;{{tri1|18}}d2;&cbei §afn;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];328;1323;101;-26;127;-407;min10;{{tri1|15}}c4;;§[[:image:Bac-2.png|afn]];46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;{{tri1|15}}c4;§afn °ase;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];2398;3558;940;922;18;725;min40;{{tri1|7}}b2;;°[[:image:Bac-2.png|ase]];135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;{{tri1|7}}b2;°ase &'''blo;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];448;993;537;406;131;255;min20;{{tri1|21}}d3;;&[[:image:Pr-bc1.png|blo]];89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;{{tri1|21}}d3;&'''blo $mja;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];406;1047;571;326;245;857;min30;{{tri1|3}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|mja]];239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;{{tri1|3}}a2;$mja &mba;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];705;1651;-221;-330;109;-477;min10;{{tri1|17}}d1;;&[[:image:Bac1-2.png|mba]];45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;{{tri1|17}}d1;&mba myr;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];828;2081;764;649;115;41;min20;{{tri1|12}}c2;;[[:image:Pro1-2.png|myr]];71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;{{tri1|12}}c2;myr $pmg;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];559;895;802;728;74;915;min40;{{tri1|2}}a1;;$[[:image:Bac-2.png|pmg]];326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;{{tri1|2}}a1;$pmg §abra;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];256;934;797;716;81;59;min10;{{tri1|13}}c3;;§[[:image:Pro1-2.png|abra]];94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;{{tri1|13}}c3;§abra &'''scc;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];416;961;530;440;90;49;min10;{{tri1|20}}d3;;&[[:image:Bac1-2.png|scc]];118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;{{tri1|20}}d3;&'''scc </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Taux_des_x+_dans_les_diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400]] *Légende <pre> 12.2.22;;;gen;x+;c+;%x+ 1;x+;c+;%x+ 31;x+;c+;%x+ t;t-1;31-1;clx+ 1;°rru;;°[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];874;2056;30;726;1509;32;972;2131;31;1.5;<u>2.7;{{tri1|6}}b1 2;§rtb;;§[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];118;402;'''23;112;284;'''28;189;505;27;'''4.5;5.6;{{tri1|14}}c3 3;$pub;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];218;538;29;149;200;43;239;595;29;-0.2;'''13.9;{{tri1|1}}a1 4;°cvi;;°[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];1008;2320;30;895;1621;36;1115;2410;32;1.3;5.3;{{tri1|8}}b2 5;°ade;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];1229;2242;35;958;1490;39;1320;2325;36;0.8;3.7;{{tri1|5}}b1 6;$ant;;$[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];601;1616;27;432;833;34;639;1694;27;0.3;7.0;{{tri1|4}}a2 7;eco;;[[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];1003;2130;32;940;1389;40;1076;2210;33;0.7;'''8.3;{{tri1|11}}c2 8;§spl;;§[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];1071;2215;33;1031;1618;39;1304;2482;34;1.8;6.3;{{tri1|16}}c5 9;bsu;;[[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];1028;2444;30;884;1629;35;1092;2513;30;0.7;5.6;{{tri1|9}}c1 10;&pmq;;&[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];1614;4164;28;1562;3257;32;1893;4535;29;1.5;4.5;{{tri1|19}}d2 11;cbn;;[[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];489;1701;'''22;457;1171;'''28;543;1776;23;1.1;5.7;{{tri1|10}}c1 12;&cbei;;&[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];946;3399;'''22;921;2571;'''26;1213;4011;23;1.4;4.6;{{tri1|18}}d2 13;§afn;;§[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];328;1323;'''20;313;791;'''28;349;1386;20;0.2;'''8.5;{{tri1|15}}c4 14;°ase;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];2398;3558;40;2072;2619;44;2726;3819;42;1.4;3.9;{{tri1|7}}b2 15;&'''blo;;&[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];448;993;31;408;786;34;502;1044;32;1.4;<u>3.1;{{tri1|21}}d3 16;$mja;;$[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];406;1047;28;309;623;33;447;1063;30;1.7;5.2;{{tri1|3}}a2 17;&mba;;&[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];705;1651;30;673;1297;34;1237;2378;34;'''4.3;4.2;{{tri1|17}}d1 18;myr;;[[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];828;2081;28;769;1265;38;981;2270;30;1.7;'''9.3;{{tri1|12}}c2 19;$pmg;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];559;895;38;377;510;43;604;942;39;0.6;4.1;{{tri1|2}}a1 20;§abra;;§[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];256;934;'''22;232;548;'''30;273;977;22;0.3;'''8.2;{{tri1|13}}c3 21;&'''scc;;&[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];416;961;30;367;622;37;462;993;32;1.5;6.9;{{tri1|20}}d3 </pre> =====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_continus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40]] *Légende *Tableau <pre> Sc+ 40;Diagrammes polynôme de d° 15;;;;;;;;;;;;Pourcentage des tranches de 7 fréquences;;;;;Effectif des tranches de 7 fréquences;;;;; gen;R2;min1;max1;min;max;pente;mx1;mx;pente0;diagr;type;gen;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;total '''rtb;$721;5;8;2;7;&'''1.7;4;13;&-10.7;$131;pr1;'''rtb;&'''39;&27;&18;10;'''6;48;33;22;13;8;124 '''pub;&981;6;8;13;13;$0;2;58;&-11.0;&367;pr2;'''pub;$63;$17;$8;'''6;'''6;223;61;27;21;20;352 '''rru;&882;7;11;11;34;&5.8;4;43;&-11.3;&630;pro1;'''rru;&32;&28;&13;15;11;191;167;78;86;66;588 '''cvi;&897;6;10;13;50;&9.3;1;58;&-9.0;&815;pro;'''cvi;&30;&30;&17;11;11;230;232;133;80;86;761 '''ade;&929;5;9;19;51;&8.0;2;63;&-14.7;&876;pro;'''ade;&30;&32;&15;12;11;247;267;122;95;93;824 '''ant;&923;7;9;14;88;&'''37.0;1;109;&-15.8;&836;pro;'''ant;&'''37;&39;&14;'''5;'''6;297;316;112;40;45;810 '''eco;&894;5;9;13;61;&12.0;2;54;&-13.7;&902;pro;'''eco;&27;&35;&17;12;'''8;232;295;146;103;71;847 '''spl;&881;6;10;13;33;&5.0;2;53;&-10.0;&683;pro1;'''spl;&30;&31;&15;13;11;193;202;94;86;73;648 '''bsu;°897;8;12;7;53;°11.5;1;41;°-4.9;°935;bac;'''bsu;°22;°25;°28;15;11;189;220;245;128;96;878 '''pmq;$758;9;14;10;45;°7.0;1;52;°-5.3;°1155;bac1;'''pmq;°25;°19;°22;18;17;255;192;224;181;177;1029 '''cbn;°891;8;12;9;32;°5.8;1;37;°-4.0;°620;bac1;'''cbn;°23;°24;°23;18;12;134;136;133;101;67;571 '''cbei;°873;7;12;8;51;°8.6;1;55;°-7.8;°954;bac;'''cbei;°22;°27;°25;15;11;194;242;220;138;101;895 '''afn;°829;7;12;5;46;°8.2;1;38;°-5.5;°580;bac;'''afn;°25;°30;°26;13;'''7;138;167;143;71;37;556 '''ase;°827;6;10;28;67;°9.8;1;60;°-6.4;°1165;bac-a;'''ase;$29;°28;$15;12;16;307;298;158;131;166;1060 '''blo;$636;7;10;4;11;°'''2.3;2;15;°'''-2.2;$241;bc1;'''blo;°28;°23;°22;17;10;62;52;50;37;23;224 '''mja;$670;6;9;4;32;&9.3;4;32;&-14.0;&474;pro-a;'''mja;$23;&31;$22;13;10;104;143;102;61;45;455 '''mba;$732;7;10;4;19;°5.0;2;31;-5.4;°428;bac1-a;'''mba;$32;°22;°20;13;12;124;87;79;50;48;388 '''myr;&922;7;12;23;46;&4.6;2;78;&-11.0;&899;pro1-a;'''myr;&'''42;$25;&16;11;'''7;355;213;133;93;61;855 '''pmg;$776;7;9;10;27;°8.5;2;27;°-3.4;°449;bac-b;'''pmg;$35;°25;$16;12;11;146;105;65;50;46;412 '''abra;&895;7;12;4;33;&5.8;1;58;&-9.0;&420;pro1;'''abra;&'''41;&30;&14;10;'''6;165;119;56;39;24;403 '''scc;°855;6;9;4;20;°5.3;1;31;°-5.4;°389;bac1-b;'''scc;$31;°30;$18;13;'''8;113;110;66;46;29;364 ;;;;;;;; ;ant;7;10;14;48;11.3;; ;ant;7;8;14;46;32;; ;;;;;;;; ;;moyenne;7.8;;;;; ;;écart;2.4;;;;; ;;m/e;3.2;;;;; </pre> *<span id="fc40">Données</span> <pre> fc40;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total 0;12;17;9;56;13;1;25;19;10;10;16;21;11;13;33;26;58;12;4;6;17;389 1;58;35;38;109;60;12;41;55;37;58;43;22;18;66;17;52;52;21;10;31;46;883 2;40;63;25;54;59;15;31;39;31;44;51;31;28;78;27;46;58;31;7;27;53;841 3;21;55;20;56;38;8;34;23;13;42;44;12;6;61;25;35;37;38;8;23;29;631 4;29;25;28;24;48;5;27;36;12;30;26;17;32;56;26;34;25;43;13;7;22;572 5;7;19;13;22;43;9;19;17;17;25;13;23;11;29;18;28;26;29;2;13;16;399 6;6;24;9;18;28;9;21;16;13;13;12;15;4;42;23;32;13;18;5;4;13;340 7;4;26;5;14;31;4;16;8;11;18;23;4;5;23;10;28;12;11;3;8;14;281 8;15;37;7;46;37;8;7;15;9;13;15;4;15;32;11;12;13;22;7;11;29;370 9;16;51;19;88;53;6;16;23;10;41;56;8;32;25;27;10;12;14;7;20;29;568 10;12;38;16;48;67;11;19;17;19;50;58;19;28;23;14;21;8;15;2;20;33;539 11;19;32;28;43;49;10;32;48;22;42;48;16;16;41;19;23;5;34;5;12;27;571 12;33;42;46;45;33;7;54;51;32;26;39;8;22;46;14;38;7;30;5;15;35;628 13;13;39;29;31;33;7;46;41;22;35;22;19;17;19;14;43;6;26;3;16;20;501 14;11;28;22;15;26;3;47;47;22;25;37;13;13;27;6;45;10;26;4;16;29;472 15;13;26;37;19;23;14;52;43;23;21;23;12;13;16;12;39;2;13;5;12;15;433 16;7;23;24;19;28;8;31;29;20;28;20;13;14;19;10;34;3;13;5;8;10;366 17;6;16;10;12;23;9;41;25;16;19;19;11;10;24;11;25;3;16;1;7;13;317 18;11;19;25;22;12;5;44;38;20;17;19;13;17;19;11;36;6;9;3;15;20;381 19;7;14;12;16;17;3;23;23;14;18;14;7;18;21;6;29;4;10;3;7;14;280 20;7;12;15;8;35;4;29;30;20;14;23;15;14;19;13;24;5;12;3;12;10;324 21;5;12;20;16;20;7;25;32;20;16;17;8;16;15;2;37;4;5;2;5;12;296 22;7;17;13;7;24;6;29;25;17;13;18;8;11;15;7;32;4;12;2;6;12;285 23;14;13;11;6;23;8;22;18;12;7;13;4;9;15;4;23;3;11;0;9;13;238 24;4;8;9;4;14;4;24;21;13;18;19;14;11;18;8;45;5;10;4;8;19;280 25;5;14;9;4;18;6;15;23;19;10;10;4;12;14;5;28;2;16;3;6;3;226 26;5;14;5;10;24;7;12;22;10;13;14;6;9;10;6;15;3;8;2;9;9;213 27;3;9;14;5;14;3;12;18;17;7;14;10;6;9;11;24;2;13;0;3;21;215 28;1;20;10;4;14;3;14;11;13;12;8;4;3;12;9;14;2;16;2;5;9;186 29;3;7;3;12;28;4;17;16;12;13;9;4;6;10;8;25;3;14;2;3;11;210 30;4;14;10;6;17;2;15;18;14;11;14;10;8;12;11;30;2;11;0;1;11;221 31;4;13;5;8;22;6;16;18;11;17;7;2;4;8;3;26;3;9;0;7;17;206 32;6;14;5;1;34;3;12;13;5;12;7;6;4;14;9;20;5;10;2;2;9;193 33;3;15;3;8;20;2;18;11;11;13;7;8;11;5;7;26;1;7;3;3;8;190 34;1;19;5;5;23;4;7;12;8;11;8;7;11;9;1;20;2;11;0;8;9;181 35;3;11;6;5;22;2;11;13;6;9;7;11;1;3;7;31;4;4;1;5;8;170 36;6;9;3;5;19;3;13;9;8;11;15;8;4;10;11;23;4;7;1;5;6;180 37;4;15;8;6;23;3;5;8;11;9;7;9;3;8;6;24;3;10;2;2;6;172 38;3;8;3;4;29;2;11;11;8;9;7;11;5;7;6;24;1;6;0;7;10;172 39;2;6;6;7;14;9;21;15;10;10;8;6;7;13;6;27;4;9;2;9;7;198 40;2;14;4;4;20;0;7;16;12;15;7;6;0;6;8;28;3;10;2;2;6;172 reste;547;1446;796;810;2688;803;1557;3042;1143;1599;1375;1932;586;1362;467;3361;175;1498;371;606;1786;27950 total;979;2339;1385;1702;3866;1045;2518;4015;1773;2424;2212;2381;1071;2274;949;4543;600;2140;506;1001;2486;42209 diagr;420;876;580;836;1165;241;936;954;620;815;821;428;474;899;449;1156;367;630;131;389;683;13870 </pre> =====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_discontinus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40]] *Légende <pre> 13.9.21 Paris;;publié;;;;;;;;;;;;; Sx+ 40;;;;; gen;poly3;mod3;tot;diagr;note ;;;;; '''rru;°253;5;12;175; '''rtb;;;;8; '''pub;;;;88; '''cvi;499;8;11;130; '''ade;443;8;11;304; '''ant;574;°'''1;9;186; '''eco;'''647;6;11;129;parabole '''spl;;;;69; '''bsu;'''789;5;9;302;croit '''pmq;;;;68; '''cbn;;;;56; '''cbei;;;;35; '''afn;;;;36; '''ase;°315;10;17;389;P15 611 '''blo;;;;54; '''mja;467;4;12;113; '''mba;;;;51; '''myr;;;;97; '''pmg;'''831;5;7;196;décroit '''abra;;;;41; '''scc;;;;60; ;;;;; ;Modulo 3;total;prévu;; ;5;7;;; ;16;22;;; ;10;17;;; ;5;9;;; ;6;11;;; ;5;12;;; ;47;78;26;; ;Jusqu’à 129;;;; ;51;90;30;; ;Jusqu’à 113;;;; </pre> =====Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Intercalaires_entre_tRNA_et_rRNA_en_continu_discontinu|Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu]] *Les tRNA-tRNA x+ <pre> ;tRNA-tRNA; ;x+;pbs aua;ggc-atgf;404 ;ttc-acc;161 ;gac-gta;270 ;ccg-caa;173 ase;gga-cca;130 mja;atgj-ctc;91 ;acc-caa;178 ksk;cca-gga;151 mba;gcc-atc;223 mfe;gcc-atc;227 fps;ttg-cta;290 vpb;cgt-cgt;56 "8 cgt avec 6 intercalaires 56-57 et 1 de 210" rtb;cgg-caa;60 ;gac-gcc;1051 rpl;cgg-caa;49 ;gac-gcc;830 agr;atgj-ggc;793 ;gac-gta;446 lbu;gaa-ctt;151 npu;atgj-atgj;-1 </pre> *'''Tableau''' <pre> tRNA rRNA continu discontinu;;;;;;;;les génomes à discontinu;;; type;total;c+;x+;c-;x-;x+%;;gen;x+;gen;x+ tRNA;1745;1714;19;1;0;1,1;;ase;1;; t-rRNA;814;810;4*;0;0;;;ksk;1;vpb;1 rRNA;1043;1043;0;0;0;;;mja;2;rtb;2 aa interne;127;127;0;0;0;;;mba;1;rpl;2 genomes;50;50;13;;;26;;mfe;1;agr;2 4*;cdc8;aaa-5s;23s’-16s;16s’-16s’;16s-5s;;;fps;1;aua;4 adresse;;4229303;4229975;4189696;4179150;;;npu;c-;lbu;1 ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;c- (-1pbs);; </pre> ===Les blocs à tRNA=== ===Les cds dans les blocs à tRNA=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds_dans_les blocs à tRNA|cds]] <pre> 27.9.20 Paris;;Les cds dans les blocs tRNA sans rRNA;;;d’après les annexes ;;;;; ;;;;; génome;sens;adresse;nom;cds aa;intercal [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma|gamma]];autres rien;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal]];comp ;2042057..2043241 ;tuf1 ;395;117 ;comp ;2043359..2043431;;acc gga tac aca; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_opérons|eco]];comp ;1287087..1287176 ;tpr ;30;67 ;comp ;1287244..1287328 ;;tac tac; ;;4175754..4175829;;acc aca tac gga;114 ;;4175944..4177128 ;tufb ;395; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_opérons|ecoN]];comp ;2192566..2192655;;tcg;93 ;;2192749..2193546 ;DgsA;266;100 ;;2193647..2193722;;aac; ;comp ;2236186..2236261;;aac;4 ;;2236266..2237909 ;YeeO;548;100 ;;2238010..2238085;;aac; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed]];comp ;3913378..3913454;;tgg;52 ;comp ;3913507..3914691 ;cds;395;171 ;comp ;3914863..3914937;;gga ; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha|alpha]];;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm]];comp ;659042..659116 ;;gtc ;155 ;comp ;659272..660159 ;hydrolase;296;106 ;comp ;660266..660340;;gtc ; ;comp ;2114823..2114899;;aga;55 ;comp ;2114955..2115251 ;ETC;96;71 ;comp ;2115323..2115399;;cca ; ; ;2632171..2632246 ;;gcc ;166 ;< ;2632413..2632965 ;transposase;184;-41* ;;2632925..2633473 ;hp;183;30 ;comp ;2633504..2633579 ;;aca ;93 ;comp ;2633673..2634200 ;transferase;176;271 ;comp ;2634472..2634561 ;;tcg; ;;2863981..2864056;aca;;15 ;;2864072..2864317 ;DUF2829;82;8 ;;2864326..2864401;aaa;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru]];;1934224..1934300;;cca ;63 ;;1934364..1934663 ;ETC;100;12 ;;1934676..1934752;;aga; ;comp ;3124836..3125033 ;translocase;66;151 ;comp ;3125185..3125260 ;;tgg ;343 ;comp ;3125604..3126794 ;ef tu;397;93 ;comp ;3126888..3126961 ;;gga ; ;comp ;3126989..3127074 ;;tac ;37 ;;3127112..3128158 ;RlmB;349;57 ;;3128216..3128291 ;;aca ;127 ;;3128419..3128652;hp;78; ;;3378495..3378569;;acc;237 ;;3378807..3379370 ;hp;188;234 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan]];comp ;2040234..2040453 ;hp;73;91 ;;2040545..2040629 ;;tac ; ;;2040654..2040727 ;;gga ;6 ;comp ;2040734..2040916 ;hp;61;-50* ;;2040867..2042042 ;ef Tu;392;65 ;;2042108..2042183 ;;tgg ;420 ;;2042604..2042804 ;translocase;67; ;comp ;2697238..2697314;;aga;123 ;comp ;2697438..2697743 ;ETC;102;156 ;comp ;2697900..2697976;;cca ; 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;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;; ;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;; ;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;; ;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;;;;;;;; ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;;;;;;;; ;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;;;;;;;; ;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;;;;;;;; ;tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;; ;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2;;;;;;;;; ;cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;;;;;;;; ;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6;;;;;;;;; ;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; ;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; 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;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga;;;;;;;;;; ;cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;; ;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;; ;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; ;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;; ;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; ;fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;11 ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 ;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 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aaa3;tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;;;;;;;; caa2;ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;;;;;;;; cag2;cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;;;;;;;; atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;;;;;;;; cgt4;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;;;;;;;; ggc3;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;;;;;;;; ;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;; séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;;;;;;;; (aaa gta)2 aaa3;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;;;;;;;; ;eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;29;;;;;;29;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;34;;;;;;;;;20;;;;;;;;;44;;;;;;;;; 3 gtc2;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;;;;;;;; gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;;;;;;;; 2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;;;;;;;; gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;;;;;;;; tac2;ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;;;;;;;; aaa3;atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;;;;;;;; atgf3;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;;;;;;;; ggc3;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;;;;;;;; atc :;tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;;;;;;;; 4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;;;;;;;; gaa :;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;;;;;;;; 7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;;;;;;;; acc :;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;;;;;;;; 2 5s >aa aa;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s >aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;;;;;;;; ;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;; gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;;;;;;;; séquences;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; (aaa gta)2 aaa3;ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;912;;;;;;;;;1047;;;;;;;;;493;;;;;;;;;751 ;atgi;30;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;7;tct;0;tat;0;atgf;36;;atgi;2;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;14;tct;0;tat;0;atgf;31 ;att;0;act;3;aat;0;agt;1;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0 ;ctt;4;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0 ;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0 ;ttc;21;tcc;37;tac;7;tgc;16;;ttc;35;tcc;6;tac;44;tgc;38;;ttc;9;tcc;2;tac;28;tgc;4;;ttc;28;tcc;10;tac;26;tgc;17 ;atc;4;acc;18;aac;28;agc;18;;atc;7;acc;22;aac;35;agc;34;;atc;2;acc;5;aac;22;agc;0;;atc;15;acc;9;aac;38;agc;15 ;ctc;30;ccc;28;cac;14;cgt;15;;ctc;15;ccc;1;cac;34;cgt;19;;ctc;2;ccc;0;cac;11;cgt;49;;ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30 ;gtc;19;gcc;16;gac;14;ggc;17;;gtc;11;gcc;14;gac;54;ggc;59;;gtc;28;gcc;25;gac;13;ggc;43;;gtc;5;gcc;1;gac;41;ggc;38 ;tta;18;tca;36;taa;0;tga;9;;tta;31;tca;12;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;4;taa;0;tga;0;;tta;24;tca;19;taa;0;tga;0 ;ata;1;aca;19;aaa;17;aga;29;;ata;1;aca;43;aaa;44;aga;21;;ata;0;aca;7;aaa;25;aga;2;;ata;0;aca;33;aaa;41;aga;15 ;cta;21;cca;20;caa;19;cga;3;;cta;32;cca;39;caa;37;cga;7;;cta;8;cca;4;caa;12;cga;0;;cta;20;cca;33;caa;29;cga;0 ;gta;13;gca;4;gaa;15;gga;15;;gta;54;gca;7;gaa;52;gga;45;;gta;26;gca;0;gaa;25;gga;6;;gta;51;gca;17;gaa;42;gga;25 ;ttg;34;tcg;26;tag;0;tgg;31;;ttg;8;tcg;5;tag;0;tgg;13;;ttg;2;tcg;0;tag;0;tgg;2;;ttg;7;tcg;2;tag;0;tgg;12 ;atgj;15;acg;28;aag;18;agg;31;;atgj;39;acg;5;aag;12;agg;1;;atgj;6;acg;0;aag;16;agg;0;;atgj;23;acg;2;aag;0;agg;0 ;ctg;20;ccg;15;cag;9;cgg;24;;ctg;16;ccg;4;cag;14;cgg;10;;ctg;28;ccg;8;cag;10;cgg;0;;ctg;9;ccg;1;cag;0;cgg;0 ;gtg;10;gcg;13;gag;9;ggg;20;;gtg;5;gcg;5;gag;5;ggg;6;;gtg;8;gcg;3;gag;12;ggg;0;;gtg;0;gcg;0;gag;1;ggg;1 ;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;total;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;751;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;(sans abra apl 729);;; </pre> ===Les totaux des types=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_totaux_des_types|Les totaux des types]] <pre> bacts;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total ;1047;912;13;751;11;304;493;135;3666 </pre> ===La référence +5s >3=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#La_référence_+5s_>3|La référence +5s >3]] <pre> La référence;;;;;;; +5s;sans 1-3aas;;729;;;; atgi;12;tct;;tat;;atgf;29 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;26;tcc;10;tac;26;tgc;17 atc;15;acc;9;aac;38;agc;15 ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30 gtc;5;gcc;1;gac;39;ggc;38 tta;22;tca;17;taa;;tga; ata;;aca;31;aaa;39;aga;15 cta;20;cca;33;caa;29;cga; gta;49;gca;15;gaa;42;gga;25 ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;12 atgj;21;acg;2;aag;;agg; ctg;9;ccg;1;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1 ;;;;;;; faible 21;19;0.9;;;;; moyen 16;236;14.8;;;;; fort 14;474;33.9;;;;; ;729;;;;;; g+cga 10;7;0.7;;;;; agg+cgg;0;;;;;; 4 ccc;12;3.0;;;;; autres 5;0;;;;;; ;19;;;;;; </pre> ===totaux par rapport au groupe de référence=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#totaux_par_rapport_au_groupe_de_référence|totaux par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;317;124;114;19;2;7;583; 16;moyen;345;327;80;246;43;253;1294; 14;fort;250;596;299;486;90;68;1789; ; ;912;1047;493;751;135;328;3666; 10;g+cga;151;68;57;7;;;283; 2;agg+cgg;55;11;;12;1;;79; 4;carre ccc;93;41;55;;1;7;197; 5;autres;18;4;2;;;;24; ;;317;124;114;19;2;7;583; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;86;34;31;5;1;2;159;26 16;moyen;94;89;22;67;12;69;353;324 14;fort;68;163;82;133;25;19;488;650 ; ;249;286;134;205;37;89;3666;729 10;g+cgg;41;19;16;2;;;77;10 2;agg+cga;15;3;;3;0.3;;22; 4;carre ccc;25;11;15;;0.3;2;54;16 5;autres;5;1.1;0.5;;;;7; ;;86;34;31;5;0.5;2;159; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;129;51;46;226;26;35;12;23 16;moyen;141;133;33;307;324;38;31;16 14;fort;102;243;122;467;650;27;57;61 ; ;372;427;201;2452;729;912;1047;493 10;g+cgg;62;28;23;113;10;48;55;50 2;agg+cga;22;4; ;27;;17;9; 4;carre ccc;38;17;22;77;16;29;33;48 5;autres;7;2;0.8;10;;6;3;2 ;;129;51;46;226;;317;124;114 </pre> ==Caractérisation des tRNAs== ===Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Caractérisation_d'un_tRNA_par_les_4_processus_+5s_1aa_>1aa_duplication|Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication]] <pre> gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;;; atgi;14;30;7;2;tct;;;;;tat;;;;;atgf;31;30;36;30;;; att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;; ctt;;4;3;2;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;; gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;; ttc;28;21;35;9;tcc;10;37;6;2;tac;26;7;44;28;tgc;17;16;38;4;;tener2;2*11 atc;15;4;7;2;acc;9;18;22;5;aac;38;28;35;22;agc;15;18;34;;;atgi j f;tca ctc;4;30;15;2;ccc;2;28;1;;cac;20;14;34;11;cgt;30;15;19;49;;ttc;aca gtc;5;19;11;28;gcc;1;16;14;25;gac;41;14;54;13;ggc;38;17;59;43;;tta;gca tta;24;18;31;2;tca;19;36;12;4;taa;;;;;tga;;9;;;;gta;gac ata;;1;1;0;aca;33;19;43;7;aaa;41;17;44;25;aga;15;29;21;2;;aaa;+5s cta;20;21;32;8;cca;33;20;39;4;caa;29;19;37;12;cga;;3;7;;;; gta;51;13;54;26;gca;17;4;7;;gaa;42;15;52;25;gga;25;15;45;6;;; ttg;7;34;8;2;tcg;2;26;5;;tag;;;;;tgg;12;31;13;2;;; atgj;23;15;39;6;acg;2;28;5;;aag;;18;12;16;agg;;31;1;;;; ctg;9;20;16;28;ccg;1;15;4;8;cag;;9;14;10;cgg;;24;10;;;; gtg;;10;5;8;gcg;;13;5;3;gag;1;9;5;12;ggg;1;20;6;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;200;240;264;125;;129;263;163;58;;238;150;331;174;;184;259;289;136;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;751;912;1047;493;;3203;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Pour 1000;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;;; atgi;19;33;7;4;tct;;;;;tat;;;;;atgf;41;33;34;61;;; att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;; ctt;;4;3;4;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;; gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;; ttc;37;23;33;18;tcc;13;41;6;4;tac;35;8;42;57;tgc;23;18;36;8;;; atc;20;4;7;4;acc;12;20;21;10;aac;51;31;33;45;agc;20;20;32;;;; ctc;5;33;14;4;ccc;3;31;1;;cac;27;15;32;22;cgt;40;16;18;99;;; gtc;7;21;11;57;gcc;1;18;13;51;gac;55;15;52;26;ggc;51;19;56;87;;; tta;32;20;30;4;tca;25;39;11;8;taa;;;;;tga;;10;;;;; ata;;1;1;;aca;44;21;41;14;aaa;55;19;42;51;aga;20;32;20;4;;; cta;27;23;31;16;cca;44;22;37;8;caa;39;21;35;24;cga;;3;7;;;; gta;68;14;52;53;gca;23;4;7;;gaa;56;16;50;51;gga;33;16;43;12;;; ttg;9;37;8;4;tcg;3;29;5;;tag;;;;;tgg;16;34;12;4;;; atgj;31;16;37;12;acg;3;31;5;;aag;;20;11;32;agg;;34;1;;;; ctg;12;22;15;57;ccg;1;16;4;16;cag;;10;13;20;cgg;;26;10;;;; gtg;;11;5;16;gcg;;14;5;6;gag;1;10;5;24;ggg;1;22;6;;;; </pre> ====Construction du tableau avec les sous-totaux==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|Construction du tableau avec les sous-totaux]] *Lien tableur au tableau de contrôle: [[#Les_totaux_des_g%C3%A9nomes_par_type|tableau]] *Notes: Pour le 1er tRNA d'une colonne je somme sur une colonne de type, des sous totaux ci-dessous, et je copie "formule" pour les autres tRNAs de la colonne. Je récupère l'argument de cette somme sur un txt. Pour les arguments des 2 autres types (colonne) je change le nom de la colonne dans txt et je copie l'argument dans SOMME(). *Les sous-totaux: D'abord j'ai sommé le total (totaux de la fin du tableau de contrôle). Je repère les lignes de chaque clade pour faire le sous-total du clade. Ce n'est pas la peine de cliquer sur chaque case. Il suffit de récupérer l'argument de la somme de tous les génomes d'une colonne et de découper cet argument d'après le relevé des lignes de chaque clade. <pre> bact2;;;;;;;121;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63;;bact2;;;;;;;0 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;9;gca;;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;1 -16s tac;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;;;tener2;;;;;;;22 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; 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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6 1-3aas aac;2 -16s tac;; cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4;;cyano2;;;;;;; atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;10;109;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38;;;;;;;;; atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;; atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc;;;;;;;;;; ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;;;;;;;;; gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2;;;;;;;;; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;; cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;; ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;;;;;;;; ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg;;;;;;;;;; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; ;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; clos8;;;;;;;628;;clos8;;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302 atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11 att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 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;;+16s;gca;atc;aaa;gta;gcc;gaa;total;;;alpha;gama;baci;clos;tener;; ;;gama;29;23;8;8;2;33;103;;atgf;23;;2;2;;; ;;clos;26;11;;;5;;42;;gac;;23;2;1;;; ;;afn;2;2;;;;;4;;aac;;;4;7;6;; ;;baci;16;15;;;;;31;;acc;;9;1;1;;; ;;alpha +bd;37;43;;;;;80;;tgg;;8;;1;;; ;;b t c;21;23;;;;;44;;tca;;4;;;;; ;;actino;0;0;0;0;0;0;0;;gaa;;1;;2;;; ;;total;131;117;8;8;7;33;304;;tcc;;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;23;45;10;14;6;; ;;;;;;;;;;;autres;;;;37;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;+16s;;;référence +5s;;;;304;;total 1-3aas;;;;;;;135 ;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27 ;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; ;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1 ;;atc;117;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;11;aac;17;agc; ;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt; ;;gtc;;gcc;7;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4 ;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1 ;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; ;;gta;8;gca;131;gaa;33;gga;;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1 ;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9 ;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 ;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;;inter;;max;;min;;total;;;;;;;;; ;;;248;;49;;7;;304;;alpha gama;;clostridia;;;baci clos tener;;baci ;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;-16s;-5s;;référence +5s;;;;24;;total 1-3aas;;;référence +5s;;;;135 -16s;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27 2 gga;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 2 tac;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; aac;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; agc;;ttc;;tcc;1;tac;2;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1 atc;;atc;1;acc;;aac;6;agc;1;;atc;;acc;11;aac;17;agc; cgt;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt; gca;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4 tca;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; tcc;;ata;;aca;3;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1 ;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; -5s;;gta;;gca;1;gaa;;gga;7;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1 3 aca;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9 5 gga;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; 5 aac;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 ;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;;inter;;max;;min;;total;;*;inter;;max;;min;;total ;;;5;;19;;0;;24;;;43;;90;;2;;135 </pre> ====Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_processus_+16s_et_1-3aas_des_fiches_mémoires|Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires]] <pre> +16s;;;référence +5s;;;;3957;;+16s;;;;;;;1000 atgi;;cds;121;16s;1039;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1235;acc;;aac;;agc;;;atc;442;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;11;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;11;aga;;;ata;;aca;;aaa;4;aga; cta;;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga; gta;13;gca;1249;gaa;272;gga;;;gta;5;gca;447;gaa;97;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total ;2484;;302;;11;;2797;;;888;;108;;4;;1000 ;;;;;;;;;;;;;;;; 1-3aas;;;;;;;736;;1-3aas;;;;;;;1000 atgi;15;tct;;tat;;atgf;172;;atgi;20;tct;;tat;;atgf;234 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;2;tac;12;tgc;7;;ttc;29;tcc;3;tac;16;tgc;10 atc;3;acc;82;aac;73;agc;1;;atc;4;acc;111;aac;99;agc;1 ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;4;;ctc;3;ccc;;cac;3;cgt;5 gtc;;gcc;;gac;172;ggc;12;;gtc;;gcc;;gac;234;ggc;16 tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;7;tca;7;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;17;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;23;aga;1 cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga; gta;5;gca;14;gaa;7;gga;12;;gta;7;gca;19;gaa;10;gga;16 ttg;;tcg;;tag;;tgg;78;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;106 atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;3 gtg;1;gcg;;gag;;ggg;2;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3 ;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total ;218;;510;;8;;736;;;296;;693;;11;;1000 </pre> ====Classement des tRNAs avec les 8 processus==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_tRNAs_avec_les_8_processus|Classement des tRNAs avec les 8 processus]] <pre> ;Classement des tRNAs;;;;À 1000 par processus;;;;;;;;; ;+5s;1aa;>1aa;dup;1-3aas;+16s;;;+5s;1aa;>1aa;dup;1-3aas;+16s atgf;41;33;34;61;234;1;;tca;25;39;11;8;7;- aac;51;31;33;45;99;-;;aga;20;32;20;4;1;- I;;;;;;;;atgi;19;33;7;4;20;- gaa;56;16;50;51;10;97;;tcc;13;41;6;4;3;- gac;55;15;52;26;234;-;;ttg;9;37;8;4;-;- gta;68;14;52;53;7;5;;ctc;5;33;14;4;3;- aaa;55;19;42;51;23;4;;I;;;;;; ggc;51;19;56;87;16;-;;ccc;3;31;1;0;-;- tac;35;8;42;57;7;-;;tcg;3;29;5;0;-;- II;;;;;;;;acg;3;31;5;0;1;- aca;44;21;41;14;1;-;;agg;0;34;1;0;-;- cca;44;22;37;8;1;2;;cgg;0;26;10;0;3;- caa;39;21;35;24;1;-;;ggg;1;22;6;0;3;- ttc;37;23;33;18;29;-;;II;;;;;; gga;33;16;43;12;16;-;;ctg;12;22;15;57;1;- tta;32;20;30;4;7;-;;gtc;7;21;11;57;-;- atgj;31;16;37;12;1;-;;gcc;1;18;13;51;-;4 cta;27;23;31;16;-;-;;aag;0;20;11;32;-;- cac;27;15;32;22;3;-;;gag;1;10;5;24;-;- III;;;;;;;;cag;0;10;13;20;-;- tgc;23;18;36;8;10;-;;ccg;1;16;4;16;-;- agc;20;20;32;0;1;-;;gtg;0;11;5;16;1;- IV;;;;;;;;gcg;0;14;5;6;-;- cgt;40;16;18;99;5;-;;III;;;;;; V;;;;;;;;cga;0;3;7;0;-;- gca;23;4;7;0;19;447;;ata;0;1;1;0;-;- atc;20;4;7;4;4;442;;tga;0;10;0;0;-;- ;;;;;;;;IV;;;;;; VI;;;;;;;;ctt;0;4;3;4;-;- acc;12;20;21;10;111;-;;act;0;3;0;0;-;- tgg;16;34;12;4;106;-;;agt;0;1;0;0;-;- </pre> ==Les intercalaires dans les genome.cumuls== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_dans_les_genome.cumuls|Les intercalaires dans les genome.cumuls]] *'''Récapitulatif des chapitres cumuls''' * - ne sont pris en compte que les moyennes en excluant quelques valeurs extrêmes (sans jaunes) * - Les 2 dernières colonnes cdsa et cdsa300 sont en aas. * - 19*, erreur dans la lecture de la colonne ( à corriger ant-cumuls et scc-cumuls) <pre> ;sans rRNA;avec rRNA;cds;cdsd;;cdsa;cdsa 300;notes gamme;200;200;500;500;;1100;330; ;;;;;;;; pub;44;9;50;16;;239;-; rtb;57;-;193;-;;269;176; rru;119;66;148;-;;237;140; cvi;26;86;-;-;;-;-; ade;39;22;-;-;;-;-; ant;25;*19;139;60;;239;-; rpl;56;-;191;-;;243;172; rpm;39;-;147;-;;252;170; oan;138;11;258;-;;256;-; abq;72;30;153;-;;249;166; abs;71;31;151;-;;242;166; agr;33;59;172;-;;185;137; aua;131;-;226;153;;235;158; ;;;;;;;; spl;58;-;-;-;;-;-; vpb;43;26;-;-;;-;-; eal;53;-;-;-;;-;-; eco;57;-;-;-;;-;-; ecoN;31;32;178;127;;260;172; vha;46;30;183;86;;240;-; amed;49;-;214;156;;274;-; ;;;;;;;; bsu;14;17;-;-;;-;-; lmo;11;20;-;-;;-;-; lam;14;12;-;-;;-;-; ppm;20;17;193;150;;292;229;cdsj ? pmq;16;14;207;126;;235;213;cdsd ? lbu;14;29;159;114;;275;-; ban;14;15;165;132;;191;-; ;;;;;;;; psor;9;10;173;95;;220;-; cdc;14;9;206;165;;286;-; cdc8;14;10;182;155;;208;-; cbc;15;15;-;-;;-;-; cbn;14;14;-;-;;-;-; cle;19;22;-;-;;-;-; hmo;8;8;196;137;;230;-; cbei;18;7;350;195;;328;-; afn;12;-;-;-;;-;-; ;;;;;;;; ase;19;-;147;-;;254;179; blo;34;-;-;-;;-;-; sma;34;-;-;-;;-;-; ksk;33;-;-;-;;-;-; ;;;;;;;; myr;33;-;144;-;;244;189; fps;30;-;135;-;;246;181; ;;;;;;;; pnu;11;-;176;-;;240;188; pmg;10;12;93;-;;248;170; ;;;;;;;; abra;23;22;131;-;;201;148; apal;25;17;122;-;;218;177; ;;;;;;;; scc;32;*;188;124;;299;-; ;;;;;;;; mja;29;18;152;-;;253;194; mba;51;-;210;-;;186;158; mfi;35;-;178;-;;213;171; mfe;55;-;223;-;;207;157; </pre> s9s7xp5dlyp4ki83kepzuo93icg4v4c 880695 880694 2022-07-24T09:10:06Z Mekkiwik 5298 /* pmg données intercalaires */ wikitext text/x-wiki {{Annexe | idfaculté = biologie | numéro = 12 | niveau = | précédent = [[../archeo/]] | suivant = [[../Apmq/]] }} __TOC__ ==bacilli== ===Bacillus subtilis=== ====bsu==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#Bacillus subtilis|bsu]] <pre> Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168;;;; 43.6%GC;7.3.19 Paris;86;doubles;intercal ;;;; ;9810..11364;16s;@2;99 ;11464..11540;atc;;11 ;11552..11627;gca;;81 ;11709..14636;23s;;55 ;14692..14810;5s;; ;;;; ; 22292..22384;tca;; ;;;; ;30279..31832;16s;;99 ;31932..32008;atc;;11 ;32020..32095;gca;;81 ;32177..35103;23s;;133 ;35237..35355;5s;; ;;;; ;70181..70257;atg;;9 ;70267..70338;gaa;; ;;;; ;90536..92089;16s;@1;164 ;92254..95181;23s;;55 ;95237..95354;5s;;20 ;95375..95450;gta;;4 ;95455..95530;aca;;36 ;95567..95642;aaa;;6 ;95649..95731;cta;;40 ;95772..95846;ggc;;14 ;95861..95946;tta;;9 ;95956..96032;cgt;;27 ;96060..96136;cca;;9 ;96146..96221;gca;;170 ;96392..97945;16s;;164 ;98110..101037;23s;;55 ;101093..101211;5s;; ;;;; ;160893..162445;16s;;164 ;162610..165535;23s;;55 ;165591..165707;5s;;46 ;165754..165825;aac;;4 ;165830..165902;acc;;56 ;165959..166033;ggc;;30 ;166064..166140;cgt;;27 ;166168..166244;cca;;8 ;166253..166328;gca;;171 ;166500..168053;16s;;164 ;168218..171141;23s;;55 ;171197..171314;5s;;183 ;171498..173049;16s;;164 ;173214..176141;23s;;55 ;176197..176315;5s;; ;;;; ;194205..194279;gaa;;3 ;194283..194358;gta;;4 ;194363..194435;aca;;22 ;194458..194542;tac;;4 ;194547..194621;caa;; ;;;; ;528704..528778;aac;;4 ;528783..528873;agc;;29 ;528903..528974;gaa;;11 ;528986..529060;caa;;26 ;529087..529162;aaa;;11 ;529174..529255;cta;;80 ;529336..529422;ctc;; ;;;; ;635110..635186;cgt;;13 ;635200..635273;gga;;159 ;635433..636987;16s;;167 ;637155..640082;23s;;55 ;640138..640254;5s;;13 ;640268..640344;atgf;;60 ;640405..640481;gac;; ;;;; ;946696..948250;16s;;167 ;948418..951345;23s;;111 ;951457..951572;5s;;9 ;951582..951656;aac;;5 ;951662..951753;tcc;;34 ;951788..951859;gaa;;9 ;951869..951944;gta;;9 ;951954..952030;atgf;;11 ;952042..952118;gac;;12 ;952131..952206;ttc;;5 ;952212..952284;aca;;22 ;952307..952391;tac;;5 ;952397..952470;tgg;;24 ;952495..952570;cac;;9 ;952580..952651;caa;;49 ;952701..952775;ggc;;5 ;952781..952851;tgc;;7 ;952859..952947;tta;@3;265 ;953213..953294;ttg;; ;;;; ;967065..967138;gga;; ;;;; ;1262789..1262861;gtc;; ;;;; comp;2003276..2003348;agg;; ;;;; ;2563889..2563959;caa;; ;;;; comp;2899816..2899889;aga;; ;;;; comp;3171879..3171950;gaa;;25 comp;3171976..3172066;agc;;3 comp;3172070..3172144;aac;;10 comp;3172155..3172231;atc;;15 comp;3172247..3172320;gga;;10 comp;3172331..3172406;cac;;17 comp;3172424..3172499;ttc;;12 comp;3172512..3172588;gac;;11 comp;3172600..3172676;atgf;;17 comp;3172694..3172786;tca;;6 comp;3172793..3172869;atgi;;2 comp;3172872..3172948;atgj;;19 comp;3172968..3173040;gca;;5 comp;3173046..3173122;cca;;15 comp;3173138..3173214;cgt;;9 comp;3173224..3173309;tta;;14 comp;3173324..3173398;ggc;;5 comp;3173404..3173490;ctg;;10 comp;3173501..3173576;aaa;;37 comp;3173614..3173689;aca;;32 comp;3173722..3173797;gta;;20 comp;3173818..3173935;5s;;55 comp;3173991..3176918;23s;;167 comp;3177086..3178640;16s;; ;;;; comp;3194455..3194527;gcc;; ;;;; comp;3545889..3545964;cgg;; ;;;; comp;4154787..4154859;ttc;;35 comp;4154895..4154971;gac;;81 comp;4155053..4155124;gaa;;9 comp;4155134..4155209;aaa;; </pre> ====bsu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_blocs|bsu blocs]] <pre> bsu blocs;;;;;;;;; Types;;;;;;;;; I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2;II3 16s;167;167;164;164;;16s;164;164;164 23s;111;55;55;55;;23s;55;55;55 5s;9;20;46;20;;5s;;; ;5;32;4;4;;;;; ;aac;gta;aac;gta;;;;; ;**15aas;**20aas;**5aas;** 8aas;;;;; III;;;;;;IV;;; 16s;99;99;;;;cgt;13;; atc;11;11;;;;gga;159;; gca;81;81;;;;16s;167;; 23s;55;133;;;;23s;55;; 5s;;;;;;5s;13;; ;;;;;;atgf;60;; ;;;;;;gac;;; Groupes;;;;;;;;; ;16s;164;;;;16s;164;; I3;23s;55;;;I4;23s;55;; ;5s;46;;;;5s;20;; ;aac;4;;;;gta;4;; ;**4aas;8;;;;** 7aas;9;; ;gca;171;;;;gca;170;; II1;16s;164;;;II3;16s;164;; ;23s;55;;;;23s;55;; II2;5s;183;;;;5s;;; ;16s;164;;;;;;; ;23s;55;;;;;;; ;5s;;;;;;;; </pre> ====bsu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_données_intercalaires|bsu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;bsu;fx;fc;bsu;fx40;fc40;bsu;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;25;0;2;25;-1;0;72;134;111;tRNA 16s;;;tRNA tRNA;;contig ;0;10;28;231;1;3;41;-2;0;4;168;179;170;;gca;4;;gta ;0;20;46;398;2;2;31;-3;0;0;199;82;171;;gca;36;;aca ;0;30;70;185;3;3;34;-4;14;229;227;333;159;;gga;6;;aaa ;0;40;158;121;4;2;27;-5;0;0;122;78;16s tRNA;;;40;;cta ;0;50;81;84;5;3;19;-6;2;0;180;193;2* 99;;atc;14;;ggc 1;1;60;22;92;6;0;21;-7;1;11;52;90;tRNA 23s;;;9;;tta ;0;70;21;119;7;5;16;-8;1;75;130;172;2* 81;;gca;27;;cgt ;0;80;32;121;8;3;7;-9;1;0;232;840;5s tRNA;;;9;;cca ;0;90;22;112;9;3;16;-10;1;5;107;93;2* 20;;gta;**;;gca ;0;100;25;91;10;4;19;-11;1;43;383;86;46;;aac;4;;aac 1;1;110;24;106;11;0;32;-12;0;0;223;66;13;;atgf;56;;acc ;0;120;39;87;12;3;53;-13;0;6;;63;9;;aac;30;;ggc 2;2;130;41;86;13;5;46;-14;1;19;;106;tRNA tRNA;;intra;27;;cgt 1;1;140;27;66;14;12;47;-15;0;0;;284;2* 11;;atc gca;8;;cca ;0;150;42;68;15;4;52;-16;1;5;;269;tRNA tRNA;;;**;;gca ;0;160;34;66;16;3;31;-17;0;18;CDS 16s;;9;;atgj;13;;cgt 1;1;170;33;58;17;6;41;-18;0;0;350;349;**;;gaa;**;;gga 1;1;180;29;53;18;5;44;-19;1;4;243;;3;;gaa;60;;atgf ;0;190;25;34;19;5;23;-20;1;11;309;;4;;gta;**;;gac 1;1;200;19;34;20;3;29;-21;0;0;291;;22;;aca;5;;aac ;0;210;28;30;21;2;25;-22;0;2;5s 16s;;4;;tac;34;;tcc ;0;220;17;14;22;2;29;-23;0;8;183;;**;;caa;9;;gaa 2;2;230;24;20;23;3;22;-24;0;0;16s 23s;;4;;aac;9;;gta 1;1;240;16;27;24;7;24;-25;1;1;5* 164;;29;;agc;11;;atgf ;0;250;16;18;25;4;15;-26;0;8;3* 167;;11;;gaa;12;;gac ;0;260;13;13;26;13;12;-27;0;0;23s 5s;;26;;caa;5;;ttc ;0;270;19;16;27;12;12;-28;0;0;8* 55;;11;;aaa;22;;aca ;0;280;13;16;28;3;14;-29;0;6;133;;80;;cta;5;;tac ;0;290;13;6;29;10;17;-30;0;0;111;;**;;ctc;24;;tgg ;0;300;6;9;30;14;15;-31;0;1;5s CDS;;35;;ttc;9;;cac ;0;310;8;8;31;9;16;-32;0;2;175;36;81;;gac;49;;caa ;0;320;5;6;32;10;12;-33;0;0;237;;9;;gaa;5;;ggc ;0;330;1;8;33;16;18;-34;0;1;767;;**;;aaa;7;;tgc ;0;340;8;9;34;11;7;-35;0;3;;;;;;265;;tta ;0;350;5;6;35;16;11;-36;0;0;;;;;;**;;ttg ;0;360;4;4;36;19;13;-37;0;1;;;;;;25;;gaa ;0;370;4;2;37;13;5;-38;0;2;;;;;;3;;agc ;0;380;4;7;38;17;11;-39;0;0;;;;;;10;;aac 1;1;390;5;8;39;26;21;-40;1;1;;;;;;15;;atc ;0;400;1;2;40;21;7;-41;0;8;;;;;;10;;gga ;0;reste;60;49;reste;786;1555;-42;1;0;;;;;;17;;cac 12;12;total;1090;2515;total;1090;2515;-43;0;3;;;;;;12;;ttc 12;12;diagr;1028;2441;diagr;302;935;-44;0;2;;;;;;11;;gac 0;0; t30;144;814;;;;-45;0;0;;;;;;17;;atgf ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;6;;tca ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;;2;;atgi ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;19;;atgj ;x;1088;35;2;1125;;;-49;0;1;;;;;;5;;gca ;c;2490;573;25;3088;;;-50;0;2;;;;;;15;;cca ;;;;;4213;324;;reste;7;17;;;;;;9;;cgt ;;;;;;4537;;total;35;573;;;;;;14;;tta ;;;;;;;;;;;;;;;;5;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;10;;ctg ;;;;;;;;;;;;;;;;37;;aaa ;;;;;;;;;;;;;;;;32;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta </pre> =====bsu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires_aas|bsu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> ;autres intercalaires;;bsu;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;6994;350;; ;rRNA;9810;99;;16s ;tRNA;11464;11;;atc ;tRNA;11552;81;;gca ;rRNA;11709;55;;23s ;rRNA;14692;36;;5s fin;CDS;14847;;comp; deb;CDS;19968;52;; ;misc_RNA;20611;56;; deb;CDS;20880;134;; ;tRNA;22292;111;;tca fin;CDS;22496;;comp; deb;CDS;25852;41;; ;misc_RNA;26379;81;; fin;CDS;26814;;; deb;CDS;29772;243;; ;rRNA;30279;99;;16s ;tRNA;31932;11;;atc ;tRNA;32020;81;;gca ;rRNA;32177;133;;23s ;rRNA;35237;175;;5s fin;CDS;35531;;; deb;CDS;69626;168;; ;tRNA;70181;9;;atgj ;tRNA;70267;199;;gaa fin;CDS;70538;;; deb;CDS;88727;309;; ;rRNA;90536;164;;16s ;rRNA;92254;55;;23s ;rRNA;95237;20;;5s ;tRNA;95375;4;;gta ;tRNA;95455;36;;aca ;tRNA;95567;6;;aaa ;tRNA;95649;40;;cta ;tRNA;95772;14;;ggc ;tRNA;95861;9;;tta ;tRNA;95956;27;;cgt ;tRNA;96060;9;;cca ;tRNA;96146;170;;gca ;rRNA;96392;164;;16s ;rRNA;98110;55;;23s ;rRNA;101093;237;;5s fin;CDS;101449;;; deb;CDS;119111;45;; ;misc_RNA;119855;65;; fin;CDS;120061;;; deb;CDS;152937;56;; ;misc_RNA;153737;48;; fin;CDS;153842;;; deb;CDS;159779;349;comp; ;rRNA;160893;164;;16s ;rRNA;162610;55;;23s ;rRNA;165591;46;;5s ;tRNA;165754;4;;aac ;tRNA;165830;56;;acc ;tRNA;165959;30;;ggc ;tRNA;166064;27;;cgt ;tRNA;166168;8;;cca ;tRNA;166253;171;;gca ;rRNA;166500;164;;16s ;rRNA;168218;55;;23s ;rRNA;171197;183;;5s ;rRNA;171498;164;;16s ;rRNA;173214;55;;23s ;rRNA;176197;767;;5s fin;CDS;177083;;; deb;CDS;193570;179;comp; ;tRNA;194205;3;;gaa ;tRNA;194283;4;;gta ;tRNA;194363;22;;aca ;tRNA;194458;4;;tac ;tRNA;194547;227;;caa fin;CDS;194849;;; deb;CDS;198497;173;; ;misc_RNA;200017;89;; fin;CDS;200277;;; deb;CDS;275838;56;; ;misc_RNA;276815;97;; fin;CDS;277160;;; deb;CDS;473803;103;; ;misc_RNA;474329;133;; fin;CDS;474731;;; deb;CDS;483845;135;; ;misc_RNA;486092;196;; fin;CDS;486432;;; deb;CDS;528129;122;; ;tRNA;528704;4;;aac ;tRNA;528783;29;;agc ;tRNA;528903;11;;gaa ;tRNA;528986;26;;caa ;tRNA;529087;11;;aaa ;tRNA;529174;80;;cta ;tRNA;529336;82;;ctc fin;CDS;529505;;comp; deb;CDS;532292;30;; ;misc_RNA;532583;115;; fin;CDS;532758;;; deb;CDS;559264;67;; ;misc_RNA;559532;540;; fin;CDS;560151;;; deb;CDS;625125;54;; ;misc_RNA;626346;175;; fin;CDS;626622;;; deb;CDS;634651;333;comp; ;tRNA;635110;13;;cgt ;tRNA;635200;159;;gga ;rRNA;635433;167;;16s ;rRNA;637155;55;;23s ;rRNA;640138;13;;5s ;tRNA;640268;60;;atgf ;tRNA;640405;180;;gac fin;CDS;640662;;; deb;CDS;692740;143;; ;misc_RNA;694425;134;; fin;CDS;694662;;; deb;CDS;698092;79;; ;misc_RNA;698369;140;; fin;CDS;698612;;; deb;CDS;945520;291;; ;rRNA;946696;167;;16s ;rRNA;948418;111;;23s ;rRNA;951457;9;;5s ;tRNA;951582;5;;aac ;tRNA;951662;34;;tcc ;tRNA;951788;9;;gaa ;tRNA;951869;9;;gta ;tRNA;951954;11;;atgf ;tRNA;952042;12;;gac ;tRNA;952131;5;;ttc ;tRNA;952212;22;;aca ;tRNA;952307;5;;tac ;tRNA;952397;24;;tgg ;tRNA;952495;9;;cac ;tRNA;952580;49;;caa ;tRNA;952701;5;;ggc ;tRNA;952781;7;;tgc ;tRNA;952859;265;;tta ;tRNA;953213;78;;ttg fin;CDS;953373;;comp; deb;CDS;954893;69;; ;misc_RNA;955655;132;; fin;CDS;955895;;; deb;CDS;966671;193;comp; ;tRNA;967065;90;;gga fin;CDS;967229;;comp; deb;CDS;1178757;89;; ;misc_RNA;1180685;106;; fin;CDS;1180909;;; deb;CDS;1218113;58;; ;misc_RNA;1219164;470;; fin;CDS;1219849;;; deb;CDS;1233133;104;; ;misc_RNA;1233405;70;; fin;CDS;1233614;;; deb;CDS;1240356;61;; ;misc_RNA;1242262;78;; fin;CDS;1242449;;; deb;CDS;1257414;167;; ;misc_RNA;1258304;67;; fin;CDS;1258492;;; deb;CDS;1261426;172;comp; ;tRNA;1262789;840;;gtc fin;CDS;1263702;;comp; deb;CDS;1375777;32;; ;misc_RNA;1376328;77;; fin;CDS;1376517;;; deb;CDS;1377243;87;; ;misc_RNA;1378233;52;; fin;CDS;1378496;;; deb;CDS;1383320;127;; ;misc_RNA;1385736;132;; fin;CDS;1386024;;; deb;CDS;1391040;96;; ;misc_RNA;1391739;101;; fin;CDS;1391953;;; deb;CDS;1395371;113;; ;misc_RNA;1395622;237;; fin;CDS;1396013;;; deb;CDS;1409912;55;; ;misc_RNA;1410633;-113;; fin;CDS;1410654;;; deb;CDS;1423241;92;; ;misc_RNA;1424527;83;; fin;CDS;1424767;;; deb;CDS;1425641;38;; ;misc_RNA;1426876;84;; fin;CDS;1427061;;; deb;CDS;1438092;138;; ;misc_RNA;1439274;129;; fin;CDS;1439448;;; deb;CDS;1456092;46;; ;misc_RNA;1457005;30;; fin;CDS;1457187;;; deb;CDS;1482248;85;; ;misc_RNA;1483557;476;; fin;CDS;1484117;;; deb;CDS;1533327;368;; ;misc_RNA;1534070;-161;; fin;CDS;1534120;;; deb;CDS;1568924;2;; ;misc_RNA;1569199;199;; fin;CDS;1569519;;; ;misc_RNA;1607367;87;; deb;CDS;1612521;62;; ;misc_RNA;1613078;52;; fin;CDS;1613357;;; deb;CDS;1617210;39;; ;misc_RNA;1618161;26;; deb;CDS;1618304;3;; ;misc_RNA;1618853;52;; deb;CDS;1619023;0;; ;misc_RNA;1620331;30;; fin;CDS;1620476;;; deb;CDS;1629320;144;; ;misc_RNA;1630115;161;; fin;CDS;1630382;;; deb;CDS;1675171;78;; ;misc_RNA;1675981;19;; fin;CDS;1676042;;; deb;CDS;1727133;10;; ;misc_RNA;1731457;101;; fin;CDS;1731776;;; deb;CDS;1778337;183;; ;misc_RNA;1780404;63;; fin;CDS;1780618;;; deb;CDS;1914630;-4;; ;misc_RNA;1914992;-52;; fin;CDS;1915221;;; deb;CDS;1916955;198;; ;misc_RNA;1917501;58;; fin;CDS;1917639;;; deb;CDS;2002637;93;; ;tRNA;2003276;52;comp;agg fin;CDS;2003401;;comp; deb;CDS;2024042;83;; ;misc_RNA;2025160;148;; fin;CDS;2025400;;; deb;CDS;2069262;170;; ;misc_RNA;2069732;-233;; fin;CDS;2069883;;; deb;CDS;2076206;469;; ;misc_RNA;2079096;10;; fin;CDS;2079214;;; deb;CDS;2094010;123;; ;misc_RNA;2095909;238;; fin;CDS;2096350;;; deb;CDS;2159981;-1389;; ;misc_RNA;2160390;-630;; fin;CDS;2160565;;; deb;CDS;2162108;-2547;; ;misc_feature;2163068;420;; ;misc_RNA;2164643;682;; fin;CDS;2165577;;; deb;CDS;2208328;61;; ;ncRNA;2208590;-26;; fin;CDS;2208855;;; deb;CDS;2219514;-23;; ;misc_RNA;2219743;-66;; fin;CDS;2219784;;; deb;CDS;2273594;-6;; ;misc_RNA;2273705;104;; fin;CDS;2273989;;; deb;CDS;2319440;88;; ;misc_RNA;2320113;141;; fin;CDS;2320355;;; deb;CDS;2330075;87;; ;misc_RNA;2331320;58;; fin;CDS;2331779;;; deb;CDS;2410017;-9;; ;misc_RNA;2410581;197;; fin;CDS;2411086;;; deb;CDS;2430258;129;; ;misc_RNA;2431473;119;; fin;CDS;2431737;;; deb;CDS;2471787;133;; ;misc_RNA;2472880;25;; fin;CDS;2473151;;; deb;CDS;2548245;73;; ;misc_RNA;2549407;168;; fin;CDS;2549775;;; deb;CDS;2562966;86;comp; ;tRNA;2563889;66;;caa fin;CDS;2564026;;comp; deb;CDS;2607762;82;; ;misc_RNA;2608732;39;; fin;CDS;2608946;;; deb;CDS;2624785;39;; ;misc_RNA;2625952;69;; fin;CDS;2626112;;; deb;CDS;2646594;292;; ;misc_RNA;2647405;-208;; fin;CDS;2647456;;; deb;CDS;2678240;-77;; ;misc_RNA;2678343;233;; deb;CDS;2678799;-13;; ;misc_RNA;2678876;127;; fin;CDS;2679142;;; deb;CDS;2773356;136;; ;misc_RNA;2773783;6;; fin;CDS;2773890;;; ;misc_RNA;2800890;43;; deb;CDS;2813643;83;; ;misc_RNA;2814491;51;; fin;CDS;2814743;;; deb;CDS;2816535;89;; ;misc_RNA;2817899;59;; fin;CDS;2818191;;; deb;CDS;2855518;13;; ;misc_RNA;2855840;57;; fin;CDS;2855973;;; deb;CDS;2866664;59;; ;misc_RNA;2869366;165;; fin;CDS;2869754;;; deb;CDS;2895248;121;; ;misc_RNA;2897094;447;; fin;CDS;2897788;;; deb;CDS;2898931;63;; ;tRNA;2899816;130;comp;aga fin;CDS;2900020;;comp; deb;CDS;2909520;125;; ;misc_RNA;2910872;64;; fin;CDS;2911116;;; deb;CDS;2952828;61;; ;misc_RNA;2953411;244;; fin;CDS;2953795;;; deb;CDS;2959257;43;; ;misc_RNA;2961232;106;; fin;CDS;2961586;;; deb;CDS;3033696;153;; ;misc_RNA;3035589;8;; fin;CDS;3035730;;; deb;CDS;3036603;23;; ;misc_RNA;3037895;44;; fin;CDS;3038213;;; deb;CDS;3102629;109;; ;misc_RNA;3105153;102;; fin;CDS;3105470;;; deb;CDS;3127825;167;; ;misc_RNA;3129195;196;; fin;CDS;3129530;;; deb;CDS;3169763;232;comp; ;tRNA;3171879;25;comp;gaa ;tRNA;3171976;3;comp;agc ;tRNA;3172070;10;comp;aac ;tRNA;3172155;15;comp;atc ;tRNA;3172247;10;comp;gga ;tRNA;3172331;17;comp;cac ;tRNA;3172424;12;comp;ttc ;tRNA;3172512;11;comp;gac ;tRNA;3172600;17;comp;atgf ;tRNA;3172694;6;comp;tca ;tRNA;3172793;2;comp;atgi ;tRNA;3172872;19;comp;atgj ;tRNA;3172968;5;comp;gca ;tRNA;3173046;15;comp;cca ;tRNA;3173138;9;comp;cgt ;tRNA;3173224;14;comp;tta ;tRNA;3173324;5;comp;ggc ;tRNA;3173404;10;comp;ctg ;tRNA;3173501;37;comp;aaa ;tRNA;3173614;32;comp;aca ;tRNA;3173722;20;comp;gta ;rRNA;3173818;55;comp;5s ;rRNA;3173991;167;comp;23s ;rRNA;3177086;464;comp;16s ;misc_RNA;3179105;99;; fin;CDS;3179306;;; deb;CDS;3187503;124;; ;misc_RNA;3188173;72;; fin;CDS;3188414;;; deb;CDS;3193863;106;; ;tRNA;3194455;107;comp;gcc fin;CDS;3194635;;comp; deb;CDS;3334646;423;; ;ncRNA;3335414;205;; fin;CDS;3335751;;; deb;CDS;3359995;156;; ;misc_RNA;3360937;-211;; fin;CDS;3360974;;; deb;CDS;3363266;105;; ;misc_RNA;3364397;114;; fin;CDS;3364618;;; deb;CDS;3403493;108;; ;misc_RNA;3404546;158;; fin;CDS;3404835;;; deb;CDS;3419656;103;; ;misc_RNA;3421169;116;; fin;CDS;3421465;;; deb;CDS;3449732;185;; ;misc_RNA;3450712;176;; fin;CDS;3451248;;; deb;CDS;3489910;68;; ;misc_RNA;3491322;97;; fin;CDS;3491655;;; deb;CDS;3544642;284;; ;tRNA;3545889;269;comp;cgg fin;CDS;3546234;;; deb;CDS;3854256;53;; ;misc_RNA;3856226;31;; ;misc_RNA;3856479;81;; fin;CDS;3856782;;; deb;CDS;3946394;0;; ;misc_RNA;3946910;41;; fin;CDS;3947158;;; ;misc_RNA;3988840;388;; deb;CDS;3997221;65;; ;misc_RNA;3997775;82;; deb;CDS;3997964;68;; ;misc_RNA;3999166;77;; fin;CDS;3999350;;; deb;CDS;4004288;386;; ;misc_RNA;4005523;126;; fin;CDS;4005752;;; deb;CDS;4095915;89;; ;misc_RNA;4096997;6;; fin;CDS;4097416;;; deb;CDS;4153696;383;comp; ;tRNA;4154787;35;comp;ttc ;tRNA;4154895;81;comp;gac ;tRNA;4155053;9;comp;gaa ;tRNA;4155134;223;comp;aaa fin;CDS;4155433;;comp; deb;CDS;4169166;189;; ;misc_RNA;4169802;125;; fin;CDS;4170045;;; </pre> ====bsu intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_entre_cds|bsu intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> 23.2.22;;;;;;;;;; bsu;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;608;14.4;'''négatif ;-12;19;-1 à -164;'''4 215 606;-1;608 ;'''zéro;27;0.6;;;;;'''intercals;0;27 ;'''1 à 200;3030;71.9;'''0 à 200;72;56;;'''401 590;5;165 ;'''201 à 370;412;9.8;'''201 à 370;258;44;;'''9.5%;10;94 ;'''371 à 600;118;2.8;'''371 à 600;458;67;;;15;254 ;'''601 à max;18;0.4;'''601 à 1021;755;132;;;20;190 ;'''total 4213;<201;87.0;'''total 4207;92;113;-164 à 1021;;25;133 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;122 390880;7511;-1;608;-70;19;;0;27;35;126 3671416;1306;0;27;-60;2;;-1;°72;40;153 2160565;1021;1;°44;-50;5;;-2;4;45;100 2221061;952;2;33;-40;19;;-3;0;50;65 2226176;950;3;37;-30;10;'''min à -1;-4;°243;55;54 1886057;824;4;°29;-20;38;608;-5;0;60;60 2733772;809;5;22;-10;105;14.4%;-6;2;65;62 785543;783;6;21;0;437;;-7;12;70;78 3699446;783;7;21;10;259;;-8;°76;75;84 2060817;777;8;10;20;444;;-9;1;80;69 875428;731;9;19;30;255;;-10;6;85;83 1446317;682;10;23;40;279;'''1 à 100;-11;°44;90;51 2051329;669;11;32;50;165;2059;-12;0;95;59 2054599;627;12;°56;60;114;48.9%;-13;6;100;57 873402;625;13;°51;70;140;;-14;°20;105;57 1872812;623;14;°59;80;153;;-15;0;110;73 1278565;619;15;°56;90;134;;-16;6;115;65 1900080;602;16;34;100;116;;-17;°18;120;61 1944113;594;17;°47;110;130;;-18;0;125;66 2091705;594;18;°49;120;126;;-19;5;130;61 548710;588;19;28;130;127;;-20;°12;135;51 674832;584;20;°32;140;93;;-21;0;140;42 554669;582;21;27;150;110;;-22;2;145;62 2708943;582;22;31;160;100;;-23;°8;150;48 4172387;577;23;25;170;91;'''1 à 200;-24;0;155;54 376032;573;24;°31;180;82;3030;-25;2;160;46 661630;573;25;19;190;59;71.9%;-26;°8;165;53 820867;572;26;25;200;53;;-27;0;170;38 560151;567;27;°24;210;58;;-28;0;175;42 2225337;560;28;17;220;31;;-29;°6;180;40 1883166;559;29;27;230;44;;-30;0;185;32 1441291;558;30;°29;240;43;;-31;1;190;27 3977791;555;31;25;250;34;'''0 à 200;-32;°2;195;32 552616;552;32;22;260;26;3057;;583;200;21 1269733;550;33;°34;270;35;;reste;52;205;34 2465966;548;34;18;280;29;;total;635;210;24 2763025;546;35;27;290;19;;;;215;15 2701979;544;36;°32;300;15;;;;220;16 3534118;538;37;18;310;16;;'''intercal;'''<u>frequencef;225;17 4128119;533;38;28;320;11;;600;4195;230;27 599107;531;39;°47;330;9;;620;2;235;24 ;;40;28;340;17;'''201 à 370;640;3;240;19 ;;reste;2341;350;11;412;660;0;245;19 ;;total;4213;360;8;9.8%;680;1;250;15 ;;1-40;1237;370;6;;700;1;255;15 ;;;;380;11;;720;0;260;11 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;13;;740;1;265;20 387744;-7616;cont;'''141;400;3;;760;0;270;15 3717238;-500;cont;'''480;410;11;;780;1;275;17 2909520;-492;cont;492;420;7;;800;2;280;12 2601528;-361;comp’;'''297;430;9;;820;1;285;11 1252815;-164;cont;164;440;3;;840;1;290;8 2466721;-154;cont;154;450;7;;860;0;295;7 1916663;-143;cont;143;460;1;;880;0;300;8 3666841;-127;comp’;'''84;470;5;;900;0;305;8 2693597;-119;cont;119;480;5;;920;0;310;8 538322;-113;cont;113;490;8;;940;0;315;4 1322014;-101;cont;101;500;3;;960;2;320;7 238164;-95;cont;95;510;2;;980;0;325;5 1526859;-94;cont;94;520;4;;1000;0;330;4 2652993;-93;comp’;93;530;3;;1020;0;335;12 2758043;-92;cont;92;540;3;'''371 à 600;1040;1;340;5 3755967;-91;cont;91;550;4;118;;16;345;6 2154781;-86;cont;86;560;5;2.8%;;;350;5 2705398;-82;cont;82;570;1;;;;355;6 2154705;-71;cont;71;580;4;'''601 à max;;;360;2 989712;-69;comp’;69;590;4;18;;;365;4 2413585;-65;cont;65;600;2;0.4%;;;370;2 2381919;-59;cont;59;reste;18;;reste;2;reste;136 ;;;;total;4213;;total;4213;total;4213 </pre> ====bsu intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> bsu Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; bsu;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-6.4;69;-338;67;458;359;max40;&-41;352;-1040;112;790;286;min50 51 à 400;48;-359;711;-11;861;249;2 parties;&12;-27;-230;64;954;75;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;152;56;-;440;dte;18;max40;&211;68;;617;poly;173;SF 51 à 400;94;40;-;694;poly;167;tF;&145;50;-;850;poly;104;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.432;;;;;; 41-n;0.660;0.008;0.283;;;;;;;;;;; 1-n;0.471;0.152;0.258;;;;;;;;;20.2.22;; bsu;fx;fc;;bsu;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;bsu;Sx-;Sc- 0;2;25;;0;2;10;0;2;25;>0;1088;-1;0;72 10;28;231;;10;27;95;1;3;41;<0;35;-2;0;4 20;46;398;;20;45;163;2;2;31;zéro;2;-3;0;0 30;70;185;;30;68;76;3;3;34;total;1125;-4;14;229 40;158;121;;40;154;50;4;2;27;;c;-5;0;0 50;81;84;;50;79;34;5;3;19;>0;2490;-6;2;0 60;22;92;;60;21;38;6;0;21;<0;573;-7;1;11 70;21;119;;70;20;49;7;5;16;zéro;25;-8;1;75 80;32;121;;80;31;50;8;3;7;;3088;-9;1;0 90;22;112;;90;21;46;9;3;16;;;-10;1;5 100;25;91;;100;24;37;10;4;19;total;4213;-11;1;43 110;24;106;;110;23;43;11;0;32;;;-12;0;0 120;39;87;;120;38;36;12;3;53;;;-13;0;6 130;41;86;;130;40;35;13;5;46;;;-14;1;19 140;27;66;;140;26;27;14;12;47;;;-15;0;0 150;42;68;;150;41;28;15;4;52;;;-16;1;5 160;34;66;;160;33;27;16;3;31;;;-17;0;18 170;33;58;;170;32;24;17;6;41;;;-18;0;0 180;29;53;;180;28;22;18;5;44;;;-19;1;4 190;25;34;;190;24;14;19;5;23;;;-20;1;11 200;19;34;;200;18;14;20;3;29;;;-21;0;0 210;28;30;;210;27;12;21;2;25;;;-22;0;2 220;17;14;;220;17;6;22;2;29;;;-23;0;8 230;24;20;;230;23;8;23;3;22;;;-24;0;0 240;16;27;;240;16;11;24;7;24;;;-25;1;1 250;16;18;;250;16;7;25;4;15;;;-26;0;8 260;13;13;;260;13;5;26;13;12;;;-27;0;0 270;19;16;;270;18;7;27;12;12;;;-28;0;0 280;13;16;;280;13;7;28;3;14;;;-29;0;6 290;13;6;;290;13;2;29;10;17;;;-30;0;0 300;6;9;;300;6;4;30;14;15;;;-31;0;1 310;8;8;;310;8;3;31;9;16;;;-32;0;2 320;5;6;;320;5;2;32;10;12;;;-33;0;0 330;1;8;;330;1;3;33;16;18;;;-34;0;1 340;8;9;;340;8;4;34;11;7;;;-35;0;3 350;5;6;;350;5;2;35;16;11;;;-36;0;0 360;4;4;;360;4;2;36;19;13;;;-37;0;1 370;4;2;;370;4;1;37;13;5;;;-38;0;2 380;4;7;;380;4;3;38;17;11;;;-39;0;0 390;5;8;;390;5;3;39;26;21;;;-40;1;1 400;1;2;;400;1;1;40;21;7;;;-41;0;8 reste;60;49;;;;;reste;786;1555;;;-42;1;0 total;1090;2515;;t30;140;333;total;1090;2515;;;-43;0;3 diagr;1028;2441;;t50;373;417;diagr;302;935;;;-44;0;2 - t30;884;1627;;;;;;;;;;-45;0;0 - t50;645;1422;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;2 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;;reste;7;17 ;;;;;;;;;;;;total;35;573 </pre> ====bsu intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_négatifs_S-|bsu intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;10;;2;1;1;1;;1;;;1;;1;;;1;1;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;7;30 continu;72;4;0;233;0;0;11;75;0;6;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;578 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;14;0;2;1;1;1;1;1;0;0;1;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;7;35 ;Sc-;72;4;0;229;0;0;11;75;0;5;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;573 </pre> ====bsu autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires|bsu autres intercalaires]] <pre> 23.2.22;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; bsu;autres intercalaires;;adresses1;;;bsu;autres intercalaires;;adresses2;;;bsu;autres intercalaires;;adresses3;;;bsu;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;6994;350;;;deb;°CDS;634651;333;comp;;deb;°CDS;1629320;144;;;deb;°CDS;2909520;125; ;$rRNA;9810;99;;;;&tRNA;635110;13;;;;misc_R;1630115;161;;;;misc_R;2910872;64; ;&tRNA;11464;11;;;;&tRNA;635200;159;;;fin;°CDS;1630382;;;;fin;°CDS;2911116;; ;&tRNA;11552;81;;;;$rRNA;635433;167;;;deb;°CDS;1675171;78;;;deb;°CDS;2952828;61; ;$rRNA;11709;55;;;;$rRNA;637155;55;;;;misc_R;1675981;19;;;;misc_R;2953411;244; ;$rRNA;14692;36;;;;$rRNA;640138;13;;;fin;°CDS;1676042;;;;fin;°CDS;2953795;; fin;°CDS;14847;;comp;;;&tRNA;640268;60;;;deb;°CDS;1727133;10;;;deb;°CDS;2959257;43; deb;°CDS;19968;52;;;;&tRNA;640405;180;;;;misc_R;1731457;101;;;;misc_R;2961232;106; ;misc_R;20611;56;;;fin;°CDS;640662;;;;fin;°CDS;1731776;;;;fin;°CDS;2961586;; deb;°CDS;20880;134;;;deb;°CDS;692740;143;;;deb;°CDS;1778337;183;;;deb;°CDS;3033696;153; ;&tRNA;22292;111;;;;misc_R;694425;134;;;;misc_R;1780404;63;;;;misc_R;3035589;8; fin;°CDS;22496;;comp;;fin;°CDS;694662;;;;fin;°CDS;1780618;;;;fin;°CDS;3035730;; deb;°CDS;25852;41;;;deb;°CDS;698092;79;;;deb;°CDS;1914630;-4;;;deb;°CDS;3036603;23; ;misc_R;26379;81;;;;misc_R;698369;140;;;;misc_R;1914992;-52;;;;misc_R;3037895;44; fin;°CDS;26814;;;;fin;°CDS;698612;;;;fin;°CDS;1915221;;;;fin;°CDS;3038213;; deb;°CDS;29772;243;;;deb;°CDS;945520;291;;;deb;°CDS;1916955;198;;;deb;°CDS;3102629;109; ;$rRNA;30279;99;;;;$rRNA;946696;167;;;;misc_R;1917501;58;;;;misc_R;3105153;102; ;&tRNA;31932;11;;;;$rRNA;948418;111;;;fin;°CDS;1917639;;;;fin;°CDS;3105470;; ;&tRNA;32020;81;;;;$rRNA;951457;9;;;deb;°CDS;2002637;93;;;deb;°CDS;3127825;167; ;$rRNA;32177;133;;;;&tRNA;951582;5;;;;&tRNA;2003276;52;comp;;;misc_R;3129195;196; ;$rRNA;35237;175;;;;&tRNA;951662;34;;;fin;°CDS;2003401;;comp;;fin;°CDS;3129530;; fin;°CDS;35531;;;;;&tRNA;951788;9;;;deb;°CDS;2024042;83;;;deb;°CDS;3169763;232;comp deb;°CDS;69626;168;;;;&tRNA;951869;9;;;;misc_R;2025160;148;;;;&tRNA;3171879;25;comp ;&tRNA;70181;9;;;;&tRNA;951954;11;;;fin;°CDS;2025400;;;;;&tRNA;3171976;3;comp ;&tRNA;70267;199;;;;&tRNA;952042;12;;;deb;°CDS;2069262;170;;;;&tRNA;3172070;10;comp fin;°CDS;70538;;;;;&tRNA;952131;5;;;;misc_R;2069732;-233;;;;&tRNA;3172155;15;comp deb;°CDS;88727;309;;;;&tRNA;952212;22;;;fin;°CDS;2069883;;;;;&tRNA;3172247;10;comp ;$rRNA;90536;164;;;;&tRNA;952307;5;;;deb;°CDS;2076206;469;;;;&tRNA;3172331;17;comp ;$rRNA;92254;55;;;;&tRNA;952397;24;;;;misc_R;2079096;10;;;;&tRNA;3172424;12;comp ;$rRNA;95237;20;;;;&tRNA;952495;9;;;fin;°CDS;2079214;;;;;&tRNA;3172512;11;comp ;&tRNA;95375;4;;;;&tRNA;952580;49;;;deb;°CDS;2094010;123;;;;&tRNA;3172600;17;comp ;&tRNA;95455;36;;;;&tRNA;952701;5;;;;misc_R;2095909;238;;;;&tRNA;3172694;6;comp ;&tRNA;95567;6;;;;&tRNA;952781;7;;;fin;°CDS;2096350;;;;;&tRNA;3172793;2;comp ;&tRNA;95649;40;;;;&tRNA;952859;265;;;deb;°CDS;2159981;-1389;;;;&tRNA;3172872;19;comp ;&tRNA;95772;14;;;;&tRNA;953213;78;;;;misc_R;2160390;-630;;;;&tRNA;3172968;5;comp ;&tRNA;95861;9;;;fin;°CDS;953373;;comp;;fin;°CDS;2160565;;;;;&tRNA;3173046;15;comp ;&tRNA;95956;27;;;deb;°CDS;954893;69;;;deb;°CDS;2162108;-2547;;;;&tRNA;3173138;9;comp ;&tRNA;96060;9;;;;misc_R;955655;132;;;;misc_f;2163068;420;;;;&tRNA;3173224;14;comp ;&tRNA;96146;170;;;fin;°CDS;955895;;;;;misc_R;2164643;682;;;;&tRNA;3173324;5;comp ;$rRNA;96392;164;;;deb;°CDS;966671;193;comp;;fin;°CDS;2165577;;;;;&tRNA;3173404;10;comp ;$rRNA;98110;55;;;;&tRNA;967065;90;;;deb;°CDS;2208328;61;;;;&tRNA;3173501;37;comp ;$rRNA;101093;237;;;fin;°CDS;967229;;comp;;;ncRNA;2208590;-26;;;;&tRNA;3173614;32;comp fin;°CDS;101449;;;;deb;°CDS;1178757;89;;;fin;°CDS;2208855;;;;;&tRNA;3173722;20;comp deb;°CDS;119111;45;;;;misc_R;1180685;106;;;deb;°CDS;2219514;-23;;;;$rRNA;3173818;55;comp ;misc_R;119855;65;;;fin;°CDS;1180909;;;;;misc_R;2219743;-66;;;;$rRNA;3173991;167;comp fin;°CDS;120061;;;;deb;°CDS;1218113;58;;;fin;°CDS;2219784;;;;;$rRNA;3177086;464;comp deb;°CDS;152937;56;;;;misc_R;1219164;470;;;deb;°CDS;2273594;-6;;;;misc_R;3179105;99; ;misc_R;153737;48;;;fin;°CDS;1219849;;;;;misc_R;2273705;104;;;fin;°CDS;3179306;; fin;°CDS;153842;;;;deb;°CDS;1233133;104;;;fin;°CDS;2273989;;;;deb;°CDS;3187503;124; deb;°CDS;159779;349;comp;;;misc_R;1233405;70;;;deb;°CDS;2319440;88;;;;misc_R;3188173;72; ;$rRNA;160893;164;;;fin;°CDS;1233614;;;;;misc_R;2320113;141;;;fin;°CDS;3188414;; ;$rRNA;162610;55;;;deb;°CDS;1240356;61;;;fin;°CDS;2320355;;;;deb;°CDS;3193863;106; ;$rRNA;165591;46;;;;misc_R;1242262;78;;;deb;°CDS;2330075;87;;;;&tRNA;3194455;107;comp ;&tRNA;165754;4;;;fin;°CDS;1242449;;;;;misc_R;2331320;58;;;fin;°CDS;3194635;;comp ;&tRNA;165830;56;;;deb;°CDS;1257414;167;;;fin;°CDS;2331779;;;;deb;°CDS;3334646;423; ;&tRNA;165959;30;;;;misc_R;1258304;67;;;deb;°CDS;2410017;-9;;;;ncRNA;3335414;205; ;&tRNA;166064;27;;;fin;°CDS;1258492;;;;;misc_R;2410581;197;;;fin;°CDS;3335751;; ;&tRNA;166168;8;;;deb;°CDS;1261426;172;comp;;fin;°CDS;2411086;;;;deb;°CDS;3359995;156; ;&tRNA;166253;171;;;;&tRNA;1262789;840;;;deb;°CDS;2430258;129;;;;misc_R;3360937;-211; 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;&tRNA;194547;227;;;fin;°CDS;1391953;;;;;misc_R;2608732;39;;;fin;°CDS;3451248;; fin;°CDS;194849;;;;deb;°CDS;1395371;113;;;fin;°CDS;2608946;;;;deb;°CDS;3489910;68; deb;°CDS;198497;173;;;;misc_R;1395622;237;;;deb;°CDS;2624785;39;;;;misc_R;3491322;97; ;misc_R;200017;89;;;fin;°CDS;1396013;;;;;misc_R;2625952;69;;;fin;°CDS;3491655;; fin;°CDS;200277;;;;deb;°CDS;1409912;55;;;fin;°CDS;2626112;;;;deb;°CDS;3544642;284; deb;°CDS;275838;56;;;;misc_R;1410633;-113;;;deb;°CDS;2646594;292;;;;&tRNA;3545889;269;comp ;misc_R;276815;97;;;fin;°CDS;1410654;;;;;misc_R;2647405;-208;;;fin;°CDS;3546234;; fin;°CDS;277160;;;;deb;°CDS;1423241;92;;;fin;°CDS;2647456;;;;deb;°CDS;3854256;53; deb;°CDS;473803;103;;;;misc_R;1424527;83;;;deb;°CDS;2678240;-77;;;;misc_R;3856226;31; ;misc_R;474329;133;;;fin;°CDS;1424767;;;;;misc_R;2678343;233;;;;misc_R;3856479;81; fin;°CDS;474731;;;;deb;°CDS;1425641;38;;;deb;°CDS;2678799;-13;;;fin;°CDS;3856782;; deb;°CDS;483845;135;;;;misc_R;1426876;84;;;;misc_R;2678876;127;;;deb;°CDS;3946394;0; ;misc_R;486092;196;;;fin;°CDS;1427061;;;;fin;°CDS;2679142;;;;;misc_R;3946910;41; fin;°CDS;486432;;;;deb;°CDS;1438092;138;;;deb;°CDS;2773356;136;;;fin;°CDS;3947158;; deb;°CDS;528129;122;;;;misc_R;1439274;129;;;;misc_R;2773783;6;;;deb;°CDS;3987927;76;comp ;&tRNA;528704;4;;;fin;°CDS;1439448;;;;fin;°CDS;2773890;;;;;misc_R;3988840;388;comp ;&tRNA;528783;29;;;deb;°CDS;1456092;46;;;deb;°CDS;2798174;79;comp;;fin;°CDS;3989331;; ;&tRNA;528903;11;;;;misc_R;1457005;30;;;;misc_R;2800890;43;comp;;deb;°CDS;3997221;65; ;&tRNA;528986;26;;;fin;°CDS;1457187;;;;fin;°CDS;2801141;;comp;;;misc_R;3997775;82; ;&tRNA;529087;11;;;deb;°CDS;1482248;85;;;deb;°CDS;2813643;83;;;deb;°CDS;3997964;68; ;&tRNA;529174;80;;;;misc_R;1483557;476;;;;misc_R;2814491;51;;;;misc_R;3999166;77; ;&tRNA;529336;82;;;fin;°CDS;1484117;;;;fin;°CDS;2814743;;;;fin;°CDS;3999350;; fin;°CDS;529505;;comp;;deb;°CDS;1533327;368;;;deb;°CDS;2816535;89;;;deb;°CDS;4004288;386; deb;°CDS;532292;30;;;;misc_R;1534070;-161;;;;misc_R;2817899;59;;;;misc_R;4005523;126; ;misc_R;532583;115;;;fin;°CDS;1534120;;;;fin;°CDS;2818191;;;;fin;°CDS;4005752;; fin;°CDS;532758;;;;deb;°CDS;1568924;2;;;deb;°CDS;2855518;13;;;deb;°CDS;4095915;89; deb;°CDS;559264;67;;;;misc_R;1569199;199;;;;misc_R;2855840;57;;;;misc_R;4096997;6; ;misc_R;559532;540;;;fin;°CDS;1569519;;;;fin;°CDS;2855973;;;;fin;°CDS;4097416;; fin;°CDS;560151;;;;deb;°CDS;1606560;12;;;deb;°CDS;2866664;59;;;deb;°CDS;4153696;383;comp deb;°CDS;625125;54;;;;misc_R;1607367;87;;;;misc_R;2869366;165;;;;&tRNA;4154787;35;comp ;misc_R;626346;175;;;fin;°CDS;1607556;;;;fin;°CDS;2869754;;;;;&tRNA;4154895;81;comp fin;°CDS;626622;;;;deb;°CDS;1612521;62;;;deb;°CDS;2895248;121;;;;&tRNA;4155053;9;comp &emsp*;;;;;;;misc_R;1613078;52;;;;misc_R;2897094;447;;;;&tRNA;4155134;223;comp &emsp*;;;;;;fin;°CDS;1613357;;;;fin;°CDS;2897788;;;;fin;°CDS;4155433;;comp &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1617210;39;;;deb;°CDS;2898931;63;;;deb;°CDS;4169166;189; &emsp*;;;;;;;misc_R;1618161;26;;;;&tRNA;2899816;130;comp;;;misc_R;4169802;125; &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1618304;3;;;fin;°CDS;2900020;;comp;;fin;°CDS;4170045;; &emsp*;;;;;;;misc_R;1618853;52;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1619023;0;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;;misc_R;1620331;30;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;fin;°CDS;1620476;;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; </pre> ====bsu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_distribution|bsu distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; avant 16s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; cgt;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; gga;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1 ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;3;agc;1 après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;3 atgf;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4 gac;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;1;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga; ;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;2;cga;;;;;;;;;;;;cta;1;cca;3;caa;1;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;4;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;3;gaa;2;gga;1 ;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 ;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;bsu;;8;;;;;8;;bsu;18;;;;;;18;;;;;;;;;;;bsu;;;;52;2;;56 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;;; </pre> ====bsu lmo==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_lmo|bsu lmo]] <pre> bsu-lmo comparaison;;10.11.19 Tanger;;;comparaisons internes bsu, lmo;;;; bsu;intercal;lmo;intercal;diff;bsu;intercal;bsu;intercal;diff gaa;25;gaa;5;-20;16s;167;16s;167; agc;3;agc;34;31;23s;55;23s;111; aac;10;aac;6;-4;5s;20;5s;9; atc;15;atc;25;10;gta;32;aac;5; gga;10;gga;23;13;aca;37;tcc;34; cac;17;cac;28;11;aaa;10;gaa;9; ttc;12;ttc;4;-8;ctg;5;gta;9; gac;11;gac;4;-7;ggc;14;atgf;11;0 atgf;17;atgf;42;25;tta;9;gac;12;0 tca;6;tca;22;16;cgt;15;ttc;5; atgi;2;atgi;11;9;cca;5;aca;22; atgj;19;atgj;42;23;gca;19;tac;5; gca;5;gca;22;17;atgj;2;tgg;24; cca;15;cca;10;-5;atgi;6;cac;9; cgt;9;cgt;9;0;tca;17;caa;49; tta;14;tta;14;0;atgf;11;ggc;5; ggc;5;ggc;15;10;gac;12;tgc;7; ctg;10;cta;5;-5;ttc;17;tta;265; aaa;37;aaa;41;4;cac;10;ttg;; aca;32;aca;8;-24;gga;15;;; gta;20;gta;13;;atc;10;16s;164; 5s;55;5s;81;;aac;3;23s;55; 23s;167;23s;244;;agc;25;5s;20; 16s;;16s;;;gaa;;gta;4;-28 ;;;;;;;aca;36;-1 16s;167;16s;127;;;;aaa;6;-4 23s;111;atc;46;;;;cta;40;35 5s;9;gca;172;;;;ggc;14;0 aac;5;23s;80;;;;tta;9;0 tcc;34;5s;14;;;;cgt;27;12 gaa;9;aac;6;1;;;cca;9;4 gta;9;tcc;33;-1;;;gca;170; atgf;11;gaa;56;47;;;;; gac;12;gta;21;12;lmo;intercal;lmo;intercal;diff ttc;5;atgf;6;-5;16s;244;16s;127; aca;22;gac;4;-8;23s;81;atc;46; tac;5;ttc;20;;5s;13;gca;172; tgg;24;tac;7;2;gta;8;23s;80; cac;9;tgg;15;-9;aca;41;5s;14; caa;49;cac;29;20;aaa;5;aac;6; ggc;5;caa;5;-44;cta;15;tcc;33; tgc;7;ggc;19;14;ggc;14;gaa;56; tta;265;tgc;45;;tta;9;gta;21; ttg;;ttg;;;cgt;10;atgf;6;2 ;;;;;cca;22;gac;4;0 16s;164;16s;244;;gca;42;ttc;20; 23s;55;23s;80;;atgj;11;tac;7; 5s;20;5s;13;;atgi;22;tgg;15; gta;4;gta;8;4;tca;42;cac;29; aca;36;aca;41;5;atgf;4;caa;5; aaa;6;aaa;5;-1;gac;4;ggc;19; cta;40;cta;14;-26;ttc;28;tgc;45; ggc;14;ggc;21;7;cac;23;ttg;; tta;9;tta;12;3;gga;25;;; cgt;27;cgt;10;-17;atc;6;16s;244; cca;9;cca;19;10;aac;34;23s;80; gca;170;gca;341;;agc;5;5s;13; ;;;;;gaa;;gta;8;0 ;;;;;;;aca;41;0 ;;;;;;;aaa;5;0 ;;;;;;;cta;14;-1 ;;;;;;;ggc;21;7 ;;;;;;;tta;12;3 ;;;;;;;cgt;10;0 ;;;;;;;cca;19;-3 ;;;;;;;gca;341; ;;;;;;;;; bsu;intercal;lmo;intercal;diff;entre génomes;;;intra génome; gaa;3;gaa;157;;gamme;fréquence;;gamme;fréquence gta;4;acg;9;;-15;5;;-7;1 aca;22;tac;11;;-14;;;-6; tac;4;caa;6;;-13;;;-5; caa;;aaa;;;-12;;;-4;1 ;;;;;-11;;;-3;1 aga;;aga;;;-10;;;-2; ;;;;;-9;1;;-1;2 cgg;;cgg;;;-8;2;;0;9 ;;;;;-7;1;;1; gga;;gga;;;-6;;;2;1 ;;;;;-5;3;;3;1 gtc;;gtc;;;-4;1;;4;1 ;;;;;-3;;;5; agg;;cgt;;;-2;;;6; ;;;;;-1;2;;7;1 caa;;ctc;;;0;2;;;2 ;;;;;1;1;;total;20 gcc;;tcg;;;2;1;; -2+2;11 ;;;;;3;1;;; tca;;;;;4;2;;; ;;;;;5;1;;; atg;9;aac;3;;6;;;; gaa;;agc;;;7;1;;; ;;;;;8;;;; ;;gaa;27;;9;1;;; ;;gac;;;10;3;;; ;;;;;11;1;;; cgt;13;16s;127;;12;1;;; gga;159;atc;46;;13;1;;; 16s;167;gca;172;;14;1;;; 23s;55;23s;80;;15;;;; 5s;13;5s;14;;;7;;; atgf;60;aac;24;;total;39;;; gac;;acc;;; -2+2;6;;; </pre> ===Listeria monocytogenes=== ====lmo==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo opérons|lmo]] <pre> Listeria monocytogenes EGD-e;;;; 37.9%GC;7.3.19 Paris;67;doubles;intercal ;82705..82777;aag;; ;237466..239020;16s;@1;244 ;239265..242195;23s;;80 ;242276..242385;5s;;13 ;242399..242471;gta;;8 ;242480..242555;aca;;41 ;242597..242669;aaa;;5 ;242675..242756;cta;;14 ;242771..242842;ggc;;21 ;242864..242949;tta;;12 ;242962..243035;cgt;;10 ;243046..243119;cca;;19 ;243139..243214;gca;;341 ;243556..245041;16s;;244 ;245286..248216;23s;;80 ;248297..248406;5s;; ;;;; ;677464..677553;tcg;; ;;;; ;936656..936728;aac;;3 ;936732..936819;agc;; ;;;; ;940017..940088;gaa;;27 ;940116..940188;gac;; ;;;; ;970867..970937;gga;; ;;;; ;1266675..1266748;aga;; ;;;; comp;1740916..1740987;gaa;;5 comp;1740993..1741083;agc;;34 comp;1741118..1741190;aac;;6 comp;1741197..1741270;atc;;25 comp;1741296..1741366;gga;;23 comp;1741390..1741462;cac;;28 comp;1741491..1741563;ttc;;4 comp;1741568..1741643;gac;;4 comp;1741648..1741721;atgf;;42 comp;1741764..1741853;tca;;22 comp;1741876..1741949;atgi;;11 comp;1741961..1742034;atgj;;42 comp;1742077..1742149;gca;;22 comp;1742172..1742245;cca;;10 comp;1742256..1742329;cgt;;9 comp;1742339..1742424;tta;;14 comp;1742439..1742513;ggc;;15 comp;1742529..1742610;cta;;5 comp;1742616..1742688;aaa;;41 comp;1742730..1742805;aca;;8 comp;1742814..1742886;gta;;13 comp;1742900..1743009;5s;;81 comp;1743091..1746021;23s;;244 comp;1746266..1747811;16s;; ;;;; ;1776112..1776183;cgt;; ;;;; comp;1848821..1848930;5s;;81 comp;1849012..1851942;23s;;244 comp;1852187..1853732;16s;; ;;;; ;2162187..2162273;ctc;; ;;;; ;2215375..2215446;gaa;;157 ;2215604..2215677;acg;;9 ;2215687..2215770;tac;;11 ;2215782..2215856;caa;;6 ;2215863..2215935;aaa;; ;;;; comp;2436493..2436576;ttg;;45 comp;2436622..2436695;tgc;;19 comp;2436715..2436786;ggc;;5 comp;2436792..2436863;caa;;29 comp;2436893..2436965;cac;;15 comp;2436981..2437054;tgg;;7 comp;2437062..2437145;tac;;20 comp;2437166..2437238;ttc;;4 comp;2437243..2437318;gac;;6 comp;2437325..2437398;atgf;;21 comp;2437420..2437495;gta;;56 comp;2437552..2437623;gaa;;33 comp;2437657..2437745;tcc;;6 comp;2437752..2437827;aac;;14 comp;2437842..2437951;5s;;80 comp;2438032..2440962;23s;;172 comp;2441135..2441210;gca;;46 comp;2441257..2441330;atc;;127 comp;2441458..2443003;16s;@2; ;;;; comp;2540230..2540301;cgg;; ;;;; comp;2672664..2672736;acc;;24 comp;2672761..2672836;aac;;14 comp;2672851..2672960;5s;;80 comp;2673041..2675971;23s;;172 comp;2676144..2676219;gca;;46 comp;2676266..2676339;atc;;127 comp;2676467..2678012;16s;; ;;;; ;2930362..2930434;gtc;; </pre> ====lmo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_distribution|lmo distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; aac;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1 ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;0;aac;2;agc;1 ;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2 ;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;2;tca;1;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga; ;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;2;caa;1;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;2;gaa;2;gga;1 ;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 ;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;lmo;;8;;;;;8;;lmo;9;;;;;;9;;;;;;;;;;;lmo;;;;44;;;44 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;;; </pre> ====lmo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_données_intercalaires|lmo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;lmo;fx;fc;lmo;fx40;fc40;lmo;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;27;0;1;27;-1;;61;87;68;tRNA 16s;;;tRNA tRNA;;contig ;0;10;10;183;1;1;32;-2;;0;181;940;341;;gca;5;;gaa ;0;20;20;345;2;2;40;-3;;0;52;370;16s tRNA;;;34;;agc ;1;30;20;147;3;1;33;-4;3;173;382;73;2* 127;;atc;6;;aac ;0;40;80;64;4;0;11;-5;;0;197;132;tRNA 23s;;;25;;atc 2;0;50;79;45;5;2;19;-6;;0;127;49;2* 172;;gca;23;;gga 1;1;60;21;46;6;0;16;-7;;0;99;333;5s tRNA;;;28;;cac 1;1;70;12;69;7;0;5;-8;;57;110;118;2* 13;;gta;4;;ttc 1;0;80;13;69;8;3;5;-9;;0;366;56;2* 14;;aac;4;;gac ;1;90;10;69;9;1;13;-10;1;3;66;44;tRNA tRNA;;intra;42;;atgf ;1;100;9;54;10;0;9;-11;2;22;128;;8;;gta;22;;tca ;1;110;9;88;11;1;26;-12;;0;351;;41;;aca;11;;atgi 1;1;120;14;74;12;2;52;-13;;3;119;;5;;aaa;42;;atgj ;2;130;21;57;13;3;31;-14;;14;152;;14;;cta;22;;gca 1;0;140;14;52;14;0;36;-15;;0;21;;21;;ggc;10;;cca ;0;150;13;48;15;4;46;-16;1;2;CDS 16s;;12;;tta;9;;cgt ;1;160;26;42;16;0;42;-17;;13;445;;10;;cgt;14;;tta ;0;170;15;28;17;2;21;-18;1;0;451;;19;;cca;15;;ggc ;0;180;11;30;18;3;43;-19;;2;344;;**;;gca;5;;cta ;1;190;10;25;19;3;26;-20;;7;364;;2* 46;;gca;41;;aaa ;1;200;19;35;20;2;22;-21;;0;289;;**;;atc;8;;aca ;0;210;13;23;21;0;30;-22;;2;16s 23s;;24;;acc;**;;gta ;0;220;14;14;22;3;25;-23;;6;4* 244;;**;;aac;45;;ttg ;0;230;9;16;23;2;16;-24;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;;19;;tgc ;0;240;11;16;24;5;18;-25;;1;4* 80;;3;;aac;5;;ggc ;0;250;11;10;25;1;9;-26;;4;2* 81;;**;;agc;29;;caa ;0;260;9;16;26;2;10;-27;;0;5s CDS;;27;;gaa;15;;cac ;0;270;6;5;27;1;16;-28;;1;148;;**;;gac;7;;tgg ;0;280;3;17;28;0;8;-29;;4;130;;157;;gaa;20;;tac ;0;290;1;14;29;1;6;-30;;0;;;9;;acg;4;;ttc ;0;300;7;12;30;5;9;-31;1;0;;;11;;tac;6;;gac ;0;310;6;5;31;6;8;-32;;1;;;6;;caa;21;;atgf ;0;320;5;7;32;7;5;-33;;0;;;**;;aaa;56;;gta ;0;330;5;9;33;2;9;-34;;0;;;;;;33;;gaa 1;0;340;4;7;34;7;7;-35;;1;;;;;;6;;tcc ;0;350;2;5;35;6;10;-36;;0;;;;;;**;;aac ;1;360;2;5;36;8;9;-37;;1;;;;;;;; 1;1;370;3;9;37;7;3;-38;;1;;;;;;;; ;0;380;1;3;38;14;0;-39;;0;;;;;;;; ;1;390;8;6;39;10;6;-40;;1;;;;;;;; ;0;400;3;2;40;13;7;-41;;2;;;;;;;; 1;0;reste;37;51;reste;456;1082;-42;;0;;;;;;;; 10;15;total;587;1849;total;587;1848;-43;;0;;;;;;;; 9;15;diagr;549;1771;diagr;130;739;-44;;2;;;;;;;; 0;1; t30;50;675;;;;-45;;0;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;1;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;; ;x;586;10;1;597;;;-49;;1;;;;;;;; ;c;1822;393;27;2242;;;-50;;0;;;;;;;; ;;;;;2839;101;;reste;1;7;;;;;;;; ;;;;;;2940;;total;10;393;;;;;;;; </pre> =====lmo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Construction: remarque sur les nombreux regulatory <pre> autres intercalaires;;lmo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;81661;82617;87;*; ;;tRNA;82705;82777;181;*;aag fin;;CDS;82959;84437;;; deb;;CDS;235524;237020;445;*; ;;rRNA;237466;239020;244;*;1555 ;;rRNA;239265;242195;80;*;2931 ;;rRNA;242276;242385;13;*;110 ;;tRNA;242399;242471;8;*;gta ;;tRNA;242480;242555;41;*;aca ;;tRNA;242597;242669;5;*;aaa ;;tRNA;242675;242756;14;*;cta ;;tRNA;242771;242842;21;*;ggc ;;tRNA;242864;242949;12;*;tta ;;tRNA;242962;243035;10;*;cgt ;;tRNA;243046;243119;19;*;cca ;;tRNA;243139;243214;341;*;gca ;;rRNA;243556;245041;244;*;1486 ;;rRNA;245286;248216;80;*;2931 ;;rRNA;248297;248406;148;*;110 fin;;CDS;248555;249013;;; deb;;CDS;676802;677395;68;*; ;comp;tRNA;677464;677553;940;*;tcg fin;;CDS;678494;679123;;; deb;;CDS;936136;936603;52;*; ;;tRNA;936656;936728;3;*;aac ;;tRNA;936732;936819;382;*;agc fin;;CDS;937202;937594;;; deb;;CDS;939106;939819;197;*; ;;tRNA;940017;940088;27;*;gaa ;;tRNA;940116;940188;127;*;gac fin;;CDS;940316;940696;;; deb;comp;CDS;969549;970496;370;*; ;;tRNA;970867;970937;99;*;gga fin;;CDS;971037;972176;;; deb;;CDS;1266040;1266564;110;*; ;;tRNA;1266675;1266748;366;*;aga fin;;CDS;1267115;1268473;;0; deb;comp;CDS;1739674;1740849;66;*; ;comp;tRNA;1740916;1740987;5;*;gaa ;comp;tRNA;1740993;1741083;34;*;agc ;comp;tRNA;1741118;1741190;6;*;aac ;comp;tRNA;1741197;1741270;25;*;atc ;comp;tRNA;1741296;1741366;23;*;gga ;comp;tRNA;1741390;1741462;28;*;cac ;comp;tRNA;1741491;1741563;4;*;ttc ;comp;tRNA;1741568;1741643;4;*;gac ;comp;tRNA;1741648;1741721;42;*;atgf ;comp;tRNA;1741764;1741853;22;*;tca ;comp;tRNA;1741876;1741949;11;*;atgi ;comp;tRNA;1741961;1742034;42;*;atgj ;comp;tRNA;1742077;1742149;22;*;gca ;comp;tRNA;1742172;1742245;10;*;cca ;comp;tRNA;1742256;1742329;9;*;cgt ;comp;tRNA;1742339;1742424;14;*;tta ;comp;tRNA;1742439;1742513;15;*;ggc ;comp;tRNA;1742529;1742610;5;*;cta ;comp;tRNA;1742616;1742688;41;*;aaa ;comp;tRNA;1742730;1742805;8;*;aca ;comp;tRNA;1742814;1742886;13;*;gta ;comp;rRNA;1742900;1743009;81;*;110 ;comp;rRNA;1743091;1746021;244;*;2931 ;comp;rRNA;1746266;1747811;451;*;1546 fin;comp;CDS;1748263;1748709;;; deb;;CDS;1774991;1775983;128;*; ;;tRNA;1776112;1776183;73;*;cgt fin;comp;CDS;1776257;1776829;;; deb;comp;CDS;1848166;1848690;130;*; ;comp;rRNA;1848821;1848930;81;*;110 ;comp;rRNA;1849012;1851942;244;*;2931 ;comp;rRNA;1852187;1853732;344;*;1546 fin;comp;CDS;1854077;1854682;;0; deb;comp;CDS;2161161;2162054;132;*; ;;tRNA;2162187;2162273;49;*;ctc fin;comp;CDS;2162323;2164011;;; deb;comp;CDS;2213218;2215041;333;*; ;;tRNA;2215375;2215446;157;*;gaa ;;tRNA;2215604;2215677;9;*;acg ;;tRNA;2215687;2215770;11;*;tac ;;tRNA;2215782;2215856;6;*;caa ;;tRNA;2215863;2215935;118;*;aaa fin;comp;CDS;2216054;2216743;;0; deb;comp;CDS;2435023;2436141;351;*; ;comp;tRNA;2436493;2436576;45;*;ttg ;comp;tRNA;2436622;2436695;19;*;tgc ;comp;tRNA;2436715;2436786;5;*;ggc ;comp;tRNA;2436792;2436863;29;*;caa ;comp;tRNA;2436893;2436965;15;*;cac ;comp;tRNA;2436981;2437054;7;*;tgg ;comp;tRNA;2437062;2437145;20;*;tac ;comp;tRNA;2437166;2437238;4;*;ttc ;comp;tRNA;2437243;2437318;6;*;gac ;comp;tRNA;2437325;2437398;21;*;atgf ;comp;tRNA;2437420;2437495;56;*;gta ;comp;tRNA;2437552;2437623;33;*;gaa ;comp;tRNA;2437657;2437745;6;*;tcc ;comp;tRNA;2437752;2437827;14;*;aac ;comp;rRNA;2437842;2437951;80;*;110 ;comp;rRNA;2438032;2440962;172;*;2931 ;comp;tRNA;2441135;2441210;46;*;gca ;comp;tRNA;2441257;2441330;127;*;atc ;comp;rRNA;2441458;2443003;364;*;1546 fin;comp;CDS;2443368;2444126;;; deb;;CDS;2539838;2540173;56;*; ;comp;tRNA;2540230;2540301;119;*;cgg fin;comp;CDS;2540421;2541857;;0; deb;comp;CDS;2671624;2672511;152;*; ;comp;tRNA;2672664;2672736;24;*;acc ;comp;tRNA;2672761;2672836;14;*;aac ;comp;rRNA;2672851;2672960;80;*;110 ;comp;rRNA;2673041;2675971;172;*;2931 ;comp;tRNA;2676144;2676219;46;*;gca ;comp;tRNA;2676266;2676339;127;*;atc ;comp;rRNA;2676467;2678012;289;*;1546 fin;comp;CDS;2678302;2679330;;0; deb;;CDS;2929315;2930340;21;*; ;;tRNA;2930362;2930434;44;*;gtc fin;comp;CDS;2930479;2932473;;; </pre> ====lmo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_blocs|lmo blocs]] <pre> lmo blocs;;;;;;;; Types;;;;;;;; I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2 16s;;244;;244;;16s;244;244 23s;;81;;80;;23s;80;81 5s;;13;;13;;5s;; ;;8;;8;;;; ;;gta;;gta;;;; ;;**20aas;;**8aas;;;; III;;;;;;IV;; 16s;127;127;;;;;; atc;46;46;;;;;; gca;172;172;;;;;; 23s;80;80;;;;;; 5s;14;14;;;;;; ;6;24;;;;;; ;aac;aac;;;;;; ;**13aas;acc;;;;;; Groupes;;;;;;;; ;;;;;;16s;244; ;;;;;I4;23s;80; ;;;;;;5s;13; ;;;;;;gta;8; ;;;;;;**7aas;19; ;;;;;;gca;341; ;;;;;;16s;244; ;;;;;II1;23s;80; ;;;;;;5s;; </pre> ===lam=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_opérons|lam]] <pre> ;Lactobacillus amylovorus strain 30SC;;; 38%GC;30.6.19 Paris;63;doubles;intercal ;447399..448972;16s;@1;125 ;449098..449172;atc;;52 ;449225..449297;gca;;115 ;449413..452324;23s;;68 ;452393..452509;5s;;4 ;452514..452586;gta;;2 ;452589..452661;aaa;;13 ;452675..452756;cta;;23 ;452780..452852;aca;;10 ;452863..452934;ggc;;11 ;452946..453031;tta;;8 ;453040..453113;cgt;;5 ;453119..453192;cca;;29 ;453222..453295;atg;;12 ;453308..453381;atgi;;27 ;453409..453482;atgf;;3 ;453486..453559;gac;;6 ;453566..453638;ttc;;19 ;453658..453728;gga;;5 ;453734..453808;atc;;2 ;453811..453900;agc;; ;;;; ;57091..58664;16s;;125 ;58790..58864;atc;;52 ;58917..58989;gca;;115 ;59105..62016;23s;;68 ;62085..62201;5s;;13 ;62215..62287;aac;; ;;;; ;469566..471139;16s;@2;9 ;471149..471334;cds1; hp 186;-3 ;471332..474243;23s;;68 ;474312..474428;5s;;13 ;474442..474514;aac;; ;;;; comp;1709284..1709374;tcc;;10 comp;1709385..1709457;aac;;13 comp;1709471..1709587;5s;;68 comp;1709656..1712567;23s;;-3 comp;1712565..1712750;cds2;hp 186;9 comp;1712760..1714333;16s;; ;;;; comp;79386..79458;aag;; ;;;; comp;79913..79985;aag;; ;;;; ;193922..193994;acc;; ;;;; comp;210866..210939;ggg;; ;;;; ;287678..287752;ggc;+;111 ;287864..287938;ggc;3 ggc;109 ;288048..288122;ggc;;35 ;288158..288231;ccg;; ;;;; ;457611..457682;gaa;;35 ;457718..457804;tca;;9 ;457814..457887;atgf;;3 ;457891..457964;gac;;6 ;457971..458046;ttc;;4 ;458051..458132;tac;;4 ;458137..458207;tgg;;12 ;458220..458295;cac;;4 ;458300..458371;caa;;23 ;458395..458465;tgc;;40 ;458506..458590;ttg;; ;;;; ;474442..474514;aac;; ;;;; ;507688..507760;acg;; ;;;; ;526886..526957;caa;; ;;;; ;551550..551631;tac;;34 ;551666..551737;caa;; ;;;; ;567329..567416;ctt;; ;;;; ;583327..583413;tca;;6 ;583420..583493;gac;;7 ;583501..583576;cac;;4 ;583581..583653;gta;; ;;;; ;642034..642106;agg;; ;;;; comp;729370..729441;cgg;; ;;;; ;784793..784864;gag;; ;;;; ;917887..917975;tcg;; ;;;; ;1456724..1456800;aga;; ;;;; ;1681218..1681301;ctg;; ;;;; comp;1707998..1708070;gta;;5 comp;1708076..1708147;gaa;; ;;;; ;1987190..1987263;cgt;;8 ;1987272..1987345;cca;; </pre> ===lam blocs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_blocs|lam blocs]] <pre> lam blocs;;;;; 16s;125;1574;16s;9;1574 atc;52;;cds1;-3;62 gca;115;;23s;68;2912 23s;68;2912;5s;13;117 5s;4;117;aac;; gta;;;;; ;;;;; 16s;125;1574;16s;9;1574 atc;52;;cds2;-3;62 gca;115;;23s;68;2912 23s;68;2912;5s;13;117 5s;13;117;aac;; aac;;;;; </pre> ====lam distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_distribution|lam distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; après 5s;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; 3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; tcc;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc; ;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;;aac;;agc;1 >1aa;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1 ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga; ;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1 ;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; ;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;lam;;14;;;;;14;;lam;22;;;;;;22;;lam;3;;;;;;3;;lam;;;;16;;;16 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;; </pre> ====lam données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_données_intercalaires|lam données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;lam;fx;fc;lam;fx40;fc40;lam;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;16;0;2;16;-1;;96;222;163;16s tRNA;; ;0;10;8;202;1;1;30;-2;;0;169;85;2* 133;;atc ;0;20;3;162;2;1;38;-3;;0;114;135;tRNA 23s;; ;0;30;12;70;3;2;28;-4;8;49;118;59;2* 118;;gca 1;1;40;27;36;4;0;13;-5;;0;139;212;5s tRNA;; ;0;50;36;39;5;0;11;-6;;0;71;59;3* 13;;aac 3;3;60;39;55;6;0;13;-7;;1;41;39;4;;gta ;0;70;29;66;7;2;7;-8;;38;76;117;tRNA tRNA;;intra ;0;80;17;56;8;2;16;-9;;0;168;239;2* 52;;atc gca 3;3;90;12;43;9;0;23;-10;1;2;222;88;tRNA tRNA;;contig 1;1;100;29;57;10;0;23;-11;1;20;121;129;2;;gta ;0;110;13;57;11;0;23;-12;;0;337;150;13;;aaa 1;1;120;16;43;12;2;17;-13;;1;57;99;23;;cta 1;1;130;15;34;13;0;16;-14;;12;181;82;10;;aca 1;1;140;14;29;14;0;16;-15;;0;278;58;11;;ggc 1;1;150;19;22;15;0;21;-16;;0;65;;8;;tta ;0;160;18;18;16;0;19;-17;1;9;202;;5;;cgt 1;1;170;16;17;17;1;13;-18;;0;81;;29;;cca ;0;180;13;19;18;0;14;-19;;1;86;;12;;atgj ;0;190;12;24;19;0;11;-20;;9;101;;27;;atgi ;0;200;14;13;20;0;12;-21;;0;71;;3;;atgf ;0;210;10;13;21;0;11;-22;;1;57;;6;;gac 1;1;220;8;9;22;0;8;-23;1;3;33;;19;;ttc ;0;230;7;15;23;3;4;-24;;0;134;;5;;gga 1;1;240;6;15;24;2;10;-25;;3;161;;2;;atc ;0;250;4;9;25;2;7;-26;1;4;141;;**;;agc ;0;260;9;8;26;2;11;-27;;0;107;;10;;tcc ;0;270;5;11;27;0;5;-28;;0;213;;**;;aac ;0;280;5;2;28;0;9;-29;1;3;CDS 16s;;tRNA tRNA;; ;0;290;5;7;29;0;4;-30;;0;562;513;111;;ggc ;0;300;4;7;30;3;1;-31;;1;744;649;112;;ggc ;0;310;7;4;31;4;5;-32;;4;16s 23s;;35;;ggc ;0;320;4;5;32;6;0;-33;;0;2* 203;;**;;ccg ;0;330;2;11;33;5;7;-34;;0;23s 5s;;35;;gaa ;0;340;3;2;34;1;4;-35;;1;4* 69;;9;;tca ;0;350;2;4;35;3;4;-36;;0;;;3;;atgf ;0;360;4;7;36;1;3;-37;;2;;;6;;gac ;0;370;2;4;37;2;6;-38;;1;;;7;;ttc ;0;380;1;7;38;1;2;-39;;0;;;4;;tac ;0;390;4;3;39;0;2;-40;;0;;;12;;tgg ;0;400;0;2;40;4;3;-41;;0;;;7;;cac ;0;reste;27;25;reste;431;762;-42;;0;;;23;;caa 15;15;total;483;1248;total;483;1248;-43;;0;;;40;;tgc 15;15;diagr;454;1207;diagr;50;470;-44;;1;;;**;;ttg 0;0; t30;23;434;;;;-45;;0;;;6;;tca ;;;;;;;;-46;;1;;;7;;gac ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;6;;;4;;cac ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;**;;gta ;x;481;15;2;498;;;-49;;0;;;5;;gta ;c;1232;272;16;1520;;;-50;1;3;;;**;;gaa ;;;;;2018;152;;reste;;0;;;8;;cgt ;;;;;;2170;;total;15;272;;;**;;cca </pre> =====lam autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_autres_intercalaires_aas|lam autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;lam;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;19323;20024;163;*; ;;tRNA;20188;20261;222;*;act fin;;CDS;20484;21764;;; deb;;CDS;56117;56530;562;*; ;;rRNA;57093;58656;133;*;1564 ;;tRNA;58790;58864;52;*;atc ;;tRNA;58917;58989;118;*;gca ;;rRNA;59108;62015;69;*;2908 ;;rRNA;62085;62201;13;*;117 ;;tRNA;62215;62287;85;*;aac fin;comp;CDS;62373;63296;;0; deb;comp;CDS;78479;79216;169;*; ;comp;tRNA;79386;79458;114;*;aag deb;comp;CDS;79573;79794;118;*; ;comp;tRNA;79913;79985;135;*;aag fin;;CDS;80121;80837;;; deb;comp;CDS;108050;109663;110;*; ;comp;regulatory;109774;109947;47;*; fin;comp;CDS;109995;110627;;0; deb;;CDS;193447;193782;139;*; ;;tRNA;193922;193994;71;*;acc fin;;CDS;194066;195379;;; deb;;CDS;210147;210809;59;*; ;comp;tRNA;210869;210939;41;*;ggg fin;comp;CDS;210981;211580;;0; deb;;CDS;213163;213804;53;*; ;;regulatory;213858;214021;76;*; fin;;CDS;214098;216761;;; deb;comp;CDS;243078;243656;73;*; ;comp;regulatory;243730;243827;60;*; fin;comp;CDS;243888;244490;;1; deb;comp;CDS;287010;287465;212;*; ;;tRNA;287678;287752;111;*;ggc ;;tRNA;287864;287935;112;*;ggc ;;tRNA;288048;288122;35;*;ggc ;;tRNA;288158;288231;76;*;ccg fin;;CDS;288308;288763;;; deb;comp;CDS;363306;363677;90;*; ;;misc_f;363768;363889;43;*; fin;;CDS;363933;364445;;; deb;;CDS;366810;367316;45;*; ;;ncRNA;367362;367456;54;*; fin;;CDS;367511;369319;;; deb;comp;CDS;445892;446887;513;*; ;;rRNA;447401;448964;133;*;1564 ;;tRNA;449098;449172;52;*;atc ;;tRNA;449225;449297;118;*;gca ;;rRNA;449416;452323;69;*;2908 ;;rRNA;452393;452509;4;*;117 ;;tRNA;452514;452586;2;*;gta ;;tRNA;452589;452661;13;*;aaa ;;tRNA;452675;452756;23;*;cta ;;tRNA;452780;452852;10;*;aca ;;tRNA;452863;452934;11;*;ggc ;;tRNA;452946;453031;8;*;tta ;;tRNA;453040;453113;5;*;cgt ;;tRNA;453119;453192;29;*;cca ;;tRNA;453222;453295;12;*;atgj ;;tRNA;453308;453381;27;*;atgi ;;tRNA;453409;453482;3;*;atgf ;;tRNA;453486;453559;6;*;gac ;;tRNA;453566;453638;19;*;ttc ;;tRNA;453658;453728;5;*;gga ;;tRNA;453734;453808;2;*;atc ;;tRNA;453811;453900;168;*;agc fin;;CDS;454069;454491;;; deb;;CDS;454491;457388;222;*; ;;tRNA;457611;457682;35;*;gaa ;;tRNA;457718;457804;9;*;tca ;;tRNA;457814;457887;3;*;atgf ;;tRNA;457891;457964;6;*;gac ;;tRNA;457971;458043;7;*;ttc ;;tRNA;458051;458132;4;*;tac ;;tRNA;458137;458207;12;*;tgg ;;tRNA;458220;458292;7;*;cac ;;tRNA;458300;458371;23;*;caa ;;tRNA;458395;458465;40;*;tgc ;;tRNA;458506;458590;121;*;ttg fin;;CDS;458712;459875;;; deb;;CDS;467495;468823;744;*; ;;rRNA;469568;471131;203;*;1564 ;;rRNA;471335;474242;69;*;2908 ;;rRNA;474312;474428;13;*;117 ;;tRNA;474442;474514;337;*;aac fin;;CDS;474852;475862;;; deb;;CDS;507082;507630;57;*; ;;tRNA;507688;507760;59;*;acg fin;comp;CDS;507820;509192;;0; deb;;CDS;526021;526704;181;*; ;;tRNA;526886;526957;278;*;caa fin;;CDS;527236;528015;;; deb;;CDS;528027;528719;574;*; ;;regulatory;529294;529457;80;*; fin;;CDS;529538;532225;;; deb;comp;CDS;546953;548239;77;*; ;comp;regulatory;548317;548377;91;*; fin;comp;CDS;548469;548831;;; deb;;CDS;551035;551484;65;*; ;;tRNA;551550;551631;34;*;tac ;;tRNA;551666;551737;202;*;caa fin;;CDS;551940;553055;;; deb;;CDS;566792;567247;81;*; ;;tRNA;567329;567413;86;*;ctt fin;;CDS;567500;568147;;; deb;;CDS;582725;583225;101;*; ;;tRNA;583327;583413;6;*;tca ;;tRNA;583420;583493;7;*;gac ;;tRNA;583501;583576;4;*;cac ;;tRNA;583581;583653;71;*;gta fin;;CDS;583725;585191;;0; deb;;CDS;606557;608326;26;*; ;;regulatory;608353;608445;50;*; fin;;CDS;608496;609074;;; deb;comp;CDS;609745;610383;156;*; ;;misc_b;610540;610782;243;*; fin;;CDS;611026;611766;;; deb;;CDS;640648;641976;57;*; ;;tRNA;642034;642106;39;*;agg fin;comp;CDS;642146;642334;;0; deb;;CDS;728387;729252;117;*; ;comp;tRNA;729370;729441;239;*;cgg fin;;CDS;729681;730712;;; deb;;CDS;770203;771387;52;*; ;;tmRNA;771440;771806;177;*; fin;;CDS;771984;772877;;; deb;comp;CDS;783691;784704;88;*; ;;tRNA;784793;784864;33;*;gag fin;;CDS;784898;784993;;0; deb;comp;CDS;877491;878846;218;*; ;;regulatory;879065;879235;91;*; fin;;CDS;879327;880637;;; deb;comp;CDS;916780;917757;129;*; ;;tRNA;917887;917975;134;*;tcg fin;;CDS;918110;919498;;; deb;comp;CDS;923642;924574;136;*; ;;misc_b;924711;924950;42;*; fin;;CDS;924993;925847;;; deb;;CDS;982901;983617;27;*; ;;regulatory;983645;983759;77;*; fin;;CDS;983837;984526;;; deb;comp;CDS;1011692;1012501;102;*; ;;regulatory;1012604;1012662;43;*; fin;;CDS;1012706;1013095;;; deb;;CDS;1095103;1095633;116;*; ;;misc_b;1095750;1096001;60;*; fin;;CDS;1096062;1097180;;; deb;;CDS;1152540;1155044;66;*; ;;misc_b;1155111;1155358;64;*; fin;;CDS;1155423;1156802;;; deb;comp;CDS;1212112;1213236;72;*; ;comp;ncRNA;1213309;1213675;26;*; fin;comp;CDS;1213702;1214121;;; deb;;CDS;1322695;1324020;55;*; ;;misc_b;1324076;1324319;57;*; fin;;CDS;1324377;1325738;;0; deb;comp;CDS;1449420;1449731;14;*; ;comp;misc_f;1449746;1449826;68;*; fin;comp;CDS;1449895;1451271;;0; deb;comp;CDS;1455677;1456573;150;*; ;;tRNA;1456724;1456800;99;*;aga fin;comp;CDS;1456900;1458480;;; deb;comp;CDS;1593167;1594216;37;*; ;comp;misc_b;1594254;1594461;38;*; fin;comp;CDS;1594500;1594850;;; deb;comp;CDS;1606331;1606858;26;*; ;comp;misc_f;1606885;1606996;53;*; fin;comp;CDS;1607050;1608747;;; deb;comp;CDS;1679837;1681135;82;*; ;;tRNA;1681218;1681301;161;*; fin;;CDS;1681463;1681780;;;ctg deb;comp;CDS;1706640;1707839;-3;*; ;comp;regulatory;1707837;1707930;67;*; ;comp;tRNA;1707998;1708070;5;*;gta ;comp;tRNA;1708076;1708147;141;*;gaa deb;comp;CDS;1708289;1709176;107;*; ;comp;tRNA;1709284;1709374;10;*;tcc ;comp;tRNA;1709385;1709457;13;*;aac ;;rRNA;1709471;1709587;69;*;117 ;;rRNA;1709657;1712564;203;*;2908 ;;rRNA;1712768;1714331;649;*;1564 fin;comp;CDS;1714981;1716288;;; deb;comp;CDS;1765715;1766362;152;*; ;comp;misc_b;1766515;1766748;43;*; fin;comp;CDS;1766792;1769098;;0; deb;;CDS;1985984;1986976;213;*; ;;tRNA;1987190;1987263;8;*;cgt ;;tRNA;1987272;1987345;58;*;cca deb;comp;CDS;1987404;1988462;121;*; ;;misc_b;1988584;1988828;71;*; fin;;CDS;1988900;1989913;;0; deb;;CDS;2017560;2019416;56;*; ;;misc_f;2019473;2019530;40;*; fin;;CDS;2019571;2020740;;; deb;;CDS;2039362;2040669;131;*; ;;regulatory;2040801;2040898;72;*; fin;;CDS;2040971;2042281;;; deb;;CDS;2043158;2043412;56;*; ;;misc_b;2043469;2043702;76;*; fin;;CDS;2043779;2045407;;0; </pre> ===ppm=== ====opérons==== =====ppm chromosome===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm opérons|ppm opérons]] *Chromosome<br> <pre> 45.5%GC;26.7.19 Paris;16s 13;110;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;; ;10545..11633;;CDS;;327;327;;;363; ;11961..13519;;16s;;280;;;;; ;13800..16728;;23s;;143;;;;; ;16872..16988;;5s;;232;232;;;;232 ;17221..17640;;CDS;;93 855;;;;140; ;;;;;;;;;; comp;111496..112530;;CDS;;616;;;;345; ;113147..114705;;16s;;207;;;;; ;114913..117843;;23s;;76;;;;; ;117920..118036;;5s;;343;343;;;; ;118380..119837;;CDS;;3 348;;;;486; ;;;;;;;;;; ;123186..124469;;CDS;;90;90;;;428;90 ;124560..124648;;tca;;145;145;;;; ;124794..125135;;CDS;;55 592;;;;114; ;;;;;;;;;; ;180728..181003;;CDS;;412;;;;92; ;181416..182974;;16s;;108;;;;; ;183083..183199;;5s;@1;39;;;;; ;183239..183315;;atc;;20;;;20;; ;183336..183411;;gca;;128;;;;; ;183540..186468;;23s;;130;;;;; ;186599..186690;;agc;;28;;;28;; ;186719..186795;;atgj;;10;;;10;; ;186806..186881;;gta;;4;;;4;; ;186886..186961;;aca;;19;;;19;; ;186981..187057;;gac;;77;;;77;; ;187135..187210;;ttc;;6;;;6;; ;187217..187302;;tac;;7;;;7;; ;187310..187385;;aaa;;154;154;;;;154 ;187540..188682;;CDS;;24 062;;;;381; ;;;;;;;;;; comp;212745..213341;;CDS;;211;211;;;199;211 comp;213553..213624;;cgg;;259;259;;;; ;213884..214921;;CDS;;238 832;;;;346; ;;;;;;;;;; ;453754..455364;;CDS;;392;;;;537; ;455757..457315;;16s;;207;;;;; ;457523..460453;;23s;;76;;;;; ;460530..460646;;5s;;34;;;;; ;460681..460757;;atc;;22;;;22;; ;460780..460855;;gca;;4;;;4;; ;460860..460935;;aac;;34;;;34;; ;460970..461043;;atgj;;3;;;3;; ;461047..461138;;agc;;31;;;31;; ;461170..461241;;gaa;;6;;;6;; ;461248..461323;;gta;;10;;;10;; ;461334..461407;;atgf;;25;;;25;; ;461433..461509;;gac;;50;;;50;; ;461560..461635;;ttc;;22;;;22;; ;461658..461733;;aca;;5;;;5;; ;461739..461824;;tac;;16;;;16;; ;461841..461913;;cac;;18;;;18;; ;461932..462006;;caa;;4;;;4;; ;462011..462086;;aaa;;15;;;15;; ;462102..462189;;ctg;;6;;;6;; ;462196..462270;;ggc;;10;;;10;; ;462281..462351;;tgc;;26;;;26;; ;462378..462454;;cgt;;22;;;22;; ;462477..462550;;cca;;9;;;9;; ;462560..462630;;gga;;204;204;;;;204 comp;462835..463938;;CDS;;1 537;;;;368; ;;;;;;;;;; ;465476..466216;;CDS;;524;;;;247; ;466741..468299;;16s;;207;;;;; ;468507..471434;;23s;;76;;;;; ;471511..471627;;5s;;629;;;;; ;472257..473588;;CDS;;103 459;;;;444; ;;;;;;;;;; ;577048..577794;;CDS;;1 116;;;;249; ;578911..580469;;16s;;207;;;;; ;580677..583607;;23s;;76;;;;; ;583684..583800;;5s;;82;;;;; ;583883..583958;;gca;;4;;;4;; ;583963..584038;;aac;;3;;;3;; ;584042..584133;;tcc;;19;;;19;; ;584153..584224;;gaa;;9;;;9;; ;584234..584309;;gta;;29;;;29;; ;584339..584412;;atgf;;25;;;25;; ;584438..584514;;gac;;13;;;13;; ;584528..584603;;aca;;4;;;4;; ;584608..584693;;tac;;102;;;102;; ;584796..584870;;caa;;4;;;4;; ;584875..584950;;aaa;;12;;;12;; ;584963..585043;;cta;;10;;;10;; ;585054..585128;;ggc;;5;;;5;; ;585134..585210;;cgt;;12;;;12;; ;585223..585302;;ttg;;7;;;7;; ;585310..585386;;cca;;7;;;7;; ;585394..585464;;gga;;1 133;;;;; ;586598..587560;;CDS;;22 016;;;;321; ;;;;;;;;;; ;609577..609924;;CDS;;73;73;;;116;73 ;609998..610069;;acg;;1 613;;;;; comp;611683..612030;;CDS;;140 810;;;;116; ;;;;;;;;;; ;752841..754124;;CDS;;611;;;;428; ;754736..756294;;16s;;208;;;;; ;756503..759431;;23s;;75;;;;; ;759507..759623;;5s;;183;183;;;;183 comp;759807..760232;;CDS;;173 078;;;;142; ;;;;;;;;;; ;933311..934681;;CDS;;449;;;;457; ;935131..936689;;16s;;221;;;;; ;936911..939839;;23s;;76;;;;; ;939916..940032;;5s;;216;216;;;;216 ;940249..941241;;CDS;;521 183;;;;331; ;;;;;;;;;; ;1462425..1462937;;CDS;;44;44;;;171;44 ;1462982..1463057;;aac;;1;;1;;; ;1463059..1463147;;agc;;122;122;;;; comp;1463270..1464145;;CDS;;74;;;;292; ;;;;;;;;;; comp;1464220..1464981;;CDS;;246;246;;;254; ;1465228..1465299;;gaa;;86;;86;;; ;1465386..1465461;;aaa;;15;;15;;; ;1465477..1465562;;ctc;;162;162;;;;162 ;1465725..1466180;;CDS;;1 667;;;;152; ;;;;;;;;;; comp;1467848..1468585;;CDS;;262;262;;;246; ;1468848..1468930;;ctc;;148;148;;;;148 comp;1469079..1469564;;CDS;;112 990;;;;162; ;;;;;;;;;; ;1582555..1583361;;CDS;;490;;;;269; ;1583852..1583925;;ccc;;244;244;;;; comp;1584170..1585441;;CDS;;32 099;;;;424; ;;;;;;;;;; ;1617541..1619682;;CDS;;107;107;;;714;107 ;1619790..1619860;;gga;;265;265;;;; ;1620126..1621163;;CDS;;254 529;;;;346; ;;;;;;;;;; ;1875693..1876160;;CDS;;129;129;;;156;129 ;1876290..1876365;;gcc;;11;;11;;; ;1876377..1876449;;aag;;520;;;;; comp;1876970..1877974;;CDS;;55 215;;;;335; ;;;;;;;;;; comp;1933190..1933630;;CDS;;381;;;;147; ;1934012..1934096;;ctg;;91;91;;;;91 comp;1934188..1934718;;CDS;;74 847;;;;177; ;;;;;;;;;; comp;2009566..2010102;;CDS;;222;222;;;179; ;2010325..2010409;;ctg;;213;213;;;; ;2010623..2011135;;CDS;;432 608;;;;171; ;;;;;;;;;; ;2443744..2448333;;CDS;;540;;;;1530; ;2448874..2450432;;16s;;400;;;;; ;2450833..2453761;;23s;;143;;;;; ;2453905..2454021;;5s;;236;236;;;;236 comp;2454258..2455367;;CDS;;186 804;;;;370; ;;;;;;;;;; ;2642172..2643329;;CDS;;426;;;;386; ;2643756..2645314;;16s;;343;;;;; ;2645658..2648586;;23s;;144;;;;; ;2648731..2648847;;5s;;156;156;;;;156 ;2649004..2649228;;CDS;;884 577;;;;75; ;;;;;;;;;; comp;3533806..3534249;;CDS;;139;139;;;148;139 ;3534389..3534460;;gtc;;279;279;;;; comp;3534740..3535069;;CDS;;103 837;;;;110; ;;;;;;;;;; ;3638907..3639338;;CDS;;728;;;;144; comp;3640067..3640152;;tta;;249;249;;;;249 ;3640402..3640560;;CDS;;28 092;;;;53; ;;;;;;;;;; ;3668653..3669450;;CDS;;247;247;;;266; comp;3669698..3669766;;atg;;267;267;;;; comp;3670034..3670234;;CDS;;54 456;;;;67; ;;;;;;;;;; ;3724691..3725086;;CDS;;122;122;;;132;122 comp;3725209..3725282;;atgi;;435;;;;; comp;3725718..3726359;;CDS;;612 148;;;;214; ;;;;;;;;;; comp;4338508..4339209;;CDS;;107;107;;;234;107 comp;4339317..4339390;;cca;;7;;;7;; comp;4339398..4339477;;ttg;;12;;;12;; comp;4339490..4339566;;cgt;;5;;;5;; comp;4339572..4339646;;ggc;;35;;;35;; comp;4339682..4339757;;aaa;;28;;;28;; comp;4339786..4339862;;gac;;26;;;26;; comp;4339889..4339965;;atgf;;30;;;30;; comp;4339996..4340071;;gta;;9;;;9;; comp;4340081..4340152;;gaa;;17;;;17;; comp;4340170..4340261;;tcc;;3;;;3;; comp;4340265..4340340;;aac;;18;;;;; comp;4340359..4340475;;5s;;76;;;;; comp;4340552..4343482;;23s;;400;;;;; comp;4343883..4345441;;16s;;493;;;;; comp;4345935..4347563;;CDS;;46 596;;;;543; ;;;;;;;;;; comp;4394160..4395092;;CDS;;238;238;;;311; ;4395331..4395404;;aga;;214;214;;;; ;4395619..4396383;;CDS;;49 894;;;;255; ;;;;;;;;;; ;4446278..4447621;;CDS;;207;207;;;448; comp;4447829..4447902;;aga;;174;174;;;; ;4448077..4448370;;CDS;;256 556;;;;98; ;;;;;;;;;; ;4704927..4705187;;CDS;;361;;;;87; comp;4705549..4705627;;ttg;;11;;11;;; comp;4705639..4705713;;tgc;;11;;11;;; comp;4705725..4705796;;ggc;;6;;6;;; comp;4705803..4705877;;caa;;9;;9;;; comp;4705887..4705959;;cac;;17;;17;;; comp;4705977..4706050;;tgg;;7;;7;;; comp;4706058..4706143;;tac;;4;;4;;; comp;4706148..4706223;;aca;;22;;22;;; comp;4706246..4706318;;ttc;;35;;35;;; comp;4706354..4706430;;gac;;15;;15;;; comp;4706446..4706522;;atgf;;25;;25;;; comp;4706548..4706623;;gta;;58;;58;;; comp;4706682..4706753;;gaa;;17;;17;;; comp;4706771..4706862;;tcc;;3;;3;;; comp;4706866..4706941;;aac;;326;326;;;; comp;4707268..4707597;;CDS;;279 544;;;;110; ;;;;;;;;;; comp;4987142..4989934;;CDS;;726;;;;931; comp;4990661..4990731;;gga;;9;;;9;; comp;4990741..4990814;;cca;;22;;;22;; comp;4990837..4990913;;cgt;;5;;;5;; comp;4990919..4990993;;ggc;;10;;;10;; comp;4991004..4991084;;cta;;11;;;11;; comp;4991096..4991171;;aaa;;4;;;4;; comp;4991176..4991250;;caa;;55;;;55;; comp;4991306..4991381;;gta;;11;;;11;; comp;4991393..4991464;;gaa;;11;;;11;; comp;4991476..4991548;;acc;;3;;;3;; comp;4991552..4991627;;aac;;18;;;;; comp;4991646..4991762;;5s;;76;;;;; comp;4991839..4994768;;23s;;129;;;;; comp;4994898..4994973;;gca;;20;;;20;; comp;4994994..4995070;;atc;;38;;;;; comp;4995109..4995225;;5s;;93;;;;; comp;4995319..4996877;;16s;;367;;;;; comp;4997245..4997475;;CDS;;60 140;;;;77; ;;;;;;;;;; comp;5057616..5058803;;CDS;;163;163;;;396;163 comp;5058967..5059083;;5s;;76;;;;; comp;5059160..5062089;;23s;;185;;;;; comp;5062275..5062350;;gca;;89;;;;; comp;5062440..5063998;;16s;;380;;;;; comp;5064379..5066394;;CDS;;647 899;;;;672; ;;;;;;;;;; ;5714294..5714611;;CDS;;206;206;;;106; comp;5714818..5714908;;tcg;;77;77;;;;77 comp;5714986..5715210;;CDS;;;;;;75; </pre> =====ppm plasmide===== *Plasmide<br> <pre> plasmide;pSC2;37.6%GC;51;;;;;;; ;;;;;;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé ;3920..4174;;CDS;;536;536;;;85; ;4711..4803;;agc;+;5;;5;;; ;4809..4883;;tgc;3 aac;63;;63;;; ;4947..5021;;gaa;2 atc;7;;7;;; ;5029..5105;;ctt;2 caa;6;;6;;; ;5112..5186;;cca;2 cca;101;;101;;; ;5288..5361;;tgg;2 cga;4;;4;;; ;5366..5444;;tac;2 gaa;4;;4;;; ;5449..5522;;caa;2 tac;6;;6;;; ;5529..5605;;cac;3 tgg;5;;5;;; ;5611..5686;;gac;;125;;125;;; ;5812..5887;;gga;;10;;10;;; ;5898..5973;;aac;@1;4;;4;;; ;5978..6066;;tac;ctt;9;;9;;; ;6076..6153;;ata;ata;4;;4;;; ;6158..6231;;caa;;4;;4;;; ;6236..6311;;atgi;;5;;5;;; ;6317..6392;;aac;;4;;4;;; ;6397..6470;;tgg;;131;;131;;; ;6602..6678;;gaa;;5;;5;;; ;6684..6757;;ggc;;55;;55;;; ;6813..6885;;ttc;;22;;22;;; ;6908..6983;;cga;;4;;4;;; ;6988..7065;;cca;;5;;5;;; ;7071..7155;;ttg;;5;;5;;; ;7161..7235;;atc;;5;;5;;; ;7241..7317;;atgf;;5;;5;;; ;7323..7398;;gca;;109;;109;;; ;7508..7584;;cga;;3;;3;;; ;7588..7668;;cta;;13;;13;;; ;7682..7758;;atc;;8;;8;;; ;7767..7841;;aac;;4;;4;;; ;7846..7919;;tgg;;33;33;;;;33 ;7953..8324;;CDS;@4;-24;-24;;;124; ;8301..8378;;gac;;8;;8;;; ;8387..8473;;tac;;86;;86;;; ;8560..8632;;aaa;;14;;14;;; ;8647..8720;;gga;;4;;4;;; ;8725..8800;;ttc;;7;;7;;; ;8808..8882;;acg;@2;100;100;;;; comp;8983..9600;;CDS;acg;89;89;;;206; ;9690..9771;;tta;;3;;3;;; ;9775..9849;;aca;;35;35;;;;35 comp;9885..10169;;CDS;;150;;;;95; ;;;;;;;;;; comp;10320..10622;;CDS;;116;116;;;101; ;10739..10813;;aca;;18;18;;;;18 comp;10832..11146;;CDS;;216;;;;105; ;;;;;;;;;; comp;11363..11599;;CDS;;94;94;;;79;94 ;11694..11768;;aga;;103;103;;;; ;11872..12312;;CDS;;195;;;;147; ;;;;;;;;;; comp;12508..12756;;CDS;;293;293;;;83; ;13050..13126;;atc;;72;72;;;;72 ;13199..14083;;CDS;;226;226;;;295; ;;;;;;;;;; ;14310..14385;;tcg;+;8;;8;;; ;14394..14481;;tcc;2 tcg;7;;7;;; ;14489..14563;;ctt;@3;3;;3;;; ;14567..14654;;tcg;tcg;5;;5;;; ;14660..14751;;tca;ctt;119;119;;;;119 ;14871..15080;;CDS;;212044;;;;70; ;;;;;;;;;; comp;227125..227388;;CDS;;444;444;;;88; comp;227833..227903;;gga;;248;248;;;;248 comp;228152..228391;;CDS;;1401;;;;80; ;;;;;;;;;; comp;229793..229999;;CDS;;24;24;;;69;24 comp;230024..230108;;tca;;289;289;;;; comp;230398..230640;;CDS;;231;;;;81; ;;;;;;;;;; comp;230872..231393;;CDS;;161;161;;;174;161 comp;231555..231640;;tta;;977;977;;;; ;232618..233067;;CDS;;277050;;;;150; ;510118..1;;;;;;;;; </pre> =====ppm plasmide MAJ===== <pre> plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2 MAJ;;;plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2;;; 23.10.19 Tanger;;;;;;26.7.19 Paris;;;; ;;49 aas;doubles;intercalaires;;;;51 aas;doubles;intercalaires 3920..4174;;cds hp;;;;3920..4174;;CDS;;536 4711..4803;;agc;+;;;4711..4803;;agc;+;5 4809..4883;;tgc;3 aac;;;4809..4883;;tgc;3 aac;63 4947..5021;;gaa;2 atc;;;4947..5021;;gaa;2 atc;7 5029..5105;;ctt;2 cca;;;5029..5105;;ctt;2 caa;6 5112..5186;;cca;2 cga;;;5112..5186;;cca;2 cca;101 5288..5361;;tgg;2 gaa;;;5288..5361;;tgg;2 cga;4 5366..5441;;tat;3 tgg;7;;5366..5444;;tac;2 gaa;4 5449..5522;;caa;;;;5449..5522;;caa;2 tac;6 5529..5605;;cac;;;;5529..5605;;cac;3 tgg;5 5611..5686;;gac;;;;5611..5686;;gac;;125 5812..5887;;gga;;;;5812..5887;;gga;;10 5898..5973;;aac;@1;;;5898..5973;;aac;@1;4 5978..6066;;tac;ctt;;;5978..6066;;tac;ctt;9 6076..6153;;ata;ata;82;;6076..6153;;ata;ata;4 ;;****;tat;;;6158..6231;;caa;;4 6236..6311;;atgi;;;;6236..6311;;atgi;;5 6317..6392;;aac;;;;6317..6392;;aac;;4 6397..6470;;tgg;;;;6397..6470;;tgg;;131 6602..6678;;gaa;;;;6602..6678;;gaa;;5 6684..6757;;ggc;;;;6684..6757;;ggc;;55 6813..6885;;ttc;;;;6813..6885;;ttc;;22 6908..6980;;cga;;7;;6908..6983;;cga;;4 6988..7065;;cca;;;;6988..7065;;cca;;5 7071..7155;;ttg;;;;7071..7155;;ttg;;5 7161..7235;;atc;;4;;7161..7235;;atc;;5 7240..7317;;atgf;;;;7241..7317;;atgf;;5 7323..7398;;gca;;;;7323..7398;;gca;;109 7508..7584;;cga;;;;7508..7584;;cga;;3 7588..7668;;cta;;;;7588..7668;;cta;;13 7682..7758;;atc;;;;7682..7758;;atc;;8 7767..7841;;aac;;;;7767..7841;;aac;;4 7846..7919;;tgg;;;;7846..7919;;tgg;;33 7953..8324;;cds hp;;;;7953..8324;;CDS;@4;-24 8301..8378;;gac;;;;8301..8378;;gac;;8 8387..8473;;tac;;;;8387..8473;;tac;;86 8560..8632;;aaa;;;;8560..8632;;aaa;;14 8647..8720;;gga;;;;8647..8720;;gga;;4 8725..8800;;ttc;;;;8725..8800;;ttc;;7 8808..8882;;acg;@2;;;8808..8882;;acg;@2;100 8983..9600;;cds hp;acg;;comp;8983..9600;;CDS;acg;89 9690..9771;;tta;;;;9690..9771;;tta;;3 9775..9849;;aca;;;;9775..9849;;aca;;35 9885..10169;;cds hp;;;comp;9885..10169;;CDS;;150 ;;;;;;;;;; 10320..10622;;cds hp;;;comp;10320..10622;;CDS;;116 10739..10813;;aca;;;;10739..10813;;aca;;18 10832..11146;;cds hp;;;comp;10832..11146;;CDS;;216 ;;;;;;;;;; 11363..11599;;cds hp;;;comp;11363..11599;;CDS;;94 11694..11765;;aga;;85;;11694..11768;;aga;;103 11851..12312;;cds rev-trans;;;;11872..12312;;CDS;;195 ;;;;;;;;;; 12508..12756;;cds trans-rg;;442;comp;12508..12756;;CDS;;293 ****;;****;;;;13050..13126;;atc;;72 13199..14083;;cds hp;;;;13199..14083;;CDS;;226 ;;;;;;;;;; 14310..14385;;tcg;+;;;14310..14385;;tcg;+;8 14394..14481;;tcc;2 tcg;;;14394..14481;;tcc;2 tcg;7 14489..14560;;ctt;@3;6;;14489..14563;;ctt;@3;3 14567..14654;;tcg;tcg;;;14567..14654;;tcg;tcg;5 14660..14751;;tca;ctt;;;14660..14751;;tca;ctt;119 14871..15080;;cds hp;;;;14871..15080;;CDS;;212044 ;;;;;;;;;; 227125..227388;;cds hp;;;comp;227125..227388;;CDS;;444 227833..227903;;gga;;;comp;227833..227903;;gga;;248 228152..228391;;cds hp;;;comp;228152..228391;;CDS;;1401 ;;;;;;;;;; 229793..229999;;cds hp;;;comp;229793..229999;;CDS;;24 230024..230108;;tca;;783;comp;230024..230108;;tca;;289 ****;;****;;;comp;230398..230640;;CDS;;231 ;;;;;;;;;; 230872..231393;;;cds hp;;comp;230872..231393;;CDS;;161 231558..231640;;tta;;;comp;231555..231640;;tta;;977 232618..233067;;cds hp;;;;232618..233067;;CDS;;277050 510118..1;;;;;;510118..1;;;; </pre> ====ppm cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_cumuls|ppm cumuls]] *Chromosome<br> <pre> Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; ;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;; ;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd avec rRNA;opérons;13;1;1;0;1;0;100;8;5;40;0 ;16 23 5s 0;7;20;12;46;50;1;200;20;17;60;1 ;16 5 atc gca;2;40;3;15;100;4;300;10;6;80;2 ;16 23 5s a;3;60;1;2;150;8;400;13;9;100;2 ;max a;21;80;0;1;200;6;500;7;4;120;2 ;a doubles;0;100;1;0;250;15;600;2;0;140;3 ;16 gca 23 5s ;1;120;0;1;300;5;700;1;0;160;3 ;total aas;73;140;0;0;350;3;800;1;1;180;2 sans ;opérons;19;160;0;0;400;5;900;0;0;200;1 ;1 aa;15;180;0;0;450;4;1000;1;0;220;3 ;max a;15;200;0;0;500;2;1100;0;0;240;2 ;a doubles;0;;0;0;;11;;1;0;;1 ;total aas;37;;18;65;;64;;64;42;;22 total aas;;110;moyenne;20;17;;193;;292;229;;150 remarques;;1;variance;21;17;;73;;234;123;;58 jaune;;;;;;;sans;;;sans;; </pre> *Plasmide<br> <pre> Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;; plasmide;;;;;;;;;;;; ;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;; ;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd avec rRNA;opérons;0;1;0;;1;1;60;0;;40;4 ;16 23 5s 0;;20;33;;50;4;80;4;;60;0 ;16 5 atc gca;;40;1;;100;4;100;5;;80;1 ;16 23 5s a;;60;1;;150;3;120;2;;100;1 ;max a;;80;1;;200;1;140;1;;120;1 ;a doubles;;100;1;;250;2;160;2;;140;0 ;16 gca 23 5s ;;120;2;;300;2;180;1;;160;0 ;total aas;;140;2;;350;0;200;0;;180;1 sans ;opérons;10;160;0;;400;0;220;1;;200;0 ;1 aa;6;180;0;;450;1;240;0;;220;0 ;max a;32;200;0;;500;0;260;0;;240;0 ;a doubles;2;;0;;;2;;1;;;1 ;total aas;51;;41;;;20;;17;;;9 total aas;;51;moyenne;6;;;126;;102;;;89 remarques;;3;variance;3;;;92;;32;;;77 ;jaune;;;sans;;;sans;;sans;;; </pre> ====ppm blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_blocs|ppm blocs]] <pre> ppm blocs;;;;;;; cds;392;;cds;1116;;cds;493 $16s;207;;$16s;207;;$16s;400 $23s;76;;$23s;76;;$23s;76 $5s;34;;$5s;82;;$5s;18 atc;22;;gca;4;;aac;3 19aas;*;;15aas;*;;9aas;* gga;'''204’;;gga;1133;;cca;107 cds;;;cds;;;cds; ;;;;;;; cds;367;;cds;412;;cds;380 $16s;93;;$16s;108;;$16s;89 $5s;38;;$5s;39;;gca;185 atc;20;;atc;20;;$23s;76 gca;129;;gca;128;;$5s;163 $23s;76;;$23s;130;;cds; $5s;18;;agc;28;;; aac;3;;6aas;*;;; 9aas;*;;aaa;154;;; gga;726;;cds;;;; cds;;;;;;; ;;;;;;; cds;327;'''616’;524;611;449;540;426 $16s;280;207;207;208;221;400;343 $23s;143;76;76;75;76;143;144 $5s;232;343;629;'''183’;216;'''236’;156 cds;;;;;;; ;;;;;;; $5s;constant;39 aas;117 pbs;;;; </pre> ====ppm distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_distribution|ppm distribution]] *Chromosome <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;2;tac;3;tgc;1 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;4;agc;2 ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;4 gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;4 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;5;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;2;gaa;4;gga;3 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;;;;;;;;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ppm;;15;;;;;15;;ppm;22;;;;;;22;;;;;;;;;;;ppm;;;;68;;;68 </pre> *Plasmide <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;3;tgc;1 atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;3;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;2 gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;2;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ppm;;6;;;;;6;;ppm;45;;;;;;45 </pre> ====ppm données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_données_intercalaires|ppm données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ppm;fx;fc;ppm;fx40;fc40;ppm;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;19;0;0;19;-1;0;59;90;259;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;16;226;1;0;46;-2;0;0;145;204;98;;gca;28;;agc;7;;cca ;0;20;20;240;2;2;33;-3;0;0;157;94;tRNA 23s;;;10;;atgj;12;;ttg ;0;30;11;212;3;0;22;-4;7;229;226;122;129;;gca;4;;gta;5;;cgt ;0;40;16;141;4;2;28;-5;0;0;1133;246;130;;gca;19;;aca;38;;ggc ;1;50;22;136;5;4;25;-6;0;0;73;262;186;;gca;77;;gac;28;;aaa ;0;60;16;103;6;3;17;-7;0;6;44;148;5s tRNA;;;9;;ttc;26;;gac ;0;70;33;103;7;0;14;-8;2;76;165;130;39;;atc;7;;tac;30;;atgf ;2;80;46;105;8;3;12;-9;1;0;107;244;34;;atc;**;;aaa;9;;gta ;1;90;60;114;9;0;13;-10;1;4;265;520;82;;gca;22;;atc;17;;gaa 2;0;100;49;98;10;2;16;-11;2;27;129;381;2* 18;;aac;4;;gca;3;;tcc ;2;110;51;110;11;3;12;-12;1;0;213;91;38;;atc;34;;aac;**;;aac ;0;120;58;96;12;2;31;-13;1;1;270;222;23s tRNA;;;3;;atgj;9;;gga 3;2;130;54;91;13;2;25;-14;0;22;123;139;131;;agc;31;;agc;22;;cca 1;0;140;45;93;14;2;30;-15;0;0;107;279;tRNA tRNA;;intra;6;;gaa;5;;cgt 1;1;150;53;69;15;2;23;-16;1;1;214;504;2* 20;;atc gca;10;;gta;10;;ggc ;1;160;43;87;16;2;29;-17;1;18;1861;249;tRNA tRNA;;;25;;atgf;11;;cta ;1;170;40;88;17;3;21;-18;0;0;2208;247;1;;aac;50;;gac;4;;aaa 1;0;180;29;79;18;1;22;-19;0;1;726;122;**;;agc;25;;ttc;55;;caa ;0;190;32;84;19;1;21;-20;1;15;77;238;86;;gaa;5;;aca;11;;gta ;0;200;35;74;20;2;26;-21;0;0;;207;15;;aaa;16;;tac;11;;gaa 3;0;210;40;54;21;1;20;-22;0;1;;174;**;;ctc;18;;cac;3;;acc ;2;220;35;56;22;0;21;-23;0;11;;206;11;;gcc;4;;caa;**;;aac 1;1;230;36;62;23;1;22;-24;0;1;CDS 16s;;**;;aag;15;;aaa;;; 1;0;240;28;45;24;0;19;-25;0;5;323;612;11;;ttg;6;;ctg;;; 4;0;250;37;44;25;3;16;-26;1;10;408;570;11;;tgc;10;;ggc;;; 1;0;260;16;36;26;0;24;-27;0;0;388;;6;;ggc;26;;tgc;;; 1;2;270;22;28;27;2;25;-28;0;1;520;;9;;caa;22;;cgt;;; 1;0;280;28;44;28;4;20;-29;0;6;607;;17;;cac;9;;cca;;; ;0;290;19;28;29;0;21;-30;0;0;445;;7;;tgg;**;;gga;;; ;0;300;20;22;30;0;24;-31;0;0;536;;4;;tac;4;;gca;;; ;0;310;15;23;31;3;14;-32;2;3;422;;22;;aca;3;;aac;;; ;0;320;14;20;32;1;19;-33;1;0;489;;35;;ttc;19;;tcc;;; ;0;330;10;21;33;2;16;-34;0;1;363;;15;;gac;9;;gaa;;; ;0;340;14;15;34;0;15;-35;0;4;376;;25;;atgf;29;;gta;;; ;0;350;12;22;35;1;14;-36;0;0;16s 23s;;58;;gta;25;;atgf;;; ;0;360;11;20;36;0;20;-37;0;0;290;;17;;gaa;13;;gac;;; ;0;370;11;8;37;2;8;-38;1;1;4* 217;;3;;tcc;4;;aca;;; ;0;380;6;14;38;3;14;-39;0;0;218;;**;;aac;102;;tac;;; 1;0;390;4;18;39;3;12;-40;0;2;231;;;;;4;;caa;;; ;0;400;9;7;40;1;9;-41;1;2;2* 410;;;;;12;;aaa;;; 2;4;reste;151;221;reste;1196;2338;-42;0;0;353;;;;;10;;cta;;; 23;20;total;1267;3176;total;1259;3176;-43;0;0;23s 5s;;;;;5;;ggc;;; 21;16;diagr;1116;2936;diagr;63;819;-44;0;4;6* 77;;;;;12;;cgt;;; 0;0; t30;47;678;;;;-45;1;0;3* 78;;;;;7;;ttg;;; ;;;;;;;;-46;0;0;144;;;;;7;;cca;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;2* 145;;;;;**;;gga;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;16s 5s;;;;;;;;;; ;x;1267;29;0;1296;;;-49;0;1;117;;;;;;;;;; ;c;3157;523;19;3699;;;-50;0;2;102;;;;;;;;;; ;;;;;4995;190;;reste;3;7;5s CDS;;;;;;;;;; ;;;;;;5185;;total;29;523;232;176;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;343;183;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;216;236;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;383;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;163;;;;;;;;;; </pre> =====ppm autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_autres_intercalaires_aas|ppm autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;ppm;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;10545;11633;323;*; ;;rRNA;11957;13510;290;*;1554 ;;rRNA;13801;16726;145;*;2926 ;;rRNA;16872;16988;232;*;117 fin;;CDS;17221;17640;;0; deb;comp;CDS;111496;112530;612;*; ;;rRNA;113143;114696;217;*;1554 ;;rRNA;114914;117842;77;*;2929 ;;rRNA;117920;118036;343;*;117 fin;;CDS;118380;119837;;; deb;;CDS;123186;124469;90;*; ;;tRNA;124560;124648;145;*;tca fin;;CDS;124794;125135;;; deb;;CDS;176747;176944;111;*; ;;ncRNA;177056;177322;155;*; fin;;CDS;177478;179229;;; deb;;CDS;180728;181003;408;*; ;;rRNA;181412;182965;117;*;1554 ;;rRNA;183083;183199;39;*;117 ;;tRNA;183239;183315;20;*;atc ;;tRNA;183336;183411;129;*;gca ;;rRNA;183541;186467;131;*;2927 ;;tRNA;186599;186690;28;*;agc ;;tRNA;186719;186795;10;*;atgj ;;tRNA;186806;186881;4;*;gta ;;tRNA;186886;186961;19;*;aca ;;tRNA;186981;187057;77;*;gac ;;tRNA;187135;187207;9;*;ttc ;;tRNA;187217;187302;7;*;tac ;;tRNA;187310;187382;157;*;aaa fin;;CDS;187540;188682;;; deb;comp;CDS;212745;213326;226;*; ;comp;tRNA;213553;213624;259;*;cgg fin;;CDS;213884;214921;;; deb;;CDS;224658;225137;255;*; ;;tmRNA;225393;225757;618;*; fin;;CDS;226376;227050;;; deb;;CDS;453754;455364;388;*; ;;rRNA;455753;457306;217;*;1554 ;;rRNA;457524;460452;77;*;2929 ;;rRNA;460530;460646;34;*;117 ;;tRNA;460681;460757;22;*;atc ;;tRNA;460780;460855;4;*;gca ;;tRNA;460860;460935;34;*;aac ;;tRNA;460970;461043;3;*;atgj ;;tRNA;461047;461138;31;*;agc ;;tRNA;461170;461241;6;*;gaa ;;tRNA;461248;461323;10;*;gta ;;tRNA;461334;461407;25;*;atgf ;;tRNA;461433;461509;50;*;gac ;;tRNA;461560;461632;25;*;ttc ;;tRNA;461658;461733;5;*;aca ;;tRNA;461739;461824;16;*;tac ;;tRNA;461841;461913;18;*;cac ;;tRNA;461932;462006;4;*;caa ;;tRNA;462011;462086;15;*;aaa ;;tRNA;462102;462189;6;*;ctg ;;tRNA;462196;462270;10;*;ggc ;;tRNA;462281;462351;26;*;tgc ;;tRNA;462378;462454;22;*;cgt ;;tRNA;462477;462550;9;*;cca ;;tRNA;462560;462630;204;*;gga fin;comp;CDS;462835;463938;;; deb;;CDS;465476;466216;520;*; ;;rRNA;466737;468290;217;*;1554 ;;rRNA;468508;471432;78;*;2925 ;;rRNA;471511;471627;176;*;117 fin;comp;CDS;471804;471962;;0; deb;comp;CDS;578235;578336;570;*; ;;rRNA;578907;580460;217;*;1554 ;;rRNA;580678;583605;78;*;2928 ;;rRNA;583684;583800;82;*;117 ;;tRNA;583883;583958;4;*;gca ;;tRNA;583963;584038;3;*;aac ;;tRNA;584042;584133;19;*;tcc ;;tRNA;584153;584224;9;*;gaa ;;tRNA;584234;584309;29;*;gta ;;tRNA;584339;584412;25;*;atgf ;;tRNA;584438;584514;13;*;gac ;;tRNA;584528;584603;4;*;aca ;;tRNA;584608;584693;102;*;tac ;;tRNA;584796;584870;4;*;caa ;;tRNA;584875;584950;12;*;aaa ;;tRNA;584963;585043;10;*;cta ;;tRNA;585054;585128;5;*;ggc ;;tRNA;585134;585210;12;*;cgt ;;tRNA;585223;585302;7;*;ttg ;;tRNA;585310;585386;7;*;cca ;;tRNA;585394;585464;1133;*;gga fin;;CDS;586598;587560;;0; deb;;CDS;609577;609924;73;*; ;;tRNA;609998;610069;94;*;acg fin;comp;CDS;610164;610445;;; deb;;CDS;752841;754124;607;*; ;;rRNA;754732;756285;218;*;1554 ;;rRNA;756504;759429;77;*;2926 ;;rRNA;759507;759623;183;*;117 fin;comp;CDS;759807;760232;;0; deb;;CDS;933311;934681;445;*; ;;rRNA;935127;936680;231;*;1554 ;;rRNA;936912;939838;77;*;2927 ;;rRNA;939916;940032;216;*;117 fin;;CDS;940249;941241;;; deb;;CDS;1462425;1462937;44;*; ;;tRNA;1462982;1463057;1;*;aac ;;tRNA;1463059;1463147;122;*;agc fin;comp;CDS;1463270;1464145;;; deb;comp;CDS;1464220;1464981;246;*; ;;tRNA;1465228;1465299;86;*;gaa ;;tRNA;1465386;1465461;15;*;aaa ;;tRNA;1465477;1465559;165;*;ctc fin;;CDS;1465725;1466180;;; deb;comp;CDS;1467848;1468585;262;*; ;;tRNA;1468848;1468930;148;*;ctc fin;comp;CDS;1469079;1469564;;0; deb;comp;CDS;1583500;1583721;130;*; ;;tRNA;1583852;1583925;244;*;ccc fin;comp;CDS;1584170;1585441;;0; deb;;CDS;1617541;1619682;107;*; ;;tRNA;1619790;1619860;265;*;gga fin;;CDS;1620126;1621163;;; deb;;CDS;1875693;1876160;129;*; ;;tRNA;1876290;1876365;11;*;gcc ;;tRNA;1876377;1876449;520;*;aag fin;comp;CDS;1876970;1877974;;; deb;comp;CDS;1933190;1933630;381;*; ;;tRNA;1934012;1934096;91;*;ctg fin;comp;CDS;1934188;1934718;;0; deb;;CDS;1982038;1982799;58;*; ;;ncRNA;1982858;1983052;216;*; fin;;CDS;1983269;1983661;;0; deb;comp;CDS;2009566;2010102;222;*; ;;tRNA;2010325;2010409;213;*;ctg fin;;CDS;2010623;2011135;;; deb;;CDS;2443744;2448333;536;*; ;;rRNA;2448870;2450423;410;*;1554 ;;rRNA;2450834;2453760;144;*;2927 ;;rRNA;2453905;2454021;236;*;117 fin;comp;CDS;2454258;2455367;;; deb;;CDS;2642172;2643329;422;*; ;;rRNA;2643752;2645305;353;*;1554 ;;rRNA;2645659;2648585;145;*;2927 ;;rRNA;2648731;2648847;383;*;117 fin;;CDS;2649231;2650082;;; deb;comp;CDS;3533806;3534249;139;*; ;;tRNA;3534389;3534460;279;*;gtc fin;comp;CDS;3534740;3535069;;; deb;;CDS;3639395;3639562;504;*; ;comp;tRNA;3640067;3640152;249;*;tta fin;;CDS;3640402;3640560;;; deb;;CDS;3668653;3669450;247;*; ;comp;tRNA;3669698;3669763;270;*;atgj fin;comp;CDS;3670034;3670234;;; deb;;CDS;3724691;3725086;122;*; ;comp;tRNA;3725209;3725282;123;*;atgi fin;comp;CDS;3725406;3725570;;; deb;;CDS;3796407;3797627;286;*; ;comp;ncRNA;3797914;3798312;79;*; fin;comp;CDS;3798392;3798958;;; deb;comp;CDS;4338508;4339209;107;*; ;comp;tRNA;4339317;4339390;7;*;cca ;comp;tRNA;4339398;4339477;12;*;ttg ;comp;tRNA;4339490;4339566;5;*;cgt ;comp;tRNA;4339572;4339646;38;*;ggc ;comp;tRNA;4339685;4339757;28;*;aaa ;comp;tRNA;4339786;4339862;26;*;gac ;comp;tRNA;4339889;4339965;30;*;atgf ;comp;tRNA;4339996;4340071;9;*;gta ;comp;tRNA;4340081;4340152;17;*;gaa ;comp;tRNA;4340170;4340261;3;*;tcc ;comp;tRNA;4340265;4340340;18;*;aac ;comp;rRNA;4340359;4340475;78;*;117 ;comp;rRNA;4340554;4343481;410;*;2928 ;comp;rRNA;4343892;4345445;489;*;1554 fin;comp;CDS;4345935;4347563;;; deb;comp;CDS;4394160;4395092;238;*; ;;tRNA;4395331;4395404;214;*;aga fin;;CDS;4395619;4396383;;0; deb;;CDS;4446278;4447621;207;*; ;comp;tRNA;4447829;4447902;174;*;aga fin;;CDS;4448077;4448370;;0; deb;comp;CDS;4703166;4703687;1861;*; ;comp;tRNA;4705549;4705627;11;*;ttg ;comp;tRNA;4705639;4705713;11;*;tgc ;comp;tRNA;4705725;4705796;6;*;ggc ;comp;tRNA;4705803;4705877;9;*;caa ;comp;tRNA;4705887;4705959;17;*;cac ;comp;tRNA;4705977;4706050;7;*;tgg ;comp;tRNA;4706058;4706143;4;*;tac ;comp;tRNA;4706148;4706223;22;*;aca ;comp;tRNA;4706246;4706318;35;*;ttc ;comp;tRNA;4706354;4706430;15;*;gac ;comp;tRNA;4706446;4706522;25;*;atgf ;comp;tRNA;4706548;4706623;58;*;gta ;comp;tRNA;4706682;4706753;17;*;gaa ;comp;tRNA;4706771;4706862;3;*;tcc ;comp;tRNA;4706866;4706941;2208;*;aac fin;comp;CDS;4709150;4710085;;; deb;comp;CDS;4987142;4989934;726;*; ;comp;tRNA;4990661;4990731;9;*;gga ;comp;tRNA;4990741;4990814;22;*;cca ;comp;tRNA;4990837;4990913;5;*;cgt ;comp;tRNA;4990919;4990993;10;*;ggc ;comp;tRNA;4991004;4991084;11;*;cta ;comp;tRNA;4991096;4991171;4;*;aaa ;comp;tRNA;4991176;4991250;55;*;caa ;comp;tRNA;4991306;4991381;11;*;gta ;comp;tRNA;4991393;4991464;11;*;gaa ;comp;tRNA;4991476;4991548;3;*;acc ;comp;tRNA;4991552;4991627;18;*;aac ;comp;rRNA;4991646;4991762;77;*;117 ;comp;rRNA;4991840;4994767;130;*;2928 ;comp;tRNA;4994898;4994973;20;*;gca ;comp;tRNA;4994994;4995070;38;*;atc ;comp;rRNA;4995109;4995225;102;*;117 ;comp;rRNA;4995328;4996881;363;*;1554 fin;comp;CDS;4997245;4997475;;; deb;comp;CDS;5057616;5058803;163;*; ;comp;rRNA;5058967;5059083;77;*;117 ;comp;rRNA;5059161;5062088;186;*;2928 ;comp;tRNA;5062275;5062350;98;*;gca ;comp;rRNA;5062449;5064002;376;*;1554 fin;comp;CDS;5064379;5066394;;; deb;;CDS;5714294;5714611;206;*; ;comp;tRNA;5714818;5714908;77;*;tcg fin;comp;CDS;5714986;5715210;;; </pre> ===pmq=== ====pmq opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq opérons|pmq opérons]] <pre> 58.3%GC;24.7.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Paenibacillus mucilaginosus 3016;;;;;;;;; ;9206..10276;CDS;;322;322;;;357; ;10599..12139;16s;;269;;;;; ;12409..15343;23s;;95;;;;; ;15439..15555;5s;;178;178;;;;178 ;15734..17190;CDS;;3061;;;;486; ;;;;;;;;; ;20252..21532;CDS;;47;47;;;427;47 ;21580..21666;tca;;140;140;;;; ;21807..22157;CDS hp;@1;17;;;;117; ;22175..22357;CDS hp;;23;;;;*61; ;22381..22524;CDS hp;;86;;;;*48; comp;22611..22796;CDS hp;;138;;;;*62; comp;22935..25265;CDS replicase;;156;;;;*777; ;;;;;;;;; ;25422..26165;CDS;;220;220;;;248; comp;26386..26460;cgg;;183;183;;;;183 ;26644..27168;CDS;;151287;;;;175; ;;;;;;;;; ;178456..179454;CDS;;298;298;;;333; ;179753..181299;16s;;254;;;;; ;181554..184488;23s;;168;;;;; ;184657..184773;5s;;15;;;;; ;184789..184876;agc;;29;;;29;; ;184906..184982;atgj;;39;;;39;; ;185022..185097;gta;;15;;;15;; ;185113..185189;atgf;;14;;;14;; ;185204..185280;gac;;48;;;48;; ;185329..185404;ttc;;5;;;5;; ;185410..185485;aca;;9;;;9;; ;185495..185579;tac;;15;;;15;; ;185595..185670;aaa;;183;183;;;;183 comp;185854..187104;CDS;;30460;;;;417; ;;;;;;;;; comp;217565..218146;CDS;;129;129;;;194;129 comp;218276..218350;cgg;;261;261;;;; ;218612..219643;CDS;;34238;;;;344; ;;;;;;;;; ;253882..254526;CDS;;677;*677;;;215; ;255204..256745;16s;;268;;;;; ;257014..259948;23s;;95;;;;; ;260044..260160;5s;;55;;;;; ;260216..260292;atc;;19;;;19;; ;260312..260387;gca;+;16;;;16;; ;260404..260475;gaa;2 gca;9;;;9;; ;260485..260569;tac;;20;;;20;; ;260590..260665;aac;;3;;;3;; ;260669..260744;gta;;19;;;19;; ;260764..260840;gac;;20;;;20;; ;260861..260933;ttc;;15;;;15;; ;260949..261021;aaa;;10;;;10;; ;261032..261118;ctg;;3;;;3;; ;261122..261196;ggc;;12;;;12;; ;261209..261280;tgc;;15;;;15;; ;261296..261369;cgt;;5;;;5;; ;261375..261448;cca;;158;;;*158;; ;261607..261682;gca;;4;;;4;; ;261687..261759;acc;;5;;;5;; ;261765..261854;tcg;;19;;;19;; ;261874..261961;agc;;17;;;17;; ;261979..262054;gtc;;5;;;5;; ;262060..262134;acg;;39;;;39;; ;262174..262262;tcc;;41;;;41;; ;262304..262386;ctc;;283;283;;;;*283 ;262670..263515;CDS;;314679;;;;282; ;;;;;;;;; ;578195..579055;CDS;;324;324;;;287; ;579380..580921;16s;;258;;;;; ;581180..584114;23s;;166;;;;; ;584281..584397;5s;;31;;;;; ;584429..584505;aac;;6;;;6;; ;584512..584600;tcc;;38;;;38;; ;584639..584710;gaa;;11;;;11;; ;584722..584797;gta;;17;;;17;; ;584815..584891;atgf;;15;;;15;; ;584907..584983;gac;;67;;;67;; ;585051..585125;acg;;11;;;11;; ;585137..585212;cac;;10;;;10;; ;585223..585297;caa;;5;;;5;; ;585303..585378;aaa;;17;;;17;; ;585396..585470;ggc;+;40;;;40;; ;585511..585585;ggc;2 ggc;24;;;24;; ;585610..585692;ttg;;5;;;5;; ;585698..585774;cca;;19;;;19;; ;585794..585867;gga;;1;;;1;; ;585869..585942;aga;;187;187;;;;187 ;586130..586885;CDS;;85587;;;;252; ;;;;;;;;; ;672473..672949;CDS;;18;18;;;159;18 ;672968..673043;aac;;7;;7;;; ;673051..673138;agc;@2;297;;297;;; ;673436..673507;gaa;;9;;9;;; ;673517..673599;ctc;;180;180;;;; ;673780..674199;CDS;;182;;;;140; ;;;;;;;;; ;674382..675278;CDS;;159;159;;;299; ;675438..675520;ctc;;64;64;;;;64 ;675585..675833;CDS;;18450;;;;83; ;;;;;;;;; ;694284..695636;CDS;;797;*797;;;451; ;696434..697974;16s;;261;;;;; ;698236..701170;23s;;94;;;;; ;701265..701381;5s;;43;;;;; ;701425..701498;atc;;11;;;11;; ;701510..701584;gaa;;5;;;5;; ;701590..701665;gtc;;5;;;5;; ;701671..701747;atgf;;4;;;4;; ;701752..701825;tgg;;9;;;9;; ;701835..701909;caa;;8;;;8;; ;701918..701990;aaa;;18;;;18;; ;702009..702095;ctg;;4;;;4;; ;702100..702174;ggc;;11;;;11;; ;702186..702259;cgt;;12;;;12;; ;702272..702348;cca;;577;*577;;;;*577 ;702926..703120;CDS;;370320;;;;65; ;;;;;;;;; ;1073441..1074214;CDS;;373;373;;;258; ;1074588..1076136;16s;;260;;;;; ;1076397..1079331;23s;;168;;;;; ;1079500..1079616;5s;;9;;;;; ;1079626..1079701;aac;;6;;;6;; ;1079708..1079796;tcc;;38;;;38;; ;1079835..1079906;gaa;;11;;;11;; ;1079918..1079993;gta;;17;;;17;; ;1080011..1080087;atgf;;13;;;13;; ;1080101..1080177;gac;;49;;;49;; ;1080227..1080302;ttc;;4;;;4;; ;1080307..1080382;aca;;13;;;13;; ;1080396..1080481;tac;;8;;;8;; ;1080490..1080560;tgg;;13;;;13;; ;1080574..1080649;cac;;26;;;26;; ;1080676..1080747;caa;;9;;;9;; ;1080757..1080831;ggc;;12;;;12;; ;1080844..1080917;tgc;;10;;;10;; ;1080928..1081016;tta;;20;;;20;; ;1081037..1081113;cgt;;3;;;3;; ;1081117..1081199;ttg;;147;147;;;;147 ;1081347..1081973;CDS;;128630;;;;209; ;;;;;;;;; ;1210604..1213519;CDS;;354;354;;;972; ;1213874..1213949;gca;;16;;16;;; ;1213966..1214037;gaa;;12;;12;;; ;1214050..1214125;gta;;16;;16;;; ;1214142..1214218;gac;;17;;17;;; ;1214236..1214311;cac;;9;;9;;; ;1214321..1214395;caa;;9;;9;;; ;1214405..1214477;aaa;;8;;8;;; ;1214486..1214572;ctg;;3;;3;;; ;1214576..1214647;ggc;;169;169;;;;169 comp;1214817..1215602;CDS;;378784;;;;262; ;;;;;;;;; ;1594387..1594665;CDS;;537;*537;;;93; ;1595203..1596743;16s;;252;;;;; ;1596996..1599930;23s;;94;;;;; ;1600025..1600141;5s;;43;;;;; ;1600185..1600261;atc;;19;;;19;; ;1600281..1600356;gca;;17;;;17;; ;1600374..1600445;gaa;;8;;;8;; ;1600454..1600529;gta;+;5;;;5;; ;1600535..1600610;aca;2 gta;10;;;10;; ;1600621..1600705;tac;;18;;;18;; ;1600724..1600799;aac;;4;;;4;; ;1600804..1600879;gta;;21;;;21;; ;1600901..1600977;atgf;;12;;;12;; ;1600990..1601066;gac;;34;;;34;; ;1601101..1601176;cac;;13;;;13;; ;1601190..1601264;caa;;8;;;8;; ;1601273..1601345;aaa;;17;;;17;; ;1601363..1601448;ctc;;13;;;13;; ;1601462..1601548;ctg;;5;;;5;; ;1601554..1601628;ggc;;14;;;14;; ;1601643..1601713;tgc;;10;;;10;; ;1601724..1601797;cgt;;5;;;5;; ;1601803..1601876;cca;;105;105;;;;105 ;1601982..1602245;CDS;;232535;;;;88; ;;;;;;;;; ;1834781..1835260;CDS;;106;106;;;160;106 ;1835367..1835439;gcc;;137;137;;;; comp;1835577..1835978;CDS;;371114;;;;134; ;;;;;;;;; comp;2207093..2208091;CDS;;192;192;;;333;192 ;2208284..2208367;ctg;+;49;;49;;; ;2208417..2208500;ctg;2 ctg;315;315;;;; ;2208816..2209952;CDS;;1246561;;;;379; ;;;;;;;;; ;3456514..3456786;CDS;;256;256;;;91; ;3457043..3457119;ccc;;142;142;;;;142 ;3457262..3457483;CDS;;1547757;;;;74; ;;;;;;;;; comp;5005241..5005426;CDS;;127;127;;;62;127 comp;5005554..5005636;ctc;;40;;40;;; comp;5005677..5005765;tcc;;13;;13;;; comp;5005779..5005852;atg;;19;;19;;; comp;5005872..5005958;tcg;;167;167;;;; ;5006126..5006220;ncRNA;;1377035;;;;32; ;;;;;;;;; comp;6383256..6384173;CDS;;228;228;;;306; ;6384402..6384477;gtc;;69;69;;;;69 comp;6384547..6385458;CDS;;5453;;;;304; ;;;;;;;;; comp;6390912..6391130;CDS;;142;142;;;73;142 comp;6391273..6391358;tta;;7;;7;;; comp;6391366..6391442;atgi;;19;;19;;; comp;6391462..6391538;atgf;;370;370;;;; comp;6391909..6392460;CDS;;962046;;;;184; ;;;;;;;;; ;7354507..7354737;CDS;;342;342;;;77;*342 comp;7355080..7355162;ctc;;28;;;28;; comp;7355191..7355279;tcc;;12;;;12;; comp;7355292..7355368;atgf;;14;;;14;; comp;7355383..7355459;atgj;;14;;;14;; comp;7355474..7355561;agc;;8;;;8;; comp;7355570..7355659;tcg;;4;;;4;; comp;7355664..7355736;acc;;4;;;4;; comp;7355741..7355816;gca;;119;;;;; ;7355936..7356030;ncRNA;@3;36;;;;; comp;7356067..7356140;cca;;6;;;6;; comp;7356147..7356220;cgt;;104;;;*104;; comp;7356325..7356396;ggc;;7;;;7;; comp;7356404..7356490;ctg;;9;;;9;; comp;7356500..7356572;aaa;;9;;;9;; comp;7356582..7356656;caa;;9;;;9;; comp;7356666..7356741;cac;;17;;;17;; comp;7356759..7356835;gac;;12;;;12;; comp;7356848..7356923;gta;;4;;;4;; comp;7356928..7357003;aac;;15;;;15;; comp;7357019..7357103;tac;;8;;;8;; comp;7357112..7357187;aca;;5;;;5;; comp;7357193..7357264;gaa;;15;;;15;; comp;7357280..7357355;gcc;;9;;;9;; comp;7357365..7357438;atc;;54;;;;; comp;7357493..7357609;5s;;112;;;;; comp;7357722..7360655;23s;;258;;;;; comp;7360914..7362454;16s;;403;*403;;;; ;7362858..7363397;CDS;;254752;;;;180; ;;;;;;;;; ;7618150..7618842;CDS;;280;280;;;231;*280 comp;7619123..7619193;ggg;;335;335;;;; ;7619529..7620461;CDS;;46171;;;;311; ;;;;;;;;; comp;7666633..7668069;CDS;;104;104;;;479;104 comp;7668174..7668244;ggg;;5;;;5;; comp;7668250..7668326;cca;;106;;;*106;; comp;7668433..7668506;cgt;;11;;;11;; comp;7668518..7668592;ggc;;5;;;5;; comp;7668598..7668684;ctg;;13;;;13;; comp;7668698..7668783;ctc;;16;;;16;; comp;7668800..7668872;aaa;;10;;;10;; comp;7668883..7668967;tac;;28;;;28;; comp;7668996..7669071;ttc;;12;;;;; comp;7669084..7669200;5s;;159;;;;; comp;7669360..7672297;23s;;256;;;;; comp;7672554..7674095;16s;;537;*537;;;; ;7674633..7675382;CDS;;177794;;;;250; ;;;;;;;;; comp;7853177..7853761;CDS;;57;57;;;195;57 comp;7853819..7853892;cac;;230;;230;;; comp;7854123..7854196;cac;;404;*404;;;; comp;7854601..7854801;CDS;;245639;;;;67; ;;;;;;;;; comp;8100441..8100854;CDS;;123;123;;;138;123 comp;8100978..8101094;5s;;167;;;;; comp;8101262..8104180;23s;;248;;;;; comp;8104429..8105969;16s;;325;325;;;; comp;8106295..8106636;CDS;;45281;;;;114; ;;;;;;;;; comp;8151918..8152448;CDS;;460;*460;;;177;*460 comp;8152909..8153031;5s;;94;;;;; comp;8153126..8156060;23s;;258;;;;; comp;8156319..8157859;16s;;456;*456;;;; ;8158316..8158642;CDS;;98285;;;;109; ;;;;;;;;; ;8256928..8257746;CDS;;83;83;;;273;83 comp;8257830..8257903;gga;;5;;;5;; comp;8257909..8257985;cca;;16;;;16;; comp;8258002..8258078;cgt;;4;;;4;; comp;8258083..8258157;ggc;;8;;;8;; comp;8258166..8258248;cta;;42;;;42;; comp;8258291..8258366;aaa;;8;;;8;; comp;8258375..8258449;caa;;9;;;9;; comp;8258459..8258532;tgg;;4;;;4;; comp;8258537..8258613;atgf;;5;;;5;; comp;8258619..8258694;gtc;;5;;;5;; comp;8258700..8258774;gaa;;11;;;11;; comp;8258786..8258859;atc;;43;;;;; comp;8258903..8259019;5s;;94;;;;; comp;8259114..8262048;23s;;255;;;;; comp;8262304..8263845;16s;;306;306;;;; comp;8264152..8264370;CDS;;58373;;;;73; ;;;;;;;;; comp;8322744..8323205;CDS;;393;393;;;154;*393 comp;8323599..8323715;5s;;94;;;;; comp;8323810..8326748;23s;;258;;;;; comp;8327007..8328547;16s;;369;369;;;; comp;8328917..8330413;CDS;;21505;;;;499; ;;;;;;;;; comp;8351919..8354414;CDS;;396;396;;;832; comp;8354811..8354884;atg;;149;149;;;;149 comp;8355034..8355537;CDS;;34450;;;;168; ;;;;;;;;; ;8389988..8390512;CDS;;296;296;;;175;*296 comp;8390809..8390925;5s;;94;;;;; comp;8391020..8393954;23s;;259;;;;; comp;8394214..8395754;16s;;234;234;;;; comp;8395989..8396255;CDS;;220222;;;;89; ;;;;;;;;; comp;8616478..8616924;CDS;;417;*417;;;149; ;8617342..8617418;gac;;157;157;;;;157 ;8617576..8618541;CDS;;105821;;;;322; ;;;;;;;;; ;8724363..8724614;CDS;;455;*455;;;84; comp;8725070..8725160;tcg;;165;165;;;;165 comp;8725326..8725559;CDS;;9205;;;;78; ;;opéron;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd </pre> ====pmq cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_cumuls|pmq cumuls]] <pre> pmq;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cds dirigé;gammes;cdsa;cdsd avec rRNA;opérons;14;1;0;1;1;0;1;0;100;15;8 ;16 23 5s 0;5;20;14;107;50;3;20;1;200;18;10 ;16 atc gca;0;40;1;12;100;4;40;0;300;12;6 ;16 23 5s a;9;60;1;4;150;11;60;2;400;9;3 ;max a;23;80;0;1;200;11;80;2;500;6;4 ;a doubles;3;100;0;0;250;3;100;1;600;0;0 ;spéciaux;0;120;0;2;300;6;120;3;700;0;0 ;total aas;138;140;0;0;350;7;140;3;800;0;0 sans ;opérons;17;160;0;1;400;6;160;5;900;1;0 ;1 aa;11;180;0;0;450;3;180;3;1000;1;0 ;max a;9;200;0;0;500;3;200;4;1100;0;0 ;a doubles;1;;2;0;;5;;7;;0;0 ;total aas;35;;18;128;;62;;31;;62;31 total aas;;173;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;16;;;;;;235;213 ;;;variance;;20;;;;;;184;122 sans jaune;;;moyenne;16;14;;207;;126;;; ;;;variance;12;11;;106;;49;;; </pre> ====pmq blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_blocs|pmq blocs]] <pre> Les blocs à rRNAs pmq;;;;; CDS;298;324;373;12; 16s;254;258;260;159; 23s;168;166;168;256; 5s;15;31;9;537; 1er aa;agc;aac;aac;ttc; aas;9;16;17;9; CDS;183;187;147;104; ;;;;; CDS;677;797;537;54;43 16s;268;261;252;112;94 23s;95;94;94;258;255 5s;55;43;43;403;306 atc / aas;22;11;19;23;12 CDS;283;577;105;342;83 ;;;;; CDS;322;123;460;393;296 16s;269;167;94;94;94 23s;95;248;258;258;259 5s;178;325;456;369;234 </pre> ====pmq distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_distribution|pmq distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ggc2 5s;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;4;tac;6;tgc;3 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;2;aac;5;agc;3 ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;4;cgt;7 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;3;gcc;1;gac;6;ggc;9 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;8;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;7;caa;6;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;1;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;4;gaa;7;gga;2 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;2;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total pmq;;11;;;;;11;;pmq;22;;;;;;22;;pmq;2;;;;;;2;;pmq;;;;138;;;138 </pre> ====pmq données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_données_intercalaires|pmq données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;pmq;fx;fc;pmq;fx40;fc40;pmq;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;5;26;0;5;26;-1;0;80;47;222;23s 5s;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;15;298;1;1;52;-2;3;0;137;183;2* 97;;;29;;agc;11;;atc;28;;ctc ;1;20;15;336;2;1;46;-3;0;1;129;183;2* 170;;;39;;atgj;5;;gaa;12;;tcc ;0;30;22;273;3;1;35;-4;11;384;283;261;168;;;15;;gta;5;;gtc;14;;atgf ;0;40;16;249;4;1;34;-5;0;1;187;169;6* 96;;;14;;atgf;4;;atgf;14;;atgj ;1;50;22;194;5;1;28;-6;3;1;18;137;113;;;48;;gac;9;;tgg;8;;agc ;0;60;24;156;6;1;32;-7;0;5;180;192;161;;;5;;ttc;8;;caa;4;;tcg ;1;70;32;142;7;2;28;-8;0;76;159;228;169;;;9;;aca;18;;aaa;4;;acc 1;1;80;47;168;8;2;12;-9;1;0;64;72;5s CDS;;;15;;tac;7;;ctg;;119;gca 1;1;90;44;163;9;4;10;-10;1;8;577;342;178;296;;**;;aaa;11;;ggc;;36;ncRNA ;0;100;53;148;10;1;21;-11;2;32;150;280;123;;;19;;atc;12;;cgt;6;;cca ;3;110;53;123;11;1;23;-12;0;0;354;335;460;;;16;;gca;**;;cca;104;;cgt ;0;120;61;117;12;0;38;-13;0;7;105;86;393;;;9;;gaa;6;;aac;7;;ggc ;1;130;77;120;13;1;43;-14;2;27;106;417;5s tRNA;;;20;;tac;38;;tcc;9;;ctg 1;1;140;60;95;14;1;45;-15;0;0;315;455;15;;agc;3;;aac;11;;gaa;9;;aaa ;4;150;64;119;15;3;39;-16;0;5;256;;55;;atc;19;;gta;17;;gta;9;;caa ;2;160;67;87;16;2;34;-17;2;17;142;;54;;atc;20;;gac;13;;atgf;17;;cac 1;1;170;75;94;17;1;25;-18;0;0;394;;3* 43;;atc;15;;ttc;49;;gac;12;;gac ;1;180;66;111;18;3;36;-19;0;1;142;;9;;aac;10;;aaa;4;;ttc;4;;gta 2;1;190;81;93;19;3;29;-20;1;14;75;;31;;aac;3;;ctg;13;;aca;15;;aac 1;0;200;65;94;20;0;24;-21;0;0;104;;12;;ttc;12;;ggc;8;;tac;8;;tac ;0;210;65;86;21;6;37;-22;1;5;84;;tRNA tRNA;;;15;;tgc;13;;tgg;5;;aca ;0;220;58;86;22;1;32;-23;0;13;404;;7;;aac;5;;cgt;26;;cac;15;;gaa 2;0;230;52;79;23;3;23;-24;0;0;396;;297;;agc;158;;cca;9;;caa;9;;gcc ;0;240;54;87;24;2;45;-25;1;3;149;;9;;gaa;4;;gca;12;;ggc;**;;atc ;0;250;47;74;25;0;28;-26;3;13;157;;**;;ctc;5;;acc;10;;tgc;5;;ggg ;1;260;41;66;26;5;15;-27;0;0;165;;16;;gca;19;;tcg;20;;tta;106;;cca 1;0;270;43;60;27;2;24;-28;0;0;CDS 16s;;12;;gaa;17;;agc;3;;cgt;11;;cgt 1;0;280;35;59;28;2;14;-29;0;8;318;399;16;;gta;5;;gtc;**;;ttg;5;;ggc ;1;290;30;44;29;0;25;-30;0;0;299;533;17;;gac;39;;acg;19;;atc;13;;ctg ;0;300;23;35;30;1;30;-31;0;2;673;;9;;cac;41;;tcc;17;;gca;16;;ctc ;0;310;35;45;31;0;26;-32;1;8;320;;9;;caa;**;;ctc;8;;gaa;10;;aaa ;1;320;28;32;32;2;20;-33;0;0;793;;8;;aaa;10;;aac;5;;gta;28;;tac ;0;330;28;41;33;1;26;-34;1;2;377;;3;;ctg;38;;tcc;10;;aca;**;;ttc 1;0;340;21;27;34;3;20;-35;1;6;533;;**;;ggc;11;;gaa;18;;tac;5;;gga 1;0;350;25;33;35;1;31;-36;2;0;321;;49;;ctg;17;;gta;4;;aac;16;;cca ;1;360;19;22;36;1;23;-37;0;2;272;;**;;ctg;15;;atgf;21;;gta;4;;cgt ;0;370;14;26;37;3;24;-38;0;2;302;;40;;ctc;67;;gac;12;;atgf;8;;ggc ;0;380;12;32;38;1;24;-39;0;0;365;;13;;tcc;11;;acg;34;;gac;42;;cta ;0;390;15;24;39;2;27;-40;0;1;230;;19;;atgj;10;;cac;13;;cac;8;;aaa ;2;400;10;26;40;2;28;-41;0;5;16s 23s;;**;;tcg;5;;caa;8;;caa;9;;caa 2;2;reste;266;353;reste;1812;3361;-42;0;0;2* 280;;7;;tta;17;;aaa;17;;aaa;4;;tgg 15;27;total;1885;4543;total;1885;4543;-43;0;0;266;;19;;atgi;40;;ggc;13;;ctc;5;;atgf 13;25;diagr;1614;4164;diagr;68;1156;-44;1;3;272;;**;;atgf;24;;ggc;5;;ctg;5;;gtc 0;1; t30;52;907;;;;-45;0;0;271;;230;;cac;8;;ttg;14;;ggc;11;;gaa ;;;;;;;;-46;0;1;263;;**;;cac;19;;cca;10;;tgc;**;;atc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;4* 269;;;;;1;;gga;5;;cgt;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;268;;;;;**;;aga;**;;cca;;; ;x;1880;42;5;1927;;;-49;0;2;259;;;;;;;;;;;;; ;c;4517;753;26;5296;;;-50;0;1;267;;;;;;;;;;;;; ;;;;;7223;256;;reste;5;16;270;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;7479;;total;42;753;;;;;;;;;;;;;; </pre> =====pmq autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires_aas|pmq autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;pmq;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;9206;318;; ;rRNA;10595;280;;16s ;rRNA;12412;97;;23s ;rRNA;15439;178;;5s fin;CDS;15734;;; deb;CDS;20252;47;; ;tRNA;21580;137;;tca fin;CDS;21807;;; deb;CDS;25422;222;; ;tRNA;26388;183;comp;cgg fin;CDS;26644;;; deb;CDS;178456;299;; ;rRNA;179754;266;;16s ;rRNA;181557;170;;23s ;rRNA;184657;15;;5s ;tRNA;184789;29;;agc ;tRNA;184906;39;;atgj ;tRNA;185022;15;;gta ;tRNA;185113;14;;atgf ;tRNA;185204;48;;gac ;tRNA;185329;5;;ttc ;tRNA;185410;9;;aca ;tRNA;185495;15;;tac ;tRNA;185595;183;;aaa fin;CDS;185854;;comp; deb;CDS;217565;129;comp; ;tRNA;218276;261;comp;cgg fin;CDS;218612;;; deb;CDS;230970;186;; ;tmRNA;231642;140;; fin;CDS;232145;;; deb;CDS;253921;673;; ;rRNA;255200;280;;16s ;rRNA;257017;97;;23s ;rRNA;260044;55;;5s ;tRNA;260216;19;;atc ;tRNA;260312;16;;gca ;tRNA;260404;9;;gaa ;tRNA;260485;20;;tac ;tRNA;260590;3;;aac ;tRNA;260669;19;;gta ;tRNA;260764;20;;gac ;tRNA;260861;15;;ttc ;tRNA;260949;10;;aaa ;tRNA;261032;3;;ctg ;tRNA;261122;12;;ggc ;tRNA;261209;15;;tgc ;tRNA;261296;5;;cgt ;tRNA;261375;158;;cca ;tRNA;261607;4;;gca ;tRNA;261687;5;;acc ;tRNA;261765;19;;tcg ;tRNA;261874;17;;agc ;tRNA;261979;5;;gtc ;tRNA;262060;39;;acg ;tRNA;262174;41;;tcc ;tRNA;262304;283;;ctc fin;CDS;262670;;; deb;CDS;578195;320;; ;rRNA;579376;269;;16s ;rRNA;581183;168;;23s ;rRNA;584281;31;;5s ;tRNA;584429;10;;aac ;tRNA;584512;38;;tcc ;tRNA;584639;11;;gaa ;tRNA;584722;17;;gta ;tRNA;584815;15;;atgf ;tRNA;584907;67;;gac ;tRNA;585051;11;;acg ;tRNA;585137;10;;cac ;tRNA;585223;5;;caa ;tRNA;585303;17;;aaa ;tRNA;585396;40;;ggc ;tRNA;585511;24;;ggc ;tRNA;585610;8;;ttg ;tRNA;585698;19;;cca ;tRNA;585794;1;;gga ;tRNA;585869;187;;aga fin;CDS;586130;;; deb;CDS;672473;18;; ;tRNA;672968;7;;aac ;tRNA;673051;297;;agc ;tRNA;673436;9;;gaa ;tRNA;673517;180;;ctc fin;CDS;673780;;; deb;CDS;674382;159;; ;tRNA;675438;64;;ctc fin;CDS;675585;;; deb;CDS;694284;793;; ;rRNA;696430;272;;16s ;rRNA;698239;96;;23s ;rRNA;701265;43;;5s ;tRNA;701425;11;;atc ;tRNA;701510;5;;gaa ;tRNA;701590;5;;gtc ;tRNA;701671;4;;atgf ;tRNA;701752;9;;tgg ;tRNA;701835;8;;caa ;tRNA;701918;18;;aaa ;tRNA;702009;7;;ctg ;tRNA;702100;11;;ggc ;tRNA;702186;12;;cgt ;tRNA;702272;577;;cca fin;CDS;702926;;; deb;CDS;1073441;377;; ;rRNA;1074592;271;;16s ;rRNA;1076400;170;;23s ;rRNA;1079500;9;;5s ;tRNA;1079626;6;;aac ;tRNA;1079708;38;;tcc ;tRNA;1079835;11;;gaa ;tRNA;1079918;17;;gta ;tRNA;1080011;13;;atgf ;tRNA;1080101;49;;gac ;tRNA;1080227;4;;ttc ;tRNA;1080307;13;;aca ;tRNA;1080396;8;;tac ;tRNA;1080490;13;;tgg ;tRNA;1080574;26;;cac ;tRNA;1080676;9;;caa ;tRNA;1080757;12;;ggc ;tRNA;1080844;10;;tgc ;tRNA;1080928;20;;tta ;tRNA;1081037;3;;cgt ;tRNA;1081117;150;;ttg fin;CDS;1081347;;; deb;CDS;1210625;354;; ;tRNA;1213874;16;;gca ;tRNA;1213966;12;;gaa ;tRNA;1214050;16;;gta ;tRNA;1214142;17;;gac ;tRNA;1214236;9;;cac ;tRNA;1214321;9;;caa ;tRNA;1214405;8;;aaa ;tRNA;1214486;3;;ctg ;tRNA;1214576;169;;ggc fin;CDS;1214817;;comp; deb;CDS;1594387;533;; ;rRNA;1595199;263;;16s ;rRNA;1596999;96;;23s ;rRNA;1600025;43;;5s ;tRNA;1600185;19;;atc ;tRNA;1600281;17;;gca ;tRNA;1600374;8;;gaa ;tRNA;1600454;5;;gta ;tRNA;1600535;10;;aca ;tRNA;1600621;18;;tac ;tRNA;1600724;4;;aac ;tRNA;1600804;21;;gta ;tRNA;1600901;12;;atgf ;tRNA;1600990;34;;gac ;tRNA;1601101;13;;cac ;tRNA;1601190;8;;caa ;tRNA;1601273;17;;aaa ;tRNA;1601363;13;;ctc ;tRNA;1601462;5;;ctg ;tRNA;1601554;14;;ggc ;tRNA;1601643;10;;tgc ;tRNA;1601724;5;;cgt ;tRNA;1601803;105;;cca fin;CDS;1601982;;; deb;CDS;1834781;106;; ;tRNA;1835367;137;;gcc fin;CDS;1835577;;comp; deb;CDS;2147627;89;; ;ncRNA;2148556;114;; fin;CDS;2148850;;; deb;CDS;2207093;192;comp; ;tRNA;2208284;49;;ctg ;tRNA;2208417;315;;ctg fin;CDS;2208816;;; deb;CDS;3456514;256;; ;tRNA;3457043;142;;ccc fin;CDS;3457262;;; deb;CDS;5004536;394;comp; ;tRNA;5005554;40;comp;ctc ;tRNA;5005677;13;comp;tcc ;tRNA;5005779;19;comp;atgj ;tRNA;5005872;167;comp;tcg ;ncRNA;5006126;132;; fin;CDS;5006353;;; deb;CDS;6383256;228;comp; ;tRNA;6384402;72;;gtc fin;CDS;6384547;;comp; deb;CDS;6390912;142;comp; ;tRNA;6391273;7;comp;tta ;tRNA;6391366;19;comp;atgi ;tRNA;6391462;75;comp;atgf fin;CDS;6391614;;comp; deb;CDS;6561157;118;; ;ncRNA;6563228;95;comp; fin;CDS;6563744;;comp; deb;CDS;7354507;342;; ;tRNA;7355080;28;comp;ctc ;tRNA;7355191;12;comp;tcc ;tRNA;7355292;14;comp;atgf ;tRNA;7355383;14;comp;atgj ;tRNA;7355474;8;comp;agc ;tRNA;7355570;4;comp;tcg ;tRNA;7355664;4;comp;acc ;tRNA;7355741;119;comp;gca ;ncRNA;7355936;36;; ;tRNA;7356067;6;comp;cca ;tRNA;7356147;104;comp;cgt ;tRNA;7356325;7;comp;ggc ;tRNA;7356404;9;comp;ctg ;tRNA;7356500;9;comp;aaa ;tRNA;7356582;9;comp;caa ;tRNA;7356666;17;comp;cac ;tRNA;7356759;12;comp;gac ;tRNA;7356848;4;comp;gta ;tRNA;7356928;15;comp;aac ;tRNA;7357019;8;comp;tac ;tRNA;7357112;5;comp;aca ;tRNA;7357193;15;comp;gaa ;tRNA;7357280;9;comp;gcc ;tRNA;7357365;54;comp;atc ;rRNA;7357493;113;comp;5s ;rRNA;7357723;269;comp;23s ;rRNA;7360922;399;comp;16s fin;CDS;7362858;;; deb;CDS;7618150;280;; ;tRNA;7619123;335;comp;ggg fin;CDS;7619529;;; deb;CDS;7666633;104;comp; ;tRNA;7668174;5;comp;ggg ;tRNA;7668250;106;comp;cca ;tRNA;7668433;11;comp;cgt ;tRNA;7668518;5;comp;ggc ;tRNA;7668598;13;comp;ctg ;tRNA;7668698;16;comp;ctc ;tRNA;7668800;10;comp;aaa ;tRNA;7668883;28;comp;tac ;tRNA;7668996;12;comp;ttc ;rRNA;7669084;161;comp;5s ;rRNA;7669362;268;comp;23s ;rRNA;7672563;533;comp;16s fin;CDS;7674633;;; deb;CDS;7853177;84;comp; ;tRNA;7853819;230;comp;cac ;tRNA;7854123;404;comp;cac fin;CDS;7854601;;comp; deb;CDS;8100441;123;comp; ;rRNA;8100978;169;comp;5s ;rRNA;8101264;259;comp;23s ;rRNA;8104437;321;comp;16s fin;CDS;8106295;;comp; deb;CDS;8151918;460;comp; ;rRNA;8152909;96;comp;5s ;rRNA;8153128;269;comp;23s ;rRNA;8156327;272;comp;16s fin;CDS;8158136;;comp; deb;CDS;8256928;86;; ;tRNA;8257833;5;comp;gga ;tRNA;8257909;16;comp;cca ;tRNA;8258002;4;comp;cgt ;tRNA;8258083;8;comp;ggc ;tRNA;8258166;42;comp;cta ;tRNA;8258291;8;comp;aaa ;tRNA;8258375;9;comp;caa ;tRNA;8258459;4;comp;tgg ;tRNA;8258537;5;comp;atgf ;tRNA;8258619;5;comp;gtc ;tRNA;8258700;11;comp;gaa ;tRNA;8258786;43;comp;atc ;rRNA;8258903;96;comp;5s ;rRNA;8259116;267;comp;23s ;rRNA;8262313;302;comp;16s fin;CDS;8264152;;comp; deb;CDS;8322744;393;comp; ;rRNA;8323599;96;comp;5s ;rRNA;8323812;269;comp;23s ;rRNA;8327015;365;comp;16s fin;CDS;8328917;;comp; deb;CDS;8351919;396;comp; ;tRNA;8354811;149;comp;atgj fin;CDS;8355034;;comp; deb;CDS;8389988;296;; ;rRNA;8390809;96;comp;5s ;rRNA;8391022;270;comp;23s ;rRNA;8394222;230;comp;16s fin;CDS;8395989;;comp; deb;CDS;8399622;208;comp; ;ncRNA;8400892;47;comp; fin;CDS;8401203;;comp; deb;CDS;8616478;417;comp; ;tRNA;8617342;157;;gac fin;CDS;8617576;;; deb;CDS;8724363;455;; ;tRNA;8725070;165;comp;tcg fin;CDS;8725326;;comp; </pre> ====pmq intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_entre_cds|pmq intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> ;;;pmq 9.11.20;;;;;;;;; pmq;8.2.21 Paris;;pmq 7.2.21;;;;;;;;; pmq;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquence5;intercal;<u>fréquencez ;'''négatif;795;11.0;'''négatif ;-11;16;-1 à -119;'''8 739 048;-1;795;610;15 ;'''zéro;31;0.4;;;;;'''intercals;0;31;620;10 ;'''1 à 200;4139;57.3;'''0 à 200;88;60;;'''1 202 544;5;200;630;6 ;'''201 à 370;1520;21.0;'''201 à 370;266;46;;'''13.8%;10;113;640;6 ;'''371 à 600;506;7.0;'''371 à 600;460;65;;;15;194;650;10 ;'''601 à max;232;3.2;'''601 à 1028;861;248;;;20;157;660;8 ;'''total 7223;<201;68.7;'''total 7223;165;188;-119 à 1742;;25;177;670;5 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;118;680;5 6589209;1742;-1;795;-70;13;;0;31;35;130;690;6 6004770;1651;0;31;-60;3;;-1;°80;40;135;700;4 4375163;1613;1;°53;-50;6;;-2;3;45;110;710;5 3234976;1576;2;°47;-40;14;;-3;1;50;106;720;5 1433663;1551;3;36;-30;27;'''min à -1;-4;°395;55;93;730;5 1961332;1546;4;35;-20;62;795;-5;1;60;87;740;5 1948392;1534;5;29;-10;104;11.0%;-6;4;65;99;750;4 8025788;1532;6;°33;0;597;;-7;5;70;75;760;6 6672573;1521;7;°30;10;313;;-8;°76;75;106;770;5 4064508;1497;8;14;20;351;;-9;1;80;109;780;4 1735863;1428;9;14;30;295;;-10;9;85;99;790;3 4067449;1378;10;22;40;265;'''1 à 100;-11;°34;90;108;800;5 2875626;1352;11;24;50;216;2448;-12;0;95;98;810;3 896926;1351;12;°38;60;180;33.9%;-13;7;100;103;820;5 6351796;1318;13;°44;70;174;;-14;°29;105;92;830;6 2069562;1279;14;°46;80;215;;-15;0;110;84;840;1 1529184;1277;15;°42;90;207;;-16;5;115;93;850;1 1897252;1277;16;36;100;201;;-17;°19;120;85;860;7 2910237;1276;17;26;110;176;;-18;0;125;100;870;2 3749065;1276;18;°39;120;178;;-19;1;130;97;880;2 4906359;1270;19;32;130;197;;-20;°15;135;72;890;3 1921516;1263;20;24;140;155;;-21;0;140;83;900;3 880003;1252;21;°43;150;183;;-22;6;145;89;910;3 5858747;1240;22;33;160;154;;-23;°13;150;94;920;2 5950046;1211;23;26;170;169;'''1 à 200;-24;0;155;77;930;4 8085655;1206;24;°47;180;177;4139;-25;4;160;77;940;5 7588882;1203;25;28;190;174;57.3%;-26;°16;165;84;950;2 7315024;1200;26;20;200;159;;-27;0;170;85;960;2 5662979;1189;27;°26;210;151;;-28;0;175;91;970;2 8557915;1186;28;16;220;144;;-29;°8;180;86;980;0 359256;1184;29;25;230;131;;-30;0;185;87;990;2 7839445;1169;30;°31;240;141;;-31;2;190;87;1000;2 1773925;1157;31;26;250;121;'''0 à 200;-32;°9;195;80;1010;2 3687367;1141;32;22;260;107;4170;;774;200;79;1020;1 1886363;1109;33;°27;270;103;;reste;52;205;81;1030;2 7335994;1095;34;23;280;94;;total;826;210;70;1040;2 5259590;1088;35;°32;290;74;;;;215;82;1050;2 3089348;1087;36;24;300;58;;;;220;62;1060;4 3287601;1084;37;27;310;80;;'''intercal;'''<u>fréquence5;225;65;1070;0 933373;1077;38;25;320;60;;600;6991;230;66;1080;1 8231158;1055;39;°29;330;69;;650;47;235;68;1090;3 1233491;1054;40;°30;340;48;'''201 à 370;700;28;240;73;1100;1 1379835;1052;reste;5173;350;58;1520;750;24;245;59;1110;1 1438197;1052;total;7223;360;41;21.0%;800;23;250;62;1120;0 2970387;1045;;;370;40;;850;16;255;55;1130;0 5913926;1042;;;380;44;;900;17;260;52;1140;0 7192953;1040;;;390;39;;950;16;265;51;1150;1 247705;1038;;;400;36;;1000;8;270;52;1160;1 1687282;1027;;;410;29;;1050;9;275;42;1170;1 7301491;1024;;;420;25;;1100;9;280;52;1180;0 2362680;1013;;;430;35;;1150;2;285;35;1190;3 ;;;;440;31;;1200;6;290;39;1200;1 ;;;;450;19;;1250;4;295;29;;205 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;460;25;;1300;8;300;29;reste;27 4544722;-119;shift 2;16105;470;17;;1350;1;305;45;total;232 5318942;-119;shift 3;18655;480;21;;1400;3;310;35;; 1976860;-116;shift 4;1615;490;20;;1450;1;315;33;; 5337597;-115;shift 5;1973;500;26;;1500;1;320;27;; 3673911;-113;shift 6;419;510;13;;1550;4;325;30;; 5433750;-101;shift 7;5002;520;14;;1600;2;330;39;; 7350606;-101;shift 8;832;530;14;;1650;1;335;28;; 2131496;-95;shift 9;1189;540;19;'''371 à 600;;230;340;20;; 4669248;-95;;;550;20;506;;;345;34;; 2553569;-89;;;560;12;7.0%;;;350;24;; 2198194;-75;;;570;15;;;;355;28;; 1029214;-74;;;580;9;'''601 à max;;;360;13;; 7372543;-73;;;590;11;232;;;365;21;; 1297148;-65;;;600;12;3.2%;;;370;19;; 3921139;-65;;;reste;232;;reste;2;reste;738;; 6624824;-65;;;total;7223;;total;7223;total;7223;; </pre> ====pmq intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;; pmq Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; pmq;min10;1614;4164;5778;458;-832;-651;181;-866;-825;-61;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; 32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pmq;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;31;-283;664;-7.0;878;304;max190;&-29;229;-645;79;946;263;min70 31 à 400;;;;;;;2 parties;&-13;112;-388;63;937;287;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;28;31;-;65;poly;813;tF;&143;54;;806;poly;140;SF 31 à 400;;;;;;;;&113;46;-;886;dte;51;Sf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.207;;24.1.22 Paris;;;; 41-n;0.458;-0.832;-0.651;;;;;;;;;;; 1-n;-0.061;-0.866;-0.825;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; pmq;fx;fc;;pmq;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;pmq;Sx-;Sc- 0;5;26;;0;3;6;0;5;26;>0;1880;-1;0;80 10;15;298;;10;9;72;1;1;52;<0;42;-2;3;0 20;15;336;;20;9;81;2;1;46;zéro;5;-3;0;1 30;22;273;;30;14;66;3;1;35;total;1927;-4;11;384 40;16;249;;40;10;60;4;1;34;;c;-5;0;1 50;22;194;;50;14;47;5;1;28;>0;4517;-6;3;1 60;24;156;;60;15;37;6;1;32;<0;753;-7;0;5 70;32;142;;70;20;34;7;2;28;zéro;26;-8;0;76 80;47;168;;80;29;40;8;2;12;total;5296;-9;1;0 90;44;163;;90;27;39;9;4;10;;;-10;1;8 100;53;148;;100;33;36;10;1;21;total;7223;-11;2;32 110;53;123;;110;33;30;11;1;23;;;-12;0;0 120;61;117;;120;38;28;12;0;38;;;-13;0;7 130;77;120;;130;48;29;13;1;43;;;-14;2;27 140;60;95;;140;37;23;14;1;45;;;-15;0;0 150;64;119;;150;40;29;15;3;39;;;-16;0;5 160;67;87;;160;42;21;16;2;34;;;-17;2;17 170;75;94;;170;46;23;17;1;25;;;-18;0;0 180;66;111;;180;41;27;18;3;36;;;-19;0;1 190;81;93;;190;50;22;19;3;29;;;-20;1;14 200;65;94;;200;40;23;20;0;24;;;-21;0;0 210;65;86;;210;40;21;21;6;37;;;-22;1;5 220;58;86;;220;36;21;22;1;32;;;-23;0;13 230;52;79;;230;32;19;23;3;23;;;-24;0;0 240;54;87;;240;33;21;24;2;45;;;-25;1;3 250;47;74;;250;29;18;25;0;28;;;-26;3;13 260;41;66;;260;25;16;26;5;15;;;-27;0;0 270;43;60;;270;27;14;27;2;24;;;-28;0;0 280;35;59;;280;22;14;28;2;14;;;-29;0;8 290;30;44;;290;19;11;29;0;25;;;-30;0;0 300;23;35;;300;14;8;30;1;30;;;-31;0;2 310;35;45;;310;22;11;31;0;26;;;-32;1;8 320;28;32;;320;17;8;32;2;20;;;-33;0;0 330;28;41;;330;17;10;33;1;26;;;-34;1;2 340;21;27;;340;13;6;34;3;20;;;-35;1;6 350;25;33;;350;15;8;35;1;31;;;-36;2;0 360;19;22;;360;12;5;36;1;23;;;-37;0;2 370;14;26;;370;9;6;37;3;24;;;-38;0;2 380;12;32;;380;7;8;38;1;24;;;-39;0;0 390;15;24;;390;9;6;39;2;27;;;-40;0;1 400;10;26;;400;6;6;40;2;28;;;-41;0;5 reste;266;353;;;;;reste;1812;3361;;;-42;0;0 total;1885;4543;;t30;32;218;total;1885;4543;;;-43;0;0 diagr;1614;4164;;;;;diagr;68;1156;;;-44;1;3 - t30;1562;3257;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;2 ;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;reste;5;16 ;;;;;;;;;;;;total;42;753 </pre> ====pmq intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_négatifs_S-|pmq intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;;à partir de 51 comp’;0;3;0;8;0;3;0;0;1;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;34;4 continu;80;0;1;387;1;1;5;76;0;9;32;0;7;27;0;5;18;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;3;7;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;0;0;1;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;7;761;17 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;11;0;3;0;0;1;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;1;1;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;5;42 ;Sc-;80;0;1;384;1;1;5;76;0;8;32;0;7;27;0;5;17;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;2;6;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;16;753 </pre> ====pmq autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires|pmq autres intercalaires]] <pre> pmq;autres intercalaires;;adresses1;;;pmq;autres intercalaires;;adresses2;;;pmq;autres intercalaires;;adresses3;;;pmq;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;9206;318;;;deb;°CDS;672473;18;;;deb;°CDS;1834781;106;;;deb;°CDS;7666633;104;comp ;$rRNA;10595;280;;;;&tRNA;672968;7;;;;&tRNA;1835367;137;;;;&tRNA;7668174;5;comp ;$rRNA;12412;97;;;;&tRNA;673051;297;;;fin;°CDS;1835577;;comp;;;&tRNA;7668250;106;comp ;$rRNA;15439;178;;;;&tRNA;673436;9;;;deb;°CDS;2147627;89;;;;&tRNA;7668433;11;comp fin;°CDS;15734;;;;;&tRNA;673517;180;;;;ncRNA;2148556;114;;;;&tRNA;7668518;5;comp deb;°CDS;20252;47;;;fin;°CDS;673780;;;;fin;°CDS;2148850;;;;;&tRNA;7668598;13;comp ;&tRNA;21580;137;;;deb;°CDS;674382;159;;;deb;°CDS;2207093;192;comp;;;&tRNA;7668698;16;comp fin;°CDS;21807;;;;;&tRNA;675438;64;;;;&tRNA;2208284;49;;;;&tRNA;7668800;10;comp deb;°CDS;25422;222;;;fin;°CDS;675585;;;;;&tRNA;2208417;315;;;;&tRNA;7668883;28;comp ;&tRNA;26388;183;comp;;deb;°CDS;694284;793;;;fin;°CDS;2208816;;;;;&tRNA;7668996;12;comp fin;°CDS;26644;;;;;$rRNA;696430;272;;;deb;°CDS;3456514;256;;;;$rRNA;7669084;161;comp deb;°CDS;178456;299;;;;$rRNA;698239;96;;;;&tRNA;3457043;142;;;;$rRNA;7669362;268;comp ;$rRNA;179754;266;;;;$rRNA;701265;43;;;fin;°CDS;3457262;;;;;$rRNA;7672563;533;comp ;$rRNA;181557;170;;;;&tRNA;701425;11;;;deb;°CDS;5004536;394;comp;;fin;°CDS;7674633;; ;$rRNA;184657;15;;;;&tRNA;701510;5;;;;&tRNA;5005554;40;comp;;deb;°CDS;7853177;84;comp ;&tRNA;184789;29;;;;&tRNA;701590;5;;;;&tRNA;5005677;13;comp;;;&tRNA;7853819;230;comp ;&tRNA;184906;39;;;;&tRNA;701671;4;;;;&tRNA;5005779;19;comp;;;&tRNA;7854123;404;comp ;&tRNA;185022;15;;;;&tRNA;701752;9;;;;&tRNA;5005872;167;comp;;fin;°CDS;7854601;;comp ;&tRNA;185113;14;;;;&tRNA;701835;8;;;;ncRNA;5006126;132;;;deb;°CDS;8100441;123;comp ;&tRNA;185204;48;;;;&tRNA;701918;18;;;fin;°CDS;5006353;;;;;$rRNA;8100978;169;comp ;&tRNA;185329;5;;;;&tRNA;702009;7;;;deb;°CDS;6383256;228;comp;;;$rRNA;8101264;259;comp ;&tRNA;185410;9;;;;&tRNA;702100;11;;;;&tRNA;6384402;72;;;;$rRNA;8104437;321;comp ;&tRNA;185495;15;;;;&tRNA;702186;12;;;fin;°CDS;6384547;;comp;;fin;°CDS;8106295;;comp ;&tRNA;185595;183;;;;&tRNA;702272;577;;;deb;°CDS;6390912;142;comp;;deb;°CDS;8151918;460;comp fin;°CDS;185854;;comp;;fin;°CDS;702926;;;;;&tRNA;6391273;7;comp;;;$rRNA;8152909;96;comp deb;°CDS;217565;129;comp;;deb;°CDS;1073441;377;;;;&tRNA;6391366;19;comp;;;$rRNA;8153128;269;comp ;&tRNA;218276;261;comp;;;$rRNA;1074592;271;;;;&tRNA;6391462;75;comp;;;$rRNA;8156327;272;comp fin;°CDS;218612;;;;;$rRNA;1076400;170;;;fin;°CDS;6391614;;comp;;fin;°CDS;8158136;;comp deb;°CDS;230970;186;;;;$rRNA;1079500;9;;;deb;°CDS;6561157;118;;;deb;°CDS;8256928;86; ;tmRNA;231642;140;;;;&tRNA;1079626;6;;;;ncRNA;6563228;95;comp;;;&tRNA;8257833;5;comp fin;°CDS;232145;;;;;&tRNA;1079708;38;;;fin;°CDS;6563744;;comp;;;&tRNA;8257909;16;comp deb;°CDS;253921;673;;;;&tRNA;1079835;11;;;deb;°CDS;7354507;342;;;;&tRNA;8258002;4;comp ;$rRNA;255200;280;;;;&tRNA;1079918;17;;;;&tRNA;7355080;28;comp;;;&tRNA;8258083;8;comp ;$rRNA;257017;97;;;;&tRNA;1080011;13;;;;&tRNA;7355191;12;comp;;;&tRNA;8258166;42;comp ;$rRNA;260044;55;;;;&tRNA;1080101;49;;;;&tRNA;7355292;14;comp;;;&tRNA;8258291;8;comp ;&tRNA;260216;19;;;;&tRNA;1080227;4;;;;&tRNA;7355383;14;comp;;;&tRNA;8258375;9;comp ;&tRNA;260312;16;;;;&tRNA;1080307;13;;;;&tRNA;7355474;8;comp;;;&tRNA;8258459;4;comp ;&tRNA;260404;9;;;;&tRNA;1080396;8;;;;&tRNA;7355570;4;comp;;;&tRNA;8258537;5;comp ;&tRNA;260485;20;;;;&tRNA;1080490;13;;;;&tRNA;7355664;4;comp;;;&tRNA;8258619;5;comp ;&tRNA;260590;3;;;;&tRNA;1080574;26;;;;&tRNA;7355741;119;comp;;;&tRNA;8258700;11;comp ;&tRNA;260669;19;;;;&tRNA;1080676;9;;;;ncRNA;7355936;36;;;;&tRNA;8258786;43;comp ;&tRNA;260764;20;;;;&tRNA;1080757;12;;;;&tRNA;7356067;6;comp;;;$rRNA;8258903;96;comp ;&tRNA;260861;15;;;;&tRNA;1080844;10;;;;&tRNA;7356147;104;comp;;;$rRNA;8259116;267;comp ;&tRNA;260949;10;;;;&tRNA;1080928;20;;;;&tRNA;7356325;7;comp;;;$rRNA;8262313;302;comp ;&tRNA;261032;3;;;;&tRNA;1081037;3;;;;&tRNA;7356404;9;comp;;fin;°CDS;8264152;;comp ;&tRNA;261122;12;;;;&tRNA;1081117;150;;;;&tRNA;7356500;9;comp;;deb;°CDS;8322744;393;comp ;&tRNA;261209;15;;;fin;°CDS;1081347;;;;;&tRNA;7356582;9;comp;;;$rRNA;8323599;96;comp ;&tRNA;261296;5;;;deb;°CDS;1210625;354;;;;&tRNA;7356666;17;comp;;;$rRNA;8323812;269;comp ;&tRNA;261375;158;;;;&tRNA;1213874;16;;;;&tRNA;7356759;12;comp;;;$rRNA;8327015;365;comp ;&tRNA;261607;4;;;;&tRNA;1213966;12;;;;&tRNA;7356848;4;comp;;fin;°CDS;8328917;;comp ;&tRNA;261687;5;;;;&tRNA;1214050;16;;;;&tRNA;7356928;15;comp;;deb;°CDS;8351919;396;comp ;&tRNA;261765;19;;;;&tRNA;1214142;17;;;;&tRNA;7357019;8;comp;;;&tRNA;8354811;149;comp ;&tRNA;261874;17;;;;&tRNA;1214236;9;;;;&tRNA;7357112;5;comp;;fin;°CDS;8355034;;comp ;&tRNA;261979;5;;;;&tRNA;1214321;9;;;;&tRNA;7357193;15;comp;;deb;°CDS;8389988;296; ;&tRNA;262060;39;;;;&tRNA;1214405;8;;;;&tRNA;7357280;9;comp;;;$rRNA;8390809;96;comp ;&tRNA;262174;41;;;;&tRNA;1214486;3;;;;&tRNA;7357365;54;comp;;;$rRNA;8391022;270;comp ;&tRNA;262304;283;;;;&tRNA;1214576;169;;;;$rRNA;7357493;113;comp;;;$rRNA;8394222;230;comp fin;°CDS;262670;;;;fin;°CDS;1214817;;comp;;;$rRNA;7357723;269;comp;;fin;°CDS;8395989;;comp deb;°CDS;578195;320;;;deb;°CDS;1594387;533;;;;$rRNA;7360922;399;comp;;deb;°CDS;8399622;208;comp ;$rRNA;579376;269;;;;$rRNA;1595199;263;;;fin;°CDS;7362858;;;;;ncRNA;8400892;47;comp ;$rRNA;581183;168;;;;$rRNA;1596999;96;;;deb;°CDS;7618150;280;;;fin;°CDS;8401203;;comp ;$rRNA;584281;31;;;;$rRNA;1600025;43;;;;&tRNA;7619123;335;comp;;deb;°CDS;8616478;417;comp ;&tRNA;584429;10;;;;&tRNA;1600185;19;;;fin;°CDS;7619529;;;;;&tRNA;8617342;157; ;&tRNA;584512;38;;;;&tRNA;1600281;17;;;;;;;;;fin;°CDS;8617576;; ;&tRNA;584639;11;;;;&tRNA;1600374;8;;;;;;;;;deb;°CDS;8724363;455; ;&tRNA;584722;17;;;;&tRNA;1600454;5;;;;;;;;;;&tRNA;8725070;165;comp ;&tRNA;584815;15;;;;&tRNA;1600535;10;;;;;;;;;fin;°CDS;8725326;;comp ;&tRNA;584907;67;;;;&tRNA;1600621;18;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585051;11;;;;&tRNA;1600724;4;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585137;10;;;;&tRNA;1600804;21;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585223;5;;;;&tRNA;1600901;12;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585303;17;;;;&tRNA;1600990;34;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585396;40;;;;&tRNA;1601101;13;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585511;24;;;;&tRNA;1601190;8;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585610;8;;;;&tRNA;1601273;17;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585698;19;;;;&tRNA;1601363;13;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585794;1;;;;&tRNA;1601462;5;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585869;187;;;;&tRNA;1601554;14;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;586130;;;;;&tRNA;1601643;10;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1601724;5;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1601803;105;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1601982;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====pmq intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_tRNA-cds|pmq intercalaires tRNA-cds]] <pre> pmq;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;47;;137;;18;64;'''deb; comp’;222;comp’;183;;47;75;<201;8 ;;comp’;183;;84;105;total;12 ;129;comp’;261;;104;137;taux;67% ;;;283;;106;142;'''fin; ;;;187;;129;149;<201;11 ;18;;180;;142;150;total;15 ;159;;64;;159;157;taux;73% ;;;577;;256;165;; ;;;150;;354;180;'''total; ;354;comp’;169;;394;187;<201;19 ;;;105;;396;283;total;27 ;106;comp’;137;;'''-;315;taux;70% comp’;192;;315;;'''-;404;; ;256;;142;;'''-;577;'''comp’;'''cumuls ;394;;;;86;72;; comp’;228;comp’;72;;192;137;'''deb;2 ;142;;75;;222;169;;8 comp’;342;;;;228;183;; comp’;280;comp’;335;;280;183;'''fin;5 ;104;;;;342;261;;7 ;84;;404;;417;335;'''total; comp’;86;;;;455;'''-;<201;7 ;396;;149;;;;total;15 comp’;417;;157;;;;taux;47% comp’;455;;165;;;;; ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;; <201;10;16;26;;;;; total;20;22;42;;;;; taux;50%;73%;62%;;;;; </pre> ===lbu=== ====lbu opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_opérons|lbu opérons]] <pre> 49.8%GC;29.7.19 Paris;16s 8;;;;;;;; Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC BAA-365 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé comp;18533..19237;CDS;;128;128;;;235;128 ;19366..19438;act;@1;195;195;;;; ;19634..20371;CDS;;6912;;;;246; ;;;;;;;;; ;27284..29785;CDS;;276;276;;;*834; ;30062..30134;act;;134;134;;;;134 ;30269..30907;CDS;;11768;;;;213; ;;;;;;;;; ;42676..43248;cds hp;;451;*451;;;*191; ;43700..45271;16s;;209;;;;; ;45481..48391;23s;;69;;;;; ;48461..48577;5s;;275;275;;;;275 ;48853..49091;cds hp;;56679;;;;80; ;;;;;;;;; comp;105771..106547;CDS;;56;56;;;259;56 comp;106604..106679;aag;;125;125;;;; ;106805..107533;CDS;;103754;;;;243; ;;;;;;;;; ;211288..212553;CDS;;94;94;;;422; ;212648..212720;acc;;23;23;;;;23 comp<;212744..213262;CDS;;64997;;;;173; ;;;;;;;;; ;278260..278928;CDS;;69;69;;;223;69 comp;278998..279068;ggg;;181;181;;;; ;279250..280275;CDS;;44047;;;;342; ;;;;;;;;; comp;324323..324949;CDS;;117;117;;;209;117 ;325067..325138;ggc;+;4;;4;;; ;325143..325216;ccg;2 ggc;108;;;;; ;325325..325399;ggc;;155;155;;;; ;325555..326016;CDS;;37886;;;;154; ;;;;;;;;; ;363903..364394;CDS;;98;98;;;164;98 ;364493..364564;caa;;614;*614;;;; ;365179..366360;CDS;;-14;;;;*394; ;;;;;;;;; ;366347..367402;CDS;;75;75;;;352; ;367478..367559;tac;;5;;5;;; ;367565..367636;caa;;62;62;;;;62 <;367699..368318;CDS;;14127;;;;207; ;;;;;;;;; ;382446..382907;CDS;;30;30;;;154;30 ;382938..383026;ctt;;118;118;;;; ;383145..383768;CDS;;70441;;;;208; ;;;;;;;;; ;454210..455529;CDS;;61;61;;;440;61 ;455591..455665;agg;;341;341;;;; ;456007..457035;CDS;;75557;;;;343; ;;;;;;;;; ;532593..533285;CDS;;82;82;;;231;82 comp;533368..533442;cgg;;296;296;;;; ;533739..534782;CDS;;48963;;;;348; ;;;;;;;;; ;583746..584728;CDS;;57;57;;;328;57 comp;584786..584858;cag;;5;;5;;; comp;584864..584935;gag;;170;170;;;; ;585106..586110;CDS;;94988;;;;335; ;;;;;;;;; ;681099..682741;CDS;;518;*518;;;*548; ;683260..684831;16s;;106;;;;; ;684938..685011;atc;;69;;;69;; ;685081..685153;gca;;127;;;;; ;685281..688191;23s;;68;;;;; ;688260..688376;5s;;208;208;;;;208 comp;688585..689801;CDS;;55794;;;;406; ;;;;;;;;; comp;745596..745821;CDS;;134;134;;;75;134 comp;745956..746044;tcg;;787;*787;;;; ;746832..749597;CDS;;36741;;;;*922; ;;;;;;;;; ;786339..787004;CDS;;54;54;;;222;54 ;787059..787142;ctg;;109;109;;;; comp;787252..787872;CDS;;2072;;;;207; ;;;;;;;;; comp;789945..791867;CDS;;613;*613;;;*641; ;792481..794052;16s;;105;;;;; ;794158..794231;atc;;69;;;69;; ;794301..794373;gca;;126;;;;; ;794500..797410;23s;;69;;;;; ;797480..797596;5s;;87;87;;;;87 ;797684..798559;CDS;;36;;;;292; ;;;;;;;;; comp;798596..800178;CDS;;530;*530;;;*528; ;800709..800781;aac;@2;3;;3;;; ;800785..800858;cca;;24;;24;;; ;800883..800954;ggc;;30;;30;;; ;800985..801058;cgt;;2;;2;;; ;801061..801133;gta;;3;;3;;; ;801137..801208;gaa;;42;;42;;; ;801251..801338;tca;;9;;9;;; ;801348..801421;atgf;;3;;3;;; ;801425..801498;gac;;6;;6;;; ;801505..801577;ttc;;8;;8;;; ;801586..801667;tac;;4;;4;;; ;801672..801742;tgg;;13;;13;;; ;801756..801831;cac;;26;;26;;; ;801858..801928;tgc;;28;;28;;; ;801957..802041;ttg;;356;356;;;;356 ;802398..802961;CDS;;284259;;;;188; ;;;;;;;;; comp;1087221..1088531;CDS;;157;157;;;437;157 comp;1088689..1088760;caa;;656;*656;;;; comp;1089417..1090313;CDS;;173317;;;;*299; ;;;;;;;;; comp;1263631..1265769;CDS;;188;188;;;*713;188 comp;1265958..1266031;aga;;222;222;;;; ;1266254..1268632;CDS;;84103;;;;*793; ;;;;;;;;; comp;1352736..1354022;CDS;;98;98;;;429;98 ;1354121..1354204;ctg;;204;204;;;; comp;1354409..1354928;CDS;;13182;;;;173; ;;;;;;;;; comp;1368111..1369307;CDS;;161;161;;;399;161 comp;1369469..1369541;gta;;3;;;3;; comp;1369545..1369616;gaa;;138;;;*138;; comp;1369755..1369828;atgj;;6;;;6;; comp;1369835..1369925;tcc;;8;;;8;; comp;1369934..1370006;aac;;7;;;;; comp;1370014..1370130;5s;;69;;;;; comp;1370200..1373111;23s;;126;;;;; comp;1373238..1373310;gca;;69;;;69;; comp;1373380..1373453;atc;;105;;;;; comp;1373559..1375130;16s;;547;*547;;;; ;1375678..1376604;CDS;;102845;;;;*309; ;;;;;;;;; comp;1479450..1479824;CDS;;200;200;;;125; comp;1480025..1480101;gac;;26;;;26;; comp;1480128..1480199;gaa;;3;;;3;; comp;1480203..1480275;gta;;2;;;2;; comp;1480278..1480351;cgt;;35;;;35;; comp;1480387..1480458;ggc;;36;;;;; comp;1480495..1480611;5s;;68;;;;; comp;1480680..1483590;23s;;208;;;;; comp;1483799..1485370;16s;;153;153;;;;153 comp;1485524..1485716;CDS;;20944;;;;64; ;;;;;;;;; comp;1506661..1507464;CDS;;270;270;;;268; comp;1507735..1507807;aag;+;34;;34;;; comp;1507842..1507914;aag;5 aag;33;;33;;; comp;1507948..1508020;aag;;33;;33;;; comp;1508054..1508126;aag;@3;33;;33;;; comp;1508160..1508232;aag;;130;130;;;;130 comp;1508363..1509226;CDS;;167;;;;288; ;;;;;;;;; ;1509394..1510872;CDS;;106;106;;;493;106 comp;1510979..1511051;gta;;3;;3;;; comp;1511055..1511126;gaa;;151;;*151;;; ;1511278..1511366;ctt;;113;113;;;; ;1511480..1512010;CDS;;21195;;;;177; ;;;;;;;;; comp;1533206..1534129;CDS;;355;355;;;308; comp;1534485..1534557;acg;;154;154;;;;154 comp;1534712..1535950;CDS;;18502;;;;413; ;;;;;;;;; ;1554453..1554638;CDS;;303;303;;;62;303 comp;1554942..1555029;agc;;673;*673;;;; comp;1555703..1556203;CDS;;595;;;;*167; ;;;;;;;;; ;1556799..1558178;CDS;;277;277;;;460; comp;1558456..1558572;5s;;68;;;;; comp;1558641..1561551;23s;;126;;;;; comp;1561678..1561750;gca;;69;;;69;; comp;1561820..1561893;atc;;105;;;;; comp;1561999..1563570;16s;;189;189;;;;189 ;1563760..1563948;CDS;;19274;;;;63; ;;;;;;;;; comp;1583223..1584392;CDS;;151;151;;;390;151 comp;1584544..1584628;ttg;+;17;;17;;; comp;1584646..1584730;ttg;2 ttg;28;;28;;; comp;1584759..1584829;tgc;2 ttc;26;;26;;; comp;1584856..1584931;cac;2 atgf;13;;13;;; comp;1584945..1585015;tgg;;4;;4;;; comp;1585020..1585101;tac;;8;;8;;; comp;1585110..1585182;ttc;;6;;6;;; comp;1585189..1585262;gac;;3;;3;;; comp;1585266..1585339;atgf;;9;;9;;; comp;1585349..1585436;tca;;42;;42;;; comp;1585479..1585550;gaa;;258;;*258;;; comp;1585809..1585899;agc;;2;;2;;; comp;1585902..1585975;atc;;3;;3;;; comp;1585979..1586049;gga;;14;;14;;; comp;1586064..1586136;ttc;;17;;17;;; comp;1586154..1586227;atgf;;11;;11;;; comp;1586239..1586312;atgi;;12;;12;;; comp;1586325..1586398;atg;;36;;36;;; comp;1586435..1586508;cca;;6;;6;;; comp;1586515..1586588;cgt;;5;;5;;; comp;1586594..1586679;tta;;15;;15;;; comp;1586695..1586766;ggc;;4;;4;;; comp;1586771..1586843;aca;;11;;11;;; comp;1586855..1586936;cta;;12;;12;;; comp;1586949..1587021;aaa;;2;;2;;; comp;1587024..1587096;gta;;157;157;;;; comp;1587254..1588681;CDS;;539;;;;476; ;;;;;;;;; comp;1589221..1590557;CDS;;156;156;;;446;156 comp;1590714..1590830;5s;;68;;;;; comp;1590899..1593809;23s;;126;;;;; comp;1593936..1594008;gca;;69;;;69;; comp;1594078..1594151;atc;;105;;;;; comp;1594257..1595828;16s;;581;*581;;;; comp;1596410..1597276;CDS;;189853;;;;*289; ;;;;;;;;; comp;1787130..1788440;CDS;;298;298;;;437;298 comp;1788739..1788855;5s;;68;;;;; comp;1788924..1791834;23s;@4;208;;;;; comp;1792043..1793614;16s;;436;*436;;;; comp;1794051..1794596;CDS;;-8;;;;*182; comp;1794589..1795436;CDS;;138;138;;;283;138 comp;1795575..1795648;gac;;3;;;3;; comp;1795652..1795724;gta;;2;;;2;; comp;1795727..1795800;cgt;;35;;;35;; comp;1795836..1795907;ggc;;19;;;19;; comp;1795927..1796000;cca;;3;;;3;; comp;1796004..1796076;aac;;7;;;;; comp;1796084..1796200;5s;;68;;;;; comp;1796269..1799179;23s;;208;;;;; comp;1799388..1800959;16s;;501;*501;;;; comp;1801461..1802087;CDS;;;;;;*209; </pre> ====lbu cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_cumuls|lbu cumuls]] <pre> lbu cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;0;1;0;100;5 ;16 23 5s 0;2;20;33;9;50;2;20;0;200;11 ;16 atc gca;5;40;11;3;100;12;40;2;300;19 ;16 23 5s a;2;60;2;0;150;11;60;3;400;11 ;max a;7;80;0;5;200;14;80;3;500;11 ;a doubles;0;100;0;0;250;3;100;4;600;2 ;autres;0;120;0;0;300;6;120;2;700;1 ;total aas;26;140;0;1;350;2;140;5;800;2 sans ;opérons;23;160;1;0;400;2;160;5;900;1 ;1 aa;16;180;0;0;450;1;180;1;1000;1 ;max a;26;200;0;0;500;1;200;2;1100;0 ;a doubles;3;;1;0;;10;;5;;0 ;total aas;72;;48;18;;64;;32;;64 total aas;;98;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;138;;320 ;;;variance;;;;;;81;;182 sans jaune;;;moyenne;14;29;;159;;114;;275 ;;;variance;12;29;;85;;50;;122 </pre> ====lbu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_blocs|lbu blocs]] <pre> lbu blocs;;;;;;; cds;'''277’;;cds;156;;cds;298 $5s;68;;$5s;68;;$5s;68 $23s;126;;$23s;126;;$23s;208 gca;69;;gca;69;;$16s;436 atc;105;;atc;105;;cds;-8 $16s;'''189’;;$16s;581;;cds;138 cds;;;cds;;;gac;3 ;;;;;;4aas;* cds;518;;cds;'''613’;;aac;7 $16s;106;;$16s;105;;$5s;68 atc;69;;atc;69;;$23s;208 gca;127;;gca;126;;$16s;501 $23s;68;;$23s;69;;cds; $5s;'''208’;;$5s;87;;; cds;;;cds;;;; ;;;;;;; cds;161;;cds hp;451;;cds;200 gta;3;;$16s;209;;gac;26 3aas;*;;$23s;69;;3aas;* aac;7;;$5s;275;;ggc;36 $5s;69;;cds hp;;;$5s;68 $23s;126;;;;;$23s;208 gca;69;;;;;$16s;153 atc;105;;;;;cds; $16s;'''547’;;;;;; cds;;;;;;; </pre> ====lbu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_distribution|lbu distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttg2;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;aag5;atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;2;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;3;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;2;gga; ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total lbu;;16;;;;;16;;lbu;49;;;;;;49;;lbu;7;;;;;;7;;lbu;;;;16;;;16 </pre> ====lbu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_données_intercalaires|lbu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;lbu;fx;fc;lbu;fx40;fc40;lbu;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;10;0;2;10;-1;1;80;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;1;142;1;0;24;-2;1;0;195;128;114;;atc;4;;ggc 1;0;20;2;128;2;0;36;-3;;1;95;125;4* 113;;atc;108;;ccg ;1;30;9;78;3;0;15;-4;4;55;134;11;tRNA 23s;;;**;;ggc ;0;40;17;35;4;0;10;-5;;0;59;69;128;;gca;5;;tac ;0;50;22;43;5;0;11;-6;;0;94;181;4* 127;;gca;**;;caa 1;2;60;27;43;6;0;5;-7;;3;158;117;5s tRNA;;;5;;cag 1;1;70;31;40;7;0;3;-8;1;38;98;85;2* 7;;aac;**;;gag ;1;80;26;34;8;0;4;-9;;0;119;296;36;;ggc;3;;aac 1;0;90;19;33;9;1;17;-10;;1;75;57;tRNA tRNA;;intra;24;;cca 1;3;100;21;39;10;0;17;-11;;24;137;170;5* 69;;atc gca;30;;ggc 2;1;110;15;43;11;0;15;-12;;0;30;787;tRNA tRNA;;contigu;2;;cgt 1;2;120;8;37;12;1;16;-13;;1;121;109;3;;gta;3;;gta 2;3;130;14;25;13;0;12;-14;1;17;61;530;138;;gaa;42;;gaa ;2;140;20;32;14;0;15;-15;2;0;341;222;6;;atgj;9;;tca ;0;150;10;25;15;0;16;-16;;0;204;98;8;;tcc;3;;atgf ;5;160;6;34;16;0;12;-17;;7;54;204;**;;aac;6;;gac 1;0;170;8;29;17;0;10;-18;;1;356;106;26;;gac;8;;ttc ;0;180;15;21;18;1;11;-19;;1;157;303;3;;gaa;4;;tac 1;1;190;8;16;19;0;12;-20;;5;126;;2;;gta;13;;tgg ;1;200;11;14;20;0;9;-21;;0;188;;35;;cgt;29;;cac 1;2;210;7;16;21;0;11;-22;;3;203;;**;;ggc;28;;tgc ;0;220;8;14;22;1;17;-23;;3;270;;2;;gta;**;;ttg 1;0;230;7;11;23;1;7;-24;;0;130;;35;;cgt;34;;aag ;0;240;5;13;24;1;5;-25;;2;113;;19;;ggc;33;;aag ;0;250;10;9;25;1;7;-26;;4;355;;3;;cca;33;;aag ;0;260;7;7;26;1;8;-27;;0;154;;**;;aac;33;;aag ;1;270;5;8;27;1;6;-28;;2;673;;;;;**;;aag ;0;280;7;7;28;1;5;-29;2;3;151;;;;;3;;gta ;0;290;2;12;29;2;5;-30;;0;157;;;;;-;151;gaa 1;0;300;1;5;30;0;7;-31;;2;102;;;;;**;;ctt 1;0;310;4;8;31;1;4;-32;;4;CDS 16s;;;;;17;;ttg ;0;320;7;2;32;0;4;-33;;0;451;613;;;;28;;ttg ;0;330;6;8;33;1;6;-34;;0;518;547;;;;29;;tgc ;0;340;5;2;34;1;2;-35;;3;510;295;;;;13;;cac ;1;350;0;4;35;0;3;-36;;0;258;;;;;4;;tgg ;2;360;1;2;36;1;4;-37;;0;298;;;;;8;;tac ;0;370;1;5;37;1;2;-38;;0;501;;;;;6;;ttc ;0;380;0;3;38;1;2;-39;1;0;23s 5s;;;;;3;;gac ;0;390;1;7;39;5;6;-40;;1;3* 71;;;;;9;;atgf ;0;400;3;3;40;6;2;-41;;0;6* 701;;;;;42;;tca 2;1;reste;32;51;reste;380;705;-42;;0;16s 23s;;;;;261;;gaa 18;30;total;411;1098;total;411;1098;-43;;0;218;;;;;2;;agc 16;29;diagr;377;1037;diagr;29;383;-44;1;0;3* 217;;;;;3;;atc 1;1; t30;12;348;;;;-45;;0;5s CDS;;;;;14;;gga ;;;;;;;;-46;;2;308;208;;;;17;;ttc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;87;277;;;;11;;atgf ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;156;;;;;12;;atgi ;x;409;20;2;431;;;-49;;1;298;;;;;36;;atgj ;c;1088;280;10;1378;;;-50;;15;;;;;;6;;cca ;;;;;1809;198;;reste;6;0;;;;;;5;;cgt ;;;;;;2007;;total;20;280;;;;;;15;;tta ;;;;;;;;;;;;;;;;4;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;11;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;12;;cta ;;;;;;;;;;;;;;;;2;;aaa ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta </pre> =====lbu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_autres_intercalaires_aas|lbu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;lbu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;18533;19237;128;*; ;;tRNA;19366;19438;195;*;act fin;;CDS;19634;20371;;; deb;;CDS;29805;29966;95;*; ;;tRNA;30062;30134;134;*;act fin;;CDS;30269;30907;;; deb;;CDS;42676;43248;451;*; ;;rRNA;43700;45263;218;*;1564 ;;rRNA;45482;48389;71;*;2908 ;;rRNA;48461;48577;308;*;117 fin;;CDS;48886;49215;;; deb;;CDS;64875;65066;71;*; ;;misc_b;65138;65377;147;*; fin;;CDS;65525;65743;;; deb;comp;CDS;105771;106547;59;*; ;comp;tRNA;106607;106679;125;*;aag fin;;CDS;106805;107533;;; deb;comp;CDS;118390;119745;29;*; ;comp;regulatory;119775;119862;185;*; fin;;CDS;120048;121523;;; deb;comp;CDS;134737;136320;120;*; ;comp;regulatory;136441;136616;92;*; fin;comp;CDS;136709;137335;;0; deb;;CDS;211288;212553;94;*; ;;tRNA;212648;212720;11;*;acc fin;comp;CDS;212732;213079;;; deb;;CDS;215354;216541;50;*; ;;misc_b;216592;216828;95;*; fin;;CDS;216924;217778;;; deb;comp;CDS;242936;243505;67;*; ;comp;regulatory;243573;243670;189;*; fin;;CDS;243860;245017;;; deb;;CDS;278260;278928;69;*; ;comp;tRNA;278998;279068;181;*;ggg fin;;CDS;279250;280275;;; deb;;CDS;280740;281354;106;*; ;;regulatory;281461;281624;89;*; fin;;CDS;281714;284404;;; deb;comp;CDS;324323;324949;117;*; ;;tRNA;325067;325138;4;*;ggc ;;tRNA;325143;325216;108;*;ccg ;;tRNA;325325;325396;158;*;ggc fin;;CDS;325555;326016;;; deb;;CDS;363903;364394;98;*; ;;tRNA;364493;364564;119;*;caa fin;;CDS;364684;364854;;; deb;;CDS;366347;367402;75;*; ;;tRNA;367478;367559;5;*;tac ;;tRNA;367565;367636;137;*;caa fin;;CDS;367774;368166;;; deb;;CDS;382446;382907;30;*; ;;tRNA;382938;383023;121;*;ctt fin;;CDS;383145;383768;;; deb;;CDS;425577;426662;66;*; ;;regulatory;426729;426825;44;*; fin;;CDS;426870;427439;;0; deb;;CDS;454210;455529;61;*; ;;tRNA;455591;455665;341;*;agg fin;;CDS;456007;457035;;; deb;;CDS;532593;533285;85;*; ;comp;tRNA;533371;533442;296;*;cgg fin;;CDS;533739;534782;;; deb;;CDS;574078;575265;66;*; ;;tmRNA;575332;575693;294;*; fin;;CDS;575988;576143;;; deb;;CDS;583246;584728;57;*; ;comp;tRNA;584786;584858;5;*;cag ;comp;tRNA;584864;584935;170;*;gag fin;;CDS;585106;586110;;; deb;;CDS;673933;676341;66;*; ;;misc_b;676408;676655;83;*; fin;;CDS;676739;677599;;; deb;;CDS;681099;682741;518;*; ;;rRNA;683260;684823;114;*;1564 ;;tRNA;684938;685011;69;*;atc ;;tRNA;685081;685153;128;*;gca ;;rRNA;685282;688189;70;*;2908 ;;rRNA;688260;688376;208;*;117 fin;comp;CDS;688585;689738;;; deb;;CDS;727702;728421;27;*; ;;regulatory;728449;728564;80;*; fin;;CDS;728645;729349;;; deb;comp;CDS;745596;745751;204;*; ;comp;tRNA;745956;746044;787;*;tcg fin;;CDS;746832;749597;;; deb;;CDS;755313;756185;29;*; ;;repeat_region;756215;757463;258;*; fin;;CDS;757722;758336;;; deb;;CDS;786339;787004;54;*; ;;tRNA;787059;787142;109;*;ctg fin;comp;CDS;787252;787872;;0; deb;comp;CDS;789978;791867;613;*; ;;rRNA;792481;794044;113;*;1564 ;;tRNA;794158;794231;69;*;atc ;;tRNA;794301;794373;127;*;gca ;;rRNA;794501;797408;71;*;2908 ;;rRNA;797480;797596;87;*;117 fin;;CDS;797684;798559;;0; deb;comp;CDS;798596;800178;530;*; ;;tRNA;800709;800781;3;*;aac ;;tRNA;800785;800858;24;*;cca ;;tRNA;800883;800954;30;*;ggc ;;tRNA;800985;801058;2;*;cgt ;;tRNA;801061;801133;3;*;gta ;;tRNA;801137;801208;42;*;gaa ;;tRNA;801251;801338;9;*;tca ;;tRNA;801348;801421;3;*;atgf ;;tRNA;801425;801498;6;*;gac ;;tRNA;801505;801577;8;*;ttc ;;tRNA;801586;801667;4;*;tac ;;tRNA;801672;801742;13;*;tgg ;;tRNA;801756;801828;29;*;cac ;;tRNA;801858;801928;28;*;tgc ;;tRNA;801957;802041;356;*;ttg fin;;CDS;802398;804017;;; deb;;CDS;862229;862693;29;*; ;;ncRNA;862723;863083;125;*; fin;;CDS;863209;864333;;; deb;comp;CDS;905582;905794;173;*; ;comp;misc_b;905968;906185;390;*; fin;;CDS;906576;907085;;0; deb;comp;CDS;952333;952842;390;*; ;;misc_b;953233;953450;173;*; fin;;CDS;953624;953836;;; deb;comp;CDS;1087221;1088531;157;*; ;comp;tRNA;1088689;1088760;126;*;caa fin;comp;CDS;1088887;1089033;;; deb;comp;CDS;1242851;1243162;16;*; ;comp;misc_f;1243179;1243255;147;*; fin;;CDS;1243403;1243759;;0; deb;comp;CDS;1263631;1265769;188;*; ;comp;tRNA;1265958;1266031;222;*;aga fin;;CDS;1266254;1268632;;; deb;comp;CDS;1297694;1298743;37;*; ;comp;misc_b;1298781;1298982;42;*; fin;comp;CDS;1299025;1299375;;; deb;comp;CDS;1309324;1309845;47;*; ;comp;misc_f;1309893;1310004;394;*; fin;;CDS;1310399;1311799;;0; deb;comp;CDS;1352736;1354022;98;*; ;;tRNA;1354121;1354204;204;*;ctg fin;comp;CDS;1354409;1355976;;; deb;comp;CDS;1368111;1369307;-3;*; ;comp;regulatory;1369305;1369392;76;*; ;comp;tRNA;1369469;1369541;3;*;gta ;comp;tRNA;1369545;1369616;138;*;gaa ;comp;tRNA;1369755;1369828;6;*;atgj ;comp;tRNA;1369835;1369925;8;*;tcc ;comp;tRNA;1369934;1370006;7;*;aac ;comp;rRNA;1370014;1370130;71;*;117 ;comp;rRNA;1370202;1373110;127;*;2909 ;comp;tRNA;1373238;1373310;69;*;gca ;comp;tRNA;1373380;1373453;113;*;atc ;comp;rRNA;1373567;1375130;547;*;1564 fin;;CDS;1375678;1376604;;; deb;comp;CDS;1418883;1420661;53;*; ;comp;ncRNA;1420715;1420811;9;*; fin;comp;CDS;1420821;1421330;;; deb;comp;CDS;1434541;1435050;33;*; ;comp;misc_f;1435084;1435213;440;*; fin;;CDS;1435654;1436972;;; deb;comp;CDS;1479450;1479824;203;*; ;comp;tRNA;1480028;1480101;26;*;gac ;comp;tRNA;1480128;1480199;3;*;gaa ;comp;tRNA;1480203;1480275;2;*;gta ;comp;tRNA;1480278;1480351;35;*;cgt ;comp;tRNA;1480387;1480458;36;*;ggc ;comp;rRNA;1480495;1480611;70;*;117 ;comp;rRNA;1480682;1483589;217;*;2908 ;comp;rRNA;1483807;1485370;510;*;1564 fin;comp;CDS;1485881;1487044;;; deb;comp;CDS;1506661;1507464;270;*; ;comp;tRNA;1507735;1507807;34;*;aag ;comp;tRNA;1507842;1507914;33;*;aag ;comp;tRNA;1507948;1508020;33;*;aag ;comp;tRNA;1508054;1508126;33;*;aag ;comp;tRNA;1508160;1508232;130;*;aag fin;comp;CDS;1508363;1509226;;0; deb;;CDS;1509394;1510872;106;*; ;comp;tRNA;1510979;1511051;3;*;gta ;comp;tRNA;1511055;1511126;151;*;gaa ;;tRNA;1511278;1511366;113;*;ctt fin;;CDS;1511480;1512010;;0; deb;comp;CDS;1533206;1534129;355;*; ;comp;tRNA;1534485;1534557;154;*;acg fin;comp;CDS;1534712;1535950;;0; deb;;CDS;1554441;1554638;303;*; ;comp;tRNA;1554942;1555029;673;*;agc fin;comp;CDS;1555703;1556164;;0; deb;;CDS;1556799;1558178;277;*; ;comp;rRNA;1558456;1558572;70;*;117 ;comp;rRNA;1558643;1561550;127;*;2908 ;comp;tRNA;1561678;1561750;69;*;gca ;comp;tRNA;1561820;1561893;113;*;act ;comp;rRNA;1562007;1563570;258;*;1564 fin;comp;CDS;1563829;1564131;;0; deb;comp;CDS;1583223;1584392;151;*; ;comp;tRNA;1584544;1584628;17;*;ttg ;comp;tRNA;1584646;1584730;28;*;ttg ;comp;tRNA;1584759;1584829;29;*;tgc ;comp;tRNA;1584859;1584931;13;*;cac ;comp;tRNA;1584945;1585015;4;*;tgg ;comp;tRNA;1585020;1585101;8;*;tac ;comp;tRNA;1585110;1585182;6;*;ttc ;comp;tRNA;1585189;1585262;3;*;gac ;comp;tRNA;1585266;1585339;9;*;atgf ;comp;tRNA;1585349;1585436;42;*;tca ;comp;tRNA;1585479;1585550;261;*;gaa ;comp;tRNA;1585812;1585899;2;*;agc ;comp;tRNA;1585902;1585975;3;*;atc ;comp;tRNA;1585979;1586049;14;*;gga ;comp;tRNA;1586064;1586136;17;*;ttc ;comp;tRNA;1586154;1586227;11;*;atgf ;comp;tRNA;1586239;1586312;12;*;atgi ;comp;tRNA;1586325;1586398;36;*;atgj ;comp;tRNA;1586435;1586508;6;*;cca ;comp;tRNA;1586515;1586588;5;*;cgt ;comp;tRNA;1586594;1586679;15;*;tta ;comp;tRNA;1586695;1586766;4;*;ggc ;comp;tRNA;1586771;1586843;11;*;aca ;comp;tRNA;1586855;1586936;12;*;cta ;comp;tRNA;1586949;1587021;2;*;aaa ;comp;tRNA;1587024;1587096;157;*;gta fin;comp;CDS;1587254;1588681;;; 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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP009902;ban*;;genome;;;;;;aas;cds dirigé 35.1%GC;15.8.19 Paris;16s 11;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Bacillus anthracis strain 2002013094;;;;;;;;;; ;618142..618366;;CDS;;188;188;;;75;188 ;618555..618627;;gtc;;419;*419;;;; comp;619047..619235;;CDS;;;;;;63; ;;;;;;;;;; comp;1102183..1102602;;CDS;;130;130;;;140;130 comp;1102733..1102804;;gaa;+;1;;;1;; comp;1102806..1102880;;aac;2 aca;8;;;8;; comp;1102889..1102965;;atc;2 tca;11;;;11;; comp;1102977..1103047;;tgg;;6;;;6;; comp;1103054..1103126;;aca;;9;;;9;; comp;1103136..1103211;;ttc;;9;;;9;; comp;1103221..1103296;;gac;;4;;;4;; comp;1103301..1103377;;atgf;;20;;;20;; comp;1103398..1103490;;tca;;54;;;54;; comp;1103545..1103637;;tca;;20;;;20;; comp;1103658..1103730;;gca;;16;;;16;; comp;1103747..1103820;;cca;;10;;;10;; comp;1103831..1103904;;cgt;;3;;;3;; comp;1103908..1103996;;tta;;16;;;16;; comp;1104013..1104087;;ggc;;29;;;29;; comp;1104117..1104197;;cta;;22;;;22;; comp;1104220..1104295;;cac;;9;;;9;; 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;;;;;;;;;; comp;1702642..1703788;;CDS;;114;114;;;382;114 comp;1703903..1703975;;gca;;10;;;10;; comp;1703986..1704057;;ggc;;5;;;5;; comp;1704063..1704138;;aaa;;5;;;5;; comp;1704144..1704218;;caa;;65;;;65;; comp;1704284..1704366;;tac;;17;;;17;; comp;1704384..1704459;;gta;;5;;;5;; comp;1704465..1704539;;gaa;;24;;;24;; comp;1704564..1704636;;acc;;4;;;4;; comp;1704641..1704715;;aac;;9;;;;; comp;1704725..1704840;;5s;;82;;;;; comp;1704923..1707851;;23s;;141;;;;; comp;1707993..1709545;;16s;;223;223;;;; comp;1709769..1709987;;CDS;;;;;;73; ;;;;;;;;;; comp;1767157..1767618;;CDS;;206;206;;;154;206 comp;1767825..1767940;;5s;;45;;;;; comp;1767986..1770913;;23s;;141;;;;; comp;1771055..1772608;;16s;;372;*372;;;; comp;1772981..1774480;;CDS;;;;;;*500; ;;;;;;;;;; comp;1787717..1790188;;CDS;;259;259;;;*824; comp;1790448..1790519;;gaa;;13;;13;;; comp;1790533..1790606;;atgj;@2;160;160;;;;160 comp;1790767..1791249;;CDS;;;;;;161; ;;;;;;;;;; comp;1820538..1820717;;CDS;;190;190;;;60;190 comp;1820908..1821023;;5s;;44;;;;; comp;1821068..1823996;;23s;;77;;;;; comp;1824074..1824149;;gca;;8;;;8;; comp;1824158..1824234;;atc;;130;;;;; comp;1824365..1825919;;16s;;217;217;;;; comp;1826137..1826406;;CDS;;;;;;90; ;;;;;;;;;; comp;1832600..1832992;;CDS;;166;166;;;131; comp;1833159..1833251;;tca;;156;156;;;;156 comp;1833408..1834682;;CDS;;;;;;425; ;;;;;;;;;; ;1839668..1840669;;CDS;;34;34;;;334;34 comp;1840704..1840819;;5s;;44;;;;; comp;1840864..1843791;;23s;;76;;;;; comp;1843868..1843943;;gca;;8;;;8;; comp;1843952..1844028;;atc;;130;;;;; comp;1844159..1845713;;16s;;240;240;;;; comp;1845954..1848425;;CDS;;;;;;*824; ;;;;;;;;;; ;1873838..1875127;;CDS;;139;139;;;430;139 ;1875267..1875342;;aaa;;13;;13;;; ;1875356..1875427;;gaa;;21;;21;;; ;1875449..1875524;;gac;;41;;41;;; ;1875566..1875638;;ttc;;403;*403;;;; ;1876042..1876749;;CDS;;;;;;236; ;;;;;;;;;; comp;2217640..2217846;;CDS;;205;205;;;69;205 ;2218052..2218130;;cgg;;255;255;;;; ;2218386..2219693;;CDS;;;;;;436; ;;;;;;;;;; comp;2428815..2429495;;CDS;;404;*404;;;227; ;2429900..2431456;;16s;;139;;;;; ;2431596..2434524;;23s;;97;;;;; ;2434622..2434737;;5s;;4;;;;; ;2434742..2434817;;gta;+;4;;;4;; ;2434822..2434897;;aca;2 cta;9;;;9;; ;2434907..2434982;;cac;2 aca;22;;;22;; ;2435005..2435085;;cta;;29;;;29;; ;2435115..2435189;;ggc;;16;;;16;; ;2435206..2435294;;tta;;3;;;3;; ;2435298..2435371;;cgt;;10;;;10;; ;2435382..2435455;;cca;;16;;;16;; ;2435472..2435544;;gca;;20;;;20;; ;2435565..2435657;;tca;;54;;;54;; ;2435712..2435805;;cta;;20;;;20;; ;2435826..2435902;;atgf;;1;;;1;; ;2435904..2435979;;gac;;12;;;12;; ;2435992..2436067;;ttc;;14;;;14;; ;2436082..2436157;;aca;;10;;;10;; ;2436168..2436243;;aaa;;13;;;13;; ;2436257..2436327;;gga;;10;;;10;; ;2436338..2436414;;atc;;7;;;7;; ;2436422..2436496;;aac;;7;;;7;; ;2436504..2436594;;agc;;6;;;6;; ;2436601..2436672;;gaa;;59;59;;;;59 ;2436732..2436842;;CDS;;;;;;37; ;;;;;;;;;; ;2798971..2799474;;CDS;;109;109;;;168;109 ;2799584..2799657;;gga;;1;;1;;; ;2799659..2799735;;aga;;407;*407;;;; ;2800143..2800343;;CDS;;;;;;67; ;;;;;;;;;; comp;2991608..2992366;;CDS;;242;242;;;253; ;2992609..2992682;;atgi;;221;221;;;;221 ;2992904..2993515;;CDS;;;;;;204; </pre> ====ban cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_cumuls|ban cumuls]] <pre> ban* cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;3;2;1;0;1;0;100;10 ;16 23 5s 0;4;20;25;47;50;2;20;1;200;9 ;16 atc gca;2;40;3;6;100;3;40;1;300;6 ;16 23 5s a;5;60;4;2;150;6;60;2;400;4 ;max a;21;80;0;2;200;7;80;0;500;4 ;a doubles;2;100;2;0;250;8;100;1;600;1 ;autres;0;120;0;0;300;3;120;4;700;1 ;total aas;66;140;0;0;350;0;140;2;800;0 sans ;opérons;9;160;0;0;400;2;160;2;900;2 ;1 aa;5;180;0;0;450;3;180;0;1000;0 ;max a;33;200;0;0;500;0;200;2;1100;1 ;a doubles;1;;0;0;;0;;4;;0 ;total aas;46;;37;59;;34;;19;;38 total aas;;112;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;18;15;;232;;132;;274 ;;;variance;21;14;;143;;62;;238 sans jaune;;;moyenne;14;;;165;;;;191 ;;;variance;14;;;71;;;;124 </pre> ====ban blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_blocs|ban blocs]] <pre> ban intercalaires des 11 clusters à rrnas;;;;;;;; cds;694’;;cds;386’;;cds;114; 16s;141;;16s;141;;aac;*; 23s;97;;23s;96;;31aas;1; 5s;4;;5s;9;;gga;75; gta;*;;aac;*;;16s;141; 17aas;1;;9aas;10;;23s;46; gaa;130;;ttg;207’;;5s;12; cds;;;cds;;;atgf;3; ;;;;;;gac;174; cds;223;;cds;404’;;cds;; 16s;141;;16s;139;;;; 23s;82;;23s;97;;cds;217;240 5s;9;;5s;4;;16s;130;130 aac;*;;gta;4;;atc;8;8 7aas;10;;19aas;*;;gca;77;76 gca;114;;gaa;59;;23s;44;44 cds;;;cds;;;5s;190;34’ ;;;;;;cds;; cds;476’;451’;294;372;;;; 16s;173;142;153;141;;;; 23s;49;46;45;45;;;; 5s;57’;99’;14’;206;;;; cds;;;;;;;; </pre> ====ban distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_distribution|ban distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;tca2 5s;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;2;tgc;1 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;3;acc;2;aac;6;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;4 gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;6 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;4;tca;5;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;5;aaa;4;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;5;cca;4;caa;4;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;6;gca;4;gaa;6;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ban;;5;;;;;5;;ban;8;;;;;;8;;;;;;;;;;;ban;;;;93;;;93 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;33 -16s;; </pre> ====ban données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_données_intercalaires|ban données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ban;fx;fc;ban;fx40;fc40;ban;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;33;0;0;33;-1;;73;188;419;16s tRNA;;;tRNA tRNA;suite;contigu;tRNA tRNA;suite;contigu ;0;10;16;234;1;1;38;-2;;1;130;210;2* 132;;atc;14;;tgc;10;;gca ;0;20;41;427;2;2;35;-3;;0;198;205;;;;5;;ggc;5;;ggc ;0;30;81;192;3;2;40;-4;3;241;115;242;tRNA 16s;;;63;;caa;5;;aaa ;0;40;134;137;4;3;33;-5;;0;174;;76;;gaa;19;;cac;65;;caa ;0;50;84;97;5;1;20;-6;;0;114;;tRNA 23s;;gca;7;;tgg;17;;tac ;0;60;75;97;6;0;22;-7;;3;114;;80;;;17;;tac;5;;gta ;0;70;35;120;7;3;10;-8;1;84;259;;79;;;5;;gta;24;;gaa ;0;80;36;127;8;1;7;-9;2;0;160;;5s tRNA;;;24;;gaa;4;;acc ;0;90;38;94;9;0;12;-10;;3;166;;2* 4;;gta;4;;acc;**;;aac ;0;100;57;108;10;3;17;-11;1;30;156;;2* 9;;aac;**;;aac;4;;gta ;1;110;44;135;11;3;31;-12;1;0;139;;12;;atgf;3;;gac;9;;aca ;3;120;52;132;12;2;63;-13;;10;403;;tRNA tRNA;;intra;**;;atgf;22;;cac ;1;130;45;108;13;4;42;-14;1;19;258;;2* 8;;atc gca;1;;gga;29;;cta ;1;140;38;89;14;6;50;-15;;0;657;;tRNA tRNA;;;4;;cca;16;;ggc ;0;150;55;94;15;2;62;-16;;5;109;;13;;gaa;3;;cgt;3;;tta ;2;160;37;82;16;4;37;-17;;15;410;;**;;atgj;16;;tta;10;;cgt ;1;170;45;66;17;4;39;-18;;0;221;;139;;;29;;ggc;16;;cca ;1;180;39;55;18;5;40;-19;;3;CDS 16s;;13;;aaa;14;;cta;20;;gca ;1;190;42;62;19;3;31;-20;;15;295;695;21;;gaa;5;;aaa;54;;tca ;1;200;42;51;20;8;32;-21;;0;224;387;41;;gac;87;;caa;20;;cta 2;0;210;34;65;21;1;29;-22;;3;373;477;**;;ttc;46;;gac;1;;atgf ;0;220;25;48;22;6;21;-23;;10;218;452;1;;gga;4;;gta;12;;gac ;1;230;30;43;23;7;29;-24;;0;241;404;**;;aga;1;;gaa;14;;ttc ;0;240;28;35;24;10;21;-25;1;5;23s 5s;;tRNA tRNA;;contigu;8;;aac;10;;aca 1;0;250;22;30;25;6;16;-26;;10;2* 101;;1;;gaa;11;;atc;13;;aaa ;2;260;25;25;26;6;18;-27;;0;100;;8;;aac;6;;tgg;10;;gga ;0;270;22;36;27;9;20;-28;1;3;3* 50;;11;;atc;9;;aca;7;;atc ;0;280;26;29;28;13;12;-29;;2;2* 49;;6;;tgg;8;;ttc;7;;aac ;0;290;15;28;29;13;16;-30;;0;86;;9;;aca;4;;gac;6;;agc ;0;300;20;28;30;10;10;-31;;1;2* 48;;9;;ttc;20;;atgf;**;;gaa ;0;310;12;32;31;10;22;-32;;6;16s 23s;;4;;gac;54;;tca;;; ;0;320;17;19;32;5;13;-33;;0;5* 146;;20;;atgf;20;;tca;;; ;0;330;11;26;33;15;17;-34;;1;147;;54;;tca;16;;gca;;; ;0;340;22;28;34;10;12;-35;;6;177;;20;;tca;10;;cca;;; ;0;350;8;27;35;18;12;-36;;0;158;;16;;gca;3;;cgt;;; ;0;360;19;17;36;12;16;-37;;2;144;;10;;cca;16;;tta;;; ;0;370;11;17;37;11;13;-38;;2;5s CDS;;3;;cgt;29;;ggc;;; ;0;380;13;13;38;12;13;-39;;0;190;57;16;;tta;13;;cta;;; ;0;390;10;20;39;19;11;-40;;0;206;99;29;;ggc;5;;aaa;;; ;0;400;10;15;40;22;8;-41;;0;;14;22;;cta;87;;caa;;; 1;3;reste;163;168;reste;1307;2266;-42;1;0;;34;9;;cac;46;;gac;;; 4;18;total;1579;3289;total;1579;3289;-43;;0;;;4;;aca;4;;gta;;; 3;15;diagr;1416;3088;diagr;272;990;-44;;2;;;**;;gta;8;;gaa;;; 0;0; t30;138;853;;;;-45;;0;;;;;;3;;agc;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;**;;aac;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;; ;x;1579;13;0;1592;;;-49;;1;;;;;;;;;;; ;c;3256;564;33;3853;;;-50;;8;;;;;;;;;;; ;;;;;5445;173;;reste;1;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;5618;;total;13;564;;;;;;;;;;; </pre> =====ban autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_autres_intercalaires_aas|ban autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ban;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;342504;342953;175;*; ;comp;ncRNA;343129;343312;21;*; ;comp;ncRNA;343334;343516;116;*; fin;comp;CDS;343633;344466;;; deb;comp;CDS;359943;361082;180;*; ;comp;ncRNA;361263;361653;87;*; fin;comp;CDS;361741;362079;;; deb;;CDS;618142;618366;188;*; ;;tRNA;618555;618627;419;*;gtc fin;comp;CDS;619047;619235;;; deb;comp;CDS;1102183;1102602;130;*; ;comp;tRNA;1102733;1102804;1;*;gaa ;comp;tRNA;1102806;1102880;8;*;aac ;comp;tRNA;1102889;1102965;11;*;atc ;comp;tRNA;1102977;1103047;6;*;tgg ;comp;tRNA;1103054;1103126;9;*;aca ;comp;tRNA;1103136;1103211;9;*;ttc ;comp;tRNA;1103221;1103296;4;*;gac ;comp;tRNA;1103301;1103377;20;*;atgf ;comp;tRNA;1103398;1103490;54;*;tca ;comp;tRNA;1103545;1103637;20;*;tca ;comp;tRNA;1103658;1103730;16;*;gca ;comp;tRNA;1103747;1103820;10;*;cca ;comp;tRNA;1103831;1103904;3;*;cgt ;comp;tRNA;1103908;1103996;16;*;tta ;comp;tRNA;1104013;1104087;29;*;ggc ;comp;tRNA;1104117;1104197;22;*;cta ;comp;tRNA;1104220;1104295;9;*;cac ;comp;tRNA;1104305;1104380;4;*;aca ;comp;tRNA;1104385;1104460;4;*;gta ;comp;rRNA;1104465;1104580;101;*;116 ;comp;rRNA;1104682;1107601;146;*;2920 ;comp;rRNA;1107748;1109298;695;*;1551 fin;;CDS;1109994;1113038;;0; deb;comp;CDS;1306706;1307848;198;*; ;comp;tRNA;1308047;1308120;115;*;gga fin;comp;CDS;1308236;1308889;;; deb;;CDS;1312025;1312345;210;*; ;comp;tRNA;1312556;1312637;10;*;ttg ;comp;tRNA;1312648;1312718;14;*;tgc ;comp;tRNA;1312733;1312807;5;*;ggc ;comp;tRNA;1312813;1312887;63;*;caa ;comp;tRNA;1312951;1313026;19;*;cac ;comp;tRNA;1313046;1313119;7;*;tgg ;comp;tRNA;1313127;1313210;17;*;tac ;comp;tRNA;1313228;1313303;5;*;gta ;comp;tRNA;1313309;1313383;24;*;gaa ;comp;tRNA;1313408;1313480;4;*;acc ;comp;tRNA;1313485;1313559;9;*;aac ;comp;rRNA;1313569;1313684;100;*;116 ;comp;rRNA;1313785;1316706;146;*;2922 ;comp;rRNA;1316853;1318404;387;*;1552 fin;;CDS;1318792;1319148;;0; deb;;CDS;1556278;1556507;57;*; ;comp;rRNA;1556565;1556680;50;*;116 ;comp;rRNA;1556731;1560125;177;*;3395 ;comp;rRNA;1560303;1562131;477;*;1829 fin;;CDS;1562609;1563322;;; deb;;CDS;1566949;1567219;99;*; ;comp;rRNA;1567319;1567434;50;*;116 ;comp;rRNA;1567485;1570406;147;*;2922 ;comp;rRNA;1570554;1572114;452;*;1561 fin;;CDS;1572567;1574498;;; deb;;CDS;1579539;1580615;14;*; ;comp;rRNA;1580630;1580745;49;*;116 ;comp;rRNA;1580795;1583909;158;*;3115 ;comp;rRNA;1584068;1585719;295;*;1652 fin;comp;CDS;1586015;1587520;;; deb;comp;CDS;1600693;1601166;174;*; ;comp;tRNA;1601341;1601416;3;*;gac ;comp;tRNA;1601420;1601496;12;*;atgf ;comp;rRNA;1601509;1601624;50;*;116 ;comp;rRNA;1601675;1604595;146;*;2921 ;comp;rRNA;1604742;1606293;76;*;1552 ;comp;tRNA;1606370;1606440;1;*;gga ;comp;tRNA;1606442;1606518;4;*;cca ;comp;tRNA;1606523;1606599;3;*;cgt ;comp;tRNA;1606603;1606691;16;*;tta ;comp;tRNA;1606708;1606782;29;*;ggc ;comp;tRNA;1606812;1606892;14;*;cta ;comp;tRNA;1606907;1606982;5;*;aaa ;comp;tRNA;1606988;1607062;87;*;caa ;comp;tRNA;1607150;1607225;46;*;gac ;comp;tRNA;1607272;1607347;4;*;gta ;comp;tRNA;1607352;1607426;1;*;gaa ;comp;tRNA;1607428;1607502;8;*;aac ;comp;tRNA;1607511;1607587;11;*;atc ;comp;tRNA;1607599;1607669;6;*;tgg ;comp;tRNA;1607676;1607748;9;*;aca ;comp;tRNA;1607758;1607833;8;*;ttc ;comp;tRNA;1607842;1607917;4;*;gac ;comp;tRNA;1607922;1607998;20;*;atgf ;comp;tRNA;1608019;1608111;54;*;tca ;comp;tRNA;1608166;1608258;20;*;tca ;comp;tRNA;1608279;1608351;16;*;gca ;comp;tRNA;1608368;1608441;10;*;cca ;comp;tRNA;1608452;1608525;3;*;cgt ;comp;tRNA;1608529;1608617;16;*;tta ;comp;tRNA;1608634;1608708;29;*;ggc ;comp;tRNA;1608738;1608818;13;*;cta ;comp;tRNA;1608832;1608907;5;*;aaa ;comp;tRNA;1608913;1608987;87;*;caa ;comp;tRNA;1609075;1609150;46;*;gac ;comp;tRNA;1609197;1609272;4;*;gta ;comp;tRNA;1609277;1609351;8;*;gaa ;comp;tRNA;1609360;1609450;3;*;agc ;comp;tRNA;1609454;1609528;114;*;aac fin;comp;CDS;1609643;1610101;;0; deb;comp;CDS;1702642;1703788;114;*; ;comp;tRNA;1703903;1703975;10;*;gca ;comp;tRNA;1703986;1704057;5;*;ggc ;comp;tRNA;1704063;1704138;5;*;aaa ;comp;tRNA;1704144;1704218;65;*;caa ;comp;tRNA;1704284;1704366;17;*;tac ;comp;tRNA;1704384;1704459;5;*;gta ;comp;tRNA;1704465;1704539;24;*;gaa ;comp;tRNA;1704564;1704636;4;*;acc ;comp;tRNA;1704641;1704715;9;*;aac ;comp;rRNA;1704725;1704840;86;*;116 ;comp;rRNA;1704927;1707848;146;*;2922 ;comp;rRNA;1707995;1709544;224;*;1550 fin;comp;CDS;1709769;1709987;;0; deb;comp;CDS;1767157;1767618;206;*; ;comp;rRNA;1767825;1767940;49;*;116 ;comp;rRNA;1767990;1770910;146;*;2921 ;comp;rRNA;1771057;1772607;373;*;1551 fin;comp;CDS;1772981;1774480;;; deb;comp;CDS;1787717;1790188;259;*; ;comp;tRNA;1790448;1790519;13;*;gaa ;comp;tRNA;1790533;1790606;160;*;atgj fin;comp;CDS;1790767;1791249;;; deb;comp;CDS;1820538;1820717;190;*; ;comp;rRNA;1820908;1821023;48;*;116 ;comp;rRNA;1821072;1823993;80;*;2922 ;comp;tRNA;1824074;1824149;8;*;gca ;comp;tRNA;1824158;1824234;132;*;atc ;comp;rRNA;1824367;1825918;218;*;1552 fin;comp;CDS;1826137;1826406;;; deb;comp;CDS;1827820;1829508;132;*; ;comp;ncRNA;1829641;1829905;79;*; fin;comp;CDS;1829985;1830485;;0; deb;comp;CDS;1832600;1832992;166;*; ;comp;tRNA;1833159;1833251;156;*;tca fin;comp;CDS;1833408;1834682;;; deb;;CDS;1839668;1840669;34;*; ;comp;rRNA;1840704;1840819;48;*;116 ;comp;rRNA;1840868;1843788;79;*;2921 ;comp;tRNA;1843868;1843943;8;*;gca ;comp;tRNA;1843952;1844028;132;*;atc ;comp;rRNA;1844161;1845712;241;*;1552 fin;comp;CDS;1845954;1848425;;; deb;;CDS;1873838;1875127;139;*; ;;tRNA;1875267;1875342;13;*;aaa ;;tRNA;1875356;1875427;21;*;gaa ;;tRNA;1875449;1875524;41;*;gac ;;tRNA;1875566;1875638;403;*;ttc fin;;CDS;1876042;1876749;;; deb;comp;CDS;2217640;2217846;205;*; ;;tRNA;2218052;2218127;258;*;cgg fin;;CDS;2218386;2219693;;; deb;;CDS;2250178;2250645;126;*; ;;tmRNA;2250772;2251126;407;*; fin;;CDS;2251534;2252211;;; deb;comp;CDS;2428815;2429495;404;*; ;;rRNA;2429900;2431454;144;*;1555 ;;rRNA;2431599;2434520;101;*;2922 ;;rRNA;2434622;2434737;4;*;116 ;;tRNA;2434742;2434817;4;*;gta ;;tRNA;2434822;2434897;9;*;aca ;;tRNA;2434907;2434982;22;*;cac ;;tRNA;2435005;2435085;29;*;cta ;;tRNA;2435115;2435189;16;*;ggc ;;tRNA;2435206;2435294;3;*;tta ;;tRNA;2435298;2435371;10;*;cgt ;;tRNA;2435382;2435455;16;*;cca ;;tRNA;2435472;2435544;20;*;gca ;;tRNA;2435565;2435657;54;*;tca ;;tRNA;2435712;2435805;20;*;cta ;;tRNA;2435826;2435902;1;*;atgf ;;tRNA;2435904;2435979;12;*;gac ;;tRNA;2435992;2436067;14;*;ttc ;;tRNA;2436082;2436157;10;*;aca ;;tRNA;2436168;2436243;13;*;aaa ;;tRNA;2436257;2436327;10;*;gga ;;tRNA;2436338;2436414;7;*;atc ;;tRNA;2436422;2436496;7;*;aac ;;tRNA;2436504;2436594;6;*;agc ;;tRNA;2436601;2436672;657;*;gaa fin;;CDS;2437330;2438274;;0; deb;;CDS;2798971;2799474;109;*; ;;tRNA;2799584;2799657;1;*;gga ;;tRNA;2799659;2799732;410;*;aga fin;;CDS;2800143;2800343;;0; deb;comp;CDS;2991608;2992366;242;*; ;;tRNA;2992609;2992682;221;*;atgi fin;;CDS;2992904;2993515;;; </pre> ====ban séquences==== <pre> 33 aas;inter;21 aas;inter;19 aas;inter;11 aas;inter ;;;;;;; gga;1;;;;;ttg;10 cca;4;;;;;tgc;14 cgt;3;;;;;ggc;5 tta;16;;;;;caa;63 ggc;29;;;;;cac;19 cta;14;;;;;tgg;7 aaa;5;;;;;tac;17 caa;87;;;;;gta;5 gac;46;gaa;6;;;gaa;24 gta;4;agc;7;;;acc;4 gaa;1;aac;7;gaa;1;aac; aac;8;atc;10;aac;8;; atc;11;gga;13;atc;11;; tgg;6;aaa;10;tgg;6;; aca;9;aca;14;aca;9;; ttc;8;ttc;12;ttc;9;; gac;4;gac;1;gac;4;; atgf;20;atgf;20;atgf;20;; tca;54;cta;54;tca;54;9 aas;inter tca;20;tca;20;tca;20;; gca;16;gca;16;gca;16;gca;10 cca;10;cca;10;cca;10;ggc;5 cgt;3;cgt;3;cgt;3;aaa;5 tta;16;tta;16;tta;16;caa;65 ggc;29;ggc;29;ggc;29;tac;17 cta;13;cta;22;cta;22;gta;5 aaa;5;cac;9;cac;9;gaa;24 caa;87;aca;4;aca;4;acc;4 gac;46;gta;;gta;;aac; gta;4;;;;;; gaa;8;;;;;; agc;3;;;;;; aac;;;;;;; </pre> ===bacilli synthèse=== ====bacilli distribution par génome==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_génome|bacilli distribution par génome]] <pre> baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total bsu;18;8;;52;2;4;;2;86 lmo;9;8;;44;;4;;2;67 lam;22;14;;16;;4;3;4;63 ppm;67;21;;68;;5;;;161 pmq;22;11;;138;;0;2;;173 lbu;49;16;;16;;10;7;;98 ban;8;5;;60;33;4;;2;112 ;;;;;;;;; total;195;83;0;394;35;31;12;10;760 </pre> ====bacilli distribution du total==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_du_total|bacilli distribution du total]] <pre> baci8;Sans 2 16s, 10 13aas et 31 +16s;;;;;;717;;baci8;Le reste;;;;;;43 atgi;8;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc; atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;15;acc;1;aac;4;agc; ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1 gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3 tta;16;tca;17;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;16;gaa;;gga;1 ttg;13;tcg;10;tag;;tgg;15;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg; atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;;acg;;aag;5;agg; ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total type;207;83;0;394;33;0;717;;type;12;;;10;2;31;43 </pre> ====bacilli distribution par type==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_type|bacilli distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> baci8;;;;;;;717;;baci8;;;;;;;83;;baci8;;;;;;;195;;baci8;;;;;;;12;;baci8;;;;;;;427 atgi;8;tct;0;tat;0;atgf;25;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;18 att;0;act;2;aat;0;agt;0;;att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;5;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;0;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;14;tcc;9;tac;13;tgc;7 atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;1;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;3;acc;;aac;9;agc;6;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;12;acc;6;aac;22;agc;10 ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;3;ccc;2;cac;;cgt;1;;ctc;4;ccc;;cac;9;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;23 gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;5;gcc;2;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;11;ggc;7;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;3;gcc;1;gac;22;ggc;29 tta;16;tca;17;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;5;taa;;tga;;;tta;3;tca;5;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;11;tca;7;taa;;tga; ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;1;aaa;;aga;7;;ata;1;aca;4;aaa;8;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;18;aaa;22;aga;1 cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;3;cca;5;caa;10;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;12;cca;22;caa;15;cga; gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;;gaa;;gga;5;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;28;gca;15;gaa;23;gga;10 ttg;13;tcg;10;tag;0;tgg;15;;ttg;;tcg;5;tag;;tgg;;;ttg;4;tcg;3;tag;;tgg;7;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;8 atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;2;acg;3;aag;4;agg;3;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;8;acg;2;aag;;agg; ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;1;ccg;2;cag;1;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====bacilli par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacilli par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;43;21;5;13;;;82; 16;moyen;27;59;4;135;2;31;227; 14;fort;13;115;3;279;8;2;418; ; ;83;195;12;427;10;33;760; 10;g+cga;16;12;5;5;;;38; 2;agg+cgg;11;0;;;;;11; 4;carre ccc;12;5;;8;;;25; 5;autres;4;4;;;;;8; ;;43;21;5;13;;;82; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;baci ‰;ref. ‰ 21;faible;57;28;7;17;;;108;26 16;moyen;36;78;5;178;3;41;299;324 14;fort;17;151;4;367;11;3;550;650 ;;109;257;16;562;13;43;760;729 10;g+cga;21;16;7;7;;;50;10 2;agg+cgg;14;;;;;;14; 4;carre ccc;16;7;;11;;;33;16 5;autres;5;5;;;;;11; ;;57;28;7;17;;;108; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;148;72;17;238;26;52;11; 16;moyen;93;203;14;310;324;33;30; 14;fort;45;397;10;452;650;16;59; ;;286;672;41;290;729;83;195; 10;g+cga;55;41;17;114;;37;; 2;agg+cgg;38;;;38;;26;; 4;carre ccc;41;17;;59;;28;; 5;autres;14;14;;28;;9;; ;;148;72;17;238;;43;; </pre> ====bacilli, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli,_estimation_des_-rRNAs|bacilli, estimation des -rRNAs]] <pre> ;;;;;;;;bacilli;;;;;;;;;;;;;;;;; 32 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;32;1889;0;0;;indices;;;;32;5903;0;0;;baci7;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;290 atgi;20;tct;;tat;;atgf;91;;atgi;63;tct;;tat;;atgf;284;;atgi;5;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;2;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;5;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;63;tcc;30;tac;56;tgc;30;;ttc;197;tcc;94;tac;175;tgc;94;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5 atc;92;acc;27;aac;99;agc;38;;atc;288;acc;84;aac;309;agc;119;;atc;4;acc;2;aac;10;agc;7 ctc;15;ccc;;cac;53;cgt;82;;ctc;47;ccc;;cac;166;cgt;256;;ctc;7;ccc;2;cac;9;cgt;4 gtc;3;gcc;1;gac;106;ggc;101;;gtc;9.4;gcc;3.1;gac;331;ggc;316;;gtc;5;gcc;3;gac;12;ggc;10 tta;59;tca;49;taa;;tga;;;tta;184;tca;153;taa;;tga;;;tta;5;tca;10;taa;;tga; ata;;aca;87;aaa;84;aga;1;;ata;0;aca;272;aaa;263;aga;3.1;;ata;1;aca;5;aaa;8;aga;8 cta;54;cca;77;caa;69;cga;;;cta;169;cca;241;caa;216;cga;;;cta;3;cca;5;caa;14;cga;2 gta;113;gca;122;gaa;94;gga;49;;gta;353;gca;381;gaa;294;gga;153;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;9 ttg;32;tcg;2;tag;;tgg;42;;ttg;100;tcg;6.3;tag;;tgg;131;;ttg;6;tcg;8;tag;;tgg;7 atgj;32;acg;3;aag;;agg;;;atgj;100;acg;9.4;aag;;agg;;;atgj;6;acg;5;aag;10;agg;3 ctg;12;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;37.5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;2;cag;1;cgg;8 gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3.1;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg;3 ;;693;;1171;;25;1889;;;;2166;;3659;;78;5903;;;;90;;131;;69;290 29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;49366;0,2;0;;indices;sans +16s;;;618;49366;0,2;0;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;84;tct;0.3;tat;0.5;atgf;1;;atgi;146;tct;0.3;tat;0.5;atgf;285;;atgi;71;tct;;tat;;atgf;100 att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;;act;29;aat;;agt; ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;71;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;75;tcc;26;tac;64;tgc;23;;ttc;272;tcc;120;tac;239;tgc;117;;ttc;129;tcc;43;tac;157;tgc;71 atc;23;acc;8;aac;69;agc;40;;atc;310;acc;92;aac;378;agc;159;;atc;57;acc;29;aac;143;agc;100 ctc;28;ccc;6.1;cac;20;cgt;32;;ctc;75;ccc;6.1;cac;186;cgt;288;;ctc;100;ccc;29;cac;129;cgt;57 gtc;44;gcc;27;gac;55;ggc;-6;;gtc;53;gcc;30;gac;386;ggc;310;;gtc;71;gcc;43;gac;171;ggc;143 tta;27;tca;91;taa;1.1;tga;1.8;;tta;211;tca;244;taa;1.1;tga;1.8;;tta;71;tca;143;taa;;tga; ata;2.1;aca;22;aaa;78;aga;116;;ata;2.1;aca;294;aaa;340;aga;119;;ata;14;aca;71;aaa;114;aga;114 cta;30;cca;2;caa;83;cga;6.3;;cta;199;cca;243;caa;299;cga;6.3;;cta;43;cca;71;caa;200;cga;29 gta;44;gca;62;gaa;174;gga;152;;gta;397;gca;443;gaa;468;gga;305;;gta;114;gca;29;gaa;271;gga;129 ttg;25;tcg;41;tag;0.8;tgg;6;;ttg;125;tcg;47;tag;0.8;tgg;137;;ttg;86;tcg;114;tag;;tgg;100 atgj;52;acg;38;aag;73;agg;72;;atgj;152;acg;47;aag;73;agg;72;;atgj;86;acg;71;aag;143;agg;43 ctg;22.5;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;60;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;114;ccg;29;cag;14;cgg;114 gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;15;;gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;18;;gtg;;gcg;;gag;29;ggg;43 ;;654;;845;;582;2081;;;;2820;;4504;;660;7984;;;;1286;;1871;;986;4143 rapports;;23;;19;;88;26;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;57;tct;;tat;;atgf;0.2;;fiches;28.90625;;;fréquences;;;;;atgi;14;tct;100;tat;100;atgf;99 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;925;;;0/0;0;;;;att;100;act;62;aat;100;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;1902;;;10;2;;;;ctt;34;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;32;;;20;3;;;;gtt;100;gct;100;gat;;ggt; ttc;28;tcc;22;tac;27;tgc;20;;;;;;30;1;;;;ttc;42;tcc;39;tac;59;tgc;67 atc;7;acc;8;aac;18;agc;25;;baci7;41.429;;;40;9;;;;atc;61;acc;73;aac;52;agc;60 ctc;38;ccc;100;cac;11;cgt;11;;sans;290;;;50;6;21;;;ctc;72;ccc;79;cac;84;cgt;44 gtc;82;gcc;90;gac;14;ggc;-2;;avec;470;;;60;5;;;;gtc;39;gcc;37;gac;68;ggc;104 tta;13;tca;37;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;9;;;;tta;63;tca;36;taa;100;tga;100 ata;100;aca;8;aaa;23;aga;97;;;;;;80;5;;;;ata;85;aca;69;aaa;32;aga;1 cta;15;cca;1.0;caa;28;cga;100;;L’estimation par baci7;;;;90;3;;;;cta;29;cca;97;caa;58;cga;78 gta;11;gca;14;gaa;37;gga;50;;est 43 % au dessus;;;;100;6;;;;gta;62;gca;54;gaa;36;gga;15 ttg;20;tcg;87;tag;;tgg;4;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;71;tcg;64;tag;100;tgg;94 atgj;34;acg;80;aag;100;agg;100;;32;;100;;;50;;;;atgj;39;acg;47;aag;49;agg;40 ctg;38;ccg;100;cag;100;cgg;100;;atc;45;310;;;;;;;ctg;80;ccg;34;cag;16;cgg;5 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;83;;gca;59;443;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;44;ggg;65 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;867;;838;;850;2554 </pre> ==clostridia== ===psor=== ====psor opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_opérons|psor opérons]] <pre> 27.3%GC;8.8.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Paeniclostridium sordellii AM370;;;;;;;;; ;9847..10620;CDS;;205;205;;;258; ;10826..12332;16s;;196;;;;; ;12529..15445;23s;;78;;;;; ;15524..15640;5s;;85;85;;;;85 ;15726..15947;CDS;;;;;;74; ;;;;;;;;; ;18845..19297;CDS;;3;3;;;151;3 ;19301..19393;tcc;;27;;;;; ;19421..19685;ncRNA;;152;152;;;; ;19838..21478;CDS;;;;;;*547; ;;;;;;;;; ;24343..24570;CDS;;309;309;;;76; ;24880..26386;16s;;196;;;;; ;26583..29499;23s;;122;;;;; ;29622..29738;5s;;5;;;5;; ;29744..29832;tta;+;13;;;13;; ;29846..29921;atgf;3 aaa;15;;;15;; ;29937..30011;gaa;6 atg;9;;;9;; ;30021..30094;gga;3 gta;6;;;6;; ;30101..30176;gta;1 cgt;5;;;5;; ;30182..30258;gac;1 ggc;16;;;16;; ;30275..30350;aac;2 fois suite;4;;;4;; ;30355..30429;aca;aac aca aga;4;;;4;; ;30434..30518;tac;caa cac cca;15;;;15;; ;30534..30617;cta;cta gaa gac;14;;;14;; ;30632..30708;aga;gga tac tca;7;;;7;; ;30716..30791;caa;tgc tta ttc;11;;;11;; ;30803..30878;aaa;;6;;;6;; ;30885..30973;tca;;3;;;3;; ;30977..31052;ttc;;9;;;9;; ;31062..31138;atgj;;8;;;8;; ;31147..31223;atgi;;21;;;21;; ;31245..31321;cca;;6;;;6;; ;31328..31404;cac;;4;;;4;; ;31409..31482;tgc;;25;;;25;; ;31508..31596;tta;;13;;;13;; ;31610..31685;atgf;;15;;;15;; ;31701..31775;gaa;;9;;;9;; ;31785..31858;gga;;6;;;6;; ;31865..31940;gta;;5;;;5;; ;31946..32022;gac;;16;;;16;; ;32039..32114;aac;;4;;;4;; ;32119..32193;aca;;4;;;4;; ;32198..32282;tac;;15;;;15;; ;32298..32381;cta;;11;;;11;; ;32393..32467;ggc;;13;;;13;; ;32481..32557;aga;;7;;;7;; ;32565..32640;caa;;11;;;11;; ;32652..32727;aaa;;6;;;6;; ;32734..32822;tca;;3;;;3;; ;32826..32901;ttc;;9;;;9;; ;32911..32987;atgj;;8;;;8;; ;32996..33072;atgi;;21;;;21;; ;33094..33170;cca;;6;;;6;; ;33177..33253;cac;;9;;;9;; ;33263..33338;aaa;;21;;;21;; ;33360..33433;tgc;;6;;;6;; ;33440..33516;cgt;;10;;;;; ;33527..33602;gta;;162;162;;;;162 ;33765..34016;CDS;;;;;;84; ;;;;;;;;; ;34042..34455;CDS;;249;249;;;138; ;34705..36211;16s;;196;;;;; ;36408..39324;23s;;78;;;;; ;39403..39519;5s;;402;*402;;;; comp;39922..40113;CDS;;348;348;;;64; ;40462..41968;16s;;196;;;;; ;42165..45081;23s;;78;;;;; ;45160..45276;5s;;180;180;;;;*180 ;45457..47394;CDS;;;;;;*646; ;;;;;;;;; ;101428..102144;CDS;;276;276;;;239; ;102421..103927;16s;;54;;;;; ;103982..104057;gca;;114;;;;; ;104172..107096;23s;;41;;;;; ;107138..107211;gga;;11;;;;; ;107223..107339;5s;;99;99;;;;99 comp;107439..108617;CDS;;;;;;393; ;;;;;;;;; ;111345..111884;CDS;;431;*431;;;180; ;112316..113822;16s;;54;;;;; ;113877..113952;gca;;114;;;;; ;114067..116982;23s;;193;;;;; ;117176..117292;5s;;5;;;;; ;117298..117386;tta;;9;;;9;; ;117396..117472;atgi;;123;;;;; ;117596..119102;16s;;54;;;;; ;119157..119232;gca;;114;;;;; ;119347..122263;23s;;193;;;;; ;122457..122573;5s;;5;;;;; ;122579..122667;tta;;9;;;9;; ;122677..122753;atgi;;123;;;;; ;122877..124383;16s;;54;;;;; ;124438..124513;gca;;114;;;;; ;124628..127549;23s;;78;;;;; ;127628..127744;5s;;100;100;;;;100 ;127845..129260;CDS;;;;;;472; ;;;;;;;;; ;215388..216260;CDS;;264;264;;;291; ;216525..218030;16s;;123;;;;; ;218154..218229;gca;;152;;;;; ;218382..221296;23s;;50;;;;; ;221347..221420;gga;;12;;;;; ;221433..221549;5s;;109;109;;;;109 ;221659..221940;CDS;;525;*525;;;94; ;222466..223972;16s;;196;;;;; ;224169..227083;23s;;144;;;;; ;227228..227344;5s;;228;228;;;;*228 ;227573..227989;CDS;;;;;;139; ;;;;;;;;; ;449964..450266;CDS;;253;253;;;101; ;450520..452026;16s;;196;;;;; ;452223..455139;23s;;144;;;;; ;455284..455400;5s;;112;112;;;;112 comp;455513..456616;CDS;;;;;;368; ;;;;;;;;; ;498418..499074;CDS;;189;189;;;219; ;499264..500770;16s;;118;;;;; ;500889..500964;gca;;95;;;;; ;501060..503976;23s;;144;;;;; ;504121..504237;5s;;131;131;;;;131 ;504369..504551;CDS;;;;;;61; ;;;;;;;;; ;546886..550416;CDS;;41;41;;;*1177;*41 comp;550458..550544;ttg;;138;138;;;; ;550683..553325;CDS;;;;;;*881; ;;;;;;;;; ;608009..608683;CDS;;195;195;;;225; ;608879..608975;tga;;37;37;;;;37 comp;609013..609732;CDS;;;;;;240; ;;;;;;;;; ;815939..816655;CDS;;71;71;;;239;71 ;816727..816800;tgc;;12;;12;;; ;816813..816888;aac;;3;;3;;; ;816892..816966;aca;;285;285;;;; ;817252..818727;CDS;;;;;;492; ;;;;;;;;; ;1284870..1288097;CDS;;111;111;;;*1076;*111 ;1288209..1288297;cta;;426;*426;;;; ;1288724..1290853;CDS;;;;;;*710; ;;;;;;;;; ;1445161..1445664;CDS;;135;135;;;168;135 ;1445800..1445868;other;@1;258;258;;;; ;1446127..1446813;CDS;;;;;;229; ;;;;;;;;; ;2267513..2267698;CDS;@2;306;306;;;62;*306 comp;2268005..2268088;cta;;404;*404;;;; ;2268493..2269758;CDS;;;;;;422; ;;;;;;;;; ;3094098..3094784;CDS;;40;40;;;229;40 comp;3094825..3094941;5s;;78;;;;; comp;3095020..3097936;23s;;194;;;;; comp;3098131..3099637;16s;;276;276;;;; comp;3099914..3101161;CDS;;;;;;416; ;;;;;;;;; ;3159922..3160827;CDS;;37;37;;;302;37 comp;3160865..3160956;agc;;120;120;;;; comp;3161077..3161376;CDS;;;;;;100; ;;;;;;;;; comp;3274188..3274733;CDS;;245;245;;;182;*245 comp;3274979..3275095;5s;@3;12;;;;; comp;3275108..3275181;gga;;107;;;;; comp;3275289..3278214;23s;;137;;;;; comp;3278352..3279858;16s;;253;253;;;; comp;3280112..3280690;CDS;;;;;;193; ;;;;;;;;; comp;3303104..3304150;CDS;;124;124;;;349;124 comp;3304275..3304459;riboswitch;@4;96;;;;; comp;3304556..3304672;5s;;11;;;;; comp;3304684..3304758;aca;;116;;;;; comp;3304875..3307789;23s;;196;;;;; comp;3307986..3309492;16s;;364;*364;;;; ;3309857..3310504;CDS;;;;;;216; ;;;;;;;;; comp;3438683..3439531;CDS;;142;142;;;283;142 comp;3439674..3439750;aga;;7;;;7;; comp;3439758..3439832;ggc;;9;;;9;; comp;3439842..3439918;gac;;5;;;5;; comp;3439924..3439999;gta;;8;;;8;; comp;3440008..3440082;gaa;;5;;;;; comp;3440088..3440204;5s;;40;;;;; comp;3440245..3443168;23s;;112;;;;; comp;3443281..3443356;gca;;109;;;;; comp;3443466..3444972;16s;;138;;;;; comp;3445111..3445187;atgj;+;13;;;13;; comp;3445201..3445276;ttc;3 atg;6;;;6;; comp;3445283..3445359;atc;2 cca;6;;;6;; comp;3445366..3445442;cca;2 gga;31;;;31;; comp;3445474..3445549;tgg;2 aac;11;;;11;; comp;3445561..3445637;atgi;;6;;;6;; comp;3445644..3445720;cca;;6;;;6;; comp;3445727..3445817;agc;;11;;;11;; comp;3445829..3445917;tca;;6;;;6;; comp;3445924..3445999;aaa;;12;;;12;; comp;3446012..3446087;caa;;6;;;6;; comp;3446094..3446170;aga;;19;;;19;; comp;3446190..3446263;gga;;11;;;11;; comp;3446275..3446359;tac;;4;;;4;; comp;3446364..3446438;aca;;4;;;4;; comp;3446443..3446518;aac;;31;;;31;; comp;3446550..3446625;aac;;16;;;16;; comp;3446642..3446718;gac;;5;;;5;; comp;3446724..3446799;gta;;6;;;6;; comp;3446806..3446879;gga;;9;;;9;; comp;3446889..3446963;gaa;;15;;;15;; comp;3446979..3447054;atgf;;13;;;13;; comp;3447068..3447156;tta;;5;;;;; comp;3447162..3447278;5s;;213;;;;; comp;3447492..3450406;23s;;196;;;;; comp;3450603..3452109;16s;;239;239;;;; comp;3452349..3452552;CDS;;;;;;68; ;;;;;;;;; comp;3523330..3524046;CDS;;129;129;;;239;129 comp;3524176..3524251;gta;+;8;;8;;; comp;3524260..3524334;gaa;2 fois;20;;20;;; comp;3524355..3524430;aaa;gta gaa aaa;10;;10;;; comp;3524441..3524515;aca;;10;;10;;; comp;3524526..3524602;gac;;7;;7;;; comp;3524610..3524685;gta;;9;;9;;; comp;3524695..3524769;gaa;;5;;5;;; comp;3524775..3524850;aaa;;289;289;;;; ;3525140..3526039;CDS;;;;;;300; </pre> ====psor cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_cumuls|psor cumuls]] <pre> psor cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;17;1;0;0;1;0;1;0;100;9 ;16 23 5s 0;6;20;9;65;50;5;20;1;200;8 ;16 atc gca;0;40;0;6;100;4;40;3;300;13 ;16 23 5s a;2;60;0;0;150;10;60;1;400;4 ;max a;44;80;0;0;200;5;80;1;500;4 ;a doubles;2;100;0;0;250;5;100;3;600;1 ;autres;9;120;0;0;300;8;120;3;700;1 ;total aas;87;140;0;0;350;3;140;4;800;1 sans ;opérons;8;160;0;0;400;1;160;1;900;1 ;1 aa;6;180;0;0;450;4;180;2;1000;0 ;max a;8;200;0;0;500;0;200;0;1100;1 ;a doubles;1;;0;0;;1;;3;;1 ;total aas;17;;9;71;;46;;22;;44 total aas;;104;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;9;10;;206;;119;;304 ;;;variance;5;6;;121;;73;;257 sans jaune;;;moyenne;;;;173;;95;;220 ;;;variance;;;;90;;45;;121 </pre> ====psor blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_blocs|psor blocs]] <pre> I;;I2;I3;I4;;;II;;III;;IV;IV1;IV2 ;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;CDS;124;;; ;;;;;;;CDS;245;riboswitch;96;;; CDS;205;249;348;525;253;40;5s;12;5s;11;CDS;309;5 16s;196;196;196;196;196;78;gga;107;aca;116;16s;196;213 23s;78;78;78;144;144;194;23s;137;23s;196;23s;122;196 5s;85;402;180;228;112;276;16s;253;16s;364;5s;5;239 CDS;;;;;;;CDS;;CDS;;tta;; V;;V2;VI;VI1;VII;VII1;VIII;VIII1;IX;;X;X1; ;;;;;;;;;;;;; CDS;276;264;CDS;431;;;;;CDS;189;gaa;5; 16s;54;123;16s;54;16s;54;16s;54;16s;118;5s;40; gca;114;152;gca;114;gca;114;gca;114;gca;95;23s;112; 23s;41;50;23s;193;23s;193;23s;78;23s;144;gca;109; gga;11;12;5s;5;5s;5;5s;100;5s;131;16s;138; 5s;99;109;tta;9;tta;9;CDS;;CDS;;atgj;; CDS;;;atgi;123;atgi;123;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;; ;CDS;431;;CDS;309;;CDS;142;;CDS;264;; VI;16s;54;IV1;16s;196;;* * * *4aas;8;V2;16s;123;; ;gca;114;;23s;122;;gaa;5;;gca;152;; ;23s;193;;5s;5;;5s;40;;23s;50;; ;5s;5;;tta;13;;23s;112;;gga;12;; ;tta;9;;* * * * 42aas;10;;gca;109;;5s;109;; ;atgi;123;;gta;162;X1;16s;138;;CDS;525;; VII;16s;54;;CDS;25;;atgj;13;I4;16s;196;; ;gca;114;;CDS;249;;* * * *21aas;13;;23s;144;; ;23s;193;I2;16s;196;;tta;5;;5s;228;; ;5s;5;;23s;78;;5s;213;;CDS;;; ;tta;9;;5s;402;;23s;196;;;;; ;atgi;123;;CDS;348;IV2;16s;239;;;;; VIII;16s;54;I3;16s;196;;CDS;;;;;; ;gca;114;;23s;78;;;;;;;; ;23s;78;;5s;180;;;;;;;; ;5s;100;;CDS;;;;;;;;; ;CDS;;;;;;;;;;;; </pre> ====psor distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_distribution|psor distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;3 gga;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca ;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;;;;;;;;;1-3 aas;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;;;;;;;;;2 tta;atc;1;acc;;aac;4;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;2 atgi;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4 cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total psor;;5 *;;;;;5;;psor;12;;;;;;12;;;;;;;;;;;psor;;;4;72;;7;87 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3 aas;;; </pre> ====psor données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_données_intercalaires|psor données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;psor;fx;fc;psor;fx40;fc40;psor;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;23;0;0;23;-1;;52;3;41;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;1;10;8;223;1;1;40;-2;;0;162;138;4* 54;;gca;13;;tta;13;;atgj ;0;20;16;347;2;0;52;-3;;0;195;37;123;;gca;15;;atgf;6;;ttc ;0;30;42;182;3;0;19;-4;1;23;71;306;118;;gca;9;;gaa;6;;atc 2;0;40;52;86;4;0;22;-5;;3;285;404;109;;gca;6;;gga;31;;cca 1;0;50;45;48;5;1;15;-6;;0;111;37;tRNA 23s;;;5;;gta;11;;tgg ;0;60;21;74;6;1;3;-7;;18;426;289;4* 114;;gca;16;;gac;6;;atgi ;0;70;28;60;7;1;4;-8;;50;135;;152;;gca;4;;aac;6;;cca ;1;80;19;87;8;1;15;-9;;0;258;;95;;gca;4;;aca;11;;agc ;0;90;19;67;9;3;24;-10;;2;120;;109;;gca;15;;tac;6;;tca ;0;100;9;76;10;0;29;-11;1;31;142;;23s tRNA;;;14;;cta;12;;aaa ;0;110;18;75;11;2;44;-12;;0;129;;41;;gga;7;;aga;6;;caa ;2;120;15;85;12;1;46;-13;;1;CDS 16s;;50;;gga;11;;caa;19;;aga ;1;130;12;65;13;1;34;-14;;19;205;348;107;;gga;6;;aaa;11;;gga 1;1;140;24;68;14;1;41;-15;;0;309;264;116;;aca;3;;tca;4;;tac ;1;150;17;63;15;1;31;-16;;3;249;364;5s tRNA;;;9;;ttc;4;;aca ;0;160;27;59;16;1;30;-17;;7;276;;4* 5;;tta;8;;atgj;31;;aac ;1;170;26;62;17;2;34;-18;;0;431;;5;;gaa;21;;atgi;16;;aac ;0;180;19;44;18;1;36;-19;;1;525;;tRNA 5s;;;6;;cca;5;;gac ;0;190;24;48;19;3;26;-20;;7;253;;11;;gga;4;;cac;6;;gta ;1;200;22;36;20;3;25;-21;;0;189;;2* 12;;gga;25;;tgc;9;;gga ;0;210;20;40;21;2;20;-22;;1;276;;11;;aca;13;;tta;15;;gaa ;0;220;13;35;22;1;19;-23;;2;253;;tRNA tRNA;;intra;15;;atgf;13;;atgf ;0;230;18;25;23;3;22;-24;;0;239;;2* 9;;tta atgi;9;;gaa;**;;tta ;0;240;15;28;24;2;24;-25;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;;6;;gga;;; ;0;250;7;18;25;3;19;-26;;4;5* 78;;12;;tgc;5;;gta;;; ;1;260;13;24;26;6;16;-27;;0;122;;3;;aac;16;;gac;;; ;0;270;8;15;27;6;18;-28;;0;2* 193;;**;;aca;4;;aac;;; ;0;280;7;22;28;6;14;-29;;3;3* 144;;8;;gta;4;;aca;;; 1;1;290;9;14;29;4;10;-30;;0;40;;20;;gaa;15;;tac;;; ;0;300;13;15;30;9;20;-31;;1;213;;10;;aaa;11;;cta;;; 1;0;310;3;19;31;4;14;-32;;1;16s 23s;;10;;aca;13;;ggc;;; ;0;320;9;11;32;3;12;-33;;0;8* 196;;7;;gac;7;;aga;;; ;0;330;6;14;33;5;8;-34;;0;194;;9;;gta;11;;caa;;; ;0;340;6;10;34;5;5;-35;;0;137;;5;;gaa;6;;aaa;;; ;0;350;4;9;35;7;13;-36;;0;5s CDS;;**;;aaa;3;;tca;;; ;0;360;4;10;36;5;8;-37;;0;85;402;;;;9;;ttc;;; ;0;370;6;8;37;5;2;-38;;0;180;99;;;;8;;atgj;;; ;0;380;2;9;38;8;8;-39;;0;100;112;;;;21;;atgi;;; ;0;390;1;8;39;2;7;-40;;0;109;40;;;;6;;cca;;; ;0;400;2;7;40;8;9;-41;;1;228;;;;;9;;cac;;; 1;1;reste;63;131;reste;574;1489;-42;;0;131;;;;;21;;aaa;;; 7;12;total;692;2350;total;692;2350;-43;;0;245;;;;;6;;tgc;;; 6;11;diagr;629;2196;diagr;118;838;-44;;0;;;;;;10;;cgt;;; 0;1; t30;66;752;;;;-45;;0;;;;;;**;;gta;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;7;;aga;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;9;;ggc;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;5;;gac;;; ;x;692;3;0;695;;;-49;;0;;;;;;8;;gta;;; ;c;2327;235;23;2585;;;-50;;1;;;;;;**;;gaa;;; ;;;;;3280;227;;reste;1;1;;;;;;;;;;; ;;;;;;3507;;total;3;235;;;;;;;;;;; </pre> =====psor autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_autres_intercalaires_aas|psor autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;psor;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas fin;;CDS;1;1332;; deb;;CDS;9847;10620;205; ;;rRNA;10826;12332;196;1507 ;;rRNA;12529;15445;78;2917 ;;rRNA;15524;15640;85;117 fin;;CDS;15726;15947;; deb;;CDS;18845;19297;3; ;;tRNA;19301;19393;27;tcc ;;ncRNA;19421;19685;152; fin;;CDS;19838;21478;; deb;;CDS;24343;24570;309; ;;rRNA;24880;26386;196;1507 ;;rRNA;26583;29499;122;2917 ;;rRNA;29622;29738;5;117 ;;tRNA;29744;29832;13;tta ;;tRNA;29846;29921;15;atgf ;;tRNA;29937;30011;9;gaa ;;tRNA;30021;30094;6;gga ;;tRNA;30101;30176;5;gta ;;tRNA;30182;30258;16;gac ;;tRNA;30275;30350;4;aac ;;tRNA;30355;30429;4;aca ;;tRNA;30434;30518;15;tac ;;tRNA;30534;30617;14;cta ;;tRNA;30632;30708;7;aga ;;tRNA;30716;30791;11;caa ;;tRNA;30803;30878;6;aaa ;;tRNA;30885;30973;3;tca ;;tRNA;30977;31052;9;ttc ;;tRNA;31062;31138;8;atgj ;;tRNA;31147;31223;21;atgi ;;tRNA;31245;31321;6;cca ;;tRNA;31328;31404;4;cac ;;tRNA;31409;31482;25;tgc ;;tRNA;31508;31596;13;tta ;;tRNA;31610;31685;15;atgf ;;tRNA;31701;31775;9;gaa ;;tRNA;31785;31858;6;gga ;;tRNA;31865;31940;5;gta ;;tRNA;31946;32022;16;gac ;;tRNA;32039;32114;4;aac ;;tRNA;32119;32193;4;aca ;;tRNA;32198;32282;15;tac ;;tRNA;32298;32381;11;cta ;;tRNA;32393;32467;13;ggc ;;tRNA;32481;32557;7;aga ;;tRNA;32565;32640;11;caa ;;tRNA;32652;32727;6;aaa ;;tRNA;32734;32822;3;tca ;;tRNA;32826;32901;9;ttc ;;tRNA;32911;32987;8;atgj ;;tRNA;32996;33072;21;atgi ;;tRNA;33094;33170;6;cca ;;tRNA;33177;33253;9;cac ;;tRNA;33263;33338;21;aaa ;;tRNA;33360;33433;6;tgc ;;tRNA;33440;33516;10;cgt ;;tRNA;33527;33602;162;gta fin;;CDS;33765;34016;; deb;;CDS;34042;34455;249; ;;rRNA;34705;36211;196;1507 ;;rRNA;36408;39324;78;2917 ;;rRNA;39403;39519;402;117 deb;comp;CDS;39922;40113;348; ;;rRNA;40462;41968;196;1507 ;;rRNA;42165;45081;78;2917 ;;rRNA;45160;45276;180;117 fin;;CDS;45457;47394;; deb;;CDS;101428;102144;276; ;;rRNA;102421;103927;54;1507 ;;tRNA;103982;104057;114;gca ;;rRNA;104172;107096;41;2925 ;;tRNA;107138;107211;11;gga ;;rRNA;107223;107339;99;117 fin;comp;CDS;107439;108617;; deb;;CDS;111345;111884;431; ;;rRNA;112316;113822;54;1507 ;;tRNA;113877;113952;114;gca ;;rRNA;114067;116982;193;2916 ;;rRNA;117176;117292;5;117 ;;tRNA;117298;117386;9;tta ;;tRNA;117396;117472;123;atgi ;;rRNA;117596;119102;54;1507 ;;tRNA;119157;119232;114;gca ;;rRNA;119347;122263;193;2917 ;;rRNA;122457;122573;5;117 ;;tRNA;122579;122667;9;tta ;;tRNA;122677;122753;123;atgi ;;rRNA;122877;124383;54;1507 ;;tRNA;124438;124513;114;gca ;;rRNA;124628;127549;78;2922 ;;rRNA;127628;127744;100;117 fin;;CDS;127845;129260;; deb;;CDS;157173;157352;467; ;;regulatory;157820;157903;46; fin;;CDS;157950;158441;; deb;comp;CDS;215388;216260;264; ;;rRNA;216525;218030;123;1506 ;;tRNA;218154;218229;152;gca ;;rRNA;218382;221296;50;2915 ;;tRNA;221347;221420;12;gga ;;rRNA;221433;221549;109;117 deb;;CDS;221659;221940;525; ;;rRNA;222466;223972;196;1507 ;;rRNA;224169;227083;144;2915 ;;rRNA;227228;227344;228;117 fin;;CDS;227573;227989;; deb;;CDS;349139;349594;119; ;;tmRNA;349714;350063;508; fin;;CDS;350572;351813;; deb;;CDS;449964;450266;253; ;;rRNA;450520;452026;196;1507 ;;rRNA;452223;455139;144;2917 ;;rRNA;455284;455400;112;117 fin;comp;CDS;455513;456616;; deb;;CDS;498418;499074;189; ;;rRNA;499264;500770;118;1507 ;;tRNA;500889;500964;95;gca ;;rRNA;501060;503976;144;2917 ;;rRNA;504121;504237;131;117 fin;;CDS;504369;504551;; deb;;CDS;535194;536090;85; ;;ncRNA;536176;536362;27; fin;comp;CDS;536390;537400;; deb;;CDS;546886;550416;41; ;comp;tRNA;550458;550544;138;ttg fin;;CDS;550683;553325;; deb;;CDS;608009;608683;195; ;;tRNA;608879;608975;37;tga fin;comp;CDS;609013;609732;; deb;;CDS;664519;665208;281; 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dir ;378341..380728;;cds;;583;*583;2388;;796;;cadmium-translocating P-type ATPase dir ;381312..382819;;16s;;311;;1508;;;; dir ;383131..386030;;23s;;126;;2900;;;; dir ;386157..386273;;5s;;177;177;117;;;177; dir ;386451..387059;;cds;;;;609;;203;;DedA family protein ;;;;;;;;;;; comp;833130..833894;;cds;;258;258;765;;255;;DeoR/GlpR transcriptional regulator dir ;834153..834243;;agc;;87;87;91;;;87; dir ;834331..835119;;cds;;;;789;;263;;flagellar motor protein ;;;;;;;;;;; dir ;1089165..1090139;;cds;;239;239;975;;325;239;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase dir ;1090379..1091886;;16s;;320;;1508;;;; dir ;1092207..1095106;;23s;;91;;2900;;;; dir ;1095198..1095271;;gga;@2;8;;74;;;; dir ;1095280..1095396;;5s;;273;273;117;;;; dir ;1095670..1097688;;cds;;;;2019;;673;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase ;;;;;;;;;;; comp;1181549..1182958;;cds;;1374;*1374;1410;;470;;MBOAT family protein comp;1184333..1184415;;ttg;;318;318;83;;;318; dir ;1184734..1187382;;cds;;;;2649;;883;;DNA polymerase I ;;;;;;;;;;; dir ;1835768..1837498;;cds;;109;109;1731;;577;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein dir ;1837608..1837688;;cta;;231;231;81;;;; <dir ;1837920..1838093;;cds;;;;174;;58;;HXXEE domain-containing protein ;;;;;;;;;;; dir ;2981767..2982444;;cds;;159;159;678;;226;159;sortase SrtB comp;2982604..2982678;;aca;@3;94;;75;;;; comp;2982773..2985672;;23s;;184;;2900;;;; comp;2985857..2987364;;16s;;340;340;1508;;;; dir ;2987705..2988643;;cds;;;;939;;313;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase ;;;;;;;;;;; comp;3787361..3788431;;cds;;454;*454;1071;;357;;ABC transporter ATP-binding protein comp;3788886..3789002;;5s;;126;;117;;;; comp;3789129..3792028;;23s;;281;;2900;;;; comp;3792310..3793817;;16s;;191;191;1508;;;191; comp;3794009..3794587;;cds;;;;579;;193;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase ;;;;;;;;;;; comp;3944262..3944453;;cds;;119;119;192;;64;119;DUF378 domain-containing protein comp;3944573..3944689;;5s;;126;;117;;;; comp;3944816..3947715;;23s;;217;;2900;;;; comp;3947933..3949440;;16s;;282;282;1508;;;; comp;3949723..3950004;;cds;;221;221;282;;94;;hp comp;3950226..3951755;;cds;;;;1530;;510;;lysine--tRNA ligase ;;;;;;;;;;; dir ;4084445..4085437;;cds;;382;*382;993;;331;;DNA replication protein DnaC comp;4085820..4085894;;aca;;33;;75;;;; comp;4085928..4086003;;gta;;4;;76;;;; comp;4086008..4086082;;gaa;;6;;75;;;; comp;4086089..4086164;;aaa;;326;326;76;;;326; comp;4086491..4087780;;cds;;;;1290;;430;;adenylosuccinate synthase </pre> ====cdc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_cumuls|cdc cumuls]] <pre> cdc cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;;0;1;1;1;1;100;3 ;16 23 5s 0;3;20;2;61;50;1;20;0;200;5 ;16 gca 235;3;40;1;4;100;3;40;0;300;7 ;16 23 5s a;2;60;;1;150;3;60;0;400;5 ;max a;43;80;;0;200;4;80;1;500;3 ;a doubles;2;100;;2;250;4;100;1;600;3 ;autres;2;120;;0;300;4;120;2;700;1 ;total aas;75;140;;0;350;4;140;1;800;2 sans ;opérons;5;160;;0;400;2;160;1;900;1 ;1 aa;4;180;;0;450;0;180;1;1000;0 ;max a;4;200;;0;500;1;200;1;1100;0 ;a doubles;0;;;0;;5;;4;;1 ;total aas;8;;3;68;;32;;13;;31 total aas;;83;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;14;12;;313;;165;;378 ;;;variance;;15;;283;;94;;259 sans jaune;;;moyenne;;9;;206;;;;286 ;;;variance;;5;;107;;;;144 </pre> ====cdc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_blocs|cdc blocs]] <pre> 7.11.19 Tanger;;;;;;;;;;;;;; cdc blocs;groupes;;types;;;;absents;;;;;;; ;cds;281;I;;;;;II;;III;;IV;IV1;IV2 IV2;16s;279;;;;;;;;;;;; ;23s;131;CDS;583;454;119;;cds;239;;;;; ;5s;6;16s;311;126;126;;16s;320;cds;159;cds;505;281 ;aac;4;23s;126;281;217;;23s;91;aca;94;16s;279;279 ;**16aas;3;5s;177;191;282;;gga;8;23s;184;23s;180;131 ;ttc;7;CDS;;;;;5s;273;16s;340;5s;6;6 ;atgj;114;;;;;;cds;;cds;;aac;6;4 VIII1;16s;68;;;;;;;;;;;; ;gca;271;;;;;;V;;V2;VI;VI1;VII;VII1 ;23s;126;;;;;;;;;;;; ;5s;213;;;;;;;;;;;; ;cds;372;;;;;;;;;;;; ;cds;21;;;;;;VIII;VIII1;IX;;X;X1; ;cds;776;;;;;;;;;;cds;21; X1;16s;52;;;;;;atgj;114;cds;179;cds;776; ;gca;373;;;;;;16s;68;16s;52;16s;52; ;23s;126;;;;;;gca;271;gca;249;gca;373; ;5s;7;;;;;;23s;126;23s;111;23s;126; ;aac;5;;;;;;5s;213;5s;126;5s;7; ;**7aas;9;;;;;;cds;372;cds;;aac;5; ;aga;975;;;;;;;;;;;; ;cds;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cdc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_distribution|cdc distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;2;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;gga 1;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca 1;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;1;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4 cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;3;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cdc;;4 *;;;;;4;;cdc;4;;;;;;4;;;;;;;;;;;cdc;;;2 *;70;;3;75 </pre> ====cdc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_données_intercalaires|cdc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cdc;fx;fc;cdc;fx40;fc40;cdc;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;0;37;0;0;37;-1;;59;0;258;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;3;242;1;0;52;-2;;0;75;318;3* 55;;gca;6;;aac;4;;aac ;0;20;0;311;2;0;55;-3;;1;975;159;tRNA 16s;;;15;;tta;5;;gaa ;0;30;0;210;3;1;21;-4;1;44;87;382;116;;atgj;7;;atgf;5;;gta ;0;40;1;134;4;2;26;-5;;0;1374;;tRNA 23s;;;9;;gaa;10;;gac ;0;50;2;79;5;0;15;-6;;0;109;;250;;gca;5;;gga;14;;aca ;0;60;7;80;6;0;6;-7;;16;150;;272;;;5;;gta;9;;tac ;0;70;7;66;7;0;11;-8;;61;242;;374;;;9;;gac;10;;gga ;1;80;10;68;8;0;12;-9;;0;326;;23s tRNA;;;14;;aca;9;;aga ;1;90;17;63;9;0;20;-10;;3;CDS 16s;;92;;gga;8;;tac;11;;caa ;0;100;17;67;10;0;24;-11;;30;181;507;95;;aca;29;;cta;2;;aaa ;1;110;13;85;11;0;35;-12;;0;283;342;5s tRNA;;;7;;aga;17;;tca ;0;120;25;74;12;0;45;-13;;7;778;;2* 6;;aac;88;;caa;8;;agc ;0;130;22;55;13;0;25;-14;;17;585;;7;;aac;3;;tca;85;;cca ;0;140;20;44;14;0;41;-15;;0;241;;tRNA 5s;;;6;;ttc;60;;tgg ;1;150;16;50;15;0;30;-16;;2;193;;8;;gga;14;;atgj;6;;cca 1;0;160;25;41;16;0;26;-17;;12;284;;tRNA tRNA;;;23;;atgi;3;;atc ;0;170;23;34;17;0;35;-18;;0;23s 5s;;33;;aca;7;;cca;7;;ttc ;0;180;19;39;18;0;29;-19;;1;114;;4;;gta;8;;cac;**;;atgj ;0;190;24;46;19;0;21;-20;;8;181;;6;;gaa;7;;aaa;5;;aac ;0;200;13;39;20;0;24;-21;;0;132;;**;;aaa;6;;tgc;15;;tta ;0;210;20;29;21;0;25;-22;;0;5* 127;;;;;5;;aac;7;;atgf ;0;220;27;40;22;0;18;-23;;5;16s 23s;;;;;15;;tta;14;;gaa ;0;230;16;32;23;0;24;-24;;1;2* 283;;;;;7;;atgf;5;;gga ;0;240;8;27;24;0;22;-25;;1;315;;;;;9;;gaa;5;;gta ;1;250;12;28;25;0;22;-26;;5;324;;;;;5;;gga;10;;gac 1;0;260;18;32;26;0;17;-27;;0;188;;;;;5;;gta;9;;ggc ;0;270;19;31;27;0;18;-28;;0;285;;;;;9;;gac;**;;aga ;0;280;16;22;28;0;23;-29;;6;221;;;;;14;;aca;;; ;0;290;12;34;29;0;23;-30;;0;5s CDS;;;;;9;;tac;;; ;0;300;14;24;30;0;18;-31;;0;126;213;;;;23;;cta;;; ;0;310;8;24;31;0;21;-32;;5;177;;;;;24;;ggc;;; 1;0;320;14;24;32;0;17;-33;;0;273;;;;;9;;aga;;; ;1;330;12;24;33;0;12;-34;;0;454;;;;;8;;caa;;; ;0;340;13;17;34;0;12;-35;;1;119;;;;;2;;aaa;;; ;0;350;6;15;35;0;18;-36;;0;;;;;;3;;tca;;; ;0;360;11;15;36;0;14;-37;;1;;;;;;6;;ttc;;; ;0;370;9;17;37;0;10;-38;;0;;;;;;14;;atgj;;; ;0;380;6;16;38;0;11;-39;;0;;;;;;17;;atgi;;; 1;0;390;7;16;39;0;10;-40;;1;;;;;;8;;cac;;; ;0;400;3;12;40;1;9;-41;;0;;;;;;7;;aaa;;; ;2;reste;125;246;reste;636;1655;-42;;0;;;;;;7;;tgc;;; 4;9;total;640;2589;total;640;2589;-43;;0;;;;;;12;;cgt;;; 4;6;diagr;515;2306;diagr;4;897;-44;;1;;;;;;**;;gta;;; 0;0; t30;3;763;;;;-45;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;; ;x;640;2;0;642;;;-49;;0;;;;;;;;;;; ;c;2552;296;37;2885;;;-50;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;3527;282;;reste;1;5;;;;;;;;;;; ;;;;;;3809;;total;2;296;;;;;;;;;;; </pre> =====cdc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_autres_intercalaires_aas|cdc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cdc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;9857;10630;181;*; ;;rRNA;10812;12314;55;*;1503 ;;tRNA;12370;12445;250;*;gca ;;rRNA;12696;15593;114;*;2898 ;;rRNA;15708;15824;126;*;117 fin;;CDS;15951;16460;;; deb;;CDS;16472;17353;126;*; ;;misc_b;17480;17686;124;*; fin;;CDS;17811;19082;;; deb;;CDS;19402;19857;0;*; ;;tRNA;19858;19949;37;*;tcc ;;ncRNA;19987;20251;76;*; fin;;CDS;20328;21965;;; deb;comp;CDS;23419;24624;507;*; ;;rRNA;25132;26634;283;*;1503 ;;rRNA;26918;29815;181;*;2898 ;;rRNA;29997;30113;6;*;117 ;;tRNA;30120;30194;6;*;aac ;;tRNA;30201;30286;15;*;tta ;;tRNA;30302;30377;7;*;atgf ;;tRNA;30385;30459;9;*;gaa ;;tRNA;30469;30542;5;*;gga ;;tRNA;30548;30623;5;*;gta ;;tRNA;30629;30705;9;*;gac ;;tRNA;30715;30789;14;*;aca ;;tRNA;30804;30888;8;*;tac ;;tRNA;30897;30980;29;*;cta ;;tRNA;31010;31086;7;*;aga ;;tRNA;31094;31169;88;*;caa ;;tRNA;31258;31346;3;*;tca ;;tRNA;31350;31425;6;*;ttc ;;tRNA;31432;31505;14;*;atgj ;;tRNA;31520;31596;23;*;atgi ;;tRNA;31620;31696;7;*;cca ;;tRNA;31704;31780;8;*;cac ;;tRNA;31789;31864;7;*;aaa ;;tRNA;31872;31945;6;*;tgc ;;tRNA;31952;32026;5;*;aac ;;tRNA;32032;32117;15;*;tta ;;tRNA;32133;32208;7;*;atgf ;;tRNA;32216;32290;9;*;gaa ;;tRNA;32300;32373;5;*;gga ;;tRNA;32379;32454;5;*;gta ;;tRNA;32460;32536;9;*;gac ;;tRNA;32546;32620;14;*;aca ;;tRNA;32635;32719;9;*;tac ;;tRNA;32729;32812;23;*;cta ;;tRNA;32836;32910;24;*;ggc ;;tRNA;32935;33011;9;*;aga ;;tRNA;33021;33096;8;*;caa ;;tRNA;33105;33180;2;*;aaa ;;tRNA;33183;33271;3;*;tca ;;tRNA;33275;33350;6;*;ttc ;;tRNA;33357;33430;14;*;atgj ;;tRNA;33445;33521;17;*;atgi ;;tRNA;33539;33615;8;*;cac ;;tRNA;33624;33699;7;*;aaa ;;tRNA;33707;33780;7;*;tgc ;;tRNA;33788;33864;12;*;cgt ;;tRNA;33877;33952;75;*;gta fin;;CDS;34028;34441;;; deb;;CDS;72345;72830;94;*; ;;misc_b;72925;73133;63;*; fin;;CDS;73197;74912;;; deb;;CDS;90506;91204;51;*; ;;misc_f;91256;91384;42;*; fin;;CDS;91427;91933;;; deb;;CDS;127011;127715;283;*; ;;rRNA;127999;129502;283;*;1504 ;;rRNA;129786;132684;132;*;2899 ;;rRNA;132817;132933;6;*;117 ;;tRNA;132940;133014;4;*;aac ;;tRNA;133019;133093;5;*;gaa ;;tRNA;133099;133174;5;*;gta ;;tRNA;133180;133256;10;*;gac ;;tRNA;133267;133341;14;*;aca ;;tRNA;133356;133440;9;*;tac ;;tRNA;133450;133523;10;*;gga ;;tRNA;133534;133610;9;*;aga ;;tRNA;133620;133695;11;*;caa ;;tRNA;133707;133782;2;*;aaa ;;tRNA;133785;133873;17;*;tca ;;tRNA;133891;133981;8;*;agc ;;tRNA;133990;134066;85;*;cca ;;tRNA;134152;134227;60;*;tgg ;;tRNA;134288;134364;6;*;cca ;;tRNA;134371;134447;3;*;atc ;;tRNA;134451;134526;7;*;ttc ;;tRNA;134534;134610;116;*;atgj ;;rRNA;134727;136128;55;*;1402 ;;tRNA;136184;136259;272;*;gca ;;rRNA;136532;139429;127;*;2898 ;;rRNA;139557;139673;213;*;117 fin;comp;CDS;139887;141071;;0; deb;;CDS;143817;144356;778;*; ;;rRNA;145135;146637;55;*;1503 ;;tRNA;146693;146768;374;*;gca ;;rRNA;147143;150040;127;*;2898 ;;rRNA;150168;150284;7;*;117 ;;tRNA;150292;150366;5;*;aac ;;tRNA;150372;150457;15;*;tta ;;tRNA;150473;150548;7;*;atgf ;;tRNA;150556;150630;14;*;gaa ;;tRNA;150645;150718;5;*;gga ;;tRNA;150724;150799;5;*;gta ;;tRNA;150805;150881;10;*;gac ;;tRNA;150892;150966;9;*;ggc ;;tRNA;150976;151049;975;*;aga fin;;CDS;152025;152864;;; deb;comp;CDS;171557;172066;188;*; ;;regulatory;172255;172358;136;*; fin;;CDS;172495;173688;;; deb;;CDS;193614;194780;59;*; ;;regulatory;194840;194957;124;*; fin;;CDS;195082;195687;;; deb;;CDS;253195;254327;59;*; ;;regulatory;254387;254488;220;*; fin;;CDS;254709;256244;;; deb;;CDS;309184;310275;308;*; ;;regulatory;310584;310674;406;*; fin;;CDS;311081;311398;;; deb;;CDS;378341;380728;585;*; ;;rRNA;381314;382816;315;*;1503 ;;rRNA;383132;386029;127;*;2898 ;;rRNA;386157;386273;177;*;117 fin;;CDS;386451;387059;;0; deb;;CDS;393173;394945;131;*; ;;regulatory;395077;395269;188;*; fin;;CDS;395458;396210;;; deb;comp;CDS;518815;519642;205;*; ;;regulatory;519848;519954;69;*; fin;;CDS;520024;520344;;0; deb;;CDS;601016;601618;560;*; ;;misc_b;602179;602417;63;*; fin;;CDS;602481;604400;;; deb;;CDS;703255;703989;800;*; ;;regulatory;704790;704866;264;*; fin;;CDS;705131;706387;;; deb;;CDS;774245;775042;343;*; ;;misc_b;775386;775620;49;*; fin;;CDS;775670;776689;;; deb;comp;CDS;833130;833894;258;*; ;;tRNA;834153;834243;87;*;agc fin;;CDS;834331;835119;;; deb;;CDS;840990;843056;591;*; ;;misc_b;843648;843858;225;*; fin;;CDS;844084;844899;;; deb;;CDS;1027707;1028153;147;*; ;;misc_b;1028301;1028547;123;*; fin;;CDS;1028671;1030413;;; deb;;CDS;1089165;1090139;241;*; ;;rRNA;1090381;1091883;324;*;1503 ;;rRNA;1092208;1095105;92;*;2898 ;;tRNA;1095198;1095271;8;*;gga ;;rRNA;1095280;1095396;273;*;117 fin;;CDS;1095670;1097688;;; deb;;CDS;1140023;1140928;114;*; ;;ncRNA;1141043;1141223;182;*; fin;;CDS;1141406;1142623;;0; deb;comp;CDS;1181549;1182958;1374;*; ;comp;tRNA;1184333;1184415;318;*;ttg fin;;CDS;1184734;1187382;;; deb;;CDS;1221766;1222134;91;*; ;;regulatory;1222226;1222332;102;*; fin;;CDS;1222435;1223640;;0; deb;;CDS;1292920;1293819;907;*; ;;repeat_region;1294727;1295680;1216;*; fin;;CDS;1296897;1297052;;; deb;;CDS;1347580;1348659;142;*; ;;misc_b;1348802;1349040;67;*; fin;;CDS;1349108;1351747;;; deb;;CDS;1503182;1503538;530;*; ;;repeat_region;1504069;1504755;391;*; fin;comp;CDS;1505147;1506880;;; deb;comp;CDS;1512381;1512557;53;*; ;comp;regulatory;1512611;1512707;354;*; fin;comp;CDS;1513062;1513736;;; deb;;CDS;1583597;1584714;449;*; ;;regulatory;1585164;1585270;105;*; fin;;CDS;1585376;1586341;;; deb;;CDS;1612685;1614778;660;*; ;;repeat_region;1615439;1615732;167;*; fin;comp;CDS;1615900;1616184;;0; deb;;CDS;1620655;1621623;151;*; ;;misc_b;1621775;1622027;71;*; fin;;CDS;1622099;1623307;;0; deb;;CDS;1668527;1669288;160;*; ;;misc_b;1669449;1669706;112;*; fin;;CDS;1669819;1670058;;; deb;;CDS;1708973;1709134;741;*; ;;repeat_region;1709876;1710232;238;*; fin;;CDS;1710471;1710659;;; deb;;CDS;1710778;1711644;452;*; ;;repeat_region;1712097;1712386;122;*; fin;;CDS;1712509;1713036;;; deb;;CDS;1745654;1747510;82;*; ;;misc_b;1747593;1747833;65;*; ;;misc_b;1747899;1748134;84;*; fin;;CDS;1748219;1749436;;; deb;;CDS;1770800;1771111;92;*; ;;regulatory;1771204;1771296;99;*; fin;;CDS;1771396;1772190;;; deb;comp;CDS;1833191;1833988;112;*; ;comp;regulatory;1834101;1834206;91;*; deb;comp;CDS;1834298;1835284;163;*; ;;regulatory;1835448;1835624;143;*; deb;;CDS;1835768;1837498;109;*; ;;tRNA;1837608;1837688;896;*;cta ;;regulatory;1838585;1838689;209;*; fin;;CDS;1838899;1839933;;; deb;comp;CDS;1847745;1849016;646;*; ;;repeat_region;1849663;1850878;408;*; fin;;CDS;1851287;1851574;;0; deb;comp;CDS;1869839;1870468;364;*; ;;regulatory;1870833;1870876;100;*; fin;;CDS;1870977;1871945;;; deb;comp;CDS;1886422;1887495;161;*; ;comp;regulatory;1887657;1887778;188;*; deb;;CDS;1887967;1890450;87;*; ;;regulatory;1890538;1890649;141;*; fin;;CDS;1890791;1892092;;; deb;;CDS;1903300;1903731;430;*; ;;misc_b;1904162;1904373;162;*; fin;;CDS;1904536;1905825;;; deb;;CDS;1963260;1964567;85;*; ;;misc_b;1964653;1964915;125;*; fin;;CDS;1965041;1965844;;; deb;;CDS;1974995;1975732;110;*; ;;misc_b;1975843;1976050;252;*; fin;;CDS;1976303;1977502;;; deb;;CDS;2015338;2017995;53;*; ;;regulatory;2018049;2018151;109;*; fin;;CDS;2018261;2019526;;; deb;comp;CDS;2142818;2143108;130;*; ;comp;regulatory;2143239;2143338;619;*; ;;regulatory;2143958;2144047;52;*; fin;;CDS;2144100;2144276;;0; deb;comp;CDS;2153631;2154182;150;*; ;comp;misc_b;2154333;2154596;435;*; fin;comp;CDS;2155032;2155430;;; deb;comp;CDS;2155785;2156270;82;*; ;comp;regulatory;2156353;2156446;556;*; deb;comp;CDS;2157003;2157185;226;*; ;;regulatory;2157412;2157509;54;*; fin;;CDS;2157564;2157740;;; deb;comp;CDS;2192160;2193194;253;*; ;comp;misc_b;2193448;2193661;222;*; fin;comp;CDS;2193884;2194648;;0; deb;comp;CDS;2199791;2200075;110;*; ;;repeat_region;2200186;2200869;830;*; fin;comp;CDS;2201700;2202572;;; deb;comp;CDS;2207935;2209128;81;*; ;comp;regulatory;2209210;2209378;110;*; fin;comp;CDS;2209489;2210106;;; deb;comp;CDS;2274866;2276242;93;*; ;comp;regulatory;2276336;2276438;249;*; fin;;CDS;2276688;2278034;;; deb;comp;CDS;2289838;2290746;801;*; ;;misc_b;2291548;2291779;107;*; fin;;CDS;2291887;2293368;;; deb;comp;CDS;2432824;2434221;76;*; ;comp;misc_b;2434298;2434531;168;*; fin;comp;CDS;2434700;2434903;;; deb;comp;CDS;2473840;2475960;427;*; ;;regulatory;2476388;2476476;189;*; fin;;CDS;2476666;2478033;;0; deb;comp;CDS;2501260;2501931;184;*; ;;regulatory;2502116;2502205;53;*; fin;;CDS;2502259;2502435;;; deb;comp;CDS;2524251;2524823;182;*; ;comp;regulatory;2525006;2525107;105;*; fin;comp;CDS;2525213;2526364;;; deb;comp;CDS;2555495;2555866;103;*; ;comp;regulatory;2555970;2556080;331;*; fin;comp;CDS;2556412;2558106;;0; deb;comp;CDS;2595509;2596213;63;*; ;comp;regulatory;2596277;2596371;195;*; fin;comp;CDS;2596567;2597583;;; deb;comp;CDS;2695506;2696213;150;*; ;comp;tRNA;2696364;2696460;242;*;tga fin;comp;CDS;2696703;2697542;;; deb;comp;CDS;2719492;2720808;86;*; ;comp;misc_b;2720895;2721106;78;*; fin;comp;CDS;2721185;2721980;;0; deb;comp;CDS;2845118;2845816;42;*; ;comp;misc_b;2845859;2846099;90;*; fin;comp;CDS;2846190;2847593;;0; deb;comp;CDS;2854480;2857587;92;*; ;comp;misc_b;2857680;2857912;174;*; fin;comp;CDS;2858087;2858614;;; deb;comp;CDS;2947183;2948184;58;*; ;comp;misc_b;2948243;2948498;133;*; fin;comp;CDS;2948632;2949822;;; deb;comp;CDS;2957885;2958538;329;*; ;;regulatory;2958868;2958969;72;*; fin;;CDS;2959042;2960385;;; deb;comp;CDS;2978480;2981023;277;*; ;comp;ncRNA;2981301;2981635;131;*; deb;;CDS;2981767;2982444;159;*; ;comp;tRNA;2982604;2982678;95;*;aca ;comp;rRNA;2982774;2985671;188;*;2898 ;comp;rRNA;2985860;2987362;342;*;1503 fin;;CDS;2987705;2988643;;0; deb;comp;CDS;3090012;3095975;123;*; ;comp;regulatory;3096099;3096184;171;*; fin;comp;CDS;3096356;3097759;;; deb;comp;CDS;3135811;3136473;99;*; ;comp;regulatory;3136573;3136658;185;*; deb;comp;CDS;3136844;3139798;112;*; ;comp;regulatory;3139911;3139996;125;*; fin;comp;CDS;3140122;3141300;;0; deb;comp;CDS;3244007;3244435;189;*; ;;repeat_region;3244625;3246042;183;*; fin;comp;CDS;3246226;3246492;;; deb;comp;CDS;3274824;3275954;227;*; ;comp;regulatory;3276182;3276363;52;*; fin;comp;CDS;3276416;3277309;;; deb;comp;CDS;3405889;3407280;143;*; ;comp;regulatory;3407424;3407603;271;*; fin;comp;CDS;3407875;3409527;;; deb;comp;CDS;3489429;3490850;579;*; ;;repeat_region;3491430;3492052;252;*; fin;comp;CDS;3492305;3494290;;; deb;;CDS;3508604;3509509;673;*; ;comp;tmRNA;3510183;3510532;157;*; fin;comp;CDS;3510690;3511145;;0; deb;;CDS;3600566;3601447;77;*; ;;regulatory;3601525;3601699;172;*; fin;;CDS;3601872;3602873;;; deb;comp;CDS;3636881;3639547;75;*; ;comp;misc_b;3639623;3639885;300;*; fin;comp;CDS;3640186;3641013;;; deb;comp;CDS;3654516;3655193;579;*; ;comp;regulatory;3655773;3655856;232;*; fin;comp;CDS;3656089;3656931;;; deb;comp;CDS;3689422;3690501;287;*; ;;regulatory;3690789;3690904;174;*; fin;;CDS;3691079;3692449;;0; deb;comp;CDS;3749041;3749442;795;*; ;;regulatory;3750238;3750334;53;*; fin;;CDS;3750388;3750564;;; deb;comp;CDS;3787361;3788431;454;*; ;comp;rRNA;3788886;3789002;127;*;117 ;comp;rRNA;3789130;3792027;285;*;2898 ;comp;rRNA;3792313;3793815;193;*;1503 fin;comp;CDS;3794009;3794587;;; deb;comp;CDS;3810367;3811866;129;*; ;comp;regulatory;3811996;3812175;66;*; fin;comp;CDS;3812242;3812856;;; deb;comp;CDS;3905129;3905650;161;*; ;comp;regulatory;3905812;3905897;839;*; fin;comp;CDS;3906737;3907687;;; deb;comp;CDS;3931996;3933933;83;*; ;comp;misc_b;3934017;3934263;65;*; fin;comp;CDS;3934329;3934850;;; deb;comp;CDS;3944262;3944453;119;*; ;comp;rRNA;3944573;3944689;127;*;117 ;comp;rRNA;3944817;3947714;221;*;2898 ;comp;rRNA;3947936;3949438;284;*;1503 fin;comp;CDS;3949723;3949917;;; deb;;CDS;4084445;4085437;382;*; ;comp;tRNA;4085820;4085894;33;*;aca ;comp;tRNA;4085928;4086003;4;*;gta ;comp;tRNA;4086008;4086082;6;*;gaa ;comp;tRNA;4086089;4086164;326;*;aaa fin;comp;CDS;4086491;4087780;;; </pre> ====cdc psor==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_psor|cdc psor]] <pre> cdc-psor comparaison;;7.11.19 Tanger;;;comparaisons internes cdc, psor;;;; cdc;intercal;psor;intercal;diff;cdc;intercal;cdc;intercal;diff cds;505;CDS;309;;cds;505;cds;281; 16s;279;16s;196;;16s;279;16s;279; 23s;180;23s;122;;23s;180;23s;131; 5s;6;5s;5;;5s;6;5s;6; aac;6;tta;13;;aac;6;aac;4; tta;15;atg;15;-2;tta;15;gaa;5; atgf;7;gaa;9;8;atgf;7;gta;5; gaa;9;gga;6;0;gaa;9;gac;10; gga;5;gta;5;1;gga;5;aca;14; gta;5;gac;16;;gta;5;tac;9;0 gac;9;aac;4;;gac;9;gga;10;1 aca;14;aca;4;-10;aca;14;aga;9;0 tac;8;tac;15;7;tac;8;caa;11; cta;29;cta;14;-15;cta;29;aaa;2; aga;7;aga;7;0;aga;7;tca;17;2 caa;88;caa;11;;caa;88;agc;8; tca;3;aaa;6;;tca;3;cca;85; ttc;6;tca;3;0;ttc;6;tgg;60; atgj;11;ttc;9;3;atgj;11;cca;6; atgi;23;atg;8;-3;atgi;23;atc;3; cca;7;atg;21;-2;cca;7;ttc;7; cac;8;cca;6;-1;cac;8;atgj;114; aaa;7;cac;4;;aaa;7;16s;; tgc;6;tgc;25;;tgc;6;cds;776; aac;5;tta;13;-2;aac;5;16s;52; tta;15;atg;15;8;tta;15;gca;373; atgf;7;gaa;9;0;atgf;7;23s;126; gaa;9;gga;6;1;gaa;9;5s;7; gga;5;gta;5;0;gga;5;aac;5; gta;5;gac;16;;gta;5;tta;15;0 gac;9;aac;4;;gac;9;atgf;7;1 aca;14;aca;4;-10;aca;14;gaa;14;0 tac;9;tac;15;6;tac;9;gga;5; cta;23;cta;11;-12;cta;23;gta;5; ggc;24;ggc;13;-11;ggc;24;gac;10; aga;9;aga;7;-2;aga;9;ggc;9;0 caa;8;caa;11;3;caa;8;aga;975;3 aaa;2;aaa;6;4;aaa;2;cds;;0 tca;3;tca;3;0;tca;3;;; ttc;6;ttc;9;3;ttc;6;;; atgj;11;atg;8;-3;atgj;11;;; atgi;17;atg;21;;atgi;17;;; cac;8;cca;6;;cac;8;;; aaa;7;cac;9;1;aaa;7;;; tgc;7;aaa;21;14;tgc;7;;; cgt;12;tgc;6;-1;cgt;12;;; gta;75;cgt;10;-2;gta;75;;; cds;;gta;162;;cds;;;; ;;CDS;;;;;;; ;;;;;psor;;psor;intercal;diff cds;776;;;;CDS;309;CDS;239; 16s;52;;;;16s;196;16s;196; gca;373;;;;23s;122;23s;213; 23s;126;;;;5s;5;5s;5; 5s;7;atg;138;;tta;13;tta;13;0 aac;5;16s;109;;atg;15;atg;15;0 tta;15;gca;112;;gaa;9;gaa;9;0 atgf;7;23s;40;;gga;6;gga;6;0 gaa;14;5s;5;;gta;5;gta;5;0 gga;5;gaa;8;;gac;16;gac;16;0 gta;5;gta;5;0;aac;4;aac;31; gac;10;gac;9;-1;aca;4;aac;4; ggc;9;ggc;7;-2;tac;15;aca;4;0 aga;975;aga;142;;cta;14;tac;11;-4 cds;;CDS;;;aga;7;gga;19;5 ;;;;;caa;11;aga;6;-1 cds;281;CDS;239;;aaa;6;caa;12;1 16s;279;16s;196;;tca;3;aaa;6;0 23s;131;23s;213;;ttc;9;tca;11; 5s;6;5s;5;;atg;8;agc;6; aac;4;tta;13;;atg;21;cca;6; gaa;5;atg;15;;cca;6;atg;11; gta;5;gaa;9;;cac;4;tgg;31; gac;10;gga;6;;tgc;25;cca;6; aca;14;gta;5;;tta;13;atc;6;0 tac;9;gac;16;;atg;15;ttc;13;0 gga;10;aac;31;;gaa;9;atg;138;0 aga;9;aac;4;;gga;6;16s;;0 caa;11;aca;4;-10;gta;5;atg;138;0 aaa;2;tac;11;2;gac;16;16s;109;0 tca;17;gga;19;9;aac;4;gca;112; agc;8;aga;6;-3;aca;4;23s;40;0 cca;85;caa;12;1;tac;15;5s;5; tgg;60;aaa;6;4;cta;11;gaa;8; cca;6;tca;11;-6;ggc;13;gta;5; atc;3;agc;6;-2;aga;7;gac;9;-1 ttc;7;cca;6;;caa;11;ggc;7;1 atgj;114;atg;11;;aaa;6;aga;142;0 16s;;tgg;31;-29;tca;3;CDS;; ;;cca;6;0;ttc;9;;; ;;atc;6;3;atg;8;;; ;;ttc;13;6;atg;21;;; ;;atg;138;;cca;6;;; ;;16s;;;cac;9;;; ;;;;;aaa;21;;; ;;CDS;129;;tgc;6;;; ;;gta;8;;cgt;10;;; ;;gaa;20;;gta;162;;; ;;aaa;10;;CDS;;;; cds;382;aca;10;;;;;; aca;33;gac;7;;;;;; gta;4;gta;9;5;;;;; gaa;6;gaa;5;-1;;;;; aaa;326;aaa;289;;;;;; cds;;CDS;;;;;;; ;;;;;;;;; cdc-psor coservation des cds;;;;;fréquence des diff psor-cdc des intercalaires;;;; cdc;intercal;psor;intercal;protéines;;gamme;fréquence;; cds;0;CDS;3;151 – 152;;-15;2;; tcc;37;tcc;27;;;-14;;; ncRNA;76;ncRNA;152;547 – 546;;-13;;; cds;;CDS;;;;-12;1;; ;;;;;;-11;1;; cds;1374;CDS;41;470 – 1177;;-10;3;; ttg;318;ttg;138;883 – 881;;-9;;; cds;;CDS;;;;-8;;; ;;;;;;-7;;; cds;109;CDS;111;577 – 1076;;-6;1;; cta;231;cta;426;;;-5;;; cds;;CDS;;58 – 577;;-4;;; ;;;;;;-3;3;; cds;258;CDS;37;255 – 302;;-2;7;; agc;87;agc;120;;;-1;4;; cds;;CDS;;263 – 100;;0;8;; ;;;;;;1;4;; ;;CDS;306;62;;2;1;; ;;cta;404;422;;3;4;; ;;CDS;;;;4;2;; ;;;;;;5;1;; ;;CDS;135;;;6;2;; ;;other;258;;;7;1;; ;;CDS;;;;8;2;; ;;;;;;9;1;; ;;CDS;195;;;10;;; ;;tga;37;;;11;;; ;;CDS;;;;12;;; ;;;;;;13;;; ;;CDS;71;;;14;1;; ;;tgc;12;;;15;;; ;;aac;3;;;;;; ;;aca;285;;;total;49;; ;;CDS;;;;sous t. -2+2;24;; </pre> ===cdc8=== ====cdc8 opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_opérons|cdc8 opérons]] <pre> 28.6%GC;11.9.19 Paris;16s 16 ;110 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;pbs;CDS dirigé;protéines Peptoclostridium difficile M68;;;;;;;;;;; dir ;4299490..4300134;;cds;;214;214;;;645;;tyrosine-type recombinase/integrase dir ;4300349..4300807;;cds;@1;554;*554;;;459;;helix-turn-helix domain-containing protein dir ;4301362..4303101;;cds;;0;0;;;*1740;;hypothetical protein dir ;4303102..4303305;;cds;;167;167;;;204;;hp dir ;4303473..4304299;;23s°;;132;;;;827;; dir ;4304432..4304548;;5s;+;6;;;;117;; dir ;4304555..4304629;;aac;;4;;;4;75;; dir ;4304634..4304708;;gaa;2 cca;5;;;5;75;; dir ;4304714..4304789;;gta;;5;;;5;76;; dir ;4304795..4304871;;gac;;11;;;11;77;; dir ;4304883..4304957;;aca;;14;;;14;75;; dir ;4304972..4305056;;tac;;9;;;9;85;; dir ;4305066..4305139;;gga;;10;;;10;74;; dir ;4305150..4305226;;aga;;9;;;9;77;; dir ;4305236..4305311;;caa;;11;;;11;76;; dir ;4305323..4305398;;aaa;;2;;;2;76;; dir ;4305401..4305489;;tca;;18;;;18;89;; dir ;4305508..4305598;;agc;;8;;;8;91;; dir ;4305607..4305683;;cca;;85;;;*85;77;; dir ;4305769..4305844;;tgg;;60;;;*60;76;; dir ;4305905..4305981;;cca;;5;;;5;77;; dir ;4305987..4306063;;atc;;3;;;3;77;; dir ;4306067..4306142;;ttc;;7;;;7;76;; dir ;4306150..4306226;;atgj;;114;;;;77;; dir ;4306341..4307538;;16s;;0;0;;;1198;0; dir ;4307539..4308225;;cds;;100;100;;;687;;xylose isomerase dir ;1..796;4308325;23s°;;181;;;;796;; dir ;978..1094;;5s;;6;;;;117;; dir ;1101..1175;;aac;+;6;;;6;75;; dir ;1182..1267;;tta;3 aaa;15;;;15;86;; dir ;1283..1358;;atgf;3 gta;7;;;7;76;; dir ;1366..1440;;gaa;;9;;;9;75;; dir ;1450..1523;;gga;;5;;;5;74;; dir ;1529..1604;;gta;;5;;;5;76;; dir ;1610..1686;;gac;;9;;;9;77;; dir ;1696..1770;;aca;;14;;;14;75;; dir ;1785..1869;;tac;;10;;;10;85;; 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dir ;4615..4690;;aaa;;7;;;7;76;; dir ;4698..4771;;tgc;;7;;;7;74;; dir ;4779..4855;;cgt;;12;;;12;77;; dir ;4868..4943;;gta;;75;75;;;76;75; dir ;5019..5432;;cds;;308;308;;;414;;hp dir ;5741..9172;;cds;;;;;;*3432;;pyruvate carboxylase ;;;;;;;;;;; dir ;94032..94736;;cds;;281;281;;;705;281;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD dir ;95018..95994;;16s°;;100;;;;977;; dir ;96095..97613;;23s°;;126;;;;1519;; dir ;97740..97856;;5s;;7;;;;117;; dir ;97864..97938;;aac;;6;;;6;75;; dir ;97945..98030;;tta;;15;;;15;86;; dir ;98046..98121;;atgf;;7;;;7;76;; dir ;98129..98203;;gaa;;8;;;8;75;; dir ;98212..98285;;gga;;4;;;4;74;; dir ;98290..98365;;gta;;5;;;5;76;; dir ;98371..98447;;gac;;10;;;10;77;; dir ;98458..98532;;ggc;;9;;;9;75;; dir ;98542..98615;;aga;;954;*954;;;74;; dir ;99570..100409;;cds;;;;;;840;;TIGR00159 family protein ;;;;;;;;;;; dir ;306829..309216;;cds;;733;;;;*2388;;cadmium-translocating P-type ATPase <> comp;309950..310076;;cds;;1;1;;;127;1;glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A dir ;310078..311313;;23s°;;126;;;;1236;; dir ;311440..311556;;5s;;177;177;;;117;; dir ;311734..312342;;cds;;;;;;609;;DedA family protein ;;;;;;;;;;; comp;861856..862620;;cds;;258;258;;;765;;DeoR/GlpR transcriptional regulator dir ;862879..862969;;agc;;87;87;;;91;87; dir ;863057..863845;;cds;;;;;;789;;flagellar motor protein ;;;;;;;;;;; dir ;1106477..1107451;;cds;;238;238;;;975;238;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase dir ;1107690..1109197;;16s;@2;320;;;;1508;; dir ;1109518..1112416;;23s;;91;;;;2899;; dir ;1112508..1112581;;gga;;8;;;;74;; dir ;1112590..1112706;;5s;;273;273;;;117;; dir ;1112980..1114998;;cds;;;;;;*2019;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase ;;;;;;;;;;; comp;1196804..1198213;;cds;;1378;*1378;;;*1410;;MBOAT family protein comp;1199592..1199674;;ttg;;318;318;;;83;318; dir ;1199993..1202641;;cds;;;;;;*2649;;DNA polymerase I ;;;;;;;;;;; dir ;1850896..1852626;;cds;;109;109;;;*1731;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein dir ;1852736..1852816;;cta;;334;334;;;81;; dir ;1853151..1853666;;cds;;;;;;516;;HXXEE domain-containing protein ;;;;;;;;;;; dir ;3024038..3024715;;cds;;150;150;;;678;150;sortase SrtB comp;3024866..3024940;;aca;@3;93;;;;75;; comp;3025034..3027933;;23s;;184;;;;2900;; comp;3028118..3029625;;16s;;374;374;;;1508;; dir ;3030000..3030938;;cds;;;;;;939;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase ;;;;;;;;;;; dir ;3805298..3806743;;cds;;208;208;;;*1446;;tyrosine-type recombinase/integrase comp;3806952..3807028;;agg;;61;61;;;77;61; <comp;3807090..3808790;;cds;;;;;;*1701;;formate dehydrogenase subunit alpha ;;;;;;;;;;; comp;3875816..3876886;;cds;;452;*452;;;1071;;ABC transporter ATP-binding protein comp;3877339..3877455;;5s;;125;;;;117;; comp;3877581..3880480;;23s;;261;;;;2900;; comp;3880742..3882249;;16s;;190;190;;;1508;190; comp;3882440..3883018;;cds;;;;;;579;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase ;;;;;;;;;;; comp;4017523..4017714;;cds;;118;118;;;192;118;DUF378 domain-containing protein comp;4017833..4017949;;5s;;126;;;;117;; comp;4018076..4020975;;23s;;321;;;;2900;; comp;4021297..4022804;;16s;;292;292;;;1508;; 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comp;4217110..4218529;;23s°;;250;;;;1420;; comp;4218780..4218855;;gca;;52;;;;76;; comp;4218908..4219471;;16s°;;100;;;;564;; comp;4219572..4219856;;23s°;;217;;;;285;; comp;4220074..4221581;;16s;;179;179;;;1508;179; >comp;4221761..4222206;;cds;;386;386;;;446;386;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor dir ;4222593..4224100;;16s;;321;;;;1508;; dir ;4224422..4227321;;23s;;181;;;;2900;; dir ;4227503..4227619;;5s;;6;;;;117;; dir ;4227626..4227700;;aac;;6;;;6;75;; dir ;4227707..4227792;;tta;;15;;;15;86;; dir ;4227808..4227883;;atgf;;7;;;7;76;; dir ;4227891..4227965;;gaa;;9;;;9;75;; dir ;4227975..4228048;;gga;;5;;;5;74;; dir ;4228054..4228129;;gta;;5;;;5;76;; dir ;4228135..4228211;;gac;;9;;;9;77;; dir ;4228221..4228295;;aca;;14;;;14;75;; dir ;4228310..4228394;;tac;;10;;;10;85;; dir ;4228405..4228488;;cta;;28;;;28;84;; dir ;4228517..4228593;;aga;;7;;;7;77;; dir ;4228601..4228676;;caa;;89;;;*89;76;; dir ;4228766..4228854;;tca;;3;;;3;89;; dir ;4228858..4228933;;ttc;;6;;;6;76;; dir ;4228940..4229016;;atgj;;11;;;11;77;; 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comp;4253521..4253596;;gca;;52;;;;76;; comp;4253649..4254226;;16s°;;282;282;;;578;; dir ;4254509..4254712;;cds;;12;12;;;204;;hp dir ;4254725..4256002;;cds;;;;;;*1278;;phage portal protein </pre> ====cdc8 cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cumuls|cdc8 cumuls]] <pre> cdc8 cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;21;1;;0;1;4;1;3;100;6 ;16 23 5s 0;4;20;2;77;50;2;20;0;200;8 ;16 gca 235;2;40;1;6;100;7;40;0;300;11 ;16 23 5s a;5;60;;0;150;5;60;0;400;5 ;max a;43;80;;1;200;5;80;2;500;5 ;a doubles;2;100;;3;250;6;100;3;600;5 ;autres;10;120;;0;300;5;120;3;700;1 ;total aas;98;140;;0;350;4;140;1;800;1 sans ;opérons;6;160;;0;400;4;160;1;900;1 ;1 aa;5;180;;0;450;0;180;1;1000;0 ;max a;4;200;;0;500;2;200;1;1100;0 ;a doubles;0;;;0;;4;;7;;1 ;total aas;9;;3;87;;48;;22;;44 total aas;;108;;;;;;;;; remarques;;7;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;14;14;;256;;155;;330 ;;;variance;;16;;252;;109;;234 sans jaune;;;moyenne;;10;;182;;;;208 ;;;variance;;6;;117;;;;97 </pre> ====cdc8 blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_blocs|cdc8 blocs]] <pre> cdc8 blocs;;;;;;;; Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupe;intercal ;cds;554;;cds;150;;cds;496 ;cds;0;;aca;93;;16s;321 ;cds;168;;23s;184;;23s°;100 ;23s°;133;III;16s;374;;cds;111 IV2;5s;7;;cds;;;cds;228 ;aac;5;;;;;16s;321 ;**16aas;8;;cds;452;;23s°;101 ;atgj;115;;5s;125;;23s°;250 IV1;16s;1;;23s;261;;gca;52 ;cds;100;I2;16s;190;;16s°;100 ;23s°;182;;cds;;;23s°;217 ;5s;7;;;;;16s;179 ;aac;7;;cds;118;;cds;386 ;**41aas;13;;5s;126;IV3;16s;321 ;gta;76;;23s;321;;23s;181 ;cds;308;I3;16s;292;;5s;6 ;cds;;;cds;;;aac;6 ;;;;;;;**17aas;8 ;cds;281;;cds;179;;aaa;353 ;16s°;100;;16s;161;;5s;126 ;23s°;126;;5s;201;;23s;582 X1;5s;7;I1;23s;217;I4;16s;217 ;aac;6;;16s;108;;23s;126 ;**7aas;9;;atgi;11;;5s;216 ;aga;954;;tta;5;;cds;372 ;cds;;;5s;201;;cds;21 ;;;;23s;375;;cds;778 ;cds;733;VII1;gca;52;IV4;16s;261 ;cds;1;;16s’;100;;23s;201 ;23s°;126;;16s’;52;;5s;5 ;5s;177;;gca;248;;tta;11 ;cds;;;23s°;100;;atgi;108 ;;;;16s°;321;;16s;184 ;cds;238;;23s;100;;23s°;100 II;16s;320;;16s°;320;;cds;112 ;23s;91;;23s°;100;;23s’;375 ;gga;8;;23s’;126;;gca;52 ;5s;273;;5s;127;;16s°;282 ;cds;;;cds;;;cds; </pre> ====cdc8 cdc psor 43==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_43|cdc8 cdc psor 43]] <pre> cdc8;43aas;cdc;43aas;;;cdc8;43aas;psor;44aas; 16s;1;;;;;16s;1;;; cds;100;16s;279;;;cds;100;16s;196; 23s°;181;23s;180;-1;;23s°;181;23s;122; 5s;6;5s;6;0;;5s;6;5s;5; aac;6;aac;6;0;;aac;6;tta;13;-2 tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8 atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0 gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1 gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0 gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16; gac;9;gac;9;0;;gac;9;aac;4; aca;14;aca;14;0;;aca;14;aca;4;-10 tac;10;tac;8;-2;;tac;10;tac;15;5 cta;28;cta;29;1;;cta;28;cta;14;-14 aga;7;aga;7;0;;aga;7;aga;7;0 caa;89;caa;88;-1;;caa;89;caa;11; tca;3;tca;3;0;;tca;3;aaa;6; ttc;6;ttc;6;0;;ttc;6;tca;3;0 atgj;11;atgj;11;0;;atgj;11;ttc;9;3 atgi;29;atgi;23;-6;;atgi;29;atg;8;-3 cca;7;cca;7;0;;cca;7;atg;21;-8 cac;8;cac;8;0;;cac;8;cca;6;-1 aaa;7;aaa;7;0;;aaa;7;cac;4; tgc;6;tgc;6;0;;tgc;6;tgc;25; aac;6;aac;5;-1;;aac;6;tta;13;-2 tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8 atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0 gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1 gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0 gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16; 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;comp;3882440..3883018;cds;;579;precorrin;;;dir ;4237342..4237458;5s;216;117;;;;;; ;;;;;;;;;comp;4237675..4238859;cds;372;1185;B6;;;;; ;comp;4017523..4017714;cds;118;192;DUF378;;5;dir ;4239232..4241583;cds;21;2352;Art-red;;;;; ;comp;4017833..4017949;5s;126;117;;;;dir ;4241605..4242144;cds;778;540;Art-reda;;;;; 14;comp;4018076..4020975;23s;321;2900;;;insert;dir ;4242923..4244459;16s;261;1537;;;;;; ;comp;4021297..4022804;16s;292;1508;;;insert;dir ;4244721..4247619;23s;201;2899;;;;;; ;comp;4023097..4023378;cds;221;282;hp-282;;insert;dir ;4247821..4247937;5s;5;117;;111345..111884;CDS;431;540;Art-reda ;comp;4023600..4025129;cds;;1530;K-ligase;;insert;dir ;4247943..4248031;tta;11;89;;112316..113822;16s;54;; ;;;;;;;;insert;dir ;4248043..4248119;atgi;108;77;;113877..113952;gca;114;; ;dir ;4135881..4136873;cds;383;993; DnaC;;insert;dir ;4248228..4249735;16s;184;1508;;114067..116982;23s;193;; ;comp;4137257..4137331;aca;33;75;;;insert;dir ;4249920..4250564;23s°;100;645;;117176..117292;5s;5;; 15;comp;4137365..4137440;gta;4;76;;;insert;<dir ;4250665..4250923;cds;112;259;hp-259;117298..117386;tta;9;; 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;cdc8;pbs;cdc;pbs;psor;pbs seleno A;309950..310076;127;0;;-; Y-r;457663..457878;216;457207..457422;216;-; ;1237414..1237986;573;1223841..1224413;573;; ;1291413..1292327;915;1277836..1278750;915;; ;1418672..1419580;909;1405262..1406170;909;; ;2120221..2121348;1128;;;; ;2785863..2786042;180;;;; ;3564835..3565434;600;;;; Y-r2;3805298..3806743;1446;;;; Y-r1;4299490..4300134;645;;;; Helix;351106..351336;231;391813..392001;189;-; ;379952..380503;552;429510..430061;552;; ;456588..456776;189;461727..462398;672;; ;1187185..1187736;552;1169984..1170535;552;; ;1466364..1466783;420;1292255..1292926;672;; ;1467749..1468147;399;1454375..1454773;399;; ;1605760..1606344;585;1517855..1518619;765;; ;1694358..1694750;393;1592306..1592890;585;; ;1936722..1937267;546;1682266..1682658;393;; ;2105662..2106711;1050;1695592..1696284;693;; ;2196549..2198204;1656;1916424..1916630;207;; ;2342487..2342690;204;1922813..1923358;546;; ;2353934..2354578;645;2164151..2165806;1656;; ;2378761..2379891;1131;2308386..2308589;204;; ;2721795..2722316;522;2319833..2320477;645;; ;3485137..3486024;888;2344477..2345607;1131;; ;3570953..3571183;231;2501260..2501931;672;; ;3571660..3571878;219;2688255..2688776;522;; ;3804379..3804627;249;3459701..3460588;888;; ;3804878..3805279;402;3475449..3475589;141;; ;4286854..4287222;369;;;; ;4288799..4289518;720;;;; ;4300349..4300807;459;;;; xylose;3383443..3384780;1338;3349843..3351180;1338;0; ;<4307539..4308225;687;;;; CHAP;<4213228..>4213849;622;0;;-; A-1chlor;4213961..4214620;660;0;;0; SigB2;4221761..4222206;446;0;;0; fdHa;4221761..4222206;1701;3711229..3713373;2145;-; R-deca;0;;0;;127845..129260;1416 ;;;;;876023..877522;1500 phagePP;1448919..1449983;1065;1435547..1436611;1065;1489507..1490769;1263 ;1450539..1450985;447;1437167..1437613;447;; ;1709611..1711050;1440;1697521..1698963;1443;; ;1718404..1718844;441;1708192..1708632;441;; ;3560756..3561910;1155;3841162..3842367;1206;; ;4254725..4256002;1278;;;; ;4260531..4261586;1056;;;; ;4262058..4262474;417;;;; hp-204;4254509..4254712;204;;;; phagePP;4254725..4256002;1278;;;; phageHM;4255980..4256741;762;;;; hp;;;3840525..3841067;543;; phagePP;;;3841162..3842367;1206;; hydrolase;;;3842345..3842512;168;; terminase;;;;;1487770..1489491;1722 phagePP;;;;;1489507..1490769;1263 Clp;;;;;1490762..1491607;846 </pre> ====cdc8 cdc abrégé protéines==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_abrégé_protéines|cdc8 cdc abrégé protéines]] <pre> A-1chlor;type A-1 chloramphenicol O-acetyltransferase ABC;ABC transporter ATP-binding protein Ala amid;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase Art-red;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase Art-reda;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein B6;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase cad;cadmium-translocating P-type ATPase CHAP;CHAP domain-containing protein CwlD;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD DedA;DedA family protein DeoR;DeoR/GlpR transcriptional regulator DnaC;DNA replication protein DnaC DUF378;DUF378 domain-containing protein fdHa;formate dehydrogenase subunit alpha flagellar;flagellar motor protein Glyco-tr;glycosyl transferase Helix;helix-turn-helix domain-containing protein hp-1740;hp-1740 hp-204;hp-204 hp-282;hp-282 hp-414;hp-414 HXXEE;HXXEE domain-containing protein III-tau;DNA polymerase III subunit gamma/tau K-ligase;lysine--tRNA ligase S-ligase;serine--tRNA ligase lactam;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase Mannosyl;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase MBOAT;MBOAT family protein mecano;mechanosensitive ion channel NadR;transcription repressor NadR NhaC;Na+/H+ antiporter NhaC family protein Nuc-de;nucleoside deaminase phagePP;phage portal protein PolyI;DNA polymerase I precorrin;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase pyruvate;pyruvate carboxylase R-deca;arginine decarboxylase seleno;glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A SigB;SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor SigB2;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor SrtB;sortase SrtB succinate;adenylosuccinate synthase TIGR;TIGR00159 family protein xylose;xylose isomerase Y-r1;tyrosine-type recombinase/integrase – 1 Y-r2;tyrosine-type recombinase/integrase – 2 </pre> ====cdc8 cdc psor stats==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_stats|cdc8 cdc psor stats]] <pre> NCBI du 13.11.19;cdc8;cdc;psor date;15-MAR-2017;18-MAY-2017;08-JAN-2018 DNA circulaire;4 308 325;4 110 554;3 550 458 Genes (total) ;4 025;3 807;3 528 CDS (total) ;3 870;3 691;3 368 Genes (coding) ;3 763;3 615;3 327 CDS (coding) ;3 763;3 615;3 327 Genes (RNA) ;155;116;160 RRNAs (5S, 16S, 23S); 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17 complete rRNAs ; 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17 tRNAs ;108;83;105 ncRNAs ;4;4;4 Pseudo Genes (total) ;107;76;41 Pseudo Genes (ambiguous residues) ; 0 of 107; 0 of 76; 0 of 41 Pseudo Genes (frameshifted) ; 60 of 107; 42 of 76; 4 of 41 Pseudo Genes (incomplete) ; 35 of 107; 30 of 76; 18 of 41 Pseudo Genes (internal stop) ; 31 of 107; 18 of 76; 22 of 41 Pseudo Genes (multiple problems) ; 18 of 107; 12 of 76; 3 of 41 CRISPR Arrays ;4;9; - ;;; Décompte du 19.11.19;;; hypothetical protein;609;523;1 256 hp / cds (total);0,16;0,14;0,37 </pre> ====cdc8 distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_distribution|cdc8 distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga; cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cdc8;;5;;;;;5;;cdc8;4;;;;;;9 </pre> ====cdc8 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_données_intercalaires|cdc8 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cdc8;fx;fc;cdc8;fx40;fc40;cdc8;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;0;39;0;0;39;-1;;71;75;258;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;5;241;1;0;48;-2;;0;954;318;55;;gca;6;;aac;6;;aac ;0;20;3;344;2;0;53;-3;;1;87;150;tRNA 16s;;;15;;tta;15;;tta ;0;30;4;232;3;1;24;-4;1;51;1378;208;2* 110;;atgi;7;;atgf;7;;atgf ;0;40;0;138;4;2;29;-5;;0;109;383;116;;atgj;9;;gaa;9;;gaa ;0;50;4;89;5;0;15;-6;;0;334;;tRNA 23s;;;5;;gga;5;;gga ;0;60;9;87;6;0;7;-7;;15;150;;376;;gca;5;;gta;5;;gta ;1;70;6;73;7;0;11;-8;1;68;264;;23s tRNA;;;9;;gac;9;;gac ;1;80;11;66;8;0;13;-9;;0;67;;94;;aca;14;;aca;14;;aca ;1;90;15;73;9;1;21;-10;;2;331;;8;;gga;10;;tac;10;;tac ;0;100;21;72;10;1;20;-11;;32;0;;5s tRNA;;;28;;cta;28;;cta ;1;110;16;84;11;0;38;-12;;0;CDS 16s;;3* 6;;aac;7;;aga;7;;aga ;0;120;23;86;12;0;46;-13;;7;240;376;7;;aac;89;;caa;89;;caa ;0;130;25;53;13;1;30;-14;;15;192;498;2* 5;;tta;3;;tca;3;;tca ;0;140;21;49;14;0;39;-15;;0;294;81;-;353;aaa;6;;ttc;6;;ttc 1;1;150;15;53;15;0;36;-16;;2;181;388;tRNA tRNA;;intra;14;;atgj;14;;atgj ;0;160;23;44;16;0;28;-17;1;14;181;;2* 11;;atgi;29;;atgi;29;;atgi ;0;170;24;38;17;1;45;-18;;0;780;;**;;tta;7;;cca;7;;cca ;0;180;22;44;18;1;31;-19;;1;16s 23s;;tRNA tRNA;;;8;;cac;8;;cac ;0;190;26;43;19;0;27;-20;;7;324;;33;;aca;7;;aaa;**;;aaa ;0;200;18;43;20;0;24;-21;;0;188;;4;;gta;6;;tgc;4;;aac 1;0;210;22;36;21;1;24;-22;1;0;2* 265;;6;;gaa;6;;aac;5;;gaa ;0;220;25;39;22;0;22;-23;;6;2* 325;;**;;aaa;15;;tta;5;;gta ;0;230;14;30;23;0;28;-24;;1;2* 221;;;;;7;;atgf;11;;gac ;0;240;9;27;24;0;21;-25;;0;23s 5s;;;;;9;;gaa;14;;aca ;0;250;15;30;25;1;27;-26;;6;126;;;;;5;;gga;9;;tac 1;0;260;15;30;26;1;19;-27;;0;2* 127;;;;;5;;gta;10;;gga ;1;270;18;30;27;0;19;-28;;1;3* 202;;;;;9;;gac;9;;aga ;0;280;12;19;28;1;26;-29;;8;182;;;;;14;;aca;11;;caa ;0;290;16;38;29;0;24;-30;;0;5s CDS;;;;;9;;tac;2;;aaa ;0;300;17;23;30;0;22;-31;;1;177;216;;;;24;;cta;18;;tca ;0;310;7;29;31;0;20;-32;;5;273;;;;;24;;ggc;8;;agc 1;0;320;18;22;32;0;18;-33;;0;452;;;;;9;;aga;85;;cca ;0;330;14;30;33;0;13;-34;;0;118;;;;;8;;caa;60;;tgg ;2;340;9;13;34;0;12;-35;;2;127;;;;;2;;aaa;5;;cca ;0;350;6;15;35;0;17;-36;;0;5s 16s;;;;;3;;tca;3;;atc ;0;360;16;18;36;0;14;-37;;0;-;161;;;;6;;ttc;7;;ttc ;0;370;7;16;37;0;13;-38;;1;;;;;;14;;atgj;**;;atgj ;0;380;6;17;38;0;11;-39;;0;;;;;;17;;atgi;;; 1;0;390;7;14;39;0;10;-40;;1;;;;;;8;;cac;;; ;0;400;4;18;40;0;10;-41;;0;;;;;;7;;aaa;;; ;2;reste;138;242;reste;674;1733;-42;;0;;;;;;7;;tgc;;; 5;11;total;686;2727;total;686;2727;-43;;0;;;;;;12;;cgt;;; 5;8;diagr;548;2446;diagr;12;955;-44;;1;;;;;;**;;gta;;; 0;0; t30;12;817;;;;-45;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;; ;x;686;4;0;690;;;-49;;0;;;;;;;;;;; ;c;2688;326;39;3053;;;-50;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;3743;348;;reste;;5;;;;;;;;;;; ;;;;;;4091;;total;4;326;;;;;;;;;;; </pre> =====cdc8 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_autres_intercalaires_aas|cdc8 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cdc8;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;;misc_f;1;795;182;*; ;;rRNA;978;1094;6;*;117 ;;tRNA;1101;1175;6;*;aac ;;tRNA;1182;1267;15;*;tta ;;tRNA;1283;1358;7;*;atgf ;;tRNA;1366;1440;9;*;gaa ;;tRNA;1450;1523;5;*;gga ;;tRNA;1529;1604;5;*;gta ;;tRNA;1610;1686;9;*;gac ;;tRNA;1696;1770;14;*;aca ;;tRNA;1785;1869;10;*;tac ;;tRNA;1880;1963;28;*;cta ;;tRNA;1992;2068;7;*;aga ;;tRNA;2076;2151;89;*;caa ;;tRNA;2241;2329;3;*;tca ;;tRNA;2333;2408;6;*;ttc ;;tRNA;2415;2488;14;*;atgj ;;tRNA;2503;2579;29;*;atgi ;;tRNA;2609;2685;7;*;cca ;;tRNA;2693;2769;8;*;cac ;;tRNA;2778;2853;7;*;aaa ;;tRNA;2861;2934;6;*;tgc ;;tRNA;2941;3015;6;*;aac ;;tRNA;3022;3107;15;*;tta ;;tRNA;3123;3198;7;*;atgf ;;tRNA;3206;3280;9;*;gaa ;;tRNA;3290;3363;5;*;gga ;;tRNA;3369;3444;5;*;gta ;;tRNA;3450;3526;9;*;gac ;;tRNA;3536;3610;14;*;aca ;;tRNA;3625;3709;9;*;tac ;;tRNA;3719;3802;24;*;cta ;;tRNA;3827;3901;24;*;ggc ;;tRNA;3926;4002;9;*;aga ;;tRNA;4012;4087;8;*;caa ;;tRNA;4096;4171;2;*;aaa ;;tRNA;4174;4262;3;*;tca ;;tRNA;4266;4341;6;*;ttc ;;tRNA;4348;4421;14;*;atgj ;;tRNA;4436;4512;17;*;atgi ;;tRNA;4530;4606;8;*;cac ;;tRNA;4615;4690;7;*;aaa ;;tRNA;4698;4771;7;*;tgc ;;tRNA;4779;4855;12;*;cgt ;;tRNA;4868;4943;75;*;gta fin;;CDS;5019;5432;;; deb;;CDS;43312;43797;94;*; ;;misc_b;43892;44100;63;*; fin;;CDS;44164;45882;;; deb;;CDS;57549;58247;51;*; ;;misc_f;58299;58427;42;*; fin;;CDS;58470;58976;;; deb;;CDS;93984;94736;291;*; ;;misc_f;95028;95862;232;*; ;;misc_f;96095;96344;50;*; ;;misc_f;96395;96725;9;*; ;;misc_f;96735;97600;139;*; ;;rRNA;97740;97856;7;*;117 ;;tRNA;97864;97938;6;*;aac ;;tRNA;97945;98030;15;*;tta ;;tRNA;98046;98121;7;*;atgf ;;tRNA;98129;98203;8;*;gaa ;;tRNA;98212;98285;4;*;gga ;;tRNA;98290;98365;5;*;gta ;;tRNA;98371;98447;10;*;gac ;;tRNA;98458;98532;9;*;ggc ;;tRNA;98542;98615;954;*;aga fin;;CDS;99570;100409;;; deb;comp;CDS;119142;119651;188;*; ;;regulatory;119840;119943;135;*; fin;;CDS;120079;121272;;; deb;;CDS;141169;142335;59;*; ;;regulatory;142395;142512;124;*; fin;;CDS;142637;143242;;; deb;;CDS;192887;194019;59;*; ;;regulatory;194079;194180;220;*; fin;;CDS;194401;195936;;; deb;;CDS;240412;241887;526;*; ;;regulatory;242414;242504;406;*; fin;;CDS;242911;243228;;; deb;comp;CDS;309950;310076;16;*; ;;misc_f;310093;310425;9;*; ;;misc_f;310435;311300;139;*; ;;rRNA;311440;311556;177;*;117 fin;;CDS;311734;312342;;0; deb;;CDS;318620;320392;131;*; ;;regulatory;320524;320716;181;*; fin;;CDS;320898;321650;;; deb;comp;CDS;522666;523493;205;*; ;;regulatory;523699;523805;69;*; fin;;CDS;523875;524195;;0; deb;;CDS;605941;606543;375;*; ;;misc_b;606919;607151;63;*; fin;;CDS;607215;609134;;; deb;;CDS;727895;728629;644;*; ;;regulatory;729274;729350;262;*; fin;;CDS;729613;730869;;; deb;;CDS;801271;802068;383;*; ;;misc_b;802452;802685;49;*; fin;;CDS;802735;803754;;; deb;comp;CDS;861856;862620;258;*; ;;tRNA;862879;862969;87;*;agc fin;;CDS;863057;863845;;; deb;;CDS;869869;871935;594;*; ;;misc_b;872530;872740;225;*; fin;;CDS;872966;873781;;; deb;;CDS;1044480;1044926;147;*; ;;misc_b;1045074;1045320;122;*; fin;;CDS;1045443;1047185;;; deb;;CDS;1106477;1107451;240;*; ;;rRNA;1107692;1109194;324;*;1503 ;;rRNA;1109519;1112415;92;*;2897 ;;tRNA;1112508;1112581;8;*;gga ;;rRNA;1112590;1112706;273;*;117 fin;;CDS;1112980;1114998;;; deb;;CDS;1157234;1158145;114;*; ;;ncRNA;1158260;1158440;182;*; fin;;CDS;1158623;1159840;;0; deb;comp;CDS;1196804;1198213;1378;*; ;comp;tRNA;1199592;1199674;318;*;ttg fin;;CDS;1199993;1202641;;; deb;;CDS;1235339;1235707;91;*; ;;regulatory;1235799;1235905;102;*; fin;;CDS;1236008;1237213;;0; deb;;CDS;1360996;1362075;141;*; ;;misc_b;1362217;1362455;67;*; fin;;CDS;1362523;1365162;;; deb;comp;CDS;1527009;1527185;53;*; ;comp;regulatory;1527239;1527335;341;*; fin;comp;CDS;1527677;1528351;;; deb;;CDS;1597387;1598331;288;*; ;;regulatory;1598620;1598726;105;*; fin;;CDS;1598832;1599797;;; deb;;CDS;1625872;1627965;660;*; ;;repeat_region;1628626;1629050;897;*; fin;;CDS;1629948;1630766;;0; deb;;CDS;1634212;1635180;151;*; ;;misc_b;1635332;1635584;72;*; fin;;CDS;1635657;1636865;;0; deb;;CDS;1682039;1682800;159;*; ;;misc_b;1682960;1683217;112;*; fin;;CDS;1683330;1683569;;; deb;;CDS;1719185;1719346;735;*; ;;repeat_region;1720082;1720376;117;*; fin;;CDS;1720494;1721246;;; deb;;CDS;1767472;1769328;81;*; ;;misc_b;1769410;1769650;65;*; ;;misc_b;1769716;1769951;84;*; fin;;CDS;1770036;1771253;;; deb;;CDS;1792609;1792920;92;*; ;;regulatory;1793013;1793105;99;*; fin;;CDS;1793205;1793999;;; deb;comp;CDS;1848320;1849117;112;*; ;comp;regulatory;1849230;1849335;91;*; deb;comp;CDS;1849427;1850413;163;*; ;;regulatory;1850577;1850753;142;*; deb;;CDS;1850896;1852626;109;*; ;;tRNA;1852736;1852816;334;*;cta deb;;CDS;1853151;1853666;475;*; ;;regulatory;1854142;1854246;209;*; fin;;CDS;1854456;1855490;;; deb;comp;CDS;1862461;1863732;644;*; ;;repeat_region;1864377;1864796;406;*; fin;;CDS;1865203;1865490;;0; deb;comp;CDS;1883751;1884380;364;*; ;;regulatory;1884745;1884788;100;*; fin;;CDS;1884889;1885857;;; deb;comp;CDS;1900325;1901437;131;*; ;comp;regulatory;1901569;1901690;188;*; deb;;CDS;1901879;1904362;88;*; ;;regulatory;1904451;1904562;141;*; fin;;CDS;1904704;1906005;;; deb;;CDS;1917211;1917642;430;*; ;;misc_b;1918073;1918284;162;*; fin;;CDS;1918447;1919736;;; deb;;CDS;1979975;1981282;85;*; ;;misc_b;1981368;1981630;125;*; fin;;CDS;1981756;1982559;;; deb;;CDS;1991720;1992457;110;*; ;;misc_b;1992568;1992775;252;*; fin;;CDS;1993028;1994227;;; deb;;CDS;2033932;2036589;53;*; ;;regulatory;2036643;2036745;109;*; fin;;CDS;2036855;2038120;;; deb;comp;CDS;2174937;2175227;130;*; ;comp;regulatory;2175358;2175457;617;*; ;;regulatory;2176075;2176164;52;*; fin;;CDS;2176217;2176393;;0; deb;comp;CDS;2183867;2184418;151;*; ;comp;misc_b;2184570;2184833;435;*; fin;comp;CDS;2185269;2185667;;; deb;comp;CDS;2186020;2186505;82;*; ;comp;regulatory;2186588;2186681;177;*; fin;;CDS;2186859;2186990;;0; deb;comp;CDS;2226535;2227569;253;*; ;comp;misc_b;2227823;2228036;218;*; fin;comp;CDS;2228255;2229019;;0; deb;comp;CDS;2242205;2243398;81;*; ;comp;regulatory;2243480;2243648;110;*; fin;comp;CDS;2243759;2244376;;; deb;comp;CDS;2309004;2310380;93;*; ;comp;regulatory;2310474;2310576;248;*; fin;;CDS;2310825;2312171;;; deb;comp;CDS;2323975;2324883;801;*; ;;misc_b;2325685;2325916;107;*; fin;;CDS;2326024;2327505;;; deb;comp;CDS;2460052;2461448;76;*; ;comp;misc_b;2461525;2461758;168;*; fin;comp;CDS;2461927;2462130;;; 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deb;;CDS;4241605;4242144;780;*; ;;rRNA;4242925;4244456;265;*;1532 ;;rRNA;4244722;4247618;202;*;2897 ;;rRNA;4247821;4247937;5;*;117 ;;tRNA;4247943;4248031;11;*;tta ;;tRNA;4248043;4248119;110;*;atgi ;;rRNA;4248230;4249732;202;*;1503 ;;misc_f;4249935;4250480;184;*; fin;;CDS;4250665;4250923;;; deb;;CDS;4250940;4251038;87;*; ;comp;rRNA;4251126;4253130;390;*;2005 ;comp;tRNA;4253521;4253596;68;*;gca ;comp;misc_f;4253665;4253797;18;*; ;comp;misc_f;4253816;4254229;294;*; fin;;CDS;4254524;4254712;;; deb;;CDS;4303117;4303305;167;*; ;;misc_f;4303473;4304013;15;*; ;;misc_f;4304029;4304286;145;*; ;;rRNA;4304432;4304548;6;*;117 ;;tRNA;4304555;4304629;4;*;aac ;;tRNA;4304634;4304708;5;*;gaa ;;tRNA;4304714;4304789;5;*;gta ;;tRNA;4304795;4304871;11;*;gac ;;tRNA;4304883;4304957;14;*;aca ;;tRNA;4304972;4305056;9;*;tac ;;tRNA;4305066;4305139;10;*;gga ;;tRNA;4305150;4305226;9;*;aga ;;tRNA;4305236;4305311;11;*;caa ;;tRNA;4305323;4305398;2;*;aaa ;;tRNA;4305401;4305489;18;*;tca ;;tRNA;4305508;4305598;8;*;agc ;;tRNA;4305607;4305683;85;*;cca ;;tRNA;4305769;4305844;60;*;tgg ;;tRNA;4305905;4305981;5;*;cca ;;tRNA;4305987;4306063;3;*;atc ;;tRNA;4306067;4306142;7;*;ttc ;;tRNA;4306150;4306226;116;*;atgj ;;rRNA;4306343;4307677;2;*;1335 deb;;CDS;4307680;4308225;0;*; </pre> ===cbc=== ====cbc opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_opérons|cbc* opérons]] <pre> 28%GC;30.6.19 Paris;16s 5;;52;doubles;intercalaires Clostridium botulinum CDC_297;;;NCBI;gtRNAdb;; comp;1309334..1309408;;Glu;gag;; ;;;;;; comp;1385938..1386012;;Asn;aac;;8 comp;1386021..1386134;;5s;;;108 comp;1386243..1389140;;23s;;;228 comp;1389369..1390866;;16s;;@1; ;;;;;; comp;1392997..1393072;;Phe;ttc;;7 comp;1393080..1393193;;5s;;;108 comp;1393302..1396199;;23s;;;228 comp;1396428..1397925;;16s;;; ;;;;;; comp;1408673..1408762;;Ser;tcc;; ;;;;;; comp;1412183..1412259;;Arg;agg;; ;;;;;; comp;1415464..1415540;;Arg;cgt;;84 comp;1415625..1415715;;Ser;agc;+;20 comp;1415736..1415826;;Ser;tca;2 agc;306 comp;1416133..1416223;;Ser;agc;2 tca;20 comp;1416244..1416334;;Ser;tca;@4; ;;;;;; comp;1425969..1426044;;Ala;gca;;3 comp;1426048..1426124;;Met;atgi;;8 comp;1426133..1426246;;5s;;;79 comp;1426326..1427823;;16s;;@2;117 comp;1427941..1428051;;MNEGCDRILIVVARWQVSKNKKMLTKIKKRATIIKH;CDS 108pb;; ;;;;;; ;1694943..1695017;;Gln;cag;; ;;;;;; comp;1722580..1722664;;Tyr;tac;;5 comp;1722670..1722745;;Thr;aca;; ;;;;;; comp;1841437..1841510;;Cys;tgc;; ;;;;;; comp;1842698..1842811;;5s;;;108 comp;1842920..1845817;;23s;;;228 comp;1846046..1847543;;16s;;; ;;;;;; ;1890534..1890608;;Glu;gaa;+;17 ;1890626..1890701;;Val;gta;3 gaa;9 ;1890711..1890787;;Asp;gac;3 gta;4 ;1890792..1890867;;Thr;aca;3 gac;5 ;1890873..1890947;;Glu;gaa;2 aca;18 ;1890966..1891041;;Val;gta;;7 ;1891049..1891125;;Asp;gac;;57 ;1891183..1891257;;Glu;gaa;;17 ;1891275..1891350;;Val;gta;;9 ;1891360..1891436;;Asp;gac;;4 ;1891441..1891516;;Thr;aca;; ;;;;;; comp;1948153..1948228;;Pro;cca;; ;;;;;; ;1969157..1969245;;Leu;tta;;4 ;1969250..1969325;;Met;atgf;+;53 ;1969379..1969454;;Met;atgf;2 atgf;10 ;1969465..1969541;;Met;atg;; ;;;;;; ;1987541..1989040;;16s;;@3;226 ;1989267..1992166;;23s;;;93 ;1992260..1992375;;5s;;;7 ;1992383..1992457;;Asn;aac;+;27 ;1992485..1992559;;Asn;aac;; ;;;;;; ;2013239..2013313;;Gly;ggg;;18 ;2013332..2013407;;Thr;acc;; ;;;;;; ;2222515..2222590;;Trp;tgg;; ;;;;;; ;2294767..2294842;;Pro;cca;+;7 ;2294850..2294923;;Gly;gga;2 cca;6 ;2294930..2295006;;Arg;aga;2 gga;5 ;2295012..2295087;;Lys;aag;;26 ;2295114..2295189;;Pro;cca;;29 ;2295219..2295292;;Gly;gga;;24 ;2295317..2295393;;Arg;cga;; ;;;;;; ;2402556..2402631;;Val;gta;;5 ;2402637..2402713;;Asp;gac;;3 ;2402717..2402792;;Phe;ttc;;4 ;2402797..2402871;;Gly;ggc;;9 ;2402881..2402954;;Cys;tgc;; ;;;;;; ;2517305..2517391;;Leu;ttg;; ;;;;;; ;2548708..2548792;;Leu;ctc;; ;;;;;; ;2583298..2583388;;SeC;tga;; </pre> ====cbc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_cumuls|cbc* cumuls]] <pre> cbc* cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;5;1;0;0 ;16 23 5s 0;1;20;22;1 ;16 atc gca;0;40;3;1 ;16 23 5s a;3;60;2;0 ;max a;2;80;0;0 ;a doubles;1;100;1;0 ;spéciaux;1;120;0;0 ;total aas;6;140;0;0 sans ;opérons;17;160;0;0 ;1 aa;10;180;0;0 ;max a;11;200;0;0 ;a doubles;4;;0;0 ;total aas;46;;28;2 total aas;;52;;; remarques;;4;;; avec jaune;;;moyenne;17;15 ;;;variance;19; sans jaune;;;moyenne;15; ;;;variance;14; </pre> ====cbc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_blocs|cbc* blocs]] <pre> cbc* blocs;;;; aac;8;7;-; 5s;108;108;108;226 23s;228;228;228;93 16s;;;-;7 ;;;; gca;3;;; atgi;8;;; 5s;79;;; 16s;;;; </pre> ====cbc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_distribution|cbc distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;1-3 aas att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;gca ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;atgi gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aac ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttc atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;aac2 ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;>1aa tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;atgf2 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;; atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;; ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total; cbc*;;10;;;;;10;;cbc*;36;;;;;;34;;cbc*;2;;;;;;2; </pre> ====cbc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_données_intercalaires|cbc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;cbc;fx;fc;cbc;fx40;fc40;cbc;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;24;0;1;24;-1;;72;1018;103;5s tRNA;; ;0;10;5;198;1;1;55;-2;;0;419;184;8;;aac ;0;20;2;293;2;2;38;-3;;0;732;35;7;;ttc 1;0;30;11;166;3;0;14;-4;3;58;389;227;8;;atgi 1;0;40;15;108;4;1;18;-5;;0;156;30;7;;aac ;0;50;9;61;5;0;15;-6;1;0;164;90;tRNA tRNA;;contig ;2;60;11;83;6;0;11;-7;;4;276;431;3;;gca ;2;70;13;65;7;0;3;-8;;40;162;584;**;;atgi ;2;80;12;73;8;1;18;-9;;0;53;;27;;aac 1;1;90;12;68;9;0;10;-10;;8;170;;**;;aac ;2;100;16;58;10;0;16;-11;;25;318;;tRNA tRNA;; 1;0;110;18;52;11;0;28;-12;;0;80;;84;;cgt ;0;120;19;66;12;0;44;-13;;3;172;;20;;agc ;0;130;19;59;13;0;28;-14;;13;92;;306;;tca ;0;140;16;61;14;0;32;-15;;0;77;;20;;agc ;2;150;15;64;15;0;36;-16;;1;142;;**;;tca ;1;160;19;48;16;0;21;-17;;11;328;;9;;gta ;3;170;15;48;17;0;26;-18;;0;187;;4;;gac ;1;180;17;46;18;1;30;-19;1;4;64;;5;;aca 1;1;190;19;32;19;0;24;-20;;11;82;;18;;gaa ;0;200;20;39;20;1;24;-21;;0;51;;7;;gta ;0;210;17;44;21;2;17;-22;;2;239;;57;;gac ;0;220;16;31;22;1;21;-23;;8;145;;17;;gaa 1;0;230;15;40;23;1;14;-24;;0;387;;9;;gta ;1;240;7;36;24;0;20;-25;;1;64;;4;;gac ;0;250;15;18;25;0;22;-26;;6;313;;**;;aca ;0;260;12;22;26;1;13;-27;;0;97;;4;;tta ;0;270;14;35;27;3;17;-28;;2;556;;53;;atgf ;1;280;15;31;28;0;18;-29;;2;754;;10;;atgf ;0;290;12;29;29;2;12;-30;;0;745;;**;;atgj ;0;300;18;27;30;1;12;-31;;2;CDS 16s;;18;;ggg ;0;310;11;29;31;2;9;-32;;3;909;;**;;acc ;2;320;16;21;32;0;9;-33;;0;387;;7;;cca ;1;330;23;18;33;1;12;-34;;1;117;;6;;gga ;0;340;12;14;34;3;13;-35;;1;416;;5;;aga ;0;350;9;25;35;1;13;-36;;0;570;;26;;aag ;0;360;10;27;36;4;12;-37;;0;16s 23s;;29;;cca ;0;370;13;24;37;1;11;-38;;3;3* 228;;24;;gga ;0;380;12;22;38;1;6;-39;;0;226;;**;;cga ;2;390;8;19;39;2;12;-40;;0;23s 5s;;5;;gta ;0;400;8;22;40;0;11;-41;;0;3* 108;;3;;gac 2;6;reste;172;326;reste;685;1783;-42;;0;93;;4;;ttc 8;30;total;719;2572;total;719;2572;-43;;0;16s 5s;;9;;ggc 6;24;diagr;546;2222;diagr;33;765;-44;1;1;79;;**;;tgc 1;0; t30;18;657;;;;-45;;0;5s CDS;;;; ;;;;;;;;-46;;0;363;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;; ;x;718;7;1;726;;;-49;;0;;;;; ;c;2548;288;24;2860;;;-50;;1;;;;; ;;;;;3586;88;;reste;1;4;;;;; ;;;;;;3674;;total;7;288;;;;; </pre> =====cbc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_autres_intercalaires_aas|cbc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;1307968;1308315;1018;*; ;comp;tRNA;1309334;1309408;419;*;gag fin;comp;CDS;1309828;1312056;;; deb;;CDS;1384971;1385834;103;*; ;comp;tRNA;1385938;1386012;8;*;aac ;comp;rRNA;1386021;1386134;108;*;114 ;comp;rRNA;1386243;1389140;228;*;2898 ;comp;rRNA;1389369;1390866;909;*;1498 deb;comp;CDS;1391776;1392264;732;*; ;comp;tRNA;1392997;1393072;7;*;ttc ;comp;rRNA;1393080;1393193;108;*;114 ;comp;rRNA;1393302;1396199;228;*;2898 ;comp;rRNA;1396428;1397925;387;*;1498 fin;comp;CDS;1398313;1399257;;; deb;comp;CDS;1406658;1408283;389;*; ;comp;tRNA;1408673;1408762;156;*;tcc fin;comp;CDS;1408919;1409365;;; deb;comp;CDS;1411833;1412018;164;*; ;comp;tRNA;1412183;1412259;184;*;agg fin;;CDS;1412444;1412764;;; deb;;CDS;1414541;1415428;35;*; ;comp;tRNA;1415464;1415540;84;*;cgt ;comp;tRNA;1415625;1415715;20;*;agc ;comp;tRNA;1415736;1415826;306;*;tca ;comp;tRNA;1416133;1416223;20;*;agc ;comp;tRNA;1416244;1416334;276;*;tca fin;comp;CDS;1416611;1417891;;; deb;comp;CDS;1425354;1425806;162;*; ;comp;tRNA;1425969;1426044;3;*;gca ;comp;tRNA;1426048;1426124;8;*;atgi ;comp;rRNA;1426133;1426246;79;*;114 ;comp;rRNA;1426326;1427823;117;*;1498 fin;comp;CDS;1427941;1428051;;; deb;;CDS;1694365;1694889;53;*; ;;tRNA;1694943;1695017;170;*;cag fin;;CDS;1695188;1695592;;; deb;comp;CDS;1721086;1722261;318;*; ;comp;tRNA;1722580;1722664;5;*;tac ;comp;tRNA;1722670;1722745;227;*;aca fin;;CDS;1722973;1723695;;; deb;;CDS;1840498;1841406;30;*; ;comp;tRNA;1841437;1841510;80;*;tgc deb;comp;CDS;1841591;1842334;363;*; ;comp;rRNA;1842698;1842811;108;*;114 ;comp;rRNA;1842920;1845817;228;*;2898 ;comp;rRNA;1846046;1847543;416;*;1498 fin;comp;CDS;1847960;1850440;;; deb;;CDS;1889552;1890361;172;*; ;;tRNA;1890534;1890608;17;*;gaa ;;tRNA;1890626;1890701;9;*;gta ;;tRNA;1890711;1890787;4;*;gac ;;tRNA;1890792;1890867;5;*;aca ;;tRNA;1890873;1890947;18;*;gaa ;;tRNA;1890966;1891041;7;*;gta ;;tRNA;1891049;1891125;57;*;gac ;;tRNA;1891183;1891257;17;*;gaa ;;tRNA;1891275;1891350;9;*;gta ;;tRNA;1891360;1891436;4;*;gac ;;tRNA;1891441;1891516;90;*;aca fin;comp;CDS;1891607;1892584;;; deb;comp;CDS;1946711;1948060;92;*; ;comp;tRNA;1948153;1948228;77;*;cca fin;comp;CDS;1948306;1948614;;; deb;;CDS;1968610;1969014;142;*; ;;tRNA;1969157;1969245;4;*;tta ;;tRNA;1969250;1969325;53;*;atgf ;;tRNA;1969379;1969454;10;*;atgf ;;tRNA;1969465;1969541;328;*;atgj fin;;CDS;1969870;1972257;;; deb;;CDS;1985594;1986970;570;*; ;;rRNA;1987541;1989040;226;*;1500 ;;rRNA;1989267;1992166;93;*;2900 ;;rRNA;1992260;1992375;7;*;116 ;;tRNA;1992383;1992457;27;*;aac ;;tRNA;1992485;1992559;187;*;aac fin;;CDS;1992747;1994819;;; deb;;CDS;2012533;2013174;64;*; ;;tRNA;2013239;2013313;18;*;ggg ;;tRNA;2013332;2013407;82;*;acc fin;;CDS;2013490;2014683;;; deb;;CDS;2222077;2222463;51;*; ;;tRNA;2222515;2222590;239;*;tgg fin;;CDS;2222830;2224086;;0; deb;;CDS;2294151;2294621;145;*; ;;tRNA;2294767;2294842;7;*;cca ;;tRNA;2294850;2294923;6;*;gga ;;tRNA;2294930;2295006;5;*;aga ;;tRNA;2295012;2295087;26;*;aag ;;tRNA;2295114;2295189;29;*;cca ;;tRNA;2295219;2295292;24;*;gga ;;tRNA;2295317;2295393;387;*;cga fin;;CDS;2295781;2297040;;; deb;;CDS;2401601;2402491;64;*; ;;tRNA;2402556;2402631;5;*;gta ;;tRNA;2402637;2402713;3;*;gac ;;tRNA;2402717;2402792;4;*;ttc ;;tRNA;2402797;2402871;9;*;ggc ;;tRNA;2402881;2402954;313;*;tgc fin;;CDS;2403268;2403963;;; deb;comp;CDS;2515386;2516873;431;*; ;;tRNA;2517305;2517391;584;*;ttg fin;comp;CDS;2517976;2518125;;; deb;;CDS;2548065;2548610;97;*; ;;tRNA;2548708;2548792;556;*;ctc fin;;CDS;2549349;2549786;;0; deb;;CDS;2580636;2582543;754;*; ;;tRNA;2583298;2583388;745;*;tga fin;;CDS;2584134;2585648;;; </pre> ===cbn=== ====cbn opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_opérons|cbn opérons]] <pre> 28%GC;30.6.19 Paris;16s 10;86;doubles;intercal;aa;avec aa ;Clostridium botulinum BKT015925;;;;;; ;20666..20741;;acg;;;; ;;;;;;; ;36413..36487;;gaa;+;12;12; ;36500..36575;;gta;2 gaa;13;13; ;36589..36665;;gac;2 gta;5;5; ;36671..36746;;aca;2 gac;18;18; ;36765..36839;;gaa;2 aca;12;12; ;36852..36927;;gta;;13;13; ;36941..37017;;gac;;5;5; ;37023..37098;;aca;;;; ;;;;;;; ;137366..137441;;cca;;;; ;;;;;;; ;161964..162052;;tta;+;5;5; ;162058..162133;;atgf;3 tta;5;5; ;162139..162215;;atgj;3 atgf;46;46; ;162262..162350;;tta;2 atgj;5;5; ;162356..162431;;atgf;;30;30; ;162462..162538;;atgj;;46;46; ;162585..162673;;tta;;5;5; ;162679..162754;;atgf;;;; ;;;;;;; ;76258..176332;;aac;;;; ;;;;;;; ;180177..181695;;16s;@5;233;; ;181929..184836;;23s;;45;; ;184882..184956;;aac;+;14;; ;184971..185087;;5s;;7;; ;185095..185169;;aac;2 aac;;; ;;;;;;; ;222409..222484;;acc;;;; ;;;;;;; comp;578417..578492;;cag;;;; ;;;;;;; comp;944747..944833;;ttg;;;; ;;;;;;; ;955546..955630;;ctt;;;; ;;;;;;; ;1026946..1027021;;gta;;17;17;17 ;1027039..1027115;;gac;;14;14;14 ;1027130..1027205;;ttc;;4;4;4 ;1027210..1027284;;ggc;;8;8;8 ;1027293..1027367;;tgc;+;57;57;57 ;1027425..1027499;;tgc;2 tgc;;; ;;;;;;; comp;2030816..2030890;;aac;;45;; comp;2030936..2033842;;23s;;96;; comp;2033939..2034015;;atc;;7;;7 comp;2034023..2034098;;gca;;121;; comp;2034220..2035734;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2283768..2283884;;5s;;95;; comp;2283980..2286886;;23s;;233;; comp;2287120..2288638;;16s;@3;464;; comp;2289103..2289176;;gga;;15;;15 comp;2289192..2289268;;atc;;7;;7 comp;2289276..2289351;;gca;;;; ;;;;;;; comp;2350598..2350674;;cga;+;21;21; comp;2350696..2350769;;gga;4 gga;28;28; comp;2350798..2350873;;aaa;2 aaa;4;4; comp;2350878..2350952;;caa;2 caa;4;4; comp;2350957..2351032;;cac;2 cac;5;5; comp;2351038..2351112;;aag;3 aag;3;3; comp;2351116..2351192;;aga;3 aga;6;6; comp;2351199..2351272;;gga;2 cca;4;4; comp;2351277..2351352;;cca;2 ggc;21;21; comp;2351374..2351449;;aag;;5;5; comp;2351455..2351531;;aga;;5;5; comp;2351537..2351610;;gga;;5;5; comp;2351616..2351690;;ggc;;3;3; comp;2351694..2351777;;cta;;22;22; comp;2351800..2351875;;aaa;;4;4; comp;2351880..2351954;;caa;;4;4; comp;2351959..2352034;;cac;;5;5; comp;2352040..2352115;;aag;;5;5; comp;2352121..2352197;;aga;;5;5; comp;2352203..2352276;;gga;;5;5; comp;2352282..2352356;;ggc;;6;6; comp;2352363..2352438;;cca;;;; ;;;;;;; comp;2432784..2432859;;tgg;;;; ;;;;;;; comp;2454880..2454964;;tac;+;39;39; comp;2455004..2455079;;gta;2 tac;8;8; comp;2455088..2455172;;tac;;4;4; comp;2455177..2455252;;aca;;;; ;;;;;;; comp;2697795..2697911;;5s;@1;31;; comp;2697943..2700847;;23s;;233;; comp;2701081..2702599;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2703946..2704021;;aaa;;311;;311 comp;2704333..2704408;;ttc;;5;; comp;2704414..2704530;;5s;;336;; comp;2704867..2704942;;ttc;;5;; comp;2704948..2705064;;5s;;97;; comp;2705162..2708066;;23s;;233;; comp;2708300..2709814;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2721253..2721328;;aaa;@2;5;; comp;2721334..2721450;;5s;;95;; comp;2721546..2724452;;23s;;233;; comp;2724686..2726203;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2731902..2731976;;gag;;61;;61 comp;2732038..2732112;;caa;;6;;6 comp;2732119..2732195;;aga;;4;;4 comp;2732200..2732273;;gga;;19;;19 comp;2732293..2732376;;cta;;16;;16 comp;2732393..2732467;;gaa;;4;; comp;2732472..2732588;;5s;;97;; comp;2732686..2735592;;23s;@4;94;; comp;2735687..2735763;;atc;;3;; comp;2735767..2735842;;gca;;74;; comp;2735917..2737435;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2742262..2742351;;tcc;;;; ;;;;;;; comp;2743220..2743312;;tcg;;;; ;;;;;;; comp;2743891..2743967;;agg;;;; ;;;;;;; comp;2748534..2748610;;cgt;;144;144; comp;2748755..2748845;;agc;;23;23; comp;2748869..2748959;;tca;+;69;69; comp;2749029..2749119;;tca;2 tca;;; ;;;;;;; comp;2758688..2758763;;gca;;4;;4 comp;2758768..2758844;;atgi;;3;; comp;2758848..2758964;;5s;;73;; comp;2759038..2761942;;23s;;233;; comp;2762176..2763694;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2150504..2150620;;5s;;31;; comp;2150652..2153560;;23s;;233;; comp;2153794..2155308;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2169525..2169641;;5s;;32;; comp;2169674..2172579;;23s;;233;; comp;2172813..2174331;;16s;;;; ;;;;;;; sur plasmide;;;tgg;;;; </pre> ====cbn cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_cumuls|cbn cumuls]] <pre> cbn cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;10;1;0;0 ;16 23 5s 0;3;20;34;9 ;16 gca atc;2;40;7;0 ;16 23 5s a;4;60;3;0 ;max a;8;80;1;1 ;a doubles;1;100;0;0 ;spéciaux;1;120;0;0 ;total aas;22;140;0;0 sans ;opérons;18;160;1;0 ;1 aa;12;180;0;0 ;max a;22;200;0;0 ;a doubles;6;;0;0 ;total aas;64;;46;10 total aas;;86;;; remarques;;5;;; avec jaune;;;moyenne;17; ;;;variance;25; sans jaune;;;moyenne;14;14 ;;;variance;15;17 </pre> ====cbn blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_blocs|cbn blocs]] <pre> cbn blocs;;;;;; 5s;31;31;32;;; 23s;233;233;233;;; 16s;;;;;; ;;;;;ttc;5 ;;;;;5s;336 aaa;5;3;;;ttc;5 5s;95;73;5s;95;5s;97 23s;233;233;23s;233;23s;233 16s;aaa;atgi;16s;464;16s; ;;;gga;15;; 16s;233;;;;; 23s;45;;;;; aac;14;;;;; 5s;7;;;;; aac;;;;;; gaa;4;;;;; 5s;97;aac;45;;; 23s;94;23s;96;;; atc;3;atc;7;;; gca;74;gca;121;;; 16s;;16s;;;; </pre> ====cbn distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_distribution|cbn distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;avant 5s;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;2 aac;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;4-8 aas;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;gag;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;caa;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;aga;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;gga;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga;3;;ata;;aca;;aaa;;aga;;cta;ata;;aca;;aaa;;aga;1 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa;cta;1;cca;;caa;1;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;>1aa;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;3;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgc2;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;tca2;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cbn;;12;;;;;12;;cbn;48;;;;;;48;;cbn;4;;;;;;4;;cbn;;;;6;;;6 </pre> ====cbn données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_données_intercalaires|cbn données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cbn;fx;fc;cbn;fx40;fc40;cbn;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;10;0;1;10;-1;;34;214;206;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;10;172;1;1;37;-2;;0;168;307;124;;gca;12;;gaa ;0;20;3;211;2;1;31;-3;;0;131;106;77;;gca;13;;gta ;0;30;19;147;3;2;13;-4;;28;158;480;tRNA 23s;;;5;;gac ;0;40;24;90;4;2;12;-5;;0;115;435;97;;atc;18;;aca ;0;50;34;60;5;0;17;-6;1;0;275;60;95;;atc;12;;gaa 1;2;60;28;67;6;0;13;-7;;5;140;348;23s tRNA;;;13;;gta ;5;70;26;71;7;1;11;-8;1;30;106;104;2* 48;;aac;5;;gac ;2;80;17;53;8;0;9;-9;1;0;67;255;5s tRNA;;;**;;aca ;1;90;13;59;9;1;10;-10;;6;261;130;7;;aac;5;;tta ;1;100;18;68;10;2;19;-11;2;13;59;;13;;ttc;5;;atgf 2;1;110;12;42;11;0;22;-12;1;0;82;;15;;ttc;46;;atgj ;3;120;16;50;12;0;32;-13;;2;379;;5;;aaa;5;;tta 1;1;130;24;50;13;0;22;-14;;7;265;;4;;gaa;30;;atgf ;2;140;4;50;14;0;22;-15;;0;117;;3;;atgi;46;;atgj ;0;150;12;49;15;0;23;-16;;3;233;;tRNA 5s;;;5;;tta ;1;160;7;45;16;1;20;-17;1;10;199;;336;;ttc;**;;atgf ;1;170;16;48;17;1;16;-18;;0;73;;tRNA tRNA;;intra;17;;gta ;0;180;16;36;18;0;20;-19;;2;295;;7;;gca atc;14;;gac ;1;190;12;42;19;1;14;-20;;7;58;;3;;gca atc;4;;ttc ;1;200;15;31;20;0;20;-21;1;0;324;;tRNA tRNA;;contig;8;;ggc 1;0;210;11;27;21;0;20;-22;;1;183;;311;;aaa;57;;tgc ;1;220;12;29;22;1;17;-23;;2;80;;**;;ttc;**;;tgc ;0;230;11;30;23;3;12;-24;;0;245;;61;;gag;15;;gga ;1;240;15;19;24;1;13;-25;;1;408;;6;;caa;7;;atc ;1;250;14;14;25;1;19;-26;;2;111;;4;;aga;**;;gca 1;0;260;14;16;26;2;10;-27;1;0;64;;19;;gga;21;;cga ;2;270;11;10;27;3;17;-28;;1;69;;16;;cta;28;;gga ;1;280;6;8;28;3;13;-29;;5;65;;**;;gaa;4;;aaa ;0;290;9;10;29;2;12;-30;;0;95;;4;;gca;4;;caa ;1;300;11;21;30;3;14;-31;;1;61;;**;;atgi;5;;cac 1;0;310;4;7;31;2;11;-32;;1;125;;;;;3;;aag ;0;320;5;7;32;2;5;-33;;0;CDS 16s;;;;;6;;aga ;1;330;5;11;33;4;11;-34;;0;453;111;;;;4;;gga ;0;340;11;5;34;0;8;-35;;2;423;;;;;21;;cca 1;0;350;4;9;35;1;6;-36;;0;424;;;;;5;;aag ;0;360;2;12;36;3;8;-37;;0;111;;;;;5;;aga ;0;370;6;8;37;2;11;-38;;0;423;;;;;5;;gga ;1;380;6;7;38;1;8;-39;;0;346;;;;;3;;ggc ;0;390;1;6;39;7;10;-40;;0;393;;;;;22;;cta ;0;400;5;4;40;2;12;-41;;1;402;;;;;4;;aaa 2;1;reste;54;62;reste;485;1143;-42;;0;369;;;;;4;;caa 10;32;total;544;1773;total;542;1773;-43;;0;16s 23s;;;;;5;;cac 8;31;diagr;489;1701;diagr;56;620;-44;;1;8* 237;;;;;5;;aag 0;0; t30;32;530;;;;-45;;0;23s 5s;;;;;5;;aga ;;;;;;;;-46;;1;2* 34;;;;;5;;gga ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;35;;;;;6;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;2* 98;;;;;**;;cca ;x;541;9;1;551;;;-49;;0;2* 100;;;;;39;;tac ;c;1763;167;10;1940;;;-50;;0;76;;;;;8;;gta ;;;;;2491;147;;reste;0;0;5s CDS;;;;;4;;tac ;;;;;;2638;;total;9;167;128;590;;;;**;;aca ;;;;;;;;;;;138;144;;;;144;;cgt ;;;;;;;;;;;;;;;;23;;agc ;;;;;;;;;;;;;;;;69;;tca ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tca </pre> =====cbn autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires_aas|cbn autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbn;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;20118;206;comp; ;tRNA;20666;214;;acg fin;CDS;20956;;; deb;CDS;34861;307;comp; ;tRNA;36413;12;;gaa ;tRNA;36500;13;;gta ;tRNA;36589;5;;gac ;tRNA;36671;18;;aca ;tRNA;36765;12;;gaa ;tRNA;36852;13;;gta ;tRNA;36941;5;;gac ;tRNA;37023;106;;aca fin;CDS;37205;;comp; deb;CDS;135851;168;comp; ;tRNA;137366;131;comp;cca fin;CDS;137573;;comp; deb;CDS;161395;158;; ;tRNA;161964;5;;tta ;tRNA;162058;5;;atgf ;tRNA;162139;46;;atgj ;tRNA;162262;5;;tta ;tRNA;162356;30;;atgf ;tRNA;162462;46;;atgj ;tRNA;162585;5;;tta ;tRNA;162679;480;;atgf fin;CDS;163235;;comp; deb;CDS;174610;115;; ;tRNA;176258;275;;aac fin;CDS;176608;;; deb;CDS;178351;453;; ;rRNA;180181;237;;16s ;rRNA;181930;48;;23s ;tRNA;184882;14;;aac ;rRNA;184971;7;;5s ;tRNA;185095;435;;aac fin;CDS;185605;;comp; deb;CDS;221558;140;; ;tRNA;222409;106;;aac fin;CDS;222591;;; deb;CDS;577193;60;; ;tRNA;578417;67;comp;cag fin;CDS;578560;;comp; deb;CDS;943937;261;comp; ;tRNA;944747;348;comp;ttg fin;CDS;945182;;; deb;CDS;954881;59;; ;tRNA;955546;82;;ctt fin;CDS;955713;;; deb;CDS;1025682;379;; ;tRNA;1026946;17;;gta ;tRNA;1027039;14;;gac ;tRNA;1027130;4;;ttc ;tRNA;1027210;8;;ggc ;tRNA;1027293;57;;tgc ;tRNA;1027425;265;;tgc fin;CDS;1027765;;; deb;CDS;1679540;6;; ;gene;1680008;128;comp; fin;CDS;1681704;;comp; deb;CDS;1865810;45;; ;gene;1866395;88;; fin;CDS;1867620;;comp; deb;CDS;2029941;104;; ;tRNA;2030816;48;comp;aac ;rRNA;2030939;97;comp;23s ;tRNA;2033939;7;comp;atc ;tRNA;2034023;124;comp;gca ;rRNA;2034223;423;comp;16s fin;CDS;2036154;;comp; deb;CDS;2149914;128;comp; ;rRNA;2150504;34;comp;5s ;rRNA;2150655;237;comp;23s ;rRNA;2153797;424;comp;16s fin;CDS;2155729;;comp; deb;CDS;2168490;590;; ;rRNA;2169533;35;comp;5s ;rRNA;2169677;237;comp;23s ;rRNA;2172816;111;comp;16s fin;CDS;2174439;;; deb;CDS;2281037;144;; ;rRNA;2283779;98;comp;5s ;rRNA;2283983;237;comp;23s ;rRNA;2287123;111;comp;16s deb;CDS;2288746;117;comp; ;tRNA;2289103;15;comp;gga ;tRNA;2289192;7;comp;atc ;tRNA;2289276;233;comp;gca fin;CDS;2289585;;comp; deb;CDS;2349136;199;comp; ;tRNA;2350598;21;comp;cga ;tRNA;2350696;28;comp;gga ;tRNA;2350798;4;comp;aaa ;tRNA;2350878;4;comp;caa ;tRNA;2350957;5;comp;cac ;tRNA;2351038;3;comp;aag ;tRNA;2351116;6;comp;aga ;tRNA;2351199;4;comp;gga ;tRNA;2351277;21;comp;cca ;tRNA;2351374;5;comp;aag ;tRNA;2351455;5;comp;aga ;tRNA;2351537;5;comp;gga ;tRNA;2351616;3;comp;ggc ;tRNA;2351694;22;comp;cta ;tRNA;2351800;4;comp;aaa ;tRNA;2351880;4;comp;caa ;tRNA;2351959;5;comp;cac ;tRNA;2352040;5;comp;aag ;tRNA;2352121;5;comp;aga ;tRNA;2352203;5;comp;gga ;tRNA;2352282;6;comp;ggc ;tRNA;2352363;73;comp;cca fin;CDS;2352512;;comp; deb;CDS;2430767;295;comp; ;tRNA;2432784;58;comp;tgg fin;CDS;2432918;;comp; deb;CDS;2453380;324;comp; ;tRNA;2454880;39;comp;tac ;tRNA;2455004;8;comp;gta ;tRNA;2455088;4;comp;tac ;tRNA;2455177;255;comp;aca fin;CDS;2455508;;; deb;CDS;2696774;138;comp; ;rRNA;2697803;34;comp;5s ;rRNA;2697946;237;comp;23s ;rRNA;2701084;423;comp;16s deb;CDS;2703019;183;comp; ;tRNA;2703946;311;comp;aaa ;tRNA;2704333;13;comp;ttc ;rRNA;2704422;336;comp;5s ;tRNA;2704867;15;comp;ttc ;rRNA;2704958;100;comp;5s ;rRNA;2705165;237;comp;23s ;rRNA;2708303;346;comp;16s fin;CDS;2710157;;comp; deb;CDS;2720030;80;comp; ;tRNA;2721253;5;comp;aaa ;rRNA;2721334;98;comp;5s ;rRNA;2721549;237;comp;23s ;rRNA;2724689;393;comp;16s fin;CDS;2726593;;comp; deb;CDS;2730964;245;comp; ;tRNA;2731902;61;comp;gag ;tRNA;2732038;6;comp;caa ;tRNA;2732119;4;comp;aga ;tRNA;2732200;19;comp;gga ;tRNA;2732293;16;comp;cta ;tRNA;2732393;4;comp;gaa ;rRNA;2732472;100;comp;5s ;rRNA;2732689;95;comp;23s ;tRNA;2735687;3;comp;atc ;tRNA;2735767;77;comp;gca ;rRNA;2735920;402;comp;16s fin;CDS;2737834;;comp; deb;CDS;2740228;408;comp; ;tRNA;2742262;111;comp;tcc deb;CDS;2742463;64;comp; ;tRNA;2743220;69;comp;tcg deb;CDS;2743382;65;comp; ;tRNA;2743891;130;comp;agg fin;CDS;2744098;;; deb;CDS;2746633;95;comp; ;tRNA;2748534;144;comp;cgt ;tRNA;2748755;23;comp;agc ;tRNA;2748869;69;comp;tca ;tRNA;2749029;61;comp;tca fin;CDS;2749181;;comp; deb;CDS;2758098;125;comp; ;tRNA;2758688;4;comp;gca ;tRNA;2758768;3;comp;atgi ;rRNA;2758848;76;comp;5s ;rRNA;2759041;237;comp;23s ;rRNA;2762179;369;comp;16s fin;CDS;2764060;;comp; </pre> ====cbn intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_entre_cds|cbn intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> cbn;2.2.21 Paris;;cbn 31.1.14;;;;;;; cbn;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;176;7.1;'''négatif ;-11;10;-1 à -47;'''2 773 157;-1;176 ;'''zéro;11;0.4;;;;;'''intercals;0;11 ;'''1 à 200;1767;70.9;'''0 à 200;71;60;;'''313 764;5;116 ;'''201 à 370;394;15.8;'''201 à 370;266;48;;'''11.3%;10;66 ;'''371 à 600;117;4.7;'''371 à 600;464;65;;;15;121 ;'''601 à max;26;1.0;'''601 à 1028;810;204;;;20;93 ;'''total 2491;<201;78.4;'''total 2491;125;141;-47 à 1443;;25;87 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;79 624731;1443;-1;176;-70;0;;0;11;35;50 834812;1270;0;11;-60;0;;-1;°34;40;64 1909773;1149;1;°38;-50;0;;-2;0;45;44 1395656;1025;2;°32;-40;4;;-3;0;50;50 1366434;952;3;15;-30;4;'''min à -1;-4;°28;55;60 2662601;856;4;14;-20;21;176;-5;0;60;35 1385645;836;5;°17;-10;47;7.1%;-6;1;65;56 754437;826;6;13;0;111;;-7;5;70;41 1803918;777;7;12;10;182;;-8;°31;75;32 1826878;759;8;9;20;214;;-9;1;80;38 1307165;753;9;11;30;166;;-10;6;85;35 627889;751;10;°21;40;114;'''1 à 100;-11;°15;90;37 1388755;748;11;22;50;94;1190;-12;1;95;40 2579132;747;12;°32;60;95;47.8%;-13;2;100;46 1789056;745;13;22;70;97;;-14;°7;105;28 1830367;730;14;22;80;70;;-15;0;110;26 841754;723;15;°23;90;72;;-16;3;115;35 1855513;710;16;21;100;86;;-17;°11;120;31 2136552;703;17;17;110;54;;-18;0;125;41 390878;696;18;°20;120;66;;-19;2;130;33 943107;680;19;15;130;74;;-20;°7;135;25 2674137;655;20;20;140;54;;-21;1;140;29 1095841;652;21;°20;150;61;;-22;1;145;30 2644575;626;22;18;160;52;;-23;°2;150;31 261153;625;23;15;170;64;'''1 à 200;-24;0;155;21 1887215;619;24;14;180;52;1767;-25;1;160;31 2676061;600;25;°20;190;54;70.9%;-26;°2;5;34 2443011;582;26;12;200;46;;-27;1;170;30 1811650;581;27;°20;210;38;;-28;1;175;27 1933429;576;28;16;220;41;;-29;°5;180;25 1797999;574;29;14;230;41;;-30;0;185;23 2550424;574;30;°17;240;34;;-31;1;190;31 2050753;573;31;13;250;28;;-32;1;195;23 923904;572;32;7;260;30;'''0 à 200;;181;200;23 313619;570;33;°15;270;21;1778;reste;6;205;19 1471664;569;34;8;280;14;;total;187;210;19 1133306;567;35;7;290;19;;;;215;17 262285;563;36;11;300;32;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;24 ;;37;°13;310;11;;600;2465;225;25 ;;38;9;320;12;;620;1;230;16 ;;39;°17;330;16;;640;2;235;17 ;;40;14;340;16;'''201 à 370;660;2;240;17 ;;reste;1628;350;13;394;680;1;245;15 ;;total;2491;360;14;15.8%;700;1;250;13 ;;;;370;14;;720;2;255;15 ;;;;380;13;;740;2;260;15 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;7;;760;6;265;10 1144166;-47;shift 2;1795;400;9;;780;1;270;11 369225;-46;shift 2;3395;410;5;;800;0;275;9 1579583;-44;shift 2;487;420;6;;820;0;280;5 430053;-41;;;430;3;;840;2;285;9 1494403;-35;;;440;2;;860;1;290;10 1957540;-35;;;450;8;;880;0;295;15 733250;-32;;;460;6;;900;0;300;17 271633;-31;;;470;5;;920;0;305;6 913392;-29;;;480;5;;940;0;310;5 1503608;-29;;;490;6;;960;1;315;9 1620962;-29;;;500;7;;980;0;320;3 1725747;-29;;;510;6;;1000;0;325;13 1823162;-29;;;520;1;;1020;0;330;3 2449289;-28;;;530;1;'''371 à 600;1040;1;335;5 1086603;-27;;;540;11;117;1060;0;340;11 783920;-26;;;550;2;4.7%;1080;0;345;4 2471206;-26;;;560;2;;1100;0;350;9 2107067;-25;;;570;4;'''601 à max;1120;0;355;10 292336;-23;;;580;5;26;1140;0;360;4 2553714;-23;;;590;2;1.0%;1160;1;365;8 2686151;-22;;;600;1;;;24;370;6 1577865;-21;;;reste;26;;reste;2;reste;143 500363;-20;;;total;2491;;total;2491;total;2491 </pre> ====cbn intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cbn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; cbn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;15;-107;126;33;450;238;max50;&-50;394;-1048;106;855;263;min50 31 à 400;;;;;;;;&8.8;-32;-123;49;932;121;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;86;43;-;424;dte;26;tf;&184;63;-;652;poly;203;SF 31 à 400;;;-;;;;;&120;45;-;891;dte;41;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.731;0.543;0.505;;;;;-0.382;;;;;; 1-n;0.271;-0.222;-0.114;;;;;;;;;14.8.21 paris;; cbn;fx;fc;;cbn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbn;Sx-;Sc- 0;1;10;;0;2;6;0;1;10;>0;543;-1;0;34 10;10;172;;10;20;101;1;1;37;<0;9;-2;0;0 20;3;211;;20;6;124;2;1;31;zéro;1;-3;0;0 30;19;147;;30;39;86;3;2;13;total;553;-4;0;28 40;24;90;;40;49;53;4;2;12;;c;-5;0;0 50;34;60;;50;70;35;5;0;17;>0;1763;-6;1;0 60;28;67;;60;57;39;6;0;13;<0;167;-7;0;5 70;26;71;;70;53;42;7;1;11;zéro;10;-8;1;30 80;17;53;;80;35;31;8;0;9;total;1940;-9;1;0 90;13;59;;90;27;35;9;1;10;;;-10;0;6 100;18;68;;100;37;40;10;2;19;total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reste;54;62;;;;;reste;487;1143;;;-42;0;0 total;544;1773;;t30;65;312;total;544;1773;;;-43;0;0 diagr;489;1701;;;;;diagr;56;620;;;-44;0;1 - t30;457;1171;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;0;0 ;;;;;;;;;;;;total;9;167 </pre> ====cbn intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_négatifs_S-|cbn intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;;;1;;;1;;2;1;;;;;1;;;;1;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;0;8 continu;34;0;0;28;0;0;5;31;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;168 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;0;0;1;0;1;1;0;2;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9 ;Sc-;34;0;0;28;0;0;5;30;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;167 </pre> ====cbn autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires|cbn autres intercalaires]] <pre> deb;°CDS;20118;206;comp;;deb;°CDS;1865810;45;;;deb;°CDS;2453380;324;comp ;&tRNA;20666;214;;;;gene;1866395;88;;;;&tRNA;2454880;39;comp fin;°CDS;20956;;;;fin;°CDS;1867620;;comp;;;&tRNA;2455004;8;comp deb;°CDS;34861;307;comp;;deb;°CDS;2029941;104;;;;&tRNA;2455088;4;comp ;&tRNA;36413;12;;;;&tRNA;2030816;48;comp;;;&tRNA;2455177;255;comp ;&tRNA;36500;13;;;;$rRNA;2030939;97;comp;;fin;°CDS;2455508;; ;&tRNA;36589;5;;;;&tRNA;2033939;7;comp;;deb;°CDS;2696774;138;comp ;&tRNA;36671;18;;;;&tRNA;2034023;124;comp;;;$rRNA;2697803;34;comp ;&tRNA;36765;12;;;;$rRNA;2034223;423;comp;;;$rRNA;2697946;237;comp ;&tRNA;36852;13;;;fin;°CDS;2036154;;comp;;;$rRNA;2701084;423;comp ;&tRNA;36941;5;;;deb;°CDS;2149914;128;comp;;deb;°CDS;2703019;183;comp ;&tRNA;37023;106;;;;$rRNA;2150504;34;comp;;;&tRNA;2703946;311;comp fin;°CDS;37205;;comp;;;$rRNA;2150655;237;comp;;;&tRNA;2704333;13;comp deb;°CDS;135851;168;comp;;;$rRNA;2153797;424;comp;;;$rRNA;2704422;336;comp ;&tRNA;137366;131;comp;;fin;°CDS;2155729;;comp;;;&tRNA;2704867;15;comp fin;°CDS;137573;;comp;;deb;°CDS;2168490;590;;;;$rRNA;2704958;100;comp deb;°CDS;161395;158;;;;$rRNA;2169533;35;comp;;;$rRNA;2705165;237;comp ;&tRNA;161964;5;;;;$rRNA;2169677;237;comp;;;$rRNA;2708303;346;comp ;&tRNA;162058;5;;;;$rRNA;2172816;111;comp;;fin;°CDS;2710157;;comp ;&tRNA;162139;46;;;fin;°CDS;2174439;;;;deb;°CDS;2720030;80;comp ;&tRNA;162262;5;;;deb;°CDS;2281037;144;;;;&tRNA;2721253;5;comp ;&tRNA;162356;30;;;;$rRNA;2283779;98;comp;;;$rRNA;2721334;98;comp ;&tRNA;162462;46;;;;$rRNA;2283983;237;comp;;;$rRNA;2721549;237;comp ;&tRNA;162585;5;;;;$rRNA;2287123;111;comp;;;$rRNA;2724689;393;comp ;&tRNA;162679;480;;;deb;°CDS;2288746;117;comp;;fin;°CDS;2726593;;comp fin;°CDS;163235;;comp;;;&tRNA;2289103;15;comp;;deb;°CDS;2730964;245;comp deb;°CDS;174610;115;;;;&tRNA;2289192;7;comp;;;&tRNA;2731902;61;comp ;&tRNA;176258;275;;;;&tRNA;2289276;233;comp;;;&tRNA;2732038;6;comp fin;°CDS;176608;;;;fin;°CDS;2289585;;comp;;;&tRNA;2732119;4;comp deb;°CDS;178351;453;;;deb;°CDS;2349136;199;comp;;;&tRNA;2732200;19;comp ;$rRNA;180181;237;;;;&tRNA;2350598;21;comp;;;&tRNA;2732293;16;comp ;$rRNA;181930;48;;;;&tRNA;2350696;28;comp;;;&tRNA;2732393;4;comp ;&tRNA;184882;14;;;;&tRNA;2350798;4;comp;;;$rRNA;2732472;100;comp ;$rRNA;184971;7;;;;&tRNA;2350878;4;comp;;;$rRNA;2732689;95;comp ;&tRNA;185095;435;;;;&tRNA;2350957;5;comp;;;&tRNA;2735687;3;comp fin;°CDS;185605;;comp;;;&tRNA;2351038;3;comp;;;&tRNA;2735767;77;comp deb;°CDS;221558;140;;;;&tRNA;2351116;6;comp;;;$rRNA;2735920;402;comp ;&tRNA;222409;106;;;;&tRNA;2351199;4;comp;;fin;°CDS;2737834;;comp fin;°CDS;222591;;;;;&tRNA;2351277;21;comp;;deb;°CDS;2740228;408;comp deb;°CDS;577193;60;;;;&tRNA;2351374;5;comp;;;&tRNA;2742262;111;comp ;&tRNA;578417;67;comp;;;&tRNA;2351455;5;comp;;deb;°CDS;2742463;64;comp fin;°CDS;578560;;comp;;;&tRNA;2351537;5;comp;;;&tRNA;2743220;69;comp deb;°CDS;943937;261;comp;;;&tRNA;2351616;3;comp;;deb;°CDS;2743382;65;comp ;&tRNA;944747;348;comp;;;&tRNA;2351694;22;comp;;;&tRNA;2743891;130;comp fin;°CDS;945182;;;;;&tRNA;2351800;4;comp;;fin;°CDS;2744098;; deb;°CDS;954881;59;;;;&tRNA;2351880;4;comp;;deb;°CDS;2746633;95;comp ;&tRNA;955546;82;;;;&tRNA;2351959;5;comp;;;&tRNA;2748534;144;comp fin;°CDS;955713;;;;;&tRNA;2352040;5;comp;;;&tRNA;2748755;23;comp deb;°CDS;1025682;379;;;;&tRNA;2352121;5;comp;;;&tRNA;2748869;69;comp ;&tRNA;1026946;17;;;;&tRNA;2352203;5;comp;;;&tRNA;2749029;61;comp ;&tRNA;1027039;14;;;;&tRNA;2352282;6;comp;;fin;°CDS;2749181;;comp ;&tRNA;1027130;4;;;;&tRNA;2352363;73;comp;;deb;°CDS;2758098;125;comp ;&tRNA;1027210;8;;;fin;°CDS;2352512;;comp;;;&tRNA;2758688;4;comp ;&tRNA;1027293;57;;;deb;°CDS;2430767;295;comp;;;&tRNA;2758768;3;comp ;&tRNA;1027425;265;;;;&tRNA;2432784;58;comp;;;$rRNA;2758848;76;comp fin;°CDS;1027765;;;;fin;°CDS;2432918;;comp;;;$rRNA;2759041;237;comp deb;°CDS;1679540;6;;;;;;;;;;$rRNA;2762179;369;comp ;gene;1680008;128;comp;;;;;;;;fin;°CDS;2764060;;comp fin;°CDS;1681704;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====cbn intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_tRNA-cds|cbn intercalaires tRNA-cds]] <pre> cbn;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls comp’;206;;214;;59;58;; comp’;307;comp’;106;;64;61;'''deb; ;168;;131;;65;67;<201;12 ;158;comp’;480;;80;69;total;18 ;115;;275;;98;73;taux;67% ;;comp’;435;;115;82;; ;140;;106;;125;106;'''fin; comp’;60;;67;;140;111;<201;9 ;261;comp’;348;;158;131;total;12 ;59;;82;;168;214;taux;75% ;379;;265;;183;265;; comp’;104;;;;199;275;'''total; ;199;;73;;245;;<201;21 ;295;;58;;261;;total;30 ;324;comp’;255;;295;;taux;70% ;183;;;;324;;; ;80;;;;379;;; ;245;;;;408;;'''comp’;'''cumuls ;408;;111;;60;106;'''deb;2 ;64;;69;;104;130;;4 ;65;comp’;130;;206;255;'''fin;2 ;98;;61;;307;348;;6 ;125;;;;'''-;435;'''total; ;;;;;'''-;480;<201;4 ;;;;;;;total;10 ;;;;;;;taux;40% ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;; ;<201;14;11;25;;;; ;total;22;18;40;;;; ;taux;64%;61%;63%;;;; </pre> ===cle=== ====cle opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_opérons|cle opérons]] <pre> 34.3%GC;30.6.19 Paris;16s 11;104;doubles;intercalaires;; ;Clostridium lentocellum DSM 5427;;;;;; ;10157..10246;;agc;@1;202;; ;10449..11981;;16s;;72;; ;12054..12171;;5s;;4;; ;12176..12248;;gca;;262;; ;12511..15414;;23s;;55;; ;15470..15543;;gac;;61;;61 ;15605..15677;;gta;;7;;7 ;15685..15757;;aca;;34;;34 ;15792..15872;;tac;;12;;12 ;15885..15961;;atgj;;3;;3 ;15965..16040;;ttc;;3;;3 ;16044..16116;;aaa;;;; ;;;;;30118;; ;46235..47767;;16s;@3;21284;; ;;;;;;; ;69052..71964;;23s;;;; ;;;;;4873;; ;76838..78371;;16s;;72;; ;78444..78561;;5s;;5;; ;78567..78639;;gca;;282;; ;78922..81829;;23s;;;; ;;;;;904;; ;82734..82851;;5s;;4;; ;82856..82928;;ggc;;;; ;;;;;1463;; ;84392..85929;;16s;;72;; ;86002..86119;;5s;;4;; ;86124..86196;;gca;;280;; ;86477..89386;;23s;;;; ;;;;;7380;; ;96767..96884;;5s;;89;; ;96974..97047;;ggc;;;; ;;;;;5082;; ;102130..102204;;cag;;;; ;;;;;;; ;104716..104799;;tta;;13;13; ;104813..104898;;tca;;;; ;;;;;;; ;141499..143034;;16s;;138;; ;143173..143290;;5s;;7;; ;143298..143374;;atc; ;258;; ;143633..146538;;23s;;;; ;;;;;;; ;150968..151085;;5s;@4;4;; ;151090..151161;;gaa;;457;; ;151619..153160;;16s;;605;; ;153766..156671;;23s;;475;; ;157147..157219;;aaa;;9;;9 ;157229..157299;;gga;;6;;6 ;157306..157379;;aga;;;; ;;;;;4223;; ;161603..161720;;5s;;4;; ;161725..161797;;ggc;;;; ;;;;;11104;; ;172902..172973;;gaa;;23;23; ;172997..173071;;cca;;45;45; ;173117..173189;;aaa;;11;11; ;173201..173274;;gac;;56;56; ;173331..173403;;gta;;7;7; ;173411..173494;;tta;;187;187; ;173682..173754;;aca;;26;26; ;173781..173861;;tac;;10;10; ;173872..173948;;atgj;;31;31; ;173980..174052;;ttc;;;; ;;;;;248498;; ;422551..424086;;16s;;;; ;;;;;113898;; ;537985..540890;;23s;;;; ;;;;;25153;; ;566044..566117;;cac;;23;23; ;566141..566212;;caa;;32;32; ;566245..566330;;tca;;;; ;;;;;;; ;571984..573519;;16s;;72;; ;573592..573709;;5s;;4;; ;573714..573786;;gca;;282;; ;574069..576975;;23s;;;; ;;;;;25302;; ;602278..603812;;16s;;137;; ;603950..604067;;5s;;;; ;;;;;11014;; ;615082..617987;;23s;;;; ;;;;;21159;; ;639147..639362;;16s°;@5;;; ;;;;;98139;; ;737502..737619;;5s;;4;; ;737624..737696;;ggc;;;; ;;;;;3291;; ;740988..741058;;gga;;;; ;;;;;;; ;759839..759920;;cta;;;; ;;;;;;; ;911999..912083;;ctt;+;148;148; ;912232..912316;;ctt;2 ctt;;; ;;;;;;; ;1035192..1035265;;cga;;;; ;;;;;;; ;1061152..1061225;;agg;;;; ;;;;;;; comp;1136376..1136448;;ccc;;;; ;;;;;;; ;1229184..1230718;;16s;@2;72;; ;1230791..1230908;;5s;;7;; ;1230916..1230989;;atc;;53;;53 ;1231043..1231115;;gca;;261;; ;1231377..1234282;;23s;;110;; ;1234393..1234464;;aac;+;9;;9 ;1234474..1234545;;gaa;2 tgc ;6;;6 ;1234552..1234622;;tgc;2 aac;23;;23 ;1234646..1234717;;aac;;58;;58 ;1234776..1234846;;tgc;;;; ;;;;;;; ;1280211..1280283;;atgf;;;; ;;;;;;; ;1283250..1283320;;gga;+;5;5; ;1283326..1283399;;aga;2 gga;5;5; ;1283405..1283478;;cac;2 aga;31;31; ;1283510..1283581;;caa;2 caa;23;23; ;1283605..1283677;;aaa;;30;30; ;1283708..1283792;;cta;;23;23; ;1283816..1283886;;gga;;5;5; ;1283892..1283965;;aga;;6;6; ;1283972..1284043;;caa;;;; ;;;;;;; ;1299560..1299632;;ggc;;4;4; ;1299637..1299711;;cca;;;; ;;;;;;; ;1346208..1346290;;ctg;;;; ;;;;;;; ;1363346..1363428;;ctg;;;; ;;;;;;; ;1515234..1515305;;gaa;;62;62; ;1515368..1515442;;cca;;22;22; ;1515465..1515537;;aaa;;;; ;;;;;;; ;1597292..1597364;;acg;;;; ;;;;;;; ;1611976..1612042;;acg;;;; ;;;;;;; ;2065352..2065425;;ata;;;; ;;;;;;; comp;2090478..2090550;;acc;;;; ;;;;;;; ;2394421..2394501;;tac;;3;3; ;2394505..2394577;;ttc;;;; ;;;;;;; ;2592342..2592422;;ttg;;;; ;;;;;;; ;2606024..2606104;;ttg;;;; ;;;;;;; comp;2737232..2737304;;gcc;;;; ;;;;;;; comp;2798802..2798874;;aag;;;; ;;;;;;; comp;2881571..2881642;;gag;;;; ;;;;;;; comp;3215471..3215545;;cca;;;; ;;;;;;; comp;3252582..3252655;;atgj;;7;7; comp;3252663..3252735;;gta;;4;4; comp;3252740..3252813;;gac;;10;10; comp;3252824..3252896;;tgg;;20;20; comp;3252917..3252988;;aac;;;; ;;;;;683;; comp;3253672..3253748;;atgj;;7;;7 comp;3253756..3253828;;gta;;9;;9 comp;3253838..3253910;;tgg;;18;;18 comp;3253929..3254000;;aac;;60;; comp;3254061..3256967;;23s;;;; ;;;;;362637;; comp;3619605..3619677;;aca;+;4;;4 comp;3619682..3619755;;cgt;2 cgt;50;;50 comp;3619806..3619879;;cgt;2 aca;27;;27 comp;3619907..3619990;;tta;;3;;3 comp;3619994..3620069;;gta;;47;;47 comp;3620117..3620190;;gac;;22;;22 comp;3620213..3620289;;atgi;;23;;23 comp;3620313..3620385;;aca;;14;;14 comp;3620400..3620471;;gaa;;9;;9 comp;3620481..3620552;;aac;;110;; comp;3620663..3623568;;23s;;261;; comp;3623830..3623902;;gca;;53;;53 comp;3623956..3624029;;atc;;7;; comp;3624037..3624154;;5s;;72;; comp;3624227..3625761;;16s;;149;; comp;3625911..3625999;;tcc;;33;;33 comp;3626033..3626118;;tca;;;; ;;;;;;; comp;3714637..3714709;;gta;;1;1; comp;3714711..3714787;;atgj;;;; </pre> ====cle cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_cumuls|cle cumuls]] <pre> cle cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;19;1;1;0 ;16 5 aa 23;5;20;14;15 ;16 5 atc gca;2;40;10;6 ;solo;11;60;2;5 ;max a;14;80;1;1 ;a doubles;2;100;0;0 ;indéterminé;1;120;0;0 ;total aas;46;140;0;0 sans ;opérons;29;160;1;0 ;1 aa;19;180;0;0 ;max a;10;200;1;0 ;a doubles;2;;0;0 ;total aas;59;;30;27 total aas;;105;;; remarques;;5;;; avec jaune;;;moyenne;29; ;;;variance;41; sans jaune;;;moyenne;19;22 ;;;variance;16;19 </pre> ====cle blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_blocs|cle blocs]] <pre> cle blocs;;; Solitaires;;; 16s;*2;16s°;@5 ;;; 23s;*3;; ;;; 5s;3*4;89; ggc;;; ;;; aac;60;; 23s;;; ;;; 16s;137;; 5s;;; ;;; 16s;72;72;72 5s;5;4;4 gca;282;280;282 23s;;; ;;; ;;agc;202 16s;138;16s;72 5s;7;5s;4 atc;258;gca;262 23s;;23s;55 ;;gac;61 ;;; ;;; ;;aac;110 16s;72;23s;261 5s;7;gca;53 atc;53;atc;7 gca;261;5s;72 23s;110;16s;149 aac;9;tcc;33 ;;; ;;; 5s;4;;@4 gaa;457;; 16s;605;; 23s;475;; aaa;9;; </pre> ====cle distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_distribution|cle distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;après 16s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;1-3;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;(atcgca)2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;aaa;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gca4;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aga;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;atc1;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;gga;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;4;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;16s5saa23s;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;4 ggc;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;gaa;tta;1;tca;;taa;;tga; ata;1;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;1;;cta;1;cca;3;caa;3;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;cgt2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;3;gca;;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;ctt2;gta;3;gca;;gaa;2;gga; ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;2;aag;1;agg;1;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;16s5saa23s;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cle;;19;;;;;19;;cle;38;;;;;;38;;cle;2;;;;;;2;;cle;;;;26;3;9;26 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;8 1-3aas;;; </pre> ====cle données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_données_intercalaires|cle données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cle;fx;fc;cle;fx40;fc40;cle;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;35;0;0;35;-1;0;78;421;212;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;; ;0;10;9;278;1;0;56;-2;0;0;121;409;437;347;;61;;gac;13;;tta ;0;20;6;387;2;0;50;-3;0;0;275;214;643;;;7;;gta;**;;tca ;1;30;5;213;3;0;36;-4;8;107;757;50;302;;;34;;aca;23;;gaa ;0;40;12;144;4;2;24;-5;0;1;262;622;325;;;12;;tac;45;;cca 1;1;50;21;85;5;2;20;-6;1;0;487;66;602;;;3;;atgj;11;;aaa ;1;60;27;93;6;1;8;-7;0;10;207;224;331;;;3;;ttc;56;;gac 1;1;70;20;88;7;1;7;-8;1;72;92;142;323;;;**;;aaa;7;;gta ;1;80;37;104;8;2;12;-9;0;0;289;264;16s CDS;;;9;;aaa;187;;tta 1;0;90;35;84;9;1;30;-10;0;5;489;142;695;228;;6;;gga;26;;aca ;4;100;29;82;10;0;35;-11;1;41;125;405;16s 5s;;;**;;aga;10;;tac ;1;110;24;80;11;2;55;-12;0;0;322;227;6* 79;;;9;;aac;31;;atgj ;3;120;17;65;12;0;64;-13;1;7;121;454;146;;;6;;gaa;**;;ttc 1;5;130;26;79;13;2;39;-14;1;28;342;139;144;;;23;;tgc;23;;cac 1;1;140;21;63;14;0;32;-15;1;0;44;445;16s 23s;;;58;;aac;32;;caa 3;2;150;21;79;15;1;42;-16;1;2;61;195;613;;;**;;tgc;**;;tca 1;1;160;31;72;16;0;37;-17;0;12;231;154;CDS 5s;;;7;;atgj;148;;ctt ;0;170;26;55;17;0;36;-18;0;0;132;201;335;228;;9;;gta;**;;ctt ;2;180;21;50;18;1;28;-19;0;2;75;527;;343;;18;;tgg;5;;gga ;0;190;39;58;19;0;34;-20;1;14;125;409;;184;;**;;aac;5;;aga 1;1;200;22;50;20;0;20;-21;0;0;112;149;;301;;4;;aca;31;;cac 1;2;210;24;48;21;0;25;-22;1;2;91;87;5s CDS;;;50;;cgt;23;;caa 2;1;220;20;42;22;0;21;-23;0;8;53;125;301;;;27;;cgt;30;;aaa 2;1;230;25;28;23;0;24;-24;0;0;124;;tRNA 16s;;;6;;tta;26;;cta ;2;240;13;30;24;0;24;-25;0;5;473;;204;;agc;47;;gta;5;;gga ;1;250;17;32;25;2;18;-26;1;9;141;;459;;gaa;25;;gac;6;;aga ;0;260;15;41;26;0;18;-27;0;0;174;;151;;tcc;23;;atgi;**;;caa 1;2;270;17;35;27;1;31;-28;0;1;198;;23s tRNA;;;14;;aca;4;;ggc ;1;280;14;26;28;0;18;-29;0;8;101;;56;;gac;9;;gaa;**;;cca ;1;290;14;22;29;0;16;-30;0;0;238;;476;;aaa;**;;aac;62;;gaa ;0;300;14;29;30;2;18;-31;0;1;29;;2* 111;;aac;33;;tcc;22;;cca ;1;310;10;21;31;3;21;-32;2;8;93;;61;;aac;**;;tca;**;;aaa ;0;320;8;20;32;2;26;-33;0;0;223;;tRNA 23s;;;;;;3;;tac ;2;330;5;7;33;0;10;-34;0;1;112;;263;;gca;;;;**;;ttc ;0;340;11;14;34;2;7;-35;0;2;95;;2* 283;;gca;;;;7;;atgj ;1;350;4;12;35;2;9;-36;0;0;155;;284;;gca;;;;4;;gta ;0;360;10;22;36;1;13;-37;0;0;523;;262;;atc;;;;10;;gac ;0;370;6;14;37;1;19;-38;0;2;178;;2* 262;;gca;;;;20;;tgg ;0;380;10;9;38;1;15;-39;0;0;141;;5s tRNA;;;;;;**;;aac ;0;390;4;13;39;0;13;-40;0;0;116;;3* 4;;gca;;;;4;;gta ;0;400;6;6;40;0;11;-41;0;2;212;;5;;gca;;;;**;;atgj 7;6;reste;83;185;reste;747;1843;-42;0;0;209;;89;;ggc;;;;;; 23;46;total;779;2900;total;779;2900;-43;0;0;329;;3* 7;;atc;;;;;; 16;40;diagr;696;2680;diagr;32;1022;-44;1;0;267;;4;;gaa;;;;;; 0;1; t30;20;878;;;;-45;0;0;249;;3* 4;;ggc;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;310;;tRNA tRNA;;intra;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;2* 53;;atc;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;**;;gca;;;;;; ;x;779;21;0;800;;;-49;0;0;;;;;;;;;;; ;c;2865;441;35;3341;;;-50;0;1;;;;;;;;;;; ;;;;;4141;273;;reste;0;10;;;;;;;;;;; ;;;;;;4414;;total;21;441;;;;;;;;;;; </pre> =====cle autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_autres_intercalaires_aas|cle autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cle;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;8716;9735;421;*; ;;tRNA;10157;10246;204;*;agc ;;rRNA;10451;11974;79;*;1524 ;;rRNA;12054;12171;4;*;118 ;;tRNA;12176;12248;263;*;gca ;;rRNA;12512;15413;56;*;2902 ;;tRNA;15470;15543;61;*;gac ;;tRNA;15605;15677;7;*;gta ;;tRNA;15685;15757;34;*;aca ;;tRNA;15792;15872;12;*;tac ;;tRNA;15885;15961;3;*;atgj ;;tRNA;15965;16040;3;*;ttc ;;tRNA;16044;16116;121;*;aaa fin;;CDS;16238;16705;;; deb;;CDS;44432;45799;437;*; ;;rRNA;46237;47760;695;*;1524 fin;;CDS;48456;50240;;0; deb;;CDS;66902;68521;531;*; ;;rRNA;69053;71963;313;*;2911 fin;;CDS;72277;72981;;; deb;;CDS;72981;76196;643;*; ;;rRNA;76840;78364;79;*;1525 ;;rRNA;78444;78561;5;*;118 ;;tRNA;78567;78639;283;*;gca ;;rRNA;78923;81828;188;*;2906 deb;comp;CDS;82017;82505;228;*; ;;rRNA;82734;82851;4;*;118 ;;tRNA;82856;82928;275;*;ggc deb;;CDS;83204;84091;302;*; ;;rRNA;84394;85922;79;*;1529 ;;rRNA;86002;86119;4;*;118 ;;tRNA;86124;86196;284;*;gca ;;rRNA;86481;89385;237;*;2905 fin;;CDS;89623;90231;;; deb;comp;CDS;94411;96423;343;*; ;;rRNA;96767;96884;89;*;118 ;;tRNA;96974;97044;757;*;ggc fin;;CDS;97802;98497;;; deb;comp;CDS;101240;101917;212;*; ;;tRNA;102130;102201;409;*;cag fin;comp;CDS;102611;103510;;; deb;comp;CDS;103635;104501;214;*; ;;tRNA;104716;104799;13;*;tta ;;tRNA;104813;104898;262;*;tca fin;;CDS;105161;106408;;; deb;comp;CDS;135278;135838;80;*; ;comp;regulatory;135919;136018;495;*; fin;;CDS;136514;138715;;; deb;;CDS;140906;141175;325;*; ;;rRNA;141501;143026;146;*;1526 ;;rRNA;143173;143290;7;*;118 ;;tRNA;143298;143371;262;*;atc ;;rRNA;143634;146537;299;*;2904 fin;;CDS;146837;147139;;0; deb;;CDS;149226;150632;335;*; ;;rRNA;150968;151085;4;*;118 ;;tRNA;151090;151161;459;*;gaa ;;rRNA;151621;153153;613;*;1533 ;;rRNA;153767;156670;476;*;2904 ;;tRNA;157147;157219;9;*;aaa ;;tRNA;157229;157299;6;*;gga ;;tRNA;157306;157379;487;*;aga fin;;CDS;157867;158490;;; deb;comp;CDS;160912;161418;184;*; ;;rRNA;161603;161720;4;*;118 ;;tRNA;161725;161797;50;*;ggc fin;comp;CDS;161848;162624;;; deb;comp;CDS;162740;165070;522;*; ;;misc_b;165593;165910;56;*; fin;;CDS;165967;167493;;; deb;comp;CDS;171336;172279;622;*; ;;tRNA;172902;172973;23;*;gaa ;;tRNA;172997;173071;45;*;cca ;;tRNA;173117;173189;11;*;aaa ;;tRNA;173201;173274;56;*;gac ;;tRNA;173331;173403;7;*;gta ;;tRNA;173411;173494;187;*;tta ;;tRNA;173682;173754;26;*;aca ;;tRNA;173781;173861;10;*;tac ;;tRNA;173872;173948;31;*;atgj ;;tRNA;173980;174052;207;*;ttc fin;;CDS;174260;174673;;; deb;comp;CDS;190039;190368;288;*; ;;misc_b;190657;190881;79;*; fin;;CDS;190961;192721;;; deb;comp;CDS;421861;422205;347;*; ;;rRNA;422553;424078;228;*;1526 fin;comp;CDS;424307;425017;;0; deb;;CDS;459976;460971;367;*; ;;regulatory;461339;461464;137;*; fin;;CDS;461602;462906;;0; deb;comp;CDS;473892;474338;416;*; ;;regulatory;474755;474880;137;*; fin;;CDS;475018;476358;;; deb;;CDS;536211;537422;563;*; ;;rRNA;537986;540889;357;*;2904 fin;;CDS;541247;541735;;0; deb;;CDS;564995;565951;92;*; ;;tRNA;566044;566117;23;*;cac ;;tRNA;566141;566212;32;*;caa ;;tRNA;566245;566330;289;*;tca fin;;CDS;566620;567750;;; deb;;CDS;570670;571383;602;*; ;;rRNA;571986;573512;79;*;1527 ;;rRNA;573592;573709;4;*;118 ;;tRNA;573714;573786;283;*;gca ;;rRNA;574070;576974;187;*;2905 fin;;CDS;577162;578526;;; deb;;CDS;601262;601948;331;*; ;;rRNA;602280;603805;144;*;1526 ;;rRNA;603950;604067;301;*;118 fin;;CDS;604369;605106;;; deb;;CDS;614484;614675;407;*; ;;rRNA;615083;617986;260;*;2904 fin;comp;CDS;618247;619251;;0; deb;;CDS;685823;686155;210;*; ;;misc_b;686366;686632;51;*; fin;;CDS;686684;686965;;; deb;comp;CDS;736286;737200;301;*; ;;rRNA;737502;737619;4;*;118 ;;tRNA;737624;737696;489;*;ggc fin;;CDS;738186;738905;;; deb;;CDS;740293;740862;125;*; ;;tRNA;740988;741058;322;*;gga fin;;CDS;741381;742271;;; deb;;CDS;757105;759717;121;*; ;;tRNA;759839;759920;66;*;cta fin;comp;CDS;759987;760835;;0; deb;;CDS;786859;787458;71;*; ;;misc_b;787530;787823;195;*; fin;;CDS;788019;789995;;; deb;;CDS;825593;830971;885;*; ;;regulatory;831857;832030;230;*; fin;;CDS;832261;833262;;; deb;comp;CDS;910521;911774;224;*; ;;tRNA;911999;912083;148;*;ctt ;;tRNA;912232;912316;342;*;ctt fin;;CDS;912659;914539;;0; deb;;CDS;1015700;1016551;80;*; ;;misc_b;1016632;1016837;131;*; fin;;CDS;1016969;1018252;;0; deb;;CDS;1034743;1035147;44;*; ;;tRNA;1035192;1035265;142;*;cga fin;comp;CDS;1035408;1036631;;; deb;;CDS;1060209;1061090;61;*; ;;tRNA;1061152;1061225;231;*;agg fin;;CDS;1061457;1061942;;0; deb;;CDS;1135668;1136111;264;*; ;comp;tRNA;1136376;1136448;142;*;ccc fin;;CDS;1136591;1137205;;; deb;;CDS;1181242;1181676;81;*; ;;ncRNA;1181758;1182021;95;*; fin;comp;CDS;1182117;1183028;;; deb;;CDS;1228173;1228862;323;*; ;;rRNA;1229186;1230711;79;*;1526 ;;rRNA;1230791;1230908;7;*;118 ;;tRNA;1230916;1230989;53;*;atc ;;tRNA;1231043;1231115;262;*;gca ;;rRNA;1231378;1234281;111;*;2904 ;;tRNA;1234393;1234464;9;*;aac ;;tRNA;1234474;1234545;6;*;gaa ;;tRNA;1234552;1234622;23;*;tgc ;;tRNA;1234646;1234717;58;*;aac ;;tRNA;1234776;1234846;132;*;tgc fin;;CDS;1234979;1235152;;; deb;;CDS;1279854;1280135;75;*; ;;tRNA;1280211;1280283;125;*;atgf fin;;CDS;1280409;1281519;;; deb;;CDS;1282595;1283137;112;*; ;;tRNA;1283250;1283320;5;*;gga ;;tRNA;1283326;1283399;5;*;aga ;;tRNA;1283405;1283478;31;*;cac ;;tRNA;1283510;1283581;23;*;caa ;;tRNA;1283605;1283677;30;*;aaa ;;tRNA;1283708;1283789;26;*;cta ;;tRNA;1283816;1283886;5;*;gga ;;tRNA;1283892;1283965;6;*;aga ;;tRNA;1283972;1284043;405;*;caa fin;comp;CDS;1284449;1284907;;0; deb;;CDS;1298530;1299468;91;*; ;;tRNA;1299560;1299632;4;*;ggc ;;tRNA;1299637;1299711;227;*;cca fin;comp;CDS;1299939;1300463;;; deb;;CDS;1317893;1318795;58;*; ;;misc_b;1318854;1319058;143;*; fin;;CDS;1319202;1320467;;; deb;;CDS;1330208;1331050;68;*; ;;regulatory;1331119;1331225;168;*; fin;;CDS;1331394;1332701;;; deb;;CDS;1344739;1346154;53;*; ;;tRNA;1346208;1346290;124;*;ctg fin;;CDS;1346415;1347350;;; deb;;CDS;1361763;1362872;473;*; ;;tRNA;1363346;1363428;454;*;ctg fin;comp;CDS;1363883;1365469;;; deb;;CDS;1501342;1502331;88;*; ;;misc_b;1502420;1502635;130;*; fin;;CDS;1502766;1505162;;0; deb;;CDS;1514802;1515092;141;*; ;;tRNA;1515234;1515305;62;*;gaa ;;tRNA;1515368;1515442;22;*;cca ;;tRNA;1515465;1515537;174;*;aaa fin;;CDS;1515712;1516611;;; deb;comp;CDS;1536473;1538146;169;*; ;;misc_b;1538316;1538527;148;*; fin;;CDS;1538676;1539512;;; deb;;CDS;1558609;1559226;150;*; ;;ncRNA;1559377;1559568;105;*; fin;;CDS;1559674;1560162;;; deb;comp;CDS;1596655;1597152;139;*; ;;tRNA;1597292;1597364;198;*;acg fin;;CDS;1597563;1600298;;0; deb;;CDS;1776389;1777042;54;*; ;;regulatory;1777097;1777202;89;*; fin;;CDS;1777292;1778305;;; deb;;CDS;1809551;1811686;53;*; ;;regulatory;1811740;1811862;110;*; fin;;CDS;1811973;1812599;;0; deb;;CDS;1897547;1898221;77;*; ;;misc_b;1898299;1898549;46;*; fin;;CDS;1898596;1899603;;; deb;;CDS;2051328;2051531;445;*; ;comp;tRNA;2051977;2052063;101;*;acc fin;comp;CDS;2052165;2053262;;; deb;;CDS;2064667;2065113;238;*; ;;tRNA;2065352;2065425;29;*;ata fin;;CDS;2065455;2066012;;; deb;;CDS;2089815;2090282;195;*; ;comp;tRNA;2090478;2090550;93;*;acc fin;comp;CDS;2090644;2091279;;0; deb;;CDS;2125666;2126805;19;*; ;;misc_b;2126825;2127056;63;*; fin;;CDS;2127120;2127326;;; deb;comp;CDS;2290223;2291446;61;*; ;comp;misc_b;2291508;2291704;185;*; fin;;CDS;2291890;2293848;;0; deb;;CDS;2378236;2379462;104;*; ;;misc_b;2379567;2379785;50;*; fin;;CDS;2379836;2380420;;; deb;comp;CDS;2393679;2394266;154;*; ;;tRNA;2394421;2394501;3;*;tac ;;tRNA;2394505;2394577;223;*;ttc fin;;CDS;2394801;2396147;;; deb;comp;CDS;2447012;2447701;85;*; ;comp;regulatory;2447787;2447882;852;*; fin;comp;CDS;2448735;2450363;;; deb;comp;CDS;2573684;2574703;297;*; ;;ncRNA;2575001;2575351;65;*; fin;comp;CDS;2575417;2577075;;; deb;comp;CDS;2589039;2590424;65;*; ;comp;misc_b;2590490;2590663;90;*; fin;comp;CDS;2590754;2591524;;; deb;comp;CDS;2591541;2592140;201;*; ;;tRNA;2592342;2592422;112;*;ttg fin;;CDS;2592535;2593464;;0; deb;comp;CDS;2603463;2605496;527;*; ;;tRNA;2606024;2606100;409;*;ttg fin;comp;CDS;2606510;2606668;;; deb;comp;CDS;2735781;2737136;95;*; ;comp;tRNA;2737232;2737304;155;*;gcc fin;comp;CDS;2737460;2738386;;0; deb;comp;CDS;2797787;2798278;523;*; ;comp;tRNA;2798802;2798874;178;*;aag fin;comp;CDS;2799053;2800327;;; deb;comp;CDS;2820846;2822237;109;*; ;comp;misc_b;2822347;2822575;116;*; fin;comp;CDS;2822692;2823483;;; deb;comp;CDS;2848560;2849579;82;*; ;comp;misc_b;2849662;2849892;105;*; fin;comp;CDS;2849998;2851539;;; deb;comp;CDS;2880836;2881429;141;*; ;comp;tRNA;2881571;2881642;116;*;gag fin;comp;CDS;2881759;2882100;;; deb;comp;CDS;2978303;2979394;255;*; ;comp;regulatory;2979650;2979765;74;*; fin;comp;CDS;2979840;2980706;;; deb;comp;CDS;3048813;3049790;231;*; ;comp;tmRNA;3050022;3050370;186;*; fin;comp;CDS;3050557;3051027;;0; deb;comp;CDS;3096224;3097831;76;*; ;comp;misc_b;3097908;3098167;611;*; fin;comp;CDS;3098779;3100596;;0; deb;comp;CDS;3190635;3191126;123;*; ;comp;misc_f;3191250;3191389;88;*; deb;comp;CDS;3191478;3193451;103;*; ;comp;misc_b;3193555;3193827;401;*; fin;comp;CDS;3194229;3194576;;; deb;comp;CDS;3214425;3215258;212;*; ;comp;tRNA;3215471;3215545;209;*;cca fin;comp;CDS;3215755;3217302;;; deb;comp;CDS;3252067;3252252;329;*; ;comp;tRNA;3252582;3252655;7;*;atgj ;comp;tRNA;3252663;3252735;4;*;gta ;comp;tRNA;3252740;3252813;10;*;gac ;comp;tRNA;3252824;3252896;20;*;tgg ;comp;tRNA;3252917;3252988;149;*;aac deb;;CDS;3253138;3253587;87;*; ;comp;tRNA;3253675;3253748;7;*;atgj ;comp;tRNA;3253756;3253828;9;*;gta ;comp;tRNA;3253838;3253910;18;*;tgg ;comp;tRNA;3253929;3254000;61;*;aac ;comp;rRNA;3254062;3256966;336;*;2905 fin;comp;CDS;3257303;3257995;;0; deb;comp;CDS;3407358;3408182;69;*; ;comp;regulatory;3408252;3408361;113;*; fin;comp;CDS;3408475;3410325;;; deb;comp;CDS;3489519;3490856;58;*; ;comp;regulatory;3490915;3491016;261;*; fin;;CDS;3491278;3492633;;0; deb;;CDS;3618295;3619479;125;*; ;comp;tRNA;3619605;3619677;4;*;aca ;comp;tRNA;3619682;3619755;50;*;cgt ;comp;tRNA;3619806;3619879;27;*;cgt ;comp;tRNA;3619907;3619990;6;*;tta ;comp;tRNA;3619997;3620069;47;*;gta ;comp;tRNA;3620117;3620190;25;*;gac ;comp;tRNA;3620216;3620289;23;*;atgi ;comp;tRNA;3620313;3620385;14;*;aca ;comp;tRNA;3620400;3620471;9;*;gaa ;comp;tRNA;3620481;3620552;111;*;aac ;comp;rRNA;3620664;3623567;262;*;2904 ;comp;tRNA;3623830;3623902;53;*;gca ;comp;tRNA;3623956;3624029;7;*;atc ;comp;rRNA;3624037;3624154;79;*;118 ;comp;rRNA;3624234;3625759;151;*;1526 ;comp;tRNA;3625911;3625999;33;*;tcc ;comp;tRNA;3626033;3626118;267;*;tca fin;comp;CDS;3626386;3627084;;0; deb;comp;CDS;3713386;3714387;249;*; ;comp;tRNA;3714637;3714709;4;*;gta ;comp;tRNA;3714714;3714787;310;*;atgj fin;comp;CDS;3715098;3715457;;; deb;comp;CDS;3740094;3741623;336;*; ;comp;regulatory;3741960;3742137;71;*; fin;comp;CDS;3742209;3742868;;; deb;comp;CDS;3876932;3877417;18;*; ;comp;misc_f;3877436;3877575;59;*; fin;comp;CDS;3877635;3878774;;; deb;comp;CDS;3921947;3923137;87;*; ;comp;regulatory;3923225;3923325;65;*; fin;comp;CDS;3923391;3923816;;; deb;comp;CDS;3971663;3972166;188;*; ;;misc_b;3972355;3972601;74;*; fin;;CDS;3972676;3975807;;0; deb;comp;CDS;4298681;4299859;146;*; ;comp;misc_b;4300006;4300267;210;*; fin;;CDS;4300478;4301533;;0; deb;comp;CDS;4552288;4553814;82;*; ;comp;misc_b;4553897;4554160;196;*; fin;;CDS;4554357;4554878;;0; deb;comp;CDS;4592703;4593860;153;*; ;comp;regulatory;4594014;4594127;357;*; fin;;CDS;4594485;4595609;;; deb;comp;CDS;4661871;4663577;550;*; ;;regulatory;4664128;4664228;86;*; fin;;CDS;4664315;4664980;;0; deb;comp;CDS;4694284;4695744;237;*; ;comp;regulatory;4695982;4696073;275;*; fin;comp;CDS;4696349;4697491;;0; </pre> ===hmo=== ====hmo opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_opérons|hmo opérons]] <pre> 57%GC;24.7.19 Paris;16s ;109;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé Heliobacterium modesticaldum Ice1 ATCC 51547 ;;;;;;;;;; ;103699..104088;;CDS;;380;;;;130; ;;;;;;;;;; ;104469..105695;;CDS;;186;186;;;409;186 comp;105882..105956;;ggc;;1;;1;;; comp;105958..106044;;ctg;;321;321;;;; comp;106366..106929;;CDS;@1;241;241;;;188;241 comp;107171..107246;;aca;;202;202;;;;202 comp;107449..108183;;CDS;;111772;;;;245; ;;;;;;;;;; comp;219956..220483;;CDS;;260;260;;;176;260 comp;220744..220820;;gac;;5;;;5;; comp;220826..220901;;gta;;10;;;10;; comp;220912..220987;;gaa;;4;;;4;; comp;220992..221067;;aaa;;18;;;18;; comp;221086..221160;;caa;;103;;;;; comp;221264..224182;;23s;;237;;;;; comp;224420..224495;;gcc;;64;;;;; comp;224560..224676;;5s;@2;328;;;;; comp;225005..226536;;16s;;651;651;;;; comp;227188..228162;;CDS;;98792;;;;325; ;;;;;;;;;; comp;326955..328340;;CDS;;178;178;;;462;178 comp;328519..328601;;cta;;65;;65;;; comp;328667..328743;;aga;;60;;60;;; comp;328804..328880;;cca;;568;568;;;; comp;329449..330090;;CDS;;57730;;;;214; ;;;;;;;;;; comp;387821..388105;;CDS;;135;135;;;95; ;388241..388317;;ccc;;7;;7;;; ;388325..388410;;tac;;47;47;;;;47 comp;388458..388742;;CDS;;588493;;;;95; ;;;;;;;;;; comp;977236..978504;;CDS;;439;439;;;423; comp;978944..981860;;23s;;237;;;;; comp;982098..982173;;gcc;;64;;;;; comp;982238..982354;;5s;;328;;;;; comp;982683..984208;;16s;;460;;;;; comp;984669..984744;;tgg;@3;5;;;5;; comp;984750..984824;;cgg;;207;207;;;;207 comp;985032..987656;;CDS;;26258;;;;875; ;;;;;;;;;; comp;1013915..1014760;;CDS;;105;105;;;282;105 comp;1014866..1014942;;gac;;75;;75;;; comp;1015018..1015093;;gaa;;265;265;;;; comp;1015359..1016642;;CDS;;40115;;;;428; ;;;;;;;;;; ;1056758..1058014;;CDS;;121;121;;;419;121 comp;1058136..1058233;;tga;;173;173;;;; ;1058407..1058733;;CDS;;62951;;;;109; ;;;;;;;;;; ;1121685..1122878;;CDS;;588;588;;;398; ;1123467..1124998;;16s;;328;;;;; ;1125327..1125443;;5s;;64;;;;; ;1125508..1125583;;gcc;;233;;;;; ;1125817..1128734;;23s;;337;337;;;;337 >;1129072..1129785;;CDS;;24938;;;;238; ;;;;;;;;;; ;1154724..1155224;;CDS;;99;99;;;167; ;1155324..1155413;;tca;;56;56;;;;56 comp;1155470..1156627;;CDS;;13350;;;;386; ;;;;;;;;;; ;1169978..1171828;;CDS;;129;129;;;617;129 ;1171958..1172034;;cgt;;85;;85;;; ;1172120..1172196;;agg;;181;181;;;; ;1172378..1172812;;CDS;;62;62;;;145;62 ;1172875..1172966;;tcg;;548;548;;;; ;1173515..1174330;;CDS;;6655;;;;272; ;;;;;;;;;; comp;1180986..1182974;;CDS;;444;444;;;663; ;1183419..1183512;;tcc;;39;39;;;;39 ;1183552..1183817;;ncRNA;;11908;;;;89; ;;;;;;;;;; ;1195726..1195998;;CDS;;181;181;;;91; ;1196180..1196255;;gcg;;151;151;;;;151 ;1196407..1197051;;CDS;;86894;;;;215; ;;;;;;;;;; comp;1283946..1285331;;CDS;;177;177;;;462;177 ;1285509..1285584;;atgf;;5;;5;;; ;1285590..1285667;;atgj;;7;;7;;; ;1285675..1285750;;gaa;;542;542;;;; ;1286293..1287630;;CDS;;63447;;;;446; ;;;;;;;;;; ;1351078..1352549;;CDS;;704;704;;;491; ;1353254..1354786;;16s;;252;;;;; ;1355039..1355155;;5s;;64;;;;; ;1355220..1355296;;atc;;194;;;;; ;1355491..1358408;;23s;;112;;;;; ;1358521..1358595;;aac;;109;109;;;;109 comp;1358705..1358926;;CDS;;139555;;;;74; ;;;;;;;;;; ;1498482..1498898;;CDS;;535;535;;;139; comp;1499434..1499509;;acg;;238;238;;;;238 ;1499748..1500836;;CDS;;262182;;;;363; ;;;;;;;;;; ;1763019..1763858;;CDS;;68;68;;;280;68 ;1763927..1764003;;gac;;4;;4;;; ;1764008..1764083;;ttc;;3;;3;;; ;1764087..1764161;;ggc;;92;92;;;; comp;1764254..1764493;;CDS;;72;72;;;80;72 ;1764566..1764641;;tgc;;18;;18;;; ;1764660..1764746;;tta;;253;253;;;; comp;1765000..1765467;;CDS;;52131;;;;156; ;;;;;;;;;; ;1817599..1818318;;CDS;;487;487;;;240; ;1818806..1820337;;16s;;252;;;;; ;1820590..1820706;;5s;;64;;;;; ;1820771..1820847;;atc;;6;;;6;; ;1820854..1820929;;gca;;229;;;;; ;1821159..1824076;;23s;;112;;;;; ;1824189..1824263;;aac;;6;;;6;; ;1824270..1824345;;atgf;;243;243;;;;243 ;1824589..1825014;;CDS;;168198;;;;142; ;;;;;;;;;; ;1993213..1994328;;CDS;;99;99;;;372; ;1994428..1994502;;atgi;;41;41;;;;41 ;1994544..1995368;;CDS;;284281;;;;275; ;;;;;;;;;; ;2279650..2279997;;CDS ;;541;541;;;116; ;2280539..2282070;;16s;;253;;;;; ;2282324..2282440;;5s;;64;;;;; ;2282505..2282580;;gcc;;234;;;;; ;2282815..2285735;;23s;;119;;;;; ;2285855..2285948;;tcc;;6;;;6;; ;2285955..2286031;;ccg;;10;;;10;; ;2286042..2286115;;gga;;14;;;14;; ;2286130..2286205;;cac;;1;;;1;; ;2286207..2286281;;tgc;;9;;;9;; ;2286291..2286367;;gtc;;3;;;3;; ;2286371..2286446;;ttc;;6;;;6;; ;2286453..2286537;;tac;;4;;;4;; ;2286542..2286616;;caa;;17;;;17;; ;2286634..2286709;;aaa;;4;;;4;; ;2286714..2286789;;gaa;;5;;;5;; ;2286795..2286870;;gta;;5;;;5;; ;2286876..2286952;;gac;;7;;;7;; ;2286960..2287050;;agc;;43;;;43;; ;2287094..2287170;;ccc;;30;;;30;; ;2287201..2287287;;ctg;;3;;;3;; ;2287291..2287365;;ggc;;4;;;4;; ;2287370..2287446;;cgt;;4;;;4;; ;2287451..2287526;;acc;;352;352;;;;352 ;2287879..2288343;;CDS ;;33184;;;;155; ;;;;;;;;;; comp;2321528..2322544;;CDS ;;268;268;;;339; comp;2322813..2322889;;gtc;;9;;9;;; comp;2322899..2322973;;cgg;;81;81;;;;81 comp;2323055..2323243;;CDS ;;3375;;;;63; ;;;;;;;;;; ;2326619..2327947;;CDS ;;464;464;;;443;464 ;2328412..2329943;;16s;;327;;;;; ;2330271..2330387;;5s;;226;;;;; ;2330614..2333532;;23s;;98;;;;; ;2333631..2333706;;aaa;;4;;;4;; ;2333711..2333786;;acc;;8;;;8;; ;2333795..2333877;;ctc;;89;89;;;;89 comp;2333967..2334704;;CDS;;7389;;;;246; ;;;;;;;;;; ;2342094..2342804;;CDS;;155;155;;;237;155 comp;2342960..2343030;;ttc;;213;213;;;; ;2343244..2343936;;CDS;;563;563;;;231; ;2344500..2346025;;16s;;252;;;;; ;2346278..2346394;;5s;;64;;;;; ;2346459..2346535;;atc;;141;;;;; ;2346677..2349594;;23s;;100;;;;; ;2349695..2349769;;aac;;6;;;6;; ;2349776..2349851;;atgf;;102;102;;;;102 ;2349954..2350976;;CDS;;113601;;;;341; ;;;;;;;;;; ;2464578..2465114;;CDS;;271;271;;;179;271 comp;2465386..2465461;;aca;;432;432;;;; ;2465894..2466226;;CDS;;4722;;;;111; ;;;;;;;;;; ;2470949..2471977;;CDS;;69;69;;;343;69 ;2472047..2472133;;ctg;;678;678;;;; ;2472812..2473192;;CDS;;22232;;;;127; ;;;;;;;;;; ;2495425..2496048;;CDS;;402;402;;;208; comp;2496451..2496527;;gtc;;4;;4;;; comp;2496532..2496609;;atgj;;175;175;;;;175 ;2496785..2497120;;CDS;;217;217;;;112; comp;2497338..2497420;;ctc;;7;;7;;; comp;2497428..2497503;;acc;;18;;18;;; comp;2497522..2497596;;tgg;;14;;14;;; comp;2497611..2497684;;ggg;;19;;19;;; comp;2497704..2497778;;ggc;;7;;7;;; comp;2497786..2497873;;ttg;;8;;8;;; comp;2497882..2497958;;gtg;;-10;-10;;;;-10 comp;2497949..2498185;;CDS;;66;66;;;79;66 ;2498252..2498328;;ccg;;314;314;;;; comp;2498643..2499506;;CDS;;55292;;;;288; ;;;;;;;;;; ;2554799..2554984;;CDS;;109;109;;;62;109 ;2555094..2555169;;gaa;;2;;2;;; ;2555172..2555247;;ttc;;6;;6;;; ;2555254..2555338;;tac;;4;;4;;; ;2555343..2555417;;caa;;18;;18;;; ;2555436..2555511;;aaa;;4;;4;;; ;2555516..2555590;;ggc;;9;;9;;; ;2555600..2555675;;cac;;117;117;;;; comp;2555793..2557049;;CDS;;235940;;;;419; ;;;;;;;;;; comp;2792990..2793442;;CDS;;219;219;;;151;219 comp;2793662..2796583;;23s;;236;;;;; comp;2796820..2796895;;gca;;6;;;6;; comp;2796902..2796978;;atc;;64;;;;; comp;2797043..2797159;;5s;;328;;;;; comp;2797488..2799019;;16s;;505;;;;; comp;2799525..2799599;;ggc;+;1;;;1;; comp;2799601..2799687;;ctg;2 ggc;32;;;32;; comp;2799720..2799796;;ccc;;42;;;42;; comp;2799839..2799915;;cgt;;4;;;4;; comp;2799920..2799994;;ggc;;120;;;120;; comp;2800115..2800192;;atgj;;42;;;42;; comp;2800235..2800325;;agc;;16;;;16;; comp;2800342..2800417;;atgf;;6;;;6;; comp;2800424..2800498;;aac;;7;;;7;; comp;2800506..2800581;;gaa;;4;;;4;; comp;2800586..2800661;;aaa;;18;;;18;; comp;2800680..2800754;;caa;;4;;;4;; comp;2800759..2800843;;tac;;91;;;91;; comp;2800935..2801011;;gtc;;7;;;7;; comp;2801019..2801093;;tgc;;325;325;;;; ;2801419..2801724;;CDS;;230813;;;;102; ;;;;;;;;;; ;3032538..3032729;;CDS;;109;109;;;64;109 comp;3032839..3035757;;23s;;233;;;;; comp;3035991..3036066;;gcc;;64;;;;; comp;3036131..3036247;;5s;;253;;;;; comp;3036501..3038026;;16s;;779;779;;;; comp;3038806..3040017;;CDS;;232;;;;404; ;;;;;;;;;; comp;3040250..3042013;;CDS;;;;;;588; </pre> ====hmo cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_cumuls|hmo cumuls]] <pre> hmo cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;1;2;1;1;40;1;100;10 ;16 5s gcc 23;5;20;20;34;50;3;80;8;200;16 ;16 5s atc 23;2;40;0;2;100;11;120;7;300;14 ;16 5 23s a;1;60;1;3;150;9;160;4;400;8 ;max a;20;80;2;0;200;9;200;4;500;11 ;a doubles;1;100;1;1;250;8;240;4;600;0 ;16 5s atc gca;2;120;0;1;300;5;280;4;700;2 ;total aas;60;140;0;0;350;4;320;0;800;0 sans ;opérons;24;160;0;0;400;1;360;2;900;1 ;1 aa;12;180;0;0;450;4;400;0;1000;0 ;max a;7;200;0;0;500;2;440;0;1100;0 ;a doubles;0;;0;0;;11;;1;;0 ;total aas;49;;25;43;;68;;35;;62 total aas;;109;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;8;8;;196;;137;;230 ;;;variance;6;7;;120;;71;;128 </pre> ====hmo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_blocs|hmo blocs]] <pre> hmo blocs;;;;;tgg CDS ;541;651;588;779;460 16s;253;328;328;253;328 5s;64;64;64;64;64 gcc;234;237;233;233;237 23s;119;103;337;109;439 tcc;tcc;caa;cds;cds;cds ;;;;; CDS;704;563;;CDS ;464 16s;252;252;;16s;327 5s;64;64;;5s;226 atc;194;141;;23s;98 23s;112;100;;aaa; aac;aac;aac;;; ;;;;; ;;ggc;;; CDS;487;505;;; 16s;252;328;;; 5s;64;64;;; atc;6;6;;; gca;229;236;;; 23s;112;219;;; aac;aac;cds;;; </pre> ====hmo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_distribution|hmo distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;1-3 aas;atgi;;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;ctc;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;acc;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;1;;;;;;;;;;aaa;ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;;;;;;;;;2 atgf;atc;;acc;1;aac;1;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;;;;;;;;;tgg;ctc;;ccc;2;cac;1;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;4;;;;;;;;;;cgg;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;3 tta;;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;3;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;;;;;;;;;;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;1 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;1;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;;;;;;;;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;1;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total hmo;;12;;;;;12;;hmo;37;;;;;;37;;;;;;;;;;;hmo;;;;39;;11;39 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;10 1-3 aas;;; </pre> ====hmo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_données_intercalaires|hmo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;hmo;fx;fc;hmo;fx40;fc40;hmo;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;17;0;0;17;-1;0;36;321;186;23s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;; ;0;10;9;183;1;1;21;-2;1;0;268;135;103;;caa;5;;gac;1;;ggc ;0;20;10;167;2;3;38;-3;0;0;202;121;2* 112;;aac;10;;gta;**;;ctg ;0;30;4;109;3;0;37;-4;3;149;260;173;119;;tcc;4;;gaa;65;;cta ;0;40;6;77;4;0;21;-5;0;0;268;56;98;;aaa;18;;aaa;60;;aga ;0;50;9;70;5;0;18;-6;0;0;176;444;100;;aac;**;;caa;**;;cca 1;0;60;9;64;6;2;9;-7;0;11;1012;159;tRNA 23s;;;6;;aac;7;;ccc ;3;70;8;66;7;0;8;-8;0;23;159;535;2* 241;;gcc;**;;atgf;**;;tac 1;0;80;12;71;8;0;7;-9;0;1;207;238;2* 237;;gcc;6;;tcc;5;;tgg 1;1;90;27;71;9;3;11;-10;0;7;165;92;198;;atc;10;;ccg;**;;cgg 1;2;100;7;68;10;0;13;-11;0;17;265;72;233;;gca;14;;gga;75;;gac ;1;110;18;66;11;1;15;-12;0;0;99;253;238;;gcc;1;;cac;**;;gaa 1;1;120;18;53;12;1;16;-13;1;8;129;89;145;;atc;9;;tgc;85;;cgt 1;2;130;16;56;13;1;24;-14;0;15;157;158;240;;gca;3;;gtc;**;;agg 1;0;140;16;47;14;0;23;-15;1;0;62;222;5s tRNA;;;6;;ttc;5;;atgf ;1;150;16;57;15;0;15;-16;0;0;551;271;5* 64;;gcc;4;;tac;7;;atgj 2;2;160;12;43;16;0;13;-17;0;12;181;432;4* 64;;atc;17;;caa;**;;gaa ;1;170;10;46;17;1;16;-18;0;0;205;402;tRNA tRNA;;intra;4;;aaa;4;;gac 2;1;180;16;36;18;1;18;-19;0;3;542;175;2* 6;;atc;5;;gaa;3;;ttc 1;1;190;10;32;19;3;11;-20;0;8;431;217;**;;gca;5;;gta;**;;ggc ;0;200;7;31;20;2;16;-21;0;0;68;314;;;;7;;gac;18;;tgc ;3;210;14;24;21;2;16;-22;0;2;243;117;;;;43;;agc;**;;tta 1;0;220;8;32;22;0;6;-23;0;5;99;325;;;;30;;ccc;9;;gtc 1;0;230;15;20;23;0;9;-24;0;0;116;;;;;3;;ctg;**;;cgg 1;0;240;16;27;24;0;12;-25;0;4;352;;;;;4;;ggc;4;;gtc ;1;250;15;30;25;0;4;-26;0;2;268;;;;;4;;cgt;**;;atgj 1;1;260;10;23;26;0;12;-27;0;0;81;;;;;**;;acc;7;;ctc ;4;270;7;17;27;0;19;-28;0;2;126;;;;;4;;aaa;18;;acc 1;0;280;7;21;28;1;13;-29;0;1;69;;;;;8;;acc;14;;tgg ;0;290;7;20;29;0;8;-30;0;0;148;;;;;**;;ctc;19;;ggg ;0;300;6;16;30;1;10;-31;0;1;109;;;;;6;;aac;7;;ggc ;0;310;5;13;31;1;11;-32;1;3;CDS 16s;;;;;**;;atgf;8;;ttg 1;0;320;7;10;32;1;8;-33;0;0;652;;;;;1;;ggc;-;293;gtg 1;1;330;12;12;33;0;14;-34;1;1;20;;;;;32;;ctg;**;;ccg ;0;340;1;11;34;0;6;-35;0;1;559;;;;;42;;ccc;2;;gaa ;0;350;6;6;35;1;6;-36;0;0;705;;;;;4;;cgt;6;;ttc ;1;360;3;10;36;1;11;-37;0;2;488;;;;;120;;ggc;4;;tac ;0;370;12;13;37;0;7;-38;0;2;542;;;;;42;;atgj;18;;caa ;0;380;3;11;38;1;4;-39;0;0;459;;;;;16;;agc;4;;aaa ;0;390;6;7;39;0;4;-40;1;0;558;;;;;6;;atgf;9;;ggc ;0;400;2;6;40;1;6;-41;0;0;506;;;;;7;;aac;**;;cac 4;4;reste;58;108;reste;431;1314;-42;0;0;774;;;;;4;;gaa;;; 23;31;total;460;1867;total;460;1867;-43;0;0;5s 23s;;;;;18;;aaa;;; 19;27;diagr;402;1742;diagr;29;536;-44;0;0;230;;;;;4;;caa;;; 0;0; t30;23;459;;;;-45;0;0;16s 5s;;;;;91;;tac;;; ;;;;;;;;-46;0;0;4* 337;;;;;7;;gtc;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;3* 261;;;;;**;;tgc;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;2* 262;;;;;;;;;; ;x;460;11;0;471;;;-49;0;0;336;;;;;;;;;; ;c;1850;332;17;2199;;;-50;0;15;23s CDS;;;;;;;;;; ;;;;;2670;223;;reste;2;0;463;109;;;;;;;;; ;;;;;;2893;;total;11;332;322;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;223;;;;;;;;;; </pre> =====hmo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_autres_intercalaires_aas|hmo autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;hmo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;83932;85227;106;*; ;comp;regulatory;85334;85456;283;*; fin;;CDS;85740;86651;;; deb;;CDS;104469;105695;186;*; ;comp;tRNA;105882;105956;1;*;ggc ;comp;tRNA;105958;106044;321;*;ctg deb;comp;CDS;106366;106902;268;*; ;comp;tRNA;107171;107246;202;*;aca fin;comp;CDS;107449;108138;;; deb;comp;CDS;119439;119855;458;*; ;comp;regulatory;120314;120402;165;*; fin;comp;CDS;120568;129390;;; deb;comp;CDS;219956;220483;260;*; ;comp;tRNA;220744;220820;5;*;gac ;comp;tRNA;220826;220901;10;*;gta ;comp;tRNA;220912;220987;4;*;gaa ;comp;tRNA;220992;221067;18;*;aaa ;comp;tRNA;221086;221160;103;*;caa ;comp;rRNA;221264;224178;241;*;2915 ;comp;tRNA;224420;224495;64;*;gcc ;comp;rRNA;224560;224676;337;*;117 ;comp;rRNA;225014;226535;652;*;1522 fin;comp;CDS;227188;228162;;; deb;;CDS;268169;269791;139;*; ;;repeat_region;269931;271232;197;*; fin;comp;CDS;271430;272362;;; deb;comp;CDS;326955;328250;268;*; ;comp;tRNA;328519;328601;65;*;cta ;comp;tRNA;328667;328743;60;*;aga ;comp;tRNA;328804;328880;176;*;cca fin;comp;CDS;329057;329254;;; deb;;CDS;377234;378433;102;*; ;;ncRNA;378536;378894;134;*; fin;;CDS;379029;380159;;; deb;;CDS;384528;384812;140;*; ;;misc_b;384953;385256;391;*; fin;;CDS;385648;387258;;0; deb;comp;CDS;387821;388105;135;*; ;;tRNA;388241;388317;7;*;ccc ;;tRNA;388325;388410;1012;*;tac fin;;CDS;389423;390235;;0; deb;comp;CDS;562422;562793;296;*; ;;regulatory;563090;563272;296;*; fin;;CDS;563569;564243;;; deb;comp;CDS;574512;575822;83;*; ;comp;regulatory;575906;576021;352;*; fin;;CDS;576374;577480;;0; deb;comp;CDS;600853;602214;294;*; ;;repeat_region;602509;603596;212;*; fin;comp;CDS;603809;605377;;; deb;;CDS;644127;645932;398;*; ;comp;tmRNA;646331;646683;325;*; fin;;CDS;647009;648202;;0; deb;comp;CDS;977236;978480;463;*; ;comp;rRNA;978944;981856;241;*;2913 ;comp;tRNA;982098;982173;64;*;gcc ;comp;rRNA;982238;982354;337;*;117 ;comp;rRNA;982692;984213;20;*;1522 deb;comp;CDS;984234;984509;159;*; ;comp;tRNA;984669;984744;5;*;tgg ;comp;tRNA;984750;984824;207;*;cgg fin;comp;CDS;985032;987656;;; deb;comp;CDS;1013915;1014700;165;*; ;comp;tRNA;1014866;1014942;75;*;gac ;comp;tRNA;1015018;1015093;265;*;gaa fin;comp;CDS;1015359;1016642;;0; deb;;CDS;1056587;1058014;121;*; ;comp;tRNA;1058136;1058233;173;*;tga fin;;CDS;1058407;1058733;;; deb;;CDS;1121685;1122878;589;*; ;;rRNA;1123468;1124989;337;*;1522 ;;rRNA;1125327;1125443;64;*;117 ;;tRNA;1125508;1125583;237;*;gcc ;;rRNA;1125821;1128734;322;*;2914 fin;;CDS;1129057;1129959;;; deb;;CDS;1145930;1146832;103;*; ;;misc_b;1146936;1147145;99;*; fin;;CDS;1147245;1148408;;; deb;;CDS;1154724;1155224;99;*; ;;tRNA;1155324;1155413;56;*;tca fin;comp;CDS;1155470;1156627;;; deb;;CDS;1169978;1171828;129;*; ;;tRNA;1171958;1172034;85;*;cgt ;;tRNA;1172120;1172196;157;*;agg deb;;CDS;1172354;1172812;62;*; ;;tRNA;1172875;1172966;551;*;tcg fin;;CDS;1173518;1174330;;; deb;comp;CDS;1180986;1182974;444;*; ;;tRNA;1183419;1183512;39;*;tcc ;;ncRNA;1183552;1183817;122;*; fin;;CDS;1183940;1185760;;0; deb;;CDS;1195726;1195998;181;*; ;;tRNA;1196180;1196255;205;*;gcg fin;;CDS;1196461;1197051;;; deb;comp;CDS;1202248;1202961;83;*; ;comp;regulatory;1203045;1203106;414;*; fin;;CDS;1203521;1205617;;; deb;comp;CDS;1283946;1285349;159;*; ;;tRNA;1285509;1285584;5;*;atgf ;;tRNA;1285590;1285667;7;*;atgj ;;tRNA;1285675;1285750;542;*;gaa fin;;CDS;1286293;1287630;;0; deb;;CDS;1351078;1352549;705;*; ;;rRNA;1353255;1354777;261;*;1523 ;;rRNA;1355039;1355155;64;*;117 ;;tRNA;1355220;1355296;198;*;atc ;;rRNA;1355495;1358408;112;*;2914 ;;tRNA;1358521;1358595;431;*;aac fin;;CDS;1359027;1360454;;0; deb;;CDS;1387701;1388411;58;*; ;;misc_f;1388470;1388647;25;*; fin;;CDS;1388673;1389203;;; deb;;CDS;1498482;1498898;535;*; ;comp;tRNA;1499434;1499509;238;*;acg fin;;CDS;1499748;1500836;;0; deb;comp;CDS;1553617;1554957;296;*; ;;regulatory;1555254;1555354;211;*; fin;;CDS;1555566;1556966;;0; deb;;CDS;1733682;1734398;211;*; ;;regulatory;1734610;1734715;150;*; fin;;CDS;1734866;1736005;;; deb;;CDS;1763019;1763858;68;*; ;;tRNA;1763927;1764003;4;*;gac ;;tRNA;1764008;1764083;3;*;ttc ;;tRNA;1764087;1764161;92;*;ggc deb;comp;CDS;1764254;1764493;72;*; ;;tRNA;1764566;1764641;18;*;tgc ;;tRNA;1764660;1764746;253;*;tta fin;comp;CDS;1765000;1765479;;0; deb;;CDS;1817623;1818318;488;*; ;;rRNA;1818807;1820328;261;*;1522 ;;rRNA;1820590;1820706;64;*;117 ;;tRNA;1820771;1820847;6;*;atc ;;tRNA;1820854;1820929;233;*;gca ;;rRNA;1821163;1824076;112;*;2914 ;;tRNA;1824189;1824263;6;*;aac ;;tRNA;1824270;1824345;243;*;atgf fin;;CDS;1824589;1825014;;; deb;;CDS;1854540;1855880;78;*; ;;regulatory;1855959;1856148;170;*; ;;regulatory;1856319;1856511;32;*; fin;;CDS;1856544;1857368;;; deb;;CDS;1882378;1883172;126;*; ;;regulatory;1883299;1883521;158;*; fin;;CDS;1883680;1884993;;; deb;;CDS;1993213;1994328;99;*; ;;tRNA;1994428;1994502;116;*;atgi fin;;CDS;1994619;1995368;;; deb;comp;CDS;2030610;2030810;83;*; ;comp;regulatory;2030894;2030999;259;*; fin;comp;CDS;2031259;2032233;;0; deb;;CDS;2073488;2074249;237;*; ;;regulatory;2074487;2074659;123;*; fin;;CDS;2074783;2076180;;; deb;;CDS;2145684;2146346;57;*; ;;regulatory;2146404;2146520;136;*; fin;;CDS;2146657;2147781;;; deb;;CDS;2279650;2279997;542;*; ;;rRNA;2280540;2282061;262;*;1522 ;;rRNA;2282324;2282440;64;*;117 ;;tRNA;2282505;2282580;238;*;gcc ;;rRNA;2282819;2285735;119;*;2917 ;;tRNA;2285855;2285948;6;*;tcc ;;tRNA;2285955;2286031;10;*;ccg ;;tRNA;2286042;2286115;14;*;gga ;;tRNA;2286130;2286205;1;*;cac ;;tRNA;2286207;2286281;9;*;tgc ;;tRNA;2286291;2286367;3;*;gtc ;;tRNA;2286371;2286446;6;*;ttc ;;tRNA;2286453;2286537;4;*;tac ;;tRNA;2286542;2286616;17;*;caa ;;tRNA;2286634;2286709;4;*;aaa ;;tRNA;2286714;2286789;5;*;gaa ;;tRNA;2286795;2286870;5;*;gta ;;tRNA;2286876;2286952;7;*;gac ;;tRNA;2286960;2287050;43;*;agc ;;tRNA;2287094;2287170;30;*;ccc ;;tRNA;2287201;2287287;3;*;ctg ;;tRNA;2287291;2287365;4;*;ggc ;;tRNA;2287370;2287446;4;*;cgt ;;tRNA;2287451;2287526;352;*;acc fin;;CDS;2287879;2288343;;; deb;;CDS;2303367;2303639;73;*; ;;regulatory;2303713;2303896;104;*; fin;;CDS;2304001;2304804;;; deb;comp;CDS;2321528;2322544;268;*; ;comp;tRNA;2322813;2322889;9;*;gtc ;comp;tRNA;2322899;2322973;81;*;cgg fin;comp;CDS;2323055;2323441;;0; deb;;CDS;2326619;2327947;459;*; ;;rRNA;2328407;2329934;336;*;1528 ;;rRNA;2330271;2330387;230;*;117 ;;rRNA;2330618;2333532;98;*;2915 ;;tRNA;2333631;2333706;4;*;aaa ;;tRNA;2333711;2333786;8;*;acc ;;tRNA;2333795;2333877;89;*;ctc fin;comp;CDS;2333967;2334704;;; deb;;CDS;2342094;2342804;158;*; ;comp;tRNA;2342963;2343030;222;*;ttc deb;;CDS;2343253;2343936;558;*; ;;rRNA;2344495;2346016;261;*;1522 ;;rRNA;2346278;2346394;64;*;117 ;;tRNA;2346459;2346535;145;*;atc ;;rRNA;2346681;2349594;100;*;2914 ;;tRNA;2349695;2349769;6;*;aac ;;tRNA;2349776;2349851;126;*;atgf fin;;CDS;2349978;2350976;;; deb;;CDS;2375597;2375872;14;*; ;;regulatory;2375887;2376057;106;*; fin;;CDS;2376164;2377375;;; deb;;CDS;2464578;2465114;271;*; ;comp;tRNA;2465386;2465461;432;*;aca fin;;CDS;2465894;2466226;;0; deb;;CDS;2471030;2471977;69;*; ;;tRNA;2472047;2472133;148;*;ctg fin;;CDS;2472282;2472431;;; deb;;CDS;2478637;2479455;61;*; ;;misc_b;2479517;2479758;48;*; fin;;CDS;2479807;2480301;;; deb;comp;CDS;2488189;2488956;8;*; ;comp;regulatory;2488965;2489129;204;*; fin;;CDS;2489334;2491055;;; deb;;CDS;2495461;2496048;402;*; ;comp;tRNA;2496451;2496527;4;*;gtc ;comp;tRNA;2496532;2496609;175;*;atgj deb;;CDS;2496785;2497120;217;*; ;comp;tRNA;2497338;2497420;7;*;ctc ;comp;tRNA;2497428;2497503;18;*;acc ;comp;tRNA;2497522;2497596;14;*;tgg ;comp;tRNA;2497611;2497684;19;*;ggg ;comp;tRNA;2497704;2497778;7;*;ggc ;comp;tRNA;2497786;2497873;8;*;ttg ;comp;tRNA;2497882;2497958;293;*;gtg ;;tRNA;2498252;2498328;314;*;ccg fin;comp;CDS;2498643;2499167;;0; deb;;CDS;2525576;2528362;87;*; ;;ncRNA;2528450;2528627;152;*; fin;;CDS;2528780;2529436;;; deb;;CDS;2554799;2554984;109;*; ;;tRNA;2555094;2555169;2;*;gaa ;;tRNA;2555172;2555247;6;*;ttc ;;tRNA;2555254;2555338;4;*;tac ;;tRNA;2555343;2555417;18;*;caa ;;tRNA;2555436;2555511;4;*;aaa ;;tRNA;2555516;2555590;9;*;ggc ;;tRNA;2555600;2555675;117;*;cac fin;comp;CDS;2555793;2557220;;; deb;comp;CDS;2792990;2793442;223;*; ;comp;rRNA;2793666;2796579;240;*;2914 ;comp;tRNA;2796820;2796895;6;*;gca ;comp;tRNA;2796902;2796978;64;*;atc ;comp;rRNA;2797043;2797159;337;*;117 ;comp;rRNA;2797497;2799018;506;*;1522 ;comp;tRNA;2799525;2799599;1;*;ggc ;comp;tRNA;2799601;2799687;32;*;ctg ;comp;tRNA;2799720;2799796;42;*;ccc ;comp;tRNA;2799839;2799915;4;*;cgt ;comp;tRNA;2799920;2799994;120;*;ggc ;comp;tRNA;2800115;2800192;42;*;atgj ;comp;tRNA;2800235;2800325;16;*;agc ;comp;tRNA;2800342;2800417;6;*;atgf ;comp;tRNA;2800424;2800498;7;*;aac ;comp;tRNA;2800506;2800581;4;*;gaa ;comp;tRNA;2800586;2800661;18;*;aaa ;comp;tRNA;2800680;2800754;4;*;caa ;comp;tRNA;2800759;2800843;91;*;tac ;comp;tRNA;2800935;2801011;7;*;gtc ;comp;tRNA;2801019;2801093;325;*;tgc fin;;CDS;2801419;2801724;;; deb;;CDS;3032538;3032729;109;*; ;comp;rRNA;3032839;3035753;237;*;2915 ;comp;tRNA;3035991;3036066;64;*;gcc ;comp;rRNA;3036131;3036247;262;*;117 ;comp;rRNA;3036510;3038031;774;*;1522 fin;comp;CDS;3038806;3040017;;; </pre> ===cbei=== ====cbei opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_opérons|cbei opérons]] <pre> 29.65%GC;29.7.19 Paris;16s 16 ;;;;;;;; Clostridium beijerinckii strain NCIMB 14988;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé ;6477551..6480031;;CDS;;496;496;;;827; ;6480528..6482044;;16s;;213;;;;; ;6482258..6485171;;23s;;108;;;;; ;6485280..6485394;;5s;;14;;;;; ;15..91;;atgi;;1;;;1;; ;93..168;;gca;;85;85;;;;85 ;254..769;;CDS;;1940;;;;172; ;;;;;;;;;; ;2710..2937;;CDS;;119;119;;;76;119 ;3057..3147;;tca;+;30;;30;;; ;3178..3268;;agc;2 tca;241;;*241;;; ;3510..3600;;tca;2 agc;18;;18;;; ;3619..3709;;agc;;125;125;;;; ;3835..4350;;CDS;;9470;;;;172; ;;;;;;;;;; ;13821..14726;;CDS;;187;187;;;302; ;14914..14988;;cgt;;34;34;;;;34 comp;15023..15913;;CDS;;109014;;;;297; ;;;;;;;;;; ;124928..125338;;CDS;;275;275;;;137;275 ;125614..125702;;tta;+;20;;20;;; ;125723..125798;;atgf;4 tta;7;;7;;; ;125806..125882;;atgj;4 atgf;6;;6;;; ;125889..125977;;tta;2 atgj;22;;22;;; ;126000..126075;;atgf;;7;;7;;; ;126083..126159;;atgj;;6;;6;;; ;126166..126254;;tta;;21;;21;;; ;126276..126351;;atgf;;70;;70;;; ;126422..126510;;tta;;21;;21;;; ;126532..126607;;atgf;;664;664;;;; ;127272..129683;;CDS;;8954;;;;804; ;;;;;;;;;; ;138638..140143;;CDS;;307;307;;;502; ;140451..140525;;aac;+;234;;*234;;; ;140760..140834;;aac;3 aac;439;;*439;;; ;141274..141348;;aac;@6;299;299;;;;299 ;141648..143039;;CDS;;1587;;;;464; ;;;;;;;;;; comp;144627..145649;;CDS;;543;543;;;341; ;146193..147709;;16s;;140;;;;; ;147850..147925;;gca;;3;;;3;; ;147929..148005;;atc;;111;;;;; ;148117..151030;;23s;;70;;;;; ;151101..151217;;5s;;5;;;5;; ;151223..151298;;ttc;;4;;;;; ;151303..151377;;tgc;;167;167;;;;167 ;151545..151841;;CDS;;25608;;;;99; ;;;;;;;;;; ;177450..178097;;CDS;;76;76;;;216; ;178174..178249;;acc;;65;65;;;;65 ;178315..179508;;CDS;;134221;;;;398; ;;;;;;;;;; ;313730..316207;;CDS;;90;90;;;826;90 ;316298..316382;;cta;;4;;4;;; ;316387..316461;;ggg;;120;120;;;; comp;316582..316986;;CDS;;85487;;;;135; ;;;;;;;;;; ;402474..402953;;CDS;;125;125;;;160;125 ;403079..403154;;cca;+;17;;17;;; ;403172..403245;;gga;2x;149;;*149;;; ;403395..403471;;aga;cca gga aga;6;;6;;; ;403478..403553;;cca;;16;;16;;; ;403570..403643;;gga;;35;;35;;; ;403679..403755;;aga;;5;;5;;; ;403761..403836;;cac;;3;;3;;; ;403840..403914;;caa;2x;7;;7;;; ;403922..403997;;aaa;caa aaa cta ;18;;18;;; ;404016..404100;;cta;ggc gga ;5;;5;;; ;404106..404180;;ggc;;25;;25;;; ;404206..404279;;gga;;5;;5;;; ;404285..404360;;aag;;57;;57;;; ;404418..404492;;caa;;7;;7;;; ;404500..404575;;aaa;;18;;18;;; ;404594..404678;;cta;;5;;5;;; ;404684..404758;;ggc;;25;;25;;; ;404784..404857;;gga;;46;;46;;; ;404904..404980;;cga;;325;325;;;; <;405306..405467;;CDS;;8393;;;;54; ;;;;;;;;;; ;413861..415921;;CDS;;385;385;;;687; ;416307..417823;;16s;@5;132;;;;; ;417956..418032;;atc;;84;;;;; ;418117..421031;;23s;;71;;;;; ;421103..421177;;aac;;345;345;;;;345 ;421523..422449;;CDS;;63814;;;;309; ;;;;;;;;;; ;486264..486668;;CDS;;159;159;;;135;159 ;486828..486912;;tac;+;9;;9;;; ;486922..486997;;gta;3 tac;27;;27;;; ;487025..487099;;aca;2 gta;12;;12;;; ;487112..487196;;tac;2 aca;9;;9;;; ;487206..487281;;gta;;30;;30;;; ;487312..487386;;aca;;12;;12;;; ;487399..487483;;tac;;451;451;;;; ;487935..489110;;CDS;;50956;;;;392; ;;;;;;;;;; ;540067..540969;;CDS;;187;187;;;301;187 ;541157..541231;;tgg;;208;208;;;; ;541440..541820;;CDS;;97;;;;127; ;;;;;;;;;; comp;541918..542985;;CDS;;252;252;;;356;252 ;543238..543312;;tgg;;354;354;;;; ;543667..544683;;CDS;;347735;;;;339; ;;;;;;;;;; ;892419..893339;;CDS;;560;560;;;307; ;893900..895416;;16s;;137;;;;; ;895554..895629;;gca;;118;;;;; ;895748..898661;;23s;;204;;;;; ;898866..898982;;5s;;552;552;;;;*552 ;899535..900446;;CDS;;351;;;;304; ;;;;;;;;;; ;900798..902048;;CDS;;704;704;;;417; ;902753..904269;;16s;;339;;;;; ;904609..907522;;23s;;273;;;;; ;907796..907912;;5s;;69;69;;;;69 comp;907982..908449;;CDS;;43545;;;;156; ;;;;;;;;;; ;951995..952630;;CDS;;97;97;;;212;97 ;952728..952813;;ctc;;396;396;;;; ;953210..954919;;CDS;;784414;;;;570; ;;;;;;;;;; ;1739334..1739933;;CDS;;380;380;;;200;380 ;1740314..1740389;;cac;;3;;3;;; ;1740393..1740467;;cag;;5;;5;;; ;1740473..1740548;;aaa;;443;443;;;; comp;1740992..1742350;;CDS;;151829;;;;453; ;;;;;;;;;; ;1894180..1895406;;CDS;;34;34;;;409;34 comp;1895441..1895527;;ttg;;574;574;;;; ;1896102..1896794;;CDS;;200701;;;;231; ;;;;;;;;;; ;2097496..2097915;;CDS;;722;722;;;140; ;2098638..2100154;;16s;;502;;;;; ;2100657..2103569;;23s;;205;;;;; ;2103775..2103891;;5s;;315;315;;;;315 ;2104207..2104905;;CDS;;234313;;;;233; ;;;;;;;;;; ;2339219..2340322;;CDS;;662;662;;;368; ;2340985..2342501;;16s;;338;;;;; ;2342840..2345755;;23s;;140;;;;; ;2345896..2345970;;aac;;3;;;;; ;2345974..2346090;;5s;;429;429;;;;429 ;2346520..2348088;;CDS;;3574;;;;523; ;;;;;;;;;; ;2351663..2352139;;CDS;;568;568;;;159; ;2352708..2354224;;16s;;338;;;;; ;2354563..2357477;;23s;;140;;;;; ;2357618..2357692;;aac;;3;;;;; ;2357696..2357812;;5s;;90;90;;;;90 ;2357903..2358316;;CDS;;406783;;;;138; ;;;;;;;;;; ;2765100..2765525;;CDS;;625;625;;;142; ;2766151..2767667;;16s;;503;;;;; ;2768171..2771082;;23s;;202;;;;; ;2771285..2771401;;5s;;5;;;;; ;2771407..2771482;;ttc;;6;;;6;; ;2771489..2771565;;gac;;25;;;25;; ;2771591..2771665;;gaa;;448;448;;;;448 ;2772114..2774864;;CDS;;781818;;;;917; ;;;;;;;;;; ;3556683..3557051;;CDS;;565;565;;;123;*565 ;3557617..3557691;;gag;;925;925;;;; comp;3558617..3559759;;CDS;;192275;;;;381; ;;;;;;;;;; comp;3752035..3752652;;CDS;;245;245;;;206;245 comp;3752898..3752985;;agt;@1;711;711;;;; comp;3753697..3755112;;CDS;;501326;;;;472; ;;;;;;;;;; comp;4256439..4258403;;CDS;;267;267;;;655;267 comp;4258671..4258746;;aaa;;79;;79;;; comp;4258826..4258901;;cac;;7;;7;;; comp;4258909..4258985;;aga;;35;;35;;; comp;4259021..4259094;;gga;;752;752;;;; ;4259847..4260392;;CDS;;619853;;;;182; ;;;;;;;;;; comp;4880246..4880488;;CDS;;508;508;;;81;*508 comp;4880997..4881113;;5s;;274;;;;; comp;4881388..4884300;;23s;;578;;;;; comp;4884879..4886395;;16s;;703;703;;;; comp;4887099..4888034;;CDS;;1272704;;;;312; ;;;;;;;;;; comp;6160739..6161977;;CDS;;343;343;;;413; ;6162321..6162396;;cca;;242;242;;;;242 ;6162639..6163283;;CDS;;2040;;;;215; ;;;;;;;;;; ;6165324..6165734;;CDS;;222;222;;;137; comp;6165957..6166032;;ttc;;5;;;;; comp;6166038..6166154;;5s;@2;188;188;;;;188 ;6166343..6167074;;CDS;;8085;;;;244; ;;;;;;;;;; comp;6175160..6175597;;CDS;;249;249;;;146;249 comp;6175847..6175922;;gca;;1;;;1;; comp;6175924..6176000;;atgi;;44;;;;; comp;6176045..6176161;;5s;;138;;;;; comp;6176300..6179216;;23s;;339;;;;; comp;6179556..6181072;;16s;;567;567;;;; comp;6181640..6182446;;CDS;;223;;;;269; ;;;;;;;;;; ;6182670..6183419;;CDS;;190;190;;;250;190 comp;6183610..6183685;;aaa;+;5;;;;; comp;6183691..6183807;;5s;2 aaa;159;159;;;;159 comp;6183967..6184914;;CDS;@3;294;294;;;316;294 comp;6185209..6185284;;aaa;;7;;;;; comp;6185292..6185408;;5s;;138;;;;; comp;6185547..6188463;;23s;;339;;;;; comp;6188803..6190319;;16s;;771;771;;;; comp;6191091..6192203;;CDS;;7306;;;;371; ;;;;;;;;;; comp;6199510..6202059;;CDS;;661;661;;;850; comp;6202721..6202837;;5s;@4;139;;;;; comp;6202977..6205893;;23s;;339;;;;; comp;6206233..6207749;;16s;;1102;;;;; comp;6208852..6208968;;5s;;138;;;;; comp;6209107..6212023;;23s;;339;;;;; comp;6212363..6213879;;16s;;502;502;;;;*502 comp;6214382..6215329;;CDS;;90019;;;;316; ;;;;;;;;;; comp;6305349..6306314;;CDS;;123;123;;;322;123 comp;6306438..6306527;;tcc;;281;281;;;; comp;6306809..6307984;;CDS;;66527;;;;392; ;;;;;;;;;; ;6374512..6375684;;CDS;;125;125;;;391;125 comp;6375810..6375884;;agg;;303;303;;;; comp;6376188..6378578;;CDS;;13398;;;;797; ;;;;;;;;;; comp;6391977..6392753;;CDS;;114;114;;;259;114 comp;6392868..6392984;;5s;;134;;;;; comp;6393119..6396033;;23s;;214;;;;; comp;6396248..6397764;;16s;;1120;;;;; comp;6398885..6399001;;5s;;139;;;;; comp;6399141..6402055;;23s;;214;;;;; comp;6402270..6403786;;16s;;748;748;;;; comp;6404535..6405107;;CDS;;31702;;;;191; ;;;;;;;;;; ;6436810..6437790;;CDS;;192;192;;;327; comp;6437983..6438059;;gac;+;6;;6;;; comp;6438066..6438141;;gta;3x;14;;14;;; comp;6438156..6438230;;gaa;gac gta ;29;;29;;; comp;6438260..6438334;;aca;gaa aca – 1;10;;10;;; comp;6438345..6438421;;gac;;6;;6;;; comp;6438428..6438503;;gta;;16;;16;;; comp;6438520..6438594;;gaa;;29;;29;;; comp;6438624..6438698;;aca;;10;;10;;; comp;6438709..6438785;;gac;;6;;6;;; comp;6438792..6438867;;gta;;14;;14;;; comp;6438882..6438956;;gaa;;162;162;;;;162 comp;6439119..6439685;;CDS;;37865;;;;189; </pre> ====cbei cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_cumuls|cbei cumuls]] <pre> cbei cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;17;1;0;2;1;0;1;0;100;4 ;16 23 5s 0;7;20;34;3;50;2;50;2;200;19 ;16 atc gca;1;40;12;1;100;7;100;6;300;11 ;16 23 5s a;4;60;2;0;150;7;150;5;400;20 ;max a;4;80;2;0;200;9;200;7;500;6 ;a doubles;1;100;0;0;250;5;250;3;600;3 ;autres;6;120;0;0;300;6;300;5;700;2 ;total aas;19;140;0;0;350;6;350;2;800;1 sans ;opérons;20;160;1;0;400;4;400;1;900;4 ;1 aa;11;180;0;0;450;3;450;2;1000;1 ;max a;19;200;0;0;500;2;500;0;1100;0 ;a doubles;5;;3;0;;21;;4;;0 ;total aas;74;;54;6;;72;;37;;71 total aas;;93;;;;;;;;; remarques;;6;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;18;7;;350;;195;;328 ;;;variance;17;9;;225;;111;;206 </pre> ====cbei blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_blocs|cbei blocs]] <pre> cbei blocs;;;; 16s;213;503;339; 23s;108;202;138; 5s;14;5;44; atgi;atgi;ttc;atgi; ;;;; 16s;339;502;578; 23s;273;205;274; 5s;;;; ;;;; aaa;5;;; 5s;159;5s;139;134 cds;294;23s;339;214 aaa;7;16s;1102;1120 5s;138;5s;138;139 23s;339;23s;339;214 16s;;16s;; ;;;; 16s;338;338;16s;140 23s;140;140;gca;3 aac;3;3;atc;111 5s;aac;aac;23s;70 ;;;5s;5 ;;;ttc; ;;;; 16s;137;;16s;132 gca;118;;atc;84 23s;204;;23s;71 5s;;;aac; ;;;; ttc;5;;; 5s;;;; </pre> ====cbei distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_distribution|cbei distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4 aac 3 -5 et 3 >1;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt; aaa 2 +5 et 4 >1;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gca 2+16s, 2+5s;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;3;tgc; les +5s sont;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;3;agc;2 des 1-3aas;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt; ;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;2 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;2;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;3 ;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;1 ;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;3;gga;5 ;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; ;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;1;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 ;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;cbei;;11;;;;;11;;cbei;63;;;;;;63 </pre> ====cbei données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_données_intercalaires|cbei données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cbei;fx;fc;cbei;fx40;fc40;cbei;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;19;0;0;19;-1;;71;85;34;5s 16s;;;tRNA tRNA;;intra;tRNA tRNA;suite; ;0;10;6;249;1;3;55;-2;;0;119;120;1107;;;3;;gca atc;17;;cca ;1;20;12;375;2;1;39;-3;;0;125;252;1125;;;tRNA tRNA;;contig;149;;gga ;0;30;7;204;3;0;23;-4;2;83;187;443;5s CDS;;;1;;atgi;6;;aga 2;0;40;10;126;4;0;36;-5;1;0;275;34;552;69;;**;;gca;16;;cca ;0;50;10;119;5;0;17;-6;;0;664;574;315;188;;4;;ttc;35;;gga ;0;60;24;126;6;1;16;-7;;8;307;505;429;114;;**;;tgc;5;;aga ;1;70;30;98;7;0;8;-8;1;72;299;752;90;;;6;;ttc;3;;cac ;1;80;25;95;8;0;15;-9;;0;681;343;508;;;25;;gac;7;;caa ;2;90;19;100;9;0;23;-10;;5;76;222;159;;;**;;gaa;18;;aaa ;1;100;33;101;10;1;17;-11;;38;65;190;661;;;1;;gca;5;;cta ;0;110;34;103;11;3;48;-12;;0;90;125;23s 5s;;;**;;atgi;25;;ggc 1;1;120;29;89;12;2;51;-13;;4;125;192;70;;;tRNA tRNA;;;5;;gga 1;2;130;34;79;13;0;41;-14;;21;325;;204;;;30;;tca;57;;aag ;1;140;38;85;14;0;47;-15;;0;345;;273;;;241;;agc;7;;caa ;0;150;31;103;15;1;43;-16;;3;159;;205;;;18;;tca;18;;aaa ;1;160;47;86;16;2;29;-17;;21;451;;202;;;**;;agc;5;;cta ;1;170;32;86;17;0;25;-18;;0;187;;274;;;20;;tta;25;;ggc ;0;180;30;78;18;0;38;-19;;2;208;;138;;;7;;atgf;46;;gga 1;2;190;33;68;19;2;23;-20;;11;354;;138;;;6;;atgj;**;;cga 1;0;200;24;79;20;2;30;-21;1;0;97;;139;;;22;;tta;9;;tac ;1;210;38;63;21;2;32;-22;;1;396;;138;;;7;;atgf;27;;gta ;0;220;23;76;22;0;25;-23;;9;380;;134;;;6;;atgj;12;;aca 1;0;230;28;60;23;0;18;-24;;0;448;;139;;;21;;tta;9;;tac ;0;240;25;61;24;0;21;-25;1;1;565;;108;;;70;;atgf;30;;gta ;3;250;35;47;25;0;23;-26;1;10;248;;16s tRNA;;;21;;tta;12;;aca 1;0;260;23;60;26;1;22;-27;;0;13;;140;;gca;**;;atgf;**;;tac ;1;270;17;62;27;0;18;-28;;4;267;;132;;atc;234;;aac;3;;cac ;1;280;21;62;28;1;11;-29;;5;242;;137;;gca;439;;aac;5;;cag ;1;290;18;48;29;2;16;-30;;0;249;;tRNA 23s;;;**;;aac;**;;aaa ;2;300;26;53;30;1;18;-31;;0;294;;111;;atc;3;;gca;79;;aaa ;2;310;21;38;31;0;18;-32;;0;135;;84;;atc;**;;atc;7;;cac ;0;320;24;38;32;1;13;-33;;0;281;;71;;aac;4;;cta;35;;aga ;1;330;23;46;33;1;11;-34;;0;303;;118;;gca;**;;ggg;**;;gga ;0;340;17;36;34;2;12;-35;;4;162;;140;;aac;;;;6;;gac 1;1;350;18;40;35;0;13;-36;;0;CDS 16s;;140;;aac;;;;14;;gta ;1;360;15;28;36;1;9;-37;;1;548;;5s tRNA;;;;;;29;;gaa ;0;370;15;35;37;0;8;-38;1;4;390;;5;;ttc;;;;10;;aca ;1;380;18;35;38;2;11;-39;;0;565;;3;;aac;;;;6;;gac ;0;390;20;37;39;2;15;-40;;1;709;;3;;aac;;;;16;;gta ;1;400;13;25;40;1;16;-41;;1;727;;5;;ttc;;;;29;;gaa 4;5;reste;262;597;reste;1177;3037;-42;;0;667;;5;;ttc;;;;10;;aca 13;35;total;1208;4015;total;1212;4010;-43;;1;573;;44;;atgi;;;;6;;gac 9;30;diagr;946;3399;diagr;35;954;-44;;2;282;;5;;aaa;;;;14;;gta 0;1; t30;25;828;;;;-45;;0;703;;7;;aaa;;;;**;;gaa ;;;;;;;;-46;1;0;572;;14;;atgi;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;776;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;507;;;;;;;;;; ;x;1212;10;0;1222;;;-49;;1;753;;;;;;;;;; ;c;3991;390;19;4400;;;-50;;1;501;;;;;;;;;; ;;;;;5622;192;;reste;1;4;;;;;;;;;;; ;;;;;;5814;;total;10;390;;;;;;;;;;; </pre> =====cbei autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires_aas|cbei autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbei;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas ;tRNA;15;1;;atgi ;tRNA;93;85;;gca fin;CDS;254;;; deb;CDS;2710;119;; ;tRNA;3057;30;;tca ;tRNA;3178;241;;agc ;tRNA;3510;18;;tca ;tRNA;3619;125;;agc fin;CDS;3835;;; deb;CDS;13821;187;; ;tRNA;14914;34;;cgt fin;CDS;15023;;comp; deb;CDS;124928;275;; ;tRNA;125614;20;;tta ;tRNA;125723;7;;atgf ;tRNA;125806;6;;atgj ;tRNA;125889;22;;tta ;tRNA;126000;7;;atgf ;tRNA;126083;6;;atgj ;tRNA;126166;21;;tta ;tRNA;126276;70;;atgf ;tRNA;126422;21;;tta ;tRNA;126532;664;;atgf fin;CDS;127272;;; deb;CDS;138638;307;; ;tRNA;140451;234;;aac ;tRNA;140760;439;;aac ;tRNA;141274;299;;aac fin;CDS;141648;;; deb;CDS;144627;548;; 16s;rRNA;146198;140;; ;tRNA;147850;3;;gca ;tRNA;147929;111;;atc 23s;rRNA;148117;70;; 5s;rRNA;151101;5;; ;tRNA;151223;4;;ttc ;tRNA;151303;681;;tgc fin;CDS;152059;;; deb;CDS;177450;76;; ;tRNA;178174;65;;acc fin;CDS;178315;;; deb;CDS;313730;90;; ;tRNA;316298;4;;cta ;tRNA;316387;120;;ggg fin;CDS;316582;;comp; deb;CDS;402474;125;; ;tRNA;403079;17;;cca ;tRNA;403172;149;;gga ;tRNA;403395;6;;aga ;tRNA;403478;16;;cca ;tRNA;403570;35;;gga ;tRNA;403679;5;;aga ;tRNA;403761;3;;cac ;tRNA;403840;7;;caa ;tRNA;403922;18;;aaa ;tRNA;404016;5;;cta ;tRNA;404106;25;;ggc ;tRNA;404206;5;;gga ;tRNA;404285;57;;aag ;tRNA;404418;7;;caa ;tRNA;404500;18;;aaa ;tRNA;404594;5;;cta ;tRNA;404684;25;;ggc ;tRNA;404784;46;;gga ;tRNA;404904;325;;cga fin;CDS;405306;;; deb;CDS;413861;390;; 16s;rRNA;416312;132;; ;tRNA;417956;84;;atc 23s;rRNA;418117;71;; ;tRNA;421103;345;;aac fin;CDS;421523;;; deb;CDS;486264;159;; ;tRNA;486828;9;;tac ;tRNA;486922;27;;gta ;tRNA;487025;12;;aca ;tRNA;487112;9;;tac ;tRNA;487206;30;;gta ;tRNA;487312;12;;aca ;tRNA;487399;451;;tac fin;CDS;487935;;; deb;CDS;540067;187;; ;tRNA;541157;208;;tgg fin;CDS;541440;;; deb;CDS;541918;252;comp; ;tRNA;543238;354;; fin;CDS;543667;;; deb;CDS;772270;262;; ;tmRNA;774356;871;; fin;CDS;775585;;; deb;CDS;892419;565;; 16s;rRNA;893905;137;; ;tRNA;895554;118;;gca 23s;rRNA;895748;204;; 5s;rRNA;898866;552;; fin;CDS;899535;;; deb;CDS;900798;709;; 16s;rRNA;902758;339;; 23s;rRNA;904609;273;; 5s;rRNA;907796;69;; fin;CDS;907982;;comp; deb;CDS;951995;97;; ;tRNA;952728;396;;ctc fin;CDS;953210;;; deb;CDS;1017389;70;; ;ncRNA;1017765;758;; fin;CDS;1018872;;; deb;CDS;1646835;56;; ;ncRNA;1647290;182;; fin;CDS;1647666;;comp; deb;CDS;1739334;380;; ;tRNA;1740314;3;;cac ;tRNA;1740393;5;;cag ;tRNA;1740473;443;;aaa fin;CDS;1740992;;comp; deb;CDS;1846157;-183;; ;gene;1847876;588;; fin;CDS;1848647;;; deb;CDS;1894180;34;; ;tRNA;1895441;574;comp;ttg fin;CDS;1896102;;; deb;CDS;2097496;727;; 16s;rRNA;2098643;502;; 23s;rRNA;2100657;205;; 5s;rRNA;2103775;315;; fin;CDS;2104207;;; deb;CDS;2296804;104;; ;ncRNA;2297577;380;comp; fin;CDS;2298150;;; deb;CDS;2305297;275;; ;ncRNA;2306778;230;comp; fin;CDS;2307274;;; deb;CDS;2339219;667;; 16s;rRNA;2340990;338;; 23s;rRNA;2342840;140;; ;tRNA;2345896;3;;aac 5s;rRNA;2345974;429;; fin;CDS;2346520;;; deb;CDS;2351663;573;; 16s;rRNA;2352713;338;; 23s;rRNA;2354563;140;; ;tRNA;2357618;3;;aac 5s;rRNA;2357696;90;; fin;CDS;2357903;;; deb;CDS;2765706;282;; 16s;rRNA;2766156;503;; 23s;rRNA;2768171;202;; 5s;rRNA;2771285;5;; ;tRNA;2771407;6;;ttc ;tRNA;2771489;25;;gac ;tRNA;2771591;448;;gaa fin;CDS;2772114;;; deb;CDS;3556683;565;; ;tRNA;3557617;505;;gag fin;CDS;3558197;;comp; deb;CDS;3752035;248;comp; ;tRNA;3752901;13;comp;agt fin;CDS;3752999;;comp; deb;CDS;4256439;267;comp; ;tRNA;4258671;79;comp;aaa ;tRNA;4258826;7;comp;cac ;tRNA;4258909;35;comp;aga ;tRNA;4259021;752;comp;gga fin;CDS;4259847;;; deb;CDS;4880246;508;comp; 5s;rRNA;4880997;274;comp; 23s;rRNA;4881388;578;comp; 16s;rRNA;4884879;703;comp; fin;CDS;4887099;;comp; deb;CDS;6160739;343;comp; ;tRNA;6162321;242;;cca fin;CDS;6162639;;; deb;CDS;6165324;222;; ;tRNA;6165957;5;comp;ttc 5s;rRNA;6166038;188;comp; fin;CDS;6166343;;; deb;CDS;6175160;249;comp; ;tRNA;6175847;1;comp;gca ;tRNA;6175924;44;comp;atgi 5s;rRNA;6176045;138;comp; 23s;rRNA;6176300;339;comp; 16s;rRNA;6179556;572;comp; fin;CDS;6181640;;comp; deb;CDS;6182670;190;; ;tRNA;6183610;5;comp;aaa 5s;rRNA;6183691;159;comp; deb;CDS;6183967;294;comp; ;tRNA;6185209;7;comp;aaa 5s;rRNA;6185292;138;comp; 23s;rRNA;6185547;339;comp; 16s;rRNA;6188803;776;comp; fin;CDS;6191091;;comp; deb;CDS;6199510;661;comp; 5s;rRNA;6202721;139;comp; 23s;rRNA;6202977;339;comp; 16s;rRNA;6206233;1107;comp; 5s;rRNA;6208852;138;comp; 23s;rRNA;6209107;339;comp; 16s;rRNA;6212363;507;comp; fin;CDS;6214382;;comp; deb;CDS;6256716;154;; ;ncRNA;6257755;316;comp; fin;CDS;6258338;;comp; deb;CDS;6305349;135;comp; ;tRNA;6306438;281;comp;tcc fin;CDS;6306809;;comp; deb;CDS;6374512;125;; ;tRNA;6375810;303;comp;agg fin;CDS;6376188;;comp; deb;CDS;6391977;114;comp; 5s;rRNA;6392868;134;comp; 23s;rRNA;6393119;214;comp; 16s;rRNA;6396248;1125;comp; 5s;rRNA;6398885;139;comp; 23s;rRNA;6399141;214;comp; 16s;rRNA;6402270;753;comp; fin;CDS;6404535;;comp; deb;CDS;6436810;192;; ;tRNA;6437983;6;comp;gac ;tRNA;6438066;14;comp;gta ;tRNA;6438156;29;comp;gaa ;tRNA;6438260;10;comp;aca ;tRNA;6438345;6;comp;gac ;tRNA;6438428;16;comp;gta ;tRNA;6438520;29;comp;gaa ;tRNA;6438624;10;comp;aca ;tRNA;6438709;6;comp;gac ;tRNA;6438792;14;comp;gta ;tRNA;6438882;162;comp;gaa fin;CDS;6439119;;comp; deb;CDS;6477551;501;; 16s;rRNA;6480533;213;; 23s;rRNA;6482258;108;; 5s;rRNA;6485280;14;; </pre> ====cbei intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_entre_cds|cbei intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> cbei;2.2.21 Paris;;cbei 31.7.20;;;;;;;;; cbei;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;400;7.1;'''négatif ;-11;12;-1 à -64;'''6 485 394;-1;400;610;14 ;'''zéro;19;0.3;;;;;'''intercals;0;19;620;19 ;'''1 à 200;2957;52.6;'''0 à 200;83;61;;'''1 159 420;5;174;630;8 ;'''201 à 370;1240;22.1;'''201 à 370;275;48;;'''17.9%;10;81;640;14 ;'''371 à 600;713;12.7;'''371 à 600;464;66;;;15;236;650;10 ;'''601 à max;293;5.2;'''601 à 1028;808;203;;;20;151;660;8 ;'''total 5623;<201;60.0;'''total 5620;205;211;-64 à 1555;;25;121;670;13 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;90;680;7 1860894;2121;-1;400;-70;1;;0;19;35;71;690;9 1898453;1881;0;19;-60;4;;-1;°71;40;65;700;14 4639922;1555;1;°58;-50;1;;-2;0;45;61;710;7 6361933;1545;2;°40;-40;8;;-3;0;50;68;720;8 5176736;1499;3;23;-30;10;'''min à -1;-4;°85;55;81;730;6 2532196;1482;4;36;-20;44;400;-5;1;60;69;740;12 3181990;1469;5;17;-10;94;7.1%;-6;0;65;68;750;5 4033167;1431;6;17;0;257;;-7;8;70;60;760;6 4590435;1429;7;8;10;255;;-8;°73;75;70;770;7 3571512;1391;8;15;20;387;;-9;0;80;50;780;4 4428508;1372;9;23;30;211;;-10;5;85;61;790;8 5504697;1348;10;18;40;136;;-11;°38;90;58;800;4 1486045;1326;11;°51;50;129;;-12;0;95;76;810;2 2570075;1302;12;°53;60;150;;-13;4;100;58;820;6 4602139;1289;13;41;70;128;'''1 à 100;-14;°21;105;68;830;5 3981561;1239;14;°47;80;120;1769;-15;0;110;69;840;5 4621836;1226;15;°44;90;119;31.5%;-16;3;115;53;850;3 4088892;1221;16;31;100;134;;-17;°21;120;65;860;2 4296061;1207;17;25;110;137;;-18;0;125;48;870;2 6061011;1205;18;°38;120;118;;-19;2;130;65;880;5 2648455;1201;19;25;130;113;;-20;°11;135;65;890;2 4064421;1178;20;32;140;123;;-21;1;140;58;900;4 4839562;1176;21;°34;150;134;;-22;1;145;67;910;4 3909835;1173;22;25;160;133;;-23;°9;150;67;920;4 2456047;1153;23;18;170;118;'''1 à 200;-24;0;155;65;930;1 3569689;1127;24;21;180;108;2957;-25;2;160;68;940;2 3023607;1112;25;°23;190;101;52.6%;-26;°11;165;64;950;0 4726206;1107;26;°23;200;103;;-27;0;170;54;960;3 1550735;1102;27;18;210;101;;-28;4;175;53;970;3 4395515;1078;28;12;220;99;;-29;°5;180;55;980;1 1099864;1072;29;18;230;88;;-30;0;185;44;990;2 3075992;1065;30;°19;240;86;;-31;0;190;57;1000;4 3857530;1064;31;°18;250;82;'''0 à 200;-32;0;195;51;1010;3 776201;1058;32;14;260;83;2976;;395;200;52;1020;4 2291086;1058;33;12;270;79;;reste;24;205;53;1030;2 5939293;1054;34;°14;280;83;;total;419;210;48;1040;3 2680682;1051;35;°13;290;66;;;;215;38;1050;0 3035780;1051;36;10;300;79;;;;220;61;1060;5 4035399;1040;37;8;310;59;;'''intercal;'''<u>frequencef;225;45;1070;2 6351672;1032;38;13;320;62;;600;5330;230;43;1080;2 2453621;1031;39;°17;330;69;;650;65;235;40;1090;0 5871985;1027;40;°17;340;53;'''201 à 370;700;51;240;46;1100;0 5197163;1021;reste;4215;350;58;1240;750;38;245;39;1110;2 ;;total;5623;360;43;22.1%;800;29;250;43;1120;1 ;;;;370;50;;850;21;255;46;1130;1 ;;;;380;53;;900;15;260;37;1140;0 ;;;;390;57;;950;11;265;38;1150;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;38;;1000;13;270;41;1160;1 4624137;-110;shift 2;673;410;48;;1050;12;275;48;1170;0 1868484;-64;shift 2;608;420;44;;1100;9;280;35;1180;3 3204859;-64;shift 2;665;430;32;;1150;4;285;37;1190;0 2485518;-62;shift 2;184;440;36;;1200;4;290;29;1200;0 3963063;-60;;;450;42;;1250;6;295;41;reste;21 2029018;-50;;;460;39;;1300;1;300;38;total;293 5912545;-49;;;470;28;;1350;3;305;30;; 5354783;-47;;;480;27;;1400;2;310;29;; 1515675;-46;;;490;24;;1450;2;315;28;; 4067020;-44;;;500;28;;1500;3;320;34;; 5920392;-44;;;510;23;;1550;1;325;33;; 1552479;-43;;;520;19;;1600;1;330;36;; 330305;-41;;;530;23;;;291;335;26;; 4488902;-40;;;540;27;'''371 à 600;;;340;27;; 2489800;-38;;;550;18;714;;;345;33;; 2856876;-38;;;560;27;12.7%;;;350;25;; 4401424;-38;;;570;21;;;;355;26;; 4678887;-38;;;580;20;'''601 à max;;;360;17;; 5785183;-38;;;590;20;293;;;365;28;; 3964014;-37;;;600;20;5.2%;;;370;22;; 1257344;-35;;;reste;293;;reste;2;reste;1007;; 4675094;-35;;;total;5623;;total;5623;total;5623;; </pre> ====cbei intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cbei Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;20.2.22; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; pmq;min10;1613;4170;5783;455;-834;-652;182;-867;-826;-61;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; 32;217;0.15;1926;5302;3;5;22;142;68;1155;-203;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; cbei;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;32;-258;570;-3.2;723;269;max160;&-46;339;-824;83;780;246;min50 31 à 400;12.7;-134;357;3.5;790;352;*;&-1.4;16;-123;40;937;391;1 partie droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;5;26;-;4;poly;708;tF;&123;50;-;566;poly;214;SF 31 à 400;36;30;-;345;poly;445;tF *;&75;37;-;929;dte;8;Sf * diagramme en effectifs de 1 à 600;;;;;;;;;;;;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélation et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;;;;; 41-n;0.402;-0.509;-0.375;;;;;0.272;;;;;;;;complément à 800;; 1-n;-0.290;-0.649;-0.648;;;;;;;;;20.2.22;;;;effectifs;; cbei;fx;fc;;cbei;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbei;Sx-;Sc-;;cbei;fx;fc 0;0;19;;0;0;6;0;0;19;>0;1212;-1;;71;;410;17;31 10;6;249;;10;6;73;1;3;55;<0;10;-2;;0;;420;12;32 20;12;375;;20;13;110;2;1;39;zéro;0;-3;;0;;430;6;26 30;7;204;;30;7;60;3;0;23;total;1222;-4;2;83;;440;11;25 40;10;126;;40;11;37;4;0;36;;c;-5;1;0;;450;19;23 50;10;119;;50;11;35;5;0;17;>0;3991;-6;;0;;460;13;26 60;24;126;;60;25;37;6;1;16;<0;390;-7;;8;;470;11;17 70;30;98;;70;32;29;7;0;8;zéro;19;-8;1;72;;480;6;21 80;25;95;;80;26;28;8;0;15;total;4400;-9;;0;;490;9;15 90;19;100;;90;20;29;9;0;23;;;-10;;5;;500;10;18 100;33;101;;100;35;30;10;1;17;total;5622;-11;;38;;510;6;16 110;34;103;;110;36;30;11;3;48;;;-12;;0;;520;2;17 120;29;89;;120;31;26;12;2;51;;;-13;;4;;530;5;18 130;34;79;;130;36;23;13;0;41;;5203;-14;;21;;540;7;20 140;38;85;;140;40;25;14;0;47;;;-15;;0;;550;5;13 150;32;102;;150;34;30;15;1;43;;;-16;;3;;560;12;15 160;47;86;;160;49;25;16;2;29;;;-17;;21;;570;7;14 170;33;85;;170;35;25;17;0;25;;;-18;;0;;580;4;16 180;30;78;;180;32;23;18;0;38;;;-19;;2;;590;9;11 190;33;68;;190;35;20;19;2;23;;;-20;;11;;600;9;11 200;24;79;;200;25;23;20;2;30;;;-21;1;0;;610;2;12 210;38;63;;210;40;19;21;2;32;;;-22;;1;;620;4;15 220;24;75;;220;25;22;22;0;25;;;-23;;9;;630;3;5 230;28;60;;230;29;18;23;0;18;;;-24;;0;;640;4;10 240;25;61;;240;26;18;24;0;21;;;-25;1;1;;650;2;8 250;35;47;;250;37;14;25;0;23;;;-26;1;10;;660;3;5 260;23;60;;260;24;18;26;1;22;;;-27;;0;;670;3;10 270;18;61;;270;19;18;27;0;18;;;-28;;4;;680;4;3 280;21;62;;280;22;18;28;1;11;;;-29;;5;;690;1;8 290;18;48;;290;19;14;29;2;16;;;-30;;0;;700;6;8 300;26;53;;300;27;16;30;1;18;;;-31;;0;;710;3;4 310;21;38;;310;22;11;31;0;18;;;-32;;0;;720;2;6 320;24;38;;320;25;11;32;1;13;;;-33;;0;;730;3;3 330;23;46;;330;24;14;33;1;11;;;-34;;0;;740;5;7 340;17;36;;340;18;11;34;2;12;;;-35;;4;;750;2;3 350;18;40;;350;19;12;35;0;13;;;-36;;0;;760;1;5 360;15;28;;360;16;8;36;1;9;;;-37;;1;;770;1;6 370;15;35;;370;16;10;37;0;8;;;-38;1;4;;780;1;3 380;18;35;;380;19;10;38;2;11;;;-39;;0;;790;0;8 390;20;37;;390;21;11;39;2;15;;;-40;;1;;800;1;3 400;13;25;;400;14;7;40;1;16;;;-41;;1;;reste;31;79 reste;262;596;;;;;reste;1177;3037;;;-42;;0;;total;231;517 total;1212;4010;;t30;26;244;total;1212;4010;;;-43;;1;;;; diagr;950;3395;;;;;diagr;35;954;;;-44;;2;;;; - t30;925;2567;;;;;;;;;;-45;;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-46;1;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-47;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;-48;;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-49;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;-50;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;reste;1;4;;;; ;;;;;;;;;;;;total;10;390;;;; </pre> ====cbei intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_négatifs_S-|cbei intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;3;1;;;1;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;;;;;1;11 continu;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;total ;Sx-;0;0;0;3;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;11 ;Sc-;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389 </pre> ====cbei autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires|cbei autres intercalaires]] <pre> cbei;autres intercalaires;;adresses1;;;cbei;autres intercalaires;;adresses2;;;cbei;autres intercalaires;;adresses3;; ;&tRNA;15;1;;;deb;°CDS;540067;187;;;deb;°CDS;4256439;267;comp; ;&tRNA;93;85;;;;&tRNA;541157;208;;;;&tRNA;4258671;79;comp; fin;°CDS;254;;;;fin;°CDS;541440;;;;;&tRNA;4258826;7;comp; deb;°CDS;2710;119;;;deb;°CDS;541918;252;comp;;;&tRNA;4258909;35;comp; ;&tRNA;3057;30;;;;&tRNA;543238;354;;;;&tRNA;4259021;752;comp; ;&tRNA;3178;241;;;fin;°CDS;543667;;;;fin;°CDS;4259847;;; ;&tRNA;3510;18;;;deb;°CDS;772270;262;;;deb;°CDS;4880246;508;comp; ;&tRNA;3619;125;;;;tmRNA;774356;871;;;;$rRNA;4880997;274;comp; fin;°CDS;3835;;;;fin;°CDS;775585;;;;;$rRNA;4881388;578;comp; deb;°CDS;13821;187;;;deb;°CDS;892419;565;;;;$rRNA;4884879;703;comp; ;&tRNA;14914;34;;;;$rRNA;893905;137;;;fin;°CDS;4887099;;comp; fin;°CDS;15023;;comp;;;&tRNA;895554;118;;;deb;°CDS;6160739;343;comp; deb;°CDS;124928;275;;;;$rRNA;895748;204;;;;&tRNA;6162321;242;; ;&tRNA;125614;20;;;;$rRNA;898866;552;;;fin;°CDS;6162639;;; ;&tRNA;125723;7;;;fin;°CDS;899535;;;;deb;°CDS;6165324;222;; ;&tRNA;125806;6;;;deb;°CDS;900798;709;;;;&tRNA;6165957;5;comp; ;&tRNA;125889;22;;;;$rRNA;902758;339;;;;$rRNA;6166038;188;comp; ;&tRNA;126000;7;;;;$rRNA;904609;273;;;fin;°CDS;6166343;;; ;&tRNA;126083;6;;;;$rRNA;907796;69;;;deb;°CDS;6175160;249;comp; ;&tRNA;126166;21;;;fin;°CDS;907982;;comp;;;&tRNA;6175847;1;comp; ;&tRNA;126276;70;;;deb;°CDS;951995;97;;;;&tRNA;6175924;44;comp; ;&tRNA;126422;21;;;;&tRNA;952728;396;;;;$rRNA;6176045;138;comp; ;&tRNA;126532;664;;;fin;°CDS;953210;;;;;$rRNA;6176300;339;comp; fin;°CDS;127272;;;;deb;°CDS;1017389;70;;;;$rRNA;6179556;572;comp; deb;°CDS;138638;307;;;;ncRNA;1017765;758;;;fin;°CDS;6181640;;comp; ;&tRNA;140451;234;;;fin;°CDS;1018872;;;;deb;°CDS;6182670;190;; ;&tRNA;140760;439;;;deb;°CDS;1646835;56;;;;&tRNA;6183610;5;comp; ;&tRNA;141274;299;;;;ncRNA;1647290;182;;;;$rRNA;6183691;159;comp; fin;°CDS;141648;;;;fin;°CDS;1647666;;comp;;deb;°CDS;6183967;294;comp; deb;°CDS;144627;548;;;deb;°CDS;1739334;380;;;;&tRNA;6185209;7;comp; ;$rRNA;146198;140;;;;&tRNA;1740314;3;;;;$rRNA;6185292;138;comp; ;&tRNA;147850;3;;;;&tRNA;1740393;5;;;;$rRNA;6185547;339;comp; ;&tRNA;147929;111;;;;&tRNA;1740473;443;;;;$rRNA;6188803;776;comp; ;$rRNA;148117;70;;;fin;°CDS;1740992;;comp;;fin;°CDS;6191091;;comp; ;$rRNA;151101;5;;;deb;°CDS;1846157;-183;;;deb;°CDS;6199510;661;comp; ;&tRNA;151223;4;;;;gene;1847876;588;;;;$rRNA;6202721;139;comp; ;&tRNA;151303;681;;;fin;°CDS;1848647;;;;;$rRNA;6202977;339;comp; fin;°CDS;152059;;;;deb;°CDS;1894180;34;;;;$rRNA;6206233;1107;comp; deb;°CDS;177450;76;;;;&tRNA;1895441;574;comp;;;$rRNA;6208852;138;comp; ;&tRNA;178174;65;;;fin;°CDS;1896102;;;;;$rRNA;6209107;339;comp; fin;°CDS;178315;;;;deb;°CDS;2097496;727;;;;$rRNA;6212363;507;comp; deb;°CDS;313730;90;;;;$rRNA;2098643;502;;;fin;°CDS;6214382;;comp; ;&tRNA;316298;4;;;;$rRNA;2100657;205;;;deb;°CDS;6256716;154;; ;&tRNA;316387;120;;;;$rRNA;2103775;315;;;;ncRNA;6257755;316;comp; fin;°CDS;316582;;comp;;fin;°CDS;2104207;;;;fin;°CDS;6258338;;comp; deb;°CDS;402474;125;;;deb;°CDS;2296804;104;;;deb;°CDS;6305349;135;comp; ;&tRNA;403079;17;;;;ncRNA;2297577;380;comp;;;&tRNA;6306438;281;comp; ;&tRNA;403172;149;;;fin;°CDS;2298150;;;;fin;°CDS;6306809;;comp; ;&tRNA;403395;6;;;deb;°CDS;2305297;275;;;deb;°CDS;6374512;125;; ;&tRNA;403478;16;;;;ncRNA;2306778;230;comp;;;&tRNA;6375810;303;comp; ;&tRNA;403570;35;;;fin;°CDS;2307274;;;;fin;°CDS;6376188;;comp; ;&tRNA;403679;5;;;deb;°CDS;2339219;667;;;deb;°CDS;6391977;114;comp; ;&tRNA;403761;3;;;;$rRNA;2340990;338;;;;$rRNA;6392868;134;comp; ;&tRNA;403840;7;;;;$rRNA;2342840;140;;;;$rRNA;6393119;214;comp; ;&tRNA;403922;18;;;;&tRNA;2345896;3;;;;$rRNA;6396248;1125;comp; ;&tRNA;404016;5;;;;$rRNA;2345974;429;;;;$rRNA;6398885;139;comp; ;&tRNA;404106;25;;;fin;°CDS;2346520;;;;;$rRNA;6399141;214;comp; ;&tRNA;404206;5;;;deb;°CDS;2351663;573;;;;$rRNA;6402270;753;comp; ;&tRNA;404285;57;;;;$rRNA;2352713;338;;;fin;°CDS;6404535;;comp; ;&tRNA;404418;7;;;;$rRNA;2354563;140;;;deb;°CDS;6436810;192;; ;&tRNA;404500;18;;;;&tRNA;2357618;3;;;;&tRNA;6437983;6;comp; ;&tRNA;404594;5;;;;$rRNA;2357696;90;;;;&tRNA;6438066;14;comp; ;&tRNA;404684;25;;;fin;°CDS;2357903;;;;;&tRNA;6438156;29;comp; ;&tRNA;404784;46;;;deb;°CDS;2765706;282;;;;&tRNA;6438260;10;comp; ;&tRNA;404904;325;;;;$rRNA;2766156;503;;;;&tRNA;6438345;6;comp; fin;°CDS;405306;;;;;$rRNA;2768171;202;;;;&tRNA;6438428;16;comp; deb;°CDS;413861;390;;;;$rRNA;2771285;5;;;;&tRNA;6438520;29;comp; ;$rRNA;416312;132;;;;&tRNA;2771407;6;;;;&tRNA;6438624;10;comp; ;&tRNA;417956;84;;;;&tRNA;2771489;25;;;;&tRNA;6438709;6;comp; ;$rRNA;418117;71;;;;&tRNA;2771591;448;;;;&tRNA;6438792;14;comp; ;&tRNA;421103;345;;;fin;°CDS;2772114;;;;;&tRNA;6438882;162;comp; fin;°CDS;421523;;;;deb;°CDS;3556683;565;;;fin;°CDS;6439119;;comp; deb;°CDS;486264;159;;;;&tRNA;3557617;505;;;deb;°CDS;6477551;501;;erreur à corriger ;&tRNA;486828;9;;;fin;°CDS;3558197;;comp;;;$rRNA;6480533;213;; ;&tRNA;486922;27;;;deb;°CDS;3752035;248;comp;;;$rRNA;6482258;108;; ;&tRNA;487025;12;;;;&tRNA;3752901;13;comp;;;$rRNA;6485280;14;; ;&tRNA;487112;9;;;fin;°CDS;3752999;;comp;;;;;;; ;&tRNA;487206;30;;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;487312;12;;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;487399;451;;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;487935;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cbei intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_tRNA-cds|cbei intercalaires tRNA-cds]] <pre> cbei;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;85;;76;13;; ;119;;125;;90;65;deb; ;187;comp’;34;;97;85;<201;9 ;275;;664;;119;125;total;17 ;307;;299;;125;162;taux;53% ;;;681;;135;208;; ;76;;65;;159;242;fin; ;90;comp’;120;;187;281;<201;5 ;125;;325;;187;299;total;18 ;;;345;;248;303;taux;28% ;159;;451;;249;325;; ;187;;208;;267;345;total; comp’;252;;354;;275;354;<201;14 ;97;;396;;294;396;total;35 ;380;comp’;443;;307;448;taux;40% comp’;34;comp’;574;;380;451;; ;;;448;;565;664;; ;565;comp’;505;;-;681;comp’;cumuls ;248;;13;;34;120;deb;4 ;267;comp’;752;;125;443;;7 comp’;343;;242;;190;505;fin;1 comp’;222;;;;192;574;;5 ;249;;;;222;752;total; comp’;190;;;;252;-;<201;5 ;294;;;;343;-;total;12 ;135;;281;;;;taux;42% comp’;125;;303;;;;; comp’;192;;162;;;;; ;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;; ;<201;13;6;19;;;; ;total;24;23;47;;;; ;taux;54%;26%;40%;;;; </pre> ===afn=== ====afn opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_opérons|afn opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Acid_ferm_DSM_20731/;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_013740.1;afn;;;; 56%GC;30.6.19 Paris;16s 6;60;doubles;intercalaires ;Acidaminococcus fermentans DSM 20731;;;; ;24678..26242;;16s;@1;359 ;26602..29507;;23s;;228 ;29736..29852;;5s;; ;;;;; ;36819..36894;;acg;; ;;;;; ;57713..59277;;16s;;359 ;59637..62543;;23s;;228 ;62772..62888;;5s;; ;;;;; ;169459..169534;;gcc;; ;;;;; ;249791..249867;;agg;; ;;;;; comp;274627..274703;;cgt;; ;;;;; ;311123..311198;;aca;;22 ;311221..311305;;tac;;5 ;311311..311386;;atg;;3 ;311390..311465;;acc;;6 ;311472..311548;;atgf;; ;;;;; ;380482..382046;;16s;;251 ;382298..385204;;23s;;229 ;385434..385550;;5s;; ;;;;; ;461553..461627;;aac;;3 ;461631..461705;;gaa;;8 ;461714..461789;;gta;;50 ;461840..461916;;cca;;11 ;461928..462001;;gga;;8 ;462010..462086;;aga;; ;;;;; ;526984..527070;;ctg;+;30 ;527101..527186;;ctc;2 ctg;52 ;527239..527325;;ctg;; ;;;;; ;578049..578123;;ggc;; ;;;;; ;636984..638548;;16s;@2;94 ;638643..638719;;atc;;66 ;638786..638861;;gca;;273 ;639135..642040;;23s;;139 ;642180..642296;;5s;; ;;;;; ;712229..712304;;cac;;18 ;712323..712398;;caa;;3 ;712402..712477;;aaa;;16 ;712494..712577;;cta;; ;;;;; comp;724421..724497;;gtc;; ;;;;; ;774880..774956;;gac;;4 ;774961..775036;;ttc;;8 ;775045..775119;;ggc;;9 ;775129..775202;;tgc;;13 ;775216..775304;;tta;; ;;;;; ;796654..796728;;cgg;; ;;;;; ;842393..842469;;gac;;2 ;842472..842547;;ttc;;8 ;842556..842630;;ggc;;9 ;842640..842713;;tgc;; ;;;;; ;889670..889746;;ccc;; ;;;;; ;906136..906210;;aac;; ;;;;; ;1022783..1022859;;gac;;2 ;1022862..1022936;;ggc;;1 ;1022938..1023011;;tgg;; ;;;;; ;1555201..1555277;;ccg;; ;;;;; comp;1567911..1567999;;tca;; ;;;;; comp;1613773..1613863;;agc;; ;;;;; ;1702659..1702744;;ttg;; ;;;;; comp;1711770..1711886;;5s;;228 comp;1712115..1715021;;23s;;359 comp;1715381..1716945;;16s;; ;;;;; comp;1823852..1823927;;gta;;6 comp;1823934..1824008;;gaa;;8 comp;1824017..1824092;;aag;; ;;;;; ;1909446..1909536;;tcc;; ;;;;; comp;1911342..1911429;;tcg;; ;;;;; comp;1974984..1975058;;atgi;; ;;;;; comp;1984782..1984856;;gag;;12 comp;1984869..1984942;;cag;+;111 comp;1985054..1985127;;cag;2 cag; ;;;;; comp;2072279..2072395;;5s;;228 comp;2072624..2075529;;23s;;298 comp;2075828..2075903;;gca;;66 comp;2075970..2076046;;atc;;94 comp;2076141..2077705;;16s;; ;;;;; ;2148343..2148418;;gcg;; ;;;;; comp;2287117..2287192;;aaa;; ;;;;; comp;2303018..2303094;;gtg;; ;;;;; comp;2323563..2323636;;ggg;; </pre> ====afn cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_cumuls|afn cumuls]] <pre> afn cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;6;1;1;- ;16 23 5s 0;4;20;21; ;16 atc gca;2;40;2; ;16 23 5s a;0;60;2; ;max a;2;80;0; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;1; ;total aas;4;140;0; sans ;opérons;29;160;0; ;1 aa;20;180;0; ;max a;6;200;0; ;a doubles;2;;0; ;total aas;56;;27;0 total aas;;60;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;16; ;;;variance;23; sans jaune;;;moyenne;12; ;;;variance;13; </pre> ====afn blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_blocs|afn blocs]] <pre> afn blocs;;;;;; 16s;359;1565;359;1565;251;1565 23s;228;2906;228;2907;229;2907 5s;;117;;117;;117 ;;;;;; 16s;94;1565;;5s;228;117 atc;66;;;23s;298;2906 gca;273;;;gca;66; 23s;139;2906;;atc;94; 5s;;117;;16s;;1565 ;;;;;; 5s;228;117;;;; 23s;359;2907;;;; 16s;;1565;;;; </pre> ====afn remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_remarques|afn remarques]] <pre> afn;;;;;;;60 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;2;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====negativicutes distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes_distribution|negativicutes distribution]] <pre> 22.1.21 Paris;;tRNAs total des negatives;;;;;;;;;;;;;; genomes;;total;;;total;ttt;tgt;;1-3aas;;;;total;;ttt;tgt 9;;582;;;571;;;;;;;;58;;; atgi;8;tct;;tat;;atgf;15;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;17;tcc;10;tac;16;tgc;13;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;17;acc;11;aac;26;agc;11;;atc;18;acc;;aac;6;agc;1 ctc;11;ccc;7;cac;10;cgt;16;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;8;gcc;7;gac;24;ggc;33;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;11;tca;10;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;13;aaa;20;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;9;cca;11;caa;13;cga;2;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;24;gca;21;gaa;25;gga;10;;gta;;gca;21;gaa;1;gga; ttg;11;tcg;9;tag;;tgg;13;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4 atgj;12;acg;9;aag;10;agg;9;;atgj;;acg;1;aag;;agg; ctg;10;ccg;7;cag;11;cgg;9;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;186;;263;;122;571;;;;7;;11;;1;19 9-23;;;;total;;ttt;tgt;;-rRNA;;;;total;;ttt;tgt ;;;;92;;;;;attention au -2;;;;421;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;7;tct;;tat;;atgf;12 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;2;tac;3;tgc;2;;ttc;11;tcc;8;tac;12;tgc;11 atc;1;acc;;aac;5;agc;2;;atc;-2;acc;11;aac;15;agc;8 ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;4;;ctc;9;ccc;7;cac;5;cgt;10 gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;8;gcc;7;gac;17;ggc;30 tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;7;tca;9;taa;;tga;1 ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;8;aaa;15;aga;9 cta;1;cca;2;caa;5;cga;;;cta;8;cca;9;caa;7;cga;2 gta;7;gca;;gaa;5;gga;4;;gta;17;gca;0;gaa;19;gga;6 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;9;tcg;9;tag;;tgg;7 atgj;1;acg;;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;8;aag;8;agg;9 ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;7;cag;11;cgg;9 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8 ;;24;;64;;4;92;;;;118;;188;;117;423 ;;;;;;;;;;;116;;188;;117;421 </pre> ====afn distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_distribution|afn distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total afn;;20;;;;;20;;afn;34;;;;;;34;;afn;2;;;;;;2 </pre> ====afn données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_données_intercalaires|afn données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;afn;fx;fc;afn;fx40;fc40;afn;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;9;0;2;9;-1;0;38;105;361;16s 23s;;;tRNA tRNA;;intra ;0;10;4;180;1;1;38;-2;0;0;105;51;3* 359;;;2* 66;;atc gca ;0;20;3;248;2;2;25;-3;0;0;122;188;251;;;tRNA tRNA;; ;3;30;7;105;3;0;20;-4;1;129;195;268;23s 5s;;;22;;aca ;1;40;21;48;4;0;28;-5;0;0;200;61;4* 228;;;5;;tac ;2;50;15;38;5;0;13;-6;0;1;131;80;229;;;3;;atgj 1;2;60;16;44;6;0;9;-7;0;6;74;134;139;;;6;;acc 2;0;70;5;42;7;0;5;-8;0;41;266;393;5s CDS;;;**;;atgf 1;4;80;8;41;8;0;7;-9;0;1;145;158;286;266;;3;;aac ;1;90;8;45;9;1;19;-10;0;1;54;91;296;262;;8;;gaa 1;3;100;11;34;10;0;16;-11;0;19;131;70;;512;;50;;gta ;4;110;10;32;11;1;28;-12;0;0;194;196;;193;;11;;cca ;3;120;8;42;12;0;46;-13;0;5;96;;16s tRNA;;;8;;gga ;3;130;15;43;13;1;29;-14;0;8;214;;2* 94;;atc;**;;aga 1;4;140;21;34;14;0;22;-15;0;0;111;;tRNA 23s;;;30;;ctg ;1;150;13;29;15;0;37;-16;0;3;73;;273;;gca;52;;ctc 1;2;160;14;27;16;0;24;-17;0;10;159;;298;;gca;**;;ctg ;0;170;10;28;17;0;10;-18;0;0;119;;;;;18;;cac ;0;180;2;22;18;0;25;-19;0;2;127;;;;;3;;caa 1;1;190;13;13;19;1;12;-20;0;6;71;;;;;16;;aaa 1;3;200;13;12;20;0;15;-21;0;0;156;;;;;**;;cta ;0;210;10;15;21;1;20;-22;0;0;58;;;;;4;;gac ;2;220;12;20;22;1;13;-23;0;4;102;;;;;8;;ttc ;1;230;9;25;23;0;11;-24;0;0;137;;;;;9;;ggc ;0;240;12;21;24;1;9;-25;0;0;112;;;;;13;;tgc ;0;250;6;12;25;0;9;-26;0;4;24;;;;;**;;tta ;0;260;7;9;26;0;6;-27;0;0;21;;;;;2;;gac 1;1;270;5;16;27;1;14;-28;0;0;93;;;;;8;;ttc ;0;280;6;10;28;0;10;-29;0;3;215;;;;;9;;ggc ;0;290;5;6;29;2;3;-30;0;0;76;;;;;**;;tgc ;0;300;8;9;30;1;10;-31;0;2;379;;;;;2;;gac ;0;310;4;11;31;2;5;-32;0;2;83;;;;;1;;ggc ;0;320;4;4;32;2;5;-33;0;0;182;;;;;**;;tgg ;0;330;5;8;33;2;3;-34;0;0;136;;;;;6;;gta ;0;340;1;8;34;5;5;-35;0;3;23;;;;;8;;gaa ;0;350;3;9;35;2;6;-36;0;0;222;;;;;**;;aag ;0;360;2;8;36;3;3;-37;0;1;39;;;;;12;;gag 1;0;370;4;10;37;0;8;-38;0;2;122;;;;;111;;cag ;1;380;4;4;38;3;3;-39;0;0;106;;;;;**;;cag ;0;390;3;4;39;2;6;-40;1;0;91;;;;;;; 1;1;400;1;6;40;0;4;-41;0;1;451;;;;;;; ;2;reste;16;54;reste;309;795;-42;0;0;45;;;;;;; 12;45;total;346;1385;total;346;1385;-43;0;0;486;;;;;;; 12;43;diagr;328;1322;diagr;35;581;-44;0;1;45;;;;;;; 0;3; t30;14;533;;;;-45;1;0;393;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;CDS 16s;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;319;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;346;;;;;;; ;x;344;4;2;350;;;-49;0;0;485;;;;;;; ;c;1376;303;9;1688;;;-50;0;1;300;;;;;;; ;;;;;2038;154;;reste;1;9;391;;;;;;; ;;;;;;2192;;total;4;303;265;;;;;;; </pre> =====afn autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires_aas|afn autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *contrôlé le 21.7.22 <pre> autres intercalaires;;afn;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;23699;24358;319;*; ;;rRNA;24678;26242;359;*;16s ;;rRNA;26602;29507;228;*;23s ;;rRNA;29736;29852;286;*;5s fin;;CDS;30139;30339;;0; deb;;CDS;35919;36713;105;*; ;;tRNA;36819;36894;105;*;acg fin;;CDS;37000;37914;;; deb;;CDS;56077;57366;346;*; ;;rRNA;57713;59277;359;*;16s ;;rRNA;59637;62543;228;*;23s ;;rRNA;62772;62888;266;*;5s fin;comp;CDS;63155;64390;;0; deb;;CDS;168443;169336;122;*; ;;tRNA;169459;169534;361;*;gcc fin;comp;CDS;169896;170894;;; deb;comp;CDS;181646;182656;89;*; ;comp;misc_b;182746;182986;130;*; fin;comp;CDS;183117;183803;;; deb;comp;CDS;183775;185160;510;*; ;;misc_b;185671;185909;146;*; fin;;CDS;186056;187753;;; deb;;CDS;249164;249595;195;*; ;;tRNA;249791;249867;51;*;agg fin;comp;CDS;249919;250062;;; deb;;CDS;253385;254824;90;*; ;;misc_b;254915;255170;84;*; fin;;CDS;255255;256238;;; deb;comp;CDS;273899;274426;200;*; ;comp;tRNA;274627;274703;188;*;cgt fin;;CDS;274892;276166;;; deb;;CDS;310188;310991;131;*; ;;tRNA;311123;311198;22;*;aca ;;tRNA;311221;311305;5;*;tac ;;tRNA;311311;311386;3;*;atgj ;;tRNA;311390;311465;6;*;acc ;;tRNA;311472;311548;74;*;atgf fin;;CDS;311623;312816;;; deb;;CDS;359181;360227;58;*; ;;regulatory;360286;360394;52;*; fin;;CDS;360447;361625;;; deb;;CDS;378908;379996;485;*; ;;rRNA;380482;382046;251;*;16s ;;rRNA;382298;385204;229;*;23s ;;rRNA;385434;385550;262;*;5s fin;comp;CDS;385813;386838;;; deb;;CDS;414288;416231;246;*; ;;regulatory;416478;416590;98;*; fin;;CDS;416689;417768;;; deb;;CDS;460654;461286;266;*; ;;tRNA;461553;461627;3;*;aac ;;tRNA;461631;461705;8;*;gaa ;;tRNA;461714;461789;50;*;gta ;;tRNA;461840;461916;11;*;cca ;;tRNA;461928;462001;8;*;gga ;;tRNA;462010;462086;145;*;aga fin;;CDS;462232;463230;;; deb;;CDS;466993;468717;232;*; ;;misc_b;468950;469148;36;*; fin;;CDS;469185;471839;;; deb;;CDS;526396;526929;54;*; ;;tRNA;526984;527070;30;*;ctg ;;tRNA;527101;527186;52;*;ctc ;;tRNA;527239;527325;268;*;ctg fin;comp;CDS;527594;528586;;0; deb;comp;CDS;570200;571507;65;*; ;comp;regulatory;571573;571669;209;*; fin;;CDS;571879;575394;;; deb;;CDS;577378;577917;131;*; ;;tRNA;578049;578123;194;*;ggc fin;;CDS;578318;579067;;; deb;;CDS;635289;636683;300;*; ;;rRNA;636984;638548;94;*;16s ;;tRNA;638643;638719;66;*;atc ;;tRNA;638786;638861;273;*;gca ;;rRNA;639135;642040;139;*;23s ;;rRNA;642180;642296;296;*;5s fin;;CDS;642593;643381;;0; deb;;CDS;677296;678177;181;*; ;;misc_f;678359;678410;368;*; fin;;CDS;678779;679798;;; deb;;CDS;711704;712132;96;*; ;;tRNA;712229;712304;18;*;cac ;;tRNA;712323;712398;3;*;caa ;;tRNA;712402;712477;16;*;aaa ;;tRNA;712494;712577;61;*;cta fin;comp;CDS;712639;712809;;0; deb;;CDS;723480;724340;80;*; ;comp;tRNA;724421;724497;134;*;gtc fin;;CDS;724632;725645;;; deb;;CDS;774399;774665;214;*; ;;tRNA;774880;774956;4;*;gac ;;tRNA;774961;775036;8;*;ttc ;;tRNA;775045;775119;9;*;ggc ;;tRNA;775129;775202;13;*;tgc ;;tRNA;775216;775304;111;*;tta fin;;CDS;775416;776684;;; deb;;CDS;796146;796580;73;*; ;;tRNA;796654;796728;159;*;cgg fin;;CDS;796888;797310;;; deb;;CDS;841590;842273;119;*; ;;tRNA;842393;842469;2;*;gac ;;tRNA;842472;842547;8;*;ttc ;;tRNA;842556;842630;9;*;ggc ;;tRNA;842640;842713;127;*;tgc fin;;CDS;842841;843362;;; deb;;CDS;881739;882029;121;*; ;;repeat_reg;882151;886170;278;*; fin;;CDS;886449;887618;;; deb;;CDS;889017;889598;71;*; ;;tRNA;889670;889746;156;*;ccc fin;;CDS;889903;891513;;; deb;;CDS;905286;906077;58;*; ;;tRNA;906136;906210;102;*;aac fin;;CDS;906313;907125;;; deb;;CDS;913707;915986;78;*; ;;regulatory;916065;916164;91;*; fin;;CDS;916256;917077;;; deb;;CDS;947642;948565;32;*; ;;ncRNA;948598;948943;38;*; fin;;CDS;948982;949302;;; deb;comp;CDS;1017827;1018843;92;*; ;;misc_b;1018936;1019130;36;*; fin;;CDS;1019167;1020189;;; deb;;CDS;1020207;1022645;137;*; ;;tRNA;1022783;1022859;2;*;gac ;;tRNA;1022862;1022936;1;*;ggc ;;tRNA;1022938;1023011;112;*;tgg fin;;CDS;1023124;1023423;;; deb;comp;CDS;1111497;1112716;73;*; ;comp;misc_b;1112790;1113035;267;*; fin;;CDS;1113303;1114085;;; deb;;CDS;1305277;1306137;298;*; ;;regulatory;1306436;1306545;70;*; fin;;CDS;1306616;1307653;;; deb;;CDS;1328649;1328930;26;*; ;;tmRNA;1328957;1329305;406;*; fin;comp;CDS;1329712;1332120;;; deb;comp;CDS;1403493;1404494;52;*; ;comp;misc_b;1404547;1404789;111;*; fin;comp;CDS;1404901;1406295;;; deb;comp;CDS;1485384;1487072;59;*; ;comp;misc_b;1487132;1487376;146;*; fin;comp;CDS;1487523;1488698;;; deb;;CDS;1536256;1537929;68;*; ;;regulatory;1537998;1538074;113;*;erreur fin;;CDS;1538188;1539855;;0; deb;;CDS;1553542;1555176;24;*; ;;tRNA;1555201;1555277;393;*;ccg fin;comp;CDS;1555671;1556342;;; deb;comp;CDS;1567689;1567889;21;*; ;comp;tRNA;1567911;1567999;93;*;tca fin;comp;CDS;1568093;1568569;;; deb;;CDS;1612826;1613614;158;*; ;comp;tRNA;1613773;1613863;215;*;agc fin;comp;CDS;1614079;1614846;;0; deb;comp;CDS;1668440;1668919;42;*; ;comp;ncRNA;1668962;1669144;51;*; fin;comp;CDS;1669196;1669855;;0; deb;;CDS;1701767;1702582;76;*; ;;tRNA;1702659;1702744;91;*;ttg fin;comp;CDS;1702836;1703666;;; deb;;CDS;1710214;1711257;512;*; ;comp;rRNA;1711770;1711886;228;*;5s ;comp;rRNA;1712115;1715021;359;*;23s ;comp;rRNA;1715381;1716945;391;*;16s fin;comp;CDS;1717337;1718857;;; deb;comp;CDS;1823002;1823472;379;*; ;comp;tRNA;1823852;1823927;6;*;gta ;comp;tRNA;1823934;1824008;8;*;gaa ;comp;tRNA;1824017;1824092;83;*;aag fin;comp;CDS;1824176;1825210;;; deb;comp;CDS;1907578;1909263;182;*; ;;tRNA;1909446;1909536;53;*;tcc ;;ncRNA;1909590;1909689;115;*; deb;comp;CDS;1909805;1911205;136;*; ;comp;tRNA;1911342;1911429;23;*;tcg fin;comp;CDS;1911453;1911932;;; deb;comp;CDS;1912058;1912981;43;*; ;comp;misc_b;1913025;1913256;130;*; fin;;CDS;1913387;1914049;;; deb;comp;CDS;1973889;1974761;222;*; ;comp;tRNA;1974984;1975058;39;*;atgi fin;comp;CDS;1975098;1976867;;; deb;comp;CDS;1983694;1984659;122;*; ;comp;tRNA;1984782;1984856;12;*;gag ;comp;tRNA;1984869;1984942;111;*;cag ;comp;tRNA;1985054;1985127;106;*;cag fin;comp;CDS;1985234;1985980;;; deb;;CDS;2070538;2072085;193;*; ;comp;rRNA;2072279;2072395;228;*;5s ;comp;rRNA;2072624;2075529;298;*;23s ;comp;tRNA;2075828;2075903;66;*;gca ;comp;tRNA;2075970;2076046;94;*;atc ;comp;rRNA;2076141;2077705;265;*;16s fin;comp;CDS;2077971;2079029;;; deb;;CDS;2147697;2148251;91;*; ;;tRNA;2148343;2148418;70;*;gcg fin;comp;CDS;2148489;2148716;;; deb;comp;CDS;2285667;2286665;451;*; ;comp;tRNA;2287117;2287192;45;*;aaa fin;comp;CDS;2287238;2288464;;; deb;comp;CDS;2301950;2302531;486;*; ;comp;tRNA;2303018;2303094;45;*;gtg fin;comp;CDS;2303140;2303844;;; deb;comp;CDS;2322585;2323169;393;*; ;comp;tRNA;2323563;2323636;196;*;ggg fin;;CDS;2323833;2328641;;0; </pre> ====afn intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_entre_cds|afn intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> afn;23.2.22 Paris;;afn 30.8.20;;;;;;; afn;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquenceffrequence5 ;'''négatif;307;15.1;'''négatif ;-10;14;-1 à -83;'''2 329 769;-1;307 ;'''zéro;11;0.5;;;;;'''intercals;0;11 ;'''1 à 200;1324;65.0;'''0 à 200;66;58;;'''220 467;5;127 ;'''201 à 370;304;14.9;'''201 à 370;267;49;;'''9.5%;10;57 ;'''371 à 600;69;3.4;'''371 à 600;449;59;;;15;164 ;'''601 à max;23;1.1;'''601 à 992;743;108;;;20;87 ;'''total 2038;<201;80.6;'''total 2034;105;133;-83 à 992;;25;65 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquenceffréquence6;cumul et %;intercal;<u>fréquenceffréquence-1;30;47 1555671;2261;-1;307;-70;5;;0;11;35;37 1949615;1154;0;11;-60;3;;-1;°38;40;32 1841522;1130;1;°39;-50;3;;-2;0;45;25 1001677;992;2;27;-40;4;;-3;0;50;28 434858;957;3;20;-30;10;'''min à -1;-4;°130;55;31 865205;922;4;°28;-20;17;307;-5;0;60;29 463581;845;5;13;-10;48;15.1%;-6;1;65;23 1969579;795;6;9;0;228;;-7;6;70;24 1287774;772;7;5;10;184;;-8;°41;75;32 843665;744;8;7;20;251;;-9;1;80;17 1081454;736;9;°20;30;112;;-10;1;85;25 34;721;10;16;40;69;;-11;°19;90;28 1347444;718;11;29;50;53;;-12;0;95;16 2155062;701;12;°46;60;60;;-13;5;100;29 1227328;693;13;30;70;48;;-14;°8;105;20 893831;683;14;22;80;49;;-15;0;110;22 1185969;679;15;°37;90;53;'''1 à 100;-16;3;115;28 1657318;677;16;24;100;45;923;-17;°10;120;22 1282010;667;17;10;110;42;45.3%;-18;0;125;29 872797;649;18;°25;120;50;;-19;2;130;29 1240102;647;19;13;130;58;;-20;°6;135;24 1246797;636;20;15;140;55;;-21;0;140;31 117980;628;21;°21;150;42;;-22;0;145;20 867763;580;22;14;160;41;;-23;°4;150;22 406827;567;23;11;170;38;'''1 à 200;-24;0;155;18 1121221;551;24;°10;180;24;1324;-25;0;160;23 2231462;551;25;9;190;26;65%;-26;4;165;21 901417;550;26;6;200;25;;-27;0;170;17 39288;548;27;°15;210;25;;-28;0;175;11 791634;544;28;10;220;32;;-29;°3;180;13 1481233;542;29;5;230;34;;-30;0;185;8 691218;519;30;°11;240;33;'''0 à 200;-31;2;190;18 1388835;517;31;7;250;18;1335;-32;2;195;16 2163709;515;32;7;260;16;;total;297;200;9 1189403;513;33;5;270;21;;reste;21;205;15 1783994;508;34;°10;280;16;;;318;210;10 1749779;507;35;8;290;11;;;;215;18 847959;503;36;6;300;17;;intercal;<u>fréquencef;220;14 1268481;502;37;8;310;15;;600;2015;225;23 ;;38;6;320;8;;620;;230;11 ;;39;8;330;13;;640;2;235;14 ;;40;4;340;9;'''201 à 370;660;2;240;19 ;;reste;1104;350;12;304;680;3;245;7 ;;total;2038;360;10;14.9%;700;2;250;11 ;;;;370;14;;720;2;255;5 2109623;-113;shift2;425;380;8;;740;2;260;11 598105;-83;comp;;390;7;;760;1;265;7 1667526;-79;shift2;915;400;7;;780;1;270;14 2031132;-74;shift2;614;410;1;;800;1;275;5 935587;-71;shift2;518;420;5;;820;;280;11 2283155;-68;shift2;1952;430;2;;840;;285;8 846262;-67;shift2;132;440;4;;860;1;290;3 1528664;-67;shift2;108;450;4;;880;;295;7 1794682;-59;shift2;1601;460;3;;900;;300;10 808710;-53;shift2;1034;470;1;;920;;305;10 1101239;-50;shift2;2423;480;5;;940;1;310;5 287845;-45;;;490;1;;960;1;315;4 532761;-44;;;500;5;;980;;320;4 50634;-41;;;510;4;;1000;1;325;8 434100;-40;;;520;4;;1020;;330;5 276227;-38;;;530;0;;1040;;335;3 629222;-38;;;540;0;'''371 à 600;1060;;340;6 1090320;-37;;;550;4;69;1080;;345;9 503812;-35;;;560;2;3.4%;1100;;350;3 1225885;-35;;;570;1;;1120;;355;3 1260789;-35;;;580;1;'''601 à max;1140;1;360;7 706234;-32;;;590;0;23;1160;1;365;8 2148489;-32;;;600;0;1.1%;;22;370;6 460032;-31;;;reste;23;;reste;1;reste;92 1743849;-31;;;total;2038;;total;2038;total;2038 </pre> ====afn intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> afn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; 46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; afn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;29;-227;419;16;486;261;max40,140;&-95;712;-1690;137;722;250;min50 31 à 400;;;;;;;2 parties;&9.5;-42;-63;38;904;147;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;75;40;-;303;poly;183;tF;&197;65;;425;poly;297;SF 31 à 400;;;;;;;;&92;36;-;859;dte;45;tm </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.607;-0.017;0.108;;;;;-0.369;;;;;; 1-n;-0.008;-0.467;-0.407;;;;;;;;;14.8.21 paris;; afn;fx;fc;;afn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;afn;Sx-;Sc- 0;2;9;;0;6;7;0;2;9;>0;344;-1;0;38 10;4;180;;10;12;136;1;1;38;<0;4;-2;0;0 20;3;248;;20;9;188;2;2;25;zéro;2;-3;0;0 30;8;104;;30;24;79;3;0;20;total;350;-4;1;129 40;21;48;;40;64;36;4;0;28;;c;-5;0;0 50;15;38;;50;46;29;5;0;13;>0;1376;-6;0;1 60;16;44;;60;49;33;6;0;9;<0;303;-7;0;6 70;5;42;;70;15;32;7;0;5;zéro;9;-8;0;41 80;8;41;;80;24;31;8;0;7;total;1688;-9;0;1 90;8;45;;90;24;34;9;1;19;;;-10;0;1 100;11;34;;100;34;26;10;0;16;total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reste;16;54;;;;;reste;308;796;;;-42;0;0 total;346;1385;;t30;46;402;total;346;1385;;;-43;0;0 diagr;328;1322;;;;;diagr;36;580;;;-44;0;1 - t30;313;790;;;;;;;;;;-45;1;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;reste;1;9 ;;;;;;;;;;;;total;4;303 </pre> ====afn intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_négatifs_S-|afn intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;1;;;;;;1;4 continu;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303 </pre> 14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;4 ;Sc-;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303 </pre> ====afn autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires|afn autres intercalaires]] <pre> afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1; deb;°CDS;23699;319;;;deb;°CDS;635289;300;;;deb;°CDS;1485384;59;comp ;$rRNA;24678;359;;;;$rRNA;636984;94;;;;misc_binding;1487132;146;comp ;$rRNA;26602;228;;;;&tRNA;638643;66;;;fin;°CDS;1487523;;comp ;$rRNA;29736;286;;;;&tRNA;638786;273;;;deb;°CDS;1536256;68; fin;°CDS;30139;;;;;$rRNA;639135;139;;;;regulatory;1537998;113; deb;°CDS;35919;105;;;;$rRNA;642180;296;;;fin;°CDS;1538188;; ;&tRNA;36819;105;;;fin;°CDS;642593;;;;deb;°CDS;1553542;24; fin;°CDS;37000;;;;deb;°CDS;677296;181;;;;&tRNA;1555201;393; deb;°CDS;56077;346;;;;misc_feature;678359;368;;;fin;°CDS;1555671;;comp ;$rRNA;57713;359;;;fin;°CDS;678779;;;;deb;°CDS;1567689;21;comp ;$rRNA;59637;228;;;deb;°CDS;711704;96;;;;&tRNA;1567911;93;comp ;$rRNA;62772;266;;;;&tRNA;712229;18;;;fin;°CDS;1568093;;comp fin;°CDS;63155;;comp;;;&tRNA;712323;3;;;deb;°CDS;1612826;158; deb;°CDS;168443;122;;;;&tRNA;712402;16;;;;&tRNA;1613773;215;comp ;&tRNA;169459;361;;;;&tRNA;712494;61;;;fin;°CDS;1614079;;comp fin;°CDS;169896;;comp;;fin;°CDS;712639;;comp;;deb;°CDS;1668440;42;comp deb;°CDS;181646;89;comp;;deb;°CDS;723480;80;;;;ncRNA;1668962;51;comp ;misc_binding;182746;130;comp;;;&tRNA;724421;134;comp;;fin;°CDS;1669196;;comp fin;°CDS;183117;;comp;;fin;°CDS;724632;;;;deb;°CDS;1701767;76; deb;°CDS;183775;510;comp;;deb;°CDS;774399;214;;;;&tRNA;1702659;91; ;misc_binding;185671;146;;;;&tRNA;774880;4;;;fin;°CDS;1702836;;comp fin;°CDS;186056;;;;;&tRNA;774961;8;;;deb;°CDS;1710214;512; deb;°CDS;249164;195;;;;&tRNA;775045;9;;;;$rRNA;1711770;228;comp ;&tRNA;249791;51;;;;&tRNA;775129;13;;;;$rRNA;1712115;359;comp fin;°CDS;249919;;comp;;;&tRNA;775216;111;;;;$rRNA;1715381;391;comp deb;°CDS;253385;90;;;fin;°CDS;775416;;;;fin;°CDS;1717337;;comp ;misc_binding;254915;84;;;deb;°CDS;796146;73;;;deb;°CDS;1823002;379;comp fin;°CDS;255255;;;;;&tRNA;796654;159;;;;&tRNA;1823852;6;comp deb;°CDS;273899;200;comp;;fin;°CDS;796888;;;;;&tRNA;1823934;8;comp ;&tRNA;274627;188;comp;;deb;°CDS;841590;119;;;;&tRNA;1824017;83;comp fin;°CDS;274892;;;;;&tRNA;842393;2;;;fin;°CDS;1824176;;comp deb;°CDS;310188;131;;;;&tRNA;842472;8;;;deb;°CDS;1907578;182;comp ;&tRNA;311123;22;;;;&tRNA;842556;9;;;;&tRNA;1909446;53;comp ;&tRNA;311221;5;;;;&tRNA;842640;127;;;;ncRNA;1909590;115; ;&tRNA;311311;3;;;fin;°CDS;842841;;;;deb;°CDS;1909805;136; ;&tRNA;311390;6;;;deb;°CDS;881739;121;;;;&tRNA;1911342;23; ;&tRNA;311472;74;;;;repeat_region;882151;278;;;fin;°CDS;1911453;; fin;°CDS;311623;;;;fin;°CDS;886449;;;;deb;°CDS;1912058;43;comp deb;°CDS;359181;58;;;deb;°CDS;889017;71;;;;misc_binding;1913025;130;comp ;regulatory;360286;52;;;;&tRNA;889670;156;;;fin;°CDS;1913387;; fin;°CDS;360447;;;;fin;°CDS;889903;;;;deb;°CDS;1973889;222;comp deb;°CDS;378908;485;;;deb;°CDS;905286;58;;;;&tRNA;1974984;39;comp ;$rRNA;380482;251;;;;&tRNA;906136;102;;;fin;°CDS;1975098;;comp ;$rRNA;382298;229;;;fin;°CDS;906313;;;;deb;°CDS;1983694;122;comp ;$rRNA;385434;262;;;deb;°CDS;913707;78;;;;&tRNA;1984782;12;comp fin;°CDS;385813;;comp;;;regulatory;916065;91;;;;&tRNA;1984869;111;comp deb;°CDS;414288;246;;;fin;°CDS;916256;;;;;&tRNA;1985054;106;comp ;regulatory;416478;98;;;deb;°CDS;947642;32;;;fin;°CDS;1985234;;comp fin;°CDS;416689;;;;;ncRNA;948598;38;;;deb;°CDS;2070538;193; deb;°CDS;460654;266;;;fin;°CDS;948982;;;;;$rRNA;2072279;228;comp ;&tRNA;461553;3;;;deb;°CDS;1017827;92;comp;;;$rRNA;2072624;298;comp ;&tRNA;461631;8;;;;misc_binding;1018936;36;;;;&tRNA;2075828;66;comp ;&tRNA;461714;50;;;fin;°CDS;1019167;;;;;&tRNA;2075970;94;comp ;&tRNA;461840;11;;;deb;°CDS;1020207;137;;;;$rRNA;2076141;265;comp ;&tRNA;461928;8;;;;&tRNA;1022783;2;;;fin;°CDS;2077971;;comp ;&tRNA;462010;145;;;;&tRNA;1022862;1;;;deb;°CDS;2147697;91; fin;°CDS;462232;;;;;&tRNA;1022938;112;;;;&tRNA;2148343;70; deb;°CDS;466993;232;;;fin;°CDS;1023124;;;;fin;°CDS;2148489;;comp ;misc_binding;468950;36;;;deb;°CDS;1111497;73;comp;;deb;°CDS;2285667;451;comp fin;°CDS;469185;;;;;misc_binding;1112790;267;comp;;;&tRNA;2287117;45;comp deb;°CDS;526396;54;;;fin;°CDS;1113303;;;;fin;°CDS;2287238;;comp ;&tRNA;526984;30;;;deb;°CDS;1305277;298;;;deb;°CDS;2301950;486;comp ;&tRNA;527101;52;;;;regulatory;1306436;70;;;;&tRNA;2303018;45;comp ;&tRNA;527239;268;;;fin;°CDS;1306616;;;;fin;°CDS;2303140;;comp fin;°CDS;527594;;comp;;deb;°CDS;1328649;26;;;deb;°CDS;2322585;393;comp deb;°CDS;570200;65;comp;;;tmRNA;1328957;406;;;;&tRNA;2323563;196;comp ;regulatory;571573;209;comp;;fin;°CDS;1329712;;comp;;fin;°CDS;2323833;; fin;°CDS;571879;;;;deb;°CDS;1403493;52;comp;;;;;; deb;°CDS;577378;131;;;;misc_binding;1404547;111;comp;;;;;; ;&tRNA;578049;194;;;fin;°CDS;1404901;;comp;;;;;; fin;°CDS;578318;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====afn intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_tRNA|afn intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;105;;105;;21;23;deb; ;;;122;comp’;361;;24;39;<201;20 ;;;195;comp’;51;;54;45;total;25 ;3 8 50 11 8;;200;comp’;188;;58;70;%;80% ;;;131;;145;;71;83;; ;30 52;;54;comp’;268;;73;93;fin; ;;;131;;194;;76;102;<201;17 ;18 3 16;;96;comp’;61;;91;105;total;18 ;;comp’;80;comp’;134;;96;106;%;94% ;4 8 9 13;;214;;111;;105;111;; ;;;73;;159;;119;112;total; ;2 8 9;;119;;127;;122;127;<201;37 ;;;71;;156;;122;145;total;43 ;;;58;;102;;131;156;%;86% ;2 1;;137;;112;;131;159;; ;;;24;comp’;393;;136;194;; ;;;21;;93;;137;196;; ;;comp’;158;;215;;182;215;; ;;;76;comp’;91;;195;;; ;6 8;;379;;83;;200;;; ;;;182;;;;214;;; ;;;136;;23;;222;;; ;;;222;;39;;379;;; ;12 111;;122;;106;;393;;; ;;;91;comp’;70;;451;;comp’;cumuls ;;;451;;45;;80;51;deb;2 ;;;393;comp’;196;;158;61;<201;100% ;;;;;;;;91;fin; ;;;;;;;;134;<201;5 ;deb;fin;total;;;;;188;total;8 <201;22;22;44;;;;;268;%;63% total;27;26;53;;;;;361;total;10 taux;81%;85%;83%;;;;;393;<201;70% </pre> ====afn par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_par_rapport_au_groupe_de_référence|afn par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;11;3;2;;;;16; 16;moyen;5;12;;;;4;21; 14;fort;4;19;;;;;23; ; ;20;34;2;;;4;60; 10;g+cga;6;2;2;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;3;1;;;;;4; 5;autres;;;;;;;; ;;11;3;2;;;;16; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;183;50;33;;;;267;26 16;moyen;83;200;0;;;67;350;324 14;fort;67;317;0;;;;383;650 ; ;333;567;33;;;67;60;729 10;g+cgg;100;33;33;;;;167;10 2;agg+cga;33;;;;;;33; 4;carre ccc;50;17;;;;;67;16 5;autres;;;;;;;; ;;183;50;33;;;;267; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;afn;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;196;54;36;286;26;55;9; 16;moyen;89;214;;304;324;25;35; 14;fort;71;339;;411;650;20;56; ; ;357;607;36;56;729;20;34; 10;g+cgg;107;36;36;179;10;55;; 2;agg+cga;36;;;36;;18;; 4;carre ccc;54;18;;71;16;27;; 5;autres;;;;;;;; ;;196;54;36;286;;11;; </pre> ===negativicutes, estimation des -rRNAs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes,_estimation_des_-rRNAs|negativicutes, estimation des -rRNAs]] <pre> negativicutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 9 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;9;149; ; ;;indices;;;;9;1656;0;0;;neg1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;56 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;33;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;2;tac;4;tgc;2;;ttc;67;tcc;22;tac;44;tgc;22;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;18;acc;;aac;11;agc;3;;atc;200;acc;;aac;122;agc;33;;atc;;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;6;;ctc;22;ccc;;cac;56;cgt;67;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;78;ggc;33;;gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4 tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;44;tca;11;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;56;aaa;56;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;2;caa;6;cga;;;cta;11;cca;22;caa;67;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;7;gca;21;gaa;6;gga;4;;gta;78;gca;233;gaa;67;gga;44;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;6;;ttg;22;tcg;;tag;;tgg;67;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;11;aag;22;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;22;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;69;;75;;5;149;;;;767;;833;;56;1656;;;;16;;24;;16;56 11.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;22.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;9;571;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;5600 atgi;78;tct;;tat;;atgf;133;;atgi;89;tct;;tat;;atgf;167;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;89;tac;133;tgc;122;;ttc;189;tcc;111;tac;178;tgc;144;;ttc;200;tcc;100;tac;100;tgc;200 atc;-11;acc;122;aac;167;agc;89;;atc;189;acc;122;aac;289;agc;122;;atc;;acc;100;aac;200;agc;100 ctc;100;ccc;78;cac;56;cgt;111;;ctc;122;ccc;78;cac;111;cgt;178;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100 gtc;89;gcc;78;gac;189;ggc;333;;gtc;89;gcc;78;gac;267;ggc;367;;gtc;100;gcc;100;gac;300;ggc;400 tta;78;tca;100;taa;;tga;11;;tta;122;tca;111;taa;;tga;11;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;;aca;89;aaa;167;aga;100;;ata;;aca;144;aaa;222;aga;100;;ata;;aca;100;aaa;200;aga;100 cta;89;cca;100;caa;78;cga;22;;cta;100;cca;122;caa;144;cga;22;;cta;100;cca;100;caa;100;cga; gta;189;gca;0;gaa;211;gga;67;;gta;267;gca;233;gaa;278;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;200;gga;100 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;78;;ttg;122;tcg;100;tag;;tgg;144;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;122;acg;89;aag;89;agg;100;;atgj;133;acg;100;aag;111;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;89;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;111;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;200;ccg;100;cag;200;cgg;100 gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1300;;2089;;1300;4689;;;;2067;;2922;;1356;6344;;;;1600;;2400;;1600;5600 rapports;;63;;71;;96;74;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;88;tct;;tat;;atgf;80;;fiches;50.667;;;fréquences;;;;;atgi;22;tct;;tat;;atgf;25 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;456;;;0/0;2;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;152;;;10;11;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;9;;;20;13;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;65;tcc;80;tac;75;tgc;85;;;;;;30;9;;;;ttc;39;tcc;11;tac;25;tgc;39 atc;-6;acc;100;aac;58;agc;73;;neg1;56;;;40;5;;;;atc;100;acc;18;aac;17;agc;11 ctc;82;ccc;100;cac;50;cgt;63;;sans;56;;;50;3;41;;;ctc;0;ccc;22;cac;44;cgt;10 gtc;100;gcc;100;gac;71;ggc;91;;avec;4;;;60;2;;;;gtc;11;gcc;22;gac;37;ggc;17 tta;64;tca;90;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;22;tca;0;taa;;tga;100 ata;;aca;62;aaa;75;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;11;aaa;17;aga;0 cta;89;cca;82;caa;54;cga;100;;L’estimation par nega;;;;90;0;;;;cta;11;cca;0;caa;22;cga;100 gta;71;gca;0;gaa;76;gga;60;;est 10% au dessus;;;;100;3;;;;gta;6;gca;;gaa;5;gga;33 ttg;82;tcg;100;tag;;tgg;54;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;0;tag;;tgg;22 atgj;92;acg;89;aag;80;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;18;acg;11;aag;11;agg;0 ctg;80;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;56;ccg;22;cag;39;cgg;0 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;56;gcg;44;gag;44;ggg;11 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;275;;263;;294;832 </pre> ===clostridia synthèse=== ====clostridia distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_génome|clostridia distribution par génome]] <pre> clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total psor;12;5;4;72;;7;;4;104 cdc;4;4;2;70;;3;;;83 cdc8;4;5;2;89;;4;;4;108 cbc*;36;10;;0;;0;;6;52 cbn;52;12;2;6;3;4;;7;86 cle;40;19;;26;3;9;;8;105 hmo;37;12;;39;;11;;10;109 cbei;63;11;3;0;;4;;12;93 ;;;;;;;;; total;248;78;13;302;6;42;0;51;740 </pre> ====clostridia distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_du_total|clostridia distribution du total]] <pre> clos8;;;;;;;628;;;;;;;;;57;;;;;;;;;55 atgi;10;tct;;tat;;atgf;22;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;1;acc;1;aac;7;agc;1;;atc;11;acc;;aac;5;agc; ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;4;;gtc;;gcc;5;gac;;ggc; tta;22;tca;19;taa;;tga;3;;tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;;aga; cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;41;gca;;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;5;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;26;gaa;;gga;5 ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;11;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;248;78;13;302;6;42;740;;;;;;51;6;;57;;total;8;;13;;;42;55 ;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;;;;;;;;; </pre> ====clostridia distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_type|clostridia distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> clos8;;;;;;;628;;clos8;1208;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302 atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11 att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;1;tcc;6;tac;;tgc;1;;ttc;6;tcc;;tac;10;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;12;tcc;1;tac;13;tgc;10 atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;;acc;3;aac;1;agc;3;;atc;;acc;3;aac;5;agc;5;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;3;acc;3;aac;16;agc;5 ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;8;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;2;cac;8;cgt;7 gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;15;ggc;11;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;17;ggc;9 tta;22;tca;19;taa;0;tga;3;;tta;;tca;1;taa;;tga;3;;tta;11;tca;6;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;11;tca;10;taa;;tga; ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;1;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;15;aaa;14;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;13;aaa;17;aga;14 cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;5;cca;4;caa;;cga;1;;cta;6;cca;10;caa;8;cga;3;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;11;caa;14;cga; gta;41;gca;0;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;13;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;21;gca;;gaa;19;gga;15 ttg;9;tcg;2;tag;0;tgg;11;;ttg;8;tcg;2;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4 atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;4;aag;1;agg;5;;atgj;10;acg;;aag;5;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;13;acg;;aag;;agg; ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;3;ccg;1;cag;3;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;1;gag;3;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;248;78;13;302;6;42;740;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====clostridia par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_par_rapport_au_groupe_de_référence|clostridia par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;31;19;2;6;2;5;65; 16;moyen;36;66;4;101;20;42;269; 14;fort;11;155;2;195;29;14;406; ; ;78;240;8;302;51;61;740; 10;g+cga;16;13;;2;;;31; 2;agg+cgg;5;2;;;1;;8; 4;carre ccc;4;4;;4;1;5;13; 5;autres;6;;2;;;;8; ;;31;19;2;6;2;5;65; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;42;26;3;8;3;7;88;26 16;moyen;49;89;5;136;27;57;364;324 14;fort;15;209;3;264;39;19;549;650 ; ;105;324;11;408;69;82;740;729 10;g+cga;22;18;;3;;;42;10 2;agg+cgg;7;3;;;1;;11; 4;carre ccc;5;5;;5;1;7;18;16 5;autres;8;0;3;0;;;11; ;;42;26;3;8;3;7;88; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;95;58;6;160;26;40;8; 16;moyen;110;202;12;325;324;46;28; 14;fort;34;475;6;515;650;14;65; ; ;239;736;25;326;729;78;240; 10;g+cga;49;40;;89;10;52;; 2;agg+cgg;15;6;;21;;16;; 4;carre ccc;12;12;;25;16;13;; 5;autres;18;;6;25;;19;; ;;95;58;6;160;;31;; </pre> ====clostridia, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia,_estimation_des_-rRNAs|clostridia, estimation des -rRNAs]] <pre> clostridia;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 43 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;43;856; ; ;;indices;;;;43;1991;;;;clos8;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;326 atgi;29;tct;;tat;;atgf;30;;atgi;67;tct;;tat;;atgf;70;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;1 ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;44;tcc;1;tac;26;tgc;16;;ttc;102;tcc;2.3;tac;60;tgc;37;;ttc;7;tcc;6;tac;10;tgc;6 atc;72;acc;10;aac;64;agc;11;;atc;167;acc;23;aac;149;agc;26;;atc;;acc;6;aac;6;agc;8 ctc;2;ccc;3;cac;12;cgt;8;;ctc;4.7;ccc;7.0;cac;28;cgt;19;;ctc;3;ccc;2;cac;8;cgt;4 gtc;4;gcc;12;gac;40;ggc;23;;gtc;9.3;gcc;28;gac;93;ggc;53;;gtc;2;gcc;1;gac;15;ggc;11 tta;19;tca;13;taa;;tga;;;tta;44;tca;30;taa;;tga;;;tta;11;tca;9;taa;;tga;3 ata;;aca;29;aaa;48;aga;21;;ata;;aca;67;aaa;112;aga;49;;ata;1;aca;17;aaa;14;aga;10 cta;18;cca;17;caa;25;cga;1;;cta;42;cca;40;caa;58;cga;2.3;;cta;11;cca;14;caa;8;cga;4 gta;38;gca;92;gaa;45;gga;31;;gta;88;gca;214;gaa;105;gga;72;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;14 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;9;;ttg;;tcg;2.3;tag;;tgg;21;;ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;7 atgj;18;acg;3;aag;2;agg;1;;atgj;42;acg;7.0;aag;4.7;agg;2.3;;atgj;10;acg;4;aag;6;agg;6 ctg;5;ccg;2;cag;1;cgg;3;;ctg;12;ccg;4.7;cag;2.3;cgg;7.0;;ctg;4;ccg;1;cag;4;cgg;1 gtg;1;gcg;;gag;4;ggg;2;;gtg;2.3;gcg;;gag;9.3;ggg;4.7;;gtg;1;gcg;1;gag;3;ggg;3 ;;346;;468;;42;856;;;;805;;1088;;98;1991;;;;107;;168;;51;326 27.5.20 Tanger;;;;clos;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;clos8;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;11144;4.0;0.6;;indices;sans +16s;;;174;11144;4.0;0.6;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;92;tct;1.1;tat;;atgf;117;;atgi;159;tct;1.1;tat;;atgf;187;;atgi;13;tct;;tat;;atgf;138 att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;;act;;aat;;agt;13 ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;38;cct;;cat;;cgc; gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;104;tcc;101;tac;127;tgc;114;;ttc;206;tcc;103;tac;187;tgc;151;;ttc;88;tcc;75;tac;125;tgc;75 atc;-15;acc;79;aac;99;agc;107;;atc;152;acc;102;aac;248;agc;133;;atc;;acc;75;aac;75;agc;100 ctc;76;ccc;55;cac;112;cgt;97;;ctc;81;ccc;62;cac;140;cgt;116;;ctc;38;ccc;25;cac;100;cgt;50 gtc;44;gcc;33;gac;149;ggc;167;;gtc;53;gcc;61;gac;242;ggc;220;;gtc;25;gcc;13;gac;188;ggc;138 tta;128;tca;112;taa;1.1;tga;55;;tta;172;tca;142;taa;1.1;tga;55;;tta;138;tca;113;taa;;tga;38 ata;2.9;aca;151;aaa;159;aga;125;;ata;2.9;aca;218;aaa;271;aga;174;;ata;13;aca;213;aaa;175;aga;125 cta;106;cca;123;caa;98;cga;46;;cta;148;cca;163;caa;156;cga;48;;cta;138;cca;175;caa;100;cga;50 gta;198;gca;5;gaa;134;gga;171;;gta;286;gca;219;gaa;239;gga;243;;gta;250;gca;;gaa;213;gga;175 ttg;108;tcg;81;tag;2.3;tgg;99;;ttg;108;tcg;83;tag;2.3;tgg;120;;ttg;113;tcg;25;tag;;tgg;88 atgj;90;acg;70;aag;115;agg;94;;atgj;132;acg;77;aag;120;agg;96;;atgj;125;acg;50;aag;75;agg;75 ctg;64;ccg;59;cag;75;cgg;53;;ctg;76;ccg;64;cag;77;cgg;60;;ctg;50;ccg;13;cag;50;cgg;13 gtg;32;gcg;35;gag;74;ggg;65;;gtg;34;gcg;35;gag;83;ggg;70;;gtg;13;gcg;13;gag;38;ggg;38 ;;1426;;1894;;1080;4400;;;;2231;;2982;;1177;6390;;;;1325;;2100;;638;4063 rapports;;64;;64;;92;69;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;58;tct;;tat;;atgf;63;;fiches;47.674;;;fréquences;;;;;atgi;86;tct;100;tat;;atgf;15 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2050;;;0/0;;;;;att;100;act;;aat;;agt;95 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;888;;;10;11;;;;ctt;59;cct;100;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;43;;;20;6;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt; ttc;50;tcc;98;tac;68;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;16;tcc;26;tac;1;tgc;34 atc;-10;acc;77;aac;40;agc;81;;clos8;40.75;;;40;5;;;;atc;100;acc;5;aac;24;agc;7 ctc;94;ccc;89;cac;80;cgt;84;;sans;326;;;50;4;36;;;ctc;51;ccc;55;cac;11;cgt;49 gtc;82;gcc;54;gac;62;ggc;76;;avec;752;;;60;3;;;;gtc;43;gcc;62;gac;21;ggc;17 tta;74;tca;79;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;4;;;;tta;7;tca;1;taa;100;tga;32 ata;100;aca;69;aaa;59;aga;72;;;;;;80;3;;;;ata;77;aca;29;aaa;9;aga;0 cta;72;cca;75.7;caa;63;cga;95;;L’estimation par clos8;;;;90;1;;;;cta;23;cca;29;caa;2;cga;9 gta;69;gca;2;gaa;56;gga;70;;est 15 % en dessous;;;;100;2;;;;gta;21;gca;100;gaa;37;gga;2 ttg;100;tcg;97;tag;;tgg;83;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;4;tcg;69;tag;100;tgg;12 atgj;68;acg;91;aag;96;agg;98;;43;;100;;;49;;;;atgj;28;acg;29;aag;35;agg;20 ctg;85;ccg;93;cag;97;cgg;88;;atc;59;152;;;;;;;ctg;22;ccg;79;cag;33;cgg;76 gtg;93;gcg;100;gag;89;ggg;93;;gca;73;219;;;;;;;gtg;61;gcg;64;gag;49;ggg;43 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;265;;272;;944;1481 </pre> ==gamma== ===Shewanella=== ====spl opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_opérons|spl opérons]] <pre> 39.1%GC;30.6.19 Paris;16s 11;147;doubles;intercalaires ;Shewanella pealeana;;;; ;45136..46685;;16s;@1;339 ;47025..49946;;23s;;112 ;50059..50174;;5s;; ;;;;; ;51490..53039;;16s;;339 ;53379..56298;;23s;;114 ;56413..56528;;5s;; ;;;;; ;182271..183820;;16s;@2;71 ;183892..183968;;atc;;65 ;184034..184109;;gca;;364 ;184474..187395;;23s;;112 ;187508..187623;;5s;;100 ;187724..187800;;gac;; ;;;;; ;191614..191689;;aca;;8 ;191698..191782;;tac;;35 ;191818..191891;;gga;; ;;;;; ;235182..236731;;16s;;374 ;237106..240025;;23s;;114 ;240140..240255;;5s;; ;;;;; ;243631..245180;;16s;;338 ;245519..248440;;23s;;113 ;248554..248669;;5s;;68 ;248738..248813;;acc;;17 ;248831..248946;;5s;; ;;;;; ;416766..416842;;cgg;;39 ;416882..416957;;cac;;41 ;416999..417075;;cca;+;58 ;417134..417210;;cca;2 cca; ;;;;; ;493711..495260;;16s;;339 ;495600..498519;;23s;;114 ;498634..498749;;5s;; ;;;;; ;641376..641466;;tca;@3;1172 ;642639..642729;;tca;; ;;;;; ;645847..647396;;16s;;71 ;647468..647544;;atc;;65 ;647610..647685;;gca;;329 ;648015..650937;;23s;;156 ;651094..651209;;5s;; ;;;;; ;728115..728199;;ttg;; ;;;;; comp;1168942..1169018;;atgi;; ;;;;; comp;1339706..1339781;;aca;+;52 comp;1339834..1339909;;ttc;2 ttc;539 comp;1340449..1340524;;aca;2 aca;52 comp;1340577..1340652;;ttc;; ;;;;; comp;1342467..1342542;;aca;;52 comp;1342595..1342670;;ttc;; ;;;;; ;1456724..1456815;;agc;;21 ;1456837..1456913;;cgt;+;30 ;1456944..1457020;;cgt;7 cgt;32 ;1457053..1457129;;cgt;3 agc;30 ;1457160..1457236;;cgt;;33 ;1457270..1457346;;cgt;;9 ;1457356..1457447;;agc;;76 ;1457524..1457600;;cgt;;35 ;1457636..1457712;;cgt;;9 ;1457722..1457813;;agc;; ;;;;; comp;1627363..1627438;;agg;; ;;;;; comp;1770483..1770558;;gta;+;37 comp;1770596..1770671;;gta;11 gta;37 comp;1770709..1770784;;gta;;37 comp;1770822..1770897;;gta;;37 comp;1770935..1771010;;gta;;37 comp;1771048..1771123;;gta;;37 comp;1771161..1771236;;gta;;37 comp;1771274..1771349;;gta;;37 comp;1771387..1771462;;gta;;37 comp;1771500..1771575;;gta;;39 comp;1771615..1771690;;gta;; ;;;;; ;1773910..1773985;;gcc;+;80 ;1774066..1774141;;gaa;13 gaa;102 ;1774244..1774319;;gaa;2 gcc;102 ;1774422..1774497;;gaa;;102 ;1774600..1774675;;gaa;;102 ;1774778..1774853;;gaa;;102 ;1774956..1775031;;gaa;;102 ;1775134..1775209;;gaa;;102 ;1775312..1775387;;gaa;;253 ;1775641..1775716;;gaa;;102 ;1775819..1775894;;gaa;;102 ;1775997..1776072;;gaa;;102 ;1776175..1776250;;gaa;;102 ;1776353..1776428;;gaa;;47 ;1776476..1776551;;gcc;; ;;;;; ;2081297..2082846;;16s;;338 ;2083185..2086104;;23s;;114 ;2086219..2086334;;5s;; ;;;;; comp;2143274..2143350;;ccc;; ;;;;; comp;2366164..2366240;;atgf;+;40 comp;2366281..2366357;;atgf;4 atgf;40 comp;2366398..2366474;;atgf;;40 comp;2366515..2366591;;atgf;; ;;;;; ;2376218..2376308;;tca;; ;;;;; ;2379767..2379842;;ggc;;13 ;2379856..2379929;;tgc;;85 ;2380015..2380100;;tta;; ;;;;; ;2550857..2550932;;ggc;;13 ;2550946..2551019;;tgc;+;95 ;2551115..2551200;;tta;3 tgc;634 ;2551835..2551908;;tgc;3 tta;95 ;2552004..2552089;;tta;;479 ;2552569..2552642;;tgc;;132 ;2552775..2552860;;tta;; ;;;;; ;2558019..2558109;;tca;; ;;;;; comp;2717566..2717655;;tcc;; ;;;;; comp;2759730..2759806;;atgf;+;189 comp;2759996..2760072;;atgf;4 atgf;45 comp;2760118..2760194;;gtc;2 gtc;2 comp;2760197..2760273;;atgf;;35 comp;2760309..2760385;;gtc;;13 comp;2760399..2760475;;atgf;; ;;;;; ;2858823..2858907;;tac;+;30 ;2858938..2859022;;tac;5 tac;85 ;2859108..2859192;;tac;;107 ;2859300..2859384;;tac;;107 ;2859492..2859576;;tac;; ;;;;; ;2866268..2866343;;aac;+;45 ;2866389..2866464;;aac;7aac;41 ;2866506..2866581;;aac;;26 ;2866608..2866683;;aac;;32 ;2866716..2866791;;aac;;33 ;2866825..2866900;;aac;;40 ;2866941..2867016;;aac;; ;;;;; comp;2929429..2929505;;gac;+;97 comp;2929603..2929679;;gac;4 gac;97 comp;2929777..2929853;;gac;;83 comp;2929937..2930013;;gac;; ;;;;; comp;3120289..3120364;;aaa;+;58 comp;3120423..3120498;;aaa;12 aaa;58 comp;3120557..3120632;;aaa;;58 comp;3120691..3120766;;aaa;;59 comp;3120826..3120901;;aaa;;57 comp;3120959..3121034;;aaa;;58 comp;3121093..3121168;;aaa;;58 comp;3121227..3121302;;aaa;;59 comp;3121362..3121437;;aaa;;58 comp;3121496..3121571;;aaa;;59 comp;3121631..3121706;;aaa;;59 comp;3121766..3121841;;aaa;; ;;;;; comp;3269860..3269935;;cac;;8 comp;3269944..3270020;;aga;;63 comp;3270084..3270160;;cca;; ;;;;; comp;3757983..3758059;;atgf;; comp;3758163..3758249;;ctc;; ;;;;; comp;3835257..3835331;;caa;+;51 comp;3835383..3835467;;cta;5 caa;131 comp;3835599..3835673;;caa;5 cta;20 comp;3835694..3835778;;cta;3 atg;96 comp;3835875..3835949;;caa;;49 comp;3835999..3836083;;cta;;211 comp;3836295..3836371;;atg;;5 comp;3836377..3836451;;caa;;47 comp;3836499..3836583;;cta;;55 comp;3836639..3836715;;atg;;5 comp;3836721..3836795;;caa;;47 comp;3836843..3836927;;cta;;55 comp;3836983..3837059;;atg;; ;;;;; comp;3862885..3862961;;tgg;+;167 comp;3863129..3863205;;tgg;2 tgg; ;;;;; comp;3867049..3867164;;5s;;114 comp;3867279..3870198;;23s;;338 comp;3870537..3872086;;16s;; ;;;;; ;3882154..3882229;;ttc;; ;;;;; comp;4331488..4331563;;ggc;+;130 comp;4331694..4331769;;ggc;6 ggc;47 comp;4331817..4331892;;ggc;;162 comp;4332055..4332130;;ggc;;16 comp;4332147..4332222;;ggc;;48 comp;4332271..4332346;;ggc;; ;;;;; comp;4616881..4616996;;5s;;112 comp;4617109..4620030;;23s;;364 comp;4620395..4620470;;gca;;65 comp;4620536..4620612;;atc;;71 comp;4620684..4622233;;16s;; ;;;;; comp;5129770..5129846;;gac;;100 comp;5129947..5130062;;5s;;115 comp;5130178..5133097;;23s; ;339 comp;5133437..5134986;;16s;; </pre> ====spl cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_cumuls|spl cumuls]] <pre> spl cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;0;;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;6;20;12;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;27;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;2;60;28;;150;;60;;400; ;max a;3;80;3;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;8;;250;;100;;600; ;spéciaux;0;120;13;;300;;120;;700; ;total aas;9;140;3;;350;;140;;800; sans ;opérons;29;160;0;;400;;160;;900; ;1 aa;8;180;2;;450;;180;;1000; ;max a;15;200;1;;500;;200;;1100; ;a doubles;15;;6;;;;;;; ;total aas;133;;103;;;0;;0;;0 total aas;;142;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;88;;;;;;; ;;;variance;143;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;58;;;;;;; ;;;variance;35;;;;;;; </pre> ====spl blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_blocs|spl blocs]] <pre> spl blocs;;;;;;; 16s;339;339;374;339;338;338; 23s;112;114;114;114;114;114; 5s;;;;;;; ;;;;;;; 16s;71;71;71;16s;338;16s;339 atc;65;65;65;23s;113;23s;115 gca;364;329;364;5s;68;5s;100 23s;112;156;112;acc;17;gac; 5s;100;;;5s;;; gac;;;;;;; </pre> ====spl distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_distribution|spl distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;2 gac;ttc;3;tcc;;tac;;tgc;4;cca2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;cca2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;3;tac5;atc;;acc;;aac;7;agc;;tac5;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;7;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;séquences;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;8;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;(aca ttc)2;tta;4;tca;;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;2;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;(tgc tta)3;ata;;aca;4;aaa;;aga;1;gaa13;ata;;aca;;aaa;12;aga;;gaa13;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;(atf gtc)2;cta;5;cca;1;caa;5;cga;;atgf4+2;cta;;cca;2;caa;;cga;;atgf4+2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;(caa cta atgj)3 ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;cgt5+2;gta;11;gca;;gaa;13;gga;;cgt5+2;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;ou;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;1;(caa cta)5;atgj;3;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total spl;;8;;;;;8;;spl;46;;;;;;46;;spl;79;;;;;;79;;spl;;;;3;;;3 </pre> ====spl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_données_intercalaires|spl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;5s CDS;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;spl;fx;fc;spl;fx40;fc40;spl;x-;c-;c;x;c;x;;c;x;;c;x; 1;0;0;1;17;0;1;17;-1;;126;606;234;16s 23s;;;tRNA tRNA;;suite;tRNA tRNA;;suite ;0;10;8;284;1;0;46;-2;2;0;195;236;4* 349;;;37;;gta;45;;aac ;0;20;19;193;2;0;53;-3;;0;155;320;384;;;37;;gta;41;;aac ;0;30;13;120;3;1;29;-4;5;136;789;-23;3* 348;;;37;;gta;26;;aac 1;0;40;29;86;4;0;22;-5;;0;695;286;5s CDS;;;37;;gta;32;;aac ;0;50;17;74;5;1;16;-6;;0;220;330;703;339;;37;;gta;33;;aac ;0;60;39;80;6;2;13;-7;;10;441;117;727;454;;37;;gta;40;;aac ;0;70;50;72;7;2;14;-8;2;46;913;500;;768;;37;;gta;**;;aac ;0;80;68;100;8;1;29;-9;;0;1058;545;;304;;37;;gta;97;;gac ;1;90;53;92;9;1;29;-10;;8;581;34;;454;;37;;gta;97;;gac 1;0;100;56;90;10;0;33;-11;;28;176;705;;798;;39;;gta;83;;gac ;1;110;38;64;11;2;27;-12;;0;257;977;16s tRNA;;;**;;gta;**;;gac 1;2;120;54;73;12;1;35;-13;;5;104;136;3* 74;;atc;80;;gcc;58;;aaa ;1;130;44;84;13;3;20;-14;;15;134;383;tRNA 23s;;;102;;gaa;58;;aaa 1;1;140;26;56;14;1;29;-15;1;0;455;254;371;;gca;102;;gaa;58;;aaa ;0;150;27;51;15;5;15;-16;;3;216;545;336;;gca;102;;gaa;59;;aaa ;4;160;30;52;16;0;10;-17;1;8;152;184;371;;gca;102;;gaa;57;;aaa ;1;170;31;49;17;3;13;-18;;0;530;98;5s tRNA;;;102;;gaa;58;;aaa ;3;180;36;53;18;2;20;-19;;1;595;291;100;;gac;102;;gaa;58;;aaa 2;1;190;24;43;19;1;14;-20;;7;89;1011;68;;acc;102;;gaa;59;;aaa ;3;200;34;36;20;1;10;-21;;0;178;465;100;;gac;253;;gaa;58;;aaa ;0;210;24;37;21;2;12;-22;;0;192;289;tRNA 5s;;;102;;gaa;59;;aaa ;2;220;25;39;22;1;12;-23;;4;353;187;17;;acc;102;;gaa;59;;aaa ;0;230;25;33;23;0;13;-24;;0;315;;tRNA tRNA;;intra;102;;gaa;**;;aaa 2;0;240;27;32;24;4;19;-25;;0;187;;3* 65;;atc gca;102;;gaa;8;;cac ;0;250;23;25;25;3;3;-26;;2;572;;tRNA tRNA;;;47;;gaa;63;;aga 1;2;260;22;30;26;0;9;-27;;0;124;;8;;aca;**;;gcc;**;;cca ;0;270;23;31;27;2;21;-28;;1;830;;35;;tac;40;;atgf;103;;atgf ;0;280;24;23;28;0;9;-29;;2;193;;**;;gga;40;;atgf;**;;ctc 2;0;290;27;29;29;1;11;-30;;0;255;;39;;cgg;40;;atgf;51;;caa 1;0;300;21;23;30;0;11;-31;;0;157;;41;;cac;**;;atgf;131;;cta ;0;310;18;18;31;3;17;-32;;3;114;;58;;cca;13;;ggc;20;;caa 1;1;320;16;19;32;4;9;-33;;0;162;;**;;cca;85;;tgc;96;;cta 1;0;330;11;18;33;3;8;-34;;1;495;;1172;;tca;**;;tta;49;;caa ;0;340;16;20;34;5;9;-35;;0;180;;**;;tca;13;;ggc;211;;cta ;0;350;13;17;35;2;8;-36;;0;160;;52;;aca;95;;tgc;5;;atgj ;1;360;14;16;36;1;6;-37;;0;663;;539;;ttc;634;;tta;47;;caa ;0;370;15;22;37;4;6;-38;;1;113;;52;;aca;95;;tgc;55;;cta ;0;380;10;9;38;5;10;-39;;0;427;;**;;ttc;479;;tta;5;;atgj 1;0;390;14;10;39;1;7;-40;;0;CDS 16s ;;52;;aca;132;;tgc;47;;caa ;0;400;10;9;40;1;6;-41;;1;647;614;**;;ttc;**;;tta;55;;cta 7;15;reste;230;253;reste;1235;1782;-42;;0;988;687;21;;agc;128;;cat;**;;atgj 23;39;total;1305;2482;total;1305;2482;-43;;1;876;1908;30;;cgt;128;;cat;167;;tgg 15;24;diagr;1074;2212;diagr;69;683;-44;;0;206;1178;32;;cgt;189;;atgf;**;;tgg 0;0; t30;40;597;;;;-45;;0;611;807;30;;cgt;45;;atgf;20;;ggc ;;;;;;;;-46;;0;5s 16s;;33;;cgt;2;;gtc;13;;ggt ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;1319;;9;;cgt;35;;atgf;47;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;23s 5s;;76;;agc;13;;gtc;47;;ggc ;x;1304;12;1;1317;;;-49;;0;8* 132;;35;;cgt;**;;atgf;15;;ggt ;c;2465;414;17;2896;;;-50;;0;2* 133;;9;;cgt;30;;tac;16;;ggc ;;;;;4213;253;;reste;1;5;177;;**;;agc;85;;tac;48;;ggc ;;;;;;4466;;total;12;414;;;;;;107;;tac;**;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;107;;tac;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tac;;; </pre> =====spl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires_aas|spl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;spl;;;;; deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;43968;44525;614;*; ;;rRNA;45140;46682;349;*;16s ;;rRNA;47032;49926;132;*;23s ;;rRNA;50059;50174;1319;*;5s ;;rRNA;51494;53036;349;*;16s ;;rRNA;53386;56280;132;*;23s ;;rRNA;56413;56528;339;*;5s fin;comp;CDS;56868;57011;;; deb;comp;CDS;146328;146498;-16;*; ;comp;regulatory;146483;146744;188;*; fin;;CDS;146933;149083;;; deb;comp;CDS;181132;181587;687;*; ;;rRNA;182275;183817;74;*;16s ;;tRNA;183892;183968;65;*;atc ;;tRNA;184034;184109;371;*;gca ;;rRNA;184481;187375;132;*;23s ;;rRNA;187508;187623;100;*;5s ;;tRNA;187724;187800;606;*;gac fin;;CDS;188407;189432;;; deb;comp;CDS;190429;191379;234;*; ;;tRNA;191614;191689;8;*;aca ;;tRNA;191698;191782;35;*;tac ;;tRNA;191818;191891;195;*;gga fin;;CDS;192087;193271;;; deb;;CDS;233942;234538;647;*; ;;rRNA;235186;236728;384;*;16s ;;rRNA;237113;240007;132;*;23s ;;rRNA;240140;240255;454;*;5s deb;comp;CDS;240710;241726;1908;*; ;;rRNA;243635;245177;348;*;16s ;;rRNA;245526;248420;133;*;23s ;;rRNA;248554;248669;68;*;5s ;;tRNA;248738;248813;17;*;acc ;;rRNA;248831;248946;703;*;5s fin;;CDS;249650;250924;;0; deb;;CDS;282426;283268;135;*; ;;ncRNA;283404;283755;313;*; fin;comp;CDS;284069;285322;;; deb;comp;CDS;413908;416529;236;*; ;;tRNA;416766;416842;39;*;cgg ;;tRNA;416882;416957;41;*;cac ;;tRNA;416999;417075;58;*;cca ;;tRNA;417134;417210;320;*;cca fin;comp;CDS;417531;419450;;; deb;comp;CDS;492003;492536;1178;*; ;;rRNA;493715;495257;349;*;16s ;;rRNA;495607;498501;132;*;23s ;;rRNA;498634;498749;768;*;5s fin;comp;CDS;499518;500534;;; deb;;CDS;550745;552652;-23;*; ;comp;tRNA;552630;552724;286;*;tga fin;;CDS;553011;553874;;; deb;;CDS;640018;641220;155;*; ;;tRNA;641376;641466;1172;*;tca ;;tRNA;642639;642729;789;*;tca deb;;CDS;643519;644862;988;*; ;;rRNA;645851;647393;74;*;16s ;;tRNA;647468;647544;65;*;atc ;;tRNA;647610;647685;336;*;gca ;;rRNA;648022;650916;177;*;23s ;;rRNA;651094;651209;727;*;5s fin;;CDS;651937;653757;;0; deb;comp;CDS;727650;727784;330;*; ;;tRNA;728115;728199;695;*;ttg fin;;CDS;728895;730808;;0; deb;;CDS;878528;879232;406;*; ;;regulatory;879639;879784;204;*; fin;;CDS;879989;881359;;; deb;;CDS;1166653;1168824;117;*; ;comp;tRNA;1168942;1169018;220;*;atgi fin;comp;CDS;1169239;1171089;;; deb;;CDS;1284512;1284730;-193;*; ;comp;misc_f;1284538;1284656;121;*; fin;comp;CDS;1284778;1285140;;0; deb;;CDS;1337892;1339205;500;*; ;comp;tRNA;1339706;1339781;52;*;aca ;comp;tRNA;1339834;1339909;539;*;ttc ;comp;tRNA;1340449;1340524;52;*;aca ;comp;tRNA;1340577;1340652;545;*;ttc deb;;CDS;1341198;1342432;34;*; ;comp;tRNA;1342467;1342542;52;*;aca ;comp;tRNA;1342595;1342670;441;*;ttc fin;comp;CDS;1343112;1343390;;; deb;;CDS;1455613;1455810;913;*; ;;tRNA;1456724;1456815;21;*;agc ;;tRNA;1456837;1456913;30;*;cgt ;;tRNA;1456944;1457020;32;*;cgt ;;tRNA;1457053;1457129;30;*;cgt ;;tRNA;1457160;1457236;33;*;cgt ;;tRNA;1457270;1457346;9;*;cgt ;;tRNA;1457356;1457447;76;*;agc ;;tRNA;1457524;1457600;35;*;cgt ;;tRNA;1457636;1457712;9;*;cgt ;;tRNA;1457722;1457813;1058;*;agc fin;;CDS;1458872;1459117;;; deb;comp;CDS;1564741;1565973;165;*; ;comp;tmRNA;1566139;1566494;110;*; fin;comp;CDS;1566605;1567099;;0; deb;comp;CDS;1625951;1626781;581;*; ;comp;tRNA;1627363;1627438;176;*;agg fin;comp;CDS;1627615;1628784;;0; deb;comp;CDS;1769998;1770225;257;*; ;comp;tRNA;1770483;1770558;37;*;gta ;comp;tRNA;1770596;1770671;37;*;gta ;comp;tRNA;1770709;1770784;37;*;gta ;comp;tRNA;1770822;1770897;37;*;gta ;comp;tRNA;1770935;1771010;37;*;gta ;comp;tRNA;1771048;1771123;37;*;gta ;comp;tRNA;1771161;1771236;37;*;gta ;comp;tRNA;1771274;1771349;37;*;gta ;comp;tRNA;1771387;1771462;37;*;gta ;comp;tRNA;1771500;1771575;39;*;gta ;comp;tRNA;1771615;1771690;705;*;gta deb;;CDS;1772396;1773805;104;*; ;;tRNA;1773910;1773985;80;*;gcc ;;tRNA;1774066;1774141;102;*;gaa ;;tRNA;1774244;1774319;102;*;gaa ;;tRNA;1774422;1774497;102;*;gaa ;;tRNA;1774600;1774675;102;*;gaa ;;tRNA;1774778;1774853;102;*;gaa ;;tRNA;1774956;1775031;102;*;gaa ;;tRNA;1775134;1775209;102;*;gaa ;;tRNA;1775312;1775387;253;*;gaa ;;tRNA;1775641;1775716;102;*;gaa ;;tRNA;1775819;1775894;102;*;gaa ;;tRNA;1775997;1776072;102;*;gaa ;;tRNA;1776175;1776250;102;*;gaa ;;tRNA;1776353;1776428;47;*;gaa ;;tRNA;1776476;1776551;977;*;gcc fin;comp;CDS;1777529;1779358;;0; deb;comp;CDS;1928606;1930189;113;*; ;comp;misc_f;1930303;1930412;474;*; fin;;CDS;1930887;1931621;;; deb;;CDS;2079870;2080424;876;*; ;;rRNA;2081301;2082843;348;*;16s ;;rRNA;2083192;2086086;132;*;23s ;;rRNA;2086219;2086334;304;*;5s fin;comp;CDS;2086639;2087564;;; deb;;CDS;2142913;2143137;136;*; ;comp;tRNA;2143274;2143350;134;*;ccc fin;comp;CDS;2143485;2145269;;; deb;;CDS;2225993;2226382;125;*; ;;regulatory;2226508;2226638;52;*; fin;;CDS;2226691;2228829;;; deb;comp;CDS;2365103;2365708;455;*; ;comp;tRNA;2366164;2366240;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366281;2366357;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366398;2366474;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366515;2366591;383;*;atgf fin;;CDS;2366975;2369110;;; deb;comp;CDS;2374251;2375963;254;*; ;;tRNA;2376218;2376308;216;*;tca fin;;CDS;2376525;2377169;;; deb;;CDS;2379066;2379614;152;*; ;;tRNA;2379767;2379842;13;*;ggc ;;tRNA;2379856;2379929;85;*;tgc ;;tRNA;2380015;2380100;530;*;tta fin;;CDS;2380631;2381200;;; deb;;CDS;2548825;2550261;595;*; ;;tRNA;2550857;2550932;13;*;ggc ;;tRNA;2550946;2551019;95;*;tgc ;;tRNA;2551115;2551200;634;*;tta ;;tRNA;2551835;2551908;95;*;tgc ;;tRNA;2552004;2552089;479;*;tta ;;tRNA;2552569;2552642;132;*;tgc ;;tRNA;2552775;2552860;545;*;tta fin;comp;CDS;2553406;2553735;;; deb;;CDS;2556685;2557929;89;*; ;;tRNA;2558019;2558109;184;*;tca fin;comp;CDS;2558294;2559073;;; deb;;CDS;2716829;2717467;98;*; ;comp;tRNA;2717566;2717655;178;*;tcc fin;comp;CDS;2717834;2719828;;; deb;comp;CDS;2758794;2759069;192;*; ;comp;tRNA;2759262;2759367;128;*;cat ;comp;tRNA;2759496;2759601;128;*;cat ;comp;tRNA;2759730;2759806;189;*;atgf ;comp;tRNA;2759996;2760072;45;*;atgf ;comp;tRNA;2760118;2760194;2;*;gtc ;comp;tRNA;2760197;2760273;35;*;atgf ;comp;tRNA;2760309;2760385;13;*;gtc ;comp;tRNA;2760399;2760475;353;*;atgf fin;comp;CDS;2760829;2762043;;; deb;comp;CDS;2858049;2858531;291;*; ;;tRNA;2858823;2858907;30;*;tac ;;tRNA;2858938;2859022;85;*;tac ;;tRNA;2859108;2859192;107;*;tac ;;tRNA;2859300;2859384;107;*;tac ;;tRNA;2859492;2859576;315;*;tac fin;;CDS;2859892;2860968;;0; deb;comp;CDS;2863253;2865256;1011;*; ;;tRNA;2866268;2866343;45;*;aac ;;tRNA;2866389;2866464;41;*;aac ;;tRNA;2866506;2866581;26;*;aac ;;tRNA;2866608;2866683;32;*;aac ;;tRNA;2866716;2866791;33;*;aac ;;tRNA;2866825;2866900;40;*;aac ;;tRNA;2866941;2867016;187;*;aac fin;;CDS;2867204;2869120;;; deb;comp;CDS;2904901;2906862;188;*; ;comp;regulatory;2907051;2907149;230;*; fin;comp;CDS;2907380;2908291;;0; deb;comp;CDS;2926979;2928856;572;*; ;comp;tRNA;2929429;2929505;97;*;gac ;comp;tRNA;2929603;2929679;97;*;gac ;comp;tRNA;2929777;2929853;83;*;gac ;comp;tRNA;2929937;2930013;124;*;gac fin;comp;CDS;2930138;2931472;;; deb;comp;CDS;3118298;3119458;830;*; ;comp;tRNA;3120289;3120364;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120423;3120498;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120557;3120632;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120691;3120766;59;*;aaa ;comp;tRNA;3120826;3120901;57;*;aaa ;comp;tRNA;3120959;3121034;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121093;3121168;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121227;3121302;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121362;3121437;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121496;3121571;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121631;3121706;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121766;3121841;193;*;aaa fin;comp;CDS;3122035;3122760;;; deb;;CDS;3243130;3243747;634;*; ;comp;ncRNA;3244382;3244478;176;*; fin;comp;CDS;3244655;3244972;;0; deb;comp;CDS;3268300;3269604;255;*; ;comp;tRNA;3269860;3269935;8;*;cac ;comp;tRNA;3269944;3270020;63;*;aga ;comp;tRNA;3270084;3270160;465;*;cca fin;;CDS;3270626;3271480;;0; deb;comp;CDS;3757370;3757825;157;*; ;comp;tRNA;3757983;3758059;103;*;atgf ;comp;tRNA;3758163;3758249;114;*;ctc fin;comp;CDS;3758364;3758699;;; deb;comp;CDS;3834636;3835094;162;*; ;comp;tRNA;3835257;3835331;51;*;caa ;comp;tRNA;3835383;3835467;131;*;cta ;comp;tRNA;3835599;3835673;20;*;caa ;comp;tRNA;3835694;3835778;96;*;cta ;comp;tRNA;3835875;3835949;49;*;caa ;comp;tRNA;3835999;3836083;211;*;cta ;comp;tRNA;3836295;3836371;5;*;atgj ;comp;tRNA;3836377;3836451;47;*;caa ;comp;tRNA;3836499;3836583;55;*;cta ;comp;tRNA;3836639;3836715;5;*;atgj ;comp;tRNA;3836721;3836795;47;*;caa ;comp;tRNA;3836843;3836927;55;*;cta ;comp;tRNA;3836983;3837059;495;*;atgj fin;comp;CDS;3837555;3838646;;; deb;comp;CDS;3862357;3862704;180;*; ;comp;tRNA;3862885;3862961;167;*;tgg ;comp;tRNA;3863129;3863205;160;*;tgg fin;comp;CDS;3863366;3864334;;; deb;;CDS;3865578;3866594;454;*; ;comp;rRNA;3867049;3867164;132;*;5s ;comp;rRNA;3867297;3870191;348;*;23s ;comp;rRNA;3870540;3872082;807;*;16s fin;;CDS;3872890;3873405;;0; deb;comp;CDS;3879732;3881864;289;*; ;;tRNA;3882154;3882229;187;*;ttc fin;comp;CDS;3882417;3884279;;0; deb;comp;CDS;3930329;3932182;122;*; ;comp;regulatory;3932305;3932527;233;*; fin;comp;CDS;3932761;3933408;;0; deb;;CDS;4051244;4051564;82;*; ;;ncRNA;4051647;4051828;251;*; fin;comp;CDS;4052080;4052250;;; deb;comp;CDS;4130284;4131048;211;*; ;comp;regulatory;4131260;4131412;506;*; fin;comp;CDS;4131919;4132536;;0; deb;;CDS;4146436;4146708;183;*; ;;regulatory;4146892;4146991;94;*; fin;;CDS;4147086;4148081;;0; deb;comp;CDS;4330369;4330824;663;*; ;comp;tRNA;4331488;4331563;20;*;ggc ;comp;tRNA;4331584;4331680;13;*;ggt ;comp;tRNA;4331694;4331769;47;*;ggc ;comp;tRNA;4331817;4331892;47;*;ggc ;comp;tRNA;4331940;4332039;15;*;ggt ;comp;tRNA;4332055;4332130;16;*;ggc ;comp;tRNA;4332147;4332222;48;*;ggc ;comp;tRNA;4332271;4332346;113;*;ggc fin;comp;CDS;4332460;4333005;;0; deb;comp;CDS;4446808;4448991;66;*; ;comp;regulatory;4449058;4449140;441;*; fin;;CDS;4449582;4449893;;; deb;comp;CDS;4452358;4453668;212;*; ;;regulatory;4453881;4453980;104;*; fin;;CDS;4454085;4455455;;0; deb;;CDS;4615072;4616082;798;*; ;comp;rRNA;4616881;4616996;132;*;5s ;comp;rRNA;4617129;4620023;371;*;23s ;comp;tRNA;4620395;4620470;65;*;gca ;comp;tRNA;4620536;4620612;74;*;atc ;comp;rRNA;4620687;4622229;206;*;16s fin;comp;CDS;4622436;4623133;;; deb;comp;CDS;5003438;5004418;-13;*; ;comp;regulatory;5004406;5004542;257;*; fin;;CDS;5004800;5006449;;0; deb;comp;CDS;5129088;5129342;427;*; ;comp;tRNA;5129770;5129846;100;*;gac ;comp;rRNA;5129947;5130062;133;*;5s ;comp;rRNA;5130196;5133090;349;*;23s ;comp;rRNA;5133440;5134982;611;*;16s fin;comp;CDS;5135594;5137015;;0; </pre> ====spl intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_entre_cds|spl intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> spl;31.1.21 Paris;NCBI;spl 24-9-2020;;;;;;;;; spl;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;426;10.1;'''négatif ;-7;10;-1 à -98;'''5 174 581;-1;426;610;5 ;'''zéro;18;0.4;;;;;'''intercals;0;18;620;10 ;'''1 à 200;2448;58.1;'''0 à 200;82;58;;'''730 981;5;168;630;7 ;'''201 à 370;776;18.4;'''201 à 370;274;48;;'''14.1%;10;124;640;6 ;'''371 à 600;378;9.0;'''371 à 600;462;62;;;15;138;650;6 ;'''601 à max;167;4.0;'''601 à 1028;849;331;;;20;74;660;6 ;'''total 4213;<201;68.6;'''total 4213;173;207;-98 à 3180;;25;69;670;7 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;64;680;6 3787762;3180;-1;426;-70;2;;0;18;35;68;690;3 2676990;2727;0;18;-60;0;;-1;°126;40;47;700;5 4795292;1942;1;°46;-50;4;;-2;2;45;49;710;6 3628609;1722;2;°53;-40;2;;-3;0;50;42;720;6 1384243;1674;3;°30;-30;5;'''min à -1;-4;°141;55;52;730;2 5168395;1593;4;22;-20;16;426;-5;0;60;67;740;7 1692692;1489;5;17;-10;70;10.1%;-6;0;65;56;750;4 4989087;1401;6;15;0;345;;-7;10;70;66;760;1 5017524;1331;7;16;10;292;;-8;°48;75;77;770;3 1530827;1329;8;°30;20;212;;-9;0;80;91;780;3 4000859;1318;9;°30;30;133;;-10;8;85;67;790;4 1999942;1254;10;°33;40;115;'''1 à 100;-11;°28;90;78;800;4 1605218;1225;11;°29;50;91;1561;-12;0;95;65;810;2 897237;1221;12;°36;60;119;37.1%;-13;5;100;81;820;3 1570703;1178;13;23;70;122;;-14;°15;105;41;830;1 4927424;1166;14;°30;80;168;;-15;1;110;61;840;3 1817514;1161;15;20;90;145;;-16;3;115;52;850;2 3532660;1157;16;10;100;146;;-17;°9;120;75;860;1 1716642;1154;17;16;110;102;;-18;0;125;64;870;4 1413389;1150;18;°22;120;127;;-19;1;130;64;880;2 2276940;1141;19;15;130;128;;-20;°7;135;37;890;3 600202;1140;20;11;140;82;;-21;0;140;45;900;1 1996502;1103;21;°14;150;78;;-22;0;145;45;910;2 3325479;1046;22;13;160;82;;-23;°4;150;33;920;2 223647;1016;23;13;170;80;'''1 à 200;-24;0;155;43;930;1 3589524;1016;24;°23;180;89;2448;-25;0;160;39;940;3 967539;1009;25;6;190;67;58.1%;-26;°2;165;42;950;3 4112640;1007;26;9;200;70;;-27;0;170;38;960;3 4903734;975;27;°23;210;61;;-28;1;175;45;970;1 3472661;968;28;9;220;64;;-29;°2;180;44;980;1 750412;959;29;12;230;58;;-30;0;185;34;990;0 2804938;959;30;11;240;59;;-31;0;190;33;1000;0 2670476;957;31;°20;250;48;;-32;°3;195;35;1010;2 2620635;946;32;13;260;52;;;434;200;35;1020;2 2967190;944;33;11;270;54;;reste;10;205;33;1030;0 4243039;944;34;°14;280;47;'''0 à 200;total;444;210;28;1040;0 2002234;937;35;10;290;56;2466;;;215;23;1050;1 3578230;936;36;7;300;44;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;41;1060;0 4121391;933;37;°10;310;36;;600;4046;225;35;1070;0 1500535;926;38;°15;320;35;;650;34;230;23;1080;0 4952031;915;39;8;330;29;;700;27;235;32;1090;0 2490814;912;40;7;340;36;'''201 à 370;750;25;240;27;1100;0 2028503;909;reste;3017;350;30;776;800;15;245;25;1110;1 4150415;904;total;4213;360;30;18.4%;850;11;250;23;1120;0 2127775;897;;;370;37;;900;11;255;26;1130;0 1003095;887;;;380;19;;950;11;260;26;1140;1 2921392;885;;;390;24;;1000;5;265;31;1150;2 2262088;884;;;400;19;;1050;5;270;23;1160;2 2877064;877;;;410;32;;1100;0;275;24;1170;2 4984821;874;;;420;31;;1150;4;280;23;1180;1 4474909;866;;;430;24;;1200;5;285;30;1190;0 1417740;865;;;440;20;;1250;2;290;26;1200;0 4759907;862;;;450;20;;1300;1;295;19;reste;14 3297697;861;;;460;20;;1350;3;300;25;total;167 ;;;;470;19;;1400;0;305;20;; ;;;;480;12;;1450;1;310;16;; '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;490;12;;1500;1;315;20;; 4734113;-98;shift2;629;500;19;;1550;0;320;15;; 4557422;-77;shift2;764;510;13;;1600;1;325;15;; 2893452;-56;shift2;1688;520;14;;1650;0;330;14;; 4567483;-53;shift2;4142;530;12;;1700;1;335;17;; 5067715;-53;shift2;2369;540;12;'''371 à 600;1750;1;340;19;; 4015714;-52;comp;;550;9;378;1800;0;345;15;; 1735201;-43;shift2;;560;11;9.0%;1850;0;350;15;; 1578876;-41;shift2;;570;15;;1900;0;355;15;; 164778;-38;shift2;;580;7;'''601 à max;1950;1;360;15;; 5173629;-34;shift2;;590;7;167;;165;365;19;; 73781;-32;shift2;;600;7;4.0%;;;370;18;; 2497076;-32;shift2;;reste;167;;reste;2;reste;545;; 2892533;-32;shift2;;total;4213;;total;4213;total;4213;; </pre> ====spl intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> spl. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; ;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; spl;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;47;-333;594;7.7;611;236;max80;-47;363;-934;95;806;257;min50 31 à 400;-;-;-;-;-;-;;10.3;-50;-57;43;915;162;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;59;37;-;275;poly;336;tF;158;57;;614;poly;192;SF 31 à 400;;;;;;;;106;43;-;885;dte;30;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;-0.342;;;;; 41-n;0.884;0.735;0.784;;;;;;;;;;; 1-n;0.172;-0.353;-0.202;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; spl;fx;fc;;spl;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;spl;Sx-;Sc- 0;1;17;;0;1;8;0;1;17;>0;1300;-1;0;126 10;8;284;;10;7;128;1;0;46;<0;12;-2;2;0 20;19;193;;20;18;87;2;0;53;zéro;1;-3;0;0 30;13;120;;30;12;54;3;1;29;total;1313;-4;5;136 40;29;86;;40;27;39;4;0;22;;c;-5;0;0 50;16;75;;50;15;34;5;1;16;>0;2469;-6;0;0 60;39;80;;60;36;36;6;2;13;<0;414;-7;0;10 70;50;72;;70;47;33;7;2;14;zéro;17;-8;2;46 80;67;101;;80;63;46;8;1;29;total;2900;-9;0;0 90;52;93;;90;49;42;9;1;29;;;-10;0;8 100;56;90;;100;52;41;10;0;33;;;-11;0;28 110;38;64;;110;35;29;11;2;27;;;-12;0;0 120;54;73;;120;50;33;12;1;35;;;-13;0;5 130;44;84;;130;41;38;13;3;20;;;-14;0;15 140;26;56;;140;24;25;14;1;29;;;-15;1;0 150;27;51;;150;25;23;15;5;15;;;-16;0;3 160;30;52;;160;28;23;16;0;10;;;-17;1;8 170;30;50;;170;28;23;17;3;13;;;-18;0;0 180;36;53;;180;34;24;18;2;20;;;-19;0;1 190;24;43;;190;22;19;19;1;14;;;-20;0;7 200;33;37;;200;31;17;20;1;10;;;-21;0;0 210;24;37;;210;22;17;21;2;12;;;-22;0;0 220;25;39;;220;23;18;22;1;12;;;-23;0;4 230;25;33;;230;23;15;23;0;13;;;-24;0;0 240;28;31;;240;26;14;24;4;19;;;-25;0;0 250;23;25;;250;21;11;25;3;3;;;-26;0;2 260;22;30;;260;21;14;26;0;9;;;-27;0;0 270;23;31;;270;21;14;27;2;21;;;-28;0;1 280;25;22;;280;23;10;28;0;9;;;-29;0;2 290;27;29;;290;25;13;29;1;11;;;-30;0;0 300;20;24;;300;19;11;30;0;11;;;-31;0;0 310;18;18;;310;17;8;31;3;17;;;-32;0;3 320;16;19;;320;15;9;32;4;9;;;-33;0;0 330;11;18;;330;10;8;33;3;8;;;-34;0;1 340;16;20;;340;15;9;34;5;9;;;-35;0;0 350;13;17;;350;12;8;35;2;8;;;-36;0;0 360;14;16;;360;13;7;36;1;6;;;-37;0;0 370;15;22;;370;14;10;37;4;6;;;-38;0;1 380;10;9;;380;9;4;38;5;10;;;-39;0;0 390;14;10;;390;13;5;39;1;7;;;-40;0;0 400;11;8;;400;10;4;40;1;6;;;-41;0;1 reste;229;254;;;;;reste;1231;1786;;;-42;0;0 total;1301;2486;;t30;37;270;total;1301;2486;;;-43;0;1 diagr;1071;2215;;t60;116;378;diagr;69;683;;;-44;0;0 - t30;1031;1618;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;947;1377;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;5 ;;;;;;;;;;;;total;12;414 ;;;;;;;;;;;;-52;1; </pre> ====spl intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_négatifs_S-|spl intercalaires négatifs S-]] 9.6.21 Paris <pre> spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;2;;5;;;;2;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;12 continu;126;0;0;136;0;0;10;46;0;8;28;0;5;15;0;3;8;0;1;7;0;0;4;0;0;2;0;1;2;0;0;3;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;5;414 </pre> *14.8.21 Paris <pre> 14.8.21 Paris;spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;5;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;12 ;Sc-;126;0;0;136;0;0;10;46;0;8;28;0;5;15;0;3;8;0;1;7;0;0;4;0;0;2;0;1;2;0;0;3;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;5;414 </pre> ====spl autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires|spl autres intercalaires]] <pre> spl;autres intercalaires;;adresses1;;;spl;autres intercalaires;;adresses2;;;spl;autres intercalaires;;adresses3;;;spl;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;43968;614;comp;;deb;°CDS;1337892;500;;;deb;°CDS;2379066;152;;;deb;°CDS;3757370;157;comp ;$rRNA;45140;349;;;;&tRNA;1339706;52;comp;;;&tRNA;2379767;13;;;;&tRNA;3757983;103;comp ;$rRNA;47032;132;;;;&tRNA;1339834;539;comp;;;&tRNA;2379856;85;;;;&tRNA;3758163;114;comp ;$rRNA;50059;1319;;;;&tRNA;1340449;52;comp;;;&tRNA;2380015;530;;;fin;°CDS;3758364;;comp ;$rRNA;51494;349;;;;&tRNA;1340577;545;comp;;fin;°CDS;2380631;;;;deb;°CDS;3834636;162;comp ;$rRNA;53386;132;;;deb;°CDS;1341198;34;;;deb;°CDS;2548825;595;;;;&tRNA;3835257;51;comp ;$rRNA;56413;339;;;;&tRNA;1342467;52;comp;;;&tRNA;2550857;13;;;;&tRNA;3835383;131;comp fin;°CDS;56868;;comp;;;&tRNA;1342595;441;comp;;;&tRNA;2550946;95;;;;&tRNA;3835599;20;comp deb;°CDS;146328;-16;comp;;fin;°CDS;1343112;;comp;;;&tRNA;2551115;634;;;;&tRNA;3835694;96;comp ;regulatory;146483;188;comp;;deb;°CDS;1455613;913;;;;&tRNA;2551835;95;;;;&tRNA;3835875;49;comp fin;°CDS;146933;;;;;&tRNA;1456724;21;;;;&tRNA;2552004;479;;;;&tRNA;3835999;211;comp deb;°CDS;181132;687;comp;;;&tRNA;1456837;30;;;;&tRNA;2552569;132;;;;&tRNA;3836295;5;comp ;$rRNA;182275;74;;;;&tRNA;1456944;32;;;;&tRNA;2552775;545;;;;&tRNA;3836377;47;comp ;&tRNA;183892;65;;;;&tRNA;1457053;30;;;fin;°CDS;2553406;;comp;;;&tRNA;3836499;55;comp ;&tRNA;184034;371;;;;&tRNA;1457160;33;;;deb;°CDS;2556685;89;;;;&tRNA;3836639;5;comp ;$rRNA;184481;132;;;;&tRNA;1457270;9;;;;&tRNA;2558019;184;;;;&tRNA;3836721;47;comp ;$rRNA;187508;100;;;;&tRNA;1457356;76;;;fin;°CDS;2558294;;comp;;;&tRNA;3836843;55;comp ;&tRNA;187724;606;;;;&tRNA;1457524;35;;;deb;°CDS;2716829;98;;;;&tRNA;3836983;495;comp fin;°CDS;188407;;;;;&tRNA;1457636;9;;;;&tRNA;2717566;178;;;fin;°CDS;3837555;;comp deb;°CDS;190429;234;comp;;;&tRNA;1457722;1058;;;fin;°CDS;2717834;;comp;;deb;°CDS;3862357;180;comp ;&tRNA;191614;8;;;fin;°CDS;1458872;;;;deb;°CDS;2758794;192;comp;;;&tRNA;3862885;167;comp ;&tRNA;191698;35;;;deb;°CDS;1564741;165;comp;;;&tRNA;2759262;128;comp;;;&tRNA;3863129;160;comp ;&tRNA;191818;195;;;;tmRNA;1566139;110;comp;;;&tRNA;2759496;128;comp;;fin;°CDS;3863366;;comp fin;°CDS;192087;;;;fin;°CDS;1566605;;comp;;;&tRNA;2759730;189;comp;;deb;°CDS;3865578;454; deb;°CDS;233942;647;;;deb;°CDS;1625951;581;comp;;;&tRNA;2759996;45;comp;;;$rRNA;3867049;132;comp ;$rRNA;235186;384;;;;&tRNA;1627363;176;comp;;;&tRNA;2760118;2;comp;;;$rRNA;3867297;348;comp ;$rRNA;237113;132;;;fin;°CDS;1627615;;comp;;;&tRNA;2760197;35;comp;;;$rRNA;3870540;807;comp ;$rRNA;240140;454;;;deb;°CDS;1769998;257;comp;;;&tRNA;2760309;13;comp;;fin;°CDS;3872890;; deb;°CDS;240710;1908;comp;;;&tRNA;1770483;37;;;;&tRNA;2760399;353;comp;;deb;°CDS;3879732;289;comp ;$rRNA;243635;348;;;;&tRNA;1770596;37;;;fin;°CDS;2760829;;comp;;;&tRNA;3882154;187; ;$rRNA;245526;133;;;;&tRNA;1770709;37;;;deb;°CDS;2858049;291;comp;;fin;°CDS;3882417;;comp ;$rRNA;248554;68;;;;&tRNA;1770822;37;;;;&tRNA;2858823;30;;;deb;°CDS;3930329;122;comp ;&tRNA;248738;17;;;;&tRNA;1770935;37;;;;&tRNA;2858938;85;;;;regulatory;3932305;233;comp ;$rRNA;248831;703;;;;&tRNA;1771048;37;;;;&tRNA;2859108;107;;;fin;°CDS;3932761;;comp fin;°CDS;249650;;;;;&tRNA;1771161;37;;;;&tRNA;2859300;107;;;deb;°CDS;4051244;82; deb;°CDS;282426;135;;;;&tRNA;1771274;37;;;;&tRNA;2859492;315;;;;ncRNA;4051647;251; ;ncRNA;283404;313;;;;&tRNA;1771387;37;;;fin;°CDS;2859892;;;;fin;°CDS;4052080;;comp fin;°CDS;284069;;comp;;;&tRNA;1771500;39;;;deb;°CDS;2863253;1011;comp;;deb;°CDS;4130284;211;comp deb;°CDS;413908;236;comp;;;&tRNA;1771615;705;;;;&tRNA;2866268;45;;;;regulatory;4131260;506;comp ;&tRNA;416766;39;;;deb;°CDS;1772396;104;;;;&tRNA;2866389;41;;;fin;°CDS;4131919;;comp ;&tRNA;416882;41;;;;&tRNA;1773910;80;;;;&tRNA;2866506;26;;;deb;°CDS;4146436;183; ;&tRNA;416999;58;;;;&tRNA;1774066;102;;;;&tRNA;2866608;32;;;;regulatory;4146892;94; ;&tRNA;417134;320;;;;&tRNA;1774244;102;;;;&tRNA;2866716;33;;;fin;°CDS;4147086;; fin;°CDS;417531;;comp;;;&tRNA;1774422;102;;;;&tRNA;2866825;40;;;deb;°CDS;4330369;663;comp deb;°CDS;492003;1178;comp;;;&tRNA;1774600;102;;;;&tRNA;2866941;187;;;;&tRNA;4331488;20;comp ;$rRNA;493715;349;;;;&tRNA;1774778;102;;;fin;°CDS;2867204;;;;;&tRNA;4331584;13;comp ;$rRNA;495607;132;;;;&tRNA;1774956;102;;;deb;°CDS;2904901;188;comp;;;&tRNA;4331694;47;comp ;$rRNA;498634;768;;;;&tRNA;1775134;102;;;;regulatory;2907051;230;comp;;;&tRNA;4331817;47;comp fin;°CDS;499518;;comp;;;&tRNA;1775312;253;;;fin;°CDS;2907380;;comp;;;&tRNA;4331940;15;comp deb;°CDS;550745;-23;;;;&tRNA;1775641;102;;;deb;°CDS;2926979;572;comp;;;&tRNA;4332055;16;comp ;&tRNA;552630;286;comp;;;&tRNA;1775819;102;;;;&tRNA;2929429;97;comp;;;&tRNA;4332147;48;comp fin;°CDS;553011;;;;;&tRNA;1775997;102;;;;&tRNA;2929603;97;comp;;;&tRNA;4332271;113;comp deb;°CDS;640018;155;;;;&tRNA;1776175;102;;;;&tRNA;2929777;83;comp;;fin;°CDS;4332460;;comp ;&tRNA;641376;1172;;;;&tRNA;1776353;47;;;;&tRNA;2929937;124;comp;;deb;°CDS;4446808;66;comp ;&tRNA;642639;789;;;;&tRNA;1776476;977;;;fin;°CDS;2930138;;comp;;;regulatory;4449058;441;comp deb;°CDS;643519;988;;;fin;°CDS;1777529;;comp;;deb;°CDS;3118298;830;comp;;fin;°CDS;4449582;; 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aa1;aa2;aa3;;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls &234;&455;&830;;;;;606;;89;113;; 8;40*3;58*3;;comp’;&234;;195;;98;114;'''deb; 35;&152;59;;comp’;&236;comp’;320;;104;124;<201;9 &236;13;57;;comp’;-23;comp’;286;;152;134;total;18 39;85;58*2;;;&155;;789;;155;160;taux;50% 41;&595;59;;comp’;330;;695;;157;176;; 58;13;58;;comp’;117;;220;;162;187;'''fin; &155;95;59*2;;comp’;&500;comp’;545;;180;193;<201;9 1172;634;&255;;comp’;&34;;441;;192;195;total;21 &500;95;8;;;&913;;1058;;255;216;taux;43% 52;479;63;;;581;;176;;427;220;; 539;132;&157;;comp’;&257;;705;;455;315;'''total; 52;&192;103;;;&104;comp’;977;;572;353;<201;18 &34;128*2;&162;;comp’;136;;134;;581;441;total;39 52;189;51;;;&455;comp’;383;;595;495;taux;46% &913;45;131;;comp’;254;;216;;663;530;; 21;2;20;;;&152;;530;;830;606;; 30;35;96;;;89;comp’;184;;913;695;; 32;13;49;;;98;;178;;'''-;705;; 30;&291;211;;;&595;comp’;545;;'''-;789;; 33;30;5;;;&192;;353;;'''-;1058;'''comp’;'''cumuls 9;85;47;;comp’;&291;;315;;-23;178;'''deb; 76;107*2;55;;comp’;&1011;;187;;34;184;<201;4 35;&1011;5;;;&572;;124;;117;187;total;13 9;45;47;;;&830;;193;;136;286;taux;31% &257;41;55;;;&255;comp’;465;;234;320;'''fin; 37*9;26;&180;;;&157;;114;;236;383;<201;3 39;32;167;;;&162;;495;;254;465;total;10 &104;33;&663;;;&180;;160;;257;545;taux;30% 80;40;20;;comp’;289;comp’;187;;289;545;; 102*7;&572;13;;;&663;;113;;291;977;'''total; 253;97*2;47*2;;;427;;;;330;'''-;<201;7 102*4;83;15;;;;;;;500;'''-;total;23 47;;16;;;;;;;1011;'''-;taux;30% ;;48;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;deb;fin;total ;;;;;;;;;<201;13;12;25 ;;;;;;;;;total;31;31;62 ;;;;;;;;;taux;42%;39%;40% </pre> ===Vibrio parahaemolyticus=== ====vpb opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_opérons|vpb opérons]] <pre> 45.3%GC;6.7.19 Paris;16s 11 ;126;doubles;intercalaires Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr1;; ;33614..35175;;16s;@4;80 ;35256..35331;;gaa;;2 ;35334..35409;;aaa;;30 ;35440..35515;;gta;;55 comp;35571..35768;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;59 ;35828..38743;;23s;;73 ;38817..38932;;5s;; ;;;;; ;49997..50073;;cgg;;32 ;50106..50181;;cac;+;72 ;50254..50330;;cca;2 cac;49 ;50380..50455;;cac;2 cca;24 ;50480..50556;;cca;; ;;;;; comp;400045..400120;;atgi;; ;;;;; ;577971..579532;;16s;;88 ;579621..579696;;gcc;;12 ;579709..579784;;gaa;;258 ;580043..582958;;23s;;73 ;583032..583147;;5s;;30 ;583178..583254;;gac;;35 ;583290..583366;;tgg;; ;;;;; comp;769649..769733;;cta;+;29 comp;769763..769847;;cta;10 cta;47 comp;769895..769971;;atg;4 atg;24 comp;769996..770080;;cta;5 caa;52 comp;770133..770207;;caa;;29 comp;770237..770321;;cta;;53 comp;770375..770451;;atg;;24 comp;770476..770560;;cta;;52 comp;770613..770687;;caa;;29 comp;770717..770801;;cta;;54 comp;770856..770930;;caa;;29 comp;770960..771044;;cta;;35 comp;771080..771154;;caa;;48 comp;771203..771287;;cta;;31 comp;771319..771403;;cta;;77 comp;771481..771557;;atg;;77 comp;771635..771709;;caa;;31 comp;771741..771825;;cta;;40 comp;771866..771942;;atg;; ;;;;; ;786939..787015;;cca;; ;;;;; comp;802315..802391;;agg;; ;;;;; ;910219..910295;;aga;; ;;;;; comp;982089..982173;;tac;+;81 comp;982255..982339;;tac;4 tac;81 comp;982421..982505;;tac;;81 comp;982587..982671;;tac;; ;;;;; ;1124715..1124802;;tcc;; ;;;;; ;1418321..1418397;;gtc;+;32 ;1418430..1418506;;gtc;2gtc; ;;;;; comp;1988127..1988202;;ggc;+;10 comp;1988213..1988299;;tta;2 ggc;76 comp;1988376..1988451;;ggc;;20 comp;1988472..1988545;;tgc;; ;;;;; ;2164082..2164157;;aac;; ;;;;; ;2193593..2193683;;tca;; ;;;;; comp;2547884..2547960;;atgf;;56 comp;2548017..2548100;;ctc;; ;;;;; ;2652092..2652168;;cgt;+;56 comp;2652225..2652301;;cgt;9 cgt;57 comp;2652359..2652435;;cgt;2 agc;57 comp;2652493..2652569;;cgt;;57 comp;2652627..2652703;;cgt;;57 comp;2652761..2652837;;cgt;;56 comp;2652894..2652970;;cgt;;210 comp;2653181..2653257;;cgt;;31 comp;2653289..2653380;;agc;@5;320 comp;2653701..2653777;;cgt;;31 comp;2653809..2653900;;agc;; ;;;;; ;2735697..2735772;;ttc;+;64 ;2735837..2735912;;aca;3 ttc;7 ;2735920..2735995;;ttc;2 aca;70 ;2736066..2736141;;aac;2 aac;71 ;2736213..2736288;;aca;;7 ;2736296..2736371;;ttc;;43 ;2736415..2736490;;aac;; ;;;;; ;2738623..2738698;;ttc;;51 ;2738750..2738825;;aca;+;21 ;2738847..2738922;;aac;2 aca;39 ;2738962..2739037;;aca;2 aac;15 ;2739053..2739128;;aac;; ;;;;; comp;2741263..2741339;;gac;;31 comp;2741371..2741487;;5s;;57 comp;2741545..2741620;;acc;;100 comp;2741721..2741836;;5s;;73 comp;2741910..2744825;;23s;;257 comp;2745083..2745158;;gca;;41 comp;2745200..2745276;;atc;;56 comp;2745333..2746894;;16s;; ;;;;; comp;2755928..2756012;;ttg;; ;;;;; comp;2847646..2847722;;tgg;;68 comp;2847791..2847867;;gac;;30 comp;2847898..2848013;;5s;;73 comp;2848087..2851002;;23s;;258 comp;2851261..2851336;;gaa;;80 comp;2851417..2852978;;16s;; ;;;;; comp;2987485..2987561;;atgf;+;56 comp;2987618..2987693;;ggc;5 atgf;18 comp;2987712..2987788;;atgf;8 ggc;35 comp;2987824..2987899;;ggc;;50 comp;2987950..2988025;;ggc;;49 comp;2988075..2988150;;ggc;;49 comp;2988200..2988275;;ggc;;30 comp;2988306..2988382;;atgf;;55 comp;2988438..2988513;;ggc;;30 comp;2988544..2988620;;atgf;;39 comp;2988660..2988735;;ggc;;19 comp;2988755..2988831;;atgf;;35 comp;2988867..2988942;;ggc;; ;;;;; comp;3060924..3061000;;tgg;;68 comp;3061069..3061145;;gac;;30 comp;3061176..3061291;;5s;;73 comp;3061365..3064280;;23s;;257 comp;3064538..3064613;;gta;;14 comp;3064628..3064703;;gca;;32 comp;3064736..3064811;;aaa;;2 comp;3064814..3064889;;gaa;;80 comp;3064970..3066531;;16s;@3;319 comp;3066851..3066966;;5s;;73 comp;3067040..3069955;;23s;;261 comp;3070217..3071778;;16s;; ;;;;; comp;3105094..3105169;;acc;;13 comp;3105183..3105257;;gga;;35 comp;3105293..3105377;;tac;;36 comp;3105414..3105489;;aca;; ;;;;; comp;3111073..3111149;;gac;;30 comp;3111180..3111295;;5s;;73 comp;3111369..3114284;;23s;;261 comp;3114546..3116107;;16s;@1;317 comp;3116425..3116540;;5s;;73 comp;3116614..3119529;;23s;;261 comp;3119791..3121352;;16s;; ;;;;; comp;3175944..3176034;;tca;;69 comp;3176104..3176219;;5s;;73 comp;3176293..3179211;;23s;;257 comp;3179469..3179544;;gca;;41 comp;3179586..3179662;;atc;;56 comp;3179719..3181280;;16s;@2; ;;;;; comp;3217187..3217263;;gac;;30 comp;3217294..3217409;;5s;;73 comp;3217483..3220398;;23s;;59 ;3220458..3220655;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;55 comp;3220711..3220786;;gta;;30 comp;3220817..3220892;;aaa;;2 comp;3220895..3220970;;gaa;;80 comp;3221051..3222612;;16s;; Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr2;; ;132908..134469;;16s;;80 ;134550..134625;;gaa;;2 ;134628..134703;;aaa;;16 ;134720..134795;;gca;;14 ;134810..134885;;gta;;54 comp;134940..135122;;MTSHQSCLQFLNMMQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKLLKS;CDS 180;19 ;135142..138059;;23s;;73 ;138133..138248;;5s;;69 ;138318..138408;;tca;; ;;;;; comp;192886..192969;;ctc;; ;;;;; comp;591931..592021;;tca;; ;;;;; comp;1009457..1009530;;tgc;;73 comp;1009604..1009690;;tta;; ;;;;; comp;1021568..1021641;;tgc;;73 comp;1021715..1021801;;tta;; ;;;;; comp;1029973..1030048;;ggc;;3 comp;1030052..1030125;;tgc;; </pre> ====vpb cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_cumuls|vpb cumuls]] <pre> vpb cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;9;8;50;;20;;200; ;16 atc gca;2;40;24;4;100;;40;;300; ;16 23 5s a;1;60;21;2;150;;60;;400; ;max a;6;80;9;2;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;3;0;250;;100;;600; ;spéciaux;6;120;0;0;300;;120;;700; ;total aas;33;140;0;0;350;;140;;800; sans ;opérons;25;160;0;0;400;;160;;900; ;1 aa;11;180;0;0;450;;180;;1000; ;max a;19;200;0;0;500;;200;;1100; ;a doubles;8;;1;0;;;;;; ;total aas;93;;67;16;;0;;0;;0 total aas;;126;;;;;;;;; remarques;;5;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;46;26;;;;;; ;;;variance;29;22;;;;;; sans jaune;;;moyenne;43;;;;;;; ;;;variance;17;;;;;;; </pre> ====vpb blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_blocs|vpb blocs]] <pre> vpb blocs;;;;;;; 16s;80;16s;80;16s;80;; gaa;2;gaa;2;gaa;2;; aaa;30;aaa;30;aaa;16;; gta;55;gta;55;gca;14;; cds 198;59;cds 198;59;gta;54;; 23s;73;23s;73;cds 180;19;; 5s;;5s;30;23s;73;; ;;gac;;5s;69;; ;;;;tca;;; ;;;;;;; 16s;56;16s;56;16s;88;16s;80 atc;41;atc;41;gcc;12;gaa;258 gca;257;gca;257;gaa;258;23s;73 23s;73;23s;73;23s;73;5s;30 5s;100;5s;69;5s;30;gac; acc;57;tca;;gac;;; 5s;31;;;;;; gac;;;;;;; ;;;;;;; 16s;261;16s;261;;;; 23s;73;23s;73;;;; 5s;319;5s;317;;;; 16s;80;16s;261;;;; gaa;2;23s;73;;;; aaa;32;5s;30;;;; gca;14;gac;;;;; gta;257;;;;;; 23s;73;;;;;; 5s;30;;;;;; gac;;;;;;; </pre> ====vpb distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_distribution|vpb distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;ggc4;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;4;ggc4;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;;ggc4;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;acc 5s + 1 >a;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;8;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;7;tca 2 5s+ 2 a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;4;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;6;cca;2;caa;5;cga;;;cta;4;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;4;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total vpb;;11;;;;;11;;vpb;60;;;;;;60;;vpb;22;;;;;;22;;vpb;;;;12;;;12 </pre> ====vpb1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_données_intercalaires|vpb1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;vpb1;fx;fc;vpb1;fx40;fc40;vpb1;x-;c-;c;x;c;x;;c;x;;c;x; ;0;0;1;9;0;1;9;-1;;83;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;suite; ;0;10;12;254;1;2;25;-2;;0;284;337;97;;gcc;32;;cgg;64;;ttc ;3;20;12;187;2;1;45;-3;;0;140;243;2* 65;;atc;72;;cac;7;;aca ;0;30;9;114;3;2;36;-4;2;115;366;139;4* 89;;gaa;49;;cac;70;;ttc ;0;40;16;74;4;1;16;-5;;0;18;259;tRNA 23s;;;24;;cac;71;;aac ;1;50;26;58;5;0;24;-6;1;0;268;290;2* 264;;gca;**;;cac;7;;aca ;0;60;35;45;6;1;8;-7;;7;179;203;2* 265;;gaa;29;;cta;43;;ttc ;0;70;57;54;7;1;15;-8;1;41;50;477;264;;gta;47;;cta;**;;aac ;0;80;56;57;8;2;21;-9;;0;144;282;2* 319;;gta;24;;atgj;51;;ttc ;0;90;48;57;9;1;44;-10;;4;457;95;5s tRNA;;;52;;cta;21;;aca 3;1;100;36;48;10;1;20;-11;2;29;179;587;5* 30;;gac;29;;caa;39;;aac ;1;110;36;60;11;1;25;-12;;0;736;168;31;;gac;53;;cta;15;;aca ;0;120;20;53;12;0;31;-13;;3;390;135;100;;acc;24;;atgj;**;;aac ;0;130;33;50;13;0;21;-14;;21;327;302;69;;tca;52;;cta;56;;atgf 2;1;140;22;38;14;1;23;-15;1;0;153;456;tRNA 5s;;;29;;caa;18;;ggc ;1;150;15;47;15;2;18;-16;;1;227;620;57;;acc;54;;cta;35;;atgf ;2;160;13;47;16;0;9;-17;;12;15;96;tRNA tRNA;intra;;29;;caa;50;;ggc 1;0;170;16;47;17;1;19;-18;;0;569;206;2;;gaa;35;;cta;49;;ggc ;2;180;11;42;18;3;17;-19;;2;243;497;30;;aaa;48;;caa;49;;ggc ;1;190;18;31;19;2;8;-20;;10;11;964;**;;gta;31;;cta;30;;ggc ;0;200;16;31;20;2;16;-21;1;0;243;93;12;;gcc;77;;cta;55;;atgf 2;0;210;9;26;21;2;14;-22;1;2;100;;**;;gaa;77;;atgj;30;;ggc ;0;220;15;21;22;0;8;-23;;5;272;;41;;gca;31;;caa;39;;atgf ;1;230;14;26;23;0;9;-24;;0;234;;**;;atc;40;;cta;19;;ggc ;1;240;8;21;24;1;20;-25;;1;565;;14;;gta;**;;atgj;35;;atgf 1;2;250;8;22;25;0;10;-26;;1;190;;32;;gca;81;;tac;**;;ggc 1;0;260;12;15;26;1;15;-27;;0;156;;2;;aaa;81;;tac;13;;acc ;1;270;15;17;27;1;6;-28;;0;103;;**;;gaa;81;;tac;35;;gga ;1;280;8;12;28;1;18;-29;;2;CDS 16s;;41;;gca;**;;tac;36;;tac 2;1;290;12;15;29;2;5;-30;;0;454;556;**;;atc;32;;gtc;**;;aca ;0;300;9;19;30;1;9;-31;;0;504;496;30;;gta;**;;gtc;;; 1;0;310;7;18;31;1;11;-32;;1;487;;2;;aaa;10;;ggc;;; ;0;320;12;6;32;1;11;-33;;0;575;;**;;gaa;76;;tta;;; ;1;330;6;8;33;3;6;-34;;1;817;;tRNA tRNA;contig;;20;;ggc;;; 1;0;340;4;6;34;4;9;-35;;2;472;;35;;gac;**;;tgc;;; ;0;350;11;8;35;0;5;-36;;0;5s 16s;;**;;tgg;56;;atgf;;; ;0;360;7;4;36;0;10;-37;;0;319;;2* 68;;tgg;**;;ctc;;; ;1;370;8;6;37;2;6;-38;;0;317;;**;;gac;56;;cgt;;; ;0;380;5;4;38;1;6;-39;;0;16s 23s;;;;;57;;cgt;;; ;1;390;7;3;39;2;6;-40;;0;3* 277;;;;;57;;cgt;;; ;0;400;7;4;40;2;4;-41;1;0;23s 5s;;;;;57;;cgt;;; 6;4;reste;90;93;reste;732;1119;-42;;0;10* 91;;;;;57;;cgt;;; 20;27;total;782;1757;total;782;1757;-43;;0;5s CDS;;;;;56;;cgt;;; 14;23;diagr;691;1655;diagr;49;629;-44;1;0;;110;;;;210;;cgt;;; 0;3;t30;33;555;;;;-45;;0;;;;;;31;;cgt;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;**;;agc;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;;;;;;31;;cgt;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;**;;agc;;; ;x;781;13;1;795;;;-49;;0;;;;;;;;;;; ;c;1748;344;9;2101;;;-50;;1;;;;;;;;;;; ;;;;;2896;203;;reste;1;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;3099;;total;13;344;;;;;;;;;;; </pre> ====vpb2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_données_intercalaires|vpb2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;vpb2;fx;fc;vpb2;fx40;fc40;vpb2;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;11;0;1;11;-1;;50;32;501;16s tRNA;; ;0;10;11;116;1;0;18;-2;1;0;843;563;89;;gaa ;0;20;6;71;2;1;16;-3;;0;356;24;tRNA 23s;; 1;0;30;11;46;3;2;7;-4;4;53;221;329;263;;gta 1;1;40;8;27;4;1;6;-5;;0;222;678;5s tRNA;; ;0;50;17;21;5;0;4;-6;1;0;;537;69;;tca ;0;60;14;28;6;0;6;-7;;1;;314;tRNA tRNA;intra; ;0;70;29;30;7;1;4;-8;;23;;34;2;;gaa ;0;80;39;25;8;1;8;-9;;0;CDS 16s;;16;;aaa ;0;90;32;33;9;3;29;-10;;1;468;;14;;gca ;0;100;28;24;10;2;18;-11;1;11;;;**;;gta ;0;110;24;18;11;0;14;-12;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;; ;0;120;29;19;12;1;13;-13;;1;91;;73;;tgc ;0;130;18;17;13;1;5;-14;3;6;;;**;;tta ;0;140;11;16;14;0;6;-15;;0;;;73;;tgc ;0;150;16;15;15;1;8;-16;;0;;;**;;tta ;0;160;15;30;16;0;4;-17;;6;;;3;;ggc ;0;170;10;19;17;0;2;-18;;0;;;**;;tgc ;0;180;8;23;18;1;9;-19;;1;;;;; ;0;190;11;17;19;2;3;-20;;2;;;;; ;0;200;7;3;20;0;7;-21;;0;;;;; ;0;210;14;16;21;1;7;-22;;0;;;;; ;0;220;9;14;22;1;6;-23;1;2;;;;; ;2;230;9;13;23;0;4;-24;;0;;;;; ;0;240;13;18;24;0;5;-25;;0;;;;; ;0;250;14;9;25;1;4;-26;;4;;;;; ;0;260;12;7;26;1;4;-27;;0;;;;; ;0;270;11;9;27;3;4;-28;;0;;;;; ;0;280;6;8;28;2;6;-29;;2;;;;; ;0;290;7;6;29;0;3;-30;;0;;;;; ;0;300;3;9;30;2;3;-31;;0;;;;; ;0;310;2;6;31;0;3;-32;;1;;;;; 1;0;320;6;3;32;0;5;-33;;0;;;;; 1;0;330;8;3;33;1;3;-34;;0;;;;; ;0;340;5;8;34;1;2;-35;;1;;;;; ;0;350;1;8;35;1;2;-36;;0;;;;; ;1;360;6;8;36;1;1;-37;;0;;;;; ;0;370;5;2;37;1;3;-38;;1;;;;; ;0;380;7;2;38;1;1;-39;1;0;;;;; ;0;390;3;5;39;2;2;-40;;1;;;;; ;0;400;4;2;40;0;5;-41;;0;;;;; 4;1;reste;71;63;reste;524;557;-42;;0;;;;; 8;5;total;561;828;total;561;828;-43;;0;;;;; 4;4;diagr;489;754;diagr;36;260;-44;;0;;;;; 1;0;t30;28;233;;;;-45;;0;;;;; ;;;;;;;;-46;;1;;;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;; ;x;560;14;1;575;;;-49;;0;;;;; ;c;817;171;11;999;;;-50;;3;;;;; ;;;;;1574;32;;reste;1;0;;;;; ;;;;;;1606;;total;14;171;;;;; </pre> =====vpb1 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_autres_intercalaires_aas|vpb1 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vpb1;;;;; deb;;CDS;32632;33159;454;*; ;;rRNA;33614;35166;89;*;1553 ;;tRNA;35256;35331;2;*;gaa ;;tRNA;35334;35409;30;*;aaa ;;tRNA;35440;35515;319;*;gta ;;rRNA;35835;38725;91;*;2891 ;;rRNA;38817;38932;110;*;116 fin;comp;CDS;39043;39933;;0; deb;comp;CDS;49246;49659;337;*; ;;tRNA;49997;50073;32;*;cgg ;;tRNA;50106;50181;72;*;cac ;;tRNA;50254;50330;49;*;cac ;;tRNA;50380;50455;24;*;cac ;;tRNA;50480;50556;243;*;cac fin;comp;CDS;50800;51525;;0; deb;;CDS;330209;330847;37;*; ;;regulatory;330885;331020;72;*; fin;;CDS;331093;332085;;; deb;comp;CDS;398957;399760;284;*; ;comp;tRNA;400045;400120;140;*;atgi fin;comp;CDS;400261;402123;;; deb;;CDS;447282;448145;166;*; ;;ncRNA;448312;448741;175;*; fin;;CDS;448917;449867;;; deb;comp;CDS;503781;504251;439;*; ;;misc_f;504691;504810;54;*; fin;;CDS;504865;507324;;; deb;comp;CDS;568478;569656;13;*; ;comp;misc_f;569670;569792;107;*; fin;comp;CDS;569900;570226;;; deb;;CDS;574893;577466;504;*; ;;rRNA;577971;579523;97;*;1553 ;;tRNA;579621;579696;12;*;gcc ;;tRNA;579709;579784;265;*;gaa ;;rRNA;580050;582940;91;*;2891 ;;rRNA;583032;583147;30;*;116 ;;tRNA;583178;583254;35;*;gac ;;tRNA;583290;583366;366;*;tgg fin;;CDS;583733;584065;;; deb;comp;CDS;670277;672010;111;*; ;comp;tmRNA;672122;672489;67;*; fin;comp;CDS;672557;673042;;0; deb;;CDS;768334;769509;139;*; ;comp;tRNA;769649;769733;29;*;cta ;comp;tRNA;769763;769847;47;*;cta ;comp;tRNA;769895;769971;24;*;atgj ;comp;tRNA;769996;770080;52;*;cta ;comp;tRNA;770133;770207;29;*;caa ;comp;tRNA;770237;770321;53;*;cta ;comp;tRNA;770375;770451;24;*;atgj ;comp;tRNA;770476;770560;52;*;cta ;comp;tRNA;770613;770687;29;*;caa ;comp;tRNA;770717;770801;54;*;cta ;comp;tRNA;770856;770930;29;*;caa ;comp;tRNA;770960;771044;35;*;cta ;comp;tRNA;771080;771154;48;*;caa ;comp;tRNA;771203;771287;31;*;cta ;comp;tRNA;771319;771403;77;*;cta ;comp;tRNA;771481;771557;77;*;atgj ;comp;tRNA;771635;771709;31;*;caa ;comp;tRNA;771741;771825;40;*;cta ;comp;tRNA;771866;771942;18;*;atgj fin;comp;CDS;771961;772221;;; deb;comp;CDS;786539;786679;259;*; ;;tRNA;786939;787015;290;*;cca fin;comp;CDS;787306;788178;;0; deb;comp;CDS;801540;802046;268;*; ;comp;tRNA;802315;802391;179;*;agg fin;comp;CDS;802571;803704;;0; deb;comp;CDS;909155;910015;203;*; ;;tRNA;910219;910295;50;*;aga fin;;CDS;910346;910864;;; deb;;CDS;980739;981611;477;*; ;comp;tRNA;982089;982173;81;*;tac ;comp;tRNA;982255;982339;81;*;tac ;comp;tRNA;982421;982505;81;*;tac ;comp;tRNA;982587;982671;282;*;tac fin;;CDS;982954;984048;;; deb;;CDS;997215;999218;137;*; ;;ncRNA;999356;999452;132;*; fin;;CDS;999585;1000319;;0; deb;comp;CDS;1081601;1082191;116;*; ;comp;regulatory;1082308;1082397;266;*; fin;comp;CDS;1082664;1083668;;; deb;;CDS;1124121;1124570;144;*; ;;tRNA;1124715;1124802;457;*;tcc fin;;CDS;1125260;1126897;;; deb;comp;CDS;1170475;1170882;597;*; ;;regulatory;1171480;1171660;113;*; fin;;CDS;1171774;1173375;;0; deb;comp;CDS;1176029;1176982;364;*; ;;misc_f;1177347;1177484;54;*; fin;;CDS;1177539;1178435;;; deb;;CDS;1417803;1418141;179;*; ;;tRNA;1418321;1418397;32;*;gtc ;;tRNA;1418430;1418506;95;*;gtc fin;comp;CDS;1418602;1419771;;; deb;comp;CDS;1803089;1803247;528;*; ;;regulatory;1803776;1803877;118;*; fin;;CDS;1803996;1805372;;0; deb;comp;CDS;1984514;1987390;736;*; ;comp;tRNA;1988127;1988202;10;*;ggc ;comp;tRNA;1988213;1988299;76;*;tta ;comp;tRNA;1988376;1988451;20;*;ggc ;comp;tRNA;1988472;1988545;390;*;tgc fin;comp;CDS;1988936;1989493;;; deb;;CDS;2000638;2000763;-54;*; ;;misc_f;2000710;2000813;125;*; fin;;CDS;2000939;2002516;;; deb;comp;CDS;2157175;2158164;-12;*; ;comp;regulatory;2158153;2158286;173;*; fin;;CDS;2158460;2159353;;0; deb;comp;CDS;2161464;2163494;587;*; ;;tRNA;2164082;2164157;327;*;aac fin;;CDS;2164485;2165063;;; deb;;CDS;2191631;2193439;153;*; ;;tRNA;2193593;2193683;168;*;tca fin;comp;CDS;2193852;2194760;;0; deb;comp;CDS;2547201;2547656;227;*; ;comp;tRNA;2547884;2547960;56;*;atgf ;comp;tRNA;2548017;2548100;15;*;ctc fin;comp;CDS;2548116;2548454;;; deb;comp;CDS;2651265;2651522;569;*; ;comp;tRNA;2652092;2652168;56;*;cgt ;comp;tRNA;2652225;2652301;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652359;2652435;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652493;2652569;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652627;2652703;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652761;2652837;56;*;cgt ;comp;tRNA;2652894;2652970;210;*;cgt ;comp;tRNA;2653181;2653257;31;*;cgt ;comp;tRNA;2653289;2653380;243;*;agc deb;comp;CDS;2653624;2653689;11;*; ;comp;tRNA;2653701;2653777;31;*;cgt ;comp;tRNA;2653809;2653900;243;*;agc fin;comp;CDS;2654144;2654341;;; deb;;CDS;2699087;2699395;8;*; ;;ncRNA;2699404;2699588;4;*; fin;;CDS;2699593;2700186;;; deb;;CDS;2734457;2735596;100;*; ;;tRNA;2735697;2735772;64;*;ttc ;;tRNA;2735837;2735912;7;*;aca ;;tRNA;2735920;2735995;70;*;ttc ;;tRNA;2736066;2736141;71;*;aac ;;tRNA;2736213;2736288;7;*;aca ;;tRNA;2736296;2736371;43;*;ttc ;;tRNA;2736415;2736490;272;*;aac deb;;CDS;2736763;2738388;234;*; ;;tRNA;2738623;2738698;51;*;ttc ;;tRNA;2738750;2738825;21;*;aca ;;tRNA;2738847;2738922;39;*;aac ;;tRNA;2738962;2739037;15;*;aca ;;tRNA;2739053;2739128;135;*;aac deb;comp;CDS;2739264;2740697;565;*; ;comp;tRNA;2741263;2741339;31;*;gac ;comp;rRNA;2741371;2741487;57;*;117 ;comp;tRNA;2741545;2741620;100;*;acc ;comp;rRNA;2741721;2741836;91;*;116 ;comp;rRNA;2741928;2744818;264;*;2891 ;comp;tRNA;2745083;2745158;41;*;gca ;comp;tRNA;2745200;2745276;65;*;atc ;comp;rRNA;2745342;2746894;487;*;1553 fin;comp;CDS;2747382;2748635;;; deb;;CDS;2754342;2755625;302;*; ;comp;tRNA;2755928;2756012;190;*;ttg fin;comp;CDS;2756203;2756868;;0; deb;comp;CDS;2838215;2839336;326;*; ;;regulatory;2839663;2839841;102;*; fin;;CDS;2839944;2841296;;0; deb;;CDS;2847001;2847189;456;*; ;comp;tRNA;2847646;2847722;68;*;tgg ;comp;tRNA;2847791;2847867;30;*;gac ;comp;rRNA;2847898;2848013;91;*;116 ;comp;rRNA;2848105;2850995;265;*;2891 ;comp;tRNA;2851261;2851336;89;*;gaa ;comp;rRNA;2851426;2852978;575;*;1553 fin;comp;CDS;2853554;2854333;;; deb;;CDS;2985737;2986864;620;*; ;comp;tRNA;2987485;2987561;56;*;atgf ;comp;tRNA;2987618;2987693;18;*;ggc ;comp;tRNA;2987712;2987788;35;*;atgf ;comp;tRNA;2987824;2987899;50;*;ggc ;comp;tRNA;2987950;2988025;49;*;ggc ;comp;tRNA;2988075;2988150;49;*;ggc ;comp;tRNA;2988200;2988275;30;*;ggc ;comp;tRNA;2988306;2988382;55;*;atgf ;comp;tRNA;2988438;2988513;30;*;ggc ;comp;tRNA;2988544;2988620;39;*;atgf ;comp;tRNA;2988660;2988735;19;*;ggc ;comp;tRNA;2988755;2988831;35;*;atgf ;comp;tRNA;2988867;2988942;156;*;ggc fin;comp;CDS;2989099;2989644;;0; deb;;CDS;3060116;3060827;96;*; ;comp;tRNA;3060924;3061000;68;*;tgg ;comp;tRNA;3061069;3061145;30;*;gac ;comp;rRNA;3061176;3061291;91;*;116 ;comp;rRNA;3061383;3064273;264;*;2891 ;comp;tRNA;3064538;3064613;14;*;gta ;comp;tRNA;3064628;3064703;32;*;gca ;comp;tRNA;3064736;3064811;2;*;aaa ;comp;tRNA;3064814;3064889;89;*;gaa ;comp;rRNA;3064979;3066531;319;*;1553 ;comp;rRNA;3066851;3066966;91;*;116 ;comp;rRNA;3067058;3069948;277;*;2891 ;comp;rRNA;3070226;3071778;817;*;1553 fin;comp;CDS;3072596;3074731;;; deb;comp;CDS;3103806;3104990;103;*; ;comp;tRNA;3105094;3105169;13;*;acc ;comp;tRNA;3105183;3105257;35;*;gga ;comp;tRNA;3105293;3105377;36;*;tac ;comp;tRNA;3105414;3105489;206;*;aca fin;;CDS;3105696;3106619;;0; deb;;CDS;3109235;3110575;497;*; ;comp;tRNA;3111073;3111149;30;*;gac ;comp;rRNA;3111180;3111295;91;*;116 ;comp;rRNA;3111387;3114277;277;*;2891 ;comp;rRNA;3114555;3116107;317;*;1553 ;comp;rRNA;3116425;3116540;91;*;116 ;comp;rRNA;3116632;3119522;277;*;2891 ;comp;rRNA;3119800;3121352;556;*;1553 fin;;CDS;3121909;3122364;;1; deb;comp;CDS;3123914;3125749;55;*; ;comp;regulatory;3125805;3126005;184;*; fin;;CDS;3126190;3127299;;0; deb;;CDS;3173798;3174979;964;*; ;comp;tRNA;3175944;3176034;69;*;tca ;comp;rRNA;3176104;3176219;91;*;116 ;comp;rRNA;3176311;3179204;264;*;2894 ;comp;tRNA;3179469;3179544;41;*;gca ;comp;tRNA;3179586;3179662;65;*;atc ;comp;rRNA;3179728;3181280;472;*;1553 fin;comp;CDS;3181753;3182466;;; deb;comp;CDS;3213224;3215164;168;*; ;comp;regulatory;3215333;3215431;61;*; fin;comp;CDS;3215493;3215876;;0; deb;;CDS;3216111;3217093;93;*; ;comp;tRNA;3217187;3217263;30;*;gac ;comp;rRNA;3217294;3217409;91;*;116 ;comp;rRNA;3217501;3220391;319;*;2891 ;comp;tRNA;3220711;3220786;30;*;gta ;comp;tRNA;3220817;3220892;2;*;aaa ;comp;tRNA;3220895;3220970;89;*;gaa ;comp;rRNA;3221060;3222612;496;*;1553 fin;;CDS;3223109;3223657;;0; </pre> =====vpb2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_autres_intercalaires_aas|vpb2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vpb2;;;;; deb;comp;CDS;126972;127829;96;*; ;comp;regulatory;127926;128033;312;*; fin;;CDS;128346;129731;;; deb;;CDS;131915;132439;468;*; ;;rRNA;132908;134460;89;*;1553 ;;tRNA;134550;134625;2;*;gaa ;;tRNA;134628;134703;16;*;aaa ;;tRNA;134720;134795;14;*;gca ;;tRNA;134810;134885;263;*;gta ;;rRNA;135149;138041;91;*;2893 ;;rRNA;138133;138248;69;*;116 ;;tRNA;138318;138408;501;*;tca fin;comp;CDS;138910;139266;;; deb;comp;CDS;192242;192853;32;*; ;comp;tRNA;192886;192969;563;*;ctc fin;;CDS;193533;194741;;0; deb;;CDS;590953;591906;24;*; ;comp;tRNA;591931;592021;329;*;tca fin;;CDS;592351;593031;;0; deb;comp;CDS;1006811;1008613;843;*; ;comp;tRNA;1009457;1009530;73;*;tgc ;comp;tRNA;1009604;1009690;678;*;tta fin;;CDS;1010369;1012618;;0; deb;comp;CDS;1019688;1021211;356;*; ;comp;tRNA;1021568;1021641;73;*;tgc ;comp;tRNA;1021715;1021801;537;*;tta fin;;CDS;1022339;1023970;;; deb;comp;CDS;1028849;1029751;221;*; ;comp;tRNA;1029973;1030048;3;*;ggc ;comp;tRNA;1030052;1030125;222;*;tgc fin;comp;CDS;1030348;1031802;;; deb;comp;CDS;1124360;1124878;314;*; ;;tRNA;1125193;1125267;34;*;gga fin;comp;CDS;1125302;1126159;;; deb;;CDS;1291846;1292463;104;*; ;;regulatory;1292568;1292708;113;*; fin;;CDS;1292822;1293478;;; deb;;CDS;1311512;1311652;298;*; ;;regulatory;1311951;1312050;89;*; fin;;CDS;1312140;1313153;;; deb;;CDS;1632173;1633153;424;*; ;;regulatory;1633578;1633682;100;*; fin;;CDS;1633783;1635246;;0; </pre> ===Escherichia albertii=== ====eal opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal opérons]] <pre> 49.6%GC;10.3.19 Paris;16s 7;89;doubles;intercalaires Escherichia albertii;;;;; ;219063..219144;;tac;+;212 ;219357..219438;;tac;2 tac; ;;;;; ;413135..413219;;tcc;; ;;;;; ;462888..462972;;tca;; ;;;;; comp;489120..489191;;gga;;6 comp;489198..489270;;aca;; ;;;;; ;615149..615233;;tcc;; ;;;;; comp;756823..756895;;aaa;+;5 comp;756901..756973;;gta;3 aaa ;48 comp;757022..757094;;aaa;2 gta;5 comp;757100..757172;;gta;;48 comp;757221..757293;;aaa;; ;;;;; ;834529..834602;;atgj;+;10 ;834613..834694;;cta;2atgj ;26 ;834721..834792;;caa;2caa ;37 ;834830..834901;;caa;2 cag;18 ;834920..834993;;atgj;;51 ;835045..835116;;cag;;35 ;835152..835223;;cag;; ;;;;; comp;968958..969031;;aga;; ;;;;; comp;1192416..1192488;;acg;; ;;;;; comp;1269526..1269599;;gac;; ;;;;; comp;1277040..1277113;;gac;;52 comp;1277166..1277285;;5s;@1;169 comp;1277455..1280377;;23s;;186 comp;1280564..1280636;;gca;;45 comp;1280682..1280755;;atc;;70 comp;1280826..1282367;;16s;; ;;;;; ;1567231..1567314;;ctg;+;31 ;1567346..1567429;;ctg;3 ctg;35 ;1567465..1567548;;ctg;; ;;;;; comp;1657309..1657390;;ttg;; ;;;;; comp;1765401..1765473;;ggc;+;159 comp;1765633..1765705;;ggc;2 ggc; ;;;;; ;1795516..1795588;;ttc;; ;;;;; comp;2006002..2006121;;5s;;169 comp;2006291..2009214;;23s;;186 comp;2009401..2009473;;gca;;45 comp;2009519..2009592;;atc;;70 comp;2009663..2011202;;16s;; ;;;;; comp;2042057..2043241;;tuf1;CDS 1185pb;117 comp;2043359..2043431;;acc;;9 comp;2043441..2043512;;gga;;119 comp;2043632..2043713;;tac;;11 comp;2043725..2043797;;aca;@3; ;;;;; comp;2047429..2047548;;5s;;169 comp;2047718..2050648;;23s;;186 comp;2050835..2050907;;gca;;45 comp;2050953..2051026;;atc;;68 comp;2051095..2052636;;16s;; ;;;;; comp;2208305..2208424;;5s;@2;169 comp;2208594..2211517;;23s;;198 comp;2211716..2211788;;gaa;;85 comp;2211874..2213418;;16s;; ;;;;; comp;2267554..2267627;;cca;;43 comp;2267671..2267754;;ctg;;23 comp;2267778..2267850;;cac;;61 comp;2267912..2267985;;cgg;; ;;;;; comp;2305358..2305430;;tgg;;11 comp;2305442..2305515;;gac;;52 comp;2305568..2305687;;5s;;169 comp;2305857..2308779;;23s;;198 comp;2308978..2309050;;gaa;;85 comp;2309136..2310676;;16s;; ;;;;; comp;2426158..2426248;;tga;; ;;;;; ;2556305..2556378;;ccg;; ;;;;; ;2810766..2812307;;16s;;85 ;2812393..2812465;;gaa;;198 ;2812664..2815586;;23s;;169 ;2815756..2815875;;5s;;151 ;2816027..2816099;;acc;;40 ;2816140..2816259;;5s;; ;;;;; ;2911129..2911212;;ctc;; ;;;;; ; 2913088..2913161;;atgf;; ;;;;; comp;3010332..3010404;;atgi;; ;;;;; comp;3177717..3177789;;ttc;; ;;;;; ;3301617..3301687;;ggg;; ;;;;; comp;3366868..3366941;;atgf;+;37 comp;3366979..3367052;;atgf;3 atgf;37 comp;3367090..3367163;;atgf;; ;;;;; ;3469914..3470003;;agc;;6 ;3470010..3470083;;cgt;+;201 ;3470285..3470358;;cgt;3 cgt;200 ; 3470559..3470632;;cgt;; ;;;;; ;3505321..3505393;;atgi;; ;;;;; ;3563056..3564598;;16s;;85 ;3564684..3564756;;gaa;;198 ;3564955..3567876;;23s;;169 ;3568046..3568165;;5s;; ;;;;; comp;3779750..3779822;;aaa;;7 comp;3779830..3779902;;gta;+;47 comp;3779950..3780022;;gta;2 gta; ;;;;; ;3782718..3782790;;gcc;+;42 ;3782833..3782905;;gcc;2 gcc; ;;;;; comp;3810369..3810440;;agg;; ;;;;; comp;3993500..3993573;;ccc;; ;;;;; comp;4232176..4232248;;aac;; ;;;;; ;4233996..4234068;;aac;; ;;;;; comp;4242952..4243024;;aac;; ;;;;; comp;4248342..4248414;;aac;; ;;;;; ;4249406..4249492;;tcg;; ;;;;; ;4256696..4256768;;atgi;;100 ;4256869..4256942;;aga;; ;;;;; ;4317980..4318052;;ggc;;56 ;4318109..4318179;;tgc;;14 ;4318194..4318277;;tta;; ;;;;; comp;4556753..4556826;;gtc;+;7 comp;4556834..4556907;;gtc;2 gtc; </pre> ====eal cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_cumuls|eal cumuls]] <pre> eal cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;8;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;0;60;7;;150;;60;;400; ;max a;3;80;1;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;1;;250;;100;;600; ;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700; ;total aas;13;140;0;;350;;140;;800; sans ;opérons;38;160;1;;400;;160;;900; ;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000; ;max a;7;200;1;;500;;200;;1100; ;a doubles;10;;2;;;;;;; ;total aas;71;;33;0;;0;;0;;0 total aas;;84;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;53;;;;;;; ;;;variance;59;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; </pre> ====eal blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_blocs|eal blocs]] <pre> eal blocs;;; 16s;70;70;68 atc;45;45;45 gca;186;186;186 23s;169;169;169 5s;52;; gac;;; ;;; 16s;85;85;85 gaa;198;198;198 23s;169;169;169 5s;52;; gac;;; ;;; 16s;85;; gaa;198;; 23s;169;; 5s;151;; acc;40;; 5s;;; </pre> ====eal distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_distribution|eal distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;atgi 2a+>a;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;2;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;1;caa2;tta;1;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;cag2;ata;;aca;2;aaa;4;aga;1;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;atgf3;cta;1;cca;1;caa;;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;2;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;2;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;aaa (gta aaa)2;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total eal;;23;;;;;23;;eal;25;;;;;;25;;eal;23;;;;;;23;;eal;;;;4;;;4 </pre> ====eal données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_données_intercalaires|eal données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;eal;fx;fc;eal;fx40;fc40;eal;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;12;18;0;12;18;-1;0;157;158;376;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;45;323;1;5;35;-2;4;0;294;233;2* 70;;atc;212;;tac 1;1;20;26;264;2;8;39;-3;0;0;162;276;68;;atc;**;;tac ;0;30;28;126;3;10;50;-4;39;250;479;441;4* 85;;gaa;6;;gga 1;0;40;60;94;4;4;29;-5;0;0;284;601;tRNA 23s;;;**;;aca 2;1;50;80;91;5;1;17;-6;2;0;170;156;3* 186;;gca;5;;aaa 3;0;60;55;106;6;4;15;-7;2;13;164;256;4* 198;;gaa;48;;gta ;0;70;43;83;7;2;18;-8;1;58;223;248;5s tRNA;;;5;;aaa 2;1;80;31;75;8;3;18;-9;3;0;114;17;2* 52;;gac;48;;gta ;0;90;42;75;9;3;47;-10;2;6;437;41;151;;acc;**;;aaa 2;3;100;38;74;10;5;55;-11;0;37;132;195;tRNA 5s;;;10;;atgj 1;3;110;40;77;11;2;42;-12;1;0;165;272;40;;acc;26;;cta 1;3;120;27;61;12;2;36;-13;0;2;189;120;tRNA tRNA;intra;;37;;caa 1;1;130;37;57;13;2;19;-14;10;17;189;37;3* 45;;atc gca;18;;caa 1;1;140;33;55;14;1;47;-15;1;0;210;92;tRNA tRNA;contig;;51;;atgj ;3;150;34;50;15;6;26;-16;2;2;106;184;11;;tgg;35;;cag 1;2;160;38;45;16;3;25;-17;3;8;117;347;**;;gac;**;;cag 1;5;170;26;31;17;3;18;-18;2;0;150;59;;;;31;;ctg ;0;180;24;37;18;4;14;-19;1;5;102;125;;;;35;;ctg 1;2;190;43;31;19;1;17;-20;2;10;167;78;;;;**;;ctg 1;2;200;21;30;20;2;20;-21;0;0;398;237;;;;159;;ggc ;2;210;24;30;21;2;18;-22;1;1;91;510;;;;**;;ggc ;0;220;36;33;22;3;18;-23;1;7;408;367;;;;9;;acc ;1;230;21;23;23;0;11;-24;3;0;14;235;;;;119;;gga 3;0;240;13;19;24;3;17;-25;2;4;203;135;;;;11;;tac 2;0;250;15;25;25;4;9;-26;4;6;200;243;;;;**;;aca 1;0;260;19;27;26;5;7;-27;1;0;105;102;;;;43;;cca ;0;270;18;25;27;2;12;-28;1;3;144;58;;;;23;;ctc 2;0;280;14;22;28;5;4;-29;2;6;345;162;;;;61;;cac ;2;290;10;23;29;3;8;-30;3;0;315;71;;;;**;;cgg 1;1;300;7;19;30;1;22;-31;1;2;283;324;;;;37;;atgf ;0;310;11;16;31;6;8;-32;0;5;150;41;;;;37;;atgf ;1;320;15;10;32;4;7;-33;2;0;123;93;;;;**;;atgf 1;0;330;13;12;33;3;11;-34;1;0;192;55;;;;6;;agc ;0;340;9;5;34;5;10;-35;1;5;74;298;;;;201;;cgt 1;1;350;3;12;35;3;8;-36;0;0;100;;;;;200;;cgt ;0;360;6;14;36;6;11;-37;0;0;655;;;;;**;;cgt 1;0;370;13;8;37;5;11;-38;1;2;100;;;;;7;;aaa 1;0;380;15;10;38;11;9;-39;2;0;49;;;;;47;;gta ;0;390;10;3;39;14;9;-40;0;1;502;;;;;**;;gta ;1;400;8;9;40;3;10;-41;2;2;151;;;;;42;;gcc 3;5;reste;122;138;reste;1014;1461;-42;0;0;111;;;;;**;;gcc 35;42;total;1185;2286;total;1185;2286;-43;0;2;CDS 16s;;;;;100;;atgi 32;37;diagr;1051;2130;diagr;159;807;-44;0;1;364;339;;;;**;;aga 1;1;t30;99;713;;;;-45;0;0;370;477;;;;56;;ggc ;;;;;;;;-46;1;1;161;467;;;;14;;tgc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;2;0;;264;;;;**;;tta ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;3;0;23s 5s;;;;;7;;gtc ;x;1173;119;12;1304;;;-49;2;0;7* 169;;;;;**;;gtc ;c;2268;617;18;2903;;;-50;1;0;5s CDS;;;;;;; ;;;;;4207;537;;reste;7;4;300;113;;;;;; ;;;;;;4744;;total;119;617;56;98;;;;;; ;;;;;;;;;;;;460;;;;;; </pre> =====eal autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_autres_intercalaires_aas|eal autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;eal;;;;; deb;;CDS;1006;1392;99;*; ;comp;gene;1492;5941;-3070;*; fin;;CDS;2872;2988;;; deb;;CDS;3611;3976;-366;*; ;;mobile_el;3611;4839;-906;*; fin;;CDS;3934;4839;;; deb;;CDS;14985;15332;-348;*; ;;mobile_el;14985;16921;-1540;*; ;;gene;15382;16569;549;*; fin;;CDS;17119;18501;;; deb;comp;CDS;34568;34681;26;*; ;;gene;34708;38448;-4;*; fin;;CDS;38445;39989;;; deb;comp;CDS;99647;99793;-25;*; ;;gene;99769;99909;51;*; fin;;CDS;99961;100896;;0; deb;comp;CDS;102850;103833;195;*; ;;gene;104029;105320;30;*; fin;comp;CDS;105351;105914;;0; deb;;CDS;191840;192184;85;*; ;comp;gene;192270;193340;282;*; fin;comp;CDS;193623;194339;;0; deb;;CDS;199369;199794;-426;*; ;;mobile_el;199369;201785;-1995;*; fin;;CDS;199791;200141;;; deb;;CDS;218062;218904;158;*; ;;tRNA;219063;219144;212;*;tac ;;tRNA;219357;219438;376;*;tac fin;comp;CDS;219815;220912;;; deb;comp;CDS;239027;239722;104;*; ;comp;gene;239827;239964;271;*; fin;;CDS;240236;241336;;0; deb;comp;CDS;242534;244144;22;*; ;comp;gene;244167;244856;122;*; deb;;CDS;244979;245305;-327;*; ;;mobile_el;244979;246192;-891;*; fin;;CDS;245302;246192;;0; deb;;CDS;277602;278456;130;*; ;;gene;278587;280453;49;*; fin;comp;CDS;280503;280757;;0; deb;comp;CDS;285209;286279;9;*; ;comp;gene;286289;287587;329;*; fin;;CDS;287917;289449;;0; deb;comp;CDS;297458;298864;-1407;*; ;comp;mobile_el;297458;299261;-348;*; fin;comp;CDS;298914;299261;;; deb;comp;CDS;300053;300712;71;*; ;comp;gene;300784;300984;220;*; fin;;CDS;301205;301894;;; deb;comp;CDS;303386;307822;-3485;*; ;;repeat_reg;304338;304360;-23;*; ;;misc_f;304338;304432;-72;*; ;;repeat_reg;304361;304409;0;*; ;;repeat_reg;304410;304432;3985;*; fin;;CDS;308418;308762;;; deb;;CDS;309802;310167;-366;*; ;;mobile_el;309802;311030;-906;*; fin;;CDS;310125;311030;;; deb;;CDS;313323;313712;-232;*; ;;repeat_reg;313481;313501;-21;*; ;;misc_f;313481;313581;-93;*; ;;repeat_reg;313489;313509;-13;*; ;;repeat_reg;313497;313517;-16;*; ;;repeat_reg;313502;313520;-11;*; ;;repeat_reg;313510;313528;276;*; fin;comp;CDS;313805;314563;;; deb;comp;CDS;316137;316262;245;*; ;;gene;316508;316948;113;*; fin;comp;CDS;317062;318312;;1; deb;;CDS;332934;333359;-426;*; ;;mobile_el;332934;335350;-1995;*; fin;;CDS;333356;333706;;; deb;comp;CDS;411963;412901;233;*; ;;tRNA;413135;413219;276;*;tcc fin;comp;CDS;413496;414182;;; deb;;CDS;422060;426022;39;*; ;comp;gene;426062;426701;264;*; fin;;CDS;426966;427097;;; deb;comp;CDS;461328;462446;441;*; ;;tRNA;462888;462972;601;*;tca fin;comp;CDS;463574;463717;;0; deb;;CDS;463890;464255;-366;*; ;;mobile_el;463890;465118;-906;*; fin;;CDS;464213;465118;;; deb;comp;CDS;488610;488825;294;*; ;comp;tRNA;489120;489191;6;*;gga ;comp;tRNA;489198;489270;162;*;aca fin;comp;CDS;489433;489567;;; deb;comp;CDS;522240;523853;-1614;*; ;comp;mobile_el;522240;524454;-605;*; ;comp;gene;523850;524032;-4;*; fin;comp;CDS;524029;524454;;; deb;comp;CDS;545508;546056;180;*; ;comp;gene;546237;548084;260;*; fin;comp;CDS;548345;552805;;; deb;;CDS;590349;590696;-348;*; ;;mobile_el;590349;592284;-1539;*; fin;;CDS;590746;592284;;0; deb;comp;CDS;603716;607669;-1361;*; ;;repeat_reg;606309;606328;-20;*; ;;misc_f;606309;606445;-117;*; ;;repeat_reg;606329;606347;0;*; ;;repeat_reg;606348;606367;0;*; ;;repeat_reg;606368;606386;0;*; ;;repeat_reg;606387;606406;0;*; ;;repeat_reg;606407;606425;0;*; ;;repeat_reg;606426;606445;1358;*; fin;comp;CDS;607804;608298;;0; deb;;CDS;614451;614669;479;*; ;;tRNA;615149;615233;284;*;tcc fin;;CDS;615518;615646;;0; deb;;CDS;625353;625628;-276;*; ;;mobile_el;625353;626050;-504;*; fin;;CDS;625547;626050;;; deb;comp;CDS;660139;661350;273;*; ;;gene;661624;662214;34;*; fin;comp;CDS;662249;662533;;0; deb;;CDS;664227;664940;-14;*; ;comp;gene;664927;666254;7;*; fin;comp;CDS;666262;668610;;; deb;comp;CDS;730722;731225;-504;*; ;comp;mobile_el;730722;731371;-228;*; fin;comp;CDS;731144;731419;;0; deb;comp;CDS;747736;748551;79;*; ;comp;gene;748631;749979;68;*; fin;comp;CDS;750048;750362;;0; deb;comp;CDS;756185;756652;170;*; ;comp;tRNA;756823;756895;5;*;aaa ;comp;tRNA;756901;756973;48;*;gta ;comp;tRNA;757022;757094;5;*;aaa ;comp;tRNA;757100;757172;48;*;gta ;comp;tRNA;757221;757293;164;*;aaa fin;comp;CDS;757458;758249;;; deb;;CDS;782199;782768;47;*; ;;gene;782816;785265;13;*; fin;;CDS;785279;786010;;; deb;comp;CDS;797253;797513;3;*; ;comp;gene;797517;798173;1830;*; fin;comp;CDS;800004;803876;;; deb;;CDS;832389;834305;223;*; ;;tRNA;834529;834602;10;*;atgj ;;tRNA;834613;834694;26;*;cta ;;tRNA;834721;834792;37;*;caa ;;tRNA;834830;834901;18;*;caa ;;tRNA;834920;834993;51;*;atgj ;;tRNA;835045;835116;35;*;cag ;;tRNA;835152;835223;156;*;cag fin;comp;CDS;835380;836555;;0; deb;comp;CDS;849004;850455;-4;*; ;comp;gene;850452;851159;103;*; fin;;CDS;851263;851817;;0; deb;comp;CDS;957178;958083;-906;*; ;comp;mobile_el;957178;958406;-366;*; fin;comp;CDS;958041;958406;;; deb;comp;CDS;958518;960056;-1539;*; ;comp;mobile_el;958518;960453;-348;*; deb;comp;CDS;960106;960453;867;*; ;;gene;961321;961434;545;*; fin;;CDS;961980;962675;;; 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K-12 substr. MG1655;;;;;;; 50.6%GC;10.3.19 Paris;16s 7 ;89;doubles;interca;EcoCyc;adIP ;223771..225312;;16s;;68;opéron; ;225381..225457;;atc;;42;ileV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30045] ;225500..225575;;gca;;183;« ; ;225759..228662;;23s;;93;« ; ;228756..228875;;5s;@1;52;« ; ;228928..229004;;gac;;;aspU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30024] ;;;;;;; ;236931..237007;;gac;;;; ;;;;;;; ;262871..262946;;acg;;;; ;;;;;;; ;564723..564799;;aga;;;; ;;;;;;; comp;696430..696504;;cag;+;37;opéron; comp;696542..696616;;cag;2 cag;47;glnT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30029] comp;696664..696740;;atg;2 atg;15;« ; comp;696756..696830;;caa;2 caa;34;« ; comp;696865..696939;;caa;;23;« ; comp;696963..697047;;cta;;9;« ; comp;697057..697133;;atg;;;; ;;;;;;; ;780554..780629;;aaa;+;135;lysT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30055] ;780765..780840;;gta;5 aaa;2;opéron; ;780843..780918;;aaa;2 gta;149;« ; ;781068..781143;;gta;;3;valZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6389] ;781147..781222;;aaa;;146;opéron; ;781369..781444;;aaa;;132;lysZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6391] ;781577..781652;;aaa;;;lysQ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6392] ;;;;;;EcoCyc;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30055&chromosome=COLI-K12] comp;925884..925971;;tcc;;;InfA-serW;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30096&chromosome=COLI-K12] ;;;;;;; comp;1031625..1031712;;tca;;;; ;;;;;;; comp;1097565..1097652;;tcc;;;; ;;;;;;; comp;1287087..1287176;;tpr ;cds 90pb;67;tpr; comp;1287244..1287328;;tac;+;209;opéron; comp;1287538..1287622;;tac;2 tac;;tyrT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30106] ;;;;;;; ; 1746435..1746511;;gtc;+;4;valV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30111] ; 1746516..1746592;;gtc;2 gtc;;opéron; ;;;;;;«RNA 67pb; comp;1991815..1991901;;tta;;12;leuZ;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1983402/2000314] comp;1991914..1991987;;tgc;;54;« ; comp;1992042..1992117;;ggc;;;opéron; ;;;;;;; comp;2043468..2043557;;tcg;;;; ;;;;;;; ;2044549..2044624;;aac;;;; ;;;;;;; comp;2058027..2058102;;aac;;;; ;;;;;;; ; 2059851..2059926;;aac;;;; ;;;;;;; ;2062260..2062335;;aac;;;; ;;;;;;; ;2286211..2286287;;ccc;;;; ;;;;;;; ;2466309..2466383;;agg;;;; ;;;;;;; comp;2518041..2518116;;gcc;+;39;alaX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30012] comp;2518156..2518231;;gcc;2 gcc;;opéron; ;;;;;;; ;2520931..2521006;;gta;+;44;valU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30110] ;2521051..2521126;;gta;3gta;46;opéron; ;2521173..2521248;;gta;;4;« ; ;2521253..2521328;;aaa;;;« ; ;;;;;;; comp;2726069..2726188;;5s;@2;92;opéron; comp;2726281..2729184;;23s;;184;; comp;2729369..2729444;;gaa;;171;; comp;2729616..2731157;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2785762..2785837;;atgi;;;; ;;;;;;; comp;2817784..2817860;;cgt;+;198;« ; comp;2818059..2818135;;cgt;4 cgt;62;« ; comp;2818198..2818274;;cgt;;198;« ; comp;2818473..2818549;;cgt;;3;opéron; comp;2818553..2818645;;agc;;;serV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30013] ;;;;;;; ;2947387..2947463;;atgf;+;33;opéron; ;2947497..2947573;;atgf;3 atgf;33;metW;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG31117] ;2947607..2947683;;atgf;;;« ; ;;;;;;; comp;2998984..2999057;;ggg;;;; ;;;;;;; ;3110366..3110441;;ttc;;;; ;;;;;;; ;3215598..3215673;;atgi;;;; ;;;;;;; comp;3318213..3318289;;atgf;;;; ;;;;;;; comp;3322072..3322158;;ctc;;;; ;;;;;;; comp;3423423..3423542;;5s;;37;« ; comp;3423580..3423655;;acc;;12;« ; comp;3423668..3423787;;5s;;92;« ; comp;3423880..3426783;;23s;;174;« ; comp;3426958..3427033;;gca;;42;« ; comp;3427076..3427152;;atc;;68;ileU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30044] comp;3427221..3428762;;16s;;;opéron; ;;;;;;; comp;3708616..3708692;;ccg;;;; ;;;;;;; ;3836222..3836316;;tga;;;; ;;;;;;ecoliwiki;[https://ecoliwiki.org/colipedia/index.php/Category:rRNA_operons] ;3941808..3943349;;16s;;85;gltU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30033] ;3943435..3943510;;gaa;;193;opéron; ;3943704..3946607;;23s;;92;« ; ;3946700..3946819;;5s;;52;« ; ;3946872..3946948;;gac;;8;aspT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30023] ;3946957..3947032;;tgg;;;trpT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30105] ;;;;;;; ;3982375..3982451;;cgg;;57;argX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30017] ;3982509..3982585;;cac;;20;opéron; ;3982606..3982692;;ctg;;42;« ; ;3982735..3982811;;cca;;;« ; ;;;;;;; ;4035531..4037072;;16s;;68;opéron; ;4037141..4037217;;atc;;42;ileT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30043] ;4037260..4037335;;gca;;183;« ; ;4037519..4040423;;23s;;93;« ; ;4040517..4040636;;5s;;;« ; ;;;;;;; ;4166659..4168200;;16s;;171;opéron; ;4168372..4168447;;gaa;;193;; ;4168641..4171544;;23s;;92;; ;4171637..4171756;;5s;;;; ;;;;;;; ;4175388..4175463;;aca;@3;8;thrU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30101] ;4175472..4175556;;tac;;116;opéron; ;4175673..4175747;;gga;;6;« ; ;4175754..4175829;;acc;;114;« ; ;4175944..4177128;;tufb;cds 1185 pb;;« ; ;;;;;;; ;4208147..4209688;;16s;;85;opéron; ;4209774..4209849;;gaa;;193;; ;4210043..4212946;;23s;;93;; ;4213040..4213159;;5s;;;; ;;;;;;; comp;4362551..4362626;;ttc;;;; ;;;;;;; ;4392360..4392435;;ggc;+;36;opéron; ;4392472..4392547;;ggc;3 ggc;35;glyX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30040] ;4392583..4392658;;ggc;;;« ; ;;;;;;; ;4496405..4496489;;ttg;;;; ;;;;;;; comp;4606079..4606165;;ctg;+;34;opéron; comp;4606200..4606286;;ctg;3 ctg;28;leuV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30051] comp;4606315..4606401;;ctg;;;« ; </pre> ====eco cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cumuls|eco cumuls]] <pre> eco cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;10;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;0;60;6;;150;;60;;400; ;max a;3;80;1;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;0;;250;;100;;600; ;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700; ;total aas;14;140;2;;350;;140;;800; sans ;opérons;36;160;2;;400;;160;;900; ;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000; ;max a;7;200;2;;500;;200;;1100; ;a doubles;10;;1;;;;;;; ;total aas;72;;36;0;;0;;0;;0 total aas;;86;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;57;;;;;;; ;;;variance;60;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; </pre> ====eco cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cds|eco cds]] <pre> les CDS eco pour opérons;;;;;;;;; clusters;6.8.19 Paris ;;;interca;cdsa;promoteur;terminateur;notes; ;222833..223408;;cds;362;192;sigma FIS;;; ;223771..225312;;16s;68;;;;; ;225381..225457;;atc;42;;;;; ;225500..225575;;gca;183;;;;; ;225759..228662;;23s;93;;;;; ;228756..228875;;5s;52;;;;; ;228928..229004;;gac;162;;Terminateur;+ sigma;; ;229167..229970;;cds;;268;;;; ;;;;;;;;; comp;2724448..2725746;;cds;322;433;rien;début opéron ;rien; comp;2726069..2726188;;5s;92;;;;; comp;2726281..2729184;;23s;184;;;;; comp;2729369..2729444;;gaa;171;;;;; comp;2729616..2731157;;16s;442;;sigma FIS;;; comp;2731600..2734173;;cds;;858;;;; ;;;;;;;;; ;3422436..3423194;;cds;228;253;Terminateur;fin opéron ;rien; comp;3423423..3423542;;5s;37;;;;; comp;3423580..3423655;;acc;12;;;;; comp;3423668..3423787;;5s;92;;;;; comp;3423880..3426783;;23s;174;;;;; comp;3426958..3427033;;gca;42;;;;; comp;3427076..3427152;;atc;68;;;;; comp;3427221..3428762;;16s;473;;sigma FIS;;; ;3429236..3429790;;cds;;185;;;; ;;;;;;;;; comp;3940635..3941327;;cds;480;231;sigma FIS;;; ;3941808..3943349;;16s;85;;;;; ;3943435..3943510;;gaa;193;;;;; ;3943704..3946607;;23s;92;;;;; ;3946700..3946819;;5s;52;;;;; ;3946872..3946948;;gac;8;;;;; ;3946957..3947032;;tgg;95;;Terminateur;fin opéron ;rien; comp;3947128..3947967;;cds;;280;;;; ;;;;;;;;; ;4034608..4035153;;cds;377;182;Sigma Lrp-leu;;; ;4035531..4037072;;16s;68;;;;; ;4037141..4037217;;atc;42;;;;; ;4037260..4037335;;gca;183;;;;; ;4037519..4040423;;23s;93;;;;; ;4040517..4040636;;5s;228;;;;; ;4040865..4040900;;rprg;5;;pas de Term;fin opéron ;rien; comp;4040906..4041433;;cds;;176;;;; ;;;;;;;;; ;4165428..4166285;;cds;373;286;Sigma Lrp-leu;;; ;4166659..4168200;;16s;171;;;;; ;4168372..4168447;;gaa;193;;;;; ;4168641..4171544;;23s;92;;;;; ;4171637..4171756;;5s;300;;Terminateur;début opéron ;rien; ;4172057..4173085;;cds;;343;;;; ;;;;;;;;; comp;4205943..4207532;;cds;614;530;sigma FIS;;; ;4208147..4209688;;16s;85;;;;; ;4209774..4209849;;gaa;193;;;;; ;4210043..4212946;;23s;93;;;;; ;4213040..4213159;;5s;74;;Terminateur;début opéron ;rien; ;4213234..4213617;;cds;;128;;;; ;;;;;;;;; ;695101..696276;;cds;31;392;;;; comp;696308..696378;;rprg;51;;Terminateur;fin opéron;rien; comp;696430..696504;;cag;37;;;;; comp;696542..696616;;cag;47;;;;; comp;696664..696740;;atg;15;;;;; comp;696756..696830;;caa;34;;;;; comp;696865..696939;;caa;23;;;;; comp;696963..697047;;cta;9;;;;; comp;697057..697133;;atg;379;;sigma FIS;fin opéron;rien; comp;697513..699177;;cds;;555;;;; ;;;;;;;;; ;779598..780389;;cds;164;264;sigma FIS;fin opéron;rien; ;780554..780629;;aaa;135;;;;; ;780765..780840;;gta;2;;;;; ;780843..780918;;aaa;149;;;;; ;781068..781143;;gta;3;;;;; ;781147..781222;;aaa;146;;;;; ;781369..781444;;aaa;132;;;;; ;781577..781652;;aaa;432;;Terminateur;début opéron;NadR pas sigma; ;782085..783128;;cds;;348;;;; ;;;;;;;;; ;1286709..1286984;;cds;81;92;Terminateur;;; comp;1287066..1287236;;ncRNA;-150;;;;; comp;1287087..1287176;;tpr ;67;30;;;; comp;1287244..1287328;;tac;209;;;;; comp;1287538..1287622;;tac;159;;sigma FIS;;; comp;1287782..1288624;;cds;;281;;;; ;;;;;;;;; solitaires;;;;promoteur;terminateur;interc avant;interc après;protéines;lien ;236931..237007;;gac;sigma FIS;Term 1;133;328;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=228513/245425] ;262871..262946;;acg;sigma FIS;rien;115;204;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=262297/263521] ;564723..564799;;aga;sigma FIS;rien;243;16;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=564149/565373] comp;925884..925971;;InfA-tcc;sigma FIS;Term 1;344;254;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30096&chromosome=COLI-K12] comp;1031625..1031712;;tca;sigma FIS;Term 2;207;427;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1023213/1040125] comp;1097565..1097652;;tcc;sigma FIS;Term 4;736;234;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1089153/1106065] comp;2043468..2043557;;tcg;sigma -;Term 1;570;94;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2035057/2051969] ;2044549..2044624;;aac;sigma -;Term 1;101;314;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2036131/2053043] comp;2058027..2058102;;aac;sigma -;Term 1;453;101;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2049609/2066521] ; 2059851..2059926;;aac;sigma -;Term 1;5;38;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2051433/2068345] ;2062260..2062335;;aac;sigma NtrC;rien;327;56;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2053842/2070754] ;2286211..2286287;;ccc;sigma FIS;Term 1;75;103;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2277793/2294705] ;2466309..2466383;;agg;sigma -;Term 1;76;162;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2457890/2474802] comp;2785762..2785837;;atgi;rien;rien;410;-37;évidence faible1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2777344/2794256] comp;2998984..2999057;;ggg;sigma FIS;rien;156;79;évidence faible;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2990565/3007477] ;3110366..3110441;;ttc;sigma FIS;Term 1;106;149;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3101948/3118860] ;3215598..3215673;;atgi;sigma -;Term 1;125;54;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3207180/3224092] comp;3318213..3318289;;atgf;sigma FIS;Term 2;207;348;protéines1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3309795/3326707] comp;3322072..3322158;;ctc;sigma -;Term 1;459;15;protéine2;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3313659/3330571] comp;3708616..3708692;;ccg;sigma FIS;Term 2;911;92;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3700198/3717110] ;3836222..3836316;;tga;sigma -;rien;293;109;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3827813/3844725] comp;4362551..4362626;;ttc;sigma FIS;Term 1;198;107;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4354133/4371045] ;4496405..4496489;;ttg;sigma FIS;Term 1;196;261;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4487991/4504903] </pre> ====eco blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_blocs|eco blocs]] <pre> eco blocs;;;; 16s;68;16s;68;68 atc;42;atc;42;42 gca;174;gca;183;183 23s;92;23s;93;93 5s;12;5s;52; acc;37;gac;; 5s;;;; ;;;; 16s;85;171;171;85 gaa;193;184;193;193 23s;92;92;92;93 5s;52;;; gac;;;; </pre> ====eco distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_distribution|eco distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta3;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;3;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;;23;;4;;;29;;eco;;;;4;;;4 </pre> ====eco données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_données_intercalaires|eco données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;eco;fx;fc;eco;fx40;fc40;eco;c-;x-;c;x;c;x;;c;x; ;0;0;13;16;0;13;16;-1;162;0;162;242;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; 1;0;10;35;345;1;4;43;-2;0;2;132;153;2* 171;;gaa;37;;cag ;1;20;10;265;2;6;51;-3;0;0;327;343;3* 68;;atc;47;;cag ;0;30;18;135;3;10;44;-4;260;43;114;426;2* 85;;gaa;15;;atgj 2;0;40;63;79;4;5;27;-5;0;0;379;735;tRNA 23s;;;34;;caa ;0;50;78;73;5;1;14;-6;0;0;164;233;184;;gaa;23;;caa 2;0;60;51;104;6;3;13;-7;14;1;432;307;174;;gca;9;;cta ;1;70;37;89;7;3;24;-8;59;1;253;569;3* 193;;gaa;**;;atgj 1;3;80;21;88;8;1;15;-9;0;2;206;93;2* 183;;gca;135;;aaa ;0;90;29;67;9;2;56;-10;6;0;67;452;5s tRNA;;;2;;gta 2;3;100;34;82;10;0;58;-11;34;0;159;4;12;;acc;149;;aaa ;4;110;36;83;11;2;48;-12;0;1;107;37;2* 52;;gac;3;;gta ;2;120;32;58;12;3;39;-13;3;0;151;326;tRNA 5s;;;146;;aaa 1;0;130;33;52;13;0;23;-14;14;5;100;55;37;;acc;132;;aaa ;1;140;39;51;14;0;37;-15;0;0;313;235;tRNA tRNA;;intra;**;;aaa 1;1;150;28;50;15;1;23;-16;2;1;100;258;3* 42;;atc gca;209;;tac 1;3;160;39;41;16;2;20;-17;10;0;74;264;;;;**;;tac ;2;170;32;41;17;1;19;-18;0;2;75;208;;;;4;;gtc ;0;180;22;41;18;0;19;-19;4;1;208;73;;;;**;;gtc ;0;190;30;37;19;0;14;-20;9;1;750;148;;;;12;;tta 1;0;200;29;31;20;1;23;-21;0;2;280;124;;;;54;;tgc 1;4;210;35;36;21;1;17;-22;3;0;315;53;;;;**;;ggc ;0;220;29;37;22;0;18;-23;6;1;155;347;;;;39;;ggc ;0;230;20;20;23;1;13;-24;0;2;78;292;;;;**;;ggc 2;1;240;24;18;24;6;19;-25;2;2;105;95;;;;44;;gta 1;0;250;24;17;25;0;10;-26;7;1;206;361;;;;46;;gta 1;1;260;22;26;26;1;14;-27;0;1;458;195;;;;4;;gta 1;1;270;14;14;27;0;14;-28;3;1;14;38;;;;**;;aaa ;1;280;21;16;28;4;8;-29;4;1;910;;;;;198;;cgt ;0;290;17;21;29;2;9;-30;0;1;91;;;;;62;;cgt 1;0;300;9;17;30;3;13;-31;1;0;102;;;;;198;;cgt 1;0;310;9;13;31;3;6;-32;5;1;146;;;;;3;;cgt ;2;320;16;12;32;3;7;-33;0;1;114;;;;;**;;agc 1;1;330;7;11;33;2;7;-34;0;0;106;;;;;33;;atgf ;0;340;11;6;34;7;8;-35;1;3;210;;;;;33;;atgf 2;0;350;2;9;35;5;7;-36;0;0;233;;;;;**;;atgf ;0;360;11;10;36;4;15;-37;1;0;267;;;;;8;;gac 1;0;370;7;12;37;11;7;-38;1;1;CDS 16s ;;;;;**;;tgg ;1;380;18;4;38;6;7;-39;0;1;362;473;;;;57;;cgg ;0;390;6;3;39;14;8;-40;0;0;442;480;;;;20;;cac ;0;400;6;10;40;8;7;-41;0;1;377;614;;;;42;;ctg 5;4;reste;57;64;reste;935;1364;-42;0;0;373;;;;;**;;cca 29;37;total;1074;2204;total;1074;2204;-43;8;0;23s 5s;;;;;8;;aca 24;33;diagr;1004;2124;diagr;126;824;-44;1;1;3* 93;;;;;116;;tac 1;1;t30;63;745;;;;-45;0;0;4* 92;;;;;6;;gga ;;;;;;;;-46;0;0;5s CDS;;;;;**;;acc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;300;81;;;;36;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;1;74;228;;;;35;;ggc ;x;1061;95;13;1169;;;-49;1;0;;269;;;;**;;ggc ;c;2188;647;16;2851;;;-50;1;0;;;;;;34;;ctg ;;;;;4020;712;;reste;25;13;;;;;;28;;ctg ;;;;;;4732;;total;647;95;;;;;;**;;ctg </pre> =====eco autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires_aas|eco autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> ;autres intercalaires;;eco27622;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre inter;aas deb;;CDS;14168;15298;88;; ;;mobile_el;15387;16731;-1287;*; fin;;CDS;15445;16557;;; deb;comp;CDS;16751;16960;-9;; ;;ncRNA;16952;17010;478;*; fin;;CDS;17489;18655;;; deb;;CDS;18715;19620;175;; ;comp;mobile_el;19796;20563;-753;*; fin;comp;CDS;19811;20314;;; deb;comp;CDS;74497;75480;35;; ;comp;ncRNA;75516;75608;35;*; deb;comp;CDS;75644;77299;67;; ;;ncRNA;77367;77593;-206;*; fin;;CDS;77388;77519;;; deb;;CDS;91413;93179;-695;; ;;ncRNA;92485;92658;507;*; fin;;CDS;93166;94653;;; deb;comp;CDS;188712;189506;205;; ;;ncRNA;189712;189847;26;*; fin;;CDS;189874;190599;;; deb;;CDS;193521;194717;66;; ;;ncRNA;194784;194844;58;*; fin;;CDS;194903;195664;;; deb;;CDS;222833;223408;362;; 16s;;rRNA;223771;225312;68;*; ;;tRNA;225381;225457;42;*;atc 23s;;tRNA;225500;225575;183;*;gca 5s;;rRNA;225759;228662;93;*; ;;rRNA;228756;228875;52;*; ;;tRNA;228928;229004;162;*;gac fin;;CDS;229167;229970;;; deb;;CDS;236067;236798;132;; ;;tRNA;236931;237007;327;*;gac fin;;CDS;237335;238120;;; deb;comp;CDS;238257;238736;9;; ;comp;gene;238746;239084;105;*; ;;gene;239190;239378;40;*; fin;comp;CDS;239419;240189;;; deb;;CDS;247637;248134;223;; ;comp;gene;248358;250070;1;*; ;;gene;250072;250827;70;*; fin;;CDS;250898;251953;;; deb;;CDS;252709;253161;305;; ;;gene;253467;253733;-32;*; ;;gene;253702;254202;56;*; fin;comp;CDS;254259;255716;;; deb;;CDS;256527;257771;57;; ;;misc_f;257829;257899;8;*; ;comp;mobile_el;257908;258675;-753;*; fin;comp;CDS;257923;258426;;; deb;comp;CDS;258345;258620;55;; ;;misc_f;258676;259006;38;*; fin;comp;CDS;259045;260100;;; deb;;CDS;261503;262756;114;; ;;tRNA;262871;262946;-49;*;acg ;;misc_f;262898;297205;-34056;*; ;comp;gene;263150;263212;115;*; fin;comp;CDS;263328;263669;;; deb;comp;CDS;266110;266553;-1;; ;comp;gene;266553;266774;1;*; ;comp;gene;266776;266967;216;*; fin;comp;CDS;267184;268005;;; deb;comp;CDS;269289;270182;23;; ;;mobile_el;270206;270540;-263;*; ;;misc_f;270278;270540;0;*; ;;mobile_el;270541;271761;-1159;*; deb;;CDS;270603;271754;7;; ;;mobile_el;271762;272190;-427;*; ;;misc_f;271764;272190;389;*; ;;ncRNA;272580;272654;192;*; deb;;CDS;272847;273992;-38;; ;comp;mobile_el;273955;275149;-1049;*; fin;comp;CDS;274101;275081;;; deb;comp;CDS;277756;278802;11;; ;comp;gene;278814;279162;0;*; ;comp;mobile_el;279163;279930;-753;*; fin;comp;CDS;279178;279681;;; deb;comp;CDS;279600;279875;55;; ;;gene;279931;280104;-174;*; ;;mobile_el;279931;280111;2;*; ;comp;gene;280114;280362;-249;*; ;comp;mobile_el;280114;280425;-41;*; fin;comp;CDS;280385;280735;;; deb;;CDS;290510;290638;-5;; ;comp;mobile_el;290634;291401;-753;*; fin;comp;CDS;290649;291152;;; deb;comp;CDS;313141;313242;473;; ;comp;gene;313716;313805;551;*; ;;gene;314357;315244;-16;*; ;;mobile_el;315229;316483;-1193;*; fin;;CDS;315291;315590;;; deb;;CDS;315587;316453;-4;; ;comp;gene;316450;317136;302;*; ;;gene;317439;317567;158;*; fin;comp;CDS;317726;318319;;; deb;comp;CDS;380069;380842;1;; ;comp;misc_f;380844;381260;-1;*; ;;mobile_el;381260;382590;-1240;*; fin;;CDS;381351;381716;;; deb;;CDS;381674;382579;11;; ;comp;misc_f;382591;382872;-134;*; fin;comp;CDS;382739;383935;;; deb;comp;CDS;388753;389727;523;; ;;misc_f;390251;391708;-117;*; deb;comp;CDS;391592;391648;60;; ;comp;mobile_el;391709;392966;-1228;*; fin;comp;CDS;391739;392605;;; deb;comp;CDS;392602;392901;68;; ;;misc_f;392970;394418;87;*; fin;;CDS;394506;395129;;; deb;;CDS;408177;408461;147;; ;;gene;408609;408950;-4;*; fin;;CDS;408947;409030;;; deb;comp;CDS;475982;476371;76;; ;;ncRNA;476448;476561;110;*; fin;;CDS;476672;477025;;; deb;comp;CDS;506603;507082;121;; ;;ncRNA;507204;507287;-2;*; fin;comp;CDS;507286;508080;;; deb;;CDS;527581;527949;-1;; ;;gene;527949;528659;-20;*; ;;gene;528640;529130;366;*; ;;gene;529497;529592;52;*; fin;comp;CDS;529645;530016;;; deb;;CDS;533011;533826;-198;; ;;ncRNA;533629;533863;52;*; fin;;CDS;533916;535697;;; deb;comp;CDS;563848;564480;242;; ;;tRNA;564723;564799;-45;*;aga ;;misc_f;564755;586056;-21242;*; deb;comp;CDS;564815;565978;-121;; ;comp;gene;565858;566079;18;*; ;comp;gene;566098;566361;14;*; ;;gene;566376;566687;-4;*; ;;misc_f;566684;566776;0;*; ;;mobile_el;566777;568034;-1193;*; fin;;CDS;566842;567141;;; deb;;CDS;567138;568004;30;; ;;misc_f;568035;568247;67;*; fin;;CDS;568315;568647;;; deb;;CDS;573956;574339;189;; ;comp;misc_f;574529;574586;4;*; ;comp;mobile_el;574591;575785;-1049;*; deb;comp;CDS;574737;575717;68;; ;comp;misc_f;575786;576825;572;*; fin;;CDS;577398;577613;;; deb;;CDS;580834;581379;-26;; ;;gene;581354;581662;-129;*; deb;;CDS;581534;582097;54;; ;comp;gene;582152;582806;68;*; fin;;CDS;582875;583060;;; deb;comp;CDS;606265;607383;349;; ;comp;ncRNA;607733;607792;43;*; deb;;CDS;607836;607988;18;; ;;mobile_el;608007;609351;-1287;*; fin;;CDS;608065;609177;;; deb;comp;CDS;657555;657938;92;; ;;gene;658031;658818;128;*; fin;;CDS;658947;659150;;; deb;comp;CDS;685929;686669;11;; ;comp;ncRNA;686681;686843;-5;*; deb;comp;CDS;686839;687747;103;; ;comp;mobile_el;687851;689045;-1049;*; fin;comp;CDS;687997;688977;;; deb;;CDS;695101;696276;153;; ;comp;tRNA;696430;696504;37;*;cag ;comp;tRNA;696542;696616;47;*;cag ;comp;tRNA;696664;696740;15;*;atgj ;comp;tRNA;696756;696830;34;*;caa ;comp;tRNA;696865;696939;23;*;caa ;comp;tRNA;696963;697047;9;*;cta ;comp;tRNA;697057;697133;379;*;atgj fin;comp;CDS;697513;699177;;; deb;;CDS;706093;707757;478;; ;;ncRNA;708236;708333;0;*; fin;;CDS;708334;709740;;; deb;;CDS;715412;715906;40;; ;comp;gene;715947;716597;123;*; ;comp;gene;716721;716870;75;*; fin;comp;CDS;716946;718265;;; deb;;CDS;733776;734102;117;; ;;gene;734220;735653;-4;*; fin;;CDS;735650;736219;;; deb;;CDS;736445;736699;200;; ;;gene;736900;737961;130;*; fin;;CDS;738092;738853;;; deb;;CDS;764180;765049;0;; ;;ncRNA;765050;765150;2;*; fin;comp;CDS;765153;765875;;; deb;;CDS;779598;780389;164;; ;;tRNA;780554;780629;135;*;aaa ;;tRNA;780765;780840;2;*;gta ;;tRNA;780843;780918;149;*;aaa ;;tRNA;781068;781143;3;*;gta ;;tRNA;781147;781222;146;*;aaa ;;tRNA;781369;781444;132;*;aaa ;;tRNA;781577;781652;432;*;aaa fin;;CDS;782085;783128;;; deb;;CDS;836351;837436;-2;; ;comp;ncRNA;837435;837531;-29;*; fin;;CDS;837503;837562;;; deb;comp;CDS;851014;852597;127;; ;comp;ncRNA;852725;853064;-196;*; fin;comp;CDS;852869;852997;;; deb;;CDS;887423;887959;19;; ;comp;ncRNA;887979;888057;76;*; fin;comp;CDS;888134;889819;;; deb;;CDS;923264;925540;343;; ;comp;tRNA;925884;925971;253;*;tcc fin;comp;CDS;926225;926443;;; deb;comp;CDS;1030759;1031418;206;; ;comp;tRNA;1031625;1031712;426;*;tca fin;;CDS;1032139;1033257;;; deb;comp;CDS;1049439;1049744;33;; ;;mobile_el;1049778;1050545;-713;*; fin;;CDS;1049833;1050108;;; deb;;CDS;1079305;1080813;542;; ;;gene;1081356;1082185;57;*; fin;;CDS;1082243;1083370;;; deb;;CDS;1092876;1094234;10;; ;comp;mobile_el;1094245;1095502;-1228;*; fin;comp;CDS;1094275;1095141;;; deb;comp;CDS;1095138;1095437;106;; ;;gene;1095544;1095846;-4;*; deb;;CDS;1095843;1096829;735;; ;comp;tRNA;1097565;1097652;233;*;tcc fin;;CDS;1097886;1098824;;; deb;;CDS;1140033;1140986;-1;; ;;ncRNA;1140986;1141063;118;*; fin;comp;CDS;1141182;1144367;;; 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deb;;CDS;4156850;4158223;54;; ;comp;ncRNA;4158278;4158394;95;*; fin;;CDS;4158490;4159407;;; deb;;CDS;4165428;4166285;373;; 16s;;rRNA;4166659;4168200;171;*; ;;tRNA;4168372;4168447;193;*;gaa 23s;;rRNA;4168641;4171544;92;*; 5s;;rRNA;4171637;4171756;300;*; fin;;CDS;4172057;4173085;;; deb;comp;CDS;4174076;4175026;361;; ;;tRNA;4175388;4175463;8;*;aca ;;tRNA;4175472;4175556;116;*;tac ;;tRNA;4175673;4175747;6;*;gga ;;tRNA;4175754;4175829;114;*;acc fin;;CDS;4175944;4177128;;; deb;;CDS;4189786;4190325;1;; ;comp;ncRNA;4190327;4190487;247;*; fin;comp;CDS;4190735;4191868;;; deb;comp;CDS;4205943;4207532;614;; 16s;;rRNA;4208147;4209688;85;*; ;;tRNA;4209774;4209849;193;*;gaa 23s;;rRNA;4210043;4212946;93;*; 5s;;rRNA;4213040;4213159;74;*; fin;;CDS;4213234;4213617;;; deb;;CDS;4218596;4220332;-1454;; ;;ncRNA;4218879;4218963;1337;*; fin;comp;CDS;4220301;4222487;;; deb;comp;CDS;4240779;4242254;276;; ;comp;ncRNA;4242531;4242633;-8;*; fin;comp;CDS;4242626;4243516;;; deb;;CDS;4249554;4250474;228;; ;;gene;4250703;4252283;222;*; fin;;CDS;4252506;4253003;;; deb;;CDS;4262840;4263082;56;; ;;ncRNA;4263139;4263249;-2;*; fin;comp;CDS;4263248;4264231;;; deb;;CDS;4277469;4277933;-8;; ;comp;ncRNA;4277926;4278066;412;*; fin;;CDS;4278479;4279828;;; deb;comp;CDS;4321697;4322422;20;; ;comp;gene;4322443;4323281;54;*; fin;comp;CDS;4323336;4324352;;; deb;comp;CDS;4360396;4361934;256;; ;comp;gene;4362191;4362353;197;*; ;comp;tRNA;4362551;4362626;106;*;ttc fin;comp;CDS;4362733;4363308;;; deb;comp;CDS;4365472;4366773;65;; ;comp;ncRNA;4366839;4366951;-61;*; fin;comp;CDS;4366891;4368327;;; deb;;CDS;4391604;4392149;210;; ;;tRNA;4392360;4392435;36;*;ggc ;;tRNA;4392472;4392547;35;*;ggc ;;tRNA;4392583;4392658;233;*;ggc fin;;CDS;4392892;4392945;;; deb;comp;CDS;4426628;4427422;271;; ;;gene;4427694;4428095;-17;*; fin;comp;CDS;4428079;4428717;;; deb;;CDS;4457959;4459311;176;; ;;gene;4459488;4459855;44;*; fin;comp;CDS;4459900;4460364;;; deb;comp;CDS;4495190;4496209;195;; ;;tRNA;4496405;4496489;185;*;ttg ;;misc_f;4496675;4497940;-1191;*; ;;gene;4496750;4497940;240;*; ;;mobile_el;4498181;4499511;-1240;*; fin;;CDS;4498272;4498637;;; deb;;CDS;4498595;4499500;92;; ;comp;gene;4499593;4500791;468;*; deb;;CDS;4501260;4501589;500;; ;comp;mobile_el;4502090;4503515;-1413;*; fin;comp;CDS;4502103;4503431;;; deb;;CDS;4506448;4506573;52;; ;comp;gene;4506626;4506856;4;*; ;;gene;4506861;4507109;15;*; ;;mobile_el;4507125;4507458;-262;*; ;;misc_f;4507197;4507451;7;*; ;comp;mobile_el;4507459;4508679;-1214;*; deb;comp;CDS;4507466;4508617;62;; ;comp;mobile_el;4508680;4509006;-323;*; ;comp;gene;4508684;4508942;64;*; ;;mobile_el;4509007;4509801;-793;*; ;;misc_f;4509009;4509479;-1;*; ;;misc_f;4509479;4509793;10;*; ;;gene;4509804;4510133;556;*; fin;comp;CDS;4510690;4511457;;; deb;;CDS;4518372;4518440;31;; ;;mobile_el;4518472;4519239;-713;*; deb;;CDS;4518527;4518802;-82;; ;;gene;4518721;4519224;113;*; fin;comp;CDS;4519338;4520324;;; deb;comp;CDS;4527549;4527980;-4;; ;;ncRNA;4527977;4528066;44;*; fin;comp;CDS;4528111;4528917;;; deb;comp;CDS;4530530;4531651;398;; ;comp;gene;4532050;4532310;126;*; fin;comp;CDS;4532437;4533183;;; deb;comp;CDS;4533796;4534053;376;; ;comp;gene;4534430;4534675;339;*; ;;gene;4535015;4536031;565;*; fin;;CDS;4536597;4536695;;; deb;comp;CDS;4568692;4568727;270;; ;;gene;4568998;4569918;243;*; fin;comp;CDS;4570162;4571574;;; deb;;CDS;4572414;4573931;203;; ;;gene;4574135;4576855;56;*; fin;comp;CDS;4576912;4577958;;; deb;comp;CDS;4579499;4579840;-6;; ;;ncRNA;4579835;4579911;156;*; fin;comp;CDS;4580068;4581462;;; deb;;CDS;4605804;4606040;38;; ;comp;tRNA;4606079;4606165;34;*;ctg ;comp;tRNA;4606200;4606286;28;*;ctg ;comp;tRNA;4606315;4606401;267;*;ctg fin;comp;CDS;4606669;4607700;;; </pre> ====eco intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_entre_cds|eco intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> eco;6.2.21 Paris;;eco 23-9-2020;;;;;;; eco;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;738;18.3;'''négatif ;-9;14;-1 à -89;'''4 641 652;-1;738 ;'''zéro;29;0.7;;;;;'''intercals;0;29 ;'''1 à 200;2511;62.4;'''0 à 200;72;58;;'''421 229;5;203 ;'''201 à 370;572;14.2;'''201 à 370;264;47;;'''9.1%;10;174 ;'''371 à 600;142;3.5;'''371 à 600;440;60;;;15;176 ;'''601 à max;32;0.8;'''601 à 1028;693;97;;;20;99 ;'''total 4024;<201;81.5;'''total 4004;103;126;-89 à 950;;25;85 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;67 4538785;1455;-1;738;-70;30;;0;29;35;56 2901896;1372;0;29;-60;2;;-1;°163;40;87 2876581;950;1;°47;-50;2;;-2;2;45;80 2405703;919;2;°57;-40;12;;-3;0;50;72 4077449;852;3;°54;-30;18;'''min à -1;-4;°303;55;82 767978;846;4;°31;-20;45;738;-5;0;60;72 1985139;796;5;14;-10;84;18.3%;-6;0;65;66 310746;775;6;16;0;574;;-7;15;70;60 1253085;768;7;°26;10;377;;-8;°60;75;57 1102546;754;8;16;20;275;;-9;2;80;52 3111266;728;9;°58;30;152;;-10;6;85;50 2303905;714;10;°58;40;143;'''1 à 100;-11;°34;90;49 2455083;680;11;°50;50;152;1701;-12;1;95;58 3353121;674;12;42;60;154;42.3%;-13;3;100;56 1907448;669;13;23;70;126;;-14;°20;105;56 2798091;668;14;°37;80;109;;-15;0;110;64 83622;659;15;24;90;99;;-16;3;115;40 2136104;658;16;22;100;114;;-17;°10;120;51 4325298;657;17;20;110;120;;-18;2;125;34 4294481;641;18;19;120;91;;-19;5;130;53 1299567;634;19;14;130;87;;-20;°9;135;41 2404629;630;20;°24;140;90;;-21;2;140;49 4502103;626;21;18;150;78;;-22;3;145;26 582875;620;22;18;160;81;;-23;°7;150;52 4602088;618;23;14;170;72;'''1 à 200;-24;2;155;51 3922060;616;24;°25;180;62;2511;-25;4;160;30 384059;615;25;10;190;68;62.4%;-26;°8;165;36 3550080;611;26;15;200;61;;-27;1;170;36 1711523;610;27;14;210;72;;-28;4;175;34 1292509;604;28;12;220;66;;-29;°5;180;28 985894;602;29;11;230;40;;-30;1;185;36 88028;601;30;15;240;41;'''0 à 200;-31;1;190;32 4150447;597;31;9;250;41;2540;-32;°7;195;31 654583;588;32;10;260;47;;;712;200;30 1089866;586;33;10;270;27;;reste;55;205;39 ;;34;15;280;37;;total;767;210;33 ;;35;12;290;38;;;;215;29 ;;36;°19;300;26;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;37 ;;37;18;310;22;;600;3992;225;16 ;;38;13;320;29;;610;4;230;24 ;;39;°22;330;18;;620;5;235;19 ;;40;15;340;18;'''201 à 370;630;2;240;22 ;;reste;2310;350;11;572;640;1;245;24 ;;total;4024;360;20;14.2%;650;1;250;17 ;;;;370;19;;660;3;255;19 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;23;;670;2;260;28 164730;-2400;cont;2400;390;9;;680;2;265;15 2731600;-2130;cont;2130;400;18;;690;0;270;12 492092;-1295;cont;1295;410;10;;700;0;275;23 4577958;-897;cont;897;420;7;;710;0;280;14 1179520;-729;cont;729;430;13;;720;1;285;21 3111128;-723;comp';'''20;440;8;;730;1;290;17 3838248;-530;comp';'''20;450;3;;740;0;295;17 10643;-527;comp';'''486;460;8;;750;0;300;9 1639030;-448;cont;'''255;470;4;;760;1;305;10 3796948;-436;comp';'''75;480;6;;770;1;310;12 578107;-242;cont;'''123;490;3;;780;1;315;14 508875;-212;cont;212;500;4;;790;0;320;15 3993739;-210;comp';210;510;1;;800;1;325;8 16751;-153;cont;153;520;5;;810;0;330;10 1240260;-129;comp';129;530;3;;820;0;335;10 4011076;-113;comp';113;540;3;'''371 à 600;830;0;340;8 1491922;-110;cont;110;550;4;142;840;0;345;7 3086145;-102;comp';102;560;3;3.5%;850;1;350;4 3519465;-89;cont;89;570;1;;860;1;355;13 1529922;-86;comp';86;580;3;'''601 à max;total;28;360;7 2475873;-85;cont;85;590;2;32;;;365;13 19811;-82;cont;82;600;1;0.8%;;;370;6 257923;-82;cont;82;reste;32;;reste;4;reste;174 279178;-82;cont;82;total;4024;;total;4024;total;4024 </pre> ====eco intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> eco Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; eco;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;22;-151;195;32;532;230;max50;-74;565;-1405;124;805;255;min50 31 à 400;;;;;;;;7.6;-18;-162;50;934;79;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;94;44;-;489;dte;43;tm;197;65;-;540;poly;265;SF 31 à 400;;;;;;;;117;43;-;873;poly;61;tm </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> 25.1.22 Paris;;;;;;;;;;;;; ;400;200;250;;corrélation;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;-0.119;;;;;;;; 41-n;0.735;0.296;0.440;;;;;;;;;; 1-n;0.287;-0.178;-0.064;;;;;;;;25.1.22 Paris;; eco;fx;fc;;fx40;fc40;eco;fx%;fc%;;x;eco;Sx-;Sc- 0;13;16;0;13;16;0;13;8;>0;1062;-1;0;163 10;36;341;1;4;43;10;36;160;<0;94;-2;2;0 20;11;264;2;6;51;20;11;124;zéro;13;-3;0;0 30;16;136;3;10;44;30;16;64;total;1169;-4;43;260 40;63;80;4;5;26;40;63;38;;c;-5;0;0 50;79;73;5;1;13;50;79;34;>0;2195;-6;0;0 60;51;103;6;4;12;60;51;48;<0;644;-7;1;14 70;37;89;7;3;23;70;37;42;zéro;16;-8;1;59 80;20;89;8;1;15;80;20;42;total;2855;-9;2;0 90;30;69;9;2;56;90;30;32;;;-10;0;6 100;32;82;10;0;58;100;32;38;total;4024;-11;0;34 110;36;84;11;2;48;110;36;39;;;-12;1;0 120;32;59;12;3;39;120;32;28;;;-13;0;3 130;34;53;13;1;22;130;34;25;;;-14;5;15 140;39;51;14;0;37;140;39;24;;;-15;0;0 150;29;49;15;1;23;150;29;23;;;-16;1;2 160;39;42;16;2;20;160;39;20;;;-17;0;10 170;32;40;17;1;19;170;32;19;;;-18;2;0 180;22;40;18;0;19;180;22;19;;;-19;1;4 190;30;38;19;0;14;190;30;18;;;-20;1;8 200;29;32;20;1;23;200;29;15;;;-21;2;0 210;35;37;21;1;17;210;35;17;;;-22;0;3 220;29;37;22;0;18;220;29;17;;;-23;1;6 230;21;19;23;1;13;230;21;9;;;-24;2;0 240;23;18;24;6;19;240;23;8;;;-25;2;2 250;24;17;25;0;10;250;24;8;;;-26;1;7 260;22;25;26;1;14;260;22;12;;;-27;1;0 270;12;15;27;0;14;270;12;7;;;-28;1;3 280;20;17;28;4;8;280;20;8;;;-29;1;4 290;17;21;29;2;9;290;17;10;;;-30;1;0 300;9;17;30;1;14;300;9;8;;;-31;0;1 310;9;13;31;2;7;310;9;6;;;-32;2;5 320;16;13;32;3;7;320;16;6;;;-33;1;0 330;8;10;33;3;7;330;8;5;;;-34;0;0 340;12;6;34;7;8;340;12;3;;;-35;3;1 350;2;9;35;5;7;350;2;4;;;-36;0;0 360;10;10;36;4;15;360;10;5;;;-37;0;1 370;6;13;37;11;7;370;6;6;;;-38;1;1 380;18;5;38;6;7;380;18;2;;;-39;1;0 390;6;3;39;14;8;390;6;1;;;-40;0;0 400;7;11;40;8;7;400;7;5;;;-41;1;0 reste;59;65;reste;936;1374;;;;;;-42;0;0 total;1075;2211;total;1075;2211;t30;63;348;;;-43;0;8 diagr;1003;2130;diagr;126;821;t60;218;302;;;-44;1;1 - t30;940;1389;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;747;1133;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;-48;1;0 ;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;reste;11;21 ;;;;;;;;;;;total;94;644 </pre> ====eco intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_négatifs_S-|eco intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;; comp’;0;2;0;42;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;0;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;8;91;11 continu;163;0;0;261;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;1;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;7;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;10;647;22 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;43;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;1;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;11;94 ;Sc-;163;0;0;260;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;0;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;22;644 </pre> ====eco autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires|eco autres intercalaires]] <pre> eco;autres intercalaires;;adresses1;;;eco;autres intercalaires;;adresses2;;;eco;autres intercalaires;;adresses3;;;eco;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;14168;88;;;deb;°CDS;1205731;-74;;;deb;°CDS;2170532;30;;;deb;°CDS;3579768;116; ;mobile;15387;-1287;;;;gene;1206131;-10;;;;misc_f;2171429;105;;;;ncRNA;3580922;121; fin;°CDS;15445;;;;fin;°CDS;1206913;;;;deb;°CDS;2171833;47;;;fin;°CDS;3581138;; deb;°CDS;16751;-9;;;deb;°CDS;1208517;-1;;;;gene;2172921;3;;;deb;°CDS;3581863;-4; ;ncRNA;16952;482;;;;gene;1209119;29;;;fin;°CDS;2174282;;;;;misc_f;3583038;0; fin;°CDS;17489;;;;fin;°CDS;1209685;;;;deb;°CDS;2196474;111;;;;mobile;3583428;-713; deb;°CDS;18715;175;;;deb;°CDS;1210346;233;;;;gene;2197410;9;;;fin;°CDS;3583483;; ;mobile;19796;-753;;;;gene;1211413;102;;;fin;°CDS;2200279;;;;deb;°CDS;3583677;24; fin;°CDS;19811;;;;fin;°CDS;1211680;;;;deb;°CDS;2226509;52;;;;misc_f;3584205;94; deb;°CDS;74497;35;;;deb;°CDS;1218983;399;;;;gene;2227323;223;;;fin;°CDS;3584404;; ;ncRNA;75516;35;;;;gene;1219601;56;;;fin;°CDS;2228982;;;;deb;°CDS;3623399;104; deb;°CDS;75644;67;;;fin;°CDS;1222305;;;;deb;°CDS;2284376;74;;;;gene;3623887;245; ;ncRNA;77367;-206;;;deb;°CDS;1223264;114;;;;&tRNA;2286211;102;;;fin;°CDS;3624378;; fin;°CDS;77388;;;;;gene;1223564;371;;;;misc_f;2286390;4;;;deb;°CDS;3630968;261; deb;°CDS;188712;205;;;fin;°CDS;1224279;;;;;mobile;2288919;-1049;;;;gene;3632852;382; ;ncRNA;189712;26;;;deb;°CDS;1238879;238;;;deb;°CDS;2289065;68;;;fin;°CDS;3634841;; fin;°CDS;189874;;;;;mobile;1240188;-30;;;;misc_f;2290114;319;;;deb;°CDS;3647705;274; deb;°CDS;222833;362;;;fin;°CDS;1240260;;;;fin;°CDS;2290500;;;;;ncRNA;3648063;149; ;$rRNA;223771;68;;;deb;°CDS;1269168;47;;;deb;°CDS;2311646;334;;;;ncRNA;3648294;152; ;&tRNA;225381;42;;;;ncRNA;1269323;313;;;;ncRNA;2313084;311;;;fin;°CDS;3648528;; ;&tRNA;225500;183;;;deb;°CDS;1269703;47;;;fin;°CDS;2313488;;;;deb;°CDS;3650237;628; ;$rRNA;225759;93;;;;ncRNA;1269858;314;;;deb;°CDS;2328148;0;;;;misc_f;3651291;-1; ;$rRNA;228756;52;;;deb;°CDS;1270238;47;;;;gene;2329798;-67;;;;mobile;3652036;-1049; ;&tRNA;228928;162;;;;ncRNA;1270393;288;;;fin;°CDS;2334336;;;;deb;°CDS;3652182;73; fin;°CDS;229167;;;;fin;°CDS;1270749;;;;deb;°CDS;2348822;214;;;;misc_f;3653236;247; deb;°CDS;236067;132;;;deb;°CDS;1286709;81;;;;gene;2349687;41;;;fin;°CDS;3653961;; ;&tRNA;236931;327;;;;ncRNA;1287066;-150;;;fin;°CDS;2349935;;;;deb;°CDS;3656995;417; fin;°CDS;237335;;;;deb;°CDS;1287087;67;comp;;deb;°CDS;2356904;12;;;;ncRNA;3657985;311; deb;°CDS;238257;9;;;;&tRNA;1287244;209;comp;;;gene;2357816;40;;;deb;°CDS;3658366;98; ;gene;238746;105;;;;&tRNA;1287538;159;comp;;fin;°CDS;2358042;;;;;ncRNA;3658992;149; ;gene;239190;40;;;fin;°CDS;1287782;;comp;;deb;°CDS;2451584;19;;;fin;°CDS;3659232;; fin;°CDS;239419;;;;deb;°CDS;1293527;281;;;;gene;2452356;81;;;deb;°CDS;3663890;245; deb;°CDS;247637;223;;;;gene;1294426;-897;;;fin;°CDS;2455083;;;;;ncRNA;3664864;16; ;gene;248358;1;;;;mobile;1294426;40;;;deb;°CDS;2465301;75;;;fin;°CDS;3664986;; ;gene;250072;70;;;fin;°CDS;1295446;;;;;&tRNA;2466309;-15;;;deb;°CDS;3692618;-4; fin;°CDS;250898;;;;deb;°CDS;1298598;253;;;;misc_f;2466369;-10039;;;;gene;3695233;11; deb;°CDS;252709;305;;;;mobile;1299499;-1127;;;fin;°CDS;2466545;;;;fin;°CDS;3695997;; ;gene;253467;-32;;;fin;°CDS;1299567;;;;deb;°CDS;2470497;159;;;deb;°CDS;3699980;48; ;gene;253702;56;;;deb;°CDS;1380148;13;;;;gene;2470803;-29;;;;ncRNA;3700136;363; fin;°CDS;254259;;;;;gene;1380821;-1;;;deb;°CDS;2471077;26;;;fin;°CDS;3700563;; deb;°CDS;256527;57;;;;gene;1381789;44;;;;gene;2471544;49;;;deb;°CDS;3706098;910;comp ;misc_f;257829;8;;;fin;°CDS;1381947;;;;fin;°CDS;2472112;;;;;&tRNA;3708616;91;comp ;mobile;257908;-753;;;deb;°CDS;1394891;121;;;deb;°CDS;2476310;73;;;fin;°CDS;3708784;;comp fin;°CDS;257923;;;;;mobile;1396044;-1127;;;;gene;2476584;95;;;deb;°CDS;3720448;-153; deb;°CDS;258345;55;;;fin;°CDS;1396112;;;;fin;°CDS;2476694;;;;;gene;3720448;0; ;misc_f;258676;38;;;deb;°CDS;1404741;8;;;deb;°CDS;2513042;28;;;;mobile;3720633;-1396; fin;°CDS;259045;;;;;ncRNA;1405658;227;;;;mobile;2514273;-1287;;;fin;°CDS;3720680;; deb;°CDS;261503;114;;;fin;°CDS;1405979;;;;fin;°CDS;2514331;;;;deb;°CDS;3721198;26; ;&tRNA;262871;-49;;;deb;°CDS;1408050;95;;;deb;°CDS;2515643;208;;;;gene;3722076;222; ;misc_f;262898;-34056;;;;ncRNA;1409129;57;;;;&tRNA;2518041;39;comp;;fin;°CDS;3722328;; 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;&tRNA;1097565;233;comp;;deb;°CDS;2152469;182;;;fin;°CDS;3420134;;;;fin;°CDS;4536597;; fin;°CDS;1097886;;;;;ncRNA;2153311;-106;;;deb;°CDS;3422436;228;;;deb;°CDS;4567287;478; deb;°CDS;1146011;-7;;;deb;°CDS;2153349;237;;;;$rRNA;3423423;37;;;;gene;4568998;243; ;ncRNA;1146589;36;;;;ncRNA;2153646;-101;;;;&tRNA;3423580;12;;;fin;°CDS;4570162;; fin;°CDS;1146794;;;;fin;°CDS;2153681;;;;;$rRNA;3423668;92;;;deb;°CDS;4572414;203; deb;°CDS;1195123;-165;;;deb;°CDS;2165668;84;;;;$rRNA;3423880;174;;;;gene;4574135;56; ;misc_f;1196209;-14546;;;;ncRNA;2167114;-18;;;;&tRNA;3426958;42;;;fin;°CDS;4576912;; fin;°CDS;1196867;;;;;misc_f;2167183;-510;;;;&tRNA;3427076;68;;;deb;°CDS;4579499;-6; deb;°CDS;1203822;9;;;deb;°CDS;2167302;81;;;;$rRNA;3427221;473;;;;ncRNA;4579835;156; ;gene;1204170;-234;;;;gene;2167602;168;;;fin;°CDS;3429236;;;;fin;°CDS;4580068;; deb;°CDS;1204170;-1137;;;fin;°CDS;2167989;;;;deb;°CDS;3558268;-19;;;deb;°CDS;4605804;38; ;gene;1204401;11;;;deb;°CDS;2168712;81;;;;gene;3559848;16;;;;&tRNA;4606079;34;comp fin;°CDS;1205549;;;;;misc_f;2169693;3;;;fin;°CDS;3560622;;;;;&tRNA;4606200;28;comp ;;;;;;;mobile;2170171;-1193;;;;;;;;;;&tRNA;4606315;267;comp ;;;;;;fin;°CDS;2170236;;;;;;;;;;fin;°CDS;4606669;;comp </pre> ====eco intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_tRNA|eco intercalaires tRNA]] <pre> eco;intercalaires tRNAs;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;162;;67;14;; ;;;132;;327;;74;78;; ;;;114;;;;75;91;'''deb; ;;comp’;242;;;;100;100;<201;10 6 aas;37 47 15 34 23 9;comp’;153;;379;;102;106;total;17 6 aas;135 2 149 3 146 132;;164;;432;;105;107;taux;59% ;;comp’;343;;253;;114;114;; ;;;206;comp’;426;;128;146;'''fin; ;;comp’;735;comp’;233;;132;151;<201;11 ;209;;67;;159;;155;159;total;20 ;4;comp’;307;;107;;164;162;taux;55% ;12 54;;-;;151;;206;235;; ;;comp’;569;comp’;93;;206;253;'''total; ;;;100;;313;;210;267;<201;21 ;;comp’;452;;100;;280;313;total;37 ;;comp’;4;comp’;37;;458;315;taux;57% ;;comp’;326;comp’;55;;750;327;; ;;;74;;;;910;379;; ;;;75;;;;233;432;comp’;cumuls ;39;comp’;208;;235;;4;37;; ;44 46 4;comp’;258;comp’;264;;38;53;; ;;;750;;;;124;55;'''deb; 4 aas;198 62 198 3;;280;;315;;153;73;<201;5 ;;comp’;208;comp’;73;;195;93;total;17 ;33 33;;155;;78;;208;95;taux;29% ;;;105;comp’;148;;208;148;; ;;comp’;124;comp’;53;;242;233;'''fin; ;;;206;comp’;347;;258;264;<201;7 ;;;458;;14;;292;347;total;11 ;;;910;;91;;307;426;taux;64% ;;comp’;292;;;;326;'''-;; ;8;;;comp’;95;;343;'''-;'''total; ;57 20 42;;102;;146;;361;'''-;<201;12 ;8 116 6;comp’;361;;114;;452;'''-;total;28 ;;;;;106;;569;'''-;taux;43% ;36 35;;210;;233;;735;'''-;; ;;comp’;195;;;;;;; ;34 28;comp’;38;;267;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;deb;fin;total ;;;;;;;<201;15;18;33 ;;;;;;;total;34;31;65 ;;;;;;;taux;44%;58%;51% </pre> ===Escherichia coli Nissle 1917=== ====ecoN opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_opérons|ecoN opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Esch_coli_Nissle_1917/eschColi_NISSLE_1917-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP007799.1;ecoN;;genome;;;;;;;;; 50%GC;21.8.19 Paris;16s 10 ;123 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;; Escherichia coli Nissle 1917 ;;;;;;;;;;;; ;231864..232436;;CDS;;365;365;;;191;;D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase;* ;232802..234321;;16s;;73;;;;1520;;; ;234395..234471;;gaa;;12;;;12;;;; ;234484..234557;;gca;;174;;;;;;; ;234732..237319;;23s;;83;;;;2588;;; ;237403..237518;;5s;;54;;;;116;;; ;237573..237649;;gac;;162;162;;;;162;; ;237812..238615;;CDS;;;;;;268;;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;* ;;;;;;;;;;;; ;244934..245665;;CDS;;132;132;;;244;;DNA polymerase III subunit epsilon;* ;245798..245874;;gac;;120;120;;;;120;; comp;245995..246852;;CDS;;;;;;286;;DUF4942 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;367329..368582;;CDS;;114;114;;;418;114;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;* ;368697..368772;;acg;;154;154;;;;;; ;368927..369265;;CDS;;;;;;113;;DUF4102 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;631149..632015;;CDS;;270;270;;;289;;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;* ;632286..632362;;aga;;15;15;;;;15;; comp;632378..632997;;CDS;;;;;;207;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;733188..734363;;CDS;;153;153;;;392;153;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;* comp;734517..734591;;cag;+;37;;37;;;;; comp;734629..734703;;cag;2 cag;48;;48;;;;; comp;734752..734828;;atgj;2 atgj;15;;15;;;;; comp;734844..734918;;caa;2 caa;34;;34;;;;; comp;734953..735027;;caa;;23;;23;;;;; comp;735051..735135;;cta;;10;;10;;;;; comp;735146..735222;;atgj;;380;380;;;;;; comp;735603..737267;;CDS;;;;;;555;;asparagine synthase B;* ;;;;;;;;;;;; ;807377..808169;;CDS;;164;164;;;264;164;Pseudo, cell division protein CpoB;* ;808334..808409;;aaa;+;35;;35;;;;; ;808445..808520;;gta;5 aaa;2;;2;;;;; ;808523..808598;;aaa;2 gta;51;;51;;;;; ;808650..808725;;gta;;3;;3;;;;; ;808729..808804;;aaa;;48;;48;;;;; ;808853..808928;;aaa;;33;;33;;;;; ;808962..809037;;aaa;;277;277;;;;;; ;809315..810358;;CDS;;;;;;348;;quinolinate synthase NadA;* ;;;;;;;;;;;; ;950069..952345;;CDS;;343;343;;;*759;343;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;* comp;952689..952776;;tcc;;253;253;;;;;; comp;953030..953248;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;* ;;;;;;;;;;;; comp;1047224..1047883;;CDS;;206;206;;;220;206;FtsH protease modulator YccA;* comp;1048090..1048177;;tca;;426;*426;;;;;; ;1048604..1049722;;CDS;;;;;;373;;hydrogenase 1 small subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;1183656..1184018;;CDS;;463;*463;;;121;;hp;* ;1184482..1184558;;aga;;278;278;;;;278;; > comp;1184837..1185786;;CDS;;;;;;317;;Pseudo, IS4 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;1213982..1214809;;CDS;;165;165;;;276;165;DUF4942 domain-containing protein;* comp;1214975..1215062;;tcc;;233;233;;;;;; ;1215296..1216234;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;* ;;;;;;;;;;;; ;1216817..1217098;;CDS;;165;165;;;94;165;DUF4942 domain-containing protein;* comp;1217264..1217351;;tcc;;234;234;;;;;; ;1217586..1218524;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;* ;;;;;;;;;;;; ;1457038..1458129;;CDS;;16;16;;;364;16;acyl-CoA desaturase;* comp;1458146..1458277;;ncRNA;;46;;;;44;;RtT sRNA; comp;1458324..1458408;;tac;+;33;;33;;;;; comp;1458442..1458526;;tac;2 tac;159;159;;;;;; comp;1458686..1459528;;CDS;;;;;;281;;formyltetrahydrofolate deformylase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1829066..1830322;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1830630..1830706;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1830711..1830787;;gtc;2 gtc;6;6;;;;6;; <;1830794..1831177;;CDS;@4;;;;;128;;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;* ;;;;;;;;;;;; comp;1831218..1832474;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1832782..1832858;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1832863..1832939;;gtc;2 gtc;8;8;;;;8;; <;1832948..1833280;;CDS;;;;;;111;;Pseudo, MATE family efflux transporter;* ;;;;;;;;;;;; comp;1833321..1834577;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1834885..1834961;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1834966..1835042;;gtc;2 gtc;108;108;;;;108;; ;1835151..1835456;;CDS;;;;;;102;;monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2115794..2116459;;CDS;;195;195;;;222;;UPF0149 family protein YecA;* comp;2116655..2116741;;tta;;12;;12;;;;; comp;2116754..2116827;;tgc;;53;;53;;;;; comp;2116881..2116956;;ggc;;151;151;;;;151;; comp;2117108..2117656;;CDS;;;;;;183;;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2191451..2192287;;CDS;;278;278;;;279;;hp;* comp;2192566..2192655;;tcg;;93;93;;;;93;; ;2192749..2193546;;CDS;;100;100;;;266;100;DgsA anti-repressor MtfA;* ;2193647..2193722;;aac;;161;161;;;;;; ;2193884..2195146;;CDS;;;;;;421;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;2232607..2233323;;CDS;;453;*453;;;239;;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;* comp;2233777..2233852;;acc;;326;326;;;;326;; ;2234179..2235096;;CDS;;;;;;306;;nitrogen assimilation transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; ;2235198..2236148;;CDS;;37;37;;;317;;HTH-type transcriptional regulator Cbl;* comp;2236186..2236261;;aac;;4;4;;;;4;; ;2236266..2237909;;CDS;;100;100;;;548;100;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;* ;2238010..2238085;;aac;;161;161;;;;;; ;2238247..2239518;;CDS;;;;;;424;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;2546968..2548728;;CDS;;74;74;;;587;74;cardiolipin transport protein PbgA;* ;2548803..2548879;;ccc;;101;101;;;;;; comp;2548981..2549136;;CDS;;;;;;52;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;2717780..2718712;;CDS;;75;75;;;311;75;formate/nitrite transporter family protein;* ;2718788..2718862;;agg;;437;*437;;;;;; comp;2719300..2719830;;CDS;;;;;;177;;OmpH family outer membrane protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2768744..2770933;;CDS;;206;206;;;*730;206;sensor domain-containing phosphodiesterase;* comp;2771140..2771215;;gcc;+;39;;39;;;;; comp;2771255..2771330;;gcc;2 gcc;220;220;;;;;; ;2771551..2771910;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;2772355..2773770;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;* ;2774029..2774104;;gta;+;43;;43;;;;; ;2774148..2774223;;gta;3 gta;46;;46;;;;; ;2774270..2774345;;gta;;4;;4;;;;; ;2774350..2774425;;aaa;;110;110;;;;110;; comp;2774536..2775420;;CDS;;;;;;295;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;2959205..2960503;;CDS;;323;323;;;433;323;alpha-ketoglutarate permease;* comp;2960827..2960942;;5s;;83;;;;116;;; comp;2961026..2965477;;23s;;184;;;;4452;;; comp;2965662..2965737;;gaa;;431;;;;;;; comp;2966169..2967720;;16s;;441;*441;;;1552;;; comp;2968162..2970735;;CDS;;;;;;*858;;ATP-dependent chaperone ClpB;* ;;;;;;;;;;;; comp;3027207..3027773;;CDS;;280;280;;;189;280;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;* comp;3028054..3028130;;cgt;+;63;;63;;;;; comp;3028194..3028270;;cgt;5 cgt;62;;62;;;;; comp;3028333..3028409;;cgt;;62;;62;;;;; comp;3028472..3028548;;cgt;;64;;64;;;;; comp;3028613..3028689;;cgt;;3;;3;;;;; comp;3028693..3028785;;agc;;315;315;;;;;; comp;3029101..3029286;;CDS;;;;;;62;;carbon storage regulator CsrA;* ;;;;;;;;;;;; comp;3157337..3158434;;CDS;;208;208;;;366;208;murein transglycosylase A;* ;3158643..3158719;;atgf;+;33;;33;;;;; ;3158753..3158829;;atgf;3 atgf;33;;33;;;;; ;3158863..3158939;;atgf;;635;*635;;;;;; ;3159575..3160075;;CDS;;;;;;167;;type VI secretion system contractile sheath small subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;3230172..3231401;;CDS;;316;316;;;410;;HAAAP family serine/threonine permease;* comp;3231718..3231791;;ggg;;78;78;;;;78;; comp;3231870..3232625;;CDS;;;;;;252;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;;;;;;;;;;;; ;3341048..3341755;;CDS;;105;105;;;236;105;DUF554 domain-containing protein;* ;3341861..3341936;;ttc;;197;197;;;;;; ;3342134..3343399;;CDS;;;;;;422;;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;3569308..3569814;;CDS;;124;124;;;169;;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;* ;3569939..3570014;;atgi;;53;53;;;;53;; comp;3570068..3570832;;CDS;;;;;;255;;NADPH-dependent ferric chelate reductase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3670227..3670679;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3670886..3670962;;atgf;;347;347;;;;;; >;3671310..3672155;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3673935..3674387;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3674594..3674670;;atgf;;347;347;;;;;; >;3675018..3675869;;CDS;;;;;;284;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3677794..3678246;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3678453..3678529;;atgf;;347;347;;;;;; >;3678877..3679722;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3681532..3681984;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3682191..3682267;;atgf;;347;347;;;;;; ;3682615..3683958;;CDS;;;;;;448;;argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3683966..3685591;;CDS;;456;*456;;;542;;phosphoethanolamine transferase;* comp;3686048..3686134;;ctc;;14;14;;;;14;; comp;3686149..3686481;;CDS;;;;;;111;;preprotein translocase subunit SecG;* ;;;;;;;;;;;; ;3784553..3785311;;CDS;;62;62;;;253;62;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;* comp;3785374..3785489;;5s;@3;39;;;;116;;; comp;3785529..3785605;;acc;;14;;;;;;; comp;3785620..3785735;;5s;;777;;;;116;;; comp;3786513..3786588;;acc;;14;;;;;;; comp;3786603..3786718;;5s;;1834;;;;116;;; comp;3788553..3788628;;gaa;;1360;*1360;;;;;; ;3789989..3790543;;CDS;;;;;;185;;gamma carbonic anhydrase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;4078635..4080242;;CDS;;743;*743;;;536;;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;* comp;4080986..4081062;;ccg;;91;91;;;;91;; comp;4081154..4082845;;CDS;;;;;;564;;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;4205966..4207348;;CDS;;292;292;;;461;292;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;* ;4207641..4207735;;tga;;300;300;;;;;; >;4208036..4208857;;CDS;;;;;;274;;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;4338643..4339335;;CDS;;479;*479;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;4339815..4341342;;16s;;73;;;;1528;;; ;4341416..4341491;;gaa;;184;;;;;;; ;4341676..4344286;;23s;;83;;;;2611;;; ;4344370..4344485;;5s;;53;;;;116;;; ;4344539..4344615;;gac;;8;;;;;;; ;4344624..4344699;;tgg;;95;95;;;;95;; comp;4344795..4345634;;CDS;;;;;;280;;HTH-type transcriptional regulator HdfR;* ;;;;;;;;;;;; ;4377681..4379066;;CDS;;102;102;;;462;102;amino acid permease;* ;4379169..4379245;;cgg;;58;;58;;;;; ;4379304..4379379;;cac;;20;;20;;;;; ;4379400..4379486;;ctg;;42;;42;;;;; ;4379529..4379605;;cca;;146;146;;;;;; ;4379752..4380987;;CDS;;;;;;412;;anaerobic sulfatase maturase;* ;;;;;;;;;;;; ;4460971..4461516;;CDS;;377;377;;;182;;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;* ;4461894..4463631;;16s;;56;;;;1738;;; ;4463688..4463764;;atc;;42;;;42;;;; ;4463807..4463882;;gca;;165;;;;;;; ;4464048..4467338;;23s;;83;;;;3291;;; ;4467422..4467537;;5s;;104;104;;;116;104;; comp;4467642..4468169;;CDS;;;;;;176;;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;* ;;;;;;;;;;;; ;4605577..4606434;;CDS;;374;374;;;286;;glutamate racemase;* ;4606809..4608362;;16s;;363;;;;1554;;; ;4608726..4608801;;gaa;;1112;;;;;;; ;4609914..4610029;;5s;;136;136;;;116;136;; ;4610166..4611194;;CDS;;;;;;343;;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;* ;;;;;;;;;;;; comp;4612185..4613135;;CDS;;361;361;;;317;;type I pantothenate kinase;* ;4613497..4613572;;aca;;8;;8;;;;; ;4613581..4613665;;tac;;116;;*116;;;;; ;4613782..4613856;;gga;;6;;6;;;;; ;4613863..4613938;;acc;;114;114;;;;114;; ;4614053..4615237;;CDS;;;;;;395;;elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;; comp;4642984..4644573;;CDS;;616;*616;;;530;;bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;* ;4645190..4646378;;16s’;@1;83;83;;;1189;83;; ;4646462..4648150;;CDS;;436;*436;;;563;;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;* ;4648587..4648662;;gaa;;185;;;;;;; ;4648848..4651319;;23s;;83;;;;2472;;; ;4651403..4651518;;5s;;76;76;;;116;76;; ;4651595..4651978;;CDS;;;;;;128;;hypothetical protein;* ;;;;;;;;;;;; < comp;4834504..4834961;;CDS;;197;197;;;153;;pseudo, integrase;* comp;4835159..4835234;;ttc;;106;106;;;;106;; comp;4835341..4835916;;CDS;;;;;;192;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; ;4864628..4865173;;CDS;;210;210;;;182;210;oligoribonuclease;* ;4865384..4865459;;ggc;+;36;;36;;;;; ;4865496..4865571;;ggc;3 ggc;35;;35;;;;; ;4865607..4865682;;ggc;;233;233;;;;;; ;4865916..4865969;;CDS;;;;;;18;;hp;* ;;;;;;;;;;;; comp;4974178..4975197;;CDS;;195;195;;;340;;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;* ;4975393..4975477;;ttg;;39;39;;;;39;; <> comp;4975517..4976055;;CDS;;;;;;180;;pseudo, IS630 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;5042527..5042763;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;* comp;5042802..5042888;;ctg;+;34;;34;;;;; comp;5042923..5043009;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;; comp;5043038..5043124;;ctg;;290;290;;;;;; comp;5043415..5044446;;CDS;;;;;;344;;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;* ;;;;;;;;;;;; comp;5079375..5079581;;CDS;;117;117;;;69;117;AlpA family transcriptional regulator;* ;5079699..5081218;;16s;;73;;;;1520;;; ;5081292..5081368;;gaa;;12;;;12;;;; ;5081381..5081454;;gca;;366;366;;;;;; ;5081821..5082018;;CDS;;524;*524;;;66;;hypothetical protein;* comp;5082543..5082754;;CDS;;;;;;71;;hypothetical protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;5090325..5090876;;CDS;;1808;*1808;;;184;;MarR family transcriptional regulator;* comp;5092685..5092760;;gaa;;588;*588;;;;*588;; < comp ;5093349..5093474;;CDS;;592;*592;;;42;;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;* ;5094067..5094142;;gaa;+;1472;;;*1472;;;; ;5095615..5095691;;atc;3 gaa;42;;;42;;;; ;5095734..5095809;;atc;2 atc;1130;;;*1130;;;; ;5096940..5097015;;gaa;;1145;;;*1145;;;; ;5098161..5098236;;gaa;;185;;;;;;; ;5098422..5100893;;23s;;83;;;;2472;;; ;5100977..5101092;;5s;;76;76;;;116;76;; ;5101169..5101552;;CDS;;63;63;;;128;;hypothetical protein;* comp;5101616..5102059;;CDS;;;;;;148;;acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;5124754..5125197;;CDS;;63;63;;;148;;acetyltransferase;* comp;5125261..5125644;;CDS;;76;76;;;128;;hypothetical protein;* comp;5125721..5125836;;5s;;83;;;;116;;; comp;5125920..5128366;;23s’;@2;-10;*-10;;;2447;*-10;; <;5128357..5128479;;CDS;;;;;;41;;pilus assembly protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;5252659..5253870;;CDS;;300;300;;;404;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;5254171..5254249;;tga;;292;292;;;;292;; >;5254542..5255171;;CDS;;;;;;210;;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;* ;;;;;;;;;;;; > comp;5305902..5306228;;CDS;;0;0;;;109;0;pseudo, hp;* comp;5306229..5306302;;atc;;1096;*1096;;;;;; ;5307399..5308450;;CDS;;;;;;351;;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;* ;;;;;;;;;;;; comp;5321144..5321869;;CDS;;206;206;;;242;206;pseudo, histidine kinase;* comp;5322076..5322151;;gcc;+;39;;39;;;;; comp;5322191..5322266;;gcc;3 gcc;39;;39;;;;; comp;5322306..5322381;;gcc;;220;220;;;;;; ;5322602..5322961;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;5323406..5324821;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;* ;5325080..5325155;;gta;+;44;;44;;;;; ;5325200..5325275;;gta;2 gta;0;0;;;;0;; <;5325276..5325389;;CDS;;;;;;38;;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; >;5375524..5376270;;CDS;;891;*891;;;249;*891;pseudo, AI-2E family transporter;* ;5377162..5377237;;gaa;;1047;*1047;;;;;; comp;5378285..5379589;;CDS;;;;;;435;;isocitrate lyase;* ;;;;;;;;;;;; comp >;5341397..5341492;;CDS;;-2;*-2;;;32;*-2;ABC transporter ATP-binding protein;* comp;5341491..5344303;;23s;;174;;;;2813;;; comp;5344478..5344553;;gca;;42;;;42;;;; comp;5344596..5344672;;atc;;56;;;;;;; comp;5344729..5346282;;16s;;1063;;;;1554;;; comp;5347346..5347421;;gca;;42;;;42;;;; comp;5347464..5347540;;atc;;56;;;;;;; comp;5347597..5349150;;16s;;365;365;;;1554;;; comp;5349516..5350088;;CDS;;187;187;;;191;;D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase;* >;5350276..5350914;;CDS;;;;;;213;;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;* ;;;;;;;;;;;; > comp;5359583..5360512;;CDS;;120;120;;;310;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;5360633..5360708;;gca;;42;;;;;;; comp;5360751..5360827;;atc;;56;;;;;;; comp;5360884..5362138;;16s’;;1;1;;;1255;1;; < comp;5362140..5363543;;CDS;;;;;;468;;IS66 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;5425965..5426201;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;* comp;5426240..5426325;;ctg;+;26;;26;;;;a disparu le 20.12.19;* comp;5426352..5426438;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;; comp;5426467..5426553;;ctg;;63;63;;;;;; < comp;5426617..5427150;;CDS;;;;;;178;;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; >;5433568..5433687;;CDS;;39;39;;;40;39;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;* comp;5433727..5433814;;tcc;;253;253;;;;;; comp;5434068..5434286;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;* </pre> ====ecoN cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_cumuls|ecoN cumuls]] <pre> ecoN cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;12;1;0;;1;5;1;5;100;16;1;0 ;16 23 5s;0;20;13;2;50;11;40;10;200;34;30;1 ;16 atc gca;2;40;17;;100;17;80;7;300;29;60;6 ;16 gaa 235;2;60;9;4;150;16;120;16;400;18;90;8 ;max a;5;80;4;;200;15;160;3;500;18;120;8 ;a doubles;1;100;0;;250;14;200;4;600;8;150;7 ;spéciaux;8;120;1;;300;14;240;9;700;0;180;11 ;total aas;27;140;0;;350;12;280;2;800;2;210;11 sans ;opérons;50;160;0;;400;7;320;2;900;1;240;6 ;1 aa;32;180;0;;450;4;360;3;1000;0;270;9 ;max a;7;200;0;;500;4;400;0;1100;0;300;12 ;a doubles;15;;0;;;11;;2;;0;;0 ;total aas;94;;44;6;;130;;63;;126;;79 total aas;;121;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;33;32;;253;;142;;272;;172 ;;;variance;23;15;;258;;145;;162;;79 sans jaune;;;moyenne;31;;;178;;127;;260;; ;;;variance;19;;;109;;91;;142;; </pre> ====ecoN blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_blocs|ecoN blocs]] <pre> ecoN blocs;;;;;;;;;;;; gène;interca;pbs;cdsa;;;gène;interca;pbs;cdsa;;;rRNAs cds;365;;191;D-glycero;;cds;374;;286;Glu race;;16s 16s;73;1520;;;;16s;363;1554;;;;1189 gaa;12;;;;;gaa;1112;;;;;1255 gca;174;;;;;5s;136;116;;;;1520 23s;83;2588;;;;cds;;;343;UDP-N;;1520 5s;54;116;;;;;;;;;;1528 gac;162;;;;;cds;117;;69;tr AlpA;;1552 cds;;;268;gluDkgB;;16s;73;1520;;;;1554 ;;;;;;gaa;12;;;;;1554 cds;323;;433;glutarate pm;;gca;366;;;;;1554 5s;83;116;;;;cds;524;;66;hp-66;;1738 23s;184;4452;;;;cds;;;71;hp-71;; gaa;431;;;;;;;;;;; 16s;441;1552;;;;cds;-2;;32;ABC 32;;23s cds;;;858;ClpB dep;;23s;174;2813;;;;2447 ;;;;;;gca;42;;;;;2472 cds;616;;530;AICAR2;;atc;56;;;;;2472 16s’;83;1189;;;;16s;1063;1554;;;;2588 cds;436;;563;kinase isocit;;gca;42;;;;;2611 gaa;185;;;;;atc;56;;;;;2813 23s;83;2472;;;;16s;365;1554;;;;3291 5s;76;116;;;;cds;187;;191;D-glycero;;4452 cds;;;128;hp-128;;cds;;;213;ABC MetN;; ;;;;;;;;;;;;5s cds;62;;253;pu-ABC;;cds;120;;310;Tyr recb 310;;116 x 11 5s;39;116;;;;gca;42;;;;; acc;14;;;;;atc;56;;;;; 5s;777;116;;;;16s’;1;1255;;;; acc;14;;;;;cds;;;468;IS66;; 5s;1834;116;;;;;;;;;; gaa;1360;;;;;cds;63;;148;transferase;; cds;;;185;gc anhydrase;;cds;76;;128;hp-128;; ;;;;;;5s;83;116;;;; cds;377;;182;porphyrine M;;23s’;-10;2447;;;; 16s;56;1738;;;;cds;;;41;pilus;; atc;42;;;;;;;;;;; gca;165;;;;;cds;1808;;184;MarR ;; 23s;83;3291;;;;gaa;588;;;;; 5s;104;116;;;;cds;592;;42;sn-glycerol;; cds;;;176;Mlb pB;;gaa;1472;;;;; ;;;;;;atc;42;;;;; cds;479;;231;FadR tr ;;atc;1130;;;;; 16s;73;1528;;;;gaa;1145;;;;; gaa;184;;;;;gaa;185;;;;; 23s;83;2611;;;;23s;83;2472;;;; 5s;53;116;;;;5s;76;116;;;; gac;8;;;;;cds;63;;128;hp-128;; tgg;95;;;;;cds;;;148;transferase;; cds;;;280;HdfR HTH;;;;;;;; </pre> ====ecoN distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_distribution|ecoN distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;atc;;acc;2;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;1;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s >aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;ecoN;;;;6;;;6 </pre> ====ecoN eco==== =====ecoN eco tableaux===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_eco_tableaux|ecoN eco tableaux]] <pre> ;;;;;;rouge;ff6600;$;jaune;ffff00;#;;;;;;;;;;; ;;eco ecoN;;;;orange;ffcc00;&;cyan;66ffff;°;gris2;dddddd;];;;;;;;; ;;;;;;jaunev;ccff66;@;turquoise;33ff99;%;Jaunev 5;669900;(;;;;;;;; ;19.12.19 Paris;;pour les cds;;;bleu;00ccff;§;gris1;eeeeee;[;;;;;;;;;;; ;Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;eco;;;;;;;;ecoN;;;;;;;;;;;;; cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;ecoN suite;sens;;gènes;interca;cdsa;cds eco1;;222833..223408;cds;362;192;@D-glycero;;ecoN1;;231864..232436;CDS;365;191;@D-glycero;;EcoN 48;comp;5079375..5079581;CDS;117;69;tr AlpA ;;223771..225312;$16s;68;&1542;;;;;232802..234321;$16s;73;&1520;;;ok;;5079699..5081218;$16s;73;&1520; ;;225381..225457;atc;42;;;;;;234395..234471;gaa;12;;;;;;5081292..5081368;gaa;12;; ;;225500..225575;gca;183;;;;;;234484..234557;gca;174;;;;;;5081381..5081454;gca;366;; ;;225759..228662;$23s;93;&2904;;;;;234732..237319;$23s;83;&2588;;;;;5081821..5082018;CDS;524;66;hp-66 ;;228756..228875;$5s;52;&120;;;;;237403..237518;$5s;54;&116;;;;comp;5082543..5082754;CDS;;71;hp-71 ;;228928..229004;gac;162;;;;;;237573..237649;gac;162;;;;;;;;;; ;;229167..229970;cds;;268;@metDkgB;;;;237812..238615;CDS;;268;@gluDkgB;;eco1;;222833..223408;cds;[362;192;]D-glycero ;;;;;;;;;;;;;;;;;;223771..225312;$16s;[68;&1542; eco2;;236067..236798;cds;132;244;@DNAIIIe;;ecoN2;;244934..245665;CDS;132;244;@DNAIIIe;;;;225381..225457;atc;[42;; ;;236931..237007;gac;327;;;;;;245798..245874;gac;120;;;;;;225500..225575;gca;[183;; ;;237335..238120;cds;;262;§lipo YafT;;;comp;245995..246852;CDS;;286;§DUF4942;;;;225759..228662;$23s;93;&2904; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;228756..228875;$5s;52;&120; eco3;;261503..262756;cds;114;418;@glu5dH;;ecoN3;;367329..368582;CDS;114;418;@glu5dH;;;;228928..229004;gac;162;; ;;262871..262946;acg;203;;;;;;368697..368772;acg;154;;;;;;229167..229970;cds;;268;@metDkgB ;comp;263150..263212;cds;;21;§YdiA;;;;368927..369265;CDS;;113;§DUF4102;;EcoN 56;comp >;5341397..5341492;CDS;-2;32;]ABC 32 ;;262898..297205;#phage;;11436;pp CP4-6;;;;;;;;;;ok;comp;5341491..5344303;$23s;]174;&2813; ;;;;;;;;;;;;;;;;;comp;5344478..5344553;gca;]42;; eco4;comp;563848..564480;cds;242;211;§put FimZ;;ecoN4;comp;631149..632015;CDS;270;289;§cyclo FolD;;;comp;5344596..5344672;atc;]56;; 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XapR;DNA-binding transcriptional activator XapR;;;;;* permease;aa permease;amino acid permease;;;;;* ABC bind;ABC 32;ABC transporter ATP-binding protein;;;;;* ABC bind;ABC MetN;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;;;;;* desaturase;acyl-CoA ;acyl-CoA desaturase;;;;;* adhesin;adhes YdhQ;adhesin-like autotransporter YdhQ;;;;;* adhesin;adhes YejO;adhesin-like autotransporter YejO, gene fragment 2 of yejO, misc_feature ;;;;;* hydrolase ;AICAR1;bifunctional AICAR transformylase/IMP cyclohydrolase;;;;;* hydrolase ;AICAR2;bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;;;;;* amidase;Ala C;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase C;;;;;* maturase;ans maturase;anaerobic sulfatase maturase;;;;;* synthetase;Arg-suc;argininosuccinate synthetase;;;;;* integrase;arm-type;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;;;;;* synthetase;Asn B;asparagine synthetase B;;;;;* protease b;ATP ClpA;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;;;;;* kinase;B5 kinase;pantothenate kinase;;;;;* kinase;B5 kinase I;type I pantothenate kinase;;;;;* transporter;barrel;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;;;;;* tr-regulator;CadC;DNA-binding transcriptional activator CadC;;;;;* cardiolipin ;cardiolipine;cardiolipin transport protein PbgA;;;;;* transferase;CDP-diacyl;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;;;;;* division;cell CpoB;cell division coordinator CpoB;;;;;* chaperone;ClpB;ClpB chaperone;;;;;* chaperone;ClpB dep;ATP-dependent chaperone ClpB;;;;;* storage;Csr;carbon storage regulator;;;;;* storage;CsrA;carbon storage regulator CsrA;;;;;* hydrolase ;cyclo FolD;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;;;;;* phosphatase;D-glycero;D-glycero-beta-D-manno-heptose-1,7-bisphosphate 7-phosphatase;;;;;* ABC bind;dip ABC;dipeptide ABC transporter periplasmic binding protein;;;;;* polymerase;DNAIIIe;DNA polymerase III subunit epsilon;;;;;* ABC bind;DppA;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;;;;;* DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF4102;DUF4102 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF4942;DUF4942 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF5507;DUF5507 domain-containing protein YpjC;;;;;* DUF;DUF554 ;DUF554 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF554 Yqg;DUF554 domain-containing protein YqgA;;;;;* peptidase;ErfK;L,D-transpeptidase ErfK;;;;;* exporter;exporter;FMN/FAD exporter;;;;;* tr-regulator;FadR tr ;FadR family transcriptional regulator;;;;;* reductase;ferric ;NADPH-dependent ferric chelate reductase;;;;;* phosphatase;fructose;fructose-1-phosphatase;;;;;* phosphatase;fructose 6;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;;;;;* deformylase;fTHF;formyltetrahydrofolate deformylase;;;;;* protase;FtsH;modulator of FtsH protease;;;;;* protease;FtsH YccA;FtsH protease modulator YccA;;;;;* glycosylase;G/U;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;;;;;* glycosylase;G/U station;stationary phase mismatch/uracil DNA glycosylase;;;;;* transferase;G1207;16S rRNA m(2)G1207 methyltransferase;;;;;* transferase;G1207 RsmC;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;;;;;* anhydrase;gc anhydrase;gamma carbonic anhydrase family protein;;;;;* ligase;Glu ligase;glutamate--tRNA ligase;;;;;* racemase;Glu race;glutamate racemase;;;;;* dehydrogenase;glu5dH;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;;;;;* reductase;gluDkgB;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;;;;;* permease;glutarate pm;alpha-ketoglutarate permease;;;;;* symporter;glutarate sm;alpha-ketoglutarate:H(+) symporter;;;;;* peptidase;glycan DD;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;;;;* synthetase;glycerolP;phosphatidylglycerophosphate synthase;;;;;* transporter;glycoside-p5;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;* reductase;glyoxyl A;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A;;;;;* reductase;glyoxyl GhrA;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;;;;;* permease;HAAAP;HAAAP family serine/threonine permease;;;;;* tr-regulator;HdfR;DNA-binding transcriptional dual regulator HdfR;;;;;* tr-regulator;HdfR HTH;HTH-type transcriptional regulator HdfR;;;;;* hydrogenase;Hnase1;hydrogenase 1 small subunit;;;;;* hp;hp-121;hp-121;;;;; hp;hp-128;hypothetical protein;;;;;* hp;hp-18;hp-18;;;;;* adhesin;Inv-adhesin;inverse autotransporter adhesin;;;;;* transposase;IS66;IS66 family transposase;;;;;* lyase;isocitrate;isocitrate lyase;;;;;* transferase;kdo2;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;;;;;* kinase/Pase;kinase isocit;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;;;;;* prophage;KpLE1;CPS-53 (KpLE1) prophage, prophage CPS-53 integrase;;;;;* lipoprotein;lipo YafT;lipoprotein YafT;;;;;* tr-regulator;LysR;LysR family transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;MarR;MarR family transcriptional regulator;;;;;* reductase;metDkgB;methylglyoxal reductase DkgB;;;;;* GDP;Mlb adapt;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis adaptor protein;;;;;* GDP;Mlb pB;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;;;;;* oxygenase;mono-O2;monooxygenase;;;;;* titration;Mtf;Mlc titration factor;;;;;* tr-regulator;MtfA;DgsA anti-repressor MtfA;;;;;* glycosylase;murein;murein transglycosylase A;;;;;* glycosylase;murein lytic;membrane-bound lytic murein transglycosylase A;;;;;* reductase;NADPH- Ah;aldehyde reductase, NADPH-dependent;;;;;* reductase;NADPH- Ahr;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;;;;;* transporter;nitrite;formate/nitrite transporter family protein;;;;;* hydroxylase;octaprenyl;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;;;;;* rnase;oligo-rnase;oligoribonuclease;;;;;* protein;OmpH;OmpH family outer membrane protein;;;;;* transferase;p-Ada;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;;;;;* transporter;p-AI-2E;pseudo, AI-2E family transporter;;;;;* synthetase;p-Arg-sc 282;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;* synthetase;p-Arg-sc 284;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;* division;p-cell CpoB;Pseudo, cell division protein CpoB;;;;;* DUF;p-DUF4102;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;;;;;* transporter;p-glycoside;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;* kinase;p-His kinase;pseudo, histidine kinase;;;;;* hp;p-hp;pseudo, hp 109;;;;;* integrase;p-integrase;pseudo, integrase;;;;;* transposase;p-IS4;Pseudo, IS4 family transposase;;;;;* transposase;p-IS630 ;pseudo, IS630 family transposase;;;;;* transporter;p-MATE;Pseudo, MATE family efflux transporter;;;;;* transporter;p-MdtK;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;;;;;* amidase;p-Nam;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;;;;;* tr-regulator;p-pu-tr 38;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* protein;p-un-YchS;putative uncharacterized protein YchS;;;;;* gene;p-yicT;p-yicT;;;;;* transferase;Pet;phosphoethanolamine transferase;;;;;* protein;pilus;pilus assembly protein;;;;;* dehydrogenase;porphyrine M;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;;;;;* oxidase;porphyrine O;protoporphyrinogen oxidase;;;;;* prophage;pp CP4-6;note="cryptic prophage CP4-6" misc_feature;;;;;* prophage;pp CPS-53;cryptic prophage CPS-53, misc_feature;;;;;* prophage;pp DLP12;note="cryptic prophage DLP12" misc_feature;;;;;* prophage;pp PR-Y;cryptic prophage PR-Y;;;;;* protein;protein YjjZ;protein YjjZ;;;;;* protein;protein YrdA;protein YrdA;;;;;* tr-regulator;pu- YfeC;putative DNA-binding transcriptional regulator YfeC;;;;;* ABC bind;pu-ABC;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;;;;;* exporter;pu-arabi;putative arabinose exporter;;;;;* sulfatase;pu-AslB;putative anaerobic sulfatase maturation enzyme AslB;;;;;* cardiolipin ;pu-cardiolip;putative cardiolipin transport protein;;;;;* cytochrome;pu-cytochrom;putative cytochrome;;;;;* hydrolase;pu-hydrolase;putative hydrolase, inner membrane;;;;;* integrase;pu-KpLE2;KpLE2 phage-like element putative integrase;;;;;* peptidase;pu-LysM;LysM domain-containing putative peptidase lipoprotein YgeR;;;;;* GMP;pu-sensor;putative c-di-GMP phosphodiesterase PdeA;;;;;* protein;Pu-ssM;putative type II secretion system M-type protein;;;;;* tr-regulator;pu-tr 120;putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;pu-tr YieP;putative transcriptional regulator YieP;;;;;* tr-regulator;pu-tr YjdC;putative DNA-binding transcriptional regulator YjdC;;;;;* tr-regulator;pu-tr-YeeN;putative transcriptional regulator YeeN;;;;;* protein;pu-unYgaQ;putative uncharacterized protein YgaQ;;;;;* oxygenase;pu-YdhR;putative monooxygenase YdhR;;;;;* ABC bind;pu-YhdZ;putative ABC transporter ATP-binding subunit YhdZ;;;;;* transporter;pu-YicJ;putative xyloside transporter YicJ;;;;;* transporter;pu-YifK;putative transporter YifK;;;;;* prophage;put DLP12;DLP12 prophage putative integrase;;;;;* tr-regulator;put FimZ;putative LuxR family transcriptional regulator FimZ;;;;;* synthetase;quino;quinolinate synthase;;;;;* synthetase;quino NadA;quinolinate synthase NadA;;;;;* ribosome;RimP;ribosome maturation factor RimP;;;;;* rpt;rpt-29;rpt-29;;;;; rpt;rpt-34;rpt_type=other;;;;;* rpt;rpt-36;rpt_type=other;;;;;* rpt;rpt71;rpt_type=other 71;;;;;* sRNA;RttR sRNA;small RNA RttR;;;;;* translocase;SecE;Sec translocon subunit SecE;;;;;* translocase;SecG-p;preprotein translocase subunit SecG;;;;;* translocase;SecG-t;Sec translocon subunit SecG;;;;;* esterase;sensor;sensor domain-containing phosphodiesterase;;;;;* ABC bind;sn-glycerol;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;;;;;* protein;sscs VI;type VI secretion system contractile sheath small subunit;;;;;* protein;stress;stress response protein;;;;;* tr-regulator;tact Cbl;DNA-binding transcriptional activator Cbl;;;;;* translation;tif IF-1;translation initiation factor IF-1;;;;;* protein;tpr;protamine-like protein;;;;;* tr-regulator;tr 192;transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr AlpA;AlpA family transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr-Cbl;HTH-type transcriptional regulator Cbl;;;;;* tr-regulator;tr-Nac;DNA-binding transcriptional dual regulator Nac;;;;;* tr-regulator;tr-nitrogen;nitrogen assimilation transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr-YebC;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* transferase;transferase;acetyltransferase;;;;;* transporter;trp-YeeO;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;;;;;* translation;tuf;elongation factor Tu;;;;;* translation;tufb;tufb, translation elongation factor Tu 2;;;;;* integrase;Tyr recb 207;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 404;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 421;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 424;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* reductase;UDP-N;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;;;;;* protein;un-YcdU;uncharacterized protein YcdU;;;;;* protein;un-YjeV;uncharacterized protein YjeV;;;;;* protein;UPF0149 YecA;UPF0149 family protein YecA;;;;;* protein;YdiA;YdiA family protein;;;;;* protein;YfdC;inner membrane protein YfdC;;;;;* protein;YgeQ;protein YgeQ;;;;;* gene;yjdQ;gene="yjdQ";;;;;* DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;* transposase;p-IS630;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;;;;;* </pre> ====ecoN données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_données_intercalaires|ecoN données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;ecoN;fx;fc;ecoN;fx40;fc40;ecoN;x-;c-;c;x;c;x;;c;x; ;2;0;18;29;0;18;29;-1;2;173;162;120;CDS 16s ;;;tRNA tRNA;;suite 1;2;10;44;403;1;10;51;-2;4;5;132;15;385;479;;4;;gtc 1;1;20;22;337;2;9;61;-3;2;0;114;153;441;117;;**;;gtc ;0;30;23;182;3;9;58;-4;39;328;154;343;377;;;4;;gtc 4;1;40;90;109;4;3;27;-5;2;2;32;426;374;;;**;;gtc ;0;50;95;113;5;2;18;-6;0;0;380;278;365;;;12;;tta 1;0;60;69;147;6;4;17;-7;1;16;164;165;672;;;53;;tgc ;1;70;48;109;7;3;24;-8;2;81;277;233;23s 5s;;;**;;ggc ;3;80;36;110;8;1;16;-9;3;2;253;165;6* 95;;;39;;gcc ;0;90;39;112;9;1;66;-10;0;7;206;234;1881;;;**;;gcc 2;3;100;43;99;10;2;65;-11;1;48;463;307;23s CDS;;;43;;gta 1;4;110;36;96;11;1;53;-12;2;3;159;307;331;;;46;;gta 1;3;120;38;70;12;7;53;-13;1;6;6;307;385;;;4;;gta 2;0;130;37;63;13;0;29;-14;5;23;8;93;5s CDS;;;**;;aaa ;1;140;43;52;14;0;38;-15;0;0;108;453;323;62;;63;;cgt 1;1;150;29;68;15;2;39;-16;1;3;195;326;136;104;;62;;cgt 1;3;160;44;50;16;6;29;-17;1;11;151;37;3* 76;;;62;;cgt 2;4;170;27;45;17;4;21;-18;3;0;278;4;16s tRNA;;;64;;cgt ;0;180;28;42;18;0;34;-19;2;4;100;125;3* 85;;gaa;3;;cgt ;0;190;38;44;19;1;18;-20;1;9;161;437;443;;gaa;**;;agc 1;3;200;34;36;20;1;23;-21;0;0;100;220;375;;gaa;33;;atgf 1;8;210;31;36;21;1;24;-22;0;3;161;258;4* 68;;atc;33;;atgf 2;0;220;35;43;22;0;23;-23;0;8;74;110;tRNA 16s;;;**;;atgf ;0;230;26;30;23;2;11;-24;2;0;75;208;1063;;gca;8;;gac 2;1;240;21;25;24;4;27;-25;2;2;206;316;tRNA 23s;;;**;;tgg ;0;250;27;18;25;0;19;-26;1;9;280;124;269;;gaa;58;;cgg 2;2;260;27;24;26;1;15;-27;1;0;315;53;2* 193;;gaa;20;;cac ;0;270;18;23;27;2;25;-28;1;3;635;347;2* 194;;gaa;42;;ctg 1;3;280;24;20;28;4;8;-29;4;5;78;347;174;;gca;**;;cca ;1;290;19;18;29;5;14;-30;4;0;105;347;183;;;8;;aca 2;2;300;9;15;30;4;16;-31;0;0;197;347;5s tRNA;;;116;;tac 3;0;310;13;17;31;4;13;-32;1;7;206;1360;54;;gac;6;;gga 1;1;320;22;12;32;3;12;-33;0;0;206;292;2* 14;;acc;**;;acc 1;0;330;11;16;33;7;9;-34;0;0;206;95;53;;gac;36;;ggc ;0;340;14;8;34;9;17;-35;2;4;206;361;tRNA 5s;;;35;;ggc 5;0;350;5;15;35;11;8;-36;0;0;456;195;39;;acc;**;;ggc ;0;360;9;12;36;4;15;-37;1;3;14;39;777;;acc;34;;ctg 1;0;370;10;14;37;10;5;-38;2;1;743;38;1360;;gaa;28;;ctg ;1;380;19;12;38;12;7;-39;2;0;91;1174;1112;;gaa;**;;ctg ;0;390;10;9;39;13;10;-40;1;1;300;592;tRNA tRNA;;intra;1472;;gaa ;0;400;9;14;40;17;13;-41;1;1;102;292;4* 42;;atc gca;42;;atc 7;7;reste;142;125;reste;1185;1762;-42;0;0;146;1096;tRNA tRNA;;début;2351;;atc 46;58;total;1382;2822;total;1382;2822;-43;0;3;114;220;37;;cag;**;;gaa 39;49;diagr;1222;2668;diagr;179;1031;-44;1;0;436;258;48;;cag;39;;gcc 2;3;t30;89;922;;;;-45;0;0;197;150;15;;atgj;39;;gcc ;;;;;;;;-46;0;0;106;39;34;;caa;**;;gcc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;210;;23;;caa;44;;gta ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;233;;10;;cta;**;;gta ;x;1364;105;18;1487;;;-49;0;0;290;;**;;atgj;28;;ctg ;c;2793;782;29;3604;;;-50;0;1;1537;;35;;aaa;**;;ctg ;;;;;5091;217;;reste;5;10;588;;2;;gta;;; ;;;;;;5308;;total;105;782;300;;51;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;0;;3;;gta;;; ;;;;;;;;;;;206;;48;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;0;;33;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;120;;**;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;63;;33;;tac;;; ;;;;;;;;;;;253;;**;;tac;;; </pre> =====ecoN autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_autres_intercalaires_aas|ecoN autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ecoN;;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas;longueur fin;;CDS;190;255;;;; deb;;CDS;231864;232436;365;*;; ;;rRNA;232802;234309;85;*;16s;1508 ;;tRNA;234395;234471;269;*;gaa; ;;rRNA;234741;237307;95;*;23s;2567 ;;rRNA;237403;237518;54;*;5s;116 ;;tRNA;237573;237649;162;*;gac; fin;;CDS;237812;238615;;1;; deb;;CDS;244934;245665;132;*;; ;;tRNA;245798;245874;120;*;gac; fin;comp;CDS;245995;246852;;0;; deb;;CDS;367329;368582;114;*;; ;;tRNA;368697;368772;154;*;acg; fin;;CDS;368927;369265;;0;; deb;comp;CDS;555847;556158;162;*;; ;;ncRNA;556321;556417;119;*;; fin;;CDS;556537;556890;;0;; deb;;CDS;632056;632253;32;*;; ;;tRNA;632286;632362;15;*;aga; fin;comp;CDS;632378;632979;;0;; deb;;CDS;733188;734363;153;*;; ;comp;tRNA;734517;734591;37;*;cag; ;comp;tRNA;734629;734703;48;*;cag; ;comp;tRNA;734752;734828;15;*;atgj; ;comp;tRNA;734844;734918;34;*;caa; ;comp;tRNA;734953;735027;23;*;caa; 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fin;comp;CDS;1458686;1459528;;;; deb;comp;CDS;1829066;1830322;307;*;; ;;tRNA;1830630;1830706;4;*;gtc; ;;tRNA;1830711;1830787;6;*;gtc; fin;;CDS;1830794;1831177;;0;; deb;comp;CDS;1831218;1832474;307;*;; ;;tRNA;1832782;1832858;4;*;gtc; ;;tRNA;1832863;1832939;8;*;gtc; fin;;CDS;1832948;1833280;;0;; deb;comp;CDS;1833321;1834577;307;*;; ;;tRNA;1834885;1834961;4;*;gtc; ;;tRNA;1834966;1835042;108;*;gtc; fin;;CDS;1835151;1835456;;;; deb;;CDS;1857352;1858464;185;*;; ;;ncRNA;1858650;1858757;135;*;; fin;;CDS;1858893;1859249;;;; deb;comp;CDS;2115794;2116459;195;*;; ;comp;tRNA;2116655;2116741;12;*;tta; ;comp;tRNA;2116754;2116827;53;*;tgc; ;comp;tRNA;2116881;2116956;151;*;ggc; fin;comp;CDS;2117108;2117656;;;; deb;comp;CDS;2191451;2192287;278;*;; ;comp;tRNA;2192566;2192655;93;*;tcg; deb;;CDS;2192749;2193546;100;*;; ;;tRNA;2193647;2193722;161;*;aac; fin;;CDS;2193884;2195146;;0;; deb;;CDS;2232607;2233323;453;*;; ;comp;tRNA;2233777;2233852;326;*;acc; fin;;CDS;2234179;2235096;;;; deb;;CDS;2235198;2236148;37;*;; 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comp;106004..106079;;ggc;7 ggc;35;;35;;; comp;106115..106190;;ggc;5 atgf;35;;35;;; comp;106226..106301;;ggc;;18;;18;;; comp;106320..106396;;atgf;;39;;39;;; comp;106436..106511;;ggc;;90;;90;;; comp;106602..106678;;atgf;;39;;39;;; comp;106718..106793;;ggc;;18;;18;;; comp;106812..106888;;atgf;;39;;39;;; comp;106928..107003;;ggc;;18;;18;;; comp;107022..107098;;atgf;;39;;39;;; comp;107138..107213;;ggc;;156;156;;;;156 comp;107370..107915;;CDS;;81764;;;;182; ;;;;;;;;;; ;189680..190715;;CDS;;101;101;;;345;101 comp;190817..190933;;5s;;107;;;;; comp;191041..193955;;23s;;290;;;;; comp;194246..194321;;gca;;43;;;43;; comp;194365..194441;;atc;;97;;;;; comp;194539..196096;;16s;@2;371;;;;; comp;196468..196584;;5s;;77;;;;; comp;196662..199576;;23s;;290;;;;; comp;199867..199942;;gca;;43;;;43;; comp;199986..200062;;atc;;97;;;;; comp;200160..201717;;16s;;853;*853;;;;*853 comp;202571..204706;;CDS;;29595;;;;*712; ;;;;;;;;;; comp;234302..235486;;CDS;;101;101;;;395;101 comp;235588..235663;;acc;;13;;13;;; comp;235677..235751;;gga;;35;;35;;; comp;235787..235871;;tac;;52;;52;;; comp;235924..235999;;aca;;206;206;;;; ;236206..237129;;CDS;;4144;;;;308; ;;;;;;;;;; comp;241274..242467;;CDS;;546;*546;;;*398;*546 comp;243014..243090;;tgg;;68;;;68;; comp;243159..243235;;gac;;32;;;;; comp;243268..243384;;5s;;117;;;;; comp;243502..246404;;23s;;310;;;;; comp;246715..246790;;gta;;30;;;30;; comp;246821..246896;;aaa;;2;;;2;; comp;246899..246974;;gaa;;122;;;;; comp;247097..248654;;16s;;554;*554;;;;*554 ;249209..249664;;CDS;;60596;;;;*152; ;;;;;;;;;; ;310261..311296;;CDS;;121;121;;;345;121 comp;311418..311508;;tca;;91;;;;; comp;311600..311716;;5s;;108;;;;; comp;311825..314739;;23s;;289;;;;; comp;315029..315104;;gca;;43;;;43;; comp;315148..315224;;atc;;56;;;;; comp;315281..316842;;16s;;471;*471;;;;*471 comp;317314..318027;;CDS;;40242;;;;*238; ;;;;;;;;;; ;358270..359305;;CDS;;147;147;;;345; comp;359453..359529;;gac;;31;;;;; comp;359561..359677;;5s;;108;;;;; comp;359786..362700;;23s;;310;;;;; comp;363011..363086;;gta;;30;;;30;; comp;363117..363192;;aaa;;2;;;2;; comp;363195..363270;;gaa;;82;;;;; comp;363353..364914;;16s;;83;83;;;;83 comp;364998..365133;;CDS;;84252;;;;45; ;;;;;;;;;; ;449386..449521;;CDS;;83;83;;;45;83 ;449605..451162;;16s;;122;;;;; ;451285..451360;;gaa;;2;;;2;; ;451363..451438;;aaa;;9;;;9;; ;451448..451523;;gca;;37;;;37;; ;451561..451636;;gta;;51;51;;;;51 comp;451688..451873;;CDS;;16;16;;;62;16 ;451890..454804;;23s;;77;;;;; ;454882..454998;;5s;;32;;;;; ;455031..455107;;gac;;162;162;;;; comp;455270..455533;;CDS;;11718;;;;88; ;;;;;;;;;; comp;467252..467665;;CDS;;361;361;;;138; ;468027..468103;;cgg;;35;;35;;; ;468139..468214;;cac;;76;;76;;; ;468291..468367;;cca;;46;;46;;; ;468414..468489;;cac;;64;;64;;; ;468554..468630;;cca;;194;194;;;;194 comp;468825..469550;;CDS;;365688;;;;242; ;;;;;;;;;; comp;835239..835550;;CDS;;138;138;;;104;138 comp;835689..835764;;atgi;;145;145;;;; comp;835910..837772;;CDS;;182191;;;;621; ;;;;;;;;;; ;1019964..1020128;;CDS;;119;119;;;55; ;1020248..1021805;;16s;;129;;;;; ;1021935..1022010;;gcc;;41;;;41;; ;1022052..1022127;;gaa;;55;55;;;;55 comp;1022183..1022368;;CDS;;16;16;;;62;16 ;1022385..1025299;;23s;;111;;;;; ;1025411..1025527;;5s;;31;;;;; ;1025559..1025635;;gac;;35;;;35;; ;1025671..1025747;;tgg;;3;3;;;;3 comp;1025751..1025933;;CDS;;225465;;;;61; ;;;;;;;;;; ;1251399..1252574;;CDS;;158;158;;;392; comp;1252733..1252817;;cta;+;54;;54;;; comp;1252872..1252946;;caa;5 cta;46;;46;;; comp;1252993..1253077;;cta;3 atgj;21;;21;;; comp;1253099..1253183;;cta;2 caa;18;;18;;; comp;1253202..1253278;;atgj;;23;;23;;; comp;1253302..1253386;;cta;;70;;70;;; comp;1253457..1253533;;atgj;;79;;79;;; comp;1253613..1253687;;caa;;31;;31;;; comp;1253719..1253803;;cta;;39;;39;;; comp;1253843..1253919;;atgj;;26;26;;;;26 comp;1253946..1254157;;CDS;;14564;;;;71; ;;;;;;;;;; comp;1268722..1268862;;CDS;;260;260;;;47; ;1269123..1269199;;cca;;243;243;;;;*243 comp;1269443..1269628;;CDS;;16361;;;;62; ;;;;;;;;;; ;1285990..1286571;;CDS;;88;88;;;194; comp;1286660..1286736;;agg;;68;68;;;;68 comp;1286805..1287938;;CDS;;116753;;;;378; ;;;;;;;;;; comp;1404692..1405552;;CDS;;204;204;;;287;*204 ;1405757..1405833;;aga;;244;244;;;; ;1406078..1407685;;CDS;;49950;;;;536; ;;;;;;;;;; ;1457636..1458508;;CDS;;407;407;;;291; comp;1458916..1459000;;tac;+;100;;100;;; comp;1459101..1459185;;tac;4 tac;100;;100;;; comp;1459286..1459370;;tac;@7;100;;100;;; comp;1459471..1459555;;tac;;282;282;;;;*282 ;1459838..1460935;;CDS;;170368;;;;366; ;;;;;;;;;; ;1631304..1631753;;CDS;;144;144;;;150;144 ;1631898..1631985;;tcc;;312;312;;;; ;1632298..1632684;;CDS;;550413;;;;129; ;;;;;;;;;; ;2183098..2183436;;CDS;;179;179;;;113; ;2183616..2183692;;gtc;+;46;;46;;; ;2183739..2183815;;gtc;2 gtc;149;149;;;;149 ;2183965..2185344;;CDS;;578546;;;;460; ;;;;;;;;;; comp;2763891..2766782;;CDS;;763;*763;;;*964;*763 comp;2767546..2767621;;ggc;+;11;;11;;; comp;2767633..2767719;;tta;2 ggc;78;;78;;; comp;2767798..2767873;;ggc;;37;;37;;; comp;2767911..2767984;;tgc;;400;400;;;;*400 comp;2768385..2768942;;CDS;;82481;;;;186; ;;;;;;;;;; ;2851424..2851855;;CDS;;62;62;;;144;62 ;2851918..2851992;;gga;;333;333;;;; ;2852326..2852970;;CDS;;133282;;;;215; ;;;;;;;;;; comp;2986253..2986402;;CDS;;1;*1;;;50;1 ;2986404..2986479;;aac;;372;372;;;; ;2986852..2989149;;CDS;;60873;;;;766; ;;;;;;;;;; ;3050023..3051831;;CDS;;139;139;;;603;139 ;3051971..3052061;;tca;;321;321;;;; ;3052383..3053693;;CDS;;384243;;;;437; ;;;;;;;;;; comp;3437937..3438392;;CDS;;233;233;;;152; comp;3438626..3438702;;atgf;;56;;56;;; comp;3438759..3438842;;ctc;;18;18;;;;18 comp;3438861..3439199;;CDS;;113972;;;;113; ;;;;;;;;;; comp;3553172..3554167;;CDS;;189;189;;;332;189 comp;3554357..3554433;;cgt;+;59;;59;;; comp;3554493..3554569;;cgt;7 cgt;57;;57;;; comp;3554627..3554703;;cgt;2 agc;57;;57;;; comp;3554761..3554837;;cgt;;57;;57;;; comp;3554895..3554971;;cgt;;57;;57;;; comp;3555029..3555105;;cgt;;85;;85;;; comp;3555191..3555282;;agc;;29;;29;;; comp;3555312..3555388;;cgt;;31;;31;;; comp;3555420..3555511;;agc;;243;243;;;; comp;3555755..3555952;;CDS;;83212;;;;66; ;;;;;;;;;; ;3639165..3640295;;CDS;;108;108;;;377;108 ;3640404..3640479;;ttc;+;51;;51;;; ;3640531..3640606;;aca;3 ttc;7;;7;;; ;3640614..3640689;;ttc;2 aca;43;;43;;; ;3640733..3640808;;aac;2 aac;69;;69;;; ;3640878..3640953;;aca;;10;;10;;; ;3640964..3641039;;ttc;;42;;42;;; ;3641082..3641158;;aac;;292;292;;;; ;3641451..3643076;;CDS;;233;233;;;542; ;3643310..3643385;;ttc;;51;;51;;; ;3643437..3643512;;aca;+;21;;21;;; ;3643534..3643609;;aac;2 aca;39;;39;;; ;3643649..3643724;;aca;2 aac;15;;15;;; ;3643740..3643815;;aac;;156;156;;;;156 comp;3643972..3645405;;CDS;;561;*561;;;*478;*561 comp;3645967..3646043;;gac;;31;;;;; comp;3646075..3646191;;5s;;57;;;;; comp;3646249..3646324;;acc;;100;;;;; comp;3646425..3646541;;5s;;111;;;;; comp;3646653..3649567;;23s;;-13;*-13;;;;*-13 comp;3649555..3649797;;CDS;@3;35;35;;;81;35 comp;3649833..3649908;;gca;;43;;;43;; comp;3649952..3650028;;atc;;97;;;;; comp;3650126..3651683;;16s;;557;*557;;;;*557 comp;3652241..3653491;;CDS;;9514;;;;*417; ;;;;;;;;;; comp;3663006..3663598;;CDS;;181;181;;;198; comp;3663780..3663864;;ttg;;177;177;;;;177 comp;3664042..3664707;;CDS;;93515;;;;222; ;;;;;;;;;; ;3758223..3759258;;CDS;;578;*578;;;*345;*578 comp;3759837..3759913;;gac;;68;;;;; comp;3759982..3760098;;5s;;111;;;;; comp;3760210..3763124;;23s;;290;;;;; comp;3763415..3763490;;gca;;43;;;43;; comp;3763534..3763610;;atc;;97;;;;; comp;3763708..3765265;;16s;;86;;;;; comp;3765351;;16s;début;;;;;; Chromosome II;;;;;;;;;; comp;673782..674186;;CDS;;358;358;;;135; comp;674545..674635;;tca;;329;329;;;;*329 ;674965..675645;;CDS;;205537;;;;227; ;;;;;;;;;; ;881183..882640;;CDS;;244;244;;;486;*244 ;882885..882958;;tgc;;302;302;;;; ;883261..883725;;CDS;;1229;;;;155; ;;;;;;;;;; ;884955..886649;;CDS;;245;245;;;565;*245 ;886895..886981;;tta;;97;;97;;; ;887079..887154;;ggc;;5;;5;;; ;887160..887233;;tgc;;317;317;;;; ;887551..889074;;CDS;;465;;;;508; ;;;;;;;;;; comp;889540..890328;;CDS;;386;386;;;263; ;890715..890801;;tta;+;53;;53;;; ;890855..890928;;tgc;2 tgc;181;;*181;;; ;891110..891183;;tgc;;366;366;;;;*366 ;891550..891891;;CDS;;443950;;;;114; ;;;;;;;;;; ;1335842..1336042;;CDS;;17;17;;;;17 ;1336060..1336134;;gga;;272;272;;;; comp;1336407..1337222;;CDS;;505333;;;;272; ;;;;;;;;;; ;1842556..1842741;;CDS;;-36;*-36;;;62;*-36 ;1842706..1842789;;ctc;;29;29;;;;29 ;1842819..1843430;;CDS;;77699;;;;204; ;;;;;;;;;; ;1921130..1921561;;CDS;;62;62;;;144;62 ;1921624..1921698;;gga;;337;337;;;; comp;1922036..1922209;;CDS;;15660;;;;58; ;;;;;;;;;; comp;1937870..1939129;;CDS;;84;84;;;420; comp;1939214..1939304;;tca;;90;;;;; comp;1939395..1939511;;5s;;77;;;;; comp;1939589..1942503;;23s;;306;;;;; comp;1942810..1942885;;gta;;35;;;35;; comp;1942921..1942996;;gca;;24;;;24;; comp;1943021..1943096;;aaa;;2;;;2;; comp;1943099..1943174;;gaa;;114;;;;; comp;1943289..1944850;;16s;;83;83;;;;83 comp;1944934..1945071;;CDS;;;;;;46; </pre> ====vha cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_cumuls|vha cumuls]] <pre> vha cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;0;0;1;3;1;1;100;17 ;16 aas 23 5s ;3;20;10;5;50;8;20;5;200;17 ;16 atc gca;4;40;17;6;100;10;40;3;300;10 ;16 cds 23 5s ;3;60;16;6;150;12;60;2;400;13 ;max a;5;80;6;1;200;9;80;3;500;6 ;a doubles;0;100;6;0;250;9;100;3;600;4 ;spéciaux;1;120;0;0;300;4;120;3;700;2 ;total aas;37;140;0;0;350;7;140;3;800;2 sans ;opérons;27;160;1;0;400;6;160;4;900;0 ;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;1;1000;1 ;max a;12;200;1;0;500;1;200;2;1100;0 ;a doubles;10;;0;0;;8;;8;;0 ;total aas;84;;57;18;;78;;38;;72 total aas;;121;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;30;;;;;;266 ;;;variance;;19;;;;;;199 sans jaune;;;moyenne;46;;;183;;86;;240 ;;;variance;25;;;114;;59;;178 </pre> ====vha blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_blocs|vha blocs]] <pre> vha blocs;;;;;;; cds;853;cds;471;cds;103 $16s;97;$16s;56;$16s;<u>86 atc;43;atc;43;$16s;97 gca;290;gca;289;atc;43 $23s;77;$23s;108;gca;290 $5s;<u>371;$5s;91;$23s;111 $16s;97;tca;121;$5s;68 atc;43;cds;;gac;578 gca;290;;;cds; $23s;107;;;; $5s;101;;;; cds;;;;; ;;;;; cds;554;cds;83;cds;119 $16s;122;$16s;82;$16s;129 gaa;2;gaa;2;gcc;41 aaa;30;aaa;30;gaa;55 gta;310;gta;310;&cds;16 $23s;117;$23s;108;$23s;111 $5s;32;$5s;31;$5s;31 gac;68;gac;147;gac;35 tgg;546;cds;;tgg;3 cds;;;;cds; ;;;;; cds;83;cds;83;cds;557 $16s;114;$16s;122;$16s;97 gaa;2;gaa;2;atc;43 aaa;24;aaa;9;gca;35 gca;35;gca;37;&cds;-13 gta;306;gta;51;$23s;111 $23s;77;&cds;16;$5s;100 $5s;90;$23s;77;acc;57 tca;84;$5s;32;$5s;31 cds;;gac;162;gac;561 ;;cds;;cds; </pre> ====vha distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_distribution|vha distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;cgt6;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;ggc3;atc;;acc;;aac;;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;6;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;acc 5s + 1 >a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;3;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;3;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;gga 1>a + 3a;ata;;aca;5;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;3;séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2 atgj;;acg;;aag;;agg;1;(cac cca)2;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total vha;;14;;;;;14;ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;51;;;;;;51;;vha;19;;;;;;19;;vha;;;;11;;;11 </pre> ====vha1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_données_intercalaires|vha1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;vha1;fx;fc;vha1;fx40;fc40;vha1;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;3;9;0;3;9;-1;0;98;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;0;10;11;246;1;1;30;-2;0;0;156;529;4* 102;;atc;13;;acc ;1;20;16;193;2;1;40;-3;0;2;101;206;65;;atc;35;;gga ;0;30;16;96;3;2;39;-4;9;141;546;121;2* 127;;gaa;52;;tac ;0;40;29;76;4;0;17;-5;0;1;138;147;91;;gaa;**;;aca ;0;50;22;55;5;1;25;-6;1;0;145;162;134;;gcc;35;;cgg ;0;60;37;90;6;0;11;-7;0;10;284;361;tRNA 23s;;;76;;cac ;2;70;64;61;7;1;13;-8;1;37;497;194;3* 297;;gca;46;;cca ;0;80;43;62;8;2;16;-9;1;0;68;260;2* 317;;gta;64;;cac 1;0;90;46;56;9;0;31;-10;0;2;159;158;296;;gca;**;;cca ;0;100;41;55;10;3;24;-11;1;26;144;260;272;;gca;54;;cta ;2;110;40;59;11;0;21;-12;0;0;312;88;260;;gta;46;;caa ;0;120;28;67;12;0;32;-13;0;4;179;204;264;;gaa;21;;cta 1;0;130;23;55;13;1;27;-14;0;20;149;407;5s tRNA;;;18;;cta ;2;140;24;54;14;2;27;-15;2;0;763;282;2* 32;;gac;23;;atgj 1;3;150;24;51;15;0;13;-16;0;3;400;558;3* 31;;gac;70;;cta 2;2;160;28;54;16;3;9;-17;0;11;62;321;68;;gac;79;;atgj 1;0;170;20;38;17;2;18;-18;0;0;363;156;91;;tca;31;;caa ;2;180;22;45;18;1;22;-19;0;4;372;578;100;;acc;39;;cta ;2;190;18;35;19;2;11;-20;0;13;139;;tRNA 5s;;;**;;atgj 1;0;200;17;30;20;5;13;-21;1;0;233;;57;;acc;100;;tac 2;0;210;15;38;21;1;15;-22;1;1;18;;tRNA tRNA;;intra;100;;tac ;0;220;17;25;22;4;8;-23;0;5;189;;5* 43;;gca;100;;tac ;0;230;15;27;23;1;11;-24;0;0;243;;**;;atc;**;;tac ;2;240;21;26;24;3;9;-25;0;1;108;;2* 30;;gta;46;;gtc ;1;250;10;21;25;0;9;-26;0;2;292;;2;;aaa;**;;gtc 2;0;260;16;22;26;1;8;-27;0;0;233;;**;;gaa;11;;ggc ;0;270;10;16;27;2;12;-28;0;0;558;;2;;gaa;78;;tta ;0;280;14;16;28;2;8;-29;0;1;181;;9;;aaa;37;;ggc 1;1;290;12;15;29;1;7;-30;0;0;177;;37;;gca;**;;tgc ;1;300;15;17;30;1;9;-31;0;0;CDS 16s;;**;;gta;56;;atgf ;0;310;8;20;31;3;11;-32;1;5;631;554;41;;gcc;**;;ctc ;1;320;7;13;32;3;6;-33;0;0;853;492;**;;gaa;59;;cgt 1;0;330;15;9;33;3;6;-34;0;1;471;;tRNA tRNA;;contig;57;;cgt ;0;340;8;9;34;3;8;-35;0;5;451;;68;;tgg;57;;cgt ;0;350;15;7;35;1;6;-36;0;0;543;;**;;gac;57;;cgt ;0;360;7;7;36;1;8;-37;0;0;557;;35;;gac;57;;cgt 1;1;370;7;6;37;5;5;-38;1;3;16s 16s;;**;;tgg;85;;cgt ;1;380;4;7;38;5;9;-39;0;0;0;deb fin chr c;tRNA tRNA;;;29;;agc ;0;390;7;7;39;2;7;-40;0;1;5s 16s;;158;;atgf;31;;cgt ;1;400;14;4;40;3;10;-41;1;0;371;;35;;ggc;**;;agc 4;4;reste;125;146;reste;859;1325;-42;0;0;23s 5s;;35;;ggc;51;;ttc 18;29;total;934;1945;total;934;1945;-43;0;0;125;;18;;ggc;7;;aca 14;25;diagr;806;1790;diagr;72;611;-44;1;2;2* 95;;39;;atgf;43;;ttc 0;1;t30;43;535;;;;-45;0;0;135;;90;;ggc;69;;aac ;;;;;;;;-46;0;0;2* 126;;39;;atgf;10;;aca ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;3* 129;;18;;ggc;42;;ttc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;5s CDS;;39;;atgf;**;;aac ;x;931;25;3;959;;;-49;0;0;;101;18;;ggc;51;;ttc ;c;1936;402;9;2347;;;-50;2;3;;;39;;atgf;21;;aca ;;;;;3306;190;;reste;0;0;;;**;;ggc;39;;aac ;;;;;;3496;;total;25;402;;;;;;15;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;aac </pre> ====vha1 autres intercalaires aas==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vha1;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;comp;rRNA;1;1384;631;*;1384 fin;comp;CDS;2016;2795;;; deb;;CDS;104112;105239;529;*; ;comp;tRNA;105769;105845;158;*;atgf ;comp;tRNA;106004;106079;35;*;ggc ;comp;tRNA;106115;106190;35;*;ggc ;comp;tRNA;106226;106301;18;*;ggc ;comp;tRNA;106320;106396;39;*;atgf ;comp;tRNA;106436;106511;90;*;ggc ;comp;tRNA;106602;106678;39;*;atgf ;comp;tRNA;106718;106793;18;*;ggc ;comp;tRNA;106812;106888;39;*;atgf ;comp;tRNA;106928;107003;18;*;ggc ;comp;tRNA;107022;107098;39;*;atgf ;comp;tRNA;107138;107213;156;*;ggc fin;comp;CDS;107370;107915;;0; deb;;CDS;189680;190715;101;*; ;comp;rRNA;190817;190933;125;*;117 ;comp;rRNA;191059;193948;297;*;2890 ;comp;tRNA;194246;194321;43;*;gca ;comp;tRNA;194365;194441;102;*;atc ;comp;rRNA;194544;196096;371;*;1553 ;comp;rRNA;196468;196584;95;*;117 ;comp;rRNA;196680;199569;297;*;2890 ;comp;tRNA;199867;199942;43;*;gca ;comp;tRNA;199986;200062;102;*;atc ;comp;rRNA;200165;201717;853;*;1553 fin;comp;CDS;202571;204706;;; deb;comp;CDS;234302;235486;101;*; ;comp;tRNA;235588;235663;13;*;acc ;comp;tRNA;235677;235751;35;*;gga ;comp;tRNA;235787;235871;52;*;tac ;comp;tRNA;235924;235999;206;*;aca fin;;CDS;236206;237129;;0; deb;comp;CDS;241274;242467;546;*; ;comp;tRNA;243014;243090;68;*;tgg ;comp;tRNA;243159;243235;32;*;gac ;comp;rRNA;243268;243384;135;*;117 ;comp;rRNA;243520;246397;317;*;2878 ;comp;tRNA;246715;246790;30;*;gta ;comp;tRNA;246821;246896;2;*;aaa ;comp;tRNA;246899;246974;127;*;gaa ;comp;rRNA;247102;248654;554;*;1553 fin;;CDS;249209;249664;;1; deb;comp;CDS;251637;253490;57;*; ;comp;regulatory;253548;253749;184;*; fin;;CDS;253934;255043;;0; deb;;CDS;310261;311296;121;*; ;comp;tRNA;311418;311508;91;*;tca ;comp;rRNA;311600;311716;126;*;117 ;comp;rRNA;311843;314732;296;*;2890 ;comp;tRNA;315029;315104;43;*;gca ;comp;tRNA;315148;315224;65;*;atc ;comp;rRNA;315290;316842;471;*;1553 fin;comp;CDS;317314;318027;;; deb;comp;CDS;352647;354587;165;*; ;comp;regulatory;354753;354851;61;*; fin;comp;CDS;354913;355296;;; deb;;CDS;358270;359305;147;*; ;comp;tRNA;359453;359529;31;*;gac ;comp;rRNA;359561;359677;126;*;117 ;comp;rRNA;359804;362693;317;*;2890 ;comp;tRNA;363011;363086;30;*;gta ;comp;tRNA;363117;363192;2;*;aaa ;comp;tRNA;363195;363270;91;*;gaa ;comp;rRNA;363362;364914;492;*;1553 fin;;CDS;365407;365958;;0; deb;;CDS;448626;449153;451;*; ;;rRNA;449605;451157;127;*;1553 ;;tRNA;451285;451360;2;*;gaa ;;tRNA;451363;451438;9;*;aaa ;;tRNA;451448;451523;37;*;gca ;;tRNA;451561;451636;260;*;gta ;;rRNA;451897;454786;95;*;2890 ;;rRNA;454882;454998;32;*;117 ;;tRNA;455031;455107;162;*;gac fin;comp;CDS;455270;455566;;; deb;comp;CDS;467252;467665;361;*; ;;tRNA;468027;468103;35;*;cgg ;;tRNA;468139;468214;76;*;cac ;;tRNA;468291;468367;46;*;cca ;;tRNA;468414;468489;64;*;cac ;;tRNA;468554;468630;194;*;cca fin;comp;CDS;468825;469550;;0; deb;;CDS;769806;770444;32;*; ;;regulatory;770477;770626;68;*; fin;;CDS;770695;771687;;; deb;comp;CDS;835239;835550;138;*; ;comp;tRNA;835689;835764;145;*;atgi fin;comp;CDS;835910;837772;;; deb;;CDS;883125;883988;533;*; ;;ncRNA;884522;884950;176;*; fin;;CDS;885127;886077;;; deb;comp;CDS;941166;941636;439;*; ;;misc_f;942076;942195;53;*; fin;;CDS;942249;944708;;; deb;comp;CDS;1010675;1011853;13;*; ;comp;misc_f;1011867;1011988;108;*; fin;comp;CDS;1012097;1012423;;; deb;;CDS;1017131;1019704;543;*; ;;rRNA;1020248;1021800;134;*;1553 ;;tRNA;1021935;1022010;41;*;gcc ;;tRNA;1022052;1022127;264;*;gaa ;;rRNA;1022392;1025281;129;*;2890 ;;rRNA;1025411;1025527;31;*;117 ;;tRNA;1025559;1025635;35;*;gac ;;tRNA;1025671;1025747;260;*;tgg fin;comp;CDS;1026008;1026983;;0; deb;comp;CDS;1138561;1139793;183;*; ;comp;tmRNA;1139977;1140344;68;*; fin;comp;CDS;1140413;1140898;;0; deb;;CDS;1251399;1252574;158;*; ;comp;tRNA;1252733;1252817;54;*;cta ;comp;tRNA;1252872;1252946;46;*;caa ;comp;tRNA;1252993;1253077;21;*;cta ;comp;tRNA;1253099;1253183;18;*;cta ;comp;tRNA;1253202;1253278;23;*;atgj ;comp;tRNA;1253302;1253386;70;*;cta ;comp;tRNA;1253457;1253533;79;*;atgj ;comp;tRNA;1253613;1253687;31;*;caa ;comp;tRNA;1253719;1253803;39;*;cta ;comp;tRNA;1253843;1253919;284;*;atgj fin;comp;CDS;1254204;1255295;;; deb;comp;CDS;1268722;1268862;260;*; ;;tRNA;1269123;1269199;497;*;cca fin;;CDS;1269697;1270497;;0; deb;;CDS;1286065;1286571;88;*; ;comp;tRNA;1286660;1286736;68;*;agg fin;comp;CDS;1286805;1287938;;0; deb;comp;CDS;1404692;1405552;204;*; ;;tRNA;1405757;1405833;159;*;aga fin;;CDS;1405993;1407685;;; deb;;CDS;1457636;1458508;407;*; ;comp;tRNA;1458916;1459000;100;*;tac ;comp;tRNA;1459101;1459185;100;*;tac ;comp;tRNA;1459286;1459370;100;*;tac ;comp;tRNA;1459471;1459555;282;*;tac fin;;CDS;1459838;1460935;;; deb;;CDS;1470331;1472328;142;*; ;;ncRNA;1472471;1472567;143;*; fin;;CDS;1472711;1473337;;; deb;comp;CDS;1587286;1587876;116;*; ;comp;regulatory;1587993;1588082;279;*; fin;comp;CDS;1588362;1589366;;; deb;;CDS;1631304;1631753;144;*; ;;tRNA;1631898;1631985;312;*;tcc fin;;CDS;1632298;1632684;;; deb;;CDS;1842140;1843741;180;*; ;;misc_f;1843922;1844060;53;*; fin;;CDS;1844114;1845010;;; deb;;CDS;2183098;2183436;179;*; ;;tRNA;2183616;2183692;46;*;gtc ;;tRNA;2183739;2183815;149;*;gtc fin;;CDS;2183965;2185344;;; deb;comp;CDS;2484550;2484708;529;*; ;;regulatory;2485238;2485339;116;*; fin;;CDS;2485456;2486832;;; deb;comp;CDS;2763891;2766782;763;*; ;comp;tRNA;2767546;2767621;11;*;ggc ;comp;tRNA;2767633;2767719;78;*;tta ;comp;tRNA;2767798;2767873;37;*;ggc ;comp;tRNA;2767911;2767984;400;*;tgc fin;comp;CDS;2768385;2768942;;; deb;;CDS;2780030;2780155;-54;*; ;;misc_f;2780102;2780205;125;*; fin;;CDS;2780331;2781896;;; deb;;CDS;2851424;2851855;62;*; ;;tRNA;2851918;2851992;363;*;gga fin;;CDS;2852356;2852970;;0; deb;comp;CDS;2977057;2978046;-12;*; ;comp;regulatory;2978035;2978168;175;*; fin;;CDS;2978344;2979249;;0; deb;comp;CDS;2983815;2985845;558;*; ;;tRNA;2986404;2986479;372;*;aac fin;;CDS;2986852;2989149;;; deb;;CDS;3050023;3051831;139;*; ;;tRNA;3051971;3052061;321;*;tca fin;comp;CDS;3052383;3053693;;; deb;comp;CDS;3437937;3438392;233;*; ;comp;tRNA;3438626;3438702;56;*;atgf ;comp;tRNA;3438759;3438842;18;*;ctc fin;comp;CDS;3438861;3439199;;; deb;comp;CDS;3553172;3554167;189;*; ;comp;tRNA;3554357;3554433;59;*;cgt ;comp;tRNA;3554493;3554569;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554627;3554703;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554761;3554837;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554895;3554971;57;*;cgt ;comp;tRNA;3555029;3555105;85;*;cgt ;comp;tRNA;3555191;3555282;29;*;agc ;comp;tRNA;3555312;3555388;31;*;cgt ;comp;tRNA;3555420;3555511;243;*;agc fin;comp;CDS;3555755;3555952;;; deb;;CDS;3603439;3603747;8;*; ;;ncRNA;3603756;3603940;5;*; fin;;CDS;3603946;3604539;;; deb;;CDS;3639165;3640295;108;*; ;;tRNA;3640404;3640479;51;*;ttc ;;tRNA;3640531;3640606;7;*;aca ;;tRNA;3640614;3640689;43;*;ttc ;;tRNA;3640733;3640808;69;*;aac ;;tRNA;3640878;3640953;10;*;aca ;;tRNA;3640964;3641039;42;*;ttc ;;tRNA;3641082;3641158;292;*;aac deb;;CDS;3641451;3643076;233;*; ;;tRNA;3643310;3643385;51;*;ttc ;;tRNA;3643437;3643512;21;*;aca ;;tRNA;3643534;3643609;39;*;aac ;;tRNA;3643649;3643724;15;*;aca ;;tRNA;3643740;3643815;156;*;aac deb;comp;CDS;3643972;3645408;558;*; ;comp;tRNA;3645967;3646043;31;*;gac ;comp;rRNA;3646075;3646191;57;*;117 ;comp;tRNA;3646249;3646324;100;*;acc ;comp;rRNA;3646425;3646541;129;*;117 ;comp;rRNA;3646671;3649560;272;*;2890 ;comp;tRNA;3649833;3649908;43;*;gca ;comp;tRNA;3649952;3650028;102;*;atc ;comp;rRNA;3650131;3651683;557;*;1553 fin;comp;CDS;3652241;3653491;;; deb;comp;CDS;3663006;3663598;181;*; ;comp;tRNA;3663780;3663864;177;*;ttg fin;comp;CDS;3664042;3664707;;0; deb;;CDS;3758223;3759258;578;*; ;comp;tRNA;3759837;3759913;68;*;gac ;comp;rRNA;3759982;3760098;129;*;117 ;comp;rRNA;3760228;3763117;297;*;2890 ;comp;tRNA;3763415;3763490;43;*;gca ;comp;tRNA;3763534;3763610;102;*;atc ;comp;rRNA;3763713;3765265;0;*;1553 autres intercalaires;;vha1;;;;; ;;;;;;; ;;;;;;; ;;;;;;; ;;;;;;; ;comp;rRNA;1;1384;631;*;1384 fin;comp;CDS;2016;2795;;; deb;;CDS;104112;105239;529;*; ;comp;tRNA;105769;105845;158;*;atgf ;comp;tRNA;106004;106079;35;*;ggc ;comp;tRNA;106115;106190;35;*;ggc ;comp;tRNA;106226;106301;18;*;ggc ;comp;tRNA;106320;106396;39;*;atgf ;comp;tRNA;106436;106511;90;*;ggc ;comp;tRNA;106602;106678;39;*;atgf ;comp;tRNA;106718;106793;18;*;ggc ;comp;tRNA;106812;106888;39;*;atgf ;comp;tRNA;106928;107003;18;*;ggc ;comp;tRNA;107022;107098;39;*;atgf ;comp;tRNA;107138;107213;156;*;ggc fin;comp;CDS;107370;107915;;0; deb;;CDS;189680;190715;101;*; ;comp;rRNA;190817;190933;125;*;117 ;comp;rRNA;191059;193948;297;*;2890 ;comp;tRNA;194246;194321;43;*;gca ;comp;tRNA;194365;194441;102;*;atc ;comp;rRNA;194544;196096;371;*;1553 ;comp;rRNA;196468;196584;95;*;117 ;comp;rRNA;196680;199569;297;*;2890 ;comp;tRNA;199867;199942;43;*;gca ;comp;tRNA;199986;200062;102;*;atc ;comp;rRNA;200165;201717;853;*;1553 fin;comp;CDS;202571;204706;;; deb;comp;CDS;234302;235486;101;*; ;comp;tRNA;235588;235663;13;*;acc ;comp;tRNA;235677;235751;35;*;gga ;comp;tRNA;235787;235871;52;*;tac ;comp;tRNA;235924;235999;206;*;aca fin;;CDS;236206;237129;;0; deb;comp;CDS;241274;242467;546;*; ;comp;tRNA;243014;243090;68;*;tgg ;comp;tRNA;243159;243235;32;*;gac ;comp;rRNA;243268;243384;135;*;117 ;comp;rRNA;243520;246397;317;*;2878 ;comp;tRNA;246715;246790;30;*;gta ;comp;tRNA;246821;246896;2;*;aaa ;comp;tRNA;246899;246974;127;*;gaa ;comp;rRNA;247102;248654;554;*;1553 </pre> ====vha2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_données_intercalaires|vha2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;vha2;fx;fc;vha2;fx40;fc40;vha2;x-;c-;c;x;c;x;aa ;1;0;1;16;0;1;16;-1;0;62;412;329;16s tRNA;; ;0;10;14;120;1;0;14;-2;2;0;244;386;123;;gaa ;0;20;14;97;2;2;14;-3;0;0;302;325;tRNA 23s;; ;1;30;14;53;3;0;13;-4;3;77;245;272;313;;gta ;0;40;15;19;4;1;13;-5;0;1;317;337;5s tRNA;; ;0;50;15;35;5;2;6;-6;2;0;366;;90;;tca ;0;60;25;50;6;1;5;-7;0;4;-36;;tRNA tRNA;;intra ;1;70;33;42;7;2;2;-8;0;22;29;;35;;gta ;0;80;38;39;8;1;11;-9;1;0;62;;24;;gca ;1;90;31;35;9;2;27;-10;0;2;84;;2;;aaa ;0;100;31;34;10;3;15;-11;4;17;CDS 16s;;**;;gaa ;0;110;26;25;11;1;18;-12;0;0;448;;tRNA tRNA;; ;0;120;31;48;12;2;25;-13;0;2;23s 5s;;97;;tta ;0;130;20;32;13;0;7;-14;0;11;95;;5;;ggc ;0;140;20;30;14;2;12;-15;1;0;;;**;;tgc ;0;150;21;24;15;1;8;-16;0;1;;;53;;tta ;0;160;12;21;16;0;7;-17;0;8;;;181;;tgc ;0;170;13;23;17;2;4;-18;0;0;;;**;;tgc ;0;180;13;21;18;0;6;-19;0;1;;;;; ;0;190;14;15;19;4;7;-20;1;1;;;;; ;0;200;13;11;20;2;3;-21;0;0;;;;; ;0;210;11;20;21;1;9;-22;0;0;;;;; ;0;220;12;20;22;2;10;-23;0;2;;;;; ;0;230;11;15;23;3;5;-24;0;0;;;;; ;0;240;15;14;24;1;3;-25;0;0;;;;; ;2;250;9;9;25;1;2;-26;0;3;;;;; ;0;260;11;12;26;2;9;-27;0;0;;;;; ;0;270;9;17;27;1;3;-28;0;0;;;;; 1;0;280;8;10;28;0;4;-29;1;2;;;;; ;0;290;13;13;29;3;4;-30;0;0;;;;; ;0;300;6;13;30;0;4;-31;1;1;;;;; ;1;310;14;7;31;0;3;-32;3;1;;;;; ;1;320;6;5;32;2;6;-33;0;0;;;;; 2;0;330;7;6;33;3;2;-34;0;1;;;;; 1;0;340;7;7;34;2;1;-35;0;4;;;;; ;0;350;7;5;35;3;2;-36;0;0;;;;; ;0;360;4;4;36;1;1;-37;0;0;;;;; ;1;370;9;5;37;2;1;-38;0;1;;;;; ;0;380;10;7;38;0;1;-39;1;0;;;;; 1;0;390;5;4;39;1;1;-40;0;0;;;;; ;0;400;5;8;40;1;1;-41;0;0;;;;; ;1;reste;96;84;reste;631;770;-42;0;0;;;;; 5;10;total;689;1075;total;689;1075;-43;0;0;;;;; 5;8;diagr;592;975;diagr;57;289;-44;0;0;;;;; 0;1;t30;42;270;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;;;;; ;x;688;25;1;714;;;-49;0;0;;;;; ;c;1059;227;16;1302;;;-50;3;3;;;;; ;;;;;2016;33;;reste;0;0;;;;; ;;;;;;2049;;total;25;227;;;;; </pre> =====vha2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_autres_intercalaires_aas|vha2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vha2;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;545001;545657;173;*; ;comp;regulatory;545831;545971;122;*; fin;comp;CDS;546094;546711;;; deb;comp;CDS;673809;674132;412;*; ;comp;tRNA;674545;674635;329;*;tca fin;;CDS;674965;675645;;; deb;;CDS;881183;882640;244;*; ;;tRNA;882885;882958;302;*;tgc fin;;CDS;883261;883725;;; deb;;CDS;884955;886649;245;*; ;;tRNA;886895;886981;97;*;tta ;;tRNA;887079;887154;5;*;ggc ;;tRNA;887160;887233;317;*;tgc fin;;CDS;887551;889074;;; deb;comp;CDS;889540;890328;386;*; ;;tRNA;890715;890801;53;*;tta ;;tRNA;890855;890928;181;*;tgc ;;tRNA;891110;891183;366;*;tgc fin;;CDS;891550;891992;;; deb;comp;CDS;1335216;1335734;325;*; ;;tRNA;1336060;1336134;272;*;gga fin;comp;CDS;1336407;1337222;;; deb;;CDS;1582077;1582217;305;*; ;;regulatory;1582523;1582622;100;*; fin;;CDS;1582723;1583730;;; deb;;CDS;1842556;1842741;-36;*; ;;tRNA;1842706;1842789;29;*;ctc fin;;CDS;1842819;1843430;;0; deb;;CDS;1921130;1921561;62;*; ;;tRNA;1921624;1921698;337;*;gga fin;comp;CDS;1922036;1922209;;; deb;comp;CDS;1937870;1939129;84;*; ;comp;tRNA;1939214;1939304;90;*;tca ;comp;rRNA;1939395;1939511;95;*;117 ;comp;rRNA;1939607;1942496;313;*;2890 ;comp;tRNA;1942810;1942885;35;*;gta ;comp;tRNA;1942921;1942996;24;*;gca ;comp;tRNA;1943021;1943096;2;*;aaa ;comp;tRNA;1943099;1943174;123;*;gaa ;comp;rRNA;1943298;1944850;468;*;1553 fin;comp;CDS;1945319;1945843;;0; deb;comp;CDS;1948023;1949408;356;*; ;;regulatory;1949765;1949875;108;*; fin;;CDS;1949984;1950871;;; </pre> ===Aeromonas media WS=== ====amed opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed opérons]] <pre> 61.2%GC;25.7.19 Paris;16s ;126;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd Aeromonas media WS;;;;;;;;;; ;6590..7159;;CDS;;3;;;;190; ;;;;;;;;;; comp;7163..8359;;CDS;;512;*512;;;399; ;8872..10421;;16s;;66;;;;; ;10488..10564;;atc;;10;;;10;; ;10575..10650;;gca;;231;;;;; ;10882..13800;;23s;;98;;;;; ;13899..14013;;5s;;386;*386;;;;*386 ;14400..14717;;CDS;;102422;;;;106; ;;;;;;;;;; ;117140..117850;;CDS;;47;47;;;237;47 ;117898..117973;;ttc;;52;;52;;; ;118026..118101;;aca;;3;;3;;; ;118105..118180;;ttc;;45;;45;;; ;118226..118301;;aac;;252;252;;;; ;118554..119573;;CDS;;50489;;;;340; ;;;;;;;;;; comp;170063..170329;;CDS;;103;103;;;89;103 comp;170433..170518;;ctg;+;71;;71;;; comp;170590..170675;;ctg;5 ctg;46;;46;;; comp;170722..170807;;ctg;;46;;46;;; comp;170854..170939;;ctg;;51;;51;;; comp;170991..171076;;ctg;;116;116;;;; comp;171193..172653;;CDS;;146173;;;;487; ;;;;;;;;;; ;318827..320692;;CDS;;190;190;;;622;190 ;320883..320959;;atgi;;244;244;;;; comp;321204..323780;;CDS;;62601;;;;*859; ;;;;;;;;;; ;386382..386732;;CDS;;514;*514;;;117; ;387247..388802;;16s;;268;;;;; ;389071..389146;;gaa;;245;;;;; ;389392..392312;;23s;;104;;;;; ;392417..392531;;5s;;268;268;;;;268 comp;392800..394413;;CDS;;81847;;;;538; ;;;;;;;;;; ;476261..476482;;CDS;;64;64;;;74;64 comp;476547..476622;;aac;;5;;5;;; comp;476628..476703;;ttc;;622;*622;;;; ;477326..477547;;CDS;;22721;;;;*74; ;;;;;;;;;; ;500269..500814;;CDS;;177;177;;;182;177 ;500992..501067;;ggc;+;24;;24;;; ;501092..501167;;ggc;6 ggc;29;;29;;; ;501197..501272;;ggc;;38;;38;;; ;501311..501386;;ggc;;25;;25;;; ;501412..501487;;ggc;;23;;23;;; ;501511..501586;;ggc;;363;*363;;;; comp;501950..502159;;CDS;;4810;;;;70; ;;;;;;;;;; ;506970..507110;;CDS;;236;236;;;47;236 ;507347..507422;;gcc;+;28;;28;;; ;507451..507526;;gcc;5 gcc;66;;66;;; ;507593..507668;;gcc;;58;;58;;; ;507727..507802;;gcc;;40;;40;;; ;507843..507918;;gcc;;471;*471;;;; ;508390..508473;;riboswitch;@1;134002;;;;28; ;;;;;;;;;; ;642476..642802;;CDS;;9;9;;;109;9 ;642812..642896;;ctc;;91;;91;;; ;642988..643064;;atgf;;166;166;;;; ;643231..643689;;CDS;;128528;;;;153; ;;;;;;;;;; ;772218..774050;;CDS;;195;195;;;611;195 comp;774246..774329;;cta;+;8;;8;;; comp;774338..774414;;atg;3 atg;38;;38;;; comp;774453..774527;;caa;4 caa;47;;47;;; comp;774575..774649;;caa;;17;;17;;; comp;774667..774743;;atg;;35;;35;;; comp;774779..774853;;caa;;47;;47;;; comp;774901..774975;;caa;;13;;13;;; comp;774989..775065;;atg;;235;235;;;; comp;775301..776392;;CDS;;3148;;;;364; ;;;;;;;;;; comp;779541..780557;;CDS;;104;104;;;339;104 comp;780662..780736;;caa;;-21;*-21;;;;*-21 comp;780716..781612;;CDS;;373301;;;;299; ;;;;;;;;;; comp;1154914..1155384;;CDS;;131;131;;;157;131 comp;1155516..1155592;;ccc;;226;226;;;; comp;1155819..1157162;;CDS;;67691;;;;448; ;;;;;;;;;; comp;1224854..1226290;;CDS;;301;301;;;479; comp;1226592..1226667;;aac;;2;;2;;; comp;1226670..1226744;;gga;;164;164;;;;164 comp;1226909..1227181;;CDS;;13604;;;;91; ;;;;;;;;;; comp;1240786..1241733;;CDS;;350;*350;;;316; comp;1242084..1242156;;aac;+;2;;2;;; comp;1242159..1242234;;aac;2 aac;49;49;;;;49 ;1242284..1242496;;CDS;;294;;;;71; ;;;;;;;;;; ;1242791..1244527;;CDS;;181;181;;;579;181 ;1244709..1244796;;tcc;;407;*407;;;; ;1245204..1246064;;CDS;;161293;;;;287; ;;;;;;;;;; comp;1407358..1408338;;CDS;;410;*410;;;327; comp;1408749..1408836;;tcc;;177;177;;;;177 comp;1409014..1409631;;CDS;;34595;;;;206; ;;;;;;;;;; ;1444227..1444688;;CDS;;146;146;;;154; ;1444835..1444922;;tcc;;127;127;;;;127 ;1445050..1446834;;CDS;;14349;;;;595; ;;;;;;;;;; comp;1461184..1462401;;CDS;;163;163;;;406;163 comp;1462565..1462640;;cac;;124;;124;;; comp;1462765..1462838;;aga;;240;240;;;; comp;1463079..1464389;;CDS;;61984;;;;437; ;;;;;;;;;; comp;1526374..1527606;;CDS;;151;151;;;411;151 comp;1527758..1527833;;cac;;123;;123;;; comp;1527957..1528033;;aga;;36;;36;;; comp;1528070..1528146;;cca;;203;203;;;; ;1528350..1529207;;CDS;;60230;;;;286; ;;;;;;;;;; ;1589438..1589644;;CDS;;138;138;;;69; comp;1589783..1589858;;aac;;132;132;;;;132 ;1589991..1592003;;CDS;;57434;;;;671; ;;;;;;;;;; ;1649438..1651867;;CDS;;104;104;;;*810;104 comp;1651972..1652048;;gtc;+;36;;36;;; comp;1652085..1652161;;gtc;5 gtc;26;;26;;; comp;1652188..1652264;;gtc;;15;;15;;; comp;1652280..1652356;;gtc;;11;;11;;; comp;1652368..1652444;;gtc;;170;170;;;; comp;1652615..1653994;;CDS;;277443;;;;460; ;;;;;;;;;; comp;1931438..1932934;;CDS;;145;145;;;499;145 comp;1933080..1933156;;atgf;+;110;;110;;; comp;1933267..1933343;;atgf;9 atgf;102;;102;;; comp;1933446..1933522;;atgf;@2;101;;101;;; comp;1933624..1933700;;atgf;;101;;101;;; comp;1933802..1933877;;atgf;;103;;103;;; comp;1933981..1934057;;atgf;;102;;102;;; comp;1934160..1934236;;atgf;;102;;102;;; comp;1934339..1934415;;atgf;;92;;92;;; comp;1934508..1934584;;atgf;;268;268;;;; comp;1934853..1935572;;CDS;;490897;;;;240; ;;;;;;;;;; comp;2426470..2427675;;CDS;;350;350;;;402; comp;2428026..2428112;;tta;;40;;40;;; comp;2428153..2428226;;tgc;;35;;35;;; comp;2428262..2428337;;ggc;;181;181;;;;181 comp;2428519..2429073;;CDS;;117921;;;;185; ;;;;;;;;;; comp;2546995..2547534;;CDS;;271;271;;;180;271 ;2547806..2547882;;ccc;;1103;*1103;;;; ;2548986..2550593;;CDS;;107760;;;;*536; ;;;;;;;;;; ;2658354..2659094;;CDS;;87;87;;;247;87 ;2659182..2659257;;acg;;108;108;;;; < comp;2659366..2659705;;CDS;;198821;;;;113; ;;;;;;;;;; comp;2858527..2859036;;CDS;;126;126;;;170; ;2859163..2859247;;tac;+;30;;30;;; ;2859278..2859362;;tac;2 tac;121;121;;;;121 comp;2859484..2863335;;CDS;;115303;;;;*1284; ;;;;;;;;;; ;2978639..2979358;;CDS;;119;119;;;240;119 comp;2979478..2979552;;gga;;104;;104;;; comp;2979657..2979730;;ggg;;201;201;;;; ;2979932..2981701;;CDS;;41492;;;;590; ;;;;;;;;;; ;3023194..3023487;;CDS;;75;75;;;98;75 comp;3023563..3023636;;tgc;;57;;57;;; comp;3023694..3023769;;ggc;;248;248;;;; ;3024018..3027455;;CDS;;17375;;;;*1146; ;;;;;;;;;; ;3044831..3045361;;CDS;;133;133;;;177;133 comp;3045495..3045584;;tcg;;380;*380;;;; ;3045965..3046882;;CDS;;221147;;;;306; ;;;;;;;;;; comp;3268030..3268398;;CDS;;318;318;;;123; comp;3268717..3268804;;tca;;198;198;;;;198 ;3269003..3269752;;CDS;;20717;;;;250; ;;;;;;;;;; ;3290470..3291624;;CDS;;50;50;;;385;50 ;3291675..3291751;;agg;;126;126;;;; comp;3291878..3292804;;CDS;;41865;;;;309; ;;;;;;;;;; ;3334670..3335758;;CDS;;230;230;;;363; ;3335989..3336073;;tac;+;32;;32;;; ;3336106..3336190;;tac;3 tac;45;;45;;; ;3336236..3336320;;tac;;135;135;;;;135 ;3336456..3336731;;CDS;;169091;;;;92; ;;;;;;;;;; comp;3505823..3506272;;CDS;;275;275;;;150;275 comp;3506548..3506662;;5s;;101;;;;; comp;3506764..3509682;;23s;;229;;;;; comp;3509912..3509987;;gaa;;218;;;;; comp;3510206..3511760;;16s;;592;*592;;;; ;3512353..3515220;;CDS;;161083;;;;*956; ;;;;;;;;;; comp;3676304..3677323;;CDS;;113;113;;;340; comp;3677437..3677521;;ttg;;49;49;;;;49 ;3677571..3678182;;CDS;;9862;;;;204; ;;;;;;;;;; ;3688045..3688872;;CDS;;369;*369;;;276; comp;3689242..3689318;;cgt;+;25;;25;;; comp;3689344..3689420;;cgt;5 cgt;25;;25;;; comp;3689446..3689522;;cgt;;26;;26;;; comp;3689549..3689625;;cgt;;98;;98;;; comp;3689724..3689800;;cgt;;4;;4;;; comp;3689805..3689897;;agc;;213;213;;;;213 comp;3690111..3690299;;CDS;;196546;;;;63; ;;;;;;;;;; ;3886846..3887601;;CDS;;302;302;;;252;302 comp;3887904..3887980;;gac;;98;;;;; comp;3888079..3888193;;5s;;105;;;;; comp;3888299..3891217;;23s;;231;;;;; comp;3891449..3891524;;gca;;10;;;10;; comp;3891535..3891611;;atc;;66;;;;; comp;3891678..3893232;;16s;;420;*420;;;; comp;3893653..3894195;;CDS;;18750;;;;181; ;;;;;;;;;; comp;3912946..3913317;;CDS;;60;60;;;124; comp;3913378..3913454;;tgg;;52;52;;;;52 comp;3913507..3914691;;CDS;@3;171;171;;;395;171 comp;3914863..3914937;;gga;;38;;38;;; comp;3914976..3915060;;tac;;263;263;;;; ;3915324..3916262;;CDS;;45900;;;;313; ;;;;;;;;;; comp;3962163..3963533;;CDS;;306;306;;;457; comp;3963840..3963916;;tgg;;202;202;;;;202 ;3964119..3964703;;CDS;;59641;;;;195; ;;;;;;;;;; comp;4024345..4026816;;CDS;;658;*658;;;*824; comp;4027475..4027551;;ccg;;140;140;;;;140 comp;4027692..4028417;;CDS;;80995;;;;242; ;;;;;;;;;; ;4109413..4111986;;CDS;;99;99;;;*858; comp;4112086..4112200;;5s;;101;;;;; comp;4112302..4115220;;23s;;231;;;;; comp;4115452..4115527;;gaa;;192;;;;; comp;4115720..4117273;;16s;;94;94;;;;94 comp;4117368..4117547;;CDS;;32227;;;;60; ;;;;;;;;;; comp;4149775..4150248;;CDS;;204;204;;;158;204 comp;4150453..4150529;;cca;;58;;58;;; comp;4150588..4150673;;ctg;;20;;20;;; comp;4150694..4150769;;cac;;49;;49;;; comp;4150819..4150895;;cgg;;258;258;;;; ;4151154..4151744;;CDS;;74862;;;;197; ;;;;;;;;;; ;4226607..4227725;;CDS;;428;*428;;;373; ;4228154..4229708;;16s;;192;;;;; ;4229901..4229976;;gaa;;229;;;;; ;4230206..4233124;;23s;;104;;;;; ;4233229..4233343;;5s;;106;;;;; ;4233450..4233525;;acc;;23;;;;; ;4233549..4233663;;5s;;164;164;;;;164 ;4233828..4234793;;CDS;;119351;;;;322; ;;;;;;;;;; comp;4354145..4355686;;CDS;;622;*622;;;*514; ;4356309..4357863;;16s;;268;;;;; ;4358132..4358207;;gaa;;230;;;;; ;4358438..4361364;;23s;;102;;;;; ;4361467..4361581;;5s;;106;;;;; ;4361688..4361763;;acc;;233;233;;;;233 ;4361997..4363241;;CDS;;71363;;;;415; ;;;;;;;;;; ;4434605..4435198;;CDS;;465;*465;;;198; ;4435664..4437217;;16s;;219;;;;; ;4437437..4437512;;gaa;;229;;;;; ;4437742..4440657;;23s;;103;;;;; ;4440761..4440875;;5s;;98;;;;; ;4440974..4441050;;gac;;167;167;;;;167 ;4441218..4442054;;CDS;;39919;;;;279; ;;;;;;;;;; comp;4481974..4482513;;CDS;;477;*477;;;180; ;4482991..4484545;;16s;;513;;;;; ;4485059..4485549;;23s°;;37;;;;; comp;4485587..4486115;;23s°;;229;;;;; comp;4486345..4486419;;gaa;;218;;;;; comp;4486638..4488193;;16s;;94;94;;;;94 comp;4488288..4488509;;CDS;;72132;;;;74; ;;;;;;;;;; comp;4560642..4561676;;CDS;;192;192;;;345; comp;4561869..4561944;;gta;+;18;;18;;; comp;4561963..4562038;;aaa;7 gta;34;;34;;; comp;4562073..4562148;;gta;5 aaa;18;;18;;; comp;4562167..4562242;;aaa;2 aag;23;;23;;; comp;4562266..4562341;;gta;;18;;18;;; comp;4562360..4562435;;aaa;;23;;23;;; comp;4562459..4562534;;gta;;18;;18;;; comp;4562553..4562628;;aaa;;34;;34;;; comp;4562663..4562738;;gta;;22;;22;;; comp;4562761..4562836;;aag;;46;;46;;; comp;4562883..4562958;;gta;;22;;22;;; comp;4562981..4563056;;aag;;46;;46;;; comp;4563103..4563178;;gta;;32;;32;;; comp;4563211..4563286;;aaa;;174;174;;;;174 comp;4563461..4564276;;CDS;;70895;;;;272; ;;;;;;;;;; comp;4635172..4636173;;CDS;;275;275;;;334;275 comp;4636449..4636525;;gac;;95;;;;; comp;4636621..4636735;;5s;;101;;;;; comp;4636837..4639756;;23s;;231;;;;; comp;4639988..4640063;;gca;;10;;;10;; comp;4640074..4640150;;atc;;66;;;;; comp;4640217..4641771;;16s;;512;*512;;;; ;4642284..4643480;;CDS;;3;;;;399; ;;;;;;;;;; comp;4643484..4644053;;CDS;;;;;;190; </pre> ====amed cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_cumuls|amed cumuls]] <pre> amed cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;0;-;1;1;40;1;100;14 ;16 gaa 23 5s ;6;20;15;;50;5;60;5;200;21 ;16 atc gca;3;40;27;;100;8;80;2;300;15 ;16 23 5s ;0;60;14;;150;19;100;3;400;18 ;max a;3;80;2;;200;17;120;4;500;11 ;a doubles;0;100;3;;250;13;140;7;600;6 ;spéciaux;1;120;8;;300;8;160;2;700;3 ;total aas;18;140;2;;350;6;180;8;800;0 sans ;opérons;38;160;0;;400;4;200;5;900;4 ;1 aa;16;180;0;;450;4;220;3;1000;1 ;max a;14;200;0;;500;3;240;2;1100;0 ;a doubles;12;;0;;;8;;6;;2 ;total aas;109;;71;0;;96;;48;;95 total aas;;127;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;49;;;;;156;; ;;;variance;34;;;;;77;; sans jaune;;;moyenne;;;;214;;;;274 ;;;variance;;;;122;;;;157 </pre> ====amed blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_blocs|amed blocs]] <pre> amed blocs;;;;; cds;512;cds;302;cds;275 16s;66;gac;98;gac;95 atc;10;5s;105;5s;101 gca;231;23s;231;23s;231 23s;98;gca;10;gca;10 5s;386;atc;66;atc;66 ;;16s;420;16s;512 ;;;;; cds;514;275;99;; 16s;268;101;101;; gaa;245;229;231;; 23s;104;218;192;; 5s;268;592;94;; ;;;;; cds;428;CDS;622;cds;465 16s;192;16s;268;16s;219 gaa;229;gaa;230;gaa;229 23s;104;23s;102;23s;103 5s;106;5s;106;5s;98 acc;23;acc;233;gac;167 5s;164;;;; </pre> ====amed distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_distribution|amed distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;9;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;3;tac;;tgc;;tac3+2;ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;2;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;aac2;atc;;acc;;aac;3;agc;1;aac2;atc;;acc;;aac;2;agc;;aac2;atc;;acc;2;aac;;agc; ctc;;ccc;2;cac;;cgt;;caa2+2;ctc;1;ccc;;cac;3;cgt;;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;atgf9;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;atgf9;gtc;5;gcc;5;gac;;ggc;6;atgf9;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;cgt5;tta;1;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;1;aaa;5;aga;2;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;;gaa;;gga;3;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;séquences;atgj;3;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;(atgj caa2)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total amed;;16;;;;;16;;amed;47;;;;;;47;;amed;46;;;;;;46;;amed;;;;5;;;5 </pre> ====amed autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_autres_intercalaires|amed autres intercalaires]] <pre> autres intercalaires;;amed;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7163;8359;516;*; ;;rRNA;8876;10415;72;*;1540 ;;tRNA;10488;10564;10;*;atc ;;tRNA;10575;10650;238;*;gca ;;rRNA;10889;13778;120;*;2890 ;;rRNA;13899;14013;386;*;115 fin;;CDS;14400;14717;;; deb;;CDS;45743;46576;187;*; ;;ncRNA;46764;47150;46;*; fin;;CDS;47197;48777;;0; deb;;CDS;117188;117850;47;*; ;;tRNA;117898;117973;52;*;ttc ;;tRNA;118026;118101;3;*;aca ;;tRNA;118105;118180;45;*;ttc ;;tRNA;118226;118301;252;*;aac fin;;CDS;118554;119573;;; deb;comp;CDS;170063;170329;103;*; ;comp;tRNA;170433;170518;71;*;ctg ;comp;tRNA;170590;170675;46;*;ctg ;comp;tRNA;170722;170807;46;*;ctg ;comp;tRNA;170854;170939;51;*;ctg ;comp;tRNA;170991;171076;116;*;ctg fin;comp;CDS;171193;172653;;; deb;;CDS;318836;320692;190;*; ;;tRNA;320883;320959;244;*;atgi fin;comp;CDS;321204;323780;;; deb;;CDS;386382;386732;518;*; ;;rRNA;387251;388796;274;*;1546 ;;tRNA;389071;389146;252;*;gaa ;;rRNA;389399;392290;126;*;2892 ;;rRNA;392417;392531;268;*;115 fin;comp;CDS;392800;394413;;0; deb;;CDS;476261;476482;64;*; ;comp;tRNA;476547;476622;5;*;aac ;comp;tRNA;476628;476703;881;*;ttc fin;comp;CDS;477585;478565;;; deb;;CDS;500269;500814;177;*; ;;tRNA;500992;501067;24;*;ggc ;;tRNA;501092;501167;29;*;ggc ;;tRNA;501197;501272;38;*;ggc ;;tRNA;501311;501386;25;*;ggc ;;tRNA;501412;501487;23;*;ggc ;;tRNA;501511;501586;363;*;ggc fin;comp;CDS;501950;502159;;; deb;;CDS;505552;507110;236;*; ;;tRNA;507347;507422;28;*;gcc ;;tRNA;507451;507526;66;*;gcc ;;tRNA;507593;507668;58;*;gcc ;;tRNA;507727;507802;40;*;gcc ;;tRNA;507843;507918;471;*;gcc ;;regulatory;508390;508473;148;*; fin;;CDS;508622;511627;;0; deb;;CDS;642476;642802;9;*; ;;tRNA;642812;642896;91;*;ctc ;;tRNA;642988;643064;166;*;atgf fin;;CDS;643231;643689;;; deb;;CDS;772218;774050;195;*; ;comp;tRNA;774246;774329;8;*;cta ;comp;tRNA;774338;774414;38;*;atgj ;comp;tRNA;774453;774527;47;*;caa ;comp;tRNA;774575;774649;17;*;caa ;comp;tRNA;774667;774743;35;*;atgj ;comp;tRNA;774779;774853;47;*;caa ;comp;tRNA;774901;774975;13;*;caa ;comp;tRNA;774989;775065;235;*;atgj fin;comp;CDS;775301;776392;;; deb;comp;CDS;779541;780488;173;*; ;comp;tRNA;780662;780736;-21;*;caa fin;comp;CDS;780716;781630;;; deb;comp;CDS;1154914;1155384;131;*; ;comp;tRNA;1155516;1155592;226;*;ccc fin;comp;CDS;1155819;1157162;;0; deb;comp;CDS;1224854;1226290;301;*; ;comp;tRNA;1226592;1226667;2;*;aac ;comp;tRNA;1226670;1226744;460;*;gga fin;comp;CDS;1227205;1228818;;; deb;comp;CDS;1240786;1241733;425;*; ;comp;tRNA;1242159;1242234;556;*;aac deb;;CDS;1242791;1244527;181;*; ;;tRNA;1244709;1244796;83;*;tcc fin;;CDS;1244880;1246145;;0; deb;comp;CDS;1407358;1408665;83;*; ;comp;tRNA;1408749;1408836;177;*;tcc fin;comp;CDS;1409014;1409631;;; deb;;CDS;1444233;1444688;146;*; ;;tRNA;1444835;1444922;127;*;tcc fin;;CDS;1445050;1446834;;; deb;comp;CDS;1461184;1462401;163;*; ;comp;tRNA;1462565;1462640;438;*;cac fin;comp;CDS;1463079;1464389;;; deb;comp;CDS;1526374;1527606;151;*; ;comp;tRNA;1527758;1527833;123;*;cac ;comp;tRNA;1527957;1528033;36;*;aga ;comp;tRNA;1528070;1528146;203;*;cca fin;;CDS;1528350;1529207;;0; deb;comp;CDS;1587325;1589010;772;*; ;comp;tRNA;1589783;1589858;132;*;aac fin;;CDS;1589991;1592003;;; deb;;CDS;1649438;1651867;104;*; ;comp;tRNA;1651972;1652048;36;*;gtc ;comp;tRNA;1652085;1652161;26;*;gtc ;comp;tRNA;1652188;1652264;15;*;gtc ;comp;tRNA;1652280;1652356;11;*;gtc ;comp;tRNA;1652368;1652444;170;*;gtc fin;comp;CDS;1652615;1653994;;; deb;comp;CDS;1734629;1735525;28;*; ;comp;misc_f;1735554;1735678;185;*; fin;;CDS;1735864;1736109;;; deb;comp;CDS;1931438;1932934;145;*; ;comp;tRNA;1933080;1933156;110;*;atgf ;comp;tRNA;1933267;1933343;102;*;atgf ;comp;tRNA;1933446;1933522;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933624;1933700;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933802;1933877;103;*;atgf ;comp;tRNA;1933981;1934057;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934160;1934236;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934339;1934415;92;*;atgf ;comp;tRNA;1934508;1934584;268;*;atgf fin;comp;CDS;1934853;1935572;;; deb;;CDS;1977322;1978332;353;*; ;comp;ncRNA;1978686;1978779;94;*; fin;;CDS;1978874;1979143;;0; deb;comp;CDS;1980394;1981206;97;*; ;comp;ncRNA;1981304;1981397;269;*; fin;;CDS;1981667;1981849;;0; deb;comp;CDS;1997119;1998258;85;*; ;comp;ncRNA;1998344;1998440;102;*; fin;comp;CDS;1998543;1999331;;; deb;;CDS;2154455;2154631;277;*; ;;ncRNA;2154909;2155037;-9;*; fin;comp;CDS;2155029;2155319;;0; deb;;CDS;2234810;2235142;16;*; ;;ncRNA;2235159;2235341;133;*; fin;comp;CDS;2235475;2236674;;; deb;comp;CDS;2426470;2427675;350;*; ;comp;tRNA;2428026;2428112;40;*;tta ;comp;tRNA;2428153;2428226;35;*;tgc ;comp;tRNA;2428262;2428337;181;*;ggc fin;comp;CDS;2428519;2429073;;; deb;comp;CDS;2546995;2547534;271;*; ;;tRNA;2547806;2547882;259;*;ccc fin;;CDS;2548142;2548282;;; deb;;CDS;2658354;2659094;87;*; ;;tRNA;2659182;2659257;114;*;acg fin;;CDS;2659372;2659665;;0; deb;comp;CDS;2827175;2828170;-13;*; ;comp;regulatory;2828158;2828297;79;*; fin;;CDS;2828377;2830089;;; deb;comp;CDS;2858527;2859036;126;*; ;;tRNA;2859163;2859247;30;*;tac ;;tRNA;2859278;2859362;121;*;tac fin;comp;CDS;2859484;2863335;;; deb;;CDS;2953473;2953961;121;*; ;;tmRNA;2954083;2954442;177;*; fin;;CDS;2954620;2955903;;; deb;;CDS;2978639;2979358;119;*; ;comp;tRNA;2979478;2979552;104;*;gga ;comp;tRNA;2979657;2979730;201;*;ggg fin;;CDS;2979932;2981701;;; deb;;CDS;3023194;3023487;75;*; ;comp;tRNA;3023563;3023636;57;*;tgc ;comp;tRNA;3023694;3023769;248;*;ggc fin;;CDS;3024018;3027455;;0; deb;;CDS;3044891;3045361;133;*; ;comp;tRNA;3045495;3045584;380;*;tcg fin;;CDS;3045965;3046882;;; deb;comp;CDS;3052964;3053617;105;*; ;comp;regulatory;3053723;3053869;209;*; fin;;CDS;3054079;3054915;;0; deb;comp;CDS;3093394;3094776;249;*; ;comp;regulatory;3095026;3095141;508;*; fin;;CDS;3095650;3096798;;0; deb;comp;CDS;3268030;3268398;318;*; ;comp;tRNA;3268717;3268804;198;*;tca fin;;CDS;3269003;3269752;;0; deb;comp;CDS;3286866;3287465;164;*; ;;misc_f;3287630;3287752;38;*; fin;;CDS;3287791;3288963;;0; deb;;CDS;3290470;3291624;50;*; ;;tRNA;3291675;3291751;126;*;agg fin;comp;CDS;3291878;3292798;;0; deb;;CDS;3334670;3335758;230;*; ;;tRNA;3335989;3336073;32;*;tac ;;tRNA;3336106;3336190;45;*;tac ;;tRNA;3336236;3336320;135;*;tac fin;;CDS;3336456;3336731;;; deb;comp;CDS;3382564;3385161;111;*; ;comp;regulatory;3385273;3385359;203;*; fin;comp;CDS;3385563;3389024;;; deb;comp;CDS;3497173;3497463;91;*; ;;regulatory;3497555;3497645;99;*; fin;;CDS;3497745;3498725;;; deb;comp;CDS;3505823;3506272;275;*; ;comp;rRNA;3506548;3506662;123;*;115 ;comp;rRNA;3506786;3509675;236;*;2890 ;comp;tRNA;3509912;3509987;224;*;gaa ;comp;rRNA;3510212;3511756;596;*;1545 fin;;CDS;3512353;3515220;;; deb;comp;CDS;3676304;3677323;113;*; ;comp;tRNA;3677437;3677521;142;*;ttg fin;;CDS;3677664;3678182;;0; deb;;CDS;3688045;3688872;369;*; ;comp;tRNA;3689242;3689318;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689344;3689420;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689446;3689522;26;*;cgt ;comp;tRNA;3689549;3689625;98;*;cgt ;comp;tRNA;3689724;3689800;4;*;cgt ;comp;tRNA;3689805;3689897;213;*;agc fin;comp;CDS;3690111;3690299;;; deb;;CDS;3886846;3887601;302;*; ;comp;tRNA;3887904;3887980;98;*;gac ;comp;rRNA;3888079;3888193;127;*;115 ;comp;rRNA;3888321;3891210;238;*;2890 ;comp;tRNA;3891449;3891524;10;*;gca ;comp;tRNA;3891535;3891611;72;*;atc ;comp;rRNA;3891684;3893228;424;*;1545 fin;comp;CDS;3893653;3894195;;; deb;comp;CDS;3912946;3913317;60;*; ;comp;tRNA;3913378;3913454;52;*;tgg deb;comp;CDS;3913507;3914691;171;*; ;comp;tRNA;3914863;3914937;38;*;gga ;comp;tRNA;3914976;3915060;263;*;tac fin;;CDS;3915324;3916262;;0; deb;comp;CDS;3962163;3963533;306;*; ;comp;tRNA;3963840;3963916;202;*;tgg fin;;CDS;3964119;3964703;;; deb;comp;CDS;4024345;4026816;658;*; ;comp;tRNA;4027475;4027551;140;*;ccg fin;comp;CDS;4027692;4028417;;; deb;;CDS;4109413;4111986;99;*; ;comp;rRNA;4112086;4112200;123;*;115 ;comp;rRNA;4112324;4115213;238;*;2890 ;comp;tRNA;4115452;4115527;198;*;gaa ;comp;rRNA;4115726;4117269;627;*;1544 fin;;CDS;4117897;4118388;;0; deb;comp;CDS;4119290;4121155;51;*; ;comp;regulatory;4121207;4121385;207;*; fin;;CDS;4121593;4122102;;; deb;comp;CDS;4149775;4150278;174;*; ;comp;tRNA;4150453;4150529;58;*;cca ;comp;tRNA;4150588;4150673;20;*;ctg ;comp;tRNA;4150694;4150769;49;*;cac ;comp;tRNA;4150819;4150895;258;*;cgg fin;;CDS;4151154;4151744;;; deb;;CDS;4226547;4227725;432;*; ;;rRNA;4228158;4229702;198;*;1545 ;;tRNA;4229901;4229976;236;*;gaa ;;rRNA;4230213;4233102;126;*;2890 ;;rRNA;4233229;4233343;106;*;115 ;;tRNA;4233450;4233525;23;*;acc ;;rRNA;4233549;4233663;164;*;115 fin;;CDS;4233828;4234793;;; deb;comp;CDS;4354145;4355686;626;*; ;;rRNA;4356313;4357857;274;*;1545 ;;tRNA;4358132;4358207;237;*;gaa ;;rRNA;4358445;4361342;124;*;2898 ;;rRNA;4361467;4361581;106;*;115 ;;tRNA;4361688;4361763;233;*;acc fin;;CDS;4361997;4363241;;; deb;;CDS;4434674;4435198;469;*; ;;rRNA;4435668;4437211;225;*;1544 ;;tRNA;4437437;4437512;236;*;gaa ;;rRNA;4437749;4440638;122;*;2890 ;;rRNA;4440761;4440875;98;*;115 ;;tRNA;4440974;4441050;167;*;gac fin;;CDS;4441218;4442054;;0; deb;comp;CDS;4481974;4482513;481;*; ;;rRNA;4482995;4484539;547;*;1545 ;;misc_f;4485087;4486108;236;*; ;comp;tRNA;4486345;4486419;224;*;gaa ;comp;rRNA;4486644;4488189;559;*;1546 fin;comp;CDS;4488749;4489795;;; deb;comp;CDS;4560642;4561715;153;*; ;comp;tRNA;4561869;4561944;18;*;gta ;comp;tRNA;4561963;4562038;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562073;4562148;18;*;gta ;comp;tRNA;4562167;4562242;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562266;4562341;18;*;gta ;comp;tRNA;4562360;4562435;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562459;4562534;18;*;gta ;comp;tRNA;4562553;4562628;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562663;4562738;22;*;gta ;comp;tRNA;4562761;4562836;46;*;aag ;comp;tRNA;4562883;4562958;22;*;gta ;comp;tRNA;4562981;4563056;46;*;aag ;comp;tRNA;4563103;4563178;32;*;gta ;comp;tRNA;4563211;4563286;174;*;aaa fin;comp;CDS;4563461;4564267;;; deb;;CDS;4626091;4627785;262;*; ;;regulatory;4628048;4628133;65;*; fin;;CDS;4628199;4629623;;; deb;comp;CDS;4635172;4636104;344;*; ;comp;tRNA;4636449;4636525;95;*;gac ;comp;rRNA;4636621;4636735;120;*;115 ;comp;rRNA;4636856;4639749;238;*;2894 ;comp;tRNA;4639988;4640063;10;*;gca ;comp;tRNA;4640074;4640150;72;*;atc ;comp;rRNA;4640223;4641767;516;*;1545 fin;;CDS;4642284;4643480;;0; deb;comp;CDS;4698779;4700680;360;*; ;comp;regulatory;4701041;4701154;88;*; fin;;CDS;4701243;4702160;;; </pre> ====amed données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_données_intercalaires|amed données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;amed;fx;fc;amed;fx40;fc40;amed;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;2;12;0;2;12;-1;0;91;47;244;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;1;10;38;225;1;2;26;-2;1;0;252;64;518;516;;52;;ttc;40;;tta ;0;20;20;167;2;0;41;-3;0;0;103;363;424;596;;3;;aca;35;;tgc ;0;30;23;110;3;4;34;-4;8;212;116;195;432;627;;45;;ttc;**;;ggc ;0;40;34;92;4;9;18;-5;0;0;190;556;469;626;;**;;aac;30;;tac ;2;50;43;75;5;0;12;-6;1;0;881;203;599;481;;71;;ctg;**;;tac ;2;60;76;92;6;6;6;-7;0;10;177;132;;516;;46;;ctg;104;;gga 1;0;70;90;111;7;4;12;-8;3;47;236;104;23s 5s;;;46;;ctg;**;;ggg 1;0;80;100;99;8;6;17;-9;1;0;9;271;2* 120;;;51;;ctg;57;;tgc ;3;90;59;120;9;3;34;-10;0;2;166;126;2* 126;;;**;;ctg;**;;ggc ;0;100;54;90;10;4;25;-11;2;31;235;121;2* 123;;;5;;aac;32;;tac 1;1;110;58;112;11;1;21;-12;0;0;173;119;127;;;**;;ttc;45;;tac 1;3;120;50;96;12;3;18;-13;2;6;-21;201;124;;;24;;ggc;**;;tac 3;1;130;35;81;13;2;20;-14;1;7;131;75;122;;;29;;ggc;25;;cgt 2;3;140;30;74;14;2;22;-15;1;0;226;248;5s CDS;;;38;;ggc;25;;cgt 1;2;150;25;72;15;1;14;-16;0;8;301;133;386;268;;25;;ggc;26;;cgt ;2;160;33;70;16;3;13;-17;0;4;460;380;275;99;;23;;ggc;98;;cgt ;4;170;29;32;17;2;20;-18;1;0;425;198;164;;;**;;ggc;4;;cgt ;6;180;35;50;18;1;17;-19;1;1;181;126;16s tRNA;;;28;;gcc;**;;agc ;3;190;25;44;19;2;6;-20;1;7;83;142;3* 72;;atc;66;;gcc;38;;gga 2;0;200;37;53;20;3;16;-21;1;0;83;369;2* 274;;gaa;58;;gcc;**;;tac 3;0;210;39;48;21;3;11;-22;2;1;177;302;2* 198;;gaa;40;;gcc;58;;cca ;1;220;25;34;22;0;8;-23;0;1;146;263;224;;gaa;**;;gcc;20;;ctg ;2;230;30;26;23;1;16;-24;0;0;127;202;225;;gaa;91;;ctc;49;;cac ;3;240;26;30;24;3;10;-25;1;2;163;258;tRNA 23s;;;**;;atgf;**;;cgg 2;0;250;20;26;25;3;13;-26;0;1;438;;3* 238;;gca;8;;cta;18;;gta 1;2;260;21;25;26;1;7;-27;0;0;151;;252;;gaa;38;;atgj;34;;aaa 1;1;270;22;36;27;4;10;-28;0;0;772;;3* 236;;gaa;47;;caa;18;;gta 1;0;280;25;28;28;2;11;-29;1;1;170;;237;;gaa;17;;caa;23;;aaa ;0;290;13;24;29;2;15;-30;0;0;145;;238;;gaa;35;;atgj;18;;gta ;0;300;8;14;30;4;9;-31;0;1;268;;5s tRNA;;;47;;caa;23;;aaa 1;2;310;19;17;31;3;9;-32;0;0;350;;98;;gac;13;;caa;18;;gta ;1;320;12;14;32;3;11;-33;2;0;181;;2* 106;;acc;**;;atgj;34;;aaa ;0;330;8;15;33;4;11;-34;0;2;259;;98;;gac;2;;aac;22;;gta ;0;340;9;8;34;1;9;-35;2;2;87;;95;;gac;**;;gga;46;;aag ;2;350;13;13;35;1;12;-36;1;0;114;;tRNA 5s;;;123;;cac;22;;gta ;0;360;15;8;36;1;5;-37;0;0;318;;23;;acc;36;;aga;46;;aag 2;0;370;7;5;37;5;4;-38;1;0;50;;tRNA tRNA;;intra;**;;cca;32;;gta 1;0;380;8;7;38;7;13;-39;0;0;230;;3* 10;;atc;36;;gtc;**;;aaa ;0;390;7;9;39;7;10;-40;0;0;135;;**;;gca;26;;gtc;;; ;0;400;10;9;40;2;8;-41;0;0;113;;;;;15;;gtc;;; 1;6;reste;110;109;reste;1226;1776;-42;0;0;213;;;;;11;;gtc;;; 25;54;total;1343;2382;total;1343;2382;-43;0;0;60;;;;;**;;gtc;;; 24;47;diagr;1231;2261;diagr;115;594;-44;0;1;52;;;;;110;;atgf;;; 0;1;t30;81;502;;;;-45;0;0;171;;;;;102;;atgf;;; ;;;;;;;;-46;3;0;306;;;;;101;;atgf;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;658;;;;;101;;atgf;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;140;;;;;103;;atgf;;; ;x;1341;42;2;1385;;;-49;0;0;174;;;;;102;;atgf;;; ;c;2370;444;12;2826;;;-50;1;0;233;;;;;102;;atgf;;; ;;;;;4211;239;;reste;4;6;167;;;;;92;;atgf;;; ;;;;;;4450;;total;42;444;153;;;;;**;;atgf;;; ;;;;;;;;;;;174;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;344;;;;;;;;;; </pre> ===gamma synthèse=== ====gamma distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_génome|gamma distribution par génome]] <pre> gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total spl;46;8;;;;6;79;3;142 vpb;60;11;;;;21;22;12;126 vha;51;14;;;;26;19;11;121 amed;47;16;;;;13;46;5;127 eal;25;23;;;;10;23;4;85 eco;20;23;;;;10;29;4;86 ecoN;20;34;;;;17;44;6;121 ;;;;;;;;; total;269;129;0;0;0;103;262;45;808 </pre> ====gamma distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_du_total|gamma distribution du total]] <pre> gama7;;;;;;;660;;gamma7;;;;;;;148 atgi;11;tct;;tat;;atgf;48;;atgi;;tct;;tat;;atgf;0 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;23;acc;9;aac;;agc; ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;2;gac;23;ggc; tta;14;tca;12;taa;;tga;4;;tta;;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;8;aga; cta;24;cca;14;caa;23;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;34;gca;;gaa;17;gga;14;;gta;8;gca;29;gaa;34;gga; ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8 atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;531;129;0;0;0;0;660;;1-3aas;;;;45;;103;148 </pre> ====gamma distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_type|gamma distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> gama7;;;;;;;660;;gama7;;;;;;;129;;gama7;;;;;;;269;;gama7;;;;;;;262;;gama7;;;;;;;45 atgi;11;tct;0;tat;0;atgf;48;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;18;;atgi;;tct;;tat;;atgf;24;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;7;tcc;14;tac;;tgc;1;;ttc;14;tcc;;tac;6;tgc;15;;ttc;;tcc;;tac;24;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;1;acc;1;aac;14;agc;;;atc;;acc;5;aac;11;agc;11;;atc;2;acc;;aac;9;agc;;;atc;;acc;9;aac;;agc; ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;5;ccc;6;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;38;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;17;;gtc;19;gcc;14;gac;4;ggc;29;;gtc;;gcc;;gac;23;ggc; tta;14;tca;12;taa;0;tga;4;;tta;;tca;10;taa;;tga;4;;tta;14;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;4;taa;;tga; ata;0;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;6;;ata;;aca;19;aaa;15;aga;4;;ata;;aca;;aaa;18;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;24;cca;14;caa;23;cga;0;;cta;;cca;2;caa;1;cga;;;cta;18;cca;10;caa;12;cga;;;cta;6;cca;2;caa;10;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;34;gca;0;gaa;17;gga;14;;gta;;gca;;gaa;4;gga;4;;gta;13;gca;;gaa;;gga;10;;gta;21;gca;;gaa;13;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga; ttg;7;tcg;4;tag;0;tgg;4;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8 atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;4;aag;;agg;7;;atgj;19;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;4;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;;cag;;cgg;7;;ctg;17;ccg;;cag;6;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;45;;; </pre> ====gamma par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_par_rapport_au_groupe_de_référence|gamma par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;37;18;39;;;2;96; 16;moyen;51;104;31;;21;52;259; 14;fort;41;147;192;;24;49;453; ; ;129;269;262;;45;103;808; 10;g+cga;15;3;6;;;;24; 2;agg+cgg;7;7;;;;;14; 4;carre ccc;11;8;33;;;2;54; 5;autres;4;;;;;;4; ;;37;18;39;;;2;96; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;gama ‰;ref. ‰ 21;faible;46;22;48;;;2;119;26 16;moyen;63;129;38;;26;64;321;324 14;fort;51;182;238;;30;61;561;650 ;;160;333;324;;56;127;808;729 10;g+cga;19;4;7;;;;30;10 2;agg+cgg;9;9;;;;;17; 4;carre ccc;14;10;41;;;2;67;16 5;autres;5;;;;;;5; ;;46;22;48;;;2;119; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;56;27;59;142;26;29;7;15 16;moyen;77;158;47;282;324;40;39;12 14;fort;62;223;291;576;650;32;55;73 ;;195;408;397;660;729;129;269;262 10;g+cga;23;5;9;36;10;41;;15 2;agg+cgg;11;11;;21;;19;; 4;carre ccc;17;12;50;79;16;30;;85 5;autres;6;;;6;;11;; ;;56;27;59;142;;37;;39 </pre> ====gamma, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma,_estimation_des_-rRNAs|gamma, estimation des -rRNAs]] <pre> gamma;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 144 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;144;1536; ; ;;indices;;;;144;1067;0;0;;gama7;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;660 atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;48 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18 atc;373;acc;57;aac;;agc;3;;atc;259;acc;40;aac;;agc;2;;atc;3;acc;6;aac;34;agc;11 ctc;;ccc;;cac;10;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;7;cgt;;;ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40 gtc;;gcc;3;gac;151;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;105;ggc;;;gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46 tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;14;tca;12;taa;;tga;4 ata;;aca;;aaa;13;aga;;;ata;;aca;;aaa;9;aga;;;ata;;aca;19;aaa;33;aga;10 cta;;cca;14;caa;;cga;;;cta;;cca;10;caa;;cga;;;cta;24;cca;14;caa;23;cga; gta;14;gca;378;gaa;423;gga;;;gta;10;gca;263;gaa;294;gga;;;gta;34;gca;;gaa;17;gga;14 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;73;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;51;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4 atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7 ctg;;ccg;;cag;;cgg;11;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;4 ;;900;;622;;14;1536;;;;625;;432;;10;1067;;;;186;;380;;94;660 27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;86713;1.5;0;;avec +16s;;;;1183;86713;1.5;0;;gama7;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;290;;atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;292;;atgi;157;tct;;tat;;atgf;686 att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;173;tcc;152;tac;226;tgc;114;;ttc;175;tcc;152;tac;227;tgc;114;;ttc;300;tcc;200;tac;429;tgc;257 atc;26;acc;115;aac;311;agc;104;;atc;285;acc;155;aac;311;agc;106;;atc;43;acc;86;aac;486;agc;157 ctc;102;ccc;86;cac;108;cgt;298;;ctc;102;ccc;86;cac;115;cgt;298;;ctc;129;ccc;86;cac;171;cgt;571 gtc;173;gcc;165;gac;184;ggc;351;;gtc;173;gcc;167;gac;289;ggc;351;;gtc;300;gcc;229;gac;100;ggc;657 tta;119;tca;138;taa;1.0;tga;64;;tta;120;tca;140;taa;1.0;tga;64;;tta;200;tca;171;taa;;tga;57 ata;0.8;aca;141;aaa;368;aga;151;;ata;0.8;aca;141;aaa;377;aga;151;;ata;;aca;271;aaa;471;aga;143 cta;128;cca;131;caa;189;cga;13;;cta;128;cca;141;caa;189;cga;13;;cta;343;cca;200;caa;329;cga; gta;311;gca;21;gaa;30;gga;114;;gta;321;gca;283;gaa;324;gga;114;;gta;486;gca;;gaa;243;gga;200 ttg;102;tcg;83;tag;2.7;tgg;62;;ttg;103;tcg;83;tag;2.7;tgg;113;;ttg;100;tcg;57;tag;;tgg;57 atgj;169;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;170;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;271;acg;57;aag;29;agg;100 ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;92;;ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;100;;ctg;300;ccg;57;cag;86;cgg;100 gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;57 ;;1892;;3118;;1244;6254;;;;2517;;3550;;1254;7321;;;;2657;;5429;;1343;9429 rapports;;75;;88;;99;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;gama7;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;99;;fiches;57.882;;;fréquences;;;;;atgi;17;tct;100;tat;100;atgf;58 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;8335;;;0/0;;;;;att;100;act;100;aat;100;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;1401;;;10;7;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;144;;;20;7;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt;100 ttc;99;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;42;tcc;24;tac;47;tgc;56 atc;9;acc;74;aac;100;agc;98;;gama7;94.2857142857143;;;40;8;;;;atc;39;acc;26;aac;36;agc;34 ctc;100;ccc;100;cac;94;cgt;100;;sans;660;;;50;10;38;;;ctc;21;ccc;0;cac;37;cgt;48 gtc;100;gcc;99;gac;64;ggc;100;;avec;148;;;60;2;;;;gtc;42;gcc;28;gac;46;ggc;47 tta;99;tca;99;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;1;;;;tta;40;tca;20;taa;100;tga;11 ata;100;aca;100;aaa;98;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;48;aaa;22;aga;5 cta;100;cca;93;caa;100;cga;100;;L’estimation par gama7;;;;90;1;;;;cta;63;cca;34;caa;42;cga;100 gta;97;gca;7;gaa;9;gga;100;;est 62% au dessus;;;;100;6;;;;gta;36;gca;100;gaa;88;gga;43 ttg;99;tcg;100;tag;100;tgg;55;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;31;tag;100;tgg;8 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;38;acg;20;aag;16;agg;9 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;92;;;;;;;;;;;ctg;16;ccg;8;cag;16;cgg;8 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;21 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;425;;656;;229;1310 </pre> ==alpha== ===rtb=== ====rtb opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_opérons|rtb opérons]] <pre> 29.0%GC;31.12.19 Paris;16s 1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rickettsia typhi str. B9991CWPP ;;;;;;;;;;;; comp;7429..8469;;cds;;381;381;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;* comp;8851..8926;;ttc;;368;368;;;;;;* ;9295..10278;;cds;;;;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;* ;;;;;;;;;;;;* ;14663..18055;;cds;;108;108;;;1131;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;18164..18238;;gaa;;1394;*1394;;;;;;* comp;19633..20106;;cds;;;;;;158;;crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;48065..48709;;cds;;278;278;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;* comp;48988..49064;;atgf;;110;110;;;;;;* comp;49175..49411;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;* ;;;;;;;;;;;;* comp;73627..73929;;cds;;17;17;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;* comp;73947..74021;;acc;;139;139;;;;;;* comp;74161..75417;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* ;155064..157163;;cds;;143;143;;;700;;elongation factor G;* ;157307..157382;;tgg;;167;167;;;;;;* ;157550..157750;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* ;189197..189400;;cds;;889;*889;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;* comp;190290..190365;;acg;;142;142;;;;;;* comp;190508..192814;;cds;;;;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;* ;;;;;;;;;;;;* ;255010..255921;;cds;;732;*732;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;* ;256654..259439;;23s;;206;;;;2786;;;* ;259646..259760;;5s;;173;173;;;115;;;* comp;259934..261007;;cds;;;;;;358;;cell division protein ZapE;* ;;;;;;;;;;;;* ;291358..291843;;cds;;35;35;;;162;;30S ribosomal protein S9;* ;291879..291955;;atgj;;1364;*1364;;;;;;* comp;293320..293805;;cds;;;;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;335194..336996;;cds;;402;402;;;601;;elongation factor 4;* ;337399..337473;;aac;;633;*633;;;;;;* comp;338107..338793;;cds;;;;;;229;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;440466..440933;;cds;;496;496;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;* ;441430..441504;;tgc;;31;31;;;;;;* ;441536..442456;;cds;;;;;;307;;site-specific tyrosine recombinase XerD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;469056..469781;;cds;;218;218;;;242;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;* ;470000..470075;;aaa;;15;;15;;;;;* ;470091..470167;;atc;;1922;*1922;;;;;;* ;472090..472662;;cds;;;;;;191;;GTP cyclohydrolase I FolE;* ;;;;;;;;;;;;* comp;564534..565562;;cds;;1530;*1530;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;* comp;567093..567180;;tcc;;218;218;;;;;;* comp;567399..568145;;cds;;;;;;249;;NTP transferase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;583250..584149;;cds;;1278;*1278;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;* comp;585428..585518;;tca;;58;58;;;;;;* comp;585577..586569;;cds;;;;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;;* ;598723..599706;;cds;;26;26;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;* ;599733..599809;;cgg;;60;;60;;;;;* comp;599870..599944;;caa;;62;62;;;;;;* comp;600007..601779;;cds;;;;;;591;;aminopeptidase P family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;644357..644745;;cds;;499;499;;;130;;p-ribosome-associated translation inhibitor RaiA;* ;645245..645321;;gac;@1;1051;;1051;;;;;* comp;646373..646448;;gcc;;222;222;;;;;;* comp;646671..647276;;cds;;;;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;* ;;;;;;;;;;;;* comp;649389..650048;;cds;;452;452;;;220;;(d)CMP kinase;* ;650501..650577;;gtc;;1274;*1274;;;;;;* comp;651852..652094;;cds;;;;;;81;;HU family DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;696163..697398;;cds;;1535;*1535;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;* ;698934..699010;;cgt;;1028;*1028;;;;;;* ;700039..705720;;cds;;;;;;1894;;alpha-2-macroglobulin family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;727560..728087;;cds;;1164;*1164;;;176;;copper chaperone Pcu(A)C;* comp;729252..729326;;gca;;32;32;;;;;;* comp;729359..729574;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;739215..740075;;cds;;181;181;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;* ;740257..740343;;ctc;;246;246;;;;;;* ;740590..741960;;cds;;1199;*1199;;;457;;magnesium transporter;* ;743160..743234;;ggc;;1090;*1090;;;;;;* ;744325..744753;;cds;;;;;;143;;preprotein translocase subunit YajC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;775944..777866;;cds;;2465;*2465;;;641;;hp;* comp;780332..781831;;16s;;1854;*1854;;;1500;;;* comp;783686..785485;;cds;;;;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;814590..814823;;cds;;349;349;;;78;;hp;* comp;815173..815248;;gta;;68;68;;;;;;* comp;815317..815589;;cds;;;;;;91;;30S ribosomal protein S20;* ;;;;;;;;;;;;* comp;829300..830484;;cds;;82;82;;;395;;elongation factor Tu;* comp;830567..830640;;gga;;95;;95;;;;;* comp;830736..830821;;tac;;183;183;;;;;;* ;831005..831733;;cds;;;;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* ;839841..839969;;cds;;145;145;;;43;;dimethyladenosine transferase;* ;840115..840200;;tta;;2009;*2009;;;;;;* ;842210..842446;;cds;;;;;;79;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;876906..877589;;cds;;401;401;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;* ;877991..878067;;cac;;145;145;;;;;;* ;878213..879943;;cds;;;;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;918938..919882;;cds;;951;*951;;;315;;ACP S-malonyltransferase;* ;920834..920925;;agc;;1945;*1945;;;;;;* comp;922871..924049;;cds;;;;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;961209..962297;;cds;;41;41;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;* comp;962339..962415;;atgi;;390;390;;;;;;* comp;962806..963273;;cds;;;;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* ;;;;;;;;;;;;* ;1023375..1023626;;cds;;1585;*1585;;;84;;BolA family transcriptional regulator;* ;1025212..1025288;;cca;;17;17;;;;;;* ;1025306..1025521;;cds;;;;;;72;;translation initiation factor IF-1;* ;;;;;;;;;;;;* ;1053321..1054139;;cds;;2191;*2191;;;273;;alpha/beta hydrolase;* comp;1056331..1056407;;aga;;98;98;;;;;;* ;1056506..1056823;;cds;;;;;;106;;DUF167 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1098776..1099240;;cds;;40;40;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;* comp;1099281..1099365;;cta;;145;145;;;;;;* comp;1099511..1100662;;cds;;;;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1102351..1102980;;cds;;475;475;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* comp;1103456..1103530;;aca;;130;130;;;;;;* comp;1103661..1103996;;cds;;;;;;112;;30S ribosomal protein S16;* </pre> ====rtb cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_cumuls|rtb cumuls]] <pre> rtb cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;11;30;0 ;23s5s;1;20;1;;50;8;40;;200;13;60;1 ;16s;1;40;;;100;5;80;;300;12;90;9 ;16s23s;0;60;1;;150;9;120;;400;13;120;4 ;max a;0;80;;;200;4;160;;500;3;150;2 ;a doubles;0;100;1;;250;4;200;;600;3;180;7 ;spéciaux;0;120;;;300;1;240;;700;3;210;3 ;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;4 sans ;opérons;29;160;;;400;3;320;;900;0;270;3 ;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;3 ;max a;2;200;;;500;4;400;;1100;0;330;5 ;a doubles;0;;1;;;21;;;;2;;20 ;total aas;33;;4;0;;62;;0;;61;;61 total aas;;33;;;;21;1430;;;;;; remarques;;1;;;;;491;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;612;;;;310;; ;;;variance;;;;665;;;;291;; sans jaune;;;moyenne;57;;;193;;;;269;;176 ;;;variance;40;;;148;;;;176;;86 </pre> ====rtb blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_blocs|rtb blocs]] ====rtb distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_distribution|rtb distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rtb;;25;;;;;25;;rtb;8;;;;;;8 </pre> ====rtb données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_données_intercalaires|rtb données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;rtb;fx;fc;rtb;fx40;fc40;rtb;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;4;0;1;4;-1;0;10;381;368;tRNA tRNA;; ;0;10;2;64;1;0;10;-2;1;0;108;1394;15;;aaa ;2;20;3;37;2;0;7;-3;0;0;278;411;**;;atc ;1;30;1;17;3;0;8;-4;0;33;110;633;60;;cgg ;4;40;2;13;4;0;13;-5;0;0;17;496;**;;caa ;1;50;3;7;5;2;2;-6;0;0;139;218;1051;;gac ;1;60;4;9;6;0;5;-7;0;2;143;1278;**;;gcc ;2;70;6;16;7;0;3;-8;0;16;167;499;95;;gga ;0;80;12;9;8;0;7;-9;0;0;142;452;**;;tac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reste;66;100;reste;176;371;-42;0;0;130;;;; 16;42;total;186;505;total;185;506;-43;0;0;CDS 16s;;;; 4;30;diagr;118;402;diagr;8;131;-44;0;0;1854;;;; 0;3; t30;6;118;;;;-45;0;0;16s CDS;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;2466;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;CDS 23s;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;736;;;; ;x;185;4;1;190;;;-49;0;0;23s 5s;;;; ;c;501;98;4;603;;;-50;1;0;228;;;; ;;;;;793;75;;reste;0;0;5s CDS;;;; ;;;;;;868;;total;4;98;;173;;; </pre> =====rtb autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires_aas|rtb autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;rtb;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7429;8469;381;*; ;comp;tRNA;8851;8926;368;*;ttc fin;;CDS;9295;10278;;; deb;;CDS;14663;18055;108;*; ;;tRNA;18164;18238;1394;*;gaa fin;comp;CDS;19633;20106;;; deb;comp;CDS;48065;48709;278;*; ;comp;tRNA;48988;49064;110;*;atgf fin;comp;CDS;49175;49411;;; deb;comp;CDS;73627;73929;17;*; ;comp;tRNA;73947;74021;139;*;acc fin;comp;CDS;74161;75417;;; deb;;CDS;155064;157163;143;*; ;;tRNA;157307;157382;167;*;tgg fin;;CDS;157550;157750;;; deb;comp;CDS;189738;189878;411;*; ;comp;tRNA;190290;190365;142;*;acg fin;comp;CDS;190508;192814;;; deb;;CDS;255010;255921;736;*; ;;rRNA;256658;259417;228;*;23s ;;rRNA;259646;259760;173;*;5s fin;comp;CDS;259934;261007;;; deb;;CDS;291358;291843;35;*; ;;tRNA;291879;291955;1364;*;atgj fin;comp;CDS;293320;293805;;; deb;;CDS;335194;336996;402;*; ;;tRNA;337399;337473;633;*;aac fin;comp;CDS;338107;338793;;; deb;comp;CDS;440466;440933;496;*; ;;tRNA;441430;441504;31;*;tgc fin;;CDS;441536;442456;;; deb;comp;CDS;469056;469781;218;*; ;;tRNA;470000;470075;15;*;aaa ;;tRNA;470091;470167;1922;*;atc fin;;CDS;472090;472662;;; deb;comp;CDS;564534;565562;1530;*; ;comp;tRNA;567093;567180;218;*;tcc fin;comp;CDS;567399;568145;;; deb;;CDS;583250;584149;1278;*; ;comp;tRNA;585428;585518;58;*;tca fin;comp;CDS;585577;586569;;0; deb;;CDS;598723;599706;26;*; ;;tRNA;599733;599809;60;*;cgg ;comp;tRNA;599870;599944;62;*;caa fin;comp;CDS;600007;601779;;; deb;comp;CDS;608541;609209;176;*; ;comp;ncRNA;609386;609769;248;*; fin;;CDS;610018;612660;;; deb;comp;CDS;644395;644745;499;*; ;;tRNA;645245;645321;1051;*;gac ;comp;tRNA;646373;646448;222;*;gcc fin;comp;CDS;646671;647276;;; deb;comp;CDS;649389;650048;452;*; ;;tRNA;650501;650577;1274;*;gtc fin;comp;CDS;651852;652094;;; deb;comp;CDS;696163;697398;1535;*; ;;tRNA;698934;699010;1028;*;cgt fin;;CDS;700039;705720;;0; deb;comp;CDS;727560;728087;1164;*; ;comp;tRNA;729252;729326;32;*;cga fin;comp;CDS;729359;729574;;; deb;;CDS;739215;740075;181;*; ;;tRNA;740257;740343;246;*;ctc deb;;CDS;740590;741960;1199;*; ;;tRNA;743160;743234;1090;*;ggc fin;;CDS;744325;744753;;; deb;comp;CDS;775944;777866;2466;*; ;comp;rRNA;780333;781831;1854;*;16s fin;comp;CDS;783686;785485;;; deb;comp;CDS;814590;814823;349;*; ;comp;tRNA;815173;815248;68;*;gta fin;comp;CDS;815317;815589;;; deb;comp;CDS;829300;830484;82;*; ;comp;tRNA;830567;830640;95;*;gga ;comp;tRNA;830736;830821;183;*;tac fin;;CDS;831005;831733;;; deb;comp;CDS;839520;839732;382;*; ;;tRNA;840115;840200;2009;*;tta fin;;CDS;842210;842446;;; deb;comp;CDS;876906;877589;401;*; ;;tRNA;877991;878067;145;*;cac fin;;CDS;878213;879943;;; deb;comp;CDS;911079;911558;179;*; ;comp;tmRNA;911738;912287;74;*; fin;;CDS;912362;913186;;; deb;;CDS;918938;919882;951;*; ;;tRNA;920834;920925;1945;*;agc fin;comp;CDS;922871;924049;;; deb;comp;CDS;941489;942730;156;*; ;comp;ncRNA;942887;943045;9;*; fin;comp;CDS;943055;943372;;; deb;comp;CDS;961209;962297;41;*; ;comp;tRNA;962339;962415;390;*;atgi fin;comp;CDS;962806;963273;;; deb;;CDS;1023375;1023626;1585;*; ;;tRNA;1025212;1025288;17;*;cca fin;;CDS;1025306;1025521;;; deb;;CDS;1053321;1054139;2191;*; ;comp;tRNA;1056331;1056407;98;*;aga fin;;CDS;1056506;1056823;;; deb;;CDS;1090984;1091625;14;*; ;;ncRNA;1091640;1091733;152;*; fin;;CDS;1091886;1093411;;; deb;comp;CDS;1098776;1099240;40;*; ;comp;tRNA;1099281;1099365;145;*;cta fin;comp;CDS;1099511;1100662;;; deb;comp;CDS;1102351;1102980;475;*; ;comp;tRNA;1103456;1103530;130;*;aca fin;comp;CDS;1103661;1103996;;; </pre> ====rtb intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_entre_cds|rtb intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> rtb;28.1.21 Paris;NCBI;7.12.2020;;;;;;;;; rtb;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5;intercal;frequencez ;'''négatif;102;12.9;'''négatif ;-11;10;-50 à -1;'''1 112 957;-1;102;610;1 ;'''zéro;5;0.6;;;;;'''intercals;0;5;620;2 ;'''1 à 200;430;54.2;'''0 à 200;85;61;;'''224 467;5;42;630;1 ;'''201 à 370;84;10.6;'''201 à 370;261;43;;'''20.2%;10;24;640;3 ;'''371 à 600;52;6.6;'''371 à 600;481;63;;;15;24;650;2 ;'''601 à max;120;15.1;'''601 à 1028;1173;515;;;20;16;660;3 ;'''total 793;<201;67.7;'''total 793;282;445;-50 à 3216;;25;12;670;0 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul, %;intercal;fréquence;30;6;680;7 665700;3216;-1;102;-70;0;;0;5;35;7;690;0 1032528;3065;0;5;-60;0;;-1;°10;40;8;700;1 506416;2624;1;°10;-50;1;;-2;1;45;2;710;1 64385;2360;2;7;-40;1;;-3;0;50;8;720;2 801292;2313;3;8;-30;5;'''min à -1;-4;°33;55;5;730;2 272796;2262;4;°13;-20;12;102;-5;0;60;8;740;0 131965;2171;5;4;-10;21;12.9%;-6;0;65;10;750;1 763244;2078;6;5;0;67;;-7;2;70;12;760;1 101695;2071;7;3;10;66;;-8;°16;75;9;770;2 446016;1893;8;°7;20;40;;-9;0;80;12;780;2 905133;1870;9;°7;30;18;;-10;1;85;9;790;0 141270;1858;10;2;40;15;'''1 à 100;-11;°2;90;4;800;1 570117;1846;11;°6;50;10;243;-12;0;95;10;810;3 129767;1794;12;5;60;13;30.6%;-13;3;100;15;820;0 378376;1765;13;3;70;22;;-14;°7;105;11;830;4 232652;1743;14;5;80;21;;-15;0;110;12;840;0 871293;1715;15;5;90;13;;-16;1;115;10;850;1 998041;1656;16;°6;100;25;;-17;°7;120;10;860;1 359936;1637;17;1;110;23;;-18;0;125;13;870;0 1014216;1621;18;3;120;20;;-19;0;130;8;880;1 847537;1581;19;3;130;21;;-20;°2;135;16;890;1 338816;1539;20;3;140;26;;-21;0;140;10;900;1 808693;1532;21;2;150;17;;-22;1;145;10;910;2 950532;1524;22;2;160;17;'''1 à 200;-23;°3;150;7;920;1 969491;1524;23;1;170;21;430;-24;0;155;8;930;1 706435;1485;24;°4;180;16;54%;-25;1;160;9;940;1 536071;1468;25;3;190;15;;-26;°5;165;12;950;3 638208;1464;26;2;200;11;;-27;0;170;9;960;0 597131;1463;27;0;210;7;;;100;175;9;970;0 544938;1446;28;2;220;7;;reste;7;180;7;980;1 235220;1444;29;2;230;11;;total;107;185;8;990;0 90984;1401;30;0;240;8;;;;190;7;1000;1 693395;1374;31;0;250;9;;'''intercal;'''<u>fréquencef;195;6;1010;1 422301;1373;32;3;260;9;'''0 à 200;600;673;200;5;1020;1 678698;1370;33;3;270;6;435;650;9;205;3;1030;1 476675;1354;34;0;280;3;;700;11;210;4;1040;1 1079428;1335;35;1;290;6;;750;6;215;3;1050;2 270767;1318;36;1;300;1;;800;6;220;4;1060;2 687447;1302;37;2;310;3;;850;8;225;5;1070;1 49408;1282;38;0;320;3;;900;4;230;6;1080;1 247450;1266;39;2;330;2;;950;8;235;5;1090;0 398128;1260;40;3;340;2;;1000;2;240;3;1100;0 577310;1255;reste;547;350;3;;1050;6;245;6;1110;2 676898;1227;total;793;360;2;'''201 à 370;1100;4;250;3;1120;2 425653;1184;;;370;2;84;1150;7;255;5;1130;1 915284;1182;;;380;0;10.6%;1200;5;260;4;1140;0 ;;;;390;1;;1250;1;265;4;1150;2 ;;;;400;5;;1300;4;270;2;1160;0 ;;;;410;4;;1350;3;275;1;1170;2 ;;;;420;3;;1400;4;280;2;1180;1 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;2;;1450;3;285;3;1190;2 384083;-50;comp;;440;2;;1500;4;290;3;1200;0 523034;-41;shift2;646;450;3;;1550;4;295;1;reste;44 362986;-38;shift2;850;460;2;;1600;1;300;0;total;793 864784;-38;shift2;2407;470;1;;1650;2;305;3;; 628502;-35;shift2;571;480;2;;1700;1;310;0;; 1068153;-35;comp;;490;3;;1750;2;315;1;; 1110540;-32;shift2;997;500;3;;1800;2;320;2;; 511489;-26;shift2;;510;4;'''371 à 600;1850;1;325;2;; 661241;-26;shift2;;520;3;52;1900;3;330;0;; 710083;-26;shift2;;530;3;6.6%;1950;0;335;1;; 899806;-26;shift2;;540;0;;2000;0;340;1;; 1089393;-26;shift2;;550;0;;2050;0;345;2;; 417665;-25;shift2;;560;3;;2100;2;350;1;; 276966;-23;shift2;;570;3;;2150;0;355;1;; 480829;-23;shift2;;580;1;'''601 à max;2200;1;360;1;; 981350;-23;shift2;;590;1;120;;114;365;1;; 110015;-22;shift2;;600;3;15.1%;;;370;1;; 415433;-20;shift2;;reste;120;;reste;6;reste;172;; 748256;-20;shift2;;total;793;;total;793;total;793;; </pre> ====rtb intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> rtb Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; afn;min10;328;1323;1651;603;-26;101;127;-468;-407;-9;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; 46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; rtb;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;45;-332;590;12;496;246;max80;&-36;279;-782;91;569;258;min50 31 à 400;;;;;;;;&70;-478;827;-4.5;788;228;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;91;44;-;304;poly;191;tF;&174;61;-;487;poly;82;Sm 31 à 400;;;;;;;;&-36;44;-;598;poly;190;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.536;-0.105;0.148;;;;;-0.081;;;;;; 1-n;0.202;-0.277;-0.165;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; rtb;fx;fc;;rtb;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rtb;Sx-;Sc- 0;1;4;;0;8;10;0;1;4;>0;184;-1;0;10 10;2;64;;10;17;159;1;0;10;<0;4;-2;1;0 20;3;37;;20;25;92;2;0;7;zéro;1;-3;0;0 30;1;17;;30;8;42;3;0;8;total;189;-4;0;33 40;2;13;;40;17;32;4;0;13;;c;-5;0;0 50;3;7;;50;25;17;5;2;2;>0;502;-6;0;0 60;4;9;;60;34;22;6;0;5;<0;98;-7;0;2 70;6;16;;70;51;40;7;0;3;zéro;4;-8;0;16 80;12;9;;80;102;22;8;0;7;total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reste;66;100;;;;;reste;176;371;;;-42;0;0 total;185;506;;t30;51;294;total;185;506;;;-43;0;0 diagr;118;402;;;;;diagr;8;131;;;-44;0;0 - t30;112;284;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;reste;0;0 ;;;;;;;;;;;;total;4;98 </pre> ====rtb intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_négatifs_S-|rtb intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;0;3 continu;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;99 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;4 ;Sc-;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;98 </pre> ====rtb autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires|rtb autres intercalaires]] <pre> rtb;les autres intercalaires;;adresses1;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses2;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses3; deb; °CDS;7429;381;comp;;deb; °CDS;564534;1530;comp;;deb; °CDS;829300;82;comp ; &tRNA;8851;368;comp;;; &tRNA;567093;218;comp;;; &tRNA;830567;95;comp fin; °CDS;9295;;;;fin; °CDS;567399;;comp;;; &tRNA;830736;183;comp deb; °CDS;14663;108;;;deb; °CDS;583250;1278;;;fin; °CDS;831005;; ; &tRNA;18164;1394;;;; &tRNA;585428;58;comp;;deb; °CDS;839520;382; fin; °CDS;19633;;comp;;fin; °CDS;585577;;comp;;; &tRNA;840115;2009; deb; °CDS;48065;278;comp;;deb; °CDS;598723;26;;;fin; °CDS;842210;; ; &tRNA;48988;110;comp;;; &tRNA;599733;60;;;deb; °CDS;876906;401;comp fin; °CDS;49175;;comp;;; &tRNA;599870;62;comp;;; &tRNA;877991;145; deb; °CDS;73627;17;comp;;fin; °CDS;600007;;comp;;fin; °CDS;878213;; ; &tRNA;73947;139;comp;;deb; °CDS;608541;176;comp;;deb; °CDS;911079;179;comp fin; °CDS;74161;;comp;;; ncRNA;609386;248;comp;;; tmRNA;911738;74;comp deb; °CDS;155064;143;;;fin; °CDS;610018;;;;fin; °CDS;912362;; ; &tRNA;157307;167;;;deb; °CDS;644395;499;comp;;deb; °CDS;918938;951; fin; °CDS;157550;;;;; &tRNA;645245;1051;;;; &tRNA;920834;1945; deb; °CDS;189738;411;;;; &tRNA;646373;222;comp;;fin; °CDS;922871;;comp ; &tRNA;190290;142;comp;;fin; °CDS;646671;;comp;;deb; °CDS;941489;156;comp fin; °CDS;190508;;comp;;deb; °CDS;649389;452;comp;;; ncRNA;942887;9;comp deb; °CDS;255010;736;;;; &tRNA;650501;1274;;;fin; °CDS;943055;;comp 23s; $rRNA;256658;228;;;fin; °CDS;651852;;comp;;deb; °CDS;961209;41;comp 5s; $rRNA;259646;173;;;deb; °CDS;696163;1535;comp;;; &tRNA;962339;390;comp fin; °CDS;259934;;comp;;; &tRNA;698934;1028;;;fin; °CDS;962806;;comp deb; °CDS;291358;35;;;fin; °CDS;700039;;;;deb; °CDS;1023375;1585; ; &tRNA;291879;1364;;;deb; °CDS;727560;1164;comp;;; &tRNA;1025212;17; fin; °CDS;293320;;;;; &tRNA;729252;32;comp;;fin; °CDS;1025306;; deb; °CDS;335194;402;;;fin; °CDS;729359;;comp;;deb; °CDS;1053321;2191; ; &tRNA;337399;633;;;deb; °CDS;739215;181;;;; &tRNA;1056331;98;comp fin; °CDS;338107;;comp;;; &tRNA;740257;246;;;fin; °CDS;1056506;; deb; °CDS;440466;496;comp;;deb; °CDS;740590;1199;;;deb; °CDS;1090984;14; ; &tRNA;441430;31;;;; &tRNA;743160;1090;;;; ncRNA;1091640;152; fin; °CDS;441536;;;;fin; °CDS;744325;;;;fin; °CDS;1091886;; deb; °CDS;469056;218;comp;;deb; °CDS;775944;2466;comp;;deb; °CDS;1098776;40;comp ; &tRNA;470000;15;;;16s; $rRNA;780333;1854;comp;;; &tRNA;1099281;145;comp ; &tRNA;470091;1922;;;fin; °CDS;783686;;comp;;fin; °CDS;1099511;;comp fin; °CDS;472090;;;;deb; °CDS;814590;349;comp;;deb; °CDS;1102351;475;comp ;;;;;;; &tRNA;815173;68;comp;;; &tRNA;1103456;130;comp ;;;;;;fin; °CDS;815317;;comp;;fin; °CDS;1103661;;comp </pre> ====rtb intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_tRNA|rtb intercalaires tRNA]] <pre> ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;; ;;;;;;;;;; ;15;;381;comp’;368;;17;31;'''deb; comp’;60;;108;comp’;1394;;26;32;<201;9 comp’;1051;;278;;110;;35;58;total;19 ;95;;17;;139;;40;62;taux;47% ;;;143;;167;;82;68;; ;;comp’;411;;142;;108;110;'''fin; ;;;;;;;143;130;<201;12 ;;;35;;1364;;176;139;total;21 ;;;402;comp’;633;;181;142;taux;57% ;;comp’;496;;31;;278;145;; ;;comp’;218;;1922;;349;145;'''total; ;;;1530;;218;;381;167;<201;21 ;;comp’;1278;;58;;382;218;total;40 ;;;26;;62;;402;222;taux;53% ;;;176;;248;;475;246;; ;;comp’;499;;222;;951;248;; ;;comp’;452;comp’;1274;;1164;1028;; ;;comp’;1535;;1028;;1199;1090;; ;;;1164;;32;;1530;1364;; ;;;181;;246;;'''-;1922;; ;;;1199;;1090;;'''-;2009;'''comp’;'''cumuls ;;;349;;68;;218;98;'''deb;9 ;;;82;comp’;183;;401;183;<201;0 ;;;382;;2009;;411;368;'''fin;7 ;;comp’;401;;145;;452;633;<201;2 ;;;951;comp’;1945;;496;1274;; ;;comp’;2191;comp’;98;;499;1394;'''total; ;;;40;;145;;1278;1945;<201;2 ;;;475;;130;;1535;'''-;total;16 ;;;;;;;2191;'''-;taux;13% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;9;14;23;;;;; ;;total;28;28;56;;;;; ;;taux;32%;50%;41%;;;;; </pre> ===rpl=== ====rpl opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_opérons|rpl opérons]] <pre> 29.0%GC;30.12.19 Paris;16s 1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rickettsia prowazekii str. Breinl ;;;;;;;;;;;; comp;31462..31892;;cds;;263;263;;;144;;p-preprotein translocase subunit YajC;* comp;32156..32181;;rpr;;870;870;;;26;;tandem;* comp;33052..33126;;ggc;;1253;1253;;;;;;* comp;34380..35750;;cds;;256;256;;;;;magnesium transporter;* comp;36007..36093;;ctc;;190;190;;;;;;* comp;36284..37144;;cds;;;;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;46825..47040;;cds;;31;31;;;72;;hp;* ;47072..47146;;gca;;1964;1964;;;;;;* ;49111..49650;;cds;;;;;;180;;copper chaperone Pcu(A)C;* ;;;;;;;;;;;;* comp;71150..76816;;cds;;933;933;;;1889;;alpha-2-macroglobulin family protein;* comp;77750..77826;;cgt;;1179;1179;;;;;;* ;79006..80241;;cds;;;;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;;* ;121704..121946;;cds;;984;984;;;81;;HU family DNA-binding protein;* comp;122931..123007;;gtc;;446;446;;;;;;* ;123454..124113;;cds;;;;;;220;;(d)CMP kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;126222..126827;;cds;;236;236;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;* ;127064..127139;;gcc;@1;830;;830;;;;;* comp;127970..128046;;gac;;365;365;;;;;;* ;128412..128843;;cds;;;;;;144;;ribosome-associated translation inhibitor RaiA;* ;;;;;;;;;;;;* ;171237..173012;;cds;;50;50;;;592;;aminopeptidase P family protein;* ;173063..173137;;caa;;49;;49;;;;;* comp;173187..173263;;cgg;;18;18;;;;;;* comp;173282..174265;;cds;;;;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;186344..187336;;cds;;58;58;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;* ;187395..187484;;tca;;354;354;;;;;;* comp;187839..188738;;cds;;;;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;* ;;;;;;;;;;;;* ;203097..203846;;cds;;219;219;;;250;;bifunctional N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase/glucosamine-1-phosphate acetyltransferase;* ;204066..204153;;tcc;;1457;1457;;;;;;* ;205611..206639;;cds;;;;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;299321..300853;;cds;;419;419;;;511;;hp;* comp;301273..301349;;atc;;15;;15;;;;;* comp;301365..301440;;aaa;;219;219;;;;;;* ;301660..302400;;cds;;;;;;247;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;328700..329635;;cds;;22;22;;;312;;site-specific tyrosine recombinase XerD;* comp;329658..329732;;tgc;;499;499;;;;;;* ;330232..330699;;cds;;;;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;429121..429807;;cds;;723;723;;;229;;hp;* comp;430531..430605;;aac;;359;359;;;;;;* comp;430965..432767;;cds;;;;;;601;;elongation factor 4;* ;;;;;;;;;;;;* ;473867..474352;;cds;;928;928;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;* comp;475281..475357;;atgj;;40;40;;;;;;* comp;475398..475883;;cds;;;;;;162;;30S ribosomal protein S9;* ;;;;;;;;;;;;* ;506934..508007;;cds;;183;183;;;358;;cell division protein ZapE;* comp;508191..508305;;5s;;240;;;;115;;;* comp;508546..511330;;23s;;716;716;;;2785;;;* comp;512047..512958;;cds;;;;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;577419..579725;;cds;;138;138;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;* ;579864..579939;;acg;;1026;1026;;;;;;* comp;580966..581169;;cds;;;;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;612439..612639;;cds;;143;143;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;612783..612858;;tgg;;143;143;;;;;;* comp;613002..615101;;cds;;;;;;700;;elongation factor G;* ;;;;;;;;;;;;* comp;656226..656870;;cds;;296;296;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;* comp;657167..657243;;atgf;;119;119;;;;;;* comp;657363..657599;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;* ;;;;;;;;;;;;* comp;678911..679213;;cds;;19;19;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;* comp;679233..679307;;acc;;159;159;;;;;;* comp;679467..680723;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;746326..746529;;cds;;1664;1664;;;68;;hp;* comp;748194..748268;;gaa;;109;109;;;;;;* comp;748378..749421;;cds;;;;;;348;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;756703..757686;;cds;;363;363;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;* ;758050..758125;;ttc;;564;564;;;;;;* ;758690..759730;;cds;;;;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;776202..776537;;cds;;154;154;;;112;;30S ribosomal protein S16;* ;776692..776766;;aca;;467;467;;;;;;* ;777234..777863;;cds;;;;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;779197..780348;;cds;;140;140;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;* ;780489..780573;;cta;;37;37;;;;;;* ;780611..781075;;cds;;;;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;* ;;;;;;;;;;;;* comp;823242..823559;;cds;;98;98;;;106;;DUF167 domain-containing protein;* ;823658..823734;;aga;;1364;1364;;;;;;* comp;825099..825230;;cds;;;;;;44;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;854241..854456;;cds;;17;17;;;72;;translation initiation factor IF-1;* comp;854474..854550;;cca;;1573;1573;;;;;;* comp;856124..856357;;cds;;;;;;78;;BolA family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;915034..915501;;cds;;391;391;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* ;915893..915969;;atgi;;41;41;;;;;;* ;916011..917099;;cds;;;;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;* ;;;;;;;;;;;;* ;953564..954742;;cds;;696;696;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* comp;955439..955530;;agc;;898;898;;;;;;* comp;956429..957373;;cds;;;;;;315;;ACP S-malonyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1009435..1011165;;cds;;142;142;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* comp;1011308..1011384;;cac;;346;346;;;;;;* ;1011731..1012414;;cds;;;;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1045414..1045656;;cds;;2381;2381;;;81;;hp;* comp;1048038..1048123;;tta;;135;135;;;;;;* comp;1048259..1048387;;cds;;;;;;43;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1056245..1056973;;cds;;188;188;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;1057162..1057247;;tac;;105;;105;;;;;* ;1057353..1057426;;gga;;82;82;;;;;;* ;1057509..1058693;;cds;;;;;;395;;elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;;* ;1072391..1072663;;cds;;62;62;;;91;;30S ribosomal protein S20;* ;1072726..1072801;;gta;;1181;1181;;;;;;* comp;1073983..1074648;;cds;;;;;;222;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1102136..1103935;;cds;;1458;1462;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;1105394..1106893;;16s;;1462;1462;;;1500;;;* ;1108356..1109301,1..184;;cds;;;;;;377;;P-hp;* </pre> ====rpl cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_cumuls|rpl cumuls]] <pre> rpl cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;12;30;0 ;23s5s;1;20;1;;50;9;40;;200;11;60;2 ;16s;1;40;;;100;4;80;;300;12;90;9 ;16s23s;0;60;1;;150;8;120;;400;15;120;4 ;max a;0;80;;;200;5;160;;500;2;150;2 ;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;4;180;6 ;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;2;210;2 ;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;5 sans ;opérons;29;160;;;400;5;320;;900;0;270;3 ;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;2 ;max a;2;200;;;500;2;400;;1100;0;330;5 ;a doubles;0;;1;;;21;;;;1;;20 ;total aas;33;;4;0;;63;;0;;60;;60 total aas;;33;;;;21;1204;;;;;; remarques;;1;;;;;453;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;528;;;;293;; ;;;variance;;;;558;;;;271;; sans jaune;;;moyenne;56;;;191;;;;243;;172 ;;;variance;45;;;140;;;;145;;89 </pre> ====rpl blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_blocs|rpl blocs]] ====rpl distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_distribution|rpl distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rpl;;25;;;;;25;;rpl;8;;;;;;8 </pre> ====rpl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_données_intercalaires|rpl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;rpl;fx;fc;rpl;fx40;fc40;rpl;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;0;5;0;0;5;-1;;10;1159;1179;tRNA tRNA;; ;0;10;2;64;1;0;8;-2;1;0;1253;984;;830;gcc ;3;20;4;35;2;0;10;-3;;0;256;446;**;;gac ;1;30;2;19;3;0;9;-4;;35;190;365;;49;caa ;3;40;4;11;4;0;11;-5;;0;31;354;**;;cgg ;2;50;1;8;5;2;4;-6;;0;1964;219;15;;atc ;1;60;4;10;6;0;4;-7;;2;933;499;**;;aaa ;1;70;5;14;7;0;3;-8;;17;236;723;105;;tac ;0;80;12;13;8;0;6;-9;;0;50;928;**;;gga ;1;90;7;18;9;0;6;-10;;1;18;1026;;; 1;0;100;4;16;10;0;3;-11;;2;58;1999;;; ;1;110;3;19;11;0;3;-12;;0;219;363;;; ;1;120;7;17;12;1;7;-13;;3;1457;98;;; ;0;130;4;21;13;0;3;-14;1;7;419;1971;;; ;2;140;3;17;14;1;2;-15;;0;22;696;;; ;3;150;3;14;15;1;3;-16;;1;359;346;;; ;2;160;3;22;16;1;4;-17;;6;40;373;;; ;0;170;4;16;17;0;2;-18;;0;138;188;;; ;0;180;6;8;18;0;4;-19;;0;143;1181;;; 1;1;190;4;10;19;0;4;-20;;1;143;;;; ;0;200;2;9;20;0;3;-21;;0;296;;;; ;0;210;3;4;21;0;5;-22;;1;119;;;; 1;1;220;6;5;22;0;1;-23;;5;19;;;; ;0;230;3;9;23;1;1;-24;;0;159;;;; ;1;240;0;5;24;0;6;-25;;1;109;;;; ;0;250;5;8;25;0;3;-26;;4;564;;;; ;1;260;4;5;26;0;1;-27;;0;154;;;; ;0;270;4;1;27;1;0;-28;;0;467;;;; ;0;280;0;4;28;0;1;-29;;0;140;;;; ;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;37;;;; ;1;300;1;0;30;0;1;-31;;0;17;;;; ;0;310;1;3;31;0;0;-32;;1;1573;;;; ;0;320;1;3;32;1;4;-33;;0;391;;;; ;0;330;0;1;33;1;3;-34;;0;41;;;; ;0;340;0;0;34;0;2;-35;1;1;898;;;; 1;0;350;3;4;35;1;0;-36;;0;142;;;; 1;1;360;0;1;36;0;0;-37;;0;2381;;;; 2;0;370;1;4;37;0;1;-38;;3;82;;;; 1;0;380;2;1;38;0;0;-39;;0;62;;;; ;0;390;4;1;39;1;1;-40;;0;CDS 16s;;;; ;1;400;1;0;40;0;0;-41;;1;1458;;;; 11;11;reste;59;102;reste;171;393;-42;;0;16s CDS;;;; 19;39;total;183;527;total;183;527;-43;;0;1463;;;; 8;28;diagr;124;420;diagr;12;129;-44;;1;CDS 23s;;;; 0;4; t30;8;118;;;;-45;;0;719;;;; ;;;;;;;;-46;;0;23s 5s;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;261;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;5s CDS;;;; ;x;183;5;0;188;;;-49;;0;-;183;;; ;c;522;103;5;630;;;-50;1;0;;;;; ;;;;;818;75;;reste;1;0;;;;; ;;;;;;893;;total;5;103;;;;; </pre> =====rpl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_autres_intercalaires_aas|rpl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;rpl;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;31462;31892;1159;*; ;comp;tRNA;33052;33126;1253;*;ggc deb;comp;CDS;34380;35750;256;*; ;comp;tRNA;36007;36093;190;*;ctc fin;comp;CDS;36284;37144;;0; deb;;CDS;46825;47040;31;*; ;;tRNA;47072;47146;1964;*;gca fin;;CDS;49111;49650;;; deb;comp;CDS;71150;76816;933;*; ;comp;tRNA;77750;77826;1179;*;cgt fin;;CDS;79006;80241;;; deb;;CDS;121704;121946;984;*; ;comp;tRNA;122931;123007;446;*;gtc fin;;CDS;123454;124113;;; deb;;CDS;126222;126827;236;*; ;;tRNA;127064;127139;830;*;gcc ;comp;tRNA;127970;128046;365;*;gac fin;;CDS;128412;128915;;; deb;comp;CDS;160532;163174;244;*; ;;ncRNA;163419;163803;171;*; fin;;CDS;163975;164643;;; deb;;CDS;171237;173012;50;*; ;;tRNA;173063;173137;49;*;caa ;comp;tRNA;173187;173263;18;*;cgg fin;comp;CDS;173282;174265;;; deb;;CDS;186344;187336;58;*; ;;tRNA;187395;187484;354;*;tca fin;comp;CDS;187839;188738;;; deb;;CDS;203097;203846;219;*; ;;tRNA;204066;204153;1457;*;tcc fin;;CDS;205611;206639;;0; deb;comp;CDS;299321;300853;419;*; ;comp;tRNA;301273;301349;15;*;atc ;comp;tRNA;301365;301440;219;*;aaa fin;;CDS;301660;302400;;; deb;comp;CDS;328700;329635;22;*; ;comp;tRNA;329658;329732;499;*;tgc fin;;CDS;330232;330699;;; deb;;CDS;429121;429807;723;*; ;comp;tRNA;430531;430605;359;*;aac fin;comp;CDS;430965;432767;;0; deb;;CDS;473867;474352;928;*; ;comp;tRNA;475281;475357;40;*;atgj fin;comp;CDS;475398;475883;;; deb;;CDS;506934;508007;183;*; ;comp;rRNA;508191;508305;261;*;115 ;comp;rRNA;508567;511327;719;*;2761 fin;comp;CDS;512047;512958;;; deb;;CDS;577419;579725;138;*; ;;tRNA;579864;579939;1026;*;acg fin;comp;CDS;580966;581169;;0; deb;comp;CDS;612439;612639;143;*; ;comp;tRNA;612783;612858;143;*;tgg fin;comp;CDS;613002;615101;;; deb;comp;CDS;656226;656870;296;*; ;comp;tRNA;657167;657243;119;*;atgf fin;comp;CDS;657363;657599;;; deb;comp;CDS;678911;679213;19;*; ;comp;tRNA;679233;679307;159;*;acc fin;comp;CDS;679467;680723;;; deb;;CDS;745691;746194;1999;*; ;comp;tRNA;748194;748268;109;*;gaa fin;comp;CDS;748378;749594;;; deb;comp;CDS;756703;757686;363;*; ;;tRNA;758050;758125;564;*;ttc fin;;CDS;758690;759730;;; deb;;CDS;776202;776537;154;*; ;;tRNA;776692;776766;467;*;aca fin;;CDS;777234;777863;;; deb;;CDS;779197;780348;140;*; ;;tRNA;780489;780573;37;*;cta fin;;CDS;780611;781075;;0; deb;comp;CDS;786459;787982;143;*; ;comp;ncRNA;788126;788219;14;*; fin;comp;CDS;788234;788875;;0; deb;comp;CDS;823242;823559;98;*; ;;tRNA;823658;823734;1971;*;aga fin;comp;CDS;825706;826527;;; deb;comp;CDS;854241;854456;17;*; ;comp;tRNA;854474;854550;1573;*;cca fin;comp;CDS;856124;856357;;0; deb;;CDS;915034;915501;391;*; ;;tRNA;915893;915969;41;*;atgi fin;;CDS;916011;917099;;; deb;;CDS;934616;934933;9;*; ;;ncRNA;934943;935101;153;*; fin;;CDS;935255;936496;;0; deb;;CDS;953564;954742;696;*; ;comp;tRNA;955439;955530;898;*;agc fin;comp;CDS;956429;957373;;; deb;comp;CDS;963044;963856;74;*; ;;tmRNA;963931;964460;185;*; fin;;CDS;964646;965125;;; deb;comp;CDS;1009435;1011165;142;*; ;comp;tRNA;1011308;1011384;346;*;cac fin;;CDS;1011731;1012414;;; deb;comp;CDS;1045414;1045656;2381;*; ;comp;tRNA;1048038;1048123;373;*;tta fin;;CDS;1048497;1048709;;; deb;comp;CDS;1056245;1056973;188;*; ;;tRNA;1057162;1057247;105;*;tac ;;tRNA;1057353;1057426;82;*;gga fin;;CDS;1057509;1058693;;; deb;;CDS;1072391;1072663;62;*; ;;tRNA;1072726;1072801;1181;*;gta fin;comp;CDS;1073983;1074648;;; deb;;CDS;1102136;1103935;1458;*; ;;rRNA;1105394;1106892;1463;*;1499 fin;;CDS;1108356;17;;; </pre> ===rpm=== ====rpm opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm opérons]] <pre> ;20 m23s;17 m16s;;;;;;;;;; ;;9 m16s seuls;;;;;;;;;; http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_phot_DSM_122/rhodPhot_DSM122-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017059.1;rpm;;genome;24.12.19;;;;;;;; 64.7%GC;26.12.19 Paris;16s 7;95 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rhodospirillum photometricum DSM 122;;;;;;;;;;;; comp;3322..4194;;cds;;30;30;;;291;;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein;* comp;4225..4821;;23s°;@1;196;;;;595;;;* comp;5018..5093;;gca;;182;;;;;;;* comp;5276..5684;;16s°;;38;38;;;407;;;* ;5723..6664;;cds;;;;;;314;;SEL1-like repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp <;12458..13198;;cds;;242;242;;;247;;p-transposase;* comp;13441..13555;;5s;@2;72;;;;113;;;* comp;13628..13880;;23s°;;-7;*-7;;;251;;;* comp;13874..15127;;cds;;;;;;418;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;21325..22362;;cds;;586;*586;;;346;;hp;* ;22949..23237;;16s°;;85;85;;;287;;;* comp;23323..23490;;cds;;;;;;56;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;24015..24287;;cds;;250;250;;;91;;TraYdomain-containingprotein;* comp;24538..24652;;5s;;71;;;;113;;;* comp;24724..27490;;23s;;212;;;;2765;;;* comp;27703..27779;;atc;;112;;;;;;;* comp;27892..28378;;16s°;;18;18;;;485;;;* <>;28397..29119;;cds;;;;;;241;;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;32782..33759;;cds;;190;190;;;326;;glycosyltransferase;* ;33950..34357;;16s°;;112;;;;406;;;* ;34470..34546;;atc;;216;;;;;;;* ;34763..35591;;23s°;;44;;;;827;;;* comp;35636..35750;;5s;;72;;;;113;;;* comp;35823..38589;;23s;;215;;;;2765;;;* comp;38805..38881;;atc;;112;;;;;;;* comp;38994..40502;;16s;;260;;;;1507;;;* comp;40763..42629;;23s°;;-15;;;;1865;;;* ;42615..42903;;16s°;;112;;;;287;;;* ;43016..43092;;atc;;213;;;;;;;* ;43306..44132;;23s°;;-1;;;;825;;;* comp;44132..44835;;23s°;;-5;*-5;;;702;;;* ;44831..45121;;cds;;;;;;97;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* <;45496..45768;;cds;;553;*553;;;91;;p-glycosyl transferase family 1;* ;46322..47040;;16s°;;0;*0;;;717;;;* comp;47041..47433;;cds;;;;;;131;;winged helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;49761..51017;;cds;;128;128;;;419;;glycosyltransferase;* comp;51146..51221;;23s°;;214;;;;74;;;* comp;51436..51512;;atc;;112;;;;;;;* comp;51625..52017;;16s°;;-7;;;;391;;;* ;52011..52881;;23s°;;106;106;;;869;;;* ;52988..53464;;cds;;-37;*-37;;;159;;hp;* >;53428..53694;;cds;;86;86;;;89;;p-glycosyltransferase;* comp;53781..54709;;23s°;;26;;;;927;;;* ;54736..54898;;16s°;;112;;;;161;;;* ;55011..55087;;atc;;216;;;;;;;* ;55304..55741;;23s°;;438;*438;;;436;;;* ;56180..56440;;cds;;;;;;87;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;82891..83088;;cds;;116;116;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;83205..83280;;tgg;;199;199;;;;;;* >comp;83480..84178;;cds;;;;;;233;;p-elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;;* ;417242..417412;;cds;;142;142;;;57;;tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase;* ;417555..417631;;atgj;+;24;;24;;;;;* ;417656..417732;;atgj;2 atgj;38;38;;;;;;* comp;417771..418796;;cds;;;;;;342;;tRNA epoxyqueuosine(34) reductase QueG;* ;;;;;;;;;;;;* ;434306..435142;;cds;;512;*512;;;279;;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase;* ;435655..435842;;16s°;;-6;;;;186;;;* ;435837..436075;;23s°;;72;;;;237;;;* ;436148..436262;;5s;;51;;;;113;;;* ;436314..436390;;atgf;;196;196;;;;;;* ;436587..436883;;cds;;;;;;99;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;467261..468370;;cds;;167;167;;;370;;3-isopropylmalate dehydrogenase;* ;468538..468667;;23s°;;72;;;;128;;;* ;468740..468854;;5s;;51;;;;113;;;* ;468906..468982;;atgf;;125;125;;;;;;* ;469108..469863;;cds;;;;;;252;;SAM-dependent chlorinase/fluorinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;534521..536161;;cds;;367;367;;;547;;glucose-6-phosphate isomerase;* ;536529..536603;;acg;;92;92;;;;;;* comp;536696..537778;;cds;;;;;;361;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;658467..658931;;cds;;110;110;;;155;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;659042..659116;;gtc;;155;155;;;;;;* ;659272..660159;;cds;;106;106;;;296;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;660266..660340;;gtc;;648;*648;;;;;;* comp;660989..661800;;cds;;;;;;271;;p-N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* 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;875638..876117;;cds;;;;;;160;;CreA family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;885688..886299;;cds;;176;176;;;204;;LysE family translocator;* ;886476..886552;;ccc;;144;144;;;;;;* comp;886697..887233;;cds;;;;;;179;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;932708..934243;;cds;;93;93;;;512;;Fic family protein;* comp;934337..934413;;cgt;+;35;;35;;;;;* comp;934449..934525;;cgt;3 cgt;44;;44;;;;;* comp;934570..934646;;cgt;;449;*449;;;;;;* ;935096..936175;;cds;;;;;;360;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;978995..979396;;cds;;138;138;;;134;;MFS transporter;* comp;979535..979609;;ggc;+;23;;23;;;;;* comp;979633..979707;;ggc;4 ggc;45;;45;;;;;* comp;979753..979827;;ggc;;29;;29;;;;;* comp;979857..979931;;ggc;;206;206;;;;;;* ;980138..981679;;cds;;;;;;514;;murein biosynthesis integral membrane protein MurJ;* ;;;;;;;;;;;;* ;997575..997898;;cds;;95;95;;;108;;DUF1476 domain-containing protein;* comp;997994..998067;;cag;+;54;;54;;;;;* comp;998122..998195;;cag;2 cag;168;168;;;;;;* ;998364..999509;;cds;;;;;;382;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1050081..1051028;;cds;;60;60;;;316;;NnrS family protein;* comp;1051089..1051163;;acc;+;16;;16;;;;;* comp;1051180..1051254;;acc;3 acc;18;;18;;;;;* comp;1051273..1051347;;acc;;170;170;;;;;;* comp;1051518..1053305;;cds;;;;;;596;;EAL domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1197836..1199341;;cds;;197;197;;;502;;aldehyde dehydrogenase;* ;1199539..1199623;;cta;;126;126;;;;;;* ;1199750..1201090;;cds;;;;;;447;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1206196..1206501;;cds;;93;93;;;102;;HU family DNA-binding protein;* ;1206595..1206670;;gta;;50;50;;;;;;* ;1206721..1207092;;cds;;;;;;124;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1213113..1214459;;cds;;210;210;;;449;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit;* comp;1214670..1214874;;16s°;;600;*600;;;203;;;* comp;1215475..1216716;;cds;;;;;;414;;polyphosphate kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1349719..1350132;;cds;;109;109;;;138;;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha;* comp;1350242..1350608;;23s°;;212;;;;365;;;* comp;1350821..1350897;;atc;;115;;;;;;;* comp;1351013..1351438;;16s°;;23;23;;;424;;;* < comp;1351462..1352160;;cds;;;;;;233;;p-tetratricopeptide repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1359745..1360302;;cds;;176;176;;;186;;hp;* ;1360479..1360555;;gac;+;37;;37;;;;;* ;1360593..1360669;;gac;2 gac;274;274;;;;;;* ;1360944..1361204;;cds;;;;;;87;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1416615..1417769;;cds;;214;214;;;385;;glycosyltransferase family 61 protein;* ;1417984..1418074;;tcc;;154;154;;;;;;* comp;1418229..1419095;;cds;;;;;;289;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1472421..1473403;;cds;;250;250;;;328;;biotin synthase BioB;* comp;1473654..1473740;;ttg;;77;77;;;;;;* comp;1473818..1474678;;cds;;;;;;287;;homocysteine S-methyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1735298..1736380;;cds;;209;209;;;361;;DUF262 domain-containing protein;* ;1736590..1736859;;23s°;;72;;;;268;;;* ;1736932..1737046;;5s;;52;;;;113;;;* ;1737099..1737175;;atgf;;93;93;;;;;;* comp;1737269..1737694;;cds;;;;;;142;;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1812365..1813924;;cds;;894;*894;;;520;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;1814819..1815040;;16s°;;-7;*-7;;;222;;;* <comp;1815034..1815837;;cds;;80;80;;;268;;p-elongation factor Tu;* comp;1815918..1815991;;gga;;34;;34;;;;;* comp;1816026..1816111;;tac;;144;144;;;;;;* ;1816256..1817143;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1833109..1833603;;cds;;83;83;;;165;;MBL fold metallo-hydrolase;* comp;1833687..1833762;;aag;+;24;;24;;;;;* comp;1833787..1833862;;aag;2 aag;198;198;;;;;;* comp;1834061..1835224;;cds;;;;;;388;;rod shape-determining protein RodA;* ;;;;;;;;;;;;* >;1941413..1943059;;cds;;-30;*-30;;;549;;p-recombinase family protein;* comp;1943030..1943121;;agc;;160;160;;;;;;* comp;1943282..1944133;;cds;;;;;;284;;FAD-dependent thymidylate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2087696..2090938;;cds;;705;*705;;;1081;;PAS domain-containing protein;* ;2091644..2091826;;16s°;;7;7;;;181;;;* ;2091834..2092247;;cds;;;;;;138;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2095044..2095490;;cds;;48;48;;;149;;hp;* comp;2095539..2095733;;16s°;;614;*614;;;193;;;* comp;2096348..2097337;;cds;;;;;;330;;trypsin-like serine protease;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2113248..2114603;;cds;;219;219;;;452;;hp;* comp;2114823..2114899;;aga;;55;55;;;;;;* comp;2114955..2115251;;cds;;71;71;;;99;;ETC complex I subunit;* comp;2115323..2115399;;cca;;261;261;;;;;;* comp;2115661..2115960;;cds;;;;;;100;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2144042..2146288;;cds;;308;308;;;749;;HAMP domain-containing protein;* ;2146597..2147256;;23s°;;72;;;;658;;;* ;2147329..2147443;;5s;;52;;;;113;;;* ;2147496..2147572;;atgf;;645;*645;;;;;;* comp;2148218..2148664;;cds;;;;;;149;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2268003..2268461;;cds;;87;87;;;153;;23S rRNA (pseudouridine(1915)-N(3))-methyltransferase RlmH;* comp;2268549..2268625;;ccg;+;165;;*165;;;;;* comp;2268791..2268867;;ccg;2 ccg;56;56;;;;;;* comp;2268924..2269910;;cds;;;;;;329;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2321621..2322145;;cds;;332;332;;;175;;hp;* ;2322478..2322554;;ccc;;225;225;;;;;;* ;2322780..2322974;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2393295..2396009;;cds;@3;1003;*1003;;;905;;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3;* ;2397013..2397919;;16s°;;2;2;;;905;;;* ;2397922..2400888;;cds;;;;;;989;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2517845..2520559;;cds;;229;229;;;905;;phosphoenolpyruvate carboxylase;* comp;2520789..2520903;;5s;;72;;;;113;;;* comp;2520976..2521339;;23s°;;189;189;;;362;;;* comp;2521529..2522152;;cds;;;;;;208;;3-isopropylmalate dehydratase small subunit;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2596508..2596738;;cds;;989;989;;;77;;motility twitching protein PilT;* comp;2597728..2597815;;tca;;194;194;;;;;;* ;2598010..2599204;;cds;;;;;;398;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2621435..2622058;;cds;;106;106;;;208;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* comp;2622165..2622251;;ctc;;202;202;;;;;;* ;2622454..2623107;;cds;;;;;;218;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;2631201..2631554;;cds;;192;192;;;118;;hp;* ;2631747..2631822;;gcc;+;70;;70;;;;;* ;2631893..2631968;;gcc;4 gcc;69;;69;;;;;* ;2632038..2632113;;gcc;;57;;57;;;;;* ;2632171..2632246;;gcc;;166;166;;;;;;* <;2632413..2632965;;cds;;-41;*-41;;;184;;p-IS256 family transposase;* ;2632925..2633473;;cds;;30;30;;;183;;hp;* comp;2633504..2633579;;aca;;93;93;;;;;;* comp;2633673..2634200;;cds;;271;271;;;176;;N-acetyltransferase;* comp;2634472..2634561;;tcg;;155;155;;;;;;* ;2634717..2635742;;cds;;;;;;342;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2655872..2656489;;cds;;182;182;;;206;;YitT family protein;* comp;2656672..2656747;;gag;;141;141;;;;;;* comp;2656889..2657674;;cds;;;;;;262;;MetQ/NlpA family ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2758160..2758312;;cds;;110;110;;;51;;light-harvesting protein;* comp;2758423..2758509;;tta;;94;94;;;;;;* comp;2758604..2759899;;cds;;;;;;432;;bifunctional folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* >;2768823..2769518;;cds;;-12;*-12;;;232;;methyltransferase;* ;2769507..2769776;;23s°;;71;;;;268;;;* ;2769848..2769962;;5s;;118;118;;;113;;;* comp;2770081..2771016;;cds;;;;;;312;;tetratricopeptide repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2792922..2794778;;cds;;129;129;;;619;;glutathione-regulated potassium-efflux system protein KefB;* ;2794908..2794982;;caa;;92;92;;;;;;* comp;2795075..2795686;;cds;;;;;;204;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2862755..2862982;;cds;;123;123;;;76;;hp;* ;2863106..2863182;;cca;;117;;*117;;;;;* ;2863300..2863374;;atgi;;373;;*373;;;;;* ;2863748..2863823;;gca;;157;;*157;;;;;* ;2863981..2864056;;aca;;15;;;;;;;* ;2864072..2864317;;cds;;8;;;;82;;DUF2829 domain-containing protein;* ;2864326..2864401;;aaa;;250;250;;;;;;* >;2864652..2865041;;cds;;;;;;130;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2867066..2868112;;cds;;76;76;;;349;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;2868189..2868264;;aaa;;99;99;;;;;;* comp;2868364..2868870;;cds;;;;;;169;;peptidylprolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2893891..2894430;;cds;;25;25;;;180;;phage portal protein;* ;2894456..2894570;;5s;;51;;;;113;;;* ;2894622..2894698;;atgf;;285;285;;;;;;* ;2894984..2895400;;cds;;;;;;139;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3034652..3035092;;cds;;250;250;;;147;;hp;* comp;3035343..3035418;;aaa;;8;8;;;;;;* comp;3035427..3035986;;cds;;;;;;187;;DUF2829 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3305068..3306534;;cds;;379;*379;;;489;;S8 family serine peptidase;* comp;3306914..3306989;;ttc;+;29;;29;;;;;* comp;3307019..3307094;;ttc;4 ttc;34;;34;;;;;* comp;3307129..3307204;;ttc;;33;;33;;;;;* comp;3307238..3307313;;ttc;;60;60;;;;;;* comp;3307374..3308864;;cds;;;;;;497;;RimK family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3332977..3334356;;cds;;54;54;;;460;;type II secretion system protein;* ;3334411..3334487;;cgg;;176;176;;;;;;* < comp;3334664..3335983;;cds;;;;;;440;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3408217..3409026;;cds;;91;91;;;270;;hp;* comp;3409118..3409232;;5s;;71;;;;113;;;* comp;3409304..3409410;;23s°;;1;*1;;;105;;;* <;3409412..3409711;;cds;;;;;;100;;p-IS5/IS1182 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3456276..3461666;;cds;;387;*387;;;1797;;alpha-2-macroglobulin family protein;* ;3462054..3462130;;agg;;29;29;;;;;;* ;3462160..3462951;;cds;;;;;;264;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3500025..3500675;;cds;;210;210;;;217;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;3500886..3500959;;tgc;+;27;;27;;;;;* ;3500987..3501061;;aac;2 aac;31;;31;;;;;* ;3501093..3501167;;aac;;84;84;;;;;;* comp;3501252..3501659;;cds;;;;;;136;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3639978..3641276;;cds;;172;172;;;433;;outer membrane efflux protein;* ;3641449..3641525;;gcg;+;70;;70;;;;;* ;3641596..3641671;;gcg;3 gcg;33;;33;;;;;* ;3641705..3641780;;gcg;;389;*389;;;;;;* ;3642170..3644392;;cds;;;;;;741;;sigma-54-dependent Fis family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;3651524..3652711;;cds;;55;55;;;396;;aminotransferase;* ;3652767..3652843;;cac;;202;202;;;;;;* <comp;3653046..3653543;;cds;;;;;;166;;arsenical-resistance protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;3710072..3710840;;cds;;126;126;;;256;;TonB family protein;* comp;3710967..3711042;;gaa;+;214;;*214;;;;;* comp;3711257..3711332;;gaa;2 gaa;125;125;;;;;;* comp;3711458..3711664;;cds;;;;;;69;;cold-shock protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3727874..3729085;;cds;;828;*828;;;404;;hp;* ;3729914..3730068;;16s°;;87;87;;;153;;;* ;3730156..3730545;;cds;;;;;;130;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3804728..3805231;;cds;;118;118;;;168;;response regulator;* comp;3805350..3805425;;gag;;241;241;;;;;;* comp;3805667..3806140;;cds;;;;;;158;;transcription elongation factor GreA;* ;;;;;;;;;;;;* ;3813820..3815895;;cds;;138;138;;;692;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;3816034..3816109;;atgi;;94;94;;;;;;* ;3816204..3818993;;cds;;;;;;930;;diguanylate cyclase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3827982..3828878;;cds;;90;90;;;299;;phosphoserine phosphatase SerB;* comp;3828969..3829042;;ggg;@5;292;292;;;;;;* ;3829335..3830670;;cds;;;;;;445;;chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3832305..3833264;;cds;;311;311;;;320;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;3833576..3833662;;ctg;+;47;;47;;;;;* ;3833710..3833796;;ctg;5 ctg;153;;*153;;;;;* ;3833950..3834036;;ctg;;48;;48;;;;;* ;3834085..3834171;;ctg;;47;;47;;;;;* ;3834219..3834305;;ctg;;113;113;;;;;;* ;3834419..3835039;;cds;;;;;;207;;ribonuclease D;* </pre> ====rpm cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_cumuls|rpm cumuls]] <pre> rpm cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300 avec rRNA;opérons;27;1;0;;1;9;1;;100;20;1;0 ;16s°atc23s°;7;20;2;;50;15;40;;200;35;30;0 ;16s°gca23s°;1;40;14;;100;30;80;;300;30;60;3 ;16s°23s°;1;60;7;;150;24;120;;400;23;90;10 ;max a;1;80;3;;200;23;160;;500;14;120;10 ;a doubles;0;100;0;;250;16;200;;600;7;150;14 ;spéciaux;18;120;1;;300;5;240;;700;2;180;13 ;total aas;13;140;0;;350;4;280;;800;3;210;11 sans ;opérons;47;160;2;;400;5;320;;900;0;240;6 ;1 aa;30;180;1;;450;2;360;;1000;4;270;9 ;max a;5;200;0;;500;0;400;;1100;1;300;9 ;a doubles;15;;2;;;14;;;;2;;56 ;total aas;79;;32;0;;147;;0;;141;;141 total aas;;92;;;;;;;;;;; remarques;;5;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;69;;;194;;;;310;; ;;;variance;75;;;197;;;;248;; sans jaune;;;moyenne;39;;;147;;;;252;;170 ;;;variance;16;;;112;;;;134;;71 </pre> ====rpm blocs==== ====rpm blocs protéines==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_protéines|rpm blocs protéines]] <pre> 23s;23s rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB 3-isop;3-isopropylmalate dehydrogenase 3-isop-sub;3-isopropylmalate dehydratase small subunit acetyl;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit cas3;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3 CDP;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase ComF;ComF family protein CRISPR;CRISPR DUF262;DUF262 domain-containing protein FeFe;[FeFe] hydrogenase H-cluster radical SAM maturase HydE glyco;glycosyltransferase HAMP;HAMP domain-containing protein LysM ;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein methyl;methyltransferase NAD;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha p-elon;p-elongation factor Tu p-EscV;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein p-glyco;p-glycosyltransferase P-glyco1;p-glycosyl transferase family 1 p-IS5;p-IS5/IS1182 family transposase p-tetra;p-tetratricopeptide repeat protein p-trans;p-transposase PAS;PAS domain-containing protein peptido;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein phage;phage portal protein phospho;phosphoenolpyruvate carboxylase polypho;polyphosphate kinase respons;response regulator SAM;SAM-dependent chlorinase/fluorinase SEL1;SEL1-like repeat protein tetra;tetratricopeptide repeat protein TraY;TraY domain-containing protein trypsin;trypsin-like serine protease type II;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin VWA;VWA domain-containing protein winged ;winged helix-turn-helix domain-containing protein </pre> ====rpm blocs construits==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_construits|rpm blocs construits]] *Notes: J'ai gardé les symboles de coloration. Il suffit de les rechercher et les remplacer et sans désélectionner colorer comme suite: *: - '''*''' jaune, ffff00 *: - '''$''' orange, ff6600 *: - '''?''' cyan, 66ffff *: - '''§''' vert, 99ff33 *: - '''&''' bleu, 00ccff *: - '''(''' gris, dddddd *: - enlever le '''gras''', et <u>surligne</u>. <pre> rpm blocs;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;9 blocs 16s° solitaires, 6 blocs atc gca;;;;;;;;;;9 blocs 23s°5s, 3 blocs complets;;;;;; sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait;;sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait ;21325..22362;;cds;586;346;hp;1493;;;comp;13874..15127;;cds;-7;418;hp;1505; ;22949..23237;;*16s°;85;§287;;;;;comp;13628..13880;;*23s°;?72;§251;;; comp;23323..23490;;cds;;56;hp;;b3;;comp;13441..13555;;$5s;242;§113;;; ;;;;;;;;;;comp <;12458..13198;;cds;;247;p-trans;;b5 <;45496..45768;;cds;553;91;p-glyco1;1383;;;;;;;;;;; ;46322..47040;;*16s°;0;§717;;;;;comp;691078..691773;;cds;4;232;ComF;814; comp;47041..47433;;cds;;131;winged ;;b4;;;691778..691897;;*23s°;?72;§118;;; 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ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;atgj2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;cag2;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;;ccg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;;gac;;ggc;;cgt3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;ctg5;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;3;aga;1;gaa2;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;gac2;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;gcc4;gta;;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;gcg3;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc4;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;gtg2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;2;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;2;ggg;1;ttc4;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;3;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;gca >1 16s;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rpm;;30;;;;;30;;rpm;7;;;;;;7;;rpm;42;;;;;;42;;rpm;;;;5;;;5 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;5 1-3aas;;; </pre> ====rpm données intercalaires==== autres intercalaires aas *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_données_intercalaires|rpm données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;rpm;fx;fc;rpm;fx40;fc40;rpm;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;4;9;0;4;16;-1;0;65;418;38; CDS 16s;;;tRNA tRNA;; ;2;10;14;213;1;2;30;-2;3;1;116;367;néant;;;24;;atgj ;1;20;6;171;2;1;36;-3;0;0;199;92;5s CDS;;;**;;atgj ;1;30;8;116;3;2;23;-4;7;338;142;155;173;114;;25;;gtg 1;0;40;27;74;4;2;31;-5;0;0;196;648;250;161;;**;;gtg ;1;50;95;61;5;2;22;-6;0;0;125;195;229;118;;35;;cgt 2;4;60;78;63;6;1;8;-7;0;3;110;144;25;91;;44;;cgt ;0;70;47;80;7;0;11;-8;1;40;106;93;23s 5s;;;**;;cgt 2;3;80;30;75;8;2;18;-9;1;0;350;449;68;;;23;;ggc 2;4;90;21;68;9;0;20;-10;0;6;88;206;16s tRNA;;;45;;ggc 5;4;100;27;59;10;2;14;-11;0;18;81;95;116;;atc;29;;ggc 1;3;110;24;54;11;0;18;-12;0;0;176;168;tRNA 23s;;;**;;ggc ;3;120;25;53;12;1;29;-13;1;8;138;60;240;;atc;54;;cag 1;5;130;18;63;13;0;19;-14;1;20;170;154;243;;atc;**;;cag ;2;140;25;50;14;2;16;-15;0;0;197;93;5s tRNA;;;16;;acc 1;3;150;21;57;15;1;22;-16;0;2;126;195;51;;atgf;18;;acc 3;1;160;16;56;16;0;21;-17;0;10;93;645;51;;atgf;**;;acc 1;2;170;16;42;17;1;16;-18;3;0;50;87;52;;atgf;37;;gac 1;3;180;18;38;18;1;12;-19;1;3;176;74;52;;atgf;**;;gac 1;1;190;16;37;19;0;13;-20;1;5;274;194;51;;atgf;34;;gga 3;5;200;19;32;20;0;5;-21;0;0;214;205;;;;**;;tac 3;0;210;19;37;21;1;17;-22;0;1;250;538;;;;24;;aag ;3;220;8;25;22;0;13;-23;0;5;77;155;;;;**;;aag ;1;230;21;27;23;1;11;-24;0;0;80;110;;;;165;;ccg ;0;240;12;29;24;1;13;-25;0;1;83;92;;;;**;;ccg ;4;250;13;36;25;1;11;-26;3;5;198;76;;;;70;;gcc ;0;260;17;12;26;0;9;-27;0;0;141;54;;;;69;;gcc ;1;270;15;16;27;0;8;-28;0;2;160;176;;;;57;;gcc ;2;280;26;10;28;1;14;-29;2;5;219;387;;;;**;;gcc ;1;290;14;13;29;1;12;-30;0;0;55;210;;;;117;;cca 1;0;300;13;11;30;2;8;-31;0;5;71;84;;;;373;;atgi ;0;310;15;12;31;0;7;-32;0;2;261;184;;;;157;;gca 1;0;320;9;9;32;2;10;-33;0;0;56;126;;;;**;;aca ;0;330;8;12;33;1;12;-34;0;3;225;292;;;;29;;ttc ;0;340;8;8;34;5;4;-35;0;1;989;311;;;;34;;ttc ;1;350;9;8;35;0;4;-36;0;0;106;;;;;33;;ttc ;0;360;6;8;36;3;9;-37;0;2;192;;;;;**;;ttc 1;0;370;8;9;37;3;10;-38;0;5;166;;;;;27;;tgc ;1;380;4;5;38;5;5;-39;0;0;93;;;;;31;;aac 1;1;390;6;8;39;4;6;-40;0;1;271;;;;;**;;aac ;0;400;13;4;40;4;7;-41;0;2;182;;;;;70;;gcg 4;2;reste;99;76;reste;847;1263;-42;1;0;141;;;;;33;;gcg 35;65;total;898;1846;total;906;1853;-43;0;4;94;;;;;**;;gcg 31;63;diagr;795;1761;diagr;55;574;-44;1;2;129;;;;;214;;gaa 0;4; t30;28;500;;;;-45;0;0;123;;;;;**;;gaa ;;;;;;;;-46;0;0;15;;;;;47;;ctg ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;2;8;;;;;153;;ctg ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;250;;;;;48;;ctg ;x;902;46;4;952;;;-49;2;2;99;;;;;47;;ctg ;c;1837;603;9;2449;;;-50;0;2;285;;;;;**;;ctg ;;;;;3401;244;;reste;16;32;250;;;;;;; ;;;;;;3645;;total;46;603;8;;;;;;; ;;;;;;;;;;;379;;;;;;; ;;;;;;;;;;;60;;;;;;; ;;;;;;;;;;;29;;;;;;; ;;;;;;;;;;;172;;;;;;; ;;;;;;;;;;;389;;;;;;; ;;;;;;;;;;;55;;;;;;; ;;;;;;;;;;;125;;;;;;; ;;;;;;;;;;;118;;;;;;; ;;;;;;;;;;;241;;;;;;; ;;;;;;;;;;;138;;;;;;; ;;;;;;;;;;;220;;;;;;; ;;;;;;;;;;;90;;;;;;; ;;;;;;;;;;;113;;;;;;; </pre> =====rpm autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_autres_intercalaires_aas|rpm autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;rpm;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas deb;comp;CDS;3322;4086;198; ;comp;misc_f;4285;4778;239; ;comp;tRNA;5018;5093;199;gca ;comp;misc_f;5293;5425;62; ;comp;misc_f;5488;5583;7; fin;;CDS;5591;6664;; deb;comp;CDS;12473;13267;173; ;comp;rRNA;13441;13555;82;115 ;comp;misc_f;13638;13881;-8; fin;comp;CDS;13874;15127;; deb;;CDS;21325;22362;656; ;;misc_f;23019;23290;32; fin;comp;CDS;23323;23490;; deb;comp;CDS;24015;24287;250; ;comp;rRNA;24538;24652;68;115 ;comp;rRNA;24721;27462;240;2742 ;comp;tRNA;27703;27779;129;atc ;comp;misc_f;27909;28041;5; ;comp;misc_f;28047;28494;-14; fin;;CDS;28481;29194;; deb;comp;CDS;32782;33759;290; ;;misc_f;34050;34145;62; ;;misc_f;34208;34340;129; ;;tRNA;34470;34546;259;atc ;;misc_f;34806;35299;7; ;comp;misc_f;35307;35750;69; ;comp;rRNA;35820;38561;243;2742 ;comp;tRNA;38805;38881;116;atc ;comp;rRNA;38998;40479;268;1482 ;;misc_f;40748;45159;-2406; ;;misc_f;42754;42886;129; ;;tRNA;43016;43092;256;atc ;;misc_f;43349;43842;7; ;;misc_f;43850;44142;601; fin;;CDS;44744;45121;; deb;;CDS;45496;45768;576; ;;misc_f;46345;47084;10; fin;comp;CDS;47095;47433;; deb;comp;CDS;49761;51017;418; ;comp;tRNA;51436;51512;129;atc ;comp;misc_f;51642;51774;62; ;comp;misc_f;51837;51932;84; ;;misc_f;52017;52217;76; ;;misc_f;52294;52918;69; fin;;CDS;52988;53464;; deb;;CDS;53428;53694;87; ;comp;misc_f;53782;53921;72; ;comp;misc_f;53994;54619;90; ;;misc_f;54710;54881;129; ;;tRNA;55011;55087;289;atc ;;misc_f;55377;55746;433; fin;;CDS;56180;56440;; deb;comp;CDS;82891;83088;116; ;comp;tRNA;83205;83280;199;tgg fin;comp;CDS;83480;84178;; deb;;CDS;417242;417412;142; ;;tRNA;417555;417631;24;atgj ;;tRNA;417656;417732;38;atgj fin;comp;CDS;417771;418820;; deb;;CDS;434306;435142;672; ;;misc_f;435815;436065;82; ;;rRNA;436148;436262;51;115 ;;tRNA;436314;436390;196;atgf fin;;CDS;436587;436883;; deb;comp;CDS;467261;468367;193; ;;misc_f;468561;468657;82; ;;rRNA;468740;468854;51;115 ;;tRNA;468906;468982;125;atgf fin;;CDS;469108;469863;; deb;comp;CDS;534521;536161;367; ;;tRNA;536529;536603;92;acg fin;comp;CDS;536696;537778;; deb;;CDS;619174;620157;82; ;;regulatory;620240;620316;45; fin;;CDS;620362;621558;; deb;comp;CDS;658467;658931;110; ;comp;tRNA;659042;659116;155;gtc deb;;CDS;659272;660159;106; ;;tRNA;660266;660340;648;gtc fin;comp;CDS;660989;661800;; deb;comp;CDS;684188;685114;350; ;comp;tRNA;685465;685539;25;gtg ;comp;tRNA;685565;685639;195;gtg fin;;CDS;685835;686251;; deb;comp;CDS;691078;691803;-14; ;;misc_f;691790;691887;82; ;;rRNA;691970;692084;114;115 fin;comp;CDS;692199;694505;; deb;;CDS;750262;751398;161; ;comp;rRNA;751560;751674;82;115 ;comp;misc_f;751757;752004;598; ;;repeat_region;752603;752814;388; fin;;CDS;753203;753760;; deb;comp;CDS;839402;839962;163; ;comp;misc_f;840126;840415;631; fin;comp;CDS;841047;844388;; deb;;CDS;874585;875391;88; ;;tRNA;875480;875556;81;cac fin;;CDS;875638;876117;; deb;;CDS;885688;886299;176; 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gtt;0.52;gct;0;gat;0;ggt;0.52 ttc;179;tcc;155;tac;231;tgc;116 atc;290;acc;158;aac;317;agc;108 ctc;104;ccc;87;cac;118;cgt;303 gtc;176;gcc;170;gac;295;ggc;358 tta;122;tca;143;taa;1.03;tga;66 ata;0.86;aca;143;aaa;384;aga;154 cta;131;cca;144;caa;193;cga;13.4 gta;327;gca;288;gaa;330;gga;116 ttg;105;tcg;85;tag;2.76;tgg;115 atg;604;acg;73;aag;24.3;agg;112 ctg;256;ccg;63;cag;104;cgg;102 gtg;8.4;gcg;7.1;gag;7.8;ggg;74 </pre> ===rru=== ====rru opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_rubr_ATCC_11170/rhodRubr_ATCC11170-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007643.1;rru;;genome;3.8.16;;;;;;;; 64.97%GC;26.12.19 Paris;16s 4 ;55 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rhodospirillum rubrum ATCC 11170;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; comp;16232..16852;;cds;;163;163;;;207;;3'-5' exonuclease;* comp;17016..17102;;ctg;;253;253;;;;;;* ;17356..18378;;cds;;;;;;341;;3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;117072..117287;;cds;;37;37;;;72;;slyX;* comp;117325..117401;;agg;;341;341;;;;;;* ;117743..123022;;cds;;;;;;*1760;;alpha-2-macroglobulin-like protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;149921..151015;;cds;;225;225;;;365;;hp;* ;151241..151317;;cgg;;136;136;;;;;;* comp;151454..152929;;cds;;;;;;492;;chemotaxis sensory transducer protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;189941..191668;;cds;;859;*859;;;576;;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;* ;192528..194004;;16s;;184;;;;1477;;;* ;194189..194265;;atc;;66;;;66;;;;* ;194332..194407;;gca;;362;;;;;;;* ;194770..197527;;23s;;119;;;;2758;;;* ;197647..197761;;5s;;96;;;;115;;;* ;197858..197934;;atgf;;287;287;;;;;;* comp;198222..198455;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;305449..306648;;cds;;257;257;;;400;;Ppx/GppA phosphatase;* ;306906..306979;;cag;;319;319;;;;;;* comp;307299..308303;;cds;;;;;;335;;LacI family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;322896..323807;;cds;;292;292;;;304;;hp;* comp;324100..324174;;caa;;98;98;;;;;;* comp;324273..325601;;cds;;;;;;443;;chemotaxis sensory transducer protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;362552..362881;;cds;;224;224;;;110;;hp;* ;363106..363181;;gcc;+;202;;202;;;;;* ;363384..363459;;gcc;2 gcc;43;43;;;;;;* comp;363503..364531;;cds;;;;;;343;;esterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;407067..407606;;cds;;92;92;;;180;;YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;407699..407790;;agc;;141;141;;;;;;* ;407932..408774;;cds;;;;;;281;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;466945..467925;;cds;;115;115;;;327;;hp;* comp;468041..468126;;tta;;83;83;;;;;;* comp;468210..468458;;cds;;;;;;83;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;559038..559610;;cds;;86;86;;;191;;OsmC-like protein;* ;559697..559772;;aag;;140;140;;;;;;* ;559913..560608;;cds;;;;;;232;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;794877..795188;;cds;;-81;*-81;;;104;;hp;* comp;795108..795188;;Sig-pep;;217;217;;;27;;hp;* ;795406..795496;;tcc;;44;44;;;;;;* ;795541..795846;;cds;;;;;;102;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;908584..910185;;cds;;-102;*-102;;;534;;peptidase M23B;* comp;910084..910185;;Sig-pep;@1;1212;*1212;;;34;;hp;* ;911398..912874;;16s;;182;;;;1477;;;* ;913057..913133;;atc;;66;;;66;;;;* ;913200..913275;;gca;;361;;;;;;;* ;913637..916394;;23s;;118;;;;2758;;;* ;916513..916627;;5s;;95;;;;115;;;* ;916723..916799;;atgf;;573;*573;;;;;;* ;917373..921860;;cds;;;;;;*1496;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1159249..1160091;;cds;;71;71;;;281;;Linocin_M18 bacteriocin protein;* ;1160163..1160238;;gag;;117;117;;;;;;* ;1160356..1160613;;cds;;;;;;86;;prevent-host-death protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1464820..1465122;;cds;;283;283;;;101;;50S ribosomal protein L21;* ;1465406..1465495;;tcg;;139;139;;;;;;* comp;1465635..1466303;;cds;;;;;;223;;cytochrome B561;* ;;;;;;;;;;;;* ;1791953..1792159;;cds;;116;116;;;69;;hp;* comp;1792276..1792351;;gaa;;131;131;;;;;;* comp;1792483..1792689;;cds;;;;;;69;;cold-shock DNA-binding protein family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1824302..1825738;;cds;;98;98;;;479;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;1825837..1825921;;cta;;102;102;;;;;;* ;1826024..1827415;;cds;;;;;;464;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1833133..1833408;;cds;;284;284;;;92;;histone-like DNA-binding protein;* ;1833693..1833768;;gta;;70;70;;;;;;* comp;1833839..1835326;;cds;;;;;;496;;methyl-accepting chemotaxis sensory transducer;* ;;;;;;;;;;;;* ;1933506..1934138;;cds;;-633;*-633;;;211;;hp;* ;1933506..1933652;;Sig-pep;;571;*571;;;49;;hp;* ;1934224..1934300;;cca;;63;63;;;;;;* ;1934364..1934663;;cds;;12;12;;;100;;ETC complex I subunit region;* ;1934676..1934752;;aga;;396;*396;;;;;;* ;1935149..1939624;;cds;;;;;;*1492;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1959133..1959858;;cds;;175;175;;;242;;MerR family transcriptional regulator;* ;1960034..1960110;;ccc;@2;1062;*1062;;;;;;* ;1961173..1961367;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1996760..1998124;;cds;;-120;*-120;;;455;;lytic murein transglycosylase;* comp;1998005..1998124;;Sig-pep;;119;119;;;40;;hp;* ;1998244..1998333;;tca;;927;*927;;;;;;* comp;1999261..1999929;;cds;;;;;;223;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2032027..2032863;;cds;;123;123;;;279;;phage integrase;* comp;2032987..2033062;;aaa;;186;186;;;;;;* comp;2033249..2033755;;cds;;;;;;169;;peptidyl-prolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2093327..2093977;;cds;;295;295;;;217;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;* ;2094273..2094346;;tgc;;81;;81;;;;;* ;2094428..2094502;;aac;;150;150;;;;;;* ;2094653..2094916;;cds;;;;;;88;;prevent-host-death protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2304404..2305834;;cds;;89;89;;;477;;divalent cation transporter;* comp;2305924..2306010;;ctc;;178;178;;;;;;* ;2306189..2306839;;cds;;;;;;217;;lipoate-protein ligase B;* ;;;;;;;;;;;;* ;2331183..2331521;;cds;;73;73;;;113;;hp;* ;2331595..2331671;;atgj;;126;126;;;;;;* comp;2331798..2332040;;cds;;;;;;81;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2411337..2411804;;cds;;-72;*-72;;;156;;CreA;* comp;2411733..2411804;;Sig-pep;;202;202;;;24;;hp;* comp;2412007..2412083;;cac;;75;75;;;;;;* comp;2412159..2413343;;cds;;;;;;395;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2729598..2731271;;cds;;449;*449;;;558;;macrocin-O-methyltransferase;* comp;2731721..2731797;;atgf;;95;;;;;;;* comp;2731893..2732007;;5s;;119;;;115;;;;* comp;2732127..2734884;;23s;;362;;;2758;;;;* comp;2735247..2735322;;gca;;66;;;66;;;;* comp;2735389..2735465;;atc;;184;;;;;;;* comp;2735650..2737126;;16s;;606;*606;;1477;;;;* comp;2737733..2738110;;cds;;;;;;126;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2959802..2961874;;cds;;354;*354;;;*691;;chemotaxis sensory transducer protein;* comp;2962229..2962303;;gtc;;123;123;;;;;;* ;2962427..2963359;;cds;;;;;;311;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3124836..3125033;;cds;;151;151;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;3125185..3125260;;tgg;;343;343;;;;;;* comp;3125604..3126794;;cds;;93;93;;;397;;elongation factor Tu;* comp;3126888..3126961;;gga;;27;;27;;;;;* comp;3126989..3127074;;tac;;37;37;;;;;;* ;3127112..3128158;;cds;;57;57;;;349;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;3128216..3128291;;aca;;127;127;;;;;;* ;3128419..3128652;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3193350..3194507;;cds;;430;*430;;;386;;acyltransferase;* comp;3194938..3195013;;ttc;;103;103;;;;;;* comp;3195117..3195635;;cds;;;;;;173;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3320745..3322115;;cds;;-1371;*-1371;;;457;;virulence protein;* ;3320745..3320816;;Sig-pep;;1389;*1389;;;24;;hp;* comp;3322206..3322281;;atgi;;60;60;;;;;;* comp;3322342..3324432;;cds;;;;;;*697;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3377932..3378114;;cds;;140;140;;;61;;hp;* ;3378255..3378329;;acc;+;165;;165;;;;;* ;3378495..3378569;;acc;2 acc;237;237;;;;;;* ;3378807..3379370;;cds;;234;234;;;188;;hp;* ;3379605..3379681;;gac;;77;77;;;;;;* comp;3379759..3380517;;cds;;;;;;253;;diguanylate phosphodiesterase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3399207..3399494;;cds;;262;262;;;96;;hp;* comp;3399757..3399833;;ccg;;56;56;;;;;;* comp;3399890..3400972;;cds;;;;;;361;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3490378..3491148;;cds;;84;84;;;257;;2-phosphoglycolate phosphatase;* ;3491233..3491307;;gtg;;407;*407;;;;;;* ;3491715..3492080;;cds;;;;;;122;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3719367..3719753;;cds;;163;163;;;129;;hp;* comp;3719917..3719990;;ggg;;95;95;;;;;;* comp;3720086..3720859;;cds;;;;;;258;;enoyl-ACP reductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3805869..3806813;;cds;;130;130;;;315;;inner-membrane translocator;* comp;3806944..3807058;;5s;;116;;;;115;;;* comp;3807175..3809932;;23s;;362;;;;2758;;;* comp;3810295..3810370;;gca;;66;;;66;;;;* comp;3810437..3810513;;atc;;184;;;;;;;* comp;3810698..3812174;;16s;;1227;*1227;;;1477;;;* ;3813402..3814118;;cds;;;;;;239;;transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3824154..3825854;;cds;;76;76;;;567;;phage integrase;* comp;3825931..3826007;;cgt;;387;*387;;;;;;* ;3826395..3827531;;cds;;;;;;379;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4021982..4023163;;cds;;27;27;;;394;;diguanylate phosphodiesterase;* comp;4023191..4023277;;ttg;;224;224;;;;;;* ;4023502..4023855;;cds;;;;;;118;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4058818..4059117;;cds;;187;187;;;100;;hp;* ;4059305..4059380;;gcg;;179;179;;;;;;* comp;4059560..4060126;;cds;;;;;;189;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4105626..4107317;;cds;;-114;*-114;;;564;;chemotaxis sensory transducer;* comp;4107204..4107317;;Sig-pep;;721;*721;;;38;;hp;* comp;4108039..4108113;;acg;;148;148;;;;;;* ;4108262..4108843;;cds;;;;;;194;;D-alpha,beta-D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4261100..4262038;;cds;;269;269;;;313;;thioredoxin-like protein;* ;4262308..4262382;;ggc;;118;118;;;;;;* ;4262501..4263136;;cds;;;;;;212;;lysine exporter protein LysE/YggA;* </pre> ====rru cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_cumuls|rru cumuls]] <pre> rru cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300 avec rRNA;opérons;4;1;;;1;7;1;;100;23;1;0 ;16atcgca235;1;20;;;50;6;40;;200;17;30;3 ;Id-atgf;3;40;1;;100;19;80;;300;16;60;4 ;-;;60;;;150;20;120;;400;17;90;12 ;max a;3;80;;4;200;8;160;;500;8;120;10 ;a doubles;0;100;1;;250;7;200;;600;5;150;3 ;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;2;180;4 ;total aas;11;140;;;350;3;280;;800;0;210;5 sans ;opérons;40;160;;;400;3;320;;900;0;240;8 ;1 aa;36;180;1;;450;3;360;;1000;0;270;4 ;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;300;3 ;a doubles;2;;1;;;10;;;;3;;35 ;total aas;44;;4;4;;95;;0;;91;;91 total aas;;55;;;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;119;66;;208;;;;292;; ;;;variance;79;0;;333;;;;187;; sans jaune;;;moyenne;;;;148;;;;237;;140 ;;;variance;;;;83;;;;132;;69 </pre> ====rru blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_blocs|rru blocs]] <pre> rru blocs;;;;;;; cds;859;576;sulfate;cds;606;126;hp 16s;184;1477;;16s;184;1477; atc;66;;;atc;66;; gca;362;;;gca;362;; 23s;119;2758;;23s;119;2758; 5s;96;115;;5s;95;115; atgf;287;;;atgf;449;; cds;;78;hp;cds;;558;macrocin ;;;;;;; cds;-102;534;peptidase;;;; Sig-pep;1212;34;hp;cds;1227;239;transposase 16s;182;1477;;16s;184;1477; atc;66;;;atc;66;; gca;361;;;gca;362;; 23s;118;2758;;23s;116;2758; 5s;95;115;;5s;130;115; atgf;573;;;cds;;315;inner cds;;1496;hp;;;; ;;;;;;; sulfate;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;;;;;; inner;inner-membrane translocator;;;;;; macrocin;macrocin-O-methyltransferase;;;;;; peptidase;peptidase M23B;;;;;; </pre> ====rru distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_distribution|rru distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rru;;36;;;;;36;;rru;4;;;;;;4;;rru;4;;;;;;4;;rru;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====rru données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_données_intercalaires|rru données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;rru;fx;fc;rru;fx40;fc40;rru;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;81;163;253;CDS 16s ;; ;0;10;47;242;1;4;21;-2;1;0;406;37;841;1193; ;1;20;50;189;2;3;31;-3;0;0;98;299;972;999; 1;0;30;51;116;3;3;38;-4;27;394;224;147;5s CDS;; 1;0;40;27;83;4;4;43;-5;0;0;92;136;;130; 1;0;50;23;99;5;4;29;-6;2;0;141;287;23s 5s;; ;3;60;34;100;6;2;18;-7;0;5;83;257;2* 119;; 1;1;70;31;82;7;5;11;-8;0;42;170;319;118;; 1;3;80;24;87;8;5;22;-9;0;0;86;43;116;; 1;5;90;29;93;9;6;14;-10;3;6;738;115;16s tRNA;;atc ;5;100;30;96;10;11;15;-11;4;22;71;239;180;; ;2;110;38;64;11;7;34;-12;0;0;117;217;178;; 2;2;120;27;67;12;7;30;-13;0;4;131;283;180;; 2;1;130;30;59;13;2;26;-14;2;11;98;139;180;; 3;1;140;25;67;14;2;26;-15;1;0;150;116;tRNA 23s;;gca 2;3;150;28;55;15;8;13;-16;1;2;284;70;347;; ;1;160;27;60;16;3;13;-17;3;11;85;164;346;; 2;3;170;28;64;17;9;16;-18;0;0;63;261;347;; 3;1;180;16;46;18;7;9;-19;1;4;12;123;347;; 1;1;190;32;36;19;3;10;-20;4;3;396;295;5s tRNA;; ;0;200;23;43;20;2;12;-21;1;0;175;178;96;;atgf ;1;210;18;27;21;8;5;-22;1;0;215;126;95;;atgf 1;1;220;21;35;22;8;12;-23;1;1;186;449;95;;atgf 1;1;230;15;32;23;4;11;-24;0;0;150;171;tRNA tRNA;;intra 1;2;240;15;24;24;7;10;-25;1;1;89;166;4*66;;atc gca ;0;250;16;23;25;5;16;-26;2;2;73;90;tRNA tRNA;; 2;0;260;16;27;26;2;8;-27;1;0;202;140;202;;gcc 2;1;270;18;15;27;5;13;-28;0;0;75;77;**;;gcc ;0;280;13;20;28;4;16;-29;1;2;354;387;81;;tgc 2;1;290;17;14;29;3;14;-30;0;0;151;27;**;;aac 2;0;300;17;12;30;5;11;-31;0;2;343;224;27;;gga ;0;310;15;18;31;1;9;-32;0;1;93;187;**;;tac 1;0;320;14;8;32;4;10;-33;0;0;57;179;165;;acc ;0;330;9;6;33;3;7;-34;0;1;127;148;**;;acc ;0;340;7;12;34;2;11;-35;1;0;430;269;;; ;1;350;10;7;35;3;4;-36;0;0;103;;;; ;1;360;11;3;36;3;7;-37;0;0;60;;;; ;0;370;10;10;37;3;10;-38;1;0;237;;;; ;0;380;3;6;38;5;6;-39;0;0;234;;;; 1;0;390;4;5;39;1;9;-40;2;0;262;;;; ;1;400;5;4;40;2;10;-41;1;2;56;;;; 1;5;reste;88;72;reste;787;1498;-42;0;0;84;;;; 35;48;total;963;2140;total;963;2140;-43;0;1;407;;;; 34;43;diagr;874;2056;diagr;175;630;-44;0;0;163;;;; 1;1; t30;148;547;;;;-45;1;0;95;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;103;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;721;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;118;;;; ;x;962;74;1;1037;;;-49;1;0;;;;; ;c;2128;609;12;2749;;;-50;1;0;;;;; ;;;;;3786;160;;reste;9;11;;;;; ;;;;;;3946;;total;74;609;;;;; </pre> =====rru autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_autres_intercalaires_aas|rru autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;rru;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;16232;163;comp; ;tRNA;17016;253;comp;ctg fin;CDS;17356;;; deb;CDS;117072;37;; ;tRNA;117325;299;comp;agg fin;CDS;117701;;; deb;CDS;149921;147;comp; ;tRNA;151241;136;;cgg fin;CDS;151454;;comp; deb;CDS;189941;841;; 16s;rRNA;192510;180;;1477 ;tRNA;194189;66;;atc ;tRNA;194332;347;;gca 23s;rRNA;194755;119;;2758 5s;rRNA;197647;96;;115 ;tRNA;197858;287;;atgf deb;CDS;198222;222;comp; ;repeat_region;198678;145;; fin;CDS;200012;;comp; deb;CDS;211593;261;comp; ;repeat_region;213597;128;; fin;CDS;214303;;comp; deb;CDS;305449;257;comp; ;tRNA;306906;319;;cag fin;CDS;307299;;comp; deb;CDS;322896;406;comp; ;tRNA;324100;98;comp;caa fin;CDS;324273;;comp; deb;CDS;362552;224;; ;tRNA;363106;202;;gcc ;tRNA;363384;43;;gcc fin;CDS;363503;;comp; deb;CDS;407067;92;; ;tRNA;407699;141;;agc fin;CDS;407932;;; deb;CDS;419952;57;; ;repeat_region;420333;228;; fin;CDS;423032;;comp; deb;CDS;466945;115;; ;tRNA;468041;83;comp;tta fin;CDS;468210;;comp; deb;CDS;529650;67;; ;repeat_region;530056;180;; fin;CDS;530734;;comp; deb;CDS;536858;111;comp; ;regulatory;537266;38;; fin;CDS;537511;;; deb;CDS;559038;239;comp; ;tRNA;559697;170;;aag fin;CDS;559943;;; deb;CDS;571949;20;; ;regulatory;572902;194;; fin;CDS;573329;;; deb;CDS;794877;217;comp; ;tRNA;795406;86;;tcc fin;CDS;795583;;; deb;CDS;908584;1193;comp; 16s;rRNA;911379;178;;1477 ;tRNA;913057;66;;atc ;tRNA;913200;346;;gca 23s;rRNA;913622;118;;2758 5s;rRNA;916513;95;;115 ;tRNA;916723;738;;atgf fin;CDS;917538;;; deb;CDS;988887;204;; ;repeat_region;989382;533;; fin;CDS;992381;;comp; deb;CDS;1144656;314;comp; ;ncRNA;1145438;15;comp; fin;CDS;1145882;;comp; deb;CDS;1159249;71;; ;tRNA;1160163;117;;gag fin;CDS;1160356;;; deb;CDS;1339162;168;; ;regulatory;1340533;238;; fin;CDS;1340988;;; deb;CDS;1362782;177;comp; ;repeat_region;1363865;208;; fin;CDS;1364648;;comp; deb;CDS;1464820;283;comp; ;tRNA;1465406;139;;tcg fin;CDS;1465635;;comp; 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;tRNA;2305924;178;comp;ctc fin;CDS;2306189;;; deb;CDS;2318681;138;comp; ;regulatory;2319857;73;; fin;CDS;2320063;;; deb;CDS;2331183;73;; ;tRNA;2331595;126;;atgj fin;CDS;2331798;;comp; deb;CDS;2411337;202;comp; ;tRNA;2412007;75;comp;cac fin;CDS;2412159;;comp; deb;CDS;2550773;186;comp; ;regulatory;2551172;147;; fin;CDS;2551477;;; deb;CDS;2559473;36;; ;tmRNA;2560658;131;; fin;CDS;2561126;;; deb;CDS;2667051;354;; ;repeat_region;2668113;204;; fin;CDS;2669862;;comp; deb;CDS;2714978;129;; ;repeat_region;2715965;262;; fin;CDS;2716563;;; deb;CDS;2729598;449;; ;tRNA;2731721;95;comp;atgf 5s;rRNA;2731893;119;comp;115 23s;rRNA;2732127;347;comp;2758 ;tRNA;2735247;66;comp;gca ;tRNA;2735389;180;comp;atc 16s;rRNA;2735646;972;comp;1477 fin;CDS;2738117;;comp; deb;CDS;2959802;354;comp; ;tRNA;2962229;171;comp;gtc fin;CDS;2962475;;; deb;CDS;3124836;151;comp; ;tRNA;3125185;343;comp;tgg deb;CDS;3125604;93;comp; ;tRNA;3126888;27;comp;gga ;tRNA;3126989;166;comp;tac deb;CDS;3127241;57;; ;tRNA;3128216;127;;aca fin;CDS;3128419;;; deb;CDS;3193350;430;comp; ;tRNA;3194938;103;comp;ttc fin;CDS;3195117;;comp; deb;CDS;3320745;90;; ;tRNA;3322206;60;comp;atgi fin;CDS;3322342;;comp; deb;CDS;3377932;140;comp; ;tRNA;3378255;165;;acc ;tRNA;3378495;237;;acc deb;CDS;3378807;234;; ;tRNA;3379605;77;;gac fin;CDS;3379759;;comp; deb;CDS;3399207;262;comp; ;tRNA;3399757;56;comp;ccg fin;CDS;3399890;;comp; deb;CDS;3490378;84;; ;tRNA;3491233;407;;gtg fin;CDS;3491715;;; deb;CDS;3514107;56;comp; ;regulatory;3515291;4;comp; ;regulatory;3515401;88;comp; fin;CDS;3515601;;comp; deb;CDS;3523910;371;; ;repeat_region;3524497;79;; fin;CDS;3525452;;comp; deb;CDS;3705744;56;comp; ;regulatory;3707042;399;comp; fin;CDS;3707518;;; deb;CDS;3719367;163;comp; ;tRNA;3719917;95;comp;ggg fin;CDS;3720086;;comp; deb;CDS;3805869;130;; 5s;rRNA;3806944;116;comp;115 23s;rRNA;3807175;347;comp;2758 ;tRNA;3810295;66;comp;gca ;tRNA;3810437;180;comp;atc 16s;rRNA;3810694;999;comp;1477 fin;CDS;3813192;;; deb;CDS;3824154;103;comp; ;tRNA;3825931;387;comp;cgt fin;CDS;3826395;;; deb;CDS;3996560;58;comp; ;ncRNA;3998598;106;comp; fin;CDS;3998802;;comp; deb;CDS;4021982;27;; ;tRNA;4023191;224;comp;ttg fin;CDS;4023502;;; deb;CDS;4058818;187;comp; ;tRNA;4059305;179;;gcg fin;CDS;4059560;;comp; deb;CDS;4105626;721;comp; ;tRNA;4108039;148;comp;acg fin;CDS;4108262;;; deb;CDS;4261100;269;comp; ;tRNA;4262308;118;;ggc fin;CDS;4262501;;; </pre> ====rru intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_entre_cds|rru intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> rru;27.1.21 paris;NCBI;10.3.20;;;;;;;;; rru;intercalaires;total;%;intercalaires;moyennes;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;683;18.0;'''négatif ;-8;15;-73 à -1;'''4 352 825;-1;683;610;1 ;'''zéro;13;0.3;;;;;'''intercals;0;13;620;0 ;'''1 à 200;2368;62.5;'''0 à 200;78;58;;'''429 144;5;180;630;5 ;'''201 à 370;535;14.1;'''201 à 370;268;46;;'''9.9%;10;109;640;6 ;'''371 à 600;139;3.7;'''371 à 600;453;60;;;15;155;650;1 ;'''601 à max;48;1.3;'''601 à 1028;733;105;;;20;84;660;4 ;'''total 3786;<201;80.9;'''total 3779;112;136;-73 à 995;;25;86;670;3 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;81;680;1 3818575;1469;-1;683;-70;8;;0;13;35;54;690;2 844364;995;0;13;-60;5;;-1;°81;40;56;700;1 3816901;954;1;25;-50;8;;-2;1;45;59;710;1 3134490;938;2;34;-40;8;;-3;0;50;63;720;0 3477618;929;3;°41;-30;6;'''min à -1;-4;°421;55;67;730;0 1097019;885;4;°47;-20;21;683;-5;0;60;67;740;3 3856065;884;5;°33;-10;75;18.0%;-6;2;65;61;750;0 566184;881;6;20;0;565;;-7;5;70;52;760;1 1833839;873;7;16;10;289;;-8;°42;75;59;770;2 3136049;866;8;°27;20;239;;-9;0;80;52;780;3 2475546;802;9;20;30;167;;-10;9;85;58;790;3 93164;788;10;26;40;110;;-11;°26;90;64;800;0 409696;787;11;°41;50;122;;-12;0;95;51;810;1 400635;785;12;37;60;134;;-13;4;100;75;820;0 1366462;777;13;28;70;113;;-14;°13;105;49;830;0 3456663;777;14;°28;80;111;;-15;1;110;53;840;0 3312945;771;15;21;90;122;'''1 à 100;-16;3;115;49;850;0 550038;769;16;16;100;126;1533;-17;°14;120;45;860;0 2493887;767;17;°25;110;102;41%;-18;0;125;44;870;1 1410707;755;18;16;120;94;;-19;5;130;45;880;1 1423514;739;19;13;130;89;;-20;°7;135;48;890;3 2688282;734;20;°14;140;92;;-21;1;140;44;900;0 3627241;732;21;13;150;83;;-22;1;145;41;910;0 2706640;702;22;°20;160;87;;-23;°2;150;42;920;0 3937050;697;23;15;170;92;;-24;0;155;44;930;1 1011650;686;24;17;180;62;;-25;2;160;43;940;1 742860;682;25;°21;190;68;'''1 à 200;-26;°4;165;42;950;0 3424033;675;26;10;200;66;2368;-27;1;170;50;960;1 139185;669;27;18;210;45;62.5%;-28;0;175;31;970;0 880072;663;28;°20;220;56;;-29;°3;180;31;980;0 1976647;662;29;17;230;47;;-30;0;185;28;990;0 2640270;659;30;16;240;39;;-31;2;190;40;1000;1 90214;657;31;10;250;39;;-32;1;195;39;1010;0 961964;656;32;°14;260;43;;;664;200;27;1020;0 1209394;652;33;10;270;33;'''0 à 200;reste;32;205;19;1030;0 2536913;650;34;13;280;33;2381;total;696;210;26;1040;0 2591508;639;35;7;290;31;;;;215;25;1050;0 55947;637;36;10;300;29;;intercal;<u>frequencef;220;31;1060;0 1786743;636;37;°13;310;33;;600;3738;225;25;1070;0 2231609;636;38;11;320;22;;620;1;230;22;1080;0 3609912;633;39;10;330;15;;640;11;235;18;1090;0 3187318;631;40;°12;340;19;;660;5;240;21;1100;0 ;;reste;2285;350;17;;680;4;245;24;1110;0 ;;total;3786;360;14;'''201 à 370;700;3;250;15;1120;0 ;;;;370;20;535;720;1;255;21;1130;0 ;;;;380;9;14.1%;740;3;260;22;1140;0 ;;;;390;9;;760;1;265;23;1150;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;9;;780;5;270;10;1160;0 2068001;-137;shift2;1009;410;14;;800;3;275;15;1170;0 651352;-122;comp;;420;14;;820;1;280;18;1180;0 2462962;-120;comp;;430;9;;840;0;285;13;1190;0 1155908;-106;comp;;440;4;;860;0;290;18;1200;0 2381188;-104;comp;;450;15;;880;2;295;14;reste;1 3871151;-104;comp;;460;5;;900;3;300;15;total;3786 4292550;-73;shift2;662;470;5;'''371 à 600;920;0;305;18;; 664620;-70;comp;;480;4;139;940;2;310;15;; 3822351;-68;shift2;682;490;4;3.7%;960;1;315;10;; 3867765;-65;shift2;451;500;5;;980;0;320;12;; 1091959;-64;shift2;1268;510;7;;1000;1;325;8;; 3289914;-62;shift2;;520;1;;;47;330;7;; 1568904;-61;shift2;;530;3;;;;335;11;; 465562;-59;comp;;540;4;;;;340;8;; 2309068;-59;shift2;;550;7;;;;345;12;; 780196;-58;shift2;;560;2;;;;350;5;; 2759874;-55;comp;;570;1;;;;355;7;; 3267314;-53;shift2;;580;5;'''601 à max;;;360;7;; 210683;-52;shift2;;590;1;48;;;365;7;; 1365051;-52;shift2;;600;2;1.3%;;;370;13;; 622208;-50;comp;;reste;48;;reste;1;reste;187;; 2342888;-49;comp;;total;3786;;total;3786;total;3786;; </pre> ====rru intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru intercalaires positifs S+]] *Légende: *Tableaux <pre> rru. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; rru;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-13;90;-272;53;818;231;min50;-34;275;-804;94;878;270;min40 31 à 400;12;-97;135;28;833;269;2 parties;13;-61;-91;52;957;156;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;103;46;-;798;dte;20;Sf;181;62;-;739;poly;139;SF 31 à 400;86;41;-;797;dte;36;tf;137;50;-;916;dte;41;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.017;;;;; 41-n;0.829;0.193;0.611;;;;;;;;;;; 1-n;0.861;0.722;0.792;;;;;;;;;14.8.21 Paqris;; rru;fx;fc;;rru;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rru;Sx-;Sc- 0;1;12;;0;1;6;0;1;12;>0;962;-1;0;81 10;47;242;;10;54;118;1;4;21;<0;74;-2;1;0 20;50;189;;20;57;92;2;3;31;zéro;1;-3;0;0 30;51;116;;30;58;56;3;3;38;total;1037;-4;27;394 40;27;83;;40;31;40;4;4;43;;c;-5;0;0 50;23;99;;50;26;48;5;4;29;>0;2128;-6;2;0 60;34;100;;60;39;49;6;2;18;<0;609;-7;0;5 70;31;82;;70;35;40;7;5;11;zéro;12;-8;0;42 80;24;87;;80;27;42;8;5;22;total;2749;-9;0;0 90;29;93;;90;33;45;9;6;14;;;-10;3;6 100;30;96;;100;34;47;10;11;15;;;-11;4;22 110;38;64;;110;43;31;11;7;34;;;-12;0;0 120;27;67;;120;31;33;12;7;30;;;-13;0;4 130;30;59;;130;34;29;13;2;26;;;-14;2;11 140;25;67;;140;29;33;14;2;26;;;-15;1;0 150;28;55;;150;32;27;15;8;13;;;-16;1;2 160;27;60;;160;31;29;16;3;13;;;-17;3;11 170;28;64;;170;32;31;17;9;16;;;-18;0;0 180;16;46;;180;18;22;18;7;9;;;-19;1;4 190;32;36;;190;37;18;19;3;10;;;-20;4;3 200;23;43;;200;26;21;20;2;12;;;-21;1;0 210;18;27;;210;21;13;21;8;5;;;-22;1;0 220;21;35;;220;24;17;22;8;12;;;-23;1;1 230;15;32;;230;17;16;23;4;11;;;-24;0;0 240;15;24;;240;17;12;24;7;10;;;-25;1;1 250;16;23;;250;18;11;25;5;16;;;-26;2;2 260;16;27;;260;18;13;26;2;8;;;-27;1;0 270;18;15;;270;21;7;27;5;13;;;-28;0;0 280;13;20;;280;15;10;28;4;16;;;-29;1;2 290;17;14;;290;19;7;29;3;14;;;-30;0;0 300;17;12;;300;19;6;30;5;11;;;-31;0;2 310;15;18;;310;17;9;31;1;9;;;-32;0;1 320;14;8;;320;16;4;32;4;10;;;-33;0;0 330;9;6;;330;10;3;33;3;7;;;-34;0;1 340;7;12;;340;8;6;34;2;11;;;-35;1;0 350;10;7;;350;11;3;35;3;4;;;-36;0;0 360;11;3;;360;13;1;36;3;7;;;-37;0;0 370;10;10;;370;11;5;37;3;10;;;-38;1;0 380;3;6;;380;3;3;38;5;6;;;-39;0;0 390;4;5;;390;5;2;39;1;9;;;-40;2;0 400;5;4;;400;6;2;40;2;10;;;-41;1;2 reste;88;72;;;;;reste;787;1498;;;-42;0;0 total;963;2140;;t30;169;266;total;963;2140;;;-43;0;1 diagr;874;2056;;;;;diagr;175;630;;;-44;0;0 - t30;726;1509;;;;;;;;;;-45;1;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;reste;9;11 ;;;;;;;;;;;;total;74;609 </pre> ====rru intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_négatifs_S-|rru intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> rru;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;;; comp’;0;1;0;25;0;2;0;0;0;3;4;0;0;2;1;1;3;0;1;4;1;1;0;0;1;2;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;4;69;7 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fin;°CDS;1145882;;comp;;deb;°CDS;2714978;129;;;deb;°CDS;4105626;721;comp deb;°CDS;1159249;71;;;;repeat_region;2715965;262;;;;&tRNA;4108039;148;comp ;&tRNA;1160163;117;;;fin;°CDS;2716563;;;;fin;°CDS;4108262;; fin;°CDS;1160356;;;;;;;;;;deb;°CDS;4261100;269;comp deb;°CDS;1339162;168;;;;;;;;;;&tRNA;4262308;118; ;regulatory;1340533;238;;;;;;;;;fin;°CDS;4262501;; fin;°CDS;1340988;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====rru intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_tRNA|rru intercalaires tRNA]] <pre> rru;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;; ;;;;;;;;;; ;66;;163;comp’;253;;12;56;'''deb; ;202;comp’;37;comp’;299;;57;60;<201;15 ;66;comp’;147;comp’;136;;71;63;total;24 ;81;;;;287;;73;75;taux;63% ;66;comp’;257;comp’;319;;84;83;; ;27;;406;;98;;85;86;'''fin; ;165;;224;comp’;43;;89;95;<201;18 ;66;;92;;141;;92;98;total;25 ;;comp’;115;;83;;93;103;taux;72% ;;comp’;239;;170;;98;117;; 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;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;25;29;54;;;;; ;;total;41;42;83;;;;; ;;taux;61%;69%;65%;;;;; </pre> ===oan=== ====oan opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;oan;;genome;;;;;;;;; 56.1%GC;27.12.19 Paris;16s 4 ;61 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 ;;;;;;;;;;;; chromosom1;;;;;;;;;;;; ;34057..34446;;cds;;224;224;;;130;;TIGR02300 family protein;* ;34671..34746;;gcc;@1;-40;*-40;;;;;;* ;34707..35480;;cds;;;;;;258;;glutathione S-transferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;223549..224394;;cds;;164;164;;;282;;3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase CysQ;* ;224559..224635;;ccg;;109;109;;;;;;* comp;224745..225806;;cds;;;;;;354;;site-specific integrase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;337757..338197;;cds;;158;158;;;147;;DMT family transporter;* comp;338356..338431;;ttc;;171;171;;;;;;* comp;338603..338818;;cds;;;;;;72;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;;;;;;;;;;;;* comp;344419..344598;;cds;;147;147;;;60;;hp;* ;344746..344820;;acc;;397;397;;;;;;* ;345218..346030;;cds;;;;;;271;;DUF2189 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;351922..353328;;cds;;167;167;;;469;;deoxyribodipyrimidine photo-lyase;* comp;353496..353572;;cgt;;159;159;;;;;;* comp;353732..355285;;cds;;;;;;*518;;HAMP domain-containing histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;725472..726479;;cds;;219;219;;;336;;glycosyltransferase family 4 protein;* ;726699..726773;;caa;;61;61;;;;;;* comp;726835..727413;;cds;;;;;;193;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;934613..934987;;cds;;333;333;;;125;;transposase;* comp;935321..935397;;agg;;114;114;;;;;;* comp;935512..936675;;cds;;;;;;388;;amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1049919..1051202;;cds;;24;24;;;428;;cystathionine gamma-synthase family protein;* comp;1051227..1051311;;ttg;@2;593;*593;;;;;;* comp;1051905..1053539;;cds;;;;;;*545;;phosphoethanolamine transferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1081066..1083021;;cds;;998;*998;;;*652;;M23 family metallopeptidase;* ;1084020..1085508;;16s;;268;;;;1489;;;* ;1085777..1085853;;atc;;11;;;11;;;;* ;1085865..1085940;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;1085980..1086168;;cds;@3;38;38;;;63;;P-hp;* ;1086207..1089125;;23s;;186;;;;2919;;;* ;1089312..1089426;;5s;;54;;;;115;;;* ;1089481..1089557;;atgf;;363;363;;;;;;* ;1089921..1090091;;cds;;;;;;57;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1096454..1096912;;cds;;7;7;;;153;;hp;* comp;1096920..1097009;;tcg;;352;352;;;;;;* ;1097362..1097751;;cds;;;;;;130;;50S ribosomal protein L21;* ;;;;;;;;;;;;* ;1311344..1311823;;cds;;211;211;;;160;;hp;* ;1312035..1312109;;gag;;88;88;;;;;;* ;1312198..1312467;;cds;;;;;;90;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1344750..1345565;;cds;;677;*677;;;272;;IclR family transcriptional regulator;* ;1346243..1347731;;16s;;268;;;;1489;;;* ;1348000..1348076;;atc;;11;;;11;;;;* ;1348088..1348163;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;1348203..1348391;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;* ;1348430..1351348;;23s;;186;;;;2919;;;* ;1351535..1351649;;5s;;54;;;;115;;;* ;1351704..1351780;;atgf;;360;360;;;;;;* ;1352141..1353082;;cds;;;;;;314;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1354558..1355604;;cds;;85;85;;;349;;polysaccharide deacetylase family protein;* comp;1355690..1355764;;ggc;;136;136;;;;;;* comp;1355901..1357280;;cds;;;;;;460;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1386666..1387982;;cds;;819;*819;;;439;;hp;* comp;1388802..1388891;;tcc;;374;374;;;;;;* ;1389266..1389589;;cds;;;;;;108;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1405236..1405859;;cds;;139;139;;;208;;5,6-dimethylbenzimidazole synthase;* comp;1405999..1406085;;ctg;;146;146;;;;;;* comp;1406232..1406852;;cds;;;;;;207;;2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1604615..1604854;;cds;;26;26;;;80;;hp;* comp;1604881..1604958;;atgj;;10;10;;;;;;* comp;1604969..1605214;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1639492..1640289;;cds;;-44;*-44;;;266;;hp;* comp;1640246..1640322;;atgj;;55;55;;;;;;* ;1640378..1640572;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1778816..1779571;;cds;;385;385;;;252;;SIMPL domain-containing protein;* ;1779957..1780033;;atgi;;265;265;;;;;;* ;1780299..1780844;;cds;;;;;;182;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* ;;;;;;;;;;;;* >;1945985..1946374;;cds;;721;*721;;;130;;P-hp;* comp;1947096..1947171;;aag;;-38;*-38;;;;;;* comp;1947134..1947319;;cds;;;;;;62;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2014813..2015097;;cds;;103;103;;;95;;DUF2218 domain-containing protein;* comp;2015201..2015275;;gaa;+;146;;146;;;;;* comp;2015422..2015496;;gaa;2 gaa;200;200;;;;;;* comp;2015697..2016962;;cds;;;;;;422;;DUF882 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2040234..2040453;;cds;;91;91;;;73;;hp;* ;2040545..2040629;;tac;;24;;24;;;;;* ;2040654..2040727;;gga;;6;6;;;;;;* comp;2040734..2040916;;cds;;-50;*-50;;;61;;hp;* ;2040867..2042042;;cds;;65;65;;;392;;elongation factor Tu;* ;2042108..2042183;;tgg;;420;*420;;;;;;* ;2042604..2042804;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* ;2168416..2168658;;cds;;28;28;;;81;;PepSY domain-containing protein;* comp;2168687..2168760;;ggg;;289;289;;;;;;* ;2169050..2169946;;cds;;;;;;299;;lipid kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2244184..2245050;;cds;;112;112;;;289;;mechanosensitive ion channel;* comp;2245163..2245248;;tta;;200;200;;;;;;* ;2245449..2246705;;cds;;;;;;419;;threonine ammonia-lyase IlvA;* ;;;;;;;;;;;;* ;2267888..2268835;;cds;;305;305;;;316;;patatin family protein;* ;2269141..2269225;;ctc;;66;66;;;;;;* comp;2269292..2270185;;cds;;;;;;298;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2332394..2333530;;cds;;393;393;;;379;;glycosyltransferase family 2 protein;* comp;2333924..2334000;;cgg;;169;169;;;;;;* comp;2334170..2335792;;cds;;;;;;*541;;ABC-F family ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2339396..2340514;;cds;;1650;*1650;;;373;;porin;* comp;2342165..2342239;;gtg;;178;178;;;;;;* comp;2342418..2344424;;cds;;;;;;*669;;murein L,D-transpeptidase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2369668..2370441;;cds;;152;152;;;258;;NAD kinase;* ;2370594..2370669;;aca;;987;*987;;;;;;* comp;2371657..2372076;;cds;;;;;;140;;SUF system Fe-S cluster assembly protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2442729..2443145;;cds;;299;299;;;139;;hp;* comp;2443445..2443519;;atgf;;70;70;;;;;;* <comp;2443590..2443799;;cds;;;;;;70;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2449947..2451311;;cds;;156;156;;;455;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;2451468..2451550;;cta;;236;236;;;;;;* comp;2451787..2452356;;cds;;;;;;190;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2548914..2550098;;cds;;513;*513;;;395;;alpha/beta hydrolase;* comp;2550612..2550688;;gac;+;245;;245;;;;;* comp;2550934..2551010;;gac;2 gac;328;328;;;;;;* ;2551339..2551956;;cds;;;;;;206;;TetR/AcrR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;2604616..2605908;;cds;;824;*824;;;431;;FAD-binding oxidoreductase;* comp;2606733..2606808;;gta;;264;264;;;;;;* comp;2607073..2607996;;cds;;;;;;308;;sugar kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2641040..2641360;;cds;;97;97;;;107;;YnfA family protein;* ;2641458..2641534;;ccc;;94;94;;;;;;* ;2641629..2642357;;cds;;;;;;243;;SDR family oxidoreductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2696299..2697183;;cds;;54;54;;;295;;transcriptional regulator GcvA;* comp;2697238..2697314;;aga;;123;123;;;;;;* comp;2697438..2697743;;cds;;156;156;;;102;;ETC complex I subunit;* comp;2697900..2697976;;cca;;186;186;;;;;;* ;2698163..2698309;;cds;;;;;;49;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2771579..2772697;;cds;;584;*584;;;373;;porin;* ;2773282..2773372;;agc;;203;203;;;;;;* ;2773576..2774643;;cds;;;;;;356;;porin;* chromosom2;;;;;;;;;;;;* ;149537..151504;;cds;;355;355;;;*656;;selenocysteine-specific translation elongation factor;* ;151860..151955;;tga;;14;14;;;;;;* comp;151970..152605;;cds;;;;;;212;;lipase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;298403..299422;;cds;;300;300;;;340;;TerC family protein;* comp;299723..299796;;cag;;361;361;;;;;;* comp;300158..300460;;cds;;;;;;101;;DUF1127 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;455428..456111;;cds;;713;*713;;;228;;FkbM family methyltransferase;* ;456825..458313;;16s;;268;;;;1489;;;* ;458582..458658;;atc;;11;;;11;;;;* ;458670..458745;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;458785..458973;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;* ;459012..461930;;23s;;186;;;;2919;;;* ;462117..462231;;5s;;54;;;;115;;;* ;462286..462362;;atgf;;-44;*-44;;;;;;* comp;462319..463974;;cds;;;;;;*552;;recombinase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;572059..572721;;cds;;545;*545;;;221;;response regulator transcription factor;* comp;573267..573357;;other;@4;620;*620;;;;;;* comp;573978..575285;;cds;;;;;;436;;SidA/IucD/PvdA family monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;611464..611742;;cds;;88;88;;;93;;hp;* comp;611831..611905;;ggc;;387;387;;;;;;* ;612293..612814;;cds;;;;;;174;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;991265..991999;;cds;;217;217;;;245;;alpha/beta hydrolase;* comp;992217..992306;;tca;;323;323;;;;;;* ;992630..992884;;cds;;;;;;85;;DUF2171 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1031528..1032946;;cds;;607;*607;;;473;;PepSY domain-containing protein;* comp;1033554..1033629;;aaa;;327;327;;;;;;* ;1033957..1035651;;cds;;;;;;*565;;membrane protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1067405..1068742;;cds;;131;131;;;446;;DNA polymerase IV;* ;1068874..1068947;;tgc;;739;*739;;;;;;* ;1069687..1069905;;cds;;;;;;73;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1081639..1082031;;cds;;103;103;;;131;;hp;* comp;1082135..1082209;;aac;;168;168;;;;;;* ;1082378..1082653;;cds;;;;;;92;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1333375..1333587;;cds;;209;209;;;71;;hp;* comp;1333797..1333873;;cac;;352;352;;;;;;* ;1334226..1337393;;cds;;;;;;*1056;;PAS domain S-box protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1473437..1474405;;cds;;269;269;;;323;;nitronate monooxygenase;* ;1474675..1474750;;acg;;156;156;;;;;;* >comp;1474907..1475239;;cds;;;;;;111;;DNA adenine methylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1597496..1597666;;cds;;363;363;;;57;;LysR family transcriptional regulator;* comp;1598030..1598106;;atgf;;54;;;;;;;* comp;1598161..1598275;;5s;;186;;;;115;;;* comp;1598462..1601380;;23s;;38;38;;;2919;;;* <;1601419..1601607;;cds;;39;39;;;63;;P-hp;* comp;1601647..1601722;;gca;;11;;;11;;;;* comp;1601734..1601810;;atc;;268;;;;;;;* comp;1602079..1603567;;16s;;743;*743;;;1489;;;* ;1604311..1605192;;cds;;;;;;294;;ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1720169..1720531;;cds;;113;113;;;121;;response regulator;* ;1720645..1720719;;gtc;;465;*465;;;;;;* ;1721185..1721838;;cds;;;;;;218;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;* </pre> ====oan cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_cumuls|oan cumuls]] <pre> oan cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;4;1;;4;1;5;1;;100;25;1;0 ;16atcgca-cds;4;20;;;50;15;40;;200;20;30;0 ;-;;40;1;;100;12;80;;300;21;60;4 ;-;;60;;;150;12;120;;400;15;90;18 ;max a;3;80;;;200;15;160;;500;11;120;8 ;a doubles;0;100;;;250;7;200;;600;5;150;9 ;spéciaux;0;120;;;300;6;240;;700;3;180;3 ;total aas;12;140;;;350;5;280;;800;0;210;6 sans ;opérons;45;160;1;;400;12;320;;900;0;240;4 ;1 aa;42;180;;;450;1;360;;1000;0;270;6 ;max a;2;200;;;500;1;400;;1100;1;300;8 ;a doubles;2;;1;;;16;;;;0;;35 ;total aas;48;;3;4;;107;;0;;101;;101 total aas;;60;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;138;11;;258;;;;256;; ;;;variance;111;0;;268;;;;180;; sans jaune;;;moyenne;;;;174;;;;218;;150 ;;;variance;;;;117;;;;132;;81 </pre> ====oan blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_blocs|oan blocs]] <pre> oan blocs;;;; Constantes;;;; cds;;intercal;cdsa; 16s;;268;1489; atc;;11;; gca;;39;; cds;;38;63;P-hp 23s;;186;2919; 5s;;54;115; atgf;;;; cds;;;; Variations;;;; blocs 16s;;intercal;cdsa; 1084020..1085508;;998;652;M23 family metallopeptidase ;;363;57;LysR family transcriptional regulator ;;;; 1346243..1347731;;677;272;IclR family transcriptional regulator ;;360;314;LysR family transcriptional regulator ;;;; 456825..458313;;713;228;FkbM family methyltransferase ;;-44;552;recombinase family protein ;;;; 1602079..1603567;;743;294;ATPase ;;363;57;LysR family transcriptional regulator </pre> *Détails <pre> cds;743’;713;677;998’ 16s;268;268;268;268 atc;11;11;11;11 gca;39’;39’;39’;39’ cds;38’;38’;38’;38’ 23s;186;186;186;186 5s;54;54;54;54 atgf;363;-44';360;363 cds;;;; </pre> ====oan distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_distribution|oan distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total oan;;41;;;;;41;;oan;6;;;;;;6;;;;;;;;;;;oan;;;;4;;;4 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;; </pre> ====oan1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_données_intercalaires|oan1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;oan1;fx;fc;oan1;fx40;fc40;oan1;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;12;9;0;12;9;-1;0;93;224;109;CDS 16s;; 1;1;10;42;226;1;3;24;-2;1;0;95;147;678;999; ;0;20;29;119;2;4;45;-3;0;0;164;219;23s 5s;; 2;1;30;16;70;3;5;30;-4;22;215;158;24;2* 194;; ;0;40;21;48;4;4;22;-5;0;0;171;7;16s tRNA;; ;0;50;33;45;5;5;21;-6;1;0;397;352;2*273;;atc 1;0;60;43;49;6;5;12;-7;4;3;167;85;tRNA 23s;; 1;2;70;31;61;7;5;10;-8;2;27;159;374;2* 270;;gca ;0;80;28;67;8;3;20;-9;1;0;172;-44;5s tRNA;; 1;1;90;23;42;9;4;14;-10;1;3;333;186;2* 54;;atgf ;3;100;25;51;10;4;28;-11;2;20;114;385;tRNA tRNA;;intra 1;1;110;20;43;11;4;16;-12;2;0;593;721;2* 11;;atc gca ;2;120;12;52;12;2;16;-13;3;3;363;578;tRNA tRNA;; ;1;130;13;45;13;3;15;-14;2;9;211;318;146;;gaa ;3;140;25;36;14;4;19;-15;3;0;88;28;**;;gaa 1;1;150;23;48;15;1;13;-16;0;1;363;289;24;;tac 1;4;160;24;32;16;3;9;-17;2;4;136;197;**;;gga ;3;170;27;33;17;3;9;-18;1;0;819;66;245;;gac ;3;180;14;34;18;3;12;-19;0;1;139;393;**;;gac 2;0;190;24;30;19;4;4;-20;1;6;146;152;;; 1;1;200;12;32;20;2;6;-21;0;1;26;987;;; ;1;210;14;29;21;2;10;-22;0;2;10;328;;; 1;1;220;22;20;22;3;6;-23;0;2;265;824;;; ;1;230;18;19;23;1;11;-24;0;0;103;54;;; ;1;240;15;27;24;2;6;-25;0;0;200;186;;; ;0;250;15;15;25;1;5;-26;1;4;139;584;;; ;0;260;6;12;26;1;4;-27;0;1;65;;;; ;2;270;12;17;27;3;6;-28;0;0;420;;;; ;0;280;8;16;28;0;6;-29;0;2;112;;;; 1;0;290;9;7;29;1;9;-30;0;0;305;;;; ;1;300;12;17;30;2;7;-31;2;0;169;;;; ;1;310;8;12;31;1;3;-32;0;0;1650;;;; 1;0;320;8;5;32;1;4;-33;0;0;178;;;; 1;0;330;13;14;33;1;8;-34;0;0;299;;;; ;1;340;7;14;34;1;9;-35;0;0;70;;;; ;0;350;9;16;35;2;6;-36;1;0;156;;;; 1;0;360;6;5;36;3;2;-37;0;0;236;;;; ;2;370;6;7;37;3;3;-38;0;1;513;;;; 1;0;380;5;8;38;2;9;-39;0;0;264;;;; 1;0;390;7;5;39;4;1;-40;0;0;97;;;; 1;1;400;4;9;40;3;3;-41;0;0;94;;;; 5;5;reste;70;70;reste;651;1044;-42;0;0;123;;;; 26;44;total;771;1516;total;771;1516;-43;0;0;156;;;; 20;39;diagr;689;1437;diagr;108;463;-44;0;0;203;;;; 3;2; t30;87;415;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;759;55;12;826;;;-49;0;0;;;;; ;c;1507;402;9;1918;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;2744;106;;reste;3;4;;;;; ;;;;;;2850;;total;55;402;;;;; </pre> =====oan1 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_autres_intercalaires_aas|oan1 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;oan1;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas fin;;CDS;85;261;; deb;comp;CDS;20987;21391;93; ;;ncRNA;21485;21582;117; fin;;CDS;21700;23517;; deb;;CDS;34057;34446;224; ;;tRNA;34671;34746;95;gcc fin;;CDS;34842;35480;; deb;comp;CDS;36750;37604;244; ;comp;regulatory;37849;38001;259; fin;;CDS;38261;40249;; deb;;CDS;223549;224394;164; ;;tRNA;224559;224635;109;ccg fin;comp;CDS;224745;225806;; deb;comp;CDS;295366;296238;86; ;comp;regulatory;296325;296481;233; fin;;CDS;296715;298838;; deb;comp;CDS;337757;338197;158; ;comp;tRNA;338356;338431;171;ttc fin;comp;CDS;338603;338818;; deb;comp;CDS;344419;344598;147; ;;tRNA;344746;344820;397;acc fin;;CDS;345218;346030;; deb;comp;CDS;351922;353328;167; ;comp;tRNA;353496;353572;159;cgt fin;comp;CDS;353732;355285;; deb;comp;CDS;424109;425302;91; ;comp;regulatory;425394;425473;298; fin;;CDS;425772;426863;; deb;comp;CDS;725472;726479;219; ;;tRNA;726699;726773;172;caa fin;;CDS;726946;729048;; deb;comp;CDS;934613;934987;333; ;comp;tRNA;935321;935397;114;agg fin;comp;CDS;935512;936675;; deb;;CDS;1049919;1051202;24; ;comp;tRNA;1051227;1051311;593;ttg fin;comp;CDS;1051905;1053539;; deb;comp;CDS;1081066;1083021;999; ;;rRNA;1084021;1085503;273;1483 ;;tRNA;1085777;1085853;11;atc ;;tRNA;1085865;1085940;270;gca ;;rRNA;1086211;1089117;194;2907 ;;rRNA;1089312;1089426;54;115 ;;tRNA;1089481;1089557;363;atgj f fin;;CDS;1089921;1090091;; deb;;CDS;1096454;1096912;7; ;comp;tRNA;1096920;1097009;352;tcg fin;;CDS;1097362;1097751;; deb;comp;CDS;1202605;1203609;41; ;comp;regulatory;1203651;1203765;95; fin;;CDS;1203861;1204517;; deb;;CDS;1263516;1263881;88; ;;ncRNA;1263970;1264128;99; fin;;CDS;1264228;1265223;; deb;;CDS;1311344;1311823;211; ;;tRNA;1312035;1312109;88;gag fin;;CDS;1312198;1312467;; deb;;CDS;1344750;1345565;678; ;;rRNA;1346244;1347726;273;1483 ;;tRNA;1348000;1348076;11;atc ;;tRNA;1348088;1348163;270;gca ;;rRNA;1348434;1351340;194;2907 ;;rRNA;1351535;1351649;54;115 ;;tRNA;1351704;1351780;363;atgj f fin;;CDS;1352144;1353082;; deb;;CDS;1354558;1355604;85; ;comp;tRNA;1355690;1355764;136;ggc fin;comp;CDS;1355901;1357280;; deb;comp;CDS;1386666;1387982;819; ;comp;tRNA;1388802;1388891;374;tcc fin;;CDS;1389266;1389589;; deb;comp;CDS;1405236;1405859;139; ;comp;tRNA;1405999;1406085;146;ctg fin;comp;CDS;1406232;1406852;; deb;comp;CDS;1604615;1604854;26; ;comp;tRNA;1604881;1604958;10;atgj j fin;comp;CDS;1604969;1605214;; deb;;CDS;1639492;1640289;-44; ;comp;tRNA;1640246;1640322;186;atgj j fin;;CDS;1640509;1641465;; deb;comp;CDS;1778816;1779571;385; ;;tRNA;1779957;1780033;265;atgi fin;;CDS;1780299;1780844;; deb;;CDS;1818096;1818755;175; ;;ncRNA;1818931;1819358;205; fin;;CDS;1819564;1820313;; deb;;CDS;1881047;1881754;33; ;comp;tmRNA;1881788;1882155;188; fin;;CDS;1882344;1882655;; deb;;CDS;1917737;1918849;108; ;;regulatory;1918958;1919182;154; fin;;CDS;1919337;1921202;; deb;;CDS;1945985;1946374;721; ;comp;tRNA;1947096;1947171;578;aag fin;;CDS;1947750;1948412;; deb;;CDS;1973835;1975286;48; ;;regulatory;1975335;1975573;50; fin;;CDS;1975624;1975812;; deb;comp;CDS;2014813;2015097;103; ;comp;tRNA;2015201;2015275;146;gaa ;comp;tRNA;2015422;2015496;200;gaa fin;comp;CDS;2015697;2016962;; deb;comp;CDS;2039366;2040226;318; ;;tRNA;2040545;2040629;24;tac ;;tRNA;2040654;2040727;139;gga deb;;CDS;2040867;2042042;65; ;;tRNA;2042108;2042183;420;tgg fin;;CDS;2042604;2042804;; deb;;CDS;2168416;2168658;28; ;comp;tRNA;2168687;2168760;289;ggg fin;;CDS;2169050;2169946;; deb;comp;CDS;2244184;2245050;112; ;comp;tRNA;2245163;2245248;197;tta fin;;CDS;2245446;2246705;; deb;;CDS;2267888;2268835;305; ;;tRNA;2269141;2269225;66;ctc fin;comp;CDS;2269292;2270185;; deb;;CDS;2332394;2333530;393; ;comp;tRNA;2333924;2334000;169;cgg fin;comp;CDS;2334170;2335792;; deb;comp;CDS;2339396;2340514;1650; ;comp;tRNA;2342165;2342239;178;gtg fin;comp;CDS;2342418;2344424;; deb;comp;CDS;2369668;2370441;152; ;;tRNA;2370594;2370669;987;aca fin;comp;CDS;2371657;2372076;; deb;comp;CDS;2442729;2443145;299; ;comp;tRNA;2443445;2443519;70;atgj f fin;comp;CDS;2443590;2443781;; deb;comp;CDS;2449947;2451311;156; ;comp;tRNA;2451468;2451550;236;cta fin;comp;CDS;2451787;2452356;; deb;comp;CDS;2548914;2550098;513; ;comp;tRNA;2550612;2550688;245;gac ;comp;tRNA;2550934;2551010;328;gac fin;;CDS;2551339;2551956;; deb;;CDS;2604616;2605908;824; ;comp;tRNA;2606733;2606808;264;gta fin;comp;CDS;2607073;2607996;; deb;;CDS;2641040;2641360;97; ;;tRNA;2641458;2641534;94;ccc fin;;CDS;2641629;2642357;; deb;;CDS;2696299;2697183;54; ;comp;tRNA;2697238;2697314;123;aga deb;comp;CDS;2697438;2697743;156; ;comp;tRNA;2697900;2697976;186;cca fin;;CDS;2698163;2698309;; deb;comp;CDS;2771579;2772697;584; ;;tRNA;2773282;2773372;203;agc fin;;CDS;2773576;2774643;; deb;;CDS;2886536;2887183;84; </pre> ====oan2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_données_intercalaires|oan2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;oan2;fx;fc;oan2;fx40;fc40;oan2;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;2;1;0;2;1;-1;0;48;355;14;CDS 16s ;; ;0;10;29;159;1;2;26;-2;1;0;300;-44;714;744; 1;0;20;25;104;2;3;23;-3;1;0;361;387;23s 5s;; ;0;30;9;49;3;8;18;-4;12;195;545;217;2* 194;; ;0;40;21;49;4;4;17;-5;0;0;620;323;16s tRNA;; ;0;50;15;25;5;2;14;-6;0;0;88;327;2* 273;;atc ;0;60;17;29;6;3;4;-7;0;2;607;103;tRNA 23s;; ;0;70;13;45;7;5;8;-8;1;16;131;168;2* 270;;gca ;0;80;13;35;8;1;15;-9;0;0;739;352;5s tRNA;; ;1;90;18;32;9;1;12;-10;0;2;209;156;2* 54;;atgf ;0;100;13;31;10;0;22;-11;0;8;269;;tRNA tRNA;;intra 1;0;110;25;29;11;4;26;-12;1;0;363;;2* 11;;atc gca ;1;120;7;32;12;4;19;-13;1;0;113;;;; ;0;130;16;20;13;2;12;-14;0;6;465;;;; ;1;140;12;30;14;2;10;-15;0;0;;;;; ;0;150;10;17;15;2;6;-16;2;0;;;;; 1;0;160;15;20;16;0;6;-17;0;1;;;;; 1;0;170;13;14;17;4;3;-18;1;0;;;;; ;0;180;13;12;18;3;4;-19;1;0;;;;; ;0;190;11;18;19;2;8;-20;0;3;;;;; ;0;200;10;10;20;2;10;-21;1;0;;;;; ;1;210;9;7;21;1;6;-22;0;0;;;;; 1;0;220;10;10;22;2;5;-23;0;1;;;;; ;0;230;5;16;23;0;7;-24;0;0;;;;; ;0;240;6;10;24;2;7;-25;0;1;;;;; ;0;250;7;12;25;1;1;-26;0;0;;;;; ;0;260;6;7;26;0;9;-27;1;0;;;;; ;1;270;5;8;27;0;4;-28;0;1;;;;; ;0;280;6;2;28;3;1;-29;0;1;;;;; ;0;290;2;7;29;0;3;-30;0;0;;;;; ;1;300;6;3;30;0;6;-31;0;0;;;;; ;0;310;8;7;31;0;4;-32;0;2;;;;; ;0;320;3;7;32;1;4;-33;0;0;;;;; 2;0;330;7;4;33;3;7;-34;0;0;;;;; ;0;340;4;5;34;0;3;-35;0;1;;;;; ;0;350;8;1;35;1;5;-36;0;0;;;;; 1;1;360;3;4;36;2;9;-37;0;0;;;;; ;2;370;7;3;37;4;6;-38;0;0;;;;; ;0;380;6;2;38;3;3;-39;0;0;;;;; 1;0;390;3;5;39;4;6;-40;0;0;;;;; ;0;400;2;1;40;3;2;-41;2;0;;;;; ;5;reste;40;32;reste;374;552;-42;0;0;;;;; 10;14;total;460;914;total;460;914;-43;0;0;;;;; 9;9;diagr;418;881;diagr;84;361;-44;0;0;;;;; 1;0; t30;63;312;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;458;28;2;488;;;-49;0;0;;;;; ;c;913;292;1;1206;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1694;46;;reste;2;2;;;;; ;;;;;;1740;;total;28;292;;;;; </pre> =====oan2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_autres_intercalaires_aas|oan2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;oan2;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;149537;151504;355;*; ;;tRNA;151860;151955;14;*;tga fin;comp;CDS;151970;152605;;; deb;;CDS;249965;250795;64;*; ;;regulatory;250860;251074;365;*; fin;;CDS;251440;251661;;; deb;comp;CDS;298403;299422;300;*; ;comp;tRNA;299723;299796;361;*;cag fin;comp;CDS;300158;300460;;; deb;;CDS;455428;456111;714;*; ;;rRNA;456826;458308;273;*;1483 ;;tRNA;458582;458658;11;*;atc ;;tRNA;458670;458745;270;*;gca ;;rRNA;459016;461922;194;*;2907 ;;rRNA;462117;462231;54;*;115 ;;tRNA;462286;462362;-44;*;atgf fin;comp;CDS;462319;463974;;; deb;comp;CDS;572059;572721;545;*; ;comp;tRNA;573267;573357;620;*;other fin;comp;CDS;573978;575285;;; deb;comp;CDS;611464;611742;88;*; ;comp;tRNA;611831;611905;387;*;ggc fin;;CDS;612293;612814;;; deb;;CDS;850872;851594;138;*; ;;regulatory;851733;851842;43;*; fin;;CDS;851886;852806;;; deb;;CDS;991265;991999;217;*; ;comp;tRNA;992217;992306;323;*;tca fin;;CDS;992630;992884;;; deb;comp;CDS;1031528;1032946;607;*; ;comp;tRNA;1033554;1033629;327;*;aaa fin;;CDS;1033957;1035651;;; deb;;CDS;1067405;1068742;131;*; ;;tRNA;1068874;1068947;739;*;tgc fin;;CDS;1069687;1069905;;; deb;;CDS;1081639;1082031;103;*; ;comp;tRNA;1082135;1082209;168;*;aac fin;;CDS;1082378;1082653;;; deb;comp;CDS;1215924;1217189;597;*; ;;regulatory;1217787;1217947;76;*; fin;;CDS;1218024;1218500;;; deb;comp;CDS;1273601;1274704;142;*; ;comp;regulatory;1274847;1274930;495;*; fin;;CDS;1275426;1275572;;; deb;comp;CDS;1327333;1328361;180;*; ;comp;regulatory;1328542;1328776;221;*; fin;;CDS;1328998;1329948;;; deb;comp;CDS;1333375;1333587;209;*; ;comp;tRNA;1333797;1333873;352;*;cac fin;;CDS;1334226;1337393;;; deb;;CDS;1473437;1474405;269;*; ;;tRNA;1474675;1474750;156;*;acg fin;comp;CDS;1474907;1475239;;; deb;comp;CDS;1597496;1597666;363;*; ;comp;tRNA;1598030;1598106;54;*;atgf ;comp;rRNA;1598161;1598275;194;*;115 ;comp;rRNA;1598470;1601376;270;*;2907 ;comp;tRNA;1601647;1601722;11;*;gca ;comp;tRNA;1601734;1601810;273;*;atc ;comp;rRNA;1602084;1603566;744;*;1483 fin;;CDS;1604311;1605192;;; deb;;CDS;1720169;1720531;113;*; ;;tRNA;1720645;1720719;465;*;gtc fin;;CDS;1721185;1721838;;; </pre> ===abq=== ====abq opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_opérons|abq opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;abq;;genome;;;;;;;;; 68.45%GC;29.12.19 Paris;16s 9 ;88 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; ;125527..126444;;cds;;127;127;;;306;;restriction endonuclease;* comp;126572..126647;;gcg;;206;206;;;;;;* ;126854..127138;;cds;;;;;;95;;YggT family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;163237..164982;;cds;;175;175;;;582;;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;* ;165158..165234;;agg;;59;59;;;;;;* ;165294..166022;;cds;;;;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;188235..189860;;cds;;42;42;;;542;;glycosyltransferase;* comp;189903..189977;;acg;;81;81;;;;;;* comp;190059..191987;;cds;;;;;;643;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;250833..251111;;cds;;169;169;;;93;;hp;* comp;251281..251356;;gcc;;141;141;;;;;;* comp;251498..251893;;cds;;;;;;132;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;458142..458459;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;* ;458669..458758;;tcg;;63;63;;;;;;* comp;458822..459664;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;496776..497171;;cds;;162;162;;;132;;cupin domain-containing protein;* comp;497334..497420;;ttg;;137;137;;;;;;* ;497558..498085;;cds;;;;;;176;;disulfide bond formation protein B;* ;;;;;;;;;;;;* comp;615937..616350;;cds;;121;121;;;138;;hp;* comp;616472..616548;;ccg;+;206;;206;;;;;* comp;616755..616831;;ccg;2 ccg;109;109;;;;;;* comp;616941..617957;;cds;;;;;;339;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;748703..749161;;cds;;38;38;;;153;;hp;* comp;749200..749275;;aca;;91;91;;;;;;* comp;749367..750221;;cds;;144;144;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;750366..750451;;tac;;60;;60;;;;;* ;750512..750585;;gga;;81;81;;;;;;* ;750667..751857;;cds;;153;153;;;397;;elongation factor Tu;* ;752011..752086;;tgg;;69;69;;;;;;* ;752156..752353;;cds;;;;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* comp;794457..795983;;cds;;296;296;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;* ;796280..796355;;aag;+;76;;76;;;;;* ;796432..796507;;aag;2 aag;109;109;;;;;;* comp;796617..797057;;cds;;;;;;147;;MaoC family dehydratase;* ;;;;;;;;;;;;* ;870412..872373;;cds;;159;159;;;654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;872533..872608;;atgi;;5;5;;;;;;* comp;872614..873093;;cds;;134;134;;;160;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;873228..873304;;cgt;;212;212;;;;;;* ;873517..874023;;cds;;;;;;169;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;931962..933011;;cds;;68;68;;;350;;low specificity L-threonine aldolase;* ;933080..933155;;gag;+;38;;38;;;;;* ;933194..933269;;gag;2 gag;72;72;;;;;;* comp;933342..934340;;cds;;;;;;333;;transglycosylase SLT domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;997881..998357;;cds;;246;246;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* comp;998604..998678;;acc;;175;175;;;;;;* comp;998854..1000815;;cds;;;;;;654;;polysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1164137..1165048;;cds;;159;159;;;304;;DUF3108 domain-containing protein;* ;1165208..1165282;;gtg;+;132;;132;;;;;* ;1165415..1165489;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;* ;1165721..1165885;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1242416..1242919;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;* ;1243005..1243081;;ccc;;139;139;;;;;;* comp;1243221..1244999;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1353398..1353895;;cds;;118;118;;;166;;hp;* ;1354014..1354091;;cca;;49;49;;;;;;* ;1354141..1354437;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;* ;1354448..1354524;;aga;;443;*443;;;;;;* ;1354968..1355213;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1370270..1370500;;cds;;196;196;;;77;;hp;* comp;1370697..1370772;;aac;@2;220;;220;;;;;* comp;1370993..1371066;;tgc;;218;218;;;;;;* ;1371285..1371941;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1427443..1427733;;cds;;236;236;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;1427970..1428085;;5s;;129;;;;116;;;* comp;1428215..1430967;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;1431234..1431309;;gca;;30;;;30;;;;* comp;1431340..1431416;;atc;;108;;;;;;;* comp;1431525..1433015;;16s;;779;*779;;;1491;;;* ;1433795..1437778;;cds;;;;;;1328;;non-ribosomal peptide synthetase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1576457..1577296;;cds;;243;243;;;280;;aldo/keto reductase;* comp;1577540..1577615;;gaa;;123;123;;;;;;* comp;1577739..1579538;;cds;;;;;;600;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1723089..1723457;;cds;;344;344;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* comp;1723802..1723878;;gac;;164;;164;;;;;* comp;1724043..1724117;;gta;;106;106;;;;;;* comp;1724224..1724496;;cds;;;;;;91;;HU family DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1730385..1731719;;cds;;91;91;;;445;;trigger factor;* comp;1731811..1731895;;cta;;173;173;;;;;;* comp;1732069..1733634;;cds;;;;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1733741..1735207;;cds;;129;129;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;* comp;1735337..1735412;;cac;+;109;;109;;;;;* comp;1735522..1735597;;cac;2 cac;337;337;;;;;;* ;1735935..1736273;;cds;;;;;;113;;P-II family nitrogen regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1951126..1951752;;cds;;149;149;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;* ;1951902..1951987;;tac;;74;74;;;;;;* comp;1952062..1952424;;cds;;;;;;121;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1996903..1997244;;cds;;595;*595;;;114;;hp;* comp;1997840..1997914;;atgj;;131;131;;;;;;* comp;1998046..1999179;;cds;;;;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;;* ;2086487..2088658;;cds;;156;156;;;724;;malate synthase G;* comp;2088815..2088889;;gtc;;234;234;;;;;;* ;2089124..2090002;;cds;;;;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2303404..2303880;;cds;;414;*414;;;159;;bacterioferritin;* comp;2304295..2304377;;tta;;406;*406;;;;;;* comp;2304784..2305029;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2482875..2484518;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;* comp;2484884..2484974;;tcc;;120;120;;;;;;* comp;2485095..2485898;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2640759..2641325;;cds;;149;149;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;2641475..2641549;;ggc;;688;*688;;;;;;* ;2642238..2642915;;cds;;;;;;226;;dimethylmenaquinone methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2764482..2765567;;cds;;659;*659;;;362;;hp;* comp;2766227..2766300;;ggg;;35;35;;;;;;* comp;2766336..2766995;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2781933..2783774;;cds;;187;187;;;614;;EAL and GGDEF domain-containing protein;* comp;2783962..2784077;;5s;;129;;;;116;;;* comp;2784207..2786959;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;2787215..2787290;;gca;;30;;;30;;;;* comp;2787321..2787397;;atc;;108;;;;;;;* comp;2787506..2789006;;16s;;496;*496;;;1501;;;* comp;2789503..2790207;;cds;;;;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2843264..2843443;;cds;;77;77;;;60;;hp;* comp;2843521..2843597;;cgt;;170;170;;;;;;* ;2843768..2844268;;cds;;;;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;* plasmide2;;;;;;;;;;;;* comp;51090..51836;;cds;;481;*481;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* comp;52318..52393;;tgg;;363;*363;;;;;;* ;52757..53587;;cds;;;;;;277;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;809229..810019;;cds;;870;*870;;;264;;IS5 family transposase;* comp;810890..810966;;atgf;;96;;;;;;;* comp;811063..811178;;5s;;127;;;;116;;;* comp;811306..814058;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;814325..814400;;gca;;30;;;30;;;;* comp;814431..814507;;atc;;108;;;;;;;* comp;814616..816106;;16s;;452;*452;;;1491;;;* comp;816559..817443;;cds;;;;;;295;;helix-turn-helix domain-containing protein;* plasmide4;;;;;;;;;;;;* ;196992..199346;;cds;;148;148;;;785;;mechanosensitive ion channel;* ;199495..199581;;ctg;;30;;30;;;;;* ;199612..199687;;gcc;;188;188;;;;;;* ;199876..201333;;cds;;;;;;486;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;237538..238578;;cds;;92;92;;;347;;response regulator;* comp;238671..238747;;cgg;;96;96;;;;;;* comp;238844..239821;;cds;;;;;;326;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;257739..258470;;cds;;125;125;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;258596..258682;;ctc;;123;123;;;;;;* comp;258806..259108;;cds;;;;;;101;;STAS domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;399367..400527;;cds;;278;278;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;* comp;400806..400921;;5s;;129;;;;116;;;* comp;401051..403803;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;404059..404134;;gca;;30;;;30;;;;* comp;404165..404241;;atc;;108;;;;;;;* comp;404350..405850;;16s;;502;*502;;;1501;;;* comp;406353..406547;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;504531..504893;;cds;;82;82;;;121;;response regulator;* ;504976..505051;;aac;;3;;3;;;;;* ;505055..505131;;gac;;4;;4;;;;;* ;505136..505210;;ggc;;102;102;;;;;;* comp;505313..506080;;cds;;83;83;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;506164..506790;;cds;;202;202;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;* comp;506993..507108;;5s;;127;;;;116;;;* comp;507236..509988;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;510255..510330;;gca;;30;;;30;;;;* comp;510361..510437;;atc;;110;;;;;;;* comp;510548..512038;;16s;;615;*615;;;1491;;;* ;512654..513568;;cds;;;;;;305;;lytic transglycosylase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;588108..590768;;cds;;340;340;;;887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;* ;591109..591184;;ttc;;286;286;;;;;;* ;591471..592979;;cds;;;;;;503;;FAD-binding oxidoreductase;* plasmide5;;;;;;;;;;;;* ;86421..87089;;cds;;455;*455;;;223;;RraA family protein;* ;87545..87619;;ggc;;193;193;;;;;;* ;87813..88865;;cds;;;;;;351;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);* plasmide1;;;;@3;;;;;;;;* >comp;115594..115896;;cds;;394;*394;;;101;;P-IS5/IS1182 family transposase;* comp;116291..116367;;atgf;;96;;;;;;;* comp;116464..116579;;5s;;129;;;;116;;;* comp;116709..119461;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;119717..119792;;gca;;30;;;30;;;;* comp;119823..119899;;atc;;108;;;;;;;* comp;120008..121498;;16s;;740;*740;;;1491;;;* ;122239..123597;;cds;;;;;;453;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;217550..218176;;cds;;123;123;;;209;;ribonuclease D;* comp;218300..218386;;ctg;;228;228;;;;;;* ;218615..219604;;cds;;;;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;300477..301733;;cds;;472;*472;;;419;;exonuclease subunit SbcD;* ;302206..303696;;16s;;108;;;;1491;;;* ;303805..303881;;atc;;30;;;30;;;;* ;303912..303987;;gca;;255;;;;;;;* ;304243..306995;;23s;;129;;;;2753;;;* ;307125..307240;;5s;;96;;;;116;;;* ;307337..307413;;atgf;;161;161;;;;;;* <comp;307575..307805;;cds;;;;;;77;;p-ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;466493..467710;;cds;;231;231;;;406;;site-specific integrase;* comp;467942..468031;;tca;;205;205;;;;;;* comp;468237..468809;;cds;;;;;;191;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;512242..512790;;cds;;136;136;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;* ;512927..513002;;aaa;;209;209;;;;;;* ;513212..514036;;cds;;;;;;275;;DUF3618 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;931813..933912;;cds;;79;79;;;700;;membrane protein;* ;933992..934066;;caa;;382;*382;;;;;;* comp;934449..935270;;cds;;;;;;274;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;948715..949743;;cds;;199;199;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;949943..950016;;cag;;246;246;;;;;;* comp;950263..950829;;cds;;;;;;189;;IS3 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* >;971260..971532;;cds;;493;*493;;;91;;P-hp;* comp;972026..972119;;agc;;197;197;;;;;;* ;972317..972550;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1302373..1303350;;cds;;166;166;;;326;;alpha-1,3-fucosyltransferase;* comp;1303517..1303592;;ttc;;98;98;;;;;;* comp;1303691..1303876;;cds;;;;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;;;;;;;;;;;;* ;1349823..1350929;;cds;;145;145;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;1351075..1353828;;23s;;262;;;;2754;;;* comp;1354091..1355591;;16s;@1;676;*676;;;1501;;;* ;1356268..1356726;;cds;;;;;;153;;MarR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1441708..1443066;;cds;;153;153;;;453;;hp;* ;1443220..1443294;;acc;;1;;1;;;;;* ;1443296..1443371;;gcg;;99;;99;;;;;* ;1443471..1443547;;gac;;44;;44;;;;;* ;1443592..1443666;;gtc;;1;;1;;;;;* ;1443668..1443741;;cag;;137;137;;;;;;* comp;1443879..1446428;;cds;;;;;;850;;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1566394..1566612;;cds;;193;193;;;73;;hp;* comp;1566806..1566921;;5s;;128;;;;116;;;* comp;1567050..1569802;;23s;;254;;;;2753;;;* comp;1570057..1570132;;gca;;30;;;30;;;;* comp;1570163..1570239;;atc;;94;;;;;;;* comp;1570334..1571834;;16s;;444;*444;;;1501;;;* comp;1572279..1572707;;cds;;;;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1723583..1724962;;cds;;94;94;;;460;;hp;* comp;1725057..1725143;;ctc;;475;*475;;;;;;* ;1725619..1726311;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1757680..1760568;;cds;;308;308;;;963;;PAS domain-containing protein;* ;1760877..1760963;;ctg;;29;;29;;;;;* ;1760993..1761068;;gcc;;247;247;;;;;;* comp;1761316..1761840;;cds;;;;;;175;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1854042..1855049;;cds;;135;135;;;336;;inorganic phosphate transporter;* comp;1855185..1855259;;ggc;;243;243;;;;;;* ;1855503..1858685;;cds;;;;;;1061;;AAA family ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;1883235..1883816;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;* ;1884027..1884102;;aac;;4;;4;;;;;* ;1884107..1884183;;gac;;32;32;;;;;;* comp;1884216..1884821;;cds;;;;;;202;;hp;* </pre> ====abq cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_cumuls|abq cumuls]] <pre> abq cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300; avec rRNA;opérons;9;1;2;;1;0;1;;100;17;1;0 ;16atcgca235;5;20;3;;50;7;40;;200;29;30;0 ;Id-atgf;3;40;3;8;100;19;80;;300;24;60;2 ;16s23s;1;60;2;;150;26;120;;400;18;90;9 ;max a;3;80;1;;200;20;160;;500;8;120;11 ;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;8;150;8 ;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;5;180;11 ;total aas;19;140;1;;350;4;280;;800;2;210;9 sans ;opérons;51;160;0;;400;4;320;;900;2;240;6 ;1 aa;38;180;1;;450;4;360;;1000;1;270;6 ;max a;5;200;0;;500;7;400;;1100;1;300;8 ;a doubles;5;;2;;;9;;;;1;;46 ;total aas;68;;17;8;;121;;0;;116;;116 total aas;;87;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;72;30;;227;;;;308;; ;;;variance;72;0;;175;;;;230;; sans jaune;;;moyenne;;;;153;;;;249;;166 ;;;variance;;;;74;;;;142;;71 </pre> ====abq blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_blocs|abq blocs]] <pre> abq blocs;;;;;;;;;;;;;;; bloc;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa; cds;779;1328;non ribosom;496;235;PAP2 fam;502;65;hp;615;305;lytic dom;444;143;DUF1489 $16s;108;§1491;;108;§1501;;108;§1501;;110;1491;;94;§1501; atc;30;;;30;;;30;;;30;;;30;; gca;266;;;255;;;255;;;266;;;254;; $23s;129;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;127;2753;;128;§2753; $5s;236;§116;;187;§116;;278;§116;;202;116;;193;§116; cds;;97;YkgJ fam;;614;EAL & GGDEF;;387;PQQ;;209;pyridoxamine;;73;hp ;;;;;;;;;;;;;;; cds;452;295;Hx-t-Hx;740;453;peptido fam;472;419;exo SbcD;;;;;; $16s;108;§1491;;108;§1491;;108;§1491;;;;;;; atc;30;;;30;;;30;;;;;;;; gca;266;;;255;;;255;;;;cds;676;153;MarR fam; $23s;127;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;;$16s;262;§1501;; $5s;96;§116;;96;§116;;96;§116;;;$23s;145;§2754;; atgf;870;;;394;;;161;;;;cds;;369;GNAT fam; cds;;264;IS5 fam;;101;p-IS5/IS1182;;77;p-ATP-bind;;;;;; </pre> ====abq distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_distribution|abq distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;aag2;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;cac2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;ccg2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;gag2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;gtg2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;ggc;gtc;1;gcc;2;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;3 1aa;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;1 >1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total abq;;38;;;;;38;;abq;20;;;;;;20;;abq;10;;;;;;10;;abq;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====abq données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_données_intercalaires|abq données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abq;fx;fc;abq;fx40;fc40;abq;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;4;0;2;4;-1;0;61;59;127;16s tRNA;; 1;1;10;65;170;1;4;13;-2;1;0;42;206;2* 114;;atc ;0;20;54;138;2;4;15;-3;0;0;81;175;tRNA 23s;; ;0;30;57;90;3;10;20;-4;6;199;169;209;267;;gca ;2;40;17;65;4;11;26;-5;0;0;141;63;256;;gca ;2;50;24;74;5;6;24;-6;1;0;162;137;tRNA tRNA;;intra ;1;60;21;59;6;7;12;-7;1;1;121;144;2* 30;;atc gca 1;2;70;24;47;7;8;15;-8;1;20;109;296;tRNA tRNA;; 3;0;80;31;67;8;4;16;-9;0;0;38;109;206;;ccg ;3;90;24;68;9;6;8;-10;1;1;91;5;**;;ccg ;2;100;29;70;10;5;21;-11;1;6;81;212;60;;tac 1;2;110;29;61;11;3;17;-12;0;0;153;72;**;;gga 1;1;120;23;59;12;6;14;-13;0;4;69;246;76;;aag 1;3;130;26;56;13;6;22;-14;1;3;159;165;**;;aag 2;2;140;21;50;14;2;21;-15;0;0;134;139;38;;gag 2;2;150;27;44;15;8;14;-16;0;1;68;118;**;;gag 1;2;160;25;47;16;11;14;-17;3;2;175;218;132;;gtg 2;2;170;33;37;17;1;8;-18;0;1;231;337;**;;gtg 1;2;180;15;41;18;3;7;-19;0;1;85;74;220;;aac 1;0;190;22;24;19;8;13;-20;0;7;49;595;**;;tgc ;1;200;24;36;20;6;8;-21;0;0;10;156;164;;gac 2;0;210;27;24;21;10;8;-22;0;0;443;234;**;;gta 2;0;220;13;24;22;9;8;-23;3;3;196;187;109;;cac ;0;230;18;16;23;5;3;-24;1;0;243;365;**;;cac 1;1;240;17;19;24;4;9;-25;0;1;123;149;;; 1;1;250;14;17;25;7;11;-26;1;2;344;77;;; ;0;260;16;15;26;6;13;-27;0;0;106;170;;; ;0;270;19;17;27;5;11;-28;0;0;91;;;; ;0;280;15;7;28;3;8;-29;3;2;173;;;; ;0;290;9;2;29;0;8;-30;0;0;129;;;; 1;0;300;6;8;30;8;11;-31;0;4;149;;;; ;0;310;7;9;31;0;11;-32;1;0;131;;;; ;0;320;9;7;32;3;5;-33;0;0;414;;;; ;0;330;8;5;33;2;8;-34;0;0;120;;;; 1;0;340;9;3;34;5;6;-35;0;0;688;;;; ;1;350;3;3;35;3;7;-36;0;0;659;;;; ;0;360;5;3;36;1;9;-37;0;0;35;;;; 1;0;370;8;9;37;1;5;-38;3;0;CDS 16s;;;; ;0;380;6;2;38;0;3;-39;0;0;496;779;;; ;0;390;2;7;39;1;4;-40;0;0;23s 5s;;;; ;0;400;4;4;40;1;7;-41;2;1;2* 134;;;; 1;4;reste;82;57;reste;695;1098;-42;0;0;5s CDS;;;; 27;37;total;890;1565;total;890;1565;-43;0;1;236;187;;; 26;33;diagr;806;1504;diagr;193;463;-44;0;0;;;;; 1;1; t30;176;398;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;888;37;2;927;;;-49;1;0;;;;; ;c;1561;330;4;1895;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;2822;104;;reste;5;7;;;;; ;;;;;;2926;;total;37;330;;;;; </pre> =====abq autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_autres_intercalaires_aas|abq autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abq;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;125527;126444;127;*; ;comp;tRNA;126572;126647;206;*;gcg fin;;CDS;126854;127138;;; deb;comp;CDS;163237;164982;175;*; ;;tRNA;165158;165234;59;*;agg fin;;CDS;165294;166022;;; deb;comp;CDS;188235;189860;42;*; ;comp;tRNA;189903;189977;81;*;acg fin;comp;CDS;190059;191987;;; deb;comp;CDS;250833;251111;169;*; ;comp;tRNA;251281;251356;141;*;gcc fin;comp;CDS;251498;251893;;0; deb;;CDS;409912;410451;134;*; ;;ncRNA;410586;410683;99;*; fin;;CDS;410783;412645;;; deb;comp;CDS;458142;458459;209;*; ;;tRNA;458669;458758;63;*;tcg fin;comp;CDS;458822;459664;;; deb;comp;CDS;496776;497171;162;*; ;comp;tRNA;497334;497420;137;*;ttg fin;;CDS;497558;498085;;; deb;comp;CDS;599094;599591;554;*; ;comp;ncRNA;600146;600563;62;*; fin;comp;CDS;600626;601336;;; deb;comp;CDS;615937;616350;121;*; ;comp;tRNA;616472;616548;206;*;ccg ;comp;tRNA;616755;616831;109;*;ccg fin;comp;CDS;616941;617957;;0; deb;comp;CDS;748703;749161;38;*; ;comp;tRNA;749200;749275;91;*;aca deb;comp;CDS;749367;750221;144;*; ;;tRNA;750366;750451;60;*;tac ;;tRNA;750512;750585;81;*;gga deb;;CDS;750667;751857;153;*; ;;tRNA;752011;752086;69;*;tgg fin;;CDS;752156;752353;;; deb;comp;CDS;794457;795983;296;*; ;;tRNA;796280;796355;76;*;aag ;;tRNA;796432;796507;109;*;aag fin;comp;CDS;796617;797057;;; deb;;CDS;870412;872373;159;*; ;;tRNA;872533;872608;5;*;atgi deb;comp;CDS;872614;873093;134;*; ;comp;tRNA;873228;873304;212;*;cgt fin;;CDS;873517;874023;;; deb;;CDS;931977;933011;68;*; ;;tRNA;933080;933155;38;*;gag ;;tRNA;933194;933269;72;*;gag fin;comp;CDS;933342;934340;;0; deb;;CDS;965995;966240;85;*; ;;regulatory;966326;966425;175;*; fin;;CDS;966601;967713;;; deb;;CDS;987790;988104;13;*; ;;ncRNA;988118;988277;39;*; fin;;CDS;988317;988940;;; deb;;CDS;997881;998357;246;*; ;comp;tRNA;998604;998678;175;*;acc fin;comp;CDS;998854;1000815;;; deb;comp;CDS;1164137;1165042;165;*; ;;tRNA;1165208;1165282;132;*;gtg ;;tRNA;1165415;1165489;231;*;gtg fin;;CDS;1165721;1165885;;; deb;;CDS;1242416;1242919;85;*; ;;tRNA;1243005;1243081;139;*;ccc fin;comp;CDS;1243221;1244972;;0; deb;comp;CDS;1353398;1353895;118;*; ;;tRNA;1354014;1354091;49;*;cca deb;;CDS;1354141;1354437;10;*; ;;tRNA;1354448;1354524;443;*;aga fin;;CDS;1354968;1355213;;0; deb;comp;CDS;1370270;1370500;196;*; ;comp;tRNA;1370697;1370772;220;*;aac ;comp;tRNA;1370993;1371066;218;*;tgc fin;;CDS;1371285;1371941;;; deb;comp;CDS;1427443;1427733;236;*; ;comp;rRNA;1427970;1428085;134;*;116 ;comp;rRNA;1428220;1430966;267;*;2747 ;comp;tRNA;1431234;1431309;30;*;gca ;comp;tRNA;1431340;1431416;114;*;atc ;comp;rRNA;1431531;1433015;779;*;1485 fin;;CDS;1433795;1437778;;; deb;comp;CDS;1553335;1555176;116;*; ;comp;regulatory;1555293;1555405;204;*; fin;;CDS;1555610;1555798;;0; deb;comp;CDS;1576457;1577296;243;*; ;comp;tRNA;1577540;1577615;123;*;gaa fin;comp;CDS;1577739;1579538;;; deb;comp;CDS;1723089;1723457;344;*; ;comp;tRNA;1723802;1723878;164;*;gac ;comp;tRNA;1724043;1724117;106;*;gta fin;comp;CDS;1724224;1724496;;; deb;comp;CDS;1730385;1731719;91;*; ;comp;tRNA;1731811;1731895;173;*;cta fin;comp;CDS;1732069;1733634;;; deb;comp;CDS;1733741;1735207;129;*; ;comp;tRNA;1735337;1735412;109;*;cac ;comp;tRNA;1735522;1735597;337;*;cac fin;;CDS;1735935;1736273;;; deb;comp;CDS;1819331;1820473;69;*; ;comp;regulatory;1820543;1820640;161;*; fin;;CDS;1820802;1821179;;0; deb;comp;CDS;1862505;1863443;95;*; ;;tmRNA;1863539;1863915;31;*; fin;;CDS;1863947;1864516;;; deb;;CDS;1951126;1951752;149;*; ;;tRNA;1951902;1951987;74;*;tac fin;comp;CDS;1952062;1952424;;; deb;;CDS;1996903;1997244;595;*; ;comp;tRNA;1997840;1997914;131;*;atgj fin;comp;CDS;1998046;1999179;;; deb;;CDS;2086487;2088658;156;*; ;comp;tRNA;2088815;2088889;234;*;gtc fin;;CDS;2089124;2090002;;; deb;comp;CDS;2281336;2282022;151;*; ;comp;regulatory;2282174;2282326;63;*; fin;comp;CDS;2282390;2284078;;0; deb;comp;CDS;2303404;2303880;414;*; ;comp;tRNA;2304295;2304377;187;*;tta fin;;CDS;2304565;2304732;;0; deb;;CDS;2482875;2484518;365;*; ;comp;tRNA;2484884;2484974;120;*;tcc fin;comp;CDS;2485095;2485898;;0; deb;;CDS;2526814;2528505;73;*; ;;regulatory;2528579;2528683;49;*; fin;;CDS;2528733;2529680;;1; deb;comp;CDS;2640759;2641325;149;*; ;;tRNA;2641475;2641549;688;*;ggc fin;;CDS;2642238;2642915;;; deb;comp;CDS;2764482;2765567;659;*; ;comp;tRNA;2766227;2766300;35;*;ggg fin;comp;CDS;2766336;2766995;;0; deb;;CDS;2781933;2783774;187;*; ;comp;rRNA;2783962;2784077;134;*;116 ;comp;rRNA;2784212;2786958;256;*;2747 ;comp;tRNA;2787215;2787290;30;*;gca ;comp;tRNA;2787321;2787397;114;*;atc ;comp;rRNA;2787512;2789006;496;*;1495 fin;comp;CDS;2789503;2790207;;; deb;;CDS;2843264;2843443;77;*; ;comp;tRNA;2843521;2843597;170;*;cgt fin;;CDS;2843768;2844268;;0; deb;comp;CDS;2886497;2887705;76;*; ;comp;regulatory;2887782;2887861;126;*; fin;;CDS;2887988;2888500;;; </pre> ====abqp données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_données_intercalaires|abqp données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abqp;fx;fc;abqp;fx40;fc40;abqp;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;30;394;228;16s tRNA;;atc ;0;10;35;82;1;7;10;-2;1;0;123;161;2* 114;; 1;0;20;32;85;2;0;10;-3;0;0;231;382;100;; ;0;30;28;64;3;2;10;-4;1;143;205;199;tRNA 23s;;gca 1;0;40;5;60;4;3;10;-5;0;0;136;246;2* 256;; ;0;50;16;34;5;2;7;-6;0;0;209;19;255;; ;0;60;13;39;6;3;8;-7;0;4;79;197;5s tRNA;; ;0;70;14;41;7;4;8;-8;1;11;166;177;2* 96;;atgf ;1;80;16;38;8;1;7;-9;0;0;98;137;tRNA tRNA;;intra ;0;90;9;28;9;2;6;-10;1;1;308;94;3* 30;;atc gca 1;1;100;15;40;10;11;6;-11;2;12;;418;tRNA tRNA;; ;0;110;15;33;11;2;14;-12;1;0;;247;29;;ctg ;0;120;14;24;12;4;6;-13;0;2;;135;**;;gcc ;1;130;15;23;13;9;15;-14;0;3;;351;4;;aac 2;1;140;17;32;14;0;12;-15;0;1;;213;**;;gac ;0;150;21;29;15;2;5;-16;1;2;;32;1;;acc ;0;160;13;30;16;3;10;-17;1;3;CDS 16s;;99;;gcg 1;1;170;20;25;17;2;6;-18;0;0;444;734;44;;gac 1;0;180;11;15;18;3;9;-19;0;1;;472;1;;gtc ;0;190;14;17;19;4;6;-20;0;1;;643;**;;cag 2;0;200;8;17;20;3;2;-21;0;0;5s CDS;;;; ;2;210;9;16;21;5;8;-22;0;1;-;193;;; 1;0;220;12;19;22;5;5;-23;1;3;23s CDS;;;; 1;0;230;6;10;23;4;5;-24;0;0;-;151;;; ;1;240;8;11;24;1;6;-25;0;1;23s 5s;;;; 2;0;250;14;6;25;3;6;-26;1;4;2* 134;;;; ;0;260;8;7;26;0;8;-27;0;0;133;;;; ;0;270;8;3;27;4;7;-28;1;1;;;;; ;0;280;8;6;28;3;7;-29;0;3;;;;; ;0;290;7;5;29;2;7;-30;0;0;;;;; ;0;300;6;6;30;1;5;-31;1;0;;;;; ;1;310;4;4;31;2;9;-32;1;0;;;;; ;0;320;5;3;32;0;7;-33;1;0;;;;; ;0;330;4;6;33;2;5;-34;0;0;;;;; ;0;340;5;6;34;0;4;-35;0;0;;;;; ;0;350;6;0;35;0;11;-36;0;0;;;;; 1;0;360;4;2;36;0;5;-37;1;0;;;;; ;0;370;1;3;37;0;1;-38;0;0;;;;; ;0;380;1;1;38;0;8;-39;0;0;;;;; 1;0;390;1;3;39;0;5;-40;0;0;;;;; ;1;400;5;0;40;1;5;-41;1;0;;;;; 1;0;reste;43;46;reste;396;628;-42;0;0;;;;; 16;10;total;497;921;total;497;921;-43;1;0;;;;; 15;10;diagr;453;873;diagr;100;291;-44;1;0;;;;; 1;0; t30;95;231;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;496;26;1;523;;;-49;0;1;;;;; ;c;919;235;2;1156;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1679;65;;reste;6;7;;;;; ;;;;;;1744;;total;26;235;;;;; </pre> =====abqp autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_autres_intercalaires_aas|abqp autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abqp;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;115594;115896;394;*; ;comp;tRNA;116291;116367;96;*;atgf ;comp;rRNA;116464;116579;134;*;116 ;comp;rRNA;116714;119460;256;*;2747 ;comp;tRNA;119717;119792;30;*;gca ;comp;tRNA;119823;119899;114;*;atc ;comp;rRNA;120014;121498;734;*;1485 fin;;CDS;122233;123597;;0; deb;;CDS;138420;138878;54;*; ;;regulatory;138933;139152;115;*; fin;;CDS;139268;141196;;; deb;comp;CDS;217550;218176;123;*; ;comp;tRNA;218300;218386;228;*;ctg fin;;CDS;218615;219604;;; deb;comp;CDS;241293;242384;76;*; ;comp;regulatory;242461;242590;232;*; fin;comp;CDS;242823;243398;;; deb;comp;CDS;300477;301733;472;*; ;;rRNA;302206;303690;114;*;1485 ;;tRNA;303805;303881;30;*;atc ;;tRNA;303912;303987;256;*;gca ;;rRNA;304244;306990;134;*;2747 ;;rRNA;307125;307240;96;*;116 ;;tRNA;307337;307413;161;*;atgf fin;comp;CDS;307575;307805;;0; deb;;CDS;353736;354107;193;*; ;;regulatory;354301;354527;305;*; fin;;CDS;354833;355231;;; deb;comp;CDS;358353;360380;175;*; ;;regulatory;360556;360807;103;*; fin;;CDS;360911;361297;;0; deb;;CDS;366313;366825;113;*; ;;regulatory;366939;367191;109;*; fin;;CDS;367301;369220;;; deb;comp;CDS;466493;467710;231;*; ;comp;tRNA;467942;468031;205;*;tca fin;comp;CDS;468237;468809;;; deb;;CDS;512242;512790;136;*; ;;tRNA;512927;513002;209;*;aaa fin;;CDS;513212;514036;;; deb;;CDS;931813;933912;79;*; ;;tRNA;933992;934066;382;*;caa fin;comp;CDS;934449;935270;;; deb;comp;CDS;948715;949743;199;*; ;;tRNA;949943;950016;246;*;cag fin;comp;CDS;950263;950616;;; deb;;CDS;970933;972006;19;*; ;comp;tRNA;972026;972119;197;*;agc fin;;CDS;972317;972550;;0; deb;comp;CDS;1161686;1162450;290;*; ;;regulatory;1162741;1162957;38;*; fin;;CDS;1162996;1164069;;; deb;comp;CDS;1302373;1303350;166;*; ;comp;tRNA;1303517;1303592;98;*;ttc fin;comp;CDS;1303691;1303876;;; deb;;CDS;1349865;1350929;151;*; ;comp;rRNA;1351081;1353827;269;*;2747 ;comp;rRNA;1354097;1355591;643;*;1495 fin;;CDS;1356235;1356726;;; deb;comp;CDS;1441708;1443042;177;*; ;;tRNA;1443220;1443294;1;*;acc ;;tRNA;1443296;1443371;99;*;gcg ;;tRNA;1443471;1443547;44;*;gac ;;tRNA;1443592;1443666;1;*;gtc ;;tRNA;1443668;1443741;137;*;cag fin;comp;CDS;1443879;1444727;;; deb;;CDS;1566394;1566612;193;*; ;comp;rRNA;1566806;1566921;133;*;116 ;comp;rRNA;1567055;1569801;255;*;2747 ;comp;tRNA;1570057;1570132;30;*;gca ;comp;tRNA;1570163;1570239;100;*;atc ;comp;rRNA;1570340;1571834;444;*;1495 fin;comp;CDS;1572279;1572707;;; deb;;CDS;1722755;1724962;94;*; ;comp;tRNA;1725057;1725143;418;*;ctc fin;;CDS;1725562;1726311;;; deb;;CDS;1757680;1760568;308;*; ;;tRNA;1760877;1760963;29;*;ctg ;;tRNA;1760993;1761068;247;*;gcc fin;comp;CDS;1761316;1761840;;0; deb;;CDS;1854042;1855049;135;*; ;comp;tRNA;1855185;1855259;351;*;ggc fin;;CDS;1855611;1858685;;0; deb;comp;CDS;1883235;1883813;213;*; ;;tRNA;1884027;1884102;4;*;aac ;;tRNA;1884107;1884183;32;*;gac fin;comp;CDS;1884216;1884821;;; </pre> ===abs=== ====abs opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_opérons|abs opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;abs;;genome;;;;;;;;; 68.45%GC;10.1.20 Paris;16s 5 ;80 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; comp;16414..16980;;cds;;163;163;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;17144..17218;;ggc;;670;*670;;;;;;* ;17889..18566;;cds;;;;;;226;;demethylmenaquinone methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;84790..85017;;cds;;114;114;;;76;;osmotically-inducible lipoprotein B;* comp;85132..85205;;ggg;;35;35;;;;;;* comp;85241..85900;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;93530..94258;;cds;;60;60;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;* comp;94319..94395;;agg;;175;175;;;;;;* ;94571..96262;;cds;;;;;;564;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;131833..132117;;cds;;206;206;;;95;;YggT family protein;* ;132324..132399;;gcg;;140;140;;;;;;* comp;132540..133586;;cds;;;;;;349;;DMT family transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;483582..484082;;cds;;170;170;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;* ;484253..484329;;cgt;;77;77;;;;;;* comp;484407..484586;;cds;;;;;;60;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;536869..537573;;cds;;495;*495;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;* ;538069..539152;;16s’;@1;189;;;;1084;;;* ;539342..540019;;23s°;;127;;;;678;;;* ;540147..540262;;5s;;153;153;;;116;;;* comp;540416..542290;;cds;;;;;;*625;;GGDEF domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;600048..601079;;cds;;79;79;;;344;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;601159..601233;;acg;;81;81;;;;;;* comp;601315..603243;;cds;;;;;;*643;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;656242..656520;;cds;;169;169;;;93;;hp;* comp;656690..656765;;gcc;;141;141;;;;;;* comp;656907..657305;;cds;;;;;;133;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;864141..864458;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;* ;864668..864757;;tcg;;79;79;;;;;;* comp;864837..865679;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;927651..927896;;cds;;392;*392;;;82;;hp;* ;928289..928371;;tta;;175;175;;;;;;* ;928547..929164;;cds;;;;;;206;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1148345..1149223;;cds;;234;234;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;1149458..1149532;;gtc;;106;106;;;;;;* comp;1149639..1151516;;cds;;;;;;*626;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1243974..1245108;;cds;;131;131;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;1245240..1245314;;atgj;;354;*354;;;;;;* comp;1245669..1246637;;cds;;;;;;323;;NAD(+) diphosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1279875..1280237;;cds;;74;74;;;121;;hp;* comp;1280312..1280397;;tac;;148;148;;;;;;* comp;1280546..1281172;;cds;;;;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1500772..1501110;;cds;;338;338;;;113;;P-II family nitrogen regulator;* ;1501449..1501524;;cac;+;109;;109;;;;;* ;1501634..1501709;;cac;2 cac;129;129;;;;;;* ;1501839..1503305;;cds;;106;106;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;* ;1503412..1504977;;cds;;173;173;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;1505151..1505235;;cta;;91;91;;;;;;* ;1505327..1506661;;cds;;;;;;445;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1511745..1512017;;cds;;105;105;;;91;;HU family DNA-binding protein;* ;1512123..1512197;;gta;;163;;163;;;;;* ;1512361..1512437;;gac;;344;344;;;;;;* ;1512782..1513150;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;;* ;1657596..1659397;;cds;;123;123;;;*601;;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;1659521..1659596;;gaa;;234;234;;;;;;* ;1659831..1660671;;cds;;;;;;280;;aldo/keto reductase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1808199..1808735;;cds;;79;79;;;179;;hp;* ;1808815..1808892;;cca;;49;49;;;;;;* ;1808942..1809238;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;* ;1809249..1809325;;aga;;442;*442;;;;;;* ;1809768..1810013;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1825075..1825305;;cds;;210;210;;;77;;hp;* comp;1825516..1825591;;aac;@2;219;;219;;;;;* comp;1825811..1825884;;tgc;;217;217;;;;;;* ;1826102..1826758;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1878424..1878714;;cds;;244;244;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;1878959..1879074;;5s;;123;;;;116;;;* comp;1879198..1881950;;23s;;272;;;;2753;;;* comp;1882223..1882298;;gca;;32;;;32;;;;* comp;1882331..1882407;;atc;;110;;;;;;;* comp;1882518..1883224;;16s°;;100;100;;;707;;;* <comp;1883325..1883763;;cds;;;;;;146;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1896604..1897080;;cds;;192;192;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* comp;1897273..1897347;;acc;;162;162;;;;;;* comp;1897510..1899495;;cds;;;;;;*662;;polysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2032701..2033588;;cds;;165;165;;;296;;DUF3108 domain-containing protein;* ;2033754..2033828;;gtg;+;132;;132;;;;;* ;2033961..2034035;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;* ;2034267..2034431;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2113098..2113601;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;* ;2113687..2113763;;ccc;;140;140;;;;;;* comp;2113904..2115682;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2163405..2167388;;cds;;775;*775;;;*1328;;non-ribosomal peptide synthetase;* ;2168164..2168552;;16s°;;100;;;;389;;;* comp;2168653..2169323;;16s°;;522;*522;;;671;;;* comp;2169846..2170325;;cds;;;;;;160;;DUF2141 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2176963..2177427;;cds;;107;107;;;155;;membrane protein;* comp;2177535..2177610;;gcc;;30;;30;;;;;* comp;2177641..2177727;;ctg;;135;135;;;;;;* comp;2177863..2180208;;cds;;;;;;*782;;mechanosensitive ion channel;* ;;;;;;;;;;;;* ;2233677..2234435;;cds;;92;92;;;253;;hp;* comp;2234528..2234603;;gag;+;38;;38;;;;;* comp;2234642..2234717;;gag;2 gag;68;68;;;;;;* comp;2234786..2235836;;cds;;;;;;350;;p-low specificity L-threonine aldolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2293087..2293593;;cds;;211;211;;;169;;hp;* ;2293805..2293881;;cgt;;137;137;;;;;;* ;2294019..2294495;;cds;;5;5;;;159;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;2294501..2294576;;atgi;;145;145;;;;;;* comp;2294722..2296683;;cds;;;;;;*654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;;* ;2372946..2373401;;cds;;86;86;;;152;;MaoC family dehydratase;* comp;2373488..2373563;;aag;+;74;;74;;;;;* comp;2373638..2373713;;aag;2 aag;309;309;;;;;;* ;2374023..2375549;;cds;;;;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2418203..2418400;;cds;;69;69;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2418470..2418545;;tgg;;152;152;;;;;;* comp;2418698..2419888;;cds;;81;81;;;397;;elongation factor Tu;* comp;2419970..2420043;;gga;;60;;60;;;;;* comp;2420104..2420189;;tac;;144;144;;;;;;* ;2420334..2421188;;cds;;91;91;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;2421280..2421355;;aca;;137;137;;;;;;* ;2421493..2423187;;cds;;;;;;565;;site-specific integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2561207..2562223;;cds;;109;109;;;339;;farnesyltranstransferase;* ;2562333..2562409;;ccg;+;205;;205;;;;;* ;2562615..2562691;;ccg;2 ccg;136;136;;;;;;* ;2562828..2563241;;cds;;;;;;138;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2680406..2680930;;cds;;140;140;;;175;;disulfide bond formation protein B;* ;2681071..2681157;;ttg;;162;162;;;;;;* ;2681320..2681715;;cds;;;;;;132;;cupin domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2856509..2858152;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;* comp;2858518..2858608;;tcc;;118;118;;;;;;* comp;2858727..2859530;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;* plasmide1;;;@3;;;;;;;;;* ;198109..199200;;cds;;84;84;;;364;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;199285..199360;;aaa;;135;135;;;;;;* comp;199496..200044;;cds;;;;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;243776..244348;;cds;;205;205;;;191;;hp;* ;244554..244643;;tca;;143;143;;;;;;* ;244787..245683;;cds;;;;;;299;;diguanylate cyclase;* ;;;;;;;;;;;;* ;338004..339383;;cds;;116;116;;;460;;hp;* comp;339500..339586;;ctc;;257;257;;;;;;* comp;339844..340836;;cds;;;;;;331;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;364473..365501;;cds;;200;200;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;365702..365775;;cag;;746;*746;;;;;;* ;366522..367214;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;474173..477079;;cds;;298;298;;;*969;;PAS domain-containing protein;* ;477378..477464;;ctg;;30;;30;;;;;* ;477495..477570;;gcc;;238;238;;;;;;* ;477809..478123;;cds;;;;;;105;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;599223..600230;;cds;;245;245;;;336;;inorganic phosphate transporter;* comp;600476..600550;;ggc;;351;*351;;;;;;* ;600902..602071;;cds;;;;;;390;;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;629856..631229;;cds;;154;154;;;458;;tetratricopeptide repeat protein;* ;631384..631458;;acc;;1;;1;;;;;* ;631460..631535;;gcg;;99;;99;;;;;* ;631635..631711;;gac;;35;;35;;;;;* ;631747..631821;;gtc;;1;;1;;;;;* ;631823..631896;;cag;;153;153;;;;;;* ;632050..632259;;cds;;;;;;70;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;699265..699846;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;* ;700057..700132;;aac;;4;;4;;;;;* ;700137..700213;;gac;;32;32;;;;;;* comp;700246..700851;;cds;;;;;;202;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;909530..909766;;cds;;153;153;;;79;;hp;* comp;909920..910035;;5s;;127;;;;116;;;* comp;910163..912915;;23s;;271;;;;2753;;;* comp;913187..913262;;gca;;30;;;30;;;;* comp;913293..913369;;atc;;110;;;;;;;* comp;913480..914970;;16s;;486;*486;;;1491;;;* ;915457..916713;;cds;;;;;;419;;exonuclease subunit SbcD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;998160..999149;;cds;;229;229;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;999379..999465;;ctg;;123;123;;;;;;* ;999589..1000215;;cds;;;;;;209;;ribonuclease D;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1098197..1098655;;cds;;675;*675;;;153;;MarR family transcriptional regulator;* ;1099331..1100821;;16s;;107;;;;1491;;;* ;1100929..1101005;;atc;;31;;;31;;;;* ;1101037..1101112;;gca;;271;;;;;;;* ;1101384..1104136;;23s;;147;147;;;2753;;;* comp;1104284..1105390;;cds;;;;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1157171..1157356;;cds;;98;98;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;1157455..1157530;;ttc;;178;178;;;;;;* ;1157709..1158686;;cds;;;;;;326;;alpha-(1,3)-fucosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1394614..1396740;;cds;;453;*453;;;*709;;PAS domain S-box protein;* ;1397194..1397287;;agc;;52;52;;;;;;* comp;1397340..1397858;;cds;;;;;;173;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1399009..1399830;;cds;;301;301;;;274;;hp;* comp;1400132..1400206;;caa;;79;79;;;;;;* comp;1400286..1402379;;cds;;;;;;*698;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1577667..1578095;;cds;;457;*457;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;* ;1578553..1580043;;16s;;110;;;;1491;;;* ;1580154..1580230;;atc;;31;;;31;;;;* ;1580262..1580337;;gca;;269;;;;;;;* ;1580607..1581986;;23s°;;100;;;;1380;;;* ;1582087..1582616;;23s°;;123;;;;530;;;* ;1582740..1582855;;5s;;100;;;;116;;;* ;1582956..1583032;;atgf;;706;*706;;;;;;* ;1583739..1585157;;cds;;;;;;473;;pyruvate kinase;* plasmide2;;;;;;;;;;;;* ;271302..272090;;cds;;529;*529;;;263;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;272620..272695;;tgg;;480;*480;;;;;;* ;273176..273922;;cds;;;;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;449562..450338;;cds;;465;*465;;;259;;IclR family transcriptional regulator;* ;450804..452289;;16s;;584;;;;1486;;;* ;452874..453640;;23s°;;128;;;;767;;;* ;453769..453884;;5s;;101;;;;116;;;* ;453986..454062;;atgf;;359;*359;;;;;;* comp;454422..457751;;cds;;;;;;*1110;;NERD domain-containing protein;* plasmide4;;;;;;;;;;;;* >comp;131140..131621;;cds;;193;193;;;161;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;* ;131815..131891;;atgf;;202;202;;;;;;* comp;132094..132276;;cds;;;;;;61;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;197300..198643;;cds;;738;*738;;;448;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;199382..199953;;16s°;;193;;;;572;;;* ;200147..200223;;atgf;;437;*437;;;;;;* comp;200661..202571;;cds;;;;;;*637;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;246777..248687;;cds;;208;208;;;*637;;RNA-directed DNA polymerase;* comp;248896..248972;;cgg;;96;96;;;;;;* comp;249069..249983;;cds;;;;;;305;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;319641..319943;;cds;;134;134;;;101;;STAS domain-containing protein;* comp;320078..320164;;ctc;;125;125;;;;;;* ;320290..321018;;cds;;;;;;243;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* comp;401067..402227;;cds;;281;281;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;* comp;402509..402624;;5s;;129;;;;116;;;* comp;402754..403402;;23s°;;106;;;;649;;;* comp;403509..403880;;16s°;;502;*502;;;372;;;* comp;404383..404577;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;501394..501756;;cds;;95;95;;;121;;response regulator;* ;501852..501927;;aac;;4;;4;;;;;* ;501932..502008;;gac;;4;;4;;;;;* ;502013..502087;;ggc;;102;102;;;;;;* comp;502190..502957;;cds;;;;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;503041..503667;;cds;;249;249;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;* comp;503917..504474;;16s°;;547;*547;;;558;;;* ;505022..506005;;cds;;;;;;328;;lytic transglycosylase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;601019..603679;;cds;;358;*358;;;*887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;* ;604038..604113;;ttc;;318;318;;;;;;* >;604432..605613;;cds;;;;;;394;;site-specific integrase;* plasmide6;;;;;;;;;;;;* ;88804..89472;;cds;;397;*397;;;223;;RraA family protein;* ;89870..89944;;ggc;;249;249;;;;;;* ;90194..91186;;cds;;;;;;331;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);* </pre> ====abs cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_cumuls|abs cumuls]] <pre> abs cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300; avec rRNA;opérons;10;1;2;;1;0;1;;100;18;1;0 ;16atcgca235;1;20;3;;50;5;40;;200;29;30;0 ;Id-23s°-atgf;1;40;4;4;100;22;80;;300;26;60;3 ;1623s°5atgf;1;60;1;;150;29;120;;400;20;90;10 ;max a;3;80;1;;200;18;160;;500;7;120;9 ;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;6;150;8 ;autres;7;120;1;;300;3;240;;700;9;180;13 ;total aas;10;140;1;;350;5;280;;800;2;210;9 sans ;opérons;51;160;0;;400;7;320;;900;1;240;6 ;1 aa;39;180;1;;450;2;360;;1000;1;270;8 ;max a;5;200;0;;500;6;400;;1100;0;300;7 ;a doubles;5;;2;;;10;;;;2;;48 ;total aas;67;;17;4;;125;;0;;121;;121 total aas;;;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;71;31;;221;;;;308;; ;;;variance;72;1;;168;;;;230;; sans jaune;;;moyenne;;;;151;;;;242;;166 ;;;variance;;;;72;;;;137;;72 </pre> ====abs blocs==== =====abs blocs abrégé===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_abrégé|abs blocs abrégé]] <pre> abs abq;;; abrégé;nom;; 23s RlmB;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;;* 50s L21;50S ribosomal protein L21;;* AAA fam;AAA family ATPase;;* ab hydrolase;alpha/beta hydrolase;;* ab hydrolase f;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;;* AG cyclase;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;;* ak reductase;aldo/keto reductase;;* ATP bind;ATP-binding cassette domain-containing protein;;* bacteriofer;bacterioferritin;;* bif CoA;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;;* bif NAD;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;;* chemotaxis p;methyl-accepting chemotaxis protein;;* cupin dom;cupin domain-containing protein;;* cyclicN bind;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;;* diG cyclase;diguanylate cyclase;;* dip ABC;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;;* disulfide;disulfide bond formation protein B;;* DMT fam;DMT family transporter;;* DUF1489;DUF1489 domain-containing protein;;* DUF2141;DUF2141 domain-containing protein;;* DUF3108;DUF3108 domain-containing protein;;* DUF3618;DUF3618 domain-containing protein;;* EAL & GGDEF;EAL and GGDEF domain-containing protein;;* elonga Tu;elongation factor Tu;;* ETC complex;ETC complex I subunit;;* exo SbcD;exonuclease subunit SbcD;;* FAD bind;FAD-binding oxidoreductase;;* FadR fam;FadR family transcriptional regulator;;* farnesyl;farnesyltranstransferase;;* fucosyl;alpha-1,3-fucosyltransferase;;* GGDEF dom;GGDEF domain-containing protein;;* glycosyl;glycosyltransferase;;* GNAT fam;GNAT family N-acetyltransferase;;* gyrase YacG;DNA gyrase inhibitor YacG;;* Hase HypA;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;;* helicas RecQ;DNA helicase RecQ;;* HU bind;HU family DNA-binding protein;;* Hx-t-Hx;helix-turn-helix transcriptional regulator;;* Hx-t-Hx dom;helix-turn-helix domain-containing protein;;* IclR fam;IclR family transcriptional regulator;;* inorganic P;inorganic phosphate transporter;;* IS3 fam;IS3 family transposase;;* IS5 fam;IS5 family transposase;;* L-iso-Asp;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;;* lipoyl LipB;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;;* low Thr;low specificity L-threonine aldolase;;* lytic dom;lytic transglycosylase domain-containing protein;;* malate G;malate synthase G;;* malonyl CoA;malonyl-CoA decarboxylase;;* MaoC fam;MaoC family dehydratase;;* MarR fam;MarR family transcriptional regulator;;* mecano ion;mechanosensitive ion channel;;* membrane p;membrane protein;;* menaquinone;dimethylmenaquinone methyltransferase;;* MerR fam;MerR family transcriptional regulator;;* methyl trans;methyltransferase domain-containing protein;;* N-acetyl trans;N-acetyltransferase;;* N-formyl Glu;N-formylglutamate amidohydrolase;;* NAD diP;NAD(+) diphosphatase;;* NADH-quinone;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;;* NDUFA9;complex I NDUFA9 subunit family protein;;* NERD dom;NERD domain-containing protein;;* nitrogen NifQ;nitrogen fixation protein NifQ;;* non ribosom;non-ribosomal peptide synthetase;;* osmose LipB;osmotically-inducible lipoprotein B;;* p-ATP-bind;p-ATP-binding protein;;* p-erythrose;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;;* P-II nitrogen;P-II family nitrogen regulator;;* p-IS5/IS1182;P-IS5/IS1182 family transposase;;* p-low Thr;p-low specificity L-threonine aldolase;;* p-ssDNA exo;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;* pantetheine;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;;* PAP2 fam;phosphatase PAP2 family protein;;* PAS dom;PAS domain-containing protein;;* PAS kinase;PAS domain-containing sensor histidine kinase;;* PAS S-box;PAS domain S-box protein;;* peptido fam;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;* peptido Pal;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;;* polymerase;RNA-directed DNA polymerase;;* polysacchard;polysaccharide biosynthesis protein;;* Ppx/GppA;Ppx/GppA family phosphatase;;* PQQ;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;;* Prolyl-tRNA;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;;* pyridoxamine;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;;* pyruvate kin;pyruvate kinase;;* recombinase;recombinase family protein;;* response reg;response regulator;;* restriction end;restriction endonuclease;;* ribonucleaseD;ribonuclease D;;* RraA fam;RraA family protein;;* SDR fam;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;;* sigma RpoD;RNA polymerase sigma factor RpoD;;* sigma-70 fam;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;;* SLT dom;transglycosylase SLT domain-containing protein;;* ss integrase;site-specific integrase;;* Ss-DNA;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;* STAS dom;STAS domain-containing protein;;* subunit SecE;preprotein translocase subunit SecE;;* tetratricopep;tetratricopeptide repeat protein;;* TIGR02300;TIGR02300 family protein;;* trigger factor;trigger factor;;* tRNA MnmA;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;;* Tyr rec/int;tyrosine-type recombinase/integrase;;* UDP-N-acetyl;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);;* xanthine;xanthine phosphoribosyltransferase;;* YggT fam;YggT family protein;;* YkgJ fam;YkgJ family cysteine cluster protein;;* </pre> =====abs blocs tableau===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_tableau|abs blocs tableau]] <pre> abs blocs;;;;;;;;;;; gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé cds;486;419;SbcD;cds;100;146;P-eryt;cds;675;153;MarR 16s;110;1491;;16s°;110;707;;16s;107;1491; atc;30;;;atc;32;;;atc;31;; gca;271;;;gca;272;;;gca;271;; 23s;127;2753;;23s;123;2753;;23s;147;2753; 5s;153;116;;5s;244;116;;cds;;369;GNAT cds;;79;hp;cds;;97;YkgJ;;;; ;;;;;;;;;;; cds;457;143;DUF1489;;;;;;;; 16s;110;1491;;;;;;;;; atc;31;;;;;;;;;; gca;269;;;;;10 cds < 259 sur 20;;;;; 23s°;100;1380;;;;Dont 2 hp + 1 p;;;;; 23s°;123;530;;;;;;;;; 5s;100;116;;;;;;;;; atgf;706;;;;;;;;;; cds;;473;pyruvat;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; cds;465;259;IclR;cds;502;65;hp;cds;495;235;PAP2 16s;584;1486;;16s°;106;372;;16s’;189;1084; 23s°;128;767;;23s°;129;649;;23s°;127;678; 5s;101;116;;5s;281;116;;5s;153;116; atgf;359;;;cds;;387;PQQ;cds;;625;GGDEF cds;;1110;NERD;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; 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(d'où?) 3 fois <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;gtRNAdb;;;;; ;abs;genome;;;;;;;;;abq;genome;;;; 68.45%GC;10.1.20 Paris;80 aas;intercalaires;cdsa;protéines;;;;;68.45%GC;29.12.19 Paris;88 aas;intercalaires;cdsa;protéines; Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;chromosome;;;;;; ;2856509..2858152;cds;365;548;recombinase;* CHA1;;* comp;;;2482875..2484518;cds;365;548;recombinase;* CHA1 comp;2858518..2858608;tcc;118;;;*;;* hp caracter;;comp;2484884..2484974;tcc;120;;;* comp;2858727..2859530;cds;;268;ab hydrolase;* ;;* modif;;comp;2485095..2485898;cds;;268;ab hydrolase;* ;;;;;;;;* déplacé;;;;;;;;* comp;16414..16980;cds;163;189;Prolyl-tRNA;* ;;* d’où?;;comp;2640759..2641325;cds;149;189;Prolyl-tRNA;* ;17144..17218;ggc;670;;;*;;* recomb;;;2641475..2641549;ggc;688;;;* ;17889..18566;cds;;226;menaquinone;*;;* insertion;;;2642238..2642915;cds;;226;menaquinone;* ;;;;;;*;;* bloc?;;;;;;;;* ;84790..85017;cds;114;76;@osmose LipB;* comp;;* réunion;;comp;2764482..2765567;cds;659;362;@hp;* comp;85132..85205;ggg;35;;;*;;* recombi;;comp;2766227..2766300;ggg;35;;;* comp;85241..85900;cds;;220;N-acetyl trans;*;;;;comp;2766336..2766995;cds;;220;N-acetyl trans;* ;;;;;;;;;;;;;;;; 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ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;cac2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;ccg2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;gag2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;gtg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;;gtc;1;gcc;2;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;ggc;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;3 1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;1 >1aa;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total abs;;39;;;;;;;abs;20;;;;;;20;;abs;10;;;;;;10;;abs;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====abs données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_données_intercalaires|abs données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abs;fx;fc;abs;fx40;fc40;abs;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;55;670;163;tRNA 23s;; 1;1;10;65;167;1;4;12;-2;1;0;35;114;272;;gca ;0;20;41;134;2;1;18;-3;0;0;60;175;tRNA tRNA;;contig ;0;30;61;89;3;13;20;-4;3;194;81;206;32;;atc gca ;1;40;24;76;4;13;21;-5;0;0;169;140;tRNA tRNA;; ;1;50;27;62;5;2;24;-6;1;0;141;170;109;;cac ;1;60;25;63;6;14;9;-7;1;4;175;77;**;;cac ;2;70;16;52;7;9;14;-8;0;23;131;79;163;;gta 5;0;80;34;64;8;1;17;-9;0;0;148;209;**;;gac 1;3;90;28;70;9;6;11;-10;1;2;129;79;219;;aac 1;2;100;32;71;10;2;21;-11;0;7;173;187;**;;tgc 2;2;110;29;52;11;3;20;-12;0;0;91;234;132;;gtg 1;1;120;22;59;12;5;13;-13;0;3;105;106;**;;gtg ;2;130;24;59;13;4;23;-14;0;4;344;354;30;;gcc 3;5;140;25;54;14;4;15;-15;1;0;123;74;**;;ctg 1;3;150;21;52;15;4;17;-16;0;1;234;338;38;;gag ;1;160;29;37;16;4;9;-17;4;2;49;79;**;;gag 3;3;170;30;36;17;1;6;-18;0;1;10;217;74;;aag 1;2;180;24;43;18;5;6;-19;1;1;442;192;**;;aag 1;0;190;19;35;19;9;13;-20;1;4;210;165;60;;gga 1;0;200;17;34;20;2;12;-21;0;1;162;140;**;;tac 2;1;210;13;17;21;12;5;-22;0;0;231;107;205;;ccg 2;0;220;23;23;22;12;7;-23;2;3;85;92;**;;ccg ;0;230;13;22;23;3;7;-24;1;0;135;211;;; 1;2;240;13;15;24;9;11;-25;1;2;68;5;;; ;0;250;17;15;25;6;11;-26;0;2;134;86;;; ;0;260;9;15;26;0;9;-27;0;0;145;309;;; ;0;270;18;18;27;5;10;-28;0;0;69;144;;; ;0;280;10;11;28;6;12;-29;5;1;152;140;;; ;0;290;9;10;29;2;9;-30;0;0;81;365;;; ;0;300;10;7;30;6;8;-31;1;2;91;;;; 1;0;310;6;10;31;1;11;-32;1;0;137;;;; ;0;320;7;9;32;1;7;-33;0;0;109;;;; ;0;330;10;3;33;4;10;-34;0;0;136;;;; 1;0;340;11;2;34;4;5;-35;1;1;162;;;; ;1;350;4;2;35;4;6;-36;0;0;118;;;; 1;0;360;5;5;36;1;5;-37;0;0;23s 5s;;;; 1;0;370;8;7;37;6;8;-38;1;0;128;;;; ;0;380;2;3;38;1;8;-39;0;0;5s CDS;;;; ;0;390;4;2;39;2;10;-40;0;0;244;153;;; ;0;400;6;4;40;0;6;-41;0;0;;;;; ;2;reste;90;55;reste;690;1098;-42;0;0;;;;; 30;36;total;883;1570;total;883;1570;-43;0;0;;;;; 30;34;diagr;791;1509;diagr;191;466;-44;0;0;;;;; 1;1; t30;167;390;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;881;34;2;917;;;-49;1;0;;;;; ;c;1564;324;6;1894;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;2811;110;;reste;3;11;;;;; ;;;;;;2921;;total;34;324;;;;; </pre> =====abs autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_autres_intercalaires_aas|abs autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abs;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;16414;16980;163;*; ;;tRNA;17144;17218;670;*;ggc fin;;CDS;17889;18566;;; deb;;CDS;84790;85017;114;*; ;comp;tRNA;85132;85205;35;*;ggg fin;comp;CDS;85241;85900;;0; deb;comp;CDS;93530;94258;60;*; ;comp;tRNA;94319;94395;175;*;agg fin;;CDS;94571;96262;;0; deb;comp;CDS;131833;132117;206;*; ;;tRNA;132324;132399;140;*;gcg fin;comp;CDS;132540;133586;;; deb;comp;CDS;440193;440705;127;*; ;;regulatory;440833;440912;76;*; fin;;CDS;440989;442197;;; deb;comp;CDS;483582;484082;170;*; ;;tRNA;484253;484329;77;*;cgt fin;comp;CDS;484407;484586;;0; deb;;CDS;536869;537573;506;*; ;;misc_f;538080;538894;491;*; ;;misc_f;539386;539554;19;*; ;;misc_f;539574;539733;19;*; ;;misc_f;539753;540001;145;*; ;;rRNA;540147;540262;153;*;116 fin;comp;CDS;540416;542290;;0; deb;;CDS;600048;601079;79;*; ;comp;tRNA;601159;601233;81;*;acg fin;comp;CDS;601315;603243;;; deb;comp;CDS;656242;656520;169;*; ;comp;tRNA;656690;656765;141;*;gcc fin;comp;CDS;656907;657305;;0; deb;;CDS;815905;816444;135;*; ;;ncRNA;816580;816677;99;*; fin;;CDS;816777;818633;;; deb;comp;CDS;864141;864458;209;*; ;;tRNA;864668;864757;79;*;tcg fin;comp;CDS;864837;865679;;; deb;comp;CDS;927934;928101;187;*; ;;tRNA;928289;928371;175;*;tta fin;;CDS;928547;929164;;; deb;;CDS;946069;947757;64;*; ;;regulatory;947822;947974;151;*; fin;;CDS;948126;948812;;; deb;comp;CDS;1148345;1149223;234;*; ;;tRNA;1149458;1149532;106;*;gtc fin;comp;CDS;1149639;1151516;;; deb;;CDS;1244040;1245108;131;*; ;;tRNA;1245240;1245314;354;*;atgj fin;comp;CDS;1245669;1246637;;; deb;;CDS;1279875;1280237;74;*; ;comp;tRNA;1280312;1280397;148;*;tac fin;comp;CDS;1280546;1281172;;; deb;comp;CDS;1369782;1370351;31;*; ;comp;tmRNA;1370383;1370759;95;*; fin;;CDS;1370855;1371793;;; deb;comp;CDS;1414313;1414690;160;*; ;;regulatory;1414851;1414948;69;*; fin;;CDS;1415018;1416172;;; deb;comp;CDS;1500772;1501110;338;*; ;;tRNA;1501449;1501524;109;*;cac ;;tRNA;1501634;1501709;129;*;cac fin;;CDS;1501839;1503305;;; deb;;CDS;1503412;1504977;173;*; ;;tRNA;1505151;1505235;91;*;cta fin;;CDS;1505327;1506661;;; deb;;CDS;1511745;1512017;105;*; ;;tRNA;1512123;1512197;163;*;gta ;;tRNA;1512361;1512437;344;*;gac fin;;CDS;1512782;1513150;;; deb;;CDS;1657596;1659397;123;*; ;;tRNA;1659521;1659596;234;*;gaa fin;;CDS;1659831;1660671;;; deb;comp;CDS;1671855;1672043;204;*; ;;regulatory;1672248;1672360;116;*; fin;;CDS;1672477;1674318;;0; deb;comp;CDS;1808199;1808735;79;*; ;;tRNA;1808815;1808892;49;*;cca deb;;CDS;1808942;1809238;10;*; ;;tRNA;1809249;1809325;442;*;aga fin;;CDS;1809768;1810013;;0; deb;comp;CDS;1825075;1825305;210;*; ;comp;tRNA;1825516;1825591;219;*;aac ;comp;tRNA;1825811;1825884;217;*;tgc fin;;CDS;1826102;1826758;;; deb;comp;CDS;1878424;1878714;244;*; ;comp;rRNA;1878959;1879074;128;*;116 ;comp;rRNA;1879203;1881950;272;*;2748 ;comp;tRNA;1882223;1882298;32;*;gca ;comp;tRNA;1882331;1882407;129;*;atc ;comp;misc_f;1882537;1883185;139;*; fin;comp;CDS;1883325;1883763;;; deb;;CDS;1886482;1886796;13;*; ;;ncRNA;1886810;1886969;39;*; fin;;CDS;1887009;1887617;;; deb;;CDS;1896604;1897080;192;*; ;comp;tRNA;1897273;1897347;162;*;acc fin;comp;CDS;1897510;1899495;;; deb;comp;CDS;2032701;2033588;165;*; ;;tRNA;2033754;2033828;132;*;gtg ;;tRNA;2033961;2034035;231;*;gtg fin;;CDS;2034267;2034431;;; deb;;CDS;2113098;2113601;85;*; ;;tRNA;2113687;2113763;140;*;ccc fin;comp;CDS;2113904;2115682;;0; deb;comp;CDS;2163405;2167388;813;*; ;;misc_f;2168202;2168532;294;*; ;comp;misc_f;2168827;2169315;530;*; fin;comp;CDS;2169846;2170325;;; deb;;CDS;2176963;2177427;107;*; ;comp;tRNA;2177535;2177610;30;*;gcc ;comp;tRNA;2177641;2177727;135;*;ctg fin;comp;CDS;2177863;2180208;;0; deb;comp;CDS;2197944;2199056;175;*; ;comp;regulatory;2199232;2199345;72;*; fin;comp;CDS;2199418;2199663;;0; deb;;CDS;2233677;2234435;92;*; ;comp;tRNA;2234528;2234603;38;*;gag ;comp;tRNA;2234642;2234717;68;*;gag fin;comp;CDS;2234786;2235821;;; deb;comp;CDS;2293087;2293593;211;*; ;;tRNA;2293805;2293881;134;*;cgt deb;;CDS;2294016;2294495;5;*; ;comp;tRNA;2294501;2294576;145;*;atgi fin;comp;CDS;2294722;2296683;;; deb;;CDS;2372946;2373401;86;*; ;comp;tRNA;2373488;2373563;74;*;aag ;comp;tRNA;2373638;2373713;309;*;aag fin;;CDS;2374023;2375549;;1; deb;comp;CDS;2418203;2418400;69;*; ;comp;tRNA;2418470;2418545;152;*;tgg deb;comp;CDS;2418698;2419888;81;*; ;comp;tRNA;2419970;2420043;60;*;gga ;comp;tRNA;2420104;2420189;144;*;tac deb;;CDS;2420334;2421188;91;*; ;;tRNA;2421280;2421355;137;*;aca fin;;CDS;2421493;2423187;;; deb;;CDS;2561207;2562223;109;*; ;;tRNA;2562333;2562409;205;*;ccg ;;tRNA;2562615;2562691;136;*;ccg fin;;CDS;2562828;2563241;;0; deb;;CDS;2577826;2578533;62;*; ;;ncRNA;2578596;2578998;554;*; fin;;CDS;2579553;2580050;;; deb;comp;CDS;2680406;2680930;140;*; ;;tRNA;2681071;2681157;162;*;ttg fin;;CDS;2681320;2681715;;; deb;;CDS;2856509;2858152;365;*; ;comp;tRNA;2858518;2858608;118;*;tcc fin;comp;CDS;2858727;2859530;;0; deb;;CDS;2940550;2940948;67;*; ;;regulatory;2941016;2941120;49;*; fin;;CDS;2941170;2942093;;0; </pre> ====absp données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_données_intercalaires|absp données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;absp;fx;fc;absp;fx40;fc40;absp;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;0;0;0;0;0;-1;0;26;135;84;16s tRNA;; ;0;10;38;87;1;4;8;-2;2;0;205;116;2* 116;;atc ;0;20;28;81;2;1;9;-3;0;0;143;200;113;;atc ;0;30;27;59;3;4;16;-4;2;124;257;245;tRNA 23s;; 1;0;40;12;44;4;7;10;-5;0;0;746;351;272;;gca ;0;50;15;38;5;3;7;-6;0;0;298;178;270;;gca 1;0;60;8;39;6;2;3;-7;0;1;238;213;5s tRNA;; ;0;70;14;33;7;7;7;-8;1;12;153;32;100;;atgf ;1;80;15;31;8;0;11;-9;0;0;123;229;tRNA tRNA;;intra 1;0;90;14;23;9;2;5;-10;1;0;98;52;30;;atc gca ;1;100;9;41;10;8;11;-11;1;6;178;301;2* 31;;atc gca ;0;110;13;29;11;1;7;-12;1;0;453;;tRNA tRNA;; 1;0;120;18;28;12;0;6;-13;0;2;79;;30;;ctg ;1;130;12;24;13;5;14;-14;0;4;706;;**;;gcc ;1;140;15;34;14;1;15;-15;0;0;CDS 16s;;1;;acc ;1;150;18;25;15;3;3;-16;1;1;457;486;99;;gcg ;1;160;8;22;16;4;9;-17;0;2;;642;35;;gac ;0;170;26;30;17;3;6;-18;0;0;23s 5s;;1;;gtc 1;1;180;8;19;18;4;10;-19;0;1;128;;**;;cag ;0;190;10;14;19;3;7;-20;3;1;132;;4;;aac 1;0;200;6;12;20;4;4;-21;0;0;23s CDS;;**;;gac ;1;210;6;10;21;1;6;-22;0;0;-;151;;; 1;0;220;12;17;22;8;3;-23;0;1;5s CDS;;;; 1;0;230;6;9;23;5;5;-24;0;0;-;153;;; ;1;240;12;11;24;1;3;-25;0;1;;;;; 1;0;250;6;13;25;4;9;-26;1;2;;;;; ;1;260;6;8;26;4;9;-27;0;0;;;;; ;0;270;11;9;27;1;8;-28;1;1;;;;; ;0;280;9;5;28;1;8;-29;0;1;;;;; ;0;290;4;3;29;2;4;-30;0;0;;;;; ;1;300;5;5;30;0;4;-31;1;0;;;;; 1;0;310;2;3;31;1;3;-32;0;0;;;;; ;0;320;6;3;32;2;3;-33;0;0;;;;; ;0;330;4;2;33;1;3;-34;0;0;;;;; ;0;340;5;7;34;2;7;-35;0;2;;;;; ;0;350;6;1;35;1;8;-36;0;0;;;;; 1;0;360;2;3;36;1;4;-37;1;0;;;;; ;0;370;1;4;37;1;3;-38;0;2;;;;; ;0;380;0;1;38;0;5;-39;0;0;;;;; ;0;390;1;0;39;2;6;-40;0;0;;;;; ;0;400;2;2;40;1;2;-41;1;1;;;;; ;3;reste;52;44;reste;367;602;-42;0;0;;;;; 11;14;total;472;873;total;472;873;-43;1;0;;;;; 11;11;diagr;420;829;diagr;105;271;-44;1;0;;;;; 0;0; t30;93;227;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;472;25;0;497;;;-49;0;1;;;;; ;c;873;206;0;1079;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1576;54;;reste;5;14;;;;; </pre> =====absp autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_autres_intercalaires_aas|absp autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;absp;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;198109;199200;84;*; ;comp;tRNA;199285;199360;135;*;aaa fin;comp;CDS;199496;200044;;; deb;;CDS;243776;244348;205;*; ;;tRNA;244554;244643;143;*;tca fin;;CDS;244787;245683;;0; deb;;CDS;338004;339383;116;*; ;comp;tRNA;339500;339586;257;*;ctc fin;comp;CDS;339844;340836;;; deb;comp;CDS;364473;365501;200;*; ;;tRNA;365702;365775;746;*;cag fin;;CDS;366522;367214;;; deb;;CDS;474173;477079;298;*; ;;tRNA;477378;477464;30;*;ctg ;;tRNA;477495;477570;238;*;gcc fin;;CDS;477809;478123;;; deb;comp;CDS;496623;497399;289;*; ;;regulatory;497689;497905;38;*; fin;;CDS;497944;499011;;; deb;;CDS;599223;600230;245;*; ;comp;tRNA;600476;600550;351;*;ggc fin;;CDS;600902;602071;;; deb;comp;CDS;629856;631205;178;*; ;;tRNA;631384;631458;1;*;acc ;;tRNA;631460;631535;99;*;gcg ;;tRNA;631635;631711;35;*;gac ;;tRNA;631747;631821;1;*;gtc ;;tRNA;631823;631896;153;*;cag fin;;CDS;632050;632259;;; deb;comp;CDS;699265;699843;213;*; ;;tRNA;700057;700132;4;*;aac ;;tRNA;700137;700213;32;*;gac fin;comp;CDS;700246;700851;;; deb;;CDS;909530;909766;153;*; ;comp;rRNA;909920;910035;132;*;116 ;comp;rRNA;910168;912914;272;*;2747 ;comp;tRNA;913187;913262;30;*;gca ;comp;tRNA;913293;913369;116;*;atc ;comp;rRNA;913486;914970;486;*;1485 fin;;CDS;915457;916713;;; deb;comp;CDS;975367;977091;141;*; ;;regulatory;977233;977362;74;*; fin;;CDS;977437;978516;;; deb;comp;CDS;998160;999149;229;*; ;;tRNA;999379;999465;123;*;ctg fin;;CDS;999589;1000215;;; deb;comp;CDS;1066729;1068657;115;*; ;comp;regulatory;1068773;1068992;54;*; fin;comp;CDS;1069047;1069505;;0; deb;comp;CDS;1098197;1098688;642;*; ;;rRNA;1099331;1100815;113;*;1485 ;;tRNA;1100929;1101005;31;*;atc ;;tRNA;1101037;1101112;272;*;gca ;;rRNA;1101385;1104132;151;*;2748 fin;comp;CDS;1104284;1105390;;; deb;;CDS;1157171;1157356;98;*; ;;tRNA;1157455;1157530;178;*;ttc fin;;CDS;1157709;1158686;;; deb;;CDS;1394614;1396740;453;*; ;;tRNA;1397194;1397287;52;*;agc fin;comp;CDS;1397340;1397858;;; deb;;CDS;1399009;1399830;301;*; ;comp;tRNA;1400132;1400206;79;*;caa fin;comp;CDS;1400286;1402385;;; deb;;CDS;1577667;1578095;457;*; ;;rRNA;1578553;1580037;116;*;1485 ;;tRNA;1580154;1580230;31;*;atc ;;tRNA;1580262;1580337;270;*;gca ;;rRNA;1580608;1582611;128;*;2004 ;;rRNA;1582740;1582855;100;*;116 ;;tRNA;1582956;1583032;706;*;atgf fin;;CDS;1583739;1585157;;0; </pre> ===agr=== ====agr opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_opérons|agr opérons]] <pre> 59.3%GC;29.12.19 Paris;16s 5 ;58 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Agrobacterium sp. H13-3 ;;;;;;;;;;;; chromosoml;;;;;;;;;;;; comp;1064633..1065274;;cds;;296;296;;;214;;hp;* ;1065571..1065655;;ttg;;266;266;;;;;;* ;1065922..1066437;;cds;;;;;;172;;disulfide bond formation protein B;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1178605..1179114;;cds;;256;256;;;170;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;1179371..1179445;;ggc;@1;793;;793;;;;;* comp;1180239..1180315;;atgj;;135;135;;;;;;* comp;1180451..1181647;;cds;;;;;;399;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1320644..1321006;;cds;;318;318;;;121;;hp;* comp;1321325..1321414;;tcg;;197;197;;;;;;* comp;1321612..1322493;;cds;;;;;;294;;dihydrodipicolinate synthase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1361929..1362942;;cds;;554;*554;;;338;;sugar ABC transporter substrate-binding protein;* comp;1363497..1363571;;gtc;;81;81;;;;;;* comp;1363653..1364015;;cds;;;;;;121;;response regulator;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1426814..1427137;;cds;;105;105;;;108;;hp;* ;1427243..1428733;;16s;;337;;;;1491;;;* ;1429071..1429147;;atc;;59;;;59;;;;* ;1429207..1429282;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;1429429..1429626;;cds;@2;241;241;;;66;;P-hp;* ;1429868..1432681;;23s;;242;;;;2814;;;* ;1432924..1433038;;5s;;257;;;;115;;;* ;1433296..1433372;;atgf;;311;311;;;;;;* ;1433684..1434118;;cds;;;;;;145;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;* ;;;;;;;;;;;;* ;1503534..1504520;;cds;;122;122;;;329;;beta-ketoacyl-ACP synthase III;* comp;1504643..1504716;;cag;;123;123;;;;;;* comp;1504840..1505277;;cds;;;;;;146;;Lrp/AsnC family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1605356..1605856;;cds;;71;71;;;167;;hp;* comp;1605928..1606003;;gcc;;152;152;;;;;;* comp;1606156..1606545;;cds;;;;;;130;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1687683..1688015;;cds;;105;105;;;111;;hp;* ;1688121..1689611;;16s;;337;;;;1491;;;* ;1689949..1690025;;atc;;59;;;59;;;;* ;1690085..1690160;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;1690307..1690504;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;1690746..1693559;;23s;;242;;;;2814;;;* ;1693802..1693916;;5s;;257;;;;115;;;* ;1694174..1694250;;atgf;;203;203;;;;;;* comp;1694454..1694645;;cds;;;;;;64;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;2103153..2103404;;cds;;105;105;;;84;;P-hp;* ;2103510..2105000;;16s;;337;;;;1491;;;* ;2105338..2105414;;atc;;59;;;59;;;;* ;2105474..2105549;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;2105696..2105893;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;2106135..2108948;;23s;;242;;;;2814;;;* ;2109191..2109305;;5s;;257;;;;115;;;* ;2109563..2109639;;atgf;;633;*633;;;;;;* ;2110273..2110680;;cds;;;;;;136;;membrane protein;* chromosomc;;;;;;;;;;;;* <comp;56862..57137;;cds;;105;105;;;92;;P-hp;* ;57243..58733;;16s;;337;;;;1491;;;* ;59071..59147;;atc;;59;;;59;;;;* ;59207..59282;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;59429..59626;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;59868..62681;;23s;;242;;;;2814;;;* ;62924..63038;;5s;;257;;;;115;;;* ;63296..63372;;atgf;;196;196;;;;;;* ;63569..65377;;cds;;;;;;*603;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;125821..127722;;cds;;287;287;;;*634;;molecular chaperone DnaK;* comp;128010..128099;;tcc;;220;220;;;;;;* ;128320..128637;;cds;;;;;;106;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;227621..228004;;cds;;240;240;;;128;;membrane protein;* comp;228245..228331;;ctg;;120;120;;;;;;* comp;228452..228757;;cds;;;;;;102;;SelT/SelW/SelH family protein;* ;;;;;;;;;;;;* >;378307..378396;;cds;;40;40;;;30;;P-hp;* ;378437..378513;;cgt;;174;174;;;;;;* ;378688..379500;;cds;;;;;;271;;class I SAM-dependent methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;407277..407435;;cds;;167;167;;;53;;YqaE/Pmp3 family membrane protein;* comp;407603..407678;;acg;;137;137;;;;;;* comp;407816..408778;;cds;;;;;;321;;nitronate monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;425990..427087;;cds;;56;56;;;366;;2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase;* ;427144..427217;;ggg;;154;154;;;;;;* ;427372..428058;;cds;;;;;;229;;aquaporin Z;* ;;;;;;;;;;;;* ;458659..459081;;cds;;285;285;;;141;;hp;* ;459367..459442;;ttc;;246;246;;;;;;* comp;459689..460033;;cds;;;;;;115;;cation:proton antiporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;493759..494025;;cds;;155;155;;;89;;hp;* ;494181..494255;;acc;;195;195;;;;;;* comp;494451..495686;;cds;;;;;;412;;flagellin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;564938..568684;;cds;;361;*361;;;*1249;;PAS domain S-box protein;* ;569046..569122;;cac;;79;79;;;;;;* ;569202..570920;;cds;;;;;;573;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;763448..764356;;cds;;202;202;;;303;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;764559..764633;;caa;;263;263;;;;;;* comp;764897..766549;;cds;;;;;;551;;malate dehydrogenase (quinone);* ;;;;;;;;;;;;* comp;767020..767439;;cds;;264;264;;;140;;hp;* ;767704..767780;;ccg;;159;159;;;;;;* comp;767940..768260;;cds;;;;;;107;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;960360..960701;;cds;;163;163;;;114;;hp;* ;960865..960955;;agc;;500;*500;;;;;;* comp;961456..961671;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1123408..1124136;;cds;;141;141;;;243;;hp;* ;1124278..1124363;;tta;;241;241;;;;;;* ;1124605..1127115;;cds;;;;;;*837;;copper-translocating P-type ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1154411..1154803;;cds;;91;91;;;131;;DUF2934 domain-containing protein;* comp;1154895..1154969;;aac;;176;176;;;;;;* ;1155146..1155424;;cds;;;;;;93;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1162767..1163027;;cds;;138;138;;;87;;hp;* comp;1163166..1163242;;ccc;;218;218;;;;;;* ;1163461..1163997;;cds;;;;;;179;;DUF1269 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1192452..1194650;;cds;;660;*660;;;*733;;esterase-like activity of phytase family protein;* comp;1195311..1195386;;gta;+;446;;446;;;;;* ;1195833..1195909;;gac;2 gac;41;;41;;;;;* ;1195951..1196027;;gac;;435;*435;;;;;;* ;1196463..1196828;;cds;;;;;;122;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;;* ;1421863..1422201;;cds;;134;134;;;113;;hp;* comp;1422336..1422425;;tca;;88;88;;;;;;* comp;1422514..1422678;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1468229..1469110;;cds;;180;180;;;294;;HNH endonuclease;* comp;1469291..1469367;;atgf;;132;132;;;;;;* comp;1469500..1470450;;cds;;;;;;317;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1508458..1508883;;cds;;558;*558;;;142;;PAS domain-containing protein;* comp;1509442..1509526;;ctc;;189;189;;;;;;* ;1509716..1510447;;cds;;;;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;1531160..1531933;;cds;;447;*447;;;258;;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;* ;1532381..1532455;;gaa;;121;121;;;;;;* ;1532577..1532818;;cds;;89;89;;;81;;P-hp;* ;1532908..1532982;;gaa;;129;129;;;;;;* comp;1533112..1534920;;cds;;;;;;*603;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;;;;;;;;;;;;* ;1584509..1584763;;cds;;155;155;;;85;;GlsB/YeaQ/YmgE family stress response membrane protein;* ;1584919..1584994;;aag;;134;134;;;;;;* comp;1585129..1585575;;cds;;;;;;149;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1612420..1613898;;cds;;240;240;;;493;;trigger factor;* comp;1614139..1614221;;cta;;447;*447;;;;;;* <;1614669..1614876;;cds;;;;;;69;;P-hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1672216..1672887;;cds;;245;245;;;224;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* comp;1673133..1673206;;tgc;;240;240;;;;;;* comp;1673447..1673599;;cds;;;;;;51;;DUF3309 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1744688..1745434;;cds;;341;341;;;249;;cytochrome c biogenesis protein CcdA;* ;1745776..1745851;;aaa;;310;310;;;;;;* ;1746162..1746743;;cds;;;;;;194;;DUF1003 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1770727..1772280;;cds;;91;91;;;518;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;1772372..1772448;;cca;;265;265;;;;;;* ;1772714..1773019;;cds;;51;51;;;102;;ETC complex I subunit;* ;1773071..1773147;;aga;;7;7;;;;;;* comp;1773155..1773892;;cds;;;;;;246;;DUF429 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1902337..1902537;;cds;;184;184;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;1902722..1902797;;tgg;;241;241;;;;;;* comp;1903039..1903845;;cds;;;;;;269;;glycosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1908698..1908892;;cds;;70;70;;;65;;hp;* comp;1908963..1909036;;gga;;26;26;26;;;;;* comp;1909063..1909147;;tac;;209;209;;;;;;* ;1909357..1910244;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* ;1922447..1922800;;cds;;55;55;;;118;;hp;* comp;1922856..1922931;;aca;;207;207;;;;;;* ;1923139..1924878;;cds;;;;;;580;;GGDEF domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2079925..2080287;;cds;;156;156;;;121;;hp;* comp;2080444..2080519;;atgi;;178;178;;;;;;* ;2080698..2081441;;cds;;;;;;248;;SIMPL domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2275632..2276138;;cds;;522;*522;;;169;;winged helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;2276661..2276737;;cgg;;287;287;;;;;;* ;2277025..2277264;;cds;;;;;;80;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2388300..2388497;;cds;;87;87;;;66;;hp;* ;2388585..2388659;;ggc;;361;*361;;;;;;* ;2389021..2391024;;cds;;;;;;*668;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2490745..2491854;;cds;;535;*535;;;370;;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;* comp;2492390..2492466;;atgf;;287;;;;115;;;* comp;2492754..2492868;;5s;;242;;;;2814;;;* comp;2493111..2495924;;23s;;241;241;;;;;;* >;2496166..2496363;;cds;;146;146;;;66;;P-hp;* comp;2496510..2496585;;gca;;59;;;59;;;;* comp;2496645..2496721;;atc;;337;;;;;;;* comp;2497059..2498549;;16s;;105;105;;;1491;;;* >;2498655..2498930;;cds;;;;;;92;;P-hp;* </pre> ====agr cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_cumuls|agr cumuls]] <pre> agr cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;5;1;;;1;0;1;;100;24;1;0 ;16atcgca235;0;20;;;50;3;40;;200;30;30;1 ;Id-atgf;5;40;1;;100;12;80;;300;14;60;3 ;16s23s;0;60;1;5;150;22;120;;400;8;90;17 ;max a;3;80;;;200;17;160;;500;2;120;13 ;a doubles;0;100;;;250;18;200;;600;4;150;14 ;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;4;180;5 ;total aas;15;140;;;350;4;280;;800;1;210;1 sans ;opérons;38;160;;;400;2;320;;900;1;240;3 ;1 aa;35;180;;;450;3;360;;1000;0;270;7 ;max a;3;200;;;500;1;400;;1100;0;300;4 ;a doubles;1;;2;;;6;;;;1;;21 ;total aas;42;;4;5;;97;;0;;89;;89 total aas;;57;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;59;;213;;;;230;; ;;;variance;;0;;134;;;;209;; sans jaune;;;moyenne;33;;;172;;;;185;;137 ;;;variance;;;;76;;;;131;;71 </pre> ====agr blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_blocs|agr blocs]] <pre> agr blocs;;;;;;;;; chromoml;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa; cds;105;108;hp;105;111;hp;105;84;P-hp 16s;337;1491;;337;1491;;337;1491; atc;59;;;59;;;59;; gca;146;;;146;;;146;; cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;241;66;P-hp 23s;242;2814;;242;2814;;242;2814; 5s;257;115;;257;115;;257;115; atgf;311;;;203;;;633;; cds;;145;CoA;;64;hp;;136;membrane chromosomc;;;;;;;;; cds;105;92;P-hp;105;92;P-hp;;; 16s;337;1491;;337;1491;;;; atc;59;;;59;;;;; gca;146;;;146;;;;; cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;;; 23s;242;2814;;242;2814;;;; 5s;257;115;;287;115;;;; atgf;196;;;535;;;;; cds;;603;helicase;;370;2Fe-2S;;; ;;;;;;;;; ;;;;;;;;; CoA;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;;;;;;;; helicase;DNA helicase RecQ;;;;;;;; 2Fe-2S;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;;;;;;;; membrane;membrane protein;;;;;;;; </pre> ====agr distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_distribution|agr distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total agr;;35;;;;;35;;agr;5;;;;;;5;;agr;2;;;;;;;;agr;;;;5;;;5 </pre> ====agrc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_données_intercalaires|agrc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;agrc;fx;fc;agrc;fx40;fc40;agrc;x-;c-;cont;x;cont;x;aa ;0;0;9;3;0;9;3;-1;;57;196;220;16s tRNA;; 1;0;10;42;173;1;2;26;-2;5;0;287;240;2* 342;;atc ;0;20;36;142;2;2;20;-3;;0;120;246;tRNA 23s;; ;0;30;28;69;3;11;32;-4;6;226;217;155;2* 585;;gca ;0;40;22;56;4;6;26;-5;;1;174;195;5s tRNA;; 1;0;50;31;39;5;2;11;-6;;0;167;361;257;;atgf 1;2;60;41;42;6;6;14;-7;;2;137;202;287;;atgf 1;0;70;30;63;7;5;8;-8;3;21;56;263;tRNA tRNA;;intra ;0;80;33;53;8;0;6;-9;1;0;154;264;2* 59;;atc gca ;0;90;17;62;9;6;13;-10;;2;285;159;tRNA tRNA;; 1;1;100;21;54;10;2;17;-11;;14;166;163;41;;gac ;0;110;30;55;11;3;25;-12;;0;778;91;**;;gac ;1;120;23;65;12;5;28;-13;;3;141;176;452;;gaa 1;1;130;23;56;13;4;10;-14;1;3;247;218;**;;gaa 2;3;140;21;47;14;3;17;-15;;0;138;41;26;;gga ;1;150;32;41;15;6;13;-16;;0;311;134;**;;tac 3;2;160;16;50;16;4;13;-17;1;5;123;189;;; 1;2;170;19;43;17;1;11;-18;;0;435;129;;; 2;1;180;23;21;18;4;4;-19;3;0;584;134;;; 1;1;190;16;36;19;4;10;-20;1;2;1054;657;;; 1;1;200;17;35;20;2;11;-21;;0;132;341;;; 2;0;210;24;25;21;4;13;-22;1;1;597;265;;; 2;1;220;16;26;22;5;6;-23;1;1;447;7;;; ;0;230;18;15;23;2;8;-24;;0;155;70;;; 1;2;240;19;19;24;3;5;-25;1;0;240;209;;; 1;3;250;13;16;25;2;4;-26;;1;245;55;;; ;0;260;15;11;26;4;9;-27;;0;240;270;;; 4;0;270;12;20;27;4;7;-28;;0;310;156;;; ;0;280;11;11;28;2;4;-29;;1;91;178;;; ;3;290;10;7;29;1;6;-30;1;0;51;522;;; ;0;300;8;16;30;1;7;-31;;0;184;373;;; ;1;310;10;10;31;4;10;-32;1;1;241;;;; ;1;320;10;3;32;2;3;-33;;0;287;;;; ;0;330;5;6;33;2;9;-34;1;0;403;;;; ;0;340;10;6;34;1;8;-35;1;1;535;;;; 1;0;350;6;5;35;2;2;-36;;;CDS 16s;;;; ;0;360;5;5;36;0;9;-37;;;;689;;; 1;0;370;5;5;37;3;5;-38;;;;585;;; 1;0;380;3;7;38;3;1;-39;;;23s 5s;;;; ;0;390;4;9;39;2;3;-40;;;2* 249;;;; ;0;400;5;5;40;3;6;-41;1;1;;;;; 2;8;reste;57;34;reste;659;1023;-42;;;;;;; 31;35;total;796;1466;total;796;1466;-43;;;;;;; 29;27;diagr;730;1429;diagr;128;440;-44;;;;;;; 1;0; t30;106;384;;;;-45;1;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;;;;;; ;x;787;35;9;831;;;-49;1;;;;;; ;c;1463;345;3;1811;;;-50;;;;;;; ;;;;;2642;109;;reste;1;2;;;;; ;;;;;;2751;;total;35;345;;;;; </pre> =====agrc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_autres_intercalaires_aas|agrc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;agr-c;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;54088;56574;669;*; ;;rRNA;57244;58728;342;*;1485 ;;tRNA;59071;59147;59;*;atc ;;tRNA;59207;59282;585;*;gca ;;rRNA;59868;62674;249;*;2807 ;;rRNA;62924;63038;257;*;115 ;;tRNA;63296;63372;196;*;atgf fin;;CDS;63569;65377;;; deb;;CDS;70038;70667;131;*; ;;regulatory;70799;71023;255;*; fin;;CDS;71279;71500;;; deb;comp;CDS;99269;101146;162;*; ;comp;ncRNA;101309;101405;77;*; fin;;CDS;101483;101899;;; deb;comp;CDS;125821;127722;287;*; ;comp;tRNA;128010;128099;220;*;tcc fin;;CDS;128320;128637;;; deb;;CDS;227621;228004;240;*; ;comp;tRNA;228245;228331;120;*;ctg fin;comp;CDS;228452;228757;;; deb;;CDS;376801;378219;217;*; ;;tRNA;378437;378513;174;*;cgt fin;;CDS;378688;379500;;; deb;comp;CDS;407277;407435;167;*; ;comp;tRNA;407603;407678;137;*;acg fin;comp;CDS;407816;408778;;; deb;comp;CDS;424611;425795;42;*; ;comp;regulatory;425838;425916;73;*; deb;;CDS;425990;427087;56;*; ;;tRNA;427144;427217;154;*;ggg fin;;CDS;427372;428058;;; deb;;CDS;458659;459081;285;*; ;;tRNA;459367;459442;246;*;ttc fin;comp;CDS;459689;460033;;; deb;comp;CDS;493759;494025;155;*; ;;tRNA;494181;494255;195;*;acc fin;comp;CDS;494451;495686;;; deb;comp;CDS;564938;568684;361;*; ;;tRNA;569046;569122;166;*;cac fin;;CDS;569289;570920;;; deb;comp;CDS;763448;764356;202;*; ;;tRNA;764559;764633;263;*;caa fin;comp;CDS;764897;766630;;; deb;comp;CDS;767020;767439;264;*; ;;tRNA;767704;767780;159;*;ccg fin;comp;CDS;767940;768260;;; deb;;CDS;829597;830517;91;*; ;;regulatory;830609;830834;165;*; fin;;CDS;831000;831182;;; deb;comp;CDS;960360;960701;163;*; ;;tRNA;960865;960955;778;*;agc fin;;CDS;961734;962801;;; deb;;CDS;1095507;1096961;76;*; ;;misc_f;1097038;1097093;74;*; fin;;CDS;1097168;1098649;;; deb;;CDS;1123408;1124136;141;*; ;;tRNA;1124278;1124363;247;*;tta fin;;CDS;1124611;1127115;;; deb;;CDS;1154411;1154803;91;*; ;comp;tRNA;1154895;1154969;176;*;aac fin;;CDS;1155146;1155424;;; deb;comp;CDS;1162767;1163027;138;*; ;comp;tRNA;1163166;1163242;218;*;ccc fin;;CDS;1163461;1163997;;; deb;comp;CDS;1194859;1194999;311;*; ;comp;tRNA;1195311;1195386;41;*;gta deb;;CDS;1195428;1195709;123;*; ;;tRNA;1195833;1195909;41;*;gac ;;tRNA;1195951;1196027;435;*;gac fin;;CDS;1196463;1196828;;; deb;comp;CDS;1367095;1368234;154;*; ;comp;regulatory;1368389;1368476;124;*; fin;comp;CDS;1368601;1368786;;; deb;;CDS;1421863;1422201;134;*; ;comp;tRNA;1422336;1422425;584;*;tca fin;comp;CDS;1423010;1423237;;; deb;;CDS;1440191;1441231;40;*; ;comp;regulatory;1441272;1441350;365;*; fin;;CDS;1441716;1441916;;; deb;comp;CDS;1467928;1468236;1054;*; ;comp;tRNA;1469291;1469367;132;*;atgf fin;comp;CDS;1469500;1470450;;; deb;comp;CDS;1508458;1508844;597;*; ;comp;tRNA;1509442;1509526;189;*;ctc fin;;CDS;1509716;1510447;;; deb;;CDS;1531160;1531933;447;*; ;;tRNA;1532381;1532455;452;*;gaa ;;tRNA;1532908;1532982;129;*;gaa fin;comp;CDS;1533112;1534914;;; deb;;CDS;1584509;1584763;155;*; ;;tRNA;1584919;1584994;134;*;aag fin;comp;CDS;1585129;1585674;;; deb;comp;CDS;1600224;1600940;97;*; ;comp;regulatory;1601038;1601224;128;*; fin;comp;CDS;1601353;1602183;;; deb;comp;CDS;1612420;1613898;240;*; ;comp;tRNA;1614139;1614221;657;*;cta fin;;CDS;1614879;1615025;;; deb;comp;CDS;1672216;1672887;245;*; ;comp;tRNA;1673133;1673206;240;*;tgc fin;comp;CDS;1673447;1673599;;; deb;comp;CDS;1744688;1745434;341;*; ;;tRNA;1745776;1745851;310;*;aaa fin;;CDS;1746162;1746743;;; deb;comp;CDS;1770727;1772280;91;*; ;comp;tRNA;1772372;1772448;265;*;cca deb;;CDS;1772714;1773019;51;*; ;;tRNA;1773071;1773147;7;*;aga fin;comp;CDS;1773155;1773892;;; deb;comp;CDS;1902337;1902537;184;*; ;comp;tRNA;1902722;1902797;241;*;tgg fin;comp;CDS;1903039;1903845;;; deb;;CDS;1908698;1908892;70;*; ;comp;tRNA;1908963;1909036;26;*;gga ;comp;tRNA;1909063;1909147;209;*;tac fin;;CDS;1909357;1910244;;; deb;;CDS;1922447;1922800;55;*; ;comp;tRNA;1922856;1922931;270;*;aca fin;;CDS;1923202;1924878;;; deb;comp;CDS;1963129;1963437;141;*; ;;tmRNA;1963579;1963951;229;*; fin;;CDS;1964181;1964693;;; deb;comp;CDS;2025879;2026319;399;*; ;comp;ncRNA;2026719;2027124;56;*; fin;comp;CDS;2027181;2028371;;; deb;;CDS;2079925;2080287;156;*; ;comp;tRNA;2080444;2080519;178;*;atgi fin;;CDS;2080698;2081441;;; deb;comp;CDS;2275632;2276138;522;*; ;;tRNA;2276661;2276737;287;*;cgg fin;;CDS;2277025;2277264;;; deb;comp;CDS;2387990;2388211;373;*; ;;tRNA;2388585;2388659;403;*;ggc fin;;CDS;2389063;2391024;;; deb;comp;CDS;2490745;2491854;535;*; ;comp;tRNA;2492390;2492466;287;*;atgf ;comp;rRNA;2492754;2492868;249;*;115 ;comp;rRNA;2493118;2495924;585;*;2807 ;comp;tRNA;2496510;2496585;59;*;gca ;comp;tRNA;2496645;2496721;342;*;atc ;comp;rRNA;2497064;2498548;585;*;1485 fin;;CDS;2499134;2500084;;; deb;comp;CDS;2519640;2521463;94;*; ;comp;regulatory;2521558;2521669;180;*; fin;;CDS;2521850;2522101;;; deb;comp;CDS;2681110;2682123;37;*; ;comp;regulatory;2682161;2682271;45;*; fin;comp;CDS;2682317;2682709;;; deb;comp;CDS;2684632;2685285;90;*; ;;regulatory;2685376;2685452;82;*; fin;;CDS;2685535;2686461;;; deb;comp;CDS;2791781;2792167;154;*; ;comp;regulatory;2792322;2792537;127;*; fin;;CDS;2792665;2793282;;; </pre> ====agrl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_données_intercalaires|agrl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;agrl;fx;fc;agrl;fx40;fc40;agrl;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;46;266;296;16s tRNA;; ;0;10;21;151;1;1;25;-2;1;0;135;256;3* 342;;atc ;0;20;19;126;2;1;19;-3;0;0;318;122;tRNA 23s;; ;0;30;20;63;3;5;18;-4;9;199;197;71;3* 585;;gca ;0;40;19;34;4;4;24;-5;0;0;554;203;5s tRNA;; ;0;50;19;39;5;2;12;-6;1;0;81;;3* 257;;atgf ;0;60;20;50;6;3;8;-7;2;4;311;;tRNA tRNA;;intra ;0;70;18;56;7;1;10;-8;0;23;123;;3* 59;;atc gca 1;0;80;12;39;8;2;11;-9;0;0;152;;tRNA tRNA;; ;1;90;20;30;9;0;8;-10;1;1;633;;-;793;ggc ;0;100;20;32;10;2;16;-11;0;9;CDS 16s;;**;;atgj ;0;110;11;29;11;2;14;-12;0;0;581;714;;; ;0;120;20;30;12;4;20;-13;0;1;2136;;;; 1;1;130;13;27;13;0;20;-14;2;8;23s 5s;;;; ;1;140;15;26;14;1;10;-15;0;0;3* 249;;;; ;0;150;10;26;15;3;9;-16;0;2;;;;; ;1;160;9;21;16;2;10;-17;0;3;;;;; ;0;170;7;20;17;0;13;-18;1;0;;;;; ;0;180;16;14;18;3;15;-19;0;0;;;;; ;0;190;10;19;19;3;11;-20;0;4;;;;; ;1;200;18;17;20;1;4;-21;0;0;;;;; 1;0;210;11;17;21;4;4;-22;0;1;;;;; ;0;220;16;19;22;0;8;-23;0;4;;;;; ;0;230;7;11;23;2;7;-24;0;0;;;;; ;0;240;9;14;24;5;5;-25;0;0;;;;; ;0;250;10;9;25;2;6;-26;0;1;;;;; 1;0;260;7;9;26;1;6;-27;0;0;;;;; ;1;270;10;11;27;1;4;-28;1;0;;;;; ;0;280;3;3;28;1;5;-29;1;1;;;;; ;0;290;7;6;29;2;7;-30;0;0;;;;; 1;0;300;5;11;30;2;11;-31;1;0;;;;; ;0;310;9;5;31;4;5;-32;2;0;;;;; ;2;320;9;5;32;0;4;-33;1;0;;;;; ;0;330;6;3;33;1;1;-34;0;0;;;;; ;0;340;5;5;34;1;3;-35;0;0;;;;; ;0;350;4;1;35;0;5;-36;0;0;;;;; ;0;360;3;2;36;2;3;-37;1;0;;;;; ;0;370;3;6;37;2;8;-38;0;0;;;;; ;0;380;5;6;38;5;5;-39;1;0;;;;; ;0;390;5;2;39;0;0;-40;0;0;;;;; ;0;400;5;3;40;4;0;-41;0;0;;;;; ;2;reste;42;41;reste;419;664;-42;0;0;;;;; 5;10;total;499;1040;total;499;1040;-43;0;0;;;;; 5;8;diagr;456;997;diagr;79;374;-44;0;0;;;;; 0;0; t30;60;340;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;498;25;1;524;;;-49;0;0;;;;; ;c;1038;307;2;1347;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1871;41;;reste;0;0;;;;; ;;;;;;1912;;total;25;307;;;;; </pre> =====agrl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_autres_intercalaires_aas|agrl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;agrl;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;784904;786193;181;*; ;;regulatory;786375;786477;128;*; fin;;CDS;786606;787391;;; deb;comp;CDS;928915;929946;164;*; ;comp;regulatory;930111;930346;39;*; fin;comp;CDS;930386;931264;;0; deb;comp;CDS;1064633;1065274;296;*; ;;tRNA;1065571;1065655;266;*;ttg fin;;CDS;1065922;1066437;;0; deb;comp;CDS;1178605;1179114;256;*; ;;tRNA;1179371;1179445;793;*;ggc ;comp;tRNA;1180239;1180315;135;*;atgj fin;comp;CDS;1180451;1181647;;; deb;comp;CDS;1212291;1213553;234;*; ;comp;ncRNA;1213788;1213946;78;*; fin;comp;CDS;1214025;1214402;;; deb;comp;CDS;1320644;1321006;318;*; ;comp;tRNA;1321325;1321414;197;*;tcg fin;comp;CDS;1321612;1322493;;; deb;comp;CDS;1361929;1362942;554;*; ;comp;tRNA;1363497;1363571;81;*;gtc fin;comp;CDS;1363653;1364015;;0; deb;;CDS;1425957;1426682;561;*; ;;rRNA;1427244;1428728;342;*;1485 ;;tRNA;1429071;1429147;59;*;atc ;;tRNA;1429207;1429282;585;*;gca ;;rRNA;1429868;1432674;249;*;2807 ;;rRNA;1432924;1433038;257;*;115 ;;tRNA;1433296;1433372;311;*;atgf fin;;CDS;1433684;1434118;;; deb;;CDS;1503534;1504520;122;*; ;comp;tRNA;1504643;1504716;123;*;cag fin;comp;CDS;1504840;1505277;;0; deb;;CDS;1605356;1605856;71;*; ;comp;tRNA;1605928;1606003;152;*;gcc fin;comp;CDS;1606156;1606545;;0; deb;comp;CDS;1685461;1687407;714;*; ;;rRNA;1688122;1689606;342;*;1485 ;;tRNA;1689949;1690025;59;*;atc ;;tRNA;1690085;1690160;585;*;gca ;;rRNA;1690746;1693552;249;*;2807 ;;rRNA;1693802;1693916;257;*;115 ;;tRNA;1694174;1694250;203;*;atgf fin;comp;CDS;1694454;1694645;;; deb;;CDS;2101066;2101374;2136;*; ;;rRNA;2103511;2104995;342;*;1485 ;;tRNA;2105338;2105414;59;*;atc ;;tRNA;2105474;2105549;585;*;gca ;;rRNA;2106135;2108941;249;*;2807 ;;rRNA;2109191;2109305;257;*;115 ;;tRNA;2109563;2109639;633;*;atgf fin;;CDS;2110273;2110680;;; </pre> ===aua=== ====aua opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_opérons|aua opérons]] <pre> https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP006367.1;aua;;genome;;pau20rrn;;;;;;; 67%GC;8.8.19 Paris;16s 1;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;cdsd;protéines; Aureimonas sp. AU20;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;; pAU20rrn;;;;;;;;;;;; ;324..1028;;CDS rep;;461;;;;235;;replication initiation protein;* comp;1490..1604;;5s;@1;82;;;;115;;; comp;1687..4515;;23s;;-15;;;;2829;;; comp;4501..4851;;CDS hp;;142;;;;117;;hp; comp;4994..5069;;gca;;33;;;33;;;; comp;5103..5179;;atc;;233;;;;;;; comp;5413..6898;;16s;;1752;;;;1486;;; comp;8651..9109;;CDS hp;;;;;;153;;hp; ;;;;;;;;;;;; Chromosome;;;;;;;;;;;; comp;170900..171925;;CDS;;368;368;;;342;;; ;172294..172378;;ctg;;130;130;;;;130;; ;172509..172772;;CDS;;;;;;88;;; ;;;;;;;;;;;; comp;330094..330690;;CDS;;338;338;;;199;;; ;331029..331103;;ggc;@2;404;;*404;;;;; comp;331508..331584;;atgf;+;44;;44;;;;; comp;331629..331705;;atgf;2 atg;255;255;;;;255;; comp;331961..333217;;CDS;;;;;;419;;; ;;;;;;;;;;;; ;344949..346025;;CDS;;589;589;;;359;589;; ;346615..346704;;tcg;;609;609;;;;;; ;347314..348471;;CDS;;;;;;386;;; ;;;;;;;;;;;; comp;393335..395356;;CDS;;800;*800;;;*674;;; comp;396157..396232;;gcc;;439;439;;;;439;; comp;396672..397094;;CDS;;;;;;141;;; ;;;;;;;;;;;; ;635177..637537;;CDS;;640;640;;;*787;;; comp;638178..638253;;gcg;;182;182;;;;182;; ;638436..638738;;CDS;;;;;;101;;; ;;;;;;;;;;;; comp;924507..925466;;CDS;;529;529;;;320;;; comp;925996..926085;;tcc;;349;349;;;;349;; ;926435..926767;;CDS;;;;;;111;;; ;;;;;;;;;;;; ;1216789..1217439;;CDS;;60;60;;;217;60;; ;1217500..1217576;;agg;;68;68;;;;;; comp;1217645..1218760;;CDS;;;;;;372;;; ;;;;;;;;;;;; ;1350534..1352180;;CDS;@4;-30;*-30;;;*549;;; comp;1352151..1352227;;cgt;+;51;;51;;;;; comp;1352279..1352355;;cgt;2 cgt;169;169;;;;;; comp;1352525..1353967;;CDS;;;;;;*481;;; ;;;;;;;;;;;; ;1401921..1402442;;CDS;;142;142;;;174;142;; ;1402585..1402661;;cac;;585;585;;;;;; ;1403247..1404875;;CDS;;;;;;*543;;; ;;;;;;;;;;;; ;1544580..1546277;;CDS;;455;455;;;*566;;; comp;1546733..1546808;;ttc;@2;161;;161;;;;; ;1546970..1547044;;acc;;414;414;;;;414;; ;1547459..1549516;;CDS;;;;;;*686;;; ;;;;;;;;;;;; ;1609269..1610216;;CDS;;278;278;;;316;;; comp;1610495..1610571;;cgg;;121;121;;;;121;; comp;1610693..1611427;;CDS;;;;;;245;;; ;;;;;;;;;;;; >;1683255..1683581;;CDS;;209;209;;;109;209;; comp;1683791..1683864;;cag;;580;580;;;;;; ;1684445..1685734;;CDS;;;;;;430;;; ;;;;;;;;;;;; ;1700827..1701852;;CDS;;300;300;;;342;;; comp;1702153..1702227;;gtc;+;128;;128;;;;; comp;1702356..1702430;;gtc;3 gtc;186;;186;;;;; comp;1702617..1702691;;gtc;;68;68;;;;68;; comp;1702760..1703125;;CDS;;;;;;122;;; ;;;;;;;;;;;; ;1946715..1946936;;CDS;;6;6;;;74;6;; comp;1946943..1947018;;atgi;;105;105;;;;;; ;1947124..1947345;;CDS;;;;;;74;;; ;;;;;;;;;;;; ;1981934..1983139;;CDS;;139;139;;;402;139;; ;1983279..1983368;;agc;;825;*825;;;;;; ;1984194..1985339;;CDS;;;;;;382;;; ;;;;;;;;;;;; ;1996083..1997171;;CDS;;243;243;;;363;;; comp;1997415..1997490;;acg;;112;112;;;;112;; comp;1997603..1998583;;CDS;;;;;;327;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2263930..2264781;;CDS;;30;30;;;284;30;; comp;2264812..2264886;;gtg;;111;111;;;;;; comp;2264998..2265768;;CDS;;;;;;257;;; ;;;;;;;;;;;; ;2363764..2364786;;CDS;;18;18;;;341;18;; comp;2364805..2364879;;gaa;+;140;;140;;;;; comp;2365020..2365094;;gaa;2 gaa;69;69;;;;69;; comp;2365164..2366144;;CDS;;;;;;327;;; ;;;;;;;;;;;; ;2367774..2368247;;CDS;;105;105;;;158;;; ;2368353..2368429;;cca;@3;43;43;;;;43;; ;2368473..2368778;;CDS;;36;36;;;102;36;; ;2368815..2368890;;aga;;448;448;;;;;; ;2369339..2369929;;CDS;;;;;;197;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2401620..2402732;;CDS;;155;155;;;371;155;; comp;2402888..2402963;;aaa;;169;169;;;;;; ;2403133..2403870;;CDS;;;;;;246;;; ;;;;;;;;;;;; ;2419689..2420852;;CDS;;13;13;;;388;13;; ;2420866..2420955;;tca;;238;238;;;;;; ;2421194..2421934;;CDS;;;;;;247;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2601493..2601858;;CDS;;287;287;;;122;287;; comp;2602146..2602222;;gac;+;58;;58;;;;; comp;2602281..2602357;;gac;2 gac;270;;270;;;;; ;2602628..2602703;;gta;@2;330;330;;;;;; comp;2603034..2603312;;CDS;;;;;;93;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2608494..2609852;;CDS;;73;73;;;*453;73;; comp;2609926..2610009;;cta;;307;307;;;;;; ;2610317..2610460;;CDS;;;;;;48;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2641174..2641824;;CDS;@3;125;125;;;217;125;; comp;2641950..2642023;;tgc;;153;153;;;;;; comp <;2642177..2642443;;CDS;;296;296;;;89;;; ;2642740..2642814;;aac;;269;269;;;;269;; ;2643084..2644127;;CDS;;;;;;348;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2651145..2652935;;CDS;;239;239;;;*597;239;; ;2653175..2653259;;tta;;265;265;;;;;; ;2653525..2653725;;CDS;;;;;;67;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2749758..2750318;;CDS;;3102;*3102;;;187;;; comp;2753421..2753497;;atgf;;83;83;;;;83;; comp;2753581..2754180;;CDS;;;;;;200;;; ;;;;;;;;;;;; ;2768127..2769224;;CDS;;63;63;;;366;63;; comp;2769288..2769364;;ccg;@2;173;;173;;;;; ;2769538..2769612;;caa;;528;528;;;;;; comp;2770141..2770566;;CDS;;;;;;142;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2787112..2788920;;CDS;;217;217;;;*603;217;; comp;2789138..2789214;;ccc;;265;265;;;;;; comp;2789480..2790022;;CDS;;;;;;181;;; ;;;;;;;;;;;; ;2927857..2928789;;CDS;;136;136;;;311;136;; comp;2928926..2929010;;ctc;+;132;;132;;;;; comp;2929143..2929227;;ctc;2 ctc;175;175;;;;;; ;2929403..2930164;;CDS;;;;;;254;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2971057..2971257;;CDS;;130;130;;;67;;; comp;2971388..2971463;;tgg;;53;53;;;;53;; comp;2971517..2972374;;CDS;;;;;;286;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2973322..2974497;;CDS;;291;291;;;392;;; comp;2974789..2974862;;gga;;24;;24;;;;; comp;2974887..2974971;;tac;;259;259;;;;259;; ;2975231..2976097;;CDS;;;;;;289;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2979955..2981049;;CDS;;221;221;;;365;;; ;2981271..2981346;;aca;;55;55;;;;55;; comp;2981402..2981752;;CDS;;;;;;117;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3063743..3064045;;CDS;;106;106;;;101;106;; comp;3064152..3064227;;aag;;147;147;;;;;; comp;3064375..3064803;;CDS;;;;;;143;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3194307..3194906;;CDS;;249;249;;;200;;; ;3195156..3195232;;atgj;;173;173;;;;173;; ;3195406..3196356;;CDS;;;;;;317;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3206006..3206455;;CDS;;743;*743;;;150;;; comp;3207199..3207273;;gag;;50;50;;;;50;; comp;3207324..3207689;;CDS;;;;;;122;;; ;;;;;;;;;;;; ;3398165..3399901;;CDS;;554;554;;;*579;;; ;3400456..3400530;;aac;;115;115;;;;115;; ;3400646..3400924;;CDS;;;;;;93;;; ;;;;;;;;;;;; ;3401737..3403497;;CDS;;227;227;;;*587;;; comp;3403725..3403799;;ggc;;208;;208;;;;; comp;3404008..3404082;;ggg;;74;74;;;;74;; comp;3404157..3404819;;CDS;;;;;;221;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3597872..3598414;;CDS;;370;370;;;181;;; ;3598785..3598869;;ttg;;151;151;;;;151;; comp;3599021..3599251;;CDS;;;;;;77;;; </pre> ====aua cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_cumuls|aua cumuls]] <pre> aua cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;1;1;0;-;1;1;1;0;100;10;1;0 ;16 aas 23 5s ;0;20;0;;50;7;40;7;200;22;30;0 ;16 atc gca hp;1;40;1;;100;10;80;9;300;11;60;1 ;16 cds 23 5s ;0;60;3;;150;14;120;9;400;20;90;7 ;max a;2;80;0;;200;8;160;4;500;5;120;8 ;a doubles;0;100;0;;250;8;200;3;600;6;150;7 ;spéciaux;0;120;0;;300;10;240;4;700;3;180;2 ;total aas;2;140;3;;350;4;280;1;800;1;210;7 sans ;opérons;38;160;0;;400;2;320;0;900;0;240;3 ;1 aa;26;180;2;;450;3;360;2;1000;0;270;5 ;max a;3;200;1;;500;1;400;0;1100;0;300;3 ;a doubles;6;;3;;;12;;1;;0;;35 ;total aas;53;;13;0;;80;;40;;78;;78 total aas;;55;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;131;;;226;;153;;235;;158 ;;;variance;75;;;165;;128;;125;;69 </pre> ====aua blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_blocs|aua blocs]] <pre> CDS ;1752;153;hp 16s;233;1486; atc;33;; gca;142;; CDS;-15;117;hp 23s;82;2829; 5s;461;115; CDS ;;235;replication initiation protein </pre> ====aua distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_distribution|aua distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;aua;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;ctc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;gtc3;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;2;agc;1;gac2;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;;gaa2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;cgt2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;2;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;atgf2;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total aua;;30;;;;;30;;aua;10;;;;;;10;;aua;13;;;;;;13 </pre> ====aua données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_données_intercalaires|aua données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;aua;fx;fc;aua;fx40;fc40;aua;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;3;0;0;3;0;-1;0;87;130;368;16s tRNA;; 1;0;10;50;230;1;1;32;-2;1;0;255;338;233;;atc 1;2;20;38;127;2;1;24;-3;0;0;589;640;tRNA 23s;; ;2;30;38;96;3;9;36;-4;14;345;660;182;478;;gca ;1;40;23;58;4;8;33;-5;0;1;812;349;tRNA tRNA;;intra ;2;50;29;57;5;2;32;-6;1;0;439;68;33;;atc gca 1;2;60;48;59;6;11;13;-7;1;0;529;-30;tRNA tRNA;; 2;2;70;41;77;7;3;11;-8;3;27;60;455;-;404;ggc ;3;80;33;80;8;3;17;-9;0;1;169;278;44;;atgf ;1;90;39;71;9;10;12;-10;0;2;142;209;**;;atgf ;0;100;35;71;10;2;20;-11;0;16;175;580;51;;cgt ;2;110;24;63;11;3;22;-12;1;0;414;300;**;;cgt ;2;120;25;52;12;4;31;-13;1;5;121;6;-;161;ttc 1;4;130;21;63;13;3;12;-14;2;4;68;126;**;;acc 1;1;140;23;57;14;0;13;-15;0;1;139;234;128;;gtc ;2;150;31;69;15;7;8;-16;1;1;112;243;186;;gtc 1;1;160;19;44;16;1;5;-17;0;4;30;18;**;;gtc 1;2;170;21;37;17;3;14;-18;2;0;111;177;140;;gaa 2;2;180;18;35;18;4;6;-19;0;3;69;169;**;;gaa 1;0;190;23;34;19;11;6;-20;1;6;105;330;58;;gac ;0;200;30;32;20;2;10;-21;0;0;43;307;-;270;gac 1;0;210;29;33;21;8;9;-22;0;0;36;296;**;;gta ;0;220;20;35;22;3;15;-23;3;1;170;239;-;173;ccg 2;0;230;21;26;23;3;11;-24;0;0;13;63;**;;caa 2;0;240;22;25;24;5;7;-25;2;0;277;528;132;;ctc 2;0;250;11;26;25;2;13;-26;1;2;287;136;**;;ctc 1;1;260;14;23;26;2;12;-27;1;0;76;175;24;;gga ;3;270;23;19;27;5;10;-28;1;0;125;259;**;;tac 1;1;280;13;10;28;6;5;-29;1;3;72;221;208;;ggc ;1;290;13;19;29;0;8;-30;0;0;269;55;**;;ggg 2;1;300;15;9;30;4;6;-31;1;0;265;249;;; 1;0;310;13;14;31;2;8;-32;1;0;24;311;;; 1;0;320;13;12;32;2;9;-33;0;0;83;227;;; 1;0;330;9;10;33;4;4;-34;0;0;16;370;;; 1;0;340;9;6;34;1;6;-35;0;1;265;151;;; 1;0;350;11;6;35;1;6;-36;1;0;130;;;; ;0;360;8;8;36;5;1;-37;0;0;53;;;; 2;0;370;6;5;37;3;2;-38;1;0;291;;;; ;0;380;7;5;38;1;7;-39;0;0;106;;;; ;0;390;4;7;39;3;6;-40;1;0;147;;;; ;0;400;5;1;40;1;9;-41;0;1;173;;;; 4;7;reste;97;92;reste;823;1292;-42;0;0;743;;;; 35;45;total;975;1803;total;975;1803;-43;0;1;50;;;; 30;38;diagr;875;1711;diagr;149;511;-44;0;0;154;;;; 2;4; t30;126;453;;;;-45;0;0;74;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;CDS 16s;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;1752;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;23s 5s;;;; ;x;972;55;3;1030;;;-49;1;0;82;;;; ;c;1803;523;0;2326;;;-50;1;0;5s CDS;;;; ;;;;;3356;117;;reste;9;10;-;461;;; ;;;;;;3473;;total;55;523;;;;; </pre> =====aua autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_autres_intercalaires_aas|aua autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement <pre> autres intercalaires ;;aua;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;157474;158811;438;*; ;;regulatory;159250;159351;138;*; fin;;CDS;159490;160275;;; deb;comp;CDS;170900;171925;368;*; ;;tRNA;172294;172378;130;*;ctg fin;;CDS;172509;172772;;; deb;comp;CDS;330094;330690;338;*; ;;tRNA;331029;331103;404;*;ggc ;comp;tRNA;331508;331584;44;*;atgf ;comp;tRNA;331629;331705;255;*;atgf fin;comp;CDS;331961;333217;;0; deb;;CDS;344949;346025;589;*; ;;tRNA;346615;346704;660;*;tcg fin;;CDS;347365;348471;;0; deb;comp;CDS;393335;395344;812;*; ;comp;tRNA;396157;396232;439;*;gcc fin;comp;CDS;396672;397094;;0; deb;;CDS;636089;637537;640;*; ;comp;tRNA;638178;638253;182;*;gcg fin;;CDS;638436;638738;;; deb;;CDS;680871;681065;46;*; ;;regulatory;681112;681214;62;*; fin;;CDS;681277;683100;;; deb;comp;CDS;762422;762607;31;*; ;comp;regulatory;762639;762877;116;*; fin;comp;CDS;762994;763371;;; deb;;CDS;894578;894772;102;*; ;;regulatory;894875;895098;119;*; fin;;CDS;895218;896204;;; deb;comp;CDS;924507;925466;529;*; ;comp;tRNA;925996;926085;349;*;tcc fin;;CDS;926435;926767;;; deb;comp;CDS;973959;974375;30;*; ;;ncRNA;974406;974502;208;*; fin;comp;CDS;974711;975313;;0; deb;comp;CDS;1215259;1216272;45;*; ;comp;regulatory;1216318;1216420;368;*; deb;;CDS;1216789;1217439;60;*; ;;tRNA;1217500;1217576;68;*;agg fin;comp;CDS;1217645;1218760;;; deb;;CDS;1350534;1352180;-30;*; ;comp;tRNA;1352151;1352227;51;*;cgt ;comp;tRNA;1352279;1352355;169;*;cgt fin;comp;CDS;1352525;1353967;;0; deb;;CDS;1401921;1402442;142;*; ;;tRNA;1402585;1402661;175;*;cac fin;;CDS;1402837;1402989;;; deb;;CDS;1544580;1546277;455;*; ;comp;tRNA;1546733;1546808;161;*;ttc ;;tRNA;1546970;1547044;414;*;acc fin;;CDS;1547459;1549516;;0; deb;;CDS;1609269;1610216;278;*; ;comp;tRNA;1610495;1610571;121;*;cgg fin;comp;CDS;1610693;1611427;;; deb;;CDS;1619798;1621321;102;*; ;;regulatory;1621424;1621513;147;*; fin;;CDS;1621661;1622968;;; deb;;CDS;1683255;1683581;209;*; ;comp;tRNA;1683791;1683864;580;*;cag fin;;CDS;1684445;1685734;;; deb;;CDS;1700827;1701852;300;*; ;comp;tRNA;1702153;1702227;128;*;gtc ;comp;tRNA;1702356;1702430;186;*;gtc ;comp;tRNA;1702617;1702691;68;*;gtc fin;comp;CDS;1702760;1703125;;0; deb;;CDS;1946715;1946936;6;*; ;comp;tRNA;1946943;1947018;126;*;atgi fin;;CDS;1947145;1947345;;0; deb;;CDS;1981934;1983139;139;*; ;;tRNA;1983279;1983368;234;*;agc fin;comp;CDS;1983603;1984061;;0; deb;;CDS;1996083;1997171;243;*; ;comp;tRNA;1997415;1997490;112;*;acg fin;comp;CDS;1997603;1998583;;0; deb;;CDS;2082120;2083970;0;*; ;;regulatory;2083971;2084083;157;*; fin;;CDS;2084241;2085203;;; deb;comp;CDS;2263930;2264781;30;*; ;comp;tRNA;2264812;2264886;111;*;gtg fin;comp;CDS;2264998;2265768;;0; deb;;CDS;2363764;2364786;18;*; ;comp;tRNA;2364805;2364879;140;*;gaa ;comp;tRNA;2365020;2365094;69;*;gaa fin;comp;CDS;2365164;2366240;;; deb;;CDS;2367774;2368247;105;*; ;;tRNA;2368353;2368429;43;*;cca deb;;CDS;2368473;2368778;36;*; ;;tRNA;2368815;2368890;177;*;aga fin;comp;CDS;2369068;2369220;;0; deb;comp;CDS;2401620;2402717;170;*; ;comp;tRNA;2402888;2402963;169;*;aaa fin;;CDS;2403133;2403870;;; deb;;CDS;2419602;2420852;13;*; ;;tRNA;2420866;2420955;277;*;tca fin;;CDS;2421233;2421934;;; deb;comp;CDS;2601493;2601858;287;*; ;comp;tRNA;2602146;2602222;58;*;gac ;comp;tRNA;2602281;2602357;270;*;gac ;;tRNA;2602628;2602703;330;*;gta fin;comp;CDS;2603034;2603312;;; deb;comp;CDS;2608494;2609849;76;*; ;comp;tRNA;2609926;2610009;307;*;cta fin;;CDS;2610317;2610460;;; deb;comp;CDS;2641174;2641824;125;*; ;comp;tRNA;2641950;2642023;72;*;tgc deb;comp;CDS;2642096;2642443;296;*; ;;tRNA;2642740;2642814;269;*;aac fin;;CDS;2643084;2644127;;; deb;comp;CDS;2651145;2652935;239;*; ;;tRNA;2653175;2653259;265;*;tta fin;;CDS;2653525;2653725;;0; deb;comp;CDS;2753154;2753396;24;*; ;comp;tRNA;2753421;2753497;83;*;atgf fin;comp;CDS;2753581;2754180;;; deb;;CDS;2768127;2769224;63;*; ;comp;tRNA;2769288;2769364;173;*;ccg ;;tRNA;2769538;2769612;528;*;caa fin;comp;CDS;2770141;2770566;;0; deb;comp;CDS;2787112;2789121;16;*; ;comp;tRNA;2789138;2789214;265;*;ccc fin;comp;CDS;2789480;2790022;;; deb;;CDS;2927857;2928789;136;*; ;comp;tRNA;2928926;2929010;132;*;ctc ;comp;tRNA;2929143;2929227;175;*;ctc fin;;CDS;2929403;2930164;;; deb;comp;CDS;2971057;2971257;130;*; ;comp;tRNA;2971388;2971463;53;*;tgg fin;comp;CDS;2971517;2972374;;; deb;comp;CDS;2973322;2974497;291;*; ;comp;tRNA;2974789;2974862;24;*;gga ;comp;tRNA;2974887;2974971;259;*;tac fin;;CDS;2975231;2976097;;0; deb;comp;CDS;2979955;2981049;221;*; ;;tRNA;2981271;2981346;55;*;aca fin;comp;CDS;2981402;2981752;;; deb;comp;CDS;3063743;3064045;106;*; ;comp;tRNA;3064152;3064227;147;*;aag fin;comp;CDS;3064375;3064803;;; deb;;CDS;3082739;3084151;84;*; ;;tmRNA;3084236;3084602;54;*; fin;;CDS;3084657;3085265;;; deb;comp;CDS;3194307;3194906;249;*; ;;tRNA;3195156;3195232;173;*;atgj fin;;CDS;3195406;3196356;;0; deb;comp;CDS;3206006;3206455;743;*; ;comp;tRNA;3207199;3207273;50;*;gag fin;comp;CDS;3207324;3207689;;1; deb;;CDS;3243122;3243553;99;*; ;comp;ncRNA;3243653;3243811;80;*; fin;comp;CDS;3243892;3244527;;; deb;comp;CDS;3301324;3301785;705;*; ;comp;ncRNA;3302491;3302881;111;*; fin;comp;CDS;3302993;3303622;;; deb;comp;CDS;3399971;3400144;311;*; ;;tRNA;3400456;3400530;154;*;aac fin;;CDS;3400685;3400924;;; deb;;CDS;3401737;3403497;227;*; ;comp;tRNA;3403725;3403799;208;*;ggc ;comp;tRNA;3404008;3404082;74;*;ggg fin;comp;CDS;3404157;3404834;;; deb;comp;CDS;3404854;3405936;125;*; ;;regulatory;3406062;3406139;56;*; fin;;CDS;3406196;3407389;;; deb;comp;CDS;3597872;3598414;370;*; ;;tRNA;3598785;3598869;151;*;ttg fin;comp;CDS;3599021;3599251;;0; </pre> ===alpha synthèse=== ====alpha distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_génome|alpha distribution par génome]] <pre> alpha8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total rtb;8;25;;;;0;;;33 rpm;7;30;;;;8;42;5;92 rru;4;36;;;;8;4;3;55 oan;6;41;;;;8;;4;59 abq;20;38;;;;16;10;3;87 abs;20;39;;;;8;10;3;80 agr;5;35;;;;10;2;5;57 aua;10;30;;;;2;13;;55 ;;;;;;;;; total;80;274;0;0;0;60;81;23;518 </pre> ====alpha distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_du_total|alpha distribution du total]] <pre> alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;83 atgi;9;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;33;acc;0;aac;;agc; ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;;gcc;;gac;0;ggc; tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;0;taa;;tga; ata;;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;8;cca;9;caa;8;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;;gca;27;gaa;;gga; ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;0 atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;161;274;0;0;0;0;435;;1-3aas;;;;23;;60;83 </pre> ====alpha distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_type|alpha distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;274;;alpha8;;;;;;;80;;alpha8;;;;;;;81;;alpha6;;;;;;; atgi;9;tct;0;tat;0;atgf;7;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23 att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;8;tcc;8;tac;2;tgc;4;;ttc;1;tcc;;tac;8;tgc;4;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;;acc;5;aac;5;agc;8;;atc;1;acc;3;aac;7;agc;;;atc;;acc;5;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;9;ccc;8;cac;7;cgt;8;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;4;cgt;5;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;8;gcc;5;gac;1;ggc;11;;gtc;2;gcc;5;gac;10;ggc;7;;gtc;3;gcc;6;gac;6;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;8;tca;8;taa;0;tga;1;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;0;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;8;aaa;9;aga;8;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;8;cca;9;caa;8;cga;0;;cta;8;cca;8;caa;6;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;4;gca;1;gaa;6;gga;;;gta;3;gca;1;gaa;2;gga;8;;gta;;gca;;gaa;4;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;7;tcg;7;tag;0;tgg;10;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;7;acg;8;aag;4;agg;6;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;6;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;6;ccg;3;cag;6;cgg;7;;ctg;4;ccg;1;cag;2;cgg;1;;ctg;5;ccg;6;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;3;gcg;4;gag;5;ggg;6;;gtg;;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;6;gcg;3;gag;4;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha 6;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;23;;; </pre> ====alpha par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_par_rapport_au_groupe_de_référence|alpha par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;90;14;38;;;;142; 16;moyen;103;15;16;;;60;134; 14;fort;81;51;27;;23;;182; ; ;274;80;81;;23;60;518; 10;g+cga;46;6;27;;;;79; 2;agg+cgg;13;1;;;;;14; 4;carre ccc;30;7;11;;;;48; 5;autres;1;;;;;;1; ;;90;14;38;;;;142; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;174;27;73;;;;274;26 16;moyen;199;29;31;;;116;259;324 14;fort;156;98;52;;44;;351;650 ;;529;154;156;;44;116;518;729 10;g+cga;89;12;52;;;;153;10 2;agg+cgg;25;2;0;;;;27; 4;carre ccc;58;14;21;;;;93;16 5;autres;2;0;0;;;;2; ;;174;27;73;;;;274; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;207;32;87;326;26;33;18;47 16;moyen;237;34;37;308;324;38;19;20 14;fort;186;117;62;366;650;30;64;33 ;;630;184;186;435;729;274;80;81 10;g+cga;106;14;62;182;10;51;;71 2;agg+cgg;30;2;0;32;;14;; 4;carre ccc;69;16;25;110;16;33;;29 5;autres;2;0;0;2;;1;; ;;207;32;87;326;;90;;38 </pre> ====alpha, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha,_estimation_des_-rRNAs|alpha, estimation des -rRNAs]] <pre> alpha;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 70 génomes total avec rRNA;;;;alpha8;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;70;525; ; ;;indices;;;;70;750;0;0;;alpha8;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;435 atgi;;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;;tct;;tat;;atgf;206;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8 atc;189;acc;;aac;;agc;;;atc;270;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;13;aac;14;agc;8 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;9;aaa;10;aga;8 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;9;caa;8;cga; gta;;gca;191;gaa;;gga;;;gta;;gca;273;gaa;;gga;;;gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6 ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1.4;;ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7 ;;380;;144;;1;525;;;;543;;206;;1;750;;;;134;;159;;142;435 27.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;30.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;16935;0.6;0.3;;indices;sans +16s;;;347;16935;0,6;0,3;;alpha8;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;30;;atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;236;;atgi;113;tct;;tat;;atgf;88 att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;163;tcc;100;tac;125;tgc;100 atc;-1;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;269;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;13;acc;163;aac;175;agc;100 ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;138;ccc;100;cac;138;cgt;163 gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;163;gcc;200;gac;213;ggc;275 tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;100;tca;100;taa;;tga;13 ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;113;aaa;125;aga;100 cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;100;cca;113;caa;100;cga; gta;105;gca;-2;gaa;141;gga;104;;gta;105;gca;271;gaa;141;gga;104;;gta;88;gca;25;gaa;150;gga;100 ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;88;tcg;88;tag;;tgg;125 atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;125;acg;100;aag;125;agg;75 ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;106;;ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;107;;ctg;188;ccg;125;cag;125;cgg;100 gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;113;gcg;113;gag;113;ggg;88 ;;1421;;1529;;1241;4191;;;;1964;;1735;;1242;4941;;;;1675;;1988;;1775;5438 rapports;;72;;88;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;alpha8;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;13;;fiches;45.571;;;fréquences;;;;;atgi;6;tct;;tat;100;atgf;66 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;3190;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;525;;;10;18;;;;ctt;100;cct;100;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;70;;;20;9;;;;gtt;;gct;;gat;100;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;33;tcc;1;tac;17;tgc;5 atc;0;acc;100;aac;100;agc;100;;alpha8;54.375;;;40;6;;;;atc;108;acc;34;aac;37;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;435;;;50;4;39;;;ctc;16;ccc;18;cac;26;cgt;31 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;205;;;60;4;;;;gtc;35;gcc;52;gac;29;ggc;52 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;1;;;;tta;6;tca;2;taa;100;tga;20 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;5;aaa;15;aga;3 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par alpha8;;;;90;0;;;;cta;3;cca;8;caa;12;cga;100 gta;100;gca;-1;gaa;100;gga;100;;est 19 % au dessus;;;;100;2;;;;gta;17;gca;107;gaa;6;gga;4 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;2;;;;ttg;4;tcg;2;tag;100;tgg;18 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;70;;100;;;48;;;;atgj;7;acg;9;aag;36;agg;0 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;99;;atc;189;269;;;;;;;ctg;52;ccg;43;cag;48;cgg;5 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;gca;191;271;;;;;;;gtg;48;gcg;48;gag;52;ggg;20 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;178;;330;;451;959 </pre> ===cvi=== ====cvi opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_opérons|cvi opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Chro_viol_ATCC_12472/chroViol-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_005085.1;cvi;genome;;; 65%GC;30.6.19 Paris;16s 8;98;doubles;intercalaires ;Chromobacterium violaceum ATCC 12472;;;; ;421217..422762;;16s;@1;179 ;422942..423018;;atc;;86 ;423105..423180;;gca;;249 ;423430..426324;;23s;;125 ;426450..426564;;5s;; ;;;;; ;502182..503727;;16s;;79 ;503807..503883;;atc;;12 ;503896..503971;;gca;;250 ;504222..507116;;23s;;122 ;507239..507353;;5s;; ;;;;; comp;682034..682118;;ttg;; ;;;;; ;759824..759908;;tac;; ;;;;; comp;878775..878849;;agg;; ;;;;; ;955155..955230;;gcg;; ;;;;; ;975612..975696;;ctc;; ;;;;; ;1006822..1006897;;ttc;+;6 ;1006904..1006979;;ttc;2 ttc; ;;;;; ;1058518..1058611;;agc;;6 ;1058618..1058694;;cgt;;3 ;1058698..1058772;;gaa;; ;;;;; comp;1061741..1061815;;gaa;+;3 comp;1061819..1061895;;cgt;2 gaa;7 comp;1061903..1061977;;gaa;2cgt;5 comp;1061983..1062059;;cgt;; ;;;;; ;1154020..1155565;;16s;;179 ;1155745..1155821;;atc;;86 ;1155908..1155983;;gca;;250 ;1156234..1159128;;23s;;122 ;1159251..1159365;;5s;; ;;;;; comp;1263556..1263645;;tcg;; ;;;;; ;1273710..1273786;;atgf;; ;;;;; ;1377435..1377510;;ggc;+;23 ;1377534..1377609;;ggc;5 ggc;22 ;1377632..1377707;;ggc;;24 ;1377732..1377807;;ggc;;29 ;1377837..1377912;;ggc;;45 ;1377958..1378031;;tgc;; ;;;;; ;1387010..1387094;;tta;; ;;;;; ;1420085..1420161;;gtc;; ;;;;; ;1427771..1427847;;ccc;; ;;;;; comp;1433244..1433319;;aac;+;32 comp;1433352..1433427;;aac;3 aac;31 comp;1433459..1433534;;aac;; ;;;;; ;1646821..1648366;;16s;;179 ;1648546..1648622;;atc;;86 ;1648709..1648784;;gca;;249 ;1649034..1651928;;23s;;122 ;1652051..1652165;;5s;;89 ;1652255..1652369;;5s;; ;;;;; ;1746117..1746207;;tcc;+;53 ;1746261..1746351;;tcc;2 tcc; ;;;;; ;1978844..1978919;;aac;; ;;;;; comp;2094372..2094447;;cac;+;26 comp;2094474..2094549;;cac;3 cac;45 comp;2094595..2094670;;cac;;27 comp;2094698..2094774;;aga;;18 comp;2094793..2094869;;cca;; ;;;;; comp;2511625..2511712;;tca;; ;;;;; comp;2747299..2747375;;gac;;7 comp;2747383..2747458;;gta;; ;;;;; ;2853221..2853305;;cta;; ;;;;; ;3187082..3187157;;aca;; ;;;;; ;3257362..3257437;;gcc;; ;;;;; ;3262246..3262321;;gcc;+;8 ;3262330..3262405;;gaa;2 gcc;11 ;3262417..3262492;;gcc;; ;;;;; comp;3371478..3371592;;5s;;122 comp;3371715..3374609;;23s;;250 comp;3374860..3374935;;gca;;12 comp;3374948..3375024;;atc;;79 comp;3375104..3376649;;16s;; ;;;;; ;3472822..3472897;;gta;+;12 ;3472910..3472986;;gac;5 gta;26 ;3473013..3473088;;gta;6 gac;12 ;3473101..3473177;;gac;1gtg;26 ;3473204..3473279;;gta;;12 ;3473292..3473368;;gac;;26 ;3473395..3473470;;gta;;12 ;3473483..3473559;;gac;;27 ;3473587..3473663;;gtg;;6 ;3473670..3473746;;gac;;27 ;3473774..3473850;;gtg;;6 ;3473857..3473933;;gac;; ;;;;; ;3622292..3622365;;ggg;; ;;;;; comp;3820120..3820234;;5s;;122 comp;3820357..3823251;;23s;;249 comp;3823501..3823576;;gca;;86 comp;3823663..3823739;;atc;;179 comp;3823919..3825464;;16s;; ;;;;; ;3828836..3828922;;ctg;+;51 ;3828974..3829060;;ctg;4 ctg;33 ;3829094..3829180;;ctg;;57 ;3829238..3829324;;ctg;; ;;;;; ;3854547..3854622;;caa;@2;*557 ;3855180..3855255;;acg;;61 ;3855317..3855393;;ccg;+;78 ;3855472..3855548;;ccg;2 ccg; ;;;;; comp;4059834..4059912;;atgi;; ;;;;; comp;4244591..4244705;;5s;;122 comp;4244828..4247722;;23s;;249 comp;4247972..4248047;;gca;;86 comp;4248134..4248210;;atc;;179 comp;4248390..4249935;;16s;; ;;;;; comp;4325718..4325794;;atgf;; ;;;;; comp;4389268..4389342;;caa;; ;;;;; ;4402077..4402153;;cgg;; ;;;;; comp;4434130..4434244;;5s;;122 comp;4434367..4437261;;23s;;249 comp;4437511..4437586;;gca;;86 comp;4437673..4437749;;atc;;179 comp;4437929..4439474;;16s;; ;;;;; ;4474196..4474272;;atg;+;35 ;4474308..4474384;;atg;2 atg; ;;;;; comp;4529616..4529690;;acc;; ;;;;; comp;4532053..4532128;;tgg;; ;;;;; comp;4533370..4533444;;acc;;24 comp;4533469..4533542;;gga;;52 comp;4533595..4533679;;tac;; ;;;;; comp;4586712..4586787;;aaa;+;38 comp;4586826..4586901;;aag;3 aaa;35 comp;4586937..4587012;;aaa;2 aag;28 comp;4587041..4587116;;aag;;37 comp;4587154..4587229;;aaa;; </pre> ====cvi cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_cumuls|cvi cumuls]] <pre> cvi cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;8;1;0;- ;16 23 5s 0;0;20;16;2 ;16 atc gca;8;40;20; ;16 23 5s a;0;60;6; ;max a;2;80;2; ;a doubles;0;100;0;6 ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;16;140;0; sans ;opérons;37;160;0; ;1 aa;22;180;0; ;max a;12;200;0; ;a doubles;12;;1; ;total aas;82;;45;8 total aas;;98;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;; ;;;variance;; sans jaune;;;moyenne;26;86 ;;;variance;18;0 </pre> ====cvi blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_blocs|cvi blocs]] <pre> cvi blocs;;;;;; 16s;179;1546;79;1546;179;1546 atc;86;;12;;86; gca;249;;250;;250; 23s;125;2895;122;2895;122;2895 5s;;115;;115;;115 ;;;;;; ;;;;;; 5s;122;115;122;115;122;115 23s;250;2895;249;2895;249;2895 gca;12;;86;;86; atc;79;;179;;179; 16s;;1546;;1546;;1546 ;;;;;; 16s;179;1546;;5s;122;115 atc;86;;;23s;249;2895 gca;249;;;gca;86; 23s;122;2895;;atc;179; 5s;89;115;;16s;;1546 5s;;115;;;; </pre> ====cvi distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_distribution|cvi distribution]] <pre> beta1;;;;;;;82;;beta1;;;;;;;22;;beta1;;;;;;;37;;beta1;;;;;;;23 atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc; atc;0;acc;1;aac;4;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;3;agc; ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt; gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;7;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5 tta;1;tca;1;taa;0;tga;0;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;0;aca;1;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;2;cga;0;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;6;gca;0;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;4;ccg;2;cag;0;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg; gtg;1;gcg;2;gag;0;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cvi données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_données_intercalaires|cvi données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cvi;fx;fc;cvi;fx40;fc40;cvi;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa 0;0;0;5;10;0;5;10;-1;0;118;177;152;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;suite 0;2;10;62;334;1;7;58;-2;3;0;58;57;447;506;;7;;gac 0;3;20;33;245;2;3;44;-3;0;0;858;110;370;450;;**;;gta 0;2;30;18;120;3;10;42;-4;22;375;19;46;439;391;;8;;gcc 0;1;40;17;116;4;6;30;-5;0;0;49;190;439;;;11;;gaa 2;3;50;43;99;5;2;25;-6;2;0;329;180;437;;;**;;gcc 1;4;60;71;107;6;8;13;-7;2;10;19;425;23s 5s;;;12;;gta 2;2;70;92;154;7;6;18;-8;0;56;91;707;127;;;26;;gac 1;1;80;56;140;8;5;13;-9;1;0;155;136;7* 124;;;12;;gta 0;3;90;32;83;9;8;41;-10;0;6;51;211;5s CDS;;;26;;gac 1;4;100;52;95;10;7;50;-11;4;31;62;66;280;137;;12;;gta 2;1;110;35;82;11;2;42;-12;1;0;173;225;189;154;;26;;gac 0;1;120;44;73;12;6;26;-13;2;10;120;182;415;101;;12;;gta 0;3;130;43;84;13;4;35;-14;0;21;435;70;213;206;;27;;gac 2;1;140;32;60;14;3;25;-15;0;0;101;49;5s 5s;;;6;;gta 0;0;150;20;51;15;4;21;-16;0;4;183;205;89;;;27;;gac 2;2;160;32;49;16;5;28;-17;3;16;182;151;16s tRNA;;;6;;gtg 0;2;170;22;50;17;0;19;-18;0;0;30;303;6* 182;;atc;**;;gac 1;3;180;20;43;18;3;17;-19;2;3;204;106;2* 82;;atc;51;;ctg 2;2;190;28;39;19;5;18;-20;1;12;98;212;tRNA 23s;;;33;;ctg 0;1;200;36;30;20;1;14;-21;1;0;59;73;3* 254;;gca;57;;ctg 1;2;210;23;35;21;1;16;-22;1;1;360;651;5* 253;;gca;**;;ctg 2;0;220;12;26;22;2;13;-23;1;4;25;97;tRNA tRNA;;intra;61;;acg 1;1;230;17;25;23;1;7;-24;1;0;15;137;6* 86;;atc gca;78;;ccg 0;0;240;23;14;24;3;18;-25;1;2;93;265;2* 12;;atc gca;;;ccg 0;0;250;11;11;25;1;10;-26;0;3;230;;tRNA tRNA;;;35;;atgj 0;0;260;16;13;26;2;13;-27;0;0;130;;6;;ttc;**;;atgj 1;0;270;16;21;27;3;7;-28;1;0;46;;**;;ttc;24;;acc 0;0;280;17;14;28;2;12;-29;1;2;71;;6;;agc;52;;gga 0;0;290;17;11;29;2;13;-30;0;0;48;;3;;cgt;**;;tac 0;0;300;7;15;30;1;11;-31;3;1;411;;**;;gaa;38;;aaa 1;0;310;12;9;31;1;17;-32;2;0;163;;3;;gaa;35;;aag 0;0;320;6;14;32;0;12;-33;0;0;170;;7;;cgt;28;;aaa 0;1;330;2;9;33;4;13;-34;0;0;55;;5;;gaa;37;;aag 0;0;340;10;9;34;0;11;-35;2;1;770;;**;;cgt;**;;aaa 0;0;350;6;5;35;1;9;-36;0;0;201;;23;;ggc;;; 0;1;360;6;5;36;1;11;-37;1;0;92;;22;;ggc;;; 0;0;370;7;11;37;5;9;-38;0;2;747;;24;;ggc;;; 0;0;380;4;6;38;1;9;-39;0;0;151;;29;;ggc;;; 0;0;390;3;7;39;3;10;-40;0;1;89;;45;;ggc;;; 0;0;400;5;6;40;1;15;-41;2;1;6;;**;;tgc;;; 3;5;reste;89;94;reste;967;1599;-42;0;0;87;;32;;aac;;; 25;51;total;1102;2424;total;1102;2424;-43;1;0;125;;31;;aac;;; 22;46;diagr;1008;2320;diagr;130;815;-44;0;3;86;;**;;aac;;; 0;7; t30;113;699;;;;-45;0;0;179;;53;;tcc;;; ;;;;;;;;-46;0;0;64;;**;;tcc;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;10;;26;;cac;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;40;;45;;cac;;; ;x;1097;69;5;1171;;;-49;1;0;139;;27;;cac;;; ;c;2414;687;10;3111;;;-50;1;0;194;;18;;aga;;; ;;;;;4282;205;;reste;6;4;130;;**;;cca;;; ;;;;;;4487;;total;69;687;;;;;;;; </pre> =====cvi autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires_aas|cvi autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cvi;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;242272;116;comp; ;regulatory;243048;76;; fin;CDS;243272;;; deb;CDS;419401;506;comp; ;rRNA;421224;182;;16s ;tRNA;422942;86;;atc ;tRNA;423105;253;;gca ;rRNA;423434;127;;23s ;rRNA;426450;137;;5s fin;CDS;426702;;comp; deb;CDS;500524;447;; ;rRNA;502189;82;;16s ;tRNA;503807;12;;atc ;tRNA;503896;254;;gca ;rRNA;504226;124;;23s ;rRNA;507239;280;;5s fin;CDS;507634;;; deb;CDS;521304;119;comp; ;regulatory;522458;124;; fin;CDS;522848;;; deb;CDS;526333;31;; ;ncRNA;526676;12;; fin;CDS;526872;;; deb;CDS;578634;106;comp; ;ncRNA;581905;130;; fin;CDS;582495;;; deb;CDS;680663;177;comp; ;tRNA;682034;58;comp;ttg fin;CDS;682177;;comp; deb;CDS;758940;152;comp; ;tRNA;759824;57;;tac fin;CDS;759966;;comp; deb;CDS;877002;858;comp; ;tRNA;878775;19;comp;agg fin;CDS;878869;;comp; deb;CDS;952811;49;; ;tRNA;955155;329;;gcg fin;CDS;955560;;; deb;CDS;975236;19;; ;tRNA;975612;91;;ctc fin;CDS;975788;;; deb;CDS;996781;89;comp; ;regulatory;998457;72;; fin;CDS;998621;;; deb;CDS;1006022;155;; ;tRNA;1006822;6;;ttc ;tRNA;1006904;51;;ttc fin;CDS;1007031;;; deb;CDS;1057229;62;; ;tRNA;1058518;6;;agc ;tRNA;1058618;3;;cgt ;tRNA;1058698;110;;gaa deb;CDS;1058883;173;comp; ;tRNA;1061741;3;comp;gaa ;tRNA;1061819;7;comp;cgt ;tRNA;1061903;5;comp;gaa ;tRNA;1061983;46;comp;cgt fin;CDS;1062106;;; deb;CDS;1153105;370;; ;rRNA;1154027;182;;16s ;tRNA;1155745;86;;atc ;tRNA;1155908;254;;gca ;rRNA;1156238;124;;23s ;rRNA;1159251;189;;5s fin;CDS;1159555;;; deb;CDS;1262223;190;; ;tRNA;1263556;120;comp;tcg fin;CDS;1263766;;comp; deb;CDS;1272648;435;; ;tRNA;1273710;180;;atgf fin;CDS;1273967;;comp; deb;CDS;1292860;191;; ;repeat_region;1293342;324;; fin;CDS;1295441;;; deb;CDS;1376752;101;; ;tRNA;1377435;23;;ggc ;tRNA;1377534;22;;ggc ;tRNA;1377632;24;;ggc ;tRNA;1377732;29;;ggc ;tRNA;1377837;45;;ggc ;tRNA;1377958;425;;tgc fin;CDS;1378457;;comp; deb;CDS;1385508;707;comp; ;tRNA;1387010;183;;tta fin;CDS;1387278;;; deb;CDS;1418833;136;comp; ;tRNA;1420085;182;;gtc fin;CDS;1420344;;; deb;CDS;1427387;30;; ;tRNA;1427771;204;;ccc fin;CDS;1428052;;; deb;CDS;1432303;98;comp; ;tRNA;1433244;32;comp;aac ;tRNA;1433352;31;comp;aac ;tRNA;1433459;211;comp;aac fin;CDS;1433746;;; deb;CDS;1451057;323;comp; ;repeat_region;1452712;105;; fin;CDS;1454130;;comp; deb;CDS;1458879;179;; ;repeat_region;1461308;144;; fin;CDS;1462645;;; deb;CDS;1644076;439;; ;rRNA;1646828;182;;16s ;tRNA;1648546;86;;atc ;tRNA;1648709;253;;gca ;rRNA;1649038;124;;23s ;rRNA;1652051;89;;5s ;rRNA;1652255;154;;5s fin;CDS;1652524;;comp; deb;CDS;1689363;107;comp; ;regulatory;1690517;42;comp; fin;CDS;1690745;;comp; deb;CDS;1744930;59;; ;tRNA;1746117;53;;tcc ;tRNA;1746261;360;;tcc fin;CDS;1746712;;; deb;CDS;1786722;25;; ;tRNA;1786963;15;; fin;CDS;1787071;;; deb;CDS;1899096;223;; ;repeat_region;1900978;157;; fin;CDS;1902728;;comp; deb;CDS;1975805;93;; ;tRNA;1978844;66;;aac fin;CDS;1978986;;comp; deb;CDS;2093021;230;; ;tRNA;2094372;26;;cac ;tRNA;2094474;45;;cac ;tRNA;2094595;27;;cac ;tRNA;2094698;18;;aga ;tRNA;2094793;225;;cca fin;CDS;2095095;;comp; deb;CDS;2186305;69;; ;tmRNA;2186992;205;; fin;CDS;2187562;;; deb;CDS;2192639;145;comp; ;regulatory;2193399;4;comp; ;regulatory;2193502;65;comp; fin;CDS;2193653;;comp; deb;CDS;2337863;-1;; ;ncRNA;2338135;0;; fin;CDS;2338210;;; deb;CDS;2511015;130;comp; ;tRNA;2511625;46;comp;tca fin;CDS;2511759;;comp; deb;CDS;2560167;264;comp; ;ncRNA;2560755;168;comp; fin;CDS;2561022;;; deb;CDS;2745389;71;comp; ;tRNA;2747299;7;comp;gac ;tRNA;2747383;48;comp;gta fin;CDS;2747507;;comp; deb;CDS;2852349;182;comp; ;tRNA;2853221;70;;cta fin;CDS;2853376;;comp; deb;CDS;3186574;49;comp; ;tRNA;3187082;411;;aca fin;CDS;3187569;;; deb;CDS;3256344;205;comp; ;tRNA;3257362;151;;gcc fin;CDS;3257589;;comp; deb;CDS;3261178;303;comp; ;tRNA;3262246;8;;gcc ;tRNA;3262330;11;;gaa ;tRNA;3262417;106;;gcc fin;CDS;3262599;;comp; deb;CDS;3368966;415;comp; ;rRNA;3371478;124;comp;5s ;rRNA;3371717;254;comp;23s ;tRNA;3374860;12;comp;gca ;tRNA;3374948;82;comp;atc ;rRNA;3375107;439;comp;16s fin;CDS;3377082;;comp; deb;CDS;3447322;50;comp; ;regulatory;3448389;124;comp; fin;CDS;3448608;;; deb;CDS;3471644;212;comp; ;tRNA;3472822;12;;gta ;tRNA;3472910;26;;gac ;tRNA;3473013;12;;gta ;tRNA;3473101;26;;gac ;tRNA;3473204;12;;gta ;tRNA;3473292;26;;gac ;tRNA;3473395;12;;gta ;tRNA;3473483;27;;gac ;tRNA;3473587;6;;gta ;tRNA;3473670;27;;gac ;tRNA;3473774;6;;gtg ;tRNA;3473857;163;;gac fin;CDS;3474097;;; deb;CDS;3621600;170;; ;tRNA;3622292;55;;ggg fin;CDS;3622421;;; deb;CDS;3727029;40;comp; ;regulatory;3728158;14;comp; ;regulatory;3728271;172;comp; fin;CDS;3728534;;comp; deb;CDS;3818863;213;comp; ;rRNA;3820120;124;comp;5s ;rRNA;3820359;253;comp;23s ;tRNA;3823501;86;comp;gca ;tRNA;3823663;182;comp;atc ;rRNA;3823922;437;comp;16s deb;CDS;3825895;73;comp; ;tRNA;3828836;51;;ctg ;tRNA;3828974;33;;ctg ;tRNA;3829094;57;;ctg ;tRNA;3829238;651;;ctg fin;CDS;3829976;;comp; deb;CDS;3854191;770;comp; ;tRNA;3855180;61;comp;acg ;tRNA;3855317;78;comp;ccg ;tRNA;3855472;97;comp;ccg fin;CDS;3855646;;; deb;CDS;4058859;201;comp; ;tRNA;4059834;92;comp;atgi fin;CDS;4060005;;comp; deb;CDS;4244169;101;; ;rRNA;4244591;124;comp;5s ;rRNA;4244830;253;comp;23s ;tRNA;4247972;86;comp;gca ;tRNA;4248134;182;comp;atc ;rRNA;4248393;450;comp;16s fin;CDS;4250379;;; deb;CDS;4324029;747;comp; ;tRNA;4325718;151;comp;atgf fin;CDS;4325946;;comp; deb;CDS;4388195;89;comp; ;tRNA;4389268;6;comp;caa fin;CDS;4389349;;comp; deb;CDS;4401196;137;comp; ;tRNA;4402077;265;;cgg fin;CDS;4402419;;comp; deb;CDS;4433423;206;; ;rRNA;4434130;124;comp;5s ;rRNA;4434369;253;comp;23s ;tRNA;4437511;86;comp;gca ;tRNA;4437673;182;comp;atc ;rRNA;4437932;391;comp;16s fin;CDS;4439859;;; deb;CDS;4472951;87;; ;tRNA;4474196;35;;atgj ;tRNA;4474308;125;;atgj fin;CDS;4474510;;; deb;CDS;4529035;86;comp; ;tRNA;4529616;179;comp;acc fin;CDS;4529870;;comp; deb;CDS;4531632;64;comp; ;tRNA;4532053;10;comp;tgg deb;CDS;4532139;40;comp; ;tRNA;4533370;24;comp;acc ;tRNA;4533469;52;comp;gga ;tRNA;4533595;139;comp;tac fin;CDS;4533819;;comp; deb;CDS;4549877;87;comp; ;regulatory;4551002;131;; fin;CDS;4551282;;; deb;CDS;4586188;194;comp; ;tRNA;4586712;38;comp;aaa ;tRNA;4586826;35;comp;aag ;tRNA;4586937;28;comp;aaa ;tRNA;4587041;37;comp;aag ;tRNA;4587154;130;comp;aaa fin;CDS;4587360;;comp; </pre> ====cvi intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_entre_cds|cvi intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> cvi;4.2.21 Paris;;cvi 25.12.20;;;;;;;;; cvi;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5;intercal;<u>'''frequencez ;'''négatif;756;17.7;'''négatif ;-8;11;-1 à -102;'''4 751 080;-1;756;610;2 ;'''zéro;15;0.4;;;;;'''intercals;0;15;620;1 ;'''1 à 200;2842;66.4;'''0 à 200;74;55;;'''452 650;5;227;630;2 ;'''201 à 370;455;10.6;'''201 à 370;266;47;;'''9.5%;10;169;640;1 ;'''371 à 600;147;3.4;'''371 à 600;453;59;;;15;168;650;1 ;'''601 à max;67;1.6;'''601 à 1309;795;172;;;20;110;660;4 ;'''total 4282;<201;84.4;'''total 4281;104;142;-102 à 1309;;25;72;670;4 adresse;intercalx;intercal;<u>'''fréquence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul,t %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;66;680;2 1407250;1977;-1;756;-70;6;;0;15;35;68;690;3 2476400;1309;0;15;-60;1;;-1;°118;40;65;700;5 667844;1253;1;°65;-50;4;;-2;3;45;75;710;2 448587;1220;2;47;-40;9;;-3;0;50;67;720;1 357760;1187;3;°52;-30;12;'''min à -1;-4;°397;55;84;730;5 707510;1165;4;36;-20;32;756;-5;0;60;94;740;2 139762;1148;5;27;-10;103;17.7%;-6;2;65;120;750;1 1309853;1098;6;21;0;604;;-7;12;70;126;760;2 2457295;1068;7;°24;10;396;;-8;°56;75;114;770;1 669869;1004;8;18;20;278;;-9;1;80;82;780;1 2288697;984;9;49;30;138;;-10;6;85;62;790;1 1828489;968;10;°57;40;133;'''1 à 100;-11;°35;90;53;800;4 3613803;905;11;44;50;142;1969;-12;1;95;81;810;1 2465473;902;12;32;60;178;46.0%;-13;12;100;66;820;2 2025387;900;13;°39;70;246;;-14;°21;105;60;830;0 869124;888;14;28;80;196;;-15;0;110;57;840;1 2030614;865;15;25;90;115;;-16;4;115;69;850;0 664864;858;16;°33;100;147;;-17;°19;120;48;860;1 2442265;838;17;19;110;117;;-18;0;125;58;870;1 561508;819;18;20;120;117;;-19;5;130;69;880;0 1345805;811;19;°23;130;127;;-20;°13;135;48;890;1 27453;809;20;15;140;92;;-21;1;140;44;900;1 3009727;799;21;°17;150;71;;-22;2;145;41;910;2 914899;796;22;15;160;81;;-23;°5;150;30;920;0 344593;793;23;8;170;72;'''1 à 200;-24;1;155;46;930;0 1783705;791;24;°21;180;63;2842;-25;3;160;35;940;0 1569417;787;25;11;190;67;66.4%;-26;°3;165;41;950;0 3000804;771;26;°15;200;66;;-27;0;170;31;960;0 34255;767;27;10;210;58;;-28;1;175;37;970;1 136535;759;28;°14;220;38;;-29;°3;180;26;980;0 2126902;751;29;15;230;42;;-30;0;185;39;990;1 1360178;742;30;12;240;37;;-31;4;190;28;1000;0 3310655;736;31;°18;250;22;'''0 à 200;-32;2;195;34;1010;1 2140607;733;32;12;260;29;2857;total;75;200;32;1020;0 ;;33;°17;270;37;;reste;26;205;32;1030;0 ;;34;11;280;31;;total;771;210;26;1040;0 ;;35;10;290;28;;;;215;19;1050;0 ;;36;12;300;22;;intercal;<u>'''frequencef;220;19;1060;0 ;;37;°14;310;21;;600;4215;225;21;1070;1 ;;38;10;320;20;;620;3;230;21;1080;0 ;;39;13;330;11;;640;3;235;17;1090;0 ;;40;°16;340;19;'''201 à 370;660;5;240;20;1100;1 ;;reste;2566;350;11;455;680;6;245;11;1110;0 ;;total;4282;360;11;10.6%;700;8;250;11;1120;0 ;;;;370;18;;720;3;255;9;1130;0 ;;;;380;10;;740;7;260;20;1140;0 ;;;;390;10;;760;3;265;17;1150;1 '''adresses;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;11;;780;2;270;20;1160;0 4014450;-102;comp;;410;11;;800;5;275;15;1170;1 1765439;-97;shift2;1671;420;9;;820;3;280;16;1180;0 1246857;-94;shift2;798;430;12;;840;1;285;17;1190;1 4426186;-80;comp;;440;14;;860;1;290;11;1200;0 3511064;-73;shift2;1;450;9;;880;1;295;14;reste;4 3199809;-71;shift2;494;460;5;;900;2;300;8;total;4282 3580355;-61;comp;;470;6;;920;2;305;14;; 4088183;-59;comp;;480;6;;940;;310;7;; 2599768;-57;comp;;490;5;;960;;315;14;; 1062106;-56;comp;;500;1;;980;1;320;6;; 3542032;-50;comp;;510;10;;1000;1;325;5;; 834886;-49;comp;;520;5;;1020;1;330;6;; 2603937;-44;shift2;;530;4;;1040;;335;13;; 2822032;-44;shift2;;540;2;'''371 à 600;1060;;340;6;; 4104968;-44;shift2;;550;4;147;1080;1;345;6;; 283435;-43;comp;;560;3;3.4%;1100;1;350;5;; 226851;-41;comp;;570;5;;1120;;355;6;; 387678;-41;comp;;580;3;'''601 à max;1140;;360;5;; 1796583;-41;shift2;;590;0;67;1160;1;365;10;; 4120154;-40;shift2;;600;2;1.6%;;61;370;8;; 3951302;-38;shift2;;reste;67;;reste;6;reste;214;; 4595659;-38;shift2;;total;4282;;total;4282;total;4282;; </pre> ====cvi intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cvi;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;29;-174;154;42;611;200;max70;&-44;372;-1071;112;852;282;min50 31 à 400;;;;;;;;&5.3;22;-332;69;915;-138;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;131;52;-;581;dte;30;tf;&204;67;;649;poly;203;SF 31 à 400;;;;;;;;&149;52;-;808;poly;107;tF corrélations cvi. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400 ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814 cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696 abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+ 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243 </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60 70, '''t30 t70'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.582;;;;; 41-n;0.931;0.858;0.891;;;;;;;;;;;; 1-n;0.696;0.434;0.549;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; cvi;fx;fc;;cvi;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;;cvi;Sx-;Sc- 0;5;10;;0;5;4;;0;5;10;;x;-1;0;118 10;62;334;;10;62;144;;1;7;58;>0;1097;-2;3;0 20;33;245;;20;33;106;;2;3;44;<0;69;-3;0;0 30;18;120;;30;18;52;;3;10;42;zéro;5;-4;22;375 40;17;116;;40;17;50;;4;6;30;total;1171;-5;0;0 50;43;99;;50;43;43;;5;2;25;;c;-6;2;0 60;71;107;;60;70;46;;6;8;13;>0;2414;-7;2;10 70;92;154;;70;91;66;;7;6;18;<0;687;-8;0;56 80;56;140;;80;56;60;;8;5;13;zéro;10;-9;1;0 90;32;83;;90;32;36;;9;8;41;total;3111;-10;0;6 100;52;95;;100;52;41;;10;7;50;;;-11;4;31 110;35;82;;110;35;35;;11;2;42;;;-12;1;0 120;44;73;;120;44;31;;12;6;26;;;-13;2;10 130;43;84;;130;43;36;;13;4;35;;;-14;0;21 140;32;60;;140;32;26;;14;3;25;;;-15;0;0 150;20;51;;150;20;22;;15;4;21;;;-16;0;4 160;32;49;;160;32;21;;16;5;28;;;-17;3;16 170;22;50;;170;22;22;;17;0;19;;;-18;0;0 180;20;43;;180;20;19;;18;3;17;;;-19;2;3 190;28;39;;190;28;17;;19;5;18;;;-20;1;12 200;36;30;;200;36;13;;20;1;14;;;-21;1;0 210;23;35;;210;23;15;;21;1;16;;;-22;1;1 220;12;26;;220;12;11;;22;2;13;;;-23;1;4 230;17;25;;230;17;11;;23;1;7;;;-24;1;0 240;23;14;;240;23;6;;24;3;18;;;-25;1;2 250;11;11;;250;11;5;;25;1;10;;;-26;0;3 260;16;13;;260;16;6;;26;2;13;;;-27;0;0 270;16;21;;270;16;9;;27;3;7;;;-28;1;0 280;17;14;;280;17;6;;28;2;12;;;-29;1;2 290;17;11;;290;17;5;;29;2;13;;;-30;0;0 300;7;15;;300;7;6;;30;1;11;;;-31;3;1 310;12;9;;310;12;4;;31;1;17;;;-32;2;0 320;6;14;;320;6;6;;32;0;12;;;-33;0;0 330;2;9;;330;2;4;;33;4;13;;;-34;0;0 340;10;9;;340;10;4;;34;0;11;;;-35;2;1 350;6;5;;350;6;2;;35;1;9;;;-36;0;0 360;6;5;;360;6;2;;36;1;11;;;-37;1;0 370;7;11;;370;7;5;;37;5;9;;;-38;0;2 380;4;6;;380;4;3;;38;1;9;;;-39;0;0 390;3;7;;390;3;3;;39;3;10;;;-40;0;1 400;5;6;;400;5;3;;40;1;15;;;-41;2;1 reste;89;94;;;;;;reste;967;1599;;;-42;0;0 total;1102;2424;;t30;112;301;;total;1102;2424;;;-43;1;0 diagr;1008;2320;;t70;333;506;;diagr;130;815;;;-44;0;3 - t30;895;1621;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t70;672;1145;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;6;4 ;;;;;;;;;;;;;total;69;687 </pre> ====cvi intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_négatifs_S-|cvi intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;; comp’;0;3;0;20;0;2;2;0;1;0;3;0;2;0;0;0;2;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;1;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;62;6 continu;118;0;0;377;0;0;10;56;0;6;32;1;10;21;0;4;17;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;2;1;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;694;4 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;22;0;2;2;0;1;0;4;1;2;0;0;0;3;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;3;2;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;6;69 ;Sc-;118;0;0;375;0;0;10;56;0;6;31;0;10;21;0;4;16;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;1;0;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;4;687 </pre> ====cvi autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires|cvi autres intercalaires]] <pre> ;cvi;autres intercalaires;;adresses1;;cvi;autres intercalaires;;adresses2;;;cvi;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;242272;116;comp;;deb;°CDS;1427387;30;;;deb;°CDS;3471644;212;comp ;regulatory;243048;76;;;;&tRNA;1427771;204;;;;&tRNA;3472822;12; fin;°CDS;243272;;;;fin;°CDS;1428052;;;;;&tRNA;3472910;26; deb;°CDS;419401;506;comp;;deb;°CDS;1432303;98;comp;;;&tRNA;3473013;12; ;$rRNA;421224;182;;;;&tRNA;1433244;32;comp;;;&tRNA;3473101;26; ;&tRNA;422942;86;;;;&tRNA;1433352;31;comp;;;&tRNA;3473204;12; ;&tRNA;423105;253;;;;&tRNA;1433459;211;comp;;;&tRNA;3473292;26; ;$rRNA;423434;127;;;fin;°CDS;1433746;;;;;&tRNA;3473395;12; ;$rRNA;426450;137;;;deb;°CDS;1451057;323;comp;;;&tRNA;3473483;27; fin;°CDS;426702;;comp;;;repeat_region;1452712;105;;;;&tRNA;3473587;6; deb;°CDS;500524;447;;;fin;°CDS;1454130;;comp;;;&tRNA;3473670;27; ;$rRNA;502189;82;;;deb;°CDS;1458879;179;;;;&tRNA;3473774;6; ;&tRNA;503807;12;;;;repeat_region;1461308;144;;;;&tRNA;3473857;163; ;&tRNA;503896;254;;;fin;°CDS;1462645;;;;fin;°CDS;3474097;; ;$rRNA;504226;124;;;deb;°CDS;1644076;439;;;deb;°CDS;3621600;170; ;$rRNA;507239;280;;;;$rRNA;1646828;182;;;;&tRNA;3622292;55; fin;°CDS;507634;;;;;&tRNA;1648546;86;;;fin;°CDS;3622421;; deb;°CDS;521304;119;comp;;;&tRNA;1648709;253;;;deb;°CDS;3727029;40;comp ;regulatory;522458;124;;;;$rRNA;1649038;124;;;;regulatory;3728158;14;comp fin;°CDS;522848;;;;;$rRNA;1652051;89;;;;regulatory;3728271;172;comp deb;°CDS;526333;31;;;;$rRNA;1652255;154;;;fin;°CDS;3728534;;comp ;ncRNA;526676;12;;;fin;°CDS;1652524;;comp;;deb;°CDS;3818863;213;comp fin;°CDS;526872;;;;deb;°CDS;1689363;107;comp;;;$rRNA;3820120;124;comp deb;°CDS;578634;106;comp;;;regulatory;1690517;42;comp;;;$rRNA;3820359;253;comp ;ncRNA;581905;130;;;fin;°CDS;1690745;;comp;;;&tRNA;3823501;86;comp fin;°CDS;582495;;;;deb;°CDS;1744930;59;;;;&tRNA;3823663;182;comp deb;°CDS;680663;177;comp;;;&tRNA;1746117;53;;;;$rRNA;3823922;437;comp ;&tRNA;682034;58;comp;;;&tRNA;1746261;360;;;deb;°CDS;3825895;73;comp fin;°CDS;682177;;comp;;fin;°CDS;1746712;;;;;&tRNA;3828836;51; deb;°CDS;758940;152;comp;;deb;°CDS;1786722;25;;;;&tRNA;3828974;33; ;&tRNA;759824;57;;;;&tRNA;1786963;15;;;;&tRNA;3829094;57; fin;°CDS;759966;;comp;;fin;°CDS;1787071;;;;;&tRNA;3829238;651; deb;°CDS;877002;858;comp;;deb;°CDS;1899096;223;;;fin;°CDS;3829976;;comp ;&tRNA;878775;19;comp;;;repeat_region;1900978;157;;;deb;°CDS;3854191;770;comp fin;°CDS;878869;;comp;;fin;°CDS;1902728;;comp;;;&tRNA;3855180;61;comp deb;°CDS;952811;49;;;deb;°CDS;1975805;93;;;;&tRNA;3855317;78;comp ;&tRNA;955155;329;;;;&tRNA;1978844;66;;;;&tRNA;3855472;97;comp fin;°CDS;955560;;;;fin;°CDS;1978986;;comp;;fin;°CDS;3855646;; deb;°CDS;975236;19;;;deb;°CDS;2093021;230;;;deb;°CDS;4058859;201;comp ;&tRNA;975612;91;;;;&tRNA;2094372;26;;;;&tRNA;4059834;92;comp fin;°CDS;975788;;;;;&tRNA;2094474;45;;;fin;°CDS;4060005;;comp deb;°CDS;996781;89;comp;;;&tRNA;2094595;27;;;deb;°CDS;4244169;101; ;regulatory;998457;72;;;;&tRNA;2094698;18;;;;$rRNA;4244591;124;comp fin;°CDS;998621;;;;;&tRNA;2094793;225;;;;$rRNA;4244830;253;comp deb;°CDS;1006022;155;;;fin;°CDS;2095095;;comp;;;&tRNA;4247972;86;comp ;&tRNA;1006822;6;;;deb;°CDS;2186305;69;;;;&tRNA;4248134;182;comp ;&tRNA;1006904;51;;;;tmRNA;2186992;205;;;;$rRNA;4248393;450;comp fin;°CDS;1007031;;;;fin;°CDS;2187562;;;;fin;°CDS;4250379;; deb;°CDS;1057229;62;;;deb;°CDS;2192639;145;comp;;deb;°CDS;4324029;747;comp ;&tRNA;1058518;6;;;;regulatory;2193399;4;comp;;;&tRNA;4325718;151;comp ;&tRNA;1058618;3;;;;regulatory;2193502;65;comp;;fin;°CDS;4325946;;comp ;&tRNA;1058698;110;;;fin;°CDS;2193653;;comp;;deb;°CDS;4388195;89;comp deb;°CDS;1058883;173;comp;;deb;°CDS;2337863;-1;;;;&tRNA;4389268;6;comp ;&tRNA;1061741;3;comp;;;ncRNA;2338135;0;;;fin;°CDS;4389349;;comp ;&tRNA;1061819;7;comp;;fin;°CDS;2338210;;;;deb;°CDS;4401196;137;comp ;&tRNA;1061903;5;comp;;deb;°CDS;2511015;130;comp;;;&tRNA;4402077;265; ;&tRNA;1061983;46;comp;;;&tRNA;2511625;46;comp;;fin;°CDS;4402419;;comp fin;°CDS;1062106;;;;fin;°CDS;2511759;;comp;;deb;°CDS;4433423;206; deb;°CDS;1153105;370;;;deb;°CDS;2560167;264;comp;;;$rRNA;4434130;124;comp ;$rRNA;1154027;182;;;;ncRNA;2560755;168;comp;;;$rRNA;4434369;253;comp ;&tRNA;1155745;86;;;fin;°CDS;2561022;;;;;&tRNA;4437511;86;comp ;&tRNA;1155908;254;;;deb;°CDS;2745389;71;comp;;;&tRNA;4437673;182;comp ;$rRNA;1156238;124;;;;&tRNA;2747299;7;comp;;;$rRNA;4437932;391;comp ;$rRNA;1159251;189;;;;&tRNA;2747383;48;comp;;fin;°CDS;4439859;; fin;°CDS;1159555;;;;fin;°CDS;2747507;;comp;;deb;°CDS;4472951;87; deb;°CDS;1262223;190;;;deb;°CDS;2852349;182;comp;;;&tRNA;4474196;35; ;&tRNA;1263556;120;comp;;;&tRNA;2853221;70;;;;&tRNA;4474308;125; fin;°CDS;1263766;;comp;;fin;°CDS;2853376;;comp;;fin;°CDS;4474510;; deb;°CDS;1272648;435;;;deb;°CDS;3186574;49;comp;;deb;°CDS;4529035;86;comp ;&tRNA;1273710;180;;;;&tRNA;3187082;411;;;;&tRNA;4529616;179;comp fin;°CDS;1273967;;comp;;fin;°CDS;3187569;;;;fin;°CDS;4529870;;comp deb;°CDS;1292860;191;;;deb;°CDS;3256344;205;comp;;deb;°CDS;4531632;64;comp ;repeat_region;1293342;324;;;;&tRNA;3257362;151;;;;&tRNA;4532053;10;comp fin;°CDS;1295441;;;;fin;°CDS;3257589;;comp;;deb;°CDS;4532139;40;comp deb;°CDS;1376752;101;;;deb;°CDS;3261178;303;comp;;;&tRNA;4533370;24;comp ;&tRNA;1377435;23;;;;&tRNA;3262246;8;;;;&tRNA;4533469;52;comp ;&tRNA;1377534;22;;;;&tRNA;3262330;11;;;;&tRNA;4533595;139;comp ;&tRNA;1377632;24;;;;&tRNA;3262417;106;;;fin;°CDS;4533819;;comp ;&tRNA;1377732;29;;;fin;°CDS;3262599;;comp;;deb;°CDS;4549877;87;comp ;&tRNA;1377837;45;;;deb;°CDS;3368966;415;comp;;;regulatory;4551002;131; ;&tRNA;1377958;425;;;;$rRNA;3371478;124;comp;;fin;°CDS;4551282;; fin;°CDS;1378457;;comp;;;$rRNA;3371717;254;comp;;deb;°CDS;4586188;194;comp deb;°CDS;1385508;707;comp;;;&tRNA;3374860;12;comp;;;&tRNA;4586712;38;comp ;&tRNA;1387010;183;;;;&tRNA;3374948;82;comp;;;&tRNA;4586826;35;comp fin;°CDS;1387278;;;;;$rRNA;3375107;439;comp;;;&tRNA;4586937;28;comp deb;°CDS;1418833;136;comp;;fin;°CDS;3377082;;comp;;;&tRNA;4587041;37;comp ;&tRNA;1420085;182;;;deb;°CDS;3447322;50;comp;;;&tRNA;4587154;130;comp fin;°CDS;1420344;;;;;regulatory;3448389;124;comp;;fin;°CDS;4587360;;comp ;;;;;;fin;°CDS;3448608;;;;;;;; </pre> ====cvi intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_tRNA|cvi intercalaires tRNA]] <pre> cvi intercalaires tRNA ;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;177;;58;;19;6;deb; ;;comp’;152;comp’;57;;25;10;<201;22 ;;;858;;19;;30;15;total;27 ;;;49;;329;;40;19;taux;81% ;;;19;;91;;49;46;; ;6;;155;;51;;59;48;fin; ;6 3;;62;comp’;110;;62;51;<201;20 ;3 7 5;;173;comp’;46;;64;55;total;25 ;;comp’;190;;120;;71;58;taux;80% ;;;435;comp’;180;;86;91;; ;;;191;;324;;87;92;total; ;23 22 24 29 45;;101;comp’;425;;89;120;<201;42 ;;comp’;707;;183;;93;125;total;52 ;;comp’;136;;182;;98;130;taux;81% ;;;30;;204;;101;139;; ;32 31;;98;comp’;211;;130;151;; ;53;;59;;360;;155;163;; ;;;25;;15;;170;179;; ;;;93;comp’;66;;173;182;; ;26 45 27 18;;230;comp’;225;;177;183;; ;;;130;;46;;191;204;; ;7;;71;;48;;194;324;; ;;comp’;182;comp’;70;;201;329;; ;;comp’;49;;411;;230;360;; ;;comp’;205;comp’;151;;435;411;; ;8 11;comp’;303;comp’;106;;747;;; ;12 26 12 26 12 26;comp’;212;;163;;858;;comp’;cumuls ;12 27 6 27 6;;;;;;49;46;deb; ;;;170;;55;;73;57;<201;7 ;51 33 57;comp’;73;comp’;651;;136;66;total;12 ;61 78;;770;comp’;97;;137;70;taux;58% ;;;201;;92;;152;97;; ;;;747;;151;;182;106;fin; ;;;89;;6;;190;110;<201;9 ;;comp’;137;comp’;265;;205;151;total;14 ;35;;87;;125;;212;180;taux;64% ;;;86;;179;;303;211;; ;;;64;;10;;707;225;total; ;24 52;;40;;139;;770;265;<201;16 ;38 35 28 37;;194;;130;;-;425;total;26 ;;;;;;;-;651;taux;62% ;;;;;;;;;; continu + comp’;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;29;29;58;;;;;;; total;39;39;78;;;;;;; taux;74%;74%;74%;;;;;;; </pre> ====cvi par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_par_rapport_au_groupe_de_référence|cvi par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;9;7;2;;;;18; 16;moyen;7;3;11;;;16;37; 14;fort;6;27;10;;;;43; ; ;22;37;23;;;16;98; 10;g+cga;3;5;2;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;2;;;;;6; 5;autres;;;;;;;0; ;;9;7;2;;;;18; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;92;71;20;;;;184;26 16;moyen;71;31;112;;;163;378;324 14;fort;61;276;102;;;;439;650 ; ;224;378;235;;;163;98;729 10;g+cgg;31;51;20;;;;102;10 2;agg+cga;20;;;;;;20; 4;carre ccc;41;20;;;;;61;16 5;autres;;;;;;;0; ;;92;71;20;;;;184; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;110;85;24;220;26;41;19;9 16;moyen;85;37;134;256;324;32;8;48 14;fort;73;329;122;524;650;27;73;43 ; ;268;451;280;82;729;22;37;23 10;g+cgg;37;61;24;122;10;;; 2;agg+cga;24;;;24;;;; 4;carre ccc;49;24;;73;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;110;85;24;220;;;; </pre> ====beta, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#beta,_estimation_des_-rRNAs|beta, estimation des -rRNAs]] <pre> 44 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;44;351; ; ;;indices;;;;44;798;0;0;;beta1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;82 atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;10;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;23;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1 atc;159;acc;10;aac;;agc;1;;atc;361;acc;23;aac;;agc;2;;atc;;acc;1;aac;4;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;2;cga; gta;;gca;159;gaa;;gga;10;;gta;;gca;361;gaa;;gga;23;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1 ;;329;;22;;0;351;;;;748;;50;;0;798;;;;21;;43;;18;82 11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;268;15707;5.2;0;;indices;;;;268;15707;5.2;0;;beta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;172;;atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;177;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;200 att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;;act;;aat;;agt; ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;108;tcc;101;tac;84;tgc;142;;ttc;108;tcc;101;tac;107;tgc;142;;ttc;200;tcc;200;tac;200;tgc;100 atc;6;acc;79;aac;184;agc;99;;atc;367;acc;102;aac;184;agc;101;;atc;;acc;100;aac;400;agc;100 ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;100;ccc;100;cac;300;cgt;300 gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;100;gcc;300;gac;700;ggc;500 tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;;aca;100;aaa;300;aga;100 cta;101;cca;137;caa;123;cga;0;;cta;101;cca;137;caa;123;cga;;;cta;100;cca;100;caa;200;cga; gta;118;gca;12;gaa;202;gga;78;;gta;118;gca;373;gaa;202;gga;101;;gta;600;gca;;gaa;400;gga;100 ttg;102;tcg;111;tag;2.6;tgg;102;;ttg;102;tcg;111;tag;3;tgg;102;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;200;acg;100;aag;200;agg;100 ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;400;ccg;200;cag;;cgg;100 gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;100;gcg;200;gag;;ggg;100 ;;1517;;2099;;1440;5057;;;;2265;;2149;;1440;5854;;;;2100;;4300;;1800;8200 rapports;;67;;98;;100;86;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;beta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;97;;fiches;54.068;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;100;tat;;atgf;14 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2379;;;0/0;1;;;;att;100;act;100;aat;100;agt;100 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;353;;;10;12;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;44;;;20;4;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;79;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;46;tcc;50;tac;58;tgc;30 atc;2;acc;78;aac;100;agc;98;;beta1;82;;;40;4;;;;atc;100;acc;21;aac;54;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;82;;;50;6;30;;;ctc;30;ccc;0;cac;64;cgt;38 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;16;;;60;7;;;;gtc;33;gcc;59;gac;65;ggc;55 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;3;;;;tta;45;tca;1;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;12;aaa;60;aga;12 cta;100;cca;100;caa;100;cga;;;L’estimation par beta ;;;;90;1;;;;cta;1;cca;27;caa;39;cga; gta;100;gca;3;gaa;100;gga;77;;est 52% en dessous;;;;100;6;;;;gta;80;gca;100;gaa;50;gga;22 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;10;tag;;tgg;2 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;47;acg;4;aag;49;agg;1 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;52;ccg;54;cag;100;cgg;7 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;10;gcg;61;gag;100;ggg;18 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;328;;618;;335;1281 </pre> ====cvi remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_remarques|cvi remarques]] *code génétique cvi <pre> cvi;;;;;98;;99 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1 atc;8;acc;2;aac;4;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3 gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;1;caa;2;cga; gta;5;gca;8;gaa;4;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1 gtg;2;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ===ade=== ====ade opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_opérons|ade opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Anae_deha_2CP_C/anaeDeha_2CP_C-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_011891.1;ade;genome;;; 75%GC;30.6.19 Paris;16s 2;49;doubles;intercalaires ;Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C;;;; ;8147..8220;;caa;; ;;;;; ;21040..21112;;ttc;; ;;;;; comp;433303..433378;;ggg;; ;;;;; comp;666509..666585;;gac;;6 comp;666592..666666;;gta;; ;;;;; comp;693146..693229;;ctg;; ;;;;; ;851483..851555;;atg;; ;;;;; comp;1057311..1057386;;gcg;; ;;;;; comp;1306222..1306295;;ccc;; ;;;;; ;1442379..1442450;;tgc;; ;;;;; ;1495545..1497102;;16s;@1;187 ;1497290..1497367;;atc;;22 ;1497390..1497465;;gca;;194 ;1497660..1500648;;23s;;152 ;1500801..1500917;;5s;; ;;;;; ;1509186..1509259;;cag;;60 ;1509320..1509394;;gag;; ;;;;; ;1691085..1691160;;gcc;; ;;;;; ;819377..1819453;;atg;; ;;;;; ;2235670..2235741;;gtc;; ;;;;; comp;2314981..2315079;;tga;; ;;;;; comp;2337031..2337104;;atg;; ;;;;; ;2376009..2376080;;gtg;; ;;;;; comp;2429718..2429790;;acg;; ;;;;; comp;2623942..2624017;;tgg;; ;;;;; comp;2625463..2625535;;acc;;22 comp;2625558..2625633;;gga;;63 comp;2625697..2625779;;tac;;46 comp;2625826..2625898;;aca;; ;;;;; ;2653452..2653535;;ttg;; ;;;;; ;2680790..2680871;;ctc;; ;;;;; comp;2747806..2747879;;agg;; ;;;;; ;3029047..3029122;;aac;; ;;;;; comp;3076236..3076352;;5s;;152 comp;3076505..3079493;;23s;;194 comp;3079688..3079763;;gca;;22 comp;3079786..3079863;;atc;;187 comp;3080051..3081608;;16s;; ;;;;; comp;3144286..3144357;;aaa;; ;;;;; ;3156732..3156804;;gaa;; ;;;;; ;3253990..3254063;;cgg;; ;;;;; comp;3793996..3794069;;ccg;; ;;;;; ;3806164..3806249;;tta;; ;;;;; comp;3915708..3915789;;cta;; ;;;;; comp;3920245..3920317;;aag;@2;*248 comp;3920566..3920639;;aga;;*140 comp;3920780..3920854;;cac;;18 comp;3920873..3920946;;cga;;*134 comp;3921081..3921154;;cca;; ;;;;; comp;4121675..4121749;;ggc;; ;;;;; comp;4195371..4195460;;tcc;;*278 comp;4195739..4195829;;tcg;; ;;;;; ;4456675..4456764;;tca;;27 ;4456792..4456883;;agc;;73 ;4456957..4457033;;cgt;; </pre> ====ade cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_cumuls|ade cumuls]] <pre> cvi cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;2;1;0; ;16 23 5s 0;0;20;2; ;16 atc gca;2;40;2;2 ;16 23 5s a;0;60;2; ;max a;2;80;2; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;4;140;2; sans ;opérons;33;160;0; ;1 aa;27;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;0;;2; ;total aas;45;;12;2 total aas;;49;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;93; ;;;variance;90; sans jaune;;;moyenne;39;22 ;;;variance;24;0 </pre> ====ade blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_blocs|ade blocs]] <pre> ade blocs;;;;; 16s;187;1558;5s;152;117 atc;22;;23s;194;2989 gca;194;;gca;22; 23s;152;2989;atc;187; 5s;;117;16s;;1558 </pre> ====ade distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_distribution|ade distribution]] <pre> delta1;;;;;;;49;;delta1;;;;;;;27;;delta1;;;;;;;18 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;1;tac;1;tgc; atc;2;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;1;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;18;27;;;;4;49;;;;*;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====ade données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_données_intercalaires|ade données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;ade;fx;fc;ade;fx40;fc40;ade;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;12;17;0;12;17;-1;0;70;91;220;CDS 16s;; ;1;10;102;373;1;10;35;-2;3;0;44;157;691;; ;2;20;104;251;2;5;63;-3;0;0;158;333;590;; ;0;30;65;128;3;18;55;-4;33;537;119;68;23s 5s;; 2;2;40;33;124;4;14;25;-5;0;0;79;105;2* 152;; ;2;50;22;93;5;7;19;-6;2;0;456;130;5s CDS;; ;3;60;52;104;6;10;24;-7;1;6;157;96;167;75; 2;2;70;49;129;7;9;26;-8;5;20;53;38;16s tRNA;; ;4;80;59;106;8;8;37;-9;0;0;36;222;2* 187;;atc ;1;90;48;99;9;14;51;-10;1;2;350;190;tRNA 23s;; 1;4;100;43;84;10;7;38;-11;4;17;105;111;2* 194;;gca 2;4;110;48;76;11;4;32;-12;1;0;14;124;tRNA tRNA;;intra 1;3;120;44;84;12;12;42;-13;3;7;111;110;2* 22;;atc gca 3;1;130;49;67;13;10;39;-14;4;12;3;94;tRNA tRNA;; ;0;140;46;63;14;7;28;-15;1;0;9;161;6;;gac ;0;150;37;53;15;14;26;-16;1;3;110;193;**;;gta 1;2;160;30;37;16;13;23;-17;7;4;53;226;60;;cag 1;0;170;28;47;17;7;16;-18;0;0;38;127;**;;gag ;1;180;33;41;18;16;19;-19;0;2;77;63;22;;acc 1;1;190;31;50;19;15;14;-20;1;3;92;34;63;;gga 1;0;200;33;22;20;6;12;-21;0;0;406;246;46;;tac ;0;210;30;27;21;7;12;-22;0;2;53;715;**;;aca 1;0;220;28;20;22;8;17;-23;2;6;437;;248;;aag 2;1;230;27;18;23;11;13;-24;0;0;62;;142;;aga ;0;240;17;17;24;10;8;-25;1;0;15;;18;;cac 1;0;250;27;12;25;4;14;-26;0;6;65;;134;;cga ;0;260;28;19;26;8;14;-27;0;0;105;;**;;cca ;0;270;15;15;27;7;9;-28;1;0;100;;278;;tcc ;0;280;17;10;28;7;20;-29;2;2;91;;**;;tcg ;0;290;11;9;29;2;7;-30;0;0;106;;27;;tca ;0;300;11;9;30;1;14;-31;0;0;184;;73;;agc ;1;310;10;11;31;2;13;-32;2;1;230;;**;;cgt ;0;320;8;10;32;1;14;-33;0;0;306;;;; ;0;330;10;5;33;7;15;-34;2;2;78;;;; 1;0;340;3;8;34;7;19;-35;1;1;694;;;; ;1;350;6;3;35;2;11;-36;0;0;130;;;; ;0;360;10;7;36;4;9;-37;1;1;386;;;; ;0;370;5;1;37;2;15;-38;1;0;111;;;; ;0;380;5;4;38;1;8;-39;0;0;81;;;; ;1;390;2;3;39;2;6;-40;1;0;179;;;; ;0;400;3;3;40;5;14;-41;2;0;76;;;; 1;5;reste;69;80;reste;994;1446;-42;0;0;50;;;; 21;42;total;1310;2339;total;1310;2339;-43;0;0;492;;;; 20;37;diagr;1229;2242;diagr;304;876;-44;0;0;;;;; 0;3; t30;271;752;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;2;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;1298;102;12;1412;;;-49;1;0;;;;; ;c;2322;713;17;3052;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;4464;105;;reste;15;9;;;;; ;;;;;;4569;;total;102;713;;;;; </pre> =====ade autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires_aas|ade autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;ade;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;7060;91;; ;tRNA;8147;44;;caa fin;CDS;8265;;; deb;CDS;20441;158;; ;tRNA;21040;220;;ttc fin;CDS;21333;;comp; deb;CDS;432722;119;comp; ;tRNA;433303;79;comp;ggg fin;CDS;433458;;comp; deb;CDS;664814;456;comp; ;tRNA;666509;6;comp;gac ;tRNA;666592;157;comp;gta fin;CDS;666824;;; deb;CDS;691951;157;comp; ;tRNA;693146;333;comp;ctg fin;CDS;693563;;; deb;CDS;849021;53;; ;tRNA;851483;36;;atgi fin;CDS;851592;;; deb;CDS;883315;64;; ;repeat_region;883709;98;; fin;CDS;886703;;comp; deb;CDS;887392;77;comp; ;repeat_region;888746;95;; fin;CDS;892587;;; deb;CDS;1055941;68;; ;tRNA;1057311;105;comp;gcg fin;CDS;1057492;;; deb;CDS;1305647;350;comp; ;tRNA;1306222;105;comp;ccc fin;CDS;1306401;;comp; deb;CDS;1311419;33;comp; ;ncRNA;1312049;302;comp; fin;CDS;1312542;;; deb;CDS;1441648;14;; ;tRNA;1442379;111;;tgc fin;CDS;1442562;;; deb;CDS;1492304;691;; 16s;rRNA;1495545;187;; ;tRNA;1497290;22;;atc ;tRNA;1497390;194;;gca 23s;rRNA;1497660;152;; 5s;rRNA;1500801;75;; fin;CDS;1500993;;comp; deb;CDS;1508769;3;; ;tRNA;1509186;60;;cag ;tRNA;1509320;130;;gag fin;CDS;1509525;;comp; deb;CDS;1690794;9;; ;tRNA;1691085;96;;gcc fin;CDS;1691254;;comp; deb;CDS;1818424;110;; ;tRNA;1819377;53;;atgf fin;CDS;1819507;;; deb;CDS;1968293;141;; ;regulatory;1969289;108;; fin;CDS;1969480;;; deb;CDS;2235017;38;; ;tRNA;2235670;77;;gtc fin;CDS;2235819;;; deb;CDS;2313926;38;; ;tRNA;2314981;92;comp;tga fin;CDS;2315172;;comp; deb;CDS;2335260;406;comp; ;tRNA;2337031;222;comp;atgj fin;CDS;2337327;;; deb;CDS;2375620;53;; ;tRNA;2376009;437;;gtg fin;CDS;2376518;;; deb;CDS;2429105;190;; ;tRNA;2429718;111;comp;acg fin;CDS;2429902;;; deb;CDS;2623487;62;comp; ;tRNA;2623942;15;comp;tgg fin;CDS;2624033;;comp; deb;CDS;2624207;65;comp; ;tRNA;2625463;22;comp;acc ;tRNA;2625558;63;comp;gga ;tRNA;2625697;46;comp;tac ;tRNA;2625826;105;comp;aca fin;CDS;2626004;;comp; deb;CDS;2652965;124;comp; ;tRNA;2653452;100;;ttg fin;CDS;2653636;;; deb;CDS;2680375;91;; ;tRNA;2680790;110;;ctc fin;CDS;2680982;;comp; deb;CDS;2747439;94;; ;tRNA;2747806;106;comp;agg fin;CDS;2747986;;comp; deb;CDS;3027884;161;comp; ;tRNA;3029047;184;;aac fin;CDS;3029307;;; deb;CDS;3075187;167;comp; 5s;rRNA;3076236;152;comp; 23s;rRNA;3076505;194;comp; ;tRNA;3079688;22;comp;gca ;tRNA;3079786;187;comp;atc 16s;rRNA;3080051;590;comp; fin;CDS;3082199;;comp; deb;CDS;3143759;230;comp; ;tRNA;3144286;306;comp;aaa fin;CDS;3144664;;comp; deb;CDS;3155946;78;; ;tRNA;3156732;694;;gaa fin;CDS;3157499;;; deb;CDS;3253083;193;comp; ;tRNA;3253990;130;;cgg fin;CDS;3254194;;; deb;CDS;3372825;107;; ;tmRNA;3373094;219;; fin;CDS;3373664;;; deb;CDS;3793550;226;; ;tRNA;3793996;386;comp;ccg fin;CDS;3794456;;comp; deb;CDS;3805030;111;; ;tRNA;3806164;127;;tta fin;CDS;3806377;;comp; deb;CDS;3914337;81;comp; ;tRNA;3915708;63;comp;cta fin;CDS;3915853;;; deb;CDS;3919322;179;comp; ;tRNA;3920245;248;comp;aag ;tRNA;3920566;142;comp;aga ;tRNA;3920782;18;comp;cac ;tRNA;3920873;134;comp;cga ;tRNA;3921081;76;comp;cca fin;CDS;3921231;;comp; deb;CDS;4031625;149;; ;regulatory;4032113;67;; fin;CDS;4032337;;; deb;CDS;4120462;34;; ;tRNA;4121675;246;comp;ggc fin;CDS;4121996;;; deb;CDS;4164508;430;; ;ncRNA;4166687;43;comp; fin;CDS;4167140;;comp; deb;CDS;4193348;55;comp; ;ncRNA;4195209;68;comp; ;tRNA;4195371;278;comp;tcc ;tRNA;4195739;50;comp;tcg fin;CDS;4195880;;comp; deb;CDS;4454313;715;comp; ;tRNA;4456675;27;;tca ;tRNA;4456792;73;;agc ;tRNA;4456957;492;;cgt fin;CDS;4457526;;; </pre> ====ade intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_entre_cds|ade intercalaires entre cds]] *'''Intercalaires entre cds, Tableau''' <pre> ade;4.2.21 Paris;;ade 16.7.20;;;;;;;;; ade;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5;intercal;<u>'''frequencez ;'''négatif;815;18.3;'''négatif ;-8;15;-1 à -116;'''5 029 329;-1;815;610;5 ;'''zéro;29;0.6;;;;;'''intercals;0;29;620;3 ;'''1 à 200;2987;66.9;'''0 à 200;70;57;;'''42 8947;5;251;630;2 ;'''201 à 370;464;10.4;'''201 à 370;260;44;;'''8.5%;10;224;640;0 ;'''371 à 600;124;2.8;'''371 à 600;469;63;;;15;214;650;3 ;'''601 à max;45;1.0;'''601 à 1160;771;157;;;20;141;660;1 ;'''total 4464;<201;85.8;'''total 4461;93;127;-116 à 1160;;25;104;670;0 adresse;intercal;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;89;680;1 4491815;1915;-1;815;-70;14;;0;29;35;91;690;1 3576176;1774;0;29;-60;8;;-1;°70;40;66;700;1 4068576;1388;1;45;-50;2;;-2;3;45;58;710;1 3337295;1160;2;68;-40;7;;-3;0;50;57;720;2 3373664;1119;3;°73;-30;12;'''min à -1;-4;°570;55;74;730;1 2044486;1080;4;39;-20;26;815;-5;0;60;82;740;2 4163005;1080;5;26;-10;69;18.3%;-6;2;65;92;750;2 1981544;1014;6;°34;0;706;;-7;7;70;86;760;0 427780;984;7;35;10;475;;-8;°25;75;87;770;0 540538;963;8;45;20;355;;-9;0;80;78;780;0 1223737;917;9;°65;30;193;;-10;3;85;70;790;1 1005799;900;10;45;40;157;'''1 à 100;-11;°21;90;77;800;1 4943119;860;11;36;50;115;2068;-12;1;95;66;810;1 4581242;849;12;°54;60;156;46.3%;-13;10;100;61;820;1 104609;834;13;49;70;178;;-14;°16;105;69;830;1 4846209;821;14;35;80;165;;-15;1;110;55;840;1 1084460;817;15;°40;90;147;;-16;4;115;65;850;1 2814006;807;16;36;100;127;;-17;°11;120;63;860;1 2386981;793;17;23;110;124;;-18;0;125;60;870;0 3422997;788;18;°35;120;128;;-19;2;130;56;880;0 494107;749;19;29;130;116;;-20;°4;135;64;890;0 3820597;741;20;18;140;109;;-21;0;140;45;900;1 4073584;732;21;19;150;90;;-22;2;145;50;910;0 1445527;731;22;°25;160;67;;-23;°8;150;40;920;1 3757399;730;23;24;170;75;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;0 4117240;719;24;18;180;74;2987;-25;1;160;31;940;0 3533685;715;25;18;190;81;67%;-26;°6;165;34;950;0 3631148;704;26;°22;200;55;;-27;0;170;41;960;0 2060112;697;27;16;210;57;;-28;1;175;36;970;1 1026522;689;28;°27;220;48;;-29;°4;180;38;980;0 4180297;676;29;9;230;45;;-30;0;185;40;990;1 3200409;660;30;15;240;34;;-31;0;190;41;1000;0 1266186;649;31;15;250;39;;-32;°3;195;29;1010;0 4553826;643;32;15;260;47;;total;66;200;26;1020;1 4101937;641;33;22;270;30;'''0 à 200;reste;40;205;27;1030;0 ;;34;°26;280;27;3016;;844;210;30;1040;0 ;;35;13;290;20;;;;215;26;1050;0 ;;36;13;300;20;;intercal;<u>'''frequencef;220;22;1060;0 ;;37;17;310;21;;600;4419;225;28;1070;0 ;;38;9;320;18;;620;8;230;17;1080;2 ;;39;8;330;15;;640;2;235;13;1090;0 ;;40;°19;340;11;'''201 à 370;660;4;240;21;1100;0 ;;reste;2440;350;9;464;680;1;245;18;1110;0 ;;total;4464;360;17;10.4%;700;2;250;21;1120;1 ;;;;370;6;;720;3;255;23;1130;0 adresse;intercaln;décalage;long;380;9;;740;3;260;24;1140;0 3295433;-116;comp;;390;5;;760;2;265;17;1150;0 4579158;-110;comp;;400;6;;780;;270;13;1160;1 1556750;-109;shift2;738;410;10;;800;2;275;16;1170;0 4555636;-109;comp;;420;4;;820;2;280;11;1180;0 4916430;-107;comp;;430;2;;840;2;285;13;1190;0 3210093;-106;shift2;1146;440;11;;860;2;290;7;1200;0 3997874;-104;comp;;450;5;;880;;295;10;reste;3 2946107;-101;comp;;460;8;;900;1;300;10;total;4464 3213081;-100;shift2;279;470;8;;920;1;305;10;; 1033174;-98;comp;;480;6;;940;;310;11;; 4178347;-86;comp;;490;4;;960;;315;13;; 1150010;-82;comp;;500;4;;980;1;320;5;; 526736;-79;comp;;510;8;;1000;1;325;9;; 1558055;-74;comp;;520;4;;1020;1;330;6;; 178866;-68;shift2;797;530;4;;1040;;335;6;; 4625265;-68;shift2;869;540;7;'''371 à 600;1060;;340;5;; 1268795;-67;;;550;3;124;1080;2;345;6;; 1590849;-67;;;560;6;2.8%;1100;;350;3;; 1222168;-65;;;570;3;;1120;1;355;11;; 3832496;-65;;;580;1;'''601 à max;1140;;360;6;; 23880;-61;;;590;3;45;1160;1;365;5;; 157893;-61;;;600;3;1.0%;;42;370;1;; 4881610;-59;;;reste;45;;reste;3;;169;; 3182922;-55;;;total;4464;;total;4464;;4464;; </pre> ====ade intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ade;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-20;145;-446;69;782;242;min50;&-61;489;-1310;125;843;267;min50 31 à 400;32;-228;356;20;874;238;2 parties;&2.5;38;-356;69;957;-507;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;144;54;-;743;dte;39;Sf;&218;70;-;610;poly;232;SF 31 à 400;112;46;-;807;poly;67;tm;&149;51;-;854;poly;103;tF ;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;; ade. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;14.8.21 Paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.459;;;ade;Sx-;Sc- 41-n;0.867;0.624;0.758;;;;;;;;;;-1;0;70 1-n;0.903;0.879;0.897;;;;;;;;;;-2;3;0 ade;fx;fc;;ade;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;-3;0;0 0;12;17;;0;10;8;;0;12;17;>0;1298;-4;33;537 10;102;373;;10;83;166;;1;10;35;<0;102;-5;0;0 20;104;251;;20;85;112;;2;5;63;zéro;12;-6;2;0 30;65;128;;30;53;57;;3;18;55;total;1412;-7;1;6 40;33;124;;40;27;55;;4;14;25;;c;-8;5;20 50;22;93;;50;18;41;;5;7;19;>0;2322;-9;0;0 60;52;104;;60;42;46;;6;10;24;<0;713;-10;1;2 70;49;129;;70;40;58;;7;9;26;zéro;17;-11;4;17 80;59;106;;80;48;47;;8;8;37;total;3052;-12;1;0 90;48;99;;90;39;44;;9;14;51;;;-13;3;7 100;43;84;;100;35;37;;10;7;38;;;-14;4;12 110;48;76;;110;39;34;;11;4;32;;;-15;1;0 120;44;84;;120;36;37;;12;12;42;;;-16;1;3 130;49;67;;130;40;30;;13;10;39;;;-17;7;4 140;46;63;;140;37;28;;14;7;28;;;-18;0;0 150;37;53;;150;30;24;;15;14;26;;;-19;0;2 160;30;37;;160;24;17;;16;13;23;;;-20;1;3 170;28;47;;170;23;21;;17;7;16;;;-21;0;0 180;33;41;;180;27;18;;18;16;19;;;-22;0;2 190;31;50;;190;25;22;;19;15;14;;;-23;2;6 200;33;22;;200;27;10;;20;6;12;;;-24;0;0 210;30;27;;210;24;12;;21;7;12;;;-25;1;0 220;28;20;;220;23;9;;22;8;17;;;-26;0;6 230;27;18;;230;22;8;;23;11;13;;;-27;0;0 240;17;17;;240;14;8;;24;10;8;;;-28;1;0 250;27;12;;250;22;5;;25;4;14;;;-29;2;2 260;28;19;;260;23;8;;26;8;14;;;-30;0;0 270;15;15;;270;12;7;;27;7;9;;;-31;0;0 280;17;10;;280;14;4;;28;7;20;;;-32;2;1 290;11;9;;290;9;4;;29;2;7;;;-33;0;0 300;11;9;;300;9;4;;30;1;14;;;-34;2;2 310;10;11;;310;8;5;;31;2;13;;;-35;1;1 320;8;10;;320;7;4;;32;1;14;;;-36;0;0 330;10;5;;330;8;2;;33;7;15;;;-37;1;1 340;3;8;;340;2;4;;34;7;19;;;-38;1;0 350;6;3;;350;5;1;;35;2;11;;;-39;0;0 360;10;7;;360;8;3;;36;4;9;;;-40;1;0 370;5;1;;370;4;0;;37;2;15;;;-41;2;0 380;5;4;;380;4;2;;38;1;8;;;-42;0;0 390;2;3;;390;2;1;;39;2;6;;;-43;0;0 400;3;3;;400;2;1;;40;5;14;;;-44;0;0 reste;69;80;;;;;;;994;1446;;;-45;0;0 total;1310;2339;;t30;221;335;;;1310;2339;;;-46;2;0 diagr;1229;2242;;t50;265;432;;;304;876;;;-47;1;0 - t30;958;1490;;;;;;;;;;;-48;0;0 - t50;903;1273;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;15;9 ;;;;;;;;;;;;;total;102;713 </pre> ====ade intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_négatifs_S-|ade intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;; comp’;0;3;0;30;0;2;1;4;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;8;97;14 continu;70;0;0;540;0;0;6;21;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;4;718;10 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;33;0;2;1;5;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;15;102 ;Sc-;70;0;0;537;0;0;6;20;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9;713 </pre> ====ade autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires|ade autres intercalaires]] <pre> deb;°CDS;7060;91;;;deb;°CDS;1818424;110;;;deb;°CDS;3143759;230;comp ;&tRNA;8147;44;;;;&tRNA;1819377;53;;;;&tRNA;3144286;306;comp fin;°CDS;8265;;;;fin;°CDS;1819507;;;;fin;°CDS;3144664;;comp deb;°CDS;20441;158;;;deb;°CDS;1968293;141;;;deb;°CDS;3155946;78; ;&tRNA;21040;220;;;;regulatory;1969289;108;;;;&tRNA;3156732;694; fin;°CDS;21333;;comp;;fin;°CDS;1969480;;;;fin;°CDS;3157499;; deb;°CDS;432722;119;comp;;deb;°CDS;2235017;38;;;deb;°CDS;3253083;193;comp ;&tRNA;433303;79;comp;;;&tRNA;2235670;77;;;;&tRNA;3253990;130; fin;°CDS;433458;;comp;;fin;°CDS;2235819;;;;fin;°CDS;3254194;; deb;°CDS;664814;456;comp;;deb;°CDS;2313926;38;;;deb;°CDS;3372825;107; ;&tRNA;666509;6;comp;;;&tRNA;2314981;92;comp;;;tmRNA;3373094;219; ;&tRNA;666592;157;comp;;fin;°CDS;2315172;;comp;;fin;°CDS;3373664;; fin;°CDS;666824;;;;deb;°CDS;2335260;406;comp;;deb;°CDS;3793550;226; deb;°CDS;691951;157;comp;;;&tRNA;2337031;222;comp;;;&tRNA;3793996;386;comp ;&tRNA;693146;333;comp;;fin;°CDS;2337327;;;;fin;°CDS;3794456;;comp fin;°CDS;693563;;;;deb;°CDS;2375620;53;;;deb;°CDS;3805030;111; deb;°CDS;849021;53;;;;&tRNA;2376009;437;;;;&tRNA;3806164;127; ;&tRNA;851483;36;;;fin;°CDS;2376518;;;;fin;°CDS;3806377;;comp fin;°CDS;851592;;;;deb;°CDS;2429105;190;;;deb;°CDS;3914337;81;comp deb;°CDS;883315;64;;;;&tRNA;2429718;111;comp;;;&tRNA;3915708;63;comp ;repeat_region;883709;98;;;fin;°CDS;2429902;;;;fin;°CDS;3915853;; fin;°CDS;886703;;comp;;deb;°CDS;2623487;62;comp;;deb;°CDS;3919322;179;comp deb;°CDS;887392;77;comp;;;&tRNA;2623942;15;comp;;;&tRNA;3920245;248;comp ;repeat_region;888746;95;;;fin;°CDS;2624033;;comp;;;&tRNA;3920566;142;comp fin;°CDS;892587;;;;deb;°CDS;2624207;65;comp;;;&tRNA;3920782;18;comp deb;°CDS;1055941;68;;;;&tRNA;2625463;22;comp;;;&tRNA;3920873;134;comp ;&tRNA;1057311;105;comp;;;&tRNA;2625558;63;comp;;;&tRNA;3921081;76;comp fin;°CDS;1057492;;;;;&tRNA;2625697;46;comp;;fin;°CDS;3921231;;comp deb;°CDS;1305647;350;comp;;;&tRNA;2625826;105;comp;;deb;°CDS;4031625;149; ;&tRNA;1306222;105;comp;;fin;°CDS;2626004;;comp;;;regulatory;4032113;67; fin;°CDS;1306401;;comp;;deb;°CDS;2652965;124;comp;;fin;°CDS;4032337;; deb;°CDS;1311419;33;comp;;;&tRNA;2653452;100;;;deb;°CDS;4120462;34; ;ncRNA;1312049;302;comp;;fin;°CDS;2653636;;;;;&tRNA;4121675;246;comp fin;°CDS;1312542;;;;deb;°CDS;2680375;91;;;fin;°CDS;4121996;; deb;°CDS;1441648;14;;;;&tRNA;2680790;110;;;deb;°CDS;4164508;430; ;&tRNA;1442379;111;;;fin;°CDS;2680982;;comp;;;ncRNA;4166687;43;comp fin;°CDS;1442562;;;;deb;°CDS;2747439;94;;;fin;°CDS;4167140;;comp deb;°CDS;1492304;691;;;;&tRNA;2747806;106;comp;;deb;°CDS;4193348;55;comp ;$rRNA;1495545;187;;;fin;°CDS;2747986;;comp;;;ncRNA;4195209;68;comp ;&tRNA;1497290;22;;;deb;°CDS;3027884;161;comp;;;&tRNA;4195371;278;comp ;&tRNA;1497390;194;;;;&tRNA;3029047;184;;;;&tRNA;4195739;50;comp ;$rRNA;1497660;152;;;fin;°CDS;3029307;;;;fin;°CDS;4195880;;comp ;$rRNA;1500801;75;;;deb;°CDS;3075187;167;comp;;deb;°CDS;4454313;715;comp fin;°CDS;1500993;;comp;;;$rRNA;3076236;152;comp;;;&tRNA;4456675;27; deb;°CDS;1508769;3;;;;$rRNA;3076505;194;comp;;;&tRNA;4456792;73; ;&tRNA;1509186;60;;;;&tRNA;3079688;22;comp;;;&tRNA;4456957;492; ;&tRNA;1509320;130;;;;&tRNA;3079786;187;comp;;fin;°CDS;4457526;; fin;°CDS;1509525;;comp;;;$rRNA;3080051;590;comp;;;;;; deb;°CDS;1690794;9;;;fin;°CDS;3082199;;comp;;;;;; ;&tRNA;1691085;96;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;1691254;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====ade intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_tRNA|ade intercalaires tRNA]] <pre> ade intercalaires tRNA;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;91;;44;;3;15;deb; ;;;158;comp’;220;;9;36;<201;20 ;;;119;;79;;14;43;total;25 ;6;;456;comp’;156;;38;44;taux;80% ;;;157;comp’;353;;38;50;; ;;;53;;36;;53;53;fin; ;;comp’;68;comp’;105;;53;76;<201;16 ;;;350;;105;;62;77;total;22 ;;;14;;111;;65;79;taux;73% ;60;;3;comp’;130;;78;100;; ;;;9;comp’;96;;81;105;total; ;;;110;;53;;91;105;<201;36 ;;;38;;77;;91;106;total;47 ;;;38;comp’;92;;107;111;taux;77% ;;;406;comp’;222;;110;130;; ;;;53;;437;;111;184;; ;;comp’;190;comp’;111;;119;219;; ;;;62;;15;;157;306;; ;22 63 46;;65;;105;;158;386;; ;;comp’;124;;100;;179;437;; ;;;91;comp’;110;;230;492;; ;;comp’;94;;106;;350;694;; ;;comp’;161;;184;;406;-;; ;;;230;;306;;430;-;; ;;;78;;694;;456;-;comp’;cumuls ;;comp’;193;;130;;34;63;deb; ;;;107;;219;;68;92;<201;7 ;;comp’;226;;386;;94;96;total;9 ;;;111;comp’;127;;124;105;taux;78% ;;;81;comp’;63;;161;110;fin; ;248 142 18 134;;179;;76;;190;111;<201;9 ;;comp’;34;comp’;246;;193;127;total;13 ;;;430;;43;;226;130;taux;69% ;278;;;;50;;715;156;; ;27 73;comp’;715;;492;;-;220;total; ;;;;;;;-;222;<201;16 ;;;;;;;-;246;total;22 ;;;;;;;-;353;taux;73% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;29;25;54;;;;;;; total;34;35;69;;;;;;; taux;85%;71%;78%;;;;;;; </pre> ====ade par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_par_rapport_au_groupe_de_référence|ade par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;ade;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;12;5;;;;;17; 16;moyen;9;6;;;;4;19; 14;fort;6;7;;;;;13; ; ;27;18;;;;4;49; 10;g+cga;5;5;;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;;;;;;4; 5;autres;1;;;;;;1; ;;12;5;;;;;17; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;245;102;;;;;347;26 16;moyen;184;122;;;;82;388;324 14;fort;122;143;;;;;265;650 ; ;551;367;;;;82;49;729 10;g+cgg;102;102;;;;;204;10 2;agg+cga;41;;;;;;41; 4;carre ccc;82;;;;;;82;16 5;autres;20;;;;;;20; ;;245;102;;;;;347; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;ade;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;267;111;;378;26;44;28; 16;moyen;200;133;;333;324;33;33; 14;fort;133;156;;289;650;22;39; ; ;600;400;;45;729;27;18; 10;g+cgg;111;111;;222;10;42;; 2;agg+cga;44;;;44;;17;; 4;carre ccc;89;;;89;16;33;; 5;autres;22;;;22;;8;; ;;267;111;;378;;12;; </pre> ====delta, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#delta,_estimation_des_-rRNAs|delta, estimation des -rRNAs]] <pre> delta;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 19 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;19;90; ; ;;indices;;;;19;474;0;0;;delta1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;à faire;45 atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;45;acc;;aac;;agc;;;atc;237;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;;gca;44;gaa;;gga;;;gta;;gca;232;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;14;;14;;17;45 11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;65;3550;1.4;0;;indices;;;;65;3550;1.4;0;;delta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4500 atgi;97;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;97;tct;;tat;;atgf;149;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100 atc;6;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;243;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100 ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100 gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100 tta;108;tca;108;taa;;tga;86;;tta;108;tca;108;taa;3.1;tga;86;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100 ata;0.0;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100 gta;115;gca;2;gaa;180;gga;105;;gta;115;gca;234;gaa;180;gga;105;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100 ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1558;;1816;;1581;4954;;;;2026;;1821;;1581;5428;;;;1400;;1400;;1700;4500 rapports;;77;;100;;100;91;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;delta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;96;;fiches;57.737;;;fréquences;;;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;30 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1097;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;89;;;10;22;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;19;;;20;12;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;5;;;;ttc;18;tcc;8;tac;15;tgc;7 atc;3;acc;100;aac;100;agc;100;;delta1;45;;;40;3;;;;atc;100;acc;15;aac;18;agc;5 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;45;;;50;2;;;;ctc;22;ccc;6;cac;10;cgt;25 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;4;;;60;1;;;;gtc;0;gcc;24;gac;39;ggc;43 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;7;tca;7;taa;;tga;14 ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;2;aaa;15;aga;6 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par delta;;;;90;0;;;;cta;7;cca;5;caa;10;cga;35 gta;100;gca;1;gaa;100;gga;100;;est 22% en dessous;;;;100;3;;;;gta;13;gca;100;gaa;44;gga;5 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;6;tag;;tgg;10 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;11;acg;2;aag;15;agg;0 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;18;ccg;2;cag;12;cgg;8 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;17;gcg;22;gag;60;ggg;6 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;136;;284;;250;670 </pre> ====ade remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_remarques|ade remarques]] *code génétique ade <pre> ade;;;;;;;49 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ==epsilon== ===Arcobacter nitrofigilis DSM 7299=== ====ant opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_opérons|ant opérons]] *notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc. <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Arco_nitr_DSM_7299/arcoNitr_DSM7299-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_014166.1;ant;génome;;;;;;;;;; 28.4%GC;12.1.21 Paris;16s 4;55;;;;;;;cds dirigé;; Arcobacter nitrofigilis DSM 7299;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; ;167574..168434;;cds;;66;66;;;287;66;4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase;* ;168501..168577;;cga;@1;447;*447;;;;;; ;169025..169261;;cds;;;;;;79;;DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; ;237275..237622;;cds;;305;305;;;116;*305;nucleotide pyrophosphohydrolase;* ;237928..239444;;16s;;111;;;111;;;; ;239556..239632;;atc;;19;;19;;;;; ;239652..239727;;gca;;301;;;301;;;; ;240029..242945;;23s;;202;;;;;;; ;243148..243263;;5s;;354;354;;;;;; comp;243618..244301;;cds;;;;;;228;;bifunctional phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase/phosphoribosyl-ATP diphosphatase HisIE;* ;;;;;;;;;;;; comp;302333..303160;;cds;;155;155;;;276;;AraC family transcriptional regulator;* ;303316..303393;;cca;;10;;10;;;;; ;303404..303480;;cac;;16;;16;;;;; ;303497..303573;;aga;;61;;61;;;;; ;303635..303719;;cta;;96;;96;;;;; ;303816..303892;;atgf;;70;70;;;;70;; ;303963..304103;;cds;;;;;;47;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;316375..317343;;cds;;110;110;;;323;;glycine betaine/L-proline ABC transporter substrate-binding protein ProX";* ;317454..317530;;atgf;;109;109;;;;109;; ;317640..318416;;cds;;;;;;259;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;373519..375741;;cds;;120;120;;;*741;;PAS domain-containing protein;* ;375862..375937;;ttc;;5;;5;;;;; ;375943..376027;;tac;;65;65;;;;65;; ;376093..376725;;cds;;;;;;211;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;597419..598486;;cds;;47;47;;;356;47;class II fructose-bisphosphate aldolase;* ;598534..598618;;ttg;;208;208;;;;;; ;598827..600107;;cds;;;;;;427;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; comp;751446..752990;;cds;@2;73;73;;;515;;cache domain-containing protein;* comp;753064..753140;;gac;+;16;;16;;;;; comp;753157..753232;;gta;2 gac gta gaa;3;;3;;;;; comp;753236..753310;;gaa;2 aaa;31;;31;;;;; comp;753342..753417;;aaa;;8;;8;;;;; comp;753426..753502;;gac;;22;;22;;;;; comp;753525..753600;;gta;;3;;3;;;;; comp;753604..753678;;gaa;;42;;42;;;;; comp;753721..753796;;aaa;;40;40;;;;40;; comp;753837..754343;;cds;;;;;;169;;CinA family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;833388..833978;;cds;;142;142;;;197;;LemA family protein;* comp;834121..834204;;ctc;;93;93;;;;93;; comp;834298..836409;;cds;;;;;;*704;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1445917..1449822;;cds;;93;93;;;*1302;93;hemolysin-type calcium-binding region;* ;1449916..1449991;;gaa;;270;270;;;;;; ;1450262..1450510;;cds;;;;;;83;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;1615201..1615542;;cds;;29;29;;;114;29;hp; ;1615572..1615647;;gtc;;99;99;;;;;; ;1615747..1616595;;cds;;;;;;283;;universal stress protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1703617..1703835;;cds;;1;1;;;73;1;hp; comp;1703837..1703913;;atgf;;12;;12;;;;; comp;1703926..1704000;;caa;;117;117;;;;;; ;1704118..1705149;;cds;;;;;;344;;bifunctional 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase/GTP cyclohydrolase II;* ;;;;;;;;;;;; comp;2221719..2222525;;cds;+;242;242;;;269;;hp; comp;2222768..2222842;;aac;2 aac;33;;33;;;;; comp;2222876..2222950;;aac;;72;72;;;;72;; comp;2223023..2223931;;cds;@3;;;;;303;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2282678..2283442;;cds;;349;349;;;255;;oxidoreductase;* comp;2283792..2283880;;tcc;;81;;81;;;;; comp;2283962..2284038;;gga;;39;;39;;;;; comp;2284078..2284154;;atgi;;15;;15;;;;; comp;2284170..2284259;;agc;;102;102;;;;102;; comp;2284362..2285048;;cds;;;;;;229;;orotidine-5'-phosphate decarboxylase;* ;;;;;;;;;;;; ;2323802..2324866;;cds;@4;12;12;;;355;12;methyltransferase domain-containing protein;* comp;2324879..2324954;;acc;;167;;;167;;;; comp;2325122..2325237;;5s;;202;;;;;;; comp;2325440..2328356;;23s;;300;;;300;;;; comp;2328657..2328732;;gca;;19;;19;;;;; comp;2328752..2328828;;atc;;111;;;111;;;; comp;2328940..2330456;;16s;;378;378;;;;;; comp;2330835..2331530;;cds;;;;;;232;;5'-methylthioadenosine/adenosylhomocysteine nucleosidase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2581821..2582840;;cds;;192;192;;;340;;UDP-glucose 4-epimerase GalE;* comp;2583033..2583108;;tgc;;45;;45;;;;; comp;2583154..2583242;;tca;;16;;16;;;;; comp;2583259..2583345;;tta;;143;143;;;;*143;; ;2583489..2585177;;cds;;;;;;563;;dihydroxy-acid dehydratase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2637277..2637459;;cds;;81;81;;;61;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2637541..2637616;;tgg;;31;31;;;;31;; comp;2637648..2637815;;cds;;;;;;56;;50S ribosomal protein L33;* ;;;;;;;;;;;; comp;2637824..2639032;;cds;;240;240;;;403;;elongation factor Tu;* comp;2639273..2639349;;gga;;8;;8;;;;; comp;2639358..2639442;;tac;;69;;69;;;;; comp;2639512..2639588;;aca;;21;;21;;;;; comp;2639610..2639685;;ttc;;41;41;;;;41;; comp;2639727..2640881;;cds;;;;;;385;;UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine—D-glutamate ligase;* ;;;;;;;;;;;; ;2656033..2656263;;cds;;231;231;;;77;*231;transcriptional antiterminator Rof;* comp;2656495..2656610;;5s;;223;;;;;;; comp;2656834..2659750;;23s;;301;;;301;;;; comp;2660052..2660127;;gca;;19;;19;;;;; comp;2660147..2660223;;atc;;111;;;111;;;; comp;2660335..2661851;;16s;;292;292;;;;;; comp;2662144..2662782;;cds;;;;;;213;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;2693436..2695451;;cds;;95;95;;;*672;;dynamin family protein;* ;2695547..2695621;;caa;;16;;16;;;;; ;2695638..2695724;;tta;;7;;7;;;;; ;2695732..2695808;;gga;;14;;14;;;;; ;2695823..2695898;;aaa;;16;;16;;;;; ;2695915..2695991;;atgf;;14;;14;;;;; ;2696006..2696082;;atgj;;12;;12;;;;; ;2696095..2696171;;aca;;30;;30;;;;; ;2696202..2696290;;tca;;90;90;;;;90;; ;2696381..2696893;;cds;;;;;;171;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;3082950..3083174;;cds;;143;143;;;75;*143;CcoQ/FixQ family Cbb3-type cytochrome c oxidase assembly chaperone;* comp;3083318..3083393;;acc;;173;;;173;;;; comp;3083567..3083682;;5s;;202;;;;;;; comp;3083885..3086801;;23s;;273;;;273;;;; comp;3087075..3087150;;gca;;19;;19;;;;; comp;3087170..3087246;;atc;;111;;;111;;;; comp;3087358..3088874;;16s;;462;*462;;;;;; ;3089337..3090032;;cds;;;;;;232;;Bax inhibitor-1/YccA family protein;* </pre> ====ant cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_cumuls|ant cumuls]] *Notes: * pour les jaunes <pre> ant cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;4;1;0;;1;1;1;1;100;8 ;16 23 5s 0;;20;21;;50;6;20;1;200;5 ;16 atc gca;4;40;6;;100;11;40;3;300;12 ;16 23 5s a;;60;2;;150;8;60;2;400;7 ;max a;3;80;2;;200;2;80;4;500;2 ;a doubles;;100;2;;250;4;100;3;600;2 ;autres;;120;;4;300;2;120;2;700;*1 ;total aas;10;140;;0;350;2;140;0;800;*2 sans ;opérons;16;160;;0;400;2;160;*2;900;0 ;1 aa;7;180;;2;450;*1;180;0;1000;0 ;max a;8;200;;0;500;*1;200;0;1100;0 ;a doubles;2;;;4;;0;;*2;;*1 ;total aas;45;;33;10;;40;;20;;40 total aas;;55;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;25;196;;155;;89;;301 ;;;variance;22;88;;121;;73;;240 sans jaune;;;moyenne;;;;139;;60;;239 ;;;variance;;;;102;;33;;132 </pre> ====ant blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_blocs|ant blocs]] <pre> Blocs 16s ant;;;;;;;; cds;143;12;;cds;231;;cds;305 acc;173;167;;5s;223;;16s;111 5s;202;202;;23s;301;;atc;19 23s;273;300;;gca;19;;gca;301 gca;19;19;;atc;111;;23s;202 atc;111;111;;16s;292;;5s;354 16s;462;378;;cds;;;cds; cds;;;;;;;; </pre> ====ant remarques==== ====ant distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_distribution|ant distribution]] *Notes: atgf gaa ont chacun un 1aa le reste >1aa. aac est un double. <pre> distribution;ant;;;;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;4;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;38;7;;2;;8;55 ;;;;;;; ;;;;;;; distribution;ant;;;;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;4;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total ;24;;28;;3;;55 </pre> ====ant données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_données_intercalaires|ant données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ant;fx;fc;ant;fx40;fc40;ant;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;9;56;0;9;56;-1;0;164;66;155;CDS 16s;;;tRNA tRNA;; 1;0;10;82;479;1;11;109;-2;0;0;447;1;305;462;;10;;cca 1;0;20;52;230;2;16;54;-3;0;0;70;117;378;;;16;;cac ;1;30;35;74;3;3;56;-4;40;221;110;12;292;;;61;;aga ;2;40;17;53;4;7;24;-5;0;2;109;143;23s 5s;;;96;;cta ;2;50;15;63;5;11;22;-6;7;0;120;143;3* 202;;;**;;atgf ;0;60;18;73;6;8;18;-7;0;12;65;;223;;;5;;ttc ;3;70;19;83;7;7;14;-8;5;98;47;;5s CDS;;;**;;tac ;2;80;20;83;8;4;46;-9;3;0;208;;-;354;;16;;gac ;2;90;35;77;9;6;88;-10;1;7;73;;-;231;;3;;gta ;4;100;24;54;10;9;48;-11;3;46;40;;16s tRNA;;;31;;gaa ;3;110;32;40;11;5;43;-12;3;1;142;;4* 111;;atc;8;;aaa 1;1;120;25;51;12;7;45;-13;0;9;93;;tRNA 23s;;;22;;gac ;0;130;27;35;13;8;31;-14;1;34;93;;2* 301;;gca;3;;gta ;0;140;26;31;14;7;15;-15;3;0;270;;300;;gca;42;;gaa 2;1;150;19;29;15;2;19;-16;1;0;29;;273;;gca;**;;aaa 1;0;160;32;21;16;2;19;-17;2;24;99;;5s tRNA;;;12;;atgf ;0;170;9;11;17;3;12;-18;0;0;242;;167;;acc;**;;caa ;0;180;8;22;18;4;22;-19;0;2;72;;173;;acc;33;;aac ;0;190;19;11;19;10;16;-20;1;19;349;;tRNA tRNA;;intra;**;;aac ;1;200;11;15;20;4;8;-21;1;0;102;;4* 19;;atc gca;81;;tcc ;1;210;11;9;21;6;16;-22;0;0;192;;;;;39;;gga ;0;220;9;9;22;4;7;-23;0;9;81;;;;;15;;atgi ;0;230;3;10;23;5;6;-24;1;0;31;;;;;**;;agc ;1;240;6;10;24;2;4;-25;0;2;240;;;;;45;;tgc ;1;250;5;4;25;4;4;-26;1;5;41;;;;;16;;tca ;0;260;8;5;26;2;10;-27;2;0;95;;;;;**;;tta ;1;270;7;2;27;3;5;-28;0;0;90;;;;;8;;gga ;0;280;2;7;28;2;4;-29;1;7;;;;;;69;;tac ;0;290;3;2;29;4;12;-30;0;0;;;;;;21;;aca ;0;300;9;3;30;3;6;-31;0;1;;;;;;**;;ttc ;0;310;4;1;31;3;8;-32;1;5;;;;;;16;;caa ;0;320;1;2;32;1;1;-33;0;0;;;;;;7;;tta ;0;330;3;4;33;2;8;-34;0;0;;;;;;14;;gga ;0;340;0;4;34;1;5;-35;1;2;;;;;;16;;aaa ;1;350;1;1;35;2;5;-36;0;0;;;;;;14;;atgf ;0;360;0;3;36;1;5;-37;0;0;;;;;;12;;atgj ;0;370;1;1;37;1;6;-38;1;3;;;;;;30;;aca ;0;380;1;0;38;2;4;-39;0;0;;;;;;**;;tca ;0;390;1;3;39;2;7;-40;0;0;;;;;;;; ;0;400;1;1;40;2;4;-41;1;0;;;;;;;; ;1;reste;21;30;reste;436;810;-42;0;0;;;;;;;; 6;28;total;631;1702;total;631;1702;-43;1;0;;;;;;;; 6;27;diagr;601;1616;diagr;186;836;-44;0;0;;;;;;;; 2;1; t30;169;783;;;;-45;0;0;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;; ;x;622;83;9;714;;;-49;1;0;;;;;;;; ;c;1646;679;56;2381;;;-50;0;0;;;;;;;; ;;;;;3095;95;;reste;1;6;;;;;;;; ;;;;;;3190;;total;83;679;;;;;;;; </pre> =====ant autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires_aas|ant autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;ant;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;167574;66;; ;tRNA;168501;447;;cga fin;CDS;169025;;; deb;CDS;237275;305;; 16s;rRNA;237928;111;; ;tRNA;239556;19;;atc ;tRNA;239652;301;;gca 23s;rRNA;240029;202;; 5s;rRNA;243148;354;; fin;CDS;243618;;comp; deb;CDS;302333;155;comp; ;tRNA;303316;10;;cca ;tRNA;303404;16;;cac ;tRNA;303497;61;;aga ;tRNA;303635;96;;cta ;tRNA;303816;70;;atgf fin;CDS;303963;;; deb;CDS;316375;110;; ;tRNA;317454;109;;atgf fin;CDS;317640;;; deb;CDS;373519;120;; ;tRNA;375862;5;;ttc ;tRNA;375943;65;;tac fin;CDS;376093;;; deb;CDS;597419;47;; ;tRNA;598534;208;;ttg fin;CDS;598827;;; deb;CDS;751446;73;comp; ;tRNA;753064;16;comp;gac ;tRNA;753157;3;comp;gta ;tRNA;753236;31;comp;gaa ;tRNA;753342;8;comp;aaa ;tRNA;753426;22;comp;gac ;tRNA;753525;3;comp;gta ;tRNA;753604;42;comp;gaa ;tRNA;753721;40;comp;aaa fin;CDS;753837;;comp; deb;CDS;833388;142;comp; ;tRNA;834121;93;comp;ctc fin;CDS;834298;;comp; deb;CDS;1445917;93;; ;tRNA;1449916;270;;gaa fin;CDS;1450262;;; deb;CDS;1615201;29;; ;tRNA;1615572;99;;gtc fin;CDS;1615747;;; deb;CDS;1703617;1;; ;tRNA;1703837;12;comp;atgf ;tRNA;1703926;117;comp;caa fin;CDS;1704118;;; deb;CDS;1907982;-5;; ;ncRNA;1908268;28;comp; fin;CDS;1908619;;comp; deb;CDS;2221719;242;comp; ;tRNA;2222768;33;comp;aac ;tRNA;2222876;72;comp;aac fin;CDS;2223023;;comp; deb;CDS;2282678;349;comp; ;tRNA;2283792;81;comp;tcc ;tRNA;2283962;39;comp;gga ;tRNA;2284078;15;comp;atgi ;tRNA;2284170;102;comp;agc fin;CDS;2284362;;comp; deb;CDS;2323802;12;; ;tRNA;2324879;167;comp;acc 5s;rRNA;2325122;202;comp; 23s;rRNA;2325440;300;comp; ;tRNA;2328657;19;comp;gca ;tRNA;2328752;111;comp;atc 16s;rRNA;2328940;378;comp; fin;CDS;2330835;;comp; deb;CDS;2425110;353;; ;tmRNA;2427398;181;comp; fin;CDS;2427974;;comp; deb;CDS;2581821;192;comp; ;tRNA;2583033;45;comp;tgc ;tRNA;2583154;16;comp;tca ;tRNA;2583259;143;comp;tta fin;CDS;2583489;;; deb;CDS;2637277;81;comp; ;tRNA;2637541;31;comp;tgg fin;CDS;2637648;;comp; deb;CDS;2637824;240;comp; ;tRNA;2639273;8;comp;gga ;tRNA;2639358;69;comp;tac ;tRNA;2639512;21;comp;aca ;tRNA;2639610;41;comp;ttc fin;CDS;2639727;;comp; deb;CDS;2656033;231;; 5s;rRNA;2656495;223;comp; 23s;rRNA;2656834;301;comp; ;tRNA;2660052;19;comp;gca ;tRNA;2660147;111;comp;atc 16s;rRNA;2660335;292;comp; fin;CDS;2662144;;comp; deb;CDS;2693436;95;; ;tRNA;2695547;16;;caa ;tRNA;2695638;7;;tta ;tRNA;2695732;14;;gga ;tRNA;2695823;16;;aaa ;tRNA;2695915;14;;atgf ;tRNA;2696006;12;;atgj ;tRNA;2696095;30;;aca ;tRNA;2696202;90;;tca fin;CDS;2696381;;; deb;CDS;2739487;88;comp; ;Regulatory;2740208;48;comp; fin;CDS;2740399;;comp; deb;CDS;2825449;163;; ;repeat_region;2825927;233;; fin;CDS;2827303;;; deb;CDS;3082950;143;; ;tRNA;3083318;173;comp;acc 5s;rRNA;3083567;202;comp; 23s;rRNA;3083885;273;comp; ;tRNA;3087075;19;comp;gca ;tRNA;3087170;111;comp;atc 16s;rRNA;3087358;462;comp; fin;CDS;3089337;;; </pre> ====ant intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_entre_cds|ant intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> ant;5.2.21 Paris;;ant 24.9.20;;;;;;; ant;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5 ;'''négatif;762;24.6;'''négatif ;-8;9;-1 à -79;'''3 192 235;-1;762 ;'''zéro;65;2.1;;;;;'''intercals;0;65 ;'''1 à 200;2060;66.6;'''0 à 200;56;54;;'''192 251;5;313 ;'''201 à 370;150;4.8;'''201 à 370;258;43;;'''6.0%;10;248 ;'''371 à 600;33;1.1;'''371 à 600;470;68;;;15;182 ;'''601 à max;25;0.8;'''601 à 1028;769;128;;;20;100 ;'''total 3095;<201;93.3;'''total 3094;60;105;-79 à 1028;;25;58 adresse;intercalx;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;Cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;51 184238;1181;-1;762;-70;2;;0;65;35;36 2384649;1028;0;65;-60;1;;-1;°164;40;34 710835;984;1;°120;-50;4;;-2;0;45;33 982825;947;2;70;-40;3;;-3;0;50;45 3045330;924;3;59;-30;14;'''min à -1;-4;°261;55;47 1534263;916;4;31;-20;49;762;-5;2;60;44 2391806;863;5;°33;-10;137;24.6%;-6;7;65;60 269108;850;6;26;0;617;;-7;12;70;42 1454453;848;7;21;10;561;;-8;°103;75;54 1174364;789;8;50;20;282;;-9;3;80;49 1115863;783;9;°94;30;109;;-10;8;85;56 2054584;776;10;57;40;70;'''1 à 100;-11;°49;90;56 2920637;773;11;48;50;78;1586;-12;4;95;31 1754154;772;12;°52;60;91;51.2%;-13;9;100;47 997474;739;13;39;70;102;;-14;°35;105;38 1906747;712;14;22;80;103;;-15;3;110;34 1172194;702;15;°21;90;112;;-16;1;115;45 606029;672;16;21;100;78;;-17;°26;120;31 1071807;649;17;15;110;72;;-18;0;125;35 1204569;642;18;°26;120;76;;-19;2;130;27 792914;628;19;26;130;62;;-20;°20;135;33 2100174;625;20;12;140;57;;-21;1;140;24 949485;617;21;°22;150;48;;-22;0;145;24 2733159;613;22;11;160;53;;-23;°9;150;24 2042643;612;23;11;170;20;'''1 à 200;-24;1;155;21 2270147;596;24;6;180;30;2060;-25;2;160;32 3006396;587;25;8;190;30;66.6%;-26;°6;165;16 2176130;583;26;°12;200;26;;-27;2;170;4 27717;575;27;8;210;20;;-28;0;175;15 1024897;562;28;6;220;18;;-29;°8;180;15 715253;551;29;°16;230;13;;-30;0;185;15 2128182;532;30;9;240;16;;-31;1;190;15 1829788;526;31;°11;250;9;;-32;°6;195;14 1763296;520;32;2;260;13;'''0 à 200;;810;200;12 ;;33;°10;270;9;2125;reste;17;205;11 ;;34;6;280;9;;total;827;210;9 ;;35;7;290;5;;;;215;10 ;;36;6;300;12;;'''intercal;<u>'''frequencef;220;8 ;;37;7;310;5;;600;3070;225;5 ;;38;6;320;3;;620;3;230;8 ;;39;°9;330;7;;640;2;235;6 ;;40;6;340;4;'''201 à 370;660;2;240;10 ;;;1246;350;2;150;680;1;245;6 ;;;3095;360;3;4.8%;700;;250;3 ;;;;370;2;;720;2;255;7 ;;;;380;1;;740;1;260;6 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;4;;760;;265;5 3067823;-79;comp;;400;2;;780;3;270;4 2531271;-71;shift2;1430;410;3;;800;2;275;5 1382616;-65;shift2;248;420;1;;820;;280;4 1058996;-59;shift2;389;430;0;;840;;285;3 2237436;-56;shift2;872;440;0;;860;2;290;2 641645;-55;shift2;861;450;3;;880;1;295;5 1374304;-53;shift2;1223;460;4;;900;;300;7 3090072;-49;;;470;0;;920;1;305;1 542837;-43;;;480;1;;940;1;310;4 2236436;-41;;;490;1;;960;1;315;3 907463;-38;;;500;1;;980;;320;0 984116;-38;;;510;2;;1000;1;325;3 1476725;-38;;;520;2;;1020;;330;4 1904926;-38;;;530;1;;1040;1;335;3 1716281;-35;;;540;1;'''371 à 600;;24;340;1 2233985;-35;;;550;0;33;;;345;0 3184884;-35;;;560;1;1.1%;;;350;2 531215;-32;;;570;1;;;;355;2 642505;-32;;;580;1;'''601 à max;;;360;1 1843228;-32;;;590;2;25;;;365;1 2546649;-32;;;600;1;0.8%;;;370;1 2808157;-32;;;reste;25;;reste;1;reste;58 3127986;-32;;;total;3095;;total;3095;total;3095 </pre> ====ant intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ant;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-25;209;-664;88;680;279;min40;-135;1021;-2424;183;664;252;min40 31 à 400;60;-400;637;9.8;785;222;2 parties;4.8;28;-332;62;888;-194;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;183;63;-;609;poly;70;SF;262;79;-;358;poly;306;SF 31 à 400;132;48;-;673;poly;112;tF;130;43;-;746;poly;142;tF ;;;;;;;;;;;;;; ant. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;0.038;0.255;0.669;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.575;;;;; ;0.730;0.271;0.538;;;;;;;;;;;; ;0.876;0.892;0.886;;;;;;;;;;;; ant;fx;fc;;ant;fx%;fc%;;fre;fx40;fc40;;x;ant;comp’;continu 0;9;56;;0;15;35;;0;9;56;>0;622;-1;0;164 10;82;479;;10;136;296;;1;11;109;<0;83;-2;0;0 20;52;230;;20;87;142;;2;16;54;zéro;9;-3;0;0 30;35;74;;30;58;46;;3;3;56;total;714;-4;40;221 40;17;53;;40;28;33;;4;7;24;;c;-5;0;2 50;15;63;;50;25;39;;5;11;22;>0;1646;-6;7;0 60;18;73;;60;30;45;;6;8;18;<0;679;-7;0;12 70;19;83;;70;32;51;;7;7;14;zéro;56;-8;5;98 80;20;83;;80;33;51;;8;4;46;total;2381;-9;3;0 90;35;77;;90;58;48;;9;6;88;;;-10;1;7 100;24;54;;100;40;33;;10;9;48;;;-11;3;46 110;32;40;;110;53;25;;11;5;43;;;-12;3;1 120;25;51;;120;42;32;;12;7;45;;;-13;0;9 130;27;35;;130;45;22;;13;8;31;;;-14;1;34 140;26;31;;140;43;19;;14;7;15;;;-15;3;0 150;19;29;;150;32;18;;15;2;19;;;-16;1;0 160;32;21;;160;53;13;;16;2;19;;;-17;2;24 170;9;11;;170;15;7;;17;3;12;;;-18;0;0 180;8;22;;180;13;14;;18;4;22;;;-19;0;2 190;19;11;;190;32;7;;19;10;16;;;-20;1;19 200;11;15;;200;18;9;;20;4;8;;;-21;1;0 210;11;9;;210;18;6;;21;6;16;;;-22;0;0 220;9;9;;220;15;6;;22;4;7;;;-23;0;9 230;3;10;;230;5;6;;23;5;6;;;-24;1;0 240;6;10;;240;10;6;;24;2;4;;;-25;0;2 250;5;4;;250;8;2;;25;4;4;;;-26;1;5 260;8;5;;260;13;3;;26;2;10;;;-27;2;0 270;7;2;;270;12;1;;27;3;5;;;-28;0;0 280;2;7;;280;3;4;;28;2;4;;;-29;1;7 290;3;2;;290;5;1;;29;4;12;;;-30;0;0 300;9;3;;300;15;2;;30;3;6;;;-31;0;1 310;4;1;;310;7;1;;31;3;8;;;-32;1;5 320;1;2;;320;2;1;;32;1;1;;;-33;0;0 330;3;4;;330;5;2;;33;2;8;;;-34;0;0 340;0;4;;340;0;2;;34;1;5;;;-35;1;2 350;1;1;;350;2;1;;35;2;5;;;-36;0;0 360;0;3;;360;0;2;;36;1;5;;;-37;0;0 370;1;1;;370;2;1;;37;1;6;;;-38;1;3 380;1;0;;380;2;0;;38;2;4;;;-39;0;0 390;1;3;;390;2;2;;39;2;7;;;-40;0;0 400;1;1;;400;2;1;;40;2;4;;;-41;1;0 reste;21;30;;;;;;reste;436;810;;;-42;0;0 total;631;1702;;t30;281;485;;total;631;1702;;;-43;1;0 diagr;601;1616;;t60;364;601;;diagr;186;836;;;-44;0;0 - t30;432;833;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;382;644;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;;total;83;679 </pre> ====ant intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_négatifs_S-|ant intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;; comp’;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83;1 continu;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679;6 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total Sx-;;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83 Sc-;;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679 </pre> ====ant autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires|ant autres intercalaires]] <pre> ant;autres intercalaires;;adresses1;;;ant;autres intercalaires;;adresses2;;;ant;autres intercalaires;;adresses3; deb;°CDS;167574;66;;;deb;°CDS;1445917;93;;;deb;°CDS;2637277;81;comp ;&tRNA;168501;447;;;;&tRNA;1449916;270;;;;&tRNA;2637541;31;comp fin;°CDS;169025;;;;fin;°CDS;1450262;;;;fin;°CDS;2637648;;comp deb;°CDS;237275;305;;;deb;°CDS;1615201;29;;;deb;°CDS;2637824;240;comp ;$rRNA;237928;111;;;;&tRNA;1615572;99;;;;&tRNA;2639273;8;comp ;&tRNA;239556;19;;;fin;°CDS;1615747;;;;;&tRNA;2639358;69;comp ;&tRNA;239652;301;;;deb;°CDS;1703617;1;;;;&tRNA;2639512;21;comp ;$rRNA;240029;202;;;;&tRNA;1703837;12;comp;;;&tRNA;2639610;41;comp ;$rRNA;243148;354;;;;&tRNA;1703926;117;comp;;fin;°CDS;2639727;;comp fin;°CDS;243618;;comp;;fin;°CDS;1704118;;;;deb;°CDS;2656033;231; deb;°CDS;302333;155;comp;;deb;°CDS;1907982;-5;;;;$rRNA;2656495;223;comp ;&tRNA;303316;10;;;;ncRNA;1908268;28;comp;;;$rRNA;2656834;301;comp ;&tRNA;303404;16;;;fin;°CDS;1908619;;comp;;;&tRNA;2660052;19;comp ;&tRNA;303497;61;;;deb;°CDS;2221719;242;comp;;;&tRNA;2660147;111;comp ;&tRNA;303635;96;;;;&tRNA;2222768;33;comp;;;$rRNA;2660335;292;comp ;&tRNA;303816;70;;;;&tRNA;2222876;72;comp;;fin;°CDS;2662144;;comp fin;°CDS;303963;;;;fin;°CDS;2223023;;comp;;deb;°CDS;2693436;95; deb;°CDS;316375;110;;;deb;°CDS;2282678;349;comp;;;&tRNA;2695547;16; ;&tRNA;317454;109;;;;&tRNA;2283792;81;comp;;;&tRNA;2695638;7; fin;°CDS;317640;;;;;&tRNA;2283962;39;comp;;;&tRNA;2695732;14; deb;°CDS;373519;120;;;;&tRNA;2284078;15;comp;;;&tRNA;2695823;16; ;&tRNA;375862;5;;;;&tRNA;2284170;102;comp;;;&tRNA;2695915;14; ;&tRNA;375943;65;;;fin;°CDS;2284362;;comp;;;&tRNA;2696006;12; fin;°CDS;376093;;;;deb;°CDS;2323802;12;;;;&tRNA;2696095;30; deb;°CDS;597419;47;;;;&tRNA;2324879;167;comp;;;&tRNA;2696202;90; ;&tRNA;598534;208;;;;$rRNA;2325122;202;comp;;fin;°CDS;2696381;; fin;°CDS;598827;;;;;$rRNA;2325440;300;comp;;deb;°CDS;2739487;88;comp deb;°CDS;751446;73;comp;;;&tRNA;2328657;19;comp;;;Regulatory;2740208;48;comp ;&tRNA;753064;16;comp;;;&tRNA;2328752;111;comp;;fin;°CDS;2740399;;comp ;&tRNA;753157;3;comp;;;$rRNA;2328940;378;comp;;deb;°CDS;2825449;163; ;&tRNA;753236;31;comp;;fin;°CDS;2330835;;comp;;;repeat_region;2825927;233; ;&tRNA;753342;8;comp;;deb;°CDS;2425110;353;;;fin;°CDS;2827303;; ;&tRNA;753426;22;comp;;;tmRNA;2427398;181;comp;;deb;°CDS;3082950;143; ;&tRNA;753525;3;comp;;fin;°CDS;2427974;;comp;;;&tRNA;3083318;173;comp ;&tRNA;753604;42;comp;;deb;°CDS;2581821;192;comp;;;$rRNA;3083567;202;comp ;&tRNA;753721;40;comp;;;&tRNA;2583033;45;comp;;;$rRNA;3083885;273;comp fin;°CDS;753837;;comp;;;&tRNA;2583154;16;comp;;;&tRNA;3087075;19;comp deb;°CDS;833388;142;comp;;;&tRNA;2583259;143;comp;;;&tRNA;3087170;111;comp ;&tRNA;834121;93;comp;;fin;°CDS;2583489;;;;;$rRNA;3087358;462;comp fin;°CDS;834298;;comp;;;;;;;;fin;°CDS;3089337;; </pre> ====ant intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_tRNA|ant intercalaires tRNA]] <pre> ant ;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;66;;447;;29;31;'''deb; ;10 16 61 96;comp’;155;;70;;47;40;<201;11 ;;;110;;109;;66;41;total;14 ;5;;120;;65;;73;65;taux;79% ;;;47;;208;;81;70;'''fin; ;16 3 31 8 22 3 42;;73;;40;;93;73;<201;12 ;;;142;;93;;95;90;total;15 ;;;93;;270;;110;93;taux;80% ;;;29;;99;;120;99;'''total; ;12;comp’;1;;117;;142;102;<201;23 ;33;;242;;73;;192;109;total;29 ;81 39 15;;349;;102;;240;117;taux;79% ;;comp’;12;;;;242;208;; ;45 16;;192;comp’;143;;349;270;; ;;;81;;31;;'''-;447;'''comp’;'''cumuls ;8 69 21;;240;;41;;1;143;'''deb;100% ;16 7 14 16 14 12 30;;95;;90;;12;-;'''fin;100% ;;comp’;143;;;;143;-;'''total;100% ;;;;;;;155;-;; ;;;;;;;;;; comp’+continu;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;15;13;28;;;;;;; total;18;16;34;;;;;;; %;83%;81%;82%;;;;;;; </pre> ====ant par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_par_rapport_au_groupe_de_référence|ant par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;ant;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;3;;;;;;3; 16;moyen;2;12;;;2;8;24; 14;fort;2;24;2;;;;28; ; ;7;36;2;0;2;8;55; 10;g+cga;1;;;;;;1; 2;agg+cgg;;;;;;;0; 4;carre ccc;2;;;;;;2; 5;autres;;;;;;;0; ;;3;0;0;0;0;0;3; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;55;;;;;;55;26 16;moyen;36;218;0;;36;145;436;324 14;fort;36;436;36;;;;509;650 ;;127;655;36;0;36;145;55;729 10;g+cga;18;;;;;;18;10 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;36;;;;;;36;16 5;autres;;;;;;;; ;;55;0;0;0;0;0;55; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;67;;;67;26;;0; 16;moyen;44;267;;311;324;;33; 14;fort;44;533;44;622;650;;67; ;;156;800;44;45;729;;36; 10;g+cga;22;;;22;10;;; 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;44;;;44;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;67;;;67;;;; </pre> ====epsilon, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#epsilon,_estimation_des_-rRNAs|epsilon, estimation des -rRNAs]] <pre> epsilon;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 40 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;40;187; ; ;;indices;;;;40;468;0;0;;epsi1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;45 atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;3;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;80;acc;3;aac;3;agc;;;atc;200;acc;8;aac;8;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;89;gaa;;gga;;;gta;5;gca;223;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;3 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;172;;13;;2;187;;;;430;;33;;5;468;;;;14;;28;;3;45 11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;161;6531;0;0;;indices;;;;161;6531;0;0;;epsi1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4500 atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;104;;atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;106;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;400 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;95;;ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;200;tcc;100;tac;200;tgc;100 atc;-9;acc;92;aac;105;agc;101;;atc;191;acc;99;aac;112;agc;101;;atc;;acc;;aac;200;agc;100 ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt; gtc;98;gcc;95;gac;134;ggc;140;;gtc;98;gcc;95;gac;139;ggc;140;;gtc;100;gcc;;gac;200;ggc; tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;200;tca;200;taa;;tga; ata;0.0;aca;108;aaa;143;aga;124;;ata;;aca;108;aaa;150;aga;124;;ata;;aca;200;aaa;300;aga;100 cta;101;cca;99;caa;109;cga;100;;cta;101;cca;101;caa;109;cga;100;;cta;100;cca;200;caa;100;cga;100 gta;134;gca;-24;gaa;173;gga;111;;gta;139;gca;199;gaa;173;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;300;gga;300 ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;100 atgj;98;acg;1.9;aag;6.5;agg;96;;atgj;98;acg;1.9;aag;9.0;agg;96;;atgj;100;acg;;aag;;agg; ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;23;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;25;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1287;;1663;;641;3591;;;;1717;;1695;;646;4058;;;;1400;;2800;;300;4500 rapports;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;epsi1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;98;;fiches;39.7;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;74 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1588;;;0/0;4;cgt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;avec;188;;;10;13;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;40;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;0;;;;ttc;47;tcc;3;tac;49;tgc;1 atc;-5;acc;92;aac;93;agc;100;;epsi1;45;;;40;2;;;;atc;100;acc;100;aac;48;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;45;;;50;7;23;;;ctc;1;ccc;100;cac;0;cgt; gtc;100;gcc;100;gac;96;ggc;100;;avec;10;;;60;2;;;;gtc;2;gcc;100;gac;33;ggc;100 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;48;tca;50;taa;;tga;100 ata;;aca;100;aaa;95;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;;aca;46;aaa;53;aga;19 cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par epsilon;;;;90;0;;;;cta;1;cca;51;caa;8;cga;0 gta;96;gca;-12;gaa;100;gga;100;;est 13% au dessu;;;;100;18;;;;gta;33;gca;100;gaa;42;gga;63 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;;tgg;0 atgj;100;acg;100;aag;72;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;2;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;;gcg;;gag;90;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100 ;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;127;;546;;3;676 </pre> ===pub=== ====pub opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_opérons|pub opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Cand_Pela_ubique_HTCC1062/candPela_UBIQUE_HTCC1062-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007205.1;ant;génome;;;;;;;;;; 29.2%GC;30.1.21 Paris;16s 1;31;;;;;;;cds dirigé;; Pelagibacter ubique;;;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; ;41060..41653;;cds;;20;20;;;198;;ABC transporter substrate-binding protein;* comp;41674..41750;;atgi;;66;;66;;;;; comp;41817..41891;;gtc;;8;8;;;;8;; comp;41900..43723;;cds;;;;;;*608;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;; comp;114873..116147;;cds;;3;3;;;425;3;CCA tRNA nucleotidyltransferase;* comp;116151..116224;;caa;;32;32;;;;;; comp;116257..117102;;cds;;;;;;282;;4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol kinase;* ;;;;;;;;;;;; comp;319204..319548;;cds;;22;22;;;115;22;4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase;* comp;319571..319645;;ggc;;97;97;;;;;; ;319743..320384;;cds;;;;;;214;;LON peptidase substrate-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;407852..408448;;cds;;68;68;;;199;;DedA family protein;* ;408517..408601;;ttg;;7;7;;;;7;; ;408609..410315;;cds;;;;;;*569;;AMP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;414886..415407;;cds;;26;26;;;174;26;PaaI family thioesterase;* comp;415434..415510;;cgt;;75;75;;;;;; ;415586..416773;;cds;;;;;;396;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;438405..440213;;cds;;2;2;;;*603;2;elongation factor 4;* ;440216..440305;;tcc;;5;5;;;;5;; comp;440311..441081;;cds;;;;;;257;;FkbM family methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;461643..462362;;cds;;2;2;;;240;2;VTT domain-containing protein;* comp;462365..462438;;acc;;101;101;;;;;; ;462540..462737;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;; ;466335..466550;;cds;;5;5;;;72;5;translation initiation factor IF-1;* ;466556..466631;;ttc;;88;88;;;;;; ;466720..466932;;cds;;235;235;;;71;;cold-shock protein;* ;467168..467242;;cac;;5;5;;;;5;; ;467248..468645;;cds;;;;;;466;;histidine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; comp;509729..511027;;cds;;330;*330;;;433;*330;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;511358..512832;;16s;@1;98;;;;;;; ;512931..513007;;atc;;9;;;9;;;; ;513017..513092;;gca;;149;;;;;;; ;513242..515995;;23s;;446;*446;;;;;; ;516442..516975;;cds;;46625;;;;178;;WbuC family cupin fold metalloprotein;* ;;;;;;;;;;;; ;563601..564479;;cds;;52;52;;;293;;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;* ;564532..564646;;5s;;13;13;;;;13;; ;564660..564785;;cds;;;;;;42;;type B 50S ribosomal protein L36;* ;;;;;;;;;;;; ;567715..568413;;cds;;18;18;;;233;;transaldolase;* comp;568432..568508;;atgf;;6;6;;;;6;; comp;568515..568709;;cds;;;;;;65;;30S ribosomal protein S21;* ;;;;;;;;;;;; comp;593396..594376;;cds;;23;23;;;327;;RluA family pseudouridine synthase;* ;594400..594476;;cga;@2;16;16;;;;16;; comp;594493..595425;;cds;;;;;;311;;threonylcarbamoyl-AMP synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;842772..843023;;cds;;101;101;;;84;;DUF1289 domain-containing protein;* ;843125..843209;;cta;;16;16;;;;16;; ;843226..844659;;cds;;;;;;478;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;; ;846722..849106;;cds;;49;49;;;*795;49;endopeptidase La;* ;849156..849231;;gta;;13;;13;;;;; ;849245..849321;;gac;;88;88;;;;;; ;849410..849778;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;; ;934654..936063;;cds;;31;31;;;470;31;potassium transporter Trk;* ;936095..936171;;aga;;170;170;;;;;; ;936342..937382;;cds;;;;;;347;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; ;941232..942389;;cds;;19;19;;;386;19;hp;* comp;942409..942484;;aac;;52;;52;;;;; comp;942537..942610;;tgc;;128;128;;;;;; ;942739..945366;;cds;;;;;;*876;;valine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; ;970015..971127;;cds;;200;200;;;371;;tRNA guanosine(34) transglycosylase Tgt;* ;971328..971403;;aaa;;20;20;;;;20;; comp;971424..972251;;cds;;;;;;276;;M48 family metallopeptidase;* ;;;;;;;;;;;; ;975062..975328;;cds;;0;0;;;89;0;succinate dehydrogenase assembly factor 2;* comp;975329..975418;;tca;;92;92;;;;;; ;975511..976392;;cds;;;;;;294;;EamA family transporter RarD;* ;;;;;;;;;;;; comp;985615..986127;;cds;;93;93;;;171;;zinc-ribbon domain-containing protein;* ;986221..986297;;cca;;4;4;;;;4;; ;986302..986583;;cds;;;;;;94;;ETC complex I subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;988522..990216;;cds;;50;50;;;*565;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;990267..990341;;gaa;;23;23;;;;23;; ;990365..990598;;cds;;;;;;78;;GIY-YIG nuclease family protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1029539..1031752;;cds;;0;0;;;*738;0;lytic transglycosylase domain-containing protein;* comp;1031753..1031844;;agc;;68;68;;;;;; ;1031913..1033166;;cds;;;;;;418;;sarcosine oxidase subunit beta family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1085222..1085413;;cds;;19;19;;;64;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;1085433..1085508;;tgg;;7;7;;;;7;; comp;1085516..1086706;;cds;;47;47;;;397;47;elongation factor Tu;* comp;1086754..1086827;;gga;;46;;46;;;;; comp;1086874..1086959;;tac;;131;131;;;;;; ;1087091..1087834;;cds;;33;33;;;248;33;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;1087868..1087943;;aca;;4;4;;;;4;; comp;1087948..1088727;;cds;;4;4;;;260;4;NAD kinase;* comp;1088732..1088816;;tta;;79;79;;;;;; comp;1088896..1089312;;cds;;;;;;139;;Gamma-glutamylcyclotransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;1165696..1166454;;cds;;141;141;;;253;;pilin;* comp;1166596..1166672;;atgj;;64;64;;;;64;; comp;1166737..1166964;;cds;;;;;;76;;hp;* </pre> ====pub cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_cumuls|pub cumuls]] <pre> pub cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;2;100;11 ;16 atcgca 23;1;20;1;1;50;31;20;18;200;8 ;16 atc23s5s;;40;;;100;11;40;5;300;11 ;16gca23s5s;;60;2;;150;5;60;2;400;7 ;max a;2;80;1;;200;2;80;1;500;6 ;a doubles;;100;;;250;1;100;;600;2 ;autres;;120;;;300;;120;;700;2 ;total aas;2;140;;;350;1;140;;800;2 sans ;opérons;25;160;;;400;;160;;900;1 ;1 aa;21;180;;;450;1;180;;1000; ;max a;2;200;;;500;;200;;1100; ;a doubles;0;;;;;;;1;; ;total aas;29;;4;1;;54;;29;;50 total aas;;31;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;44;9;;63;;27;;299 ;;;variance;22;0;;85;;61;;203 sans jaune;;;moyenne;;;;50;;16;;237 ;;;variance;;;;55;;16;;134 </pre> ====pub blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_blocs|pub blocs]] <pre> Blocs 16s pub;;;; cds;330;433;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* 16s;98;1475;; atc;9;77;; gca;149;76;; 23s;446;2754;; cds;46625;178;WbuC family cupin fold metalloprotein;* ;;;; cds;52;293;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;* 5s;13;115;; cds;;42;type B 50S ribosomal protein L36;* </pre> ====pub distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_distribution|pub distribution]] <pre> distribution;pub;;;;;;31 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;8;21;;;;2;31 ;;1aa;1;11;9;; ;;>1aa;1;2;5;; distribution;scc;;min;inter;max;;29 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total ;13;;14;;2;;29 </pre> ====pub données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_données_intercalaires|pub données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;pub;fx;fc;pub;fx40;fc40;pub;x-;c-;c;x;c;x;aa 2;0;0;13;58;0;13;58;-1;0;152;8;20;CDS 16s;; 3;10;10;39;256;1;4;52;-2;3;0;3;97;;330; 5;2;20;15;51;2;11;58;-3;0;0;32;68;23s CDS;; 1;3;30;15;30;3;6;37;-4;44;79;22;75;446;; ;3;40;19;30;4;5;25;-5;0;1;7;5;5s CDS;; ;3;50;17;32;5;4;26;-6;2;0;26;2;52;; ;0;60;19;29;6;2;13;-7;1;2;2;101;13;; 2;1;70;10;18;7;3;12;-8;14;42;5;18;16s tRNA;; 1;1;80;15;15;8;2;13;-9;7;0;88;23;98;; ;2;90;6;18;9;2;12;-10;0;2;235;16;tRNA 23s;; 3;0;100;7;9;10;0;8;-11;5;30;5;101;149;; 2;0;110;5;7;11;3;5;-12;4;0;6;19;tRNA tRNA;;intra ;0;120;9;8;12;0;7;-13;1;2;16;128;9;;atc gca 1;0;130;7;6;13;0;6;-14;2;18;49;20;tRNA tRNA;; 1;0;140;4;6;14;2;10;-15;0;0;88;0;66;;atgi 1;0;150;3;3;15;0;2;-16;0;2;31;92;**;;gtc ;0;160;6;1;16;2;3;-17;1;9;170;93;13;;gta ;1;170;3;2;17;3;3;-18;2;0;200;0;**;;gac ;0;180;2;3;18;2;6;-19;0;1;4;68;52;;aac ;0;190;1;6;19;0;4;-20;3;10;50;131;**;;tgc ;1;200;4;1;20;3;5;-21;0;0;23;4;46;;gga ;0;210;1;1;21;5;4;-22;0;1;19;141;**;;tac ;0;220;2;1;22;1;4;-23;1;5;7;;;; ;0;230;1;2;23;0;3;-24;3;0;47;;;; ;1;240;1;0;24;3;5;-25;0;1;33;;;; ;0;250;0;1;25;2;2;-26;0;3;4;;;; ;0;260;1;0;26;0;3;-27;0;0;79;;;; ;0;270;1;0;27;2;2;-28;0;1;64;;;; ;0;280;0;1;28;2;2;-29;0;1;;;;; ;0;290;1;0;29;0;3;-30;1;0;;;;; ;0;300;0;0;30;0;2;-31;0;1;;;;; ;0;310;1;0;31;0;3;-32;0;1;;;;; ;0;320;0;2;32;3;5;-33;0;0;;;;; ;0;330;0;0;33;4;1;-34;0;1;;;;; ;0;340;1;0;34;0;2;-35;0;2;;;;; ;0;350;0;0;35;4;4;-36;0;0;;;;; ;0;360;1;0;36;3;4;-37;0;0;;;;; ;0;370;0;0;37;2;3;-38;0;2;;;;; ;0;380;0;0;38;1;1;-39;0;0;;;;; ;0;390;0;0;39;2;4;-40;0;0;;;;; ;0;400;0;0;40;0;3;-41;0;2;;;;; ;0;reste;4;4;reste;135;175;-42;0;0;;;;; 22;28;total;234;601;total;236;600;-43;1;0;;;;; 20;28;diagr;217;539;diagr;88;367;-44;0;1;;;;; 9;15; t30;69;337;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;221;95;13;329;;;-49;0;0;;;;; ;c;543;377;58;978;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1307;79;;reste;0;3;;;;; ;;;;;;1386;;total;95;377;;;;; </pre> =====pub autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires_aas|pub autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pub;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;9267;10214;4;*; ;;tmRNA;10219;10520;-2;*; fin;comp;CDS;10519;10890;;0; deb;comp;CDS;38328;38795;255;*; ;comp;ncRNA;39051;39405;42;*; fin;comp;CDS;39448;40191;;; deb;;CDS;41060;41653;20;*; ;comp;tRNA;41674;41750;66;*;atgi ;comp;tRNA;41817;41891;8;*;gtc fin;comp;CDS;41900;43723;;; deb;comp;CDS;114873;116147;3;*; ;comp;tRNA;116151;116224;32;*;caa fin;comp;CDS;116257;117102;;0; deb;comp;CDS;319204;319548;22;*; ;comp;tRNA;319571;319645;97;*;ggc fin;;CDS;319743;320384;;0; deb;comp;CDS;407852;408448;68;*; ;;tRNA;408517;408601;7;*;ttg fin;;CDS;408609;410315;;; deb;comp;CDS;414886;415407;26;*; ;comp;tRNA;415434;415510;75;*;cgt fin;;CDS;415586;416773;;; deb;;CDS;438405;440213;2;*; ;;tRNA;440216;440305;5;*;tcc fin;comp;CDS;440311;441081;;; deb;;CDS;461643;462362;2;*; ;comp;tRNA;462365;462438;101;*;acc fin;;CDS;462540;462737;;; deb;;CDS;466335;466550;5;*; ;;tRNA;466556;466631;88;*;ttc deb;;CDS;466720;466932;235;*; ;;tRNA;467168;467242;5;*;cac fin;;CDS;467248;468645;;; deb;comp;CDS;496262;498457;70;*; ;comp;regulatory;498528;498615;91;*; fin;;CDS;498707;499813;;1; deb;comp;CDS;509729;511027;330;*; ;;rRNA;511358;512832;98;*;1475 ;;tRNA;512931;513007;9;*;atc ;;tRNA;513017;513092;149;*;gca ;;rRNA;513242;515995;446;*;2754 fin;;CDS;516442;516975;;; deb;;CDS;563601;564479;52;*; ;;rRNA;564532;564646;13;*;115 fin;;CDS;564660;564785;;; deb;;CDS;567715;568413;18;*; ;comp;tRNA;568432;568508;6;*;atgf fin;comp;CDS;568515;568709;;; deb;comp;CDS;593396;594376;23;*; ;;tRNA;594400;594476;16;*;cga fin;comp;CDS;594493;595425;;; deb;;CDS;648881;649762;24;*; ;;regulatory;649787;649876;77;*; fin;;CDS;649954;651060;;; deb;comp;CDS;731869;732777;9;*; ;comp;regulatory;732787;732850;88;*; fin;comp;CDS;732939;733529;;0; deb;;CDS;785951;786466;32;*; ;;regulatory;786499;786587;-13;*; fin;;CDS;786575;788023;;; deb;comp;CDS;842772;843023;101;*; ;;tRNA;843125;843209;16;*;cta fin;;CDS;843226;844659;;; deb;;CDS;846722;849106;49;*; ;;tRNA;849156;849231;13;*;gta ;;tRNA;849245;849321;88;*;gac fin;;CDS;849410;849778;;; deb;;CDS;934654;936063;31;*; ;;tRNA;936095;936171;170;*;aga fin;;CDS;936342;937382;;; deb;;CDS;941232;942389;19;*; ;comp;tRNA;942409;942484;52;*;aac ;comp;tRNA;942537;942610;128;*;tgc fin;;CDS;942739;945366;;; deb;;CDS;970015;971127;200;*; ;;tRNA;971328;971403;20;*;aaa fin;comp;CDS;971424;972251;;0; deb;;CDS;975062;975328;0;*; ;comp;tRNA;975329;975418;92;*;tca fin;;CDS;975511;976392;;; deb;comp;CDS;985615;986127;93;*; ;;tRNA;986221;986297;4;*;cca fin;;CDS;986302;986583;;; deb;;CDS;988522;990216;50;*; ;;tRNA;990267;990341;23;*;gaa fin;;CDS;990365;990598;;; deb;comp;CDS;1005217;1005678;139;*; ;;regulatory;1005818;1005886;4;*; fin;;CDS;1005891;1007219;;1; deb;;CDS;1029539;1031752;0;*; ;comp;tRNA;1031753;1031844;68;*;agc fin;;CDS;1031913;1033166;;; deb;comp;CDS;1085222;1085413;19;*; ;comp;tRNA;1085433;1085508;7;*;tgg deb;comp;CDS;1085516;1086706;47;*; ;comp;tRNA;1086754;1086827;46;*;gga ;comp;tRNA;1086874;1086959;131;*;tac deb;;CDS;1087091;1087834;33;*; ;;tRNA;1087868;1087943;4;*;aca deb;comp;CDS;1087948;1088727;4;*; ;comp;tRNA;1088732;1088816;79;*;tta fin;comp;CDS;1088896;1089312;;1; deb;comp;CDS;1125607;1126158;4;*; ;comp;regulatory;1126163;1126227;3;*; deb;comp;CDS;1126231;1127292;66;*; ;comp;regulatory;1127359;1127423;295;*; fin;comp;CDS;1127719;1127925;;; deb;;CDS;1165696;1166454;141;*; ;comp;tRNA;1166596;1166672;64;*;atgj fin;comp;CDS;1166737;1166964;;; </pre> ====pub intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_entre_cds|pub intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> 28.1.21 paris;24.1.21;1380;pilM ;Pseudo : incomplete, partial in the middle of a contig, missing N-terminus;;;;;; pub;intercalaires;total;%;intercalaires;;;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5 ;'''négatif;473;36.2;'''négatif ;-8;9;-65 à -1;'''1 308 759;-1;473 ;'''zéro;71;5.4;;;;;'''intercals;0;71 ;'''1 à 200;736;56.3;'''0 à 200;37;45;;'''39 179;5;228 ;'''201 à 370;19;1.5;'''201 à 370;260;47;;'''3.0%;10;67 ;'''371 à 600;7;0.5;'''371 à 600;475;70;;;15;35 ;'''601 à max;1;0.1;'''601 et +;-;;;;20;31 ;'''total 1307;<201;97.9;'''total 1306;26;61;-65 à 596;;25;29 adresse;intercalx;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;16 73227;1380;-1;473;-70;0;;0;71;35;26 999551;596;0;71;-60;1;;-1;°152;40;23 1162229;549;1;56;-50;2;;-2;3;45;33 537246;464;2;°69;-40;6;'''-65 à -1;-3;0;50;16 1119848;445;3;43;-30;8;473;-4;°123;55;23 1180952;435;4;30;-20;29;36%;-5;2;60;25 193367;434;5;°30;-10;79;;-6;2;65;15 398173;403;6;15;0;419;;-7;3;70;13 408609;356;7;15;10;295;;-8;°56;75;17 762333;335;8;°15;20;66;;-9;7;80;12 1122717;318;9;14;30;45;'''1 à 100;-10;2;85;10 338267;317;10;8;40;49;649;-11;°35;90;14 997872;304;11;°8;50;49;49.7%;-12;4;95;7 334628;284;12;7;60;48;;-13;3;100;9 675167;279;13;6;70;28;;-14;°20;105;8 1135181;268;14;°12;80;29;;-15;0;110;4 627169;255;15;2;90;24;;-16;2;115;9 1118568;248;16;5;100;16;;-17;°10;120;8 79392;239;17;6;110;12;'''1 à 200;-18;2;125;7 807867;230;18;°8;120;17;736;-19;1;130;6 58997;223;19;4;130;13;56.3%;-20;°13;135;5 1152723;221;20;8;140;10;;-21;0;140;5 761553;219;21;°9;150;6;;-22;1;145;1 782276;217;22;5;160;7;;-23;°6;150;5 612190;216;23;3;170;5;;-24;3;155;2 351261;209;24;°8;180;5;;-25;1;160;5 838936;201;25;4;190;7;'''0 à 200;-26;°3;165;3 744621;200;26;3;200;5;807;-27;0;170;2 166432;195;27;°4;210;2;;-28;1;175;4 625822;195;28;4;220;3;;-29;1;180;1 164576;191;29;3;230;3;;-30;1;185;6 217060;191;30;2;240;1;;-31;1;190;1 1163621;188;31;3;250;1;;-32;1;195;4 798049;185;32;°8;260;1;;;530;200;1 422106;184;33;5;270;1;;reste;14;205;1 288782;182;34;2;280;1;'''201 à 370;total;544;210;1 560488;182;35;°8;290;1;19;;;215;0 262705;181;36;7;300;0;1.5%;;;220;3 469675;181;37;5;310;1;;;;225;2 832239;177;38;2;320;2;;;;230;1 939877;174;39;°6;330;0;;;;235;0 ;;40;3;340;1;;;;240;1 ;;reste;308;350;0;;;;245;0 ;;total;1307;360;1;;;;250;1 ;;;;370;0;;;;255;1 ;;;;380;0;;;;260;0 ;;;;390;0;;;;265;0 ;;;;400;0;;;;270;1 ;;;;410;1;;;;275;0 ;;;;420;0;;;;280;1 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;0;;;;285;1 817687;-65;shift2;2521;440;2;;;;290;0 410672;-59;shift2;856;450;1;;;;295;0 1196013;-56;shift2;445;460;0;;;;300;0 474189;-47;shift2;1222;470;1;;;;305;1 682918;-47;shift2;1435;480;0;;;;310;0 1025350;-44;shift2;544;490;0;;;;315;0 1197066;-43;comp;;500;0;'''371 à 600;;;320;2 584040;-41;shift2;934;510;0;7;;;325;0 707855;-41;shift2;319;520;0;0.5%;;;330;0 802906;-38;shift2;;530;0;;;;335;1 1038898;-38;shift2;;540;0;;;;340;0 279711;-35;shift2;;550;1;;;;345;0 1027659;-35;shift2;;560;0;;;;350;0 928018;-34;shift2;;570;0;;;;355;0 803426;-32;shift2;;580;0;;;;360;1 1176246;-31;shift2;;590;0;'''max;;;365;0 429007;-30;comp;;600;1;1380;;;370;0 992704;-29;shift2;;reste;1;;;;reste;8 1233832;-28;shift2;;total;1307;;;;total;1307 </pre> ====pub intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;; pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pub;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-58;495;-1405;136;853;284;min20;&-236;1732;-3869;256;559;245;min30 31 à 400;-49;437;-1304;133;918;297;2 parties;&-48;403;-1093;97;945;280;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;243;75;-;604;poly;249;SF;&308;88;;221;poly;338;SF 31 à 400;190;60;-;662;poly;256;SF;&117;36;-;580;poly;365;SF ;;;;;;;;;;;;;; pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; </pre> *Diagrammes 400: Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;26.1.22 Paris;;;;;;corrélation;;14.8.21 Paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;0.715;;pub;Sx-;Sc- 41-400;0.908;0.857;0.883;;;;;;;;;;-1;0;152 1-400;0.840;0.866;0.852;;;;;;;;;;-2;3;0 pub;fx;fc;;pub;fx%;fc%;;x;;fx40;fc40;;-3;0;0 0;13;58;;0;60;108;>0;222;0;13;58;;-4;43;80 10;39;256;;10;179;477;<0;92;1;4;52;;-5;1;1 20;15;51;;20;69;95;zéro;13;2;11;58;;-6;1;1 30;15;30;;30;69;56;total;327;3;6;37;;-7;1;2 40;19;30;;40;87;56;;c;4;5;25;;-8;14;42 50;17;32;;50;78;60;>0;541;5;4;26;;-9;7;0 60;19;29;;60;87;54;<0;381;6;2;13;;-10;0;2 70;10;18;;70;46;34;zéro;58;7;3;12;;-11;4;31 80;15;14;;80;69;26;total;980;8;2;13;;-12;3;1 90;6;18;;90;28;34;;;9;2;12;;-13;1;2 100;7;9;;100;32;17;total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reste;4;4;;;;;;;reste;135;175;;-45;0;0 total;235;599;;t30;317;628;;;total;236;600;;-46;0;0 diagr;218;537;;;;;;;diagr;88;367;;-47;0;2 - t30;149;200;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;0;3 ;;;;;;;;;;;;;total;92;381 </pre> ====pub intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_négatifs_S-|pub intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;0;3;0;42;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;2;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;90 continu;152;0;0;81;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;11;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;383 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;43;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;3;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;92 ;Sc-;152;0;0;80;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;10;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;381 </pre> ====pub autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires|pub autres intercalaires]] <pre> pub;autres intercalaires;;adresses1;;;pub;autres intercalaires;;adresses2;;;pub;autres intercalaires;;adresses3; deb;°CDS;9267;4;comp;;deb;°CDS;509729;330;comp;;deb;°CDS;970015;200; ;tmRNA;10219;-2;;;;$rRNA;511358;98;;;;&tRNA;971328;20; fin;°CDS;10519;;comp;;;&tRNA;512931;9;;;fin;°CDS;971424;;comp deb;°CDS;38328;255;comp;;;&tRNA;513017;149;;;deb;°CDS;975062;0; ;ncRNA;39051;42;comp;;;$rRNA;513242;446;;;;&tRNA;975329;92;comp fin;°CDS;39448;;comp;;fin;°CDS;516442;;;;fin;°CDS;975511;; deb;°CDS;41060;20;;;deb;°CDS;563601;52;;;deb;°CDS;985615;93;comp ;&tRNA;41674;66;comp;;;$rRNA;564532;13;;;;&tRNA;986221;4; ;&tRNA;41817;8;comp;;fin;°CDS;564660;;;;fin;°CDS;986302;; fin;°CDS;41900;;comp;;deb;°CDS;567715;18;;;deb;°CDS;988522;50; deb;°CDS;114873;3;comp;;;&tRNA;568432;6;comp;;;&tRNA;990267;23; ;&tRNA;116151;32;comp;;fin;°CDS;568515;;comp;;fin;°CDS;990365;; fin;°CDS;116257;;comp;;deb;°CDS;593396;23;comp;;deb;°CDS;1005217;139;comp deb;°CDS;319204;22;comp;;;&tRNA;594400;16;;;;regulatory;1005818;4; ;&tRNA;319571;97;comp;;fin;°CDS;594493;;comp;;fin;°CDS;1005891;; fin;°CDS;319743;;;;deb;°CDS;648881;24;;;deb;°CDS;1029539;0; deb;°CDS;407852;68;comp;;;regulatory;649787;77;;;;&tRNA;1031753;68;comp ;&tRNA;408517;7;;;fin;°CDS;649954;;;;fin;°CDS;1031913;; fin;°CDS;408609;;;;deb;°CDS;731869;9;comp;;deb;°CDS;1085222;19;comp deb;°CDS;414886;26;comp;;;regulatory;732787;88;comp;;;&tRNA;1085433;7;comp ;&tRNA;415434;75;comp;;fin;°CDS;732939;;comp;;deb;°CDS;1085516;47;comp fin;°CDS;415586;;;;deb;°CDS;785951;32;;;;&tRNA;1086754;46;comp deb;°CDS;438405;2;;;;regulatory;786499;-13;;;;&tRNA;1086874;131;comp ;&tRNA;440216;5;;;fin;°CDS;786575;;;;deb;°CDS;1087091;33; fin;°CDS;440311;;comp;;deb;°CDS;842772;101;comp;;;&tRNA;1087868;4; deb;°CDS;461643;2;;;;&tRNA;843125;16;;;deb;°CDS;1087948;4;comp ;&tRNA;462365;101;comp;;fin;°CDS;843226;;;;;&tRNA;1088732;79;comp fin;°CDS;462540;;;;deb;°CDS;846722;49;;;fin;°CDS;1088896;;comp deb;°CDS;466335;5;;;;&tRNA;849156;13;;;deb;°CDS;1125607;4;comp ;&tRNA;466556;88;;;;&tRNA;849245;88;;;;regulatory;1126163;3;comp deb;°CDS;466720;235;;;fin;°CDS;849410;;;;deb;°CDS;1126231;66;comp ;&tRNA;467168;5;;;deb;°CDS;934654;31;;;;regulatory;1127359;295;comp fin;°CDS;467248;;;;;&tRNA;936095;170;;;fin;°CDS;1127719;;comp deb;°CDS;496262;70;comp;;fin;°CDS;936342;;;;deb;°CDS;1165696;141; ;regulatory;498528;91;comp;;deb;°CDS;941232;19;;;;&tRNA;1166596;64;comp fin;°CDS;498707;;;;;&tRNA;942409;52;comp;;fin;°CDS;1166737;;comp ;;;;;;;&tRNA;942537;128;comp;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;942739;;;;;;;; </pre> ====pub intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_tRNA|pub intercalaires tRNA]] <pre> pub;intercalaires tRNA;;;;;;;;; ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;; ;;;;;;;;;; ;66;comp’;20;;8;;2;4;deb; ;9;;3;;32;;3;5;<201;13 ;13;;22;comp’;97;;4;6;total;14 comp’;52;comp’;68;;7;;5;7;taux;93% ;46;;26;comp’;75;;19;7;fin; ;;;2;comp’;5;;22;8;<201;14 ;;comp’;2;comp’;101;;26;16;total;14 ;;;5;;88;;31;23;taux;100% ;;;235;;5;;33;32;total; ;;comp’;18;;6;;47;64;<201;27 ;;comp’;23;comp’;16;;49;79;total;28 ;;comp’;101;;16;;50;88;taux;96% ;;;49;;88;;200;88;; ;;;31;;170;;235;170;comp’;cumuls ;;comp’;19;comp’;128;;0;4;; ;;;200;comp’;20;;0;5;deb;11 ;;comp’;0;comp’;92;;2;16;<201;100% ;;comp’;93;;4;;18;20;; ;;;50;;23;;19;68;fin;11 ;;comp’;0;comp’;68;;20;75;<201;100% ;;;19;;7;;23;92;; ;;;47;comp’;131;;68;97;total; ;;;33;comp’;4;;93;101;<201;22 ;;;4;;79;;101;128;total;22 ;;comp’;141;;64;;141;131;taux;100% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;24;25;49;;;;; ;;total;25;25;50;;;;; ;;taux;96%;100%;98%;;;;; </pre> ==actino== ===Actinoplanes sp. SE50/110=== ====ase opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_opérons|ase opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acti_SE50_110/actiSp_SE50_110-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017803.1;ase;;genome;;;;;;;; 71.15%GC;13.8.19 Paris;16s 6;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Actinoplanes sp. SE50/110;;;;;;;;;;; ;12658..13392;;CDS;;78;78;;;245;; ;13471..13547;;atc;@1;242;;*242;;;; ;13790..13862;;gca;;202;202;;;;; comp;14065..14607;;CDS;;;;;;181;; ;;;;;;;;;;; ;153733..155094;;CDS;;556;*556;;;454;; ;155651..157174;;16s;;308;;;;1524;; ;157483..160591;;23s;;99;;;;3109;; ;160691..160807;;5s;;134;134;;;117;; comp;160942..161988;;CDS;;;;;;349;; ;;;;;;;;;;; comp;45153..45968;;CDS;;276;276;;;272;; comp;46245..46330;;ctg;;257;257;;;;; ;46588..47385;;CDS;;;;;;266;; ;;;;;;;;;;; ;568633..569007;;CDS;;492;*492;;;125;; ;569500..571022;;16s;;308;;;;1523;; ;571331..574439;;23s;;108;;;;3109;; ;574548..574664;;5s;;245;245;;;117;; ;574910..576340;;CDS;;;;;;477;; ;;;;;;;;;;; comp;66324..66533;;CDS;;177;177;;;70;; comp;66711..66784;;ggg;;151;151;;;;; comp;66936..67442;;CDS;;;;;;169;; ;;;;;;;;;;; comp;145264..145572;;CDS;;595;*595;;;103;; comp;146168..146244;;ttc;;12;;12;;;; comp;146257..146333;;gac;;62;;62;;;; comp;146396..146468;;gaa;;338;338;;;;; comp;146807..148066;;CDS;;;;;;420;; ;;;;;;;;;;; ;164168..164716;;CDS;;92;92;;;183;; ;164809..164883;;aaa;;250;250;;;;; ;165134..166444;;CDS;;;;;;437;; ;;;;;;;;;;; comp;457033..458760;;CDS;;116;116;;;*576;; ;458877..458950;;acg;;74;74;;;;; comp;459025..460758;;CDS;;;;;;*578;; ;;;;;;;;;;; ;627485..628396;;CDS;;42;42;;;304;; ;628439..628515;;gac;;5;5;;;;; comp;628521..629174;;CDS;;;;;;218;; ;;;;;;;;;;; ;645098..645421;;CDS;;355;355;;;108;; ;645777..645849;;agg;;459;*459;;;;; comp;646309..648462;;CDS;;;;;;*718;; ;;;;;;;;;;; ;747312..748337;;CDS;;430;*430;;;342;; comp;748768..748851;;tac;;148;148;;;;; ;749000..749491;;CDS;;;;;;164;; ;;;;;;;;;;; ;752175..754703;;CDS;;94;94;;;*843;; ;754798..754873;;acc;;44;;44;;;; ;754918..754990;;atgj;;138;138;;;;; ;755129..755296;;CDS;;;;;;56;; ;;;;;;;;;;; ;755829..756224;;CDS;;79;79;;;132;; ;756304..756376;;tgg;;103;103;;;;; ;756480..756857;;CDS;;;;;;126;; ;;;;;;;;;;; ;940643..942004;;CDS;;55;55;;;454;; ;942060..942142;;tta;;221;221;;;;; ;942364..943218;;CDS;;;;;;285;; ;;;;;;;;;;; comp;1155560..1155901;;CDS;;200;200;;;114;; comp;1156102..1156177;;gcc;;89;89;;;;; comp;1156267..1156824;;CDS;;;;;;186;; ;;;;;;;;;;; ;1222705..1223634;;CDS;;259;259;;;310;; comp;1223894..1223980;;cta;;244;244;;;;; comp;1224225..1224701;;CDS;;;;;;159;; ;;;;;;;;;;; ;1237525..1238115;;CDS;;91;91;;;197;; ;1238207..1238282;;cac;;54;54;;;;; comp;1238337..1238684;;CDS;;;;;;116;; ;;;;;;;;;;; comp;1248040..1249266;;CDS;;132;132;;;409;; ;1249399..1249474;;aag;+;118;;*118;;;; ;1249593..1249668;;aag;2 aag;-15;*-15;;;;; comp;1249654..1249878;;CDS;@2;;;;;75;; ;;;;;;;;;;; ;1335812..1336096;;CDS;;296;296;;;95;; comp;1336393..1336465;;aga;;13;13;;;;; comp;1336479..1337558;;CDS;;;;;;360;; ;;;;;;;;;;; comp;1399552..1400070;;CDS;;376;376;;;173;; comp;1400447..1400520;;gga;;130;;*130;;;; ;1400651..1400724;;cca;;38;38;;;;; ;1400763..1402112;;CDS;;;;;;450;; ;;;;;;;;;;; comp;1406634..1406849;;CDS;;586;*586;;;72;; ;1407436..1408958;;16s;;307;;;;1523;; ;1409266..1412374;;23s;;99;;;;3109;; ;1412474..1412590;;5s;;122;122;;;117;; comp;1412713..1413510;;CDS;;;;;;266;; ;;;;;;;;;;; comp;1519931..1520254;;CDS;;217;217;;;108;; ;1520472..1520544;;aac;;315;315;;;;; ;1520860..1522122;;CDS;;236;236;;;421;; ;1522359..1522432;;atgi;;1097;*1097;;;;; < comp;1523530..1523919;;CDS;;;;;;130;; ;;;;;;;;;;; ;1604562..1605026;;CDS;;38;38;;;155;; ;1605065..1605139;;gta;;357;357;;;;; <>;1605497..1605583;;CDS;;;;;;29;; ;;;;;;;;;;; comp;1935668..1936510;;CDS;;317;317;;;281;; comp;1936828..1936904;;ttg;;131;131;;;;; ;1937036..1937656;;CDS;;;;;;207;; ;;;;;;;;;;; ;2434408..2435559;;CDS;;19;19;;;384;; comp;2435579..2435661;;ctc;;151;151;;;;; ;2435813..2438881;;CDS;;;;;;*1023;; ;;;;;;;;;;; comp;2570204..2570824;;CDS;;794;*794;;;207;; ;2571619..2573141;;16s;;315;;;;1523;; ;2573457..2576562;;23s;;98;;;;3106;; ;2576661..2576777;;5s;;247;247;;;117;; comp;2577025..2577462;;CDS;;;;;;146;; ;;;;;;;;;;; comp;4900233..4901780;;CDS;;19;19;;;*516;; comp;4901800..4901878;;tgc;;29;;29;;;; comp;4901908..4901981;;gcg;;19;19;;;;; comp;4902001..4902321;;CDS;;23;23;;;107;; comp;4902345..4902417;;gac;;31;31;;;;; comp;4902449..4903369;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; ;5443888..5444526;;CDS;;409;*409;;;213;; ;5444936..5445012;;ctc;;17;;17;;;; ;5445030..5445114;;tac;;29;29;;;;; comp;5445144..5446565;;CDS;;;;;;474;; ;;;;;;;;;;; ;6208479..6209489;;CDS;;101;101;;;337;; comp;6209591..6209666;;cgg;;9;;9;;;; comp;6209676..6209749;;cca;;17;;17;;;; comp;6209767..6209859;;agc;;5;;5;;;; comp;6209865..6209939;;ctg;;4;;4;;;; comp;6209944..6210015;;cag;;8;;8;;;; comp;6210024..6210100;;ggc;;4;;4;;;; comp;6210105..6210177;;cgt;;3;;3;;;; comp;6210181..6210254;;gcc;;43;;43;;;; comp;6210298..6210369;;tgg;;562;*562;;;;; comp;6210932..6212365;;CDS;;;;;;478;; ;;;;;;;;;;; ;6397923..6398423;;CDS;;699;*699;;;167;; ;6399123..6399196;;tgg;;199;;*199;;;; ;6399396..6399468;;ggg;;157;;*157;;;; ;6399626..6399701;;gcc;;61;;61;;;; ;6399763..6399837;;gag;;78;;78;;;; ;6399916..6399992;;gga;;359;;*359;;;; ;6400352..6400426;;ttg;;1;;1;;;; ;6400428..6400500;;acc;;5;;5;;;; ;6400506..6400577;;ggc;;25;25;;;;; ;6400603..6401055;;CDS;;35;35;;;151;; ;6401091..6401163;;cag;;110;;*110;;;; ;6401274..6401350;;ctc;;1;;1;;;; ;6401352..6401427;;acg;;1;;1;;;; ;6401429..6401503;;ctg;;5;;5;;;; ;6401509..6401584;;gcg;;30;;30;;;; ;6401615..6401686;;gac;;5;;5;;;; ;6401692..6401779;;agc;;1;;1;;;; ;6401781..6401854;;atc;;6;6;;;;; ;6401861..6402227;;ncRNA;@3;7;7;;;;; ;6402235..6402309;;cgt;;10;;10;;;; ;6402320..6402395;;other;@4;11;;11;;;; ;6402407..6402477;;aag;;14;;14;;;; ;6402492..6402565;;aga;;11;;11;;;; ;6402577..6402650;;aaa;;1;;1;;;; ;6402652..6402727;;atgf;;1;;1;;;; ;6402729..6402804;;gtc;;1;;1;;;; ;6402806..6402879;;gaa;;5;;5;;;; ;6402885..6402958;;aac;;44;;44;;;; ;6403003..6403088;;tcc;;1;;1;;;; ;6403090..6403163;;gtg;;2;;2;;;; ;6403166..6403239;;cac;;93;;*93;;;; ;6403333..6403405;;other;;411;*411;;;;; comp;6403817..6404185;;CDS;;;;;;123;; ;;;;;;;;;;; ;6543230..6543619;;CDS;;412;*412;;;130;; ;6544032..6544106;;ctg;;152;;*152;;;; ;6544259..6544331;;gca;;410;*410;;;;; ;6544742..6545917;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; ;6934653..6935819;;CDS;;69;69;;;389;; comp;6935889..6935962;;ccc;;51;51;;;;; comp;6936014..6937450;;CDS;;;;;;479;; ;;;;;;;;;;; comp;6991952..6992437;;CDS;;174;174;;;162;; comp;6992612..6992728;;5s;;170;;;;117;; comp;6992899..6996006;;23s;;307;;;;3108;; comp;6996314..6997836;;16s;;531;*531;;;1523;; comp;6998368..6999624;;CDS;;;;;;419;; ;;;;;;;;;;; ;7455514..7456608;;CDS;;167;167;;;365;; comp;7456776..7456847;;gtg;;55;55;;;;; comp;7456903..7457310;;CDS;;;;;;136;; ;;;;;;;;;;; ;7481671..7483989;;CDS;;83;83;;;*773;; comp;7484073..7484189;;5s;;169;;;;117;; comp;7484359..7487466;;23s;;315;;;;3108;; comp;7487782..7489304;;16s;;800;*800;;;1523;; comp;7490105..7490731;;CDS;;;;;;209;; ;;;;;;;;;;; ;7670534..7671652;;CDS;;136;136;;;373;; comp;7671789..7671863;;gtc;;18;;18;;;; comp;7671882..7671952;;tgc;;38;;38;;;; comp;7671991..7672063;;ggc;;116;116;;;;; comp;7672180..7674045;;CDS;;;;;;*622;; ;;;;;;;;;;; ;7710075..7711193;;CDS;;136;136;;;373;; comp;7711330..7711404;;gtc;;28;;28;;;; comp;7711433..7711503;;tgc;;38;;38;;;; comp;7711542..7711614;;ggc;;112;112;;;;; ;7711727..7712905;;CDS;;;;;;393;; ;;;;;;;;;;; ;8111157..8111843;;CDS;;546;*546;;;229;; comp;8112390..8112465;;gag;+;532;;*532;;;; comp;8112998..8113070;;gag;2 gag;57;;57;;;; comp;8113128..8113199;;cag;;451;*451;;;;; comp;8113651..8114457;;CDS;;;;;;269;; ;;;;;;;;;;; ;8275151..8275810;;CDS;;65;65;;;220;; ;8275876..8275950;;cgg;;416;*416;;;;; comp;8276367..8276921;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; comp;8391343..8392530;;CDS;;255;255;;;396;; comp;8392786..8392862;;atgf;;296;296;;;;; comp;8393159..8394607;;CDS;;;;;;483;; ;;;;;;;;;;; comp;8397029..8399113;;CDS;;596;*596;;;*695;; comp;8399710..8399786;;atgf;;71;71;;;;; comp;8399858..8402857;;CDS;;;;;;*1000;; ;;;;;;;;;;; comp;8601686..8603128;;CDS;;81;81;;;481;; comp;8603210..8603280;;caa;;37;37;;;;; comp;8603318..8604199;;CDS;;;;;;294;; ;;;;;;;;;;; ;8623005..8623730;;CDS;;64;64;;;242;; comp;8623795..8623871;;gcg;;171;171;;;;; comp;8624043..8624792;;CDS;;;;;;250;; ;;;;;;;;;;; comp;8821061..8822146;;CDS;;136;136;;;362;; ;8822283..8822356;;aca;;175;175;;;;; comp;8822532..8824421;;CDS;;;;;;*630;; ;;;;;;;;;;; ;8945870..8946763;;CDS;;190;190;;;298;; ;8946954..8947030;;ccg;;204;204;;;;; comp;8947235..8947531;;CDS;;;;;;99;; ;;;;;;;;;;; comp;8963177..8966704;;CDS;;104;104;;;*1176;; comp;8966809..8966904;;ncRNA;;83;83;*83;;;; ;8966988..8967075;;tcc;;270;270;;;;; comp;8967346..8967687;;CDS;;;;;;114;; ;;;;;;;;;;; ;8968639..8969070;;CDS;;521;*521;;;144;; comp;8969592..8969681;;tcg;;116;116;;;;; ;8969798..8970505;;CDS;;;;;;236;; ;;;;;;;;;;; ;9077764..9078855;;CDS;;326;326;;;364;; comp;9079182..9079256;;cgt;;370;370;;;;; comp;9079627..9082830;;CDS;;;;;;*1068;; ;;;;;;;;;;; comp;9084051..9086675;;CDS;;560;*560;;;*875;; comp;9087236..9087311;;cgt;;40;;40;;;; comp;9087352..9087442;;agc;;399;399;;;;; ;9087842..9089017;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;9100587..9101549;;CDS;;77;77;;;321;; ;9101627..9101714;;tca;;144;144;;;;; comp;9101859..9102145;;CDS;;;;;;96;; </pre> ====ase cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_cumuls|ase cumuls]] <pre> ase cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;6;1;8;-;1;1;1;;100;8;30;1 ;16 23 5s 0;6;20;19;;50;16;20;;200;29;60;1 ;16 atc gca;0;40;6;;100;19;40;;300;19;90;3 ;16 23 5s a;0;60;4;;150;17;60;;400;19;120;10 ;max a;0;80;3;;200;9;80;;500;14;150;9 ;a doubles;0;100;2;;250;9;100;;600;3;180;8 ;autres;0;120;2;;300;7;120;;700;3;210;8 ;total aas;0;140;1;;350;4;140;;800;2;240;5 sans ;opérons;45;160;2;;400;5;160;;900;2;270;6 ;1 aa;31;180;0;;450;6;180;;1000;1;300;5 ;max a;29;200;1;;500;3;200;;1100;2;330;4 ;a doubles;2;;3;;;13;;;;1;;43 ;total aas;98;;51;0;;109;;0;;103;;103 total aas;;98;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;58;;;229;;;;328;; ;;;variance;98;;;206;;;;173;; sans jaune;;;moyenne;19;;;147;;;;254;;179 ;;;variance;21;;;104;;;;111;;62 </pre> ====ase blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_blocs|ase blocs]] <pre> ase blocs;;;;;; CDS;556;454;492;125;586;72 16s;308;1524;308;1523;307;1523 23s;99;3109;108;3109;99;3109 5s;134;117;245;117;122;117 CDS;;349;;477;;266 ;;;;;; CDS;794;207;531;419;800;209 16s;315;1523;307;1523;315;1523 23s;98;3106;170;3108;169;3108 5s;247;117;174;117;83;117 CDS;;146;;162;;773 </pre> ====ase remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_remarques|ase remarques]] ====ase distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_distribution|ase distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;2;acc;2;aac;1;agc;3;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;2;ggc;;;gtc;3;gcc;2;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;2;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;3;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ase; ;32;;;;;;;ase;58;;;;;;;;ase;6;;;;;; </pre> ====ase données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_données_intercalaires|ase données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ase;fx;fc;ase;fx40;fc40;ase;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 1;0;0;22;13;0;22;13;-1;0;168;78;202;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite 1;0;10;141;464;1;20;60;-2;18;0;279;257;555;585;;245;;atc;97;;cgt 1;3;20;93;279;2;5;59;-3;0;0;387;185;491;793;;**;;gca;14;;aag ;2;30;92;196;3;23;38;-4;91;885;151;74;530;;;15;;ttc;11;;aga 1;6;40;63;226;4;21;48;-5;0;1;595;8;799;;;62;;gac;1;;aaa 1;2;50;101;178;5;10;43;-6;2;0;338;459;16s 23s;;;**;;gaa;1;;atgf 1;3;60;130;183;6;12;28;-7;11;18;92;430;2* 345;;;47;;acc;1;;gtc 2;1;70;137;193;7;12;31;-8;6;71;274;148;2* 344;;;**;;atgj;5;;gaa 2;3;80;126;160;8;9;37;-9;2;1;434;262;2* 352;;;118;;aag;44;;aac ;2;90;104;171;9;17;53;-10;4;9;817;54;23s 5s;;;**;;aag;1;;tcc 1;3;100;101;126;10;12;67;-11;17;22;42;132;2* 105;;;-;130;gga;2;;gtg 1;1;110;95;122;11;9;49;-12;5;0;1343;-12;114;;;**;;cca;96;;cac 2;2;120;82;98;12;11;33;-13;6;12;94;296;100;;;29;;tgc;**;;other ;0;130;96;96;13;8;33;-14;18;12;138;217;176;;;**;;gcg;152;;ctg 5;2;140;89;88;14;5;26;-15;11;1;79;827;175;;;20;;ctc;**;;gca 1;0;150;62;78;15;11;23;-16;4;5;103;131;5s CDS;;;**;;tac;18;;gtc 1;1;160;73;82;16;17;28;-17;12;6;55;19;245;377;;9;;cgg;38;;tgc 1;0;170;66;71;17;6;23;-18;4;0;221;151;983;122;;17;;cca;**;;ggc 1;2;180;59;57;18;8;12;-19;6;5;203;278;;247;;5;;agc;532;;gag 1;1;190;61;70;19;10;17;-20;5;6;89;32;;83;;4;;ctg;57;;gag ;0;200;65;58;20;8;35;-21;1;0;244;104;;;;11;;cag;**;;cag 2;1;210;55;45;21;15;20;-22;2;3;91;43;tRNA CDS;suite;;4;;ggc;40;;cgt 1;0;220;39;46;22;11;24;-23;8;7;13;411;34;77;;3;;cgt;**;;agc ;1;230;42;53;23;7;23;-24;7;0;373;69;35;1017;;43;;gcc;;; ;0;240;39;37;24;10;14;-25;1;5;38;167;412;;;**;;tgg;;; ;1;250;41;48;25;11;18;-26;8;5;315;136;380;;;199;;tgg;;; 1;0;260;36;17;26;2;24;-27;0;1;47;136;113;;;157;;ggg;;; 1;0;270;43;33;27;17;14;-28;3;4;38;112;178;;;64;;gcc;;; 2;2;280;34;33;28;6;14;-29;3;4;1132;546;51;;;81;;gag;;; ;0;290;23;29;29;4;28;-30;2;0;362;419;55;;;141;;gga;;; 1;1;300;22;29;30;9;17;-31;4;1;19;64;116;;;144;;caa;;; ;0;310;31;21;31;1;22;-32;7;4;19;136;451;;;1;;ttg;;; ;2;320;22;22;32;6;34;-33;2;0;23;175;65;;;5;;acc;;; 1;0;330;16;20;33;10;20;-34;3;1;31;204;135;;;**;;ggc;;; ;1;340;20;32;34;4;23;-35;6;0;22;273;296;;;110;;cag;;; ;1;350;22;24;35;4;22;-36;1;0;409;91;599;;;4;;ctc;;; ;0;360;24;19;36;7;19;-37;1;2;345;116;71;;;1;;acg;;; ;2;370;14;16;37;7;23;-38;5;0;317;329;81;;;5;;ctg;;; ;2;380;11;14;38;7;29;-39;0;0;699;408;37;;;30;;gcg;;; ;1;390;13;14;39;7;14;-40;2;1;;;171;;;5;;gac;;; ;0;400;15;10;40;10;20;-41;0;3;;;190;;;1;;agc;;; 8;11;reste;259;295;reste;2268;2688;-42;2;0;;;370;;;**;;atc;;; 41;60;total;2679;3866;total;2679;3866;-43;2;1;;;524;;;;;;;; 32;49;diagr;2398;3558;diagr;389;1165;-44;2;4;;;;;;;;;;; 2;5; t30;326;939;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;; ;x;2657;352;22;3031;;;-49;0;2;;;;;;;;;;; ;c;3853;1300;13;5166;;;-50;3;0;;;;;;;;;;; ;;;;;8197;183;;reste;53;28;;;;;;;;;;; ;;;;;;8380;;total;352;1300;;;;;;;;;;; </pre> =====ase autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires_aas|ase autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ase;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;12497;78;; ;tRNA;13471;245;;atc ;tRNA;13790;202;;gca fin;CDS;14065;;comp; deb;CDS;45153;279;comp; ;tRNA;46248;257;comp;ctg fin;CDS;46588;;; deb;CDS;65469;387;comp; ;tRNA;66711;151;comp;ggg fin;CDS;66936;;comp; deb;CDS;145264;595;comp; ;tRNA;146168;15;comp;ttc ;tRNA;146260;62;comp;gac ;tRNA;146396;338;comp;gaa fin;CDS;146807;;comp; deb;CDS;153733;555;; ;rRNA;155650;345;;16s ;rRNA;157512;105;;23s ;rRNA;160691;377;;5s fin;CDS;161185;;comp; deb;CDS;164168;92;; ;tRNA;164809;274;;aaa fin;CDS;165158;;; deb;CDS;261106;434;; ;tRNA;262062;817;;aaa fin;CDS;262948;;; deb;CDS;457033;185;comp; ;tRNA;458877;74;;acg fin;CDS;459025;;comp; deb;CDS;568633;491;; ;rRNA;569499;345;;16s ;rRNA;571360;114;;23s ;rRNA;574548;245;;5s fin;CDS;574910;;; deb;CDS;627485;42;; ;tRNA;628439;8;;gac fin;CDS;628521;;comp; deb;CDS;643285;1343;; ;tRNA;645777;459;;agg fin;CDS;646309;;comp; deb;CDS;747348;430;; ;tRNA;748768;148;comp;tac fin;CDS;749000;;; deb;CDS;752175;94;; ;tRNA;754798;47;;acc ;tRNA;754918;138;;atgj fin;CDS;755129;;; deb;CDS;755829;79;; ;tRNA;756304;103;;tgg fin;CDS;756480;;; deb;CDS;940643;55;; ;tRNA;942060;221;;tta fin;CDS;942364;;; deb;CDS;1120784;33;; ;tmRNA;1121477;553;; fin;CDS;1122412;;comp; deb;CDS;1155560;203;comp; ;tRNA;1156105;89;comp;gcc fin;CDS;1156267;;comp; deb;CDS;1222705;262;; ;tRNA;1223897;244;comp;cta fin;CDS;1224225;;comp; deb;CDS;1237525;91;; ;tRNA;1238207;54;;cac fin;CDS;1238337;;comp; deb;CDS;1248040;132;comp; ;tRNA;1249399;118;;aag ;tRNA;1249593;-12;;aag fin;CDS;1249654;;comp; deb;CDS;1335812;296;; ;tRNA;1336393;13;comp;aga fin;CDS;1336479;;comp; deb;CDS;1399552;373;comp; ;tRNA;1400450;130;comp;gga ;tRNA;1400651;38;;cca fin;CDS;1400763;;; deb;CDS;1406634;585;comp; ;rRNA;1407435;344;;16s ;rRNA;1409295;105;;23s ;rRNA;1412474;122;;5s fin;CDS;1412713;;comp; deb;CDS;1519931;217;comp; ;tRNA;1520472;315;;aac fin;CDS;1520860;;; deb;CDS;1522138;47;; ;tRNA;1522359;827;;atgi fin;CDS;1523260;;comp; deb;CDS;1604562;38;; ;tRNA;1605065;1132;;gta fin;CDS;1606269;;; deb;CDS;1618796;261;comp; ;ncRNA;1619690;61;comp; fin;CDS;1620155;;; deb;CDS;1935668;362;comp; ;tRNA;1936828;131;comp;ttg fin;CDS;1937036;;; deb;CDS;2434657;19;; ;tRNA;2435579;151;comp;ctc fin;CDS;2435813;;; deb;CDS;2570204;793;comp; ;rRNA;2571618;352;;16s ;rRNA;2573486;100;;23s ;rRNA;2576661;247;;5s fin;CDS;2577025;;comp; deb;CDS;4900233;19;comp; ;tRNA;4901800;29;comp;tgc ;tRNA;4901908;19;comp;gcg deb;CDS;4902001;23;comp; ;tRNA;4902345;31;comp;gac fin;CDS;4902449;;comp; deb;CDS;4989030;22;; ;tRNA;4989784;278;;other fin;CDS;4990157;;comp; deb;CDS;5443888;409;; ;tRNA;5444936;20;;ctc ;tRNA;5445030;32;;tac fin;CDS;5445144;;comp; deb;CDS;6208479;104;; ;tRNA;6209594;9;comp;cgg ;tRNA;6209676;17;comp;cca ;tRNA;6209767;5;comp;agc ;tRNA;6209865;4;comp;ctg ;tRNA;6209944;11;comp;cag ;tRNA;6210027;4;comp;ggc ;tRNA;6210105;3;comp;cgt ;tRNA;6210181;43;comp;gcc ;tRNA;6210298;345;comp;tgg fin;CDS;6210715;;comp; deb;CDS;6288256;317;comp; ;tRNA;6290910;43;comp;tga fin;CDS;6291049;;; deb;CDS;6397947;699;; ;tRNA;6399123;199;;tgg ;tRNA;6399396;157;;ggg ;tRNA;6399626;64;;gcc ;tRNA;6399763;81;;gag ;tRNA;6399916;141;;gga ;tRNA;6400131;144;;caa ;tRNA;6400352;1;;ttg ;tRNA;6400428;5;;acc ;tRNA;6400506;34;;ggc deb;CDS;6400612;35;; ;tRNA;6401091;110;;cag ;tRNA;6401274;4;;ctc ;tRNA;6401352;1;;acg ;tRNA;6401429;5;;ctg ;tRNA;6401509;30;;gcg ;tRNA;6401615;5;;gac ;tRNA;6401692;1;;agc ;tRNA;6401781;6;;atc ;ncRNA;6401861;7;; ;tRNA;6402235;97;;cgt ;tRNA;6402407;14;;aag ;tRNA;6402492;11;;aga ;tRNA;6402577;1;;aaa ;tRNA;6402652;1;;atgf ;tRNA;6402729;1;;gtc ;tRNA;6402806;5;;gaa ;tRNA;6402885;44;;aac ;tRNA;6403003;1;;tcc ;tRNA;6403090;2;;gtg ;tRNA;6403166;96;;cac ;tRNA;6403333;411;;other fin;CDS;6403817;;comp; deb;CDS;6543191;412;; ;tRNA;6544032;152;;ctg ;tRNA;6544259;380;;gca deb;CDS;6544712;113;; ;tRNA;6546031;178;;gac fin;CDS;6546284;;; deb;CDS;6934653;69;; ;tRNA;6935889;51;comp;ccc fin;CDS;6936014;;comp; deb;CDS;6991353;983;comp; ;rRNA;6992612;176;comp;5s ;rRNA;6992905;344;comp;23s ;rRNA;6996322;530;comp;16s fin;CDS;6998368;;comp; deb;CDS;7455514;167;; ;tRNA;7456776;55;comp;gtg fin;CDS;7456903;;comp; deb;CDS;7481701;83;; ;rRNA;7484073;175;comp;5s ;rRNA;7484365;352;comp;23s ;rRNA;7487790;799;comp;16s fin;CDS;7490105;;comp; deb;CDS;7670534;136;; ;tRNA;7671789;18;comp;gtc ;tRNA;7671882;38;comp;tgc ;tRNA;7671991;116;comp;ggc fin;CDS;7672180;;comp; deb;CDS;7710075;136;; ;tRNA;7711330;28;comp;gtc ;tRNA;7711433;38;comp;tgc ;tRNA;7711542;112;comp;ggc fin;CDS;7711727;;; deb;CDS;8111157;546;; ;tRNA;8112390;532;comp;gag ;tRNA;8112998;57;comp;gag ;tRNA;8113128;451;comp;cag fin;CDS;8113651;;comp; deb;CDS;8275151;65;; ;tRNA;8275876;419;;cgg fin;CDS;8276367;;comp; deb;CDS;8391343;135;comp; ;tRNA;8392786;296;comp;atgf fin;CDS;8393159;;comp; deb;CDS;8397029;599;comp; ;tRNA;8399713;71;comp;atgf fin;CDS;8399858;;comp; deb;CDS;8601686;81;comp; ;tRNA;8603210;37;comp;caa fin;CDS;8603318;;comp; deb;CDS;8623005;64;; ;tRNA;8623795;171;comp;gcg fin;CDS;8624043;;comp; deb;CDS;8821061;136;comp; ;tRNA;8822283;175;;aca fin;CDS;8822532;;comp; deb;CDS;8945870;190;; ;tRNA;8946954;204;;ccg fin;CDS;8947235;;comp; deb;CDS;8963177;104;comp; ;ncRNA;8966809;83;comp; ;tRNA;8966988;273;;tcc fin;CDS;8967346;;comp; deb;CDS;8969168;91;; ;tRNA;8969592;116;comp;tcg fin;CDS;8969798;;; deb;CDS;9077764;329;; ;tRNA;9079185;370;comp;cgt fin;CDS;9079627;;comp; deb;CDS;9084051;524;comp; ;tRNA;9087239;40;comp;cgt ;tRNA;9087352;408;comp;agc fin;CDS;9087851;;; deb;CDS;9100587;77;comp; ;tRNA;9101627;1017;;tca fin;CDS;9102729;;comp; </pre> ====ase intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_entre_cds|ase intercalaires entre cds]] *'''Tableau''' <pre> ase;2.2.21 Paris;;ase 17.12.20;;;;;;;;; ase;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;1652;20.2;'''négatif ;-11;18;-1 à -120;'''9 239 851;-1;1652;610;9 ;'''zéro;35;0.4;;;;;'''intercals;0;35;620;10 ;'''1 à 200;4832;58.9;'''0 à 200;76;56;;'''1 063 558;5;327;630;11 ;'''201 à 370;1047;12.8;'''201 à 370;270;48;;'''11.5%;10;278;640;9 ;'''371 à 600;399;4.9;'''371 à 600;466;64;;;15;208;650;8 ;'''601 à max;232;2.8;'''601 à 1028;901;335;;;20;164;660;5 ;'''total 8197;<201;79.5;'''total 8191;125;189;-120 à 2272;;25;153;670;10 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;135;680;7 3108649;3760;-1;1652;-70;42;;0;35;35;146;690;2 5950001;3290;0;35;-60;13;;-1;°168;40;143;700;3 9227973;3263;1;°80;-50;29;;-2;18;45;135;710;4 5776402;3118;2;64;-40;23;;-3;0;50;144;720;4 6218652;2918;3;61;-30;39;'''min à -1;-4;°976;55;169;730;4 2517961;2663;4;°69;-20;73;1652;-5;1;60;144;740;5 7134889;2272;5;53;-10;159;20.2%;-6;2;65;154;750;6 355339;2255;6;40;0;1309;;-7;29;70;176;760;4 6142216;2155;7;43;10;605;;-8;°77;75;138;770;5 744687;2103;8;46;20;372;;-9;3;80;148;780;3 7132107;2080;9;70;30;288;;-10;13;85;145;790;4 713737;2014;10;°79;40;289;'''1 à 100;-11;°39;90;130;800;5 56486;1991;11;58;50;279;3264;-12;5;95;123;810;3 7915401;1920;12;44;60;313;39.8%;-13;18;100;104;820;5 1728815;1782;13;41;70;330;;-14;°30;105;106;830;3 6917877;1616;14;31;80;286;;-15;12;110;111;840;5 3627392;1532;15;34;90;275;;-16;9;115;101;850;3 6902269;1526;16;°45;100;227;;-17;°18;120;79;860;1 7156539;1508;17;29;110;217;;-18;4;125;101;870;4 4817485;1484;18;20;120;180;;-19;11;130;91;880;4 3228912;1467;19;27;130;192;;-20;°11;135;89;890;4 1528987;1458;20;°43;140;177;;-21;1;140;88;900;1 8078456;1411;21;35;150;140;;-22;5;145;76;910;1 8199307;1409;22;35;160;155;;-23;°15;150;64;920;1 5463416;1395;23;30;170;137;'''1 à 200;-24;7;155;89;930;1 1188761;1392;24;24;180;116;4832;-25;6;160;66;940;1 9239126;1338;25;29;190;131;58.9%;-26;°13;165;76;950;2 3240125;1331;26;26;200;123;;-27;1;170;61;960;0 1083604;1320;27;31;210;100;;-28;7;175;58;970;7 6788001;1297;28;20;220;85;;-29;°7;180;58;980;0 3417418;1292;29;32;230;95;;-30;2;185;67;990;3 6304514;1289;30;26;240;76;'''0 à 200;-31;5;190;64;1000;4 8425004;1285;31;23;250;89;4867;-32;°11;195;72;1010;0 5338257;1267;32;°40;260;53;;;1559;200;51;1020;1 204079;1263;33;30;270;76;;reste;128;205;54;1030;1 6897972;1260;34;27;280;67;;total;1687;210;46;1040;2 ;;35;26;290;52;;;;215;45;1050;3 ;;36;26;300;51;;'''intercal;'''<u>frequence5;220;40;1060;2 ;;37;30;310;52;;600;7965;225;50;1070;0 ;;38;°36;320;44;;650;47;230;45;1080;0 ;;39;21;330;36;;700;27;235;43;1090;3 ;;40;30;340;52;'''201 à 370;750;23;240;33;1100;0 ;;reste;4956;350;46;1047;800;21;245;45;1110;1 ;;total;8197;360;43;12.8%;850;19;250;44;1120;1 ;;;;370;30;;900;14;255;28;1130;1 ;;;;380;25;;950;6;260;25;1140;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;27;;1000;14;265;34;1150;0 1905626;-120;comp;;400;25;;1050;7;270;42;1160;0 1623585;-119;shift2;1160;410;16;;1100;5;275;37;1170;0 3648339;-119;comp;;420;36;;1150;3;280;30;1180;2 5459717;-119;shift2;533;430;19;;1200;4;285;23;1190;1 2592786;-111;comp;;440;20;;1250;2;290;29;1200;1 7166313;-110;shift2;3494;450;19;;1300;11;295;24;reste;42 2954690;-109;;;460;19;;1350;3;300;27;total;8197 3376872;-109;;;470;16;;1400;2;305;28;; 1386988;-107;;;480;20;;1450;2;310;24;; 1241468;-106;;;490;21;;1500;3;315;23;; 2667462;-106;;;500;13;;1550;3;320;21;; 5582768;-106;;;510;22;;1600;0;325;19;; 4986287;-105;;;520;14;;1650;1;330;17;; 5304717;-101;;;530;4;;1700;0;335;33;; 3730598;-100;;;540;16;'''371 à 600;1750;0;340;19;; 5353721;-97;;;550;11;399;1800;1;345;22;; 6351308;-97;;;560;10;4.9%;1850;0;350;24;; 9179797;-95;;;570;12;;1900;0;355;21;; 594603;-94;;;580;14;'''601 à max;1950;1;360;22;; 6906822;-94;;;590;12;232;2000;1;365;12;; 323356;-93;;;600;8;2.8%;;220;370;18;; 1310874;-93;;;reste;232;;reste;12;reste;631;; 5450079;-91;;;total;8197;;total;8197;total;8197;; </pre> ====ase intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> corrélations;;;;;;;;;;;;;; ase. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;; cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;; 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ase;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;19;-108;35;46;872;189;max70;&-43;352;-987;104;910;273;min50 31 à 400;22;-129;74;44;881;195;2 parties;&-18;182;-637;85;976;337;2 parties droite;-a;cste; -;R2;note;R2’;;&-a;cste; -;R2;note;R2’; 1 à 400;125;51; -;847;dte;25;tf;&184;63; -;694;poly;216;SF 31 à 400;129;52; -;849;dte;32;tf;&141;51; -;827;poly;149;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;corrélation;;;;;;;;;;;;; 41-n;0.959;0.922;0.940;;0.346;;;;;;;;;;;;; 1-n;0.814;0.646;0.725;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;; ase;fx;fc;;fx40;fc40;;ase;fx%;fc%;;x;;ase;comp’;continu;ase;comp’;continu 0;22;13;0;22;13;;0;9;4;>0;2657;;-1;0;168;-51;3;0 10;141;464;1;20;60;;10;59;130;<0;352;;-2;18;0;-52;0;3 20;93;279;2;5;59;;20;39;78;zéro;22;;-3;0;0;-53;4;0 30;92;196;3;23;38;;30;38;55;total;3031;;-4;91;885;-54;1;0 40;63;226;4;21;48;;40;26;64;;c;;-5;0;1;-55;0;1 50;101;178;5;10;43;;50;42;50;>0;3853;;-6;2;0;-56;4;0 60;130;183;6;12;28;;60;54;51;<0;1300;;-7;11;18;-57;1;0 70;137;193;7;12;31;;70;57;54;zéro;13;;-8;6;71;-58;3;0 80;126;160;8;9;37;;80;53;45;total;5166;;-9;2;1;-59;4;2 90;104;171;9;17;53;;90;43;48;;;;-10;4;9;-60;0;0 100;101;126;10;12;67;;100;42;35;;;;-11;17;22;-61;0;0 110;95;122;11;9;49;;110;40;34;;;;-12;5;0;-62;2;0 120;82;98;12;11;33;;120;34;28;;;;-13;6;12;-63;0;0 130;96;96;13;8;33;;130;40;27;;;;-14;18;12;-64;1;0 140;89;88;14;5;26;;140;37;25;;;;-15;11;1;-65;3;0 150;62;78;15;11;23;;150;26;22;;;;-16;4;5;-66;1;0 160;73;82;16;17;28;;160;30;23;;;;-17;12;6;-67;2;1 170;66;71;17;6;23;;170;28;20;;;;-18;4;0;-68;2;0 180;59;57;18;8;12;;180;25;16;;;;-19;6;5;-69;1;0 190;61;70;19;10;17;;190;25;20;;;;-20;5;6;-70;0;2 200;65;58;20;8;35;;200;27;16;;;;-21;1;0;-71;0;0 210;55;45;21;15;20;;210;23;13;;;;-22;2;3;-72;2;0 220;39;46;22;11;24;;220;16;13;;;;-23;8;7;-73;0;0 230;42;53;23;7;23;;230;18;15;;;;-24;7;0;-74;1;1 240;39;37;24;10;14;;240;16;10;;;;-25;1;5;-75;0;0 250;41;48;25;11;18;;250;17;13;;;;-26;8;5;-76;0;1 260;36;17;26;2;24;;260;15;5;;;;-27;0;1;-77;0;0 270;43;33;27;17;14;;270;18;9;;;;-28;3;4;-78;0;0 280;34;33;28;6;14;;280;14;9;;;;-29;3;4;-79;0;1 290;23;29;29;4;28;;290;10;8;;;;-30;2;0;-80;1;0 300;22;29;30;9;17;;300;9;8;;;;-31;4;1;-81;1;0 310;31;21;31;1;22;;310;13;6;;;;-32;7;4;-82;2;1 320;22;22;32;6;34;;320;9;6;;;;-33;2;0;-83;0;0 330;16;20;33;10;20;;330;7;6;;;;-34;3;1;-84;0;0 340;20;32;34;4;23;;340;8;9;;;;-35;6;0;-85;0;0 350;22;24;35;4;22;;350;9;7;;;;-36;1;0;-86;2;1 360;24;19;36;7;19;;360;10;5;;;;-37;1;2;-87;1;0 370;14;16;37;7;23;;370;6;4;;;;-38;5;0;-88;1;0 380;11;14;38;7;29;;380;5;4;;;;-39;0;0;-89;0;1 390;13;14;39;7;14;;390;5;4;;;;-40;2;1;-90;0;0 400;15;10;40;10;20;;400;6;3;;;;-41;0;3;-91;0;1 reste;259;295;;2268;2688;;;;;;;;-42;2;0;-92;0;0 total;2679;3866;;2679;3866;;t30;136;264;;;;-43;2;1;-93;2;0 diagr;2398;3558;;389;1165;;t50;204;377;;;;-44;2;4;-94;0;2 - t30;2072;2619;;;;;;;;;;;-45;0;0;-95;0;1 - t50;1908;2215;;;;;;;;;;;-46;0;1;-96;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;2;1;-97;0;2 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;-98;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;2;-99;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;3;0;-100;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;53;28;reste;8;7 ;;;;;;;;;;;;;total;352;1300;total;53;28 </pre> ====ase intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_négatifs_S-|ase intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ase;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;; comp’;0;18;0;84;0;2;10;5;2;4;15;4;4;17;10;4;11;4;5;5;1;2;7;6;1;8;0;2;3;1;3;5;2;3;5;1;1;5;0;1;0;2;2;1;0;0;2;0;0;2;2;0;3;1;0;4;0;2;4;0;0;2;0;1;3;1;2;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;2;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;8;319;49 continu;168;0;0;892;1;0;19;72;1;9;24;1;14;13;2;5;7;0;6;6;0;3;8;1;5;5;1;5;4;1;2;6;0;1;1;0;2;0;0;2;3;0;1;5;0;1;1;0;2;1;1;3;1;0;1;0;1;1;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;2;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;1;6;1333;32 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;ase;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;reste;total ;comp’;0;18;0;91;0;2;11;6;2;4;17;5;6;18;11;4;12;4;6;5;1;2;8;7;1;8;0;3;3;2;4;7;2;3;6;1;1;5;0;2;0;2;2;2;0;0;2;0;0;3;53;352;3;0;4;1;0;4;1;3;4;0;0;2;0;1;3;1;2;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;2;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;8;53 ;continu;168;0;0;885;1;0;18;71;1;9;22;0;12;12;1;5;6;0;5;6;0;3;7;0;5;5;1;4;4;0;1;4;0;1;0;0;2;0;0;1;3;0;1;4;0;1;1;0;2;0;28;1300;0;3;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;2;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;7;28 </pre> ====ase autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires|ase autres intercalaires]] <pre> ase;autres intercalaires;;adresses1;;;ase;autres intercalaires;;adresses2;;;ase;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;12497;78;;;deb;°CDS;1519931;217;comp;;deb;°CDS;6543191;412; ;&tRNA;13471;245;;;;&tRNA;1520472;315;;;;&tRNA;6544032;152; ;&tRNA;13790;202;;;fin;°CDS;1520860;;;;;&tRNA;6544259;380; fin;°CDS;14065;;comp;;deb;°CDS;1522138;47;;;deb;°CDS;6544712;113; deb;°CDS;45153;279;comp;;;&tRNA;1522359;827;;;;&tRNA;6546031;178; ;&tRNA;46248;257;comp;;fin;°CDS;1523260;;comp;;fin;°CDS;6546284;; fin;°CDS;46588;;;;deb;°CDS;1604562;38;;;deb;°CDS;6934653;69; deb;°CDS;65469;387;comp;;;&tRNA;1605065;1132;;;;&tRNA;6935889;51;comp ;&tRNA;66711;151;comp;;fin;°CDS;1606269;;;;fin;°CDS;6936014;;comp fin;°CDS;66936;;comp;;deb;°CDS;1618796;261;comp;;deb;°CDS;6991353;983;comp deb;°CDS;145264;595;comp;;;ncRNA;1619690;61;comp;;;$rRNA;6992612;176;comp ;&tRNA;146168;15;comp;;fin;°CDS;1620155;;;;;$rRNA;6992905;344;comp ;&tRNA;146260;62;comp;;deb;°CDS;1935668;362;comp;;;$rRNA;6996322;530;comp ;&tRNA;146396;338;comp;;;&tRNA;1936828;131;comp;;fin;°CDS;6998368;;comp fin;°CDS;146807;;comp;;fin;°CDS;1937036;;;;deb;°CDS;7455514;167; deb;°CDS;153733;555;;;deb;°CDS;2434657;19;;;;&tRNA;7456776;55;comp ;$rRNA;155650;345;;;;&tRNA;2435579;151;comp;;fin;°CDS;7456903;;comp ;$rRNA;157512;105;;;fin;°CDS;2435813;;;;deb;°CDS;7481701;83; ;$rRNA;160691;377;;;deb;°CDS;2570204;793;comp;;;$rRNA;7484073;175;comp fin;°CDS;161185;;comp;;;$rRNA;2571618;352;;;;$rRNA;7484365;352;comp deb;°CDS;164168;92;;;;$rRNA;2573486;100;;;;$rRNA;7487790;799;comp ;&tRNA;164809;274;;;;$rRNA;2576661;247;;;fin;°CDS;7490105;;comp fin;°CDS;165158;;;;fin;°CDS;2577025;;comp;;deb;°CDS;7670534;136; deb;°CDS;261106;434;;;deb;°CDS;4900233;19;comp;;;&tRNA;7671789;18;comp ;&tRNA;262062;817;;;;&tRNA;4901800;29;comp;;;&tRNA;7671882;38;comp fin;°CDS;262948;;;;;&tRNA;4901908;19;comp;;;&tRNA;7671991;116;comp deb;°CDS;457033;185;comp;;deb;°CDS;4902001;23;comp;;fin;°CDS;7672180;;comp ;&tRNA;458877;74;;;;&tRNA;4902345;31;comp;;deb;°CDS;7710075;136; fin;°CDS;459025;;comp;;fin;°CDS;4902449;;comp;;;&tRNA;7711330;28;comp deb;°CDS;568633;491;;;deb;°CDS;4989030;22;;;;&tRNA;7711433;38;comp ;$rRNA;569499;345;;;;&tRNA;4989784;278;;;;&tRNA;7711542;112;comp ;$rRNA;571360;114;;;fin;°CDS;4990157;;comp;;fin;°CDS;7711727;; ;$rRNA;574548;245;;;deb;°CDS;5443888;409;;;deb;°CDS;8111157;546; fin;°CDS;574910;;;;;&tRNA;5444936;20;;;;&tRNA;8112390;532;comp deb;°CDS;627485;42;;;;&tRNA;5445030;32;;;;&tRNA;8112998;57;comp ;&tRNA;628439;8;;;fin;°CDS;5445144;;comp;;;&tRNA;8113128;451;comp fin;°CDS;628521;;comp;;deb;°CDS;6208479;104;;;fin;°CDS;8113651;;comp deb;°CDS;643285;1343;;;;&tRNA;6209594;9;comp;;deb;°CDS;8275151;65; ;&tRNA;645777;459;;;;&tRNA;6209676;17;comp;;;&tRNA;8275876;419; fin;°CDS;646309;;comp;;;&tRNA;6209767;5;comp;;fin;°CDS;8276367;;comp deb;°CDS;747348;430;;;;&tRNA;6209865;4;comp;;deb;°CDS;8391343;135;comp ;&tRNA;748768;148;comp;;;&tRNA;6209944;11;comp;;;&tRNA;8392786;296;comp fin;°CDS;749000;;;;;&tRNA;6210027;4;comp;;fin;°CDS;8393159;;comp deb;°CDS;752175;94;;;;&tRNA;6210105;3;comp;;deb;°CDS;8397029;599;comp ;&tRNA;754798;47;;;;&tRNA;6210181;43;comp;;;&tRNA;8399713;71;comp ;&tRNA;754918;138;;;;&tRNA;6210298;345;comp;;fin;°CDS;8399858;;comp fin;°CDS;755129;;;;fin;°CDS;6210715;;comp;;deb;°CDS;8601686;81;comp deb;°CDS;755829;79;;;deb;°CDS;6288256;317;comp;;;&tRNA;8603210;37;comp ;&tRNA;756304;103;;;;&tRNA;6290910;43;comp;;fin;°CDS;8603318;;comp fin;°CDS;756480;;;;fin;°CDS;6291049;;;;deb;°CDS;8623005;64; deb;°CDS;940643;55;;;deb;°CDS;6397947;699;;;;&tRNA;8623795;171;comp ;&tRNA;942060;221;;;;&tRNA;6399123;199;;;fin;°CDS;8624043;;comp fin;°CDS;942364;;;;;&tRNA;6399396;157;;;deb;°CDS;8821061;136;comp deb;°CDS;1120784;33;;;;&tRNA;6399626;64;;;;&tRNA;8822283;175; ;tmRNA;1121477;553;;;;&tRNA;6399763;81;;;fin;°CDS;8822532;;comp fin;°CDS;1122412;;comp;;;&tRNA;6399916;141;;;deb;°CDS;8945870;190; deb;°CDS;1155560;203;comp;;;&tRNA;6400131;144;;;;&tRNA;8946954;204; ;&tRNA;1156105;89;comp;;;&tRNA;6400352;1;;;fin;°CDS;8947235;;comp fin;°CDS;1156267;;comp;;;&tRNA;6400428;5;;;deb;°CDS;8963177;104;comp deb;°CDS;1222705;262;;;;&tRNA;6400506;34;;;;ncRNA;8966809;83;comp ;&tRNA;1223897;244;comp;;deb;°CDS;6400612;35;;;;&tRNA;8966988;273; fin;°CDS;1224225;;comp;;;&tRNA;6401091;110;;;fin;°CDS;8967346;;comp deb;°CDS;1237525;91;;;;&tRNA;6401274;4;;;deb;°CDS;8969168;91; ;&tRNA;1238207;54;;;;&tRNA;6401352;1;;;;&tRNA;8969592;116;comp fin;°CDS;1238337;;comp;;;&tRNA;6401429;5;;;fin;°CDS;8969798;; deb;°CDS;1248040;132;comp;;;&tRNA;6401509;30;;;deb;°CDS;9077764;329; ;&tRNA;1249399;118;;;;&tRNA;6401615;5;;;;&tRNA;9079185;370;comp ;&tRNA;1249593;-12;;;;&tRNA;6401692;1;;;fin;°CDS;9079627;;comp fin;°CDS;1249654;;comp;;;&tRNA;6401781;6;;;deb;°CDS;9084051;524;comp deb;°CDS;1335812;296;;;;ncRNA;6401861;7;;;;&tRNA;9087239;40;comp ;&tRNA;1336393;13;comp;;;&tRNA;6402235;97;;;;&tRNA;9087352;408;comp fin;°CDS;1336479;;comp;;;&tRNA;6402407;14;;;fin;°CDS;9087851;; deb;°CDS;1399552;373;comp;;;&tRNA;6402492;11;;;deb;°CDS;9100587;77;comp ;&tRNA;1400450;130;comp;;;&tRNA;6402577;1;;;;&tRNA;9101627;1017; ;&tRNA;1400651;38;;;;&tRNA;6402652;1;;;fin;°CDS;9102729;;comp fin;°CDS;1400763;;;;;&tRNA;6402729;1;;;;;;; deb;°CDS;1406634;585;comp;;;&tRNA;6402806;5;;;;;;; ;$rRNA;1407435;344;;;;&tRNA;6402885;44;;;;;;; ;$rRNA;1409295;105;;;;&tRNA;6403003;1;;;;;;; ;$rRNA;1412474;122;;;;&tRNA;6403090;2;;;;;;; fin;°CDS;1412713;;comp;;;&tRNA;6403166;96;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;6403333;411;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;6403817;;comp;;;;;; </pre> ====ase intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_tRNA|ase intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;245;;78;comp’;202;;19;13;; ;;;279;comp’;257;;22;19;'''deb; ;;;387;;151;;23;31;<201;18 ;15;;595;;338;;35;34;total;32 ;62;;;;;;38;37;taux;56% ;;;92;;274;;42;38;; ;;;434;;817;;47;51;'''fin; ;;comp’;185;comp’;74;;55;55;<201;16 ;;;42;comp’;8;;65;71;total;28 ;;;1343;comp’;459;;78;89;taux;57% ;;comp’;430;comp’;148;;79;103;; ;47;;94;;138;;81;116;'''total; ;;;79;;103;;91;138;<201;34 ;;;55;;221;;92;151;total;60 ;;;203;;89;;94;171;taux;57% ;;comp’;262;;244;;113;178;; ;;;91;comp’;54;;135;221;; ;118;comp’;132;comp’;-12;;190;244;; ;;comp’;296;;13;;203;274;; comp’;130;;373;;38;;279;296;; ;;comp’;217;;315;;317;315;; ;;;47;comp’;827;;362;338;; ;;;38;;1132;;373;345;; ;;;362;comp’;131;;387;370;; ;;comp’;19;comp’;151;;409;380;; ;29;;19;;19;;412;451;; ;;;23;;31;;434;817;; ;;;22;comp’;278;;524;1132;; ;20;;409;comp’;32;;595;'''-;; 5aas;9 17 5 4 11 ;comp’;104;;345;;599;'''-;; 3aas;4 3 43;;;;;;699;'''-;; ;;;317;comp’;43;;1343;'''-;'''comp’;'''cumuls 8aas;199 157 64 81 141 144 1 5;;699;;34;;19;'''-12;; 7aas;110 4 1 5 30 5 1 6ncRNA7;;35;comp’;411;;64;8;'''deb; 11aas ;97 14 11 1 1 1 5 44 1 2 96;;;;;;69;32;<201;12 ;152;;412;;380;;77;43;total;18 ;;;113;;178;;91;54;taux;67% ;;comp’;69;;51;;104;74;; ;;comp’;167;;55;;132;112;'''fin; ;18 38;comp’;136;;116;;136;116;<201;12 ;28 38;comp’;136;comp’;112;;136;131;total;23 ;532 57;comp’;546;;451;;136;148;taux;34% ;;;65;comp’;419;;167;151;; ;;;135;;296;;185;175;'''total; ;;;599;;71;;217;202;<201;24 ;;;81;;37;;262;204;total;41 ;;comp’;64;;171;;296;257;taux;59% ;;comp’;136;comp’;175;;329;273;; ;;;190;comp’;204;;430;278;; ;;;;comp’;273;;546;408;; ;;comp’;91;comp’;116;;'''-;411;; ;;comp’;329;;370;;'''-;419;; ;40;;524;comp’;408;;'''-;459;; ;;comp’;77;comp’;1017;;'''-;827;; ;;;;;;;'''-;1017;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;30;28;58;;;;;;; total;50;51;101;;;;;;; taux;60%;55%;57%;;;;;;; </pre> ===blo=== ====blo opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_opérons|blo opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Bifi_long_NCC2705/bifiLong-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_004307.2;blo;genome;57;;; 60%GC;30.6.19 Paris;16s 4;NCBI;gtRNAdb;doubles;intercalaires ;Bifidobacterium longum NCC2705;;;;; ;115187..115260;;val;gta;; ;;;;;; ;159243..160772;;16s;;@1;430 ;161203..164268;;23s;;;168 ;164437..164556;;5s;;; ;;;;;; comp;207382..207457;;tgg;tgg;; ;;;;;; comp;382849..382924;;aac;aac;+;43 comp;382968..383040;;aac;aac;2 aac; ;;;;;; comp;440078..440150;;aac;aac;; ;;;;;; ;503549..503624;;gly;ggc;+;24 ;503649..503719;;tgc;tgc;2 ggc;41 ;503761..503835;;val;gtc;;45 ;503881..503953;;val;gtg;;31 ;503985..504060;;gly;ggc;; ;;;;;; ;521008..521084;;pro;ccc;; ;;;;;; ;648764..648851;;leu;ctc;; ;;;;;; comp;747296..747369;;arg;cgt;+;29 comp;747399..747472;;arg;cgt;2 cgt; ;;;;;; ;775646..775716;;gln;caa;; ;;;;;; ;778709..778784;;ala;gcc;+;86 ;778871..778946;;ala;gcc;2 gcc; ;;;;;; ;793729..793805;;pro;cca;; ;;;;;; comp;804390..804463;;leu;ttg;; ;;;;;; comp;841055..841136;;leu;tta;; ;;;;;; ;937056..937131;;cac;cac;; ;;;;;; comp;981177..981253;;arg;aga;; ;;;;;; ;1202433..1202505;;thr;acg;;87 ;1202593..1202676;;leu;cta;; ;;;;;; ;1208139..1208211;;thr;acg;; ;;;;;; comp;1264390..1264465;;val;gtg;;48 comp;1264514..1264585;;val;gtc;;46 comp;1264632..1264704;;gly;ggc;; ;;;;;; comp;1280591..1280666;;arg;cgg;; ;;;;;; ;1295466..1295542;;atg;atgf;; ;;;;;; comp;1350001..1350074;;lys;aag;; ;;;;;; comp;1388875..1388950;;lys;aaa;; ;;;;;; ;1410594..1410681;;ser;tcc;; ;;;;;; comp;1424793..1424867;;gln;cag;;36 comp;1424904..1424979;;glu;gag;; ;;;;;; comp;1524142..1524215;;gly;ggg;; ;;;;;; ;1534802..1534887;;leu;ctg;; ;;;;;; ;1606163..1606236;;ile;atc;;42 ;1606279..1606351;;ala;gca;; ;;;;;; comp;1646835..1646911;;thr;aca;; ;;;;;; ;1705902..1707431;;16s;;;429 ;1707861..1710926;;23s;;;168 ;1711095..1711215;;5s;;; ;;;;;; ;1712083..1713614;;16s;;;422 ;1714037..1717102;;23s;;;168 ;1717271..1717390;;5s;;; ;;;;;; ;1769952..1770027;;ala;gcg;; ;;;;;; ;1905665..1905740;;tgg;tgg;; ;;;;;; ;1908902..1910431;;16s;;;428 ;1910860..1913926;;23s;;;168 ;1914095..1914214;;5s;;; ;;;;;; ;1936132..1936205;;gly;gga;; ;;;;;; ;1971396..1971477;;tac;tac;;1 ;1971479..1971550;;thr;acc;;4 ;1971555..1971631;;atg;atgj;; ;;;;;; ;1979312..1979401;;ser;agc;; ;;;;;; ;2016025..2016112;;ser;tcg;; ;;;;;; ;2047072..2047159;;ser;tca;; ;;;;;; comp;2068637..2068713;;pro;ccg;; ;;;;;; comp;2085402..2085473;;glu;gaa;; ;;;;;; ;2087969..2088042;;gac;gac;;47 ;2088090..2088165;;ttc;ttc;; ;;;;;; ;2110850..2110926;;gac;gac;; ;;;;;; ;2130626..2130699;;atg;atgi;; ;;;;;; ;2171440..2171512;;arg;agg;; </pre> ====blo cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_cumuls|blo cumuls]] <pre> blo cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;4;1;1;- ;16 23 5s 0;4;20;1; ;16 atc gca;0;40;4; ;16 23 5s a;0;60;7; ;max a;0;80;0; ;a doubles;0;100;2; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;0; sans ;opérons;41;160;0; ;1 aa;31;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;4;;0; ;total aas;55;;15;0 total aas;;55;;; remarques;;1;;; avec jaune;;;moyenne;41; ;;;variance;24; sans jaune;;;moyenne;34; ;;;variance;16; </pre> ====blo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_blocs|blo blocs]] <pre> blo blocs;;;; 16s;430;1530;422;1532 23s;168;3066;168;3066 5s;;120;;120 ;;;; 16s;429;1530;428;1530 23s;168;3066;168;3067 5s;;121;;120 </pre> ====blo remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_remarques|blo remarques]] ====blo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_distribution|blo distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;1;ggc;3;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total blo;;31;;;;;;;blo;19;;;;;;;;blo;6;;;;;; </pre> ====blo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_données_intercalaires|blo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;blo;fx;fc;blo;fx40;fc40;blo;x-;c-;c;x;c;x;aa 2;1;0;2;1;0;2;1;-1;;52;163;190;CDS 16s;; ;0;10;17;87;1;1;12;-2;1;0;231;284;618;518; ;0;20;8;70;2;1;15;-3;;0;-17;-39;573;; ;0;30;15;50;3;1;8;-4;2;109;154;558;5s 16s;; ;1;40;14;34;4;2;5;-5;;0;148;159;866;; ;0;50;16;40;5;3;9;-6;;1;64;95;16s 23s;; ;2;60;17;51;6;1;9;-7;;1;216;204;432;; 1;4;70;16;43;7;1;4;-8;2;8;60;336;3* 431;; 1;3;80;18;40;8;1;8;-9;;0;187;76;23s 5s;; ;0;90;27;47;9;4;6;-10;;3;117;288;4* 170;; 2;1;100;14;34;10;2;11;-11;;9;116;206;5s CDS;; ;1;110;15;42;11;1;10;-12;;0;94;167;375;188; ;4;120;17;40;12;0;7;-13;;0;218;193;;251; ;2;130;18;38;13;1;7;-14;1;10;206;97;tRNA tRNA;; ;1;140;16;38;14;2;3;-15;;0;272;215;43;;aac ;3;150;15;30;15;1;14;-16;;1;467;175;**;;aac 1;3;160;24;25;16;0;8;-17;1;7;67;580;27;;ggc 1;1;170;12;43;17;0;9;-18;;0;192;469;41;;tgc 1;2;180;20;33;18;1;5;-19;1;2;158;-8;48;;gtc 1;1;190;8;15;19;1;3;-20;1;1;149;62;31;;gtg 1;3;200;10;24;20;1;4;-21;;0;251;356;**;;ggc 3;1;210;15;14;21;0;7;-22;1;0;192;309;29;;cgt 1;2;220;16;16;22;2;6;-23;;0;256;204;**;;cgt ;2;230;12;11;23;2;8;-24;;0;365;519;89;;gcc ;1;240;5;17;24;3;4;-25;1;0;433;333;**;;gcc ;1;250;9;12;25;1;6;-26;;1;113;253;87;;acg 1;2;260;6;11;26;3;7;-27;;0;199;;**;;cta ;0;270;6;17;27;1;3;-28;1;1;75;;48;;gtg ;2;280;11;11;28;1;3;-29;;0;142;;46;;gtc 2;0;290;4;3;29;1;4;-30;;0;74;;**;;ggc ;0;300;5;12;30;1;2;-31;;1;306;;39;;cag 1;1;310;6;7;31;2;6;-32;1;0;871;;**;;gag ;1;320;5;11;32;1;3;-33;;0;102;;42;;atc ;2;330;3;3;33;4;2;-34;;0;314;;**;;gca 2;0;340;7;5;34;1;4;-35;1;0;130;;1;;tac ;0;350;2;3;35;0;2;-36;;0;55;;4;;acc 1;0;360;6;6;36;1;3;-37;;0;329;;**;;atgj ;1;370;3;1;37;1;3;-38;1;0;130;;47;;gac ;1;380;5;4;38;1;2;-39;1;0;37;;**;;ttc ;0;390;2;2;39;1;9;-40;;0;178;;;; ;1;400;3;3;40;2;0;-41;;0;519;;;; 4;5;reste;49;51;reste;443;803;-42;;0;61;;;; 26;56;total;499;1045;total;499;1045;-43;;1;71;;;; 20;50;diagr;448;993;diagr;54;241;-44;;0;376;;;; 0;0; t30;40;207;;;;-45;;0;397;;;; ;;;;;;;;-46;;0;327;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;179;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;245;;;; ;x;497;18;2;517;;;-49;;0;222;;;; ;c;1044;210;1;1255;;;-50;;0;271;;;; ;;;;;1772;128;;reste;2;2;69;;;; ;;;;;;1900;;total;18;210;224;;;; ;;;;;;;;;;;422;;;; ;;;;;;;;;;;117;;;; ;;;;;;;;;;;137;;;; ;;;;;;;;;;;156;;;; </pre> =====blo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires_aas|blo autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;blo;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;54774;6;comp; ;regulatory;55434;84;comp; fin;CDS;55670;;; deb;CDS;114598;163;; ;tRNA;115187;231;;gta fin;CDS;115492;;; deb;CDS;139965;-10;comp; ;regulatory;140900;336;comp; fin;CDS;141345;;; deb;CDS;158126;618;; ;rRNA;159245;432;;16s ;rRNA;161203;170;;23s ;rRNA;164439;188;;5s fin;CDS;164744;;comp; deb;CDS;205431;187;; ;tmRNA;206548;238;; deb;CDS;207183;-17;comp; ;tRNA;207388;154;comp;tgg fin;CDS;207612;;comp; deb;CDS;327271;8;; ;ncRNA;327873;493;comp; fin;CDS;328741;;; deb;CDS;381615;190;; ;tRNA;382849;43;comp;aac ;tRNA;382968;284;comp;aac fin;CDS;383325;;; deb;CDS;439838;-39;; ;tRNA;440078;558;comp;aac fin;CDS;440709;;; deb;CDS;502556;159;comp; ;tRNA;503549;27;;ggc ;tRNA;503649;41;;tgc ;tRNA;503761;48;;gtc ;tRNA;503881;31;;gtg ;tRNA;503985;148;;ggc fin;CDS;504209;;; deb;CDS;518814;64;; ;tRNA;521008;216;;ccc fin;CDS;521298;;; deb;CDS;647871;95;comp; ;tRNA;648764;60;;ctc fin;CDS;648912;;; deb;CDS;745690;187;comp; ;tRNA;747296;29;comp;cgt ;tRNA;747399;117;comp;cgt fin;CDS;747590;;comp; deb;CDS;774507;116;; ;tRNA;775646;94;;caa fin;CDS;775811;;; deb;CDS;777792;218;; ;tRNA;778709;89;;gcc ;tRNA;778871;206;;gcc fin;CDS;779150;;; deb;CDS;790385;272;; ;tRNA;793729;467;;cca fin;CDS;794270;;; deb;CDS;803537;67;comp; ;tRNA;804390;204;comp;ttg fin;CDS;804668;;; deb;CDS;840296;192;comp; ;tRNA;841058;158;comp;tta fin;CDS;841295;;comp; deb;CDS;884674;174;comp; ;regulatory;885043;70;comp; fin;CDS;885217;;comp; deb;CDS;902480;104;comp; ;regulatory;903184;90;comp; fin;CDS;903379;;comp; deb;CDS;935658;336;comp; ;tRNA;937056;149;;cac fin;CDS;937281;;; deb;CDS;980173;251;comp; ;tRNA;981180;76;comp;aga fin;CDS;981330;;; deb;CDS;1200444;288;comp; ;tRNA;1202433;87;;acg ;tRNA;1202593;192;;cta fin;CDS;1202866;;; deb;CDS;1206664;206;comp; ;tRNA;1208139;167;;acg fin;CDS;1208379;;comp; deb;CDS;1263240;256;comp; ;tRNA;1264393;48;comp;gtg ;tRNA;1264514;46;comp;gtc ;tRNA;1264632;193;comp;ggc fin;CDS;1264898;;; deb;CDS;1279836;365;comp; ;tRNA;1280591;97;comp;cgg fin;CDS;1280764;;; deb;CDS;1294216;215;comp; ;tRNA;1295466;433;;atgf fin;CDS;1295976;;; deb;CDS;1349627;113;comp; ;tRNA;1350001;199;comp;aag fin;CDS;1350274;;comp; deb;CDS;1387168;75;comp; ;tRNA;1388878;175;comp;aaa fin;CDS;1389126;;; deb;CDS;1408202;580;comp; ;tRNA;1410594;469;;tcc fin;CDS;1411148;;comp; deb;CDS;1424162;142;comp; ;tRNA;1424793;39;comp;cag ;tRNA;1424907;-8;comp;gag fin;CDS;1424972;;; deb;CDS;1446913;71;comp; ;ncRNA;1448136;433;comp; fin;CDS;1448664;;; deb;CDS;1477877;47;comp; ;regulatory;1479277;128;comp; fin;CDS;1479502;;comp; deb;CDS;1523012;62;; ;tRNA;1524142;74;comp;ggg fin;CDS;1524290;;comp; deb;CDS;1533182;306;; ;tRNA;1534802;871;;ctg fin;CDS;1535759;;; deb;CDS;1605867;102;; ;tRNA;1606163;42;;atc ;tRNA;1606279;356;;gca fin;CDS;1606708;;comp; deb;CDS;1645027;314;comp; ;tRNA;1646838;130;comp;aca fin;CDS;1647042;;comp; deb;CDS;1704570;578;comp; ;rRNA;1705904;431;;16s ;rRNA;1707861;170;;23s ;rRNA;1711097;866;;5s ;rRNA;1712080;431;;16s ;rRNA;1714037;170;;23s ;rRNA;1717273;251;;5s fin;CDS;1717641;;comp; deb;CDS;1769786;55;; ;tRNA;1769952;329;;gcg fin;CDS;1770354;;; deb;CDS;1904329;130;; ;tRNA;1905665;37;;tgg fin;CDS;1905778;;; deb;CDS;1907638;573;; ;rRNA;1908904;431;;16s ;rRNA;1910861;170;;23s ;rRNA;1914097;375;;5s fin;CDS;1914589;;; deb;CDS;1935774;178;; ;tRNA;1936132;519;;gga fin;CDS;1936725;;; deb;CDS;1969854;309;comp; ;tRNA;1971396;1;;tac ;tRNA;1971479;4;;acc ;tRNA;1971555;61;;atgj fin;CDS;1971690;;; deb;CDS;1978293;71;; ;tRNA;1979312;376;;agc fin;CDS;1979775;;; deb;CDS;2014827;397;; ;tRNA;2016025;327;;tcg fin;CDS;2016437;;; deb;CDS;2045606;179;; ;tRNA;2047072;245;;tca fin;CDS;2047402;;; deb;CDS;2067227;222;comp; ;tRNA;2068640;204;comp;ccg fin;CDS;2068918;;; deb;CDS;2084303;271;comp; ;tRNA;2085402;69;comp;gaa fin;CDS;2085543;;comp; deb;CDS;2086731;224;; ;tRNA;2087969;47;;gac ;tRNA;2088090;519;;ttc fin;CDS;2088685;;comp; deb;CDS;2108837;333;comp; ;tRNA;2110850;422;;gac fin;CDS;2111349;;; deb;CDS;2129279;117;; ;tRNA;2130626;137;;atgi fin;CDS;2130837;;; deb;CDS;2170074;253;comp; ;tRNA;2171440;156;;agg fin;CDS;2171669;;; </pre> ====blo intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_entre_cds|blo intercalaires entre cds]] *'''Tableau''' <pre> blo;2.2.21 Paris;;blo 25.10.20;;;;;;; blo;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;228;12.9;'''négatif ;-8;13;-1 à -102;'''2 256 640;-1;228 ;'''zéro;3;0.2;;;;;'''intercals;0;3 ;'''1 à 200;1141;64.4;'''0 à 200;88;57;;'''240 201;5;57 ;'''201 à 370;281;15.9;'''201 à 370;265;46;;'''10.6%;10;47 ;'''371 à 600;85;4.8;'''371 à 600;459;65;;;15;46 ;'''601 à max;34;1.9;'''601 à 1028;732;131;;;20;32 ;'''total 1772;<201;77.4;'''total 1770;133;145;-102 à 1039;;25;39 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;26 1260892;1331;-1;228;-70;3;;0;3;35;25 249292;1253;0;3;-60;0;;-1;°52;40;23 620443;1039;1;13;-50;1;;-2;1;45;27 1772723;1037;2;°16;-40;1;;-3;0;50;29 605939;1003;3;9;-30;5;'''min à -1;-4;°111;55;26 1482011;982;4;7;-20;7;228;-5;0;60;42 2120197;922;5;°12;-10;35;12.9%;-6;1;65;34 1612791;831;6;10;0;179;;-7;1;70;25 1661121;780;7;5;10;104;;-8;°10;75;29 1176021;773;8;9;20;78;;-9;0;80;29 934521;765;9;10;30;65;;-10;3;85;31 1783600;752;10;°13;40;48;'''1 à 100;-11;°9;90;43 1589918;746;11;11;50;56;658;-12;0;95;20 550195;745;12;7;60;68;37.1%;-13;0;100;28 1622403;735;13;8;70;59;;-14;°11;105;34 2035292;729;14;5;80;58;;-15;0;110;23 1358695;698;15;°15;90;74;;-16;1;115;36 1450919;688;16;8;100;48;;-17;°8;120;21 1873696;679;17;9;110;57;;-18;0;125;32 1968887;673;18;6;120;57;;-19;3;130;24 1571609;667;19;4;130;56;;-20;°2;135;33 2192649;666;20;5;140;54;;-21;0;140;21 543951;653;21;7;150;45;;-22;1;145;20 551929;649;22;8;160;49;;-23;0;150;25 1166018;635;23;°10;170;55;'''1 à 200;-24;0;155;24 1199447;631;24;7;180;53;1141;-25;1;160;25 132442;628;25;7;190;23;64.4%;-26;1;165;27 1498961;627;26;°10;200;34;;-27;0;170;28 24634;626;27;4;210;29;;-28;°2;175;28 1942663;620;28;4;220;32;;-29;0;180;25 1750223;618;29;5;230;23;;-30;0;185;10 1648197;606;30;3;240;22;;-31;1;190;13 716378;605;31;8;250;21;'''0 à 200;-32;1;195;20 1804621;603;32;4;260;17;1144;;223;200;14 2208591;593;33;6;270;23;;reste;8;205;17 332770;589;34;5;280;22;;total;231;210;12 1653948;587;35;2;290;7;;;;215;17 618810;586;36;4;300;17;;;;220;15 598849;559;37;4;310;13;;intercal;<u>frequencef;225;12 1698789;559;38;3;320;16;;600;1738;230;11 1425641;557;39;°10;330;6;;620;5;235;14 1925114;557;40;2;340;12;'''201 à 370;640;5;240;8 1592846;554;reste;1246;350;5;281;660;2;245;11 733957;552;total;1 772;360;12;15.9%;680;4;250;10 986367;549;;;370;4;;700;2;255;9 1178750;549;;;380;9;;720;;260;8 1832484;546;;;390;4;;740;2;265;11 ;;;;400;6;;760;3;270;12 ;;;;410;5;;780;3;275;15 ;;;;420;11;;800;;280;7 ;;;;430;3;;820;;285;4 ;;;;440;3;;840;1;290;3 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;450;2;;860;;295;8 516682;-102;comp;;460;4;;880;;300;9 267103;-86;shift2;131;470;3;;900;;305;8 822434;-85;comp;;480;3;;920;;310;5 513572;-53;comp;;490;5;;940;1;315;7 287052;-43;shift2;936;500;3;;960;;320;9 398186;-39;comp;;510;2;;980;;325;2 1553080;-38;;;520;3;;1000;1;330;4 1313073;-35;;;530;3;;1020;1;335;5 1110610;-32;;;540;3;'''371 à 600;1040;2;340;7 2249673;-31;;;550;3;85;;32;345;1 946203;-28;;;560;6;4.8%;;;350;4 2164932;-28;;;570;0;;;;355;7 1823782;-26;;;580;0;'''601 à max;;;360;5 794270;-25;;;590;3;34;;;365;2 2058333;-22;;;600;1;1.9%;;;370;2 268522;-20;;;reste;34;;reste;2;reste;119 1310253;-20;;;total;1772;;total;1772;total;1772 </pre> ====blo intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> blo Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; blo;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;33;-233;362;24;728;235;min20;&-5.7;69;-354;69;868;404;min40 31 à 400;;;;;;;2 parties;&28;-174;163;38;897;207;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;93;44;-;590;poly;138;tF;&159;58;;827;dte;41;Sf 31 à 400;;;;;;;;&136;51;-;861;dte;36;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; ;400;200;250;;;;;-0.109;;;;;; 41-n;0.820;0.406;0.537;;;;;;;;;;; 1-n;0.669;0.038;0.255;;;;;;;;;14.8.21 paris;; blo;fx;fc;;blo;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;blo;Sx-;Sc- 0;2;1;;0;4;1;0;2;1;>0;497;-1;0;52 10;17;87;;10;38;88;1;1;12;<0;18;-2;1;0 20;8;70;;20;18;70;2;1;15;zéro;2;-3;0;0 30;15;50;;30;33;50;3;1;8;total;517;-4;2;109 40;14;34;;40;31;34;4;2;5;;c;-5;0;0 50;16;40;;50;36;40;5;3;9;>0;1044;-6;0;1 60;17;51;;60;38;51;6;1;9;<0;210;-7;0;1 70;16;43;;70;36;43;7;1;4;zéro;1;-8;2;8 80;18;40;;80;40;40;8;1;8;total;1255;-9;0;0 90;27;47;;90;60;47;9;4;6;;;-10;0;3 100;14;34;;100;31;34;10;2;11;total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reste;49;51;;;;;reste;443;803;;;-42;0;0 total;499;1045;;t30;89;208;total;499;1045;;;-43;0;1 diagr;448;993;;;;;diagr;54;241;;;-44;0;0 - t30;408;786;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;2;2 ;;;;;;;;;;;;total;18;210 </pre> ====blo intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_négatifs_S-|blo intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> blo;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;1;;2;;;;2;;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;1;;;;1;;;1;;;1;1;;;;;;;;;;;;2;16 continu;52;0;0;109;0;1;1;8;0;3;9;0;0;10;0;1;7;0;2;2;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;212 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;blo;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;2;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;18 ;Sc-;52;0;0;109;0;1;1;8;0;3;9;0;0;10;0;1;7;0;2;1;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;210 </pre> ====blo autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires|blo autres intercalaires]] <pre> blo;autres intercalaires;;adresses1;;;blo;autres intercalaires;;adresses2;;;blo;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;54774;6;comp;;deb;°CDS;840296;192;comp;;deb;°CDS;1645027;314;comp ;regulatory;55434;84;comp;;;&tRNA;841058;158;comp;;;&tRNA;1646838;130;comp fin;°CDS;55670;;;;fin;°CDS;841295;;comp;;fin;°CDS;1647042;;comp deb;°CDS;114598;163;;;deb;°CDS;884674;174;comp;;deb;°CDS;1704570;578;comp ;&tRNA;115187;231;;;;regulatory;885043;70;comp;;;$rRNA;1705904;431; fin;°CDS;115492;;;;fin;°CDS;885217;;comp;;;$rRNA;1707861;170; deb;°CDS;139965;-10;comp;;deb;°CDS;902480;104;comp;;;$rRNA;1711097;866; ;regulatory;140900;336;comp;;;regulatory;903184;90;comp;;;$rRNA;1712080;431; fin;°CDS;141345;;;;fin;°CDS;903379;;comp;;;$rRNA;1714037;170; deb;°CDS;158126;618;;;deb;°CDS;935658;336;comp;;;$rRNA;1717273;251; ;$rRNA;159245;432;;;;&tRNA;937056;149;;;fin;°CDS;1717641;;comp ;$rRNA;161203;170;;;fin;°CDS;937281;;;;deb;°CDS;1769786;55; ;$rRNA;164439;188;;;deb;°CDS;980173;251;comp;;;&tRNA;1769952;329; fin;°CDS;164744;;comp;;;&tRNA;981180;76;comp;;fin;°CDS;1770354;; deb;°CDS;205431;187;;;fin;°CDS;981330;;;;deb;°CDS;1904329;130; ;tmRNA;206548;238;;;deb;°CDS;1200444;288;comp;;;&tRNA;1905665;37; deb;°CDS;207183;-17;comp;;;&tRNA;1202433;87;;;fin;°CDS;1905778;; ;&tRNA;207388;154;comp;;;&tRNA;1202593;192;;;deb;°CDS;1907638;573; fin;°CDS;207612;;comp;;fin;°CDS;1202866;;;;;$rRNA;1908904;431; deb;°CDS;327271;8;;;deb;°CDS;1206664;206;comp;;;$rRNA;1910861;170; ;ncRNA;327873;493;comp;;;&tRNA;1208139;167;;;;$rRNA;1914097;375; 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;&tRNA;521008;216;;;;&tRNA;1388878;175;comp;;;&tRNA;2047072;245; fin;°CDS;521298;;;;fin;°CDS;1389126;;;;fin;°CDS;2047402;; deb;°CDS;647871;95;comp;;deb;°CDS;1408202;580;comp;;deb;°CDS;2067227;222;comp ;&tRNA;648764;60;;;;&tRNA;1410594;469;;;;&tRNA;2068640;204;comp fin;°CDS;648912;;;;fin;°CDS;1411148;;comp;;fin;°CDS;2068918;; deb;°CDS;745690;187;comp;;deb;°CDS;1424162;142;comp;;deb;°CDS;2084303;271;comp ;&tRNA;747296;29;comp;;;&tRNA;1424793;39;comp;;;&tRNA;2085402;69;comp ;&tRNA;747399;117;comp;;;&tRNA;1424907;-8;comp;;fin;°CDS;2085543;;comp fin;°CDS;747590;;comp;;fin;°CDS;1424972;;;;deb;°CDS;2086731;224; deb;°CDS;774507;116;;;deb;°CDS;1446913;71;comp;;;&tRNA;2087969;47; ;&tRNA;775646;94;;;;ncRNA;1448136;433;comp;;;&tRNA;2088090;519; fin;°CDS;775811;;;;fin;°CDS;1448664;;;;fin;°CDS;2088685;;comp deb;°CDS;777792;218;;;deb;°CDS;1477877;47;comp;;deb;°CDS;2108837;333;comp ;&tRNA;778709;89;;;;regulatory;1479277;128;comp;;;&tRNA;2110850;422; ;&tRNA;778871;206;;;fin;°CDS;1479502;;comp;;fin;°CDS;2111349;; fin;°CDS;779150;;;;deb;°CDS;1523012;62;;;deb;°CDS;2129279;117; deb;°CDS;790385;272;;;;&tRNA;1524142;74;comp;;;&tRNA;2130626;137; ;&tRNA;793729;467;;;fin;°CDS;1524290;;comp;;fin;°CDS;2130837;; fin;°CDS;794270;;;;deb;°CDS;1533182;306;;;deb;°CDS;2170074;253;comp deb;°CDS;803537;67;comp;;;&tRNA;1534802;871;;;;&tRNA;2171440;156; ;&tRNA;804390;204;comp;;fin;°CDS;1535759;;;;fin;°CDS;2171669;; fin;°CDS;804668;;;;deb;°CDS;1605867;102;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1606163;42;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1606279;356;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1606708;;comp;;;;;; </pre> ====blo intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_tRNA|blo intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; *;;;163;;231;;'''-17;60;; ;;;-17;;154;;24;61;'''deb; ;43;comp’;190;comp’;284;;65;69;<201;15 ;;comp’;-39;comp’;558;;67;74;total;26 ;27 41 48 31;comp’;159;;148;;71;94;taux;58% ;;;24;;216;;75;117;; ;;comp’;95;;60;;102;130;'''fin; ;29;;187;;117;;113;137;<201;15 ;;;116;;94;;116;148;total;26 ;89;;218;;206;;117;149;taux;58% ;;;212;;467;;142;154;; ;;;67;comp’;204;;163;156;'''total; ;;;192;;158;;179;158;<201;30 ;;comp’;336;;149;;187;192;total;52 ;;;251;comp’;76;;192;199;taux;58% ;87;comp’;288;;192;;212;206;; ;;comp’;206;comp’;167;;218;216;; ;48 46;;256;comp’;193;;222;231;; ;;;365;comp’;97;;224;245;; ;;comp’;215;;433;;251;327;; ;;;113;;199;;256;329;; ;;;75;comp’;175;;271;376;; ;;comp’;580;comp’;469;;306;422;; ;39;;142;comp’;-8;;314;433;; ;;comp’;62;;74;;365;467;; ;;;306;;871;;397;871;'''comp’;'''cumuls ;42;;102;comp’;356;;'''-39;'''-8;'''deb; ;;;314;;130;;62;76;<201;5 ;;;65;;329;;95;97;total;13 ;1 4;comp’;309;;61;;159;167;taux;38% ;;;71;;376;;190;175;'''fin; ;;;397;;327;;206;193;<201;6 ;;;179;;245;;215;204;total;13 ;;;222;comp’;204;;253;204;taux;46% ;;;271;;69;;288;284;; ;47;;224;comp’;519;;309;356;'''total; ;;comp’;333;;422;;333;469;<201;11 ;;;117;;137;;336;519;total;26 ;;comp’;253;;156;;580;558;taux;42% ;;;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;;;; ;<201;20;21;41;;;;;; ;total;39;39;78;;;;;; ;taux;51%;54%;53%;;;;;; </pre> ===sma=== ====sma opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_opérons|sma opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Stre_aver_MA_4680_NBRC_14893/streAver_MA_4680_NBRC_14893-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_003155.5;sma;;;; 70%GC;30.6.19 Paris;16s 6;74;doubles;intercalaires ;Streptomyces avermitilis MA-4680;;;; ;357776..357847;;gtg;; ;;;;; comp;1219274..1219346;;gga;; ;;;;; comp;1225751..1225823;;gga;; ;;;;; ;1675869..1675942;;atgf;; ;;;;; comp;1965347..1965423;;ccc;; ;;;;; comp;1992012..1992088;;ccc;; ;;;;; comp;2222599..2222686;;ctc;; ;;;;; comp;3072632..3072707;;acc;; ;;;;; comp;3073568..3073684;;5s;@1;84 comp;3073769..3076918;;23s;;288 comp;3077207..3078737;;16s;; ;;;;; comp;3295252..3295324;;gag;+;20 comp;3295345..3295416;;cag;3 gag ;21 comp;3295438..3295510;;gag;2 cag;62 comp;3295573..3295645;;gag;;42 comp;3295688..3295759;;cag;; ;;;;; ;3655871..3655942;;cgg;; ;;;;; comp;3813093..3813166;;atgf;; ;;;;; comp;3815457..3815530;;atgf;; ;;;;; comp;4362610..4362695;;tta;; ;;;;; ;4410534..4410608;;caa;; ;;;;; comp;4542466..4542542;;gcg;; ;;;;; ;4589760..4589835;;agg;; ;;;;; comp;4886830..4886906;;aca;; ;;;;; comp;5024109..5024225;;5s;;84 comp;5024310..5027458;;23s;;288 comp;5027747..5029277;;16s;; ;;;;; comp;5051970..5052043;;atgf;; ;;;;; comp;5055486..5055561;;aaa;; ;;;;; ;5063087..5063159;;gaa;;47 ;5063207..5063281;;gac;;24 ;5063306..5063382;;ttc;; ;;;;; ;5068123..5068197;;gac;; ;;;;; ;5081640..5081711;;gga;;79 ;5081791..5081866;;ggc;; ;;;;; ;5085779..5085854;;ggc;; ;;;;; ;5095224..5095311;;tcc;; ;;;;; ;5129698..5129782;;tcg;; ;;;;; comp;5154937..5155009;;cgt;;205 comp;5155215..5155305;;agc;; ;;;;; comp;5177691..5177777;;tca;; ;;;;; comp;5206939..5207028;;agc;; ;;;;; comp;5299302..5299378;;atc;; ;;;;; ;5304905..5304977;;gca;; ;;;;; ;5322106..5322192;;ctg;; ;;;;; comp;5452769..5452842;;ggg;; ;;;;; comp;5594481..5594554;;ccg;; ;;;;; ;5650316..5650389;;acg;; ;;;;; ;5759342..5760872;;16s;;288 ;5761161..5764309;;23s;;84 ;5764394..5764510;;5s;; ;;;;; ;5950170..5950251;;tac;; ;;;;; ;5956602..5956674;;acc;;46 ;5956721..5956793;;atg;; ;;;;; ;5964532..5964607;;tgg;; ;;;;; ;6124386..6125916;;16s;;288 ;6126205..6129353;;23s;;84 ;6129438..6129554;;5s;; ;;;;; comp;6242261..6242335;;tgc;; ;;;;; comp;6279029..6279112;;cta;; ;;;;; comp;6329202..6329278;;aag;; ;;;;; comp;6335068..6335141;;aag;; ;;;;; comp;6349312..6349385;;aag;; ;;;;; comp;6372705..6372777;;cac;; ;;;;; comp;6501509..6501584;;aga;; ;;;;; comp;6604435..6604508;;gga;;153 comp;6604662..6604738;;cca;; ;;;;; ;6653846..6653918;;gcc;; ;;;;; ;6658303..6658375;;gcc;; ;;;;; ;6875603..6875675;;aac;+;5 ;6875681..6875753;;aac;2 aac;166 ;6875920..6875996;;atgi;; ;;;;; ;7021984..7022058;;gta;; ;;;;; ;7025336..7025415;;gtg;; ;;;;; comp;7471270..7471342;;ttg;; ;;;;; ;7765513..7767043;;16s;;284 ;7767328..7770477;;23s;;133 ;7770611..7770727;;5s;; ;;;;; comp;7937463..7937550;;ctc;; ;;;;; comp;8122352..8122426;;gtc;+;40 comp;8122467..8122538;;gtc;3 gtc;19 comp;8122558..8122629;;gtc;;1 comp;8122631..8122704;;tgc;;38 comp;8122743..8122815;;ggc;; ;;;;; ;8129564..8129635;;gtg;; ;;;;; ;8139938..8140012;;gtg;; ;;;;; ;8328596..8330126;;16s;;288 ;8330415..8333563;;23s;;84 ;8333648..8333764;;5s;; ;;;;; ;8576989..8577062;;ccc;; </pre> ====sma cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_cumuls|sma cumuls]] <pre> sma cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;6;1;1;- ;16 23 5s 0;6;20;3; ;16 atc gca;0;40;4; ;16 23 5s a;0;60;3; ;max a;0;80;2; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;0; sans ;opérons;56;160;1; ;1 aa;48;180;1; ;max a;5;200;0; ;a doubles;3;;1; ;total aas;72;;16;0 total aas;;72;;; remarques;;1;;; avec jaune;;;moyenne;61; ;;;variance;61; sans jaune;;;moyenne;34; ;;;variance;22; </pre> ====sma blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_blocs|sma blocs]] <pre> sma blocs;;;;;; 5s;84;117;84;117;288;1531 23s;288;3150;288;3149;84;3149 16s;;1531;;1531;;117 ;;;;;; 16s;288;1531;284;1531;288;1531 23s;84;3149;133;3150;84;3149 5s;;117;;117;;117 </pre> ====sma remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_remarques|sma remarques]] ====sma données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_données_intercalaires|sma données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;sma;fx;fc;sma;fx40;fc40;sma;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;1;0;9;11;0;9;11;-1;0;126;116;509;CDS 16s;; ;0;10;75;332;1;10;35;-2;4;0;467;132;615;852; ;0;20;67;220;2;3;44;-3;0;0;1265;480;653;675; ;1;30;85;143;3;13;35;-4;15;752;179;36;607;; 2;2;40;73;167;4;14;34;-5;0;0;403;84;641;; 3;1;50;86;141;5;3;47;-6;2;1;430;99;16s 23s;; 5;0;60;86;121;6;9;25;-7;2;12;563;198;5* 312;; ;3;70;78;135;7;9;22;-8;5;56;83;682;308;; 3;0;80;101;144;8;7;27;-9;0;0;91;176;23s 5s;; 1;2;90;101;123;9;3;27;-10;1;7;210;58;5* 89;; 4;3;100;85;131;10;4;36;-11;9;20;229;49;138;; 2;4;110;86;144;11;5;29;-12;0;0;44;57;5s CDS;; 1;6;120;83;122;12;9;22;-13;3;7;112;387;114;114; 2;0;130;91;136;13;5;25;-14;12;9;568;-3;134;; 4;1;140;77;123;14;3;32;-15;3;0;118;183;77;; 1;3;150;84;119;15;10;21;-16;1;5;416;422;144;; 1;0;160;71;111;16;5;21;-17;3;8;426;376;150;; 1;1;170;71;94;17;4;15;-18;3;0;504;56;tRNA tRNA;; 1;1;180;62;75;18;13;13;-19;4;5;112;236;37;;other 4;4;190;73;79;19;6;27;-20;7;11;218;51;37;;other 1;2;200;61;72;20;7;15;-21;0;0;143;116;34;;other ;1;210;59;68;21;11;15;-22;4;1;149;216;**;;tct 1;1;220;41;62;22;6;17;-23;4;4;186;133;20;;gag 2;1;230;45;58;23;7;13;-24;1;0;94;136;21;;cag 1;0;240;52;61;24;12;14;-25;0;4;186;40;62;;gag 1;0;250;51;69;25;8;12;-26;2;3;200;334;42;;gag ;1;260;54;40;26;7;21;-27;0;0;170;182;**;;cag 2;2;270;45;45;27;10;13;-28;0;2;23;408;47;;gaa ;0;280;32;34;28;12;13;-29;2;2;270;520;24;;gac ;1;290;31;50;29;8;18;-30;1;0;65;131;**;;ttc ;1;300;28;40;30;4;7;-31;2;2;183;340;79;;gga 2;0;310;31;41;31;7;17;-32;2;1;294;269;**;;ggc ;0;320;30;30;32;3;23;-33;1;0;63;719;205;;cgt ;0;330;24;41;33;8;16;-34;2;2;256;50;**;;agc 2;0;340;24;31;34;7;20;-35;2;1;120;223;46;;acc ;0;350;27;19;35;4;22;-36;2;0;33;372;**;;atgj ;0;360;20;29;36;7;17;-37;0;1;108;249;-;153;gga ;0;370;20;23;37;9;11;-38;1;1;1408;80;**;;cca 3;0;380;24;25;38;5;13;-39;3;0;88;305;5;;aac 1;0;390;25;33;39;13;13;-40;2;1;107;44;166;;aac ;1;400;13;23;40;10;15;-41;3;1;148;229;**;;atgi 7;12;reste;300;329;reste;2272;3021;-42;1;0;64;58;40;;gtc 59;56;total;2581;3894;total;2581;3894;-43;2;1;131;104;19;;gtc 51;43;diagr;2272;3554;diagr;300;862;-44;0;1;-10;166;1;;gtc 0;1; t30;227;695;;;;-45;0;0;191;310;38;;tgc ;;;;;;;;-46;1;0;117;377;**;;ggc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;185;97;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;97;147;;; ;x;2572;135;9;2716;;;-49;0;2;424;128;;; ;c;3883;1077;11;4971;;;-50;0;3;400;181;;; ;;;;;7687;164;;reste;23;24;105;267;;; ;;;;;;7851;;total;135;1077;261;92;;; ;;;;;;;;;;;105;97;;; ;;;;;;;;;;;544;101;;; ;;;;;;;;;;;39;187;;; ;;;;;;;;;;;285;127;;; ;;;;;;;;;;;;155;;; ;;;;;;;;;;;;76;;; ;;;;;;;;;;;;76;;; </pre> =====sma autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_autres_intercalaires_aas|sma autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;sma;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;357102;357266;509;*; ;;tRNA;357776;357847;116;*;gtg fin;;CDS;357964;359805;;; deb;;CDS;615881;616378;467;*; ;;tRNA;616846;616941;1265;*;tcg fin;;CDS;618207;618728;;; deb;;CDS;1218971;1219141;132;*; ;comp;tRNA;1219274;1219346;480;*;gga fin;;CDS;1219827;1220234;;; deb;;CDS;1674937;1675689;179;*; ;;tRNA;1675869;1675942;36;*;atgf fin;comp;CDS;1675979;1676188;;0; deb;;CDS;1964411;1965265;84;*; ;comp;tRNA;1965350;1965423;99;*;ccc fin;;CDS;1965523;1966050;;; deb;comp;CDS;1990145;1991611;403;*; ;comp;tRNA;1992015;1992088;198;*;ccc fin;;CDS;1992287;1992997;;; deb;comp;CDS;2220285;2222168;430;*; ;comp;tRNA;2222599;2222686;682;*;ctc fin;;CDS;2223369;2223569;;0; deb;comp;CDS;2801738;2802733;176;*; ;;tRNA;2802910;2803004;37;*;other ;;tRNA;2803042;2803136;37;*;other ;;tRNA;2803174;2803268;34;*;other ;;tRNA;2803303;2803400;563;*;tct fin;;CDS;2803964;2804761;;; deb;;CDS;3069826;3072573;58;*; ;comp;tRNA;3072632;3072707;83;*;acc deb;comp;CDS;3072791;3073453;114;*; ;comp;rRNA;3073568;3073684;89;*;117 ;comp;rRNA;3073774;3076897;312;*;3124 ;comp;rRNA;3077210;3078735;615;*;1526 fin;comp;CDS;3079351;3081036;;; deb;;CDS;3294558;3295202;49;*; ;comp;tRNA;3295252;3295324;20;*;gag ;comp;tRNA;3295345;3295416;21;*;cag ;comp;tRNA;3295438;3295510;62;*;gag ;comp;tRNA;3295573;3295645;42;*;gag ;comp;tRNA;3295688;3295759;91;*;cag fin;comp;CDS;3295851;3296585;;; deb;comp;CDS;3655220;3655813;57;*; ;;tRNA;3655871;3655942;387;*;cgg fin;comp;CDS;3656330;3657742;;; deb;;CDS;3812904;3813095;-3;*; ;comp;tRNA;3813093;3813166;210;*;atgf deb;comp;CDS;3813377;3815227;229;*; ;comp;tRNA;3815457;3815530;44;*;atgf fin;comp;CDS;3815575;3818571;;0; deb;;CDS;4361587;4362429;183;*; ;comp;tRNA;4362613;4362695;422;*;tta fin;;CDS;4363118;4363888;;; deb;comp;CDS;4408838;4410157;376;*; ;;tRNA;4410534;4410605;112;*;caa fin;;CDS;4410718;4412166;;; deb;comp;CDS;4541721;4541900;568;*; ;comp;tRNA;4542469;4542542;118;*;gcg fin;comp;CDS;4542661;4544010;;; deb;;CDS;4588309;4589343;416;*; ;;tRNA;4589760;4589835;426;*;agg fin;;CDS;4590262;4590483;;0; deb;;CDS;4885883;4886776;56;*; ;comp;tRNA;4886833;4886906;236;*;aca fin;;CDS;4887143;4888279;;; deb;comp;CDS;5023429;5023974;134;*; ;comp;rRNA;5024109;5024225;89;*;117 ;comp;rRNA;5024315;5027437;312;*;3123 ;comp;rRNA;5027750;5029275;653;*;1526 fin;comp;CDS;5029929;5030477;;0; deb;comp;CDS;5050422;5051465;504;*; ;comp;tRNA;5051970;5052043;112;*;atgf fin;comp;CDS;5052156;5053286;;0; deb;comp;CDS;5054956;5055270;218;*; ;comp;tRNA;5055489;5055561;143;*;aaa fin;comp;CDS;5055705;5057240;;; deb;;CDS;5061300;5062937;149;*; ;;tRNA;5063087;5063159;47;*;gaa ;;tRNA;5063207;5063281;24;*;gac ;;tRNA;5063306;5063379;186;*;ttc fin;;CDS;5063566;5063820;;; deb;;CDS;5064051;5068028;94;*; ;;tRNA;5068123;5068197;186;*;gac fin;;CDS;5068384;5068575;;0; deb;;CDS;5081122;5081439;200;*; ;;tRNA;5081640;5081711;79;*;gga ;;tRNA;5081791;5081866;170;*;ggc fin;;CDS;5082037;5083050;;; deb;;CDS;5085108;5085755;23;*; ;;tRNA;5085779;5085854;51;*;ggc fin;comp;CDS;5085906;5086805;;; 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;;tRNA;8139938;8140009;76;*;gtg fin;comp;CDS;8140086;8140811;;0; deb;comp;CDS;8327473;8327922;675;*; ;;rRNA;8328598;8330123;312;*;1526 ;;rRNA;8330436;8333558;89;*;3123 ;;rRNA;8333648;8333764;150;*;117 fin;;CDS;8333915;8334523;;; deb;;CDS;8575186;8576703;285;*; ;;tRNA;8576989;8577062;76;*;ccc fin;comp;CDS;8577139;8577675;;0; </pre> ====sma distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_distribution|sma distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;4;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;3;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;2;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;3;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;4;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total sma;;48;;;;;;;sma;17;;;;;;;;sma;7;;;;;; </pre> ===ksk=== ====ksk opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_opérons|ksk opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Kita_seta_KM_6054/kitaSeta_KM_6054-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_016109.1;ksk;;;; 72%GC;30.6.19 Paris;16s 9;74;doubles;intercalaires ;Kitasatospora setae KM-6054;;;; comp;631024..631098;;act;; ;;;;; ;976172..976245;;tgc;; ;;;;; comp;1615691..1615765;;gtg;+;206 comp;1615972..1616046;;gtg;2 gtg; ;;;;; ;1621501..1621576;;ggc;;76 ;1621653..1621726;;tgc;;36 ;1621763..1621834;;gtc;+;34 ;1621869..1621940;;gtc;3 gtc;37 ;1621978..1622052;;gtc;; ;;;;; comp;1707344..1707460;;5s;@1;73 comp;1707534..1710667;;23s;;267 comp;1710935..1712463;;16s;; ;;;;; comp;1888620..1888736;;5s;;73 comp;1888810..1891942;;23s;;267 comp;1892210..1893738;;16s;; ;;;;; ;1970574..1970661;;ctc;; ;;;;; ;2264495..2264580;;ttg;; ;;;;; comp;2741186..2741257;;gta;; ;;;;; comp;2788071..2788147;;atgi;; ;;;;; comp;2790422..2790494;;aac;+;5 comp;2790500..2790572;;aac;2 aac; ;;;;; comp;2887231..2887303;;gcc;+;269 comp;2887573..2887645;;gcc;3 gcc;38 comp;2887684..2887756;;gcc;@2; ;;;;; comp;2932411..2932487;;cca;;151 direct;2932639..2932712;;gga;; ;;;;; comp;2982955..2983071;;5s;;73 comp;2983145..2986276;;23s;;266 comp;2986543..2988071;;16s;; ;;;;; ;3018063..3018138;;cac;; ;;;;; ;3036654..3036730;;aag;; ;;;;; ;3044201..3044277;;aag;; ;;;;; ;3111827..3111900;;aag;;129 ;3112030..3112103;;aag;; ;;;;; ;3157748..3157834;;cta;; ;;;;; ;3210241..3210315;;tgc;; ;;;;; comp;3289891..3290007;;5s;;73 comp;3290081..3293213;;23s;;267 comp;3293481..3295009;;16s;; ;;;;; comp;3608705..3608777;;tgg;; ;;;;; comp;3616894..3616969;;atgj;;42 comp;3617012..3617084;;acc;; ;;;;; comp;3618677..3618757;;tac;; ;;;;; comp;3851412..3851488;;aca;; ;;;;; comp;3987214..3987290;;acg;; ;;;;; ;4071208..4071281;;ccg;; ;;;;; ;4095099..4095186;;tcc;; ;;;;; ;4142544..4142633;;tcg;; ;;;;; comp;4160864..4160939;;cgt;+;35 comp;4160975..4161050;;cgt;2 cgt;240 comp;4161291..4161381;;agc;@; ;;;;; comp;4177523..4177608;;tca;; ;;;;; comp;4240397..4240470;;ggg;; ;;;;; ;4285828..4285900;;ggc;+;51 ;4285952..4286027;;ggc;2 ggc; ;;;;; ;4383368..4383444;;atc;; ;;;;; ;4385556..4385631;;gca;; ;;;;; ;4401492..4401575;;ctg;; ;;;;; comp;4622975..4623048;;gac;; ;;;;; comp;4640883..4640959;;ttc;;34 comp;4640994..4641067;;gac;;42 comp;4641110..4641182;;gaa;; ;;;;; ;4651832..4651904;;aaa;; ;;;;; comp;4773547..4773620;;atgf;; ;;;;; comp;4774128..4774201;;atgf;; ;;;;; ;4796510..4798038;;16s;;267 ;4798306..4801439;;23s;;71 ;4801511..4801627;;5s;; ;;;;; ;5027433..5027508;;agg;; ;;;;; ;5076388..5076464;;gcg;; ;;;;; ;5123784..5123856;;acc;; ;;;;; ;5132819..5132892;;caa;; ;;;;; comp;5216466..5216550;;tta;; ;;;;; ;5430075..5430148;;atgf;; ;;;;; comp;5530949..5531020;;cgg;; ;;;;; ;5714968..5715039;;cag;;21 ;5715061..5715133;;gag;+;38 ;5715172..5715244;;gag;3 gag;13 ;5715258..5715330;;gag;2 cag;4 ;5715335..5715409;;cag;; ;;;;; ;5853168..5854696;;16s;;256 ;5854953..5858085;;23s;;73 ;5858159..5858275;;5s;; ;;;;; ;5932168..5933696;;16s;;256 ;5933953..5937085;;23s;;71 ;5937157..5937273;;5s;; ;;;;; ;6074082..6075610;;16s;;264 ;6075875..6079006;;23s; ;73 ;6079080..6079196;;5s;; ;;;;; comp;6104344..6104419;;aga;; ;;;;; ;6400221..6401749;;16s;;267 ;6402017..6405146;;23s; ;106 ;6405253..6405369;;5s;; ;;;;; ;6485836..6485909;;ccc;; ;;;;; ;7355279..7355354;;tgc;;19 ;7355374..7355449;;ggc;; ;;;;; comp;7461078..7461165;;ctc;; </pre> ====ksk cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_cumuls|ksk cumuls]] <pre> ksk cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;9;1;0;- ;16 23 5s 0;9;20;4; ;16 atc gca;0;40;8; ;16 23 5s a;0;60;3; ;max a;0;80;1; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;1; sans ;opérons;49;160;1; ;1 aa;37;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;7;;3; ;total aas;70;;21;0 total aas;;70;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;72; ;;;variance;79; sans jaune;;;moyenne;33; ;;;variance;18; </pre> ====ksk blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_blocs|ksk blocs]] <pre> ksk blocs;;;;;; ;;;;;; 5s;73;117;73;117;73;117 23s;267;3134;267;3133;266;3132 16s;;1529;;1529;;1529 ;;;;;; 16s;73;117;267;1529;256;1529 23s;267;3133;71;3134;73;3133 5s;;1529;;117;;117 ;;;;;; 16s;256;1529;264;1529;267;1529 23s;71;3133;73;3132;106;3130 5s;;117;;117;;117 </pre> ====ksk remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_remarques|ksk remarques]] ====ksk données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_données_intercalaires|ksk données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ksk;fx;fc;ksk;fx40;fc40;ksk;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa 1;1;0;7;4;0;7;4;-1;0;107;188;214;CDS 16s;;;tRNA tRNA;; 1;0;10;98;244;1;2;28;-2;1;0;140;967;619;672;;35;;other ;1;20;92;147;2;1;40;-3;0;1;66;108;525;734;;**;;other ;1;30;100;126;3;4;26;-4;12;663;71;462;645;;;209;;gtg ;1;40;93;170;4;4;29;-5;0;0;108;303;553;;;**;;gtg 2;0;50;75;173;5;3;38;-6;0;1;92;240;452;;;79;;ggc ;3;60;101;159;6;10;16;-7;7;10;156;551;405;;;36;;tgc 3;2;70;104;153;7;47;13;-8;1;45;254;1;611;;;34;;gtc 5;2;80;118;172;8;3;12;-9;1;0;114;92;16s 23s;;;37;;gtc ;3;90;97;176;9;13;19;-10;3;9;176;79;5* 291;;;**;;gtc 3;1;100;102;157;10;11;23;-11;4;22;108;172;290;;;5;;aac 1;5;110;92;183;11;3;27;-12;0;0;101;292;2* 280;;;**;;aac 2;4;120;74;130;12;8;12;-13;4;9;70;299;288;;;269;;gcc ;2;130;70;171;13;9;13;-14;2;16;84;119;23s 5s;;;38;;gcc 2;2;140;68;123;14;3;22;-15;0;1;312;309;6* 78;;;**;;gcc ;3;150;63;112;15;9;10;-16;3;3;139;151;2* 76;;;-;151;cca 2;3;160;74;110;16;9;12;-17;3;12;83;112;108;;;**;;gga ;2;170;62;135;17;9;16;-18;1;0;748;66;5s CDS;;;18;;cga 3;1;180;56;95;18;13;7;-19;0;5;117;176;101;82;;18;;cga 1;1;190;48;106;19;16;13;-20;3;7;88;252;182;;;18;;other ;1;200;48;87;20;13;15;-21;1;0;402;70;251;;;18;;cga 1;0;210;45;69;21;13;7;-22;1;2;329;463;553;;;**;;other 2;0;220;54;57;22;14;14;-23;3;6;52;1447;205;;;129;;aag ;0;230;45;77;23;11;18;-24;1;0;159;310;271;;;**;;aag 1;0;240;44;60;24;11;8;-25;1;1;278;263;3080;;;42;;atgj 1;1;250;40;57;25;12;8;-26;1;3;252;75;239;;;**;;acc 2;3;260;44;43;26;4;13;-27;1;0;58;214;;;;35;;cgt 2;0;270;42;51;27;8;9;-28;4;3;1021;93;;;;240;;cgt ;1;280;36;37;28;9;15;-29;4;2;154;314;;;;**;;agc ;1;290;36;45;29;7;23;-30;2;0;161;201;;;;51;;ggc 2;0;300;30;36;30;11;11;-31;0;2;16;157;;;;**;;ggc 3;0;310;36;33;31;8;18;-32;2;0;285;76;;;;34;;ttc 1;2;320;25;22;32;5;14;-33;0;0;110;353;;;;42;;gac ;1;330;28;22;33;7;11;-34;2;1;116;47;;;;**;;gaa ;0;340;20;22;34;15;19;-35;2;1;109;405;;;;21;;cag 1;0;350;19;23;35;14;19;-36;1;0;145;75;;;;38;;gag 1;0;360;26;20;36;6;17;-37;0;0;122;-3;;;;13;;gag ;0;370;12;20;37;12;18;-38;0;1;245;70;;;;4;;gag ;0;380;18;10;38;8;30;-39;0;0;849;46;;;;**;;gag ;0;390;13;22;39;8;13;-40;2;1;71;180;;;;22;;tgc ;0;400;12;20;40;10;11;-41;0;1;113;246;;;;**;;ggc 8;4;reste;297;316;reste;2174;3304;-42;0;0;149;350;;;;;; 51;52;total;2564;3995;total;2564;3995;-43;0;1;167;80;;;;;; 42;47;diagr;2260;3675;diagr;383;687;-44;0;0;124;183;;;;;; 1;2; t30;290;517;;;;-45;2;0;318;135;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;57;140;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;259;749;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;199;819;;;;;; ;x;2557;93;7;2657;;;-49;1;1;148;251;;;;;; ;c;3991;959;4;4954;;;-50;2;1;-13;94;;;;;; ;;;;;7611;171;;reste;14;21;25;270;;;;;; ;;;;;;7782;;total;93;959;32;;;;;;; </pre> =====ksk autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_autres_intercalaires_aas|ksk autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ksk;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;629741;630835;188;*; ;comp;tRNA;631024;631098;140;*;act fin;comp;CDS;631239;632909;;; deb;comp;CDS;975508;975957;214;*; ;;tRNA;976172;976242;66;*;tgc fin;;CDS;976309;977706;;0; deb;comp;CDS;1013242;1014198;71;*; ;comp;tRNA;1014270;1014354;35;*;other ;comp;tRNA;1014390;1014474;967;*;other fin;;CDS;1015442;1015951;;; deb;;CDS;1614812;1615585;108;*; ;comp;tRNA;1615694;1615765;209;*;gtg ;comp;tRNA;1615975;1616046;462;*;gtg fin;;CDS;1616509;1616922;;; deb;comp;CDS;1620154;1621197;303;*; ;;tRNA;1621501;1621573;79;*;ggc ;;tRNA;1621653;1621726;36;*;tgc ;;tRNA;1621763;1621834;34;*;gtc ;;tRNA;1621869;1621940;37;*;gtc ;;tRNA;1621978;1622052;240;*;gtc fin;comp;CDS;1622293;1622469;;0; deb;comp;CDS;1706631;1707242;101;*; ;comp;rRNA;1707344;1707460;78;*;117 ;comp;rRNA;1707539;1710646;291;*;3108 ;comp;rRNA;1710938;1712461;672;*;1524 fin;;CDS;1713134;1713583;;; deb;;CDS;1888172;1888537;82;*; ;comp;rRNA;1888620;1888736;78;*;117 ;comp;rRNA;1888815;1891921;291;*;3107 ;comp;rRNA;1892213;1893736;619;*;1524 fin;comp;CDS;1894356;1895450;;; deb;comp;CDS;1969567;1970022;551;*; ;;tRNA;1970574;1970661;1;*;ctc fin;comp;CDS;1970663;1971622;;0; deb;comp;CDS;2263749;2264402;92;*; ;;tRNA;2264495;2264577;108;*;ttg fin;;CDS;2264686;2265490;;0; deb;;CDS;2661716;2662345;70;*; ;comp;ncRNA;2662416;2662817;52;*; fin;comp;CDS;2662870;2663124;;1; deb;;CDS;2740927;2741106;79;*; ;comp;tRNA;2741186;2741257;172;*;gta fin;;CDS;2741430;2742695;;; deb;;CDS;2785520;2787781;292;*; ;comp;tRNA;2788074;2788147;299;*;atgi fin;;CDS;2788447;2789340;;; deb;;CDS;2789514;2790302;119;*; ;comp;tRNA;2790422;2790494;5;*;aac ;comp;tRNA;2790500;2790572;309;*;aac fin;;CDS;2790882;2791175;;; deb;comp;CDS;2885846;2887138;92;*; ;comp;tRNA;2887231;2887303;269;*;gcc ;comp;tRNA;2887573;2887645;38;*;gcc ;comp;tRNA;2887684;2887756;156;*;gcc fin;comp;CDS;2887913;2888560;;; deb;comp;CDS;2930765;2932159;254;*; ;comp;tRNA;2932414;2932487;151;*;cca ;;tRNA;2932639;2932712;151;*;gga fin;comp;CDS;2932864;2933883;;; deb;comp;CDS;2982257;2982772;182;*; ;comp;rRNA;2982955;2983071;78;*;117 ;comp;rRNA;2983150;2986255;290;*;3106 ;comp;rRNA;2986546;2988069;525;*;1524 fin;comp;CDS;2988595;2989311;;; deb;;CDS;3017346;3017948;114;*; ;;tRNA;3018063;3018138;176;*;cac fin;;CDS;3018315;3018761;;0; deb;;CDS;3036003;3036545;108;*; ;;tRNA;3036654;3036727;101;*;aag fin;;CDS;3036829;3037074;;1; deb;comp;CDS;3042508;3044088;112;*; ;;tRNA;3044201;3044274;66;*;aag fin;comp;CDS;3044341;3044712;;0; deb;comp;CDS;3073276;3074226;70;*; ;comp;tRNA;3074297;3074387;18;*;cga ;comp;tRNA;3074406;3074496;18;*;cga ;comp;tRNA;3074515;3074605;18;*;other ;comp;tRNA;3074624;3074714;18;*;cga ;comp;tRNA;3074733;3074823;176;*;other fin;;CDS;3075000;3076004;;; deb;;CDS;3110984;3111742;84;*; ;;tRNA;3111827;3111900;129;*;aag ;;tRNA;3112030;3112103;312;*;aag fin;;CDS;3112416;3114647;;; deb;comp;CDS;3155159;3157495;252;*; ;;tRNA;3157748;3157831;70;*;cta fin;comp;CDS;3157902;3158507;;; deb;comp;CDS;3209463;3209777;463;*; ;;tRNA;3210241;3210315;1447;*;tgc fin;comp;CDS;3211763;3211972;;; deb;comp;CDS;3232464;3233834;193;*; ;comp;tmRNA;3234028;3234406;122;*; fin;comp;CDS;3234529;3235011;;; deb;comp;CDS;3289487;3289639;251;*; ;comp;rRNA;3289891;3290007;78;*;117 ;comp;rRNA;3290086;3293192;291;*;3107 ;comp;rRNA;3293484;3295007;645;*;1524 fin;comp;CDS;3295653;3296657;;0; deb;comp;CDS;3608197;3608565;139;*; ;comp;tRNA;3608705;3608777;310;*;tgg fin;;CDS;3609088;3610326;;; deb;comp;CDS;3616649;3616813;83;*; ;comp;tRNA;3616897;3616969;42;*;atgj ;comp;tRNA;3617012;3617084;263;*;acc deb;;CDS;3617348;3618601;75;*; ;comp;tRNA;3618677;3618757;214;*;tac fin;;CDS;3618972;3619460;;; deb;;CDS;3848397;3851321;93;*; ;comp;tRNA;3851415;3851488;314;*;aca fin;;CDS;3851803;3852900;;; deb;comp;CDS;3985689;3986465;748;*; ;comp;tRNA;3987214;3987290;117;*;acg fin;comp;CDS;3987408;3988070;;; deb;;CDS;4070175;4071119;88;*; ;;tRNA;4071208;4071281;402;*;ccg fin;;CDS;4071684;4073162;;; deb;comp;CDS;4092593;4094809;66;*; ;comp;ncRNA;4094876;4094966;132;*; ;;tRNA;4095099;4095183;329;*;tcc fin;;CDS;4095513;4095974;;; deb;;CDS;4142060;4142491;52;*; ;;tRNA;4142544;4142633;159;*;tcg fin;;CDS;4142793;4143458;;0; deb;comp;CDS;4160403;4160585;278;*; ;comp;tRNA;4160864;4160939;35;*;cgt ;comp;tRNA;4160975;4161050;240;*;cgt ;comp;tRNA;4161291;4161381;201;*;agc fin;;CDS;4161583;4164981;;0; deb;comp;CDS;4176515;4177270;252;*; ;comp;tRNA;4177523;4177608;58;*;tca fin;comp;CDS;4177667;4178776;;0; deb;comp;CDS;4235119;4239375;1021;*; ;comp;tRNA;4240397;4240470;157;*;ggg fin;;CDS;4240628;4240849;;; deb;;CDS;4285356;4285673;154;*; ;;tRNA;4285828;4285900;51;*;ggc ;;tRNA;4285952;4286024;161;*;ggc fin;;CDS;4286186;4287187;;; deb;;CDS;4381966;4383351;16;*; ;;tRNA;4383368;4383441;285;*;atc fin;;CDS;4383727;4384749;;; deb;;CDS;4385317;4385445;110;*; ;;tRNA;4385556;4385628;76;*;gca fin;comp;CDS;4385705;4386631;;0; deb;comp;CDS;4400257;4401138;353;*; ;;tRNA;4401492;4401575;47;*;ctg fin;comp;CDS;4401623;4402147;;0; deb;;CDS;4622363;4622569;405;*; ;comp;tRNA;4622975;4623048;116;*;gac fin;comp;CDS;4623165;4627139;;0; deb;comp;CDS;4640228;4640773;109;*; ;comp;tRNA;4640883;4640959;34;*;ttc ;comp;tRNA;4640994;4641067;42;*;gac ;comp;tRNA;4641110;4641182;145;*;gaa fin;comp;CDS;4641328;4641669;;0; deb;;CDS;4651026;4651709;122;*; ;;tRNA;4651832;4651904;245;*;aaa fin;;CDS;4652150;4652317;;0; deb;comp;CDS;4770979;4772697;849;*; ;comp;tRNA;4773547;4773620;75;*;atgf deb;;CDS;4773696;4774130;-3;*; ;comp;tRNA;4774128;4774201;71;*;atgf fin;comp;CDS;4774273;4775532;;0; deb;;CDS;4794735;4795958;553;*; ;;rRNA;4796512;4798035;291;*;1524 ;;rRNA;4798327;4801434;76;*;3108 ;;rRNA;4801511;4801627;280;*;117 fin;;CDS;4801908;4802828;;; deb;;CDS;5026285;5027319;113;*; ;;tRNA;5027433;5027505;70;*;agg fin;comp;CDS;5027576;5028037;;1; deb;;CDS;5075303;5076238;149;*; ;;tRNA;5076388;5076464;46;*;gcg fin;comp;CDS;5076511;5077533;;0; deb;comp;CDS;5121699;5123603;180;*; ;;tRNA;5123784;5123856;167;*;acc fin;;CDS;5124024;5124683;;; deb;comp;CDS;5131586;5132572;246;*; ;;tRNA;5132819;5132889;124;*;caa fin;;CDS;5133014;5134459;;; deb;comp;CDS;5215779;5216147;318;*; ;comp;tRNA;5216466;5216550;350;*;tta fin;;CDS;5216901;5217674;;; deb;;CDS;5427006;5430017;57;*; ;;tRNA;5430075;5430148;259;*;atgf fin;;CDS;5430408;5432459;;; deb;;CDS;5530116;5530868;80;*; ;comp;tRNA;5530949;5531020;183;*;cgg fin;;CDS;5531204;5531737;;; deb;;CDS;5713254;5714768;199;*; ;;tRNA;5714968;5715039;21;*;cag ;;tRNA;5715061;5715133;38;*;gag ;;tRNA;5715172;5715244;13;*;gag ;;tRNA;5715258;5715330;4;*;gag ;;tRNA;5715335;5715409;135;*;gag fin;comp;CDS;5715545;5716258;;0; deb;comp;CDS;5851701;5852435;734;*; ;;rRNA;5853170;5854693;280;*;1524 ;;rRNA;5854974;5858080;78;*;3107 ;;rRNA;5858159;5858275;205;*;117 fin;;CDS;5858481;5859890;;; deb;;CDS;5930032;5931717;452;*; ;;rRNA;5932170;5933693;280;*;1524 ;;rRNA;5933974;5937080;76;*;3107 ;;rRNA;5937157;5937273;271;*;117 fin;;CDS;5937545;5938228;;0; deb;;CDS;6072887;6073678;405;*; ;;rRNA;6074084;6075607;288;*;1524 ;;rRNA;6075896;6079001;78;*;3106 ;;rRNA;6079080;6079196;3080;*;117 fin;;CDS;6082277;6082420;;; deb;;CDS;6103592;6104206;140;*; ;comp;tRNA;6104347;6104419;749;*;aga fin;;CDS;6105169;6105423;;; deb;;CDS;6398346;6399611;611;*; ;;rRNA;6400223;6401746;291;*;1524 ;;rRNA;6402038;6405144;108;*;3107 ;;rRNA;6405253;6405369;239;*;117 fin;;CDS;6405609;6406436;;; deb;;CDS;6484449;6485687;148;*; ;;tRNA;6485836;6485909;819;*;ccc fin;comp;CDS;6486729;6487430;;; deb;comp;CDS;7351591;7353366;251;*; ;;tRNA;7353618;7353693;-13;*;gcc fin;;CDS;7353681;7353821;;; deb;;CDS;7353841;7355253;25;*; ;;tRNA;7355279;7355351;22;*;tgc ;;tRNA;7355374;7355446;32;*;ggc fin;;CDS;7355479;7356687;;0; deb;;CDS;7459688;7460983;94;*; ;comp;tRNA;7461078;7461165;270;*;ctc fin;;CDS;7461436;7462761;;; </pre> ====ksk distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_distribution|ksk distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;3;gac;;ggc;2 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;3;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ksk;;37;;;;;;;ksk;14;;;;;;;;ksk;19;;;;;; </pre> ===actino synthèse=== ====actino distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_génome|actino distribution par génome]] <pre> actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total ase;58;32;;;;0;6;;96 blo;19;31;;;;0;6;;56 sma;17;48;;;;0;7;;72 ksk;14;37;;;;0;19;;70 total;108;148;0;0;0;0;38;0;294 </pre> ====actino distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_du_total|actino distribution du total]] <pre> actino4;;;;;;;294 atgi;4;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;1;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10 atc;5;acc;7;aac;9;agc;7 ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9 gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14 tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5 cta;4;cca;6;caa;3;cga; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7 ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7 atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4 ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5 gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;146;148;;;;0;295 </pre> ====actino distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_type|actino distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38 atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc; ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4 gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2 tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg; ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====actino par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_par_rapport_au_groupe_de_référence|actino par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;55;28;26;;;;109; 16;moyen;50;38;;;;;88; 14;fort;43;42;12;;;;97; ; ;148;108;38;;;;294; 10;g+cga;31;18;15;;;;64; 2;agg+cgg;8;1;;;;;9; 4;carre ccc;15;9;11;;;;35; 5;autres;1;;;;;;1; ;;55;28;26;;;;109; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;187;95;88;;;;371;26 16;moyen;170;129;;;;;299;324 14;fort;146;143;41;;;;330;650 ; ;503;367;129;;;;294;729 10;g+cga;105;61;51;;;;218;10 2;agg+cgg;27;3;;;;;31; 4;carre ccc;51;31;37;;;;119;16 5;autres;3;;;;;;3; ;;187;95;88;;;;371; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;187;95;88;371;26;37;26;68 16;moyen;170;129;;299;324;34;35; 14;fort;146;143;41;330;650;29;39;32 ; ;503;367;129;294;729;148;108;38 10;g+cga;105;61;51;218;10;56;64;58 2;agg+cgg;27;3;;31;;15;4; 4;carre ccc;51;31;37;119;16;27;32;42 5;autres;3;;;3;;2;; ;;187;95;88;371;;55;28;26 </pre> ====actinobacteria, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actinobacteria,_estimation_des_-rRNAs|actinobacteria, estimation des -rRNAs]] <pre> actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 99 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;99;2; ; ;;indices;;;;99;2;0;0;;actino4;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;294 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;7;aac;9;agc;7 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;5;aga;5 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;4;cca;6;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;88;;97;;109;294 26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;86713;0.5;0.2;;;;;;618;21937;0,5;0,2;;actino;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;275 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;25;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;106;tcc;98;tac;104;tgc;118;;ttc;106;tcc;100;tac;104;tgc;118;;ttc;125;tcc;125;tac;125;tgc;250 atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;125;acc;175;aac;225;agc;175 ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;200;ccc;150;cac;125;cgt;225 gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;275;gcc;250;gac;250;ggc;350 tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;125;aga;125 cta;100;cca;100;caa;99;cga;1;;cta;100;cca;100;caa;99;cga;1.4;;cta;100;cca;150;caa;75;cga; gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;100;gca;125;gaa;125;gga;175 ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;125;tcg;100;tag;;tgg;175 atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;100;acg;150;aag;275;agg;100 ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;175;ccg;100;cag;200;cgg;125 gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;250;gcg;150;gag;250;ggg;125 ;;1677;;1634;;1736;5047;;;;1679;;1634;;1736;5049;;;;2200;;2425;;2725;7350 rapports;;100;;100;;100;100;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;actino;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;54.081;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;100;tat;;atgf;51 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;5354;;;0/0;;;;;att;;act;97;aat;;agt;100 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;2;;;10;10;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;99;;;20;12;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;98;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;15;tcc;22;tac;17;tgc;53 atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;actino;73.5;;;40;5;;;;atc;17;acc;37;aac;44;agc;41 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;294;;;50;12;41;;;ctc;44;ccc;29;cac;20;cgt;42 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;0;;;60;4;;;;gtc;47;gcc;48;gac;45;ggc;47 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;0;aaa;17;aga;18 cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par actino ;;;;90;0;;;;cta;0;cca;33;caa;24;cga;100 gta;100;gca;100;gaa;100;gga;100;;est 36% au dessus;;;;100;3;;;;gta;2;gca;5;gaa;19;gga;38 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;16;tcg;20;tag;100;tgg;38 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;2;acg;31;aag;54;agg;4 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;43;ccg;1;cag;45;cgg;16 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;54;gcg;43;gag;43;ggg;17 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;313;;395;;593;1301 </pre> ==cyano== ===npu=== ====npu opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_opérons|npu opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Nost_punc_PCC_73102_ATCC_29133/nostPunc_PCC_73102_ATCC29133-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_010628.1;npu;;genome;;;;;;;; 41.4%GC;12.8.19 Paris;16s 4;79;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Nostoc punctiforme PCC 73102 ATCC 29133 ;;;;;;;;;;; ;199270..199464;;CDS;;237;237;;;65;; comp;199702..199775;;agg;;33;33;;;;; comp;199809..200906;;CDS;;;;;;366;; ;;;;;;;;;;; comp;352653..353060;;CDS;;690;*690;;;136;; comp;353751..353822;;ggc;;147;147;;;;; comp;353970..354548;;CDS;;;;;;193;; ;;;;;;;;;;; ;503259..503606;;CDS;;145;145;;;116;; ;503752..503827;;atgj;+;-1;;*-1;;;; ;503827..503901;;atgj;2 atg;397;397;;;;; ;504299..505384;;CDS;@1;;;;;362;; ;;;;;;;;;;; comp;777899..778429;;CDS;;34;34;;;177;; ;778464..778537;;cgt;;38;38;;;;; comp;778576..779829;;CDS;;;;;;418;; ;;;;;;;;;;; ;878016..878609;;CDS;;384;384;;;198;; ;878994..879064;;tgc;;205;205;;;;; ;879270..879491;;CDS;;;;;;74;; ;;;;;;;;;;; comp;951559..952671;;CDS;;53;53;;;371;; ;952725..952796;;acc;;310;310;;;;; comp;953107..953340;;CDS;;;;;;78;; ;;;;;;;;;;; comp;954493..955170;;CDS;;72;72;;;226;; comp;955243..955315;;aga;;356;356;;;;; ;955672..956331;;CDS;;;;;;220;; ;;;;;;;;;;; ; 1054005..1054811;;CDS;;290;290;;;269;; comp;1055102..1055172;;gga;;50;50;;;;; comp;1055223..1056383;;CDS;;;;;;387;; ;;;;;;;;;;; comp;1175326..1175523;;CDS;;247;247;;;66;; comp;1175771..1175844;;ccg;;138;138;;;;; ;1175983..1176855;;CDS;;;;;;291;; ;;;;;;;;;;; ;1380042..1380593;;CDS;;226;226;;;184;; comp;1380820..1380904;;tcc;;107;107;;;;; ;1381012..1381380;;CDS;;;;;;123;; ;;;;;;;;;;; ;1442145..1442867;;CDS;;32;32;;;241;; ;1442900..1442974;;ttc;;362;362;;;;; ;1443337..1444770;;CDS;;;;;;478;; ;;;;;;;;;;; comp;1650791..1652236;;CDS;;133;133;;;482;; comp;1652370..1652443;;gac;;111;111;;;;; comp;1652555..1653088;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; comp;2020233..2021171;;CDS;;317;317;;;313;; ;2021489..2022985;;16s;;123;;;;1497;; ;2023109..2023185;;atc;;79;;;79;;; ;2023265..2023340;;gca;;249;;;;;; ;2023590..2026486;;23s;;59;;;;2897;; ;2026546..2026663;;5s;;230;230;;;118;; > comp;2026894..2027373;;CDS;;;;;;160;; ;;;;;;;;;;; comp;2303766..2304149;;CDS;;124;124;;;128;; ;2304274..2304349;;cac;;1362;*1362;;;;; ;2305712..2308132;;CDS;;;;;;*807;; ;;;;;;;;;;; comp;3372671..3373291;;CDS;;143;143;;;207;; ;3373435..3373507;;gta;;415;*415;;;;; ;3373923..3374555;;CDS;;;;;;211;; ;;;;;;;;;;; comp;3434121..3435443;;CDS;;204;204;;;441;; comp;3435648..3435739;;agc;;141;141;;;;; comp;3435881..3436813;;CDS;;;;;;311;; ;;;;;;;;;;; ;3439846..3440202;;CDS;@2;-19;*-19;;;119;; comp;3440184..3440257;;gca;;48;;48;;;; comp;3440306..3440378;;aca;+;8;;8;;;; comp;3440387..3440462;;atgf;2 aca;11;;11;;;; comp;3440474..3440546;;cta;;4;;4;;;; comp;3440551..3440623;;ccg;;6;;6;;;; comp;3440630..3440706;;ctc;;2;;2;;;; comp;3440709..3440785;;ctg;;3;;3;;;; comp;3440789..3440861;;cca;;1;;1;;;; comp;3440863..3440940;;tta;;6;;6;;;; comp;3440947..3441023;;ttg;;6;;6;;;; comp;3441030..3441105;;caa;;3;;3;;;; comp;3441109..3441181;;cag;;5;;5;;;; comp;3441187..3441261;;aac;;6;;6;;;; comp;3441268..3441365;;aca;;81;;*81;;;; comp;3441447..3441521;;cgt;;4;;4;;;; comp;3441526..3441615;;agc;;113;;*113;;;; comp;3441729..3441800;;gaa;;58;;58;;;; comp;3441859..3441933;;tgg;;88;;*88;;;; comp;3442022..3442095;;tgc;;132;;*132;;;; comp;3442228..3442301;;gac;;118;118;;;;; comp;3442420..3442614;;CDS;;;;;;65;; ;;;;;;;;;;; ;3448311..3448919;;CDS;;80;80;;;203;; comp;3449000..3449072;;gaa;;120;120;;;;; ;3449193..3449375;;CDS;;;;;;61;; ;;;;;;;;;;; ;4538041..4538745;;CDS;;151;151;;;235;; ;4538897..4538981;;tcg;;194;194;;;;; ;4539176..4540357;;CDS;;;;;;394;; ;;;;;;;;;;; comp;4869164..4869988;;CDS;;584;*584;;;275;; comp;4870573..4870646;;cca;;298;298;;;;; comp;4870945..4871493;;CDS;;;;;;183;; ;;;;;;;;;;; comp;5426384..5427841;;CDS;;100;100;;;486;; comp;5427942..5428018;;atgf;;46;46;;;;; comp;5428065..5429018;;CDS;;;;;;318;; ;;;;;;;;;;; comp;5480844..5481563;;CDS;;407;*407;;;240;; comp;5481971..5482043;;gcc;;94;94;;;;; comp;5482138..5482332;;CDS;;;;;;65;; ;;;;;;;;;;; ;5510568..5511620;;CDS;;319;319;;;351;; comp;5511940..5512057;;5s;;59;;;;118;; comp;5512117..5515016;;23s;;249;;;;2900;; comp;5515266..5515341;;gca;;82;;;82;;; comp;5515424..5515497;;atc;;123;;;;;; comp;5515621..5517117;;16s;;682;*682;;;1497;; comp;5517800..5519035;;CDS;;;;;;412;; ;;;;;;;;;;; comp;5572068..5572769;;CDS;;290;290;;;234;; ;5573060..5573132;;atgi;;153;153;;;;; comp;5573286..5573720;;CDS;;;;;;145;; ;;;;;;;;;;; ;5573827..5574450;;CDS;;93;93;;;208;; comp;5574544..5574615;;aca;;345;345;;;;; ;5574961..5575881;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; < comp;5655591..5655800;;CDS;;21;21;;;70;; comp;5655822..5655893;;aac;;144;144;;;;; comp;5656038..5656589;;CDS;;;;;;184;; ;;;;;;;;;;; ;5688669..5689538;;CDS;;75;75;;;290;; ;5689614..5689689;;ttc;;663;*663;;;;; comp;5690353..5692080;;CDS;;;;;;*576;; ;;;;;;;;;;; ;5756596..5757801;;CDS;;66;66;;;402;; ;5757868..5757940;;cgg;;400;400;;;;; comp;5758341..5759045;;CDS;;;;;;235;; ;;;;;;;;;;; comp;6075820..6077016;;CDS;;175;175;;;399;; comp;6077192..6077263;;ggg;;171;171;;;;; comp;6077435..6078052;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; comp;6083633..6084493;;CDS;;676;*676;;;287;; ;6085170..6086666;;16s;;123;;;;1497;; ;6086790..6086866;;atc;;79;;;79;;; ;6086946..6087021;;gca;;249;;;;;; ;6087271..6090169;;23s;;59;;;;2899;; ;6090229..6090346;;5s;;176;176;;;118;; comp;6090523..6090720;;CDS;;;;;;66;; ;;;;;;;;;;; comp;6498176..6499135;;CDS;;149;149;;;320;; comp;6499285..6499402;;5s;;59;;;;118;; comp;6499462..6502360;;23s;;249;;;;2899;; comp;6502610..6502685;;gca;;79;;;79;;; comp;6502765..6502841;;atc;;123;;;;;; comp;6502965..6504461;;16s;;315;315;;;1497;; ;6504777..6505643;;CDS;;;;;;289;; ;;;;;;;;;;; ;6889916..6890785;;CDS;;61;61;;;290;; ;6890847..6890918;;aaa;;294;294;;;;; comp;6891213..6892148;;CDS;;;;;;312;; ;;;;;;;;;;; ;6948457..6949644;;CDS;;162;162;;;396;; ;6949807..6949888;;cta;;400;400;;;;; ;6950289..6950609;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; comp;6980662..6982233;;CDS;;171;171;;;*524;; ;6982405..6982478;;gtc;;1521;*1521;;;;; comp;6984000..6985919;;CDS;;;;;;*640;; ;;;;;;;;;;; ;7066111..7067829;;CDS;;232;232;;;*573;; comp;7068062..7068133;;caa;;270;270;;;;; comp;7068404..7069606;;CDS;;;;;;401;; ;;;;;;;;;;; comp;7071719..7071991;;CDS;;39;39;;;91;; comp;7072031..7072114;;ttg;;109;109;;;;; comp;7072224..7073345;;CDS;;;;;;374;; ;;;;;;;;;;; comp;7074644..7076011;;CDS;;409;*409;;;456;; ;7076421..7076502;;ctg;;95;95;;;;; ;7076598..7077374;;CDS;;;;;;259;; ;;;;;;;;;;; ;7130044..7131132;;CDS;;131;131;;;363;; comp;7131264..7131335;;acg;;33;33;;;;; ;7131369..7131662;;CDS;;;;;;98;; ;;;;;;;;;;; ;7224805..7225167;;CDS;;146;146;;;121;; ;7225314..7225386;;tgg;;378;378;;;;; ;7225765..7225986;;CDS;;;;;;74;; ;;;;;;;;;;; comp;7346902..7348245;;CDS;;396;396;;;448;; ;7348642..7348724;;ctc;;127;127;;;;; ;7348852..7349475;;CDS;;;;;;208;; ;;;;;;;;;;; ;7506243..7506593;;CDS;;747;*747;;;117;; comp;7507341..7507414;;ccc;;50;50;;;;; comp;7507465..7507830;;CDS;;;;;;122;; ;;;;;;;;;;; ;7517008..7519347;;CDS;;167;167;;;*780;; ;7519515..7519588;;atgj;;213;213;;;;; <> comp;7519802..7520109;;CDS;;;;;;103;; ;;;;;;;;;;; comp;7571389..7571706;;CDS;;895;*895;;;106;; comp;7572602..7572676;;aag;;63;63;;;;; comp;7572740..7574992;;CDS;;;;;;*751;; ;;;;;;;;;;; comp;7610323..7610769;;CDS;;481;*481;;;149;; comp;7611251..7611323;;gca;;71;71;;;;; ;7611395..7612312;;CDS;;;;;;306;; ;;;;;;;;;;; ;7936008..7936736;;CDS;;65;65;;;243;; ;7936802..7936874;;gcg;;437;*437;;;;; ;7937312..7938874;;CDS;;;;;;*521;; ;;;;;;;;;;; ;7972961..7973239;;CDS;;313;313;;;93;; comp;7973553..7973624;;acc;;88;;*88;;;; comp;7973713..7973798;;tac;;124;124;;;;; comp;7973923..7974897;;CDS;;;;;;325;; ;;;;;;;;;;; ;7975047..7975976;;CDS;;100;100;;;310;; ;7976077..7976161;;tca;;374;374;;;;; ;7976536..7978545;;CDS;;;;;;*670;; </pre> ====npu cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_cumuls|npu cumuls]] <pre> npu cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;4;1;2;;1;1;1;;100;13;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;12;;50;10;40;;200;21;60;0 ;16 atc gca;4;40;0;;100;14;80;;300;22;90;10 ;16 23 5s a;0;60;2;;150;18;120;;400;19;120;9 ;max a;2;80;0;3;200;9;160;;500;10;150;7 ;a doubles;0;100;3;1;250;8;200;;600;4;180;3 ;autres;0;120;1;;300;5;240;;700;2;210;10 ;total aas;8;140;1;;350;6;280;;800;2;240;7 sans ;opérons;43;160;0;;400;9;320;;900;1;270;4 ;1 aa;40;180;0;;450;4;360;;1000;0;300;6 ;max a;20;200;0;;500;1;400;;1100;0;330;9 ;a doubles;2;;0;;;9;;;;0;;29 ;total aas;64;;21;4;;94;;0;;94;;94 total aas;;72;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;32;79;;254;;;;279;; ;;;variance;43;0;;254;;;;171;; sans jaune;;;moyenne;11;;;176;;;;240;;188 ;;;variance;17;;;111;;;;122;;85 </pre> ====npu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_blocs|npu blocs]] <pre> npu blocs;;;; CDS;317;313;676;287 16s;123;1497;123;1497 atc;79;;79; gca;249;;249; 23s;59;2897;59;2899 5s;230;118;176;118 CDS;;160;;66 ;;;; CDS;319;351;149;320 5s;59;118;59;118 23s;249;2900;249;2899 gca;82;;79; atc;123;;123; 16s;682;1497;315;1497 CDS;;412;;289 </pre> ====npu remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_remarques|npu remarques]] <pre> gtRNAdb;;;;;;;79;;cumuls;;;;;;;72 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;2;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;4;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;4;acc;2;aac;2;agc;2 ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;2 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;1;aca;2;aaa;2;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;1;aga;1 cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1 ttg;3;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;3;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;3;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ====npu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_distribution|npu distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total npu;;39;;;;;;;npu;21;;;;;;;;npu;4;;;;;; </pre> ====npu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_données_intercalaires|npu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;npu;fx;fc;npu;fx40;fc40;npu;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;4;15;0;4;15;-1;0;54;33;237;CDS 16s;; ;1;10;50;188;1;2;22;-2;6;0;690;34;;317; ;0;20;52;152;2;4;24;-3;0;1;147;38;;317; ;1;30;43;135;3;8;22;-4;15;135;145;356;;676; 3;4;40;53;132;4;8;16;-5;1;0;397;290;;315; ;3;50;54;142;5;10;25;-6;2;0;216;518;23s 5s;; 1;0;60;63;142;6;3;17;-7;1;8;615;138;4* 61;; 1;4;70;74;115;7;2;17;-8;1;34;5;226;5s CDS;; 2;2;80;59;146;8;6;16;-9;1;0;231;107;149;68; ;0;90;64;129;9;5;12;-10;1;6;384;124;;319; 1;4;100;59;129;10;2;17;-11;0;27;205;143;;176; 2;1;110;63;168;11;8;15;-12;0;0;72;102;16s tRNA;; ;2;120;61;138;12;3;17;-13;0;11;50;80;4* 131;;atc 1;2;130;56;101;13;5;15;-14;2;23;37;327;tRNA 23s;; 3;1;140;84;119;14;8;23;-15;1;1;247;51;4* 260;;gca 1;6;150;63;107;15;4;15;-16;0;5;705;290;tRNA tRNA;;intra 1;1;160;60;99;16;3;9;-17;0;15;145;153;4* 82;;atc gca ;2;170;48;104;17;4;16;-18;2;0;32;93;tRNA tRNA;; 1;2;180;49;81;18;2;9;-19;1;1;368;345;-1;;atgj ;0;190;47;79;19;10;19;-20;1;10;133;666;**;;atgj ;1;200;49;73;20;5;14;-21;1;0;111;137;44;;other ;2;210;60;55;21;3;15;-22;0;2;1365;427;**;;other ;1;220;33;65;22;7;5;-23;2;6;415;294;156;;aaa 1;0;230;29;69;23;3;11;-24;0;0;204;171;7;;other 2;1;240;38;54;24;4;10;-25;0;2;141;1521;6;;cac ;1;250;39;63;25;3;11;-26;2;8;118;232;48;;gca ;0;260;31;74;26;4;19;-27;1;0;409;409;8;;aca ;2;270;33;53;27;7;15;-28;2;4;151;131;10;;atgf ;0;280;31;53;28;5;18;-29;3;1;194;33;4;;cta 2;0;290;34;47;29;3;16;-30;0;0;599;396;6;;ccg 1;1;300;42;48;30;4;15;-31;0;2;298;747;5;;ctc 1;0;310;25;42;31;6;13;-32;0;4;100;301;3;;ctg ;1;320;27;42;32;3;12;-33;2;0;46;71;1;;cca 1;0;330;26;33;33;6;12;-34;0;0;407;70;6;;tta ;0;340;22;37;34;4;7;-35;0;6;94;;6;;ttg 1;0;350;34;43;35;3;10;-36;0;0;24;;3;;caa 1;0;360;27;42;36;10;16;-37;1;4;144;;5;;cag ;1;370;15;20;37;4;13;-38;2;5;75;;6;;aac ;2;380;36;33;38;5;17;-39;0;0;66;;81;;aca ;1;390;18;17;39;10;19;-40;0;1;268;;4;;cgt 1;1;400;16;29;40;2;13;-41;0;1;175;;4;;agc 6;11;reste;535;586;reste;2104;3377;-42;0;0;171;;7;;tac 34;62;total;2306;3999;total;2306;3999;-43;0;1;61;;62;;gaa 28;51;diagr;1767;3398;diagr;198;607;-44;1;1;162;;3;;tgg 0;2; t30;145;475;;;;-45;0;0;313;;11;;atgi ;;;;;;;;-46;1;0;270;;3;;tgc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;1;39;;4;;other ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;109;;**;;gac ;x;2302;67;4;2373;;;-49;0;0;95;;88;;acc ;c;3984;402;15;4401;;;-50;0;0;146;;**;;tac ;;;;;6774;157;;reste;12;22;378;;;; ;;;;;;6931;;total;67;402;127;;;; ;;;;;;;;;;;50;;;; ;;;;;;;;;;;167;;;; ;;;;;;;;;;;898;;;; ;;;;;;;;;;;63;;;; ;;;;;;;;;;;481;;;; ;;;;;;;;;;;65;;;; ;;;;;;;;;;;437;;;; ;;;;;;;;;;;124;;;; ;;;;;;;;;;;100;;;; ;;;;;;;;;;;374;;;; </pre> =====npu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_autres_intercalaires_aas|npu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;npu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;199270;199464;237;*; ;comp;tRNA;199702;199775;33;*;agg fin;comp;CDS;199809;200906;;0; deb;comp;CDS;352653;353060;690;*; ;comp;tRNA;353751;353822;147;*;ggc fin;comp;CDS;353970;354548;;; deb;;CDS;503259;503606;145;*; ;;tRNA;503752;503827;-1;*;atgj ;;tRNA;503827;503901;397;*;atgj deb;;CDS;504299;505384;216;*; ;;tRNA;505601;505673;615;*;ata fin;;CDS;506289;507815;;; deb;;CDS;727418;728587;5;*; ;;tRNA;728593;728664;231;*;other fin;;CDS;728896;730239;;; deb;comp;CDS;777899;778429;34;*; ;;tRNA;778464;778537;38;*;cgt fin;comp;CDS;778576;779829;;; deb;;CDS;878016;878609;384;*; ;;tRNA;878994;879064;205;*;tgc fin;;CDS;879270;879491;;; deb;comp;CDS;954493;955170;72;*; ;comp;tRNA;955243;955315;356;*;aga fin;;CDS;955672;956331;;; deb;;CDS;1054005;1054811;290;*; ;comp;tRNA;1055102;1055172;50;*;gga fin;comp;CDS;1055223;1056383;;; deb;comp;CDS;1081601;1082335;518;*; ;;tRNA;1082854;1082983;44;*;other ;;tRNA;1083028;1083149;37;*;other fin;;CDS;1083187;1084788;;; deb;comp;CDS;1175326;1175523;247;*; ;comp;tRNA;1175771;1175844;138;*;ccg fin;;CDS;1175983;1176855;;; deb;;CDS;1380042;1380593;226;*; ;comp;tRNA;1380820;1380904;107;*;tcc fin;;CDS;1381012;1381380;;; deb;;CDS;1440092;1440529;705;*; ;;tRNA;1441235;1441304;145;*;other fin;;CDS;1441450;1441650;;; deb;;CDS;1442145;1442867;32;*; ;;tRNA;1442900;1442968;368;*;ttc fin;;CDS;1443337;1444770;;; deb;;CDS;1484155;1484853;46;*; ;;ncRNA;1484900;1485316;115;*; fin;;CDS;1485432;1486151;;; deb;comp;CDS;1650791;1652236;133;*; ;comp;tRNA;1652370;1652443;111;*;gac fin;comp;CDS;1652555;1653130;;0; deb;comp;CDS;2020233;2021171;317;*; ;;rRNA;2021489;2022977;131;*;1489 ;;tRNA;2023109;2023182;82;*;atc ;;tRNA;2023265;2023337;260;*;gca ;;rRNA;2023598;2026484;61;*;2887 ;;rRNA;2026546;2026663;68;*;118 fin;comp;CDS;2026732;2026957;;; deb;comp;CDS;2303766;2304149;124;*; ;;tRNA;2304274;2304346;1365;*;cac fin;;CDS;2305712;2308132;;0; deb;comp;CDS;3372671;3373291;143;*; ;;tRNA;3373435;3373507;415;*;gta fin;;CDS;3373923;3374555;;; deb;comp;CDS;3434121;3435443;204;*; ;comp;tRNA;3435648;3435739;141;*;agc fin;comp;CDS;3435881;3436813;;; deb;;CDS;3438597;3439685;102;*; ;comp;tRNA;3439788;3439858;156;*;aaa ;comp;tRNA;3440015;3440097;7;*;other ;comp;tRNA;3440105;3440177;6;*;cac ;comp;tRNA;3440184;3440257;48;*;gca ;comp;tRNA;3440306;3440378;8;*;aca ;comp;tRNA;3440387;3440463;10;*;atgf ;comp;tRNA;3440474;3440546;4;*;cta ;comp;tRNA;3440551;3440623;6;*;ccg ;comp;tRNA;3440630;3440706;5;*;ctc ;comp;tRNA;3440712;3440785;3;*;ctg ;comp;tRNA;3440789;3440861;1;*;cca ;comp;tRNA;3440863;3440940;6;*;tta ;comp;tRNA;3440947;3441023;6;*;ttg ;comp;tRNA;3441030;3441105;3;*;caa ;comp;tRNA;3441109;3441181;5;*;cag ;comp;tRNA;3441187;3441261;6;*;aac ;comp;tRNA;3441268;3441365;81;*;aca ;comp;tRNA;3441447;3441521;4;*;cgt ;comp;tRNA;3441526;3441615;4;*;agc ;comp;tRNA;3441620;3441721;7;*;tac ;comp;tRNA;3441729;3441799;62;*;gaa ;comp;tRNA;3441862;3441933;3;*;tgg ;comp;tRNA;3441937;3442010;11;*;atgi ;comp;tRNA;3442022;3442095;3;*;tgc ;comp;tRNA;3442099;3442223;4;*;other ;comp;tRNA;3442228;3442301;118;*;gac fin;comp;CDS;3442420;3442614;;0; deb;;CDS;3448311;3448919;80;*; ;comp;tRNA;3449000;3449072;327;*;gaa fin;;CDS;3449400;3451319;;; deb;;CDS;3675128;3675659;409;*; ;;tRNA;3676069;3676151;51;*;tca fin;comp;CDS;3676203;3676421;;; deb;;CDS;4538041;4538745;151;*; ;;tRNA;4538897;4538981;194;*;tcg fin;;CDS;4539176;4540357;;0; deb;comp;CDS;4869164;4869973;599;*; ;comp;tRNA;4870573;4870646;298;*;cca fin;comp;CDS;4870945;4871493;;0; deb;comp;CDS;5108061;5113469;362;*; ;comp;ncRNA;5113832;5114015;60;*; fin;comp;CDS;5114076;5115230;;; deb;comp;CDS;5426384;5427841;100;*; ;comp;tRNA;5427942;5428018;46;*;atgf fin;comp;CDS;5428065;5429018;;; deb;comp;CDS;5480844;5481563;407;*; ;comp;tRNA;5481971;5482043;94;*;gcc fin;comp;CDS;5482138;5482332;;; deb;;CDS;5510568;5511620;319;*; ;comp;rRNA;5511940;5512057;61;*;118 ;comp;rRNA;5512119;5515008;260;*;2890 ;comp;tRNA;5515269;5515341;82;*;gca ;comp;tRNA;5515424;5515497;131;*;atc ;comp;rRNA;5515629;5517117;317;*;1489 fin;;CDS;5517435;5517515;;0; deb;comp;CDS;5572068;5572769;290;*; ;;tRNA;5573060;5573132;153;*;atgi fin;comp;CDS;5573286;5573720;;0; deb;;CDS;5573827;5574450;93;*; ;comp;tRNA;5574544;5574615;345;*;aca fin;;CDS;5574961;5575881;;; deb;comp;CDS;5655654;5655797;24;*; ;comp;tRNA;5655822;5655893;144;*;aac fin;comp;CDS;5656038;5656589;;; deb;;CDS;5688669;5689538;75;*; ;;tRNA;5689614;5689686;666;*;ttc fin;comp;CDS;5690353;5692080;;; deb;;CDS;5756596;5757801;66;*; ;;tRNA;5757868;5757940;137;*;cgg fin;comp;CDS;5758078;5758233;;; deb;;CDS;6022666;6023613;294;*; ;;tmRNA;6023908;6024297;537;*; fin;comp;CDS;6024835;6025290;;0; deb;comp;CDS;6048961;6050142;268;*; ;comp;tRNA;6050411;6050520;427;*;other fin;;CDS;6050948;6051328;;; deb;comp;CDS;6075820;6077016;175;*; ;comp;tRNA;6077192;6077263;171;*;ggg fin;comp;CDS;6077435;6078040;;; deb;comp;CDS;6083633;6084493;676;*; ;;rRNA;6085170;6086658;131;*;1489 ;;tRNA;6086790;6086863;82;*;atc ;;tRNA;6086946;6087018;260;*;gca ;;rRNA;6087279;6090167;61;*;2889 ;;rRNA;6090229;6090346;176;*;118 fin;comp;CDS;6090523;6090720;;; deb;comp;CDS;6498176;6499135;149;*; ;comp;rRNA;6499285;6499402;61;*;118 ;comp;rRNA;6499464;6502352;260;*;2889 ;comp;tRNA;6502613;6502685;82;*;gca ;comp;tRNA;6502768;6502841;131;*;atc ;comp;rRNA;6502973;6504461;315;*;1489 fin;;CDS;6504777;6505643;;0; deb;;CDS;6889916;6890785;61;*; ;;tRNA;6890847;6890918;294;*;aaa fin;comp;CDS;6891213;6892148;;; deb;;CDS;6948457;6949644;162;*; ;;tRNA;6949807;6949888;313;*;cta fin;;CDS;6950202;6950609;;0; deb;comp;CDS;6980662;6982233;171;*; ;;tRNA;6982405;6982478;1521;*;gtc fin;comp;CDS;6984000;6985919;;0; deb;;CDS;7066111;7067829;232;*; ;comp;tRNA;7068062;7068133;270;*;caa fin;comp;CDS;7068404;7069606;;; deb;comp;CDS;7071719;7071991;39;*; ;comp;tRNA;7072031;7072114;109;*;ttg fin;comp;CDS;7072224;7073345;;; deb;comp;CDS;7074644;7076011;409;*; ;;tRNA;7076421;7076502;95;*;ctg fin;;CDS;7076598;7077374;;0; deb;;CDS;7130044;7131132;131;*; ;comp;tRNA;7131264;7131335;33;*;acg fin;;CDS;7131369;7131662;;0; deb;;CDS;7224805;7225167;146;*; ;;tRNA;7225314;7225386;378;*;tgg fin;;CDS;7225765;7225986;;; deb;comp;CDS;7324019;7324405;25;*; ;comp;ncRNA;7324431;7324527;37;*; fin;comp;CDS;7324565;7324831;;0; deb;comp;CDS;7346902;7348245;396;*; ;;tRNA;7348642;7348724;127;*;ctc fin;;CDS;7348852;7349475;;; deb;;CDS;7506243;7506593;747;*; ;comp;tRNA;7507341;7507414;50;*;ccc fin;comp;CDS;7507465;7507830;;; deb;;CDS;7517041;7519347;167;*; ;;tRNA;7519515;7519588;301;*;atgj fin;comp;CDS;7519890;7520066;;; deb;comp;CDS;7571389;7571706;898;*; ;comp;tRNA;7572605;7572676;63;*;aag fin;comp;CDS;7572740;7574992;;; deb;comp;CDS;7610323;7610769;481;*; ;comp;tRNA;7611251;7611323;71;*;gca fin;;CDS;7611395;7612312;;0; deb;;CDS;7936008;7936736;65;*; ;;tRNA;7936802;7936874;437;*;gcg fin;;CDS;7937312;7938874;;; deb;;CDS;7973321;7973482;70;*; ;comp;tRNA;7973553;7973624;88;*;acc ;comp;tRNA;7973713;7973798;124;*;tac fin;comp;CDS;7973923;7974897;;0; deb;;CDS;7975047;7975976;100;*; ;;tRNA;7976077;7976161;374;*;tca fin;;CDS;7976536;7978545;;; </pre> ===pmg=== ====pmg opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_opérons|pmg opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Proc_mari_MIT_9301/procMari_MIT_9301-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009091.1;pmg;;genome;;;;;;;; 31.3%GC;13.8.19 Paris;16s 1;37;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Prochlorococcus marinus str. MIT 9301;;;;;;;;;;; comp;74235..75521;;CDS;;4;4;;;429;; comp;75526..75607;;ctt;;259;259;;;;; ;75867..77216;;CDS;;;;;;450;; ;;;;;;;;;;; ;132034..132708;;CDS;;49;49;;;225;; ;132758..132829;;aac;;566;*566;;;;; ;133396..133845;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; comp;239249..240268;;CDS;;170;170;;;340;; comp;240439..240520;;cta;;71;71;;;;; ;240592..241041;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; comp;257573..258844;;CDS;;77;77;;;424;; comp;258922..258995;;cgt;;86;86;;;;; ;259082..259333;;CDS;;;;;;84;; ;;;;;;;;;;; comp;272771..274039;;CDS;;18;18;;;423;; comp;274058..274130;;atgi;;141;141;;;;; ;274272..274832;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; ;305431..305850;;CDS;;84;84;;;140;; comp;305935..306010;;ttc;;91;91;;;;; comp;306102..307331;;CDS;;;;;;410;; ;;;;;;;;;;; ;313891..314472;;CDS;;178;178;;;194;; comp;314651..314722;;aca;;65;65;;;;; comp;314788..315120;;CDS;;;;;;111;; ;;;;;;;;;;; comp;320549..321988;;CDS;;603;*603;;;480;; ;322592..324074;;16s;;125;;;;;; ;324200..324273;;atc;;12;;;12;;; ;324286..324358;;gca;;256;;;;;; ;324615..327496;;23s;;60;;;;;; ;327557..327673;;5s;;43;43;;;;; comp;327717..328595;;CDS;;;;;;293;; ;;;;;;;;;;; comp;354976..355167;;CDS;;88;88;;;64;; comp;355256..355327;;acc;;10;;10;;;; comp;355338..355419;;tac;;102;102;;;;; ;355522..355962;;CDS;;;;;;147;; ;;;;;;;;;;; comp;434230..435660;;CDS;;17;17;;;477;; comp;435678..435751;;gac;;149;149;;;;; comp;435901..436095;;CDS;;35;35;;;65;; comp;436131..436203;;tgg;;53;53;;;;; comp;436257..436727;;CDS;;;;;;157;; ;;;;;;;;;;; ;521448..522497;;CDS;;99;99;;;350;; ;522597..522682;;tta;;78;78;;;;; ;522761..522994;;CDS;;;;;;78;; ;;;;;;;;;;; comp;609397..609897;;CDS;;249;249;;;167;; comp;610147..610233;;tca;;404;*404;;;;; ;610638..611399;;CDS;;;;;;254;; ;;;;;;;;;;; ;774440..775240;;CDS;;210;210;;;267;; comp;775451..775524;;ccc;;27;27;;;;; comp;775552..776280;;CDS;;;;;;243;; ;;;;;;;;;;; comp;828018..828392;;CDS;;49;49;;;125;; ;828442..828528;;tcc;;214;214;;;;; ;828743..830740;;CDS;;;;;;*666;; ;;;;;;;;;;; ;868731..869213;;CDS;;29;29;;;161;; ;869243..869316;;atgj;;67;67;;;;; ;869384..869671;;CDS;;;;;;96;; ;;;;;;;;;;; ;909742..910707;;CDS;;45;45;;;322;; ;910753..910829;;atgf;;591;*591;;;;; ;911421..911810;;CDS;;;;;;130;; ;;;;;;;;;;; ;996073..996609;;CDS;;16;16;;;179;; comp;996626..996698;;gaa;;41;41;;;;; comp;996740..997858;;CDS;;;;;;373;; ;;;;;;;;;;; comp;1040019..1040135;;CDS;;177;177;;;39;; ;1040313..1040384;;aaa;;512;*512;;;;; ;1040897..1041004;;CDS;;;;;;36;; ;;;;;;;;;;; ;1044863..1045423;;CDS;;276;276;;;187;; ;1045700..1045773;;cca;;188;188;;;;; comp;1045962..1046666;;CDS;;;;;;235;; ;;;;;;;;;;; ;1134197..1134427;;CDS;;251;251;;;77;; comp;1134679..1134763;;tcg;;63;63;;;;; comp;1134827..1135849;;CDS;;;;;;341;; ;;;;;;;;;;; comp;1163424..1164092;;CDS;;138;138;;;223;; ;1164231..1164304;;aga;;27;27;;;;; ;1164332..1165600;;CDS;;;;;;423;; ;;;;;;;;;;; ;1212124..1212894;;CDS;;58;58;;;257;; comp;1212953..1213025;;gcc;;129;129;;;;; comp;1213155..1214180;;CDS;;;;;;342;; ;;;;;;;;;;; ;1253753..1255123;;CDS;;525;*525;;;457;; ;1255649..1255730;;ttg;;5;5;;;;; ;1255736..1256911;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;1259549..1260784;;CDS;;131;131;;;412;; ;1260916..1260988;;cac;;72;72;;;;; ;1261061..1262455;;CDS;;;;;;465;; ;;;;;;;;;;; ;1275239..1277272;;CDS;;0;*0;;;*678;; comp;1277273..1277343;;gga;;112;112;;;;; ;1277456..1278802;;CDS;;;;;;449;; ;;;;;;;;;;; ;1308006..1308797;;CDS;;50;50;;;264;; ;1308848..1308919;;gtc;;67;67;;;;; ;1308987..1309604;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; comp;1419657..1419893;;CDS;;54;54;;;79;; ;1419948..1420019;;acg;;100;100;;;;; ;1420120..1420440;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; ;1453287..1454075;;CDS;;35;35;;;263;; comp;1454111..1454199;;agc;;61;61;;;;; comp;1454261..1455460;;CDS;;;;;;400;; ;;;;;;;;;;; ;1472925..1473932;;CDS;;94;94;;;336;; ;1474027..1474098;;caa;;16;16;;;;; ;1474115..1474891;;CDS;;;;;;259;; ;;;;;;;;;;; comp;1485558..1486649;;CDS;;77;77;;;364;; ;1486727..1486800;;cgg;;11;11;;;;; comp;1486812..1487258;;CDS;;;;;;149;; ;;;;;;;;;;; comp;1500099..1501325;;CDS;;42;42;;;409;; ;1501368..1501438;;tgc;@1;364;364;;;;; comp;1501803..1502447;;CDS;;;;;;215;; ;;;;;;;;;;; comp;1517796..1518128;;CDS;;78;78;;;111;; comp;1518207..1518280;;agg;;38;38;;;;; ;1518319..1518700;;ncRNA;;21;21;;;;; ;1518722..1519471;;CDS;;;;;;250;; ;;;;;;;;;;; comp;1554202..1554633;;CDS;;45;45;;;144;; comp;1554679..1554750;;ggc;;61;61;;;;; comp;1554812..1555288;;CDS;;;;;;159;; ;;;;;;;;;;; comp;1600898..1601284;;CDS;@2;-30;*-30;;;129;; comp;1601255..1601326;;gta;;98;98;;;;; ;1601425..1602279;;CDS;;;;;;285;; </pre> ====pmg cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_cumuls|pmg cumuls]] <pre> pmg cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;;100;9;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;1;1;50;22;40;;200;20;60;2 ;16 atc gca;1;40;;;100;23;80;;300;15;90;6 ;16 23 5s a;0;60;;;150;7;120;;400;10;120;4 ;max a;2;80;;;200;4;160;;500;13;150;9 ;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;0;180;5 ;autres;0;120;;;300;3;240;;700;2;210;4 ;total aas;2;140;;;350;0;280;;800;0;240;4 sans ;opérons;34;160;;;400;1;320;;900;0;270;8 ;1 aa;33;180;;;450;1;360;;1000;0;300;2 ;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;330;1 ;a doubles;0;;;;;5;;;;0;;24 ;total aas;35;;1;1;;71;;0;;69;;69 total aas;;37;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;10;12;;127;;;;260;; ;;;variance;0;0;;146;;;;147;; sans jaune;;;moyenne;;;;93;;;;248;;170 ;;;variance;;;;76;;;;130;;74 </pre> ====pmg blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_blocs|pmg blocs]] <pre> pmg bloc;; CDS;603;480 16s;125;1483 atc;12; gca;256; 23s;60;2882 5s;43;117 CDS;;293 </pre> ====pmg remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_remarques|pmg remarques]] *code génétique de pmg <pre> Remarques;;;;;;;37 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata; ;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====pmg distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_distribution|pmg distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total pmg;;33;;;;;;;pmg;2;;;;;;;;pmg;0;;;;;; </pre> ====pmg données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_données_intercalaires|pmg données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;pmg;fx;fc;pmg;fx40;fc40;pmg;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;11;34;0;11;34;-1;1;35;4;259;16s tRNA;; ;2;10;116;199;1;18;17;-2;0;0;49;185;125;;atc 2;3;20;39;116;2;16;27;-3;0;0;566;86;tRNA 23s;; ;2;30;26;71;3;22;25;-4;40;69;71;141;258;;gca 1;1;40;14;64;4;11;26;-5;0;0;77;87;tRNA tRNA;;intra 2;5;50;23;50;5;9;18;-6;2;0;18;178;12;;atc gca 2;1;60;22;45;6;12;23;-7;0;1;91;102;tRNA tRNA;; ;6;70;22;50;7;8;11;-8;11;13;65;404;10;;acc 1;5;80;34;46;8;8;11;-9;1;0;88;210;**;;tac 2;1;90;21;42;9;6;27;-10;0;2;17;49;;; 1;4;100;28;31;10;6;14;-11;3;11;149;16;;; 1;0;110;16;27;11;1;19;-12;2;0;35;177;;; 1;0;120;12;23;12;2;14;-13;0;3;53;188;;; ;1;130;14;17;13;5;14;-14;3;6;99;251;;; 2;0;140;26;17;14;6;6;-15;3;0;78;138;;; 1;1;150;15;7;15;5;12;-16;3;2;249;58;;; ;0;160;14;13;16;4;10;-17;4;3;27;131;;; ;0;170;9;9;17;5;11;-18;1;0;214;0;;; 2;0;180;12;9;18;6;11;-19;0;0;29;112;;; 2;0;190;13;5;19;2;6;-20;3;1;67;54;;; ;0;200;8;1;20;3;13;-21;2;0;45;35;;; 2;0;210;7;5;21;2;2;-22;2;0;591;77;;; ;1;220;6;5;22;4;7;-23;2;0;41;11;;; ;0;230;6;8;23;4;4;-24;2;0;512;42;;; ;0;240;3;3;24;5;8;-25;0;2;276;210;;; ;1;250;5;2;25;0;5;-26;1;3;63;98;;; 2;0;260;6;2;26;2;6;-27;1;0;342;;;; ;0;270;4;2;27;4;11;-28;1;0;129;;;; ;1;280;3;1;28;3;9;-29;0;0;525;;;; ;0;290;4;2;29;0;8;-30;1;0;5;;;; ;0;300;8;3;30;2;11;-31;0;0;72;;;; ;0;310;2;1;31;4;3;-32;1;0;50;;;; ;0;320;2;4;32;1;9;-33;0;0;67;;;; ;0;330;5;3;33;1;7;-34;0;0;100;;;; ;0;340;6;2;34;1;1;-35;1;0;61;;;; ;1;350;5;0;35;1;7;-36;0;0;94;;;; ;0;360;0;1;36;1;11;-37;0;0;16;;;; ;0;370;2;2;37;0;6;-38;1;0;78;;;; ;0;380;1;3;38;2;6;-39;0;0;45;;;; ;0;390;1;0;39;1;6;-40;0;0;61;;;; ;0;400;1;2;40;2;8;-41;0;1;-30;;;; 1;4;reste;27;21;reste;393;464;-42;1;0;CDS 16s;;;; 26;40;total;599;948;total;599;948;-43;1;0;-;601;;; 24;36;diagr;561;893;diagr;195;450;-44;0;1;23s 5s;;;; 2;7; t30;181;386;;;;-45;0;0;64;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;5s CDS;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;-;43;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;588;96;11;695;;;-49;0;0;;;;; ;c;914;157;34;1105;;;-50;0;2;;;;; ;;;;;1800;84;;reste;2;2;;;;; ;;;;;;1884;;total;96;157;;;;; </pre> =====pmg autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires_aas|pmg autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pmg;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;65120;66082;306;*; ;comp;tmRNA;66389;66662;44;*; fin;;CDS;66707;67831;;0; deb;comp;CDS;74235;75521;4;*; ;comp;tRNA;75526;75607;259;*;ctt fin;;CDS;75867;77216;;0; deb;;CDS;132034;132708;49;*; ;;tRNA;132758;132829;566;*;aac fin;;CDS;133396;133845;;; deb;comp;CDS;239249;240253;185;*; ;;tRNA;240439;240520;71;*;cta fin;;CDS;240592;241041;;; deb;comp;CDS;257573;258844;77;*; ;comp;tRNA;258922;258995;86;*;cgt fin;;CDS;259082;259333;;; deb;comp;CDS;272771;274039;18;*; ;comp;tRNA;274058;274130;141;*;atgi fin;;CDS;274272;274832;;; deb;;CDS;305431;305850;87;*; ;comp;tRNA;305938;306010;91;*;ttc fin;comp;CDS;306102;307331;;; deb;;CDS;313891;314472;178;*; ;comp;tRNA;314651;314722;65;*;aca fin;comp;CDS;314788;315123;;; deb;comp;CDS;320549;321988;601;*; ;;rRNA;322590;324074;125;*;1483 ;;tRNA;324200;324273;12;*;atc ;;tRNA;324286;324358;258;*;gca ;;rRNA;324617;327492;64;*;2882 ;;rRNA;327557;327673;43;*;117 fin;comp;CDS;327717;328595;;; deb;comp;CDS;354976;355167;88;*; ;comp;tRNA;355256;355327;10;*;acc ;comp;tRNA;355338;355419;102;*;tac fin;;CDS;355522;355962;;; deb;comp;CDS;434230;435660;17;*; ;comp;tRNA;435678;435751;149;*;gac deb;comp;CDS;435901;436095;35;*; ;comp;tRNA;436131;436203;53;*;tgg fin;comp;CDS;436257;436595;;; deb;;CDS;521448;522497;99;*; ;;tRNA;522597;522682;78;*;tta fin;;CDS;522761;522994;;; deb;comp;CDS;609397;609897;249;*; ;comp;tRNA;610147;610233;404;*;tca fin;;CDS;610638;611399;;0; deb;;CDS;656308;657498;17;*; ;;ncRNA;657516;657700;162;*; fin;;CDS;657863;658162;;; deb;;CDS;774440;775240;210;*; ;comp;tRNA;775451;775524;27;*;ccc fin;comp;CDS;775552;776280;;; deb;comp;CDS;828018;828392;49;*; ;;tRNA;828442;828528;214;*;tcc fin;;CDS;828743;830740;;; deb;;CDS;868731;869213;29;*; ;;tRNA;869243;869316;67;*;atgj fin;;CDS;869384;869671;;; deb;;CDS;909742;910707;45;*; ;;tRNA;910753;910829;591;*;atgf fin;;CDS;911421;911810;;; deb;;CDS;996073;996609;16;*; ;comp;tRNA;996626;996698;41;*;gaa fin;comp;CDS;996740;997858;;0; deb;comp;CDS;1040019;1040135;177;*; ;;tRNA;1040313;1040384;512;*;aaa fin;;CDS;1040897;1041004;;0; deb;;CDS;1044863;1045423;276;*; ;;tRNA;1045700;1045773;188;*;cca fin;comp;CDS;1045962;1046666;;; deb;;CDS;1134197;1134427;251;*; ;comp;tRNA;1134679;1134763;63;*;tcg fin;comp;CDS;1134827;1135849;;0; deb;comp;CDS;1163424;1164092;138;*; ;;tRNA;1164231;1164304;342;*;aga fin;;CDS;1164647;1165600;;0; deb;;CDS;1212124;1212894;58;*; ;comp;tRNA;1212953;1213025;129;*;gcc fin;comp;CDS;1213155;1214180;;0; deb;;CDS;1253753;1255123;525;*; ;;tRNA;1255649;1255730;5;*;ttg fin;;CDS;1255736;1256911;;; deb;comp;CDS;1259549;1260784;131;*; ;;tRNA;1260916;1260988;72;*;cac fin;;CDS;1261061;1262455;;; deb;;CDS;1264859;1265974;12;*; ;comp;ncRNA;1265987;1266083;47;*; fin;;CDS;1266131;1266904;;1; deb;;CDS;1275239;1277272;0;*; ;comp;tRNA;1277273;1277343;112;*;gga fin;;CDS;1277456;1278802;;; deb;;CDS;1308006;1308797;50;*; ;;tRNA;1308848;1308919;67;*;gtc fin;;CDS;1308987;1309604;;; deb;comp;CDS;1419657;1419893;54;*; ;;tRNA;1419948;1420019;100;*;acg fin;;CDS;1420120;1420440;;; deb;;CDS;1453287;1454075;35;*; ;comp;tRNA;1454111;1454199;61;*;agc fin;comp;CDS;1454261;1455460;;0; deb;;CDS;1472925;1473932;94;*; ;;tRNA;1474027;1474098;16;*;caa fin;;CDS;1474115;1474891;;; deb;comp;CDS;1485558;1486649;77;*; ;;tRNA;1486727;1486800;11;*;cgg fin;comp;CDS;1486812;1487258;;; deb;comp;CDS;1500099;1501325;42;*; ;;tRNA;1501368;1501438;210;*;tgc fin;comp;CDS;1501649;1501816;;; deb;comp;CDS;1517796;1518128;78;*; ;comp;tRNA;1518207;1518280;38;*;agg ;;ncRNA;1518319;1518700;21;*; fin;;CDS;1518722;1519471;;0; deb;comp;CDS;1526173;1527543;34;*; ;comp;regulatory;1527578;1527676;66;*; fin;comp;CDS;1527743;1527955;;; deb;comp;CDS;1554202;1554633;45;*; ;comp;tRNA;1554679;1554750;61;*;ggc fin;comp;CDS;1554812;1555288;;; deb;comp;CDS;1600898;1601284;-30;*; ;comp;tRNA;1601255;1601326;98;*;gta fin;;CDS;1601425;1602279;;; </pre> ====pmg intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_entre_cds|pmg intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> pmg;9.2.21 Paris;;Pmg 8.2.21;;;;;;; ;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;253;14.1;'''négatif ;-10;11;-1 à -67;'''1641879;-1;253 ;'''zéro;45;2.5;;;;;'''intercals;0;45 ;'''1 à 200;1326;73.7;'''0 à 200;55;51;;'''139122;5;189 ;'''201 à 370;120;6.7;'''201 à 370;270;48;;'''8.5%;10;126 ;'''371 à 600;42;2.3;'''371 à 600;452;60;;;15;84 ;'''601 à max;14;0.8;'''601 à 1051;778;154;;;20;71 ;'''total 1800;<201;90.2;'''total 1798;74;114;-67 à 1051;;25;41 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>fréquence-1;30;56 1337910;1643;-1;253;-70;0;;0;45;35;35 344859;1208;0;°45;-60;3;;-1;°36;40;43 1131068;1051;1;35;-50;3;;-2;0;45;34 1332255;987;2;43;-40;4;;-3;0;50;39 666029;950;3;°47;-30;4;'''min à -1;-4;°109;55;34 1046608;901;4;37;-20;20;253;-5;0;60;33 873756;800;5;27;-10;46;14.1%;-6;2;65;30 1082452;696;6;°35;0;218;;-7;1;70;42 1073300;690;7;19;10;315;;-8;°24;75;36 1086818;679;8;19;20;155;;-9;1;80;44 1350077;676;9;°33;30;97;;-10;2;85;36 947641;638;10;20;40;78;'''1 à 100;-11;°14;90;27 1340696;638;11;20;50;73;1059;-12;2;95;22 1274338;625;12;16;60;67;58.8%;-13;3;100;37 1330270;579;13;°19;70;72;;-14;°9;105;20 1040897;574;14;12;80;80;;-15;3;110;23 39429;566;15;17;90;63;;-16;5;115;19 956617;560;16;14;100;59;;-17;°7;120;16 1328069;560;17;16;110;43;;-18;1;125;15 1331574;540;18;°17;120;35;;-19;0;130;16 1071397;523;19;8;130;31;;-20;°4;135;23 661816;518;20;16;140;43;;-21;2;140;20 1341490;508;21;4;150;22;;-22;2;145;14 660601;495;22;11;160;27;;-23;°2;150;8 872185;484;23;8;170;18;'''1 à 200;-24;2;155;18 353338;478;24;°13;180;21;1326;-25;2;160;9 134240;471;25;5;190;18;74%;-26;°4;165;8 1198984;467;26;8;200;9;;-27;1;170;10 332235;461;27;°15;210;12;;-28;1;175;8 892293;459;28;12;220;11;;-29;0;180;13 948687;458;29;8;230;14;;-30;1;185;9 1321313;450;30;°13;240;6;;-31;0;190;9 924950;449;31;7;250;7;'''0 à 200;-32;1;195;6 914728;448;32;10;260;8;1371;;77;200;3 1066510;445;33;°8;270;6;;reste;12;205;7 938157;441;34;2;280;4;;total;298;210;5 226447;435;35;8;290;6;;;;215;4 1188279;430;36;°12;300;11;;intercal;<u>frequencef;220;7 773451;421;37;6;310;3;;600;1786;225;8 858898;421;38;8;320;6;;620;;230;6 ;;39;7;330;8;;640;3;235;3 ;;40;10;340;8;'''201 à 370;660;;240;3 ;;reste;857;350;5;120;680;2;245;3 ;;total;1527;360;1;6.7%;700;2;250;4 ;;;;370;4;;720;;255;4 ;;;;380;4;;740;;260;4 1631675;-67;comp;;390;1;;760;;265;3 701382;-65;shfit2;592;400;3;;780;;270;3 886946;-61;comp;;410;6;;800;1;275;3 1045962;-59;shfit2;646;420;1;;820;;280;1 828743;-50;shfit2;1948;430;4;;840;;285;5 1349614;-50;shfit2;463;440;1;;860;;290;1 1425201;-44;shfit2;1765;450;5;;880;;295;6 1539296;-43;comp;;460;2;;900;;300;5 1249293;-42;comp;;470;2;;920;1;305;1 244064;-41;shfit2;295;480;2;;940;;310;2 162356;-38;;;490;1;;960;1;315;3 20410;-35;;;500;1;;980;;320;3 427059;-32;;;510;1;;1000;1;325;7 587323;-30;;;520;1;;1020;;330;1 1611400;-28;;;530;1;;1040;;335;3 744978;-27;;;540;1;'''371 à 600;1060;1;340;5 303832;-26;;;550;0;42;;12;345;3 489984;-26;;;560;2;2.3%;;;350;2 808548;-26;;;570;1;;;;355;1 1223639;-26;;;580;2;'''601 à max;;;360;0 1181603;-25;;;590;0;14;;;365;3 1209844;-25;;;600;0;0.8%;;;370;1 27867;-24;;;reste;14;;reste;2;reste;56 975566;-24;;;total;1800;;total;1800;total;1800 </pre> ====pmg intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_positifs_S+|pmg intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pmg;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-67;515;-1295;119;607;256;min40;&-107;844;-2106;170;869;263;min60 31 à 400;23;-124;47;41;774;180;2 parties;&-35;327;-1017;107;973;311;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;194;65;-;428;poly;179;SF;&78;69;;501;poly;368;SF 31 à 400;122;45;-;726;dte;48;tm;&153;49;-;687;poly;286;SF ;;;;;;;;;;;;;; pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;24.1.22 paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.703;;;pmg;Sx-;Sc- 41-n;0.856;0.728;0.802;;;;;;;;;;-1;0;36 1-n;0.928;0.904;0.915;;;;;;;;;;-2;0;0 pmg;fx;fc;;pmg;fx%;fc%;;pmg;fx40;fc40;;x;-3;0;0 0;11;34;;0;20;38;;0;11;34;>0;586;-4;40;69 10;117;198;;10;209;221;;1;18;17;<0;95;-5;0;0 20;39;116;;20;70;130;;2;16;27;zéro;11;-6;2;0 30;26;71;;30;47;79;;3;22;25;total;692;-7;0;1 40;14;64;;40;25;72;;4;11;26;;c;-8;11;13 50;22;51;;50;39;57;;5;9;18;>0;916;-9;1;0 60;22;45;;60;39;50;;6;12;23;<0;158;-10;0;2 70;22;50;;70;39;56;;7;9;10;zéro;34;-11;3;11 80;34;46;;80;61;51;;8;8;11;total;1108;-12;2;0 90;21;42;;90;38;47;;9;6;27;;;-13;0;3 100;28;31;;100;50;35;;10;6;14;total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reste;27;21;;;;;;reste;390;467;;;-45;0;0 total;597;950;;t30;326;430;;total;597;950;;;-46;0;0 diagr;559;895;;;;;;diagr;196;449;;;-47;0;0 - t30;377;510;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;;;reste;2;2 ;;;;;;;;;;;;;total;95;158 </pre> ====pmg intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_négatifs_S-|pmg intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp';0;0;0;37;0;2;0;10;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;91 continu;36;0;0;72;0;0;1;14;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;2;162 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;33;0;2;0;11;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;88 ;Sc-;36;0;0;69;0;0;1;13;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;3;159 </pre> ====pmg autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires|pmg autres intercalaires]] <pre> deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin deb;°CDS;65120;306;;;deb;°CDS;521448;99;;;deb;°CDS;1259549;131;comp ;tmRNA;66389;44;comp;;;&tRNA;522597;78;;;;&tRNA;1260916;72; fin;°CDS;66707;;;;fin;°CDS;522761;;;;fin;°CDS;1261061;; deb;°CDS;74235;4;comp;;deb;°CDS;609397;249;comp;;deb;°CDS;1264859;12; ;&tRNA;75526;259;comp;;;&tRNA;610147;404;comp;;;ncRNA;1265987;47;comp fin;°CDS;75867;;;;fin;°CDS;610638;;;;fin;°CDS;1266131;; deb;°CDS;132034;49;;;deb;°CDS;656308;17;;;deb;°CDS;1275239;0; ;&tRNA;132758;566;;;;ncRNA;657516;162;;;;&tRNA;1277273;112;comp fin;°CDS;133396;;;;fin;°CDS;657863;;;;fin;°CDS;1277456;; deb;°CDS;239249;185;comp;;deb;°CDS;774440;210;;;deb;°CDS;1308006;50; ;&tRNA;240439;71;comp;;;&tRNA;775451;27;comp;;;&tRNA;1308848;67; fin;°CDS;240592;;;;fin;°CDS;775552;;comp;;fin;°CDS;1308987;; deb;°CDS;257573;77;comp;;deb;°CDS;828018;49;comp;;deb;°CDS;1419657;54;comp ;&tRNA;258922;86;comp;;;&tRNA;828442;214;;;;&tRNA;1419948;100; fin;°CDS;259082;;;;fin;°CDS;828743;;;;fin;°CDS;1420120;; deb;°CDS;272771;18;comp;;deb;°CDS;868731;29;;;deb;°CDS;1453287;35; ;&tRNA;274058;141;comp;;;&tRNA;869243;67;;;;&tRNA;1454111;61;comp fin;°CDS;274272;;;;fin;°CDS;869384;;;;fin;°CDS;1454261;;comp deb;°CDS;305431;87;;;deb;°CDS;909742;45;;;deb;°CDS;1472925;94; ;&tRNA;305938;91;comp;;;&tRNA;910753;591;;;;&tRNA;1474027;16; fin;°CDS;306102;;comp;;fin;°CDS;911421;;;;fin;°CDS;1474115;; deb;°CDS;313891;178;;;deb;°CDS;996073;16;;;deb;°CDS;1485558;77;comp ;&tRNA;314651;65;comp;;;&tRNA;996626;41;comp;;;&tRNA;1486727;11; fin;°CDS;314788;;comp;;fin;°CDS;996740;;comp;;fin;°CDS;1486812;;comp deb;°CDS;320549;601;comp;;deb;°CDS;1040019;177;comp;;deb;°CDS;1500099;42;comp ;$rRNA;322590;125;;;;&tRNA;1040313;512;;;;&tRNA;1501368;210; ;&tRNA;324200;12;;;fin;°CDS;1040897;;;;fin;°CDS;1501649;;comp ;&tRNA;324286;258;;;deb;°CDS;1044863;276;;;deb;°CDS;1517796;78;comp ;$rRNA;324617;64;;;;&tRNA;1045700;188;;;;&tRNA;1518207;38;comp ;$rRNA;327557;43;;;fin;°CDS;1045962;;comp;;;ncRNA;1518319;21; fin;°CDS;327717;;comp;;deb;°CDS;1134197;251;;;fin;°CDS;1518722;; deb;°CDS;354976;88;comp;;;&tRNA;1134679;63;comp;;deb;°CDS;1526173;34;comp ;&tRNA;355256;10;comp;;fin;°CDS;1134827;;comp;;;regulatory;1527578;66;comp ;&tRNA;355338;102;comp;;deb;°CDS;1163424;138;comp;;fin;°CDS;1527743;;comp fin;°CDS;355522;;;;;&tRNA;1164231;342;;;deb;°CDS;1554202;45;comp deb;°CDS;434230;17;comp;;fin;°CDS;1164647;;;;;&tRNA;1554679;61;comp ;&tRNA;435678;149;comp;;deb;°CDS;1212124;58;;;fin;°CDS;1554812;;comp deb;°CDS;435901;35;comp;;;&tRNA;1212953;129;comp;;deb;°CDS;1600898;-30;comp ;&tRNA;436131;53;comp;;fin;°CDS;1213155;;comp;;;&tRNA;1601255;98;comp fin;°CDS;436257;;comp;;deb;°CDS;1253753;525;;;fin;°CDS;1601425;; ;;;;;;&tRNA;1255649;5;;; ;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1255736;;;; ;;; </pre> ====pmg intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_tRNA|pmg intercalaires tRNA]] <pre> pmg;relevés;;;;;;proportion des intercalaires <201;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls;;;deb;fin;total ;;;;;;;;;;;;<201;29;25;54 ;;;4;comp’;259;;-30;5;deb;;;total;34;33;67 ;;;49;;566;;4;16;<201;16;;taux;85%;76%;81% ;;;185;comp’;71;;17;27;total;19;;;;; ;;;77;comp’;86;;18;41;%;84%;;;;; ;;;18;comp’;141;;29;53;;;;;;; ;;comp’;87;;91;;35;61;fin;;;;;; ;;comp’;178;;65;;45;61;<201;17;;;;; ;10;;88;comp’;102;;45;63;total;22;;;;; ;;;17;;149;;49;65;%;77%;;;;; ;;;35;;53;;50;67;;;;;;; ;;;99;;78;;77;67;total;;;;;; ;;;249;comp’;404;;78;72;<201;33;;;;; ;;comp’;210;;27;;88;78;total;41;;;;; ;;comp’;49;;214;;94;91;%;80%;;;;; ;;;29;;67;;99;100;;;;;;; ;;;45;;591;;185;129;;;;;;; ;;comp’;16;;41;;249;149;;;;;;; ;;comp’;177;;512;;276;214;;;;;;; ;;;276;comp’;188;;525;342;;;;;;; ;;comp’;251;;63;;-;512;;;;;;; ;;comp’;138;;342;;-;566;;;;;;; ;;comp’;58;;129;;-;591;comp’;cumuls;;;;; ;;;525;;5;;0;11;deb;;;;;; ;;comp’;131;;72;;16;71;<201;13;;;;; ;;comp’;0;comp’;112;;35;86;total;15;;;;; ;;;50;;67;;42;98;%;87%;;;;; ;;comp’;54;;100;;49;102;;;;;;; ;;comp’;35;;61;;54;112;fin;;;;;; ;;;94;;16;;58;141;<201;8;;;;; ;;comp’;77;comp’;11;;77;188;total;11;;;;; ;;comp’;42;comp’;210;;87;210;%;73%;;;;; ;;;78;;;;131;259;;;;;;; ;;;45;;61;;138;404;total;;;;;; ;;;-30;comp’;98;;177;-;<201;21;;;;; ;;;;;;;178;-;total;26;;;;; ;;;;;;;210;-;%;81%;;;;; ;;;;;;;251;-;;;;;;; </pre> ===cyano synthèse=== ====cyano distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_génome|cyano distribution par génome]] ====cyano distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_du_total|cyano distribution du total]] <pre> cyano2;;;;;;;99 atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3 atc;;acc;3;aac;3;agc;3 ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3 gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2 tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2 cta;3;cca;3;caa;3;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2 ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2 ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2 gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;27;72;;;;;99 ;;;;;;; cyano2;;;;;;; atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;5;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;5;gaa;;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;4;;;;;10;10 </pre> ====cyano distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_type|cyano distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4 atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;27;72;;;;;99;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====cyano par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_par_rapport_au_groupe_de_référence|cyano par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;19;4;;;;;23; 16;moyen;27;10;2;;;10;49; 14;fort;26;9;2;;;;37; ; ;72;23;4;;;10;109; 10;g+cga;8;2;;;;;10; 2;agg+cgg;4;;;;;;4; 4;carre ccc;6;2;;;;;8; 5;autres;1;;;;;;1; ;;19;4;;;;;23; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;174;37;;;;;211;26 16;moyen;248;92;18;;;92;450;324 14;fort;239;83;18;;;;339;650 ; ;661;211;37;;;92;109;729 10;g+cgg;73;18;;;;;92;10 2;agg+cga;37;;;;;;37; 4;carre ccc;55;18;;;;;73;16 5;autres;9;;;;;;9; ;;174;37;;;;;211; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;192;40;;232;26;26;17; 16;moyen;273;101;20;394;324;38;43; 14;fort;263;91;20;374;650;36;39; ; ;727;232;40;99;729;72;23; 10;g+cgg;81;20;;101;10;42;; 2;agg+cga;40;;;40;;21;; 4;carre ccc;61;20;;81;16;32;; 5;autres;10;;;10;;5;; ;;192;40;;232;;19;; </pre> ====cyano, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano,_estimation_des_-rRNAs|cyano, estimation des -rRNAs]] <pre> actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 31 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;31;103; ; ;;indices;;;;31;332;0;0;;cyano2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;99 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3 atc;58;acc;;aac;;agc;;;atc;187;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;3;agc;3 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;2;aga;2 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;3;cga; gta;;gca;45;gaa;;gga;;;gta;;gca;145;gaa;;gga;;;gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;39;;37;;23;99 27.5.20 Tanger;;;;cyano;total;ttt;tgt;;25.11.20 Paris;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;3959;3.6;0.0;;;;;;84;3959;3.6;0.0;;cyano2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;98;;atgi;105;tct;;tat;;atgf;98;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;150 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;7.1;act;2.4;aat;3.6;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;17;cct;2.4;cat;2.4;cgc;1.2;;ctt;50;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;1.2;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;150 atc;8;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;195;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;;acc;150;aac;150;agc;150 ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;150 gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;100;gcc;100;gac;150;ggc;100 tta;83;tca;114;taa;;tga;0;;tta;83;tca;114;taa;2.4;tga;;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;;aca;200;aaa;100;aga;100 cta;118;cca;130;caa;114;cga;2;;cta;118;cca;130;caa;114;cga;2.4;;cta;150;cca;150;caa;150;cga; gta;111;gca;48;gaa;118;gga;111;;gta;111;gca;193;gaa;118;gga;111;;gta;100;gca;100;gaa;150;gga;100 ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;150;tcg;100;tag;;tgg;150 atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;200;acg;100;aag;50;agg;100 ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;100;ccg;100;cag;50;cgg;100 gtg;43;gcg;82;gag;8;ggg;76;;gtg;43;gcg;82;gag;8.3;ggg;76;;gtg;;gcg;50;gag;;ggg;50 ;;1574;;1607;;1156;4337;;;;1906;;1607;;1171;4684;;;;1950;;1850;;1150;4950 rapports;;83;;100;;99;93;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;cyano2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;48.549;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;35 att;;act;29;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1505;;;0/0;1;;;;att;;act;100;aat;;agt;100 ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;avec;119;;;10;12;;;;ctt;98;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;31;;;20;9;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;14;;;;ttc;19;tcc;2;tac;15;tgc;25 atc;4;acc;100;aac;100;agc;100;;cyano2;49.5;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;22;agc;24 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;99;;;50;2;40;;;ctc;6;ccc;1;cac;9;cgt;26 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;10;;;60;1;;;;gtc;2;gcc;7;gac;21;ggc;7 tta;100;tca;100;taa;;tga;;;genom;2;;;70;0;;;;tta;17;tca;12;taa;;tga; ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;43;aaa;13;aga;12 cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;21;cca;13;caa;24;cga;100 gta;100;gca;25;gaa;100;gga;100;;est 2% au dessus;;;;100;5;;;;gta;10;gca;52;gaa;21;gga;10 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;12;tag;100;tgg;27 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;41;acg;2;aag;24;agg;23 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;8;ccg;15;cag;74;cgg;0 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;39;gag;100;ggg;34 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;330;;279;;337;946 </pre> ==bacteroide== ===myr=== ====myr opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_opérons|myr opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Myro_A21/myroSp_A21-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP010327.1;myr;;genome;;;;;;; 34.1%GC;14.8.19 Paris;16s 8;101;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd Myroides sp. A21;;;;;;;;;; comp;151454..152776;;CDS;;270;270;;;441; comp;153047..153134;;tca;;208;208;;;; comp;153343..154476;;CDS;;;;;;378; ;;;;;;;;;; ;211346..212332;;CDS;;123;123;;;329; comp;212456..212530;;gta;+;27;;27;;; comp;212558..212635;;gta;5 gta;27;;27;;; comp;212663..212740;;gta;;27;;27;;; comp;212768..212845;;gta;;42;;42;;; comp;212888..212965;;gta;;92;92;;;; comp;213058..214275;;CDS;;;;;;406; ;;;;;;;;;; comp;294948..295334;;CDS;;146;146;;;129; comp;295481..295554;;aga;;28;;28;;; comp;295583..295660;;cca;;7;;7;;; comp;295668..295751;;agc;;280;280;;;; ;296032..297210;;CDS;;;;;;393; ;;;;;;;;;; ;327067..328053;;CDS;;112;112;;;329; comp;328166..328241;;aaa;+;698;;*698;;; comp;328940..329021;;ctc;6 aaa;87;;*87;;; comp;329109..329184;;aaa;@1;31;;31;;; comp;329216..329291;;aaa;;36;;36;;; comp;329328..329403;;aaa;;45;;45;;; comp;329449..329524;;aaa;;33;;33;;; comp;329558..329633;;aaa;;129;129;;;; ;329763..330281;;CDS;;;;;;173; ;;;;;;;;;; comp;353908..354384;;CDS;;259;259;;;159; comp;354644..354753;;5s;;107;;;;110; comp;354861..357744;;23s;;150;;;;2884; comp;357895..357971;;gca;;88;;;88;; comp;358060..358136;;atc;;75;;;;; comp;358212..359735;;16s;;265;;;;1524; comp;360001..360110;;5s;;103;;;;110; comp;360214..363107;;23s;;150;;;;2894; comp;363258..363334;;gca;;88;;;88;; comp;363423..363499;;atc;;75;;;;; comp;363575..365098;;16s;;687;*687;;;1524; comp;365786..366973;;CDS;;;;;;396; ;;;;;;;;;; comp;407344..408819;;CDS;;141;141;;;492; comp;408961..409037;;aca;+;33;;33;;; comp;409071..409147;;aca;5 aca;38;;38;;; comp;409186..409262;;aca;;39;;39;;; comp;409302..409378;;aca;;41;;41;;; comp;409420..409493;;aca;;81;81;;;; comp;409575..409838;;CDS;;;;;;88; ;;;;;;;;;; comp;550792..551043;;CDS;;37;37;;;84; comp;551081..551155;;gaa;+;40;;40;;; comp;551196..551267;;gaa;6 gaa;37;;37;;; comp;551305..551376;;gaa;;38;;38;;; comp;551415..551486;;gaa;;35;;35;;; comp;551522..551596;;gaa;;38;;38;;; comp;551635..551706;;gaa;;75;75;;;; comp;551782..553257;;CDS;;;;;;492; ;;;;;;;;;; comp;571079..574315;;CDS;;165;165;;;*1079; comp;574481..574590;;5s;;107;;;;110; comp;574698..577581;;23s;;118;;;;2884; comp;577700..577776;;gca;;88;;;88;; comp;577865..577941;;atc;;76;;;;; comp;578018..579541;;16s;;264;;;;1524; comp;579806..579915;;5s;;106;;;;110; comp;580022..582915;;23s;;150;;;;2894; comp;583066..583142;;gca;;88;;;88;; comp;583231..583307;;atc;;77;;;;; comp;583385..584908;;16s;;1070;*1070;;;1524; comp;585979..586545;;CDS;;;;;;189; ;;;;;;;;;; comp;719558..719755;;CDS;;13;13;;;66; comp;719769..719842;;tgg;;60;60;;;; comp;719903..721090;;CDS;;58;58;;;396; comp;721149..721220;;acc;;20;;20;;; comp;721241..721321;;tac;;27;;27;;; comp;721349..721425;;aca;;93;93;;;; comp;721519..721818;;CDS;;;;;;100; ;;;;;;;;;; ;781522..782178;;CDS;;76;76;;;219; ;782255..782330;;atgf;;93;93;;;; ;782424..782978;;CDS;;;;;;185; ;;;;;;;;;; comp;783008..783451;;CDS;;332;332;;;148; ;783784..783859;;atgf;;110;110;;;; comp;783970..785886;;CDS;;;;;;*639; ;;;;;;;;;; comp;814859..815281;;CDS;;541;*541;;;141; comp;815823..815899;;cga;;10;10;;;; comp;815910..816362;;CDS;;;;;;151; ;;;;;;;;;; ;868515..869267;;CDS;;37;37;;;251; comp;869305..869380;;gga;+;34;;34;;; comp;869415..869490;;gga;6 gga;34;;34;;; comp;869525..869600;;gga;;34;;34;;; comp;869635..869710;;gga;;34;;34;;; comp;869745..869820;;gga;;37;;37;;; comp;869858..869930;;gga;;242;242;;;; ;870173..870646;;CDS;;;;;;158; ;;;;;;;;;; ;1010425..1011210;;CDS;;92;92;;;262; comp;1011303..1011376;;caa;+;221;;*221;;; comp;1011598..1011668;;caa;2 caa;183;183;;;; ;1011852..1015055;;CDS;;;;;;*1068; ;;;;;;;;;; comp;1110980..1111921;;CDS;;158;158;;;314; ;1112080..1112162;;ttg;;44;44;;;; comp;1112207..1112701;;CDS;;;;;;165; ;;;;;;;;;; ;1113809..1114273;;CDS;;158;158;;;155; comp;1114432..1114541;;5s;;105;;;;110; comp;1114647..1117530;;23s;;150;;;;2884; comp;1117681..1117757;;gca;;88;;;88;; comp;1117846..1117922;;atc;;75;;;;; comp;1117998..1119521;;16s;;266;;;;1524; comp;1119788..1119897;;5s;;105;;;;110; comp;1120003..1122896;;23s;;150;;;;2894; comp;1123047..1123123;;gca;;88;;;88;; comp;1123212..1123288;;atc;;77;;;;; comp;1123366..1124889;;16s;;77;;;;1524; comp;1126238..1126311;;aac;;90;90;;;; comp;1126402..1127745;;CDS;;;;;;448; ;;;;;;;;;; ;1214932..1215615;;CDS;;101;101;;;228; comp;1215717..1215790;;tgc;;88;88;;;; comp;1215879..1216235;;CDS;;;;;;119; ;;;;;;;;;; ;1391184..1391825;;CDS;;85;85;;;214; ;1391911..1391987;;aac;+;370;;*370;;; ;1392358..1392434;;aac;2 aac;590;*590;;;; comp;1393025..1393459;;CDS;;;;;;145; ;;;;;;;;;; ;1597909..1598226;;CDS;;635;*635;;;106; ;1598862..1598938;;gac;+;148;;*148;;; ;1599087..1599163;;gac;3 gac;202;;*202;;; ;1599366..1599442;;gac;;169;169;;;; comp;1599612..1600157;;CDS;;;;;;182; ;;;;;;;;;; comp;1643091..1644479;;CDS;;132;132;;;463; ;1644612..1644696;;cta;+;183;;*183;;; ;1644880..1644961;;cta;2 cta;314;314;;;; ;1645276..1646115;;CDS;;;;;;280; ;;;;;;;;;; ;1721814..1722689;;CDS;;66;66;;;292; comp;1722756..1722826;;tgg;;51;51;;;; comp;1722878..1723252;;CDS;;;;;;125; ;;;;;;;;;; comp;1738209..1739033;;CDS;;183;183;;;275; comp;1739217..1739293;;atgi;+;24;;24;;; comp;1739318..1739394;;atgi;2 atgi;69;69;;;; comp;1739464..1739865;;CDS;;;;;;134; ;;;;;;;;;; >;1924596..1926158;;CDS;+;-41;*-41;;;*521; comp;1926118..1926206;;tta;2 tta;341;;*341;;; comp;1926548..1926633;;tta;@2;320;320;;;; <;1926954..1927025;;CDS;;;;;;24; ;;;;;;;;;; ;1928728..1929714;;CDS;;125;125;;;329; comp;1929840..1929925;;tta;;147;147;;;; comp;1930073..1930444;;CDS;;108;108;;;124; comp;1930553..1930638;;tta;;6;;6;;; comp;1930645..1930720;;ggc;;201;201;;;; comp;1930922..1933519;;CDS;;;;;;*866; ;;;;;;;;;; comp;1961822..1962571;;CDS;;128;128;;;250; ;1962700..1962775;;ttc;+;32;;32;;; ;1962808..1962883;;ttc;3 ttc;23;;23;;; ;1962907..1962982;;ttc;;97;97;;;; comp;1963080..1964066;;CDS;;;;;;329; ;;;;;;;;;; ;2082191..2082733;;CDS;;1103;*1103;;;181; ;2083837..2085360;;16s;;77;;;;1524; ;2085438..2085514;;atc;;88;;;88;; ;2085603..2085679;;gca;;150;;;;; ;2085830..2088713;;23s;;106;;;;2884; ;2088820..2088929;;5s;;156;156;;;110; ;2089086..2089943;;CDS;;;;;;286; ;;;;;;;;;; ;2147912..2148241;;CDS;;286;286;;;110; ;2148528..2148604;;cgt;+;49;;49;;; ;2148654..2148730;;cgt;2 cgt;69;69;;;; ;2148800..2149288;;CDS;;;;;;163; ;;;;;;;;;; comp;2207990..2208685;;CDS;;111;111;;;232; comp;2208797..2208872;;atgf;;106;106;;;; comp;2208979..2209605;;CDS;;147;147;;;209; comp;2209753..2209829;;atgj;;145;145;;;; ;2209975..2210361;;CDS;;;;;;129; ;;;;;;;;;; comp;2425634..2426896;;CDS;;299;299;;;421; comp;2427196..2427270;;cca;;353;353;;;; ;2427624..2428565;;CDS;;;;;;314; ;;;;;;;;;; comp;2434061..2435053;;CDS;;125;125;;;331; comp;2435179..2435252;;atgj;;366;366;;;; ;2435619..2436269;;CDS;;;;;;217; ;;;;;;;;;; ;2561350..2563341;;CDS;;1072;*1072;;;*664; ;2564414..2565937;;16s;;74;;;;1524; ;2566012..2566088;;atc;;90;;;90;; ;2566179..2566255;;gca;;118;;;;; ;2566374..2569256;;23s;;105;;;;2883; ;2569362..2569471;;5s;;279;279;;;110; ;2569751..2571682;;CDS;;;;;;*610; ;;;;;;;;;; comp;2676791..2678620;;CDS;;235;235;;;*610; comp;2678856..2678940;;tca;;497;*497;;;; ;2679438..2681390;;CDS;;;;;;*651; ;;;;;;;;;; comp;2977513..2977920;;CDS;;497;*497;;;136; comp;2978418..2978492;;gta;;61;61;;;; comp;2978554..2978928;;CDS;;;;;;125; ;;;;;;;;;; ;3228192..3228908;;CDS;;79;79;;;239; ;3228988..3229064;;cac;+;23;;23;;; ;3229088..3229164;;cac;4 cac;22;;22;;; ;3229187..3229263;;cac;;21;;21;;; ;3229285..3229361;;cac;;40;40;;;; comp;3229402..3230577;;CDS;;;;;;392; ;;;;;;;;;; comp;3394869..3395093;;CDS;;90;90;;;75; comp;3395184..3395268;;tca;;215;215;;;; comp;3395484..3396884;;CDS;;;;;;467; ;;;;;;;;;; ;3457542..3458360;;CDS;;150;150;;;273; ;3458511..3458594;;tac;+;49;;49;;; ;3458644..3458727;;tac;4 tac;48;;48;;; ;3458776..3458859;;tac;;41;;41;;; ;3458901..3458984;;tac;;309;309;;;; comp;3459294..3460415;;CDS;;;;;;374; ;;;;;;;;;; ;3951958..3953367;;CDS;;595;*595;;;470; ;3953963..3954039;;aga;+;80;;80;;; ;3954120..3954196;;aga;2 aga;36;36;;;; comp;3954233..3954712;;CDS;;;;;;160; ;;;;;;;;;; ;3975219..3976205;;CDS;;99;99;;;329; comp;3976305..3976379;;cca;+;36;;36;;; comp;3976416..3976493;;cca;2 cca;7;;7;;; comp;3976501..3976587;;agc;;965;*965;;;; ;3977553..3978161;;CDS;;;;;;203; </pre> ====myr cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_cumuls|myr cumuls]] <pre> myr cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;8;1;0;;1;1;1;;100;6;30;1 ;16 23 5s 0;0;20;4;;50;7;20;;200;25;60;0 ;16 atc gca;8;40;28;;100;21;40;;300;16;90;4 ;16 23 5s a;0;60;7;;150;18;60;;400;14;120;4 ;max a;2;80;1;;200;7;80;;500;9;150;10 ;a doubles;0;100;1;8;250;5;100;;600;1;180;8 ;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;5;210;6 ;total aas;16;140;0;;350;4;140;;800;0;240;6 sans ;opérons;34;160;1;;400;2;160;;900;1;270;3 ;1 aa;13;180;0;;450;0;180;;1000;0;300;5 ;max a;7;200;1;;500;2;200;;1100;2;330;6 ;a doubles;17;;5;;;9;;;;0;;26 ;total aas;85;;48;8;;82;;0;;79;;79 total aas;;101;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;74;88;;223;;;;302;; ;;;variance;120;0;;242;;;;209;; sans jaune;;;moyenne;33;;;144;;;;244;;189 ;;;variance;13;;;90;;;;122;;78 </pre> ====myr blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_blocs|myr blocs]] <pre> myr blocs;;;;;;; CDS;259;159;165;1079;CDS;158;155 5s;107;110;107;110;5s;105;110 23s;150;2884;118;2884;23s;150;2884 gca;88;;88;;gca;88; atc;75;;76;;atc;75; 16s;265;1524;264;1524;16s;266;1524 5s;103;110;106;110;5s;105;110 23s;150;2894;150;2894;23s;150;2894 gca;88;;88;;gca;88; atc;75;;77;;atc;77; 16s;687;1524;1070;1524;16s;77;1524 CDS;;396;;189;aac;90; ;;;;;CDS;;448 ;;;;;;; CDS;1103;181;1072;664;;; 16s;77;1524;74;1524;;; atc;88;;90;;;; gca;150;;118;;;; 23s;106;2884;105;2883;;; 5s;156;110;279;110;;; CDS;;286;;644;;; </pre> ====myr remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_remarques|myr remarques]] *code génétique de myr <pre> myr;;;;;;;101 atgi;2;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;3;tcc;;tac;5;tgc;1 atc;8;acc;1;aac;3;agc;2 ctc;1;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;3;ggc;1 tta;4;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;6;aaa;6;aga;3 cta;2;cca;4;caa;2;cga;1 gta;6;gca;8;gaa;6;gga;6 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2 atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====myr distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_distribution|myr distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2 cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total myr;;16;;;;;;;myr;11;;;;;;;;myr;57;;;;;; </pre> ====myr données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_données_intercalaires|myr données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;myr;fx;fc;myr;fx40;fc40;myr;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 1;0;0;5;13;0;5;13;-1;0;71;273;123;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;1;10;26;435;1;0;66;-2;0;0;208;280;688;;;30;;gta;52;;cgt ;2;20;12;251;2;5;78;-3;0;2;92;115;1071;;;30;;gta;**;;cgt ;0;30;21;130;3;5;61;-4;9;60;146;466;1104;;;30;;gta;22;;tgc 2;2;40;38;83;4;3;56;-5;0;0;144;73;1073;;;42;;gta;22;;tgc 2;0;50;50;69;5;1;29;-6;3;0;81;129;5s 16s;;;**;;gta;22;;tgc ;3;60;47;69;6;1;42;-7;0;10;209;332;266;;;31;;aga;22;;tgc 1;2;70;54;98;7;4;23;-8;0;34;32;113;265;;;7;;cca;**;;tgc 1;4;80;51;80;8;2;32;-9;0;0;40;40;267;;;**;;agc;26;;cac ;5;90;29;96;9;1;25;-10;0;3;75;95;23s 5s;;;90;;ctc;25;;cac 3;3;100;35;88;10;4;23;-11;2;28;16;183;2* 109;;;34;;aaa;24;;cac 1;2;110;22;73;11;1;41;-12;0;0;60;158;105;;;39;;aaa;**;;cac 2;1;120;32;67;12;2;46;-13;1;1;58;47;2* 108;;;48;;aaa;49;;tac 4;1;130;28;42;13;0;19;-14;0;22;93;104;3* 107;;;36;;aaa;51;;tac 1;0;140;22;49;14;1;27;-15;1;0;76;593;5s CDS;;;**;;aaa;44;;tac 1;5;150;28;51;15;2;16;-16;0;2;96;169;259;;;36;;aca;**;;tac 1;0;160;30;30;16;1;19;-17;1;15;544;132;165;;;41;;aca;83;;aga 1;0;170;26;32;17;1;24;-18;1;0;10;66;156;;;42;;aca;**;;aga ;0;180;21;33;18;2;19;-19;0;1;242;-38;279;;;41;;aca;39;;cca 1;1;190;22;29;19;1;21;-20;1;6;90;381;16s tRNA;;;**;;aca;10;;cca ;0;200;20;24;20;1;19;-21;0;0;88;125;3* 80;;atc;40;;gaa;**;;agc ;3;210;19;22;21;0;15;-22;0;0;85;128;81;;atc;37;;gaa;;; ;1;220;12;21;22;4;15;-23;0;7;635;100;3* 82;;atc;38;;gaa;;; ;0;230;17;17;23;0;15;-24;0;0;314;145;79;;atc;38;;gaa;;; ;1;240;19;20;24;0;18;-25;0;1;51;353;tRNA 23s;;;38;;gaa;;; ;1;250;16;15;25;0;14;-26;0;4;186;366;6*151;;gca;**;;gaa;;; ;0;260;14;16;26;2;10;-27;0;0;69;497;2* 119;;gca;20;;acc;;; ;0;270;17;22;27;5;9;-28;0;0;147;43;tRNA 16s;;;30;;tac;;; 1;1;280;9;8;28;4;12;-29;0;3;108;312;90;;aac;**;;aca;;; ;1;290;11;14;29;4;10;-30;0;0;201;39;tRNA tRNA;;intra;37;;gga;;; ;2;300;12;8;30;2;12;-31;0;0;286;99;7* 91;;atc gca;37;;gga;;; ;0;310;12;12;31;4;8;-32;0;1;72;965;93;;atc gca;37;;gga;;; 1;1;320;10;16;32;1;14;-33;0;0;114;;;;;37;;gga;;; ;0;330;10;11;33;3;5;-34;0;3;106;;;;;37;;gga;;; 1;0;340;5;7;34;5;9;-35;0;1;150;;;;;**;;gga;;; ;0;350;4;12;35;2;3;-36;0;0;299;;;;;221;;caa;;; 1;0;360;11;9;36;7;10;-37;0;0;125;;;;;**;;caa;;; 1;0;370;6;6;37;3;8;-38;0;2;235;;;;;373;;aac;;; ;0;380;2;7;38;2;7;-39;0;0;20;;;;;**;;aac;;; 1;0;390;3;5;39;5;13;-40;0;0;294;;;;;151;;gac;;; ;0;400;5;4;40;6;6;-41;0;2;497;;;;;202;;gac;;; 4;4;reste;146;180;reste;877;1362;-42;0;0;61;;;;;**;;gac;;; 32;47;total;979;2274;total;979;2274;-43;0;0;79;;;;;186;;cta;;; 27;43;diagr;828;2081;diagr;97;899;-44;0;1;90;;;;;**;;cta;;; 0;3; t30;59;816;;;;-45;0;0;215;;;;;24;;atgi;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;**;;atgi;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;341;;tta;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;**;;tta;;; ;x;974;20;5;999;;;-49;0;0;;;;;;9;;tta;;; ;c;2261;282;13;2556;;;-50;0;0;;;;;;**;;ggc;;; ;;;;;3555;199;;reste;1;0;;;;;;35;;ttc;;; ;;;;;;3754;;total;20;282;;;;;;26;;ttc;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;ttc;;; </pre> =====myr autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires_aas|myr autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;myr;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;151454;273;comp; ;tRNA;153050;208;comp;tca fin;CDS;153343;;comp; deb;CDS;171836;177;comp; ;regulatory;174323;162;; fin;CDS;174673;;comp; deb;CDS;211346;123;; ;tRNA;212456;30;comp;gta ;tRNA;212561;30;comp;gta ;tRNA;212666;30;comp;gta ;tRNA;212771;42;comp;gta ;tRNA;212888;92;comp;gta fin;CDS;213058;;comp; deb;CDS;294948;146;comp; ;tRNA;295481;31;comp;aga ;tRNA;295586;7;comp;cca ;tRNA;295668;280;comp;agc fin;CDS;296032;;; deb;CDS;327067;115;; ;tRNA;328169;466;comp;aaa deb;CDS;328708;73;; ;tRNA;328940;90;comp;ctc ;tRNA;329112;34;comp;aaa ;tRNA;329219;39;comp;aaa ;tRNA;329331;48;comp;aaa ;tRNA;329452;36;comp;aaa ;tRNA;329561;129;comp;aaa fin;CDS;329763;;; deb;CDS;353908;259;comp; ;rRNA;354644;109;comp;5s ;rRNA;354863;151;comp;23s ;tRNA;357898;91;comp;gca ;tRNA;358063;80;comp;atc ;rRNA;358217;266;comp;16s ;rRNA;360001;105;comp;5s ;rRNA;360216;151;comp;23s ;tRNA;363261;91;comp;gca ;tRNA;363426;80;comp;atc ;rRNA;363580;688;comp;16s fin;CDS;365786;;comp; deb;CDS;407344;144;comp; ;tRNA;408964;36;comp;aca ;tRNA;409074;41;comp;aca ;tRNA;409189;42;comp;aca ;tRNA;409305;41;comp;aca ;tRNA;409420;81;comp;aca fin;CDS;409575;;comp; deb;CDS;539601;209;comp; ;tRNA;542039;32;comp;other fin;CDS;542191;;comp; deb;CDS;550792;40;comp; ;tRNA;551084;40;comp;gaa ;tRNA;551196;37;comp;gaa ;tRNA;551305;38;comp;gaa ;tRNA;551415;38;comp;gaa ;tRNA;551525;38;comp;gaa ;tRNA;551635;75;comp;gaa fin;CDS;551782;;comp; deb;CDS;571079;165;comp; ;rRNA;574481;109;comp;5s ;rRNA;574700;119;comp;23s ;tRNA;577703;91;comp;gca ;tRNA;577868;81;comp;atc ;rRNA;578023;265;comp;16s ;rRNA;579806;108;comp;5s ;rRNA;580024;151;comp;23s ;tRNA;583069;91;comp;gca ;tRNA;583234;82;comp;atc ;rRNA;583390;1071;comp;16s fin;CDS;585979;;comp; deb;CDS;719558;16;comp; ;tRNA;719772;60;comp;tgg deb;CDS;719903;58;comp; ;tRNA;721149;20;comp;acc ;tRNA;721241;30;comp;tac ;tRNA;721352;93;comp;aca fin;CDS;721519;;comp; deb;CDS;781522;76;; ;tRNA;782255;96;;atgf fin;CDS;782424;;; deb;CDS;783008;332;comp; ;tRNA;783784;113;;atgf fin;CDS;783970;;comp; deb;CDS;814859;544;comp; ;tRNA;815826;10;comp;cga fin;CDS;815910;;comp; deb;CDS;868515;40;; ;tRNA;869308;37;comp;gga ;tRNA;869418;37;comp;gga ;tRNA;869528;37;comp;gga ;tRNA;869638;37;comp;gga ;tRNA;869748;37;comp;gga ;tRNA;869858;242;comp;gga fin;CDS;870173;;comp; deb;CDS;887776;96;; ;regulatory;888352;64;; fin;CDS;888516;;; deb;CDS;900643;77;comp; ;regulatory;902862;75;comp; fin;CDS;903026;;comp; deb;CDS;1010425;95;; ;tRNA;1011306;221;comp;caa ;tRNA;1011598;183;comp;caa fin;CDS;1011852;;; deb;CDS;1110980;158;comp; ;tRNA;1112080;47;;ttg fin;CDS;1112207;;comp; deb;CDS;1113809;158;; ;rRNA;1114432;107;comp;5s ;rRNA;1114649;151;comp;23s ;tRNA;1117684;91;comp;gca ;tRNA;1117849;80;comp;atc ;rRNA;1118003;267;comp;16s ;rRNA;1119788;107;comp;5s ;rRNA;1120005;151;comp;23s ;tRNA;1123050;91;comp;gca ;tRNA;1123215;82;comp;atc ;rRNA;1123371;1349;comp;16s ;tRNA;1126238;90;comp;aac fin;CDS;1126402;;comp; deb;CDS;1214932;104;; ;tRNA;1215720;88;comp;tgc fin;CDS;1215879;;comp; deb;CDS;1391184;85;; ;tRNA;1391911;373;;aac ;tRNA;1392358;593;;aac fin;CDS;1393025;;comp; deb;CDS;1597909;635;; ;tRNA;1598862;151;;gac ;tRNA;1599087;202;;gac ;tRNA;1599366;169;;gac fin;CDS;1599612;;comp; deb;CDS;1604664;112;comp; ;regulatory;1606846;57;comp; fin;CDS;1607085;;comp; deb;CDS;1643091;132;comp; ;tRNA;1644612;186;;cta ;tRNA;1644880;314;;cta fin;CDS;1645276;;; deb;CDS;1721814;66;; ;tRNA;1722756;51;comp;tgg fin;CDS;1722878;;comp; deb;CDS;1738209;186;comp; ;tRNA;1739220;24;comp;atgi ;tRNA;1739318;69;comp;atgi fin;CDS;1739464;;comp; deb;CDS;1924596;-38;; ;tRNA;1926121;341;comp;tta ;tRNA;1926548;381;comp;tta fin;CDS;1927015;;; deb;CDS;1928728;125;; ;tRNA;1929840;147;comp;tta deb;CDS;1930073;108;comp; ;tRNA;1930553;9;comp;tta ;tRNA;1930648;201;comp;ggc fin;CDS;1930922;;comp; deb;CDS;1961822;128;comp; ;tRNA;1962700;35;;ttc ;tRNA;1962808;26;;ttc ;tRNA;1962907;100;;ttc fin;CDS;1963080;;comp; deb;CDS;2082191;1104;; ;rRNA;2083838;82;;16s ;tRNA;2085438;91;;atc ;tRNA;2085603;151;;gca ;rRNA;2085828;108;;23s ;rRNA;2088820;156;;5s fin;CDS;2089086;;; deb;CDS;2147912;286;; ;tRNA;2148528;52;;cgt ;tRNA;2148654;72;;cgt fin;CDS;2148800;;; deb;CDS;2207990;114;comp; ;tRNA;2208800;106;comp;atgf deb;CDS;2208979;150;comp; ;tRNA;2209756;145;comp;atgj fin;CDS;2209975;;; deb;CDS;2224025;53;comp; ;ncRNA;2225644;58;comp; fin;CDS;2225810;;comp; deb;CDS;2302059;133;; ;regulatory;2303686;199;; fin;CDS;2304079;;; deb;CDS;2425634;299;comp; ;tRNA;2427196;353;comp;cca fin;CDS;2427624;;; deb;CDS;2434061;125;comp; ;tRNA;2435179;366;comp;atgj fin;CDS;2435619;;; deb;CDS;2505104;88;comp; ;ncRNA;2506290;93;; fin;CDS;2506482;;comp; deb;CDS;2561350;1073;; ;rRNA;2564415;79;;16s ;tRNA;2566012;93;;atc ;tRNA;2566179;119;;gca ;rRNA;2566372;107;;23s ;rRNA;2569362;279;;5s fin;CDS;2569751;;; deb;CDS;2640485;167;comp; ;regulatory;2641078;541;comp; fin;CDS;2641765;;; deb;CDS;2676791;235;comp; ;tRNA;2678856;497;comp;tca fin;CDS;2679438;;; deb;CDS;2729998;20;; ;tRNA;2731143;22;;tgc ;tRNA;2731236;22;;tgc ;tRNA;2731329;22;;tgc ;tRNA;2731422;22;;tgc ;tRNA;2731515;294;;tgc fin;CDS;2731880;;; deb;CDS;2977513;497;comp; ;tRNA;2978418;61;comp;gta fin;CDS;2978554;;comp; deb;CDS;3228192;79;; ;tRNA;3228988;26;;cac ;tRNA;3229088;25;;cac ;tRNA;3229187;24;;cac ;tRNA;3229285;43;;cac fin;CDS;3229402;;comp; deb;CDS;3299472;99;; ;tmRNA;3300558;220;comp; fin;CDS;3301177;;; deb;CDS;3394869;90;comp; ;tRNA;3395184;215;comp;tca fin;CDS;3395484;;comp; deb;CDS;3457542;150;; ;tRNA;3458511;49;;tac ;tRNA;3458644;51;;tac ;tRNA;3458776;44;;tac ;tRNA;3458901;312;;tac fin;CDS;3459294;;comp; deb;CDS;3475368;61;comp; ;regulatory;3476731;337;comp; fin;CDS;3477177;;; deb;CDS;3488568;61;comp; ;regulatory;3489832;337;comp; fin;CDS;3490278;;; deb;CDS;3951958;595;; ;tRNA;3953963;83;;aga ;tRNA;3954120;39;;aga fin;CDS;3954233;;comp; deb;CDS;3975219;99;; ;tRNA;3976305;39;comp;cca ;tRNA;3976419;10;comp;cca ;tRNA;3976504;965;comp;agc fin;CDS;3977553;;; deb;CDS;4054689;76;; ;ncRNA;4055338;275;comp; fin;CDS;4055928;;; </pre> ====myr intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_entre_cds|myr intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> myr;2.2.21 Paris;;Myr 18.1.21;;;;;;;;; myr;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>fréquencez ;'''négatif;302;8.5;'''négatif ;-9;10;-1 à -68;'''4 155 464;-1;302;610;6 ;'''zéro;18;0.5;;;;;'''intercals;0;18;620;2 ;'''1 à 200;2443;68.7;'''0 à 200;67;56;;'''507 186;5;304;630;6 ;'''201 à 370;440;12.4;'''201 à 370;271;47;;'''12.2%;10;157;640;4 ;'''371 à 600;202;5.7;'''371 à 600;470;61;;;15;155;650;2 ;'''601 à max;150;4.2;'''601 à 1353;802;166;;;20;108;660;8 ;'''total 3555;<201;77.7;'''total 3549;139;188;-68 à 1353;;25;81;670;5 adresse;intercalx;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>eréquence-1;30;70;680;3 1253774;2764;-1;302;-70;0;;0;18;35;54;690;3 4076145;2069;0;18;-60;1;;-1;°71;40;67;700;2 3818684;1978;1;66;-50;0;;-2;0;45;52;710;10 3657182;1824;2;°83;-40;5;;-3;2;50;67;720;4 4012754;1661;3;66;-30;7;'''min à -1;-4;°69;55;67;730;2 3629577;1544;4;59;-20;22;302;-5;0;60;49;740;10 2952529;1353;5;30;-10;78;8.5%;-6;3;65;78;750;2 3023352;1312;6;°43;0;207;;-7;10;70;74;760;6 3091776;1283;7;27;10;461;;-8;°34;75;64;770;4 3063256;1274;8;34;20;263;;-9;0;80;67;780;5 792903;1218;9;26;30;151;;-10;3;85;56;790;4 128855;1210;10;27;40;121;'''1 à 100;-11;°30;90;69;800;5 1814854;1180;11;42;50;119;1762;-12;0;95;73;810;3 2893024;1157;12;°48;60;116;49.6%;-13;2;100;50;820;2 3791894;1149;13;19;70;152;;-14;°22;105;50;830;2 1764716;1121;14;28;80;131;;-15;1;110;45;840;3 3858117;1092;15;18;90;125;;-16;2;115;55;850;1 2631119;1079;16;20;100;123;;-17;°16;120;44;860;1 3204160;1074;17;°25;110;95;;-18;1;125;38;870;0 3970791;1045;18;21;120;99;;-19;1;130;32;880;1 638891;1022;19;22;130;70;;-20;°7;135;37;890;3 3392036;1020;20;20;140;71;;-21;0;140;34;900;1 3864400;1007;21;15;150;79;;-22;0;145;40;910;3 1410445;1003;22;°19;160;60;;-23;°7;150;39;920;2 3966467;1001;23;15;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;2 180046;997;24;18;180;54;2443;-25;1;160;24;940;1 226066;997;25;°14;190;51;69%;-26;°4;165;38;950;0 102898;986;26;12;200;44;;-27;0;170;20;960;2 1232294;981;27;14;210;41;;-28;0;175;25;970;0 66244;978;28;°16;220;33;;-29;°3;180;29;980;1 1851963;956;29;14;230;34;;-30;0;185;24;990;2 2836755;953;30;14;240;39;;-31;0;190;27;1000;2 3339204;937;31;12;250;31;;-32;1;195;23;1010;3 485591;928;32;°15;260;30;;;308;200;21;1020;1 1163082;925;33;8;270;39;;reste;12;205;21;1030;1 2704567;918;34;14;280;17;;total;320;210;20;1040;0 1624776;912;35;5;290;25;;;;215;19;1050;1 1989125;909;36;°17;300;20;;intercal;<u>fréquencef;220;14;1060;0 2763942;909;37;11;310;24;;600;3405;225;17;1070;0 3941959;907;38;9;320;26;;650;20;230;17;1080;2 3569216;896;39;°18;330;21;;700;21;235;16;1090;0 3279840;890;40;12;340;12;'''201 à 370;750;28;240;23;1100;1 3713046;890;reste;2239;350;16;440;800;24;245;16;1110;0 1258251;888;total;3555;360;20;12%;850;11;250;15;1120;0 3954233;874;;;370;12;;900;6;255;14;1130;1 248335;860;;;380;9;;950;8;260;16;1140;0 ;;;;390;8;;1000;7;265;17;1150;1 ;;;;400;9;;1050;6;270;22;1160;1 adresse;intercaln;décalage;long;410;15;;1100;3;275;14;1170;0 849554;-68;comp;;420;12;;1150;2;280;3;1180;1 3465496;-47;shift2;473;430;11;;1200;2;285;14;1190;0 3335648;-46;shift2;705;440;9;;1250;2;290;11;1200;0 1686663;-44;shift2;464;450;18;;1300;2;295;11;reste;12 626279;-41;;;460;9;;1350;1;300;9;total;150 3285379;-41;;;470;14;;1400;1;305;18;; 569581;-38;;;480;10;;1450;0;310;6;; 3645168;-38;;;490;11;;1500;0;315;11;; 3007311;-35;;;500;5;;1550;1;320;15;; 890595;-34;;;510;9;;1600;0;325;10;; 1138331;-34;;;520;5;;1650;0;330;11;; 1639425;-34;;;530;9;;1700;1;335;4;; 1509236;-32;;;540;3;'''371 à 600;;146;340;8;; 2356195;-29;;;550;7;202;;;345;11;; 2927121;-29;;;560;6;5.7%;;;350;5;; 3218460;-29;;;570;7;;;;355;11;; 74410;-26;;;580;4;'''601 à max;;;360;9;; 1241101;-26;;;590;6;150;;;365;6;; 1964711;-26;;;600;6;4.2%;;;370;6;; 3675717;-26;;;reste;150;;reste;4;reste;352;; 424302;-25;;;total;3555;;toal;3555;toal;3555;; </pre> ====myr intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> myr. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; myr;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;33;-213;270;32;708;215;max70;&-94;717;-1739;143;742;254;min50 31 à 400;;;;;;;;&7.8;-12;-192;52;897;51;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-7;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;112;48;-;640;poly;68;tm;&215;69;;452;poly;290;SF 31 à 400;;;;;;;;&117;42;-;811;poly;86;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.078;;;;; 41-n;0.872;0.649;0.764;;;;;;;;;;;; 1-n;0.323;-0.143;0.041;;;;;;;;;;14.8.21 paris;; myr;fx;fc;;myr;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;myr;Sx-;Sc- 0;5;13;;0;6;6;;0;5;13;>0;974;-1;0;71 10;26;435;;10;31;209;;1;0;66;<0;20;-2;0;0 20;12;251;;20;14;121;;2;5;78;zéro;5;-3;0;2 30;21;130;;30;25;62;;3;5;61;total;999;-4;9;60 40;38;83;;40;46;40;;4;3;56;;c;-5;0;0 50;50;69;;50;60;33;;5;1;29;>0;2261;-6;3;0 60;47;69;;60;57;33;;6;1;42;<0;282;-7;0;10 70;54;98;;70;65;47;;7;4;23;zéro;13;-8;0;34 80;51;80;;80;62;38;;8;2;32;total;2556;-9;0;0 90;29;96;;90;35;46;;9;1;25;;;-10;0;3 100;35;88;;100;42;42;;10;4;23;;;-11;2;28 110;22;73;;110;27;35;;11;1;41;;;-12;0;0 120;32;67;;120;39;32;;12;2;46;;;-13;1;1 130;28;42;;130;34;20;;13;0;19;;;-14;0;22 140;22;49;;140;27;24;;14;1;27;;;-15;1;0 150;28;51;;150;34;25;;15;2;16;;;-16;0;2 160;30;30;;160;36;14;;16;1;19;;;-17;1;15 170;26;32;;170;31;15;;17;1;24;;;-18;1;0 180;21;33;;180;25;16;;18;2;19;;;-19;0;1 190;22;29;;190;27;14;;19;1;21;;;-20;1;6 200;20;24;;200;24;12;;20;1;19;;;-21;0;0 210;19;22;;210;23;11;;21;0;15;;;-22;0;0 220;12;21;;220;14;10;;22;4;15;;;-23;0;7 230;17;17;;230;21;8;;23;0;15;;;-24;0;0 240;19;20;;240;23;10;;24;0;18;;;-25;0;1 250;16;15;;250;19;7;;25;0;14;;;-26;0;4 260;14;16;;260;17;8;;26;2;10;;;-27;0;0 270;17;22;;270;21;11;;27;5;9;;;-28;0;0 280;9;8;;280;11;4;;28;4;12;;;-29;0;3 290;11;14;;290;13;7;;29;4;10;;;-30;0;0 300;12;8;;300;14;4;;30;2;12;;;-31;0;0 310;12;12;;310;14;6;;31;4;8;;;-32;0;1 320;10;16;;320;12;8;;32;1;14;;;-33;0;0 330;10;11;;330;12;5;;33;3;5;;;-34;0;3 340;5;7;;340;6;3;;34;5;9;;;-35;0;1 350;4;12;;350;5;6;;35;2;3;;;-36;0;0 360;11;9;;360;13;4;;36;7;10;;;-37;0;0 370;6;6;;370;7;3;;37;3;8;;;-38;0;2 380;2;7;;380;2;3;;38;2;7;;;-39;0;0 390;3;5;;390;4;2;;39;5;13;;;-40;0;0 400;5;4;;400;6;2;;40;6;6;;;-41;0;2 reste;146;180;;;;;;reste;877;1362;;;-42;0;0 total;979;2274;;t30;71;392;;total;979;2274;;;-43;0;0 diagr;828;2081;;t60;234;498;;diagr;97;899;;;-44;0;1 - t30;769;1265;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;634;1044;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;1;0 ;;;;;;;;;;;;;total;20;282 </pre> ====myr intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_négatifs_S-|myr intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;9;;3;;;;;2;;1;;1;;1;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;20 continu;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;9;0;3;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;20 ;Sc-;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282 </pre> ====myr autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires|myr autres intercalaires]] <pre> myr1 ;adresse1;;;;;myr2 ;adresse2;;;;;myr3;adresse3;;; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;151454;273;comp;;deb;°CDS;814859;544;comp;;deb;°CDS;2147912;286; ;&tRNA;153050;208;comp;;;&tRNA;815826;10;comp;;;&tRNA;2148528;52; fin;°CDS;153343;;comp;;fin;°CDS;815910;;comp;;;&tRNA;2148654;72; deb;°CDS;171836;177;comp;;deb;°CDS;868515;40;;;fin;°CDS;2148800;; ;regulatory;174323;162;;;;&tRNA;869308;37;comp;;deb;°CDS;2207990;114;comp fin;°CDS;174673;;comp;;;&tRNA;869418;37;comp;;;&tRNA;2208800;106;comp deb;°CDS;211346;123;;;;&tRNA;869528;37;comp;;deb;°CDS;2208979;150;comp ;&tRNA;212456;30;comp;;;&tRNA;869638;37;comp;;;&tRNA;2209756;145;comp ;&tRNA;212561;30;comp;;;&tRNA;869748;37;comp;;fin;°CDS;2209975;; ;&tRNA;212666;30;comp;;;&tRNA;869858;242;comp;;deb;°CDS;2224025;53;comp ;&tRNA;212771;42;comp;;fin;°CDS;870173;;comp;;;ncRNA;2225644;58;comp ;&tRNA;212888;92;comp;;deb;°CDS;887776;96;;;fin;°CDS;2225810;;comp fin;°CDS;213058;;comp;;;regulatory;888352;64;;;deb;°CDS;2302059;133; deb;°CDS;294948;146;comp;;fin;°CDS;888516;;;;;regulatory;2303686;199; ;&tRNA;295481;31;comp;;deb;°CDS;900643;77;comp;;fin;°CDS;2304079;; ;&tRNA;295586;7;comp;;;regulatory;902862;75;comp;;deb;°CDS;2425634;299;comp ;&tRNA;295668;280;comp;;fin;°CDS;903026;;comp;;;&tRNA;2427196;353;comp fin;°CDS;296032;;;;deb;°CDS;1010425;95;;;fin;°CDS;2427624;; deb;°CDS;327067;115;;;;&tRNA;1011306;221;comp;;deb;°CDS;2434061;125;comp ;&tRNA;328169;466;comp;;;&tRNA;1011598;183;comp;;;&tRNA;2435179;366;comp deb;°CDS;328708;73;;;fin;°CDS;1011852;;;;fin;°CDS;2435619;; ;&tRNA;328940;90;comp;;deb;°CDS;1110980;158;comp;;deb;°CDS;2505104;88;comp ;&tRNA;329112;34;comp;;;&tRNA;1112080;47;;;;ncRNA;2506290;93; ;&tRNA;329219;39;comp;;fin;°CDS;1112207;;comp;;fin;°CDS;2506482;;comp ;&tRNA;329331;48;comp;;deb;°CDS;1113809;158;;;deb;°CDS;2561350;1073; ;&tRNA;329452;36;comp;;;$rRNA;1114432;107;comp;;;$rRNA;2564415;79; ;&tRNA;329561;129;comp;;;$rRNA;1114649;151;comp;;;&tRNA;2566012;93; fin;°CDS;329763;;;;;&tRNA;1117684;91;comp;;;&tRNA;2566179;119; deb;°CDS;353908;259;comp;;;&tRNA;1117849;80;comp;;;$rRNA;2566372;107; ;$rRNA;354644;109;comp;;;$rRNA;1118003;267;comp;;;$rRNA;2569362;279; ;$rRNA;354863;151;comp;;;$rRNA;1119788;107;comp;;fin;°CDS;2569751;; ;&tRNA;357898;91;comp;;;$rRNA;1120005;151;comp;;deb;°CDS;2640485;167;comp ;&tRNA;358063;80;comp;;;&tRNA;1123050;91;comp;;;regulatory;2641078;541;comp ;$rRNA;358217;266;comp;;;&tRNA;1123215;82;comp;;fin;°CDS;2641765;; 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fin;°CDS;542191;;comp;;deb;°CDS;1604664;112;comp;;;&tRNA;3229088;25; deb;°CDS;550792;40;comp;;;regulatory;1606846;57;comp;;;&tRNA;3229187;24; ;&tRNA;551084;40;comp;;fin;°CDS;1607085;;comp;;;&tRNA;3229285;43; ;&tRNA;551196;37;comp;;deb;°CDS;1643091;132;comp;;fin;°CDS;3229402;;comp ;&tRNA;551305;38;comp;;;&tRNA;1644612;186;;;deb;°CDS;3299472;99; ;&tRNA;551415;38;comp;;;&tRNA;1644880;314;;;;tmRNA;3300558;220;comp ;&tRNA;551525;38;comp;;fin;°CDS;1645276;;;;fin;°CDS;3301177;; ;&tRNA;551635;75;comp;;deb;°CDS;1721814;66;;;deb;°CDS;3394869;90;comp fin;°CDS;551782;;comp;;;&tRNA;1722756;51;comp;;;&tRNA;3395184;215;comp deb;°CDS;571079;165;comp;;fin;°CDS;1722878;;comp;;fin;°CDS;3395484;;comp ;$rRNA;574481;109;comp;;deb;°CDS;1738209;186;comp;;deb;°CDS;3457542;150; ;$rRNA;574700;119;comp;;;&tRNA;1739220;24;comp;;;&tRNA;3458511;49; ;&tRNA;577703;91;comp;;;&tRNA;1739318;69;comp;;;&tRNA;3458644;51; ;&tRNA;577868;81;comp;;fin;°CDS;1739464;;comp;;;&tRNA;3458776;44; ;$rRNA;578023;265;comp;;deb;°CDS;1924596;-38;;;;&tRNA;3458901;312; 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deb;°CDS;783008;332;comp;;;&tRNA;2085438;91;;;deb;°CDS;4054689;76; ;&tRNA;783784;113;;;;&tRNA;2085603;151;;;;ncRNA;4055338;275;comp fin;°CDS;783970;;comp;;;$rRNA;2085828;108;;;fin;°CDS;4055928;; ;;;;;;;$rRNA;2088820;156;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;2089086;;;;;;;; </pre> ====myr intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_tRNA|myr intercalaires tRNA]] <pre> myr intercalaires tRNA;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;;;; ;;;;;;;deb;fin;continu;cumuls ;;;273;;208;;;;; ;30*3 42;comp’;123;;92;;16;10;'''deb; ;31 7;;146;comp’;280;;20;32;<201;18 ;;comp’;115;comp’;466;;40;51;total;26 ;90 34 39 48 36;comp’;73;comp’;129;;54;60;%;69% ;36 41 42 41;;144;;81;;58;61;; ;;;209;;32;;76;69;'''fin; ;40 37 38*3;;40;;75;;79;72;<201;15 ;;;16;;60;;85;75;total;22 ;20 30;;58;;93;;90;81;%;68% ;;;76;;96;;90;88;; ;;comp’;332;comp’;113;;108;92;'''total; ;;;54;;10;;114;93;<201;33 ;37*5;comp’;40;;242;;125;96;total;48 ;221;comp’;95;comp’;183;;144;106;%;69% ;;comp’;158;comp’;47;;146;147;; ;;;;comp’;90;;150;201;; ;;comp’;104;;88;;150;208;; ;373;;85;comp’;593;;186;215;; ;151 202;;635;comp’;169;;209;220;; ;186;comp’;132;;314;;235;242;; ;;comp’;66;;51;;273;294;; ;24;;186;;69;;286;314;; ;341;comp’;-38;comp’;381;;299;-;; ;;comp’;125;;147;;497;-;; ;9;;108;;201;;595;-;; ;35 26;comp’;128;comp’;100;;635;-;'''comp’;'''cumuls ;52;;286;;72;;'''-38;39;'''deb; ;;;114;;106;;40;43;<201;12 ;;;150;comp’;145;;66;47;total;13 ;;;299;comp’;353;;73;90;%;92% ;;;125;comp’;366;;95;100;; ;;;235;comp’;497;;104;113;'''fin; ;22*4;;20;;294;;115;129;<201;10 ;;;497;;61;;123;145;total;18 ;26 25 24;;79;comp’;43;;125;169;%;56% ;;;90;;220;;128;183;; ;;;90;;215;;132;280;'''total; ;49 51 44;;150;comp’;312;;158;312;<201;22 ;83;;595;comp’;39;;332;353;total;31 ;;;;;;;_;366;%;71% ;;;;;;;_;381;; ;;;;;;;_;466;; ;;;;;;;_;497;; ;;;;;;;_;593;; ;;deb;fin;total;;;;;; ;<201;30;25;55;;;;;; ;total;39;40;79;;;;;; ;taux;77%;63%;70%;;;;;; </pre> ===fps=== ====fps opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_opérons|fps opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Flav_psyc_JIP02_86/flavPsyc-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009613.3;fps;;genome;;;;;;;; 32.4%GC;14.8.19 Paris;16s 6;49;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Flavobacterium psychrophilum JIP02/86;;;;;;;;;;; ;3517..4200;;CDS;;43;43;;;228;; comp;4244..4317;;tgc;;104;104;;;;; comp;4422..4781;;CDS;;;;;;120;; ;;;;;;;;;;; ;113561..114154;;CDS;;107;107;;;198;; comp;114262..114335;;aac;;147;147;;;;; comp;114483..115817;;CDS;;;;;;445;; ;;;;;;;;;;; comp;190346..191287;;CDS;;175;175;;;314;; ;191463..191545;;ttg;@1;290;;*290;;;; comp;191836..191920;;cta;;132;132;;;;; ;192053..193441;;CDS;;;;;;463;; ;;;;;;;;;;; comp;295744..295950;;CDS;;179;179;;;69;; comp;296130..296203;;atgi;;86;86;;;;; comp;296290..296694;;CDS;;;;;;135;; ;;;;;;;;;;; comp;318122..319414;;CDS;;896;*896;;;431;; comp;320311..320387;;gac;;86;86;;;;; comp;320474..321400;;CDS;;;;;;309;; ;;;;;;;;;;; comp;371118..374348;;CDS;;154;154;;;1077;; ;374503..374576;;caa;;47;47;;;;; comp;374624..375631;;CDS;;;;;;336;; ;;;;;;;;;;; comp;464114..466717;;CDS;;125;125;;;868;; 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;;;;;;;;;;; ;852715..853170;;CDS;;128;128;;;152;; comp;853299..853375;;cac;;75;75;;;;; comp;853451..854167;;CDS;;;;;;239;; ;;;;;;;;;;; ;897041..897184;;CDS;;75;75;;;48;; ;897260..897336;;cgt;;46;46;;;;; ;897383..897955;;CDS;;;;;;191;; ;;;;;;;;;;; comp;982868..984043;;CDS;;254;254;;;392;; ;984298..984384;;agc;;15;;15;;;; ;984400..984477;;cca;;30;;30;;;; ;984508..984584;;aga;;93;93;;;;; ;984678..985880;;CDS;;;;;;401;; ;;;;;;;;;;; comp;1110660..1112606;;CDS;;1082;*1082;;;649;; ;1113689..1115188;;16s;;110;;;;1500;; ;1115299..1115375;;atc;;158;;;158;;; ;1115534..1115610;;gca;;213;;;;;; ;1115824..1118708;;23s;;156;;;;2885;; ;1118865..1118970;;5s;;282;282;;;106;; comp;1119253..1120218;;CDS;;;;;;322;; ;;;;;;;;;;; comp;1123344..1124324;;CDS;;-981;*-981;;;327;; comp;1123344..1124324;;rpr;@2;191;191;;;981;; comp;1124516..1124698;;rpr;;20;20;;;183;; comp;1124719..1124862;;rpr;;289;289;;;144;; comp;1125152..1125229;;gta;;82;82;;;;; comp;1125312..1125686;;CDS;;;;;;125;; ;;;;;;;;;;; ;1285199..1285477;;CDS;;148;148;;;93;; ;1285626..1285710;;tac;;473;*473;;;;; ;1286184..1286810;;CDS;;;;;;209;; ;;;;;;;;;;; ;1309373..1310833;;CDS;;1079;*1079;;;487;; comp;1311913..1312018;;5s;;156;;;;106;; comp;1312175..1315059;;23s;;213;;;;2885;; comp;1315273..1315349;;gca;;158;;;158;;; comp;1315508..1315584;;atc;;110;;;;;; comp;1315695..1317194;;16s;;1276;*1276;;;1500;; ;1318471..1319160;;CDS;;;;;;230;; ;;;;;;;;;;; comp;1395138..1395728;;CDS;;73;73;;;197;; comp;1395802..1396536;;rpr;;93;93;;;735;; comp;1396630..1397052;;rpr;;248;248;;;423;; comp;1397301..1397388;;tca;;135;135;;;;; comp;1397524..1398660;;CDS;;;;;;379;; ;;;;;;;;;;; comp;1622342..1622755;;CDS;;100;100;;;138;; comp;1622856..1622929;;aca;;79;79;;;;; comp;1623009..1623275;;CDS;;;;;;89;; ;;;;;;;;;;; comp;1815453..1816334;;CDS;;239;239;;;294;; ;1816574..1816649;;atgf;+;31;;31;;;; ;1816681..1816756;;atgf;2 atgf;591;*591;;;;; ;1817348..1817794;;CDS;;;;;;149;; ;;;;;;;;;;; ;1859580..1860149;;CDS;;305;305;;;190;; comp;1860455..1860531;;atgj;;143;143;;;;; ;1860675..1861067;;CDS;;;;;;131;; ;;;;;;;;;;; comp;1904719..1905537;;CDS;;26;26;;;273;; comp;1905564..1905637;;cga;;70;70;;;;; comp;1905708..1906157;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; ;1995546..1996253;;CDS;;35;35;;;236;; comp;1996289..1996361;;gga;;281;281;;;;; ;1996643..1997074;;CDS;;;;;;144;; ;;;;;;;;;;; ;2088032..2088418;;CDS;;105;105;;;129;; ;2088524..2089369;;rpr;;116;;;;846;; comp;2089486..2089591;;5s;;156;;;;106;; comp;2089748..2092632;;23s;;213;;;;2885;; comp;2092846..2092922;;gca;;158;;;158;;; comp;2093081..2093157;;atc;;110;;;;;; comp;2093268..2094767;;16s;;1570;*1570;;;1500;; comp;2096338..2099241;;CDS;;;;;;968;; ;;;;;;;;;;; ;2182840..2185440;;CDS;;138;138;;;867;; ;2185579..2185654;;ggc;;40;;40;;;; ;2185695..2185782;;tta;;93;93;;;;; comp;2185876..2190132;;CDS;;;;;;1419;; ;;;;;;;;;;; comp;2295987..2296184;;CDS;;14;14;;;66;; comp;2296199..2296272;;tgg;;61;61;;;;; comp;2296334..2297521;;CDS;;55;55;;;396;; comp;2297577..2297651;;acc;;83;;*83;;;; comp;2297735..2297818;;tac;;138;;*138;;;; comp;2297957..2298033;;aca;;90;90;;;;; comp;2298124..2298426;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; ;2506720..2507055;;CDS;;288;288;;;112;; comp;2507344..2507449;;5s;;156;;;;106;; comp;2507606..2510490;;23s;;213;;;;2885;; comp;2510704..2510780;;gca;;158;;;158;;; comp;2510939..2511015;;atc;;110;;;;;; comp;2511126..2512625;;16s;;1010;*1010;;;1500;; comp;2513636..2514889;;CDS;;;;;;418;; ;;;;;;;;;;; ;2632307..2633335;;CDS;;53;53;;;343;; ;2633389..2633476;;tcc;;246;246;;;;; ;2633723..2634982;;CDS;;;;;;420;; ;;;;;;;;;;; comp;2752993..2753322;;CDS;;64;64;;;110;; ;2753387..2753463;;gcc;;105;105;;;;; comp;2753569..2757033;;CDS;;;;;;1155;; ;;;;;;;;;;; comp;2800796..2801521;;CDS;;98;98;;;242;; ;2801620..2801695;;ttc;;299;299;;;;; comp;2801995..2802723;;gene;@3;406;*406;;;243;; comp;2803130..2803444;;CDS;;;;;;105;; </pre> ====fps cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_cumuls|fps cumuls]] <pre> fps cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;6;1;0;;1;1;1;;100;6;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;1;;50;7;20;;200;19;60;1 ;16 atc gca;6;40;6;;100;20;40;;300;12;90;4 ;16 23 5s a;0;60;0;;150;13;60;;400;10;120;6 ;max a;2;80;0;;200;6;80;;500;10;150;8 ;a doubles;0;100;1;;250;5;100;;600;1;180;2 ;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;1;210;5 ;total aas;12;140;1;;350;2;140;;800;0;240;5 sans ;opérons;26;160;0;6;400;0;160;;900;2;270;4 ;1 aa;19;180;0;;450;1;180;;1000;1;300;2 ;max a;3;200;0;;500;1;200;;1100;1;330;4 ;a doubles;3;;1;;;10;;;;2;;24 ;total aas;37;;10;6;;72;;0;;65;;65 total aas;;49;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;72;158;;257;;;;333;; ;;;variance;85;0;;374;;;;276;; sans jaune;;;moyenne;30;;;135;;;;246;;181 ;;;variance;9;;;82;;;;126;;78 </pre> ====fps blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_blocs|fps blocs]] <pre> fps blocs;;;;;; CDS;1042;226;1149;84;1082;649 16s;110;1500;110;1500;110;1500 atc;158;;158;;158; gca;213;;213;;213; 23s;156;2885;156;2885;156;2885 5s;204;106;931;106;282;106 CDS;;251;;599;;322 ;;;;;; ;;;105;129;; CDS;1079;487;116;846;288;112 5s;156;106;156;106;156;106 23s;213;2885;213;2885;213;2885 gca;158;;158;;158; atc;110;;110;;110; 16s;1276;1500;1570;1500;1010;1500 CDS;;230;;968;;418 </pre> ====fps remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_remarques|fps remarques]] *code génétique fps <pre> fps;;;;;;;49 atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;6;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;6;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====fps données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_données_intercalaires|fps données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;fps;fx;fc;fps;fx40;fc40;fps;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;7;12;0;7;12;-1;0;60;104;46;16s tRNA;; ;0;10;18;323;1;0;60;-2;1;0;147;107;6* 105;;atc ;1;20;9;108;2;5;50;-3;0;0;86;175;tRNA 23s;; ;1;30;17;53;3;2;38;-4;22;46;899;132;6* 214;;gca 1;0;40;13;77;4;0;29;-5;0;0;86;133;tRNA tRNA;;intra 2;1;50;11;76;5;1;33;-6;2;0;128;151;6* 161;;atc gca ;2;60;23;65;6;2;31;-7;0;3;91;50;tRNA tRNA;; 1;2;70;16;67;7;2;17;-8;0;28;165;163;-;296;ttg ;3;80;25;79;8;2;16;-9;3;0;81;312;**;;cta ;5;90;24;72;9;1;18;-10;0;3;75;128;43;;ctc 2;2;100;32;56;10;3;31;-11;2;17;75;210;26;;aaa 2;1;110;29;50;11;2;14;-12;2;0;49;131;**;;aaa ;0;120;14;46;12;3;14;-13;1;3;96;254;31;;gaa 1;1;130;19;31;13;0;11;-14;1;14;456;239;**;;gaa 3;2;140;13;28;14;1;11;-15;0;0;82;308;15;;agc 1;2;150;15;35;15;1;15;-16;0;1;148;143;33;;cca 1;0;160;16;37;16;0;6;-17;1;10;476;35;**;;aga 1;1;170;20;34;17;0;14;-18;1;0;248;281;34;;atgf 1;0;180;13;23;18;1;7;-19;1;2;135;96;**;;atgf ;0;190;13;25;19;1;5;-20;1;3;259;64;43;;ggc ;0;200;13;13;20;0;11;-21;0;0;79;108;**;;tta 1;0;210;7;19;21;2;4;-22;0;0;594;98;86;;acc ;0;220;6;12;22;6;8;-23;0;4;26;302;141;;tac ;0;230;12;19;23;0;5;-24;0;0;70;;**;;aca 1;0;240;5;17;24;1;9;-25;0;0;138;;;; ;2;250;8;17;25;2;3;-26;0;4;17;;;; 1;1;260;7;9;26;2;9;-27;1;0;61;;;; ;0;270;5;14;27;0;4;-28;0;1;58;;;; ;0;280;6;14;28;0;2;-29;1;1;90;;;; 1;0;290;6;12;29;1;2;-30;1;0;53;;;; ;0;300;10;13;30;3;7;-31;0;1;249;;;; 2;0;310;8;12;31;1;10;-32;0;1;CDS 16s;;;; 1;0;320;9;10;32;0;11;-33;0;0;1035;1075;;; ;0;330;10;12;33;0;9;-34;1;0;1142;1269;;; ;0;340;5;10;34;2;5;-35;0;2;1563;;;; ;0;350;4;5;35;1;5;-36;0;0;1003;;;; ;0;360;1;7;36;4;6;-37;0;0;23s 5s;;;; ;0;370;3;3;37;0;1;-38;0;0;6* 154;;;; ;0;380;5;4;38;3;5;-39;0;0;5s CDS;;;; ;0;390;5;3;39;0;8;-40;0;1;202;268;;; ;0;400;3;2;40;2;17;-41;0;0;;280;;; ;4;reste;74;101;reste;495;1052;-42;0;0;;268;;; 23;31;total;559;1625;total;559;1625;-43;0;0;;114;;; 23;27;diagr;478;1512;diagr;57;561;-44;0;0;;286;;; 0;2; t30;44;484;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;552;42;7;601;;;-49;0;0;;;;; ;c;1613;209;12;1834;;;-50;0;1;;;;; ;;;;;2435;115;;reste;0;3;;;;; ;;;;;;2550;;total;42;209;;;;; </pre> =====fps autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_autres_intercalaires_aas|fps autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;fps;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;3517;4200;46;*; ;comp;tRNA;4247;4317;104;*;tga fin;comp;CDS;4422;4781;;0; deb;;CDS;113561;114154;107;*; ;comp;tRNA;114262;114335;147;*;aac fin;comp;CDS;114483;115817;;; deb;comp;CDS;190346;191287;175;*; ;;tRNA;191463;191542;296;*;ttg ;comp;tRNA;191839;191920;132;*;cta fin;;CDS;192053;193441;;; deb;;CDS;295793;295996;133;*; ;comp;tRNA;296130;296203;86;*;atgi fin;comp;CDS;296290;296694;;0; deb;comp;CDS;318122;319414;899;*; ;comp;tRNA;320314;320387;86;*;gac fin;comp;CDS;320474;321400;;; deb;comp;CDS;371118;374351;151;*; ;;tRNA;374503;374573;50;*;caa fin;comp;CDS;374624;375631;;0; deb;comp;CDS;431782;433344;51;*; ;comp;ncRNA;433396;433502;51;*; fin;comp;CDS;433554;433847;;; deb;comp;CDS;464114;466717;128;*; ;comp;tRNA;466846;466920;163;*;cca fin;;CDS;467084;468346;;0; deb;;CDS;507944;508621;1035;*; ;;rRNA;509657;511168;105;*;1512 ;;tRNA;511274;511347;161;*;atc ;;tRNA;511509;511582;214;*;gca ;;rRNA;511797;514683;154;*;2887 ;;rRNA;514838;514947;202;*;110 fin;;CDS;515150;515902;;; deb;;CDS;586281;586805;94;*; ;;regulatory;586900;587164;29;*; fin;;CDS;587194;589056;;; deb;;CDS;596537;597679;312;*; ;comp;tRNA;597992;598074;43;*;ctc ;comp;tRNA;598118;598190;26;*;aaa ;comp;tRNA;598217;598289;128;*;aaa fin;;CDS;598418;598936;;1; deb;;CDS;642117;643595;91;*; ;;tRNA;643687;643758;31;*;gaa ;;tRNA;643790;643861;165;*;gaa deb;;CDS;644027;644278;1142;*; ;;rRNA;645421;646932;105;*;1512 ;;tRNA;647038;647111;161;*;atc ;;tRNA;647273;647346;214;*;gca ;;rRNA;647561;650447;154;*;2887 ;;rRNA;650602;650711;268;*;110 fin;comp;CDS;650980;651266;;0; deb;;CDS;659297;660505;37;*; ;;tmRNA;660543;660939;63;*; fin;comp;CDS;661003;661833;;; deb;;CDS;726614;727399;210;*; ;comp;tRNA;727610;727684;81;*;gta fin;comp;CDS;727766;728980;;0; deb;;CDS;852715;853170;131;*; ;comp;tRNA;853302;853375;75;*;cac fin;comp;CDS;853451;854167;;0; deb;;CDS;897041;897184;75;*; ;;tRNA;897260;897333;49;*;cgt fin;;CDS;897383;897955;;0; deb;comp;CDS;982868;984043;254;*; ;;tRNA;984298;984384;15;*;agc ;;tRNA;984400;984474;33;*;cca ;;tRNA;984508;984581;96;*;aga fin;;CDS;984678;985880;;1; deb;comp;CDS;1110660;1112606;1075;*; ;;rRNA;1113682;1115193;105;*;1512 ;;tRNA;1115299;1115372;161;*;atc ;;tRNA;1115534;1115607;214;*;gca ;;rRNA;1115822;1118708;154;*;2887 ;;rRNA;1118863;1118972;280;*;110 fin;comp;CDS;1119253;1120218;;; deb;comp;CDS;1124516;1124698;456;*; ;comp;tRNA;1125155;1125229;82;*;gta fin;comp;CDS;1125312;1125686;;; deb;comp;CDS;1141104;1142156;88;*; ;;ncRNA;1142245;1142342;13;*; fin;;CDS;1142356;1142553;;; deb;;CDS;1285061;1285477;148;*; ;;tRNA;1285626;1285707;476;*;tac fin;;CDS;1286184;1286810;;; deb;;CDS;1311356;1311642;268;*; ;comp;rRNA;1311911;1312020;154;*;110 ;comp;rRNA;1312175;1315061;214;*;2887 ;comp;tRNA;1315276;1315349;161;*;gca ;comp;tRNA;1315511;1315584;105;*;atc ;comp;rRNA;1315690;1317201;1269;*;1512 deb;;CDS;1318471;1319160;0;*; ;comp;ncRNA;1319161;1319480;341;*; fin;;CDS;1319822;1323886;;; deb;;CDS;1325084;1325431;419;*; ;;repeat_region;1325851;1326881;279;*; fin;comp;CDS;1327161;1328027;;0; deb;comp;CDS;1395802;1397052;248;*; ;comp;tRNA;1397301;1397388;135;*;tca fin;comp;CDS;1397524;1398660;;; deb;comp;CDS;1622342;1622596;259;*; ;comp;tRNA;1622856;1622929;79;*;aca fin;comp;CDS;1623009;1623275;;; deb;comp;CDS;1815453;1816334;239;*; ;;tRNA;1816574;1816646;34;*;atgf ;;tRNA;1816681;1816753;594;*;atgf fin;;CDS;1817348;1817794;;; deb;;CDS;1859580;1860149;308;*; ;comp;tRNA;1860458;1860531;143;*;atgj fin;;CDS;1860675;1861067;;; deb;comp;CDS;1904719;1905537;26;*; ;comp;tRNA;1905564;1905637;70;*;cga fin;comp;CDS;1905708;1906157;;; deb;;CDS;1995546;1996253;35;*; ;comp;tRNA;1996289;1996361;281;*;gga fin;;CDS;1996643;1997074;;; deb;;CDS;2088524;2089369;114;*; ;comp;rRNA;2089484;2089593;154;*;110 ;comp;rRNA;2089748;2092634;214;*;2887 ;comp;tRNA;2092849;2092922;161;*;gca ;comp;tRNA;2093084;2093157;105;*;atc ;comp;rRNA;2093263;2094774;1563;*;1512 fin;comp;CDS;2096338;2099241;;; deb;comp;CDS;2145831;2146037;66;*; ;comp;regulatory;2146104;2146199;493;*; fin;comp;CDS;2146693;2148675;;; deb;;CDS;2182840;2185440;138;*; ;;tRNA;2185579;2185651;43;*;ggc ;;tRNA;2185695;2185779;96;*;tta fin;comp;CDS;2185876;2190132;;; deb;comp;CDS;2295987;2296184;17;*; ;comp;tRNA;2296202;2296272;61;*;tgg deb;comp;CDS;2296334;2297521;58;*; ;comp;tRNA;2297580;2297651;86;*;acc ;comp;tRNA;2297738;2297818;141;*;tac ;comp;tRNA;2297960;2298033;90;*;aca fin;comp;CDS;2298124;2298426;;; deb;;CDS;2506720;2507055;286;*; ;comp;rRNA;2507342;2507451;154;*;110 ;comp;rRNA;2507606;2510492;214;*;2887 ;comp;tRNA;2510707;2510780;161;*;gca ;comp;tRNA;2510942;2511015;105;*;atc ;comp;rRNA;2511121;2512632;1003;*;1512 fin;comp;CDS;2513636;2514889;;0; deb;;CDS;2632307;2633335;53;*; ;;tRNA;2633389;2633473;249;*;tcc fin;;CDS;2633723;2634982;;; deb;comp;CDS;2752993;2753322;64;*; ;;tRNA;2753387;2753460;108;*;gcc fin;comp;CDS;2753569;2757033;;; deb;comp;CDS;2800796;2801521;98;*; ;;tRNA;2801620;2801692;302;*;ttc fin;comp;CDS;2801995;2802585;;; </pre> ====fps distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_distribution|fps distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;; </pre> ===bacteroide synthèse=== ====bacteroide distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_génome|bacteroide distribution par génome]] <pre> bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total myr;11;16;;;1;16;57;;101 fps;11;20;;;;12;6;;49 total;22;36;0;0;1;28;63;0;150 </pre> ====bacteroide distribution du total==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_du_total|bacteroide distribution du total]] <pre> bact2;;;;;;;150 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2 atc;14;acc;2;aac;3;agc;3 ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3 gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4 cta;3;cca;6;caa;3;cga;2 gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;85;36;;;1 -16s tac;28;150 </pre> ====bacteroide distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_type|bacteroide distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> bact2;;;;;;;150;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc; atc;14;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2 cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====bacteroide par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacteroide par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;3;2;0;;;;5; 16;moyen;16;10;12;;;28;66; 14;fort;17;10;51;;;1;79; ; ;36;22;63;;;29;150; 10;g+cga;2;;;;;;2; 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;1;2;;;;;3; 5;autres;;;;;;;; ;;3;2;;;;;5; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;20;13;;;;;33;26 16;moyen;107;67;80;;;187;440;324 14;fort;113;67;340;;;7;527;650 ; ;240;147;420;;;193;150;729 10;g+cgg;13;;;;;;13;10 2;agg+cga;;;;;;;; 4;carre ccc;7;13;;;;;20;16 5;autres;;;;;;;; ;;20;13;;;;;33; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;25;17;;41;26;8;9; 16;moyen;132;83;99;314;324;44;45;19 14;fort;140;83;421;645;650;47;45;81 ; ;298;182;521;121;729;36;22;63 10;g+cgg;17;;;17;10;;; 2;agg+cga;;;;;;;; 4;carre ccc;8;17;;25;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;25;17;;41;;;; </pre> ====bacteroide, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide,_estimation_des_-rRNAs|bacteroide, estimation des -rRNAs]] <pre> bacteroide;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 29 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;29;210; ; ;;indices;;;;29;725;0;0;;bact2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;121 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2 atc;104;acc;;aac;1;agc;;;atc;359;acc;;aac;3.4;agc;;;atc;;acc;2;aac;3;agc;3 ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3.4;;ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;3.4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;8;aaa;8;aga;4 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3.4;caa;;cga;;;cta;3;cca;6;caa;3;cga;2 gta;;gca;102;gaa;;gga;;;gta;;gca;352;gaa;;gga;;;gta;9;gca;;gaa;8;gga;7 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;207;;3;;0;210;;;;714;;10;;0;725;;;;39;;77;;5;121 27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;7096;1.4;0.7;;;;;;146;7096;1.4;0.7;;bact2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;129;;atgi;105;tct;0.7;tat;0.7;atgf;129;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;250 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;0.7;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.7;cct;1.4;cat;;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;200;tcc;50;tac;350;tgc;100 atc;-64;acc;102;aac;127;agc;110;;atc;295;acc;102;aac;130;agc;110;;atc;;acc;100;aac;150;agc;150 ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;131;;ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;134;;ctc;100;ccc;;cac;250;cgt;150 gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;;gcc;50;gac;200;ggc;100 tta;112;tca;122;taa;6.2;tga;2;;tta;112;tca;125;taa;6.2;tga;2.1;;tta;200;tca;200;taa;;tga; ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;;aca;400;aaa;400;aga;200 cta;109;cca;146;caa;113;cga;42;;cta;109;cca;149;caa;113;cga;42;;cta;150;cca;300;caa;150;cga;100 gta;184;gca;-66;gaa;181;gga;141;;gta;184;gca;286;gaa;181;gga;141;;gta;450;gca;;gaa;400;gga;350 ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;150 atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;150;acg;;aag;;agg; ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;3;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;3.4;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1350;;2103;;670;4122;;;;2064;;2113;;669;4846;;;;1950;;3850;;250;6050 rapports;;65;;100;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;bact2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;53.759;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;48 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1559;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt;100 ctt;129;cct;;cat;;cgc;;;avec;218;;;10;3;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;29;;;20;4;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;36;tcc;49;tac;57;tgc;16 atc;-22;acc;100;aac;97;agc;100;;bact2;60.5;;;40;4;;;;atc;100;acc;2;aac;16;agc;27 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;97;;sans;121;;;50;4;21;;;ctc;1;ccc;100;cac;54;cgt;13 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;29;;;60;9;;;;gtc;100;gcc;40;gac;14;ggc;34 tta;100;tca;97;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;0;;;;tta;44;tca;39;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;60;aaa;54;aga;46 cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;27;cca;51;caa;25;cga;58 gta;100;gca;-23;gaa;100;gga;100;;est 12% au dessus;;;;100;18;;;;gta;59;gca;100;gaa;55;gga;60 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;100;tgg;22 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;24;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;381;;579;;99;1059 </pre> ==tenericutes== ===abra=== ====abra opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_opérons|abra opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_bras_O502/achoBras_O502-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022549.1;abra;;genome;;;;;;;; 35.8%GC;15.8.19 Paris;16s 4;45;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Acholeplasma brassicae;;;;;;;;;;; ;253257..253430;;CDS;;86;86;;;58;; ;253517..253601;;tac;;214;;;;;; ;253816..255351;;16s;;137;;;;1536;; ;255489..255565;;atc;;88;;;;;; ;255654..258507;;23s;;34;;;;2854;; ;258542..258652;;5s;;11;;;;111;; ;258664..258740;;aac;;149;;;;;; ;258890..259000;;5s;;11;;;;111;; ;259012..259088;;aac;;860;*860;;;;; ;259949..260053;;CDS;;432;;;;35;; ;260486..262021;;16s;;137;;;;1536;; ;262159..262235;;atc;;88;;;;;; ;262324..265177;;23s;;34;;;;2854;; ;265212..265322;;5s;@1;14;;;;111;; ;265337..265412;;gta;;44;;;44;;; ;265457..265532;;aca;;11;;;11;;; ;265544..265619;;aaa;;7;;;7;;; ;265627..265713;;tta;;8;;;8;;; ;265722..265797;;gca;;72;;;72;;; ;265870..265946;;atgj;;7;;;7;;; ;265954..266030;;atgi;;44;;;44;;; ;266075..266165;;tca;;8;;;8;;; ;266174..266250;;atgf;;4;;;4;;; ;266255..266330;;gac;;11;;;11;;; ;266342..266417;;ttc;;137;137;;;;; ;266555..267409;;CDS;;;;;;285;; ;;;;;;;;;;; ;582446..584125;;CDS;;49;49;;;*560;; ;584175..584260;;ctc;;170;170;;;;; ;584431..586110;;CDS;;;;;;*560;; ;;;;;;;;;;; ;625631..626317;;CDS;;84;84;;;229;; comp;626402..626476;;ggc;;66;;66;;;; comp;626543..626619;;cca;;17;;17;;;; comp;626637..626713;;cga;;13;;13;;;; comp;626727..626802;;gac;;149;149;;;;; ;626952..627599;;CDS;;;;;;216;; ;;;;;;;;;;; ;633526..634710;;CDS;;63;63;;;395;; comp;634774..634847;;acc;;76;76;;;;; ;634924..636651;;CDS;;;;;;*576;; ;;;;;;;;;;; ;755442..756548;;CDS;;64;64;;;369;; comp;756613..756688;;aag;;130;130;;;;; ;756819..757373;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; ;807788..808216;;CDS;;108;108;;;143;; ;808325..808401;;aga;;216;216;;;;; ;808618..808854;;CDS;;;;;;79;; ;;;;;;;;;;; ;829563..829871;;CDS;;155;155;;;103;; ;830027..830102;;agg;;27;27;;;;; ;830130..831458;;CDS;;;;;;443;; ;;;;;;;;;;; comp;1176200..1176799;;CDS;;398;398;;;200;; comp;1177198..1177291;;tcg;;8;;8;;;; comp;1177300..1177375;;gcc;;569;*569;;;;; comp;1177945..1179252;;CDS;;;;;;436;; ;;;;;;;;;;; ;1187918..1188148;;CDS;;382;382;;;77;; ;1188531..1188621;;tcc;;66;66;;;;; ;1188688..1189761;;CDS;;;;;;358;; ;;;;;;;;;;; comp;1194077..1194568;;CDS;;206;206;;;164;; comp;1194775..1194859;;ttg;;10;10;;;;; comp;1194870..1196045;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;1251487..1252329;;CDS;;68;68;;;281;; ;1252398..1252472;;gtc;;44;44;;;;; comp;1252517..1252873;;CDS;;;;;;119;; ;;;;;;;;;;; comp;1416224..1416484;;CDS;;301;301;;;87;; comp;1416786..1416859;;tgc;;92;92;;;;; comp;1416952..1418427;;CDS;;;;;;492;; ;;;;;;;;;;; comp;1427372..1427890;;CDS;@2;379;379;;;173;; comp;1428270..1428343;;gga;;9;;9;;;; comp;1428353..1428429;;cca;;1;;1;;;; comp;1428431..1428507;;cgt;;8;;8;;;; comp;1428516..1428591;;gaa;;73;73;;;;; comp;1428665..1429210;;CDS;;;;;;182;; ;;;;;;;;;;; comp;1431948..1432259;;CDS;;96;96;;;104;; comp;1432356..1432432;;aac;;11;;;;;; comp;1432444..1432554;;5s;;34;;;;111;; comp;1432589..1435442;;23s;;158;;;;2854;; comp;1435601..1437135;;16s;;432;;;;1535;; comp;1437568..1437672;;CDS;;860;*860;;;35;; comp;1438533..1438609;;aac;;11;;;;;; comp;1438621..1438731;;5s;@3;149;;;;111;; comp;1438881..1438957;;aac;;11;;;;;; comp;1438969..1439079;;5s;;34;;;;111;; comp;1439114..1441967;;23s;;159;;;;2854;; comp;1442127..1443662;;16s;;431;*431;;;1536;; comp;1444094..1444624;;CDS;;;;;;177;; ;;;;;;;;;;; comp;1532381..1533052;;CDS;;262;262;;;224;; comp;1533315..1533399;;cta;;46;46;;;;; comp;1533446..1535560;;CDS;;;;;;*705;; ;;;;;;;;;;; comp;1540295..1540534;;CDS;;171;171;;;80;; comp;1540706..1540780;;tgg;;47;47;;;;; comp;1540828..1541754;;CDS;;137;137;;;;; ;1541892..1541967;;cac;;63;;63;;;; ;1542031..1542104;;caa;;37;37;;;;; comp;1542142..1542357;;CDS;;;;;;72;; ;;;;;;;;;;; comp;1716869..1717186;;CDS;;854;*854;;;106;; comp;1718041..1718116;;acg;;87;87;;;;; comp;1718204..1718947;;CDS;;;;;;248;; ;;;;;;;;;;; comp;1742909..1743664;;CDS;;487;*487;;;252;; comp;1744152..1744227;;gaa;;109;109;;;;; comp;1744337..1744720;;CDS;;;;;;128;; ;;;;;;;;;;; comp;1747424..1747726;;CDS;;100;100;;;101;; comp;1747827..1747919;;agc;;102;102;;;;; comp;1748022..1750199;;CDS;;;;;;*726;; </pre> ====abra cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_cumuls|abra cumuls]] <pre> abra cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;4;1;1;0;1;0;1;;100;8;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;5;7;50;7;20;;200;13;60;3 ;16 atc 235 a;2;40;0;0;100;12;40;;300;7;90;5 ;16 23 5s a;2;60;0;2;150;7;60;;400;4;120;5 ;max a;12;80;2;1;200;3;80;;500;3;150;2 ;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;3;180;3 ;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;0;210;3 ;total aas;19;140;0;0;350;1;140;;800;2;240;3 sans ;opérons;18;160;0;0;400;3;160;;900;0;270;2 ;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;;1000;0;300;2 ;max a;4;200;0;0;500;1;200;;1100;0;330;0 ;a doubles;0;;0;0;;4;;;;0;;12 ;total aas;26;;8;10;;42;;0;;40;;40 total aas;;45;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;209;;;;254;; ;;;variance;;;;226;;;;187;; sans jaune;;;moyenne;23;22;;131;;;;201;;148 ;;;variance;26;23;;101;;;;127;;74 </pre> ====abra blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_blocs|abra blocs]] <pre> abra blocs;; CDS;86;58 tac;214; 16s;137;1536 atc;88; 23s;34;2854 5s;11;111 aac;149; 5s;11;111 aac;860; CDS;432;35 16s;137;1536 atc;88; 23s;34;2854 5s;14;111 gta;44; ;; CDS;96;104 aac;11; 5s;34;111 23s;158;2854 16s;432;1535 CDS;860;35 aac;11; 5s;149;111 aac;11; 5s;34;111 23s;159;2854 16s;431;1536 CDS;;177 </pre> ====abra remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_remarques|abra remarques]] *code génétique abra <pre> abra;;;;;;;45 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;5;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====abra distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_distribution|abra distribution]] *code génétique abra <pre> tenericutes;sans rRNA;>1 aas 12;1aas ;avant 16s;après 5s;après 16s; abra;;gac gaa;14;1;16;2;45 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;5;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====abra données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_données_intercalaires|abra données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abra;fx;fc;abra;fx40;fc40;abra;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;68;86;84;tRNA 16s;; ;1;10;5;208;1;0;58;-2;0;0;860;149;215;;tac ;0;20;9;127;2;1;40;-3;0;0;140;63;16s tRNA;; ;1;30;10;51;3;1;21;-4;2;141;49;76;2* 145;;atc ;0;40;17;34;4;0;29;-5;0;2;170;64;tRNA 23s;; 1;3;50;19;35;5;0;7;-6;0;0;108;130;2* 89;;atc ;0;60;18;31;6;0;6;-7;0;1;216;68;5s tRNA;; 3;1;70;15;42;7;0;4;-8;0;70;155;44;5* 11;;aac 1;1;80;14;35;8;0;15;-9;1;0;27;137;14;;gta 1;2;90;9;32;9;2;16;-10;0;3;434;714;tRNA 5s;; ;3;100;10;23;10;1;12;-11;0;34;569;;2* 149;;aac ;3;110;8;35;11;0;19;-12;1;0;382;;tRNA tRNA;;contig ;0;120;16;29;12;1;33;-13;0;1;66;;44;;gta 1;0;130;12;31;13;0;13;-14;1;24;206;;11;;aca 1;1;140;7;24;14;3;11;-15;0;0;10;;7;;aaa 1;0;150;10;30;15;1;13;-16;0;1;301;;8;;tta ;1;160;10;26;16;0;7;-17;1;16;92;;72;;gca ;1;170;2;13;17;1;6;-18;0;0;415;;7;;atgj ;1;180;8;14;18;0;11;-19;0;1;73;;44;;atgi ;0;190;9;14;19;1;7;-20;0;12;96;;8;;tca ;0;200;4;9;20;2;7;-21;0;0;860;;4;;atgf ;1;210;4;7;21;2;5;-22;0;1;262;;11;;gac ;1;220;3;13;22;0;7;-23;0;6;46;;**;;ttc ;0;230;2;8;23;1;14;-24;1;0;171;;tRNA tRNA;; ;0;240;7;3;24;2;4;-25;0;1;47;;66;;ggc ;0;250;1;6;25;0;5;-26;1;4;854;;17;;cca ;0;260;3;8;26;2;5;-27;0;0;87;;13;;cga ;1;270;3;7;27;2;3;-28;0;0;493;;**;;gac ;0;280;2;6;28;1;1;-29;0;1;109;;8;;tcg ;0;290;1;3;29;0;3;-30;0;0;100;;**;;gcc ;0;300;4;1;30;0;4;-31;0;1;CDS 16s;;9;;gga ;1;310;0;1;31;0;4;-32;0;1;433;;1;;cca ;0;320;2;8;32;2;6;-33;0;0;433;;8;;cgt ;0;330;2;2;33;1;3;-34;0;0;432;;**;;gaa ;0;340;0;1;34;3;1;-35;0;2;16s 23s;;63;;cac ;0;350;2;1;35;1;3;-36;0;0;167;;**;;caa ;0;360;2;2;36;3;6;-37;0;0;168;;;; ;0;370;0;6;37;2;4;-38;0;2;23s 5s;;;; ;0;380;1;4;38;3;3;-39;0;0;4* 35;;;; ;1;390;0;4;39;1;2;-40;0;0;;;;; ;0;400;4;1;40;1;2;-41;0;0;;;;; 1;7;reste;14;33;reste;229;547;-42;0;0;;;;; 10;31;total;270;980;total;271;979;-43;0;0;;;;; 9;24;diagr;255;935;diagr;41;420;-44;0;0;;;;; 0;2; t30;24;386;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;269;8;1;278;;;-49;0;1;;;;; ;c;968;409;12;1389;;;-50;0;1;;;;; ;;;;;1667;128;;reste;0;13;;;;; ;;;;;;1795;;total;8;409;;;;; </pre> =====abra autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires_aas|abra autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abra;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;6032;8602;39;*; ;;misc_binding;8642;8842;66;*; fin;;CDS;8909;10186;;; deb;;CDS;58474;59019;199;*; ;;misc_binding;59219;59468;96;*; fin;;CDS;59565;60740;;; deb;;CDS;175843;176448;64;*; ;;regulatory;176513;176610;67;*; fin;;CDS;176678;178138;;; deb;;CDS;226433;226846;115;*; ;;regulatory;226962;227062;128;*; fin;;CDS;227191;228555;;; deb;;CDS;241700;242158;14;*; ;;ncRNA;242173;242267;222;*; fin;;CDS;242490;243404;;; deb;;CDS;253260;253430;86;*; ;;tRNA;253517;253601;215;*;tac ;;rRNA;253817;255343;145;*;16s ;;tRNA;255489;255565;89;*;atc ;;rRNA;255655;258506;35;*;23s ;;rRNA;258542;258652;11;*;5s ;;tRNA;258664;258740;149;*;aac ;;rRNA;258890;259000;11;*;5s ;;tRNA;259012;259088;860;*;aac deb;;CDS;259949;260053;433;*; ;;rRNA;260487;262013;145;*;16s ;;tRNA;262159;262235;89;*;atc ;;rRNA;262325;265176;35;*;23s ;;rRNA;265212;265322;14;*;5s ;;tRNA;265337;265412;44;*;gta ;;tRNA;265457;265532;11;*;aca ;;tRNA;265544;265619;7;*;aaa ;;tRNA;265627;265713;8;*;tta ;;tRNA;265722;265797;72;*;gca ;;tRNA;265870;265946;7;*;atgj ;;tRNA;265954;266030;44;*;atgi ;;tRNA;266075;266165;8;*;tca ;;tRNA;266174;266250;4;*;atgf ;;tRNA;266255;266330;11;*;gac ;;tRNA;266342;266417;140;*;ttc fin;;CDS;266558;267409;;; deb;;CDS;296513;297367;98;*; ;;misc_binding;297466;297674;30;*; fin;;CDS;297705;299270;;; deb;;CDS;326721;327413;0;*; ;;misc_feature;327414;327533;18;*; fin;;CDS;327552;328049;;; deb;;CDS;574175;574945;-5;*; ;;misc_binding;574941;575144;43;*; fin;;CDS;575188;576195;;; deb;;CDS;582446;584125;49;*; ;;tRNA;584175;584260;170;*;ctc fin;;CDS;584431;586110;;; deb;;CDS;625631;626317;84;*; ;comp;tRNA;626402;626476;66;*;ggc ;comp;tRNA;626543;626619;17;*;cca ;comp;tRNA;626637;626713;13;*;cga ;comp;tRNA;626727;626802;149;*;gac fin;;CDS;626952;627599;;; deb;;CDS;633550;634710;63;*; ;comp;tRNA;634774;634847;76;*;acc fin;;CDS;634924;636651;;; deb;;CDS;690994;692286;64;*; ;;regulatory;692351;692446;55;*; fin;;CDS;692502;693653;;; deb;;CDS;755442;756548;64;*; ;comp;tRNA;756613;756688;130;*;aag fin;;CDS;756819;757373;;; deb;;CDS;807788;808216;108;*; ;;tRNA;808325;808401;216;*;aga fin;;CDS;808618;808854;;0; deb;comp;CDS;818257;818448;29;*; ;comp;ncRNA;818478;818549;-2;*; fin;comp;CDS;818548;818796;;; deb;;CDS;829563;829871;155;*; ;;tRNA;830027;830102;27;*;agg fin;;CDS;830130;831458;;; deb;;CDS;862237;863004;104;*; ;;regulatory;863109;863206;46;*; fin;;CDS;863253;863771;;1; deb;;CDS;951162;951842;56;*; ;;misc_feature;951899;952022;10;*; fin;;CDS;952033;952593;;; deb;;CDS;979156;980118;92;*; ;comp;ncRNA;980211;980543;41;*; fin;comp;CDS;980585;980917;;; deb;comp;CDS;1000286;1000837;45;*; ;comp;misc_binding;1000883;1001091;36;*; fin;comp;CDS;1001128;1001976;;; deb;comp;CDS;1033802;1034467;48;*; ;comp;regulatory;1034516;1034590;41;*; ;comp;regulatory;1034632;1034706;43;*; fin;comp;CDS;1034750;1035400;;; deb;comp;CDS;1043459;1044169;55;*; ;comp;regulatory;1044225;1044298;61;*; fin;comp;CDS;1044360;1045796;;; deb;comp;CDS;1055719;1056522;197;*; ;comp;misc_binding;1056720;1056926;146;*; fin;;CDS;1057073;1058293;;; deb;comp;CDS;1125033;1127627;53;*; ;comp;misc_binding;1127681;1127864;34;*; fin;comp;CDS;1127899;1128741;;; deb;comp;CDS;1135303;1135953;71;*; ;comp;regulatory;1136025;1136141;48;*; fin;comp;CDS;1136190;1137014;;0; deb;comp;CDS;1176200;1176763;434;*; ;comp;tRNA;1177198;1177291;8;*;tcg ;comp;tRNA;1177300;1177375;569;*;gcc fin;comp;CDS;1177945;1179252;;; deb;comp;CDS;1187918;1188148;382;*; ;comp;tRNA;1188531;1188621;66;*;tcc fin;comp;CDS;1188688;1189704;;; deb;comp;CDS;1194077;1194568;206;*; ;comp;tRNA;1194775;1194859;10;*;ttg fin;comp;CDS;1194870;1196045;;; deb;comp;CDS;1221355;1222416;217;*; ;;tmRNA;1222634;1222981;262;*; fin;;CDS;1223244;1223657;;; deb;comp;CDS;1251487;1252329;68;*; ;;tRNA;1252398;1252472;44;*;gtc fin;comp;CDS;1252517;1252873;;0; deb;comp;CDS;1416224;1416484;301;*; ;comp;tRNA;1416786;1416859;92;*;tgc fin;comp;CDS;1416952;1418427;;0; deb;comp;CDS;1427372;1427854;415;*; ;comp;tRNA;1428270;1428343;9;*;gga ;comp;tRNA;1428353;1428429;1;*;cca ;comp;tRNA;1428431;1428507;8;*;cgt ;comp;tRNA;1428516;1428591;73;*;gaa fin;comp;CDS;1428665;1429210;;; deb;comp;CDS;1431948;1432259;96;*; ;comp;tRNA;1432356;1432432;11;*;aac ;comp;rRNA;1432444;1432554;35;*;5s ;comp;rRNA;1432590;1435441;167;*;23s ;comp;rRNA;1435609;1437134;433;*;16s deb;comp;CDS;1437568;1437672;860;*; ;comp;tRNA;1438533;1438609;11;*;aac ;comp;rRNA;1438621;1438731;149;*;5s ;comp;tRNA;1438881;1438957;11;*;aac ;comp;rRNA;1438969;1439079;35;*;5s ;comp;rRNA;1439115;1441966;168;*;23s ;comp;rRNA;1442135;1443661;432;*;16s fin;comp;CDS;1444094;1444618;;; deb;comp;CDS;1453717;1454874;96;*; ;comp;regulatory;1454971;1455142;38;*; fin;comp;CDS;1455181;1455630;;; deb;comp;CDS;1532381;1533052;262;*; ;comp;tRNA;1533315;1533399;46;*;cta fin;comp;CDS;1533446;1535560;;; deb;comp;CDS;1540295;1540534;171;*; ;comp;tRNA;1540706;1540780;47;*;tgg deb;comp;CDS;1540828;1541754;137;*; ;;tRNA;1541892;1541967;63;*;cac ;;tRNA;1542031;1542104;714;*;caa fin;comp;CDS;1542819;1544120;;0; deb;comp;CDS;1716869;1717186;854;*; ;comp;tRNA;1718041;1718116;87;*;acg fin;comp;CDS;1718204;1718947;;; deb;comp;CDS;1729328;1729618;30;*; ;comp;regulatory;1729649;1729758;73;*; fin;comp;CDS;1729832;1730329;;; deb;comp;CDS;1742909;1743658;493;*; ;comp;tRNA;1744152;1744227;109;*;gaa fin;comp;CDS;1744337;1744720;;; deb;comp;CDS;1747424;1747726;100;*; ;comp;tRNA;1747827;1747919;102;*;agc fin;comp;CDS;1748022;1750199;;; deb;comp;CDS;1796937;1799234;102;*; ;comp;regulatory;1799337;1799515;112;*; fin;comp;CDS;1799628;1800182;;0; </pre> ====abra intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_entre_cds|abra intercalaires entre cds]] *'''intercalaires entre cds''', tableau. <pre> abra;3.2.21 Paris;;abra 13.12.20;;;;;;; abra;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5 ;négatif;417;25.0;négatif ;-10;12;-1 à -73;1,877,792;-1;417 ;zéro;13;0.8;;;;;intercals;0;13 ;1 à 200;1055;63.3;0 à 200;65;57;;135,857;5;157 ;201 à 370;121;7.3;201 à 370;265;48;;7%;10;56 ;371 à 600;42;2.5;371 à 600;442;62;;;15;94 ;601 à max;19;1.1;601 à 1230;852;195;;;20;42 ;Total 1667;<201;89.1;Total 1665;79;132;-73 à 1230;;25;40 adresse;intercalx;intercal;fréquence1;intercal;fréquence6;cumul et %;intercal;fréquence-1;30;21 1537782;1230;-1;417;-70;3;;0;13;35;24 1707618;1229;0;13;-60;9;;-1;°68;40;27 1578501;1176;1;°58;-50;2;;-2;0;45;26 1526950;1027;2;41;-40;2;;-3;0;50;28 87364;968;3;22;-30;6;min à -1;-4;°143;55;29 826414;926;4;°29;-20;27;417;-5;2;60;20 171283;878;5;7;-10;83;25.0%;-6;0;65;30 1768322;822;6;6;0;298;;-7;1;70;27 819242;821;7;4;10;213;;-8;°70;75;22 1769594;816;8;15;20;136;;-9;1;80;27 158518;793;9;°18;30;61;;-10;3;85;22 1412625;756;10;13;40;51;1 à 100;-11;°34;90;19 968622;741;11;19;50;54;744;-12;1;95;16 1738100;729;12;°34;60;49;44.6%;-13;1;100;17 816181;706;13;13;70;57;;-14;°25;105;17 1683910;675;14;14;80;49;;-15;0;110;26 1186776;646;15;°14;90;41;;-16;1;115;25 1529536;628;16;7;100;33;;-17;°17;120;20 133841;619;17;7;110;43;;-18;0;125;26 1183129;595;18;°11;120;45;;-19;1;130;17 1861159;579;19;8;130;43;;-20;°12;135;18 615740;575;20;9;140;31;;-21;0;140;13 1171702;555;21;7;150;40;;-22;1;145;21 1525837;555;22;7;160;36;;-23;°6;150;19 153593;526;23;°15;170;15;1 à 200;-24;1;155;20 1714960;500;24;6;180;22;1055;-25;1;160;16 1842150;494;25;5;190;23;63.3%;-26;°5;165;7 1168850;483;26;7;200;13;;-27;0;170;8 1834829;483;27;5;210;11;;-28;0;175;10 556334;476;28;2;220;16;;-29;1;180;12 151602;474;29;3;230;10;;-30;0;185;13 493661;465;30;4;240;10;0 à 200;-31;1;190;10 1274718;449;31;4;250;7;1068;-32;1;195;10 1681282;446;32;°8;260;11;;total;410;200;3 1503782;443;33;4;270;10;;reste;20;205;5 178131;441;34;4;280;8;;;430;210;6 1728410;438;35;4;290;4;;;;215;12 1022865;434;36;°9;300;5;;intercal;fréquencef;220;4 36959;428;37;6;310;1;;600;1648;225;1 ;;38;6;320;10;;620;1;230;9 ;;39;3;330;4;;640;1;235;7 ;;40;3;340;1;201 à 370;660;1;240;3 ;;reste;776;350;3;121;680;1;245;2 ;;total;1471;360;4;7.3%;700;;250;5 ;;;;370;6;;720;1;255;8 adresse;intercaln;décalage;long;380;5;;740;1;260;3 1040608;-92;shift2;815;390;4;;760;2;265;7 1766313;-86;shift2;1001;400;5;;780;;270;3 1083669;-73;shift2;816;410;4;;800;1;275;7 169623;-67;shift2;654;420;2;;820;1;280;1 353304;-67;shift2;864;430;3;;840;2;285;1 758070;-67;shift2;864;440;2;;860;;290;3 891412;-67;shift2;864;450;4;;880;1;295;3 1155286;-67;shift2;654;460;0;;900;;300;2 1646854;-67;shift2;864;470;1;;920;;305;0 1690631;-67;shift2;654;480;2;;940;1;310;1 1714097;-67;shift2;864;490;2;;960;;315;7 1793555;-67;shift2;654;500;2;;980;1;320;3 1485635;-59;shift2;629;510;0;;1000;;325;1 738923;-50;shift2;293;520;0;;1020;;330;3 1668172;-49;shift2;315;530;1;;1040;1;335;0 1847532;-47;shift2;227;540;0;371 à 600;;16;340;1 904492;-38;shift2;962;550;0;42;;;345;1 1129734;-38;shift2;413;560;2;2.5%;;;350;2 844539;-35;shift2;;570;0;;;;355;4 986747;-35;shift2;;580;2;601 à max;;;360;0 1114675;-32;shift2;;590;0;19;;;365;3 526681;-31;shift2;;600;1;1.1%;;;370;3 1072749;-29;shift2;;reste;19;;reste;3;reste;61 251649;-26;shift2;;total;1667;;total;1667;total;1667 </pre> ====abra intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> corrélations et fréquences faibles;;;;;;;;;;;;;; abra. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;; abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;; 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; ;;;;;;;;;;;;;; diagrammes;;;;;;;;;;;;;; abra;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;53;-314;342;39;734;197;max50;&-99;750;-1818;148;702;253;min60 31 à 400;;;;;;;;&21;-104;-7.3;42;912;165;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;148;55;-;638;poly;96;tF;&223;71;;425;poly;277;SF 31 à 400;;;;;;;;&118;42;-;827;poly;85;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et faibles fréquences <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.243;;;;; 41-n;0.874;0.716;0.797;;;;;;;;;;;; 1-n;0.312;-0.163;0.059;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; abra;fx;fc;;abra;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;abra;Sx-;Sc- 0;1;12;;0;4;13;;0;1;12;>0;270;-1;0;68 10;5;208;;10;20;223;;1;0;58;<0;8;-2;0;0 20;9;127;;20;35;136;;2;1;40;zéro;1;-3;0;0 30;10;51;;30;39;55;;3;1;21;total;279;-4;2;141 40;17;34;;40;66;36;;4;0;29;;c;-5;0;2 50;19;35;;50;74;37;;5;0;7;>0;967;-6;0;0 60;18;31;;60;70;33;;6;0;6;<0;409;-7;0;1 70;15;42;;70;59;45;;7;0;4;zéro;12;-8;0;70 80;15;34;;80;59;36;;8;0;15;total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reste;14;33;;;;;;reste;229;547;;;-42;0;0 total;271;979;;t30;94;413;;total;271;979;;;-43;0;0 diagr;256;934;;;;;;diagr;41;420;;;-44;0;0 - t30;232;548;;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;;reste;0;13 ;;;;;;;;;;;;;total;8;409 </pre> ====abra intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_négatifs_S-|abra intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ;;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; abra;comp’;;;;1;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;6 ;continu;68;0;0;142;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;411 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;abra;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;8 ;Sc-;68;0;0;141;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;4;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;409 </pre> ====abra autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra autres intercalaires]] *Légende: ° pour cyan, & pour jaune, $ pour rouge. <pre> deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens deb;°CDS;6032;39;;;deb;°CDS;633550;63;;;deb;°CDS;1221355;217;comp ;misc_binding;8642;66;;;;&tRNA;634774;76;comp;;;tmRNA;1222634;262; fin;°CDS;8909;;;;fin;°CDS;634924;;;;fin;°CDS;1223244;; deb;°CDS;58474;199;;;deb;°CDS;690994;64;;;deb;°CDS;1251487;68;comp ;misc_binding;59219;96;;;;regulatory;692351;55;;;;&tRNA;1252398;44; fin;°CDS;59565;;;;fin;°CDS;692502;;;;fin;°CDS;1252517;;comp deb;°CDS;175843;64;;;deb;°CDS;755442;64;;;deb;°CDS;1416224;301;comp ;regulatory;176513;67;;;;&tRNA;756613;130;comp;;;&tRNA;1416786;92;comp fin;°CDS;176678;;;;fin;°CDS;756819;;;;fin;°CDS;1416952;;comp deb;°CDS;226433;115;;;deb;°CDS;807788;108;;;deb;°CDS;1427372;415;comp ;regulatory;226962;128;;;;&tRNA;808325;216;;;;&tRNA;1428270;9;comp fin;°CDS;227191;;;;fin;°CDS;808618;;;;;&tRNA;1428353;1;comp deb;°CDS;241700;14;;;deb;°CDS;818257;29;comp;;;&tRNA;1428431;8;comp ;ncRNA;242173;222;;;;ncRNA;818478;-2;comp;;;&tRNA;1428516;73;comp fin;°CDS;242490;;;;fin;°CDS;818548;;comp;;fin;°CDS;1428665;;comp deb;°CDS;253260;86;;;deb;°CDS;829563;155;;;deb;°CDS;1431948;96;comp ;&tRNA;253517;215;;;;&tRNA;830027;27;;;;&tRNA;1432356;11;comp ;$rRNA;253817;145;;;fin;°CDS;830130;;;;;$rRNA;1432444;35;comp ;&tRNA;255489;89;;;deb;°CDS;862237;104;;;;$rRNA;1432590;167;comp ;$rRNA;255655;35;;;;regulatory;863109;46;;;;$rRNA;1435609;433;comp ;$rRNA;258542;11;;;fin;°CDS;863253;;;;deb;°CDS;1437568;860;comp ;&tRNA;258664;149;;;deb;°CDS;951162;56;;;;&tRNA;1438533;11;comp ;$rRNA;258890;11;;;;misc_feature;951899;10;;;;$rRNA;1438621;149;comp ;&tRNA;259012;860;;;fin;°CDS;952033;;;;;&tRNA;1438881;11;comp deb;°CDS;259949;433;;;deb;°CDS;979156;92;;;;$rRNA;1438969;35;comp ;$rRNA;260487;145;;;;ncRNA;980211;41;comp;;;$rRNA;1439115;168;comp ;&tRNA;262159;89;;;fin;°CDS;980585;;comp;;;$rRNA;1442135;432;comp ;$rRNA;262325;35;;;deb;°CDS;1000286;45;comp;;fin;°CDS;1444094;;comp ;$rRNA;265212;14;;;;misc_binding;1000883;36;comp;;deb;°CDS;1453717;96;comp ;&tRNA;265337;44;;;fin;°CDS;1001128;;comp;;;regulatory;1454971;38;comp ;&tRNA;265457;11;;;deb;°CDS;1033802;48;comp;;fin;°CDS;1455181;;comp ;&tRNA;265544;7;;;;regulatory;1034516;41;comp;;deb;°CDS;1532381;262;comp ;&tRNA;265627;8;;;;regulatory;1034632;43;comp;;;&tRNA;1533315;46;comp ;&tRNA;265722;72;;;fin;°CDS;1034750;;comp;;fin;°CDS;1533446;;comp ;&tRNA;265870;7;;;deb;°CDS;1043459;55;comp;;deb;°CDS;1540295;171;comp ;&tRNA;265954;44;;;;regulatory;1044225;61;comp;;;&tRNA;1540706;47;comp ;&tRNA;266075;8;;;fin;°CDS;1044360;;comp;;deb;°CDS;1540828;137;comp ;&tRNA;266174;4;;;deb;°CDS;1055719;197;comp;;;&tRNA;1541892;63; ;&tRNA;266255;11;;;;misc_binding;1056720;146;comp;;;&tRNA;1542031;714; ;&tRNA;266342;140;;;fin;°CDS;1057073;;;;fin;°CDS;1542819;;comp fin;°CDS;266558;;;;deb;°CDS;1125033;53;comp;;deb;°CDS;1716869;854;comp deb;°CDS;296513;98;;;;misc_binding;1127681;34;comp;;;&tRNA;1718041;87;comp ;misc_binding;297466;30;;;fin;°CDS;1127899;;comp;;fin;°CDS;1718204;;comp fin;°CDS;297705;;;;deb;°CDS;1135303;71;comp;;deb;°CDS;1729328;30;comp deb;°CDS;326721;0;;;;regulatory;1136025;48;comp;;;regulatory;1729649;73;comp ;misc_feature;327414;18;;;fin;°CDS;1136190;;comp;;fin;°CDS;1729832;;comp fin;°CDS;327552;;;;deb;°CDS;1176200;434;comp;;deb;°CDS;1742909;493;comp deb;°CDS;574175;-5;;;;&tRNA;1177198;8;comp;;;&tRNA;1744152;109;comp ;misc_binding;574941;43;;;;&tRNA;1177300;569;comp;;fin;°CDS;1744337;;comp fin;°CDS;575188;;;;fin;°CDS;1177945;;comp;;deb;°CDS;1747424;100;comp deb;°CDS;582446;49;;;deb;°CDS;1187918;382;;;;&tRNA;1747827;102;comp ;&tRNA;584175;170;;;;&tRNA;1188531;66;;;fin;°CDS;1748022;;comp fin;°CDS;584431;;;;fin;°CDS;1188688;;;;deb;°CDS;1796937;102;comp deb;°CDS;625631;84;;;deb;°CDS;1194077;206;comp;;;regulatory;1799337;112;comp ;&tRNA;626402;66;comp;;;&tRNA;1194775;10;comp;;fin;°CDS;1799628;;comp ;&tRNA;626543;17;comp;;fin;°CDS;1194870;;comp;;;;;; ;&tRNA;626637;13;comp;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;626727;149;comp;;;;;;;;;;;; fin;CDS;626952;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====abra intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_tRNA|abra intercalaires tRNA]] <pre> abra;intercalaires tRNA;;;;;;proportion des intercalaires <201;;; comp’;entre tRNAs;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;44 11 7 8 72 ;;86;;860;;49;10;deb; ;7 44 8 4 11;;;;140;;86;27;<201;7 ;;;49;;170;;96;46;total;15 ;66 17 13;comp’;84;comp’;149;;100;47;%;47% ;;comp’;63;comp’;76;;108;66;; ;;comp’;64;comp’;130;;155;73;fin; ;;;108;;216;;171;87;<201;12 ;;;155;;27;;206;92;total;16 ;8;;424;;569;;262;102;%;75% ;;;382;;66;;301;109;; ;;;206;;10;;382;140;total; ;;comp’;68;comp’;44;;415;170;<201;19 ;;;301;;92;;424;216;total;31 ;9 1 8;;415;;73;;493;569;%;61% ;;;96;;860;;854;860;; ;;;262;;46;;-;860;comp’;cumuls ;;;171;;47;;63;44;deb;100% ;63;comp’;137;comp’;714;;64;76;; ;;;854;;87;;68;130;fin;80% ;;;493;;109;;84;149;; ;;;100;;102;;137;714;total;90% </pre> ===apal=== ====apal opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_opérons|apal opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_palm_J233/achoPalm_J233-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022538.1;apal;;genome;;;;;;;; 29%GC;16.8.19 Paris;16s 2 ;35;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Acholeplasma palmae J233;;;;;;;;;;; ;161706..162593;;CDS;;132;132;;;296;; ;162726..162816;;agc;;9;;9;;;; ;162826..162901;;gaa;;126;126;;;;; ;163028..163522;;CDS;;;;;;165;; ;;;;;;;;;;; comp;205002..205226;;CDS;;72;72;;;75;; comp;205299..205373;;tgg;;73;73;;;;; comp;205447..206382;;CDS;;133;133;;;;; ;206516..206591;;cac;;14;;14;;;; ;206606..206680;;caa;;34;;34;;;; ;206715..206797;;cta;;168;168;;;;; ;206966..207208;;CDS;;;;;;81;; ;;;;;;;;;;; ;294770..296290;;CDS;;347;347;;;*507;; ;296638..298160;;16s;;128;;;;1523;; ;298289..301126;;23s;;34;;;;2838;; ;301161..301268;;5s;;51;;;;108;; ;301320..301396;;aac;;118;118;;;;; ;301515..301835;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; ;303638..304993;;CDS;;70;70;;;452;; ;305064..305139;;gaa;@1;9;;9;;;; ;305149..305225;;cgt;;71;;71;;;; ;305297..305373;;cca;;13;;13;;;; ;305387..305461;;gga;;86;86;;;;; ;305548..308184;;CDS;;;;;;*879;; ;;;;;;;;;;; ;326174..327313;;CDS;;91;91;;;380;; ;327405..327478;;tgc;;527;*527;;;;; comp;328006..328539;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; ;435096..436751;;CDS;;48;48;;;*552;; ;436800..436885;;ctc;;214;214;;;;; ;437100..438890;;CDS;;;;;;*597;; ;;;;;;;;;;; ;441323..442294;;CDS;;38;38;;;324;; comp;442333..442407;;ggc;;100;100;;;;; ;442508..443650;;CDS;;;;;;381;; ;;;;;;;;;;; ;443640..444197;;CDS;;93;93;;;186;; comp;444291..444364;;acc;;133;133;;;;; ;444498..444695;;CDS;;;;;;66;; ;;;;;;;;;;; ;644468..646315;;CDS;;124;124;;;*616;; ;646440..646516;;aga;;251;251;;;;; ;646768..647322;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; ;669786..670511;;CDS;;45;45;;;242;; ;670557..670632;;cgg;;1;;;;;; ;670634..670722;;tcc;;133;133;;;;; ;670856..671359;;CDS;;;;;;168;; ;;;;;;;;;;; comp;837575..837796;;CDS;;157;157;;;74;; comp;837954..838029;;aag;;214;214;;;;; ;838244..838888;;CDS;;;;;;215;; ;;;;;;;;;;; comp;1172026..1173090;;CDS;;112;112;;;355;; comp;1173203..1173285;;ttg;;82;82;;;;; comp;1173368..1175038;;CDS;;;;;;*557;; ;;;;;;;;;;; comp;1456398..1457315;;CDS;;72;72;;;306;; comp;1457388..1457463;;gac;;40;40;;;;; comp;1457504..1458355;;CDS;;154;154;;;284;; comp;1458510..1458585;;ttc;;7;;;7;;; comp;1458593..1458668;;gac;;4;;;4;;; comp;1458673..1458749;;atgf;;55;;;55;;; comp;1458805..1458895;;tca;;22;;;22;;; comp;1458918..1458994;;atgi;;4;;;4;;; comp;1458999..1459075;;atgj;;45;;;45;;; comp;1459121..1459196;;gca;;5;;;5;;; comp;1459202..1459286;;tta;;20;;;20;;; comp;1459307..1459382;;aaa;;6;;;6;;; comp;1459389..1459464;;aca;;15;;;15;;; comp;1459480..1459555;;gta;;21;;;;;; comp;1459577..1459684;;5s;@2;34;;;;108;; comp;1459719..1462556;;23s;;50;;;;2838;; comp;1462607..1462682;;gca;;6;;;6;;; comp;1462689..1462765;;atc;;110;;;;;; comp;1462876..1464398;;16s;;206;;;;1523;; comp;1464605..1464688;;tac;;114;114;;;;; comp;1464803..1464973;;cds;;;;;;;; </pre> ====apal cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_cumuls|apal cumuls]] <pre> apal cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;0;1;;100;5;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;4;8;50;4;20;;200;6;60;1 ;16 atc gca;1;40;1;1;100;9;40;;300;4;90;4 ;16 23 5s a;1;60;0;2;150;9;60;;400;5;120;1 ;max a;14;80;1;0;200;3;80;;500;1;150;0 ;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;4;180;3 ;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;1;210;2 ;total aas;15;140;0;0;350;1;140;;800;0;240;1 sans ;opérons;14;160;0;0;400;0;160;;900;1;270;1 ;1 aa;9;180;0;0;450;0;180;;1000;0;300;2 ;max a;4;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2 ;a doubles;0;;0;0;;1;;;;0;;10 ;total aas;20;;6;11;;30;;0;;27;;27 total aas;;35;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;136;;;;307;; ;;;variance;;;;100;;;;208;; sans jaune;;;moyenne;25;17;;122;;;;218;;177 ;;;variance;24;18;;68;;;;120;;91 </pre> ====apal blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_blocs|apal blocs]] <pre> apal blocs;;;;; gta;21;;CDS;347; 5s;34;108;16s;128;1523 23s;50;2838;23s;34;2838 gca;6;;5s;51;108 atc;110;;aac;118; 16s;206;1523;CDS;; tac;114;;;; CDS;;;;; </pre> ====apal remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_remarques|apal remarques]] *code génétique apal <pre> apal;;;;;;;35 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;1;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====apal distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_distribution|apal distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total apal;;9; ;;;;;;apal;9;;;;;;;;apal;0;;;;;; </pre> ====apal données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_données_intercalaires|apal données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;apal;fx;fc;apal;fx40;fc40;apal;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;0;10;0;0;10;-1;;43;132;133;16s tRNA;; ;0;10;6;163;1;0;42;-2;;0;126;527;118;;atc ;0;20;4;157;2;0;26;-3;;0;72;38;tRNA 16s;; ;0;30;11;37;3;0;17;-4;2;102;73;100;206;;tac 1;1;40;9;34;4;0;14;-5;;0;168;93;tRNA 23s;;gca ;2;50;8;35;5;0;10;-6;1;0;139;133;51;; ;0;60;12;41;6;2;4;-7;;1;70;214;5s tRNA;; ;1;70;7;37;7;2;6;-8;2;44;137;;51;;aac ;2;80;8;29;8;1;10;-9;;0;91;;21;;gta ;1;90;6;31;9;1;15;-10;;1;48;;tRNA tRNA;;intra 2;1;100;11;33;10;0;19;-11;1;33;214;;6;;atc gca ;0;110;6;24;11;0;18;-12;;0;124;;tRNA tRNA;;contig ;2;120;14;31;12;0;23;-13;;2;251;;7;;ttc ;2;130;9;23;13;2;15;-14;;17;45;;4;;gac 2;5;140;11;26;14;0;16;-15;;0;133;;55;;atgf ;0;150;4;17;15;0;18;-16;;1;157;;22;;tca ;2;160;7;16;16;0;9;-17;;13;112;;4;;atgi ;1;170;10;11;17;0;15;-18;;0;82;;45;;atgj ;0;180;6;13;18;1;18;-19;;0;138;;5;;gca ;0;190;4;14;19;0;13;-20;;8;40;;20;;tta ;0;200;3;11;20;1;12;-21;;0;154;;6;;aaa ;0;210;4;10;21;2;1;-22;;0;114;;15;;aca 1;1;220;4;7;22;2;5;-23;;5;CDS 16s;;**;;gta ;0;230;4;5;23;0;5;-24;;0;347;;tRNA tRNA;; ;0;240;3;7;24;3;6;-25;;1;206;;9;;agc ;0;250;1;6;25;0;7;-26;;9;16s 23s;;**;;gaa ;1;260;0;9;26;0;7;-27;;0;137;;14;;cac ;0;270;3;6;27;1;3;-28;;0;23s 5s;;34;;caa ;0;280;0;5;28;1;0;-29;;5;35;;**;;cta ;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;;;9;;gaa ;0;300;0;3;30;2;3;-31;;0;;;71;;cgt ;0;310;0;1;31;1;3;-32;;3;;;13;;cca ;0;320;1;6;32;1;6;-33;;0;;;**;;gga ;0;330;4;4;33;1;2;-34;;0;;;1;;cgg ;0;340;2;2;34;0;5;-35;;2;;;**;;tcc ;0;350;1;4;35;1;1;-36;;0;;;;; ;0;360;0;0;36;0;1;-37;;0;;;;; ;0;370;1;2;37;0;2;-38;;1;;;;; ;0;380;0;3;38;1;6;-39;;0;;;;; ;0;390;0;5;39;3;4;-40;;1;;;;; ;0;400;0;3;40;1;4;-41;;0;;;;; 1;0;reste;5;38;reste;160;518;-42;;0;;;;; 7;22;total;190;919;total;190;919;-43;;0;;;;; 6;22;diagr;185;871;diagr;30;391;-44;;0;;;;; 0;0; t30;21;357;;;;-45;;0;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;; ;x;190;6;0;196;;;-49;;0;;;;; ;c;909;294;10;1213;;;-50;;0;;;;; ;;;;;1409;97;;reste;;2;;;;; ;;;;;;1506;;total;6;294;;;;; </pre> =====apal autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_autres_intercalaires_aas|apal autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;apal;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas fin;;CDS;292;1638;;; deb;;CDS;82590;85343;109;*; ;;regulatory;85453;85552;216;*; fin;;CDS;85769;86557;;; deb;;CDS;86565;87845;35;*; ;;misc_binding;87881;88073;51;*; fin;;CDS;88125;89402;;; deb;;CDS;161706;162593;132;*; ;;tRNA;162726;162816;9;*;agc ;;tRNA;162826;162901;126;*;gaa fin;;CDS;163028;163522;;; deb;comp;CDS;205002;205226;72;*; ;comp;tRNA;205299;205373;73;*;tgg deb;comp;CDS;205447;206382;133;*; ;;tRNA;206516;206591;14;*;cac ;;tRNA;206606;206680;34;*;caa ;;tRNA;206715;206797;168;*;cta fin;;CDS;206966;207208;;; deb;comp;CDS;278906;279901;56;*; ;comp;misc_binding;279958;280136;8;*; fin;comp;CDS;280145;281908;;0; deb;;CDS;294770;296290;347;*; ;;rRNA;296638;298152;137;*;1515 ;;rRNA;298290;301125;35;*;2836 ;;rRNA;301161;301268;51;*;108 ;;tRNA;301320;301396;139;*;aac fin;;CDS;301536;301835;;; deb;;CDS;303638;304993;70;*; ;;tRNA;305064;305139;9;*;gaa ;;tRNA;305149;305225;71;*;cgt ;;tRNA;305297;305373;13;*;cca ;;tRNA;305387;305461;137;*;gga fin;;CDS;305599;308184;;; deb;;CDS;310206;311093;42;*; ;;repeat_region;311136;314336;391;*; fin;;CDS;314728;315327;;; deb;;CDS;326174;327313;91;*; ;;tRNA;327405;327478;527;*;tgc fin;comp;CDS;328006;328539;;0; deb;;CDS;426740;427501;5;*; ;;misc_binding;427507;427707;40;*; fin;;CDS;427748;428767;;; deb;;CDS;435096;436751;48;*; ;;tRNA;436800;436885;214;*;ctc fin;;CDS;437100;438890;;; deb;;CDS;441323;442294;38;*; ;comp;tRNA;442333;442407;100;*;ggc fin;;CDS;442508;443650;;; deb;;CDS;443640;444197;93;*; ;comp;tRNA;444291;444364;133;*;acc fin;;CDS;444498;444695;;; deb;;CDS;480393;481697;56;*; ;;regulatory;481754;481850;51;*; fin;;CDS;481902;483050;;; deb;;CDS;575929;577302;54;*; ;;regulatory;577357;577432;44;*; fin;;CDS;577477;578175;;; deb;;CDS;583894;584502;19;*; ;;regulatory;584522;584597;56;*; fin;;CDS;584654;585274;;; deb;;CDS;644468;646315;124;*; ;;tRNA;646440;646516;251;*;aga fin;;CDS;646768;647322;;; deb;;CDS;669786;670511;45;*; ;;tRNA;670557;670632;1;*;cgg ;;tRNA;670634;670722;133;*;tcc fin;;CDS;670856;671359;;; deb;;CDS;778517;780295;54;*; ;;misc_binding;780350;780540;55;*; fin;;CDS;780596;783169;;; deb;comp;CDS;837575;837796;157;*; ;comp;tRNA;837954;838029;214;*;aag fin;;CDS;838244;838888;;; deb;comp;CDS;859225;859602;141;*; ;;regulatory;859744;859842;69;*; fin;;CDS;859912;860478;;0; deb;;CDS;900888;901286;41;*; ;;ncRNA;901328;901664;157;*; fin;;CDS;901822;906708;;; deb;;CDS;930603;931235;52;*; ;;tmRNA;931288;931628;154;*; fin;;CDS;931783;934152;;; deb;comp;CDS;997671;998201;47;*; ;comp;misc_binding;998249;998458;29;*; fin;comp;CDS;998488;998940;;; deb;comp;CDS;1099021;1099650;75;*; ;comp;regulatory;1099726;1099840;44;*; fin;comp;CDS;1099885;1100643;;0; deb;comp;CDS;1172026;1173090;112;*; ;comp;tRNA;1173203;1173285;82;*;ttg fin;comp;CDS;1173368;1175038;;; deb;comp;CDS;1296140;1297378;79;*; ;comp;regulatory;1297458;1297558;175;*; fin;;CDS;1297734;1298978;;; deb;comp;CDS;1395785;1396276;13;*; ;comp;misc_feature;1396290;1396409;2;*; fin;comp;CDS;1396412;1397101;;; deb;comp;CDS;1420757;1422160;117;*; ;comp;regulatory;1422278;1422379;175;*; fin;comp;CDS;1422555;1422713;;0; deb;comp;CDS;1424704;1426260;38;*; ;comp;misc_binding;1426299;1426505;43;*; fin;comp;CDS;1426549;1427391;;; deb;comp;CDS;1456398;1457249;138;*; ;comp;tRNA;1457388;1457463;40;*;gac deb;comp;CDS;1457504;1458355;154;*; ;comp;tRNA;1458510;1458585;7;*;ttc ;comp;tRNA;1458593;1458668;4;*;gac ;comp;tRNA;1458673;1458749;55;*;atgf ;comp;tRNA;1458805;1458895;22;*;tca ;comp;tRNA;1458918;1458994;4;*;atgi ;comp;tRNA;1458999;1459075;45;*;atgj ;comp;tRNA;1459121;1459196;5;*;gca ;comp;tRNA;1459202;1459286;20;*;tta ;comp;tRNA;1459307;1459382;6;*;aaa ;comp;tRNA;1459389;1459464;15;*;aca ;comp;tRNA;1459480;1459555;21;*;gta ;comp;rRNA;1459577;1459684;35;*;108 ;comp;rRNA;1459720;1462555;51;*;2836 ;comp;tRNA;1462607;1462682;6;*;gca ;comp;tRNA;1462689;1462765;118;*;atc ;comp;rRNA;1462884;1464398;206;*;1515 ;comp;tRNA;1464605;1464688;114;*;tac fin;comp;CDS;1464803;1464973;;; deb;comp;CDS;1471917;1474742;32;*; ;comp;ncRNA;1474775;1474868;9;*; fin;comp;CDS;1474878;1475336;;; deb;comp;CDS;1547053;1548444;47;*; ;comp;misc_binding;1548492;1548707;39;*; fin;comp;CDS;1548747;1549406;;; deb;comp;CDS;1554025;1554159;291;*; </pre> ===tenericutes synthèse=== ====tenericutes distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_génome|tenericutes distribution par génome]] <pre> tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total abra;12;14; ;11;1;2;;5;45 apal;9;9; ;11;1;4;;1;35 total;21;23;0;22;2;6;0;6;80 </pre> ====tenericutes distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_du_total|tenericutes distribution du total]] <pre> tener2;;;;;;;66 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2 atc;;acc;2;aac;;agc;2 ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;2 cta;2;cca;3;caa;2;cga;1 gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2 ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;21;23;;22;;;66 ;;;;;;; tener2;;;;;;;14 atgi; ;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;2;tgc; atc;4;acc;;aac;6;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;2;gaa;;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj; ;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;6 1-3aas;2;6;66 </pre> ====tenericutes distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_type|tenericutes distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;22 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga; cta;2;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;2;gaa;;gga; ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;21;23;;22;;;66;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====tenericutes par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_par_rapport_au_groupe_de_référence|tenericutes par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;7;3;;;;;10; 16;moyen;13;4;;10;;6;33; 14;fort;3;14;;12;6;2;37; ; ;23;21;;22;6;8;80; 10;g+cga;3;2;;;;;5; 2;agg+cgg;1;;;;;;1; 4;carre ccc;3;1;;;;;4; 5;autres;;;;;;;; ;;7;3;;;;;10; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;88;38;;;;;125;26 16;moyen;163;50;;125;;75;413;324 14;fort;38;175;;150;75;25;463;650 ; ;288;263;;275;75;100;80;729 10;g+cgg;38;25;;;;;63;10 2;agg+cga;13;;;;;;13; 4;carre ccc;38;13;;;;;50;16 5;autres;;;;;;;; ;;88;38;;;;;125; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;159;68;;227;26;30;14; 16;moyen;295;91;;386;324;57;19; 14;fort;68;318;;386;650;13;67; ; ;523;477;;44;729;23;21; 10;g+cgg;68;45;;114;10;;; 2;agg+cga;23;;;23;;;; 4;carre ccc;68;23;;91;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;159;68;;227;;;; </pre> ====tenericutes, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes,_estimation_des_-rRNAs|tenericutes, estimation des -rRNAs]] <pre> tenericutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 20 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;20;93; ; ;;indices;;;;20;465;0;0;;tener2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;44 atgi;5;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;25;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;;tac;5;tgc;;;ttc;25;tcc;;tac;25;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2 atc;10;acc;;aac;11;agc;;;atc;50;acc;;aac;55;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;25;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;2 tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;25;tca;25;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;6;aaa;7;aga;;;ata;;aca;30;aaa;35;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;2 cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;10;cca;;caa;;cga;;;cta;2;cca;3;caa;2;cga;1 gta;8;gca;7;gaa;2;gga;;;gta;40;gca;35;gaa;10;gga;;;gta;;gca;;gaa;4;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;5;acg;;aag;;agg;;;atgj;25;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;39;;54;;0;93;;;;195;;270;;0;465;;;;17;;17;;10;44 27.5.20 Tanger;;;;tener;total;ttt;tgt;;10.1.21 Paris;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;112;3535;0.9;0;;;;;;112;3535;0.9;0;;tener2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;62;tct;;tat;;atgf;71;;atgi;87;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;79;tcc;40;tac;75;tgc;99;;ttc;104;tcc;40;tac;100;tgc;99;;ttc;;tcc;50;tac;;tgc;100 atc;53;acc;71;aac;49;agc;99;;atc;103;acc;71;aac;104;agc;99;;atc;;acc;100;aac;;agc;100 ctc;32;ccc;0.0;cac;100;cgt;72;;ctc;32;ccc;;cac;100;cgt;72;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100 gtc;1.8;gcc;0.9;gac;77;ggc;56;;gtc;1.8;gcc;0.9;gac;102;ggc;56;;gtc;50;gcc;50;gac;100;ggc;100 tta;73;tca;75;taa;;tga;90;;tta;98;tca;100;taa;;tga;90;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;8;aca;73;aaa;86;aga;103;;ata;8.0;aca;103;aaa;121;aga;103;;ata;;aca;;aaa;;aga;100 cta;90;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;150;caa;100;cga;50 gta;65;gca;69;gaa;94;gga;102;;gta;105;gca;104;gaa;104;gga;102;;gta;;gca;;gaa;200;gga;100 ttg;98;tcg;33;tag;0.0;tgg;100;;ttg;98;tcg;33;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;50;tag;;tgg;100 atgj;69;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;94;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;;acg;50;aag;100;agg;50 ctg;0;ccg;0;cag;0;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1201;;1101;;349;2651;;;;1396;;1371;;329;3096;;;;850;;850;;500;2200 rapports;;86;;80;;106;86;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;tener2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;71;tct;;tat;;atgf;74;;fiches;28.45;;;fréquences;;;;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;569;;;0/0;7;;;;att;100;act;100;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;93;;;10;9;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;20;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;100 ttc;76;tcc;100;tac;75;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;100;tcc;20;tac;100;tgc;1 atc;51;acc;100;aac;47;agc;100;;tener2;22;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;100;agc;1 ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100;;sans;44;;;50;2;19;;;ctc;68;ccc;;cac;0;cgt;28 gtc;100;gcc;100;gac;75;ggc;100;;avec;36;;;60;2;;;;gtc;96;gcc;98;gac;23;ggc;44 tta;74;tca;75;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;1;;;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100 ata;100;aca;71;aaa;71;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;100;aaa;100;aga;3 cta;90;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par tener;;;;90;0;;;;cta;10;cca;34;caa;3;cga;24 gta;62;gca;66;gaa;90;gga;100;;est 23% en dessous;;;;100;19;;;;gta;100;gca;100;gaa;53;gga;2 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;34;tag;;tgg;0 atgj;73;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;100;acg;50;aag;38;agg;56 ctg;;ccg;;cag;;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;100 gtg;;gcg;;gag;;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;100 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;66;;187;;441;693 </pre> ==spirochète== ===Sphaerochaeta coccoides DSM 17374=== ====scc opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_opérons|scc opérons]] *Notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc. <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Spha_cocc_DSM_17374/sphaCocc_DSM17374-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_015436.1;scc;génome;;;;;;;;;; 50.6%GC;12.1.21 Paris;16s 3;47;;;;;;;cds dirigé;; Sphaerochaeta coccoides DSM 17374 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; comp;215073..215231;;cds;;1194;*1194;;;53;;hp; comp;216426..216498;;gcg;@1;369;369;;;;*369;; comp;216868..217047;;cds;;;;;;60;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;243358..244170;;cds;@2;812;*812;;;271;;HAD-IIB family hydrolase;* ;244983..246519;;16s;;132;;;132;;;; ;246652..246725;;atc;;79;;;79;;;; ;246805..249778;;23s;;72;;;;;;; ;249851..249962;;5s;;175;175;;;;175;; ;250138..250947;;cds;;;;;;270;;metal ABC transporter permease;* ;;;;;;;;;;;; ;300128..301798;;cds;;669;*669;;;557;;formate--tetrahydrofolate ligase;* ;302468..302539;;ggg;;452;*452;;;;*452;; ;302992..304032;;cds;;;;;;347;;ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;316296..317216;;cds;;152;152;;;307;152;phosphatase PAP2 family protein;* ;317369..317442;;gac;;176;176;;;;;; ;317619..318692;;cds;;;;;;358;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;; ;330207..331004;;cds;;16;16;;;266;16;class I SAM-dependent methyltransferase;* comp;331021..331104;;ttg;;251;251;;;;;; ;331356..333446;;cds;;;;;;*697;;patatin-like phospholipase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;345290..346216;;cds;;228;228;;;309;;hp; comp;346445..346517;;ccg;;182;182;;;;182;; comp;346700..347059;;cds;;;;;;120;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;422975..424363;;cds;;71;71;;;463;71;sulfatase-like hydrolase/transferase;* comp;424435..424506;;gtc;;252;252;;;;;; ;424759..426600;;cds;;;;;;614;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;436852..438168;;cds;;237;237;;;439;;MFS transporter;* comp;438406..438477;;gtg;;202;202;;;;202;; ;438680..440152;;cds;;;;;;491;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;481186..482484;;cds;;180;180;;;433;;HD domain-containing protein;* ;482665..482737;;atgj;;82;82;;;;82;; ;482820..483494;;cds;;;;;;225;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;530805..532313;;cds;;82;82;;;503;82;IMP dehydrogenase;* ;532396..532467;;gta;;310;310;;;;;; ;532778..533485;;cds;;;;;;236;;YggS family pyridoxal phosphate-dependent enzyme;* ;;;;;;;;;;;; ;568939..569700;;cds;;102;102;;;254;102;NAD-dependent deacetylase;* ;569803..569874;;gga;;412;412;;;;;; ;570287..570952;;cds;;;;;;222;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;636017..636391;;cds;;52;52;;;125;52;chorismate mutase;* ;636444..636517;;aca;;334;334;;;;;; comp;636852..637013;;cds;;;;;;54;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;717326..717772;;cds;;66;66;;;149;66;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;717839..717920;;tac;;230;230;;;;;; ;718151..719386;;cds;;;;;;412;;aminopeptidase;* ;;;;;;;;;;;; comp;721419..723056;;cds;@3;67;67;;;546;67;ATP-binding cassette domain-containing protein;* comp;723124..723195;;gag;;10;;10;;;;; comp;723206..723276;;cag;;104;104;;;;;; comp;723381..723911;;cds;;;;;;177;;adenine phosphoribosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;724974..725225;;cds;;236;236;;;84;;hp; comp;725462..725533;;acg;;124;124;;;;124;; comp;725658..728366;;cds;;;;;;*903;;pyruvate, phosphate dikinase;* ;;;;;;;;;;;; comp;767509..768549;;cds;;350;350;;;347;*350;DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family protein;* comp;768900..769011;;5s;;72;;;;;;; comp;769084..772057;;23s;;40;;;40;;;; comp;772098..772171;;gca;;137;;;137;;;; comp;772309..773845;;16s;;535;*535;;;;;; ;774381..774947;;cds;;;;;;189;;peroxiredoxin;* ;;;;;;;;;;;; ;783089..784627;;cds;;273;273;;;513;;glycoside hydrolase family 43 protein;* comp;784901..784972;;gaa;;43;;43;;;;; comp;785016..785088;;aaa;;223;223;;;;223;; ;785312..787483;;cds;;;;;;*724;;cadmium-translocating P-type ATPase;* ;;;;;;;;;;;; comp;877367..879202;;cds;;447;447;;;612;*447;translational GTPase TypA;* comp;879650..879761;;5s;;72;;;;;;; comp;879834..882807;;23s;;40;;;40;;;; comp;882848..882921;;gca;;137;;;137;;;; comp;883059..884595;;16s;;648;*648;;;;;; ;885244..885867;;cds;;;;;;208;;GNAT family N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;900855..901490;;cds;;73;73;;;212;73;Fic family protein;* comp;901564..901637;;ccc;;214;214;;;;;; ;901852..903519;;cds;;;;;;556;;Alpha-glucosidase;* ;;;;;;;;;;;; ;928254..930545;;cds;;138;138;;;*764;138;AAA family ATPase;* ;930684..930755;;cac;;32;;32;;;;; ;930788..930861;;cga;;38;;38;;;;; ;930900..930972;;aag;;37;;37;;;;; ;931010..931091;;cta;;36;;36;;;;; ;931128..931199;;ggc;;423;423;;;;;; ;931623..932981;;cds;;;;;;453;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;; ;937885..939693;;cds;;171;171;;;603;171;oligoendopeptidase F;* ;939865..939938;;aga;;437;437;;;;;; ;940376..940579;;cds;;;;;;68;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;974079..974468;;cds;@4;223;223;;;130;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;974692..974775;;ctc;;153;153;;;;153;; comp;974929..975384;;cds;;112;112;;;152;;VOC family protein;* comp;975497..975569;;cca;;95;95;;;;95;; ;975665..976339;;cds;;;;;;225;;endonuclease III;* ;;;;;;;;;;;; ;1069506..1069922;;cds;;81;81;;;139;;hp; comp;1070004..1070087;;tta;;78;78;;;;78;; ;1070166..1070981;;cds;;;;;;272;;TatD family hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1113338..1113928;;cds;;247;247;;;197;247;NAD(P)H-dependent oxidoreductase;* ;1114176..1114248;;aac;;247;247;;;;;; comp;1114496..1117318;;cds;;;;;;*941;;5'-nucleotidase C-terminal domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1126672..1127604;;cds;;173;173;;;311;173;DUF362 domain-containing protein;* ;1127778..1127850;;caa;;193;193;;;;;; comp;1128044..1128334;;cds;;;;;;97;;septation regulator SpoVG;* ;;;;;;;;;;;; comp;1257969..1258763;;cds;;140;140;;;265;;nucleotidyltransferase domain-containing protein;* ;1258904..1258977;;agg;;79;79;;;;79;; ;1259057..1259779;;cds;;;;;;241;;nitroreductase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1273039..1273944;;cds;;217;217;;;302;;DNA-protecting protein DprA;* ;1274162..1274234;;ttc;;103;103;;;;103;; comp;1274338..1274865;;cds;;;;;;176;;cysteine hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1363097..1364389;;cds;;432;432;;;431;;H(+)-transporting two-sector ATPase;* ;1364822..1364894;;atgf;;213;213;;;;213;; ;1365108..1366457;;cds;;;;;;450;;Trk system potassium transporter TrkA;* ;;;;;;;;;;;; comp;1478531..1479448;;cds;;196;196;;;306;196;hp; ;1479645..1479718;;cgg;;256;256;;;;;; comp;1479975..1481738;;cds;;;;;;588;;ABC transporter ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1522454..1523143;;cds;;86;86;;;230;;hp; ;1523230..1523301;;tgc;;34;34;;;;34;; comp;1523336..1523890;;cds;;;;;;185;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;1540671..1541807;;cds;;186;186;;;379;186;DUF2974 domain-containing protein;* comp;1541994..1542066;;gcc;;351;351;;;;;; ;1542418..1544223;;cds;;;;;;602;;IS1634 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;1691238..1692578;;cds;;189;189;;;447;189;sn-glycerol-1-phosphate dehydrogenase;* ;1692768..1692851;;ctg;;564;*564;;;;;; ;1693416..1693646;;cds;;;;;;77;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1760709..1761905;;cds;;185;185;;;399;185;hp; ;1762091..1762164;;atgi;;316;316;;;;;; comp;1762481..1765135;;cds;;;;;;*885;;valine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2034849..2035028;;cds;@4;32;32;;;60;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2035061..2035134;;tgg;;26;26;;;;26;; comp;2035161..2035337;;cds;;64;64;;;59;64;50S ribosomal protein L33;* comp;2035402..2035474;;acc;;246;246;;;;;; ;2035721..2036506;;cds;;;;;;262;;HAD family hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; ;2185380..2186171;;cds;@5;84;84;;;264;84;16S rRNA (uracil(1498)-N(3))-methyltransferase;* ;2186256..2186340;;tca;;40;;40;;;;; ;2186381..2186467;;agc;;25;;25;;;;; ;2186493..2186566;;cgc;;16;;16;;;;; ;2186583..2186669;;tcg;;40;;40;;;;; ;2186710..2186795;;tcc;;13;;;;;;; ;2186809..2186906;;ncRNA;;133;133;;;*33;;; comp;2187040..2188236;;cds;;;;;;399;;transposase;* </pre> ====scc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_cumuls|scc cumuls]] *Notes: * pour le nombre de jaunes <pre> scc cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;3;1;0;;1;0;1;0;100;9 ;16 23 5s 0;;20;2;;50;4;20;1;200;11 ;16 atc23s5s;1;40;7;2;100;14;40;2;300;16 ;16gca23s5s;2;60;1;0;150;8;60;1;400;11 ;max a;1;80;;1;200;13;80;7;500;9 ;a doubles;;100;;0;250;13;100;4;600;6 ;autres;;120;;0;300;4;120;2;700;5 ;total aas;3;140;;3;350;4;140;2;800;*2 sans ;opérons;34;160;;;400;2;160;2;900;*1 ;1 aa;30;180;;;450;5;180;3;1000;*2 ;max a;5;200;;;500;*1;200;5;1100; ;a doubles;0;;;;;*6;;*4;; ;total aas;44;;10;6;;74;;33;;72 total aas;;47;;;;;;;*4;;*6 remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;32;94;;236;;154;;343 ;;;variance;11;47;;196;;108;;215 sans jaune;;;moyenne;;;;188;;124;;299 ;;;variance;;;;110;;64;;164 </pre> ====scc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_blocs|scc blocs]] <pre> cds;812;;cds;350;447 16s;132;;5s;72;72 atc;79;;23s;40;40 23s;72;;gca;137;137 5s;175;;16s;535;648 cds;;;cds;; </pre> ====scc remarques==== ====scc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_distribution|scc distribution]] <pre> distribution;scc;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;14;30;;;;3;47 ;;;;;;; ;;;;;;; distribution;scc;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;inter;;max;;min;;total ;17;;13;;17;;47 </pre> ====scc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_données_intercalaires|scc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;scc;fx;fc;scc;fx40;fc40;scc;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;39;1194;152;16s tRNA;; ;0;10;9;164;1;1;31;-2;1;0;369;16;132;;atc 1;0;20;15;120;2;0;27;-3;0;0;669;251;2* 137;;gca ;1;30;25;55;3;3;23;-4;2;156;452;71;tRNA 23s;; 1;1;40;11;50;4;1;7;-5;0;0;176;252;79;;atc ;0;50;20;52;5;0;13;-6;2;0;228;237;2* 40;;gca ;1;60;10;31;6;0;4;-7;0;6;182;202;tRNA tRNA;; ;3;70;18;44;7;2;8;-8;0;31;82;180;10;;gag 3;1;80;15;38;8;0;11;-9;2;0;82;334;**;;cag 2;3;90;17;36;9;1;20;-10;0;5;310;273;43;;gaa 1;0;100;27;28;10;1;20;-11;4;15;102;223;**;;aaa 1;2;110;13;31;11;0;12;-12;2;0;412;73;32;;cac ;1;120;18;23;12;2;15;-13;1;2;52;214;38;;cga ;1;130;17;21;13;2;16;-14;0;17;66;95;37;;aag 1;1;140;16;23;14;2;16;-15;1;0;230;81;36;;cta ;0;150;10;20;15;1;12;-16;1;4;67;78;**;;ggc 1;1;160;12;18;16;0;8;-17;2;7;104;247;40;;tca ;0;170;15;12;17;1;7;-18;1;0;236;247;25;;agc 2;2;180;14;14;18;0;15;-19;0;0;124;173;16;;cgc 1;3;190;9;13;19;4;7;-20;0;10;138;193;40;;tcg 2;0;200;11;17;20;3;12;-21;0;0;423;140;**;;tcc 1;0;210;6;15;21;2;5;-22;0;0;171;217;;; 2;1;220;13;14;22;0;6;-23;2;2;437;103;;; 1;3;230;10;9;23;1;9;-24;1;1;223;432;;; 1;1;240;14;8;24;4;8;-25;0;2;153;196;;; 3;0;250;10;7;25;3;6;-26;2;5;112;256;;; 3;0;260;5;7;26;3;9;-27;0;0;79;86;;; ;0;270;6;9;27;4;3;-28;0;0;213;34;;; 1;0;280;3;7;28;0;5;-29;0;2;186;351;;; ;0;290;7;8;29;3;3;-30;0;0;189;185;;; ;0;300;4;8;30;5;1;-31;1;1;564;316;;; ;1;310;3;8;31;2;7;-32;1;2;32;246;;; 1;0;320;6;10;32;1;2;-33;0;0;26;;;; ;0;330;2;6;33;1;3;-34;0;1;64;;;; 1;0;340;8;3;34;0;8;-35;0;0;84;;;; ;0;350;1;6;35;1;5;-36;0;0;CDS 16s;;;; 1;0;360;5;7;36;1;5;-37;0;0;812;;;; ;1;370;1;5;37;2;2;-38;0;0;350;;;; ;0;380;3;5;38;2;7;-39;0;0;447;;;; ;0;390;5;5;39;1;9;-40;0;0;23s 5s;;;; ;0;400;2;4;40;0;2;-41;0;2;3* 72;;;; 1;7;reste;39;34;reste;395;606;-42;0;0;5s CDS;;;; 32;35;total;457;1001;total;457;1001;-43;0;0;350;175;;; 31;28;diagr;416;961;diagr;60;389;-44;0;2;447;;;; 1;1; t30;49;339;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;455;28;2;485;;;-49;0;0;;;;; ;c;995;319;6;1320;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1805;104;;reste;1;6;;;;; ;;;;;;1909;;total;28;319;;;;; </pre> =====scc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires_aas|scc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;scc;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;215073;1194;comp; ;tRNA;216426;369;comp;gcg fin;CDS;216868;;comp; deb;CDS;243358;812;; ;rRNA;244983;132;;16s ;tRNA;246652;79;;atc ;rRNA;246805;72;;23s ;rRNA;249851;175;;5s fin;CDS;250138;;comp; deb;CDS;300128;669;; ;tRNA;302468;452;;ggg fin;CDS;302992;;; deb;CDS;316296;152;comp; ;tRNA;317369;176;;gac fin;CDS;317619;;; deb;CDS;330207;16;; ;tRNA;331021;251;comp;ttg fin;CDS;331356;;; deb;CDS;345290;228;comp; ;tRNA;346445;182;comp;ccg fin;CDS;346700;;comp; deb;CDS;422975;71;; ;tRNA;424435;252;comp;gtc fin;CDS;424759;;; deb;CDS;436852;237;; ;tRNA;438406;202;comp;gtg fin;CDS;438680;;; deb;CDS;481186;180;comp; ;tRNA;482665;82;;atgj fin;CDS;482820;;; deb;CDS;530805;82;; ;tRNA;532396;310;;gta fin;CDS;532778;;; deb;CDS;568939;102;; ;tRNA;569803;412;;gga fin;CDS;570287;;; deb;CDS;636017;52;; ;tRNA;636444;334;;aca fin;CDS;636852;;comp; deb;CDS;640192;79;; ;tmRNA;640610;334;; fin;CDS;641322;;comp; deb;CDS;711173;51;; ;ncRNA;712064;10;comp; fin;CDS;712417;;comp; deb;CDS;717326;66;; ;tRNA;717839;230;;tac fin;CDS;718151;;; deb;CDS;721419;67;comp; ;tRNA;723124;10;comp;gag ;tRNA;723206;104;comp;cag fin;CDS;723381;;comp; deb;CDS;724974;236;comp; ;tRNA;725462;124;comp;acg fin;CDS;725658;;comp; deb;CDS;767509;350;comp; ;rRNA;768900;72;comp;5s ;rRNA;769084;40;comp;23s ;tRNA;772098;137;comp;gca ;rRNA;772309;535;comp;16s fin;CDS;774381;;; deb;CDS;783089;273;; ;tRNA;784901;43;comp;gaa ;tRNA;785016;223;comp;aaa fin;CDS;785312;;; deb;CDS;877367;447;comp; ;rRNA;879650;72;comp;5s ;rRNA;879834;40;comp;23s ;tRNA;882848;137;comp;gca ;rRNA;883059;648;comp;16s fin;CDS;885244;;; deb;CDS;900855;73;; ;tRNA;901564;214;comp;ccc fin;CDS;901852;;; deb;CDS;928254;138;; ;tRNA;930684;32;;cac ;tRNA;930788;38;;cga ;tRNA;930900;37;;aag ;tRNA;931010;36;;cta ;tRNA;931128;423;;ggc fin;CDS;931623;;; deb;CDS;937885;171;; ;tRNA;939865;437;;aga fin;CDS;940376;;; deb;CDS;974079;223;comp; ;tRNA;974692;153;comp;ctc deb;CDS;974929;112;comp; ;tRNA;975497;95;comp;cca fin;CDS;975665;;; deb;CDS;1069506;81;; ;tRNA;1070004;78;comp;tta fin;CDS;1070166;;; deb;CDS;1084097;24;; ;regulatory;1084535;39;; fin;CDS;1084670;;; deb;CDS;1113338;247;comp; ;tRNA;1114176;247;;aac fin;CDS;1114496;;comp; deb;CDS;1126672;173;comp; ;tRNA;1127778;193;;caa fin;CDS;1128044;;comp; deb;CDS;1257969;140;comp; ;tRNA;1258904;79;;agg fin;CDS;1259057;;; deb;CDS;1273039;217;comp; ;tRNA;1274162;103;;ttc fin;CDS;1274338;;comp; deb;CDS;1301674;54;; ;repeat_region;1302007;4;; fin;CDS;1306496;;; deb;CDS;1319568;73;; ;repeat_region;1319986;84;; fin;CDS;1322087;;comp; deb;CDS;1363097;432;comp; ;tRNA;1364822;213;;atgf fin;CDS;1365108;;; deb;CDS;1478531;196;comp; ;tRNA;1479645;256;;cgg fin;CDS;1479975;;comp; deb;CDS;1522454;86;comp; ;tRNA;1523230;34;;tgc fin;CDS;1523336;;comp; deb;CDS;1540671;186;comp; ;tRNA;1541994;351;comp;gcc fin;CDS;1542418;;; deb;CDS;1691238;189;; ;tRNA;1692768;564;;ctg fin;CDS;1693416;;; deb;CDS;1760709;185;comp; ;tRNA;1762091;316;;atgi fin;CDS;1762481;;comp; deb;CDS;2034849;32;comp; ;tRNA;2035061;26;comp;tgg deb;CDS;2035161;64;comp; ;tRNA;2035402;246;comp;acc fin;CDS;2035721;;; deb;CDS;2185380;84;; ;tRNA;2186256;40;;tca ;tRNA;2186381;25;;agc ;tRNA;2186493;16;;cgc ;tRNA;2186583;40;;tcg ;tRNA;2186710;13;;tcc ;ncRNA;2186809;133;; fin;CDS;2187040;;comp; </pre> ====scc intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_entre_cds|scc intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> scc;3.2.21 Paris;;scc 16.7.20;;;;;;; scc;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;347;19.2;'''négatif ;-10;13;-1 à -74;'''2 227 296;-1;347 ;'''zéro;8;0.4;;;;;'''intercals;0;8 ;'''1 à 200;1112;61.6;'''0 à 200;69;57;;'''195 310;5;106 ;'''201 à 370;241;13.4;'''201 à 370;269;49;;'''8.8%;10;67 ;'''371 à 600;78;4.3;'''371 à 600;445;63;;;15;78 ;'''601 à max;19;1.1;'''601 à 1048;779;145;;;20;57 ;'''total 1805;<201;81;'''total 1800;103;136;-74 à 1048;;25;44 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>fréquence-1;30;36 1398976;1670;-1;347;-70;2;;0;8;35;30 1167746;1666;0;8;-60;2;;-1;°39;40;31 1943263;1598;1;°32;-50;3;;-2;1;45;39 2221165;1229;2;27;-40;6;;-3;0;50;33 940376;1048;3;26;-30;6;'''min à -1;-4;°158;55;27 2116721;960;4;8;-20;27;347;-5;0;60;14 1197192;959;5;°13;-10;62;19.2%;-6;2;65;36 1728512;916;6;4;0;247;;-7;6;70;26 1917725;874;7;10;10;173;;-8;°31;75;22 972954;867;8;11;20;135;;-9;2;80;31 1554925;775;9;°21;30;80;;-10;5;85;26 1997696;715;10;21;40;61;'''1 à 100;-11;°19;90;27 1693573;700;11;12;50;72;785;-12;2;95;33 1314184;671;12;°17;60;41;43.5%;-13;3;100;22 1528150;655;13;18;70;62;;-14;°17;105;23 1659099;643;14;18;80;53;;-15;1;110;21 1773078;643;15;°13;90;53;;-16;5;115;20 1732369;635;16;8;100;55;'''0 à 200;-17;°9;120;21 356981;617;17;8;110;44;1120;-18;1;125;20 137346;590;18;°15;120;41;;-19;0;130;18 1639500;590;19;11;130;38;;-20;°10;135;20 977451;580;20;°15;140;39;;-21;0;140;19 661808;579;21;7;150;30;;-22;0;145;16 1611095;565;22;6;160;30;;-23;°4;150;14 1590201;563;23;°10;170;27;'''1 à 200;-24;2;155;17 1330173;561;24;12;180;28;1112;-25;2;160;13 379215;558;25;9;190;22;62%;-26;°7;165;15 1755945;548;26;°12;200;28;;-27;0;170;12 191845;527;27;7;210;21;;-28;0;175;12 1897378;525;28;5;220;27;;-29;°2;180;16 72886;522;29;6;230;19;;-30;0;185;12 1978592;521;30;6;240;22;;-31;2;190;10 511329;515;31;°9;250;17;;-32;°3;195;14 220737;512;32;3;260;12;;;42;200;14 1410834;511;33;4;270;15;;reste;14;205;11 ;;34;8;280;10;;total;355;210;10 ;;35;6;290;15;;;;215;20 ;;36;6;300;12;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;7 ;;37;4;310;11;;600;1786;225;11 ;;38;9;320;16;;620;1;230;8 ;;39;°10;330;8;;640;1;235;10 ;;40;2;340;11;'''201 à 370;660;3;240;12 ;;reste;1 001;350;7;241;680;1;245;8 ;;total;1 805;360;12;13.4%;700;1;250;9 ;;;;370;6;;720;1;255;7 ;;;;380;8;;740;;260;5 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;10;;760;;265;8 438680;-120;comp;;400;6;;780;1;270;7 1693416;-74;shift2;158;410;7;;800;;275;4 277564;-68;shift2;1487;420;8;;820;;280;6 1935981;-68;shift2;686;430;4;;840;;285;6 964418;-59;shift2;296;440;4;;860;;290;9 1721260;-59;shift2;1127;450;1;;880;2;295;8 482820;-53;shift2;623;460;1;;900;;300;4 1283977;-47;comp;;470;5;;920;1;305;6 1310625;-46;shift2;417;480;3;;940;;310;5 1544483;-44;shift2;374;490;2;;960;2;315;9 1705959;-44;shift2;1007;500;2;;980;;320;7 950419;-41;;;510;1;;1000;;325;4 1249575;-41;;;520;3;;1020;;330;4 2054241;-34;;;530;4;;1040;;335;4 937251;-32;;;540;0;'''371 à 600;1060;1;340;7 1154295;-32;;;550;1;78;;15;345;2 1972305;-32;;;560;1;4.3%;;;350;5 485333;-31;;;570;3;;;;355;4 1666650;-31;;;580;2;'''601 à max;;;360;8 952193;-29;;;590;2;19;;;365;4 1123783;-29;;;600;0;1.1%;;;370;2 669889;-26;;;reste;19;;reste;4;reste;97 733006;-26;;;total;1805;;total;1805;total;1805 </pre> ====scc intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> scc Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; scc;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;30;-200;266;31;690;222;max30;&-86;660;-1605;134;830;256;min60 31 à 400;;;;;;;2 parties;&-7;162;-551;72;949;318;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;104;46;-;619;poly;71;tF;&197;65;;499;poly;331;SF 31 à 400;;;;;;;;&114;43;-;787;poly;162;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.177;;;;;; 41-n;0.748;0.440;0.530;;;;;;;;;;; 1-n;0.367;-0.088;0.049;;;;;;;;;14.8.21 paris;; scc;fx;fc;;scc;fx%;fc%;scc;fx40;fc40;;x;scc;Sx-;Sc- 0;2;6;;0;5;6;0;2;6;>0;455;-1;0;39 10;9;164;;10;22;171;1;1;31;<0;28;-2;1;0 20;15;120;;20;36;125;2;0;27;zéro;2;-3;0;0 30;25;55;;30;60;57;3;3;23;total;485;-4;2;156 40;11;50;;40;26;52;4;1;7;;c;-5;0;0 50;20;52;;50;48;54;5;0;13;>0;995;-6;2;0 60;10;31;;60;24;32;6;0;4;<0;319;-7;0;6 70;18;44;;70;43;46;7;2;8;zéro;6;-8;0;31 80;15;38;;80;36;40;8;0;11;total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reste;39;34;;;;;reste;395;606;;;-42;0;0 total;457;1001;;t30;118;353;total;457;1001;;;-43;0;0 diagr;416;961;;;;;diagr;60;389;;;-44;0;2 - t30;367;622;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;1;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;total;28;319 </pre> ====scc intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_négatifs_S-|scc intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320 comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;4;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;28 ;Sc-;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;15;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;319 </pre> ====scc autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires|scc autres intercalaires]] <pre> ;scc;autres intercalaires;;adresses1;;;scc;autres intercalaires;;adresses2;;;scc;autres intercalaires;;adresses3 ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;215073;1194;comp;;deb;°CDS;721419;67;comp;;deb;°CDS;1113338;247;comp ;&tRNA;216426;369;comp;;;&tRNA;723124;10;comp;;;&tRNA;1114176;247; fin;°CDS;216868;;comp;;;&tRNA;723206;104;comp;;fin;°CDS;1114496;;comp deb;°CDS;243358;812;;;fin;°CDS;723381;;comp;;deb;°CDS;1126672;173;comp ;$rRNA;244983;132;;;deb;°CDS;724974;236;comp;;;&tRNA;1127778;193; ;&tRNA;246652;79;;;;&tRNA;725462;124;comp;;fin;°CDS;1128044;;comp ;$rRNA;246805;72;;;fin;°CDS;725658;;comp;;deb;°CDS;1257969;140;comp ;$rRNA;249851;175;;;deb;°CDS;767509;350;comp;;;&tRNA;1258904;79; fin;°CDS;250138;;comp;;;$rRNA;768900;72;comp;;fin;°CDS;1259057;; deb;°CDS;300128;669;;;;$rRNA;769084;40;comp;;deb;°CDS;1273039;217;comp ;&tRNA;302468;452;;;;&tRNA;772098;137;comp;;;&tRNA;1274162;103; fin;°CDS;302992;;;;;$rRNA;772309;535;comp;;fin;°CDS;1274338;;comp deb;°CDS;316296;152;comp;;fin;°CDS;774381;;;;deb;°CDS;1301674;54; ;&tRNA;317369;176;;;deb;°CDS;783089;273;;;;repeat_region;1302007;4; fin;°CDS;317619;;;;;&tRNA;784901;43;comp;;fin;°CDS;1306496;; deb;°CDS;330207;16;;;;&tRNA;785016;223;comp;;deb;°CDS;1319568;73; ;&tRNA;331021;251;comp;;fin;°CDS;785312;;;;;repeat_region;1319986;84; fin;°CDS;331356;;;;deb;°CDS;877367;447;comp;;fin;°CDS;1322087;;comp deb;°CDS;345290;228;comp;;;$rRNA;879650;72;comp;;deb;°CDS;1363097;432;comp ;&tRNA;346445;182;comp;;;$rRNA;879834;40;comp;;;&tRNA;1364822;213; fin;°CDS;346700;;comp;;;&tRNA;882848;137;comp;;fin;°CDS;1365108;; deb;°CDS;422975;71;;;;$rRNA;883059;648;comp;;deb;°CDS;1478531;196;comp ;&tRNA;424435;252;comp;;fin;°CDS;885244;;;;;&tRNA;1479645;256; fin;°CDS;424759;;;;deb;°CDS;900855;73;;;fin;°CDS;1479975;;comp deb;°CDS;436852;237;;;;&tRNA;901564;214;comp;;deb;°CDS;1522454;86;comp ;&tRNA;438406;202;comp;;fin;°CDS;901852;;;;;&tRNA;1523230;34; fin;°CDS;438680;;;;deb;°CDS;928254;138;;;fin;°CDS;1523336;;comp deb;°CDS;481186;180;comp;;;&tRNA;930684;32;;;deb;°CDS;1540671;186;comp ;&tRNA;482665;82;;;;&tRNA;930788;38;;;;&tRNA;1541994;351;comp fin;°CDS;482820;;;;;&tRNA;930900;37;;;fin;°CDS;1542418;; deb;°CDS;530805;82;;;;&tRNA;931010;36;;;deb;°CDS;1691238;189; ;&tRNA;532396;310;;;;&tRNA;931128;423;;;;&tRNA;1692768;564; fin;°CDS;532778;;;;fin;°CDS;931623;;;;fin;°CDS;1693416;; deb;°CDS;568939;102;;;deb;°CDS;937885;171;;;deb;°CDS;1760709;185;comp ;&tRNA;569803;412;;;;&tRNA;939865;437;;;;&tRNA;1762091;316; fin;°CDS;570287;;;;fin;°CDS;940376;;;;fin;°CDS;1762481;;comp deb;°CDS;636017;52;;;deb;°CDS;974079;223;comp;;deb;°CDS;2034849;32;comp ;&tRNA;636444;334;;;;&tRNA;974692;153;comp;;;&tRNA;2035061;26;comp fin;°CDS;636852;;comp;;deb;°CDS;974929;112;comp;;deb;°CDS;2035161;64;comp deb;°CDS;640192;79;;;;&tRNA;975497;95;comp;;;&tRNA;2035402;246;comp ;tmRNA;640610;334;;;fin;°CDS;975665;;;;fin;°CDS;2035721;; fin;°CDS;641322;;comp;;deb;°CDS;1069506;81;;;deb;°CDS;2185380;84; deb;°CDS;711173;51;;;;&tRNA;1070004;78;comp;;;&tRNA;2186256;40; ;ncRNA;712064;10;comp;;fin;°CDS;1070166;;;;;&tRNA;2186381;25; fin;°CDS;712417;;comp;;deb;°CDS;1084097;24;;;;&tRNA;2186493;16; deb;°CDS;717326;66;;;;regulatory;1084535;39;;;;&tRNA;2186583;40; ;&tRNA;717839;230;;;fin;°CDS;1084670;;;;;&tRNA;2186710;13; fin;°CDS;718151;;;;;;;;;;;ncRNA;2186809;133; ;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;2187040;;comp </pre> ====scc intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_tRNA|scc intercalaires tRNA]] <pre> scc;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;1194;;369;;32;26;deb; ;;;669;;452;;52;79;<201;13 ;;comp’;152;;176;;64;82;total;18 ;;comp’;16;comp’;251;;66;104;taux;72% ;;;228;;182;;67;124;; ;;comp’;71;comp’;252;;82;153;fin; ;;comp’;237;comp’;202;;84;176;<201;8 ;;comp’;180;;82;;102;182;total;17 ;;;82;;310;;112;213;taux;47% ;;;102;;412;;138;230;; ;;;52;comp’;334;;171;310;total; ;;;66;;230;;186;369;<201;21 ;10;;67;;104;;189;412;total;35 ;;;236;;124;;223;423;taux;60% ;43;comp’;273;comp’;223;;228;437;; ;;comp’;73;comp’;214;;236;452;; ;32 38 37 36;;138;;423;;669;564;; ;;;171;;437;;1194;;comp’;cumuls ;;;223;;153;;16;34;deb; ;;;112;comp’;95;;71;78;<201;11 ;;comp’;81;comp’;78;;73;95;total;16 ;;comp’;247;comp’;247;;81;103;taux;69% ;;comp’;173;comp’;193;;86;193;; ;;comp’;140;;79;;140;202;fin; ;;comp’;217;comp’;103;;152;214;<201;5 ;;comp’;432;;213;;173;223;total;16 ;;comp’;196;comp’;256;;180;246;taux;31% ;;comp’;86;comp’;34;;185;247;; ;;;186;comp’;351;;196;251;total; ;;;189;;564;;217;252;<201;16 ;;comp’;185;comp’;316;;237;256;total;32 ;;;32;;26;;247;316;taux;50% ;;;64;comp’;246;;273;334;; ;40 25 16 40 13;;84;;;;432;351;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;24;13;37;;;;;;; total;34;33;67;;;;;;; taux;71%;39%;55%;;;;;;; </pre> ====scc par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_par_rapport_au_groupe_de_référence|scc par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;scc;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;11;6;;;;;17; 16;moyen;9;5;;;;3;17; 14;fort;10;3;;;;;13; ; ;30;14;0;0;0;3;47; 10;g+cga;5;6;;;;;11; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;;;;;;4; 5;autres;;;;;;;0; ;;11;6;0;0;0;0;17; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;234;128;;;;;362;26 16;moyen;191;106;;;;64;362;324 14;fort;213;64;;;;;277;650 ;;638;298;;;;64;47;729 10;g+cga;106;128;;;;;234;10 2;agg+cgg;43;;;;;;43; 4;carre ccc;85;;;;;;85;16 5;autres;;;;;;;; ;;234;128;;;;;362; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;250;136;;386;26;37;43; 16;moyen;205;114;;318;324;30;36; 14;fort;227;68;;295;650;33;21; ;;682;318;;44;729;30;14; 10;g+cga;114;136;;250;10;45;100; 2;agg+cgg;45;;;45;;18;; 4;carre ccc;91;;;91;16;36;; 5;autres;;;;;;;; ;;250;136;;386;;11;6; </pre> ===spirochetes, estimation des -rRNAs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#spirochetes,_estimation_des_-rRNAs|spirochetes, estimation des -rRNAs]] <pre> spirochetes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 13 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;13;21; ; ;;indices;;;;13;162;0;0;;spiro1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;44 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;9;acc;;aac;;agc;;;atc;69;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;;gca;12;gaa;;gga;;;gta;;gca;92;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;;;;;;;;;;162;;0;;0;162;;;;14;;14;;16;44 11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;73;2823;0;0;;indices;;;;73;2823;0;0;;spiro1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4400 atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100 atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100 ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt; gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100 tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100 gta;101;gca;22;gaa;82;gga;100;;gta;101;gca;114;gaa;82;gga;100;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100 ttg;100;tcg;41;tag;0;tgg;100;;ttg;100;tcg;41;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1398;;1326;;891;3615;;;;1560;;1326;;891;3777;;;;1400;;1400;;1600;4400 rapports;;90;;100;;100;96;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;spiro1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;37.31;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;485;;;0/0;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;100;;avec;22;;;10;27;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;10 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;13;;;20;2;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;1;;;;ttc;20;tcc;0;tac;0;tgc;0 atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;spiro1;44;;;40;1;;;;atc;100;acc;0;aac;0;agc;0 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;44;;;50;5;36;;;ctc;3;ccc;45;cac;0;cgt;100 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;3;;;60;6;;;;gtc;45;gcc;41;gac;7;ggc;3 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100 ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;0;aaa;0;aga;1 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par spiro;;;;90;0;;;;cta;0;cca;0;caa;0;cga;8 gta;100;gca;19;gaa;100;gga;100;;est 18% au dessus;;;;100;5;;;;gta;1;gca;100;gaa;18;gga;0 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;59;tag;;tgg;0 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;3;acg;42;aag;22;agg;34 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;48;ccg;58;cag;58;cgg;53 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;66;gcg;59;gag;60;ggg;79 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;56;;62;;732;850 </pre> ==archeo== ===mfi=== ====mfi opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_opérons|mfi opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_form/methForm-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_LN515531.1;mfi;;genome;;;;;;;; 41.2%GC;17.8.19 Paris;16s 2 ;47;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Methanobacterium formicicum DSM1535;;;;;;;;;;; ;157153..157563;;CDS;;36;36;;;137;; comp;157600..157683;;ctc;;246;246;;;;; ;157930..158232;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; comp;211693..213681;;CDS;;206;206;;;*663;; ;213888..213971;;tcg;;281;281;;;;; ;214253..215677;;CDS;;;;;;475;; ;;;;;;;;;;; comp;314088..314264;;CDS;;50;50;;;59;; comp;314315..314487;;caa;@1;-1;*-1;;;;; comp;314487..314654;;CDS;;;;;;56;; ;;;;;;;;;;; comp;317759..318211;;CDS;;198;198;;;151;; comp;318410..318494;;tcc;;177;177;;;;; comp;318672..319634;;CDS;;;;;;321;; ;;;;;;;;;;; comp;419250..419975;;CDS;;156;156;;;242;; comp;420132..420204;;aac;;29;29;;;;; comp;420234..420545;;CDS;;;;;;104;; ;;;;;;;;;;; comp;466570..467484;;CDS;;223;223;;;305;; comp;467708..467792;;agc;;186;186;;;;; comp;467979..468294;;ncRNA;@2;122;122;;;316;; ;468417..469397;;CDS;;;;;;327;; ;;;;;;;;;;; ;681116..681676;;CDS;;37;37;;;187;; comp;681714..681786;;gcg;;195;195;;;;; comp;681982..682488;;CDS;;;;;;169;; ;;;;;;;;;;; ;695936..696538;;CDS;;939;*939;;;201;; comp;697478..697600;;5s;;305;;;;123;; comp;697906..700772;;23s;;233;;;;2867;; comp;701006..701079;;gca;;87;;;;;; comp;701167..702646;;16s;;724;*724;;;1480;; ;703371..704336;;CDS;;;;;;322;; ;;;;;;;;;;; comp;746487..747290;;CDS;;155;155;;;268;; comp;747446..747518;;acc;;85;;*85;;;; comp;747604..747686;;tta;;303;303;;;;; ;747990..748163;;CDS;;;;;;58;; ;;;;;;;;;;; comp;800615..801820;;CDS;;43;43;;;402;; comp;801864..801935;;caa;;72;72;;;;; comp;802008..802697;;CDS;;;;;;230;; ;;;;;;;;;;; comp;963425..964432;;CDS;;273;273;;;336;; ;964706..964778;;aac;;5;;5;;;; ;964784..964857;;atgi;;58;;58;;;; ;964916..964990;;gaa;;53;;53;;;; ;965044..965127;;cta;;29;;29;;;; ;965157..965232;;cac;;146;146;;;;; ;965379..965717;;CDS;;;;;;113;; ;;;;;;;;;;; comp;974621..974842;;CDS;;564;*564;;;74;; ;975407..975480;;aag;;90;;*90;;;; ;975571..975653;;ttg;;504;;*504;;;; ;976158..976231;;aaa;;148;148;;;;; comp;976380..976679;;CDS;;;;;;100;; ;;;;;;;;;;; comp;1006329..1008095;;CDS;;397;397;;;*589;; ;1008493..1008614;;5s;@3;748;;;;122;; ;1009363..1009485;;5s;;286;;;;123;; ;1009772..1012638;;23s;;233;;;;2867;; ;1012872..1012945;;gca;;72;;;;;; ;1013018..1014497;;16s;;454;*454;;;1480;; ;1014952..1016097;;CDS;;;;;;382;; ;;;;;;;;;;; comp;1088211..1088831;;CDS;;53;53;;;207;; comp;1088885..1089038;;tgg;@1;40;;40;;;; comp;1089079..1089150;;tgc;;212;212;;;;; comp;1089363..1089746;;CDS;;;;;;128;; ;;;;;;;;;;; ;1143658..1144137;;CDS;;166;166;;;160;; comp;1144304..1144610;;ncRNA;@2;14;14;;;307;; comp;1144625..1144699;;atgf;;139;139;;;;; comp;1144839..1145162;;CDS;;;;;;108;; ;;;;;;;;;;; ;1153368..1154087;;CDS;;56;56;;;240;; ;1154144..1154217;;aga;;62;;62;;;; ;1154280..1154354;;agg;;552;*552;;;;; comp;1154907..1156157;;CDS;;;;;;417;; ;;;;;;;;;;; ;1247204..1247659;;CDS;;4;4;;;152;; comp;1247664..1247739;;cga;;133;133;;;;; comp;1247873..1248481;;CDS;;;;;;203;; ;;;;;;;;;;; comp;1320721..1321641;;CDS;;183;183;;;307;; ;1321825..1321896;;gta;;99;;*99;;;; ;1321996..1322067;;gtg;;228;228;;;;; comp;1322296..1323084;;CDS;;;;;;263;; ;;;;;;;;;;; comp;1403886..1409507;;CDS;;351;351;;;*1874;; comp;1409859..1409930;;cgc;;222;222;;;;; comp;1410153..1410620;;CDS;;;;;;156;; ;;;;;;;;;;; ;1532795..1533088;;CDS;;127;127;;;98;; comp;1533216..1533325;;atgj;@1;246;246;;;;; ;1533572..1534402;;CDS;;;;;;277;; ;;;;;;;;;;; ;1541929..1542321;;CDS;;127;127;;;131;; ;1542449..1542522;;ggg;;1;*1;;;;; comp;1542524..1543528;;CDS;;;;;;335;; ;;;;;;;;;;; ;1602054..1603277;;CDS;;257;257;;;408;; ;1603535..1603608;;aca;;76;;76;;;; ;1603685..1603759;;cca;;44;;44;;;; ;1603804..1603877;;tac;;170;;*170;;;; ;1604048..1604119;;gac;;7;;7;;;; ;1604127..1604200;;aaa;;24;24;;;;; ;1604225..1604461;;CDS;;;;;;79;; ;;;;;;;;;;; ;1617553..1617861;;CDS;;187;187;;;103;; ;1618049..1618133;;tca;;252;252;;;;; ;1618386..1619444;;CDS;;;;;;353;; ;;;;;;;;;;; comp;1692202..1692552;;CDS;;271;271;;;117;; comp;1692824..1692895;;cag;;156;156;;;;; comp;1693052..1693972;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; ;1887796..1888038;;CDS;;136;136;;;81;; ;1888175..1888257;;ctg;;193;193;;;;; ;1888451..1891267;;CDS;;;;;;*939;; ;;;;;;;;;;; ;2057488..2057883;;CDS;;230;230;;;132;; ;2058114..2058184;;tgc;;143;143;;;;; ;2058328..2059713;;CDS;;;;;;462;; ;;;;;;;;;;; ;2128536..2129312;;CDS;;123;123;;;259;; ;2129436..2129509;;acg;;362;362;;;;; comp;2129872..2130963;;CDS;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; comp;2204492..2204932;;CDS;;178;178;;;147;; ;2205111..2205182;;gtc;;4;;4;;;; ;2205187..2205259;;ttc;;283;283;;;;; comp;2205543..2205875;;CDS;;;;;;111;; ;;;;;;;;;;; ;2317208..2317498;;CDS;;271;271;;;97;; ;2317770..2317842;;atc;;460;*460;;;;; ;2318303..2318863;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; comp;2414821..2415903;;CDS;;491;*491;;;361;; ;2416395..2416468;;gcc;;303;303;;;;; comp;2416772..2417797;;CDS;;;;;;342;; ;;;;;;;;;;; comp;2432399..2432848;;CDS;;537;*537;;;150;; ;2433386..2433459;;ggc;;2;;2;;;; ;2433462..2433535;;gga;;326;326;;;;; comp;2433862..2434263;;CDS;;;;;;134;; </pre> ====mfi cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_cumuls|mfi cumuls]] <pre> mfi cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;-;1;2;1;;100;9;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;4;;50;8;20;;200;21;60;3 ;16 gca 235;2;40;2;;100;3;40;;300;10;90;3 ;16 23 5s a;0;60;3;;150;10;60;;400;12;120;10 ;max a;1;80;2;;200;12;80;;500;5;150;7 ;a doubles;0;100;3;;250;8;100;;600;1;180;5 ;autres;2;120;0;;300;7;120;;700;1;210;5 ;total aas;2;140;0;;350;3;140;;800;0;240;2 sans ;opérons;29;160;0;;400;3;160;;900;0;270;4 ;1 aa;20;180;1;;450;0;180;;1000;1;300;1 ;max a;5;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;6 ;a doubles;0;;1;;;5;;;;1;;15 ;total aas;45;;16;0;;64;;0;;61;;61 total aas;;47;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;83;;;224;;;;266;; ;;;variance;121;;;176;;;;265;; sans jaune;;;moyenne;35;;;178;;;;213;;171 ;;;variance;27;;;96;;;;115;;81 </pre> ====mfi blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_blocs|mfi blocs]] <pre> mfi blocs;; CDS;939;201 5s;305;123 23s;233;2867 gca;87; 16s;724;1480 CDS;;322 ;; CDS;397;589 5s;748;122 5s;286;123 23s;233;2867 gca;72; 16s;454;1480 CDS;;382 </pre> ====mfi remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_remarques|mfi remarques]] <pre> mfi;;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;1;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;1;caa;2;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;;cag;1;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ====mfi distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_distribution|mfi distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;;;;;; atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;;;;;; ctc;1;ccc;;cac;;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;;;;;;; gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;;;;;; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1;;ata;;;;;;; cta;;cca;;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;;;;;; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;; ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;;;;;; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;;;;;; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mfi;;20;;;;;;;mfi;25;;;;;2;47;;mfi;0;;;;;; </pre> ====mfi données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_données_intercalaires|mfi données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mfi;fx;fc;mfi;fx40;fc40;mfi;x-;c-;c;x;c;x;aa ;1;0;0;29;0;0;29;-1;;22;281;36;16s tRNA;; 2;0;10;12;146;1;0;20;-2;;0;50;246;87;;gca ;0;20;6;108;2;1;25;-3;;0;-1;206;72;;gca ;2;30;18;58;3;0;14;-4;1;70;198;37;tRNA 23s;; 2;0;40;14;56;4;1;20;-5;;0;177;303;2* 233;;gca ;2;50;11;53;5;1;14;-6;1;0;156;273;tRNA tRNA;; ;2;60;15;58;6;2;7;-7;;0;29;564;85;;acc ;0;70;17;61;7;0;8;-8;1;27;223;148;**;;tta ;1;80;14;57;8;1;10;-9;;0;195;552;5;;aac ;0;90;21;61;9;4;14;-10;;3;155;4;58;;atgi ;0;100;16;67;10;2;14;-11;;11;43;183;53;;gaa ;0;110;10;46;11;0;17;-12;;0;72;228;29;;cta ;0;120;23;51;12;1;12;-13;;4;146;127;**;;cac 1;2;130;22;52;13;0;18;-14;;3;53;246;90;;aag ;3;140;21;40;14;0;16;-15;;0;212;1;504;;ttg 1;2;150;23;47;15;0;3;-16;;1;139;362;**;;aaa ;3;160;21;39;16;0;10;-17;;3;56;178;40;;tgg ;0;170;15;28;17;1;8;-18;;0;133;283;**;;tgc 1;1;180;17;27;18;2;12;-19;;1;351;491;62;;aga 1;1;190;20;34;19;2;5;-20;;1;222;303;**;;agg ;3;200;16;27;20;0;7;-21;;0;127;537;99;;gta 1;0;210;13;28;21;2;6;-22;;0;257;326;**;;gtg ;1;220;17;21;22;3;4;-23;;2;24;;76;;aca 1;3;230;11;30;23;2;8;-24;;0;187;;44;;cca ;0;240;14;24;24;0;12;-25;;0;252;;170;;tac 2;0;250;9;22;25;1;6;-26;;0;271;;7;;gac ;2;260;7;17;26;2;0;-27;;0;156;;**;;aaa ;0;270;17;18;27;2;9;-28;;0;136;;4;;gtc 1;2;280;10;16;28;2;5;-29;;1;193;;**;;ttc 1;1;290;5;12;29;3;4;-30;;0;230;;2;;ggc ;0;300;5;14;30;1;4;-31;;0;143;;**;;gga 2;0;310;13;14;31;1;6;-32;;2;123;;;; ;0;320;12;14;32;5;5;-33;;0;271;;;; 1;0;330;11;17;33;2;10;-34;;1;460;;;; ;0;340;8;6;34;1;5;-35;;2;CDS 16s;;;; ;0;350;7;8;35;2;5;-36;;0;454;724;;; ;1;360;7;10;36;0;3;-37;;0;23s 5s;;;; 1;0;370;9;7;37;0;5;-38;;1;305;;;; ;0;380;6;11;38;0;7;-39;;0;286;;;; ;0;390;9;8;39;0;8;-40;;0;5s 5s;;;; ;0;400;5;10;40;3;2;-41;;0;748;;;; 4;1;reste;99;93;reste;576;1148;-42;;0;5s CDS;;;; 22;34;total;626;1545;total;626;1545;-43;;1;;939;;; 18;32;diagr;527;1423;diagr;50;368;-44;;2;;397;;; 2;2; t30;36;312;;;;-45;;0;;;;; ;;;;;;;;-46;;2;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;; ;x;626;5;0;631;;;-49;;0;;;;; ;c;1516;167;29;1712;;;-50;;0;;;;; ;;;;;2343;87;;reste;2;7;;;;; ;;;;;;2430;;total;5;167;;;;; </pre> =====mfi autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_autres_intercalaires_aas|mfi autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;mfi;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;157153;157563;36;*; ;comp;tRNA;157600;157683;246;*;ctc fin;;CDS;157930;158232;;0; deb;comp;CDS;211693;213681;206;*; ;;tRNA;213888;213971;281;*;tcg fin;;CDS;214253;215677;;0; deb;comp;CDS;314088;314264;50;*; ;comp;tRNA;314315;314487;-1;*;caa fin;comp;CDS;314487;314654;;; deb;comp;CDS;317759;318211;198;*; ;comp;tRNA;318410;318494;177;*;tcc fin;comp;CDS;318672;319634;;; deb;comp;CDS;419250;419975;156;*; ;comp;tRNA;420132;420204;29;*;aac fin;comp;CDS;420234;420545;;; deb;comp;CDS;466570;467484;223;*; ;comp;tRNA;467708;467792;186;*;agc ;comp;ncRNA;467979;468294;122;*; fin;;CDS;468417;469397;;; deb;;CDS;681116;681676;37;*; ;comp;tRNA;681714;681786;195;*;gcg fin;comp;CDS;681982;682488;;0; deb;;CDS;695936;696538;939;*; ;comp;rRNA;697478;697600;305;*;123 ;comp;rRNA;697906;700772;233;*;2867 ;comp;tRNA;701006;701079;87;*;gca ;comp;rRNA;701167;702646;724;*;1480 fin;;CDS;703371;704336;;0; deb;comp;CDS;746487;747290;155;*; ;comp;tRNA;747446;747518;85;*;acc ;comp;tRNA;747604;747686;303;*;tta fin;;CDS;747990;748163;;; deb;comp;CDS;800615;801820;43;*; ;comp;tRNA;801864;801935;72;*;caa fin;comp;CDS;802008;802697;;; deb;comp;CDS;963425;964432;273;*; ;;tRNA;964706;964778;5;*;aac ;;tRNA;964784;964857;58;*;atgi ;;tRNA;964916;964990;53;*;gaa ;;tRNA;965044;965127;29;*;cta ;;tRNA;965157;965232;146;*;cac fin;;CDS;965379;965717;;; deb;comp;CDS;974621;974842;564;*; ;;tRNA;975407;975480;90;*;aag ;;tRNA;975571;975653;504;*;ttg ;;tRNA;976158;976231;148;*;aaa fin;comp;CDS;976380;976679;;0; deb;;CDS;1006329;1008095;397;*; ;comp;rRNA;1008493;1008614;748;*;122 ;comp;rRNA;1009363;1009485;286;*;123 ;comp;rRNA;1009772;1012638;233;*;2867 ;comp;tRNA;1012872;1012945;72;*;gca ;comp;rRNA;1013018;1014497;454;*;1480 fin;comp;CDS;1014952;1016097;;; deb;comp;CDS;1088211;1088831;53;*; ;comp;tRNA;1088885;1089038;40;*;tgg ;comp;tRNA;1089079;1089150;212;*;tgc fin;comp;CDS;1089363;1089746;;0; deb;;CDS;1143658;1144137;166;*; ;comp;ncRNA;1144304;1144610;14;*; ;comp;tRNA;1144625;1144699;139;*;atgf fin;comp;CDS;1144839;1145162;;; deb;;CDS;1153368;1154087;56;*; ;;tRNA;1154144;1154217;62;*;aga ;;tRNA;1154280;1154354;552;*;agg fin;comp;CDS;1154907;1156157;;; deb;;CDS;1247204;1247659;4;*; ;comp;tRNA;1247664;1247739;133;*;cga fin;comp;CDS;1247873;1248481;;; deb;comp;CDS;1320721;1321641;183;*; ;;tRNA;1321825;1321896;99;*;gta ;;tRNA;1321996;1322067;228;*;gtg fin;comp;CDS;1322296;1323084;;0; deb;comp;CDS;1403886;1409507;351;*; ;comp;tRNA;1409859;1409930;222;*;cgc fin;comp;CDS;1410153;1410620;;; deb;;CDS;1532795;1533088;127;*; ;comp;tRNA;1533216;1533325;246;*;atgj fin;;CDS;1533572;1534402;;0; deb;;CDS;1541929;1542321;127;*; ;;tRNA;1542449;1542522;1;*;ggg fin;comp;CDS;1542524;1543528;;; deb;;CDS;1602054;1603277;257;*; ;;tRNA;1603535;1603608;76;*;aca ;;tRNA;1603685;1603759;44;*;cca ;;tRNA;1603804;1603877;170;*;tac ;;tRNA;1604048;1604119;7;*;gac ;;tRNA;1604127;1604200;24;*;aaa fin;;CDS;1604225;1604461;;; deb;;CDS;1617553;1617861;187;*; ;;tRNA;1618049;1618133;252;*;tca fin;;CDS;1618386;1619444;;0; deb;comp;CDS;1692202;1692552;271;*; ;comp;tRNA;1692824;1692895;156;*;cag fin;comp;CDS;1693052;1693972;;; deb;;CDS;1887796;1888038;136;*; ;;tRNA;1888175;1888257;193;*;ctg fin;;CDS;1888451;1891267;;; deb;;CDS;2057488;2057883;230;*; ;;tRNA;2058114;2058184;143;*;tgc fin;;CDS;2058328;2059713;;; deb;;CDS;2128536;2129312;123;*; ;;tRNA;2129436;2129509;362;*;acg fin;comp;CDS;2129872;2130963;;; deb;comp;CDS;2204492;2204932;178;*; ;;tRNA;2205111;2205182;4;*;gtc ;;tRNA;2205187;2205259;283;*;ttc fin;comp;CDS;2205543;2205875;;; deb;;CDS;2317208;2317498;271;*; ;;tRNA;2317770;2317842;460;*;atc fin;;CDS;2318303;2318863;;0; deb;comp;CDS;2414821;2415903;491;*; ;;tRNA;2416395;2416468;303;*;gcc fin;comp;CDS;2416772;2417797;;; deb;comp;CDS;2432399;2432848;537;*; ;;tRNA;2433386;2433459;2;*;ggc ;;tRNA;2433462;2433535;326;*;gga fin;comp;CDS;2433862;2434263;;0; </pre> ===mja=== ====mja opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_opérons|mja opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_jann_DSM_2661/methJann1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000909.1;mja;;genome;;;;;;;; 31.3%GC;17.8.19 Paris;16s 2 ;37;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661;;;;;;;;;;; comp;96499..97053;;CDS;;372;372;;;185;; comp;97426..97537;;atgj;@1;91;;*91;;;; ;97629..97716;;ctc;;241;241;;;;; ;97958..99259;;CDS;;;;;;434;; ;;;;;;;;;;; comp;110328..111545;;CDS;;222;222;;;406;; ;111768..111852;;tga ;;21;21;;;;; ;111874..112785;;CDS;;;;;;304;; ;;;;;;;;;;; ;137244..138245;;CDS;;98;98;;;334;; comp;138344..138419;;gtg;;59;59;;;;; comp;138479..138781;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; ;153070..154479;;CDS;;182;182;;;470;; comp;154662..157639;;23s;;207;;;;2978;; comp;157847..157919;;gca;;64;;;;;; comp;157984..159463;;16s;;340;340;;;1480;; ;159804..160085;;CDS;;;;;;94;; ;;;;;;;;;;; comp;185874..186671;;CDS;;306;306;;;266;; ;186978..187066;;tcc;;71;71;;;;; ;187138..187590;;CDS;;;;;;151;; ;;;;;;;;;;; ;190579..190800;;CDS;;31;31;;;74;; ;190832..190908;;ccc;;32;32;;;;; ;190941..191114;;CDS;;;;;;58;; ;;;;;;;;;;; comp;214560..215060;;CDS;;149;149;;;167;; ;215210..215297;;tta;;154;154;;;;; ;215452..216240;;CDS;;;;;;263;; ;;;;;;;;;;; ;226386..227639;;CDS;;64;64;;;418;; comp;227704..227780;;gcc;;239;239;;;;; ;228020..229720;;CDS;;;;;;*567;; ;;;;;;;;;;; ;303613..303927;;CDS;;64;64;;;105;; ;303992..304081;;tca;;230;230;;;;; comp;304312..304752;;CDS;;;;;;147;; ;;;;;;;;;;; comp;357984..358547;;CDS;;220;220;;;188;; ;358768..358845;;aga;;23;;23;;;; ;358869..358943;;gaa;;164;164;;;;; ;359108..359923;;CDS;;;;;;272;; ;;;;;;;;;;; ;359108..359923;;CDS;;48;48;;;272;; comp;359972..360047;;atgf;;103;103;;;;; comp;360151..361485;;CDS;;;;;;445;; ;;;;;;;;;;; ;401945..402796;;CDS;;171;171;;;284;; comp;402968..403044;;gtc;;229;229;;;;; ;403274..403834;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; comp;618311..618757;;CDS;;402;*402;;;149;; comp;619160..619234;;tgc;;63;63;;;;; comp;619298..619915;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; ;636394..637449;;CDS;;133;133;;;352;; ;637583..637659;;ttc;;7;;;7;;; ;637667..637742;;aac;;29;;;29;;; ;637772..637849;;atgi;;18;;;18;;; ;637868..637942;;gaa;;39;;;39;;; ;637982..638069;;cta;;11;;;11;;; ;638081..638152;;cac;;295;;;;;; ;638448..639930;;16s;;64;;;;1483;; ;639995..640067;;gca;;207;;;;;; ;640275..643254;;23s;;78;;;;2980;; ;643333..643447;;5s;;56;;;;115;; ;643504..643761;;ncRNA;@2;232;232;;;258;; ;643994..644962;;CDS;;;;;;323;; ;;;;;;;;;;; ;762859..763608;;CDS;;157;157;;;250;; comp;763766..763842;;acc;;178;;*178;;;; ;764021..764096;;caa;;50;50;;;;; ;764147..764818;;CDS;;;;;;224;; ;;;;;;;;;;; ;862207..862410;;CDS;;179;179;;;68;; ;862590..862661;;cga;;41;41;;;;; ;862703..863392;;CDS;;86;86;;;230;; ;863479..863555;;aca;;14;;;14;;; ;863570..863647;;cca;;8;;;8;;; ;863656..863732;;tac;;83;;;83;;; ;863816..863889;;aaa;;13;;;;;; ;863903..864017;;5s;@3;46;;;;115;; ;864064..864141;;gac;;80;80;;;;; ;864222..864842;;CDS;;;;;;207;; ;;;;;;;;;;; ;871492..873447;;CDS;;238;238;;;*652;; comp;873686..873763;;atc;;102;102;;;;; comp;873866..875110;;CDS;;;;;;415;; ;;;;;;;;;;; comp;882566..883615;;CDS;;65;65;;;350;; ;883681..883754;;gta;;123;123;;;;; comp;883878..884297;;CDS;;;;;;140;; ;;;;;;;;;;; comp;1037197..1038504;;CDS;;39;39;;;436;; comp;1038544..1038620;;cgc;@4;1;*1;;;;; comp;1038622..1039386;;CDS;;;;;;255;; ;;;;;;;;;;; comp;1148669..1149934;;CDS;;210;210;;;422;; ;1150145..1150220;;ggc;;34;;34;;;; ;1150255..1150330;;gga;;243;243;;;;; ;1150574..1151254;;CDS;;;;;;227;; ;;;;;;;;;;; comp;1188906..1189772;;CDS;;172;172;;;289;; ;1189945..1190055;;tgg;@1;95;95;;;;; ;1190151..1190684;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; comp;1312335..1312781;;CDS;;383;383;;;149;; ;1313165..1313249;;agc;;177;177;;;;; ;1313427..1314617;;CDS;;;;;;397;; </pre> ====mja cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_cumuls|mja cumuls]] <pre> mja cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;1;1;;100;4;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;0;5;50;7;20;;200;12;60;1 ;16 atc gca;0;40;2;2;100;10;40;;300;13;90;2 ;16 23 5s a;0;60;0;0;150;5;60;;400;6;120;3 ;max a;7;80;0;0;200;8;80;;500;8;150;4 ;a doubles;0;100;1;1;250;10;100;;600;1;180;3 ;autres;2;120;0;0;300;0;120;;700;1;210;5 ;total aas;13;140;0;0;350;2;140;;800;0;240;3 sans ;opérons;20;160;0;0;400;2;160;;900;0;270;4 ;1 aa;16;180;1;0;450;1;180;;1000;0;300;4 ;max a;2;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2 ;a doubles;0;;0;0;;0;;;;0;;14 ;total aas;24;;4;8;;46;;0;;45;;45 total aas;;37;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;82;26;;154;;;;269;; ;;;variance;71;25;;102;;;;137;; sans jaune;;;moyenne;29;18;;152;;;;253;;194 ;;;variance;8;12;;95;;;;117;;74 </pre> ====mja blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_blocs|mja blocs]] <pre> mja blocs;; CDS;182; 23s;207;2978 gca;64; 16s;340;1480 CDS;; ;; cac;295; 16s;64;1483 gca;207; 23s;78;2980 5s;56;115 ncRNA;232;258 CDS;; ;; aaa;13; 5s;46;115 gac;80; CDS;; </pre> ====mja remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_remarques|mja remarques]] <pre> mja;;;;;;;37 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====mja distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_distribution|mja distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;;;;;; atc;1;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;;;;;; ctc;;ccc;1;cac;;cgc;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;;;;;; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;;;;;; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;;;;;; cta;;cca;;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;;;;;; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;; ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;;;;;; atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;;;;;; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;; gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mja;;16;;;;;;;mja;8;;;;;;;;mja;0;;;;;; </pre> ====mja données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_données_intercalaires|mja données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mja;fx;fc;mja;fx40;fc40;mja;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;10;11;0;10;11;-1;0;25;372;250;tRNA 16s;; ;1;10;49;179;1;12;18;-2;0;0;241;98;295;;cac ;1;20;31;154;2;12;28;-3;0;0;19;306;16s tRNA;; ;0;30;17;91;3;3;6;-4;26;51;59;149;2* 64;;gca ;3;40;16;50;4;6;32;-5;0;2;71;64;tRNA 23s;; 1;2;50;11;50;5;0;11;-6;4;0;31;239;2* 207;;gca ;1;60;10;45;6;5;4;-7;2;1;32;230;5s tRNA;; 2;2;70;14;44;7;2;5;-8;2;12;154;220;80;;gac ;2;80;14;34;8;5;15;-9;3;0;64;48;tRNA 5s;; ;1;90;28;43;9;3;32;-10;0;1;164;171;13;;aaa 1;1;100;19;36;10;1;28;-11;2;10;103;229;tRNA tRNA;;contig ;2;110;10;28;11;7;16;-12;3;0;402;157;7;;ttc ;0;120;16;30;12;4;22;-13;0;4;63;238;29;;aac 1;0;130;14;28;13;3;17;-14;1;9;133;65;18;;atgi ;1;140;19;32;14;5;13;-15;3;0;50;123;39;;gaa 1;0;150;7;27;15;2;13;-16;0;2;179;210;11;;cta 1;1;160;13;18;16;1;14;-17;0;5;41;172;**;;cac ;1;170;9;12;17;2;10;-18;2;0;86;383;14;;aca 2;2;180;14;14;18;2;17;-19;0;2;80;;8;;cca ;0;190;13;11;19;3;18;-20;0;6;102;;83;;tac ;0;200;10;15;20;2;14;-21;1;0;39;;**;;aaa 1;0;210;5;10;21;4;16;-22;0;0;1;;tRNA tRNA;; 1;0;220;11;11;22;4;11;-23;1;6;243;;91;;atgj 2;0;230;7;10;23;1;9;-24;1;0;95;;**;;ctc 2;0;240;3;9;24;3;11;-25;1;3;177;;23;;aga 1;2;250;3;9;25;2;12;-26;0;1;5s 16s;;**;;gaa ;0;260;0;7;26;1;9;-27;0;0;-;340;178;;acc ;0;270;6;7;27;2;6;-28;0;1;CDS 23s;;**;;caa ;0;280;2;7;28;0;3;-29;1;3;-;182;34;;ggc ;0;290;4;10;29;0;6;-30;0;0;23s 5s;;**;;gga ;0;300;3;1;30;0;8;-31;0;0;78;;;; 1;0;310;2;3;31;3;4;-32;0;3;;;;; ;0;320;6;6;32;2;4;-33;0;0;;;;; ;0;330;1;2;33;1;11;-34;0;2;;;;; ;0;340;3;3;34;2;11;-35;0;1;;;;; ;0;350;2;1;35;0;1;-36;0;0;;;;; ;0;360;3;3;36;1;4;-37;0;0;;;;; ;0;370;3;3;37;1;3;-38;0;3;;;;; ;1;380;3;2;38;1;5;-39;1;0;;;;; 1;0;390;3;0;39;4;7;-40;0;0;;;;; ;0;400;3;1;40;1;0;-41;0;2;;;;; ;1;reste;24;12;reste;318;584;-42;0;0;;;;; 18;25;total;441;1069;total;441;1069;-43;0;0;;;;; 18;24;diagr;407;1046;diagr;113;474;-44;0;1;;;;; 0;2; t30;97;424;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;; ;x;431;56;10;497;;;-49;0;1;;;;; ;c;1058;163;11;1232;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1729;99;;reste;1;6;;;;; ;;;;;;1828;;total;56;163;;;;; </pre> =====mja autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires_aas|mja autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *'''Attention''': Correction erreur fin de génome <pre> autres intercalaires;;mja;;;;; deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;;rpr;378;2126;89;*; fin;comp;CDS;2216;3343;;; deb;comp;CDS;96499;97053;372;*; ;comp;tRNA;97426;97537;91;*;atgj ;;tRNA;97629;97716;241;*;ctc fin;;CDS;97958;99259;;; deb;comp;CDS;110328;111515;250;*; ;;tRNA;111766;111854;19;*;tga fin;;CDS;111874;112785;;1; deb;;CDS;131467;132552;369;*; ;;rpr;132922;133999;114;*; fin;comp;CDS;134114;134959;;; deb;;CDS;137244;138245;98;*; ;comp;tRNA;138344;138419;59;*;gtg fin;comp;CDS;138479;138781;;0; deb;;CDS;153070;154479;182;*; ;comp;rRNA;154662;157639;207;*;23s ;comp;tRNA;157847;157919;64;*;gca ;comp;rRNA;157984;159463;340;*;16s fin;;CDS;159804;160085;;; deb;comp;CDS;185874;186671;306;*; ;;tRNA;186978;187066;71;*;tcc fin;;CDS;187138;187590;;; deb;;CDS;190579;190800;31;*; ;;tRNA;190832;190908;32;*;ccc fin;;CDS;190941;191114;;; deb;comp;CDS;214560;215060;149;*; ;;tRNA;215210;215297;154;*;tta fin;;CDS;215452;216240;;; deb;;CDS;226386;227639;64;*; ;comp;tRNA;227704;227780;239;*;gcc fin;;CDS;228020;229720;;; deb;;CDS;235984;236169;394;*; ;;rpr;236564;238184;97;*; fin;comp;CDS;238282;238725;;0; deb;;CDS;303622;303927;64;*; ;;tRNA;303992;304081;230;*;tca fin;comp;CDS;304312;304752;;; deb;comp;CDS;351301;351564;129;*; ;;rpr;351694;352468;374;*; fin;comp;CDS;352843;353142;;; deb;comp;CDS;357984;358547;220;*; ;;tRNA;358768;358845;23;*;aga ;;tRNA;358869;358943;164;*;gaa deb;;CDS;359108;359923;48;*; ;comp;tRNA;359972;360047;103;*;atgf fin;comp;CDS;360151;361485;;0; deb;;CDS;401945;402796;171;*; ;comp;tRNA;402968;403044;229;*;gtc fin;;CDS;403274;403834;;; deb;;CDS;427091;428104;467;*; ;;rpr;428572;429636;39;*; fin;comp;CDS;429676;430632;;0; deb;comp;CDS;498208;500886;604;*; ;;rpr;501491;501989;52;*; fin;comp;CDS;502042;502485;;; deb;comp;CDS;506108;506779;484;*; ;;rpr;507264;508115;282;*; fin;;CDS;508398;509819;;; deb;comp;CDS;551189;552289;251;*; ;;ncRNA;552541;552856;28;*; fin;;CDS;552885;553364;;; deb;comp;CDS;618311;618757;402;*; ;comp;tRNA;619160;619234;63;*;tgc fin;comp;CDS;619298;619915;;0; deb;;CDS;636394;637449;133;*; ;;tRNA;637583;637659;7;*;ttc ;;tRNA;637667;637742;29;*;aac ;;tRNA;637772;637849;18;*;atgi ;;tRNA;637868;637942;39;*;gaa ;;tRNA;637982;638069;11;*;cta ;;tRNA;638081;638152;295;*;cac ;;rRNA;638448;639930;64;*;16s ;;tRNA;639995;640067;207;*;gca ;;rRNA;640275;643254;78;*;23s ;;rRNA;643333;643447;56;*;5s ;;ncRNA;643504;643761;232;*; fin;;CDS;643994;644962;;1; deb;;CDS;762859;763608;157;*; ;comp;tRNA;763766;763842;178;*;acc ;;tRNA;764021;764096;50;*;caa fin;;CDS;764147;764818;;0; deb;comp;CDS;857400;857993;118;*; ;;rpr;858112;858343;532;*; fin;;CDS;858876;860228;;; deb;;CDS;862207;862410;179;*; ;;tRNA;862590;862661;41;*;cga deb;;CDS;862703;863392;86;*; ;;tRNA;863479;863555;14;*;aca ;;tRNA;863570;863647;8;*;cca ;;tRNA;863656;863732;83;*;tac ;;tRNA;863816;863889;13;*;aaa ;;rRNA;863903;864017;46;*;5s ;;tRNA;864064;864141;80;*;gac fin;;CDS;864222;864842;;; deb;;CDS;871492;873447;238;*; ;comp;tRNA;873686;873763;102;*;atc fin;comp;CDS;873866;875110;;0; deb;comp;CDS;882566;883615;65;*; ;;tRNA;883681;883754;123;*;gta fin;comp;CDS;883878;884297;;0; deb;comp;CDS;1033083;1034345;474;*; ;;rpr;1034820;1035754;93;*; fin;comp;CDS;1035848;1036873;;; deb;comp;CDS;1037197;1038504;39;*; ;comp;tRNA;1038544;1038620;1;*;cgc fin;comp;CDS;1038622;1039386;;; deb;comp;CDS;1047158;1048804;568;*; ;;rpr;1049373;1050302;181;*; fin;;CDS;1050484;1051014;;0; deb;comp;CDS;1148669;1149934;210;*; ;;tRNA;1150145;1150220;34;*;ggc ;;tRNA;1150255;1150330;243;*;gga fin;;CDS;1150574;1151254;;; deb;comp;CDS;1188906;1189772;172;*; ;;tRNA;1189945;1190055;95;*;tgg fin;;CDS;1190151;1190684;;0; deb;;CDS;1218598;1219764;79;*; ;;rpr;1219844;1220165;479;*; fin;comp;CDS;1220645;1222306;;; deb;;CDS;1266436;1266561;484;*; ;;rpr;1267046;1267714;79;*; fin;comp;CDS;1267794;1268189;;; deb;comp;CDS;1312335;1312781;383;*; ;;tRNA;1313165;1313249;177;*;agc fin;;CDS;1313427;1314617;;; deb;;CDS;1455222;1456646;68;*; ;;rpr;1456715;1457335;384;*; fin;comp;CDS;1457720;1458889;;0; deb;;CDS;1568600;1569889;484;*; ;;rpr;1570374;1570895;121;*; fin;comp;CDS;1571017;1572063;;; deb;;CDS;1574035;1575045;473;*; ;;rpr;1575519;1576383;223;*; fin;;CDS;1576607;1577287;;0; deb;comp;CDS;1664008;1664862;377;*; </pre> ====mja intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_entre_cds|mja intercalaires entre cds]] *'''Les intercalaires négatifs:''' <pre> mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;0;0;0;25;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;53 continu;25;0;0;52;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;1;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;7;166 </pre> *'''Le Tableau''' <pre> mja;4.2.21 Paris;;mja 9.4.20;;;;;;; ;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquence5 ;'''négatif;219;12.7;'''négatif ;-13;14;-1 à -83;'''1 664 970;-1;219 ;'''zéro;21;1.2;;;;;'''intercals;0;21 ;'''1 à 200;1275;73.7;'''0 à 200;64;56;;'''151 580;5;128 ;'''201 à 370;166;9.6;'''201 à 370;265;47;;'''9.1%;10;100 ;'''371 à 600;36;2.1;'''371 à 600;438;51;;;15;102 ;'''601 à max;12;0.7;'''601 à 1028;675;39;;;20;83 ;'''total 1729;<201;88;'''total 1727;85;109;-83 à 724;;25;73 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;35 470326;1019;-1;219;-70;3;;0;21;35;39 47370;859;0;21;-60;3;;-1;°25;40;27 451281;848;1;30;-50;1;;-2;0;45;36 449897;724;2;°40;-40;5;;-3;0;50;25 291222;711;3;9;-30;10;'''min à -1;-4;°77;55;18 623421;694;4;°38;-20;25;219;-5;2;60;37 1432395;694;5;11;-10;44;12.7%;-6;4;65;22 694012;687;6;9;0;149;;-7;3;70;36 1461617;685;7;7;10;228;;-8;°14;75;21 1176472;629;8;20;20;185;;-9;3;80;27 328329;625;9;°35;30;108;;-10;1;85;27 911715;622;10;29;40;66;'''1 à 100;-11;°12;90;44 106958;542;11;23;50;61;935;-12;3;95;22 91672;527;12;26;60;55;54.0%;-13;4;100;33 692428;522;13;20;70;58;;-14;°10;105;21 256182;501;14;18;80;48;;-15;3;110;17 1370826;495;15;15;90;71;;-16;2;115;21 15863;490;16;15;100;55;;-17;°5;120;25 424100;489;17;12;110;38;;-18;2;125;22 1547813;489;18;19;120;46;;-19;2;130;20 73799;487;19;°21;130;42;;-20;°6;135;25 1128054;479;20;16;140;51;;-21;1;140;26 777753;478;21;°20;150;34;;-22;0;145;18 983847;478;22;15;160;31;;-23;°7;150;16 1338520;474;23;10;170;21;'''1 à 200;-24;1;155;15 518562;472;24;°14;180;28;1275;-25;4;160;16 410085;456;25;14;190;24;74%;-26;°1;165;11 1291124;450;26;10;200;25;;-27;0;170;10 1607321;446;27;8;210;15;;-28;1;175;16 1596121;439;28;3;220;22;;-29;°4;180;12 439827;431;29;6;230;17;;-30;0;185;10 489906;417;30;8;240;12;;-31;0;190;14 966335;417;31;7;250;12;'''0 à 200;-32;°5;195;16 7338;412;32;6;260;7;1296;;223;200;9 325298;411;33;12;270;13;;reste;17;205;6 1119539;406;34;°13;280;9;;total;240;210;9 258119;400;35;1;290;14;;;;215;11 ;;36;5;300;4;;;;220;11 ;;37;4;310;5;;;;225;5 ;;38;6;320;12;;;;230;12 ;;39;°11;330;3;;;;235;5 ;;40;1;340;6;'''201 à 370;;;240;7 ;;reste;902;350;3;166;;;245;6 ;;total;1729;360;6;9.6%;;;250;6 ;;;;370;6;;;;255;4 ;;;;380;5;;;;260;3 ;;;;390;3;;;;265;7 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;4;;;;270;6 349543;-83;shift2;635;410;1;;;;275;7 541115;-73;shift2;498;420;4;;;;280;2 575292;-71;shift2;146;430;0;;;;285;9 125178;-64;shift2;246;440;2;;;;290;5 1600078;-62;comp;;450;2;;;;295;3 1611178;-62;shift2;1499;460;1;;;;300;1 28018;-59;shift2;497;470;0;;;;305;4 316817;-49;shift2;495;480;5;;;;310;1 1478759;-48;comp;;490;4;;;;315;6 739648;-44;shift2;851;500;1;;;;320;6 875683;-41;shift2;635;510;1;;;;325;3 1378478;-41;shift2;1910;520;0;;;;330;0 12869;-39;;;530;2;;;;335;5 1051112;-38;;;540;0;'''371 à 600;;;340;1 1285398;-38;;;550;1;36;;;345;2 1623026;-38;;;560;0;2.1%;;;350;1 697374;-35;;;570;0;;;;355;3 1152607;-34;;;580;0;'''601 à max;;;360;3 1328814;-34;;;590;0;12;;;365;4 139527;-32;;;600;0;0.7%;;;370;2 312088;-32;;;reste;12;;;;reste;49 352843;-32;;;total;1729;;;;total;1729 </pre> ====mja intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; mja;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-16;150;-532;77;660;313;min50;&-94;719;-1762;147;856;255;min40 31 à 400;47;-300;424;21;711;213;2 parties;&-6.2;87;-410;65;964;468;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;154;57;-;582;poly;78;SF;&227;71;;537;poly;319;SF 31 à 400;115;46;-;623;poly;88;tF;&128;44;-;859;poly;105;SF ;;;;;;;;;;;;;; mja. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.502;;;;; 41-n;0.776;0.326;0.571;;;;;;;;;;; 1-n;0.881;0.844;0.857;;;;;;;;;14.8.21 paris;; mja;fx;fc;;mja;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;mja;Sx-;Sc- 0;10;11;;0;25;11;0;10;11;>0;429;-1;0;25 10;49;179;;10;121;171;1;12;18;<0;56;-2;0;0 20;31;154;;20;76;147;2;12;28;zéro;10;-3;0;0 30;17;91;;30;42;87;3;3;6;total;495;-4;26;51 40;16;50;;40;39;48;4;6;32;;c;-5;0;2 50;11;50;;50;27;48;5;0;11;>0;1060;-6;4;0 60;10;45;;60;25;43;6;5;4;<0;163;-7;2;1 70;14;44;;70;34;42;7;2;5;zéro;11;-8;2;12 80;14;34;;80;34;32;8;5;15;total;1234;-9;3;0 90;28;43;;90;69;41;9;3;32;;;-10;0;1 100;19;36;;100;47;34;10;1;28;total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reste;23;13;;;;;reste;316;586;;;-42;0;0 total;439;1071;;t30;239;405;total;439;1071;;;-43;0;0 diagr;406;1047;;;;;diagr;113;474;;;-44;0;1 - t30;309;623;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;1;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;total;56;163 </pre> ====mja intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_négatifs_S-|mja intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320 comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;26;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;3;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;56 ;Sc-;25;0;0;51;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;0;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;6;163 </pre> ====mja autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires|mja autres intercalaires]] <pre> mja;autres intercalaires;;adresses1;;;mja;autres intercalaires;;adresses2;;;mja;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;1664008;?;comp;;deb;°CDS;862207;179;;;deb;°CDS;857400;118;comp ;repeat_region;378;89;;;;&tRNA;862590;41;;;;repeat_region;858112;532; fin;°CDS;2216;;comp;;deb;°CDS;862703;86;;;fin;°CDS;858876;; deb;°CDS;96499;372;comp;;;&tRNA;863479;14;;;deb;°CDS;871492;238; ;&tRNA;97426;91;comp;;;&tRNA;863570;8;;;;&tRNA;873686;102;comp ;&tRNA;97629;241;;;;&tRNA;863656;83;;;fin;°CDS;873866;;comp fin;°CDS;97958;;;;;&tRNA;863816;13;;;deb;°CDS;882566;65;comp deb;°CDS;110328;250;comp;;;$rRNA;863903;46;;;;&tRNA;883681;123; ;&tRNA;111766;19;;;;&tRNA;864064;80;;;fin;°CDS;883878;;comp fin;°CDS;111874;;;;fin;°CDS;864222;;;;deb;°CDS;1033083;474;comp deb;°CDS;131467;369;;;deb;°CDS;401945;171;;;;repeat_region;1034820;93; ;repeat_region;132922;114;;;;&tRNA;402968;229;comp;;fin;°CDS;1035848;;comp fin;°CDS;134114;;comp;;fin;°CDS;403274;;;;deb;°CDS;1037197;39;comp deb;°CDS;137244;98;;;deb;°CDS;427091;467;;;;&tRNA;1038544;1;comp ;&tRNA;138344;59;comp;;;repeat_region;428572;39;;;fin;°CDS;1038622;;comp fin;°CDS;138479;;comp;;fin;°CDS;429676;;comp;;deb;°CDS;1047158;568;comp deb;°CDS;153070;182;;;deb;°CDS;498208;604;comp;;;repeat_region;1049373;181; ;$rRNA;154662;207;comp;;;repeat_region;501491;52;;;fin;°CDS;1050484;; ;&tRNA;157847;64;comp;;fin;°CDS;502042;;comp;;deb;°CDS;1148669;210;comp ;$rRNA;157984;340;comp;;deb;°CDS;506108;484;comp;;;&tRNA;1150145;34; fin;°CDS;159804;;;;;repeat_region;507264;282;;;;&tRNA;1150255;243; deb;°CDS;185874;306;comp;;fin;°CDS;508398;;;;fin;°CDS;1150574;; ;&tRNA;186978;71;;;deb;°CDS;551189;251;comp;;deb;°CDS;1188906;172;comp fin;°CDS;187138;;;;;ncRNA;552541;28;;;;&tRNA;1189945;95; deb;°CDS;190579;31;;;fin;°CDS;552885;;;;fin;°CDS;1190151;; ;&tRNA;190832;32;;;deb;°CDS;618311;402;comp;;deb;°CDS;1218598;79; fin;°CDS;190941;;;;;&tRNA;619160;63;comp;;;repeat_region;1219844;479; deb;°CDS;214560;149;comp;;fin;°CDS;619298;;comp;;fin;°CDS;1220645;;comp ;&tRNA;215210;154;;;deb;°CDS;636394;133;;;deb;°CDS;1266436;484; fin;°CDS;215452;;;;;&tRNA;637583;7;;;;repeat_region;1267046;79; deb;°CDS;226386;64;;;;&tRNA;637667;29;;;fin;°CDS;1267794;;comp ;&tRNA;227704;239;comp;;;&tRNA;637772;18;;;deb;°CDS;1312335;383;comp fin;°CDS;228020;;;;;&tRNA;637868;39;;;;&tRNA;1313165;177; deb;°CDS;235984;394;;;;&tRNA;637982;11;;;fin;°CDS;1313427;; ;repeat_region;236564;97;;;;&tRNA;638081;295;;;deb;°CDS;1455222;68; fin;°CDS;238282;;comp;;;$rRNA;638448;64;;;;repeat_region;1456715;384; deb;°CDS;303622;64;;;;&tRNA;639995;207;;;fin;°CDS;1457720;;comp ;&tRNA;303992;230;;;;$rRNA;640275;78;;;deb;°CDS;1568600;484; fin;°CDS;304312;;comp;;;$rRNA;643333;56;;;;repeat_region;1570374;121; deb;°CDS;351301;129;comp;;;ncRNA;643504;232;;;fin;°CDS;1571017;;comp ;repeat_region;351694;374;;;fin;°CDS;643994;;;;deb;°CDS;1574035;473; fin;°CDS;352843;;comp;;deb;°CDS;762859;157;;;;repeat_region;1575519;223; deb;°CDS;357984;220;comp;;;&tRNA;763766;178;comp;;fin;°CDS;1576607;; ;&tRNA;358768;23;;;;&tRNA;764021;50;;;;;;; ;&tRNA;358869;164;;;fin;°CDS;764147;;;;;;;; deb;°CDS;359108;48;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;359972;103;comp;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;360151;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====mja intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_tRNA|mja intercalaires tRNA]] <pre> mja;intercalaires tRNA;;;;;;;;; ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;continu;cumuls ;;;;;;;;;; comp’;91;;372;;241;;31;1;'''deb; ;23;comp’;250;;19;;39;19;<201;6 ;7;comp’;98;;59;;64;32;total;8 ;29;comp’;306;;71;;86;41;taux;75% ;18;;31;;32;;133;50;; ;39;comp’;149;;154;;179;59;'''fin; ;11;comp’;64;comp’;239;;372;63;<201;15 comp’;178;;64;comp’;230;;402;71;total;17 ;14;comp’;220;;164;;'''-;80;taux;88% ;8;comp’;48;;103;;'''-;95;; ;83;comp’;171;comp’;229;;'''-;102;'''total; ;34;;402;;63;;'''-;103;<201;21 ;;;133;;;;'''-;154;total;25 ;;comp’;157;;50;;'''-;164;taux;84% ;;;179;;41;;'''-;177;; ;;;86;;80;;'''-;241;; ;;comp’;238;;102;;'''-;243;'''comp’;'''cumuls ;;comp’;65;comp’;123;;48;123;'''deb; ;;;39;;1;;64;229;<201;8 ;;comp’;210;;243;;65;230;total;14 ;;comp’;172;;95;;98;239;taux;57% ;;comp’;383;;177;;149;'''-;; ;;;;;;;157;'''-;'''fin; ;;;;;;;171;'''-;<201;1 ;;;;;;;172;'''-;total;4 ;;;;;;;210;'''-;taux;25% ;;;;;;;220;'''-;; ;;;;;;;238;'''-;'''total; ;;;;;;;250;'''-;<201;9 ;;;;;;;306;'''-;total;18 ;;;;;;;383;'''-;taux;50% ;;;;;;;;;; ;;;;;deb;fin;total;;; ;;;;<201;14;16;30;;; ;;;;total;22;21;43;;; ;;;;taux;64%;76%;70%;;; </pre> ===mba=== ====mba opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_opérons|mba opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_bark_Fusaro/methBark1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007355.1;mba;;genome;;;;;;;;; 39.2%GC;2.2.20 Paris;16s 3 ;62;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Methanosarcina barkeri str. Fusaro;;;;;;;;;;;; ;91192..91938;;cds;;137;137;;;249;;DUF429 domain-containing protein;* comp;92076..92160;;ctc;+;132;;*132;;;;;* comp;92293..92377;;ctc;2 ctc;298;298;;;;;;* comp;92676..93476;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;* ;;;;;;;;;;;;* comp;98630..99337;;cds;;535;*535;;;236;;ABC transporter ATP-binding protein;* comp;99873..99955;;tcc;;222;222;;;;;;* comp;100178..101194;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;* ;;;;;;;;;;;;* comp;146979..147518;;cds;;80;80;;;180;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;147599..147670;;acc;;198;198;;;;;;* comp;147869..148381;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;199345..200268;;cds;;492;*492;;;308;;aldolase;* comp;200761..200833;;aac;+;71;;71;;;;;* comp;200905..200979;;atgi;2 aac;119;;*119;;;;;* comp;201099..201171;;aac;;964;*964;;;;;;* ;202136..202366;;cds;;;;;;77;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;260990..261532;;cds;;173;173;;;181;;nitroreductase family protein";* ;261706..261777;;cgg;;673;*673;;;;;;* ;262451..262960;;cds;;;;;;170;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;463836..464723;;cds;;2075;*2075;;;296;;polyprenyl synthetase family protein;* ;466799..466870;;gga;;94;;*94;;;;;* ;466965..467049;;cta;;221;221;;;;;;* comp;467271..468818;;cds;;;;;;*516;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;473154..473723;;cds;;298;298;;;190;;hp;* comp;474022..474096;;gag;;246;246;;;;;;* comp;474343..475584;;cds;;;;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;692109..692987;;cds;;349;349;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;* ;693337..693411;;aga;;400;400;;;;;;* comp;693812..694420;;cds;;;;;;203;;sulfite exporter TauE/SafE family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;703446..703958;;cds;;488;*488;;;171;;biotin transporter BioY;* ;704447..704521;;agg;;283;283;;;;;;* ;704805..705284;;cds;;;;;;160;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;800463..800642;;cds;;799;*799;;;60;;hp;* comp;801442..801526;;agc;;137;137;;;;;;* comp;801664..801978;;ncRNA;@1;327;327;;;315;;;* ;802306..803931;;cds;;;;;;*542;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1109819..1110013;;cds;;15;15;;;65;;hp;* ;1110029..1110103;;atgf;+;63;;63;;;;;* ;1110167..1110241;;atgf;3 atg;63;;63;;;;;* ;1110305..1110379;;atgf;;273;273;;;;;;* ;1110653..1111984;;cds;;;;;;444;;signal recognition particle protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1134460..1135074;;cds;;235;235;;;205;;endonuclease III;* comp;1135310..1135381;;tgc;+;65;;65;;;;;* comp;1135447..1135518;;tgc;2 tgc;126;126;;;;;;* comp;1135645..1136277;;cds;;;;;;211;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1137210..1137680;;cds;;488;*488;;;157;;P-bacterioferritin;* comp;1138169..1138290;;5s;;129;;;;122;;;* comp;1138420..1141252;;23s;;222;;;;2833;;;* comp;1141475..1142963;;16s;;830;*830;;;1489;;;* ;1143794..1145302;;cds;;;;;;*503;;2-isopropylmalate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1249870..1250040;;cds;;423;*423;;;57;;CopG family transcriptional regulator;* comp;1250464..1250537;;aag;;546;*546;;;;;;* ;1251084..1251290;;cds;;;;;;69;;TRAM domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1315521..1315691;;cds;@2;-12;*-12;;;57;;hp;* comp;1315680..1315751;;cgc;;174;174;;;;;;* ;1315926..1317110;;cds;;;;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1514831..1515373;;cds;;1133;*1133;;;181;;ArsR family transcriptional regulator;* ;1516507..1516579;;caa;;760;*760;;;;;;* comp;1517340..1517663;;cds;;;;;;108;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1538879..1539286;;cds;;36;36;;;136;;sensor histidine kinase;* comp;1539323..1539395;;other;@3;1249;*1249;;;73;;;* >comp;1540645..1540794;;cds;;;;;;50;;PKD domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1546247..1547791;;cds;;576;*576;;;*515;;aminotransferase class V-fold PLP-dependent enzyme;* comp;1548368..1548441;;aca;;448;*448;;;;;;* <;1548890..1549093;;cds;;;;;;68;;matrixin family metalloprotease;* ;;;;;;;;;;;;* ;1550566..1550760;;cds;;745;*745;;;65;;DeoR family transcriptional regulator;* comp;1551506..1551579;;aca;;506;*506;;;;;;* ;1552086..1552640;;cds;;;;;;185;;YkgJ family cysteine cluster protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1621639..1622835;;cds;;433;*433;;;399;;methionine adenosyltransferase;* ;1623269..1623384;;tac;@4;112;;*112;;;;;* ;1623497..1623569;;gac;;300;300;;;;;;* comp;1623870..1624067;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1714788..1715069;;cds;;154;154;;;94;;hp;* comp;1715224..1715295;;acg;;187;187;;;;;;* comp;1715483..1716493;;cds;;;;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1755811..1755993;;cds;;113;113;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;* comp;1756107..1756181;;ccg;@5;0;*0;;;;;;* comp;1756182..1756370;;cds;;;;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;* ;;;;;;;;;;;;* ;1842058..1842195;;cds;;16;16;;;46;;hp;* comp;1842212..1842285;;gtg;;717;*717;;;;;;* ;1843003..1843767;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1852573..1852896;;cds;;1364;*1364;;;108;;PadR family transcriptional regulator;* comp;1854261..1854338;;ccc;;198;198;;;;;;* comp;1854537..1855097;;cds;;;;;;187;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1908225..1908989;;cds;;349;349;;;255;;hp;* comp;1909339..1909530;;tgg;;445;*445;;;;;;* >;1909976..1910152;;cds;;;;;;59;;nitrogenase reductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1926717..1927178;;cds;;183;183;;;154;;DUF4145 domain-containing protein;* comp;1927362..1927445;;tcg;;125;125;;;;;;* comp;1927571..1928944;;cds;;;;;;458;;endonuclease Q family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2005431..2007053;;cds;;2315;*2315;;;*541;;PKD domain-containing protein;* comp;2009369..2009443;;cca;;199;199;;;;;;* comp;2009643..2010194;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2026807..2028456;;cds;;314;314;;;*550;;ATP-dependent DNA ligase;* ;2028771..2028842;;ggg;;513;*513;;;;;;* comp;2029356..2029766;;cds;;;;;;137;;PaaI family thioesterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2157926..2158684;;cds;;567;*567;;;253;;hp;* ;2159252..2159362;;atgj;;349;349;;;;;;* ;2159712..2160225;;cds;;;;;;171;;amidohydrolase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2194967..2195302;;cds;;713;*713;;;112;;translation initiation factor eIF-1A;* ;2196016..2197504;;16s;;222;;;;1489;;;* ;2197727..2200559;;23s;;129;;;;2833;;;* ;2200689..2200810;;5s;;607;*607;;;122;;;* comp;2201418..2201615;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;2434335..2434609;;cds;;603;*603;;;92;;nucleoside deaminase;* comp;2435213..2435284;;gcc;;223;;*223;;;;;* ;2435508..2435584;;atc;+;74;;74;;;;;* ;2435659..2435735;;atc;2 atc;241;241;;;;;;* comp;2435977..2436390;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;2622097..2624025;;cds;;1489;*1489;;;*643;;replication factor C large subunit;* ;2625515..2625588;;gta;;1102;*1102;;;;;;* ;2626691..2626918;;cds;;;;;;76;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2650514..2651296;;cds;;164;164;;;261;;thiazole biosynthesis protein;* ;2651461..2651532;;cac;;218;218;;;;;;* ;2651751..2653460;;cds;;;;;;*570;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2663547..2664668;;cds;;318;318;;;374;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* comp;2664987..2665058;;ggc;;263;263;;;;;;* ;2665322..2666563;;cds;;;;;;414;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2856552..2857409;;cds;;134;134;;;286;;hp;* comp;2857544..2857628;;tca;;153;153;;;;;;* comp;2857782..2858546;;cds;;;;;;255;;peptidylprolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3326036..3326557;;cds;;539;*539;;;174;;hp;* ;3327097..3327168;;tgc;;995;*995;;;;;;* ;3328164..3328898;;cds;;;;;;245;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3994472..3994921;;cds;;514;*514;;;150;;IS200/IS605 family transposase;* comp;3995436..3995529;;cga;;477;*477;;;;;;* ;3996007..3996714;;cds;;;;;;236;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4005709..4006026;;cds;;269;269;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;* ;4006296..4006378;;ttg;;860;*860;;;;;;* ;4007239..4009012;;rpr;@6;169;169;;;1774;;Family CRISPR;* comp;4009182..4009478;;cds;;;;;;99;;CRISPR-associated endonuclease Cas2;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4031590..4031871;;cds;;1075;*1075;;;94;;hp;* ;4032947..4033019;;cag;;182;182;;;;;;* comp;4033202..4033765;;cds;;;;;;188;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4041205..4041960;;cds;;96;96;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;4042057..4042141;;tta;;375;375;;;;;;* comp;4042517..4044976;;cds;;;;;;*820;;beta-propeller fold lactonase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4045359..4048274;;cds;;718;*718;;;*972;;PKD domain-containing protein;* ;4048993..4049077;;tta;;35;35;;;;;;* comp;4049113..4052403;;cds;;241;241;;;*1097;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* ;4052645..4052729;;tta;;177;177;;;;;;* comp;4052907..4053395;;cds;;;;;;163;;MarR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;4407561..4407830;;cds;;64;64;;;90;;elongation factor 1-beta;* ;4407895..4407966;;gcg;;675;*675;;;;;;* comp;4408642..4409715;;cds;;;;;;358;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4504139..4504300;;cds;;536;*536;;;54;;hp;* comp;4504837..4504921;;ctg;;220;220;;;;;;* comp;4505142..4506050;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4551177..4551851;;cds;;566;*566;;;225;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;4552418..4552491;;gtc;+;94;;*94;;;;;* ;4552586..4552660;;ttc;2 gtc;7;;7;;;;;* ;4552668..4552739;;ggc;2 ttc;61;;61;;;;;* ;4552801..4552874;;gtc;2 ggc;94;;*94;;;;;* ;4552969..4553043;;ttc;;7;;7;;;;;* ;4553051..4553122;;ggc;;717;*717;;;;;;* ;4553840..4554052;;cds;;;;;;71;;MoaD/ThiS family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;4617920..4618339;;cds;;200;200;;;140;;hp;* ;4618540..4618617;;gaa;;351;351;;;;;;* ;4618969..4619190;;cds;;377;377;;;74;;hp;* ;4619568..4619645;;gaa;;214;214;;;;;;* comp;4619860..4620678;;cds;;;;;;273;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4673041..4673643;;cds;;289;289;;;201;;adenosylcobinamide amidohydrolase;* comp;4673933..4674054;;5s;;129;;;;122;;;* comp;4674184..4677016;;23s;;135;;;;2833;;;* comp;4677152..4677224;;gca;;79;;;;;;;* comp;4677304..4678792;;16s;;1242;*1242;;;1489;;;* ;4680035..4680817;;cds;;;;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4759174..4759410;;cds;;89;89;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;* comp;4759500..4759576;;aaa;;655;*655;;;;;;* comp;4760232..4760801;;cds;;;;;;190;;DJ-1/PfpI family protein;* </pre> ====mba cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_cumuls|mba cumuls]] <pre> mba cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;2;1;;100;25;30;0 ;16 23 5s 0;2;20;2;;50;4;20;;200;27;60;7 ;16 gca 235;1;40;0;;100;4;40;;300;21;90;14 ;16 23 5s a;0;60;0;;150;6;60;;400;8;120;8 ;max a;1;80;6;;200;14;80;;500;4;150;5 ;a doubles;0;100;3;;250;9;100;;600;7;180;10 ;autres;0;120;2;;300;8;120;;700;1;210;11 ;total aas;1;140;1;;350;6;140;;800;0;240;4 sans ;opérons;44;160;0;;400;4;160;;900;1;270;10 ;1 aa;37;180;0;;450;4;180;;1000;1;300;4 ;max a;6;200;0;;500;4;200;;1100;1;330;2 ;a doubles;6;;1;;;35;;;;0;;21 ;total aas;61;;15;0;;100;;0;;96;;96 total aas;;62;;;;;;;;;;; remarques;;6;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;85;;;457;;;;240;; ;;;variance;52;;;407;;;;194;; sans jaune;;;moyenne;51;;;210;;;;186;;158 ;;;variance;28;;;98;;;;106;;78 </pre> ====mba blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_blocs|mba blocs]] <pre> mba blocs;;;; cds;289;201;adenosylcobinamide amidohydrolase;* 5s;129;122;;* 23s;135;2833;;* gca;79;;;* 16s;1242;1489;;* cds;;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;;;; cds;713;112;translation initiation factor eIF-1A;* 16s;222;1489;;* 23s;129;2833;;* 5s;607;122;;* cds;;66;hp;* ;;;; cds;488;157;P-bacterioferritin;* 5s;129;122;;* 23s;222;2833;;* 16s;830;1489;;* cds;;503;2-isopropylmalate synthase;* </pre> ====mba remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_remarques|mba remarques]] <pre> mba;;;;;;62;62 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;4 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3 tta;3;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====mba distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_distribution|mba distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc; gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;3;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mba;;37;;;;;;;mba;14;;;;;;;;mba;9;;;;;; </pre> ====mba données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_données_intercalaires|mba données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mba;fx;fc;mba;fx40;fc40;mba;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;1;0;1;21;0;1;21;-1;0;33;298;137;CDS 16s;; ;0;10;8;155;1;0;22;-2;2;0;535;790;;835; 1;1;20;13;127;2;2;31;-3;0;2;222;2075;;718; ;0;30;11;72;3;0;12;-4;3;117;80;221;;1247; 1;1;40;19;74;4;2;17;-5;1;0;198;298;16s 23s;; ;0;50;12;54;5;1;23;-6;2;0;492;349;2*209;; ;0;60;18;61;6;0;15;-7;0;5;173;400;23s 5s;; ;1;70;11;48;7;0;4;-8;0;33;673;488;3*74;; ;1;80;16;54;8;2;4;-9;0;1;246;546;5s CDS;; ;1;90;18;53;9;0;8;-10;0;4;307;-12;;488; 1;0;100;17;37;10;1;19;-11;0;13;799;174;;607; ;0;110;16;38;11;2;16;-12;0;0;15;286;;289; ;1;120;30;43;12;0;8;-13;1;4;273;760;16s tRNA;; ;2;130;11;39;13;0;19;-14;3;15;235;448;85;;gca 2;0;140;20;35;14;2;13;-15;0;0;126;745;tRNA 23s;; ;0;150;19;52;15;1;12;-16;0;5;423;506;116;;gca 1;1;160;22;25;16;1;13;-17;1;11;36;300;tRNA tRNA;; ;1;170;14;44;17;0;11;-18;0;5;1249;154;132;;ctc 2;1;180;24;36;18;3;13;-19;0;4;576;16;**;;ctc 2;1;190;29;46;19;1;7;-20;1;7;433;717;71;;aac ;4;200;27;30;20;3;15;-21;0;0;187;445;119;;atgi ;0;210;18;21;21;1;8;-22;0;1;113;183;**;;aac 1;2;220;31;43;22;4;8;-23;1;5;0;314;94;;gga 1;1;230;20;31;23;2;4;-24;0;0;1379;513;**;;cta ;1;240;15;32;24;0;14;-25;0;5;198;241;63;;atgf 2;1;250;24;27;25;1;4;-26;1;8;349;318;63;;atgf ;0;260;25;34;26;0;6;-27;0;1;125;263;**;;atgf 1;1;270;18;35;27;1;10;-28;0;3;2315;134;65;;tgc ;1;280;18;37;28;1;4;-29;0;1;199;514;**;;tgc 1;0;290;16;26;29;1;4;-30;0;0;567;477;112;;tac 2;1;300;12;23;30;0;10;-31;0;0;349;1075;**;;gac ;1;310;19;24;31;1;2;-32;0;4;603;182;223;;gcc 2;0;320;17;27;32;0;6;-33;0;0;1489;96;74;;atc ;0;330;14;23;33;0;8;-34;1;0;1102;375;**;;atc ;0;340;27;22;34;3;7;-35;1;5;164;718;94;;gtc 1;2;350;12;28;35;1;11;-36;0;0;218;35;7;;ttc ;1;360;14;18;36;6;8;-37;0;0;153;241;61;;ggc ;0;370;11;20;37;0;9;-38;0;3;539;177;94;;gtc 1;1;380;12;24;38;0;11;-39;0;0;995;675;7;;ttc ;0;390;8;15;39;4;6;-40;0;0;269;566;**;;ggc 1;0;400;19;18;40;4;6;-41;1;1;64;214;;; 17;19;reste;527;709;reste;1181;1932;-42;0;0;536;;;; 41;49;total;1233;2381;total;1233;2381;-43;0;0;220;;;; 23;29;diagr;705;1651;diagr;51;428;-44;0;1;717;;;; 1;1; t30;32;354;;;;-45;0;0;200;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;351;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;377;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;89;;;; ;x;1232;22;1;1255;;;-49;0;3;655;;;; ;c;2360;307;21;2688;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;3943;128;;reste;3;6;;;;; ;;;;;;4071;;total;22;307;;;;; </pre> =====mba autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_autres_intercalaires_aas|mba autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;mba;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;91192;137;; ;tRNA;92076;132;comp;ctc ;tRNA;92293;298;comp;ctc fin;CDS;92676;;comp; deb;CDS;98630;535;comp; ;tRNA;99873;222;comp;tcc fin;CDS;100178;;comp; deb;CDS;146979;80;comp; ;tRNA;147599;198;comp;acc fin;CDS;147869;;comp; deb;CDS;199345;492;comp; ;tRNA;200761;71;comp;aac ;tRNA;200905;119;comp;atgi ;tRNA;201099;790;comp;aac fin;CDS;201962;;; deb;CDS;260990;173;; ;tRNA;261706;673;;cgg fin;CDS;262451;;; deb;CDS;355894;309;; ;repeat_region;356467;137;; fin;CDS;359947;;; deb;CDS;463836;2075;comp; ;tRNA;466799;94;;gga ;tRNA;466965;221;;cta fin;CDS;467271;;comp; deb;CDS;473154;298;; ;tRNA;474022;246;comp;gag fin;CDS;474343;;comp; deb;CDS;692109;349;comp; ;tRNA;693337;400;;aga fin;CDS;693812;;comp; deb;CDS;703446;488;comp; ;tRNA;704447;307;;agg fin;CDS;704829;;; deb;CDS;800463;799;comp; ;tRNA;801442;137;comp;agc ;ncRNA;801664;327;comp; fin;CDS;802306;;; deb;CDS;1109819;15;; ;tRNA;1110029;63;;atgf ;tRNA;1110167;63;;atgf ;tRNA;1110305;273;;atgf fin;CDS;1110653;;; deb;CDS;1134460;235;comp; ;tRNA;1135310;65;comp;tgc ;tRNA;1135447;126;comp;tgc fin;CDS;1135645;;comp; deb;CDS;1137210;488;; ;rRNA;1138169;74;comp;122 ;rRNA;1138365;209;comp;2833 ;rRNA;1141481;835;comp;1489 fin;CDS;1143794;;; deb;CDS;1249870;423;comp; ;tRNA;1250464;546;comp;aag fin;CDS;1251084;;; deb;CDS;1315521;-12;; ;tRNA;1315680;174;comp;cgc fin;CDS;1315926;;; deb;CDS;1516050;286;comp; ;tRNA;1516507;760;;caa fin;CDS;1517340;;comp; deb;CDS;1538879;36;comp; ;tRNA;1539323;1249;comp;other fin;CDS;1540645;;comp; deb;CDS;1546247;576;comp; ;tRNA;1548368;448;comp;aca fin;CDS;1548890;;; deb;CDS;1550566;745;; ;tRNA;1551506;506;comp;aca fin;CDS;1552086;;; deb;CDS;1621639;433;; ;tRNA;1623269;112;;tac ;tRNA;1623497;300;;gac fin;CDS;1623870;;comp; deb;CDS;1657967;616;comp; ;repeat_region;1660242;74;; fin;CDS;1661656;;; deb;CDS;1714788;154;; ;tRNA;1715224;187;comp;acg fin;CDS;1715483;;comp; deb;CDS;1755811;113;comp; ;tRNA;1756107;0;comp;ccg fin;CDS;1756182;;comp; deb;CDS;1842058;16;; ;tRNA;1842212;717;comp;gtg fin;CDS;1843003;;; deb;CDS;1852573;1379;comp; ;tRNA;1854261;198;comp;ccc fin;CDS;1854537;;comp; deb;CDS;1908225;349;comp; ;tRNA;1909339;445;comp;tgg fin;CDS;1909976;;; deb;CDS;1926495;183;; ;tRNA;1927362;125;comp;tcg fin;CDS;1927571;;comp; deb;CDS;1975038;78;; ;ncRNA;1976292;428;comp; fin;CDS;1977078;;; deb;CDS;2005431;2315;comp; ;tRNA;2009369;199;comp;cca fin;CDS;2009643;;comp; deb;CDS;2026807;314;comp; ;tRNA;2028771;513;;ggg fin;CDS;2029356;;comp; deb;CDS;2157926;567;; ;tRNA;2159252;349;;atgj fin;CDS;2159712;;; deb;CDS;2194967;718;comp; ;rRNA;2196021;209;;1489 ;rRNA;2197708;74;;2833 ;rRNA;2200689;607;;122 fin;CDS;2201418;;comp; deb;CDS;2434335;603;comp; ;tRNA;2435213;223;comp;gcc ;tRNA;2435508;74;;atc ;tRNA;2435659;241;;atc fin;CDS;2435977;;comp; deb;CDS;2622097;1489;; ;tRNA;2625515;1102;;gta fin;CDS;2626691;;; deb;CDS;2650514;164;; ;tRNA;2651461;218;;cac fin;CDS;2651751;;; deb;CDS;2663547;318;; ;tRNA;2664987;263;comp;ggc fin;CDS;2665322;;; deb;CDS;2856552;134;; ;tRNA;2857544;153;comp;tca fin;CDS;2857782;;comp; deb;CDS;3326036;539;; ;tRNA;3327097;995;;tgc fin;CDS;3328164;;; deb;CDS;3994472;514;; ;tRNA;3995436;477;comp;cga fin;CDS;3996007;;; deb;CDS;4005709;269;; ;tRNA;4006296;860;;ttg ;repeat_region;4007239;169;; fin;CDS;4009182;;comp; deb;CDS;4031590;1075;comp; ;tRNA;4032947;182;;cag fin;CDS;4033202;;comp; deb;CDS;4041205;96;comp; ;tRNA;4042057;375;;tta fin;CDS;4042517;;comp; deb;CDS;4045359;718;comp; ;tRNA;4048993;35;;tta deb;CDS;4049113;241;comp; ;tRNA;4052645;177;;tta fin;CDS;4052907;;comp; deb;CDS;4407561;64;; ;tRNA;4407895;675;;gcg fin;CDS;4408642;;comp; deb;CDS;4504139;536;comp; ;tRNA;4504837;220;comp;ctg fin;CDS;4505142;;comp; deb;CDS;4551177;566;comp; ;tRNA;4552418;94;;gtc ;tRNA;4552586;7;;ttc ;tRNA;4552668;61;;ggc ;tRNA;4552801;94;;gtc ;tRNA;4552969;7;;ttc ;tRNA;4553051;717;;ggc fin;CDS;4553840;;; deb;CDS;4617920;200;; ;tRNA;4618540;351;;gaa deb;CDS;4618969;377;; ;tRNA;4619568;214;;gaa fin;CDS;4619860;;comp; deb;CDS;4673041;289;; ;rRNA;4673933;74;comp;122 ;rRNA;4674129;116;comp;2833 ;tRNA;4677152;85;comp;gca ;rRNA;4677310;1247;comp;1489 fin;CDS;4680035;;; deb;CDS;4759174;89;comp; ;tRNA;4759500;655;comp;aaa fin;CDS;4760232;;comp; </pre> ====mba intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_entre_cds|mba intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> mba;4.2.21 Paris;;mba 17.12.20;;;;;;;;; mba;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;329;8.3;'''négatif ;-12;13;-1 à -74;'''4 837 408;-1;329;610;21 ;'''zéro;22;0.6;;;;;'''intercals;0;22;620;23 ;'''1 à 200;1478;37.5;'''0 à 200;85;62;;'''1 292 909;5;110;630;21 ;'''201 à 370;782;19.8;'''201 à 370;278;48;;'''26.7%;10;53;640;20 ;'''371 à 600;643;16.3;'''371 à 600;475;66;;;15;73;650;14 ;'''601 à max;689;17.5;'''601 à 1028;920;310;;;20;67;660;22 ;'''total 3943;<201;46;'''total 3938;324;341;-74 à 2323;;25;46;670;14 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;37;680;28 3095040;2919;-1;329;-70;1;;0;22;35;39;690;6 526434;2894;0;22;-60;0;;-1;°33;40;54;700;11 1788553;2705;1;22;-50;8;;-2;2;45;35;710;20 2002090;2693;2;°33;-40;7;;-3;2;50;31;720;14 4631335;2517;3;12;-30;14;'''min à -1;-4;°120;55;34;730;7 818173;2323;4;19;-20;34;329;-5;1;60;45;740;16 2797830;2322;5;°24;-10;66;8.3%;-6;2;65;34;750;20 3799612;2309;6;15;0;221;;-7;5;70;25;760;12 376145;2299;7;4;10;163;;-8;°33;75;34;770;18 3653740;2282;8;6;20;140;;-9;1;80;36;780;12 4809596;2233;9;8;30;83;;-10;4;85;41;790;8 1187952;2165;10;°20;40;93;'''1 à 100;-11;°13;90;30;800;7 4415180;2161;11;18;50;66;878;-12;0;95;27;810;6 3268995;2076;12;8;60;79;22.3%;-13;5;100;27;820;8 372411;1964;13;°19;70;59;;-14;°18;105;23;830;8 3552425;1946;14;15;80;70;;-15;0;110;31;840;9 3151269;1901;15;13;90;71;;-16;5;115;32;850;13 3603917;1870;16;°14;100;54;;-17;°12;120;41;860;6 542032;1854;17;11;110;54;;-18;5;125;25;870;18 682785;1848;18;°16;120;73;;-19;4;130;25;880;8 3195397;1797;19;8;130;50;;-20;°8;135;24;890;10 2484625;1761;20;°18;140;55;;-21;0;140;31;900;9 3100209;1754;21;9;150;71;;-22;1;145;42;910;7 2724177;1733;22;°12;160;47;;-23;°6;150;29;920;5 912406;1712;23;6;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;23;930;4 2448660;1707;24;°14;180;60;1478;-25;5;160;24;940;7 2750853;1677;25;5;190;75;37.5%;-26;°9;165;22;950;15 4703857;1624;26;6;200;57;;-27;1;170;36;960;9 974831;1613;27;°11;210;39;;-28;3;175;29;970;5 4637075;1600;28;5;220;74;;-29;°1;180;31;980;9 2503952;1596;29;5;230;51;;-30;0;185;39;990;8 511626;1595;30;°10;240;47;;-31;0;190;36;1000;9 2705610;1569;31;3;250;51;'''0 à 200;-32;°4;195;33;1010;3 3908084;1568;32;6;260;59;1500;;325;200;24;1020;9 2490112;1557;33;8;270;53;;reste;26;205;19;1030;4 63786;1555;34;10;280;55;;total;351;210;20;1040;7 136653;1553;35;12;290;42;;;;215;46;1050;3 958597;1549;36;°14;300;35;;;;220;28;1060;7 301149;1548;37;9;310;43;;;;225;29;1070;10 1165546;1516;38;°11;320;44;;'''intercal;'''<u>frequencef;230;22;1080;5 ;;39;10;330;37;;600;3254;235;24;1090;3 ;;40;10;340;49;'''201 à 370;700;180;240;23;1100;1 ;;reste;3113;350;40;782;800;134;245;29;1110;8 ;;total;3943;360;32;19.8%;900;95;250;22;1120;4 ;;;;370;31;;1000;78;255;30;1130;3 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;36;;1100;52;260;29;1140;4 4403838;-74;comp;;390;23;;1200;41;265;26;1150;3 1874377;-59;shift2;688;400;37;;1300;30;270;27;1160;5 4136612;-59;shift2;694;410;34;;1400;22;275;22;1170;4 493240;-56;shift2;127;420;31;;1500;15;280;33;1180;3 942901;-56;shift2;601;430;43;;1600;13;285;20;1190;3 4169341;-56;shift2;238;440;34;;1700;3;290;22;1200;4 4335751;-56;shift2;445;450;30;;1800;6;295;20;;580 4374865;-55;comp;;460;27;;1900;3;300;15;reste;109 2801727;-51;comp;;470;31;;2000;3;305;18;total;3943 1742959;-49;shift2;2660;480;28;;2100;1;310;25;; 2882494;-49;shift2;1325;490;28;;2200;2;315;24;; 3292321;-49;shift2;101;500;26;;2300;3;320;20;; 2440972;-47;shift2;664;510;22;;2400;3;325;19;; 4561346;-44;shift2;1744;520;32;;2500;0;330;18;; 1057681;-41;shift2;394;530;25;;2600;1;335;21;; 1723225;-41;comp;;540;20;'''371 à 600;2700;1;340;28;; 82489;-38;;;550;23;643;2800;1;345;21;; 222695;-38;;;560;22;16.3%;2900;1;350;19;; 3533580;-38;;;570;22;;3000;1;355;19;; 1573832;-35;;;580;28;'''601 à max;;689;360;13;; 1931905;-35;;;590;18;689;;;365;15;; 3122151;-35;;;600;23;17.5%;;;370;16;; 3337334;-35;;;reste;689;;reste;0;reste;1332;; 4054645;-35;;;total;3943;;total;3943;total;3943;; </pre> ====mba intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> mba Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; mba;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;4.9;-71;219;11;350;483;min10;-50;359;-832;80;823;239;min50 1 à 600;5.8;-62;170;7.4;465;354;2 parties;-6.7;100;-498;10;789;495;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;2;25;-;1;poly;348;tF;104;46;;536;poly;287;SF 1 à 600;14;20;-;156;poly;309;tF;80;59;-;580;poly;209;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélation et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;800;;;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;corrélation;;;;;;;;complément à 800;; 41-n;0.154;-0.330;-0.221;0.639;;;;;;;-0.074;;;;;;;;effectifs;; 1-n;-0.223;-0.512;-0.477;;;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;;; mba;fx;fc;;mba;fx%;fc%;mba;fx;fc;;fx40;fc40;;x;mba;Sx-;Sc-;;mba;fx;fc 0;1;21;;0;1;13;;;;0;1;21;>0;1232;-1;0;33;;410;13;21 10;8;155;;10;11;94;410;13;21;1;0;22;<0;22;-2;2;0;;420;13;18 20;13;127;;20;18;77;420;13;18;2;2;31;zéro;1;-3;0;2;;430;19;24 30;11;72;;30;16;44;430;19;24;3;0;12;total;1255;-4;3;117;;440;15;19 40;19;74;;40;27;45;440;15;19;4;2;17;;c;-5;1;0;;450;14;16 50;12;54;;50;17;33;450;14;16;5;1;23;>0;2360;-6;2;0;;460;7;20 60;18;61;;60;26;37;460;7;20;6;0;15;<0;307;-7;0;5;;470;11;20 70;11;48;;70;16;29;470;11;20;7;0;4;zéro;21;-8;0;33;;480;7;21 80;16;54;;80;23;33;480;7;21;8;2;4;total;2688;-9;0;1;;490;14;14 90;18;53;;90;26;32;490;14;14;9;0;8;;;-10;0;4;;500;12;14 100;17;37;;100;24;22;500;12;14;10;1;19;;;-11;0;13;;510;5;17 110;16;38;;110;23;23;510;5;17;11;2;16;;;-12;0;0;;520;15;17 120;30;43;;120;43;26;520;15;17;12;0;8;;;-13;1;4;;530;8;17 130;11;39;;130;16;24;530;8;17;13;0;19;;;-14;3;15;;540;6;14 140;20;35;;140;28;21;540;6;14;14;2;13;;;-15;0;0;;550;15;8 150;19;52;;150;27;31;550;15;8;15;1;12;;;-16;0;5;;560;10;12 160;22;25;;160;31;15;560;10;12;16;1;13;;;-17;1;11;;570;14;8 170;14;44;;170;20;27;570;14;8;17;0;11;;;-18;0;5;;580;13;15 180;24;36;;180;34;22;580;13;15;18;3;13;;;-19;0;4;;590;8;10 190;29;46;;190;41;28;590;8;10;19;1;7;;;-20;1;7;;600;13;10 200;27;30;;200;38;18;600;13;10;20;3;15;;;-21;0;0;;610;10;11 210;18;21;;210;26;13;610;10;11;21;1;8;;;-22;0;1;;620;7;16 220;31;43;;220;44;26;620;7;16;22;4;8;;;-23;1;5;;630;9;12 230;20;31;;230;28;19;630;9;12;23;2;4;;;-24;0;0;;640;7;13 240;15;32;;240;21;19;640;7;13;24;0;14;;;-25;0;5;;650;4;10 250;24;27;;250;34;16;650;4;10;25;1;4;;;-26;1;8;;660;8;14 260;25;34;;260;35;21;660;8;14;26;0;6;;;-27;0;1;;670;4;10 270;18;35;;270;26;21;670;4;10;27;1;10;;;-28;0;3;;680;12;16 280;18;37;;280;26;22;680;12;16;28;1;4;;;-29;0;1;;690;2;4 290;16;26;;290;23;16;690;2;4;29;1;4;;;-30;0;0;;700;5;6 300;12;23;;300;17;14;700;5;6;30;0;10;;;-31;0;0;;710;8;12 310;19;24;;310;27;15;710;8;12;31;1;2;;;-32;0;4;;720;5;9 320;17;27;;320;24;16;720;5;9;32;0;6;;;-33;0;0;;730;3;4 330;14;23;;330;20;14;730;3;4;33;0;8;;;-34;1;0;;740;5;11 340;27;22;;340;38;13;740;5;11;34;3;7;;;-35;1;5;;750;9;11 350;12;28;;350;17;17;750;9;11;35;1;11;;;-36;0;0;;760;6;6 360;14;18;;360;20;11;760;6;6;36;6;8;;;-37;0;0;;770;10;8 370;11;20;;370;16;12;770;10;8;37;0;9;;;-38;0;3;;780;3;9 380;12;24;;380;17;15;780;3;9;38;0;11;;;-39;0;0;;790;5;3 390;8;15;;390;11;9;790;5;3;39;4;6;;;-40;0;0;;800;2;5 400;19;18;;400;27;11;800;2;5;40;4;6;;;-41;1;1;;;1061;2156 reste;527;709;;;;;reste;171;204;reste;1181;1932;;;-42;0;0;;;; total;1233;2381;;t30;45;214;total;1233;2381;total;1233;2381;;;-43;0;0;;;; diagr;705;1651;;;;;diagr;356;505;diagr;51;428;;;-44;0;1;;;; - t30;673;1297;;;;;;;;;;;;;-45;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-46;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-47;0;1;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-49;0;3;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-50;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;reste;3;6;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;total;22;307;;;; </pre> ====mba intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_négatifs_S-|mba intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;2;;1;1;2;;;;;;;1;3;;;1;;;1;;;;;;1;;;;;;;;1;1;;;;;;1;;;;;;;;;;2;18 continu;33;0;2;119;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;6;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;7;311 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;3;1;2;0;0;0;0;0;0;1;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;22 ;Sc-;33;0;2;117;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;5;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;6;307 </pre> ====mba autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_autres_intercalaires|mba autres intercalaires]] <pre> ;mba;autres intercalaires;;adresses1;;mba;autres intercalaires;;adresses2;;;mba;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;91192;137;;;deb;°CDS;1516050;286;comp;;deb;°CDS;2622097;1489; ;&tRNA;92076;132;comp;;;&tRNA;1516507;760;;;;&tRNA;2625515;1102; ;&tRNA;92293;298;comp;;fin;°CDS;1517340;;comp;;fin;°CDS;2626691;; fin;°CDS;92676;;comp;;deb;°CDS;1538879;36;comp;;deb;°CDS;2650514;164; deb;°CDS;98630;535;comp;;;&tRNA;1539323;1249;comp;;;&tRNA;2651461;218; ;&tRNA;99873;222;comp;;fin;°CDS;1540645;;comp;;fin;°CDS;2651751;; fin;°CDS;100178;;comp;;deb;°CDS;1546247;576;comp;;deb;°CDS;2663547;318; deb;°CDS;146979;80;comp;;;&tRNA;1548368;448;comp;;;&tRNA;2664987;263;comp ;&tRNA;147599;198;comp;;fin;°CDS;1548890;;;;fin;°CDS;2665322;; fin;°CDS;147869;;comp;;deb;°CDS;1550566;745;;;deb;°CDS;2856552;134; deb;°CDS;199345;492;comp;;;&tRNA;1551506;506;comp;;;&tRNA;2857544;153;comp ;&tRNA;200761;71;comp;;fin;°CDS;1552086;;;;fin;°CDS;2857782;;comp ;&tRNA;200905;119;comp;;deb;°CDS;1621639;433;;;deb;°CDS;3326036;539; ;&tRNA;201099;790;comp;;;&tRNA;1623269;112;;;;&tRNA;3327097;995; fin;°CDS;201962;;;;;&tRNA;1623497;300;;;fin;°CDS;3328164;; deb;°CDS;260990;173;;;fin;°CDS;1623870;;comp;;deb;°CDS;3994472;514; ;&tRNA;261706;673;;;deb;°CDS;1657967;616;comp;;;&tRNA;3995436;477;comp fin;°CDS;262451;;;;;repeat_region;1660242;74;;;fin;°CDS;3996007;; deb;°CDS;355894;309;;;fin;°CDS;1661656;;;;deb;°CDS;4005709;269; ;repeat_region;356467;137;;;deb;°CDS;1714788;154;;;;&tRNA;4006296;860; fin;°CDS;359947;;;;;&tRNA;1715224;187;comp;;;repeat_region;4007239;169; deb;°CDS;463836;2075;comp;;fin;°CDS;1715483;;comp;;fin;°CDS;4009182;;comp ;&tRNA;466799;94;;;deb;°CDS;1755811;113;comp;;deb;°CDS;4031590;1075;comp ;&tRNA;466965;221;;;;&tRNA;1756107;0;comp;;;&tRNA;4032947;182; fin;°CDS;467271;;comp;;fin;°CDS;1756182;;comp;;fin;°CDS;4033202;;comp deb;°CDS;473154;298;;;deb;°CDS;1842058;16;;;deb;°CDS;4041205;96;comp ;&tRNA;474022;246;comp;;;&tRNA;1842212;717;comp;;;&tRNA;4042057;375; fin;°CDS;474343;;comp;;fin;°CDS;1843003;;;;fin;°CDS;4042517;;comp deb;°CDS;692109;349;comp;;deb;°CDS;1852573;1379;comp;;deb;°CDS;4045359;718;comp ;&tRNA;693337;400;;;;&tRNA;1854261;198;comp;;;&tRNA;4048993;35; 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;&tRNA;1135447;126;comp;;fin;°CDS;2029356;;comp;;;&tRNA;4553051;717; fin;°CDS;1135645;;comp;;deb;°CDS;2157926;567;;;fin;°CDS;4553840;; deb;°CDS;1137210;488;;;;&tRNA;2159252;349;;;deb;°CDS;4617920;200; ;$rRNA;1138169;74;comp;;fin;°CDS;2159712;;;;;&tRNA;4618540;351; ;$rRNA;1138365;209;comp;;deb;°CDS;2194967;718;comp;;deb;°CDS;4618969;377; ;$rRNA;1141481;835;comp;;;$rRNA;2196021;209;;;;&tRNA;4619568;214; fin;°CDS;1143794;;;;;$rRNA;2197708;74;;;fin;°CDS;4619860;;comp deb;°CDS;1249870;423;comp;;;$rRNA;2200689;607;;;deb;°CDS;4673041;289; ;&tRNA;1250464;546;comp;;fin;°CDS;2201418;;comp;;;$rRNA;4673933;74;comp fin;°CDS;1251084;;;;deb;°CDS;2434335;603;comp;;;$rRNA;4674129;116;comp deb;°CDS;1315521;-12;;;;&tRNA;2435213;223;comp;;;&tRNA;4677152;85;comp ;&tRNA;1315680;174;comp;;;&tRNA;2435508;74;;;;$rRNA;4677310;1247;comp fin;°CDS;1315926;;;;;&tRNA;2435659;241;;;fin;°CDS;4680035;; ;;;;;;fin;°CDS;2435977;;comp;;deb;°CDS;4759174;89;comp ;;;;;;;;;;;;;&tRNA;4759500;655;comp ;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;4760232;;comp </pre> ====mba intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_tRNA|mba intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aa;comp’;cds aa deb;comp’;cds aa fin ;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;132;comp’;137;;298;;15;0;'''deb; ;;;535;;222;;36;125;<201;9 ;;;80;;198;;64;126;total;25 ;71 119;;492;comp’;790;;80;153;taux;36% ;;;173;;673;;89;187;; ;94;comp’;2075;comp’;221;;113;198;'''fin; ;;comp’;298;;246;;164;198;<201;8 ;;comp’;349;comp’;400;;173;199;total;23 ;;comp’;488;;307;;200;218;taux;35% ;;;799;;;;235;220;; ;63 63;;15;;273;;269;222;'''total; ;65;;235;;126;;349;246;<201;17 ;;;423;comp’;546;;377;273;total;48 ;;comp’;-12;comp’;174;;423;298;taux;35% ;;comp’;286;comp’;760;;433;307;; ;;;36;;1249;;535;349;; ;;;576;comp’;448;;536;351;; ;;comp’;745;comp’;506;;539;655;; ;112;;433;comp’;300;;567;673;; ;;comp’;154;;187;;576;717;; ;;;113;;0;;603;995;; ;;comp’;16;comp’;717;;799;1102;; ;;;1379;;198;;1379;1249;; ;;;349;comp’;445;;1489;-;; ;;comp’;183;;125;;2315;-;'''comp’;'''cumuls ;;;2315;;199;;'''-12;35;; ;;comp’;314;comp’;513;;16;174;'''deb; ;;;567;;349;;96;177;<201;7 '''comp’;'''223;;603;comp’;241;;134;182;total;21 ;'''74;;;;;;137;214;taux;33% ;;;1489;;1102;;154;221;; ;;;164;;218;;183;241;'''fin; 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WH1;;;;;;;;;;;; comp;38726..40264;;cds;;698;*698;;;*513;;2-isopropylmalate synthase;* ;40963..42450;;16s;;208;;;;1488;;;* ;42659..45491;;23s;;130;;;;2833;;;* ;45622..45743;;5s;;857;*857;;;122;;;* ;46601..47164;;cds;;102;102;;;188;;hp;* ;47267..47338;;tgc;+;72;;72;;;;;* ;47411..47482;;tgc;2 tgc;411;*411;;;;;;* ;47894..48508;;cds;;;;;;205;;endonuclease III;* ;;;;;;;;;;;;* comp;71092..72423;;cds;;384;384;;;444;;signal recognition particle protein;* comp;72808..72882;;atgf;+;89;;*89;;;;;* comp;72972..73046;;atgf;2 atgf;234;234;;;;;;* ;73281..73472;;cds;;;;;;64;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;175573..176153;;cds;;163;163;;;194;;hp;* comp;176317..176389;;gac;;111;;*111;;;;;* comp;176501..176614;;tac;@1;295;295;;;;;;* ;176910..177248;;cds;;;;;;113;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;214884..215966;;cds;;801;*801;;;361;;hp;* comp;216768..216841;;aca;;150;150;;;;;;* ;216992..217582;;cds;;;;;;197;;aldolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;372219..373091;;cds;;558;*558;;;291;;hp;* comp;373650..373723;;gtg;;340;340;;;;;;* ;374064..374828;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;* ;;;;;;;;;;;;* comp;379248..381950;;cds;;1076;*1076;;;*901;;DNA mismatch repair protein MutS;* comp;383027..383104;;ccc;;193;193;;;;;;* comp;383298..383882;;cds;;;;;;195;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;532751..533176;;cds;;356;356;;;142;;hp;* comp;533533..533607;;cca;;149;149;;;;;;* comp;533757..534308;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;598666..599850;;cds;;170;170;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;* ;600021..600092;;cgc;;341;341;;;;;;* ;600434..600868;;cds;;;;;;145;;cell surface lipoprotein;* ;;;;;;;;;;;;* ;680493..681734;;cds;;185;185;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;* ;681920..681994;;gag;;242;242;;;;;;* >;682237..682560;;cds;;;;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* ;689062..689631;;cds;;36;36;;;190;;phosphatase PAP2 family protein;* comp;689668..689752;;cta;;73;;73;;;;;* comp;689826..689897;;gga;;1481;*1481;;;;;;* ;691379..691483;;cds;;;;;;35;;CcmD family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;793563..795017;;cds;;111;111;;;485;;p-IS66 family transposase;* comp;795129..795213;;ctc;+;117;;*117;;;;;* comp;795331..795418;;ctc;2 ctc;235;235;;;;;;* comp;795654..796454;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;* ;;;;;;;;;;;;* ;810088..810471;;cds;;861;*861;;;128;;hp;* comp;811333..811415;;tcc;;123;123;;;;;;* comp;811539..812555;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;* ;;;;;;;;;;;;* comp;893309..894232;;cds;;391;391;;;308;;aldolase;* comp;894624..894696;;aac;+;87;;*87;;;;;* comp;894784..894858;;atgi;2 aac;110;;*110;;;;;* comp;894969..895041;;aac;;1415;*1415;;;;;;* comp;896457..897506;;cds;;;;;;350;;TIGR00303 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;949570..950112;;cds;;208;208;;;181;;nitroreductase family protein;* ;950321..950392;;cgg;;498;*498;;;;;;* comp;950891..952300;;cds;;;;;;470;;NADPH-dependent glutamate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1088496..1090946;;cds;;360;360;;;*817;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* comp;1091307..1091378;;gcc;;227;;*227;;;;;* ;1091606..1091682;;atc;+;62;;62;;;;;* ;1091745..1091818;;atc;2 atc;353;353;;;;;;* comp;1092172..1092585;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1155736..1156137;;cds;;210;210;;;134;;AsnC family transcriptional regulator;* ;1156348..1156425;;gaa;+;718;;*718;;;;;* ;1157144..1157221;;gaa;2 gaa;233;233;;;;;;* comp;1157455..1158645;;cds;@4;;;;;397;;ISH3 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1199367..1200149;;cds;;967;*967;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;1201117..1202604;;16s;;80;;;;1488;;;* ;1202685..1202757;;gca;;135;;;;;;;* ;1202893..1205725;;23s;;130;;;;2833;;;* ;1205856..1205977;;5s;;5;5;;;122;;;* comp;1205983..1206231;;cds;;;;;;83;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1207508..1211485;;cds;;12;12;;;*1326;;PAS domain S-box protein;* comp;1211498..1211582;;ctg;;190;190;;;;;;* comp;1211773..1212681;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1220571..1220783;;cds;;596;*596;;;71;;MoaD/ThiS family protein;* comp;1221380..1221451;;ggc;+;25;;25;;;;;* comp;1221477..1221551;;ttc;2 ggc;57;;57;;;;;* comp;1221609..1221682;;gtc;2 ttc;71;;71;;;;;* comp;1221754..1221825;;ggc;2 gtc;25;;25;;;;;* comp;1221851..1221925;;ttc;;118;;*118;;;;;* comp;1222044..1222117;;gtc;;358;358;;;;;;* ;1222476..1223792;;cds;;;;;;439;;methanogenesis marker 16 metalloprotein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1400830..1401773;;cds;;914;*914;;;315;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;1402688..1402761;;gta;;287;287;;;;;;* ;1403049..1403276;;cds;;;;;;76;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1504221..1505630;;cds;;686;*686;;;470;;F0F1 ATP synthase subunit beta;* comp;1506317..1506410;;cga;;750;*750;;;;;;* ;1507161..1508039;;cds;;;;;;293;;response regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1513245..1513562;;cds;;213;213;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;* ;1513776..1513858;;ttg;;268;268;;;;;;* >;1514127..1514647;;cds;;;;;;174;;p-IS1634 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1887880..1888338;;cds;;392;392;;;153;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein;* comp;1888731..1888802;;ggc;;378;378;;;;;;* ;1889181..1890518;;cds;;;;;;446;;DHH family phosphoesterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1962666..1963553;;cds;;130;130;;;296;;hp;* comp;1963684..1963768;;tta;;235;235;;;;;;* ;1964004..1964759;;cds;;;;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1971331..1971852;;cds;;319;319;;;174;;hp;* comp;1972172..1972244;;cag;;204;204;;;;;;* comp;1972449..1972850;;cds;;;;;;134;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2170713..2172446;;cds;;156;156;;;*578;;radical SAM protein;* comp;2172603..2172674;;cac;;174;174;;;;;;* comp;2172849..2173631;;cds;;;;;;261;;thiazole biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;2320809..2321131;;cds;;141;141;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;* comp;2321273..2321344;;gcg;;65;65;;;;;;* comp;2321410..2321679;;cds;;;;;;90;;elongation factor 1-beta;* ;;;;;;;;;;;;* ;2387890..2388675;;cds;;150;150;;;262;;peptidylprolyl isomerase;* ;2388826..2388911;;tca;;326;326;;;;;;* comp;2389238..2389453;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2678132..2678368;;cds;;85;85;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;* comp;2678454..2678530;;aaa;;824;*824;;;;;;* comp;2679355..2679537;;cds;;;;;;61;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3091524..3091754;;cds;;271;271;;;77;;hp;* comp;3092026..3092147;;5s;;130;;;;122;;;* comp;3092278..3095110;;23s;;208;;;;2833;;;* comp;3095319..3096806;;16s;;839;*839;;;1488;;;* ;3097646..3097975;;cds;;;;;;110;;translation initiation factor eIF-1A;* ;;;;;;;;;;;; comp;3153517..3155214;;cds;;599;*599;;;*566;;diguanylate phosphodiesterase;* comp;3155814..3155923;;atgj;;799;*799;;;;;;* ;3156723..3157106;;cds;;;;;;128;;tRNA CCA-pyrophosphorylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3241682..3242944;;cds;;473;*473;;;421;;diaminopimelate decarboxylase;* ;3243418..3243489;;ggg;;377;377;;;;;;* ;3243867..3244073;;cds;;;;;;69;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3341829..3342017;;cds;@2;0;*0;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;* ;3342018..3342092;;ccg;;112;112;;;;;;* ;3342205..3342387;;cds;;;;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;* ;;;;;;;;;;;;* ;3358176..3359186;;cds;;533;*533;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;* ;3359720..3359791;;acg;;52;52;;;;;;* comp;3359844..3360305;;cds;;;;;;154;;peroxiredoxin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3397316..3398947;;cds;;422;*422;;;*544;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;* ;3399370..3399684;;ncRNA;@3;149;149;;;315;;;* ;3399834..3399918;;agc;;230;230;;;;;;* ;3400149..3400847;;cds;;;;;;233;;ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3435506..3436918;;cds;;181;181;;;471;;phosphotransferase;* ;3437100..3437183;;tcg;;273;273;;;;;;* ;3437457..3437948;;cds;;870;*870;;;164;;rubrerythrin family protein;* ;3438819..3438989;;cds;;107;107;;;57;;hp;* ;3439097..3439289;;tgg;;42;42;;;;;;* comp;3439332..3439484;;cds;;;;;;51;;hp MLELDILDLDILDLDILDLKILELEILELEVLELEILELEILELEVLVQS;* ;;;;;;;;;;;;* ;3456114..3456473;;cds;;260;260;;;120;;hp;* comp;3456734..3456805;;acc;;200;200;;;;;;* comp;3457006..3457518;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3583589..3584044;;cds;;295;295;;;152;;N-acetyltransferase;* comp;3584340..3584414;;agg;;339;339;;;;;;* ;3584754..3585317;;cds;;;;;;188;;biotin transporter BioY;* ;;;;;;;;;;;;* ;3593430..3593861;;cds;;343;343;;;144;;PspC domain-containing protein;* comp;3594205..3594279;;aga;;348;348;;;;;;* ;3594628..3595506;;cds;;;;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3603458..3603697;;cds;;389;389;;;80;;type II toxin-antitoxin system HicB family antitoxin;* ;3604087..3604159;;caa;;633;*633;;;;;;* comp;3604793..3606301;;cds;;;;;;*503;;lipopolysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3856073..3856279;;cds;;402;*402;;;69;;TRAM domain-containing protein;* ;3856682..3856755;;aag;;498;*498;;;;;;* ;3857254..3857424;;cds;;;;;;57;;CopG family transcriptional regulator;* </pre> ====mfe cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_cumuls|mfe cumuls]] <pre> mfe cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;1;1;;100;18;30;0 ;16 23 5s 0;2;20;0;;50;4;20;;200;29;60;4 ;16 gca 235;1;40;2;;100;3;40;;300;12;90;14 ;16 23 5s a;0;60;1;;150;11;60;;400;9;120;6 ;max a;1;80;4;;200;9;80;;500;9;150;8 ;a doubles;0;100;2;;250;10;100;;600;5;180;7 ;autres;0;120;4;;300;7;120;;700;0;210;9 ;total aas;1;140;0;;350;7;140;;800;0;240;1 sans ;opérons;40;160;0;;400;10;160;;900;1;270;6 ;1 aa;31;180;0;;450;3;180;;1000;1;300;4 ;max a;6;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;3 ;a doubles;7;;2;;;20;;;;1;;23 ;total aas;55;;15;0;;88;;0;;85;;85 total aas;;56;;;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;131;;;376;;;;255;; ;;;variance;169;;;299;;;;210;; sans jaune;;;moyenne;55;;;223;;;;207;;157 ;;;variance;21;;;108;;;;127;;80 </pre> ====mfe blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_blocs|mfe blocs]] <pre> mfe blocs;;;; cds;698;513;2-isopropylmalate synthase;* 16s;208;1488;;* 23s;130;2833;;* 5s;857;122;;* cds;102;188;hp;* ;;;; cds;967;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* 16s;80;1488;;* gca;135;;;* 23s;130;2833;;* 5s;5;122;;* cds;;83;hp;* ;;;; cds;271;77;hp;* 5s;130;122;;* 23s;208;2833;;* 16s;839;1488;;* cds;;110;translation initiation factor eIF-1A;* </pre> ====mfe remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_remarques|mfe remarques]] <pre> mfe;;;;;;56;56 atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====mfe distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_distribution|mfe distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc; gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mfe;;31;;;;;;;mfe;14;;;;;;;;mfe;10;;;;;; </pre> ====mfe données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_données_intercalaires|mfe données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mfe;fx;fc;mfe;fx40;fc40;mfe;x-;c-;c;x;c;x;aa ;1;0;1;17;0;1;17;-1;;26;102;207;CDS 16s;; ;0;10;11;152;1;2;28;-2;1;0;411;295;;704; 1;0;20;15;94;2;0;29;-3;;0;384;150;;973; ;0;30;21;74;3;1;16;-4;4;116;225;340;;845; 1;0;40;22;60;4;1;15;-5;;0;801;170;16s 23s;; 1;0;50;24;58;5;1;18;-6;;0;558;36;2* 196;; 1;0;60;11;41;6;1;14;-7;;4;1076;1611;23s 5s;; ;1;70;18;55;7;2;3;-8;;27;193;861;3* 74;; ;0;80;23;52;8;1;7;-9;2;0;356;498;5s CDS;; ;1;90;24;43;9;1;8;-10;2;6;149;360;857;5; ;0;100;18;41;10;1;14;-11;;10;332;353;;271; ;2;110;25;48;11;2;15;-12;1;0;185;233;16s tRNA;; ;2;120;24;44;12;0;11;-13;;5;296;12;84;;gca 1;1;130;30;46;13;2;12;-14;1;11;111;358;tRNA 23s;; ;0;140;10;40;14;3;8;-15;;1;235;774;119;;gca 1;3;150;25;36;15;3;10;-16;;1;123;392;tRNA tRNA;; ;1;160;13;41;16;2;3;-17;1;9;391;378;72;;tgc 1;0;170;25;35;17;1;7;-18;;1;1415;130;**;;tgc ;1;180;22;31;18;0;8;-19;;1;208;235;89;;atgf ;3;190;14;38;19;2;12;-20;;5;210;319;**;;atgf ;2;200;11;28;20;0;8;-21;;0;190;326;111;;gac 1;3;210;17;42;21;0;11;-22;;1;596;799;**;;tac ;1;220;27;29;22;0;3;-23;;3;914;473;73;;cta ;2;230;24;32;23;3;9;-24;;1;287;52;**;;gga 2;1;240;18;34;24;2;12;-25;;3;686;42;117;;ctc ;0;250;10;20;25;0;8;-26;;2;213;260;**;;ctc 1;0;260;18;34;26;0;10;-27;;0;268;339;87;;aac ;1;270;14;26;27;1;5;-28;;1;204;343;110;;atgi ;1;280;16;21;28;11;10;-29;;0;156;348;**;;aac ;1;290;16;20;29;1;2;-30;;0;174;633;-;227;gcc 1;2;300;19;25;30;3;4;-31;;0;141;402;62;;atc ;0;310;10;21;31;2;6;-32;;1;65;;**;;atc 1;0;320;14;24;32;2;3;-33;1;0;150;;718;;gaa 1;0;330;15;23;33;1;1;-34;;0;85;;**;;gaa 2;1;340;12;20;34;2;7;-35;;6;824;;25;;ggc 2;0;350;13;22;35;2;4;-36;;0;599;;57;;ttc 3;1;360;13;14;36;2;4;-37;;0;377;;71;;gtc ;0;370;13;13;37;1;10;-38;;0;0;;25;;ggc 1;1;380;15;17;38;3;5;-39;1;0;112;;118;;ttc ;2;390;12;18;39;4;8;-40;;0;533;;**;;gtc 1;1;400;12;15;40;3;12;-41;;4;230;;;; 8;12;reste;372;467;reste;997;1614;-42;;0;181;;;; 31;48;total;1067;2011;total;1067;2011;-43;;0;273;;;; 23;35;diagr;694;1527;diagr;69;380;-44;;0;107;;;; 1;0; t30;47;320;;;;-45;;0;200;;;; ;;;;;;;;-46;;0;295;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;389;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;498;;;; ;x;1066;17;1;1084;;;-49;;0;;;;; ;c;1994;250;17;2261;;;-50;;0;;;;; ;;;;;3345;122;;reste;3;3;;;;; ;;;;;;3467;;total;17;250;;;;; </pre> =====mfe autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_autres_intercalaires_aas|mfe autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;mfe;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;38726;40264;704;*; ;;rRNA;40969;42446;196;*;1478 ;;rRNA;42643;45547;74;*;2905 ;;rRNA;45622;45743;857;*;122 deb;;CDS;46601;47164;102;*; ;;tRNA;47267;47338;72;*;tgc ;;tRNA;47411;47482;411;*;tgc fin;;CDS;47894;48508;;; deb;comp;CDS;71092;72423;384;*; ;comp;tRNA;72808;72882;89;*;atgf ;comp;tRNA;72972;73046;207;*;atgf fin;;CDS;73254;73472;;0; deb;comp;CDS;175573;176091;225;*; ;comp;tRNA;176317;176389;111;*;gac ;comp;tRNA;176501;176614;295;*;tac fin;;CDS;176910;177248;;0; deb;comp;CDS;214884;215966;801;*; ;comp;tRNA;216768;216841;150;*;aca fin;;CDS;216992;217582;;; deb;comp;CDS;372219;373091;558;*; ;comp;tRNA;373650;373723;340;*;gtg fin;;CDS;374064;374828;;0; deb;comp;CDS;379248;381950;1076;*; ;comp;tRNA;383027;383104;193;*;ccc fin;comp;CDS;383298;383828;;; deb;;CDS;508114;509238;100;*; ;comp;ncRNA;509339;509698;415;*; fin;;CDS;510114;511253;;; deb;comp;CDS;532751;533176;356;*; ;comp;tRNA;533533;533607;149;*;cca fin;comp;CDS;533757;534308;;; deb;comp;CDS;598666;599850;170;*; ;;tRNA;600021;600092;332;*;cgc fin;;CDS;600425;600868;;0; deb;;CDS;680493;681734;185;*; ;;tRNA;681920;681994;296;*;gag fin;;CDS;682291;682578;;0; deb;;CDS;689098;689631;36;*; ;comp;tRNA;689668;689752;73;*;cta ;comp;tRNA;689826;689897;1611;*;gga fin;;CDS;691509;691889;;; deb;comp;CDS;793563;795017;111;*; ;comp;tRNA;795129;795213;117;*;ctc ;comp;tRNA;795331;795418;235;*;ctc fin;comp;CDS;795654;796454;;; deb;;CDS;810088;810471;861;*; ;comp;tRNA;811333;811415;123;*;tcc fin;comp;CDS;811539;812555;;; deb;comp;CDS;893309;894232;391;*; ;comp;tRNA;894624;894696;87;*;aac ;comp;tRNA;894784;894858;110;*;atgi ;comp;tRNA;894969;895041;1415;*;aac fin;comp;CDS;896457;897506;;; deb;;CDS;949570;950112;208;*; ;;tRNA;950321;950392;498;*;cgg fin;comp;CDS;950891;952300;;; deb;;CDS;1088496;1090946;360;*; ;comp;tRNA;1091307;1091378;227;*;gcc ;;tRNA;1091606;1091682;62;*;atc ;;tRNA;1091745;1091818;353;*;atc fin;comp;CDS;1092172;1092585;;; deb;;CDS;1155748;1156137;210;*; ;;tRNA;1156348;1156425;718;*;gaa ;;tRNA;1157144;1157221;233;*;gaa fin;comp;CDS;1157455;1158645;;; deb;comp;CDS;1199367;1200149;973;*; ;;rRNA;1201123;1202600;84;*;1478 ;;tRNA;1202685;1202757;119;*;gca ;;rRNA;1202877;1205781;74;*;2905 ;;rRNA;1205856;1205977;5;*;122 fin;comp;CDS;1205983;1206231;;; deb;;CDS;1207508;1211485;12;*; ;comp;tRNA;1211498;1211582;190;*;ctg fin;comp;CDS;1211773;1212681;;; deb;comp;CDS;1220571;1220783;596;*; ;comp;tRNA;1221380;1221451;25;*;ggc ;comp;tRNA;1221477;1221551;57;*;ttc ;comp;tRNA;1221609;1221682;71;*;gtc ;comp;tRNA;1221754;1221825;25;*;ggc ;comp;tRNA;1221851;1221925;118;*;ttc ;comp;tRNA;1222044;1222117;358;*;gtc fin;;CDS;1222476;1223792;;0; deb;;CDS;1400830;1401773;914;*; ;;tRNA;1402688;1402761;287;*;gta fin;;CDS;1403049;1403276;;; deb;comp;CDS;1504221;1505630;686;*; ;comp;tRNA;1506317;1506410;774;*;cga fin;;CDS;1507185;1508039;;0; deb;;CDS;1513245;1513562;213;*; ;;tRNA;1513776;1513858;268;*;ttg fin;;CDS;1514127;1514647;;; deb;;CDS;1887880;1888338;392;*; ;comp;tRNA;1888731;1888802;378;*;ggc fin;;CDS;1889181;1890518;;; deb;;CDS;1962666;1963553;130;*; ;comp;tRNA;1963684;1963768;235;*;tta fin;;CDS;1964004;1964759;;; deb;;CDS;1971373;1971852;319;*; ;comp;tRNA;1972172;1972244;204;*;cag fin;comp;CDS;1972449;1972850;;; deb;comp;CDS;2066516;2069038;121;*; ;;repeat_region;2069160;2069707;535;*; fin;;CDS;2070243;2071250;;; deb;comp;CDS;2073346;2074599;417;*; ;;repeat_region;2075017;2076588;535;*; fin;;CDS;2077124;2077771;;0; deb;comp;CDS;2170713;2172446;156;*; ;comp;tRNA;2172603;2172674;174;*;cac fin;comp;CDS;2172849;2173631;;; deb;;CDS;2231846;2232133;164;*; ;;repeat_region;2232298;2233846;77;*; fin;;CDS;2233924;2235552;;0; deb;comp;CDS;2320856;2321131;141;*; ;comp;tRNA;2321273;2321344;65;*;gcg fin;comp;CDS;2321410;2321679;;; deb;;CDS;2387890;2388675;150;*; ;;tRNA;2388826;2388911;326;*;tca fin;comp;CDS;2389238;2389453;;; deb;comp;CDS;2678132;2678368;85;*; ;comp;tRNA;2678454;2678530;824;*;aaa fin;comp;CDS;2679355;2679537;;; deb;;CDS;2969291;2969554;306;*; ;;repeat_region;2969861;2971629;480;*; fin;;CDS;2972110;2973468;;; deb;;CDS;2979566;2980078;280;*; ;;repeat_region;2980359;2981568;343;*; ;;repeat_region;2981912;2982974;5;*; fin;;CDS;2982980;2983372;;; deb;;CDS;3091533;3091754;271;*; ;comp;rRNA;3092026;3092147;74;*;122 ;comp;rRNA;3092222;3095126;196;*;2905 ;comp;rRNA;3095323;3096800;845;*;1478 fin;;CDS;3097646;3097975;;; deb;comp;CDS;3153517;3155214;599;*; ;comp;tRNA;3155814;3155923;799;*;atgj fin;;CDS;3156723;3157106;;; deb;comp;CDS;3241682;3242944;473;*; ;;tRNA;3243418;3243489;377;*;ggg fin;;CDS;3243867;3244073;;0; deb;;CDS;3341829;3342017;0;*; ;;tRNA;3342018;3342092;112;*;ccg fin;;CDS;3342205;3342387;;; deb;;CDS;3358176;3359186;533;*; ;;tRNA;3359720;3359791;52;*;acg fin;comp;CDS;3359844;3360305;;; deb;comp;CDS;3397316;3398947;422;*; ;;ncRNA;3399370;3399684;149;*; ;;tRNA;3399834;3399918;230;*;agc fin;;CDS;3400149;3400847;;; deb;;CDS;3435506;3436918;181;*; ;;tRNA;3437100;3437183;273;*;tcg fin;;CDS;3437457;3437948;;; deb;;CDS;3438819;3438989;107;*; ;;tRNA;3439097;3439289;42;*;tgg fin;comp;CDS;3439332;3439484;;0; deb;;CDS;3456114;3456473;260;*; ;comp;tRNA;3456734;3456805;200;*;acc fin;comp;CDS;3457006;3457518;;; deb;comp;CDS;3583589;3584044;295;*; ;comp;tRNA;3584340;3584414;339;*;agg fin;;CDS;3584754;3585317;;; deb;;CDS;3593430;3593861;343;*; ;comp;tRNA;3594205;3594279;348;*;aga fin;;CDS;3594628;3595506;;; deb;;CDS;3603458;3603697;389;*; ;;tRNA;3604087;3604159;633;*;caa fin;comp;CDS;3604793;3606301;;; deb;comp;CDS;3856073;3856279;402;*; ;;tRNA;3856682;3856755;498;*;aag fin;;CDS;3857254;3857424;;0; </pre> ===archées synthèse=== ====archées distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_génome|archées distribution par génome]] <pre> arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total mba;14;37;;;;1;9;;61 mfe;14;31;;;;1;10;;56 mfi;25;20;;;;2;;;47 mja;8;16;1;4;6;2;;;37 total;61;104;1;4;6;6;19;0;201 ;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;;;; </pre> ====archées distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_du_total|archées distribution du total]] <pre> atgi;4;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;4;tac;4;tgc;8 atc;6;acc;4;aac;7;agc;4 ctc;6;ccc;3;cac;4;cgc;4 gtc;6;gcc;4;gac;4;ggc;8 tta;6;tca;4;taa;;tga;1 ata;;aca;5;aaa;5;aga;4 cta;4;cca;4;caa;5;cga;4 gta;4;gca;6;gaa;7;gga;4 ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4 atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3 ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2 gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3 arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;80;104;1;4;6;6;201 ;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;; </pre> ====archées distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_type|archées distribution par type]] <pre> ;;;;;;;104;;;;;;;;;61;;;;;;;;;19 atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;4;tac;;tgc;3;;ttc;5;tcc;;tac;3;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;4 atc;2;acc;2;aac;1;agc;4;;atc;;acc;2;aac;5;agc;;;atc;4;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;3;cac;2;cgc;4;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;4;ccc;;cac;;cgc; gtc;1;gcc;2;gac;;ggc;2;;gtc;5;gcc;2;gac;3;ggc;6;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;5;tca;4;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;3;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;2;caa;4;cga;4;;cta;3;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;3;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;2;tcg;3;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;3;aag;2;agg;2;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;3;gcg;3;gag;2;ggg;3;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; archées;1aa;104;;;;;;;archées;>1aa;61;;;;;;;archées;duplica;19;;;;; ;;4;4;;;;;;;;37;61;;;;;;;;0;0;;;; ;;68;65;;;;;;;;7;11;;;;;;;;4;21;;;; ;;32;31;;;;;;;;17;28;;;;;;;;15;79;;;; </pre> ====archées par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_par_rapport_au_groupe_de_référence|archées par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;40;11;4;;;;55; 16;moyen;39;16;8;;;9;72; 14;fort;25;34;7;4;;4;74; ; ;104;61;19;4;;13;201; 10;g+cgg;26;2;;;;;28; 2;agg+cga;6;1;;;;;7; 4;carre ccc;7;8;4;;;;19; 5;autres;1;;;;;;1; ;;40;11;4;;;;55; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;199;55;20;;;;274;26 16;moyen;194;80;40;;;45;358;324 14;fort;124;169;35;20;;20;368;650 ; ;517;303;95;20;;65;201;729 10;g+cgg;129;10;;;;;139;10 2;agg+cga;30;5;;;;;35; 4;carre ccc;35;40;20;;;;95;16 5;autres;5;;;;;;5; ;;199;55;20;;;;274; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;217;60;22;299;26;38;18; 16;moyen;212;87;43;342;324;38;26; 14;fort;136;185;38;359;650;24;56; ; ;565;332;103;184;729;104;61; 10;g+cgg;141;11;;152;10;65;; 2;agg+cga;33;5;;38;;15;; 4;carre ccc;38;43;22;103;16;18;; 5;autres;5;;;5;;3;; ;;217;60;22;299;;40;; </pre> ====euryarchaeota, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#euryarchaeota,_estimation_des_-rRNAs|euryarchaeota, estimation des -rRNAs]] <pre> euryarchaeota;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 63 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;63;124; ; ;;indices;;;;63;197;0;0;;eury4;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;184 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;2;tac;;tgc;28;;ttc;;tcc;3;tac;;tgc;44;;ttc;5;tcc;4;tac;3;tgc;8 atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc;;;atc;6;acc;4;aac;6;agc;4 ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;6;ccc;3;cac;3;cgc;4 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;6;gcc;4;gac;3;ggc;8 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;6;tca;4;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;5;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;5;cga;4 gta;;gca;87;gaa;;gga;;;gta;;gca;138;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;6;gga;4 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4 atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3 ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;3;;ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3 ;;118;;3;;3;124;;;;187;;4.76190476190476;;5;197;;;;63;;66;;55;184 11.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;16.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;143;6935;0;0;;eury4;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4600 atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;75;tct;;tat;;atgf;175 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;102;tac;104;tgc;137;;ttc;122;tcc;106;tac;104;tgc;181;;ttc;125;tcc;100;tac;75;tgc;200 atc;119;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;121;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;150;acc;100;aac;150;agc;100 ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;150;ccc;75;cac;75;cgc;100 gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;150;gcc;100;gac;75;ggc;200 tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;150;tca;100;taa;;tga;25 ata;;aca;110;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;110;aaa;110;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;75;cca;75;caa;125;cga;100 gta;103;gca;13;gaa;132;gga;103;;gta;103;gca;151;gaa;132;gga;103;;gta;100;gca;;gaa;150;gga;100 ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;75;tcg;75;tag;;tgg;100 atgj;101;acg;90;aag;85;agg;88;;atgj;101;acg;90;aag;87;agg;88;;atgj;100;acg;75;aag;75;agg;75 ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;68;;ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;71;;ctg;75;ccg;50;cag;75;cgg;50 gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;100;gcg;75;gag;50;ggg;75 ;;1569;;1607;;1475;4651;;;;1757;;1612;;1480;4848;;;;1575;;1650;;1375;4600 rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;eury4;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;41.778;;;fréquences;;;;;atgi;24;tct;;tat;;atgf;28 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2632;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;100;;avec;150;;;10;17;;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;100;;genom;63;;;20;14;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;97;tac;100;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;2;tcc;2;tac;28;tgc;32 atc;99;acc;100;aac;100;agc;100;;archeo;46;;;40;3;;;;atc;20;acc;4;aac;19;agc;4 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgc;;;sans;184;;;50;2;46;;;ctc;19;ccc;19;cac;26;cgc;2 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;17;;;60;0;;;;gtc;19;gcc;1;gac;39;ggc;29 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;29;tca;1;taa;;tga;50 ata;;aca;100;aaa;96;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;9;aaa;5;aga;3 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par archeo;;;;90;0;;;;cta;27;cca;27;caa;13;cga;3 gta;100;gca;9;gaa;100;gga;100;;est 10% au dessus;;;;100;0;;;;gta;3;gca;100;gaa;12;gga;3 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;14;tcg;14;tag;;tgg;2 atgj;100;acg;100;aag;98;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;1;acg;17;aag;12;agg;15 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;96;;;;;;;;;;;ctg;12;ccg;36;cag;14;cgg;27 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;9;gcg;11;gag;40;ggg;5 rapports;;89;;100;;100;96;;;;;;;;;;;diff;;301;;220;;311;832 </pre> ==génomes synthèse== ===Les intercalaires entre cds d'un génome=== ====Fréquences des intercalaires cds-cds, courbes puissance==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds,_courbes_puissance|puissance]] *Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre classe <pre> ;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600; gen;cds;K6;'- a6;R2;K6 %0;;K12;'- a12;R2;k12/k6;a% ;;;;;;;;;;; pub;1,307;19,910;&1.63;89;&15,233;;;;;; ant;3,095;158,387;&'''1.80;85;&'''51,175;;;;;; abra;1,667;17,186;&1.41;81;10,310;;;;;; pmg;1,800;48,983;&1.62;85;&27,213;;;;;; mja;1,729;25,564;&1.45;81;&14,777;;;;;; fin rang faible;;;1.00;;2,121;;;;;5.0;1 rang moyen;;;1.18;;4,599;;;;;9.9;16 ;;;1.33;;12,201;;;;;17.6;31 rru;3,786;46,193;&1.4;73;12,201;;157,774;1.66;79;3.4;16 eco;4,024;64,507;&1.46;74;&16,031;;;;;; cvi;4,282;5,941;&1.42;79;1,387;;272,330;1.76;85;&'''45.8;19 ade;4,464;83,541;&1.51;81;&18,714;;344,171;1.81;86;4.1;17 bsu;4,213;110,979;&1.58;79;&26,323;;;;;; cbn;2,491;24,707;1.33;74;9,919;;;;;; afn;2,038;16,580;1.32;74;8,131;;;;;; ase;8,197;38,168;1.20;82;4,656;;537,079;1.74;84;14.1;31 scc;1,805;13,461;1.30;77;7,458;;;;;; Début rang fort;;;1.40;;14,777;;;;;30.0;39 rtb;793;1,117;°0.97;68;°1,409;;1,119;0.98;75;°'''1.0;°'''1 spl;4,213;6,234;°0.93;79;°1,480;;109,920;1.52;79;17.6;&39 pmq;7,223;15,320;°1.00;72;°2,121;;459,123;1.70;80;&30.0;&41 cbei;5,623;3,288;°0.73;79;°585;;111,913;1.45;75;&34.0;&50 blo;1,772;8,149;1.18;71;4,599;;;;;; myr;3,555;19,289;1.22;87;5,426;;97,139;1.55;87;°5.0;21 mba;3,943;561;°'''0.47;80;°'''142;;5,558;0.93;71;9.9;&49 </pre> *Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre pente a37 <pre> ;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600; gen;cds;K;-a;R2;K %;;K;-a;R2;k12/k6;a% pub;1 307;19 910;&1,63;89;&15 233;;;;;; rtb;793;1 117;°0,97;68;°1 409;;1 119;0,98;75;°1,0;°1 rru;3 786;46 193;&1,40;73;12 201;;157 774;1,66;79;°3,4;16 ;;;;;;;;;;; eco;4 024;64 507;&1,46;74;&16 031;;;;;; spl;4 213;6 234;°0,93;79;°1 480;;109 920;1,52;79;17,6;&39 ;;;;;;;;;;; bsu;4 216;110 979;&1,58;79;&26 323;;;;;; pmq;7 223;15 320;°1,00;72;°2 121;;459 123;1,70;80;&30,0;&41 ;;;;;;;;;;; cbn;2 491;24 707;1,33;74;9 919;;;;;; cbei;5 623;3 288;°0,73;79;°585;;111 913;1,45;75;&34,0;&50 ;;;;;;;;;;; ase;8 197;38 168;1,20;82;4 656;;537 079;1,74;84;14,1;31 blo;1 772;8 149;1,18;71;4 599;;;;;; ;;;;;;;;;;; myr;3 555;19 289;1,22;87;5 426;;97 139;1,55;87;°5,0;21 pmg;1 800;48 983;&1,62;85;&27 213;;;;;; abra;1 667;17 186;&1,41;81;10 310;;;;;; cvi;4 282;5 941;&1,42;79;°1 387;;272 330;1,76;85;&45,8;19 ade;4 464;83 541;&1,51;81;&18 714;;344 171;1,81;86;°4,1;17 ant;3 095;158 387;&1,80;85;&51 175;;;;;; afn;2 039;16 580;1,32;74;8 131;;;;;; scc;1 805;13 461;1,30;77;7 458;;;;;; mja;1 730;25 564;&1,45;81;&14 777;;;;;; mba;3 943;561;°0,47;80;°142;;5 558;0,93;71;9,9;&49 </pre> ====Fréquences des intercalaires cds-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds|cds-cds]] <pre> génome;nombre cds;intercalaires;200;rapport;26-370;;;total;;;;;;;;génome;;;;;;; gen;n-cds;inter%;moy;rap;a37;b37;R2;cds;<0;100;200;370;600;max;freq5;gen;<0;100;200;370;600;max;freq5 pub;1,343;3.0;37;14;5.93;17.15;63;1307;473;720;87;19;7;1;365;pub;362;551;67;15;5;1;''438 rtb;828;20.2;85;109;3.05;11.85;58;793;102;248;187;84;52;120;396;rtb;129;313;236;106;66;151;''573 rru;3,854;9.9;78;89;18.99;71.15;91;3786;683;1546;835;535;139;48;2 289;rru;180;408;221;141;37;13;'''738 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; eco;4,285;9.1;72;76;20.08;74.15;88;4024;738;1730;810;572;142;32;2 346;eco;183;430;201;142;35;8;714 spl;4,269;14.1;82;105;17.06;72.54;76;4213;426;1561;905;776;378;167;2 651;spl;101;371;215;184;90;40;700 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; bsu;4,325;9.5;72;64;29.29;'''96.38;81;4213;608;2086;971;412;118;18;2 606;bsu;144;495;230;98;28;4;'''723 pmq;7,258;13.8;88;130;28.46;'''126.75;90;7223;795;2448;1722;1520;506;232;4 818;pmq;110;339;238;210;70;32;'''750 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cbn;2,521;11.3;71;79;14.59;53.49;82;2491;176;1201;577;394;117;26;1 678;cbn;71;482;232;158;47;10;'''725 cbei;5,665;17.9;83;136;14.71;'''79.19;83;5622;400;1788;1188;1240;713;293;3 434;cbei;71;318;211;221;127;52;658 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ase;8,256;11.5;76;79;43.46;'''155.74;88;8197;1652;3299;1568;1047;399;232;4 749;ase;202;402;191;128;49;28;'''726 blo;1,824;10.6;88;116;9.53;36.46;78;1772;228;661;483;281;85;34;1 201;blo;129;373;273;159;48;19;'''778 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; myr;3,611;12.2;67;63;19.62;69.35;84;3555;302;1780;681;440;202;150;2 078;myr;85;501;192;124;57;42;639 pmg;1,839;8.5;55;35;11.99;37.52;76;1800;253;1104;267;120;42;14;935;pmg;141;613;148;67;23;8;''604 abra;1,712;7.2;65;57;8.52;28.44;82;1667;417;757;311;121;42;19;787;abra;250;454;187;73;25;11;630 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cvi;4,345;9.5;74;67;26.50;'''89.98;78;4282;756;1984;873;455;147;67;2 551;cvi;177;463;204;106;34;16;'''723 ade;4,506;8.5;70;66;25.60;'''87.68;90;4464;815;2097;919;464;124;45;2 517;ade;183;470;206;104;28;10;690 ant;3,119;6.0;56;38;16.12;51.22;81;3095;762;1651;474;150;33;25;1 309;ant;246;533;153;48;11;8;''561 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; afn;2,093;9.5;66;75;8.68;33.73;77;2038;307;934;401;304;69;23;1 128;afn;151;458;197;149;34;11;652 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; scc;1,847;8.8;69;72;8.68;31.86;82;1805;347;793;327;241;78;19;1 001;scc;192;439;181;134;43;11;687 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; mja;1,768;9.1;64;53;9.96;33.76;80;1729;219;956;340;166;36;12;955;mja;127;553;197;96;20;7;632 mba;3,995;26.7;85;154;5.54;38.77;46;3943;329;900;600;782;643;689;1 911;mba;83;228;152;198;163;175;''529 rang;X1 000;;;;;;;;;;;;;;;rang;;;;;;; faible;1350-2500;3-7;37-55;14-64;3-6;12-17;46-63;;;;;;;;;faible;70-100;230-375;65-150;15-70;5-25;4-15;438-604 moyen;3100-4500;8.5 -11.5;64-72;66-109;9-17;28-74;76-84;;;;;;;;;moyen;110-180;400-500;180-210;100-150;30-60;20-50;630-714 fort;5700-8300;12-27;78-88;116-154;19-43;79-156;88-91;;;;;;;;;fort;190-360;530-610;220-270;160-220;70-160;150-175;723-778 effectif;9 9 3;3 12 6;3 11 7;7 10 4;3 10 8;2 13 6;3 13 5;;;;;;;;;effectif;5 11 5;6 11 4;4 11 6;4 11 6;5 11 5;13 6 2; 5 9 7 </pre> ====Classement des génomes cds-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_cds-cds|Classement]] <pre> gen;n-cds;%;moy;rap;a37;R2;;<0;100;200;370;600;max '''pub;1m;''3;''37;''14;''5.93;''63;;'''362;'''551;''67;''15;''5;''1 '''ant;3m;''6;''56;''38;°16.12;°81;;'''246;'''533;''153;''48;''11;''8 '''abra;2m;''7;<u>65;''57;''8.52;°82;;'''250;°454;°187;''73;''25;<u>11 '''pmg;2m;<u>8,5;''55;''35;<u>11.99;°76;;°141;'''613;''148;''67;''23;''8 '''mja;2m;°9;<u>64;''53;''9.96;°80;;°127;'''553;°197;°96;''20;''7 ;;;;;;;;;;;;; fin rang faible;;''7,2;''56;''64;''10;''63;;''101;''375;''153;''73;''25;''8 ;;;;;;;;;;;;; rang moyen;;8.5;64;66;12;76;;110;402;181;96;28;10 ;;11.5;72;109;20;84;;183;502;211;149;57;16 ;;;;;;;;;;;;; '''rru;4M;°10;<u>'''78;°89;°18.99;'''91;;°180;°408;<u>'''221;°141;°37;°13 '''eco;4M;°9;°72;°76;°20.08;'''88;;°183;°430;°201;°142;°35;<u>''8 '''cvi;4M;°9,5;°74;°67;'''26.50;°78;;°177;°463;°204;°106;°34;°16 '''ade;4M;°8,5;°70;°66;'''25.60;'''90;;°183;°470;°206;°104;°28;°10 '''bsu;4M;°9,5;°72;<u>''64;'''29.29;°81;;°144;°495;<u>'''230;°98;°28;''4 '''cbn;2m;°11;°71;°79;°14.59;°82;;''71;°482;<u>'''232;<u>'''158;°47;°10 '''afn;2m;°9,5;°66;°75;''8.68;°77;;°151;°458;°197;°149;°34;°11 '''ase;'''8M;°11,5;°76;°79;'''43.46;'''88;;'''202;°402;°191;°128;°49;'''28 '''scc;2m;°9;°69;°72;''8.68;°82;;<u>'''192;°439;°181;°134;°43;°11 ;;;;;;;;;;;;; Début rang fort;;'''12,2;'''78;'''116;'''25.6;'''88;;'''192;'''533;'''221;'''158;'''66;'''19 ;;;;;;;;;;;;; '''rtb;1m;'''20;'''85;<u>109;''3.05;''58;;°129;''313;'''236;°106;'''66;'''151 '''spl;4M;'''14;'''82;<u>105;°17.06;°76;;''101;''371;<u>215;'''184;'''90;'''40 &'''pmq;'''7M;'''14;'''88;'''130;'''28.46;'''90;;<u>110;''339;'''238;'''210;'''70;'''32 &'''cbei;'''6M;'''18;'''83;'''136;°14.71;°83;;''71;''318;<u>211;'''221;'''127;'''52 '''blo;2m;<u>11;'''88;'''116;''9.53;°78;;°129;''373;'''273;'''159;°48;'''19 '''myr;4M;'''12;°67;''63;°19.62;°84;;''85;°501;°192;°124;<u>57;'''42 &'''mba;4M;'''27;'''85;'''154;''5.54;''46;;''83;''228;''152;'''198;'''163;'''175 </pre> ====Les intercalaires tRNAs-cds==== =====comparaison continu-discontinu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_continu-discontinu|comparaison continu-discontinu]] *Total des nuls cds-cds <pre> gen;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total nuls;13;29;11;65;35;3;27;19;11;15;29;22;21;18;46;31;71;13;5;8;18;510 </pre> *tableau <pre> ;détail;tRNA-cds positifs;;;;ensemble;cds-cds négatifs;;;; gen;deb;fin;deb’;fin’;total;cds;<0;reste32;reste32%;comp’/<0%;min’-min% abra;7;12;5;4;41;1 667;417;20;4,8;1,4;117 ade;20;16;7;9;69;4 464;815;40;4,9;11,9;6 afn;20;17;2;5;53;2 038;307;21;6,8;1,3;31 ant;11;12;4;1;34;3 095;762;17;2,2;10,9;11 ase;18;16;12;12;101;8 197;1 652;128;7,7;19,3;1 blo;15;15;5;6;78;1 772;228;8;3,5;7,0;17 bsu;3;5;7;5;28;4 213;608;52;8,6;3,9;182 cbei;9;5;4;1;47;5 622;400;24;6,0;2,8;59 cbn;12;12;2;2;40;2 491;176;6;3,4;4,5;54 cvi;22;20;7;9;78;4 282;756;26;3,4;8,2;5 eco;10;11;5;7;65;4 024;738;55;7,5;12,3;107 mba;9;8;7;4;90;3 943;329;26;7,9;5,5;23 mja;6;15;8;1;43;1 729;219;17;7,8;24,2;29 myr;18;15;12;10;79;3 555;302;12;4,0;6,6;37 pmg;16;17;13;8;67;1 800;253;12;4,7;36,0;3 pmq;8;11;2;5;42;7 223;795;52;6,5;4,3;45 pub;13;14;11;11;50;1 307;473;14;3,0;19,0;41 rru;15;18;10;11;83;3 786;683;32;4,7;10,1;12 rtb;9;12;0;2;56;793;102;7;6,9;2,9;35 scc;13;8;11;5;67;1 805;347;14;4,0;7,8;47 spl;9;9;4;3;62;4 213;426;10;2,3;2,8;61 total;263;268;138;121;1273;72 023;10 788;593;5,5;11,8; ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; 10,6,21;con;;cds-cds négatifs continus;;;;;comp’;cds-cds négatifs discontinus;; gen;total;min;con1;con4;c1/c4;reste50;reste50 %;total;min;reste50;reste50 % abra;411;-92;68;142;0,48;13;3,2;6;-24;0; ade;718;-109;70;540;0,13;10;1,4;97;-116;14;14,4 afn;303;-113;38;129;0,29;9;3,0;4;-83;1;25,0 ant;679;-71;164;221;0,74;6;0,9;83;-79;1;1,2 ase;1333;-119;168;892;0,19;32;2,4;319;-120;49;15,4 blo;212;-86;52;109;0,48;2;0,9;16;-102;2;12,5 bsu;578;-7 616;72;233;0,31;17;2,9;30;-361;7;23,3 cbei;389;-110;71;82;0,87;4;1,0;11;-60;1;9,1 cbn;168;-47;34;28;1,21;0;;8;-27;0; cvi;694;-97;118;377;0,31;4;0,6;62;-102;6;9,7 eco;647;-2 400;163;261;0,62;22;3,4;91;-723;11;12,1 mba;311;-59;33;119;0,28;7;2,3;18;-74;2;11,1 mja;166;-83;25;52;0,48;7;4,2;53;-62;0; myr;282;-47;71;60;1,18;0;;20;-68;1;5,0 pmg;162;-65;36;72;0,50;2;1,2;91;-67;2;2,2 pmq;761;-119;80;387;0,21;17;2,2;34;-75;4;11,8 pub;383;-65;152;81;1,88;3;0,8;90;-43;0; rru;614;-137;81;396;0,20;13;2,1;69;-122;7;10,1 rtb;99;-50;10;33;0,30;0;;3;-35;0; scc;320;-74;39;156;0,25;6;1,9;27;-120;1;3,7 spl;414;-98;126;136;0,93;5;1,2;12;-52;1;8,3 total;9 644;;1 671;4 506;0,37;179;1,9;1 144;;110;9,6 </pre> =====Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Rareté_des_tRNA-cds_négatifs_et_petits_positifs|Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs]] *Total des '''tRNAs-cds des 22 génomes''' qui regroupent 11 négatifs: Ci-dessous le total des blocs de tRNAs sans rRNAs (ligne "opérons sans" dans "genome.opérons"). Multiplié par 2 il donne le total des tRNA-cds sans les tRNAs-cds des blocs avec rRNA. J'ai estimé le total de ces derniers à 5% des 1ers. Donc le total des tRNA-cds estimé pour ces 22 génomes est de 1340 + 67 = 1407. <pre> tRNA-cds;ecoN;vha;amed;rpl;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;ppm;lbu;ban;psor;cdc;cdc;hmo;fps;npu;apal;mfi;mfe;total opérons;50;27;38;29;47;45;51;51;38;38;29;23;9;8;5;6;24;26;43;14;29;40;670 </pre> *'''Tableau''' <pre> tRNA-cds négatifs;;; genome;adresse;tRNA;inter Intercalaire continu nc;;; vha chr2;1842556;ctc;-36 amed;779541;caa;-21 oan;1945985;aag;-38 oan;34057;gcc;-40 ppm plasm;7953;gac;-24 hmo;2497882;gtg;-10 mfi;314088;caa;-1 pmg;1600898;gta;-30 blo;207388;tgg;-17 Intercalaire discontinu xc comp’;;; rpm;1941413;agc;-30 oan;1639492;atgj;-44 aua;1350534;cgt;-30 npu;3439846;gca;-19 mba;1315521;cgc;-12 spl;552630;tga*;-23 myr;1926118;tta;-38 ase;1249593;aag;-12 blo;440078;aac;-39 blo;1424907;gag;-8 total;;19; cds-cds;cds 40;tRNA-cds;;;;;; gen;S40%;total;R40;R40%;taux;Rc+;Rx+; abra;&37,3;41;2;4,9;&7,6;2;; ade;32,6;69;8;11,6;2,8;7;1; afn;&35,8;53;4;7,5;4,7;4;; ant;&45,1;34;5;14,7;3,1;3;2; ase;23,9;100;14;14,0;1,7;11;3; blo;19,1;75;1;1,3;&14,4;1;; bsu;34,6;28;0;0;&'''9,7;;; cbei;19,0;47;3;6,4;3,0;1;2; cbn;29,3;40;0;0;&'''11,7;;; cvi;26,9;78;8;10,3;2,6;8;; eco;29,1;65;4;6,2;4,7;1;3; mba;°13,3;88;4;4,5;2,9;2;2; mja;&39,4;43;5;11,6;3,4;5;; myr;30,8;78;7;9,0;3,4;5;2; pmg;&42,9;65;11;16,9;2,5;8;3; pmq;19,1;42;1;2,4;&8,0;1;; pub;&'''59,6;48;27;'''56,3;°'''1,1;18;9; rru;26,1;83;3;3,6;&7,2;1;3; rtb;20,3;56;6;10,7;1,9;6;; scc;31,0;67;4;6,0;5,2;2;2; spl;20,0;61;1;1,6;&12,2;;1; total;27,1;1261;118;9,4;2,9;86;33; ;;;;;;;; ;27±7;;;;3,4±1,7;;Rx+%;% 27,7 </pre> =====Les cds-cds positif-négatif===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds-cds_positif-négatif|Les cds-cds positif-négatif]] <pre> taux de 1-40;;;;;;;; gen;<0 %;<1;reste;total;1-40;>0;1-40 %;1-32 % abra;;430;776;1 667;461;1237;37;95 ade;18;844;2440;4464;1180;3620;33;95 afn;15;318;1104;2038;616;1720;36;93 ant;25;827;1246;3095;1022;2268;45;98 ase;20;1687;4956;8197;1554;6510;24;92 blo;13;231;1246;1772;295;1541;19;97 bsu;14;635;2341;4213;1237;3578;35;91 cbei;7;419;4214;5622;989;5203;19;94 cbn;7;187;1628;2491;676;2304;29;97 cvi;18;771;2566;4282;945;3511;27;97 eco;18;767;2310;4024;947;3257;29;93 mba;8;351;3113;3943;479;3592;13;92 mja;13;240;903;1730;587;1490;39;92 myr;9;320;2239;3555;996;3235;31;96 pmg;14;298;857;1800;645;1502;43;95 pmq;11;826;5173;7223;1224;6397;19;94 pub;36;544;308;1307;455;763;60;97 rru;18;696;2285;3786;805;3090;26;95 rtb;13;107;547;793;139;686;20;93 scc;19;355;1001;1805;449;1450;31;96 spl;10;444;3017;4213;752;3769;20;98 total;;11297;;72019;16453;60722;27;94,5 écart;;;;;;;27±7;95±3 22.2.22;génomes. Les intercalaires cds-cds, continu – discontinu;;;;;;;;;;;; lien a;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra]];;;;;;;;;;22.2.22;; lien S;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];;;;;;;;;;;; lien a;total;nc;ac;ax;lien S;Sc-;Sx-;Sx-%;Sc+;Sx+;Sx+%;S-%;total S abra;1795;37;78;13;abra;409;8;°1.9;979;271;°22;&25;1667 ade;4569;22;57;26;ade;713;102;12.5;2339;1310;&36;18;4464 afn;2192;44;88;22;afn;303;4;°1.3;1385;346;20;15;2038 ant;3190;47;37;11;ant;679;83;10.9;1702;631;27;&25;3095 ase;8380;65;69;49;ase;1300;352;21.3;3866;2679;&41;20;8197 blo;1900;24;71;33;blo;210;18;7.9;1045;499;32;13;1772 bsu;4537;&99;&205;20;bsu;573;35;5.8;2515;1090;30;14;4213 cbei;5814;&106;68;18;cbei;390;10;°2.5;4010;1212;23;°7;5622 cbn;2638;87;45;15;cbn;167;9;5.1;1773;542;°23;°7;2491 cvi;4487;79;85;41;cvi;687;69;9.1;2424;1102;31;18;4282 eco;4700;65;&580;31;eco;644;94;12.7;2211;1075;33;18;4024 mba;4071;22;54;52;mba;307;22;6.7;2381;1233;34;°8;3943 mja;1828;21;41;37;mja;163;56;&25.6;1071;439;29;13;1729 myr;3754;87;69;43;myr;282;20;6.6;2274;979;30;°8;3555 pmg;1884;v5;45;34;pmg;158;95;&37.5;950;597;&39;14;1800 pmq;7479;&185;51;20;pmq;753;42;5.3;4543;1885;29;11;7223 pub;1386;°7;44;28;pub;381;92;19.5;599;235;28;&36;1307 rru;3946;23;79;58;rru;614;69;10.1;2140;963;31;18;3786 rtb;868;°5;51;19;rtb;98;4;°3.9;506;185;27;13;793 scc;1909;20;47;37;scc;319;28;8.1;1001;457;31;19;1805 spl;4466;&141;70;42;spl;414;12;°2.8;2486;1301;34;10;4213 total;75793;1191;1934;649;;9564;1224;11.3;42200;19031;31;15;72019 écart;;;;;;;;10±9;;;30±5;16±7; tRNA-cds continu-discontinu;;; gen;nc+; xc+;xc+% abra;31;10;24 ade;47;22;32 afn;43;10;19 ant;29;5;15 ase*;60;41;41 blo*;52;26;33 bsu;12;16;57 cbei;35;12;26 cbn;30;10;25 cvi;52;26;33 eco;37;28;43 mba;48;42;47 mja;25;18;42 myr*;48;31;39 pmg*;41;26;39 pmq;27;15;36 pub;28;22;44 rru;49;34;41 rtb;40;16;29 scc;35;32;48 spl*;39;23;37 total;808;465;37 écart;;;37±7 </pre> =====comparaison cds-cds et tRNA-cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_cds-cds_et_tRNA-cds|comparaison cds-cds et tRNA-cds]] <pre> ;caractéristiques;;;;;;petit;;grand; gen;p;cds;tRNAs;petit;grand;<0;inf;sup;inf;sup abra;0,854;1712;40;27;13;;-8,87;-6.14;-2.37;5.57 ant;0,911;3119;32;16;10;;-0,84;0,58;0,27;6,28 mja;0,858;1768;42;19;10;;0,28;2,87;1,41;9,49 pmg;0,886;1839;66;31;20;1;-0,69;1,86;0,49;9,78 pub;0,866;1343;50;25;17;;-1,78;0,88;-2,60;6,07 ;;;;;;;;;; ade;0,827;4506;68;30;21;;0,98;4,97;-3,20;7,65 afn;0,771;2093;52;26;17;;-3,63;0,91;-6,54;3,48 ase;0,744;8256;100;39;17;1;3,31;10,25;3,14;17,06 bsu;0,848;4325;26;11;8;;0,62;2,78;-1,88;4,59 cbn;0,768;2521;34;13;8;;1,22;4,95;-2,03;6,08 cvi;0,810;4345;78;38;20;;-2,73;1,92;-0,33;11,54 eco;0,773;4285;56;20;7;;4,22;8,90;4,54;14,92 rru;0,767;3854;80;39;15;;-4,03;1,70;2,33;14,78 spl;0,651;4269;60;19;5;1;2,95;9,99;1,97;12,62 ;;;;;;;;;; blo;0,741;1824;78;27;11;3;3,58;9,59;2,79;14,73 cbei;0,570;5665;40;13;5;;-0,17;6,77;-2,69;5,68 mba;0,415;3995;88;21;5;1;1,06;13,51;-2,54;7,36 myr;0,757;3611;78;35;18;1;-2,16;3,66;-2,35;9,85 pmq;0,649;7258;32;15;5;;-3,61;1,66;-2,22;5,68 rtb;0,630;828;56;18;5;;2,52;9,80;0,92;11,27 scc;0,768;1847;66;27;9;;1,64;6,82;4,82;16,12 ;fréquence;;moyenne;;;;;pourcentage;; gen;cds-cds;ADN;cds-cds;tRNA-cds;diff;grd;pet;grd%;pet%;taux abra;1250;135857;109;224;115;358;91;'''229;20;'''2,5 ant;2333;192251;82;126;44;184;68;123;21;1,4 mja;1511;151580;100;148;48;203;94;102;7;1,1 pmg;1547;139122;90;128;38;196;61;118;47;1,5 pub;834;39179;47;51;4;86;16;83;'''201;1,5 ;;;;;;;;;; ade;3649;428947;118;164;46;225;102;92;16;1,1 afn;1732;220467;127;144;17;199;89;56;43;0,9 ase;6545;1063558;162;239;76;346;130;113;25;1,3 bsu;3607;401590;111;188;77;241;135;116;'''-18;0,9 cbn;2315;313764;136;181;45;234;127;73;7;'''0,8 cvi;3526;452650;128;178;50;270;86;111;49;1,4 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vha;5 432;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" amed;4 285;*;*;*;ok;*;*;ok;2;" ecoN;5 157;*;*;*;*;*;ok;*;1;" rpm;3 484;*;ok;*;ok;ok;*;*;3; oan;4 900;*;*;*;*-;*;*;ok;1;" abq;6 576;*;*;*;ok;*;*;ok;2;" abs;6 817;*;*;*;ok;ok;*;ok;3;" agr;5 159;*;*;*;*-;*;*;ok;1;" aua;4 721;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" rpl;850;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" ppm;5 384;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" lbu;1 838;*;ok;ok;ok;ok;*;ok;5; ban;5 700;*;*-;*;ok;*-;ok;ok;3;" psor;3 368;*-;ok;ok;ok;ok;*-;ok;5; cdc;3 614;*;ok;*-;ok;ok;ok;ok;5; hmo;2 707;*;*-;*;ok;ok;*;ok;3;" fps;2 478;*-;ok;ok;ok;ok;*;*;4; npu;7 484;*;*;*;*;*;*;ok;1;" apal;1 453;ok;ok;ok;ok;ok;*;*;5; mfi;3 381;*;*;*;ok;*;ok;ok;3;" mfe;2 374;*;*;*;*;*;ok;*;1;" ;total ok;1;6;4;12;8;9;16;; </pre> *'''Les résultats''' <pre> cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;mba;1,1;13,5;;-3,5;6,4;;afn;-3,6;0,9;;-6,5;3,5 vha;5,2;9,0;;7,2;16,9;;vha;1,4;8,1;;0,9;11,0;;vha;-5,7;3,9;;-4,4;3,3;;vha;4,4;8,9;;5,5;15,5 amed;1,4;5,9;;7,5;19,1;;amed;-3,6;4,4;;-1,4;10,6;;amed;-13,4;-1,9;;-9,2;0,0;;amed;0,4;5,8;;5,0;17,0 ecoN;12,6;17,8;;12,1;25,5;;ecoN;6,2;15,5;;0,1;14,0;;ecoN;-6,8;6,6;;-10,7;0,0;;ecoN;11,2;17,5;;8,8;22,7 rpm;-3,1;1,9;;1,6;14,2;;rpm;-8,8;-0,1;;-9,0;4,1;;rpm;-20,3;-7,8;;-18,4;-8,4;;rpm;-4,3;1,7;;-1,3;11,7 oan;6,1;10,9;;7,4;19,7;;oan;0,6;9,1;;-2,7;10,1;;oan;-10,5;1,8;;-11,7;-1,9;;oan;4,9;10,7;;4,6;17,4 abq;0,7;5,9;;6,9;20,1;;abq;-5,5;3,6;;-4,6;9,0;;abq;-18,0;-4,8;;-15,0;-4,5;;abq;-0,6;5,6;;3,8;17,4 abs;1,4;6,8;;4,3;18,0;;abs;-5,2;4,3;;-8,2;6,0;;abs;-18,6;-5,0;;-19,5;-8,6;;abs;0,1;6,5;;0,9;15,0 agr;5,3;9,9;;6,1;17,8;;agr;0,3;8,4;;-3,1;9,1;;agr;-9,9;1,8;;-11,1;-1,8;;agr;4,3;9,8;;3,6;15,7 aua;7,3;11,9;;8,7;20,5;;aua;2,1;10,3;;-0,8;11,6;;aua;-8,3;3,6;;-9,0;0,4;;aua;6,2;11,7;;6,1;18,3 rpl;6,0;10,0;;8,4;18,4;;rpl;2,1;9,0;;1,6;12,0;;rpl;-5,6;4,4;;-4,2;3,8;;rpl;5,2;9,9;;6,5;16,9 ppm;5,0;9,0;;7,4;17,4;;ppm;1,1;8,0;;0,6;11,0;;ppm;-6,6;3,4;;-5,2;2,8;;ppm;4,2;8,9;;5,5;15,9 lbu;-0,6;3,0;;-0,5;8,7;;lbu;-4,0;2,3;;-6,1;3,4;;lbu;-10,4;-1,3;;-10,7;-3,4;;lbu;-1,3;2,9;;-2,0;7,4 ban;0,7;2,8;;0,6;5,9;;ban;-0,8;2,9;;-1,4;4,2;;ban;-3,4;1,9;;-2,8;1,5;;ban;0,3;2,8;;0,0;5,5 psor;-0,4;1,8;;-0,9;4,8;;psor;-2,1;1,9;;-3,2;2,7;;psor;-4,9;0,8;;-4,7;-0,2;;psor;-0,8;1,9;;-1,6;4,3 cdc;0,0;1,7;;0,2;4,4;;cdc;-1,1;1,9;;-1,1;3,3;;cdc;-2,8;1,4;;-1,8;1,6;;cdc;-0,3;1,7;;-0,2;4,2 hmo;0,5;4,0;;2,0;10,9;;hmo;-2,8;3,4;;-3,4;5,9;;hmo;-9,0;-0,1;;-7,8;-0,7;;hmo;-0,2;3,9;;0,5;9,7 fps;-1,9;2,0;;-2,2;7,7;;fps;-5,7;1,1;;-8,8;1,5;;fps;-13,2;-3,3;;-14,3;-6,4;;fps;-2,7;1,9;;-4,0;6,2 npu;-0,9;3,9;;11,4;23,7;;npu;-6,4;2,1;;1,3;14,1;;npu;-17,5;-5,2;;-7,7;2,1;;npu;-2,1;3,7;;8,6;21,4 apal;-1,8;0,9;;-3,9;3,0;;apal;-4,0;0,8;;-7,1;0,0;;apal;-7,9;-1,0;;-9,5;-4,0;;apal;-2,3;0,9;;-4,8;2,3 mfi;2,0;6,0;;4,4;14,4;;mfi;-1,9;5,0;;-2,4;8,0;;mfi;-9,6;0,4;;-8,2;-0,2;;mfi;1,2;5,9;;2,5;12,9 mfe;14,3;18,9;;14,7;26,5;;mfe;9,1;17,3;;5,2;17,6;;mfe;-1,3;10,6;;-3,0;6,4;;mfe;13,2;18,7;;12,1;24,3 **;;;;;;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;; rru;-2,8;1,9;;5,3;17,3;;mba;12,4;21,0;;5,6;18,6;;myr;-1,3;4,6;;-1,9;10,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7 bsu;0,2;2,9;;-2,9;4,0;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;vha;4,1;8,9;;4,8;14,9;;vha;-0,8;7,2;;-1,3;8,2 eco;14,3;18,9;;14,7;26,5;;cbei;1,6;7,5;;-1,0;7,8;;amed;-0,1;5,7;;4,2;16,2;;amed;-6,6;2,9;;-4,7;6,7 cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;spl;2,9;10,0;;1,9;12,5;;ecoN;10,7;17,4;;7,6;21,6;;ecoN;2,3;13,2;;-4,4;8,9 ade;0,6;4,9;;-4,2;6,9;;myr;-4,9;3,3;;-7,8;4,6;;rpm;-4,7;1,5;;-2,4;10,7;;rpm;;;;; cbn;1,9;4,9;;-0,8;7,1;;blo;0,6;8,5;;-1,8;10,1;;oan;4,4;10,6;;3,6;16,5;;oan;2,3;13,2;;-4,4;8,9 afn;-2,8;1,0;;-4,8;4,9;;rtb;;;;;;;abq;-1,1;5,4;;2,6;16,3;;abq;-9,3;1,5;;-8,9;4,1 scc;2,7;7,0;;7,2;18,1;;;;;;;;;abs;-0,5;6,3;;-0,4;13,9;;abs;-9,2;2,0;;-12,9;0,6 ase;6,6;11,8;;9,1;22,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7;;agr;3,8;9,7;;2,6;14,8;;agr;-2,8;6,8;;-6,4;5,1 ;;;;;;;pub;-8,5;-0,7;;-13,6;-4,2;;aua;5,7;11,6;;5,1;17,5;;aua;-1,1;8,6;;-4,2;7,5 pub;-1,78;0,88;;-2,60;6,07;;ant;-6,1;0,1;;-8,5;-1,1;;rpl;4,8;9,8;;5,8;16,3;;rpl;-0,3;7,9;;-0,9;9,0 vha;;;;;;;pmg;-9,3;-0,5;;-14,9;-4,3;;ppm;3,8;8,8;;4,8;15,3;;ppm;-1,3;6,9;;-1,9;8,0 amed;;;;;;;abra;-4,8;1,2;;-2,8;4,5;;lbu;-1,6;2,9;;-2,6;6,9;;lbu;-6,0;1,5;;-8,0;1,0 ecoN;;;;;;;mja;-5,4;1,7;;-7,5;1,1;;ban;0,2;2,9;;-0,2;5,4;;ban;-1,7;2,7;;-2,1;3,2 rpm;-1,6;2,0;;6,2;17,7;;;;;;;;;psor;-1,0;1,9;;-1,8;4,1;;psor;-3,0;1,7;;-3,9;1,7 oan;;;;;;;rru;-11,3;-1,5;;-7,9;3,9;;cdc;-0,4;1,8;;-0,4;4,1;;cdc;-1,7;1,8;;-1,5;2,7 abq;;;;;;;bsu;-3,2;2,4;;-7,2;-0,4;;hmo;-0,5;3,9;;0,0;9,2;;hmo;-4,7;2,6;;-5,2;3,5 abs;;;;;;;eco;5,9;15,6;;1,8;13,5;;fps;-3,1;1,9;;-4,7;5,6;;fps;-8,0;0,0;;-11,1;-1,4 agr;;;;;;;cvi;-11,1;-1,4;;-13,2;-1,5;;npu;-2,6;3,6;;7,6;20,5;;npu;-9,8;0,3;;-2,4;9,7 aua;;;;;;;ade;-6,8;2,2;;-15,4;-4,5;;apal;-2,5;0,9;;-5,1;2,0;;apal;-5,2;0,4;;-8,2;-1,4 rpl;;;;;;;cbn;-2,3;4,1;;-6,3;1,4;;mfi;0,8;5,8;;1,8;12,3;;mfi;-4,3;3,9;;-4,9;5,0 ppm;;;;;;;afn;-8,8;-0,8;;-13,3;-3,8;;mfe;12,7;18,6;;11,1;23,5;;mfe;;;;; lbu;;;;;;;scc;-4,6;4,4;;-3,7;7,1;;;;;;;;;;;;;; ban;;;;;;;ase;-3,7;7,2;;-7,4;5,9;;;;;;;;;;;;;; psor;0,0;1,6;;0,1;5,3;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cdc;;;;;;;mba;9,0;19,1;;1,8;14,1;;;;;;;;;;;;;; hmo;;;;;;;pmq;-5,1;1,1;;-3,5;3,9;;;;;;;;;;;;;; fps;-0,9;1,9;;0,7;9,7;;cbei;;;;;;;;;;;;;;;;;;; npu;;;;;;;spl;1,2;9,7;;-0,4;9,9;;;;;;;;;;;;;; apal;-1,2;0,7;;-2,4;3,9;;myr;-8,1;1,6;;-11,2;0,5;;;;;;;;;;;;;; mfi;;;;;;;blo;-2,3;7,0;;-4,9;6,3;;;;;;;;;;;;;; mfe;;;;;;;rtb;0,7;8,9;;-0,9;9,0;;;;;;;;;;;;;; **;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ant;-1,4;0,8;;-1,5;5,5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; pmg;-1,1;1,9;;-0,9;8,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; abra;-0,3;1,8;;3,9;10,6;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; mja;0,4;2,8;;1,8;9,7;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; afn;-1,8;0,9;;-1,9;6,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> *'''Les génomes et leurs tRNAs, petit grand''' <pre> test;vha;amed;ecoN;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;apal; cds;5,432;4 285;5 157;3 484;4 900;6 576;6 817;5 159;4 721;1 453; petit;18;32;33;43;32;43;46;29;28;13; grand;5;11;14;21;14;18;23;13;11;9; totat sans -;52;74;100;88;84;96;104;76;78;26; total;54;76;100;90;90;96;104;76;80;26; grand sans -;(4);(10);;(20);(13);;;;;; ;;;;;;;;;;; test;rpl;ppm;lbu;ban;psor;cdc;hmo;fps;npu;mfi;mfe cds;850;5 384;1 838;5 700;3 368;3 614;2 707;2 478;7 484;3 381;2 374 petit;19;20;21;6;8;4;19;26;39;23;21 grand;5;6;11;2;4;1;8;15;10;9;5 totat sans -;56;56;46;16;18;10;44;54;84;56;78 total;56;58;46;16;18;10;46;54;86;58;78 grand sans -;;(5);;;;;(9);;(9);(8); ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;ko;ko;ko;ko;ok;ok;ko;ok;ko;ko; p;0,415;0,858;0,773;0,827;0,649;0,570;0,911;0,866;0,768;0,848; q;0,585;0,142;0,227;0,173;0,351;0,430;0,089;0,134;0,232;0,152; compare;mba;mja;eco;ade;pmq;cbei;ant;pub;cbn;bsu; cds;3 995;1 768;4 285;4 506;7 258;5 665;3 119;1 343;2 521;4 325; petit;21;19;21;30;15;13;16;25;13;11; grand;6;10;5;21;5;5;10;17;8;8; totat sans -;86;42;78;68;32;40;32;50;34;26; total;88;42;78;68;32;40;32;50;34;26; grand sans -;(5);;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;ok;ok;ko;ko;ko;ok;ko;ko;ko;ko;ok p;0,771;0,810;0,744;0,741;0,886;0,757;0,854;0,768;0,651;0,767;0,630 q;0,229;0,190;0,256;0,259;0,114;0,243;0,146;0,232;0,349;0,233;0,370 compare;afn;cvi;ase;blo;pmg;myr;abra;scc;spl;rru;rtb cds;2 093;4 345;8 256;1 824;1 839;3 611;1 712;1 847;4 269;3 854;828 petit;26;38;39;27;31;35;14;27;19;39;18 grand;17;20;17;11;20;18;4;9;5;15;5 totat sans -;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56 total;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56 </pre> *'''Les calculs des bornes''' <pre> ;compare;test;;;;;;;;; ;afn;eco;;;;;;;;; ;0,771;21;;;;;;;;; ;0,229;5;;;;;;;;; ;;78;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;3995;;;;3614;cds;bornes;p;q;;tRNAs archeo;cds total;total;<0;0-200;reste;;petit;0,771;0,229;;78 mba cds-cds;3995;3943;329;1500;2114;;34,181;p2;2pq;1-q2;q2 mba cds %;;;83;415;585;;39,741;0,595;0,353;0,948;0,052 mba tRNA;;88;1;27;60;;grand;varq;varp;attendus; calculs;proba;effect;attendu;plage;2σ;;17,074;nq2(1-q2);np2(1-p2);petit;grand petit;0,771;21;37;22 – 35;2,8;;29,336;1,932;9,398;36,961;23,205 grand;0,229;5;23,2;2 – 12;6,1;;;;;; ;;;;;;;34;40;;17;29 ;;;;;;;;;;; ;;;;;;bornes;13,2;18,7;;12,1;24,3 ;;;;;;petit;inf;sup;grand;inf;sup </pre> =====Récapitulatif des taux discontinu/continu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Récapitulatif_des_taux_discontinu/continu|Récapitulatif des taux discontinu/continu]] <pre> >0;;;<0;;;total;taux tRNA-cds;;;tRNA-cds;;;; Rc+;Rx+;Rx+ %;Rc-;Rx-;Rx- %;;R- % 808;464;&36,5;2;6;&75;1280;&0,6 cds-cds;;;cds-cds;;;; Sc+;Sx+;Sx+ %;Sc-;Sx-;Sx- %;;S- % 42200;19031;&31,08;9564;1224;&11,3;72019;&15,0 cn;ac;ax;ax%;a%;intercal;;Sx% 1191;1934;649;&25,1;&3,4;75793;;28,1 </pre> =====Les taux de discontinus par classe génomique===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_taux_de_discontinus_par_classe_génomique|Les taux de discontinus par classe génomique]] <pre> gen;Sx-%;Sx+%;S-%;Rx+%;ax% $I;;;;; abra;°1,4;°22;&25;°24;°6 ant;&10,9;27;&25;°15;°8 mja;&24,2;30;13;42;&36 pmg;&36,0;&39;14;39;&41 pub;&19,0;29;&36;44;&45 $II;;;;; ade;&11,9;&36;18;32;13 afn;°1,3;°20;15;°19;11 ase;&19,3;&42;20;41;11 bsu;4,9;30;14;&57;16 cbn;4,5;°23;°7;°25;°5 cvi;8,2;32;18;33;18 eco;&12,3;33;18;43;&35 rru;&10,1;31;18;41;&33 spl;°2,8;34;10;37;11 $III;;;;; blo;7,0;32;13;33;18 cbei;°2,8;°23;°7;°26;°6 mba;5,5;34;°8;&47;28 myr;6,6;30;°8;39;9 pmq;4,3;29;11;36;°4 rtb;°2,9;27;13;29;25 scc;7,8;32;19;&48;18 total;10,6;31;15;37;19 écart;10±6;31±4;15±5;37±7;19±10 </pre> =====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds]] *Tableau <pre> 14.8.21;continu;;;comp’;;; inter;nc;nc%;pc;nx;nx%;px;diff -1;1671;'''17.5;;0;0;; -2;4;0.0;;40;3.3;; -3;5;0.1;;0;0;; -4;&4476;'''46.8;<u>0.38;°410;'''33.5;<u>0.10; -5;9;0.1;;3;0.2;; -6;4;0.0;;35;2.9;;16 -7;139;1.5;;19;1.6;; -8;&945;'''9.9;0.15;°51;'''4.2;1.06; -9;3;0.0;;25;2.0;;14 -10;93;1.0;;11;0.9;; -11;&498;'''5.2;0.19;°52;'''4.3;0.69; -12;2;0.0;;23;1.9;;8 -13;94;1.0;;15;1.2;; -14;&329;'''3.4;0.29;°45;'''3.7;0.84; -15;1;0.0;;25;2.0;;12 -16;58;0.6;;13;1.1;; -17;&235;'''2.5;0.25;°42;'''3.4;0.90; -18;5;0.1;;13;1.1;;1 -19;43;0.4;;12;1.0;; -20;&162;'''1.7;0.30;°24;'''2.0;1.04; -21;0;0;;11;0.9;;3 -22;22;0.2;;8;0.7;; -23;&107;'''1.1;0.21;°20;'''1.6;0.95; -24;1;0.0;;19;1.6;;8 -25;34;0.4;;11;0.9;; -26;&101;'''1.1;0.35;°21;'''1.7;1.43; -27;2;0.0;;6;0.5;; -2 -28;19;0.2;;8;0.7;; -29;&61;'''0.6;0.34;°10;'''0.8;1.40; -30;0;0;;5;0.4;; -3 -31;16;0.2;;8;0.7;; -32;&45;'''0.5;0.36;°18;'''1.5;0.72; -33;0;0;;3;0.2;; -4 -34;15;0.2;;7;0.6;; -35;&35;'''0.4;0.43;°19;'''1.6;0.53; -36;0;0;;3;0.2;;0 -37;9;0.1;;3;0.2;; -38;&31;'''0.3;0.29;°12;'''1.0;0.50; -39;0;0;;3;0.2;; -4 -40;5;0.1;;7;0.6;; -41;&34;'''0.4;0.15;°8;'''0.7;1.25; -42;0;0;;4;0.3;; -2 -43;16;0.2;;6;0.5;; -44;&24;'''0.3;0.67;°4;'''0.3;2.50; -45;0;0;;2;0.2;; -1 -46;5;0.1;;3;0.2;; -47;&11;'''0.1;0.45;°4;'''0.3;1.25; -48;0;0;;2;0.2;; -2 -49;11;0.1;;4;0.3;; -50;&9;'''0.1;1.22;°6;'''0.5;1.00; reste;169;1.8;;120;9.8;; total;9558;100.0;;1223;100.0;; </pre> *Fréquences des <span id="nd50">négatifs</span>, détails jusqu'à -50 pour les continus et jusqu'à -80 pour les discontinus <pre> 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0 6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1 7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1 8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3 1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58 1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7 total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12 gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl 1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2 3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5 5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0 6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0 7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0 8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2 9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0 10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0 11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0 12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0 13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0 14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0 15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1 16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0 17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1 18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0 19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0 21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0 22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0 23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0 24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0 25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0 26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0 27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0 28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0 30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0 31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0 33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0 35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0 36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0 39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0 40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0 41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0 42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0 44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0 49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0 51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0 52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1 53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0 56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0 63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0 69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl -1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126 -2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0 -4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136 -5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0 -6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0 -7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10 -8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46 -9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8 -11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28 -12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0 -13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5 -14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15 -15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3 -17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8 -18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1 -20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7 -21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0 -23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4 -24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 -25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0 -26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2 -27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1 -29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2 -30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0 -32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3 -33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1 -35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0 -36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 -38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1 -39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 -41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1 -42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1 -44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0 -45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0 -47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0 -48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0 -50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0 ;169;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;2;16;3;11;0;6;5 ;9558;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;158;753;381;609;98;319;414 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl </pre> =====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds._Diagrammes|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes]] *Tableau <pre> 14.8.21;;diagrammes;;;;;;;;;;; ;R2;;;abscisses modulo 3;;;;;abscisses modulo 1;;moyennes;; fréquence;droite;exp;p4;-a;b;-x;x’;w;'-x1;x’1;m;e;m/e continu 50;;;;;;;;;;;;; 6;537;190;585;0,1;4;36;4;6;107;3.5;1.2;1.66;0.72 7;735;855;971;2,6;111;72;176;245;215;132;38.6;40.2;0.96 8;608;973;987;14,8;603;100;1389;2611;301;841;175.1;253.9;0.69 discontinu 50;;;;;;;;;;;;; 6’;820;912;913;0.7;32;72;54;45;217;43;11.9;10.8;1.11 7’;806;779;835;0.3;17;36;22;26;109;19;9.0;4.5;1.99 8’;857;888;933;1.2;56;61;97;56;184;71;22.4;17.0;1.32 discontinu 80;;;;;;;;;;;;; 6”;667;834;931;0.4;23;51;32;45;152;28;7.8;9.76;0.80 7”;806;769;887;0.2;15;38;22;21;115;19;6.2;5.04;1.22 8”;739;874;949;0.6;42;48;70;80;144;55;14.8;16.14;0.92 </pre> =====Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_négatifs_cds-cds,_recouvrements|Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements]] <pre> recouvrements;;intercalaires cds-cds recouvrements;;;;;;;; bsu;;;;;;eco;;;; intercal;add1;add2;shift;couvre;;intercal;add1;add2;shift;couvre continu;;;;;;continu;;;; -7616;387744;398495;°-7475;141;;-2400;164730;167264;&0;2400 ;390880;391020;;;;;164865;167264;; ;;;;;;-2130;&2731600;2733729;444;2130 -500;3717238;3717825;°-20;480;;;2731600;2734173;; ;3717326;3717805;;;;-1295;&492092;493386;637;1295 ;;;;;;;492092;494023;; -492;2909520;2910011;735;492;;-897;&4577958;4578854;483;897 ;2909520;2910746;;;;;4577958;4579337;; ;;;;;;-729;1179520;1180359;&0;729 -164;1252815;1253021;52;164;;;1179631;1180359;; ;1252858;1253073;;;;-448;1639030;1639527;°-193;255 ;;;;;;;1639080;1639334;; -154;2466721;2467953;209;154;;-242;578107;578568;°-59;183 ;2467800;2468162;;;;;578327;578509;; ;;;;;;-212;508875;511379;&0;212 -143;1916663;1917097;205;143;;;511168;511379;; ;1916955;1917302;;;;-153;&16751;16903;57;153 ;;;;;;;16751;16960;; discontinu;;;;;;discontinu;;;; -361;2601528;2603339;°-64;297;;-723;3111128;3111988;°-663;60 ;2602979;2603275;;;;;3111266;3111325;; ;;;;;;-530;3838248;3839171;°-470;60 -127;3666841;3667059;°-43;84;;;3838642;3838701;; ;3666933;3667016;;;;-527;10643;11356;°-41;486 ;;;;;;;10830;11315;; -93;2652993;2653463;1410;93;;-436;3796948;3798207;°-361;75 ;2653371;2654873;;;;;3797772;3797846;; ;;;;;;-210;3993739;3994059;276;210 ;;;;;;;3993850;3994335;; </pre> =====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus===== ======Tableau cds-cds négatifs discontinus====== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_discontinus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus]] <pre> 14.8.21;recompte;;rouge pour les peu significatifs;;;;couleurs uniformisées;;;“p pour périodiques;;;; ;;génomes à forts cds-cds négatifs discontinues ;trié sur x‰ ;;;puis;génomes à faibles cds-cds négatifs discontinues;;;;;;; clde;gen;r80;“6;“7;“8;“p;x6;x7;x8;x‰ ;cds;“5;x5;“80 1;'''pub;0;§17;3;25;&45;§38;7;56;&<u>70.4;1307;&47;51;&92 2;'''pmg;0;§16;9;30;&55;§29;16;55;&48.9;1800;&33;38;&88 3;'''ase;17;?48;55;123;&<u>226;?21;24;54;&42.9;<u>'''8197;&<u>109;31;&<u>335 4;'''mja;0;@19;3;8;&30;@63;10;27;&32.4;1730;&26;46;&56 5;'''ant;0;@20;5;18;&43;@47;12;42;&26.8;3095;&40;48;&83 6;'''eco;10;§15;6;18;&39;§38;15;46;&23.4;'''4024;&45;48;&84 7;'''ade;9;?4;17;36;&57;?7;30;63;&22.8;'''4464;&36;35;&93 8;'''rru;5;?6;13;22;&41;?15;32;54;&19.5;'''3786;&28;38;&69 9;'''cvi;1;?7;16;20;&43;?16;37;47;&16.1;'''4282;&25;36;&68 10;'''scc;1;§9;3;12;&24;§38;13;50;&15.5;1805;°3;11;27 11;'''blo;2;?1;4;8;13;?8;31;62;10.2;1772;°3;17;°16 12;'''bsu;4;?5;7;5;17;?29;41;29;8.3;'''4215;14;40;31 13;'''myr;0;§5;1;5;11;§45;9;45;5.6;'''3555;9;45;20 14;'''pmq;1;§8;5;14;&27;§30;19;52;5.8;'''7223;14;33;41 15;'''mba;0;?3;3;10;16;?19;19;63;5.6;'''3943;°6;27;22 16;'''rtb;0;§0;0;3;$3;§0;0;100;$5.0;793;$1;25;$4 17;'''abra;0;@3;0;3;$6;@50;0;50;$4.8;1667;$2;25;$8 18;'''cbn;0;@5;0;4;$9;@56;0;44;$3.6;2491;$0;0;$9 19;'''spl;0;?1;1;3;°5;?20;20;60;°2.8;'''4213;7;58;°12 20;'''cbei;0;?2;2;3;°7;?29;29;43;°2.0;'''5622;°4;36;°11 21;'''afn;1;@1;1;0;$2;@50;50;0;$2.0;2039;$1;25;$3 ;'''total;51;195;154;370;719;27;21;51;17.0;72023;453;37;1172 ;;;;;;;;;;;;;; §;bgcolor="#e8f2a8"|;;?;bgcolor="#bbe333"|;;@;bgcolor="#ff00ff"|;;;;;;; </pre> *<span id="cdmc">Coefficient</span> de détermination, moyenne et corrélation: effectifs <pre> 14.8.21 Effectifs des cds-cds négatifs continus 14.8.21 Effectifs des cds-cds négatifs discontinus gen r50 “5 “6 “7 “8 total cds r80 “5 “6 “7 “8 total abra 13 211 0 11 174 409 1667 0 2 3 0 3 8 ade 9 607 0 25 72 713 4464 9 36 4 17 36 102 afn 9 167 2 20 105 303 2039 1 1 1 1 0 4 ant 6 387 1 33 252 679 3095 0 40 20 5 18 83 ase 28 1054 3 70 145 1300 8197 17 109 48 55 123 352 blo 2 161 1 10 36 210 1772 2 3 1 4 8 18 bsu 17 305 0 42 209 573 4215 4 14 5 7 5 35 cbei 4 153 0 32 200 389 5622 0 4 2 2 3 11 cbn 0 62 0 23 82 167 2491 0 0 5 0 4 9 cvi 4 493 0 38 152 687 4282 1 25 7 16 20 69 eco 22 423 0 47 152 644 4024 10 45 15 6 18 94 mba 6 152 7 34 108 307 3943 0 6 3 3 10 22 mja 6 78 0 17 62 163 1730 0 26 19 3 8 56 myr 0 133 0 22 127 282 3555 0 9 5 1 5 20 pmg 2 105 0 10 41 158 1800 0 33 16 9 30 88 pmq 16 466 1 44 226 753 7223 1 14 8 5 14 42 pub 3 233 2 14 129 381 1307 0 47 17 3 25 92 rru 11 475 0 26 97 609 3786 5 28 6 13 22 74 rtb 0 43 0 9 46 98 793 0 1 0 0 3 4 scc 6 195 1 22 95 319 1805 1 3 9 3 12 28 spl 5 262 0 30 117 414 4213 0 7 1 1 3 12 total 169 6165 18 579 2627 9558 72023 51 453 195 154 370 1223 </pre> *Coefficient de détermination, moyenne et corrélation:Résultats <pre> ‰. ;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs continus;;;;;;;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs discontinus;;;;;;‰. ;;;;;;;;;;;;; gen;c50‰. ;c5‰. ;c6‰. ;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;x80‰. ;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. ;;;;;c5‰. ;;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. abra;78.0;1265.7;0.0;66.0;1043.8;2453.5;;0.0;12.0;18.0;0.0;18.0;48.0;;;1;;248.9;;55.6;161.3;670.4;;;0.0;0.0;0.0;0.0;19.6 ade;20.2;1359.8;0.0;56.0;161.3;1597.2;;20.2;80.6;9.0;38.1;80.6;228.5;;;2;;272.1;;56.0;176.9;691.9;;;4.9;2.4;0.0;5.3;19.6 afn;44.1;819.0;9.8;98.1;515.0;1486.0;;4.9;4.9;4.9;4.9;0.0;19.6;;;3;;374.1;;56.4;203.2;778.6;;;7.1;3.6;0.0;7.1;28.5 ant;19.4;1250.4;3.2;106.6;814.2;2193.9;;0.0;129.2;64.6;16.2;58.2;268.2;;;4;;385.5;;56.9;227.8;793.2;;;12.0;4.9;2.4;11.9;36.1 ase;34.2;1285.8;3.7;85.4;176.9;1585.9;;20.7;133.0;58.6;67.1;150.1;429.4;;;5;;450.9;;60.9;256.2;877.8;;;12.6;5.6;2.8;14.1;48.0 blo;11.3;908.6;5.6;56.4;203.2;1185.1;;11.3;16.9;5.6;22.6;45.1;101.6;;;6;;542.2;;61.9;273.9;942.2;;;15.2;7.6;3.6;16.1;50.4 bsu;40.3;723.6;0.0;99.6;495.8;1359.4;;9.5;33.2;11.9;16.6;11.9;83.0;;;7;;583.3;;66.0;277.7;982.7;;;16.6;9.0;4.9;18.0;55.8 cbei;7.1;272.1;0.0;56.9;355.7;691.9;;0.0;7.1;3.6;3.6;5.3;19.6;;;8;;621.9;;68.7;312.9;1042.5;;;16.6;11.1;6.9;19.4;56.3 cbn;0.0;248.9;0.0;92.3;329.2;670.4;;0.0;0.0;20.1;0.0;16.1;36.1;;;9;;645.2;;71.2;329.2;1185.1;;;16.9;11.9;7.6;25.4;58.1 cvi;9.3;1151.3;0.0;88.7;355.0;1604.4;;2.3;58.4;16.3;37.4;46.7;161.1;;;10;;723.6;;85.4;355.0;1235.8;;;19.4;14.1;14.9;37.8;83.0 eco;54.7;1051.2;0.0;116.8;377.7;1600.4;;24.9;111.8;37.3;14.9;44.7;233.6;;;11;;819.0;;86.2;355.7;1359.4;;;25.3;15.8;16.2;44.7;101.6 mba;15.2;385.5;17.8;86.2;273.9;778.6;;0.0;15.2;7.6;7.6;25.4;55.8;;;12;;908.6;;88.7;357.2;1486.0;;;33.2;16.3;16.6;45.1;155.1 mja;34.7;450.9;0.0;98.3;358.4;942.2;;0.0;150.3;109.8;17.3;46.2;323.7;;;13;;1051.2;;92.3;358.4;1585.9;;;58.4;18.0;16.6;46.2;161.1 myr;0.0;374.1;0.0;61.9;357.2;793.2;;0.0;25.3;14.1;2.8;14.1;56.3;;;14;;1080.3;;98.1;377.7;1597.2;;;74.0;20.1;17.3;46.7;195.5 pmg;11.1;583.3;0.0;55.6;227.8;877.8;;0.0;183.3;88.9;50.0;166.7;488.9;;;15;;1151.3;;98.3;495.8;1600.4;;;80.6;37.3;22.6;58.1;228.5 pmq;22.2;645.2;1.4;60.9;312.9;1042.5;;1.4;19.4;11.1;6.9;19.4;58.1;;;16;;1250.4;;99.6;515.0;1604.4;;;111.8;49.9;23.0;58.2;233.6 pub;23.0;1782.7;15.3;107.1;987.0;2915.1;;0.0;359.6;130.1;23.0;191.3;703.9;;;17;;1254.6;;106.6;526.3;1608.6;;;129.2;58.6;34.3;66.5;268.2 rru;29.1;1254.6;0.0;68.7;256.2;1608.6;;13.2;74.0;15.8;34.3;58.1;195.5;;;18;;1265.7;;107.1;580.1;1767.3;;;133.0;64.6;37.4;80.6;323.7 rtb;0.0;542.2;0.0;113.5;580.1;1235.8;;0.0;12.6;0.0;0.0;37.8;50.4;;;19;;1285.8;;113.5;814.2;2193.9;;;150.3;88.9;38.1;150.1;429.4 scc;33.2;1080.3;5.5;121.9;526.3;1767.3;;5.5;16.6;49.9;16.6;66.5;155.1;;;20;;1359.8;;116.8;987.0;2453.5;;;183.3;109.8;50.0;166.7;488.9 spl;11.9;621.9;0.0;71.2;277.7;982.7;;0.0;16.6;2.4;2.4;7.1;28.5;;;21;;1782.7;;121.9;1043.8;2915.1;;;359.6;130.1;67.1;191.3;703.9 total;23.5;856.0;2.5;80.4;364.7;1327.1;;7.1;62.9;27.1;21.4;51.4;169.8;;;;;;;;;;;;;;;; moyenne;23.8;859.9;3.0;84.2;427.9;1398.7;;5.4;69.5;32.4;18.2;52.8;178.3;;;R2 progrès;;;;;;;;;;;;; écart;19.6;422.8;5.2;22.4;248.2;592.6;;8.0;86.6;37.6;18.2;53.8;181.3;;;droite;;967;;978;793;889;;;687;753;850;758;783 m/e;1.2;2.0;0.6;3.8;1.7;2.4;;0.7;0.8;0.9;1.0;1.0;1.0;;;exponentiel;;957;;975;941;967;;;969;980;956;961;986 R2 corel;c5;;;0.193;0.420;;R2 corel;x5;;0.888;0.494;0.853;;;;a;;0.089;;0.043;0.081;0.065;;;0.202;0.195;0.183;0.165;0.171 ;c7;;;;0.420;;;x6;;;0.392;0.754;;;;b;;283.156;;50.427;153.421;628.757;;;3.747;1.976;1.444;5.367;16.404 ;;;;;;;;x7;;;;0.745;;;;;;;;;;;;;;;;; R2 deter;c5;;;0.037;0.176;;R2 deter;x5;;0.788;0.244;0.728;;;;;;;;;;;;;;;;; ;c7;;;;0.177;;;x6;;;0.154;0.569;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;x7;;;;0.555;;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ======Fréquences cds-cds négatifs discontinus jusqu'à 80, détails====== *Fréquences <span id="disc80">des</span> discontinus jusqu'à 80, détails des cumuls <pre> 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0;51;;9 6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1;;;43 7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1;;;27 8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3;;;70 1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58;;;30 1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7;;;64 total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12;1172;;204 gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles 1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;;0 2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2;2;;10 3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;;0 4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5;4;;52 5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;5;;2 6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0;6;;13 7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0;7;;1 8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2;8;;7 9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0;9;;6 10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0;10;;2 11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0;11;;11 12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0;12;;4 13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;13;;3 14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0;14;;9 15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1;15;;3 16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0;16;;2 17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1;17;;10 18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0;18;;2 19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;19;;2 20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0;20;;5 21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0;21;;2 22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;22;;2 23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0;23;;3 24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0;24;;2 25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;25;;4 26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0;26;;8 27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;27;;1 28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;28;;1 29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;29;;0 30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;30;;0 31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;31;;1 32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;32;;3 33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;33;;0 34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;34;;2 35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0;35;;4 36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;36;;2 37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;37;;0 38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;38;;2 39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;39;;1 40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;40;;2 41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;41;;1 42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;42;;1 43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;43;;0 44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;44;;1 45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;45;;1 46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;46;;1 47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;47;;1 48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;48;;0 49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;49;;0 50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;50;;1 51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;51;;2 52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;52;;1 53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;53;;0 54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;54;;0 55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;55;;1 56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;56;;0 57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;57;;0 58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;58;;1 59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;59;;0 60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;60;;1 61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;61;;0 62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;62;;0 63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;63;;0 64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;64;;0 65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;65;;1 66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;66;;0 67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;67;;0 68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;68;;1 69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;69;;1 70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;70;;0 71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;71;;1 72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;72;;0 73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;73;;1 74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;74;;1 75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;75;;1 76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;76;;0 77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;77;;0 78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;78;;0 79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;79;;0 80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;80;;0 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles </pre> ======Restes des cds-cds négatifs====== *Restes <span id="rcdsn">des</span> cds-cds négatifs <pre> 14.8.21;;discont;cont;cont;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;6;14;2;0;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;7;12;48;17;65;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;8;19;43;44;87;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;6;15;0;15;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;51;108;61;169;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;cont;cont;;discontinu;;; ;6;2;2;;6;7;0;;6;1;0;;6;4;0;;6;0;0;0;;;; ;7;1;11;;7;6;18;;7;3;11;;7;2;8;;7;12;5;17;;;; ;8;3;9;;8;4;10;;8;8;9;;8;3;15;;8;25;19;44;1;;; ;reste;5;9;;reste;0;0;;reste;1;6;;reste;0;0;;reste;0;0;0;;;; ;;11;31;;;17;28;;;13;26;;;9;23;;;37;24;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Les occurrences des négatifs autres que ceux des tableaux des continus jusqu’à -50 et des discontinus jusqu’à -80;;;;;;;;;;;;;;;;;discontinu;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;-89;1;;;;;;; eco;discontinu;continu;;ase;discontinu;continu;;bsu;discontinu;continu;;scc;discontinu;continu;;pmq;continu;;ant;continu;;;Les restes ;jusqu’à -56;;1;1;-51;;*;0;-58;;1;2;-120;1;;0;-53;1;1;-71;1;1;continus;169;50 -66;;1;0;-52;;3;2;-59;;1;1;-74;;1;1;-55;1;2;-65;1;1;discontinus;51;80 -75;;1;0;-53;;*;1;-65;;1;1;-68;;2;1;-56;2;1;-59;1;1;;; -82;1;7;2;-55;;1;2;-82;;1;2;-59;;2;1;-65;2;1;-56;1;1;;discontinu;continu -85;;1;2;-57;;*;0;-86;1;;1;-53;;1;1;-74;1;1;-55;1;2;eco;10;22 -86;1;;1;-58;;*;2;-91;;1;2;ok;1;6;;-89;*;1;-53;1;1;ase;17;28 -89;;1;1;-59;;2;1;-92;;1;1;rru;discontinu;continu;;-95;2;1;;;;bsu;4;17 -102;1;;0;-67;;1;2;-93;1;;0;-122;1;;1;-119;2;1;cbei;continu;;pmq;1;16 -113;1;;1;-70;;2;2;-94;;1;2;-120;1;;0;-116;1;1;-110;1;1;ade;9;9 -129;1;;0;-74;;1;1;-95;;1;1;-106;1;;2;-115;1;2;-64;1;2;abra;0;13 -210;1;;0;-76;;1;2;-361;1;;2;-104;2;;1;-113;1;1;-64;1;2;afn;1;9 -436;1;;2;-79;;1;2;-127;1;;2;-137;;1;1;-101;2;1;-62;1;1;ant;0;6 -527;1;;1;-81;1;;0;-7616;;1;1;-104;;*;1;;16;;;;;blo;2;2 -530;1;;1;-82;2;1;2;-500;;1;1;-73;;1;2;;;;mba;continu;;cbei;0;4 -723;1;;0;-86;2;1;1;-492;;1;0;-68;;1;1;pub;continu;;-59;2;1;cvi;1;4 -110;;1;1;-87;1;;0;-164;;1;1;-65;;1;1;-65;1;1;-56;4;1;mba;0;6 -153;;1;0;-88;1;;2;-154;;1;2;-64;;1;2;-59;1;1;-51;*;0;mja;0;6 -212;;1;1;-89;;1;1;-143;;1;1;-62;;1;1;-56;1;1;;;;pmg;0;2 -242;;1;1;-91;;1;2;-119;;1;1;-61;;1;2;;;;mja;continu;;pub;0;3 -448;;1;2;-93;2;;0;-113;;1;1;-59;;1;1;spl;continu;;-83;1;1;rru;5;11 -729;;1;0;-94;;2;2;-101;;1;1;-58;;*;2;-98;1;1;-73;1;2;scc;1;6 -897;;1;0;-95;;1;1;;4;17;;-53;;1;1;-77;1;1;-71;1;1;spl;0;5 -1295;;1;1;-97;;2;2;ade;discontinu;continu;;-52;;2;2;-56;1;1;-64;1;2;;51;169 -2130;;1;0;-100;;1;2;-55;;1;2;;5;11;;-53;2;1;-62;1;1;;; -2400;;1;0;-120;1;;0;-61;;2;2;;;;;;;;-59;1;1;;; ;10;22;;-119;1;;1;-67;;1;2;blo;discontinu;continu;;abra;continu;;;;;;; afn;discontinu;continu;;-111;1;;0;-68;;2;1;-102;1;;0;-92;1;1;pmg;continu;;;; -83;1;;1;-109;2;;2;-116;1;;1;-85;1;;2;-86;1;1;-65;1;1;;; -113;;1;1;-107;1;;1;-110;1;;1;-86;;1;1;-73;1;2;-59;1;1;;; -79;;1;2;-106;1;;2;-107;1;;1;-53;;1;1;-67;9;2;;;;;; -74;;1;1;-105;1;;0;-104;1;;1;;2;2;;-59;1;1;;;;;; -71;;1;1;-119;;2;1;-101;1;;1;cvi;discontinu;continu;;;;;;24;;;; -68;;1;1;-110;;1;1;-98;1;;1;-102;1;;0;;37;;;;;;; -67;;2;2;-106;;2;2;-86;1;;1;-97;;1;2;;;;;;;;; -59;;1;1;-101;;1;1;-82;1;;2;-94;;1;2;;;;;;;;; -53;;1;1;;17;28;;-109;1;1;2;-73;;1;2;;;;;;;;; ;1;9;;;;;;-106;;1;2;-71;;1;1;;;;;;;;; ;;;;;;;;-100;;1;2;;1;4;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;9;9;;;9;23;;;;;;;;;; </pre> =====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_continus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus]] *Tableau cds-cds-c <pre> *Tableau cds-cds-c;;;;;;;;;;;; 14.8.21;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;;;;;; gen;r50;continu;“6;“7;“8;“p;c8;c7;1-5”;c5;c‰;cds '''cbn;0;167;;23;82;105;78;21.9;62;<u>'''37;<u>'''67;°2 491 '''cbei;4;389;;32;200;232;86;°13.8;153;'''39;'''69;&5 622 '''mba;6;307;'''7;34;108;149;77;22.8;152;°50;'''78;3 943 '''myr;0;282;;22;127;149;85;°14.8;133;°47;'''79;3 555 '''pmg;2;158;;10;41;51;80;19.6;105;66;°88;°1 800 '''mja;6;163;;17;62;79;79;21.5;78;°48;°94;'''1 730 '''spl;5;414;;30;117;147;80;20.4;262;63;°98;4 213 '''pmq;16;753;1;44;226;271;84;°16.2;466;62;°104;&7 223 '''blo;2;210;1;10;36;47;79;21.3;161;&77;119;'''1 772 '''rtb;0;98;;9;46;55;84;°16.4;43;'''44;124;<u>'''793 '''bsu;17;573;;42;209;251;83;°16.7;305;53;136;4 215 '''afn;9;303;2;20;105;127;84;°15.7;167;°55;149;°2 039 '''ase;28;'''1300;3;70;145;218;68;&32.1;1054;&81;158.6;&<u>8 197 '''ade;9;713;;25;72;97;74;&25.8;607;&<u>85;159.7;4 464 '''eco;22;644;;47;152;199;76;23.6;423;66;160.0;4 024 '''cvi;4;687;;38;152;190;80;20.0;493;&72;160.4;4 282 '''rru;11;609;;26;97;123;79;21.1;475;&78;160.9;3 786 '''scc;6;319;1;22;95;118;81;18.6;195;61;&177;°1 805 '''ant;6;679;1;33;252;286;89;'''11.5;387;°57;&219;3 095 '''abra;13;409;;11;174;185;94;<u>'''5.9;211;°52;&245;'''1 667 '''pub;3;381;2;14;129;145;90;'''9.7;233;61;&<u>292;'''1 307 '''total;169;9558;18;579;2627;3224;82;18.0;6165;64;134;72 023 </pre> *Tableau cds-cds-x <pre> *Tableau cds-cds-x;;;;;;;;; 14.8.21;;;;;;;;; négatifs continus;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;discontinus par -6;; gen;c5‰;c7‰;c8‰;c‰;c1/c4;cds;x6;x5;x‰ '''cbn;'''25;9.2;°33;<u>'''67;&121;°2 491;@56;0;$3.6 '''cbei;'''27;5.7;°36;'''69;&87;&5 622;?29;36;°2.0 '''mba;'''39;8.6;°27;'''78;°28;3555;?19;27;5.6 '''myr;'''37;6.2;°36;'''79;&118;3943;§45;45;5.6 '''pmg;58;5.6;'''23;°88;52;°1 800;§29;38;&48.9 '''mja;45;9.8;°36;°94;49;'''1 730;@63;46;&32.4 '''spl;62;7.1;°28;°98;&93;4213;?20;58;°2.8 '''pmq;65;6.1;°31;°104;'''21;&7 223;§30;33;5.8 '''blo;91;5.6;'''20;119;48;'''1 772;?8;17;10.2 '''rtb;54;11.3;58;124;°30;<u>'''793;§0;25;$5.0 '''bsu;72;10.0;50;136;°31;4215;?29;40;8.3 '''afn;82;9.8;51;149;°29;°2 039;@50;25;$2.0 '''ase;129;8.5;'''18;158.6;'''19;&<u>8 197;?21;31;&42.9 '''ade;136;5.6;'''16;159.7;<u>'''13;4464;?7;35;&22.8 '''eco;105;11.7;°38;160.0;63;4024;§38;48;&23.4 '''cvi;115;8.9;°35;160.4;°31;3786;?16;36;&16.1 '''rru;125;6.9;°26;160.9;'''21;4282;?15;38;&19.5 '''scc;108;12.2;53;&177;'''25;°1 805;§38;11;&15.5 '''ant;125;10.7;&81;&219;&74;3095;@47;48;&26.8 '''abra;127;6.6;&104;&245;48;'''1 667;@50;25;$4.8 '''pub;178;10.7;&99;&<u>292;&<u>190;'''1 307;§38;51;&<u>70.4 '''total;86;8.0;36;134;37;72023;27;37;17.0 ;;;;;;;;; ? bbe333;;;;;;;;; § e8f2a8;;;;;;;;; @ ff00ff;;;;;;;;; </pre> *Fréquences <span id="fncont">des</span> intercalaires négatifs continus jusqu'à 50, détails <pre> negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl -1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126 -2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0 -4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136 -5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0 -6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0 -7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10 -8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46 -9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8 -11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28 -12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0 -13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5 -14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15 -15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3 -17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8 -18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1 -20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7 -21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0 -23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4 -24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 -25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0 -26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2 -27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1 -29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2 -30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0 -32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3 -33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1 -35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0 -36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 -38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1 -39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 -41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1 -42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1 -44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0 -45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0 -47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0 -48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0 -50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0 ;170;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;3;16;3;11;0;6;5 ;9559;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;159;753;381;609;98;319;414 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 9559;?;?;?;?;?;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;total;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl 6;18;0;0;2;1;3;1;0;0;0;0;0;7;0;0;0;1;2;0;0;1;0 7;579;11;25;20;33;70;10;42;32;23;38;47;34;17;22;10;44;14;26;9;22;30 8;2627;174;72;105;252;145;36;209;200;82;152;152;108;62;127;41;226;129;97;46;95;117 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; “7/t”;18;6;26;16;12;32;21;17;14;22;20;24;23;22;15;20;16;10;21;16;19;20 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; total;3224;185;97;127;286;218;47;251;232;105;190;199;149;79;149;51;271;145;123;55;118;147 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; % 6+7+8 / 50;34;47;14;43;42;17;23;45;60;63;28;32;50;50;53;33;37;38;21;56;38;36 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; %1-5/total;64;52;85;55;57;81;77;53;39;37;72;66;50;48;47;66;62;61;78;44;61;63 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; c1/c4;0.37;0.48;0.13;0.29;0.74;0.19;0.48;0.31;0.87;1.21;0.31;0.63;0.28;0.49;1.18;0.52;0.21;1.90;0.21;0.30;0.25;0.93 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 1-5”;6165;211;607;167;387;1054;161;305;153;62;493;423;152;78;133;105;466;233;475;43;195;262 </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400]] *Légende <pre> 12.2.22 Paris;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Diagramme 400;;Poly3;1 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;1 à 400;Sc+;;;;;;;;;; ;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;;; gen;m50x;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;m50c;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;classe;;;;;12.2.22 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];min 50;-13;90;818;231;20;874;Sf;{{tri1|6}}b1;°rru;50;-34;275;878;270;139;2056;{{tri1|6}}b1;b1;Sf;°rru;20;6;{{tri1|6}}b1 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];max 80;45;-332;496;246;191;118;tF;{{tri1|14}}c3;§rtb;50;-36;279;569;258;82 Sm;402;{{tri1|14}}c3;c3;tF;§rtb;191;14;{{tri1|14}}c3 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];min 20;-58;495;853;284;249;218;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;50;-236;1732;559;245;338;537;{{tri1|1}}a1;a1;SF;$pub;249;1;{{tri1|1}}a1 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];max 70;29;-174;611;200;30;1008;tf;{{tri1|8}}b2;°cvi;50;-44;372;852;282;203;2320;{{tri1|8}}b2;b2;tf;°cvi;30;7;{{tri1|8}}b2 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];min 50;-20;145;782;242;39;1229;Sf;{{tri1|5}}b1;°ade;50;-61;489;843;267;232;2242;{{tri1|5}}b1;b1;Sf;°ade;39;5;{{tri1|5}}b1 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];min 50;-25;209;680;279;70;601;Sm;{{tri1|4}}a2;$ant;40;-135;1021;664;252;306;1616;{{tri1|4}}a2;a2;Sm;$ant;70;4;{{tri1|4}}a2 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];max 50;22;-151;532;230;43;1003;tm;{{tri1|11}}c2;eco;50;-74;565;805;255;265;2130;{{tri1|11}}c2;c2;tm;eco;43;11;{{tri1|11}}c2 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];max 80;47;-333;611;236;336;1071;tF;{{tri1|16}}c5;§spl;50;-47;363;806;257;192;2215;{{tri1|16}}c5;c5;tF;§spl;336;16;{{tri1|16}}c5 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];max 40;-6.4;69;458;359;18;1028;Sf;{{tri1|9}}c1;bsu;50;-41;352;790;286;173;2444;{{tri1|9}}c1;c1;Sf;bsu;18;9;{{tri1|9}}c1 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];régulier;31;-283;878;304;813;1614;tF;{{tri1|19}}d2;&pmq;70;-29;229;946;263;140;4164;{{tri1|19}}d2;d2;tF;&pmq;813;19;{{tri1|19}}d2 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];max 50;16;-109;454;227;27;489;tf;{{tri1|10}}c1;cbn;50;-50;394;855;263;203;1701;{{tri1|10}}c1;c1;tf;cbn;27;10;{{tri1|10}}c1 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];régulier;32;-258;712;269;708;946;tF;{{tri1|18}}d2;&cbei;50;-46;338;779;245;213;3399;{{tri1|18}}d2;d2;tF;&cbei;708;18;{{tri1|18}}d2 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];max 4-14;29;-227;486;261;183;328;tF;{{tri1|15}}c4;§afn;50;-95;712;722;250;297;1323;{{tri1|15}}c4;c4;tF;§afn;183;15;{{tri1|15}}c4 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];max 70;19;-108;872;189;25;2398;tf;{{tri1|7}}b2;°ase;50;-43;352;910;273;216;3558;{{tri1|7}}b2;b2;tf;°ase;25;8;{{tri1|7}}b2 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];régulier;33;-233;728;235;138;448;tF;{{tri1|21}}d3;&'''blo;40;-5.7;69;868;404;41 Sf;993;{{tri1|21}}d3;d3;tF;&'''blo;138;21;{{tri1|21}}d3 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];min 50;-16;150;660;313;78;406;Sm;{{tri1|3}}a2;$mja;50;-94;719;856;255;319;1047;{{tri1|3}}a2;a2;Sm;$mja;78;3;{{tri1|3}}a2 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];régulier;4.9;-71;350;483;348;705;tF;{{tri1|17}}d1;&mba;50;-50;359;823;239;287;1651;{{tri1|17}}d1;d1;tF;&mba;348;17;{{tri1|17}}d1 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];max 70;33;-213;708;215;68;828;tm;{{tri1|12}}c2;myr;50;-94;717;742;254;290;2081;{{tri1|12}}c2;c2;tm;myr;68;12;{{tri1|12}}c2 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];min 40;-67;515;607;256;179;559;SF;{{tri1|2}}a1;$pmg;60;-107;844;869;263;368;895;{{tri1|2}}a1;a1;SF;$pmg;179;2;{{tri1|2}}a1 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];max 50;53;-314;734;197;96;256;tF;{{tri1|13}}c3;§abra;60;-99;750;702;253;277;934;{{tri1|13}}c3;c3;tF;§abra;96;13;{{tri1|13}}c3 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];régulier;30;-200;690;222;71;416;tm;{{tri1|20}}d3;&'''scc;60;-86;660;830;256;331;961;{{tri1|20}}d3;d3;tm;&'''scc;71;20;{{tri1|20}}d3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;Poly3;31 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;31 à 400;Sc+;;;;;bgcolor="#66ffff"|;;°;99ff99;§; ;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;bgcolor="#ffff00"|;;&;00ccff;$; gen;teff;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;f3;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;;;;;; °[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];3786;12;-97;833;269;36;726;tf;{{tri1|6}}b1;°rru;tm;13;-61;957;156;41;1509;{{tri1|6}}b1;;a1;$pub;249;1; §[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];793;;;;;;;;{{tri1|14}}c3;§rtb;tF;70;-478;788;228;190;284;{{tri1|14}}c3;;a1;$pmg;179;2; $[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];1307;-49;437;918;297;256;149;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;SF;-48;403;945;280;365;200;{{tri1|1}}a1;;a2;$ant;70;4; °[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];4282;;;;;;;;{{tri1|8}}b2;°cvi;tF;5.3;22;915;-138;107;1621;{{tri1|8}}b2;;a2;$mja;78;3; °[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];4464;32;-228;874;238;67;958;tm;{{tri1|5}}b1;°ade;tF;2.5;38;957;-507;103;1490;{{tri1|5}}b1;;b1;°ade;39;5; $[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];3095;60;-400;785;222;112;432;tF;{{tri1|4}}a2;$ant;tF;4.8;28;888;-194;142;833;{{tri1|4}}a2;;b2;°cvi;30;7; [[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];4024;;;;;;;;{{tri1|11}}c2;eco;tm;7.6;-18;934;79;61;1389;{{tri1|11}}c2;;b2;°ase;25;8; §[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];4213;;;;;;;;{{tri1|16}}c5;§spl;tf;10.3;-50;915;162;30;1618;{{tri1|16}}c5;;b1;°rru;20;6; [[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];4216;48;-359;861;249;167;645;tF 51;{{tri1|9}}c1;bsu;tF;12;-27;954;75;104;1424;{{tri1|9}}c1;;c1;bsu;18;9; &[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];7223;;;;;;;;{{tri1|19}}d2;&pmq;Sm;-13;112;937;287;51;3257;{{tri1|19}}d2;;c1;cbn;27;10; [[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];2493;;;;;;;;{{tri1|10}}c1;cbn;tm;8.8;-32;932;121;41;1171;{{tri1|10}}c1;;c2;eco;43;11; &[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];5623;;;;;;;;{{tri1|18}}d2;&cbei;Sf;-13;15;935;38;8;2571;{{tri1|18}}d2;;c2;myr;68;12; §[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];2039;;;;;;;;{{tri1|15}}c4;§afn;tm;9.5;-42;904;147;45;791;{{tri1|15}}c4;;c3;§abra;96;13; °[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];8197;;;;;;;;{{tri1|7}}b2;°ase;SF;-18;182;976;337;149;2619;{{tri1|7}}b2;;c3;§rtb;191;14; &[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];1773;;;;;;;;{{tri1|21}}d3;&'''blo;tf;28;-174;897;207;36;786;{{tri1|21}}d3;;c4;§afn;183;15; $[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];1729;47;-300;711;213;88;309;tF;{{tri1|3}}a2;$mja;SF;-6.2;87;964;468;105;623;{{tri1|3}}a2;;c5;§spl;336;16; &[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];3943;;;;;;;;{{tri1|17}}d1;&mba;SF;-6.7;100;789;495;209;2156;{{tri1|17}}d1;;d1;&mba;348;17; [[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];3555;;;;;;;;{{tri1|12}}c2;myr;tF;7.8;-12;897;51;86;1265;{{tri1|12}}c2;;d2;&cbei;708;18; $[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];1800;23;-124;774;180;48;377;tm;{{tri1|2}}a1;$pmg;SF;-35;327;973;311;286;510;{{tri1|2}}a1;;d2;&pmq;813;19; §[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];1667;;;;;;;;{{tri1|13}}c3;§abra;tF;21;-104;912;165;85;548;{{tri1|13}}c3;;d3;&'''scc;71;20; &[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];1805;;;;;;;;{{tri1|20}}d3;&'''scc;SF;-17;162;949;318;162;622;{{tri1|20}}d3;;d3;&'''blo;138;21; </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Corrélations_400_et_faibles_fréquences|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences]] *Légende <pre> ;;12.2.22 Paris;Corrélations x+/c+;;;;;;;;;;Faibles fréquences;;;;;;;;;;;;; ;;;effectifs diagramme;;Corrélations;;;;;;;;1-30 ‰ ;;;teff;;0 ‰;;<0 ‰;;eff40;;corel40;classe; ;;gen;x+;c+;41-250;41-200;diff;1-250;mini;clx+;;gen;x+; c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+; c+;x+/c+;clx+; °rru;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];874;2056;611;193;418;792;min40;{{tri1|6}}b1;;°[[:image:Pro1-2.png|rru]];169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;{{tri1|6}}b1;°rru §rtb;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];118;402;148;-105;253;-165;min30;{{tri1|14}}c3;;§[[:image:Pr-bc1.png|rtb]];51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;{{tri1|14}}c3;§rtb $pub;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];218;537;883;857;26;852;min20;{{tri1|1}}a1;;$[[:image:Pro1-2.png|pub]];317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;{{tri1|1}}a1;$pub °cvi;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];1008;2320;891;858;33;549;min30;{{tri1|8}}b2;;°[[:image:Pro-2.png|cvi]];112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;{{tri1|8}}b2;°cvi °ade;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];1229;2242;758;624;134;897;min50;{{tri1|5}}b1;;°[[:image:Pro-2.png|ade]];221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;{{tri1|5}}b1;°ade $ant;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];601;1616;538;271;267;886;min40;{{tri1|4}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|ant]];281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;{{tri1|4}}a2;$ant eco;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];1003;2130;440;296;144;-64;min20;{{tri1|11}}c2;;[[:image:Pro-2.png|eco]];63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;{{tri1|11}}c2;eco §spl;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];1071;2215;784;735;49;-202;min10;{{tri1|16}}c5;;§[[:image:Pro1-2.png|spl]];37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;{{tri1|16}}c5;§spl bsu;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];1028;2444;282;8;274;257;min10;{{tri1|9}}c1;;[[:image:Bac-2.png|bsu]];140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;{{tri1|9}}c1;bsu &pmq;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];1614;4164;-651;-832;181;-825;min10;{{tri1|19}}d2;;&[[:image:Bac1-2.png|pmq]];32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;{{tri1|19}}d2;&pmq cbn;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];489;1701;508;548;-40;-112;min20;{{tri1|10}}c1;;[[:image:Bac1-2.png|cbn]];65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;{{tri1|10}}c1;cbn &cbei;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];946;3399;-377;-510;133;-646;min10;{{tri1|18}}d2;;&[[:image:Bac-2.png|cbei]];26;244;0.11;1219;4404;0;4;9;88;35;954;272;{{tri1|18}}d2;&cbei §afn;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];328;1323;101;-26;127;-407;min10;{{tri1|15}}c4;;§[[:image:Bac-2.png|afn]];46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;{{tri1|15}}c4;§afn °ase;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];2398;3558;940;922;18;725;min40;{{tri1|7}}b2;;°[[:image:Bac-2.png|ase]];135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;{{tri1|7}}b2;°ase &'''blo;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];448;993;537;406;131;255;min20;{{tri1|21}}d3;;&[[:image:Pr-bc1.png|blo]];89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;{{tri1|21}}d3;&'''blo $mja;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];406;1047;571;326;245;857;min30;{{tri1|3}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|mja]];239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;{{tri1|3}}a2;$mja &mba;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];705;1651;-221;-330;109;-477;min10;{{tri1|17}}d1;;&[[:image:Bac1-2.png|mba]];45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;{{tri1|17}}d1;&mba myr;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];828;2081;764;649;115;41;min20;{{tri1|12}}c2;;[[:image:Pro1-2.png|myr]];71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;{{tri1|12}}c2;myr $pmg;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];559;895;802;728;74;915;min40;{{tri1|2}}a1;;$[[:image:Bac-2.png|pmg]];326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;{{tri1|2}}a1;$pmg §abra;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];256;934;797;716;81;59;min10;{{tri1|13}}c3;;§[[:image:Pro1-2.png|abra]];94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;{{tri1|13}}c3;§abra &'''scc;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];416;961;530;440;90;49;min10;{{tri1|20}}d3;;&[[:image:Bac1-2.png|scc]];118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;{{tri1|20}}d3;&'''scc </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Taux_des_x+_dans_les_diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400]] *Légende <pre> 12.2.22;;;gen;x+;c+;%x+ 1;x+;c+;%x+ 31;x+;c+;%x+ t;t-1;31-1;clx+ 1;°rru;;°[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];874;2056;30;726;1509;32;972;2131;31;1.5;<u>2.7;{{tri1|6}}b1 2;§rtb;;§[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];118;402;'''23;112;284;'''28;189;505;27;'''4.5;5.6;{{tri1|14}}c3 3;$pub;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];218;538;29;149;200;43;239;595;29;-0.2;'''13.9;{{tri1|1}}a1 4;°cvi;;°[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];1008;2320;30;895;1621;36;1115;2410;32;1.3;5.3;{{tri1|8}}b2 5;°ade;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];1229;2242;35;958;1490;39;1320;2325;36;0.8;3.7;{{tri1|5}}b1 6;$ant;;$[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];601;1616;27;432;833;34;639;1694;27;0.3;7.0;{{tri1|4}}a2 7;eco;;[[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];1003;2130;32;940;1389;40;1076;2210;33;0.7;'''8.3;{{tri1|11}}c2 8;§spl;;§[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];1071;2215;33;1031;1618;39;1304;2482;34;1.8;6.3;{{tri1|16}}c5 9;bsu;;[[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];1028;2444;30;884;1629;35;1092;2513;30;0.7;5.6;{{tri1|9}}c1 10;&pmq;;&[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];1614;4164;28;1562;3257;32;1893;4535;29;1.5;4.5;{{tri1|19}}d2 11;cbn;;[[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];489;1701;'''22;457;1171;'''28;543;1776;23;1.1;5.7;{{tri1|10}}c1 12;&cbei;;&[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];946;3399;'''22;921;2571;'''26;1213;4011;23;1.4;4.6;{{tri1|18}}d2 13;§afn;;§[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];328;1323;'''20;313;791;'''28;349;1386;20;0.2;'''8.5;{{tri1|15}}c4 14;°ase;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];2398;3558;40;2072;2619;44;2726;3819;42;1.4;3.9;{{tri1|7}}b2 15;&'''blo;;&[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];448;993;31;408;786;34;502;1044;32;1.4;<u>3.1;{{tri1|21}}d3 16;$mja;;$[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];406;1047;28;309;623;33;447;1063;30;1.7;5.2;{{tri1|3}}a2 17;&mba;;&[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];705;1651;30;673;1297;34;1237;2378;34;'''4.3;4.2;{{tri1|17}}d1 18;myr;;[[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];828;2081;28;769;1265;38;981;2270;30;1.7;'''9.3;{{tri1|12}}c2 19;$pmg;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];559;895;38;377;510;43;604;942;39;0.6;4.1;{{tri1|2}}a1 20;§abra;;§[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];256;934;'''22;232;548;'''30;273;977;22;0.3;'''8.2;{{tri1|13}}c3 21;&'''scc;;&[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];416;961;30;367;622;37;462;993;32;1.5;6.9;{{tri1|20}}d3 </pre> =====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_continus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40]] *Légende *Tableau <pre> Sc+ 40;Diagrammes polynôme de d° 15;;;;;;;;;;;;Pourcentage des tranches de 7 fréquences;;;;;Effectif des tranches de 7 fréquences;;;;; gen;R2;min1;max1;min;max;pente;mx1;mx;pente0;diagr;type;gen;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;total '''rtb;$721;5;8;2;7;&'''1.7;4;13;&-10.7;$131;pr1;'''rtb;&'''39;&27;&18;10;'''6;48;33;22;13;8;124 '''pub;&981;6;8;13;13;$0;2;58;&-11.0;&367;pr2;'''pub;$63;$17;$8;'''6;'''6;223;61;27;21;20;352 '''rru;&882;7;11;11;34;&5.8;4;43;&-11.3;&630;pro1;'''rru;&32;&28;&13;15;11;191;167;78;86;66;588 '''cvi;&897;6;10;13;50;&9.3;1;58;&-9.0;&815;pro;'''cvi;&30;&30;&17;11;11;230;232;133;80;86;761 '''ade;&929;5;9;19;51;&8.0;2;63;&-14.7;&876;pro;'''ade;&30;&32;&15;12;11;247;267;122;95;93;824 '''ant;&923;7;9;14;88;&'''37.0;1;109;&-15.8;&836;pro;'''ant;&'''37;&39;&14;'''5;'''6;297;316;112;40;45;810 '''eco;&894;5;9;13;61;&12.0;2;54;&-13.7;&902;pro;'''eco;&27;&35;&17;12;'''8;232;295;146;103;71;847 '''spl;&881;6;10;13;33;&5.0;2;53;&-10.0;&683;pro1;'''spl;&30;&31;&15;13;11;193;202;94;86;73;648 '''bsu;°897;8;12;7;53;°11.5;1;41;°-4.9;°935;bac;'''bsu;°22;°25;°28;15;11;189;220;245;128;96;878 '''pmq;$758;9;14;10;45;°7.0;1;52;°-5.3;°1155;bac1;'''pmq;°25;°19;°22;18;17;255;192;224;181;177;1029 '''cbn;°891;8;12;9;32;°5.8;1;37;°-4.0;°620;bac1;'''cbn;°23;°24;°23;18;12;134;136;133;101;67;571 '''cbei;°873;7;12;8;51;°8.6;1;55;°-7.8;°954;bac;'''cbei;°22;°27;°25;15;11;194;242;220;138;101;895 '''afn;°829;7;12;5;46;°8.2;1;38;°-5.5;°580;bac;'''afn;°25;°30;°26;13;'''7;138;167;143;71;37;556 '''ase;°827;6;10;28;67;°9.8;1;60;°-6.4;°1165;bac-a;'''ase;$29;°28;$15;12;16;307;298;158;131;166;1060 '''blo;$636;7;10;4;11;°'''2.3;2;15;°'''-2.2;$241;bc1;'''blo;°28;°23;°22;17;10;62;52;50;37;23;224 '''mja;$670;6;9;4;32;&9.3;4;32;&-14.0;&474;pro-a;'''mja;$23;&31;$22;13;10;104;143;102;61;45;455 '''mba;$732;7;10;4;19;°5.0;2;31;-5.4;°428;bac1-a;'''mba;$32;°22;°20;13;12;124;87;79;50;48;388 '''myr;&922;7;12;23;46;&4.6;2;78;&-11.0;&899;pro1-a;'''myr;&'''42;$25;&16;11;'''7;355;213;133;93;61;855 '''pmg;$776;7;9;10;27;°8.5;2;27;°-3.4;°449;bac-b;'''pmg;$35;°25;$16;12;11;146;105;65;50;46;412 '''abra;&895;7;12;4;33;&5.8;1;58;&-9.0;&420;pro1;'''abra;&'''41;&30;&14;10;'''6;165;119;56;39;24;403 '''scc;°855;6;9;4;20;°5.3;1;31;°-5.4;°389;bac1-b;'''scc;$31;°30;$18;13;'''8;113;110;66;46;29;364 ;;;;;;;; ;ant;7;10;14;48;11.3;; ;ant;7;8;14;46;32;; ;;;;;;;; ;;moyenne;7.8;;;;; ;;écart;2.4;;;;; ;;m/e;3.2;;;;; </pre> *<span id="fc40">Données</span> <pre> fc40;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total 0;12;17;9;56;13;1;25;19;10;10;16;21;11;13;33;26;58;12;4;6;17;389 1;58;35;38;109;60;12;41;55;37;58;43;22;18;66;17;52;52;21;10;31;46;883 2;40;63;25;54;59;15;31;39;31;44;51;31;28;78;27;46;58;31;7;27;53;841 3;21;55;20;56;38;8;34;23;13;42;44;12;6;61;25;35;37;38;8;23;29;631 4;29;25;28;24;48;5;27;36;12;30;26;17;32;56;26;34;25;43;13;7;22;572 5;7;19;13;22;43;9;19;17;17;25;13;23;11;29;18;28;26;29;2;13;16;399 6;6;24;9;18;28;9;21;16;13;13;12;15;4;42;23;32;13;18;5;4;13;340 7;4;26;5;14;31;4;16;8;11;18;23;4;5;23;10;28;12;11;3;8;14;281 8;15;37;7;46;37;8;7;15;9;13;15;4;15;32;11;12;13;22;7;11;29;370 9;16;51;19;88;53;6;16;23;10;41;56;8;32;25;27;10;12;14;7;20;29;568 10;12;38;16;48;67;11;19;17;19;50;58;19;28;23;14;21;8;15;2;20;33;539 11;19;32;28;43;49;10;32;48;22;42;48;16;16;41;19;23;5;34;5;12;27;571 12;33;42;46;45;33;7;54;51;32;26;39;8;22;46;14;38;7;30;5;15;35;628 13;13;39;29;31;33;7;46;41;22;35;22;19;17;19;14;43;6;26;3;16;20;501 14;11;28;22;15;26;3;47;47;22;25;37;13;13;27;6;45;10;26;4;16;29;472 15;13;26;37;19;23;14;52;43;23;21;23;12;13;16;12;39;2;13;5;12;15;433 16;7;23;24;19;28;8;31;29;20;28;20;13;14;19;10;34;3;13;5;8;10;366 17;6;16;10;12;23;9;41;25;16;19;19;11;10;24;11;25;3;16;1;7;13;317 18;11;19;25;22;12;5;44;38;20;17;19;13;17;19;11;36;6;9;3;15;20;381 19;7;14;12;16;17;3;23;23;14;18;14;7;18;21;6;29;4;10;3;7;14;280 20;7;12;15;8;35;4;29;30;20;14;23;15;14;19;13;24;5;12;3;12;10;324 21;5;12;20;16;20;7;25;32;20;16;17;8;16;15;2;37;4;5;2;5;12;296 22;7;17;13;7;24;6;29;25;17;13;18;8;11;15;7;32;4;12;2;6;12;285 23;14;13;11;6;23;8;22;18;12;7;13;4;9;15;4;23;3;11;0;9;13;238 24;4;8;9;4;14;4;24;21;13;18;19;14;11;18;8;45;5;10;4;8;19;280 25;5;14;9;4;18;6;15;23;19;10;10;4;12;14;5;28;2;16;3;6;3;226 26;5;14;5;10;24;7;12;22;10;13;14;6;9;10;6;15;3;8;2;9;9;213 27;3;9;14;5;14;3;12;18;17;7;14;10;6;9;11;24;2;13;0;3;21;215 28;1;20;10;4;14;3;14;11;13;12;8;4;3;12;9;14;2;16;2;5;9;186 29;3;7;3;12;28;4;17;16;12;13;9;4;6;10;8;25;3;14;2;3;11;210 30;4;14;10;6;17;2;15;18;14;11;14;10;8;12;11;30;2;11;0;1;11;221 31;4;13;5;8;22;6;16;18;11;17;7;2;4;8;3;26;3;9;0;7;17;206 32;6;14;5;1;34;3;12;13;5;12;7;6;4;14;9;20;5;10;2;2;9;193 33;3;15;3;8;20;2;18;11;11;13;7;8;11;5;7;26;1;7;3;3;8;190 34;1;19;5;5;23;4;7;12;8;11;8;7;11;9;1;20;2;11;0;8;9;181 35;3;11;6;5;22;2;11;13;6;9;7;11;1;3;7;31;4;4;1;5;8;170 36;6;9;3;5;19;3;13;9;8;11;15;8;4;10;11;23;4;7;1;5;6;180 37;4;15;8;6;23;3;5;8;11;9;7;9;3;8;6;24;3;10;2;2;6;172 38;3;8;3;4;29;2;11;11;8;9;7;11;5;7;6;24;1;6;0;7;10;172 39;2;6;6;7;14;9;21;15;10;10;8;6;7;13;6;27;4;9;2;9;7;198 40;2;14;4;4;20;0;7;16;12;15;7;6;0;6;8;28;3;10;2;2;6;172 reste;547;1446;796;810;2688;803;1557;3042;1143;1599;1375;1932;586;1362;467;3361;175;1498;371;606;1786;27950 total;979;2339;1385;1702;3866;1045;2518;4015;1773;2424;2212;2381;1071;2274;949;4543;600;2140;506;1001;2486;42209 diagr;420;876;580;836;1165;241;936;954;620;815;821;428;474;899;449;1156;367;630;131;389;683;13870 </pre> =====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_discontinus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40]] *Légende <pre> 13.9.21 Paris;;publié;;;;;;;;;;;;; Sx+ 40;;;;; gen;poly3;mod3;tot;diagr;note ;;;;; '''rru;°253;5;12;175; '''rtb;;;;8; '''pub;;;;88; '''cvi;499;8;11;130; '''ade;443;8;11;304; '''ant;574;°'''1;9;186; '''eco;'''647;6;11;129;parabole '''spl;;;;69; '''bsu;'''789;5;9;302;croit '''pmq;;;;68; '''cbn;;;;56; '''cbei;;;;35; '''afn;;;;36; '''ase;°315;10;17;389;P15 611 '''blo;;;;54; '''mja;467;4;12;113; '''mba;;;;51; '''myr;;;;97; '''pmg;'''831;5;7;196;décroit '''abra;;;;41; '''scc;;;;60; ;;;;; ;Modulo 3;total;prévu;; ;5;7;;; ;16;22;;; ;10;17;;; ;5;9;;; ;6;11;;; ;5;12;;; ;47;78;26;; ;Jusqu’à 129;;;; ;51;90;30;; ;Jusqu’à 113;;;; </pre> =====Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Intercalaires_entre_tRNA_et_rRNA_en_continu_discontinu|Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu]] *Les tRNA-tRNA x+ <pre> ;tRNA-tRNA; ;x+;pbs aua;ggc-atgf;404 ;ttc-acc;161 ;gac-gta;270 ;ccg-caa;173 ase;gga-cca;130 mja;atgj-ctc;91 ;acc-caa;178 ksk;cca-gga;151 mba;gcc-atc;223 mfe;gcc-atc;227 fps;ttg-cta;290 vpb;cgt-cgt;56 "8 cgt avec 6 intercalaires 56-57 et 1 de 210" rtb;cgg-caa;60 ;gac-gcc;1051 rpl;cgg-caa;49 ;gac-gcc;830 agr;atgj-ggc;793 ;gac-gta;446 lbu;gaa-ctt;151 npu;atgj-atgj;-1 </pre> *'''Tableau''' <pre> tRNA rRNA continu discontinu;;;;;;;;les génomes à discontinu;;; type;total;c+;x+;c-;x-;x+%;;gen;x+;gen;x+ tRNA;1745;1714;19;1;0;1,1;;ase;1;; t-rRNA;814;810;4*;0;0;;;ksk;1;vpb;1 rRNA;1043;1043;0;0;0;;;mja;2;rtb;2 aa interne;127;127;0;0;0;;;mba;1;rpl;2 genomes;50;50;13;;;26;;mfe;1;agr;2 4*;cdc8;aaa-5s;23s’-16s;16s’-16s’;16s-5s;;;fps;1;aua;4 adresse;;4229303;4229975;4189696;4179150;;;npu;c-;lbu;1 ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;c- (-1pbs);; </pre> ===Les blocs à tRNA=== ===Les cds dans les blocs à tRNA=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds_dans_les blocs à tRNA|cds]] <pre> 27.9.20 Paris;;Les cds dans les blocs tRNA sans rRNA;;;d’après les annexes ;;;;; ;;;;; génome;sens;adresse;nom;cds aa;intercal [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma|gamma]];autres rien;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal]];comp ;2042057..2043241 ;tuf1 ;395;117 ;comp ;2043359..2043431;;acc gga tac aca; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_opérons|eco]];comp ;1287087..1287176 ;tpr ;30;67 ;comp ;1287244..1287328 ;;tac tac; ;;4175754..4175829;;acc aca tac gga;114 ;;4175944..4177128 ;tufb ;395; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_opérons|ecoN]];comp ;2192566..2192655;;tcg;93 ;;2192749..2193546 ;DgsA;266;100 ;;2193647..2193722;;aac; ;comp ;2236186..2236261;;aac;4 ;;2236266..2237909 ;YeeO;548;100 ;;2238010..2238085;;aac; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed]];comp ;3913378..3913454;;tgg;52 ;comp ;3913507..3914691 ;cds;395;171 ;comp ;3914863..3914937;;gga ; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha|alpha]];;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm]];comp ;659042..659116 ;;gtc ;155 ;comp ;659272..660159 ;hydrolase;296;106 ;comp ;660266..660340;;gtc ; ;comp ;2114823..2114899;;aga;55 ;comp ;2114955..2115251 ;ETC;96;71 ;comp ;2115323..2115399;;cca ; ; ;2632171..2632246 ;;gcc ;166 ;< ;2632413..2632965 ;transposase;184;-41* ;;2632925..2633473 ;hp;183;30 ;comp ;2633504..2633579 ;;aca ;93 ;comp ;2633673..2634200 ;transferase;176;271 ;comp ;2634472..2634561 ;;tcg; ;;2863981..2864056;aca;;15 ;;2864072..2864317 ;DUF2829;82;8 ;;2864326..2864401;aaa;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru]];;1934224..1934300;;cca ;63 ;;1934364..1934663 ;ETC;100;12 ;;1934676..1934752;;aga; ;comp ;3124836..3125033 ;translocase;66;151 ;comp ;3125185..3125260 ;;tgg ;343 ;comp ;3125604..3126794 ;ef tu;397;93 ;comp ;3126888..3126961 ;;gga ; ;comp ;3126989..3127074 ;;tac ;37 ;;3127112..3128158 ;RlmB;349;57 ;;3128216..3128291 ;;aca ;127 ;;3128419..3128652;hp;78; ;;3378495..3378569;;acc;237 ;;3378807..3379370 ;hp;188;234 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan]];comp ;2040234..2040453 ;hp;73;91 ;;2040545..2040629 ;;tac ; ;;2040654..2040727 ;;gga ;6 ;comp ;2040734..2040916 ;hp;61;-50* ;;2040867..2042042 ;ef Tu;392;65 ;;2042108..2042183 ;;tgg ;420 ;;2042604..2042804 ;translocase;67; ;comp ;2697238..2697314;;aga;123 ;comp ;2697438..2697743 ;ETC;102;156 ;comp ;2697900..2697976;;cca ; 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;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;; ;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;; ;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;; ;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;;;;;;;; ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;;;;;;;; ;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;;;;;;;; ;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;;;;;;;; ;tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;; ;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2;;;;;;;;; ;cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;;;;;;;; ;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6;;;;;;;;; ;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; ;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; 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;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga;;;;;;;;;; ;cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;; ;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;; ;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; ;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;; ;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; ;fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;11 ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 ;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 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aaa3;tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;;;;;;;; caa2;ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;;;;;;;; cag2;cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;;;;;;;; atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;;;;;;;; cgt4;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;;;;;;;; ggc3;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;;;;;;;; ;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;; séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;;;;;;;; (aaa gta)2 aaa3;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;;;;;;;; ;eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;29;;;;;;29;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;34;;;;;;;;;20;;;;;;;;;44;;;;;;;;; 3 gtc2;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;;;;;;;; gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;;;;;;;; 2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;;;;;;;; gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;;;;;;;; tac2;ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;;;;;;;; aaa3;atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;;;;;;;; atgf3;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;;;;;;;; ggc3;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;;;;;;;; atc :;tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;;;;;;;; 4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;;;;;;;; gaa :;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;;;;;;;; 7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;;;;;;;; acc :;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;;;;;;;; 2 5s >aa aa;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s >aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;;;;;;;; ;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;; gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;;;;;;;; séquences;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; (aaa gta)2 aaa3;ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;912;;;;;;;;;1047;;;;;;;;;493;;;;;;;;;751 ;atgi;30;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;7;tct;0;tat;0;atgf;36;;atgi;2;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;14;tct;0;tat;0;atgf;31 ;att;0;act;3;aat;0;agt;1;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0 ;ctt;4;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0 ;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0 ;ttc;21;tcc;37;tac;7;tgc;16;;ttc;35;tcc;6;tac;44;tgc;38;;ttc;9;tcc;2;tac;28;tgc;4;;ttc;28;tcc;10;tac;26;tgc;17 ;atc;4;acc;18;aac;28;agc;18;;atc;7;acc;22;aac;35;agc;34;;atc;2;acc;5;aac;22;agc;0;;atc;15;acc;9;aac;38;agc;15 ;ctc;30;ccc;28;cac;14;cgt;15;;ctc;15;ccc;1;cac;34;cgt;19;;ctc;2;ccc;0;cac;11;cgt;49;;ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30 ;gtc;19;gcc;16;gac;14;ggc;17;;gtc;11;gcc;14;gac;54;ggc;59;;gtc;28;gcc;25;gac;13;ggc;43;;gtc;5;gcc;1;gac;41;ggc;38 ;tta;18;tca;36;taa;0;tga;9;;tta;31;tca;12;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;4;taa;0;tga;0;;tta;24;tca;19;taa;0;tga;0 ;ata;1;aca;19;aaa;17;aga;29;;ata;1;aca;43;aaa;44;aga;21;;ata;0;aca;7;aaa;25;aga;2;;ata;0;aca;33;aaa;41;aga;15 ;cta;21;cca;20;caa;19;cga;3;;cta;32;cca;39;caa;37;cga;7;;cta;8;cca;4;caa;12;cga;0;;cta;20;cca;33;caa;29;cga;0 ;gta;13;gca;4;gaa;15;gga;15;;gta;54;gca;7;gaa;52;gga;45;;gta;26;gca;0;gaa;25;gga;6;;gta;51;gca;17;gaa;42;gga;25 ;ttg;34;tcg;26;tag;0;tgg;31;;ttg;8;tcg;5;tag;0;tgg;13;;ttg;2;tcg;0;tag;0;tgg;2;;ttg;7;tcg;2;tag;0;tgg;12 ;atgj;15;acg;28;aag;18;agg;31;;atgj;39;acg;5;aag;12;agg;1;;atgj;6;acg;0;aag;16;agg;0;;atgj;23;acg;2;aag;0;agg;0 ;ctg;20;ccg;15;cag;9;cgg;24;;ctg;16;ccg;4;cag;14;cgg;10;;ctg;28;ccg;8;cag;10;cgg;0;;ctg;9;ccg;1;cag;0;cgg;0 ;gtg;10;gcg;13;gag;9;ggg;20;;gtg;5;gcg;5;gag;5;ggg;6;;gtg;8;gcg;3;gag;12;ggg;0;;gtg;0;gcg;0;gag;1;ggg;1 ;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;total;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;751;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;(sans abra apl 729);;; </pre> ===Les totaux des types=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_totaux_des_types|Les totaux des types]] <pre> bacts;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total ;1047;912;13;751;11;304;493;135;3666 </pre> ===La référence +5s >3=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#La_référence_+5s_>3|La référence +5s >3]] <pre> La référence;;;;;;; +5s;sans 1-3aas;;729;;;; atgi;12;tct;;tat;;atgf;29 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;26;tcc;10;tac;26;tgc;17 atc;15;acc;9;aac;38;agc;15 ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30 gtc;5;gcc;1;gac;39;ggc;38 tta;22;tca;17;taa;;tga; ata;;aca;31;aaa;39;aga;15 cta;20;cca;33;caa;29;cga; gta;49;gca;15;gaa;42;gga;25 ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;12 atgj;21;acg;2;aag;;agg; ctg;9;ccg;1;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1 ;;;;;;; faible 21;19;0.9;;;;; moyen 16;236;14.8;;;;; fort 14;474;33.9;;;;; ;729;;;;;; g+cga 10;7;0.7;;;;; agg+cgg;0;;;;;; 4 ccc;12;3.0;;;;; autres 5;0;;;;;; ;19;;;;;; </pre> ===totaux par rapport au groupe de référence=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#totaux_par_rapport_au_groupe_de_référence|totaux par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;317;124;114;19;2;7;583; 16;moyen;345;327;80;246;43;253;1294; 14;fort;250;596;299;486;90;68;1789; ; ;912;1047;493;751;135;328;3666; 10;g+cga;151;68;57;7;;;283; 2;agg+cgg;55;11;;12;1;;79; 4;carre ccc;93;41;55;;1;7;197; 5;autres;18;4;2;;;;24; ;;317;124;114;19;2;7;583; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;86;34;31;5;1;2;159;26 16;moyen;94;89;22;67;12;69;353;324 14;fort;68;163;82;133;25;19;488;650 ; ;249;286;134;205;37;89;3666;729 10;g+cgg;41;19;16;2;;;77;10 2;agg+cga;15;3;;3;0.3;;22; 4;carre ccc;25;11;15;;0.3;2;54;16 5;autres;5;1.1;0.5;;;;7; ;;86;34;31;5;0.5;2;159; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;129;51;46;226;26;35;12;23 16;moyen;141;133;33;307;324;38;31;16 14;fort;102;243;122;467;650;27;57;61 ; ;372;427;201;2452;729;912;1047;493 10;g+cgg;62;28;23;113;10;48;55;50 2;agg+cga;22;4; ;27;;17;9; 4;carre ccc;38;17;22;77;16;29;33;48 5;autres;7;2;0.8;10;;6;3;2 ;;129;51;46;226;;317;124;114 </pre> ==Caractérisation des tRNAs== ===Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Caractérisation_d'un_tRNA_par_les_4_processus_+5s_1aa_>1aa_duplication|Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication]] <pre> gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;;; atgi;14;30;7;2;tct;;;;;tat;;;;;atgf;31;30;36;30;;; att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;; ctt;;4;3;2;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;; gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;; ttc;28;21;35;9;tcc;10;37;6;2;tac;26;7;44;28;tgc;17;16;38;4;;tener2;2*11 atc;15;4;7;2;acc;9;18;22;5;aac;38;28;35;22;agc;15;18;34;;;atgi j f;tca ctc;4;30;15;2;ccc;2;28;1;;cac;20;14;34;11;cgt;30;15;19;49;;ttc;aca gtc;5;19;11;28;gcc;1;16;14;25;gac;41;14;54;13;ggc;38;17;59;43;;tta;gca tta;24;18;31;2;tca;19;36;12;4;taa;;;;;tga;;9;;;;gta;gac ata;;1;1;0;aca;33;19;43;7;aaa;41;17;44;25;aga;15;29;21;2;;aaa;+5s cta;20;21;32;8;cca;33;20;39;4;caa;29;19;37;12;cga;;3;7;;;; gta;51;13;54;26;gca;17;4;7;;gaa;42;15;52;25;gga;25;15;45;6;;; ttg;7;34;8;2;tcg;2;26;5;;tag;;;;;tgg;12;31;13;2;;; atgj;23;15;39;6;acg;2;28;5;;aag;;18;12;16;agg;;31;1;;;; ctg;9;20;16;28;ccg;1;15;4;8;cag;;9;14;10;cgg;;24;10;;;; gtg;;10;5;8;gcg;;13;5;3;gag;1;9;5;12;ggg;1;20;6;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;200;240;264;125;;129;263;163;58;;238;150;331;174;;184;259;289;136;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;751;912;1047;493;;3203;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Pour 1000;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;;; atgi;19;33;7;4;tct;;;;;tat;;;;;atgf;41;33;34;61;;; att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;; ctt;;4;3;4;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;; gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;; ttc;37;23;33;18;tcc;13;41;6;4;tac;35;8;42;57;tgc;23;18;36;8;;; atc;20;4;7;4;acc;12;20;21;10;aac;51;31;33;45;agc;20;20;32;;;; ctc;5;33;14;4;ccc;3;31;1;;cac;27;15;32;22;cgt;40;16;18;99;;; gtc;7;21;11;57;gcc;1;18;13;51;gac;55;15;52;26;ggc;51;19;56;87;;; tta;32;20;30;4;tca;25;39;11;8;taa;;;;;tga;;10;;;;; ata;;1;1;;aca;44;21;41;14;aaa;55;19;42;51;aga;20;32;20;4;;; cta;27;23;31;16;cca;44;22;37;8;caa;39;21;35;24;cga;;3;7;;;; gta;68;14;52;53;gca;23;4;7;;gaa;56;16;50;51;gga;33;16;43;12;;; ttg;9;37;8;4;tcg;3;29;5;;tag;;;;;tgg;16;34;12;4;;; atgj;31;16;37;12;acg;3;31;5;;aag;;20;11;32;agg;;34;1;;;; ctg;12;22;15;57;ccg;1;16;4;16;cag;;10;13;20;cgg;;26;10;;;; gtg;;11;5;16;gcg;;14;5;6;gag;1;10;5;24;ggg;1;22;6;;;; </pre> ====Construction du tableau avec les sous-totaux==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|Construction du tableau avec les sous-totaux]] *Lien tableur au tableau de contrôle: [[#Les_totaux_des_g%C3%A9nomes_par_type|tableau]] *Notes: Pour le 1er tRNA d'une colonne je somme sur une colonne de type, des sous totaux ci-dessous, et je copie "formule" pour les autres tRNAs de la colonne. Je récupère l'argument de cette somme sur un txt. Pour les arguments des 2 autres types (colonne) je change le nom de la colonne dans txt et je copie l'argument dans SOMME(). *Les sous-totaux: D'abord j'ai sommé le total (totaux de la fin du tableau de contrôle). Je repère les lignes de chaque clade pour faire le sous-total du clade. Ce n'est pas la peine de cliquer sur chaque case. Il suffit de récupérer l'argument de la somme de tous les génomes d'une colonne et de découper cet argument d'après le relevé des lignes de chaque clade. <pre> bact2;;;;;;;121;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63;;bact2;;;;;;;0 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;9;gca;;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;1 -16s tac;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;;;tener2;;;;;;;22 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; 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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6 1-3aas aac;2 -16s tac;; cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4;;cyano2;;;;;;; atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;10;109;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38;;;;;;;;; atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;; atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc;;;;;;;;;; ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;;;;;;;;; gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2;;;;;;;;; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;; cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;; ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;;;;;;;; ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg;;;;;;;;;; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; ;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; clos8;;;;;;;628;;clos8;;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302 atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11 att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 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;;+16s;gca;atc;aaa;gta;gcc;gaa;total;;;alpha;gama;baci;clos;tener;; ;;gama;29;23;8;8;2;33;103;;atgf;23;;2;2;;; ;;clos;26;11;;;5;;42;;gac;;23;2;1;;; ;;afn;2;2;;;;;4;;aac;;;4;7;6;; ;;baci;16;15;;;;;31;;acc;;9;1;1;;; ;;alpha +bd;37;43;;;;;80;;tgg;;8;;1;;; ;;b t c;21;23;;;;;44;;tca;;4;;;;; ;;actino;0;0;0;0;0;0;0;;gaa;;1;;2;;; ;;total;131;117;8;8;7;33;304;;tcc;;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;23;45;10;14;6;; ;;;;;;;;;;;autres;;;;37;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;+16s;;;référence +5s;;;;304;;total 1-3aas;;;;;;;135 ;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27 ;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; ;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1 ;;atc;117;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;11;aac;17;agc; ;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt; ;;gtc;;gcc;7;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4 ;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1 ;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; ;;gta;8;gca;131;gaa;33;gga;;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1 ;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9 ;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 ;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;;inter;;max;;min;;total;;;;;;;;; ;;;248;;49;;7;;304;;alpha gama;;clostridia;;;baci clos tener;;baci ;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;-16s;-5s;;référence +5s;;;;24;;total 1-3aas;;;référence +5s;;;;135 -16s;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27 2 gga;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 2 tac;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; aac;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; agc;;ttc;;tcc;1;tac;2;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1 atc;;atc;1;acc;;aac;6;agc;1;;atc;;acc;11;aac;17;agc; cgt;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt; gca;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4 tca;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; tcc;;ata;;aca;3;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1 ;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; -5s;;gta;;gca;1;gaa;;gga;7;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1 3 aca;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9 5 gga;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; 5 aac;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 ;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;;inter;;max;;min;;total;;*;inter;;max;;min;;total ;;;5;;19;;0;;24;;;43;;90;;2;;135 </pre> ====Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_processus_+16s_et_1-3aas_des_fiches_mémoires|Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires]] <pre> +16s;;;référence +5s;;;;3957;;+16s;;;;;;;1000 atgi;;cds;121;16s;1039;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1235;acc;;aac;;agc;;;atc;442;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;11;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;11;aga;;;ata;;aca;;aaa;4;aga; cta;;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga; gta;13;gca;1249;gaa;272;gga;;;gta;5;gca;447;gaa;97;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total ;2484;;302;;11;;2797;;;888;;108;;4;;1000 ;;;;;;;;;;;;;;;; 1-3aas;;;;;;;736;;1-3aas;;;;;;;1000 atgi;15;tct;;tat;;atgf;172;;atgi;20;tct;;tat;;atgf;234 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;2;tac;12;tgc;7;;ttc;29;tcc;3;tac;16;tgc;10 atc;3;acc;82;aac;73;agc;1;;atc;4;acc;111;aac;99;agc;1 ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;4;;ctc;3;ccc;;cac;3;cgt;5 gtc;;gcc;;gac;172;ggc;12;;gtc;;gcc;;gac;234;ggc;16 tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;7;tca;7;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;17;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;23;aga;1 cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga; gta;5;gca;14;gaa;7;gga;12;;gta;7;gca;19;gaa;10;gga;16 ttg;;tcg;;tag;;tgg;78;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;106 atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;3 gtg;1;gcg;;gag;;ggg;2;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3 ;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total ;218;;510;;8;;736;;;296;;693;;11;;1000 </pre> ====Classement des tRNAs avec les 8 processus==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_tRNAs_avec_les_8_processus|Classement des tRNAs avec les 8 processus]] <pre> ;Classement des tRNAs;;;;À 1000 par processus;;;;;;;;; ;+5s;1aa;>1aa;dup;1-3aas;+16s;;;+5s;1aa;>1aa;dup;1-3aas;+16s atgf;41;33;34;61;234;1;;tca;25;39;11;8;7;- aac;51;31;33;45;99;-;;aga;20;32;20;4;1;- I;;;;;;;;atgi;19;33;7;4;20;- gaa;56;16;50;51;10;97;;tcc;13;41;6;4;3;- gac;55;15;52;26;234;-;;ttg;9;37;8;4;-;- gta;68;14;52;53;7;5;;ctc;5;33;14;4;3;- aaa;55;19;42;51;23;4;;I;;;;;; ggc;51;19;56;87;16;-;;ccc;3;31;1;0;-;- tac;35;8;42;57;7;-;;tcg;3;29;5;0;-;- II;;;;;;;;acg;3;31;5;0;1;- aca;44;21;41;14;1;-;;agg;0;34;1;0;-;- cca;44;22;37;8;1;2;;cgg;0;26;10;0;3;- caa;39;21;35;24;1;-;;ggg;1;22;6;0;3;- ttc;37;23;33;18;29;-;;II;;;;;; gga;33;16;43;12;16;-;;ctg;12;22;15;57;1;- tta;32;20;30;4;7;-;;gtc;7;21;11;57;-;- atgj;31;16;37;12;1;-;;gcc;1;18;13;51;-;4 cta;27;23;31;16;-;-;;aag;0;20;11;32;-;- cac;27;15;32;22;3;-;;gag;1;10;5;24;-;- III;;;;;;;;cag;0;10;13;20;-;- tgc;23;18;36;8;10;-;;ccg;1;16;4;16;-;- agc;20;20;32;0;1;-;;gtg;0;11;5;16;1;- IV;;;;;;;;gcg;0;14;5;6;-;- cgt;40;16;18;99;5;-;;III;;;;;; V;;;;;;;;cga;0;3;7;0;-;- gca;23;4;7;0;19;447;;ata;0;1;1;0;-;- atc;20;4;7;4;4;442;;tga;0;10;0;0;-;- ;;;;;;;;IV;;;;;; VI;;;;;;;;ctt;0;4;3;4;-;- acc;12;20;21;10;111;-;;act;0;3;0;0;-;- tgg;16;34;12;4;106;-;;agt;0;1;0;0;-;- </pre> ==Les intercalaires dans les genome.cumuls== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_dans_les_genome.cumuls|Les intercalaires dans les genome.cumuls]] *'''Récapitulatif des chapitres cumuls''' * - ne sont pris en compte que les moyennes en excluant quelques valeurs extrêmes (sans jaunes) * - Les 2 dernières colonnes cdsa et cdsa300 sont en aas. * - 19*, erreur dans la lecture de la colonne ( à corriger ant-cumuls et scc-cumuls) <pre> ;sans rRNA;avec rRNA;cds;cdsd;;cdsa;cdsa 300;notes gamme;200;200;500;500;;1100;330; ;;;;;;;; pub;44;9;50;16;;239;-; rtb;57;-;193;-;;269;176; rru;119;66;148;-;;237;140; cvi;26;86;-;-;;-;-; ade;39;22;-;-;;-;-; ant;25;*19;139;60;;239;-; rpl;56;-;191;-;;243;172; rpm;39;-;147;-;;252;170; oan;138;11;258;-;;256;-; abq;72;30;153;-;;249;166; abs;71;31;151;-;;242;166; agr;33;59;172;-;;185;137; aua;131;-;226;153;;235;158; ;;;;;;;; spl;58;-;-;-;;-;-; vpb;43;26;-;-;;-;-; eal;53;-;-;-;;-;-; eco;57;-;-;-;;-;-; ecoN;31;32;178;127;;260;172; vha;46;30;183;86;;240;-; amed;49;-;214;156;;274;-; ;;;;;;;; bsu;14;17;-;-;;-;-; lmo;11;20;-;-;;-;-; lam;14;12;-;-;;-;-; ppm;20;17;193;150;;292;229;cdsj ? pmq;16;14;207;126;;235;213;cdsd ? lbu;14;29;159;114;;275;-; ban;14;15;165;132;;191;-; ;;;;;;;; psor;9;10;173;95;;220;-; cdc;14;9;206;165;;286;-; cdc8;14;10;182;155;;208;-; cbc;15;15;-;-;;-;-; cbn;14;14;-;-;;-;-; cle;19;22;-;-;;-;-; hmo;8;8;196;137;;230;-; cbei;18;7;350;195;;328;-; afn;12;-;-;-;;-;-; ;;;;;;;; ase;19;-;147;-;;254;179; blo;34;-;-;-;;-;-; sma;34;-;-;-;;-;-; ksk;33;-;-;-;;-;-; ;;;;;;;; myr;33;-;144;-;;244;189; fps;30;-;135;-;;246;181; ;;;;;;;; pnu;11;-;176;-;;240;188; pmg;10;12;93;-;;248;170; ;;;;;;;; abra;23;22;131;-;;201;148; apal;25;17;122;-;;218;177; ;;;;;;;; scc;32;*;188;124;;299;-; ;;;;;;;; mja;29;18;152;-;;253;194; mba;51;-;210;-;;186;158; mfi;35;-;178;-;;213;171; mfe;55;-;223;-;;207;157; </pre> 3ot9r7944uhuo3sw5e5a7g309axqa5a 880699 880695 2022-07-24T10:00:21Z Mekkiwik 5298 /* blo autres intercalaires aas */ wikitext text/x-wiki {{Annexe | idfaculté = biologie | numéro = 12 | niveau = | précédent = [[../archeo/]] | suivant = [[../Apmq/]] }} __TOC__ ==bacilli== ===Bacillus subtilis=== ====bsu==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#Bacillus subtilis|bsu]] <pre> Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168;;;; 43.6%GC;7.3.19 Paris;86;doubles;intercal ;;;; ;9810..11364;16s;@2;99 ;11464..11540;atc;;11 ;11552..11627;gca;;81 ;11709..14636;23s;;55 ;14692..14810;5s;; ;;;; ; 22292..22384;tca;; ;;;; ;30279..31832;16s;;99 ;31932..32008;atc;;11 ;32020..32095;gca;;81 ;32177..35103;23s;;133 ;35237..35355;5s;; ;;;; ;70181..70257;atg;;9 ;70267..70338;gaa;; ;;;; ;90536..92089;16s;@1;164 ;92254..95181;23s;;55 ;95237..95354;5s;;20 ;95375..95450;gta;;4 ;95455..95530;aca;;36 ;95567..95642;aaa;;6 ;95649..95731;cta;;40 ;95772..95846;ggc;;14 ;95861..95946;tta;;9 ;95956..96032;cgt;;27 ;96060..96136;cca;;9 ;96146..96221;gca;;170 ;96392..97945;16s;;164 ;98110..101037;23s;;55 ;101093..101211;5s;; ;;;; ;160893..162445;16s;;164 ;162610..165535;23s;;55 ;165591..165707;5s;;46 ;165754..165825;aac;;4 ;165830..165902;acc;;56 ;165959..166033;ggc;;30 ;166064..166140;cgt;;27 ;166168..166244;cca;;8 ;166253..166328;gca;;171 ;166500..168053;16s;;164 ;168218..171141;23s;;55 ;171197..171314;5s;;183 ;171498..173049;16s;;164 ;173214..176141;23s;;55 ;176197..176315;5s;; ;;;; ;194205..194279;gaa;;3 ;194283..194358;gta;;4 ;194363..194435;aca;;22 ;194458..194542;tac;;4 ;194547..194621;caa;; ;;;; ;528704..528778;aac;;4 ;528783..528873;agc;;29 ;528903..528974;gaa;;11 ;528986..529060;caa;;26 ;529087..529162;aaa;;11 ;529174..529255;cta;;80 ;529336..529422;ctc;; ;;;; ;635110..635186;cgt;;13 ;635200..635273;gga;;159 ;635433..636987;16s;;167 ;637155..640082;23s;;55 ;640138..640254;5s;;13 ;640268..640344;atgf;;60 ;640405..640481;gac;; ;;;; ;946696..948250;16s;;167 ;948418..951345;23s;;111 ;951457..951572;5s;;9 ;951582..951656;aac;;5 ;951662..951753;tcc;;34 ;951788..951859;gaa;;9 ;951869..951944;gta;;9 ;951954..952030;atgf;;11 ;952042..952118;gac;;12 ;952131..952206;ttc;;5 ;952212..952284;aca;;22 ;952307..952391;tac;;5 ;952397..952470;tgg;;24 ;952495..952570;cac;;9 ;952580..952651;caa;;49 ;952701..952775;ggc;;5 ;952781..952851;tgc;;7 ;952859..952947;tta;@3;265 ;953213..953294;ttg;; ;;;; ;967065..967138;gga;; ;;;; ;1262789..1262861;gtc;; ;;;; comp;2003276..2003348;agg;; ;;;; ;2563889..2563959;caa;; ;;;; comp;2899816..2899889;aga;; ;;;; comp;3171879..3171950;gaa;;25 comp;3171976..3172066;agc;;3 comp;3172070..3172144;aac;;10 comp;3172155..3172231;atc;;15 comp;3172247..3172320;gga;;10 comp;3172331..3172406;cac;;17 comp;3172424..3172499;ttc;;12 comp;3172512..3172588;gac;;11 comp;3172600..3172676;atgf;;17 comp;3172694..3172786;tca;;6 comp;3172793..3172869;atgi;;2 comp;3172872..3172948;atgj;;19 comp;3172968..3173040;gca;;5 comp;3173046..3173122;cca;;15 comp;3173138..3173214;cgt;;9 comp;3173224..3173309;tta;;14 comp;3173324..3173398;ggc;;5 comp;3173404..3173490;ctg;;10 comp;3173501..3173576;aaa;;37 comp;3173614..3173689;aca;;32 comp;3173722..3173797;gta;;20 comp;3173818..3173935;5s;;55 comp;3173991..3176918;23s;;167 comp;3177086..3178640;16s;; ;;;; comp;3194455..3194527;gcc;; ;;;; comp;3545889..3545964;cgg;; ;;;; comp;4154787..4154859;ttc;;35 comp;4154895..4154971;gac;;81 comp;4155053..4155124;gaa;;9 comp;4155134..4155209;aaa;; </pre> ====bsu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_blocs|bsu blocs]] <pre> bsu blocs;;;;;;;;; Types;;;;;;;;; I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2;II3 16s;167;167;164;164;;16s;164;164;164 23s;111;55;55;55;;23s;55;55;55 5s;9;20;46;20;;5s;;; ;5;32;4;4;;;;; ;aac;gta;aac;gta;;;;; ;**15aas;**20aas;**5aas;** 8aas;;;;; III;;;;;;IV;;; 16s;99;99;;;;cgt;13;; atc;11;11;;;;gga;159;; gca;81;81;;;;16s;167;; 23s;55;133;;;;23s;55;; 5s;;;;;;5s;13;; ;;;;;;atgf;60;; ;;;;;;gac;;; Groupes;;;;;;;;; ;16s;164;;;;16s;164;; I3;23s;55;;;I4;23s;55;; ;5s;46;;;;5s;20;; ;aac;4;;;;gta;4;; ;**4aas;8;;;;** 7aas;9;; ;gca;171;;;;gca;170;; II1;16s;164;;;II3;16s;164;; ;23s;55;;;;23s;55;; II2;5s;183;;;;5s;;; ;16s;164;;;;;;; ;23s;55;;;;;;; ;5s;;;;;;;; </pre> ====bsu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_données_intercalaires|bsu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;bsu;fx;fc;bsu;fx40;fc40;bsu;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;25;0;2;25;-1;0;72;134;111;tRNA 16s;;;tRNA tRNA;;contig ;0;10;28;231;1;3;41;-2;0;4;168;179;170;;gca;4;;gta ;0;20;46;398;2;2;31;-3;0;0;199;82;171;;gca;36;;aca ;0;30;70;185;3;3;34;-4;14;229;227;333;159;;gga;6;;aaa ;0;40;158;121;4;2;27;-5;0;0;122;78;16s tRNA;;;40;;cta ;0;50;81;84;5;3;19;-6;2;0;180;193;2* 99;;atc;14;;ggc 1;1;60;22;92;6;0;21;-7;1;11;52;90;tRNA 23s;;;9;;tta ;0;70;21;119;7;5;16;-8;1;75;130;172;2* 81;;gca;27;;cgt ;0;80;32;121;8;3;7;-9;1;0;232;840;5s tRNA;;;9;;cca ;0;90;22;112;9;3;16;-10;1;5;107;93;2* 20;;gta;**;;gca ;0;100;25;91;10;4;19;-11;1;43;383;86;46;;aac;4;;aac 1;1;110;24;106;11;0;32;-12;0;0;223;66;13;;atgf;56;;acc ;0;120;39;87;12;3;53;-13;0;6;;63;9;;aac;30;;ggc 2;2;130;41;86;13;5;46;-14;1;19;;106;tRNA tRNA;;intra;27;;cgt 1;1;140;27;66;14;12;47;-15;0;0;;284;2* 11;;atc gca;8;;cca ;0;150;42;68;15;4;52;-16;1;5;;269;tRNA tRNA;;;**;;gca ;0;160;34;66;16;3;31;-17;0;18;CDS 16s;;9;;atgj;13;;cgt 1;1;170;33;58;17;6;41;-18;0;0;350;349;**;;gaa;**;;gga 1;1;180;29;53;18;5;44;-19;1;4;243;;3;;gaa;60;;atgf ;0;190;25;34;19;5;23;-20;1;11;309;;4;;gta;**;;gac 1;1;200;19;34;20;3;29;-21;0;0;291;;22;;aca;5;;aac ;0;210;28;30;21;2;25;-22;0;2;5s 16s;;4;;tac;34;;tcc ;0;220;17;14;22;2;29;-23;0;8;183;;**;;caa;9;;gaa 2;2;230;24;20;23;3;22;-24;0;0;16s 23s;;4;;aac;9;;gta 1;1;240;16;27;24;7;24;-25;1;1;5* 164;;29;;agc;11;;atgf ;0;250;16;18;25;4;15;-26;0;8;3* 167;;11;;gaa;12;;gac ;0;260;13;13;26;13;12;-27;0;0;23s 5s;;26;;caa;5;;ttc ;0;270;19;16;27;12;12;-28;0;0;8* 55;;11;;aaa;22;;aca ;0;280;13;16;28;3;14;-29;0;6;133;;80;;cta;5;;tac ;0;290;13;6;29;10;17;-30;0;0;111;;**;;ctc;24;;tgg ;0;300;6;9;30;14;15;-31;0;1;5s CDS;;35;;ttc;9;;cac ;0;310;8;8;31;9;16;-32;0;2;175;36;81;;gac;49;;caa ;0;320;5;6;32;10;12;-33;0;0;237;;9;;gaa;5;;ggc ;0;330;1;8;33;16;18;-34;0;1;767;;**;;aaa;7;;tgc ;0;340;8;9;34;11;7;-35;0;3;;;;;;265;;tta ;0;350;5;6;35;16;11;-36;0;0;;;;;;**;;ttg ;0;360;4;4;36;19;13;-37;0;1;;;;;;25;;gaa ;0;370;4;2;37;13;5;-38;0;2;;;;;;3;;agc ;0;380;4;7;38;17;11;-39;0;0;;;;;;10;;aac 1;1;390;5;8;39;26;21;-40;1;1;;;;;;15;;atc ;0;400;1;2;40;21;7;-41;0;8;;;;;;10;;gga ;0;reste;60;49;reste;786;1555;-42;1;0;;;;;;17;;cac 12;12;total;1090;2515;total;1090;2515;-43;0;3;;;;;;12;;ttc 12;12;diagr;1028;2441;diagr;302;935;-44;0;2;;;;;;11;;gac 0;0; t30;144;814;;;;-45;0;0;;;;;;17;;atgf ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;6;;tca ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;;2;;atgi ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;19;;atgj ;x;1088;35;2;1125;;;-49;0;1;;;;;;5;;gca ;c;2490;573;25;3088;;;-50;0;2;;;;;;15;;cca ;;;;;4213;324;;reste;7;17;;;;;;9;;cgt ;;;;;;4537;;total;35;573;;;;;;14;;tta ;;;;;;;;;;;;;;;;5;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;10;;ctg ;;;;;;;;;;;;;;;;37;;aaa ;;;;;;;;;;;;;;;;32;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta </pre> =====bsu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires_aas|bsu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> ;autres intercalaires;;bsu;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;6994;350;; ;rRNA;9810;99;;16s ;tRNA;11464;11;;atc ;tRNA;11552;81;;gca ;rRNA;11709;55;;23s ;rRNA;14692;36;;5s fin;CDS;14847;;comp; deb;CDS;19968;52;; ;misc_RNA;20611;56;; deb;CDS;20880;134;; ;tRNA;22292;111;;tca fin;CDS;22496;;comp; deb;CDS;25852;41;; ;misc_RNA;26379;81;; fin;CDS;26814;;; deb;CDS;29772;243;; ;rRNA;30279;99;;16s ;tRNA;31932;11;;atc ;tRNA;32020;81;;gca ;rRNA;32177;133;;23s ;rRNA;35237;175;;5s fin;CDS;35531;;; deb;CDS;69626;168;; ;tRNA;70181;9;;atgj ;tRNA;70267;199;;gaa fin;CDS;70538;;; deb;CDS;88727;309;; ;rRNA;90536;164;;16s ;rRNA;92254;55;;23s ;rRNA;95237;20;;5s ;tRNA;95375;4;;gta ;tRNA;95455;36;;aca ;tRNA;95567;6;;aaa ;tRNA;95649;40;;cta ;tRNA;95772;14;;ggc ;tRNA;95861;9;;tta ;tRNA;95956;27;;cgt ;tRNA;96060;9;;cca ;tRNA;96146;170;;gca ;rRNA;96392;164;;16s ;rRNA;98110;55;;23s ;rRNA;101093;237;;5s fin;CDS;101449;;; deb;CDS;119111;45;; ;misc_RNA;119855;65;; fin;CDS;120061;;; deb;CDS;152937;56;; ;misc_RNA;153737;48;; fin;CDS;153842;;; deb;CDS;159779;349;comp; ;rRNA;160893;164;;16s ;rRNA;162610;55;;23s ;rRNA;165591;46;;5s ;tRNA;165754;4;;aac ;tRNA;165830;56;;acc ;tRNA;165959;30;;ggc ;tRNA;166064;27;;cgt ;tRNA;166168;8;;cca ;tRNA;166253;171;;gca ;rRNA;166500;164;;16s ;rRNA;168218;55;;23s ;rRNA;171197;183;;5s ;rRNA;171498;164;;16s ;rRNA;173214;55;;23s ;rRNA;176197;767;;5s fin;CDS;177083;;; deb;CDS;193570;179;comp; ;tRNA;194205;3;;gaa ;tRNA;194283;4;;gta ;tRNA;194363;22;;aca ;tRNA;194458;4;;tac ;tRNA;194547;227;;caa fin;CDS;194849;;; deb;CDS;198497;173;; ;misc_RNA;200017;89;; fin;CDS;200277;;; deb;CDS;275838;56;; ;misc_RNA;276815;97;; fin;CDS;277160;;; deb;CDS;473803;103;; ;misc_RNA;474329;133;; fin;CDS;474731;;; deb;CDS;483845;135;; ;misc_RNA;486092;196;; fin;CDS;486432;;; deb;CDS;528129;122;; ;tRNA;528704;4;;aac ;tRNA;528783;29;;agc ;tRNA;528903;11;;gaa ;tRNA;528986;26;;caa ;tRNA;529087;11;;aaa ;tRNA;529174;80;;cta ;tRNA;529336;82;;ctc fin;CDS;529505;;comp; deb;CDS;532292;30;; ;misc_RNA;532583;115;; fin;CDS;532758;;; deb;CDS;559264;67;; ;misc_RNA;559532;540;; fin;CDS;560151;;; deb;CDS;625125;54;; ;misc_RNA;626346;175;; fin;CDS;626622;;; deb;CDS;634651;333;comp; ;tRNA;635110;13;;cgt ;tRNA;635200;159;;gga ;rRNA;635433;167;;16s ;rRNA;637155;55;;23s ;rRNA;640138;13;;5s ;tRNA;640268;60;;atgf ;tRNA;640405;180;;gac fin;CDS;640662;;; deb;CDS;692740;143;; ;misc_RNA;694425;134;; fin;CDS;694662;;; deb;CDS;698092;79;; ;misc_RNA;698369;140;; fin;CDS;698612;;; deb;CDS;945520;291;; ;rRNA;946696;167;;16s ;rRNA;948418;111;;23s ;rRNA;951457;9;;5s ;tRNA;951582;5;;aac ;tRNA;951662;34;;tcc ;tRNA;951788;9;;gaa ;tRNA;951869;9;;gta ;tRNA;951954;11;;atgf ;tRNA;952042;12;;gac ;tRNA;952131;5;;ttc ;tRNA;952212;22;;aca ;tRNA;952307;5;;tac ;tRNA;952397;24;;tgg ;tRNA;952495;9;;cac ;tRNA;952580;49;;caa ;tRNA;952701;5;;ggc ;tRNA;952781;7;;tgc ;tRNA;952859;265;;tta ;tRNA;953213;78;;ttg fin;CDS;953373;;comp; deb;CDS;954893;69;; ;misc_RNA;955655;132;; fin;CDS;955895;;; deb;CDS;966671;193;comp; ;tRNA;967065;90;;gga fin;CDS;967229;;comp; deb;CDS;1178757;89;; ;misc_RNA;1180685;106;; fin;CDS;1180909;;; deb;CDS;1218113;58;; ;misc_RNA;1219164;470;; fin;CDS;1219849;;; deb;CDS;1233133;104;; ;misc_RNA;1233405;70;; fin;CDS;1233614;;; deb;CDS;1240356;61;; ;misc_RNA;1242262;78;; fin;CDS;1242449;;; deb;CDS;1257414;167;; ;misc_RNA;1258304;67;; fin;CDS;1258492;;; deb;CDS;1261426;172;comp; ;tRNA;1262789;840;;gtc fin;CDS;1263702;;comp; deb;CDS;1375777;32;; ;misc_RNA;1376328;77;; fin;CDS;1376517;;; deb;CDS;1377243;87;; ;misc_RNA;1378233;52;; fin;CDS;1378496;;; deb;CDS;1383320;127;; ;misc_RNA;1385736;132;; fin;CDS;1386024;;; deb;CDS;1391040;96;; ;misc_RNA;1391739;101;; fin;CDS;1391953;;; deb;CDS;1395371;113;; ;misc_RNA;1395622;237;; fin;CDS;1396013;;; deb;CDS;1409912;55;; ;misc_RNA;1410633;-113;; fin;CDS;1410654;;; deb;CDS;1423241;92;; ;misc_RNA;1424527;83;; fin;CDS;1424767;;; deb;CDS;1425641;38;; ;misc_RNA;1426876;84;; fin;CDS;1427061;;; deb;CDS;1438092;138;; ;misc_RNA;1439274;129;; fin;CDS;1439448;;; deb;CDS;1456092;46;; ;misc_RNA;1457005;30;; fin;CDS;1457187;;; deb;CDS;1482248;85;; ;misc_RNA;1483557;476;; fin;CDS;1484117;;; deb;CDS;1533327;368;; ;misc_RNA;1534070;-161;; fin;CDS;1534120;;; deb;CDS;1568924;2;; ;misc_RNA;1569199;199;; fin;CDS;1569519;;; ;misc_RNA;1607367;87;; deb;CDS;1612521;62;; ;misc_RNA;1613078;52;; fin;CDS;1613357;;; deb;CDS;1617210;39;; ;misc_RNA;1618161;26;; deb;CDS;1618304;3;; ;misc_RNA;1618853;52;; deb;CDS;1619023;0;; ;misc_RNA;1620331;30;; fin;CDS;1620476;;; deb;CDS;1629320;144;; ;misc_RNA;1630115;161;; fin;CDS;1630382;;; deb;CDS;1675171;78;; ;misc_RNA;1675981;19;; fin;CDS;1676042;;; deb;CDS;1727133;10;; ;misc_RNA;1731457;101;; fin;CDS;1731776;;; deb;CDS;1778337;183;; ;misc_RNA;1780404;63;; fin;CDS;1780618;;; deb;CDS;1914630;-4;; ;misc_RNA;1914992;-52;; fin;CDS;1915221;;; deb;CDS;1916955;198;; ;misc_RNA;1917501;58;; fin;CDS;1917639;;; deb;CDS;2002637;93;; ;tRNA;2003276;52;comp;agg fin;CDS;2003401;;comp; deb;CDS;2024042;83;; ;misc_RNA;2025160;148;; fin;CDS;2025400;;; deb;CDS;2069262;170;; ;misc_RNA;2069732;-233;; fin;CDS;2069883;;; deb;CDS;2076206;469;; ;misc_RNA;2079096;10;; fin;CDS;2079214;;; deb;CDS;2094010;123;; ;misc_RNA;2095909;238;; fin;CDS;2096350;;; deb;CDS;2159981;-1389;; ;misc_RNA;2160390;-630;; fin;CDS;2160565;;; deb;CDS;2162108;-2547;; ;misc_feature;2163068;420;; ;misc_RNA;2164643;682;; fin;CDS;2165577;;; deb;CDS;2208328;61;; ;ncRNA;2208590;-26;; fin;CDS;2208855;;; deb;CDS;2219514;-23;; ;misc_RNA;2219743;-66;; fin;CDS;2219784;;; deb;CDS;2273594;-6;; ;misc_RNA;2273705;104;; fin;CDS;2273989;;; deb;CDS;2319440;88;; ;misc_RNA;2320113;141;; fin;CDS;2320355;;; deb;CDS;2330075;87;; ;misc_RNA;2331320;58;; fin;CDS;2331779;;; deb;CDS;2410017;-9;; ;misc_RNA;2410581;197;; fin;CDS;2411086;;; deb;CDS;2430258;129;; ;misc_RNA;2431473;119;; fin;CDS;2431737;;; deb;CDS;2471787;133;; ;misc_RNA;2472880;25;; fin;CDS;2473151;;; deb;CDS;2548245;73;; ;misc_RNA;2549407;168;; fin;CDS;2549775;;; deb;CDS;2562966;86;comp; ;tRNA;2563889;66;;caa fin;CDS;2564026;;comp; deb;CDS;2607762;82;; ;misc_RNA;2608732;39;; fin;CDS;2608946;;; deb;CDS;2624785;39;; ;misc_RNA;2625952;69;; fin;CDS;2626112;;; deb;CDS;2646594;292;; ;misc_RNA;2647405;-208;; fin;CDS;2647456;;; deb;CDS;2678240;-77;; ;misc_RNA;2678343;233;; deb;CDS;2678799;-13;; ;misc_RNA;2678876;127;; fin;CDS;2679142;;; deb;CDS;2773356;136;; ;misc_RNA;2773783;6;; fin;CDS;2773890;;; ;misc_RNA;2800890;43;; deb;CDS;2813643;83;; ;misc_RNA;2814491;51;; fin;CDS;2814743;;; deb;CDS;2816535;89;; ;misc_RNA;2817899;59;; fin;CDS;2818191;;; deb;CDS;2855518;13;; ;misc_RNA;2855840;57;; fin;CDS;2855973;;; deb;CDS;2866664;59;; ;misc_RNA;2869366;165;; fin;CDS;2869754;;; deb;CDS;2895248;121;; ;misc_RNA;2897094;447;; fin;CDS;2897788;;; deb;CDS;2898931;63;; ;tRNA;2899816;130;comp;aga fin;CDS;2900020;;comp; deb;CDS;2909520;125;; ;misc_RNA;2910872;64;; fin;CDS;2911116;;; deb;CDS;2952828;61;; ;misc_RNA;2953411;244;; fin;CDS;2953795;;; deb;CDS;2959257;43;; ;misc_RNA;2961232;106;; fin;CDS;2961586;;; deb;CDS;3033696;153;; ;misc_RNA;3035589;8;; fin;CDS;3035730;;; deb;CDS;3036603;23;; ;misc_RNA;3037895;44;; fin;CDS;3038213;;; deb;CDS;3102629;109;; ;misc_RNA;3105153;102;; fin;CDS;3105470;;; deb;CDS;3127825;167;; ;misc_RNA;3129195;196;; fin;CDS;3129530;;; deb;CDS;3169763;232;comp; ;tRNA;3171879;25;comp;gaa ;tRNA;3171976;3;comp;agc ;tRNA;3172070;10;comp;aac ;tRNA;3172155;15;comp;atc ;tRNA;3172247;10;comp;gga ;tRNA;3172331;17;comp;cac ;tRNA;3172424;12;comp;ttc ;tRNA;3172512;11;comp;gac ;tRNA;3172600;17;comp;atgf ;tRNA;3172694;6;comp;tca ;tRNA;3172793;2;comp;atgi ;tRNA;3172872;19;comp;atgj ;tRNA;3172968;5;comp;gca ;tRNA;3173046;15;comp;cca ;tRNA;3173138;9;comp;cgt ;tRNA;3173224;14;comp;tta ;tRNA;3173324;5;comp;ggc ;tRNA;3173404;10;comp;ctg ;tRNA;3173501;37;comp;aaa ;tRNA;3173614;32;comp;aca ;tRNA;3173722;20;comp;gta ;rRNA;3173818;55;comp;5s ;rRNA;3173991;167;comp;23s ;rRNA;3177086;464;comp;16s ;misc_RNA;3179105;99;; fin;CDS;3179306;;; deb;CDS;3187503;124;; ;misc_RNA;3188173;72;; fin;CDS;3188414;;; deb;CDS;3193863;106;; ;tRNA;3194455;107;comp;gcc fin;CDS;3194635;;comp; deb;CDS;3334646;423;; ;ncRNA;3335414;205;; fin;CDS;3335751;;; deb;CDS;3359995;156;; ;misc_RNA;3360937;-211;; fin;CDS;3360974;;; deb;CDS;3363266;105;; ;misc_RNA;3364397;114;; fin;CDS;3364618;;; deb;CDS;3403493;108;; ;misc_RNA;3404546;158;; fin;CDS;3404835;;; deb;CDS;3419656;103;; ;misc_RNA;3421169;116;; fin;CDS;3421465;;; deb;CDS;3449732;185;; ;misc_RNA;3450712;176;; fin;CDS;3451248;;; deb;CDS;3489910;68;; ;misc_RNA;3491322;97;; fin;CDS;3491655;;; deb;CDS;3544642;284;; ;tRNA;3545889;269;comp;cgg fin;CDS;3546234;;; deb;CDS;3854256;53;; ;misc_RNA;3856226;31;; ;misc_RNA;3856479;81;; fin;CDS;3856782;;; deb;CDS;3946394;0;; ;misc_RNA;3946910;41;; fin;CDS;3947158;;; ;misc_RNA;3988840;388;; deb;CDS;3997221;65;; ;misc_RNA;3997775;82;; deb;CDS;3997964;68;; ;misc_RNA;3999166;77;; fin;CDS;3999350;;; deb;CDS;4004288;386;; ;misc_RNA;4005523;126;; fin;CDS;4005752;;; deb;CDS;4095915;89;; ;misc_RNA;4096997;6;; fin;CDS;4097416;;; deb;CDS;4153696;383;comp; ;tRNA;4154787;35;comp;ttc ;tRNA;4154895;81;comp;gac ;tRNA;4155053;9;comp;gaa ;tRNA;4155134;223;comp;aaa fin;CDS;4155433;;comp; deb;CDS;4169166;189;; ;misc_RNA;4169802;125;; fin;CDS;4170045;;; </pre> ====bsu intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_entre_cds|bsu intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> 23.2.22;;;;;;;;;; bsu;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;608;14.4;'''négatif ;-12;19;-1 à -164;'''4 215 606;-1;608 ;'''zéro;27;0.6;;;;;'''intercals;0;27 ;'''1 à 200;3030;71.9;'''0 à 200;72;56;;'''401 590;5;165 ;'''201 à 370;412;9.8;'''201 à 370;258;44;;'''9.5%;10;94 ;'''371 à 600;118;2.8;'''371 à 600;458;67;;;15;254 ;'''601 à max;18;0.4;'''601 à 1021;755;132;;;20;190 ;'''total 4213;<201;87.0;'''total 4207;92;113;-164 à 1021;;25;133 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;122 390880;7511;-1;608;-70;19;;0;27;35;126 3671416;1306;0;27;-60;2;;-1;°72;40;153 2160565;1021;1;°44;-50;5;;-2;4;45;100 2221061;952;2;33;-40;19;;-3;0;50;65 2226176;950;3;37;-30;10;'''min à -1;-4;°243;55;54 1886057;824;4;°29;-20;38;608;-5;0;60;60 2733772;809;5;22;-10;105;14.4%;-6;2;65;62 785543;783;6;21;0;437;;-7;12;70;78 3699446;783;7;21;10;259;;-8;°76;75;84 2060817;777;8;10;20;444;;-9;1;80;69 875428;731;9;19;30;255;;-10;6;85;83 1446317;682;10;23;40;279;'''1 à 100;-11;°44;90;51 2051329;669;11;32;50;165;2059;-12;0;95;59 2054599;627;12;°56;60;114;48.9%;-13;6;100;57 873402;625;13;°51;70;140;;-14;°20;105;57 1872812;623;14;°59;80;153;;-15;0;110;73 1278565;619;15;°56;90;134;;-16;6;115;65 1900080;602;16;34;100;116;;-17;°18;120;61 1944113;594;17;°47;110;130;;-18;0;125;66 2091705;594;18;°49;120;126;;-19;5;130;61 548710;588;19;28;130;127;;-20;°12;135;51 674832;584;20;°32;140;93;;-21;0;140;42 554669;582;21;27;150;110;;-22;2;145;62 2708943;582;22;31;160;100;;-23;°8;150;48 4172387;577;23;25;170;91;'''1 à 200;-24;0;155;54 376032;573;24;°31;180;82;3030;-25;2;160;46 661630;573;25;19;190;59;71.9%;-26;°8;165;53 820867;572;26;25;200;53;;-27;0;170;38 560151;567;27;°24;210;58;;-28;0;175;42 2225337;560;28;17;220;31;;-29;°6;180;40 1883166;559;29;27;230;44;;-30;0;185;32 1441291;558;30;°29;240;43;;-31;1;190;27 3977791;555;31;25;250;34;'''0 à 200;-32;°2;195;32 552616;552;32;22;260;26;3057;;583;200;21 1269733;550;33;°34;270;35;;reste;52;205;34 2465966;548;34;18;280;29;;total;635;210;24 2763025;546;35;27;290;19;;;;215;15 2701979;544;36;°32;300;15;;;;220;16 3534118;538;37;18;310;16;;'''intercal;'''<u>frequencef;225;17 4128119;533;38;28;320;11;;600;4195;230;27 599107;531;39;°47;330;9;;620;2;235;24 ;;40;28;340;17;'''201 à 370;640;3;240;19 ;;reste;2341;350;11;412;660;0;245;19 ;;total;4213;360;8;9.8%;680;1;250;15 ;;1-40;1237;370;6;;700;1;255;15 ;;;;380;11;;720;0;260;11 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;13;;740;1;265;20 387744;-7616;cont;'''141;400;3;;760;0;270;15 3717238;-500;cont;'''480;410;11;;780;1;275;17 2909520;-492;cont;492;420;7;;800;2;280;12 2601528;-361;comp’;'''297;430;9;;820;1;285;11 1252815;-164;cont;164;440;3;;840;1;290;8 2466721;-154;cont;154;450;7;;860;0;295;7 1916663;-143;cont;143;460;1;;880;0;300;8 3666841;-127;comp’;'''84;470;5;;900;0;305;8 2693597;-119;cont;119;480;5;;920;0;310;8 538322;-113;cont;113;490;8;;940;0;315;4 1322014;-101;cont;101;500;3;;960;2;320;7 238164;-95;cont;95;510;2;;980;0;325;5 1526859;-94;cont;94;520;4;;1000;0;330;4 2652993;-93;comp’;93;530;3;;1020;0;335;12 2758043;-92;cont;92;540;3;'''371 à 600;1040;1;340;5 3755967;-91;cont;91;550;4;118;;16;345;6 2154781;-86;cont;86;560;5;2.8%;;;350;5 2705398;-82;cont;82;570;1;;;;355;6 2154705;-71;cont;71;580;4;'''601 à max;;;360;2 989712;-69;comp’;69;590;4;18;;;365;4 2413585;-65;cont;65;600;2;0.4%;;;370;2 2381919;-59;cont;59;reste;18;;reste;2;reste;136 ;;;;total;4213;;total;4213;total;4213 </pre> ====bsu intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> bsu Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; bsu;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-6.4;69;-338;67;458;359;max40;&-41;352;-1040;112;790;286;min50 51 à 400;48;-359;711;-11;861;249;2 parties;&12;-27;-230;64;954;75;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;152;56;-;440;dte;18;max40;&211;68;;617;poly;173;SF 51 à 400;94;40;-;694;poly;167;tF;&145;50;-;850;poly;104;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.432;;;;;; 41-n;0.660;0.008;0.283;;;;;;;;;;; 1-n;0.471;0.152;0.258;;;;;;;;;20.2.22;; bsu;fx;fc;;bsu;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;bsu;Sx-;Sc- 0;2;25;;0;2;10;0;2;25;>0;1088;-1;0;72 10;28;231;;10;27;95;1;3;41;<0;35;-2;0;4 20;46;398;;20;45;163;2;2;31;zéro;2;-3;0;0 30;70;185;;30;68;76;3;3;34;total;1125;-4;14;229 40;158;121;;40;154;50;4;2;27;;c;-5;0;0 50;81;84;;50;79;34;5;3;19;>0;2490;-6;2;0 60;22;92;;60;21;38;6;0;21;<0;573;-7;1;11 70;21;119;;70;20;49;7;5;16;zéro;25;-8;1;75 80;32;121;;80;31;50;8;3;7;;3088;-9;1;0 90;22;112;;90;21;46;9;3;16;;;-10;1;5 100;25;91;;100;24;37;10;4;19;total;4213;-11;1;43 110;24;106;;110;23;43;11;0;32;;;-12;0;0 120;39;87;;120;38;36;12;3;53;;;-13;0;6 130;41;86;;130;40;35;13;5;46;;;-14;1;19 140;27;66;;140;26;27;14;12;47;;;-15;0;0 150;42;68;;150;41;28;15;4;52;;;-16;1;5 160;34;66;;160;33;27;16;3;31;;;-17;0;18 170;33;58;;170;32;24;17;6;41;;;-18;0;0 180;29;53;;180;28;22;18;5;44;;;-19;1;4 190;25;34;;190;24;14;19;5;23;;;-20;1;11 200;19;34;;200;18;14;20;3;29;;;-21;0;0 210;28;30;;210;27;12;21;2;25;;;-22;0;2 220;17;14;;220;17;6;22;2;29;;;-23;0;8 230;24;20;;230;23;8;23;3;22;;;-24;0;0 240;16;27;;240;16;11;24;7;24;;;-25;1;1 250;16;18;;250;16;7;25;4;15;;;-26;0;8 260;13;13;;260;13;5;26;13;12;;;-27;0;0 270;19;16;;270;18;7;27;12;12;;;-28;0;0 280;13;16;;280;13;7;28;3;14;;;-29;0;6 290;13;6;;290;13;2;29;10;17;;;-30;0;0 300;6;9;;300;6;4;30;14;15;;;-31;0;1 310;8;8;;310;8;3;31;9;16;;;-32;0;2 320;5;6;;320;5;2;32;10;12;;;-33;0;0 330;1;8;;330;1;3;33;16;18;;;-34;0;1 340;8;9;;340;8;4;34;11;7;;;-35;0;3 350;5;6;;350;5;2;35;16;11;;;-36;0;0 360;4;4;;360;4;2;36;19;13;;;-37;0;1 370;4;2;;370;4;1;37;13;5;;;-38;0;2 380;4;7;;380;4;3;38;17;11;;;-39;0;0 390;5;8;;390;5;3;39;26;21;;;-40;1;1 400;1;2;;400;1;1;40;21;7;;;-41;0;8 reste;60;49;;;;;reste;786;1555;;;-42;1;0 total;1090;2515;;t30;140;333;total;1090;2515;;;-43;0;3 diagr;1028;2441;;t50;373;417;diagr;302;935;;;-44;0;2 - t30;884;1627;;;;;;;;;;-45;0;0 - t50;645;1422;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;2 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;;reste;7;17 ;;;;;;;;;;;;total;35;573 </pre> ====bsu intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_négatifs_S-|bsu intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;10;;2;1;1;1;;1;;;1;;1;;;1;1;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;7;30 continu;72;4;0;233;0;0;11;75;0;6;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;578 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;14;0;2;1;1;1;1;1;0;0;1;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;7;35 ;Sc-;72;4;0;229;0;0;11;75;0;5;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;573 </pre> ====bsu autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires|bsu autres intercalaires]] <pre> 23.2.22;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; bsu;autres intercalaires;;adresses1;;;bsu;autres intercalaires;;adresses2;;;bsu;autres intercalaires;;adresses3;;;bsu;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;6994;350;;;deb;°CDS;634651;333;comp;;deb;°CDS;1629320;144;;;deb;°CDS;2909520;125; ;$rRNA;9810;99;;;;&tRNA;635110;13;;;;misc_R;1630115;161;;;;misc_R;2910872;64; ;&tRNA;11464;11;;;;&tRNA;635200;159;;;fin;°CDS;1630382;;;;fin;°CDS;2911116;; ;&tRNA;11552;81;;;;$rRNA;635433;167;;;deb;°CDS;1675171;78;;;deb;°CDS;2952828;61; ;$rRNA;11709;55;;;;$rRNA;637155;55;;;;misc_R;1675981;19;;;;misc_R;2953411;244; ;$rRNA;14692;36;;;;$rRNA;640138;13;;;fin;°CDS;1676042;;;;fin;°CDS;2953795;; fin;°CDS;14847;;comp;;;&tRNA;640268;60;;;deb;°CDS;1727133;10;;;deb;°CDS;2959257;43; deb;°CDS;19968;52;;;;&tRNA;640405;180;;;;misc_R;1731457;101;;;;misc_R;2961232;106; ;misc_R;20611;56;;;fin;°CDS;640662;;;;fin;°CDS;1731776;;;;fin;°CDS;2961586;; deb;°CDS;20880;134;;;deb;°CDS;692740;143;;;deb;°CDS;1778337;183;;;deb;°CDS;3033696;153; ;&tRNA;22292;111;;;;misc_R;694425;134;;;;misc_R;1780404;63;;;;misc_R;3035589;8; fin;°CDS;22496;;comp;;fin;°CDS;694662;;;;fin;°CDS;1780618;;;;fin;°CDS;3035730;; deb;°CDS;25852;41;;;deb;°CDS;698092;79;;;deb;°CDS;1914630;-4;;;deb;°CDS;3036603;23; ;misc_R;26379;81;;;;misc_R;698369;140;;;;misc_R;1914992;-52;;;;misc_R;3037895;44; fin;°CDS;26814;;;;fin;°CDS;698612;;;;fin;°CDS;1915221;;;;fin;°CDS;3038213;; deb;°CDS;29772;243;;;deb;°CDS;945520;291;;;deb;°CDS;1916955;198;;;deb;°CDS;3102629;109; ;$rRNA;30279;99;;;;$rRNA;946696;167;;;;misc_R;1917501;58;;;;misc_R;3105153;102; ;&tRNA;31932;11;;;;$rRNA;948418;111;;;fin;°CDS;1917639;;;;fin;°CDS;3105470;; ;&tRNA;32020;81;;;;$rRNA;951457;9;;;deb;°CDS;2002637;93;;;deb;°CDS;3127825;167; ;$rRNA;32177;133;;;;&tRNA;951582;5;;;;&tRNA;2003276;52;comp;;;misc_R;3129195;196; ;$rRNA;35237;175;;;;&tRNA;951662;34;;;fin;°CDS;2003401;;comp;;fin;°CDS;3129530;; fin;°CDS;35531;;;;;&tRNA;951788;9;;;deb;°CDS;2024042;83;;;deb;°CDS;3169763;232;comp deb;°CDS;69626;168;;;;&tRNA;951869;9;;;;misc_R;2025160;148;;;;&tRNA;3171879;25;comp ;&tRNA;70181;9;;;;&tRNA;951954;11;;;fin;°CDS;2025400;;;;;&tRNA;3171976;3;comp ;&tRNA;70267;199;;;;&tRNA;952042;12;;;deb;°CDS;2069262;170;;;;&tRNA;3172070;10;comp fin;°CDS;70538;;;;;&tRNA;952131;5;;;;misc_R;2069732;-233;;;;&tRNA;3172155;15;comp deb;°CDS;88727;309;;;;&tRNA;952212;22;;;fin;°CDS;2069883;;;;;&tRNA;3172247;10;comp ;$rRNA;90536;164;;;;&tRNA;952307;5;;;deb;°CDS;2076206;469;;;;&tRNA;3172331;17;comp ;$rRNA;92254;55;;;;&tRNA;952397;24;;;;misc_R;2079096;10;;;;&tRNA;3172424;12;comp ;$rRNA;95237;20;;;;&tRNA;952495;9;;;fin;°CDS;2079214;;;;;&tRNA;3172512;11;comp ;&tRNA;95375;4;;;;&tRNA;952580;49;;;deb;°CDS;2094010;123;;;;&tRNA;3172600;17;comp ;&tRNA;95455;36;;;;&tRNA;952701;5;;;;misc_R;2095909;238;;;;&tRNA;3172694;6;comp ;&tRNA;95567;6;;;;&tRNA;952781;7;;;fin;°CDS;2096350;;;;;&tRNA;3172793;2;comp ;&tRNA;95649;40;;;;&tRNA;952859;265;;;deb;°CDS;2159981;-1389;;;;&tRNA;3172872;19;comp ;&tRNA;95772;14;;;;&tRNA;953213;78;;;;misc_R;2160390;-630;;;;&tRNA;3172968;5;comp ;&tRNA;95861;9;;;fin;°CDS;953373;;comp;;fin;°CDS;2160565;;;;;&tRNA;3173046;15;comp ;&tRNA;95956;27;;;deb;°CDS;954893;69;;;deb;°CDS;2162108;-2547;;;;&tRNA;3173138;9;comp ;&tRNA;96060;9;;;;misc_R;955655;132;;;;misc_f;2163068;420;;;;&tRNA;3173224;14;comp ;&tRNA;96146;170;;;fin;°CDS;955895;;;;;misc_R;2164643;682;;;;&tRNA;3173324;5;comp ;$rRNA;96392;164;;;deb;°CDS;966671;193;comp;;fin;°CDS;2165577;;;;;&tRNA;3173404;10;comp ;$rRNA;98110;55;;;;&tRNA;967065;90;;;deb;°CDS;2208328;61;;;;&tRNA;3173501;37;comp ;$rRNA;101093;237;;;fin;°CDS;967229;;comp;;;ncRNA;2208590;-26;;;;&tRNA;3173614;32;comp fin;°CDS;101449;;;;deb;°CDS;1178757;89;;;fin;°CDS;2208855;;;;;&tRNA;3173722;20;comp deb;°CDS;119111;45;;;;misc_R;1180685;106;;;deb;°CDS;2219514;-23;;;;$rRNA;3173818;55;comp ;misc_R;119855;65;;;fin;°CDS;1180909;;;;;misc_R;2219743;-66;;;;$rRNA;3173991;167;comp fin;°CDS;120061;;;;deb;°CDS;1218113;58;;;fin;°CDS;2219784;;;;;$rRNA;3177086;464;comp deb;°CDS;152937;56;;;;misc_R;1219164;470;;;deb;°CDS;2273594;-6;;;;misc_R;3179105;99; ;misc_R;153737;48;;;fin;°CDS;1219849;;;;;misc_R;2273705;104;;;fin;°CDS;3179306;; fin;°CDS;153842;;;;deb;°CDS;1233133;104;;;fin;°CDS;2273989;;;;deb;°CDS;3187503;124; deb;°CDS;159779;349;comp;;;misc_R;1233405;70;;;deb;°CDS;2319440;88;;;;misc_R;3188173;72; ;$rRNA;160893;164;;;fin;°CDS;1233614;;;;;misc_R;2320113;141;;;fin;°CDS;3188414;; ;$rRNA;162610;55;;;deb;°CDS;1240356;61;;;fin;°CDS;2320355;;;;deb;°CDS;3193863;106; ;$rRNA;165591;46;;;;misc_R;1242262;78;;;deb;°CDS;2330075;87;;;;&tRNA;3194455;107;comp ;&tRNA;165754;4;;;fin;°CDS;1242449;;;;;misc_R;2331320;58;;;fin;°CDS;3194635;;comp ;&tRNA;165830;56;;;deb;°CDS;1257414;167;;;fin;°CDS;2331779;;;;deb;°CDS;3334646;423; ;&tRNA;165959;30;;;;misc_R;1258304;67;;;deb;°CDS;2410017;-9;;;;ncRNA;3335414;205; ;&tRNA;166064;27;;;fin;°CDS;1258492;;;;;misc_R;2410581;197;;;fin;°CDS;3335751;; ;&tRNA;166168;8;;;deb;°CDS;1261426;172;comp;;fin;°CDS;2411086;;;;deb;°CDS;3359995;156; ;&tRNA;166253;171;;;;&tRNA;1262789;840;;;deb;°CDS;2430258;129;;;;misc_R;3360937;-211; 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;&tRNA;194547;227;;;fin;°CDS;1391953;;;;;misc_R;2608732;39;;;fin;°CDS;3451248;; fin;°CDS;194849;;;;deb;°CDS;1395371;113;;;fin;°CDS;2608946;;;;deb;°CDS;3489910;68; deb;°CDS;198497;173;;;;misc_R;1395622;237;;;deb;°CDS;2624785;39;;;;misc_R;3491322;97; ;misc_R;200017;89;;;fin;°CDS;1396013;;;;;misc_R;2625952;69;;;fin;°CDS;3491655;; fin;°CDS;200277;;;;deb;°CDS;1409912;55;;;fin;°CDS;2626112;;;;deb;°CDS;3544642;284; deb;°CDS;275838;56;;;;misc_R;1410633;-113;;;deb;°CDS;2646594;292;;;;&tRNA;3545889;269;comp ;misc_R;276815;97;;;fin;°CDS;1410654;;;;;misc_R;2647405;-208;;;fin;°CDS;3546234;; fin;°CDS;277160;;;;deb;°CDS;1423241;92;;;fin;°CDS;2647456;;;;deb;°CDS;3854256;53; deb;°CDS;473803;103;;;;misc_R;1424527;83;;;deb;°CDS;2678240;-77;;;;misc_R;3856226;31; ;misc_R;474329;133;;;fin;°CDS;1424767;;;;;misc_R;2678343;233;;;;misc_R;3856479;81; fin;°CDS;474731;;;;deb;°CDS;1425641;38;;;deb;°CDS;2678799;-13;;;fin;°CDS;3856782;; deb;°CDS;483845;135;;;;misc_R;1426876;84;;;;misc_R;2678876;127;;;deb;°CDS;3946394;0; ;misc_R;486092;196;;;fin;°CDS;1427061;;;;fin;°CDS;2679142;;;;;misc_R;3946910;41; fin;°CDS;486432;;;;deb;°CDS;1438092;138;;;deb;°CDS;2773356;136;;;fin;°CDS;3947158;; deb;°CDS;528129;122;;;;misc_R;1439274;129;;;;misc_R;2773783;6;;;deb;°CDS;3987927;76;comp ;&tRNA;528704;4;;;fin;°CDS;1439448;;;;fin;°CDS;2773890;;;;;misc_R;3988840;388;comp ;&tRNA;528783;29;;;deb;°CDS;1456092;46;;;deb;°CDS;2798174;79;comp;;fin;°CDS;3989331;; ;&tRNA;528903;11;;;;misc_R;1457005;30;;;;misc_R;2800890;43;comp;;deb;°CDS;3997221;65; ;&tRNA;528986;26;;;fin;°CDS;1457187;;;;fin;°CDS;2801141;;comp;;;misc_R;3997775;82; ;&tRNA;529087;11;;;deb;°CDS;1482248;85;;;deb;°CDS;2813643;83;;;deb;°CDS;3997964;68; ;&tRNA;529174;80;;;;misc_R;1483557;476;;;;misc_R;2814491;51;;;;misc_R;3999166;77; ;&tRNA;529336;82;;;fin;°CDS;1484117;;;;fin;°CDS;2814743;;;;fin;°CDS;3999350;; fin;°CDS;529505;;comp;;deb;°CDS;1533327;368;;;deb;°CDS;2816535;89;;;deb;°CDS;4004288;386; deb;°CDS;532292;30;;;;misc_R;1534070;-161;;;;misc_R;2817899;59;;;;misc_R;4005523;126; ;misc_R;532583;115;;;fin;°CDS;1534120;;;;fin;°CDS;2818191;;;;fin;°CDS;4005752;; fin;°CDS;532758;;;;deb;°CDS;1568924;2;;;deb;°CDS;2855518;13;;;deb;°CDS;4095915;89; deb;°CDS;559264;67;;;;misc_R;1569199;199;;;;misc_R;2855840;57;;;;misc_R;4096997;6; ;misc_R;559532;540;;;fin;°CDS;1569519;;;;fin;°CDS;2855973;;;;fin;°CDS;4097416;; fin;°CDS;560151;;;;deb;°CDS;1606560;12;;;deb;°CDS;2866664;59;;;deb;°CDS;4153696;383;comp deb;°CDS;625125;54;;;;misc_R;1607367;87;;;;misc_R;2869366;165;;;;&tRNA;4154787;35;comp ;misc_R;626346;175;;;fin;°CDS;1607556;;;;fin;°CDS;2869754;;;;;&tRNA;4154895;81;comp fin;°CDS;626622;;;;deb;°CDS;1612521;62;;;deb;°CDS;2895248;121;;;;&tRNA;4155053;9;comp &emsp*;;;;;;;misc_R;1613078;52;;;;misc_R;2897094;447;;;;&tRNA;4155134;223;comp &emsp*;;;;;;fin;°CDS;1613357;;;;fin;°CDS;2897788;;;;fin;°CDS;4155433;;comp &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1617210;39;;;deb;°CDS;2898931;63;;;deb;°CDS;4169166;189; &emsp*;;;;;;;misc_R;1618161;26;;;;&tRNA;2899816;130;comp;;;misc_R;4169802;125; &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1618304;3;;;fin;°CDS;2900020;;comp;;fin;°CDS;4170045;; &emsp*;;;;;;;misc_R;1618853;52;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1619023;0;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;;misc_R;1620331;30;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;fin;°CDS;1620476;;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; </pre> ====bsu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_distribution|bsu distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; avant 16s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; cgt;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; gga;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1 ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;3;agc;1 après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;3 atgf;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4 gac;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;1;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga; ;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;2;cga;;;;;;;;;;;;cta;1;cca;3;caa;1;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;4;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;3;gaa;2;gga;1 ;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 ;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;bsu;;8;;;;;8;;bsu;18;;;;;;18;;;;;;;;;;;bsu;;;;52;2;;56 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;;; </pre> ====bsu lmo==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_lmo|bsu lmo]] <pre> bsu-lmo comparaison;;10.11.19 Tanger;;;comparaisons internes bsu, lmo;;;; bsu;intercal;lmo;intercal;diff;bsu;intercal;bsu;intercal;diff gaa;25;gaa;5;-20;16s;167;16s;167; agc;3;agc;34;31;23s;55;23s;111; aac;10;aac;6;-4;5s;20;5s;9; atc;15;atc;25;10;gta;32;aac;5; gga;10;gga;23;13;aca;37;tcc;34; cac;17;cac;28;11;aaa;10;gaa;9; ttc;12;ttc;4;-8;ctg;5;gta;9; gac;11;gac;4;-7;ggc;14;atgf;11;0 atgf;17;atgf;42;25;tta;9;gac;12;0 tca;6;tca;22;16;cgt;15;ttc;5; atgi;2;atgi;11;9;cca;5;aca;22; atgj;19;atgj;42;23;gca;19;tac;5; gca;5;gca;22;17;atgj;2;tgg;24; cca;15;cca;10;-5;atgi;6;cac;9; cgt;9;cgt;9;0;tca;17;caa;49; tta;14;tta;14;0;atgf;11;ggc;5; ggc;5;ggc;15;10;gac;12;tgc;7; ctg;10;cta;5;-5;ttc;17;tta;265; aaa;37;aaa;41;4;cac;10;ttg;; aca;32;aca;8;-24;gga;15;;; gta;20;gta;13;;atc;10;16s;164; 5s;55;5s;81;;aac;3;23s;55; 23s;167;23s;244;;agc;25;5s;20; 16s;;16s;;;gaa;;gta;4;-28 ;;;;;;;aca;36;-1 16s;167;16s;127;;;;aaa;6;-4 23s;111;atc;46;;;;cta;40;35 5s;9;gca;172;;;;ggc;14;0 aac;5;23s;80;;;;tta;9;0 tcc;34;5s;14;;;;cgt;27;12 gaa;9;aac;6;1;;;cca;9;4 gta;9;tcc;33;-1;;;gca;170; atgf;11;gaa;56;47;;;;; gac;12;gta;21;12;lmo;intercal;lmo;intercal;diff ttc;5;atgf;6;-5;16s;244;16s;127; aca;22;gac;4;-8;23s;81;atc;46; tac;5;ttc;20;;5s;13;gca;172; tgg;24;tac;7;2;gta;8;23s;80; cac;9;tgg;15;-9;aca;41;5s;14; caa;49;cac;29;20;aaa;5;aac;6; ggc;5;caa;5;-44;cta;15;tcc;33; tgc;7;ggc;19;14;ggc;14;gaa;56; tta;265;tgc;45;;tta;9;gta;21; ttg;;ttg;;;cgt;10;atgf;6;2 ;;;;;cca;22;gac;4;0 16s;164;16s;244;;gca;42;ttc;20; 23s;55;23s;80;;atgj;11;tac;7; 5s;20;5s;13;;atgi;22;tgg;15; gta;4;gta;8;4;tca;42;cac;29; aca;36;aca;41;5;atgf;4;caa;5; aaa;6;aaa;5;-1;gac;4;ggc;19; cta;40;cta;14;-26;ttc;28;tgc;45; ggc;14;ggc;21;7;cac;23;ttg;; tta;9;tta;12;3;gga;25;;; cgt;27;cgt;10;-17;atc;6;16s;244; cca;9;cca;19;10;aac;34;23s;80; gca;170;gca;341;;agc;5;5s;13; ;;;;;gaa;;gta;8;0 ;;;;;;;aca;41;0 ;;;;;;;aaa;5;0 ;;;;;;;cta;14;-1 ;;;;;;;ggc;21;7 ;;;;;;;tta;12;3 ;;;;;;;cgt;10;0 ;;;;;;;cca;19;-3 ;;;;;;;gca;341; ;;;;;;;;; bsu;intercal;lmo;intercal;diff;entre génomes;;;intra génome; gaa;3;gaa;157;;gamme;fréquence;;gamme;fréquence gta;4;acg;9;;-15;5;;-7;1 aca;22;tac;11;;-14;;;-6; tac;4;caa;6;;-13;;;-5; caa;;aaa;;;-12;;;-4;1 ;;;;;-11;;;-3;1 aga;;aga;;;-10;;;-2; ;;;;;-9;1;;-1;2 cgg;;cgg;;;-8;2;;0;9 ;;;;;-7;1;;1; gga;;gga;;;-6;;;2;1 ;;;;;-5;3;;3;1 gtc;;gtc;;;-4;1;;4;1 ;;;;;-3;;;5; agg;;cgt;;;-2;;;6; ;;;;;-1;2;;7;1 caa;;ctc;;;0;2;;;2 ;;;;;1;1;;total;20 gcc;;tcg;;;2;1;; -2+2;11 ;;;;;3;1;;; tca;;;;;4;2;;; ;;;;;5;1;;; atg;9;aac;3;;6;;;; gaa;;agc;;;7;1;;; ;;;;;8;;;; ;;gaa;27;;9;1;;; ;;gac;;;10;3;;; ;;;;;11;1;;; cgt;13;16s;127;;12;1;;; gga;159;atc;46;;13;1;;; 16s;167;gca;172;;14;1;;; 23s;55;23s;80;;15;;;; 5s;13;5s;14;;;7;;; atgf;60;aac;24;;total;39;;; gac;;acc;;; -2+2;6;;; </pre> ===Listeria monocytogenes=== ====lmo==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo opérons|lmo]] <pre> Listeria monocytogenes EGD-e;;;; 37.9%GC;7.3.19 Paris;67;doubles;intercal ;82705..82777;aag;; ;237466..239020;16s;@1;244 ;239265..242195;23s;;80 ;242276..242385;5s;;13 ;242399..242471;gta;;8 ;242480..242555;aca;;41 ;242597..242669;aaa;;5 ;242675..242756;cta;;14 ;242771..242842;ggc;;21 ;242864..242949;tta;;12 ;242962..243035;cgt;;10 ;243046..243119;cca;;19 ;243139..243214;gca;;341 ;243556..245041;16s;;244 ;245286..248216;23s;;80 ;248297..248406;5s;; ;;;; ;677464..677553;tcg;; ;;;; ;936656..936728;aac;;3 ;936732..936819;agc;; ;;;; ;940017..940088;gaa;;27 ;940116..940188;gac;; ;;;; ;970867..970937;gga;; ;;;; ;1266675..1266748;aga;; ;;;; comp;1740916..1740987;gaa;;5 comp;1740993..1741083;agc;;34 comp;1741118..1741190;aac;;6 comp;1741197..1741270;atc;;25 comp;1741296..1741366;gga;;23 comp;1741390..1741462;cac;;28 comp;1741491..1741563;ttc;;4 comp;1741568..1741643;gac;;4 comp;1741648..1741721;atgf;;42 comp;1741764..1741853;tca;;22 comp;1741876..1741949;atgi;;11 comp;1741961..1742034;atgj;;42 comp;1742077..1742149;gca;;22 comp;1742172..1742245;cca;;10 comp;1742256..1742329;cgt;;9 comp;1742339..1742424;tta;;14 comp;1742439..1742513;ggc;;15 comp;1742529..1742610;cta;;5 comp;1742616..1742688;aaa;;41 comp;1742730..1742805;aca;;8 comp;1742814..1742886;gta;;13 comp;1742900..1743009;5s;;81 comp;1743091..1746021;23s;;244 comp;1746266..1747811;16s;; ;;;; ;1776112..1776183;cgt;; ;;;; comp;1848821..1848930;5s;;81 comp;1849012..1851942;23s;;244 comp;1852187..1853732;16s;; ;;;; ;2162187..2162273;ctc;; ;;;; ;2215375..2215446;gaa;;157 ;2215604..2215677;acg;;9 ;2215687..2215770;tac;;11 ;2215782..2215856;caa;;6 ;2215863..2215935;aaa;; ;;;; comp;2436493..2436576;ttg;;45 comp;2436622..2436695;tgc;;19 comp;2436715..2436786;ggc;;5 comp;2436792..2436863;caa;;29 comp;2436893..2436965;cac;;15 comp;2436981..2437054;tgg;;7 comp;2437062..2437145;tac;;20 comp;2437166..2437238;ttc;;4 comp;2437243..2437318;gac;;6 comp;2437325..2437398;atgf;;21 comp;2437420..2437495;gta;;56 comp;2437552..2437623;gaa;;33 comp;2437657..2437745;tcc;;6 comp;2437752..2437827;aac;;14 comp;2437842..2437951;5s;;80 comp;2438032..2440962;23s;;172 comp;2441135..2441210;gca;;46 comp;2441257..2441330;atc;;127 comp;2441458..2443003;16s;@2; ;;;; comp;2540230..2540301;cgg;; ;;;; comp;2672664..2672736;acc;;24 comp;2672761..2672836;aac;;14 comp;2672851..2672960;5s;;80 comp;2673041..2675971;23s;;172 comp;2676144..2676219;gca;;46 comp;2676266..2676339;atc;;127 comp;2676467..2678012;16s;; ;;;; ;2930362..2930434;gtc;; </pre> ====lmo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_distribution|lmo distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; aac;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1 ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;0;aac;2;agc;1 ;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2 ;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;2;tca;1;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga; ;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;2;caa;1;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;2;gaa;2;gga;1 ;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 ;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;lmo;;8;;;;;8;;lmo;9;;;;;;9;;;;;;;;;;;lmo;;;;44;;;44 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;;; </pre> ====lmo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_données_intercalaires|lmo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;lmo;fx;fc;lmo;fx40;fc40;lmo;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;27;0;1;27;-1;;61;87;68;tRNA 16s;;;tRNA tRNA;;contig ;0;10;10;183;1;1;32;-2;;0;181;940;341;;gca;5;;gaa ;0;20;20;345;2;2;40;-3;;0;52;370;16s tRNA;;;34;;agc ;1;30;20;147;3;1;33;-4;3;173;382;73;2* 127;;atc;6;;aac ;0;40;80;64;4;0;11;-5;;0;197;132;tRNA 23s;;;25;;atc 2;0;50;79;45;5;2;19;-6;;0;127;49;2* 172;;gca;23;;gga 1;1;60;21;46;6;0;16;-7;;0;99;333;5s tRNA;;;28;;cac 1;1;70;12;69;7;0;5;-8;;57;110;118;2* 13;;gta;4;;ttc 1;0;80;13;69;8;3;5;-9;;0;366;56;2* 14;;aac;4;;gac ;1;90;10;69;9;1;13;-10;1;3;66;44;tRNA tRNA;;intra;42;;atgf ;1;100;9;54;10;0;9;-11;2;22;128;;8;;gta;22;;tca ;1;110;9;88;11;1;26;-12;;0;351;;41;;aca;11;;atgi 1;1;120;14;74;12;2;52;-13;;3;119;;5;;aaa;42;;atgj ;2;130;21;57;13;3;31;-14;;14;152;;14;;cta;22;;gca 1;0;140;14;52;14;0;36;-15;;0;21;;21;;ggc;10;;cca ;0;150;13;48;15;4;46;-16;1;2;CDS 16s;;12;;tta;9;;cgt ;1;160;26;42;16;0;42;-17;;13;445;;10;;cgt;14;;tta ;0;170;15;28;17;2;21;-18;1;0;451;;19;;cca;15;;ggc ;0;180;11;30;18;3;43;-19;;2;344;;**;;gca;5;;cta ;1;190;10;25;19;3;26;-20;;7;364;;2* 46;;gca;41;;aaa ;1;200;19;35;20;2;22;-21;;0;289;;**;;atc;8;;aca ;0;210;13;23;21;0;30;-22;;2;16s 23s;;24;;acc;**;;gta ;0;220;14;14;22;3;25;-23;;6;4* 244;;**;;aac;45;;ttg ;0;230;9;16;23;2;16;-24;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;;19;;tgc ;0;240;11;16;24;5;18;-25;;1;4* 80;;3;;aac;5;;ggc ;0;250;11;10;25;1;9;-26;;4;2* 81;;**;;agc;29;;caa ;0;260;9;16;26;2;10;-27;;0;5s CDS;;27;;gaa;15;;cac ;0;270;6;5;27;1;16;-28;;1;148;;**;;gac;7;;tgg ;0;280;3;17;28;0;8;-29;;4;130;;157;;gaa;20;;tac ;0;290;1;14;29;1;6;-30;;0;;;9;;acg;4;;ttc ;0;300;7;12;30;5;9;-31;1;0;;;11;;tac;6;;gac ;0;310;6;5;31;6;8;-32;;1;;;6;;caa;21;;atgf ;0;320;5;7;32;7;5;-33;;0;;;**;;aaa;56;;gta ;0;330;5;9;33;2;9;-34;;0;;;;;;33;;gaa 1;0;340;4;7;34;7;7;-35;;1;;;;;;6;;tcc ;0;350;2;5;35;6;10;-36;;0;;;;;;**;;aac ;1;360;2;5;36;8;9;-37;;1;;;;;;;; 1;1;370;3;9;37;7;3;-38;;1;;;;;;;; ;0;380;1;3;38;14;0;-39;;0;;;;;;;; ;1;390;8;6;39;10;6;-40;;1;;;;;;;; ;0;400;3;2;40;13;7;-41;;2;;;;;;;; 1;0;reste;37;51;reste;456;1082;-42;;0;;;;;;;; 10;15;total;587;1849;total;587;1848;-43;;0;;;;;;;; 9;15;diagr;549;1771;diagr;130;739;-44;;2;;;;;;;; 0;1; t30;50;675;;;;-45;;0;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;1;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;; ;x;586;10;1;597;;;-49;;1;;;;;;;; ;c;1822;393;27;2242;;;-50;;0;;;;;;;; ;;;;;2839;101;;reste;1;7;;;;;;;; ;;;;;;2940;;total;10;393;;;;;;;; </pre> =====lmo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Construction: remarque sur les nombreux regulatory <pre> autres intercalaires;;lmo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;81661;82617;87;*; ;;tRNA;82705;82777;181;*;aag fin;;CDS;82959;84437;;; deb;;CDS;235524;237020;445;*; ;;rRNA;237466;239020;244;*;1555 ;;rRNA;239265;242195;80;*;2931 ;;rRNA;242276;242385;13;*;110 ;;tRNA;242399;242471;8;*;gta ;;tRNA;242480;242555;41;*;aca ;;tRNA;242597;242669;5;*;aaa ;;tRNA;242675;242756;14;*;cta ;;tRNA;242771;242842;21;*;ggc ;;tRNA;242864;242949;12;*;tta ;;tRNA;242962;243035;10;*;cgt ;;tRNA;243046;243119;19;*;cca ;;tRNA;243139;243214;341;*;gca ;;rRNA;243556;245041;244;*;1486 ;;rRNA;245286;248216;80;*;2931 ;;rRNA;248297;248406;148;*;110 fin;;CDS;248555;249013;;; deb;;CDS;676802;677395;68;*; ;comp;tRNA;677464;677553;940;*;tcg fin;;CDS;678494;679123;;; deb;;CDS;936136;936603;52;*; ;;tRNA;936656;936728;3;*;aac ;;tRNA;936732;936819;382;*;agc fin;;CDS;937202;937594;;; deb;;CDS;939106;939819;197;*; ;;tRNA;940017;940088;27;*;gaa ;;tRNA;940116;940188;127;*;gac fin;;CDS;940316;940696;;; deb;comp;CDS;969549;970496;370;*; ;;tRNA;970867;970937;99;*;gga fin;;CDS;971037;972176;;; deb;;CDS;1266040;1266564;110;*; ;;tRNA;1266675;1266748;366;*;aga fin;;CDS;1267115;1268473;;0; deb;comp;CDS;1739674;1740849;66;*; ;comp;tRNA;1740916;1740987;5;*;gaa ;comp;tRNA;1740993;1741083;34;*;agc ;comp;tRNA;1741118;1741190;6;*;aac ;comp;tRNA;1741197;1741270;25;*;atc ;comp;tRNA;1741296;1741366;23;*;gga ;comp;tRNA;1741390;1741462;28;*;cac ;comp;tRNA;1741491;1741563;4;*;ttc ;comp;tRNA;1741568;1741643;4;*;gac ;comp;tRNA;1741648;1741721;42;*;atgf ;comp;tRNA;1741764;1741853;22;*;tca ;comp;tRNA;1741876;1741949;11;*;atgi ;comp;tRNA;1741961;1742034;42;*;atgj ;comp;tRNA;1742077;1742149;22;*;gca ;comp;tRNA;1742172;1742245;10;*;cca ;comp;tRNA;1742256;1742329;9;*;cgt ;comp;tRNA;1742339;1742424;14;*;tta ;comp;tRNA;1742439;1742513;15;*;ggc ;comp;tRNA;1742529;1742610;5;*;cta ;comp;tRNA;1742616;1742688;41;*;aaa ;comp;tRNA;1742730;1742805;8;*;aca ;comp;tRNA;1742814;1742886;13;*;gta ;comp;rRNA;1742900;1743009;81;*;110 ;comp;rRNA;1743091;1746021;244;*;2931 ;comp;rRNA;1746266;1747811;451;*;1546 fin;comp;CDS;1748263;1748709;;; deb;;CDS;1774991;1775983;128;*; ;;tRNA;1776112;1776183;73;*;cgt fin;comp;CDS;1776257;1776829;;; deb;comp;CDS;1848166;1848690;130;*; ;comp;rRNA;1848821;1848930;81;*;110 ;comp;rRNA;1849012;1851942;244;*;2931 ;comp;rRNA;1852187;1853732;344;*;1546 fin;comp;CDS;1854077;1854682;;0; deb;comp;CDS;2161161;2162054;132;*; ;;tRNA;2162187;2162273;49;*;ctc fin;comp;CDS;2162323;2164011;;; deb;comp;CDS;2213218;2215041;333;*; ;;tRNA;2215375;2215446;157;*;gaa ;;tRNA;2215604;2215677;9;*;acg ;;tRNA;2215687;2215770;11;*;tac ;;tRNA;2215782;2215856;6;*;caa ;;tRNA;2215863;2215935;118;*;aaa fin;comp;CDS;2216054;2216743;;0; deb;comp;CDS;2435023;2436141;351;*; ;comp;tRNA;2436493;2436576;45;*;ttg ;comp;tRNA;2436622;2436695;19;*;tgc ;comp;tRNA;2436715;2436786;5;*;ggc ;comp;tRNA;2436792;2436863;29;*;caa ;comp;tRNA;2436893;2436965;15;*;cac ;comp;tRNA;2436981;2437054;7;*;tgg ;comp;tRNA;2437062;2437145;20;*;tac ;comp;tRNA;2437166;2437238;4;*;ttc ;comp;tRNA;2437243;2437318;6;*;gac ;comp;tRNA;2437325;2437398;21;*;atgf ;comp;tRNA;2437420;2437495;56;*;gta ;comp;tRNA;2437552;2437623;33;*;gaa ;comp;tRNA;2437657;2437745;6;*;tcc ;comp;tRNA;2437752;2437827;14;*;aac ;comp;rRNA;2437842;2437951;80;*;110 ;comp;rRNA;2438032;2440962;172;*;2931 ;comp;tRNA;2441135;2441210;46;*;gca ;comp;tRNA;2441257;2441330;127;*;atc ;comp;rRNA;2441458;2443003;364;*;1546 fin;comp;CDS;2443368;2444126;;; deb;;CDS;2539838;2540173;56;*; ;comp;tRNA;2540230;2540301;119;*;cgg fin;comp;CDS;2540421;2541857;;0; deb;comp;CDS;2671624;2672511;152;*; ;comp;tRNA;2672664;2672736;24;*;acc ;comp;tRNA;2672761;2672836;14;*;aac ;comp;rRNA;2672851;2672960;80;*;110 ;comp;rRNA;2673041;2675971;172;*;2931 ;comp;tRNA;2676144;2676219;46;*;gca ;comp;tRNA;2676266;2676339;127;*;atc ;comp;rRNA;2676467;2678012;289;*;1546 fin;comp;CDS;2678302;2679330;;0; deb;;CDS;2929315;2930340;21;*; ;;tRNA;2930362;2930434;44;*;gtc fin;comp;CDS;2930479;2932473;;; </pre> ====lmo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_blocs|lmo blocs]] <pre> lmo blocs;;;;;;;; Types;;;;;;;; I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2 16s;;244;;244;;16s;244;244 23s;;81;;80;;23s;80;81 5s;;13;;13;;5s;; ;;8;;8;;;; ;;gta;;gta;;;; ;;**20aas;;**8aas;;;; III;;;;;;IV;; 16s;127;127;;;;;; atc;46;46;;;;;; gca;172;172;;;;;; 23s;80;80;;;;;; 5s;14;14;;;;;; ;6;24;;;;;; ;aac;aac;;;;;; ;**13aas;acc;;;;;; Groupes;;;;;;;; ;;;;;;16s;244; ;;;;;I4;23s;80; ;;;;;;5s;13; ;;;;;;gta;8; ;;;;;;**7aas;19; ;;;;;;gca;341; ;;;;;;16s;244; ;;;;;II1;23s;80; ;;;;;;5s;; </pre> ===lam=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_opérons|lam]] <pre> ;Lactobacillus amylovorus strain 30SC;;; 38%GC;30.6.19 Paris;63;doubles;intercal ;447399..448972;16s;@1;125 ;449098..449172;atc;;52 ;449225..449297;gca;;115 ;449413..452324;23s;;68 ;452393..452509;5s;;4 ;452514..452586;gta;;2 ;452589..452661;aaa;;13 ;452675..452756;cta;;23 ;452780..452852;aca;;10 ;452863..452934;ggc;;11 ;452946..453031;tta;;8 ;453040..453113;cgt;;5 ;453119..453192;cca;;29 ;453222..453295;atg;;12 ;453308..453381;atgi;;27 ;453409..453482;atgf;;3 ;453486..453559;gac;;6 ;453566..453638;ttc;;19 ;453658..453728;gga;;5 ;453734..453808;atc;;2 ;453811..453900;agc;; ;;;; ;57091..58664;16s;;125 ;58790..58864;atc;;52 ;58917..58989;gca;;115 ;59105..62016;23s;;68 ;62085..62201;5s;;13 ;62215..62287;aac;; ;;;; ;469566..471139;16s;@2;9 ;471149..471334;cds1; hp 186;-3 ;471332..474243;23s;;68 ;474312..474428;5s;;13 ;474442..474514;aac;; ;;;; comp;1709284..1709374;tcc;;10 comp;1709385..1709457;aac;;13 comp;1709471..1709587;5s;;68 comp;1709656..1712567;23s;;-3 comp;1712565..1712750;cds2;hp 186;9 comp;1712760..1714333;16s;; ;;;; comp;79386..79458;aag;; ;;;; comp;79913..79985;aag;; ;;;; ;193922..193994;acc;; ;;;; comp;210866..210939;ggg;; ;;;; ;287678..287752;ggc;+;111 ;287864..287938;ggc;3 ggc;109 ;288048..288122;ggc;;35 ;288158..288231;ccg;; ;;;; ;457611..457682;gaa;;35 ;457718..457804;tca;;9 ;457814..457887;atgf;;3 ;457891..457964;gac;;6 ;457971..458046;ttc;;4 ;458051..458132;tac;;4 ;458137..458207;tgg;;12 ;458220..458295;cac;;4 ;458300..458371;caa;;23 ;458395..458465;tgc;;40 ;458506..458590;ttg;; ;;;; ;474442..474514;aac;; ;;;; ;507688..507760;acg;; ;;;; ;526886..526957;caa;; ;;;; ;551550..551631;tac;;34 ;551666..551737;caa;; ;;;; ;567329..567416;ctt;; ;;;; ;583327..583413;tca;;6 ;583420..583493;gac;;7 ;583501..583576;cac;;4 ;583581..583653;gta;; ;;;; ;642034..642106;agg;; ;;;; comp;729370..729441;cgg;; ;;;; ;784793..784864;gag;; ;;;; ;917887..917975;tcg;; ;;;; ;1456724..1456800;aga;; ;;;; ;1681218..1681301;ctg;; ;;;; comp;1707998..1708070;gta;;5 comp;1708076..1708147;gaa;; ;;;; ;1987190..1987263;cgt;;8 ;1987272..1987345;cca;; </pre> ===lam blocs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_blocs|lam blocs]] <pre> lam blocs;;;;; 16s;125;1574;16s;9;1574 atc;52;;cds1;-3;62 gca;115;;23s;68;2912 23s;68;2912;5s;13;117 5s;4;117;aac;; gta;;;;; ;;;;; 16s;125;1574;16s;9;1574 atc;52;;cds2;-3;62 gca;115;;23s;68;2912 23s;68;2912;5s;13;117 5s;13;117;aac;; aac;;;;; </pre> ====lam distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_distribution|lam distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; après 5s;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; 3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; tcc;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc; ;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;;aac;;agc;1 >1aa;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1 ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga; ;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1 ;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; ;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;lam;;14;;;;;14;;lam;22;;;;;;22;;lam;3;;;;;;3;;lam;;;;16;;;16 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;; </pre> ====lam données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_données_intercalaires|lam données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;lam;fx;fc;lam;fx40;fc40;lam;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;16;0;2;16;-1;;96;222;163;16s tRNA;; ;0;10;8;202;1;1;30;-2;;0;169;85;2* 133;;atc ;0;20;3;162;2;1;38;-3;;0;114;135;tRNA 23s;; ;0;30;12;70;3;2;28;-4;8;49;118;59;2* 118;;gca 1;1;40;27;36;4;0;13;-5;;0;139;212;5s tRNA;; ;0;50;36;39;5;0;11;-6;;0;71;59;3* 13;;aac 3;3;60;39;55;6;0;13;-7;;1;41;39;4;;gta ;0;70;29;66;7;2;7;-8;;38;76;117;tRNA tRNA;;intra ;0;80;17;56;8;2;16;-9;;0;168;239;2* 52;;atc gca 3;3;90;12;43;9;0;23;-10;1;2;222;88;tRNA tRNA;;contig 1;1;100;29;57;10;0;23;-11;1;20;121;129;2;;gta ;0;110;13;57;11;0;23;-12;;0;337;150;13;;aaa 1;1;120;16;43;12;2;17;-13;;1;57;99;23;;cta 1;1;130;15;34;13;0;16;-14;;12;181;82;10;;aca 1;1;140;14;29;14;0;16;-15;;0;278;58;11;;ggc 1;1;150;19;22;15;0;21;-16;;0;65;;8;;tta ;0;160;18;18;16;0;19;-17;1;9;202;;5;;cgt 1;1;170;16;17;17;1;13;-18;;0;81;;29;;cca ;0;180;13;19;18;0;14;-19;;1;86;;12;;atgj ;0;190;12;24;19;0;11;-20;;9;101;;27;;atgi ;0;200;14;13;20;0;12;-21;;0;71;;3;;atgf ;0;210;10;13;21;0;11;-22;;1;57;;6;;gac 1;1;220;8;9;22;0;8;-23;1;3;33;;19;;ttc ;0;230;7;15;23;3;4;-24;;0;134;;5;;gga 1;1;240;6;15;24;2;10;-25;;3;161;;2;;atc ;0;250;4;9;25;2;7;-26;1;4;141;;**;;agc ;0;260;9;8;26;2;11;-27;;0;107;;10;;tcc ;0;270;5;11;27;0;5;-28;;0;213;;**;;aac ;0;280;5;2;28;0;9;-29;1;3;CDS 16s;;tRNA tRNA;; ;0;290;5;7;29;0;4;-30;;0;562;513;111;;ggc ;0;300;4;7;30;3;1;-31;;1;744;649;112;;ggc ;0;310;7;4;31;4;5;-32;;4;16s 23s;;35;;ggc ;0;320;4;5;32;6;0;-33;;0;2* 203;;**;;ccg ;0;330;2;11;33;5;7;-34;;0;23s 5s;;35;;gaa ;0;340;3;2;34;1;4;-35;;1;4* 69;;9;;tca ;0;350;2;4;35;3;4;-36;;0;;;3;;atgf ;0;360;4;7;36;1;3;-37;;2;;;6;;gac ;0;370;2;4;37;2;6;-38;;1;;;7;;ttc ;0;380;1;7;38;1;2;-39;;0;;;4;;tac ;0;390;4;3;39;0;2;-40;;0;;;12;;tgg ;0;400;0;2;40;4;3;-41;;0;;;7;;cac ;0;reste;27;25;reste;431;762;-42;;0;;;23;;caa 15;15;total;483;1248;total;483;1248;-43;;0;;;40;;tgc 15;15;diagr;454;1207;diagr;50;470;-44;;1;;;**;;ttg 0;0; t30;23;434;;;;-45;;0;;;6;;tca ;;;;;;;;-46;;1;;;7;;gac ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;6;;;4;;cac ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;**;;gta ;x;481;15;2;498;;;-49;;0;;;5;;gta ;c;1232;272;16;1520;;;-50;1;3;;;**;;gaa ;;;;;2018;152;;reste;;0;;;8;;cgt ;;;;;;2170;;total;15;272;;;**;;cca </pre> =====lam autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_autres_intercalaires_aas|lam autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;lam;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;19323;20024;163;*; ;;tRNA;20188;20261;222;*;act fin;;CDS;20484;21764;;; deb;;CDS;56117;56530;562;*; ;;rRNA;57093;58656;133;*;1564 ;;tRNA;58790;58864;52;*;atc ;;tRNA;58917;58989;118;*;gca ;;rRNA;59108;62015;69;*;2908 ;;rRNA;62085;62201;13;*;117 ;;tRNA;62215;62287;85;*;aac fin;comp;CDS;62373;63296;;0; deb;comp;CDS;78479;79216;169;*; ;comp;tRNA;79386;79458;114;*;aag deb;comp;CDS;79573;79794;118;*; ;comp;tRNA;79913;79985;135;*;aag fin;;CDS;80121;80837;;; deb;comp;CDS;108050;109663;110;*; ;comp;regulatory;109774;109947;47;*; fin;comp;CDS;109995;110627;;0; deb;;CDS;193447;193782;139;*; ;;tRNA;193922;193994;71;*;acc fin;;CDS;194066;195379;;; deb;;CDS;210147;210809;59;*; ;comp;tRNA;210869;210939;41;*;ggg fin;comp;CDS;210981;211580;;0; deb;;CDS;213163;213804;53;*; ;;regulatory;213858;214021;76;*; fin;;CDS;214098;216761;;; deb;comp;CDS;243078;243656;73;*; ;comp;regulatory;243730;243827;60;*; fin;comp;CDS;243888;244490;;1; deb;comp;CDS;287010;287465;212;*; ;;tRNA;287678;287752;111;*;ggc ;;tRNA;287864;287935;112;*;ggc ;;tRNA;288048;288122;35;*;ggc ;;tRNA;288158;288231;76;*;ccg fin;;CDS;288308;288763;;; deb;comp;CDS;363306;363677;90;*; ;;misc_f;363768;363889;43;*; fin;;CDS;363933;364445;;; deb;;CDS;366810;367316;45;*; ;;ncRNA;367362;367456;54;*; fin;;CDS;367511;369319;;; deb;comp;CDS;445892;446887;513;*; ;;rRNA;447401;448964;133;*;1564 ;;tRNA;449098;449172;52;*;atc ;;tRNA;449225;449297;118;*;gca ;;rRNA;449416;452323;69;*;2908 ;;rRNA;452393;452509;4;*;117 ;;tRNA;452514;452586;2;*;gta ;;tRNA;452589;452661;13;*;aaa ;;tRNA;452675;452756;23;*;cta ;;tRNA;452780;452852;10;*;aca ;;tRNA;452863;452934;11;*;ggc ;;tRNA;452946;453031;8;*;tta ;;tRNA;453040;453113;5;*;cgt ;;tRNA;453119;453192;29;*;cca ;;tRNA;453222;453295;12;*;atgj ;;tRNA;453308;453381;27;*;atgi ;;tRNA;453409;453482;3;*;atgf ;;tRNA;453486;453559;6;*;gac ;;tRNA;453566;453638;19;*;ttc ;;tRNA;453658;453728;5;*;gga ;;tRNA;453734;453808;2;*;atc ;;tRNA;453811;453900;168;*;agc fin;;CDS;454069;454491;;; deb;;CDS;454491;457388;222;*; ;;tRNA;457611;457682;35;*;gaa ;;tRNA;457718;457804;9;*;tca ;;tRNA;457814;457887;3;*;atgf ;;tRNA;457891;457964;6;*;gac ;;tRNA;457971;458043;7;*;ttc ;;tRNA;458051;458132;4;*;tac ;;tRNA;458137;458207;12;*;tgg ;;tRNA;458220;458292;7;*;cac ;;tRNA;458300;458371;23;*;caa ;;tRNA;458395;458465;40;*;tgc ;;tRNA;458506;458590;121;*;ttg fin;;CDS;458712;459875;;; deb;;CDS;467495;468823;744;*; ;;rRNA;469568;471131;203;*;1564 ;;rRNA;471335;474242;69;*;2908 ;;rRNA;474312;474428;13;*;117 ;;tRNA;474442;474514;337;*;aac fin;;CDS;474852;475862;;; deb;;CDS;507082;507630;57;*; ;;tRNA;507688;507760;59;*;acg fin;comp;CDS;507820;509192;;0; deb;;CDS;526021;526704;181;*; ;;tRNA;526886;526957;278;*;caa fin;;CDS;527236;528015;;; deb;;CDS;528027;528719;574;*; ;;regulatory;529294;529457;80;*; fin;;CDS;529538;532225;;; deb;comp;CDS;546953;548239;77;*; ;comp;regulatory;548317;548377;91;*; fin;comp;CDS;548469;548831;;; deb;;CDS;551035;551484;65;*; ;;tRNA;551550;551631;34;*;tac ;;tRNA;551666;551737;202;*;caa fin;;CDS;551940;553055;;; deb;;CDS;566792;567247;81;*; ;;tRNA;567329;567413;86;*;ctt fin;;CDS;567500;568147;;; deb;;CDS;582725;583225;101;*; ;;tRNA;583327;583413;6;*;tca ;;tRNA;583420;583493;7;*;gac ;;tRNA;583501;583576;4;*;cac ;;tRNA;583581;583653;71;*;gta fin;;CDS;583725;585191;;0; deb;;CDS;606557;608326;26;*; ;;regulatory;608353;608445;50;*; fin;;CDS;608496;609074;;; deb;comp;CDS;609745;610383;156;*; ;;misc_b;610540;610782;243;*; fin;;CDS;611026;611766;;; deb;;CDS;640648;641976;57;*; ;;tRNA;642034;642106;39;*;agg fin;comp;CDS;642146;642334;;0; deb;;CDS;728387;729252;117;*; ;comp;tRNA;729370;729441;239;*;cgg fin;;CDS;729681;730712;;; deb;;CDS;770203;771387;52;*; ;;tmRNA;771440;771806;177;*; fin;;CDS;771984;772877;;; deb;comp;CDS;783691;784704;88;*; ;;tRNA;784793;784864;33;*;gag fin;;CDS;784898;784993;;0; deb;comp;CDS;877491;878846;218;*; ;;regulatory;879065;879235;91;*; fin;;CDS;879327;880637;;; deb;comp;CDS;916780;917757;129;*; ;;tRNA;917887;917975;134;*;tcg fin;;CDS;918110;919498;;; deb;comp;CDS;923642;924574;136;*; ;;misc_b;924711;924950;42;*; fin;;CDS;924993;925847;;; deb;;CDS;982901;983617;27;*; ;;regulatory;983645;983759;77;*; fin;;CDS;983837;984526;;; deb;comp;CDS;1011692;1012501;102;*; ;;regulatory;1012604;1012662;43;*; fin;;CDS;1012706;1013095;;; deb;;CDS;1095103;1095633;116;*; ;;misc_b;1095750;1096001;60;*; fin;;CDS;1096062;1097180;;; deb;;CDS;1152540;1155044;66;*; ;;misc_b;1155111;1155358;64;*; fin;;CDS;1155423;1156802;;; deb;comp;CDS;1212112;1213236;72;*; ;comp;ncRNA;1213309;1213675;26;*; fin;comp;CDS;1213702;1214121;;; deb;;CDS;1322695;1324020;55;*; ;;misc_b;1324076;1324319;57;*; fin;;CDS;1324377;1325738;;0; deb;comp;CDS;1449420;1449731;14;*; ;comp;misc_f;1449746;1449826;68;*; fin;comp;CDS;1449895;1451271;;0; deb;comp;CDS;1455677;1456573;150;*; ;;tRNA;1456724;1456800;99;*;aga fin;comp;CDS;1456900;1458480;;; deb;comp;CDS;1593167;1594216;37;*; ;comp;misc_b;1594254;1594461;38;*; fin;comp;CDS;1594500;1594850;;; deb;comp;CDS;1606331;1606858;26;*; ;comp;misc_f;1606885;1606996;53;*; fin;comp;CDS;1607050;1608747;;; deb;comp;CDS;1679837;1681135;82;*; ;;tRNA;1681218;1681301;161;*; fin;;CDS;1681463;1681780;;;ctg deb;comp;CDS;1706640;1707839;-3;*; ;comp;regulatory;1707837;1707930;67;*; ;comp;tRNA;1707998;1708070;5;*;gta ;comp;tRNA;1708076;1708147;141;*;gaa deb;comp;CDS;1708289;1709176;107;*; ;comp;tRNA;1709284;1709374;10;*;tcc ;comp;tRNA;1709385;1709457;13;*;aac ;;rRNA;1709471;1709587;69;*;117 ;;rRNA;1709657;1712564;203;*;2908 ;;rRNA;1712768;1714331;649;*;1564 fin;comp;CDS;1714981;1716288;;; deb;comp;CDS;1765715;1766362;152;*; ;comp;misc_b;1766515;1766748;43;*; fin;comp;CDS;1766792;1769098;;0; deb;;CDS;1985984;1986976;213;*; ;;tRNA;1987190;1987263;8;*;cgt ;;tRNA;1987272;1987345;58;*;cca deb;comp;CDS;1987404;1988462;121;*; ;;misc_b;1988584;1988828;71;*; fin;;CDS;1988900;1989913;;0; deb;;CDS;2017560;2019416;56;*; ;;misc_f;2019473;2019530;40;*; fin;;CDS;2019571;2020740;;; deb;;CDS;2039362;2040669;131;*; ;;regulatory;2040801;2040898;72;*; fin;;CDS;2040971;2042281;;; deb;;CDS;2043158;2043412;56;*; ;;misc_b;2043469;2043702;76;*; fin;;CDS;2043779;2045407;;0; </pre> ===ppm=== ====opérons==== =====ppm chromosome===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm opérons|ppm opérons]] *Chromosome<br> <pre> 45.5%GC;26.7.19 Paris;16s 13;110;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;; ;10545..11633;;CDS;;327;327;;;363; ;11961..13519;;16s;;280;;;;; ;13800..16728;;23s;;143;;;;; ;16872..16988;;5s;;232;232;;;;232 ;17221..17640;;CDS;;93 855;;;;140; ;;;;;;;;;; comp;111496..112530;;CDS;;616;;;;345; ;113147..114705;;16s;;207;;;;; ;114913..117843;;23s;;76;;;;; ;117920..118036;;5s;;343;343;;;; ;118380..119837;;CDS;;3 348;;;;486; ;;;;;;;;;; ;123186..124469;;CDS;;90;90;;;428;90 ;124560..124648;;tca;;145;145;;;; ;124794..125135;;CDS;;55 592;;;;114; ;;;;;;;;;; ;180728..181003;;CDS;;412;;;;92; ;181416..182974;;16s;;108;;;;; ;183083..183199;;5s;@1;39;;;;; ;183239..183315;;atc;;20;;;20;; ;183336..183411;;gca;;128;;;;; ;183540..186468;;23s;;130;;;;; ;186599..186690;;agc;;28;;;28;; ;186719..186795;;atgj;;10;;;10;; ;186806..186881;;gta;;4;;;4;; ;186886..186961;;aca;;19;;;19;; ;186981..187057;;gac;;77;;;77;; ;187135..187210;;ttc;;6;;;6;; ;187217..187302;;tac;;7;;;7;; ;187310..187385;;aaa;;154;154;;;;154 ;187540..188682;;CDS;;24 062;;;;381; ;;;;;;;;;; comp;212745..213341;;CDS;;211;211;;;199;211 comp;213553..213624;;cgg;;259;259;;;; ;213884..214921;;CDS;;238 832;;;;346; ;;;;;;;;;; ;453754..455364;;CDS;;392;;;;537; ;455757..457315;;16s;;207;;;;; ;457523..460453;;23s;;76;;;;; ;460530..460646;;5s;;34;;;;; ;460681..460757;;atc;;22;;;22;; ;460780..460855;;gca;;4;;;4;; ;460860..460935;;aac;;34;;;34;; ;460970..461043;;atgj;;3;;;3;; ;461047..461138;;agc;;31;;;31;; ;461170..461241;;gaa;;6;;;6;; ;461248..461323;;gta;;10;;;10;; ;461334..461407;;atgf;;25;;;25;; ;461433..461509;;gac;;50;;;50;; ;461560..461635;;ttc;;22;;;22;; ;461658..461733;;aca;;5;;;5;; ;461739..461824;;tac;;16;;;16;; ;461841..461913;;cac;;18;;;18;; ;461932..462006;;caa;;4;;;4;; ;462011..462086;;aaa;;15;;;15;; ;462102..462189;;ctg;;6;;;6;; ;462196..462270;;ggc;;10;;;10;; ;462281..462351;;tgc;;26;;;26;; ;462378..462454;;cgt;;22;;;22;; ;462477..462550;;cca;;9;;;9;; ;462560..462630;;gga;;204;204;;;;204 comp;462835..463938;;CDS;;1 537;;;;368; ;;;;;;;;;; ;465476..466216;;CDS;;524;;;;247; ;466741..468299;;16s;;207;;;;; ;468507..471434;;23s;;76;;;;; ;471511..471627;;5s;;629;;;;; ;472257..473588;;CDS;;103 459;;;;444; ;;;;;;;;;; ;577048..577794;;CDS;;1 116;;;;249; ;578911..580469;;16s;;207;;;;; ;580677..583607;;23s;;76;;;;; ;583684..583800;;5s;;82;;;;; ;583883..583958;;gca;;4;;;4;; ;583963..584038;;aac;;3;;;3;; ;584042..584133;;tcc;;19;;;19;; ;584153..584224;;gaa;;9;;;9;; ;584234..584309;;gta;;29;;;29;; ;584339..584412;;atgf;;25;;;25;; ;584438..584514;;gac;;13;;;13;; ;584528..584603;;aca;;4;;;4;; ;584608..584693;;tac;;102;;;102;; ;584796..584870;;caa;;4;;;4;; ;584875..584950;;aaa;;12;;;12;; ;584963..585043;;cta;;10;;;10;; ;585054..585128;;ggc;;5;;;5;; ;585134..585210;;cgt;;12;;;12;; ;585223..585302;;ttg;;7;;;7;; ;585310..585386;;cca;;7;;;7;; ;585394..585464;;gga;;1 133;;;;; ;586598..587560;;CDS;;22 016;;;;321; ;;;;;;;;;; ;609577..609924;;CDS;;73;73;;;116;73 ;609998..610069;;acg;;1 613;;;;; comp;611683..612030;;CDS;;140 810;;;;116; ;;;;;;;;;; ;752841..754124;;CDS;;611;;;;428; ;754736..756294;;16s;;208;;;;; ;756503..759431;;23s;;75;;;;; ;759507..759623;;5s;;183;183;;;;183 comp;759807..760232;;CDS;;173 078;;;;142; ;;;;;;;;;; ;933311..934681;;CDS;;449;;;;457; ;935131..936689;;16s;;221;;;;; ;936911..939839;;23s;;76;;;;; ;939916..940032;;5s;;216;216;;;;216 ;940249..941241;;CDS;;521 183;;;;331; ;;;;;;;;;; ;1462425..1462937;;CDS;;44;44;;;171;44 ;1462982..1463057;;aac;;1;;1;;; ;1463059..1463147;;agc;;122;122;;;; comp;1463270..1464145;;CDS;;74;;;;292; ;;;;;;;;;; comp;1464220..1464981;;CDS;;246;246;;;254; ;1465228..1465299;;gaa;;86;;86;;; ;1465386..1465461;;aaa;;15;;15;;; ;1465477..1465562;;ctc;;162;162;;;;162 ;1465725..1466180;;CDS;;1 667;;;;152; ;;;;;;;;;; comp;1467848..1468585;;CDS;;262;262;;;246; ;1468848..1468930;;ctc;;148;148;;;;148 comp;1469079..1469564;;CDS;;112 990;;;;162; ;;;;;;;;;; ;1582555..1583361;;CDS;;490;;;;269; ;1583852..1583925;;ccc;;244;244;;;; comp;1584170..1585441;;CDS;;32 099;;;;424; ;;;;;;;;;; ;1617541..1619682;;CDS;;107;107;;;714;107 ;1619790..1619860;;gga;;265;265;;;; ;1620126..1621163;;CDS;;254 529;;;;346; ;;;;;;;;;; ;1875693..1876160;;CDS;;129;129;;;156;129 ;1876290..1876365;;gcc;;11;;11;;; ;1876377..1876449;;aag;;520;;;;; comp;1876970..1877974;;CDS;;55 215;;;;335; ;;;;;;;;;; comp;1933190..1933630;;CDS;;381;;;;147; ;1934012..1934096;;ctg;;91;91;;;;91 comp;1934188..1934718;;CDS;;74 847;;;;177; ;;;;;;;;;; comp;2009566..2010102;;CDS;;222;222;;;179; ;2010325..2010409;;ctg;;213;213;;;; ;2010623..2011135;;CDS;;432 608;;;;171; ;;;;;;;;;; ;2443744..2448333;;CDS;;540;;;;1530; ;2448874..2450432;;16s;;400;;;;; ;2450833..2453761;;23s;;143;;;;; ;2453905..2454021;;5s;;236;236;;;;236 comp;2454258..2455367;;CDS;;186 804;;;;370; ;;;;;;;;;; ;2642172..2643329;;CDS;;426;;;;386; ;2643756..2645314;;16s;;343;;;;; ;2645658..2648586;;23s;;144;;;;; ;2648731..2648847;;5s;;156;156;;;;156 ;2649004..2649228;;CDS;;884 577;;;;75; ;;;;;;;;;; comp;3533806..3534249;;CDS;;139;139;;;148;139 ;3534389..3534460;;gtc;;279;279;;;; comp;3534740..3535069;;CDS;;103 837;;;;110; ;;;;;;;;;; ;3638907..3639338;;CDS;;728;;;;144; comp;3640067..3640152;;tta;;249;249;;;;249 ;3640402..3640560;;CDS;;28 092;;;;53; ;;;;;;;;;; ;3668653..3669450;;CDS;;247;247;;;266; comp;3669698..3669766;;atg;;267;267;;;; comp;3670034..3670234;;CDS;;54 456;;;;67; ;;;;;;;;;; ;3724691..3725086;;CDS;;122;122;;;132;122 comp;3725209..3725282;;atgi;;435;;;;; comp;3725718..3726359;;CDS;;612 148;;;;214; ;;;;;;;;;; comp;4338508..4339209;;CDS;;107;107;;;234;107 comp;4339317..4339390;;cca;;7;;;7;; comp;4339398..4339477;;ttg;;12;;;12;; comp;4339490..4339566;;cgt;;5;;;5;; comp;4339572..4339646;;ggc;;35;;;35;; comp;4339682..4339757;;aaa;;28;;;28;; comp;4339786..4339862;;gac;;26;;;26;; comp;4339889..4339965;;atgf;;30;;;30;; comp;4339996..4340071;;gta;;9;;;9;; comp;4340081..4340152;;gaa;;17;;;17;; comp;4340170..4340261;;tcc;;3;;;3;; comp;4340265..4340340;;aac;;18;;;;; comp;4340359..4340475;;5s;;76;;;;; comp;4340552..4343482;;23s;;400;;;;; comp;4343883..4345441;;16s;;493;;;;; comp;4345935..4347563;;CDS;;46 596;;;;543; ;;;;;;;;;; comp;4394160..4395092;;CDS;;238;238;;;311; ;4395331..4395404;;aga;;214;214;;;; ;4395619..4396383;;CDS;;49 894;;;;255; ;;;;;;;;;; ;4446278..4447621;;CDS;;207;207;;;448; comp;4447829..4447902;;aga;;174;174;;;; ;4448077..4448370;;CDS;;256 556;;;;98; ;;;;;;;;;; ;4704927..4705187;;CDS;;361;;;;87; comp;4705549..4705627;;ttg;;11;;11;;; comp;4705639..4705713;;tgc;;11;;11;;; comp;4705725..4705796;;ggc;;6;;6;;; comp;4705803..4705877;;caa;;9;;9;;; comp;4705887..4705959;;cac;;17;;17;;; comp;4705977..4706050;;tgg;;7;;7;;; comp;4706058..4706143;;tac;;4;;4;;; comp;4706148..4706223;;aca;;22;;22;;; comp;4706246..4706318;;ttc;;35;;35;;; comp;4706354..4706430;;gac;;15;;15;;; comp;4706446..4706522;;atgf;;25;;25;;; comp;4706548..4706623;;gta;;58;;58;;; comp;4706682..4706753;;gaa;;17;;17;;; comp;4706771..4706862;;tcc;;3;;3;;; comp;4706866..4706941;;aac;;326;326;;;; comp;4707268..4707597;;CDS;;279 544;;;;110; ;;;;;;;;;; comp;4987142..4989934;;CDS;;726;;;;931; comp;4990661..4990731;;gga;;9;;;9;; comp;4990741..4990814;;cca;;22;;;22;; comp;4990837..4990913;;cgt;;5;;;5;; comp;4990919..4990993;;ggc;;10;;;10;; comp;4991004..4991084;;cta;;11;;;11;; comp;4991096..4991171;;aaa;;4;;;4;; comp;4991176..4991250;;caa;;55;;;55;; comp;4991306..4991381;;gta;;11;;;11;; comp;4991393..4991464;;gaa;;11;;;11;; comp;4991476..4991548;;acc;;3;;;3;; comp;4991552..4991627;;aac;;18;;;;; comp;4991646..4991762;;5s;;76;;;;; comp;4991839..4994768;;23s;;129;;;;; comp;4994898..4994973;;gca;;20;;;20;; comp;4994994..4995070;;atc;;38;;;;; comp;4995109..4995225;;5s;;93;;;;; comp;4995319..4996877;;16s;;367;;;;; comp;4997245..4997475;;CDS;;60 140;;;;77; ;;;;;;;;;; comp;5057616..5058803;;CDS;;163;163;;;396;163 comp;5058967..5059083;;5s;;76;;;;; comp;5059160..5062089;;23s;;185;;;;; comp;5062275..5062350;;gca;;89;;;;; comp;5062440..5063998;;16s;;380;;;;; comp;5064379..5066394;;CDS;;647 899;;;;672; ;;;;;;;;;; ;5714294..5714611;;CDS;;206;206;;;106; comp;5714818..5714908;;tcg;;77;77;;;;77 comp;5714986..5715210;;CDS;;;;;;75; </pre> =====ppm plasmide===== *Plasmide<br> <pre> plasmide;pSC2;37.6%GC;51;;;;;;; ;;;;;;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé ;3920..4174;;CDS;;536;536;;;85; ;4711..4803;;agc;+;5;;5;;; ;4809..4883;;tgc;3 aac;63;;63;;; ;4947..5021;;gaa;2 atc;7;;7;;; ;5029..5105;;ctt;2 caa;6;;6;;; ;5112..5186;;cca;2 cca;101;;101;;; ;5288..5361;;tgg;2 cga;4;;4;;; ;5366..5444;;tac;2 gaa;4;;4;;; ;5449..5522;;caa;2 tac;6;;6;;; ;5529..5605;;cac;3 tgg;5;;5;;; ;5611..5686;;gac;;125;;125;;; ;5812..5887;;gga;;10;;10;;; ;5898..5973;;aac;@1;4;;4;;; ;5978..6066;;tac;ctt;9;;9;;; ;6076..6153;;ata;ata;4;;4;;; ;6158..6231;;caa;;4;;4;;; ;6236..6311;;atgi;;5;;5;;; ;6317..6392;;aac;;4;;4;;; ;6397..6470;;tgg;;131;;131;;; ;6602..6678;;gaa;;5;;5;;; ;6684..6757;;ggc;;55;;55;;; ;6813..6885;;ttc;;22;;22;;; ;6908..6983;;cga;;4;;4;;; ;6988..7065;;cca;;5;;5;;; ;7071..7155;;ttg;;5;;5;;; ;7161..7235;;atc;;5;;5;;; ;7241..7317;;atgf;;5;;5;;; ;7323..7398;;gca;;109;;109;;; ;7508..7584;;cga;;3;;3;;; ;7588..7668;;cta;;13;;13;;; ;7682..7758;;atc;;8;;8;;; ;7767..7841;;aac;;4;;4;;; ;7846..7919;;tgg;;33;33;;;;33 ;7953..8324;;CDS;@4;-24;-24;;;124; ;8301..8378;;gac;;8;;8;;; ;8387..8473;;tac;;86;;86;;; ;8560..8632;;aaa;;14;;14;;; ;8647..8720;;gga;;4;;4;;; ;8725..8800;;ttc;;7;;7;;; ;8808..8882;;acg;@2;100;100;;;; comp;8983..9600;;CDS;acg;89;89;;;206; ;9690..9771;;tta;;3;;3;;; ;9775..9849;;aca;;35;35;;;;35 comp;9885..10169;;CDS;;150;;;;95; ;;;;;;;;;; comp;10320..10622;;CDS;;116;116;;;101; ;10739..10813;;aca;;18;18;;;;18 comp;10832..11146;;CDS;;216;;;;105; ;;;;;;;;;; comp;11363..11599;;CDS;;94;94;;;79;94 ;11694..11768;;aga;;103;103;;;; ;11872..12312;;CDS;;195;;;;147; ;;;;;;;;;; comp;12508..12756;;CDS;;293;293;;;83; ;13050..13126;;atc;;72;72;;;;72 ;13199..14083;;CDS;;226;226;;;295; ;;;;;;;;;; ;14310..14385;;tcg;+;8;;8;;; ;14394..14481;;tcc;2 tcg;7;;7;;; ;14489..14563;;ctt;@3;3;;3;;; ;14567..14654;;tcg;tcg;5;;5;;; ;14660..14751;;tca;ctt;119;119;;;;119 ;14871..15080;;CDS;;212044;;;;70; ;;;;;;;;;; comp;227125..227388;;CDS;;444;444;;;88; comp;227833..227903;;gga;;248;248;;;;248 comp;228152..228391;;CDS;;1401;;;;80; ;;;;;;;;;; comp;229793..229999;;CDS;;24;24;;;69;24 comp;230024..230108;;tca;;289;289;;;; comp;230398..230640;;CDS;;231;;;;81; ;;;;;;;;;; comp;230872..231393;;CDS;;161;161;;;174;161 comp;231555..231640;;tta;;977;977;;;; ;232618..233067;;CDS;;277050;;;;150; ;510118..1;;;;;;;;; </pre> =====ppm plasmide MAJ===== <pre> plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2 MAJ;;;plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2;;; 23.10.19 Tanger;;;;;;26.7.19 Paris;;;; ;;49 aas;doubles;intercalaires;;;;51 aas;doubles;intercalaires 3920..4174;;cds hp;;;;3920..4174;;CDS;;536 4711..4803;;agc;+;;;4711..4803;;agc;+;5 4809..4883;;tgc;3 aac;;;4809..4883;;tgc;3 aac;63 4947..5021;;gaa;2 atc;;;4947..5021;;gaa;2 atc;7 5029..5105;;ctt;2 cca;;;5029..5105;;ctt;2 caa;6 5112..5186;;cca;2 cga;;;5112..5186;;cca;2 cca;101 5288..5361;;tgg;2 gaa;;;5288..5361;;tgg;2 cga;4 5366..5441;;tat;3 tgg;7;;5366..5444;;tac;2 gaa;4 5449..5522;;caa;;;;5449..5522;;caa;2 tac;6 5529..5605;;cac;;;;5529..5605;;cac;3 tgg;5 5611..5686;;gac;;;;5611..5686;;gac;;125 5812..5887;;gga;;;;5812..5887;;gga;;10 5898..5973;;aac;@1;;;5898..5973;;aac;@1;4 5978..6066;;tac;ctt;;;5978..6066;;tac;ctt;9 6076..6153;;ata;ata;82;;6076..6153;;ata;ata;4 ;;****;tat;;;6158..6231;;caa;;4 6236..6311;;atgi;;;;6236..6311;;atgi;;5 6317..6392;;aac;;;;6317..6392;;aac;;4 6397..6470;;tgg;;;;6397..6470;;tgg;;131 6602..6678;;gaa;;;;6602..6678;;gaa;;5 6684..6757;;ggc;;;;6684..6757;;ggc;;55 6813..6885;;ttc;;;;6813..6885;;ttc;;22 6908..6980;;cga;;7;;6908..6983;;cga;;4 6988..7065;;cca;;;;6988..7065;;cca;;5 7071..7155;;ttg;;;;7071..7155;;ttg;;5 7161..7235;;atc;;4;;7161..7235;;atc;;5 7240..7317;;atgf;;;;7241..7317;;atgf;;5 7323..7398;;gca;;;;7323..7398;;gca;;109 7508..7584;;cga;;;;7508..7584;;cga;;3 7588..7668;;cta;;;;7588..7668;;cta;;13 7682..7758;;atc;;;;7682..7758;;atc;;8 7767..7841;;aac;;;;7767..7841;;aac;;4 7846..7919;;tgg;;;;7846..7919;;tgg;;33 7953..8324;;cds hp;;;;7953..8324;;CDS;@4;-24 8301..8378;;gac;;;;8301..8378;;gac;;8 8387..8473;;tac;;;;8387..8473;;tac;;86 8560..8632;;aaa;;;;8560..8632;;aaa;;14 8647..8720;;gga;;;;8647..8720;;gga;;4 8725..8800;;ttc;;;;8725..8800;;ttc;;7 8808..8882;;acg;@2;;;8808..8882;;acg;@2;100 8983..9600;;cds hp;acg;;comp;8983..9600;;CDS;acg;89 9690..9771;;tta;;;;9690..9771;;tta;;3 9775..9849;;aca;;;;9775..9849;;aca;;35 9885..10169;;cds hp;;;comp;9885..10169;;CDS;;150 ;;;;;;;;;; 10320..10622;;cds hp;;;comp;10320..10622;;CDS;;116 10739..10813;;aca;;;;10739..10813;;aca;;18 10832..11146;;cds hp;;;comp;10832..11146;;CDS;;216 ;;;;;;;;;; 11363..11599;;cds hp;;;comp;11363..11599;;CDS;;94 11694..11765;;aga;;85;;11694..11768;;aga;;103 11851..12312;;cds rev-trans;;;;11872..12312;;CDS;;195 ;;;;;;;;;; 12508..12756;;cds trans-rg;;442;comp;12508..12756;;CDS;;293 ****;;****;;;;13050..13126;;atc;;72 13199..14083;;cds hp;;;;13199..14083;;CDS;;226 ;;;;;;;;;; 14310..14385;;tcg;+;;;14310..14385;;tcg;+;8 14394..14481;;tcc;2 tcg;;;14394..14481;;tcc;2 tcg;7 14489..14560;;ctt;@3;6;;14489..14563;;ctt;@3;3 14567..14654;;tcg;tcg;;;14567..14654;;tcg;tcg;5 14660..14751;;tca;ctt;;;14660..14751;;tca;ctt;119 14871..15080;;cds hp;;;;14871..15080;;CDS;;212044 ;;;;;;;;;; 227125..227388;;cds hp;;;comp;227125..227388;;CDS;;444 227833..227903;;gga;;;comp;227833..227903;;gga;;248 228152..228391;;cds hp;;;comp;228152..228391;;CDS;;1401 ;;;;;;;;;; 229793..229999;;cds hp;;;comp;229793..229999;;CDS;;24 230024..230108;;tca;;783;comp;230024..230108;;tca;;289 ****;;****;;;comp;230398..230640;;CDS;;231 ;;;;;;;;;; 230872..231393;;;cds hp;;comp;230872..231393;;CDS;;161 231558..231640;;tta;;;comp;231555..231640;;tta;;977 232618..233067;;cds hp;;;;232618..233067;;CDS;;277050 510118..1;;;;;;510118..1;;;; </pre> ====ppm cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_cumuls|ppm cumuls]] *Chromosome<br> <pre> Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; ;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;; ;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd avec rRNA;opérons;13;1;1;0;1;0;100;8;5;40;0 ;16 23 5s 0;7;20;12;46;50;1;200;20;17;60;1 ;16 5 atc gca;2;40;3;15;100;4;300;10;6;80;2 ;16 23 5s a;3;60;1;2;150;8;400;13;9;100;2 ;max a;21;80;0;1;200;6;500;7;4;120;2 ;a doubles;0;100;1;0;250;15;600;2;0;140;3 ;16 gca 23 5s ;1;120;0;1;300;5;700;1;0;160;3 ;total aas;73;140;0;0;350;3;800;1;1;180;2 sans ;opérons;19;160;0;0;400;5;900;0;0;200;1 ;1 aa;15;180;0;0;450;4;1000;1;0;220;3 ;max a;15;200;0;0;500;2;1100;0;0;240;2 ;a doubles;0;;0;0;;11;;1;0;;1 ;total aas;37;;18;65;;64;;64;42;;22 total aas;;110;moyenne;20;17;;193;;292;229;;150 remarques;;1;variance;21;17;;73;;234;123;;58 jaune;;;;;;;sans;;;sans;; </pre> *Plasmide<br> <pre> Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;; plasmide;;;;;;;;;;;; ;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;; ;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd avec rRNA;opérons;0;1;0;;1;1;60;0;;40;4 ;16 23 5s 0;;20;33;;50;4;80;4;;60;0 ;16 5 atc gca;;40;1;;100;4;100;5;;80;1 ;16 23 5s a;;60;1;;150;3;120;2;;100;1 ;max a;;80;1;;200;1;140;1;;120;1 ;a doubles;;100;1;;250;2;160;2;;140;0 ;16 gca 23 5s ;;120;2;;300;2;180;1;;160;0 ;total aas;;140;2;;350;0;200;0;;180;1 sans ;opérons;10;160;0;;400;0;220;1;;200;0 ;1 aa;6;180;0;;450;1;240;0;;220;0 ;max a;32;200;0;;500;0;260;0;;240;0 ;a doubles;2;;0;;;2;;1;;;1 ;total aas;51;;41;;;20;;17;;;9 total aas;;51;moyenne;6;;;126;;102;;;89 remarques;;3;variance;3;;;92;;32;;;77 ;jaune;;;sans;;;sans;;sans;;; </pre> ====ppm blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_blocs|ppm blocs]] <pre> ppm blocs;;;;;;; cds;392;;cds;1116;;cds;493 $16s;207;;$16s;207;;$16s;400 $23s;76;;$23s;76;;$23s;76 $5s;34;;$5s;82;;$5s;18 atc;22;;gca;4;;aac;3 19aas;*;;15aas;*;;9aas;* gga;'''204’;;gga;1133;;cca;107 cds;;;cds;;;cds; ;;;;;;; cds;367;;cds;412;;cds;380 $16s;93;;$16s;108;;$16s;89 $5s;38;;$5s;39;;gca;185 atc;20;;atc;20;;$23s;76 gca;129;;gca;128;;$5s;163 $23s;76;;$23s;130;;cds; $5s;18;;agc;28;;; aac;3;;6aas;*;;; 9aas;*;;aaa;154;;; gga;726;;cds;;;; cds;;;;;;; ;;;;;;; cds;327;'''616’;524;611;449;540;426 $16s;280;207;207;208;221;400;343 $23s;143;76;76;75;76;143;144 $5s;232;343;629;'''183’;216;'''236’;156 cds;;;;;;; ;;;;;;; $5s;constant;39 aas;117 pbs;;;; </pre> ====ppm distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_distribution|ppm distribution]] *Chromosome <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;2;tac;3;tgc;1 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;4;agc;2 ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;4 gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;4 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;5;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;2;gaa;4;gga;3 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;;;;;;;;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ppm;;15;;;;;15;;ppm;22;;;;;;22;;;;;;;;;;;ppm;;;;68;;;68 </pre> *Plasmide <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;3;tgc;1 atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;3;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;2 gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;2;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ppm;;6;;;;;6;;ppm;45;;;;;;45 </pre> ====ppm données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_données_intercalaires|ppm données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ppm;fx;fc;ppm;fx40;fc40;ppm;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;19;0;0;19;-1;0;59;90;259;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;16;226;1;0;46;-2;0;0;145;204;98;;gca;28;;agc;7;;cca ;0;20;20;240;2;2;33;-3;0;0;157;94;tRNA 23s;;;10;;atgj;12;;ttg ;0;30;11;212;3;0;22;-4;7;229;226;122;129;;gca;4;;gta;5;;cgt ;0;40;16;141;4;2;28;-5;0;0;1133;246;130;;gca;19;;aca;38;;ggc ;1;50;22;136;5;4;25;-6;0;0;73;262;186;;gca;77;;gac;28;;aaa ;0;60;16;103;6;3;17;-7;0;6;44;148;5s tRNA;;;9;;ttc;26;;gac ;0;70;33;103;7;0;14;-8;2;76;165;130;39;;atc;7;;tac;30;;atgf ;2;80;46;105;8;3;12;-9;1;0;107;244;34;;atc;**;;aaa;9;;gta ;1;90;60;114;9;0;13;-10;1;4;265;520;82;;gca;22;;atc;17;;gaa 2;0;100;49;98;10;2;16;-11;2;27;129;381;2* 18;;aac;4;;gca;3;;tcc ;2;110;51;110;11;3;12;-12;1;0;213;91;38;;atc;34;;aac;**;;aac ;0;120;58;96;12;2;31;-13;1;1;270;222;23s tRNA;;;3;;atgj;9;;gga 3;2;130;54;91;13;2;25;-14;0;22;123;139;131;;agc;31;;agc;22;;cca 1;0;140;45;93;14;2;30;-15;0;0;107;279;tRNA tRNA;;intra;6;;gaa;5;;cgt 1;1;150;53;69;15;2;23;-16;1;1;214;504;2* 20;;atc gca;10;;gta;10;;ggc ;1;160;43;87;16;2;29;-17;1;18;1861;249;tRNA tRNA;;;25;;atgf;11;;cta ;1;170;40;88;17;3;21;-18;0;0;2208;247;1;;aac;50;;gac;4;;aaa 1;0;180;29;79;18;1;22;-19;0;1;726;122;**;;agc;25;;ttc;55;;caa ;0;190;32;84;19;1;21;-20;1;15;77;238;86;;gaa;5;;aca;11;;gta ;0;200;35;74;20;2;26;-21;0;0;;207;15;;aaa;16;;tac;11;;gaa 3;0;210;40;54;21;1;20;-22;0;1;;174;**;;ctc;18;;cac;3;;acc ;2;220;35;56;22;0;21;-23;0;11;;206;11;;gcc;4;;caa;**;;aac 1;1;230;36;62;23;1;22;-24;0;1;CDS 16s;;**;;aag;15;;aaa;;; 1;0;240;28;45;24;0;19;-25;0;5;323;612;11;;ttg;6;;ctg;;; 4;0;250;37;44;25;3;16;-26;1;10;408;570;11;;tgc;10;;ggc;;; 1;0;260;16;36;26;0;24;-27;0;0;388;;6;;ggc;26;;tgc;;; 1;2;270;22;28;27;2;25;-28;0;1;520;;9;;caa;22;;cgt;;; 1;0;280;28;44;28;4;20;-29;0;6;607;;17;;cac;9;;cca;;; ;0;290;19;28;29;0;21;-30;0;0;445;;7;;tgg;**;;gga;;; ;0;300;20;22;30;0;24;-31;0;0;536;;4;;tac;4;;gca;;; ;0;310;15;23;31;3;14;-32;2;3;422;;22;;aca;3;;aac;;; ;0;320;14;20;32;1;19;-33;1;0;489;;35;;ttc;19;;tcc;;; ;0;330;10;21;33;2;16;-34;0;1;363;;15;;gac;9;;gaa;;; ;0;340;14;15;34;0;15;-35;0;4;376;;25;;atgf;29;;gta;;; ;0;350;12;22;35;1;14;-36;0;0;16s 23s;;58;;gta;25;;atgf;;; ;0;360;11;20;36;0;20;-37;0;0;290;;17;;gaa;13;;gac;;; ;0;370;11;8;37;2;8;-38;1;1;4* 217;;3;;tcc;4;;aca;;; ;0;380;6;14;38;3;14;-39;0;0;218;;**;;aac;102;;tac;;; 1;0;390;4;18;39;3;12;-40;0;2;231;;;;;4;;caa;;; ;0;400;9;7;40;1;9;-41;1;2;2* 410;;;;;12;;aaa;;; 2;4;reste;151;221;reste;1196;2338;-42;0;0;353;;;;;10;;cta;;; 23;20;total;1267;3176;total;1259;3176;-43;0;0;23s 5s;;;;;5;;ggc;;; 21;16;diagr;1116;2936;diagr;63;819;-44;0;4;6* 77;;;;;12;;cgt;;; 0;0; t30;47;678;;;;-45;1;0;3* 78;;;;;7;;ttg;;; ;;;;;;;;-46;0;0;144;;;;;7;;cca;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;2* 145;;;;;**;;gga;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;16s 5s;;;;;;;;;; ;x;1267;29;0;1296;;;-49;0;1;117;;;;;;;;;; ;c;3157;523;19;3699;;;-50;0;2;102;;;;;;;;;; ;;;;;4995;190;;reste;3;7;5s CDS;;;;;;;;;; ;;;;;;5185;;total;29;523;232;176;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;343;183;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;216;236;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;383;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;163;;;;;;;;;; </pre> =====ppm autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_autres_intercalaires_aas|ppm autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;ppm;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;10545;11633;323;*; ;;rRNA;11957;13510;290;*;1554 ;;rRNA;13801;16726;145;*;2926 ;;rRNA;16872;16988;232;*;117 fin;;CDS;17221;17640;;0; deb;comp;CDS;111496;112530;612;*; ;;rRNA;113143;114696;217;*;1554 ;;rRNA;114914;117842;77;*;2929 ;;rRNA;117920;118036;343;*;117 fin;;CDS;118380;119837;;; deb;;CDS;123186;124469;90;*; ;;tRNA;124560;124648;145;*;tca fin;;CDS;124794;125135;;; deb;;CDS;176747;176944;111;*; ;;ncRNA;177056;177322;155;*; fin;;CDS;177478;179229;;; deb;;CDS;180728;181003;408;*; ;;rRNA;181412;182965;117;*;1554 ;;rRNA;183083;183199;39;*;117 ;;tRNA;183239;183315;20;*;atc ;;tRNA;183336;183411;129;*;gca ;;rRNA;183541;186467;131;*;2927 ;;tRNA;186599;186690;28;*;agc ;;tRNA;186719;186795;10;*;atgj ;;tRNA;186806;186881;4;*;gta ;;tRNA;186886;186961;19;*;aca ;;tRNA;186981;187057;77;*;gac ;;tRNA;187135;187207;9;*;ttc ;;tRNA;187217;187302;7;*;tac ;;tRNA;187310;187382;157;*;aaa fin;;CDS;187540;188682;;; deb;comp;CDS;212745;213326;226;*; ;comp;tRNA;213553;213624;259;*;cgg fin;;CDS;213884;214921;;; deb;;CDS;224658;225137;255;*; ;;tmRNA;225393;225757;618;*; fin;;CDS;226376;227050;;; deb;;CDS;453754;455364;388;*; ;;rRNA;455753;457306;217;*;1554 ;;rRNA;457524;460452;77;*;2929 ;;rRNA;460530;460646;34;*;117 ;;tRNA;460681;460757;22;*;atc ;;tRNA;460780;460855;4;*;gca ;;tRNA;460860;460935;34;*;aac ;;tRNA;460970;461043;3;*;atgj ;;tRNA;461047;461138;31;*;agc ;;tRNA;461170;461241;6;*;gaa ;;tRNA;461248;461323;10;*;gta ;;tRNA;461334;461407;25;*;atgf ;;tRNA;461433;461509;50;*;gac ;;tRNA;461560;461632;25;*;ttc ;;tRNA;461658;461733;5;*;aca ;;tRNA;461739;461824;16;*;tac ;;tRNA;461841;461913;18;*;cac ;;tRNA;461932;462006;4;*;caa ;;tRNA;462011;462086;15;*;aaa ;;tRNA;462102;462189;6;*;ctg ;;tRNA;462196;462270;10;*;ggc ;;tRNA;462281;462351;26;*;tgc ;;tRNA;462378;462454;22;*;cgt ;;tRNA;462477;462550;9;*;cca ;;tRNA;462560;462630;204;*;gga fin;comp;CDS;462835;463938;;; deb;;CDS;465476;466216;520;*; ;;rRNA;466737;468290;217;*;1554 ;;rRNA;468508;471432;78;*;2925 ;;rRNA;471511;471627;176;*;117 fin;comp;CDS;471804;471962;;0; deb;comp;CDS;578235;578336;570;*; ;;rRNA;578907;580460;217;*;1554 ;;rRNA;580678;583605;78;*;2928 ;;rRNA;583684;583800;82;*;117 ;;tRNA;583883;583958;4;*;gca ;;tRNA;583963;584038;3;*;aac ;;tRNA;584042;584133;19;*;tcc ;;tRNA;584153;584224;9;*;gaa ;;tRNA;584234;584309;29;*;gta ;;tRNA;584339;584412;25;*;atgf ;;tRNA;584438;584514;13;*;gac ;;tRNA;584528;584603;4;*;aca ;;tRNA;584608;584693;102;*;tac ;;tRNA;584796;584870;4;*;caa ;;tRNA;584875;584950;12;*;aaa ;;tRNA;584963;585043;10;*;cta ;;tRNA;585054;585128;5;*;ggc ;;tRNA;585134;585210;12;*;cgt ;;tRNA;585223;585302;7;*;ttg ;;tRNA;585310;585386;7;*;cca ;;tRNA;585394;585464;1133;*;gga fin;;CDS;586598;587560;;0; deb;;CDS;609577;609924;73;*; ;;tRNA;609998;610069;94;*;acg fin;comp;CDS;610164;610445;;; deb;;CDS;752841;754124;607;*; ;;rRNA;754732;756285;218;*;1554 ;;rRNA;756504;759429;77;*;2926 ;;rRNA;759507;759623;183;*;117 fin;comp;CDS;759807;760232;;0; deb;;CDS;933311;934681;445;*; ;;rRNA;935127;936680;231;*;1554 ;;rRNA;936912;939838;77;*;2927 ;;rRNA;939916;940032;216;*;117 fin;;CDS;940249;941241;;; deb;;CDS;1462425;1462937;44;*; ;;tRNA;1462982;1463057;1;*;aac ;;tRNA;1463059;1463147;122;*;agc fin;comp;CDS;1463270;1464145;;; deb;comp;CDS;1464220;1464981;246;*; ;;tRNA;1465228;1465299;86;*;gaa ;;tRNA;1465386;1465461;15;*;aaa ;;tRNA;1465477;1465559;165;*;ctc fin;;CDS;1465725;1466180;;; deb;comp;CDS;1467848;1468585;262;*; ;;tRNA;1468848;1468930;148;*;ctc fin;comp;CDS;1469079;1469564;;0; deb;comp;CDS;1583500;1583721;130;*; ;;tRNA;1583852;1583925;244;*;ccc fin;comp;CDS;1584170;1585441;;0; deb;;CDS;1617541;1619682;107;*; ;;tRNA;1619790;1619860;265;*;gga fin;;CDS;1620126;1621163;;; deb;;CDS;1875693;1876160;129;*; ;;tRNA;1876290;1876365;11;*;gcc ;;tRNA;1876377;1876449;520;*;aag fin;comp;CDS;1876970;1877974;;; deb;comp;CDS;1933190;1933630;381;*; ;;tRNA;1934012;1934096;91;*;ctg fin;comp;CDS;1934188;1934718;;0; deb;;CDS;1982038;1982799;58;*; ;;ncRNA;1982858;1983052;216;*; fin;;CDS;1983269;1983661;;0; deb;comp;CDS;2009566;2010102;222;*; ;;tRNA;2010325;2010409;213;*;ctg fin;;CDS;2010623;2011135;;; deb;;CDS;2443744;2448333;536;*; ;;rRNA;2448870;2450423;410;*;1554 ;;rRNA;2450834;2453760;144;*;2927 ;;rRNA;2453905;2454021;236;*;117 fin;comp;CDS;2454258;2455367;;; deb;;CDS;2642172;2643329;422;*; ;;rRNA;2643752;2645305;353;*;1554 ;;rRNA;2645659;2648585;145;*;2927 ;;rRNA;2648731;2648847;383;*;117 fin;;CDS;2649231;2650082;;; deb;comp;CDS;3533806;3534249;139;*; ;;tRNA;3534389;3534460;279;*;gtc fin;comp;CDS;3534740;3535069;;; deb;;CDS;3639395;3639562;504;*; ;comp;tRNA;3640067;3640152;249;*;tta fin;;CDS;3640402;3640560;;; deb;;CDS;3668653;3669450;247;*; ;comp;tRNA;3669698;3669763;270;*;atgj fin;comp;CDS;3670034;3670234;;; deb;;CDS;3724691;3725086;122;*; ;comp;tRNA;3725209;3725282;123;*;atgi fin;comp;CDS;3725406;3725570;;; deb;;CDS;3796407;3797627;286;*; ;comp;ncRNA;3797914;3798312;79;*; fin;comp;CDS;3798392;3798958;;; deb;comp;CDS;4338508;4339209;107;*; ;comp;tRNA;4339317;4339390;7;*;cca ;comp;tRNA;4339398;4339477;12;*;ttg ;comp;tRNA;4339490;4339566;5;*;cgt ;comp;tRNA;4339572;4339646;38;*;ggc ;comp;tRNA;4339685;4339757;28;*;aaa ;comp;tRNA;4339786;4339862;26;*;gac ;comp;tRNA;4339889;4339965;30;*;atgf ;comp;tRNA;4339996;4340071;9;*;gta ;comp;tRNA;4340081;4340152;17;*;gaa ;comp;tRNA;4340170;4340261;3;*;tcc ;comp;tRNA;4340265;4340340;18;*;aac ;comp;rRNA;4340359;4340475;78;*;117 ;comp;rRNA;4340554;4343481;410;*;2928 ;comp;rRNA;4343892;4345445;489;*;1554 fin;comp;CDS;4345935;4347563;;; deb;comp;CDS;4394160;4395092;238;*; ;;tRNA;4395331;4395404;214;*;aga fin;;CDS;4395619;4396383;;0; deb;;CDS;4446278;4447621;207;*; ;comp;tRNA;4447829;4447902;174;*;aga fin;;CDS;4448077;4448370;;0; deb;comp;CDS;4703166;4703687;1861;*; ;comp;tRNA;4705549;4705627;11;*;ttg ;comp;tRNA;4705639;4705713;11;*;tgc ;comp;tRNA;4705725;4705796;6;*;ggc ;comp;tRNA;4705803;4705877;9;*;caa ;comp;tRNA;4705887;4705959;17;*;cac ;comp;tRNA;4705977;4706050;7;*;tgg ;comp;tRNA;4706058;4706143;4;*;tac ;comp;tRNA;4706148;4706223;22;*;aca ;comp;tRNA;4706246;4706318;35;*;ttc ;comp;tRNA;4706354;4706430;15;*;gac ;comp;tRNA;4706446;4706522;25;*;atgf ;comp;tRNA;4706548;4706623;58;*;gta ;comp;tRNA;4706682;4706753;17;*;gaa ;comp;tRNA;4706771;4706862;3;*;tcc ;comp;tRNA;4706866;4706941;2208;*;aac fin;comp;CDS;4709150;4710085;;; deb;comp;CDS;4987142;4989934;726;*; ;comp;tRNA;4990661;4990731;9;*;gga ;comp;tRNA;4990741;4990814;22;*;cca ;comp;tRNA;4990837;4990913;5;*;cgt ;comp;tRNA;4990919;4990993;10;*;ggc ;comp;tRNA;4991004;4991084;11;*;cta ;comp;tRNA;4991096;4991171;4;*;aaa ;comp;tRNA;4991176;4991250;55;*;caa ;comp;tRNA;4991306;4991381;11;*;gta ;comp;tRNA;4991393;4991464;11;*;gaa ;comp;tRNA;4991476;4991548;3;*;acc ;comp;tRNA;4991552;4991627;18;*;aac ;comp;rRNA;4991646;4991762;77;*;117 ;comp;rRNA;4991840;4994767;130;*;2928 ;comp;tRNA;4994898;4994973;20;*;gca ;comp;tRNA;4994994;4995070;38;*;atc ;comp;rRNA;4995109;4995225;102;*;117 ;comp;rRNA;4995328;4996881;363;*;1554 fin;comp;CDS;4997245;4997475;;; deb;comp;CDS;5057616;5058803;163;*; ;comp;rRNA;5058967;5059083;77;*;117 ;comp;rRNA;5059161;5062088;186;*;2928 ;comp;tRNA;5062275;5062350;98;*;gca ;comp;rRNA;5062449;5064002;376;*;1554 fin;comp;CDS;5064379;5066394;;; deb;;CDS;5714294;5714611;206;*; ;comp;tRNA;5714818;5714908;77;*;tcg fin;comp;CDS;5714986;5715210;;; </pre> ===pmq=== ====pmq opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq opérons|pmq opérons]] <pre> 58.3%GC;24.7.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Paenibacillus mucilaginosus 3016;;;;;;;;; ;9206..10276;CDS;;322;322;;;357; ;10599..12139;16s;;269;;;;; ;12409..15343;23s;;95;;;;; ;15439..15555;5s;;178;178;;;;178 ;15734..17190;CDS;;3061;;;;486; ;;;;;;;;; ;20252..21532;CDS;;47;47;;;427;47 ;21580..21666;tca;;140;140;;;; ;21807..22157;CDS hp;@1;17;;;;117; ;22175..22357;CDS hp;;23;;;;*61; ;22381..22524;CDS hp;;86;;;;*48; comp;22611..22796;CDS hp;;138;;;;*62; comp;22935..25265;CDS replicase;;156;;;;*777; ;;;;;;;;; ;25422..26165;CDS;;220;220;;;248; comp;26386..26460;cgg;;183;183;;;;183 ;26644..27168;CDS;;151287;;;;175; ;;;;;;;;; ;178456..179454;CDS;;298;298;;;333; ;179753..181299;16s;;254;;;;; ;181554..184488;23s;;168;;;;; ;184657..184773;5s;;15;;;;; ;184789..184876;agc;;29;;;29;; ;184906..184982;atgj;;39;;;39;; ;185022..185097;gta;;15;;;15;; ;185113..185189;atgf;;14;;;14;; ;185204..185280;gac;;48;;;48;; ;185329..185404;ttc;;5;;;5;; ;185410..185485;aca;;9;;;9;; ;185495..185579;tac;;15;;;15;; ;185595..185670;aaa;;183;183;;;;183 comp;185854..187104;CDS;;30460;;;;417; ;;;;;;;;; comp;217565..218146;CDS;;129;129;;;194;129 comp;218276..218350;cgg;;261;261;;;; ;218612..219643;CDS;;34238;;;;344; ;;;;;;;;; ;253882..254526;CDS;;677;*677;;;215; ;255204..256745;16s;;268;;;;; ;257014..259948;23s;;95;;;;; ;260044..260160;5s;;55;;;;; ;260216..260292;atc;;19;;;19;; ;260312..260387;gca;+;16;;;16;; ;260404..260475;gaa;2 gca;9;;;9;; ;260485..260569;tac;;20;;;20;; ;260590..260665;aac;;3;;;3;; ;260669..260744;gta;;19;;;19;; ;260764..260840;gac;;20;;;20;; ;260861..260933;ttc;;15;;;15;; ;260949..261021;aaa;;10;;;10;; ;261032..261118;ctg;;3;;;3;; ;261122..261196;ggc;;12;;;12;; ;261209..261280;tgc;;15;;;15;; ;261296..261369;cgt;;5;;;5;; ;261375..261448;cca;;158;;;*158;; ;261607..261682;gca;;4;;;4;; ;261687..261759;acc;;5;;;5;; ;261765..261854;tcg;;19;;;19;; ;261874..261961;agc;;17;;;17;; ;261979..262054;gtc;;5;;;5;; ;262060..262134;acg;;39;;;39;; ;262174..262262;tcc;;41;;;41;; ;262304..262386;ctc;;283;283;;;;*283 ;262670..263515;CDS;;314679;;;;282; ;;;;;;;;; ;578195..579055;CDS;;324;324;;;287; ;579380..580921;16s;;258;;;;; ;581180..584114;23s;;166;;;;; ;584281..584397;5s;;31;;;;; ;584429..584505;aac;;6;;;6;; ;584512..584600;tcc;;38;;;38;; ;584639..584710;gaa;;11;;;11;; ;584722..584797;gta;;17;;;17;; ;584815..584891;atgf;;15;;;15;; ;584907..584983;gac;;67;;;67;; ;585051..585125;acg;;11;;;11;; ;585137..585212;cac;;10;;;10;; ;585223..585297;caa;;5;;;5;; ;585303..585378;aaa;;17;;;17;; ;585396..585470;ggc;+;40;;;40;; ;585511..585585;ggc;2 ggc;24;;;24;; ;585610..585692;ttg;;5;;;5;; ;585698..585774;cca;;19;;;19;; ;585794..585867;gga;;1;;;1;; ;585869..585942;aga;;187;187;;;;187 ;586130..586885;CDS;;85587;;;;252; ;;;;;;;;; ;672473..672949;CDS;;18;18;;;159;18 ;672968..673043;aac;;7;;7;;; ;673051..673138;agc;@2;297;;297;;; ;673436..673507;gaa;;9;;9;;; ;673517..673599;ctc;;180;180;;;; ;673780..674199;CDS;;182;;;;140; ;;;;;;;;; ;674382..675278;CDS;;159;159;;;299; ;675438..675520;ctc;;64;64;;;;64 ;675585..675833;CDS;;18450;;;;83; ;;;;;;;;; ;694284..695636;CDS;;797;*797;;;451; ;696434..697974;16s;;261;;;;; ;698236..701170;23s;;94;;;;; ;701265..701381;5s;;43;;;;; ;701425..701498;atc;;11;;;11;; ;701510..701584;gaa;;5;;;5;; ;701590..701665;gtc;;5;;;5;; ;701671..701747;atgf;;4;;;4;; ;701752..701825;tgg;;9;;;9;; ;701835..701909;caa;;8;;;8;; ;701918..701990;aaa;;18;;;18;; ;702009..702095;ctg;;4;;;4;; ;702100..702174;ggc;;11;;;11;; ;702186..702259;cgt;;12;;;12;; ;702272..702348;cca;;577;*577;;;;*577 ;702926..703120;CDS;;370320;;;;65; ;;;;;;;;; ;1073441..1074214;CDS;;373;373;;;258; ;1074588..1076136;16s;;260;;;;; ;1076397..1079331;23s;;168;;;;; ;1079500..1079616;5s;;9;;;;; ;1079626..1079701;aac;;6;;;6;; ;1079708..1079796;tcc;;38;;;38;; ;1079835..1079906;gaa;;11;;;11;; ;1079918..1079993;gta;;17;;;17;; ;1080011..1080087;atgf;;13;;;13;; ;1080101..1080177;gac;;49;;;49;; ;1080227..1080302;ttc;;4;;;4;; ;1080307..1080382;aca;;13;;;13;; ;1080396..1080481;tac;;8;;;8;; ;1080490..1080560;tgg;;13;;;13;; ;1080574..1080649;cac;;26;;;26;; ;1080676..1080747;caa;;9;;;9;; ;1080757..1080831;ggc;;12;;;12;; ;1080844..1080917;tgc;;10;;;10;; ;1080928..1081016;tta;;20;;;20;; ;1081037..1081113;cgt;;3;;;3;; ;1081117..1081199;ttg;;147;147;;;;147 ;1081347..1081973;CDS;;128630;;;;209; ;;;;;;;;; ;1210604..1213519;CDS;;354;354;;;972; ;1213874..1213949;gca;;16;;16;;; ;1213966..1214037;gaa;;12;;12;;; ;1214050..1214125;gta;;16;;16;;; ;1214142..1214218;gac;;17;;17;;; ;1214236..1214311;cac;;9;;9;;; ;1214321..1214395;caa;;9;;9;;; ;1214405..1214477;aaa;;8;;8;;; ;1214486..1214572;ctg;;3;;3;;; ;1214576..1214647;ggc;;169;169;;;;169 comp;1214817..1215602;CDS;;378784;;;;262; ;;;;;;;;; ;1594387..1594665;CDS;;537;*537;;;93; ;1595203..1596743;16s;;252;;;;; ;1596996..1599930;23s;;94;;;;; ;1600025..1600141;5s;;43;;;;; ;1600185..1600261;atc;;19;;;19;; ;1600281..1600356;gca;;17;;;17;; ;1600374..1600445;gaa;;8;;;8;; ;1600454..1600529;gta;+;5;;;5;; ;1600535..1600610;aca;2 gta;10;;;10;; ;1600621..1600705;tac;;18;;;18;; ;1600724..1600799;aac;;4;;;4;; ;1600804..1600879;gta;;21;;;21;; ;1600901..1600977;atgf;;12;;;12;; ;1600990..1601066;gac;;34;;;34;; ;1601101..1601176;cac;;13;;;13;; ;1601190..1601264;caa;;8;;;8;; ;1601273..1601345;aaa;;17;;;17;; ;1601363..1601448;ctc;;13;;;13;; ;1601462..1601548;ctg;;5;;;5;; ;1601554..1601628;ggc;;14;;;14;; ;1601643..1601713;tgc;;10;;;10;; ;1601724..1601797;cgt;;5;;;5;; ;1601803..1601876;cca;;105;105;;;;105 ;1601982..1602245;CDS;;232535;;;;88; ;;;;;;;;; ;1834781..1835260;CDS;;106;106;;;160;106 ;1835367..1835439;gcc;;137;137;;;; comp;1835577..1835978;CDS;;371114;;;;134; ;;;;;;;;; comp;2207093..2208091;CDS;;192;192;;;333;192 ;2208284..2208367;ctg;+;49;;49;;; ;2208417..2208500;ctg;2 ctg;315;315;;;; ;2208816..2209952;CDS;;1246561;;;;379; ;;;;;;;;; ;3456514..3456786;CDS;;256;256;;;91; ;3457043..3457119;ccc;;142;142;;;;142 ;3457262..3457483;CDS;;1547757;;;;74; ;;;;;;;;; comp;5005241..5005426;CDS;;127;127;;;62;127 comp;5005554..5005636;ctc;;40;;40;;; comp;5005677..5005765;tcc;;13;;13;;; comp;5005779..5005852;atg;;19;;19;;; comp;5005872..5005958;tcg;;167;167;;;; ;5006126..5006220;ncRNA;;1377035;;;;32; ;;;;;;;;; comp;6383256..6384173;CDS;;228;228;;;306; ;6384402..6384477;gtc;;69;69;;;;69 comp;6384547..6385458;CDS;;5453;;;;304; ;;;;;;;;; comp;6390912..6391130;CDS;;142;142;;;73;142 comp;6391273..6391358;tta;;7;;7;;; comp;6391366..6391442;atgi;;19;;19;;; comp;6391462..6391538;atgf;;370;370;;;; comp;6391909..6392460;CDS;;962046;;;;184; ;;;;;;;;; ;7354507..7354737;CDS;;342;342;;;77;*342 comp;7355080..7355162;ctc;;28;;;28;; comp;7355191..7355279;tcc;;12;;;12;; comp;7355292..7355368;atgf;;14;;;14;; comp;7355383..7355459;atgj;;14;;;14;; comp;7355474..7355561;agc;;8;;;8;; comp;7355570..7355659;tcg;;4;;;4;; comp;7355664..7355736;acc;;4;;;4;; comp;7355741..7355816;gca;;119;;;;; ;7355936..7356030;ncRNA;@3;36;;;;; comp;7356067..7356140;cca;;6;;;6;; comp;7356147..7356220;cgt;;104;;;*104;; comp;7356325..7356396;ggc;;7;;;7;; comp;7356404..7356490;ctg;;9;;;9;; comp;7356500..7356572;aaa;;9;;;9;; comp;7356582..7356656;caa;;9;;;9;; comp;7356666..7356741;cac;;17;;;17;; comp;7356759..7356835;gac;;12;;;12;; comp;7356848..7356923;gta;;4;;;4;; comp;7356928..7357003;aac;;15;;;15;; comp;7357019..7357103;tac;;8;;;8;; comp;7357112..7357187;aca;;5;;;5;; comp;7357193..7357264;gaa;;15;;;15;; comp;7357280..7357355;gcc;;9;;;9;; comp;7357365..7357438;atc;;54;;;;; comp;7357493..7357609;5s;;112;;;;; comp;7357722..7360655;23s;;258;;;;; comp;7360914..7362454;16s;;403;*403;;;; ;7362858..7363397;CDS;;254752;;;;180; ;;;;;;;;; ;7618150..7618842;CDS;;280;280;;;231;*280 comp;7619123..7619193;ggg;;335;335;;;; ;7619529..7620461;CDS;;46171;;;;311; ;;;;;;;;; comp;7666633..7668069;CDS;;104;104;;;479;104 comp;7668174..7668244;ggg;;5;;;5;; comp;7668250..7668326;cca;;106;;;*106;; comp;7668433..7668506;cgt;;11;;;11;; comp;7668518..7668592;ggc;;5;;;5;; comp;7668598..7668684;ctg;;13;;;13;; comp;7668698..7668783;ctc;;16;;;16;; comp;7668800..7668872;aaa;;10;;;10;; comp;7668883..7668967;tac;;28;;;28;; comp;7668996..7669071;ttc;;12;;;;; comp;7669084..7669200;5s;;159;;;;; comp;7669360..7672297;23s;;256;;;;; comp;7672554..7674095;16s;;537;*537;;;; ;7674633..7675382;CDS;;177794;;;;250; ;;;;;;;;; comp;7853177..7853761;CDS;;57;57;;;195;57 comp;7853819..7853892;cac;;230;;230;;; comp;7854123..7854196;cac;;404;*404;;;; comp;7854601..7854801;CDS;;245639;;;;67; ;;;;;;;;; comp;8100441..8100854;CDS;;123;123;;;138;123 comp;8100978..8101094;5s;;167;;;;; comp;8101262..8104180;23s;;248;;;;; comp;8104429..8105969;16s;;325;325;;;; comp;8106295..8106636;CDS;;45281;;;;114; ;;;;;;;;; comp;8151918..8152448;CDS;;460;*460;;;177;*460 comp;8152909..8153031;5s;;94;;;;; comp;8153126..8156060;23s;;258;;;;; comp;8156319..8157859;16s;;456;*456;;;; ;8158316..8158642;CDS;;98285;;;;109; ;;;;;;;;; ;8256928..8257746;CDS;;83;83;;;273;83 comp;8257830..8257903;gga;;5;;;5;; comp;8257909..8257985;cca;;16;;;16;; comp;8258002..8258078;cgt;;4;;;4;; comp;8258083..8258157;ggc;;8;;;8;; comp;8258166..8258248;cta;;42;;;42;; comp;8258291..8258366;aaa;;8;;;8;; comp;8258375..8258449;caa;;9;;;9;; comp;8258459..8258532;tgg;;4;;;4;; comp;8258537..8258613;atgf;;5;;;5;; comp;8258619..8258694;gtc;;5;;;5;; comp;8258700..8258774;gaa;;11;;;11;; comp;8258786..8258859;atc;;43;;;;; comp;8258903..8259019;5s;;94;;;;; comp;8259114..8262048;23s;;255;;;;; comp;8262304..8263845;16s;;306;306;;;; comp;8264152..8264370;CDS;;58373;;;;73; ;;;;;;;;; comp;8322744..8323205;CDS;;393;393;;;154;*393 comp;8323599..8323715;5s;;94;;;;; comp;8323810..8326748;23s;;258;;;;; comp;8327007..8328547;16s;;369;369;;;; comp;8328917..8330413;CDS;;21505;;;;499; ;;;;;;;;; comp;8351919..8354414;CDS;;396;396;;;832; comp;8354811..8354884;atg;;149;149;;;;149 comp;8355034..8355537;CDS;;34450;;;;168; ;;;;;;;;; ;8389988..8390512;CDS;;296;296;;;175;*296 comp;8390809..8390925;5s;;94;;;;; comp;8391020..8393954;23s;;259;;;;; comp;8394214..8395754;16s;;234;234;;;; comp;8395989..8396255;CDS;;220222;;;;89; ;;;;;;;;; comp;8616478..8616924;CDS;;417;*417;;;149; ;8617342..8617418;gac;;157;157;;;;157 ;8617576..8618541;CDS;;105821;;;;322; ;;;;;;;;; ;8724363..8724614;CDS;;455;*455;;;84; comp;8725070..8725160;tcg;;165;165;;;;165 comp;8725326..8725559;CDS;;9205;;;;78; ;;opéron;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd </pre> ====pmq cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_cumuls|pmq cumuls]] <pre> pmq;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cds dirigé;gammes;cdsa;cdsd avec rRNA;opérons;14;1;0;1;1;0;1;0;100;15;8 ;16 23 5s 0;5;20;14;107;50;3;20;1;200;18;10 ;16 atc gca;0;40;1;12;100;4;40;0;300;12;6 ;16 23 5s a;9;60;1;4;150;11;60;2;400;9;3 ;max a;23;80;0;1;200;11;80;2;500;6;4 ;a doubles;3;100;0;0;250;3;100;1;600;0;0 ;spéciaux;0;120;0;2;300;6;120;3;700;0;0 ;total aas;138;140;0;0;350;7;140;3;800;0;0 sans ;opérons;17;160;0;1;400;6;160;5;900;1;0 ;1 aa;11;180;0;0;450;3;180;3;1000;1;0 ;max a;9;200;0;0;500;3;200;4;1100;0;0 ;a doubles;1;;2;0;;5;;7;;0;0 ;total aas;35;;18;128;;62;;31;;62;31 total aas;;173;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;16;;;;;;235;213 ;;;variance;;20;;;;;;184;122 sans jaune;;;moyenne;16;14;;207;;126;;; ;;;variance;12;11;;106;;49;;; </pre> ====pmq blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_blocs|pmq blocs]] <pre> Les blocs à rRNAs pmq;;;;; CDS;298;324;373;12; 16s;254;258;260;159; 23s;168;166;168;256; 5s;15;31;9;537; 1er aa;agc;aac;aac;ttc; aas;9;16;17;9; CDS;183;187;147;104; ;;;;; CDS;677;797;537;54;43 16s;268;261;252;112;94 23s;95;94;94;258;255 5s;55;43;43;403;306 atc / aas;22;11;19;23;12 CDS;283;577;105;342;83 ;;;;; CDS;322;123;460;393;296 16s;269;167;94;94;94 23s;95;248;258;258;259 5s;178;325;456;369;234 </pre> ====pmq distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_distribution|pmq distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ggc2 5s;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;4;tac;6;tgc;3 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;2;aac;5;agc;3 ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;4;cgt;7 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;3;gcc;1;gac;6;ggc;9 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;8;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;7;caa;6;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;1;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;4;gaa;7;gga;2 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;2;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total pmq;;11;;;;;11;;pmq;22;;;;;;22;;pmq;2;;;;;;2;;pmq;;;;138;;;138 </pre> ====pmq données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_données_intercalaires|pmq données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;pmq;fx;fc;pmq;fx40;fc40;pmq;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;5;26;0;5;26;-1;0;80;47;222;23s 5s;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;15;298;1;1;52;-2;3;0;137;183;2* 97;;;29;;agc;11;;atc;28;;ctc ;1;20;15;336;2;1;46;-3;0;1;129;183;2* 170;;;39;;atgj;5;;gaa;12;;tcc ;0;30;22;273;3;1;35;-4;11;384;283;261;168;;;15;;gta;5;;gtc;14;;atgf ;0;40;16;249;4;1;34;-5;0;1;187;169;6* 96;;;14;;atgf;4;;atgf;14;;atgj ;1;50;22;194;5;1;28;-6;3;1;18;137;113;;;48;;gac;9;;tgg;8;;agc ;0;60;24;156;6;1;32;-7;0;5;180;192;161;;;5;;ttc;8;;caa;4;;tcg ;1;70;32;142;7;2;28;-8;0;76;159;228;169;;;9;;aca;18;;aaa;4;;acc 1;1;80;47;168;8;2;12;-9;1;0;64;72;5s CDS;;;15;;tac;7;;ctg;;119;gca 1;1;90;44;163;9;4;10;-10;1;8;577;342;178;296;;**;;aaa;11;;ggc;;36;ncRNA ;0;100;53;148;10;1;21;-11;2;32;150;280;123;;;19;;atc;12;;cgt;6;;cca ;3;110;53;123;11;1;23;-12;0;0;354;335;460;;;16;;gca;**;;cca;104;;cgt ;0;120;61;117;12;0;38;-13;0;7;105;86;393;;;9;;gaa;6;;aac;7;;ggc ;1;130;77;120;13;1;43;-14;2;27;106;417;5s tRNA;;;20;;tac;38;;tcc;9;;ctg 1;1;140;60;95;14;1;45;-15;0;0;315;455;15;;agc;3;;aac;11;;gaa;9;;aaa ;4;150;64;119;15;3;39;-16;0;5;256;;55;;atc;19;;gta;17;;gta;9;;caa ;2;160;67;87;16;2;34;-17;2;17;142;;54;;atc;20;;gac;13;;atgf;17;;cac 1;1;170;75;94;17;1;25;-18;0;0;394;;3* 43;;atc;15;;ttc;49;;gac;12;;gac ;1;180;66;111;18;3;36;-19;0;1;142;;9;;aac;10;;aaa;4;;ttc;4;;gta 2;1;190;81;93;19;3;29;-20;1;14;75;;31;;aac;3;;ctg;13;;aca;15;;aac 1;0;200;65;94;20;0;24;-21;0;0;104;;12;;ttc;12;;ggc;8;;tac;8;;tac ;0;210;65;86;21;6;37;-22;1;5;84;;tRNA tRNA;;;15;;tgc;13;;tgg;5;;aca ;0;220;58;86;22;1;32;-23;0;13;404;;7;;aac;5;;cgt;26;;cac;15;;gaa 2;0;230;52;79;23;3;23;-24;0;0;396;;297;;agc;158;;cca;9;;caa;9;;gcc ;0;240;54;87;24;2;45;-25;1;3;149;;9;;gaa;4;;gca;12;;ggc;**;;atc ;0;250;47;74;25;0;28;-26;3;13;157;;**;;ctc;5;;acc;10;;tgc;5;;ggg ;1;260;41;66;26;5;15;-27;0;0;165;;16;;gca;19;;tcg;20;;tta;106;;cca 1;0;270;43;60;27;2;24;-28;0;0;CDS 16s;;12;;gaa;17;;agc;3;;cgt;11;;cgt 1;0;280;35;59;28;2;14;-29;0;8;318;399;16;;gta;5;;gtc;**;;ttg;5;;ggc ;1;290;30;44;29;0;25;-30;0;0;299;533;17;;gac;39;;acg;19;;atc;13;;ctg ;0;300;23;35;30;1;30;-31;0;2;673;;9;;cac;41;;tcc;17;;gca;16;;ctc ;0;310;35;45;31;0;26;-32;1;8;320;;9;;caa;**;;ctc;8;;gaa;10;;aaa ;1;320;28;32;32;2;20;-33;0;0;793;;8;;aaa;10;;aac;5;;gta;28;;tac ;0;330;28;41;33;1;26;-34;1;2;377;;3;;ctg;38;;tcc;10;;aca;**;;ttc 1;0;340;21;27;34;3;20;-35;1;6;533;;**;;ggc;11;;gaa;18;;tac;5;;gga 1;0;350;25;33;35;1;31;-36;2;0;321;;49;;ctg;17;;gta;4;;aac;16;;cca ;1;360;19;22;36;1;23;-37;0;2;272;;**;;ctg;15;;atgf;21;;gta;4;;cgt ;0;370;14;26;37;3;24;-38;0;2;302;;40;;ctc;67;;gac;12;;atgf;8;;ggc ;0;380;12;32;38;1;24;-39;0;0;365;;13;;tcc;11;;acg;34;;gac;42;;cta ;0;390;15;24;39;2;27;-40;0;1;230;;19;;atgj;10;;cac;13;;cac;8;;aaa ;2;400;10;26;40;2;28;-41;0;5;16s 23s;;**;;tcg;5;;caa;8;;caa;9;;caa 2;2;reste;266;353;reste;1812;3361;-42;0;0;2* 280;;7;;tta;17;;aaa;17;;aaa;4;;tgg 15;27;total;1885;4543;total;1885;4543;-43;0;0;266;;19;;atgi;40;;ggc;13;;ctc;5;;atgf 13;25;diagr;1614;4164;diagr;68;1156;-44;1;3;272;;**;;atgf;24;;ggc;5;;ctg;5;;gtc 0;1; t30;52;907;;;;-45;0;0;271;;230;;cac;8;;ttg;14;;ggc;11;;gaa ;;;;;;;;-46;0;1;263;;**;;cac;19;;cca;10;;tgc;**;;atc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;4* 269;;;;;1;;gga;5;;cgt;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;268;;;;;**;;aga;**;;cca;;; ;x;1880;42;5;1927;;;-49;0;2;259;;;;;;;;;;;;; ;c;4517;753;26;5296;;;-50;0;1;267;;;;;;;;;;;;; ;;;;;7223;256;;reste;5;16;270;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;7479;;total;42;753;;;;;;;;;;;;;; </pre> =====pmq autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires_aas|pmq autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;pmq;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;9206;318;; ;rRNA;10595;280;;16s ;rRNA;12412;97;;23s ;rRNA;15439;178;;5s fin;CDS;15734;;; deb;CDS;20252;47;; ;tRNA;21580;137;;tca fin;CDS;21807;;; deb;CDS;25422;222;; ;tRNA;26388;183;comp;cgg fin;CDS;26644;;; deb;CDS;178456;299;; ;rRNA;179754;266;;16s ;rRNA;181557;170;;23s ;rRNA;184657;15;;5s ;tRNA;184789;29;;agc ;tRNA;184906;39;;atgj ;tRNA;185022;15;;gta ;tRNA;185113;14;;atgf ;tRNA;185204;48;;gac ;tRNA;185329;5;;ttc ;tRNA;185410;9;;aca ;tRNA;185495;15;;tac ;tRNA;185595;183;;aaa fin;CDS;185854;;comp; deb;CDS;217565;129;comp; ;tRNA;218276;261;comp;cgg fin;CDS;218612;;; deb;CDS;230970;186;; ;tmRNA;231642;140;; fin;CDS;232145;;; deb;CDS;253921;673;; ;rRNA;255200;280;;16s ;rRNA;257017;97;;23s ;rRNA;260044;55;;5s ;tRNA;260216;19;;atc ;tRNA;260312;16;;gca ;tRNA;260404;9;;gaa ;tRNA;260485;20;;tac ;tRNA;260590;3;;aac ;tRNA;260669;19;;gta ;tRNA;260764;20;;gac ;tRNA;260861;15;;ttc ;tRNA;260949;10;;aaa ;tRNA;261032;3;;ctg ;tRNA;261122;12;;ggc ;tRNA;261209;15;;tgc ;tRNA;261296;5;;cgt ;tRNA;261375;158;;cca ;tRNA;261607;4;;gca ;tRNA;261687;5;;acc ;tRNA;261765;19;;tcg ;tRNA;261874;17;;agc ;tRNA;261979;5;;gtc ;tRNA;262060;39;;acg ;tRNA;262174;41;;tcc ;tRNA;262304;283;;ctc fin;CDS;262670;;; deb;CDS;578195;320;; ;rRNA;579376;269;;16s ;rRNA;581183;168;;23s ;rRNA;584281;31;;5s ;tRNA;584429;10;;aac ;tRNA;584512;38;;tcc ;tRNA;584639;11;;gaa ;tRNA;584722;17;;gta ;tRNA;584815;15;;atgf ;tRNA;584907;67;;gac ;tRNA;585051;11;;acg ;tRNA;585137;10;;cac ;tRNA;585223;5;;caa ;tRNA;585303;17;;aaa ;tRNA;585396;40;;ggc ;tRNA;585511;24;;ggc ;tRNA;585610;8;;ttg ;tRNA;585698;19;;cca ;tRNA;585794;1;;gga ;tRNA;585869;187;;aga fin;CDS;586130;;; deb;CDS;672473;18;; ;tRNA;672968;7;;aac ;tRNA;673051;297;;agc ;tRNA;673436;9;;gaa ;tRNA;673517;180;;ctc fin;CDS;673780;;; deb;CDS;674382;159;; ;tRNA;675438;64;;ctc fin;CDS;675585;;; deb;CDS;694284;793;; ;rRNA;696430;272;;16s ;rRNA;698239;96;;23s ;rRNA;701265;43;;5s ;tRNA;701425;11;;atc ;tRNA;701510;5;;gaa ;tRNA;701590;5;;gtc ;tRNA;701671;4;;atgf ;tRNA;701752;9;;tgg ;tRNA;701835;8;;caa ;tRNA;701918;18;;aaa ;tRNA;702009;7;;ctg ;tRNA;702100;11;;ggc ;tRNA;702186;12;;cgt ;tRNA;702272;577;;cca fin;CDS;702926;;; deb;CDS;1073441;377;; ;rRNA;1074592;271;;16s ;rRNA;1076400;170;;23s ;rRNA;1079500;9;;5s ;tRNA;1079626;6;;aac ;tRNA;1079708;38;;tcc ;tRNA;1079835;11;;gaa ;tRNA;1079918;17;;gta ;tRNA;1080011;13;;atgf ;tRNA;1080101;49;;gac ;tRNA;1080227;4;;ttc ;tRNA;1080307;13;;aca ;tRNA;1080396;8;;tac ;tRNA;1080490;13;;tgg ;tRNA;1080574;26;;cac ;tRNA;1080676;9;;caa ;tRNA;1080757;12;;ggc ;tRNA;1080844;10;;tgc ;tRNA;1080928;20;;tta ;tRNA;1081037;3;;cgt ;tRNA;1081117;150;;ttg fin;CDS;1081347;;; deb;CDS;1210625;354;; ;tRNA;1213874;16;;gca ;tRNA;1213966;12;;gaa ;tRNA;1214050;16;;gta ;tRNA;1214142;17;;gac ;tRNA;1214236;9;;cac ;tRNA;1214321;9;;caa ;tRNA;1214405;8;;aaa ;tRNA;1214486;3;;ctg ;tRNA;1214576;169;;ggc fin;CDS;1214817;;comp; deb;CDS;1594387;533;; ;rRNA;1595199;263;;16s ;rRNA;1596999;96;;23s ;rRNA;1600025;43;;5s ;tRNA;1600185;19;;atc ;tRNA;1600281;17;;gca ;tRNA;1600374;8;;gaa ;tRNA;1600454;5;;gta ;tRNA;1600535;10;;aca ;tRNA;1600621;18;;tac ;tRNA;1600724;4;;aac ;tRNA;1600804;21;;gta ;tRNA;1600901;12;;atgf ;tRNA;1600990;34;;gac ;tRNA;1601101;13;;cac ;tRNA;1601190;8;;caa ;tRNA;1601273;17;;aaa ;tRNA;1601363;13;;ctc ;tRNA;1601462;5;;ctg ;tRNA;1601554;14;;ggc ;tRNA;1601643;10;;tgc ;tRNA;1601724;5;;cgt ;tRNA;1601803;105;;cca fin;CDS;1601982;;; deb;CDS;1834781;106;; ;tRNA;1835367;137;;gcc fin;CDS;1835577;;comp; deb;CDS;2147627;89;; ;ncRNA;2148556;114;; fin;CDS;2148850;;; deb;CDS;2207093;192;comp; ;tRNA;2208284;49;;ctg ;tRNA;2208417;315;;ctg fin;CDS;2208816;;; deb;CDS;3456514;256;; ;tRNA;3457043;142;;ccc fin;CDS;3457262;;; deb;CDS;5004536;394;comp; ;tRNA;5005554;40;comp;ctc ;tRNA;5005677;13;comp;tcc ;tRNA;5005779;19;comp;atgj ;tRNA;5005872;167;comp;tcg ;ncRNA;5006126;132;; fin;CDS;5006353;;; deb;CDS;6383256;228;comp; ;tRNA;6384402;72;;gtc fin;CDS;6384547;;comp; deb;CDS;6390912;142;comp; ;tRNA;6391273;7;comp;tta ;tRNA;6391366;19;comp;atgi ;tRNA;6391462;75;comp;atgf fin;CDS;6391614;;comp; deb;CDS;6561157;118;; ;ncRNA;6563228;95;comp; fin;CDS;6563744;;comp; deb;CDS;7354507;342;; ;tRNA;7355080;28;comp;ctc ;tRNA;7355191;12;comp;tcc ;tRNA;7355292;14;comp;atgf ;tRNA;7355383;14;comp;atgj ;tRNA;7355474;8;comp;agc ;tRNA;7355570;4;comp;tcg ;tRNA;7355664;4;comp;acc ;tRNA;7355741;119;comp;gca ;ncRNA;7355936;36;; ;tRNA;7356067;6;comp;cca ;tRNA;7356147;104;comp;cgt ;tRNA;7356325;7;comp;ggc ;tRNA;7356404;9;comp;ctg ;tRNA;7356500;9;comp;aaa ;tRNA;7356582;9;comp;caa ;tRNA;7356666;17;comp;cac ;tRNA;7356759;12;comp;gac ;tRNA;7356848;4;comp;gta ;tRNA;7356928;15;comp;aac ;tRNA;7357019;8;comp;tac ;tRNA;7357112;5;comp;aca ;tRNA;7357193;15;comp;gaa ;tRNA;7357280;9;comp;gcc ;tRNA;7357365;54;comp;atc ;rRNA;7357493;113;comp;5s ;rRNA;7357723;269;comp;23s ;rRNA;7360922;399;comp;16s fin;CDS;7362858;;; deb;CDS;7618150;280;; ;tRNA;7619123;335;comp;ggg fin;CDS;7619529;;; deb;CDS;7666633;104;comp; ;tRNA;7668174;5;comp;ggg ;tRNA;7668250;106;comp;cca ;tRNA;7668433;11;comp;cgt ;tRNA;7668518;5;comp;ggc ;tRNA;7668598;13;comp;ctg ;tRNA;7668698;16;comp;ctc ;tRNA;7668800;10;comp;aaa ;tRNA;7668883;28;comp;tac ;tRNA;7668996;12;comp;ttc ;rRNA;7669084;161;comp;5s ;rRNA;7669362;268;comp;23s ;rRNA;7672563;533;comp;16s fin;CDS;7674633;;; deb;CDS;7853177;84;comp; ;tRNA;7853819;230;comp;cac ;tRNA;7854123;404;comp;cac fin;CDS;7854601;;comp; deb;CDS;8100441;123;comp; ;rRNA;8100978;169;comp;5s ;rRNA;8101264;259;comp;23s ;rRNA;8104437;321;comp;16s fin;CDS;8106295;;comp; deb;CDS;8151918;460;comp; ;rRNA;8152909;96;comp;5s ;rRNA;8153128;269;comp;23s ;rRNA;8156327;272;comp;16s fin;CDS;8158136;;comp; deb;CDS;8256928;86;; ;tRNA;8257833;5;comp;gga ;tRNA;8257909;16;comp;cca ;tRNA;8258002;4;comp;cgt ;tRNA;8258083;8;comp;ggc ;tRNA;8258166;42;comp;cta ;tRNA;8258291;8;comp;aaa ;tRNA;8258375;9;comp;caa ;tRNA;8258459;4;comp;tgg ;tRNA;8258537;5;comp;atgf ;tRNA;8258619;5;comp;gtc ;tRNA;8258700;11;comp;gaa ;tRNA;8258786;43;comp;atc ;rRNA;8258903;96;comp;5s ;rRNA;8259116;267;comp;23s ;rRNA;8262313;302;comp;16s fin;CDS;8264152;;comp; deb;CDS;8322744;393;comp; ;rRNA;8323599;96;comp;5s ;rRNA;8323812;269;comp;23s ;rRNA;8327015;365;comp;16s fin;CDS;8328917;;comp; deb;CDS;8351919;396;comp; ;tRNA;8354811;149;comp;atgj fin;CDS;8355034;;comp; deb;CDS;8389988;296;; ;rRNA;8390809;96;comp;5s ;rRNA;8391022;270;comp;23s ;rRNA;8394222;230;comp;16s fin;CDS;8395989;;comp; deb;CDS;8399622;208;comp; ;ncRNA;8400892;47;comp; fin;CDS;8401203;;comp; deb;CDS;8616478;417;comp; ;tRNA;8617342;157;;gac fin;CDS;8617576;;; deb;CDS;8724363;455;; ;tRNA;8725070;165;comp;tcg fin;CDS;8725326;;comp; </pre> ====pmq intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_entre_cds|pmq intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> ;;;pmq 9.11.20;;;;;;;;; pmq;8.2.21 Paris;;pmq 7.2.21;;;;;;;;; pmq;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquence5;intercal;<u>fréquencez ;'''négatif;795;11.0;'''négatif ;-11;16;-1 à -119;'''8 739 048;-1;795;610;15 ;'''zéro;31;0.4;;;;;'''intercals;0;31;620;10 ;'''1 à 200;4139;57.3;'''0 à 200;88;60;;'''1 202 544;5;200;630;6 ;'''201 à 370;1520;21.0;'''201 à 370;266;46;;'''13.8%;10;113;640;6 ;'''371 à 600;506;7.0;'''371 à 600;460;65;;;15;194;650;10 ;'''601 à max;232;3.2;'''601 à 1028;861;248;;;20;157;660;8 ;'''total 7223;<201;68.7;'''total 7223;165;188;-119 à 1742;;25;177;670;5 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;118;680;5 6589209;1742;-1;795;-70;13;;0;31;35;130;690;6 6004770;1651;0;31;-60;3;;-1;°80;40;135;700;4 4375163;1613;1;°53;-50;6;;-2;3;45;110;710;5 3234976;1576;2;°47;-40;14;;-3;1;50;106;720;5 1433663;1551;3;36;-30;27;'''min à -1;-4;°395;55;93;730;5 1961332;1546;4;35;-20;62;795;-5;1;60;87;740;5 1948392;1534;5;29;-10;104;11.0%;-6;4;65;99;750;4 8025788;1532;6;°33;0;597;;-7;5;70;75;760;6 6672573;1521;7;°30;10;313;;-8;°76;75;106;770;5 4064508;1497;8;14;20;351;;-9;1;80;109;780;4 1735863;1428;9;14;30;295;;-10;9;85;99;790;3 4067449;1378;10;22;40;265;'''1 à 100;-11;°34;90;108;800;5 2875626;1352;11;24;50;216;2448;-12;0;95;98;810;3 896926;1351;12;°38;60;180;33.9%;-13;7;100;103;820;5 6351796;1318;13;°44;70;174;;-14;°29;105;92;830;6 2069562;1279;14;°46;80;215;;-15;0;110;84;840;1 1529184;1277;15;°42;90;207;;-16;5;115;93;850;1 1897252;1277;16;36;100;201;;-17;°19;120;85;860;7 2910237;1276;17;26;110;176;;-18;0;125;100;870;2 3749065;1276;18;°39;120;178;;-19;1;130;97;880;2 4906359;1270;19;32;130;197;;-20;°15;135;72;890;3 1921516;1263;20;24;140;155;;-21;0;140;83;900;3 880003;1252;21;°43;150;183;;-22;6;145;89;910;3 5858747;1240;22;33;160;154;;-23;°13;150;94;920;2 5950046;1211;23;26;170;169;'''1 à 200;-24;0;155;77;930;4 8085655;1206;24;°47;180;177;4139;-25;4;160;77;940;5 7588882;1203;25;28;190;174;57.3%;-26;°16;165;84;950;2 7315024;1200;26;20;200;159;;-27;0;170;85;960;2 5662979;1189;27;°26;210;151;;-28;0;175;91;970;2 8557915;1186;28;16;220;144;;-29;°8;180;86;980;0 359256;1184;29;25;230;131;;-30;0;185;87;990;2 7839445;1169;30;°31;240;141;;-31;2;190;87;1000;2 1773925;1157;31;26;250;121;'''0 à 200;-32;°9;195;80;1010;2 3687367;1141;32;22;260;107;4170;;774;200;79;1020;1 1886363;1109;33;°27;270;103;;reste;52;205;81;1030;2 7335994;1095;34;23;280;94;;total;826;210;70;1040;2 5259590;1088;35;°32;290;74;;;;215;82;1050;2 3089348;1087;36;24;300;58;;;;220;62;1060;4 3287601;1084;37;27;310;80;;'''intercal;'''<u>fréquence5;225;65;1070;0 933373;1077;38;25;320;60;;600;6991;230;66;1080;1 8231158;1055;39;°29;330;69;;650;47;235;68;1090;3 1233491;1054;40;°30;340;48;'''201 à 370;700;28;240;73;1100;1 1379835;1052;reste;5173;350;58;1520;750;24;245;59;1110;1 1438197;1052;total;7223;360;41;21.0%;800;23;250;62;1120;0 2970387;1045;;;370;40;;850;16;255;55;1130;0 5913926;1042;;;380;44;;900;17;260;52;1140;0 7192953;1040;;;390;39;;950;16;265;51;1150;1 247705;1038;;;400;36;;1000;8;270;52;1160;1 1687282;1027;;;410;29;;1050;9;275;42;1170;1 7301491;1024;;;420;25;;1100;9;280;52;1180;0 2362680;1013;;;430;35;;1150;2;285;35;1190;3 ;;;;440;31;;1200;6;290;39;1200;1 ;;;;450;19;;1250;4;295;29;;205 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;460;25;;1300;8;300;29;reste;27 4544722;-119;shift 2;16105;470;17;;1350;1;305;45;total;232 5318942;-119;shift 3;18655;480;21;;1400;3;310;35;; 1976860;-116;shift 4;1615;490;20;;1450;1;315;33;; 5337597;-115;shift 5;1973;500;26;;1500;1;320;27;; 3673911;-113;shift 6;419;510;13;;1550;4;325;30;; 5433750;-101;shift 7;5002;520;14;;1600;2;330;39;; 7350606;-101;shift 8;832;530;14;;1650;1;335;28;; 2131496;-95;shift 9;1189;540;19;'''371 à 600;;230;340;20;; 4669248;-95;;;550;20;506;;;345;34;; 2553569;-89;;;560;12;7.0%;;;350;24;; 2198194;-75;;;570;15;;;;355;28;; 1029214;-74;;;580;9;'''601 à max;;;360;13;; 7372543;-73;;;590;11;232;;;365;21;; 1297148;-65;;;600;12;3.2%;;;370;19;; 3921139;-65;;;reste;232;;reste;2;reste;738;; 6624824;-65;;;total;7223;;total;7223;total;7223;; </pre> ====pmq intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;; pmq Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; pmq;min10;1614;4164;5778;458;-832;-651;181;-866;-825;-61;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; 32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pmq;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;31;-283;664;-7.0;878;304;max190;&-29;229;-645;79;946;263;min70 31 à 400;;;;;;;2 parties;&-13;112;-388;63;937;287;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;28;31;-;65;poly;813;tF;&143;54;;806;poly;140;SF 31 à 400;;;;;;;;&113;46;-;886;dte;51;Sf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.207;;24.1.22 Paris;;;; 41-n;0.458;-0.832;-0.651;;;;;;;;;;; 1-n;-0.061;-0.866;-0.825;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; pmq;fx;fc;;pmq;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;pmq;Sx-;Sc- 0;5;26;;0;3;6;0;5;26;>0;1880;-1;0;80 10;15;298;;10;9;72;1;1;52;<0;42;-2;3;0 20;15;336;;20;9;81;2;1;46;zéro;5;-3;0;1 30;22;273;;30;14;66;3;1;35;total;1927;-4;11;384 40;16;249;;40;10;60;4;1;34;;c;-5;0;1 50;22;194;;50;14;47;5;1;28;>0;4517;-6;3;1 60;24;156;;60;15;37;6;1;32;<0;753;-7;0;5 70;32;142;;70;20;34;7;2;28;zéro;26;-8;0;76 80;47;168;;80;29;40;8;2;12;total;5296;-9;1;0 90;44;163;;90;27;39;9;4;10;;;-10;1;8 100;53;148;;100;33;36;10;1;21;total;7223;-11;2;32 110;53;123;;110;33;30;11;1;23;;;-12;0;0 120;61;117;;120;38;28;12;0;38;;;-13;0;7 130;77;120;;130;48;29;13;1;43;;;-14;2;27 140;60;95;;140;37;23;14;1;45;;;-15;0;0 150;64;119;;150;40;29;15;3;39;;;-16;0;5 160;67;87;;160;42;21;16;2;34;;;-17;2;17 170;75;94;;170;46;23;17;1;25;;;-18;0;0 180;66;111;;180;41;27;18;3;36;;;-19;0;1 190;81;93;;190;50;22;19;3;29;;;-20;1;14 200;65;94;;200;40;23;20;0;24;;;-21;0;0 210;65;86;;210;40;21;21;6;37;;;-22;1;5 220;58;86;;220;36;21;22;1;32;;;-23;0;13 230;52;79;;230;32;19;23;3;23;;;-24;0;0 240;54;87;;240;33;21;24;2;45;;;-25;1;3 250;47;74;;250;29;18;25;0;28;;;-26;3;13 260;41;66;;260;25;16;26;5;15;;;-27;0;0 270;43;60;;270;27;14;27;2;24;;;-28;0;0 280;35;59;;280;22;14;28;2;14;;;-29;0;8 290;30;44;;290;19;11;29;0;25;;;-30;0;0 300;23;35;;300;14;8;30;1;30;;;-31;0;2 310;35;45;;310;22;11;31;0;26;;;-32;1;8 320;28;32;;320;17;8;32;2;20;;;-33;0;0 330;28;41;;330;17;10;33;1;26;;;-34;1;2 340;21;27;;340;13;6;34;3;20;;;-35;1;6 350;25;33;;350;15;8;35;1;31;;;-36;2;0 360;19;22;;360;12;5;36;1;23;;;-37;0;2 370;14;26;;370;9;6;37;3;24;;;-38;0;2 380;12;32;;380;7;8;38;1;24;;;-39;0;0 390;15;24;;390;9;6;39;2;27;;;-40;0;1 400;10;26;;400;6;6;40;2;28;;;-41;0;5 reste;266;353;;;;;reste;1812;3361;;;-42;0;0 total;1885;4543;;t30;32;218;total;1885;4543;;;-43;0;0 diagr;1614;4164;;;;;diagr;68;1156;;;-44;1;3 - t30;1562;3257;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;2 ;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;reste;5;16 ;;;;;;;;;;;;total;42;753 </pre> ====pmq intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_négatifs_S-|pmq intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;;à partir de 51 comp’;0;3;0;8;0;3;0;0;1;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;34;4 continu;80;0;1;387;1;1;5;76;0;9;32;0;7;27;0;5;18;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;3;7;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;0;0;1;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;7;761;17 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;11;0;3;0;0;1;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;1;1;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;5;42 ;Sc-;80;0;1;384;1;1;5;76;0;8;32;0;7;27;0;5;17;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;2;6;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;16;753 </pre> ====pmq autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires|pmq autres intercalaires]] <pre> pmq;autres intercalaires;;adresses1;;;pmq;autres intercalaires;;adresses2;;;pmq;autres intercalaires;;adresses3;;;pmq;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;9206;318;;;deb;°CDS;672473;18;;;deb;°CDS;1834781;106;;;deb;°CDS;7666633;104;comp ;$rRNA;10595;280;;;;&tRNA;672968;7;;;;&tRNA;1835367;137;;;;&tRNA;7668174;5;comp ;$rRNA;12412;97;;;;&tRNA;673051;297;;;fin;°CDS;1835577;;comp;;;&tRNA;7668250;106;comp ;$rRNA;15439;178;;;;&tRNA;673436;9;;;deb;°CDS;2147627;89;;;;&tRNA;7668433;11;comp fin;°CDS;15734;;;;;&tRNA;673517;180;;;;ncRNA;2148556;114;;;;&tRNA;7668518;5;comp deb;°CDS;20252;47;;;fin;°CDS;673780;;;;fin;°CDS;2148850;;;;;&tRNA;7668598;13;comp ;&tRNA;21580;137;;;deb;°CDS;674382;159;;;deb;°CDS;2207093;192;comp;;;&tRNA;7668698;16;comp fin;°CDS;21807;;;;;&tRNA;675438;64;;;;&tRNA;2208284;49;;;;&tRNA;7668800;10;comp deb;°CDS;25422;222;;;fin;°CDS;675585;;;;;&tRNA;2208417;315;;;;&tRNA;7668883;28;comp ;&tRNA;26388;183;comp;;deb;°CDS;694284;793;;;fin;°CDS;2208816;;;;;&tRNA;7668996;12;comp fin;°CDS;26644;;;;;$rRNA;696430;272;;;deb;°CDS;3456514;256;;;;$rRNA;7669084;161;comp deb;°CDS;178456;299;;;;$rRNA;698239;96;;;;&tRNA;3457043;142;;;;$rRNA;7669362;268;comp ;$rRNA;179754;266;;;;$rRNA;701265;43;;;fin;°CDS;3457262;;;;;$rRNA;7672563;533;comp ;$rRNA;181557;170;;;;&tRNA;701425;11;;;deb;°CDS;5004536;394;comp;;fin;°CDS;7674633;; ;$rRNA;184657;15;;;;&tRNA;701510;5;;;;&tRNA;5005554;40;comp;;deb;°CDS;7853177;84;comp ;&tRNA;184789;29;;;;&tRNA;701590;5;;;;&tRNA;5005677;13;comp;;;&tRNA;7853819;230;comp ;&tRNA;184906;39;;;;&tRNA;701671;4;;;;&tRNA;5005779;19;comp;;;&tRNA;7854123;404;comp ;&tRNA;185022;15;;;;&tRNA;701752;9;;;;&tRNA;5005872;167;comp;;fin;°CDS;7854601;;comp ;&tRNA;185113;14;;;;&tRNA;701835;8;;;;ncRNA;5006126;132;;;deb;°CDS;8100441;123;comp ;&tRNA;185204;48;;;;&tRNA;701918;18;;;fin;°CDS;5006353;;;;;$rRNA;8100978;169;comp ;&tRNA;185329;5;;;;&tRNA;702009;7;;;deb;°CDS;6383256;228;comp;;;$rRNA;8101264;259;comp ;&tRNA;185410;9;;;;&tRNA;702100;11;;;;&tRNA;6384402;72;;;;$rRNA;8104437;321;comp ;&tRNA;185495;15;;;;&tRNA;702186;12;;;fin;°CDS;6384547;;comp;;fin;°CDS;8106295;;comp ;&tRNA;185595;183;;;;&tRNA;702272;577;;;deb;°CDS;6390912;142;comp;;deb;°CDS;8151918;460;comp fin;°CDS;185854;;comp;;fin;°CDS;702926;;;;;&tRNA;6391273;7;comp;;;$rRNA;8152909;96;comp deb;°CDS;217565;129;comp;;deb;°CDS;1073441;377;;;;&tRNA;6391366;19;comp;;;$rRNA;8153128;269;comp ;&tRNA;218276;261;comp;;;$rRNA;1074592;271;;;;&tRNA;6391462;75;comp;;;$rRNA;8156327;272;comp fin;°CDS;218612;;;;;$rRNA;1076400;170;;;fin;°CDS;6391614;;comp;;fin;°CDS;8158136;;comp deb;°CDS;230970;186;;;;$rRNA;1079500;9;;;deb;°CDS;6561157;118;;;deb;°CDS;8256928;86; ;tmRNA;231642;140;;;;&tRNA;1079626;6;;;;ncRNA;6563228;95;comp;;;&tRNA;8257833;5;comp fin;°CDS;232145;;;;;&tRNA;1079708;38;;;fin;°CDS;6563744;;comp;;;&tRNA;8257909;16;comp deb;°CDS;253921;673;;;;&tRNA;1079835;11;;;deb;°CDS;7354507;342;;;;&tRNA;8258002;4;comp ;$rRNA;255200;280;;;;&tRNA;1079918;17;;;;&tRNA;7355080;28;comp;;;&tRNA;8258083;8;comp ;$rRNA;257017;97;;;;&tRNA;1080011;13;;;;&tRNA;7355191;12;comp;;;&tRNA;8258166;42;comp ;$rRNA;260044;55;;;;&tRNA;1080101;49;;;;&tRNA;7355292;14;comp;;;&tRNA;8258291;8;comp ;&tRNA;260216;19;;;;&tRNA;1080227;4;;;;&tRNA;7355383;14;comp;;;&tRNA;8258375;9;comp ;&tRNA;260312;16;;;;&tRNA;1080307;13;;;;&tRNA;7355474;8;comp;;;&tRNA;8258459;4;comp ;&tRNA;260404;9;;;;&tRNA;1080396;8;;;;&tRNA;7355570;4;comp;;;&tRNA;8258537;5;comp ;&tRNA;260485;20;;;;&tRNA;1080490;13;;;;&tRNA;7355664;4;comp;;;&tRNA;8258619;5;comp ;&tRNA;260590;3;;;;&tRNA;1080574;26;;;;&tRNA;7355741;119;comp;;;&tRNA;8258700;11;comp ;&tRNA;260669;19;;;;&tRNA;1080676;9;;;;ncRNA;7355936;36;;;;&tRNA;8258786;43;comp ;&tRNA;260764;20;;;;&tRNA;1080757;12;;;;&tRNA;7356067;6;comp;;;$rRNA;8258903;96;comp ;&tRNA;260861;15;;;;&tRNA;1080844;10;;;;&tRNA;7356147;104;comp;;;$rRNA;8259116;267;comp ;&tRNA;260949;10;;;;&tRNA;1080928;20;;;;&tRNA;7356325;7;comp;;;$rRNA;8262313;302;comp ;&tRNA;261032;3;;;;&tRNA;1081037;3;;;;&tRNA;7356404;9;comp;;fin;°CDS;8264152;;comp ;&tRNA;261122;12;;;;&tRNA;1081117;150;;;;&tRNA;7356500;9;comp;;deb;°CDS;8322744;393;comp ;&tRNA;261209;15;;;fin;°CDS;1081347;;;;;&tRNA;7356582;9;comp;;;$rRNA;8323599;96;comp ;&tRNA;261296;5;;;deb;°CDS;1210625;354;;;;&tRNA;7356666;17;comp;;;$rRNA;8323812;269;comp ;&tRNA;261375;158;;;;&tRNA;1213874;16;;;;&tRNA;7356759;12;comp;;;$rRNA;8327015;365;comp ;&tRNA;261607;4;;;;&tRNA;1213966;12;;;;&tRNA;7356848;4;comp;;fin;°CDS;8328917;;comp ;&tRNA;261687;5;;;;&tRNA;1214050;16;;;;&tRNA;7356928;15;comp;;deb;°CDS;8351919;396;comp ;&tRNA;261765;19;;;;&tRNA;1214142;17;;;;&tRNA;7357019;8;comp;;;&tRNA;8354811;149;comp ;&tRNA;261874;17;;;;&tRNA;1214236;9;;;;&tRNA;7357112;5;comp;;fin;°CDS;8355034;;comp ;&tRNA;261979;5;;;;&tRNA;1214321;9;;;;&tRNA;7357193;15;comp;;deb;°CDS;8389988;296; ;&tRNA;262060;39;;;;&tRNA;1214405;8;;;;&tRNA;7357280;9;comp;;;$rRNA;8390809;96;comp ;&tRNA;262174;41;;;;&tRNA;1214486;3;;;;&tRNA;7357365;54;comp;;;$rRNA;8391022;270;comp ;&tRNA;262304;283;;;;&tRNA;1214576;169;;;;$rRNA;7357493;113;comp;;;$rRNA;8394222;230;comp fin;°CDS;262670;;;;fin;°CDS;1214817;;comp;;;$rRNA;7357723;269;comp;;fin;°CDS;8395989;;comp deb;°CDS;578195;320;;;deb;°CDS;1594387;533;;;;$rRNA;7360922;399;comp;;deb;°CDS;8399622;208;comp ;$rRNA;579376;269;;;;$rRNA;1595199;263;;;fin;°CDS;7362858;;;;;ncRNA;8400892;47;comp ;$rRNA;581183;168;;;;$rRNA;1596999;96;;;deb;°CDS;7618150;280;;;fin;°CDS;8401203;;comp ;$rRNA;584281;31;;;;$rRNA;1600025;43;;;;&tRNA;7619123;335;comp;;deb;°CDS;8616478;417;comp ;&tRNA;584429;10;;;;&tRNA;1600185;19;;;fin;°CDS;7619529;;;;;&tRNA;8617342;157; ;&tRNA;584512;38;;;;&tRNA;1600281;17;;;;;;;;;fin;°CDS;8617576;; ;&tRNA;584639;11;;;;&tRNA;1600374;8;;;;;;;;;deb;°CDS;8724363;455; ;&tRNA;584722;17;;;;&tRNA;1600454;5;;;;;;;;;;&tRNA;8725070;165;comp ;&tRNA;584815;15;;;;&tRNA;1600535;10;;;;;;;;;fin;°CDS;8725326;;comp ;&tRNA;584907;67;;;;&tRNA;1600621;18;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585051;11;;;;&tRNA;1600724;4;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585137;10;;;;&tRNA;1600804;21;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585223;5;;;;&tRNA;1600901;12;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585303;17;;;;&tRNA;1600990;34;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585396;40;;;;&tRNA;1601101;13;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585511;24;;;;&tRNA;1601190;8;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585610;8;;;;&tRNA;1601273;17;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585698;19;;;;&tRNA;1601363;13;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585794;1;;;;&tRNA;1601462;5;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585869;187;;;;&tRNA;1601554;14;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;586130;;;;;&tRNA;1601643;10;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1601724;5;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1601803;105;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1601982;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====pmq intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_tRNA-cds|pmq intercalaires tRNA-cds]] <pre> pmq;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;47;;137;;18;64;'''deb; comp’;222;comp’;183;;47;75;<201;8 ;;comp’;183;;84;105;total;12 ;129;comp’;261;;104;137;taux;67% ;;;283;;106;142;'''fin; ;;;187;;129;149;<201;11 ;18;;180;;142;150;total;15 ;159;;64;;159;157;taux;73% ;;;577;;256;165;; ;;;150;;354;180;'''total; ;354;comp’;169;;394;187;<201;19 ;;;105;;396;283;total;27 ;106;comp’;137;;'''-;315;taux;70% comp’;192;;315;;'''-;404;; ;256;;142;;'''-;577;'''comp’;'''cumuls ;394;;;;86;72;; comp’;228;comp’;72;;192;137;'''deb;2 ;142;;75;;222;169;;8 comp’;342;;;;228;183;; comp’;280;comp’;335;;280;183;'''fin;5 ;104;;;;342;261;;7 ;84;;404;;417;335;'''total; comp’;86;;;;455;'''-;<201;7 ;396;;149;;;;total;15 comp’;417;;157;;;;taux;47% comp’;455;;165;;;;; ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;; <201;10;16;26;;;;; total;20;22;42;;;;; taux;50%;73%;62%;;;;; </pre> ===lbu=== ====lbu opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_opérons|lbu opérons]] <pre> 49.8%GC;29.7.19 Paris;16s 8;;;;;;;; Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC BAA-365 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé comp;18533..19237;CDS;;128;128;;;235;128 ;19366..19438;act;@1;195;195;;;; ;19634..20371;CDS;;6912;;;;246; ;;;;;;;;; ;27284..29785;CDS;;276;276;;;*834; ;30062..30134;act;;134;134;;;;134 ;30269..30907;CDS;;11768;;;;213; ;;;;;;;;; ;42676..43248;cds hp;;451;*451;;;*191; ;43700..45271;16s;;209;;;;; ;45481..48391;23s;;69;;;;; ;48461..48577;5s;;275;275;;;;275 ;48853..49091;cds hp;;56679;;;;80; ;;;;;;;;; comp;105771..106547;CDS;;56;56;;;259;56 comp;106604..106679;aag;;125;125;;;; ;106805..107533;CDS;;103754;;;;243; ;;;;;;;;; ;211288..212553;CDS;;94;94;;;422; ;212648..212720;acc;;23;23;;;;23 comp<;212744..213262;CDS;;64997;;;;173; ;;;;;;;;; ;278260..278928;CDS;;69;69;;;223;69 comp;278998..279068;ggg;;181;181;;;; ;279250..280275;CDS;;44047;;;;342; ;;;;;;;;; comp;324323..324949;CDS;;117;117;;;209;117 ;325067..325138;ggc;+;4;;4;;; ;325143..325216;ccg;2 ggc;108;;;;; ;325325..325399;ggc;;155;155;;;; ;325555..326016;CDS;;37886;;;;154; ;;;;;;;;; ;363903..364394;CDS;;98;98;;;164;98 ;364493..364564;caa;;614;*614;;;; ;365179..366360;CDS;;-14;;;;*394; ;;;;;;;;; ;366347..367402;CDS;;75;75;;;352; ;367478..367559;tac;;5;;5;;; ;367565..367636;caa;;62;62;;;;62 <;367699..368318;CDS;;14127;;;;207; ;;;;;;;;; ;382446..382907;CDS;;30;30;;;154;30 ;382938..383026;ctt;;118;118;;;; ;383145..383768;CDS;;70441;;;;208; ;;;;;;;;; ;454210..455529;CDS;;61;61;;;440;61 ;455591..455665;agg;;341;341;;;; ;456007..457035;CDS;;75557;;;;343; ;;;;;;;;; ;532593..533285;CDS;;82;82;;;231;82 comp;533368..533442;cgg;;296;296;;;; ;533739..534782;CDS;;48963;;;;348; ;;;;;;;;; ;583746..584728;CDS;;57;57;;;328;57 comp;584786..584858;cag;;5;;5;;; comp;584864..584935;gag;;170;170;;;; ;585106..586110;CDS;;94988;;;;335; ;;;;;;;;; ;681099..682741;CDS;;518;*518;;;*548; ;683260..684831;16s;;106;;;;; ;684938..685011;atc;;69;;;69;; ;685081..685153;gca;;127;;;;; ;685281..688191;23s;;68;;;;; ;688260..688376;5s;;208;208;;;;208 comp;688585..689801;CDS;;55794;;;;406; ;;;;;;;;; comp;745596..745821;CDS;;134;134;;;75;134 comp;745956..746044;tcg;;787;*787;;;; ;746832..749597;CDS;;36741;;;;*922; ;;;;;;;;; ;786339..787004;CDS;;54;54;;;222;54 ;787059..787142;ctg;;109;109;;;; comp;787252..787872;CDS;;2072;;;;207; ;;;;;;;;; comp;789945..791867;CDS;;613;*613;;;*641; ;792481..794052;16s;;105;;;;; ;794158..794231;atc;;69;;;69;; ;794301..794373;gca;;126;;;;; ;794500..797410;23s;;69;;;;; ;797480..797596;5s;;87;87;;;;87 ;797684..798559;CDS;;36;;;;292; ;;;;;;;;; comp;798596..800178;CDS;;530;*530;;;*528; ;800709..800781;aac;@2;3;;3;;; ;800785..800858;cca;;24;;24;;; ;800883..800954;ggc;;30;;30;;; ;800985..801058;cgt;;2;;2;;; ;801061..801133;gta;;3;;3;;; ;801137..801208;gaa;;42;;42;;; ;801251..801338;tca;;9;;9;;; ;801348..801421;atgf;;3;;3;;; ;801425..801498;gac;;6;;6;;; ;801505..801577;ttc;;8;;8;;; ;801586..801667;tac;;4;;4;;; ;801672..801742;tgg;;13;;13;;; ;801756..801831;cac;;26;;26;;; ;801858..801928;tgc;;28;;28;;; ;801957..802041;ttg;;356;356;;;;356 ;802398..802961;CDS;;284259;;;;188; ;;;;;;;;; comp;1087221..1088531;CDS;;157;157;;;437;157 comp;1088689..1088760;caa;;656;*656;;;; comp;1089417..1090313;CDS;;173317;;;;*299; ;;;;;;;;; comp;1263631..1265769;CDS;;188;188;;;*713;188 comp;1265958..1266031;aga;;222;222;;;; ;1266254..1268632;CDS;;84103;;;;*793; ;;;;;;;;; comp;1352736..1354022;CDS;;98;98;;;429;98 ;1354121..1354204;ctg;;204;204;;;; comp;1354409..1354928;CDS;;13182;;;;173; ;;;;;;;;; comp;1368111..1369307;CDS;;161;161;;;399;161 comp;1369469..1369541;gta;;3;;;3;; comp;1369545..1369616;gaa;;138;;;*138;; comp;1369755..1369828;atgj;;6;;;6;; comp;1369835..1369925;tcc;;8;;;8;; comp;1369934..1370006;aac;;7;;;;; comp;1370014..1370130;5s;;69;;;;; comp;1370200..1373111;23s;;126;;;;; comp;1373238..1373310;gca;;69;;;69;; comp;1373380..1373453;atc;;105;;;;; comp;1373559..1375130;16s;;547;*547;;;; ;1375678..1376604;CDS;;102845;;;;*309; ;;;;;;;;; comp;1479450..1479824;CDS;;200;200;;;125; comp;1480025..1480101;gac;;26;;;26;; comp;1480128..1480199;gaa;;3;;;3;; comp;1480203..1480275;gta;;2;;;2;; comp;1480278..1480351;cgt;;35;;;35;; comp;1480387..1480458;ggc;;36;;;;; comp;1480495..1480611;5s;;68;;;;; comp;1480680..1483590;23s;;208;;;;; comp;1483799..1485370;16s;;153;153;;;;153 comp;1485524..1485716;CDS;;20944;;;;64; ;;;;;;;;; comp;1506661..1507464;CDS;;270;270;;;268; comp;1507735..1507807;aag;+;34;;34;;; comp;1507842..1507914;aag;5 aag;33;;33;;; comp;1507948..1508020;aag;;33;;33;;; comp;1508054..1508126;aag;@3;33;;33;;; comp;1508160..1508232;aag;;130;130;;;;130 comp;1508363..1509226;CDS;;167;;;;288; ;;;;;;;;; ;1509394..1510872;CDS;;106;106;;;493;106 comp;1510979..1511051;gta;;3;;3;;; comp;1511055..1511126;gaa;;151;;*151;;; ;1511278..1511366;ctt;;113;113;;;; ;1511480..1512010;CDS;;21195;;;;177; ;;;;;;;;; comp;1533206..1534129;CDS;;355;355;;;308; comp;1534485..1534557;acg;;154;154;;;;154 comp;1534712..1535950;CDS;;18502;;;;413; ;;;;;;;;; ;1554453..1554638;CDS;;303;303;;;62;303 comp;1554942..1555029;agc;;673;*673;;;; comp;1555703..1556203;CDS;;595;;;;*167; ;;;;;;;;; ;1556799..1558178;CDS;;277;277;;;460; comp;1558456..1558572;5s;;68;;;;; comp;1558641..1561551;23s;;126;;;;; comp;1561678..1561750;gca;;69;;;69;; comp;1561820..1561893;atc;;105;;;;; comp;1561999..1563570;16s;;189;189;;;;189 ;1563760..1563948;CDS;;19274;;;;63; ;;;;;;;;; comp;1583223..1584392;CDS;;151;151;;;390;151 comp;1584544..1584628;ttg;+;17;;17;;; comp;1584646..1584730;ttg;2 ttg;28;;28;;; comp;1584759..1584829;tgc;2 ttc;26;;26;;; comp;1584856..1584931;cac;2 atgf;13;;13;;; comp;1584945..1585015;tgg;;4;;4;;; comp;1585020..1585101;tac;;8;;8;;; comp;1585110..1585182;ttc;;6;;6;;; comp;1585189..1585262;gac;;3;;3;;; comp;1585266..1585339;atgf;;9;;9;;; comp;1585349..1585436;tca;;42;;42;;; comp;1585479..1585550;gaa;;258;;*258;;; comp;1585809..1585899;agc;;2;;2;;; comp;1585902..1585975;atc;;3;;3;;; comp;1585979..1586049;gga;;14;;14;;; comp;1586064..1586136;ttc;;17;;17;;; comp;1586154..1586227;atgf;;11;;11;;; comp;1586239..1586312;atgi;;12;;12;;; comp;1586325..1586398;atg;;36;;36;;; comp;1586435..1586508;cca;;6;;6;;; comp;1586515..1586588;cgt;;5;;5;;; comp;1586594..1586679;tta;;15;;15;;; comp;1586695..1586766;ggc;;4;;4;;; comp;1586771..1586843;aca;;11;;11;;; comp;1586855..1586936;cta;;12;;12;;; comp;1586949..1587021;aaa;;2;;2;;; comp;1587024..1587096;gta;;157;157;;;; comp;1587254..1588681;CDS;;539;;;;476; ;;;;;;;;; comp;1589221..1590557;CDS;;156;156;;;446;156 comp;1590714..1590830;5s;;68;;;;; comp;1590899..1593809;23s;;126;;;;; comp;1593936..1594008;gca;;69;;;69;; comp;1594078..1594151;atc;;105;;;;; comp;1594257..1595828;16s;;581;*581;;;; comp;1596410..1597276;CDS;;189853;;;;*289; ;;;;;;;;; comp;1787130..1788440;CDS;;298;298;;;437;298 comp;1788739..1788855;5s;;68;;;;; comp;1788924..1791834;23s;@4;208;;;;; comp;1792043..1793614;16s;;436;*436;;;; comp;1794051..1794596;CDS;;-8;;;;*182; comp;1794589..1795436;CDS;;138;138;;;283;138 comp;1795575..1795648;gac;;3;;;3;; comp;1795652..1795724;gta;;2;;;2;; comp;1795727..1795800;cgt;;35;;;35;; comp;1795836..1795907;ggc;;19;;;19;; comp;1795927..1796000;cca;;3;;;3;; comp;1796004..1796076;aac;;7;;;;; comp;1796084..1796200;5s;;68;;;;; comp;1796269..1799179;23s;;208;;;;; comp;1799388..1800959;16s;;501;*501;;;; comp;1801461..1802087;CDS;;;;;;*209; </pre> ====lbu cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_cumuls|lbu cumuls]] <pre> lbu cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;0;1;0;100;5 ;16 23 5s 0;2;20;33;9;50;2;20;0;200;11 ;16 atc gca;5;40;11;3;100;12;40;2;300;19 ;16 23 5s a;2;60;2;0;150;11;60;3;400;11 ;max a;7;80;0;5;200;14;80;3;500;11 ;a doubles;0;100;0;0;250;3;100;4;600;2 ;autres;0;120;0;0;300;6;120;2;700;1 ;total aas;26;140;0;1;350;2;140;5;800;2 sans ;opérons;23;160;1;0;400;2;160;5;900;1 ;1 aa;16;180;0;0;450;1;180;1;1000;1 ;max a;26;200;0;0;500;1;200;2;1100;0 ;a doubles;3;;1;0;;10;;5;;0 ;total aas;72;;48;18;;64;;32;;64 total aas;;98;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;138;;320 ;;;variance;;;;;;81;;182 sans jaune;;;moyenne;14;29;;159;;114;;275 ;;;variance;12;29;;85;;50;;122 </pre> ====lbu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_blocs|lbu blocs]] <pre> lbu blocs;;;;;;; cds;'''277’;;cds;156;;cds;298 $5s;68;;$5s;68;;$5s;68 $23s;126;;$23s;126;;$23s;208 gca;69;;gca;69;;$16s;436 atc;105;;atc;105;;cds;-8 $16s;'''189’;;$16s;581;;cds;138 cds;;;cds;;;gac;3 ;;;;;;4aas;* cds;518;;cds;'''613’;;aac;7 $16s;106;;$16s;105;;$5s;68 atc;69;;atc;69;;$23s;208 gca;127;;gca;126;;$16s;501 $23s;68;;$23s;69;;cds; $5s;'''208’;;$5s;87;;; cds;;;cds;;;; ;;;;;;; cds;161;;cds hp;451;;cds;200 gta;3;;$16s;209;;gac;26 3aas;*;;$23s;69;;3aas;* aac;7;;$5s;275;;ggc;36 $5s;69;;cds hp;;;$5s;68 $23s;126;;;;;$23s;208 gca;69;;;;;$16s;153 atc;105;;;;;cds; $16s;'''547’;;;;;; cds;;;;;;; </pre> ====lbu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_distribution|lbu distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttg2;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;aag5;atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;2;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;3;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;2;gga; ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total lbu;;16;;;;;16;;lbu;49;;;;;;49;;lbu;7;;;;;;7;;lbu;;;;16;;;16 </pre> ====lbu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_données_intercalaires|lbu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;lbu;fx;fc;lbu;fx40;fc40;lbu;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;10;0;2;10;-1;1;80;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;1;142;1;0;24;-2;1;0;195;128;114;;atc;4;;ggc 1;0;20;2;128;2;0;36;-3;;1;95;125;4* 113;;atc;108;;ccg ;1;30;9;78;3;0;15;-4;4;55;134;11;tRNA 23s;;;**;;ggc ;0;40;17;35;4;0;10;-5;;0;59;69;128;;gca;5;;tac ;0;50;22;43;5;0;11;-6;;0;94;181;4* 127;;gca;**;;caa 1;2;60;27;43;6;0;5;-7;;3;158;117;5s tRNA;;;5;;cag 1;1;70;31;40;7;0;3;-8;1;38;98;85;2* 7;;aac;**;;gag ;1;80;26;34;8;0;4;-9;;0;119;296;36;;ggc;3;;aac 1;0;90;19;33;9;1;17;-10;;1;75;57;tRNA tRNA;;intra;24;;cca 1;3;100;21;39;10;0;17;-11;;24;137;170;5* 69;;atc gca;30;;ggc 2;1;110;15;43;11;0;15;-12;;0;30;787;tRNA tRNA;;contigu;2;;cgt 1;2;120;8;37;12;1;16;-13;;1;121;109;3;;gta;3;;gta 2;3;130;14;25;13;0;12;-14;1;17;61;530;138;;gaa;42;;gaa ;2;140;20;32;14;0;15;-15;2;0;341;222;6;;atgj;9;;tca ;0;150;10;25;15;0;16;-16;;0;204;98;8;;tcc;3;;atgf ;5;160;6;34;16;0;12;-17;;7;54;204;**;;aac;6;;gac 1;0;170;8;29;17;0;10;-18;;1;356;106;26;;gac;8;;ttc ;0;180;15;21;18;1;11;-19;;1;157;303;3;;gaa;4;;tac 1;1;190;8;16;19;0;12;-20;;5;126;;2;;gta;13;;tgg ;1;200;11;14;20;0;9;-21;;0;188;;35;;cgt;29;;cac 1;2;210;7;16;21;0;11;-22;;3;203;;**;;ggc;28;;tgc ;0;220;8;14;22;1;17;-23;;3;270;;2;;gta;**;;ttg 1;0;230;7;11;23;1;7;-24;;0;130;;35;;cgt;34;;aag ;0;240;5;13;24;1;5;-25;;2;113;;19;;ggc;33;;aag ;0;250;10;9;25;1;7;-26;;4;355;;3;;cca;33;;aag ;0;260;7;7;26;1;8;-27;;0;154;;**;;aac;33;;aag ;1;270;5;8;27;1;6;-28;;2;673;;;;;**;;aag ;0;280;7;7;28;1;5;-29;2;3;151;;;;;3;;gta ;0;290;2;12;29;2;5;-30;;0;157;;;;;-;151;gaa 1;0;300;1;5;30;0;7;-31;;2;102;;;;;**;;ctt 1;0;310;4;8;31;1;4;-32;;4;CDS 16s;;;;;17;;ttg ;0;320;7;2;32;0;4;-33;;0;451;613;;;;28;;ttg ;0;330;6;8;33;1;6;-34;;0;518;547;;;;29;;tgc ;0;340;5;2;34;1;2;-35;;3;510;295;;;;13;;cac ;1;350;0;4;35;0;3;-36;;0;258;;;;;4;;tgg ;2;360;1;2;36;1;4;-37;;0;298;;;;;8;;tac ;0;370;1;5;37;1;2;-38;;0;501;;;;;6;;ttc ;0;380;0;3;38;1;2;-39;1;0;23s 5s;;;;;3;;gac ;0;390;1;7;39;5;6;-40;;1;3* 71;;;;;9;;atgf ;0;400;3;3;40;6;2;-41;;0;6* 701;;;;;42;;tca 2;1;reste;32;51;reste;380;705;-42;;0;16s 23s;;;;;261;;gaa 18;30;total;411;1098;total;411;1098;-43;;0;218;;;;;2;;agc 16;29;diagr;377;1037;diagr;29;383;-44;1;0;3* 217;;;;;3;;atc 1;1; t30;12;348;;;;-45;;0;5s CDS;;;;;14;;gga ;;;;;;;;-46;;2;308;208;;;;17;;ttc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;87;277;;;;11;;atgf ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;156;;;;;12;;atgi ;x;409;20;2;431;;;-49;;1;298;;;;;36;;atgj ;c;1088;280;10;1378;;;-50;;15;;;;;;6;;cca ;;;;;1809;198;;reste;6;0;;;;;;5;;cgt ;;;;;;2007;;total;20;280;;;;;;15;;tta ;;;;;;;;;;;;;;;;4;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;11;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;12;;cta ;;;;;;;;;;;;;;;;2;;aaa ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta </pre> =====lbu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_autres_intercalaires_aas|lbu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;lbu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;18533;19237;128;*; ;;tRNA;19366;19438;195;*;act fin;;CDS;19634;20371;;; deb;;CDS;29805;29966;95;*; ;;tRNA;30062;30134;134;*;act fin;;CDS;30269;30907;;; deb;;CDS;42676;43248;451;*; ;;rRNA;43700;45263;218;*;1564 ;;rRNA;45482;48389;71;*;2908 ;;rRNA;48461;48577;308;*;117 fin;;CDS;48886;49215;;; deb;;CDS;64875;65066;71;*; ;;misc_b;65138;65377;147;*; fin;;CDS;65525;65743;;; deb;comp;CDS;105771;106547;59;*; ;comp;tRNA;106607;106679;125;*;aag fin;;CDS;106805;107533;;; deb;comp;CDS;118390;119745;29;*; ;comp;regulatory;119775;119862;185;*; fin;;CDS;120048;121523;;; deb;comp;CDS;134737;136320;120;*; ;comp;regulatory;136441;136616;92;*; fin;comp;CDS;136709;137335;;0; deb;;CDS;211288;212553;94;*; ;;tRNA;212648;212720;11;*;acc fin;comp;CDS;212732;213079;;; deb;;CDS;215354;216541;50;*; ;;misc_b;216592;216828;95;*; fin;;CDS;216924;217778;;; deb;comp;CDS;242936;243505;67;*; ;comp;regulatory;243573;243670;189;*; fin;;CDS;243860;245017;;; deb;;CDS;278260;278928;69;*; ;comp;tRNA;278998;279068;181;*;ggg fin;;CDS;279250;280275;;; deb;;CDS;280740;281354;106;*; ;;regulatory;281461;281624;89;*; fin;;CDS;281714;284404;;; deb;comp;CDS;324323;324949;117;*; ;;tRNA;325067;325138;4;*;ggc ;;tRNA;325143;325216;108;*;ccg ;;tRNA;325325;325396;158;*;ggc fin;;CDS;325555;326016;;; deb;;CDS;363903;364394;98;*; ;;tRNA;364493;364564;119;*;caa fin;;CDS;364684;364854;;; deb;;CDS;366347;367402;75;*; ;;tRNA;367478;367559;5;*;tac ;;tRNA;367565;367636;137;*;caa fin;;CDS;367774;368166;;; deb;;CDS;382446;382907;30;*; ;;tRNA;382938;383023;121;*;ctt fin;;CDS;383145;383768;;; deb;;CDS;425577;426662;66;*; ;;regulatory;426729;426825;44;*; fin;;CDS;426870;427439;;0; deb;;CDS;454210;455529;61;*; ;;tRNA;455591;455665;341;*;agg fin;;CDS;456007;457035;;; deb;;CDS;532593;533285;85;*; ;comp;tRNA;533371;533442;296;*;cgg fin;;CDS;533739;534782;;; deb;;CDS;574078;575265;66;*; ;;tmRNA;575332;575693;294;*; fin;;CDS;575988;576143;;; deb;;CDS;583246;584728;57;*; ;comp;tRNA;584786;584858;5;*;cag ;comp;tRNA;584864;584935;170;*;gag fin;;CDS;585106;586110;;; deb;;CDS;673933;676341;66;*; ;;misc_b;676408;676655;83;*; fin;;CDS;676739;677599;;; deb;;CDS;681099;682741;518;*; ;;rRNA;683260;684823;114;*;1564 ;;tRNA;684938;685011;69;*;atc ;;tRNA;685081;685153;128;*;gca ;;rRNA;685282;688189;70;*;2908 ;;rRNA;688260;688376;208;*;117 fin;comp;CDS;688585;689738;;; deb;;CDS;727702;728421;27;*; ;;regulatory;728449;728564;80;*; fin;;CDS;728645;729349;;; deb;comp;CDS;745596;745751;204;*; ;comp;tRNA;745956;746044;787;*;tcg fin;;CDS;746832;749597;;; deb;;CDS;755313;756185;29;*; ;;repeat_region;756215;757463;258;*; fin;;CDS;757722;758336;;; deb;;CDS;786339;787004;54;*; ;;tRNA;787059;787142;109;*;ctg fin;comp;CDS;787252;787872;;0; deb;comp;CDS;789978;791867;613;*; ;;rRNA;792481;794044;113;*;1564 ;;tRNA;794158;794231;69;*;atc ;;tRNA;794301;794373;127;*;gca ;;rRNA;794501;797408;71;*;2908 ;;rRNA;797480;797596;87;*;117 fin;;CDS;797684;798559;;0; deb;comp;CDS;798596;800178;530;*; ;;tRNA;800709;800781;3;*;aac ;;tRNA;800785;800858;24;*;cca ;;tRNA;800883;800954;30;*;ggc ;;tRNA;800985;801058;2;*;cgt ;;tRNA;801061;801133;3;*;gta ;;tRNA;801137;801208;42;*;gaa ;;tRNA;801251;801338;9;*;tca ;;tRNA;801348;801421;3;*;atgf ;;tRNA;801425;801498;6;*;gac ;;tRNA;801505;801577;8;*;ttc ;;tRNA;801586;801667;4;*;tac ;;tRNA;801672;801742;13;*;tgg ;;tRNA;801756;801828;29;*;cac ;;tRNA;801858;801928;28;*;tgc ;;tRNA;801957;802041;356;*;ttg fin;;CDS;802398;804017;;; deb;;CDS;862229;862693;29;*; ;;ncRNA;862723;863083;125;*; fin;;CDS;863209;864333;;; deb;comp;CDS;905582;905794;173;*; ;comp;misc_b;905968;906185;390;*; fin;;CDS;906576;907085;;0; deb;comp;CDS;952333;952842;390;*; ;;misc_b;953233;953450;173;*; fin;;CDS;953624;953836;;; deb;comp;CDS;1087221;1088531;157;*; ;comp;tRNA;1088689;1088760;126;*;caa fin;comp;CDS;1088887;1089033;;; deb;comp;CDS;1242851;1243162;16;*; ;comp;misc_f;1243179;1243255;147;*; fin;;CDS;1243403;1243759;;0; deb;comp;CDS;1263631;1265769;188;*; ;comp;tRNA;1265958;1266031;222;*;aga fin;;CDS;1266254;1268632;;; deb;comp;CDS;1297694;1298743;37;*; ;comp;misc_b;1298781;1298982;42;*; fin;comp;CDS;1299025;1299375;;; deb;comp;CDS;1309324;1309845;47;*; ;comp;misc_f;1309893;1310004;394;*; fin;;CDS;1310399;1311799;;0; deb;comp;CDS;1352736;1354022;98;*; ;;tRNA;1354121;1354204;204;*;ctg fin;comp;CDS;1354409;1355976;;; deb;comp;CDS;1368111;1369307;-3;*; ;comp;regulatory;1369305;1369392;76;*; ;comp;tRNA;1369469;1369541;3;*;gta ;comp;tRNA;1369545;1369616;138;*;gaa ;comp;tRNA;1369755;1369828;6;*;atgj ;comp;tRNA;1369835;1369925;8;*;tcc ;comp;tRNA;1369934;1370006;7;*;aac ;comp;rRNA;1370014;1370130;71;*;117 ;comp;rRNA;1370202;1373110;127;*;2909 ;comp;tRNA;1373238;1373310;69;*;gca ;comp;tRNA;1373380;1373453;113;*;atc ;comp;rRNA;1373567;1375130;547;*;1564 fin;;CDS;1375678;1376604;;; deb;comp;CDS;1418883;1420661;53;*; ;comp;ncRNA;1420715;1420811;9;*; fin;comp;CDS;1420821;1421330;;; deb;comp;CDS;1434541;1435050;33;*; ;comp;misc_f;1435084;1435213;440;*; fin;;CDS;1435654;1436972;;; deb;comp;CDS;1479450;1479824;203;*; ;comp;tRNA;1480028;1480101;26;*;gac ;comp;tRNA;1480128;1480199;3;*;gaa ;comp;tRNA;1480203;1480275;2;*;gta ;comp;tRNA;1480278;1480351;35;*;cgt ;comp;tRNA;1480387;1480458;36;*;ggc ;comp;rRNA;1480495;1480611;70;*;117 ;comp;rRNA;1480682;1483589;217;*;2908 ;comp;rRNA;1483807;1485370;510;*;1564 fin;comp;CDS;1485881;1487044;;; deb;comp;CDS;1506661;1507464;270;*; ;comp;tRNA;1507735;1507807;34;*;aag ;comp;tRNA;1507842;1507914;33;*;aag ;comp;tRNA;1507948;1508020;33;*;aag ;comp;tRNA;1508054;1508126;33;*;aag ;comp;tRNA;1508160;1508232;130;*;aag fin;comp;CDS;1508363;1509226;;0; deb;;CDS;1509394;1510872;106;*; ;comp;tRNA;1510979;1511051;3;*;gta ;comp;tRNA;1511055;1511126;151;*;gaa ;;tRNA;1511278;1511366;113;*;ctt fin;;CDS;1511480;1512010;;0; deb;comp;CDS;1533206;1534129;355;*; ;comp;tRNA;1534485;1534557;154;*;acg fin;comp;CDS;1534712;1535950;;0; deb;;CDS;1554441;1554638;303;*; ;comp;tRNA;1554942;1555029;673;*;agc fin;comp;CDS;1555703;1556164;;0; deb;;CDS;1556799;1558178;277;*; ;comp;rRNA;1558456;1558572;70;*;117 ;comp;rRNA;1558643;1561550;127;*;2908 ;comp;tRNA;1561678;1561750;69;*;gca ;comp;tRNA;1561820;1561893;113;*;act ;comp;rRNA;1562007;1563570;258;*;1564 fin;comp;CDS;1563829;1564131;;0; deb;comp;CDS;1583223;1584392;151;*; ;comp;tRNA;1584544;1584628;17;*;ttg ;comp;tRNA;1584646;1584730;28;*;ttg ;comp;tRNA;1584759;1584829;29;*;tgc ;comp;tRNA;1584859;1584931;13;*;cac ;comp;tRNA;1584945;1585015;4;*;tgg ;comp;tRNA;1585020;1585101;8;*;tac ;comp;tRNA;1585110;1585182;6;*;ttc ;comp;tRNA;1585189;1585262;3;*;gac ;comp;tRNA;1585266;1585339;9;*;atgf ;comp;tRNA;1585349;1585436;42;*;tca ;comp;tRNA;1585479;1585550;261;*;gaa ;comp;tRNA;1585812;1585899;2;*;agc ;comp;tRNA;1585902;1585975;3;*;atc ;comp;tRNA;1585979;1586049;14;*;gga ;comp;tRNA;1586064;1586136;17;*;ttc ;comp;tRNA;1586154;1586227;11;*;atgf ;comp;tRNA;1586239;1586312;12;*;atgi ;comp;tRNA;1586325;1586398;36;*;atgj ;comp;tRNA;1586435;1586508;6;*;cca ;comp;tRNA;1586515;1586588;5;*;cgt ;comp;tRNA;1586594;1586679;15;*;tta ;comp;tRNA;1586695;1586766;4;*;ggc ;comp;tRNA;1586771;1586843;11;*;aca ;comp;tRNA;1586855;1586936;12;*;cta ;comp;tRNA;1586949;1587021;2;*;aaa ;comp;tRNA;1587024;1587096;157;*;gta fin;comp;CDS;1587254;1588681;;; 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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP009902;ban*;;genome;;;;;;aas;cds dirigé 35.1%GC;15.8.19 Paris;16s 11;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Bacillus anthracis strain 2002013094;;;;;;;;;; ;618142..618366;;CDS;;188;188;;;75;188 ;618555..618627;;gtc;;419;*419;;;; comp;619047..619235;;CDS;;;;;;63; ;;;;;;;;;; comp;1102183..1102602;;CDS;;130;130;;;140;130 comp;1102733..1102804;;gaa;+;1;;;1;; comp;1102806..1102880;;aac;2 aca;8;;;8;; comp;1102889..1102965;;atc;2 tca;11;;;11;; comp;1102977..1103047;;tgg;;6;;;6;; comp;1103054..1103126;;aca;;9;;;9;; comp;1103136..1103211;;ttc;;9;;;9;; comp;1103221..1103296;;gac;;4;;;4;; comp;1103301..1103377;;atgf;;20;;;20;; comp;1103398..1103490;;tca;;54;;;54;; comp;1103545..1103637;;tca;;20;;;20;; comp;1103658..1103730;;gca;;16;;;16;; comp;1103747..1103820;;cca;;10;;;10;; comp;1103831..1103904;;cgt;;3;;;3;; comp;1103908..1103996;;tta;;16;;;16;; comp;1104013..1104087;;ggc;;29;;;29;; comp;1104117..1104197;;cta;;22;;;22;; comp;1104220..1104295;;cac;;9;;;9;; 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;;;;;;;;;; comp;1702642..1703788;;CDS;;114;114;;;382;114 comp;1703903..1703975;;gca;;10;;;10;; comp;1703986..1704057;;ggc;;5;;;5;; comp;1704063..1704138;;aaa;;5;;;5;; comp;1704144..1704218;;caa;;65;;;65;; comp;1704284..1704366;;tac;;17;;;17;; comp;1704384..1704459;;gta;;5;;;5;; comp;1704465..1704539;;gaa;;24;;;24;; comp;1704564..1704636;;acc;;4;;;4;; comp;1704641..1704715;;aac;;9;;;;; comp;1704725..1704840;;5s;;82;;;;; comp;1704923..1707851;;23s;;141;;;;; comp;1707993..1709545;;16s;;223;223;;;; comp;1709769..1709987;;CDS;;;;;;73; ;;;;;;;;;; comp;1767157..1767618;;CDS;;206;206;;;154;206 comp;1767825..1767940;;5s;;45;;;;; comp;1767986..1770913;;23s;;141;;;;; comp;1771055..1772608;;16s;;372;*372;;;; comp;1772981..1774480;;CDS;;;;;;*500; ;;;;;;;;;; comp;1787717..1790188;;CDS;;259;259;;;*824; comp;1790448..1790519;;gaa;;13;;13;;; comp;1790533..1790606;;atgj;@2;160;160;;;;160 comp;1790767..1791249;;CDS;;;;;;161; ;;;;;;;;;; comp;1820538..1820717;;CDS;;190;190;;;60;190 comp;1820908..1821023;;5s;;44;;;;; comp;1821068..1823996;;23s;;77;;;;; comp;1824074..1824149;;gca;;8;;;8;; comp;1824158..1824234;;atc;;130;;;;; comp;1824365..1825919;;16s;;217;217;;;; comp;1826137..1826406;;CDS;;;;;;90; ;;;;;;;;;; comp;1832600..1832992;;CDS;;166;166;;;131; comp;1833159..1833251;;tca;;156;156;;;;156 comp;1833408..1834682;;CDS;;;;;;425; ;;;;;;;;;; ;1839668..1840669;;CDS;;34;34;;;334;34 comp;1840704..1840819;;5s;;44;;;;; comp;1840864..1843791;;23s;;76;;;;; comp;1843868..1843943;;gca;;8;;;8;; comp;1843952..1844028;;atc;;130;;;;; comp;1844159..1845713;;16s;;240;240;;;; comp;1845954..1848425;;CDS;;;;;;*824; ;;;;;;;;;; ;1873838..1875127;;CDS;;139;139;;;430;139 ;1875267..1875342;;aaa;;13;;13;;; ;1875356..1875427;;gaa;;21;;21;;; ;1875449..1875524;;gac;;41;;41;;; ;1875566..1875638;;ttc;;403;*403;;;; ;1876042..1876749;;CDS;;;;;;236; ;;;;;;;;;; comp;2217640..2217846;;CDS;;205;205;;;69;205 ;2218052..2218130;;cgg;;255;255;;;; ;2218386..2219693;;CDS;;;;;;436; ;;;;;;;;;; comp;2428815..2429495;;CDS;;404;*404;;;227; ;2429900..2431456;;16s;;139;;;;; ;2431596..2434524;;23s;;97;;;;; ;2434622..2434737;;5s;;4;;;;; ;2434742..2434817;;gta;+;4;;;4;; ;2434822..2434897;;aca;2 cta;9;;;9;; ;2434907..2434982;;cac;2 aca;22;;;22;; ;2435005..2435085;;cta;;29;;;29;; ;2435115..2435189;;ggc;;16;;;16;; ;2435206..2435294;;tta;;3;;;3;; ;2435298..2435371;;cgt;;10;;;10;; ;2435382..2435455;;cca;;16;;;16;; ;2435472..2435544;;gca;;20;;;20;; ;2435565..2435657;;tca;;54;;;54;; ;2435712..2435805;;cta;;20;;;20;; ;2435826..2435902;;atgf;;1;;;1;; ;2435904..2435979;;gac;;12;;;12;; ;2435992..2436067;;ttc;;14;;;14;; ;2436082..2436157;;aca;;10;;;10;; ;2436168..2436243;;aaa;;13;;;13;; ;2436257..2436327;;gga;;10;;;10;; ;2436338..2436414;;atc;;7;;;7;; ;2436422..2436496;;aac;;7;;;7;; ;2436504..2436594;;agc;;6;;;6;; ;2436601..2436672;;gaa;;59;59;;;;59 ;2436732..2436842;;CDS;;;;;;37; ;;;;;;;;;; ;2798971..2799474;;CDS;;109;109;;;168;109 ;2799584..2799657;;gga;;1;;1;;; ;2799659..2799735;;aga;;407;*407;;;; ;2800143..2800343;;CDS;;;;;;67; ;;;;;;;;;; comp;2991608..2992366;;CDS;;242;242;;;253; ;2992609..2992682;;atgi;;221;221;;;;221 ;2992904..2993515;;CDS;;;;;;204; </pre> ====ban cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_cumuls|ban cumuls]] <pre> ban* cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;3;2;1;0;1;0;100;10 ;16 23 5s 0;4;20;25;47;50;2;20;1;200;9 ;16 atc gca;2;40;3;6;100;3;40;1;300;6 ;16 23 5s a;5;60;4;2;150;6;60;2;400;4 ;max a;21;80;0;2;200;7;80;0;500;4 ;a doubles;2;100;2;0;250;8;100;1;600;1 ;autres;0;120;0;0;300;3;120;4;700;1 ;total aas;66;140;0;0;350;0;140;2;800;0 sans ;opérons;9;160;0;0;400;2;160;2;900;2 ;1 aa;5;180;0;0;450;3;180;0;1000;0 ;max a;33;200;0;0;500;0;200;2;1100;1 ;a doubles;1;;0;0;;0;;4;;0 ;total aas;46;;37;59;;34;;19;;38 total aas;;112;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;18;15;;232;;132;;274 ;;;variance;21;14;;143;;62;;238 sans jaune;;;moyenne;14;;;165;;;;191 ;;;variance;14;;;71;;;;124 </pre> ====ban blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_blocs|ban blocs]] <pre> ban intercalaires des 11 clusters à rrnas;;;;;;;; cds;694’;;cds;386’;;cds;114; 16s;141;;16s;141;;aac;*; 23s;97;;23s;96;;31aas;1; 5s;4;;5s;9;;gga;75; gta;*;;aac;*;;16s;141; 17aas;1;;9aas;10;;23s;46; gaa;130;;ttg;207’;;5s;12; cds;;;cds;;;atgf;3; ;;;;;;gac;174; cds;223;;cds;404’;;cds;; 16s;141;;16s;139;;;; 23s;82;;23s;97;;cds;217;240 5s;9;;5s;4;;16s;130;130 aac;*;;gta;4;;atc;8;8 7aas;10;;19aas;*;;gca;77;76 gca;114;;gaa;59;;23s;44;44 cds;;;cds;;;5s;190;34’ ;;;;;;cds;; cds;476’;451’;294;372;;;; 16s;173;142;153;141;;;; 23s;49;46;45;45;;;; 5s;57’;99’;14’;206;;;; cds;;;;;;;; </pre> ====ban distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_distribution|ban distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;tca2 5s;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;2;tgc;1 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;3;acc;2;aac;6;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;4 gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;6 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;4;tca;5;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;5;aaa;4;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;5;cca;4;caa;4;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;6;gca;4;gaa;6;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ban;;5;;;;;5;;ban;8;;;;;;8;;;;;;;;;;;ban;;;;93;;;93 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;33 -16s;; </pre> ====ban données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_données_intercalaires|ban données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ban;fx;fc;ban;fx40;fc40;ban;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;33;0;0;33;-1;;73;188;419;16s tRNA;;;tRNA tRNA;suite;contigu;tRNA tRNA;suite;contigu ;0;10;16;234;1;1;38;-2;;1;130;210;2* 132;;atc;14;;tgc;10;;gca ;0;20;41;427;2;2;35;-3;;0;198;205;;;;5;;ggc;5;;ggc ;0;30;81;192;3;2;40;-4;3;241;115;242;tRNA 16s;;;63;;caa;5;;aaa ;0;40;134;137;4;3;33;-5;;0;174;;76;;gaa;19;;cac;65;;caa ;0;50;84;97;5;1;20;-6;;0;114;;tRNA 23s;;gca;7;;tgg;17;;tac ;0;60;75;97;6;0;22;-7;;3;114;;80;;;17;;tac;5;;gta ;0;70;35;120;7;3;10;-8;1;84;259;;79;;;5;;gta;24;;gaa ;0;80;36;127;8;1;7;-9;2;0;160;;5s tRNA;;;24;;gaa;4;;acc ;0;90;38;94;9;0;12;-10;;3;166;;2* 4;;gta;4;;acc;**;;aac ;0;100;57;108;10;3;17;-11;1;30;156;;2* 9;;aac;**;;aac;4;;gta ;1;110;44;135;11;3;31;-12;1;0;139;;12;;atgf;3;;gac;9;;aca ;3;120;52;132;12;2;63;-13;;10;403;;tRNA tRNA;;intra;**;;atgf;22;;cac ;1;130;45;108;13;4;42;-14;1;19;258;;2* 8;;atc gca;1;;gga;29;;cta ;1;140;38;89;14;6;50;-15;;0;657;;tRNA tRNA;;;4;;cca;16;;ggc ;0;150;55;94;15;2;62;-16;;5;109;;13;;gaa;3;;cgt;3;;tta ;2;160;37;82;16;4;37;-17;;15;410;;**;;atgj;16;;tta;10;;cgt ;1;170;45;66;17;4;39;-18;;0;221;;139;;;29;;ggc;16;;cca ;1;180;39;55;18;5;40;-19;;3;CDS 16s;;13;;aaa;14;;cta;20;;gca ;1;190;42;62;19;3;31;-20;;15;295;695;21;;gaa;5;;aaa;54;;tca ;1;200;42;51;20;8;32;-21;;0;224;387;41;;gac;87;;caa;20;;cta 2;0;210;34;65;21;1;29;-22;;3;373;477;**;;ttc;46;;gac;1;;atgf ;0;220;25;48;22;6;21;-23;;10;218;452;1;;gga;4;;gta;12;;gac ;1;230;30;43;23;7;29;-24;;0;241;404;**;;aga;1;;gaa;14;;ttc ;0;240;28;35;24;10;21;-25;1;5;23s 5s;;tRNA tRNA;;contigu;8;;aac;10;;aca 1;0;250;22;30;25;6;16;-26;;10;2* 101;;1;;gaa;11;;atc;13;;aaa ;2;260;25;25;26;6;18;-27;;0;100;;8;;aac;6;;tgg;10;;gga ;0;270;22;36;27;9;20;-28;1;3;3* 50;;11;;atc;9;;aca;7;;atc ;0;280;26;29;28;13;12;-29;;2;2* 49;;6;;tgg;8;;ttc;7;;aac ;0;290;15;28;29;13;16;-30;;0;86;;9;;aca;4;;gac;6;;agc ;0;300;20;28;30;10;10;-31;;1;2* 48;;9;;ttc;20;;atgf;**;;gaa ;0;310;12;32;31;10;22;-32;;6;16s 23s;;4;;gac;54;;tca;;; ;0;320;17;19;32;5;13;-33;;0;5* 146;;20;;atgf;20;;tca;;; ;0;330;11;26;33;15;17;-34;;1;147;;54;;tca;16;;gca;;; ;0;340;22;28;34;10;12;-35;;6;177;;20;;tca;10;;cca;;; ;0;350;8;27;35;18;12;-36;;0;158;;16;;gca;3;;cgt;;; ;0;360;19;17;36;12;16;-37;;2;144;;10;;cca;16;;tta;;; ;0;370;11;17;37;11;13;-38;;2;5s CDS;;3;;cgt;29;;ggc;;; ;0;380;13;13;38;12;13;-39;;0;190;57;16;;tta;13;;cta;;; ;0;390;10;20;39;19;11;-40;;0;206;99;29;;ggc;5;;aaa;;; ;0;400;10;15;40;22;8;-41;;0;;14;22;;cta;87;;caa;;; 1;3;reste;163;168;reste;1307;2266;-42;1;0;;34;9;;cac;46;;gac;;; 4;18;total;1579;3289;total;1579;3289;-43;;0;;;4;;aca;4;;gta;;; 3;15;diagr;1416;3088;diagr;272;990;-44;;2;;;**;;gta;8;;gaa;;; 0;0; t30;138;853;;;;-45;;0;;;;;;3;;agc;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;**;;aac;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;; ;x;1579;13;0;1592;;;-49;;1;;;;;;;;;;; ;c;3256;564;33;3853;;;-50;;8;;;;;;;;;;; ;;;;;5445;173;;reste;1;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;5618;;total;13;564;;;;;;;;;;; </pre> =====ban autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_autres_intercalaires_aas|ban autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ban;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;342504;342953;175;*; ;comp;ncRNA;343129;343312;21;*; ;comp;ncRNA;343334;343516;116;*; fin;comp;CDS;343633;344466;;; deb;comp;CDS;359943;361082;180;*; ;comp;ncRNA;361263;361653;87;*; fin;comp;CDS;361741;362079;;; deb;;CDS;618142;618366;188;*; ;;tRNA;618555;618627;419;*;gtc fin;comp;CDS;619047;619235;;; deb;comp;CDS;1102183;1102602;130;*; ;comp;tRNA;1102733;1102804;1;*;gaa ;comp;tRNA;1102806;1102880;8;*;aac ;comp;tRNA;1102889;1102965;11;*;atc ;comp;tRNA;1102977;1103047;6;*;tgg ;comp;tRNA;1103054;1103126;9;*;aca ;comp;tRNA;1103136;1103211;9;*;ttc ;comp;tRNA;1103221;1103296;4;*;gac ;comp;tRNA;1103301;1103377;20;*;atgf ;comp;tRNA;1103398;1103490;54;*;tca ;comp;tRNA;1103545;1103637;20;*;tca ;comp;tRNA;1103658;1103730;16;*;gca ;comp;tRNA;1103747;1103820;10;*;cca ;comp;tRNA;1103831;1103904;3;*;cgt ;comp;tRNA;1103908;1103996;16;*;tta ;comp;tRNA;1104013;1104087;29;*;ggc ;comp;tRNA;1104117;1104197;22;*;cta ;comp;tRNA;1104220;1104295;9;*;cac ;comp;tRNA;1104305;1104380;4;*;aca ;comp;tRNA;1104385;1104460;4;*;gta ;comp;rRNA;1104465;1104580;101;*;116 ;comp;rRNA;1104682;1107601;146;*;2920 ;comp;rRNA;1107748;1109298;695;*;1551 fin;;CDS;1109994;1113038;;0; deb;comp;CDS;1306706;1307848;198;*; ;comp;tRNA;1308047;1308120;115;*;gga fin;comp;CDS;1308236;1308889;;; deb;;CDS;1312025;1312345;210;*; ;comp;tRNA;1312556;1312637;10;*;ttg ;comp;tRNA;1312648;1312718;14;*;tgc ;comp;tRNA;1312733;1312807;5;*;ggc ;comp;tRNA;1312813;1312887;63;*;caa ;comp;tRNA;1312951;1313026;19;*;cac ;comp;tRNA;1313046;1313119;7;*;tgg ;comp;tRNA;1313127;1313210;17;*;tac ;comp;tRNA;1313228;1313303;5;*;gta ;comp;tRNA;1313309;1313383;24;*;gaa ;comp;tRNA;1313408;1313480;4;*;acc ;comp;tRNA;1313485;1313559;9;*;aac ;comp;rRNA;1313569;1313684;100;*;116 ;comp;rRNA;1313785;1316706;146;*;2922 ;comp;rRNA;1316853;1318404;387;*;1552 fin;;CDS;1318792;1319148;;0; deb;;CDS;1556278;1556507;57;*; ;comp;rRNA;1556565;1556680;50;*;116 ;comp;rRNA;1556731;1560125;177;*;3395 ;comp;rRNA;1560303;1562131;477;*;1829 fin;;CDS;1562609;1563322;;; deb;;CDS;1566949;1567219;99;*; ;comp;rRNA;1567319;1567434;50;*;116 ;comp;rRNA;1567485;1570406;147;*;2922 ;comp;rRNA;1570554;1572114;452;*;1561 fin;;CDS;1572567;1574498;;; deb;;CDS;1579539;1580615;14;*; ;comp;rRNA;1580630;1580745;49;*;116 ;comp;rRNA;1580795;1583909;158;*;3115 ;comp;rRNA;1584068;1585719;295;*;1652 fin;comp;CDS;1586015;1587520;;; deb;comp;CDS;1600693;1601166;174;*; ;comp;tRNA;1601341;1601416;3;*;gac ;comp;tRNA;1601420;1601496;12;*;atgf ;comp;rRNA;1601509;1601624;50;*;116 ;comp;rRNA;1601675;1604595;146;*;2921 ;comp;rRNA;1604742;1606293;76;*;1552 ;comp;tRNA;1606370;1606440;1;*;gga ;comp;tRNA;1606442;1606518;4;*;cca ;comp;tRNA;1606523;1606599;3;*;cgt ;comp;tRNA;1606603;1606691;16;*;tta ;comp;tRNA;1606708;1606782;29;*;ggc ;comp;tRNA;1606812;1606892;14;*;cta ;comp;tRNA;1606907;1606982;5;*;aaa ;comp;tRNA;1606988;1607062;87;*;caa ;comp;tRNA;1607150;1607225;46;*;gac ;comp;tRNA;1607272;1607347;4;*;gta ;comp;tRNA;1607352;1607426;1;*;gaa ;comp;tRNA;1607428;1607502;8;*;aac ;comp;tRNA;1607511;1607587;11;*;atc ;comp;tRNA;1607599;1607669;6;*;tgg ;comp;tRNA;1607676;1607748;9;*;aca ;comp;tRNA;1607758;1607833;8;*;ttc ;comp;tRNA;1607842;1607917;4;*;gac ;comp;tRNA;1607922;1607998;20;*;atgf ;comp;tRNA;1608019;1608111;54;*;tca ;comp;tRNA;1608166;1608258;20;*;tca ;comp;tRNA;1608279;1608351;16;*;gca ;comp;tRNA;1608368;1608441;10;*;cca ;comp;tRNA;1608452;1608525;3;*;cgt ;comp;tRNA;1608529;1608617;16;*;tta ;comp;tRNA;1608634;1608708;29;*;ggc ;comp;tRNA;1608738;1608818;13;*;cta ;comp;tRNA;1608832;1608907;5;*;aaa ;comp;tRNA;1608913;1608987;87;*;caa ;comp;tRNA;1609075;1609150;46;*;gac ;comp;tRNA;1609197;1609272;4;*;gta ;comp;tRNA;1609277;1609351;8;*;gaa ;comp;tRNA;1609360;1609450;3;*;agc ;comp;tRNA;1609454;1609528;114;*;aac fin;comp;CDS;1609643;1610101;;0; deb;comp;CDS;1702642;1703788;114;*; ;comp;tRNA;1703903;1703975;10;*;gca ;comp;tRNA;1703986;1704057;5;*;ggc ;comp;tRNA;1704063;1704138;5;*;aaa ;comp;tRNA;1704144;1704218;65;*;caa ;comp;tRNA;1704284;1704366;17;*;tac ;comp;tRNA;1704384;1704459;5;*;gta ;comp;tRNA;1704465;1704539;24;*;gaa ;comp;tRNA;1704564;1704636;4;*;acc ;comp;tRNA;1704641;1704715;9;*;aac ;comp;rRNA;1704725;1704840;86;*;116 ;comp;rRNA;1704927;1707848;146;*;2922 ;comp;rRNA;1707995;1709544;224;*;1550 fin;comp;CDS;1709769;1709987;;0; deb;comp;CDS;1767157;1767618;206;*; ;comp;rRNA;1767825;1767940;49;*;116 ;comp;rRNA;1767990;1770910;146;*;2921 ;comp;rRNA;1771057;1772607;373;*;1551 fin;comp;CDS;1772981;1774480;;; deb;comp;CDS;1787717;1790188;259;*; ;comp;tRNA;1790448;1790519;13;*;gaa ;comp;tRNA;1790533;1790606;160;*;atgj fin;comp;CDS;1790767;1791249;;; deb;comp;CDS;1820538;1820717;190;*; ;comp;rRNA;1820908;1821023;48;*;116 ;comp;rRNA;1821072;1823993;80;*;2922 ;comp;tRNA;1824074;1824149;8;*;gca ;comp;tRNA;1824158;1824234;132;*;atc ;comp;rRNA;1824367;1825918;218;*;1552 fin;comp;CDS;1826137;1826406;;; deb;comp;CDS;1827820;1829508;132;*; ;comp;ncRNA;1829641;1829905;79;*; fin;comp;CDS;1829985;1830485;;0; deb;comp;CDS;1832600;1832992;166;*; ;comp;tRNA;1833159;1833251;156;*;tca fin;comp;CDS;1833408;1834682;;; deb;;CDS;1839668;1840669;34;*; ;comp;rRNA;1840704;1840819;48;*;116 ;comp;rRNA;1840868;1843788;79;*;2921 ;comp;tRNA;1843868;1843943;8;*;gca ;comp;tRNA;1843952;1844028;132;*;atc ;comp;rRNA;1844161;1845712;241;*;1552 fin;comp;CDS;1845954;1848425;;; deb;;CDS;1873838;1875127;139;*; ;;tRNA;1875267;1875342;13;*;aaa ;;tRNA;1875356;1875427;21;*;gaa ;;tRNA;1875449;1875524;41;*;gac ;;tRNA;1875566;1875638;403;*;ttc fin;;CDS;1876042;1876749;;; deb;comp;CDS;2217640;2217846;205;*; ;;tRNA;2218052;2218127;258;*;cgg fin;;CDS;2218386;2219693;;; deb;;CDS;2250178;2250645;126;*; ;;tmRNA;2250772;2251126;407;*; fin;;CDS;2251534;2252211;;; deb;comp;CDS;2428815;2429495;404;*; ;;rRNA;2429900;2431454;144;*;1555 ;;rRNA;2431599;2434520;101;*;2922 ;;rRNA;2434622;2434737;4;*;116 ;;tRNA;2434742;2434817;4;*;gta ;;tRNA;2434822;2434897;9;*;aca ;;tRNA;2434907;2434982;22;*;cac ;;tRNA;2435005;2435085;29;*;cta ;;tRNA;2435115;2435189;16;*;ggc ;;tRNA;2435206;2435294;3;*;tta ;;tRNA;2435298;2435371;10;*;cgt ;;tRNA;2435382;2435455;16;*;cca ;;tRNA;2435472;2435544;20;*;gca ;;tRNA;2435565;2435657;54;*;tca ;;tRNA;2435712;2435805;20;*;cta ;;tRNA;2435826;2435902;1;*;atgf ;;tRNA;2435904;2435979;12;*;gac ;;tRNA;2435992;2436067;14;*;ttc ;;tRNA;2436082;2436157;10;*;aca ;;tRNA;2436168;2436243;13;*;aaa ;;tRNA;2436257;2436327;10;*;gga ;;tRNA;2436338;2436414;7;*;atc ;;tRNA;2436422;2436496;7;*;aac ;;tRNA;2436504;2436594;6;*;agc ;;tRNA;2436601;2436672;657;*;gaa fin;;CDS;2437330;2438274;;0; deb;;CDS;2798971;2799474;109;*; ;;tRNA;2799584;2799657;1;*;gga ;;tRNA;2799659;2799732;410;*;aga fin;;CDS;2800143;2800343;;0; deb;comp;CDS;2991608;2992366;242;*; ;;tRNA;2992609;2992682;221;*;atgi fin;;CDS;2992904;2993515;;; </pre> ====ban séquences==== <pre> 33 aas;inter;21 aas;inter;19 aas;inter;11 aas;inter ;;;;;;; gga;1;;;;;ttg;10 cca;4;;;;;tgc;14 cgt;3;;;;;ggc;5 tta;16;;;;;caa;63 ggc;29;;;;;cac;19 cta;14;;;;;tgg;7 aaa;5;;;;;tac;17 caa;87;;;;;gta;5 gac;46;gaa;6;;;gaa;24 gta;4;agc;7;;;acc;4 gaa;1;aac;7;gaa;1;aac; aac;8;atc;10;aac;8;; atc;11;gga;13;atc;11;; tgg;6;aaa;10;tgg;6;; aca;9;aca;14;aca;9;; ttc;8;ttc;12;ttc;9;; gac;4;gac;1;gac;4;; atgf;20;atgf;20;atgf;20;; tca;54;cta;54;tca;54;9 aas;inter tca;20;tca;20;tca;20;; gca;16;gca;16;gca;16;gca;10 cca;10;cca;10;cca;10;ggc;5 cgt;3;cgt;3;cgt;3;aaa;5 tta;16;tta;16;tta;16;caa;65 ggc;29;ggc;29;ggc;29;tac;17 cta;13;cta;22;cta;22;gta;5 aaa;5;cac;9;cac;9;gaa;24 caa;87;aca;4;aca;4;acc;4 gac;46;gta;;gta;;aac; gta;4;;;;;; gaa;8;;;;;; agc;3;;;;;; aac;;;;;;; </pre> ===bacilli synthèse=== ====bacilli distribution par génome==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_génome|bacilli distribution par génome]] <pre> baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total bsu;18;8;;52;2;4;;2;86 lmo;9;8;;44;;4;;2;67 lam;22;14;;16;;4;3;4;63 ppm;67;21;;68;;5;;;161 pmq;22;11;;138;;0;2;;173 lbu;49;16;;16;;10;7;;98 ban;8;5;;60;33;4;;2;112 ;;;;;;;;; total;195;83;0;394;35;31;12;10;760 </pre> ====bacilli distribution du total==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_du_total|bacilli distribution du total]] <pre> baci8;Sans 2 16s, 10 13aas et 31 +16s;;;;;;717;;baci8;Le reste;;;;;;43 atgi;8;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc; atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;15;acc;1;aac;4;agc; ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1 gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3 tta;16;tca;17;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;16;gaa;;gga;1 ttg;13;tcg;10;tag;;tgg;15;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg; atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;;acg;;aag;5;agg; ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total type;207;83;0;394;33;0;717;;type;12;;;10;2;31;43 </pre> ====bacilli distribution par type==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_type|bacilli distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> baci8;;;;;;;717;;baci8;;;;;;;83;;baci8;;;;;;;195;;baci8;;;;;;;12;;baci8;;;;;;;427 atgi;8;tct;0;tat;0;atgf;25;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;18 att;0;act;2;aat;0;agt;0;;att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;5;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;0;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;14;tcc;9;tac;13;tgc;7 atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;1;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;3;acc;;aac;9;agc;6;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;12;acc;6;aac;22;agc;10 ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;3;ccc;2;cac;;cgt;1;;ctc;4;ccc;;cac;9;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;23 gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;5;gcc;2;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;11;ggc;7;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;3;gcc;1;gac;22;ggc;29 tta;16;tca;17;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;5;taa;;tga;;;tta;3;tca;5;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;11;tca;7;taa;;tga; ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;1;aaa;;aga;7;;ata;1;aca;4;aaa;8;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;18;aaa;22;aga;1 cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;3;cca;5;caa;10;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;12;cca;22;caa;15;cga; gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;;gaa;;gga;5;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;28;gca;15;gaa;23;gga;10 ttg;13;tcg;10;tag;0;tgg;15;;ttg;;tcg;5;tag;;tgg;;;ttg;4;tcg;3;tag;;tgg;7;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;8 atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;2;acg;3;aag;4;agg;3;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;8;acg;2;aag;;agg; ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;1;ccg;2;cag;1;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====bacilli par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacilli par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;43;21;5;13;;;82; 16;moyen;27;59;4;135;2;31;227; 14;fort;13;115;3;279;8;2;418; ; ;83;195;12;427;10;33;760; 10;g+cga;16;12;5;5;;;38; 2;agg+cgg;11;0;;;;;11; 4;carre ccc;12;5;;8;;;25; 5;autres;4;4;;;;;8; ;;43;21;5;13;;;82; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;baci ‰;ref. ‰ 21;faible;57;28;7;17;;;108;26 16;moyen;36;78;5;178;3;41;299;324 14;fort;17;151;4;367;11;3;550;650 ;;109;257;16;562;13;43;760;729 10;g+cga;21;16;7;7;;;50;10 2;agg+cgg;14;;;;;;14; 4;carre ccc;16;7;;11;;;33;16 5;autres;5;5;;;;;11; ;;57;28;7;17;;;108; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;148;72;17;238;26;52;11; 16;moyen;93;203;14;310;324;33;30; 14;fort;45;397;10;452;650;16;59; ;;286;672;41;290;729;83;195; 10;g+cga;55;41;17;114;;37;; 2;agg+cgg;38;;;38;;26;; 4;carre ccc;41;17;;59;;28;; 5;autres;14;14;;28;;9;; ;;148;72;17;238;;43;; </pre> ====bacilli, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli,_estimation_des_-rRNAs|bacilli, estimation des -rRNAs]] <pre> ;;;;;;;;bacilli;;;;;;;;;;;;;;;;; 32 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;32;1889;0;0;;indices;;;;32;5903;0;0;;baci7;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;290 atgi;20;tct;;tat;;atgf;91;;atgi;63;tct;;tat;;atgf;284;;atgi;5;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;2;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;5;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;63;tcc;30;tac;56;tgc;30;;ttc;197;tcc;94;tac;175;tgc;94;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5 atc;92;acc;27;aac;99;agc;38;;atc;288;acc;84;aac;309;agc;119;;atc;4;acc;2;aac;10;agc;7 ctc;15;ccc;;cac;53;cgt;82;;ctc;47;ccc;;cac;166;cgt;256;;ctc;7;ccc;2;cac;9;cgt;4 gtc;3;gcc;1;gac;106;ggc;101;;gtc;9.4;gcc;3.1;gac;331;ggc;316;;gtc;5;gcc;3;gac;12;ggc;10 tta;59;tca;49;taa;;tga;;;tta;184;tca;153;taa;;tga;;;tta;5;tca;10;taa;;tga; ata;;aca;87;aaa;84;aga;1;;ata;0;aca;272;aaa;263;aga;3.1;;ata;1;aca;5;aaa;8;aga;8 cta;54;cca;77;caa;69;cga;;;cta;169;cca;241;caa;216;cga;;;cta;3;cca;5;caa;14;cga;2 gta;113;gca;122;gaa;94;gga;49;;gta;353;gca;381;gaa;294;gga;153;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;9 ttg;32;tcg;2;tag;;tgg;42;;ttg;100;tcg;6.3;tag;;tgg;131;;ttg;6;tcg;8;tag;;tgg;7 atgj;32;acg;3;aag;;agg;;;atgj;100;acg;9.4;aag;;agg;;;atgj;6;acg;5;aag;10;agg;3 ctg;12;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;37.5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;2;cag;1;cgg;8 gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3.1;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg;3 ;;693;;1171;;25;1889;;;;2166;;3659;;78;5903;;;;90;;131;;69;290 29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;49366;0,2;0;;indices;sans +16s;;;618;49366;0,2;0;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;84;tct;0.3;tat;0.5;atgf;1;;atgi;146;tct;0.3;tat;0.5;atgf;285;;atgi;71;tct;;tat;;atgf;100 att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;;act;29;aat;;agt; ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;71;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;75;tcc;26;tac;64;tgc;23;;ttc;272;tcc;120;tac;239;tgc;117;;ttc;129;tcc;43;tac;157;tgc;71 atc;23;acc;8;aac;69;agc;40;;atc;310;acc;92;aac;378;agc;159;;atc;57;acc;29;aac;143;agc;100 ctc;28;ccc;6.1;cac;20;cgt;32;;ctc;75;ccc;6.1;cac;186;cgt;288;;ctc;100;ccc;29;cac;129;cgt;57 gtc;44;gcc;27;gac;55;ggc;-6;;gtc;53;gcc;30;gac;386;ggc;310;;gtc;71;gcc;43;gac;171;ggc;143 tta;27;tca;91;taa;1.1;tga;1.8;;tta;211;tca;244;taa;1.1;tga;1.8;;tta;71;tca;143;taa;;tga; ata;2.1;aca;22;aaa;78;aga;116;;ata;2.1;aca;294;aaa;340;aga;119;;ata;14;aca;71;aaa;114;aga;114 cta;30;cca;2;caa;83;cga;6.3;;cta;199;cca;243;caa;299;cga;6.3;;cta;43;cca;71;caa;200;cga;29 gta;44;gca;62;gaa;174;gga;152;;gta;397;gca;443;gaa;468;gga;305;;gta;114;gca;29;gaa;271;gga;129 ttg;25;tcg;41;tag;0.8;tgg;6;;ttg;125;tcg;47;tag;0.8;tgg;137;;ttg;86;tcg;114;tag;;tgg;100 atgj;52;acg;38;aag;73;agg;72;;atgj;152;acg;47;aag;73;agg;72;;atgj;86;acg;71;aag;143;agg;43 ctg;22.5;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;60;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;114;ccg;29;cag;14;cgg;114 gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;15;;gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;18;;gtg;;gcg;;gag;29;ggg;43 ;;654;;845;;582;2081;;;;2820;;4504;;660;7984;;;;1286;;1871;;986;4143 rapports;;23;;19;;88;26;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;57;tct;;tat;;atgf;0.2;;fiches;28.90625;;;fréquences;;;;;atgi;14;tct;100;tat;100;atgf;99 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;925;;;0/0;0;;;;att;100;act;62;aat;100;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;1902;;;10;2;;;;ctt;34;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;32;;;20;3;;;;gtt;100;gct;100;gat;;ggt; ttc;28;tcc;22;tac;27;tgc;20;;;;;;30;1;;;;ttc;42;tcc;39;tac;59;tgc;67 atc;7;acc;8;aac;18;agc;25;;baci7;41.429;;;40;9;;;;atc;61;acc;73;aac;52;agc;60 ctc;38;ccc;100;cac;11;cgt;11;;sans;290;;;50;6;21;;;ctc;72;ccc;79;cac;84;cgt;44 gtc;82;gcc;90;gac;14;ggc;-2;;avec;470;;;60;5;;;;gtc;39;gcc;37;gac;68;ggc;104 tta;13;tca;37;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;9;;;;tta;63;tca;36;taa;100;tga;100 ata;100;aca;8;aaa;23;aga;97;;;;;;80;5;;;;ata;85;aca;69;aaa;32;aga;1 cta;15;cca;1.0;caa;28;cga;100;;L’estimation par baci7;;;;90;3;;;;cta;29;cca;97;caa;58;cga;78 gta;11;gca;14;gaa;37;gga;50;;est 43 % au dessus;;;;100;6;;;;gta;62;gca;54;gaa;36;gga;15 ttg;20;tcg;87;tag;;tgg;4;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;71;tcg;64;tag;100;tgg;94 atgj;34;acg;80;aag;100;agg;100;;32;;100;;;50;;;;atgj;39;acg;47;aag;49;agg;40 ctg;38;ccg;100;cag;100;cgg;100;;atc;45;310;;;;;;;ctg;80;ccg;34;cag;16;cgg;5 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;83;;gca;59;443;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;44;ggg;65 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;867;;838;;850;2554 </pre> ==clostridia== ===psor=== ====psor opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_opérons|psor opérons]] <pre> 27.3%GC;8.8.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Paeniclostridium sordellii AM370;;;;;;;;; ;9847..10620;CDS;;205;205;;;258; ;10826..12332;16s;;196;;;;; ;12529..15445;23s;;78;;;;; ;15524..15640;5s;;85;85;;;;85 ;15726..15947;CDS;;;;;;74; ;;;;;;;;; ;18845..19297;CDS;;3;3;;;151;3 ;19301..19393;tcc;;27;;;;; ;19421..19685;ncRNA;;152;152;;;; ;19838..21478;CDS;;;;;;*547; ;;;;;;;;; ;24343..24570;CDS;;309;309;;;76; ;24880..26386;16s;;196;;;;; ;26583..29499;23s;;122;;;;; ;29622..29738;5s;;5;;;5;; ;29744..29832;tta;+;13;;;13;; ;29846..29921;atgf;3 aaa;15;;;15;; ;29937..30011;gaa;6 atg;9;;;9;; ;30021..30094;gga;3 gta;6;;;6;; ;30101..30176;gta;1 cgt;5;;;5;; ;30182..30258;gac;1 ggc;16;;;16;; ;30275..30350;aac;2 fois suite;4;;;4;; ;30355..30429;aca;aac aca aga;4;;;4;; ;30434..30518;tac;caa cac cca;15;;;15;; ;30534..30617;cta;cta gaa gac;14;;;14;; ;30632..30708;aga;gga tac tca;7;;;7;; ;30716..30791;caa;tgc tta ttc;11;;;11;; ;30803..30878;aaa;;6;;;6;; ;30885..30973;tca;;3;;;3;; ;30977..31052;ttc;;9;;;9;; ;31062..31138;atgj;;8;;;8;; ;31147..31223;atgi;;21;;;21;; ;31245..31321;cca;;6;;;6;; ;31328..31404;cac;;4;;;4;; ;31409..31482;tgc;;25;;;25;; ;31508..31596;tta;;13;;;13;; ;31610..31685;atgf;;15;;;15;; ;31701..31775;gaa;;9;;;9;; ;31785..31858;gga;;6;;;6;; ;31865..31940;gta;;5;;;5;; ;31946..32022;gac;;16;;;16;; ;32039..32114;aac;;4;;;4;; ;32119..32193;aca;;4;;;4;; ;32198..32282;tac;;15;;;15;; ;32298..32381;cta;;11;;;11;; ;32393..32467;ggc;;13;;;13;; ;32481..32557;aga;;7;;;7;; ;32565..32640;caa;;11;;;11;; ;32652..32727;aaa;;6;;;6;; ;32734..32822;tca;;3;;;3;; ;32826..32901;ttc;;9;;;9;; ;32911..32987;atgj;;8;;;8;; ;32996..33072;atgi;;21;;;21;; ;33094..33170;cca;;6;;;6;; ;33177..33253;cac;;9;;;9;; ;33263..33338;aaa;;21;;;21;; ;33360..33433;tgc;;6;;;6;; ;33440..33516;cgt;;10;;;;; ;33527..33602;gta;;162;162;;;;162 ;33765..34016;CDS;;;;;;84; ;;;;;;;;; ;34042..34455;CDS;;249;249;;;138; ;34705..36211;16s;;196;;;;; ;36408..39324;23s;;78;;;;; ;39403..39519;5s;;402;*402;;;; comp;39922..40113;CDS;;348;348;;;64; ;40462..41968;16s;;196;;;;; ;42165..45081;23s;;78;;;;; ;45160..45276;5s;;180;180;;;;*180 ;45457..47394;CDS;;;;;;*646; ;;;;;;;;; ;101428..102144;CDS;;276;276;;;239; ;102421..103927;16s;;54;;;;; ;103982..104057;gca;;114;;;;; ;104172..107096;23s;;41;;;;; ;107138..107211;gga;;11;;;;; ;107223..107339;5s;;99;99;;;;99 comp;107439..108617;CDS;;;;;;393; ;;;;;;;;; ;111345..111884;CDS;;431;*431;;;180; ;112316..113822;16s;;54;;;;; ;113877..113952;gca;;114;;;;; ;114067..116982;23s;;193;;;;; ;117176..117292;5s;;5;;;;; ;117298..117386;tta;;9;;;9;; ;117396..117472;atgi;;123;;;;; ;117596..119102;16s;;54;;;;; ;119157..119232;gca;;114;;;;; ;119347..122263;23s;;193;;;;; ;122457..122573;5s;;5;;;;; ;122579..122667;tta;;9;;;9;; ;122677..122753;atgi;;123;;;;; ;122877..124383;16s;;54;;;;; ;124438..124513;gca;;114;;;;; ;124628..127549;23s;;78;;;;; ;127628..127744;5s;;100;100;;;;100 ;127845..129260;CDS;;;;;;472; ;;;;;;;;; ;215388..216260;CDS;;264;264;;;291; ;216525..218030;16s;;123;;;;; ;218154..218229;gca;;152;;;;; ;218382..221296;23s;;50;;;;; ;221347..221420;gga;;12;;;;; ;221433..221549;5s;;109;109;;;;109 ;221659..221940;CDS;;525;*525;;;94; ;222466..223972;16s;;196;;;;; ;224169..227083;23s;;144;;;;; ;227228..227344;5s;;228;228;;;;*228 ;227573..227989;CDS;;;;;;139; ;;;;;;;;; ;449964..450266;CDS;;253;253;;;101; ;450520..452026;16s;;196;;;;; ;452223..455139;23s;;144;;;;; ;455284..455400;5s;;112;112;;;;112 comp;455513..456616;CDS;;;;;;368; ;;;;;;;;; ;498418..499074;CDS;;189;189;;;219; ;499264..500770;16s;;118;;;;; ;500889..500964;gca;;95;;;;; ;501060..503976;23s;;144;;;;; ;504121..504237;5s;;131;131;;;;131 ;504369..504551;CDS;;;;;;61; ;;;;;;;;; ;546886..550416;CDS;;41;41;;;*1177;*41 comp;550458..550544;ttg;;138;138;;;; ;550683..553325;CDS;;;;;;*881; ;;;;;;;;; ;608009..608683;CDS;;195;195;;;225; ;608879..608975;tga;;37;37;;;;37 comp;609013..609732;CDS;;;;;;240; ;;;;;;;;; ;815939..816655;CDS;;71;71;;;239;71 ;816727..816800;tgc;;12;;12;;; ;816813..816888;aac;;3;;3;;; ;816892..816966;aca;;285;285;;;; ;817252..818727;CDS;;;;;;492; ;;;;;;;;; ;1284870..1288097;CDS;;111;111;;;*1076;*111 ;1288209..1288297;cta;;426;*426;;;; ;1288724..1290853;CDS;;;;;;*710; ;;;;;;;;; ;1445161..1445664;CDS;;135;135;;;168;135 ;1445800..1445868;other;@1;258;258;;;; ;1446127..1446813;CDS;;;;;;229; ;;;;;;;;; ;2267513..2267698;CDS;@2;306;306;;;62;*306 comp;2268005..2268088;cta;;404;*404;;;; ;2268493..2269758;CDS;;;;;;422; ;;;;;;;;; ;3094098..3094784;CDS;;40;40;;;229;40 comp;3094825..3094941;5s;;78;;;;; comp;3095020..3097936;23s;;194;;;;; comp;3098131..3099637;16s;;276;276;;;; comp;3099914..3101161;CDS;;;;;;416; ;;;;;;;;; ;3159922..3160827;CDS;;37;37;;;302;37 comp;3160865..3160956;agc;;120;120;;;; comp;3161077..3161376;CDS;;;;;;100; ;;;;;;;;; comp;3274188..3274733;CDS;;245;245;;;182;*245 comp;3274979..3275095;5s;@3;12;;;;; comp;3275108..3275181;gga;;107;;;;; comp;3275289..3278214;23s;;137;;;;; comp;3278352..3279858;16s;;253;253;;;; comp;3280112..3280690;CDS;;;;;;193; ;;;;;;;;; comp;3303104..3304150;CDS;;124;124;;;349;124 comp;3304275..3304459;riboswitch;@4;96;;;;; comp;3304556..3304672;5s;;11;;;;; comp;3304684..3304758;aca;;116;;;;; comp;3304875..3307789;23s;;196;;;;; comp;3307986..3309492;16s;;364;*364;;;; ;3309857..3310504;CDS;;;;;;216; ;;;;;;;;; comp;3438683..3439531;CDS;;142;142;;;283;142 comp;3439674..3439750;aga;;7;;;7;; comp;3439758..3439832;ggc;;9;;;9;; comp;3439842..3439918;gac;;5;;;5;; comp;3439924..3439999;gta;;8;;;8;; comp;3440008..3440082;gaa;;5;;;;; comp;3440088..3440204;5s;;40;;;;; comp;3440245..3443168;23s;;112;;;;; comp;3443281..3443356;gca;;109;;;;; comp;3443466..3444972;16s;;138;;;;; comp;3445111..3445187;atgj;+;13;;;13;; comp;3445201..3445276;ttc;3 atg;6;;;6;; comp;3445283..3445359;atc;2 cca;6;;;6;; comp;3445366..3445442;cca;2 gga;31;;;31;; comp;3445474..3445549;tgg;2 aac;11;;;11;; comp;3445561..3445637;atgi;;6;;;6;; comp;3445644..3445720;cca;;6;;;6;; comp;3445727..3445817;agc;;11;;;11;; comp;3445829..3445917;tca;;6;;;6;; comp;3445924..3445999;aaa;;12;;;12;; comp;3446012..3446087;caa;;6;;;6;; comp;3446094..3446170;aga;;19;;;19;; comp;3446190..3446263;gga;;11;;;11;; comp;3446275..3446359;tac;;4;;;4;; comp;3446364..3446438;aca;;4;;;4;; comp;3446443..3446518;aac;;31;;;31;; comp;3446550..3446625;aac;;16;;;16;; comp;3446642..3446718;gac;;5;;;5;; comp;3446724..3446799;gta;;6;;;6;; comp;3446806..3446879;gga;;9;;;9;; comp;3446889..3446963;gaa;;15;;;15;; comp;3446979..3447054;atgf;;13;;;13;; comp;3447068..3447156;tta;;5;;;;; comp;3447162..3447278;5s;;213;;;;; comp;3447492..3450406;23s;;196;;;;; comp;3450603..3452109;16s;;239;239;;;; comp;3452349..3452552;CDS;;;;;;68; ;;;;;;;;; comp;3523330..3524046;CDS;;129;129;;;239;129 comp;3524176..3524251;gta;+;8;;8;;; comp;3524260..3524334;gaa;2 fois;20;;20;;; comp;3524355..3524430;aaa;gta gaa aaa;10;;10;;; comp;3524441..3524515;aca;;10;;10;;; comp;3524526..3524602;gac;;7;;7;;; comp;3524610..3524685;gta;;9;;9;;; comp;3524695..3524769;gaa;;5;;5;;; comp;3524775..3524850;aaa;;289;289;;;; ;3525140..3526039;CDS;;;;;;300; </pre> ====psor cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_cumuls|psor cumuls]] <pre> psor cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;17;1;0;0;1;0;1;0;100;9 ;16 23 5s 0;6;20;9;65;50;5;20;1;200;8 ;16 atc gca;0;40;0;6;100;4;40;3;300;13 ;16 23 5s a;2;60;0;0;150;10;60;1;400;4 ;max a;44;80;0;0;200;5;80;1;500;4 ;a doubles;2;100;0;0;250;5;100;3;600;1 ;autres;9;120;0;0;300;8;120;3;700;1 ;total aas;87;140;0;0;350;3;140;4;800;1 sans ;opérons;8;160;0;0;400;1;160;1;900;1 ;1 aa;6;180;0;0;450;4;180;2;1000;0 ;max a;8;200;0;0;500;0;200;0;1100;1 ;a doubles;1;;0;0;;1;;3;;1 ;total aas;17;;9;71;;46;;22;;44 total aas;;104;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;9;10;;206;;119;;304 ;;;variance;5;6;;121;;73;;257 sans jaune;;;moyenne;;;;173;;95;;220 ;;;variance;;;;90;;45;;121 </pre> ====psor blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_blocs|psor blocs]] <pre> I;;I2;I3;I4;;;II;;III;;IV;IV1;IV2 ;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;CDS;124;;; ;;;;;;;CDS;245;riboswitch;96;;; CDS;205;249;348;525;253;40;5s;12;5s;11;CDS;309;5 16s;196;196;196;196;196;78;gga;107;aca;116;16s;196;213 23s;78;78;78;144;144;194;23s;137;23s;196;23s;122;196 5s;85;402;180;228;112;276;16s;253;16s;364;5s;5;239 CDS;;;;;;;CDS;;CDS;;tta;; V;;V2;VI;VI1;VII;VII1;VIII;VIII1;IX;;X;X1; ;;;;;;;;;;;;; CDS;276;264;CDS;431;;;;;CDS;189;gaa;5; 16s;54;123;16s;54;16s;54;16s;54;16s;118;5s;40; gca;114;152;gca;114;gca;114;gca;114;gca;95;23s;112; 23s;41;50;23s;193;23s;193;23s;78;23s;144;gca;109; gga;11;12;5s;5;5s;5;5s;100;5s;131;16s;138; 5s;99;109;tta;9;tta;9;CDS;;CDS;;atgj;; CDS;;;atgi;123;atgi;123;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;; ;CDS;431;;CDS;309;;CDS;142;;CDS;264;; VI;16s;54;IV1;16s;196;;* * * *4aas;8;V2;16s;123;; ;gca;114;;23s;122;;gaa;5;;gca;152;; ;23s;193;;5s;5;;5s;40;;23s;50;; ;5s;5;;tta;13;;23s;112;;gga;12;; ;tta;9;;* * * * 42aas;10;;gca;109;;5s;109;; ;atgi;123;;gta;162;X1;16s;138;;CDS;525;; VII;16s;54;;CDS;25;;atgj;13;I4;16s;196;; ;gca;114;;CDS;249;;* * * *21aas;13;;23s;144;; ;23s;193;I2;16s;196;;tta;5;;5s;228;; ;5s;5;;23s;78;;5s;213;;CDS;;; ;tta;9;;5s;402;;23s;196;;;;; ;atgi;123;;CDS;348;IV2;16s;239;;;;; VIII;16s;54;I3;16s;196;;CDS;;;;;; ;gca;114;;23s;78;;;;;;;; ;23s;78;;5s;180;;;;;;;; ;5s;100;;CDS;;;;;;;;; ;CDS;;;;;;;;;;;; </pre> ====psor distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_distribution|psor distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;3 gga;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca ;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;;;;;;;;;1-3 aas;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;;;;;;;;;2 tta;atc;1;acc;;aac;4;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;2 atgi;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4 cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total psor;;5 *;;;;;5;;psor;12;;;;;;12;;;;;;;;;;;psor;;;4;72;;7;87 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3 aas;;; </pre> ====psor données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_données_intercalaires|psor données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;psor;fx;fc;psor;fx40;fc40;psor;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;23;0;0;23;-1;;52;3;41;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;1;10;8;223;1;1;40;-2;;0;162;138;4* 54;;gca;13;;tta;13;;atgj ;0;20;16;347;2;0;52;-3;;0;195;37;123;;gca;15;;atgf;6;;ttc ;0;30;42;182;3;0;19;-4;1;23;71;306;118;;gca;9;;gaa;6;;atc 2;0;40;52;86;4;0;22;-5;;3;285;404;109;;gca;6;;gga;31;;cca 1;0;50;45;48;5;1;15;-6;;0;111;37;tRNA 23s;;;5;;gta;11;;tgg ;0;60;21;74;6;1;3;-7;;18;426;289;4* 114;;gca;16;;gac;6;;atgi ;0;70;28;60;7;1;4;-8;;50;135;;152;;gca;4;;aac;6;;cca ;1;80;19;87;8;1;15;-9;;0;258;;95;;gca;4;;aca;11;;agc ;0;90;19;67;9;3;24;-10;;2;120;;109;;gca;15;;tac;6;;tca ;0;100;9;76;10;0;29;-11;1;31;142;;23s tRNA;;;14;;cta;12;;aaa ;0;110;18;75;11;2;44;-12;;0;129;;41;;gga;7;;aga;6;;caa ;2;120;15;85;12;1;46;-13;;1;CDS 16s;;50;;gga;11;;caa;19;;aga ;1;130;12;65;13;1;34;-14;;19;205;348;107;;gga;6;;aaa;11;;gga 1;1;140;24;68;14;1;41;-15;;0;309;264;116;;aca;3;;tca;4;;tac ;1;150;17;63;15;1;31;-16;;3;249;364;5s tRNA;;;9;;ttc;4;;aca ;0;160;27;59;16;1;30;-17;;7;276;;4* 5;;tta;8;;atgj;31;;aac ;1;170;26;62;17;2;34;-18;;0;431;;5;;gaa;21;;atgi;16;;aac ;0;180;19;44;18;1;36;-19;;1;525;;tRNA 5s;;;6;;cca;5;;gac ;0;190;24;48;19;3;26;-20;;7;253;;11;;gga;4;;cac;6;;gta ;1;200;22;36;20;3;25;-21;;0;189;;2* 12;;gga;25;;tgc;9;;gga ;0;210;20;40;21;2;20;-22;;1;276;;11;;aca;13;;tta;15;;gaa ;0;220;13;35;22;1;19;-23;;2;253;;tRNA tRNA;;intra;15;;atgf;13;;atgf ;0;230;18;25;23;3;22;-24;;0;239;;2* 9;;tta atgi;9;;gaa;**;;tta ;0;240;15;28;24;2;24;-25;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;;6;;gga;;; ;0;250;7;18;25;3;19;-26;;4;5* 78;;12;;tgc;5;;gta;;; ;1;260;13;24;26;6;16;-27;;0;122;;3;;aac;16;;gac;;; ;0;270;8;15;27;6;18;-28;;0;2* 193;;**;;aca;4;;aac;;; ;0;280;7;22;28;6;14;-29;;3;3* 144;;8;;gta;4;;aca;;; 1;1;290;9;14;29;4;10;-30;;0;40;;20;;gaa;15;;tac;;; ;0;300;13;15;30;9;20;-31;;1;213;;10;;aaa;11;;cta;;; 1;0;310;3;19;31;4;14;-32;;1;16s 23s;;10;;aca;13;;ggc;;; ;0;320;9;11;32;3;12;-33;;0;8* 196;;7;;gac;7;;aga;;; ;0;330;6;14;33;5;8;-34;;0;194;;9;;gta;11;;caa;;; ;0;340;6;10;34;5;5;-35;;0;137;;5;;gaa;6;;aaa;;; ;0;350;4;9;35;7;13;-36;;0;5s CDS;;**;;aaa;3;;tca;;; ;0;360;4;10;36;5;8;-37;;0;85;402;;;;9;;ttc;;; ;0;370;6;8;37;5;2;-38;;0;180;99;;;;8;;atgj;;; ;0;380;2;9;38;8;8;-39;;0;100;112;;;;21;;atgi;;; ;0;390;1;8;39;2;7;-40;;0;109;40;;;;6;;cca;;; ;0;400;2;7;40;8;9;-41;;1;228;;;;;9;;cac;;; 1;1;reste;63;131;reste;574;1489;-42;;0;131;;;;;21;;aaa;;; 7;12;total;692;2350;total;692;2350;-43;;0;245;;;;;6;;tgc;;; 6;11;diagr;629;2196;diagr;118;838;-44;;0;;;;;;10;;cgt;;; 0;1; t30;66;752;;;;-45;;0;;;;;;**;;gta;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;7;;aga;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;9;;ggc;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;5;;gac;;; ;x;692;3;0;695;;;-49;;0;;;;;;8;;gta;;; ;c;2327;235;23;2585;;;-50;;1;;;;;;**;;gaa;;; ;;;;;3280;227;;reste;1;1;;;;;;;;;;; ;;;;;;3507;;total;3;235;;;;;;;;;;; </pre> =====psor autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_autres_intercalaires_aas|psor autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;psor;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas fin;;CDS;1;1332;; deb;;CDS;9847;10620;205; ;;rRNA;10826;12332;196;1507 ;;rRNA;12529;15445;78;2917 ;;rRNA;15524;15640;85;117 fin;;CDS;15726;15947;; deb;;CDS;18845;19297;3; ;;tRNA;19301;19393;27;tcc ;;ncRNA;19421;19685;152; fin;;CDS;19838;21478;; deb;;CDS;24343;24570;309; ;;rRNA;24880;26386;196;1507 ;;rRNA;26583;29499;122;2917 ;;rRNA;29622;29738;5;117 ;;tRNA;29744;29832;13;tta ;;tRNA;29846;29921;15;atgf ;;tRNA;29937;30011;9;gaa ;;tRNA;30021;30094;6;gga ;;tRNA;30101;30176;5;gta ;;tRNA;30182;30258;16;gac ;;tRNA;30275;30350;4;aac ;;tRNA;30355;30429;4;aca ;;tRNA;30434;30518;15;tac ;;tRNA;30534;30617;14;cta ;;tRNA;30632;30708;7;aga ;;tRNA;30716;30791;11;caa ;;tRNA;30803;30878;6;aaa ;;tRNA;30885;30973;3;tca ;;tRNA;30977;31052;9;ttc ;;tRNA;31062;31138;8;atgj ;;tRNA;31147;31223;21;atgi ;;tRNA;31245;31321;6;cca ;;tRNA;31328;31404;4;cac ;;tRNA;31409;31482;25;tgc ;;tRNA;31508;31596;13;tta ;;tRNA;31610;31685;15;atgf ;;tRNA;31701;31775;9;gaa ;;tRNA;31785;31858;6;gga ;;tRNA;31865;31940;5;gta ;;tRNA;31946;32022;16;gac ;;tRNA;32039;32114;4;aac ;;tRNA;32119;32193;4;aca ;;tRNA;32198;32282;15;tac ;;tRNA;32298;32381;11;cta ;;tRNA;32393;32467;13;ggc ;;tRNA;32481;32557;7;aga ;;tRNA;32565;32640;11;caa ;;tRNA;32652;32727;6;aaa ;;tRNA;32734;32822;3;tca ;;tRNA;32826;32901;9;ttc ;;tRNA;32911;32987;8;atgj ;;tRNA;32996;33072;21;atgi ;;tRNA;33094;33170;6;cca ;;tRNA;33177;33253;9;cac ;;tRNA;33263;33338;21;aaa ;;tRNA;33360;33433;6;tgc ;;tRNA;33440;33516;10;cgt ;;tRNA;33527;33602;162;gta fin;;CDS;33765;34016;; deb;;CDS;34042;34455;249; ;;rRNA;34705;36211;196;1507 ;;rRNA;36408;39324;78;2917 ;;rRNA;39403;39519;402;117 deb;comp;CDS;39922;40113;348; ;;rRNA;40462;41968;196;1507 ;;rRNA;42165;45081;78;2917 ;;rRNA;45160;45276;180;117 fin;;CDS;45457;47394;; deb;;CDS;101428;102144;276; ;;rRNA;102421;103927;54;1507 ;;tRNA;103982;104057;114;gca ;;rRNA;104172;107096;41;2925 ;;tRNA;107138;107211;11;gga ;;rRNA;107223;107339;99;117 fin;comp;CDS;107439;108617;; deb;;CDS;111345;111884;431; ;;rRNA;112316;113822;54;1507 ;;tRNA;113877;113952;114;gca ;;rRNA;114067;116982;193;2916 ;;rRNA;117176;117292;5;117 ;;tRNA;117298;117386;9;tta ;;tRNA;117396;117472;123;atgi ;;rRNA;117596;119102;54;1507 ;;tRNA;119157;119232;114;gca ;;rRNA;119347;122263;193;2917 ;;rRNA;122457;122573;5;117 ;;tRNA;122579;122667;9;tta ;;tRNA;122677;122753;123;atgi ;;rRNA;122877;124383;54;1507 ;;tRNA;124438;124513;114;gca ;;rRNA;124628;127549;78;2922 ;;rRNA;127628;127744;100;117 fin;;CDS;127845;129260;; deb;;CDS;157173;157352;467; ;;regulatory;157820;157903;46; fin;;CDS;157950;158441;; deb;comp;CDS;215388;216260;264; ;;rRNA;216525;218030;123;1506 ;;tRNA;218154;218229;152;gca ;;rRNA;218382;221296;50;2915 ;;tRNA;221347;221420;12;gga ;;rRNA;221433;221549;109;117 deb;;CDS;221659;221940;525; ;;rRNA;222466;223972;196;1507 ;;rRNA;224169;227083;144;2915 ;;rRNA;227228;227344;228;117 fin;;CDS;227573;227989;; deb;;CDS;349139;349594;119; ;;tmRNA;349714;350063;508; fin;;CDS;350572;351813;; deb;;CDS;449964;450266;253; ;;rRNA;450520;452026;196;1507 ;;rRNA;452223;455139;144;2917 ;;rRNA;455284;455400;112;117 fin;comp;CDS;455513;456616;; deb;;CDS;498418;499074;189; ;;rRNA;499264;500770;118;1507 ;;tRNA;500889;500964;95;gca ;;rRNA;501060;503976;144;2917 ;;rRNA;504121;504237;131;117 fin;;CDS;504369;504551;; deb;;CDS;535194;536090;85; ;;ncRNA;536176;536362;27; fin;comp;CDS;536390;537400;; deb;;CDS;546886;550416;41; ;comp;tRNA;550458;550544;138;ttg fin;;CDS;550683;553325;; deb;;CDS;608009;608683;195; ;;tRNA;608879;608975;37;tga fin;comp;CDS;609013;609732;; deb;;CDS;664519;665208;281; 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dir ;378341..380728;;cds;;583;*583;2388;;796;;cadmium-translocating P-type ATPase dir ;381312..382819;;16s;;311;;1508;;;; dir ;383131..386030;;23s;;126;;2900;;;; dir ;386157..386273;;5s;;177;177;117;;;177; dir ;386451..387059;;cds;;;;609;;203;;DedA family protein ;;;;;;;;;;; comp;833130..833894;;cds;;258;258;765;;255;;DeoR/GlpR transcriptional regulator dir ;834153..834243;;agc;;87;87;91;;;87; dir ;834331..835119;;cds;;;;789;;263;;flagellar motor protein ;;;;;;;;;;; dir ;1089165..1090139;;cds;;239;239;975;;325;239;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase dir ;1090379..1091886;;16s;;320;;1508;;;; dir ;1092207..1095106;;23s;;91;;2900;;;; dir ;1095198..1095271;;gga;@2;8;;74;;;; dir ;1095280..1095396;;5s;;273;273;117;;;; dir ;1095670..1097688;;cds;;;;2019;;673;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase ;;;;;;;;;;; comp;1181549..1182958;;cds;;1374;*1374;1410;;470;;MBOAT family protein comp;1184333..1184415;;ttg;;318;318;83;;;318; dir ;1184734..1187382;;cds;;;;2649;;883;;DNA polymerase I ;;;;;;;;;;; dir ;1835768..1837498;;cds;;109;109;1731;;577;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein dir ;1837608..1837688;;cta;;231;231;81;;;; <dir ;1837920..1838093;;cds;;;;174;;58;;HXXEE domain-containing protein ;;;;;;;;;;; dir ;2981767..2982444;;cds;;159;159;678;;226;159;sortase SrtB comp;2982604..2982678;;aca;@3;94;;75;;;; comp;2982773..2985672;;23s;;184;;2900;;;; comp;2985857..2987364;;16s;;340;340;1508;;;; dir ;2987705..2988643;;cds;;;;939;;313;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase ;;;;;;;;;;; comp;3787361..3788431;;cds;;454;*454;1071;;357;;ABC transporter ATP-binding protein comp;3788886..3789002;;5s;;126;;117;;;; comp;3789129..3792028;;23s;;281;;2900;;;; comp;3792310..3793817;;16s;;191;191;1508;;;191; comp;3794009..3794587;;cds;;;;579;;193;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase ;;;;;;;;;;; comp;3944262..3944453;;cds;;119;119;192;;64;119;DUF378 domain-containing protein comp;3944573..3944689;;5s;;126;;117;;;; comp;3944816..3947715;;23s;;217;;2900;;;; comp;3947933..3949440;;16s;;282;282;1508;;;; comp;3949723..3950004;;cds;;221;221;282;;94;;hp comp;3950226..3951755;;cds;;;;1530;;510;;lysine--tRNA ligase ;;;;;;;;;;; dir ;4084445..4085437;;cds;;382;*382;993;;331;;DNA replication protein DnaC comp;4085820..4085894;;aca;;33;;75;;;; comp;4085928..4086003;;gta;;4;;76;;;; comp;4086008..4086082;;gaa;;6;;75;;;; comp;4086089..4086164;;aaa;;326;326;76;;;326; comp;4086491..4087780;;cds;;;;1290;;430;;adenylosuccinate synthase </pre> ====cdc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_cumuls|cdc cumuls]] <pre> cdc cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;;0;1;1;1;1;100;3 ;16 23 5s 0;3;20;2;61;50;1;20;0;200;5 ;16 gca 235;3;40;1;4;100;3;40;0;300;7 ;16 23 5s a;2;60;;1;150;3;60;0;400;5 ;max a;43;80;;0;200;4;80;1;500;3 ;a doubles;2;100;;2;250;4;100;1;600;3 ;autres;2;120;;0;300;4;120;2;700;1 ;total aas;75;140;;0;350;4;140;1;800;2 sans ;opérons;5;160;;0;400;2;160;1;900;1 ;1 aa;4;180;;0;450;0;180;1;1000;0 ;max a;4;200;;0;500;1;200;1;1100;0 ;a doubles;0;;;0;;5;;4;;1 ;total aas;8;;3;68;;32;;13;;31 total aas;;83;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;14;12;;313;;165;;378 ;;;variance;;15;;283;;94;;259 sans jaune;;;moyenne;;9;;206;;;;286 ;;;variance;;5;;107;;;;144 </pre> ====cdc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_blocs|cdc blocs]] <pre> 7.11.19 Tanger;;;;;;;;;;;;;; cdc blocs;groupes;;types;;;;absents;;;;;;; ;cds;281;I;;;;;II;;III;;IV;IV1;IV2 IV2;16s;279;;;;;;;;;;;; ;23s;131;CDS;583;454;119;;cds;239;;;;; ;5s;6;16s;311;126;126;;16s;320;cds;159;cds;505;281 ;aac;4;23s;126;281;217;;23s;91;aca;94;16s;279;279 ;**16aas;3;5s;177;191;282;;gga;8;23s;184;23s;180;131 ;ttc;7;CDS;;;;;5s;273;16s;340;5s;6;6 ;atgj;114;;;;;;cds;;cds;;aac;6;4 VIII1;16s;68;;;;;;;;;;;; ;gca;271;;;;;;V;;V2;VI;VI1;VII;VII1 ;23s;126;;;;;;;;;;;; ;5s;213;;;;;;;;;;;; ;cds;372;;;;;;;;;;;; ;cds;21;;;;;;VIII;VIII1;IX;;X;X1; ;cds;776;;;;;;;;;;cds;21; X1;16s;52;;;;;;atgj;114;cds;179;cds;776; ;gca;373;;;;;;16s;68;16s;52;16s;52; ;23s;126;;;;;;gca;271;gca;249;gca;373; ;5s;7;;;;;;23s;126;23s;111;23s;126; ;aac;5;;;;;;5s;213;5s;126;5s;7; ;**7aas;9;;;;;;cds;372;cds;;aac;5; ;aga;975;;;;;;;;;;;; ;cds;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cdc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_distribution|cdc distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;2;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;gga 1;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca 1;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;1;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4 cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;3;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cdc;;4 *;;;;;4;;cdc;4;;;;;;4;;;;;;;;;;;cdc;;;2 *;70;;3;75 </pre> ====cdc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_données_intercalaires|cdc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cdc;fx;fc;cdc;fx40;fc40;cdc;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;0;37;0;0;37;-1;;59;0;258;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;3;242;1;0;52;-2;;0;75;318;3* 55;;gca;6;;aac;4;;aac ;0;20;0;311;2;0;55;-3;;1;975;159;tRNA 16s;;;15;;tta;5;;gaa ;0;30;0;210;3;1;21;-4;1;44;87;382;116;;atgj;7;;atgf;5;;gta ;0;40;1;134;4;2;26;-5;;0;1374;;tRNA 23s;;;9;;gaa;10;;gac ;0;50;2;79;5;0;15;-6;;0;109;;250;;gca;5;;gga;14;;aca ;0;60;7;80;6;0;6;-7;;16;150;;272;;;5;;gta;9;;tac ;0;70;7;66;7;0;11;-8;;61;242;;374;;;9;;gac;10;;gga ;1;80;10;68;8;0;12;-9;;0;326;;23s tRNA;;;14;;aca;9;;aga ;1;90;17;63;9;0;20;-10;;3;CDS 16s;;92;;gga;8;;tac;11;;caa ;0;100;17;67;10;0;24;-11;;30;181;507;95;;aca;29;;cta;2;;aaa ;1;110;13;85;11;0;35;-12;;0;283;342;5s tRNA;;;7;;aga;17;;tca ;0;120;25;74;12;0;45;-13;;7;778;;2* 6;;aac;88;;caa;8;;agc ;0;130;22;55;13;0;25;-14;;17;585;;7;;aac;3;;tca;85;;cca ;0;140;20;44;14;0;41;-15;;0;241;;tRNA 5s;;;6;;ttc;60;;tgg ;1;150;16;50;15;0;30;-16;;2;193;;8;;gga;14;;atgj;6;;cca 1;0;160;25;41;16;0;26;-17;;12;284;;tRNA tRNA;;;23;;atgi;3;;atc ;0;170;23;34;17;0;35;-18;;0;23s 5s;;33;;aca;7;;cca;7;;ttc ;0;180;19;39;18;0;29;-19;;1;114;;4;;gta;8;;cac;**;;atgj ;0;190;24;46;19;0;21;-20;;8;181;;6;;gaa;7;;aaa;5;;aac ;0;200;13;39;20;0;24;-21;;0;132;;**;;aaa;6;;tgc;15;;tta ;0;210;20;29;21;0;25;-22;;0;5* 127;;;;;5;;aac;7;;atgf ;0;220;27;40;22;0;18;-23;;5;16s 23s;;;;;15;;tta;14;;gaa ;0;230;16;32;23;0;24;-24;;1;2* 283;;;;;7;;atgf;5;;gga ;0;240;8;27;24;0;22;-25;;1;315;;;;;9;;gaa;5;;gta ;1;250;12;28;25;0;22;-26;;5;324;;;;;5;;gga;10;;gac 1;0;260;18;32;26;0;17;-27;;0;188;;;;;5;;gta;9;;ggc ;0;270;19;31;27;0;18;-28;;0;285;;;;;9;;gac;**;;aga ;0;280;16;22;28;0;23;-29;;6;221;;;;;14;;aca;;; ;0;290;12;34;29;0;23;-30;;0;5s CDS;;;;;9;;tac;;; ;0;300;14;24;30;0;18;-31;;0;126;213;;;;23;;cta;;; ;0;310;8;24;31;0;21;-32;;5;177;;;;;24;;ggc;;; 1;0;320;14;24;32;0;17;-33;;0;273;;;;;9;;aga;;; ;1;330;12;24;33;0;12;-34;;0;454;;;;;8;;caa;;; ;0;340;13;17;34;0;12;-35;;1;119;;;;;2;;aaa;;; ;0;350;6;15;35;0;18;-36;;0;;;;;;3;;tca;;; ;0;360;11;15;36;0;14;-37;;1;;;;;;6;;ttc;;; ;0;370;9;17;37;0;10;-38;;0;;;;;;14;;atgj;;; ;0;380;6;16;38;0;11;-39;;0;;;;;;17;;atgi;;; 1;0;390;7;16;39;0;10;-40;;1;;;;;;8;;cac;;; ;0;400;3;12;40;1;9;-41;;0;;;;;;7;;aaa;;; ;2;reste;125;246;reste;636;1655;-42;;0;;;;;;7;;tgc;;; 4;9;total;640;2589;total;640;2589;-43;;0;;;;;;12;;cgt;;; 4;6;diagr;515;2306;diagr;4;897;-44;;1;;;;;;**;;gta;;; 0;0; t30;3;763;;;;-45;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;; ;x;640;2;0;642;;;-49;;0;;;;;;;;;;; ;c;2552;296;37;2885;;;-50;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;3527;282;;reste;1;5;;;;;;;;;;; ;;;;;;3809;;total;2;296;;;;;;;;;;; </pre> =====cdc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_autres_intercalaires_aas|cdc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cdc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;9857;10630;181;*; ;;rRNA;10812;12314;55;*;1503 ;;tRNA;12370;12445;250;*;gca ;;rRNA;12696;15593;114;*;2898 ;;rRNA;15708;15824;126;*;117 fin;;CDS;15951;16460;;; deb;;CDS;16472;17353;126;*; ;;misc_b;17480;17686;124;*; fin;;CDS;17811;19082;;; deb;;CDS;19402;19857;0;*; ;;tRNA;19858;19949;37;*;tcc ;;ncRNA;19987;20251;76;*; fin;;CDS;20328;21965;;; deb;comp;CDS;23419;24624;507;*; ;;rRNA;25132;26634;283;*;1503 ;;rRNA;26918;29815;181;*;2898 ;;rRNA;29997;30113;6;*;117 ;;tRNA;30120;30194;6;*;aac ;;tRNA;30201;30286;15;*;tta ;;tRNA;30302;30377;7;*;atgf ;;tRNA;30385;30459;9;*;gaa ;;tRNA;30469;30542;5;*;gga ;;tRNA;30548;30623;5;*;gta ;;tRNA;30629;30705;9;*;gac ;;tRNA;30715;30789;14;*;aca ;;tRNA;30804;30888;8;*;tac ;;tRNA;30897;30980;29;*;cta ;;tRNA;31010;31086;7;*;aga ;;tRNA;31094;31169;88;*;caa ;;tRNA;31258;31346;3;*;tca ;;tRNA;31350;31425;6;*;ttc ;;tRNA;31432;31505;14;*;atgj ;;tRNA;31520;31596;23;*;atgi ;;tRNA;31620;31696;7;*;cca ;;tRNA;31704;31780;8;*;cac ;;tRNA;31789;31864;7;*;aaa ;;tRNA;31872;31945;6;*;tgc ;;tRNA;31952;32026;5;*;aac ;;tRNA;32032;32117;15;*;tta ;;tRNA;32133;32208;7;*;atgf ;;tRNA;32216;32290;9;*;gaa ;;tRNA;32300;32373;5;*;gga ;;tRNA;32379;32454;5;*;gta ;;tRNA;32460;32536;9;*;gac ;;tRNA;32546;32620;14;*;aca ;;tRNA;32635;32719;9;*;tac ;;tRNA;32729;32812;23;*;cta ;;tRNA;32836;32910;24;*;ggc ;;tRNA;32935;33011;9;*;aga ;;tRNA;33021;33096;8;*;caa ;;tRNA;33105;33180;2;*;aaa ;;tRNA;33183;33271;3;*;tca ;;tRNA;33275;33350;6;*;ttc ;;tRNA;33357;33430;14;*;atgj ;;tRNA;33445;33521;17;*;atgi ;;tRNA;33539;33615;8;*;cac ;;tRNA;33624;33699;7;*;aaa ;;tRNA;33707;33780;7;*;tgc ;;tRNA;33788;33864;12;*;cgt ;;tRNA;33877;33952;75;*;gta fin;;CDS;34028;34441;;; deb;;CDS;72345;72830;94;*; ;;misc_b;72925;73133;63;*; fin;;CDS;73197;74912;;; deb;;CDS;90506;91204;51;*; ;;misc_f;91256;91384;42;*; fin;;CDS;91427;91933;;; deb;;CDS;127011;127715;283;*; ;;rRNA;127999;129502;283;*;1504 ;;rRNA;129786;132684;132;*;2899 ;;rRNA;132817;132933;6;*;117 ;;tRNA;132940;133014;4;*;aac ;;tRNA;133019;133093;5;*;gaa ;;tRNA;133099;133174;5;*;gta ;;tRNA;133180;133256;10;*;gac ;;tRNA;133267;133341;14;*;aca ;;tRNA;133356;133440;9;*;tac ;;tRNA;133450;133523;10;*;gga ;;tRNA;133534;133610;9;*;aga ;;tRNA;133620;133695;11;*;caa ;;tRNA;133707;133782;2;*;aaa ;;tRNA;133785;133873;17;*;tca ;;tRNA;133891;133981;8;*;agc ;;tRNA;133990;134066;85;*;cca ;;tRNA;134152;134227;60;*;tgg ;;tRNA;134288;134364;6;*;cca ;;tRNA;134371;134447;3;*;atc ;;tRNA;134451;134526;7;*;ttc ;;tRNA;134534;134610;116;*;atgj ;;rRNA;134727;136128;55;*;1402 ;;tRNA;136184;136259;272;*;gca ;;rRNA;136532;139429;127;*;2898 ;;rRNA;139557;139673;213;*;117 fin;comp;CDS;139887;141071;;0; deb;;CDS;143817;144356;778;*; ;;rRNA;145135;146637;55;*;1503 ;;tRNA;146693;146768;374;*;gca ;;rRNA;147143;150040;127;*;2898 ;;rRNA;150168;150284;7;*;117 ;;tRNA;150292;150366;5;*;aac ;;tRNA;150372;150457;15;*;tta ;;tRNA;150473;150548;7;*;atgf ;;tRNA;150556;150630;14;*;gaa ;;tRNA;150645;150718;5;*;gga ;;tRNA;150724;150799;5;*;gta ;;tRNA;150805;150881;10;*;gac ;;tRNA;150892;150966;9;*;ggc ;;tRNA;150976;151049;975;*;aga fin;;CDS;152025;152864;;; deb;comp;CDS;171557;172066;188;*; ;;regulatory;172255;172358;136;*; fin;;CDS;172495;173688;;; deb;;CDS;193614;194780;59;*; ;;regulatory;194840;194957;124;*; fin;;CDS;195082;195687;;; deb;;CDS;253195;254327;59;*; ;;regulatory;254387;254488;220;*; fin;;CDS;254709;256244;;; deb;;CDS;309184;310275;308;*; ;;regulatory;310584;310674;406;*; fin;;CDS;311081;311398;;; deb;;CDS;378341;380728;585;*; ;;rRNA;381314;382816;315;*;1503 ;;rRNA;383132;386029;127;*;2898 ;;rRNA;386157;386273;177;*;117 fin;;CDS;386451;387059;;0; deb;;CDS;393173;394945;131;*; ;;regulatory;395077;395269;188;*; fin;;CDS;395458;396210;;; deb;comp;CDS;518815;519642;205;*; ;;regulatory;519848;519954;69;*; fin;;CDS;520024;520344;;0; deb;;CDS;601016;601618;560;*; ;;misc_b;602179;602417;63;*; fin;;CDS;602481;604400;;; deb;;CDS;703255;703989;800;*; ;;regulatory;704790;704866;264;*; fin;;CDS;705131;706387;;; deb;;CDS;774245;775042;343;*; ;;misc_b;775386;775620;49;*; fin;;CDS;775670;776689;;; deb;comp;CDS;833130;833894;258;*; ;;tRNA;834153;834243;87;*;agc fin;;CDS;834331;835119;;; deb;;CDS;840990;843056;591;*; ;;misc_b;843648;843858;225;*; fin;;CDS;844084;844899;;; deb;;CDS;1027707;1028153;147;*; ;;misc_b;1028301;1028547;123;*; fin;;CDS;1028671;1030413;;; deb;;CDS;1089165;1090139;241;*; ;;rRNA;1090381;1091883;324;*;1503 ;;rRNA;1092208;1095105;92;*;2898 ;;tRNA;1095198;1095271;8;*;gga ;;rRNA;1095280;1095396;273;*;117 fin;;CDS;1095670;1097688;;; deb;;CDS;1140023;1140928;114;*; ;;ncRNA;1141043;1141223;182;*; fin;;CDS;1141406;1142623;;0; deb;comp;CDS;1181549;1182958;1374;*; ;comp;tRNA;1184333;1184415;318;*;ttg fin;;CDS;1184734;1187382;;; deb;;CDS;1221766;1222134;91;*; ;;regulatory;1222226;1222332;102;*; fin;;CDS;1222435;1223640;;0; deb;;CDS;1292920;1293819;907;*; ;;repeat_region;1294727;1295680;1216;*; fin;;CDS;1296897;1297052;;; deb;;CDS;1347580;1348659;142;*; ;;misc_b;1348802;1349040;67;*; fin;;CDS;1349108;1351747;;; deb;;CDS;1503182;1503538;530;*; ;;repeat_region;1504069;1504755;391;*; fin;comp;CDS;1505147;1506880;;; deb;comp;CDS;1512381;1512557;53;*; ;comp;regulatory;1512611;1512707;354;*; fin;comp;CDS;1513062;1513736;;; deb;;CDS;1583597;1584714;449;*; ;;regulatory;1585164;1585270;105;*; fin;;CDS;1585376;1586341;;; deb;;CDS;1612685;1614778;660;*; ;;repeat_region;1615439;1615732;167;*; fin;comp;CDS;1615900;1616184;;0; deb;;CDS;1620655;1621623;151;*; ;;misc_b;1621775;1622027;71;*; fin;;CDS;1622099;1623307;;0; deb;;CDS;1668527;1669288;160;*; ;;misc_b;1669449;1669706;112;*; fin;;CDS;1669819;1670058;;; deb;;CDS;1708973;1709134;741;*; ;;repeat_region;1709876;1710232;238;*; fin;;CDS;1710471;1710659;;; deb;;CDS;1710778;1711644;452;*; ;;repeat_region;1712097;1712386;122;*; fin;;CDS;1712509;1713036;;; deb;;CDS;1745654;1747510;82;*; ;;misc_b;1747593;1747833;65;*; ;;misc_b;1747899;1748134;84;*; fin;;CDS;1748219;1749436;;; deb;;CDS;1770800;1771111;92;*; ;;regulatory;1771204;1771296;99;*; fin;;CDS;1771396;1772190;;; deb;comp;CDS;1833191;1833988;112;*; ;comp;regulatory;1834101;1834206;91;*; deb;comp;CDS;1834298;1835284;163;*; ;;regulatory;1835448;1835624;143;*; deb;;CDS;1835768;1837498;109;*; ;;tRNA;1837608;1837688;896;*;cta ;;regulatory;1838585;1838689;209;*; fin;;CDS;1838899;1839933;;; deb;comp;CDS;1847745;1849016;646;*; ;;repeat_region;1849663;1850878;408;*; fin;;CDS;1851287;1851574;;0; deb;comp;CDS;1869839;1870468;364;*; ;;regulatory;1870833;1870876;100;*; fin;;CDS;1870977;1871945;;; deb;comp;CDS;1886422;1887495;161;*; ;comp;regulatory;1887657;1887778;188;*; deb;;CDS;1887967;1890450;87;*; ;;regulatory;1890538;1890649;141;*; fin;;CDS;1890791;1892092;;; deb;;CDS;1903300;1903731;430;*; ;;misc_b;1904162;1904373;162;*; fin;;CDS;1904536;1905825;;; deb;;CDS;1963260;1964567;85;*; ;;misc_b;1964653;1964915;125;*; fin;;CDS;1965041;1965844;;; deb;;CDS;1974995;1975732;110;*; ;;misc_b;1975843;1976050;252;*; fin;;CDS;1976303;1977502;;; deb;;CDS;2015338;2017995;53;*; ;;regulatory;2018049;2018151;109;*; fin;;CDS;2018261;2019526;;; deb;comp;CDS;2142818;2143108;130;*; ;comp;regulatory;2143239;2143338;619;*; ;;regulatory;2143958;2144047;52;*; fin;;CDS;2144100;2144276;;0; deb;comp;CDS;2153631;2154182;150;*; ;comp;misc_b;2154333;2154596;435;*; fin;comp;CDS;2155032;2155430;;; deb;comp;CDS;2155785;2156270;82;*; ;comp;regulatory;2156353;2156446;556;*; deb;comp;CDS;2157003;2157185;226;*; ;;regulatory;2157412;2157509;54;*; fin;;CDS;2157564;2157740;;; deb;comp;CDS;2192160;2193194;253;*; ;comp;misc_b;2193448;2193661;222;*; fin;comp;CDS;2193884;2194648;;0; deb;comp;CDS;2199791;2200075;110;*; ;;repeat_region;2200186;2200869;830;*; fin;comp;CDS;2201700;2202572;;; deb;comp;CDS;2207935;2209128;81;*; ;comp;regulatory;2209210;2209378;110;*; fin;comp;CDS;2209489;2210106;;; deb;comp;CDS;2274866;2276242;93;*; ;comp;regulatory;2276336;2276438;249;*; fin;;CDS;2276688;2278034;;; deb;comp;CDS;2289838;2290746;801;*; ;;misc_b;2291548;2291779;107;*; fin;;CDS;2291887;2293368;;; deb;comp;CDS;2432824;2434221;76;*; ;comp;misc_b;2434298;2434531;168;*; fin;comp;CDS;2434700;2434903;;; deb;comp;CDS;2473840;2475960;427;*; ;;regulatory;2476388;2476476;189;*; fin;;CDS;2476666;2478033;;0; deb;comp;CDS;2501260;2501931;184;*; ;;regulatory;2502116;2502205;53;*; fin;;CDS;2502259;2502435;;; deb;comp;CDS;2524251;2524823;182;*; ;comp;regulatory;2525006;2525107;105;*; fin;comp;CDS;2525213;2526364;;; deb;comp;CDS;2555495;2555866;103;*; ;comp;regulatory;2555970;2556080;331;*; fin;comp;CDS;2556412;2558106;;0; deb;comp;CDS;2595509;2596213;63;*; ;comp;regulatory;2596277;2596371;195;*; fin;comp;CDS;2596567;2597583;;; deb;comp;CDS;2695506;2696213;150;*; ;comp;tRNA;2696364;2696460;242;*;tga fin;comp;CDS;2696703;2697542;;; deb;comp;CDS;2719492;2720808;86;*; ;comp;misc_b;2720895;2721106;78;*; fin;comp;CDS;2721185;2721980;;0; deb;comp;CDS;2845118;2845816;42;*; ;comp;misc_b;2845859;2846099;90;*; fin;comp;CDS;2846190;2847593;;0; deb;comp;CDS;2854480;2857587;92;*; ;comp;misc_b;2857680;2857912;174;*; fin;comp;CDS;2858087;2858614;;; deb;comp;CDS;2947183;2948184;58;*; ;comp;misc_b;2948243;2948498;133;*; fin;comp;CDS;2948632;2949822;;; deb;comp;CDS;2957885;2958538;329;*; ;;regulatory;2958868;2958969;72;*; fin;;CDS;2959042;2960385;;; deb;comp;CDS;2978480;2981023;277;*; ;comp;ncRNA;2981301;2981635;131;*; deb;;CDS;2981767;2982444;159;*; ;comp;tRNA;2982604;2982678;95;*;aca ;comp;rRNA;2982774;2985671;188;*;2898 ;comp;rRNA;2985860;2987362;342;*;1503 fin;;CDS;2987705;2988643;;0; deb;comp;CDS;3090012;3095975;123;*; ;comp;regulatory;3096099;3096184;171;*; fin;comp;CDS;3096356;3097759;;; deb;comp;CDS;3135811;3136473;99;*; ;comp;regulatory;3136573;3136658;185;*; deb;comp;CDS;3136844;3139798;112;*; ;comp;regulatory;3139911;3139996;125;*; fin;comp;CDS;3140122;3141300;;0; deb;comp;CDS;3244007;3244435;189;*; ;;repeat_region;3244625;3246042;183;*; fin;comp;CDS;3246226;3246492;;; deb;comp;CDS;3274824;3275954;227;*; ;comp;regulatory;3276182;3276363;52;*; fin;comp;CDS;3276416;3277309;;; deb;comp;CDS;3405889;3407280;143;*; ;comp;regulatory;3407424;3407603;271;*; fin;comp;CDS;3407875;3409527;;; deb;comp;CDS;3489429;3490850;579;*; ;;repeat_region;3491430;3492052;252;*; fin;comp;CDS;3492305;3494290;;; deb;;CDS;3508604;3509509;673;*; ;comp;tmRNA;3510183;3510532;157;*; fin;comp;CDS;3510690;3511145;;0; deb;;CDS;3600566;3601447;77;*; ;;regulatory;3601525;3601699;172;*; fin;;CDS;3601872;3602873;;; deb;comp;CDS;3636881;3639547;75;*; ;comp;misc_b;3639623;3639885;300;*; fin;comp;CDS;3640186;3641013;;; deb;comp;CDS;3654516;3655193;579;*; ;comp;regulatory;3655773;3655856;232;*; fin;comp;CDS;3656089;3656931;;; deb;comp;CDS;3689422;3690501;287;*; ;;regulatory;3690789;3690904;174;*; fin;;CDS;3691079;3692449;;0; deb;comp;CDS;3749041;3749442;795;*; ;;regulatory;3750238;3750334;53;*; fin;;CDS;3750388;3750564;;; deb;comp;CDS;3787361;3788431;454;*; ;comp;rRNA;3788886;3789002;127;*;117 ;comp;rRNA;3789130;3792027;285;*;2898 ;comp;rRNA;3792313;3793815;193;*;1503 fin;comp;CDS;3794009;3794587;;; deb;comp;CDS;3810367;3811866;129;*; ;comp;regulatory;3811996;3812175;66;*; fin;comp;CDS;3812242;3812856;;; deb;comp;CDS;3905129;3905650;161;*; ;comp;regulatory;3905812;3905897;839;*; fin;comp;CDS;3906737;3907687;;; deb;comp;CDS;3931996;3933933;83;*; ;comp;misc_b;3934017;3934263;65;*; fin;comp;CDS;3934329;3934850;;; deb;comp;CDS;3944262;3944453;119;*; ;comp;rRNA;3944573;3944689;127;*;117 ;comp;rRNA;3944817;3947714;221;*;2898 ;comp;rRNA;3947936;3949438;284;*;1503 fin;comp;CDS;3949723;3949917;;; deb;;CDS;4084445;4085437;382;*; ;comp;tRNA;4085820;4085894;33;*;aca ;comp;tRNA;4085928;4086003;4;*;gta ;comp;tRNA;4086008;4086082;6;*;gaa ;comp;tRNA;4086089;4086164;326;*;aaa fin;comp;CDS;4086491;4087780;;; </pre> ====cdc psor==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_psor|cdc psor]] <pre> cdc-psor comparaison;;7.11.19 Tanger;;;comparaisons internes cdc, psor;;;; cdc;intercal;psor;intercal;diff;cdc;intercal;cdc;intercal;diff cds;505;CDS;309;;cds;505;cds;281; 16s;279;16s;196;;16s;279;16s;279; 23s;180;23s;122;;23s;180;23s;131; 5s;6;5s;5;;5s;6;5s;6; aac;6;tta;13;;aac;6;aac;4; tta;15;atg;15;-2;tta;15;gaa;5; atgf;7;gaa;9;8;atgf;7;gta;5; gaa;9;gga;6;0;gaa;9;gac;10; gga;5;gta;5;1;gga;5;aca;14; gta;5;gac;16;;gta;5;tac;9;0 gac;9;aac;4;;gac;9;gga;10;1 aca;14;aca;4;-10;aca;14;aga;9;0 tac;8;tac;15;7;tac;8;caa;11; cta;29;cta;14;-15;cta;29;aaa;2; aga;7;aga;7;0;aga;7;tca;17;2 caa;88;caa;11;;caa;88;agc;8; tca;3;aaa;6;;tca;3;cca;85; ttc;6;tca;3;0;ttc;6;tgg;60; atgj;11;ttc;9;3;atgj;11;cca;6; atgi;23;atg;8;-3;atgi;23;atc;3; cca;7;atg;21;-2;cca;7;ttc;7; cac;8;cca;6;-1;cac;8;atgj;114; aaa;7;cac;4;;aaa;7;16s;; tgc;6;tgc;25;;tgc;6;cds;776; aac;5;tta;13;-2;aac;5;16s;52; tta;15;atg;15;8;tta;15;gca;373; atgf;7;gaa;9;0;atgf;7;23s;126; gaa;9;gga;6;1;gaa;9;5s;7; gga;5;gta;5;0;gga;5;aac;5; gta;5;gac;16;;gta;5;tta;15;0 gac;9;aac;4;;gac;9;atgf;7;1 aca;14;aca;4;-10;aca;14;gaa;14;0 tac;9;tac;15;6;tac;9;gga;5; cta;23;cta;11;-12;cta;23;gta;5; ggc;24;ggc;13;-11;ggc;24;gac;10; aga;9;aga;7;-2;aga;9;ggc;9;0 caa;8;caa;11;3;caa;8;aga;975;3 aaa;2;aaa;6;4;aaa;2;cds;;0 tca;3;tca;3;0;tca;3;;; ttc;6;ttc;9;3;ttc;6;;; atgj;11;atg;8;-3;atgj;11;;; atgi;17;atg;21;;atgi;17;;; cac;8;cca;6;;cac;8;;; aaa;7;cac;9;1;aaa;7;;; tgc;7;aaa;21;14;tgc;7;;; cgt;12;tgc;6;-1;cgt;12;;; gta;75;cgt;10;-2;gta;75;;; cds;;gta;162;;cds;;;; ;;CDS;;;;;;; ;;;;;psor;;psor;intercal;diff cds;776;;;;CDS;309;CDS;239; 16s;52;;;;16s;196;16s;196; gca;373;;;;23s;122;23s;213; 23s;126;;;;5s;5;5s;5; 5s;7;atg;138;;tta;13;tta;13;0 aac;5;16s;109;;atg;15;atg;15;0 tta;15;gca;112;;gaa;9;gaa;9;0 atgf;7;23s;40;;gga;6;gga;6;0 gaa;14;5s;5;;gta;5;gta;5;0 gga;5;gaa;8;;gac;16;gac;16;0 gta;5;gta;5;0;aac;4;aac;31; gac;10;gac;9;-1;aca;4;aac;4; ggc;9;ggc;7;-2;tac;15;aca;4;0 aga;975;aga;142;;cta;14;tac;11;-4 cds;;CDS;;;aga;7;gga;19;5 ;;;;;caa;11;aga;6;-1 cds;281;CDS;239;;aaa;6;caa;12;1 16s;279;16s;196;;tca;3;aaa;6;0 23s;131;23s;213;;ttc;9;tca;11; 5s;6;5s;5;;atg;8;agc;6; aac;4;tta;13;;atg;21;cca;6; gaa;5;atg;15;;cca;6;atg;11; gta;5;gaa;9;;cac;4;tgg;31; gac;10;gga;6;;tgc;25;cca;6; aca;14;gta;5;;tta;13;atc;6;0 tac;9;gac;16;;atg;15;ttc;13;0 gga;10;aac;31;;gaa;9;atg;138;0 aga;9;aac;4;;gga;6;16s;;0 caa;11;aca;4;-10;gta;5;atg;138;0 aaa;2;tac;11;2;gac;16;16s;109;0 tca;17;gga;19;9;aac;4;gca;112; agc;8;aga;6;-3;aca;4;23s;40;0 cca;85;caa;12;1;tac;15;5s;5; tgg;60;aaa;6;4;cta;11;gaa;8; cca;6;tca;11;-6;ggc;13;gta;5; atc;3;agc;6;-2;aga;7;gac;9;-1 ttc;7;cca;6;;caa;11;ggc;7;1 atgj;114;atg;11;;aaa;6;aga;142;0 16s;;tgg;31;-29;tca;3;CDS;; ;;cca;6;0;ttc;9;;; ;;atc;6;3;atg;8;;; ;;ttc;13;6;atg;21;;; ;;atg;138;;cca;6;;; ;;16s;;;cac;9;;; ;;;;;aaa;21;;; ;;CDS;129;;tgc;6;;; ;;gta;8;;cgt;10;;; ;;gaa;20;;gta;162;;; ;;aaa;10;;CDS;;;; cds;382;aca;10;;;;;; aca;33;gac;7;;;;;; gta;4;gta;9;5;;;;; gaa;6;gaa;5;-1;;;;; aaa;326;aaa;289;;;;;; cds;;CDS;;;;;;; ;;;;;;;;; cdc-psor coservation des cds;;;;;fréquence des diff psor-cdc des intercalaires;;;; cdc;intercal;psor;intercal;protéines;;gamme;fréquence;; cds;0;CDS;3;151 – 152;;-15;2;; tcc;37;tcc;27;;;-14;;; ncRNA;76;ncRNA;152;547 – 546;;-13;;; cds;;CDS;;;;-12;1;; ;;;;;;-11;1;; cds;1374;CDS;41;470 – 1177;;-10;3;; ttg;318;ttg;138;883 – 881;;-9;;; cds;;CDS;;;;-8;;; ;;;;;;-7;;; cds;109;CDS;111;577 – 1076;;-6;1;; cta;231;cta;426;;;-5;;; cds;;CDS;;58 – 577;;-4;;; ;;;;;;-3;3;; cds;258;CDS;37;255 – 302;;-2;7;; agc;87;agc;120;;;-1;4;; cds;;CDS;;263 – 100;;0;8;; ;;;;;;1;4;; ;;CDS;306;62;;2;1;; ;;cta;404;422;;3;4;; ;;CDS;;;;4;2;; ;;;;;;5;1;; ;;CDS;135;;;6;2;; ;;other;258;;;7;1;; ;;CDS;;;;8;2;; ;;;;;;9;1;; ;;CDS;195;;;10;;; ;;tga;37;;;11;;; ;;CDS;;;;12;;; ;;;;;;13;;; ;;CDS;71;;;14;1;; ;;tgc;12;;;15;;; ;;aac;3;;;;;; ;;aca;285;;;total;49;; ;;CDS;;;;sous t. -2+2;24;; </pre> ===cdc8=== ====cdc8 opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_opérons|cdc8 opérons]] <pre> 28.6%GC;11.9.19 Paris;16s 16 ;110 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;pbs;CDS dirigé;protéines Peptoclostridium difficile M68;;;;;;;;;;; dir ;4299490..4300134;;cds;;214;214;;;645;;tyrosine-type recombinase/integrase dir ;4300349..4300807;;cds;@1;554;*554;;;459;;helix-turn-helix domain-containing protein dir ;4301362..4303101;;cds;;0;0;;;*1740;;hypothetical protein dir ;4303102..4303305;;cds;;167;167;;;204;;hp dir ;4303473..4304299;;23s°;;132;;;;827;; dir ;4304432..4304548;;5s;+;6;;;;117;; dir ;4304555..4304629;;aac;;4;;;4;75;; dir ;4304634..4304708;;gaa;2 cca;5;;;5;75;; dir ;4304714..4304789;;gta;;5;;;5;76;; dir ;4304795..4304871;;gac;;11;;;11;77;; dir ;4304883..4304957;;aca;;14;;;14;75;; dir ;4304972..4305056;;tac;;9;;;9;85;; dir ;4305066..4305139;;gga;;10;;;10;74;; dir ;4305150..4305226;;aga;;9;;;9;77;; dir ;4305236..4305311;;caa;;11;;;11;76;; dir ;4305323..4305398;;aaa;;2;;;2;76;; dir ;4305401..4305489;;tca;;18;;;18;89;; dir ;4305508..4305598;;agc;;8;;;8;91;; dir ;4305607..4305683;;cca;;85;;;*85;77;; dir ;4305769..4305844;;tgg;;60;;;*60;76;; dir ;4305905..4305981;;cca;;5;;;5;77;; dir ;4305987..4306063;;atc;;3;;;3;77;; dir ;4306067..4306142;;ttc;;7;;;7;76;; dir ;4306150..4306226;;atgj;;114;;;;77;; dir ;4306341..4307538;;16s;;0;0;;;1198;0; dir ;4307539..4308225;;cds;;100;100;;;687;;xylose isomerase dir ;1..796;4308325;23s°;;181;;;;796;; dir ;978..1094;;5s;;6;;;;117;; dir ;1101..1175;;aac;+;6;;;6;75;; dir ;1182..1267;;tta;3 aaa;15;;;15;86;; dir ;1283..1358;;atgf;3 gta;7;;;7;76;; dir ;1366..1440;;gaa;;9;;;9;75;; dir ;1450..1523;;gga;;5;;;5;74;; dir ;1529..1604;;gta;;5;;;5;76;; dir ;1610..1686;;gac;;9;;;9;77;; dir ;1696..1770;;aca;;14;;;14;75;; dir ;1785..1869;;tac;;10;;;10;85;; 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dir ;4615..4690;;aaa;;7;;;7;76;; dir ;4698..4771;;tgc;;7;;;7;74;; dir ;4779..4855;;cgt;;12;;;12;77;; dir ;4868..4943;;gta;;75;75;;;76;75; dir ;5019..5432;;cds;;308;308;;;414;;hp dir ;5741..9172;;cds;;;;;;*3432;;pyruvate carboxylase ;;;;;;;;;;; dir ;94032..94736;;cds;;281;281;;;705;281;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD dir ;95018..95994;;16s°;;100;;;;977;; dir ;96095..97613;;23s°;;126;;;;1519;; dir ;97740..97856;;5s;;7;;;;117;; dir ;97864..97938;;aac;;6;;;6;75;; dir ;97945..98030;;tta;;15;;;15;86;; dir ;98046..98121;;atgf;;7;;;7;76;; dir ;98129..98203;;gaa;;8;;;8;75;; dir ;98212..98285;;gga;;4;;;4;74;; dir ;98290..98365;;gta;;5;;;5;76;; dir ;98371..98447;;gac;;10;;;10;77;; dir ;98458..98532;;ggc;;9;;;9;75;; dir ;98542..98615;;aga;;954;*954;;;74;; dir ;99570..100409;;cds;;;;;;840;;TIGR00159 family protein ;;;;;;;;;;; dir ;306829..309216;;cds;;733;;;;*2388;;cadmium-translocating P-type ATPase <> comp;309950..310076;;cds;;1;1;;;127;1;glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A dir ;310078..311313;;23s°;;126;;;;1236;; dir ;311440..311556;;5s;;177;177;;;117;; dir ;311734..312342;;cds;;;;;;609;;DedA family protein ;;;;;;;;;;; comp;861856..862620;;cds;;258;258;;;765;;DeoR/GlpR transcriptional regulator dir ;862879..862969;;agc;;87;87;;;91;87; dir ;863057..863845;;cds;;;;;;789;;flagellar motor protein ;;;;;;;;;;; dir ;1106477..1107451;;cds;;238;238;;;975;238;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase dir ;1107690..1109197;;16s;@2;320;;;;1508;; dir ;1109518..1112416;;23s;;91;;;;2899;; dir ;1112508..1112581;;gga;;8;;;;74;; dir ;1112590..1112706;;5s;;273;273;;;117;; dir ;1112980..1114998;;cds;;;;;;*2019;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase ;;;;;;;;;;; comp;1196804..1198213;;cds;;1378;*1378;;;*1410;;MBOAT family protein comp;1199592..1199674;;ttg;;318;318;;;83;318; dir ;1199993..1202641;;cds;;;;;;*2649;;DNA polymerase I ;;;;;;;;;;; dir ;1850896..1852626;;cds;;109;109;;;*1731;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein dir ;1852736..1852816;;cta;;334;334;;;81;; dir ;1853151..1853666;;cds;;;;;;516;;HXXEE domain-containing protein ;;;;;;;;;;; dir ;3024038..3024715;;cds;;150;150;;;678;150;sortase SrtB comp;3024866..3024940;;aca;@3;93;;;;75;; comp;3025034..3027933;;23s;;184;;;;2900;; comp;3028118..3029625;;16s;;374;374;;;1508;; dir ;3030000..3030938;;cds;;;;;;939;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase ;;;;;;;;;;; dir ;3805298..3806743;;cds;;208;208;;;*1446;;tyrosine-type recombinase/integrase comp;3806952..3807028;;agg;;61;61;;;77;61; <comp;3807090..3808790;;cds;;;;;;*1701;;formate dehydrogenase subunit alpha ;;;;;;;;;;; comp;3875816..3876886;;cds;;452;*452;;;1071;;ABC transporter ATP-binding protein comp;3877339..3877455;;5s;;125;;;;117;; comp;3877581..3880480;;23s;;261;;;;2900;; comp;3880742..3882249;;16s;;190;190;;;1508;190; comp;3882440..3883018;;cds;;;;;;579;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase ;;;;;;;;;;; comp;4017523..4017714;;cds;;118;118;;;192;118;DUF378 domain-containing protein comp;4017833..4017949;;5s;;126;;;;117;; comp;4018076..4020975;;23s;;321;;;;2900;; comp;4021297..4022804;;16s;;292;292;;;1508;; 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comp;4217110..4218529;;23s°;;250;;;;1420;; comp;4218780..4218855;;gca;;52;;;;76;; comp;4218908..4219471;;16s°;;100;;;;564;; comp;4219572..4219856;;23s°;;217;;;;285;; comp;4220074..4221581;;16s;;179;179;;;1508;179; >comp;4221761..4222206;;cds;;386;386;;;446;386;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor dir ;4222593..4224100;;16s;;321;;;;1508;; dir ;4224422..4227321;;23s;;181;;;;2900;; dir ;4227503..4227619;;5s;;6;;;;117;; dir ;4227626..4227700;;aac;;6;;;6;75;; dir ;4227707..4227792;;tta;;15;;;15;86;; dir ;4227808..4227883;;atgf;;7;;;7;76;; dir ;4227891..4227965;;gaa;;9;;;9;75;; dir ;4227975..4228048;;gga;;5;;;5;74;; dir ;4228054..4228129;;gta;;5;;;5;76;; dir ;4228135..4228211;;gac;;9;;;9;77;; dir ;4228221..4228295;;aca;;14;;;14;75;; dir ;4228310..4228394;;tac;;10;;;10;85;; dir ;4228405..4228488;;cta;;28;;;28;84;; dir ;4228517..4228593;;aga;;7;;;7;77;; dir ;4228601..4228676;;caa;;89;;;*89;76;; dir ;4228766..4228854;;tca;;3;;;3;89;; dir ;4228858..4228933;;ttc;;6;;;6;76;; dir ;4228940..4229016;;atgj;;11;;;11;77;; 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comp;4253521..4253596;;gca;;52;;;;76;; comp;4253649..4254226;;16s°;;282;282;;;578;; dir ;4254509..4254712;;cds;;12;12;;;204;;hp dir ;4254725..4256002;;cds;;;;;;*1278;;phage portal protein </pre> ====cdc8 cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cumuls|cdc8 cumuls]] <pre> cdc8 cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;21;1;;0;1;4;1;3;100;6 ;16 23 5s 0;4;20;2;77;50;2;20;0;200;8 ;16 gca 235;2;40;1;6;100;7;40;0;300;11 ;16 23 5s a;5;60;;0;150;5;60;0;400;5 ;max a;43;80;;1;200;5;80;2;500;5 ;a doubles;2;100;;3;250;6;100;3;600;5 ;autres;10;120;;0;300;5;120;3;700;1 ;total aas;98;140;;0;350;4;140;1;800;1 sans ;opérons;6;160;;0;400;4;160;1;900;1 ;1 aa;5;180;;0;450;0;180;1;1000;0 ;max a;4;200;;0;500;2;200;1;1100;0 ;a doubles;0;;;0;;4;;7;;1 ;total aas;9;;3;87;;48;;22;;44 total aas;;108;;;;;;;;; remarques;;7;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;14;14;;256;;155;;330 ;;;variance;;16;;252;;109;;234 sans jaune;;;moyenne;;10;;182;;;;208 ;;;variance;;6;;117;;;;97 </pre> ====cdc8 blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_blocs|cdc8 blocs]] <pre> cdc8 blocs;;;;;;;; Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupe;intercal ;cds;554;;cds;150;;cds;496 ;cds;0;;aca;93;;16s;321 ;cds;168;;23s;184;;23s°;100 ;23s°;133;III;16s;374;;cds;111 IV2;5s;7;;cds;;;cds;228 ;aac;5;;;;;16s;321 ;**16aas;8;;cds;452;;23s°;101 ;atgj;115;;5s;125;;23s°;250 IV1;16s;1;;23s;261;;gca;52 ;cds;100;I2;16s;190;;16s°;100 ;23s°;182;;cds;;;23s°;217 ;5s;7;;;;;16s;179 ;aac;7;;cds;118;;cds;386 ;**41aas;13;;5s;126;IV3;16s;321 ;gta;76;;23s;321;;23s;181 ;cds;308;I3;16s;292;;5s;6 ;cds;;;cds;;;aac;6 ;;;;;;;**17aas;8 ;cds;281;;cds;179;;aaa;353 ;16s°;100;;16s;161;;5s;126 ;23s°;126;;5s;201;;23s;582 X1;5s;7;I1;23s;217;I4;16s;217 ;aac;6;;16s;108;;23s;126 ;**7aas;9;;atgi;11;;5s;216 ;aga;954;;tta;5;;cds;372 ;cds;;;5s;201;;cds;21 ;;;;23s;375;;cds;778 ;cds;733;VII1;gca;52;IV4;16s;261 ;cds;1;;16s’;100;;23s;201 ;23s°;126;;16s’;52;;5s;5 ;5s;177;;gca;248;;tta;11 ;cds;;;23s°;100;;atgi;108 ;;;;16s°;321;;16s;184 ;cds;238;;23s;100;;23s°;100 II;16s;320;;16s°;320;;cds;112 ;23s;91;;23s°;100;;23s’;375 ;gga;8;;23s’;126;;gca;52 ;5s;273;;5s;127;;16s°;282 ;cds;;;cds;;;cds; </pre> ====cdc8 cdc psor 43==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_43|cdc8 cdc psor 43]] <pre> cdc8;43aas;cdc;43aas;;;cdc8;43aas;psor;44aas; 16s;1;;;;;16s;1;;; cds;100;16s;279;;;cds;100;16s;196; 23s°;181;23s;180;-1;;23s°;181;23s;122; 5s;6;5s;6;0;;5s;6;5s;5; aac;6;aac;6;0;;aac;6;tta;13;-2 tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8 atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0 gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1 gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0 gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16; gac;9;gac;9;0;;gac;9;aac;4; aca;14;aca;14;0;;aca;14;aca;4;-10 tac;10;tac;8;-2;;tac;10;tac;15;5 cta;28;cta;29;1;;cta;28;cta;14;-14 aga;7;aga;7;0;;aga;7;aga;7;0 caa;89;caa;88;-1;;caa;89;caa;11; tca;3;tca;3;0;;tca;3;aaa;6; ttc;6;ttc;6;0;;ttc;6;tca;3;0 atgj;11;atgj;11;0;;atgj;11;ttc;9;3 atgi;29;atgi;23;-6;;atgi;29;atg;8;-3 cca;7;cca;7;0;;cca;7;atg;21;-8 cac;8;cac;8;0;;cac;8;cca;6;-1 aaa;7;aaa;7;0;;aaa;7;cac;4; tgc;6;tgc;6;0;;tgc;6;tgc;25; aac;6;aac;5;-1;;aac;6;tta;13;-2 tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8 atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0 gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1 gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0 gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16; 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;comp;3882440..3883018;cds;;579;precorrin;;;dir ;4237342..4237458;5s;216;117;;;;;; ;;;;;;;;;comp;4237675..4238859;cds;372;1185;B6;;;;; ;comp;4017523..4017714;cds;118;192;DUF378;;5;dir ;4239232..4241583;cds;21;2352;Art-red;;;;; ;comp;4017833..4017949;5s;126;117;;;;dir ;4241605..4242144;cds;778;540;Art-reda;;;;; 14;comp;4018076..4020975;23s;321;2900;;;insert;dir ;4242923..4244459;16s;261;1537;;;;;; ;comp;4021297..4022804;16s;292;1508;;;insert;dir ;4244721..4247619;23s;201;2899;;;;;; ;comp;4023097..4023378;cds;221;282;hp-282;;insert;dir ;4247821..4247937;5s;5;117;;111345..111884;CDS;431;540;Art-reda ;comp;4023600..4025129;cds;;1530;K-ligase;;insert;dir ;4247943..4248031;tta;11;89;;112316..113822;16s;54;; ;;;;;;;;insert;dir ;4248043..4248119;atgi;108;77;;113877..113952;gca;114;; ;dir ;4135881..4136873;cds;383;993; DnaC;;insert;dir ;4248228..4249735;16s;184;1508;;114067..116982;23s;193;; ;comp;4137257..4137331;aca;33;75;;;insert;dir ;4249920..4250564;23s°;100;645;;117176..117292;5s;5;; 15;comp;4137365..4137440;gta;4;76;;;insert;<dir ;4250665..4250923;cds;112;259;hp-259;117298..117386;tta;9;; 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;cdc8;pbs;cdc;pbs;psor;pbs seleno A;309950..310076;127;0;;-; Y-r;457663..457878;216;457207..457422;216;-; ;1237414..1237986;573;1223841..1224413;573;; ;1291413..1292327;915;1277836..1278750;915;; ;1418672..1419580;909;1405262..1406170;909;; ;2120221..2121348;1128;;;; ;2785863..2786042;180;;;; ;3564835..3565434;600;;;; Y-r2;3805298..3806743;1446;;;; Y-r1;4299490..4300134;645;;;; Helix;351106..351336;231;391813..392001;189;-; ;379952..380503;552;429510..430061;552;; ;456588..456776;189;461727..462398;672;; ;1187185..1187736;552;1169984..1170535;552;; ;1466364..1466783;420;1292255..1292926;672;; ;1467749..1468147;399;1454375..1454773;399;; ;1605760..1606344;585;1517855..1518619;765;; ;1694358..1694750;393;1592306..1592890;585;; ;1936722..1937267;546;1682266..1682658;393;; ;2105662..2106711;1050;1695592..1696284;693;; ;2196549..2198204;1656;1916424..1916630;207;; ;2342487..2342690;204;1922813..1923358;546;; ;2353934..2354578;645;2164151..2165806;1656;; ;2378761..2379891;1131;2308386..2308589;204;; ;2721795..2722316;522;2319833..2320477;645;; ;3485137..3486024;888;2344477..2345607;1131;; ;3570953..3571183;231;2501260..2501931;672;; ;3571660..3571878;219;2688255..2688776;522;; ;3804379..3804627;249;3459701..3460588;888;; ;3804878..3805279;402;3475449..3475589;141;; ;4286854..4287222;369;;;; ;4288799..4289518;720;;;; ;4300349..4300807;459;;;; xylose;3383443..3384780;1338;3349843..3351180;1338;0; ;<4307539..4308225;687;;;; CHAP;<4213228..>4213849;622;0;;-; A-1chlor;4213961..4214620;660;0;;0; SigB2;4221761..4222206;446;0;;0; fdHa;4221761..4222206;1701;3711229..3713373;2145;-; R-deca;0;;0;;127845..129260;1416 ;;;;;876023..877522;1500 phagePP;1448919..1449983;1065;1435547..1436611;1065;1489507..1490769;1263 ;1450539..1450985;447;1437167..1437613;447;; ;1709611..1711050;1440;1697521..1698963;1443;; ;1718404..1718844;441;1708192..1708632;441;; ;3560756..3561910;1155;3841162..3842367;1206;; ;4254725..4256002;1278;;;; ;4260531..4261586;1056;;;; ;4262058..4262474;417;;;; hp-204;4254509..4254712;204;;;; phagePP;4254725..4256002;1278;;;; phageHM;4255980..4256741;762;;;; hp;;;3840525..3841067;543;; phagePP;;;3841162..3842367;1206;; hydrolase;;;3842345..3842512;168;; terminase;;;;;1487770..1489491;1722 phagePP;;;;;1489507..1490769;1263 Clp;;;;;1490762..1491607;846 </pre> ====cdc8 cdc abrégé protéines==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_abrégé_protéines|cdc8 cdc abrégé protéines]] <pre> A-1chlor;type A-1 chloramphenicol O-acetyltransferase ABC;ABC transporter ATP-binding protein Ala amid;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase Art-red;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase Art-reda;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein B6;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase cad;cadmium-translocating P-type ATPase CHAP;CHAP domain-containing protein CwlD;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD DedA;DedA family protein DeoR;DeoR/GlpR transcriptional regulator DnaC;DNA replication protein DnaC DUF378;DUF378 domain-containing protein fdHa;formate dehydrogenase subunit alpha flagellar;flagellar motor protein Glyco-tr;glycosyl transferase Helix;helix-turn-helix domain-containing protein hp-1740;hp-1740 hp-204;hp-204 hp-282;hp-282 hp-414;hp-414 HXXEE;HXXEE domain-containing protein III-tau;DNA polymerase III subunit gamma/tau K-ligase;lysine--tRNA ligase S-ligase;serine--tRNA ligase lactam;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase Mannosyl;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase MBOAT;MBOAT family protein mecano;mechanosensitive ion channel NadR;transcription repressor NadR NhaC;Na+/H+ antiporter NhaC family protein Nuc-de;nucleoside deaminase phagePP;phage portal protein PolyI;DNA polymerase I precorrin;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase pyruvate;pyruvate carboxylase R-deca;arginine decarboxylase seleno;glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A SigB;SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor SigB2;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor SrtB;sortase SrtB succinate;adenylosuccinate synthase TIGR;TIGR00159 family protein xylose;xylose isomerase Y-r1;tyrosine-type recombinase/integrase – 1 Y-r2;tyrosine-type recombinase/integrase – 2 </pre> ====cdc8 cdc psor stats==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_stats|cdc8 cdc psor stats]] <pre> NCBI du 13.11.19;cdc8;cdc;psor date;15-MAR-2017;18-MAY-2017;08-JAN-2018 DNA circulaire;4 308 325;4 110 554;3 550 458 Genes (total) ;4 025;3 807;3 528 CDS (total) ;3 870;3 691;3 368 Genes (coding) ;3 763;3 615;3 327 CDS (coding) ;3 763;3 615;3 327 Genes (RNA) ;155;116;160 RRNAs (5S, 16S, 23S); 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17 complete rRNAs ; 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17 tRNAs ;108;83;105 ncRNAs ;4;4;4 Pseudo Genes (total) ;107;76;41 Pseudo Genes (ambiguous residues) ; 0 of 107; 0 of 76; 0 of 41 Pseudo Genes (frameshifted) ; 60 of 107; 42 of 76; 4 of 41 Pseudo Genes (incomplete) ; 35 of 107; 30 of 76; 18 of 41 Pseudo Genes (internal stop) ; 31 of 107; 18 of 76; 22 of 41 Pseudo Genes (multiple problems) ; 18 of 107; 12 of 76; 3 of 41 CRISPR Arrays ;4;9; - ;;; Décompte du 19.11.19;;; hypothetical protein;609;523;1 256 hp / cds (total);0,16;0,14;0,37 </pre> ====cdc8 distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_distribution|cdc8 distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga; cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cdc8;;5;;;;;5;;cdc8;4;;;;;;9 </pre> ====cdc8 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_données_intercalaires|cdc8 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cdc8;fx;fc;cdc8;fx40;fc40;cdc8;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;0;39;0;0;39;-1;;71;75;258;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;5;241;1;0;48;-2;;0;954;318;55;;gca;6;;aac;6;;aac ;0;20;3;344;2;0;53;-3;;1;87;150;tRNA 16s;;;15;;tta;15;;tta ;0;30;4;232;3;1;24;-4;1;51;1378;208;2* 110;;atgi;7;;atgf;7;;atgf ;0;40;0;138;4;2;29;-5;;0;109;383;116;;atgj;9;;gaa;9;;gaa ;0;50;4;89;5;0;15;-6;;0;334;;tRNA 23s;;;5;;gga;5;;gga ;0;60;9;87;6;0;7;-7;;15;150;;376;;gca;5;;gta;5;;gta ;1;70;6;73;7;0;11;-8;1;68;264;;23s tRNA;;;9;;gac;9;;gac ;1;80;11;66;8;0;13;-9;;0;67;;94;;aca;14;;aca;14;;aca ;1;90;15;73;9;1;21;-10;;2;331;;8;;gga;10;;tac;10;;tac ;0;100;21;72;10;1;20;-11;;32;0;;5s tRNA;;;28;;cta;28;;cta ;1;110;16;84;11;0;38;-12;;0;CDS 16s;;3* 6;;aac;7;;aga;7;;aga ;0;120;23;86;12;0;46;-13;;7;240;376;7;;aac;89;;caa;89;;caa ;0;130;25;53;13;1;30;-14;;15;192;498;2* 5;;tta;3;;tca;3;;tca ;0;140;21;49;14;0;39;-15;;0;294;81;-;353;aaa;6;;ttc;6;;ttc 1;1;150;15;53;15;0;36;-16;;2;181;388;tRNA tRNA;;intra;14;;atgj;14;;atgj ;0;160;23;44;16;0;28;-17;1;14;181;;2* 11;;atgi;29;;atgi;29;;atgi ;0;170;24;38;17;1;45;-18;;0;780;;**;;tta;7;;cca;7;;cca ;0;180;22;44;18;1;31;-19;;1;16s 23s;;tRNA tRNA;;;8;;cac;8;;cac ;0;190;26;43;19;0;27;-20;;7;324;;33;;aca;7;;aaa;**;;aaa ;0;200;18;43;20;0;24;-21;;0;188;;4;;gta;6;;tgc;4;;aac 1;0;210;22;36;21;1;24;-22;1;0;2* 265;;6;;gaa;6;;aac;5;;gaa ;0;220;25;39;22;0;22;-23;;6;2* 325;;**;;aaa;15;;tta;5;;gta ;0;230;14;30;23;0;28;-24;;1;2* 221;;;;;7;;atgf;11;;gac ;0;240;9;27;24;0;21;-25;;0;23s 5s;;;;;9;;gaa;14;;aca ;0;250;15;30;25;1;27;-26;;6;126;;;;;5;;gga;9;;tac 1;0;260;15;30;26;1;19;-27;;0;2* 127;;;;;5;;gta;10;;gga ;1;270;18;30;27;0;19;-28;;1;3* 202;;;;;9;;gac;9;;aga ;0;280;12;19;28;1;26;-29;;8;182;;;;;14;;aca;11;;caa ;0;290;16;38;29;0;24;-30;;0;5s CDS;;;;;9;;tac;2;;aaa ;0;300;17;23;30;0;22;-31;;1;177;216;;;;24;;cta;18;;tca ;0;310;7;29;31;0;20;-32;;5;273;;;;;24;;ggc;8;;agc 1;0;320;18;22;32;0;18;-33;;0;452;;;;;9;;aga;85;;cca ;0;330;14;30;33;0;13;-34;;0;118;;;;;8;;caa;60;;tgg ;2;340;9;13;34;0;12;-35;;2;127;;;;;2;;aaa;5;;cca ;0;350;6;15;35;0;17;-36;;0;5s 16s;;;;;3;;tca;3;;atc ;0;360;16;18;36;0;14;-37;;0;-;161;;;;6;;ttc;7;;ttc ;0;370;7;16;37;0;13;-38;;1;;;;;;14;;atgj;**;;atgj ;0;380;6;17;38;0;11;-39;;0;;;;;;17;;atgi;;; 1;0;390;7;14;39;0;10;-40;;1;;;;;;8;;cac;;; ;0;400;4;18;40;0;10;-41;;0;;;;;;7;;aaa;;; ;2;reste;138;242;reste;674;1733;-42;;0;;;;;;7;;tgc;;; 5;11;total;686;2727;total;686;2727;-43;;0;;;;;;12;;cgt;;; 5;8;diagr;548;2446;diagr;12;955;-44;;1;;;;;;**;;gta;;; 0;0; t30;12;817;;;;-45;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;; ;x;686;4;0;690;;;-49;;0;;;;;;;;;;; ;c;2688;326;39;3053;;;-50;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;3743;348;;reste;;5;;;;;;;;;;; ;;;;;;4091;;total;4;326;;;;;;;;;;; </pre> =====cdc8 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_autres_intercalaires_aas|cdc8 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cdc8;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;;misc_f;1;795;182;*; ;;rRNA;978;1094;6;*;117 ;;tRNA;1101;1175;6;*;aac ;;tRNA;1182;1267;15;*;tta ;;tRNA;1283;1358;7;*;atgf ;;tRNA;1366;1440;9;*;gaa ;;tRNA;1450;1523;5;*;gga ;;tRNA;1529;1604;5;*;gta ;;tRNA;1610;1686;9;*;gac ;;tRNA;1696;1770;14;*;aca ;;tRNA;1785;1869;10;*;tac ;;tRNA;1880;1963;28;*;cta ;;tRNA;1992;2068;7;*;aga ;;tRNA;2076;2151;89;*;caa ;;tRNA;2241;2329;3;*;tca ;;tRNA;2333;2408;6;*;ttc ;;tRNA;2415;2488;14;*;atgj ;;tRNA;2503;2579;29;*;atgi ;;tRNA;2609;2685;7;*;cca ;;tRNA;2693;2769;8;*;cac ;;tRNA;2778;2853;7;*;aaa ;;tRNA;2861;2934;6;*;tgc ;;tRNA;2941;3015;6;*;aac ;;tRNA;3022;3107;15;*;tta ;;tRNA;3123;3198;7;*;atgf ;;tRNA;3206;3280;9;*;gaa ;;tRNA;3290;3363;5;*;gga ;;tRNA;3369;3444;5;*;gta ;;tRNA;3450;3526;9;*;gac ;;tRNA;3536;3610;14;*;aca ;;tRNA;3625;3709;9;*;tac ;;tRNA;3719;3802;24;*;cta ;;tRNA;3827;3901;24;*;ggc ;;tRNA;3926;4002;9;*;aga ;;tRNA;4012;4087;8;*;caa ;;tRNA;4096;4171;2;*;aaa ;;tRNA;4174;4262;3;*;tca ;;tRNA;4266;4341;6;*;ttc ;;tRNA;4348;4421;14;*;atgj ;;tRNA;4436;4512;17;*;atgi ;;tRNA;4530;4606;8;*;cac ;;tRNA;4615;4690;7;*;aaa ;;tRNA;4698;4771;7;*;tgc ;;tRNA;4779;4855;12;*;cgt ;;tRNA;4868;4943;75;*;gta fin;;CDS;5019;5432;;; deb;;CDS;43312;43797;94;*; ;;misc_b;43892;44100;63;*; fin;;CDS;44164;45882;;; deb;;CDS;57549;58247;51;*; ;;misc_f;58299;58427;42;*; fin;;CDS;58470;58976;;; deb;;CDS;93984;94736;291;*; ;;misc_f;95028;95862;232;*; ;;misc_f;96095;96344;50;*; ;;misc_f;96395;96725;9;*; ;;misc_f;96735;97600;139;*; ;;rRNA;97740;97856;7;*;117 ;;tRNA;97864;97938;6;*;aac ;;tRNA;97945;98030;15;*;tta ;;tRNA;98046;98121;7;*;atgf ;;tRNA;98129;98203;8;*;gaa ;;tRNA;98212;98285;4;*;gga ;;tRNA;98290;98365;5;*;gta ;;tRNA;98371;98447;10;*;gac ;;tRNA;98458;98532;9;*;ggc ;;tRNA;98542;98615;954;*;aga fin;;CDS;99570;100409;;; deb;comp;CDS;119142;119651;188;*; ;;regulatory;119840;119943;135;*; fin;;CDS;120079;121272;;; deb;;CDS;141169;142335;59;*; ;;regulatory;142395;142512;124;*; fin;;CDS;142637;143242;;; deb;;CDS;192887;194019;59;*; ;;regulatory;194079;194180;220;*; fin;;CDS;194401;195936;;; deb;;CDS;240412;241887;526;*; ;;regulatory;242414;242504;406;*; fin;;CDS;242911;243228;;; deb;comp;CDS;309950;310076;16;*; ;;misc_f;310093;310425;9;*; ;;misc_f;310435;311300;139;*; ;;rRNA;311440;311556;177;*;117 fin;;CDS;311734;312342;;0; deb;;CDS;318620;320392;131;*; ;;regulatory;320524;320716;181;*; fin;;CDS;320898;321650;;; deb;comp;CDS;522666;523493;205;*; ;;regulatory;523699;523805;69;*; fin;;CDS;523875;524195;;0; deb;;CDS;605941;606543;375;*; ;;misc_b;606919;607151;63;*; fin;;CDS;607215;609134;;; deb;;CDS;727895;728629;644;*; ;;regulatory;729274;729350;262;*; fin;;CDS;729613;730869;;; deb;;CDS;801271;802068;383;*; ;;misc_b;802452;802685;49;*; fin;;CDS;802735;803754;;; deb;comp;CDS;861856;862620;258;*; ;;tRNA;862879;862969;87;*;agc fin;;CDS;863057;863845;;; deb;;CDS;869869;871935;594;*; ;;misc_b;872530;872740;225;*; fin;;CDS;872966;873781;;; deb;;CDS;1044480;1044926;147;*; ;;misc_b;1045074;1045320;122;*; fin;;CDS;1045443;1047185;;; deb;;CDS;1106477;1107451;240;*; ;;rRNA;1107692;1109194;324;*;1503 ;;rRNA;1109519;1112415;92;*;2897 ;;tRNA;1112508;1112581;8;*;gga ;;rRNA;1112590;1112706;273;*;117 fin;;CDS;1112980;1114998;;; deb;;CDS;1157234;1158145;114;*; ;;ncRNA;1158260;1158440;182;*; fin;;CDS;1158623;1159840;;0; deb;comp;CDS;1196804;1198213;1378;*; ;comp;tRNA;1199592;1199674;318;*;ttg fin;;CDS;1199993;1202641;;; deb;;CDS;1235339;1235707;91;*; ;;regulatory;1235799;1235905;102;*; fin;;CDS;1236008;1237213;;0; deb;;CDS;1360996;1362075;141;*; ;;misc_b;1362217;1362455;67;*; fin;;CDS;1362523;1365162;;; deb;comp;CDS;1527009;1527185;53;*; ;comp;regulatory;1527239;1527335;341;*; fin;comp;CDS;1527677;1528351;;; deb;;CDS;1597387;1598331;288;*; ;;regulatory;1598620;1598726;105;*; fin;;CDS;1598832;1599797;;; deb;;CDS;1625872;1627965;660;*; ;;repeat_region;1628626;1629050;897;*; fin;;CDS;1629948;1630766;;0; deb;;CDS;1634212;1635180;151;*; ;;misc_b;1635332;1635584;72;*; fin;;CDS;1635657;1636865;;0; deb;;CDS;1682039;1682800;159;*; ;;misc_b;1682960;1683217;112;*; fin;;CDS;1683330;1683569;;; deb;;CDS;1719185;1719346;735;*; ;;repeat_region;1720082;1720376;117;*; fin;;CDS;1720494;1721246;;; deb;;CDS;1767472;1769328;81;*; ;;misc_b;1769410;1769650;65;*; ;;misc_b;1769716;1769951;84;*; fin;;CDS;1770036;1771253;;; deb;;CDS;1792609;1792920;92;*; ;;regulatory;1793013;1793105;99;*; fin;;CDS;1793205;1793999;;; deb;comp;CDS;1848320;1849117;112;*; ;comp;regulatory;1849230;1849335;91;*; deb;comp;CDS;1849427;1850413;163;*; ;;regulatory;1850577;1850753;142;*; deb;;CDS;1850896;1852626;109;*; ;;tRNA;1852736;1852816;334;*;cta deb;;CDS;1853151;1853666;475;*; ;;regulatory;1854142;1854246;209;*; fin;;CDS;1854456;1855490;;; deb;comp;CDS;1862461;1863732;644;*; ;;repeat_region;1864377;1864796;406;*; fin;;CDS;1865203;1865490;;0; deb;comp;CDS;1883751;1884380;364;*; ;;regulatory;1884745;1884788;100;*; fin;;CDS;1884889;1885857;;; deb;comp;CDS;1900325;1901437;131;*; ;comp;regulatory;1901569;1901690;188;*; deb;;CDS;1901879;1904362;88;*; ;;regulatory;1904451;1904562;141;*; fin;;CDS;1904704;1906005;;; deb;;CDS;1917211;1917642;430;*; ;;misc_b;1918073;1918284;162;*; fin;;CDS;1918447;1919736;;; deb;;CDS;1979975;1981282;85;*; ;;misc_b;1981368;1981630;125;*; fin;;CDS;1981756;1982559;;; deb;;CDS;1991720;1992457;110;*; ;;misc_b;1992568;1992775;252;*; fin;;CDS;1993028;1994227;;; deb;;CDS;2033932;2036589;53;*; ;;regulatory;2036643;2036745;109;*; fin;;CDS;2036855;2038120;;; deb;comp;CDS;2174937;2175227;130;*; ;comp;regulatory;2175358;2175457;617;*; ;;regulatory;2176075;2176164;52;*; fin;;CDS;2176217;2176393;;0; deb;comp;CDS;2183867;2184418;151;*; ;comp;misc_b;2184570;2184833;435;*; fin;comp;CDS;2185269;2185667;;; deb;comp;CDS;2186020;2186505;82;*; ;comp;regulatory;2186588;2186681;177;*; fin;;CDS;2186859;2186990;;0; deb;comp;CDS;2226535;2227569;253;*; ;comp;misc_b;2227823;2228036;218;*; fin;comp;CDS;2228255;2229019;;0; deb;comp;CDS;2242205;2243398;81;*; ;comp;regulatory;2243480;2243648;110;*; fin;comp;CDS;2243759;2244376;;; deb;comp;CDS;2309004;2310380;93;*; ;comp;regulatory;2310474;2310576;248;*; fin;;CDS;2310825;2312171;;; deb;comp;CDS;2323975;2324883;801;*; ;;misc_b;2325685;2325916;107;*; fin;;CDS;2326024;2327505;;; deb;comp;CDS;2460052;2461448;76;*; ;comp;misc_b;2461525;2461758;168;*; fin;comp;CDS;2461927;2462130;;; 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deb;;CDS;4241605;4242144;780;*; ;;rRNA;4242925;4244456;265;*;1532 ;;rRNA;4244722;4247618;202;*;2897 ;;rRNA;4247821;4247937;5;*;117 ;;tRNA;4247943;4248031;11;*;tta ;;tRNA;4248043;4248119;110;*;atgi ;;rRNA;4248230;4249732;202;*;1503 ;;misc_f;4249935;4250480;184;*; fin;;CDS;4250665;4250923;;; deb;;CDS;4250940;4251038;87;*; ;comp;rRNA;4251126;4253130;390;*;2005 ;comp;tRNA;4253521;4253596;68;*;gca ;comp;misc_f;4253665;4253797;18;*; ;comp;misc_f;4253816;4254229;294;*; fin;;CDS;4254524;4254712;;; deb;;CDS;4303117;4303305;167;*; ;;misc_f;4303473;4304013;15;*; ;;misc_f;4304029;4304286;145;*; ;;rRNA;4304432;4304548;6;*;117 ;;tRNA;4304555;4304629;4;*;aac ;;tRNA;4304634;4304708;5;*;gaa ;;tRNA;4304714;4304789;5;*;gta ;;tRNA;4304795;4304871;11;*;gac ;;tRNA;4304883;4304957;14;*;aca ;;tRNA;4304972;4305056;9;*;tac ;;tRNA;4305066;4305139;10;*;gga ;;tRNA;4305150;4305226;9;*;aga ;;tRNA;4305236;4305311;11;*;caa ;;tRNA;4305323;4305398;2;*;aaa ;;tRNA;4305401;4305489;18;*;tca ;;tRNA;4305508;4305598;8;*;agc ;;tRNA;4305607;4305683;85;*;cca ;;tRNA;4305769;4305844;60;*;tgg ;;tRNA;4305905;4305981;5;*;cca ;;tRNA;4305987;4306063;3;*;atc ;;tRNA;4306067;4306142;7;*;ttc ;;tRNA;4306150;4306226;116;*;atgj ;;rRNA;4306343;4307677;2;*;1335 deb;;CDS;4307680;4308225;0;*; </pre> ===cbc=== ====cbc opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_opérons|cbc* opérons]] <pre> 28%GC;30.6.19 Paris;16s 5;;52;doubles;intercalaires Clostridium botulinum CDC_297;;;NCBI;gtRNAdb;; comp;1309334..1309408;;Glu;gag;; ;;;;;; comp;1385938..1386012;;Asn;aac;;8 comp;1386021..1386134;;5s;;;108 comp;1386243..1389140;;23s;;;228 comp;1389369..1390866;;16s;;@1; ;;;;;; comp;1392997..1393072;;Phe;ttc;;7 comp;1393080..1393193;;5s;;;108 comp;1393302..1396199;;23s;;;228 comp;1396428..1397925;;16s;;; ;;;;;; comp;1408673..1408762;;Ser;tcc;; ;;;;;; comp;1412183..1412259;;Arg;agg;; ;;;;;; comp;1415464..1415540;;Arg;cgt;;84 comp;1415625..1415715;;Ser;agc;+;20 comp;1415736..1415826;;Ser;tca;2 agc;306 comp;1416133..1416223;;Ser;agc;2 tca;20 comp;1416244..1416334;;Ser;tca;@4; ;;;;;; comp;1425969..1426044;;Ala;gca;;3 comp;1426048..1426124;;Met;atgi;;8 comp;1426133..1426246;;5s;;;79 comp;1426326..1427823;;16s;;@2;117 comp;1427941..1428051;;MNEGCDRILIVVARWQVSKNKKMLTKIKKRATIIKH;CDS 108pb;; ;;;;;; ;1694943..1695017;;Gln;cag;; ;;;;;; comp;1722580..1722664;;Tyr;tac;;5 comp;1722670..1722745;;Thr;aca;; ;;;;;; comp;1841437..1841510;;Cys;tgc;; ;;;;;; comp;1842698..1842811;;5s;;;108 comp;1842920..1845817;;23s;;;228 comp;1846046..1847543;;16s;;; ;;;;;; ;1890534..1890608;;Glu;gaa;+;17 ;1890626..1890701;;Val;gta;3 gaa;9 ;1890711..1890787;;Asp;gac;3 gta;4 ;1890792..1890867;;Thr;aca;3 gac;5 ;1890873..1890947;;Glu;gaa;2 aca;18 ;1890966..1891041;;Val;gta;;7 ;1891049..1891125;;Asp;gac;;57 ;1891183..1891257;;Glu;gaa;;17 ;1891275..1891350;;Val;gta;;9 ;1891360..1891436;;Asp;gac;;4 ;1891441..1891516;;Thr;aca;; ;;;;;; comp;1948153..1948228;;Pro;cca;; ;;;;;; ;1969157..1969245;;Leu;tta;;4 ;1969250..1969325;;Met;atgf;+;53 ;1969379..1969454;;Met;atgf;2 atgf;10 ;1969465..1969541;;Met;atg;; ;;;;;; ;1987541..1989040;;16s;;@3;226 ;1989267..1992166;;23s;;;93 ;1992260..1992375;;5s;;;7 ;1992383..1992457;;Asn;aac;+;27 ;1992485..1992559;;Asn;aac;; ;;;;;; ;2013239..2013313;;Gly;ggg;;18 ;2013332..2013407;;Thr;acc;; ;;;;;; ;2222515..2222590;;Trp;tgg;; ;;;;;; ;2294767..2294842;;Pro;cca;+;7 ;2294850..2294923;;Gly;gga;2 cca;6 ;2294930..2295006;;Arg;aga;2 gga;5 ;2295012..2295087;;Lys;aag;;26 ;2295114..2295189;;Pro;cca;;29 ;2295219..2295292;;Gly;gga;;24 ;2295317..2295393;;Arg;cga;; ;;;;;; ;2402556..2402631;;Val;gta;;5 ;2402637..2402713;;Asp;gac;;3 ;2402717..2402792;;Phe;ttc;;4 ;2402797..2402871;;Gly;ggc;;9 ;2402881..2402954;;Cys;tgc;; ;;;;;; ;2517305..2517391;;Leu;ttg;; ;;;;;; ;2548708..2548792;;Leu;ctc;; ;;;;;; ;2583298..2583388;;SeC;tga;; </pre> ====cbc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_cumuls|cbc* cumuls]] <pre> cbc* cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;5;1;0;0 ;16 23 5s 0;1;20;22;1 ;16 atc gca;0;40;3;1 ;16 23 5s a;3;60;2;0 ;max a;2;80;0;0 ;a doubles;1;100;1;0 ;spéciaux;1;120;0;0 ;total aas;6;140;0;0 sans ;opérons;17;160;0;0 ;1 aa;10;180;0;0 ;max a;11;200;0;0 ;a doubles;4;;0;0 ;total aas;46;;28;2 total aas;;52;;; remarques;;4;;; avec jaune;;;moyenne;17;15 ;;;variance;19; sans jaune;;;moyenne;15; ;;;variance;14; </pre> ====cbc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_blocs|cbc* blocs]] <pre> cbc* blocs;;;; aac;8;7;-; 5s;108;108;108;226 23s;228;228;228;93 16s;;;-;7 ;;;; gca;3;;; atgi;8;;; 5s;79;;; 16s;;;; </pre> ====cbc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_distribution|cbc distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;1-3 aas att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;gca ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;atgi gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aac ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttc atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;aac2 ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;>1aa tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;atgf2 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;; atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;; ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total; cbc*;;10;;;;;10;;cbc*;36;;;;;;34;;cbc*;2;;;;;;2; </pre> ====cbc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_données_intercalaires|cbc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;cbc;fx;fc;cbc;fx40;fc40;cbc;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;24;0;1;24;-1;;72;1018;103;5s tRNA;; ;0;10;5;198;1;1;55;-2;;0;419;184;8;;aac ;0;20;2;293;2;2;38;-3;;0;732;35;7;;ttc 1;0;30;11;166;3;0;14;-4;3;58;389;227;8;;atgi 1;0;40;15;108;4;1;18;-5;;0;156;30;7;;aac ;0;50;9;61;5;0;15;-6;1;0;164;90;tRNA tRNA;;contig ;2;60;11;83;6;0;11;-7;;4;276;431;3;;gca ;2;70;13;65;7;0;3;-8;;40;162;584;**;;atgi ;2;80;12;73;8;1;18;-9;;0;53;;27;;aac 1;1;90;12;68;9;0;10;-10;;8;170;;**;;aac ;2;100;16;58;10;0;16;-11;;25;318;;tRNA tRNA;; 1;0;110;18;52;11;0;28;-12;;0;80;;84;;cgt ;0;120;19;66;12;0;44;-13;;3;172;;20;;agc ;0;130;19;59;13;0;28;-14;;13;92;;306;;tca ;0;140;16;61;14;0;32;-15;;0;77;;20;;agc ;2;150;15;64;15;0;36;-16;;1;142;;**;;tca ;1;160;19;48;16;0;21;-17;;11;328;;9;;gta ;3;170;15;48;17;0;26;-18;;0;187;;4;;gac ;1;180;17;46;18;1;30;-19;1;4;64;;5;;aca 1;1;190;19;32;19;0;24;-20;;11;82;;18;;gaa ;0;200;20;39;20;1;24;-21;;0;51;;7;;gta ;0;210;17;44;21;2;17;-22;;2;239;;57;;gac ;0;220;16;31;22;1;21;-23;;8;145;;17;;gaa 1;0;230;15;40;23;1;14;-24;;0;387;;9;;gta ;1;240;7;36;24;0;20;-25;;1;64;;4;;gac ;0;250;15;18;25;0;22;-26;;6;313;;**;;aca ;0;260;12;22;26;1;13;-27;;0;97;;4;;tta ;0;270;14;35;27;3;17;-28;;2;556;;53;;atgf ;1;280;15;31;28;0;18;-29;;2;754;;10;;atgf ;0;290;12;29;29;2;12;-30;;0;745;;**;;atgj ;0;300;18;27;30;1;12;-31;;2;CDS 16s;;18;;ggg ;0;310;11;29;31;2;9;-32;;3;909;;**;;acc ;2;320;16;21;32;0;9;-33;;0;387;;7;;cca ;1;330;23;18;33;1;12;-34;;1;117;;6;;gga ;0;340;12;14;34;3;13;-35;;1;416;;5;;aga ;0;350;9;25;35;1;13;-36;;0;570;;26;;aag ;0;360;10;27;36;4;12;-37;;0;16s 23s;;29;;cca ;0;370;13;24;37;1;11;-38;;3;3* 228;;24;;gga ;0;380;12;22;38;1;6;-39;;0;226;;**;;cga ;2;390;8;19;39;2;12;-40;;0;23s 5s;;5;;gta ;0;400;8;22;40;0;11;-41;;0;3* 108;;3;;gac 2;6;reste;172;326;reste;685;1783;-42;;0;93;;4;;ttc 8;30;total;719;2572;total;719;2572;-43;;0;16s 5s;;9;;ggc 6;24;diagr;546;2222;diagr;33;765;-44;1;1;79;;**;;tgc 1;0; t30;18;657;;;;-45;;0;5s CDS;;;; ;;;;;;;;-46;;0;363;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;; ;x;718;7;1;726;;;-49;;0;;;;; ;c;2548;288;24;2860;;;-50;;1;;;;; ;;;;;3586;88;;reste;1;4;;;;; ;;;;;;3674;;total;7;288;;;;; </pre> =====cbc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_autres_intercalaires_aas|cbc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;1307968;1308315;1018;*; ;comp;tRNA;1309334;1309408;419;*;gag fin;comp;CDS;1309828;1312056;;; deb;;CDS;1384971;1385834;103;*; ;comp;tRNA;1385938;1386012;8;*;aac ;comp;rRNA;1386021;1386134;108;*;114 ;comp;rRNA;1386243;1389140;228;*;2898 ;comp;rRNA;1389369;1390866;909;*;1498 deb;comp;CDS;1391776;1392264;732;*; ;comp;tRNA;1392997;1393072;7;*;ttc ;comp;rRNA;1393080;1393193;108;*;114 ;comp;rRNA;1393302;1396199;228;*;2898 ;comp;rRNA;1396428;1397925;387;*;1498 fin;comp;CDS;1398313;1399257;;; deb;comp;CDS;1406658;1408283;389;*; ;comp;tRNA;1408673;1408762;156;*;tcc fin;comp;CDS;1408919;1409365;;; deb;comp;CDS;1411833;1412018;164;*; ;comp;tRNA;1412183;1412259;184;*;agg fin;;CDS;1412444;1412764;;; deb;;CDS;1414541;1415428;35;*; ;comp;tRNA;1415464;1415540;84;*;cgt ;comp;tRNA;1415625;1415715;20;*;agc ;comp;tRNA;1415736;1415826;306;*;tca ;comp;tRNA;1416133;1416223;20;*;agc ;comp;tRNA;1416244;1416334;276;*;tca fin;comp;CDS;1416611;1417891;;; deb;comp;CDS;1425354;1425806;162;*; ;comp;tRNA;1425969;1426044;3;*;gca ;comp;tRNA;1426048;1426124;8;*;atgi ;comp;rRNA;1426133;1426246;79;*;114 ;comp;rRNA;1426326;1427823;117;*;1498 fin;comp;CDS;1427941;1428051;;; deb;;CDS;1694365;1694889;53;*; ;;tRNA;1694943;1695017;170;*;cag fin;;CDS;1695188;1695592;;; deb;comp;CDS;1721086;1722261;318;*; ;comp;tRNA;1722580;1722664;5;*;tac ;comp;tRNA;1722670;1722745;227;*;aca fin;;CDS;1722973;1723695;;; deb;;CDS;1840498;1841406;30;*; ;comp;tRNA;1841437;1841510;80;*;tgc deb;comp;CDS;1841591;1842334;363;*; ;comp;rRNA;1842698;1842811;108;*;114 ;comp;rRNA;1842920;1845817;228;*;2898 ;comp;rRNA;1846046;1847543;416;*;1498 fin;comp;CDS;1847960;1850440;;; deb;;CDS;1889552;1890361;172;*; ;;tRNA;1890534;1890608;17;*;gaa ;;tRNA;1890626;1890701;9;*;gta ;;tRNA;1890711;1890787;4;*;gac ;;tRNA;1890792;1890867;5;*;aca ;;tRNA;1890873;1890947;18;*;gaa ;;tRNA;1890966;1891041;7;*;gta ;;tRNA;1891049;1891125;57;*;gac ;;tRNA;1891183;1891257;17;*;gaa ;;tRNA;1891275;1891350;9;*;gta ;;tRNA;1891360;1891436;4;*;gac ;;tRNA;1891441;1891516;90;*;aca fin;comp;CDS;1891607;1892584;;; deb;comp;CDS;1946711;1948060;92;*; ;comp;tRNA;1948153;1948228;77;*;cca fin;comp;CDS;1948306;1948614;;; deb;;CDS;1968610;1969014;142;*; ;;tRNA;1969157;1969245;4;*;tta ;;tRNA;1969250;1969325;53;*;atgf ;;tRNA;1969379;1969454;10;*;atgf ;;tRNA;1969465;1969541;328;*;atgj fin;;CDS;1969870;1972257;;; deb;;CDS;1985594;1986970;570;*; ;;rRNA;1987541;1989040;226;*;1500 ;;rRNA;1989267;1992166;93;*;2900 ;;rRNA;1992260;1992375;7;*;116 ;;tRNA;1992383;1992457;27;*;aac ;;tRNA;1992485;1992559;187;*;aac fin;;CDS;1992747;1994819;;; deb;;CDS;2012533;2013174;64;*; ;;tRNA;2013239;2013313;18;*;ggg ;;tRNA;2013332;2013407;82;*;acc fin;;CDS;2013490;2014683;;; deb;;CDS;2222077;2222463;51;*; ;;tRNA;2222515;2222590;239;*;tgg fin;;CDS;2222830;2224086;;0; deb;;CDS;2294151;2294621;145;*; ;;tRNA;2294767;2294842;7;*;cca ;;tRNA;2294850;2294923;6;*;gga ;;tRNA;2294930;2295006;5;*;aga ;;tRNA;2295012;2295087;26;*;aag ;;tRNA;2295114;2295189;29;*;cca ;;tRNA;2295219;2295292;24;*;gga ;;tRNA;2295317;2295393;387;*;cga fin;;CDS;2295781;2297040;;; deb;;CDS;2401601;2402491;64;*; ;;tRNA;2402556;2402631;5;*;gta ;;tRNA;2402637;2402713;3;*;gac ;;tRNA;2402717;2402792;4;*;ttc ;;tRNA;2402797;2402871;9;*;ggc ;;tRNA;2402881;2402954;313;*;tgc fin;;CDS;2403268;2403963;;; deb;comp;CDS;2515386;2516873;431;*; ;;tRNA;2517305;2517391;584;*;ttg fin;comp;CDS;2517976;2518125;;; deb;;CDS;2548065;2548610;97;*; ;;tRNA;2548708;2548792;556;*;ctc fin;;CDS;2549349;2549786;;0; deb;;CDS;2580636;2582543;754;*; ;;tRNA;2583298;2583388;745;*;tga fin;;CDS;2584134;2585648;;; </pre> ===cbn=== ====cbn opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_opérons|cbn opérons]] <pre> 28%GC;30.6.19 Paris;16s 10;86;doubles;intercal;aa;avec aa ;Clostridium botulinum BKT015925;;;;;; ;20666..20741;;acg;;;; ;;;;;;; ;36413..36487;;gaa;+;12;12; ;36500..36575;;gta;2 gaa;13;13; ;36589..36665;;gac;2 gta;5;5; ;36671..36746;;aca;2 gac;18;18; ;36765..36839;;gaa;2 aca;12;12; ;36852..36927;;gta;;13;13; ;36941..37017;;gac;;5;5; ;37023..37098;;aca;;;; ;;;;;;; ;137366..137441;;cca;;;; ;;;;;;; ;161964..162052;;tta;+;5;5; ;162058..162133;;atgf;3 tta;5;5; ;162139..162215;;atgj;3 atgf;46;46; ;162262..162350;;tta;2 atgj;5;5; ;162356..162431;;atgf;;30;30; ;162462..162538;;atgj;;46;46; ;162585..162673;;tta;;5;5; ;162679..162754;;atgf;;;; ;;;;;;; ;76258..176332;;aac;;;; ;;;;;;; ;180177..181695;;16s;@5;233;; ;181929..184836;;23s;;45;; ;184882..184956;;aac;+;14;; ;184971..185087;;5s;;7;; ;185095..185169;;aac;2 aac;;; ;;;;;;; ;222409..222484;;acc;;;; ;;;;;;; comp;578417..578492;;cag;;;; ;;;;;;; comp;944747..944833;;ttg;;;; ;;;;;;; ;955546..955630;;ctt;;;; ;;;;;;; ;1026946..1027021;;gta;;17;17;17 ;1027039..1027115;;gac;;14;14;14 ;1027130..1027205;;ttc;;4;4;4 ;1027210..1027284;;ggc;;8;8;8 ;1027293..1027367;;tgc;+;57;57;57 ;1027425..1027499;;tgc;2 tgc;;; ;;;;;;; comp;2030816..2030890;;aac;;45;; comp;2030936..2033842;;23s;;96;; comp;2033939..2034015;;atc;;7;;7 comp;2034023..2034098;;gca;;121;; comp;2034220..2035734;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2283768..2283884;;5s;;95;; comp;2283980..2286886;;23s;;233;; comp;2287120..2288638;;16s;@3;464;; comp;2289103..2289176;;gga;;15;;15 comp;2289192..2289268;;atc;;7;;7 comp;2289276..2289351;;gca;;;; ;;;;;;; comp;2350598..2350674;;cga;+;21;21; comp;2350696..2350769;;gga;4 gga;28;28; comp;2350798..2350873;;aaa;2 aaa;4;4; comp;2350878..2350952;;caa;2 caa;4;4; comp;2350957..2351032;;cac;2 cac;5;5; comp;2351038..2351112;;aag;3 aag;3;3; comp;2351116..2351192;;aga;3 aga;6;6; comp;2351199..2351272;;gga;2 cca;4;4; comp;2351277..2351352;;cca;2 ggc;21;21; comp;2351374..2351449;;aag;;5;5; comp;2351455..2351531;;aga;;5;5; comp;2351537..2351610;;gga;;5;5; comp;2351616..2351690;;ggc;;3;3; comp;2351694..2351777;;cta;;22;22; comp;2351800..2351875;;aaa;;4;4; comp;2351880..2351954;;caa;;4;4; comp;2351959..2352034;;cac;;5;5; comp;2352040..2352115;;aag;;5;5; comp;2352121..2352197;;aga;;5;5; comp;2352203..2352276;;gga;;5;5; comp;2352282..2352356;;ggc;;6;6; comp;2352363..2352438;;cca;;;; ;;;;;;; comp;2432784..2432859;;tgg;;;; ;;;;;;; comp;2454880..2454964;;tac;+;39;39; comp;2455004..2455079;;gta;2 tac;8;8; comp;2455088..2455172;;tac;;4;4; comp;2455177..2455252;;aca;;;; ;;;;;;; comp;2697795..2697911;;5s;@1;31;; comp;2697943..2700847;;23s;;233;; comp;2701081..2702599;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2703946..2704021;;aaa;;311;;311 comp;2704333..2704408;;ttc;;5;; comp;2704414..2704530;;5s;;336;; comp;2704867..2704942;;ttc;;5;; comp;2704948..2705064;;5s;;97;; comp;2705162..2708066;;23s;;233;; comp;2708300..2709814;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2721253..2721328;;aaa;@2;5;; comp;2721334..2721450;;5s;;95;; comp;2721546..2724452;;23s;;233;; comp;2724686..2726203;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2731902..2731976;;gag;;61;;61 comp;2732038..2732112;;caa;;6;;6 comp;2732119..2732195;;aga;;4;;4 comp;2732200..2732273;;gga;;19;;19 comp;2732293..2732376;;cta;;16;;16 comp;2732393..2732467;;gaa;;4;; comp;2732472..2732588;;5s;;97;; comp;2732686..2735592;;23s;@4;94;; comp;2735687..2735763;;atc;;3;; comp;2735767..2735842;;gca;;74;; comp;2735917..2737435;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2742262..2742351;;tcc;;;; ;;;;;;; comp;2743220..2743312;;tcg;;;; ;;;;;;; comp;2743891..2743967;;agg;;;; ;;;;;;; comp;2748534..2748610;;cgt;;144;144; comp;2748755..2748845;;agc;;23;23; comp;2748869..2748959;;tca;+;69;69; comp;2749029..2749119;;tca;2 tca;;; ;;;;;;; comp;2758688..2758763;;gca;;4;;4 comp;2758768..2758844;;atgi;;3;; comp;2758848..2758964;;5s;;73;; comp;2759038..2761942;;23s;;233;; comp;2762176..2763694;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2150504..2150620;;5s;;31;; comp;2150652..2153560;;23s;;233;; comp;2153794..2155308;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2169525..2169641;;5s;;32;; comp;2169674..2172579;;23s;;233;; comp;2172813..2174331;;16s;;;; ;;;;;;; sur plasmide;;;tgg;;;; </pre> ====cbn cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_cumuls|cbn cumuls]] <pre> cbn cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;10;1;0;0 ;16 23 5s 0;3;20;34;9 ;16 gca atc;2;40;7;0 ;16 23 5s a;4;60;3;0 ;max a;8;80;1;1 ;a doubles;1;100;0;0 ;spéciaux;1;120;0;0 ;total aas;22;140;0;0 sans ;opérons;18;160;1;0 ;1 aa;12;180;0;0 ;max a;22;200;0;0 ;a doubles;6;;0;0 ;total aas;64;;46;10 total aas;;86;;; remarques;;5;;; avec jaune;;;moyenne;17; ;;;variance;25; sans jaune;;;moyenne;14;14 ;;;variance;15;17 </pre> ====cbn blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_blocs|cbn blocs]] <pre> cbn blocs;;;;;; 5s;31;31;32;;; 23s;233;233;233;;; 16s;;;;;; ;;;;;ttc;5 ;;;;;5s;336 aaa;5;3;;;ttc;5 5s;95;73;5s;95;5s;97 23s;233;233;23s;233;23s;233 16s;aaa;atgi;16s;464;16s; ;;;gga;15;; 16s;233;;;;; 23s;45;;;;; aac;14;;;;; 5s;7;;;;; aac;;;;;; gaa;4;;;;; 5s;97;aac;45;;; 23s;94;23s;96;;; atc;3;atc;7;;; gca;74;gca;121;;; 16s;;16s;;;; </pre> ====cbn distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_distribution|cbn distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;avant 5s;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;2 aac;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;4-8 aas;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;gag;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;caa;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;aga;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;gga;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga;3;;ata;;aca;;aaa;;aga;;cta;ata;;aca;;aaa;;aga;1 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa;cta;1;cca;;caa;1;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;>1aa;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;3;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgc2;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;tca2;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cbn;;12;;;;;12;;cbn;48;;;;;;48;;cbn;4;;;;;;4;;cbn;;;;6;;;6 </pre> ====cbn données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_données_intercalaires|cbn données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cbn;fx;fc;cbn;fx40;fc40;cbn;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;10;0;1;10;-1;;34;214;206;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;10;172;1;1;37;-2;;0;168;307;124;;gca;12;;gaa ;0;20;3;211;2;1;31;-3;;0;131;106;77;;gca;13;;gta ;0;30;19;147;3;2;13;-4;;28;158;480;tRNA 23s;;;5;;gac ;0;40;24;90;4;2;12;-5;;0;115;435;97;;atc;18;;aca ;0;50;34;60;5;0;17;-6;1;0;275;60;95;;atc;12;;gaa 1;2;60;28;67;6;0;13;-7;;5;140;348;23s tRNA;;;13;;gta ;5;70;26;71;7;1;11;-8;1;30;106;104;2* 48;;aac;5;;gac ;2;80;17;53;8;0;9;-9;1;0;67;255;5s tRNA;;;**;;aca ;1;90;13;59;9;1;10;-10;;6;261;130;7;;aac;5;;tta ;1;100;18;68;10;2;19;-11;2;13;59;;13;;ttc;5;;atgf 2;1;110;12;42;11;0;22;-12;1;0;82;;15;;ttc;46;;atgj ;3;120;16;50;12;0;32;-13;;2;379;;5;;aaa;5;;tta 1;1;130;24;50;13;0;22;-14;;7;265;;4;;gaa;30;;atgf ;2;140;4;50;14;0;22;-15;;0;117;;3;;atgi;46;;atgj ;0;150;12;49;15;0;23;-16;;3;233;;tRNA 5s;;;5;;tta ;1;160;7;45;16;1;20;-17;1;10;199;;336;;ttc;**;;atgf ;1;170;16;48;17;1;16;-18;;0;73;;tRNA tRNA;;intra;17;;gta ;0;180;16;36;18;0;20;-19;;2;295;;7;;gca atc;14;;gac ;1;190;12;42;19;1;14;-20;;7;58;;3;;gca atc;4;;ttc ;1;200;15;31;20;0;20;-21;1;0;324;;tRNA tRNA;;contig;8;;ggc 1;0;210;11;27;21;0;20;-22;;1;183;;311;;aaa;57;;tgc ;1;220;12;29;22;1;17;-23;;2;80;;**;;ttc;**;;tgc ;0;230;11;30;23;3;12;-24;;0;245;;61;;gag;15;;gga ;1;240;15;19;24;1;13;-25;;1;408;;6;;caa;7;;atc ;1;250;14;14;25;1;19;-26;;2;111;;4;;aga;**;;gca 1;0;260;14;16;26;2;10;-27;1;0;64;;19;;gga;21;;cga ;2;270;11;10;27;3;17;-28;;1;69;;16;;cta;28;;gga ;1;280;6;8;28;3;13;-29;;5;65;;**;;gaa;4;;aaa ;0;290;9;10;29;2;12;-30;;0;95;;4;;gca;4;;caa ;1;300;11;21;30;3;14;-31;;1;61;;**;;atgi;5;;cac 1;0;310;4;7;31;2;11;-32;;1;125;;;;;3;;aag ;0;320;5;7;32;2;5;-33;;0;CDS 16s;;;;;6;;aga ;1;330;5;11;33;4;11;-34;;0;453;111;;;;4;;gga ;0;340;11;5;34;0;8;-35;;2;423;;;;;21;;cca 1;0;350;4;9;35;1;6;-36;;0;424;;;;;5;;aag ;0;360;2;12;36;3;8;-37;;0;111;;;;;5;;aga ;0;370;6;8;37;2;11;-38;;0;423;;;;;5;;gga ;1;380;6;7;38;1;8;-39;;0;346;;;;;3;;ggc ;0;390;1;6;39;7;10;-40;;0;393;;;;;22;;cta ;0;400;5;4;40;2;12;-41;;1;402;;;;;4;;aaa 2;1;reste;54;62;reste;485;1143;-42;;0;369;;;;;4;;caa 10;32;total;544;1773;total;542;1773;-43;;0;16s 23s;;;;;5;;cac 8;31;diagr;489;1701;diagr;56;620;-44;;1;8* 237;;;;;5;;aag 0;0; t30;32;530;;;;-45;;0;23s 5s;;;;;5;;aga ;;;;;;;;-46;;1;2* 34;;;;;5;;gga ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;35;;;;;6;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;2* 98;;;;;**;;cca ;x;541;9;1;551;;;-49;;0;2* 100;;;;;39;;tac ;c;1763;167;10;1940;;;-50;;0;76;;;;;8;;gta ;;;;;2491;147;;reste;0;0;5s CDS;;;;;4;;tac ;;;;;;2638;;total;9;167;128;590;;;;**;;aca ;;;;;;;;;;;138;144;;;;144;;cgt ;;;;;;;;;;;;;;;;23;;agc ;;;;;;;;;;;;;;;;69;;tca ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tca </pre> =====cbn autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires_aas|cbn autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbn;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;20118;206;comp; ;tRNA;20666;214;;acg fin;CDS;20956;;; deb;CDS;34861;307;comp; ;tRNA;36413;12;;gaa ;tRNA;36500;13;;gta ;tRNA;36589;5;;gac ;tRNA;36671;18;;aca ;tRNA;36765;12;;gaa ;tRNA;36852;13;;gta ;tRNA;36941;5;;gac ;tRNA;37023;106;;aca fin;CDS;37205;;comp; deb;CDS;135851;168;comp; ;tRNA;137366;131;comp;cca fin;CDS;137573;;comp; deb;CDS;161395;158;; ;tRNA;161964;5;;tta ;tRNA;162058;5;;atgf ;tRNA;162139;46;;atgj ;tRNA;162262;5;;tta ;tRNA;162356;30;;atgf ;tRNA;162462;46;;atgj ;tRNA;162585;5;;tta ;tRNA;162679;480;;atgf fin;CDS;163235;;comp; deb;CDS;174610;115;; ;tRNA;176258;275;;aac fin;CDS;176608;;; deb;CDS;178351;453;; ;rRNA;180181;237;;16s ;rRNA;181930;48;;23s ;tRNA;184882;14;;aac ;rRNA;184971;7;;5s ;tRNA;185095;435;;aac fin;CDS;185605;;comp; deb;CDS;221558;140;; ;tRNA;222409;106;;aac fin;CDS;222591;;; deb;CDS;577193;60;; ;tRNA;578417;67;comp;cag fin;CDS;578560;;comp; deb;CDS;943937;261;comp; ;tRNA;944747;348;comp;ttg fin;CDS;945182;;; deb;CDS;954881;59;; ;tRNA;955546;82;;ctt fin;CDS;955713;;; deb;CDS;1025682;379;; ;tRNA;1026946;17;;gta ;tRNA;1027039;14;;gac ;tRNA;1027130;4;;ttc ;tRNA;1027210;8;;ggc ;tRNA;1027293;57;;tgc ;tRNA;1027425;265;;tgc fin;CDS;1027765;;; deb;CDS;1679540;6;; ;gene;1680008;128;comp; fin;CDS;1681704;;comp; deb;CDS;1865810;45;; ;gene;1866395;88;; fin;CDS;1867620;;comp; deb;CDS;2029941;104;; ;tRNA;2030816;48;comp;aac ;rRNA;2030939;97;comp;23s ;tRNA;2033939;7;comp;atc ;tRNA;2034023;124;comp;gca ;rRNA;2034223;423;comp;16s fin;CDS;2036154;;comp; deb;CDS;2149914;128;comp; ;rRNA;2150504;34;comp;5s ;rRNA;2150655;237;comp;23s ;rRNA;2153797;424;comp;16s fin;CDS;2155729;;comp; deb;CDS;2168490;590;; ;rRNA;2169533;35;comp;5s ;rRNA;2169677;237;comp;23s ;rRNA;2172816;111;comp;16s fin;CDS;2174439;;; deb;CDS;2281037;144;; ;rRNA;2283779;98;comp;5s ;rRNA;2283983;237;comp;23s ;rRNA;2287123;111;comp;16s deb;CDS;2288746;117;comp; ;tRNA;2289103;15;comp;gga ;tRNA;2289192;7;comp;atc ;tRNA;2289276;233;comp;gca fin;CDS;2289585;;comp; deb;CDS;2349136;199;comp; ;tRNA;2350598;21;comp;cga ;tRNA;2350696;28;comp;gga ;tRNA;2350798;4;comp;aaa ;tRNA;2350878;4;comp;caa ;tRNA;2350957;5;comp;cac ;tRNA;2351038;3;comp;aag ;tRNA;2351116;6;comp;aga ;tRNA;2351199;4;comp;gga ;tRNA;2351277;21;comp;cca ;tRNA;2351374;5;comp;aag ;tRNA;2351455;5;comp;aga ;tRNA;2351537;5;comp;gga ;tRNA;2351616;3;comp;ggc ;tRNA;2351694;22;comp;cta ;tRNA;2351800;4;comp;aaa ;tRNA;2351880;4;comp;caa ;tRNA;2351959;5;comp;cac ;tRNA;2352040;5;comp;aag ;tRNA;2352121;5;comp;aga ;tRNA;2352203;5;comp;gga ;tRNA;2352282;6;comp;ggc ;tRNA;2352363;73;comp;cca fin;CDS;2352512;;comp; deb;CDS;2430767;295;comp; ;tRNA;2432784;58;comp;tgg fin;CDS;2432918;;comp; deb;CDS;2453380;324;comp; ;tRNA;2454880;39;comp;tac ;tRNA;2455004;8;comp;gta ;tRNA;2455088;4;comp;tac ;tRNA;2455177;255;comp;aca fin;CDS;2455508;;; deb;CDS;2696774;138;comp; ;rRNA;2697803;34;comp;5s ;rRNA;2697946;237;comp;23s ;rRNA;2701084;423;comp;16s deb;CDS;2703019;183;comp; ;tRNA;2703946;311;comp;aaa ;tRNA;2704333;13;comp;ttc ;rRNA;2704422;336;comp;5s ;tRNA;2704867;15;comp;ttc ;rRNA;2704958;100;comp;5s ;rRNA;2705165;237;comp;23s ;rRNA;2708303;346;comp;16s fin;CDS;2710157;;comp; deb;CDS;2720030;80;comp; ;tRNA;2721253;5;comp;aaa ;rRNA;2721334;98;comp;5s ;rRNA;2721549;237;comp;23s ;rRNA;2724689;393;comp;16s fin;CDS;2726593;;comp; deb;CDS;2730964;245;comp; ;tRNA;2731902;61;comp;gag ;tRNA;2732038;6;comp;caa ;tRNA;2732119;4;comp;aga ;tRNA;2732200;19;comp;gga ;tRNA;2732293;16;comp;cta ;tRNA;2732393;4;comp;gaa ;rRNA;2732472;100;comp;5s ;rRNA;2732689;95;comp;23s ;tRNA;2735687;3;comp;atc ;tRNA;2735767;77;comp;gca ;rRNA;2735920;402;comp;16s fin;CDS;2737834;;comp; deb;CDS;2740228;408;comp; ;tRNA;2742262;111;comp;tcc deb;CDS;2742463;64;comp; ;tRNA;2743220;69;comp;tcg deb;CDS;2743382;65;comp; ;tRNA;2743891;130;comp;agg fin;CDS;2744098;;; deb;CDS;2746633;95;comp; ;tRNA;2748534;144;comp;cgt ;tRNA;2748755;23;comp;agc ;tRNA;2748869;69;comp;tca ;tRNA;2749029;61;comp;tca fin;CDS;2749181;;comp; deb;CDS;2758098;125;comp; ;tRNA;2758688;4;comp;gca ;tRNA;2758768;3;comp;atgi ;rRNA;2758848;76;comp;5s ;rRNA;2759041;237;comp;23s ;rRNA;2762179;369;comp;16s fin;CDS;2764060;;comp; </pre> ====cbn intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_entre_cds|cbn intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> cbn;2.2.21 Paris;;cbn 31.1.14;;;;;;; cbn;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;176;7.1;'''négatif ;-11;10;-1 à -47;'''2 773 157;-1;176 ;'''zéro;11;0.4;;;;;'''intercals;0;11 ;'''1 à 200;1767;70.9;'''0 à 200;71;60;;'''313 764;5;116 ;'''201 à 370;394;15.8;'''201 à 370;266;48;;'''11.3%;10;66 ;'''371 à 600;117;4.7;'''371 à 600;464;65;;;15;121 ;'''601 à max;26;1.0;'''601 à 1028;810;204;;;20;93 ;'''total 2491;<201;78.4;'''total 2491;125;141;-47 à 1443;;25;87 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;79 624731;1443;-1;176;-70;0;;0;11;35;50 834812;1270;0;11;-60;0;;-1;°34;40;64 1909773;1149;1;°38;-50;0;;-2;0;45;44 1395656;1025;2;°32;-40;4;;-3;0;50;50 1366434;952;3;15;-30;4;'''min à -1;-4;°28;55;60 2662601;856;4;14;-20;21;176;-5;0;60;35 1385645;836;5;°17;-10;47;7.1%;-6;1;65;56 754437;826;6;13;0;111;;-7;5;70;41 1803918;777;7;12;10;182;;-8;°31;75;32 1826878;759;8;9;20;214;;-9;1;80;38 1307165;753;9;11;30;166;;-10;6;85;35 627889;751;10;°21;40;114;'''1 à 100;-11;°15;90;37 1388755;748;11;22;50;94;1190;-12;1;95;40 2579132;747;12;°32;60;95;47.8%;-13;2;100;46 1789056;745;13;22;70;97;;-14;°7;105;28 1830367;730;14;22;80;70;;-15;0;110;26 841754;723;15;°23;90;72;;-16;3;115;35 1855513;710;16;21;100;86;;-17;°11;120;31 2136552;703;17;17;110;54;;-18;0;125;41 390878;696;18;°20;120;66;;-19;2;130;33 943107;680;19;15;130;74;;-20;°7;135;25 2674137;655;20;20;140;54;;-21;1;140;29 1095841;652;21;°20;150;61;;-22;1;145;30 2644575;626;22;18;160;52;;-23;°2;150;31 261153;625;23;15;170;64;'''1 à 200;-24;0;155;21 1887215;619;24;14;180;52;1767;-25;1;160;31 2676061;600;25;°20;190;54;70.9%;-26;°2;5;34 2443011;582;26;12;200;46;;-27;1;170;30 1811650;581;27;°20;210;38;;-28;1;175;27 1933429;576;28;16;220;41;;-29;°5;180;25 1797999;574;29;14;230;41;;-30;0;185;23 2550424;574;30;°17;240;34;;-31;1;190;31 2050753;573;31;13;250;28;;-32;1;195;23 923904;572;32;7;260;30;'''0 à 200;;181;200;23 313619;570;33;°15;270;21;1778;reste;6;205;19 1471664;569;34;8;280;14;;total;187;210;19 1133306;567;35;7;290;19;;;;215;17 262285;563;36;11;300;32;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;24 ;;37;°13;310;11;;600;2465;225;25 ;;38;9;320;12;;620;1;230;16 ;;39;°17;330;16;;640;2;235;17 ;;40;14;340;16;'''201 à 370;660;2;240;17 ;;reste;1628;350;13;394;680;1;245;15 ;;total;2491;360;14;15.8%;700;1;250;13 ;;;;370;14;;720;2;255;15 ;;;;380;13;;740;2;260;15 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;7;;760;6;265;10 1144166;-47;shift 2;1795;400;9;;780;1;270;11 369225;-46;shift 2;3395;410;5;;800;0;275;9 1579583;-44;shift 2;487;420;6;;820;0;280;5 430053;-41;;;430;3;;840;2;285;9 1494403;-35;;;440;2;;860;1;290;10 1957540;-35;;;450;8;;880;0;295;15 733250;-32;;;460;6;;900;0;300;17 271633;-31;;;470;5;;920;0;305;6 913392;-29;;;480;5;;940;0;310;5 1503608;-29;;;490;6;;960;1;315;9 1620962;-29;;;500;7;;980;0;320;3 1725747;-29;;;510;6;;1000;0;325;13 1823162;-29;;;520;1;;1020;0;330;3 2449289;-28;;;530;1;'''371 à 600;1040;1;335;5 1086603;-27;;;540;11;117;1060;0;340;11 783920;-26;;;550;2;4.7%;1080;0;345;4 2471206;-26;;;560;2;;1100;0;350;9 2107067;-25;;;570;4;'''601 à max;1120;0;355;10 292336;-23;;;580;5;26;1140;0;360;4 2553714;-23;;;590;2;1.0%;1160;1;365;8 2686151;-22;;;600;1;;;24;370;6 1577865;-21;;;reste;26;;reste;2;reste;143 500363;-20;;;total;2491;;total;2491;total;2491 </pre> ====cbn intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cbn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; cbn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;15;-107;126;33;450;238;max50;&-50;394;-1048;106;855;263;min50 31 à 400;;;;;;;;&8.8;-32;-123;49;932;121;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;86;43;-;424;dte;26;tf;&184;63;-;652;poly;203;SF 31 à 400;;;-;;;;;&120;45;-;891;dte;41;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.731;0.543;0.505;;;;;-0.382;;;;;; 1-n;0.271;-0.222;-0.114;;;;;;;;;14.8.21 paris;; cbn;fx;fc;;cbn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbn;Sx-;Sc- 0;1;10;;0;2;6;0;1;10;>0;543;-1;0;34 10;10;172;;10;20;101;1;1;37;<0;9;-2;0;0 20;3;211;;20;6;124;2;1;31;zéro;1;-3;0;0 30;19;147;;30;39;86;3;2;13;total;553;-4;0;28 40;24;90;;40;49;53;4;2;12;;c;-5;0;0 50;34;60;;50;70;35;5;0;17;>0;1763;-6;1;0 60;28;67;;60;57;39;6;0;13;<0;167;-7;0;5 70;26;71;;70;53;42;7;1;11;zéro;10;-8;1;30 80;17;53;;80;35;31;8;0;9;total;1940;-9;1;0 90;13;59;;90;27;35;9;1;10;;;-10;0;6 100;18;68;;100;37;40;10;2;19;total;2493;-11;2;13 110;12;42;;110;25;25;11;0;22;;;-12;1;0 120;16;50;;120;33;29;12;0;32;;;-13;0;2 130;24;50;;130;49;29;13;0;22;;;-14;0;7 140;4;50;;140;8;29;14;0;22;;;-15;0;0 150;12;49;;150;25;29;15;0;23;;;-16;0;3 160;7;45;;160;14;26;16;1;20;;;-17;1;10 170;16;48;;170;33;28;17;1;16;;;-18;0;0 180;16;36;;180;33;21;18;0;20;;;-19;0;2 190;12;42;;190;25;25;19;1;14;;;-20;0;7 200;15;31;;200;31;18;20;0;20;;;-21;1;0 210;11;27;;210;22;16;21;0;20;;;-22;0;1 220;12;29;;220;25;17;22;1;17;;;-23;0;2 230;11;30;;230;22;18;23;3;12;;;-24;0;0 240;15;19;;240;31;11;24;1;13;;;-25;0;1 250;14;14;;250;29;8;25;1;19;;;-26;0;2 260;14;16;;260;29;9;26;2;10;;;-27;1;0 270;11;10;;270;22;6;27;3;17;;;-28;0;1 280;6;8;;280;12;5;28;3;13;;;-29;0;5 290;9;10;;290;18;6;29;2;12;;;-30;0;0 300;11;21;;300;22;12;30;3;14;;;-31;0;1 310;4;7;;310;8;4;31;2;11;;;-32;0;1 320;5;7;;320;10;4;32;2;5;;;-33;0;0 330;5;11;;330;10;6;33;4;11;;;-34;0;0 340;11;5;;340;22;3;34;0;8;;;-35;0;2 350;4;9;;350;8;5;35;1;6;;;-36;0;0 360;2;12;;360;4;7;36;3;8;;;-37;0;0 370;6;8;;370;12;5;37;2;11;;;-38;0;0 380;6;7;;380;12;4;38;1;8;;;-39;0;0 390;1;6;;390;2;4;39;7;10;;;-40;0;0 400;5;4;;400;10;2;40;2;12;;;-41;0;1 reste;54;62;;;;;reste;487;1143;;;-42;0;0 total;544;1773;;t30;65;312;total;544;1773;;;-43;0;0 diagr;489;1701;;;;;diagr;56;620;;;-44;0;1 - t30;457;1171;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;0;0 ;;;;;;;;;;;;total;9;167 </pre> ====cbn intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_négatifs_S-|cbn intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;;;1;;;1;;2;1;;;;;1;;;;1;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;0;8 continu;34;0;0;28;0;0;5;31;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;168 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;0;0;1;0;1;1;0;2;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9 ;Sc-;34;0;0;28;0;0;5;30;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;167 </pre> ====cbn autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires|cbn autres intercalaires]] <pre> deb;°CDS;20118;206;comp;;deb;°CDS;1865810;45;;;deb;°CDS;2453380;324;comp ;&tRNA;20666;214;;;;gene;1866395;88;;;;&tRNA;2454880;39;comp fin;°CDS;20956;;;;fin;°CDS;1867620;;comp;;;&tRNA;2455004;8;comp deb;°CDS;34861;307;comp;;deb;°CDS;2029941;104;;;;&tRNA;2455088;4;comp ;&tRNA;36413;12;;;;&tRNA;2030816;48;comp;;;&tRNA;2455177;255;comp ;&tRNA;36500;13;;;;$rRNA;2030939;97;comp;;fin;°CDS;2455508;; ;&tRNA;36589;5;;;;&tRNA;2033939;7;comp;;deb;°CDS;2696774;138;comp ;&tRNA;36671;18;;;;&tRNA;2034023;124;comp;;;$rRNA;2697803;34;comp ;&tRNA;36765;12;;;;$rRNA;2034223;423;comp;;;$rRNA;2697946;237;comp ;&tRNA;36852;13;;;fin;°CDS;2036154;;comp;;;$rRNA;2701084;423;comp ;&tRNA;36941;5;;;deb;°CDS;2149914;128;comp;;deb;°CDS;2703019;183;comp ;&tRNA;37023;106;;;;$rRNA;2150504;34;comp;;;&tRNA;2703946;311;comp fin;°CDS;37205;;comp;;;$rRNA;2150655;237;comp;;;&tRNA;2704333;13;comp deb;°CDS;135851;168;comp;;;$rRNA;2153797;424;comp;;;$rRNA;2704422;336;comp ;&tRNA;137366;131;comp;;fin;°CDS;2155729;;comp;;;&tRNA;2704867;15;comp fin;°CDS;137573;;comp;;deb;°CDS;2168490;590;;;;$rRNA;2704958;100;comp deb;°CDS;161395;158;;;;$rRNA;2169533;35;comp;;;$rRNA;2705165;237;comp ;&tRNA;161964;5;;;;$rRNA;2169677;237;comp;;;$rRNA;2708303;346;comp ;&tRNA;162058;5;;;;$rRNA;2172816;111;comp;;fin;°CDS;2710157;;comp ;&tRNA;162139;46;;;fin;°CDS;2174439;;;;deb;°CDS;2720030;80;comp ;&tRNA;162262;5;;;deb;°CDS;2281037;144;;;;&tRNA;2721253;5;comp ;&tRNA;162356;30;;;;$rRNA;2283779;98;comp;;;$rRNA;2721334;98;comp ;&tRNA;162462;46;;;;$rRNA;2283983;237;comp;;;$rRNA;2721549;237;comp ;&tRNA;162585;5;;;;$rRNA;2287123;111;comp;;;$rRNA;2724689;393;comp ;&tRNA;162679;480;;;deb;°CDS;2288746;117;comp;;fin;°CDS;2726593;;comp fin;°CDS;163235;;comp;;;&tRNA;2289103;15;comp;;deb;°CDS;2730964;245;comp deb;°CDS;174610;115;;;;&tRNA;2289192;7;comp;;;&tRNA;2731902;61;comp ;&tRNA;176258;275;;;;&tRNA;2289276;233;comp;;;&tRNA;2732038;6;comp fin;°CDS;176608;;;;fin;°CDS;2289585;;comp;;;&tRNA;2732119;4;comp deb;°CDS;178351;453;;;deb;°CDS;2349136;199;comp;;;&tRNA;2732200;19;comp ;$rRNA;180181;237;;;;&tRNA;2350598;21;comp;;;&tRNA;2732293;16;comp ;$rRNA;181930;48;;;;&tRNA;2350696;28;comp;;;&tRNA;2732393;4;comp ;&tRNA;184882;14;;;;&tRNA;2350798;4;comp;;;$rRNA;2732472;100;comp ;$rRNA;184971;7;;;;&tRNA;2350878;4;comp;;;$rRNA;2732689;95;comp ;&tRNA;185095;435;;;;&tRNA;2350957;5;comp;;;&tRNA;2735687;3;comp fin;°CDS;185605;;comp;;;&tRNA;2351038;3;comp;;;&tRNA;2735767;77;comp deb;°CDS;221558;140;;;;&tRNA;2351116;6;comp;;;$rRNA;2735920;402;comp ;&tRNA;222409;106;;;;&tRNA;2351199;4;comp;;fin;°CDS;2737834;;comp fin;°CDS;222591;;;;;&tRNA;2351277;21;comp;;deb;°CDS;2740228;408;comp deb;°CDS;577193;60;;;;&tRNA;2351374;5;comp;;;&tRNA;2742262;111;comp ;&tRNA;578417;67;comp;;;&tRNA;2351455;5;comp;;deb;°CDS;2742463;64;comp fin;°CDS;578560;;comp;;;&tRNA;2351537;5;comp;;;&tRNA;2743220;69;comp deb;°CDS;943937;261;comp;;;&tRNA;2351616;3;comp;;deb;°CDS;2743382;65;comp ;&tRNA;944747;348;comp;;;&tRNA;2351694;22;comp;;;&tRNA;2743891;130;comp fin;°CDS;945182;;;;;&tRNA;2351800;4;comp;;fin;°CDS;2744098;; deb;°CDS;954881;59;;;;&tRNA;2351880;4;comp;;deb;°CDS;2746633;95;comp ;&tRNA;955546;82;;;;&tRNA;2351959;5;comp;;;&tRNA;2748534;144;comp fin;°CDS;955713;;;;;&tRNA;2352040;5;comp;;;&tRNA;2748755;23;comp deb;°CDS;1025682;379;;;;&tRNA;2352121;5;comp;;;&tRNA;2748869;69;comp ;&tRNA;1026946;17;;;;&tRNA;2352203;5;comp;;;&tRNA;2749029;61;comp ;&tRNA;1027039;14;;;;&tRNA;2352282;6;comp;;fin;°CDS;2749181;;comp ;&tRNA;1027130;4;;;;&tRNA;2352363;73;comp;;deb;°CDS;2758098;125;comp ;&tRNA;1027210;8;;;fin;°CDS;2352512;;comp;;;&tRNA;2758688;4;comp ;&tRNA;1027293;57;;;deb;°CDS;2430767;295;comp;;;&tRNA;2758768;3;comp ;&tRNA;1027425;265;;;;&tRNA;2432784;58;comp;;;$rRNA;2758848;76;comp fin;°CDS;1027765;;;;fin;°CDS;2432918;;comp;;;$rRNA;2759041;237;comp deb;°CDS;1679540;6;;;;;;;;;;$rRNA;2762179;369;comp ;gene;1680008;128;comp;;;;;;;;fin;°CDS;2764060;;comp fin;°CDS;1681704;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====cbn intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_tRNA-cds|cbn intercalaires tRNA-cds]] <pre> cbn;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls comp’;206;;214;;59;58;; comp’;307;comp’;106;;64;61;'''deb; ;168;;131;;65;67;<201;12 ;158;comp’;480;;80;69;total;18 ;115;;275;;98;73;taux;67% ;;comp’;435;;115;82;; ;140;;106;;125;106;'''fin; comp’;60;;67;;140;111;<201;9 ;261;comp’;348;;158;131;total;12 ;59;;82;;168;214;taux;75% ;379;;265;;183;265;; comp’;104;;;;199;275;'''total; ;199;;73;;245;;<201;21 ;295;;58;;261;;total;30 ;324;comp’;255;;295;;taux;70% ;183;;;;324;;; ;80;;;;379;;; ;245;;;;408;;'''comp’;'''cumuls ;408;;111;;60;106;'''deb;2 ;64;;69;;104;130;;4 ;65;comp’;130;;206;255;'''fin;2 ;98;;61;;307;348;;6 ;125;;;;'''-;435;'''total; ;;;;;'''-;480;<201;4 ;;;;;;;total;10 ;;;;;;;taux;40% ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;; ;<201;14;11;25;;;; ;total;22;18;40;;;; ;taux;64%;61%;63%;;;; </pre> ===cle=== ====cle opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_opérons|cle opérons]] <pre> 34.3%GC;30.6.19 Paris;16s 11;104;doubles;intercalaires;; ;Clostridium lentocellum DSM 5427;;;;;; ;10157..10246;;agc;@1;202;; ;10449..11981;;16s;;72;; ;12054..12171;;5s;;4;; ;12176..12248;;gca;;262;; ;12511..15414;;23s;;55;; ;15470..15543;;gac;;61;;61 ;15605..15677;;gta;;7;;7 ;15685..15757;;aca;;34;;34 ;15792..15872;;tac;;12;;12 ;15885..15961;;atgj;;3;;3 ;15965..16040;;ttc;;3;;3 ;16044..16116;;aaa;;;; ;;;;;30118;; ;46235..47767;;16s;@3;21284;; ;;;;;;; ;69052..71964;;23s;;;; ;;;;;4873;; ;76838..78371;;16s;;72;; ;78444..78561;;5s;;5;; ;78567..78639;;gca;;282;; ;78922..81829;;23s;;;; ;;;;;904;; ;82734..82851;;5s;;4;; ;82856..82928;;ggc;;;; ;;;;;1463;; ;84392..85929;;16s;;72;; ;86002..86119;;5s;;4;; ;86124..86196;;gca;;280;; ;86477..89386;;23s;;;; ;;;;;7380;; ;96767..96884;;5s;;89;; ;96974..97047;;ggc;;;; ;;;;;5082;; ;102130..102204;;cag;;;; ;;;;;;; ;104716..104799;;tta;;13;13; ;104813..104898;;tca;;;; ;;;;;;; ;141499..143034;;16s;;138;; ;143173..143290;;5s;;7;; ;143298..143374;;atc; ;258;; ;143633..146538;;23s;;;; ;;;;;;; ;150968..151085;;5s;@4;4;; ;151090..151161;;gaa;;457;; ;151619..153160;;16s;;605;; ;153766..156671;;23s;;475;; ;157147..157219;;aaa;;9;;9 ;157229..157299;;gga;;6;;6 ;157306..157379;;aga;;;; ;;;;;4223;; ;161603..161720;;5s;;4;; ;161725..161797;;ggc;;;; ;;;;;11104;; ;172902..172973;;gaa;;23;23; ;172997..173071;;cca;;45;45; ;173117..173189;;aaa;;11;11; ;173201..173274;;gac;;56;56; ;173331..173403;;gta;;7;7; ;173411..173494;;tta;;187;187; ;173682..173754;;aca;;26;26; ;173781..173861;;tac;;10;10; ;173872..173948;;atgj;;31;31; ;173980..174052;;ttc;;;; ;;;;;248498;; ;422551..424086;;16s;;;; ;;;;;113898;; ;537985..540890;;23s;;;; ;;;;;25153;; ;566044..566117;;cac;;23;23; ;566141..566212;;caa;;32;32; ;566245..566330;;tca;;;; ;;;;;;; ;571984..573519;;16s;;72;; ;573592..573709;;5s;;4;; ;573714..573786;;gca;;282;; ;574069..576975;;23s;;;; ;;;;;25302;; ;602278..603812;;16s;;137;; ;603950..604067;;5s;;;; ;;;;;11014;; ;615082..617987;;23s;;;; ;;;;;21159;; ;639147..639362;;16s°;@5;;; ;;;;;98139;; ;737502..737619;;5s;;4;; ;737624..737696;;ggc;;;; ;;;;;3291;; ;740988..741058;;gga;;;; ;;;;;;; ;759839..759920;;cta;;;; ;;;;;;; ;911999..912083;;ctt;+;148;148; ;912232..912316;;ctt;2 ctt;;; ;;;;;;; ;1035192..1035265;;cga;;;; ;;;;;;; ;1061152..1061225;;agg;;;; ;;;;;;; comp;1136376..1136448;;ccc;;;; ;;;;;;; ;1229184..1230718;;16s;@2;72;; ;1230791..1230908;;5s;;7;; ;1230916..1230989;;atc;;53;;53 ;1231043..1231115;;gca;;261;; ;1231377..1234282;;23s;;110;; ;1234393..1234464;;aac;+;9;;9 ;1234474..1234545;;gaa;2 tgc ;6;;6 ;1234552..1234622;;tgc;2 aac;23;;23 ;1234646..1234717;;aac;;58;;58 ;1234776..1234846;;tgc;;;; ;;;;;;; ;1280211..1280283;;atgf;;;; ;;;;;;; ;1283250..1283320;;gga;+;5;5; ;1283326..1283399;;aga;2 gga;5;5; ;1283405..1283478;;cac;2 aga;31;31; ;1283510..1283581;;caa;2 caa;23;23; ;1283605..1283677;;aaa;;30;30; ;1283708..1283792;;cta;;23;23; ;1283816..1283886;;gga;;5;5; ;1283892..1283965;;aga;;6;6; ;1283972..1284043;;caa;;;; ;;;;;;; ;1299560..1299632;;ggc;;4;4; ;1299637..1299711;;cca;;;; ;;;;;;; ;1346208..1346290;;ctg;;;; ;;;;;;; ;1363346..1363428;;ctg;;;; ;;;;;;; ;1515234..1515305;;gaa;;62;62; ;1515368..1515442;;cca;;22;22; ;1515465..1515537;;aaa;;;; ;;;;;;; ;1597292..1597364;;acg;;;; ;;;;;;; ;1611976..1612042;;acg;;;; ;;;;;;; ;2065352..2065425;;ata;;;; ;;;;;;; comp;2090478..2090550;;acc;;;; ;;;;;;; ;2394421..2394501;;tac;;3;3; ;2394505..2394577;;ttc;;;; ;;;;;;; ;2592342..2592422;;ttg;;;; ;;;;;;; ;2606024..2606104;;ttg;;;; ;;;;;;; comp;2737232..2737304;;gcc;;;; ;;;;;;; comp;2798802..2798874;;aag;;;; ;;;;;;; comp;2881571..2881642;;gag;;;; ;;;;;;; comp;3215471..3215545;;cca;;;; ;;;;;;; comp;3252582..3252655;;atgj;;7;7; comp;3252663..3252735;;gta;;4;4; comp;3252740..3252813;;gac;;10;10; comp;3252824..3252896;;tgg;;20;20; comp;3252917..3252988;;aac;;;; ;;;;;683;; comp;3253672..3253748;;atgj;;7;;7 comp;3253756..3253828;;gta;;9;;9 comp;3253838..3253910;;tgg;;18;;18 comp;3253929..3254000;;aac;;60;; comp;3254061..3256967;;23s;;;; ;;;;;362637;; comp;3619605..3619677;;aca;+;4;;4 comp;3619682..3619755;;cgt;2 cgt;50;;50 comp;3619806..3619879;;cgt;2 aca;27;;27 comp;3619907..3619990;;tta;;3;;3 comp;3619994..3620069;;gta;;47;;47 comp;3620117..3620190;;gac;;22;;22 comp;3620213..3620289;;atgi;;23;;23 comp;3620313..3620385;;aca;;14;;14 comp;3620400..3620471;;gaa;;9;;9 comp;3620481..3620552;;aac;;110;; comp;3620663..3623568;;23s;;261;; comp;3623830..3623902;;gca;;53;;53 comp;3623956..3624029;;atc;;7;; comp;3624037..3624154;;5s;;72;; comp;3624227..3625761;;16s;;149;; comp;3625911..3625999;;tcc;;33;;33 comp;3626033..3626118;;tca;;;; ;;;;;;; comp;3714637..3714709;;gta;;1;1; comp;3714711..3714787;;atgj;;;; </pre> ====cle cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_cumuls|cle cumuls]] <pre> cle cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;19;1;1;0 ;16 5 aa 23;5;20;14;15 ;16 5 atc gca;2;40;10;6 ;solo;11;60;2;5 ;max a;14;80;1;1 ;a doubles;2;100;0;0 ;indéterminé;1;120;0;0 ;total aas;46;140;0;0 sans ;opérons;29;160;1;0 ;1 aa;19;180;0;0 ;max a;10;200;1;0 ;a doubles;2;;0;0 ;total aas;59;;30;27 total aas;;105;;; remarques;;5;;; avec jaune;;;moyenne;29; ;;;variance;41; sans jaune;;;moyenne;19;22 ;;;variance;16;19 </pre> ====cle blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_blocs|cle blocs]] <pre> cle blocs;;; Solitaires;;; 16s;*2;16s°;@5 ;;; 23s;*3;; ;;; 5s;3*4;89; ggc;;; ;;; aac;60;; 23s;;; ;;; 16s;137;; 5s;;; ;;; 16s;72;72;72 5s;5;4;4 gca;282;280;282 23s;;; ;;; ;;agc;202 16s;138;16s;72 5s;7;5s;4 atc;258;gca;262 23s;;23s;55 ;;gac;61 ;;; ;;; ;;aac;110 16s;72;23s;261 5s;7;gca;53 atc;53;atc;7 gca;261;5s;72 23s;110;16s;149 aac;9;tcc;33 ;;; ;;; 5s;4;;@4 gaa;457;; 16s;605;; 23s;475;; aaa;9;; </pre> ====cle distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_distribution|cle distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;après 16s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;1-3;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;(atcgca)2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;aaa;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gca4;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aga;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;atc1;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;gga;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;4;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;16s5saa23s;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;4 ggc;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;gaa;tta;1;tca;;taa;;tga; ata;1;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;1;;cta;1;cca;3;caa;3;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;cgt2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;3;gca;;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;ctt2;gta;3;gca;;gaa;2;gga; ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;2;aag;1;agg;1;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;16s5saa23s;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cle;;19;;;;;19;;cle;38;;;;;;38;;cle;2;;;;;;2;;cle;;;;26;3;9;26 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;8 1-3aas;;; </pre> ====cle données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_données_intercalaires|cle données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cle;fx;fc;cle;fx40;fc40;cle;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;35;0;0;35;-1;0;78;421;212;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;; ;0;10;9;278;1;0;56;-2;0;0;121;409;437;347;;61;;gac;13;;tta ;0;20;6;387;2;0;50;-3;0;0;275;214;643;;;7;;gta;**;;tca ;1;30;5;213;3;0;36;-4;8;107;757;50;302;;;34;;aca;23;;gaa ;0;40;12;144;4;2;24;-5;0;1;262;622;325;;;12;;tac;45;;cca 1;1;50;21;85;5;2;20;-6;1;0;487;66;602;;;3;;atgj;11;;aaa ;1;60;27;93;6;1;8;-7;0;10;207;224;331;;;3;;ttc;56;;gac 1;1;70;20;88;7;1;7;-8;1;72;92;142;323;;;**;;aaa;7;;gta ;1;80;37;104;8;2;12;-9;0;0;289;264;16s CDS;;;9;;aaa;187;;tta 1;0;90;35;84;9;1;30;-10;0;5;489;142;695;228;;6;;gga;26;;aca ;4;100;29;82;10;0;35;-11;1;41;125;405;16s 5s;;;**;;aga;10;;tac ;1;110;24;80;11;2;55;-12;0;0;322;227;6* 79;;;9;;aac;31;;atgj ;3;120;17;65;12;0;64;-13;1;7;121;454;146;;;6;;gaa;**;;ttc 1;5;130;26;79;13;2;39;-14;1;28;342;139;144;;;23;;tgc;23;;cac 1;1;140;21;63;14;0;32;-15;1;0;44;445;16s 23s;;;58;;aac;32;;caa 3;2;150;21;79;15;1;42;-16;1;2;61;195;613;;;**;;tgc;**;;tca 1;1;160;31;72;16;0;37;-17;0;12;231;154;CDS 5s;;;7;;atgj;148;;ctt ;0;170;26;55;17;0;36;-18;0;0;132;201;335;228;;9;;gta;**;;ctt ;2;180;21;50;18;1;28;-19;0;2;75;527;;343;;18;;tgg;5;;gga ;0;190;39;58;19;0;34;-20;1;14;125;409;;184;;**;;aac;5;;aga 1;1;200;22;50;20;0;20;-21;0;0;112;149;;301;;4;;aca;31;;cac 1;2;210;24;48;21;0;25;-22;1;2;91;87;5s CDS;;;50;;cgt;23;;caa 2;1;220;20;42;22;0;21;-23;0;8;53;125;301;;;27;;cgt;30;;aaa 2;1;230;25;28;23;0;24;-24;0;0;124;;tRNA 16s;;;6;;tta;26;;cta ;2;240;13;30;24;0;24;-25;0;5;473;;204;;agc;47;;gta;5;;gga ;1;250;17;32;25;2;18;-26;1;9;141;;459;;gaa;25;;gac;6;;aga ;0;260;15;41;26;0;18;-27;0;0;174;;151;;tcc;23;;atgi;**;;caa 1;2;270;17;35;27;1;31;-28;0;1;198;;23s tRNA;;;14;;aca;4;;ggc ;1;280;14;26;28;0;18;-29;0;8;101;;56;;gac;9;;gaa;**;;cca ;1;290;14;22;29;0;16;-30;0;0;238;;476;;aaa;**;;aac;62;;gaa ;0;300;14;29;30;2;18;-31;0;1;29;;2* 111;;aac;33;;tcc;22;;cca ;1;310;10;21;31;3;21;-32;2;8;93;;61;;aac;**;;tca;**;;aaa ;0;320;8;20;32;2;26;-33;0;0;223;;tRNA 23s;;;;;;3;;tac ;2;330;5;7;33;0;10;-34;0;1;112;;263;;gca;;;;**;;ttc ;0;340;11;14;34;2;7;-35;0;2;95;;2* 283;;gca;;;;7;;atgj ;1;350;4;12;35;2;9;-36;0;0;155;;284;;gca;;;;4;;gta ;0;360;10;22;36;1;13;-37;0;0;523;;262;;atc;;;;10;;gac ;0;370;6;14;37;1;19;-38;0;2;178;;2* 262;;gca;;;;20;;tgg ;0;380;10;9;38;1;15;-39;0;0;141;;5s tRNA;;;;;;**;;aac ;0;390;4;13;39;0;13;-40;0;0;116;;3* 4;;gca;;;;4;;gta ;0;400;6;6;40;0;11;-41;0;2;212;;5;;gca;;;;**;;atgj 7;6;reste;83;185;reste;747;1843;-42;0;0;209;;89;;ggc;;;;;; 23;46;total;779;2900;total;779;2900;-43;0;0;329;;3* 7;;atc;;;;;; 16;40;diagr;696;2680;diagr;32;1022;-44;1;0;267;;4;;gaa;;;;;; 0;1; t30;20;878;;;;-45;0;0;249;;3* 4;;ggc;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;310;;tRNA tRNA;;intra;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;2* 53;;atc;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;**;;gca;;;;;; ;x;779;21;0;800;;;-49;0;0;;;;;;;;;;; ;c;2865;441;35;3341;;;-50;0;1;;;;;;;;;;; ;;;;;4141;273;;reste;0;10;;;;;;;;;;; ;;;;;;4414;;total;21;441;;;;;;;;;;; </pre> =====cle autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_autres_intercalaires_aas|cle autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cle;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;8716;9735;421;*; ;;tRNA;10157;10246;204;*;agc ;;rRNA;10451;11974;79;*;1524 ;;rRNA;12054;12171;4;*;118 ;;tRNA;12176;12248;263;*;gca ;;rRNA;12512;15413;56;*;2902 ;;tRNA;15470;15543;61;*;gac ;;tRNA;15605;15677;7;*;gta ;;tRNA;15685;15757;34;*;aca ;;tRNA;15792;15872;12;*;tac ;;tRNA;15885;15961;3;*;atgj ;;tRNA;15965;16040;3;*;ttc ;;tRNA;16044;16116;121;*;aaa fin;;CDS;16238;16705;;; deb;;CDS;44432;45799;437;*; ;;rRNA;46237;47760;695;*;1524 fin;;CDS;48456;50240;;0; deb;;CDS;66902;68521;531;*; ;;rRNA;69053;71963;313;*;2911 fin;;CDS;72277;72981;;; deb;;CDS;72981;76196;643;*; ;;rRNA;76840;78364;79;*;1525 ;;rRNA;78444;78561;5;*;118 ;;tRNA;78567;78639;283;*;gca ;;rRNA;78923;81828;188;*;2906 deb;comp;CDS;82017;82505;228;*; ;;rRNA;82734;82851;4;*;118 ;;tRNA;82856;82928;275;*;ggc deb;;CDS;83204;84091;302;*; ;;rRNA;84394;85922;79;*;1529 ;;rRNA;86002;86119;4;*;118 ;;tRNA;86124;86196;284;*;gca ;;rRNA;86481;89385;237;*;2905 fin;;CDS;89623;90231;;; deb;comp;CDS;94411;96423;343;*; ;;rRNA;96767;96884;89;*;118 ;;tRNA;96974;97044;757;*;ggc fin;;CDS;97802;98497;;; deb;comp;CDS;101240;101917;212;*; ;;tRNA;102130;102201;409;*;cag fin;comp;CDS;102611;103510;;; deb;comp;CDS;103635;104501;214;*; ;;tRNA;104716;104799;13;*;tta ;;tRNA;104813;104898;262;*;tca fin;;CDS;105161;106408;;; deb;comp;CDS;135278;135838;80;*; ;comp;regulatory;135919;136018;495;*; fin;;CDS;136514;138715;;; deb;;CDS;140906;141175;325;*; ;;rRNA;141501;143026;146;*;1526 ;;rRNA;143173;143290;7;*;118 ;;tRNA;143298;143371;262;*;atc ;;rRNA;143634;146537;299;*;2904 fin;;CDS;146837;147139;;0; deb;;CDS;149226;150632;335;*; ;;rRNA;150968;151085;4;*;118 ;;tRNA;151090;151161;459;*;gaa ;;rRNA;151621;153153;613;*;1533 ;;rRNA;153767;156670;476;*;2904 ;;tRNA;157147;157219;9;*;aaa ;;tRNA;157229;157299;6;*;gga ;;tRNA;157306;157379;487;*;aga fin;;CDS;157867;158490;;; deb;comp;CDS;160912;161418;184;*; ;;rRNA;161603;161720;4;*;118 ;;tRNA;161725;161797;50;*;ggc fin;comp;CDS;161848;162624;;; deb;comp;CDS;162740;165070;522;*; ;;misc_b;165593;165910;56;*; fin;;CDS;165967;167493;;; deb;comp;CDS;171336;172279;622;*; ;;tRNA;172902;172973;23;*;gaa ;;tRNA;172997;173071;45;*;cca ;;tRNA;173117;173189;11;*;aaa ;;tRNA;173201;173274;56;*;gac ;;tRNA;173331;173403;7;*;gta ;;tRNA;173411;173494;187;*;tta ;;tRNA;173682;173754;26;*;aca ;;tRNA;173781;173861;10;*;tac ;;tRNA;173872;173948;31;*;atgj ;;tRNA;173980;174052;207;*;ttc fin;;CDS;174260;174673;;; deb;comp;CDS;190039;190368;288;*; ;;misc_b;190657;190881;79;*; fin;;CDS;190961;192721;;; deb;comp;CDS;421861;422205;347;*; ;;rRNA;422553;424078;228;*;1526 fin;comp;CDS;424307;425017;;0; deb;;CDS;459976;460971;367;*; ;;regulatory;461339;461464;137;*; fin;;CDS;461602;462906;;0; deb;comp;CDS;473892;474338;416;*; ;;regulatory;474755;474880;137;*; fin;;CDS;475018;476358;;; deb;;CDS;536211;537422;563;*; ;;rRNA;537986;540889;357;*;2904 fin;;CDS;541247;541735;;0; deb;;CDS;564995;565951;92;*; ;;tRNA;566044;566117;23;*;cac ;;tRNA;566141;566212;32;*;caa ;;tRNA;566245;566330;289;*;tca fin;;CDS;566620;567750;;; deb;;CDS;570670;571383;602;*; ;;rRNA;571986;573512;79;*;1527 ;;rRNA;573592;573709;4;*;118 ;;tRNA;573714;573786;283;*;gca ;;rRNA;574070;576974;187;*;2905 fin;;CDS;577162;578526;;; deb;;CDS;601262;601948;331;*; ;;rRNA;602280;603805;144;*;1526 ;;rRNA;603950;604067;301;*;118 fin;;CDS;604369;605106;;; deb;;CDS;614484;614675;407;*; ;;rRNA;615083;617986;260;*;2904 fin;comp;CDS;618247;619251;;0; deb;;CDS;685823;686155;210;*; ;;misc_b;686366;686632;51;*; fin;;CDS;686684;686965;;; deb;comp;CDS;736286;737200;301;*; ;;rRNA;737502;737619;4;*;118 ;;tRNA;737624;737696;489;*;ggc fin;;CDS;738186;738905;;; deb;;CDS;740293;740862;125;*; ;;tRNA;740988;741058;322;*;gga fin;;CDS;741381;742271;;; deb;;CDS;757105;759717;121;*; ;;tRNA;759839;759920;66;*;cta fin;comp;CDS;759987;760835;;0; deb;;CDS;786859;787458;71;*; ;;misc_b;787530;787823;195;*; fin;;CDS;788019;789995;;; deb;;CDS;825593;830971;885;*; ;;regulatory;831857;832030;230;*; fin;;CDS;832261;833262;;; deb;comp;CDS;910521;911774;224;*; ;;tRNA;911999;912083;148;*;ctt ;;tRNA;912232;912316;342;*;ctt fin;;CDS;912659;914539;;0; deb;;CDS;1015700;1016551;80;*; ;;misc_b;1016632;1016837;131;*; fin;;CDS;1016969;1018252;;0; deb;;CDS;1034743;1035147;44;*; ;;tRNA;1035192;1035265;142;*;cga fin;comp;CDS;1035408;1036631;;; deb;;CDS;1060209;1061090;61;*; ;;tRNA;1061152;1061225;231;*;agg fin;;CDS;1061457;1061942;;0; deb;;CDS;1135668;1136111;264;*; ;comp;tRNA;1136376;1136448;142;*;ccc fin;;CDS;1136591;1137205;;; deb;;CDS;1181242;1181676;81;*; ;;ncRNA;1181758;1182021;95;*; fin;comp;CDS;1182117;1183028;;; deb;;CDS;1228173;1228862;323;*; ;;rRNA;1229186;1230711;79;*;1526 ;;rRNA;1230791;1230908;7;*;118 ;;tRNA;1230916;1230989;53;*;atc ;;tRNA;1231043;1231115;262;*;gca ;;rRNA;1231378;1234281;111;*;2904 ;;tRNA;1234393;1234464;9;*;aac ;;tRNA;1234474;1234545;6;*;gaa ;;tRNA;1234552;1234622;23;*;tgc ;;tRNA;1234646;1234717;58;*;aac ;;tRNA;1234776;1234846;132;*;tgc fin;;CDS;1234979;1235152;;; deb;;CDS;1279854;1280135;75;*; ;;tRNA;1280211;1280283;125;*;atgf fin;;CDS;1280409;1281519;;; deb;;CDS;1282595;1283137;112;*; ;;tRNA;1283250;1283320;5;*;gga ;;tRNA;1283326;1283399;5;*;aga ;;tRNA;1283405;1283478;31;*;cac ;;tRNA;1283510;1283581;23;*;caa ;;tRNA;1283605;1283677;30;*;aaa ;;tRNA;1283708;1283789;26;*;cta ;;tRNA;1283816;1283886;5;*;gga ;;tRNA;1283892;1283965;6;*;aga ;;tRNA;1283972;1284043;405;*;caa fin;comp;CDS;1284449;1284907;;0; deb;;CDS;1298530;1299468;91;*; ;;tRNA;1299560;1299632;4;*;ggc ;;tRNA;1299637;1299711;227;*;cca fin;comp;CDS;1299939;1300463;;; deb;;CDS;1317893;1318795;58;*; ;;misc_b;1318854;1319058;143;*; fin;;CDS;1319202;1320467;;; deb;;CDS;1330208;1331050;68;*; ;;regulatory;1331119;1331225;168;*; fin;;CDS;1331394;1332701;;; deb;;CDS;1344739;1346154;53;*; ;;tRNA;1346208;1346290;124;*;ctg fin;;CDS;1346415;1347350;;; deb;;CDS;1361763;1362872;473;*; ;;tRNA;1363346;1363428;454;*;ctg fin;comp;CDS;1363883;1365469;;; deb;;CDS;1501342;1502331;88;*; ;;misc_b;1502420;1502635;130;*; fin;;CDS;1502766;1505162;;0; deb;;CDS;1514802;1515092;141;*; ;;tRNA;1515234;1515305;62;*;gaa ;;tRNA;1515368;1515442;22;*;cca ;;tRNA;1515465;1515537;174;*;aaa fin;;CDS;1515712;1516611;;; deb;comp;CDS;1536473;1538146;169;*; ;;misc_b;1538316;1538527;148;*; fin;;CDS;1538676;1539512;;; deb;;CDS;1558609;1559226;150;*; ;;ncRNA;1559377;1559568;105;*; fin;;CDS;1559674;1560162;;; deb;comp;CDS;1596655;1597152;139;*; ;;tRNA;1597292;1597364;198;*;acg fin;;CDS;1597563;1600298;;0; deb;;CDS;1776389;1777042;54;*; ;;regulatory;1777097;1777202;89;*; fin;;CDS;1777292;1778305;;; deb;;CDS;1809551;1811686;53;*; ;;regulatory;1811740;1811862;110;*; fin;;CDS;1811973;1812599;;0; deb;;CDS;1897547;1898221;77;*; ;;misc_b;1898299;1898549;46;*; fin;;CDS;1898596;1899603;;; deb;;CDS;2051328;2051531;445;*; ;comp;tRNA;2051977;2052063;101;*;acc fin;comp;CDS;2052165;2053262;;; deb;;CDS;2064667;2065113;238;*; ;;tRNA;2065352;2065425;29;*;ata fin;;CDS;2065455;2066012;;; deb;;CDS;2089815;2090282;195;*; ;comp;tRNA;2090478;2090550;93;*;acc fin;comp;CDS;2090644;2091279;;0; deb;;CDS;2125666;2126805;19;*; ;;misc_b;2126825;2127056;63;*; fin;;CDS;2127120;2127326;;; deb;comp;CDS;2290223;2291446;61;*; ;comp;misc_b;2291508;2291704;185;*; fin;;CDS;2291890;2293848;;0; deb;;CDS;2378236;2379462;104;*; ;;misc_b;2379567;2379785;50;*; fin;;CDS;2379836;2380420;;; deb;comp;CDS;2393679;2394266;154;*; ;;tRNA;2394421;2394501;3;*;tac ;;tRNA;2394505;2394577;223;*;ttc fin;;CDS;2394801;2396147;;; deb;comp;CDS;2447012;2447701;85;*; ;comp;regulatory;2447787;2447882;852;*; fin;comp;CDS;2448735;2450363;;; deb;comp;CDS;2573684;2574703;297;*; ;;ncRNA;2575001;2575351;65;*; fin;comp;CDS;2575417;2577075;;; deb;comp;CDS;2589039;2590424;65;*; ;comp;misc_b;2590490;2590663;90;*; fin;comp;CDS;2590754;2591524;;; deb;comp;CDS;2591541;2592140;201;*; ;;tRNA;2592342;2592422;112;*;ttg fin;;CDS;2592535;2593464;;0; deb;comp;CDS;2603463;2605496;527;*; ;;tRNA;2606024;2606100;409;*;ttg fin;comp;CDS;2606510;2606668;;; deb;comp;CDS;2735781;2737136;95;*; ;comp;tRNA;2737232;2737304;155;*;gcc fin;comp;CDS;2737460;2738386;;0; deb;comp;CDS;2797787;2798278;523;*; ;comp;tRNA;2798802;2798874;178;*;aag fin;comp;CDS;2799053;2800327;;; deb;comp;CDS;2820846;2822237;109;*; ;comp;misc_b;2822347;2822575;116;*; fin;comp;CDS;2822692;2823483;;; deb;comp;CDS;2848560;2849579;82;*; ;comp;misc_b;2849662;2849892;105;*; fin;comp;CDS;2849998;2851539;;; deb;comp;CDS;2880836;2881429;141;*; ;comp;tRNA;2881571;2881642;116;*;gag fin;comp;CDS;2881759;2882100;;; deb;comp;CDS;2978303;2979394;255;*; ;comp;regulatory;2979650;2979765;74;*; fin;comp;CDS;2979840;2980706;;; deb;comp;CDS;3048813;3049790;231;*; ;comp;tmRNA;3050022;3050370;186;*; fin;comp;CDS;3050557;3051027;;0; deb;comp;CDS;3096224;3097831;76;*; ;comp;misc_b;3097908;3098167;611;*; fin;comp;CDS;3098779;3100596;;0; deb;comp;CDS;3190635;3191126;123;*; ;comp;misc_f;3191250;3191389;88;*; deb;comp;CDS;3191478;3193451;103;*; ;comp;misc_b;3193555;3193827;401;*; fin;comp;CDS;3194229;3194576;;; deb;comp;CDS;3214425;3215258;212;*; ;comp;tRNA;3215471;3215545;209;*;cca fin;comp;CDS;3215755;3217302;;; deb;comp;CDS;3252067;3252252;329;*; ;comp;tRNA;3252582;3252655;7;*;atgj ;comp;tRNA;3252663;3252735;4;*;gta ;comp;tRNA;3252740;3252813;10;*;gac ;comp;tRNA;3252824;3252896;20;*;tgg ;comp;tRNA;3252917;3252988;149;*;aac deb;;CDS;3253138;3253587;87;*; ;comp;tRNA;3253675;3253748;7;*;atgj ;comp;tRNA;3253756;3253828;9;*;gta ;comp;tRNA;3253838;3253910;18;*;tgg ;comp;tRNA;3253929;3254000;61;*;aac ;comp;rRNA;3254062;3256966;336;*;2905 fin;comp;CDS;3257303;3257995;;0; deb;comp;CDS;3407358;3408182;69;*; ;comp;regulatory;3408252;3408361;113;*; fin;comp;CDS;3408475;3410325;;; deb;comp;CDS;3489519;3490856;58;*; ;comp;regulatory;3490915;3491016;261;*; fin;;CDS;3491278;3492633;;0; deb;;CDS;3618295;3619479;125;*; ;comp;tRNA;3619605;3619677;4;*;aca ;comp;tRNA;3619682;3619755;50;*;cgt ;comp;tRNA;3619806;3619879;27;*;cgt ;comp;tRNA;3619907;3619990;6;*;tta ;comp;tRNA;3619997;3620069;47;*;gta ;comp;tRNA;3620117;3620190;25;*;gac ;comp;tRNA;3620216;3620289;23;*;atgi ;comp;tRNA;3620313;3620385;14;*;aca ;comp;tRNA;3620400;3620471;9;*;gaa ;comp;tRNA;3620481;3620552;111;*;aac ;comp;rRNA;3620664;3623567;262;*;2904 ;comp;tRNA;3623830;3623902;53;*;gca ;comp;tRNA;3623956;3624029;7;*;atc ;comp;rRNA;3624037;3624154;79;*;118 ;comp;rRNA;3624234;3625759;151;*;1526 ;comp;tRNA;3625911;3625999;33;*;tcc ;comp;tRNA;3626033;3626118;267;*;tca fin;comp;CDS;3626386;3627084;;0; deb;comp;CDS;3713386;3714387;249;*; ;comp;tRNA;3714637;3714709;4;*;gta ;comp;tRNA;3714714;3714787;310;*;atgj fin;comp;CDS;3715098;3715457;;; deb;comp;CDS;3740094;3741623;336;*; ;comp;regulatory;3741960;3742137;71;*; fin;comp;CDS;3742209;3742868;;; deb;comp;CDS;3876932;3877417;18;*; ;comp;misc_f;3877436;3877575;59;*; fin;comp;CDS;3877635;3878774;;; deb;comp;CDS;3921947;3923137;87;*; ;comp;regulatory;3923225;3923325;65;*; fin;comp;CDS;3923391;3923816;;; deb;comp;CDS;3971663;3972166;188;*; ;;misc_b;3972355;3972601;74;*; fin;;CDS;3972676;3975807;;0; deb;comp;CDS;4298681;4299859;146;*; ;comp;misc_b;4300006;4300267;210;*; fin;;CDS;4300478;4301533;;0; deb;comp;CDS;4552288;4553814;82;*; ;comp;misc_b;4553897;4554160;196;*; fin;;CDS;4554357;4554878;;0; deb;comp;CDS;4592703;4593860;153;*; ;comp;regulatory;4594014;4594127;357;*; fin;;CDS;4594485;4595609;;; deb;comp;CDS;4661871;4663577;550;*; ;;regulatory;4664128;4664228;86;*; fin;;CDS;4664315;4664980;;0; deb;comp;CDS;4694284;4695744;237;*; ;comp;regulatory;4695982;4696073;275;*; fin;comp;CDS;4696349;4697491;;0; </pre> ===hmo=== ====hmo opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_opérons|hmo opérons]] <pre> 57%GC;24.7.19 Paris;16s ;109;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé Heliobacterium modesticaldum Ice1 ATCC 51547 ;;;;;;;;;; ;103699..104088;;CDS;;380;;;;130; ;;;;;;;;;; ;104469..105695;;CDS;;186;186;;;409;186 comp;105882..105956;;ggc;;1;;1;;; comp;105958..106044;;ctg;;321;321;;;; comp;106366..106929;;CDS;@1;241;241;;;188;241 comp;107171..107246;;aca;;202;202;;;;202 comp;107449..108183;;CDS;;111772;;;;245; ;;;;;;;;;; comp;219956..220483;;CDS;;260;260;;;176;260 comp;220744..220820;;gac;;5;;;5;; comp;220826..220901;;gta;;10;;;10;; comp;220912..220987;;gaa;;4;;;4;; comp;220992..221067;;aaa;;18;;;18;; comp;221086..221160;;caa;;103;;;;; comp;221264..224182;;23s;;237;;;;; comp;224420..224495;;gcc;;64;;;;; comp;224560..224676;;5s;@2;328;;;;; comp;225005..226536;;16s;;651;651;;;; comp;227188..228162;;CDS;;98792;;;;325; ;;;;;;;;;; comp;326955..328340;;CDS;;178;178;;;462;178 comp;328519..328601;;cta;;65;;65;;; comp;328667..328743;;aga;;60;;60;;; comp;328804..328880;;cca;;568;568;;;; comp;329449..330090;;CDS;;57730;;;;214; ;;;;;;;;;; comp;387821..388105;;CDS;;135;135;;;95; ;388241..388317;;ccc;;7;;7;;; ;388325..388410;;tac;;47;47;;;;47 comp;388458..388742;;CDS;;588493;;;;95; ;;;;;;;;;; comp;977236..978504;;CDS;;439;439;;;423; comp;978944..981860;;23s;;237;;;;; comp;982098..982173;;gcc;;64;;;;; comp;982238..982354;;5s;;328;;;;; comp;982683..984208;;16s;;460;;;;; comp;984669..984744;;tgg;@3;5;;;5;; comp;984750..984824;;cgg;;207;207;;;;207 comp;985032..987656;;CDS;;26258;;;;875; ;;;;;;;;;; comp;1013915..1014760;;CDS;;105;105;;;282;105 comp;1014866..1014942;;gac;;75;;75;;; comp;1015018..1015093;;gaa;;265;265;;;; comp;1015359..1016642;;CDS;;40115;;;;428; ;;;;;;;;;; ;1056758..1058014;;CDS;;121;121;;;419;121 comp;1058136..1058233;;tga;;173;173;;;; ;1058407..1058733;;CDS;;62951;;;;109; ;;;;;;;;;; ;1121685..1122878;;CDS;;588;588;;;398; ;1123467..1124998;;16s;;328;;;;; ;1125327..1125443;;5s;;64;;;;; ;1125508..1125583;;gcc;;233;;;;; ;1125817..1128734;;23s;;337;337;;;;337 >;1129072..1129785;;CDS;;24938;;;;238; ;;;;;;;;;; ;1154724..1155224;;CDS;;99;99;;;167; ;1155324..1155413;;tca;;56;56;;;;56 comp;1155470..1156627;;CDS;;13350;;;;386; ;;;;;;;;;; ;1169978..1171828;;CDS;;129;129;;;617;129 ;1171958..1172034;;cgt;;85;;85;;; ;1172120..1172196;;agg;;181;181;;;; ;1172378..1172812;;CDS;;62;62;;;145;62 ;1172875..1172966;;tcg;;548;548;;;; ;1173515..1174330;;CDS;;6655;;;;272; ;;;;;;;;;; comp;1180986..1182974;;CDS;;444;444;;;663; ;1183419..1183512;;tcc;;39;39;;;;39 ;1183552..1183817;;ncRNA;;11908;;;;89; ;;;;;;;;;; ;1195726..1195998;;CDS;;181;181;;;91; ;1196180..1196255;;gcg;;151;151;;;;151 ;1196407..1197051;;CDS;;86894;;;;215; ;;;;;;;;;; comp;1283946..1285331;;CDS;;177;177;;;462;177 ;1285509..1285584;;atgf;;5;;5;;; ;1285590..1285667;;atgj;;7;;7;;; ;1285675..1285750;;gaa;;542;542;;;; ;1286293..1287630;;CDS;;63447;;;;446; ;;;;;;;;;; ;1351078..1352549;;CDS;;704;704;;;491; ;1353254..1354786;;16s;;252;;;;; ;1355039..1355155;;5s;;64;;;;; ;1355220..1355296;;atc;;194;;;;; ;1355491..1358408;;23s;;112;;;;; ;1358521..1358595;;aac;;109;109;;;;109 comp;1358705..1358926;;CDS;;139555;;;;74; ;;;;;;;;;; ;1498482..1498898;;CDS;;535;535;;;139; comp;1499434..1499509;;acg;;238;238;;;;238 ;1499748..1500836;;CDS;;262182;;;;363; ;;;;;;;;;; ;1763019..1763858;;CDS;;68;68;;;280;68 ;1763927..1764003;;gac;;4;;4;;; ;1764008..1764083;;ttc;;3;;3;;; ;1764087..1764161;;ggc;;92;92;;;; comp;1764254..1764493;;CDS;;72;72;;;80;72 ;1764566..1764641;;tgc;;18;;18;;; ;1764660..1764746;;tta;;253;253;;;; comp;1765000..1765467;;CDS;;52131;;;;156; ;;;;;;;;;; ;1817599..1818318;;CDS;;487;487;;;240; ;1818806..1820337;;16s;;252;;;;; ;1820590..1820706;;5s;;64;;;;; ;1820771..1820847;;atc;;6;;;6;; ;1820854..1820929;;gca;;229;;;;; ;1821159..1824076;;23s;;112;;;;; ;1824189..1824263;;aac;;6;;;6;; ;1824270..1824345;;atgf;;243;243;;;;243 ;1824589..1825014;;CDS;;168198;;;;142; ;;;;;;;;;; ;1993213..1994328;;CDS;;99;99;;;372; ;1994428..1994502;;atgi;;41;41;;;;41 ;1994544..1995368;;CDS;;284281;;;;275; ;;;;;;;;;; ;2279650..2279997;;CDS ;;541;541;;;116; ;2280539..2282070;;16s;;253;;;;; ;2282324..2282440;;5s;;64;;;;; ;2282505..2282580;;gcc;;234;;;;; ;2282815..2285735;;23s;;119;;;;; ;2285855..2285948;;tcc;;6;;;6;; ;2285955..2286031;;ccg;;10;;;10;; ;2286042..2286115;;gga;;14;;;14;; ;2286130..2286205;;cac;;1;;;1;; ;2286207..2286281;;tgc;;9;;;9;; ;2286291..2286367;;gtc;;3;;;3;; ;2286371..2286446;;ttc;;6;;;6;; ;2286453..2286537;;tac;;4;;;4;; ;2286542..2286616;;caa;;17;;;17;; ;2286634..2286709;;aaa;;4;;;4;; ;2286714..2286789;;gaa;;5;;;5;; ;2286795..2286870;;gta;;5;;;5;; ;2286876..2286952;;gac;;7;;;7;; ;2286960..2287050;;agc;;43;;;43;; ;2287094..2287170;;ccc;;30;;;30;; ;2287201..2287287;;ctg;;3;;;3;; ;2287291..2287365;;ggc;;4;;;4;; ;2287370..2287446;;cgt;;4;;;4;; ;2287451..2287526;;acc;;352;352;;;;352 ;2287879..2288343;;CDS ;;33184;;;;155; ;;;;;;;;;; comp;2321528..2322544;;CDS ;;268;268;;;339; comp;2322813..2322889;;gtc;;9;;9;;; comp;2322899..2322973;;cgg;;81;81;;;;81 comp;2323055..2323243;;CDS ;;3375;;;;63; ;;;;;;;;;; ;2326619..2327947;;CDS ;;464;464;;;443;464 ;2328412..2329943;;16s;;327;;;;; ;2330271..2330387;;5s;;226;;;;; ;2330614..2333532;;23s;;98;;;;; ;2333631..2333706;;aaa;;4;;;4;; ;2333711..2333786;;acc;;8;;;8;; ;2333795..2333877;;ctc;;89;89;;;;89 comp;2333967..2334704;;CDS;;7389;;;;246; ;;;;;;;;;; ;2342094..2342804;;CDS;;155;155;;;237;155 comp;2342960..2343030;;ttc;;213;213;;;; ;2343244..2343936;;CDS;;563;563;;;231; ;2344500..2346025;;16s;;252;;;;; ;2346278..2346394;;5s;;64;;;;; ;2346459..2346535;;atc;;141;;;;; ;2346677..2349594;;23s;;100;;;;; ;2349695..2349769;;aac;;6;;;6;; ;2349776..2349851;;atgf;;102;102;;;;102 ;2349954..2350976;;CDS;;113601;;;;341; ;;;;;;;;;; ;2464578..2465114;;CDS;;271;271;;;179;271 comp;2465386..2465461;;aca;;432;432;;;; ;2465894..2466226;;CDS;;4722;;;;111; ;;;;;;;;;; ;2470949..2471977;;CDS;;69;69;;;343;69 ;2472047..2472133;;ctg;;678;678;;;; ;2472812..2473192;;CDS;;22232;;;;127; ;;;;;;;;;; ;2495425..2496048;;CDS;;402;402;;;208; comp;2496451..2496527;;gtc;;4;;4;;; comp;2496532..2496609;;atgj;;175;175;;;;175 ;2496785..2497120;;CDS;;217;217;;;112; comp;2497338..2497420;;ctc;;7;;7;;; comp;2497428..2497503;;acc;;18;;18;;; comp;2497522..2497596;;tgg;;14;;14;;; comp;2497611..2497684;;ggg;;19;;19;;; comp;2497704..2497778;;ggc;;7;;7;;; comp;2497786..2497873;;ttg;;8;;8;;; comp;2497882..2497958;;gtg;;-10;-10;;;;-10 comp;2497949..2498185;;CDS;;66;66;;;79;66 ;2498252..2498328;;ccg;;314;314;;;; comp;2498643..2499506;;CDS;;55292;;;;288; ;;;;;;;;;; ;2554799..2554984;;CDS;;109;109;;;62;109 ;2555094..2555169;;gaa;;2;;2;;; ;2555172..2555247;;ttc;;6;;6;;; ;2555254..2555338;;tac;;4;;4;;; ;2555343..2555417;;caa;;18;;18;;; ;2555436..2555511;;aaa;;4;;4;;; ;2555516..2555590;;ggc;;9;;9;;; ;2555600..2555675;;cac;;117;117;;;; comp;2555793..2557049;;CDS;;235940;;;;419; ;;;;;;;;;; comp;2792990..2793442;;CDS;;219;219;;;151;219 comp;2793662..2796583;;23s;;236;;;;; comp;2796820..2796895;;gca;;6;;;6;; comp;2796902..2796978;;atc;;64;;;;; comp;2797043..2797159;;5s;;328;;;;; comp;2797488..2799019;;16s;;505;;;;; comp;2799525..2799599;;ggc;+;1;;;1;; comp;2799601..2799687;;ctg;2 ggc;32;;;32;; comp;2799720..2799796;;ccc;;42;;;42;; comp;2799839..2799915;;cgt;;4;;;4;; comp;2799920..2799994;;ggc;;120;;;120;; comp;2800115..2800192;;atgj;;42;;;42;; comp;2800235..2800325;;agc;;16;;;16;; comp;2800342..2800417;;atgf;;6;;;6;; comp;2800424..2800498;;aac;;7;;;7;; comp;2800506..2800581;;gaa;;4;;;4;; comp;2800586..2800661;;aaa;;18;;;18;; comp;2800680..2800754;;caa;;4;;;4;; comp;2800759..2800843;;tac;;91;;;91;; comp;2800935..2801011;;gtc;;7;;;7;; comp;2801019..2801093;;tgc;;325;325;;;; ;2801419..2801724;;CDS;;230813;;;;102; ;;;;;;;;;; ;3032538..3032729;;CDS;;109;109;;;64;109 comp;3032839..3035757;;23s;;233;;;;; comp;3035991..3036066;;gcc;;64;;;;; comp;3036131..3036247;;5s;;253;;;;; comp;3036501..3038026;;16s;;779;779;;;; comp;3038806..3040017;;CDS;;232;;;;404; ;;;;;;;;;; comp;3040250..3042013;;CDS;;;;;;588; </pre> ====hmo cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_cumuls|hmo cumuls]] <pre> hmo cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;1;2;1;1;40;1;100;10 ;16 5s gcc 23;5;20;20;34;50;3;80;8;200;16 ;16 5s atc 23;2;40;0;2;100;11;120;7;300;14 ;16 5 23s a;1;60;1;3;150;9;160;4;400;8 ;max a;20;80;2;0;200;9;200;4;500;11 ;a doubles;1;100;1;1;250;8;240;4;600;0 ;16 5s atc gca;2;120;0;1;300;5;280;4;700;2 ;total aas;60;140;0;0;350;4;320;0;800;0 sans ;opérons;24;160;0;0;400;1;360;2;900;1 ;1 aa;12;180;0;0;450;4;400;0;1000;0 ;max a;7;200;0;0;500;2;440;0;1100;0 ;a doubles;0;;0;0;;11;;1;;0 ;total aas;49;;25;43;;68;;35;;62 total aas;;109;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;8;8;;196;;137;;230 ;;;variance;6;7;;120;;71;;128 </pre> ====hmo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_blocs|hmo blocs]] <pre> hmo blocs;;;;;tgg CDS ;541;651;588;779;460 16s;253;328;328;253;328 5s;64;64;64;64;64 gcc;234;237;233;233;237 23s;119;103;337;109;439 tcc;tcc;caa;cds;cds;cds ;;;;; CDS;704;563;;CDS ;464 16s;252;252;;16s;327 5s;64;64;;5s;226 atc;194;141;;23s;98 23s;112;100;;aaa; aac;aac;aac;;; ;;;;; ;;ggc;;; CDS;487;505;;; 16s;252;328;;; 5s;64;64;;; atc;6;6;;; gca;229;236;;; 23s;112;219;;; aac;aac;cds;;; </pre> ====hmo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_distribution|hmo distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;1-3 aas;atgi;;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;ctc;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;acc;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;1;;;;;;;;;;aaa;ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;;;;;;;;;2 atgf;atc;;acc;1;aac;1;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;;;;;;;;;tgg;ctc;;ccc;2;cac;1;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;4;;;;;;;;;;cgg;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;3 tta;;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;3;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;;;;;;;;;;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;1 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;1;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;;;;;;;;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;1;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total hmo;;12;;;;;12;;hmo;37;;;;;;37;;;;;;;;;;;hmo;;;;39;;11;39 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;10 1-3 aas;;; </pre> ====hmo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_données_intercalaires|hmo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;hmo;fx;fc;hmo;fx40;fc40;hmo;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;17;0;0;17;-1;0;36;321;186;23s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;; ;0;10;9;183;1;1;21;-2;1;0;268;135;103;;caa;5;;gac;1;;ggc ;0;20;10;167;2;3;38;-3;0;0;202;121;2* 112;;aac;10;;gta;**;;ctg ;0;30;4;109;3;0;37;-4;3;149;260;173;119;;tcc;4;;gaa;65;;cta ;0;40;6;77;4;0;21;-5;0;0;268;56;98;;aaa;18;;aaa;60;;aga ;0;50;9;70;5;0;18;-6;0;0;176;444;100;;aac;**;;caa;**;;cca 1;0;60;9;64;6;2;9;-7;0;11;1012;159;tRNA 23s;;;6;;aac;7;;ccc ;3;70;8;66;7;0;8;-8;0;23;159;535;2* 241;;gcc;**;;atgf;**;;tac 1;0;80;12;71;8;0;7;-9;0;1;207;238;2* 237;;gcc;6;;tcc;5;;tgg 1;1;90;27;71;9;3;11;-10;0;7;165;92;198;;atc;10;;ccg;**;;cgg 1;2;100;7;68;10;0;13;-11;0;17;265;72;233;;gca;14;;gga;75;;gac ;1;110;18;66;11;1;15;-12;0;0;99;253;238;;gcc;1;;cac;**;;gaa 1;1;120;18;53;12;1;16;-13;1;8;129;89;145;;atc;9;;tgc;85;;cgt 1;2;130;16;56;13;1;24;-14;0;15;157;158;240;;gca;3;;gtc;**;;agg 1;0;140;16;47;14;0;23;-15;1;0;62;222;5s tRNA;;;6;;ttc;5;;atgf ;1;150;16;57;15;0;15;-16;0;0;551;271;5* 64;;gcc;4;;tac;7;;atgj 2;2;160;12;43;16;0;13;-17;0;12;181;432;4* 64;;atc;17;;caa;**;;gaa ;1;170;10;46;17;1;16;-18;0;0;205;402;tRNA tRNA;;intra;4;;aaa;4;;gac 2;1;180;16;36;18;1;18;-19;0;3;542;175;2* 6;;atc;5;;gaa;3;;ttc 1;1;190;10;32;19;3;11;-20;0;8;431;217;**;;gca;5;;gta;**;;ggc ;0;200;7;31;20;2;16;-21;0;0;68;314;;;;7;;gac;18;;tgc ;3;210;14;24;21;2;16;-22;0;2;243;117;;;;43;;agc;**;;tta 1;0;220;8;32;22;0;6;-23;0;5;99;325;;;;30;;ccc;9;;gtc 1;0;230;15;20;23;0;9;-24;0;0;116;;;;;3;;ctg;**;;cgg 1;0;240;16;27;24;0;12;-25;0;4;352;;;;;4;;ggc;4;;gtc ;1;250;15;30;25;0;4;-26;0;2;268;;;;;4;;cgt;**;;atgj 1;1;260;10;23;26;0;12;-27;0;0;81;;;;;**;;acc;7;;ctc ;4;270;7;17;27;0;19;-28;0;2;126;;;;;4;;aaa;18;;acc 1;0;280;7;21;28;1;13;-29;0;1;69;;;;;8;;acc;14;;tgg ;0;290;7;20;29;0;8;-30;0;0;148;;;;;**;;ctc;19;;ggg ;0;300;6;16;30;1;10;-31;0;1;109;;;;;6;;aac;7;;ggc ;0;310;5;13;31;1;11;-32;1;3;CDS 16s;;;;;**;;atgf;8;;ttg 1;0;320;7;10;32;1;8;-33;0;0;652;;;;;1;;ggc;-;293;gtg 1;1;330;12;12;33;0;14;-34;1;1;20;;;;;32;;ctg;**;;ccg ;0;340;1;11;34;0;6;-35;0;1;559;;;;;42;;ccc;2;;gaa ;0;350;6;6;35;1;6;-36;0;0;705;;;;;4;;cgt;6;;ttc ;1;360;3;10;36;1;11;-37;0;2;488;;;;;120;;ggc;4;;tac ;0;370;12;13;37;0;7;-38;0;2;542;;;;;42;;atgj;18;;caa ;0;380;3;11;38;1;4;-39;0;0;459;;;;;16;;agc;4;;aaa ;0;390;6;7;39;0;4;-40;1;0;558;;;;;6;;atgf;9;;ggc ;0;400;2;6;40;1;6;-41;0;0;506;;;;;7;;aac;**;;cac 4;4;reste;58;108;reste;431;1314;-42;0;0;774;;;;;4;;gaa;;; 23;31;total;460;1867;total;460;1867;-43;0;0;5s 23s;;;;;18;;aaa;;; 19;27;diagr;402;1742;diagr;29;536;-44;0;0;230;;;;;4;;caa;;; 0;0; t30;23;459;;;;-45;0;0;16s 5s;;;;;91;;tac;;; ;;;;;;;;-46;0;0;4* 337;;;;;7;;gtc;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;3* 261;;;;;**;;tgc;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;2* 262;;;;;;;;;; ;x;460;11;0;471;;;-49;0;0;336;;;;;;;;;; ;c;1850;332;17;2199;;;-50;0;15;23s CDS;;;;;;;;;; ;;;;;2670;223;;reste;2;0;463;109;;;;;;;;; ;;;;;;2893;;total;11;332;322;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;223;;;;;;;;;; </pre> =====hmo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_autres_intercalaires_aas|hmo autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;hmo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;83932;85227;106;*; ;comp;regulatory;85334;85456;283;*; fin;;CDS;85740;86651;;; deb;;CDS;104469;105695;186;*; ;comp;tRNA;105882;105956;1;*;ggc ;comp;tRNA;105958;106044;321;*;ctg deb;comp;CDS;106366;106902;268;*; ;comp;tRNA;107171;107246;202;*;aca fin;comp;CDS;107449;108138;;; deb;comp;CDS;119439;119855;458;*; ;comp;regulatory;120314;120402;165;*; fin;comp;CDS;120568;129390;;; deb;comp;CDS;219956;220483;260;*; ;comp;tRNA;220744;220820;5;*;gac ;comp;tRNA;220826;220901;10;*;gta ;comp;tRNA;220912;220987;4;*;gaa ;comp;tRNA;220992;221067;18;*;aaa ;comp;tRNA;221086;221160;103;*;caa ;comp;rRNA;221264;224178;241;*;2915 ;comp;tRNA;224420;224495;64;*;gcc ;comp;rRNA;224560;224676;337;*;117 ;comp;rRNA;225014;226535;652;*;1522 fin;comp;CDS;227188;228162;;; deb;;CDS;268169;269791;139;*; ;;repeat_region;269931;271232;197;*; fin;comp;CDS;271430;272362;;; deb;comp;CDS;326955;328250;268;*; ;comp;tRNA;328519;328601;65;*;cta ;comp;tRNA;328667;328743;60;*;aga ;comp;tRNA;328804;328880;176;*;cca fin;comp;CDS;329057;329254;;; deb;;CDS;377234;378433;102;*; ;;ncRNA;378536;378894;134;*; fin;;CDS;379029;380159;;; deb;;CDS;384528;384812;140;*; ;;misc_b;384953;385256;391;*; fin;;CDS;385648;387258;;0; deb;comp;CDS;387821;388105;135;*; ;;tRNA;388241;388317;7;*;ccc ;;tRNA;388325;388410;1012;*;tac fin;;CDS;389423;390235;;0; deb;comp;CDS;562422;562793;296;*; ;;regulatory;563090;563272;296;*; fin;;CDS;563569;564243;;; deb;comp;CDS;574512;575822;83;*; ;comp;regulatory;575906;576021;352;*; fin;;CDS;576374;577480;;0; deb;comp;CDS;600853;602214;294;*; ;;repeat_region;602509;603596;212;*; fin;comp;CDS;603809;605377;;; deb;;CDS;644127;645932;398;*; ;comp;tmRNA;646331;646683;325;*; fin;;CDS;647009;648202;;0; deb;comp;CDS;977236;978480;463;*; ;comp;rRNA;978944;981856;241;*;2913 ;comp;tRNA;982098;982173;64;*;gcc ;comp;rRNA;982238;982354;337;*;117 ;comp;rRNA;982692;984213;20;*;1522 deb;comp;CDS;984234;984509;159;*; ;comp;tRNA;984669;984744;5;*;tgg ;comp;tRNA;984750;984824;207;*;cgg fin;comp;CDS;985032;987656;;; deb;comp;CDS;1013915;1014700;165;*; ;comp;tRNA;1014866;1014942;75;*;gac ;comp;tRNA;1015018;1015093;265;*;gaa fin;comp;CDS;1015359;1016642;;0; deb;;CDS;1056587;1058014;121;*; ;comp;tRNA;1058136;1058233;173;*;tga fin;;CDS;1058407;1058733;;; deb;;CDS;1121685;1122878;589;*; ;;rRNA;1123468;1124989;337;*;1522 ;;rRNA;1125327;1125443;64;*;117 ;;tRNA;1125508;1125583;237;*;gcc ;;rRNA;1125821;1128734;322;*;2914 fin;;CDS;1129057;1129959;;; deb;;CDS;1145930;1146832;103;*; ;;misc_b;1146936;1147145;99;*; fin;;CDS;1147245;1148408;;; deb;;CDS;1154724;1155224;99;*; ;;tRNA;1155324;1155413;56;*;tca fin;comp;CDS;1155470;1156627;;; deb;;CDS;1169978;1171828;129;*; ;;tRNA;1171958;1172034;85;*;cgt ;;tRNA;1172120;1172196;157;*;agg deb;;CDS;1172354;1172812;62;*; ;;tRNA;1172875;1172966;551;*;tcg fin;;CDS;1173518;1174330;;; deb;comp;CDS;1180986;1182974;444;*; ;;tRNA;1183419;1183512;39;*;tcc ;;ncRNA;1183552;1183817;122;*; fin;;CDS;1183940;1185760;;0; deb;;CDS;1195726;1195998;181;*; ;;tRNA;1196180;1196255;205;*;gcg fin;;CDS;1196461;1197051;;; deb;comp;CDS;1202248;1202961;83;*; ;comp;regulatory;1203045;1203106;414;*; fin;;CDS;1203521;1205617;;; deb;comp;CDS;1283946;1285349;159;*; ;;tRNA;1285509;1285584;5;*;atgf ;;tRNA;1285590;1285667;7;*;atgj ;;tRNA;1285675;1285750;542;*;gaa fin;;CDS;1286293;1287630;;0; deb;;CDS;1351078;1352549;705;*; ;;rRNA;1353255;1354777;261;*;1523 ;;rRNA;1355039;1355155;64;*;117 ;;tRNA;1355220;1355296;198;*;atc ;;rRNA;1355495;1358408;112;*;2914 ;;tRNA;1358521;1358595;431;*;aac fin;;CDS;1359027;1360454;;0; deb;;CDS;1387701;1388411;58;*; ;;misc_f;1388470;1388647;25;*; fin;;CDS;1388673;1389203;;; deb;;CDS;1498482;1498898;535;*; ;comp;tRNA;1499434;1499509;238;*;acg fin;;CDS;1499748;1500836;;0; deb;comp;CDS;1553617;1554957;296;*; ;;regulatory;1555254;1555354;211;*; fin;;CDS;1555566;1556966;;0; deb;;CDS;1733682;1734398;211;*; ;;regulatory;1734610;1734715;150;*; fin;;CDS;1734866;1736005;;; deb;;CDS;1763019;1763858;68;*; ;;tRNA;1763927;1764003;4;*;gac ;;tRNA;1764008;1764083;3;*;ttc ;;tRNA;1764087;1764161;92;*;ggc deb;comp;CDS;1764254;1764493;72;*; ;;tRNA;1764566;1764641;18;*;tgc ;;tRNA;1764660;1764746;253;*;tta fin;comp;CDS;1765000;1765479;;0; deb;;CDS;1817623;1818318;488;*; ;;rRNA;1818807;1820328;261;*;1522 ;;rRNA;1820590;1820706;64;*;117 ;;tRNA;1820771;1820847;6;*;atc ;;tRNA;1820854;1820929;233;*;gca ;;rRNA;1821163;1824076;112;*;2914 ;;tRNA;1824189;1824263;6;*;aac ;;tRNA;1824270;1824345;243;*;atgf fin;;CDS;1824589;1825014;;; deb;;CDS;1854540;1855880;78;*; ;;regulatory;1855959;1856148;170;*; ;;regulatory;1856319;1856511;32;*; fin;;CDS;1856544;1857368;;; deb;;CDS;1882378;1883172;126;*; ;;regulatory;1883299;1883521;158;*; fin;;CDS;1883680;1884993;;; deb;;CDS;1993213;1994328;99;*; ;;tRNA;1994428;1994502;116;*;atgi fin;;CDS;1994619;1995368;;; deb;comp;CDS;2030610;2030810;83;*; ;comp;regulatory;2030894;2030999;259;*; fin;comp;CDS;2031259;2032233;;0; deb;;CDS;2073488;2074249;237;*; ;;regulatory;2074487;2074659;123;*; fin;;CDS;2074783;2076180;;; deb;;CDS;2145684;2146346;57;*; ;;regulatory;2146404;2146520;136;*; fin;;CDS;2146657;2147781;;; deb;;CDS;2279650;2279997;542;*; ;;rRNA;2280540;2282061;262;*;1522 ;;rRNA;2282324;2282440;64;*;117 ;;tRNA;2282505;2282580;238;*;gcc ;;rRNA;2282819;2285735;119;*;2917 ;;tRNA;2285855;2285948;6;*;tcc ;;tRNA;2285955;2286031;10;*;ccg ;;tRNA;2286042;2286115;14;*;gga ;;tRNA;2286130;2286205;1;*;cac ;;tRNA;2286207;2286281;9;*;tgc ;;tRNA;2286291;2286367;3;*;gtc ;;tRNA;2286371;2286446;6;*;ttc ;;tRNA;2286453;2286537;4;*;tac ;;tRNA;2286542;2286616;17;*;caa ;;tRNA;2286634;2286709;4;*;aaa ;;tRNA;2286714;2286789;5;*;gaa ;;tRNA;2286795;2286870;5;*;gta ;;tRNA;2286876;2286952;7;*;gac ;;tRNA;2286960;2287050;43;*;agc ;;tRNA;2287094;2287170;30;*;ccc ;;tRNA;2287201;2287287;3;*;ctg ;;tRNA;2287291;2287365;4;*;ggc ;;tRNA;2287370;2287446;4;*;cgt ;;tRNA;2287451;2287526;352;*;acc fin;;CDS;2287879;2288343;;; deb;;CDS;2303367;2303639;73;*; ;;regulatory;2303713;2303896;104;*; fin;;CDS;2304001;2304804;;; deb;comp;CDS;2321528;2322544;268;*; ;comp;tRNA;2322813;2322889;9;*;gtc ;comp;tRNA;2322899;2322973;81;*;cgg fin;comp;CDS;2323055;2323441;;0; deb;;CDS;2326619;2327947;459;*; ;;rRNA;2328407;2329934;336;*;1528 ;;rRNA;2330271;2330387;230;*;117 ;;rRNA;2330618;2333532;98;*;2915 ;;tRNA;2333631;2333706;4;*;aaa ;;tRNA;2333711;2333786;8;*;acc ;;tRNA;2333795;2333877;89;*;ctc fin;comp;CDS;2333967;2334704;;; deb;;CDS;2342094;2342804;158;*; ;comp;tRNA;2342963;2343030;222;*;ttc deb;;CDS;2343253;2343936;558;*; ;;rRNA;2344495;2346016;261;*;1522 ;;rRNA;2346278;2346394;64;*;117 ;;tRNA;2346459;2346535;145;*;atc ;;rRNA;2346681;2349594;100;*;2914 ;;tRNA;2349695;2349769;6;*;aac ;;tRNA;2349776;2349851;126;*;atgf fin;;CDS;2349978;2350976;;; deb;;CDS;2375597;2375872;14;*; ;;regulatory;2375887;2376057;106;*; fin;;CDS;2376164;2377375;;; deb;;CDS;2464578;2465114;271;*; ;comp;tRNA;2465386;2465461;432;*;aca fin;;CDS;2465894;2466226;;0; deb;;CDS;2471030;2471977;69;*; ;;tRNA;2472047;2472133;148;*;ctg fin;;CDS;2472282;2472431;;; deb;;CDS;2478637;2479455;61;*; ;;misc_b;2479517;2479758;48;*; fin;;CDS;2479807;2480301;;; deb;comp;CDS;2488189;2488956;8;*; ;comp;regulatory;2488965;2489129;204;*; fin;;CDS;2489334;2491055;;; deb;;CDS;2495461;2496048;402;*; ;comp;tRNA;2496451;2496527;4;*;gtc ;comp;tRNA;2496532;2496609;175;*;atgj deb;;CDS;2496785;2497120;217;*; ;comp;tRNA;2497338;2497420;7;*;ctc ;comp;tRNA;2497428;2497503;18;*;acc ;comp;tRNA;2497522;2497596;14;*;tgg ;comp;tRNA;2497611;2497684;19;*;ggg ;comp;tRNA;2497704;2497778;7;*;ggc ;comp;tRNA;2497786;2497873;8;*;ttg ;comp;tRNA;2497882;2497958;293;*;gtg ;;tRNA;2498252;2498328;314;*;ccg fin;comp;CDS;2498643;2499167;;0; deb;;CDS;2525576;2528362;87;*; ;;ncRNA;2528450;2528627;152;*; fin;;CDS;2528780;2529436;;; deb;;CDS;2554799;2554984;109;*; ;;tRNA;2555094;2555169;2;*;gaa ;;tRNA;2555172;2555247;6;*;ttc ;;tRNA;2555254;2555338;4;*;tac ;;tRNA;2555343;2555417;18;*;caa ;;tRNA;2555436;2555511;4;*;aaa ;;tRNA;2555516;2555590;9;*;ggc ;;tRNA;2555600;2555675;117;*;cac fin;comp;CDS;2555793;2557220;;; deb;comp;CDS;2792990;2793442;223;*; ;comp;rRNA;2793666;2796579;240;*;2914 ;comp;tRNA;2796820;2796895;6;*;gca ;comp;tRNA;2796902;2796978;64;*;atc ;comp;rRNA;2797043;2797159;337;*;117 ;comp;rRNA;2797497;2799018;506;*;1522 ;comp;tRNA;2799525;2799599;1;*;ggc ;comp;tRNA;2799601;2799687;32;*;ctg ;comp;tRNA;2799720;2799796;42;*;ccc ;comp;tRNA;2799839;2799915;4;*;cgt ;comp;tRNA;2799920;2799994;120;*;ggc ;comp;tRNA;2800115;2800192;42;*;atgj ;comp;tRNA;2800235;2800325;16;*;agc ;comp;tRNA;2800342;2800417;6;*;atgf ;comp;tRNA;2800424;2800498;7;*;aac ;comp;tRNA;2800506;2800581;4;*;gaa ;comp;tRNA;2800586;2800661;18;*;aaa ;comp;tRNA;2800680;2800754;4;*;caa ;comp;tRNA;2800759;2800843;91;*;tac ;comp;tRNA;2800935;2801011;7;*;gtc ;comp;tRNA;2801019;2801093;325;*;tgc fin;;CDS;2801419;2801724;;; deb;;CDS;3032538;3032729;109;*; ;comp;rRNA;3032839;3035753;237;*;2915 ;comp;tRNA;3035991;3036066;64;*;gcc ;comp;rRNA;3036131;3036247;262;*;117 ;comp;rRNA;3036510;3038031;774;*;1522 fin;comp;CDS;3038806;3040017;;; </pre> ===cbei=== ====cbei opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_opérons|cbei opérons]] <pre> 29.65%GC;29.7.19 Paris;16s 16 ;;;;;;;; Clostridium beijerinckii strain NCIMB 14988;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé ;6477551..6480031;;CDS;;496;496;;;827; ;6480528..6482044;;16s;;213;;;;; ;6482258..6485171;;23s;;108;;;;; ;6485280..6485394;;5s;;14;;;;; ;15..91;;atgi;;1;;;1;; ;93..168;;gca;;85;85;;;;85 ;254..769;;CDS;;1940;;;;172; ;;;;;;;;;; ;2710..2937;;CDS;;119;119;;;76;119 ;3057..3147;;tca;+;30;;30;;; ;3178..3268;;agc;2 tca;241;;*241;;; ;3510..3600;;tca;2 agc;18;;18;;; ;3619..3709;;agc;;125;125;;;; ;3835..4350;;CDS;;9470;;;;172; ;;;;;;;;;; ;13821..14726;;CDS;;187;187;;;302; ;14914..14988;;cgt;;34;34;;;;34 comp;15023..15913;;CDS;;109014;;;;297; ;;;;;;;;;; ;124928..125338;;CDS;;275;275;;;137;275 ;125614..125702;;tta;+;20;;20;;; ;125723..125798;;atgf;4 tta;7;;7;;; ;125806..125882;;atgj;4 atgf;6;;6;;; ;125889..125977;;tta;2 atgj;22;;22;;; ;126000..126075;;atgf;;7;;7;;; ;126083..126159;;atgj;;6;;6;;; ;126166..126254;;tta;;21;;21;;; ;126276..126351;;atgf;;70;;70;;; ;126422..126510;;tta;;21;;21;;; ;126532..126607;;atgf;;664;664;;;; ;127272..129683;;CDS;;8954;;;;804; ;;;;;;;;;; ;138638..140143;;CDS;;307;307;;;502; ;140451..140525;;aac;+;234;;*234;;; ;140760..140834;;aac;3 aac;439;;*439;;; ;141274..141348;;aac;@6;299;299;;;;299 ;141648..143039;;CDS;;1587;;;;464; ;;;;;;;;;; comp;144627..145649;;CDS;;543;543;;;341; ;146193..147709;;16s;;140;;;;; ;147850..147925;;gca;;3;;;3;; ;147929..148005;;atc;;111;;;;; ;148117..151030;;23s;;70;;;;; ;151101..151217;;5s;;5;;;5;; ;151223..151298;;ttc;;4;;;;; ;151303..151377;;tgc;;167;167;;;;167 ;151545..151841;;CDS;;25608;;;;99; ;;;;;;;;;; ;177450..178097;;CDS;;76;76;;;216; ;178174..178249;;acc;;65;65;;;;65 ;178315..179508;;CDS;;134221;;;;398; ;;;;;;;;;; ;313730..316207;;CDS;;90;90;;;826;90 ;316298..316382;;cta;;4;;4;;; ;316387..316461;;ggg;;120;120;;;; comp;316582..316986;;CDS;;85487;;;;135; ;;;;;;;;;; ;402474..402953;;CDS;;125;125;;;160;125 ;403079..403154;;cca;+;17;;17;;; ;403172..403245;;gga;2x;149;;*149;;; ;403395..403471;;aga;cca gga aga;6;;6;;; ;403478..403553;;cca;;16;;16;;; ;403570..403643;;gga;;35;;35;;; ;403679..403755;;aga;;5;;5;;; ;403761..403836;;cac;;3;;3;;; ;403840..403914;;caa;2x;7;;7;;; ;403922..403997;;aaa;caa aaa cta ;18;;18;;; ;404016..404100;;cta;ggc gga ;5;;5;;; ;404106..404180;;ggc;;25;;25;;; ;404206..404279;;gga;;5;;5;;; ;404285..404360;;aag;;57;;57;;; ;404418..404492;;caa;;7;;7;;; ;404500..404575;;aaa;;18;;18;;; ;404594..404678;;cta;;5;;5;;; ;404684..404758;;ggc;;25;;25;;; ;404784..404857;;gga;;46;;46;;; ;404904..404980;;cga;;325;325;;;; <;405306..405467;;CDS;;8393;;;;54; ;;;;;;;;;; ;413861..415921;;CDS;;385;385;;;687; ;416307..417823;;16s;@5;132;;;;; ;417956..418032;;atc;;84;;;;; ;418117..421031;;23s;;71;;;;; ;421103..421177;;aac;;345;345;;;;345 ;421523..422449;;CDS;;63814;;;;309; ;;;;;;;;;; ;486264..486668;;CDS;;159;159;;;135;159 ;486828..486912;;tac;+;9;;9;;; ;486922..486997;;gta;3 tac;27;;27;;; ;487025..487099;;aca;2 gta;12;;12;;; ;487112..487196;;tac;2 aca;9;;9;;; ;487206..487281;;gta;;30;;30;;; ;487312..487386;;aca;;12;;12;;; ;487399..487483;;tac;;451;451;;;; ;487935..489110;;CDS;;50956;;;;392; ;;;;;;;;;; ;540067..540969;;CDS;;187;187;;;301;187 ;541157..541231;;tgg;;208;208;;;; ;541440..541820;;CDS;;97;;;;127; ;;;;;;;;;; comp;541918..542985;;CDS;;252;252;;;356;252 ;543238..543312;;tgg;;354;354;;;; ;543667..544683;;CDS;;347735;;;;339; ;;;;;;;;;; ;892419..893339;;CDS;;560;560;;;307; ;893900..895416;;16s;;137;;;;; ;895554..895629;;gca;;118;;;;; ;895748..898661;;23s;;204;;;;; ;898866..898982;;5s;;552;552;;;;*552 ;899535..900446;;CDS;;351;;;;304; ;;;;;;;;;; ;900798..902048;;CDS;;704;704;;;417; ;902753..904269;;16s;;339;;;;; ;904609..907522;;23s;;273;;;;; ;907796..907912;;5s;;69;69;;;;69 comp;907982..908449;;CDS;;43545;;;;156; ;;;;;;;;;; ;951995..952630;;CDS;;97;97;;;212;97 ;952728..952813;;ctc;;396;396;;;; ;953210..954919;;CDS;;784414;;;;570; ;;;;;;;;;; ;1739334..1739933;;CDS;;380;380;;;200;380 ;1740314..1740389;;cac;;3;;3;;; ;1740393..1740467;;cag;;5;;5;;; ;1740473..1740548;;aaa;;443;443;;;; comp;1740992..1742350;;CDS;;151829;;;;453; ;;;;;;;;;; ;1894180..1895406;;CDS;;34;34;;;409;34 comp;1895441..1895527;;ttg;;574;574;;;; ;1896102..1896794;;CDS;;200701;;;;231; ;;;;;;;;;; ;2097496..2097915;;CDS;;722;722;;;140; ;2098638..2100154;;16s;;502;;;;; ;2100657..2103569;;23s;;205;;;;; ;2103775..2103891;;5s;;315;315;;;;315 ;2104207..2104905;;CDS;;234313;;;;233; ;;;;;;;;;; ;2339219..2340322;;CDS;;662;662;;;368; ;2340985..2342501;;16s;;338;;;;; ;2342840..2345755;;23s;;140;;;;; ;2345896..2345970;;aac;;3;;;;; ;2345974..2346090;;5s;;429;429;;;;429 ;2346520..2348088;;CDS;;3574;;;;523; ;;;;;;;;;; ;2351663..2352139;;CDS;;568;568;;;159; ;2352708..2354224;;16s;;338;;;;; ;2354563..2357477;;23s;;140;;;;; ;2357618..2357692;;aac;;3;;;;; ;2357696..2357812;;5s;;90;90;;;;90 ;2357903..2358316;;CDS;;406783;;;;138; ;;;;;;;;;; ;2765100..2765525;;CDS;;625;625;;;142; ;2766151..2767667;;16s;;503;;;;; ;2768171..2771082;;23s;;202;;;;; ;2771285..2771401;;5s;;5;;;;; ;2771407..2771482;;ttc;;6;;;6;; ;2771489..2771565;;gac;;25;;;25;; ;2771591..2771665;;gaa;;448;448;;;;448 ;2772114..2774864;;CDS;;781818;;;;917; ;;;;;;;;;; ;3556683..3557051;;CDS;;565;565;;;123;*565 ;3557617..3557691;;gag;;925;925;;;; comp;3558617..3559759;;CDS;;192275;;;;381; ;;;;;;;;;; comp;3752035..3752652;;CDS;;245;245;;;206;245 comp;3752898..3752985;;agt;@1;711;711;;;; comp;3753697..3755112;;CDS;;501326;;;;472; ;;;;;;;;;; comp;4256439..4258403;;CDS;;267;267;;;655;267 comp;4258671..4258746;;aaa;;79;;79;;; comp;4258826..4258901;;cac;;7;;7;;; comp;4258909..4258985;;aga;;35;;35;;; comp;4259021..4259094;;gga;;752;752;;;; ;4259847..4260392;;CDS;;619853;;;;182; ;;;;;;;;;; comp;4880246..4880488;;CDS;;508;508;;;81;*508 comp;4880997..4881113;;5s;;274;;;;; comp;4881388..4884300;;23s;;578;;;;; comp;4884879..4886395;;16s;;703;703;;;; comp;4887099..4888034;;CDS;;1272704;;;;312; ;;;;;;;;;; comp;6160739..6161977;;CDS;;343;343;;;413; ;6162321..6162396;;cca;;242;242;;;;242 ;6162639..6163283;;CDS;;2040;;;;215; ;;;;;;;;;; ;6165324..6165734;;CDS;;222;222;;;137; comp;6165957..6166032;;ttc;;5;;;;; comp;6166038..6166154;;5s;@2;188;188;;;;188 ;6166343..6167074;;CDS;;8085;;;;244; ;;;;;;;;;; comp;6175160..6175597;;CDS;;249;249;;;146;249 comp;6175847..6175922;;gca;;1;;;1;; comp;6175924..6176000;;atgi;;44;;;;; comp;6176045..6176161;;5s;;138;;;;; comp;6176300..6179216;;23s;;339;;;;; comp;6179556..6181072;;16s;;567;567;;;; comp;6181640..6182446;;CDS;;223;;;;269; ;;;;;;;;;; ;6182670..6183419;;CDS;;190;190;;;250;190 comp;6183610..6183685;;aaa;+;5;;;;; comp;6183691..6183807;;5s;2 aaa;159;159;;;;159 comp;6183967..6184914;;CDS;@3;294;294;;;316;294 comp;6185209..6185284;;aaa;;7;;;;; comp;6185292..6185408;;5s;;138;;;;; comp;6185547..6188463;;23s;;339;;;;; comp;6188803..6190319;;16s;;771;771;;;; comp;6191091..6192203;;CDS;;7306;;;;371; ;;;;;;;;;; comp;6199510..6202059;;CDS;;661;661;;;850; comp;6202721..6202837;;5s;@4;139;;;;; comp;6202977..6205893;;23s;;339;;;;; comp;6206233..6207749;;16s;;1102;;;;; comp;6208852..6208968;;5s;;138;;;;; comp;6209107..6212023;;23s;;339;;;;; comp;6212363..6213879;;16s;;502;502;;;;*502 comp;6214382..6215329;;CDS;;90019;;;;316; ;;;;;;;;;; comp;6305349..6306314;;CDS;;123;123;;;322;123 comp;6306438..6306527;;tcc;;281;281;;;; comp;6306809..6307984;;CDS;;66527;;;;392; ;;;;;;;;;; ;6374512..6375684;;CDS;;125;125;;;391;125 comp;6375810..6375884;;agg;;303;303;;;; comp;6376188..6378578;;CDS;;13398;;;;797; ;;;;;;;;;; comp;6391977..6392753;;CDS;;114;114;;;259;114 comp;6392868..6392984;;5s;;134;;;;; comp;6393119..6396033;;23s;;214;;;;; comp;6396248..6397764;;16s;;1120;;;;; comp;6398885..6399001;;5s;;139;;;;; comp;6399141..6402055;;23s;;214;;;;; comp;6402270..6403786;;16s;;748;748;;;; comp;6404535..6405107;;CDS;;31702;;;;191; ;;;;;;;;;; ;6436810..6437790;;CDS;;192;192;;;327; comp;6437983..6438059;;gac;+;6;;6;;; comp;6438066..6438141;;gta;3x;14;;14;;; comp;6438156..6438230;;gaa;gac gta ;29;;29;;; comp;6438260..6438334;;aca;gaa aca – 1;10;;10;;; comp;6438345..6438421;;gac;;6;;6;;; comp;6438428..6438503;;gta;;16;;16;;; comp;6438520..6438594;;gaa;;29;;29;;; comp;6438624..6438698;;aca;;10;;10;;; comp;6438709..6438785;;gac;;6;;6;;; comp;6438792..6438867;;gta;;14;;14;;; comp;6438882..6438956;;gaa;;162;162;;;;162 comp;6439119..6439685;;CDS;;37865;;;;189; </pre> ====cbei cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_cumuls|cbei cumuls]] <pre> cbei cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;17;1;0;2;1;0;1;0;100;4 ;16 23 5s 0;7;20;34;3;50;2;50;2;200;19 ;16 atc gca;1;40;12;1;100;7;100;6;300;11 ;16 23 5s a;4;60;2;0;150;7;150;5;400;20 ;max a;4;80;2;0;200;9;200;7;500;6 ;a doubles;1;100;0;0;250;5;250;3;600;3 ;autres;6;120;0;0;300;6;300;5;700;2 ;total aas;19;140;0;0;350;6;350;2;800;1 sans ;opérons;20;160;1;0;400;4;400;1;900;4 ;1 aa;11;180;0;0;450;3;450;2;1000;1 ;max a;19;200;0;0;500;2;500;0;1100;0 ;a doubles;5;;3;0;;21;;4;;0 ;total aas;74;;54;6;;72;;37;;71 total aas;;93;;;;;;;;; remarques;;6;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;18;7;;350;;195;;328 ;;;variance;17;9;;225;;111;;206 </pre> ====cbei blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_blocs|cbei blocs]] <pre> cbei blocs;;;; 16s;213;503;339; 23s;108;202;138; 5s;14;5;44; atgi;atgi;ttc;atgi; ;;;; 16s;339;502;578; 23s;273;205;274; 5s;;;; ;;;; aaa;5;;; 5s;159;5s;139;134 cds;294;23s;339;214 aaa;7;16s;1102;1120 5s;138;5s;138;139 23s;339;23s;339;214 16s;;16s;; ;;;; 16s;338;338;16s;140 23s;140;140;gca;3 aac;3;3;atc;111 5s;aac;aac;23s;70 ;;;5s;5 ;;;ttc; ;;;; 16s;137;;16s;132 gca;118;;atc;84 23s;204;;23s;71 5s;;;aac; ;;;; ttc;5;;; 5s;;;; </pre> ====cbei distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_distribution|cbei distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4 aac 3 -5 et 3 >1;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt; aaa 2 +5 et 4 >1;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gca 2+16s, 2+5s;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;3;tgc; les +5s sont;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;3;agc;2 des 1-3aas;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt; ;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;2 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;2;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;3 ;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;1 ;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;3;gga;5 ;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; ;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;1;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 ;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;cbei;;11;;;;;11;;cbei;63;;;;;;63 </pre> ====cbei données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_données_intercalaires|cbei données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cbei;fx;fc;cbei;fx40;fc40;cbei;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;19;0;0;19;-1;;71;85;34;5s 16s;;;tRNA tRNA;;intra;tRNA tRNA;suite; ;0;10;6;249;1;3;55;-2;;0;119;120;1107;;;3;;gca atc;17;;cca ;1;20;12;375;2;1;39;-3;;0;125;252;1125;;;tRNA tRNA;;contig;149;;gga ;0;30;7;204;3;0;23;-4;2;83;187;443;5s CDS;;;1;;atgi;6;;aga 2;0;40;10;126;4;0;36;-5;1;0;275;34;552;69;;**;;gca;16;;cca ;0;50;10;119;5;0;17;-6;;0;664;574;315;188;;4;;ttc;35;;gga ;0;60;24;126;6;1;16;-7;;8;307;505;429;114;;**;;tgc;5;;aga ;1;70;30;98;7;0;8;-8;1;72;299;752;90;;;6;;ttc;3;;cac ;1;80;25;95;8;0;15;-9;;0;681;343;508;;;25;;gac;7;;caa ;2;90;19;100;9;0;23;-10;;5;76;222;159;;;**;;gaa;18;;aaa ;1;100;33;101;10;1;17;-11;;38;65;190;661;;;1;;gca;5;;cta ;0;110;34;103;11;3;48;-12;;0;90;125;23s 5s;;;**;;atgi;25;;ggc 1;1;120;29;89;12;2;51;-13;;4;125;192;70;;;tRNA tRNA;;;5;;gga 1;2;130;34;79;13;0;41;-14;;21;325;;204;;;30;;tca;57;;aag ;1;140;38;85;14;0;47;-15;;0;345;;273;;;241;;agc;7;;caa ;0;150;31;103;15;1;43;-16;;3;159;;205;;;18;;tca;18;;aaa ;1;160;47;86;16;2;29;-17;;21;451;;202;;;**;;agc;5;;cta ;1;170;32;86;17;0;25;-18;;0;187;;274;;;20;;tta;25;;ggc ;0;180;30;78;18;0;38;-19;;2;208;;138;;;7;;atgf;46;;gga 1;2;190;33;68;19;2;23;-20;;11;354;;138;;;6;;atgj;**;;cga 1;0;200;24;79;20;2;30;-21;1;0;97;;139;;;22;;tta;9;;tac ;1;210;38;63;21;2;32;-22;;1;396;;138;;;7;;atgf;27;;gta ;0;220;23;76;22;0;25;-23;;9;380;;134;;;6;;atgj;12;;aca 1;0;230;28;60;23;0;18;-24;;0;448;;139;;;21;;tta;9;;tac ;0;240;25;61;24;0;21;-25;1;1;565;;108;;;70;;atgf;30;;gta ;3;250;35;47;25;0;23;-26;1;10;248;;16s tRNA;;;21;;tta;12;;aca 1;0;260;23;60;26;1;22;-27;;0;13;;140;;gca;**;;atgf;**;;tac ;1;270;17;62;27;0;18;-28;;4;267;;132;;atc;234;;aac;3;;cac ;1;280;21;62;28;1;11;-29;;5;242;;137;;gca;439;;aac;5;;cag ;1;290;18;48;29;2;16;-30;;0;249;;tRNA 23s;;;**;;aac;**;;aaa ;2;300;26;53;30;1;18;-31;;0;294;;111;;atc;3;;gca;79;;aaa ;2;310;21;38;31;0;18;-32;;0;135;;84;;atc;**;;atc;7;;cac ;0;320;24;38;32;1;13;-33;;0;281;;71;;aac;4;;cta;35;;aga ;1;330;23;46;33;1;11;-34;;0;303;;118;;gca;**;;ggg;**;;gga ;0;340;17;36;34;2;12;-35;;4;162;;140;;aac;;;;6;;gac 1;1;350;18;40;35;0;13;-36;;0;CDS 16s;;140;;aac;;;;14;;gta ;1;360;15;28;36;1;9;-37;;1;548;;5s tRNA;;;;;;29;;gaa ;0;370;15;35;37;0;8;-38;1;4;390;;5;;ttc;;;;10;;aca ;1;380;18;35;38;2;11;-39;;0;565;;3;;aac;;;;6;;gac ;0;390;20;37;39;2;15;-40;;1;709;;3;;aac;;;;16;;gta ;1;400;13;25;40;1;16;-41;;1;727;;5;;ttc;;;;29;;gaa 4;5;reste;262;597;reste;1177;3037;-42;;0;667;;5;;ttc;;;;10;;aca 13;35;total;1208;4015;total;1212;4010;-43;;1;573;;44;;atgi;;;;6;;gac 9;30;diagr;946;3399;diagr;35;954;-44;;2;282;;5;;aaa;;;;14;;gta 0;1; t30;25;828;;;;-45;;0;703;;7;;aaa;;;;**;;gaa ;;;;;;;;-46;1;0;572;;14;;atgi;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;776;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;507;;;;;;;;;; ;x;1212;10;0;1222;;;-49;;1;753;;;;;;;;;; ;c;3991;390;19;4400;;;-50;;1;501;;;;;;;;;; ;;;;;5622;192;;reste;1;4;;;;;;;;;;; ;;;;;;5814;;total;10;390;;;;;;;;;;; </pre> =====cbei autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires_aas|cbei autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbei;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas ;tRNA;15;1;;atgi ;tRNA;93;85;;gca fin;CDS;254;;; deb;CDS;2710;119;; ;tRNA;3057;30;;tca ;tRNA;3178;241;;agc ;tRNA;3510;18;;tca ;tRNA;3619;125;;agc fin;CDS;3835;;; deb;CDS;13821;187;; ;tRNA;14914;34;;cgt fin;CDS;15023;;comp; deb;CDS;124928;275;; ;tRNA;125614;20;;tta ;tRNA;125723;7;;atgf ;tRNA;125806;6;;atgj ;tRNA;125889;22;;tta ;tRNA;126000;7;;atgf ;tRNA;126083;6;;atgj ;tRNA;126166;21;;tta ;tRNA;126276;70;;atgf ;tRNA;126422;21;;tta ;tRNA;126532;664;;atgf fin;CDS;127272;;; deb;CDS;138638;307;; ;tRNA;140451;234;;aac ;tRNA;140760;439;;aac ;tRNA;141274;299;;aac fin;CDS;141648;;; deb;CDS;144627;548;; 16s;rRNA;146198;140;; ;tRNA;147850;3;;gca ;tRNA;147929;111;;atc 23s;rRNA;148117;70;; 5s;rRNA;151101;5;; ;tRNA;151223;4;;ttc ;tRNA;151303;681;;tgc fin;CDS;152059;;; deb;CDS;177450;76;; ;tRNA;178174;65;;acc fin;CDS;178315;;; deb;CDS;313730;90;; ;tRNA;316298;4;;cta ;tRNA;316387;120;;ggg fin;CDS;316582;;comp; deb;CDS;402474;125;; ;tRNA;403079;17;;cca ;tRNA;403172;149;;gga ;tRNA;403395;6;;aga ;tRNA;403478;16;;cca ;tRNA;403570;35;;gga ;tRNA;403679;5;;aga ;tRNA;403761;3;;cac ;tRNA;403840;7;;caa ;tRNA;403922;18;;aaa ;tRNA;404016;5;;cta ;tRNA;404106;25;;ggc ;tRNA;404206;5;;gga ;tRNA;404285;57;;aag ;tRNA;404418;7;;caa ;tRNA;404500;18;;aaa ;tRNA;404594;5;;cta ;tRNA;404684;25;;ggc ;tRNA;404784;46;;gga ;tRNA;404904;325;;cga fin;CDS;405306;;; deb;CDS;413861;390;; 16s;rRNA;416312;132;; ;tRNA;417956;84;;atc 23s;rRNA;418117;71;; ;tRNA;421103;345;;aac fin;CDS;421523;;; deb;CDS;486264;159;; ;tRNA;486828;9;;tac ;tRNA;486922;27;;gta ;tRNA;487025;12;;aca ;tRNA;487112;9;;tac ;tRNA;487206;30;;gta ;tRNA;487312;12;;aca ;tRNA;487399;451;;tac fin;CDS;487935;;; deb;CDS;540067;187;; ;tRNA;541157;208;;tgg fin;CDS;541440;;; deb;CDS;541918;252;comp; ;tRNA;543238;354;; fin;CDS;543667;;; deb;CDS;772270;262;; ;tmRNA;774356;871;; fin;CDS;775585;;; deb;CDS;892419;565;; 16s;rRNA;893905;137;; ;tRNA;895554;118;;gca 23s;rRNA;895748;204;; 5s;rRNA;898866;552;; fin;CDS;899535;;; deb;CDS;900798;709;; 16s;rRNA;902758;339;; 23s;rRNA;904609;273;; 5s;rRNA;907796;69;; fin;CDS;907982;;comp; deb;CDS;951995;97;; ;tRNA;952728;396;;ctc fin;CDS;953210;;; deb;CDS;1017389;70;; ;ncRNA;1017765;758;; fin;CDS;1018872;;; deb;CDS;1646835;56;; ;ncRNA;1647290;182;; fin;CDS;1647666;;comp; deb;CDS;1739334;380;; ;tRNA;1740314;3;;cac ;tRNA;1740393;5;;cag ;tRNA;1740473;443;;aaa fin;CDS;1740992;;comp; deb;CDS;1846157;-183;; ;gene;1847876;588;; fin;CDS;1848647;;; deb;CDS;1894180;34;; ;tRNA;1895441;574;comp;ttg fin;CDS;1896102;;; deb;CDS;2097496;727;; 16s;rRNA;2098643;502;; 23s;rRNA;2100657;205;; 5s;rRNA;2103775;315;; fin;CDS;2104207;;; deb;CDS;2296804;104;; ;ncRNA;2297577;380;comp; fin;CDS;2298150;;; deb;CDS;2305297;275;; ;ncRNA;2306778;230;comp; fin;CDS;2307274;;; deb;CDS;2339219;667;; 16s;rRNA;2340990;338;; 23s;rRNA;2342840;140;; ;tRNA;2345896;3;;aac 5s;rRNA;2345974;429;; fin;CDS;2346520;;; deb;CDS;2351663;573;; 16s;rRNA;2352713;338;; 23s;rRNA;2354563;140;; ;tRNA;2357618;3;;aac 5s;rRNA;2357696;90;; fin;CDS;2357903;;; deb;CDS;2765706;282;; 16s;rRNA;2766156;503;; 23s;rRNA;2768171;202;; 5s;rRNA;2771285;5;; ;tRNA;2771407;6;;ttc ;tRNA;2771489;25;;gac ;tRNA;2771591;448;;gaa fin;CDS;2772114;;; deb;CDS;3556683;565;; ;tRNA;3557617;505;;gag fin;CDS;3558197;;comp; deb;CDS;3752035;248;comp; ;tRNA;3752901;13;comp;agt fin;CDS;3752999;;comp; deb;CDS;4256439;267;comp; ;tRNA;4258671;79;comp;aaa ;tRNA;4258826;7;comp;cac ;tRNA;4258909;35;comp;aga ;tRNA;4259021;752;comp;gga fin;CDS;4259847;;; deb;CDS;4880246;508;comp; 5s;rRNA;4880997;274;comp; 23s;rRNA;4881388;578;comp; 16s;rRNA;4884879;703;comp; fin;CDS;4887099;;comp; deb;CDS;6160739;343;comp; ;tRNA;6162321;242;;cca fin;CDS;6162639;;; deb;CDS;6165324;222;; ;tRNA;6165957;5;comp;ttc 5s;rRNA;6166038;188;comp; fin;CDS;6166343;;; deb;CDS;6175160;249;comp; ;tRNA;6175847;1;comp;gca ;tRNA;6175924;44;comp;atgi 5s;rRNA;6176045;138;comp; 23s;rRNA;6176300;339;comp; 16s;rRNA;6179556;572;comp; fin;CDS;6181640;;comp; deb;CDS;6182670;190;; ;tRNA;6183610;5;comp;aaa 5s;rRNA;6183691;159;comp; deb;CDS;6183967;294;comp; ;tRNA;6185209;7;comp;aaa 5s;rRNA;6185292;138;comp; 23s;rRNA;6185547;339;comp; 16s;rRNA;6188803;776;comp; fin;CDS;6191091;;comp; deb;CDS;6199510;661;comp; 5s;rRNA;6202721;139;comp; 23s;rRNA;6202977;339;comp; 16s;rRNA;6206233;1107;comp; 5s;rRNA;6208852;138;comp; 23s;rRNA;6209107;339;comp; 16s;rRNA;6212363;507;comp; fin;CDS;6214382;;comp; deb;CDS;6256716;154;; ;ncRNA;6257755;316;comp; fin;CDS;6258338;;comp; deb;CDS;6305349;135;comp; ;tRNA;6306438;281;comp;tcc fin;CDS;6306809;;comp; deb;CDS;6374512;125;; ;tRNA;6375810;303;comp;agg fin;CDS;6376188;;comp; deb;CDS;6391977;114;comp; 5s;rRNA;6392868;134;comp; 23s;rRNA;6393119;214;comp; 16s;rRNA;6396248;1125;comp; 5s;rRNA;6398885;139;comp; 23s;rRNA;6399141;214;comp; 16s;rRNA;6402270;753;comp; fin;CDS;6404535;;comp; deb;CDS;6436810;192;; ;tRNA;6437983;6;comp;gac ;tRNA;6438066;14;comp;gta ;tRNA;6438156;29;comp;gaa ;tRNA;6438260;10;comp;aca ;tRNA;6438345;6;comp;gac ;tRNA;6438428;16;comp;gta ;tRNA;6438520;29;comp;gaa ;tRNA;6438624;10;comp;aca ;tRNA;6438709;6;comp;gac ;tRNA;6438792;14;comp;gta ;tRNA;6438882;162;comp;gaa fin;CDS;6439119;;comp; deb;CDS;6477551;501;; 16s;rRNA;6480533;213;; 23s;rRNA;6482258;108;; 5s;rRNA;6485280;14;; </pre> ====cbei intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_entre_cds|cbei intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> cbei;2.2.21 Paris;;cbei 31.7.20;;;;;;;;; cbei;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;400;7.1;'''négatif ;-11;12;-1 à -64;'''6 485 394;-1;400;610;14 ;'''zéro;19;0.3;;;;;'''intercals;0;19;620;19 ;'''1 à 200;2957;52.6;'''0 à 200;83;61;;'''1 159 420;5;174;630;8 ;'''201 à 370;1240;22.1;'''201 à 370;275;48;;'''17.9%;10;81;640;14 ;'''371 à 600;713;12.7;'''371 à 600;464;66;;;15;236;650;10 ;'''601 à max;293;5.2;'''601 à 1028;808;203;;;20;151;660;8 ;'''total 5623;<201;60.0;'''total 5620;205;211;-64 à 1555;;25;121;670;13 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;90;680;7 1860894;2121;-1;400;-70;1;;0;19;35;71;690;9 1898453;1881;0;19;-60;4;;-1;°71;40;65;700;14 4639922;1555;1;°58;-50;1;;-2;0;45;61;710;7 6361933;1545;2;°40;-40;8;;-3;0;50;68;720;8 5176736;1499;3;23;-30;10;'''min à -1;-4;°85;55;81;730;6 2532196;1482;4;36;-20;44;400;-5;1;60;69;740;12 3181990;1469;5;17;-10;94;7.1%;-6;0;65;68;750;5 4033167;1431;6;17;0;257;;-7;8;70;60;760;6 4590435;1429;7;8;10;255;;-8;°73;75;70;770;7 3571512;1391;8;15;20;387;;-9;0;80;50;780;4 4428508;1372;9;23;30;211;;-10;5;85;61;790;8 5504697;1348;10;18;40;136;;-11;°38;90;58;800;4 1486045;1326;11;°51;50;129;;-12;0;95;76;810;2 2570075;1302;12;°53;60;150;;-13;4;100;58;820;6 4602139;1289;13;41;70;128;'''1 à 100;-14;°21;105;68;830;5 3981561;1239;14;°47;80;120;1769;-15;0;110;69;840;5 4621836;1226;15;°44;90;119;31.5%;-16;3;115;53;850;3 4088892;1221;16;31;100;134;;-17;°21;120;65;860;2 4296061;1207;17;25;110;137;;-18;0;125;48;870;2 6061011;1205;18;°38;120;118;;-19;2;130;65;880;5 2648455;1201;19;25;130;113;;-20;°11;135;65;890;2 4064421;1178;20;32;140;123;;-21;1;140;58;900;4 4839562;1176;21;°34;150;134;;-22;1;145;67;910;4 3909835;1173;22;25;160;133;;-23;°9;150;67;920;4 2456047;1153;23;18;170;118;'''1 à 200;-24;0;155;65;930;1 3569689;1127;24;21;180;108;2957;-25;2;160;68;940;2 3023607;1112;25;°23;190;101;52.6%;-26;°11;165;64;950;0 4726206;1107;26;°23;200;103;;-27;0;170;54;960;3 1550735;1102;27;18;210;101;;-28;4;175;53;970;3 4395515;1078;28;12;220;99;;-29;°5;180;55;980;1 1099864;1072;29;18;230;88;;-30;0;185;44;990;2 3075992;1065;30;°19;240;86;;-31;0;190;57;1000;4 3857530;1064;31;°18;250;82;'''0 à 200;-32;0;195;51;1010;3 776201;1058;32;14;260;83;2976;;395;200;52;1020;4 2291086;1058;33;12;270;79;;reste;24;205;53;1030;2 5939293;1054;34;°14;280;83;;total;419;210;48;1040;3 2680682;1051;35;°13;290;66;;;;215;38;1050;0 3035780;1051;36;10;300;79;;;;220;61;1060;5 4035399;1040;37;8;310;59;;'''intercal;'''<u>frequencef;225;45;1070;2 6351672;1032;38;13;320;62;;600;5330;230;43;1080;2 2453621;1031;39;°17;330;69;;650;65;235;40;1090;0 5871985;1027;40;°17;340;53;'''201 à 370;700;51;240;46;1100;0 5197163;1021;reste;4215;350;58;1240;750;38;245;39;1110;2 ;;total;5623;360;43;22.1%;800;29;250;43;1120;1 ;;;;370;50;;850;21;255;46;1130;1 ;;;;380;53;;900;15;260;37;1140;0 ;;;;390;57;;950;11;265;38;1150;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;38;;1000;13;270;41;1160;1 4624137;-110;shift 2;673;410;48;;1050;12;275;48;1170;0 1868484;-64;shift 2;608;420;44;;1100;9;280;35;1180;3 3204859;-64;shift 2;665;430;32;;1150;4;285;37;1190;0 2485518;-62;shift 2;184;440;36;;1200;4;290;29;1200;0 3963063;-60;;;450;42;;1250;6;295;41;reste;21 2029018;-50;;;460;39;;1300;1;300;38;total;293 5912545;-49;;;470;28;;1350;3;305;30;; 5354783;-47;;;480;27;;1400;2;310;29;; 1515675;-46;;;490;24;;1450;2;315;28;; 4067020;-44;;;500;28;;1500;3;320;34;; 5920392;-44;;;510;23;;1550;1;325;33;; 1552479;-43;;;520;19;;1600;1;330;36;; 330305;-41;;;530;23;;;291;335;26;; 4488902;-40;;;540;27;'''371 à 600;;;340;27;; 2489800;-38;;;550;18;714;;;345;33;; 2856876;-38;;;560;27;12.7%;;;350;25;; 4401424;-38;;;570;21;;;;355;26;; 4678887;-38;;;580;20;'''601 à max;;;360;17;; 5785183;-38;;;590;20;293;;;365;28;; 3964014;-37;;;600;20;5.2%;;;370;22;; 1257344;-35;;;reste;293;;reste;2;reste;1007;; 4675094;-35;;;total;5623;;total;5623;total;5623;; </pre> ====cbei intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cbei Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;20.2.22; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; pmq;min10;1613;4170;5783;455;-834;-652;182;-867;-826;-61;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; 32;217;0.15;1926;5302;3;5;22;142;68;1155;-203;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; cbei;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;32;-258;570;-3.2;723;269;max160;&-46;339;-824;83;780;246;min50 31 à 400;12.7;-134;357;3.5;790;352;*;&-1.4;16;-123;40;937;391;1 partie droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;5;26;-;4;poly;708;tF;&123;50;-;566;poly;214;SF 31 à 400;36;30;-;345;poly;445;tF *;&75;37;-;929;dte;8;Sf * diagramme en effectifs de 1 à 600;;;;;;;;;;;;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélation et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;;;;; 41-n;0.402;-0.509;-0.375;;;;;0.272;;;;;;;;complément à 800;; 1-n;-0.290;-0.649;-0.648;;;;;;;;;20.2.22;;;;effectifs;; cbei;fx;fc;;cbei;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbei;Sx-;Sc-;;cbei;fx;fc 0;0;19;;0;0;6;0;0;19;>0;1212;-1;;71;;410;17;31 10;6;249;;10;6;73;1;3;55;<0;10;-2;;0;;420;12;32 20;12;375;;20;13;110;2;1;39;zéro;0;-3;;0;;430;6;26 30;7;204;;30;7;60;3;0;23;total;1222;-4;2;83;;440;11;25 40;10;126;;40;11;37;4;0;36;;c;-5;1;0;;450;19;23 50;10;119;;50;11;35;5;0;17;>0;3991;-6;;0;;460;13;26 60;24;126;;60;25;37;6;1;16;<0;390;-7;;8;;470;11;17 70;30;98;;70;32;29;7;0;8;zéro;19;-8;1;72;;480;6;21 80;25;95;;80;26;28;8;0;15;total;4400;-9;;0;;490;9;15 90;19;100;;90;20;29;9;0;23;;;-10;;5;;500;10;18 100;33;101;;100;35;30;10;1;17;total;5622;-11;;38;;510;6;16 110;34;103;;110;36;30;11;3;48;;;-12;;0;;520;2;17 120;29;89;;120;31;26;12;2;51;;;-13;;4;;530;5;18 130;34;79;;130;36;23;13;0;41;;5203;-14;;21;;540;7;20 140;38;85;;140;40;25;14;0;47;;;-15;;0;;550;5;13 150;32;102;;150;34;30;15;1;43;;;-16;;3;;560;12;15 160;47;86;;160;49;25;16;2;29;;;-17;;21;;570;7;14 170;33;85;;170;35;25;17;0;25;;;-18;;0;;580;4;16 180;30;78;;180;32;23;18;0;38;;;-19;;2;;590;9;11 190;33;68;;190;35;20;19;2;23;;;-20;;11;;600;9;11 200;24;79;;200;25;23;20;2;30;;;-21;1;0;;610;2;12 210;38;63;;210;40;19;21;2;32;;;-22;;1;;620;4;15 220;24;75;;220;25;22;22;0;25;;;-23;;9;;630;3;5 230;28;60;;230;29;18;23;0;18;;;-24;;0;;640;4;10 240;25;61;;240;26;18;24;0;21;;;-25;1;1;;650;2;8 250;35;47;;250;37;14;25;0;23;;;-26;1;10;;660;3;5 260;23;60;;260;24;18;26;1;22;;;-27;;0;;670;3;10 270;18;61;;270;19;18;27;0;18;;;-28;;4;;680;4;3 280;21;62;;280;22;18;28;1;11;;;-29;;5;;690;1;8 290;18;48;;290;19;14;29;2;16;;;-30;;0;;700;6;8 300;26;53;;300;27;16;30;1;18;;;-31;;0;;710;3;4 310;21;38;;310;22;11;31;0;18;;;-32;;0;;720;2;6 320;24;38;;320;25;11;32;1;13;;;-33;;0;;730;3;3 330;23;46;;330;24;14;33;1;11;;;-34;;0;;740;5;7 340;17;36;;340;18;11;34;2;12;;;-35;;4;;750;2;3 350;18;40;;350;19;12;35;0;13;;;-36;;0;;760;1;5 360;15;28;;360;16;8;36;1;9;;;-37;;1;;770;1;6 370;15;35;;370;16;10;37;0;8;;;-38;1;4;;780;1;3 380;18;35;;380;19;10;38;2;11;;;-39;;0;;790;0;8 390;20;37;;390;21;11;39;2;15;;;-40;;1;;800;1;3 400;13;25;;400;14;7;40;1;16;;;-41;;1;;reste;31;79 reste;262;596;;;;;reste;1177;3037;;;-42;;0;;total;231;517 total;1212;4010;;t30;26;244;total;1212;4010;;;-43;;1;;;; diagr;950;3395;;;;;diagr;35;954;;;-44;;2;;;; - t30;925;2567;;;;;;;;;;-45;;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-46;1;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-47;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;-48;;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-49;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;-50;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;reste;1;4;;;; ;;;;;;;;;;;;total;10;390;;;; </pre> ====cbei intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_négatifs_S-|cbei intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;3;1;;;1;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;;;;;1;11 continu;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;total ;Sx-;0;0;0;3;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;11 ;Sc-;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389 </pre> ====cbei autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires|cbei autres intercalaires]] <pre> cbei;autres intercalaires;;adresses1;;;cbei;autres intercalaires;;adresses2;;;cbei;autres intercalaires;;adresses3;; ;&tRNA;15;1;;;deb;°CDS;540067;187;;;deb;°CDS;4256439;267;comp; ;&tRNA;93;85;;;;&tRNA;541157;208;;;;&tRNA;4258671;79;comp; fin;°CDS;254;;;;fin;°CDS;541440;;;;;&tRNA;4258826;7;comp; deb;°CDS;2710;119;;;deb;°CDS;541918;252;comp;;;&tRNA;4258909;35;comp; ;&tRNA;3057;30;;;;&tRNA;543238;354;;;;&tRNA;4259021;752;comp; ;&tRNA;3178;241;;;fin;°CDS;543667;;;;fin;°CDS;4259847;;; ;&tRNA;3510;18;;;deb;°CDS;772270;262;;;deb;°CDS;4880246;508;comp; ;&tRNA;3619;125;;;;tmRNA;774356;871;;;;$rRNA;4880997;274;comp; fin;°CDS;3835;;;;fin;°CDS;775585;;;;;$rRNA;4881388;578;comp; deb;°CDS;13821;187;;;deb;°CDS;892419;565;;;;$rRNA;4884879;703;comp; ;&tRNA;14914;34;;;;$rRNA;893905;137;;;fin;°CDS;4887099;;comp; fin;°CDS;15023;;comp;;;&tRNA;895554;118;;;deb;°CDS;6160739;343;comp; deb;°CDS;124928;275;;;;$rRNA;895748;204;;;;&tRNA;6162321;242;; ;&tRNA;125614;20;;;;$rRNA;898866;552;;;fin;°CDS;6162639;;; ;&tRNA;125723;7;;;fin;°CDS;899535;;;;deb;°CDS;6165324;222;; ;&tRNA;125806;6;;;deb;°CDS;900798;709;;;;&tRNA;6165957;5;comp; ;&tRNA;125889;22;;;;$rRNA;902758;339;;;;$rRNA;6166038;188;comp; ;&tRNA;126000;7;;;;$rRNA;904609;273;;;fin;°CDS;6166343;;; ;&tRNA;126083;6;;;;$rRNA;907796;69;;;deb;°CDS;6175160;249;comp; ;&tRNA;126166;21;;;fin;°CDS;907982;;comp;;;&tRNA;6175847;1;comp; ;&tRNA;126276;70;;;deb;°CDS;951995;97;;;;&tRNA;6175924;44;comp; ;&tRNA;126422;21;;;;&tRNA;952728;396;;;;$rRNA;6176045;138;comp; ;&tRNA;126532;664;;;fin;°CDS;953210;;;;;$rRNA;6176300;339;comp; fin;°CDS;127272;;;;deb;°CDS;1017389;70;;;;$rRNA;6179556;572;comp; deb;°CDS;138638;307;;;;ncRNA;1017765;758;;;fin;°CDS;6181640;;comp; ;&tRNA;140451;234;;;fin;°CDS;1018872;;;;deb;°CDS;6182670;190;; ;&tRNA;140760;439;;;deb;°CDS;1646835;56;;;;&tRNA;6183610;5;comp; ;&tRNA;141274;299;;;;ncRNA;1647290;182;;;;$rRNA;6183691;159;comp; fin;°CDS;141648;;;;fin;°CDS;1647666;;comp;;deb;°CDS;6183967;294;comp; deb;°CDS;144627;548;;;deb;°CDS;1739334;380;;;;&tRNA;6185209;7;comp; ;$rRNA;146198;140;;;;&tRNA;1740314;3;;;;$rRNA;6185292;138;comp; ;&tRNA;147850;3;;;;&tRNA;1740393;5;;;;$rRNA;6185547;339;comp; ;&tRNA;147929;111;;;;&tRNA;1740473;443;;;;$rRNA;6188803;776;comp; ;$rRNA;148117;70;;;fin;°CDS;1740992;;comp;;fin;°CDS;6191091;;comp; ;$rRNA;151101;5;;;deb;°CDS;1846157;-183;;;deb;°CDS;6199510;661;comp; ;&tRNA;151223;4;;;;gene;1847876;588;;;;$rRNA;6202721;139;comp; ;&tRNA;151303;681;;;fin;°CDS;1848647;;;;;$rRNA;6202977;339;comp; fin;°CDS;152059;;;;deb;°CDS;1894180;34;;;;$rRNA;6206233;1107;comp; deb;°CDS;177450;76;;;;&tRNA;1895441;574;comp;;;$rRNA;6208852;138;comp; ;&tRNA;178174;65;;;fin;°CDS;1896102;;;;;$rRNA;6209107;339;comp; fin;°CDS;178315;;;;deb;°CDS;2097496;727;;;;$rRNA;6212363;507;comp; deb;°CDS;313730;90;;;;$rRNA;2098643;502;;;fin;°CDS;6214382;;comp; ;&tRNA;316298;4;;;;$rRNA;2100657;205;;;deb;°CDS;6256716;154;; ;&tRNA;316387;120;;;;$rRNA;2103775;315;;;;ncRNA;6257755;316;comp; fin;°CDS;316582;;comp;;fin;°CDS;2104207;;;;fin;°CDS;6258338;;comp; deb;°CDS;402474;125;;;deb;°CDS;2296804;104;;;deb;°CDS;6305349;135;comp; ;&tRNA;403079;17;;;;ncRNA;2297577;380;comp;;;&tRNA;6306438;281;comp; ;&tRNA;403172;149;;;fin;°CDS;2298150;;;;fin;°CDS;6306809;;comp; ;&tRNA;403395;6;;;deb;°CDS;2305297;275;;;deb;°CDS;6374512;125;; ;&tRNA;403478;16;;;;ncRNA;2306778;230;comp;;;&tRNA;6375810;303;comp; ;&tRNA;403570;35;;;fin;°CDS;2307274;;;;fin;°CDS;6376188;;comp; ;&tRNA;403679;5;;;deb;°CDS;2339219;667;;;deb;°CDS;6391977;114;comp; ;&tRNA;403761;3;;;;$rRNA;2340990;338;;;;$rRNA;6392868;134;comp; ;&tRNA;403840;7;;;;$rRNA;2342840;140;;;;$rRNA;6393119;214;comp; ;&tRNA;403922;18;;;;&tRNA;2345896;3;;;;$rRNA;6396248;1125;comp; ;&tRNA;404016;5;;;;$rRNA;2345974;429;;;;$rRNA;6398885;139;comp; ;&tRNA;404106;25;;;fin;°CDS;2346520;;;;;$rRNA;6399141;214;comp; ;&tRNA;404206;5;;;deb;°CDS;2351663;573;;;;$rRNA;6402270;753;comp; ;&tRNA;404285;57;;;;$rRNA;2352713;338;;;fin;°CDS;6404535;;comp; ;&tRNA;404418;7;;;;$rRNA;2354563;140;;;deb;°CDS;6436810;192;; ;&tRNA;404500;18;;;;&tRNA;2357618;3;;;;&tRNA;6437983;6;comp; ;&tRNA;404594;5;;;;$rRNA;2357696;90;;;;&tRNA;6438066;14;comp; ;&tRNA;404684;25;;;fin;°CDS;2357903;;;;;&tRNA;6438156;29;comp; ;&tRNA;404784;46;;;deb;°CDS;2765706;282;;;;&tRNA;6438260;10;comp; ;&tRNA;404904;325;;;;$rRNA;2766156;503;;;;&tRNA;6438345;6;comp; fin;°CDS;405306;;;;;$rRNA;2768171;202;;;;&tRNA;6438428;16;comp; deb;°CDS;413861;390;;;;$rRNA;2771285;5;;;;&tRNA;6438520;29;comp; ;$rRNA;416312;132;;;;&tRNA;2771407;6;;;;&tRNA;6438624;10;comp; ;&tRNA;417956;84;;;;&tRNA;2771489;25;;;;&tRNA;6438709;6;comp; ;$rRNA;418117;71;;;;&tRNA;2771591;448;;;;&tRNA;6438792;14;comp; ;&tRNA;421103;345;;;fin;°CDS;2772114;;;;;&tRNA;6438882;162;comp; fin;°CDS;421523;;;;deb;°CDS;3556683;565;;;fin;°CDS;6439119;;comp; deb;°CDS;486264;159;;;;&tRNA;3557617;505;;;deb;°CDS;6477551;501;;erreur à corriger ;&tRNA;486828;9;;;fin;°CDS;3558197;;comp;;;$rRNA;6480533;213;; ;&tRNA;486922;27;;;deb;°CDS;3752035;248;comp;;;$rRNA;6482258;108;; ;&tRNA;487025;12;;;;&tRNA;3752901;13;comp;;;$rRNA;6485280;14;; ;&tRNA;487112;9;;;fin;°CDS;3752999;;comp;;;;;;; ;&tRNA;487206;30;;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;487312;12;;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;487399;451;;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;487935;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cbei intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_tRNA-cds|cbei intercalaires tRNA-cds]] <pre> cbei;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;85;;76;13;; ;119;;125;;90;65;deb; ;187;comp’;34;;97;85;<201;9 ;275;;664;;119;125;total;17 ;307;;299;;125;162;taux;53% ;;;681;;135;208;; ;76;;65;;159;242;fin; ;90;comp’;120;;187;281;<201;5 ;125;;325;;187;299;total;18 ;;;345;;248;303;taux;28% ;159;;451;;249;325;; ;187;;208;;267;345;total; comp’;252;;354;;275;354;<201;14 ;97;;396;;294;396;total;35 ;380;comp’;443;;307;448;taux;40% comp’;34;comp’;574;;380;451;; ;;;448;;565;664;; ;565;comp’;505;;-;681;comp’;cumuls ;248;;13;;34;120;deb;4 ;267;comp’;752;;125;443;;7 comp’;343;;242;;190;505;fin;1 comp’;222;;;;192;574;;5 ;249;;;;222;752;total; comp’;190;;;;252;-;<201;5 ;294;;;;343;-;total;12 ;135;;281;;;;taux;42% comp’;125;;303;;;;; comp’;192;;162;;;;; ;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;; ;<201;13;6;19;;;; ;total;24;23;47;;;; ;taux;54%;26%;40%;;;; </pre> ===afn=== ====afn opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_opérons|afn opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Acid_ferm_DSM_20731/;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_013740.1;afn;;;; 56%GC;30.6.19 Paris;16s 6;60;doubles;intercalaires ;Acidaminococcus fermentans DSM 20731;;;; ;24678..26242;;16s;@1;359 ;26602..29507;;23s;;228 ;29736..29852;;5s;; ;;;;; ;36819..36894;;acg;; ;;;;; ;57713..59277;;16s;;359 ;59637..62543;;23s;;228 ;62772..62888;;5s;; ;;;;; ;169459..169534;;gcc;; ;;;;; ;249791..249867;;agg;; ;;;;; comp;274627..274703;;cgt;; ;;;;; ;311123..311198;;aca;;22 ;311221..311305;;tac;;5 ;311311..311386;;atg;;3 ;311390..311465;;acc;;6 ;311472..311548;;atgf;; ;;;;; ;380482..382046;;16s;;251 ;382298..385204;;23s;;229 ;385434..385550;;5s;; ;;;;; ;461553..461627;;aac;;3 ;461631..461705;;gaa;;8 ;461714..461789;;gta;;50 ;461840..461916;;cca;;11 ;461928..462001;;gga;;8 ;462010..462086;;aga;; ;;;;; ;526984..527070;;ctg;+;30 ;527101..527186;;ctc;2 ctg;52 ;527239..527325;;ctg;; ;;;;; ;578049..578123;;ggc;; ;;;;; ;636984..638548;;16s;@2;94 ;638643..638719;;atc;;66 ;638786..638861;;gca;;273 ;639135..642040;;23s;;139 ;642180..642296;;5s;; ;;;;; ;712229..712304;;cac;;18 ;712323..712398;;caa;;3 ;712402..712477;;aaa;;16 ;712494..712577;;cta;; ;;;;; comp;724421..724497;;gtc;; ;;;;; ;774880..774956;;gac;;4 ;774961..775036;;ttc;;8 ;775045..775119;;ggc;;9 ;775129..775202;;tgc;;13 ;775216..775304;;tta;; ;;;;; ;796654..796728;;cgg;; ;;;;; ;842393..842469;;gac;;2 ;842472..842547;;ttc;;8 ;842556..842630;;ggc;;9 ;842640..842713;;tgc;; ;;;;; ;889670..889746;;ccc;; ;;;;; ;906136..906210;;aac;; ;;;;; ;1022783..1022859;;gac;;2 ;1022862..1022936;;ggc;;1 ;1022938..1023011;;tgg;; ;;;;; ;1555201..1555277;;ccg;; ;;;;; comp;1567911..1567999;;tca;; ;;;;; comp;1613773..1613863;;agc;; ;;;;; ;1702659..1702744;;ttg;; ;;;;; comp;1711770..1711886;;5s;;228 comp;1712115..1715021;;23s;;359 comp;1715381..1716945;;16s;; ;;;;; comp;1823852..1823927;;gta;;6 comp;1823934..1824008;;gaa;;8 comp;1824017..1824092;;aag;; ;;;;; ;1909446..1909536;;tcc;; ;;;;; comp;1911342..1911429;;tcg;; ;;;;; comp;1974984..1975058;;atgi;; ;;;;; comp;1984782..1984856;;gag;;12 comp;1984869..1984942;;cag;+;111 comp;1985054..1985127;;cag;2 cag; ;;;;; comp;2072279..2072395;;5s;;228 comp;2072624..2075529;;23s;;298 comp;2075828..2075903;;gca;;66 comp;2075970..2076046;;atc;;94 comp;2076141..2077705;;16s;; ;;;;; ;2148343..2148418;;gcg;; ;;;;; comp;2287117..2287192;;aaa;; ;;;;; comp;2303018..2303094;;gtg;; ;;;;; comp;2323563..2323636;;ggg;; </pre> ====afn cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_cumuls|afn cumuls]] <pre> afn cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;6;1;1;- ;16 23 5s 0;4;20;21; ;16 atc gca;2;40;2; ;16 23 5s a;0;60;2; ;max a;2;80;0; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;1; ;total aas;4;140;0; sans ;opérons;29;160;0; ;1 aa;20;180;0; ;max a;6;200;0; ;a doubles;2;;0; ;total aas;56;;27;0 total aas;;60;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;16; ;;;variance;23; sans jaune;;;moyenne;12; ;;;variance;13; </pre> ====afn blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_blocs|afn blocs]] <pre> afn blocs;;;;;; 16s;359;1565;359;1565;251;1565 23s;228;2906;228;2907;229;2907 5s;;117;;117;;117 ;;;;;; 16s;94;1565;;5s;228;117 atc;66;;;23s;298;2906 gca;273;;;gca;66; 23s;139;2906;;atc;94; 5s;;117;;16s;;1565 ;;;;;; 5s;228;117;;;; 23s;359;2907;;;; 16s;;1565;;;; </pre> ====afn remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_remarques|afn remarques]] <pre> afn;;;;;;;60 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;2;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====negativicutes distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes_distribution|negativicutes distribution]] <pre> 22.1.21 Paris;;tRNAs total des negatives;;;;;;;;;;;;;; genomes;;total;;;total;ttt;tgt;;1-3aas;;;;total;;ttt;tgt 9;;582;;;571;;;;;;;;58;;; atgi;8;tct;;tat;;atgf;15;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;17;tcc;10;tac;16;tgc;13;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;17;acc;11;aac;26;agc;11;;atc;18;acc;;aac;6;agc;1 ctc;11;ccc;7;cac;10;cgt;16;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;8;gcc;7;gac;24;ggc;33;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;11;tca;10;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;13;aaa;20;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;9;cca;11;caa;13;cga;2;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;24;gca;21;gaa;25;gga;10;;gta;;gca;21;gaa;1;gga; ttg;11;tcg;9;tag;;tgg;13;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4 atgj;12;acg;9;aag;10;agg;9;;atgj;;acg;1;aag;;agg; ctg;10;ccg;7;cag;11;cgg;9;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;186;;263;;122;571;;;;7;;11;;1;19 9-23;;;;total;;ttt;tgt;;-rRNA;;;;total;;ttt;tgt ;;;;92;;;;;attention au -2;;;;421;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;7;tct;;tat;;atgf;12 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;2;tac;3;tgc;2;;ttc;11;tcc;8;tac;12;tgc;11 atc;1;acc;;aac;5;agc;2;;atc;-2;acc;11;aac;15;agc;8 ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;4;;ctc;9;ccc;7;cac;5;cgt;10 gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;8;gcc;7;gac;17;ggc;30 tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;7;tca;9;taa;;tga;1 ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;8;aaa;15;aga;9 cta;1;cca;2;caa;5;cga;;;cta;8;cca;9;caa;7;cga;2 gta;7;gca;;gaa;5;gga;4;;gta;17;gca;0;gaa;19;gga;6 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;9;tcg;9;tag;;tgg;7 atgj;1;acg;;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;8;aag;8;agg;9 ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;7;cag;11;cgg;9 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8 ;;24;;64;;4;92;;;;118;;188;;117;423 ;;;;;;;;;;;116;;188;;117;421 </pre> ====afn distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_distribution|afn distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total afn;;20;;;;;20;;afn;34;;;;;;34;;afn;2;;;;;;2 </pre> ====afn données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_données_intercalaires|afn données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;afn;fx;fc;afn;fx40;fc40;afn;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;9;0;2;9;-1;0;38;105;361;16s 23s;;;tRNA tRNA;;intra ;0;10;4;180;1;1;38;-2;0;0;105;51;3* 359;;;2* 66;;atc gca ;0;20;3;248;2;2;25;-3;0;0;122;188;251;;;tRNA tRNA;; ;3;30;7;105;3;0;20;-4;1;129;195;268;23s 5s;;;22;;aca ;1;40;21;48;4;0;28;-5;0;0;200;61;4* 228;;;5;;tac ;2;50;15;38;5;0;13;-6;0;1;131;80;229;;;3;;atgj 1;2;60;16;44;6;0;9;-7;0;6;74;134;139;;;6;;acc 2;0;70;5;42;7;0;5;-8;0;41;266;393;5s CDS;;;**;;atgf 1;4;80;8;41;8;0;7;-9;0;1;145;158;286;266;;3;;aac ;1;90;8;45;9;1;19;-10;0;1;54;91;296;262;;8;;gaa 1;3;100;11;34;10;0;16;-11;0;19;131;70;;512;;50;;gta ;4;110;10;32;11;1;28;-12;0;0;194;196;;193;;11;;cca ;3;120;8;42;12;0;46;-13;0;5;96;;16s tRNA;;;8;;gga ;3;130;15;43;13;1;29;-14;0;8;214;;2* 94;;atc;**;;aga 1;4;140;21;34;14;0;22;-15;0;0;111;;tRNA 23s;;;30;;ctg ;1;150;13;29;15;0;37;-16;0;3;73;;273;;gca;52;;ctc 1;2;160;14;27;16;0;24;-17;0;10;159;;298;;gca;**;;ctg ;0;170;10;28;17;0;10;-18;0;0;119;;;;;18;;cac ;0;180;2;22;18;0;25;-19;0;2;127;;;;;3;;caa 1;1;190;13;13;19;1;12;-20;0;6;71;;;;;16;;aaa 1;3;200;13;12;20;0;15;-21;0;0;156;;;;;**;;cta ;0;210;10;15;21;1;20;-22;0;0;58;;;;;4;;gac ;2;220;12;20;22;1;13;-23;0;4;102;;;;;8;;ttc ;1;230;9;25;23;0;11;-24;0;0;137;;;;;9;;ggc ;0;240;12;21;24;1;9;-25;0;0;112;;;;;13;;tgc ;0;250;6;12;25;0;9;-26;0;4;24;;;;;**;;tta ;0;260;7;9;26;0;6;-27;0;0;21;;;;;2;;gac 1;1;270;5;16;27;1;14;-28;0;0;93;;;;;8;;ttc ;0;280;6;10;28;0;10;-29;0;3;215;;;;;9;;ggc ;0;290;5;6;29;2;3;-30;0;0;76;;;;;**;;tgc ;0;300;8;9;30;1;10;-31;0;2;379;;;;;2;;gac ;0;310;4;11;31;2;5;-32;0;2;83;;;;;1;;ggc ;0;320;4;4;32;2;5;-33;0;0;182;;;;;**;;tgg ;0;330;5;8;33;2;3;-34;0;0;136;;;;;6;;gta ;0;340;1;8;34;5;5;-35;0;3;23;;;;;8;;gaa ;0;350;3;9;35;2;6;-36;0;0;222;;;;;**;;aag ;0;360;2;8;36;3;3;-37;0;1;39;;;;;12;;gag 1;0;370;4;10;37;0;8;-38;0;2;122;;;;;111;;cag ;1;380;4;4;38;3;3;-39;0;0;106;;;;;**;;cag ;0;390;3;4;39;2;6;-40;1;0;91;;;;;;; 1;1;400;1;6;40;0;4;-41;0;1;451;;;;;;; ;2;reste;16;54;reste;309;795;-42;0;0;45;;;;;;; 12;45;total;346;1385;total;346;1385;-43;0;0;486;;;;;;; 12;43;diagr;328;1322;diagr;35;581;-44;0;1;45;;;;;;; 0;3; t30;14;533;;;;-45;1;0;393;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;CDS 16s;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;319;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;346;;;;;;; ;x;344;4;2;350;;;-49;0;0;485;;;;;;; ;c;1376;303;9;1688;;;-50;0;1;300;;;;;;; ;;;;;2038;154;;reste;1;9;391;;;;;;; ;;;;;;2192;;total;4;303;265;;;;;;; </pre> =====afn autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires_aas|afn autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *contrôlé le 21.7.22 <pre> autres intercalaires;;afn;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;23699;24358;319;*; ;;rRNA;24678;26242;359;*;16s ;;rRNA;26602;29507;228;*;23s ;;rRNA;29736;29852;286;*;5s fin;;CDS;30139;30339;;0; deb;;CDS;35919;36713;105;*; ;;tRNA;36819;36894;105;*;acg fin;;CDS;37000;37914;;; deb;;CDS;56077;57366;346;*; ;;rRNA;57713;59277;359;*;16s ;;rRNA;59637;62543;228;*;23s ;;rRNA;62772;62888;266;*;5s fin;comp;CDS;63155;64390;;0; deb;;CDS;168443;169336;122;*; ;;tRNA;169459;169534;361;*;gcc fin;comp;CDS;169896;170894;;; deb;comp;CDS;181646;182656;89;*; ;comp;misc_b;182746;182986;130;*; fin;comp;CDS;183117;183803;;; deb;comp;CDS;183775;185160;510;*; ;;misc_b;185671;185909;146;*; fin;;CDS;186056;187753;;; deb;;CDS;249164;249595;195;*; ;;tRNA;249791;249867;51;*;agg fin;comp;CDS;249919;250062;;; deb;;CDS;253385;254824;90;*; ;;misc_b;254915;255170;84;*; fin;;CDS;255255;256238;;; deb;comp;CDS;273899;274426;200;*; ;comp;tRNA;274627;274703;188;*;cgt fin;;CDS;274892;276166;;; deb;;CDS;310188;310991;131;*; ;;tRNA;311123;311198;22;*;aca ;;tRNA;311221;311305;5;*;tac ;;tRNA;311311;311386;3;*;atgj ;;tRNA;311390;311465;6;*;acc ;;tRNA;311472;311548;74;*;atgf fin;;CDS;311623;312816;;; deb;;CDS;359181;360227;58;*; ;;regulatory;360286;360394;52;*; fin;;CDS;360447;361625;;; deb;;CDS;378908;379996;485;*; ;;rRNA;380482;382046;251;*;16s ;;rRNA;382298;385204;229;*;23s ;;rRNA;385434;385550;262;*;5s fin;comp;CDS;385813;386838;;; deb;;CDS;414288;416231;246;*; ;;regulatory;416478;416590;98;*; fin;;CDS;416689;417768;;; deb;;CDS;460654;461286;266;*; ;;tRNA;461553;461627;3;*;aac ;;tRNA;461631;461705;8;*;gaa ;;tRNA;461714;461789;50;*;gta ;;tRNA;461840;461916;11;*;cca ;;tRNA;461928;462001;8;*;gga ;;tRNA;462010;462086;145;*;aga fin;;CDS;462232;463230;;; deb;;CDS;466993;468717;232;*; ;;misc_b;468950;469148;36;*; fin;;CDS;469185;471839;;; deb;;CDS;526396;526929;54;*; ;;tRNA;526984;527070;30;*;ctg ;;tRNA;527101;527186;52;*;ctc ;;tRNA;527239;527325;268;*;ctg fin;comp;CDS;527594;528586;;0; deb;comp;CDS;570200;571507;65;*; ;comp;regulatory;571573;571669;209;*; fin;;CDS;571879;575394;;; deb;;CDS;577378;577917;131;*; ;;tRNA;578049;578123;194;*;ggc fin;;CDS;578318;579067;;; deb;;CDS;635289;636683;300;*; ;;rRNA;636984;638548;94;*;16s ;;tRNA;638643;638719;66;*;atc ;;tRNA;638786;638861;273;*;gca ;;rRNA;639135;642040;139;*;23s ;;rRNA;642180;642296;296;*;5s fin;;CDS;642593;643381;;0; deb;;CDS;677296;678177;181;*; ;;misc_f;678359;678410;368;*; fin;;CDS;678779;679798;;; deb;;CDS;711704;712132;96;*; ;;tRNA;712229;712304;18;*;cac ;;tRNA;712323;712398;3;*;caa ;;tRNA;712402;712477;16;*;aaa ;;tRNA;712494;712577;61;*;cta fin;comp;CDS;712639;712809;;0; deb;;CDS;723480;724340;80;*; ;comp;tRNA;724421;724497;134;*;gtc fin;;CDS;724632;725645;;; deb;;CDS;774399;774665;214;*; ;;tRNA;774880;774956;4;*;gac ;;tRNA;774961;775036;8;*;ttc ;;tRNA;775045;775119;9;*;ggc ;;tRNA;775129;775202;13;*;tgc ;;tRNA;775216;775304;111;*;tta fin;;CDS;775416;776684;;; deb;;CDS;796146;796580;73;*; ;;tRNA;796654;796728;159;*;cgg fin;;CDS;796888;797310;;; deb;;CDS;841590;842273;119;*; ;;tRNA;842393;842469;2;*;gac ;;tRNA;842472;842547;8;*;ttc ;;tRNA;842556;842630;9;*;ggc ;;tRNA;842640;842713;127;*;tgc fin;;CDS;842841;843362;;; deb;;CDS;881739;882029;121;*; ;;repeat_reg;882151;886170;278;*; fin;;CDS;886449;887618;;; deb;;CDS;889017;889598;71;*; ;;tRNA;889670;889746;156;*;ccc fin;;CDS;889903;891513;;; deb;;CDS;905286;906077;58;*; ;;tRNA;906136;906210;102;*;aac fin;;CDS;906313;907125;;; deb;;CDS;913707;915986;78;*; ;;regulatory;916065;916164;91;*; fin;;CDS;916256;917077;;; deb;;CDS;947642;948565;32;*; ;;ncRNA;948598;948943;38;*; fin;;CDS;948982;949302;;; deb;comp;CDS;1017827;1018843;92;*; ;;misc_b;1018936;1019130;36;*; fin;;CDS;1019167;1020189;;; deb;;CDS;1020207;1022645;137;*; ;;tRNA;1022783;1022859;2;*;gac ;;tRNA;1022862;1022936;1;*;ggc ;;tRNA;1022938;1023011;112;*;tgg fin;;CDS;1023124;1023423;;; deb;comp;CDS;1111497;1112716;73;*; ;comp;misc_b;1112790;1113035;267;*; fin;;CDS;1113303;1114085;;; deb;;CDS;1305277;1306137;298;*; ;;regulatory;1306436;1306545;70;*; fin;;CDS;1306616;1307653;;; deb;;CDS;1328649;1328930;26;*; ;;tmRNA;1328957;1329305;406;*; fin;comp;CDS;1329712;1332120;;; deb;comp;CDS;1403493;1404494;52;*; ;comp;misc_b;1404547;1404789;111;*; fin;comp;CDS;1404901;1406295;;; deb;comp;CDS;1485384;1487072;59;*; ;comp;misc_b;1487132;1487376;146;*; fin;comp;CDS;1487523;1488698;;; deb;;CDS;1536256;1537929;68;*; ;;regulatory;1537998;1538074;113;*;erreur fin;;CDS;1538188;1539855;;0; deb;;CDS;1553542;1555176;24;*; ;;tRNA;1555201;1555277;393;*;ccg fin;comp;CDS;1555671;1556342;;; deb;comp;CDS;1567689;1567889;21;*; ;comp;tRNA;1567911;1567999;93;*;tca fin;comp;CDS;1568093;1568569;;; deb;;CDS;1612826;1613614;158;*; ;comp;tRNA;1613773;1613863;215;*;agc fin;comp;CDS;1614079;1614846;;0; deb;comp;CDS;1668440;1668919;42;*; ;comp;ncRNA;1668962;1669144;51;*; fin;comp;CDS;1669196;1669855;;0; deb;;CDS;1701767;1702582;76;*; ;;tRNA;1702659;1702744;91;*;ttg fin;comp;CDS;1702836;1703666;;; deb;;CDS;1710214;1711257;512;*; ;comp;rRNA;1711770;1711886;228;*;5s ;comp;rRNA;1712115;1715021;359;*;23s ;comp;rRNA;1715381;1716945;391;*;16s fin;comp;CDS;1717337;1718857;;; deb;comp;CDS;1823002;1823472;379;*; ;comp;tRNA;1823852;1823927;6;*;gta ;comp;tRNA;1823934;1824008;8;*;gaa ;comp;tRNA;1824017;1824092;83;*;aag fin;comp;CDS;1824176;1825210;;; deb;comp;CDS;1907578;1909263;182;*; ;;tRNA;1909446;1909536;53;*;tcc ;;ncRNA;1909590;1909689;115;*; deb;comp;CDS;1909805;1911205;136;*; ;comp;tRNA;1911342;1911429;23;*;tcg fin;comp;CDS;1911453;1911932;;; deb;comp;CDS;1912058;1912981;43;*; ;comp;misc_b;1913025;1913256;130;*; fin;;CDS;1913387;1914049;;; deb;comp;CDS;1973889;1974761;222;*; ;comp;tRNA;1974984;1975058;39;*;atgi fin;comp;CDS;1975098;1976867;;; deb;comp;CDS;1983694;1984659;122;*; ;comp;tRNA;1984782;1984856;12;*;gag ;comp;tRNA;1984869;1984942;111;*;cag ;comp;tRNA;1985054;1985127;106;*;cag fin;comp;CDS;1985234;1985980;;; deb;;CDS;2070538;2072085;193;*; ;comp;rRNA;2072279;2072395;228;*;5s ;comp;rRNA;2072624;2075529;298;*;23s ;comp;tRNA;2075828;2075903;66;*;gca ;comp;tRNA;2075970;2076046;94;*;atc ;comp;rRNA;2076141;2077705;265;*;16s fin;comp;CDS;2077971;2079029;;; deb;;CDS;2147697;2148251;91;*; ;;tRNA;2148343;2148418;70;*;gcg fin;comp;CDS;2148489;2148716;;; deb;comp;CDS;2285667;2286665;451;*; ;comp;tRNA;2287117;2287192;45;*;aaa fin;comp;CDS;2287238;2288464;;; deb;comp;CDS;2301950;2302531;486;*; ;comp;tRNA;2303018;2303094;45;*;gtg fin;comp;CDS;2303140;2303844;;; deb;comp;CDS;2322585;2323169;393;*; ;comp;tRNA;2323563;2323636;196;*;ggg fin;;CDS;2323833;2328641;;0; </pre> ====afn intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_entre_cds|afn intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> afn;23.2.22 Paris;;afn 30.8.20;;;;;;; afn;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquenceffrequence5 ;'''négatif;307;15.1;'''négatif ;-10;14;-1 à -83;'''2 329 769;-1;307 ;'''zéro;11;0.5;;;;;'''intercals;0;11 ;'''1 à 200;1324;65.0;'''0 à 200;66;58;;'''220 467;5;127 ;'''201 à 370;304;14.9;'''201 à 370;267;49;;'''9.5%;10;57 ;'''371 à 600;69;3.4;'''371 à 600;449;59;;;15;164 ;'''601 à max;23;1.1;'''601 à 992;743;108;;;20;87 ;'''total 2038;<201;80.6;'''total 2034;105;133;-83 à 992;;25;65 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquenceffréquence6;cumul et %;intercal;<u>fréquenceffréquence-1;30;47 1555671;2261;-1;307;-70;5;;0;11;35;37 1949615;1154;0;11;-60;3;;-1;°38;40;32 1841522;1130;1;°39;-50;3;;-2;0;45;25 1001677;992;2;27;-40;4;;-3;0;50;28 434858;957;3;20;-30;10;'''min à -1;-4;°130;55;31 865205;922;4;°28;-20;17;307;-5;0;60;29 463581;845;5;13;-10;48;15.1%;-6;1;65;23 1969579;795;6;9;0;228;;-7;6;70;24 1287774;772;7;5;10;184;;-8;°41;75;32 843665;744;8;7;20;251;;-9;1;80;17 1081454;736;9;°20;30;112;;-10;1;85;25 34;721;10;16;40;69;;-11;°19;90;28 1347444;718;11;29;50;53;;-12;0;95;16 2155062;701;12;°46;60;60;;-13;5;100;29 1227328;693;13;30;70;48;;-14;°8;105;20 893831;683;14;22;80;49;;-15;0;110;22 1185969;679;15;°37;90;53;'''1 à 100;-16;3;115;28 1657318;677;16;24;100;45;923;-17;°10;120;22 1282010;667;17;10;110;42;45.3%;-18;0;125;29 872797;649;18;°25;120;50;;-19;2;130;29 1240102;647;19;13;130;58;;-20;°6;135;24 1246797;636;20;15;140;55;;-21;0;140;31 117980;628;21;°21;150;42;;-22;0;145;20 867763;580;22;14;160;41;;-23;°4;150;22 406827;567;23;11;170;38;'''1 à 200;-24;0;155;18 1121221;551;24;°10;180;24;1324;-25;0;160;23 2231462;551;25;9;190;26;65%;-26;4;165;21 901417;550;26;6;200;25;;-27;0;170;17 39288;548;27;°15;210;25;;-28;0;175;11 791634;544;28;10;220;32;;-29;°3;180;13 1481233;542;29;5;230;34;;-30;0;185;8 691218;519;30;°11;240;33;'''0 à 200;-31;2;190;18 1388835;517;31;7;250;18;1335;-32;2;195;16 2163709;515;32;7;260;16;;total;297;200;9 1189403;513;33;5;270;21;;reste;21;205;15 1783994;508;34;°10;280;16;;;318;210;10 1749779;507;35;8;290;11;;;;215;18 847959;503;36;6;300;17;;intercal;<u>fréquencef;220;14 1268481;502;37;8;310;15;;600;2015;225;23 ;;38;6;320;8;;620;;230;11 ;;39;8;330;13;;640;2;235;14 ;;40;4;340;9;'''201 à 370;660;2;240;19 ;;reste;1104;350;12;304;680;3;245;7 ;;total;2038;360;10;14.9%;700;2;250;11 ;;;;370;14;;720;2;255;5 2109623;-113;shift2;425;380;8;;740;2;260;11 598105;-83;comp;;390;7;;760;1;265;7 1667526;-79;shift2;915;400;7;;780;1;270;14 2031132;-74;shift2;614;410;1;;800;1;275;5 935587;-71;shift2;518;420;5;;820;;280;11 2283155;-68;shift2;1952;430;2;;840;;285;8 846262;-67;shift2;132;440;4;;860;1;290;3 1528664;-67;shift2;108;450;4;;880;;295;7 1794682;-59;shift2;1601;460;3;;900;;300;10 808710;-53;shift2;1034;470;1;;920;;305;10 1101239;-50;shift2;2423;480;5;;940;1;310;5 287845;-45;;;490;1;;960;1;315;4 532761;-44;;;500;5;;980;;320;4 50634;-41;;;510;4;;1000;1;325;8 434100;-40;;;520;4;;1020;;330;5 276227;-38;;;530;0;;1040;;335;3 629222;-38;;;540;0;'''371 à 600;1060;;340;6 1090320;-37;;;550;4;69;1080;;345;9 503812;-35;;;560;2;3.4%;1100;;350;3 1225885;-35;;;570;1;;1120;;355;3 1260789;-35;;;580;1;'''601 à max;1140;1;360;7 706234;-32;;;590;0;23;1160;1;365;8 2148489;-32;;;600;0;1.1%;;22;370;6 460032;-31;;;reste;23;;reste;1;reste;92 1743849;-31;;;total;2038;;total;2038;total;2038 </pre> ====afn intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> afn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; 46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; afn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;29;-227;419;16;486;261;max40,140;&-95;712;-1690;137;722;250;min50 31 à 400;;;;;;;2 parties;&9.5;-42;-63;38;904;147;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;75;40;-;303;poly;183;tF;&197;65;;425;poly;297;SF 31 à 400;;;;;;;;&92;36;-;859;dte;45;tm </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.607;-0.017;0.108;;;;;-0.369;;;;;; 1-n;-0.008;-0.467;-0.407;;;;;;;;;14.8.21 paris;; afn;fx;fc;;afn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;afn;Sx-;Sc- 0;2;9;;0;6;7;0;2;9;>0;344;-1;0;38 10;4;180;;10;12;136;1;1;38;<0;4;-2;0;0 20;3;248;;20;9;188;2;2;25;zéro;2;-3;0;0 30;8;104;;30;24;79;3;0;20;total;350;-4;1;129 40;21;48;;40;64;36;4;0;28;;c;-5;0;0 50;15;38;;50;46;29;5;0;13;>0;1376;-6;0;1 60;16;44;;60;49;33;6;0;9;<0;303;-7;0;6 70;5;42;;70;15;32;7;0;5;zéro;9;-8;0;41 80;8;41;;80;24;31;8;0;7;total;1688;-9;0;1 90;8;45;;90;24;34;9;1;19;;;-10;0;1 100;11;34;;100;34;26;10;0;16;total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reste;16;54;;;;;reste;308;796;;;-42;0;0 total;346;1385;;t30;46;402;total;346;1385;;;-43;0;0 diagr;328;1322;;;;;diagr;36;580;;;-44;0;1 - t30;313;790;;;;;;;;;;-45;1;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;reste;1;9 ;;;;;;;;;;;;total;4;303 </pre> ====afn intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_négatifs_S-|afn intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;1;;;;;;1;4 continu;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303 </pre> 14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;4 ;Sc-;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303 </pre> ====afn autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires|afn autres intercalaires]] <pre> afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1; deb;°CDS;23699;319;;;deb;°CDS;635289;300;;;deb;°CDS;1485384;59;comp ;$rRNA;24678;359;;;;$rRNA;636984;94;;;;misc_binding;1487132;146;comp ;$rRNA;26602;228;;;;&tRNA;638643;66;;;fin;°CDS;1487523;;comp ;$rRNA;29736;286;;;;&tRNA;638786;273;;;deb;°CDS;1536256;68; fin;°CDS;30139;;;;;$rRNA;639135;139;;;;regulatory;1537998;113; deb;°CDS;35919;105;;;;$rRNA;642180;296;;;fin;°CDS;1538188;; ;&tRNA;36819;105;;;fin;°CDS;642593;;;;deb;°CDS;1553542;24; fin;°CDS;37000;;;;deb;°CDS;677296;181;;;;&tRNA;1555201;393; deb;°CDS;56077;346;;;;misc_feature;678359;368;;;fin;°CDS;1555671;;comp ;$rRNA;57713;359;;;fin;°CDS;678779;;;;deb;°CDS;1567689;21;comp ;$rRNA;59637;228;;;deb;°CDS;711704;96;;;;&tRNA;1567911;93;comp ;$rRNA;62772;266;;;;&tRNA;712229;18;;;fin;°CDS;1568093;;comp fin;°CDS;63155;;comp;;;&tRNA;712323;3;;;deb;°CDS;1612826;158; deb;°CDS;168443;122;;;;&tRNA;712402;16;;;;&tRNA;1613773;215;comp ;&tRNA;169459;361;;;;&tRNA;712494;61;;;fin;°CDS;1614079;;comp fin;°CDS;169896;;comp;;fin;°CDS;712639;;comp;;deb;°CDS;1668440;42;comp deb;°CDS;181646;89;comp;;deb;°CDS;723480;80;;;;ncRNA;1668962;51;comp ;misc_binding;182746;130;comp;;;&tRNA;724421;134;comp;;fin;°CDS;1669196;;comp fin;°CDS;183117;;comp;;fin;°CDS;724632;;;;deb;°CDS;1701767;76; deb;°CDS;183775;510;comp;;deb;°CDS;774399;214;;;;&tRNA;1702659;91; ;misc_binding;185671;146;;;;&tRNA;774880;4;;;fin;°CDS;1702836;;comp fin;°CDS;186056;;;;;&tRNA;774961;8;;;deb;°CDS;1710214;512; deb;°CDS;249164;195;;;;&tRNA;775045;9;;;;$rRNA;1711770;228;comp ;&tRNA;249791;51;;;;&tRNA;775129;13;;;;$rRNA;1712115;359;comp fin;°CDS;249919;;comp;;;&tRNA;775216;111;;;;$rRNA;1715381;391;comp deb;°CDS;253385;90;;;fin;°CDS;775416;;;;fin;°CDS;1717337;;comp ;misc_binding;254915;84;;;deb;°CDS;796146;73;;;deb;°CDS;1823002;379;comp fin;°CDS;255255;;;;;&tRNA;796654;159;;;;&tRNA;1823852;6;comp deb;°CDS;273899;200;comp;;fin;°CDS;796888;;;;;&tRNA;1823934;8;comp ;&tRNA;274627;188;comp;;deb;°CDS;841590;119;;;;&tRNA;1824017;83;comp fin;°CDS;274892;;;;;&tRNA;842393;2;;;fin;°CDS;1824176;;comp deb;°CDS;310188;131;;;;&tRNA;842472;8;;;deb;°CDS;1907578;182;comp ;&tRNA;311123;22;;;;&tRNA;842556;9;;;;&tRNA;1909446;53;comp ;&tRNA;311221;5;;;;&tRNA;842640;127;;;;ncRNA;1909590;115; ;&tRNA;311311;3;;;fin;°CDS;842841;;;;deb;°CDS;1909805;136; ;&tRNA;311390;6;;;deb;°CDS;881739;121;;;;&tRNA;1911342;23; ;&tRNA;311472;74;;;;repeat_region;882151;278;;;fin;°CDS;1911453;; fin;°CDS;311623;;;;fin;°CDS;886449;;;;deb;°CDS;1912058;43;comp deb;°CDS;359181;58;;;deb;°CDS;889017;71;;;;misc_binding;1913025;130;comp ;regulatory;360286;52;;;;&tRNA;889670;156;;;fin;°CDS;1913387;; fin;°CDS;360447;;;;fin;°CDS;889903;;;;deb;°CDS;1973889;222;comp deb;°CDS;378908;485;;;deb;°CDS;905286;58;;;;&tRNA;1974984;39;comp ;$rRNA;380482;251;;;;&tRNA;906136;102;;;fin;°CDS;1975098;;comp ;$rRNA;382298;229;;;fin;°CDS;906313;;;;deb;°CDS;1983694;122;comp ;$rRNA;385434;262;;;deb;°CDS;913707;78;;;;&tRNA;1984782;12;comp fin;°CDS;385813;;comp;;;regulatory;916065;91;;;;&tRNA;1984869;111;comp deb;°CDS;414288;246;;;fin;°CDS;916256;;;;;&tRNA;1985054;106;comp ;regulatory;416478;98;;;deb;°CDS;947642;32;;;fin;°CDS;1985234;;comp fin;°CDS;416689;;;;;ncRNA;948598;38;;;deb;°CDS;2070538;193; deb;°CDS;460654;266;;;fin;°CDS;948982;;;;;$rRNA;2072279;228;comp ;&tRNA;461553;3;;;deb;°CDS;1017827;92;comp;;;$rRNA;2072624;298;comp ;&tRNA;461631;8;;;;misc_binding;1018936;36;;;;&tRNA;2075828;66;comp ;&tRNA;461714;50;;;fin;°CDS;1019167;;;;;&tRNA;2075970;94;comp ;&tRNA;461840;11;;;deb;°CDS;1020207;137;;;;$rRNA;2076141;265;comp ;&tRNA;461928;8;;;;&tRNA;1022783;2;;;fin;°CDS;2077971;;comp ;&tRNA;462010;145;;;;&tRNA;1022862;1;;;deb;°CDS;2147697;91; fin;°CDS;462232;;;;;&tRNA;1022938;112;;;;&tRNA;2148343;70; deb;°CDS;466993;232;;;fin;°CDS;1023124;;;;fin;°CDS;2148489;;comp ;misc_binding;468950;36;;;deb;°CDS;1111497;73;comp;;deb;°CDS;2285667;451;comp fin;°CDS;469185;;;;;misc_binding;1112790;267;comp;;;&tRNA;2287117;45;comp deb;°CDS;526396;54;;;fin;°CDS;1113303;;;;fin;°CDS;2287238;;comp ;&tRNA;526984;30;;;deb;°CDS;1305277;298;;;deb;°CDS;2301950;486;comp ;&tRNA;527101;52;;;;regulatory;1306436;70;;;;&tRNA;2303018;45;comp ;&tRNA;527239;268;;;fin;°CDS;1306616;;;;fin;°CDS;2303140;;comp fin;°CDS;527594;;comp;;deb;°CDS;1328649;26;;;deb;°CDS;2322585;393;comp deb;°CDS;570200;65;comp;;;tmRNA;1328957;406;;;;&tRNA;2323563;196;comp ;regulatory;571573;209;comp;;fin;°CDS;1329712;;comp;;fin;°CDS;2323833;; fin;°CDS;571879;;;;deb;°CDS;1403493;52;comp;;;;;; deb;°CDS;577378;131;;;;misc_binding;1404547;111;comp;;;;;; ;&tRNA;578049;194;;;fin;°CDS;1404901;;comp;;;;;; fin;°CDS;578318;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====afn intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_tRNA|afn intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;105;;105;;21;23;deb; ;;;122;comp’;361;;24;39;<201;20 ;;;195;comp’;51;;54;45;total;25 ;3 8 50 11 8;;200;comp’;188;;58;70;%;80% ;;;131;;145;;71;83;; ;30 52;;54;comp’;268;;73;93;fin; ;;;131;;194;;76;102;<201;17 ;18 3 16;;96;comp’;61;;91;105;total;18 ;;comp’;80;comp’;134;;96;106;%;94% ;4 8 9 13;;214;;111;;105;111;; ;;;73;;159;;119;112;total; ;2 8 9;;119;;127;;122;127;<201;37 ;;;71;;156;;122;145;total;43 ;;;58;;102;;131;156;%;86% ;2 1;;137;;112;;131;159;; ;;;24;comp’;393;;136;194;; ;;;21;;93;;137;196;; ;;comp’;158;;215;;182;215;; ;;;76;comp’;91;;195;;; ;6 8;;379;;83;;200;;; ;;;182;;;;214;;; ;;;136;;23;;222;;; ;;;222;;39;;379;;; ;12 111;;122;;106;;393;;; ;;;91;comp’;70;;451;;comp’;cumuls ;;;451;;45;;80;51;deb;2 ;;;393;comp’;196;;158;61;<201;100% ;;;;;;;;91;fin; ;;;;;;;;134;<201;5 ;deb;fin;total;;;;;188;total;8 <201;22;22;44;;;;;268;%;63% total;27;26;53;;;;;361;total;10 taux;81%;85%;83%;;;;;393;<201;70% </pre> ====afn par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_par_rapport_au_groupe_de_référence|afn par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;11;3;2;;;;16; 16;moyen;5;12;;;;4;21; 14;fort;4;19;;;;;23; ; ;20;34;2;;;4;60; 10;g+cga;6;2;2;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;3;1;;;;;4; 5;autres;;;;;;;; ;;11;3;2;;;;16; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;183;50;33;;;;267;26 16;moyen;83;200;0;;;67;350;324 14;fort;67;317;0;;;;383;650 ; ;333;567;33;;;67;60;729 10;g+cgg;100;33;33;;;;167;10 2;agg+cga;33;;;;;;33; 4;carre ccc;50;17;;;;;67;16 5;autres;;;;;;;; ;;183;50;33;;;;267; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;afn;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;196;54;36;286;26;55;9; 16;moyen;89;214;;304;324;25;35; 14;fort;71;339;;411;650;20;56; ; ;357;607;36;56;729;20;34; 10;g+cgg;107;36;36;179;10;55;; 2;agg+cga;36;;;36;;18;; 4;carre ccc;54;18;;71;16;27;; 5;autres;;;;;;;; ;;196;54;36;286;;11;; </pre> ===negativicutes, estimation des -rRNAs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes,_estimation_des_-rRNAs|negativicutes, estimation des -rRNAs]] <pre> negativicutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 9 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;9;149; ; ;;indices;;;;9;1656;0;0;;neg1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;56 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;33;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;2;tac;4;tgc;2;;ttc;67;tcc;22;tac;44;tgc;22;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;18;acc;;aac;11;agc;3;;atc;200;acc;;aac;122;agc;33;;atc;;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;6;;ctc;22;ccc;;cac;56;cgt;67;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;78;ggc;33;;gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4 tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;44;tca;11;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;56;aaa;56;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;2;caa;6;cga;;;cta;11;cca;22;caa;67;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;7;gca;21;gaa;6;gga;4;;gta;78;gca;233;gaa;67;gga;44;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;6;;ttg;22;tcg;;tag;;tgg;67;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;11;aag;22;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;22;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;69;;75;;5;149;;;;767;;833;;56;1656;;;;16;;24;;16;56 11.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;22.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;9;571;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;5600 atgi;78;tct;;tat;;atgf;133;;atgi;89;tct;;tat;;atgf;167;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;89;tac;133;tgc;122;;ttc;189;tcc;111;tac;178;tgc;144;;ttc;200;tcc;100;tac;100;tgc;200 atc;-11;acc;122;aac;167;agc;89;;atc;189;acc;122;aac;289;agc;122;;atc;;acc;100;aac;200;agc;100 ctc;100;ccc;78;cac;56;cgt;111;;ctc;122;ccc;78;cac;111;cgt;178;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100 gtc;89;gcc;78;gac;189;ggc;333;;gtc;89;gcc;78;gac;267;ggc;367;;gtc;100;gcc;100;gac;300;ggc;400 tta;78;tca;100;taa;;tga;11;;tta;122;tca;111;taa;;tga;11;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;;aca;89;aaa;167;aga;100;;ata;;aca;144;aaa;222;aga;100;;ata;;aca;100;aaa;200;aga;100 cta;89;cca;100;caa;78;cga;22;;cta;100;cca;122;caa;144;cga;22;;cta;100;cca;100;caa;100;cga; gta;189;gca;0;gaa;211;gga;67;;gta;267;gca;233;gaa;278;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;200;gga;100 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;78;;ttg;122;tcg;100;tag;;tgg;144;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;122;acg;89;aag;89;agg;100;;atgj;133;acg;100;aag;111;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;89;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;111;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;200;ccg;100;cag;200;cgg;100 gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1300;;2089;;1300;4689;;;;2067;;2922;;1356;6344;;;;1600;;2400;;1600;5600 rapports;;63;;71;;96;74;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;88;tct;;tat;;atgf;80;;fiches;50.667;;;fréquences;;;;;atgi;22;tct;;tat;;atgf;25 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;456;;;0/0;2;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;152;;;10;11;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;9;;;20;13;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;65;tcc;80;tac;75;tgc;85;;;;;;30;9;;;;ttc;39;tcc;11;tac;25;tgc;39 atc;-6;acc;100;aac;58;agc;73;;neg1;56;;;40;5;;;;atc;100;acc;18;aac;17;agc;11 ctc;82;ccc;100;cac;50;cgt;63;;sans;56;;;50;3;41;;;ctc;0;ccc;22;cac;44;cgt;10 gtc;100;gcc;100;gac;71;ggc;91;;avec;4;;;60;2;;;;gtc;11;gcc;22;gac;37;ggc;17 tta;64;tca;90;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;22;tca;0;taa;;tga;100 ata;;aca;62;aaa;75;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;11;aaa;17;aga;0 cta;89;cca;82;caa;54;cga;100;;L’estimation par nega;;;;90;0;;;;cta;11;cca;0;caa;22;cga;100 gta;71;gca;0;gaa;76;gga;60;;est 10% au dessus;;;;100;3;;;;gta;6;gca;;gaa;5;gga;33 ttg;82;tcg;100;tag;;tgg;54;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;0;tag;;tgg;22 atgj;92;acg;89;aag;80;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;18;acg;11;aag;11;agg;0 ctg;80;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;56;ccg;22;cag;39;cgg;0 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;56;gcg;44;gag;44;ggg;11 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;275;;263;;294;832 </pre> ===clostridia synthèse=== ====clostridia distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_génome|clostridia distribution par génome]] <pre> clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total psor;12;5;4;72;;7;;4;104 cdc;4;4;2;70;;3;;;83 cdc8;4;5;2;89;;4;;4;108 cbc*;36;10;;0;;0;;6;52 cbn;52;12;2;6;3;4;;7;86 cle;40;19;;26;3;9;;8;105 hmo;37;12;;39;;11;;10;109 cbei;63;11;3;0;;4;;12;93 ;;;;;;;;; total;248;78;13;302;6;42;0;51;740 </pre> ====clostridia distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_du_total|clostridia distribution du total]] <pre> clos8;;;;;;;628;;;;;;;;;57;;;;;;;;;55 atgi;10;tct;;tat;;atgf;22;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;1;acc;1;aac;7;agc;1;;atc;11;acc;;aac;5;agc; ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;4;;gtc;;gcc;5;gac;;ggc; tta;22;tca;19;taa;;tga;3;;tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;;aga; cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;41;gca;;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;5;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;26;gaa;;gga;5 ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;11;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;248;78;13;302;6;42;740;;;;;;51;6;;57;;total;8;;13;;;42;55 ;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;;;;;;;;; </pre> ====clostridia distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_type|clostridia distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> clos8;;;;;;;628;;clos8;1208;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302 atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11 att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;1;tcc;6;tac;;tgc;1;;ttc;6;tcc;;tac;10;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;12;tcc;1;tac;13;tgc;10 atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;;acc;3;aac;1;agc;3;;atc;;acc;3;aac;5;agc;5;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;3;acc;3;aac;16;agc;5 ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;8;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;2;cac;8;cgt;7 gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;15;ggc;11;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;17;ggc;9 tta;22;tca;19;taa;0;tga;3;;tta;;tca;1;taa;;tga;3;;tta;11;tca;6;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;11;tca;10;taa;;tga; ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;1;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;15;aaa;14;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;13;aaa;17;aga;14 cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;5;cca;4;caa;;cga;1;;cta;6;cca;10;caa;8;cga;3;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;11;caa;14;cga; gta;41;gca;0;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;13;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;21;gca;;gaa;19;gga;15 ttg;9;tcg;2;tag;0;tgg;11;;ttg;8;tcg;2;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4 atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;4;aag;1;agg;5;;atgj;10;acg;;aag;5;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;13;acg;;aag;;agg; ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;3;ccg;1;cag;3;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;1;gag;3;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;248;78;13;302;6;42;740;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====clostridia par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_par_rapport_au_groupe_de_référence|clostridia par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;31;19;2;6;2;5;65; 16;moyen;36;66;4;101;20;42;269; 14;fort;11;155;2;195;29;14;406; ; ;78;240;8;302;51;61;740; 10;g+cga;16;13;;2;;;31; 2;agg+cgg;5;2;;;1;;8; 4;carre ccc;4;4;;4;1;5;13; 5;autres;6;;2;;;;8; ;;31;19;2;6;2;5;65; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;42;26;3;8;3;7;88;26 16;moyen;49;89;5;136;27;57;364;324 14;fort;15;209;3;264;39;19;549;650 ; ;105;324;11;408;69;82;740;729 10;g+cga;22;18;;3;;;42;10 2;agg+cgg;7;3;;;1;;11; 4;carre ccc;5;5;;5;1;7;18;16 5;autres;8;0;3;0;;;11; ;;42;26;3;8;3;7;88; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;95;58;6;160;26;40;8; 16;moyen;110;202;12;325;324;46;28; 14;fort;34;475;6;515;650;14;65; ; ;239;736;25;326;729;78;240; 10;g+cga;49;40;;89;10;52;; 2;agg+cgg;15;6;;21;;16;; 4;carre ccc;12;12;;25;16;13;; 5;autres;18;;6;25;;19;; ;;95;58;6;160;;31;; </pre> ====clostridia, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia,_estimation_des_-rRNAs|clostridia, estimation des -rRNAs]] <pre> clostridia;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 43 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;43;856; ; ;;indices;;;;43;1991;;;;clos8;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;326 atgi;29;tct;;tat;;atgf;30;;atgi;67;tct;;tat;;atgf;70;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;1 ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;44;tcc;1;tac;26;tgc;16;;ttc;102;tcc;2.3;tac;60;tgc;37;;ttc;7;tcc;6;tac;10;tgc;6 atc;72;acc;10;aac;64;agc;11;;atc;167;acc;23;aac;149;agc;26;;atc;;acc;6;aac;6;agc;8 ctc;2;ccc;3;cac;12;cgt;8;;ctc;4.7;ccc;7.0;cac;28;cgt;19;;ctc;3;ccc;2;cac;8;cgt;4 gtc;4;gcc;12;gac;40;ggc;23;;gtc;9.3;gcc;28;gac;93;ggc;53;;gtc;2;gcc;1;gac;15;ggc;11 tta;19;tca;13;taa;;tga;;;tta;44;tca;30;taa;;tga;;;tta;11;tca;9;taa;;tga;3 ata;;aca;29;aaa;48;aga;21;;ata;;aca;67;aaa;112;aga;49;;ata;1;aca;17;aaa;14;aga;10 cta;18;cca;17;caa;25;cga;1;;cta;42;cca;40;caa;58;cga;2.3;;cta;11;cca;14;caa;8;cga;4 gta;38;gca;92;gaa;45;gga;31;;gta;88;gca;214;gaa;105;gga;72;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;14 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;9;;ttg;;tcg;2.3;tag;;tgg;21;;ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;7 atgj;18;acg;3;aag;2;agg;1;;atgj;42;acg;7.0;aag;4.7;agg;2.3;;atgj;10;acg;4;aag;6;agg;6 ctg;5;ccg;2;cag;1;cgg;3;;ctg;12;ccg;4.7;cag;2.3;cgg;7.0;;ctg;4;ccg;1;cag;4;cgg;1 gtg;1;gcg;;gag;4;ggg;2;;gtg;2.3;gcg;;gag;9.3;ggg;4.7;;gtg;1;gcg;1;gag;3;ggg;3 ;;346;;468;;42;856;;;;805;;1088;;98;1991;;;;107;;168;;51;326 27.5.20 Tanger;;;;clos;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;clos8;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;11144;4.0;0.6;;indices;sans +16s;;;174;11144;4.0;0.6;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;92;tct;1.1;tat;;atgf;117;;atgi;159;tct;1.1;tat;;atgf;187;;atgi;13;tct;;tat;;atgf;138 att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;;act;;aat;;agt;13 ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;38;cct;;cat;;cgc; gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;104;tcc;101;tac;127;tgc;114;;ttc;206;tcc;103;tac;187;tgc;151;;ttc;88;tcc;75;tac;125;tgc;75 atc;-15;acc;79;aac;99;agc;107;;atc;152;acc;102;aac;248;agc;133;;atc;;acc;75;aac;75;agc;100 ctc;76;ccc;55;cac;112;cgt;97;;ctc;81;ccc;62;cac;140;cgt;116;;ctc;38;ccc;25;cac;100;cgt;50 gtc;44;gcc;33;gac;149;ggc;167;;gtc;53;gcc;61;gac;242;ggc;220;;gtc;25;gcc;13;gac;188;ggc;138 tta;128;tca;112;taa;1.1;tga;55;;tta;172;tca;142;taa;1.1;tga;55;;tta;138;tca;113;taa;;tga;38 ata;2.9;aca;151;aaa;159;aga;125;;ata;2.9;aca;218;aaa;271;aga;174;;ata;13;aca;213;aaa;175;aga;125 cta;106;cca;123;caa;98;cga;46;;cta;148;cca;163;caa;156;cga;48;;cta;138;cca;175;caa;100;cga;50 gta;198;gca;5;gaa;134;gga;171;;gta;286;gca;219;gaa;239;gga;243;;gta;250;gca;;gaa;213;gga;175 ttg;108;tcg;81;tag;2.3;tgg;99;;ttg;108;tcg;83;tag;2.3;tgg;120;;ttg;113;tcg;25;tag;;tgg;88 atgj;90;acg;70;aag;115;agg;94;;atgj;132;acg;77;aag;120;agg;96;;atgj;125;acg;50;aag;75;agg;75 ctg;64;ccg;59;cag;75;cgg;53;;ctg;76;ccg;64;cag;77;cgg;60;;ctg;50;ccg;13;cag;50;cgg;13 gtg;32;gcg;35;gag;74;ggg;65;;gtg;34;gcg;35;gag;83;ggg;70;;gtg;13;gcg;13;gag;38;ggg;38 ;;1426;;1894;;1080;4400;;;;2231;;2982;;1177;6390;;;;1325;;2100;;638;4063 rapports;;64;;64;;92;69;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;58;tct;;tat;;atgf;63;;fiches;47.674;;;fréquences;;;;;atgi;86;tct;100;tat;;atgf;15 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2050;;;0/0;;;;;att;100;act;;aat;;agt;95 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;888;;;10;11;;;;ctt;59;cct;100;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;43;;;20;6;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt; ttc;50;tcc;98;tac;68;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;16;tcc;26;tac;1;tgc;34 atc;-10;acc;77;aac;40;agc;81;;clos8;40.75;;;40;5;;;;atc;100;acc;5;aac;24;agc;7 ctc;94;ccc;89;cac;80;cgt;84;;sans;326;;;50;4;36;;;ctc;51;ccc;55;cac;11;cgt;49 gtc;82;gcc;54;gac;62;ggc;76;;avec;752;;;60;3;;;;gtc;43;gcc;62;gac;21;ggc;17 tta;74;tca;79;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;4;;;;tta;7;tca;1;taa;100;tga;32 ata;100;aca;69;aaa;59;aga;72;;;;;;80;3;;;;ata;77;aca;29;aaa;9;aga;0 cta;72;cca;75.7;caa;63;cga;95;;L’estimation par clos8;;;;90;1;;;;cta;23;cca;29;caa;2;cga;9 gta;69;gca;2;gaa;56;gga;70;;est 15 % en dessous;;;;100;2;;;;gta;21;gca;100;gaa;37;gga;2 ttg;100;tcg;97;tag;;tgg;83;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;4;tcg;69;tag;100;tgg;12 atgj;68;acg;91;aag;96;agg;98;;43;;100;;;49;;;;atgj;28;acg;29;aag;35;agg;20 ctg;85;ccg;93;cag;97;cgg;88;;atc;59;152;;;;;;;ctg;22;ccg;79;cag;33;cgg;76 gtg;93;gcg;100;gag;89;ggg;93;;gca;73;219;;;;;;;gtg;61;gcg;64;gag;49;ggg;43 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;265;;272;;944;1481 </pre> ==gamma== ===Shewanella=== ====spl opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_opérons|spl opérons]] <pre> 39.1%GC;30.6.19 Paris;16s 11;147;doubles;intercalaires ;Shewanella pealeana;;;; ;45136..46685;;16s;@1;339 ;47025..49946;;23s;;112 ;50059..50174;;5s;; ;;;;; ;51490..53039;;16s;;339 ;53379..56298;;23s;;114 ;56413..56528;;5s;; ;;;;; ;182271..183820;;16s;@2;71 ;183892..183968;;atc;;65 ;184034..184109;;gca;;364 ;184474..187395;;23s;;112 ;187508..187623;;5s;;100 ;187724..187800;;gac;; ;;;;; ;191614..191689;;aca;;8 ;191698..191782;;tac;;35 ;191818..191891;;gga;; ;;;;; ;235182..236731;;16s;;374 ;237106..240025;;23s;;114 ;240140..240255;;5s;; ;;;;; ;243631..245180;;16s;;338 ;245519..248440;;23s;;113 ;248554..248669;;5s;;68 ;248738..248813;;acc;;17 ;248831..248946;;5s;; ;;;;; ;416766..416842;;cgg;;39 ;416882..416957;;cac;;41 ;416999..417075;;cca;+;58 ;417134..417210;;cca;2 cca; ;;;;; ;493711..495260;;16s;;339 ;495600..498519;;23s;;114 ;498634..498749;;5s;; ;;;;; ;641376..641466;;tca;@3;1172 ;642639..642729;;tca;; ;;;;; ;645847..647396;;16s;;71 ;647468..647544;;atc;;65 ;647610..647685;;gca;;329 ;648015..650937;;23s;;156 ;651094..651209;;5s;; ;;;;; ;728115..728199;;ttg;; ;;;;; comp;1168942..1169018;;atgi;; ;;;;; comp;1339706..1339781;;aca;+;52 comp;1339834..1339909;;ttc;2 ttc;539 comp;1340449..1340524;;aca;2 aca;52 comp;1340577..1340652;;ttc;; ;;;;; comp;1342467..1342542;;aca;;52 comp;1342595..1342670;;ttc;; ;;;;; ;1456724..1456815;;agc;;21 ;1456837..1456913;;cgt;+;30 ;1456944..1457020;;cgt;7 cgt;32 ;1457053..1457129;;cgt;3 agc;30 ;1457160..1457236;;cgt;;33 ;1457270..1457346;;cgt;;9 ;1457356..1457447;;agc;;76 ;1457524..1457600;;cgt;;35 ;1457636..1457712;;cgt;;9 ;1457722..1457813;;agc;; ;;;;; comp;1627363..1627438;;agg;; ;;;;; comp;1770483..1770558;;gta;+;37 comp;1770596..1770671;;gta;11 gta;37 comp;1770709..1770784;;gta;;37 comp;1770822..1770897;;gta;;37 comp;1770935..1771010;;gta;;37 comp;1771048..1771123;;gta;;37 comp;1771161..1771236;;gta;;37 comp;1771274..1771349;;gta;;37 comp;1771387..1771462;;gta;;37 comp;1771500..1771575;;gta;;39 comp;1771615..1771690;;gta;; ;;;;; ;1773910..1773985;;gcc;+;80 ;1774066..1774141;;gaa;13 gaa;102 ;1774244..1774319;;gaa;2 gcc;102 ;1774422..1774497;;gaa;;102 ;1774600..1774675;;gaa;;102 ;1774778..1774853;;gaa;;102 ;1774956..1775031;;gaa;;102 ;1775134..1775209;;gaa;;102 ;1775312..1775387;;gaa;;253 ;1775641..1775716;;gaa;;102 ;1775819..1775894;;gaa;;102 ;1775997..1776072;;gaa;;102 ;1776175..1776250;;gaa;;102 ;1776353..1776428;;gaa;;47 ;1776476..1776551;;gcc;; ;;;;; ;2081297..2082846;;16s;;338 ;2083185..2086104;;23s;;114 ;2086219..2086334;;5s;; ;;;;; comp;2143274..2143350;;ccc;; ;;;;; comp;2366164..2366240;;atgf;+;40 comp;2366281..2366357;;atgf;4 atgf;40 comp;2366398..2366474;;atgf;;40 comp;2366515..2366591;;atgf;; ;;;;; ;2376218..2376308;;tca;; ;;;;; ;2379767..2379842;;ggc;;13 ;2379856..2379929;;tgc;;85 ;2380015..2380100;;tta;; ;;;;; ;2550857..2550932;;ggc;;13 ;2550946..2551019;;tgc;+;95 ;2551115..2551200;;tta;3 tgc;634 ;2551835..2551908;;tgc;3 tta;95 ;2552004..2552089;;tta;;479 ;2552569..2552642;;tgc;;132 ;2552775..2552860;;tta;; ;;;;; ;2558019..2558109;;tca;; ;;;;; comp;2717566..2717655;;tcc;; ;;;;; comp;2759730..2759806;;atgf;+;189 comp;2759996..2760072;;atgf;4 atgf;45 comp;2760118..2760194;;gtc;2 gtc;2 comp;2760197..2760273;;atgf;;35 comp;2760309..2760385;;gtc;;13 comp;2760399..2760475;;atgf;; ;;;;; ;2858823..2858907;;tac;+;30 ;2858938..2859022;;tac;5 tac;85 ;2859108..2859192;;tac;;107 ;2859300..2859384;;tac;;107 ;2859492..2859576;;tac;; ;;;;; ;2866268..2866343;;aac;+;45 ;2866389..2866464;;aac;7aac;41 ;2866506..2866581;;aac;;26 ;2866608..2866683;;aac;;32 ;2866716..2866791;;aac;;33 ;2866825..2866900;;aac;;40 ;2866941..2867016;;aac;; ;;;;; comp;2929429..2929505;;gac;+;97 comp;2929603..2929679;;gac;4 gac;97 comp;2929777..2929853;;gac;;83 comp;2929937..2930013;;gac;; ;;;;; comp;3120289..3120364;;aaa;+;58 comp;3120423..3120498;;aaa;12 aaa;58 comp;3120557..3120632;;aaa;;58 comp;3120691..3120766;;aaa;;59 comp;3120826..3120901;;aaa;;57 comp;3120959..3121034;;aaa;;58 comp;3121093..3121168;;aaa;;58 comp;3121227..3121302;;aaa;;59 comp;3121362..3121437;;aaa;;58 comp;3121496..3121571;;aaa;;59 comp;3121631..3121706;;aaa;;59 comp;3121766..3121841;;aaa;; ;;;;; comp;3269860..3269935;;cac;;8 comp;3269944..3270020;;aga;;63 comp;3270084..3270160;;cca;; ;;;;; comp;3757983..3758059;;atgf;; comp;3758163..3758249;;ctc;; ;;;;; comp;3835257..3835331;;caa;+;51 comp;3835383..3835467;;cta;5 caa;131 comp;3835599..3835673;;caa;5 cta;20 comp;3835694..3835778;;cta;3 atg;96 comp;3835875..3835949;;caa;;49 comp;3835999..3836083;;cta;;211 comp;3836295..3836371;;atg;;5 comp;3836377..3836451;;caa;;47 comp;3836499..3836583;;cta;;55 comp;3836639..3836715;;atg;;5 comp;3836721..3836795;;caa;;47 comp;3836843..3836927;;cta;;55 comp;3836983..3837059;;atg;; ;;;;; comp;3862885..3862961;;tgg;+;167 comp;3863129..3863205;;tgg;2 tgg; ;;;;; comp;3867049..3867164;;5s;;114 comp;3867279..3870198;;23s;;338 comp;3870537..3872086;;16s;; ;;;;; ;3882154..3882229;;ttc;; ;;;;; comp;4331488..4331563;;ggc;+;130 comp;4331694..4331769;;ggc;6 ggc;47 comp;4331817..4331892;;ggc;;162 comp;4332055..4332130;;ggc;;16 comp;4332147..4332222;;ggc;;48 comp;4332271..4332346;;ggc;; ;;;;; comp;4616881..4616996;;5s;;112 comp;4617109..4620030;;23s;;364 comp;4620395..4620470;;gca;;65 comp;4620536..4620612;;atc;;71 comp;4620684..4622233;;16s;; ;;;;; comp;5129770..5129846;;gac;;100 comp;5129947..5130062;;5s;;115 comp;5130178..5133097;;23s; ;339 comp;5133437..5134986;;16s;; </pre> ====spl cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_cumuls|spl cumuls]] <pre> spl cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;0;;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;6;20;12;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;27;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;2;60;28;;150;;60;;400; ;max a;3;80;3;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;8;;250;;100;;600; ;spéciaux;0;120;13;;300;;120;;700; ;total aas;9;140;3;;350;;140;;800; sans ;opérons;29;160;0;;400;;160;;900; ;1 aa;8;180;2;;450;;180;;1000; ;max a;15;200;1;;500;;200;;1100; ;a doubles;15;;6;;;;;;; ;total aas;133;;103;;;0;;0;;0 total aas;;142;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;88;;;;;;; ;;;variance;143;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;58;;;;;;; ;;;variance;35;;;;;;; </pre> ====spl blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_blocs|spl blocs]] <pre> spl blocs;;;;;;; 16s;339;339;374;339;338;338; 23s;112;114;114;114;114;114; 5s;;;;;;; ;;;;;;; 16s;71;71;71;16s;338;16s;339 atc;65;65;65;23s;113;23s;115 gca;364;329;364;5s;68;5s;100 23s;112;156;112;acc;17;gac; 5s;100;;;5s;;; gac;;;;;;; </pre> ====spl distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_distribution|spl distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;2 gac;ttc;3;tcc;;tac;;tgc;4;cca2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;cca2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;3;tac5;atc;;acc;;aac;7;agc;;tac5;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;7;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;séquences;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;8;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;(aca ttc)2;tta;4;tca;;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;2;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;(tgc tta)3;ata;;aca;4;aaa;;aga;1;gaa13;ata;;aca;;aaa;12;aga;;gaa13;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;(atf gtc)2;cta;5;cca;1;caa;5;cga;;atgf4+2;cta;;cca;2;caa;;cga;;atgf4+2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;(caa cta atgj)3 ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;cgt5+2;gta;11;gca;;gaa;13;gga;;cgt5+2;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;ou;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;1;(caa cta)5;atgj;3;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total spl;;8;;;;;8;;spl;46;;;;;;46;;spl;79;;;;;;79;;spl;;;;3;;;3 </pre> ====spl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_données_intercalaires|spl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;5s CDS;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;spl;fx;fc;spl;fx40;fc40;spl;x-;c-;c;x;c;x;;c;x;;c;x; 1;0;0;1;17;0;1;17;-1;;126;606;234;16s 23s;;;tRNA tRNA;;suite;tRNA tRNA;;suite ;0;10;8;284;1;0;46;-2;2;0;195;236;4* 349;;;37;;gta;45;;aac ;0;20;19;193;2;0;53;-3;;0;155;320;384;;;37;;gta;41;;aac ;0;30;13;120;3;1;29;-4;5;136;789;-23;3* 348;;;37;;gta;26;;aac 1;0;40;29;86;4;0;22;-5;;0;695;286;5s CDS;;;37;;gta;32;;aac ;0;50;17;74;5;1;16;-6;;0;220;330;703;339;;37;;gta;33;;aac ;0;60;39;80;6;2;13;-7;;10;441;117;727;454;;37;;gta;40;;aac ;0;70;50;72;7;2;14;-8;2;46;913;500;;768;;37;;gta;**;;aac ;0;80;68;100;8;1;29;-9;;0;1058;545;;304;;37;;gta;97;;gac ;1;90;53;92;9;1;29;-10;;8;581;34;;454;;37;;gta;97;;gac 1;0;100;56;90;10;0;33;-11;;28;176;705;;798;;39;;gta;83;;gac ;1;110;38;64;11;2;27;-12;;0;257;977;16s tRNA;;;**;;gta;**;;gac 1;2;120;54;73;12;1;35;-13;;5;104;136;3* 74;;atc;80;;gcc;58;;aaa ;1;130;44;84;13;3;20;-14;;15;134;383;tRNA 23s;;;102;;gaa;58;;aaa 1;1;140;26;56;14;1;29;-15;1;0;455;254;371;;gca;102;;gaa;58;;aaa ;0;150;27;51;15;5;15;-16;;3;216;545;336;;gca;102;;gaa;59;;aaa ;4;160;30;52;16;0;10;-17;1;8;152;184;371;;gca;102;;gaa;57;;aaa ;1;170;31;49;17;3;13;-18;;0;530;98;5s tRNA;;;102;;gaa;58;;aaa ;3;180;36;53;18;2;20;-19;;1;595;291;100;;gac;102;;gaa;58;;aaa 2;1;190;24;43;19;1;14;-20;;7;89;1011;68;;acc;102;;gaa;59;;aaa ;3;200;34;36;20;1;10;-21;;0;178;465;100;;gac;253;;gaa;58;;aaa ;0;210;24;37;21;2;12;-22;;0;192;289;tRNA 5s;;;102;;gaa;59;;aaa ;2;220;25;39;22;1;12;-23;;4;353;187;17;;acc;102;;gaa;59;;aaa ;0;230;25;33;23;0;13;-24;;0;315;;tRNA tRNA;;intra;102;;gaa;**;;aaa 2;0;240;27;32;24;4;19;-25;;0;187;;3* 65;;atc gca;102;;gaa;8;;cac ;0;250;23;25;25;3;3;-26;;2;572;;tRNA tRNA;;;47;;gaa;63;;aga 1;2;260;22;30;26;0;9;-27;;0;124;;8;;aca;**;;gcc;**;;cca ;0;270;23;31;27;2;21;-28;;1;830;;35;;tac;40;;atgf;103;;atgf ;0;280;24;23;28;0;9;-29;;2;193;;**;;gga;40;;atgf;**;;ctc 2;0;290;27;29;29;1;11;-30;;0;255;;39;;cgg;40;;atgf;51;;caa 1;0;300;21;23;30;0;11;-31;;0;157;;41;;cac;**;;atgf;131;;cta ;0;310;18;18;31;3;17;-32;;3;114;;58;;cca;13;;ggc;20;;caa 1;1;320;16;19;32;4;9;-33;;0;162;;**;;cca;85;;tgc;96;;cta 1;0;330;11;18;33;3;8;-34;;1;495;;1172;;tca;**;;tta;49;;caa ;0;340;16;20;34;5;9;-35;;0;180;;**;;tca;13;;ggc;211;;cta ;0;350;13;17;35;2;8;-36;;0;160;;52;;aca;95;;tgc;5;;atgj ;1;360;14;16;36;1;6;-37;;0;663;;539;;ttc;634;;tta;47;;caa ;0;370;15;22;37;4;6;-38;;1;113;;52;;aca;95;;tgc;55;;cta ;0;380;10;9;38;5;10;-39;;0;427;;**;;ttc;479;;tta;5;;atgj 1;0;390;14;10;39;1;7;-40;;0;CDS 16s ;;52;;aca;132;;tgc;47;;caa ;0;400;10;9;40;1;6;-41;;1;647;614;**;;ttc;**;;tta;55;;cta 7;15;reste;230;253;reste;1235;1782;-42;;0;988;687;21;;agc;128;;cat;**;;atgj 23;39;total;1305;2482;total;1305;2482;-43;;1;876;1908;30;;cgt;128;;cat;167;;tgg 15;24;diagr;1074;2212;diagr;69;683;-44;;0;206;1178;32;;cgt;189;;atgf;**;;tgg 0;0; t30;40;597;;;;-45;;0;611;807;30;;cgt;45;;atgf;20;;ggc ;;;;;;;;-46;;0;5s 16s;;33;;cgt;2;;gtc;13;;ggt ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;1319;;9;;cgt;35;;atgf;47;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;23s 5s;;76;;agc;13;;gtc;47;;ggc ;x;1304;12;1;1317;;;-49;;0;8* 132;;35;;cgt;**;;atgf;15;;ggt ;c;2465;414;17;2896;;;-50;;0;2* 133;;9;;cgt;30;;tac;16;;ggc ;;;;;4213;253;;reste;1;5;177;;**;;agc;85;;tac;48;;ggc ;;;;;;4466;;total;12;414;;;;;;107;;tac;**;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;107;;tac;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tac;;; </pre> =====spl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires_aas|spl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;spl;;;;; deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;43968;44525;614;*; ;;rRNA;45140;46682;349;*;16s ;;rRNA;47032;49926;132;*;23s ;;rRNA;50059;50174;1319;*;5s ;;rRNA;51494;53036;349;*;16s ;;rRNA;53386;56280;132;*;23s ;;rRNA;56413;56528;339;*;5s fin;comp;CDS;56868;57011;;; deb;comp;CDS;146328;146498;-16;*; ;comp;regulatory;146483;146744;188;*; fin;;CDS;146933;149083;;; deb;comp;CDS;181132;181587;687;*; ;;rRNA;182275;183817;74;*;16s ;;tRNA;183892;183968;65;*;atc ;;tRNA;184034;184109;371;*;gca ;;rRNA;184481;187375;132;*;23s ;;rRNA;187508;187623;100;*;5s ;;tRNA;187724;187800;606;*;gac fin;;CDS;188407;189432;;; deb;comp;CDS;190429;191379;234;*; ;;tRNA;191614;191689;8;*;aca ;;tRNA;191698;191782;35;*;tac ;;tRNA;191818;191891;195;*;gga fin;;CDS;192087;193271;;; deb;;CDS;233942;234538;647;*; ;;rRNA;235186;236728;384;*;16s ;;rRNA;237113;240007;132;*;23s ;;rRNA;240140;240255;454;*;5s deb;comp;CDS;240710;241726;1908;*; ;;rRNA;243635;245177;348;*;16s ;;rRNA;245526;248420;133;*;23s ;;rRNA;248554;248669;68;*;5s ;;tRNA;248738;248813;17;*;acc ;;rRNA;248831;248946;703;*;5s fin;;CDS;249650;250924;;0; deb;;CDS;282426;283268;135;*; ;;ncRNA;283404;283755;313;*; fin;comp;CDS;284069;285322;;; deb;comp;CDS;413908;416529;236;*; ;;tRNA;416766;416842;39;*;cgg ;;tRNA;416882;416957;41;*;cac ;;tRNA;416999;417075;58;*;cca ;;tRNA;417134;417210;320;*;cca fin;comp;CDS;417531;419450;;; deb;comp;CDS;492003;492536;1178;*; ;;rRNA;493715;495257;349;*;16s ;;rRNA;495607;498501;132;*;23s ;;rRNA;498634;498749;768;*;5s fin;comp;CDS;499518;500534;;; deb;;CDS;550745;552652;-23;*; ;comp;tRNA;552630;552724;286;*;tga fin;;CDS;553011;553874;;; deb;;CDS;640018;641220;155;*; ;;tRNA;641376;641466;1172;*;tca ;;tRNA;642639;642729;789;*;tca deb;;CDS;643519;644862;988;*; ;;rRNA;645851;647393;74;*;16s ;;tRNA;647468;647544;65;*;atc ;;tRNA;647610;647685;336;*;gca ;;rRNA;648022;650916;177;*;23s ;;rRNA;651094;651209;727;*;5s fin;;CDS;651937;653757;;0; deb;comp;CDS;727650;727784;330;*; ;;tRNA;728115;728199;695;*;ttg fin;;CDS;728895;730808;;0; deb;;CDS;878528;879232;406;*; ;;regulatory;879639;879784;204;*; fin;;CDS;879989;881359;;; deb;;CDS;1166653;1168824;117;*; ;comp;tRNA;1168942;1169018;220;*;atgi fin;comp;CDS;1169239;1171089;;; deb;;CDS;1284512;1284730;-193;*; ;comp;misc_f;1284538;1284656;121;*; fin;comp;CDS;1284778;1285140;;0; deb;;CDS;1337892;1339205;500;*; ;comp;tRNA;1339706;1339781;52;*;aca ;comp;tRNA;1339834;1339909;539;*;ttc ;comp;tRNA;1340449;1340524;52;*;aca ;comp;tRNA;1340577;1340652;545;*;ttc deb;;CDS;1341198;1342432;34;*; ;comp;tRNA;1342467;1342542;52;*;aca ;comp;tRNA;1342595;1342670;441;*;ttc fin;comp;CDS;1343112;1343390;;; deb;;CDS;1455613;1455810;913;*; ;;tRNA;1456724;1456815;21;*;agc ;;tRNA;1456837;1456913;30;*;cgt ;;tRNA;1456944;1457020;32;*;cgt ;;tRNA;1457053;1457129;30;*;cgt ;;tRNA;1457160;1457236;33;*;cgt ;;tRNA;1457270;1457346;9;*;cgt ;;tRNA;1457356;1457447;76;*;agc ;;tRNA;1457524;1457600;35;*;cgt ;;tRNA;1457636;1457712;9;*;cgt ;;tRNA;1457722;1457813;1058;*;agc fin;;CDS;1458872;1459117;;; deb;comp;CDS;1564741;1565973;165;*; ;comp;tmRNA;1566139;1566494;110;*; fin;comp;CDS;1566605;1567099;;0; deb;comp;CDS;1625951;1626781;581;*; ;comp;tRNA;1627363;1627438;176;*;agg fin;comp;CDS;1627615;1628784;;0; deb;comp;CDS;1769998;1770225;257;*; ;comp;tRNA;1770483;1770558;37;*;gta ;comp;tRNA;1770596;1770671;37;*;gta ;comp;tRNA;1770709;1770784;37;*;gta ;comp;tRNA;1770822;1770897;37;*;gta ;comp;tRNA;1770935;1771010;37;*;gta ;comp;tRNA;1771048;1771123;37;*;gta ;comp;tRNA;1771161;1771236;37;*;gta ;comp;tRNA;1771274;1771349;37;*;gta ;comp;tRNA;1771387;1771462;37;*;gta ;comp;tRNA;1771500;1771575;39;*;gta ;comp;tRNA;1771615;1771690;705;*;gta deb;;CDS;1772396;1773805;104;*; ;;tRNA;1773910;1773985;80;*;gcc ;;tRNA;1774066;1774141;102;*;gaa ;;tRNA;1774244;1774319;102;*;gaa ;;tRNA;1774422;1774497;102;*;gaa ;;tRNA;1774600;1774675;102;*;gaa ;;tRNA;1774778;1774853;102;*;gaa ;;tRNA;1774956;1775031;102;*;gaa ;;tRNA;1775134;1775209;102;*;gaa ;;tRNA;1775312;1775387;253;*;gaa ;;tRNA;1775641;1775716;102;*;gaa ;;tRNA;1775819;1775894;102;*;gaa ;;tRNA;1775997;1776072;102;*;gaa ;;tRNA;1776175;1776250;102;*;gaa ;;tRNA;1776353;1776428;47;*;gaa ;;tRNA;1776476;1776551;977;*;gcc fin;comp;CDS;1777529;1779358;;0; deb;comp;CDS;1928606;1930189;113;*; ;comp;misc_f;1930303;1930412;474;*; fin;;CDS;1930887;1931621;;; deb;;CDS;2079870;2080424;876;*; ;;rRNA;2081301;2082843;348;*;16s ;;rRNA;2083192;2086086;132;*;23s ;;rRNA;2086219;2086334;304;*;5s fin;comp;CDS;2086639;2087564;;; deb;;CDS;2142913;2143137;136;*; ;comp;tRNA;2143274;2143350;134;*;ccc fin;comp;CDS;2143485;2145269;;; deb;;CDS;2225993;2226382;125;*; ;;regulatory;2226508;2226638;52;*; fin;;CDS;2226691;2228829;;; deb;comp;CDS;2365103;2365708;455;*; ;comp;tRNA;2366164;2366240;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366281;2366357;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366398;2366474;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366515;2366591;383;*;atgf fin;;CDS;2366975;2369110;;; deb;comp;CDS;2374251;2375963;254;*; ;;tRNA;2376218;2376308;216;*;tca fin;;CDS;2376525;2377169;;; deb;;CDS;2379066;2379614;152;*; ;;tRNA;2379767;2379842;13;*;ggc ;;tRNA;2379856;2379929;85;*;tgc ;;tRNA;2380015;2380100;530;*;tta fin;;CDS;2380631;2381200;;; deb;;CDS;2548825;2550261;595;*; ;;tRNA;2550857;2550932;13;*;ggc ;;tRNA;2550946;2551019;95;*;tgc ;;tRNA;2551115;2551200;634;*;tta ;;tRNA;2551835;2551908;95;*;tgc ;;tRNA;2552004;2552089;479;*;tta ;;tRNA;2552569;2552642;132;*;tgc ;;tRNA;2552775;2552860;545;*;tta fin;comp;CDS;2553406;2553735;;; deb;;CDS;2556685;2557929;89;*; ;;tRNA;2558019;2558109;184;*;tca fin;comp;CDS;2558294;2559073;;; deb;;CDS;2716829;2717467;98;*; ;comp;tRNA;2717566;2717655;178;*;tcc fin;comp;CDS;2717834;2719828;;; deb;comp;CDS;2758794;2759069;192;*; ;comp;tRNA;2759262;2759367;128;*;cat ;comp;tRNA;2759496;2759601;128;*;cat ;comp;tRNA;2759730;2759806;189;*;atgf ;comp;tRNA;2759996;2760072;45;*;atgf ;comp;tRNA;2760118;2760194;2;*;gtc ;comp;tRNA;2760197;2760273;35;*;atgf ;comp;tRNA;2760309;2760385;13;*;gtc ;comp;tRNA;2760399;2760475;353;*;atgf fin;comp;CDS;2760829;2762043;;; deb;comp;CDS;2858049;2858531;291;*; ;;tRNA;2858823;2858907;30;*;tac ;;tRNA;2858938;2859022;85;*;tac ;;tRNA;2859108;2859192;107;*;tac ;;tRNA;2859300;2859384;107;*;tac ;;tRNA;2859492;2859576;315;*;tac fin;;CDS;2859892;2860968;;0; deb;comp;CDS;2863253;2865256;1011;*; ;;tRNA;2866268;2866343;45;*;aac ;;tRNA;2866389;2866464;41;*;aac ;;tRNA;2866506;2866581;26;*;aac ;;tRNA;2866608;2866683;32;*;aac ;;tRNA;2866716;2866791;33;*;aac ;;tRNA;2866825;2866900;40;*;aac ;;tRNA;2866941;2867016;187;*;aac fin;;CDS;2867204;2869120;;; deb;comp;CDS;2904901;2906862;188;*; ;comp;regulatory;2907051;2907149;230;*; fin;comp;CDS;2907380;2908291;;0; deb;comp;CDS;2926979;2928856;572;*; ;comp;tRNA;2929429;2929505;97;*;gac ;comp;tRNA;2929603;2929679;97;*;gac ;comp;tRNA;2929777;2929853;83;*;gac ;comp;tRNA;2929937;2930013;124;*;gac fin;comp;CDS;2930138;2931472;;; deb;comp;CDS;3118298;3119458;830;*; ;comp;tRNA;3120289;3120364;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120423;3120498;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120557;3120632;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120691;3120766;59;*;aaa ;comp;tRNA;3120826;3120901;57;*;aaa ;comp;tRNA;3120959;3121034;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121093;3121168;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121227;3121302;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121362;3121437;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121496;3121571;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121631;3121706;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121766;3121841;193;*;aaa fin;comp;CDS;3122035;3122760;;; deb;;CDS;3243130;3243747;634;*; ;comp;ncRNA;3244382;3244478;176;*; fin;comp;CDS;3244655;3244972;;0; deb;comp;CDS;3268300;3269604;255;*; ;comp;tRNA;3269860;3269935;8;*;cac ;comp;tRNA;3269944;3270020;63;*;aga ;comp;tRNA;3270084;3270160;465;*;cca fin;;CDS;3270626;3271480;;0; deb;comp;CDS;3757370;3757825;157;*; ;comp;tRNA;3757983;3758059;103;*;atgf ;comp;tRNA;3758163;3758249;114;*;ctc fin;comp;CDS;3758364;3758699;;; deb;comp;CDS;3834636;3835094;162;*; ;comp;tRNA;3835257;3835331;51;*;caa ;comp;tRNA;3835383;3835467;131;*;cta ;comp;tRNA;3835599;3835673;20;*;caa ;comp;tRNA;3835694;3835778;96;*;cta ;comp;tRNA;3835875;3835949;49;*;caa ;comp;tRNA;3835999;3836083;211;*;cta ;comp;tRNA;3836295;3836371;5;*;atgj ;comp;tRNA;3836377;3836451;47;*;caa ;comp;tRNA;3836499;3836583;55;*;cta ;comp;tRNA;3836639;3836715;5;*;atgj ;comp;tRNA;3836721;3836795;47;*;caa ;comp;tRNA;3836843;3836927;55;*;cta ;comp;tRNA;3836983;3837059;495;*;atgj fin;comp;CDS;3837555;3838646;;; deb;comp;CDS;3862357;3862704;180;*; ;comp;tRNA;3862885;3862961;167;*;tgg ;comp;tRNA;3863129;3863205;160;*;tgg fin;comp;CDS;3863366;3864334;;; deb;;CDS;3865578;3866594;454;*; ;comp;rRNA;3867049;3867164;132;*;5s ;comp;rRNA;3867297;3870191;348;*;23s ;comp;rRNA;3870540;3872082;807;*;16s fin;;CDS;3872890;3873405;;0; deb;comp;CDS;3879732;3881864;289;*; ;;tRNA;3882154;3882229;187;*;ttc fin;comp;CDS;3882417;3884279;;0; deb;comp;CDS;3930329;3932182;122;*; ;comp;regulatory;3932305;3932527;233;*; fin;comp;CDS;3932761;3933408;;0; deb;;CDS;4051244;4051564;82;*; ;;ncRNA;4051647;4051828;251;*; fin;comp;CDS;4052080;4052250;;; deb;comp;CDS;4130284;4131048;211;*; ;comp;regulatory;4131260;4131412;506;*; fin;comp;CDS;4131919;4132536;;0; deb;;CDS;4146436;4146708;183;*; ;;regulatory;4146892;4146991;94;*; fin;;CDS;4147086;4148081;;0; deb;comp;CDS;4330369;4330824;663;*; ;comp;tRNA;4331488;4331563;20;*;ggc ;comp;tRNA;4331584;4331680;13;*;ggt ;comp;tRNA;4331694;4331769;47;*;ggc ;comp;tRNA;4331817;4331892;47;*;ggc ;comp;tRNA;4331940;4332039;15;*;ggt ;comp;tRNA;4332055;4332130;16;*;ggc ;comp;tRNA;4332147;4332222;48;*;ggc ;comp;tRNA;4332271;4332346;113;*;ggc fin;comp;CDS;4332460;4333005;;0; deb;comp;CDS;4446808;4448991;66;*; ;comp;regulatory;4449058;4449140;441;*; fin;;CDS;4449582;4449893;;; deb;comp;CDS;4452358;4453668;212;*; ;;regulatory;4453881;4453980;104;*; fin;;CDS;4454085;4455455;;0; deb;;CDS;4615072;4616082;798;*; ;comp;rRNA;4616881;4616996;132;*;5s ;comp;rRNA;4617129;4620023;371;*;23s ;comp;tRNA;4620395;4620470;65;*;gca ;comp;tRNA;4620536;4620612;74;*;atc ;comp;rRNA;4620687;4622229;206;*;16s fin;comp;CDS;4622436;4623133;;; deb;comp;CDS;5003438;5004418;-13;*; ;comp;regulatory;5004406;5004542;257;*; fin;;CDS;5004800;5006449;;0; deb;comp;CDS;5129088;5129342;427;*; ;comp;tRNA;5129770;5129846;100;*;gac ;comp;rRNA;5129947;5130062;133;*;5s ;comp;rRNA;5130196;5133090;349;*;23s ;comp;rRNA;5133440;5134982;611;*;16s fin;comp;CDS;5135594;5137015;;0; </pre> ====spl intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_entre_cds|spl intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> spl;31.1.21 Paris;NCBI;spl 24-9-2020;;;;;;;;; spl;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;426;10.1;'''négatif ;-7;10;-1 à -98;'''5 174 581;-1;426;610;5 ;'''zéro;18;0.4;;;;;'''intercals;0;18;620;10 ;'''1 à 200;2448;58.1;'''0 à 200;82;58;;'''730 981;5;168;630;7 ;'''201 à 370;776;18.4;'''201 à 370;274;48;;'''14.1%;10;124;640;6 ;'''371 à 600;378;9.0;'''371 à 600;462;62;;;15;138;650;6 ;'''601 à max;167;4.0;'''601 à 1028;849;331;;;20;74;660;6 ;'''total 4213;<201;68.6;'''total 4213;173;207;-98 à 3180;;25;69;670;7 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;64;680;6 3787762;3180;-1;426;-70;2;;0;18;35;68;690;3 2676990;2727;0;18;-60;0;;-1;°126;40;47;700;5 4795292;1942;1;°46;-50;4;;-2;2;45;49;710;6 3628609;1722;2;°53;-40;2;;-3;0;50;42;720;6 1384243;1674;3;°30;-30;5;'''min à -1;-4;°141;55;52;730;2 5168395;1593;4;22;-20;16;426;-5;0;60;67;740;7 1692692;1489;5;17;-10;70;10.1%;-6;0;65;56;750;4 4989087;1401;6;15;0;345;;-7;10;70;66;760;1 5017524;1331;7;16;10;292;;-8;°48;75;77;770;3 1530827;1329;8;°30;20;212;;-9;0;80;91;780;3 4000859;1318;9;°30;30;133;;-10;8;85;67;790;4 1999942;1254;10;°33;40;115;'''1 à 100;-11;°28;90;78;800;4 1605218;1225;11;°29;50;91;1561;-12;0;95;65;810;2 897237;1221;12;°36;60;119;37.1%;-13;5;100;81;820;3 1570703;1178;13;23;70;122;;-14;°15;105;41;830;1 4927424;1166;14;°30;80;168;;-15;1;110;61;840;3 1817514;1161;15;20;90;145;;-16;3;115;52;850;2 3532660;1157;16;10;100;146;;-17;°9;120;75;860;1 1716642;1154;17;16;110;102;;-18;0;125;64;870;4 1413389;1150;18;°22;120;127;;-19;1;130;64;880;2 2276940;1141;19;15;130;128;;-20;°7;135;37;890;3 600202;1140;20;11;140;82;;-21;0;140;45;900;1 1996502;1103;21;°14;150;78;;-22;0;145;45;910;2 3325479;1046;22;13;160;82;;-23;°4;150;33;920;2 223647;1016;23;13;170;80;'''1 à 200;-24;0;155;43;930;1 3589524;1016;24;°23;180;89;2448;-25;0;160;39;940;3 967539;1009;25;6;190;67;58.1%;-26;°2;165;42;950;3 4112640;1007;26;9;200;70;;-27;0;170;38;960;3 4903734;975;27;°23;210;61;;-28;1;175;45;970;1 3472661;968;28;9;220;64;;-29;°2;180;44;980;1 750412;959;29;12;230;58;;-30;0;185;34;990;0 2804938;959;30;11;240;59;;-31;0;190;33;1000;0 2670476;957;31;°20;250;48;;-32;°3;195;35;1010;2 2620635;946;32;13;260;52;;;434;200;35;1020;2 2967190;944;33;11;270;54;;reste;10;205;33;1030;0 4243039;944;34;°14;280;47;'''0 à 200;total;444;210;28;1040;0 2002234;937;35;10;290;56;2466;;;215;23;1050;1 3578230;936;36;7;300;44;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;41;1060;0 4121391;933;37;°10;310;36;;600;4046;225;35;1070;0 1500535;926;38;°15;320;35;;650;34;230;23;1080;0 4952031;915;39;8;330;29;;700;27;235;32;1090;0 2490814;912;40;7;340;36;'''201 à 370;750;25;240;27;1100;0 2028503;909;reste;3017;350;30;776;800;15;245;25;1110;1 4150415;904;total;4213;360;30;18.4%;850;11;250;23;1120;0 2127775;897;;;370;37;;900;11;255;26;1130;0 1003095;887;;;380;19;;950;11;260;26;1140;1 2921392;885;;;390;24;;1000;5;265;31;1150;2 2262088;884;;;400;19;;1050;5;270;23;1160;2 2877064;877;;;410;32;;1100;0;275;24;1170;2 4984821;874;;;420;31;;1150;4;280;23;1180;1 4474909;866;;;430;24;;1200;5;285;30;1190;0 1417740;865;;;440;20;;1250;2;290;26;1200;0 4759907;862;;;450;20;;1300;1;295;19;reste;14 3297697;861;;;460;20;;1350;3;300;25;total;167 ;;;;470;19;;1400;0;305;20;; ;;;;480;12;;1450;1;310;16;; '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;490;12;;1500;1;315;20;; 4734113;-98;shift2;629;500;19;;1550;0;320;15;; 4557422;-77;shift2;764;510;13;;1600;1;325;15;; 2893452;-56;shift2;1688;520;14;;1650;0;330;14;; 4567483;-53;shift2;4142;530;12;;1700;1;335;17;; 5067715;-53;shift2;2369;540;12;'''371 à 600;1750;1;340;19;; 4015714;-52;comp;;550;9;378;1800;0;345;15;; 1735201;-43;shift2;;560;11;9.0%;1850;0;350;15;; 1578876;-41;shift2;;570;15;;1900;0;355;15;; 164778;-38;shift2;;580;7;'''601 à max;1950;1;360;15;; 5173629;-34;shift2;;590;7;167;;165;365;19;; 73781;-32;shift2;;600;7;4.0%;;;370;18;; 2497076;-32;shift2;;reste;167;;reste;2;reste;545;; 2892533;-32;shift2;;total;4213;;total;4213;total;4213;; </pre> ====spl intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> spl. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; ;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; spl;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;47;-333;594;7.7;611;236;max80;-47;363;-934;95;806;257;min50 31 à 400;-;-;-;-;-;-;;10.3;-50;-57;43;915;162;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;59;37;-;275;poly;336;tF;158;57;;614;poly;192;SF 31 à 400;;;;;;;;106;43;-;885;dte;30;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;-0.342;;;;; 41-n;0.884;0.735;0.784;;;;;;;;;;; 1-n;0.172;-0.353;-0.202;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; spl;fx;fc;;spl;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;spl;Sx-;Sc- 0;1;17;;0;1;8;0;1;17;>0;1300;-1;0;126 10;8;284;;10;7;128;1;0;46;<0;12;-2;2;0 20;19;193;;20;18;87;2;0;53;zéro;1;-3;0;0 30;13;120;;30;12;54;3;1;29;total;1313;-4;5;136 40;29;86;;40;27;39;4;0;22;;c;-5;0;0 50;16;75;;50;15;34;5;1;16;>0;2469;-6;0;0 60;39;80;;60;36;36;6;2;13;<0;414;-7;0;10 70;50;72;;70;47;33;7;2;14;zéro;17;-8;2;46 80;67;101;;80;63;46;8;1;29;total;2900;-9;0;0 90;52;93;;90;49;42;9;1;29;;;-10;0;8 100;56;90;;100;52;41;10;0;33;;;-11;0;28 110;38;64;;110;35;29;11;2;27;;;-12;0;0 120;54;73;;120;50;33;12;1;35;;;-13;0;5 130;44;84;;130;41;38;13;3;20;;;-14;0;15 140;26;56;;140;24;25;14;1;29;;;-15;1;0 150;27;51;;150;25;23;15;5;15;;;-16;0;3 160;30;52;;160;28;23;16;0;10;;;-17;1;8 170;30;50;;170;28;23;17;3;13;;;-18;0;0 180;36;53;;180;34;24;18;2;20;;;-19;0;1 190;24;43;;190;22;19;19;1;14;;;-20;0;7 200;33;37;;200;31;17;20;1;10;;;-21;0;0 210;24;37;;210;22;17;21;2;12;;;-22;0;0 220;25;39;;220;23;18;22;1;12;;;-23;0;4 230;25;33;;230;23;15;23;0;13;;;-24;0;0 240;28;31;;240;26;14;24;4;19;;;-25;0;0 250;23;25;;250;21;11;25;3;3;;;-26;0;2 260;22;30;;260;21;14;26;0;9;;;-27;0;0 270;23;31;;270;21;14;27;2;21;;;-28;0;1 280;25;22;;280;23;10;28;0;9;;;-29;0;2 290;27;29;;290;25;13;29;1;11;;;-30;0;0 300;20;24;;300;19;11;30;0;11;;;-31;0;0 310;18;18;;310;17;8;31;3;17;;;-32;0;3 320;16;19;;320;15;9;32;4;9;;;-33;0;0 330;11;18;;330;10;8;33;3;8;;;-34;0;1 340;16;20;;340;15;9;34;5;9;;;-35;0;0 350;13;17;;350;12;8;35;2;8;;;-36;0;0 360;14;16;;360;13;7;36;1;6;;;-37;0;0 370;15;22;;370;14;10;37;4;6;;;-38;0;1 380;10;9;;380;9;4;38;5;10;;;-39;0;0 390;14;10;;390;13;5;39;1;7;;;-40;0;0 400;11;8;;400;10;4;40;1;6;;;-41;0;1 reste;229;254;;;;;reste;1231;1786;;;-42;0;0 total;1301;2486;;t30;37;270;total;1301;2486;;;-43;0;1 diagr;1071;2215;;t60;116;378;diagr;69;683;;;-44;0;0 - t30;1031;1618;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;947;1377;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;5 ;;;;;;;;;;;;total;12;414 ;;;;;;;;;;;;-52;1; </pre> ====spl intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_négatifs_S-|spl intercalaires négatifs S-]] 9.6.21 Paris <pre> spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;2;;5;;;;2;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;12 continu;126;0;0;136;0;0;10;46;0;8;28;0;5;15;0;3;8;0;1;7;0;0;4;0;0;2;0;1;2;0;0;3;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;5;414 </pre> *14.8.21 Paris <pre> 14.8.21 Paris;spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;5;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;12 ;Sc-;126;0;0;136;0;0;10;46;0;8;28;0;5;15;0;3;8;0;1;7;0;0;4;0;0;2;0;1;2;0;0;3;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;5;414 </pre> ====spl autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires|spl autres intercalaires]] <pre> spl;autres intercalaires;;adresses1;;;spl;autres intercalaires;;adresses2;;;spl;autres intercalaires;;adresses3;;;spl;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;43968;614;comp;;deb;°CDS;1337892;500;;;deb;°CDS;2379066;152;;;deb;°CDS;3757370;157;comp ;$rRNA;45140;349;;;;&tRNA;1339706;52;comp;;;&tRNA;2379767;13;;;;&tRNA;3757983;103;comp ;$rRNA;47032;132;;;;&tRNA;1339834;539;comp;;;&tRNA;2379856;85;;;;&tRNA;3758163;114;comp ;$rRNA;50059;1319;;;;&tRNA;1340449;52;comp;;;&tRNA;2380015;530;;;fin;°CDS;3758364;;comp ;$rRNA;51494;349;;;;&tRNA;1340577;545;comp;;fin;°CDS;2380631;;;;deb;°CDS;3834636;162;comp ;$rRNA;53386;132;;;deb;°CDS;1341198;34;;;deb;°CDS;2548825;595;;;;&tRNA;3835257;51;comp ;$rRNA;56413;339;;;;&tRNA;1342467;52;comp;;;&tRNA;2550857;13;;;;&tRNA;3835383;131;comp fin;°CDS;56868;;comp;;;&tRNA;1342595;441;comp;;;&tRNA;2550946;95;;;;&tRNA;3835599;20;comp deb;°CDS;146328;-16;comp;;fin;°CDS;1343112;;comp;;;&tRNA;2551115;634;;;;&tRNA;3835694;96;comp ;regulatory;146483;188;comp;;deb;°CDS;1455613;913;;;;&tRNA;2551835;95;;;;&tRNA;3835875;49;comp fin;°CDS;146933;;;;;&tRNA;1456724;21;;;;&tRNA;2552004;479;;;;&tRNA;3835999;211;comp deb;°CDS;181132;687;comp;;;&tRNA;1456837;30;;;;&tRNA;2552569;132;;;;&tRNA;3836295;5;comp ;$rRNA;182275;74;;;;&tRNA;1456944;32;;;;&tRNA;2552775;545;;;;&tRNA;3836377;47;comp ;&tRNA;183892;65;;;;&tRNA;1457053;30;;;fin;°CDS;2553406;;comp;;;&tRNA;3836499;55;comp ;&tRNA;184034;371;;;;&tRNA;1457160;33;;;deb;°CDS;2556685;89;;;;&tRNA;3836639;5;comp ;$rRNA;184481;132;;;;&tRNA;1457270;9;;;;&tRNA;2558019;184;;;;&tRNA;3836721;47;comp ;$rRNA;187508;100;;;;&tRNA;1457356;76;;;fin;°CDS;2558294;;comp;;;&tRNA;3836843;55;comp ;&tRNA;187724;606;;;;&tRNA;1457524;35;;;deb;°CDS;2716829;98;;;;&tRNA;3836983;495;comp fin;°CDS;188407;;;;;&tRNA;1457636;9;;;;&tRNA;2717566;178;;;fin;°CDS;3837555;;comp deb;°CDS;190429;234;comp;;;&tRNA;1457722;1058;;;fin;°CDS;2717834;;comp;;deb;°CDS;3862357;180;comp ;&tRNA;191614;8;;;fin;°CDS;1458872;;;;deb;°CDS;2758794;192;comp;;;&tRNA;3862885;167;comp ;&tRNA;191698;35;;;deb;°CDS;1564741;165;comp;;;&tRNA;2759262;128;comp;;;&tRNA;3863129;160;comp ;&tRNA;191818;195;;;;tmRNA;1566139;110;comp;;;&tRNA;2759496;128;comp;;fin;°CDS;3863366;;comp fin;°CDS;192087;;;;fin;°CDS;1566605;;comp;;;&tRNA;2759730;189;comp;;deb;°CDS;3865578;454; deb;°CDS;233942;647;;;deb;°CDS;1625951;581;comp;;;&tRNA;2759996;45;comp;;;$rRNA;3867049;132;comp ;$rRNA;235186;384;;;;&tRNA;1627363;176;comp;;;&tRNA;2760118;2;comp;;;$rRNA;3867297;348;comp ;$rRNA;237113;132;;;fin;°CDS;1627615;;comp;;;&tRNA;2760197;35;comp;;;$rRNA;3870540;807;comp ;$rRNA;240140;454;;;deb;°CDS;1769998;257;comp;;;&tRNA;2760309;13;comp;;fin;°CDS;3872890;; deb;°CDS;240710;1908;comp;;;&tRNA;1770483;37;;;;&tRNA;2760399;353;comp;;deb;°CDS;3879732;289;comp ;$rRNA;243635;348;;;;&tRNA;1770596;37;;;fin;°CDS;2760829;;comp;;;&tRNA;3882154;187; ;$rRNA;245526;133;;;;&tRNA;1770709;37;;;deb;°CDS;2858049;291;comp;;fin;°CDS;3882417;;comp ;$rRNA;248554;68;;;;&tRNA;1770822;37;;;;&tRNA;2858823;30;;;deb;°CDS;3930329;122;comp ;&tRNA;248738;17;;;;&tRNA;1770935;37;;;;&tRNA;2858938;85;;;;regulatory;3932305;233;comp ;$rRNA;248831;703;;;;&tRNA;1771048;37;;;;&tRNA;2859108;107;;;fin;°CDS;3932761;;comp fin;°CDS;249650;;;;;&tRNA;1771161;37;;;;&tRNA;2859300;107;;;deb;°CDS;4051244;82; deb;°CDS;282426;135;;;;&tRNA;1771274;37;;;;&tRNA;2859492;315;;;;ncRNA;4051647;251; ;ncRNA;283404;313;;;;&tRNA;1771387;37;;;fin;°CDS;2859892;;;;fin;°CDS;4052080;;comp fin;°CDS;284069;;comp;;;&tRNA;1771500;39;;;deb;°CDS;2863253;1011;comp;;deb;°CDS;4130284;211;comp deb;°CDS;413908;236;comp;;;&tRNA;1771615;705;;;;&tRNA;2866268;45;;;;regulatory;4131260;506;comp ;&tRNA;416766;39;;;deb;°CDS;1772396;104;;;;&tRNA;2866389;41;;;fin;°CDS;4131919;;comp ;&tRNA;416882;41;;;;&tRNA;1773910;80;;;;&tRNA;2866506;26;;;deb;°CDS;4146436;183; ;&tRNA;416999;58;;;;&tRNA;1774066;102;;;;&tRNA;2866608;32;;;;regulatory;4146892;94; ;&tRNA;417134;320;;;;&tRNA;1774244;102;;;;&tRNA;2866716;33;;;fin;°CDS;4147086;; fin;°CDS;417531;;comp;;;&tRNA;1774422;102;;;;&tRNA;2866825;40;;;deb;°CDS;4330369;663;comp deb;°CDS;492003;1178;comp;;;&tRNA;1774600;102;;;;&tRNA;2866941;187;;;;&tRNA;4331488;20;comp ;$rRNA;493715;349;;;;&tRNA;1774778;102;;;fin;°CDS;2867204;;;;;&tRNA;4331584;13;comp ;$rRNA;495607;132;;;;&tRNA;1774956;102;;;deb;°CDS;2904901;188;comp;;;&tRNA;4331694;47;comp ;$rRNA;498634;768;;;;&tRNA;1775134;102;;;;regulatory;2907051;230;comp;;;&tRNA;4331817;47;comp fin;°CDS;499518;;comp;;;&tRNA;1775312;253;;;fin;°CDS;2907380;;comp;;;&tRNA;4331940;15;comp deb;°CDS;550745;-23;;;;&tRNA;1775641;102;;;deb;°CDS;2926979;572;comp;;;&tRNA;4332055;16;comp ;&tRNA;552630;286;comp;;;&tRNA;1775819;102;;;;&tRNA;2929429;97;comp;;;&tRNA;4332147;48;comp fin;°CDS;553011;;;;;&tRNA;1775997;102;;;;&tRNA;2929603;97;comp;;;&tRNA;4332271;113;comp deb;°CDS;640018;155;;;;&tRNA;1776175;102;;;;&tRNA;2929777;83;comp;;fin;°CDS;4332460;;comp ;&tRNA;641376;1172;;;;&tRNA;1776353;47;;;;&tRNA;2929937;124;comp;;deb;°CDS;4446808;66;comp ;&tRNA;642639;789;;;;&tRNA;1776476;977;;;fin;°CDS;2930138;;comp;;;regulatory;4449058;441;comp deb;°CDS;643519;988;;;fin;°CDS;1777529;;comp;;deb;°CDS;3118298;830;comp;;fin;°CDS;4449582;; 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aa1;aa2;aa3;;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls &234;&455;&830;;;;;606;;89;113;; 8;40*3;58*3;;comp’;&234;;195;;98;114;'''deb; 35;&152;59;;comp’;&236;comp’;320;;104;124;<201;9 &236;13;57;;comp’;-23;comp’;286;;152;134;total;18 39;85;58*2;;;&155;;789;;155;160;taux;50% 41;&595;59;;comp’;330;;695;;157;176;; 58;13;58;;comp’;117;;220;;162;187;'''fin; &155;95;59*2;;comp’;&500;comp’;545;;180;193;<201;9 1172;634;&255;;comp’;&34;;441;;192;195;total;21 &500;95;8;;;&913;;1058;;255;216;taux;43% 52;479;63;;;581;;176;;427;220;; 539;132;&157;;comp’;&257;;705;;455;315;'''total; 52;&192;103;;;&104;comp’;977;;572;353;<201;18 &34;128*2;&162;;comp’;136;;134;;581;441;total;39 52;189;51;;;&455;comp’;383;;595;495;taux;46% &913;45;131;;comp’;254;;216;;663;530;; 21;2;20;;;&152;;530;;830;606;; 30;35;96;;;89;comp’;184;;913;695;; 32;13;49;;;98;;178;;'''-;705;; 30;&291;211;;;&595;comp’;545;;'''-;789;; 33;30;5;;;&192;;353;;'''-;1058;'''comp’;'''cumuls 9;85;47;;comp’;&291;;315;;-23;178;'''deb; 76;107*2;55;;comp’;&1011;;187;;34;184;<201;4 35;&1011;5;;;&572;;124;;117;187;total;13 9;45;47;;;&830;;193;;136;286;taux;31% &257;41;55;;;&255;comp’;465;;234;320;'''fin; 37*9;26;&180;;;&157;;114;;236;383;<201;3 39;32;167;;;&162;;495;;254;465;total;10 &104;33;&663;;;&180;;160;;257;545;taux;30% 80;40;20;;comp’;289;comp’;187;;289;545;; 102*7;&572;13;;;&663;;113;;291;977;'''total; 253;97*2;47*2;;;427;;;;330;'''-;<201;7 102*4;83;15;;;;;;;500;'''-;total;23 47;;16;;;;;;;1011;'''-;taux;30% ;;48;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;deb;fin;total ;;;;;;;;;<201;13;12;25 ;;;;;;;;;total;31;31;62 ;;;;;;;;;taux;42%;39%;40% </pre> ===Vibrio parahaemolyticus=== ====vpb opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_opérons|vpb opérons]] <pre> 45.3%GC;6.7.19 Paris;16s 11 ;126;doubles;intercalaires Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr1;; ;33614..35175;;16s;@4;80 ;35256..35331;;gaa;;2 ;35334..35409;;aaa;;30 ;35440..35515;;gta;;55 comp;35571..35768;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;59 ;35828..38743;;23s;;73 ;38817..38932;;5s;; ;;;;; ;49997..50073;;cgg;;32 ;50106..50181;;cac;+;72 ;50254..50330;;cca;2 cac;49 ;50380..50455;;cac;2 cca;24 ;50480..50556;;cca;; ;;;;; comp;400045..400120;;atgi;; ;;;;; ;577971..579532;;16s;;88 ;579621..579696;;gcc;;12 ;579709..579784;;gaa;;258 ;580043..582958;;23s;;73 ;583032..583147;;5s;;30 ;583178..583254;;gac;;35 ;583290..583366;;tgg;; ;;;;; comp;769649..769733;;cta;+;29 comp;769763..769847;;cta;10 cta;47 comp;769895..769971;;atg;4 atg;24 comp;769996..770080;;cta;5 caa;52 comp;770133..770207;;caa;;29 comp;770237..770321;;cta;;53 comp;770375..770451;;atg;;24 comp;770476..770560;;cta;;52 comp;770613..770687;;caa;;29 comp;770717..770801;;cta;;54 comp;770856..770930;;caa;;29 comp;770960..771044;;cta;;35 comp;771080..771154;;caa;;48 comp;771203..771287;;cta;;31 comp;771319..771403;;cta;;77 comp;771481..771557;;atg;;77 comp;771635..771709;;caa;;31 comp;771741..771825;;cta;;40 comp;771866..771942;;atg;; ;;;;; ;786939..787015;;cca;; ;;;;; comp;802315..802391;;agg;; ;;;;; ;910219..910295;;aga;; ;;;;; comp;982089..982173;;tac;+;81 comp;982255..982339;;tac;4 tac;81 comp;982421..982505;;tac;;81 comp;982587..982671;;tac;; ;;;;; ;1124715..1124802;;tcc;; ;;;;; ;1418321..1418397;;gtc;+;32 ;1418430..1418506;;gtc;2gtc; ;;;;; comp;1988127..1988202;;ggc;+;10 comp;1988213..1988299;;tta;2 ggc;76 comp;1988376..1988451;;ggc;;20 comp;1988472..1988545;;tgc;; ;;;;; ;2164082..2164157;;aac;; ;;;;; ;2193593..2193683;;tca;; ;;;;; comp;2547884..2547960;;atgf;;56 comp;2548017..2548100;;ctc;; ;;;;; ;2652092..2652168;;cgt;+;56 comp;2652225..2652301;;cgt;9 cgt;57 comp;2652359..2652435;;cgt;2 agc;57 comp;2652493..2652569;;cgt;;57 comp;2652627..2652703;;cgt;;57 comp;2652761..2652837;;cgt;;56 comp;2652894..2652970;;cgt;;210 comp;2653181..2653257;;cgt;;31 comp;2653289..2653380;;agc;@5;320 comp;2653701..2653777;;cgt;;31 comp;2653809..2653900;;agc;; ;;;;; ;2735697..2735772;;ttc;+;64 ;2735837..2735912;;aca;3 ttc;7 ;2735920..2735995;;ttc;2 aca;70 ;2736066..2736141;;aac;2 aac;71 ;2736213..2736288;;aca;;7 ;2736296..2736371;;ttc;;43 ;2736415..2736490;;aac;; ;;;;; ;2738623..2738698;;ttc;;51 ;2738750..2738825;;aca;+;21 ;2738847..2738922;;aac;2 aca;39 ;2738962..2739037;;aca;2 aac;15 ;2739053..2739128;;aac;; ;;;;; comp;2741263..2741339;;gac;;31 comp;2741371..2741487;;5s;;57 comp;2741545..2741620;;acc;;100 comp;2741721..2741836;;5s;;73 comp;2741910..2744825;;23s;;257 comp;2745083..2745158;;gca;;41 comp;2745200..2745276;;atc;;56 comp;2745333..2746894;;16s;; ;;;;; comp;2755928..2756012;;ttg;; ;;;;; comp;2847646..2847722;;tgg;;68 comp;2847791..2847867;;gac;;30 comp;2847898..2848013;;5s;;73 comp;2848087..2851002;;23s;;258 comp;2851261..2851336;;gaa;;80 comp;2851417..2852978;;16s;; ;;;;; comp;2987485..2987561;;atgf;+;56 comp;2987618..2987693;;ggc;5 atgf;18 comp;2987712..2987788;;atgf;8 ggc;35 comp;2987824..2987899;;ggc;;50 comp;2987950..2988025;;ggc;;49 comp;2988075..2988150;;ggc;;49 comp;2988200..2988275;;ggc;;30 comp;2988306..2988382;;atgf;;55 comp;2988438..2988513;;ggc;;30 comp;2988544..2988620;;atgf;;39 comp;2988660..2988735;;ggc;;19 comp;2988755..2988831;;atgf;;35 comp;2988867..2988942;;ggc;; ;;;;; comp;3060924..3061000;;tgg;;68 comp;3061069..3061145;;gac;;30 comp;3061176..3061291;;5s;;73 comp;3061365..3064280;;23s;;257 comp;3064538..3064613;;gta;;14 comp;3064628..3064703;;gca;;32 comp;3064736..3064811;;aaa;;2 comp;3064814..3064889;;gaa;;80 comp;3064970..3066531;;16s;@3;319 comp;3066851..3066966;;5s;;73 comp;3067040..3069955;;23s;;261 comp;3070217..3071778;;16s;; ;;;;; comp;3105094..3105169;;acc;;13 comp;3105183..3105257;;gga;;35 comp;3105293..3105377;;tac;;36 comp;3105414..3105489;;aca;; ;;;;; comp;3111073..3111149;;gac;;30 comp;3111180..3111295;;5s;;73 comp;3111369..3114284;;23s;;261 comp;3114546..3116107;;16s;@1;317 comp;3116425..3116540;;5s;;73 comp;3116614..3119529;;23s;;261 comp;3119791..3121352;;16s;; ;;;;; comp;3175944..3176034;;tca;;69 comp;3176104..3176219;;5s;;73 comp;3176293..3179211;;23s;;257 comp;3179469..3179544;;gca;;41 comp;3179586..3179662;;atc;;56 comp;3179719..3181280;;16s;@2; ;;;;; comp;3217187..3217263;;gac;;30 comp;3217294..3217409;;5s;;73 comp;3217483..3220398;;23s;;59 ;3220458..3220655;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;55 comp;3220711..3220786;;gta;;30 comp;3220817..3220892;;aaa;;2 comp;3220895..3220970;;gaa;;80 comp;3221051..3222612;;16s;; Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr2;; ;132908..134469;;16s;;80 ;134550..134625;;gaa;;2 ;134628..134703;;aaa;;16 ;134720..134795;;gca;;14 ;134810..134885;;gta;;54 comp;134940..135122;;MTSHQSCLQFLNMMQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKLLKS;CDS 180;19 ;135142..138059;;23s;;73 ;138133..138248;;5s;;69 ;138318..138408;;tca;; ;;;;; comp;192886..192969;;ctc;; ;;;;; comp;591931..592021;;tca;; ;;;;; comp;1009457..1009530;;tgc;;73 comp;1009604..1009690;;tta;; ;;;;; comp;1021568..1021641;;tgc;;73 comp;1021715..1021801;;tta;; ;;;;; comp;1029973..1030048;;ggc;;3 comp;1030052..1030125;;tgc;; </pre> ====vpb cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_cumuls|vpb cumuls]] <pre> vpb cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;9;8;50;;20;;200; ;16 atc gca;2;40;24;4;100;;40;;300; ;16 23 5s a;1;60;21;2;150;;60;;400; ;max a;6;80;9;2;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;3;0;250;;100;;600; ;spéciaux;6;120;0;0;300;;120;;700; ;total aas;33;140;0;0;350;;140;;800; sans ;opérons;25;160;0;0;400;;160;;900; ;1 aa;11;180;0;0;450;;180;;1000; ;max a;19;200;0;0;500;;200;;1100; ;a doubles;8;;1;0;;;;;; ;total aas;93;;67;16;;0;;0;;0 total aas;;126;;;;;;;;; remarques;;5;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;46;26;;;;;; ;;;variance;29;22;;;;;; sans jaune;;;moyenne;43;;;;;;; ;;;variance;17;;;;;;; </pre> ====vpb blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_blocs|vpb blocs]] <pre> vpb blocs;;;;;;; 16s;80;16s;80;16s;80;; gaa;2;gaa;2;gaa;2;; aaa;30;aaa;30;aaa;16;; gta;55;gta;55;gca;14;; cds 198;59;cds 198;59;gta;54;; 23s;73;23s;73;cds 180;19;; 5s;;5s;30;23s;73;; ;;gac;;5s;69;; ;;;;tca;;; ;;;;;;; 16s;56;16s;56;16s;88;16s;80 atc;41;atc;41;gcc;12;gaa;258 gca;257;gca;257;gaa;258;23s;73 23s;73;23s;73;23s;73;5s;30 5s;100;5s;69;5s;30;gac; acc;57;tca;;gac;;; 5s;31;;;;;; gac;;;;;;; ;;;;;;; 16s;261;16s;261;;;; 23s;73;23s;73;;;; 5s;319;5s;317;;;; 16s;80;16s;261;;;; gaa;2;23s;73;;;; aaa;32;5s;30;;;; gca;14;gac;;;;; gta;257;;;;;; 23s;73;;;;;; 5s;30;;;;;; gac;;;;;;; </pre> ====vpb distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_distribution|vpb distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;ggc4;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;4;ggc4;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;;ggc4;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;acc 5s + 1 >a;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;8;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;7;tca 2 5s+ 2 a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;4;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;6;cca;2;caa;5;cga;;;cta;4;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;4;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total vpb;;11;;;;;11;;vpb;60;;;;;;60;;vpb;22;;;;;;22;;vpb;;;;12;;;12 </pre> ====vpb1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_données_intercalaires|vpb1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;vpb1;fx;fc;vpb1;fx40;fc40;vpb1;x-;c-;c;x;c;x;;c;x;;c;x; ;0;0;1;9;0;1;9;-1;;83;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;suite; ;0;10;12;254;1;2;25;-2;;0;284;337;97;;gcc;32;;cgg;64;;ttc ;3;20;12;187;2;1;45;-3;;0;140;243;2* 65;;atc;72;;cac;7;;aca ;0;30;9;114;3;2;36;-4;2;115;366;139;4* 89;;gaa;49;;cac;70;;ttc ;0;40;16;74;4;1;16;-5;;0;18;259;tRNA 23s;;;24;;cac;71;;aac ;1;50;26;58;5;0;24;-6;1;0;268;290;2* 264;;gca;**;;cac;7;;aca ;0;60;35;45;6;1;8;-7;;7;179;203;2* 265;;gaa;29;;cta;43;;ttc ;0;70;57;54;7;1;15;-8;1;41;50;477;264;;gta;47;;cta;**;;aac ;0;80;56;57;8;2;21;-9;;0;144;282;2* 319;;gta;24;;atgj;51;;ttc ;0;90;48;57;9;1;44;-10;;4;457;95;5s tRNA;;;52;;cta;21;;aca 3;1;100;36;48;10;1;20;-11;2;29;179;587;5* 30;;gac;29;;caa;39;;aac ;1;110;36;60;11;1;25;-12;;0;736;168;31;;gac;53;;cta;15;;aca ;0;120;20;53;12;0;31;-13;;3;390;135;100;;acc;24;;atgj;**;;aac ;0;130;33;50;13;0;21;-14;;21;327;302;69;;tca;52;;cta;56;;atgf 2;1;140;22;38;14;1;23;-15;1;0;153;456;tRNA 5s;;;29;;caa;18;;ggc ;1;150;15;47;15;2;18;-16;;1;227;620;57;;acc;54;;cta;35;;atgf ;2;160;13;47;16;0;9;-17;;12;15;96;tRNA tRNA;intra;;29;;caa;50;;ggc 1;0;170;16;47;17;1;19;-18;;0;569;206;2;;gaa;35;;cta;49;;ggc ;2;180;11;42;18;3;17;-19;;2;243;497;30;;aaa;48;;caa;49;;ggc ;1;190;18;31;19;2;8;-20;;10;11;964;**;;gta;31;;cta;30;;ggc ;0;200;16;31;20;2;16;-21;1;0;243;93;12;;gcc;77;;cta;55;;atgf 2;0;210;9;26;21;2;14;-22;1;2;100;;**;;gaa;77;;atgj;30;;ggc ;0;220;15;21;22;0;8;-23;;5;272;;41;;gca;31;;caa;39;;atgf ;1;230;14;26;23;0;9;-24;;0;234;;**;;atc;40;;cta;19;;ggc ;1;240;8;21;24;1;20;-25;;1;565;;14;;gta;**;;atgj;35;;atgf 1;2;250;8;22;25;0;10;-26;;1;190;;32;;gca;81;;tac;**;;ggc 1;0;260;12;15;26;1;15;-27;;0;156;;2;;aaa;81;;tac;13;;acc ;1;270;15;17;27;1;6;-28;;0;103;;**;;gaa;81;;tac;35;;gga ;1;280;8;12;28;1;18;-29;;2;CDS 16s;;41;;gca;**;;tac;36;;tac 2;1;290;12;15;29;2;5;-30;;0;454;556;**;;atc;32;;gtc;**;;aca ;0;300;9;19;30;1;9;-31;;0;504;496;30;;gta;**;;gtc;;; 1;0;310;7;18;31;1;11;-32;;1;487;;2;;aaa;10;;ggc;;; ;0;320;12;6;32;1;11;-33;;0;575;;**;;gaa;76;;tta;;; ;1;330;6;8;33;3;6;-34;;1;817;;tRNA tRNA;contig;;20;;ggc;;; 1;0;340;4;6;34;4;9;-35;;2;472;;35;;gac;**;;tgc;;; ;0;350;11;8;35;0;5;-36;;0;5s 16s;;**;;tgg;56;;atgf;;; ;0;360;7;4;36;0;10;-37;;0;319;;2* 68;;tgg;**;;ctc;;; ;1;370;8;6;37;2;6;-38;;0;317;;**;;gac;56;;cgt;;; ;0;380;5;4;38;1;6;-39;;0;16s 23s;;;;;57;;cgt;;; ;1;390;7;3;39;2;6;-40;;0;3* 277;;;;;57;;cgt;;; ;0;400;7;4;40;2;4;-41;1;0;23s 5s;;;;;57;;cgt;;; 6;4;reste;90;93;reste;732;1119;-42;;0;10* 91;;;;;57;;cgt;;; 20;27;total;782;1757;total;782;1757;-43;;0;5s CDS;;;;;56;;cgt;;; 14;23;diagr;691;1655;diagr;49;629;-44;1;0;;110;;;;210;;cgt;;; 0;3;t30;33;555;;;;-45;;0;;;;;;31;;cgt;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;**;;agc;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;;;;;;31;;cgt;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;**;;agc;;; ;x;781;13;1;795;;;-49;;0;;;;;;;;;;; ;c;1748;344;9;2101;;;-50;;1;;;;;;;;;;; ;;;;;2896;203;;reste;1;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;3099;;total;13;344;;;;;;;;;;; </pre> ====vpb2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_données_intercalaires|vpb2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;vpb2;fx;fc;vpb2;fx40;fc40;vpb2;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;11;0;1;11;-1;;50;32;501;16s tRNA;; ;0;10;11;116;1;0;18;-2;1;0;843;563;89;;gaa ;0;20;6;71;2;1;16;-3;;0;356;24;tRNA 23s;; 1;0;30;11;46;3;2;7;-4;4;53;221;329;263;;gta 1;1;40;8;27;4;1;6;-5;;0;222;678;5s tRNA;; ;0;50;17;21;5;0;4;-6;1;0;;537;69;;tca ;0;60;14;28;6;0;6;-7;;1;;314;tRNA tRNA;intra; ;0;70;29;30;7;1;4;-8;;23;;34;2;;gaa ;0;80;39;25;8;1;8;-9;;0;CDS 16s;;16;;aaa ;0;90;32;33;9;3;29;-10;;1;468;;14;;gca ;0;100;28;24;10;2;18;-11;1;11;;;**;;gta ;0;110;24;18;11;0;14;-12;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;; ;0;120;29;19;12;1;13;-13;;1;91;;73;;tgc ;0;130;18;17;13;1;5;-14;3;6;;;**;;tta ;0;140;11;16;14;0;6;-15;;0;;;73;;tgc ;0;150;16;15;15;1;8;-16;;0;;;**;;tta ;0;160;15;30;16;0;4;-17;;6;;;3;;ggc ;0;170;10;19;17;0;2;-18;;0;;;**;;tgc ;0;180;8;23;18;1;9;-19;;1;;;;; ;0;190;11;17;19;2;3;-20;;2;;;;; ;0;200;7;3;20;0;7;-21;;0;;;;; ;0;210;14;16;21;1;7;-22;;0;;;;; ;0;220;9;14;22;1;6;-23;1;2;;;;; ;2;230;9;13;23;0;4;-24;;0;;;;; ;0;240;13;18;24;0;5;-25;;0;;;;; ;0;250;14;9;25;1;4;-26;;4;;;;; ;0;260;12;7;26;1;4;-27;;0;;;;; ;0;270;11;9;27;3;4;-28;;0;;;;; ;0;280;6;8;28;2;6;-29;;2;;;;; ;0;290;7;6;29;0;3;-30;;0;;;;; ;0;300;3;9;30;2;3;-31;;0;;;;; ;0;310;2;6;31;0;3;-32;;1;;;;; 1;0;320;6;3;32;0;5;-33;;0;;;;; 1;0;330;8;3;33;1;3;-34;;0;;;;; ;0;340;5;8;34;1;2;-35;;1;;;;; ;0;350;1;8;35;1;2;-36;;0;;;;; ;1;360;6;8;36;1;1;-37;;0;;;;; ;0;370;5;2;37;1;3;-38;;1;;;;; ;0;380;7;2;38;1;1;-39;1;0;;;;; ;0;390;3;5;39;2;2;-40;;1;;;;; ;0;400;4;2;40;0;5;-41;;0;;;;; 4;1;reste;71;63;reste;524;557;-42;;0;;;;; 8;5;total;561;828;total;561;828;-43;;0;;;;; 4;4;diagr;489;754;diagr;36;260;-44;;0;;;;; 1;0;t30;28;233;;;;-45;;0;;;;; ;;;;;;;;-46;;1;;;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;; ;x;560;14;1;575;;;-49;;0;;;;; ;c;817;171;11;999;;;-50;;3;;;;; ;;;;;1574;32;;reste;1;0;;;;; ;;;;;;1606;;total;14;171;;;;; </pre> =====vpb1 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_autres_intercalaires_aas|vpb1 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vpb1;;;;; deb;;CDS;32632;33159;454;*; ;;rRNA;33614;35166;89;*;1553 ;;tRNA;35256;35331;2;*;gaa ;;tRNA;35334;35409;30;*;aaa ;;tRNA;35440;35515;319;*;gta ;;rRNA;35835;38725;91;*;2891 ;;rRNA;38817;38932;110;*;116 fin;comp;CDS;39043;39933;;0; deb;comp;CDS;49246;49659;337;*; ;;tRNA;49997;50073;32;*;cgg ;;tRNA;50106;50181;72;*;cac ;;tRNA;50254;50330;49;*;cac ;;tRNA;50380;50455;24;*;cac ;;tRNA;50480;50556;243;*;cac fin;comp;CDS;50800;51525;;0; deb;;CDS;330209;330847;37;*; ;;regulatory;330885;331020;72;*; fin;;CDS;331093;332085;;; deb;comp;CDS;398957;399760;284;*; ;comp;tRNA;400045;400120;140;*;atgi fin;comp;CDS;400261;402123;;; deb;;CDS;447282;448145;166;*; ;;ncRNA;448312;448741;175;*; fin;;CDS;448917;449867;;; deb;comp;CDS;503781;504251;439;*; ;;misc_f;504691;504810;54;*; fin;;CDS;504865;507324;;; deb;comp;CDS;568478;569656;13;*; ;comp;misc_f;569670;569792;107;*; fin;comp;CDS;569900;570226;;; deb;;CDS;574893;577466;504;*; ;;rRNA;577971;579523;97;*;1553 ;;tRNA;579621;579696;12;*;gcc ;;tRNA;579709;579784;265;*;gaa ;;rRNA;580050;582940;91;*;2891 ;;rRNA;583032;583147;30;*;116 ;;tRNA;583178;583254;35;*;gac ;;tRNA;583290;583366;366;*;tgg fin;;CDS;583733;584065;;; deb;comp;CDS;670277;672010;111;*; ;comp;tmRNA;672122;672489;67;*; fin;comp;CDS;672557;673042;;0; deb;;CDS;768334;769509;139;*; ;comp;tRNA;769649;769733;29;*;cta ;comp;tRNA;769763;769847;47;*;cta ;comp;tRNA;769895;769971;24;*;atgj ;comp;tRNA;769996;770080;52;*;cta ;comp;tRNA;770133;770207;29;*;caa ;comp;tRNA;770237;770321;53;*;cta ;comp;tRNA;770375;770451;24;*;atgj ;comp;tRNA;770476;770560;52;*;cta ;comp;tRNA;770613;770687;29;*;caa ;comp;tRNA;770717;770801;54;*;cta ;comp;tRNA;770856;770930;29;*;caa ;comp;tRNA;770960;771044;35;*;cta ;comp;tRNA;771080;771154;48;*;caa ;comp;tRNA;771203;771287;31;*;cta ;comp;tRNA;771319;771403;77;*;cta ;comp;tRNA;771481;771557;77;*;atgj ;comp;tRNA;771635;771709;31;*;caa ;comp;tRNA;771741;771825;40;*;cta ;comp;tRNA;771866;771942;18;*;atgj fin;comp;CDS;771961;772221;;; deb;comp;CDS;786539;786679;259;*; ;;tRNA;786939;787015;290;*;cca fin;comp;CDS;787306;788178;;0; deb;comp;CDS;801540;802046;268;*; ;comp;tRNA;802315;802391;179;*;agg fin;comp;CDS;802571;803704;;0; deb;comp;CDS;909155;910015;203;*; ;;tRNA;910219;910295;50;*;aga fin;;CDS;910346;910864;;; deb;;CDS;980739;981611;477;*; ;comp;tRNA;982089;982173;81;*;tac ;comp;tRNA;982255;982339;81;*;tac ;comp;tRNA;982421;982505;81;*;tac ;comp;tRNA;982587;982671;282;*;tac fin;;CDS;982954;984048;;; deb;;CDS;997215;999218;137;*; ;;ncRNA;999356;999452;132;*; fin;;CDS;999585;1000319;;0; deb;comp;CDS;1081601;1082191;116;*; ;comp;regulatory;1082308;1082397;266;*; fin;comp;CDS;1082664;1083668;;; deb;;CDS;1124121;1124570;144;*; ;;tRNA;1124715;1124802;457;*;tcc fin;;CDS;1125260;1126897;;; deb;comp;CDS;1170475;1170882;597;*; ;;regulatory;1171480;1171660;113;*; fin;;CDS;1171774;1173375;;0; deb;comp;CDS;1176029;1176982;364;*; ;;misc_f;1177347;1177484;54;*; fin;;CDS;1177539;1178435;;; deb;;CDS;1417803;1418141;179;*; ;;tRNA;1418321;1418397;32;*;gtc ;;tRNA;1418430;1418506;95;*;gtc fin;comp;CDS;1418602;1419771;;; deb;comp;CDS;1803089;1803247;528;*; ;;regulatory;1803776;1803877;118;*; fin;;CDS;1803996;1805372;;0; deb;comp;CDS;1984514;1987390;736;*; ;comp;tRNA;1988127;1988202;10;*;ggc ;comp;tRNA;1988213;1988299;76;*;tta ;comp;tRNA;1988376;1988451;20;*;ggc ;comp;tRNA;1988472;1988545;390;*;tgc fin;comp;CDS;1988936;1989493;;; deb;;CDS;2000638;2000763;-54;*; ;;misc_f;2000710;2000813;125;*; fin;;CDS;2000939;2002516;;; deb;comp;CDS;2157175;2158164;-12;*; ;comp;regulatory;2158153;2158286;173;*; fin;;CDS;2158460;2159353;;0; deb;comp;CDS;2161464;2163494;587;*; ;;tRNA;2164082;2164157;327;*;aac fin;;CDS;2164485;2165063;;; deb;;CDS;2191631;2193439;153;*; ;;tRNA;2193593;2193683;168;*;tca fin;comp;CDS;2193852;2194760;;0; deb;comp;CDS;2547201;2547656;227;*; ;comp;tRNA;2547884;2547960;56;*;atgf ;comp;tRNA;2548017;2548100;15;*;ctc fin;comp;CDS;2548116;2548454;;; deb;comp;CDS;2651265;2651522;569;*; ;comp;tRNA;2652092;2652168;56;*;cgt ;comp;tRNA;2652225;2652301;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652359;2652435;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652493;2652569;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652627;2652703;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652761;2652837;56;*;cgt ;comp;tRNA;2652894;2652970;210;*;cgt ;comp;tRNA;2653181;2653257;31;*;cgt ;comp;tRNA;2653289;2653380;243;*;agc deb;comp;CDS;2653624;2653689;11;*; ;comp;tRNA;2653701;2653777;31;*;cgt ;comp;tRNA;2653809;2653900;243;*;agc fin;comp;CDS;2654144;2654341;;; deb;;CDS;2699087;2699395;8;*; ;;ncRNA;2699404;2699588;4;*; fin;;CDS;2699593;2700186;;; deb;;CDS;2734457;2735596;100;*; ;;tRNA;2735697;2735772;64;*;ttc ;;tRNA;2735837;2735912;7;*;aca ;;tRNA;2735920;2735995;70;*;ttc ;;tRNA;2736066;2736141;71;*;aac ;;tRNA;2736213;2736288;7;*;aca ;;tRNA;2736296;2736371;43;*;ttc ;;tRNA;2736415;2736490;272;*;aac deb;;CDS;2736763;2738388;234;*; ;;tRNA;2738623;2738698;51;*;ttc ;;tRNA;2738750;2738825;21;*;aca ;;tRNA;2738847;2738922;39;*;aac ;;tRNA;2738962;2739037;15;*;aca ;;tRNA;2739053;2739128;135;*;aac deb;comp;CDS;2739264;2740697;565;*; ;comp;tRNA;2741263;2741339;31;*;gac ;comp;rRNA;2741371;2741487;57;*;117 ;comp;tRNA;2741545;2741620;100;*;acc ;comp;rRNA;2741721;2741836;91;*;116 ;comp;rRNA;2741928;2744818;264;*;2891 ;comp;tRNA;2745083;2745158;41;*;gca ;comp;tRNA;2745200;2745276;65;*;atc ;comp;rRNA;2745342;2746894;487;*;1553 fin;comp;CDS;2747382;2748635;;; deb;;CDS;2754342;2755625;302;*; ;comp;tRNA;2755928;2756012;190;*;ttg fin;comp;CDS;2756203;2756868;;0; deb;comp;CDS;2838215;2839336;326;*; ;;regulatory;2839663;2839841;102;*; fin;;CDS;2839944;2841296;;0; deb;;CDS;2847001;2847189;456;*; ;comp;tRNA;2847646;2847722;68;*;tgg ;comp;tRNA;2847791;2847867;30;*;gac ;comp;rRNA;2847898;2848013;91;*;116 ;comp;rRNA;2848105;2850995;265;*;2891 ;comp;tRNA;2851261;2851336;89;*;gaa ;comp;rRNA;2851426;2852978;575;*;1553 fin;comp;CDS;2853554;2854333;;; deb;;CDS;2985737;2986864;620;*; ;comp;tRNA;2987485;2987561;56;*;atgf ;comp;tRNA;2987618;2987693;18;*;ggc ;comp;tRNA;2987712;2987788;35;*;atgf ;comp;tRNA;2987824;2987899;50;*;ggc ;comp;tRNA;2987950;2988025;49;*;ggc ;comp;tRNA;2988075;2988150;49;*;ggc ;comp;tRNA;2988200;2988275;30;*;ggc ;comp;tRNA;2988306;2988382;55;*;atgf ;comp;tRNA;2988438;2988513;30;*;ggc ;comp;tRNA;2988544;2988620;39;*;atgf ;comp;tRNA;2988660;2988735;19;*;ggc ;comp;tRNA;2988755;2988831;35;*;atgf ;comp;tRNA;2988867;2988942;156;*;ggc fin;comp;CDS;2989099;2989644;;0; deb;;CDS;3060116;3060827;96;*; ;comp;tRNA;3060924;3061000;68;*;tgg ;comp;tRNA;3061069;3061145;30;*;gac ;comp;rRNA;3061176;3061291;91;*;116 ;comp;rRNA;3061383;3064273;264;*;2891 ;comp;tRNA;3064538;3064613;14;*;gta ;comp;tRNA;3064628;3064703;32;*;gca ;comp;tRNA;3064736;3064811;2;*;aaa ;comp;tRNA;3064814;3064889;89;*;gaa ;comp;rRNA;3064979;3066531;319;*;1553 ;comp;rRNA;3066851;3066966;91;*;116 ;comp;rRNA;3067058;3069948;277;*;2891 ;comp;rRNA;3070226;3071778;817;*;1553 fin;comp;CDS;3072596;3074731;;; deb;comp;CDS;3103806;3104990;103;*; ;comp;tRNA;3105094;3105169;13;*;acc ;comp;tRNA;3105183;3105257;35;*;gga ;comp;tRNA;3105293;3105377;36;*;tac ;comp;tRNA;3105414;3105489;206;*;aca fin;;CDS;3105696;3106619;;0; deb;;CDS;3109235;3110575;497;*; ;comp;tRNA;3111073;3111149;30;*;gac ;comp;rRNA;3111180;3111295;91;*;116 ;comp;rRNA;3111387;3114277;277;*;2891 ;comp;rRNA;3114555;3116107;317;*;1553 ;comp;rRNA;3116425;3116540;91;*;116 ;comp;rRNA;3116632;3119522;277;*;2891 ;comp;rRNA;3119800;3121352;556;*;1553 fin;;CDS;3121909;3122364;;1; deb;comp;CDS;3123914;3125749;55;*; ;comp;regulatory;3125805;3126005;184;*; fin;;CDS;3126190;3127299;;0; deb;;CDS;3173798;3174979;964;*; ;comp;tRNA;3175944;3176034;69;*;tca ;comp;rRNA;3176104;3176219;91;*;116 ;comp;rRNA;3176311;3179204;264;*;2894 ;comp;tRNA;3179469;3179544;41;*;gca ;comp;tRNA;3179586;3179662;65;*;atc ;comp;rRNA;3179728;3181280;472;*;1553 fin;comp;CDS;3181753;3182466;;; deb;comp;CDS;3213224;3215164;168;*; ;comp;regulatory;3215333;3215431;61;*; fin;comp;CDS;3215493;3215876;;0; deb;;CDS;3216111;3217093;93;*; ;comp;tRNA;3217187;3217263;30;*;gac ;comp;rRNA;3217294;3217409;91;*;116 ;comp;rRNA;3217501;3220391;319;*;2891 ;comp;tRNA;3220711;3220786;30;*;gta ;comp;tRNA;3220817;3220892;2;*;aaa ;comp;tRNA;3220895;3220970;89;*;gaa ;comp;rRNA;3221060;3222612;496;*;1553 fin;;CDS;3223109;3223657;;0; </pre> =====vpb2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_autres_intercalaires_aas|vpb2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vpb2;;;;; deb;comp;CDS;126972;127829;96;*; ;comp;regulatory;127926;128033;312;*; fin;;CDS;128346;129731;;; deb;;CDS;131915;132439;468;*; ;;rRNA;132908;134460;89;*;1553 ;;tRNA;134550;134625;2;*;gaa ;;tRNA;134628;134703;16;*;aaa ;;tRNA;134720;134795;14;*;gca ;;tRNA;134810;134885;263;*;gta ;;rRNA;135149;138041;91;*;2893 ;;rRNA;138133;138248;69;*;116 ;;tRNA;138318;138408;501;*;tca fin;comp;CDS;138910;139266;;; deb;comp;CDS;192242;192853;32;*; ;comp;tRNA;192886;192969;563;*;ctc fin;;CDS;193533;194741;;0; deb;;CDS;590953;591906;24;*; ;comp;tRNA;591931;592021;329;*;tca fin;;CDS;592351;593031;;0; deb;comp;CDS;1006811;1008613;843;*; ;comp;tRNA;1009457;1009530;73;*;tgc ;comp;tRNA;1009604;1009690;678;*;tta fin;;CDS;1010369;1012618;;0; deb;comp;CDS;1019688;1021211;356;*; ;comp;tRNA;1021568;1021641;73;*;tgc ;comp;tRNA;1021715;1021801;537;*;tta fin;;CDS;1022339;1023970;;; deb;comp;CDS;1028849;1029751;221;*; ;comp;tRNA;1029973;1030048;3;*;ggc ;comp;tRNA;1030052;1030125;222;*;tgc fin;comp;CDS;1030348;1031802;;; deb;comp;CDS;1124360;1124878;314;*; ;;tRNA;1125193;1125267;34;*;gga fin;comp;CDS;1125302;1126159;;; deb;;CDS;1291846;1292463;104;*; ;;regulatory;1292568;1292708;113;*; fin;;CDS;1292822;1293478;;; deb;;CDS;1311512;1311652;298;*; ;;regulatory;1311951;1312050;89;*; fin;;CDS;1312140;1313153;;; deb;;CDS;1632173;1633153;424;*; ;;regulatory;1633578;1633682;100;*; fin;;CDS;1633783;1635246;;0; </pre> ===Escherichia albertii=== ====eal opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal opérons]] <pre> 49.6%GC;10.3.19 Paris;16s 7;89;doubles;intercalaires Escherichia albertii;;;;; ;219063..219144;;tac;+;212 ;219357..219438;;tac;2 tac; ;;;;; ;413135..413219;;tcc;; ;;;;; ;462888..462972;;tca;; ;;;;; comp;489120..489191;;gga;;6 comp;489198..489270;;aca;; ;;;;; ;615149..615233;;tcc;; ;;;;; comp;756823..756895;;aaa;+;5 comp;756901..756973;;gta;3 aaa ;48 comp;757022..757094;;aaa;2 gta;5 comp;757100..757172;;gta;;48 comp;757221..757293;;aaa;; ;;;;; ;834529..834602;;atgj;+;10 ;834613..834694;;cta;2atgj ;26 ;834721..834792;;caa;2caa ;37 ;834830..834901;;caa;2 cag;18 ;834920..834993;;atgj;;51 ;835045..835116;;cag;;35 ;835152..835223;;cag;; ;;;;; comp;968958..969031;;aga;; ;;;;; comp;1192416..1192488;;acg;; ;;;;; comp;1269526..1269599;;gac;; ;;;;; comp;1277040..1277113;;gac;;52 comp;1277166..1277285;;5s;@1;169 comp;1277455..1280377;;23s;;186 comp;1280564..1280636;;gca;;45 comp;1280682..1280755;;atc;;70 comp;1280826..1282367;;16s;; ;;;;; ;1567231..1567314;;ctg;+;31 ;1567346..1567429;;ctg;3 ctg;35 ;1567465..1567548;;ctg;; ;;;;; comp;1657309..1657390;;ttg;; ;;;;; comp;1765401..1765473;;ggc;+;159 comp;1765633..1765705;;ggc;2 ggc; ;;;;; ;1795516..1795588;;ttc;; ;;;;; comp;2006002..2006121;;5s;;169 comp;2006291..2009214;;23s;;186 comp;2009401..2009473;;gca;;45 comp;2009519..2009592;;atc;;70 comp;2009663..2011202;;16s;; ;;;;; comp;2042057..2043241;;tuf1;CDS 1185pb;117 comp;2043359..2043431;;acc;;9 comp;2043441..2043512;;gga;;119 comp;2043632..2043713;;tac;;11 comp;2043725..2043797;;aca;@3; ;;;;; comp;2047429..2047548;;5s;;169 comp;2047718..2050648;;23s;;186 comp;2050835..2050907;;gca;;45 comp;2050953..2051026;;atc;;68 comp;2051095..2052636;;16s;; ;;;;; comp;2208305..2208424;;5s;@2;169 comp;2208594..2211517;;23s;;198 comp;2211716..2211788;;gaa;;85 comp;2211874..2213418;;16s;; ;;;;; comp;2267554..2267627;;cca;;43 comp;2267671..2267754;;ctg;;23 comp;2267778..2267850;;cac;;61 comp;2267912..2267985;;cgg;; ;;;;; comp;2305358..2305430;;tgg;;11 comp;2305442..2305515;;gac;;52 comp;2305568..2305687;;5s;;169 comp;2305857..2308779;;23s;;198 comp;2308978..2309050;;gaa;;85 comp;2309136..2310676;;16s;; ;;;;; comp;2426158..2426248;;tga;; ;;;;; ;2556305..2556378;;ccg;; ;;;;; ;2810766..2812307;;16s;;85 ;2812393..2812465;;gaa;;198 ;2812664..2815586;;23s;;169 ;2815756..2815875;;5s;;151 ;2816027..2816099;;acc;;40 ;2816140..2816259;;5s;; ;;;;; ;2911129..2911212;;ctc;; ;;;;; ; 2913088..2913161;;atgf;; ;;;;; comp;3010332..3010404;;atgi;; ;;;;; comp;3177717..3177789;;ttc;; ;;;;; ;3301617..3301687;;ggg;; ;;;;; comp;3366868..3366941;;atgf;+;37 comp;3366979..3367052;;atgf;3 atgf;37 comp;3367090..3367163;;atgf;; ;;;;; ;3469914..3470003;;agc;;6 ;3470010..3470083;;cgt;+;201 ;3470285..3470358;;cgt;3 cgt;200 ; 3470559..3470632;;cgt;; ;;;;; ;3505321..3505393;;atgi;; ;;;;; ;3563056..3564598;;16s;;85 ;3564684..3564756;;gaa;;198 ;3564955..3567876;;23s;;169 ;3568046..3568165;;5s;; ;;;;; comp;3779750..3779822;;aaa;;7 comp;3779830..3779902;;gta;+;47 comp;3779950..3780022;;gta;2 gta; ;;;;; ;3782718..3782790;;gcc;+;42 ;3782833..3782905;;gcc;2 gcc; ;;;;; comp;3810369..3810440;;agg;; ;;;;; comp;3993500..3993573;;ccc;; ;;;;; comp;4232176..4232248;;aac;; ;;;;; ;4233996..4234068;;aac;; ;;;;; comp;4242952..4243024;;aac;; ;;;;; comp;4248342..4248414;;aac;; ;;;;; ;4249406..4249492;;tcg;; ;;;;; ;4256696..4256768;;atgi;;100 ;4256869..4256942;;aga;; ;;;;; ;4317980..4318052;;ggc;;56 ;4318109..4318179;;tgc;;14 ;4318194..4318277;;tta;; ;;;;; comp;4556753..4556826;;gtc;+;7 comp;4556834..4556907;;gtc;2 gtc; </pre> ====eal cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_cumuls|eal cumuls]] <pre> eal cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;8;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;0;60;7;;150;;60;;400; ;max a;3;80;1;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;1;;250;;100;;600; ;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700; ;total aas;13;140;0;;350;;140;;800; sans ;opérons;38;160;1;;400;;160;;900; ;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000; ;max a;7;200;1;;500;;200;;1100; ;a doubles;10;;2;;;;;;; ;total aas;71;;33;0;;0;;0;;0 total aas;;84;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;53;;;;;;; ;;;variance;59;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; </pre> ====eal blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_blocs|eal blocs]] <pre> eal blocs;;; 16s;70;70;68 atc;45;45;45 gca;186;186;186 23s;169;169;169 5s;52;; gac;;; ;;; 16s;85;85;85 gaa;198;198;198 23s;169;169;169 5s;52;; gac;;; ;;; 16s;85;; gaa;198;; 23s;169;; 5s;151;; acc;40;; 5s;;; </pre> ====eal distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_distribution|eal distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;atgi 2a+>a;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;2;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;1;caa2;tta;1;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;cag2;ata;;aca;2;aaa;4;aga;1;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;atgf3;cta;1;cca;1;caa;;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;2;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;2;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;aaa (gta aaa)2;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total eal;;23;;;;;23;;eal;25;;;;;;25;;eal;23;;;;;;23;;eal;;;;4;;;4 </pre> ====eal données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_données_intercalaires|eal données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;eal;fx;fc;eal;fx40;fc40;eal;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;12;18;0;12;18;-1;0;157;158;376;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;45;323;1;5;35;-2;4;0;294;233;2* 70;;atc;212;;tac 1;1;20;26;264;2;8;39;-3;0;0;162;276;68;;atc;**;;tac ;0;30;28;126;3;10;50;-4;39;250;479;441;4* 85;;gaa;6;;gga 1;0;40;60;94;4;4;29;-5;0;0;284;601;tRNA 23s;;;**;;aca 2;1;50;80;91;5;1;17;-6;2;0;170;156;3* 186;;gca;5;;aaa 3;0;60;55;106;6;4;15;-7;2;13;164;256;4* 198;;gaa;48;;gta ;0;70;43;83;7;2;18;-8;1;58;223;248;5s tRNA;;;5;;aaa 2;1;80;31;75;8;3;18;-9;3;0;114;17;2* 52;;gac;48;;gta ;0;90;42;75;9;3;47;-10;2;6;437;41;151;;acc;**;;aaa 2;3;100;38;74;10;5;55;-11;0;37;132;195;tRNA 5s;;;10;;atgj 1;3;110;40;77;11;2;42;-12;1;0;165;272;40;;acc;26;;cta 1;3;120;27;61;12;2;36;-13;0;2;189;120;tRNA tRNA;intra;;37;;caa 1;1;130;37;57;13;2;19;-14;10;17;189;37;3* 45;;atc gca;18;;caa 1;1;140;33;55;14;1;47;-15;1;0;210;92;tRNA tRNA;contig;;51;;atgj ;3;150;34;50;15;6;26;-16;2;2;106;184;11;;tgg;35;;cag 1;2;160;38;45;16;3;25;-17;3;8;117;347;**;;gac;**;;cag 1;5;170;26;31;17;3;18;-18;2;0;150;59;;;;31;;ctg ;0;180;24;37;18;4;14;-19;1;5;102;125;;;;35;;ctg 1;2;190;43;31;19;1;17;-20;2;10;167;78;;;;**;;ctg 1;2;200;21;30;20;2;20;-21;0;0;398;237;;;;159;;ggc ;2;210;24;30;21;2;18;-22;1;1;91;510;;;;**;;ggc ;0;220;36;33;22;3;18;-23;1;7;408;367;;;;9;;acc ;1;230;21;23;23;0;11;-24;3;0;14;235;;;;119;;gga 3;0;240;13;19;24;3;17;-25;2;4;203;135;;;;11;;tac 2;0;250;15;25;25;4;9;-26;4;6;200;243;;;;**;;aca 1;0;260;19;27;26;5;7;-27;1;0;105;102;;;;43;;cca ;0;270;18;25;27;2;12;-28;1;3;144;58;;;;23;;ctc 2;0;280;14;22;28;5;4;-29;2;6;345;162;;;;61;;cac ;2;290;10;23;29;3;8;-30;3;0;315;71;;;;**;;cgg 1;1;300;7;19;30;1;22;-31;1;2;283;324;;;;37;;atgf ;0;310;11;16;31;6;8;-32;0;5;150;41;;;;37;;atgf ;1;320;15;10;32;4;7;-33;2;0;123;93;;;;**;;atgf 1;0;330;13;12;33;3;11;-34;1;0;192;55;;;;6;;agc ;0;340;9;5;34;5;10;-35;1;5;74;298;;;;201;;cgt 1;1;350;3;12;35;3;8;-36;0;0;100;;;;;200;;cgt ;0;360;6;14;36;6;11;-37;0;0;655;;;;;**;;cgt 1;0;370;13;8;37;5;11;-38;1;2;100;;;;;7;;aaa 1;0;380;15;10;38;11;9;-39;2;0;49;;;;;47;;gta ;0;390;10;3;39;14;9;-40;0;1;502;;;;;**;;gta ;1;400;8;9;40;3;10;-41;2;2;151;;;;;42;;gcc 3;5;reste;122;138;reste;1014;1461;-42;0;0;111;;;;;**;;gcc 35;42;total;1185;2286;total;1185;2286;-43;0;2;CDS 16s;;;;;100;;atgi 32;37;diagr;1051;2130;diagr;159;807;-44;0;1;364;339;;;;**;;aga 1;1;t30;99;713;;;;-45;0;0;370;477;;;;56;;ggc ;;;;;;;;-46;1;1;161;467;;;;14;;tgc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;2;0;;264;;;;**;;tta ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;3;0;23s 5s;;;;;7;;gtc ;x;1173;119;12;1304;;;-49;2;0;7* 169;;;;;**;;gtc ;c;2268;617;18;2903;;;-50;1;0;5s CDS;;;;;;; ;;;;;4207;537;;reste;7;4;300;113;;;;;; ;;;;;;4744;;total;119;617;56;98;;;;;; ;;;;;;;;;;;;460;;;;;; </pre> =====eal autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_autres_intercalaires_aas|eal autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;eal;;;;; deb;;CDS;1006;1392;99;*; ;comp;gene;1492;5941;-3070;*; fin;;CDS;2872;2988;;; deb;;CDS;3611;3976;-366;*; ;;mobile_el;3611;4839;-906;*; fin;;CDS;3934;4839;;; deb;;CDS;14985;15332;-348;*; ;;mobile_el;14985;16921;-1540;*; ;;gene;15382;16569;549;*; fin;;CDS;17119;18501;;; deb;comp;CDS;34568;34681;26;*; ;;gene;34708;38448;-4;*; fin;;CDS;38445;39989;;; deb;comp;CDS;99647;99793;-25;*; ;;gene;99769;99909;51;*; fin;;CDS;99961;100896;;0; deb;comp;CDS;102850;103833;195;*; ;;gene;104029;105320;30;*; fin;comp;CDS;105351;105914;;0; deb;;CDS;191840;192184;85;*; ;comp;gene;192270;193340;282;*; fin;comp;CDS;193623;194339;;0; deb;;CDS;199369;199794;-426;*; ;;mobile_el;199369;201785;-1995;*; fin;;CDS;199791;200141;;; deb;;CDS;218062;218904;158;*; ;;tRNA;219063;219144;212;*;tac ;;tRNA;219357;219438;376;*;tac fin;comp;CDS;219815;220912;;; deb;comp;CDS;239027;239722;104;*; ;comp;gene;239827;239964;271;*; fin;;CDS;240236;241336;;0; deb;comp;CDS;242534;244144;22;*; ;comp;gene;244167;244856;122;*; deb;;CDS;244979;245305;-327;*; ;;mobile_el;244979;246192;-891;*; fin;;CDS;245302;246192;;0; deb;;CDS;277602;278456;130;*; ;;gene;278587;280453;49;*; fin;comp;CDS;280503;280757;;0; deb;comp;CDS;285209;286279;9;*; ;comp;gene;286289;287587;329;*; fin;;CDS;287917;289449;;0; deb;comp;CDS;297458;298864;-1407;*; ;comp;mobile_el;297458;299261;-348;*; fin;comp;CDS;298914;299261;;; deb;comp;CDS;300053;300712;71;*; ;comp;gene;300784;300984;220;*; fin;;CDS;301205;301894;;; deb;comp;CDS;303386;307822;-3485;*; ;;repeat_reg;304338;304360;-23;*; ;;misc_f;304338;304432;-72;*; ;;repeat_reg;304361;304409;0;*; ;;repeat_reg;304410;304432;3985;*; fin;;CDS;308418;308762;;; deb;;CDS;309802;310167;-366;*; ;;mobile_el;309802;311030;-906;*; fin;;CDS;310125;311030;;; deb;;CDS;313323;313712;-232;*; ;;repeat_reg;313481;313501;-21;*; ;;misc_f;313481;313581;-93;*; ;;repeat_reg;313489;313509;-13;*; ;;repeat_reg;313497;313517;-16;*; ;;repeat_reg;313502;313520;-11;*; ;;repeat_reg;313510;313528;276;*; fin;comp;CDS;313805;314563;;; deb;comp;CDS;316137;316262;245;*; ;;gene;316508;316948;113;*; fin;comp;CDS;317062;318312;;1; deb;;CDS;332934;333359;-426;*; ;;mobile_el;332934;335350;-1995;*; fin;;CDS;333356;333706;;; deb;comp;CDS;411963;412901;233;*; ;;tRNA;413135;413219;276;*;tcc fin;comp;CDS;413496;414182;;; deb;;CDS;422060;426022;39;*; ;comp;gene;426062;426701;264;*; fin;;CDS;426966;427097;;; deb;comp;CDS;461328;462446;441;*; ;;tRNA;462888;462972;601;*;tca fin;comp;CDS;463574;463717;;0; deb;;CDS;463890;464255;-366;*; ;;mobile_el;463890;465118;-906;*; fin;;CDS;464213;465118;;; deb;comp;CDS;488610;488825;294;*; ;comp;tRNA;489120;489191;6;*;gga ;comp;tRNA;489198;489270;162;*;aca fin;comp;CDS;489433;489567;;; deb;comp;CDS;522240;523853;-1614;*; ;comp;mobile_el;522240;524454;-605;*; ;comp;gene;523850;524032;-4;*; fin;comp;CDS;524029;524454;;; deb;comp;CDS;545508;546056;180;*; ;comp;gene;546237;548084;260;*; fin;comp;CDS;548345;552805;;; deb;;CDS;590349;590696;-348;*; ;;mobile_el;590349;592284;-1539;*; fin;;CDS;590746;592284;;0; deb;comp;CDS;603716;607669;-1361;*; ;;repeat_reg;606309;606328;-20;*; ;;misc_f;606309;606445;-117;*; ;;repeat_reg;606329;606347;0;*; ;;repeat_reg;606348;606367;0;*; ;;repeat_reg;606368;606386;0;*; ;;repeat_reg;606387;606406;0;*; ;;repeat_reg;606407;606425;0;*; ;;repeat_reg;606426;606445;1358;*; fin;comp;CDS;607804;608298;;0; deb;;CDS;614451;614669;479;*; ;;tRNA;615149;615233;284;*;tcc fin;;CDS;615518;615646;;0; deb;;CDS;625353;625628;-276;*; ;;mobile_el;625353;626050;-504;*; fin;;CDS;625547;626050;;; deb;comp;CDS;660139;661350;273;*; ;;gene;661624;662214;34;*; fin;comp;CDS;662249;662533;;0; deb;;CDS;664227;664940;-14;*; ;comp;gene;664927;666254;7;*; fin;comp;CDS;666262;668610;;; deb;comp;CDS;730722;731225;-504;*; ;comp;mobile_el;730722;731371;-228;*; fin;comp;CDS;731144;731419;;0; deb;comp;CDS;747736;748551;79;*; ;comp;gene;748631;749979;68;*; fin;comp;CDS;750048;750362;;0; deb;comp;CDS;756185;756652;170;*; ;comp;tRNA;756823;756895;5;*;aaa ;comp;tRNA;756901;756973;48;*;gta ;comp;tRNA;757022;757094;5;*;aaa ;comp;tRNA;757100;757172;48;*;gta ;comp;tRNA;757221;757293;164;*;aaa fin;comp;CDS;757458;758249;;; deb;;CDS;782199;782768;47;*; ;;gene;782816;785265;13;*; fin;;CDS;785279;786010;;; deb;comp;CDS;797253;797513;3;*; ;comp;gene;797517;798173;1830;*; fin;comp;CDS;800004;803876;;; deb;;CDS;832389;834305;223;*; ;;tRNA;834529;834602;10;*;atgj ;;tRNA;834613;834694;26;*;cta ;;tRNA;834721;834792;37;*;caa ;;tRNA;834830;834901;18;*;caa ;;tRNA;834920;834993;51;*;atgj ;;tRNA;835045;835116;35;*;cag ;;tRNA;835152;835223;156;*;cag fin;comp;CDS;835380;836555;;0; deb;comp;CDS;849004;850455;-4;*; ;comp;gene;850452;851159;103;*; fin;;CDS;851263;851817;;0; deb;comp;CDS;957178;958083;-906;*; ;comp;mobile_el;957178;958406;-366;*; fin;comp;CDS;958041;958406;;; deb;comp;CDS;958518;960056;-1539;*; ;comp;mobile_el;958518;960453;-348;*; deb;comp;CDS;960106;960453;867;*; ;;gene;961321;961434;545;*; fin;;CDS;961980;962675;;; 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K-12 substr. MG1655;;;;;;; 50.6%GC;10.3.19 Paris;16s 7 ;89;doubles;interca;EcoCyc;adIP ;223771..225312;;16s;;68;opéron; ;225381..225457;;atc;;42;ileV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30045] ;225500..225575;;gca;;183;« ; ;225759..228662;;23s;;93;« ; ;228756..228875;;5s;@1;52;« ; ;228928..229004;;gac;;;aspU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30024] ;;;;;;; ;236931..237007;;gac;;;; ;;;;;;; ;262871..262946;;acg;;;; ;;;;;;; ;564723..564799;;aga;;;; ;;;;;;; comp;696430..696504;;cag;+;37;opéron; comp;696542..696616;;cag;2 cag;47;glnT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30029] comp;696664..696740;;atg;2 atg;15;« ; comp;696756..696830;;caa;2 caa;34;« ; comp;696865..696939;;caa;;23;« ; comp;696963..697047;;cta;;9;« ; comp;697057..697133;;atg;;;; ;;;;;;; ;780554..780629;;aaa;+;135;lysT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30055] ;780765..780840;;gta;5 aaa;2;opéron; ;780843..780918;;aaa;2 gta;149;« ; ;781068..781143;;gta;;3;valZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6389] ;781147..781222;;aaa;;146;opéron; ;781369..781444;;aaa;;132;lysZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6391] ;781577..781652;;aaa;;;lysQ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6392] ;;;;;;EcoCyc;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30055&chromosome=COLI-K12] comp;925884..925971;;tcc;;;InfA-serW;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30096&chromosome=COLI-K12] ;;;;;;; comp;1031625..1031712;;tca;;;; ;;;;;;; comp;1097565..1097652;;tcc;;;; ;;;;;;; comp;1287087..1287176;;tpr ;cds 90pb;67;tpr; comp;1287244..1287328;;tac;+;209;opéron; comp;1287538..1287622;;tac;2 tac;;tyrT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30106] ;;;;;;; ; 1746435..1746511;;gtc;+;4;valV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30111] ; 1746516..1746592;;gtc;2 gtc;;opéron; ;;;;;;«RNA 67pb; comp;1991815..1991901;;tta;;12;leuZ;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1983402/2000314] comp;1991914..1991987;;tgc;;54;« ; comp;1992042..1992117;;ggc;;;opéron; ;;;;;;; comp;2043468..2043557;;tcg;;;; ;;;;;;; ;2044549..2044624;;aac;;;; ;;;;;;; comp;2058027..2058102;;aac;;;; ;;;;;;; ; 2059851..2059926;;aac;;;; ;;;;;;; ;2062260..2062335;;aac;;;; ;;;;;;; ;2286211..2286287;;ccc;;;; ;;;;;;; ;2466309..2466383;;agg;;;; ;;;;;;; comp;2518041..2518116;;gcc;+;39;alaX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30012] comp;2518156..2518231;;gcc;2 gcc;;opéron; ;;;;;;; ;2520931..2521006;;gta;+;44;valU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30110] ;2521051..2521126;;gta;3gta;46;opéron; ;2521173..2521248;;gta;;4;« ; ;2521253..2521328;;aaa;;;« ; ;;;;;;; comp;2726069..2726188;;5s;@2;92;opéron; comp;2726281..2729184;;23s;;184;; comp;2729369..2729444;;gaa;;171;; comp;2729616..2731157;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2785762..2785837;;atgi;;;; ;;;;;;; comp;2817784..2817860;;cgt;+;198;« ; comp;2818059..2818135;;cgt;4 cgt;62;« ; comp;2818198..2818274;;cgt;;198;« ; comp;2818473..2818549;;cgt;;3;opéron; comp;2818553..2818645;;agc;;;serV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30013] ;;;;;;; ;2947387..2947463;;atgf;+;33;opéron; ;2947497..2947573;;atgf;3 atgf;33;metW;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG31117] ;2947607..2947683;;atgf;;;« ; ;;;;;;; comp;2998984..2999057;;ggg;;;; ;;;;;;; ;3110366..3110441;;ttc;;;; ;;;;;;; ;3215598..3215673;;atgi;;;; ;;;;;;; comp;3318213..3318289;;atgf;;;; ;;;;;;; comp;3322072..3322158;;ctc;;;; ;;;;;;; comp;3423423..3423542;;5s;;37;« ; comp;3423580..3423655;;acc;;12;« ; comp;3423668..3423787;;5s;;92;« ; comp;3423880..3426783;;23s;;174;« ; comp;3426958..3427033;;gca;;42;« ; comp;3427076..3427152;;atc;;68;ileU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30044] comp;3427221..3428762;;16s;;;opéron; ;;;;;;; comp;3708616..3708692;;ccg;;;; ;;;;;;; ;3836222..3836316;;tga;;;; ;;;;;;ecoliwiki;[https://ecoliwiki.org/colipedia/index.php/Category:rRNA_operons] ;3941808..3943349;;16s;;85;gltU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30033] ;3943435..3943510;;gaa;;193;opéron; ;3943704..3946607;;23s;;92;« ; ;3946700..3946819;;5s;;52;« ; ;3946872..3946948;;gac;;8;aspT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30023] ;3946957..3947032;;tgg;;;trpT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30105] ;;;;;;; ;3982375..3982451;;cgg;;57;argX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30017] ;3982509..3982585;;cac;;20;opéron; ;3982606..3982692;;ctg;;42;« ; ;3982735..3982811;;cca;;;« ; ;;;;;;; ;4035531..4037072;;16s;;68;opéron; ;4037141..4037217;;atc;;42;ileT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30043] ;4037260..4037335;;gca;;183;« ; ;4037519..4040423;;23s;;93;« ; ;4040517..4040636;;5s;;;« ; ;;;;;;; ;4166659..4168200;;16s;;171;opéron; ;4168372..4168447;;gaa;;193;; ;4168641..4171544;;23s;;92;; ;4171637..4171756;;5s;;;; ;;;;;;; ;4175388..4175463;;aca;@3;8;thrU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30101] ;4175472..4175556;;tac;;116;opéron; ;4175673..4175747;;gga;;6;« ; ;4175754..4175829;;acc;;114;« ; ;4175944..4177128;;tufb;cds 1185 pb;;« ; ;;;;;;; ;4208147..4209688;;16s;;85;opéron; ;4209774..4209849;;gaa;;193;; ;4210043..4212946;;23s;;93;; ;4213040..4213159;;5s;;;; ;;;;;;; comp;4362551..4362626;;ttc;;;; ;;;;;;; ;4392360..4392435;;ggc;+;36;opéron; ;4392472..4392547;;ggc;3 ggc;35;glyX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30040] ;4392583..4392658;;ggc;;;« ; ;;;;;;; ;4496405..4496489;;ttg;;;; ;;;;;;; comp;4606079..4606165;;ctg;+;34;opéron; comp;4606200..4606286;;ctg;3 ctg;28;leuV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30051] comp;4606315..4606401;;ctg;;;« ; </pre> ====eco cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cumuls|eco cumuls]] <pre> eco cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;10;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;0;60;6;;150;;60;;400; ;max a;3;80;1;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;0;;250;;100;;600; ;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700; ;total aas;14;140;2;;350;;140;;800; sans ;opérons;36;160;2;;400;;160;;900; ;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000; ;max a;7;200;2;;500;;200;;1100; ;a doubles;10;;1;;;;;;; ;total aas;72;;36;0;;0;;0;;0 total aas;;86;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;57;;;;;;; ;;;variance;60;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; </pre> ====eco cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cds|eco cds]] <pre> les CDS eco pour opérons;;;;;;;;; clusters;6.8.19 Paris ;;;interca;cdsa;promoteur;terminateur;notes; ;222833..223408;;cds;362;192;sigma FIS;;; ;223771..225312;;16s;68;;;;; ;225381..225457;;atc;42;;;;; ;225500..225575;;gca;183;;;;; ;225759..228662;;23s;93;;;;; ;228756..228875;;5s;52;;;;; ;228928..229004;;gac;162;;Terminateur;+ sigma;; ;229167..229970;;cds;;268;;;; ;;;;;;;;; comp;2724448..2725746;;cds;322;433;rien;début opéron ;rien; comp;2726069..2726188;;5s;92;;;;; comp;2726281..2729184;;23s;184;;;;; comp;2729369..2729444;;gaa;171;;;;; comp;2729616..2731157;;16s;442;;sigma FIS;;; comp;2731600..2734173;;cds;;858;;;; ;;;;;;;;; ;3422436..3423194;;cds;228;253;Terminateur;fin opéron ;rien; comp;3423423..3423542;;5s;37;;;;; comp;3423580..3423655;;acc;12;;;;; comp;3423668..3423787;;5s;92;;;;; comp;3423880..3426783;;23s;174;;;;; comp;3426958..3427033;;gca;42;;;;; comp;3427076..3427152;;atc;68;;;;; comp;3427221..3428762;;16s;473;;sigma FIS;;; ;3429236..3429790;;cds;;185;;;; ;;;;;;;;; comp;3940635..3941327;;cds;480;231;sigma FIS;;; ;3941808..3943349;;16s;85;;;;; ;3943435..3943510;;gaa;193;;;;; ;3943704..3946607;;23s;92;;;;; ;3946700..3946819;;5s;52;;;;; ;3946872..3946948;;gac;8;;;;; ;3946957..3947032;;tgg;95;;Terminateur;fin opéron ;rien; comp;3947128..3947967;;cds;;280;;;; ;;;;;;;;; ;4034608..4035153;;cds;377;182;Sigma Lrp-leu;;; ;4035531..4037072;;16s;68;;;;; ;4037141..4037217;;atc;42;;;;; ;4037260..4037335;;gca;183;;;;; ;4037519..4040423;;23s;93;;;;; ;4040517..4040636;;5s;228;;;;; ;4040865..4040900;;rprg;5;;pas de Term;fin opéron ;rien; comp;4040906..4041433;;cds;;176;;;; ;;;;;;;;; ;4165428..4166285;;cds;373;286;Sigma Lrp-leu;;; ;4166659..4168200;;16s;171;;;;; ;4168372..4168447;;gaa;193;;;;; ;4168641..4171544;;23s;92;;;;; ;4171637..4171756;;5s;300;;Terminateur;début opéron ;rien; ;4172057..4173085;;cds;;343;;;; ;;;;;;;;; comp;4205943..4207532;;cds;614;530;sigma FIS;;; ;4208147..4209688;;16s;85;;;;; ;4209774..4209849;;gaa;193;;;;; ;4210043..4212946;;23s;93;;;;; ;4213040..4213159;;5s;74;;Terminateur;début opéron ;rien; ;4213234..4213617;;cds;;128;;;; ;;;;;;;;; ;695101..696276;;cds;31;392;;;; comp;696308..696378;;rprg;51;;Terminateur;fin opéron;rien; comp;696430..696504;;cag;37;;;;; comp;696542..696616;;cag;47;;;;; comp;696664..696740;;atg;15;;;;; comp;696756..696830;;caa;34;;;;; comp;696865..696939;;caa;23;;;;; comp;696963..697047;;cta;9;;;;; comp;697057..697133;;atg;379;;sigma FIS;fin opéron;rien; comp;697513..699177;;cds;;555;;;; ;;;;;;;;; ;779598..780389;;cds;164;264;sigma FIS;fin opéron;rien; ;780554..780629;;aaa;135;;;;; ;780765..780840;;gta;2;;;;; ;780843..780918;;aaa;149;;;;; ;781068..781143;;gta;3;;;;; ;781147..781222;;aaa;146;;;;; ;781369..781444;;aaa;132;;;;; ;781577..781652;;aaa;432;;Terminateur;début opéron;NadR pas sigma; ;782085..783128;;cds;;348;;;; ;;;;;;;;; ;1286709..1286984;;cds;81;92;Terminateur;;; comp;1287066..1287236;;ncRNA;-150;;;;; comp;1287087..1287176;;tpr ;67;30;;;; comp;1287244..1287328;;tac;209;;;;; comp;1287538..1287622;;tac;159;;sigma FIS;;; comp;1287782..1288624;;cds;;281;;;; ;;;;;;;;; solitaires;;;;promoteur;terminateur;interc avant;interc après;protéines;lien ;236931..237007;;gac;sigma FIS;Term 1;133;328;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=228513/245425] ;262871..262946;;acg;sigma FIS;rien;115;204;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=262297/263521] ;564723..564799;;aga;sigma FIS;rien;243;16;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=564149/565373] comp;925884..925971;;InfA-tcc;sigma FIS;Term 1;344;254;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30096&chromosome=COLI-K12] comp;1031625..1031712;;tca;sigma FIS;Term 2;207;427;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1023213/1040125] comp;1097565..1097652;;tcc;sigma FIS;Term 4;736;234;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1089153/1106065] comp;2043468..2043557;;tcg;sigma -;Term 1;570;94;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2035057/2051969] ;2044549..2044624;;aac;sigma -;Term 1;101;314;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2036131/2053043] comp;2058027..2058102;;aac;sigma -;Term 1;453;101;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2049609/2066521] ; 2059851..2059926;;aac;sigma -;Term 1;5;38;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2051433/2068345] ;2062260..2062335;;aac;sigma NtrC;rien;327;56;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2053842/2070754] ;2286211..2286287;;ccc;sigma FIS;Term 1;75;103;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2277793/2294705] ;2466309..2466383;;agg;sigma -;Term 1;76;162;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2457890/2474802] comp;2785762..2785837;;atgi;rien;rien;410;-37;évidence faible1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2777344/2794256] comp;2998984..2999057;;ggg;sigma FIS;rien;156;79;évidence faible;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2990565/3007477] ;3110366..3110441;;ttc;sigma FIS;Term 1;106;149;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3101948/3118860] ;3215598..3215673;;atgi;sigma -;Term 1;125;54;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3207180/3224092] comp;3318213..3318289;;atgf;sigma FIS;Term 2;207;348;protéines1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3309795/3326707] comp;3322072..3322158;;ctc;sigma -;Term 1;459;15;protéine2;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3313659/3330571] comp;3708616..3708692;;ccg;sigma FIS;Term 2;911;92;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3700198/3717110] ;3836222..3836316;;tga;sigma -;rien;293;109;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3827813/3844725] comp;4362551..4362626;;ttc;sigma FIS;Term 1;198;107;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4354133/4371045] ;4496405..4496489;;ttg;sigma FIS;Term 1;196;261;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4487991/4504903] </pre> ====eco blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_blocs|eco blocs]] <pre> eco blocs;;;; 16s;68;16s;68;68 atc;42;atc;42;42 gca;174;gca;183;183 23s;92;23s;93;93 5s;12;5s;52; acc;37;gac;; 5s;;;; ;;;; 16s;85;171;171;85 gaa;193;184;193;193 23s;92;92;92;93 5s;52;;; gac;;;; </pre> ====eco distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_distribution|eco distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta3;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;3;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;;23;;4;;;29;;eco;;;;4;;;4 </pre> ====eco données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_données_intercalaires|eco données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;eco;fx;fc;eco;fx40;fc40;eco;c-;x-;c;x;c;x;;c;x; ;0;0;13;16;0;13;16;-1;162;0;162;242;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; 1;0;10;35;345;1;4;43;-2;0;2;132;153;2* 171;;gaa;37;;cag ;1;20;10;265;2;6;51;-3;0;0;327;343;3* 68;;atc;47;;cag ;0;30;18;135;3;10;44;-4;260;43;114;426;2* 85;;gaa;15;;atgj 2;0;40;63;79;4;5;27;-5;0;0;379;735;tRNA 23s;;;34;;caa ;0;50;78;73;5;1;14;-6;0;0;164;233;184;;gaa;23;;caa 2;0;60;51;104;6;3;13;-7;14;1;432;307;174;;gca;9;;cta ;1;70;37;89;7;3;24;-8;59;1;253;569;3* 193;;gaa;**;;atgj 1;3;80;21;88;8;1;15;-9;0;2;206;93;2* 183;;gca;135;;aaa ;0;90;29;67;9;2;56;-10;6;0;67;452;5s tRNA;;;2;;gta 2;3;100;34;82;10;0;58;-11;34;0;159;4;12;;acc;149;;aaa ;4;110;36;83;11;2;48;-12;0;1;107;37;2* 52;;gac;3;;gta ;2;120;32;58;12;3;39;-13;3;0;151;326;tRNA 5s;;;146;;aaa 1;0;130;33;52;13;0;23;-14;14;5;100;55;37;;acc;132;;aaa ;1;140;39;51;14;0;37;-15;0;0;313;235;tRNA tRNA;;intra;**;;aaa 1;1;150;28;50;15;1;23;-16;2;1;100;258;3* 42;;atc gca;209;;tac 1;3;160;39;41;16;2;20;-17;10;0;74;264;;;;**;;tac ;2;170;32;41;17;1;19;-18;0;2;75;208;;;;4;;gtc ;0;180;22;41;18;0;19;-19;4;1;208;73;;;;**;;gtc ;0;190;30;37;19;0;14;-20;9;1;750;148;;;;12;;tta 1;0;200;29;31;20;1;23;-21;0;2;280;124;;;;54;;tgc 1;4;210;35;36;21;1;17;-22;3;0;315;53;;;;**;;ggc ;0;220;29;37;22;0;18;-23;6;1;155;347;;;;39;;ggc ;0;230;20;20;23;1;13;-24;0;2;78;292;;;;**;;ggc 2;1;240;24;18;24;6;19;-25;2;2;105;95;;;;44;;gta 1;0;250;24;17;25;0;10;-26;7;1;206;361;;;;46;;gta 1;1;260;22;26;26;1;14;-27;0;1;458;195;;;;4;;gta 1;1;270;14;14;27;0;14;-28;3;1;14;38;;;;**;;aaa ;1;280;21;16;28;4;8;-29;4;1;910;;;;;198;;cgt ;0;290;17;21;29;2;9;-30;0;1;91;;;;;62;;cgt 1;0;300;9;17;30;3;13;-31;1;0;102;;;;;198;;cgt 1;0;310;9;13;31;3;6;-32;5;1;146;;;;;3;;cgt ;2;320;16;12;32;3;7;-33;0;1;114;;;;;**;;agc 1;1;330;7;11;33;2;7;-34;0;0;106;;;;;33;;atgf ;0;340;11;6;34;7;8;-35;1;3;210;;;;;33;;atgf 2;0;350;2;9;35;5;7;-36;0;0;233;;;;;**;;atgf ;0;360;11;10;36;4;15;-37;1;0;267;;;;;8;;gac 1;0;370;7;12;37;11;7;-38;1;1;CDS 16s ;;;;;**;;tgg ;1;380;18;4;38;6;7;-39;0;1;362;473;;;;57;;cgg ;0;390;6;3;39;14;8;-40;0;0;442;480;;;;20;;cac ;0;400;6;10;40;8;7;-41;0;1;377;614;;;;42;;ctg 5;4;reste;57;64;reste;935;1364;-42;0;0;373;;;;;**;;cca 29;37;total;1074;2204;total;1074;2204;-43;8;0;23s 5s;;;;;8;;aca 24;33;diagr;1004;2124;diagr;126;824;-44;1;1;3* 93;;;;;116;;tac 1;1;t30;63;745;;;;-45;0;0;4* 92;;;;;6;;gga ;;;;;;;;-46;0;0;5s CDS;;;;;**;;acc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;300;81;;;;36;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;1;74;228;;;;35;;ggc ;x;1061;95;13;1169;;;-49;1;0;;269;;;;**;;ggc ;c;2188;647;16;2851;;;-50;1;0;;;;;;34;;ctg ;;;;;4020;712;;reste;25;13;;;;;;28;;ctg ;;;;;;4732;;total;647;95;;;;;;**;;ctg </pre> =====eco autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires_aas|eco autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> ;autres intercalaires;;eco27622;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre inter;aas deb;;CDS;14168;15298;88;; ;;mobile_el;15387;16731;-1287;*; fin;;CDS;15445;16557;;; deb;comp;CDS;16751;16960;-9;; ;;ncRNA;16952;17010;478;*; fin;;CDS;17489;18655;;; deb;;CDS;18715;19620;175;; ;comp;mobile_el;19796;20563;-753;*; fin;comp;CDS;19811;20314;;; deb;comp;CDS;74497;75480;35;; ;comp;ncRNA;75516;75608;35;*; deb;comp;CDS;75644;77299;67;; ;;ncRNA;77367;77593;-206;*; fin;;CDS;77388;77519;;; deb;;CDS;91413;93179;-695;; ;;ncRNA;92485;92658;507;*; fin;;CDS;93166;94653;;; deb;comp;CDS;188712;189506;205;; ;;ncRNA;189712;189847;26;*; fin;;CDS;189874;190599;;; deb;;CDS;193521;194717;66;; ;;ncRNA;194784;194844;58;*; fin;;CDS;194903;195664;;; deb;;CDS;222833;223408;362;; 16s;;rRNA;223771;225312;68;*; ;;tRNA;225381;225457;42;*;atc 23s;;tRNA;225500;225575;183;*;gca 5s;;rRNA;225759;228662;93;*; ;;rRNA;228756;228875;52;*; ;;tRNA;228928;229004;162;*;gac fin;;CDS;229167;229970;;; deb;;CDS;236067;236798;132;; ;;tRNA;236931;237007;327;*;gac fin;;CDS;237335;238120;;; deb;comp;CDS;238257;238736;9;; ;comp;gene;238746;239084;105;*; ;;gene;239190;239378;40;*; fin;comp;CDS;239419;240189;;; deb;;CDS;247637;248134;223;; ;comp;gene;248358;250070;1;*; ;;gene;250072;250827;70;*; fin;;CDS;250898;251953;;; deb;;CDS;252709;253161;305;; ;;gene;253467;253733;-32;*; ;;gene;253702;254202;56;*; fin;comp;CDS;254259;255716;;; deb;;CDS;256527;257771;57;; ;;misc_f;257829;257899;8;*; ;comp;mobile_el;257908;258675;-753;*; fin;comp;CDS;257923;258426;;; deb;comp;CDS;258345;258620;55;; ;;misc_f;258676;259006;38;*; fin;comp;CDS;259045;260100;;; deb;;CDS;261503;262756;114;; ;;tRNA;262871;262946;-49;*;acg ;;misc_f;262898;297205;-34056;*; ;comp;gene;263150;263212;115;*; fin;comp;CDS;263328;263669;;; deb;comp;CDS;266110;266553;-1;; ;comp;gene;266553;266774;1;*; ;comp;gene;266776;266967;216;*; fin;comp;CDS;267184;268005;;; deb;comp;CDS;269289;270182;23;; ;;mobile_el;270206;270540;-263;*; ;;misc_f;270278;270540;0;*; ;;mobile_el;270541;271761;-1159;*; deb;;CDS;270603;271754;7;; ;;mobile_el;271762;272190;-427;*; ;;misc_f;271764;272190;389;*; ;;ncRNA;272580;272654;192;*; deb;;CDS;272847;273992;-38;; ;comp;mobile_el;273955;275149;-1049;*; fin;comp;CDS;274101;275081;;; deb;comp;CDS;277756;278802;11;; ;comp;gene;278814;279162;0;*; ;comp;mobile_el;279163;279930;-753;*; fin;comp;CDS;279178;279681;;; deb;comp;CDS;279600;279875;55;; ;;gene;279931;280104;-174;*; ;;mobile_el;279931;280111;2;*; ;comp;gene;280114;280362;-249;*; ;comp;mobile_el;280114;280425;-41;*; fin;comp;CDS;280385;280735;;; deb;;CDS;290510;290638;-5;; ;comp;mobile_el;290634;291401;-753;*; fin;comp;CDS;290649;291152;;; deb;comp;CDS;313141;313242;473;; ;comp;gene;313716;313805;551;*; ;;gene;314357;315244;-16;*; ;;mobile_el;315229;316483;-1193;*; fin;;CDS;315291;315590;;; deb;;CDS;315587;316453;-4;; ;comp;gene;316450;317136;302;*; ;;gene;317439;317567;158;*; fin;comp;CDS;317726;318319;;; deb;comp;CDS;380069;380842;1;; ;comp;misc_f;380844;381260;-1;*; ;;mobile_el;381260;382590;-1240;*; fin;;CDS;381351;381716;;; deb;;CDS;381674;382579;11;; ;comp;misc_f;382591;382872;-134;*; fin;comp;CDS;382739;383935;;; deb;comp;CDS;388753;389727;523;; ;;misc_f;390251;391708;-117;*; deb;comp;CDS;391592;391648;60;; ;comp;mobile_el;391709;392966;-1228;*; fin;comp;CDS;391739;392605;;; deb;comp;CDS;392602;392901;68;; ;;misc_f;392970;394418;87;*; fin;;CDS;394506;395129;;; deb;;CDS;408177;408461;147;; ;;gene;408609;408950;-4;*; fin;;CDS;408947;409030;;; deb;comp;CDS;475982;476371;76;; ;;ncRNA;476448;476561;110;*; fin;;CDS;476672;477025;;; deb;comp;CDS;506603;507082;121;; ;;ncRNA;507204;507287;-2;*; fin;comp;CDS;507286;508080;;; deb;;CDS;527581;527949;-1;; ;;gene;527949;528659;-20;*; ;;gene;528640;529130;366;*; ;;gene;529497;529592;52;*; fin;comp;CDS;529645;530016;;; deb;;CDS;533011;533826;-198;; ;;ncRNA;533629;533863;52;*; fin;;CDS;533916;535697;;; deb;comp;CDS;563848;564480;242;; ;;tRNA;564723;564799;-45;*;aga ;;misc_f;564755;586056;-21242;*; deb;comp;CDS;564815;565978;-121;; ;comp;gene;565858;566079;18;*; ;comp;gene;566098;566361;14;*; ;;gene;566376;566687;-4;*; ;;misc_f;566684;566776;0;*; ;;mobile_el;566777;568034;-1193;*; fin;;CDS;566842;567141;;; deb;;CDS;567138;568004;30;; ;;misc_f;568035;568247;67;*; fin;;CDS;568315;568647;;; deb;;CDS;573956;574339;189;; ;comp;misc_f;574529;574586;4;*; ;comp;mobile_el;574591;575785;-1049;*; deb;comp;CDS;574737;575717;68;; ;comp;misc_f;575786;576825;572;*; fin;;CDS;577398;577613;;; deb;;CDS;580834;581379;-26;; ;;gene;581354;581662;-129;*; deb;;CDS;581534;582097;54;; ;comp;gene;582152;582806;68;*; fin;;CDS;582875;583060;;; deb;comp;CDS;606265;607383;349;; ;comp;ncRNA;607733;607792;43;*; deb;;CDS;607836;607988;18;; ;;mobile_el;608007;609351;-1287;*; fin;;CDS;608065;609177;;; deb;comp;CDS;657555;657938;92;; ;;gene;658031;658818;128;*; fin;;CDS;658947;659150;;; deb;comp;CDS;685929;686669;11;; ;comp;ncRNA;686681;686843;-5;*; deb;comp;CDS;686839;687747;103;; ;comp;mobile_el;687851;689045;-1049;*; fin;comp;CDS;687997;688977;;; deb;;CDS;695101;696276;153;; ;comp;tRNA;696430;696504;37;*;cag ;comp;tRNA;696542;696616;47;*;cag ;comp;tRNA;696664;696740;15;*;atgj ;comp;tRNA;696756;696830;34;*;caa ;comp;tRNA;696865;696939;23;*;caa ;comp;tRNA;696963;697047;9;*;cta ;comp;tRNA;697057;697133;379;*;atgj fin;comp;CDS;697513;699177;;; deb;;CDS;706093;707757;478;; ;;ncRNA;708236;708333;0;*; fin;;CDS;708334;709740;;; deb;;CDS;715412;715906;40;; ;comp;gene;715947;716597;123;*; ;comp;gene;716721;716870;75;*; fin;comp;CDS;716946;718265;;; deb;;CDS;733776;734102;117;; ;;gene;734220;735653;-4;*; fin;;CDS;735650;736219;;; deb;;CDS;736445;736699;200;; ;;gene;736900;737961;130;*; fin;;CDS;738092;738853;;; deb;;CDS;764180;765049;0;; ;;ncRNA;765050;765150;2;*; fin;comp;CDS;765153;765875;;; deb;;CDS;779598;780389;164;; ;;tRNA;780554;780629;135;*;aaa ;;tRNA;780765;780840;2;*;gta ;;tRNA;780843;780918;149;*;aaa ;;tRNA;781068;781143;3;*;gta ;;tRNA;781147;781222;146;*;aaa ;;tRNA;781369;781444;132;*;aaa ;;tRNA;781577;781652;432;*;aaa fin;;CDS;782085;783128;;; deb;;CDS;836351;837436;-2;; ;comp;ncRNA;837435;837531;-29;*; fin;;CDS;837503;837562;;; deb;comp;CDS;851014;852597;127;; ;comp;ncRNA;852725;853064;-196;*; fin;comp;CDS;852869;852997;;; deb;;CDS;887423;887959;19;; ;comp;ncRNA;887979;888057;76;*; fin;comp;CDS;888134;889819;;; deb;;CDS;923264;925540;343;; ;comp;tRNA;925884;925971;253;*;tcc fin;comp;CDS;926225;926443;;; deb;comp;CDS;1030759;1031418;206;; ;comp;tRNA;1031625;1031712;426;*;tca fin;;CDS;1032139;1033257;;; deb;comp;CDS;1049439;1049744;33;; ;;mobile_el;1049778;1050545;-713;*; fin;;CDS;1049833;1050108;;; deb;;CDS;1079305;1080813;542;; ;;gene;1081356;1082185;57;*; fin;;CDS;1082243;1083370;;; deb;;CDS;1092876;1094234;10;; ;comp;mobile_el;1094245;1095502;-1228;*; fin;comp;CDS;1094275;1095141;;; deb;comp;CDS;1095138;1095437;106;; ;;gene;1095544;1095846;-4;*; deb;;CDS;1095843;1096829;735;; ;comp;tRNA;1097565;1097652;233;*;tcc fin;;CDS;1097886;1098824;;; deb;;CDS;1140033;1140986;-1;; ;;ncRNA;1140986;1141063;118;*; fin;comp;CDS;1141182;1144367;;; 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deb;;CDS;4156850;4158223;54;; ;comp;ncRNA;4158278;4158394;95;*; fin;;CDS;4158490;4159407;;; deb;;CDS;4165428;4166285;373;; 16s;;rRNA;4166659;4168200;171;*; ;;tRNA;4168372;4168447;193;*;gaa 23s;;rRNA;4168641;4171544;92;*; 5s;;rRNA;4171637;4171756;300;*; fin;;CDS;4172057;4173085;;; deb;comp;CDS;4174076;4175026;361;; ;;tRNA;4175388;4175463;8;*;aca ;;tRNA;4175472;4175556;116;*;tac ;;tRNA;4175673;4175747;6;*;gga ;;tRNA;4175754;4175829;114;*;acc fin;;CDS;4175944;4177128;;; deb;;CDS;4189786;4190325;1;; ;comp;ncRNA;4190327;4190487;247;*; fin;comp;CDS;4190735;4191868;;; deb;comp;CDS;4205943;4207532;614;; 16s;;rRNA;4208147;4209688;85;*; ;;tRNA;4209774;4209849;193;*;gaa 23s;;rRNA;4210043;4212946;93;*; 5s;;rRNA;4213040;4213159;74;*; fin;;CDS;4213234;4213617;;; deb;;CDS;4218596;4220332;-1454;; ;;ncRNA;4218879;4218963;1337;*; fin;comp;CDS;4220301;4222487;;; deb;comp;CDS;4240779;4242254;276;; ;comp;ncRNA;4242531;4242633;-8;*; fin;comp;CDS;4242626;4243516;;; deb;;CDS;4249554;4250474;228;; ;;gene;4250703;4252283;222;*; fin;;CDS;4252506;4253003;;; deb;;CDS;4262840;4263082;56;; ;;ncRNA;4263139;4263249;-2;*; fin;comp;CDS;4263248;4264231;;; deb;;CDS;4277469;4277933;-8;; ;comp;ncRNA;4277926;4278066;412;*; fin;;CDS;4278479;4279828;;; deb;comp;CDS;4321697;4322422;20;; ;comp;gene;4322443;4323281;54;*; fin;comp;CDS;4323336;4324352;;; deb;comp;CDS;4360396;4361934;256;; ;comp;gene;4362191;4362353;197;*; ;comp;tRNA;4362551;4362626;106;*;ttc fin;comp;CDS;4362733;4363308;;; deb;comp;CDS;4365472;4366773;65;; ;comp;ncRNA;4366839;4366951;-61;*; fin;comp;CDS;4366891;4368327;;; deb;;CDS;4391604;4392149;210;; ;;tRNA;4392360;4392435;36;*;ggc ;;tRNA;4392472;4392547;35;*;ggc ;;tRNA;4392583;4392658;233;*;ggc fin;;CDS;4392892;4392945;;; deb;comp;CDS;4426628;4427422;271;; ;;gene;4427694;4428095;-17;*; fin;comp;CDS;4428079;4428717;;; deb;;CDS;4457959;4459311;176;; ;;gene;4459488;4459855;44;*; fin;comp;CDS;4459900;4460364;;; deb;comp;CDS;4495190;4496209;195;; ;;tRNA;4496405;4496489;185;*;ttg ;;misc_f;4496675;4497940;-1191;*; ;;gene;4496750;4497940;240;*; ;;mobile_el;4498181;4499511;-1240;*; fin;;CDS;4498272;4498637;;; deb;;CDS;4498595;4499500;92;; ;comp;gene;4499593;4500791;468;*; deb;;CDS;4501260;4501589;500;; ;comp;mobile_el;4502090;4503515;-1413;*; fin;comp;CDS;4502103;4503431;;; deb;;CDS;4506448;4506573;52;; ;comp;gene;4506626;4506856;4;*; ;;gene;4506861;4507109;15;*; ;;mobile_el;4507125;4507458;-262;*; ;;misc_f;4507197;4507451;7;*; ;comp;mobile_el;4507459;4508679;-1214;*; deb;comp;CDS;4507466;4508617;62;; ;comp;mobile_el;4508680;4509006;-323;*; ;comp;gene;4508684;4508942;64;*; ;;mobile_el;4509007;4509801;-793;*; ;;misc_f;4509009;4509479;-1;*; ;;misc_f;4509479;4509793;10;*; ;;gene;4509804;4510133;556;*; fin;comp;CDS;4510690;4511457;;; deb;;CDS;4518372;4518440;31;; ;;mobile_el;4518472;4519239;-713;*; deb;;CDS;4518527;4518802;-82;; ;;gene;4518721;4519224;113;*; fin;comp;CDS;4519338;4520324;;; deb;comp;CDS;4527549;4527980;-4;; ;;ncRNA;4527977;4528066;44;*; fin;comp;CDS;4528111;4528917;;; deb;comp;CDS;4530530;4531651;398;; ;comp;gene;4532050;4532310;126;*; fin;comp;CDS;4532437;4533183;;; deb;comp;CDS;4533796;4534053;376;; ;comp;gene;4534430;4534675;339;*; ;;gene;4535015;4536031;565;*; fin;;CDS;4536597;4536695;;; deb;comp;CDS;4568692;4568727;270;; ;;gene;4568998;4569918;243;*; fin;comp;CDS;4570162;4571574;;; deb;;CDS;4572414;4573931;203;; ;;gene;4574135;4576855;56;*; fin;comp;CDS;4576912;4577958;;; deb;comp;CDS;4579499;4579840;-6;; ;;ncRNA;4579835;4579911;156;*; fin;comp;CDS;4580068;4581462;;; deb;;CDS;4605804;4606040;38;; ;comp;tRNA;4606079;4606165;34;*;ctg ;comp;tRNA;4606200;4606286;28;*;ctg ;comp;tRNA;4606315;4606401;267;*;ctg fin;comp;CDS;4606669;4607700;;; </pre> ====eco intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_entre_cds|eco intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> eco;6.2.21 Paris;;eco 23-9-2020;;;;;;; eco;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;738;18.3;'''négatif ;-9;14;-1 à -89;'''4 641 652;-1;738 ;'''zéro;29;0.7;;;;;'''intercals;0;29 ;'''1 à 200;2511;62.4;'''0 à 200;72;58;;'''421 229;5;203 ;'''201 à 370;572;14.2;'''201 à 370;264;47;;'''9.1%;10;174 ;'''371 à 600;142;3.5;'''371 à 600;440;60;;;15;176 ;'''601 à max;32;0.8;'''601 à 1028;693;97;;;20;99 ;'''total 4024;<201;81.5;'''total 4004;103;126;-89 à 950;;25;85 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;67 4538785;1455;-1;738;-70;30;;0;29;35;56 2901896;1372;0;29;-60;2;;-1;°163;40;87 2876581;950;1;°47;-50;2;;-2;2;45;80 2405703;919;2;°57;-40;12;;-3;0;50;72 4077449;852;3;°54;-30;18;'''min à -1;-4;°303;55;82 767978;846;4;°31;-20;45;738;-5;0;60;72 1985139;796;5;14;-10;84;18.3%;-6;0;65;66 310746;775;6;16;0;574;;-7;15;70;60 1253085;768;7;°26;10;377;;-8;°60;75;57 1102546;754;8;16;20;275;;-9;2;80;52 3111266;728;9;°58;30;152;;-10;6;85;50 2303905;714;10;°58;40;143;'''1 à 100;-11;°34;90;49 2455083;680;11;°50;50;152;1701;-12;1;95;58 3353121;674;12;42;60;154;42.3%;-13;3;100;56 1907448;669;13;23;70;126;;-14;°20;105;56 2798091;668;14;°37;80;109;;-15;0;110;64 83622;659;15;24;90;99;;-16;3;115;40 2136104;658;16;22;100;114;;-17;°10;120;51 4325298;657;17;20;110;120;;-18;2;125;34 4294481;641;18;19;120;91;;-19;5;130;53 1299567;634;19;14;130;87;;-20;°9;135;41 2404629;630;20;°24;140;90;;-21;2;140;49 4502103;626;21;18;150;78;;-22;3;145;26 582875;620;22;18;160;81;;-23;°7;150;52 4602088;618;23;14;170;72;'''1 à 200;-24;2;155;51 3922060;616;24;°25;180;62;2511;-25;4;160;30 384059;615;25;10;190;68;62.4%;-26;°8;165;36 3550080;611;26;15;200;61;;-27;1;170;36 1711523;610;27;14;210;72;;-28;4;175;34 1292509;604;28;12;220;66;;-29;°5;180;28 985894;602;29;11;230;40;;-30;1;185;36 88028;601;30;15;240;41;'''0 à 200;-31;1;190;32 4150447;597;31;9;250;41;2540;-32;°7;195;31 654583;588;32;10;260;47;;;712;200;30 1089866;586;33;10;270;27;;reste;55;205;39 ;;34;15;280;37;;total;767;210;33 ;;35;12;290;38;;;;215;29 ;;36;°19;300;26;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;37 ;;37;18;310;22;;600;3992;225;16 ;;38;13;320;29;;610;4;230;24 ;;39;°22;330;18;;620;5;235;19 ;;40;15;340;18;'''201 à 370;630;2;240;22 ;;reste;2310;350;11;572;640;1;245;24 ;;total;4024;360;20;14.2%;650;1;250;17 ;;;;370;19;;660;3;255;19 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;23;;670;2;260;28 164730;-2400;cont;2400;390;9;;680;2;265;15 2731600;-2130;cont;2130;400;18;;690;0;270;12 492092;-1295;cont;1295;410;10;;700;0;275;23 4577958;-897;cont;897;420;7;;710;0;280;14 1179520;-729;cont;729;430;13;;720;1;285;21 3111128;-723;comp';'''20;440;8;;730;1;290;17 3838248;-530;comp';'''20;450;3;;740;0;295;17 10643;-527;comp';'''486;460;8;;750;0;300;9 1639030;-448;cont;'''255;470;4;;760;1;305;10 3796948;-436;comp';'''75;480;6;;770;1;310;12 578107;-242;cont;'''123;490;3;;780;1;315;14 508875;-212;cont;212;500;4;;790;0;320;15 3993739;-210;comp';210;510;1;;800;1;325;8 16751;-153;cont;153;520;5;;810;0;330;10 1240260;-129;comp';129;530;3;;820;0;335;10 4011076;-113;comp';113;540;3;'''371 à 600;830;0;340;8 1491922;-110;cont;110;550;4;142;840;0;345;7 3086145;-102;comp';102;560;3;3.5%;850;1;350;4 3519465;-89;cont;89;570;1;;860;1;355;13 1529922;-86;comp';86;580;3;'''601 à max;total;28;360;7 2475873;-85;cont;85;590;2;32;;;365;13 19811;-82;cont;82;600;1;0.8%;;;370;6 257923;-82;cont;82;reste;32;;reste;4;reste;174 279178;-82;cont;82;total;4024;;total;4024;total;4024 </pre> ====eco intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> eco Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; eco;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;22;-151;195;32;532;230;max50;-74;565;-1405;124;805;255;min50 31 à 400;;;;;;;;7.6;-18;-162;50;934;79;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;94;44;-;489;dte;43;tm;197;65;-;540;poly;265;SF 31 à 400;;;;;;;;117;43;-;873;poly;61;tm </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> 25.1.22 Paris;;;;;;;;;;;;; ;400;200;250;;corrélation;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;-0.119;;;;;;;; 41-n;0.735;0.296;0.440;;;;;;;;;; 1-n;0.287;-0.178;-0.064;;;;;;;;25.1.22 Paris;; eco;fx;fc;;fx40;fc40;eco;fx%;fc%;;x;eco;Sx-;Sc- 0;13;16;0;13;16;0;13;8;>0;1062;-1;0;163 10;36;341;1;4;43;10;36;160;<0;94;-2;2;0 20;11;264;2;6;51;20;11;124;zéro;13;-3;0;0 30;16;136;3;10;44;30;16;64;total;1169;-4;43;260 40;63;80;4;5;26;40;63;38;;c;-5;0;0 50;79;73;5;1;13;50;79;34;>0;2195;-6;0;0 60;51;103;6;4;12;60;51;48;<0;644;-7;1;14 70;37;89;7;3;23;70;37;42;zéro;16;-8;1;59 80;20;89;8;1;15;80;20;42;total;2855;-9;2;0 90;30;69;9;2;56;90;30;32;;;-10;0;6 100;32;82;10;0;58;100;32;38;total;4024;-11;0;34 110;36;84;11;2;48;110;36;39;;;-12;1;0 120;32;59;12;3;39;120;32;28;;;-13;0;3 130;34;53;13;1;22;130;34;25;;;-14;5;15 140;39;51;14;0;37;140;39;24;;;-15;0;0 150;29;49;15;1;23;150;29;23;;;-16;1;2 160;39;42;16;2;20;160;39;20;;;-17;0;10 170;32;40;17;1;19;170;32;19;;;-18;2;0 180;22;40;18;0;19;180;22;19;;;-19;1;4 190;30;38;19;0;14;190;30;18;;;-20;1;8 200;29;32;20;1;23;200;29;15;;;-21;2;0 210;35;37;21;1;17;210;35;17;;;-22;0;3 220;29;37;22;0;18;220;29;17;;;-23;1;6 230;21;19;23;1;13;230;21;9;;;-24;2;0 240;23;18;24;6;19;240;23;8;;;-25;2;2 250;24;17;25;0;10;250;24;8;;;-26;1;7 260;22;25;26;1;14;260;22;12;;;-27;1;0 270;12;15;27;0;14;270;12;7;;;-28;1;3 280;20;17;28;4;8;280;20;8;;;-29;1;4 290;17;21;29;2;9;290;17;10;;;-30;1;0 300;9;17;30;1;14;300;9;8;;;-31;0;1 310;9;13;31;2;7;310;9;6;;;-32;2;5 320;16;13;32;3;7;320;16;6;;;-33;1;0 330;8;10;33;3;7;330;8;5;;;-34;0;0 340;12;6;34;7;8;340;12;3;;;-35;3;1 350;2;9;35;5;7;350;2;4;;;-36;0;0 360;10;10;36;4;15;360;10;5;;;-37;0;1 370;6;13;37;11;7;370;6;6;;;-38;1;1 380;18;5;38;6;7;380;18;2;;;-39;1;0 390;6;3;39;14;8;390;6;1;;;-40;0;0 400;7;11;40;8;7;400;7;5;;;-41;1;0 reste;59;65;reste;936;1374;;;;;;-42;0;0 total;1075;2211;total;1075;2211;t30;63;348;;;-43;0;8 diagr;1003;2130;diagr;126;821;t60;218;302;;;-44;1;1 - t30;940;1389;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;747;1133;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;-48;1;0 ;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;reste;11;21 ;;;;;;;;;;;total;94;644 </pre> ====eco intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_négatifs_S-|eco intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;; comp’;0;2;0;42;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;0;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;8;91;11 continu;163;0;0;261;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;1;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;7;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;10;647;22 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;43;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;1;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;11;94 ;Sc-;163;0;0;260;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;0;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;22;644 </pre> ====eco autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires|eco autres intercalaires]] <pre> eco;autres intercalaires;;adresses1;;;eco;autres intercalaires;;adresses2;;;eco;autres intercalaires;;adresses3;;;eco;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;14168;88;;;deb;°CDS;1205731;-74;;;deb;°CDS;2170532;30;;;deb;°CDS;3579768;116; ;mobile;15387;-1287;;;;gene;1206131;-10;;;;misc_f;2171429;105;;;;ncRNA;3580922;121; fin;°CDS;15445;;;;fin;°CDS;1206913;;;;deb;°CDS;2171833;47;;;fin;°CDS;3581138;; deb;°CDS;16751;-9;;;deb;°CDS;1208517;-1;;;;gene;2172921;3;;;deb;°CDS;3581863;-4; ;ncRNA;16952;482;;;;gene;1209119;29;;;fin;°CDS;2174282;;;;;misc_f;3583038;0; fin;°CDS;17489;;;;fin;°CDS;1209685;;;;deb;°CDS;2196474;111;;;;mobile;3583428;-713; deb;°CDS;18715;175;;;deb;°CDS;1210346;233;;;;gene;2197410;9;;;fin;°CDS;3583483;; ;mobile;19796;-753;;;;gene;1211413;102;;;fin;°CDS;2200279;;;;deb;°CDS;3583677;24; fin;°CDS;19811;;;;fin;°CDS;1211680;;;;deb;°CDS;2226509;52;;;;misc_f;3584205;94; deb;°CDS;74497;35;;;deb;°CDS;1218983;399;;;;gene;2227323;223;;;fin;°CDS;3584404;; ;ncRNA;75516;35;;;;gene;1219601;56;;;fin;°CDS;2228982;;;;deb;°CDS;3623399;104; deb;°CDS;75644;67;;;fin;°CDS;1222305;;;;deb;°CDS;2284376;74;;;;gene;3623887;245; ;ncRNA;77367;-206;;;deb;°CDS;1223264;114;;;;&tRNA;2286211;102;;;fin;°CDS;3624378;; fin;°CDS;77388;;;;;gene;1223564;371;;;;misc_f;2286390;4;;;deb;°CDS;3630968;261; deb;°CDS;188712;205;;;fin;°CDS;1224279;;;;;mobile;2288919;-1049;;;;gene;3632852;382; ;ncRNA;189712;26;;;deb;°CDS;1238879;238;;;deb;°CDS;2289065;68;;;fin;°CDS;3634841;; fin;°CDS;189874;;;;;mobile;1240188;-30;;;;misc_f;2290114;319;;;deb;°CDS;3647705;274; deb;°CDS;222833;362;;;fin;°CDS;1240260;;;;fin;°CDS;2290500;;;;;ncRNA;3648063;149; ;$rRNA;223771;68;;;deb;°CDS;1269168;47;;;deb;°CDS;2311646;334;;;;ncRNA;3648294;152; ;&tRNA;225381;42;;;;ncRNA;1269323;313;;;;ncRNA;2313084;311;;;fin;°CDS;3648528;; ;&tRNA;225500;183;;;deb;°CDS;1269703;47;;;fin;°CDS;2313488;;;;deb;°CDS;3650237;628; ;$rRNA;225759;93;;;;ncRNA;1269858;314;;;deb;°CDS;2328148;0;;;;misc_f;3651291;-1; ;$rRNA;228756;52;;;deb;°CDS;1270238;47;;;;gene;2329798;-67;;;;mobile;3652036;-1049; ;&tRNA;228928;162;;;;ncRNA;1270393;288;;;fin;°CDS;2334336;;;;deb;°CDS;3652182;73; fin;°CDS;229167;;;;fin;°CDS;1270749;;;;deb;°CDS;2348822;214;;;;misc_f;3653236;247; deb;°CDS;236067;132;;;deb;°CDS;1286709;81;;;;gene;2349687;41;;;fin;°CDS;3653961;; ;&tRNA;236931;327;;;;ncRNA;1287066;-150;;;fin;°CDS;2349935;;;;deb;°CDS;3656995;417; fin;°CDS;237335;;;;deb;°CDS;1287087;67;comp;;deb;°CDS;2356904;12;;;;ncRNA;3657985;311; deb;°CDS;238257;9;;;;&tRNA;1287244;209;comp;;;gene;2357816;40;;;deb;°CDS;3658366;98; ;gene;238746;105;;;;&tRNA;1287538;159;comp;;fin;°CDS;2358042;;;;;ncRNA;3658992;149; ;gene;239190;40;;;fin;°CDS;1287782;;comp;;deb;°CDS;2451584;19;;;fin;°CDS;3659232;; fin;°CDS;239419;;;;deb;°CDS;1293527;281;;;;gene;2452356;81;;;deb;°CDS;3663890;245; deb;°CDS;247637;223;;;;gene;1294426;-897;;;fin;°CDS;2455083;;;;;ncRNA;3664864;16; ;gene;248358;1;;;;mobile;1294426;40;;;deb;°CDS;2465301;75;;;fin;°CDS;3664986;; ;gene;250072;70;;;fin;°CDS;1295446;;;;;&tRNA;2466309;-15;;;deb;°CDS;3692618;-4; fin;°CDS;250898;;;;deb;°CDS;1298598;253;;;;misc_f;2466369;-10039;;;;gene;3695233;11; deb;°CDS;252709;305;;;;mobile;1299499;-1127;;;fin;°CDS;2466545;;;;fin;°CDS;3695997;; ;gene;253467;-32;;;fin;°CDS;1299567;;;;deb;°CDS;2470497;159;;;deb;°CDS;3699980;48; ;gene;253702;56;;;deb;°CDS;1380148;13;;;;gene;2470803;-29;;;;ncRNA;3700136;363; fin;°CDS;254259;;;;;gene;1380821;-1;;;deb;°CDS;2471077;26;;;fin;°CDS;3700563;; deb;°CDS;256527;57;;;;gene;1381789;44;;;;gene;2471544;49;;;deb;°CDS;3706098;910;comp ;misc_f;257829;8;;;fin;°CDS;1381947;;;;fin;°CDS;2472112;;;;;&tRNA;3708616;91;comp ;mobile;257908;-753;;;deb;°CDS;1394891;121;;;deb;°CDS;2476310;73;;;fin;°CDS;3708784;;comp fin;°CDS;257923;;;;;mobile;1396044;-1127;;;;gene;2476584;95;;;deb;°CDS;3720448;-153; deb;°CDS;258345;55;;;fin;°CDS;1396112;;;;fin;°CDS;2476694;;;;;gene;3720448;0; ;misc_f;258676;38;;;deb;°CDS;1404741;8;;;deb;°CDS;2513042;28;;;;mobile;3720633;-1396; fin;°CDS;259045;;;;;ncRNA;1405658;227;;;;mobile;2514273;-1287;;;fin;°CDS;3720680;; deb;°CDS;261503;114;;;fin;°CDS;1405979;;;;fin;°CDS;2514331;;;;deb;°CDS;3721198;26; ;&tRNA;262871;-49;;;deb;°CDS;1408050;95;;;deb;°CDS;2515643;208;;;;gene;3722076;222; ;misc_f;262898;-34056;;;;ncRNA;1409129;57;;;;&tRNA;2518041;39;comp;;fin;°CDS;3722328;; 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;&tRNA;1097565;233;comp;;deb;°CDS;2152469;182;;;fin;°CDS;3420134;;;;fin;°CDS;4536597;; fin;°CDS;1097886;;;;;ncRNA;2153311;-106;;;deb;°CDS;3422436;228;;;deb;°CDS;4567287;478; deb;°CDS;1146011;-7;;;deb;°CDS;2153349;237;;;;$rRNA;3423423;37;;;;gene;4568998;243; ;ncRNA;1146589;36;;;;ncRNA;2153646;-101;;;;&tRNA;3423580;12;;;fin;°CDS;4570162;; fin;°CDS;1146794;;;;fin;°CDS;2153681;;;;;$rRNA;3423668;92;;;deb;°CDS;4572414;203; deb;°CDS;1195123;-165;;;deb;°CDS;2165668;84;;;;$rRNA;3423880;174;;;;gene;4574135;56; ;misc_f;1196209;-14546;;;;ncRNA;2167114;-18;;;;&tRNA;3426958;42;;;fin;°CDS;4576912;; fin;°CDS;1196867;;;;;misc_f;2167183;-510;;;;&tRNA;3427076;68;;;deb;°CDS;4579499;-6; deb;°CDS;1203822;9;;;deb;°CDS;2167302;81;;;;$rRNA;3427221;473;;;;ncRNA;4579835;156; ;gene;1204170;-234;;;;gene;2167602;168;;;fin;°CDS;3429236;;;;fin;°CDS;4580068;; deb;°CDS;1204170;-1137;;;fin;°CDS;2167989;;;;deb;°CDS;3558268;-19;;;deb;°CDS;4605804;38; ;gene;1204401;11;;;deb;°CDS;2168712;81;;;;gene;3559848;16;;;;&tRNA;4606079;34;comp fin;°CDS;1205549;;;;;misc_f;2169693;3;;;fin;°CDS;3560622;;;;;&tRNA;4606200;28;comp ;;;;;;;mobile;2170171;-1193;;;;;;;;;;&tRNA;4606315;267;comp ;;;;;;fin;°CDS;2170236;;;;;;;;;;fin;°CDS;4606669;;comp </pre> ====eco intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_tRNA|eco intercalaires tRNA]] <pre> eco;intercalaires tRNAs;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;162;;67;14;; ;;;132;;327;;74;78;; ;;;114;;;;75;91;'''deb; ;;comp’;242;;;;100;100;<201;10 6 aas;37 47 15 34 23 9;comp’;153;;379;;102;106;total;17 6 aas;135 2 149 3 146 132;;164;;432;;105;107;taux;59% ;;comp’;343;;253;;114;114;; ;;;206;comp’;426;;128;146;'''fin; ;;comp’;735;comp’;233;;132;151;<201;11 ;209;;67;;159;;155;159;total;20 ;4;comp’;307;;107;;164;162;taux;55% ;12 54;;-;;151;;206;235;; ;;comp’;569;comp’;93;;206;253;'''total; ;;;100;;313;;210;267;<201;21 ;;comp’;452;;100;;280;313;total;37 ;;comp’;4;comp’;37;;458;315;taux;57% ;;comp’;326;comp’;55;;750;327;; ;;;74;;;;910;379;; ;;;75;;;;233;432;comp’;cumuls ;39;comp’;208;;235;;4;37;; ;44 46 4;comp’;258;comp’;264;;38;53;; ;;;750;;;;124;55;'''deb; 4 aas;198 62 198 3;;280;;315;;153;73;<201;5 ;;comp’;208;comp’;73;;195;93;total;17 ;33 33;;155;;78;;208;95;taux;29% ;;;105;comp’;148;;208;148;; ;;comp’;124;comp’;53;;242;233;'''fin; ;;;206;comp’;347;;258;264;<201;7 ;;;458;;14;;292;347;total;11 ;;;910;;91;;307;426;taux;64% ;;comp’;292;;;;326;'''-;; ;8;;;comp’;95;;343;'''-;'''total; ;57 20 42;;102;;146;;361;'''-;<201;12 ;8 116 6;comp’;361;;114;;452;'''-;total;28 ;;;;;106;;569;'''-;taux;43% ;36 35;;210;;233;;735;'''-;; ;;comp’;195;;;;;;; ;34 28;comp’;38;;267;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;deb;fin;total ;;;;;;;<201;15;18;33 ;;;;;;;total;34;31;65 ;;;;;;;taux;44%;58%;51% </pre> ===Escherichia coli Nissle 1917=== ====ecoN opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_opérons|ecoN opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Esch_coli_Nissle_1917/eschColi_NISSLE_1917-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP007799.1;ecoN;;genome;;;;;;;;; 50%GC;21.8.19 Paris;16s 10 ;123 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;; Escherichia coli Nissle 1917 ;;;;;;;;;;;; ;231864..232436;;CDS;;365;365;;;191;;D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase;* ;232802..234321;;16s;;73;;;;1520;;; ;234395..234471;;gaa;;12;;;12;;;; ;234484..234557;;gca;;174;;;;;;; ;234732..237319;;23s;;83;;;;2588;;; ;237403..237518;;5s;;54;;;;116;;; ;237573..237649;;gac;;162;162;;;;162;; ;237812..238615;;CDS;;;;;;268;;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;* ;;;;;;;;;;;; ;244934..245665;;CDS;;132;132;;;244;;DNA polymerase III subunit epsilon;* ;245798..245874;;gac;;120;120;;;;120;; comp;245995..246852;;CDS;;;;;;286;;DUF4942 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;367329..368582;;CDS;;114;114;;;418;114;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;* ;368697..368772;;acg;;154;154;;;;;; ;368927..369265;;CDS;;;;;;113;;DUF4102 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;631149..632015;;CDS;;270;270;;;289;;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;* ;632286..632362;;aga;;15;15;;;;15;; comp;632378..632997;;CDS;;;;;;207;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;733188..734363;;CDS;;153;153;;;392;153;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;* comp;734517..734591;;cag;+;37;;37;;;;; comp;734629..734703;;cag;2 cag;48;;48;;;;; comp;734752..734828;;atgj;2 atgj;15;;15;;;;; comp;734844..734918;;caa;2 caa;34;;34;;;;; comp;734953..735027;;caa;;23;;23;;;;; comp;735051..735135;;cta;;10;;10;;;;; comp;735146..735222;;atgj;;380;380;;;;;; comp;735603..737267;;CDS;;;;;;555;;asparagine synthase B;* ;;;;;;;;;;;; ;807377..808169;;CDS;;164;164;;;264;164;Pseudo, cell division protein CpoB;* ;808334..808409;;aaa;+;35;;35;;;;; ;808445..808520;;gta;5 aaa;2;;2;;;;; ;808523..808598;;aaa;2 gta;51;;51;;;;; ;808650..808725;;gta;;3;;3;;;;; ;808729..808804;;aaa;;48;;48;;;;; ;808853..808928;;aaa;;33;;33;;;;; ;808962..809037;;aaa;;277;277;;;;;; ;809315..810358;;CDS;;;;;;348;;quinolinate synthase NadA;* ;;;;;;;;;;;; ;950069..952345;;CDS;;343;343;;;*759;343;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;* comp;952689..952776;;tcc;;253;253;;;;;; comp;953030..953248;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;* ;;;;;;;;;;;; comp;1047224..1047883;;CDS;;206;206;;;220;206;FtsH protease modulator YccA;* comp;1048090..1048177;;tca;;426;*426;;;;;; ;1048604..1049722;;CDS;;;;;;373;;hydrogenase 1 small subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;1183656..1184018;;CDS;;463;*463;;;121;;hp;* ;1184482..1184558;;aga;;278;278;;;;278;; > comp;1184837..1185786;;CDS;;;;;;317;;Pseudo, IS4 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;1213982..1214809;;CDS;;165;165;;;276;165;DUF4942 domain-containing protein;* comp;1214975..1215062;;tcc;;233;233;;;;;; ;1215296..1216234;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;* ;;;;;;;;;;;; ;1216817..1217098;;CDS;;165;165;;;94;165;DUF4942 domain-containing protein;* comp;1217264..1217351;;tcc;;234;234;;;;;; ;1217586..1218524;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;* ;;;;;;;;;;;; ;1457038..1458129;;CDS;;16;16;;;364;16;acyl-CoA desaturase;* comp;1458146..1458277;;ncRNA;;46;;;;44;;RtT sRNA; comp;1458324..1458408;;tac;+;33;;33;;;;; comp;1458442..1458526;;tac;2 tac;159;159;;;;;; comp;1458686..1459528;;CDS;;;;;;281;;formyltetrahydrofolate deformylase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1829066..1830322;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1830630..1830706;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1830711..1830787;;gtc;2 gtc;6;6;;;;6;; <;1830794..1831177;;CDS;@4;;;;;128;;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;* ;;;;;;;;;;;; comp;1831218..1832474;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1832782..1832858;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1832863..1832939;;gtc;2 gtc;8;8;;;;8;; <;1832948..1833280;;CDS;;;;;;111;;Pseudo, MATE family efflux transporter;* ;;;;;;;;;;;; comp;1833321..1834577;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1834885..1834961;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1834966..1835042;;gtc;2 gtc;108;108;;;;108;; ;1835151..1835456;;CDS;;;;;;102;;monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2115794..2116459;;CDS;;195;195;;;222;;UPF0149 family protein YecA;* comp;2116655..2116741;;tta;;12;;12;;;;; comp;2116754..2116827;;tgc;;53;;53;;;;; comp;2116881..2116956;;ggc;;151;151;;;;151;; comp;2117108..2117656;;CDS;;;;;;183;;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2191451..2192287;;CDS;;278;278;;;279;;hp;* comp;2192566..2192655;;tcg;;93;93;;;;93;; ;2192749..2193546;;CDS;;100;100;;;266;100;DgsA anti-repressor MtfA;* ;2193647..2193722;;aac;;161;161;;;;;; ;2193884..2195146;;CDS;;;;;;421;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;2232607..2233323;;CDS;;453;*453;;;239;;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;* comp;2233777..2233852;;acc;;326;326;;;;326;; ;2234179..2235096;;CDS;;;;;;306;;nitrogen assimilation transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; ;2235198..2236148;;CDS;;37;37;;;317;;HTH-type transcriptional regulator Cbl;* comp;2236186..2236261;;aac;;4;4;;;;4;; ;2236266..2237909;;CDS;;100;100;;;548;100;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;* ;2238010..2238085;;aac;;161;161;;;;;; ;2238247..2239518;;CDS;;;;;;424;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;2546968..2548728;;CDS;;74;74;;;587;74;cardiolipin transport protein PbgA;* ;2548803..2548879;;ccc;;101;101;;;;;; comp;2548981..2549136;;CDS;;;;;;52;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;2717780..2718712;;CDS;;75;75;;;311;75;formate/nitrite transporter family protein;* ;2718788..2718862;;agg;;437;*437;;;;;; comp;2719300..2719830;;CDS;;;;;;177;;OmpH family outer membrane protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2768744..2770933;;CDS;;206;206;;;*730;206;sensor domain-containing phosphodiesterase;* comp;2771140..2771215;;gcc;+;39;;39;;;;; comp;2771255..2771330;;gcc;2 gcc;220;220;;;;;; ;2771551..2771910;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;2772355..2773770;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;* ;2774029..2774104;;gta;+;43;;43;;;;; ;2774148..2774223;;gta;3 gta;46;;46;;;;; ;2774270..2774345;;gta;;4;;4;;;;; ;2774350..2774425;;aaa;;110;110;;;;110;; comp;2774536..2775420;;CDS;;;;;;295;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;2959205..2960503;;CDS;;323;323;;;433;323;alpha-ketoglutarate permease;* comp;2960827..2960942;;5s;;83;;;;116;;; comp;2961026..2965477;;23s;;184;;;;4452;;; comp;2965662..2965737;;gaa;;431;;;;;;; comp;2966169..2967720;;16s;;441;*441;;;1552;;; comp;2968162..2970735;;CDS;;;;;;*858;;ATP-dependent chaperone ClpB;* ;;;;;;;;;;;; comp;3027207..3027773;;CDS;;280;280;;;189;280;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;* comp;3028054..3028130;;cgt;+;63;;63;;;;; comp;3028194..3028270;;cgt;5 cgt;62;;62;;;;; comp;3028333..3028409;;cgt;;62;;62;;;;; comp;3028472..3028548;;cgt;;64;;64;;;;; comp;3028613..3028689;;cgt;;3;;3;;;;; comp;3028693..3028785;;agc;;315;315;;;;;; comp;3029101..3029286;;CDS;;;;;;62;;carbon storage regulator CsrA;* ;;;;;;;;;;;; comp;3157337..3158434;;CDS;;208;208;;;366;208;murein transglycosylase A;* ;3158643..3158719;;atgf;+;33;;33;;;;; ;3158753..3158829;;atgf;3 atgf;33;;33;;;;; ;3158863..3158939;;atgf;;635;*635;;;;;; ;3159575..3160075;;CDS;;;;;;167;;type VI secretion system contractile sheath small subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;3230172..3231401;;CDS;;316;316;;;410;;HAAAP family serine/threonine permease;* comp;3231718..3231791;;ggg;;78;78;;;;78;; comp;3231870..3232625;;CDS;;;;;;252;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;;;;;;;;;;;; ;3341048..3341755;;CDS;;105;105;;;236;105;DUF554 domain-containing protein;* ;3341861..3341936;;ttc;;197;197;;;;;; ;3342134..3343399;;CDS;;;;;;422;;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;3569308..3569814;;CDS;;124;124;;;169;;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;* ;3569939..3570014;;atgi;;53;53;;;;53;; comp;3570068..3570832;;CDS;;;;;;255;;NADPH-dependent ferric chelate reductase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3670227..3670679;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3670886..3670962;;atgf;;347;347;;;;;; >;3671310..3672155;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3673935..3674387;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3674594..3674670;;atgf;;347;347;;;;;; >;3675018..3675869;;CDS;;;;;;284;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3677794..3678246;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3678453..3678529;;atgf;;347;347;;;;;; >;3678877..3679722;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3681532..3681984;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3682191..3682267;;atgf;;347;347;;;;;; ;3682615..3683958;;CDS;;;;;;448;;argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3683966..3685591;;CDS;;456;*456;;;542;;phosphoethanolamine transferase;* comp;3686048..3686134;;ctc;;14;14;;;;14;; comp;3686149..3686481;;CDS;;;;;;111;;preprotein translocase subunit SecG;* ;;;;;;;;;;;; ;3784553..3785311;;CDS;;62;62;;;253;62;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;* comp;3785374..3785489;;5s;@3;39;;;;116;;; comp;3785529..3785605;;acc;;14;;;;;;; comp;3785620..3785735;;5s;;777;;;;116;;; comp;3786513..3786588;;acc;;14;;;;;;; comp;3786603..3786718;;5s;;1834;;;;116;;; comp;3788553..3788628;;gaa;;1360;*1360;;;;;; ;3789989..3790543;;CDS;;;;;;185;;gamma carbonic anhydrase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;4078635..4080242;;CDS;;743;*743;;;536;;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;* comp;4080986..4081062;;ccg;;91;91;;;;91;; comp;4081154..4082845;;CDS;;;;;;564;;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;4205966..4207348;;CDS;;292;292;;;461;292;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;* ;4207641..4207735;;tga;;300;300;;;;;; >;4208036..4208857;;CDS;;;;;;274;;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;4338643..4339335;;CDS;;479;*479;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;4339815..4341342;;16s;;73;;;;1528;;; ;4341416..4341491;;gaa;;184;;;;;;; ;4341676..4344286;;23s;;83;;;;2611;;; ;4344370..4344485;;5s;;53;;;;116;;; ;4344539..4344615;;gac;;8;;;;;;; ;4344624..4344699;;tgg;;95;95;;;;95;; comp;4344795..4345634;;CDS;;;;;;280;;HTH-type transcriptional regulator HdfR;* ;;;;;;;;;;;; ;4377681..4379066;;CDS;;102;102;;;462;102;amino acid permease;* ;4379169..4379245;;cgg;;58;;58;;;;; ;4379304..4379379;;cac;;20;;20;;;;; ;4379400..4379486;;ctg;;42;;42;;;;; ;4379529..4379605;;cca;;146;146;;;;;; ;4379752..4380987;;CDS;;;;;;412;;anaerobic sulfatase maturase;* ;;;;;;;;;;;; ;4460971..4461516;;CDS;;377;377;;;182;;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;* ;4461894..4463631;;16s;;56;;;;1738;;; ;4463688..4463764;;atc;;42;;;42;;;; ;4463807..4463882;;gca;;165;;;;;;; ;4464048..4467338;;23s;;83;;;;3291;;; ;4467422..4467537;;5s;;104;104;;;116;104;; comp;4467642..4468169;;CDS;;;;;;176;;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;* ;;;;;;;;;;;; ;4605577..4606434;;CDS;;374;374;;;286;;glutamate racemase;* ;4606809..4608362;;16s;;363;;;;1554;;; ;4608726..4608801;;gaa;;1112;;;;;;; ;4609914..4610029;;5s;;136;136;;;116;136;; ;4610166..4611194;;CDS;;;;;;343;;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;* ;;;;;;;;;;;; comp;4612185..4613135;;CDS;;361;361;;;317;;type I pantothenate kinase;* ;4613497..4613572;;aca;;8;;8;;;;; ;4613581..4613665;;tac;;116;;*116;;;;; ;4613782..4613856;;gga;;6;;6;;;;; ;4613863..4613938;;acc;;114;114;;;;114;; ;4614053..4615237;;CDS;;;;;;395;;elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;; comp;4642984..4644573;;CDS;;616;*616;;;530;;bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;* ;4645190..4646378;;16s’;@1;83;83;;;1189;83;; ;4646462..4648150;;CDS;;436;*436;;;563;;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;* ;4648587..4648662;;gaa;;185;;;;;;; ;4648848..4651319;;23s;;83;;;;2472;;; ;4651403..4651518;;5s;;76;76;;;116;76;; ;4651595..4651978;;CDS;;;;;;128;;hypothetical protein;* ;;;;;;;;;;;; < comp;4834504..4834961;;CDS;;197;197;;;153;;pseudo, integrase;* comp;4835159..4835234;;ttc;;106;106;;;;106;; comp;4835341..4835916;;CDS;;;;;;192;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; ;4864628..4865173;;CDS;;210;210;;;182;210;oligoribonuclease;* ;4865384..4865459;;ggc;+;36;;36;;;;; ;4865496..4865571;;ggc;3 ggc;35;;35;;;;; ;4865607..4865682;;ggc;;233;233;;;;;; ;4865916..4865969;;CDS;;;;;;18;;hp;* ;;;;;;;;;;;; comp;4974178..4975197;;CDS;;195;195;;;340;;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;* ;4975393..4975477;;ttg;;39;39;;;;39;; <> comp;4975517..4976055;;CDS;;;;;;180;;pseudo, IS630 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;5042527..5042763;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;* comp;5042802..5042888;;ctg;+;34;;34;;;;; comp;5042923..5043009;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;; comp;5043038..5043124;;ctg;;290;290;;;;;; comp;5043415..5044446;;CDS;;;;;;344;;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;* ;;;;;;;;;;;; comp;5079375..5079581;;CDS;;117;117;;;69;117;AlpA family transcriptional regulator;* ;5079699..5081218;;16s;;73;;;;1520;;; ;5081292..5081368;;gaa;;12;;;12;;;; ;5081381..5081454;;gca;;366;366;;;;;; ;5081821..5082018;;CDS;;524;*524;;;66;;hypothetical protein;* comp;5082543..5082754;;CDS;;;;;;71;;hypothetical protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;5090325..5090876;;CDS;;1808;*1808;;;184;;MarR family transcriptional regulator;* comp;5092685..5092760;;gaa;;588;*588;;;;*588;; < comp ;5093349..5093474;;CDS;;592;*592;;;42;;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;* ;5094067..5094142;;gaa;+;1472;;;*1472;;;; ;5095615..5095691;;atc;3 gaa;42;;;42;;;; ;5095734..5095809;;atc;2 atc;1130;;;*1130;;;; ;5096940..5097015;;gaa;;1145;;;*1145;;;; ;5098161..5098236;;gaa;;185;;;;;;; ;5098422..5100893;;23s;;83;;;;2472;;; ;5100977..5101092;;5s;;76;76;;;116;76;; ;5101169..5101552;;CDS;;63;63;;;128;;hypothetical protein;* comp;5101616..5102059;;CDS;;;;;;148;;acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;5124754..5125197;;CDS;;63;63;;;148;;acetyltransferase;* comp;5125261..5125644;;CDS;;76;76;;;128;;hypothetical protein;* comp;5125721..5125836;;5s;;83;;;;116;;; comp;5125920..5128366;;23s’;@2;-10;*-10;;;2447;*-10;; <;5128357..5128479;;CDS;;;;;;41;;pilus assembly protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;5252659..5253870;;CDS;;300;300;;;404;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;5254171..5254249;;tga;;292;292;;;;292;; >;5254542..5255171;;CDS;;;;;;210;;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;* ;;;;;;;;;;;; > comp;5305902..5306228;;CDS;;0;0;;;109;0;pseudo, hp;* comp;5306229..5306302;;atc;;1096;*1096;;;;;; ;5307399..5308450;;CDS;;;;;;351;;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;* ;;;;;;;;;;;; comp;5321144..5321869;;CDS;;206;206;;;242;206;pseudo, histidine kinase;* comp;5322076..5322151;;gcc;+;39;;39;;;;; comp;5322191..5322266;;gcc;3 gcc;39;;39;;;;; comp;5322306..5322381;;gcc;;220;220;;;;;; ;5322602..5322961;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;5323406..5324821;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;* ;5325080..5325155;;gta;+;44;;44;;;;; ;5325200..5325275;;gta;2 gta;0;0;;;;0;; <;5325276..5325389;;CDS;;;;;;38;;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; >;5375524..5376270;;CDS;;891;*891;;;249;*891;pseudo, AI-2E family transporter;* ;5377162..5377237;;gaa;;1047;*1047;;;;;; comp;5378285..5379589;;CDS;;;;;;435;;isocitrate lyase;* ;;;;;;;;;;;; comp >;5341397..5341492;;CDS;;-2;*-2;;;32;*-2;ABC transporter ATP-binding protein;* comp;5341491..5344303;;23s;;174;;;;2813;;; comp;5344478..5344553;;gca;;42;;;42;;;; comp;5344596..5344672;;atc;;56;;;;;;; comp;5344729..5346282;;16s;;1063;;;;1554;;; comp;5347346..5347421;;gca;;42;;;42;;;; comp;5347464..5347540;;atc;;56;;;;;;; comp;5347597..5349150;;16s;;365;365;;;1554;;; comp;5349516..5350088;;CDS;;187;187;;;191;;D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase;* >;5350276..5350914;;CDS;;;;;;213;;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;* ;;;;;;;;;;;; > comp;5359583..5360512;;CDS;;120;120;;;310;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;5360633..5360708;;gca;;42;;;;;;; comp;5360751..5360827;;atc;;56;;;;;;; comp;5360884..5362138;;16s’;;1;1;;;1255;1;; < comp;5362140..5363543;;CDS;;;;;;468;;IS66 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;5425965..5426201;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;* comp;5426240..5426325;;ctg;+;26;;26;;;;a disparu le 20.12.19;* comp;5426352..5426438;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;; comp;5426467..5426553;;ctg;;63;63;;;;;; < comp;5426617..5427150;;CDS;;;;;;178;;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; >;5433568..5433687;;CDS;;39;39;;;40;39;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;* comp;5433727..5433814;;tcc;;253;253;;;;;; comp;5434068..5434286;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;* </pre> ====ecoN cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_cumuls|ecoN cumuls]] <pre> ecoN cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;12;1;0;;1;5;1;5;100;16;1;0 ;16 23 5s;0;20;13;2;50;11;40;10;200;34;30;1 ;16 atc gca;2;40;17;;100;17;80;7;300;29;60;6 ;16 gaa 235;2;60;9;4;150;16;120;16;400;18;90;8 ;max a;5;80;4;;200;15;160;3;500;18;120;8 ;a doubles;1;100;0;;250;14;200;4;600;8;150;7 ;spéciaux;8;120;1;;300;14;240;9;700;0;180;11 ;total aas;27;140;0;;350;12;280;2;800;2;210;11 sans ;opérons;50;160;0;;400;7;320;2;900;1;240;6 ;1 aa;32;180;0;;450;4;360;3;1000;0;270;9 ;max a;7;200;0;;500;4;400;0;1100;0;300;12 ;a doubles;15;;0;;;11;;2;;0;;0 ;total aas;94;;44;6;;130;;63;;126;;79 total aas;;121;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;33;32;;253;;142;;272;;172 ;;;variance;23;15;;258;;145;;162;;79 sans jaune;;;moyenne;31;;;178;;127;;260;; ;;;variance;19;;;109;;91;;142;; </pre> ====ecoN blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_blocs|ecoN blocs]] <pre> ecoN blocs;;;;;;;;;;;; gène;interca;pbs;cdsa;;;gène;interca;pbs;cdsa;;;rRNAs cds;365;;191;D-glycero;;cds;374;;286;Glu race;;16s 16s;73;1520;;;;16s;363;1554;;;;1189 gaa;12;;;;;gaa;1112;;;;;1255 gca;174;;;;;5s;136;116;;;;1520 23s;83;2588;;;;cds;;;343;UDP-N;;1520 5s;54;116;;;;;;;;;;1528 gac;162;;;;;cds;117;;69;tr AlpA;;1552 cds;;;268;gluDkgB;;16s;73;1520;;;;1554 ;;;;;;gaa;12;;;;;1554 cds;323;;433;glutarate pm;;gca;366;;;;;1554 5s;83;116;;;;cds;524;;66;hp-66;;1738 23s;184;4452;;;;cds;;;71;hp-71;; gaa;431;;;;;;;;;;; 16s;441;1552;;;;cds;-2;;32;ABC 32;;23s cds;;;858;ClpB dep;;23s;174;2813;;;;2447 ;;;;;;gca;42;;;;;2472 cds;616;;530;AICAR2;;atc;56;;;;;2472 16s’;83;1189;;;;16s;1063;1554;;;;2588 cds;436;;563;kinase isocit;;gca;42;;;;;2611 gaa;185;;;;;atc;56;;;;;2813 23s;83;2472;;;;16s;365;1554;;;;3291 5s;76;116;;;;cds;187;;191;D-glycero;;4452 cds;;;128;hp-128;;cds;;;213;ABC MetN;; ;;;;;;;;;;;;5s cds;62;;253;pu-ABC;;cds;120;;310;Tyr recb 310;;116 x 11 5s;39;116;;;;gca;42;;;;; acc;14;;;;;atc;56;;;;; 5s;777;116;;;;16s’;1;1255;;;; acc;14;;;;;cds;;;468;IS66;; 5s;1834;116;;;;;;;;;; gaa;1360;;;;;cds;63;;148;transferase;; cds;;;185;gc anhydrase;;cds;76;;128;hp-128;; ;;;;;;5s;83;116;;;; cds;377;;182;porphyrine M;;23s’;-10;2447;;;; 16s;56;1738;;;;cds;;;41;pilus;; atc;42;;;;;;;;;;; gca;165;;;;;cds;1808;;184;MarR ;; 23s;83;3291;;;;gaa;588;;;;; 5s;104;116;;;;cds;592;;42;sn-glycerol;; cds;;;176;Mlb pB;;gaa;1472;;;;; ;;;;;;atc;42;;;;; cds;479;;231;FadR tr ;;atc;1130;;;;; 16s;73;1528;;;;gaa;1145;;;;; gaa;184;;;;;gaa;185;;;;; 23s;83;2611;;;;23s;83;2472;;;; 5s;53;116;;;;5s;76;116;;;; gac;8;;;;;cds;63;;128;hp-128;; tgg;95;;;;;cds;;;148;transferase;; cds;;;280;HdfR HTH;;;;;;;; </pre> ====ecoN distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_distribution|ecoN distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;atc;;acc;2;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;1;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s >aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;ecoN;;;;6;;;6 </pre> ====ecoN eco==== =====ecoN eco tableaux===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_eco_tableaux|ecoN eco tableaux]] <pre> ;;;;;;rouge;ff6600;$;jaune;ffff00;#;;;;;;;;;;; ;;eco ecoN;;;;orange;ffcc00;&;cyan;66ffff;°;gris2;dddddd;];;;;;;;; ;;;;;;jaunev;ccff66;@;turquoise;33ff99;%;Jaunev 5;669900;(;;;;;;;; ;19.12.19 Paris;;pour les cds;;;bleu;00ccff;§;gris1;eeeeee;[;;;;;;;;;;; ;Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;eco;;;;;;;;ecoN;;;;;;;;;;;;; cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;ecoN suite;sens;;gènes;interca;cdsa;cds eco1;;222833..223408;cds;362;192;@D-glycero;;ecoN1;;231864..232436;CDS;365;191;@D-glycero;;EcoN 48;comp;5079375..5079581;CDS;117;69;tr AlpA ;;223771..225312;$16s;68;&1542;;;;;232802..234321;$16s;73;&1520;;;ok;;5079699..5081218;$16s;73;&1520; ;;225381..225457;atc;42;;;;;;234395..234471;gaa;12;;;;;;5081292..5081368;gaa;12;; ;;225500..225575;gca;183;;;;;;234484..234557;gca;174;;;;;;5081381..5081454;gca;366;; ;;225759..228662;$23s;93;&2904;;;;;234732..237319;$23s;83;&2588;;;;;5081821..5082018;CDS;524;66;hp-66 ;;228756..228875;$5s;52;&120;;;;;237403..237518;$5s;54;&116;;;;comp;5082543..5082754;CDS;;71;hp-71 ;;228928..229004;gac;162;;;;;;237573..237649;gac;162;;;;;;;;;; ;;229167..229970;cds;;268;@metDkgB;;;;237812..238615;CDS;;268;@gluDkgB;;eco1;;222833..223408;cds;[362;192;]D-glycero ;;;;;;;;;;;;;;;;;;223771..225312;$16s;[68;&1542; eco2;;236067..236798;cds;132;244;@DNAIIIe;;ecoN2;;244934..245665;CDS;132;244;@DNAIIIe;;;;225381..225457;atc;[42;; ;;236931..237007;gac;327;;;;;;245798..245874;gac;120;;;;;;225500..225575;gca;[183;; ;;237335..238120;cds;;262;§lipo YafT;;;comp;245995..246852;CDS;;286;§DUF4942;;;;225759..228662;$23s;93;&2904; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;228756..228875;$5s;52;&120; eco3;;261503..262756;cds;114;418;@glu5dH;;ecoN3;;367329..368582;CDS;114;418;@glu5dH;;;;228928..229004;gac;162;; ;;262871..262946;acg;203;;;;;;368697..368772;acg;154;;;;;;229167..229970;cds;;268;@metDkgB ;comp;263150..263212;cds;;21;§YdiA;;;;368927..369265;CDS;;113;§DUF4102;;EcoN 56;comp >;5341397..5341492;CDS;-2;32;]ABC 32 ;;262898..297205;#phage;;11436;pp CP4-6;;;;;;;;;;ok;comp;5341491..5344303;$23s;]174;&2813; ;;;;;;;;;;;;;;;;;comp;5344478..5344553;gca;]42;; eco4;comp;563848..564480;cds;242;211;§put FimZ;;ecoN4;comp;631149..632015;CDS;270;289;§cyclo FolD;;;comp;5344596..5344672;atc;]56;; 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XapR;DNA-binding transcriptional activator XapR;;;;;* permease;aa permease;amino acid permease;;;;;* ABC bind;ABC 32;ABC transporter ATP-binding protein;;;;;* ABC bind;ABC MetN;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;;;;;* desaturase;acyl-CoA ;acyl-CoA desaturase;;;;;* adhesin;adhes YdhQ;adhesin-like autotransporter YdhQ;;;;;* adhesin;adhes YejO;adhesin-like autotransporter YejO, gene fragment 2 of yejO, misc_feature ;;;;;* hydrolase ;AICAR1;bifunctional AICAR transformylase/IMP cyclohydrolase;;;;;* hydrolase ;AICAR2;bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;;;;;* amidase;Ala C;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase C;;;;;* maturase;ans maturase;anaerobic sulfatase maturase;;;;;* synthetase;Arg-suc;argininosuccinate synthetase;;;;;* integrase;arm-type;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;;;;;* synthetase;Asn B;asparagine synthetase B;;;;;* protease b;ATP ClpA;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;;;;;* kinase;B5 kinase;pantothenate kinase;;;;;* kinase;B5 kinase I;type I pantothenate kinase;;;;;* transporter;barrel;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;;;;;* tr-regulator;CadC;DNA-binding transcriptional activator CadC;;;;;* cardiolipin ;cardiolipine;cardiolipin transport protein PbgA;;;;;* transferase;CDP-diacyl;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;;;;;* division;cell CpoB;cell division coordinator CpoB;;;;;* chaperone;ClpB;ClpB chaperone;;;;;* chaperone;ClpB dep;ATP-dependent chaperone ClpB;;;;;* storage;Csr;carbon storage regulator;;;;;* storage;CsrA;carbon storage regulator CsrA;;;;;* hydrolase ;cyclo FolD;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;;;;;* phosphatase;D-glycero;D-glycero-beta-D-manno-heptose-1,7-bisphosphate 7-phosphatase;;;;;* ABC bind;dip ABC;dipeptide ABC transporter periplasmic binding protein;;;;;* polymerase;DNAIIIe;DNA polymerase III subunit epsilon;;;;;* ABC bind;DppA;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;;;;;* DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF4102;DUF4102 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF4942;DUF4942 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF5507;DUF5507 domain-containing protein YpjC;;;;;* DUF;DUF554 ;DUF554 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF554 Yqg;DUF554 domain-containing protein YqgA;;;;;* peptidase;ErfK;L,D-transpeptidase ErfK;;;;;* exporter;exporter;FMN/FAD exporter;;;;;* tr-regulator;FadR tr ;FadR family transcriptional regulator;;;;;* reductase;ferric ;NADPH-dependent ferric chelate reductase;;;;;* phosphatase;fructose;fructose-1-phosphatase;;;;;* phosphatase;fructose 6;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;;;;;* deformylase;fTHF;formyltetrahydrofolate deformylase;;;;;* protase;FtsH;modulator of FtsH protease;;;;;* protease;FtsH YccA;FtsH protease modulator YccA;;;;;* glycosylase;G/U;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;;;;;* glycosylase;G/U station;stationary phase mismatch/uracil DNA glycosylase;;;;;* transferase;G1207;16S rRNA m(2)G1207 methyltransferase;;;;;* transferase;G1207 RsmC;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;;;;;* anhydrase;gc anhydrase;gamma carbonic anhydrase family protein;;;;;* ligase;Glu ligase;glutamate--tRNA ligase;;;;;* racemase;Glu race;glutamate racemase;;;;;* dehydrogenase;glu5dH;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;;;;;* reductase;gluDkgB;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;;;;;* permease;glutarate pm;alpha-ketoglutarate permease;;;;;* symporter;glutarate sm;alpha-ketoglutarate:H(+) symporter;;;;;* peptidase;glycan DD;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;;;;* synthetase;glycerolP;phosphatidylglycerophosphate synthase;;;;;* transporter;glycoside-p5;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;* reductase;glyoxyl A;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A;;;;;* reductase;glyoxyl GhrA;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;;;;;* permease;HAAAP;HAAAP family serine/threonine permease;;;;;* tr-regulator;HdfR;DNA-binding transcriptional dual regulator HdfR;;;;;* tr-regulator;HdfR HTH;HTH-type transcriptional regulator HdfR;;;;;* hydrogenase;Hnase1;hydrogenase 1 small subunit;;;;;* hp;hp-121;hp-121;;;;; hp;hp-128;hypothetical protein;;;;;* hp;hp-18;hp-18;;;;;* adhesin;Inv-adhesin;inverse autotransporter adhesin;;;;;* transposase;IS66;IS66 family transposase;;;;;* lyase;isocitrate;isocitrate lyase;;;;;* transferase;kdo2;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;;;;;* kinase/Pase;kinase isocit;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;;;;;* prophage;KpLE1;CPS-53 (KpLE1) prophage, prophage CPS-53 integrase;;;;;* lipoprotein;lipo YafT;lipoprotein YafT;;;;;* tr-regulator;LysR;LysR family transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;MarR;MarR family transcriptional regulator;;;;;* reductase;metDkgB;methylglyoxal reductase DkgB;;;;;* GDP;Mlb adapt;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis adaptor protein;;;;;* GDP;Mlb pB;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;;;;;* oxygenase;mono-O2;monooxygenase;;;;;* titration;Mtf;Mlc titration factor;;;;;* tr-regulator;MtfA;DgsA anti-repressor MtfA;;;;;* glycosylase;murein;murein transglycosylase A;;;;;* glycosylase;murein lytic;membrane-bound lytic murein transglycosylase A;;;;;* reductase;NADPH- Ah;aldehyde reductase, NADPH-dependent;;;;;* reductase;NADPH- Ahr;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;;;;;* transporter;nitrite;formate/nitrite transporter family protein;;;;;* hydroxylase;octaprenyl;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;;;;;* rnase;oligo-rnase;oligoribonuclease;;;;;* protein;OmpH;OmpH family outer membrane protein;;;;;* transferase;p-Ada;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;;;;;* transporter;p-AI-2E;pseudo, AI-2E family transporter;;;;;* synthetase;p-Arg-sc 282;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;* synthetase;p-Arg-sc 284;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;* division;p-cell CpoB;Pseudo, cell division protein CpoB;;;;;* DUF;p-DUF4102;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;;;;;* transporter;p-glycoside;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;* kinase;p-His kinase;pseudo, histidine kinase;;;;;* hp;p-hp;pseudo, hp 109;;;;;* integrase;p-integrase;pseudo, integrase;;;;;* transposase;p-IS4;Pseudo, IS4 family transposase;;;;;* transposase;p-IS630 ;pseudo, IS630 family transposase;;;;;* transporter;p-MATE;Pseudo, MATE family efflux transporter;;;;;* transporter;p-MdtK;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;;;;;* amidase;p-Nam;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;;;;;* tr-regulator;p-pu-tr 38;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* protein;p-un-YchS;putative uncharacterized protein YchS;;;;;* gene;p-yicT;p-yicT;;;;;* transferase;Pet;phosphoethanolamine transferase;;;;;* protein;pilus;pilus assembly protein;;;;;* dehydrogenase;porphyrine M;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;;;;;* oxidase;porphyrine O;protoporphyrinogen oxidase;;;;;* prophage;pp CP4-6;note="cryptic prophage CP4-6" misc_feature;;;;;* prophage;pp CPS-53;cryptic prophage CPS-53, misc_feature;;;;;* prophage;pp DLP12;note="cryptic prophage DLP12" misc_feature;;;;;* prophage;pp PR-Y;cryptic prophage PR-Y;;;;;* protein;protein YjjZ;protein YjjZ;;;;;* protein;protein YrdA;protein YrdA;;;;;* tr-regulator;pu- YfeC;putative DNA-binding transcriptional regulator YfeC;;;;;* ABC bind;pu-ABC;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;;;;;* exporter;pu-arabi;putative arabinose exporter;;;;;* sulfatase;pu-AslB;putative anaerobic sulfatase maturation enzyme AslB;;;;;* cardiolipin ;pu-cardiolip;putative cardiolipin transport protein;;;;;* cytochrome;pu-cytochrom;putative cytochrome;;;;;* hydrolase;pu-hydrolase;putative hydrolase, inner membrane;;;;;* integrase;pu-KpLE2;KpLE2 phage-like element putative integrase;;;;;* peptidase;pu-LysM;LysM domain-containing putative peptidase lipoprotein YgeR;;;;;* GMP;pu-sensor;putative c-di-GMP phosphodiesterase PdeA;;;;;* protein;Pu-ssM;putative type II secretion system M-type protein;;;;;* tr-regulator;pu-tr 120;putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;pu-tr YieP;putative transcriptional regulator YieP;;;;;* tr-regulator;pu-tr YjdC;putative DNA-binding transcriptional regulator YjdC;;;;;* tr-regulator;pu-tr-YeeN;putative transcriptional regulator YeeN;;;;;* protein;pu-unYgaQ;putative uncharacterized protein YgaQ;;;;;* oxygenase;pu-YdhR;putative monooxygenase YdhR;;;;;* ABC bind;pu-YhdZ;putative ABC transporter ATP-binding subunit YhdZ;;;;;* transporter;pu-YicJ;putative xyloside transporter YicJ;;;;;* transporter;pu-YifK;putative transporter YifK;;;;;* prophage;put DLP12;DLP12 prophage putative integrase;;;;;* tr-regulator;put FimZ;putative LuxR family transcriptional regulator FimZ;;;;;* synthetase;quino;quinolinate synthase;;;;;* synthetase;quino NadA;quinolinate synthase NadA;;;;;* ribosome;RimP;ribosome maturation factor RimP;;;;;* rpt;rpt-29;rpt-29;;;;; rpt;rpt-34;rpt_type=other;;;;;* rpt;rpt-36;rpt_type=other;;;;;* rpt;rpt71;rpt_type=other 71;;;;;* sRNA;RttR sRNA;small RNA RttR;;;;;* translocase;SecE;Sec translocon subunit SecE;;;;;* translocase;SecG-p;preprotein translocase subunit SecG;;;;;* translocase;SecG-t;Sec translocon subunit SecG;;;;;* esterase;sensor;sensor domain-containing phosphodiesterase;;;;;* ABC bind;sn-glycerol;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;;;;;* protein;sscs VI;type VI secretion system contractile sheath small subunit;;;;;* protein;stress;stress response protein;;;;;* tr-regulator;tact Cbl;DNA-binding transcriptional activator Cbl;;;;;* translation;tif IF-1;translation initiation factor IF-1;;;;;* protein;tpr;protamine-like protein;;;;;* tr-regulator;tr 192;transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr AlpA;AlpA family transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr-Cbl;HTH-type transcriptional regulator Cbl;;;;;* tr-regulator;tr-Nac;DNA-binding transcriptional dual regulator Nac;;;;;* tr-regulator;tr-nitrogen;nitrogen assimilation transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr-YebC;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* transferase;transferase;acetyltransferase;;;;;* transporter;trp-YeeO;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;;;;;* translation;tuf;elongation factor Tu;;;;;* translation;tufb;tufb, translation elongation factor Tu 2;;;;;* integrase;Tyr recb 207;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 404;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 421;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 424;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* reductase;UDP-N;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;;;;;* protein;un-YcdU;uncharacterized protein YcdU;;;;;* protein;un-YjeV;uncharacterized protein YjeV;;;;;* protein;UPF0149 YecA;UPF0149 family protein YecA;;;;;* protein;YdiA;YdiA family protein;;;;;* protein;YfdC;inner membrane protein YfdC;;;;;* protein;YgeQ;protein YgeQ;;;;;* gene;yjdQ;gene="yjdQ";;;;;* DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;* transposase;p-IS630;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;;;;;* </pre> ====ecoN données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_données_intercalaires|ecoN données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;ecoN;fx;fc;ecoN;fx40;fc40;ecoN;x-;c-;c;x;c;x;;c;x; ;2;0;18;29;0;18;29;-1;2;173;162;120;CDS 16s ;;;tRNA tRNA;;suite 1;2;10;44;403;1;10;51;-2;4;5;132;15;385;479;;4;;gtc 1;1;20;22;337;2;9;61;-3;2;0;114;153;441;117;;**;;gtc ;0;30;23;182;3;9;58;-4;39;328;154;343;377;;;4;;gtc 4;1;40;90;109;4;3;27;-5;2;2;32;426;374;;;**;;gtc ;0;50;95;113;5;2;18;-6;0;0;380;278;365;;;12;;tta 1;0;60;69;147;6;4;17;-7;1;16;164;165;672;;;53;;tgc ;1;70;48;109;7;3;24;-8;2;81;277;233;23s 5s;;;**;;ggc ;3;80;36;110;8;1;16;-9;3;2;253;165;6* 95;;;39;;gcc ;0;90;39;112;9;1;66;-10;0;7;206;234;1881;;;**;;gcc 2;3;100;43;99;10;2;65;-11;1;48;463;307;23s CDS;;;43;;gta 1;4;110;36;96;11;1;53;-12;2;3;159;307;331;;;46;;gta 1;3;120;38;70;12;7;53;-13;1;6;6;307;385;;;4;;gta 2;0;130;37;63;13;0;29;-14;5;23;8;93;5s CDS;;;**;;aaa ;1;140;43;52;14;0;38;-15;0;0;108;453;323;62;;63;;cgt 1;1;150;29;68;15;2;39;-16;1;3;195;326;136;104;;62;;cgt 1;3;160;44;50;16;6;29;-17;1;11;151;37;3* 76;;;62;;cgt 2;4;170;27;45;17;4;21;-18;3;0;278;4;16s tRNA;;;64;;cgt ;0;180;28;42;18;0;34;-19;2;4;100;125;3* 85;;gaa;3;;cgt ;0;190;38;44;19;1;18;-20;1;9;161;437;443;;gaa;**;;agc 1;3;200;34;36;20;1;23;-21;0;0;100;220;375;;gaa;33;;atgf 1;8;210;31;36;21;1;24;-22;0;3;161;258;4* 68;;atc;33;;atgf 2;0;220;35;43;22;0;23;-23;0;8;74;110;tRNA 16s;;;**;;atgf ;0;230;26;30;23;2;11;-24;2;0;75;208;1063;;gca;8;;gac 2;1;240;21;25;24;4;27;-25;2;2;206;316;tRNA 23s;;;**;;tgg ;0;250;27;18;25;0;19;-26;1;9;280;124;269;;gaa;58;;cgg 2;2;260;27;24;26;1;15;-27;1;0;315;53;2* 193;;gaa;20;;cac ;0;270;18;23;27;2;25;-28;1;3;635;347;2* 194;;gaa;42;;ctg 1;3;280;24;20;28;4;8;-29;4;5;78;347;174;;gca;**;;cca ;1;290;19;18;29;5;14;-30;4;0;105;347;183;;;8;;aca 2;2;300;9;15;30;4;16;-31;0;0;197;347;5s tRNA;;;116;;tac 3;0;310;13;17;31;4;13;-32;1;7;206;1360;54;;gac;6;;gga 1;1;320;22;12;32;3;12;-33;0;0;206;292;2* 14;;acc;**;;acc 1;0;330;11;16;33;7;9;-34;0;0;206;95;53;;gac;36;;ggc ;0;340;14;8;34;9;17;-35;2;4;206;361;tRNA 5s;;;35;;ggc 5;0;350;5;15;35;11;8;-36;0;0;456;195;39;;acc;**;;ggc ;0;360;9;12;36;4;15;-37;1;3;14;39;777;;acc;34;;ctg 1;0;370;10;14;37;10;5;-38;2;1;743;38;1360;;gaa;28;;ctg ;1;380;19;12;38;12;7;-39;2;0;91;1174;1112;;gaa;**;;ctg ;0;390;10;9;39;13;10;-40;1;1;300;592;tRNA tRNA;;intra;1472;;gaa ;0;400;9;14;40;17;13;-41;1;1;102;292;4* 42;;atc gca;42;;atc 7;7;reste;142;125;reste;1185;1762;-42;0;0;146;1096;tRNA tRNA;;début;2351;;atc 46;58;total;1382;2822;total;1382;2822;-43;0;3;114;220;37;;cag;**;;gaa 39;49;diagr;1222;2668;diagr;179;1031;-44;1;0;436;258;48;;cag;39;;gcc 2;3;t30;89;922;;;;-45;0;0;197;150;15;;atgj;39;;gcc ;;;;;;;;-46;0;0;106;39;34;;caa;**;;gcc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;210;;23;;caa;44;;gta ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;233;;10;;cta;**;;gta ;x;1364;105;18;1487;;;-49;0;0;290;;**;;atgj;28;;ctg ;c;2793;782;29;3604;;;-50;0;1;1537;;35;;aaa;**;;ctg ;;;;;5091;217;;reste;5;10;588;;2;;gta;;; ;;;;;;5308;;total;105;782;300;;51;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;0;;3;;gta;;; ;;;;;;;;;;;206;;48;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;0;;33;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;120;;**;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;63;;33;;tac;;; ;;;;;;;;;;;253;;**;;tac;;; </pre> =====ecoN autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_autres_intercalaires_aas|ecoN autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ecoN;;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas;longueur fin;;CDS;190;255;;;; deb;;CDS;231864;232436;365;*;; ;;rRNA;232802;234309;85;*;16s;1508 ;;tRNA;234395;234471;269;*;gaa; ;;rRNA;234741;237307;95;*;23s;2567 ;;rRNA;237403;237518;54;*;5s;116 ;;tRNA;237573;237649;162;*;gac; fin;;CDS;237812;238615;;1;; deb;;CDS;244934;245665;132;*;; ;;tRNA;245798;245874;120;*;gac; fin;comp;CDS;245995;246852;;0;; deb;;CDS;367329;368582;114;*;; ;;tRNA;368697;368772;154;*;acg; fin;;CDS;368927;369265;;0;; deb;comp;CDS;555847;556158;162;*;; ;;ncRNA;556321;556417;119;*;; fin;;CDS;556537;556890;;0;; deb;;CDS;632056;632253;32;*;; ;;tRNA;632286;632362;15;*;aga; fin;comp;CDS;632378;632979;;0;; deb;;CDS;733188;734363;153;*;; ;comp;tRNA;734517;734591;37;*;cag; ;comp;tRNA;734629;734703;48;*;cag; ;comp;tRNA;734752;734828;15;*;atgj; ;comp;tRNA;734844;734918;34;*;caa; ;comp;tRNA;734953;735027;23;*;caa; 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fin;comp;CDS;1458686;1459528;;;; deb;comp;CDS;1829066;1830322;307;*;; ;;tRNA;1830630;1830706;4;*;gtc; ;;tRNA;1830711;1830787;6;*;gtc; fin;;CDS;1830794;1831177;;0;; deb;comp;CDS;1831218;1832474;307;*;; ;;tRNA;1832782;1832858;4;*;gtc; ;;tRNA;1832863;1832939;8;*;gtc; fin;;CDS;1832948;1833280;;0;; deb;comp;CDS;1833321;1834577;307;*;; ;;tRNA;1834885;1834961;4;*;gtc; ;;tRNA;1834966;1835042;108;*;gtc; fin;;CDS;1835151;1835456;;;; deb;;CDS;1857352;1858464;185;*;; ;;ncRNA;1858650;1858757;135;*;; fin;;CDS;1858893;1859249;;;; deb;comp;CDS;2115794;2116459;195;*;; ;comp;tRNA;2116655;2116741;12;*;tta; ;comp;tRNA;2116754;2116827;53;*;tgc; ;comp;tRNA;2116881;2116956;151;*;ggc; fin;comp;CDS;2117108;2117656;;;; deb;comp;CDS;2191451;2192287;278;*;; ;comp;tRNA;2192566;2192655;93;*;tcg; deb;;CDS;2192749;2193546;100;*;; ;;tRNA;2193647;2193722;161;*;aac; fin;;CDS;2193884;2195146;;0;; deb;;CDS;2232607;2233323;453;*;; ;comp;tRNA;2233777;2233852;326;*;acc; fin;;CDS;2234179;2235096;;;; deb;;CDS;2235198;2236148;37;*;; 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comp;106004..106079;;ggc;7 ggc;35;;35;;; comp;106115..106190;;ggc;5 atgf;35;;35;;; comp;106226..106301;;ggc;;18;;18;;; comp;106320..106396;;atgf;;39;;39;;; comp;106436..106511;;ggc;;90;;90;;; comp;106602..106678;;atgf;;39;;39;;; comp;106718..106793;;ggc;;18;;18;;; comp;106812..106888;;atgf;;39;;39;;; comp;106928..107003;;ggc;;18;;18;;; comp;107022..107098;;atgf;;39;;39;;; comp;107138..107213;;ggc;;156;156;;;;156 comp;107370..107915;;CDS;;81764;;;;182; ;;;;;;;;;; ;189680..190715;;CDS;;101;101;;;345;101 comp;190817..190933;;5s;;107;;;;; comp;191041..193955;;23s;;290;;;;; comp;194246..194321;;gca;;43;;;43;; comp;194365..194441;;atc;;97;;;;; comp;194539..196096;;16s;@2;371;;;;; comp;196468..196584;;5s;;77;;;;; comp;196662..199576;;23s;;290;;;;; comp;199867..199942;;gca;;43;;;43;; comp;199986..200062;;atc;;97;;;;; comp;200160..201717;;16s;;853;*853;;;;*853 comp;202571..204706;;CDS;;29595;;;;*712; ;;;;;;;;;; comp;234302..235486;;CDS;;101;101;;;395;101 comp;235588..235663;;acc;;13;;13;;; comp;235677..235751;;gga;;35;;35;;; comp;235787..235871;;tac;;52;;52;;; comp;235924..235999;;aca;;206;206;;;; ;236206..237129;;CDS;;4144;;;;308; ;;;;;;;;;; comp;241274..242467;;CDS;;546;*546;;;*398;*546 comp;243014..243090;;tgg;;68;;;68;; comp;243159..243235;;gac;;32;;;;; comp;243268..243384;;5s;;117;;;;; comp;243502..246404;;23s;;310;;;;; comp;246715..246790;;gta;;30;;;30;; comp;246821..246896;;aaa;;2;;;2;; comp;246899..246974;;gaa;;122;;;;; comp;247097..248654;;16s;;554;*554;;;;*554 ;249209..249664;;CDS;;60596;;;;*152; ;;;;;;;;;; ;310261..311296;;CDS;;121;121;;;345;121 comp;311418..311508;;tca;;91;;;;; comp;311600..311716;;5s;;108;;;;; comp;311825..314739;;23s;;289;;;;; comp;315029..315104;;gca;;43;;;43;; comp;315148..315224;;atc;;56;;;;; comp;315281..316842;;16s;;471;*471;;;;*471 comp;317314..318027;;CDS;;40242;;;;*238; ;;;;;;;;;; ;358270..359305;;CDS;;147;147;;;345; comp;359453..359529;;gac;;31;;;;; comp;359561..359677;;5s;;108;;;;; comp;359786..362700;;23s;;310;;;;; comp;363011..363086;;gta;;30;;;30;; comp;363117..363192;;aaa;;2;;;2;; comp;363195..363270;;gaa;;82;;;;; comp;363353..364914;;16s;;83;83;;;;83 comp;364998..365133;;CDS;;84252;;;;45; ;;;;;;;;;; ;449386..449521;;CDS;;83;83;;;45;83 ;449605..451162;;16s;;122;;;;; ;451285..451360;;gaa;;2;;;2;; ;451363..451438;;aaa;;9;;;9;; ;451448..451523;;gca;;37;;;37;; ;451561..451636;;gta;;51;51;;;;51 comp;451688..451873;;CDS;;16;16;;;62;16 ;451890..454804;;23s;;77;;;;; ;454882..454998;;5s;;32;;;;; ;455031..455107;;gac;;162;162;;;; comp;455270..455533;;CDS;;11718;;;;88; ;;;;;;;;;; comp;467252..467665;;CDS;;361;361;;;138; ;468027..468103;;cgg;;35;;35;;; ;468139..468214;;cac;;76;;76;;; ;468291..468367;;cca;;46;;46;;; ;468414..468489;;cac;;64;;64;;; ;468554..468630;;cca;;194;194;;;;194 comp;468825..469550;;CDS;;365688;;;;242; ;;;;;;;;;; comp;835239..835550;;CDS;;138;138;;;104;138 comp;835689..835764;;atgi;;145;145;;;; comp;835910..837772;;CDS;;182191;;;;621; ;;;;;;;;;; ;1019964..1020128;;CDS;;119;119;;;55; ;1020248..1021805;;16s;;129;;;;; ;1021935..1022010;;gcc;;41;;;41;; ;1022052..1022127;;gaa;;55;55;;;;55 comp;1022183..1022368;;CDS;;16;16;;;62;16 ;1022385..1025299;;23s;;111;;;;; ;1025411..1025527;;5s;;31;;;;; ;1025559..1025635;;gac;;35;;;35;; ;1025671..1025747;;tgg;;3;3;;;;3 comp;1025751..1025933;;CDS;;225465;;;;61; ;;;;;;;;;; ;1251399..1252574;;CDS;;158;158;;;392; comp;1252733..1252817;;cta;+;54;;54;;; comp;1252872..1252946;;caa;5 cta;46;;46;;; comp;1252993..1253077;;cta;3 atgj;21;;21;;; comp;1253099..1253183;;cta;2 caa;18;;18;;; comp;1253202..1253278;;atgj;;23;;23;;; comp;1253302..1253386;;cta;;70;;70;;; comp;1253457..1253533;;atgj;;79;;79;;; comp;1253613..1253687;;caa;;31;;31;;; comp;1253719..1253803;;cta;;39;;39;;; comp;1253843..1253919;;atgj;;26;26;;;;26 comp;1253946..1254157;;CDS;;14564;;;;71; ;;;;;;;;;; comp;1268722..1268862;;CDS;;260;260;;;47; ;1269123..1269199;;cca;;243;243;;;;*243 comp;1269443..1269628;;CDS;;16361;;;;62; ;;;;;;;;;; ;1285990..1286571;;CDS;;88;88;;;194; comp;1286660..1286736;;agg;;68;68;;;;68 comp;1286805..1287938;;CDS;;116753;;;;378; ;;;;;;;;;; comp;1404692..1405552;;CDS;;204;204;;;287;*204 ;1405757..1405833;;aga;;244;244;;;; ;1406078..1407685;;CDS;;49950;;;;536; ;;;;;;;;;; ;1457636..1458508;;CDS;;407;407;;;291; comp;1458916..1459000;;tac;+;100;;100;;; comp;1459101..1459185;;tac;4 tac;100;;100;;; comp;1459286..1459370;;tac;@7;100;;100;;; comp;1459471..1459555;;tac;;282;282;;;;*282 ;1459838..1460935;;CDS;;170368;;;;366; ;;;;;;;;;; ;1631304..1631753;;CDS;;144;144;;;150;144 ;1631898..1631985;;tcc;;312;312;;;; ;1632298..1632684;;CDS;;550413;;;;129; ;;;;;;;;;; ;2183098..2183436;;CDS;;179;179;;;113; ;2183616..2183692;;gtc;+;46;;46;;; ;2183739..2183815;;gtc;2 gtc;149;149;;;;149 ;2183965..2185344;;CDS;;578546;;;;460; ;;;;;;;;;; comp;2763891..2766782;;CDS;;763;*763;;;*964;*763 comp;2767546..2767621;;ggc;+;11;;11;;; comp;2767633..2767719;;tta;2 ggc;78;;78;;; comp;2767798..2767873;;ggc;;37;;37;;; comp;2767911..2767984;;tgc;;400;400;;;;*400 comp;2768385..2768942;;CDS;;82481;;;;186; ;;;;;;;;;; ;2851424..2851855;;CDS;;62;62;;;144;62 ;2851918..2851992;;gga;;333;333;;;; ;2852326..2852970;;CDS;;133282;;;;215; ;;;;;;;;;; comp;2986253..2986402;;CDS;;1;*1;;;50;1 ;2986404..2986479;;aac;;372;372;;;; ;2986852..2989149;;CDS;;60873;;;;766; ;;;;;;;;;; ;3050023..3051831;;CDS;;139;139;;;603;139 ;3051971..3052061;;tca;;321;321;;;; ;3052383..3053693;;CDS;;384243;;;;437; ;;;;;;;;;; comp;3437937..3438392;;CDS;;233;233;;;152; comp;3438626..3438702;;atgf;;56;;56;;; comp;3438759..3438842;;ctc;;18;18;;;;18 comp;3438861..3439199;;CDS;;113972;;;;113; ;;;;;;;;;; comp;3553172..3554167;;CDS;;189;189;;;332;189 comp;3554357..3554433;;cgt;+;59;;59;;; comp;3554493..3554569;;cgt;7 cgt;57;;57;;; comp;3554627..3554703;;cgt;2 agc;57;;57;;; comp;3554761..3554837;;cgt;;57;;57;;; comp;3554895..3554971;;cgt;;57;;57;;; comp;3555029..3555105;;cgt;;85;;85;;; comp;3555191..3555282;;agc;;29;;29;;; comp;3555312..3555388;;cgt;;31;;31;;; comp;3555420..3555511;;agc;;243;243;;;; comp;3555755..3555952;;CDS;;83212;;;;66; ;;;;;;;;;; ;3639165..3640295;;CDS;;108;108;;;377;108 ;3640404..3640479;;ttc;+;51;;51;;; ;3640531..3640606;;aca;3 ttc;7;;7;;; ;3640614..3640689;;ttc;2 aca;43;;43;;; ;3640733..3640808;;aac;2 aac;69;;69;;; ;3640878..3640953;;aca;;10;;10;;; ;3640964..3641039;;ttc;;42;;42;;; ;3641082..3641158;;aac;;292;292;;;; ;3641451..3643076;;CDS;;233;233;;;542; ;3643310..3643385;;ttc;;51;;51;;; ;3643437..3643512;;aca;+;21;;21;;; ;3643534..3643609;;aac;2 aca;39;;39;;; ;3643649..3643724;;aca;2 aac;15;;15;;; ;3643740..3643815;;aac;;156;156;;;;156 comp;3643972..3645405;;CDS;;561;*561;;;*478;*561 comp;3645967..3646043;;gac;;31;;;;; comp;3646075..3646191;;5s;;57;;;;; comp;3646249..3646324;;acc;;100;;;;; comp;3646425..3646541;;5s;;111;;;;; comp;3646653..3649567;;23s;;-13;*-13;;;;*-13 comp;3649555..3649797;;CDS;@3;35;35;;;81;35 comp;3649833..3649908;;gca;;43;;;43;; comp;3649952..3650028;;atc;;97;;;;; comp;3650126..3651683;;16s;;557;*557;;;;*557 comp;3652241..3653491;;CDS;;9514;;;;*417; ;;;;;;;;;; comp;3663006..3663598;;CDS;;181;181;;;198; comp;3663780..3663864;;ttg;;177;177;;;;177 comp;3664042..3664707;;CDS;;93515;;;;222; ;;;;;;;;;; ;3758223..3759258;;CDS;;578;*578;;;*345;*578 comp;3759837..3759913;;gac;;68;;;;; comp;3759982..3760098;;5s;;111;;;;; comp;3760210..3763124;;23s;;290;;;;; comp;3763415..3763490;;gca;;43;;;43;; comp;3763534..3763610;;atc;;97;;;;; comp;3763708..3765265;;16s;;86;;;;; comp;3765351;;16s;début;;;;;; Chromosome II;;;;;;;;;; comp;673782..674186;;CDS;;358;358;;;135; comp;674545..674635;;tca;;329;329;;;;*329 ;674965..675645;;CDS;;205537;;;;227; ;;;;;;;;;; ;881183..882640;;CDS;;244;244;;;486;*244 ;882885..882958;;tgc;;302;302;;;; ;883261..883725;;CDS;;1229;;;;155; ;;;;;;;;;; ;884955..886649;;CDS;;245;245;;;565;*245 ;886895..886981;;tta;;97;;97;;; ;887079..887154;;ggc;;5;;5;;; ;887160..887233;;tgc;;317;317;;;; ;887551..889074;;CDS;;465;;;;508; ;;;;;;;;;; comp;889540..890328;;CDS;;386;386;;;263; ;890715..890801;;tta;+;53;;53;;; ;890855..890928;;tgc;2 tgc;181;;*181;;; ;891110..891183;;tgc;;366;366;;;;*366 ;891550..891891;;CDS;;443950;;;;114; ;;;;;;;;;; ;1335842..1336042;;CDS;;17;17;;;;17 ;1336060..1336134;;gga;;272;272;;;; comp;1336407..1337222;;CDS;;505333;;;;272; ;;;;;;;;;; ;1842556..1842741;;CDS;;-36;*-36;;;62;*-36 ;1842706..1842789;;ctc;;29;29;;;;29 ;1842819..1843430;;CDS;;77699;;;;204; ;;;;;;;;;; ;1921130..1921561;;CDS;;62;62;;;144;62 ;1921624..1921698;;gga;;337;337;;;; comp;1922036..1922209;;CDS;;15660;;;;58; ;;;;;;;;;; comp;1937870..1939129;;CDS;;84;84;;;420; comp;1939214..1939304;;tca;;90;;;;; comp;1939395..1939511;;5s;;77;;;;; comp;1939589..1942503;;23s;;306;;;;; comp;1942810..1942885;;gta;;35;;;35;; comp;1942921..1942996;;gca;;24;;;24;; comp;1943021..1943096;;aaa;;2;;;2;; comp;1943099..1943174;;gaa;;114;;;;; comp;1943289..1944850;;16s;;83;83;;;;83 comp;1944934..1945071;;CDS;;;;;;46; </pre> ====vha cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_cumuls|vha cumuls]] <pre> vha cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;0;0;1;3;1;1;100;17 ;16 aas 23 5s ;3;20;10;5;50;8;20;5;200;17 ;16 atc gca;4;40;17;6;100;10;40;3;300;10 ;16 cds 23 5s ;3;60;16;6;150;12;60;2;400;13 ;max a;5;80;6;1;200;9;80;3;500;6 ;a doubles;0;100;6;0;250;9;100;3;600;4 ;spéciaux;1;120;0;0;300;4;120;3;700;2 ;total aas;37;140;0;0;350;7;140;3;800;2 sans ;opérons;27;160;1;0;400;6;160;4;900;0 ;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;1;1000;1 ;max a;12;200;1;0;500;1;200;2;1100;0 ;a doubles;10;;0;0;;8;;8;;0 ;total aas;84;;57;18;;78;;38;;72 total aas;;121;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;30;;;;;;266 ;;;variance;;19;;;;;;199 sans jaune;;;moyenne;46;;;183;;86;;240 ;;;variance;25;;;114;;59;;178 </pre> ====vha blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_blocs|vha blocs]] <pre> vha blocs;;;;;;; cds;853;cds;471;cds;103 $16s;97;$16s;56;$16s;<u>86 atc;43;atc;43;$16s;97 gca;290;gca;289;atc;43 $23s;77;$23s;108;gca;290 $5s;<u>371;$5s;91;$23s;111 $16s;97;tca;121;$5s;68 atc;43;cds;;gac;578 gca;290;;;cds; $23s;107;;;; $5s;101;;;; cds;;;;; ;;;;; cds;554;cds;83;cds;119 $16s;122;$16s;82;$16s;129 gaa;2;gaa;2;gcc;41 aaa;30;aaa;30;gaa;55 gta;310;gta;310;&cds;16 $23s;117;$23s;108;$23s;111 $5s;32;$5s;31;$5s;31 gac;68;gac;147;gac;35 tgg;546;cds;;tgg;3 cds;;;;cds; ;;;;; cds;83;cds;83;cds;557 $16s;114;$16s;122;$16s;97 gaa;2;gaa;2;atc;43 aaa;24;aaa;9;gca;35 gca;35;gca;37;&cds;-13 gta;306;gta;51;$23s;111 $23s;77;&cds;16;$5s;100 $5s;90;$23s;77;acc;57 tca;84;$5s;32;$5s;31 cds;;gac;162;gac;561 ;;cds;;cds; </pre> ====vha distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_distribution|vha distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;cgt6;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;ggc3;atc;;acc;;aac;;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;6;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;acc 5s + 1 >a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;3;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;3;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;gga 1>a + 3a;ata;;aca;5;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;3;séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2 atgj;;acg;;aag;;agg;1;(cac cca)2;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total vha;;14;;;;;14;ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;51;;;;;;51;;vha;19;;;;;;19;;vha;;;;11;;;11 </pre> ====vha1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_données_intercalaires|vha1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;vha1;fx;fc;vha1;fx40;fc40;vha1;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;3;9;0;3;9;-1;0;98;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;0;10;11;246;1;1;30;-2;0;0;156;529;4* 102;;atc;13;;acc ;1;20;16;193;2;1;40;-3;0;2;101;206;65;;atc;35;;gga ;0;30;16;96;3;2;39;-4;9;141;546;121;2* 127;;gaa;52;;tac ;0;40;29;76;4;0;17;-5;0;1;138;147;91;;gaa;**;;aca ;0;50;22;55;5;1;25;-6;1;0;145;162;134;;gcc;35;;cgg ;0;60;37;90;6;0;11;-7;0;10;284;361;tRNA 23s;;;76;;cac ;2;70;64;61;7;1;13;-8;1;37;497;194;3* 297;;gca;46;;cca ;0;80;43;62;8;2;16;-9;1;0;68;260;2* 317;;gta;64;;cac 1;0;90;46;56;9;0;31;-10;0;2;159;158;296;;gca;**;;cca ;0;100;41;55;10;3;24;-11;1;26;144;260;272;;gca;54;;cta ;2;110;40;59;11;0;21;-12;0;0;312;88;260;;gta;46;;caa ;0;120;28;67;12;0;32;-13;0;4;179;204;264;;gaa;21;;cta 1;0;130;23;55;13;1;27;-14;0;20;149;407;5s tRNA;;;18;;cta ;2;140;24;54;14;2;27;-15;2;0;763;282;2* 32;;gac;23;;atgj 1;3;150;24;51;15;0;13;-16;0;3;400;558;3* 31;;gac;70;;cta 2;2;160;28;54;16;3;9;-17;0;11;62;321;68;;gac;79;;atgj 1;0;170;20;38;17;2;18;-18;0;0;363;156;91;;tca;31;;caa ;2;180;22;45;18;1;22;-19;0;4;372;578;100;;acc;39;;cta ;2;190;18;35;19;2;11;-20;0;13;139;;tRNA 5s;;;**;;atgj 1;0;200;17;30;20;5;13;-21;1;0;233;;57;;acc;100;;tac 2;0;210;15;38;21;1;15;-22;1;1;18;;tRNA tRNA;;intra;100;;tac ;0;220;17;25;22;4;8;-23;0;5;189;;5* 43;;gca;100;;tac ;0;230;15;27;23;1;11;-24;0;0;243;;**;;atc;**;;tac ;2;240;21;26;24;3;9;-25;0;1;108;;2* 30;;gta;46;;gtc ;1;250;10;21;25;0;9;-26;0;2;292;;2;;aaa;**;;gtc 2;0;260;16;22;26;1;8;-27;0;0;233;;**;;gaa;11;;ggc ;0;270;10;16;27;2;12;-28;0;0;558;;2;;gaa;78;;tta ;0;280;14;16;28;2;8;-29;0;1;181;;9;;aaa;37;;ggc 1;1;290;12;15;29;1;7;-30;0;0;177;;37;;gca;**;;tgc ;1;300;15;17;30;1;9;-31;0;0;CDS 16s;;**;;gta;56;;atgf ;0;310;8;20;31;3;11;-32;1;5;631;554;41;;gcc;**;;ctc ;1;320;7;13;32;3;6;-33;0;0;853;492;**;;gaa;59;;cgt 1;0;330;15;9;33;3;6;-34;0;1;471;;tRNA tRNA;;contig;57;;cgt ;0;340;8;9;34;3;8;-35;0;5;451;;68;;tgg;57;;cgt ;0;350;15;7;35;1;6;-36;0;0;543;;**;;gac;57;;cgt ;0;360;7;7;36;1;8;-37;0;0;557;;35;;gac;57;;cgt 1;1;370;7;6;37;5;5;-38;1;3;16s 16s;;**;;tgg;85;;cgt ;1;380;4;7;38;5;9;-39;0;0;0;deb fin chr c;tRNA tRNA;;;29;;agc ;0;390;7;7;39;2;7;-40;0;1;5s 16s;;158;;atgf;31;;cgt ;1;400;14;4;40;3;10;-41;1;0;371;;35;;ggc;**;;agc 4;4;reste;125;146;reste;859;1325;-42;0;0;23s 5s;;35;;ggc;51;;ttc 18;29;total;934;1945;total;934;1945;-43;0;0;125;;18;;ggc;7;;aca 14;25;diagr;806;1790;diagr;72;611;-44;1;2;2* 95;;39;;atgf;43;;ttc 0;1;t30;43;535;;;;-45;0;0;135;;90;;ggc;69;;aac ;;;;;;;;-46;0;0;2* 126;;39;;atgf;10;;aca ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;3* 129;;18;;ggc;42;;ttc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;5s CDS;;39;;atgf;**;;aac ;x;931;25;3;959;;;-49;0;0;;101;18;;ggc;51;;ttc ;c;1936;402;9;2347;;;-50;2;3;;;39;;atgf;21;;aca ;;;;;3306;190;;reste;0;0;;;**;;ggc;39;;aac ;;;;;;3496;;total;25;402;;;;;;15;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;aac </pre> ====vha1 autres intercalaires aas==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vha1;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;comp;rRNA;1;1384;631;*;1384 fin;comp;CDS;2016;2795;;; deb;;CDS;104112;105239;529;*; ;comp;tRNA;105769;105845;158;*;atgf ;comp;tRNA;106004;106079;35;*;ggc ;comp;tRNA;106115;106190;35;*;ggc ;comp;tRNA;106226;106301;18;*;ggc ;comp;tRNA;106320;106396;39;*;atgf ;comp;tRNA;106436;106511;90;*;ggc ;comp;tRNA;106602;106678;39;*;atgf ;comp;tRNA;106718;106793;18;*;ggc ;comp;tRNA;106812;106888;39;*;atgf ;comp;tRNA;106928;107003;18;*;ggc ;comp;tRNA;107022;107098;39;*;atgf ;comp;tRNA;107138;107213;156;*;ggc fin;comp;CDS;107370;107915;;0; deb;;CDS;189680;190715;101;*; ;comp;rRNA;190817;190933;125;*;117 ;comp;rRNA;191059;193948;297;*;2890 ;comp;tRNA;194246;194321;43;*;gca ;comp;tRNA;194365;194441;102;*;atc ;comp;rRNA;194544;196096;371;*;1553 ;comp;rRNA;196468;196584;95;*;117 ;comp;rRNA;196680;199569;297;*;2890 ;comp;tRNA;199867;199942;43;*;gca ;comp;tRNA;199986;200062;102;*;atc ;comp;rRNA;200165;201717;853;*;1553 fin;comp;CDS;202571;204706;;; deb;comp;CDS;234302;235486;101;*; ;comp;tRNA;235588;235663;13;*;acc ;comp;tRNA;235677;235751;35;*;gga ;comp;tRNA;235787;235871;52;*;tac ;comp;tRNA;235924;235999;206;*;aca fin;;CDS;236206;237129;;0; deb;comp;CDS;241274;242467;546;*; ;comp;tRNA;243014;243090;68;*;tgg ;comp;tRNA;243159;243235;32;*;gac ;comp;rRNA;243268;243384;135;*;117 ;comp;rRNA;243520;246397;317;*;2878 ;comp;tRNA;246715;246790;30;*;gta ;comp;tRNA;246821;246896;2;*;aaa ;comp;tRNA;246899;246974;127;*;gaa ;comp;rRNA;247102;248654;554;*;1553 fin;;CDS;249209;249664;;1; deb;comp;CDS;251637;253490;57;*; ;comp;regulatory;253548;253749;184;*; fin;;CDS;253934;255043;;0; deb;;CDS;310261;311296;121;*; ;comp;tRNA;311418;311508;91;*;tca ;comp;rRNA;311600;311716;126;*;117 ;comp;rRNA;311843;314732;296;*;2890 ;comp;tRNA;315029;315104;43;*;gca ;comp;tRNA;315148;315224;65;*;atc ;comp;rRNA;315290;316842;471;*;1553 fin;comp;CDS;317314;318027;;; deb;comp;CDS;352647;354587;165;*; ;comp;regulatory;354753;354851;61;*; fin;comp;CDS;354913;355296;;; deb;;CDS;358270;359305;147;*; ;comp;tRNA;359453;359529;31;*;gac ;comp;rRNA;359561;359677;126;*;117 ;comp;rRNA;359804;362693;317;*;2890 ;comp;tRNA;363011;363086;30;*;gta ;comp;tRNA;363117;363192;2;*;aaa ;comp;tRNA;363195;363270;91;*;gaa ;comp;rRNA;363362;364914;492;*;1553 fin;;CDS;365407;365958;;0; deb;;CDS;448626;449153;451;*; ;;rRNA;449605;451157;127;*;1553 ;;tRNA;451285;451360;2;*;gaa ;;tRNA;451363;451438;9;*;aaa ;;tRNA;451448;451523;37;*;gca ;;tRNA;451561;451636;260;*;gta ;;rRNA;451897;454786;95;*;2890 ;;rRNA;454882;454998;32;*;117 ;;tRNA;455031;455107;162;*;gac fin;comp;CDS;455270;455566;;; deb;comp;CDS;467252;467665;361;*; ;;tRNA;468027;468103;35;*;cgg ;;tRNA;468139;468214;76;*;cac ;;tRNA;468291;468367;46;*;cca ;;tRNA;468414;468489;64;*;cac ;;tRNA;468554;468630;194;*;cca fin;comp;CDS;468825;469550;;0; deb;;CDS;769806;770444;32;*; ;;regulatory;770477;770626;68;*; fin;;CDS;770695;771687;;; deb;comp;CDS;835239;835550;138;*; ;comp;tRNA;835689;835764;145;*;atgi fin;comp;CDS;835910;837772;;; deb;;CDS;883125;883988;533;*; ;;ncRNA;884522;884950;176;*; fin;;CDS;885127;886077;;; deb;comp;CDS;941166;941636;439;*; ;;misc_f;942076;942195;53;*; fin;;CDS;942249;944708;;; deb;comp;CDS;1010675;1011853;13;*; ;comp;misc_f;1011867;1011988;108;*; fin;comp;CDS;1012097;1012423;;; deb;;CDS;1017131;1019704;543;*; ;;rRNA;1020248;1021800;134;*;1553 ;;tRNA;1021935;1022010;41;*;gcc ;;tRNA;1022052;1022127;264;*;gaa ;;rRNA;1022392;1025281;129;*;2890 ;;rRNA;1025411;1025527;31;*;117 ;;tRNA;1025559;1025635;35;*;gac ;;tRNA;1025671;1025747;260;*;tgg fin;comp;CDS;1026008;1026983;;0; deb;comp;CDS;1138561;1139793;183;*; ;comp;tmRNA;1139977;1140344;68;*; fin;comp;CDS;1140413;1140898;;0; deb;;CDS;1251399;1252574;158;*; ;comp;tRNA;1252733;1252817;54;*;cta ;comp;tRNA;1252872;1252946;46;*;caa ;comp;tRNA;1252993;1253077;21;*;cta ;comp;tRNA;1253099;1253183;18;*;cta ;comp;tRNA;1253202;1253278;23;*;atgj ;comp;tRNA;1253302;1253386;70;*;cta ;comp;tRNA;1253457;1253533;79;*;atgj ;comp;tRNA;1253613;1253687;31;*;caa ;comp;tRNA;1253719;1253803;39;*;cta ;comp;tRNA;1253843;1253919;284;*;atgj fin;comp;CDS;1254204;1255295;;; deb;comp;CDS;1268722;1268862;260;*; ;;tRNA;1269123;1269199;497;*;cca fin;;CDS;1269697;1270497;;0; deb;;CDS;1286065;1286571;88;*; ;comp;tRNA;1286660;1286736;68;*;agg fin;comp;CDS;1286805;1287938;;0; deb;comp;CDS;1404692;1405552;204;*; ;;tRNA;1405757;1405833;159;*;aga fin;;CDS;1405993;1407685;;; deb;;CDS;1457636;1458508;407;*; ;comp;tRNA;1458916;1459000;100;*;tac ;comp;tRNA;1459101;1459185;100;*;tac ;comp;tRNA;1459286;1459370;100;*;tac ;comp;tRNA;1459471;1459555;282;*;tac fin;;CDS;1459838;1460935;;; deb;;CDS;1470331;1472328;142;*; ;;ncRNA;1472471;1472567;143;*; fin;;CDS;1472711;1473337;;; deb;comp;CDS;1587286;1587876;116;*; ;comp;regulatory;1587993;1588082;279;*; fin;comp;CDS;1588362;1589366;;; deb;;CDS;1631304;1631753;144;*; ;;tRNA;1631898;1631985;312;*;tcc fin;;CDS;1632298;1632684;;; deb;;CDS;1842140;1843741;180;*; ;;misc_f;1843922;1844060;53;*; fin;;CDS;1844114;1845010;;; deb;;CDS;2183098;2183436;179;*; ;;tRNA;2183616;2183692;46;*;gtc ;;tRNA;2183739;2183815;149;*;gtc fin;;CDS;2183965;2185344;;; deb;comp;CDS;2484550;2484708;529;*; ;;regulatory;2485238;2485339;116;*; fin;;CDS;2485456;2486832;;; deb;comp;CDS;2763891;2766782;763;*; ;comp;tRNA;2767546;2767621;11;*;ggc ;comp;tRNA;2767633;2767719;78;*;tta ;comp;tRNA;2767798;2767873;37;*;ggc ;comp;tRNA;2767911;2767984;400;*;tgc fin;comp;CDS;2768385;2768942;;; deb;;CDS;2780030;2780155;-54;*; ;;misc_f;2780102;2780205;125;*; fin;;CDS;2780331;2781896;;; deb;;CDS;2851424;2851855;62;*; ;;tRNA;2851918;2851992;363;*;gga fin;;CDS;2852356;2852970;;0; deb;comp;CDS;2977057;2978046;-12;*; ;comp;regulatory;2978035;2978168;175;*; fin;;CDS;2978344;2979249;;0; deb;comp;CDS;2983815;2985845;558;*; ;;tRNA;2986404;2986479;372;*;aac fin;;CDS;2986852;2989149;;; deb;;CDS;3050023;3051831;139;*; ;;tRNA;3051971;3052061;321;*;tca fin;comp;CDS;3052383;3053693;;; deb;comp;CDS;3437937;3438392;233;*; ;comp;tRNA;3438626;3438702;56;*;atgf ;comp;tRNA;3438759;3438842;18;*;ctc fin;comp;CDS;3438861;3439199;;; deb;comp;CDS;3553172;3554167;189;*; ;comp;tRNA;3554357;3554433;59;*;cgt ;comp;tRNA;3554493;3554569;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554627;3554703;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554761;3554837;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554895;3554971;57;*;cgt ;comp;tRNA;3555029;3555105;85;*;cgt ;comp;tRNA;3555191;3555282;29;*;agc ;comp;tRNA;3555312;3555388;31;*;cgt ;comp;tRNA;3555420;3555511;243;*;agc fin;comp;CDS;3555755;3555952;;; deb;;CDS;3603439;3603747;8;*; ;;ncRNA;3603756;3603940;5;*; fin;;CDS;3603946;3604539;;; deb;;CDS;3639165;3640295;108;*; ;;tRNA;3640404;3640479;51;*;ttc ;;tRNA;3640531;3640606;7;*;aca ;;tRNA;3640614;3640689;43;*;ttc ;;tRNA;3640733;3640808;69;*;aac ;;tRNA;3640878;3640953;10;*;aca ;;tRNA;3640964;3641039;42;*;ttc ;;tRNA;3641082;3641158;292;*;aac deb;;CDS;3641451;3643076;233;*; ;;tRNA;3643310;3643385;51;*;ttc ;;tRNA;3643437;3643512;21;*;aca ;;tRNA;3643534;3643609;39;*;aac ;;tRNA;3643649;3643724;15;*;aca ;;tRNA;3643740;3643815;156;*;aac deb;comp;CDS;3643972;3645408;558;*; ;comp;tRNA;3645967;3646043;31;*;gac ;comp;rRNA;3646075;3646191;57;*;117 ;comp;tRNA;3646249;3646324;100;*;acc ;comp;rRNA;3646425;3646541;129;*;117 ;comp;rRNA;3646671;3649560;272;*;2890 ;comp;tRNA;3649833;3649908;43;*;gca ;comp;tRNA;3649952;3650028;102;*;atc ;comp;rRNA;3650131;3651683;557;*;1553 fin;comp;CDS;3652241;3653491;;; deb;comp;CDS;3663006;3663598;181;*; ;comp;tRNA;3663780;3663864;177;*;ttg fin;comp;CDS;3664042;3664707;;0; deb;;CDS;3758223;3759258;578;*; ;comp;tRNA;3759837;3759913;68;*;gac ;comp;rRNA;3759982;3760098;129;*;117 ;comp;rRNA;3760228;3763117;297;*;2890 ;comp;tRNA;3763415;3763490;43;*;gca ;comp;tRNA;3763534;3763610;102;*;atc ;comp;rRNA;3763713;3765265;0;*;1553 autres intercalaires;;vha1;;;;; ;;;;;;; ;;;;;;; ;;;;;;; ;;;;;;; ;comp;rRNA;1;1384;631;*;1384 fin;comp;CDS;2016;2795;;; deb;;CDS;104112;105239;529;*; ;comp;tRNA;105769;105845;158;*;atgf ;comp;tRNA;106004;106079;35;*;ggc ;comp;tRNA;106115;106190;35;*;ggc ;comp;tRNA;106226;106301;18;*;ggc ;comp;tRNA;106320;106396;39;*;atgf ;comp;tRNA;106436;106511;90;*;ggc ;comp;tRNA;106602;106678;39;*;atgf ;comp;tRNA;106718;106793;18;*;ggc ;comp;tRNA;106812;106888;39;*;atgf ;comp;tRNA;106928;107003;18;*;ggc ;comp;tRNA;107022;107098;39;*;atgf ;comp;tRNA;107138;107213;156;*;ggc fin;comp;CDS;107370;107915;;0; deb;;CDS;189680;190715;101;*; ;comp;rRNA;190817;190933;125;*;117 ;comp;rRNA;191059;193948;297;*;2890 ;comp;tRNA;194246;194321;43;*;gca ;comp;tRNA;194365;194441;102;*;atc ;comp;rRNA;194544;196096;371;*;1553 ;comp;rRNA;196468;196584;95;*;117 ;comp;rRNA;196680;199569;297;*;2890 ;comp;tRNA;199867;199942;43;*;gca ;comp;tRNA;199986;200062;102;*;atc ;comp;rRNA;200165;201717;853;*;1553 fin;comp;CDS;202571;204706;;; deb;comp;CDS;234302;235486;101;*; ;comp;tRNA;235588;235663;13;*;acc ;comp;tRNA;235677;235751;35;*;gga ;comp;tRNA;235787;235871;52;*;tac ;comp;tRNA;235924;235999;206;*;aca fin;;CDS;236206;237129;;0; deb;comp;CDS;241274;242467;546;*; ;comp;tRNA;243014;243090;68;*;tgg ;comp;tRNA;243159;243235;32;*;gac ;comp;rRNA;243268;243384;135;*;117 ;comp;rRNA;243520;246397;317;*;2878 ;comp;tRNA;246715;246790;30;*;gta ;comp;tRNA;246821;246896;2;*;aaa ;comp;tRNA;246899;246974;127;*;gaa ;comp;rRNA;247102;248654;554;*;1553 </pre> ====vha2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_données_intercalaires|vha2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;vha2;fx;fc;vha2;fx40;fc40;vha2;x-;c-;c;x;c;x;aa ;1;0;1;16;0;1;16;-1;0;62;412;329;16s tRNA;; ;0;10;14;120;1;0;14;-2;2;0;244;386;123;;gaa ;0;20;14;97;2;2;14;-3;0;0;302;325;tRNA 23s;; ;1;30;14;53;3;0;13;-4;3;77;245;272;313;;gta ;0;40;15;19;4;1;13;-5;0;1;317;337;5s tRNA;; ;0;50;15;35;5;2;6;-6;2;0;366;;90;;tca ;0;60;25;50;6;1;5;-7;0;4;-36;;tRNA tRNA;;intra ;1;70;33;42;7;2;2;-8;0;22;29;;35;;gta ;0;80;38;39;8;1;11;-9;1;0;62;;24;;gca ;1;90;31;35;9;2;27;-10;0;2;84;;2;;aaa ;0;100;31;34;10;3;15;-11;4;17;CDS 16s;;**;;gaa ;0;110;26;25;11;1;18;-12;0;0;448;;tRNA tRNA;; ;0;120;31;48;12;2;25;-13;0;2;23s 5s;;97;;tta ;0;130;20;32;13;0;7;-14;0;11;95;;5;;ggc ;0;140;20;30;14;2;12;-15;1;0;;;**;;tgc ;0;150;21;24;15;1;8;-16;0;1;;;53;;tta ;0;160;12;21;16;0;7;-17;0;8;;;181;;tgc ;0;170;13;23;17;2;4;-18;0;0;;;**;;tgc ;0;180;13;21;18;0;6;-19;0;1;;;;; ;0;190;14;15;19;4;7;-20;1;1;;;;; ;0;200;13;11;20;2;3;-21;0;0;;;;; ;0;210;11;20;21;1;9;-22;0;0;;;;; ;0;220;12;20;22;2;10;-23;0;2;;;;; ;0;230;11;15;23;3;5;-24;0;0;;;;; ;0;240;15;14;24;1;3;-25;0;0;;;;; ;2;250;9;9;25;1;2;-26;0;3;;;;; ;0;260;11;12;26;2;9;-27;0;0;;;;; ;0;270;9;17;27;1;3;-28;0;0;;;;; 1;0;280;8;10;28;0;4;-29;1;2;;;;; ;0;290;13;13;29;3;4;-30;0;0;;;;; ;0;300;6;13;30;0;4;-31;1;1;;;;; ;1;310;14;7;31;0;3;-32;3;1;;;;; ;1;320;6;5;32;2;6;-33;0;0;;;;; 2;0;330;7;6;33;3;2;-34;0;1;;;;; 1;0;340;7;7;34;2;1;-35;0;4;;;;; ;0;350;7;5;35;3;2;-36;0;0;;;;; ;0;360;4;4;36;1;1;-37;0;0;;;;; ;1;370;9;5;37;2;1;-38;0;1;;;;; ;0;380;10;7;38;0;1;-39;1;0;;;;; 1;0;390;5;4;39;1;1;-40;0;0;;;;; ;0;400;5;8;40;1;1;-41;0;0;;;;; ;1;reste;96;84;reste;631;770;-42;0;0;;;;; 5;10;total;689;1075;total;689;1075;-43;0;0;;;;; 5;8;diagr;592;975;diagr;57;289;-44;0;0;;;;; 0;1;t30;42;270;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;;;;; ;x;688;25;1;714;;;-49;0;0;;;;; ;c;1059;227;16;1302;;;-50;3;3;;;;; ;;;;;2016;33;;reste;0;0;;;;; ;;;;;;2049;;total;25;227;;;;; </pre> =====vha2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_autres_intercalaires_aas|vha2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vha2;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;545001;545657;173;*; ;comp;regulatory;545831;545971;122;*; fin;comp;CDS;546094;546711;;; deb;comp;CDS;673809;674132;412;*; ;comp;tRNA;674545;674635;329;*;tca fin;;CDS;674965;675645;;; deb;;CDS;881183;882640;244;*; ;;tRNA;882885;882958;302;*;tgc fin;;CDS;883261;883725;;; deb;;CDS;884955;886649;245;*; ;;tRNA;886895;886981;97;*;tta ;;tRNA;887079;887154;5;*;ggc ;;tRNA;887160;887233;317;*;tgc fin;;CDS;887551;889074;;; deb;comp;CDS;889540;890328;386;*; ;;tRNA;890715;890801;53;*;tta ;;tRNA;890855;890928;181;*;tgc ;;tRNA;891110;891183;366;*;tgc fin;;CDS;891550;891992;;; deb;comp;CDS;1335216;1335734;325;*; ;;tRNA;1336060;1336134;272;*;gga fin;comp;CDS;1336407;1337222;;; deb;;CDS;1582077;1582217;305;*; ;;regulatory;1582523;1582622;100;*; fin;;CDS;1582723;1583730;;; deb;;CDS;1842556;1842741;-36;*; ;;tRNA;1842706;1842789;29;*;ctc fin;;CDS;1842819;1843430;;0; deb;;CDS;1921130;1921561;62;*; ;;tRNA;1921624;1921698;337;*;gga fin;comp;CDS;1922036;1922209;;; deb;comp;CDS;1937870;1939129;84;*; ;comp;tRNA;1939214;1939304;90;*;tca ;comp;rRNA;1939395;1939511;95;*;117 ;comp;rRNA;1939607;1942496;313;*;2890 ;comp;tRNA;1942810;1942885;35;*;gta ;comp;tRNA;1942921;1942996;24;*;gca ;comp;tRNA;1943021;1943096;2;*;aaa ;comp;tRNA;1943099;1943174;123;*;gaa ;comp;rRNA;1943298;1944850;468;*;1553 fin;comp;CDS;1945319;1945843;;0; deb;comp;CDS;1948023;1949408;356;*; ;;regulatory;1949765;1949875;108;*; fin;;CDS;1949984;1950871;;; </pre> ===Aeromonas media WS=== ====amed opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed opérons]] <pre> 61.2%GC;25.7.19 Paris;16s ;126;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd Aeromonas media WS;;;;;;;;;; ;6590..7159;;CDS;;3;;;;190; ;;;;;;;;;; comp;7163..8359;;CDS;;512;*512;;;399; ;8872..10421;;16s;;66;;;;; ;10488..10564;;atc;;10;;;10;; ;10575..10650;;gca;;231;;;;; ;10882..13800;;23s;;98;;;;; ;13899..14013;;5s;;386;*386;;;;*386 ;14400..14717;;CDS;;102422;;;;106; ;;;;;;;;;; ;117140..117850;;CDS;;47;47;;;237;47 ;117898..117973;;ttc;;52;;52;;; ;118026..118101;;aca;;3;;3;;; ;118105..118180;;ttc;;45;;45;;; ;118226..118301;;aac;;252;252;;;; ;118554..119573;;CDS;;50489;;;;340; ;;;;;;;;;; comp;170063..170329;;CDS;;103;103;;;89;103 comp;170433..170518;;ctg;+;71;;71;;; comp;170590..170675;;ctg;5 ctg;46;;46;;; comp;170722..170807;;ctg;;46;;46;;; comp;170854..170939;;ctg;;51;;51;;; comp;170991..171076;;ctg;;116;116;;;; comp;171193..172653;;CDS;;146173;;;;487; ;;;;;;;;;; ;318827..320692;;CDS;;190;190;;;622;190 ;320883..320959;;atgi;;244;244;;;; comp;321204..323780;;CDS;;62601;;;;*859; ;;;;;;;;;; ;386382..386732;;CDS;;514;*514;;;117; ;387247..388802;;16s;;268;;;;; ;389071..389146;;gaa;;245;;;;; ;389392..392312;;23s;;104;;;;; ;392417..392531;;5s;;268;268;;;;268 comp;392800..394413;;CDS;;81847;;;;538; ;;;;;;;;;; ;476261..476482;;CDS;;64;64;;;74;64 comp;476547..476622;;aac;;5;;5;;; comp;476628..476703;;ttc;;622;*622;;;; ;477326..477547;;CDS;;22721;;;;*74; ;;;;;;;;;; ;500269..500814;;CDS;;177;177;;;182;177 ;500992..501067;;ggc;+;24;;24;;; ;501092..501167;;ggc;6 ggc;29;;29;;; ;501197..501272;;ggc;;38;;38;;; ;501311..501386;;ggc;;25;;25;;; ;501412..501487;;ggc;;23;;23;;; ;501511..501586;;ggc;;363;*363;;;; comp;501950..502159;;CDS;;4810;;;;70; ;;;;;;;;;; ;506970..507110;;CDS;;236;236;;;47;236 ;507347..507422;;gcc;+;28;;28;;; ;507451..507526;;gcc;5 gcc;66;;66;;; ;507593..507668;;gcc;;58;;58;;; ;507727..507802;;gcc;;40;;40;;; ;507843..507918;;gcc;;471;*471;;;; ;508390..508473;;riboswitch;@1;134002;;;;28; ;;;;;;;;;; ;642476..642802;;CDS;;9;9;;;109;9 ;642812..642896;;ctc;;91;;91;;; ;642988..643064;;atgf;;166;166;;;; ;643231..643689;;CDS;;128528;;;;153; ;;;;;;;;;; ;772218..774050;;CDS;;195;195;;;611;195 comp;774246..774329;;cta;+;8;;8;;; comp;774338..774414;;atg;3 atg;38;;38;;; comp;774453..774527;;caa;4 caa;47;;47;;; comp;774575..774649;;caa;;17;;17;;; comp;774667..774743;;atg;;35;;35;;; comp;774779..774853;;caa;;47;;47;;; comp;774901..774975;;caa;;13;;13;;; comp;774989..775065;;atg;;235;235;;;; comp;775301..776392;;CDS;;3148;;;;364; ;;;;;;;;;; comp;779541..780557;;CDS;;104;104;;;339;104 comp;780662..780736;;caa;;-21;*-21;;;;*-21 comp;780716..781612;;CDS;;373301;;;;299; ;;;;;;;;;; comp;1154914..1155384;;CDS;;131;131;;;157;131 comp;1155516..1155592;;ccc;;226;226;;;; comp;1155819..1157162;;CDS;;67691;;;;448; ;;;;;;;;;; comp;1224854..1226290;;CDS;;301;301;;;479; comp;1226592..1226667;;aac;;2;;2;;; comp;1226670..1226744;;gga;;164;164;;;;164 comp;1226909..1227181;;CDS;;13604;;;;91; ;;;;;;;;;; comp;1240786..1241733;;CDS;;350;*350;;;316; comp;1242084..1242156;;aac;+;2;;2;;; comp;1242159..1242234;;aac;2 aac;49;49;;;;49 ;1242284..1242496;;CDS;;294;;;;71; ;;;;;;;;;; ;1242791..1244527;;CDS;;181;181;;;579;181 ;1244709..1244796;;tcc;;407;*407;;;; ;1245204..1246064;;CDS;;161293;;;;287; ;;;;;;;;;; comp;1407358..1408338;;CDS;;410;*410;;;327; comp;1408749..1408836;;tcc;;177;177;;;;177 comp;1409014..1409631;;CDS;;34595;;;;206; ;;;;;;;;;; ;1444227..1444688;;CDS;;146;146;;;154; ;1444835..1444922;;tcc;;127;127;;;;127 ;1445050..1446834;;CDS;;14349;;;;595; ;;;;;;;;;; comp;1461184..1462401;;CDS;;163;163;;;406;163 comp;1462565..1462640;;cac;;124;;124;;; comp;1462765..1462838;;aga;;240;240;;;; comp;1463079..1464389;;CDS;;61984;;;;437; ;;;;;;;;;; comp;1526374..1527606;;CDS;;151;151;;;411;151 comp;1527758..1527833;;cac;;123;;123;;; comp;1527957..1528033;;aga;;36;;36;;; comp;1528070..1528146;;cca;;203;203;;;; ;1528350..1529207;;CDS;;60230;;;;286; ;;;;;;;;;; ;1589438..1589644;;CDS;;138;138;;;69; comp;1589783..1589858;;aac;;132;132;;;;132 ;1589991..1592003;;CDS;;57434;;;;671; ;;;;;;;;;; ;1649438..1651867;;CDS;;104;104;;;*810;104 comp;1651972..1652048;;gtc;+;36;;36;;; comp;1652085..1652161;;gtc;5 gtc;26;;26;;; comp;1652188..1652264;;gtc;;15;;15;;; comp;1652280..1652356;;gtc;;11;;11;;; comp;1652368..1652444;;gtc;;170;170;;;; comp;1652615..1653994;;CDS;;277443;;;;460; ;;;;;;;;;; comp;1931438..1932934;;CDS;;145;145;;;499;145 comp;1933080..1933156;;atgf;+;110;;110;;; comp;1933267..1933343;;atgf;9 atgf;102;;102;;; comp;1933446..1933522;;atgf;@2;101;;101;;; comp;1933624..1933700;;atgf;;101;;101;;; comp;1933802..1933877;;atgf;;103;;103;;; comp;1933981..1934057;;atgf;;102;;102;;; comp;1934160..1934236;;atgf;;102;;102;;; comp;1934339..1934415;;atgf;;92;;92;;; comp;1934508..1934584;;atgf;;268;268;;;; comp;1934853..1935572;;CDS;;490897;;;;240; ;;;;;;;;;; comp;2426470..2427675;;CDS;;350;350;;;402; comp;2428026..2428112;;tta;;40;;40;;; comp;2428153..2428226;;tgc;;35;;35;;; comp;2428262..2428337;;ggc;;181;181;;;;181 comp;2428519..2429073;;CDS;;117921;;;;185; ;;;;;;;;;; comp;2546995..2547534;;CDS;;271;271;;;180;271 ;2547806..2547882;;ccc;;1103;*1103;;;; ;2548986..2550593;;CDS;;107760;;;;*536; ;;;;;;;;;; ;2658354..2659094;;CDS;;87;87;;;247;87 ;2659182..2659257;;acg;;108;108;;;; < comp;2659366..2659705;;CDS;;198821;;;;113; ;;;;;;;;;; comp;2858527..2859036;;CDS;;126;126;;;170; ;2859163..2859247;;tac;+;30;;30;;; ;2859278..2859362;;tac;2 tac;121;121;;;;121 comp;2859484..2863335;;CDS;;115303;;;;*1284; ;;;;;;;;;; ;2978639..2979358;;CDS;;119;119;;;240;119 comp;2979478..2979552;;gga;;104;;104;;; comp;2979657..2979730;;ggg;;201;201;;;; ;2979932..2981701;;CDS;;41492;;;;590; ;;;;;;;;;; ;3023194..3023487;;CDS;;75;75;;;98;75 comp;3023563..3023636;;tgc;;57;;57;;; comp;3023694..3023769;;ggc;;248;248;;;; ;3024018..3027455;;CDS;;17375;;;;*1146; ;;;;;;;;;; ;3044831..3045361;;CDS;;133;133;;;177;133 comp;3045495..3045584;;tcg;;380;*380;;;; ;3045965..3046882;;CDS;;221147;;;;306; ;;;;;;;;;; comp;3268030..3268398;;CDS;;318;318;;;123; comp;3268717..3268804;;tca;;198;198;;;;198 ;3269003..3269752;;CDS;;20717;;;;250; ;;;;;;;;;; ;3290470..3291624;;CDS;;50;50;;;385;50 ;3291675..3291751;;agg;;126;126;;;; comp;3291878..3292804;;CDS;;41865;;;;309; ;;;;;;;;;; ;3334670..3335758;;CDS;;230;230;;;363; ;3335989..3336073;;tac;+;32;;32;;; ;3336106..3336190;;tac;3 tac;45;;45;;; ;3336236..3336320;;tac;;135;135;;;;135 ;3336456..3336731;;CDS;;169091;;;;92; ;;;;;;;;;; comp;3505823..3506272;;CDS;;275;275;;;150;275 comp;3506548..3506662;;5s;;101;;;;; comp;3506764..3509682;;23s;;229;;;;; comp;3509912..3509987;;gaa;;218;;;;; comp;3510206..3511760;;16s;;592;*592;;;; ;3512353..3515220;;CDS;;161083;;;;*956; ;;;;;;;;;; comp;3676304..3677323;;CDS;;113;113;;;340; comp;3677437..3677521;;ttg;;49;49;;;;49 ;3677571..3678182;;CDS;;9862;;;;204; ;;;;;;;;;; ;3688045..3688872;;CDS;;369;*369;;;276; comp;3689242..3689318;;cgt;+;25;;25;;; comp;3689344..3689420;;cgt;5 cgt;25;;25;;; comp;3689446..3689522;;cgt;;26;;26;;; comp;3689549..3689625;;cgt;;98;;98;;; comp;3689724..3689800;;cgt;;4;;4;;; comp;3689805..3689897;;agc;;213;213;;;;213 comp;3690111..3690299;;CDS;;196546;;;;63; ;;;;;;;;;; ;3886846..3887601;;CDS;;302;302;;;252;302 comp;3887904..3887980;;gac;;98;;;;; comp;3888079..3888193;;5s;;105;;;;; comp;3888299..3891217;;23s;;231;;;;; comp;3891449..3891524;;gca;;10;;;10;; comp;3891535..3891611;;atc;;66;;;;; comp;3891678..3893232;;16s;;420;*420;;;; comp;3893653..3894195;;CDS;;18750;;;;181; ;;;;;;;;;; comp;3912946..3913317;;CDS;;60;60;;;124; comp;3913378..3913454;;tgg;;52;52;;;;52 comp;3913507..3914691;;CDS;@3;171;171;;;395;171 comp;3914863..3914937;;gga;;38;;38;;; comp;3914976..3915060;;tac;;263;263;;;; ;3915324..3916262;;CDS;;45900;;;;313; ;;;;;;;;;; comp;3962163..3963533;;CDS;;306;306;;;457; comp;3963840..3963916;;tgg;;202;202;;;;202 ;3964119..3964703;;CDS;;59641;;;;195; ;;;;;;;;;; comp;4024345..4026816;;CDS;;658;*658;;;*824; comp;4027475..4027551;;ccg;;140;140;;;;140 comp;4027692..4028417;;CDS;;80995;;;;242; ;;;;;;;;;; ;4109413..4111986;;CDS;;99;99;;;*858; comp;4112086..4112200;;5s;;101;;;;; comp;4112302..4115220;;23s;;231;;;;; comp;4115452..4115527;;gaa;;192;;;;; comp;4115720..4117273;;16s;;94;94;;;;94 comp;4117368..4117547;;CDS;;32227;;;;60; ;;;;;;;;;; comp;4149775..4150248;;CDS;;204;204;;;158;204 comp;4150453..4150529;;cca;;58;;58;;; comp;4150588..4150673;;ctg;;20;;20;;; comp;4150694..4150769;;cac;;49;;49;;; comp;4150819..4150895;;cgg;;258;258;;;; ;4151154..4151744;;CDS;;74862;;;;197; ;;;;;;;;;; ;4226607..4227725;;CDS;;428;*428;;;373; ;4228154..4229708;;16s;;192;;;;; ;4229901..4229976;;gaa;;229;;;;; ;4230206..4233124;;23s;;104;;;;; ;4233229..4233343;;5s;;106;;;;; ;4233450..4233525;;acc;;23;;;;; ;4233549..4233663;;5s;;164;164;;;;164 ;4233828..4234793;;CDS;;119351;;;;322; ;;;;;;;;;; comp;4354145..4355686;;CDS;;622;*622;;;*514; ;4356309..4357863;;16s;;268;;;;; ;4358132..4358207;;gaa;;230;;;;; ;4358438..4361364;;23s;;102;;;;; ;4361467..4361581;;5s;;106;;;;; ;4361688..4361763;;acc;;233;233;;;;233 ;4361997..4363241;;CDS;;71363;;;;415; ;;;;;;;;;; ;4434605..4435198;;CDS;;465;*465;;;198; ;4435664..4437217;;16s;;219;;;;; ;4437437..4437512;;gaa;;229;;;;; ;4437742..4440657;;23s;;103;;;;; ;4440761..4440875;;5s;;98;;;;; ;4440974..4441050;;gac;;167;167;;;;167 ;4441218..4442054;;CDS;;39919;;;;279; ;;;;;;;;;; comp;4481974..4482513;;CDS;;477;*477;;;180; ;4482991..4484545;;16s;;513;;;;; ;4485059..4485549;;23s°;;37;;;;; comp;4485587..4486115;;23s°;;229;;;;; comp;4486345..4486419;;gaa;;218;;;;; comp;4486638..4488193;;16s;;94;94;;;;94 comp;4488288..4488509;;CDS;;72132;;;;74; ;;;;;;;;;; comp;4560642..4561676;;CDS;;192;192;;;345; comp;4561869..4561944;;gta;+;18;;18;;; comp;4561963..4562038;;aaa;7 gta;34;;34;;; comp;4562073..4562148;;gta;5 aaa;18;;18;;; comp;4562167..4562242;;aaa;2 aag;23;;23;;; comp;4562266..4562341;;gta;;18;;18;;; comp;4562360..4562435;;aaa;;23;;23;;; comp;4562459..4562534;;gta;;18;;18;;; comp;4562553..4562628;;aaa;;34;;34;;; comp;4562663..4562738;;gta;;22;;22;;; comp;4562761..4562836;;aag;;46;;46;;; comp;4562883..4562958;;gta;;22;;22;;; comp;4562981..4563056;;aag;;46;;46;;; comp;4563103..4563178;;gta;;32;;32;;; comp;4563211..4563286;;aaa;;174;174;;;;174 comp;4563461..4564276;;CDS;;70895;;;;272; ;;;;;;;;;; comp;4635172..4636173;;CDS;;275;275;;;334;275 comp;4636449..4636525;;gac;;95;;;;; comp;4636621..4636735;;5s;;101;;;;; comp;4636837..4639756;;23s;;231;;;;; comp;4639988..4640063;;gca;;10;;;10;; comp;4640074..4640150;;atc;;66;;;;; comp;4640217..4641771;;16s;;512;*512;;;; ;4642284..4643480;;CDS;;3;;;;399; ;;;;;;;;;; comp;4643484..4644053;;CDS;;;;;;190; </pre> ====amed cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_cumuls|amed cumuls]] <pre> amed cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;0;-;1;1;40;1;100;14 ;16 gaa 23 5s ;6;20;15;;50;5;60;5;200;21 ;16 atc gca;3;40;27;;100;8;80;2;300;15 ;16 23 5s ;0;60;14;;150;19;100;3;400;18 ;max a;3;80;2;;200;17;120;4;500;11 ;a doubles;0;100;3;;250;13;140;7;600;6 ;spéciaux;1;120;8;;300;8;160;2;700;3 ;total aas;18;140;2;;350;6;180;8;800;0 sans ;opérons;38;160;0;;400;4;200;5;900;4 ;1 aa;16;180;0;;450;4;220;3;1000;1 ;max a;14;200;0;;500;3;240;2;1100;0 ;a doubles;12;;0;;;8;;6;;2 ;total aas;109;;71;0;;96;;48;;95 total aas;;127;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;49;;;;;156;; ;;;variance;34;;;;;77;; sans jaune;;;moyenne;;;;214;;;;274 ;;;variance;;;;122;;;;157 </pre> ====amed blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_blocs|amed blocs]] <pre> amed blocs;;;;; cds;512;cds;302;cds;275 16s;66;gac;98;gac;95 atc;10;5s;105;5s;101 gca;231;23s;231;23s;231 23s;98;gca;10;gca;10 5s;386;atc;66;atc;66 ;;16s;420;16s;512 ;;;;; cds;514;275;99;; 16s;268;101;101;; gaa;245;229;231;; 23s;104;218;192;; 5s;268;592;94;; ;;;;; cds;428;CDS;622;cds;465 16s;192;16s;268;16s;219 gaa;229;gaa;230;gaa;229 23s;104;23s;102;23s;103 5s;106;5s;106;5s;98 acc;23;acc;233;gac;167 5s;164;;;; </pre> ====amed distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_distribution|amed distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;9;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;3;tac;;tgc;;tac3+2;ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;2;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;aac2;atc;;acc;;aac;3;agc;1;aac2;atc;;acc;;aac;2;agc;;aac2;atc;;acc;2;aac;;agc; ctc;;ccc;2;cac;;cgt;;caa2+2;ctc;1;ccc;;cac;3;cgt;;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;atgf9;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;atgf9;gtc;5;gcc;5;gac;;ggc;6;atgf9;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;cgt5;tta;1;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;1;aaa;5;aga;2;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;;gaa;;gga;3;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;séquences;atgj;3;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;(atgj caa2)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total amed;;16;;;;;16;;amed;47;;;;;;47;;amed;46;;;;;;46;;amed;;;;5;;;5 </pre> ====amed autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_autres_intercalaires|amed autres intercalaires]] <pre> autres intercalaires;;amed;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7163;8359;516;*; ;;rRNA;8876;10415;72;*;1540 ;;tRNA;10488;10564;10;*;atc ;;tRNA;10575;10650;238;*;gca ;;rRNA;10889;13778;120;*;2890 ;;rRNA;13899;14013;386;*;115 fin;;CDS;14400;14717;;; deb;;CDS;45743;46576;187;*; ;;ncRNA;46764;47150;46;*; fin;;CDS;47197;48777;;0; deb;;CDS;117188;117850;47;*; ;;tRNA;117898;117973;52;*;ttc ;;tRNA;118026;118101;3;*;aca ;;tRNA;118105;118180;45;*;ttc ;;tRNA;118226;118301;252;*;aac fin;;CDS;118554;119573;;; deb;comp;CDS;170063;170329;103;*; ;comp;tRNA;170433;170518;71;*;ctg ;comp;tRNA;170590;170675;46;*;ctg ;comp;tRNA;170722;170807;46;*;ctg ;comp;tRNA;170854;170939;51;*;ctg ;comp;tRNA;170991;171076;116;*;ctg fin;comp;CDS;171193;172653;;; deb;;CDS;318836;320692;190;*; ;;tRNA;320883;320959;244;*;atgi fin;comp;CDS;321204;323780;;; deb;;CDS;386382;386732;518;*; ;;rRNA;387251;388796;274;*;1546 ;;tRNA;389071;389146;252;*;gaa ;;rRNA;389399;392290;126;*;2892 ;;rRNA;392417;392531;268;*;115 fin;comp;CDS;392800;394413;;0; deb;;CDS;476261;476482;64;*; ;comp;tRNA;476547;476622;5;*;aac ;comp;tRNA;476628;476703;881;*;ttc fin;comp;CDS;477585;478565;;; deb;;CDS;500269;500814;177;*; ;;tRNA;500992;501067;24;*;ggc ;;tRNA;501092;501167;29;*;ggc ;;tRNA;501197;501272;38;*;ggc ;;tRNA;501311;501386;25;*;ggc ;;tRNA;501412;501487;23;*;ggc ;;tRNA;501511;501586;363;*;ggc fin;comp;CDS;501950;502159;;; deb;;CDS;505552;507110;236;*; ;;tRNA;507347;507422;28;*;gcc ;;tRNA;507451;507526;66;*;gcc ;;tRNA;507593;507668;58;*;gcc ;;tRNA;507727;507802;40;*;gcc ;;tRNA;507843;507918;471;*;gcc ;;regulatory;508390;508473;148;*; fin;;CDS;508622;511627;;0; deb;;CDS;642476;642802;9;*; ;;tRNA;642812;642896;91;*;ctc ;;tRNA;642988;643064;166;*;atgf fin;;CDS;643231;643689;;; deb;;CDS;772218;774050;195;*; ;comp;tRNA;774246;774329;8;*;cta ;comp;tRNA;774338;774414;38;*;atgj ;comp;tRNA;774453;774527;47;*;caa ;comp;tRNA;774575;774649;17;*;caa ;comp;tRNA;774667;774743;35;*;atgj ;comp;tRNA;774779;774853;47;*;caa ;comp;tRNA;774901;774975;13;*;caa ;comp;tRNA;774989;775065;235;*;atgj fin;comp;CDS;775301;776392;;; deb;comp;CDS;779541;780488;173;*; ;comp;tRNA;780662;780736;-21;*;caa fin;comp;CDS;780716;781630;;; deb;comp;CDS;1154914;1155384;131;*; ;comp;tRNA;1155516;1155592;226;*;ccc fin;comp;CDS;1155819;1157162;;0; deb;comp;CDS;1224854;1226290;301;*; ;comp;tRNA;1226592;1226667;2;*;aac ;comp;tRNA;1226670;1226744;460;*;gga fin;comp;CDS;1227205;1228818;;; deb;comp;CDS;1240786;1241733;425;*; ;comp;tRNA;1242159;1242234;556;*;aac deb;;CDS;1242791;1244527;181;*; ;;tRNA;1244709;1244796;83;*;tcc fin;;CDS;1244880;1246145;;0; deb;comp;CDS;1407358;1408665;83;*; ;comp;tRNA;1408749;1408836;177;*;tcc fin;comp;CDS;1409014;1409631;;; deb;;CDS;1444233;1444688;146;*; ;;tRNA;1444835;1444922;127;*;tcc fin;;CDS;1445050;1446834;;; deb;comp;CDS;1461184;1462401;163;*; ;comp;tRNA;1462565;1462640;438;*;cac fin;comp;CDS;1463079;1464389;;; deb;comp;CDS;1526374;1527606;151;*; ;comp;tRNA;1527758;1527833;123;*;cac ;comp;tRNA;1527957;1528033;36;*;aga ;comp;tRNA;1528070;1528146;203;*;cca fin;;CDS;1528350;1529207;;0; deb;comp;CDS;1587325;1589010;772;*; ;comp;tRNA;1589783;1589858;132;*;aac fin;;CDS;1589991;1592003;;; deb;;CDS;1649438;1651867;104;*; ;comp;tRNA;1651972;1652048;36;*;gtc ;comp;tRNA;1652085;1652161;26;*;gtc ;comp;tRNA;1652188;1652264;15;*;gtc ;comp;tRNA;1652280;1652356;11;*;gtc ;comp;tRNA;1652368;1652444;170;*;gtc fin;comp;CDS;1652615;1653994;;; deb;comp;CDS;1734629;1735525;28;*; ;comp;misc_f;1735554;1735678;185;*; fin;;CDS;1735864;1736109;;; deb;comp;CDS;1931438;1932934;145;*; ;comp;tRNA;1933080;1933156;110;*;atgf ;comp;tRNA;1933267;1933343;102;*;atgf ;comp;tRNA;1933446;1933522;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933624;1933700;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933802;1933877;103;*;atgf ;comp;tRNA;1933981;1934057;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934160;1934236;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934339;1934415;92;*;atgf ;comp;tRNA;1934508;1934584;268;*;atgf fin;comp;CDS;1934853;1935572;;; deb;;CDS;1977322;1978332;353;*; ;comp;ncRNA;1978686;1978779;94;*; fin;;CDS;1978874;1979143;;0; deb;comp;CDS;1980394;1981206;97;*; ;comp;ncRNA;1981304;1981397;269;*; fin;;CDS;1981667;1981849;;0; deb;comp;CDS;1997119;1998258;85;*; ;comp;ncRNA;1998344;1998440;102;*; fin;comp;CDS;1998543;1999331;;; deb;;CDS;2154455;2154631;277;*; ;;ncRNA;2154909;2155037;-9;*; fin;comp;CDS;2155029;2155319;;0; deb;;CDS;2234810;2235142;16;*; ;;ncRNA;2235159;2235341;133;*; fin;comp;CDS;2235475;2236674;;; deb;comp;CDS;2426470;2427675;350;*; ;comp;tRNA;2428026;2428112;40;*;tta ;comp;tRNA;2428153;2428226;35;*;tgc ;comp;tRNA;2428262;2428337;181;*;ggc fin;comp;CDS;2428519;2429073;;; deb;comp;CDS;2546995;2547534;271;*; ;;tRNA;2547806;2547882;259;*;ccc fin;;CDS;2548142;2548282;;; deb;;CDS;2658354;2659094;87;*; ;;tRNA;2659182;2659257;114;*;acg fin;;CDS;2659372;2659665;;0; deb;comp;CDS;2827175;2828170;-13;*; ;comp;regulatory;2828158;2828297;79;*; fin;;CDS;2828377;2830089;;; deb;comp;CDS;2858527;2859036;126;*; ;;tRNA;2859163;2859247;30;*;tac ;;tRNA;2859278;2859362;121;*;tac fin;comp;CDS;2859484;2863335;;; deb;;CDS;2953473;2953961;121;*; ;;tmRNA;2954083;2954442;177;*; fin;;CDS;2954620;2955903;;; deb;;CDS;2978639;2979358;119;*; ;comp;tRNA;2979478;2979552;104;*;gga ;comp;tRNA;2979657;2979730;201;*;ggg fin;;CDS;2979932;2981701;;; deb;;CDS;3023194;3023487;75;*; ;comp;tRNA;3023563;3023636;57;*;tgc ;comp;tRNA;3023694;3023769;248;*;ggc fin;;CDS;3024018;3027455;;0; deb;;CDS;3044891;3045361;133;*; ;comp;tRNA;3045495;3045584;380;*;tcg fin;;CDS;3045965;3046882;;; deb;comp;CDS;3052964;3053617;105;*; ;comp;regulatory;3053723;3053869;209;*; fin;;CDS;3054079;3054915;;0; deb;comp;CDS;3093394;3094776;249;*; ;comp;regulatory;3095026;3095141;508;*; fin;;CDS;3095650;3096798;;0; deb;comp;CDS;3268030;3268398;318;*; ;comp;tRNA;3268717;3268804;198;*;tca fin;;CDS;3269003;3269752;;0; deb;comp;CDS;3286866;3287465;164;*; ;;misc_f;3287630;3287752;38;*; fin;;CDS;3287791;3288963;;0; deb;;CDS;3290470;3291624;50;*; ;;tRNA;3291675;3291751;126;*;agg fin;comp;CDS;3291878;3292798;;0; deb;;CDS;3334670;3335758;230;*; ;;tRNA;3335989;3336073;32;*;tac ;;tRNA;3336106;3336190;45;*;tac ;;tRNA;3336236;3336320;135;*;tac fin;;CDS;3336456;3336731;;; deb;comp;CDS;3382564;3385161;111;*; ;comp;regulatory;3385273;3385359;203;*; fin;comp;CDS;3385563;3389024;;; deb;comp;CDS;3497173;3497463;91;*; ;;regulatory;3497555;3497645;99;*; fin;;CDS;3497745;3498725;;; deb;comp;CDS;3505823;3506272;275;*; ;comp;rRNA;3506548;3506662;123;*;115 ;comp;rRNA;3506786;3509675;236;*;2890 ;comp;tRNA;3509912;3509987;224;*;gaa ;comp;rRNA;3510212;3511756;596;*;1545 fin;;CDS;3512353;3515220;;; deb;comp;CDS;3676304;3677323;113;*; ;comp;tRNA;3677437;3677521;142;*;ttg fin;;CDS;3677664;3678182;;0; deb;;CDS;3688045;3688872;369;*; ;comp;tRNA;3689242;3689318;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689344;3689420;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689446;3689522;26;*;cgt ;comp;tRNA;3689549;3689625;98;*;cgt ;comp;tRNA;3689724;3689800;4;*;cgt ;comp;tRNA;3689805;3689897;213;*;agc fin;comp;CDS;3690111;3690299;;; deb;;CDS;3886846;3887601;302;*; ;comp;tRNA;3887904;3887980;98;*;gac ;comp;rRNA;3888079;3888193;127;*;115 ;comp;rRNA;3888321;3891210;238;*;2890 ;comp;tRNA;3891449;3891524;10;*;gca ;comp;tRNA;3891535;3891611;72;*;atc ;comp;rRNA;3891684;3893228;424;*;1545 fin;comp;CDS;3893653;3894195;;; deb;comp;CDS;3912946;3913317;60;*; ;comp;tRNA;3913378;3913454;52;*;tgg deb;comp;CDS;3913507;3914691;171;*; ;comp;tRNA;3914863;3914937;38;*;gga ;comp;tRNA;3914976;3915060;263;*;tac fin;;CDS;3915324;3916262;;0; deb;comp;CDS;3962163;3963533;306;*; ;comp;tRNA;3963840;3963916;202;*;tgg fin;;CDS;3964119;3964703;;; deb;comp;CDS;4024345;4026816;658;*; ;comp;tRNA;4027475;4027551;140;*;ccg fin;comp;CDS;4027692;4028417;;; deb;;CDS;4109413;4111986;99;*; ;comp;rRNA;4112086;4112200;123;*;115 ;comp;rRNA;4112324;4115213;238;*;2890 ;comp;tRNA;4115452;4115527;198;*;gaa ;comp;rRNA;4115726;4117269;627;*;1544 fin;;CDS;4117897;4118388;;0; deb;comp;CDS;4119290;4121155;51;*; ;comp;regulatory;4121207;4121385;207;*; fin;;CDS;4121593;4122102;;; deb;comp;CDS;4149775;4150278;174;*; ;comp;tRNA;4150453;4150529;58;*;cca ;comp;tRNA;4150588;4150673;20;*;ctg ;comp;tRNA;4150694;4150769;49;*;cac ;comp;tRNA;4150819;4150895;258;*;cgg fin;;CDS;4151154;4151744;;; deb;;CDS;4226547;4227725;432;*; ;;rRNA;4228158;4229702;198;*;1545 ;;tRNA;4229901;4229976;236;*;gaa ;;rRNA;4230213;4233102;126;*;2890 ;;rRNA;4233229;4233343;106;*;115 ;;tRNA;4233450;4233525;23;*;acc ;;rRNA;4233549;4233663;164;*;115 fin;;CDS;4233828;4234793;;; deb;comp;CDS;4354145;4355686;626;*; ;;rRNA;4356313;4357857;274;*;1545 ;;tRNA;4358132;4358207;237;*;gaa ;;rRNA;4358445;4361342;124;*;2898 ;;rRNA;4361467;4361581;106;*;115 ;;tRNA;4361688;4361763;233;*;acc fin;;CDS;4361997;4363241;;; deb;;CDS;4434674;4435198;469;*; ;;rRNA;4435668;4437211;225;*;1544 ;;tRNA;4437437;4437512;236;*;gaa ;;rRNA;4437749;4440638;122;*;2890 ;;rRNA;4440761;4440875;98;*;115 ;;tRNA;4440974;4441050;167;*;gac fin;;CDS;4441218;4442054;;0; deb;comp;CDS;4481974;4482513;481;*; ;;rRNA;4482995;4484539;547;*;1545 ;;misc_f;4485087;4486108;236;*; ;comp;tRNA;4486345;4486419;224;*;gaa ;comp;rRNA;4486644;4488189;559;*;1546 fin;comp;CDS;4488749;4489795;;; deb;comp;CDS;4560642;4561715;153;*; ;comp;tRNA;4561869;4561944;18;*;gta ;comp;tRNA;4561963;4562038;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562073;4562148;18;*;gta ;comp;tRNA;4562167;4562242;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562266;4562341;18;*;gta ;comp;tRNA;4562360;4562435;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562459;4562534;18;*;gta ;comp;tRNA;4562553;4562628;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562663;4562738;22;*;gta ;comp;tRNA;4562761;4562836;46;*;aag ;comp;tRNA;4562883;4562958;22;*;gta ;comp;tRNA;4562981;4563056;46;*;aag ;comp;tRNA;4563103;4563178;32;*;gta ;comp;tRNA;4563211;4563286;174;*;aaa fin;comp;CDS;4563461;4564267;;; deb;;CDS;4626091;4627785;262;*; ;;regulatory;4628048;4628133;65;*; fin;;CDS;4628199;4629623;;; deb;comp;CDS;4635172;4636104;344;*; ;comp;tRNA;4636449;4636525;95;*;gac ;comp;rRNA;4636621;4636735;120;*;115 ;comp;rRNA;4636856;4639749;238;*;2894 ;comp;tRNA;4639988;4640063;10;*;gca ;comp;tRNA;4640074;4640150;72;*;atc ;comp;rRNA;4640223;4641767;516;*;1545 fin;;CDS;4642284;4643480;;0; deb;comp;CDS;4698779;4700680;360;*; ;comp;regulatory;4701041;4701154;88;*; fin;;CDS;4701243;4702160;;; </pre> ====amed données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_données_intercalaires|amed données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;amed;fx;fc;amed;fx40;fc40;amed;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;2;12;0;2;12;-1;0;91;47;244;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;1;10;38;225;1;2;26;-2;1;0;252;64;518;516;;52;;ttc;40;;tta ;0;20;20;167;2;0;41;-3;0;0;103;363;424;596;;3;;aca;35;;tgc ;0;30;23;110;3;4;34;-4;8;212;116;195;432;627;;45;;ttc;**;;ggc ;0;40;34;92;4;9;18;-5;0;0;190;556;469;626;;**;;aac;30;;tac ;2;50;43;75;5;0;12;-6;1;0;881;203;599;481;;71;;ctg;**;;tac ;2;60;76;92;6;6;6;-7;0;10;177;132;;516;;46;;ctg;104;;gga 1;0;70;90;111;7;4;12;-8;3;47;236;104;23s 5s;;;46;;ctg;**;;ggg 1;0;80;100;99;8;6;17;-9;1;0;9;271;2* 120;;;51;;ctg;57;;tgc ;3;90;59;120;9;3;34;-10;0;2;166;126;2* 126;;;**;;ctg;**;;ggc ;0;100;54;90;10;4;25;-11;2;31;235;121;2* 123;;;5;;aac;32;;tac 1;1;110;58;112;11;1;21;-12;0;0;173;119;127;;;**;;ttc;45;;tac 1;3;120;50;96;12;3;18;-13;2;6;-21;201;124;;;24;;ggc;**;;tac 3;1;130;35;81;13;2;20;-14;1;7;131;75;122;;;29;;ggc;25;;cgt 2;3;140;30;74;14;2;22;-15;1;0;226;248;5s CDS;;;38;;ggc;25;;cgt 1;2;150;25;72;15;1;14;-16;0;8;301;133;386;268;;25;;ggc;26;;cgt ;2;160;33;70;16;3;13;-17;0;4;460;380;275;99;;23;;ggc;98;;cgt ;4;170;29;32;17;2;20;-18;1;0;425;198;164;;;**;;ggc;4;;cgt ;6;180;35;50;18;1;17;-19;1;1;181;126;16s tRNA;;;28;;gcc;**;;agc ;3;190;25;44;19;2;6;-20;1;7;83;142;3* 72;;atc;66;;gcc;38;;gga 2;0;200;37;53;20;3;16;-21;1;0;83;369;2* 274;;gaa;58;;gcc;**;;tac 3;0;210;39;48;21;3;11;-22;2;1;177;302;2* 198;;gaa;40;;gcc;58;;cca ;1;220;25;34;22;0;8;-23;0;1;146;263;224;;gaa;**;;gcc;20;;ctg ;2;230;30;26;23;1;16;-24;0;0;127;202;225;;gaa;91;;ctc;49;;cac ;3;240;26;30;24;3;10;-25;1;2;163;258;tRNA 23s;;;**;;atgf;**;;cgg 2;0;250;20;26;25;3;13;-26;0;1;438;;3* 238;;gca;8;;cta;18;;gta 1;2;260;21;25;26;1;7;-27;0;0;151;;252;;gaa;38;;atgj;34;;aaa 1;1;270;22;36;27;4;10;-28;0;0;772;;3* 236;;gaa;47;;caa;18;;gta 1;0;280;25;28;28;2;11;-29;1;1;170;;237;;gaa;17;;caa;23;;aaa ;0;290;13;24;29;2;15;-30;0;0;145;;238;;gaa;35;;atgj;18;;gta ;0;300;8;14;30;4;9;-31;0;1;268;;5s tRNA;;;47;;caa;23;;aaa 1;2;310;19;17;31;3;9;-32;0;0;350;;98;;gac;13;;caa;18;;gta ;1;320;12;14;32;3;11;-33;2;0;181;;2* 106;;acc;**;;atgj;34;;aaa ;0;330;8;15;33;4;11;-34;0;2;259;;98;;gac;2;;aac;22;;gta ;0;340;9;8;34;1;9;-35;2;2;87;;95;;gac;**;;gga;46;;aag ;2;350;13;13;35;1;12;-36;1;0;114;;tRNA 5s;;;123;;cac;22;;gta ;0;360;15;8;36;1;5;-37;0;0;318;;23;;acc;36;;aga;46;;aag 2;0;370;7;5;37;5;4;-38;1;0;50;;tRNA tRNA;;intra;**;;cca;32;;gta 1;0;380;8;7;38;7;13;-39;0;0;230;;3* 10;;atc;36;;gtc;**;;aaa ;0;390;7;9;39;7;10;-40;0;0;135;;**;;gca;26;;gtc;;; ;0;400;10;9;40;2;8;-41;0;0;113;;;;;15;;gtc;;; 1;6;reste;110;109;reste;1226;1776;-42;0;0;213;;;;;11;;gtc;;; 25;54;total;1343;2382;total;1343;2382;-43;0;0;60;;;;;**;;gtc;;; 24;47;diagr;1231;2261;diagr;115;594;-44;0;1;52;;;;;110;;atgf;;; 0;1;t30;81;502;;;;-45;0;0;171;;;;;102;;atgf;;; ;;;;;;;;-46;3;0;306;;;;;101;;atgf;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;658;;;;;101;;atgf;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;140;;;;;103;;atgf;;; ;x;1341;42;2;1385;;;-49;0;0;174;;;;;102;;atgf;;; ;c;2370;444;12;2826;;;-50;1;0;233;;;;;102;;atgf;;; ;;;;;4211;239;;reste;4;6;167;;;;;92;;atgf;;; ;;;;;;4450;;total;42;444;153;;;;;**;;atgf;;; ;;;;;;;;;;;174;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;344;;;;;;;;;; </pre> ===gamma synthèse=== ====gamma distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_génome|gamma distribution par génome]] <pre> gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total spl;46;8;;;;6;79;3;142 vpb;60;11;;;;21;22;12;126 vha;51;14;;;;26;19;11;121 amed;47;16;;;;13;46;5;127 eal;25;23;;;;10;23;4;85 eco;20;23;;;;10;29;4;86 ecoN;20;34;;;;17;44;6;121 ;;;;;;;;; total;269;129;0;0;0;103;262;45;808 </pre> ====gamma distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_du_total|gamma distribution du total]] <pre> gama7;;;;;;;660;;gamma7;;;;;;;148 atgi;11;tct;;tat;;atgf;48;;atgi;;tct;;tat;;atgf;0 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;23;acc;9;aac;;agc; ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;2;gac;23;ggc; tta;14;tca;12;taa;;tga;4;;tta;;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;8;aga; cta;24;cca;14;caa;23;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;34;gca;;gaa;17;gga;14;;gta;8;gca;29;gaa;34;gga; ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8 atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;531;129;0;0;0;0;660;;1-3aas;;;;45;;103;148 </pre> ====gamma distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_type|gamma distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> gama7;;;;;;;660;;gama7;;;;;;;129;;gama7;;;;;;;269;;gama7;;;;;;;262;;gama7;;;;;;;45 atgi;11;tct;0;tat;0;atgf;48;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;18;;atgi;;tct;;tat;;atgf;24;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;7;tcc;14;tac;;tgc;1;;ttc;14;tcc;;tac;6;tgc;15;;ttc;;tcc;;tac;24;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;1;acc;1;aac;14;agc;;;atc;;acc;5;aac;11;agc;11;;atc;2;acc;;aac;9;agc;;;atc;;acc;9;aac;;agc; ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;5;ccc;6;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;38;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;17;;gtc;19;gcc;14;gac;4;ggc;29;;gtc;;gcc;;gac;23;ggc; tta;14;tca;12;taa;0;tga;4;;tta;;tca;10;taa;;tga;4;;tta;14;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;4;taa;;tga; ata;0;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;6;;ata;;aca;19;aaa;15;aga;4;;ata;;aca;;aaa;18;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;24;cca;14;caa;23;cga;0;;cta;;cca;2;caa;1;cga;;;cta;18;cca;10;caa;12;cga;;;cta;6;cca;2;caa;10;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;34;gca;0;gaa;17;gga;14;;gta;;gca;;gaa;4;gga;4;;gta;13;gca;;gaa;;gga;10;;gta;21;gca;;gaa;13;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga; ttg;7;tcg;4;tag;0;tgg;4;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8 atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;4;aag;;agg;7;;atgj;19;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;4;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;;cag;;cgg;7;;ctg;17;ccg;;cag;6;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;45;;; </pre> ====gamma par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_par_rapport_au_groupe_de_référence|gamma par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;37;18;39;;;2;96; 16;moyen;51;104;31;;21;52;259; 14;fort;41;147;192;;24;49;453; ; ;129;269;262;;45;103;808; 10;g+cga;15;3;6;;;;24; 2;agg+cgg;7;7;;;;;14; 4;carre ccc;11;8;33;;;2;54; 5;autres;4;;;;;;4; ;;37;18;39;;;2;96; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;gama ‰;ref. ‰ 21;faible;46;22;48;;;2;119;26 16;moyen;63;129;38;;26;64;321;324 14;fort;51;182;238;;30;61;561;650 ;;160;333;324;;56;127;808;729 10;g+cga;19;4;7;;;;30;10 2;agg+cgg;9;9;;;;;17; 4;carre ccc;14;10;41;;;2;67;16 5;autres;5;;;;;;5; ;;46;22;48;;;2;119; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;56;27;59;142;26;29;7;15 16;moyen;77;158;47;282;324;40;39;12 14;fort;62;223;291;576;650;32;55;73 ;;195;408;397;660;729;129;269;262 10;g+cga;23;5;9;36;10;41;;15 2;agg+cgg;11;11;;21;;19;; 4;carre ccc;17;12;50;79;16;30;;85 5;autres;6;;;6;;11;; ;;56;27;59;142;;37;;39 </pre> ====gamma, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma,_estimation_des_-rRNAs|gamma, estimation des -rRNAs]] <pre> gamma;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 144 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;144;1536; ; ;;indices;;;;144;1067;0;0;;gama7;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;660 atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;48 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18 atc;373;acc;57;aac;;agc;3;;atc;259;acc;40;aac;;agc;2;;atc;3;acc;6;aac;34;agc;11 ctc;;ccc;;cac;10;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;7;cgt;;;ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40 gtc;;gcc;3;gac;151;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;105;ggc;;;gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46 tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;14;tca;12;taa;;tga;4 ata;;aca;;aaa;13;aga;;;ata;;aca;;aaa;9;aga;;;ata;;aca;19;aaa;33;aga;10 cta;;cca;14;caa;;cga;;;cta;;cca;10;caa;;cga;;;cta;24;cca;14;caa;23;cga; gta;14;gca;378;gaa;423;gga;;;gta;10;gca;263;gaa;294;gga;;;gta;34;gca;;gaa;17;gga;14 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;73;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;51;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4 atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7 ctg;;ccg;;cag;;cgg;11;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;4 ;;900;;622;;14;1536;;;;625;;432;;10;1067;;;;186;;380;;94;660 27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;86713;1.5;0;;avec +16s;;;;1183;86713;1.5;0;;gama7;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;290;;atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;292;;atgi;157;tct;;tat;;atgf;686 att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;173;tcc;152;tac;226;tgc;114;;ttc;175;tcc;152;tac;227;tgc;114;;ttc;300;tcc;200;tac;429;tgc;257 atc;26;acc;115;aac;311;agc;104;;atc;285;acc;155;aac;311;agc;106;;atc;43;acc;86;aac;486;agc;157 ctc;102;ccc;86;cac;108;cgt;298;;ctc;102;ccc;86;cac;115;cgt;298;;ctc;129;ccc;86;cac;171;cgt;571 gtc;173;gcc;165;gac;184;ggc;351;;gtc;173;gcc;167;gac;289;ggc;351;;gtc;300;gcc;229;gac;100;ggc;657 tta;119;tca;138;taa;1.0;tga;64;;tta;120;tca;140;taa;1.0;tga;64;;tta;200;tca;171;taa;;tga;57 ata;0.8;aca;141;aaa;368;aga;151;;ata;0.8;aca;141;aaa;377;aga;151;;ata;;aca;271;aaa;471;aga;143 cta;128;cca;131;caa;189;cga;13;;cta;128;cca;141;caa;189;cga;13;;cta;343;cca;200;caa;329;cga; gta;311;gca;21;gaa;30;gga;114;;gta;321;gca;283;gaa;324;gga;114;;gta;486;gca;;gaa;243;gga;200 ttg;102;tcg;83;tag;2.7;tgg;62;;ttg;103;tcg;83;tag;2.7;tgg;113;;ttg;100;tcg;57;tag;;tgg;57 atgj;169;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;170;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;271;acg;57;aag;29;agg;100 ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;92;;ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;100;;ctg;300;ccg;57;cag;86;cgg;100 gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;57 ;;1892;;3118;;1244;6254;;;;2517;;3550;;1254;7321;;;;2657;;5429;;1343;9429 rapports;;75;;88;;99;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;gama7;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;99;;fiches;57.882;;;fréquences;;;;;atgi;17;tct;100;tat;100;atgf;58 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;8335;;;0/0;;;;;att;100;act;100;aat;100;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;1401;;;10;7;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;144;;;20;7;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt;100 ttc;99;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;42;tcc;24;tac;47;tgc;56 atc;9;acc;74;aac;100;agc;98;;gama7;94.2857142857143;;;40;8;;;;atc;39;acc;26;aac;36;agc;34 ctc;100;ccc;100;cac;94;cgt;100;;sans;660;;;50;10;38;;;ctc;21;ccc;0;cac;37;cgt;48 gtc;100;gcc;99;gac;64;ggc;100;;avec;148;;;60;2;;;;gtc;42;gcc;28;gac;46;ggc;47 tta;99;tca;99;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;1;;;;tta;40;tca;20;taa;100;tga;11 ata;100;aca;100;aaa;98;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;48;aaa;22;aga;5 cta;100;cca;93;caa;100;cga;100;;L’estimation par gama7;;;;90;1;;;;cta;63;cca;34;caa;42;cga;100 gta;97;gca;7;gaa;9;gga;100;;est 62% au dessus;;;;100;6;;;;gta;36;gca;100;gaa;88;gga;43 ttg;99;tcg;100;tag;100;tgg;55;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;31;tag;100;tgg;8 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;38;acg;20;aag;16;agg;9 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;92;;;;;;;;;;;ctg;16;ccg;8;cag;16;cgg;8 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;21 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;425;;656;;229;1310 </pre> ==alpha== ===rtb=== ====rtb opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_opérons|rtb opérons]] <pre> 29.0%GC;31.12.19 Paris;16s 1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rickettsia typhi str. B9991CWPP ;;;;;;;;;;;; comp;7429..8469;;cds;;381;381;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;* comp;8851..8926;;ttc;;368;368;;;;;;* ;9295..10278;;cds;;;;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;* ;;;;;;;;;;;;* ;14663..18055;;cds;;108;108;;;1131;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;18164..18238;;gaa;;1394;*1394;;;;;;* comp;19633..20106;;cds;;;;;;158;;crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;48065..48709;;cds;;278;278;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;* comp;48988..49064;;atgf;;110;110;;;;;;* comp;49175..49411;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;* ;;;;;;;;;;;;* comp;73627..73929;;cds;;17;17;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;* comp;73947..74021;;acc;;139;139;;;;;;* comp;74161..75417;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* ;155064..157163;;cds;;143;143;;;700;;elongation factor G;* ;157307..157382;;tgg;;167;167;;;;;;* ;157550..157750;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* ;189197..189400;;cds;;889;*889;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;* comp;190290..190365;;acg;;142;142;;;;;;* comp;190508..192814;;cds;;;;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;* ;;;;;;;;;;;;* ;255010..255921;;cds;;732;*732;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;* ;256654..259439;;23s;;206;;;;2786;;;* ;259646..259760;;5s;;173;173;;;115;;;* comp;259934..261007;;cds;;;;;;358;;cell division protein ZapE;* ;;;;;;;;;;;;* ;291358..291843;;cds;;35;35;;;162;;30S ribosomal protein S9;* ;291879..291955;;atgj;;1364;*1364;;;;;;* comp;293320..293805;;cds;;;;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;335194..336996;;cds;;402;402;;;601;;elongation factor 4;* ;337399..337473;;aac;;633;*633;;;;;;* comp;338107..338793;;cds;;;;;;229;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;440466..440933;;cds;;496;496;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;* ;441430..441504;;tgc;;31;31;;;;;;* ;441536..442456;;cds;;;;;;307;;site-specific tyrosine recombinase XerD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;469056..469781;;cds;;218;218;;;242;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;* ;470000..470075;;aaa;;15;;15;;;;;* ;470091..470167;;atc;;1922;*1922;;;;;;* ;472090..472662;;cds;;;;;;191;;GTP cyclohydrolase I FolE;* ;;;;;;;;;;;;* comp;564534..565562;;cds;;1530;*1530;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;* comp;567093..567180;;tcc;;218;218;;;;;;* comp;567399..568145;;cds;;;;;;249;;NTP transferase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;583250..584149;;cds;;1278;*1278;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;* comp;585428..585518;;tca;;58;58;;;;;;* comp;585577..586569;;cds;;;;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;;* ;598723..599706;;cds;;26;26;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;* ;599733..599809;;cgg;;60;;60;;;;;* comp;599870..599944;;caa;;62;62;;;;;;* comp;600007..601779;;cds;;;;;;591;;aminopeptidase P family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;644357..644745;;cds;;499;499;;;130;;p-ribosome-associated translation inhibitor RaiA;* ;645245..645321;;gac;@1;1051;;1051;;;;;* comp;646373..646448;;gcc;;222;222;;;;;;* comp;646671..647276;;cds;;;;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;* ;;;;;;;;;;;;* comp;649389..650048;;cds;;452;452;;;220;;(d)CMP kinase;* ;650501..650577;;gtc;;1274;*1274;;;;;;* comp;651852..652094;;cds;;;;;;81;;HU family DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;696163..697398;;cds;;1535;*1535;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;* ;698934..699010;;cgt;;1028;*1028;;;;;;* ;700039..705720;;cds;;;;;;1894;;alpha-2-macroglobulin family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;727560..728087;;cds;;1164;*1164;;;176;;copper chaperone Pcu(A)C;* comp;729252..729326;;gca;;32;32;;;;;;* comp;729359..729574;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;739215..740075;;cds;;181;181;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;* ;740257..740343;;ctc;;246;246;;;;;;* ;740590..741960;;cds;;1199;*1199;;;457;;magnesium transporter;* ;743160..743234;;ggc;;1090;*1090;;;;;;* ;744325..744753;;cds;;;;;;143;;preprotein translocase subunit YajC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;775944..777866;;cds;;2465;*2465;;;641;;hp;* comp;780332..781831;;16s;;1854;*1854;;;1500;;;* comp;783686..785485;;cds;;;;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;814590..814823;;cds;;349;349;;;78;;hp;* comp;815173..815248;;gta;;68;68;;;;;;* comp;815317..815589;;cds;;;;;;91;;30S ribosomal protein S20;* ;;;;;;;;;;;;* comp;829300..830484;;cds;;82;82;;;395;;elongation factor Tu;* comp;830567..830640;;gga;;95;;95;;;;;* comp;830736..830821;;tac;;183;183;;;;;;* ;831005..831733;;cds;;;;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* ;839841..839969;;cds;;145;145;;;43;;dimethyladenosine transferase;* ;840115..840200;;tta;;2009;*2009;;;;;;* ;842210..842446;;cds;;;;;;79;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;876906..877589;;cds;;401;401;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;* ;877991..878067;;cac;;145;145;;;;;;* ;878213..879943;;cds;;;;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;918938..919882;;cds;;951;*951;;;315;;ACP S-malonyltransferase;* ;920834..920925;;agc;;1945;*1945;;;;;;* comp;922871..924049;;cds;;;;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;961209..962297;;cds;;41;41;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;* comp;962339..962415;;atgi;;390;390;;;;;;* comp;962806..963273;;cds;;;;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* ;;;;;;;;;;;;* ;1023375..1023626;;cds;;1585;*1585;;;84;;BolA family transcriptional regulator;* ;1025212..1025288;;cca;;17;17;;;;;;* ;1025306..1025521;;cds;;;;;;72;;translation initiation factor IF-1;* ;;;;;;;;;;;;* ;1053321..1054139;;cds;;2191;*2191;;;273;;alpha/beta hydrolase;* comp;1056331..1056407;;aga;;98;98;;;;;;* ;1056506..1056823;;cds;;;;;;106;;DUF167 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1098776..1099240;;cds;;40;40;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;* comp;1099281..1099365;;cta;;145;145;;;;;;* comp;1099511..1100662;;cds;;;;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1102351..1102980;;cds;;475;475;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* comp;1103456..1103530;;aca;;130;130;;;;;;* comp;1103661..1103996;;cds;;;;;;112;;30S ribosomal protein S16;* </pre> ====rtb cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_cumuls|rtb cumuls]] <pre> rtb cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;11;30;0 ;23s5s;1;20;1;;50;8;40;;200;13;60;1 ;16s;1;40;;;100;5;80;;300;12;90;9 ;16s23s;0;60;1;;150;9;120;;400;13;120;4 ;max a;0;80;;;200;4;160;;500;3;150;2 ;a doubles;0;100;1;;250;4;200;;600;3;180;7 ;spéciaux;0;120;;;300;1;240;;700;3;210;3 ;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;4 sans ;opérons;29;160;;;400;3;320;;900;0;270;3 ;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;3 ;max a;2;200;;;500;4;400;;1100;0;330;5 ;a doubles;0;;1;;;21;;;;2;;20 ;total aas;33;;4;0;;62;;0;;61;;61 total aas;;33;;;;21;1430;;;;;; remarques;;1;;;;;491;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;612;;;;310;; ;;;variance;;;;665;;;;291;; sans jaune;;;moyenne;57;;;193;;;;269;;176 ;;;variance;40;;;148;;;;176;;86 </pre> ====rtb blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_blocs|rtb blocs]] ====rtb distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_distribution|rtb distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rtb;;25;;;;;25;;rtb;8;;;;;;8 </pre> ====rtb données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_données_intercalaires|rtb données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;rtb;fx;fc;rtb;fx40;fc40;rtb;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;4;0;1;4;-1;0;10;381;368;tRNA tRNA;; ;0;10;2;64;1;0;10;-2;1;0;108;1394;15;;aaa ;2;20;3;37;2;0;7;-3;0;0;278;411;**;;atc ;1;30;1;17;3;0;8;-4;0;33;110;633;60;;cgg ;4;40;2;13;4;0;13;-5;0;0;17;496;**;;caa ;1;50;3;7;5;2;2;-6;0;0;139;218;1051;;gac ;1;60;4;9;6;0;5;-7;0;2;143;1278;**;;gcc ;2;70;6;16;7;0;3;-8;0;16;167;499;95;;gga ;0;80;12;9;8;0;7;-9;0;0;142;452;**;;tac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reste;66;100;reste;176;371;-42;0;0;130;;;; 16;42;total;186;505;total;185;506;-43;0;0;CDS 16s;;;; 4;30;diagr;118;402;diagr;8;131;-44;0;0;1854;;;; 0;3; t30;6;118;;;;-45;0;0;16s CDS;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;2466;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;CDS 23s;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;736;;;; ;x;185;4;1;190;;;-49;0;0;23s 5s;;;; ;c;501;98;4;603;;;-50;1;0;228;;;; ;;;;;793;75;;reste;0;0;5s CDS;;;; ;;;;;;868;;total;4;98;;173;;; </pre> =====rtb autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires_aas|rtb autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;rtb;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7429;8469;381;*; ;comp;tRNA;8851;8926;368;*;ttc fin;;CDS;9295;10278;;; deb;;CDS;14663;18055;108;*; ;;tRNA;18164;18238;1394;*;gaa fin;comp;CDS;19633;20106;;; deb;comp;CDS;48065;48709;278;*; ;comp;tRNA;48988;49064;110;*;atgf fin;comp;CDS;49175;49411;;; deb;comp;CDS;73627;73929;17;*; ;comp;tRNA;73947;74021;139;*;acc fin;comp;CDS;74161;75417;;; deb;;CDS;155064;157163;143;*; ;;tRNA;157307;157382;167;*;tgg fin;;CDS;157550;157750;;; deb;comp;CDS;189738;189878;411;*; ;comp;tRNA;190290;190365;142;*;acg fin;comp;CDS;190508;192814;;; deb;;CDS;255010;255921;736;*; ;;rRNA;256658;259417;228;*;23s ;;rRNA;259646;259760;173;*;5s fin;comp;CDS;259934;261007;;; deb;;CDS;291358;291843;35;*; ;;tRNA;291879;291955;1364;*;atgj fin;comp;CDS;293320;293805;;; deb;;CDS;335194;336996;402;*; ;;tRNA;337399;337473;633;*;aac fin;comp;CDS;338107;338793;;; deb;comp;CDS;440466;440933;496;*; ;;tRNA;441430;441504;31;*;tgc fin;;CDS;441536;442456;;; deb;comp;CDS;469056;469781;218;*; ;;tRNA;470000;470075;15;*;aaa ;;tRNA;470091;470167;1922;*;atc fin;;CDS;472090;472662;;; deb;comp;CDS;564534;565562;1530;*; ;comp;tRNA;567093;567180;218;*;tcc fin;comp;CDS;567399;568145;;; deb;;CDS;583250;584149;1278;*; ;comp;tRNA;585428;585518;58;*;tca fin;comp;CDS;585577;586569;;0; deb;;CDS;598723;599706;26;*; ;;tRNA;599733;599809;60;*;cgg ;comp;tRNA;599870;599944;62;*;caa fin;comp;CDS;600007;601779;;; deb;comp;CDS;608541;609209;176;*; ;comp;ncRNA;609386;609769;248;*; fin;;CDS;610018;612660;;; deb;comp;CDS;644395;644745;499;*; ;;tRNA;645245;645321;1051;*;gac ;comp;tRNA;646373;646448;222;*;gcc fin;comp;CDS;646671;647276;;; deb;comp;CDS;649389;650048;452;*; ;;tRNA;650501;650577;1274;*;gtc fin;comp;CDS;651852;652094;;; deb;comp;CDS;696163;697398;1535;*; ;;tRNA;698934;699010;1028;*;cgt fin;;CDS;700039;705720;;0; deb;comp;CDS;727560;728087;1164;*; ;comp;tRNA;729252;729326;32;*;cga fin;comp;CDS;729359;729574;;; deb;;CDS;739215;740075;181;*; ;;tRNA;740257;740343;246;*;ctc deb;;CDS;740590;741960;1199;*; ;;tRNA;743160;743234;1090;*;ggc fin;;CDS;744325;744753;;; deb;comp;CDS;775944;777866;2466;*; ;comp;rRNA;780333;781831;1854;*;16s fin;comp;CDS;783686;785485;;; deb;comp;CDS;814590;814823;349;*; ;comp;tRNA;815173;815248;68;*;gta fin;comp;CDS;815317;815589;;; deb;comp;CDS;829300;830484;82;*; ;comp;tRNA;830567;830640;95;*;gga ;comp;tRNA;830736;830821;183;*;tac fin;;CDS;831005;831733;;; deb;comp;CDS;839520;839732;382;*; ;;tRNA;840115;840200;2009;*;tta fin;;CDS;842210;842446;;; deb;comp;CDS;876906;877589;401;*; ;;tRNA;877991;878067;145;*;cac fin;;CDS;878213;879943;;; deb;comp;CDS;911079;911558;179;*; ;comp;tmRNA;911738;912287;74;*; fin;;CDS;912362;913186;;; deb;;CDS;918938;919882;951;*; ;;tRNA;920834;920925;1945;*;agc fin;comp;CDS;922871;924049;;; deb;comp;CDS;941489;942730;156;*; ;comp;ncRNA;942887;943045;9;*; fin;comp;CDS;943055;943372;;; deb;comp;CDS;961209;962297;41;*; ;comp;tRNA;962339;962415;390;*;atgi fin;comp;CDS;962806;963273;;; deb;;CDS;1023375;1023626;1585;*; ;;tRNA;1025212;1025288;17;*;cca fin;;CDS;1025306;1025521;;; deb;;CDS;1053321;1054139;2191;*; ;comp;tRNA;1056331;1056407;98;*;aga fin;;CDS;1056506;1056823;;; deb;;CDS;1090984;1091625;14;*; ;;ncRNA;1091640;1091733;152;*; fin;;CDS;1091886;1093411;;; deb;comp;CDS;1098776;1099240;40;*; ;comp;tRNA;1099281;1099365;145;*;cta fin;comp;CDS;1099511;1100662;;; deb;comp;CDS;1102351;1102980;475;*; ;comp;tRNA;1103456;1103530;130;*;aca fin;comp;CDS;1103661;1103996;;; </pre> ====rtb intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_entre_cds|rtb intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> rtb;28.1.21 Paris;NCBI;7.12.2020;;;;;;;;; rtb;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5;intercal;frequencez ;'''négatif;102;12.9;'''négatif ;-11;10;-50 à -1;'''1 112 957;-1;102;610;1 ;'''zéro;5;0.6;;;;;'''intercals;0;5;620;2 ;'''1 à 200;430;54.2;'''0 à 200;85;61;;'''224 467;5;42;630;1 ;'''201 à 370;84;10.6;'''201 à 370;261;43;;'''20.2%;10;24;640;3 ;'''371 à 600;52;6.6;'''371 à 600;481;63;;;15;24;650;2 ;'''601 à max;120;15.1;'''601 à 1028;1173;515;;;20;16;660;3 ;'''total 793;<201;67.7;'''total 793;282;445;-50 à 3216;;25;12;670;0 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul, %;intercal;fréquence;30;6;680;7 665700;3216;-1;102;-70;0;;0;5;35;7;690;0 1032528;3065;0;5;-60;0;;-1;°10;40;8;700;1 506416;2624;1;°10;-50;1;;-2;1;45;2;710;1 64385;2360;2;7;-40;1;;-3;0;50;8;720;2 801292;2313;3;8;-30;5;'''min à -1;-4;°33;55;5;730;2 272796;2262;4;°13;-20;12;102;-5;0;60;8;740;0 131965;2171;5;4;-10;21;12.9%;-6;0;65;10;750;1 763244;2078;6;5;0;67;;-7;2;70;12;760;1 101695;2071;7;3;10;66;;-8;°16;75;9;770;2 446016;1893;8;°7;20;40;;-9;0;80;12;780;2 905133;1870;9;°7;30;18;;-10;1;85;9;790;0 141270;1858;10;2;40;15;'''1 à 100;-11;°2;90;4;800;1 570117;1846;11;°6;50;10;243;-12;0;95;10;810;3 129767;1794;12;5;60;13;30.6%;-13;3;100;15;820;0 378376;1765;13;3;70;22;;-14;°7;105;11;830;4 232652;1743;14;5;80;21;;-15;0;110;12;840;0 871293;1715;15;5;90;13;;-16;1;115;10;850;1 998041;1656;16;°6;100;25;;-17;°7;120;10;860;1 359936;1637;17;1;110;23;;-18;0;125;13;870;0 1014216;1621;18;3;120;20;;-19;0;130;8;880;1 847537;1581;19;3;130;21;;-20;°2;135;16;890;1 338816;1539;20;3;140;26;;-21;0;140;10;900;1 808693;1532;21;2;150;17;;-22;1;145;10;910;2 950532;1524;22;2;160;17;'''1 à 200;-23;°3;150;7;920;1 969491;1524;23;1;170;21;430;-24;0;155;8;930;1 706435;1485;24;°4;180;16;54%;-25;1;160;9;940;1 536071;1468;25;3;190;15;;-26;°5;165;12;950;3 638208;1464;26;2;200;11;;-27;0;170;9;960;0 597131;1463;27;0;210;7;;;100;175;9;970;0 544938;1446;28;2;220;7;;reste;7;180;7;980;1 235220;1444;29;2;230;11;;total;107;185;8;990;0 90984;1401;30;0;240;8;;;;190;7;1000;1 693395;1374;31;0;250;9;;'''intercal;'''<u>fréquencef;195;6;1010;1 422301;1373;32;3;260;9;'''0 à 200;600;673;200;5;1020;1 678698;1370;33;3;270;6;435;650;9;205;3;1030;1 476675;1354;34;0;280;3;;700;11;210;4;1040;1 1079428;1335;35;1;290;6;;750;6;215;3;1050;2 270767;1318;36;1;300;1;;800;6;220;4;1060;2 687447;1302;37;2;310;3;;850;8;225;5;1070;1 49408;1282;38;0;320;3;;900;4;230;6;1080;1 247450;1266;39;2;330;2;;950;8;235;5;1090;0 398128;1260;40;3;340;2;;1000;2;240;3;1100;0 577310;1255;reste;547;350;3;;1050;6;245;6;1110;2 676898;1227;total;793;360;2;'''201 à 370;1100;4;250;3;1120;2 425653;1184;;;370;2;84;1150;7;255;5;1130;1 915284;1182;;;380;0;10.6%;1200;5;260;4;1140;0 ;;;;390;1;;1250;1;265;4;1150;2 ;;;;400;5;;1300;4;270;2;1160;0 ;;;;410;4;;1350;3;275;1;1170;2 ;;;;420;3;;1400;4;280;2;1180;1 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;2;;1450;3;285;3;1190;2 384083;-50;comp;;440;2;;1500;4;290;3;1200;0 523034;-41;shift2;646;450;3;;1550;4;295;1;reste;44 362986;-38;shift2;850;460;2;;1600;1;300;0;total;793 864784;-38;shift2;2407;470;1;;1650;2;305;3;; 628502;-35;shift2;571;480;2;;1700;1;310;0;; 1068153;-35;comp;;490;3;;1750;2;315;1;; 1110540;-32;shift2;997;500;3;;1800;2;320;2;; 511489;-26;shift2;;510;4;'''371 à 600;1850;1;325;2;; 661241;-26;shift2;;520;3;52;1900;3;330;0;; 710083;-26;shift2;;530;3;6.6%;1950;0;335;1;; 899806;-26;shift2;;540;0;;2000;0;340;1;; 1089393;-26;shift2;;550;0;;2050;0;345;2;; 417665;-25;shift2;;560;3;;2100;2;350;1;; 276966;-23;shift2;;570;3;;2150;0;355;1;; 480829;-23;shift2;;580;1;'''601 à max;2200;1;360;1;; 981350;-23;shift2;;590;1;120;;114;365;1;; 110015;-22;shift2;;600;3;15.1%;;;370;1;; 415433;-20;shift2;;reste;120;;reste;6;reste;172;; 748256;-20;shift2;;total;793;;total;793;total;793;; </pre> ====rtb intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> rtb Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; afn;min10;328;1323;1651;603;-26;101;127;-468;-407;-9;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; 46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; rtb;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;45;-332;590;12;496;246;max80;&-36;279;-782;91;569;258;min50 31 à 400;;;;;;;;&70;-478;827;-4.5;788;228;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;91;44;-;304;poly;191;tF;&174;61;-;487;poly;82;Sm 31 à 400;;;;;;;;&-36;44;-;598;poly;190;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.536;-0.105;0.148;;;;;-0.081;;;;;; 1-n;0.202;-0.277;-0.165;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; rtb;fx;fc;;rtb;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rtb;Sx-;Sc- 0;1;4;;0;8;10;0;1;4;>0;184;-1;0;10 10;2;64;;10;17;159;1;0;10;<0;4;-2;1;0 20;3;37;;20;25;92;2;0;7;zéro;1;-3;0;0 30;1;17;;30;8;42;3;0;8;total;189;-4;0;33 40;2;13;;40;17;32;4;0;13;;c;-5;0;0 50;3;7;;50;25;17;5;2;2;>0;502;-6;0;0 60;4;9;;60;34;22;6;0;5;<0;98;-7;0;2 70;6;16;;70;51;40;7;0;3;zéro;4;-8;0;16 80;12;9;;80;102;22;8;0;7;total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reste;66;100;;;;;reste;176;371;;;-42;0;0 total;185;506;;t30;51;294;total;185;506;;;-43;0;0 diagr;118;402;;;;;diagr;8;131;;;-44;0;0 - t30;112;284;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;reste;0;0 ;;;;;;;;;;;;total;4;98 </pre> ====rtb intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_négatifs_S-|rtb intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;0;3 continu;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;99 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;4 ;Sc-;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;98 </pre> ====rtb autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires|rtb autres intercalaires]] <pre> rtb;les autres intercalaires;;adresses1;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses2;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses3; deb; °CDS;7429;381;comp;;deb; °CDS;564534;1530;comp;;deb; °CDS;829300;82;comp ; &tRNA;8851;368;comp;;; &tRNA;567093;218;comp;;; &tRNA;830567;95;comp fin; °CDS;9295;;;;fin; °CDS;567399;;comp;;; &tRNA;830736;183;comp deb; °CDS;14663;108;;;deb; °CDS;583250;1278;;;fin; °CDS;831005;; ; &tRNA;18164;1394;;;; &tRNA;585428;58;comp;;deb; °CDS;839520;382; fin; °CDS;19633;;comp;;fin; °CDS;585577;;comp;;; &tRNA;840115;2009; deb; °CDS;48065;278;comp;;deb; °CDS;598723;26;;;fin; °CDS;842210;; ; &tRNA;48988;110;comp;;; &tRNA;599733;60;;;deb; °CDS;876906;401;comp fin; °CDS;49175;;comp;;; &tRNA;599870;62;comp;;; &tRNA;877991;145; deb; °CDS;73627;17;comp;;fin; °CDS;600007;;comp;;fin; °CDS;878213;; ; &tRNA;73947;139;comp;;deb; °CDS;608541;176;comp;;deb; °CDS;911079;179;comp fin; °CDS;74161;;comp;;; ncRNA;609386;248;comp;;; tmRNA;911738;74;comp deb; °CDS;155064;143;;;fin; °CDS;610018;;;;fin; °CDS;912362;; ; &tRNA;157307;167;;;deb; °CDS;644395;499;comp;;deb; °CDS;918938;951; fin; °CDS;157550;;;;; &tRNA;645245;1051;;;; &tRNA;920834;1945; deb; °CDS;189738;411;;;; &tRNA;646373;222;comp;;fin; °CDS;922871;;comp ; &tRNA;190290;142;comp;;fin; °CDS;646671;;comp;;deb; °CDS;941489;156;comp fin; °CDS;190508;;comp;;deb; °CDS;649389;452;comp;;; ncRNA;942887;9;comp deb; °CDS;255010;736;;;; &tRNA;650501;1274;;;fin; °CDS;943055;;comp 23s; $rRNA;256658;228;;;fin; °CDS;651852;;comp;;deb; °CDS;961209;41;comp 5s; $rRNA;259646;173;;;deb; °CDS;696163;1535;comp;;; &tRNA;962339;390;comp fin; °CDS;259934;;comp;;; &tRNA;698934;1028;;;fin; °CDS;962806;;comp deb; °CDS;291358;35;;;fin; °CDS;700039;;;;deb; °CDS;1023375;1585; ; &tRNA;291879;1364;;;deb; °CDS;727560;1164;comp;;; &tRNA;1025212;17; fin; °CDS;293320;;;;; &tRNA;729252;32;comp;;fin; °CDS;1025306;; deb; °CDS;335194;402;;;fin; °CDS;729359;;comp;;deb; °CDS;1053321;2191; ; &tRNA;337399;633;;;deb; °CDS;739215;181;;;; &tRNA;1056331;98;comp fin; °CDS;338107;;comp;;; &tRNA;740257;246;;;fin; °CDS;1056506;; deb; °CDS;440466;496;comp;;deb; °CDS;740590;1199;;;deb; °CDS;1090984;14; ; &tRNA;441430;31;;;; &tRNA;743160;1090;;;; ncRNA;1091640;152; fin; °CDS;441536;;;;fin; °CDS;744325;;;;fin; °CDS;1091886;; deb; °CDS;469056;218;comp;;deb; °CDS;775944;2466;comp;;deb; °CDS;1098776;40;comp ; &tRNA;470000;15;;;16s; $rRNA;780333;1854;comp;;; &tRNA;1099281;145;comp ; &tRNA;470091;1922;;;fin; °CDS;783686;;comp;;fin; °CDS;1099511;;comp fin; °CDS;472090;;;;deb; °CDS;814590;349;comp;;deb; °CDS;1102351;475;comp ;;;;;;; &tRNA;815173;68;comp;;; &tRNA;1103456;130;comp ;;;;;;fin; °CDS;815317;;comp;;fin; °CDS;1103661;;comp </pre> ====rtb intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_tRNA|rtb intercalaires tRNA]] <pre> ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;; ;;;;;;;;;; ;15;;381;comp’;368;;17;31;'''deb; comp’;60;;108;comp’;1394;;26;32;<201;9 comp’;1051;;278;;110;;35;58;total;19 ;95;;17;;139;;40;62;taux;47% ;;;143;;167;;82;68;; ;;comp’;411;;142;;108;110;'''fin; ;;;;;;;143;130;<201;12 ;;;35;;1364;;176;139;total;21 ;;;402;comp’;633;;181;142;taux;57% ;;comp’;496;;31;;278;145;; ;;comp’;218;;1922;;349;145;'''total; ;;;1530;;218;;381;167;<201;21 ;;comp’;1278;;58;;382;218;total;40 ;;;26;;62;;402;222;taux;53% ;;;176;;248;;475;246;; ;;comp’;499;;222;;951;248;; ;;comp’;452;comp’;1274;;1164;1028;; ;;comp’;1535;;1028;;1199;1090;; ;;;1164;;32;;1530;1364;; ;;;181;;246;;'''-;1922;; ;;;1199;;1090;;'''-;2009;'''comp’;'''cumuls ;;;349;;68;;218;98;'''deb;9 ;;;82;comp’;183;;401;183;<201;0 ;;;382;;2009;;411;368;'''fin;7 ;;comp’;401;;145;;452;633;<201;2 ;;;951;comp’;1945;;496;1274;; ;;comp’;2191;comp’;98;;499;1394;'''total; ;;;40;;145;;1278;1945;<201;2 ;;;475;;130;;1535;'''-;total;16 ;;;;;;;2191;'''-;taux;13% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;9;14;23;;;;; ;;total;28;28;56;;;;; ;;taux;32%;50%;41%;;;;; </pre> ===rpl=== ====rpl opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_opérons|rpl opérons]] <pre> 29.0%GC;30.12.19 Paris;16s 1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rickettsia prowazekii str. Breinl ;;;;;;;;;;;; comp;31462..31892;;cds;;263;263;;;144;;p-preprotein translocase subunit YajC;* comp;32156..32181;;rpr;;870;870;;;26;;tandem;* comp;33052..33126;;ggc;;1253;1253;;;;;;* comp;34380..35750;;cds;;256;256;;;;;magnesium transporter;* comp;36007..36093;;ctc;;190;190;;;;;;* comp;36284..37144;;cds;;;;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;46825..47040;;cds;;31;31;;;72;;hp;* ;47072..47146;;gca;;1964;1964;;;;;;* ;49111..49650;;cds;;;;;;180;;copper chaperone Pcu(A)C;* ;;;;;;;;;;;;* comp;71150..76816;;cds;;933;933;;;1889;;alpha-2-macroglobulin family protein;* comp;77750..77826;;cgt;;1179;1179;;;;;;* ;79006..80241;;cds;;;;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;;* ;121704..121946;;cds;;984;984;;;81;;HU family DNA-binding protein;* comp;122931..123007;;gtc;;446;446;;;;;;* ;123454..124113;;cds;;;;;;220;;(d)CMP kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;126222..126827;;cds;;236;236;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;* ;127064..127139;;gcc;@1;830;;830;;;;;* comp;127970..128046;;gac;;365;365;;;;;;* ;128412..128843;;cds;;;;;;144;;ribosome-associated translation inhibitor RaiA;* ;;;;;;;;;;;;* ;171237..173012;;cds;;50;50;;;592;;aminopeptidase P family protein;* ;173063..173137;;caa;;49;;49;;;;;* comp;173187..173263;;cgg;;18;18;;;;;;* comp;173282..174265;;cds;;;;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;186344..187336;;cds;;58;58;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;* ;187395..187484;;tca;;354;354;;;;;;* comp;187839..188738;;cds;;;;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;* ;;;;;;;;;;;;* ;203097..203846;;cds;;219;219;;;250;;bifunctional N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase/glucosamine-1-phosphate acetyltransferase;* ;204066..204153;;tcc;;1457;1457;;;;;;* ;205611..206639;;cds;;;;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;299321..300853;;cds;;419;419;;;511;;hp;* comp;301273..301349;;atc;;15;;15;;;;;* comp;301365..301440;;aaa;;219;219;;;;;;* ;301660..302400;;cds;;;;;;247;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;328700..329635;;cds;;22;22;;;312;;site-specific tyrosine recombinase XerD;* comp;329658..329732;;tgc;;499;499;;;;;;* ;330232..330699;;cds;;;;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;429121..429807;;cds;;723;723;;;229;;hp;* comp;430531..430605;;aac;;359;359;;;;;;* comp;430965..432767;;cds;;;;;;601;;elongation factor 4;* ;;;;;;;;;;;;* ;473867..474352;;cds;;928;928;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;* comp;475281..475357;;atgj;;40;40;;;;;;* comp;475398..475883;;cds;;;;;;162;;30S ribosomal protein S9;* ;;;;;;;;;;;;* ;506934..508007;;cds;;183;183;;;358;;cell division protein ZapE;* comp;508191..508305;;5s;;240;;;;115;;;* comp;508546..511330;;23s;;716;716;;;2785;;;* comp;512047..512958;;cds;;;;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;577419..579725;;cds;;138;138;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;* ;579864..579939;;acg;;1026;1026;;;;;;* comp;580966..581169;;cds;;;;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;612439..612639;;cds;;143;143;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;612783..612858;;tgg;;143;143;;;;;;* comp;613002..615101;;cds;;;;;;700;;elongation factor G;* ;;;;;;;;;;;;* comp;656226..656870;;cds;;296;296;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;* comp;657167..657243;;atgf;;119;119;;;;;;* comp;657363..657599;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;* ;;;;;;;;;;;;* comp;678911..679213;;cds;;19;19;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;* comp;679233..679307;;acc;;159;159;;;;;;* comp;679467..680723;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;746326..746529;;cds;;1664;1664;;;68;;hp;* comp;748194..748268;;gaa;;109;109;;;;;;* comp;748378..749421;;cds;;;;;;348;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;756703..757686;;cds;;363;363;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;* ;758050..758125;;ttc;;564;564;;;;;;* ;758690..759730;;cds;;;;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;776202..776537;;cds;;154;154;;;112;;30S ribosomal protein S16;* ;776692..776766;;aca;;467;467;;;;;;* ;777234..777863;;cds;;;;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;779197..780348;;cds;;140;140;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;* ;780489..780573;;cta;;37;37;;;;;;* ;780611..781075;;cds;;;;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;* ;;;;;;;;;;;;* comp;823242..823559;;cds;;98;98;;;106;;DUF167 domain-containing protein;* ;823658..823734;;aga;;1364;1364;;;;;;* comp;825099..825230;;cds;;;;;;44;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;854241..854456;;cds;;17;17;;;72;;translation initiation factor IF-1;* comp;854474..854550;;cca;;1573;1573;;;;;;* comp;856124..856357;;cds;;;;;;78;;BolA family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;915034..915501;;cds;;391;391;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* ;915893..915969;;atgi;;41;41;;;;;;* ;916011..917099;;cds;;;;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;* ;;;;;;;;;;;;* ;953564..954742;;cds;;696;696;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* comp;955439..955530;;agc;;898;898;;;;;;* comp;956429..957373;;cds;;;;;;315;;ACP S-malonyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1009435..1011165;;cds;;142;142;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* comp;1011308..1011384;;cac;;346;346;;;;;;* ;1011731..1012414;;cds;;;;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1045414..1045656;;cds;;2381;2381;;;81;;hp;* comp;1048038..1048123;;tta;;135;135;;;;;;* comp;1048259..1048387;;cds;;;;;;43;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1056245..1056973;;cds;;188;188;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;1057162..1057247;;tac;;105;;105;;;;;* ;1057353..1057426;;gga;;82;82;;;;;;* ;1057509..1058693;;cds;;;;;;395;;elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;;* ;1072391..1072663;;cds;;62;62;;;91;;30S ribosomal protein S20;* ;1072726..1072801;;gta;;1181;1181;;;;;;* comp;1073983..1074648;;cds;;;;;;222;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1102136..1103935;;cds;;1458;1462;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;1105394..1106893;;16s;;1462;1462;;;1500;;;* ;1108356..1109301,1..184;;cds;;;;;;377;;P-hp;* </pre> ====rpl cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_cumuls|rpl cumuls]] <pre> rpl cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;12;30;0 ;23s5s;1;20;1;;50;9;40;;200;11;60;2 ;16s;1;40;;;100;4;80;;300;12;90;9 ;16s23s;0;60;1;;150;8;120;;400;15;120;4 ;max a;0;80;;;200;5;160;;500;2;150;2 ;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;4;180;6 ;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;2;210;2 ;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;5 sans ;opérons;29;160;;;400;5;320;;900;0;270;3 ;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;2 ;max a;2;200;;;500;2;400;;1100;0;330;5 ;a doubles;0;;1;;;21;;;;1;;20 ;total aas;33;;4;0;;63;;0;;60;;60 total aas;;33;;;;21;1204;;;;;; remarques;;1;;;;;453;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;528;;;;293;; ;;;variance;;;;558;;;;271;; sans jaune;;;moyenne;56;;;191;;;;243;;172 ;;;variance;45;;;140;;;;145;;89 </pre> ====rpl blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_blocs|rpl blocs]] ====rpl distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_distribution|rpl distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rpl;;25;;;;;25;;rpl;8;;;;;;8 </pre> ====rpl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_données_intercalaires|rpl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;rpl;fx;fc;rpl;fx40;fc40;rpl;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;0;5;0;0;5;-1;;10;1159;1179;tRNA tRNA;; ;0;10;2;64;1;0;8;-2;1;0;1253;984;;830;gcc ;3;20;4;35;2;0;10;-3;;0;256;446;**;;gac ;1;30;2;19;3;0;9;-4;;35;190;365;;49;caa ;3;40;4;11;4;0;11;-5;;0;31;354;**;;cgg ;2;50;1;8;5;2;4;-6;;0;1964;219;15;;atc ;1;60;4;10;6;0;4;-7;;2;933;499;**;;aaa ;1;70;5;14;7;0;3;-8;;17;236;723;105;;tac ;0;80;12;13;8;0;6;-9;;0;50;928;**;;gga ;1;90;7;18;9;0;6;-10;;1;18;1026;;; 1;0;100;4;16;10;0;3;-11;;2;58;1999;;; ;1;110;3;19;11;0;3;-12;;0;219;363;;; ;1;120;7;17;12;1;7;-13;;3;1457;98;;; ;0;130;4;21;13;0;3;-14;1;7;419;1971;;; ;2;140;3;17;14;1;2;-15;;0;22;696;;; ;3;150;3;14;15;1;3;-16;;1;359;346;;; ;2;160;3;22;16;1;4;-17;;6;40;373;;; ;0;170;4;16;17;0;2;-18;;0;138;188;;; ;0;180;6;8;18;0;4;-19;;0;143;1181;;; 1;1;190;4;10;19;0;4;-20;;1;143;;;; ;0;200;2;9;20;0;3;-21;;0;296;;;; ;0;210;3;4;21;0;5;-22;;1;119;;;; 1;1;220;6;5;22;0;1;-23;;5;19;;;; ;0;230;3;9;23;1;1;-24;;0;159;;;; ;1;240;0;5;24;0;6;-25;;1;109;;;; ;0;250;5;8;25;0;3;-26;;4;564;;;; ;1;260;4;5;26;0;1;-27;;0;154;;;; ;0;270;4;1;27;1;0;-28;;0;467;;;; ;0;280;0;4;28;0;1;-29;;0;140;;;; ;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;37;;;; ;1;300;1;0;30;0;1;-31;;0;17;;;; ;0;310;1;3;31;0;0;-32;;1;1573;;;; ;0;320;1;3;32;1;4;-33;;0;391;;;; ;0;330;0;1;33;1;3;-34;;0;41;;;; ;0;340;0;0;34;0;2;-35;1;1;898;;;; 1;0;350;3;4;35;1;0;-36;;0;142;;;; 1;1;360;0;1;36;0;0;-37;;0;2381;;;; 2;0;370;1;4;37;0;1;-38;;3;82;;;; 1;0;380;2;1;38;0;0;-39;;0;62;;;; ;0;390;4;1;39;1;1;-40;;0;CDS 16s;;;; ;1;400;1;0;40;0;0;-41;;1;1458;;;; 11;11;reste;59;102;reste;171;393;-42;;0;16s CDS;;;; 19;39;total;183;527;total;183;527;-43;;0;1463;;;; 8;28;diagr;124;420;diagr;12;129;-44;;1;CDS 23s;;;; 0;4; t30;8;118;;;;-45;;0;719;;;; ;;;;;;;;-46;;0;23s 5s;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;261;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;5s CDS;;;; ;x;183;5;0;188;;;-49;;0;-;183;;; ;c;522;103;5;630;;;-50;1;0;;;;; ;;;;;818;75;;reste;1;0;;;;; ;;;;;;893;;total;5;103;;;;; </pre> =====rpl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_autres_intercalaires_aas|rpl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;rpl;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;31462;31892;1159;*; ;comp;tRNA;33052;33126;1253;*;ggc deb;comp;CDS;34380;35750;256;*; ;comp;tRNA;36007;36093;190;*;ctc fin;comp;CDS;36284;37144;;0; deb;;CDS;46825;47040;31;*; ;;tRNA;47072;47146;1964;*;gca fin;;CDS;49111;49650;;; deb;comp;CDS;71150;76816;933;*; ;comp;tRNA;77750;77826;1179;*;cgt fin;;CDS;79006;80241;;; deb;;CDS;121704;121946;984;*; ;comp;tRNA;122931;123007;446;*;gtc fin;;CDS;123454;124113;;; deb;;CDS;126222;126827;236;*; ;;tRNA;127064;127139;830;*;gcc ;comp;tRNA;127970;128046;365;*;gac fin;;CDS;128412;128915;;; deb;comp;CDS;160532;163174;244;*; ;;ncRNA;163419;163803;171;*; fin;;CDS;163975;164643;;; deb;;CDS;171237;173012;50;*; ;;tRNA;173063;173137;49;*;caa ;comp;tRNA;173187;173263;18;*;cgg fin;comp;CDS;173282;174265;;; deb;;CDS;186344;187336;58;*; ;;tRNA;187395;187484;354;*;tca fin;comp;CDS;187839;188738;;; deb;;CDS;203097;203846;219;*; ;;tRNA;204066;204153;1457;*;tcc fin;;CDS;205611;206639;;0; deb;comp;CDS;299321;300853;419;*; ;comp;tRNA;301273;301349;15;*;atc ;comp;tRNA;301365;301440;219;*;aaa fin;;CDS;301660;302400;;; deb;comp;CDS;328700;329635;22;*; ;comp;tRNA;329658;329732;499;*;tgc fin;;CDS;330232;330699;;; deb;;CDS;429121;429807;723;*; ;comp;tRNA;430531;430605;359;*;aac fin;comp;CDS;430965;432767;;0; deb;;CDS;473867;474352;928;*; ;comp;tRNA;475281;475357;40;*;atgj fin;comp;CDS;475398;475883;;; deb;;CDS;506934;508007;183;*; ;comp;rRNA;508191;508305;261;*;115 ;comp;rRNA;508567;511327;719;*;2761 fin;comp;CDS;512047;512958;;; deb;;CDS;577419;579725;138;*; ;;tRNA;579864;579939;1026;*;acg fin;comp;CDS;580966;581169;;0; deb;comp;CDS;612439;612639;143;*; ;comp;tRNA;612783;612858;143;*;tgg fin;comp;CDS;613002;615101;;; deb;comp;CDS;656226;656870;296;*; ;comp;tRNA;657167;657243;119;*;atgf fin;comp;CDS;657363;657599;;; deb;comp;CDS;678911;679213;19;*; ;comp;tRNA;679233;679307;159;*;acc fin;comp;CDS;679467;680723;;; deb;;CDS;745691;746194;1999;*; ;comp;tRNA;748194;748268;109;*;gaa fin;comp;CDS;748378;749594;;; deb;comp;CDS;756703;757686;363;*; ;;tRNA;758050;758125;564;*;ttc fin;;CDS;758690;759730;;; deb;;CDS;776202;776537;154;*; ;;tRNA;776692;776766;467;*;aca fin;;CDS;777234;777863;;; deb;;CDS;779197;780348;140;*; ;;tRNA;780489;780573;37;*;cta fin;;CDS;780611;781075;;0; deb;comp;CDS;786459;787982;143;*; ;comp;ncRNA;788126;788219;14;*; fin;comp;CDS;788234;788875;;0; deb;comp;CDS;823242;823559;98;*; ;;tRNA;823658;823734;1971;*;aga fin;comp;CDS;825706;826527;;; deb;comp;CDS;854241;854456;17;*; ;comp;tRNA;854474;854550;1573;*;cca fin;comp;CDS;856124;856357;;0; deb;;CDS;915034;915501;391;*; ;;tRNA;915893;915969;41;*;atgi fin;;CDS;916011;917099;;; deb;;CDS;934616;934933;9;*; ;;ncRNA;934943;935101;153;*; fin;;CDS;935255;936496;;0; deb;;CDS;953564;954742;696;*; ;comp;tRNA;955439;955530;898;*;agc fin;comp;CDS;956429;957373;;; deb;comp;CDS;963044;963856;74;*; ;;tmRNA;963931;964460;185;*; fin;;CDS;964646;965125;;; deb;comp;CDS;1009435;1011165;142;*; ;comp;tRNA;1011308;1011384;346;*;cac fin;;CDS;1011731;1012414;;; deb;comp;CDS;1045414;1045656;2381;*; ;comp;tRNA;1048038;1048123;373;*;tta fin;;CDS;1048497;1048709;;; deb;comp;CDS;1056245;1056973;188;*; ;;tRNA;1057162;1057247;105;*;tac ;;tRNA;1057353;1057426;82;*;gga fin;;CDS;1057509;1058693;;; deb;;CDS;1072391;1072663;62;*; ;;tRNA;1072726;1072801;1181;*;gta fin;comp;CDS;1073983;1074648;;; deb;;CDS;1102136;1103935;1458;*; ;;rRNA;1105394;1106892;1463;*;1499 fin;;CDS;1108356;17;;; </pre> ===rpm=== ====rpm opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm opérons]] <pre> ;20 m23s;17 m16s;;;;;;;;;; ;;9 m16s seuls;;;;;;;;;; http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_phot_DSM_122/rhodPhot_DSM122-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017059.1;rpm;;genome;24.12.19;;;;;;;; 64.7%GC;26.12.19 Paris;16s 7;95 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rhodospirillum photometricum DSM 122;;;;;;;;;;;; comp;3322..4194;;cds;;30;30;;;291;;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein;* comp;4225..4821;;23s°;@1;196;;;;595;;;* comp;5018..5093;;gca;;182;;;;;;;* comp;5276..5684;;16s°;;38;38;;;407;;;* ;5723..6664;;cds;;;;;;314;;SEL1-like repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp <;12458..13198;;cds;;242;242;;;247;;p-transposase;* comp;13441..13555;;5s;@2;72;;;;113;;;* comp;13628..13880;;23s°;;-7;*-7;;;251;;;* comp;13874..15127;;cds;;;;;;418;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;21325..22362;;cds;;586;*586;;;346;;hp;* ;22949..23237;;16s°;;85;85;;;287;;;* comp;23323..23490;;cds;;;;;;56;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;24015..24287;;cds;;250;250;;;91;;TraYdomain-containingprotein;* comp;24538..24652;;5s;;71;;;;113;;;* comp;24724..27490;;23s;;212;;;;2765;;;* comp;27703..27779;;atc;;112;;;;;;;* comp;27892..28378;;16s°;;18;18;;;485;;;* <>;28397..29119;;cds;;;;;;241;;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;32782..33759;;cds;;190;190;;;326;;glycosyltransferase;* ;33950..34357;;16s°;;112;;;;406;;;* ;34470..34546;;atc;;216;;;;;;;* ;34763..35591;;23s°;;44;;;;827;;;* comp;35636..35750;;5s;;72;;;;113;;;* comp;35823..38589;;23s;;215;;;;2765;;;* comp;38805..38881;;atc;;112;;;;;;;* comp;38994..40502;;16s;;260;;;;1507;;;* comp;40763..42629;;23s°;;-15;;;;1865;;;* ;42615..42903;;16s°;;112;;;;287;;;* ;43016..43092;;atc;;213;;;;;;;* ;43306..44132;;23s°;;-1;;;;825;;;* comp;44132..44835;;23s°;;-5;*-5;;;702;;;* ;44831..45121;;cds;;;;;;97;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* <;45496..45768;;cds;;553;*553;;;91;;p-glycosyl transferase family 1;* ;46322..47040;;16s°;;0;*0;;;717;;;* comp;47041..47433;;cds;;;;;;131;;winged helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;49761..51017;;cds;;128;128;;;419;;glycosyltransferase;* comp;51146..51221;;23s°;;214;;;;74;;;* comp;51436..51512;;atc;;112;;;;;;;* comp;51625..52017;;16s°;;-7;;;;391;;;* ;52011..52881;;23s°;;106;106;;;869;;;* ;52988..53464;;cds;;-37;*-37;;;159;;hp;* >;53428..53694;;cds;;86;86;;;89;;p-glycosyltransferase;* comp;53781..54709;;23s°;;26;;;;927;;;* ;54736..54898;;16s°;;112;;;;161;;;* ;55011..55087;;atc;;216;;;;;;;* ;55304..55741;;23s°;;438;*438;;;436;;;* ;56180..56440;;cds;;;;;;87;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;82891..83088;;cds;;116;116;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;83205..83280;;tgg;;199;199;;;;;;* >comp;83480..84178;;cds;;;;;;233;;p-elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;;* ;417242..417412;;cds;;142;142;;;57;;tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase;* ;417555..417631;;atgj;+;24;;24;;;;;* ;417656..417732;;atgj;2 atgj;38;38;;;;;;* comp;417771..418796;;cds;;;;;;342;;tRNA epoxyqueuosine(34) reductase QueG;* ;;;;;;;;;;;;* ;434306..435142;;cds;;512;*512;;;279;;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase;* ;435655..435842;;16s°;;-6;;;;186;;;* ;435837..436075;;23s°;;72;;;;237;;;* ;436148..436262;;5s;;51;;;;113;;;* ;436314..436390;;atgf;;196;196;;;;;;* ;436587..436883;;cds;;;;;;99;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;467261..468370;;cds;;167;167;;;370;;3-isopropylmalate dehydrogenase;* ;468538..468667;;23s°;;72;;;;128;;;* ;468740..468854;;5s;;51;;;;113;;;* ;468906..468982;;atgf;;125;125;;;;;;* ;469108..469863;;cds;;;;;;252;;SAM-dependent chlorinase/fluorinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;534521..536161;;cds;;367;367;;;547;;glucose-6-phosphate isomerase;* ;536529..536603;;acg;;92;92;;;;;;* comp;536696..537778;;cds;;;;;;361;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;658467..658931;;cds;;110;110;;;155;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;659042..659116;;gtc;;155;155;;;;;;* ;659272..660159;;cds;;106;106;;;296;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;660266..660340;;gtc;;648;*648;;;;;;* comp;660989..661800;;cds;;;;;;271;;p-N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* 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;875638..876117;;cds;;;;;;160;;CreA family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;885688..886299;;cds;;176;176;;;204;;LysE family translocator;* ;886476..886552;;ccc;;144;144;;;;;;* comp;886697..887233;;cds;;;;;;179;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;932708..934243;;cds;;93;93;;;512;;Fic family protein;* comp;934337..934413;;cgt;+;35;;35;;;;;* comp;934449..934525;;cgt;3 cgt;44;;44;;;;;* comp;934570..934646;;cgt;;449;*449;;;;;;* ;935096..936175;;cds;;;;;;360;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;978995..979396;;cds;;138;138;;;134;;MFS transporter;* comp;979535..979609;;ggc;+;23;;23;;;;;* comp;979633..979707;;ggc;4 ggc;45;;45;;;;;* comp;979753..979827;;ggc;;29;;29;;;;;* comp;979857..979931;;ggc;;206;206;;;;;;* ;980138..981679;;cds;;;;;;514;;murein biosynthesis integral membrane protein MurJ;* ;;;;;;;;;;;;* ;997575..997898;;cds;;95;95;;;108;;DUF1476 domain-containing protein;* comp;997994..998067;;cag;+;54;;54;;;;;* comp;998122..998195;;cag;2 cag;168;168;;;;;;* ;998364..999509;;cds;;;;;;382;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1050081..1051028;;cds;;60;60;;;316;;NnrS family protein;* comp;1051089..1051163;;acc;+;16;;16;;;;;* comp;1051180..1051254;;acc;3 acc;18;;18;;;;;* comp;1051273..1051347;;acc;;170;170;;;;;;* comp;1051518..1053305;;cds;;;;;;596;;EAL domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1197836..1199341;;cds;;197;197;;;502;;aldehyde dehydrogenase;* ;1199539..1199623;;cta;;126;126;;;;;;* ;1199750..1201090;;cds;;;;;;447;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1206196..1206501;;cds;;93;93;;;102;;HU family DNA-binding protein;* ;1206595..1206670;;gta;;50;50;;;;;;* ;1206721..1207092;;cds;;;;;;124;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1213113..1214459;;cds;;210;210;;;449;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit;* comp;1214670..1214874;;16s°;;600;*600;;;203;;;* comp;1215475..1216716;;cds;;;;;;414;;polyphosphate kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1349719..1350132;;cds;;109;109;;;138;;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha;* comp;1350242..1350608;;23s°;;212;;;;365;;;* comp;1350821..1350897;;atc;;115;;;;;;;* comp;1351013..1351438;;16s°;;23;23;;;424;;;* < comp;1351462..1352160;;cds;;;;;;233;;p-tetratricopeptide repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1359745..1360302;;cds;;176;176;;;186;;hp;* ;1360479..1360555;;gac;+;37;;37;;;;;* ;1360593..1360669;;gac;2 gac;274;274;;;;;;* ;1360944..1361204;;cds;;;;;;87;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1416615..1417769;;cds;;214;214;;;385;;glycosyltransferase family 61 protein;* ;1417984..1418074;;tcc;;154;154;;;;;;* comp;1418229..1419095;;cds;;;;;;289;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1472421..1473403;;cds;;250;250;;;328;;biotin synthase BioB;* comp;1473654..1473740;;ttg;;77;77;;;;;;* comp;1473818..1474678;;cds;;;;;;287;;homocysteine S-methyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1735298..1736380;;cds;;209;209;;;361;;DUF262 domain-containing protein;* ;1736590..1736859;;23s°;;72;;;;268;;;* ;1736932..1737046;;5s;;52;;;;113;;;* ;1737099..1737175;;atgf;;93;93;;;;;;* comp;1737269..1737694;;cds;;;;;;142;;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1812365..1813924;;cds;;894;*894;;;520;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;1814819..1815040;;16s°;;-7;*-7;;;222;;;* <comp;1815034..1815837;;cds;;80;80;;;268;;p-elongation factor Tu;* comp;1815918..1815991;;gga;;34;;34;;;;;* comp;1816026..1816111;;tac;;144;144;;;;;;* ;1816256..1817143;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1833109..1833603;;cds;;83;83;;;165;;MBL fold metallo-hydrolase;* comp;1833687..1833762;;aag;+;24;;24;;;;;* comp;1833787..1833862;;aag;2 aag;198;198;;;;;;* comp;1834061..1835224;;cds;;;;;;388;;rod shape-determining protein RodA;* ;;;;;;;;;;;;* >;1941413..1943059;;cds;;-30;*-30;;;549;;p-recombinase family protein;* comp;1943030..1943121;;agc;;160;160;;;;;;* comp;1943282..1944133;;cds;;;;;;284;;FAD-dependent thymidylate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2087696..2090938;;cds;;705;*705;;;1081;;PAS domain-containing protein;* ;2091644..2091826;;16s°;;7;7;;;181;;;* ;2091834..2092247;;cds;;;;;;138;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2095044..2095490;;cds;;48;48;;;149;;hp;* comp;2095539..2095733;;16s°;;614;*614;;;193;;;* comp;2096348..2097337;;cds;;;;;;330;;trypsin-like serine protease;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2113248..2114603;;cds;;219;219;;;452;;hp;* comp;2114823..2114899;;aga;;55;55;;;;;;* comp;2114955..2115251;;cds;;71;71;;;99;;ETC complex I subunit;* comp;2115323..2115399;;cca;;261;261;;;;;;* comp;2115661..2115960;;cds;;;;;;100;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2144042..2146288;;cds;;308;308;;;749;;HAMP domain-containing protein;* ;2146597..2147256;;23s°;;72;;;;658;;;* ;2147329..2147443;;5s;;52;;;;113;;;* ;2147496..2147572;;atgf;;645;*645;;;;;;* comp;2148218..2148664;;cds;;;;;;149;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2268003..2268461;;cds;;87;87;;;153;;23S rRNA (pseudouridine(1915)-N(3))-methyltransferase RlmH;* comp;2268549..2268625;;ccg;+;165;;*165;;;;;* comp;2268791..2268867;;ccg;2 ccg;56;56;;;;;;* comp;2268924..2269910;;cds;;;;;;329;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2321621..2322145;;cds;;332;332;;;175;;hp;* ;2322478..2322554;;ccc;;225;225;;;;;;* ;2322780..2322974;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2393295..2396009;;cds;@3;1003;*1003;;;905;;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3;* ;2397013..2397919;;16s°;;2;2;;;905;;;* ;2397922..2400888;;cds;;;;;;989;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2517845..2520559;;cds;;229;229;;;905;;phosphoenolpyruvate carboxylase;* comp;2520789..2520903;;5s;;72;;;;113;;;* comp;2520976..2521339;;23s°;;189;189;;;362;;;* comp;2521529..2522152;;cds;;;;;;208;;3-isopropylmalate dehydratase small subunit;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2596508..2596738;;cds;;989;989;;;77;;motility twitching protein PilT;* comp;2597728..2597815;;tca;;194;194;;;;;;* ;2598010..2599204;;cds;;;;;;398;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2621435..2622058;;cds;;106;106;;;208;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* comp;2622165..2622251;;ctc;;202;202;;;;;;* ;2622454..2623107;;cds;;;;;;218;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;2631201..2631554;;cds;;192;192;;;118;;hp;* ;2631747..2631822;;gcc;+;70;;70;;;;;* ;2631893..2631968;;gcc;4 gcc;69;;69;;;;;* ;2632038..2632113;;gcc;;57;;57;;;;;* ;2632171..2632246;;gcc;;166;166;;;;;;* <;2632413..2632965;;cds;;-41;*-41;;;184;;p-IS256 family transposase;* ;2632925..2633473;;cds;;30;30;;;183;;hp;* comp;2633504..2633579;;aca;;93;93;;;;;;* comp;2633673..2634200;;cds;;271;271;;;176;;N-acetyltransferase;* comp;2634472..2634561;;tcg;;155;155;;;;;;* ;2634717..2635742;;cds;;;;;;342;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2655872..2656489;;cds;;182;182;;;206;;YitT family protein;* comp;2656672..2656747;;gag;;141;141;;;;;;* comp;2656889..2657674;;cds;;;;;;262;;MetQ/NlpA family ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2758160..2758312;;cds;;110;110;;;51;;light-harvesting protein;* comp;2758423..2758509;;tta;;94;94;;;;;;* comp;2758604..2759899;;cds;;;;;;432;;bifunctional folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* >;2768823..2769518;;cds;;-12;*-12;;;232;;methyltransferase;* ;2769507..2769776;;23s°;;71;;;;268;;;* ;2769848..2769962;;5s;;118;118;;;113;;;* comp;2770081..2771016;;cds;;;;;;312;;tetratricopeptide repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2792922..2794778;;cds;;129;129;;;619;;glutathione-regulated potassium-efflux system protein KefB;* ;2794908..2794982;;caa;;92;92;;;;;;* comp;2795075..2795686;;cds;;;;;;204;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2862755..2862982;;cds;;123;123;;;76;;hp;* ;2863106..2863182;;cca;;117;;*117;;;;;* ;2863300..2863374;;atgi;;373;;*373;;;;;* ;2863748..2863823;;gca;;157;;*157;;;;;* ;2863981..2864056;;aca;;15;;;;;;;* ;2864072..2864317;;cds;;8;;;;82;;DUF2829 domain-containing protein;* ;2864326..2864401;;aaa;;250;250;;;;;;* >;2864652..2865041;;cds;;;;;;130;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2867066..2868112;;cds;;76;76;;;349;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;2868189..2868264;;aaa;;99;99;;;;;;* comp;2868364..2868870;;cds;;;;;;169;;peptidylprolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2893891..2894430;;cds;;25;25;;;180;;phage portal protein;* ;2894456..2894570;;5s;;51;;;;113;;;* ;2894622..2894698;;atgf;;285;285;;;;;;* ;2894984..2895400;;cds;;;;;;139;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3034652..3035092;;cds;;250;250;;;147;;hp;* comp;3035343..3035418;;aaa;;8;8;;;;;;* comp;3035427..3035986;;cds;;;;;;187;;DUF2829 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3305068..3306534;;cds;;379;*379;;;489;;S8 family serine peptidase;* comp;3306914..3306989;;ttc;+;29;;29;;;;;* comp;3307019..3307094;;ttc;4 ttc;34;;34;;;;;* comp;3307129..3307204;;ttc;;33;;33;;;;;* comp;3307238..3307313;;ttc;;60;60;;;;;;* comp;3307374..3308864;;cds;;;;;;497;;RimK family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3332977..3334356;;cds;;54;54;;;460;;type II secretion system protein;* ;3334411..3334487;;cgg;;176;176;;;;;;* < comp;3334664..3335983;;cds;;;;;;440;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3408217..3409026;;cds;;91;91;;;270;;hp;* comp;3409118..3409232;;5s;;71;;;;113;;;* comp;3409304..3409410;;23s°;;1;*1;;;105;;;* <;3409412..3409711;;cds;;;;;;100;;p-IS5/IS1182 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3456276..3461666;;cds;;387;*387;;;1797;;alpha-2-macroglobulin family protein;* ;3462054..3462130;;agg;;29;29;;;;;;* ;3462160..3462951;;cds;;;;;;264;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3500025..3500675;;cds;;210;210;;;217;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;3500886..3500959;;tgc;+;27;;27;;;;;* ;3500987..3501061;;aac;2 aac;31;;31;;;;;* ;3501093..3501167;;aac;;84;84;;;;;;* comp;3501252..3501659;;cds;;;;;;136;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3639978..3641276;;cds;;172;172;;;433;;outer membrane efflux protein;* ;3641449..3641525;;gcg;+;70;;70;;;;;* ;3641596..3641671;;gcg;3 gcg;33;;33;;;;;* ;3641705..3641780;;gcg;;389;*389;;;;;;* ;3642170..3644392;;cds;;;;;;741;;sigma-54-dependent Fis family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;3651524..3652711;;cds;;55;55;;;396;;aminotransferase;* ;3652767..3652843;;cac;;202;202;;;;;;* <comp;3653046..3653543;;cds;;;;;;166;;arsenical-resistance protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;3710072..3710840;;cds;;126;126;;;256;;TonB family protein;* comp;3710967..3711042;;gaa;+;214;;*214;;;;;* comp;3711257..3711332;;gaa;2 gaa;125;125;;;;;;* comp;3711458..3711664;;cds;;;;;;69;;cold-shock protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3727874..3729085;;cds;;828;*828;;;404;;hp;* ;3729914..3730068;;16s°;;87;87;;;153;;;* ;3730156..3730545;;cds;;;;;;130;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3804728..3805231;;cds;;118;118;;;168;;response regulator;* comp;3805350..3805425;;gag;;241;241;;;;;;* comp;3805667..3806140;;cds;;;;;;158;;transcription elongation factor GreA;* ;;;;;;;;;;;;* ;3813820..3815895;;cds;;138;138;;;692;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;3816034..3816109;;atgi;;94;94;;;;;;* ;3816204..3818993;;cds;;;;;;930;;diguanylate cyclase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3827982..3828878;;cds;;90;90;;;299;;phosphoserine phosphatase SerB;* comp;3828969..3829042;;ggg;@5;292;292;;;;;;* ;3829335..3830670;;cds;;;;;;445;;chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3832305..3833264;;cds;;311;311;;;320;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;3833576..3833662;;ctg;+;47;;47;;;;;* ;3833710..3833796;;ctg;5 ctg;153;;*153;;;;;* ;3833950..3834036;;ctg;;48;;48;;;;;* ;3834085..3834171;;ctg;;47;;47;;;;;* ;3834219..3834305;;ctg;;113;113;;;;;;* ;3834419..3835039;;cds;;;;;;207;;ribonuclease D;* </pre> ====rpm cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_cumuls|rpm cumuls]] <pre> rpm cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300 avec rRNA;opérons;27;1;0;;1;9;1;;100;20;1;0 ;16s°atc23s°;7;20;2;;50;15;40;;200;35;30;0 ;16s°gca23s°;1;40;14;;100;30;80;;300;30;60;3 ;16s°23s°;1;60;7;;150;24;120;;400;23;90;10 ;max a;1;80;3;;200;23;160;;500;14;120;10 ;a doubles;0;100;0;;250;16;200;;600;7;150;14 ;spéciaux;18;120;1;;300;5;240;;700;2;180;13 ;total aas;13;140;0;;350;4;280;;800;3;210;11 sans ;opérons;47;160;2;;400;5;320;;900;0;240;6 ;1 aa;30;180;1;;450;2;360;;1000;4;270;9 ;max a;5;200;0;;500;0;400;;1100;1;300;9 ;a doubles;15;;2;;;14;;;;2;;56 ;total aas;79;;32;0;;147;;0;;141;;141 total aas;;92;;;;;;;;;;; remarques;;5;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;69;;;194;;;;310;; ;;;variance;75;;;197;;;;248;; sans jaune;;;moyenne;39;;;147;;;;252;;170 ;;;variance;16;;;112;;;;134;;71 </pre> ====rpm blocs==== ====rpm blocs protéines==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_protéines|rpm blocs protéines]] <pre> 23s;23s rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB 3-isop;3-isopropylmalate dehydrogenase 3-isop-sub;3-isopropylmalate dehydratase small subunit acetyl;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit cas3;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3 CDP;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase ComF;ComF family protein CRISPR;CRISPR DUF262;DUF262 domain-containing protein FeFe;[FeFe] hydrogenase H-cluster radical SAM maturase HydE glyco;glycosyltransferase HAMP;HAMP domain-containing protein LysM ;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein methyl;methyltransferase NAD;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha p-elon;p-elongation factor Tu p-EscV;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein p-glyco;p-glycosyltransferase P-glyco1;p-glycosyl transferase family 1 p-IS5;p-IS5/IS1182 family transposase p-tetra;p-tetratricopeptide repeat protein p-trans;p-transposase PAS;PAS domain-containing protein peptido;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein phage;phage portal protein phospho;phosphoenolpyruvate carboxylase polypho;polyphosphate kinase respons;response regulator SAM;SAM-dependent chlorinase/fluorinase SEL1;SEL1-like repeat protein tetra;tetratricopeptide repeat protein TraY;TraY domain-containing protein trypsin;trypsin-like serine protease type II;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin VWA;VWA domain-containing protein winged ;winged helix-turn-helix domain-containing protein </pre> ====rpm blocs construits==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_construits|rpm blocs construits]] *Notes: J'ai gardé les symboles de coloration. Il suffit de les rechercher et les remplacer et sans désélectionner colorer comme suite: *: - '''*''' jaune, ffff00 *: - '''$''' orange, ff6600 *: - '''?''' cyan, 66ffff *: - '''§''' vert, 99ff33 *: - '''&''' bleu, 00ccff *: - '''(''' gris, dddddd *: - enlever le '''gras''', et <u>surligne</u>. <pre> rpm blocs;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;9 blocs 16s° solitaires, 6 blocs atc gca;;;;;;;;;;9 blocs 23s°5s, 3 blocs complets;;;;;; sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait;;sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait ;21325..22362;;cds;586;346;hp;1493;;;comp;13874..15127;;cds;-7;418;hp;1505; ;22949..23237;;*16s°;85;§287;;;;;comp;13628..13880;;*23s°;?72;§251;;; comp;23323..23490;;cds;;56;hp;;b3;;comp;13441..13555;;$5s;242;§113;;; ;;;;;;;;;;comp <;12458..13198;;cds;;247;p-trans;;b5 <;45496..45768;;cds;553;91;p-glyco1;1383;;;;;;;;;;; ;46322..47040;;*16s°;0;§717;;;;;comp;691078..691773;;cds;4;232;ComF;814; comp;47041..47433;;cds;;131;winged ;;b4;;;691778..691897;;*23s°;?72;§118;;; 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ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;atgj2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;cag2;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;;ccg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;;gac;;ggc;;cgt3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;ctg5;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;3;aga;1;gaa2;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;gac2;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;gcc4;gta;;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;gcg3;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc4;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;gtg2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;2;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;2;ggg;1;ttc4;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;3;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;gca >1 16s;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rpm;;30;;;;;30;;rpm;7;;;;;;7;;rpm;42;;;;;;42;;rpm;;;;5;;;5 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;5 1-3aas;;; </pre> ====rpm données intercalaires==== autres intercalaires aas *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_données_intercalaires|rpm données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;rpm;fx;fc;rpm;fx40;fc40;rpm;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;4;9;0;4;16;-1;0;65;418;38; CDS 16s;;;tRNA tRNA;; ;2;10;14;213;1;2;30;-2;3;1;116;367;néant;;;24;;atgj ;1;20;6;171;2;1;36;-3;0;0;199;92;5s CDS;;;**;;atgj ;1;30;8;116;3;2;23;-4;7;338;142;155;173;114;;25;;gtg 1;0;40;27;74;4;2;31;-5;0;0;196;648;250;161;;**;;gtg ;1;50;95;61;5;2;22;-6;0;0;125;195;229;118;;35;;cgt 2;4;60;78;63;6;1;8;-7;0;3;110;144;25;91;;44;;cgt ;0;70;47;80;7;0;11;-8;1;40;106;93;23s 5s;;;**;;cgt 2;3;80;30;75;8;2;18;-9;1;0;350;449;68;;;23;;ggc 2;4;90;21;68;9;0;20;-10;0;6;88;206;16s tRNA;;;45;;ggc 5;4;100;27;59;10;2;14;-11;0;18;81;95;116;;atc;29;;ggc 1;3;110;24;54;11;0;18;-12;0;0;176;168;tRNA 23s;;;**;;ggc ;3;120;25;53;12;1;29;-13;1;8;138;60;240;;atc;54;;cag 1;5;130;18;63;13;0;19;-14;1;20;170;154;243;;atc;**;;cag ;2;140;25;50;14;2;16;-15;0;0;197;93;5s tRNA;;;16;;acc 1;3;150;21;57;15;1;22;-16;0;2;126;195;51;;atgf;18;;acc 3;1;160;16;56;16;0;21;-17;0;10;93;645;51;;atgf;**;;acc 1;2;170;16;42;17;1;16;-18;3;0;50;87;52;;atgf;37;;gac 1;3;180;18;38;18;1;12;-19;1;3;176;74;52;;atgf;**;;gac 1;1;190;16;37;19;0;13;-20;1;5;274;194;51;;atgf;34;;gga 3;5;200;19;32;20;0;5;-21;0;0;214;205;;;;**;;tac 3;0;210;19;37;21;1;17;-22;0;1;250;538;;;;24;;aag ;3;220;8;25;22;0;13;-23;0;5;77;155;;;;**;;aag ;1;230;21;27;23;1;11;-24;0;0;80;110;;;;165;;ccg ;0;240;12;29;24;1;13;-25;0;1;83;92;;;;**;;ccg ;4;250;13;36;25;1;11;-26;3;5;198;76;;;;70;;gcc ;0;260;17;12;26;0;9;-27;0;0;141;54;;;;69;;gcc ;1;270;15;16;27;0;8;-28;0;2;160;176;;;;57;;gcc ;2;280;26;10;28;1;14;-29;2;5;219;387;;;;**;;gcc ;1;290;14;13;29;1;12;-30;0;0;55;210;;;;117;;cca 1;0;300;13;11;30;2;8;-31;0;5;71;84;;;;373;;atgi ;0;310;15;12;31;0;7;-32;0;2;261;184;;;;157;;gca 1;0;320;9;9;32;2;10;-33;0;0;56;126;;;;**;;aca ;0;330;8;12;33;1;12;-34;0;3;225;292;;;;29;;ttc ;0;340;8;8;34;5;4;-35;0;1;989;311;;;;34;;ttc ;1;350;9;8;35;0;4;-36;0;0;106;;;;;33;;ttc ;0;360;6;8;36;3;9;-37;0;2;192;;;;;**;;ttc 1;0;370;8;9;37;3;10;-38;0;5;166;;;;;27;;tgc ;1;380;4;5;38;5;5;-39;0;0;93;;;;;31;;aac 1;1;390;6;8;39;4;6;-40;0;1;271;;;;;**;;aac ;0;400;13;4;40;4;7;-41;0;2;182;;;;;70;;gcg 4;2;reste;99;76;reste;847;1263;-42;1;0;141;;;;;33;;gcg 35;65;total;898;1846;total;906;1853;-43;0;4;94;;;;;**;;gcg 31;63;diagr;795;1761;diagr;55;574;-44;1;2;129;;;;;214;;gaa 0;4; t30;28;500;;;;-45;0;0;123;;;;;**;;gaa ;;;;;;;;-46;0;0;15;;;;;47;;ctg ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;2;8;;;;;153;;ctg ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;250;;;;;48;;ctg ;x;902;46;4;952;;;-49;2;2;99;;;;;47;;ctg ;c;1837;603;9;2449;;;-50;0;2;285;;;;;**;;ctg ;;;;;3401;244;;reste;16;32;250;;;;;;; ;;;;;;3645;;total;46;603;8;;;;;;; ;;;;;;;;;;;379;;;;;;; ;;;;;;;;;;;60;;;;;;; ;;;;;;;;;;;29;;;;;;; ;;;;;;;;;;;172;;;;;;; ;;;;;;;;;;;389;;;;;;; ;;;;;;;;;;;55;;;;;;; ;;;;;;;;;;;125;;;;;;; ;;;;;;;;;;;118;;;;;;; ;;;;;;;;;;;241;;;;;;; ;;;;;;;;;;;138;;;;;;; ;;;;;;;;;;;220;;;;;;; ;;;;;;;;;;;90;;;;;;; ;;;;;;;;;;;113;;;;;;; </pre> =====rpm autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_autres_intercalaires_aas|rpm autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;rpm;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas deb;comp;CDS;3322;4086;198; ;comp;misc_f;4285;4778;239; ;comp;tRNA;5018;5093;199;gca ;comp;misc_f;5293;5425;62; ;comp;misc_f;5488;5583;7; fin;;CDS;5591;6664;; deb;comp;CDS;12473;13267;173; ;comp;rRNA;13441;13555;82;115 ;comp;misc_f;13638;13881;-8; fin;comp;CDS;13874;15127;; deb;;CDS;21325;22362;656; ;;misc_f;23019;23290;32; fin;comp;CDS;23323;23490;; deb;comp;CDS;24015;24287;250; ;comp;rRNA;24538;24652;68;115 ;comp;rRNA;24721;27462;240;2742 ;comp;tRNA;27703;27779;129;atc ;comp;misc_f;27909;28041;5; ;comp;misc_f;28047;28494;-14; fin;;CDS;28481;29194;; deb;comp;CDS;32782;33759;290; ;;misc_f;34050;34145;62; ;;misc_f;34208;34340;129; ;;tRNA;34470;34546;259;atc ;;misc_f;34806;35299;7; ;comp;misc_f;35307;35750;69; ;comp;rRNA;35820;38561;243;2742 ;comp;tRNA;38805;38881;116;atc ;comp;rRNA;38998;40479;268;1482 ;;misc_f;40748;45159;-2406; ;;misc_f;42754;42886;129; ;;tRNA;43016;43092;256;atc ;;misc_f;43349;43842;7; ;;misc_f;43850;44142;601; fin;;CDS;44744;45121;; deb;;CDS;45496;45768;576; ;;misc_f;46345;47084;10; fin;comp;CDS;47095;47433;; deb;comp;CDS;49761;51017;418; ;comp;tRNA;51436;51512;129;atc ;comp;misc_f;51642;51774;62; ;comp;misc_f;51837;51932;84; ;;misc_f;52017;52217;76; ;;misc_f;52294;52918;69; fin;;CDS;52988;53464;; deb;;CDS;53428;53694;87; ;comp;misc_f;53782;53921;72; ;comp;misc_f;53994;54619;90; ;;misc_f;54710;54881;129; ;;tRNA;55011;55087;289;atc ;;misc_f;55377;55746;433; fin;;CDS;56180;56440;; deb;comp;CDS;82891;83088;116; ;comp;tRNA;83205;83280;199;tgg fin;comp;CDS;83480;84178;; deb;;CDS;417242;417412;142; ;;tRNA;417555;417631;24;atgj ;;tRNA;417656;417732;38;atgj fin;comp;CDS;417771;418820;; deb;;CDS;434306;435142;672; ;;misc_f;435815;436065;82; ;;rRNA;436148;436262;51;115 ;;tRNA;436314;436390;196;atgf fin;;CDS;436587;436883;; deb;comp;CDS;467261;468367;193; ;;misc_f;468561;468657;82; ;;rRNA;468740;468854;51;115 ;;tRNA;468906;468982;125;atgf fin;;CDS;469108;469863;; deb;comp;CDS;534521;536161;367; ;;tRNA;536529;536603;92;acg fin;comp;CDS;536696;537778;; deb;;CDS;619174;620157;82; ;;regulatory;620240;620316;45; fin;;CDS;620362;621558;; deb;comp;CDS;658467;658931;110; ;comp;tRNA;659042;659116;155;gtc deb;;CDS;659272;660159;106; ;;tRNA;660266;660340;648;gtc fin;comp;CDS;660989;661800;; deb;comp;CDS;684188;685114;350; ;comp;tRNA;685465;685539;25;gtg ;comp;tRNA;685565;685639;195;gtg fin;;CDS;685835;686251;; deb;comp;CDS;691078;691803;-14; ;;misc_f;691790;691887;82; ;;rRNA;691970;692084;114;115 fin;comp;CDS;692199;694505;; deb;;CDS;750262;751398;161; ;comp;rRNA;751560;751674;82;115 ;comp;misc_f;751757;752004;598; ;;repeat_region;752603;752814;388; fin;;CDS;753203;753760;; deb;comp;CDS;839402;839962;163; ;comp;misc_f;840126;840415;631; fin;comp;CDS;841047;844388;; deb;;CDS;874585;875391;88; ;;tRNA;875480;875556;81;cac fin;;CDS;875638;876117;; deb;;CDS;885688;886299;176; 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gtt;0.52;gct;0;gat;0;ggt;0.52 ttc;179;tcc;155;tac;231;tgc;116 atc;290;acc;158;aac;317;agc;108 ctc;104;ccc;87;cac;118;cgt;303 gtc;176;gcc;170;gac;295;ggc;358 tta;122;tca;143;taa;1.03;tga;66 ata;0.86;aca;143;aaa;384;aga;154 cta;131;cca;144;caa;193;cga;13.4 gta;327;gca;288;gaa;330;gga;116 ttg;105;tcg;85;tag;2.76;tgg;115 atg;604;acg;73;aag;24.3;agg;112 ctg;256;ccg;63;cag;104;cgg;102 gtg;8.4;gcg;7.1;gag;7.8;ggg;74 </pre> ===rru=== ====rru opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_rubr_ATCC_11170/rhodRubr_ATCC11170-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007643.1;rru;;genome;3.8.16;;;;;;;; 64.97%GC;26.12.19 Paris;16s 4 ;55 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rhodospirillum rubrum ATCC 11170;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; comp;16232..16852;;cds;;163;163;;;207;;3'-5' exonuclease;* comp;17016..17102;;ctg;;253;253;;;;;;* ;17356..18378;;cds;;;;;;341;;3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;117072..117287;;cds;;37;37;;;72;;slyX;* comp;117325..117401;;agg;;341;341;;;;;;* ;117743..123022;;cds;;;;;;*1760;;alpha-2-macroglobulin-like protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;149921..151015;;cds;;225;225;;;365;;hp;* ;151241..151317;;cgg;;136;136;;;;;;* comp;151454..152929;;cds;;;;;;492;;chemotaxis sensory transducer protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;189941..191668;;cds;;859;*859;;;576;;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;* ;192528..194004;;16s;;184;;;;1477;;;* ;194189..194265;;atc;;66;;;66;;;;* ;194332..194407;;gca;;362;;;;;;;* ;194770..197527;;23s;;119;;;;2758;;;* ;197647..197761;;5s;;96;;;;115;;;* ;197858..197934;;atgf;;287;287;;;;;;* comp;198222..198455;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;305449..306648;;cds;;257;257;;;400;;Ppx/GppA phosphatase;* ;306906..306979;;cag;;319;319;;;;;;* comp;307299..308303;;cds;;;;;;335;;LacI family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;322896..323807;;cds;;292;292;;;304;;hp;* comp;324100..324174;;caa;;98;98;;;;;;* comp;324273..325601;;cds;;;;;;443;;chemotaxis sensory transducer protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;362552..362881;;cds;;224;224;;;110;;hp;* ;363106..363181;;gcc;+;202;;202;;;;;* ;363384..363459;;gcc;2 gcc;43;43;;;;;;* comp;363503..364531;;cds;;;;;;343;;esterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;407067..407606;;cds;;92;92;;;180;;YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;407699..407790;;agc;;141;141;;;;;;* ;407932..408774;;cds;;;;;;281;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;466945..467925;;cds;;115;115;;;327;;hp;* comp;468041..468126;;tta;;83;83;;;;;;* comp;468210..468458;;cds;;;;;;83;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;559038..559610;;cds;;86;86;;;191;;OsmC-like protein;* ;559697..559772;;aag;;140;140;;;;;;* ;559913..560608;;cds;;;;;;232;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;794877..795188;;cds;;-81;*-81;;;104;;hp;* comp;795108..795188;;Sig-pep;;217;217;;;27;;hp;* ;795406..795496;;tcc;;44;44;;;;;;* ;795541..795846;;cds;;;;;;102;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;908584..910185;;cds;;-102;*-102;;;534;;peptidase M23B;* comp;910084..910185;;Sig-pep;@1;1212;*1212;;;34;;hp;* ;911398..912874;;16s;;182;;;;1477;;;* ;913057..913133;;atc;;66;;;66;;;;* ;913200..913275;;gca;;361;;;;;;;* ;913637..916394;;23s;;118;;;;2758;;;* ;916513..916627;;5s;;95;;;;115;;;* ;916723..916799;;atgf;;573;*573;;;;;;* ;917373..921860;;cds;;;;;;*1496;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1159249..1160091;;cds;;71;71;;;281;;Linocin_M18 bacteriocin protein;* ;1160163..1160238;;gag;;117;117;;;;;;* ;1160356..1160613;;cds;;;;;;86;;prevent-host-death protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1464820..1465122;;cds;;283;283;;;101;;50S ribosomal protein L21;* ;1465406..1465495;;tcg;;139;139;;;;;;* comp;1465635..1466303;;cds;;;;;;223;;cytochrome B561;* ;;;;;;;;;;;;* ;1791953..1792159;;cds;;116;116;;;69;;hp;* comp;1792276..1792351;;gaa;;131;131;;;;;;* comp;1792483..1792689;;cds;;;;;;69;;cold-shock DNA-binding protein family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1824302..1825738;;cds;;98;98;;;479;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;1825837..1825921;;cta;;102;102;;;;;;* ;1826024..1827415;;cds;;;;;;464;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1833133..1833408;;cds;;284;284;;;92;;histone-like DNA-binding protein;* ;1833693..1833768;;gta;;70;70;;;;;;* comp;1833839..1835326;;cds;;;;;;496;;methyl-accepting chemotaxis sensory transducer;* ;;;;;;;;;;;;* ;1933506..1934138;;cds;;-633;*-633;;;211;;hp;* ;1933506..1933652;;Sig-pep;;571;*571;;;49;;hp;* ;1934224..1934300;;cca;;63;63;;;;;;* ;1934364..1934663;;cds;;12;12;;;100;;ETC complex I subunit region;* ;1934676..1934752;;aga;;396;*396;;;;;;* ;1935149..1939624;;cds;;;;;;*1492;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1959133..1959858;;cds;;175;175;;;242;;MerR family transcriptional regulator;* ;1960034..1960110;;ccc;@2;1062;*1062;;;;;;* ;1961173..1961367;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1996760..1998124;;cds;;-120;*-120;;;455;;lytic murein transglycosylase;* comp;1998005..1998124;;Sig-pep;;119;119;;;40;;hp;* ;1998244..1998333;;tca;;927;*927;;;;;;* comp;1999261..1999929;;cds;;;;;;223;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2032027..2032863;;cds;;123;123;;;279;;phage integrase;* comp;2032987..2033062;;aaa;;186;186;;;;;;* comp;2033249..2033755;;cds;;;;;;169;;peptidyl-prolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2093327..2093977;;cds;;295;295;;;217;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;* ;2094273..2094346;;tgc;;81;;81;;;;;* ;2094428..2094502;;aac;;150;150;;;;;;* ;2094653..2094916;;cds;;;;;;88;;prevent-host-death protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2304404..2305834;;cds;;89;89;;;477;;divalent cation transporter;* comp;2305924..2306010;;ctc;;178;178;;;;;;* ;2306189..2306839;;cds;;;;;;217;;lipoate-protein ligase B;* ;;;;;;;;;;;;* ;2331183..2331521;;cds;;73;73;;;113;;hp;* ;2331595..2331671;;atgj;;126;126;;;;;;* comp;2331798..2332040;;cds;;;;;;81;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2411337..2411804;;cds;;-72;*-72;;;156;;CreA;* comp;2411733..2411804;;Sig-pep;;202;202;;;24;;hp;* comp;2412007..2412083;;cac;;75;75;;;;;;* comp;2412159..2413343;;cds;;;;;;395;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2729598..2731271;;cds;;449;*449;;;558;;macrocin-O-methyltransferase;* comp;2731721..2731797;;atgf;;95;;;;;;;* comp;2731893..2732007;;5s;;119;;;115;;;;* comp;2732127..2734884;;23s;;362;;;2758;;;;* comp;2735247..2735322;;gca;;66;;;66;;;;* comp;2735389..2735465;;atc;;184;;;;;;;* comp;2735650..2737126;;16s;;606;*606;;1477;;;;* comp;2737733..2738110;;cds;;;;;;126;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2959802..2961874;;cds;;354;*354;;;*691;;chemotaxis sensory transducer protein;* comp;2962229..2962303;;gtc;;123;123;;;;;;* ;2962427..2963359;;cds;;;;;;311;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3124836..3125033;;cds;;151;151;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;3125185..3125260;;tgg;;343;343;;;;;;* comp;3125604..3126794;;cds;;93;93;;;397;;elongation factor Tu;* comp;3126888..3126961;;gga;;27;;27;;;;;* comp;3126989..3127074;;tac;;37;37;;;;;;* ;3127112..3128158;;cds;;57;57;;;349;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;3128216..3128291;;aca;;127;127;;;;;;* ;3128419..3128652;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3193350..3194507;;cds;;430;*430;;;386;;acyltransferase;* comp;3194938..3195013;;ttc;;103;103;;;;;;* comp;3195117..3195635;;cds;;;;;;173;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3320745..3322115;;cds;;-1371;*-1371;;;457;;virulence protein;* ;3320745..3320816;;Sig-pep;;1389;*1389;;;24;;hp;* comp;3322206..3322281;;atgi;;60;60;;;;;;* comp;3322342..3324432;;cds;;;;;;*697;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3377932..3378114;;cds;;140;140;;;61;;hp;* ;3378255..3378329;;acc;+;165;;165;;;;;* ;3378495..3378569;;acc;2 acc;237;237;;;;;;* ;3378807..3379370;;cds;;234;234;;;188;;hp;* ;3379605..3379681;;gac;;77;77;;;;;;* comp;3379759..3380517;;cds;;;;;;253;;diguanylate phosphodiesterase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3399207..3399494;;cds;;262;262;;;96;;hp;* comp;3399757..3399833;;ccg;;56;56;;;;;;* comp;3399890..3400972;;cds;;;;;;361;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3490378..3491148;;cds;;84;84;;;257;;2-phosphoglycolate phosphatase;* ;3491233..3491307;;gtg;;407;*407;;;;;;* ;3491715..3492080;;cds;;;;;;122;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3719367..3719753;;cds;;163;163;;;129;;hp;* comp;3719917..3719990;;ggg;;95;95;;;;;;* comp;3720086..3720859;;cds;;;;;;258;;enoyl-ACP reductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3805869..3806813;;cds;;130;130;;;315;;inner-membrane translocator;* comp;3806944..3807058;;5s;;116;;;;115;;;* comp;3807175..3809932;;23s;;362;;;;2758;;;* comp;3810295..3810370;;gca;;66;;;66;;;;* comp;3810437..3810513;;atc;;184;;;;;;;* comp;3810698..3812174;;16s;;1227;*1227;;;1477;;;* ;3813402..3814118;;cds;;;;;;239;;transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3824154..3825854;;cds;;76;76;;;567;;phage integrase;* comp;3825931..3826007;;cgt;;387;*387;;;;;;* ;3826395..3827531;;cds;;;;;;379;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4021982..4023163;;cds;;27;27;;;394;;diguanylate phosphodiesterase;* comp;4023191..4023277;;ttg;;224;224;;;;;;* ;4023502..4023855;;cds;;;;;;118;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4058818..4059117;;cds;;187;187;;;100;;hp;* ;4059305..4059380;;gcg;;179;179;;;;;;* comp;4059560..4060126;;cds;;;;;;189;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4105626..4107317;;cds;;-114;*-114;;;564;;chemotaxis sensory transducer;* comp;4107204..4107317;;Sig-pep;;721;*721;;;38;;hp;* comp;4108039..4108113;;acg;;148;148;;;;;;* ;4108262..4108843;;cds;;;;;;194;;D-alpha,beta-D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4261100..4262038;;cds;;269;269;;;313;;thioredoxin-like protein;* ;4262308..4262382;;ggc;;118;118;;;;;;* ;4262501..4263136;;cds;;;;;;212;;lysine exporter protein LysE/YggA;* </pre> ====rru cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_cumuls|rru cumuls]] <pre> rru cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300 avec rRNA;opérons;4;1;;;1;7;1;;100;23;1;0 ;16atcgca235;1;20;;;50;6;40;;200;17;30;3 ;Id-atgf;3;40;1;;100;19;80;;300;16;60;4 ;-;;60;;;150;20;120;;400;17;90;12 ;max a;3;80;;4;200;8;160;;500;8;120;10 ;a doubles;0;100;1;;250;7;200;;600;5;150;3 ;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;2;180;4 ;total aas;11;140;;;350;3;280;;800;0;210;5 sans ;opérons;40;160;;;400;3;320;;900;0;240;8 ;1 aa;36;180;1;;450;3;360;;1000;0;270;4 ;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;300;3 ;a doubles;2;;1;;;10;;;;3;;35 ;total aas;44;;4;4;;95;;0;;91;;91 total aas;;55;;;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;119;66;;208;;;;292;; ;;;variance;79;0;;333;;;;187;; sans jaune;;;moyenne;;;;148;;;;237;;140 ;;;variance;;;;83;;;;132;;69 </pre> ====rru blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_blocs|rru blocs]] <pre> rru blocs;;;;;;; cds;859;576;sulfate;cds;606;126;hp 16s;184;1477;;16s;184;1477; atc;66;;;atc;66;; gca;362;;;gca;362;; 23s;119;2758;;23s;119;2758; 5s;96;115;;5s;95;115; atgf;287;;;atgf;449;; cds;;78;hp;cds;;558;macrocin ;;;;;;; cds;-102;534;peptidase;;;; Sig-pep;1212;34;hp;cds;1227;239;transposase 16s;182;1477;;16s;184;1477; atc;66;;;atc;66;; gca;361;;;gca;362;; 23s;118;2758;;23s;116;2758; 5s;95;115;;5s;130;115; atgf;573;;;cds;;315;inner cds;;1496;hp;;;; ;;;;;;; sulfate;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;;;;;; inner;inner-membrane translocator;;;;;; macrocin;macrocin-O-methyltransferase;;;;;; peptidase;peptidase M23B;;;;;; </pre> ====rru distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_distribution|rru distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rru;;36;;;;;36;;rru;4;;;;;;4;;rru;4;;;;;;4;;rru;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====rru données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_données_intercalaires|rru données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;rru;fx;fc;rru;fx40;fc40;rru;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;81;163;253;CDS 16s ;; ;0;10;47;242;1;4;21;-2;1;0;406;37;841;1193; ;1;20;50;189;2;3;31;-3;0;0;98;299;972;999; 1;0;30;51;116;3;3;38;-4;27;394;224;147;5s CDS;; 1;0;40;27;83;4;4;43;-5;0;0;92;136;;130; 1;0;50;23;99;5;4;29;-6;2;0;141;287;23s 5s;; ;3;60;34;100;6;2;18;-7;0;5;83;257;2* 119;; 1;1;70;31;82;7;5;11;-8;0;42;170;319;118;; 1;3;80;24;87;8;5;22;-9;0;0;86;43;116;; 1;5;90;29;93;9;6;14;-10;3;6;738;115;16s tRNA;;atc ;5;100;30;96;10;11;15;-11;4;22;71;239;180;; ;2;110;38;64;11;7;34;-12;0;0;117;217;178;; 2;2;120;27;67;12;7;30;-13;0;4;131;283;180;; 2;1;130;30;59;13;2;26;-14;2;11;98;139;180;; 3;1;140;25;67;14;2;26;-15;1;0;150;116;tRNA 23s;;gca 2;3;150;28;55;15;8;13;-16;1;2;284;70;347;; ;1;160;27;60;16;3;13;-17;3;11;85;164;346;; 2;3;170;28;64;17;9;16;-18;0;0;63;261;347;; 3;1;180;16;46;18;7;9;-19;1;4;12;123;347;; 1;1;190;32;36;19;3;10;-20;4;3;396;295;5s tRNA;; ;0;200;23;43;20;2;12;-21;1;0;175;178;96;;atgf ;1;210;18;27;21;8;5;-22;1;0;215;126;95;;atgf 1;1;220;21;35;22;8;12;-23;1;1;186;449;95;;atgf 1;1;230;15;32;23;4;11;-24;0;0;150;171;tRNA tRNA;;intra 1;2;240;15;24;24;7;10;-25;1;1;89;166;4*66;;atc gca ;0;250;16;23;25;5;16;-26;2;2;73;90;tRNA tRNA;; 2;0;260;16;27;26;2;8;-27;1;0;202;140;202;;gcc 2;1;270;18;15;27;5;13;-28;0;0;75;77;**;;gcc ;0;280;13;20;28;4;16;-29;1;2;354;387;81;;tgc 2;1;290;17;14;29;3;14;-30;0;0;151;27;**;;aac 2;0;300;17;12;30;5;11;-31;0;2;343;224;27;;gga ;0;310;15;18;31;1;9;-32;0;1;93;187;**;;tac 1;0;320;14;8;32;4;10;-33;0;0;57;179;165;;acc ;0;330;9;6;33;3;7;-34;0;1;127;148;**;;acc ;0;340;7;12;34;2;11;-35;1;0;430;269;;; ;1;350;10;7;35;3;4;-36;0;0;103;;;; ;1;360;11;3;36;3;7;-37;0;0;60;;;; ;0;370;10;10;37;3;10;-38;1;0;237;;;; ;0;380;3;6;38;5;6;-39;0;0;234;;;; 1;0;390;4;5;39;1;9;-40;2;0;262;;;; ;1;400;5;4;40;2;10;-41;1;2;56;;;; 1;5;reste;88;72;reste;787;1498;-42;0;0;84;;;; 35;48;total;963;2140;total;963;2140;-43;0;1;407;;;; 34;43;diagr;874;2056;diagr;175;630;-44;0;0;163;;;; 1;1; t30;148;547;;;;-45;1;0;95;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;103;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;721;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;118;;;; ;x;962;74;1;1037;;;-49;1;0;;;;; ;c;2128;609;12;2749;;;-50;1;0;;;;; ;;;;;3786;160;;reste;9;11;;;;; ;;;;;;3946;;total;74;609;;;;; </pre> =====rru autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_autres_intercalaires_aas|rru autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;rru;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;16232;163;comp; ;tRNA;17016;253;comp;ctg fin;CDS;17356;;; deb;CDS;117072;37;; ;tRNA;117325;299;comp;agg fin;CDS;117701;;; deb;CDS;149921;147;comp; ;tRNA;151241;136;;cgg fin;CDS;151454;;comp; deb;CDS;189941;841;; 16s;rRNA;192510;180;;1477 ;tRNA;194189;66;;atc ;tRNA;194332;347;;gca 23s;rRNA;194755;119;;2758 5s;rRNA;197647;96;;115 ;tRNA;197858;287;;atgf deb;CDS;198222;222;comp; ;repeat_region;198678;145;; fin;CDS;200012;;comp; deb;CDS;211593;261;comp; ;repeat_region;213597;128;; fin;CDS;214303;;comp; deb;CDS;305449;257;comp; ;tRNA;306906;319;;cag fin;CDS;307299;;comp; deb;CDS;322896;406;comp; ;tRNA;324100;98;comp;caa fin;CDS;324273;;comp; deb;CDS;362552;224;; ;tRNA;363106;202;;gcc ;tRNA;363384;43;;gcc fin;CDS;363503;;comp; deb;CDS;407067;92;; ;tRNA;407699;141;;agc fin;CDS;407932;;; deb;CDS;419952;57;; ;repeat_region;420333;228;; fin;CDS;423032;;comp; deb;CDS;466945;115;; ;tRNA;468041;83;comp;tta fin;CDS;468210;;comp; deb;CDS;529650;67;; ;repeat_region;530056;180;; fin;CDS;530734;;comp; deb;CDS;536858;111;comp; ;regulatory;537266;38;; fin;CDS;537511;;; deb;CDS;559038;239;comp; ;tRNA;559697;170;;aag fin;CDS;559943;;; deb;CDS;571949;20;; ;regulatory;572902;194;; fin;CDS;573329;;; deb;CDS;794877;217;comp; ;tRNA;795406;86;;tcc fin;CDS;795583;;; deb;CDS;908584;1193;comp; 16s;rRNA;911379;178;;1477 ;tRNA;913057;66;;atc ;tRNA;913200;346;;gca 23s;rRNA;913622;118;;2758 5s;rRNA;916513;95;;115 ;tRNA;916723;738;;atgf fin;CDS;917538;;; deb;CDS;988887;204;; ;repeat_region;989382;533;; fin;CDS;992381;;comp; deb;CDS;1144656;314;comp; ;ncRNA;1145438;15;comp; fin;CDS;1145882;;comp; deb;CDS;1159249;71;; ;tRNA;1160163;117;;gag fin;CDS;1160356;;; deb;CDS;1339162;168;; ;regulatory;1340533;238;; fin;CDS;1340988;;; deb;CDS;1362782;177;comp; ;repeat_region;1363865;208;; fin;CDS;1364648;;comp; deb;CDS;1464820;283;comp; ;tRNA;1465406;139;;tcg fin;CDS;1465635;;comp; 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;tRNA;2305924;178;comp;ctc fin;CDS;2306189;;; deb;CDS;2318681;138;comp; ;regulatory;2319857;73;; fin;CDS;2320063;;; deb;CDS;2331183;73;; ;tRNA;2331595;126;;atgj fin;CDS;2331798;;comp; deb;CDS;2411337;202;comp; ;tRNA;2412007;75;comp;cac fin;CDS;2412159;;comp; deb;CDS;2550773;186;comp; ;regulatory;2551172;147;; fin;CDS;2551477;;; deb;CDS;2559473;36;; ;tmRNA;2560658;131;; fin;CDS;2561126;;; deb;CDS;2667051;354;; ;repeat_region;2668113;204;; fin;CDS;2669862;;comp; deb;CDS;2714978;129;; ;repeat_region;2715965;262;; fin;CDS;2716563;;; deb;CDS;2729598;449;; ;tRNA;2731721;95;comp;atgf 5s;rRNA;2731893;119;comp;115 23s;rRNA;2732127;347;comp;2758 ;tRNA;2735247;66;comp;gca ;tRNA;2735389;180;comp;atc 16s;rRNA;2735646;972;comp;1477 fin;CDS;2738117;;comp; deb;CDS;2959802;354;comp; ;tRNA;2962229;171;comp;gtc fin;CDS;2962475;;; deb;CDS;3124836;151;comp; ;tRNA;3125185;343;comp;tgg deb;CDS;3125604;93;comp; ;tRNA;3126888;27;comp;gga ;tRNA;3126989;166;comp;tac deb;CDS;3127241;57;; ;tRNA;3128216;127;;aca fin;CDS;3128419;;; deb;CDS;3193350;430;comp; ;tRNA;3194938;103;comp;ttc fin;CDS;3195117;;comp; deb;CDS;3320745;90;; ;tRNA;3322206;60;comp;atgi fin;CDS;3322342;;comp; deb;CDS;3377932;140;comp; ;tRNA;3378255;165;;acc ;tRNA;3378495;237;;acc deb;CDS;3378807;234;; ;tRNA;3379605;77;;gac fin;CDS;3379759;;comp; deb;CDS;3399207;262;comp; ;tRNA;3399757;56;comp;ccg fin;CDS;3399890;;comp; deb;CDS;3490378;84;; ;tRNA;3491233;407;;gtg fin;CDS;3491715;;; deb;CDS;3514107;56;comp; ;regulatory;3515291;4;comp; ;regulatory;3515401;88;comp; fin;CDS;3515601;;comp; deb;CDS;3523910;371;; ;repeat_region;3524497;79;; fin;CDS;3525452;;comp; deb;CDS;3705744;56;comp; ;regulatory;3707042;399;comp; fin;CDS;3707518;;; deb;CDS;3719367;163;comp; ;tRNA;3719917;95;comp;ggg fin;CDS;3720086;;comp; deb;CDS;3805869;130;; 5s;rRNA;3806944;116;comp;115 23s;rRNA;3807175;347;comp;2758 ;tRNA;3810295;66;comp;gca ;tRNA;3810437;180;comp;atc 16s;rRNA;3810694;999;comp;1477 fin;CDS;3813192;;; deb;CDS;3824154;103;comp; ;tRNA;3825931;387;comp;cgt fin;CDS;3826395;;; deb;CDS;3996560;58;comp; ;ncRNA;3998598;106;comp; fin;CDS;3998802;;comp; deb;CDS;4021982;27;; ;tRNA;4023191;224;comp;ttg fin;CDS;4023502;;; deb;CDS;4058818;187;comp; ;tRNA;4059305;179;;gcg fin;CDS;4059560;;comp; deb;CDS;4105626;721;comp; ;tRNA;4108039;148;comp;acg fin;CDS;4108262;;; deb;CDS;4261100;269;comp; ;tRNA;4262308;118;;ggc fin;CDS;4262501;;; </pre> ====rru intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_entre_cds|rru intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> rru;27.1.21 paris;NCBI;10.3.20;;;;;;;;; rru;intercalaires;total;%;intercalaires;moyennes;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;683;18.0;'''négatif ;-8;15;-73 à -1;'''4 352 825;-1;683;610;1 ;'''zéro;13;0.3;;;;;'''intercals;0;13;620;0 ;'''1 à 200;2368;62.5;'''0 à 200;78;58;;'''429 144;5;180;630;5 ;'''201 à 370;535;14.1;'''201 à 370;268;46;;'''9.9%;10;109;640;6 ;'''371 à 600;139;3.7;'''371 à 600;453;60;;;15;155;650;1 ;'''601 à max;48;1.3;'''601 à 1028;733;105;;;20;84;660;4 ;'''total 3786;<201;80.9;'''total 3779;112;136;-73 à 995;;25;86;670;3 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;81;680;1 3818575;1469;-1;683;-70;8;;0;13;35;54;690;2 844364;995;0;13;-60;5;;-1;°81;40;56;700;1 3816901;954;1;25;-50;8;;-2;1;45;59;710;1 3134490;938;2;34;-40;8;;-3;0;50;63;720;0 3477618;929;3;°41;-30;6;'''min à -1;-4;°421;55;67;730;0 1097019;885;4;°47;-20;21;683;-5;0;60;67;740;3 3856065;884;5;°33;-10;75;18.0%;-6;2;65;61;750;0 566184;881;6;20;0;565;;-7;5;70;52;760;1 1833839;873;7;16;10;289;;-8;°42;75;59;770;2 3136049;866;8;°27;20;239;;-9;0;80;52;780;3 2475546;802;9;20;30;167;;-10;9;85;58;790;3 93164;788;10;26;40;110;;-11;°26;90;64;800;0 409696;787;11;°41;50;122;;-12;0;95;51;810;1 400635;785;12;37;60;134;;-13;4;100;75;820;0 1366462;777;13;28;70;113;;-14;°13;105;49;830;0 3456663;777;14;°28;80;111;;-15;1;110;53;840;0 3312945;771;15;21;90;122;'''1 à 100;-16;3;115;49;850;0 550038;769;16;16;100;126;1533;-17;°14;120;45;860;0 2493887;767;17;°25;110;102;41%;-18;0;125;44;870;1 1410707;755;18;16;120;94;;-19;5;130;45;880;1 1423514;739;19;13;130;89;;-20;°7;135;48;890;3 2688282;734;20;°14;140;92;;-21;1;140;44;900;0 3627241;732;21;13;150;83;;-22;1;145;41;910;0 2706640;702;22;°20;160;87;;-23;°2;150;42;920;0 3937050;697;23;15;170;92;;-24;0;155;44;930;1 1011650;686;24;17;180;62;;-25;2;160;43;940;1 742860;682;25;°21;190;68;'''1 à 200;-26;°4;165;42;950;0 3424033;675;26;10;200;66;2368;-27;1;170;50;960;1 139185;669;27;18;210;45;62.5%;-28;0;175;31;970;0 880072;663;28;°20;220;56;;-29;°3;180;31;980;0 1976647;662;29;17;230;47;;-30;0;185;28;990;0 2640270;659;30;16;240;39;;-31;2;190;40;1000;1 90214;657;31;10;250;39;;-32;1;195;39;1010;0 961964;656;32;°14;260;43;;;664;200;27;1020;0 1209394;652;33;10;270;33;'''0 à 200;reste;32;205;19;1030;0 2536913;650;34;13;280;33;2381;total;696;210;26;1040;0 2591508;639;35;7;290;31;;;;215;25;1050;0 55947;637;36;10;300;29;;intercal;<u>frequencef;220;31;1060;0 1786743;636;37;°13;310;33;;600;3738;225;25;1070;0 2231609;636;38;11;320;22;;620;1;230;22;1080;0 3609912;633;39;10;330;15;;640;11;235;18;1090;0 3187318;631;40;°12;340;19;;660;5;240;21;1100;0 ;;reste;2285;350;17;;680;4;245;24;1110;0 ;;total;3786;360;14;'''201 à 370;700;3;250;15;1120;0 ;;;;370;20;535;720;1;255;21;1130;0 ;;;;380;9;14.1%;740;3;260;22;1140;0 ;;;;390;9;;760;1;265;23;1150;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;9;;780;5;270;10;1160;0 2068001;-137;shift2;1009;410;14;;800;3;275;15;1170;0 651352;-122;comp;;420;14;;820;1;280;18;1180;0 2462962;-120;comp;;430;9;;840;0;285;13;1190;0 1155908;-106;comp;;440;4;;860;0;290;18;1200;0 2381188;-104;comp;;450;15;;880;2;295;14;reste;1 3871151;-104;comp;;460;5;;900;3;300;15;total;3786 4292550;-73;shift2;662;470;5;'''371 à 600;920;0;305;18;; 664620;-70;comp;;480;4;139;940;2;310;15;; 3822351;-68;shift2;682;490;4;3.7%;960;1;315;10;; 3867765;-65;shift2;451;500;5;;980;0;320;12;; 1091959;-64;shift2;1268;510;7;;1000;1;325;8;; 3289914;-62;shift2;;520;1;;;47;330;7;; 1568904;-61;shift2;;530;3;;;;335;11;; 465562;-59;comp;;540;4;;;;340;8;; 2309068;-59;shift2;;550;7;;;;345;12;; 780196;-58;shift2;;560;2;;;;350;5;; 2759874;-55;comp;;570;1;;;;355;7;; 3267314;-53;shift2;;580;5;'''601 à max;;;360;7;; 210683;-52;shift2;;590;1;48;;;365;7;; 1365051;-52;shift2;;600;2;1.3%;;;370;13;; 622208;-50;comp;;reste;48;;reste;1;reste;187;; 2342888;-49;comp;;total;3786;;total;3786;total;3786;; </pre> ====rru intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru intercalaires positifs S+]] *Légende: *Tableaux <pre> rru. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; rru;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-13;90;-272;53;818;231;min50;-34;275;-804;94;878;270;min40 31 à 400;12;-97;135;28;833;269;2 parties;13;-61;-91;52;957;156;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;103;46;-;798;dte;20;Sf;181;62;-;739;poly;139;SF 31 à 400;86;41;-;797;dte;36;tf;137;50;-;916;dte;41;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.017;;;;; 41-n;0.829;0.193;0.611;;;;;;;;;;; 1-n;0.861;0.722;0.792;;;;;;;;;14.8.21 Paqris;; rru;fx;fc;;rru;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rru;Sx-;Sc- 0;1;12;;0;1;6;0;1;12;>0;962;-1;0;81 10;47;242;;10;54;118;1;4;21;<0;74;-2;1;0 20;50;189;;20;57;92;2;3;31;zéro;1;-3;0;0 30;51;116;;30;58;56;3;3;38;total;1037;-4;27;394 40;27;83;;40;31;40;4;4;43;;c;-5;0;0 50;23;99;;50;26;48;5;4;29;>0;2128;-6;2;0 60;34;100;;60;39;49;6;2;18;<0;609;-7;0;5 70;31;82;;70;35;40;7;5;11;zéro;12;-8;0;42 80;24;87;;80;27;42;8;5;22;total;2749;-9;0;0 90;29;93;;90;33;45;9;6;14;;;-10;3;6 100;30;96;;100;34;47;10;11;15;;;-11;4;22 110;38;64;;110;43;31;11;7;34;;;-12;0;0 120;27;67;;120;31;33;12;7;30;;;-13;0;4 130;30;59;;130;34;29;13;2;26;;;-14;2;11 140;25;67;;140;29;33;14;2;26;;;-15;1;0 150;28;55;;150;32;27;15;8;13;;;-16;1;2 160;27;60;;160;31;29;16;3;13;;;-17;3;11 170;28;64;;170;32;31;17;9;16;;;-18;0;0 180;16;46;;180;18;22;18;7;9;;;-19;1;4 190;32;36;;190;37;18;19;3;10;;;-20;4;3 200;23;43;;200;26;21;20;2;12;;;-21;1;0 210;18;27;;210;21;13;21;8;5;;;-22;1;0 220;21;35;;220;24;17;22;8;12;;;-23;1;1 230;15;32;;230;17;16;23;4;11;;;-24;0;0 240;15;24;;240;17;12;24;7;10;;;-25;1;1 250;16;23;;250;18;11;25;5;16;;;-26;2;2 260;16;27;;260;18;13;26;2;8;;;-27;1;0 270;18;15;;270;21;7;27;5;13;;;-28;0;0 280;13;20;;280;15;10;28;4;16;;;-29;1;2 290;17;14;;290;19;7;29;3;14;;;-30;0;0 300;17;12;;300;19;6;30;5;11;;;-31;0;2 310;15;18;;310;17;9;31;1;9;;;-32;0;1 320;14;8;;320;16;4;32;4;10;;;-33;0;0 330;9;6;;330;10;3;33;3;7;;;-34;0;1 340;7;12;;340;8;6;34;2;11;;;-35;1;0 350;10;7;;350;11;3;35;3;4;;;-36;0;0 360;11;3;;360;13;1;36;3;7;;;-37;0;0 370;10;10;;370;11;5;37;3;10;;;-38;1;0 380;3;6;;380;3;3;38;5;6;;;-39;0;0 390;4;5;;390;5;2;39;1;9;;;-40;2;0 400;5;4;;400;6;2;40;2;10;;;-41;1;2 reste;88;72;;;;;reste;787;1498;;;-42;0;0 total;963;2140;;t30;169;266;total;963;2140;;;-43;0;1 diagr;874;2056;;;;;diagr;175;630;;;-44;0;0 - t30;726;1509;;;;;;;;;;-45;1;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;reste;9;11 ;;;;;;;;;;;;total;74;609 </pre> ====rru intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_négatifs_S-|rru intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> rru;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;;; comp’;0;1;0;25;0;2;0;0;0;3;4;0;0;2;1;1;3;0;1;4;1;1;0;0;1;2;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;4;69;7 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fin;°CDS;1145882;;comp;;deb;°CDS;2714978;129;;;deb;°CDS;4105626;721;comp deb;°CDS;1159249;71;;;;repeat_region;2715965;262;;;;&tRNA;4108039;148;comp ;&tRNA;1160163;117;;;fin;°CDS;2716563;;;;fin;°CDS;4108262;; fin;°CDS;1160356;;;;;;;;;;deb;°CDS;4261100;269;comp deb;°CDS;1339162;168;;;;;;;;;;&tRNA;4262308;118; ;regulatory;1340533;238;;;;;;;;;fin;°CDS;4262501;; fin;°CDS;1340988;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====rru intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_tRNA|rru intercalaires tRNA]] <pre> rru;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;; ;;;;;;;;;; ;66;;163;comp’;253;;12;56;'''deb; ;202;comp’;37;comp’;299;;57;60;<201;15 ;66;comp’;147;comp’;136;;71;63;total;24 ;81;;;;287;;73;75;taux;63% ;66;comp’;257;comp’;319;;84;83;; ;27;;406;;98;;85;86;'''fin; ;165;;224;comp’;43;;89;95;<201;18 ;66;;92;;141;;92;98;total;25 ;;comp’;115;;83;;93;103;taux;72% ;;comp’;239;;170;;98;117;; 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;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;25;29;54;;;;; ;;total;41;42;83;;;;; ;;taux;61%;69%;65%;;;;; </pre> ===oan=== ====oan opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;oan;;genome;;;;;;;;; 56.1%GC;27.12.19 Paris;16s 4 ;61 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 ;;;;;;;;;;;; chromosom1;;;;;;;;;;;; ;34057..34446;;cds;;224;224;;;130;;TIGR02300 family protein;* ;34671..34746;;gcc;@1;-40;*-40;;;;;;* ;34707..35480;;cds;;;;;;258;;glutathione S-transferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;223549..224394;;cds;;164;164;;;282;;3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase CysQ;* ;224559..224635;;ccg;;109;109;;;;;;* comp;224745..225806;;cds;;;;;;354;;site-specific integrase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;337757..338197;;cds;;158;158;;;147;;DMT family transporter;* comp;338356..338431;;ttc;;171;171;;;;;;* comp;338603..338818;;cds;;;;;;72;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;;;;;;;;;;;;* comp;344419..344598;;cds;;147;147;;;60;;hp;* ;344746..344820;;acc;;397;397;;;;;;* ;345218..346030;;cds;;;;;;271;;DUF2189 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;351922..353328;;cds;;167;167;;;469;;deoxyribodipyrimidine photo-lyase;* comp;353496..353572;;cgt;;159;159;;;;;;* comp;353732..355285;;cds;;;;;;*518;;HAMP domain-containing histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;725472..726479;;cds;;219;219;;;336;;glycosyltransferase family 4 protein;* ;726699..726773;;caa;;61;61;;;;;;* comp;726835..727413;;cds;;;;;;193;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;934613..934987;;cds;;333;333;;;125;;transposase;* comp;935321..935397;;agg;;114;114;;;;;;* comp;935512..936675;;cds;;;;;;388;;amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1049919..1051202;;cds;;24;24;;;428;;cystathionine gamma-synthase family protein;* comp;1051227..1051311;;ttg;@2;593;*593;;;;;;* comp;1051905..1053539;;cds;;;;;;*545;;phosphoethanolamine transferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1081066..1083021;;cds;;998;*998;;;*652;;M23 family metallopeptidase;* ;1084020..1085508;;16s;;268;;;;1489;;;* ;1085777..1085853;;atc;;11;;;11;;;;* ;1085865..1085940;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;1085980..1086168;;cds;@3;38;38;;;63;;P-hp;* ;1086207..1089125;;23s;;186;;;;2919;;;* ;1089312..1089426;;5s;;54;;;;115;;;* ;1089481..1089557;;atgf;;363;363;;;;;;* ;1089921..1090091;;cds;;;;;;57;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1096454..1096912;;cds;;7;7;;;153;;hp;* comp;1096920..1097009;;tcg;;352;352;;;;;;* ;1097362..1097751;;cds;;;;;;130;;50S ribosomal protein L21;* ;;;;;;;;;;;;* ;1311344..1311823;;cds;;211;211;;;160;;hp;* ;1312035..1312109;;gag;;88;88;;;;;;* ;1312198..1312467;;cds;;;;;;90;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1344750..1345565;;cds;;677;*677;;;272;;IclR family transcriptional regulator;* ;1346243..1347731;;16s;;268;;;;1489;;;* ;1348000..1348076;;atc;;11;;;11;;;;* ;1348088..1348163;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;1348203..1348391;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;* ;1348430..1351348;;23s;;186;;;;2919;;;* ;1351535..1351649;;5s;;54;;;;115;;;* ;1351704..1351780;;atgf;;360;360;;;;;;* ;1352141..1353082;;cds;;;;;;314;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1354558..1355604;;cds;;85;85;;;349;;polysaccharide deacetylase family protein;* comp;1355690..1355764;;ggc;;136;136;;;;;;* comp;1355901..1357280;;cds;;;;;;460;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1386666..1387982;;cds;;819;*819;;;439;;hp;* comp;1388802..1388891;;tcc;;374;374;;;;;;* ;1389266..1389589;;cds;;;;;;108;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1405236..1405859;;cds;;139;139;;;208;;5,6-dimethylbenzimidazole synthase;* comp;1405999..1406085;;ctg;;146;146;;;;;;* comp;1406232..1406852;;cds;;;;;;207;;2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1604615..1604854;;cds;;26;26;;;80;;hp;* comp;1604881..1604958;;atgj;;10;10;;;;;;* comp;1604969..1605214;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1639492..1640289;;cds;;-44;*-44;;;266;;hp;* comp;1640246..1640322;;atgj;;55;55;;;;;;* ;1640378..1640572;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1778816..1779571;;cds;;385;385;;;252;;SIMPL domain-containing protein;* ;1779957..1780033;;atgi;;265;265;;;;;;* ;1780299..1780844;;cds;;;;;;182;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* ;;;;;;;;;;;;* >;1945985..1946374;;cds;;721;*721;;;130;;P-hp;* comp;1947096..1947171;;aag;;-38;*-38;;;;;;* comp;1947134..1947319;;cds;;;;;;62;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2014813..2015097;;cds;;103;103;;;95;;DUF2218 domain-containing protein;* comp;2015201..2015275;;gaa;+;146;;146;;;;;* comp;2015422..2015496;;gaa;2 gaa;200;200;;;;;;* comp;2015697..2016962;;cds;;;;;;422;;DUF882 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2040234..2040453;;cds;;91;91;;;73;;hp;* ;2040545..2040629;;tac;;24;;24;;;;;* ;2040654..2040727;;gga;;6;6;;;;;;* comp;2040734..2040916;;cds;;-50;*-50;;;61;;hp;* ;2040867..2042042;;cds;;65;65;;;392;;elongation factor Tu;* ;2042108..2042183;;tgg;;420;*420;;;;;;* ;2042604..2042804;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* ;2168416..2168658;;cds;;28;28;;;81;;PepSY domain-containing protein;* comp;2168687..2168760;;ggg;;289;289;;;;;;* ;2169050..2169946;;cds;;;;;;299;;lipid kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2244184..2245050;;cds;;112;112;;;289;;mechanosensitive ion channel;* comp;2245163..2245248;;tta;;200;200;;;;;;* ;2245449..2246705;;cds;;;;;;419;;threonine ammonia-lyase IlvA;* ;;;;;;;;;;;;* ;2267888..2268835;;cds;;305;305;;;316;;patatin family protein;* ;2269141..2269225;;ctc;;66;66;;;;;;* comp;2269292..2270185;;cds;;;;;;298;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2332394..2333530;;cds;;393;393;;;379;;glycosyltransferase family 2 protein;* comp;2333924..2334000;;cgg;;169;169;;;;;;* comp;2334170..2335792;;cds;;;;;;*541;;ABC-F family ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2339396..2340514;;cds;;1650;*1650;;;373;;porin;* comp;2342165..2342239;;gtg;;178;178;;;;;;* comp;2342418..2344424;;cds;;;;;;*669;;murein L,D-transpeptidase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2369668..2370441;;cds;;152;152;;;258;;NAD kinase;* ;2370594..2370669;;aca;;987;*987;;;;;;* comp;2371657..2372076;;cds;;;;;;140;;SUF system Fe-S cluster assembly protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2442729..2443145;;cds;;299;299;;;139;;hp;* comp;2443445..2443519;;atgf;;70;70;;;;;;* <comp;2443590..2443799;;cds;;;;;;70;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2449947..2451311;;cds;;156;156;;;455;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;2451468..2451550;;cta;;236;236;;;;;;* comp;2451787..2452356;;cds;;;;;;190;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2548914..2550098;;cds;;513;*513;;;395;;alpha/beta hydrolase;* comp;2550612..2550688;;gac;+;245;;245;;;;;* comp;2550934..2551010;;gac;2 gac;328;328;;;;;;* ;2551339..2551956;;cds;;;;;;206;;TetR/AcrR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;2604616..2605908;;cds;;824;*824;;;431;;FAD-binding oxidoreductase;* comp;2606733..2606808;;gta;;264;264;;;;;;* comp;2607073..2607996;;cds;;;;;;308;;sugar kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2641040..2641360;;cds;;97;97;;;107;;YnfA family protein;* ;2641458..2641534;;ccc;;94;94;;;;;;* ;2641629..2642357;;cds;;;;;;243;;SDR family oxidoreductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2696299..2697183;;cds;;54;54;;;295;;transcriptional regulator GcvA;* comp;2697238..2697314;;aga;;123;123;;;;;;* comp;2697438..2697743;;cds;;156;156;;;102;;ETC complex I subunit;* comp;2697900..2697976;;cca;;186;186;;;;;;* ;2698163..2698309;;cds;;;;;;49;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2771579..2772697;;cds;;584;*584;;;373;;porin;* ;2773282..2773372;;agc;;203;203;;;;;;* ;2773576..2774643;;cds;;;;;;356;;porin;* chromosom2;;;;;;;;;;;;* ;149537..151504;;cds;;355;355;;;*656;;selenocysteine-specific translation elongation factor;* ;151860..151955;;tga;;14;14;;;;;;* comp;151970..152605;;cds;;;;;;212;;lipase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;298403..299422;;cds;;300;300;;;340;;TerC family protein;* comp;299723..299796;;cag;;361;361;;;;;;* comp;300158..300460;;cds;;;;;;101;;DUF1127 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;455428..456111;;cds;;713;*713;;;228;;FkbM family methyltransferase;* ;456825..458313;;16s;;268;;;;1489;;;* ;458582..458658;;atc;;11;;;11;;;;* ;458670..458745;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;458785..458973;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;* ;459012..461930;;23s;;186;;;;2919;;;* ;462117..462231;;5s;;54;;;;115;;;* ;462286..462362;;atgf;;-44;*-44;;;;;;* comp;462319..463974;;cds;;;;;;*552;;recombinase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;572059..572721;;cds;;545;*545;;;221;;response regulator transcription factor;* comp;573267..573357;;other;@4;620;*620;;;;;;* comp;573978..575285;;cds;;;;;;436;;SidA/IucD/PvdA family monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;611464..611742;;cds;;88;88;;;93;;hp;* comp;611831..611905;;ggc;;387;387;;;;;;* ;612293..612814;;cds;;;;;;174;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;991265..991999;;cds;;217;217;;;245;;alpha/beta hydrolase;* comp;992217..992306;;tca;;323;323;;;;;;* ;992630..992884;;cds;;;;;;85;;DUF2171 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1031528..1032946;;cds;;607;*607;;;473;;PepSY domain-containing protein;* comp;1033554..1033629;;aaa;;327;327;;;;;;* ;1033957..1035651;;cds;;;;;;*565;;membrane protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1067405..1068742;;cds;;131;131;;;446;;DNA polymerase IV;* ;1068874..1068947;;tgc;;739;*739;;;;;;* ;1069687..1069905;;cds;;;;;;73;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1081639..1082031;;cds;;103;103;;;131;;hp;* comp;1082135..1082209;;aac;;168;168;;;;;;* ;1082378..1082653;;cds;;;;;;92;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1333375..1333587;;cds;;209;209;;;71;;hp;* comp;1333797..1333873;;cac;;352;352;;;;;;* ;1334226..1337393;;cds;;;;;;*1056;;PAS domain S-box protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1473437..1474405;;cds;;269;269;;;323;;nitronate monooxygenase;* ;1474675..1474750;;acg;;156;156;;;;;;* >comp;1474907..1475239;;cds;;;;;;111;;DNA adenine methylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1597496..1597666;;cds;;363;363;;;57;;LysR family transcriptional regulator;* comp;1598030..1598106;;atgf;;54;;;;;;;* comp;1598161..1598275;;5s;;186;;;;115;;;* comp;1598462..1601380;;23s;;38;38;;;2919;;;* <;1601419..1601607;;cds;;39;39;;;63;;P-hp;* comp;1601647..1601722;;gca;;11;;;11;;;;* comp;1601734..1601810;;atc;;268;;;;;;;* comp;1602079..1603567;;16s;;743;*743;;;1489;;;* ;1604311..1605192;;cds;;;;;;294;;ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1720169..1720531;;cds;;113;113;;;121;;response regulator;* ;1720645..1720719;;gtc;;465;*465;;;;;;* ;1721185..1721838;;cds;;;;;;218;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;* </pre> ====oan cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_cumuls|oan cumuls]] <pre> oan cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;4;1;;4;1;5;1;;100;25;1;0 ;16atcgca-cds;4;20;;;50;15;40;;200;20;30;0 ;-;;40;1;;100;12;80;;300;21;60;4 ;-;;60;;;150;12;120;;400;15;90;18 ;max a;3;80;;;200;15;160;;500;11;120;8 ;a doubles;0;100;;;250;7;200;;600;5;150;9 ;spéciaux;0;120;;;300;6;240;;700;3;180;3 ;total aas;12;140;;;350;5;280;;800;0;210;6 sans ;opérons;45;160;1;;400;12;320;;900;0;240;4 ;1 aa;42;180;;;450;1;360;;1000;0;270;6 ;max a;2;200;;;500;1;400;;1100;1;300;8 ;a doubles;2;;1;;;16;;;;0;;35 ;total aas;48;;3;4;;107;;0;;101;;101 total aas;;60;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;138;11;;258;;;;256;; ;;;variance;111;0;;268;;;;180;; sans jaune;;;moyenne;;;;174;;;;218;;150 ;;;variance;;;;117;;;;132;;81 </pre> ====oan blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_blocs|oan blocs]] <pre> oan blocs;;;; Constantes;;;; cds;;intercal;cdsa; 16s;;268;1489; atc;;11;; gca;;39;; cds;;38;63;P-hp 23s;;186;2919; 5s;;54;115; atgf;;;; cds;;;; Variations;;;; blocs 16s;;intercal;cdsa; 1084020..1085508;;998;652;M23 family metallopeptidase ;;363;57;LysR family transcriptional regulator ;;;; 1346243..1347731;;677;272;IclR family transcriptional regulator ;;360;314;LysR family transcriptional regulator ;;;; 456825..458313;;713;228;FkbM family methyltransferase ;;-44;552;recombinase family protein ;;;; 1602079..1603567;;743;294;ATPase ;;363;57;LysR family transcriptional regulator </pre> *Détails <pre> cds;743’;713;677;998’ 16s;268;268;268;268 atc;11;11;11;11 gca;39’;39’;39’;39’ cds;38’;38’;38’;38’ 23s;186;186;186;186 5s;54;54;54;54 atgf;363;-44';360;363 cds;;;; </pre> ====oan distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_distribution|oan distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total oan;;41;;;;;41;;oan;6;;;;;;6;;;;;;;;;;;oan;;;;4;;;4 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;; </pre> ====oan1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_données_intercalaires|oan1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;oan1;fx;fc;oan1;fx40;fc40;oan1;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;12;9;0;12;9;-1;0;93;224;109;CDS 16s;; 1;1;10;42;226;1;3;24;-2;1;0;95;147;678;999; ;0;20;29;119;2;4;45;-3;0;0;164;219;23s 5s;; 2;1;30;16;70;3;5;30;-4;22;215;158;24;2* 194;; ;0;40;21;48;4;4;22;-5;0;0;171;7;16s tRNA;; ;0;50;33;45;5;5;21;-6;1;0;397;352;2*273;;atc 1;0;60;43;49;6;5;12;-7;4;3;167;85;tRNA 23s;; 1;2;70;31;61;7;5;10;-8;2;27;159;374;2* 270;;gca ;0;80;28;67;8;3;20;-9;1;0;172;-44;5s tRNA;; 1;1;90;23;42;9;4;14;-10;1;3;333;186;2* 54;;atgf ;3;100;25;51;10;4;28;-11;2;20;114;385;tRNA tRNA;;intra 1;1;110;20;43;11;4;16;-12;2;0;593;721;2* 11;;atc gca ;2;120;12;52;12;2;16;-13;3;3;363;578;tRNA tRNA;; ;1;130;13;45;13;3;15;-14;2;9;211;318;146;;gaa ;3;140;25;36;14;4;19;-15;3;0;88;28;**;;gaa 1;1;150;23;48;15;1;13;-16;0;1;363;289;24;;tac 1;4;160;24;32;16;3;9;-17;2;4;136;197;**;;gga ;3;170;27;33;17;3;9;-18;1;0;819;66;245;;gac ;3;180;14;34;18;3;12;-19;0;1;139;393;**;;gac 2;0;190;24;30;19;4;4;-20;1;6;146;152;;; 1;1;200;12;32;20;2;6;-21;0;1;26;987;;; ;1;210;14;29;21;2;10;-22;0;2;10;328;;; 1;1;220;22;20;22;3;6;-23;0;2;265;824;;; ;1;230;18;19;23;1;11;-24;0;0;103;54;;; ;1;240;15;27;24;2;6;-25;0;0;200;186;;; ;0;250;15;15;25;1;5;-26;1;4;139;584;;; ;0;260;6;12;26;1;4;-27;0;1;65;;;; ;2;270;12;17;27;3;6;-28;0;0;420;;;; ;0;280;8;16;28;0;6;-29;0;2;112;;;; 1;0;290;9;7;29;1;9;-30;0;0;305;;;; ;1;300;12;17;30;2;7;-31;2;0;169;;;; ;1;310;8;12;31;1;3;-32;0;0;1650;;;; 1;0;320;8;5;32;1;4;-33;0;0;178;;;; 1;0;330;13;14;33;1;8;-34;0;0;299;;;; ;1;340;7;14;34;1;9;-35;0;0;70;;;; ;0;350;9;16;35;2;6;-36;1;0;156;;;; 1;0;360;6;5;36;3;2;-37;0;0;236;;;; ;2;370;6;7;37;3;3;-38;0;1;513;;;; 1;0;380;5;8;38;2;9;-39;0;0;264;;;; 1;0;390;7;5;39;4;1;-40;0;0;97;;;; 1;1;400;4;9;40;3;3;-41;0;0;94;;;; 5;5;reste;70;70;reste;651;1044;-42;0;0;123;;;; 26;44;total;771;1516;total;771;1516;-43;0;0;156;;;; 20;39;diagr;689;1437;diagr;108;463;-44;0;0;203;;;; 3;2; t30;87;415;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;759;55;12;826;;;-49;0;0;;;;; ;c;1507;402;9;1918;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;2744;106;;reste;3;4;;;;; ;;;;;;2850;;total;55;402;;;;; </pre> =====oan1 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_autres_intercalaires_aas|oan1 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;oan1;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas fin;;CDS;85;261;; deb;comp;CDS;20987;21391;93; ;;ncRNA;21485;21582;117; fin;;CDS;21700;23517;; deb;;CDS;34057;34446;224; ;;tRNA;34671;34746;95;gcc fin;;CDS;34842;35480;; deb;comp;CDS;36750;37604;244; ;comp;regulatory;37849;38001;259; fin;;CDS;38261;40249;; deb;;CDS;223549;224394;164; ;;tRNA;224559;224635;109;ccg fin;comp;CDS;224745;225806;; deb;comp;CDS;295366;296238;86; ;comp;regulatory;296325;296481;233; fin;;CDS;296715;298838;; deb;comp;CDS;337757;338197;158; ;comp;tRNA;338356;338431;171;ttc fin;comp;CDS;338603;338818;; deb;comp;CDS;344419;344598;147; ;;tRNA;344746;344820;397;acc fin;;CDS;345218;346030;; deb;comp;CDS;351922;353328;167; ;comp;tRNA;353496;353572;159;cgt fin;comp;CDS;353732;355285;; deb;comp;CDS;424109;425302;91; ;comp;regulatory;425394;425473;298; fin;;CDS;425772;426863;; deb;comp;CDS;725472;726479;219; ;;tRNA;726699;726773;172;caa fin;;CDS;726946;729048;; deb;comp;CDS;934613;934987;333; ;comp;tRNA;935321;935397;114;agg fin;comp;CDS;935512;936675;; deb;;CDS;1049919;1051202;24; ;comp;tRNA;1051227;1051311;593;ttg fin;comp;CDS;1051905;1053539;; deb;comp;CDS;1081066;1083021;999; ;;rRNA;1084021;1085503;273;1483 ;;tRNA;1085777;1085853;11;atc ;;tRNA;1085865;1085940;270;gca ;;rRNA;1086211;1089117;194;2907 ;;rRNA;1089312;1089426;54;115 ;;tRNA;1089481;1089557;363;atgj f fin;;CDS;1089921;1090091;; deb;;CDS;1096454;1096912;7; ;comp;tRNA;1096920;1097009;352;tcg fin;;CDS;1097362;1097751;; deb;comp;CDS;1202605;1203609;41; ;comp;regulatory;1203651;1203765;95; fin;;CDS;1203861;1204517;; deb;;CDS;1263516;1263881;88; ;;ncRNA;1263970;1264128;99; fin;;CDS;1264228;1265223;; deb;;CDS;1311344;1311823;211; ;;tRNA;1312035;1312109;88;gag fin;;CDS;1312198;1312467;; deb;;CDS;1344750;1345565;678; ;;rRNA;1346244;1347726;273;1483 ;;tRNA;1348000;1348076;11;atc ;;tRNA;1348088;1348163;270;gca ;;rRNA;1348434;1351340;194;2907 ;;rRNA;1351535;1351649;54;115 ;;tRNA;1351704;1351780;363;atgj f fin;;CDS;1352144;1353082;; deb;;CDS;1354558;1355604;85; ;comp;tRNA;1355690;1355764;136;ggc fin;comp;CDS;1355901;1357280;; deb;comp;CDS;1386666;1387982;819; ;comp;tRNA;1388802;1388891;374;tcc fin;;CDS;1389266;1389589;; deb;comp;CDS;1405236;1405859;139; ;comp;tRNA;1405999;1406085;146;ctg fin;comp;CDS;1406232;1406852;; deb;comp;CDS;1604615;1604854;26; ;comp;tRNA;1604881;1604958;10;atgj j fin;comp;CDS;1604969;1605214;; deb;;CDS;1639492;1640289;-44; ;comp;tRNA;1640246;1640322;186;atgj j fin;;CDS;1640509;1641465;; deb;comp;CDS;1778816;1779571;385; ;;tRNA;1779957;1780033;265;atgi fin;;CDS;1780299;1780844;; deb;;CDS;1818096;1818755;175; ;;ncRNA;1818931;1819358;205; fin;;CDS;1819564;1820313;; deb;;CDS;1881047;1881754;33; ;comp;tmRNA;1881788;1882155;188; fin;;CDS;1882344;1882655;; deb;;CDS;1917737;1918849;108; ;;regulatory;1918958;1919182;154; fin;;CDS;1919337;1921202;; deb;;CDS;1945985;1946374;721; ;comp;tRNA;1947096;1947171;578;aag fin;;CDS;1947750;1948412;; deb;;CDS;1973835;1975286;48; ;;regulatory;1975335;1975573;50; fin;;CDS;1975624;1975812;; deb;comp;CDS;2014813;2015097;103; ;comp;tRNA;2015201;2015275;146;gaa ;comp;tRNA;2015422;2015496;200;gaa fin;comp;CDS;2015697;2016962;; deb;comp;CDS;2039366;2040226;318; ;;tRNA;2040545;2040629;24;tac ;;tRNA;2040654;2040727;139;gga deb;;CDS;2040867;2042042;65; ;;tRNA;2042108;2042183;420;tgg fin;;CDS;2042604;2042804;; deb;;CDS;2168416;2168658;28; ;comp;tRNA;2168687;2168760;289;ggg fin;;CDS;2169050;2169946;; deb;comp;CDS;2244184;2245050;112; ;comp;tRNA;2245163;2245248;197;tta fin;;CDS;2245446;2246705;; deb;;CDS;2267888;2268835;305; ;;tRNA;2269141;2269225;66;ctc fin;comp;CDS;2269292;2270185;; deb;;CDS;2332394;2333530;393; ;comp;tRNA;2333924;2334000;169;cgg fin;comp;CDS;2334170;2335792;; deb;comp;CDS;2339396;2340514;1650; ;comp;tRNA;2342165;2342239;178;gtg fin;comp;CDS;2342418;2344424;; deb;comp;CDS;2369668;2370441;152; ;;tRNA;2370594;2370669;987;aca fin;comp;CDS;2371657;2372076;; deb;comp;CDS;2442729;2443145;299; ;comp;tRNA;2443445;2443519;70;atgj f fin;comp;CDS;2443590;2443781;; deb;comp;CDS;2449947;2451311;156; ;comp;tRNA;2451468;2451550;236;cta fin;comp;CDS;2451787;2452356;; deb;comp;CDS;2548914;2550098;513; ;comp;tRNA;2550612;2550688;245;gac ;comp;tRNA;2550934;2551010;328;gac fin;;CDS;2551339;2551956;; deb;;CDS;2604616;2605908;824; ;comp;tRNA;2606733;2606808;264;gta fin;comp;CDS;2607073;2607996;; deb;;CDS;2641040;2641360;97; ;;tRNA;2641458;2641534;94;ccc fin;;CDS;2641629;2642357;; deb;;CDS;2696299;2697183;54; ;comp;tRNA;2697238;2697314;123;aga deb;comp;CDS;2697438;2697743;156; ;comp;tRNA;2697900;2697976;186;cca fin;;CDS;2698163;2698309;; deb;comp;CDS;2771579;2772697;584; ;;tRNA;2773282;2773372;203;agc fin;;CDS;2773576;2774643;; deb;;CDS;2886536;2887183;84; </pre> ====oan2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_données_intercalaires|oan2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;oan2;fx;fc;oan2;fx40;fc40;oan2;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;2;1;0;2;1;-1;0;48;355;14;CDS 16s ;; ;0;10;29;159;1;2;26;-2;1;0;300;-44;714;744; 1;0;20;25;104;2;3;23;-3;1;0;361;387;23s 5s;; ;0;30;9;49;3;8;18;-4;12;195;545;217;2* 194;; ;0;40;21;49;4;4;17;-5;0;0;620;323;16s tRNA;; ;0;50;15;25;5;2;14;-6;0;0;88;327;2* 273;;atc ;0;60;17;29;6;3;4;-7;0;2;607;103;tRNA 23s;; ;0;70;13;45;7;5;8;-8;1;16;131;168;2* 270;;gca ;0;80;13;35;8;1;15;-9;0;0;739;352;5s tRNA;; ;1;90;18;32;9;1;12;-10;0;2;209;156;2* 54;;atgf ;0;100;13;31;10;0;22;-11;0;8;269;;tRNA tRNA;;intra 1;0;110;25;29;11;4;26;-12;1;0;363;;2* 11;;atc gca ;1;120;7;32;12;4;19;-13;1;0;113;;;; ;0;130;16;20;13;2;12;-14;0;6;465;;;; ;1;140;12;30;14;2;10;-15;0;0;;;;; ;0;150;10;17;15;2;6;-16;2;0;;;;; 1;0;160;15;20;16;0;6;-17;0;1;;;;; 1;0;170;13;14;17;4;3;-18;1;0;;;;; ;0;180;13;12;18;3;4;-19;1;0;;;;; ;0;190;11;18;19;2;8;-20;0;3;;;;; ;0;200;10;10;20;2;10;-21;1;0;;;;; ;1;210;9;7;21;1;6;-22;0;0;;;;; 1;0;220;10;10;22;2;5;-23;0;1;;;;; ;0;230;5;16;23;0;7;-24;0;0;;;;; ;0;240;6;10;24;2;7;-25;0;1;;;;; ;0;250;7;12;25;1;1;-26;0;0;;;;; ;0;260;6;7;26;0;9;-27;1;0;;;;; ;1;270;5;8;27;0;4;-28;0;1;;;;; ;0;280;6;2;28;3;1;-29;0;1;;;;; ;0;290;2;7;29;0;3;-30;0;0;;;;; ;1;300;6;3;30;0;6;-31;0;0;;;;; ;0;310;8;7;31;0;4;-32;0;2;;;;; ;0;320;3;7;32;1;4;-33;0;0;;;;; 2;0;330;7;4;33;3;7;-34;0;0;;;;; ;0;340;4;5;34;0;3;-35;0;1;;;;; ;0;350;8;1;35;1;5;-36;0;0;;;;; 1;1;360;3;4;36;2;9;-37;0;0;;;;; ;2;370;7;3;37;4;6;-38;0;0;;;;; ;0;380;6;2;38;3;3;-39;0;0;;;;; 1;0;390;3;5;39;4;6;-40;0;0;;;;; ;0;400;2;1;40;3;2;-41;2;0;;;;; ;5;reste;40;32;reste;374;552;-42;0;0;;;;; 10;14;total;460;914;total;460;914;-43;0;0;;;;; 9;9;diagr;418;881;diagr;84;361;-44;0;0;;;;; 1;0; t30;63;312;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;458;28;2;488;;;-49;0;0;;;;; ;c;913;292;1;1206;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1694;46;;reste;2;2;;;;; ;;;;;;1740;;total;28;292;;;;; </pre> =====oan2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_autres_intercalaires_aas|oan2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;oan2;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;149537;151504;355;*; ;;tRNA;151860;151955;14;*;tga fin;comp;CDS;151970;152605;;; deb;;CDS;249965;250795;64;*; ;;regulatory;250860;251074;365;*; fin;;CDS;251440;251661;;; deb;comp;CDS;298403;299422;300;*; ;comp;tRNA;299723;299796;361;*;cag fin;comp;CDS;300158;300460;;; deb;;CDS;455428;456111;714;*; ;;rRNA;456826;458308;273;*;1483 ;;tRNA;458582;458658;11;*;atc ;;tRNA;458670;458745;270;*;gca ;;rRNA;459016;461922;194;*;2907 ;;rRNA;462117;462231;54;*;115 ;;tRNA;462286;462362;-44;*;atgf fin;comp;CDS;462319;463974;;; deb;comp;CDS;572059;572721;545;*; ;comp;tRNA;573267;573357;620;*;other fin;comp;CDS;573978;575285;;; deb;comp;CDS;611464;611742;88;*; ;comp;tRNA;611831;611905;387;*;ggc fin;;CDS;612293;612814;;; deb;;CDS;850872;851594;138;*; ;;regulatory;851733;851842;43;*; fin;;CDS;851886;852806;;; deb;;CDS;991265;991999;217;*; ;comp;tRNA;992217;992306;323;*;tca fin;;CDS;992630;992884;;; deb;comp;CDS;1031528;1032946;607;*; ;comp;tRNA;1033554;1033629;327;*;aaa fin;;CDS;1033957;1035651;;; deb;;CDS;1067405;1068742;131;*; ;;tRNA;1068874;1068947;739;*;tgc fin;;CDS;1069687;1069905;;; deb;;CDS;1081639;1082031;103;*; ;comp;tRNA;1082135;1082209;168;*;aac fin;;CDS;1082378;1082653;;; deb;comp;CDS;1215924;1217189;597;*; ;;regulatory;1217787;1217947;76;*; fin;;CDS;1218024;1218500;;; deb;comp;CDS;1273601;1274704;142;*; ;comp;regulatory;1274847;1274930;495;*; fin;;CDS;1275426;1275572;;; deb;comp;CDS;1327333;1328361;180;*; ;comp;regulatory;1328542;1328776;221;*; fin;;CDS;1328998;1329948;;; deb;comp;CDS;1333375;1333587;209;*; ;comp;tRNA;1333797;1333873;352;*;cac fin;;CDS;1334226;1337393;;; deb;;CDS;1473437;1474405;269;*; ;;tRNA;1474675;1474750;156;*;acg fin;comp;CDS;1474907;1475239;;; deb;comp;CDS;1597496;1597666;363;*; ;comp;tRNA;1598030;1598106;54;*;atgf ;comp;rRNA;1598161;1598275;194;*;115 ;comp;rRNA;1598470;1601376;270;*;2907 ;comp;tRNA;1601647;1601722;11;*;gca ;comp;tRNA;1601734;1601810;273;*;atc ;comp;rRNA;1602084;1603566;744;*;1483 fin;;CDS;1604311;1605192;;; deb;;CDS;1720169;1720531;113;*; ;;tRNA;1720645;1720719;465;*;gtc fin;;CDS;1721185;1721838;;; </pre> ===abq=== ====abq opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_opérons|abq opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;abq;;genome;;;;;;;;; 68.45%GC;29.12.19 Paris;16s 9 ;88 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; ;125527..126444;;cds;;127;127;;;306;;restriction endonuclease;* comp;126572..126647;;gcg;;206;206;;;;;;* ;126854..127138;;cds;;;;;;95;;YggT family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;163237..164982;;cds;;175;175;;;582;;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;* ;165158..165234;;agg;;59;59;;;;;;* ;165294..166022;;cds;;;;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;188235..189860;;cds;;42;42;;;542;;glycosyltransferase;* comp;189903..189977;;acg;;81;81;;;;;;* comp;190059..191987;;cds;;;;;;643;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;250833..251111;;cds;;169;169;;;93;;hp;* comp;251281..251356;;gcc;;141;141;;;;;;* comp;251498..251893;;cds;;;;;;132;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;458142..458459;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;* ;458669..458758;;tcg;;63;63;;;;;;* comp;458822..459664;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;496776..497171;;cds;;162;162;;;132;;cupin domain-containing protein;* comp;497334..497420;;ttg;;137;137;;;;;;* ;497558..498085;;cds;;;;;;176;;disulfide bond formation protein B;* ;;;;;;;;;;;;* comp;615937..616350;;cds;;121;121;;;138;;hp;* comp;616472..616548;;ccg;+;206;;206;;;;;* comp;616755..616831;;ccg;2 ccg;109;109;;;;;;* comp;616941..617957;;cds;;;;;;339;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;748703..749161;;cds;;38;38;;;153;;hp;* comp;749200..749275;;aca;;91;91;;;;;;* comp;749367..750221;;cds;;144;144;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;750366..750451;;tac;;60;;60;;;;;* ;750512..750585;;gga;;81;81;;;;;;* ;750667..751857;;cds;;153;153;;;397;;elongation factor Tu;* ;752011..752086;;tgg;;69;69;;;;;;* ;752156..752353;;cds;;;;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* comp;794457..795983;;cds;;296;296;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;* ;796280..796355;;aag;+;76;;76;;;;;* ;796432..796507;;aag;2 aag;109;109;;;;;;* comp;796617..797057;;cds;;;;;;147;;MaoC family dehydratase;* ;;;;;;;;;;;;* ;870412..872373;;cds;;159;159;;;654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;872533..872608;;atgi;;5;5;;;;;;* comp;872614..873093;;cds;;134;134;;;160;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;873228..873304;;cgt;;212;212;;;;;;* ;873517..874023;;cds;;;;;;169;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;931962..933011;;cds;;68;68;;;350;;low specificity L-threonine aldolase;* ;933080..933155;;gag;+;38;;38;;;;;* ;933194..933269;;gag;2 gag;72;72;;;;;;* comp;933342..934340;;cds;;;;;;333;;transglycosylase SLT domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;997881..998357;;cds;;246;246;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* comp;998604..998678;;acc;;175;175;;;;;;* comp;998854..1000815;;cds;;;;;;654;;polysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1164137..1165048;;cds;;159;159;;;304;;DUF3108 domain-containing protein;* ;1165208..1165282;;gtg;+;132;;132;;;;;* ;1165415..1165489;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;* ;1165721..1165885;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1242416..1242919;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;* ;1243005..1243081;;ccc;;139;139;;;;;;* comp;1243221..1244999;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1353398..1353895;;cds;;118;118;;;166;;hp;* ;1354014..1354091;;cca;;49;49;;;;;;* ;1354141..1354437;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;* ;1354448..1354524;;aga;;443;*443;;;;;;* ;1354968..1355213;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1370270..1370500;;cds;;196;196;;;77;;hp;* comp;1370697..1370772;;aac;@2;220;;220;;;;;* comp;1370993..1371066;;tgc;;218;218;;;;;;* ;1371285..1371941;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1427443..1427733;;cds;;236;236;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;1427970..1428085;;5s;;129;;;;116;;;* comp;1428215..1430967;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;1431234..1431309;;gca;;30;;;30;;;;* comp;1431340..1431416;;atc;;108;;;;;;;* comp;1431525..1433015;;16s;;779;*779;;;1491;;;* ;1433795..1437778;;cds;;;;;;1328;;non-ribosomal peptide synthetase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1576457..1577296;;cds;;243;243;;;280;;aldo/keto reductase;* comp;1577540..1577615;;gaa;;123;123;;;;;;* comp;1577739..1579538;;cds;;;;;;600;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1723089..1723457;;cds;;344;344;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* comp;1723802..1723878;;gac;;164;;164;;;;;* comp;1724043..1724117;;gta;;106;106;;;;;;* comp;1724224..1724496;;cds;;;;;;91;;HU family DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1730385..1731719;;cds;;91;91;;;445;;trigger factor;* comp;1731811..1731895;;cta;;173;173;;;;;;* comp;1732069..1733634;;cds;;;;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1733741..1735207;;cds;;129;129;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;* comp;1735337..1735412;;cac;+;109;;109;;;;;* comp;1735522..1735597;;cac;2 cac;337;337;;;;;;* ;1735935..1736273;;cds;;;;;;113;;P-II family nitrogen regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1951126..1951752;;cds;;149;149;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;* ;1951902..1951987;;tac;;74;74;;;;;;* comp;1952062..1952424;;cds;;;;;;121;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1996903..1997244;;cds;;595;*595;;;114;;hp;* comp;1997840..1997914;;atgj;;131;131;;;;;;* comp;1998046..1999179;;cds;;;;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;;* ;2086487..2088658;;cds;;156;156;;;724;;malate synthase G;* comp;2088815..2088889;;gtc;;234;234;;;;;;* ;2089124..2090002;;cds;;;;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2303404..2303880;;cds;;414;*414;;;159;;bacterioferritin;* comp;2304295..2304377;;tta;;406;*406;;;;;;* comp;2304784..2305029;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2482875..2484518;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;* comp;2484884..2484974;;tcc;;120;120;;;;;;* comp;2485095..2485898;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2640759..2641325;;cds;;149;149;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;2641475..2641549;;ggc;;688;*688;;;;;;* ;2642238..2642915;;cds;;;;;;226;;dimethylmenaquinone methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2764482..2765567;;cds;;659;*659;;;362;;hp;* comp;2766227..2766300;;ggg;;35;35;;;;;;* comp;2766336..2766995;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2781933..2783774;;cds;;187;187;;;614;;EAL and GGDEF domain-containing protein;* comp;2783962..2784077;;5s;;129;;;;116;;;* comp;2784207..2786959;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;2787215..2787290;;gca;;30;;;30;;;;* comp;2787321..2787397;;atc;;108;;;;;;;* comp;2787506..2789006;;16s;;496;*496;;;1501;;;* comp;2789503..2790207;;cds;;;;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2843264..2843443;;cds;;77;77;;;60;;hp;* comp;2843521..2843597;;cgt;;170;170;;;;;;* ;2843768..2844268;;cds;;;;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;* plasmide2;;;;;;;;;;;;* comp;51090..51836;;cds;;481;*481;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* comp;52318..52393;;tgg;;363;*363;;;;;;* ;52757..53587;;cds;;;;;;277;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;809229..810019;;cds;;870;*870;;;264;;IS5 family transposase;* comp;810890..810966;;atgf;;96;;;;;;;* comp;811063..811178;;5s;;127;;;;116;;;* comp;811306..814058;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;814325..814400;;gca;;30;;;30;;;;* comp;814431..814507;;atc;;108;;;;;;;* comp;814616..816106;;16s;;452;*452;;;1491;;;* comp;816559..817443;;cds;;;;;;295;;helix-turn-helix domain-containing protein;* plasmide4;;;;;;;;;;;;* ;196992..199346;;cds;;148;148;;;785;;mechanosensitive ion channel;* ;199495..199581;;ctg;;30;;30;;;;;* ;199612..199687;;gcc;;188;188;;;;;;* ;199876..201333;;cds;;;;;;486;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;237538..238578;;cds;;92;92;;;347;;response regulator;* comp;238671..238747;;cgg;;96;96;;;;;;* comp;238844..239821;;cds;;;;;;326;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;257739..258470;;cds;;125;125;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;258596..258682;;ctc;;123;123;;;;;;* comp;258806..259108;;cds;;;;;;101;;STAS domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;399367..400527;;cds;;278;278;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;* comp;400806..400921;;5s;;129;;;;116;;;* comp;401051..403803;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;404059..404134;;gca;;30;;;30;;;;* comp;404165..404241;;atc;;108;;;;;;;* comp;404350..405850;;16s;;502;*502;;;1501;;;* comp;406353..406547;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;504531..504893;;cds;;82;82;;;121;;response regulator;* ;504976..505051;;aac;;3;;3;;;;;* ;505055..505131;;gac;;4;;4;;;;;* ;505136..505210;;ggc;;102;102;;;;;;* comp;505313..506080;;cds;;83;83;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;506164..506790;;cds;;202;202;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;* comp;506993..507108;;5s;;127;;;;116;;;* comp;507236..509988;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;510255..510330;;gca;;30;;;30;;;;* comp;510361..510437;;atc;;110;;;;;;;* comp;510548..512038;;16s;;615;*615;;;1491;;;* ;512654..513568;;cds;;;;;;305;;lytic transglycosylase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;588108..590768;;cds;;340;340;;;887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;* ;591109..591184;;ttc;;286;286;;;;;;* ;591471..592979;;cds;;;;;;503;;FAD-binding oxidoreductase;* plasmide5;;;;;;;;;;;;* ;86421..87089;;cds;;455;*455;;;223;;RraA family protein;* ;87545..87619;;ggc;;193;193;;;;;;* ;87813..88865;;cds;;;;;;351;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);* plasmide1;;;;@3;;;;;;;;* >comp;115594..115896;;cds;;394;*394;;;101;;P-IS5/IS1182 family transposase;* comp;116291..116367;;atgf;;96;;;;;;;* comp;116464..116579;;5s;;129;;;;116;;;* comp;116709..119461;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;119717..119792;;gca;;30;;;30;;;;* comp;119823..119899;;atc;;108;;;;;;;* comp;120008..121498;;16s;;740;*740;;;1491;;;* ;122239..123597;;cds;;;;;;453;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;217550..218176;;cds;;123;123;;;209;;ribonuclease D;* comp;218300..218386;;ctg;;228;228;;;;;;* ;218615..219604;;cds;;;;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;300477..301733;;cds;;472;*472;;;419;;exonuclease subunit SbcD;* ;302206..303696;;16s;;108;;;;1491;;;* ;303805..303881;;atc;;30;;;30;;;;* ;303912..303987;;gca;;255;;;;;;;* ;304243..306995;;23s;;129;;;;2753;;;* ;307125..307240;;5s;;96;;;;116;;;* ;307337..307413;;atgf;;161;161;;;;;;* <comp;307575..307805;;cds;;;;;;77;;p-ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;466493..467710;;cds;;231;231;;;406;;site-specific integrase;* comp;467942..468031;;tca;;205;205;;;;;;* comp;468237..468809;;cds;;;;;;191;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;512242..512790;;cds;;136;136;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;* ;512927..513002;;aaa;;209;209;;;;;;* ;513212..514036;;cds;;;;;;275;;DUF3618 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;931813..933912;;cds;;79;79;;;700;;membrane protein;* ;933992..934066;;caa;;382;*382;;;;;;* comp;934449..935270;;cds;;;;;;274;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;948715..949743;;cds;;199;199;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;949943..950016;;cag;;246;246;;;;;;* comp;950263..950829;;cds;;;;;;189;;IS3 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* >;971260..971532;;cds;;493;*493;;;91;;P-hp;* comp;972026..972119;;agc;;197;197;;;;;;* ;972317..972550;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1302373..1303350;;cds;;166;166;;;326;;alpha-1,3-fucosyltransferase;* comp;1303517..1303592;;ttc;;98;98;;;;;;* comp;1303691..1303876;;cds;;;;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;;;;;;;;;;;;* ;1349823..1350929;;cds;;145;145;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;1351075..1353828;;23s;;262;;;;2754;;;* comp;1354091..1355591;;16s;@1;676;*676;;;1501;;;* ;1356268..1356726;;cds;;;;;;153;;MarR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1441708..1443066;;cds;;153;153;;;453;;hp;* ;1443220..1443294;;acc;;1;;1;;;;;* ;1443296..1443371;;gcg;;99;;99;;;;;* ;1443471..1443547;;gac;;44;;44;;;;;* ;1443592..1443666;;gtc;;1;;1;;;;;* ;1443668..1443741;;cag;;137;137;;;;;;* comp;1443879..1446428;;cds;;;;;;850;;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1566394..1566612;;cds;;193;193;;;73;;hp;* comp;1566806..1566921;;5s;;128;;;;116;;;* comp;1567050..1569802;;23s;;254;;;;2753;;;* comp;1570057..1570132;;gca;;30;;;30;;;;* comp;1570163..1570239;;atc;;94;;;;;;;* comp;1570334..1571834;;16s;;444;*444;;;1501;;;* comp;1572279..1572707;;cds;;;;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1723583..1724962;;cds;;94;94;;;460;;hp;* comp;1725057..1725143;;ctc;;475;*475;;;;;;* ;1725619..1726311;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1757680..1760568;;cds;;308;308;;;963;;PAS domain-containing protein;* ;1760877..1760963;;ctg;;29;;29;;;;;* ;1760993..1761068;;gcc;;247;247;;;;;;* comp;1761316..1761840;;cds;;;;;;175;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1854042..1855049;;cds;;135;135;;;336;;inorganic phosphate transporter;* comp;1855185..1855259;;ggc;;243;243;;;;;;* ;1855503..1858685;;cds;;;;;;1061;;AAA family ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;1883235..1883816;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;* ;1884027..1884102;;aac;;4;;4;;;;;* ;1884107..1884183;;gac;;32;32;;;;;;* comp;1884216..1884821;;cds;;;;;;202;;hp;* </pre> ====abq cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_cumuls|abq cumuls]] <pre> abq cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300; avec rRNA;opérons;9;1;2;;1;0;1;;100;17;1;0 ;16atcgca235;5;20;3;;50;7;40;;200;29;30;0 ;Id-atgf;3;40;3;8;100;19;80;;300;24;60;2 ;16s23s;1;60;2;;150;26;120;;400;18;90;9 ;max a;3;80;1;;200;20;160;;500;8;120;11 ;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;8;150;8 ;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;5;180;11 ;total aas;19;140;1;;350;4;280;;800;2;210;9 sans ;opérons;51;160;0;;400;4;320;;900;2;240;6 ;1 aa;38;180;1;;450;4;360;;1000;1;270;6 ;max a;5;200;0;;500;7;400;;1100;1;300;8 ;a doubles;5;;2;;;9;;;;1;;46 ;total aas;68;;17;8;;121;;0;;116;;116 total aas;;87;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;72;30;;227;;;;308;; ;;;variance;72;0;;175;;;;230;; sans jaune;;;moyenne;;;;153;;;;249;;166 ;;;variance;;;;74;;;;142;;71 </pre> ====abq blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_blocs|abq blocs]] <pre> abq blocs;;;;;;;;;;;;;;; bloc;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa; cds;779;1328;non ribosom;496;235;PAP2 fam;502;65;hp;615;305;lytic dom;444;143;DUF1489 $16s;108;§1491;;108;§1501;;108;§1501;;110;1491;;94;§1501; atc;30;;;30;;;30;;;30;;;30;; gca;266;;;255;;;255;;;266;;;254;; $23s;129;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;127;2753;;128;§2753; $5s;236;§116;;187;§116;;278;§116;;202;116;;193;§116; cds;;97;YkgJ fam;;614;EAL & GGDEF;;387;PQQ;;209;pyridoxamine;;73;hp ;;;;;;;;;;;;;;; cds;452;295;Hx-t-Hx;740;453;peptido fam;472;419;exo SbcD;;;;;; $16s;108;§1491;;108;§1491;;108;§1491;;;;;;; atc;30;;;30;;;30;;;;;;;; gca;266;;;255;;;255;;;;cds;676;153;MarR fam; $23s;127;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;;$16s;262;§1501;; $5s;96;§116;;96;§116;;96;§116;;;$23s;145;§2754;; atgf;870;;;394;;;161;;;;cds;;369;GNAT fam; cds;;264;IS5 fam;;101;p-IS5/IS1182;;77;p-ATP-bind;;;;;; </pre> ====abq distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_distribution|abq distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;aag2;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;cac2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;ccg2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;gag2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;gtg2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;ggc;gtc;1;gcc;2;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;3 1aa;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;1 >1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total abq;;38;;;;;38;;abq;20;;;;;;20;;abq;10;;;;;;10;;abq;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====abq données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_données_intercalaires|abq données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abq;fx;fc;abq;fx40;fc40;abq;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;4;0;2;4;-1;0;61;59;127;16s tRNA;; 1;1;10;65;170;1;4;13;-2;1;0;42;206;2* 114;;atc ;0;20;54;138;2;4;15;-3;0;0;81;175;tRNA 23s;; ;0;30;57;90;3;10;20;-4;6;199;169;209;267;;gca ;2;40;17;65;4;11;26;-5;0;0;141;63;256;;gca ;2;50;24;74;5;6;24;-6;1;0;162;137;tRNA tRNA;;intra ;1;60;21;59;6;7;12;-7;1;1;121;144;2* 30;;atc gca 1;2;70;24;47;7;8;15;-8;1;20;109;296;tRNA tRNA;; 3;0;80;31;67;8;4;16;-9;0;0;38;109;206;;ccg ;3;90;24;68;9;6;8;-10;1;1;91;5;**;;ccg ;2;100;29;70;10;5;21;-11;1;6;81;212;60;;tac 1;2;110;29;61;11;3;17;-12;0;0;153;72;**;;gga 1;1;120;23;59;12;6;14;-13;0;4;69;246;76;;aag 1;3;130;26;56;13;6;22;-14;1;3;159;165;**;;aag 2;2;140;21;50;14;2;21;-15;0;0;134;139;38;;gag 2;2;150;27;44;15;8;14;-16;0;1;68;118;**;;gag 1;2;160;25;47;16;11;14;-17;3;2;175;218;132;;gtg 2;2;170;33;37;17;1;8;-18;0;1;231;337;**;;gtg 1;2;180;15;41;18;3;7;-19;0;1;85;74;220;;aac 1;0;190;22;24;19;8;13;-20;0;7;49;595;**;;tgc ;1;200;24;36;20;6;8;-21;0;0;10;156;164;;gac 2;0;210;27;24;21;10;8;-22;0;0;443;234;**;;gta 2;0;220;13;24;22;9;8;-23;3;3;196;187;109;;cac ;0;230;18;16;23;5;3;-24;1;0;243;365;**;;cac 1;1;240;17;19;24;4;9;-25;0;1;123;149;;; 1;1;250;14;17;25;7;11;-26;1;2;344;77;;; ;0;260;16;15;26;6;13;-27;0;0;106;170;;; ;0;270;19;17;27;5;11;-28;0;0;91;;;; ;0;280;15;7;28;3;8;-29;3;2;173;;;; ;0;290;9;2;29;0;8;-30;0;0;129;;;; 1;0;300;6;8;30;8;11;-31;0;4;149;;;; ;0;310;7;9;31;0;11;-32;1;0;131;;;; ;0;320;9;7;32;3;5;-33;0;0;414;;;; ;0;330;8;5;33;2;8;-34;0;0;120;;;; 1;0;340;9;3;34;5;6;-35;0;0;688;;;; ;1;350;3;3;35;3;7;-36;0;0;659;;;; ;0;360;5;3;36;1;9;-37;0;0;35;;;; 1;0;370;8;9;37;1;5;-38;3;0;CDS 16s;;;; ;0;380;6;2;38;0;3;-39;0;0;496;779;;; ;0;390;2;7;39;1;4;-40;0;0;23s 5s;;;; ;0;400;4;4;40;1;7;-41;2;1;2* 134;;;; 1;4;reste;82;57;reste;695;1098;-42;0;0;5s CDS;;;; 27;37;total;890;1565;total;890;1565;-43;0;1;236;187;;; 26;33;diagr;806;1504;diagr;193;463;-44;0;0;;;;; 1;1; t30;176;398;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;888;37;2;927;;;-49;1;0;;;;; ;c;1561;330;4;1895;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;2822;104;;reste;5;7;;;;; ;;;;;;2926;;total;37;330;;;;; </pre> =====abq autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_autres_intercalaires_aas|abq autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abq;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;125527;126444;127;*; ;comp;tRNA;126572;126647;206;*;gcg fin;;CDS;126854;127138;;; deb;comp;CDS;163237;164982;175;*; ;;tRNA;165158;165234;59;*;agg fin;;CDS;165294;166022;;; deb;comp;CDS;188235;189860;42;*; ;comp;tRNA;189903;189977;81;*;acg fin;comp;CDS;190059;191987;;; deb;comp;CDS;250833;251111;169;*; ;comp;tRNA;251281;251356;141;*;gcc fin;comp;CDS;251498;251893;;0; deb;;CDS;409912;410451;134;*; ;;ncRNA;410586;410683;99;*; fin;;CDS;410783;412645;;; deb;comp;CDS;458142;458459;209;*; ;;tRNA;458669;458758;63;*;tcg fin;comp;CDS;458822;459664;;; deb;comp;CDS;496776;497171;162;*; ;comp;tRNA;497334;497420;137;*;ttg fin;;CDS;497558;498085;;; deb;comp;CDS;599094;599591;554;*; ;comp;ncRNA;600146;600563;62;*; fin;comp;CDS;600626;601336;;; deb;comp;CDS;615937;616350;121;*; ;comp;tRNA;616472;616548;206;*;ccg ;comp;tRNA;616755;616831;109;*;ccg fin;comp;CDS;616941;617957;;0; deb;comp;CDS;748703;749161;38;*; ;comp;tRNA;749200;749275;91;*;aca deb;comp;CDS;749367;750221;144;*; ;;tRNA;750366;750451;60;*;tac ;;tRNA;750512;750585;81;*;gga deb;;CDS;750667;751857;153;*; ;;tRNA;752011;752086;69;*;tgg fin;;CDS;752156;752353;;; deb;comp;CDS;794457;795983;296;*; ;;tRNA;796280;796355;76;*;aag ;;tRNA;796432;796507;109;*;aag fin;comp;CDS;796617;797057;;; deb;;CDS;870412;872373;159;*; ;;tRNA;872533;872608;5;*;atgi deb;comp;CDS;872614;873093;134;*; ;comp;tRNA;873228;873304;212;*;cgt fin;;CDS;873517;874023;;; deb;;CDS;931977;933011;68;*; ;;tRNA;933080;933155;38;*;gag ;;tRNA;933194;933269;72;*;gag fin;comp;CDS;933342;934340;;0; deb;;CDS;965995;966240;85;*; ;;regulatory;966326;966425;175;*; fin;;CDS;966601;967713;;; deb;;CDS;987790;988104;13;*; ;;ncRNA;988118;988277;39;*; fin;;CDS;988317;988940;;; deb;;CDS;997881;998357;246;*; ;comp;tRNA;998604;998678;175;*;acc fin;comp;CDS;998854;1000815;;; deb;comp;CDS;1164137;1165042;165;*; ;;tRNA;1165208;1165282;132;*;gtg ;;tRNA;1165415;1165489;231;*;gtg fin;;CDS;1165721;1165885;;; deb;;CDS;1242416;1242919;85;*; ;;tRNA;1243005;1243081;139;*;ccc fin;comp;CDS;1243221;1244972;;0; deb;comp;CDS;1353398;1353895;118;*; ;;tRNA;1354014;1354091;49;*;cca deb;;CDS;1354141;1354437;10;*; ;;tRNA;1354448;1354524;443;*;aga fin;;CDS;1354968;1355213;;0; deb;comp;CDS;1370270;1370500;196;*; ;comp;tRNA;1370697;1370772;220;*;aac ;comp;tRNA;1370993;1371066;218;*;tgc fin;;CDS;1371285;1371941;;; deb;comp;CDS;1427443;1427733;236;*; ;comp;rRNA;1427970;1428085;134;*;116 ;comp;rRNA;1428220;1430966;267;*;2747 ;comp;tRNA;1431234;1431309;30;*;gca ;comp;tRNA;1431340;1431416;114;*;atc ;comp;rRNA;1431531;1433015;779;*;1485 fin;;CDS;1433795;1437778;;; deb;comp;CDS;1553335;1555176;116;*; ;comp;regulatory;1555293;1555405;204;*; fin;;CDS;1555610;1555798;;0; deb;comp;CDS;1576457;1577296;243;*; ;comp;tRNA;1577540;1577615;123;*;gaa fin;comp;CDS;1577739;1579538;;; deb;comp;CDS;1723089;1723457;344;*; ;comp;tRNA;1723802;1723878;164;*;gac ;comp;tRNA;1724043;1724117;106;*;gta fin;comp;CDS;1724224;1724496;;; deb;comp;CDS;1730385;1731719;91;*; ;comp;tRNA;1731811;1731895;173;*;cta fin;comp;CDS;1732069;1733634;;; deb;comp;CDS;1733741;1735207;129;*; ;comp;tRNA;1735337;1735412;109;*;cac ;comp;tRNA;1735522;1735597;337;*;cac fin;;CDS;1735935;1736273;;; deb;comp;CDS;1819331;1820473;69;*; ;comp;regulatory;1820543;1820640;161;*; fin;;CDS;1820802;1821179;;0; deb;comp;CDS;1862505;1863443;95;*; ;;tmRNA;1863539;1863915;31;*; fin;;CDS;1863947;1864516;;; deb;;CDS;1951126;1951752;149;*; ;;tRNA;1951902;1951987;74;*;tac fin;comp;CDS;1952062;1952424;;; deb;;CDS;1996903;1997244;595;*; ;comp;tRNA;1997840;1997914;131;*;atgj fin;comp;CDS;1998046;1999179;;; deb;;CDS;2086487;2088658;156;*; ;comp;tRNA;2088815;2088889;234;*;gtc fin;;CDS;2089124;2090002;;; deb;comp;CDS;2281336;2282022;151;*; ;comp;regulatory;2282174;2282326;63;*; fin;comp;CDS;2282390;2284078;;0; deb;comp;CDS;2303404;2303880;414;*; ;comp;tRNA;2304295;2304377;187;*;tta fin;;CDS;2304565;2304732;;0; deb;;CDS;2482875;2484518;365;*; ;comp;tRNA;2484884;2484974;120;*;tcc fin;comp;CDS;2485095;2485898;;0; deb;;CDS;2526814;2528505;73;*; ;;regulatory;2528579;2528683;49;*; fin;;CDS;2528733;2529680;;1; deb;comp;CDS;2640759;2641325;149;*; ;;tRNA;2641475;2641549;688;*;ggc fin;;CDS;2642238;2642915;;; deb;comp;CDS;2764482;2765567;659;*; ;comp;tRNA;2766227;2766300;35;*;ggg fin;comp;CDS;2766336;2766995;;0; deb;;CDS;2781933;2783774;187;*; ;comp;rRNA;2783962;2784077;134;*;116 ;comp;rRNA;2784212;2786958;256;*;2747 ;comp;tRNA;2787215;2787290;30;*;gca ;comp;tRNA;2787321;2787397;114;*;atc ;comp;rRNA;2787512;2789006;496;*;1495 fin;comp;CDS;2789503;2790207;;; deb;;CDS;2843264;2843443;77;*; ;comp;tRNA;2843521;2843597;170;*;cgt fin;;CDS;2843768;2844268;;0; deb;comp;CDS;2886497;2887705;76;*; ;comp;regulatory;2887782;2887861;126;*; fin;;CDS;2887988;2888500;;; </pre> ====abqp données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_données_intercalaires|abqp données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abqp;fx;fc;abqp;fx40;fc40;abqp;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;30;394;228;16s tRNA;;atc ;0;10;35;82;1;7;10;-2;1;0;123;161;2* 114;; 1;0;20;32;85;2;0;10;-3;0;0;231;382;100;; ;0;30;28;64;3;2;10;-4;1;143;205;199;tRNA 23s;;gca 1;0;40;5;60;4;3;10;-5;0;0;136;246;2* 256;; ;0;50;16;34;5;2;7;-6;0;0;209;19;255;; ;0;60;13;39;6;3;8;-7;0;4;79;197;5s tRNA;; ;0;70;14;41;7;4;8;-8;1;11;166;177;2* 96;;atgf ;1;80;16;38;8;1;7;-9;0;0;98;137;tRNA tRNA;;intra ;0;90;9;28;9;2;6;-10;1;1;308;94;3* 30;;atc gca 1;1;100;15;40;10;11;6;-11;2;12;;418;tRNA tRNA;; ;0;110;15;33;11;2;14;-12;1;0;;247;29;;ctg ;0;120;14;24;12;4;6;-13;0;2;;135;**;;gcc ;1;130;15;23;13;9;15;-14;0;3;;351;4;;aac 2;1;140;17;32;14;0;12;-15;0;1;;213;**;;gac ;0;150;21;29;15;2;5;-16;1;2;;32;1;;acc ;0;160;13;30;16;3;10;-17;1;3;CDS 16s;;99;;gcg 1;1;170;20;25;17;2;6;-18;0;0;444;734;44;;gac 1;0;180;11;15;18;3;9;-19;0;1;;472;1;;gtc ;0;190;14;17;19;4;6;-20;0;1;;643;**;;cag 2;0;200;8;17;20;3;2;-21;0;0;5s CDS;;;; ;2;210;9;16;21;5;8;-22;0;1;-;193;;; 1;0;220;12;19;22;5;5;-23;1;3;23s CDS;;;; 1;0;230;6;10;23;4;5;-24;0;0;-;151;;; ;1;240;8;11;24;1;6;-25;0;1;23s 5s;;;; 2;0;250;14;6;25;3;6;-26;1;4;2* 134;;;; ;0;260;8;7;26;0;8;-27;0;0;133;;;; ;0;270;8;3;27;4;7;-28;1;1;;;;; ;0;280;8;6;28;3;7;-29;0;3;;;;; ;0;290;7;5;29;2;7;-30;0;0;;;;; ;0;300;6;6;30;1;5;-31;1;0;;;;; ;1;310;4;4;31;2;9;-32;1;0;;;;; ;0;320;5;3;32;0;7;-33;1;0;;;;; ;0;330;4;6;33;2;5;-34;0;0;;;;; ;0;340;5;6;34;0;4;-35;0;0;;;;; ;0;350;6;0;35;0;11;-36;0;0;;;;; 1;0;360;4;2;36;0;5;-37;1;0;;;;; ;0;370;1;3;37;0;1;-38;0;0;;;;; ;0;380;1;1;38;0;8;-39;0;0;;;;; 1;0;390;1;3;39;0;5;-40;0;0;;;;; ;1;400;5;0;40;1;5;-41;1;0;;;;; 1;0;reste;43;46;reste;396;628;-42;0;0;;;;; 16;10;total;497;921;total;497;921;-43;1;0;;;;; 15;10;diagr;453;873;diagr;100;291;-44;1;0;;;;; 1;0; t30;95;231;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;496;26;1;523;;;-49;0;1;;;;; ;c;919;235;2;1156;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1679;65;;reste;6;7;;;;; ;;;;;;1744;;total;26;235;;;;; </pre> =====abqp autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_autres_intercalaires_aas|abqp autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abqp;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;115594;115896;394;*; ;comp;tRNA;116291;116367;96;*;atgf ;comp;rRNA;116464;116579;134;*;116 ;comp;rRNA;116714;119460;256;*;2747 ;comp;tRNA;119717;119792;30;*;gca ;comp;tRNA;119823;119899;114;*;atc ;comp;rRNA;120014;121498;734;*;1485 fin;;CDS;122233;123597;;0; deb;;CDS;138420;138878;54;*; ;;regulatory;138933;139152;115;*; fin;;CDS;139268;141196;;; deb;comp;CDS;217550;218176;123;*; ;comp;tRNA;218300;218386;228;*;ctg fin;;CDS;218615;219604;;; deb;comp;CDS;241293;242384;76;*; ;comp;regulatory;242461;242590;232;*; fin;comp;CDS;242823;243398;;; deb;comp;CDS;300477;301733;472;*; ;;rRNA;302206;303690;114;*;1485 ;;tRNA;303805;303881;30;*;atc ;;tRNA;303912;303987;256;*;gca ;;rRNA;304244;306990;134;*;2747 ;;rRNA;307125;307240;96;*;116 ;;tRNA;307337;307413;161;*;atgf fin;comp;CDS;307575;307805;;0; deb;;CDS;353736;354107;193;*; ;;regulatory;354301;354527;305;*; fin;;CDS;354833;355231;;; deb;comp;CDS;358353;360380;175;*; ;;regulatory;360556;360807;103;*; fin;;CDS;360911;361297;;0; deb;;CDS;366313;366825;113;*; ;;regulatory;366939;367191;109;*; fin;;CDS;367301;369220;;; deb;comp;CDS;466493;467710;231;*; ;comp;tRNA;467942;468031;205;*;tca fin;comp;CDS;468237;468809;;; deb;;CDS;512242;512790;136;*; ;;tRNA;512927;513002;209;*;aaa fin;;CDS;513212;514036;;; deb;;CDS;931813;933912;79;*; ;;tRNA;933992;934066;382;*;caa fin;comp;CDS;934449;935270;;; deb;comp;CDS;948715;949743;199;*; ;;tRNA;949943;950016;246;*;cag fin;comp;CDS;950263;950616;;; deb;;CDS;970933;972006;19;*; ;comp;tRNA;972026;972119;197;*;agc fin;;CDS;972317;972550;;0; deb;comp;CDS;1161686;1162450;290;*; ;;regulatory;1162741;1162957;38;*; fin;;CDS;1162996;1164069;;; deb;comp;CDS;1302373;1303350;166;*; ;comp;tRNA;1303517;1303592;98;*;ttc fin;comp;CDS;1303691;1303876;;; deb;;CDS;1349865;1350929;151;*; ;comp;rRNA;1351081;1353827;269;*;2747 ;comp;rRNA;1354097;1355591;643;*;1495 fin;;CDS;1356235;1356726;;; deb;comp;CDS;1441708;1443042;177;*; ;;tRNA;1443220;1443294;1;*;acc ;;tRNA;1443296;1443371;99;*;gcg ;;tRNA;1443471;1443547;44;*;gac ;;tRNA;1443592;1443666;1;*;gtc ;;tRNA;1443668;1443741;137;*;cag fin;comp;CDS;1443879;1444727;;; deb;;CDS;1566394;1566612;193;*; ;comp;rRNA;1566806;1566921;133;*;116 ;comp;rRNA;1567055;1569801;255;*;2747 ;comp;tRNA;1570057;1570132;30;*;gca ;comp;tRNA;1570163;1570239;100;*;atc ;comp;rRNA;1570340;1571834;444;*;1495 fin;comp;CDS;1572279;1572707;;; deb;;CDS;1722755;1724962;94;*; ;comp;tRNA;1725057;1725143;418;*;ctc fin;;CDS;1725562;1726311;;; deb;;CDS;1757680;1760568;308;*; ;;tRNA;1760877;1760963;29;*;ctg ;;tRNA;1760993;1761068;247;*;gcc fin;comp;CDS;1761316;1761840;;0; deb;;CDS;1854042;1855049;135;*; ;comp;tRNA;1855185;1855259;351;*;ggc fin;;CDS;1855611;1858685;;0; deb;comp;CDS;1883235;1883813;213;*; ;;tRNA;1884027;1884102;4;*;aac ;;tRNA;1884107;1884183;32;*;gac fin;comp;CDS;1884216;1884821;;; </pre> ===abs=== ====abs opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_opérons|abs opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;abs;;genome;;;;;;;;; 68.45%GC;10.1.20 Paris;16s 5 ;80 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; comp;16414..16980;;cds;;163;163;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;17144..17218;;ggc;;670;*670;;;;;;* ;17889..18566;;cds;;;;;;226;;demethylmenaquinone methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;84790..85017;;cds;;114;114;;;76;;osmotically-inducible lipoprotein B;* comp;85132..85205;;ggg;;35;35;;;;;;* comp;85241..85900;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;93530..94258;;cds;;60;60;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;* comp;94319..94395;;agg;;175;175;;;;;;* ;94571..96262;;cds;;;;;;564;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;131833..132117;;cds;;206;206;;;95;;YggT family protein;* ;132324..132399;;gcg;;140;140;;;;;;* comp;132540..133586;;cds;;;;;;349;;DMT family transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;483582..484082;;cds;;170;170;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;* ;484253..484329;;cgt;;77;77;;;;;;* comp;484407..484586;;cds;;;;;;60;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;536869..537573;;cds;;495;*495;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;* ;538069..539152;;16s’;@1;189;;;;1084;;;* ;539342..540019;;23s°;;127;;;;678;;;* ;540147..540262;;5s;;153;153;;;116;;;* comp;540416..542290;;cds;;;;;;*625;;GGDEF domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;600048..601079;;cds;;79;79;;;344;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;601159..601233;;acg;;81;81;;;;;;* comp;601315..603243;;cds;;;;;;*643;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;656242..656520;;cds;;169;169;;;93;;hp;* comp;656690..656765;;gcc;;141;141;;;;;;* comp;656907..657305;;cds;;;;;;133;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;864141..864458;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;* ;864668..864757;;tcg;;79;79;;;;;;* comp;864837..865679;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;927651..927896;;cds;;392;*392;;;82;;hp;* ;928289..928371;;tta;;175;175;;;;;;* ;928547..929164;;cds;;;;;;206;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1148345..1149223;;cds;;234;234;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;1149458..1149532;;gtc;;106;106;;;;;;* comp;1149639..1151516;;cds;;;;;;*626;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1243974..1245108;;cds;;131;131;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;1245240..1245314;;atgj;;354;*354;;;;;;* comp;1245669..1246637;;cds;;;;;;323;;NAD(+) diphosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1279875..1280237;;cds;;74;74;;;121;;hp;* comp;1280312..1280397;;tac;;148;148;;;;;;* comp;1280546..1281172;;cds;;;;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1500772..1501110;;cds;;338;338;;;113;;P-II family nitrogen regulator;* ;1501449..1501524;;cac;+;109;;109;;;;;* ;1501634..1501709;;cac;2 cac;129;129;;;;;;* ;1501839..1503305;;cds;;106;106;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;* ;1503412..1504977;;cds;;173;173;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;1505151..1505235;;cta;;91;91;;;;;;* ;1505327..1506661;;cds;;;;;;445;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1511745..1512017;;cds;;105;105;;;91;;HU family DNA-binding protein;* ;1512123..1512197;;gta;;163;;163;;;;;* ;1512361..1512437;;gac;;344;344;;;;;;* ;1512782..1513150;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;;* ;1657596..1659397;;cds;;123;123;;;*601;;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;1659521..1659596;;gaa;;234;234;;;;;;* ;1659831..1660671;;cds;;;;;;280;;aldo/keto reductase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1808199..1808735;;cds;;79;79;;;179;;hp;* ;1808815..1808892;;cca;;49;49;;;;;;* ;1808942..1809238;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;* ;1809249..1809325;;aga;;442;*442;;;;;;* ;1809768..1810013;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1825075..1825305;;cds;;210;210;;;77;;hp;* comp;1825516..1825591;;aac;@2;219;;219;;;;;* comp;1825811..1825884;;tgc;;217;217;;;;;;* ;1826102..1826758;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1878424..1878714;;cds;;244;244;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;1878959..1879074;;5s;;123;;;;116;;;* comp;1879198..1881950;;23s;;272;;;;2753;;;* comp;1882223..1882298;;gca;;32;;;32;;;;* comp;1882331..1882407;;atc;;110;;;;;;;* comp;1882518..1883224;;16s°;;100;100;;;707;;;* <comp;1883325..1883763;;cds;;;;;;146;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1896604..1897080;;cds;;192;192;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* comp;1897273..1897347;;acc;;162;162;;;;;;* comp;1897510..1899495;;cds;;;;;;*662;;polysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2032701..2033588;;cds;;165;165;;;296;;DUF3108 domain-containing protein;* ;2033754..2033828;;gtg;+;132;;132;;;;;* ;2033961..2034035;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;* ;2034267..2034431;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2113098..2113601;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;* ;2113687..2113763;;ccc;;140;140;;;;;;* comp;2113904..2115682;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2163405..2167388;;cds;;775;*775;;;*1328;;non-ribosomal peptide synthetase;* ;2168164..2168552;;16s°;;100;;;;389;;;* comp;2168653..2169323;;16s°;;522;*522;;;671;;;* comp;2169846..2170325;;cds;;;;;;160;;DUF2141 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2176963..2177427;;cds;;107;107;;;155;;membrane protein;* comp;2177535..2177610;;gcc;;30;;30;;;;;* comp;2177641..2177727;;ctg;;135;135;;;;;;* comp;2177863..2180208;;cds;;;;;;*782;;mechanosensitive ion channel;* ;;;;;;;;;;;;* ;2233677..2234435;;cds;;92;92;;;253;;hp;* comp;2234528..2234603;;gag;+;38;;38;;;;;* comp;2234642..2234717;;gag;2 gag;68;68;;;;;;* comp;2234786..2235836;;cds;;;;;;350;;p-low specificity L-threonine aldolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2293087..2293593;;cds;;211;211;;;169;;hp;* ;2293805..2293881;;cgt;;137;137;;;;;;* ;2294019..2294495;;cds;;5;5;;;159;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;2294501..2294576;;atgi;;145;145;;;;;;* comp;2294722..2296683;;cds;;;;;;*654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;;* ;2372946..2373401;;cds;;86;86;;;152;;MaoC family dehydratase;* comp;2373488..2373563;;aag;+;74;;74;;;;;* comp;2373638..2373713;;aag;2 aag;309;309;;;;;;* ;2374023..2375549;;cds;;;;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2418203..2418400;;cds;;69;69;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2418470..2418545;;tgg;;152;152;;;;;;* comp;2418698..2419888;;cds;;81;81;;;397;;elongation factor Tu;* comp;2419970..2420043;;gga;;60;;60;;;;;* comp;2420104..2420189;;tac;;144;144;;;;;;* ;2420334..2421188;;cds;;91;91;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;2421280..2421355;;aca;;137;137;;;;;;* ;2421493..2423187;;cds;;;;;;565;;site-specific integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2561207..2562223;;cds;;109;109;;;339;;farnesyltranstransferase;* ;2562333..2562409;;ccg;+;205;;205;;;;;* ;2562615..2562691;;ccg;2 ccg;136;136;;;;;;* ;2562828..2563241;;cds;;;;;;138;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2680406..2680930;;cds;;140;140;;;175;;disulfide bond formation protein B;* ;2681071..2681157;;ttg;;162;162;;;;;;* ;2681320..2681715;;cds;;;;;;132;;cupin domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2856509..2858152;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;* comp;2858518..2858608;;tcc;;118;118;;;;;;* comp;2858727..2859530;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;* plasmide1;;;@3;;;;;;;;;* ;198109..199200;;cds;;84;84;;;364;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;199285..199360;;aaa;;135;135;;;;;;* comp;199496..200044;;cds;;;;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;243776..244348;;cds;;205;205;;;191;;hp;* ;244554..244643;;tca;;143;143;;;;;;* ;244787..245683;;cds;;;;;;299;;diguanylate cyclase;* ;;;;;;;;;;;;* ;338004..339383;;cds;;116;116;;;460;;hp;* comp;339500..339586;;ctc;;257;257;;;;;;* comp;339844..340836;;cds;;;;;;331;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;364473..365501;;cds;;200;200;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;365702..365775;;cag;;746;*746;;;;;;* ;366522..367214;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;474173..477079;;cds;;298;298;;;*969;;PAS domain-containing protein;* ;477378..477464;;ctg;;30;;30;;;;;* ;477495..477570;;gcc;;238;238;;;;;;* ;477809..478123;;cds;;;;;;105;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;599223..600230;;cds;;245;245;;;336;;inorganic phosphate transporter;* comp;600476..600550;;ggc;;351;*351;;;;;;* ;600902..602071;;cds;;;;;;390;;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;629856..631229;;cds;;154;154;;;458;;tetratricopeptide repeat protein;* ;631384..631458;;acc;;1;;1;;;;;* ;631460..631535;;gcg;;99;;99;;;;;* ;631635..631711;;gac;;35;;35;;;;;* ;631747..631821;;gtc;;1;;1;;;;;* ;631823..631896;;cag;;153;153;;;;;;* ;632050..632259;;cds;;;;;;70;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;699265..699846;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;* ;700057..700132;;aac;;4;;4;;;;;* ;700137..700213;;gac;;32;32;;;;;;* comp;700246..700851;;cds;;;;;;202;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;909530..909766;;cds;;153;153;;;79;;hp;* comp;909920..910035;;5s;;127;;;;116;;;* comp;910163..912915;;23s;;271;;;;2753;;;* comp;913187..913262;;gca;;30;;;30;;;;* comp;913293..913369;;atc;;110;;;;;;;* comp;913480..914970;;16s;;486;*486;;;1491;;;* ;915457..916713;;cds;;;;;;419;;exonuclease subunit SbcD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;998160..999149;;cds;;229;229;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;999379..999465;;ctg;;123;123;;;;;;* ;999589..1000215;;cds;;;;;;209;;ribonuclease D;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1098197..1098655;;cds;;675;*675;;;153;;MarR family transcriptional regulator;* ;1099331..1100821;;16s;;107;;;;1491;;;* ;1100929..1101005;;atc;;31;;;31;;;;* ;1101037..1101112;;gca;;271;;;;;;;* ;1101384..1104136;;23s;;147;147;;;2753;;;* comp;1104284..1105390;;cds;;;;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1157171..1157356;;cds;;98;98;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;1157455..1157530;;ttc;;178;178;;;;;;* ;1157709..1158686;;cds;;;;;;326;;alpha-(1,3)-fucosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1394614..1396740;;cds;;453;*453;;;*709;;PAS domain S-box protein;* ;1397194..1397287;;agc;;52;52;;;;;;* comp;1397340..1397858;;cds;;;;;;173;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1399009..1399830;;cds;;301;301;;;274;;hp;* comp;1400132..1400206;;caa;;79;79;;;;;;* comp;1400286..1402379;;cds;;;;;;*698;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1577667..1578095;;cds;;457;*457;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;* ;1578553..1580043;;16s;;110;;;;1491;;;* ;1580154..1580230;;atc;;31;;;31;;;;* ;1580262..1580337;;gca;;269;;;;;;;* ;1580607..1581986;;23s°;;100;;;;1380;;;* ;1582087..1582616;;23s°;;123;;;;530;;;* ;1582740..1582855;;5s;;100;;;;116;;;* ;1582956..1583032;;atgf;;706;*706;;;;;;* ;1583739..1585157;;cds;;;;;;473;;pyruvate kinase;* plasmide2;;;;;;;;;;;;* ;271302..272090;;cds;;529;*529;;;263;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;272620..272695;;tgg;;480;*480;;;;;;* ;273176..273922;;cds;;;;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;449562..450338;;cds;;465;*465;;;259;;IclR family transcriptional regulator;* ;450804..452289;;16s;;584;;;;1486;;;* ;452874..453640;;23s°;;128;;;;767;;;* ;453769..453884;;5s;;101;;;;116;;;* ;453986..454062;;atgf;;359;*359;;;;;;* comp;454422..457751;;cds;;;;;;*1110;;NERD domain-containing protein;* plasmide4;;;;;;;;;;;;* >comp;131140..131621;;cds;;193;193;;;161;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;* ;131815..131891;;atgf;;202;202;;;;;;* comp;132094..132276;;cds;;;;;;61;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;197300..198643;;cds;;738;*738;;;448;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;199382..199953;;16s°;;193;;;;572;;;* ;200147..200223;;atgf;;437;*437;;;;;;* comp;200661..202571;;cds;;;;;;*637;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;246777..248687;;cds;;208;208;;;*637;;RNA-directed DNA polymerase;* comp;248896..248972;;cgg;;96;96;;;;;;* comp;249069..249983;;cds;;;;;;305;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;319641..319943;;cds;;134;134;;;101;;STAS domain-containing protein;* comp;320078..320164;;ctc;;125;125;;;;;;* ;320290..321018;;cds;;;;;;243;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* comp;401067..402227;;cds;;281;281;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;* comp;402509..402624;;5s;;129;;;;116;;;* comp;402754..403402;;23s°;;106;;;;649;;;* comp;403509..403880;;16s°;;502;*502;;;372;;;* comp;404383..404577;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;501394..501756;;cds;;95;95;;;121;;response regulator;* ;501852..501927;;aac;;4;;4;;;;;* ;501932..502008;;gac;;4;;4;;;;;* ;502013..502087;;ggc;;102;102;;;;;;* comp;502190..502957;;cds;;;;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;503041..503667;;cds;;249;249;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;* comp;503917..504474;;16s°;;547;*547;;;558;;;* ;505022..506005;;cds;;;;;;328;;lytic transglycosylase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;601019..603679;;cds;;358;*358;;;*887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;* ;604038..604113;;ttc;;318;318;;;;;;* >;604432..605613;;cds;;;;;;394;;site-specific integrase;* plasmide6;;;;;;;;;;;;* ;88804..89472;;cds;;397;*397;;;223;;RraA family protein;* ;89870..89944;;ggc;;249;249;;;;;;* ;90194..91186;;cds;;;;;;331;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);* </pre> ====abs cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_cumuls|abs cumuls]] <pre> abs cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300; avec rRNA;opérons;10;1;2;;1;0;1;;100;18;1;0 ;16atcgca235;1;20;3;;50;5;40;;200;29;30;0 ;Id-23s°-atgf;1;40;4;4;100;22;80;;300;26;60;3 ;1623s°5atgf;1;60;1;;150;29;120;;400;20;90;10 ;max a;3;80;1;;200;18;160;;500;7;120;9 ;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;6;150;8 ;autres;7;120;1;;300;3;240;;700;9;180;13 ;total aas;10;140;1;;350;5;280;;800;2;210;9 sans ;opérons;51;160;0;;400;7;320;;900;1;240;6 ;1 aa;39;180;1;;450;2;360;;1000;1;270;8 ;max a;5;200;0;;500;6;400;;1100;0;300;7 ;a doubles;5;;2;;;10;;;;2;;48 ;total aas;67;;17;4;;125;;0;;121;;121 total aas;;;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;71;31;;221;;;;308;; ;;;variance;72;1;;168;;;;230;; sans jaune;;;moyenne;;;;151;;;;242;;166 ;;;variance;;;;72;;;;137;;72 </pre> ====abs blocs==== =====abs blocs abrégé===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_abrégé|abs blocs abrégé]] <pre> abs abq;;; abrégé;nom;; 23s RlmB;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;;* 50s L21;50S ribosomal protein L21;;* AAA fam;AAA family ATPase;;* ab hydrolase;alpha/beta hydrolase;;* ab hydrolase f;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;;* AG cyclase;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;;* ak reductase;aldo/keto reductase;;* ATP bind;ATP-binding cassette domain-containing protein;;* bacteriofer;bacterioferritin;;* bif CoA;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;;* bif NAD;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;;* chemotaxis p;methyl-accepting chemotaxis protein;;* cupin dom;cupin domain-containing protein;;* cyclicN bind;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;;* diG cyclase;diguanylate cyclase;;* dip ABC;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;;* disulfide;disulfide bond formation protein B;;* DMT fam;DMT family transporter;;* DUF1489;DUF1489 domain-containing protein;;* DUF2141;DUF2141 domain-containing protein;;* DUF3108;DUF3108 domain-containing protein;;* DUF3618;DUF3618 domain-containing protein;;* EAL & GGDEF;EAL and GGDEF domain-containing protein;;* elonga Tu;elongation factor Tu;;* ETC complex;ETC complex I subunit;;* exo SbcD;exonuclease subunit SbcD;;* FAD bind;FAD-binding oxidoreductase;;* FadR fam;FadR family transcriptional regulator;;* farnesyl;farnesyltranstransferase;;* fucosyl;alpha-1,3-fucosyltransferase;;* GGDEF dom;GGDEF domain-containing protein;;* glycosyl;glycosyltransferase;;* GNAT fam;GNAT family N-acetyltransferase;;* gyrase YacG;DNA gyrase inhibitor YacG;;* Hase HypA;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;;* helicas RecQ;DNA helicase RecQ;;* HU bind;HU family DNA-binding protein;;* Hx-t-Hx;helix-turn-helix transcriptional regulator;;* Hx-t-Hx dom;helix-turn-helix domain-containing protein;;* IclR fam;IclR family transcriptional regulator;;* inorganic P;inorganic phosphate transporter;;* IS3 fam;IS3 family transposase;;* IS5 fam;IS5 family transposase;;* L-iso-Asp;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;;* lipoyl LipB;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;;* low Thr;low specificity L-threonine aldolase;;* lytic dom;lytic transglycosylase domain-containing protein;;* malate G;malate synthase G;;* malonyl CoA;malonyl-CoA decarboxylase;;* MaoC fam;MaoC family dehydratase;;* MarR fam;MarR family transcriptional regulator;;* mecano ion;mechanosensitive ion channel;;* membrane p;membrane protein;;* menaquinone;dimethylmenaquinone methyltransferase;;* MerR fam;MerR family transcriptional regulator;;* methyl trans;methyltransferase domain-containing protein;;* N-acetyl trans;N-acetyltransferase;;* N-formyl Glu;N-formylglutamate amidohydrolase;;* NAD diP;NAD(+) diphosphatase;;* NADH-quinone;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;;* NDUFA9;complex I NDUFA9 subunit family protein;;* NERD dom;NERD domain-containing protein;;* nitrogen NifQ;nitrogen fixation protein NifQ;;* non ribosom;non-ribosomal peptide synthetase;;* osmose LipB;osmotically-inducible lipoprotein B;;* p-ATP-bind;p-ATP-binding protein;;* p-erythrose;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;;* P-II nitrogen;P-II family nitrogen regulator;;* p-IS5/IS1182;P-IS5/IS1182 family transposase;;* p-low Thr;p-low specificity L-threonine aldolase;;* p-ssDNA exo;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;* pantetheine;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;;* PAP2 fam;phosphatase PAP2 family protein;;* PAS dom;PAS domain-containing protein;;* PAS kinase;PAS domain-containing sensor histidine kinase;;* PAS S-box;PAS domain S-box protein;;* peptido fam;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;* peptido Pal;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;;* polymerase;RNA-directed DNA polymerase;;* polysacchard;polysaccharide biosynthesis protein;;* Ppx/GppA;Ppx/GppA family phosphatase;;* PQQ;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;;* Prolyl-tRNA;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;;* pyridoxamine;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;;* pyruvate kin;pyruvate kinase;;* recombinase;recombinase family protein;;* response reg;response regulator;;* restriction end;restriction endonuclease;;* ribonucleaseD;ribonuclease D;;* RraA fam;RraA family protein;;* SDR fam;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;;* sigma RpoD;RNA polymerase sigma factor RpoD;;* sigma-70 fam;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;;* SLT dom;transglycosylase SLT domain-containing protein;;* ss integrase;site-specific integrase;;* Ss-DNA;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;* STAS dom;STAS domain-containing protein;;* subunit SecE;preprotein translocase subunit SecE;;* tetratricopep;tetratricopeptide repeat protein;;* TIGR02300;TIGR02300 family protein;;* trigger factor;trigger factor;;* tRNA MnmA;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;;* Tyr rec/int;tyrosine-type recombinase/integrase;;* UDP-N-acetyl;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);;* xanthine;xanthine phosphoribosyltransferase;;* YggT fam;YggT family protein;;* YkgJ fam;YkgJ family cysteine cluster protein;;* </pre> =====abs blocs tableau===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_tableau|abs blocs tableau]] <pre> abs blocs;;;;;;;;;;; gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé cds;486;419;SbcD;cds;100;146;P-eryt;cds;675;153;MarR 16s;110;1491;;16s°;110;707;;16s;107;1491; atc;30;;;atc;32;;;atc;31;; gca;271;;;gca;272;;;gca;271;; 23s;127;2753;;23s;123;2753;;23s;147;2753; 5s;153;116;;5s;244;116;;cds;;369;GNAT cds;;79;hp;cds;;97;YkgJ;;;; ;;;;;;;;;;; cds;457;143;DUF1489;;;;;;;; 16s;110;1491;;;;;;;;; atc;31;;;;;;;;;; gca;269;;;;;10 cds < 259 sur 20;;;;; 23s°;100;1380;;;;Dont 2 hp + 1 p;;;;; 23s°;123;530;;;;;;;;; 5s;100;116;;;;;;;;; atgf;706;;;;;;;;;; cds;;473;pyruvat;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; cds;465;259;IclR;cds;502;65;hp;cds;495;235;PAP2 16s;584;1486;;16s°;106;372;;16s’;189;1084; 23s°;128;767;;23s°;129;649;;23s°;127;678; 5s;101;116;;5s;281;116;;5s;153;116; atgf;359;;;cds;;387;PQQ;cds;;625;GGDEF cds;;1110;NERD;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; 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(d'où?) 3 fois <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;gtRNAdb;;;;; ;abs;genome;;;;;;;;;abq;genome;;;; 68.45%GC;10.1.20 Paris;80 aas;intercalaires;cdsa;protéines;;;;;68.45%GC;29.12.19 Paris;88 aas;intercalaires;cdsa;protéines; Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;chromosome;;;;;; ;2856509..2858152;cds;365;548;recombinase;* CHA1;;* comp;;;2482875..2484518;cds;365;548;recombinase;* CHA1 comp;2858518..2858608;tcc;118;;;*;;* hp caracter;;comp;2484884..2484974;tcc;120;;;* comp;2858727..2859530;cds;;268;ab hydrolase;* ;;* modif;;comp;2485095..2485898;cds;;268;ab hydrolase;* ;;;;;;;;* déplacé;;;;;;;;* comp;16414..16980;cds;163;189;Prolyl-tRNA;* ;;* d’où?;;comp;2640759..2641325;cds;149;189;Prolyl-tRNA;* ;17144..17218;ggc;670;;;*;;* recomb;;;2641475..2641549;ggc;688;;;* ;17889..18566;cds;;226;menaquinone;*;;* insertion;;;2642238..2642915;cds;;226;menaquinone;* ;;;;;;*;;* bloc?;;;;;;;;* ;84790..85017;cds;114;76;@osmose LipB;* comp;;* réunion;;comp;2764482..2765567;cds;659;362;@hp;* comp;85132..85205;ggg;35;;;*;;* recombi;;comp;2766227..2766300;ggg;35;;;* comp;85241..85900;cds;;220;N-acetyl trans;*;;;;comp;2766336..2766995;cds;;220;N-acetyl trans;* ;;;;;;;;;;;;;;;; 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ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;cac2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;ccg2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;gag2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;gtg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;;gtc;1;gcc;2;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;ggc;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;3 1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;1 >1aa;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total abs;;39;;;;;;;abs;20;;;;;;20;;abs;10;;;;;;10;;abs;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====abs données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_données_intercalaires|abs données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abs;fx;fc;abs;fx40;fc40;abs;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;55;670;163;tRNA 23s;; 1;1;10;65;167;1;4;12;-2;1;0;35;114;272;;gca ;0;20;41;134;2;1;18;-3;0;0;60;175;tRNA tRNA;;contig ;0;30;61;89;3;13;20;-4;3;194;81;206;32;;atc gca ;1;40;24;76;4;13;21;-5;0;0;169;140;tRNA tRNA;; ;1;50;27;62;5;2;24;-6;1;0;141;170;109;;cac ;1;60;25;63;6;14;9;-7;1;4;175;77;**;;cac ;2;70;16;52;7;9;14;-8;0;23;131;79;163;;gta 5;0;80;34;64;8;1;17;-9;0;0;148;209;**;;gac 1;3;90;28;70;9;6;11;-10;1;2;129;79;219;;aac 1;2;100;32;71;10;2;21;-11;0;7;173;187;**;;tgc 2;2;110;29;52;11;3;20;-12;0;0;91;234;132;;gtg 1;1;120;22;59;12;5;13;-13;0;3;105;106;**;;gtg ;2;130;24;59;13;4;23;-14;0;4;344;354;30;;gcc 3;5;140;25;54;14;4;15;-15;1;0;123;74;**;;ctg 1;3;150;21;52;15;4;17;-16;0;1;234;338;38;;gag ;1;160;29;37;16;4;9;-17;4;2;49;79;**;;gag 3;3;170;30;36;17;1;6;-18;0;1;10;217;74;;aag 1;2;180;24;43;18;5;6;-19;1;1;442;192;**;;aag 1;0;190;19;35;19;9;13;-20;1;4;210;165;60;;gga 1;0;200;17;34;20;2;12;-21;0;1;162;140;**;;tac 2;1;210;13;17;21;12;5;-22;0;0;231;107;205;;ccg 2;0;220;23;23;22;12;7;-23;2;3;85;92;**;;ccg ;0;230;13;22;23;3;7;-24;1;0;135;211;;; 1;2;240;13;15;24;9;11;-25;1;2;68;5;;; ;0;250;17;15;25;6;11;-26;0;2;134;86;;; ;0;260;9;15;26;0;9;-27;0;0;145;309;;; ;0;270;18;18;27;5;10;-28;0;0;69;144;;; ;0;280;10;11;28;6;12;-29;5;1;152;140;;; ;0;290;9;10;29;2;9;-30;0;0;81;365;;; ;0;300;10;7;30;6;8;-31;1;2;91;;;; 1;0;310;6;10;31;1;11;-32;1;0;137;;;; ;0;320;7;9;32;1;7;-33;0;0;109;;;; ;0;330;10;3;33;4;10;-34;0;0;136;;;; 1;0;340;11;2;34;4;5;-35;1;1;162;;;; ;1;350;4;2;35;4;6;-36;0;0;118;;;; 1;0;360;5;5;36;1;5;-37;0;0;23s 5s;;;; 1;0;370;8;7;37;6;8;-38;1;0;128;;;; ;0;380;2;3;38;1;8;-39;0;0;5s CDS;;;; ;0;390;4;2;39;2;10;-40;0;0;244;153;;; ;0;400;6;4;40;0;6;-41;0;0;;;;; ;2;reste;90;55;reste;690;1098;-42;0;0;;;;; 30;36;total;883;1570;total;883;1570;-43;0;0;;;;; 30;34;diagr;791;1509;diagr;191;466;-44;0;0;;;;; 1;1; t30;167;390;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;881;34;2;917;;;-49;1;0;;;;; ;c;1564;324;6;1894;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;2811;110;;reste;3;11;;;;; ;;;;;;2921;;total;34;324;;;;; </pre> =====abs autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_autres_intercalaires_aas|abs autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abs;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;16414;16980;163;*; ;;tRNA;17144;17218;670;*;ggc fin;;CDS;17889;18566;;; deb;;CDS;84790;85017;114;*; ;comp;tRNA;85132;85205;35;*;ggg fin;comp;CDS;85241;85900;;0; deb;comp;CDS;93530;94258;60;*; ;comp;tRNA;94319;94395;175;*;agg fin;;CDS;94571;96262;;0; deb;comp;CDS;131833;132117;206;*; ;;tRNA;132324;132399;140;*;gcg fin;comp;CDS;132540;133586;;; deb;comp;CDS;440193;440705;127;*; ;;regulatory;440833;440912;76;*; fin;;CDS;440989;442197;;; deb;comp;CDS;483582;484082;170;*; ;;tRNA;484253;484329;77;*;cgt fin;comp;CDS;484407;484586;;0; deb;;CDS;536869;537573;506;*; ;;misc_f;538080;538894;491;*; ;;misc_f;539386;539554;19;*; ;;misc_f;539574;539733;19;*; ;;misc_f;539753;540001;145;*; ;;rRNA;540147;540262;153;*;116 fin;comp;CDS;540416;542290;;0; deb;;CDS;600048;601079;79;*; ;comp;tRNA;601159;601233;81;*;acg fin;comp;CDS;601315;603243;;; deb;comp;CDS;656242;656520;169;*; ;comp;tRNA;656690;656765;141;*;gcc fin;comp;CDS;656907;657305;;0; deb;;CDS;815905;816444;135;*; ;;ncRNA;816580;816677;99;*; fin;;CDS;816777;818633;;; deb;comp;CDS;864141;864458;209;*; ;;tRNA;864668;864757;79;*;tcg fin;comp;CDS;864837;865679;;; deb;comp;CDS;927934;928101;187;*; ;;tRNA;928289;928371;175;*;tta fin;;CDS;928547;929164;;; deb;;CDS;946069;947757;64;*; ;;regulatory;947822;947974;151;*; fin;;CDS;948126;948812;;; deb;comp;CDS;1148345;1149223;234;*; ;;tRNA;1149458;1149532;106;*;gtc fin;comp;CDS;1149639;1151516;;; deb;;CDS;1244040;1245108;131;*; ;;tRNA;1245240;1245314;354;*;atgj fin;comp;CDS;1245669;1246637;;; deb;;CDS;1279875;1280237;74;*; ;comp;tRNA;1280312;1280397;148;*;tac fin;comp;CDS;1280546;1281172;;; deb;comp;CDS;1369782;1370351;31;*; ;comp;tmRNA;1370383;1370759;95;*; fin;;CDS;1370855;1371793;;; deb;comp;CDS;1414313;1414690;160;*; ;;regulatory;1414851;1414948;69;*; fin;;CDS;1415018;1416172;;; deb;comp;CDS;1500772;1501110;338;*; ;;tRNA;1501449;1501524;109;*;cac ;;tRNA;1501634;1501709;129;*;cac fin;;CDS;1501839;1503305;;; deb;;CDS;1503412;1504977;173;*; ;;tRNA;1505151;1505235;91;*;cta fin;;CDS;1505327;1506661;;; deb;;CDS;1511745;1512017;105;*; ;;tRNA;1512123;1512197;163;*;gta ;;tRNA;1512361;1512437;344;*;gac fin;;CDS;1512782;1513150;;; deb;;CDS;1657596;1659397;123;*; ;;tRNA;1659521;1659596;234;*;gaa fin;;CDS;1659831;1660671;;; deb;comp;CDS;1671855;1672043;204;*; ;;regulatory;1672248;1672360;116;*; fin;;CDS;1672477;1674318;;0; deb;comp;CDS;1808199;1808735;79;*; ;;tRNA;1808815;1808892;49;*;cca deb;;CDS;1808942;1809238;10;*; ;;tRNA;1809249;1809325;442;*;aga fin;;CDS;1809768;1810013;;0; deb;comp;CDS;1825075;1825305;210;*; ;comp;tRNA;1825516;1825591;219;*;aac ;comp;tRNA;1825811;1825884;217;*;tgc fin;;CDS;1826102;1826758;;; deb;comp;CDS;1878424;1878714;244;*; ;comp;rRNA;1878959;1879074;128;*;116 ;comp;rRNA;1879203;1881950;272;*;2748 ;comp;tRNA;1882223;1882298;32;*;gca ;comp;tRNA;1882331;1882407;129;*;atc ;comp;misc_f;1882537;1883185;139;*; fin;comp;CDS;1883325;1883763;;; deb;;CDS;1886482;1886796;13;*; ;;ncRNA;1886810;1886969;39;*; fin;;CDS;1887009;1887617;;; deb;;CDS;1896604;1897080;192;*; ;comp;tRNA;1897273;1897347;162;*;acc fin;comp;CDS;1897510;1899495;;; deb;comp;CDS;2032701;2033588;165;*; ;;tRNA;2033754;2033828;132;*;gtg ;;tRNA;2033961;2034035;231;*;gtg fin;;CDS;2034267;2034431;;; deb;;CDS;2113098;2113601;85;*; ;;tRNA;2113687;2113763;140;*;ccc fin;comp;CDS;2113904;2115682;;0; deb;comp;CDS;2163405;2167388;813;*; ;;misc_f;2168202;2168532;294;*; ;comp;misc_f;2168827;2169315;530;*; fin;comp;CDS;2169846;2170325;;; deb;;CDS;2176963;2177427;107;*; ;comp;tRNA;2177535;2177610;30;*;gcc ;comp;tRNA;2177641;2177727;135;*;ctg fin;comp;CDS;2177863;2180208;;0; deb;comp;CDS;2197944;2199056;175;*; ;comp;regulatory;2199232;2199345;72;*; fin;comp;CDS;2199418;2199663;;0; deb;;CDS;2233677;2234435;92;*; ;comp;tRNA;2234528;2234603;38;*;gag ;comp;tRNA;2234642;2234717;68;*;gag fin;comp;CDS;2234786;2235821;;; deb;comp;CDS;2293087;2293593;211;*; ;;tRNA;2293805;2293881;134;*;cgt deb;;CDS;2294016;2294495;5;*; ;comp;tRNA;2294501;2294576;145;*;atgi fin;comp;CDS;2294722;2296683;;; deb;;CDS;2372946;2373401;86;*; ;comp;tRNA;2373488;2373563;74;*;aag ;comp;tRNA;2373638;2373713;309;*;aag fin;;CDS;2374023;2375549;;1; deb;comp;CDS;2418203;2418400;69;*; ;comp;tRNA;2418470;2418545;152;*;tgg deb;comp;CDS;2418698;2419888;81;*; ;comp;tRNA;2419970;2420043;60;*;gga ;comp;tRNA;2420104;2420189;144;*;tac deb;;CDS;2420334;2421188;91;*; ;;tRNA;2421280;2421355;137;*;aca fin;;CDS;2421493;2423187;;; deb;;CDS;2561207;2562223;109;*; ;;tRNA;2562333;2562409;205;*;ccg ;;tRNA;2562615;2562691;136;*;ccg fin;;CDS;2562828;2563241;;0; deb;;CDS;2577826;2578533;62;*; ;;ncRNA;2578596;2578998;554;*; fin;;CDS;2579553;2580050;;; deb;comp;CDS;2680406;2680930;140;*; ;;tRNA;2681071;2681157;162;*;ttg fin;;CDS;2681320;2681715;;; deb;;CDS;2856509;2858152;365;*; ;comp;tRNA;2858518;2858608;118;*;tcc fin;comp;CDS;2858727;2859530;;0; deb;;CDS;2940550;2940948;67;*; ;;regulatory;2941016;2941120;49;*; fin;;CDS;2941170;2942093;;0; </pre> ====absp données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_données_intercalaires|absp données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;absp;fx;fc;absp;fx40;fc40;absp;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;0;0;0;0;0;-1;0;26;135;84;16s tRNA;; ;0;10;38;87;1;4;8;-2;2;0;205;116;2* 116;;atc ;0;20;28;81;2;1;9;-3;0;0;143;200;113;;atc ;0;30;27;59;3;4;16;-4;2;124;257;245;tRNA 23s;; 1;0;40;12;44;4;7;10;-5;0;0;746;351;272;;gca ;0;50;15;38;5;3;7;-6;0;0;298;178;270;;gca 1;0;60;8;39;6;2;3;-7;0;1;238;213;5s tRNA;; ;0;70;14;33;7;7;7;-8;1;12;153;32;100;;atgf ;1;80;15;31;8;0;11;-9;0;0;123;229;tRNA tRNA;;intra 1;0;90;14;23;9;2;5;-10;1;0;98;52;30;;atc gca ;1;100;9;41;10;8;11;-11;1;6;178;301;2* 31;;atc gca ;0;110;13;29;11;1;7;-12;1;0;453;;tRNA tRNA;; 1;0;120;18;28;12;0;6;-13;0;2;79;;30;;ctg ;1;130;12;24;13;5;14;-14;0;4;706;;**;;gcc ;1;140;15;34;14;1;15;-15;0;0;CDS 16s;;1;;acc ;1;150;18;25;15;3;3;-16;1;1;457;486;99;;gcg ;1;160;8;22;16;4;9;-17;0;2;;642;35;;gac ;0;170;26;30;17;3;6;-18;0;0;23s 5s;;1;;gtc 1;1;180;8;19;18;4;10;-19;0;1;128;;**;;cag ;0;190;10;14;19;3;7;-20;3;1;132;;4;;aac 1;0;200;6;12;20;4;4;-21;0;0;23s CDS;;**;;gac ;1;210;6;10;21;1;6;-22;0;0;-;151;;; 1;0;220;12;17;22;8;3;-23;0;1;5s CDS;;;; 1;0;230;6;9;23;5;5;-24;0;0;-;153;;; ;1;240;12;11;24;1;3;-25;0;1;;;;; 1;0;250;6;13;25;4;9;-26;1;2;;;;; ;1;260;6;8;26;4;9;-27;0;0;;;;; ;0;270;11;9;27;1;8;-28;1;1;;;;; ;0;280;9;5;28;1;8;-29;0;1;;;;; ;0;290;4;3;29;2;4;-30;0;0;;;;; ;1;300;5;5;30;0;4;-31;1;0;;;;; 1;0;310;2;3;31;1;3;-32;0;0;;;;; ;0;320;6;3;32;2;3;-33;0;0;;;;; ;0;330;4;2;33;1;3;-34;0;0;;;;; ;0;340;5;7;34;2;7;-35;0;2;;;;; ;0;350;6;1;35;1;8;-36;0;0;;;;; 1;0;360;2;3;36;1;4;-37;1;0;;;;; ;0;370;1;4;37;1;3;-38;0;2;;;;; ;0;380;0;1;38;0;5;-39;0;0;;;;; ;0;390;1;0;39;2;6;-40;0;0;;;;; ;0;400;2;2;40;1;2;-41;1;1;;;;; ;3;reste;52;44;reste;367;602;-42;0;0;;;;; 11;14;total;472;873;total;472;873;-43;1;0;;;;; 11;11;diagr;420;829;diagr;105;271;-44;1;0;;;;; 0;0; t30;93;227;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;472;25;0;497;;;-49;0;1;;;;; ;c;873;206;0;1079;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1576;54;;reste;5;14;;;;; </pre> =====absp autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_autres_intercalaires_aas|absp autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;absp;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;198109;199200;84;*; ;comp;tRNA;199285;199360;135;*;aaa fin;comp;CDS;199496;200044;;; deb;;CDS;243776;244348;205;*; ;;tRNA;244554;244643;143;*;tca fin;;CDS;244787;245683;;0; deb;;CDS;338004;339383;116;*; ;comp;tRNA;339500;339586;257;*;ctc fin;comp;CDS;339844;340836;;; deb;comp;CDS;364473;365501;200;*; ;;tRNA;365702;365775;746;*;cag fin;;CDS;366522;367214;;; deb;;CDS;474173;477079;298;*; ;;tRNA;477378;477464;30;*;ctg ;;tRNA;477495;477570;238;*;gcc fin;;CDS;477809;478123;;; deb;comp;CDS;496623;497399;289;*; ;;regulatory;497689;497905;38;*; fin;;CDS;497944;499011;;; deb;;CDS;599223;600230;245;*; ;comp;tRNA;600476;600550;351;*;ggc fin;;CDS;600902;602071;;; deb;comp;CDS;629856;631205;178;*; ;;tRNA;631384;631458;1;*;acc ;;tRNA;631460;631535;99;*;gcg ;;tRNA;631635;631711;35;*;gac ;;tRNA;631747;631821;1;*;gtc ;;tRNA;631823;631896;153;*;cag fin;;CDS;632050;632259;;; deb;comp;CDS;699265;699843;213;*; ;;tRNA;700057;700132;4;*;aac ;;tRNA;700137;700213;32;*;gac fin;comp;CDS;700246;700851;;; deb;;CDS;909530;909766;153;*; ;comp;rRNA;909920;910035;132;*;116 ;comp;rRNA;910168;912914;272;*;2747 ;comp;tRNA;913187;913262;30;*;gca ;comp;tRNA;913293;913369;116;*;atc ;comp;rRNA;913486;914970;486;*;1485 fin;;CDS;915457;916713;;; deb;comp;CDS;975367;977091;141;*; ;;regulatory;977233;977362;74;*; fin;;CDS;977437;978516;;; deb;comp;CDS;998160;999149;229;*; ;;tRNA;999379;999465;123;*;ctg fin;;CDS;999589;1000215;;; deb;comp;CDS;1066729;1068657;115;*; ;comp;regulatory;1068773;1068992;54;*; fin;comp;CDS;1069047;1069505;;0; deb;comp;CDS;1098197;1098688;642;*; ;;rRNA;1099331;1100815;113;*;1485 ;;tRNA;1100929;1101005;31;*;atc ;;tRNA;1101037;1101112;272;*;gca ;;rRNA;1101385;1104132;151;*;2748 fin;comp;CDS;1104284;1105390;;; deb;;CDS;1157171;1157356;98;*; ;;tRNA;1157455;1157530;178;*;ttc fin;;CDS;1157709;1158686;;; deb;;CDS;1394614;1396740;453;*; ;;tRNA;1397194;1397287;52;*;agc fin;comp;CDS;1397340;1397858;;; deb;;CDS;1399009;1399830;301;*; ;comp;tRNA;1400132;1400206;79;*;caa fin;comp;CDS;1400286;1402385;;; deb;;CDS;1577667;1578095;457;*; ;;rRNA;1578553;1580037;116;*;1485 ;;tRNA;1580154;1580230;31;*;atc ;;tRNA;1580262;1580337;270;*;gca ;;rRNA;1580608;1582611;128;*;2004 ;;rRNA;1582740;1582855;100;*;116 ;;tRNA;1582956;1583032;706;*;atgf fin;;CDS;1583739;1585157;;0; </pre> ===agr=== ====agr opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_opérons|agr opérons]] <pre> 59.3%GC;29.12.19 Paris;16s 5 ;58 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Agrobacterium sp. H13-3 ;;;;;;;;;;;; chromosoml;;;;;;;;;;;; comp;1064633..1065274;;cds;;296;296;;;214;;hp;* ;1065571..1065655;;ttg;;266;266;;;;;;* ;1065922..1066437;;cds;;;;;;172;;disulfide bond formation protein B;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1178605..1179114;;cds;;256;256;;;170;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;1179371..1179445;;ggc;@1;793;;793;;;;;* comp;1180239..1180315;;atgj;;135;135;;;;;;* comp;1180451..1181647;;cds;;;;;;399;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1320644..1321006;;cds;;318;318;;;121;;hp;* comp;1321325..1321414;;tcg;;197;197;;;;;;* comp;1321612..1322493;;cds;;;;;;294;;dihydrodipicolinate synthase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1361929..1362942;;cds;;554;*554;;;338;;sugar ABC transporter substrate-binding protein;* comp;1363497..1363571;;gtc;;81;81;;;;;;* comp;1363653..1364015;;cds;;;;;;121;;response regulator;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1426814..1427137;;cds;;105;105;;;108;;hp;* ;1427243..1428733;;16s;;337;;;;1491;;;* ;1429071..1429147;;atc;;59;;;59;;;;* ;1429207..1429282;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;1429429..1429626;;cds;@2;241;241;;;66;;P-hp;* ;1429868..1432681;;23s;;242;;;;2814;;;* ;1432924..1433038;;5s;;257;;;;115;;;* ;1433296..1433372;;atgf;;311;311;;;;;;* ;1433684..1434118;;cds;;;;;;145;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;* ;;;;;;;;;;;;* ;1503534..1504520;;cds;;122;122;;;329;;beta-ketoacyl-ACP synthase III;* comp;1504643..1504716;;cag;;123;123;;;;;;* comp;1504840..1505277;;cds;;;;;;146;;Lrp/AsnC family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1605356..1605856;;cds;;71;71;;;167;;hp;* comp;1605928..1606003;;gcc;;152;152;;;;;;* comp;1606156..1606545;;cds;;;;;;130;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1687683..1688015;;cds;;105;105;;;111;;hp;* ;1688121..1689611;;16s;;337;;;;1491;;;* ;1689949..1690025;;atc;;59;;;59;;;;* ;1690085..1690160;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;1690307..1690504;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;1690746..1693559;;23s;;242;;;;2814;;;* ;1693802..1693916;;5s;;257;;;;115;;;* ;1694174..1694250;;atgf;;203;203;;;;;;* comp;1694454..1694645;;cds;;;;;;64;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;2103153..2103404;;cds;;105;105;;;84;;P-hp;* ;2103510..2105000;;16s;;337;;;;1491;;;* ;2105338..2105414;;atc;;59;;;59;;;;* ;2105474..2105549;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;2105696..2105893;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;2106135..2108948;;23s;;242;;;;2814;;;* ;2109191..2109305;;5s;;257;;;;115;;;* ;2109563..2109639;;atgf;;633;*633;;;;;;* ;2110273..2110680;;cds;;;;;;136;;membrane protein;* chromosomc;;;;;;;;;;;;* <comp;56862..57137;;cds;;105;105;;;92;;P-hp;* ;57243..58733;;16s;;337;;;;1491;;;* ;59071..59147;;atc;;59;;;59;;;;* ;59207..59282;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;59429..59626;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;59868..62681;;23s;;242;;;;2814;;;* ;62924..63038;;5s;;257;;;;115;;;* ;63296..63372;;atgf;;196;196;;;;;;* ;63569..65377;;cds;;;;;;*603;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;125821..127722;;cds;;287;287;;;*634;;molecular chaperone DnaK;* comp;128010..128099;;tcc;;220;220;;;;;;* ;128320..128637;;cds;;;;;;106;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;227621..228004;;cds;;240;240;;;128;;membrane protein;* comp;228245..228331;;ctg;;120;120;;;;;;* comp;228452..228757;;cds;;;;;;102;;SelT/SelW/SelH family protein;* ;;;;;;;;;;;;* >;378307..378396;;cds;;40;40;;;30;;P-hp;* ;378437..378513;;cgt;;174;174;;;;;;* ;378688..379500;;cds;;;;;;271;;class I SAM-dependent methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;407277..407435;;cds;;167;167;;;53;;YqaE/Pmp3 family membrane protein;* comp;407603..407678;;acg;;137;137;;;;;;* comp;407816..408778;;cds;;;;;;321;;nitronate monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;425990..427087;;cds;;56;56;;;366;;2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase;* ;427144..427217;;ggg;;154;154;;;;;;* ;427372..428058;;cds;;;;;;229;;aquaporin Z;* ;;;;;;;;;;;;* ;458659..459081;;cds;;285;285;;;141;;hp;* ;459367..459442;;ttc;;246;246;;;;;;* comp;459689..460033;;cds;;;;;;115;;cation:proton antiporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;493759..494025;;cds;;155;155;;;89;;hp;* ;494181..494255;;acc;;195;195;;;;;;* comp;494451..495686;;cds;;;;;;412;;flagellin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;564938..568684;;cds;;361;*361;;;*1249;;PAS domain S-box protein;* ;569046..569122;;cac;;79;79;;;;;;* ;569202..570920;;cds;;;;;;573;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;763448..764356;;cds;;202;202;;;303;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;764559..764633;;caa;;263;263;;;;;;* comp;764897..766549;;cds;;;;;;551;;malate dehydrogenase (quinone);* ;;;;;;;;;;;;* comp;767020..767439;;cds;;264;264;;;140;;hp;* ;767704..767780;;ccg;;159;159;;;;;;* comp;767940..768260;;cds;;;;;;107;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;960360..960701;;cds;;163;163;;;114;;hp;* ;960865..960955;;agc;;500;*500;;;;;;* comp;961456..961671;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1123408..1124136;;cds;;141;141;;;243;;hp;* ;1124278..1124363;;tta;;241;241;;;;;;* ;1124605..1127115;;cds;;;;;;*837;;copper-translocating P-type ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1154411..1154803;;cds;;91;91;;;131;;DUF2934 domain-containing protein;* comp;1154895..1154969;;aac;;176;176;;;;;;* ;1155146..1155424;;cds;;;;;;93;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1162767..1163027;;cds;;138;138;;;87;;hp;* comp;1163166..1163242;;ccc;;218;218;;;;;;* ;1163461..1163997;;cds;;;;;;179;;DUF1269 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1192452..1194650;;cds;;660;*660;;;*733;;esterase-like activity of phytase family protein;* comp;1195311..1195386;;gta;+;446;;446;;;;;* ;1195833..1195909;;gac;2 gac;41;;41;;;;;* ;1195951..1196027;;gac;;435;*435;;;;;;* ;1196463..1196828;;cds;;;;;;122;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;;* ;1421863..1422201;;cds;;134;134;;;113;;hp;* comp;1422336..1422425;;tca;;88;88;;;;;;* comp;1422514..1422678;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1468229..1469110;;cds;;180;180;;;294;;HNH endonuclease;* comp;1469291..1469367;;atgf;;132;132;;;;;;* comp;1469500..1470450;;cds;;;;;;317;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1508458..1508883;;cds;;558;*558;;;142;;PAS domain-containing protein;* comp;1509442..1509526;;ctc;;189;189;;;;;;* ;1509716..1510447;;cds;;;;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;1531160..1531933;;cds;;447;*447;;;258;;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;* ;1532381..1532455;;gaa;;121;121;;;;;;* ;1532577..1532818;;cds;;89;89;;;81;;P-hp;* ;1532908..1532982;;gaa;;129;129;;;;;;* comp;1533112..1534920;;cds;;;;;;*603;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;;;;;;;;;;;;* ;1584509..1584763;;cds;;155;155;;;85;;GlsB/YeaQ/YmgE family stress response membrane protein;* ;1584919..1584994;;aag;;134;134;;;;;;* comp;1585129..1585575;;cds;;;;;;149;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1612420..1613898;;cds;;240;240;;;493;;trigger factor;* comp;1614139..1614221;;cta;;447;*447;;;;;;* <;1614669..1614876;;cds;;;;;;69;;P-hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1672216..1672887;;cds;;245;245;;;224;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* comp;1673133..1673206;;tgc;;240;240;;;;;;* comp;1673447..1673599;;cds;;;;;;51;;DUF3309 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1744688..1745434;;cds;;341;341;;;249;;cytochrome c biogenesis protein CcdA;* ;1745776..1745851;;aaa;;310;310;;;;;;* ;1746162..1746743;;cds;;;;;;194;;DUF1003 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1770727..1772280;;cds;;91;91;;;518;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;1772372..1772448;;cca;;265;265;;;;;;* ;1772714..1773019;;cds;;51;51;;;102;;ETC complex I subunit;* ;1773071..1773147;;aga;;7;7;;;;;;* comp;1773155..1773892;;cds;;;;;;246;;DUF429 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1902337..1902537;;cds;;184;184;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;1902722..1902797;;tgg;;241;241;;;;;;* comp;1903039..1903845;;cds;;;;;;269;;glycosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1908698..1908892;;cds;;70;70;;;65;;hp;* comp;1908963..1909036;;gga;;26;26;26;;;;;* comp;1909063..1909147;;tac;;209;209;;;;;;* ;1909357..1910244;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* ;1922447..1922800;;cds;;55;55;;;118;;hp;* comp;1922856..1922931;;aca;;207;207;;;;;;* ;1923139..1924878;;cds;;;;;;580;;GGDEF domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2079925..2080287;;cds;;156;156;;;121;;hp;* comp;2080444..2080519;;atgi;;178;178;;;;;;* ;2080698..2081441;;cds;;;;;;248;;SIMPL domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2275632..2276138;;cds;;522;*522;;;169;;winged helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;2276661..2276737;;cgg;;287;287;;;;;;* ;2277025..2277264;;cds;;;;;;80;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2388300..2388497;;cds;;87;87;;;66;;hp;* ;2388585..2388659;;ggc;;361;*361;;;;;;* ;2389021..2391024;;cds;;;;;;*668;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2490745..2491854;;cds;;535;*535;;;370;;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;* comp;2492390..2492466;;atgf;;287;;;;115;;;* comp;2492754..2492868;;5s;;242;;;;2814;;;* comp;2493111..2495924;;23s;;241;241;;;;;;* >;2496166..2496363;;cds;;146;146;;;66;;P-hp;* comp;2496510..2496585;;gca;;59;;;59;;;;* comp;2496645..2496721;;atc;;337;;;;;;;* comp;2497059..2498549;;16s;;105;105;;;1491;;;* >;2498655..2498930;;cds;;;;;;92;;P-hp;* </pre> ====agr cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_cumuls|agr cumuls]] <pre> agr cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;5;1;;;1;0;1;;100;24;1;0 ;16atcgca235;0;20;;;50;3;40;;200;30;30;1 ;Id-atgf;5;40;1;;100;12;80;;300;14;60;3 ;16s23s;0;60;1;5;150;22;120;;400;8;90;17 ;max a;3;80;;;200;17;160;;500;2;120;13 ;a doubles;0;100;;;250;18;200;;600;4;150;14 ;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;4;180;5 ;total aas;15;140;;;350;4;280;;800;1;210;1 sans ;opérons;38;160;;;400;2;320;;900;1;240;3 ;1 aa;35;180;;;450;3;360;;1000;0;270;7 ;max a;3;200;;;500;1;400;;1100;0;300;4 ;a doubles;1;;2;;;6;;;;1;;21 ;total aas;42;;4;5;;97;;0;;89;;89 total aas;;57;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;59;;213;;;;230;; ;;;variance;;0;;134;;;;209;; sans jaune;;;moyenne;33;;;172;;;;185;;137 ;;;variance;;;;76;;;;131;;71 </pre> ====agr blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_blocs|agr blocs]] <pre> agr blocs;;;;;;;;; chromoml;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa; cds;105;108;hp;105;111;hp;105;84;P-hp 16s;337;1491;;337;1491;;337;1491; atc;59;;;59;;;59;; gca;146;;;146;;;146;; cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;241;66;P-hp 23s;242;2814;;242;2814;;242;2814; 5s;257;115;;257;115;;257;115; atgf;311;;;203;;;633;; cds;;145;CoA;;64;hp;;136;membrane chromosomc;;;;;;;;; cds;105;92;P-hp;105;92;P-hp;;; 16s;337;1491;;337;1491;;;; atc;59;;;59;;;;; gca;146;;;146;;;;; cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;;; 23s;242;2814;;242;2814;;;; 5s;257;115;;287;115;;;; atgf;196;;;535;;;;; cds;;603;helicase;;370;2Fe-2S;;; ;;;;;;;;; ;;;;;;;;; CoA;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;;;;;;;; helicase;DNA helicase RecQ;;;;;;;; 2Fe-2S;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;;;;;;;; membrane;membrane protein;;;;;;;; </pre> ====agr distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_distribution|agr distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total agr;;35;;;;;35;;agr;5;;;;;;5;;agr;2;;;;;;;;agr;;;;5;;;5 </pre> ====agrc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_données_intercalaires|agrc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;agrc;fx;fc;agrc;fx40;fc40;agrc;x-;c-;cont;x;cont;x;aa ;0;0;9;3;0;9;3;-1;;57;196;220;16s tRNA;; 1;0;10;42;173;1;2;26;-2;5;0;287;240;2* 342;;atc ;0;20;36;142;2;2;20;-3;;0;120;246;tRNA 23s;; ;0;30;28;69;3;11;32;-4;6;226;217;155;2* 585;;gca ;0;40;22;56;4;6;26;-5;;1;174;195;5s tRNA;; 1;0;50;31;39;5;2;11;-6;;0;167;361;257;;atgf 1;2;60;41;42;6;6;14;-7;;2;137;202;287;;atgf 1;0;70;30;63;7;5;8;-8;3;21;56;263;tRNA tRNA;;intra ;0;80;33;53;8;0;6;-9;1;0;154;264;2* 59;;atc gca ;0;90;17;62;9;6;13;-10;;2;285;159;tRNA tRNA;; 1;1;100;21;54;10;2;17;-11;;14;166;163;41;;gac ;0;110;30;55;11;3;25;-12;;0;778;91;**;;gac ;1;120;23;65;12;5;28;-13;;3;141;176;452;;gaa 1;1;130;23;56;13;4;10;-14;1;3;247;218;**;;gaa 2;3;140;21;47;14;3;17;-15;;0;138;41;26;;gga ;1;150;32;41;15;6;13;-16;;0;311;134;**;;tac 3;2;160;16;50;16;4;13;-17;1;5;123;189;;; 1;2;170;19;43;17;1;11;-18;;0;435;129;;; 2;1;180;23;21;18;4;4;-19;3;0;584;134;;; 1;1;190;16;36;19;4;10;-20;1;2;1054;657;;; 1;1;200;17;35;20;2;11;-21;;0;132;341;;; 2;0;210;24;25;21;4;13;-22;1;1;597;265;;; 2;1;220;16;26;22;5;6;-23;1;1;447;7;;; ;0;230;18;15;23;2;8;-24;;0;155;70;;; 1;2;240;19;19;24;3;5;-25;1;0;240;209;;; 1;3;250;13;16;25;2;4;-26;;1;245;55;;; ;0;260;15;11;26;4;9;-27;;0;240;270;;; 4;0;270;12;20;27;4;7;-28;;0;310;156;;; ;0;280;11;11;28;2;4;-29;;1;91;178;;; ;3;290;10;7;29;1;6;-30;1;0;51;522;;; ;0;300;8;16;30;1;7;-31;;0;184;373;;; ;1;310;10;10;31;4;10;-32;1;1;241;;;; ;1;320;10;3;32;2;3;-33;;0;287;;;; ;0;330;5;6;33;2;9;-34;1;0;403;;;; ;0;340;10;6;34;1;8;-35;1;1;535;;;; 1;0;350;6;5;35;2;2;-36;;;CDS 16s;;;; ;0;360;5;5;36;0;9;-37;;;;689;;; 1;0;370;5;5;37;3;5;-38;;;;585;;; 1;0;380;3;7;38;3;1;-39;;;23s 5s;;;; ;0;390;4;9;39;2;3;-40;;;2* 249;;;; ;0;400;5;5;40;3;6;-41;1;1;;;;; 2;8;reste;57;34;reste;659;1023;-42;;;;;;; 31;35;total;796;1466;total;796;1466;-43;;;;;;; 29;27;diagr;730;1429;diagr;128;440;-44;;;;;;; 1;0; t30;106;384;;;;-45;1;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;;;;;; ;x;787;35;9;831;;;-49;1;;;;;; ;c;1463;345;3;1811;;;-50;;;;;;; ;;;;;2642;109;;reste;1;2;;;;; ;;;;;;2751;;total;35;345;;;;; </pre> =====agrc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_autres_intercalaires_aas|agrc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;agr-c;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;54088;56574;669;*; ;;rRNA;57244;58728;342;*;1485 ;;tRNA;59071;59147;59;*;atc ;;tRNA;59207;59282;585;*;gca ;;rRNA;59868;62674;249;*;2807 ;;rRNA;62924;63038;257;*;115 ;;tRNA;63296;63372;196;*;atgf fin;;CDS;63569;65377;;; deb;;CDS;70038;70667;131;*; ;;regulatory;70799;71023;255;*; fin;;CDS;71279;71500;;; deb;comp;CDS;99269;101146;162;*; ;comp;ncRNA;101309;101405;77;*; fin;;CDS;101483;101899;;; deb;comp;CDS;125821;127722;287;*; ;comp;tRNA;128010;128099;220;*;tcc fin;;CDS;128320;128637;;; deb;;CDS;227621;228004;240;*; ;comp;tRNA;228245;228331;120;*;ctg fin;comp;CDS;228452;228757;;; deb;;CDS;376801;378219;217;*; ;;tRNA;378437;378513;174;*;cgt fin;;CDS;378688;379500;;; deb;comp;CDS;407277;407435;167;*; ;comp;tRNA;407603;407678;137;*;acg fin;comp;CDS;407816;408778;;; deb;comp;CDS;424611;425795;42;*; ;comp;regulatory;425838;425916;73;*; deb;;CDS;425990;427087;56;*; ;;tRNA;427144;427217;154;*;ggg fin;;CDS;427372;428058;;; deb;;CDS;458659;459081;285;*; ;;tRNA;459367;459442;246;*;ttc fin;comp;CDS;459689;460033;;; deb;comp;CDS;493759;494025;155;*; ;;tRNA;494181;494255;195;*;acc fin;comp;CDS;494451;495686;;; deb;comp;CDS;564938;568684;361;*; ;;tRNA;569046;569122;166;*;cac fin;;CDS;569289;570920;;; deb;comp;CDS;763448;764356;202;*; ;;tRNA;764559;764633;263;*;caa fin;comp;CDS;764897;766630;;; deb;comp;CDS;767020;767439;264;*; ;;tRNA;767704;767780;159;*;ccg fin;comp;CDS;767940;768260;;; deb;;CDS;829597;830517;91;*; ;;regulatory;830609;830834;165;*; fin;;CDS;831000;831182;;; deb;comp;CDS;960360;960701;163;*; ;;tRNA;960865;960955;778;*;agc fin;;CDS;961734;962801;;; deb;;CDS;1095507;1096961;76;*; ;;misc_f;1097038;1097093;74;*; fin;;CDS;1097168;1098649;;; deb;;CDS;1123408;1124136;141;*; ;;tRNA;1124278;1124363;247;*;tta fin;;CDS;1124611;1127115;;; deb;;CDS;1154411;1154803;91;*; ;comp;tRNA;1154895;1154969;176;*;aac fin;;CDS;1155146;1155424;;; deb;comp;CDS;1162767;1163027;138;*; ;comp;tRNA;1163166;1163242;218;*;ccc fin;;CDS;1163461;1163997;;; deb;comp;CDS;1194859;1194999;311;*; ;comp;tRNA;1195311;1195386;41;*;gta deb;;CDS;1195428;1195709;123;*; ;;tRNA;1195833;1195909;41;*;gac ;;tRNA;1195951;1196027;435;*;gac fin;;CDS;1196463;1196828;;; deb;comp;CDS;1367095;1368234;154;*; ;comp;regulatory;1368389;1368476;124;*; fin;comp;CDS;1368601;1368786;;; deb;;CDS;1421863;1422201;134;*; ;comp;tRNA;1422336;1422425;584;*;tca fin;comp;CDS;1423010;1423237;;; deb;;CDS;1440191;1441231;40;*; ;comp;regulatory;1441272;1441350;365;*; fin;;CDS;1441716;1441916;;; deb;comp;CDS;1467928;1468236;1054;*; ;comp;tRNA;1469291;1469367;132;*;atgf fin;comp;CDS;1469500;1470450;;; deb;comp;CDS;1508458;1508844;597;*; ;comp;tRNA;1509442;1509526;189;*;ctc fin;;CDS;1509716;1510447;;; deb;;CDS;1531160;1531933;447;*; ;;tRNA;1532381;1532455;452;*;gaa ;;tRNA;1532908;1532982;129;*;gaa fin;comp;CDS;1533112;1534914;;; deb;;CDS;1584509;1584763;155;*; ;;tRNA;1584919;1584994;134;*;aag fin;comp;CDS;1585129;1585674;;; deb;comp;CDS;1600224;1600940;97;*; ;comp;regulatory;1601038;1601224;128;*; fin;comp;CDS;1601353;1602183;;; deb;comp;CDS;1612420;1613898;240;*; ;comp;tRNA;1614139;1614221;657;*;cta fin;;CDS;1614879;1615025;;; deb;comp;CDS;1672216;1672887;245;*; ;comp;tRNA;1673133;1673206;240;*;tgc fin;comp;CDS;1673447;1673599;;; deb;comp;CDS;1744688;1745434;341;*; ;;tRNA;1745776;1745851;310;*;aaa fin;;CDS;1746162;1746743;;; deb;comp;CDS;1770727;1772280;91;*; ;comp;tRNA;1772372;1772448;265;*;cca deb;;CDS;1772714;1773019;51;*; ;;tRNA;1773071;1773147;7;*;aga fin;comp;CDS;1773155;1773892;;; deb;comp;CDS;1902337;1902537;184;*; ;comp;tRNA;1902722;1902797;241;*;tgg fin;comp;CDS;1903039;1903845;;; deb;;CDS;1908698;1908892;70;*; ;comp;tRNA;1908963;1909036;26;*;gga ;comp;tRNA;1909063;1909147;209;*;tac fin;;CDS;1909357;1910244;;; deb;;CDS;1922447;1922800;55;*; ;comp;tRNA;1922856;1922931;270;*;aca fin;;CDS;1923202;1924878;;; deb;comp;CDS;1963129;1963437;141;*; ;;tmRNA;1963579;1963951;229;*; fin;;CDS;1964181;1964693;;; deb;comp;CDS;2025879;2026319;399;*; ;comp;ncRNA;2026719;2027124;56;*; fin;comp;CDS;2027181;2028371;;; deb;;CDS;2079925;2080287;156;*; ;comp;tRNA;2080444;2080519;178;*;atgi fin;;CDS;2080698;2081441;;; deb;comp;CDS;2275632;2276138;522;*; ;;tRNA;2276661;2276737;287;*;cgg fin;;CDS;2277025;2277264;;; deb;comp;CDS;2387990;2388211;373;*; ;;tRNA;2388585;2388659;403;*;ggc fin;;CDS;2389063;2391024;;; deb;comp;CDS;2490745;2491854;535;*; ;comp;tRNA;2492390;2492466;287;*;atgf ;comp;rRNA;2492754;2492868;249;*;115 ;comp;rRNA;2493118;2495924;585;*;2807 ;comp;tRNA;2496510;2496585;59;*;gca ;comp;tRNA;2496645;2496721;342;*;atc ;comp;rRNA;2497064;2498548;585;*;1485 fin;;CDS;2499134;2500084;;; deb;comp;CDS;2519640;2521463;94;*; ;comp;regulatory;2521558;2521669;180;*; fin;;CDS;2521850;2522101;;; deb;comp;CDS;2681110;2682123;37;*; ;comp;regulatory;2682161;2682271;45;*; fin;comp;CDS;2682317;2682709;;; deb;comp;CDS;2684632;2685285;90;*; ;;regulatory;2685376;2685452;82;*; fin;;CDS;2685535;2686461;;; deb;comp;CDS;2791781;2792167;154;*; ;comp;regulatory;2792322;2792537;127;*; fin;;CDS;2792665;2793282;;; </pre> ====agrl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_données_intercalaires|agrl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;agrl;fx;fc;agrl;fx40;fc40;agrl;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;46;266;296;16s tRNA;; ;0;10;21;151;1;1;25;-2;1;0;135;256;3* 342;;atc ;0;20;19;126;2;1;19;-3;0;0;318;122;tRNA 23s;; ;0;30;20;63;3;5;18;-4;9;199;197;71;3* 585;;gca ;0;40;19;34;4;4;24;-5;0;0;554;203;5s tRNA;; ;0;50;19;39;5;2;12;-6;1;0;81;;3* 257;;atgf ;0;60;20;50;6;3;8;-7;2;4;311;;tRNA tRNA;;intra ;0;70;18;56;7;1;10;-8;0;23;123;;3* 59;;atc gca 1;0;80;12;39;8;2;11;-9;0;0;152;;tRNA tRNA;; ;1;90;20;30;9;0;8;-10;1;1;633;;-;793;ggc ;0;100;20;32;10;2;16;-11;0;9;CDS 16s;;**;;atgj ;0;110;11;29;11;2;14;-12;0;0;581;714;;; ;0;120;20;30;12;4;20;-13;0;1;2136;;;; 1;1;130;13;27;13;0;20;-14;2;8;23s 5s;;;; ;1;140;15;26;14;1;10;-15;0;0;3* 249;;;; ;0;150;10;26;15;3;9;-16;0;2;;;;; ;1;160;9;21;16;2;10;-17;0;3;;;;; ;0;170;7;20;17;0;13;-18;1;0;;;;; ;0;180;16;14;18;3;15;-19;0;0;;;;; ;0;190;10;19;19;3;11;-20;0;4;;;;; ;1;200;18;17;20;1;4;-21;0;0;;;;; 1;0;210;11;17;21;4;4;-22;0;1;;;;; ;0;220;16;19;22;0;8;-23;0;4;;;;; ;0;230;7;11;23;2;7;-24;0;0;;;;; ;0;240;9;14;24;5;5;-25;0;0;;;;; ;0;250;10;9;25;2;6;-26;0;1;;;;; 1;0;260;7;9;26;1;6;-27;0;0;;;;; ;1;270;10;11;27;1;4;-28;1;0;;;;; ;0;280;3;3;28;1;5;-29;1;1;;;;; ;0;290;7;6;29;2;7;-30;0;0;;;;; 1;0;300;5;11;30;2;11;-31;1;0;;;;; ;0;310;9;5;31;4;5;-32;2;0;;;;; ;2;320;9;5;32;0;4;-33;1;0;;;;; ;0;330;6;3;33;1;1;-34;0;0;;;;; ;0;340;5;5;34;1;3;-35;0;0;;;;; ;0;350;4;1;35;0;5;-36;0;0;;;;; ;0;360;3;2;36;2;3;-37;1;0;;;;; ;0;370;3;6;37;2;8;-38;0;0;;;;; ;0;380;5;6;38;5;5;-39;1;0;;;;; ;0;390;5;2;39;0;0;-40;0;0;;;;; ;0;400;5;3;40;4;0;-41;0;0;;;;; ;2;reste;42;41;reste;419;664;-42;0;0;;;;; 5;10;total;499;1040;total;499;1040;-43;0;0;;;;; 5;8;diagr;456;997;diagr;79;374;-44;0;0;;;;; 0;0; t30;60;340;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;498;25;1;524;;;-49;0;0;;;;; ;c;1038;307;2;1347;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1871;41;;reste;0;0;;;;; ;;;;;;1912;;total;25;307;;;;; </pre> =====agrl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_autres_intercalaires_aas|agrl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;agrl;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;784904;786193;181;*; ;;regulatory;786375;786477;128;*; fin;;CDS;786606;787391;;; deb;comp;CDS;928915;929946;164;*; ;comp;regulatory;930111;930346;39;*; fin;comp;CDS;930386;931264;;0; deb;comp;CDS;1064633;1065274;296;*; ;;tRNA;1065571;1065655;266;*;ttg fin;;CDS;1065922;1066437;;0; deb;comp;CDS;1178605;1179114;256;*; ;;tRNA;1179371;1179445;793;*;ggc ;comp;tRNA;1180239;1180315;135;*;atgj fin;comp;CDS;1180451;1181647;;; deb;comp;CDS;1212291;1213553;234;*; ;comp;ncRNA;1213788;1213946;78;*; fin;comp;CDS;1214025;1214402;;; deb;comp;CDS;1320644;1321006;318;*; ;comp;tRNA;1321325;1321414;197;*;tcg fin;comp;CDS;1321612;1322493;;; deb;comp;CDS;1361929;1362942;554;*; ;comp;tRNA;1363497;1363571;81;*;gtc fin;comp;CDS;1363653;1364015;;0; deb;;CDS;1425957;1426682;561;*; ;;rRNA;1427244;1428728;342;*;1485 ;;tRNA;1429071;1429147;59;*;atc ;;tRNA;1429207;1429282;585;*;gca ;;rRNA;1429868;1432674;249;*;2807 ;;rRNA;1432924;1433038;257;*;115 ;;tRNA;1433296;1433372;311;*;atgf fin;;CDS;1433684;1434118;;; deb;;CDS;1503534;1504520;122;*; ;comp;tRNA;1504643;1504716;123;*;cag fin;comp;CDS;1504840;1505277;;0; deb;;CDS;1605356;1605856;71;*; ;comp;tRNA;1605928;1606003;152;*;gcc fin;comp;CDS;1606156;1606545;;0; deb;comp;CDS;1685461;1687407;714;*; ;;rRNA;1688122;1689606;342;*;1485 ;;tRNA;1689949;1690025;59;*;atc ;;tRNA;1690085;1690160;585;*;gca ;;rRNA;1690746;1693552;249;*;2807 ;;rRNA;1693802;1693916;257;*;115 ;;tRNA;1694174;1694250;203;*;atgf fin;comp;CDS;1694454;1694645;;; deb;;CDS;2101066;2101374;2136;*; ;;rRNA;2103511;2104995;342;*;1485 ;;tRNA;2105338;2105414;59;*;atc ;;tRNA;2105474;2105549;585;*;gca ;;rRNA;2106135;2108941;249;*;2807 ;;rRNA;2109191;2109305;257;*;115 ;;tRNA;2109563;2109639;633;*;atgf fin;;CDS;2110273;2110680;;; </pre> ===aua=== ====aua opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_opérons|aua opérons]] <pre> https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP006367.1;aua;;genome;;pau20rrn;;;;;;; 67%GC;8.8.19 Paris;16s 1;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;cdsd;protéines; Aureimonas sp. AU20;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;; pAU20rrn;;;;;;;;;;;; ;324..1028;;CDS rep;;461;;;;235;;replication initiation protein;* comp;1490..1604;;5s;@1;82;;;;115;;; comp;1687..4515;;23s;;-15;;;;2829;;; comp;4501..4851;;CDS hp;;142;;;;117;;hp; comp;4994..5069;;gca;;33;;;33;;;; comp;5103..5179;;atc;;233;;;;;;; comp;5413..6898;;16s;;1752;;;;1486;;; comp;8651..9109;;CDS hp;;;;;;153;;hp; ;;;;;;;;;;;; Chromosome;;;;;;;;;;;; comp;170900..171925;;CDS;;368;368;;;342;;; ;172294..172378;;ctg;;130;130;;;;130;; ;172509..172772;;CDS;;;;;;88;;; ;;;;;;;;;;;; comp;330094..330690;;CDS;;338;338;;;199;;; ;331029..331103;;ggc;@2;404;;*404;;;;; comp;331508..331584;;atgf;+;44;;44;;;;; comp;331629..331705;;atgf;2 atg;255;255;;;;255;; comp;331961..333217;;CDS;;;;;;419;;; ;;;;;;;;;;;; ;344949..346025;;CDS;;589;589;;;359;589;; ;346615..346704;;tcg;;609;609;;;;;; ;347314..348471;;CDS;;;;;;386;;; ;;;;;;;;;;;; comp;393335..395356;;CDS;;800;*800;;;*674;;; comp;396157..396232;;gcc;;439;439;;;;439;; comp;396672..397094;;CDS;;;;;;141;;; ;;;;;;;;;;;; ;635177..637537;;CDS;;640;640;;;*787;;; comp;638178..638253;;gcg;;182;182;;;;182;; ;638436..638738;;CDS;;;;;;101;;; ;;;;;;;;;;;; comp;924507..925466;;CDS;;529;529;;;320;;; comp;925996..926085;;tcc;;349;349;;;;349;; ;926435..926767;;CDS;;;;;;111;;; ;;;;;;;;;;;; ;1216789..1217439;;CDS;;60;60;;;217;60;; ;1217500..1217576;;agg;;68;68;;;;;; comp;1217645..1218760;;CDS;;;;;;372;;; ;;;;;;;;;;;; ;1350534..1352180;;CDS;@4;-30;*-30;;;*549;;; comp;1352151..1352227;;cgt;+;51;;51;;;;; comp;1352279..1352355;;cgt;2 cgt;169;169;;;;;; comp;1352525..1353967;;CDS;;;;;;*481;;; ;;;;;;;;;;;; ;1401921..1402442;;CDS;;142;142;;;174;142;; ;1402585..1402661;;cac;;585;585;;;;;; ;1403247..1404875;;CDS;;;;;;*543;;; ;;;;;;;;;;;; ;1544580..1546277;;CDS;;455;455;;;*566;;; comp;1546733..1546808;;ttc;@2;161;;161;;;;; ;1546970..1547044;;acc;;414;414;;;;414;; ;1547459..1549516;;CDS;;;;;;*686;;; ;;;;;;;;;;;; ;1609269..1610216;;CDS;;278;278;;;316;;; comp;1610495..1610571;;cgg;;121;121;;;;121;; comp;1610693..1611427;;CDS;;;;;;245;;; ;;;;;;;;;;;; >;1683255..1683581;;CDS;;209;209;;;109;209;; comp;1683791..1683864;;cag;;580;580;;;;;; ;1684445..1685734;;CDS;;;;;;430;;; ;;;;;;;;;;;; ;1700827..1701852;;CDS;;300;300;;;342;;; comp;1702153..1702227;;gtc;+;128;;128;;;;; comp;1702356..1702430;;gtc;3 gtc;186;;186;;;;; comp;1702617..1702691;;gtc;;68;68;;;;68;; comp;1702760..1703125;;CDS;;;;;;122;;; ;;;;;;;;;;;; ;1946715..1946936;;CDS;;6;6;;;74;6;; comp;1946943..1947018;;atgi;;105;105;;;;;; ;1947124..1947345;;CDS;;;;;;74;;; ;;;;;;;;;;;; ;1981934..1983139;;CDS;;139;139;;;402;139;; ;1983279..1983368;;agc;;825;*825;;;;;; ;1984194..1985339;;CDS;;;;;;382;;; ;;;;;;;;;;;; ;1996083..1997171;;CDS;;243;243;;;363;;; comp;1997415..1997490;;acg;;112;112;;;;112;; comp;1997603..1998583;;CDS;;;;;;327;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2263930..2264781;;CDS;;30;30;;;284;30;; comp;2264812..2264886;;gtg;;111;111;;;;;; comp;2264998..2265768;;CDS;;;;;;257;;; ;;;;;;;;;;;; ;2363764..2364786;;CDS;;18;18;;;341;18;; comp;2364805..2364879;;gaa;+;140;;140;;;;; comp;2365020..2365094;;gaa;2 gaa;69;69;;;;69;; comp;2365164..2366144;;CDS;;;;;;327;;; ;;;;;;;;;;;; ;2367774..2368247;;CDS;;105;105;;;158;;; ;2368353..2368429;;cca;@3;43;43;;;;43;; ;2368473..2368778;;CDS;;36;36;;;102;36;; ;2368815..2368890;;aga;;448;448;;;;;; ;2369339..2369929;;CDS;;;;;;197;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2401620..2402732;;CDS;;155;155;;;371;155;; comp;2402888..2402963;;aaa;;169;169;;;;;; ;2403133..2403870;;CDS;;;;;;246;;; ;;;;;;;;;;;; ;2419689..2420852;;CDS;;13;13;;;388;13;; ;2420866..2420955;;tca;;238;238;;;;;; ;2421194..2421934;;CDS;;;;;;247;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2601493..2601858;;CDS;;287;287;;;122;287;; comp;2602146..2602222;;gac;+;58;;58;;;;; comp;2602281..2602357;;gac;2 gac;270;;270;;;;; ;2602628..2602703;;gta;@2;330;330;;;;;; comp;2603034..2603312;;CDS;;;;;;93;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2608494..2609852;;CDS;;73;73;;;*453;73;; comp;2609926..2610009;;cta;;307;307;;;;;; ;2610317..2610460;;CDS;;;;;;48;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2641174..2641824;;CDS;@3;125;125;;;217;125;; comp;2641950..2642023;;tgc;;153;153;;;;;; comp <;2642177..2642443;;CDS;;296;296;;;89;;; ;2642740..2642814;;aac;;269;269;;;;269;; ;2643084..2644127;;CDS;;;;;;348;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2651145..2652935;;CDS;;239;239;;;*597;239;; ;2653175..2653259;;tta;;265;265;;;;;; ;2653525..2653725;;CDS;;;;;;67;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2749758..2750318;;CDS;;3102;*3102;;;187;;; comp;2753421..2753497;;atgf;;83;83;;;;83;; comp;2753581..2754180;;CDS;;;;;;200;;; ;;;;;;;;;;;; ;2768127..2769224;;CDS;;63;63;;;366;63;; comp;2769288..2769364;;ccg;@2;173;;173;;;;; ;2769538..2769612;;caa;;528;528;;;;;; comp;2770141..2770566;;CDS;;;;;;142;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2787112..2788920;;CDS;;217;217;;;*603;217;; comp;2789138..2789214;;ccc;;265;265;;;;;; comp;2789480..2790022;;CDS;;;;;;181;;; ;;;;;;;;;;;; ;2927857..2928789;;CDS;;136;136;;;311;136;; comp;2928926..2929010;;ctc;+;132;;132;;;;; comp;2929143..2929227;;ctc;2 ctc;175;175;;;;;; ;2929403..2930164;;CDS;;;;;;254;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2971057..2971257;;CDS;;130;130;;;67;;; comp;2971388..2971463;;tgg;;53;53;;;;53;; comp;2971517..2972374;;CDS;;;;;;286;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2973322..2974497;;CDS;;291;291;;;392;;; comp;2974789..2974862;;gga;;24;;24;;;;; comp;2974887..2974971;;tac;;259;259;;;;259;; ;2975231..2976097;;CDS;;;;;;289;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2979955..2981049;;CDS;;221;221;;;365;;; ;2981271..2981346;;aca;;55;55;;;;55;; comp;2981402..2981752;;CDS;;;;;;117;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3063743..3064045;;CDS;;106;106;;;101;106;; comp;3064152..3064227;;aag;;147;147;;;;;; comp;3064375..3064803;;CDS;;;;;;143;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3194307..3194906;;CDS;;249;249;;;200;;; ;3195156..3195232;;atgj;;173;173;;;;173;; ;3195406..3196356;;CDS;;;;;;317;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3206006..3206455;;CDS;;743;*743;;;150;;; comp;3207199..3207273;;gag;;50;50;;;;50;; comp;3207324..3207689;;CDS;;;;;;122;;; ;;;;;;;;;;;; ;3398165..3399901;;CDS;;554;554;;;*579;;; ;3400456..3400530;;aac;;115;115;;;;115;; ;3400646..3400924;;CDS;;;;;;93;;; ;;;;;;;;;;;; ;3401737..3403497;;CDS;;227;227;;;*587;;; comp;3403725..3403799;;ggc;;208;;208;;;;; comp;3404008..3404082;;ggg;;74;74;;;;74;; comp;3404157..3404819;;CDS;;;;;;221;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3597872..3598414;;CDS;;370;370;;;181;;; ;3598785..3598869;;ttg;;151;151;;;;151;; comp;3599021..3599251;;CDS;;;;;;77;;; </pre> ====aua cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_cumuls|aua cumuls]] <pre> aua cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;1;1;0;-;1;1;1;0;100;10;1;0 ;16 aas 23 5s ;0;20;0;;50;7;40;7;200;22;30;0 ;16 atc gca hp;1;40;1;;100;10;80;9;300;11;60;1 ;16 cds 23 5s ;0;60;3;;150;14;120;9;400;20;90;7 ;max a;2;80;0;;200;8;160;4;500;5;120;8 ;a doubles;0;100;0;;250;8;200;3;600;6;150;7 ;spéciaux;0;120;0;;300;10;240;4;700;3;180;2 ;total aas;2;140;3;;350;4;280;1;800;1;210;7 sans ;opérons;38;160;0;;400;2;320;0;900;0;240;3 ;1 aa;26;180;2;;450;3;360;2;1000;0;270;5 ;max a;3;200;1;;500;1;400;0;1100;0;300;3 ;a doubles;6;;3;;;12;;1;;0;;35 ;total aas;53;;13;0;;80;;40;;78;;78 total aas;;55;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;131;;;226;;153;;235;;158 ;;;variance;75;;;165;;128;;125;;69 </pre> ====aua blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_blocs|aua blocs]] <pre> CDS ;1752;153;hp 16s;233;1486; atc;33;; gca;142;; CDS;-15;117;hp 23s;82;2829; 5s;461;115; CDS ;;235;replication initiation protein </pre> ====aua distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_distribution|aua distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;aua;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;ctc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;gtc3;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;2;agc;1;gac2;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;;gaa2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;cgt2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;2;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;atgf2;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total aua;;30;;;;;30;;aua;10;;;;;;10;;aua;13;;;;;;13 </pre> ====aua données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_données_intercalaires|aua données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;aua;fx;fc;aua;fx40;fc40;aua;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;3;0;0;3;0;-1;0;87;130;368;16s tRNA;; 1;0;10;50;230;1;1;32;-2;1;0;255;338;233;;atc 1;2;20;38;127;2;1;24;-3;0;0;589;640;tRNA 23s;; ;2;30;38;96;3;9;36;-4;14;345;660;182;478;;gca ;1;40;23;58;4;8;33;-5;0;1;812;349;tRNA tRNA;;intra ;2;50;29;57;5;2;32;-6;1;0;439;68;33;;atc gca 1;2;60;48;59;6;11;13;-7;1;0;529;-30;tRNA tRNA;; 2;2;70;41;77;7;3;11;-8;3;27;60;455;-;404;ggc ;3;80;33;80;8;3;17;-9;0;1;169;278;44;;atgf ;1;90;39;71;9;10;12;-10;0;2;142;209;**;;atgf ;0;100;35;71;10;2;20;-11;0;16;175;580;51;;cgt ;2;110;24;63;11;3;22;-12;1;0;414;300;**;;cgt ;2;120;25;52;12;4;31;-13;1;5;121;6;-;161;ttc 1;4;130;21;63;13;3;12;-14;2;4;68;126;**;;acc 1;1;140;23;57;14;0;13;-15;0;1;139;234;128;;gtc ;2;150;31;69;15;7;8;-16;1;1;112;243;186;;gtc 1;1;160;19;44;16;1;5;-17;0;4;30;18;**;;gtc 1;2;170;21;37;17;3;14;-18;2;0;111;177;140;;gaa 2;2;180;18;35;18;4;6;-19;0;3;69;169;**;;gaa 1;0;190;23;34;19;11;6;-20;1;6;105;330;58;;gac ;0;200;30;32;20;2;10;-21;0;0;43;307;-;270;gac 1;0;210;29;33;21;8;9;-22;0;0;36;296;**;;gta ;0;220;20;35;22;3;15;-23;3;1;170;239;-;173;ccg 2;0;230;21;26;23;3;11;-24;0;0;13;63;**;;caa 2;0;240;22;25;24;5;7;-25;2;0;277;528;132;;ctc 2;0;250;11;26;25;2;13;-26;1;2;287;136;**;;ctc 1;1;260;14;23;26;2;12;-27;1;0;76;175;24;;gga ;3;270;23;19;27;5;10;-28;1;0;125;259;**;;tac 1;1;280;13;10;28;6;5;-29;1;3;72;221;208;;ggc ;1;290;13;19;29;0;8;-30;0;0;269;55;**;;ggg 2;1;300;15;9;30;4;6;-31;1;0;265;249;;; 1;0;310;13;14;31;2;8;-32;1;0;24;311;;; 1;0;320;13;12;32;2;9;-33;0;0;83;227;;; 1;0;330;9;10;33;4;4;-34;0;0;16;370;;; 1;0;340;9;6;34;1;6;-35;0;1;265;151;;; 1;0;350;11;6;35;1;6;-36;1;0;130;;;; ;0;360;8;8;36;5;1;-37;0;0;53;;;; 2;0;370;6;5;37;3;2;-38;1;0;291;;;; ;0;380;7;5;38;1;7;-39;0;0;106;;;; ;0;390;4;7;39;3;6;-40;1;0;147;;;; ;0;400;5;1;40;1;9;-41;0;1;173;;;; 4;7;reste;97;92;reste;823;1292;-42;0;0;743;;;; 35;45;total;975;1803;total;975;1803;-43;0;1;50;;;; 30;38;diagr;875;1711;diagr;149;511;-44;0;0;154;;;; 2;4; t30;126;453;;;;-45;0;0;74;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;CDS 16s;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;1752;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;23s 5s;;;; ;x;972;55;3;1030;;;-49;1;0;82;;;; ;c;1803;523;0;2326;;;-50;1;0;5s CDS;;;; ;;;;;3356;117;;reste;9;10;-;461;;; ;;;;;;3473;;total;55;523;;;;; </pre> =====aua autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_autres_intercalaires_aas|aua autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement <pre> autres intercalaires ;;aua;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;157474;158811;438;*; ;;regulatory;159250;159351;138;*; fin;;CDS;159490;160275;;; deb;comp;CDS;170900;171925;368;*; ;;tRNA;172294;172378;130;*;ctg fin;;CDS;172509;172772;;; deb;comp;CDS;330094;330690;338;*; ;;tRNA;331029;331103;404;*;ggc ;comp;tRNA;331508;331584;44;*;atgf ;comp;tRNA;331629;331705;255;*;atgf fin;comp;CDS;331961;333217;;0; deb;;CDS;344949;346025;589;*; ;;tRNA;346615;346704;660;*;tcg fin;;CDS;347365;348471;;0; deb;comp;CDS;393335;395344;812;*; ;comp;tRNA;396157;396232;439;*;gcc fin;comp;CDS;396672;397094;;0; deb;;CDS;636089;637537;640;*; ;comp;tRNA;638178;638253;182;*;gcg fin;;CDS;638436;638738;;; deb;;CDS;680871;681065;46;*; ;;regulatory;681112;681214;62;*; fin;;CDS;681277;683100;;; deb;comp;CDS;762422;762607;31;*; ;comp;regulatory;762639;762877;116;*; fin;comp;CDS;762994;763371;;; deb;;CDS;894578;894772;102;*; ;;regulatory;894875;895098;119;*; fin;;CDS;895218;896204;;; deb;comp;CDS;924507;925466;529;*; ;comp;tRNA;925996;926085;349;*;tcc fin;;CDS;926435;926767;;; deb;comp;CDS;973959;974375;30;*; ;;ncRNA;974406;974502;208;*; fin;comp;CDS;974711;975313;;0; deb;comp;CDS;1215259;1216272;45;*; ;comp;regulatory;1216318;1216420;368;*; deb;;CDS;1216789;1217439;60;*; ;;tRNA;1217500;1217576;68;*;agg fin;comp;CDS;1217645;1218760;;; deb;;CDS;1350534;1352180;-30;*; ;comp;tRNA;1352151;1352227;51;*;cgt ;comp;tRNA;1352279;1352355;169;*;cgt fin;comp;CDS;1352525;1353967;;0; deb;;CDS;1401921;1402442;142;*; ;;tRNA;1402585;1402661;175;*;cac fin;;CDS;1402837;1402989;;; deb;;CDS;1544580;1546277;455;*; ;comp;tRNA;1546733;1546808;161;*;ttc ;;tRNA;1546970;1547044;414;*;acc fin;;CDS;1547459;1549516;;0; deb;;CDS;1609269;1610216;278;*; ;comp;tRNA;1610495;1610571;121;*;cgg fin;comp;CDS;1610693;1611427;;; deb;;CDS;1619798;1621321;102;*; ;;regulatory;1621424;1621513;147;*; fin;;CDS;1621661;1622968;;; deb;;CDS;1683255;1683581;209;*; ;comp;tRNA;1683791;1683864;580;*;cag fin;;CDS;1684445;1685734;;; deb;;CDS;1700827;1701852;300;*; ;comp;tRNA;1702153;1702227;128;*;gtc ;comp;tRNA;1702356;1702430;186;*;gtc ;comp;tRNA;1702617;1702691;68;*;gtc fin;comp;CDS;1702760;1703125;;0; deb;;CDS;1946715;1946936;6;*; ;comp;tRNA;1946943;1947018;126;*;atgi fin;;CDS;1947145;1947345;;0; deb;;CDS;1981934;1983139;139;*; ;;tRNA;1983279;1983368;234;*;agc fin;comp;CDS;1983603;1984061;;0; deb;;CDS;1996083;1997171;243;*; ;comp;tRNA;1997415;1997490;112;*;acg fin;comp;CDS;1997603;1998583;;0; deb;;CDS;2082120;2083970;0;*; ;;regulatory;2083971;2084083;157;*; fin;;CDS;2084241;2085203;;; deb;comp;CDS;2263930;2264781;30;*; ;comp;tRNA;2264812;2264886;111;*;gtg fin;comp;CDS;2264998;2265768;;0; deb;;CDS;2363764;2364786;18;*; ;comp;tRNA;2364805;2364879;140;*;gaa ;comp;tRNA;2365020;2365094;69;*;gaa fin;comp;CDS;2365164;2366240;;; deb;;CDS;2367774;2368247;105;*; ;;tRNA;2368353;2368429;43;*;cca deb;;CDS;2368473;2368778;36;*; ;;tRNA;2368815;2368890;177;*;aga fin;comp;CDS;2369068;2369220;;0; deb;comp;CDS;2401620;2402717;170;*; ;comp;tRNA;2402888;2402963;169;*;aaa fin;;CDS;2403133;2403870;;; deb;;CDS;2419602;2420852;13;*; ;;tRNA;2420866;2420955;277;*;tca fin;;CDS;2421233;2421934;;; deb;comp;CDS;2601493;2601858;287;*; ;comp;tRNA;2602146;2602222;58;*;gac ;comp;tRNA;2602281;2602357;270;*;gac ;;tRNA;2602628;2602703;330;*;gta fin;comp;CDS;2603034;2603312;;; deb;comp;CDS;2608494;2609849;76;*; ;comp;tRNA;2609926;2610009;307;*;cta fin;;CDS;2610317;2610460;;; deb;comp;CDS;2641174;2641824;125;*; ;comp;tRNA;2641950;2642023;72;*;tgc deb;comp;CDS;2642096;2642443;296;*; ;;tRNA;2642740;2642814;269;*;aac fin;;CDS;2643084;2644127;;; deb;comp;CDS;2651145;2652935;239;*; ;;tRNA;2653175;2653259;265;*;tta fin;;CDS;2653525;2653725;;0; deb;comp;CDS;2753154;2753396;24;*; ;comp;tRNA;2753421;2753497;83;*;atgf fin;comp;CDS;2753581;2754180;;; deb;;CDS;2768127;2769224;63;*; ;comp;tRNA;2769288;2769364;173;*;ccg ;;tRNA;2769538;2769612;528;*;caa fin;comp;CDS;2770141;2770566;;0; deb;comp;CDS;2787112;2789121;16;*; ;comp;tRNA;2789138;2789214;265;*;ccc fin;comp;CDS;2789480;2790022;;; deb;;CDS;2927857;2928789;136;*; ;comp;tRNA;2928926;2929010;132;*;ctc ;comp;tRNA;2929143;2929227;175;*;ctc fin;;CDS;2929403;2930164;;; deb;comp;CDS;2971057;2971257;130;*; ;comp;tRNA;2971388;2971463;53;*;tgg fin;comp;CDS;2971517;2972374;;; deb;comp;CDS;2973322;2974497;291;*; ;comp;tRNA;2974789;2974862;24;*;gga ;comp;tRNA;2974887;2974971;259;*;tac fin;;CDS;2975231;2976097;;0; deb;comp;CDS;2979955;2981049;221;*; ;;tRNA;2981271;2981346;55;*;aca fin;comp;CDS;2981402;2981752;;; deb;comp;CDS;3063743;3064045;106;*; ;comp;tRNA;3064152;3064227;147;*;aag fin;comp;CDS;3064375;3064803;;; deb;;CDS;3082739;3084151;84;*; ;;tmRNA;3084236;3084602;54;*; fin;;CDS;3084657;3085265;;; deb;comp;CDS;3194307;3194906;249;*; ;;tRNA;3195156;3195232;173;*;atgj fin;;CDS;3195406;3196356;;0; deb;comp;CDS;3206006;3206455;743;*; ;comp;tRNA;3207199;3207273;50;*;gag fin;comp;CDS;3207324;3207689;;1; deb;;CDS;3243122;3243553;99;*; ;comp;ncRNA;3243653;3243811;80;*; fin;comp;CDS;3243892;3244527;;; deb;comp;CDS;3301324;3301785;705;*; ;comp;ncRNA;3302491;3302881;111;*; fin;comp;CDS;3302993;3303622;;; deb;comp;CDS;3399971;3400144;311;*; ;;tRNA;3400456;3400530;154;*;aac fin;;CDS;3400685;3400924;;; deb;;CDS;3401737;3403497;227;*; ;comp;tRNA;3403725;3403799;208;*;ggc ;comp;tRNA;3404008;3404082;74;*;ggg fin;comp;CDS;3404157;3404834;;; deb;comp;CDS;3404854;3405936;125;*; ;;regulatory;3406062;3406139;56;*; fin;;CDS;3406196;3407389;;; deb;comp;CDS;3597872;3598414;370;*; ;;tRNA;3598785;3598869;151;*;ttg fin;comp;CDS;3599021;3599251;;0; </pre> ===alpha synthèse=== ====alpha distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_génome|alpha distribution par génome]] <pre> alpha8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total rtb;8;25;;;;0;;;33 rpm;7;30;;;;8;42;5;92 rru;4;36;;;;8;4;3;55 oan;6;41;;;;8;;4;59 abq;20;38;;;;16;10;3;87 abs;20;39;;;;8;10;3;80 agr;5;35;;;;10;2;5;57 aua;10;30;;;;2;13;;55 ;;;;;;;;; total;80;274;0;0;0;60;81;23;518 </pre> ====alpha distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_du_total|alpha distribution du total]] <pre> alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;83 atgi;9;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;33;acc;0;aac;;agc; ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;;gcc;;gac;0;ggc; tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;0;taa;;tga; ata;;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;8;cca;9;caa;8;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;;gca;27;gaa;;gga; ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;0 atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;161;274;0;0;0;0;435;;1-3aas;;;;23;;60;83 </pre> ====alpha distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_type|alpha distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;274;;alpha8;;;;;;;80;;alpha8;;;;;;;81;;alpha6;;;;;;; atgi;9;tct;0;tat;0;atgf;7;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23 att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;8;tcc;8;tac;2;tgc;4;;ttc;1;tcc;;tac;8;tgc;4;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;;acc;5;aac;5;agc;8;;atc;1;acc;3;aac;7;agc;;;atc;;acc;5;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;9;ccc;8;cac;7;cgt;8;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;4;cgt;5;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;8;gcc;5;gac;1;ggc;11;;gtc;2;gcc;5;gac;10;ggc;7;;gtc;3;gcc;6;gac;6;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;8;tca;8;taa;0;tga;1;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;0;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;8;aaa;9;aga;8;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;8;cca;9;caa;8;cga;0;;cta;8;cca;8;caa;6;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;4;gca;1;gaa;6;gga;;;gta;3;gca;1;gaa;2;gga;8;;gta;;gca;;gaa;4;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;7;tcg;7;tag;0;tgg;10;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;7;acg;8;aag;4;agg;6;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;6;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;6;ccg;3;cag;6;cgg;7;;ctg;4;ccg;1;cag;2;cgg;1;;ctg;5;ccg;6;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;3;gcg;4;gag;5;ggg;6;;gtg;;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;6;gcg;3;gag;4;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha 6;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;23;;; </pre> ====alpha par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_par_rapport_au_groupe_de_référence|alpha par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;90;14;38;;;;142; 16;moyen;103;15;16;;;60;134; 14;fort;81;51;27;;23;;182; ; ;274;80;81;;23;60;518; 10;g+cga;46;6;27;;;;79; 2;agg+cgg;13;1;;;;;14; 4;carre ccc;30;7;11;;;;48; 5;autres;1;;;;;;1; ;;90;14;38;;;;142; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;174;27;73;;;;274;26 16;moyen;199;29;31;;;116;259;324 14;fort;156;98;52;;44;;351;650 ;;529;154;156;;44;116;518;729 10;g+cga;89;12;52;;;;153;10 2;agg+cgg;25;2;0;;;;27; 4;carre ccc;58;14;21;;;;93;16 5;autres;2;0;0;;;;2; ;;174;27;73;;;;274; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;207;32;87;326;26;33;18;47 16;moyen;237;34;37;308;324;38;19;20 14;fort;186;117;62;366;650;30;64;33 ;;630;184;186;435;729;274;80;81 10;g+cga;106;14;62;182;10;51;;71 2;agg+cgg;30;2;0;32;;14;; 4;carre ccc;69;16;25;110;16;33;;29 5;autres;2;0;0;2;;1;; ;;207;32;87;326;;90;;38 </pre> ====alpha, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha,_estimation_des_-rRNAs|alpha, estimation des -rRNAs]] <pre> alpha;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 70 génomes total avec rRNA;;;;alpha8;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;70;525; ; ;;indices;;;;70;750;0;0;;alpha8;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;435 atgi;;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;;tct;;tat;;atgf;206;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8 atc;189;acc;;aac;;agc;;;atc;270;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;13;aac;14;agc;8 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;9;aaa;10;aga;8 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;9;caa;8;cga; gta;;gca;191;gaa;;gga;;;gta;;gca;273;gaa;;gga;;;gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6 ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1.4;;ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7 ;;380;;144;;1;525;;;;543;;206;;1;750;;;;134;;159;;142;435 27.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;30.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;16935;0.6;0.3;;indices;sans +16s;;;347;16935;0,6;0,3;;alpha8;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;30;;atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;236;;atgi;113;tct;;tat;;atgf;88 att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;163;tcc;100;tac;125;tgc;100 atc;-1;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;269;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;13;acc;163;aac;175;agc;100 ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;138;ccc;100;cac;138;cgt;163 gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;163;gcc;200;gac;213;ggc;275 tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;100;tca;100;taa;;tga;13 ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;113;aaa;125;aga;100 cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;100;cca;113;caa;100;cga; gta;105;gca;-2;gaa;141;gga;104;;gta;105;gca;271;gaa;141;gga;104;;gta;88;gca;25;gaa;150;gga;100 ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;88;tcg;88;tag;;tgg;125 atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;125;acg;100;aag;125;agg;75 ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;106;;ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;107;;ctg;188;ccg;125;cag;125;cgg;100 gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;113;gcg;113;gag;113;ggg;88 ;;1421;;1529;;1241;4191;;;;1964;;1735;;1242;4941;;;;1675;;1988;;1775;5438 rapports;;72;;88;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;alpha8;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;13;;fiches;45.571;;;fréquences;;;;;atgi;6;tct;;tat;100;atgf;66 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;3190;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;525;;;10;18;;;;ctt;100;cct;100;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;70;;;20;9;;;;gtt;;gct;;gat;100;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;33;tcc;1;tac;17;tgc;5 atc;0;acc;100;aac;100;agc;100;;alpha8;54.375;;;40;6;;;;atc;108;acc;34;aac;37;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;435;;;50;4;39;;;ctc;16;ccc;18;cac;26;cgt;31 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;205;;;60;4;;;;gtc;35;gcc;52;gac;29;ggc;52 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;1;;;;tta;6;tca;2;taa;100;tga;20 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;5;aaa;15;aga;3 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par alpha8;;;;90;0;;;;cta;3;cca;8;caa;12;cga;100 gta;100;gca;-1;gaa;100;gga;100;;est 19 % au dessus;;;;100;2;;;;gta;17;gca;107;gaa;6;gga;4 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;2;;;;ttg;4;tcg;2;tag;100;tgg;18 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;70;;100;;;48;;;;atgj;7;acg;9;aag;36;agg;0 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;99;;atc;189;269;;;;;;;ctg;52;ccg;43;cag;48;cgg;5 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;gca;191;271;;;;;;;gtg;48;gcg;48;gag;52;ggg;20 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;178;;330;;451;959 </pre> ===cvi=== ====cvi opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_opérons|cvi opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Chro_viol_ATCC_12472/chroViol-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_005085.1;cvi;genome;;; 65%GC;30.6.19 Paris;16s 8;98;doubles;intercalaires ;Chromobacterium violaceum ATCC 12472;;;; ;421217..422762;;16s;@1;179 ;422942..423018;;atc;;86 ;423105..423180;;gca;;249 ;423430..426324;;23s;;125 ;426450..426564;;5s;; ;;;;; ;502182..503727;;16s;;79 ;503807..503883;;atc;;12 ;503896..503971;;gca;;250 ;504222..507116;;23s;;122 ;507239..507353;;5s;; ;;;;; comp;682034..682118;;ttg;; ;;;;; ;759824..759908;;tac;; ;;;;; comp;878775..878849;;agg;; ;;;;; ;955155..955230;;gcg;; ;;;;; ;975612..975696;;ctc;; ;;;;; ;1006822..1006897;;ttc;+;6 ;1006904..1006979;;ttc;2 ttc; ;;;;; ;1058518..1058611;;agc;;6 ;1058618..1058694;;cgt;;3 ;1058698..1058772;;gaa;; ;;;;; comp;1061741..1061815;;gaa;+;3 comp;1061819..1061895;;cgt;2 gaa;7 comp;1061903..1061977;;gaa;2cgt;5 comp;1061983..1062059;;cgt;; ;;;;; ;1154020..1155565;;16s;;179 ;1155745..1155821;;atc;;86 ;1155908..1155983;;gca;;250 ;1156234..1159128;;23s;;122 ;1159251..1159365;;5s;; ;;;;; comp;1263556..1263645;;tcg;; ;;;;; ;1273710..1273786;;atgf;; ;;;;; ;1377435..1377510;;ggc;+;23 ;1377534..1377609;;ggc;5 ggc;22 ;1377632..1377707;;ggc;;24 ;1377732..1377807;;ggc;;29 ;1377837..1377912;;ggc;;45 ;1377958..1378031;;tgc;; ;;;;; ;1387010..1387094;;tta;; ;;;;; ;1420085..1420161;;gtc;; ;;;;; ;1427771..1427847;;ccc;; ;;;;; comp;1433244..1433319;;aac;+;32 comp;1433352..1433427;;aac;3 aac;31 comp;1433459..1433534;;aac;; ;;;;; ;1646821..1648366;;16s;;179 ;1648546..1648622;;atc;;86 ;1648709..1648784;;gca;;249 ;1649034..1651928;;23s;;122 ;1652051..1652165;;5s;;89 ;1652255..1652369;;5s;; ;;;;; ;1746117..1746207;;tcc;+;53 ;1746261..1746351;;tcc;2 tcc; ;;;;; ;1978844..1978919;;aac;; ;;;;; comp;2094372..2094447;;cac;+;26 comp;2094474..2094549;;cac;3 cac;45 comp;2094595..2094670;;cac;;27 comp;2094698..2094774;;aga;;18 comp;2094793..2094869;;cca;; ;;;;; comp;2511625..2511712;;tca;; ;;;;; comp;2747299..2747375;;gac;;7 comp;2747383..2747458;;gta;; ;;;;; ;2853221..2853305;;cta;; ;;;;; ;3187082..3187157;;aca;; ;;;;; ;3257362..3257437;;gcc;; ;;;;; ;3262246..3262321;;gcc;+;8 ;3262330..3262405;;gaa;2 gcc;11 ;3262417..3262492;;gcc;; ;;;;; comp;3371478..3371592;;5s;;122 comp;3371715..3374609;;23s;;250 comp;3374860..3374935;;gca;;12 comp;3374948..3375024;;atc;;79 comp;3375104..3376649;;16s;; ;;;;; ;3472822..3472897;;gta;+;12 ;3472910..3472986;;gac;5 gta;26 ;3473013..3473088;;gta;6 gac;12 ;3473101..3473177;;gac;1gtg;26 ;3473204..3473279;;gta;;12 ;3473292..3473368;;gac;;26 ;3473395..3473470;;gta;;12 ;3473483..3473559;;gac;;27 ;3473587..3473663;;gtg;;6 ;3473670..3473746;;gac;;27 ;3473774..3473850;;gtg;;6 ;3473857..3473933;;gac;; ;;;;; ;3622292..3622365;;ggg;; ;;;;; comp;3820120..3820234;;5s;;122 comp;3820357..3823251;;23s;;249 comp;3823501..3823576;;gca;;86 comp;3823663..3823739;;atc;;179 comp;3823919..3825464;;16s;; ;;;;; ;3828836..3828922;;ctg;+;51 ;3828974..3829060;;ctg;4 ctg;33 ;3829094..3829180;;ctg;;57 ;3829238..3829324;;ctg;; ;;;;; ;3854547..3854622;;caa;@2;*557 ;3855180..3855255;;acg;;61 ;3855317..3855393;;ccg;+;78 ;3855472..3855548;;ccg;2 ccg; ;;;;; comp;4059834..4059912;;atgi;; ;;;;; comp;4244591..4244705;;5s;;122 comp;4244828..4247722;;23s;;249 comp;4247972..4248047;;gca;;86 comp;4248134..4248210;;atc;;179 comp;4248390..4249935;;16s;; ;;;;; comp;4325718..4325794;;atgf;; ;;;;; comp;4389268..4389342;;caa;; ;;;;; ;4402077..4402153;;cgg;; ;;;;; comp;4434130..4434244;;5s;;122 comp;4434367..4437261;;23s;;249 comp;4437511..4437586;;gca;;86 comp;4437673..4437749;;atc;;179 comp;4437929..4439474;;16s;; ;;;;; ;4474196..4474272;;atg;+;35 ;4474308..4474384;;atg;2 atg; ;;;;; comp;4529616..4529690;;acc;; ;;;;; comp;4532053..4532128;;tgg;; ;;;;; comp;4533370..4533444;;acc;;24 comp;4533469..4533542;;gga;;52 comp;4533595..4533679;;tac;; ;;;;; comp;4586712..4586787;;aaa;+;38 comp;4586826..4586901;;aag;3 aaa;35 comp;4586937..4587012;;aaa;2 aag;28 comp;4587041..4587116;;aag;;37 comp;4587154..4587229;;aaa;; </pre> ====cvi cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_cumuls|cvi cumuls]] <pre> cvi cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;8;1;0;- ;16 23 5s 0;0;20;16;2 ;16 atc gca;8;40;20; ;16 23 5s a;0;60;6; ;max a;2;80;2; ;a doubles;0;100;0;6 ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;16;140;0; sans ;opérons;37;160;0; ;1 aa;22;180;0; ;max a;12;200;0; ;a doubles;12;;1; ;total aas;82;;45;8 total aas;;98;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;; ;;;variance;; sans jaune;;;moyenne;26;86 ;;;variance;18;0 </pre> ====cvi blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_blocs|cvi blocs]] <pre> cvi blocs;;;;;; 16s;179;1546;79;1546;179;1546 atc;86;;12;;86; gca;249;;250;;250; 23s;125;2895;122;2895;122;2895 5s;;115;;115;;115 ;;;;;; ;;;;;; 5s;122;115;122;115;122;115 23s;250;2895;249;2895;249;2895 gca;12;;86;;86; atc;79;;179;;179; 16s;;1546;;1546;;1546 ;;;;;; 16s;179;1546;;5s;122;115 atc;86;;;23s;249;2895 gca;249;;;gca;86; 23s;122;2895;;atc;179; 5s;89;115;;16s;;1546 5s;;115;;;; </pre> ====cvi distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_distribution|cvi distribution]] <pre> beta1;;;;;;;82;;beta1;;;;;;;22;;beta1;;;;;;;37;;beta1;;;;;;;23 atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc; atc;0;acc;1;aac;4;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;3;agc; ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt; gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;7;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5 tta;1;tca;1;taa;0;tga;0;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;0;aca;1;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;2;cga;0;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;6;gca;0;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;4;ccg;2;cag;0;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg; gtg;1;gcg;2;gag;0;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cvi données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_données_intercalaires|cvi données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cvi;fx;fc;cvi;fx40;fc40;cvi;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa 0;0;0;5;10;0;5;10;-1;0;118;177;152;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;suite 0;2;10;62;334;1;7;58;-2;3;0;58;57;447;506;;7;;gac 0;3;20;33;245;2;3;44;-3;0;0;858;110;370;450;;**;;gta 0;2;30;18;120;3;10;42;-4;22;375;19;46;439;391;;8;;gcc 0;1;40;17;116;4;6;30;-5;0;0;49;190;439;;;11;;gaa 2;3;50;43;99;5;2;25;-6;2;0;329;180;437;;;**;;gcc 1;4;60;71;107;6;8;13;-7;2;10;19;425;23s 5s;;;12;;gta 2;2;70;92;154;7;6;18;-8;0;56;91;707;127;;;26;;gac 1;1;80;56;140;8;5;13;-9;1;0;155;136;7* 124;;;12;;gta 0;3;90;32;83;9;8;41;-10;0;6;51;211;5s CDS;;;26;;gac 1;4;100;52;95;10;7;50;-11;4;31;62;66;280;137;;12;;gta 2;1;110;35;82;11;2;42;-12;1;0;173;225;189;154;;26;;gac 0;1;120;44;73;12;6;26;-13;2;10;120;182;415;101;;12;;gta 0;3;130;43;84;13;4;35;-14;0;21;435;70;213;206;;27;;gac 2;1;140;32;60;14;3;25;-15;0;0;101;49;5s 5s;;;6;;gta 0;0;150;20;51;15;4;21;-16;0;4;183;205;89;;;27;;gac 2;2;160;32;49;16;5;28;-17;3;16;182;151;16s tRNA;;;6;;gtg 0;2;170;22;50;17;0;19;-18;0;0;30;303;6* 182;;atc;**;;gac 1;3;180;20;43;18;3;17;-19;2;3;204;106;2* 82;;atc;51;;ctg 2;2;190;28;39;19;5;18;-20;1;12;98;212;tRNA 23s;;;33;;ctg 0;1;200;36;30;20;1;14;-21;1;0;59;73;3* 254;;gca;57;;ctg 1;2;210;23;35;21;1;16;-22;1;1;360;651;5* 253;;gca;**;;ctg 2;0;220;12;26;22;2;13;-23;1;4;25;97;tRNA tRNA;;intra;61;;acg 1;1;230;17;25;23;1;7;-24;1;0;15;137;6* 86;;atc gca;78;;ccg 0;0;240;23;14;24;3;18;-25;1;2;93;265;2* 12;;atc gca;;;ccg 0;0;250;11;11;25;1;10;-26;0;3;230;;tRNA tRNA;;;35;;atgj 0;0;260;16;13;26;2;13;-27;0;0;130;;6;;ttc;**;;atgj 1;0;270;16;21;27;3;7;-28;1;0;46;;**;;ttc;24;;acc 0;0;280;17;14;28;2;12;-29;1;2;71;;6;;agc;52;;gga 0;0;290;17;11;29;2;13;-30;0;0;48;;3;;cgt;**;;tac 0;0;300;7;15;30;1;11;-31;3;1;411;;**;;gaa;38;;aaa 1;0;310;12;9;31;1;17;-32;2;0;163;;3;;gaa;35;;aag 0;0;320;6;14;32;0;12;-33;0;0;170;;7;;cgt;28;;aaa 0;1;330;2;9;33;4;13;-34;0;0;55;;5;;gaa;37;;aag 0;0;340;10;9;34;0;11;-35;2;1;770;;**;;cgt;**;;aaa 0;0;350;6;5;35;1;9;-36;0;0;201;;23;;ggc;;; 0;1;360;6;5;36;1;11;-37;1;0;92;;22;;ggc;;; 0;0;370;7;11;37;5;9;-38;0;2;747;;24;;ggc;;; 0;0;380;4;6;38;1;9;-39;0;0;151;;29;;ggc;;; 0;0;390;3;7;39;3;10;-40;0;1;89;;45;;ggc;;; 0;0;400;5;6;40;1;15;-41;2;1;6;;**;;tgc;;; 3;5;reste;89;94;reste;967;1599;-42;0;0;87;;32;;aac;;; 25;51;total;1102;2424;total;1102;2424;-43;1;0;125;;31;;aac;;; 22;46;diagr;1008;2320;diagr;130;815;-44;0;3;86;;**;;aac;;; 0;7; t30;113;699;;;;-45;0;0;179;;53;;tcc;;; ;;;;;;;;-46;0;0;64;;**;;tcc;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;10;;26;;cac;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;40;;45;;cac;;; ;x;1097;69;5;1171;;;-49;1;0;139;;27;;cac;;; ;c;2414;687;10;3111;;;-50;1;0;194;;18;;aga;;; ;;;;;4282;205;;reste;6;4;130;;**;;cca;;; ;;;;;;4487;;total;69;687;;;;;;;; </pre> =====cvi autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires_aas|cvi autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cvi;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;242272;116;comp; ;regulatory;243048;76;; fin;CDS;243272;;; deb;CDS;419401;506;comp; ;rRNA;421224;182;;16s ;tRNA;422942;86;;atc ;tRNA;423105;253;;gca ;rRNA;423434;127;;23s ;rRNA;426450;137;;5s fin;CDS;426702;;comp; deb;CDS;500524;447;; ;rRNA;502189;82;;16s ;tRNA;503807;12;;atc ;tRNA;503896;254;;gca ;rRNA;504226;124;;23s ;rRNA;507239;280;;5s fin;CDS;507634;;; deb;CDS;521304;119;comp; ;regulatory;522458;124;; fin;CDS;522848;;; deb;CDS;526333;31;; ;ncRNA;526676;12;; fin;CDS;526872;;; deb;CDS;578634;106;comp; ;ncRNA;581905;130;; fin;CDS;582495;;; deb;CDS;680663;177;comp; ;tRNA;682034;58;comp;ttg fin;CDS;682177;;comp; deb;CDS;758940;152;comp; ;tRNA;759824;57;;tac fin;CDS;759966;;comp; deb;CDS;877002;858;comp; ;tRNA;878775;19;comp;agg fin;CDS;878869;;comp; deb;CDS;952811;49;; ;tRNA;955155;329;;gcg fin;CDS;955560;;; deb;CDS;975236;19;; ;tRNA;975612;91;;ctc fin;CDS;975788;;; deb;CDS;996781;89;comp; ;regulatory;998457;72;; fin;CDS;998621;;; deb;CDS;1006022;155;; ;tRNA;1006822;6;;ttc ;tRNA;1006904;51;;ttc fin;CDS;1007031;;; deb;CDS;1057229;62;; ;tRNA;1058518;6;;agc ;tRNA;1058618;3;;cgt ;tRNA;1058698;110;;gaa deb;CDS;1058883;173;comp; ;tRNA;1061741;3;comp;gaa ;tRNA;1061819;7;comp;cgt ;tRNA;1061903;5;comp;gaa ;tRNA;1061983;46;comp;cgt fin;CDS;1062106;;; deb;CDS;1153105;370;; ;rRNA;1154027;182;;16s ;tRNA;1155745;86;;atc ;tRNA;1155908;254;;gca ;rRNA;1156238;124;;23s ;rRNA;1159251;189;;5s fin;CDS;1159555;;; deb;CDS;1262223;190;; ;tRNA;1263556;120;comp;tcg fin;CDS;1263766;;comp; deb;CDS;1272648;435;; ;tRNA;1273710;180;;atgf fin;CDS;1273967;;comp; deb;CDS;1292860;191;; ;repeat_region;1293342;324;; fin;CDS;1295441;;; deb;CDS;1376752;101;; ;tRNA;1377435;23;;ggc ;tRNA;1377534;22;;ggc ;tRNA;1377632;24;;ggc ;tRNA;1377732;29;;ggc ;tRNA;1377837;45;;ggc ;tRNA;1377958;425;;tgc fin;CDS;1378457;;comp; deb;CDS;1385508;707;comp; ;tRNA;1387010;183;;tta fin;CDS;1387278;;; deb;CDS;1418833;136;comp; ;tRNA;1420085;182;;gtc fin;CDS;1420344;;; deb;CDS;1427387;30;; ;tRNA;1427771;204;;ccc fin;CDS;1428052;;; deb;CDS;1432303;98;comp; ;tRNA;1433244;32;comp;aac ;tRNA;1433352;31;comp;aac ;tRNA;1433459;211;comp;aac fin;CDS;1433746;;; deb;CDS;1451057;323;comp; ;repeat_region;1452712;105;; fin;CDS;1454130;;comp; deb;CDS;1458879;179;; ;repeat_region;1461308;144;; fin;CDS;1462645;;; deb;CDS;1644076;439;; ;rRNA;1646828;182;;16s ;tRNA;1648546;86;;atc ;tRNA;1648709;253;;gca ;rRNA;1649038;124;;23s ;rRNA;1652051;89;;5s ;rRNA;1652255;154;;5s fin;CDS;1652524;;comp; deb;CDS;1689363;107;comp; ;regulatory;1690517;42;comp; fin;CDS;1690745;;comp; deb;CDS;1744930;59;; ;tRNA;1746117;53;;tcc ;tRNA;1746261;360;;tcc fin;CDS;1746712;;; deb;CDS;1786722;25;; ;tRNA;1786963;15;; fin;CDS;1787071;;; deb;CDS;1899096;223;; ;repeat_region;1900978;157;; fin;CDS;1902728;;comp; deb;CDS;1975805;93;; ;tRNA;1978844;66;;aac fin;CDS;1978986;;comp; deb;CDS;2093021;230;; ;tRNA;2094372;26;;cac ;tRNA;2094474;45;;cac ;tRNA;2094595;27;;cac ;tRNA;2094698;18;;aga ;tRNA;2094793;225;;cca fin;CDS;2095095;;comp; deb;CDS;2186305;69;; ;tmRNA;2186992;205;; fin;CDS;2187562;;; deb;CDS;2192639;145;comp; ;regulatory;2193399;4;comp; ;regulatory;2193502;65;comp; fin;CDS;2193653;;comp; deb;CDS;2337863;-1;; ;ncRNA;2338135;0;; fin;CDS;2338210;;; deb;CDS;2511015;130;comp; ;tRNA;2511625;46;comp;tca fin;CDS;2511759;;comp; deb;CDS;2560167;264;comp; ;ncRNA;2560755;168;comp; fin;CDS;2561022;;; deb;CDS;2745389;71;comp; ;tRNA;2747299;7;comp;gac ;tRNA;2747383;48;comp;gta fin;CDS;2747507;;comp; deb;CDS;2852349;182;comp; ;tRNA;2853221;70;;cta fin;CDS;2853376;;comp; deb;CDS;3186574;49;comp; ;tRNA;3187082;411;;aca fin;CDS;3187569;;; deb;CDS;3256344;205;comp; ;tRNA;3257362;151;;gcc fin;CDS;3257589;;comp; deb;CDS;3261178;303;comp; ;tRNA;3262246;8;;gcc ;tRNA;3262330;11;;gaa ;tRNA;3262417;106;;gcc fin;CDS;3262599;;comp; deb;CDS;3368966;415;comp; ;rRNA;3371478;124;comp;5s ;rRNA;3371717;254;comp;23s ;tRNA;3374860;12;comp;gca ;tRNA;3374948;82;comp;atc ;rRNA;3375107;439;comp;16s fin;CDS;3377082;;comp; deb;CDS;3447322;50;comp; ;regulatory;3448389;124;comp; fin;CDS;3448608;;; deb;CDS;3471644;212;comp; ;tRNA;3472822;12;;gta ;tRNA;3472910;26;;gac ;tRNA;3473013;12;;gta ;tRNA;3473101;26;;gac ;tRNA;3473204;12;;gta ;tRNA;3473292;26;;gac ;tRNA;3473395;12;;gta ;tRNA;3473483;27;;gac ;tRNA;3473587;6;;gta ;tRNA;3473670;27;;gac ;tRNA;3473774;6;;gtg ;tRNA;3473857;163;;gac fin;CDS;3474097;;; deb;CDS;3621600;170;; ;tRNA;3622292;55;;ggg fin;CDS;3622421;;; deb;CDS;3727029;40;comp; ;regulatory;3728158;14;comp; ;regulatory;3728271;172;comp; fin;CDS;3728534;;comp; deb;CDS;3818863;213;comp; ;rRNA;3820120;124;comp;5s ;rRNA;3820359;253;comp;23s ;tRNA;3823501;86;comp;gca ;tRNA;3823663;182;comp;atc ;rRNA;3823922;437;comp;16s deb;CDS;3825895;73;comp; ;tRNA;3828836;51;;ctg ;tRNA;3828974;33;;ctg ;tRNA;3829094;57;;ctg ;tRNA;3829238;651;;ctg fin;CDS;3829976;;comp; deb;CDS;3854191;770;comp; ;tRNA;3855180;61;comp;acg ;tRNA;3855317;78;comp;ccg ;tRNA;3855472;97;comp;ccg fin;CDS;3855646;;; deb;CDS;4058859;201;comp; ;tRNA;4059834;92;comp;atgi fin;CDS;4060005;;comp; deb;CDS;4244169;101;; ;rRNA;4244591;124;comp;5s ;rRNA;4244830;253;comp;23s ;tRNA;4247972;86;comp;gca ;tRNA;4248134;182;comp;atc ;rRNA;4248393;450;comp;16s fin;CDS;4250379;;; deb;CDS;4324029;747;comp; ;tRNA;4325718;151;comp;atgf fin;CDS;4325946;;comp; deb;CDS;4388195;89;comp; ;tRNA;4389268;6;comp;caa fin;CDS;4389349;;comp; deb;CDS;4401196;137;comp; ;tRNA;4402077;265;;cgg fin;CDS;4402419;;comp; deb;CDS;4433423;206;; ;rRNA;4434130;124;comp;5s ;rRNA;4434369;253;comp;23s ;tRNA;4437511;86;comp;gca ;tRNA;4437673;182;comp;atc ;rRNA;4437932;391;comp;16s fin;CDS;4439859;;; deb;CDS;4472951;87;; ;tRNA;4474196;35;;atgj ;tRNA;4474308;125;;atgj fin;CDS;4474510;;; deb;CDS;4529035;86;comp; ;tRNA;4529616;179;comp;acc fin;CDS;4529870;;comp; deb;CDS;4531632;64;comp; ;tRNA;4532053;10;comp;tgg deb;CDS;4532139;40;comp; ;tRNA;4533370;24;comp;acc ;tRNA;4533469;52;comp;gga ;tRNA;4533595;139;comp;tac fin;CDS;4533819;;comp; deb;CDS;4549877;87;comp; ;regulatory;4551002;131;; fin;CDS;4551282;;; deb;CDS;4586188;194;comp; ;tRNA;4586712;38;comp;aaa ;tRNA;4586826;35;comp;aag ;tRNA;4586937;28;comp;aaa ;tRNA;4587041;37;comp;aag ;tRNA;4587154;130;comp;aaa fin;CDS;4587360;;comp; </pre> ====cvi intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_entre_cds|cvi intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> cvi;4.2.21 Paris;;cvi 25.12.20;;;;;;;;; cvi;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5;intercal;<u>'''frequencez ;'''négatif;756;17.7;'''négatif ;-8;11;-1 à -102;'''4 751 080;-1;756;610;2 ;'''zéro;15;0.4;;;;;'''intercals;0;15;620;1 ;'''1 à 200;2842;66.4;'''0 à 200;74;55;;'''452 650;5;227;630;2 ;'''201 à 370;455;10.6;'''201 à 370;266;47;;'''9.5%;10;169;640;1 ;'''371 à 600;147;3.4;'''371 à 600;453;59;;;15;168;650;1 ;'''601 à max;67;1.6;'''601 à 1309;795;172;;;20;110;660;4 ;'''total 4282;<201;84.4;'''total 4281;104;142;-102 à 1309;;25;72;670;4 adresse;intercalx;intercal;<u>'''fréquence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul,t %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;66;680;2 1407250;1977;-1;756;-70;6;;0;15;35;68;690;3 2476400;1309;0;15;-60;1;;-1;°118;40;65;700;5 667844;1253;1;°65;-50;4;;-2;3;45;75;710;2 448587;1220;2;47;-40;9;;-3;0;50;67;720;1 357760;1187;3;°52;-30;12;'''min à -1;-4;°397;55;84;730;5 707510;1165;4;36;-20;32;756;-5;0;60;94;740;2 139762;1148;5;27;-10;103;17.7%;-6;2;65;120;750;1 1309853;1098;6;21;0;604;;-7;12;70;126;760;2 2457295;1068;7;°24;10;396;;-8;°56;75;114;770;1 669869;1004;8;18;20;278;;-9;1;80;82;780;1 2288697;984;9;49;30;138;;-10;6;85;62;790;1 1828489;968;10;°57;40;133;'''1 à 100;-11;°35;90;53;800;4 3613803;905;11;44;50;142;1969;-12;1;95;81;810;1 2465473;902;12;32;60;178;46.0%;-13;12;100;66;820;2 2025387;900;13;°39;70;246;;-14;°21;105;60;830;0 869124;888;14;28;80;196;;-15;0;110;57;840;1 2030614;865;15;25;90;115;;-16;4;115;69;850;0 664864;858;16;°33;100;147;;-17;°19;120;48;860;1 2442265;838;17;19;110;117;;-18;0;125;58;870;1 561508;819;18;20;120;117;;-19;5;130;69;880;0 1345805;811;19;°23;130;127;;-20;°13;135;48;890;1 27453;809;20;15;140;92;;-21;1;140;44;900;1 3009727;799;21;°17;150;71;;-22;2;145;41;910;2 914899;796;22;15;160;81;;-23;°5;150;30;920;0 344593;793;23;8;170;72;'''1 à 200;-24;1;155;46;930;0 1783705;791;24;°21;180;63;2842;-25;3;160;35;940;0 1569417;787;25;11;190;67;66.4%;-26;°3;165;41;950;0 3000804;771;26;°15;200;66;;-27;0;170;31;960;0 34255;767;27;10;210;58;;-28;1;175;37;970;1 136535;759;28;°14;220;38;;-29;°3;180;26;980;0 2126902;751;29;15;230;42;;-30;0;185;39;990;1 1360178;742;30;12;240;37;;-31;4;190;28;1000;0 3310655;736;31;°18;250;22;'''0 à 200;-32;2;195;34;1010;1 2140607;733;32;12;260;29;2857;total;75;200;32;1020;0 ;;33;°17;270;37;;reste;26;205;32;1030;0 ;;34;11;280;31;;total;771;210;26;1040;0 ;;35;10;290;28;;;;215;19;1050;0 ;;36;12;300;22;;intercal;<u>'''frequencef;220;19;1060;0 ;;37;°14;310;21;;600;4215;225;21;1070;1 ;;38;10;320;20;;620;3;230;21;1080;0 ;;39;13;330;11;;640;3;235;17;1090;0 ;;40;°16;340;19;'''201 à 370;660;5;240;20;1100;1 ;;reste;2566;350;11;455;680;6;245;11;1110;0 ;;total;4282;360;11;10.6%;700;8;250;11;1120;0 ;;;;370;18;;720;3;255;9;1130;0 ;;;;380;10;;740;7;260;20;1140;0 ;;;;390;10;;760;3;265;17;1150;1 '''adresses;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;11;;780;2;270;20;1160;0 4014450;-102;comp;;410;11;;800;5;275;15;1170;1 1765439;-97;shift2;1671;420;9;;820;3;280;16;1180;0 1246857;-94;shift2;798;430;12;;840;1;285;17;1190;1 4426186;-80;comp;;440;14;;860;1;290;11;1200;0 3511064;-73;shift2;1;450;9;;880;1;295;14;reste;4 3199809;-71;shift2;494;460;5;;900;2;300;8;total;4282 3580355;-61;comp;;470;6;;920;2;305;14;; 4088183;-59;comp;;480;6;;940;;310;7;; 2599768;-57;comp;;490;5;;960;;315;14;; 1062106;-56;comp;;500;1;;980;1;320;6;; 3542032;-50;comp;;510;10;;1000;1;325;5;; 834886;-49;comp;;520;5;;1020;1;330;6;; 2603937;-44;shift2;;530;4;;1040;;335;13;; 2822032;-44;shift2;;540;2;'''371 à 600;1060;;340;6;; 4104968;-44;shift2;;550;4;147;1080;1;345;6;; 283435;-43;comp;;560;3;3.4%;1100;1;350;5;; 226851;-41;comp;;570;5;;1120;;355;6;; 387678;-41;comp;;580;3;'''601 à max;1140;;360;5;; 1796583;-41;shift2;;590;0;67;1160;1;365;10;; 4120154;-40;shift2;;600;2;1.6%;;61;370;8;; 3951302;-38;shift2;;reste;67;;reste;6;reste;214;; 4595659;-38;shift2;;total;4282;;total;4282;total;4282;; </pre> ====cvi intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cvi;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;29;-174;154;42;611;200;max70;&-44;372;-1071;112;852;282;min50 31 à 400;;;;;;;;&5.3;22;-332;69;915;-138;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;131;52;-;581;dte;30;tf;&204;67;;649;poly;203;SF 31 à 400;;;;;;;;&149;52;-;808;poly;107;tF corrélations cvi. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400 ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814 cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696 abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+ 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243 </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60 70, '''t30 t70'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.582;;;;; 41-n;0.931;0.858;0.891;;;;;;;;;;;; 1-n;0.696;0.434;0.549;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; cvi;fx;fc;;cvi;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;;cvi;Sx-;Sc- 0;5;10;;0;5;4;;0;5;10;;x;-1;0;118 10;62;334;;10;62;144;;1;7;58;>0;1097;-2;3;0 20;33;245;;20;33;106;;2;3;44;<0;69;-3;0;0 30;18;120;;30;18;52;;3;10;42;zéro;5;-4;22;375 40;17;116;;40;17;50;;4;6;30;total;1171;-5;0;0 50;43;99;;50;43;43;;5;2;25;;c;-6;2;0 60;71;107;;60;70;46;;6;8;13;>0;2414;-7;2;10 70;92;154;;70;91;66;;7;6;18;<0;687;-8;0;56 80;56;140;;80;56;60;;8;5;13;zéro;10;-9;1;0 90;32;83;;90;32;36;;9;8;41;total;3111;-10;0;6 100;52;95;;100;52;41;;10;7;50;;;-11;4;31 110;35;82;;110;35;35;;11;2;42;;;-12;1;0 120;44;73;;120;44;31;;12;6;26;;;-13;2;10 130;43;84;;130;43;36;;13;4;35;;;-14;0;21 140;32;60;;140;32;26;;14;3;25;;;-15;0;0 150;20;51;;150;20;22;;15;4;21;;;-16;0;4 160;32;49;;160;32;21;;16;5;28;;;-17;3;16 170;22;50;;170;22;22;;17;0;19;;;-18;0;0 180;20;43;;180;20;19;;18;3;17;;;-19;2;3 190;28;39;;190;28;17;;19;5;18;;;-20;1;12 200;36;30;;200;36;13;;20;1;14;;;-21;1;0 210;23;35;;210;23;15;;21;1;16;;;-22;1;1 220;12;26;;220;12;11;;22;2;13;;;-23;1;4 230;17;25;;230;17;11;;23;1;7;;;-24;1;0 240;23;14;;240;23;6;;24;3;18;;;-25;1;2 250;11;11;;250;11;5;;25;1;10;;;-26;0;3 260;16;13;;260;16;6;;26;2;13;;;-27;0;0 270;16;21;;270;16;9;;27;3;7;;;-28;1;0 280;17;14;;280;17;6;;28;2;12;;;-29;1;2 290;17;11;;290;17;5;;29;2;13;;;-30;0;0 300;7;15;;300;7;6;;30;1;11;;;-31;3;1 310;12;9;;310;12;4;;31;1;17;;;-32;2;0 320;6;14;;320;6;6;;32;0;12;;;-33;0;0 330;2;9;;330;2;4;;33;4;13;;;-34;0;0 340;10;9;;340;10;4;;34;0;11;;;-35;2;1 350;6;5;;350;6;2;;35;1;9;;;-36;0;0 360;6;5;;360;6;2;;36;1;11;;;-37;1;0 370;7;11;;370;7;5;;37;5;9;;;-38;0;2 380;4;6;;380;4;3;;38;1;9;;;-39;0;0 390;3;7;;390;3;3;;39;3;10;;;-40;0;1 400;5;6;;400;5;3;;40;1;15;;;-41;2;1 reste;89;94;;;;;;reste;967;1599;;;-42;0;0 total;1102;2424;;t30;112;301;;total;1102;2424;;;-43;1;0 diagr;1008;2320;;t70;333;506;;diagr;130;815;;;-44;0;3 - t30;895;1621;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t70;672;1145;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;6;4 ;;;;;;;;;;;;;total;69;687 </pre> ====cvi intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_négatifs_S-|cvi intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;; comp’;0;3;0;20;0;2;2;0;1;0;3;0;2;0;0;0;2;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;1;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;62;6 continu;118;0;0;377;0;0;10;56;0;6;32;1;10;21;0;4;17;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;2;1;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;694;4 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;22;0;2;2;0;1;0;4;1;2;0;0;0;3;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;3;2;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;6;69 ;Sc-;118;0;0;375;0;0;10;56;0;6;31;0;10;21;0;4;16;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;1;0;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;4;687 </pre> ====cvi autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires|cvi autres intercalaires]] <pre> ;cvi;autres intercalaires;;adresses1;;cvi;autres intercalaires;;adresses2;;;cvi;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;242272;116;comp;;deb;°CDS;1427387;30;;;deb;°CDS;3471644;212;comp ;regulatory;243048;76;;;;&tRNA;1427771;204;;;;&tRNA;3472822;12; fin;°CDS;243272;;;;fin;°CDS;1428052;;;;;&tRNA;3472910;26; deb;°CDS;419401;506;comp;;deb;°CDS;1432303;98;comp;;;&tRNA;3473013;12; ;$rRNA;421224;182;;;;&tRNA;1433244;32;comp;;;&tRNA;3473101;26; ;&tRNA;422942;86;;;;&tRNA;1433352;31;comp;;;&tRNA;3473204;12; ;&tRNA;423105;253;;;;&tRNA;1433459;211;comp;;;&tRNA;3473292;26; ;$rRNA;423434;127;;;fin;°CDS;1433746;;;;;&tRNA;3473395;12; ;$rRNA;426450;137;;;deb;°CDS;1451057;323;comp;;;&tRNA;3473483;27; fin;°CDS;426702;;comp;;;repeat_region;1452712;105;;;;&tRNA;3473587;6; deb;°CDS;500524;447;;;fin;°CDS;1454130;;comp;;;&tRNA;3473670;27; ;$rRNA;502189;82;;;deb;°CDS;1458879;179;;;;&tRNA;3473774;6; ;&tRNA;503807;12;;;;repeat_region;1461308;144;;;;&tRNA;3473857;163; ;&tRNA;503896;254;;;fin;°CDS;1462645;;;;fin;°CDS;3474097;; ;$rRNA;504226;124;;;deb;°CDS;1644076;439;;;deb;°CDS;3621600;170; ;$rRNA;507239;280;;;;$rRNA;1646828;182;;;;&tRNA;3622292;55; fin;°CDS;507634;;;;;&tRNA;1648546;86;;;fin;°CDS;3622421;; deb;°CDS;521304;119;comp;;;&tRNA;1648709;253;;;deb;°CDS;3727029;40;comp ;regulatory;522458;124;;;;$rRNA;1649038;124;;;;regulatory;3728158;14;comp fin;°CDS;522848;;;;;$rRNA;1652051;89;;;;regulatory;3728271;172;comp deb;°CDS;526333;31;;;;$rRNA;1652255;154;;;fin;°CDS;3728534;;comp ;ncRNA;526676;12;;;fin;°CDS;1652524;;comp;;deb;°CDS;3818863;213;comp fin;°CDS;526872;;;;deb;°CDS;1689363;107;comp;;;$rRNA;3820120;124;comp deb;°CDS;578634;106;comp;;;regulatory;1690517;42;comp;;;$rRNA;3820359;253;comp ;ncRNA;581905;130;;;fin;°CDS;1690745;;comp;;;&tRNA;3823501;86;comp fin;°CDS;582495;;;;deb;°CDS;1744930;59;;;;&tRNA;3823663;182;comp deb;°CDS;680663;177;comp;;;&tRNA;1746117;53;;;;$rRNA;3823922;437;comp ;&tRNA;682034;58;comp;;;&tRNA;1746261;360;;;deb;°CDS;3825895;73;comp fin;°CDS;682177;;comp;;fin;°CDS;1746712;;;;;&tRNA;3828836;51; deb;°CDS;758940;152;comp;;deb;°CDS;1786722;25;;;;&tRNA;3828974;33; ;&tRNA;759824;57;;;;&tRNA;1786963;15;;;;&tRNA;3829094;57; fin;°CDS;759966;;comp;;fin;°CDS;1787071;;;;;&tRNA;3829238;651; deb;°CDS;877002;858;comp;;deb;°CDS;1899096;223;;;fin;°CDS;3829976;;comp ;&tRNA;878775;19;comp;;;repeat_region;1900978;157;;;deb;°CDS;3854191;770;comp fin;°CDS;878869;;comp;;fin;°CDS;1902728;;comp;;;&tRNA;3855180;61;comp deb;°CDS;952811;49;;;deb;°CDS;1975805;93;;;;&tRNA;3855317;78;comp ;&tRNA;955155;329;;;;&tRNA;1978844;66;;;;&tRNA;3855472;97;comp fin;°CDS;955560;;;;fin;°CDS;1978986;;comp;;fin;°CDS;3855646;; deb;°CDS;975236;19;;;deb;°CDS;2093021;230;;;deb;°CDS;4058859;201;comp ;&tRNA;975612;91;;;;&tRNA;2094372;26;;;;&tRNA;4059834;92;comp fin;°CDS;975788;;;;;&tRNA;2094474;45;;;fin;°CDS;4060005;;comp deb;°CDS;996781;89;comp;;;&tRNA;2094595;27;;;deb;°CDS;4244169;101; ;regulatory;998457;72;;;;&tRNA;2094698;18;;;;$rRNA;4244591;124;comp fin;°CDS;998621;;;;;&tRNA;2094793;225;;;;$rRNA;4244830;253;comp deb;°CDS;1006022;155;;;fin;°CDS;2095095;;comp;;;&tRNA;4247972;86;comp ;&tRNA;1006822;6;;;deb;°CDS;2186305;69;;;;&tRNA;4248134;182;comp ;&tRNA;1006904;51;;;;tmRNA;2186992;205;;;;$rRNA;4248393;450;comp fin;°CDS;1007031;;;;fin;°CDS;2187562;;;;fin;°CDS;4250379;; deb;°CDS;1057229;62;;;deb;°CDS;2192639;145;comp;;deb;°CDS;4324029;747;comp ;&tRNA;1058518;6;;;;regulatory;2193399;4;comp;;;&tRNA;4325718;151;comp ;&tRNA;1058618;3;;;;regulatory;2193502;65;comp;;fin;°CDS;4325946;;comp ;&tRNA;1058698;110;;;fin;°CDS;2193653;;comp;;deb;°CDS;4388195;89;comp deb;°CDS;1058883;173;comp;;deb;°CDS;2337863;-1;;;;&tRNA;4389268;6;comp ;&tRNA;1061741;3;comp;;;ncRNA;2338135;0;;;fin;°CDS;4389349;;comp ;&tRNA;1061819;7;comp;;fin;°CDS;2338210;;;;deb;°CDS;4401196;137;comp ;&tRNA;1061903;5;comp;;deb;°CDS;2511015;130;comp;;;&tRNA;4402077;265; ;&tRNA;1061983;46;comp;;;&tRNA;2511625;46;comp;;fin;°CDS;4402419;;comp fin;°CDS;1062106;;;;fin;°CDS;2511759;;comp;;deb;°CDS;4433423;206; deb;°CDS;1153105;370;;;deb;°CDS;2560167;264;comp;;;$rRNA;4434130;124;comp ;$rRNA;1154027;182;;;;ncRNA;2560755;168;comp;;;$rRNA;4434369;253;comp ;&tRNA;1155745;86;;;fin;°CDS;2561022;;;;;&tRNA;4437511;86;comp ;&tRNA;1155908;254;;;deb;°CDS;2745389;71;comp;;;&tRNA;4437673;182;comp ;$rRNA;1156238;124;;;;&tRNA;2747299;7;comp;;;$rRNA;4437932;391;comp ;$rRNA;1159251;189;;;;&tRNA;2747383;48;comp;;fin;°CDS;4439859;; fin;°CDS;1159555;;;;fin;°CDS;2747507;;comp;;deb;°CDS;4472951;87; deb;°CDS;1262223;190;;;deb;°CDS;2852349;182;comp;;;&tRNA;4474196;35; ;&tRNA;1263556;120;comp;;;&tRNA;2853221;70;;;;&tRNA;4474308;125; fin;°CDS;1263766;;comp;;fin;°CDS;2853376;;comp;;fin;°CDS;4474510;; deb;°CDS;1272648;435;;;deb;°CDS;3186574;49;comp;;deb;°CDS;4529035;86;comp ;&tRNA;1273710;180;;;;&tRNA;3187082;411;;;;&tRNA;4529616;179;comp fin;°CDS;1273967;;comp;;fin;°CDS;3187569;;;;fin;°CDS;4529870;;comp deb;°CDS;1292860;191;;;deb;°CDS;3256344;205;comp;;deb;°CDS;4531632;64;comp ;repeat_region;1293342;324;;;;&tRNA;3257362;151;;;;&tRNA;4532053;10;comp fin;°CDS;1295441;;;;fin;°CDS;3257589;;comp;;deb;°CDS;4532139;40;comp deb;°CDS;1376752;101;;;deb;°CDS;3261178;303;comp;;;&tRNA;4533370;24;comp ;&tRNA;1377435;23;;;;&tRNA;3262246;8;;;;&tRNA;4533469;52;comp ;&tRNA;1377534;22;;;;&tRNA;3262330;11;;;;&tRNA;4533595;139;comp ;&tRNA;1377632;24;;;;&tRNA;3262417;106;;;fin;°CDS;4533819;;comp ;&tRNA;1377732;29;;;fin;°CDS;3262599;;comp;;deb;°CDS;4549877;87;comp ;&tRNA;1377837;45;;;deb;°CDS;3368966;415;comp;;;regulatory;4551002;131; ;&tRNA;1377958;425;;;;$rRNA;3371478;124;comp;;fin;°CDS;4551282;; fin;°CDS;1378457;;comp;;;$rRNA;3371717;254;comp;;deb;°CDS;4586188;194;comp deb;°CDS;1385508;707;comp;;;&tRNA;3374860;12;comp;;;&tRNA;4586712;38;comp ;&tRNA;1387010;183;;;;&tRNA;3374948;82;comp;;;&tRNA;4586826;35;comp fin;°CDS;1387278;;;;;$rRNA;3375107;439;comp;;;&tRNA;4586937;28;comp deb;°CDS;1418833;136;comp;;fin;°CDS;3377082;;comp;;;&tRNA;4587041;37;comp ;&tRNA;1420085;182;;;deb;°CDS;3447322;50;comp;;;&tRNA;4587154;130;comp fin;°CDS;1420344;;;;;regulatory;3448389;124;comp;;fin;°CDS;4587360;;comp ;;;;;;fin;°CDS;3448608;;;;;;;; </pre> ====cvi intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_tRNA|cvi intercalaires tRNA]] <pre> cvi intercalaires tRNA ;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;177;;58;;19;6;deb; ;;comp’;152;comp’;57;;25;10;<201;22 ;;;858;;19;;30;15;total;27 ;;;49;;329;;40;19;taux;81% ;;;19;;91;;49;46;; ;6;;155;;51;;59;48;fin; ;6 3;;62;comp’;110;;62;51;<201;20 ;3 7 5;;173;comp’;46;;64;55;total;25 ;;comp’;190;;120;;71;58;taux;80% ;;;435;comp’;180;;86;91;; ;;;191;;324;;87;92;total; ;23 22 24 29 45;;101;comp’;425;;89;120;<201;42 ;;comp’;707;;183;;93;125;total;52 ;;comp’;136;;182;;98;130;taux;81% ;;;30;;204;;101;139;; ;32 31;;98;comp’;211;;130;151;; ;53;;59;;360;;155;163;; ;;;25;;15;;170;179;; ;;;93;comp’;66;;173;182;; ;26 45 27 18;;230;comp’;225;;177;183;; ;;;130;;46;;191;204;; ;7;;71;;48;;194;324;; ;;comp’;182;comp’;70;;201;329;; ;;comp’;49;;411;;230;360;; ;;comp’;205;comp’;151;;435;411;; ;8 11;comp’;303;comp’;106;;747;;; ;12 26 12 26 12 26;comp’;212;;163;;858;;comp’;cumuls ;12 27 6 27 6;;;;;;49;46;deb; ;;;170;;55;;73;57;<201;7 ;51 33 57;comp’;73;comp’;651;;136;66;total;12 ;61 78;;770;comp’;97;;137;70;taux;58% ;;;201;;92;;152;97;; ;;;747;;151;;182;106;fin; ;;;89;;6;;190;110;<201;9 ;;comp’;137;comp’;265;;205;151;total;14 ;35;;87;;125;;212;180;taux;64% ;;;86;;179;;303;211;; ;;;64;;10;;707;225;total; ;24 52;;40;;139;;770;265;<201;16 ;38 35 28 37;;194;;130;;-;425;total;26 ;;;;;;;-;651;taux;62% ;;;;;;;;;; continu + comp’;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;29;29;58;;;;;;; total;39;39;78;;;;;;; taux;74%;74%;74%;;;;;;; </pre> ====cvi par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_par_rapport_au_groupe_de_référence|cvi par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;9;7;2;;;;18; 16;moyen;7;3;11;;;16;37; 14;fort;6;27;10;;;;43; ; ;22;37;23;;;16;98; 10;g+cga;3;5;2;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;2;;;;;6; 5;autres;;;;;;;0; ;;9;7;2;;;;18; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;92;71;20;;;;184;26 16;moyen;71;31;112;;;163;378;324 14;fort;61;276;102;;;;439;650 ; ;224;378;235;;;163;98;729 10;g+cgg;31;51;20;;;;102;10 2;agg+cga;20;;;;;;20; 4;carre ccc;41;20;;;;;61;16 5;autres;;;;;;;0; ;;92;71;20;;;;184; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;110;85;24;220;26;41;19;9 16;moyen;85;37;134;256;324;32;8;48 14;fort;73;329;122;524;650;27;73;43 ; ;268;451;280;82;729;22;37;23 10;g+cgg;37;61;24;122;10;;; 2;agg+cga;24;;;24;;;; 4;carre ccc;49;24;;73;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;110;85;24;220;;;; </pre> ====beta, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#beta,_estimation_des_-rRNAs|beta, estimation des -rRNAs]] <pre> 44 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;44;351; ; ;;indices;;;;44;798;0;0;;beta1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;82 atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;10;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;23;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1 atc;159;acc;10;aac;;agc;1;;atc;361;acc;23;aac;;agc;2;;atc;;acc;1;aac;4;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;2;cga; gta;;gca;159;gaa;;gga;10;;gta;;gca;361;gaa;;gga;23;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1 ;;329;;22;;0;351;;;;748;;50;;0;798;;;;21;;43;;18;82 11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;268;15707;5.2;0;;indices;;;;268;15707;5.2;0;;beta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;172;;atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;177;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;200 att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;;act;;aat;;agt; ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;108;tcc;101;tac;84;tgc;142;;ttc;108;tcc;101;tac;107;tgc;142;;ttc;200;tcc;200;tac;200;tgc;100 atc;6;acc;79;aac;184;agc;99;;atc;367;acc;102;aac;184;agc;101;;atc;;acc;100;aac;400;agc;100 ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;100;ccc;100;cac;300;cgt;300 gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;100;gcc;300;gac;700;ggc;500 tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;;aca;100;aaa;300;aga;100 cta;101;cca;137;caa;123;cga;0;;cta;101;cca;137;caa;123;cga;;;cta;100;cca;100;caa;200;cga; gta;118;gca;12;gaa;202;gga;78;;gta;118;gca;373;gaa;202;gga;101;;gta;600;gca;;gaa;400;gga;100 ttg;102;tcg;111;tag;2.6;tgg;102;;ttg;102;tcg;111;tag;3;tgg;102;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;200;acg;100;aag;200;agg;100 ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;400;ccg;200;cag;;cgg;100 gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;100;gcg;200;gag;;ggg;100 ;;1517;;2099;;1440;5057;;;;2265;;2149;;1440;5854;;;;2100;;4300;;1800;8200 rapports;;67;;98;;100;86;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;beta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;97;;fiches;54.068;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;100;tat;;atgf;14 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2379;;;0/0;1;;;;att;100;act;100;aat;100;agt;100 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;353;;;10;12;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;44;;;20;4;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;79;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;46;tcc;50;tac;58;tgc;30 atc;2;acc;78;aac;100;agc;98;;beta1;82;;;40;4;;;;atc;100;acc;21;aac;54;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;82;;;50;6;30;;;ctc;30;ccc;0;cac;64;cgt;38 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;16;;;60;7;;;;gtc;33;gcc;59;gac;65;ggc;55 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;3;;;;tta;45;tca;1;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;12;aaa;60;aga;12 cta;100;cca;100;caa;100;cga;;;L’estimation par beta ;;;;90;1;;;;cta;1;cca;27;caa;39;cga; gta;100;gca;3;gaa;100;gga;77;;est 52% en dessous;;;;100;6;;;;gta;80;gca;100;gaa;50;gga;22 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;10;tag;;tgg;2 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;47;acg;4;aag;49;agg;1 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;52;ccg;54;cag;100;cgg;7 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;10;gcg;61;gag;100;ggg;18 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;328;;618;;335;1281 </pre> ====cvi remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_remarques|cvi remarques]] *code génétique cvi <pre> cvi;;;;;98;;99 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1 atc;8;acc;2;aac;4;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3 gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;1;caa;2;cga; gta;5;gca;8;gaa;4;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1 gtg;2;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ===ade=== ====ade opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_opérons|ade opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Anae_deha_2CP_C/anaeDeha_2CP_C-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_011891.1;ade;genome;;; 75%GC;30.6.19 Paris;16s 2;49;doubles;intercalaires ;Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C;;;; ;8147..8220;;caa;; ;;;;; ;21040..21112;;ttc;; ;;;;; comp;433303..433378;;ggg;; ;;;;; comp;666509..666585;;gac;;6 comp;666592..666666;;gta;; ;;;;; comp;693146..693229;;ctg;; ;;;;; ;851483..851555;;atg;; ;;;;; comp;1057311..1057386;;gcg;; ;;;;; comp;1306222..1306295;;ccc;; ;;;;; ;1442379..1442450;;tgc;; ;;;;; ;1495545..1497102;;16s;@1;187 ;1497290..1497367;;atc;;22 ;1497390..1497465;;gca;;194 ;1497660..1500648;;23s;;152 ;1500801..1500917;;5s;; ;;;;; ;1509186..1509259;;cag;;60 ;1509320..1509394;;gag;; ;;;;; ;1691085..1691160;;gcc;; ;;;;; ;819377..1819453;;atg;; ;;;;; ;2235670..2235741;;gtc;; ;;;;; comp;2314981..2315079;;tga;; ;;;;; comp;2337031..2337104;;atg;; ;;;;; ;2376009..2376080;;gtg;; ;;;;; comp;2429718..2429790;;acg;; ;;;;; comp;2623942..2624017;;tgg;; ;;;;; comp;2625463..2625535;;acc;;22 comp;2625558..2625633;;gga;;63 comp;2625697..2625779;;tac;;46 comp;2625826..2625898;;aca;; ;;;;; ;2653452..2653535;;ttg;; ;;;;; ;2680790..2680871;;ctc;; ;;;;; comp;2747806..2747879;;agg;; ;;;;; ;3029047..3029122;;aac;; ;;;;; comp;3076236..3076352;;5s;;152 comp;3076505..3079493;;23s;;194 comp;3079688..3079763;;gca;;22 comp;3079786..3079863;;atc;;187 comp;3080051..3081608;;16s;; ;;;;; comp;3144286..3144357;;aaa;; ;;;;; ;3156732..3156804;;gaa;; ;;;;; ;3253990..3254063;;cgg;; ;;;;; comp;3793996..3794069;;ccg;; ;;;;; ;3806164..3806249;;tta;; ;;;;; comp;3915708..3915789;;cta;; ;;;;; comp;3920245..3920317;;aag;@2;*248 comp;3920566..3920639;;aga;;*140 comp;3920780..3920854;;cac;;18 comp;3920873..3920946;;cga;;*134 comp;3921081..3921154;;cca;; ;;;;; comp;4121675..4121749;;ggc;; ;;;;; comp;4195371..4195460;;tcc;;*278 comp;4195739..4195829;;tcg;; ;;;;; ;4456675..4456764;;tca;;27 ;4456792..4456883;;agc;;73 ;4456957..4457033;;cgt;; </pre> ====ade cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_cumuls|ade cumuls]] <pre> cvi cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;2;1;0; ;16 23 5s 0;0;20;2; ;16 atc gca;2;40;2;2 ;16 23 5s a;0;60;2; ;max a;2;80;2; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;4;140;2; sans ;opérons;33;160;0; ;1 aa;27;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;0;;2; ;total aas;45;;12;2 total aas;;49;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;93; ;;;variance;90; sans jaune;;;moyenne;39;22 ;;;variance;24;0 </pre> ====ade blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_blocs|ade blocs]] <pre> ade blocs;;;;; 16s;187;1558;5s;152;117 atc;22;;23s;194;2989 gca;194;;gca;22; 23s;152;2989;atc;187; 5s;;117;16s;;1558 </pre> ====ade distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_distribution|ade distribution]] <pre> delta1;;;;;;;49;;delta1;;;;;;;27;;delta1;;;;;;;18 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;1;tac;1;tgc; atc;2;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;1;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;18;27;;;;4;49;;;;*;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====ade données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_données_intercalaires|ade données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;ade;fx;fc;ade;fx40;fc40;ade;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;12;17;0;12;17;-1;0;70;91;220;CDS 16s;; ;1;10;102;373;1;10;35;-2;3;0;44;157;691;; ;2;20;104;251;2;5;63;-3;0;0;158;333;590;; ;0;30;65;128;3;18;55;-4;33;537;119;68;23s 5s;; 2;2;40;33;124;4;14;25;-5;0;0;79;105;2* 152;; ;2;50;22;93;5;7;19;-6;2;0;456;130;5s CDS;; ;3;60;52;104;6;10;24;-7;1;6;157;96;167;75; 2;2;70;49;129;7;9;26;-8;5;20;53;38;16s tRNA;; ;4;80;59;106;8;8;37;-9;0;0;36;222;2* 187;;atc ;1;90;48;99;9;14;51;-10;1;2;350;190;tRNA 23s;; 1;4;100;43;84;10;7;38;-11;4;17;105;111;2* 194;;gca 2;4;110;48;76;11;4;32;-12;1;0;14;124;tRNA tRNA;;intra 1;3;120;44;84;12;12;42;-13;3;7;111;110;2* 22;;atc gca 3;1;130;49;67;13;10;39;-14;4;12;3;94;tRNA tRNA;; ;0;140;46;63;14;7;28;-15;1;0;9;161;6;;gac ;0;150;37;53;15;14;26;-16;1;3;110;193;**;;gta 1;2;160;30;37;16;13;23;-17;7;4;53;226;60;;cag 1;0;170;28;47;17;7;16;-18;0;0;38;127;**;;gag ;1;180;33;41;18;16;19;-19;0;2;77;63;22;;acc 1;1;190;31;50;19;15;14;-20;1;3;92;34;63;;gga 1;0;200;33;22;20;6;12;-21;0;0;406;246;46;;tac ;0;210;30;27;21;7;12;-22;0;2;53;715;**;;aca 1;0;220;28;20;22;8;17;-23;2;6;437;;248;;aag 2;1;230;27;18;23;11;13;-24;0;0;62;;142;;aga ;0;240;17;17;24;10;8;-25;1;0;15;;18;;cac 1;0;250;27;12;25;4;14;-26;0;6;65;;134;;cga ;0;260;28;19;26;8;14;-27;0;0;105;;**;;cca ;0;270;15;15;27;7;9;-28;1;0;100;;278;;tcc ;0;280;17;10;28;7;20;-29;2;2;91;;**;;tcg ;0;290;11;9;29;2;7;-30;0;0;106;;27;;tca ;0;300;11;9;30;1;14;-31;0;0;184;;73;;agc ;1;310;10;11;31;2;13;-32;2;1;230;;**;;cgt ;0;320;8;10;32;1;14;-33;0;0;306;;;; ;0;330;10;5;33;7;15;-34;2;2;78;;;; 1;0;340;3;8;34;7;19;-35;1;1;694;;;; ;1;350;6;3;35;2;11;-36;0;0;130;;;; ;0;360;10;7;36;4;9;-37;1;1;386;;;; ;0;370;5;1;37;2;15;-38;1;0;111;;;; ;0;380;5;4;38;1;8;-39;0;0;81;;;; ;1;390;2;3;39;2;6;-40;1;0;179;;;; ;0;400;3;3;40;5;14;-41;2;0;76;;;; 1;5;reste;69;80;reste;994;1446;-42;0;0;50;;;; 21;42;total;1310;2339;total;1310;2339;-43;0;0;492;;;; 20;37;diagr;1229;2242;diagr;304;876;-44;0;0;;;;; 0;3; t30;271;752;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;2;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;1298;102;12;1412;;;-49;1;0;;;;; ;c;2322;713;17;3052;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;4464;105;;reste;15;9;;;;; ;;;;;;4569;;total;102;713;;;;; </pre> =====ade autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires_aas|ade autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;ade;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;7060;91;; ;tRNA;8147;44;;caa fin;CDS;8265;;; deb;CDS;20441;158;; ;tRNA;21040;220;;ttc fin;CDS;21333;;comp; deb;CDS;432722;119;comp; ;tRNA;433303;79;comp;ggg fin;CDS;433458;;comp; deb;CDS;664814;456;comp; ;tRNA;666509;6;comp;gac ;tRNA;666592;157;comp;gta fin;CDS;666824;;; deb;CDS;691951;157;comp; ;tRNA;693146;333;comp;ctg fin;CDS;693563;;; deb;CDS;849021;53;; ;tRNA;851483;36;;atgi fin;CDS;851592;;; deb;CDS;883315;64;; ;repeat_region;883709;98;; fin;CDS;886703;;comp; deb;CDS;887392;77;comp; ;repeat_region;888746;95;; fin;CDS;892587;;; deb;CDS;1055941;68;; ;tRNA;1057311;105;comp;gcg fin;CDS;1057492;;; deb;CDS;1305647;350;comp; ;tRNA;1306222;105;comp;ccc fin;CDS;1306401;;comp; deb;CDS;1311419;33;comp; ;ncRNA;1312049;302;comp; fin;CDS;1312542;;; deb;CDS;1441648;14;; ;tRNA;1442379;111;;tgc fin;CDS;1442562;;; deb;CDS;1492304;691;; 16s;rRNA;1495545;187;; ;tRNA;1497290;22;;atc ;tRNA;1497390;194;;gca 23s;rRNA;1497660;152;; 5s;rRNA;1500801;75;; fin;CDS;1500993;;comp; deb;CDS;1508769;3;; ;tRNA;1509186;60;;cag ;tRNA;1509320;130;;gag fin;CDS;1509525;;comp; deb;CDS;1690794;9;; ;tRNA;1691085;96;;gcc fin;CDS;1691254;;comp; deb;CDS;1818424;110;; ;tRNA;1819377;53;;atgf fin;CDS;1819507;;; deb;CDS;1968293;141;; ;regulatory;1969289;108;; fin;CDS;1969480;;; deb;CDS;2235017;38;; ;tRNA;2235670;77;;gtc fin;CDS;2235819;;; deb;CDS;2313926;38;; ;tRNA;2314981;92;comp;tga fin;CDS;2315172;;comp; deb;CDS;2335260;406;comp; ;tRNA;2337031;222;comp;atgj fin;CDS;2337327;;; deb;CDS;2375620;53;; ;tRNA;2376009;437;;gtg fin;CDS;2376518;;; deb;CDS;2429105;190;; ;tRNA;2429718;111;comp;acg fin;CDS;2429902;;; deb;CDS;2623487;62;comp; ;tRNA;2623942;15;comp;tgg fin;CDS;2624033;;comp; deb;CDS;2624207;65;comp; ;tRNA;2625463;22;comp;acc ;tRNA;2625558;63;comp;gga ;tRNA;2625697;46;comp;tac ;tRNA;2625826;105;comp;aca fin;CDS;2626004;;comp; deb;CDS;2652965;124;comp; ;tRNA;2653452;100;;ttg fin;CDS;2653636;;; deb;CDS;2680375;91;; ;tRNA;2680790;110;;ctc fin;CDS;2680982;;comp; deb;CDS;2747439;94;; ;tRNA;2747806;106;comp;agg fin;CDS;2747986;;comp; deb;CDS;3027884;161;comp; ;tRNA;3029047;184;;aac fin;CDS;3029307;;; deb;CDS;3075187;167;comp; 5s;rRNA;3076236;152;comp; 23s;rRNA;3076505;194;comp; ;tRNA;3079688;22;comp;gca ;tRNA;3079786;187;comp;atc 16s;rRNA;3080051;590;comp; fin;CDS;3082199;;comp; deb;CDS;3143759;230;comp; ;tRNA;3144286;306;comp;aaa fin;CDS;3144664;;comp; deb;CDS;3155946;78;; ;tRNA;3156732;694;;gaa fin;CDS;3157499;;; deb;CDS;3253083;193;comp; ;tRNA;3253990;130;;cgg fin;CDS;3254194;;; deb;CDS;3372825;107;; ;tmRNA;3373094;219;; fin;CDS;3373664;;; deb;CDS;3793550;226;; ;tRNA;3793996;386;comp;ccg fin;CDS;3794456;;comp; deb;CDS;3805030;111;; ;tRNA;3806164;127;;tta fin;CDS;3806377;;comp; deb;CDS;3914337;81;comp; ;tRNA;3915708;63;comp;cta fin;CDS;3915853;;; deb;CDS;3919322;179;comp; ;tRNA;3920245;248;comp;aag ;tRNA;3920566;142;comp;aga ;tRNA;3920782;18;comp;cac ;tRNA;3920873;134;comp;cga ;tRNA;3921081;76;comp;cca fin;CDS;3921231;;comp; deb;CDS;4031625;149;; ;regulatory;4032113;67;; fin;CDS;4032337;;; deb;CDS;4120462;34;; ;tRNA;4121675;246;comp;ggc fin;CDS;4121996;;; deb;CDS;4164508;430;; ;ncRNA;4166687;43;comp; fin;CDS;4167140;;comp; deb;CDS;4193348;55;comp; ;ncRNA;4195209;68;comp; ;tRNA;4195371;278;comp;tcc ;tRNA;4195739;50;comp;tcg fin;CDS;4195880;;comp; deb;CDS;4454313;715;comp; ;tRNA;4456675;27;;tca ;tRNA;4456792;73;;agc ;tRNA;4456957;492;;cgt fin;CDS;4457526;;; </pre> ====ade intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_entre_cds|ade intercalaires entre cds]] *'''Intercalaires entre cds, Tableau''' <pre> ade;4.2.21 Paris;;ade 16.7.20;;;;;;;;; ade;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5;intercal;<u>'''frequencez ;'''négatif;815;18.3;'''négatif ;-8;15;-1 à -116;'''5 029 329;-1;815;610;5 ;'''zéro;29;0.6;;;;;'''intercals;0;29;620;3 ;'''1 à 200;2987;66.9;'''0 à 200;70;57;;'''42 8947;5;251;630;2 ;'''201 à 370;464;10.4;'''201 à 370;260;44;;'''8.5%;10;224;640;0 ;'''371 à 600;124;2.8;'''371 à 600;469;63;;;15;214;650;3 ;'''601 à max;45;1.0;'''601 à 1160;771;157;;;20;141;660;1 ;'''total 4464;<201;85.8;'''total 4461;93;127;-116 à 1160;;25;104;670;0 adresse;intercal;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;89;680;1 4491815;1915;-1;815;-70;14;;0;29;35;91;690;1 3576176;1774;0;29;-60;8;;-1;°70;40;66;700;1 4068576;1388;1;45;-50;2;;-2;3;45;58;710;1 3337295;1160;2;68;-40;7;;-3;0;50;57;720;2 3373664;1119;3;°73;-30;12;'''min à -1;-4;°570;55;74;730;1 2044486;1080;4;39;-20;26;815;-5;0;60;82;740;2 4163005;1080;5;26;-10;69;18.3%;-6;2;65;92;750;2 1981544;1014;6;°34;0;706;;-7;7;70;86;760;0 427780;984;7;35;10;475;;-8;°25;75;87;770;0 540538;963;8;45;20;355;;-9;0;80;78;780;0 1223737;917;9;°65;30;193;;-10;3;85;70;790;1 1005799;900;10;45;40;157;'''1 à 100;-11;°21;90;77;800;1 4943119;860;11;36;50;115;2068;-12;1;95;66;810;1 4581242;849;12;°54;60;156;46.3%;-13;10;100;61;820;1 104609;834;13;49;70;178;;-14;°16;105;69;830;1 4846209;821;14;35;80;165;;-15;1;110;55;840;1 1084460;817;15;°40;90;147;;-16;4;115;65;850;1 2814006;807;16;36;100;127;;-17;°11;120;63;860;1 2386981;793;17;23;110;124;;-18;0;125;60;870;0 3422997;788;18;°35;120;128;;-19;2;130;56;880;0 494107;749;19;29;130;116;;-20;°4;135;64;890;0 3820597;741;20;18;140;109;;-21;0;140;45;900;1 4073584;732;21;19;150;90;;-22;2;145;50;910;0 1445527;731;22;°25;160;67;;-23;°8;150;40;920;1 3757399;730;23;24;170;75;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;0 4117240;719;24;18;180;74;2987;-25;1;160;31;940;0 3533685;715;25;18;190;81;67%;-26;°6;165;34;950;0 3631148;704;26;°22;200;55;;-27;0;170;41;960;0 2060112;697;27;16;210;57;;-28;1;175;36;970;1 1026522;689;28;°27;220;48;;-29;°4;180;38;980;0 4180297;676;29;9;230;45;;-30;0;185;40;990;1 3200409;660;30;15;240;34;;-31;0;190;41;1000;0 1266186;649;31;15;250;39;;-32;°3;195;29;1010;0 4553826;643;32;15;260;47;;total;66;200;26;1020;1 4101937;641;33;22;270;30;'''0 à 200;reste;40;205;27;1030;0 ;;34;°26;280;27;3016;;844;210;30;1040;0 ;;35;13;290;20;;;;215;26;1050;0 ;;36;13;300;20;;intercal;<u>'''frequencef;220;22;1060;0 ;;37;17;310;21;;600;4419;225;28;1070;0 ;;38;9;320;18;;620;8;230;17;1080;2 ;;39;8;330;15;;640;2;235;13;1090;0 ;;40;°19;340;11;'''201 à 370;660;4;240;21;1100;0 ;;reste;2440;350;9;464;680;1;245;18;1110;0 ;;total;4464;360;17;10.4%;700;2;250;21;1120;1 ;;;;370;6;;720;3;255;23;1130;0 adresse;intercaln;décalage;long;380;9;;740;3;260;24;1140;0 3295433;-116;comp;;390;5;;760;2;265;17;1150;0 4579158;-110;comp;;400;6;;780;;270;13;1160;1 1556750;-109;shift2;738;410;10;;800;2;275;16;1170;0 4555636;-109;comp;;420;4;;820;2;280;11;1180;0 4916430;-107;comp;;430;2;;840;2;285;13;1190;0 3210093;-106;shift2;1146;440;11;;860;2;290;7;1200;0 3997874;-104;comp;;450;5;;880;;295;10;reste;3 2946107;-101;comp;;460;8;;900;1;300;10;total;4464 3213081;-100;shift2;279;470;8;;920;1;305;10;; 1033174;-98;comp;;480;6;;940;;310;11;; 4178347;-86;comp;;490;4;;960;;315;13;; 1150010;-82;comp;;500;4;;980;1;320;5;; 526736;-79;comp;;510;8;;1000;1;325;9;; 1558055;-74;comp;;520;4;;1020;1;330;6;; 178866;-68;shift2;797;530;4;;1040;;335;6;; 4625265;-68;shift2;869;540;7;'''371 à 600;1060;;340;5;; 1268795;-67;;;550;3;124;1080;2;345;6;; 1590849;-67;;;560;6;2.8%;1100;;350;3;; 1222168;-65;;;570;3;;1120;1;355;11;; 3832496;-65;;;580;1;'''601 à max;1140;;360;6;; 23880;-61;;;590;3;45;1160;1;365;5;; 157893;-61;;;600;3;1.0%;;42;370;1;; 4881610;-59;;;reste;45;;reste;3;;169;; 3182922;-55;;;total;4464;;total;4464;;4464;; </pre> ====ade intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ade;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-20;145;-446;69;782;242;min50;&-61;489;-1310;125;843;267;min50 31 à 400;32;-228;356;20;874;238;2 parties;&2.5;38;-356;69;957;-507;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;144;54;-;743;dte;39;Sf;&218;70;-;610;poly;232;SF 31 à 400;112;46;-;807;poly;67;tm;&149;51;-;854;poly;103;tF ;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;; ade. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;14.8.21 Paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.459;;;ade;Sx-;Sc- 41-n;0.867;0.624;0.758;;;;;;;;;;-1;0;70 1-n;0.903;0.879;0.897;;;;;;;;;;-2;3;0 ade;fx;fc;;ade;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;-3;0;0 0;12;17;;0;10;8;;0;12;17;>0;1298;-4;33;537 10;102;373;;10;83;166;;1;10;35;<0;102;-5;0;0 20;104;251;;20;85;112;;2;5;63;zéro;12;-6;2;0 30;65;128;;30;53;57;;3;18;55;total;1412;-7;1;6 40;33;124;;40;27;55;;4;14;25;;c;-8;5;20 50;22;93;;50;18;41;;5;7;19;>0;2322;-9;0;0 60;52;104;;60;42;46;;6;10;24;<0;713;-10;1;2 70;49;129;;70;40;58;;7;9;26;zéro;17;-11;4;17 80;59;106;;80;48;47;;8;8;37;total;3052;-12;1;0 90;48;99;;90;39;44;;9;14;51;;;-13;3;7 100;43;84;;100;35;37;;10;7;38;;;-14;4;12 110;48;76;;110;39;34;;11;4;32;;;-15;1;0 120;44;84;;120;36;37;;12;12;42;;;-16;1;3 130;49;67;;130;40;30;;13;10;39;;;-17;7;4 140;46;63;;140;37;28;;14;7;28;;;-18;0;0 150;37;53;;150;30;24;;15;14;26;;;-19;0;2 160;30;37;;160;24;17;;16;13;23;;;-20;1;3 170;28;47;;170;23;21;;17;7;16;;;-21;0;0 180;33;41;;180;27;18;;18;16;19;;;-22;0;2 190;31;50;;190;25;22;;19;15;14;;;-23;2;6 200;33;22;;200;27;10;;20;6;12;;;-24;0;0 210;30;27;;210;24;12;;21;7;12;;;-25;1;0 220;28;20;;220;23;9;;22;8;17;;;-26;0;6 230;27;18;;230;22;8;;23;11;13;;;-27;0;0 240;17;17;;240;14;8;;24;10;8;;;-28;1;0 250;27;12;;250;22;5;;25;4;14;;;-29;2;2 260;28;19;;260;23;8;;26;8;14;;;-30;0;0 270;15;15;;270;12;7;;27;7;9;;;-31;0;0 280;17;10;;280;14;4;;28;7;20;;;-32;2;1 290;11;9;;290;9;4;;29;2;7;;;-33;0;0 300;11;9;;300;9;4;;30;1;14;;;-34;2;2 310;10;11;;310;8;5;;31;2;13;;;-35;1;1 320;8;10;;320;7;4;;32;1;14;;;-36;0;0 330;10;5;;330;8;2;;33;7;15;;;-37;1;1 340;3;8;;340;2;4;;34;7;19;;;-38;1;0 350;6;3;;350;5;1;;35;2;11;;;-39;0;0 360;10;7;;360;8;3;;36;4;9;;;-40;1;0 370;5;1;;370;4;0;;37;2;15;;;-41;2;0 380;5;4;;380;4;2;;38;1;8;;;-42;0;0 390;2;3;;390;2;1;;39;2;6;;;-43;0;0 400;3;3;;400;2;1;;40;5;14;;;-44;0;0 reste;69;80;;;;;;;994;1446;;;-45;0;0 total;1310;2339;;t30;221;335;;;1310;2339;;;-46;2;0 diagr;1229;2242;;t50;265;432;;;304;876;;;-47;1;0 - t30;958;1490;;;;;;;;;;;-48;0;0 - t50;903;1273;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;15;9 ;;;;;;;;;;;;;total;102;713 </pre> ====ade intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_négatifs_S-|ade intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;; comp’;0;3;0;30;0;2;1;4;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;8;97;14 continu;70;0;0;540;0;0;6;21;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;4;718;10 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;33;0;2;1;5;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;15;102 ;Sc-;70;0;0;537;0;0;6;20;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9;713 </pre> ====ade autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires|ade autres intercalaires]] <pre> deb;°CDS;7060;91;;;deb;°CDS;1818424;110;;;deb;°CDS;3143759;230;comp ;&tRNA;8147;44;;;;&tRNA;1819377;53;;;;&tRNA;3144286;306;comp fin;°CDS;8265;;;;fin;°CDS;1819507;;;;fin;°CDS;3144664;;comp deb;°CDS;20441;158;;;deb;°CDS;1968293;141;;;deb;°CDS;3155946;78; ;&tRNA;21040;220;;;;regulatory;1969289;108;;;;&tRNA;3156732;694; fin;°CDS;21333;;comp;;fin;°CDS;1969480;;;;fin;°CDS;3157499;; deb;°CDS;432722;119;comp;;deb;°CDS;2235017;38;;;deb;°CDS;3253083;193;comp ;&tRNA;433303;79;comp;;;&tRNA;2235670;77;;;;&tRNA;3253990;130; fin;°CDS;433458;;comp;;fin;°CDS;2235819;;;;fin;°CDS;3254194;; deb;°CDS;664814;456;comp;;deb;°CDS;2313926;38;;;deb;°CDS;3372825;107; ;&tRNA;666509;6;comp;;;&tRNA;2314981;92;comp;;;tmRNA;3373094;219; ;&tRNA;666592;157;comp;;fin;°CDS;2315172;;comp;;fin;°CDS;3373664;; fin;°CDS;666824;;;;deb;°CDS;2335260;406;comp;;deb;°CDS;3793550;226; deb;°CDS;691951;157;comp;;;&tRNA;2337031;222;comp;;;&tRNA;3793996;386;comp ;&tRNA;693146;333;comp;;fin;°CDS;2337327;;;;fin;°CDS;3794456;;comp fin;°CDS;693563;;;;deb;°CDS;2375620;53;;;deb;°CDS;3805030;111; deb;°CDS;849021;53;;;;&tRNA;2376009;437;;;;&tRNA;3806164;127; ;&tRNA;851483;36;;;fin;°CDS;2376518;;;;fin;°CDS;3806377;;comp fin;°CDS;851592;;;;deb;°CDS;2429105;190;;;deb;°CDS;3914337;81;comp deb;°CDS;883315;64;;;;&tRNA;2429718;111;comp;;;&tRNA;3915708;63;comp ;repeat_region;883709;98;;;fin;°CDS;2429902;;;;fin;°CDS;3915853;; fin;°CDS;886703;;comp;;deb;°CDS;2623487;62;comp;;deb;°CDS;3919322;179;comp deb;°CDS;887392;77;comp;;;&tRNA;2623942;15;comp;;;&tRNA;3920245;248;comp ;repeat_region;888746;95;;;fin;°CDS;2624033;;comp;;;&tRNA;3920566;142;comp fin;°CDS;892587;;;;deb;°CDS;2624207;65;comp;;;&tRNA;3920782;18;comp deb;°CDS;1055941;68;;;;&tRNA;2625463;22;comp;;;&tRNA;3920873;134;comp ;&tRNA;1057311;105;comp;;;&tRNA;2625558;63;comp;;;&tRNA;3921081;76;comp fin;°CDS;1057492;;;;;&tRNA;2625697;46;comp;;fin;°CDS;3921231;;comp deb;°CDS;1305647;350;comp;;;&tRNA;2625826;105;comp;;deb;°CDS;4031625;149; ;&tRNA;1306222;105;comp;;fin;°CDS;2626004;;comp;;;regulatory;4032113;67; fin;°CDS;1306401;;comp;;deb;°CDS;2652965;124;comp;;fin;°CDS;4032337;; deb;°CDS;1311419;33;comp;;;&tRNA;2653452;100;;;deb;°CDS;4120462;34; ;ncRNA;1312049;302;comp;;fin;°CDS;2653636;;;;;&tRNA;4121675;246;comp fin;°CDS;1312542;;;;deb;°CDS;2680375;91;;;fin;°CDS;4121996;; deb;°CDS;1441648;14;;;;&tRNA;2680790;110;;;deb;°CDS;4164508;430; ;&tRNA;1442379;111;;;fin;°CDS;2680982;;comp;;;ncRNA;4166687;43;comp fin;°CDS;1442562;;;;deb;°CDS;2747439;94;;;fin;°CDS;4167140;;comp deb;°CDS;1492304;691;;;;&tRNA;2747806;106;comp;;deb;°CDS;4193348;55;comp ;$rRNA;1495545;187;;;fin;°CDS;2747986;;comp;;;ncRNA;4195209;68;comp ;&tRNA;1497290;22;;;deb;°CDS;3027884;161;comp;;;&tRNA;4195371;278;comp ;&tRNA;1497390;194;;;;&tRNA;3029047;184;;;;&tRNA;4195739;50;comp ;$rRNA;1497660;152;;;fin;°CDS;3029307;;;;fin;°CDS;4195880;;comp ;$rRNA;1500801;75;;;deb;°CDS;3075187;167;comp;;deb;°CDS;4454313;715;comp fin;°CDS;1500993;;comp;;;$rRNA;3076236;152;comp;;;&tRNA;4456675;27; deb;°CDS;1508769;3;;;;$rRNA;3076505;194;comp;;;&tRNA;4456792;73; ;&tRNA;1509186;60;;;;&tRNA;3079688;22;comp;;;&tRNA;4456957;492; ;&tRNA;1509320;130;;;;&tRNA;3079786;187;comp;;fin;°CDS;4457526;; fin;°CDS;1509525;;comp;;;$rRNA;3080051;590;comp;;;;;; deb;°CDS;1690794;9;;;fin;°CDS;3082199;;comp;;;;;; ;&tRNA;1691085;96;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;1691254;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====ade intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_tRNA|ade intercalaires tRNA]] <pre> ade intercalaires tRNA;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;91;;44;;3;15;deb; ;;;158;comp’;220;;9;36;<201;20 ;;;119;;79;;14;43;total;25 ;6;;456;comp’;156;;38;44;taux;80% ;;;157;comp’;353;;38;50;; ;;;53;;36;;53;53;fin; ;;comp’;68;comp’;105;;53;76;<201;16 ;;;350;;105;;62;77;total;22 ;;;14;;111;;65;79;taux;73% ;60;;3;comp’;130;;78;100;; ;;;9;comp’;96;;81;105;total; ;;;110;;53;;91;105;<201;36 ;;;38;;77;;91;106;total;47 ;;;38;comp’;92;;107;111;taux;77% ;;;406;comp’;222;;110;130;; ;;;53;;437;;111;184;; ;;comp’;190;comp’;111;;119;219;; ;;;62;;15;;157;306;; ;22 63 46;;65;;105;;158;386;; ;;comp’;124;;100;;179;437;; ;;;91;comp’;110;;230;492;; ;;comp’;94;;106;;350;694;; ;;comp’;161;;184;;406;-;; ;;;230;;306;;430;-;; ;;;78;;694;;456;-;comp’;cumuls ;;comp’;193;;130;;34;63;deb; ;;;107;;219;;68;92;<201;7 ;;comp’;226;;386;;94;96;total;9 ;;;111;comp’;127;;124;105;taux;78% ;;;81;comp’;63;;161;110;fin; ;248 142 18 134;;179;;76;;190;111;<201;9 ;;comp’;34;comp’;246;;193;127;total;13 ;;;430;;43;;226;130;taux;69% ;278;;;;50;;715;156;; ;27 73;comp’;715;;492;;-;220;total; ;;;;;;;-;222;<201;16 ;;;;;;;-;246;total;22 ;;;;;;;-;353;taux;73% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;29;25;54;;;;;;; total;34;35;69;;;;;;; taux;85%;71%;78%;;;;;;; </pre> ====ade par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_par_rapport_au_groupe_de_référence|ade par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;ade;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;12;5;;;;;17; 16;moyen;9;6;;;;4;19; 14;fort;6;7;;;;;13; ; ;27;18;;;;4;49; 10;g+cga;5;5;;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;;;;;;4; 5;autres;1;;;;;;1; ;;12;5;;;;;17; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;245;102;;;;;347;26 16;moyen;184;122;;;;82;388;324 14;fort;122;143;;;;;265;650 ; ;551;367;;;;82;49;729 10;g+cgg;102;102;;;;;204;10 2;agg+cga;41;;;;;;41; 4;carre ccc;82;;;;;;82;16 5;autres;20;;;;;;20; ;;245;102;;;;;347; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;ade;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;267;111;;378;26;44;28; 16;moyen;200;133;;333;324;33;33; 14;fort;133;156;;289;650;22;39; ; ;600;400;;45;729;27;18; 10;g+cgg;111;111;;222;10;42;; 2;agg+cga;44;;;44;;17;; 4;carre ccc;89;;;89;16;33;; 5;autres;22;;;22;;8;; ;;267;111;;378;;12;; </pre> ====delta, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#delta,_estimation_des_-rRNAs|delta, estimation des -rRNAs]] <pre> delta;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 19 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;19;90; ; ;;indices;;;;19;474;0;0;;delta1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;à faire;45 atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;45;acc;;aac;;agc;;;atc;237;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;;gca;44;gaa;;gga;;;gta;;gca;232;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;14;;14;;17;45 11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;65;3550;1.4;0;;indices;;;;65;3550;1.4;0;;delta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4500 atgi;97;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;97;tct;;tat;;atgf;149;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100 atc;6;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;243;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100 ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100 gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100 tta;108;tca;108;taa;;tga;86;;tta;108;tca;108;taa;3.1;tga;86;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100 ata;0.0;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100 gta;115;gca;2;gaa;180;gga;105;;gta;115;gca;234;gaa;180;gga;105;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100 ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1558;;1816;;1581;4954;;;;2026;;1821;;1581;5428;;;;1400;;1400;;1700;4500 rapports;;77;;100;;100;91;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;delta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;96;;fiches;57.737;;;fréquences;;;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;30 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1097;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;89;;;10;22;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;19;;;20;12;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;5;;;;ttc;18;tcc;8;tac;15;tgc;7 atc;3;acc;100;aac;100;agc;100;;delta1;45;;;40;3;;;;atc;100;acc;15;aac;18;agc;5 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;45;;;50;2;;;;ctc;22;ccc;6;cac;10;cgt;25 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;4;;;60;1;;;;gtc;0;gcc;24;gac;39;ggc;43 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;7;tca;7;taa;;tga;14 ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;2;aaa;15;aga;6 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par delta;;;;90;0;;;;cta;7;cca;5;caa;10;cga;35 gta;100;gca;1;gaa;100;gga;100;;est 22% en dessous;;;;100;3;;;;gta;13;gca;100;gaa;44;gga;5 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;6;tag;;tgg;10 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;11;acg;2;aag;15;agg;0 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;18;ccg;2;cag;12;cgg;8 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;17;gcg;22;gag;60;ggg;6 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;136;;284;;250;670 </pre> ====ade remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_remarques|ade remarques]] *code génétique ade <pre> ade;;;;;;;49 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ==epsilon== ===Arcobacter nitrofigilis DSM 7299=== ====ant opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_opérons|ant opérons]] *notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc. <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Arco_nitr_DSM_7299/arcoNitr_DSM7299-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_014166.1;ant;génome;;;;;;;;;; 28.4%GC;12.1.21 Paris;16s 4;55;;;;;;;cds dirigé;; Arcobacter nitrofigilis DSM 7299;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; ;167574..168434;;cds;;66;66;;;287;66;4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase;* ;168501..168577;;cga;@1;447;*447;;;;;; ;169025..169261;;cds;;;;;;79;;DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; ;237275..237622;;cds;;305;305;;;116;*305;nucleotide pyrophosphohydrolase;* ;237928..239444;;16s;;111;;;111;;;; ;239556..239632;;atc;;19;;19;;;;; ;239652..239727;;gca;;301;;;301;;;; ;240029..242945;;23s;;202;;;;;;; ;243148..243263;;5s;;354;354;;;;;; comp;243618..244301;;cds;;;;;;228;;bifunctional phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase/phosphoribosyl-ATP diphosphatase HisIE;* ;;;;;;;;;;;; comp;302333..303160;;cds;;155;155;;;276;;AraC family transcriptional regulator;* ;303316..303393;;cca;;10;;10;;;;; ;303404..303480;;cac;;16;;16;;;;; ;303497..303573;;aga;;61;;61;;;;; ;303635..303719;;cta;;96;;96;;;;; ;303816..303892;;atgf;;70;70;;;;70;; ;303963..304103;;cds;;;;;;47;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;316375..317343;;cds;;110;110;;;323;;glycine betaine/L-proline ABC transporter substrate-binding protein ProX";* ;317454..317530;;atgf;;109;109;;;;109;; ;317640..318416;;cds;;;;;;259;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;373519..375741;;cds;;120;120;;;*741;;PAS domain-containing protein;* ;375862..375937;;ttc;;5;;5;;;;; ;375943..376027;;tac;;65;65;;;;65;; ;376093..376725;;cds;;;;;;211;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;597419..598486;;cds;;47;47;;;356;47;class II fructose-bisphosphate aldolase;* ;598534..598618;;ttg;;208;208;;;;;; ;598827..600107;;cds;;;;;;427;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; comp;751446..752990;;cds;@2;73;73;;;515;;cache domain-containing protein;* comp;753064..753140;;gac;+;16;;16;;;;; comp;753157..753232;;gta;2 gac gta gaa;3;;3;;;;; comp;753236..753310;;gaa;2 aaa;31;;31;;;;; comp;753342..753417;;aaa;;8;;8;;;;; comp;753426..753502;;gac;;22;;22;;;;; comp;753525..753600;;gta;;3;;3;;;;; comp;753604..753678;;gaa;;42;;42;;;;; comp;753721..753796;;aaa;;40;40;;;;40;; comp;753837..754343;;cds;;;;;;169;;CinA family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;833388..833978;;cds;;142;142;;;197;;LemA family protein;* comp;834121..834204;;ctc;;93;93;;;;93;; comp;834298..836409;;cds;;;;;;*704;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1445917..1449822;;cds;;93;93;;;*1302;93;hemolysin-type calcium-binding region;* ;1449916..1449991;;gaa;;270;270;;;;;; ;1450262..1450510;;cds;;;;;;83;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;1615201..1615542;;cds;;29;29;;;114;29;hp; ;1615572..1615647;;gtc;;99;99;;;;;; ;1615747..1616595;;cds;;;;;;283;;universal stress protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1703617..1703835;;cds;;1;1;;;73;1;hp; comp;1703837..1703913;;atgf;;12;;12;;;;; comp;1703926..1704000;;caa;;117;117;;;;;; ;1704118..1705149;;cds;;;;;;344;;bifunctional 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase/GTP cyclohydrolase II;* ;;;;;;;;;;;; comp;2221719..2222525;;cds;+;242;242;;;269;;hp; comp;2222768..2222842;;aac;2 aac;33;;33;;;;; comp;2222876..2222950;;aac;;72;72;;;;72;; comp;2223023..2223931;;cds;@3;;;;;303;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2282678..2283442;;cds;;349;349;;;255;;oxidoreductase;* comp;2283792..2283880;;tcc;;81;;81;;;;; comp;2283962..2284038;;gga;;39;;39;;;;; comp;2284078..2284154;;atgi;;15;;15;;;;; comp;2284170..2284259;;agc;;102;102;;;;102;; comp;2284362..2285048;;cds;;;;;;229;;orotidine-5'-phosphate decarboxylase;* ;;;;;;;;;;;; ;2323802..2324866;;cds;@4;12;12;;;355;12;methyltransferase domain-containing protein;* comp;2324879..2324954;;acc;;167;;;167;;;; comp;2325122..2325237;;5s;;202;;;;;;; comp;2325440..2328356;;23s;;300;;;300;;;; comp;2328657..2328732;;gca;;19;;19;;;;; comp;2328752..2328828;;atc;;111;;;111;;;; comp;2328940..2330456;;16s;;378;378;;;;;; comp;2330835..2331530;;cds;;;;;;232;;5'-methylthioadenosine/adenosylhomocysteine nucleosidase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2581821..2582840;;cds;;192;192;;;340;;UDP-glucose 4-epimerase GalE;* comp;2583033..2583108;;tgc;;45;;45;;;;; comp;2583154..2583242;;tca;;16;;16;;;;; comp;2583259..2583345;;tta;;143;143;;;;*143;; ;2583489..2585177;;cds;;;;;;563;;dihydroxy-acid dehydratase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2637277..2637459;;cds;;81;81;;;61;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2637541..2637616;;tgg;;31;31;;;;31;; comp;2637648..2637815;;cds;;;;;;56;;50S ribosomal protein L33;* ;;;;;;;;;;;; comp;2637824..2639032;;cds;;240;240;;;403;;elongation factor Tu;* comp;2639273..2639349;;gga;;8;;8;;;;; comp;2639358..2639442;;tac;;69;;69;;;;; comp;2639512..2639588;;aca;;21;;21;;;;; comp;2639610..2639685;;ttc;;41;41;;;;41;; comp;2639727..2640881;;cds;;;;;;385;;UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine—D-glutamate ligase;* ;;;;;;;;;;;; ;2656033..2656263;;cds;;231;231;;;77;*231;transcriptional antiterminator Rof;* comp;2656495..2656610;;5s;;223;;;;;;; comp;2656834..2659750;;23s;;301;;;301;;;; comp;2660052..2660127;;gca;;19;;19;;;;; comp;2660147..2660223;;atc;;111;;;111;;;; comp;2660335..2661851;;16s;;292;292;;;;;; comp;2662144..2662782;;cds;;;;;;213;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;2693436..2695451;;cds;;95;95;;;*672;;dynamin family protein;* ;2695547..2695621;;caa;;16;;16;;;;; ;2695638..2695724;;tta;;7;;7;;;;; ;2695732..2695808;;gga;;14;;14;;;;; ;2695823..2695898;;aaa;;16;;16;;;;; ;2695915..2695991;;atgf;;14;;14;;;;; ;2696006..2696082;;atgj;;12;;12;;;;; ;2696095..2696171;;aca;;30;;30;;;;; ;2696202..2696290;;tca;;90;90;;;;90;; ;2696381..2696893;;cds;;;;;;171;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;3082950..3083174;;cds;;143;143;;;75;*143;CcoQ/FixQ family Cbb3-type cytochrome c oxidase assembly chaperone;* comp;3083318..3083393;;acc;;173;;;173;;;; comp;3083567..3083682;;5s;;202;;;;;;; comp;3083885..3086801;;23s;;273;;;273;;;; comp;3087075..3087150;;gca;;19;;19;;;;; comp;3087170..3087246;;atc;;111;;;111;;;; comp;3087358..3088874;;16s;;462;*462;;;;;; ;3089337..3090032;;cds;;;;;;232;;Bax inhibitor-1/YccA family protein;* </pre> ====ant cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_cumuls|ant cumuls]] *Notes: * pour les jaunes <pre> ant cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;4;1;0;;1;1;1;1;100;8 ;16 23 5s 0;;20;21;;50;6;20;1;200;5 ;16 atc gca;4;40;6;;100;11;40;3;300;12 ;16 23 5s a;;60;2;;150;8;60;2;400;7 ;max a;3;80;2;;200;2;80;4;500;2 ;a doubles;;100;2;;250;4;100;3;600;2 ;autres;;120;;4;300;2;120;2;700;*1 ;total aas;10;140;;0;350;2;140;0;800;*2 sans ;opérons;16;160;;0;400;2;160;*2;900;0 ;1 aa;7;180;;2;450;*1;180;0;1000;0 ;max a;8;200;;0;500;*1;200;0;1100;0 ;a doubles;2;;;4;;0;;*2;;*1 ;total aas;45;;33;10;;40;;20;;40 total aas;;55;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;25;196;;155;;89;;301 ;;;variance;22;88;;121;;73;;240 sans jaune;;;moyenne;;;;139;;60;;239 ;;;variance;;;;102;;33;;132 </pre> ====ant blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_blocs|ant blocs]] <pre> Blocs 16s ant;;;;;;;; cds;143;12;;cds;231;;cds;305 acc;173;167;;5s;223;;16s;111 5s;202;202;;23s;301;;atc;19 23s;273;300;;gca;19;;gca;301 gca;19;19;;atc;111;;23s;202 atc;111;111;;16s;292;;5s;354 16s;462;378;;cds;;;cds; cds;;;;;;;; </pre> ====ant remarques==== ====ant distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_distribution|ant distribution]] *Notes: atgf gaa ont chacun un 1aa le reste >1aa. aac est un double. <pre> distribution;ant;;;;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;4;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;38;7;;2;;8;55 ;;;;;;; ;;;;;;; distribution;ant;;;;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;4;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total ;24;;28;;3;;55 </pre> ====ant données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_données_intercalaires|ant données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ant;fx;fc;ant;fx40;fc40;ant;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;9;56;0;9;56;-1;0;164;66;155;CDS 16s;;;tRNA tRNA;; 1;0;10;82;479;1;11;109;-2;0;0;447;1;305;462;;10;;cca 1;0;20;52;230;2;16;54;-3;0;0;70;117;378;;;16;;cac ;1;30;35;74;3;3;56;-4;40;221;110;12;292;;;61;;aga ;2;40;17;53;4;7;24;-5;0;2;109;143;23s 5s;;;96;;cta ;2;50;15;63;5;11;22;-6;7;0;120;143;3* 202;;;**;;atgf ;0;60;18;73;6;8;18;-7;0;12;65;;223;;;5;;ttc ;3;70;19;83;7;7;14;-8;5;98;47;;5s CDS;;;**;;tac ;2;80;20;83;8;4;46;-9;3;0;208;;-;354;;16;;gac ;2;90;35;77;9;6;88;-10;1;7;73;;-;231;;3;;gta ;4;100;24;54;10;9;48;-11;3;46;40;;16s tRNA;;;31;;gaa ;3;110;32;40;11;5;43;-12;3;1;142;;4* 111;;atc;8;;aaa 1;1;120;25;51;12;7;45;-13;0;9;93;;tRNA 23s;;;22;;gac ;0;130;27;35;13;8;31;-14;1;34;93;;2* 301;;gca;3;;gta ;0;140;26;31;14;7;15;-15;3;0;270;;300;;gca;42;;gaa 2;1;150;19;29;15;2;19;-16;1;0;29;;273;;gca;**;;aaa 1;0;160;32;21;16;2;19;-17;2;24;99;;5s tRNA;;;12;;atgf ;0;170;9;11;17;3;12;-18;0;0;242;;167;;acc;**;;caa ;0;180;8;22;18;4;22;-19;0;2;72;;173;;acc;33;;aac ;0;190;19;11;19;10;16;-20;1;19;349;;tRNA tRNA;;intra;**;;aac ;1;200;11;15;20;4;8;-21;1;0;102;;4* 19;;atc gca;81;;tcc ;1;210;11;9;21;6;16;-22;0;0;192;;;;;39;;gga ;0;220;9;9;22;4;7;-23;0;9;81;;;;;15;;atgi ;0;230;3;10;23;5;6;-24;1;0;31;;;;;**;;agc ;1;240;6;10;24;2;4;-25;0;2;240;;;;;45;;tgc ;1;250;5;4;25;4;4;-26;1;5;41;;;;;16;;tca ;0;260;8;5;26;2;10;-27;2;0;95;;;;;**;;tta ;1;270;7;2;27;3;5;-28;0;0;90;;;;;8;;gga ;0;280;2;7;28;2;4;-29;1;7;;;;;;69;;tac ;0;290;3;2;29;4;12;-30;0;0;;;;;;21;;aca ;0;300;9;3;30;3;6;-31;0;1;;;;;;**;;ttc ;0;310;4;1;31;3;8;-32;1;5;;;;;;16;;caa ;0;320;1;2;32;1;1;-33;0;0;;;;;;7;;tta ;0;330;3;4;33;2;8;-34;0;0;;;;;;14;;gga ;0;340;0;4;34;1;5;-35;1;2;;;;;;16;;aaa ;1;350;1;1;35;2;5;-36;0;0;;;;;;14;;atgf ;0;360;0;3;36;1;5;-37;0;0;;;;;;12;;atgj ;0;370;1;1;37;1;6;-38;1;3;;;;;;30;;aca ;0;380;1;0;38;2;4;-39;0;0;;;;;;**;;tca ;0;390;1;3;39;2;7;-40;0;0;;;;;;;; ;0;400;1;1;40;2;4;-41;1;0;;;;;;;; ;1;reste;21;30;reste;436;810;-42;0;0;;;;;;;; 6;28;total;631;1702;total;631;1702;-43;1;0;;;;;;;; 6;27;diagr;601;1616;diagr;186;836;-44;0;0;;;;;;;; 2;1; t30;169;783;;;;-45;0;0;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;; ;x;622;83;9;714;;;-49;1;0;;;;;;;; ;c;1646;679;56;2381;;;-50;0;0;;;;;;;; ;;;;;3095;95;;reste;1;6;;;;;;;; ;;;;;;3190;;total;83;679;;;;;;;; </pre> =====ant autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires_aas|ant autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;ant;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;167574;66;; ;tRNA;168501;447;;cga fin;CDS;169025;;; deb;CDS;237275;305;; 16s;rRNA;237928;111;; ;tRNA;239556;19;;atc ;tRNA;239652;301;;gca 23s;rRNA;240029;202;; 5s;rRNA;243148;354;; fin;CDS;243618;;comp; deb;CDS;302333;155;comp; ;tRNA;303316;10;;cca ;tRNA;303404;16;;cac ;tRNA;303497;61;;aga ;tRNA;303635;96;;cta ;tRNA;303816;70;;atgf fin;CDS;303963;;; deb;CDS;316375;110;; ;tRNA;317454;109;;atgf fin;CDS;317640;;; deb;CDS;373519;120;; ;tRNA;375862;5;;ttc ;tRNA;375943;65;;tac fin;CDS;376093;;; deb;CDS;597419;47;; ;tRNA;598534;208;;ttg fin;CDS;598827;;; deb;CDS;751446;73;comp; ;tRNA;753064;16;comp;gac ;tRNA;753157;3;comp;gta ;tRNA;753236;31;comp;gaa ;tRNA;753342;8;comp;aaa ;tRNA;753426;22;comp;gac ;tRNA;753525;3;comp;gta ;tRNA;753604;42;comp;gaa ;tRNA;753721;40;comp;aaa fin;CDS;753837;;comp; deb;CDS;833388;142;comp; ;tRNA;834121;93;comp;ctc fin;CDS;834298;;comp; deb;CDS;1445917;93;; ;tRNA;1449916;270;;gaa fin;CDS;1450262;;; deb;CDS;1615201;29;; ;tRNA;1615572;99;;gtc fin;CDS;1615747;;; deb;CDS;1703617;1;; ;tRNA;1703837;12;comp;atgf ;tRNA;1703926;117;comp;caa fin;CDS;1704118;;; deb;CDS;1907982;-5;; ;ncRNA;1908268;28;comp; fin;CDS;1908619;;comp; deb;CDS;2221719;242;comp; ;tRNA;2222768;33;comp;aac ;tRNA;2222876;72;comp;aac fin;CDS;2223023;;comp; deb;CDS;2282678;349;comp; ;tRNA;2283792;81;comp;tcc ;tRNA;2283962;39;comp;gga ;tRNA;2284078;15;comp;atgi ;tRNA;2284170;102;comp;agc fin;CDS;2284362;;comp; deb;CDS;2323802;12;; ;tRNA;2324879;167;comp;acc 5s;rRNA;2325122;202;comp; 23s;rRNA;2325440;300;comp; ;tRNA;2328657;19;comp;gca ;tRNA;2328752;111;comp;atc 16s;rRNA;2328940;378;comp; fin;CDS;2330835;;comp; deb;CDS;2425110;353;; ;tmRNA;2427398;181;comp; fin;CDS;2427974;;comp; deb;CDS;2581821;192;comp; ;tRNA;2583033;45;comp;tgc ;tRNA;2583154;16;comp;tca ;tRNA;2583259;143;comp;tta fin;CDS;2583489;;; deb;CDS;2637277;81;comp; ;tRNA;2637541;31;comp;tgg fin;CDS;2637648;;comp; deb;CDS;2637824;240;comp; ;tRNA;2639273;8;comp;gga ;tRNA;2639358;69;comp;tac ;tRNA;2639512;21;comp;aca ;tRNA;2639610;41;comp;ttc fin;CDS;2639727;;comp; deb;CDS;2656033;231;; 5s;rRNA;2656495;223;comp; 23s;rRNA;2656834;301;comp; ;tRNA;2660052;19;comp;gca ;tRNA;2660147;111;comp;atc 16s;rRNA;2660335;292;comp; fin;CDS;2662144;;comp; deb;CDS;2693436;95;; ;tRNA;2695547;16;;caa ;tRNA;2695638;7;;tta ;tRNA;2695732;14;;gga ;tRNA;2695823;16;;aaa ;tRNA;2695915;14;;atgf ;tRNA;2696006;12;;atgj ;tRNA;2696095;30;;aca ;tRNA;2696202;90;;tca fin;CDS;2696381;;; deb;CDS;2739487;88;comp; ;Regulatory;2740208;48;comp; fin;CDS;2740399;;comp; deb;CDS;2825449;163;; ;repeat_region;2825927;233;; fin;CDS;2827303;;; deb;CDS;3082950;143;; ;tRNA;3083318;173;comp;acc 5s;rRNA;3083567;202;comp; 23s;rRNA;3083885;273;comp; ;tRNA;3087075;19;comp;gca ;tRNA;3087170;111;comp;atc 16s;rRNA;3087358;462;comp; fin;CDS;3089337;;; </pre> ====ant intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_entre_cds|ant intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> ant;5.2.21 Paris;;ant 24.9.20;;;;;;; ant;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5 ;'''négatif;762;24.6;'''négatif ;-8;9;-1 à -79;'''3 192 235;-1;762 ;'''zéro;65;2.1;;;;;'''intercals;0;65 ;'''1 à 200;2060;66.6;'''0 à 200;56;54;;'''192 251;5;313 ;'''201 à 370;150;4.8;'''201 à 370;258;43;;'''6.0%;10;248 ;'''371 à 600;33;1.1;'''371 à 600;470;68;;;15;182 ;'''601 à max;25;0.8;'''601 à 1028;769;128;;;20;100 ;'''total 3095;<201;93.3;'''total 3094;60;105;-79 à 1028;;25;58 adresse;intercalx;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;Cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;51 184238;1181;-1;762;-70;2;;0;65;35;36 2384649;1028;0;65;-60;1;;-1;°164;40;34 710835;984;1;°120;-50;4;;-2;0;45;33 982825;947;2;70;-40;3;;-3;0;50;45 3045330;924;3;59;-30;14;'''min à -1;-4;°261;55;47 1534263;916;4;31;-20;49;762;-5;2;60;44 2391806;863;5;°33;-10;137;24.6%;-6;7;65;60 269108;850;6;26;0;617;;-7;12;70;42 1454453;848;7;21;10;561;;-8;°103;75;54 1174364;789;8;50;20;282;;-9;3;80;49 1115863;783;9;°94;30;109;;-10;8;85;56 2054584;776;10;57;40;70;'''1 à 100;-11;°49;90;56 2920637;773;11;48;50;78;1586;-12;4;95;31 1754154;772;12;°52;60;91;51.2%;-13;9;100;47 997474;739;13;39;70;102;;-14;°35;105;38 1906747;712;14;22;80;103;;-15;3;110;34 1172194;702;15;°21;90;112;;-16;1;115;45 606029;672;16;21;100;78;;-17;°26;120;31 1071807;649;17;15;110;72;;-18;0;125;35 1204569;642;18;°26;120;76;;-19;2;130;27 792914;628;19;26;130;62;;-20;°20;135;33 2100174;625;20;12;140;57;;-21;1;140;24 949485;617;21;°22;150;48;;-22;0;145;24 2733159;613;22;11;160;53;;-23;°9;150;24 2042643;612;23;11;170;20;'''1 à 200;-24;1;155;21 2270147;596;24;6;180;30;2060;-25;2;160;32 3006396;587;25;8;190;30;66.6%;-26;°6;165;16 2176130;583;26;°12;200;26;;-27;2;170;4 27717;575;27;8;210;20;;-28;0;175;15 1024897;562;28;6;220;18;;-29;°8;180;15 715253;551;29;°16;230;13;;-30;0;185;15 2128182;532;30;9;240;16;;-31;1;190;15 1829788;526;31;°11;250;9;;-32;°6;195;14 1763296;520;32;2;260;13;'''0 à 200;;810;200;12 ;;33;°10;270;9;2125;reste;17;205;11 ;;34;6;280;9;;total;827;210;9 ;;35;7;290;5;;;;215;10 ;;36;6;300;12;;'''intercal;<u>'''frequencef;220;8 ;;37;7;310;5;;600;3070;225;5 ;;38;6;320;3;;620;3;230;8 ;;39;°9;330;7;;640;2;235;6 ;;40;6;340;4;'''201 à 370;660;2;240;10 ;;;1246;350;2;150;680;1;245;6 ;;;3095;360;3;4.8%;700;;250;3 ;;;;370;2;;720;2;255;7 ;;;;380;1;;740;1;260;6 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;4;;760;;265;5 3067823;-79;comp;;400;2;;780;3;270;4 2531271;-71;shift2;1430;410;3;;800;2;275;5 1382616;-65;shift2;248;420;1;;820;;280;4 1058996;-59;shift2;389;430;0;;840;;285;3 2237436;-56;shift2;872;440;0;;860;2;290;2 641645;-55;shift2;861;450;3;;880;1;295;5 1374304;-53;shift2;1223;460;4;;900;;300;7 3090072;-49;;;470;0;;920;1;305;1 542837;-43;;;480;1;;940;1;310;4 2236436;-41;;;490;1;;960;1;315;3 907463;-38;;;500;1;;980;;320;0 984116;-38;;;510;2;;1000;1;325;3 1476725;-38;;;520;2;;1020;;330;4 1904926;-38;;;530;1;;1040;1;335;3 1716281;-35;;;540;1;'''371 à 600;;24;340;1 2233985;-35;;;550;0;33;;;345;0 3184884;-35;;;560;1;1.1%;;;350;2 531215;-32;;;570;1;;;;355;2 642505;-32;;;580;1;'''601 à max;;;360;1 1843228;-32;;;590;2;25;;;365;1 2546649;-32;;;600;1;0.8%;;;370;1 2808157;-32;;;reste;25;;reste;1;reste;58 3127986;-32;;;total;3095;;total;3095;total;3095 </pre> ====ant intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ant;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-25;209;-664;88;680;279;min40;-135;1021;-2424;183;664;252;min40 31 à 400;60;-400;637;9.8;785;222;2 parties;4.8;28;-332;62;888;-194;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;183;63;-;609;poly;70;SF;262;79;-;358;poly;306;SF 31 à 400;132;48;-;673;poly;112;tF;130;43;-;746;poly;142;tF ;;;;;;;;;;;;;; ant. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;0.038;0.255;0.669;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.575;;;;; ;0.730;0.271;0.538;;;;;;;;;;;; ;0.876;0.892;0.886;;;;;;;;;;;; ant;fx;fc;;ant;fx%;fc%;;fre;fx40;fc40;;x;ant;comp’;continu 0;9;56;;0;15;35;;0;9;56;>0;622;-1;0;164 10;82;479;;10;136;296;;1;11;109;<0;83;-2;0;0 20;52;230;;20;87;142;;2;16;54;zéro;9;-3;0;0 30;35;74;;30;58;46;;3;3;56;total;714;-4;40;221 40;17;53;;40;28;33;;4;7;24;;c;-5;0;2 50;15;63;;50;25;39;;5;11;22;>0;1646;-6;7;0 60;18;73;;60;30;45;;6;8;18;<0;679;-7;0;12 70;19;83;;70;32;51;;7;7;14;zéro;56;-8;5;98 80;20;83;;80;33;51;;8;4;46;total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reste;21;30;;;;;;reste;436;810;;;-42;0;0 total;631;1702;;t30;281;485;;total;631;1702;;;-43;1;0 diagr;601;1616;;t60;364;601;;diagr;186;836;;;-44;0;0 - t30;432;833;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;382;644;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;;total;83;679 </pre> ====ant intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_négatifs_S-|ant intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;; comp’;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83;1 continu;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679;6 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total Sx-;;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83 Sc-;;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679 </pre> ====ant autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires|ant autres intercalaires]] <pre> ant;autres intercalaires;;adresses1;;;ant;autres intercalaires;;adresses2;;;ant;autres intercalaires;;adresses3; deb;°CDS;167574;66;;;deb;°CDS;1445917;93;;;deb;°CDS;2637277;81;comp ;&tRNA;168501;447;;;;&tRNA;1449916;270;;;;&tRNA;2637541;31;comp fin;°CDS;169025;;;;fin;°CDS;1450262;;;;fin;°CDS;2637648;;comp deb;°CDS;237275;305;;;deb;°CDS;1615201;29;;;deb;°CDS;2637824;240;comp ;$rRNA;237928;111;;;;&tRNA;1615572;99;;;;&tRNA;2639273;8;comp ;&tRNA;239556;19;;;fin;°CDS;1615747;;;;;&tRNA;2639358;69;comp ;&tRNA;239652;301;;;deb;°CDS;1703617;1;;;;&tRNA;2639512;21;comp ;$rRNA;240029;202;;;;&tRNA;1703837;12;comp;;;&tRNA;2639610;41;comp ;$rRNA;243148;354;;;;&tRNA;1703926;117;comp;;fin;°CDS;2639727;;comp fin;°CDS;243618;;comp;;fin;°CDS;1704118;;;;deb;°CDS;2656033;231; deb;°CDS;302333;155;comp;;deb;°CDS;1907982;-5;;;;$rRNA;2656495;223;comp ;&tRNA;303316;10;;;;ncRNA;1908268;28;comp;;;$rRNA;2656834;301;comp ;&tRNA;303404;16;;;fin;°CDS;1908619;;comp;;;&tRNA;2660052;19;comp ;&tRNA;303497;61;;;deb;°CDS;2221719;242;comp;;;&tRNA;2660147;111;comp ;&tRNA;303635;96;;;;&tRNA;2222768;33;comp;;;$rRNA;2660335;292;comp ;&tRNA;303816;70;;;;&tRNA;2222876;72;comp;;fin;°CDS;2662144;;comp fin;°CDS;303963;;;;fin;°CDS;2223023;;comp;;deb;°CDS;2693436;95; deb;°CDS;316375;110;;;deb;°CDS;2282678;349;comp;;;&tRNA;2695547;16; ;&tRNA;317454;109;;;;&tRNA;2283792;81;comp;;;&tRNA;2695638;7; fin;°CDS;317640;;;;;&tRNA;2283962;39;comp;;;&tRNA;2695732;14; deb;°CDS;373519;120;;;;&tRNA;2284078;15;comp;;;&tRNA;2695823;16; ;&tRNA;375862;5;;;;&tRNA;2284170;102;comp;;;&tRNA;2695915;14; ;&tRNA;375943;65;;;fin;°CDS;2284362;;comp;;;&tRNA;2696006;12; fin;°CDS;376093;;;;deb;°CDS;2323802;12;;;;&tRNA;2696095;30; deb;°CDS;597419;47;;;;&tRNA;2324879;167;comp;;;&tRNA;2696202;90; ;&tRNA;598534;208;;;;$rRNA;2325122;202;comp;;fin;°CDS;2696381;; fin;°CDS;598827;;;;;$rRNA;2325440;300;comp;;deb;°CDS;2739487;88;comp deb;°CDS;751446;73;comp;;;&tRNA;2328657;19;comp;;;Regulatory;2740208;48;comp ;&tRNA;753064;16;comp;;;&tRNA;2328752;111;comp;;fin;°CDS;2740399;;comp ;&tRNA;753157;3;comp;;;$rRNA;2328940;378;comp;;deb;°CDS;2825449;163; ;&tRNA;753236;31;comp;;fin;°CDS;2330835;;comp;;;repeat_region;2825927;233; ;&tRNA;753342;8;comp;;deb;°CDS;2425110;353;;;fin;°CDS;2827303;; ;&tRNA;753426;22;comp;;;tmRNA;2427398;181;comp;;deb;°CDS;3082950;143; ;&tRNA;753525;3;comp;;fin;°CDS;2427974;;comp;;;&tRNA;3083318;173;comp ;&tRNA;753604;42;comp;;deb;°CDS;2581821;192;comp;;;$rRNA;3083567;202;comp ;&tRNA;753721;40;comp;;;&tRNA;2583033;45;comp;;;$rRNA;3083885;273;comp fin;°CDS;753837;;comp;;;&tRNA;2583154;16;comp;;;&tRNA;3087075;19;comp deb;°CDS;833388;142;comp;;;&tRNA;2583259;143;comp;;;&tRNA;3087170;111;comp ;&tRNA;834121;93;comp;;fin;°CDS;2583489;;;;;$rRNA;3087358;462;comp fin;°CDS;834298;;comp;;;;;;;;fin;°CDS;3089337;; </pre> ====ant intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_tRNA|ant intercalaires tRNA]] <pre> ant ;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;66;;447;;29;31;'''deb; ;10 16 61 96;comp’;155;;70;;47;40;<201;11 ;;;110;;109;;66;41;total;14 ;5;;120;;65;;73;65;taux;79% ;;;47;;208;;81;70;'''fin; ;16 3 31 8 22 3 42;;73;;40;;93;73;<201;12 ;;;142;;93;;95;90;total;15 ;;;93;;270;;110;93;taux;80% ;;;29;;99;;120;99;'''total; ;12;comp’;1;;117;;142;102;<201;23 ;33;;242;;73;;192;109;total;29 ;81 39 15;;349;;102;;240;117;taux;79% ;;comp’;12;;;;242;208;; ;45 16;;192;comp’;143;;349;270;; ;;;81;;31;;'''-;447;'''comp’;'''cumuls ;8 69 21;;240;;41;;1;143;'''deb;100% ;16 7 14 16 14 12 30;;95;;90;;12;-;'''fin;100% ;;comp’;143;;;;143;-;'''total;100% ;;;;;;;155;-;; ;;;;;;;;;; comp’+continu;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;15;13;28;;;;;;; total;18;16;34;;;;;;; %;83%;81%;82%;;;;;;; </pre> ====ant par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_par_rapport_au_groupe_de_référence|ant par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;ant;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;3;;;;;;3; 16;moyen;2;12;;;2;8;24; 14;fort;2;24;2;;;;28; ; ;7;36;2;0;2;8;55; 10;g+cga;1;;;;;;1; 2;agg+cgg;;;;;;;0; 4;carre ccc;2;;;;;;2; 5;autres;;;;;;;0; ;;3;0;0;0;0;0;3; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;55;;;;;;55;26 16;moyen;36;218;0;;36;145;436;324 14;fort;36;436;36;;;;509;650 ;;127;655;36;0;36;145;55;729 10;g+cga;18;;;;;;18;10 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;36;;;;;;36;16 5;autres;;;;;;;; ;;55;0;0;0;0;0;55; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;67;;;67;26;;0; 16;moyen;44;267;;311;324;;33; 14;fort;44;533;44;622;650;;67; ;;156;800;44;45;729;;36; 10;g+cga;22;;;22;10;;; 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;44;;;44;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;67;;;67;;;; </pre> ====epsilon, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#epsilon,_estimation_des_-rRNAs|epsilon, estimation des -rRNAs]] <pre> epsilon;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 40 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;40;187; ; ;;indices;;;;40;468;0;0;;epsi1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;45 atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;3;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;80;acc;3;aac;3;agc;;;atc;200;acc;8;aac;8;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;89;gaa;;gga;;;gta;5;gca;223;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;3 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;172;;13;;2;187;;;;430;;33;;5;468;;;;14;;28;;3;45 11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;161;6531;0;0;;indices;;;;161;6531;0;0;;epsi1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4500 atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;104;;atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;106;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;400 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;95;;ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;200;tcc;100;tac;200;tgc;100 atc;-9;acc;92;aac;105;agc;101;;atc;191;acc;99;aac;112;agc;101;;atc;;acc;;aac;200;agc;100 ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt; gtc;98;gcc;95;gac;134;ggc;140;;gtc;98;gcc;95;gac;139;ggc;140;;gtc;100;gcc;;gac;200;ggc; tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;200;tca;200;taa;;tga; ata;0.0;aca;108;aaa;143;aga;124;;ata;;aca;108;aaa;150;aga;124;;ata;;aca;200;aaa;300;aga;100 cta;101;cca;99;caa;109;cga;100;;cta;101;cca;101;caa;109;cga;100;;cta;100;cca;200;caa;100;cga;100 gta;134;gca;-24;gaa;173;gga;111;;gta;139;gca;199;gaa;173;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;300;gga;300 ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;100 atgj;98;acg;1.9;aag;6.5;agg;96;;atgj;98;acg;1.9;aag;9.0;agg;96;;atgj;100;acg;;aag;;agg; ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;23;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;25;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1287;;1663;;641;3591;;;;1717;;1695;;646;4058;;;;1400;;2800;;300;4500 rapports;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;epsi1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;98;;fiches;39.7;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;74 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1588;;;0/0;4;cgt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;avec;188;;;10;13;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;40;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;0;;;;ttc;47;tcc;3;tac;49;tgc;1 atc;-5;acc;92;aac;93;agc;100;;epsi1;45;;;40;2;;;;atc;100;acc;100;aac;48;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;45;;;50;7;23;;;ctc;1;ccc;100;cac;0;cgt; gtc;100;gcc;100;gac;96;ggc;100;;avec;10;;;60;2;;;;gtc;2;gcc;100;gac;33;ggc;100 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;48;tca;50;taa;;tga;100 ata;;aca;100;aaa;95;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;;aca;46;aaa;53;aga;19 cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par epsilon;;;;90;0;;;;cta;1;cca;51;caa;8;cga;0 gta;96;gca;-12;gaa;100;gga;100;;est 13% au dessu;;;;100;18;;;;gta;33;gca;100;gaa;42;gga;63 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;;tgg;0 atgj;100;acg;100;aag;72;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;2;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;;gcg;;gag;90;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100 ;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;127;;546;;3;676 </pre> ===pub=== ====pub opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_opérons|pub opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Cand_Pela_ubique_HTCC1062/candPela_UBIQUE_HTCC1062-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007205.1;ant;génome;;;;;;;;;; 29.2%GC;30.1.21 Paris;16s 1;31;;;;;;;cds dirigé;; Pelagibacter ubique;;;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; ;41060..41653;;cds;;20;20;;;198;;ABC transporter substrate-binding protein;* comp;41674..41750;;atgi;;66;;66;;;;; comp;41817..41891;;gtc;;8;8;;;;8;; comp;41900..43723;;cds;;;;;;*608;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;; comp;114873..116147;;cds;;3;3;;;425;3;CCA tRNA nucleotidyltransferase;* comp;116151..116224;;caa;;32;32;;;;;; comp;116257..117102;;cds;;;;;;282;;4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol kinase;* ;;;;;;;;;;;; comp;319204..319548;;cds;;22;22;;;115;22;4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase;* comp;319571..319645;;ggc;;97;97;;;;;; ;319743..320384;;cds;;;;;;214;;LON peptidase substrate-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;407852..408448;;cds;;68;68;;;199;;DedA family protein;* ;408517..408601;;ttg;;7;7;;;;7;; ;408609..410315;;cds;;;;;;*569;;AMP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;414886..415407;;cds;;26;26;;;174;26;PaaI family thioesterase;* comp;415434..415510;;cgt;;75;75;;;;;; ;415586..416773;;cds;;;;;;396;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;438405..440213;;cds;;2;2;;;*603;2;elongation factor 4;* ;440216..440305;;tcc;;5;5;;;;5;; comp;440311..441081;;cds;;;;;;257;;FkbM family methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;461643..462362;;cds;;2;2;;;240;2;VTT domain-containing protein;* comp;462365..462438;;acc;;101;101;;;;;; ;462540..462737;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;; ;466335..466550;;cds;;5;5;;;72;5;translation initiation factor IF-1;* ;466556..466631;;ttc;;88;88;;;;;; ;466720..466932;;cds;;235;235;;;71;;cold-shock protein;* ;467168..467242;;cac;;5;5;;;;5;; ;467248..468645;;cds;;;;;;466;;histidine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; comp;509729..511027;;cds;;330;*330;;;433;*330;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;511358..512832;;16s;@1;98;;;;;;; ;512931..513007;;atc;;9;;;9;;;; ;513017..513092;;gca;;149;;;;;;; ;513242..515995;;23s;;446;*446;;;;;; ;516442..516975;;cds;;46625;;;;178;;WbuC family cupin fold metalloprotein;* ;;;;;;;;;;;; ;563601..564479;;cds;;52;52;;;293;;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;* ;564532..564646;;5s;;13;13;;;;13;; ;564660..564785;;cds;;;;;;42;;type B 50S ribosomal protein L36;* ;;;;;;;;;;;; ;567715..568413;;cds;;18;18;;;233;;transaldolase;* comp;568432..568508;;atgf;;6;6;;;;6;; comp;568515..568709;;cds;;;;;;65;;30S ribosomal protein S21;* ;;;;;;;;;;;; comp;593396..594376;;cds;;23;23;;;327;;RluA family pseudouridine synthase;* ;594400..594476;;cga;@2;16;16;;;;16;; comp;594493..595425;;cds;;;;;;311;;threonylcarbamoyl-AMP synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;842772..843023;;cds;;101;101;;;84;;DUF1289 domain-containing protein;* ;843125..843209;;cta;;16;16;;;;16;; ;843226..844659;;cds;;;;;;478;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;; ;846722..849106;;cds;;49;49;;;*795;49;endopeptidase La;* ;849156..849231;;gta;;13;;13;;;;; ;849245..849321;;gac;;88;88;;;;;; ;849410..849778;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;; ;934654..936063;;cds;;31;31;;;470;31;potassium transporter Trk;* ;936095..936171;;aga;;170;170;;;;;; ;936342..937382;;cds;;;;;;347;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; ;941232..942389;;cds;;19;19;;;386;19;hp;* comp;942409..942484;;aac;;52;;52;;;;; comp;942537..942610;;tgc;;128;128;;;;;; ;942739..945366;;cds;;;;;;*876;;valine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; ;970015..971127;;cds;;200;200;;;371;;tRNA guanosine(34) transglycosylase Tgt;* ;971328..971403;;aaa;;20;20;;;;20;; comp;971424..972251;;cds;;;;;;276;;M48 family metallopeptidase;* ;;;;;;;;;;;; ;975062..975328;;cds;;0;0;;;89;0;succinate dehydrogenase assembly factor 2;* comp;975329..975418;;tca;;92;92;;;;;; ;975511..976392;;cds;;;;;;294;;EamA family transporter RarD;* ;;;;;;;;;;;; comp;985615..986127;;cds;;93;93;;;171;;zinc-ribbon domain-containing protein;* ;986221..986297;;cca;;4;4;;;;4;; ;986302..986583;;cds;;;;;;94;;ETC complex I subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;988522..990216;;cds;;50;50;;;*565;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;990267..990341;;gaa;;23;23;;;;23;; ;990365..990598;;cds;;;;;;78;;GIY-YIG nuclease family protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1029539..1031752;;cds;;0;0;;;*738;0;lytic transglycosylase domain-containing protein;* comp;1031753..1031844;;agc;;68;68;;;;;; ;1031913..1033166;;cds;;;;;;418;;sarcosine oxidase subunit beta family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1085222..1085413;;cds;;19;19;;;64;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;1085433..1085508;;tgg;;7;7;;;;7;; comp;1085516..1086706;;cds;;47;47;;;397;47;elongation factor Tu;* comp;1086754..1086827;;gga;;46;;46;;;;; comp;1086874..1086959;;tac;;131;131;;;;;; ;1087091..1087834;;cds;;33;33;;;248;33;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;1087868..1087943;;aca;;4;4;;;;4;; comp;1087948..1088727;;cds;;4;4;;;260;4;NAD kinase;* comp;1088732..1088816;;tta;;79;79;;;;;; comp;1088896..1089312;;cds;;;;;;139;;Gamma-glutamylcyclotransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;1165696..1166454;;cds;;141;141;;;253;;pilin;* comp;1166596..1166672;;atgj;;64;64;;;;64;; comp;1166737..1166964;;cds;;;;;;76;;hp;* </pre> ====pub cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_cumuls|pub cumuls]] <pre> pub cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;2;100;11 ;16 atcgca 23;1;20;1;1;50;31;20;18;200;8 ;16 atc23s5s;;40;;;100;11;40;5;300;11 ;16gca23s5s;;60;2;;150;5;60;2;400;7 ;max a;2;80;1;;200;2;80;1;500;6 ;a doubles;;100;;;250;1;100;;600;2 ;autres;;120;;;300;;120;;700;2 ;total aas;2;140;;;350;1;140;;800;2 sans ;opérons;25;160;;;400;;160;;900;1 ;1 aa;21;180;;;450;1;180;;1000; ;max a;2;200;;;500;;200;;1100; ;a doubles;0;;;;;;;1;; ;total aas;29;;4;1;;54;;29;;50 total aas;;31;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;44;9;;63;;27;;299 ;;;variance;22;0;;85;;61;;203 sans jaune;;;moyenne;;;;50;;16;;237 ;;;variance;;;;55;;16;;134 </pre> ====pub blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_blocs|pub blocs]] <pre> Blocs 16s pub;;;; cds;330;433;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* 16s;98;1475;; atc;9;77;; gca;149;76;; 23s;446;2754;; cds;46625;178;WbuC family cupin fold metalloprotein;* ;;;; cds;52;293;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;* 5s;13;115;; cds;;42;type B 50S ribosomal protein L36;* </pre> ====pub distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_distribution|pub distribution]] <pre> distribution;pub;;;;;;31 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;8;21;;;;2;31 ;;1aa;1;11;9;; ;;>1aa;1;2;5;; distribution;scc;;min;inter;max;;29 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total ;13;;14;;2;;29 </pre> ====pub données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_données_intercalaires|pub données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;pub;fx;fc;pub;fx40;fc40;pub;x-;c-;c;x;c;x;aa 2;0;0;13;58;0;13;58;-1;0;152;8;20;CDS 16s;; 3;10;10;39;256;1;4;52;-2;3;0;3;97;;330; 5;2;20;15;51;2;11;58;-3;0;0;32;68;23s CDS;; 1;3;30;15;30;3;6;37;-4;44;79;22;75;446;; ;3;40;19;30;4;5;25;-5;0;1;7;5;5s CDS;; ;3;50;17;32;5;4;26;-6;2;0;26;2;52;; ;0;60;19;29;6;2;13;-7;1;2;2;101;13;; 2;1;70;10;18;7;3;12;-8;14;42;5;18;16s tRNA;; 1;1;80;15;15;8;2;13;-9;7;0;88;23;98;; ;2;90;6;18;9;2;12;-10;0;2;235;16;tRNA 23s;; 3;0;100;7;9;10;0;8;-11;5;30;5;101;149;; 2;0;110;5;7;11;3;5;-12;4;0;6;19;tRNA tRNA;;intra ;0;120;9;8;12;0;7;-13;1;2;16;128;9;;atc gca 1;0;130;7;6;13;0;6;-14;2;18;49;20;tRNA tRNA;; 1;0;140;4;6;14;2;10;-15;0;0;88;0;66;;atgi 1;0;150;3;3;15;0;2;-16;0;2;31;92;**;;gtc ;0;160;6;1;16;2;3;-17;1;9;170;93;13;;gta ;1;170;3;2;17;3;3;-18;2;0;200;0;**;;gac ;0;180;2;3;18;2;6;-19;0;1;4;68;52;;aac ;0;190;1;6;19;0;4;-20;3;10;50;131;**;;tgc ;1;200;4;1;20;3;5;-21;0;0;23;4;46;;gga ;0;210;1;1;21;5;4;-22;0;1;19;141;**;;tac ;0;220;2;1;22;1;4;-23;1;5;7;;;; ;0;230;1;2;23;0;3;-24;3;0;47;;;; ;1;240;1;0;24;3;5;-25;0;1;33;;;; ;0;250;0;1;25;2;2;-26;0;3;4;;;; ;0;260;1;0;26;0;3;-27;0;0;79;;;; ;0;270;1;0;27;2;2;-28;0;1;64;;;; ;0;280;0;1;28;2;2;-29;0;1;;;;; ;0;290;1;0;29;0;3;-30;1;0;;;;; ;0;300;0;0;30;0;2;-31;0;1;;;;; ;0;310;1;0;31;0;3;-32;0;1;;;;; ;0;320;0;2;32;3;5;-33;0;0;;;;; ;0;330;0;0;33;4;1;-34;0;1;;;;; ;0;340;1;0;34;0;2;-35;0;2;;;;; ;0;350;0;0;35;4;4;-36;0;0;;;;; ;0;360;1;0;36;3;4;-37;0;0;;;;; ;0;370;0;0;37;2;3;-38;0;2;;;;; ;0;380;0;0;38;1;1;-39;0;0;;;;; ;0;390;0;0;39;2;4;-40;0;0;;;;; ;0;400;0;0;40;0;3;-41;0;2;;;;; ;0;reste;4;4;reste;135;175;-42;0;0;;;;; 22;28;total;234;601;total;236;600;-43;1;0;;;;; 20;28;diagr;217;539;diagr;88;367;-44;0;1;;;;; 9;15; t30;69;337;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;221;95;13;329;;;-49;0;0;;;;; ;c;543;377;58;978;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1307;79;;reste;0;3;;;;; ;;;;;;1386;;total;95;377;;;;; </pre> =====pub autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires_aas|pub autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pub;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;9267;10214;4;*; ;;tmRNA;10219;10520;-2;*; fin;comp;CDS;10519;10890;;0; deb;comp;CDS;38328;38795;255;*; ;comp;ncRNA;39051;39405;42;*; fin;comp;CDS;39448;40191;;; deb;;CDS;41060;41653;20;*; ;comp;tRNA;41674;41750;66;*;atgi ;comp;tRNA;41817;41891;8;*;gtc fin;comp;CDS;41900;43723;;; deb;comp;CDS;114873;116147;3;*; ;comp;tRNA;116151;116224;32;*;caa fin;comp;CDS;116257;117102;;0; deb;comp;CDS;319204;319548;22;*; ;comp;tRNA;319571;319645;97;*;ggc fin;;CDS;319743;320384;;0; deb;comp;CDS;407852;408448;68;*; ;;tRNA;408517;408601;7;*;ttg fin;;CDS;408609;410315;;; deb;comp;CDS;414886;415407;26;*; ;comp;tRNA;415434;415510;75;*;cgt fin;;CDS;415586;416773;;; deb;;CDS;438405;440213;2;*; ;;tRNA;440216;440305;5;*;tcc fin;comp;CDS;440311;441081;;; deb;;CDS;461643;462362;2;*; ;comp;tRNA;462365;462438;101;*;acc fin;;CDS;462540;462737;;; deb;;CDS;466335;466550;5;*; ;;tRNA;466556;466631;88;*;ttc deb;;CDS;466720;466932;235;*; ;;tRNA;467168;467242;5;*;cac fin;;CDS;467248;468645;;; deb;comp;CDS;496262;498457;70;*; ;comp;regulatory;498528;498615;91;*; fin;;CDS;498707;499813;;1; deb;comp;CDS;509729;511027;330;*; ;;rRNA;511358;512832;98;*;1475 ;;tRNA;512931;513007;9;*;atc ;;tRNA;513017;513092;149;*;gca ;;rRNA;513242;515995;446;*;2754 fin;;CDS;516442;516975;;; deb;;CDS;563601;564479;52;*; ;;rRNA;564532;564646;13;*;115 fin;;CDS;564660;564785;;; deb;;CDS;567715;568413;18;*; ;comp;tRNA;568432;568508;6;*;atgf fin;comp;CDS;568515;568709;;; deb;comp;CDS;593396;594376;23;*; ;;tRNA;594400;594476;16;*;cga fin;comp;CDS;594493;595425;;; deb;;CDS;648881;649762;24;*; ;;regulatory;649787;649876;77;*; fin;;CDS;649954;651060;;; deb;comp;CDS;731869;732777;9;*; ;comp;regulatory;732787;732850;88;*; fin;comp;CDS;732939;733529;;0; deb;;CDS;785951;786466;32;*; ;;regulatory;786499;786587;-13;*; fin;;CDS;786575;788023;;; deb;comp;CDS;842772;843023;101;*; ;;tRNA;843125;843209;16;*;cta fin;;CDS;843226;844659;;; deb;;CDS;846722;849106;49;*; ;;tRNA;849156;849231;13;*;gta ;;tRNA;849245;849321;88;*;gac fin;;CDS;849410;849778;;; deb;;CDS;934654;936063;31;*; ;;tRNA;936095;936171;170;*;aga fin;;CDS;936342;937382;;; deb;;CDS;941232;942389;19;*; ;comp;tRNA;942409;942484;52;*;aac ;comp;tRNA;942537;942610;128;*;tgc fin;;CDS;942739;945366;;; deb;;CDS;970015;971127;200;*; ;;tRNA;971328;971403;20;*;aaa fin;comp;CDS;971424;972251;;0; deb;;CDS;975062;975328;0;*; ;comp;tRNA;975329;975418;92;*;tca fin;;CDS;975511;976392;;; deb;comp;CDS;985615;986127;93;*; ;;tRNA;986221;986297;4;*;cca fin;;CDS;986302;986583;;; deb;;CDS;988522;990216;50;*; ;;tRNA;990267;990341;23;*;gaa fin;;CDS;990365;990598;;; deb;comp;CDS;1005217;1005678;139;*; ;;regulatory;1005818;1005886;4;*; fin;;CDS;1005891;1007219;;1; deb;;CDS;1029539;1031752;0;*; ;comp;tRNA;1031753;1031844;68;*;agc fin;;CDS;1031913;1033166;;; deb;comp;CDS;1085222;1085413;19;*; ;comp;tRNA;1085433;1085508;7;*;tgg deb;comp;CDS;1085516;1086706;47;*; ;comp;tRNA;1086754;1086827;46;*;gga ;comp;tRNA;1086874;1086959;131;*;tac deb;;CDS;1087091;1087834;33;*; ;;tRNA;1087868;1087943;4;*;aca deb;comp;CDS;1087948;1088727;4;*; ;comp;tRNA;1088732;1088816;79;*;tta fin;comp;CDS;1088896;1089312;;1; deb;comp;CDS;1125607;1126158;4;*; ;comp;regulatory;1126163;1126227;3;*; deb;comp;CDS;1126231;1127292;66;*; ;comp;regulatory;1127359;1127423;295;*; fin;comp;CDS;1127719;1127925;;; deb;;CDS;1165696;1166454;141;*; ;comp;tRNA;1166596;1166672;64;*;atgj fin;comp;CDS;1166737;1166964;;; </pre> ====pub intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_entre_cds|pub intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> 28.1.21 paris;24.1.21;1380;pilM ;Pseudo : incomplete, partial in the middle of a contig, missing N-terminus;;;;;; pub;intercalaires;total;%;intercalaires;;;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5 ;'''négatif;473;36.2;'''négatif ;-8;9;-65 à -1;'''1 308 759;-1;473 ;'''zéro;71;5.4;;;;;'''intercals;0;71 ;'''1 à 200;736;56.3;'''0 à 200;37;45;;'''39 179;5;228 ;'''201 à 370;19;1.5;'''201 à 370;260;47;;'''3.0%;10;67 ;'''371 à 600;7;0.5;'''371 à 600;475;70;;;15;35 ;'''601 à max;1;0.1;'''601 et +;-;;;;20;31 ;'''total 1307;<201;97.9;'''total 1306;26;61;-65 à 596;;25;29 adresse;intercalx;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;16 73227;1380;-1;473;-70;0;;0;71;35;26 999551;596;0;71;-60;1;;-1;°152;40;23 1162229;549;1;56;-50;2;;-2;3;45;33 537246;464;2;°69;-40;6;'''-65 à -1;-3;0;50;16 1119848;445;3;43;-30;8;473;-4;°123;55;23 1180952;435;4;30;-20;29;36%;-5;2;60;25 193367;434;5;°30;-10;79;;-6;2;65;15 398173;403;6;15;0;419;;-7;3;70;13 408609;356;7;15;10;295;;-8;°56;75;17 762333;335;8;°15;20;66;;-9;7;80;12 1122717;318;9;14;30;45;'''1 à 100;-10;2;85;10 338267;317;10;8;40;49;649;-11;°35;90;14 997872;304;11;°8;50;49;49.7%;-12;4;95;7 334628;284;12;7;60;48;;-13;3;100;9 675167;279;13;6;70;28;;-14;°20;105;8 1135181;268;14;°12;80;29;;-15;0;110;4 627169;255;15;2;90;24;;-16;2;115;9 1118568;248;16;5;100;16;;-17;°10;120;8 79392;239;17;6;110;12;'''1 à 200;-18;2;125;7 807867;230;18;°8;120;17;736;-19;1;130;6 58997;223;19;4;130;13;56.3%;-20;°13;135;5 1152723;221;20;8;140;10;;-21;0;140;5 761553;219;21;°9;150;6;;-22;1;145;1 782276;217;22;5;160;7;;-23;°6;150;5 612190;216;23;3;170;5;;-24;3;155;2 351261;209;24;°8;180;5;;-25;1;160;5 838936;201;25;4;190;7;'''0 à 200;-26;°3;165;3 744621;200;26;3;200;5;807;-27;0;170;2 166432;195;27;°4;210;2;;-28;1;175;4 625822;195;28;4;220;3;;-29;1;180;1 164576;191;29;3;230;3;;-30;1;185;6 217060;191;30;2;240;1;;-31;1;190;1 1163621;188;31;3;250;1;;-32;1;195;4 798049;185;32;°8;260;1;;;530;200;1 422106;184;33;5;270;1;;reste;14;205;1 288782;182;34;2;280;1;'''201 à 370;total;544;210;1 560488;182;35;°8;290;1;19;;;215;0 262705;181;36;7;300;0;1.5%;;;220;3 469675;181;37;5;310;1;;;;225;2 832239;177;38;2;320;2;;;;230;1 939877;174;39;°6;330;0;;;;235;0 ;;40;3;340;1;;;;240;1 ;;reste;308;350;0;;;;245;0 ;;total;1307;360;1;;;;250;1 ;;;;370;0;;;;255;1 ;;;;380;0;;;;260;0 ;;;;390;0;;;;265;0 ;;;;400;0;;;;270;1 ;;;;410;1;;;;275;0 ;;;;420;0;;;;280;1 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;0;;;;285;1 817687;-65;shift2;2521;440;2;;;;290;0 410672;-59;shift2;856;450;1;;;;295;0 1196013;-56;shift2;445;460;0;;;;300;0 474189;-47;shift2;1222;470;1;;;;305;1 682918;-47;shift2;1435;480;0;;;;310;0 1025350;-44;shift2;544;490;0;;;;315;0 1197066;-43;comp;;500;0;'''371 à 600;;;320;2 584040;-41;shift2;934;510;0;7;;;325;0 707855;-41;shift2;319;520;0;0.5%;;;330;0 802906;-38;shift2;;530;0;;;;335;1 1038898;-38;shift2;;540;0;;;;340;0 279711;-35;shift2;;550;1;;;;345;0 1027659;-35;shift2;;560;0;;;;350;0 928018;-34;shift2;;570;0;;;;355;0 803426;-32;shift2;;580;0;;;;360;1 1176246;-31;shift2;;590;0;'''max;;;365;0 429007;-30;comp;;600;1;1380;;;370;0 992704;-29;shift2;;reste;1;;;;reste;8 1233832;-28;shift2;;total;1307;;;;total;1307 </pre> ====pub intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;; pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pub;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-58;495;-1405;136;853;284;min20;&-236;1732;-3869;256;559;245;min30 31 à 400;-49;437;-1304;133;918;297;2 parties;&-48;403;-1093;97;945;280;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;243;75;-;604;poly;249;SF;&308;88;;221;poly;338;SF 31 à 400;190;60;-;662;poly;256;SF;&117;36;-;580;poly;365;SF ;;;;;;;;;;;;;; pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; </pre> *Diagrammes 400: Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;26.1.22 Paris;;;;;;corrélation;;14.8.21 Paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;0.715;;pub;Sx-;Sc- 41-400;0.908;0.857;0.883;;;;;;;;;;-1;0;152 1-400;0.840;0.866;0.852;;;;;;;;;;-2;3;0 pub;fx;fc;;pub;fx%;fc%;;x;;fx40;fc40;;-3;0;0 0;13;58;;0;60;108;>0;222;0;13;58;;-4;43;80 10;39;256;;10;179;477;<0;92;1;4;52;;-5;1;1 20;15;51;;20;69;95;zéro;13;2;11;58;;-6;1;1 30;15;30;;30;69;56;total;327;3;6;37;;-7;1;2 40;19;30;;40;87;56;;c;4;5;25;;-8;14;42 50;17;32;;50;78;60;>0;541;5;4;26;;-9;7;0 60;19;29;;60;87;54;<0;381;6;2;13;;-10;0;2 70;10;18;;70;46;34;zéro;58;7;3;12;;-11;4;31 80;15;14;;80;69;26;total;980;8;2;13;;-12;3;1 90;6;18;;90;28;34;;;9;2;12;;-13;1;2 100;7;9;;100;32;17;total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reste;4;4;;;;;;;reste;135;175;;-45;0;0 total;235;599;;t30;317;628;;;total;236;600;;-46;0;0 diagr;218;537;;;;;;;diagr;88;367;;-47;0;2 - t30;149;200;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;0;3 ;;;;;;;;;;;;;total;92;381 </pre> ====pub intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_négatifs_S-|pub intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;0;3;0;42;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;2;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;90 continu;152;0;0;81;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;11;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;383 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;43;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;3;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;92 ;Sc-;152;0;0;80;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;10;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;381 </pre> ====pub autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires|pub autres intercalaires]] <pre> pub;autres intercalaires;;adresses1;;;pub;autres intercalaires;;adresses2;;;pub;autres intercalaires;;adresses3; deb;°CDS;9267;4;comp;;deb;°CDS;509729;330;comp;;deb;°CDS;970015;200; ;tmRNA;10219;-2;;;;$rRNA;511358;98;;;;&tRNA;971328;20; fin;°CDS;10519;;comp;;;&tRNA;512931;9;;;fin;°CDS;971424;;comp deb;°CDS;38328;255;comp;;;&tRNA;513017;149;;;deb;°CDS;975062;0; ;ncRNA;39051;42;comp;;;$rRNA;513242;446;;;;&tRNA;975329;92;comp fin;°CDS;39448;;comp;;fin;°CDS;516442;;;;fin;°CDS;975511;; deb;°CDS;41060;20;;;deb;°CDS;563601;52;;;deb;°CDS;985615;93;comp ;&tRNA;41674;66;comp;;;$rRNA;564532;13;;;;&tRNA;986221;4; ;&tRNA;41817;8;comp;;fin;°CDS;564660;;;;fin;°CDS;986302;; fin;°CDS;41900;;comp;;deb;°CDS;567715;18;;;deb;°CDS;988522;50; deb;°CDS;114873;3;comp;;;&tRNA;568432;6;comp;;;&tRNA;990267;23; ;&tRNA;116151;32;comp;;fin;°CDS;568515;;comp;;fin;°CDS;990365;; fin;°CDS;116257;;comp;;deb;°CDS;593396;23;comp;;deb;°CDS;1005217;139;comp deb;°CDS;319204;22;comp;;;&tRNA;594400;16;;;;regulatory;1005818;4; ;&tRNA;319571;97;comp;;fin;°CDS;594493;;comp;;fin;°CDS;1005891;; fin;°CDS;319743;;;;deb;°CDS;648881;24;;;deb;°CDS;1029539;0; deb;°CDS;407852;68;comp;;;regulatory;649787;77;;;;&tRNA;1031753;68;comp ;&tRNA;408517;7;;;fin;°CDS;649954;;;;fin;°CDS;1031913;; fin;°CDS;408609;;;;deb;°CDS;731869;9;comp;;deb;°CDS;1085222;19;comp deb;°CDS;414886;26;comp;;;regulatory;732787;88;comp;;;&tRNA;1085433;7;comp ;&tRNA;415434;75;comp;;fin;°CDS;732939;;comp;;deb;°CDS;1085516;47;comp fin;°CDS;415586;;;;deb;°CDS;785951;32;;;;&tRNA;1086754;46;comp deb;°CDS;438405;2;;;;regulatory;786499;-13;;;;&tRNA;1086874;131;comp ;&tRNA;440216;5;;;fin;°CDS;786575;;;;deb;°CDS;1087091;33; fin;°CDS;440311;;comp;;deb;°CDS;842772;101;comp;;;&tRNA;1087868;4; deb;°CDS;461643;2;;;;&tRNA;843125;16;;;deb;°CDS;1087948;4;comp ;&tRNA;462365;101;comp;;fin;°CDS;843226;;;;;&tRNA;1088732;79;comp fin;°CDS;462540;;;;deb;°CDS;846722;49;;;fin;°CDS;1088896;;comp deb;°CDS;466335;5;;;;&tRNA;849156;13;;;deb;°CDS;1125607;4;comp ;&tRNA;466556;88;;;;&tRNA;849245;88;;;;regulatory;1126163;3;comp deb;°CDS;466720;235;;;fin;°CDS;849410;;;;deb;°CDS;1126231;66;comp ;&tRNA;467168;5;;;deb;°CDS;934654;31;;;;regulatory;1127359;295;comp fin;°CDS;467248;;;;;&tRNA;936095;170;;;fin;°CDS;1127719;;comp deb;°CDS;496262;70;comp;;fin;°CDS;936342;;;;deb;°CDS;1165696;141; ;regulatory;498528;91;comp;;deb;°CDS;941232;19;;;;&tRNA;1166596;64;comp fin;°CDS;498707;;;;;&tRNA;942409;52;comp;;fin;°CDS;1166737;;comp ;;;;;;;&tRNA;942537;128;comp;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;942739;;;;;;;; </pre> ====pub intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_tRNA|pub intercalaires tRNA]] <pre> pub;intercalaires tRNA;;;;;;;;; ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;; ;;;;;;;;;; ;66;comp’;20;;8;;2;4;deb; ;9;;3;;32;;3;5;<201;13 ;13;;22;comp’;97;;4;6;total;14 comp’;52;comp’;68;;7;;5;7;taux;93% ;46;;26;comp’;75;;19;7;fin; ;;;2;comp’;5;;22;8;<201;14 ;;comp’;2;comp’;101;;26;16;total;14 ;;;5;;88;;31;23;taux;100% ;;;235;;5;;33;32;total; ;;comp’;18;;6;;47;64;<201;27 ;;comp’;23;comp’;16;;49;79;total;28 ;;comp’;101;;16;;50;88;taux;96% ;;;49;;88;;200;88;; ;;;31;;170;;235;170;comp’;cumuls ;;comp’;19;comp’;128;;0;4;; ;;;200;comp’;20;;0;5;deb;11 ;;comp’;0;comp’;92;;2;16;<201;100% ;;comp’;93;;4;;18;20;; ;;;50;;23;;19;68;fin;11 ;;comp’;0;comp’;68;;20;75;<201;100% ;;;19;;7;;23;92;; ;;;47;comp’;131;;68;97;total; ;;;33;comp’;4;;93;101;<201;22 ;;;4;;79;;101;128;total;22 ;;comp’;141;;64;;141;131;taux;100% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;24;25;49;;;;; ;;total;25;25;50;;;;; ;;taux;96%;100%;98%;;;;; </pre> ==actino== ===Actinoplanes sp. SE50/110=== ====ase opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_opérons|ase opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acti_SE50_110/actiSp_SE50_110-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017803.1;ase;;genome;;;;;;;; 71.15%GC;13.8.19 Paris;16s 6;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Actinoplanes sp. SE50/110;;;;;;;;;;; ;12658..13392;;CDS;;78;78;;;245;; ;13471..13547;;atc;@1;242;;*242;;;; ;13790..13862;;gca;;202;202;;;;; comp;14065..14607;;CDS;;;;;;181;; ;;;;;;;;;;; ;153733..155094;;CDS;;556;*556;;;454;; ;155651..157174;;16s;;308;;;;1524;; ;157483..160591;;23s;;99;;;;3109;; ;160691..160807;;5s;;134;134;;;117;; comp;160942..161988;;CDS;;;;;;349;; ;;;;;;;;;;; comp;45153..45968;;CDS;;276;276;;;272;; comp;46245..46330;;ctg;;257;257;;;;; ;46588..47385;;CDS;;;;;;266;; ;;;;;;;;;;; ;568633..569007;;CDS;;492;*492;;;125;; ;569500..571022;;16s;;308;;;;1523;; ;571331..574439;;23s;;108;;;;3109;; ;574548..574664;;5s;;245;245;;;117;; ;574910..576340;;CDS;;;;;;477;; ;;;;;;;;;;; comp;66324..66533;;CDS;;177;177;;;70;; comp;66711..66784;;ggg;;151;151;;;;; comp;66936..67442;;CDS;;;;;;169;; ;;;;;;;;;;; comp;145264..145572;;CDS;;595;*595;;;103;; comp;146168..146244;;ttc;;12;;12;;;; comp;146257..146333;;gac;;62;;62;;;; comp;146396..146468;;gaa;;338;338;;;;; comp;146807..148066;;CDS;;;;;;420;; ;;;;;;;;;;; ;164168..164716;;CDS;;92;92;;;183;; ;164809..164883;;aaa;;250;250;;;;; ;165134..166444;;CDS;;;;;;437;; ;;;;;;;;;;; comp;457033..458760;;CDS;;116;116;;;*576;; ;458877..458950;;acg;;74;74;;;;; comp;459025..460758;;CDS;;;;;;*578;; ;;;;;;;;;;; ;627485..628396;;CDS;;42;42;;;304;; ;628439..628515;;gac;;5;5;;;;; comp;628521..629174;;CDS;;;;;;218;; ;;;;;;;;;;; ;645098..645421;;CDS;;355;355;;;108;; ;645777..645849;;agg;;459;*459;;;;; comp;646309..648462;;CDS;;;;;;*718;; ;;;;;;;;;;; ;747312..748337;;CDS;;430;*430;;;342;; comp;748768..748851;;tac;;148;148;;;;; ;749000..749491;;CDS;;;;;;164;; ;;;;;;;;;;; ;752175..754703;;CDS;;94;94;;;*843;; ;754798..754873;;acc;;44;;44;;;; ;754918..754990;;atgj;;138;138;;;;; ;755129..755296;;CDS;;;;;;56;; ;;;;;;;;;;; ;755829..756224;;CDS;;79;79;;;132;; ;756304..756376;;tgg;;103;103;;;;; ;756480..756857;;CDS;;;;;;126;; ;;;;;;;;;;; ;940643..942004;;CDS;;55;55;;;454;; ;942060..942142;;tta;;221;221;;;;; ;942364..943218;;CDS;;;;;;285;; ;;;;;;;;;;; comp;1155560..1155901;;CDS;;200;200;;;114;; comp;1156102..1156177;;gcc;;89;89;;;;; comp;1156267..1156824;;CDS;;;;;;186;; ;;;;;;;;;;; ;1222705..1223634;;CDS;;259;259;;;310;; comp;1223894..1223980;;cta;;244;244;;;;; comp;1224225..1224701;;CDS;;;;;;159;; ;;;;;;;;;;; ;1237525..1238115;;CDS;;91;91;;;197;; ;1238207..1238282;;cac;;54;54;;;;; comp;1238337..1238684;;CDS;;;;;;116;; ;;;;;;;;;;; comp;1248040..1249266;;CDS;;132;132;;;409;; ;1249399..1249474;;aag;+;118;;*118;;;; ;1249593..1249668;;aag;2 aag;-15;*-15;;;;; comp;1249654..1249878;;CDS;@2;;;;;75;; ;;;;;;;;;;; ;1335812..1336096;;CDS;;296;296;;;95;; comp;1336393..1336465;;aga;;13;13;;;;; comp;1336479..1337558;;CDS;;;;;;360;; ;;;;;;;;;;; comp;1399552..1400070;;CDS;;376;376;;;173;; comp;1400447..1400520;;gga;;130;;*130;;;; ;1400651..1400724;;cca;;38;38;;;;; ;1400763..1402112;;CDS;;;;;;450;; ;;;;;;;;;;; comp;1406634..1406849;;CDS;;586;*586;;;72;; ;1407436..1408958;;16s;;307;;;;1523;; ;1409266..1412374;;23s;;99;;;;3109;; ;1412474..1412590;;5s;;122;122;;;117;; comp;1412713..1413510;;CDS;;;;;;266;; ;;;;;;;;;;; comp;1519931..1520254;;CDS;;217;217;;;108;; ;1520472..1520544;;aac;;315;315;;;;; ;1520860..1522122;;CDS;;236;236;;;421;; ;1522359..1522432;;atgi;;1097;*1097;;;;; < comp;1523530..1523919;;CDS;;;;;;130;; ;;;;;;;;;;; ;1604562..1605026;;CDS;;38;38;;;155;; ;1605065..1605139;;gta;;357;357;;;;; <>;1605497..1605583;;CDS;;;;;;29;; ;;;;;;;;;;; comp;1935668..1936510;;CDS;;317;317;;;281;; comp;1936828..1936904;;ttg;;131;131;;;;; ;1937036..1937656;;CDS;;;;;;207;; ;;;;;;;;;;; ;2434408..2435559;;CDS;;19;19;;;384;; comp;2435579..2435661;;ctc;;151;151;;;;; ;2435813..2438881;;CDS;;;;;;*1023;; ;;;;;;;;;;; comp;2570204..2570824;;CDS;;794;*794;;;207;; ;2571619..2573141;;16s;;315;;;;1523;; ;2573457..2576562;;23s;;98;;;;3106;; ;2576661..2576777;;5s;;247;247;;;117;; comp;2577025..2577462;;CDS;;;;;;146;; ;;;;;;;;;;; comp;4900233..4901780;;CDS;;19;19;;;*516;; comp;4901800..4901878;;tgc;;29;;29;;;; comp;4901908..4901981;;gcg;;19;19;;;;; comp;4902001..4902321;;CDS;;23;23;;;107;; comp;4902345..4902417;;gac;;31;31;;;;; comp;4902449..4903369;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; ;5443888..5444526;;CDS;;409;*409;;;213;; ;5444936..5445012;;ctc;;17;;17;;;; ;5445030..5445114;;tac;;29;29;;;;; comp;5445144..5446565;;CDS;;;;;;474;; ;;;;;;;;;;; ;6208479..6209489;;CDS;;101;101;;;337;; comp;6209591..6209666;;cgg;;9;;9;;;; comp;6209676..6209749;;cca;;17;;17;;;; comp;6209767..6209859;;agc;;5;;5;;;; comp;6209865..6209939;;ctg;;4;;4;;;; comp;6209944..6210015;;cag;;8;;8;;;; comp;6210024..6210100;;ggc;;4;;4;;;; comp;6210105..6210177;;cgt;;3;;3;;;; comp;6210181..6210254;;gcc;;43;;43;;;; comp;6210298..6210369;;tgg;;562;*562;;;;; comp;6210932..6212365;;CDS;;;;;;478;; ;;;;;;;;;;; ;6397923..6398423;;CDS;;699;*699;;;167;; ;6399123..6399196;;tgg;;199;;*199;;;; ;6399396..6399468;;ggg;;157;;*157;;;; ;6399626..6399701;;gcc;;61;;61;;;; ;6399763..6399837;;gag;;78;;78;;;; ;6399916..6399992;;gga;;359;;*359;;;; ;6400352..6400426;;ttg;;1;;1;;;; ;6400428..6400500;;acc;;5;;5;;;; ;6400506..6400577;;ggc;;25;25;;;;; ;6400603..6401055;;CDS;;35;35;;;151;; ;6401091..6401163;;cag;;110;;*110;;;; ;6401274..6401350;;ctc;;1;;1;;;; ;6401352..6401427;;acg;;1;;1;;;; ;6401429..6401503;;ctg;;5;;5;;;; ;6401509..6401584;;gcg;;30;;30;;;; ;6401615..6401686;;gac;;5;;5;;;; ;6401692..6401779;;agc;;1;;1;;;; ;6401781..6401854;;atc;;6;6;;;;; ;6401861..6402227;;ncRNA;@3;7;7;;;;; ;6402235..6402309;;cgt;;10;;10;;;; ;6402320..6402395;;other;@4;11;;11;;;; ;6402407..6402477;;aag;;14;;14;;;; ;6402492..6402565;;aga;;11;;11;;;; ;6402577..6402650;;aaa;;1;;1;;;; ;6402652..6402727;;atgf;;1;;1;;;; ;6402729..6402804;;gtc;;1;;1;;;; ;6402806..6402879;;gaa;;5;;5;;;; ;6402885..6402958;;aac;;44;;44;;;; ;6403003..6403088;;tcc;;1;;1;;;; ;6403090..6403163;;gtg;;2;;2;;;; ;6403166..6403239;;cac;;93;;*93;;;; ;6403333..6403405;;other;;411;*411;;;;; comp;6403817..6404185;;CDS;;;;;;123;; ;;;;;;;;;;; ;6543230..6543619;;CDS;;412;*412;;;130;; ;6544032..6544106;;ctg;;152;;*152;;;; ;6544259..6544331;;gca;;410;*410;;;;; ;6544742..6545917;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; ;6934653..6935819;;CDS;;69;69;;;389;; comp;6935889..6935962;;ccc;;51;51;;;;; comp;6936014..6937450;;CDS;;;;;;479;; ;;;;;;;;;;; comp;6991952..6992437;;CDS;;174;174;;;162;; comp;6992612..6992728;;5s;;170;;;;117;; comp;6992899..6996006;;23s;;307;;;;3108;; comp;6996314..6997836;;16s;;531;*531;;;1523;; comp;6998368..6999624;;CDS;;;;;;419;; ;;;;;;;;;;; ;7455514..7456608;;CDS;;167;167;;;365;; comp;7456776..7456847;;gtg;;55;55;;;;; comp;7456903..7457310;;CDS;;;;;;136;; ;;;;;;;;;;; ;7481671..7483989;;CDS;;83;83;;;*773;; comp;7484073..7484189;;5s;;169;;;;117;; comp;7484359..7487466;;23s;;315;;;;3108;; comp;7487782..7489304;;16s;;800;*800;;;1523;; comp;7490105..7490731;;CDS;;;;;;209;; ;;;;;;;;;;; ;7670534..7671652;;CDS;;136;136;;;373;; comp;7671789..7671863;;gtc;;18;;18;;;; comp;7671882..7671952;;tgc;;38;;38;;;; comp;7671991..7672063;;ggc;;116;116;;;;; comp;7672180..7674045;;CDS;;;;;;*622;; ;;;;;;;;;;; ;7710075..7711193;;CDS;;136;136;;;373;; comp;7711330..7711404;;gtc;;28;;28;;;; comp;7711433..7711503;;tgc;;38;;38;;;; comp;7711542..7711614;;ggc;;112;112;;;;; ;7711727..7712905;;CDS;;;;;;393;; ;;;;;;;;;;; ;8111157..8111843;;CDS;;546;*546;;;229;; comp;8112390..8112465;;gag;+;532;;*532;;;; comp;8112998..8113070;;gag;2 gag;57;;57;;;; comp;8113128..8113199;;cag;;451;*451;;;;; comp;8113651..8114457;;CDS;;;;;;269;; ;;;;;;;;;;; ;8275151..8275810;;CDS;;65;65;;;220;; ;8275876..8275950;;cgg;;416;*416;;;;; comp;8276367..8276921;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; comp;8391343..8392530;;CDS;;255;255;;;396;; comp;8392786..8392862;;atgf;;296;296;;;;; comp;8393159..8394607;;CDS;;;;;;483;; ;;;;;;;;;;; comp;8397029..8399113;;CDS;;596;*596;;;*695;; comp;8399710..8399786;;atgf;;71;71;;;;; comp;8399858..8402857;;CDS;;;;;;*1000;; ;;;;;;;;;;; comp;8601686..8603128;;CDS;;81;81;;;481;; comp;8603210..8603280;;caa;;37;37;;;;; comp;8603318..8604199;;CDS;;;;;;294;; ;;;;;;;;;;; ;8623005..8623730;;CDS;;64;64;;;242;; comp;8623795..8623871;;gcg;;171;171;;;;; comp;8624043..8624792;;CDS;;;;;;250;; ;;;;;;;;;;; comp;8821061..8822146;;CDS;;136;136;;;362;; ;8822283..8822356;;aca;;175;175;;;;; comp;8822532..8824421;;CDS;;;;;;*630;; ;;;;;;;;;;; ;8945870..8946763;;CDS;;190;190;;;298;; ;8946954..8947030;;ccg;;204;204;;;;; comp;8947235..8947531;;CDS;;;;;;99;; ;;;;;;;;;;; comp;8963177..8966704;;CDS;;104;104;;;*1176;; comp;8966809..8966904;;ncRNA;;83;83;*83;;;; ;8966988..8967075;;tcc;;270;270;;;;; comp;8967346..8967687;;CDS;;;;;;114;; ;;;;;;;;;;; ;8968639..8969070;;CDS;;521;*521;;;144;; comp;8969592..8969681;;tcg;;116;116;;;;; ;8969798..8970505;;CDS;;;;;;236;; ;;;;;;;;;;; ;9077764..9078855;;CDS;;326;326;;;364;; comp;9079182..9079256;;cgt;;370;370;;;;; comp;9079627..9082830;;CDS;;;;;;*1068;; ;;;;;;;;;;; comp;9084051..9086675;;CDS;;560;*560;;;*875;; comp;9087236..9087311;;cgt;;40;;40;;;; comp;9087352..9087442;;agc;;399;399;;;;; ;9087842..9089017;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;9100587..9101549;;CDS;;77;77;;;321;; ;9101627..9101714;;tca;;144;144;;;;; comp;9101859..9102145;;CDS;;;;;;96;; </pre> ====ase cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_cumuls|ase cumuls]] <pre> ase cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;6;1;8;-;1;1;1;;100;8;30;1 ;16 23 5s 0;6;20;19;;50;16;20;;200;29;60;1 ;16 atc gca;0;40;6;;100;19;40;;300;19;90;3 ;16 23 5s a;0;60;4;;150;17;60;;400;19;120;10 ;max a;0;80;3;;200;9;80;;500;14;150;9 ;a doubles;0;100;2;;250;9;100;;600;3;180;8 ;autres;0;120;2;;300;7;120;;700;3;210;8 ;total aas;0;140;1;;350;4;140;;800;2;240;5 sans ;opérons;45;160;2;;400;5;160;;900;2;270;6 ;1 aa;31;180;0;;450;6;180;;1000;1;300;5 ;max a;29;200;1;;500;3;200;;1100;2;330;4 ;a doubles;2;;3;;;13;;;;1;;43 ;total aas;98;;51;0;;109;;0;;103;;103 total aas;;98;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;58;;;229;;;;328;; ;;;variance;98;;;206;;;;173;; sans jaune;;;moyenne;19;;;147;;;;254;;179 ;;;variance;21;;;104;;;;111;;62 </pre> ====ase blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_blocs|ase blocs]] <pre> ase blocs;;;;;; CDS;556;454;492;125;586;72 16s;308;1524;308;1523;307;1523 23s;99;3109;108;3109;99;3109 5s;134;117;245;117;122;117 CDS;;349;;477;;266 ;;;;;; CDS;794;207;531;419;800;209 16s;315;1523;307;1523;315;1523 23s;98;3106;170;3108;169;3108 5s;247;117;174;117;83;117 CDS;;146;;162;;773 </pre> ====ase remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_remarques|ase remarques]] ====ase distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_distribution|ase distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;2;acc;2;aac;1;agc;3;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;2;ggc;;;gtc;3;gcc;2;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;2;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;3;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ase; ;32;;;;;;;ase;58;;;;;;;;ase;6;;;;;; </pre> ====ase données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_données_intercalaires|ase données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ase;fx;fc;ase;fx40;fc40;ase;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 1;0;0;22;13;0;22;13;-1;0;168;78;202;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite 1;0;10;141;464;1;20;60;-2;18;0;279;257;555;585;;245;;atc;97;;cgt 1;3;20;93;279;2;5;59;-3;0;0;387;185;491;793;;**;;gca;14;;aag ;2;30;92;196;3;23;38;-4;91;885;151;74;530;;;15;;ttc;11;;aga 1;6;40;63;226;4;21;48;-5;0;1;595;8;799;;;62;;gac;1;;aaa 1;2;50;101;178;5;10;43;-6;2;0;338;459;16s 23s;;;**;;gaa;1;;atgf 1;3;60;130;183;6;12;28;-7;11;18;92;430;2* 345;;;47;;acc;1;;gtc 2;1;70;137;193;7;12;31;-8;6;71;274;148;2* 344;;;**;;atgj;5;;gaa 2;3;80;126;160;8;9;37;-9;2;1;434;262;2* 352;;;118;;aag;44;;aac ;2;90;104;171;9;17;53;-10;4;9;817;54;23s 5s;;;**;;aag;1;;tcc 1;3;100;101;126;10;12;67;-11;17;22;42;132;2* 105;;;-;130;gga;2;;gtg 1;1;110;95;122;11;9;49;-12;5;0;1343;-12;114;;;**;;cca;96;;cac 2;2;120;82;98;12;11;33;-13;6;12;94;296;100;;;29;;tgc;**;;other ;0;130;96;96;13;8;33;-14;18;12;138;217;176;;;**;;gcg;152;;ctg 5;2;140;89;88;14;5;26;-15;11;1;79;827;175;;;20;;ctc;**;;gca 1;0;150;62;78;15;11;23;-16;4;5;103;131;5s CDS;;;**;;tac;18;;gtc 1;1;160;73;82;16;17;28;-17;12;6;55;19;245;377;;9;;cgg;38;;tgc 1;0;170;66;71;17;6;23;-18;4;0;221;151;983;122;;17;;cca;**;;ggc 1;2;180;59;57;18;8;12;-19;6;5;203;278;;247;;5;;agc;532;;gag 1;1;190;61;70;19;10;17;-20;5;6;89;32;;83;;4;;ctg;57;;gag ;0;200;65;58;20;8;35;-21;1;0;244;104;;;;11;;cag;**;;cag 2;1;210;55;45;21;15;20;-22;2;3;91;43;tRNA CDS;suite;;4;;ggc;40;;cgt 1;0;220;39;46;22;11;24;-23;8;7;13;411;34;77;;3;;cgt;**;;agc ;1;230;42;53;23;7;23;-24;7;0;373;69;35;1017;;43;;gcc;;; ;0;240;39;37;24;10;14;-25;1;5;38;167;412;;;**;;tgg;;; ;1;250;41;48;25;11;18;-26;8;5;315;136;380;;;199;;tgg;;; 1;0;260;36;17;26;2;24;-27;0;1;47;136;113;;;157;;ggg;;; 1;0;270;43;33;27;17;14;-28;3;4;38;112;178;;;64;;gcc;;; 2;2;280;34;33;28;6;14;-29;3;4;1132;546;51;;;81;;gag;;; ;0;290;23;29;29;4;28;-30;2;0;362;419;55;;;141;;gga;;; 1;1;300;22;29;30;9;17;-31;4;1;19;64;116;;;144;;caa;;; ;0;310;31;21;31;1;22;-32;7;4;19;136;451;;;1;;ttg;;; ;2;320;22;22;32;6;34;-33;2;0;23;175;65;;;5;;acc;;; 1;0;330;16;20;33;10;20;-34;3;1;31;204;135;;;**;;ggc;;; ;1;340;20;32;34;4;23;-35;6;0;22;273;296;;;110;;cag;;; ;1;350;22;24;35;4;22;-36;1;0;409;91;599;;;4;;ctc;;; ;0;360;24;19;36;7;19;-37;1;2;345;116;71;;;1;;acg;;; ;2;370;14;16;37;7;23;-38;5;0;317;329;81;;;5;;ctg;;; ;2;380;11;14;38;7;29;-39;0;0;699;408;37;;;30;;gcg;;; ;1;390;13;14;39;7;14;-40;2;1;;;171;;;5;;gac;;; ;0;400;15;10;40;10;20;-41;0;3;;;190;;;1;;agc;;; 8;11;reste;259;295;reste;2268;2688;-42;2;0;;;370;;;**;;atc;;; 41;60;total;2679;3866;total;2679;3866;-43;2;1;;;524;;;;;;;; 32;49;diagr;2398;3558;diagr;389;1165;-44;2;4;;;;;;;;;;; 2;5; t30;326;939;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;; ;x;2657;352;22;3031;;;-49;0;2;;;;;;;;;;; ;c;3853;1300;13;5166;;;-50;3;0;;;;;;;;;;; ;;;;;8197;183;;reste;53;28;;;;;;;;;;; ;;;;;;8380;;total;352;1300;;;;;;;;;;; </pre> =====ase autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires_aas|ase autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ase;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;12497;78;; ;tRNA;13471;245;;atc ;tRNA;13790;202;;gca fin;CDS;14065;;comp; deb;CDS;45153;279;comp; ;tRNA;46248;257;comp;ctg fin;CDS;46588;;; deb;CDS;65469;387;comp; ;tRNA;66711;151;comp;ggg fin;CDS;66936;;comp; deb;CDS;145264;595;comp; ;tRNA;146168;15;comp;ttc ;tRNA;146260;62;comp;gac ;tRNA;146396;338;comp;gaa fin;CDS;146807;;comp; deb;CDS;153733;555;; ;rRNA;155650;345;;16s ;rRNA;157512;105;;23s ;rRNA;160691;377;;5s fin;CDS;161185;;comp; deb;CDS;164168;92;; ;tRNA;164809;274;;aaa fin;CDS;165158;;; deb;CDS;261106;434;; ;tRNA;262062;817;;aaa fin;CDS;262948;;; deb;CDS;457033;185;comp; ;tRNA;458877;74;;acg fin;CDS;459025;;comp; deb;CDS;568633;491;; ;rRNA;569499;345;;16s ;rRNA;571360;114;;23s ;rRNA;574548;245;;5s fin;CDS;574910;;; deb;CDS;627485;42;; ;tRNA;628439;8;;gac fin;CDS;628521;;comp; deb;CDS;643285;1343;; ;tRNA;645777;459;;agg fin;CDS;646309;;comp; deb;CDS;747348;430;; ;tRNA;748768;148;comp;tac fin;CDS;749000;;; deb;CDS;752175;94;; ;tRNA;754798;47;;acc ;tRNA;754918;138;;atgj fin;CDS;755129;;; deb;CDS;755829;79;; ;tRNA;756304;103;;tgg fin;CDS;756480;;; deb;CDS;940643;55;; ;tRNA;942060;221;;tta fin;CDS;942364;;; deb;CDS;1120784;33;; ;tmRNA;1121477;553;; fin;CDS;1122412;;comp; deb;CDS;1155560;203;comp; ;tRNA;1156105;89;comp;gcc fin;CDS;1156267;;comp; deb;CDS;1222705;262;; ;tRNA;1223897;244;comp;cta fin;CDS;1224225;;comp; deb;CDS;1237525;91;; ;tRNA;1238207;54;;cac fin;CDS;1238337;;comp; deb;CDS;1248040;132;comp; ;tRNA;1249399;118;;aag ;tRNA;1249593;-12;;aag fin;CDS;1249654;;comp; deb;CDS;1335812;296;; ;tRNA;1336393;13;comp;aga fin;CDS;1336479;;comp; deb;CDS;1399552;373;comp; ;tRNA;1400450;130;comp;gga ;tRNA;1400651;38;;cca fin;CDS;1400763;;; deb;CDS;1406634;585;comp; ;rRNA;1407435;344;;16s ;rRNA;1409295;105;;23s ;rRNA;1412474;122;;5s fin;CDS;1412713;;comp; deb;CDS;1519931;217;comp; ;tRNA;1520472;315;;aac fin;CDS;1520860;;; deb;CDS;1522138;47;; ;tRNA;1522359;827;;atgi fin;CDS;1523260;;comp; deb;CDS;1604562;38;; ;tRNA;1605065;1132;;gta fin;CDS;1606269;;; deb;CDS;1618796;261;comp; ;ncRNA;1619690;61;comp; fin;CDS;1620155;;; deb;CDS;1935668;362;comp; ;tRNA;1936828;131;comp;ttg fin;CDS;1937036;;; deb;CDS;2434657;19;; ;tRNA;2435579;151;comp;ctc fin;CDS;2435813;;; deb;CDS;2570204;793;comp; ;rRNA;2571618;352;;16s ;rRNA;2573486;100;;23s ;rRNA;2576661;247;;5s fin;CDS;2577025;;comp; deb;CDS;4900233;19;comp; ;tRNA;4901800;29;comp;tgc ;tRNA;4901908;19;comp;gcg deb;CDS;4902001;23;comp; ;tRNA;4902345;31;comp;gac fin;CDS;4902449;;comp; deb;CDS;4989030;22;; ;tRNA;4989784;278;;other fin;CDS;4990157;;comp; deb;CDS;5443888;409;; ;tRNA;5444936;20;;ctc ;tRNA;5445030;32;;tac fin;CDS;5445144;;comp; deb;CDS;6208479;104;; ;tRNA;6209594;9;comp;cgg ;tRNA;6209676;17;comp;cca ;tRNA;6209767;5;comp;agc ;tRNA;6209865;4;comp;ctg ;tRNA;6209944;11;comp;cag ;tRNA;6210027;4;comp;ggc ;tRNA;6210105;3;comp;cgt ;tRNA;6210181;43;comp;gcc ;tRNA;6210298;345;comp;tgg fin;CDS;6210715;;comp; deb;CDS;6288256;317;comp; ;tRNA;6290910;43;comp;tga fin;CDS;6291049;;; deb;CDS;6397947;699;; ;tRNA;6399123;199;;tgg ;tRNA;6399396;157;;ggg ;tRNA;6399626;64;;gcc ;tRNA;6399763;81;;gag ;tRNA;6399916;141;;gga ;tRNA;6400131;144;;caa ;tRNA;6400352;1;;ttg ;tRNA;6400428;5;;acc ;tRNA;6400506;34;;ggc deb;CDS;6400612;35;; ;tRNA;6401091;110;;cag ;tRNA;6401274;4;;ctc ;tRNA;6401352;1;;acg ;tRNA;6401429;5;;ctg ;tRNA;6401509;30;;gcg ;tRNA;6401615;5;;gac ;tRNA;6401692;1;;agc ;tRNA;6401781;6;;atc ;ncRNA;6401861;7;; ;tRNA;6402235;97;;cgt ;tRNA;6402407;14;;aag ;tRNA;6402492;11;;aga ;tRNA;6402577;1;;aaa ;tRNA;6402652;1;;atgf ;tRNA;6402729;1;;gtc ;tRNA;6402806;5;;gaa ;tRNA;6402885;44;;aac ;tRNA;6403003;1;;tcc ;tRNA;6403090;2;;gtg ;tRNA;6403166;96;;cac ;tRNA;6403333;411;;other fin;CDS;6403817;;comp; deb;CDS;6543191;412;; ;tRNA;6544032;152;;ctg ;tRNA;6544259;380;;gca deb;CDS;6544712;113;; ;tRNA;6546031;178;;gac fin;CDS;6546284;;; deb;CDS;6934653;69;; ;tRNA;6935889;51;comp;ccc fin;CDS;6936014;;comp; deb;CDS;6991353;983;comp; ;rRNA;6992612;176;comp;5s ;rRNA;6992905;344;comp;23s ;rRNA;6996322;530;comp;16s fin;CDS;6998368;;comp; deb;CDS;7455514;167;; ;tRNA;7456776;55;comp;gtg fin;CDS;7456903;;comp; deb;CDS;7481701;83;; ;rRNA;7484073;175;comp;5s ;rRNA;7484365;352;comp;23s ;rRNA;7487790;799;comp;16s fin;CDS;7490105;;comp; deb;CDS;7670534;136;; ;tRNA;7671789;18;comp;gtc ;tRNA;7671882;38;comp;tgc ;tRNA;7671991;116;comp;ggc fin;CDS;7672180;;comp; deb;CDS;7710075;136;; ;tRNA;7711330;28;comp;gtc ;tRNA;7711433;38;comp;tgc ;tRNA;7711542;112;comp;ggc fin;CDS;7711727;;; deb;CDS;8111157;546;; ;tRNA;8112390;532;comp;gag ;tRNA;8112998;57;comp;gag ;tRNA;8113128;451;comp;cag fin;CDS;8113651;;comp; deb;CDS;8275151;65;; ;tRNA;8275876;419;;cgg fin;CDS;8276367;;comp; deb;CDS;8391343;135;comp; ;tRNA;8392786;296;comp;atgf fin;CDS;8393159;;comp; deb;CDS;8397029;599;comp; ;tRNA;8399713;71;comp;atgf fin;CDS;8399858;;comp; deb;CDS;8601686;81;comp; ;tRNA;8603210;37;comp;caa fin;CDS;8603318;;comp; deb;CDS;8623005;64;; ;tRNA;8623795;171;comp;gcg fin;CDS;8624043;;comp; deb;CDS;8821061;136;comp; ;tRNA;8822283;175;;aca fin;CDS;8822532;;comp; deb;CDS;8945870;190;; ;tRNA;8946954;204;;ccg fin;CDS;8947235;;comp; deb;CDS;8963177;104;comp; ;ncRNA;8966809;83;comp; ;tRNA;8966988;273;;tcc fin;CDS;8967346;;comp; deb;CDS;8969168;91;; ;tRNA;8969592;116;comp;tcg fin;CDS;8969798;;; deb;CDS;9077764;329;; ;tRNA;9079185;370;comp;cgt fin;CDS;9079627;;comp; deb;CDS;9084051;524;comp; ;tRNA;9087239;40;comp;cgt ;tRNA;9087352;408;comp;agc fin;CDS;9087851;;; deb;CDS;9100587;77;comp; ;tRNA;9101627;1017;;tca fin;CDS;9102729;;comp; </pre> ====ase intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_entre_cds|ase intercalaires entre cds]] *'''Tableau''' <pre> ase;2.2.21 Paris;;ase 17.12.20;;;;;;;;; ase;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;1652;20.2;'''négatif ;-11;18;-1 à -120;'''9 239 851;-1;1652;610;9 ;'''zéro;35;0.4;;;;;'''intercals;0;35;620;10 ;'''1 à 200;4832;58.9;'''0 à 200;76;56;;'''1 063 558;5;327;630;11 ;'''201 à 370;1047;12.8;'''201 à 370;270;48;;'''11.5%;10;278;640;9 ;'''371 à 600;399;4.9;'''371 à 600;466;64;;;15;208;650;8 ;'''601 à max;232;2.8;'''601 à 1028;901;335;;;20;164;660;5 ;'''total 8197;<201;79.5;'''total 8191;125;189;-120 à 2272;;25;153;670;10 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;135;680;7 3108649;3760;-1;1652;-70;42;;0;35;35;146;690;2 5950001;3290;0;35;-60;13;;-1;°168;40;143;700;3 9227973;3263;1;°80;-50;29;;-2;18;45;135;710;4 5776402;3118;2;64;-40;23;;-3;0;50;144;720;4 6218652;2918;3;61;-30;39;'''min à -1;-4;°976;55;169;730;4 2517961;2663;4;°69;-20;73;1652;-5;1;60;144;740;5 7134889;2272;5;53;-10;159;20.2%;-6;2;65;154;750;6 355339;2255;6;40;0;1309;;-7;29;70;176;760;4 6142216;2155;7;43;10;605;;-8;°77;75;138;770;5 744687;2103;8;46;20;372;;-9;3;80;148;780;3 7132107;2080;9;70;30;288;;-10;13;85;145;790;4 713737;2014;10;°79;40;289;'''1 à 100;-11;°39;90;130;800;5 56486;1991;11;58;50;279;3264;-12;5;95;123;810;3 7915401;1920;12;44;60;313;39.8%;-13;18;100;104;820;5 1728815;1782;13;41;70;330;;-14;°30;105;106;830;3 6917877;1616;14;31;80;286;;-15;12;110;111;840;5 3627392;1532;15;34;90;275;;-16;9;115;101;850;3 6902269;1526;16;°45;100;227;;-17;°18;120;79;860;1 7156539;1508;17;29;110;217;;-18;4;125;101;870;4 4817485;1484;18;20;120;180;;-19;11;130;91;880;4 3228912;1467;19;27;130;192;;-20;°11;135;89;890;4 1528987;1458;20;°43;140;177;;-21;1;140;88;900;1 8078456;1411;21;35;150;140;;-22;5;145;76;910;1 8199307;1409;22;35;160;155;;-23;°15;150;64;920;1 5463416;1395;23;30;170;137;'''1 à 200;-24;7;155;89;930;1 1188761;1392;24;24;180;116;4832;-25;6;160;66;940;1 9239126;1338;25;29;190;131;58.9%;-26;°13;165;76;950;2 3240125;1331;26;26;200;123;;-27;1;170;61;960;0 1083604;1320;27;31;210;100;;-28;7;175;58;970;7 6788001;1297;28;20;220;85;;-29;°7;180;58;980;0 3417418;1292;29;32;230;95;;-30;2;185;67;990;3 6304514;1289;30;26;240;76;'''0 à 200;-31;5;190;64;1000;4 8425004;1285;31;23;250;89;4867;-32;°11;195;72;1010;0 5338257;1267;32;°40;260;53;;;1559;200;51;1020;1 204079;1263;33;30;270;76;;reste;128;205;54;1030;1 6897972;1260;34;27;280;67;;total;1687;210;46;1040;2 ;;35;26;290;52;;;;215;45;1050;3 ;;36;26;300;51;;'''intercal;'''<u>frequence5;220;40;1060;2 ;;37;30;310;52;;600;7965;225;50;1070;0 ;;38;°36;320;44;;650;47;230;45;1080;0 ;;39;21;330;36;;700;27;235;43;1090;3 ;;40;30;340;52;'''201 à 370;750;23;240;33;1100;0 ;;reste;4956;350;46;1047;800;21;245;45;1110;1 ;;total;8197;360;43;12.8%;850;19;250;44;1120;1 ;;;;370;30;;900;14;255;28;1130;1 ;;;;380;25;;950;6;260;25;1140;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;27;;1000;14;265;34;1150;0 1905626;-120;comp;;400;25;;1050;7;270;42;1160;0 1623585;-119;shift2;1160;410;16;;1100;5;275;37;1170;0 3648339;-119;comp;;420;36;;1150;3;280;30;1180;2 5459717;-119;shift2;533;430;19;;1200;4;285;23;1190;1 2592786;-111;comp;;440;20;;1250;2;290;29;1200;1 7166313;-110;shift2;3494;450;19;;1300;11;295;24;reste;42 2954690;-109;;;460;19;;1350;3;300;27;total;8197 3376872;-109;;;470;16;;1400;2;305;28;; 1386988;-107;;;480;20;;1450;2;310;24;; 1241468;-106;;;490;21;;1500;3;315;23;; 2667462;-106;;;500;13;;1550;3;320;21;; 5582768;-106;;;510;22;;1600;0;325;19;; 4986287;-105;;;520;14;;1650;1;330;17;; 5304717;-101;;;530;4;;1700;0;335;33;; 3730598;-100;;;540;16;'''371 à 600;1750;0;340;19;; 5353721;-97;;;550;11;399;1800;1;345;22;; 6351308;-97;;;560;10;4.9%;1850;0;350;24;; 9179797;-95;;;570;12;;1900;0;355;21;; 594603;-94;;;580;14;'''601 à max;1950;1;360;22;; 6906822;-94;;;590;12;232;2000;1;365;12;; 323356;-93;;;600;8;2.8%;;220;370;18;; 1310874;-93;;;reste;232;;reste;12;reste;631;; 5450079;-91;;;total;8197;;total;8197;total;8197;; </pre> ====ase intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> corrélations;;;;;;;;;;;;;; ase. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;; cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;; 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ase;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;19;-108;35;46;872;189;max70;&-43;352;-987;104;910;273;min50 31 à 400;22;-129;74;44;881;195;2 parties;&-18;182;-637;85;976;337;2 parties droite;-a;cste; -;R2;note;R2’;;&-a;cste; -;R2;note;R2’; 1 à 400;125;51; -;847;dte;25;tf;&184;63; -;694;poly;216;SF 31 à 400;129;52; -;849;dte;32;tf;&141;51; -;827;poly;149;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;corrélation;;;;;;;;;;;;; 41-n;0.959;0.922;0.940;;0.346;;;;;;;;;;;;; 1-n;0.814;0.646;0.725;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;; ase;fx;fc;;fx40;fc40;;ase;fx%;fc%;;x;;ase;comp’;continu;ase;comp’;continu 0;22;13;0;22;13;;0;9;4;>0;2657;;-1;0;168;-51;3;0 10;141;464;1;20;60;;10;59;130;<0;352;;-2;18;0;-52;0;3 20;93;279;2;5;59;;20;39;78;zéro;22;;-3;0;0;-53;4;0 30;92;196;3;23;38;;30;38;55;total;3031;;-4;91;885;-54;1;0 40;63;226;4;21;48;;40;26;64;;c;;-5;0;1;-55;0;1 50;101;178;5;10;43;;50;42;50;>0;3853;;-6;2;0;-56;4;0 60;130;183;6;12;28;;60;54;51;<0;1300;;-7;11;18;-57;1;0 70;137;193;7;12;31;;70;57;54;zéro;13;;-8;6;71;-58;3;0 80;126;160;8;9;37;;80;53;45;total;5166;;-9;2;1;-59;4;2 90;104;171;9;17;53;;90;43;48;;;;-10;4;9;-60;0;0 100;101;126;10;12;67;;100;42;35;;;;-11;17;22;-61;0;0 110;95;122;11;9;49;;110;40;34;;;;-12;5;0;-62;2;0 120;82;98;12;11;33;;120;34;28;;;;-13;6;12;-63;0;0 130;96;96;13;8;33;;130;40;27;;;;-14;18;12;-64;1;0 140;89;88;14;5;26;;140;37;25;;;;-15;11;1;-65;3;0 150;62;78;15;11;23;;150;26;22;;;;-16;4;5;-66;1;0 160;73;82;16;17;28;;160;30;23;;;;-17;12;6;-67;2;1 170;66;71;17;6;23;;170;28;20;;;;-18;4;0;-68;2;0 180;59;57;18;8;12;;180;25;16;;;;-19;6;5;-69;1;0 190;61;70;19;10;17;;190;25;20;;;;-20;5;6;-70;0;2 200;65;58;20;8;35;;200;27;16;;;;-21;1;0;-71;0;0 210;55;45;21;15;20;;210;23;13;;;;-22;2;3;-72;2;0 220;39;46;22;11;24;;220;16;13;;;;-23;8;7;-73;0;0 230;42;53;23;7;23;;230;18;15;;;;-24;7;0;-74;1;1 240;39;37;24;10;14;;240;16;10;;;;-25;1;5;-75;0;0 250;41;48;25;11;18;;250;17;13;;;;-26;8;5;-76;0;1 260;36;17;26;2;24;;260;15;5;;;;-27;0;1;-77;0;0 270;43;33;27;17;14;;270;18;9;;;;-28;3;4;-78;0;0 280;34;33;28;6;14;;280;14;9;;;;-29;3;4;-79;0;1 290;23;29;29;4;28;;290;10;8;;;;-30;2;0;-80;1;0 300;22;29;30;9;17;;300;9;8;;;;-31;4;1;-81;1;0 310;31;21;31;1;22;;310;13;6;;;;-32;7;4;-82;2;1 320;22;22;32;6;34;;320;9;6;;;;-33;2;0;-83;0;0 330;16;20;33;10;20;;330;7;6;;;;-34;3;1;-84;0;0 340;20;32;34;4;23;;340;8;9;;;;-35;6;0;-85;0;0 350;22;24;35;4;22;;350;9;7;;;;-36;1;0;-86;2;1 360;24;19;36;7;19;;360;10;5;;;;-37;1;2;-87;1;0 370;14;16;37;7;23;;370;6;4;;;;-38;5;0;-88;1;0 380;11;14;38;7;29;;380;5;4;;;;-39;0;0;-89;0;1 390;13;14;39;7;14;;390;5;4;;;;-40;2;1;-90;0;0 400;15;10;40;10;20;;400;6;3;;;;-41;0;3;-91;0;1 reste;259;295;;2268;2688;;;;;;;;-42;2;0;-92;0;0 total;2679;3866;;2679;3866;;t30;136;264;;;;-43;2;1;-93;2;0 diagr;2398;3558;;389;1165;;t50;204;377;;;;-44;2;4;-94;0;2 - t30;2072;2619;;;;;;;;;;;-45;0;0;-95;0;1 - t50;1908;2215;;;;;;;;;;;-46;0;1;-96;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;2;1;-97;0;2 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;-98;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;2;-99;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;3;0;-100;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;53;28;reste;8;7 ;;;;;;;;;;;;;total;352;1300;total;53;28 </pre> ====ase intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_négatifs_S-|ase intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ase;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;; comp’;0;18;0;84;0;2;10;5;2;4;15;4;4;17;10;4;11;4;5;5;1;2;7;6;1;8;0;2;3;1;3;5;2;3;5;1;1;5;0;1;0;2;2;1;0;0;2;0;0;2;2;0;3;1;0;4;0;2;4;0;0;2;0;1;3;1;2;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;2;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;8;319;49 continu;168;0;0;892;1;0;19;72;1;9;24;1;14;13;2;5;7;0;6;6;0;3;8;1;5;5;1;5;4;1;2;6;0;1;1;0;2;0;0;2;3;0;1;5;0;1;1;0;2;1;1;3;1;0;1;0;1;1;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;2;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;1;6;1333;32 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;ase;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;reste;total ;comp’;0;18;0;91;0;2;11;6;2;4;17;5;6;18;11;4;12;4;6;5;1;2;8;7;1;8;0;3;3;2;4;7;2;3;6;1;1;5;0;2;0;2;2;2;0;0;2;0;0;3;53;352;3;0;4;1;0;4;1;3;4;0;0;2;0;1;3;1;2;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;2;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;8;53 ;continu;168;0;0;885;1;0;18;71;1;9;22;0;12;12;1;5;6;0;5;6;0;3;7;0;5;5;1;4;4;0;1;4;0;1;0;0;2;0;0;1;3;0;1;4;0;1;1;0;2;0;28;1300;0;3;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;2;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;7;28 </pre> ====ase autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires|ase autres intercalaires]] <pre> ase;autres intercalaires;;adresses1;;;ase;autres intercalaires;;adresses2;;;ase;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;12497;78;;;deb;°CDS;1519931;217;comp;;deb;°CDS;6543191;412; ;&tRNA;13471;245;;;;&tRNA;1520472;315;;;;&tRNA;6544032;152; ;&tRNA;13790;202;;;fin;°CDS;1520860;;;;;&tRNA;6544259;380; fin;°CDS;14065;;comp;;deb;°CDS;1522138;47;;;deb;°CDS;6544712;113; deb;°CDS;45153;279;comp;;;&tRNA;1522359;827;;;;&tRNA;6546031;178; ;&tRNA;46248;257;comp;;fin;°CDS;1523260;;comp;;fin;°CDS;6546284;; fin;°CDS;46588;;;;deb;°CDS;1604562;38;;;deb;°CDS;6934653;69; deb;°CDS;65469;387;comp;;;&tRNA;1605065;1132;;;;&tRNA;6935889;51;comp ;&tRNA;66711;151;comp;;fin;°CDS;1606269;;;;fin;°CDS;6936014;;comp fin;°CDS;66936;;comp;;deb;°CDS;1618796;261;comp;;deb;°CDS;6991353;983;comp deb;°CDS;145264;595;comp;;;ncRNA;1619690;61;comp;;;$rRNA;6992612;176;comp ;&tRNA;146168;15;comp;;fin;°CDS;1620155;;;;;$rRNA;6992905;344;comp ;&tRNA;146260;62;comp;;deb;°CDS;1935668;362;comp;;;$rRNA;6996322;530;comp ;&tRNA;146396;338;comp;;;&tRNA;1936828;131;comp;;fin;°CDS;6998368;;comp fin;°CDS;146807;;comp;;fin;°CDS;1937036;;;;deb;°CDS;7455514;167; deb;°CDS;153733;555;;;deb;°CDS;2434657;19;;;;&tRNA;7456776;55;comp ;$rRNA;155650;345;;;;&tRNA;2435579;151;comp;;fin;°CDS;7456903;;comp ;$rRNA;157512;105;;;fin;°CDS;2435813;;;;deb;°CDS;7481701;83; ;$rRNA;160691;377;;;deb;°CDS;2570204;793;comp;;;$rRNA;7484073;175;comp fin;°CDS;161185;;comp;;;$rRNA;2571618;352;;;;$rRNA;7484365;352;comp deb;°CDS;164168;92;;;;$rRNA;2573486;100;;;;$rRNA;7487790;799;comp ;&tRNA;164809;274;;;;$rRNA;2576661;247;;;fin;°CDS;7490105;;comp fin;°CDS;165158;;;;fin;°CDS;2577025;;comp;;deb;°CDS;7670534;136; deb;°CDS;261106;434;;;deb;°CDS;4900233;19;comp;;;&tRNA;7671789;18;comp ;&tRNA;262062;817;;;;&tRNA;4901800;29;comp;;;&tRNA;7671882;38;comp fin;°CDS;262948;;;;;&tRNA;4901908;19;comp;;;&tRNA;7671991;116;comp deb;°CDS;457033;185;comp;;deb;°CDS;4902001;23;comp;;fin;°CDS;7672180;;comp ;&tRNA;458877;74;;;;&tRNA;4902345;31;comp;;deb;°CDS;7710075;136; fin;°CDS;459025;;comp;;fin;°CDS;4902449;;comp;;;&tRNA;7711330;28;comp deb;°CDS;568633;491;;;deb;°CDS;4989030;22;;;;&tRNA;7711433;38;comp ;$rRNA;569499;345;;;;&tRNA;4989784;278;;;;&tRNA;7711542;112;comp ;$rRNA;571360;114;;;fin;°CDS;4990157;;comp;;fin;°CDS;7711727;; ;$rRNA;574548;245;;;deb;°CDS;5443888;409;;;deb;°CDS;8111157;546; fin;°CDS;574910;;;;;&tRNA;5444936;20;;;;&tRNA;8112390;532;comp deb;°CDS;627485;42;;;;&tRNA;5445030;32;;;;&tRNA;8112998;57;comp ;&tRNA;628439;8;;;fin;°CDS;5445144;;comp;;;&tRNA;8113128;451;comp fin;°CDS;628521;;comp;;deb;°CDS;6208479;104;;;fin;°CDS;8113651;;comp deb;°CDS;643285;1343;;;;&tRNA;6209594;9;comp;;deb;°CDS;8275151;65; ;&tRNA;645777;459;;;;&tRNA;6209676;17;comp;;;&tRNA;8275876;419; fin;°CDS;646309;;comp;;;&tRNA;6209767;5;comp;;fin;°CDS;8276367;;comp deb;°CDS;747348;430;;;;&tRNA;6209865;4;comp;;deb;°CDS;8391343;135;comp ;&tRNA;748768;148;comp;;;&tRNA;6209944;11;comp;;;&tRNA;8392786;296;comp fin;°CDS;749000;;;;;&tRNA;6210027;4;comp;;fin;°CDS;8393159;;comp deb;°CDS;752175;94;;;;&tRNA;6210105;3;comp;;deb;°CDS;8397029;599;comp ;&tRNA;754798;47;;;;&tRNA;6210181;43;comp;;;&tRNA;8399713;71;comp ;&tRNA;754918;138;;;;&tRNA;6210298;345;comp;;fin;°CDS;8399858;;comp fin;°CDS;755129;;;;fin;°CDS;6210715;;comp;;deb;°CDS;8601686;81;comp deb;°CDS;755829;79;;;deb;°CDS;6288256;317;comp;;;&tRNA;8603210;37;comp ;&tRNA;756304;103;;;;&tRNA;6290910;43;comp;;fin;°CDS;8603318;;comp fin;°CDS;756480;;;;fin;°CDS;6291049;;;;deb;°CDS;8623005;64; deb;°CDS;940643;55;;;deb;°CDS;6397947;699;;;;&tRNA;8623795;171;comp ;&tRNA;942060;221;;;;&tRNA;6399123;199;;;fin;°CDS;8624043;;comp fin;°CDS;942364;;;;;&tRNA;6399396;157;;;deb;°CDS;8821061;136;comp deb;°CDS;1120784;33;;;;&tRNA;6399626;64;;;;&tRNA;8822283;175; ;tmRNA;1121477;553;;;;&tRNA;6399763;81;;;fin;°CDS;8822532;;comp fin;°CDS;1122412;;comp;;;&tRNA;6399916;141;;;deb;°CDS;8945870;190; deb;°CDS;1155560;203;comp;;;&tRNA;6400131;144;;;;&tRNA;8946954;204; ;&tRNA;1156105;89;comp;;;&tRNA;6400352;1;;;fin;°CDS;8947235;;comp fin;°CDS;1156267;;comp;;;&tRNA;6400428;5;;;deb;°CDS;8963177;104;comp deb;°CDS;1222705;262;;;;&tRNA;6400506;34;;;;ncRNA;8966809;83;comp ;&tRNA;1223897;244;comp;;deb;°CDS;6400612;35;;;;&tRNA;8966988;273; fin;°CDS;1224225;;comp;;;&tRNA;6401091;110;;;fin;°CDS;8967346;;comp deb;°CDS;1237525;91;;;;&tRNA;6401274;4;;;deb;°CDS;8969168;91; ;&tRNA;1238207;54;;;;&tRNA;6401352;1;;;;&tRNA;8969592;116;comp fin;°CDS;1238337;;comp;;;&tRNA;6401429;5;;;fin;°CDS;8969798;; deb;°CDS;1248040;132;comp;;;&tRNA;6401509;30;;;deb;°CDS;9077764;329; ;&tRNA;1249399;118;;;;&tRNA;6401615;5;;;;&tRNA;9079185;370;comp ;&tRNA;1249593;-12;;;;&tRNA;6401692;1;;;fin;°CDS;9079627;;comp fin;°CDS;1249654;;comp;;;&tRNA;6401781;6;;;deb;°CDS;9084051;524;comp deb;°CDS;1335812;296;;;;ncRNA;6401861;7;;;;&tRNA;9087239;40;comp ;&tRNA;1336393;13;comp;;;&tRNA;6402235;97;;;;&tRNA;9087352;408;comp fin;°CDS;1336479;;comp;;;&tRNA;6402407;14;;;fin;°CDS;9087851;; deb;°CDS;1399552;373;comp;;;&tRNA;6402492;11;;;deb;°CDS;9100587;77;comp ;&tRNA;1400450;130;comp;;;&tRNA;6402577;1;;;;&tRNA;9101627;1017; ;&tRNA;1400651;38;;;;&tRNA;6402652;1;;;fin;°CDS;9102729;;comp fin;°CDS;1400763;;;;;&tRNA;6402729;1;;;;;;; deb;°CDS;1406634;585;comp;;;&tRNA;6402806;5;;;;;;; ;$rRNA;1407435;344;;;;&tRNA;6402885;44;;;;;;; ;$rRNA;1409295;105;;;;&tRNA;6403003;1;;;;;;; ;$rRNA;1412474;122;;;;&tRNA;6403090;2;;;;;;; fin;°CDS;1412713;;comp;;;&tRNA;6403166;96;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;6403333;411;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;6403817;;comp;;;;;; </pre> ====ase intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_tRNA|ase intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;245;;78;comp’;202;;19;13;; ;;;279;comp’;257;;22;19;'''deb; ;;;387;;151;;23;31;<201;18 ;15;;595;;338;;35;34;total;32 ;62;;;;;;38;37;taux;56% ;;;92;;274;;42;38;; ;;;434;;817;;47;51;'''fin; ;;comp’;185;comp’;74;;55;55;<201;16 ;;;42;comp’;8;;65;71;total;28 ;;;1343;comp’;459;;78;89;taux;57% ;;comp’;430;comp’;148;;79;103;; ;47;;94;;138;;81;116;'''total; ;;;79;;103;;91;138;<201;34 ;;;55;;221;;92;151;total;60 ;;;203;;89;;94;171;taux;57% ;;comp’;262;;244;;113;178;; ;;;91;comp’;54;;135;221;; ;118;comp’;132;comp’;-12;;190;244;; ;;comp’;296;;13;;203;274;; comp’;130;;373;;38;;279;296;; ;;comp’;217;;315;;317;315;; ;;;47;comp’;827;;362;338;; ;;;38;;1132;;373;345;; ;;;362;comp’;131;;387;370;; ;;comp’;19;comp’;151;;409;380;; ;29;;19;;19;;412;451;; ;;;23;;31;;434;817;; ;;;22;comp’;278;;524;1132;; ;20;;409;comp’;32;;595;'''-;; 5aas;9 17 5 4 11 ;comp’;104;;345;;599;'''-;; 3aas;4 3 43;;;;;;699;'''-;; ;;;317;comp’;43;;1343;'''-;'''comp’;'''cumuls 8aas;199 157 64 81 141 144 1 5;;699;;34;;19;'''-12;; 7aas;110 4 1 5 30 5 1 6ncRNA7;;35;comp’;411;;64;8;'''deb; 11aas ;97 14 11 1 1 1 5 44 1 2 96;;;;;;69;32;<201;12 ;152;;412;;380;;77;43;total;18 ;;;113;;178;;91;54;taux;67% ;;comp’;69;;51;;104;74;; ;;comp’;167;;55;;132;112;'''fin; ;18 38;comp’;136;;116;;136;116;<201;12 ;28 38;comp’;136;comp’;112;;136;131;total;23 ;532 57;comp’;546;;451;;136;148;taux;34% ;;;65;comp’;419;;167;151;; ;;;135;;296;;185;175;'''total; ;;;599;;71;;217;202;<201;24 ;;;81;;37;;262;204;total;41 ;;comp’;64;;171;;296;257;taux;59% ;;comp’;136;comp’;175;;329;273;; ;;;190;comp’;204;;430;278;; ;;;;comp’;273;;546;408;; ;;comp’;91;comp’;116;;'''-;411;; ;;comp’;329;;370;;'''-;419;; ;40;;524;comp’;408;;'''-;459;; ;;comp’;77;comp’;1017;;'''-;827;; ;;;;;;;'''-;1017;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;30;28;58;;;;;;; total;50;51;101;;;;;;; taux;60%;55%;57%;;;;;;; </pre> ===blo=== ====blo opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_opérons|blo opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Bifi_long_NCC2705/bifiLong-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_004307.2;blo;genome;57;;; 60%GC;30.6.19 Paris;16s 4;NCBI;gtRNAdb;doubles;intercalaires ;Bifidobacterium longum NCC2705;;;;; ;115187..115260;;val;gta;; ;;;;;; ;159243..160772;;16s;;@1;430 ;161203..164268;;23s;;;168 ;164437..164556;;5s;;; ;;;;;; comp;207382..207457;;tgg;tgg;; ;;;;;; comp;382849..382924;;aac;aac;+;43 comp;382968..383040;;aac;aac;2 aac; ;;;;;; comp;440078..440150;;aac;aac;; ;;;;;; ;503549..503624;;gly;ggc;+;24 ;503649..503719;;tgc;tgc;2 ggc;41 ;503761..503835;;val;gtc;;45 ;503881..503953;;val;gtg;;31 ;503985..504060;;gly;ggc;; ;;;;;; ;521008..521084;;pro;ccc;; ;;;;;; ;648764..648851;;leu;ctc;; ;;;;;; comp;747296..747369;;arg;cgt;+;29 comp;747399..747472;;arg;cgt;2 cgt; ;;;;;; ;775646..775716;;gln;caa;; ;;;;;; ;778709..778784;;ala;gcc;+;86 ;778871..778946;;ala;gcc;2 gcc; ;;;;;; ;793729..793805;;pro;cca;; ;;;;;; comp;804390..804463;;leu;ttg;; ;;;;;; comp;841055..841136;;leu;tta;; ;;;;;; ;937056..937131;;cac;cac;; ;;;;;; comp;981177..981253;;arg;aga;; ;;;;;; ;1202433..1202505;;thr;acg;;87 ;1202593..1202676;;leu;cta;; ;;;;;; ;1208139..1208211;;thr;acg;; ;;;;;; comp;1264390..1264465;;val;gtg;;48 comp;1264514..1264585;;val;gtc;;46 comp;1264632..1264704;;gly;ggc;; ;;;;;; comp;1280591..1280666;;arg;cgg;; ;;;;;; ;1295466..1295542;;atg;atgf;; ;;;;;; comp;1350001..1350074;;lys;aag;; ;;;;;; comp;1388875..1388950;;lys;aaa;; ;;;;;; ;1410594..1410681;;ser;tcc;; ;;;;;; comp;1424793..1424867;;gln;cag;;36 comp;1424904..1424979;;glu;gag;; ;;;;;; comp;1524142..1524215;;gly;ggg;; ;;;;;; ;1534802..1534887;;leu;ctg;; ;;;;;; ;1606163..1606236;;ile;atc;;42 ;1606279..1606351;;ala;gca;; ;;;;;; comp;1646835..1646911;;thr;aca;; ;;;;;; ;1705902..1707431;;16s;;;429 ;1707861..1710926;;23s;;;168 ;1711095..1711215;;5s;;; ;;;;;; ;1712083..1713614;;16s;;;422 ;1714037..1717102;;23s;;;168 ;1717271..1717390;;5s;;; ;;;;;; ;1769952..1770027;;ala;gcg;; ;;;;;; ;1905665..1905740;;tgg;tgg;; ;;;;;; ;1908902..1910431;;16s;;;428 ;1910860..1913926;;23s;;;168 ;1914095..1914214;;5s;;; ;;;;;; ;1936132..1936205;;gly;gga;; ;;;;;; ;1971396..1971477;;tac;tac;;1 ;1971479..1971550;;thr;acc;;4 ;1971555..1971631;;atg;atgj;; ;;;;;; ;1979312..1979401;;ser;agc;; ;;;;;; ;2016025..2016112;;ser;tcg;; ;;;;;; ;2047072..2047159;;ser;tca;; ;;;;;; comp;2068637..2068713;;pro;ccg;; ;;;;;; comp;2085402..2085473;;glu;gaa;; ;;;;;; ;2087969..2088042;;gac;gac;;47 ;2088090..2088165;;ttc;ttc;; ;;;;;; ;2110850..2110926;;gac;gac;; ;;;;;; ;2130626..2130699;;atg;atgi;; ;;;;;; ;2171440..2171512;;arg;agg;; </pre> ====blo cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_cumuls|blo cumuls]] <pre> blo cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;4;1;1;- ;16 23 5s 0;4;20;1; ;16 atc gca;0;40;4; ;16 23 5s a;0;60;7; ;max a;0;80;0; ;a doubles;0;100;2; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;0; sans ;opérons;41;160;0; ;1 aa;31;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;4;;0; ;total aas;55;;15;0 total aas;;55;;; remarques;;1;;; avec jaune;;;moyenne;41; ;;;variance;24; sans jaune;;;moyenne;34; ;;;variance;16; </pre> ====blo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_blocs|blo blocs]] <pre> blo blocs;;;; 16s;430;1530;422;1532 23s;168;3066;168;3066 5s;;120;;120 ;;;; 16s;429;1530;428;1530 23s;168;3066;168;3067 5s;;121;;120 </pre> ====blo remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_remarques|blo remarques]] ====blo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_distribution|blo distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;1;ggc;3;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total blo;;31;;;;;;;blo;19;;;;;;;;blo;6;;;;;; </pre> ====blo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_données_intercalaires|blo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;blo;fx;fc;blo;fx40;fc40;blo;x-;c-;c;x;c;x;aa 2;1;0;2;1;0;2;1;-1;;52;163;190;CDS 16s;; ;0;10;17;87;1;1;12;-2;1;0;231;284;618;518; ;0;20;8;70;2;1;15;-3;;0;-17;-39;573;; ;0;30;15;50;3;1;8;-4;2;109;154;558;5s 16s;; ;1;40;14;34;4;2;5;-5;;0;148;159;866;; ;0;50;16;40;5;3;9;-6;;1;64;95;16s 23s;; ;2;60;17;51;6;1;9;-7;;1;216;204;432;; 1;4;70;16;43;7;1;4;-8;2;8;60;336;3* 431;; 1;3;80;18;40;8;1;8;-9;;0;187;76;23s 5s;; ;0;90;27;47;9;4;6;-10;;3;117;288;4* 170;; 2;1;100;14;34;10;2;11;-11;;9;116;206;5s CDS;; ;1;110;15;42;11;1;10;-12;;0;94;167;375;188; ;4;120;17;40;12;0;7;-13;;0;218;193;;251; ;2;130;18;38;13;1;7;-14;1;10;206;97;tRNA tRNA;; ;1;140;16;38;14;2;3;-15;;0;272;215;43;;aac ;3;150;15;30;15;1;14;-16;;1;467;175;**;;aac 1;3;160;24;25;16;0;8;-17;1;7;67;580;27;;ggc 1;1;170;12;43;17;0;9;-18;;0;192;469;41;;tgc 1;2;180;20;33;18;1;5;-19;1;2;158;-8;48;;gtc 1;1;190;8;15;19;1;3;-20;1;1;149;62;31;;gtg 1;3;200;10;24;20;1;4;-21;;0;251;356;**;;ggc 3;1;210;15;14;21;0;7;-22;1;0;192;309;29;;cgt 1;2;220;16;16;22;2;6;-23;;0;256;204;**;;cgt ;2;230;12;11;23;2;8;-24;;0;365;519;89;;gcc ;1;240;5;17;24;3;4;-25;1;0;433;333;**;;gcc ;1;250;9;12;25;1;6;-26;;1;113;253;87;;acg 1;2;260;6;11;26;3;7;-27;;0;199;;**;;cta ;0;270;6;17;27;1;3;-28;1;1;75;;48;;gtg ;2;280;11;11;28;1;3;-29;;0;142;;46;;gtc 2;0;290;4;3;29;1;4;-30;;0;74;;**;;ggc ;0;300;5;12;30;1;2;-31;;1;306;;39;;cag 1;1;310;6;7;31;2;6;-32;1;0;871;;**;;gag ;1;320;5;11;32;1;3;-33;;0;102;;42;;atc ;2;330;3;3;33;4;2;-34;;0;314;;**;;gca 2;0;340;7;5;34;1;4;-35;1;0;130;;1;;tac ;0;350;2;3;35;0;2;-36;;0;55;;4;;acc 1;0;360;6;6;36;1;3;-37;;0;329;;**;;atgj ;1;370;3;1;37;1;3;-38;1;0;130;;47;;gac ;1;380;5;4;38;1;2;-39;1;0;37;;**;;ttc ;0;390;2;2;39;1;9;-40;;0;178;;;; ;1;400;3;3;40;2;0;-41;;0;519;;;; 4;5;reste;49;51;reste;443;803;-42;;0;61;;;; 26;56;total;499;1045;total;499;1045;-43;;1;71;;;; 20;50;diagr;448;993;diagr;54;241;-44;;0;376;;;; 0;0; t30;40;207;;;;-45;;0;397;;;; ;;;;;;;;-46;;0;327;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;179;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;245;;;; ;x;497;18;2;517;;;-49;;0;222;;;; ;c;1044;210;1;1255;;;-50;;0;271;;;; ;;;;;1772;128;;reste;2;2;69;;;; ;;;;;;1900;;total;18;210;224;;;; ;;;;;;;;;;;422;;;; ;;;;;;;;;;;117;;;; ;;;;;;;;;;;137;;;; ;;;;;;;;;;;156;;;; </pre> =====blo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires_aas|blo autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;blo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;54774;55427;6;*; ;comp;regulatory;55434;55585;84;*; fin;;CDS;55670;56692;;0; deb;;CDS;114598;115023;163;*; ;;tRNA;115187;115260;231;*;gta fin;;CDS;115492;117195;;; deb;comp;CDS;139965;140909;-10;*; ;comp;regulatory;140900;141008;336;*; fin;;CDS;141345;142817;;; deb;;CDS;158126;158626;618;*; ;;rRNA;159245;160770;432;*;16s ;;rRNA;161203;164268;170;*;23s ;;rRNA;164439;164555;188;*;5s fin;comp;CDS;164744;165571;;0; deb;;CDS;205431;206360;187;*; ;;tmRNA;206548;206944;238;*; deb;comp;CDS;207183;207404;-17;*; ;comp;tRNA;207388;207457;154;*;tgg fin;comp;CDS;207612;207896;;; deb;;CDS;327271;327864;8;*; ;comp;ncRNA;327873;328247;493;*; fin;;CDS;328741;329403;;; deb;;CDS;381615;382658;190;*; ;comp;tRNA;382849;382924;43;*;aac ;comp;tRNA;382968;383040;284;*;aac fin;;CDS;383325;384260;;0; deb;;CDS;439838;440116;-39;*; ;comp;tRNA;440078;440150;558;*;aac fin;;CDS;440709;441398;;0; deb;comp;CDS;502556;503389;159;*; ;;tRNA;503549;503621;27;*;ggc ;;tRNA;503649;503719;41;*;tgc ;;tRNA;503761;503832;48;*;gtc ;;tRNA;503881;503953;31;*;gtg ;;tRNA;503985;504060;148;*;ggc fin;;CDS;504209;506242;;; deb;;CDS;518814;520943;64;*; ;;tRNA;521008;521081;216;*;ccc fin;;CDS;521298;522827;;; deb;comp;CDS;647871;648668;95;*; ;;tRNA;648764;648851;60;*;ctc fin;;CDS;648912;649790;;; deb;comp;CDS;745690;747108;187;*; ;comp;tRNA;747296;747369;29;*;cgt ;comp;tRNA;747399;747472;117;*;cgt fin;comp;CDS;747590;749008;;; deb;;CDS;774507;775529;116;*; ;;tRNA;775646;775716;94;*;caa fin;;CDS;775811;777193;;; deb;;CDS;777792;778490;218;*; ;;tRNA;778709;778781;89;*;gcc ;;tRNA;778871;778943;206;*;gcc fin;;CDS;779150;780820;;; deb;;CDS;790385;793456;272;*; ;;tRNA;793729;793802;467;*;cca fin;;CDS;794270;795018;;1; deb;comp;CDS;803537;804322;67;*; ;comp;tRNA;804390;804463;204;*;ttg fin;;CDS;804668;805267;;0; deb;comp;CDS;840296;840865;192;*; ;comp;tRNA;841058;841136;158;*;tta fin;comp;CDS;841295;842296;;; deb;comp;CDS;884674;884868;174;*; ;comp;regulatory;885043;885146;70;*; fin;comp;CDS;885217;886689;;0; deb;comp;CDS;902480;903079;104;*; ;comp;regulatory;903184;903288;90;*; fin;comp;CDS;903379;904746;;0; deb;comp;CDS;935658;936719;336;*; ;;tRNA;937056;937131;149;*;cac fin;;CDS;937281;938306;;0; deb;comp;CDS;980173;980928;251;*; ;comp;tRNA;981180;981253;76;*;aga fin;;CDS;981330;982538;;0; deb;comp;CDS;1200444;1202144;288;*; ;;tRNA;1202433;1202505;87;*;acg ;;tRNA;1202593;1202673;192;*;cta fin;;CDS;1202866;1203867;;0; deb;comp;CDS;1206664;1207932;206;*; ;;tRNA;1208139;1208211;167;*;acg fin;comp;CDS;1208379;1209137;;; deb;comp;CDS;1263240;1264136;256;*; ;comp;tRNA;1264393;1264465;48;*;gtg ;comp;tRNA;1264514;1264585;46;*;gtc ;comp;tRNA;1264632;1264704;193;*;ggc fin;;CDS;1264898;1265449;;; deb;comp;CDS;1279836;1280225;365;*; ;comp;tRNA;1280591;1280666;97;*;cgg fin;;CDS;1280764;1281390;;0; deb;comp;CDS;1294216;1295250;215;*; ;;tRNA;1295466;1295542;433;*;atgf fin;;CDS;1295976;1296182;;; deb;comp;CDS;1349627;1349887;113;*; ;comp;tRNA;1350001;1350074;199;*;aag fin;comp;CDS;1350274;1350720;;; deb;comp;CDS;1387168;1388802;75;*; ;comp;tRNA;1388878;1388950;175;*;aaa fin;;CDS;1389126;1390664;;; deb;comp;CDS;1408202;1410013;580;*; ;;tRNA;1410594;1410678;469;*;tcc fin;comp;CDS;1411148;1411789;;0; deb;comp;CDS;1424162;1424650;142;*; ;comp;tRNA;1424793;1424867;39;*;cag ;comp;tRNA;1424907;1424979;-8;*;gag fin;;CDS;1424972;1425556;;0; deb;comp;CDS;1446913;1448064;71;*; ;comp;ncRNA;1448136;1448230;433;*; fin;;CDS;1448664;1450847;;0; deb;comp;CDS;1477877;1479229;47;*; ;comp;regulatory;1479277;1479373;128;*; fin;comp;CDS;1479502;1480089;;; deb;;CDS;1523012;1524079;62;*; ;comp;tRNA;1524142;1524215;74;*;ggg fin;comp;CDS;1524290;1525228;;; deb;;CDS;1533182;1534495;306;*; ;;tRNA;1534802;1534887;871;*;ctg fin;;CDS;1535759;1536615;;0; deb;;CDS;1605867;1606060;102;*; ;;tRNA;1606163;1606236;42;*;atc ;;tRNA;1606279;1606351;356;*;gca fin;comp;CDS;1606708;1606953;;; deb;comp;CDS;1645027;1646523;314;*; ;comp;tRNA;1646838;1646911;130;*;aca fin;comp;CDS;1647042;1648019;;; deb;comp;CDS;1704570;1705325;578;*; ;;rRNA;1705904;1707429;431;*;16s ;;rRNA;1707861;1710926;170;*;23s ;;rRNA;1711097;1711213;866;*;5s ;;rRNA;1712080;1713605;431;*;16s ;;rRNA;1714037;1717102;170;*;23s ;;rRNA;1717273;1717389;251;*;5s fin;comp;CDS;1717641;1718426;;; deb;;CDS;1769786;1769896;55;*; ;;tRNA;1769952;1770024;329;*;gcg fin;;CDS;1770354;1771364;;0; deb;;CDS;1904329;1905534;130;*; ;;tRNA;1905665;1905740;37;*;tgg fin;;CDS;1905778;1906005;;; deb;;CDS;1907638;1908330;573;*; ;;rRNA;1908904;1910429;431;*;16s ;;rRNA;1910861;1913926;170;*;23s ;;rRNA;1914097;1914213;375;*;5s fin;;CDS;1914589;1915422;;; deb;;CDS;1935774;1935953;178;*; ;;tRNA;1936132;1936205;519;*;gga fin;;CDS;1936725;1939109;;; deb;comp;CDS;1969854;1971086;309;*; ;;tRNA;1971396;1971477;1;*;tac ;;tRNA;1971479;1971550;4;*;acc ;;tRNA;1971555;1971628;61;*;atgj fin;;CDS;1971690;1971857;;; deb;;CDS;1978293;1979240;71;*; ;;tRNA;1979312;1979398;376;*;agc fin;;CDS;1979775;1981118;;; deb;;CDS;2014827;2015627;397;*; ;;tRNA;2016025;2016109;327;*;tcg fin;;CDS;2016437;2018005;;; deb;;CDS;2045606;2046892;179;*; ;;tRNA;2047072;2047156;245;*;tca fin;;CDS;2047402;2047542;;; deb;comp;CDS;2067227;2068417;222;*; ;comp;tRNA;2068640;2068713;204;*;ccg fin;;CDS;2068918;2070600;;; deb;comp;CDS;2084303;2085130;271;*; ;comp;tRNA;2085402;2085473;69;*;gaa fin;comp;CDS;2085543;2086448;;0; deb;;CDS;2086731;2087744;224;*; ;;tRNA;2087969;2088042;47;*;gac ;;tRNA;2088090;2088165;519;*;ttc fin;comp;CDS;2088685;2089989;;0; deb;comp;CDS;2108837;2110516;333;*; ;;tRNA;2110850;2110926;422;*;gac fin;;CDS;2111349;2112299;;0; deb;;CDS;2129279;2130508;117;*; ;;tRNA;2130626;2130699;137;*;atgi fin;;CDS;2130837;2131049;;; deb;comp;CDS;2170074;2171186;253;*; ;;tRNA;2171440;2171512;156;*;agg fin;;CDS;2171669;2171887;;; </pre> ====blo intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_entre_cds|blo intercalaires entre cds]] *'''Tableau''' <pre> blo;2.2.21 Paris;;blo 25.10.20;;;;;;; blo;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;228;12.9;'''négatif ;-8;13;-1 à -102;'''2 256 640;-1;228 ;'''zéro;3;0.2;;;;;'''intercals;0;3 ;'''1 à 200;1141;64.4;'''0 à 200;88;57;;'''240 201;5;57 ;'''201 à 370;281;15.9;'''201 à 370;265;46;;'''10.6%;10;47 ;'''371 à 600;85;4.8;'''371 à 600;459;65;;;15;46 ;'''601 à max;34;1.9;'''601 à 1028;732;131;;;20;32 ;'''total 1772;<201;77.4;'''total 1770;133;145;-102 à 1039;;25;39 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;26 1260892;1331;-1;228;-70;3;;0;3;35;25 249292;1253;0;3;-60;0;;-1;°52;40;23 620443;1039;1;13;-50;1;;-2;1;45;27 1772723;1037;2;°16;-40;1;;-3;0;50;29 605939;1003;3;9;-30;5;'''min à -1;-4;°111;55;26 1482011;982;4;7;-20;7;228;-5;0;60;42 2120197;922;5;°12;-10;35;12.9%;-6;1;65;34 1612791;831;6;10;0;179;;-7;1;70;25 1661121;780;7;5;10;104;;-8;°10;75;29 1176021;773;8;9;20;78;;-9;0;80;29 934521;765;9;10;30;65;;-10;3;85;31 1783600;752;10;°13;40;48;'''1 à 100;-11;°9;90;43 1589918;746;11;11;50;56;658;-12;0;95;20 550195;745;12;7;60;68;37.1%;-13;0;100;28 1622403;735;13;8;70;59;;-14;°11;105;34 2035292;729;14;5;80;58;;-15;0;110;23 1358695;698;15;°15;90;74;;-16;1;115;36 1450919;688;16;8;100;48;;-17;°8;120;21 1873696;679;17;9;110;57;;-18;0;125;32 1968887;673;18;6;120;57;;-19;3;130;24 1571609;667;19;4;130;56;;-20;°2;135;33 2192649;666;20;5;140;54;;-21;0;140;21 543951;653;21;7;150;45;;-22;1;145;20 551929;649;22;8;160;49;;-23;0;150;25 1166018;635;23;°10;170;55;'''1 à 200;-24;0;155;24 1199447;631;24;7;180;53;1141;-25;1;160;25 132442;628;25;7;190;23;64.4%;-26;1;165;27 1498961;627;26;°10;200;34;;-27;0;170;28 24634;626;27;4;210;29;;-28;°2;175;28 1942663;620;28;4;220;32;;-29;0;180;25 1750223;618;29;5;230;23;;-30;0;185;10 1648197;606;30;3;240;22;;-31;1;190;13 716378;605;31;8;250;21;'''0 à 200;-32;1;195;20 1804621;603;32;4;260;17;1144;;223;200;14 2208591;593;33;6;270;23;;reste;8;205;17 332770;589;34;5;280;22;;total;231;210;12 1653948;587;35;2;290;7;;;;215;17 618810;586;36;4;300;17;;;;220;15 598849;559;37;4;310;13;;intercal;<u>frequencef;225;12 1698789;559;38;3;320;16;;600;1738;230;11 1425641;557;39;°10;330;6;;620;5;235;14 1925114;557;40;2;340;12;'''201 à 370;640;5;240;8 1592846;554;reste;1246;350;5;281;660;2;245;11 733957;552;total;1 772;360;12;15.9%;680;4;250;10 986367;549;;;370;4;;700;2;255;9 1178750;549;;;380;9;;720;;260;8 1832484;546;;;390;4;;740;2;265;11 ;;;;400;6;;760;3;270;12 ;;;;410;5;;780;3;275;15 ;;;;420;11;;800;;280;7 ;;;;430;3;;820;;285;4 ;;;;440;3;;840;1;290;3 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;450;2;;860;;295;8 516682;-102;comp;;460;4;;880;;300;9 267103;-86;shift2;131;470;3;;900;;305;8 822434;-85;comp;;480;3;;920;;310;5 513572;-53;comp;;490;5;;940;1;315;7 287052;-43;shift2;936;500;3;;960;;320;9 398186;-39;comp;;510;2;;980;;325;2 1553080;-38;;;520;3;;1000;1;330;4 1313073;-35;;;530;3;;1020;1;335;5 1110610;-32;;;540;3;'''371 à 600;1040;2;340;7 2249673;-31;;;550;3;85;;32;345;1 946203;-28;;;560;6;4.8%;;;350;4 2164932;-28;;;570;0;;;;355;7 1823782;-26;;;580;0;'''601 à max;;;360;5 794270;-25;;;590;3;34;;;365;2 2058333;-22;;;600;1;1.9%;;;370;2 268522;-20;;;reste;34;;reste;2;reste;119 1310253;-20;;;total;1772;;total;1772;total;1772 </pre> ====blo intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> blo Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; blo;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;33;-233;362;24;728;235;min20;&-5.7;69;-354;69;868;404;min40 31 à 400;;;;;;;2 parties;&28;-174;163;38;897;207;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;93;44;-;590;poly;138;tF;&159;58;;827;dte;41;Sf 31 à 400;;;;;;;;&136;51;-;861;dte;36;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; ;400;200;250;;;;;-0.109;;;;;; 41-n;0.820;0.406;0.537;;;;;;;;;;; 1-n;0.669;0.038;0.255;;;;;;;;;14.8.21 paris;; blo;fx;fc;;blo;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;blo;Sx-;Sc- 0;2;1;;0;4;1;0;2;1;>0;497;-1;0;52 10;17;87;;10;38;88;1;1;12;<0;18;-2;1;0 20;8;70;;20;18;70;2;1;15;zéro;2;-3;0;0 30;15;50;;30;33;50;3;1;8;total;517;-4;2;109 40;14;34;;40;31;34;4;2;5;;c;-5;0;0 50;16;40;;50;36;40;5;3;9;>0;1044;-6;0;1 60;17;51;;60;38;51;6;1;9;<0;210;-7;0;1 70;16;43;;70;36;43;7;1;4;zéro;1;-8;2;8 80;18;40;;80;40;40;8;1;8;total;1255;-9;0;0 90;27;47;;90;60;47;9;4;6;;;-10;0;3 100;14;34;;100;31;34;10;2;11;total;1772;-11;0;9 110;15;42;;110;33;42;11;1;10;;;-12;0;0 120;17;40;;120;38;40;12;0;7;;;-13;0;0 130;18;38;;130;40;38;13;1;7;;;-14;1;10 140;16;38;;140;36;38;14;2;3;;;-15;0;0 150;15;30;;150;33;30;15;1;14;;;-16;0;1 160;24;25;;160;54;25;16;0;8;;;-17;1;7 170;12;43;;170;27;43;17;0;9;;;-18;0;0 180;20;33;;180;45;33;18;1;5;;;-19;1;2 190;8;15;;190;18;15;19;1;3;;;-20;1;1 200;10;24;;200;22;24;20;1;4;;;-21;0;0 210;15;14;;210;33;14;21;0;7;;;-22;1;0 220;16;16;;220;36;16;22;2;6;;;-23;0;0 230;12;11;;230;27;11;23;2;8;;;-24;0;0 240;5;17;;240;11;17;24;3;4;;;-25;1;0 250;9;12;;250;20;12;25;1;6;;;-26;0;1 260;6;11;;260;13;11;26;3;7;;;-27;0;0 270;6;17;;270;13;17;27;1;3;;;-28;1;1 280;11;11;;280;25;11;28;1;3;;;-29;0;0 290;4;3;;290;9;3;29;1;4;;;-30;0;0 300;5;12;;300;11;12;30;1;2;;;-31;0;1 310;6;7;;310;13;7;31;2;6;;;-32;1;0 320;5;11;;320;11;11;32;1;3;;;-33;0;0 330;3;3;;330;7;3;33;4;2;;;-34;0;0 340;7;5;;340;16;5;34;1;4;;;-35;1;0 350;2;3;;350;4;3;35;0;2;;;-36;0;0 360;6;6;;360;13;6;36;1;3;;;-37;0;0 370;3;1;;370;7;1;37;1;3;;;-38;1;0 380;5;4;;380;11;4;38;1;2;;;-39;1;0 390;2;2;;390;4;2;39;1;9;;;-40;0;0 400;3;3;;400;7;3;40;2;0;;;-41;0;0 reste;49;51;;;;;reste;443;803;;;-42;0;0 total;499;1045;;t30;89;208;total;499;1045;;;-43;0;1 diagr;448;993;;;;;diagr;54;241;;;-44;0;0 - t30;408;786;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;2;2 ;;;;;;;;;;;;total;18;210 </pre> ====blo intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_négatifs_S-|blo intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> blo;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;1;;2;;;;2;;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;1;;;;1;;;1;;;1;1;;;;;;;;;;;;2;16 continu;52;0;0;109;0;1;1;8;0;3;9;0;0;10;0;1;7;0;2;2;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;212 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;blo;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;2;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;18 ;Sc-;52;0;0;109;0;1;1;8;0;3;9;0;0;10;0;1;7;0;2;1;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;210 </pre> ====blo autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires|blo autres intercalaires]] <pre> blo;autres intercalaires;;adresses1;;;blo;autres intercalaires;;adresses2;;;blo;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;54774;6;comp;;deb;°CDS;840296;192;comp;;deb;°CDS;1645027;314;comp ;regulatory;55434;84;comp;;;&tRNA;841058;158;comp;;;&tRNA;1646838;130;comp fin;°CDS;55670;;;;fin;°CDS;841295;;comp;;fin;°CDS;1647042;;comp deb;°CDS;114598;163;;;deb;°CDS;884674;174;comp;;deb;°CDS;1704570;578;comp ;&tRNA;115187;231;;;;regulatory;885043;70;comp;;;$rRNA;1705904;431; fin;°CDS;115492;;;;fin;°CDS;885217;;comp;;;$rRNA;1707861;170; deb;°CDS;139965;-10;comp;;deb;°CDS;902480;104;comp;;;$rRNA;1711097;866; ;regulatory;140900;336;comp;;;regulatory;903184;90;comp;;;$rRNA;1712080;431; fin;°CDS;141345;;;;fin;°CDS;903379;;comp;;;$rRNA;1714037;170; deb;°CDS;158126;618;;;deb;°CDS;935658;336;comp;;;$rRNA;1717273;251; ;$rRNA;159245;432;;;;&tRNA;937056;149;;;fin;°CDS;1717641;;comp ;$rRNA;161203;170;;;fin;°CDS;937281;;;;deb;°CDS;1769786;55; ;$rRNA;164439;188;;;deb;°CDS;980173;251;comp;;;&tRNA;1769952;329; fin;°CDS;164744;;comp;;;&tRNA;981180;76;comp;;fin;°CDS;1770354;; deb;°CDS;205431;187;;;fin;°CDS;981330;;;;deb;°CDS;1904329;130; ;tmRNA;206548;238;;;deb;°CDS;1200444;288;comp;;;&tRNA;1905665;37; deb;°CDS;207183;-17;comp;;;&tRNA;1202433;87;;;fin;°CDS;1905778;; ;&tRNA;207388;154;comp;;;&tRNA;1202593;192;;;deb;°CDS;1907638;573; fin;°CDS;207612;;comp;;fin;°CDS;1202866;;;;;$rRNA;1908904;431; deb;°CDS;327271;8;;;deb;°CDS;1206664;206;comp;;;$rRNA;1910861;170; ;ncRNA;327873;493;comp;;;&tRNA;1208139;167;;;;$rRNA;1914097;375; fin;°CDS;328741;;;;fin;°CDS;1208379;;comp;;fin;°CDS;1914589;; deb;°CDS;381615;190;;;deb;°CDS;1263240;256;comp;;deb;°CDS;1935774;178; ;&tRNA;382849;43;comp;;;&tRNA;1264393;48;comp;;;&tRNA;1936132;519; ;&tRNA;382968;284;comp;;;&tRNA;1264514;46;comp;;fin;°CDS;1936725;; fin;°CDS;383325;;;;;&tRNA;1264632;193;comp;;deb;°CDS;1969854;309;comp deb;°CDS;439838;-39;;;fin;°CDS;1264898;;;;;&tRNA;1971396;1; ;&tRNA;440078;558;comp;;deb;°CDS;1279836;365;comp;;;&tRNA;1971479;4; fin;°CDS;440709;;;;;&tRNA;1280591;97;comp;;;&tRNA;1971555;61; deb;°CDS;502556;159;comp;;fin;°CDS;1280764;;;;fin;°CDS;1971690;; ;&tRNA;503549;27;;;deb;°CDS;1294216;215;comp;;deb;°CDS;1978293;71; ;&tRNA;503649;41;;;;&tRNA;1295466;433;;;;&tRNA;1979312;376; ;&tRNA;503761;48;;;fin;°CDS;1295976;;;;fin;°CDS;1979775;; ;&tRNA;503881;31;;;deb;°CDS;1349627;113;comp;;deb;°CDS;2014827;397; ;&tRNA;503985;148;;;;&tRNA;1350001;199;comp;;;&tRNA;2016025;327; fin;°CDS;504209;;;;fin;°CDS;1350274;;comp;;fin;°CDS;2016437;; deb;°CDS;518814;64;;;deb;°CDS;1387168;75;comp;;deb;°CDS;2045606;179; ;&tRNA;521008;216;;;;&tRNA;1388878;175;comp;;;&tRNA;2047072;245; fin;°CDS;521298;;;;fin;°CDS;1389126;;;;fin;°CDS;2047402;; deb;°CDS;647871;95;comp;;deb;°CDS;1408202;580;comp;;deb;°CDS;2067227;222;comp ;&tRNA;648764;60;;;;&tRNA;1410594;469;;;;&tRNA;2068640;204;comp fin;°CDS;648912;;;;fin;°CDS;1411148;;comp;;fin;°CDS;2068918;; deb;°CDS;745690;187;comp;;deb;°CDS;1424162;142;comp;;deb;°CDS;2084303;271;comp ;&tRNA;747296;29;comp;;;&tRNA;1424793;39;comp;;;&tRNA;2085402;69;comp ;&tRNA;747399;117;comp;;;&tRNA;1424907;-8;comp;;fin;°CDS;2085543;;comp fin;°CDS;747590;;comp;;fin;°CDS;1424972;;;;deb;°CDS;2086731;224; deb;°CDS;774507;116;;;deb;°CDS;1446913;71;comp;;;&tRNA;2087969;47; ;&tRNA;775646;94;;;;ncRNA;1448136;433;comp;;;&tRNA;2088090;519; fin;°CDS;775811;;;;fin;°CDS;1448664;;;;fin;°CDS;2088685;;comp deb;°CDS;777792;218;;;deb;°CDS;1477877;47;comp;;deb;°CDS;2108837;333;comp ;&tRNA;778709;89;;;;regulatory;1479277;128;comp;;;&tRNA;2110850;422; ;&tRNA;778871;206;;;fin;°CDS;1479502;;comp;;fin;°CDS;2111349;; fin;°CDS;779150;;;;deb;°CDS;1523012;62;;;deb;°CDS;2129279;117; deb;°CDS;790385;272;;;;&tRNA;1524142;74;comp;;;&tRNA;2130626;137; ;&tRNA;793729;467;;;fin;°CDS;1524290;;comp;;fin;°CDS;2130837;; fin;°CDS;794270;;;;deb;°CDS;1533182;306;;;deb;°CDS;2170074;253;comp deb;°CDS;803537;67;comp;;;&tRNA;1534802;871;;;;&tRNA;2171440;156; ;&tRNA;804390;204;comp;;fin;°CDS;1535759;;;;fin;°CDS;2171669;; fin;°CDS;804668;;;;deb;°CDS;1605867;102;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1606163;42;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1606279;356;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1606708;;comp;;;;;; </pre> ====blo intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_tRNA|blo intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; *;;;163;;231;;'''-17;60;; ;;;-17;;154;;24;61;'''deb; ;43;comp’;190;comp’;284;;65;69;<201;15 ;;comp’;-39;comp’;558;;67;74;total;26 ;27 41 48 31;comp’;159;;148;;71;94;taux;58% ;;;24;;216;;75;117;; ;;comp’;95;;60;;102;130;'''fin; ;29;;187;;117;;113;137;<201;15 ;;;116;;94;;116;148;total;26 ;89;;218;;206;;117;149;taux;58% ;;;212;;467;;142;154;; ;;;67;comp’;204;;163;156;'''total; ;;;192;;158;;179;158;<201;30 ;;comp’;336;;149;;187;192;total;52 ;;;251;comp’;76;;192;199;taux;58% ;87;comp’;288;;192;;212;206;; ;;comp’;206;comp’;167;;218;216;; ;48 46;;256;comp’;193;;222;231;; ;;;365;comp’;97;;224;245;; ;;comp’;215;;433;;251;327;; ;;;113;;199;;256;329;; ;;;75;comp’;175;;271;376;; ;;comp’;580;comp’;469;;306;422;; ;39;;142;comp’;-8;;314;433;; ;;comp’;62;;74;;365;467;; ;;;306;;871;;397;871;'''comp’;'''cumuls ;42;;102;comp’;356;;'''-39;'''-8;'''deb; ;;;314;;130;;62;76;<201;5 ;;;65;;329;;95;97;total;13 ;1 4;comp’;309;;61;;159;167;taux;38% ;;;71;;376;;190;175;'''fin; ;;;397;;327;;206;193;<201;6 ;;;179;;245;;215;204;total;13 ;;;222;comp’;204;;253;204;taux;46% ;;;271;;69;;288;284;; ;47;;224;comp’;519;;309;356;'''total; ;;comp’;333;;422;;333;469;<201;11 ;;;117;;137;;336;519;total;26 ;;comp’;253;;156;;580;558;taux;42% ;;;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;;;; ;<201;20;21;41;;;;;; ;total;39;39;78;;;;;; ;taux;51%;54%;53%;;;;;; </pre> ===sma=== ====sma opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_opérons|sma opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Stre_aver_MA_4680_NBRC_14893/streAver_MA_4680_NBRC_14893-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_003155.5;sma;;;; 70%GC;30.6.19 Paris;16s 6;74;doubles;intercalaires ;Streptomyces avermitilis MA-4680;;;; ;357776..357847;;gtg;; ;;;;; comp;1219274..1219346;;gga;; ;;;;; comp;1225751..1225823;;gga;; ;;;;; ;1675869..1675942;;atgf;; ;;;;; comp;1965347..1965423;;ccc;; ;;;;; comp;1992012..1992088;;ccc;; ;;;;; comp;2222599..2222686;;ctc;; ;;;;; comp;3072632..3072707;;acc;; ;;;;; comp;3073568..3073684;;5s;@1;84 comp;3073769..3076918;;23s;;288 comp;3077207..3078737;;16s;; ;;;;; comp;3295252..3295324;;gag;+;20 comp;3295345..3295416;;cag;3 gag ;21 comp;3295438..3295510;;gag;2 cag;62 comp;3295573..3295645;;gag;;42 comp;3295688..3295759;;cag;; ;;;;; ;3655871..3655942;;cgg;; ;;;;; comp;3813093..3813166;;atgf;; ;;;;; comp;3815457..3815530;;atgf;; ;;;;; comp;4362610..4362695;;tta;; ;;;;; ;4410534..4410608;;caa;; ;;;;; comp;4542466..4542542;;gcg;; ;;;;; ;4589760..4589835;;agg;; ;;;;; comp;4886830..4886906;;aca;; ;;;;; comp;5024109..5024225;;5s;;84 comp;5024310..5027458;;23s;;288 comp;5027747..5029277;;16s;; ;;;;; comp;5051970..5052043;;atgf;; ;;;;; comp;5055486..5055561;;aaa;; ;;;;; ;5063087..5063159;;gaa;;47 ;5063207..5063281;;gac;;24 ;5063306..5063382;;ttc;; ;;;;; ;5068123..5068197;;gac;; ;;;;; ;5081640..5081711;;gga;;79 ;5081791..5081866;;ggc;; ;;;;; ;5085779..5085854;;ggc;; ;;;;; ;5095224..5095311;;tcc;; ;;;;; ;5129698..5129782;;tcg;; ;;;;; comp;5154937..5155009;;cgt;;205 comp;5155215..5155305;;agc;; ;;;;; comp;5177691..5177777;;tca;; ;;;;; comp;5206939..5207028;;agc;; ;;;;; comp;5299302..5299378;;atc;; ;;;;; ;5304905..5304977;;gca;; ;;;;; ;5322106..5322192;;ctg;; ;;;;; comp;5452769..5452842;;ggg;; ;;;;; comp;5594481..5594554;;ccg;; ;;;;; ;5650316..5650389;;acg;; ;;;;; ;5759342..5760872;;16s;;288 ;5761161..5764309;;23s;;84 ;5764394..5764510;;5s;; ;;;;; ;5950170..5950251;;tac;; ;;;;; ;5956602..5956674;;acc;;46 ;5956721..5956793;;atg;; ;;;;; ;5964532..5964607;;tgg;; ;;;;; ;6124386..6125916;;16s;;288 ;6126205..6129353;;23s;;84 ;6129438..6129554;;5s;; ;;;;; comp;6242261..6242335;;tgc;; ;;;;; comp;6279029..6279112;;cta;; ;;;;; comp;6329202..6329278;;aag;; ;;;;; comp;6335068..6335141;;aag;; ;;;;; comp;6349312..6349385;;aag;; ;;;;; comp;6372705..6372777;;cac;; ;;;;; comp;6501509..6501584;;aga;; ;;;;; comp;6604435..6604508;;gga;;153 comp;6604662..6604738;;cca;; ;;;;; ;6653846..6653918;;gcc;; ;;;;; ;6658303..6658375;;gcc;; ;;;;; ;6875603..6875675;;aac;+;5 ;6875681..6875753;;aac;2 aac;166 ;6875920..6875996;;atgi;; ;;;;; ;7021984..7022058;;gta;; ;;;;; ;7025336..7025415;;gtg;; ;;;;; comp;7471270..7471342;;ttg;; ;;;;; ;7765513..7767043;;16s;;284 ;7767328..7770477;;23s;;133 ;7770611..7770727;;5s;; ;;;;; comp;7937463..7937550;;ctc;; ;;;;; comp;8122352..8122426;;gtc;+;40 comp;8122467..8122538;;gtc;3 gtc;19 comp;8122558..8122629;;gtc;;1 comp;8122631..8122704;;tgc;;38 comp;8122743..8122815;;ggc;; ;;;;; ;8129564..8129635;;gtg;; ;;;;; ;8139938..8140012;;gtg;; ;;;;; ;8328596..8330126;;16s;;288 ;8330415..8333563;;23s;;84 ;8333648..8333764;;5s;; ;;;;; ;8576989..8577062;;ccc;; </pre> ====sma cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_cumuls|sma cumuls]] <pre> sma cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;6;1;1;- ;16 23 5s 0;6;20;3; ;16 atc gca;0;40;4; ;16 23 5s a;0;60;3; ;max a;0;80;2; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;0; sans ;opérons;56;160;1; ;1 aa;48;180;1; ;max a;5;200;0; ;a doubles;3;;1; ;total aas;72;;16;0 total aas;;72;;; remarques;;1;;; avec jaune;;;moyenne;61; ;;;variance;61; sans jaune;;;moyenne;34; ;;;variance;22; </pre> ====sma blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_blocs|sma blocs]] <pre> sma blocs;;;;;; 5s;84;117;84;117;288;1531 23s;288;3150;288;3149;84;3149 16s;;1531;;1531;;117 ;;;;;; 16s;288;1531;284;1531;288;1531 23s;84;3149;133;3150;84;3149 5s;;117;;117;;117 </pre> ====sma remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_remarques|sma remarques]] ====sma données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_données_intercalaires|sma données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;sma;fx;fc;sma;fx40;fc40;sma;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;1;0;9;11;0;9;11;-1;0;126;116;509;CDS 16s;; ;0;10;75;332;1;10;35;-2;4;0;467;132;615;852; ;0;20;67;220;2;3;44;-3;0;0;1265;480;653;675; ;1;30;85;143;3;13;35;-4;15;752;179;36;607;; 2;2;40;73;167;4;14;34;-5;0;0;403;84;641;; 3;1;50;86;141;5;3;47;-6;2;1;430;99;16s 23s;; 5;0;60;86;121;6;9;25;-7;2;12;563;198;5* 312;; ;3;70;78;135;7;9;22;-8;5;56;83;682;308;; 3;0;80;101;144;8;7;27;-9;0;0;91;176;23s 5s;; 1;2;90;101;123;9;3;27;-10;1;7;210;58;5* 89;; 4;3;100;85;131;10;4;36;-11;9;20;229;49;138;; 2;4;110;86;144;11;5;29;-12;0;0;44;57;5s CDS;; 1;6;120;83;122;12;9;22;-13;3;7;112;387;114;114; 2;0;130;91;136;13;5;25;-14;12;9;568;-3;134;; 4;1;140;77;123;14;3;32;-15;3;0;118;183;77;; 1;3;150;84;119;15;10;21;-16;1;5;416;422;144;; 1;0;160;71;111;16;5;21;-17;3;8;426;376;150;; 1;1;170;71;94;17;4;15;-18;3;0;504;56;tRNA tRNA;; 1;1;180;62;75;18;13;13;-19;4;5;112;236;37;;other 4;4;190;73;79;19;6;27;-20;7;11;218;51;37;;other 1;2;200;61;72;20;7;15;-21;0;0;143;116;34;;other ;1;210;59;68;21;11;15;-22;4;1;149;216;**;;tct 1;1;220;41;62;22;6;17;-23;4;4;186;133;20;;gag 2;1;230;45;58;23;7;13;-24;1;0;94;136;21;;cag 1;0;240;52;61;24;12;14;-25;0;4;186;40;62;;gag 1;0;250;51;69;25;8;12;-26;2;3;200;334;42;;gag ;1;260;54;40;26;7;21;-27;0;0;170;182;**;;cag 2;2;270;45;45;27;10;13;-28;0;2;23;408;47;;gaa ;0;280;32;34;28;12;13;-29;2;2;270;520;24;;gac ;1;290;31;50;29;8;18;-30;1;0;65;131;**;;ttc ;1;300;28;40;30;4;7;-31;2;2;183;340;79;;gga 2;0;310;31;41;31;7;17;-32;2;1;294;269;**;;ggc ;0;320;30;30;32;3;23;-33;1;0;63;719;205;;cgt ;0;330;24;41;33;8;16;-34;2;2;256;50;**;;agc 2;0;340;24;31;34;7;20;-35;2;1;120;223;46;;acc ;0;350;27;19;35;4;22;-36;2;0;33;372;**;;atgj ;0;360;20;29;36;7;17;-37;0;1;108;249;-;153;gga ;0;370;20;23;37;9;11;-38;1;1;1408;80;**;;cca 3;0;380;24;25;38;5;13;-39;3;0;88;305;5;;aac 1;0;390;25;33;39;13;13;-40;2;1;107;44;166;;aac ;1;400;13;23;40;10;15;-41;3;1;148;229;**;;atgi 7;12;reste;300;329;reste;2272;3021;-42;1;0;64;58;40;;gtc 59;56;total;2581;3894;total;2581;3894;-43;2;1;131;104;19;;gtc 51;43;diagr;2272;3554;diagr;300;862;-44;0;1;-10;166;1;;gtc 0;1; t30;227;695;;;;-45;0;0;191;310;38;;tgc ;;;;;;;;-46;1;0;117;377;**;;ggc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;185;97;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;97;147;;; ;x;2572;135;9;2716;;;-49;0;2;424;128;;; ;c;3883;1077;11;4971;;;-50;0;3;400;181;;; ;;;;;7687;164;;reste;23;24;105;267;;; ;;;;;;7851;;total;135;1077;261;92;;; ;;;;;;;;;;;105;97;;; ;;;;;;;;;;;544;101;;; ;;;;;;;;;;;39;187;;; ;;;;;;;;;;;285;127;;; ;;;;;;;;;;;;155;;; ;;;;;;;;;;;;76;;; ;;;;;;;;;;;;76;;; </pre> =====sma autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_autres_intercalaires_aas|sma autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;sma;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;357102;357266;509;*; ;;tRNA;357776;357847;116;*;gtg fin;;CDS;357964;359805;;; deb;;CDS;615881;616378;467;*; ;;tRNA;616846;616941;1265;*;tcg fin;;CDS;618207;618728;;; deb;;CDS;1218971;1219141;132;*; ;comp;tRNA;1219274;1219346;480;*;gga fin;;CDS;1219827;1220234;;; deb;;CDS;1674937;1675689;179;*; ;;tRNA;1675869;1675942;36;*;atgf fin;comp;CDS;1675979;1676188;;0; deb;;CDS;1964411;1965265;84;*; ;comp;tRNA;1965350;1965423;99;*;ccc fin;;CDS;1965523;1966050;;; deb;comp;CDS;1990145;1991611;403;*; ;comp;tRNA;1992015;1992088;198;*;ccc fin;;CDS;1992287;1992997;;; deb;comp;CDS;2220285;2222168;430;*; ;comp;tRNA;2222599;2222686;682;*;ctc fin;;CDS;2223369;2223569;;0; deb;comp;CDS;2801738;2802733;176;*; ;;tRNA;2802910;2803004;37;*;other ;;tRNA;2803042;2803136;37;*;other ;;tRNA;2803174;2803268;34;*;other ;;tRNA;2803303;2803400;563;*;tct fin;;CDS;2803964;2804761;;; deb;;CDS;3069826;3072573;58;*; ;comp;tRNA;3072632;3072707;83;*;acc deb;comp;CDS;3072791;3073453;114;*; ;comp;rRNA;3073568;3073684;89;*;117 ;comp;rRNA;3073774;3076897;312;*;3124 ;comp;rRNA;3077210;3078735;615;*;1526 fin;comp;CDS;3079351;3081036;;; deb;;CDS;3294558;3295202;49;*; ;comp;tRNA;3295252;3295324;20;*;gag ;comp;tRNA;3295345;3295416;21;*;cag ;comp;tRNA;3295438;3295510;62;*;gag ;comp;tRNA;3295573;3295645;42;*;gag ;comp;tRNA;3295688;3295759;91;*;cag fin;comp;CDS;3295851;3296585;;; deb;comp;CDS;3655220;3655813;57;*; ;;tRNA;3655871;3655942;387;*;cgg fin;comp;CDS;3656330;3657742;;; deb;;CDS;3812904;3813095;-3;*; ;comp;tRNA;3813093;3813166;210;*;atgf deb;comp;CDS;3813377;3815227;229;*; ;comp;tRNA;3815457;3815530;44;*;atgf fin;comp;CDS;3815575;3818571;;0; deb;;CDS;4361587;4362429;183;*; ;comp;tRNA;4362613;4362695;422;*;tta fin;;CDS;4363118;4363888;;; deb;comp;CDS;4408838;4410157;376;*; ;;tRNA;4410534;4410605;112;*;caa fin;;CDS;4410718;4412166;;; deb;comp;CDS;4541721;4541900;568;*; ;comp;tRNA;4542469;4542542;118;*;gcg fin;comp;CDS;4542661;4544010;;; deb;;CDS;4588309;4589343;416;*; ;;tRNA;4589760;4589835;426;*;agg fin;;CDS;4590262;4590483;;0; deb;;CDS;4885883;4886776;56;*; ;comp;tRNA;4886833;4886906;236;*;aca fin;;CDS;4887143;4888279;;; deb;comp;CDS;5023429;5023974;134;*; ;comp;rRNA;5024109;5024225;89;*;117 ;comp;rRNA;5024315;5027437;312;*;3123 ;comp;rRNA;5027750;5029275;653;*;1526 fin;comp;CDS;5029929;5030477;;0; deb;comp;CDS;5050422;5051465;504;*; ;comp;tRNA;5051970;5052043;112;*;atgf fin;comp;CDS;5052156;5053286;;0; deb;comp;CDS;5054956;5055270;218;*; ;comp;tRNA;5055489;5055561;143;*;aaa fin;comp;CDS;5055705;5057240;;; deb;;CDS;5061300;5062937;149;*; ;;tRNA;5063087;5063159;47;*;gaa ;;tRNA;5063207;5063281;24;*;gac ;;tRNA;5063306;5063379;186;*;ttc fin;;CDS;5063566;5063820;;; deb;;CDS;5064051;5068028;94;*; ;;tRNA;5068123;5068197;186;*;gac fin;;CDS;5068384;5068575;;0; deb;;CDS;5081122;5081439;200;*; ;;tRNA;5081640;5081711;79;*;gga ;;tRNA;5081791;5081866;170;*;ggc fin;;CDS;5082037;5083050;;; deb;;CDS;5085108;5085755;23;*; ;;tRNA;5085779;5085854;51;*;ggc fin;comp;CDS;5085906;5086805;;; deb;comp;CDS;5092525;5094970;83;*; ;comp;ncRNA;5095054;5095152;71;*; ;;tRNA;5095224;5095311;270;*;tcc fin;;CDS;5095582;5098305;;; deb;;CDS;5129099;5129632;65;*; ;;tRNA;5129698;5129782;183;*;tcg fin;;CDS;5129966;5130373;;; deb;;CDS;5154416;5154820;116;*; ;comp;tRNA;5154937;5155009;205;*;cgt ;comp;tRNA;5155215;5155305;216;*;agc fin;;CDS;5155522;5155989;;; deb;;CDS;5170356;5170676;133;*; ;comp;tRNA;5170810;5170919;294;*;tca fin;comp;CDS;5171214;5171450;;; deb;;CDS;5177342;5177554;136;*; ;comp;tRNA;5177691;5177777;63;*;tca fin;comp;CDS;5177841;5179259;;0; deb;;CDS;5206071;5206901;40;*; ;comp;tRNA;5206942;5207028;256;*;agc fin;comp;CDS;5207285;5207524;;; deb;;CDS;5298444;5299181;120;*; ;;tRNA;5299302;5299378;334;*;atc fin;comp;CDS;5299713;5300060;;0; deb;comp;CDS;5304174;5304722;182;*; ;;tRNA;5304905;5304977;408;*;gca fin;comp;CDS;5305386;5306087;;0; deb;comp;CDS;5320728;5321585;520;*; ;;tRNA;5322106;5322189;131;*;ctg fin;comp;CDS;5322321;5322974;;0; deb;;CDS;5451109;5452428;340;*; ;comp;tRNA;5452769;5452842;269;*;ggg fin;;CDS;5453112;5453279;;; deb;;CDS;5593279;5593761;719;*; ;comp;tRNA;5594481;5594554;33;*;ccg fin;comp;CDS;5594588;5595373;;; deb;;CDS;5648606;5650207;108;*; ;;tRNA;5650316;5650389;50;*;acg fin;comp;CDS;5650440;5651066;;0; deb;comp;CDS;5757496;5758491;852;*; ;;rRNA;5759344;5760869;312;*;1526 ;;rRNA;5761182;5764304;89;*;3123 ;;rRNA;5764394;5764510;77;*;117 fin;;CDS;5764588;5765232;;; deb;comp;CDS;5949458;5949946;223;*; ;;tRNA;5950170;5950251;1408;*;tac fin;;CDS;5951660;5951977;;0; deb;comp;CDS;5954988;5956229;372;*; ;;tRNA;5956602;5956674;46;*;acc ;;tRNA;5956721;5956793;88;*;atgj fin;;CDS;5956882;5957046;;; deb;comp;CDS;5963056;5964282;249;*; ;;tRNA;5964532;5964604;107;*;tgg fin;;CDS;5964712;5964999;;; deb;;CDS;6122773;6123780;607;*; ;;rRNA;6124388;6125913;312;*;1526 ;;rRNA;6126226;6129348;89;*;3123 ;;rRNA;6129438;6129554;114;*;117 fin;comp;CDS;6129669;6130979;;; deb;;CDS;6202121;6202654;102;*; ;;tmRNA;6202757;6203145;383;*; fin;;CDS;6203529;6204158;;0; deb;;CDS;6240993;6242183;80;*; ;comp;tRNA;6242264;6242335;305;*;tgc fin;;CDS;6242641;6244095;;; deb;;CDS;6278382;6278984;44;*; ;comp;tRNA;6279029;6279112;148;*;cta fin;comp;CDS;6279261;6280244;;0; deb;comp;CDS;6328439;6329140;64;*; ;comp;tRNA;6329205;6329278;229;*;aag fin;;CDS;6329508;6330707;;; deb;;CDS;6333360;6335009;58;*; ;comp;tRNA;6335068;6335141;131;*;aag fin;comp;CDS;6335273;6336031;;; deb;;CDS;6347684;6349207;104;*; ;comp;tRNA;6349312;6349385;-10;*;aag fin;comp;CDS;6349376;6350023;;; deb;comp;CDS;6372118;6372513;191;*; ;comp;tRNA;6372705;6372777;117;*;cac fin;comp;CDS;6372895;6373497;;; deb;;CDS;6500479;6501345;166;*; ;comp;tRNA;6501512;6501584;310;*;aga fin;;CDS;6501895;6503502;;; deb;;CDS;6603863;6604057;377;*; ;comp;tRNA;6604435;6604508;153;*;gga ;;tRNA;6604662;6604738;185;*;cca fin;;CDS;6604924;6606315;;; deb;;CDS;6653086;6653748;97;*; ;;tRNA;6653846;6653918;97;*;gcc fin;comp;CDS;6654016;6654909;;0; deb;comp;CDS;6656953;6658155;147;*; ;;tRNA;6658303;6658375;128;*;gcc fin;comp;CDS;6658504;6660114;;; deb;comp;CDS;6875107;6875421;181;*; ;;tRNA;6875603;6875675;5;*;aac ;;tRNA;6875681;6875753;166;*;aac ;;tRNA;6875920;6875993;424;*;atgi fin;;CDS;6876418;6876726;;0; deb;comp;CDS;7020916;7021716;267;*; ;;tRNA;7021984;7022058;92;*;gta fin;comp;CDS;7022151;7022579;;0; deb;;CDS;7024786;7024941;400;*; ;;tRNA;7025342;7025415;97;*;gtg fin;comp;CDS;7025513;7025833;;; deb;;CDS;7092672;7093520;145;*; ;;ncRNA;7093666;7094071;529;*; fin;comp;CDS;7094601;7095764;;; deb;comp;CDS;7470385;7471164;105;*; ;comp;tRNA;7471270;7471342;101;*;ttg fin;;CDS;7471444;7472100;;0; deb;;CDS;7764232;7764873;641;*; ;;rRNA;7765515;7767040;308;*;1526 ;;rRNA;7767349;7770472;138;*;3124 ;;rRNA;7770611;7770727;144;*;117 fin;;CDS;7770872;7772263;;; deb;comp;CDS;7933326;7937201;261;*; ;comp;tRNA;7937463;7937550;187;*;ctc fin;;CDS;7937738;7939063;;; deb;;CDS;8121931;8122224;127;*; ;comp;tRNA;8122352;8122426;40;*;gtc ;comp;tRNA;8122467;8122538;19;*;gtc ;comp;tRNA;8122558;8122629;1;*;gtc ;comp;tRNA;8122631;8122704;38;*;tgc ;comp;tRNA;8122743;8122815;155;*;ggc fin;;CDS;8122971;8124014;;; deb;;CDS;8129024;8129458;105;*; ;;tRNA;8129564;8129635;544;*;gtg fin;;CDS;8130180;8131466;;; deb;;CDS;8139440;8139898;39;*; ;;tRNA;8139938;8140009;76;*;gtg fin;comp;CDS;8140086;8140811;;0; deb;comp;CDS;8327473;8327922;675;*; ;;rRNA;8328598;8330123;312;*;1526 ;;rRNA;8330436;8333558;89;*;3123 ;;rRNA;8333648;8333764;150;*;117 fin;;CDS;8333915;8334523;;; deb;;CDS;8575186;8576703;285;*; ;;tRNA;8576989;8577062;76;*;ccc fin;comp;CDS;8577139;8577675;;0; </pre> ====sma distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_distribution|sma distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;4;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;3;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;2;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;3;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;4;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total sma;;48;;;;;;;sma;17;;;;;;;;sma;7;;;;;; </pre> ===ksk=== ====ksk opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_opérons|ksk opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Kita_seta_KM_6054/kitaSeta_KM_6054-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_016109.1;ksk;;;; 72%GC;30.6.19 Paris;16s 9;74;doubles;intercalaires ;Kitasatospora setae KM-6054;;;; comp;631024..631098;;act;; ;;;;; ;976172..976245;;tgc;; ;;;;; comp;1615691..1615765;;gtg;+;206 comp;1615972..1616046;;gtg;2 gtg; ;;;;; ;1621501..1621576;;ggc;;76 ;1621653..1621726;;tgc;;36 ;1621763..1621834;;gtc;+;34 ;1621869..1621940;;gtc;3 gtc;37 ;1621978..1622052;;gtc;; ;;;;; comp;1707344..1707460;;5s;@1;73 comp;1707534..1710667;;23s;;267 comp;1710935..1712463;;16s;; ;;;;; comp;1888620..1888736;;5s;;73 comp;1888810..1891942;;23s;;267 comp;1892210..1893738;;16s;; ;;;;; ;1970574..1970661;;ctc;; ;;;;; ;2264495..2264580;;ttg;; ;;;;; comp;2741186..2741257;;gta;; ;;;;; comp;2788071..2788147;;atgi;; ;;;;; comp;2790422..2790494;;aac;+;5 comp;2790500..2790572;;aac;2 aac; ;;;;; comp;2887231..2887303;;gcc;+;269 comp;2887573..2887645;;gcc;3 gcc;38 comp;2887684..2887756;;gcc;@2; ;;;;; comp;2932411..2932487;;cca;;151 direct;2932639..2932712;;gga;; ;;;;; comp;2982955..2983071;;5s;;73 comp;2983145..2986276;;23s;;266 comp;2986543..2988071;;16s;; ;;;;; ;3018063..3018138;;cac;; ;;;;; ;3036654..3036730;;aag;; ;;;;; ;3044201..3044277;;aag;; ;;;;; ;3111827..3111900;;aag;;129 ;3112030..3112103;;aag;; ;;;;; ;3157748..3157834;;cta;; ;;;;; ;3210241..3210315;;tgc;; ;;;;; comp;3289891..3290007;;5s;;73 comp;3290081..3293213;;23s;;267 comp;3293481..3295009;;16s;; ;;;;; comp;3608705..3608777;;tgg;; ;;;;; comp;3616894..3616969;;atgj;;42 comp;3617012..3617084;;acc;; ;;;;; comp;3618677..3618757;;tac;; ;;;;; comp;3851412..3851488;;aca;; ;;;;; comp;3987214..3987290;;acg;; ;;;;; ;4071208..4071281;;ccg;; ;;;;; ;4095099..4095186;;tcc;; ;;;;; ;4142544..4142633;;tcg;; ;;;;; comp;4160864..4160939;;cgt;+;35 comp;4160975..4161050;;cgt;2 cgt;240 comp;4161291..4161381;;agc;@; ;;;;; comp;4177523..4177608;;tca;; ;;;;; comp;4240397..4240470;;ggg;; ;;;;; ;4285828..4285900;;ggc;+;51 ;4285952..4286027;;ggc;2 ggc; ;;;;; ;4383368..4383444;;atc;; ;;;;; ;4385556..4385631;;gca;; ;;;;; ;4401492..4401575;;ctg;; ;;;;; comp;4622975..4623048;;gac;; ;;;;; comp;4640883..4640959;;ttc;;34 comp;4640994..4641067;;gac;;42 comp;4641110..4641182;;gaa;; ;;;;; ;4651832..4651904;;aaa;; ;;;;; comp;4773547..4773620;;atgf;; ;;;;; comp;4774128..4774201;;atgf;; ;;;;; ;4796510..4798038;;16s;;267 ;4798306..4801439;;23s;;71 ;4801511..4801627;;5s;; ;;;;; ;5027433..5027508;;agg;; ;;;;; ;5076388..5076464;;gcg;; ;;;;; ;5123784..5123856;;acc;; ;;;;; ;5132819..5132892;;caa;; ;;;;; comp;5216466..5216550;;tta;; ;;;;; ;5430075..5430148;;atgf;; ;;;;; comp;5530949..5531020;;cgg;; ;;;;; ;5714968..5715039;;cag;;21 ;5715061..5715133;;gag;+;38 ;5715172..5715244;;gag;3 gag;13 ;5715258..5715330;;gag;2 cag;4 ;5715335..5715409;;cag;; ;;;;; ;5853168..5854696;;16s;;256 ;5854953..5858085;;23s;;73 ;5858159..5858275;;5s;; ;;;;; ;5932168..5933696;;16s;;256 ;5933953..5937085;;23s;;71 ;5937157..5937273;;5s;; ;;;;; ;6074082..6075610;;16s;;264 ;6075875..6079006;;23s; ;73 ;6079080..6079196;;5s;; ;;;;; comp;6104344..6104419;;aga;; ;;;;; ;6400221..6401749;;16s;;267 ;6402017..6405146;;23s; ;106 ;6405253..6405369;;5s;; ;;;;; ;6485836..6485909;;ccc;; ;;;;; ;7355279..7355354;;tgc;;19 ;7355374..7355449;;ggc;; ;;;;; comp;7461078..7461165;;ctc;; </pre> ====ksk cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_cumuls|ksk cumuls]] <pre> ksk cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;9;1;0;- ;16 23 5s 0;9;20;4; ;16 atc gca;0;40;8; ;16 23 5s a;0;60;3; ;max a;0;80;1; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;1; sans ;opérons;49;160;1; ;1 aa;37;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;7;;3; ;total aas;70;;21;0 total aas;;70;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;72; ;;;variance;79; sans jaune;;;moyenne;33; ;;;variance;18; </pre> ====ksk blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_blocs|ksk blocs]] <pre> ksk blocs;;;;;; ;;;;;; 5s;73;117;73;117;73;117 23s;267;3134;267;3133;266;3132 16s;;1529;;1529;;1529 ;;;;;; 16s;73;117;267;1529;256;1529 23s;267;3133;71;3134;73;3133 5s;;1529;;117;;117 ;;;;;; 16s;256;1529;264;1529;267;1529 23s;71;3133;73;3132;106;3130 5s;;117;;117;;117 </pre> ====ksk remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_remarques|ksk remarques]] ====ksk données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_données_intercalaires|ksk données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ksk;fx;fc;ksk;fx40;fc40;ksk;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa 1;1;0;7;4;0;7;4;-1;0;107;188;214;CDS 16s;;;tRNA tRNA;; 1;0;10;98;244;1;2;28;-2;1;0;140;967;619;672;;35;;other ;1;20;92;147;2;1;40;-3;0;1;66;108;525;734;;**;;other ;1;30;100;126;3;4;26;-4;12;663;71;462;645;;;209;;gtg ;1;40;93;170;4;4;29;-5;0;0;108;303;553;;;**;;gtg 2;0;50;75;173;5;3;38;-6;0;1;92;240;452;;;79;;ggc ;3;60;101;159;6;10;16;-7;7;10;156;551;405;;;36;;tgc 3;2;70;104;153;7;47;13;-8;1;45;254;1;611;;;34;;gtc 5;2;80;118;172;8;3;12;-9;1;0;114;92;16s 23s;;;37;;gtc ;3;90;97;176;9;13;19;-10;3;9;176;79;5* 291;;;**;;gtc 3;1;100;102;157;10;11;23;-11;4;22;108;172;290;;;5;;aac 1;5;110;92;183;11;3;27;-12;0;0;101;292;2* 280;;;**;;aac 2;4;120;74;130;12;8;12;-13;4;9;70;299;288;;;269;;gcc ;2;130;70;171;13;9;13;-14;2;16;84;119;23s 5s;;;38;;gcc 2;2;140;68;123;14;3;22;-15;0;1;312;309;6* 78;;;**;;gcc ;3;150;63;112;15;9;10;-16;3;3;139;151;2* 76;;;-;151;cca 2;3;160;74;110;16;9;12;-17;3;12;83;112;108;;;**;;gga ;2;170;62;135;17;9;16;-18;1;0;748;66;5s CDS;;;18;;cga 3;1;180;56;95;18;13;7;-19;0;5;117;176;101;82;;18;;cga 1;1;190;48;106;19;16;13;-20;3;7;88;252;182;;;18;;other ;1;200;48;87;20;13;15;-21;1;0;402;70;251;;;18;;cga 1;0;210;45;69;21;13;7;-22;1;2;329;463;553;;;**;;other 2;0;220;54;57;22;14;14;-23;3;6;52;1447;205;;;129;;aag ;0;230;45;77;23;11;18;-24;1;0;159;310;271;;;**;;aag 1;0;240;44;60;24;11;8;-25;1;1;278;263;3080;;;42;;atgj 1;1;250;40;57;25;12;8;-26;1;3;252;75;239;;;**;;acc 2;3;260;44;43;26;4;13;-27;1;0;58;214;;;;35;;cgt 2;0;270;42;51;27;8;9;-28;4;3;1021;93;;;;240;;cgt ;1;280;36;37;28;9;15;-29;4;2;154;314;;;;**;;agc ;1;290;36;45;29;7;23;-30;2;0;161;201;;;;51;;ggc 2;0;300;30;36;30;11;11;-31;0;2;16;157;;;;**;;ggc 3;0;310;36;33;31;8;18;-32;2;0;285;76;;;;34;;ttc 1;2;320;25;22;32;5;14;-33;0;0;110;353;;;;42;;gac ;1;330;28;22;33;7;11;-34;2;1;116;47;;;;**;;gaa ;0;340;20;22;34;15;19;-35;2;1;109;405;;;;21;;cag 1;0;350;19;23;35;14;19;-36;1;0;145;75;;;;38;;gag 1;0;360;26;20;36;6;17;-37;0;0;122;-3;;;;13;;gag ;0;370;12;20;37;12;18;-38;0;1;245;70;;;;4;;gag ;0;380;18;10;38;8;30;-39;0;0;849;46;;;;**;;gag ;0;390;13;22;39;8;13;-40;2;1;71;180;;;;22;;tgc ;0;400;12;20;40;10;11;-41;0;1;113;246;;;;**;;ggc 8;4;reste;297;316;reste;2174;3304;-42;0;0;149;350;;;;;; 51;52;total;2564;3995;total;2564;3995;-43;0;1;167;80;;;;;; 42;47;diagr;2260;3675;diagr;383;687;-44;0;0;124;183;;;;;; 1;2; t30;290;517;;;;-45;2;0;318;135;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;57;140;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;259;749;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;199;819;;;;;; ;x;2557;93;7;2657;;;-49;1;1;148;251;;;;;; ;c;3991;959;4;4954;;;-50;2;1;-13;94;;;;;; ;;;;;7611;171;;reste;14;21;25;270;;;;;; ;;;;;;7782;;total;93;959;32;;;;;;; </pre> =====ksk autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_autres_intercalaires_aas|ksk autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ksk;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;629741;630835;188;*; ;comp;tRNA;631024;631098;140;*;act fin;comp;CDS;631239;632909;;; deb;comp;CDS;975508;975957;214;*; ;;tRNA;976172;976242;66;*;tgc fin;;CDS;976309;977706;;0; deb;comp;CDS;1013242;1014198;71;*; ;comp;tRNA;1014270;1014354;35;*;other ;comp;tRNA;1014390;1014474;967;*;other fin;;CDS;1015442;1015951;;; deb;;CDS;1614812;1615585;108;*; ;comp;tRNA;1615694;1615765;209;*;gtg ;comp;tRNA;1615975;1616046;462;*;gtg fin;;CDS;1616509;1616922;;; deb;comp;CDS;1620154;1621197;303;*; ;;tRNA;1621501;1621573;79;*;ggc ;;tRNA;1621653;1621726;36;*;tgc ;;tRNA;1621763;1621834;34;*;gtc ;;tRNA;1621869;1621940;37;*;gtc ;;tRNA;1621978;1622052;240;*;gtc fin;comp;CDS;1622293;1622469;;0; deb;comp;CDS;1706631;1707242;101;*; ;comp;rRNA;1707344;1707460;78;*;117 ;comp;rRNA;1707539;1710646;291;*;3108 ;comp;rRNA;1710938;1712461;672;*;1524 fin;;CDS;1713134;1713583;;; deb;;CDS;1888172;1888537;82;*; ;comp;rRNA;1888620;1888736;78;*;117 ;comp;rRNA;1888815;1891921;291;*;3107 ;comp;rRNA;1892213;1893736;619;*;1524 fin;comp;CDS;1894356;1895450;;; deb;comp;CDS;1969567;1970022;551;*; ;;tRNA;1970574;1970661;1;*;ctc fin;comp;CDS;1970663;1971622;;0; deb;comp;CDS;2263749;2264402;92;*; ;;tRNA;2264495;2264577;108;*;ttg fin;;CDS;2264686;2265490;;0; deb;;CDS;2661716;2662345;70;*; ;comp;ncRNA;2662416;2662817;52;*; fin;comp;CDS;2662870;2663124;;1; deb;;CDS;2740927;2741106;79;*; ;comp;tRNA;2741186;2741257;172;*;gta fin;;CDS;2741430;2742695;;; deb;;CDS;2785520;2787781;292;*; ;comp;tRNA;2788074;2788147;299;*;atgi fin;;CDS;2788447;2789340;;; deb;;CDS;2789514;2790302;119;*; ;comp;tRNA;2790422;2790494;5;*;aac ;comp;tRNA;2790500;2790572;309;*;aac fin;;CDS;2790882;2791175;;; deb;comp;CDS;2885846;2887138;92;*; ;comp;tRNA;2887231;2887303;269;*;gcc ;comp;tRNA;2887573;2887645;38;*;gcc ;comp;tRNA;2887684;2887756;156;*;gcc fin;comp;CDS;2887913;2888560;;; deb;comp;CDS;2930765;2932159;254;*; ;comp;tRNA;2932414;2932487;151;*;cca ;;tRNA;2932639;2932712;151;*;gga fin;comp;CDS;2932864;2933883;;; deb;comp;CDS;2982257;2982772;182;*; ;comp;rRNA;2982955;2983071;78;*;117 ;comp;rRNA;2983150;2986255;290;*;3106 ;comp;rRNA;2986546;2988069;525;*;1524 fin;comp;CDS;2988595;2989311;;; deb;;CDS;3017346;3017948;114;*; ;;tRNA;3018063;3018138;176;*;cac fin;;CDS;3018315;3018761;;0; deb;;CDS;3036003;3036545;108;*; ;;tRNA;3036654;3036727;101;*;aag fin;;CDS;3036829;3037074;;1; deb;comp;CDS;3042508;3044088;112;*; ;;tRNA;3044201;3044274;66;*;aag fin;comp;CDS;3044341;3044712;;0; deb;comp;CDS;3073276;3074226;70;*; ;comp;tRNA;3074297;3074387;18;*;cga ;comp;tRNA;3074406;3074496;18;*;cga ;comp;tRNA;3074515;3074605;18;*;other ;comp;tRNA;3074624;3074714;18;*;cga ;comp;tRNA;3074733;3074823;176;*;other fin;;CDS;3075000;3076004;;; deb;;CDS;3110984;3111742;84;*; ;;tRNA;3111827;3111900;129;*;aag ;;tRNA;3112030;3112103;312;*;aag fin;;CDS;3112416;3114647;;; deb;comp;CDS;3155159;3157495;252;*; ;;tRNA;3157748;3157831;70;*;cta fin;comp;CDS;3157902;3158507;;; deb;comp;CDS;3209463;3209777;463;*; ;;tRNA;3210241;3210315;1447;*;tgc fin;comp;CDS;3211763;3211972;;; deb;comp;CDS;3232464;3233834;193;*; ;comp;tmRNA;3234028;3234406;122;*; fin;comp;CDS;3234529;3235011;;; deb;comp;CDS;3289487;3289639;251;*; ;comp;rRNA;3289891;3290007;78;*;117 ;comp;rRNA;3290086;3293192;291;*;3107 ;comp;rRNA;3293484;3295007;645;*;1524 fin;comp;CDS;3295653;3296657;;0; deb;comp;CDS;3608197;3608565;139;*; ;comp;tRNA;3608705;3608777;310;*;tgg fin;;CDS;3609088;3610326;;; deb;comp;CDS;3616649;3616813;83;*; ;comp;tRNA;3616897;3616969;42;*;atgj ;comp;tRNA;3617012;3617084;263;*;acc deb;;CDS;3617348;3618601;75;*; ;comp;tRNA;3618677;3618757;214;*;tac fin;;CDS;3618972;3619460;;; deb;;CDS;3848397;3851321;93;*; ;comp;tRNA;3851415;3851488;314;*;aca fin;;CDS;3851803;3852900;;; deb;comp;CDS;3985689;3986465;748;*; ;comp;tRNA;3987214;3987290;117;*;acg fin;comp;CDS;3987408;3988070;;; deb;;CDS;4070175;4071119;88;*; ;;tRNA;4071208;4071281;402;*;ccg fin;;CDS;4071684;4073162;;; deb;comp;CDS;4092593;4094809;66;*; ;comp;ncRNA;4094876;4094966;132;*; ;;tRNA;4095099;4095183;329;*;tcc fin;;CDS;4095513;4095974;;; deb;;CDS;4142060;4142491;52;*; ;;tRNA;4142544;4142633;159;*;tcg fin;;CDS;4142793;4143458;;0; deb;comp;CDS;4160403;4160585;278;*; ;comp;tRNA;4160864;4160939;35;*;cgt ;comp;tRNA;4160975;4161050;240;*;cgt ;comp;tRNA;4161291;4161381;201;*;agc fin;;CDS;4161583;4164981;;0; deb;comp;CDS;4176515;4177270;252;*; ;comp;tRNA;4177523;4177608;58;*;tca fin;comp;CDS;4177667;4178776;;0; deb;comp;CDS;4235119;4239375;1021;*; ;comp;tRNA;4240397;4240470;157;*;ggg fin;;CDS;4240628;4240849;;; deb;;CDS;4285356;4285673;154;*; ;;tRNA;4285828;4285900;51;*;ggc ;;tRNA;4285952;4286024;161;*;ggc fin;;CDS;4286186;4287187;;; deb;;CDS;4381966;4383351;16;*; ;;tRNA;4383368;4383441;285;*;atc fin;;CDS;4383727;4384749;;; deb;;CDS;4385317;4385445;110;*; ;;tRNA;4385556;4385628;76;*;gca fin;comp;CDS;4385705;4386631;;0; deb;comp;CDS;4400257;4401138;353;*; ;;tRNA;4401492;4401575;47;*;ctg fin;comp;CDS;4401623;4402147;;0; deb;;CDS;4622363;4622569;405;*; ;comp;tRNA;4622975;4623048;116;*;gac fin;comp;CDS;4623165;4627139;;0; deb;comp;CDS;4640228;4640773;109;*; ;comp;tRNA;4640883;4640959;34;*;ttc ;comp;tRNA;4640994;4641067;42;*;gac ;comp;tRNA;4641110;4641182;145;*;gaa fin;comp;CDS;4641328;4641669;;0; deb;;CDS;4651026;4651709;122;*; ;;tRNA;4651832;4651904;245;*;aaa fin;;CDS;4652150;4652317;;0; deb;comp;CDS;4770979;4772697;849;*; ;comp;tRNA;4773547;4773620;75;*;atgf deb;;CDS;4773696;4774130;-3;*; ;comp;tRNA;4774128;4774201;71;*;atgf fin;comp;CDS;4774273;4775532;;0; deb;;CDS;4794735;4795958;553;*; ;;rRNA;4796512;4798035;291;*;1524 ;;rRNA;4798327;4801434;76;*;3108 ;;rRNA;4801511;4801627;280;*;117 fin;;CDS;4801908;4802828;;; deb;;CDS;5026285;5027319;113;*; ;;tRNA;5027433;5027505;70;*;agg fin;comp;CDS;5027576;5028037;;1; deb;;CDS;5075303;5076238;149;*; ;;tRNA;5076388;5076464;46;*;gcg fin;comp;CDS;5076511;5077533;;0; deb;comp;CDS;5121699;5123603;180;*; ;;tRNA;5123784;5123856;167;*;acc fin;;CDS;5124024;5124683;;; deb;comp;CDS;5131586;5132572;246;*; ;;tRNA;5132819;5132889;124;*;caa fin;;CDS;5133014;5134459;;; deb;comp;CDS;5215779;5216147;318;*; ;comp;tRNA;5216466;5216550;350;*;tta fin;;CDS;5216901;5217674;;; deb;;CDS;5427006;5430017;57;*; ;;tRNA;5430075;5430148;259;*;atgf fin;;CDS;5430408;5432459;;; deb;;CDS;5530116;5530868;80;*; ;comp;tRNA;5530949;5531020;183;*;cgg fin;;CDS;5531204;5531737;;; deb;;CDS;5713254;5714768;199;*; ;;tRNA;5714968;5715039;21;*;cag ;;tRNA;5715061;5715133;38;*;gag ;;tRNA;5715172;5715244;13;*;gag ;;tRNA;5715258;5715330;4;*;gag ;;tRNA;5715335;5715409;135;*;gag fin;comp;CDS;5715545;5716258;;0; deb;comp;CDS;5851701;5852435;734;*; ;;rRNA;5853170;5854693;280;*;1524 ;;rRNA;5854974;5858080;78;*;3107 ;;rRNA;5858159;5858275;205;*;117 fin;;CDS;5858481;5859890;;; deb;;CDS;5930032;5931717;452;*; ;;rRNA;5932170;5933693;280;*;1524 ;;rRNA;5933974;5937080;76;*;3107 ;;rRNA;5937157;5937273;271;*;117 fin;;CDS;5937545;5938228;;0; deb;;CDS;6072887;6073678;405;*; ;;rRNA;6074084;6075607;288;*;1524 ;;rRNA;6075896;6079001;78;*;3106 ;;rRNA;6079080;6079196;3080;*;117 fin;;CDS;6082277;6082420;;; deb;;CDS;6103592;6104206;140;*; ;comp;tRNA;6104347;6104419;749;*;aga fin;;CDS;6105169;6105423;;; deb;;CDS;6398346;6399611;611;*; ;;rRNA;6400223;6401746;291;*;1524 ;;rRNA;6402038;6405144;108;*;3107 ;;rRNA;6405253;6405369;239;*;117 fin;;CDS;6405609;6406436;;; deb;;CDS;6484449;6485687;148;*; ;;tRNA;6485836;6485909;819;*;ccc fin;comp;CDS;6486729;6487430;;; deb;comp;CDS;7351591;7353366;251;*; ;;tRNA;7353618;7353693;-13;*;gcc fin;;CDS;7353681;7353821;;; deb;;CDS;7353841;7355253;25;*; ;;tRNA;7355279;7355351;22;*;tgc ;;tRNA;7355374;7355446;32;*;ggc fin;;CDS;7355479;7356687;;0; deb;;CDS;7459688;7460983;94;*; ;comp;tRNA;7461078;7461165;270;*;ctc fin;;CDS;7461436;7462761;;; </pre> ====ksk distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_distribution|ksk distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;3;gac;;ggc;2 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;3;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ksk;;37;;;;;;;ksk;14;;;;;;;;ksk;19;;;;;; </pre> ===actino synthèse=== ====actino distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_génome|actino distribution par génome]] <pre> actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total ase;58;32;;;;0;6;;96 blo;19;31;;;;0;6;;56 sma;17;48;;;;0;7;;72 ksk;14;37;;;;0;19;;70 total;108;148;0;0;0;0;38;0;294 </pre> ====actino distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_du_total|actino distribution du total]] <pre> actino4;;;;;;;294 atgi;4;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;1;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10 atc;5;acc;7;aac;9;agc;7 ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9 gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14 tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5 cta;4;cca;6;caa;3;cga; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7 ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7 atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4 ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5 gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;146;148;;;;0;295 </pre> ====actino distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_type|actino distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38 atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc; ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4 gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2 tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg; ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====actino par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_par_rapport_au_groupe_de_référence|actino par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;55;28;26;;;;109; 16;moyen;50;38;;;;;88; 14;fort;43;42;12;;;;97; ; ;148;108;38;;;;294; 10;g+cga;31;18;15;;;;64; 2;agg+cgg;8;1;;;;;9; 4;carre ccc;15;9;11;;;;35; 5;autres;1;;;;;;1; ;;55;28;26;;;;109; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;187;95;88;;;;371;26 16;moyen;170;129;;;;;299;324 14;fort;146;143;41;;;;330;650 ; ;503;367;129;;;;294;729 10;g+cga;105;61;51;;;;218;10 2;agg+cgg;27;3;;;;;31; 4;carre ccc;51;31;37;;;;119;16 5;autres;3;;;;;;3; ;;187;95;88;;;;371; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;187;95;88;371;26;37;26;68 16;moyen;170;129;;299;324;34;35; 14;fort;146;143;41;330;650;29;39;32 ; ;503;367;129;294;729;148;108;38 10;g+cga;105;61;51;218;10;56;64;58 2;agg+cgg;27;3;;31;;15;4; 4;carre ccc;51;31;37;119;16;27;32;42 5;autres;3;;;3;;2;; ;;187;95;88;371;;55;28;26 </pre> ====actinobacteria, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actinobacteria,_estimation_des_-rRNAs|actinobacteria, estimation des -rRNAs]] <pre> actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 99 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;99;2; ; ;;indices;;;;99;2;0;0;;actino4;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;294 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;7;aac;9;agc;7 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;5;aga;5 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;4;cca;6;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;88;;97;;109;294 26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;86713;0.5;0.2;;;;;;618;21937;0,5;0,2;;actino;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;275 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;25;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;106;tcc;98;tac;104;tgc;118;;ttc;106;tcc;100;tac;104;tgc;118;;ttc;125;tcc;125;tac;125;tgc;250 atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;125;acc;175;aac;225;agc;175 ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;200;ccc;150;cac;125;cgt;225 gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;275;gcc;250;gac;250;ggc;350 tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;125;aga;125 cta;100;cca;100;caa;99;cga;1;;cta;100;cca;100;caa;99;cga;1.4;;cta;100;cca;150;caa;75;cga; gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;100;gca;125;gaa;125;gga;175 ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;125;tcg;100;tag;;tgg;175 atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;100;acg;150;aag;275;agg;100 ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;175;ccg;100;cag;200;cgg;125 gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;250;gcg;150;gag;250;ggg;125 ;;1677;;1634;;1736;5047;;;;1679;;1634;;1736;5049;;;;2200;;2425;;2725;7350 rapports;;100;;100;;100;100;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;actino;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;54.081;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;100;tat;;atgf;51 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;5354;;;0/0;;;;;att;;act;97;aat;;agt;100 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;2;;;10;10;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;99;;;20;12;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;98;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;15;tcc;22;tac;17;tgc;53 atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;actino;73.5;;;40;5;;;;atc;17;acc;37;aac;44;agc;41 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;294;;;50;12;41;;;ctc;44;ccc;29;cac;20;cgt;42 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;0;;;60;4;;;;gtc;47;gcc;48;gac;45;ggc;47 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;0;aaa;17;aga;18 cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par actino ;;;;90;0;;;;cta;0;cca;33;caa;24;cga;100 gta;100;gca;100;gaa;100;gga;100;;est 36% au dessus;;;;100;3;;;;gta;2;gca;5;gaa;19;gga;38 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;16;tcg;20;tag;100;tgg;38 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;2;acg;31;aag;54;agg;4 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;43;ccg;1;cag;45;cgg;16 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;54;gcg;43;gag;43;ggg;17 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;313;;395;;593;1301 </pre> ==cyano== ===npu=== ====npu opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_opérons|npu opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Nost_punc_PCC_73102_ATCC_29133/nostPunc_PCC_73102_ATCC29133-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_010628.1;npu;;genome;;;;;;;; 41.4%GC;12.8.19 Paris;16s 4;79;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Nostoc punctiforme PCC 73102 ATCC 29133 ;;;;;;;;;;; ;199270..199464;;CDS;;237;237;;;65;; comp;199702..199775;;agg;;33;33;;;;; comp;199809..200906;;CDS;;;;;;366;; ;;;;;;;;;;; comp;352653..353060;;CDS;;690;*690;;;136;; comp;353751..353822;;ggc;;147;147;;;;; comp;353970..354548;;CDS;;;;;;193;; ;;;;;;;;;;; ;503259..503606;;CDS;;145;145;;;116;; ;503752..503827;;atgj;+;-1;;*-1;;;; ;503827..503901;;atgj;2 atg;397;397;;;;; ;504299..505384;;CDS;@1;;;;;362;; ;;;;;;;;;;; comp;777899..778429;;CDS;;34;34;;;177;; ;778464..778537;;cgt;;38;38;;;;; comp;778576..779829;;CDS;;;;;;418;; ;;;;;;;;;;; ;878016..878609;;CDS;;384;384;;;198;; ;878994..879064;;tgc;;205;205;;;;; ;879270..879491;;CDS;;;;;;74;; ;;;;;;;;;;; comp;951559..952671;;CDS;;53;53;;;371;; ;952725..952796;;acc;;310;310;;;;; comp;953107..953340;;CDS;;;;;;78;; ;;;;;;;;;;; comp;954493..955170;;CDS;;72;72;;;226;; comp;955243..955315;;aga;;356;356;;;;; ;955672..956331;;CDS;;;;;;220;; ;;;;;;;;;;; ; 1054005..1054811;;CDS;;290;290;;;269;; comp;1055102..1055172;;gga;;50;50;;;;; comp;1055223..1056383;;CDS;;;;;;387;; ;;;;;;;;;;; comp;1175326..1175523;;CDS;;247;247;;;66;; comp;1175771..1175844;;ccg;;138;138;;;;; ;1175983..1176855;;CDS;;;;;;291;; ;;;;;;;;;;; ;1380042..1380593;;CDS;;226;226;;;184;; comp;1380820..1380904;;tcc;;107;107;;;;; ;1381012..1381380;;CDS;;;;;;123;; ;;;;;;;;;;; ;1442145..1442867;;CDS;;32;32;;;241;; ;1442900..1442974;;ttc;;362;362;;;;; ;1443337..1444770;;CDS;;;;;;478;; ;;;;;;;;;;; comp;1650791..1652236;;CDS;;133;133;;;482;; comp;1652370..1652443;;gac;;111;111;;;;; comp;1652555..1653088;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; comp;2020233..2021171;;CDS;;317;317;;;313;; ;2021489..2022985;;16s;;123;;;;1497;; ;2023109..2023185;;atc;;79;;;79;;; ;2023265..2023340;;gca;;249;;;;;; ;2023590..2026486;;23s;;59;;;;2897;; ;2026546..2026663;;5s;;230;230;;;118;; > comp;2026894..2027373;;CDS;;;;;;160;; ;;;;;;;;;;; comp;2303766..2304149;;CDS;;124;124;;;128;; ;2304274..2304349;;cac;;1362;*1362;;;;; ;2305712..2308132;;CDS;;;;;;*807;; ;;;;;;;;;;; comp;3372671..3373291;;CDS;;143;143;;;207;; ;3373435..3373507;;gta;;415;*415;;;;; ;3373923..3374555;;CDS;;;;;;211;; ;;;;;;;;;;; comp;3434121..3435443;;CDS;;204;204;;;441;; comp;3435648..3435739;;agc;;141;141;;;;; comp;3435881..3436813;;CDS;;;;;;311;; ;;;;;;;;;;; ;3439846..3440202;;CDS;@2;-19;*-19;;;119;; comp;3440184..3440257;;gca;;48;;48;;;; comp;3440306..3440378;;aca;+;8;;8;;;; comp;3440387..3440462;;atgf;2 aca;11;;11;;;; comp;3440474..3440546;;cta;;4;;4;;;; comp;3440551..3440623;;ccg;;6;;6;;;; comp;3440630..3440706;;ctc;;2;;2;;;; comp;3440709..3440785;;ctg;;3;;3;;;; comp;3440789..3440861;;cca;;1;;1;;;; comp;3440863..3440940;;tta;;6;;6;;;; comp;3440947..3441023;;ttg;;6;;6;;;; comp;3441030..3441105;;caa;;3;;3;;;; comp;3441109..3441181;;cag;;5;;5;;;; comp;3441187..3441261;;aac;;6;;6;;;; comp;3441268..3441365;;aca;;81;;*81;;;; comp;3441447..3441521;;cgt;;4;;4;;;; comp;3441526..3441615;;agc;;113;;*113;;;; comp;3441729..3441800;;gaa;;58;;58;;;; comp;3441859..3441933;;tgg;;88;;*88;;;; comp;3442022..3442095;;tgc;;132;;*132;;;; comp;3442228..3442301;;gac;;118;118;;;;; comp;3442420..3442614;;CDS;;;;;;65;; ;;;;;;;;;;; ;3448311..3448919;;CDS;;80;80;;;203;; comp;3449000..3449072;;gaa;;120;120;;;;; ;3449193..3449375;;CDS;;;;;;61;; ;;;;;;;;;;; ;4538041..4538745;;CDS;;151;151;;;235;; ;4538897..4538981;;tcg;;194;194;;;;; ;4539176..4540357;;CDS;;;;;;394;; ;;;;;;;;;;; comp;4869164..4869988;;CDS;;584;*584;;;275;; comp;4870573..4870646;;cca;;298;298;;;;; comp;4870945..4871493;;CDS;;;;;;183;; ;;;;;;;;;;; comp;5426384..5427841;;CDS;;100;100;;;486;; comp;5427942..5428018;;atgf;;46;46;;;;; comp;5428065..5429018;;CDS;;;;;;318;; ;;;;;;;;;;; comp;5480844..5481563;;CDS;;407;*407;;;240;; comp;5481971..5482043;;gcc;;94;94;;;;; comp;5482138..5482332;;CDS;;;;;;65;; ;;;;;;;;;;; ;5510568..5511620;;CDS;;319;319;;;351;; comp;5511940..5512057;;5s;;59;;;;118;; comp;5512117..5515016;;23s;;249;;;;2900;; comp;5515266..5515341;;gca;;82;;;82;;; comp;5515424..5515497;;atc;;123;;;;;; comp;5515621..5517117;;16s;;682;*682;;;1497;; comp;5517800..5519035;;CDS;;;;;;412;; ;;;;;;;;;;; comp;5572068..5572769;;CDS;;290;290;;;234;; ;5573060..5573132;;atgi;;153;153;;;;; comp;5573286..5573720;;CDS;;;;;;145;; ;;;;;;;;;;; ;5573827..5574450;;CDS;;93;93;;;208;; comp;5574544..5574615;;aca;;345;345;;;;; ;5574961..5575881;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; < comp;5655591..5655800;;CDS;;21;21;;;70;; comp;5655822..5655893;;aac;;144;144;;;;; comp;5656038..5656589;;CDS;;;;;;184;; ;;;;;;;;;;; ;5688669..5689538;;CDS;;75;75;;;290;; ;5689614..5689689;;ttc;;663;*663;;;;; comp;5690353..5692080;;CDS;;;;;;*576;; ;;;;;;;;;;; ;5756596..5757801;;CDS;;66;66;;;402;; ;5757868..5757940;;cgg;;400;400;;;;; comp;5758341..5759045;;CDS;;;;;;235;; ;;;;;;;;;;; comp;6075820..6077016;;CDS;;175;175;;;399;; comp;6077192..6077263;;ggg;;171;171;;;;; comp;6077435..6078052;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; comp;6083633..6084493;;CDS;;676;*676;;;287;; ;6085170..6086666;;16s;;123;;;;1497;; ;6086790..6086866;;atc;;79;;;79;;; ;6086946..6087021;;gca;;249;;;;;; ;6087271..6090169;;23s;;59;;;;2899;; ;6090229..6090346;;5s;;176;176;;;118;; comp;6090523..6090720;;CDS;;;;;;66;; ;;;;;;;;;;; comp;6498176..6499135;;CDS;;149;149;;;320;; comp;6499285..6499402;;5s;;59;;;;118;; comp;6499462..6502360;;23s;;249;;;;2899;; comp;6502610..6502685;;gca;;79;;;79;;; comp;6502765..6502841;;atc;;123;;;;;; comp;6502965..6504461;;16s;;315;315;;;1497;; ;6504777..6505643;;CDS;;;;;;289;; ;;;;;;;;;;; ;6889916..6890785;;CDS;;61;61;;;290;; ;6890847..6890918;;aaa;;294;294;;;;; comp;6891213..6892148;;CDS;;;;;;312;; ;;;;;;;;;;; ;6948457..6949644;;CDS;;162;162;;;396;; ;6949807..6949888;;cta;;400;400;;;;; ;6950289..6950609;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; comp;6980662..6982233;;CDS;;171;171;;;*524;; ;6982405..6982478;;gtc;;1521;*1521;;;;; comp;6984000..6985919;;CDS;;;;;;*640;; ;;;;;;;;;;; ;7066111..7067829;;CDS;;232;232;;;*573;; comp;7068062..7068133;;caa;;270;270;;;;; comp;7068404..7069606;;CDS;;;;;;401;; ;;;;;;;;;;; comp;7071719..7071991;;CDS;;39;39;;;91;; comp;7072031..7072114;;ttg;;109;109;;;;; comp;7072224..7073345;;CDS;;;;;;374;; ;;;;;;;;;;; comp;7074644..7076011;;CDS;;409;*409;;;456;; ;7076421..7076502;;ctg;;95;95;;;;; ;7076598..7077374;;CDS;;;;;;259;; ;;;;;;;;;;; ;7130044..7131132;;CDS;;131;131;;;363;; comp;7131264..7131335;;acg;;33;33;;;;; ;7131369..7131662;;CDS;;;;;;98;; ;;;;;;;;;;; ;7224805..7225167;;CDS;;146;146;;;121;; ;7225314..7225386;;tgg;;378;378;;;;; ;7225765..7225986;;CDS;;;;;;74;; ;;;;;;;;;;; comp;7346902..7348245;;CDS;;396;396;;;448;; ;7348642..7348724;;ctc;;127;127;;;;; ;7348852..7349475;;CDS;;;;;;208;; ;;;;;;;;;;; ;7506243..7506593;;CDS;;747;*747;;;117;; comp;7507341..7507414;;ccc;;50;50;;;;; comp;7507465..7507830;;CDS;;;;;;122;; ;;;;;;;;;;; ;7517008..7519347;;CDS;;167;167;;;*780;; ;7519515..7519588;;atgj;;213;213;;;;; <> comp;7519802..7520109;;CDS;;;;;;103;; ;;;;;;;;;;; comp;7571389..7571706;;CDS;;895;*895;;;106;; comp;7572602..7572676;;aag;;63;63;;;;; comp;7572740..7574992;;CDS;;;;;;*751;; ;;;;;;;;;;; comp;7610323..7610769;;CDS;;481;*481;;;149;; comp;7611251..7611323;;gca;;71;71;;;;; ;7611395..7612312;;CDS;;;;;;306;; ;;;;;;;;;;; ;7936008..7936736;;CDS;;65;65;;;243;; ;7936802..7936874;;gcg;;437;*437;;;;; ;7937312..7938874;;CDS;;;;;;*521;; ;;;;;;;;;;; ;7972961..7973239;;CDS;;313;313;;;93;; comp;7973553..7973624;;acc;;88;;*88;;;; comp;7973713..7973798;;tac;;124;124;;;;; comp;7973923..7974897;;CDS;;;;;;325;; ;;;;;;;;;;; ;7975047..7975976;;CDS;;100;100;;;310;; ;7976077..7976161;;tca;;374;374;;;;; ;7976536..7978545;;CDS;;;;;;*670;; </pre> ====npu cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_cumuls|npu cumuls]] <pre> npu cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;4;1;2;;1;1;1;;100;13;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;12;;50;10;40;;200;21;60;0 ;16 atc gca;4;40;0;;100;14;80;;300;22;90;10 ;16 23 5s a;0;60;2;;150;18;120;;400;19;120;9 ;max a;2;80;0;3;200;9;160;;500;10;150;7 ;a doubles;0;100;3;1;250;8;200;;600;4;180;3 ;autres;0;120;1;;300;5;240;;700;2;210;10 ;total aas;8;140;1;;350;6;280;;800;2;240;7 sans ;opérons;43;160;0;;400;9;320;;900;1;270;4 ;1 aa;40;180;0;;450;4;360;;1000;0;300;6 ;max a;20;200;0;;500;1;400;;1100;0;330;9 ;a doubles;2;;0;;;9;;;;0;;29 ;total aas;64;;21;4;;94;;0;;94;;94 total aas;;72;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;32;79;;254;;;;279;; ;;;variance;43;0;;254;;;;171;; sans jaune;;;moyenne;11;;;176;;;;240;;188 ;;;variance;17;;;111;;;;122;;85 </pre> ====npu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_blocs|npu blocs]] <pre> npu blocs;;;; CDS;317;313;676;287 16s;123;1497;123;1497 atc;79;;79; gca;249;;249; 23s;59;2897;59;2899 5s;230;118;176;118 CDS;;160;;66 ;;;; CDS;319;351;149;320 5s;59;118;59;118 23s;249;2900;249;2899 gca;82;;79; atc;123;;123; 16s;682;1497;315;1497 CDS;;412;;289 </pre> ====npu remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_remarques|npu remarques]] <pre> gtRNAdb;;;;;;;79;;cumuls;;;;;;;72 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;2;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;4;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;4;acc;2;aac;2;agc;2 ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;2 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;1;aca;2;aaa;2;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;1;aga;1 cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1 ttg;3;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;3;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;3;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ====npu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_distribution|npu distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total npu;;39;;;;;;;npu;21;;;;;;;;npu;4;;;;;; </pre> ====npu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_données_intercalaires|npu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;npu;fx;fc;npu;fx40;fc40;npu;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;4;15;0;4;15;-1;0;54;33;237;CDS 16s;; ;1;10;50;188;1;2;22;-2;6;0;690;34;;317; ;0;20;52;152;2;4;24;-3;0;1;147;38;;317; ;1;30;43;135;3;8;22;-4;15;135;145;356;;676; 3;4;40;53;132;4;8;16;-5;1;0;397;290;;315; ;3;50;54;142;5;10;25;-6;2;0;216;518;23s 5s;; 1;0;60;63;142;6;3;17;-7;1;8;615;138;4* 61;; 1;4;70;74;115;7;2;17;-8;1;34;5;226;5s CDS;; 2;2;80;59;146;8;6;16;-9;1;0;231;107;149;68; ;0;90;64;129;9;5;12;-10;1;6;384;124;;319; 1;4;100;59;129;10;2;17;-11;0;27;205;143;;176; 2;1;110;63;168;11;8;15;-12;0;0;72;102;16s tRNA;; ;2;120;61;138;12;3;17;-13;0;11;50;80;4* 131;;atc 1;2;130;56;101;13;5;15;-14;2;23;37;327;tRNA 23s;; 3;1;140;84;119;14;8;23;-15;1;1;247;51;4* 260;;gca 1;6;150;63;107;15;4;15;-16;0;5;705;290;tRNA tRNA;;intra 1;1;160;60;99;16;3;9;-17;0;15;145;153;4* 82;;atc gca ;2;170;48;104;17;4;16;-18;2;0;32;93;tRNA tRNA;; 1;2;180;49;81;18;2;9;-19;1;1;368;345;-1;;atgj ;0;190;47;79;19;10;19;-20;1;10;133;666;**;;atgj ;1;200;49;73;20;5;14;-21;1;0;111;137;44;;other ;2;210;60;55;21;3;15;-22;0;2;1365;427;**;;other ;1;220;33;65;22;7;5;-23;2;6;415;294;156;;aaa 1;0;230;29;69;23;3;11;-24;0;0;204;171;7;;other 2;1;240;38;54;24;4;10;-25;0;2;141;1521;6;;cac ;1;250;39;63;25;3;11;-26;2;8;118;232;48;;gca ;0;260;31;74;26;4;19;-27;1;0;409;409;8;;aca ;2;270;33;53;27;7;15;-28;2;4;151;131;10;;atgf ;0;280;31;53;28;5;18;-29;3;1;194;33;4;;cta 2;0;290;34;47;29;3;16;-30;0;0;599;396;6;;ccg 1;1;300;42;48;30;4;15;-31;0;2;298;747;5;;ctc 1;0;310;25;42;31;6;13;-32;0;4;100;301;3;;ctg ;1;320;27;42;32;3;12;-33;2;0;46;71;1;;cca 1;0;330;26;33;33;6;12;-34;0;0;407;70;6;;tta ;0;340;22;37;34;4;7;-35;0;6;94;;6;;ttg 1;0;350;34;43;35;3;10;-36;0;0;24;;3;;caa 1;0;360;27;42;36;10;16;-37;1;4;144;;5;;cag ;1;370;15;20;37;4;13;-38;2;5;75;;6;;aac ;2;380;36;33;38;5;17;-39;0;0;66;;81;;aca ;1;390;18;17;39;10;19;-40;0;1;268;;4;;cgt 1;1;400;16;29;40;2;13;-41;0;1;175;;4;;agc 6;11;reste;535;586;reste;2104;3377;-42;0;0;171;;7;;tac 34;62;total;2306;3999;total;2306;3999;-43;0;1;61;;62;;gaa 28;51;diagr;1767;3398;diagr;198;607;-44;1;1;162;;3;;tgg 0;2; t30;145;475;;;;-45;0;0;313;;11;;atgi ;;;;;;;;-46;1;0;270;;3;;tgc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;1;39;;4;;other ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;109;;**;;gac ;x;2302;67;4;2373;;;-49;0;0;95;;88;;acc ;c;3984;402;15;4401;;;-50;0;0;146;;**;;tac ;;;;;6774;157;;reste;12;22;378;;;; ;;;;;;6931;;total;67;402;127;;;; ;;;;;;;;;;;50;;;; ;;;;;;;;;;;167;;;; ;;;;;;;;;;;898;;;; ;;;;;;;;;;;63;;;; ;;;;;;;;;;;481;;;; ;;;;;;;;;;;65;;;; ;;;;;;;;;;;437;;;; ;;;;;;;;;;;124;;;; ;;;;;;;;;;;100;;;; ;;;;;;;;;;;374;;;; </pre> =====npu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_autres_intercalaires_aas|npu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;npu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;199270;199464;237;*; ;comp;tRNA;199702;199775;33;*;agg fin;comp;CDS;199809;200906;;0; deb;comp;CDS;352653;353060;690;*; ;comp;tRNA;353751;353822;147;*;ggc fin;comp;CDS;353970;354548;;; deb;;CDS;503259;503606;145;*; ;;tRNA;503752;503827;-1;*;atgj ;;tRNA;503827;503901;397;*;atgj deb;;CDS;504299;505384;216;*; ;;tRNA;505601;505673;615;*;ata fin;;CDS;506289;507815;;; deb;;CDS;727418;728587;5;*; ;;tRNA;728593;728664;231;*;other fin;;CDS;728896;730239;;; deb;comp;CDS;777899;778429;34;*; ;;tRNA;778464;778537;38;*;cgt fin;comp;CDS;778576;779829;;; deb;;CDS;878016;878609;384;*; ;;tRNA;878994;879064;205;*;tgc fin;;CDS;879270;879491;;; deb;comp;CDS;954493;955170;72;*; ;comp;tRNA;955243;955315;356;*;aga fin;;CDS;955672;956331;;; deb;;CDS;1054005;1054811;290;*; ;comp;tRNA;1055102;1055172;50;*;gga fin;comp;CDS;1055223;1056383;;; deb;comp;CDS;1081601;1082335;518;*; ;;tRNA;1082854;1082983;44;*;other ;;tRNA;1083028;1083149;37;*;other fin;;CDS;1083187;1084788;;; deb;comp;CDS;1175326;1175523;247;*; ;comp;tRNA;1175771;1175844;138;*;ccg fin;;CDS;1175983;1176855;;; deb;;CDS;1380042;1380593;226;*; ;comp;tRNA;1380820;1380904;107;*;tcc fin;;CDS;1381012;1381380;;; deb;;CDS;1440092;1440529;705;*; ;;tRNA;1441235;1441304;145;*;other fin;;CDS;1441450;1441650;;; deb;;CDS;1442145;1442867;32;*; ;;tRNA;1442900;1442968;368;*;ttc fin;;CDS;1443337;1444770;;; deb;;CDS;1484155;1484853;46;*; ;;ncRNA;1484900;1485316;115;*; fin;;CDS;1485432;1486151;;; deb;comp;CDS;1650791;1652236;133;*; ;comp;tRNA;1652370;1652443;111;*;gac fin;comp;CDS;1652555;1653130;;0; deb;comp;CDS;2020233;2021171;317;*; ;;rRNA;2021489;2022977;131;*;1489 ;;tRNA;2023109;2023182;82;*;atc ;;tRNA;2023265;2023337;260;*;gca ;;rRNA;2023598;2026484;61;*;2887 ;;rRNA;2026546;2026663;68;*;118 fin;comp;CDS;2026732;2026957;;; deb;comp;CDS;2303766;2304149;124;*; ;;tRNA;2304274;2304346;1365;*;cac fin;;CDS;2305712;2308132;;0; deb;comp;CDS;3372671;3373291;143;*; ;;tRNA;3373435;3373507;415;*;gta fin;;CDS;3373923;3374555;;; deb;comp;CDS;3434121;3435443;204;*; ;comp;tRNA;3435648;3435739;141;*;agc fin;comp;CDS;3435881;3436813;;; deb;;CDS;3438597;3439685;102;*; ;comp;tRNA;3439788;3439858;156;*;aaa ;comp;tRNA;3440015;3440097;7;*;other ;comp;tRNA;3440105;3440177;6;*;cac ;comp;tRNA;3440184;3440257;48;*;gca ;comp;tRNA;3440306;3440378;8;*;aca ;comp;tRNA;3440387;3440463;10;*;atgf ;comp;tRNA;3440474;3440546;4;*;cta ;comp;tRNA;3440551;3440623;6;*;ccg ;comp;tRNA;3440630;3440706;5;*;ctc ;comp;tRNA;3440712;3440785;3;*;ctg ;comp;tRNA;3440789;3440861;1;*;cca ;comp;tRNA;3440863;3440940;6;*;tta ;comp;tRNA;3440947;3441023;6;*;ttg ;comp;tRNA;3441030;3441105;3;*;caa ;comp;tRNA;3441109;3441181;5;*;cag ;comp;tRNA;3441187;3441261;6;*;aac ;comp;tRNA;3441268;3441365;81;*;aca ;comp;tRNA;3441447;3441521;4;*;cgt ;comp;tRNA;3441526;3441615;4;*;agc ;comp;tRNA;3441620;3441721;7;*;tac ;comp;tRNA;3441729;3441799;62;*;gaa ;comp;tRNA;3441862;3441933;3;*;tgg ;comp;tRNA;3441937;3442010;11;*;atgi ;comp;tRNA;3442022;3442095;3;*;tgc ;comp;tRNA;3442099;3442223;4;*;other ;comp;tRNA;3442228;3442301;118;*;gac fin;comp;CDS;3442420;3442614;;0; deb;;CDS;3448311;3448919;80;*; ;comp;tRNA;3449000;3449072;327;*;gaa fin;;CDS;3449400;3451319;;; deb;;CDS;3675128;3675659;409;*; ;;tRNA;3676069;3676151;51;*;tca fin;comp;CDS;3676203;3676421;;; deb;;CDS;4538041;4538745;151;*; ;;tRNA;4538897;4538981;194;*;tcg fin;;CDS;4539176;4540357;;0; deb;comp;CDS;4869164;4869973;599;*; ;comp;tRNA;4870573;4870646;298;*;cca fin;comp;CDS;4870945;4871493;;0; deb;comp;CDS;5108061;5113469;362;*; ;comp;ncRNA;5113832;5114015;60;*; fin;comp;CDS;5114076;5115230;;; deb;comp;CDS;5426384;5427841;100;*; ;comp;tRNA;5427942;5428018;46;*;atgf fin;comp;CDS;5428065;5429018;;; deb;comp;CDS;5480844;5481563;407;*; ;comp;tRNA;5481971;5482043;94;*;gcc fin;comp;CDS;5482138;5482332;;; deb;;CDS;5510568;5511620;319;*; ;comp;rRNA;5511940;5512057;61;*;118 ;comp;rRNA;5512119;5515008;260;*;2890 ;comp;tRNA;5515269;5515341;82;*;gca ;comp;tRNA;5515424;5515497;131;*;atc ;comp;rRNA;5515629;5517117;317;*;1489 fin;;CDS;5517435;5517515;;0; deb;comp;CDS;5572068;5572769;290;*; ;;tRNA;5573060;5573132;153;*;atgi fin;comp;CDS;5573286;5573720;;0; deb;;CDS;5573827;5574450;93;*; ;comp;tRNA;5574544;5574615;345;*;aca fin;;CDS;5574961;5575881;;; deb;comp;CDS;5655654;5655797;24;*; ;comp;tRNA;5655822;5655893;144;*;aac fin;comp;CDS;5656038;5656589;;; deb;;CDS;5688669;5689538;75;*; ;;tRNA;5689614;5689686;666;*;ttc fin;comp;CDS;5690353;5692080;;; deb;;CDS;5756596;5757801;66;*; ;;tRNA;5757868;5757940;137;*;cgg fin;comp;CDS;5758078;5758233;;; deb;;CDS;6022666;6023613;294;*; ;;tmRNA;6023908;6024297;537;*; fin;comp;CDS;6024835;6025290;;0; deb;comp;CDS;6048961;6050142;268;*; ;comp;tRNA;6050411;6050520;427;*;other fin;;CDS;6050948;6051328;;; deb;comp;CDS;6075820;6077016;175;*; ;comp;tRNA;6077192;6077263;171;*;ggg fin;comp;CDS;6077435;6078040;;; deb;comp;CDS;6083633;6084493;676;*; ;;rRNA;6085170;6086658;131;*;1489 ;;tRNA;6086790;6086863;82;*;atc ;;tRNA;6086946;6087018;260;*;gca ;;rRNA;6087279;6090167;61;*;2889 ;;rRNA;6090229;6090346;176;*;118 fin;comp;CDS;6090523;6090720;;; deb;comp;CDS;6498176;6499135;149;*; ;comp;rRNA;6499285;6499402;61;*;118 ;comp;rRNA;6499464;6502352;260;*;2889 ;comp;tRNA;6502613;6502685;82;*;gca ;comp;tRNA;6502768;6502841;131;*;atc ;comp;rRNA;6502973;6504461;315;*;1489 fin;;CDS;6504777;6505643;;0; deb;;CDS;6889916;6890785;61;*; ;;tRNA;6890847;6890918;294;*;aaa fin;comp;CDS;6891213;6892148;;; deb;;CDS;6948457;6949644;162;*; ;;tRNA;6949807;6949888;313;*;cta fin;;CDS;6950202;6950609;;0; deb;comp;CDS;6980662;6982233;171;*; ;;tRNA;6982405;6982478;1521;*;gtc fin;comp;CDS;6984000;6985919;;0; deb;;CDS;7066111;7067829;232;*; ;comp;tRNA;7068062;7068133;270;*;caa fin;comp;CDS;7068404;7069606;;; deb;comp;CDS;7071719;7071991;39;*; ;comp;tRNA;7072031;7072114;109;*;ttg fin;comp;CDS;7072224;7073345;;; deb;comp;CDS;7074644;7076011;409;*; ;;tRNA;7076421;7076502;95;*;ctg fin;;CDS;7076598;7077374;;0; deb;;CDS;7130044;7131132;131;*; ;comp;tRNA;7131264;7131335;33;*;acg fin;;CDS;7131369;7131662;;0; deb;;CDS;7224805;7225167;146;*; ;;tRNA;7225314;7225386;378;*;tgg fin;;CDS;7225765;7225986;;; deb;comp;CDS;7324019;7324405;25;*; ;comp;ncRNA;7324431;7324527;37;*; fin;comp;CDS;7324565;7324831;;0; deb;comp;CDS;7346902;7348245;396;*; ;;tRNA;7348642;7348724;127;*;ctc fin;;CDS;7348852;7349475;;; deb;;CDS;7506243;7506593;747;*; ;comp;tRNA;7507341;7507414;50;*;ccc fin;comp;CDS;7507465;7507830;;; deb;;CDS;7517041;7519347;167;*; ;;tRNA;7519515;7519588;301;*;atgj fin;comp;CDS;7519890;7520066;;; deb;comp;CDS;7571389;7571706;898;*; ;comp;tRNA;7572605;7572676;63;*;aag fin;comp;CDS;7572740;7574992;;; deb;comp;CDS;7610323;7610769;481;*; ;comp;tRNA;7611251;7611323;71;*;gca fin;;CDS;7611395;7612312;;0; deb;;CDS;7936008;7936736;65;*; ;;tRNA;7936802;7936874;437;*;gcg fin;;CDS;7937312;7938874;;; deb;;CDS;7973321;7973482;70;*; ;comp;tRNA;7973553;7973624;88;*;acc ;comp;tRNA;7973713;7973798;124;*;tac fin;comp;CDS;7973923;7974897;;0; deb;;CDS;7975047;7975976;100;*; ;;tRNA;7976077;7976161;374;*;tca fin;;CDS;7976536;7978545;;; </pre> ===pmg=== ====pmg opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_opérons|pmg opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Proc_mari_MIT_9301/procMari_MIT_9301-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009091.1;pmg;;genome;;;;;;;; 31.3%GC;13.8.19 Paris;16s 1;37;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Prochlorococcus marinus str. MIT 9301;;;;;;;;;;; comp;74235..75521;;CDS;;4;4;;;429;; comp;75526..75607;;ctt;;259;259;;;;; ;75867..77216;;CDS;;;;;;450;; ;;;;;;;;;;; ;132034..132708;;CDS;;49;49;;;225;; ;132758..132829;;aac;;566;*566;;;;; ;133396..133845;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; comp;239249..240268;;CDS;;170;170;;;340;; comp;240439..240520;;cta;;71;71;;;;; ;240592..241041;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; comp;257573..258844;;CDS;;77;77;;;424;; comp;258922..258995;;cgt;;86;86;;;;; ;259082..259333;;CDS;;;;;;84;; ;;;;;;;;;;; comp;272771..274039;;CDS;;18;18;;;423;; comp;274058..274130;;atgi;;141;141;;;;; ;274272..274832;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; ;305431..305850;;CDS;;84;84;;;140;; comp;305935..306010;;ttc;;91;91;;;;; comp;306102..307331;;CDS;;;;;;410;; ;;;;;;;;;;; ;313891..314472;;CDS;;178;178;;;194;; comp;314651..314722;;aca;;65;65;;;;; comp;314788..315120;;CDS;;;;;;111;; ;;;;;;;;;;; comp;320549..321988;;CDS;;603;*603;;;480;; ;322592..324074;;16s;;125;;;;;; ;324200..324273;;atc;;12;;;12;;; ;324286..324358;;gca;;256;;;;;; ;324615..327496;;23s;;60;;;;;; ;327557..327673;;5s;;43;43;;;;; comp;327717..328595;;CDS;;;;;;293;; ;;;;;;;;;;; comp;354976..355167;;CDS;;88;88;;;64;; comp;355256..355327;;acc;;10;;10;;;; comp;355338..355419;;tac;;102;102;;;;; ;355522..355962;;CDS;;;;;;147;; ;;;;;;;;;;; comp;434230..435660;;CDS;;17;17;;;477;; comp;435678..435751;;gac;;149;149;;;;; comp;435901..436095;;CDS;;35;35;;;65;; comp;436131..436203;;tgg;;53;53;;;;; comp;436257..436727;;CDS;;;;;;157;; ;;;;;;;;;;; ;521448..522497;;CDS;;99;99;;;350;; ;522597..522682;;tta;;78;78;;;;; ;522761..522994;;CDS;;;;;;78;; ;;;;;;;;;;; comp;609397..609897;;CDS;;249;249;;;167;; comp;610147..610233;;tca;;404;*404;;;;; ;610638..611399;;CDS;;;;;;254;; ;;;;;;;;;;; ;774440..775240;;CDS;;210;210;;;267;; comp;775451..775524;;ccc;;27;27;;;;; comp;775552..776280;;CDS;;;;;;243;; ;;;;;;;;;;; comp;828018..828392;;CDS;;49;49;;;125;; ;828442..828528;;tcc;;214;214;;;;; ;828743..830740;;CDS;;;;;;*666;; ;;;;;;;;;;; ;868731..869213;;CDS;;29;29;;;161;; ;869243..869316;;atgj;;67;67;;;;; ;869384..869671;;CDS;;;;;;96;; ;;;;;;;;;;; ;909742..910707;;CDS;;45;45;;;322;; ;910753..910829;;atgf;;591;*591;;;;; ;911421..911810;;CDS;;;;;;130;; ;;;;;;;;;;; ;996073..996609;;CDS;;16;16;;;179;; comp;996626..996698;;gaa;;41;41;;;;; comp;996740..997858;;CDS;;;;;;373;; ;;;;;;;;;;; comp;1040019..1040135;;CDS;;177;177;;;39;; ;1040313..1040384;;aaa;;512;*512;;;;; ;1040897..1041004;;CDS;;;;;;36;; ;;;;;;;;;;; ;1044863..1045423;;CDS;;276;276;;;187;; ;1045700..1045773;;cca;;188;188;;;;; comp;1045962..1046666;;CDS;;;;;;235;; ;;;;;;;;;;; ;1134197..1134427;;CDS;;251;251;;;77;; comp;1134679..1134763;;tcg;;63;63;;;;; comp;1134827..1135849;;CDS;;;;;;341;; ;;;;;;;;;;; comp;1163424..1164092;;CDS;;138;138;;;223;; ;1164231..1164304;;aga;;27;27;;;;; ;1164332..1165600;;CDS;;;;;;423;; ;;;;;;;;;;; ;1212124..1212894;;CDS;;58;58;;;257;; comp;1212953..1213025;;gcc;;129;129;;;;; comp;1213155..1214180;;CDS;;;;;;342;; ;;;;;;;;;;; ;1253753..1255123;;CDS;;525;*525;;;457;; ;1255649..1255730;;ttg;;5;5;;;;; ;1255736..1256911;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;1259549..1260784;;CDS;;131;131;;;412;; ;1260916..1260988;;cac;;72;72;;;;; ;1261061..1262455;;CDS;;;;;;465;; ;;;;;;;;;;; ;1275239..1277272;;CDS;;0;*0;;;*678;; comp;1277273..1277343;;gga;;112;112;;;;; ;1277456..1278802;;CDS;;;;;;449;; ;;;;;;;;;;; ;1308006..1308797;;CDS;;50;50;;;264;; ;1308848..1308919;;gtc;;67;67;;;;; ;1308987..1309604;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; comp;1419657..1419893;;CDS;;54;54;;;79;; ;1419948..1420019;;acg;;100;100;;;;; ;1420120..1420440;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; ;1453287..1454075;;CDS;;35;35;;;263;; comp;1454111..1454199;;agc;;61;61;;;;; comp;1454261..1455460;;CDS;;;;;;400;; ;;;;;;;;;;; ;1472925..1473932;;CDS;;94;94;;;336;; ;1474027..1474098;;caa;;16;16;;;;; ;1474115..1474891;;CDS;;;;;;259;; ;;;;;;;;;;; comp;1485558..1486649;;CDS;;77;77;;;364;; ;1486727..1486800;;cgg;;11;11;;;;; comp;1486812..1487258;;CDS;;;;;;149;; ;;;;;;;;;;; comp;1500099..1501325;;CDS;;42;42;;;409;; ;1501368..1501438;;tgc;@1;364;364;;;;; comp;1501803..1502447;;CDS;;;;;;215;; ;;;;;;;;;;; comp;1517796..1518128;;CDS;;78;78;;;111;; comp;1518207..1518280;;agg;;38;38;;;;; ;1518319..1518700;;ncRNA;;21;21;;;;; ;1518722..1519471;;CDS;;;;;;250;; ;;;;;;;;;;; comp;1554202..1554633;;CDS;;45;45;;;144;; comp;1554679..1554750;;ggc;;61;61;;;;; comp;1554812..1555288;;CDS;;;;;;159;; ;;;;;;;;;;; comp;1600898..1601284;;CDS;@2;-30;*-30;;;129;; comp;1601255..1601326;;gta;;98;98;;;;; ;1601425..1602279;;CDS;;;;;;285;; </pre> ====pmg cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_cumuls|pmg cumuls]] <pre> pmg cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;;100;9;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;1;1;50;22;40;;200;20;60;2 ;16 atc gca;1;40;;;100;23;80;;300;15;90;6 ;16 23 5s a;0;60;;;150;7;120;;400;10;120;4 ;max a;2;80;;;200;4;160;;500;13;150;9 ;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;0;180;5 ;autres;0;120;;;300;3;240;;700;2;210;4 ;total aas;2;140;;;350;0;280;;800;0;240;4 sans ;opérons;34;160;;;400;1;320;;900;0;270;8 ;1 aa;33;180;;;450;1;360;;1000;0;300;2 ;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;330;1 ;a doubles;0;;;;;5;;;;0;;24 ;total aas;35;;1;1;;71;;0;;69;;69 total aas;;37;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;10;12;;127;;;;260;; ;;;variance;0;0;;146;;;;147;; sans jaune;;;moyenne;;;;93;;;;248;;170 ;;;variance;;;;76;;;;130;;74 </pre> ====pmg blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_blocs|pmg blocs]] <pre> pmg bloc;; CDS;603;480 16s;125;1483 atc;12; gca;256; 23s;60;2882 5s;43;117 CDS;;293 </pre> ====pmg remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_remarques|pmg remarques]] *code génétique de pmg <pre> Remarques;;;;;;;37 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata; ;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====pmg distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_distribution|pmg distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total pmg;;33;;;;;;;pmg;2;;;;;;;;pmg;0;;;;;; </pre> ====pmg données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_données_intercalaires|pmg données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;pmg;fx;fc;pmg;fx40;fc40;pmg;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;11;34;0;11;34;-1;1;35;4;259;16s tRNA;; ;2;10;116;199;1;18;17;-2;0;0;49;185;125;;atc 2;3;20;39;116;2;16;27;-3;0;0;566;86;tRNA 23s;; ;2;30;26;71;3;22;25;-4;40;69;71;141;258;;gca 1;1;40;14;64;4;11;26;-5;0;0;77;87;tRNA tRNA;;intra 2;5;50;23;50;5;9;18;-6;2;0;18;178;12;;atc gca 2;1;60;22;45;6;12;23;-7;0;1;91;102;tRNA tRNA;; ;6;70;22;50;7;8;11;-8;11;13;65;404;10;;acc 1;5;80;34;46;8;8;11;-9;1;0;88;210;**;;tac 2;1;90;21;42;9;6;27;-10;0;2;17;49;;; 1;4;100;28;31;10;6;14;-11;3;11;149;16;;; 1;0;110;16;27;11;1;19;-12;2;0;35;177;;; 1;0;120;12;23;12;2;14;-13;0;3;53;188;;; ;1;130;14;17;13;5;14;-14;3;6;99;251;;; 2;0;140;26;17;14;6;6;-15;3;0;78;138;;; 1;1;150;15;7;15;5;12;-16;3;2;249;58;;; ;0;160;14;13;16;4;10;-17;4;3;27;131;;; ;0;170;9;9;17;5;11;-18;1;0;214;0;;; 2;0;180;12;9;18;6;11;-19;0;0;29;112;;; 2;0;190;13;5;19;2;6;-20;3;1;67;54;;; ;0;200;8;1;20;3;13;-21;2;0;45;35;;; 2;0;210;7;5;21;2;2;-22;2;0;591;77;;; ;1;220;6;5;22;4;7;-23;2;0;41;11;;; ;0;230;6;8;23;4;4;-24;2;0;512;42;;; ;0;240;3;3;24;5;8;-25;0;2;276;210;;; ;1;250;5;2;25;0;5;-26;1;3;63;98;;; 2;0;260;6;2;26;2;6;-27;1;0;342;;;; ;0;270;4;2;27;4;11;-28;1;0;129;;;; ;1;280;3;1;28;3;9;-29;0;0;525;;;; ;0;290;4;2;29;0;8;-30;1;0;5;;;; ;0;300;8;3;30;2;11;-31;0;0;72;;;; ;0;310;2;1;31;4;3;-32;1;0;50;;;; ;0;320;2;4;32;1;9;-33;0;0;67;;;; ;0;330;5;3;33;1;7;-34;0;0;100;;;; ;0;340;6;2;34;1;1;-35;1;0;61;;;; ;1;350;5;0;35;1;7;-36;0;0;94;;;; ;0;360;0;1;36;1;11;-37;0;0;16;;;; ;0;370;2;2;37;0;6;-38;1;0;78;;;; ;0;380;1;3;38;2;6;-39;0;0;45;;;; ;0;390;1;0;39;1;6;-40;0;0;61;;;; ;0;400;1;2;40;2;8;-41;0;1;-30;;;; 1;4;reste;27;21;reste;393;464;-42;1;0;CDS 16s;;;; 26;40;total;599;948;total;599;948;-43;1;0;-;601;;; 24;36;diagr;561;893;diagr;195;450;-44;0;1;23s 5s;;;; 2;7; t30;181;386;;;;-45;0;0;64;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;5s CDS;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;-;43;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;588;96;11;695;;;-49;0;0;;;;; ;c;914;157;34;1105;;;-50;0;2;;;;; ;;;;;1800;84;;reste;2;2;;;;; ;;;;;;1884;;total;96;157;;;;; </pre> =====pmg autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires_aas|pmg autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pmg;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;65120;66082;306;*; ;comp;tmRNA;66389;66662;44;*; fin;;CDS;66707;67831;;0; deb;comp;CDS;74235;75521;4;*; ;comp;tRNA;75526;75607;259;*;ctt fin;;CDS;75867;77216;;0; deb;;CDS;132034;132708;49;*; ;;tRNA;132758;132829;566;*;aac fin;;CDS;133396;133845;;; deb;comp;CDS;239249;240253;185;*; ;;tRNA;240439;240520;71;*;cta fin;;CDS;240592;241041;;; deb;comp;CDS;257573;258844;77;*; ;comp;tRNA;258922;258995;86;*;cgt fin;;CDS;259082;259333;;; deb;comp;CDS;272771;274039;18;*; ;comp;tRNA;274058;274130;141;*;atgi fin;;CDS;274272;274832;;; deb;;CDS;305431;305850;87;*; ;comp;tRNA;305938;306010;91;*;ttc fin;comp;CDS;306102;307331;;; deb;;CDS;313891;314472;178;*; ;comp;tRNA;314651;314722;65;*;aca fin;comp;CDS;314788;315123;;; deb;comp;CDS;320549;321988;601;*; ;;rRNA;322590;324074;125;*;1483 ;;tRNA;324200;324273;12;*;atc ;;tRNA;324286;324358;258;*;gca ;;rRNA;324617;327492;64;*;2882 ;;rRNA;327557;327673;43;*;117 fin;comp;CDS;327717;328595;;; deb;comp;CDS;354976;355167;88;*; ;comp;tRNA;355256;355327;10;*;acc ;comp;tRNA;355338;355419;102;*;tac fin;;CDS;355522;355962;;; deb;comp;CDS;434230;435660;17;*; ;comp;tRNA;435678;435751;149;*;gac deb;comp;CDS;435901;436095;35;*; ;comp;tRNA;436131;436203;53;*;tgg fin;comp;CDS;436257;436595;;; deb;;CDS;521448;522497;99;*; ;;tRNA;522597;522682;78;*;tta fin;;CDS;522761;522994;;; deb;comp;CDS;609397;609897;249;*; ;comp;tRNA;610147;610233;404;*;tca fin;;CDS;610638;611399;;0; deb;;CDS;656308;657498;17;*; ;;ncRNA;657516;657700;162;*; fin;;CDS;657863;658162;;; deb;;CDS;774440;775240;210;*; ;comp;tRNA;775451;775524;27;*;ccc fin;comp;CDS;775552;776280;;; deb;comp;CDS;828018;828392;49;*; ;;tRNA;828442;828528;214;*;tcc fin;;CDS;828743;830740;;; deb;;CDS;868731;869213;29;*; ;;tRNA;869243;869316;67;*;atgj fin;;CDS;869384;869671;;; deb;;CDS;909742;910707;45;*; ;;tRNA;910753;910829;591;*;atgf fin;;CDS;911421;911810;;; deb;;CDS;996073;996609;16;*; ;comp;tRNA;996626;996698;41;*;gaa fin;comp;CDS;996740;997858;;0; deb;comp;CDS;1040019;1040135;177;*; ;;tRNA;1040313;1040384;512;*;aaa fin;;CDS;1040897;1041004;;0; deb;;CDS;1044863;1045423;276;*; ;;tRNA;1045700;1045773;188;*;cca fin;comp;CDS;1045962;1046666;;; deb;;CDS;1134197;1134427;251;*; ;comp;tRNA;1134679;1134763;63;*;tcg fin;comp;CDS;1134827;1135849;;0; deb;comp;CDS;1163424;1164092;138;*; ;;tRNA;1164231;1164304;342;*;aga fin;;CDS;1164647;1165600;;0; deb;;CDS;1212124;1212894;58;*; ;comp;tRNA;1212953;1213025;129;*;gcc fin;comp;CDS;1213155;1214180;;0; deb;;CDS;1253753;1255123;525;*; ;;tRNA;1255649;1255730;5;*;ttg fin;;CDS;1255736;1256911;;; deb;comp;CDS;1259549;1260784;131;*; ;;tRNA;1260916;1260988;72;*;cac fin;;CDS;1261061;1262455;;; deb;;CDS;1264859;1265974;12;*; ;comp;ncRNA;1265987;1266083;47;*; fin;;CDS;1266131;1266904;;1; deb;;CDS;1275239;1277272;0;*; ;comp;tRNA;1277273;1277343;112;*;gga fin;;CDS;1277456;1278802;;; deb;;CDS;1308006;1308797;50;*; ;;tRNA;1308848;1308919;67;*;gtc fin;;CDS;1308987;1309604;;; deb;comp;CDS;1419657;1419893;54;*; ;;tRNA;1419948;1420019;100;*;acg fin;;CDS;1420120;1420440;;; deb;;CDS;1453287;1454075;35;*; ;comp;tRNA;1454111;1454199;61;*;agc fin;comp;CDS;1454261;1455460;;0; deb;;CDS;1472925;1473932;94;*; ;;tRNA;1474027;1474098;16;*;caa fin;;CDS;1474115;1474891;;; deb;comp;CDS;1485558;1486649;77;*; ;;tRNA;1486727;1486800;11;*;cgg fin;comp;CDS;1486812;1487258;;; deb;comp;CDS;1500099;1501325;42;*; ;;tRNA;1501368;1501438;210;*;tgc fin;comp;CDS;1501649;1501816;;; deb;comp;CDS;1517796;1518128;78;*; ;comp;tRNA;1518207;1518280;38;*;agg ;;ncRNA;1518319;1518700;21;*; fin;;CDS;1518722;1519471;;0; deb;comp;CDS;1526173;1527543;34;*; ;comp;regulatory;1527578;1527676;66;*; fin;comp;CDS;1527743;1527955;;; deb;comp;CDS;1554202;1554633;45;*; ;comp;tRNA;1554679;1554750;61;*;ggc fin;comp;CDS;1554812;1555288;;; deb;comp;CDS;1600898;1601284;-30;*; ;comp;tRNA;1601255;1601326;98;*;gta fin;;CDS;1601425;1602279;;; </pre> ====pmg intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_entre_cds|pmg intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> pmg;9.2.21 Paris;;Pmg 8.2.21;;;;;;; ;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;253;14.1;'''négatif ;-10;11;-1 à -67;'''1641879;-1;253 ;'''zéro;45;2.5;;;;;'''intercals;0;45 ;'''1 à 200;1326;73.7;'''0 à 200;55;51;;'''139122;5;189 ;'''201 à 370;120;6.7;'''201 à 370;270;48;;'''8.5%;10;126 ;'''371 à 600;42;2.3;'''371 à 600;452;60;;;15;84 ;'''601 à max;14;0.8;'''601 à 1051;778;154;;;20;71 ;'''total 1800;<201;90.2;'''total 1798;74;114;-67 à 1051;;25;41 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>fréquence-1;30;56 1337910;1643;-1;253;-70;0;;0;45;35;35 344859;1208;0;°45;-60;3;;-1;°36;40;43 1131068;1051;1;35;-50;3;;-2;0;45;34 1332255;987;2;43;-40;4;;-3;0;50;39 666029;950;3;°47;-30;4;'''min à -1;-4;°109;55;34 1046608;901;4;37;-20;20;253;-5;0;60;33 873756;800;5;27;-10;46;14.1%;-6;2;65;30 1082452;696;6;°35;0;218;;-7;1;70;42 1073300;690;7;19;10;315;;-8;°24;75;36 1086818;679;8;19;20;155;;-9;1;80;44 1350077;676;9;°33;30;97;;-10;2;85;36 947641;638;10;20;40;78;'''1 à 100;-11;°14;90;27 1340696;638;11;20;50;73;1059;-12;2;95;22 1274338;625;12;16;60;67;58.8%;-13;3;100;37 1330270;579;13;°19;70;72;;-14;°9;105;20 1040897;574;14;12;80;80;;-15;3;110;23 39429;566;15;17;90;63;;-16;5;115;19 956617;560;16;14;100;59;;-17;°7;120;16 1328069;560;17;16;110;43;;-18;1;125;15 1331574;540;18;°17;120;35;;-19;0;130;16 1071397;523;19;8;130;31;;-20;°4;135;23 661816;518;20;16;140;43;;-21;2;140;20 1341490;508;21;4;150;22;;-22;2;145;14 660601;495;22;11;160;27;;-23;°2;150;8 872185;484;23;8;170;18;'''1 à 200;-24;2;155;18 353338;478;24;°13;180;21;1326;-25;2;160;9 134240;471;25;5;190;18;74%;-26;°4;165;8 1198984;467;26;8;200;9;;-27;1;170;10 332235;461;27;°15;210;12;;-28;1;175;8 892293;459;28;12;220;11;;-29;0;180;13 948687;458;29;8;230;14;;-30;1;185;9 1321313;450;30;°13;240;6;;-31;0;190;9 924950;449;31;7;250;7;'''0 à 200;-32;1;195;6 914728;448;32;10;260;8;1371;;77;200;3 1066510;445;33;°8;270;6;;reste;12;205;7 938157;441;34;2;280;4;;total;298;210;5 226447;435;35;8;290;6;;;;215;4 1188279;430;36;°12;300;11;;intercal;<u>frequencef;220;7 773451;421;37;6;310;3;;600;1786;225;8 858898;421;38;8;320;6;;620;;230;6 ;;39;7;330;8;;640;3;235;3 ;;40;10;340;8;'''201 à 370;660;;240;3 ;;reste;857;350;5;120;680;2;245;3 ;;total;1527;360;1;6.7%;700;2;250;4 ;;;;370;4;;720;;255;4 ;;;;380;4;;740;;260;4 1631675;-67;comp;;390;1;;760;;265;3 701382;-65;shfit2;592;400;3;;780;;270;3 886946;-61;comp;;410;6;;800;1;275;3 1045962;-59;shfit2;646;420;1;;820;;280;1 828743;-50;shfit2;1948;430;4;;840;;285;5 1349614;-50;shfit2;463;440;1;;860;;290;1 1425201;-44;shfit2;1765;450;5;;880;;295;6 1539296;-43;comp;;460;2;;900;;300;5 1249293;-42;comp;;470;2;;920;1;305;1 244064;-41;shfit2;295;480;2;;940;;310;2 162356;-38;;;490;1;;960;1;315;3 20410;-35;;;500;1;;980;;320;3 427059;-32;;;510;1;;1000;1;325;7 587323;-30;;;520;1;;1020;;330;1 1611400;-28;;;530;1;;1040;;335;3 744978;-27;;;540;1;'''371 à 600;1060;1;340;5 303832;-26;;;550;0;42;;12;345;3 489984;-26;;;560;2;2.3%;;;350;2 808548;-26;;;570;1;;;;355;1 1223639;-26;;;580;2;'''601 à max;;;360;0 1181603;-25;;;590;0;14;;;365;3 1209844;-25;;;600;0;0.8%;;;370;1 27867;-24;;;reste;14;;reste;2;reste;56 975566;-24;;;total;1800;;total;1800;total;1800 </pre> ====pmg intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_positifs_S+|pmg intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pmg;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-67;515;-1295;119;607;256;min40;&-107;844;-2106;170;869;263;min60 31 à 400;23;-124;47;41;774;180;2 parties;&-35;327;-1017;107;973;311;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;194;65;-;428;poly;179;SF;&78;69;;501;poly;368;SF 31 à 400;122;45;-;726;dte;48;tm;&153;49;-;687;poly;286;SF ;;;;;;;;;;;;;; pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;24.1.22 paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.703;;;pmg;Sx-;Sc- 41-n;0.856;0.728;0.802;;;;;;;;;;-1;0;36 1-n;0.928;0.904;0.915;;;;;;;;;;-2;0;0 pmg;fx;fc;;pmg;fx%;fc%;;pmg;fx40;fc40;;x;-3;0;0 0;11;34;;0;20;38;;0;11;34;>0;586;-4;40;69 10;117;198;;10;209;221;;1;18;17;<0;95;-5;0;0 20;39;116;;20;70;130;;2;16;27;zéro;11;-6;2;0 30;26;71;;30;47;79;;3;22;25;total;692;-7;0;1 40;14;64;;40;25;72;;4;11;26;;c;-8;11;13 50;22;51;;50;39;57;;5;9;18;>0;916;-9;1;0 60;22;45;;60;39;50;;6;12;23;<0;158;-10;0;2 70;22;50;;70;39;56;;7;9;10;zéro;34;-11;3;11 80;34;46;;80;61;51;;8;8;11;total;1108;-12;2;0 90;21;42;;90;38;47;;9;6;27;;;-13;0;3 100;28;31;;100;50;35;;10;6;14;total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reste;27;21;;;;;;reste;390;467;;;-45;0;0 total;597;950;;t30;326;430;;total;597;950;;;-46;0;0 diagr;559;895;;;;;;diagr;196;449;;;-47;0;0 - t30;377;510;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;;;reste;2;2 ;;;;;;;;;;;;;total;95;158 </pre> ====pmg intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_négatifs_S-|pmg intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp';0;0;0;37;0;2;0;10;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;91 continu;36;0;0;72;0;0;1;14;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;2;162 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;33;0;2;0;11;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;88 ;Sc-;36;0;0;69;0;0;1;13;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;3;159 </pre> ====pmg autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires|pmg autres intercalaires]] <pre> deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin deb;°CDS;65120;306;;;deb;°CDS;521448;99;;;deb;°CDS;1259549;131;comp ;tmRNA;66389;44;comp;;;&tRNA;522597;78;;;;&tRNA;1260916;72; fin;°CDS;66707;;;;fin;°CDS;522761;;;;fin;°CDS;1261061;; deb;°CDS;74235;4;comp;;deb;°CDS;609397;249;comp;;deb;°CDS;1264859;12; ;&tRNA;75526;259;comp;;;&tRNA;610147;404;comp;;;ncRNA;1265987;47;comp fin;°CDS;75867;;;;fin;°CDS;610638;;;;fin;°CDS;1266131;; deb;°CDS;132034;49;;;deb;°CDS;656308;17;;;deb;°CDS;1275239;0; ;&tRNA;132758;566;;;;ncRNA;657516;162;;;;&tRNA;1277273;112;comp fin;°CDS;133396;;;;fin;°CDS;657863;;;;fin;°CDS;1277456;; deb;°CDS;239249;185;comp;;deb;°CDS;774440;210;;;deb;°CDS;1308006;50; ;&tRNA;240439;71;comp;;;&tRNA;775451;27;comp;;;&tRNA;1308848;67; fin;°CDS;240592;;;;fin;°CDS;775552;;comp;;fin;°CDS;1308987;; deb;°CDS;257573;77;comp;;deb;°CDS;828018;49;comp;;deb;°CDS;1419657;54;comp ;&tRNA;258922;86;comp;;;&tRNA;828442;214;;;;&tRNA;1419948;100; fin;°CDS;259082;;;;fin;°CDS;828743;;;;fin;°CDS;1420120;; deb;°CDS;272771;18;comp;;deb;°CDS;868731;29;;;deb;°CDS;1453287;35; ;&tRNA;274058;141;comp;;;&tRNA;869243;67;;;;&tRNA;1454111;61;comp fin;°CDS;274272;;;;fin;°CDS;869384;;;;fin;°CDS;1454261;;comp deb;°CDS;305431;87;;;deb;°CDS;909742;45;;;deb;°CDS;1472925;94; ;&tRNA;305938;91;comp;;;&tRNA;910753;591;;;;&tRNA;1474027;16; fin;°CDS;306102;;comp;;fin;°CDS;911421;;;;fin;°CDS;1474115;; deb;°CDS;313891;178;;;deb;°CDS;996073;16;;;deb;°CDS;1485558;77;comp ;&tRNA;314651;65;comp;;;&tRNA;996626;41;comp;;;&tRNA;1486727;11; fin;°CDS;314788;;comp;;fin;°CDS;996740;;comp;;fin;°CDS;1486812;;comp deb;°CDS;320549;601;comp;;deb;°CDS;1040019;177;comp;;deb;°CDS;1500099;42;comp ;$rRNA;322590;125;;;;&tRNA;1040313;512;;;;&tRNA;1501368;210; ;&tRNA;324200;12;;;fin;°CDS;1040897;;;;fin;°CDS;1501649;;comp ;&tRNA;324286;258;;;deb;°CDS;1044863;276;;;deb;°CDS;1517796;78;comp ;$rRNA;324617;64;;;;&tRNA;1045700;188;;;;&tRNA;1518207;38;comp ;$rRNA;327557;43;;;fin;°CDS;1045962;;comp;;;ncRNA;1518319;21; fin;°CDS;327717;;comp;;deb;°CDS;1134197;251;;;fin;°CDS;1518722;; deb;°CDS;354976;88;comp;;;&tRNA;1134679;63;comp;;deb;°CDS;1526173;34;comp ;&tRNA;355256;10;comp;;fin;°CDS;1134827;;comp;;;regulatory;1527578;66;comp ;&tRNA;355338;102;comp;;deb;°CDS;1163424;138;comp;;fin;°CDS;1527743;;comp fin;°CDS;355522;;;;;&tRNA;1164231;342;;;deb;°CDS;1554202;45;comp deb;°CDS;434230;17;comp;;fin;°CDS;1164647;;;;;&tRNA;1554679;61;comp ;&tRNA;435678;149;comp;;deb;°CDS;1212124;58;;;fin;°CDS;1554812;;comp deb;°CDS;435901;35;comp;;;&tRNA;1212953;129;comp;;deb;°CDS;1600898;-30;comp ;&tRNA;436131;53;comp;;fin;°CDS;1213155;;comp;;;&tRNA;1601255;98;comp fin;°CDS;436257;;comp;;deb;°CDS;1253753;525;;;fin;°CDS;1601425;; ;;;;;;&tRNA;1255649;5;;; ;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1255736;;;; ;;; </pre> ====pmg intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_tRNA|pmg intercalaires tRNA]] <pre> pmg;relevés;;;;;;proportion des intercalaires <201;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls;;;deb;fin;total ;;;;;;;;;;;;<201;29;25;54 ;;;4;comp’;259;;-30;5;deb;;;total;34;33;67 ;;;49;;566;;4;16;<201;16;;taux;85%;76%;81% ;;;185;comp’;71;;17;27;total;19;;;;; ;;;77;comp’;86;;18;41;%;84%;;;;; ;;;18;comp’;141;;29;53;;;;;;; ;;comp’;87;;91;;35;61;fin;;;;;; ;;comp’;178;;65;;45;61;<201;17;;;;; ;10;;88;comp’;102;;45;63;total;22;;;;; ;;;17;;149;;49;65;%;77%;;;;; ;;;35;;53;;50;67;;;;;;; ;;;99;;78;;77;67;total;;;;;; ;;;249;comp’;404;;78;72;<201;33;;;;; ;;comp’;210;;27;;88;78;total;41;;;;; ;;comp’;49;;214;;94;91;%;80%;;;;; ;;;29;;67;;99;100;;;;;;; ;;;45;;591;;185;129;;;;;;; ;;comp’;16;;41;;249;149;;;;;;; ;;comp’;177;;512;;276;214;;;;;;; ;;;276;comp’;188;;525;342;;;;;;; ;;comp’;251;;63;;-;512;;;;;;; ;;comp’;138;;342;;-;566;;;;;;; ;;comp’;58;;129;;-;591;comp’;cumuls;;;;; ;;;525;;5;;0;11;deb;;;;;; ;;comp’;131;;72;;16;71;<201;13;;;;; ;;comp’;0;comp’;112;;35;86;total;15;;;;; ;;;50;;67;;42;98;%;87%;;;;; ;;comp’;54;;100;;49;102;;;;;;; ;;comp’;35;;61;;54;112;fin;;;;;; ;;;94;;16;;58;141;<201;8;;;;; ;;comp’;77;comp’;11;;77;188;total;11;;;;; ;;comp’;42;comp’;210;;87;210;%;73%;;;;; ;;;78;;;;131;259;;;;;;; ;;;45;;61;;138;404;total;;;;;; ;;;-30;comp’;98;;177;-;<201;21;;;;; ;;;;;;;178;-;total;26;;;;; ;;;;;;;210;-;%;81%;;;;; ;;;;;;;251;-;;;;;;; </pre> ===cyano synthèse=== ====cyano distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_génome|cyano distribution par génome]] ====cyano distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_du_total|cyano distribution du total]] <pre> cyano2;;;;;;;99 atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3 atc;;acc;3;aac;3;agc;3 ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3 gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2 tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2 cta;3;cca;3;caa;3;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2 ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2 ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2 gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;27;72;;;;;99 ;;;;;;; cyano2;;;;;;; atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;5;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;5;gaa;;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;4;;;;;10;10 </pre> ====cyano distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_type|cyano distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4 atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;27;72;;;;;99;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====cyano par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_par_rapport_au_groupe_de_référence|cyano par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;19;4;;;;;23; 16;moyen;27;10;2;;;10;49; 14;fort;26;9;2;;;;37; ; ;72;23;4;;;10;109; 10;g+cga;8;2;;;;;10; 2;agg+cgg;4;;;;;;4; 4;carre ccc;6;2;;;;;8; 5;autres;1;;;;;;1; ;;19;4;;;;;23; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;174;37;;;;;211;26 16;moyen;248;92;18;;;92;450;324 14;fort;239;83;18;;;;339;650 ; ;661;211;37;;;92;109;729 10;g+cgg;73;18;;;;;92;10 2;agg+cga;37;;;;;;37; 4;carre ccc;55;18;;;;;73;16 5;autres;9;;;;;;9; ;;174;37;;;;;211; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;192;40;;232;26;26;17; 16;moyen;273;101;20;394;324;38;43; 14;fort;263;91;20;374;650;36;39; ; ;727;232;40;99;729;72;23; 10;g+cgg;81;20;;101;10;42;; 2;agg+cga;40;;;40;;21;; 4;carre ccc;61;20;;81;16;32;; 5;autres;10;;;10;;5;; ;;192;40;;232;;19;; </pre> ====cyano, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano,_estimation_des_-rRNAs|cyano, estimation des -rRNAs]] <pre> actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 31 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;31;103; ; ;;indices;;;;31;332;0;0;;cyano2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;99 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3 atc;58;acc;;aac;;agc;;;atc;187;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;3;agc;3 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;2;aga;2 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;3;cga; gta;;gca;45;gaa;;gga;;;gta;;gca;145;gaa;;gga;;;gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;39;;37;;23;99 27.5.20 Tanger;;;;cyano;total;ttt;tgt;;25.11.20 Paris;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;3959;3.6;0.0;;;;;;84;3959;3.6;0.0;;cyano2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;98;;atgi;105;tct;;tat;;atgf;98;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;150 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;7.1;act;2.4;aat;3.6;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;17;cct;2.4;cat;2.4;cgc;1.2;;ctt;50;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;1.2;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;150 atc;8;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;195;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;;acc;150;aac;150;agc;150 ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;150 gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;100;gcc;100;gac;150;ggc;100 tta;83;tca;114;taa;;tga;0;;tta;83;tca;114;taa;2.4;tga;;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;;aca;200;aaa;100;aga;100 cta;118;cca;130;caa;114;cga;2;;cta;118;cca;130;caa;114;cga;2.4;;cta;150;cca;150;caa;150;cga; gta;111;gca;48;gaa;118;gga;111;;gta;111;gca;193;gaa;118;gga;111;;gta;100;gca;100;gaa;150;gga;100 ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;150;tcg;100;tag;;tgg;150 atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;200;acg;100;aag;50;agg;100 ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;100;ccg;100;cag;50;cgg;100 gtg;43;gcg;82;gag;8;ggg;76;;gtg;43;gcg;82;gag;8.3;ggg;76;;gtg;;gcg;50;gag;;ggg;50 ;;1574;;1607;;1156;4337;;;;1906;;1607;;1171;4684;;;;1950;;1850;;1150;4950 rapports;;83;;100;;99;93;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;cyano2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;48.549;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;35 att;;act;29;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1505;;;0/0;1;;;;att;;act;100;aat;;agt;100 ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;avec;119;;;10;12;;;;ctt;98;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;31;;;20;9;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;14;;;;ttc;19;tcc;2;tac;15;tgc;25 atc;4;acc;100;aac;100;agc;100;;cyano2;49.5;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;22;agc;24 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;99;;;50;2;40;;;ctc;6;ccc;1;cac;9;cgt;26 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;10;;;60;1;;;;gtc;2;gcc;7;gac;21;ggc;7 tta;100;tca;100;taa;;tga;;;genom;2;;;70;0;;;;tta;17;tca;12;taa;;tga; ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;43;aaa;13;aga;12 cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;21;cca;13;caa;24;cga;100 gta;100;gca;25;gaa;100;gga;100;;est 2% au dessus;;;;100;5;;;;gta;10;gca;52;gaa;21;gga;10 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;12;tag;100;tgg;27 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;41;acg;2;aag;24;agg;23 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;8;ccg;15;cag;74;cgg;0 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;39;gag;100;ggg;34 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;330;;279;;337;946 </pre> ==bacteroide== ===myr=== ====myr opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_opérons|myr opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Myro_A21/myroSp_A21-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP010327.1;myr;;genome;;;;;;; 34.1%GC;14.8.19 Paris;16s 8;101;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd Myroides sp. A21;;;;;;;;;; comp;151454..152776;;CDS;;270;270;;;441; comp;153047..153134;;tca;;208;208;;;; comp;153343..154476;;CDS;;;;;;378; ;;;;;;;;;; ;211346..212332;;CDS;;123;123;;;329; comp;212456..212530;;gta;+;27;;27;;; comp;212558..212635;;gta;5 gta;27;;27;;; comp;212663..212740;;gta;;27;;27;;; comp;212768..212845;;gta;;42;;42;;; comp;212888..212965;;gta;;92;92;;;; comp;213058..214275;;CDS;;;;;;406; ;;;;;;;;;; comp;294948..295334;;CDS;;146;146;;;129; comp;295481..295554;;aga;;28;;28;;; comp;295583..295660;;cca;;7;;7;;; comp;295668..295751;;agc;;280;280;;;; ;296032..297210;;CDS;;;;;;393; ;;;;;;;;;; ;327067..328053;;CDS;;112;112;;;329; comp;328166..328241;;aaa;+;698;;*698;;; comp;328940..329021;;ctc;6 aaa;87;;*87;;; comp;329109..329184;;aaa;@1;31;;31;;; comp;329216..329291;;aaa;;36;;36;;; comp;329328..329403;;aaa;;45;;45;;; comp;329449..329524;;aaa;;33;;33;;; comp;329558..329633;;aaa;;129;129;;;; ;329763..330281;;CDS;;;;;;173; ;;;;;;;;;; comp;353908..354384;;CDS;;259;259;;;159; comp;354644..354753;;5s;;107;;;;110; comp;354861..357744;;23s;;150;;;;2884; comp;357895..357971;;gca;;88;;;88;; comp;358060..358136;;atc;;75;;;;; comp;358212..359735;;16s;;265;;;;1524; comp;360001..360110;;5s;;103;;;;110; comp;360214..363107;;23s;;150;;;;2894; comp;363258..363334;;gca;;88;;;88;; comp;363423..363499;;atc;;75;;;;; comp;363575..365098;;16s;;687;*687;;;1524; comp;365786..366973;;CDS;;;;;;396; ;;;;;;;;;; comp;407344..408819;;CDS;;141;141;;;492; comp;408961..409037;;aca;+;33;;33;;; comp;409071..409147;;aca;5 aca;38;;38;;; comp;409186..409262;;aca;;39;;39;;; comp;409302..409378;;aca;;41;;41;;; comp;409420..409493;;aca;;81;81;;;; comp;409575..409838;;CDS;;;;;;88; ;;;;;;;;;; comp;550792..551043;;CDS;;37;37;;;84; comp;551081..551155;;gaa;+;40;;40;;; comp;551196..551267;;gaa;6 gaa;37;;37;;; comp;551305..551376;;gaa;;38;;38;;; comp;551415..551486;;gaa;;35;;35;;; comp;551522..551596;;gaa;;38;;38;;; comp;551635..551706;;gaa;;75;75;;;; comp;551782..553257;;CDS;;;;;;492; ;;;;;;;;;; comp;571079..574315;;CDS;;165;165;;;*1079; comp;574481..574590;;5s;;107;;;;110; comp;574698..577581;;23s;;118;;;;2884; comp;577700..577776;;gca;;88;;;88;; comp;577865..577941;;atc;;76;;;;; comp;578018..579541;;16s;;264;;;;1524; comp;579806..579915;;5s;;106;;;;110; comp;580022..582915;;23s;;150;;;;2894; comp;583066..583142;;gca;;88;;;88;; comp;583231..583307;;atc;;77;;;;; comp;583385..584908;;16s;;1070;*1070;;;1524; comp;585979..586545;;CDS;;;;;;189; ;;;;;;;;;; comp;719558..719755;;CDS;;13;13;;;66; comp;719769..719842;;tgg;;60;60;;;; comp;719903..721090;;CDS;;58;58;;;396; comp;721149..721220;;acc;;20;;20;;; comp;721241..721321;;tac;;27;;27;;; comp;721349..721425;;aca;;93;93;;;; comp;721519..721818;;CDS;;;;;;100; ;;;;;;;;;; ;781522..782178;;CDS;;76;76;;;219; ;782255..782330;;atgf;;93;93;;;; ;782424..782978;;CDS;;;;;;185; ;;;;;;;;;; comp;783008..783451;;CDS;;332;332;;;148; ;783784..783859;;atgf;;110;110;;;; comp;783970..785886;;CDS;;;;;;*639; ;;;;;;;;;; comp;814859..815281;;CDS;;541;*541;;;141; comp;815823..815899;;cga;;10;10;;;; comp;815910..816362;;CDS;;;;;;151; ;;;;;;;;;; ;868515..869267;;CDS;;37;37;;;251; comp;869305..869380;;gga;+;34;;34;;; comp;869415..869490;;gga;6 gga;34;;34;;; comp;869525..869600;;gga;;34;;34;;; comp;869635..869710;;gga;;34;;34;;; comp;869745..869820;;gga;;37;;37;;; comp;869858..869930;;gga;;242;242;;;; ;870173..870646;;CDS;;;;;;158; ;;;;;;;;;; ;1010425..1011210;;CDS;;92;92;;;262; comp;1011303..1011376;;caa;+;221;;*221;;; comp;1011598..1011668;;caa;2 caa;183;183;;;; ;1011852..1015055;;CDS;;;;;;*1068; ;;;;;;;;;; comp;1110980..1111921;;CDS;;158;158;;;314; ;1112080..1112162;;ttg;;44;44;;;; comp;1112207..1112701;;CDS;;;;;;165; ;;;;;;;;;; ;1113809..1114273;;CDS;;158;158;;;155; comp;1114432..1114541;;5s;;105;;;;110; comp;1114647..1117530;;23s;;150;;;;2884; comp;1117681..1117757;;gca;;88;;;88;; comp;1117846..1117922;;atc;;75;;;;; comp;1117998..1119521;;16s;;266;;;;1524; comp;1119788..1119897;;5s;;105;;;;110; comp;1120003..1122896;;23s;;150;;;;2894; comp;1123047..1123123;;gca;;88;;;88;; comp;1123212..1123288;;atc;;77;;;;; comp;1123366..1124889;;16s;;77;;;;1524; comp;1126238..1126311;;aac;;90;90;;;; comp;1126402..1127745;;CDS;;;;;;448; ;;;;;;;;;; ;1214932..1215615;;CDS;;101;101;;;228; comp;1215717..1215790;;tgc;;88;88;;;; comp;1215879..1216235;;CDS;;;;;;119; ;;;;;;;;;; ;1391184..1391825;;CDS;;85;85;;;214; ;1391911..1391987;;aac;+;370;;*370;;; ;1392358..1392434;;aac;2 aac;590;*590;;;; comp;1393025..1393459;;CDS;;;;;;145; ;;;;;;;;;; ;1597909..1598226;;CDS;;635;*635;;;106; ;1598862..1598938;;gac;+;148;;*148;;; ;1599087..1599163;;gac;3 gac;202;;*202;;; ;1599366..1599442;;gac;;169;169;;;; comp;1599612..1600157;;CDS;;;;;;182; ;;;;;;;;;; comp;1643091..1644479;;CDS;;132;132;;;463; ;1644612..1644696;;cta;+;183;;*183;;; ;1644880..1644961;;cta;2 cta;314;314;;;; ;1645276..1646115;;CDS;;;;;;280; ;;;;;;;;;; ;1721814..1722689;;CDS;;66;66;;;292; comp;1722756..1722826;;tgg;;51;51;;;; comp;1722878..1723252;;CDS;;;;;;125; ;;;;;;;;;; comp;1738209..1739033;;CDS;;183;183;;;275; comp;1739217..1739293;;atgi;+;24;;24;;; comp;1739318..1739394;;atgi;2 atgi;69;69;;;; comp;1739464..1739865;;CDS;;;;;;134; ;;;;;;;;;; >;1924596..1926158;;CDS;+;-41;*-41;;;*521; comp;1926118..1926206;;tta;2 tta;341;;*341;;; comp;1926548..1926633;;tta;@2;320;320;;;; <;1926954..1927025;;CDS;;;;;;24; ;;;;;;;;;; ;1928728..1929714;;CDS;;125;125;;;329; comp;1929840..1929925;;tta;;147;147;;;; comp;1930073..1930444;;CDS;;108;108;;;124; comp;1930553..1930638;;tta;;6;;6;;; comp;1930645..1930720;;ggc;;201;201;;;; comp;1930922..1933519;;CDS;;;;;;*866; ;;;;;;;;;; comp;1961822..1962571;;CDS;;128;128;;;250; ;1962700..1962775;;ttc;+;32;;32;;; ;1962808..1962883;;ttc;3 ttc;23;;23;;; ;1962907..1962982;;ttc;;97;97;;;; comp;1963080..1964066;;CDS;;;;;;329; ;;;;;;;;;; ;2082191..2082733;;CDS;;1103;*1103;;;181; ;2083837..2085360;;16s;;77;;;;1524; ;2085438..2085514;;atc;;88;;;88;; ;2085603..2085679;;gca;;150;;;;; ;2085830..2088713;;23s;;106;;;;2884; ;2088820..2088929;;5s;;156;156;;;110; ;2089086..2089943;;CDS;;;;;;286; ;;;;;;;;;; ;2147912..2148241;;CDS;;286;286;;;110; ;2148528..2148604;;cgt;+;49;;49;;; ;2148654..2148730;;cgt;2 cgt;69;69;;;; ;2148800..2149288;;CDS;;;;;;163; ;;;;;;;;;; comp;2207990..2208685;;CDS;;111;111;;;232; comp;2208797..2208872;;atgf;;106;106;;;; comp;2208979..2209605;;CDS;;147;147;;;209; comp;2209753..2209829;;atgj;;145;145;;;; ;2209975..2210361;;CDS;;;;;;129; ;;;;;;;;;; comp;2425634..2426896;;CDS;;299;299;;;421; comp;2427196..2427270;;cca;;353;353;;;; ;2427624..2428565;;CDS;;;;;;314; ;;;;;;;;;; comp;2434061..2435053;;CDS;;125;125;;;331; comp;2435179..2435252;;atgj;;366;366;;;; ;2435619..2436269;;CDS;;;;;;217; ;;;;;;;;;; ;2561350..2563341;;CDS;;1072;*1072;;;*664; ;2564414..2565937;;16s;;74;;;;1524; ;2566012..2566088;;atc;;90;;;90;; ;2566179..2566255;;gca;;118;;;;; ;2566374..2569256;;23s;;105;;;;2883; ;2569362..2569471;;5s;;279;279;;;110; ;2569751..2571682;;CDS;;;;;;*610; ;;;;;;;;;; comp;2676791..2678620;;CDS;;235;235;;;*610; comp;2678856..2678940;;tca;;497;*497;;;; ;2679438..2681390;;CDS;;;;;;*651; ;;;;;;;;;; comp;2977513..2977920;;CDS;;497;*497;;;136; comp;2978418..2978492;;gta;;61;61;;;; comp;2978554..2978928;;CDS;;;;;;125; ;;;;;;;;;; ;3228192..3228908;;CDS;;79;79;;;239; ;3228988..3229064;;cac;+;23;;23;;; ;3229088..3229164;;cac;4 cac;22;;22;;; ;3229187..3229263;;cac;;21;;21;;; ;3229285..3229361;;cac;;40;40;;;; comp;3229402..3230577;;CDS;;;;;;392; ;;;;;;;;;; comp;3394869..3395093;;CDS;;90;90;;;75; comp;3395184..3395268;;tca;;215;215;;;; comp;3395484..3396884;;CDS;;;;;;467; ;;;;;;;;;; ;3457542..3458360;;CDS;;150;150;;;273; ;3458511..3458594;;tac;+;49;;49;;; ;3458644..3458727;;tac;4 tac;48;;48;;; ;3458776..3458859;;tac;;41;;41;;; ;3458901..3458984;;tac;;309;309;;;; comp;3459294..3460415;;CDS;;;;;;374; ;;;;;;;;;; ;3951958..3953367;;CDS;;595;*595;;;470; ;3953963..3954039;;aga;+;80;;80;;; ;3954120..3954196;;aga;2 aga;36;36;;;; comp;3954233..3954712;;CDS;;;;;;160; ;;;;;;;;;; ;3975219..3976205;;CDS;;99;99;;;329; comp;3976305..3976379;;cca;+;36;;36;;; comp;3976416..3976493;;cca;2 cca;7;;7;;; comp;3976501..3976587;;agc;;965;*965;;;; ;3977553..3978161;;CDS;;;;;;203; </pre> ====myr cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_cumuls|myr cumuls]] <pre> myr cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;8;1;0;;1;1;1;;100;6;30;1 ;16 23 5s 0;0;20;4;;50;7;20;;200;25;60;0 ;16 atc gca;8;40;28;;100;21;40;;300;16;90;4 ;16 23 5s a;0;60;7;;150;18;60;;400;14;120;4 ;max a;2;80;1;;200;7;80;;500;9;150;10 ;a doubles;0;100;1;8;250;5;100;;600;1;180;8 ;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;5;210;6 ;total aas;16;140;0;;350;4;140;;800;0;240;6 sans ;opérons;34;160;1;;400;2;160;;900;1;270;3 ;1 aa;13;180;0;;450;0;180;;1000;0;300;5 ;max a;7;200;1;;500;2;200;;1100;2;330;6 ;a doubles;17;;5;;;9;;;;0;;26 ;total aas;85;;48;8;;82;;0;;79;;79 total aas;;101;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;74;88;;223;;;;302;; ;;;variance;120;0;;242;;;;209;; sans jaune;;;moyenne;33;;;144;;;;244;;189 ;;;variance;13;;;90;;;;122;;78 </pre> ====myr blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_blocs|myr blocs]] <pre> myr blocs;;;;;;; CDS;259;159;165;1079;CDS;158;155 5s;107;110;107;110;5s;105;110 23s;150;2884;118;2884;23s;150;2884 gca;88;;88;;gca;88; atc;75;;76;;atc;75; 16s;265;1524;264;1524;16s;266;1524 5s;103;110;106;110;5s;105;110 23s;150;2894;150;2894;23s;150;2894 gca;88;;88;;gca;88; atc;75;;77;;atc;77; 16s;687;1524;1070;1524;16s;77;1524 CDS;;396;;189;aac;90; ;;;;;CDS;;448 ;;;;;;; CDS;1103;181;1072;664;;; 16s;77;1524;74;1524;;; atc;88;;90;;;; gca;150;;118;;;; 23s;106;2884;105;2883;;; 5s;156;110;279;110;;; CDS;;286;;644;;; </pre> ====myr remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_remarques|myr remarques]] *code génétique de myr <pre> myr;;;;;;;101 atgi;2;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;3;tcc;;tac;5;tgc;1 atc;8;acc;1;aac;3;agc;2 ctc;1;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;3;ggc;1 tta;4;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;6;aaa;6;aga;3 cta;2;cca;4;caa;2;cga;1 gta;6;gca;8;gaa;6;gga;6 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2 atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====myr distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_distribution|myr distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2 cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total myr;;16;;;;;;;myr;11;;;;;;;;myr;57;;;;;; </pre> ====myr données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_données_intercalaires|myr données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;myr;fx;fc;myr;fx40;fc40;myr;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 1;0;0;5;13;0;5;13;-1;0;71;273;123;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;1;10;26;435;1;0;66;-2;0;0;208;280;688;;;30;;gta;52;;cgt ;2;20;12;251;2;5;78;-3;0;2;92;115;1071;;;30;;gta;**;;cgt ;0;30;21;130;3;5;61;-4;9;60;146;466;1104;;;30;;gta;22;;tgc 2;2;40;38;83;4;3;56;-5;0;0;144;73;1073;;;42;;gta;22;;tgc 2;0;50;50;69;5;1;29;-6;3;0;81;129;5s 16s;;;**;;gta;22;;tgc ;3;60;47;69;6;1;42;-7;0;10;209;332;266;;;31;;aga;22;;tgc 1;2;70;54;98;7;4;23;-8;0;34;32;113;265;;;7;;cca;**;;tgc 1;4;80;51;80;8;2;32;-9;0;0;40;40;267;;;**;;agc;26;;cac ;5;90;29;96;9;1;25;-10;0;3;75;95;23s 5s;;;90;;ctc;25;;cac 3;3;100;35;88;10;4;23;-11;2;28;16;183;2* 109;;;34;;aaa;24;;cac 1;2;110;22;73;11;1;41;-12;0;0;60;158;105;;;39;;aaa;**;;cac 2;1;120;32;67;12;2;46;-13;1;1;58;47;2* 108;;;48;;aaa;49;;tac 4;1;130;28;42;13;0;19;-14;0;22;93;104;3* 107;;;36;;aaa;51;;tac 1;0;140;22;49;14;1;27;-15;1;0;76;593;5s CDS;;;**;;aaa;44;;tac 1;5;150;28;51;15;2;16;-16;0;2;96;169;259;;;36;;aca;**;;tac 1;0;160;30;30;16;1;19;-17;1;15;544;132;165;;;41;;aca;83;;aga 1;0;170;26;32;17;1;24;-18;1;0;10;66;156;;;42;;aca;**;;aga ;0;180;21;33;18;2;19;-19;0;1;242;-38;279;;;41;;aca;39;;cca 1;1;190;22;29;19;1;21;-20;1;6;90;381;16s tRNA;;;**;;aca;10;;cca ;0;200;20;24;20;1;19;-21;0;0;88;125;3* 80;;atc;40;;gaa;**;;agc ;3;210;19;22;21;0;15;-22;0;0;85;128;81;;atc;37;;gaa;;; ;1;220;12;21;22;4;15;-23;0;7;635;100;3* 82;;atc;38;;gaa;;; ;0;230;17;17;23;0;15;-24;0;0;314;145;79;;atc;38;;gaa;;; ;1;240;19;20;24;0;18;-25;0;1;51;353;tRNA 23s;;;38;;gaa;;; ;1;250;16;15;25;0;14;-26;0;4;186;366;6*151;;gca;**;;gaa;;; ;0;260;14;16;26;2;10;-27;0;0;69;497;2* 119;;gca;20;;acc;;; ;0;270;17;22;27;5;9;-28;0;0;147;43;tRNA 16s;;;30;;tac;;; 1;1;280;9;8;28;4;12;-29;0;3;108;312;90;;aac;**;;aca;;; ;1;290;11;14;29;4;10;-30;0;0;201;39;tRNA tRNA;;intra;37;;gga;;; ;2;300;12;8;30;2;12;-31;0;0;286;99;7* 91;;atc gca;37;;gga;;; ;0;310;12;12;31;4;8;-32;0;1;72;965;93;;atc gca;37;;gga;;; 1;1;320;10;16;32;1;14;-33;0;0;114;;;;;37;;gga;;; ;0;330;10;11;33;3;5;-34;0;3;106;;;;;37;;gga;;; 1;0;340;5;7;34;5;9;-35;0;1;150;;;;;**;;gga;;; ;0;350;4;12;35;2;3;-36;0;0;299;;;;;221;;caa;;; 1;0;360;11;9;36;7;10;-37;0;0;125;;;;;**;;caa;;; 1;0;370;6;6;37;3;8;-38;0;2;235;;;;;373;;aac;;; ;0;380;2;7;38;2;7;-39;0;0;20;;;;;**;;aac;;; 1;0;390;3;5;39;5;13;-40;0;0;294;;;;;151;;gac;;; ;0;400;5;4;40;6;6;-41;0;2;497;;;;;202;;gac;;; 4;4;reste;146;180;reste;877;1362;-42;0;0;61;;;;;**;;gac;;; 32;47;total;979;2274;total;979;2274;-43;0;0;79;;;;;186;;cta;;; 27;43;diagr;828;2081;diagr;97;899;-44;0;1;90;;;;;**;;cta;;; 0;3; t30;59;816;;;;-45;0;0;215;;;;;24;;atgi;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;**;;atgi;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;341;;tta;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;**;;tta;;; ;x;974;20;5;999;;;-49;0;0;;;;;;9;;tta;;; ;c;2261;282;13;2556;;;-50;0;0;;;;;;**;;ggc;;; ;;;;;3555;199;;reste;1;0;;;;;;35;;ttc;;; ;;;;;;3754;;total;20;282;;;;;;26;;ttc;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;ttc;;; </pre> =====myr autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires_aas|myr autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;myr;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;151454;273;comp; ;tRNA;153050;208;comp;tca fin;CDS;153343;;comp; deb;CDS;171836;177;comp; ;regulatory;174323;162;; fin;CDS;174673;;comp; deb;CDS;211346;123;; ;tRNA;212456;30;comp;gta ;tRNA;212561;30;comp;gta ;tRNA;212666;30;comp;gta ;tRNA;212771;42;comp;gta ;tRNA;212888;92;comp;gta fin;CDS;213058;;comp; deb;CDS;294948;146;comp; ;tRNA;295481;31;comp;aga ;tRNA;295586;7;comp;cca ;tRNA;295668;280;comp;agc fin;CDS;296032;;; deb;CDS;327067;115;; ;tRNA;328169;466;comp;aaa deb;CDS;328708;73;; ;tRNA;328940;90;comp;ctc ;tRNA;329112;34;comp;aaa ;tRNA;329219;39;comp;aaa ;tRNA;329331;48;comp;aaa ;tRNA;329452;36;comp;aaa ;tRNA;329561;129;comp;aaa fin;CDS;329763;;; deb;CDS;353908;259;comp; ;rRNA;354644;109;comp;5s ;rRNA;354863;151;comp;23s ;tRNA;357898;91;comp;gca ;tRNA;358063;80;comp;atc ;rRNA;358217;266;comp;16s ;rRNA;360001;105;comp;5s ;rRNA;360216;151;comp;23s ;tRNA;363261;91;comp;gca ;tRNA;363426;80;comp;atc ;rRNA;363580;688;comp;16s fin;CDS;365786;;comp; deb;CDS;407344;144;comp; ;tRNA;408964;36;comp;aca ;tRNA;409074;41;comp;aca ;tRNA;409189;42;comp;aca ;tRNA;409305;41;comp;aca ;tRNA;409420;81;comp;aca fin;CDS;409575;;comp; deb;CDS;539601;209;comp; ;tRNA;542039;32;comp;other fin;CDS;542191;;comp; deb;CDS;550792;40;comp; ;tRNA;551084;40;comp;gaa ;tRNA;551196;37;comp;gaa ;tRNA;551305;38;comp;gaa ;tRNA;551415;38;comp;gaa ;tRNA;551525;38;comp;gaa ;tRNA;551635;75;comp;gaa fin;CDS;551782;;comp; deb;CDS;571079;165;comp; ;rRNA;574481;109;comp;5s ;rRNA;574700;119;comp;23s ;tRNA;577703;91;comp;gca ;tRNA;577868;81;comp;atc ;rRNA;578023;265;comp;16s ;rRNA;579806;108;comp;5s ;rRNA;580024;151;comp;23s ;tRNA;583069;91;comp;gca ;tRNA;583234;82;comp;atc ;rRNA;583390;1071;comp;16s fin;CDS;585979;;comp; deb;CDS;719558;16;comp; ;tRNA;719772;60;comp;tgg deb;CDS;719903;58;comp; ;tRNA;721149;20;comp;acc ;tRNA;721241;30;comp;tac ;tRNA;721352;93;comp;aca fin;CDS;721519;;comp; deb;CDS;781522;76;; ;tRNA;782255;96;;atgf fin;CDS;782424;;; deb;CDS;783008;332;comp; ;tRNA;783784;113;;atgf fin;CDS;783970;;comp; deb;CDS;814859;544;comp; ;tRNA;815826;10;comp;cga fin;CDS;815910;;comp; deb;CDS;868515;40;; ;tRNA;869308;37;comp;gga ;tRNA;869418;37;comp;gga ;tRNA;869528;37;comp;gga ;tRNA;869638;37;comp;gga ;tRNA;869748;37;comp;gga ;tRNA;869858;242;comp;gga fin;CDS;870173;;comp; deb;CDS;887776;96;; ;regulatory;888352;64;; fin;CDS;888516;;; deb;CDS;900643;77;comp; ;regulatory;902862;75;comp; fin;CDS;903026;;comp; deb;CDS;1010425;95;; ;tRNA;1011306;221;comp;caa ;tRNA;1011598;183;comp;caa fin;CDS;1011852;;; deb;CDS;1110980;158;comp; ;tRNA;1112080;47;;ttg fin;CDS;1112207;;comp; deb;CDS;1113809;158;; ;rRNA;1114432;107;comp;5s ;rRNA;1114649;151;comp;23s ;tRNA;1117684;91;comp;gca ;tRNA;1117849;80;comp;atc ;rRNA;1118003;267;comp;16s ;rRNA;1119788;107;comp;5s ;rRNA;1120005;151;comp;23s ;tRNA;1123050;91;comp;gca ;tRNA;1123215;82;comp;atc ;rRNA;1123371;1349;comp;16s ;tRNA;1126238;90;comp;aac fin;CDS;1126402;;comp; deb;CDS;1214932;104;; ;tRNA;1215720;88;comp;tgc fin;CDS;1215879;;comp; deb;CDS;1391184;85;; ;tRNA;1391911;373;;aac ;tRNA;1392358;593;;aac fin;CDS;1393025;;comp; deb;CDS;1597909;635;; ;tRNA;1598862;151;;gac ;tRNA;1599087;202;;gac ;tRNA;1599366;169;;gac fin;CDS;1599612;;comp; deb;CDS;1604664;112;comp; ;regulatory;1606846;57;comp; fin;CDS;1607085;;comp; deb;CDS;1643091;132;comp; ;tRNA;1644612;186;;cta ;tRNA;1644880;314;;cta fin;CDS;1645276;;; deb;CDS;1721814;66;; ;tRNA;1722756;51;comp;tgg fin;CDS;1722878;;comp; deb;CDS;1738209;186;comp; ;tRNA;1739220;24;comp;atgi ;tRNA;1739318;69;comp;atgi fin;CDS;1739464;;comp; deb;CDS;1924596;-38;; ;tRNA;1926121;341;comp;tta ;tRNA;1926548;381;comp;tta fin;CDS;1927015;;; deb;CDS;1928728;125;; ;tRNA;1929840;147;comp;tta deb;CDS;1930073;108;comp; ;tRNA;1930553;9;comp;tta ;tRNA;1930648;201;comp;ggc fin;CDS;1930922;;comp; deb;CDS;1961822;128;comp; ;tRNA;1962700;35;;ttc ;tRNA;1962808;26;;ttc ;tRNA;1962907;100;;ttc fin;CDS;1963080;;comp; deb;CDS;2082191;1104;; ;rRNA;2083838;82;;16s ;tRNA;2085438;91;;atc ;tRNA;2085603;151;;gca ;rRNA;2085828;108;;23s ;rRNA;2088820;156;;5s fin;CDS;2089086;;; deb;CDS;2147912;286;; ;tRNA;2148528;52;;cgt ;tRNA;2148654;72;;cgt fin;CDS;2148800;;; deb;CDS;2207990;114;comp; ;tRNA;2208800;106;comp;atgf deb;CDS;2208979;150;comp; ;tRNA;2209756;145;comp;atgj fin;CDS;2209975;;; deb;CDS;2224025;53;comp; ;ncRNA;2225644;58;comp; fin;CDS;2225810;;comp; deb;CDS;2302059;133;; ;regulatory;2303686;199;; fin;CDS;2304079;;; deb;CDS;2425634;299;comp; ;tRNA;2427196;353;comp;cca fin;CDS;2427624;;; deb;CDS;2434061;125;comp; ;tRNA;2435179;366;comp;atgj fin;CDS;2435619;;; deb;CDS;2505104;88;comp; ;ncRNA;2506290;93;; fin;CDS;2506482;;comp; deb;CDS;2561350;1073;; ;rRNA;2564415;79;;16s ;tRNA;2566012;93;;atc ;tRNA;2566179;119;;gca ;rRNA;2566372;107;;23s ;rRNA;2569362;279;;5s fin;CDS;2569751;;; deb;CDS;2640485;167;comp; ;regulatory;2641078;541;comp; fin;CDS;2641765;;; deb;CDS;2676791;235;comp; ;tRNA;2678856;497;comp;tca fin;CDS;2679438;;; deb;CDS;2729998;20;; ;tRNA;2731143;22;;tgc ;tRNA;2731236;22;;tgc ;tRNA;2731329;22;;tgc ;tRNA;2731422;22;;tgc ;tRNA;2731515;294;;tgc fin;CDS;2731880;;; deb;CDS;2977513;497;comp; ;tRNA;2978418;61;comp;gta fin;CDS;2978554;;comp; deb;CDS;3228192;79;; ;tRNA;3228988;26;;cac ;tRNA;3229088;25;;cac ;tRNA;3229187;24;;cac ;tRNA;3229285;43;;cac fin;CDS;3229402;;comp; deb;CDS;3299472;99;; ;tmRNA;3300558;220;comp; fin;CDS;3301177;;; deb;CDS;3394869;90;comp; ;tRNA;3395184;215;comp;tca fin;CDS;3395484;;comp; deb;CDS;3457542;150;; ;tRNA;3458511;49;;tac ;tRNA;3458644;51;;tac ;tRNA;3458776;44;;tac ;tRNA;3458901;312;;tac fin;CDS;3459294;;comp; deb;CDS;3475368;61;comp; ;regulatory;3476731;337;comp; fin;CDS;3477177;;; deb;CDS;3488568;61;comp; ;regulatory;3489832;337;comp; fin;CDS;3490278;;; deb;CDS;3951958;595;; ;tRNA;3953963;83;;aga ;tRNA;3954120;39;;aga fin;CDS;3954233;;comp; deb;CDS;3975219;99;; ;tRNA;3976305;39;comp;cca ;tRNA;3976419;10;comp;cca ;tRNA;3976504;965;comp;agc fin;CDS;3977553;;; deb;CDS;4054689;76;; ;ncRNA;4055338;275;comp; fin;CDS;4055928;;; </pre> ====myr intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_entre_cds|myr intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> myr;2.2.21 Paris;;Myr 18.1.21;;;;;;;;; myr;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>fréquencez ;'''négatif;302;8.5;'''négatif ;-9;10;-1 à -68;'''4 155 464;-1;302;610;6 ;'''zéro;18;0.5;;;;;'''intercals;0;18;620;2 ;'''1 à 200;2443;68.7;'''0 à 200;67;56;;'''507 186;5;304;630;6 ;'''201 à 370;440;12.4;'''201 à 370;271;47;;'''12.2%;10;157;640;4 ;'''371 à 600;202;5.7;'''371 à 600;470;61;;;15;155;650;2 ;'''601 à max;150;4.2;'''601 à 1353;802;166;;;20;108;660;8 ;'''total 3555;<201;77.7;'''total 3549;139;188;-68 à 1353;;25;81;670;5 adresse;intercalx;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>eréquence-1;30;70;680;3 1253774;2764;-1;302;-70;0;;0;18;35;54;690;3 4076145;2069;0;18;-60;1;;-1;°71;40;67;700;2 3818684;1978;1;66;-50;0;;-2;0;45;52;710;10 3657182;1824;2;°83;-40;5;;-3;2;50;67;720;4 4012754;1661;3;66;-30;7;'''min à -1;-4;°69;55;67;730;2 3629577;1544;4;59;-20;22;302;-5;0;60;49;740;10 2952529;1353;5;30;-10;78;8.5%;-6;3;65;78;750;2 3023352;1312;6;°43;0;207;;-7;10;70;74;760;6 3091776;1283;7;27;10;461;;-8;°34;75;64;770;4 3063256;1274;8;34;20;263;;-9;0;80;67;780;5 792903;1218;9;26;30;151;;-10;3;85;56;790;4 128855;1210;10;27;40;121;'''1 à 100;-11;°30;90;69;800;5 1814854;1180;11;42;50;119;1762;-12;0;95;73;810;3 2893024;1157;12;°48;60;116;49.6%;-13;2;100;50;820;2 3791894;1149;13;19;70;152;;-14;°22;105;50;830;2 1764716;1121;14;28;80;131;;-15;1;110;45;840;3 3858117;1092;15;18;90;125;;-16;2;115;55;850;1 2631119;1079;16;20;100;123;;-17;°16;120;44;860;1 3204160;1074;17;°25;110;95;;-18;1;125;38;870;0 3970791;1045;18;21;120;99;;-19;1;130;32;880;1 638891;1022;19;22;130;70;;-20;°7;135;37;890;3 3392036;1020;20;20;140;71;;-21;0;140;34;900;1 3864400;1007;21;15;150;79;;-22;0;145;40;910;3 1410445;1003;22;°19;160;60;;-23;°7;150;39;920;2 3966467;1001;23;15;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;2 180046;997;24;18;180;54;2443;-25;1;160;24;940;1 226066;997;25;°14;190;51;69%;-26;°4;165;38;950;0 102898;986;26;12;200;44;;-27;0;170;20;960;2 1232294;981;27;14;210;41;;-28;0;175;25;970;0 66244;978;28;°16;220;33;;-29;°3;180;29;980;1 1851963;956;29;14;230;34;;-30;0;185;24;990;2 2836755;953;30;14;240;39;;-31;0;190;27;1000;2 3339204;937;31;12;250;31;;-32;1;195;23;1010;3 485591;928;32;°15;260;30;;;308;200;21;1020;1 1163082;925;33;8;270;39;;reste;12;205;21;1030;1 2704567;918;34;14;280;17;;total;320;210;20;1040;0 1624776;912;35;5;290;25;;;;215;19;1050;1 1989125;909;36;°17;300;20;;intercal;<u>fréquencef;220;14;1060;0 2763942;909;37;11;310;24;;600;3405;225;17;1070;0 3941959;907;38;9;320;26;;650;20;230;17;1080;2 3569216;896;39;°18;330;21;;700;21;235;16;1090;0 3279840;890;40;12;340;12;'''201 à 370;750;28;240;23;1100;1 3713046;890;reste;2239;350;16;440;800;24;245;16;1110;0 1258251;888;total;3555;360;20;12%;850;11;250;15;1120;0 3954233;874;;;370;12;;900;6;255;14;1130;1 248335;860;;;380;9;;950;8;260;16;1140;0 ;;;;390;8;;1000;7;265;17;1150;1 ;;;;400;9;;1050;6;270;22;1160;1 adresse;intercaln;décalage;long;410;15;;1100;3;275;14;1170;0 849554;-68;comp;;420;12;;1150;2;280;3;1180;1 3465496;-47;shift2;473;430;11;;1200;2;285;14;1190;0 3335648;-46;shift2;705;440;9;;1250;2;290;11;1200;0 1686663;-44;shift2;464;450;18;;1300;2;295;11;reste;12 626279;-41;;;460;9;;1350;1;300;9;total;150 3285379;-41;;;470;14;;1400;1;305;18;; 569581;-38;;;480;10;;1450;0;310;6;; 3645168;-38;;;490;11;;1500;0;315;11;; 3007311;-35;;;500;5;;1550;1;320;15;; 890595;-34;;;510;9;;1600;0;325;10;; 1138331;-34;;;520;5;;1650;0;330;11;; 1639425;-34;;;530;9;;1700;1;335;4;; 1509236;-32;;;540;3;'''371 à 600;;146;340;8;; 2356195;-29;;;550;7;202;;;345;11;; 2927121;-29;;;560;6;5.7%;;;350;5;; 3218460;-29;;;570;7;;;;355;11;; 74410;-26;;;580;4;'''601 à max;;;360;9;; 1241101;-26;;;590;6;150;;;365;6;; 1964711;-26;;;600;6;4.2%;;;370;6;; 3675717;-26;;;reste;150;;reste;4;reste;352;; 424302;-25;;;total;3555;;toal;3555;toal;3555;; </pre> ====myr intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> myr. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; myr;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;33;-213;270;32;708;215;max70;&-94;717;-1739;143;742;254;min50 31 à 400;;;;;;;;&7.8;-12;-192;52;897;51;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-7;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;112;48;-;640;poly;68;tm;&215;69;;452;poly;290;SF 31 à 400;;;;;;;;&117;42;-;811;poly;86;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.078;;;;; 41-n;0.872;0.649;0.764;;;;;;;;;;;; 1-n;0.323;-0.143;0.041;;;;;;;;;;14.8.21 paris;; myr;fx;fc;;myr;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;myr;Sx-;Sc- 0;5;13;;0;6;6;;0;5;13;>0;974;-1;0;71 10;26;435;;10;31;209;;1;0;66;<0;20;-2;0;0 20;12;251;;20;14;121;;2;5;78;zéro;5;-3;0;2 30;21;130;;30;25;62;;3;5;61;total;999;-4;9;60 40;38;83;;40;46;40;;4;3;56;;c;-5;0;0 50;50;69;;50;60;33;;5;1;29;>0;2261;-6;3;0 60;47;69;;60;57;33;;6;1;42;<0;282;-7;0;10 70;54;98;;70;65;47;;7;4;23;zéro;13;-8;0;34 80;51;80;;80;62;38;;8;2;32;total;2556;-9;0;0 90;29;96;;90;35;46;;9;1;25;;;-10;0;3 100;35;88;;100;42;42;;10;4;23;;;-11;2;28 110;22;73;;110;27;35;;11;1;41;;;-12;0;0 120;32;67;;120;39;32;;12;2;46;;;-13;1;1 130;28;42;;130;34;20;;13;0;19;;;-14;0;22 140;22;49;;140;27;24;;14;1;27;;;-15;1;0 150;28;51;;150;34;25;;15;2;16;;;-16;0;2 160;30;30;;160;36;14;;16;1;19;;;-17;1;15 170;26;32;;170;31;15;;17;1;24;;;-18;1;0 180;21;33;;180;25;16;;18;2;19;;;-19;0;1 190;22;29;;190;27;14;;19;1;21;;;-20;1;6 200;20;24;;200;24;12;;20;1;19;;;-21;0;0 210;19;22;;210;23;11;;21;0;15;;;-22;0;0 220;12;21;;220;14;10;;22;4;15;;;-23;0;7 230;17;17;;230;21;8;;23;0;15;;;-24;0;0 240;19;20;;240;23;10;;24;0;18;;;-25;0;1 250;16;15;;250;19;7;;25;0;14;;;-26;0;4 260;14;16;;260;17;8;;26;2;10;;;-27;0;0 270;17;22;;270;21;11;;27;5;9;;;-28;0;0 280;9;8;;280;11;4;;28;4;12;;;-29;0;3 290;11;14;;290;13;7;;29;4;10;;;-30;0;0 300;12;8;;300;14;4;;30;2;12;;;-31;0;0 310;12;12;;310;14;6;;31;4;8;;;-32;0;1 320;10;16;;320;12;8;;32;1;14;;;-33;0;0 330;10;11;;330;12;5;;33;3;5;;;-34;0;3 340;5;7;;340;6;3;;34;5;9;;;-35;0;1 350;4;12;;350;5;6;;35;2;3;;;-36;0;0 360;11;9;;360;13;4;;36;7;10;;;-37;0;0 370;6;6;;370;7;3;;37;3;8;;;-38;0;2 380;2;7;;380;2;3;;38;2;7;;;-39;0;0 390;3;5;;390;4;2;;39;5;13;;;-40;0;0 400;5;4;;400;6;2;;40;6;6;;;-41;0;2 reste;146;180;;;;;;reste;877;1362;;;-42;0;0 total;979;2274;;t30;71;392;;total;979;2274;;;-43;0;0 diagr;828;2081;;t60;234;498;;diagr;97;899;;;-44;0;1 - t30;769;1265;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;634;1044;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;1;0 ;;;;;;;;;;;;;total;20;282 </pre> ====myr intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_négatifs_S-|myr intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;9;;3;;;;;2;;1;;1;;1;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;20 continu;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;9;0;3;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;20 ;Sc-;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282 </pre> ====myr autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires|myr autres intercalaires]] <pre> myr1 ;adresse1;;;;;myr2 ;adresse2;;;;;myr3;adresse3;;; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;151454;273;comp;;deb;°CDS;814859;544;comp;;deb;°CDS;2147912;286; ;&tRNA;153050;208;comp;;;&tRNA;815826;10;comp;;;&tRNA;2148528;52; fin;°CDS;153343;;comp;;fin;°CDS;815910;;comp;;;&tRNA;2148654;72; deb;°CDS;171836;177;comp;;deb;°CDS;868515;40;;;fin;°CDS;2148800;; ;regulatory;174323;162;;;;&tRNA;869308;37;comp;;deb;°CDS;2207990;114;comp fin;°CDS;174673;;comp;;;&tRNA;869418;37;comp;;;&tRNA;2208800;106;comp deb;°CDS;211346;123;;;;&tRNA;869528;37;comp;;deb;°CDS;2208979;150;comp ;&tRNA;212456;30;comp;;;&tRNA;869638;37;comp;;;&tRNA;2209756;145;comp ;&tRNA;212561;30;comp;;;&tRNA;869748;37;comp;;fin;°CDS;2209975;; ;&tRNA;212666;30;comp;;;&tRNA;869858;242;comp;;deb;°CDS;2224025;53;comp ;&tRNA;212771;42;comp;;fin;°CDS;870173;;comp;;;ncRNA;2225644;58;comp ;&tRNA;212888;92;comp;;deb;°CDS;887776;96;;;fin;°CDS;2225810;;comp fin;°CDS;213058;;comp;;;regulatory;888352;64;;;deb;°CDS;2302059;133; deb;°CDS;294948;146;comp;;fin;°CDS;888516;;;;;regulatory;2303686;199; ;&tRNA;295481;31;comp;;deb;°CDS;900643;77;comp;;fin;°CDS;2304079;; ;&tRNA;295586;7;comp;;;regulatory;902862;75;comp;;deb;°CDS;2425634;299;comp ;&tRNA;295668;280;comp;;fin;°CDS;903026;;comp;;;&tRNA;2427196;353;comp fin;°CDS;296032;;;;deb;°CDS;1010425;95;;;fin;°CDS;2427624;; deb;°CDS;327067;115;;;;&tRNA;1011306;221;comp;;deb;°CDS;2434061;125;comp ;&tRNA;328169;466;comp;;;&tRNA;1011598;183;comp;;;&tRNA;2435179;366;comp deb;°CDS;328708;73;;;fin;°CDS;1011852;;;;fin;°CDS;2435619;; ;&tRNA;328940;90;comp;;deb;°CDS;1110980;158;comp;;deb;°CDS;2505104;88;comp ;&tRNA;329112;34;comp;;;&tRNA;1112080;47;;;;ncRNA;2506290;93; ;&tRNA;329219;39;comp;;fin;°CDS;1112207;;comp;;fin;°CDS;2506482;;comp ;&tRNA;329331;48;comp;;deb;°CDS;1113809;158;;;deb;°CDS;2561350;1073; ;&tRNA;329452;36;comp;;;$rRNA;1114432;107;comp;;;$rRNA;2564415;79; ;&tRNA;329561;129;comp;;;$rRNA;1114649;151;comp;;;&tRNA;2566012;93; fin;°CDS;329763;;;;;&tRNA;1117684;91;comp;;;&tRNA;2566179;119; deb;°CDS;353908;259;comp;;;&tRNA;1117849;80;comp;;;$rRNA;2566372;107; ;$rRNA;354644;109;comp;;;$rRNA;1118003;267;comp;;;$rRNA;2569362;279; ;$rRNA;354863;151;comp;;;$rRNA;1119788;107;comp;;fin;°CDS;2569751;; ;&tRNA;357898;91;comp;;;$rRNA;1120005;151;comp;;deb;°CDS;2640485;167;comp ;&tRNA;358063;80;comp;;;&tRNA;1123050;91;comp;;;regulatory;2641078;541;comp ;$rRNA;358217;266;comp;;;&tRNA;1123215;82;comp;;fin;°CDS;2641765;; 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fin;°CDS;542191;;comp;;deb;°CDS;1604664;112;comp;;;&tRNA;3229088;25; deb;°CDS;550792;40;comp;;;regulatory;1606846;57;comp;;;&tRNA;3229187;24; ;&tRNA;551084;40;comp;;fin;°CDS;1607085;;comp;;;&tRNA;3229285;43; ;&tRNA;551196;37;comp;;deb;°CDS;1643091;132;comp;;fin;°CDS;3229402;;comp ;&tRNA;551305;38;comp;;;&tRNA;1644612;186;;;deb;°CDS;3299472;99; ;&tRNA;551415;38;comp;;;&tRNA;1644880;314;;;;tmRNA;3300558;220;comp ;&tRNA;551525;38;comp;;fin;°CDS;1645276;;;;fin;°CDS;3301177;; ;&tRNA;551635;75;comp;;deb;°CDS;1721814;66;;;deb;°CDS;3394869;90;comp fin;°CDS;551782;;comp;;;&tRNA;1722756;51;comp;;;&tRNA;3395184;215;comp deb;°CDS;571079;165;comp;;fin;°CDS;1722878;;comp;;fin;°CDS;3395484;;comp ;$rRNA;574481;109;comp;;deb;°CDS;1738209;186;comp;;deb;°CDS;3457542;150; ;$rRNA;574700;119;comp;;;&tRNA;1739220;24;comp;;;&tRNA;3458511;49; ;&tRNA;577703;91;comp;;;&tRNA;1739318;69;comp;;;&tRNA;3458644;51; ;&tRNA;577868;81;comp;;fin;°CDS;1739464;;comp;;;&tRNA;3458776;44; ;$rRNA;578023;265;comp;;deb;°CDS;1924596;-38;;;;&tRNA;3458901;312; 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deb;°CDS;783008;332;comp;;;&tRNA;2085438;91;;;deb;°CDS;4054689;76; ;&tRNA;783784;113;;;;&tRNA;2085603;151;;;;ncRNA;4055338;275;comp fin;°CDS;783970;;comp;;;$rRNA;2085828;108;;;fin;°CDS;4055928;; ;;;;;;;$rRNA;2088820;156;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;2089086;;;;;;;; </pre> ====myr intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_tRNA|myr intercalaires tRNA]] <pre> myr intercalaires tRNA;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;;;; ;;;;;;;deb;fin;continu;cumuls ;;;273;;208;;;;; ;30*3 42;comp’;123;;92;;16;10;'''deb; ;31 7;;146;comp’;280;;20;32;<201;18 ;;comp’;115;comp’;466;;40;51;total;26 ;90 34 39 48 36;comp’;73;comp’;129;;54;60;%;69% ;36 41 42 41;;144;;81;;58;61;; ;;;209;;32;;76;69;'''fin; ;40 37 38*3;;40;;75;;79;72;<201;15 ;;;16;;60;;85;75;total;22 ;20 30;;58;;93;;90;81;%;68% ;;;76;;96;;90;88;; ;;comp’;332;comp’;113;;108;92;'''total; ;;;54;;10;;114;93;<201;33 ;37*5;comp’;40;;242;;125;96;total;48 ;221;comp’;95;comp’;183;;144;106;%;69% ;;comp’;158;comp’;47;;146;147;; ;;;;comp’;90;;150;201;; ;;comp’;104;;88;;150;208;; ;373;;85;comp’;593;;186;215;; ;151 202;;635;comp’;169;;209;220;; ;186;comp’;132;;314;;235;242;; ;;comp’;66;;51;;273;294;; ;24;;186;;69;;286;314;; ;341;comp’;-38;comp’;381;;299;-;; ;;comp’;125;;147;;497;-;; ;9;;108;;201;;595;-;; ;35 26;comp’;128;comp’;100;;635;-;'''comp’;'''cumuls ;52;;286;;72;;'''-38;39;'''deb; ;;;114;;106;;40;43;<201;12 ;;;150;comp’;145;;66;47;total;13 ;;;299;comp’;353;;73;90;%;92% ;;;125;comp’;366;;95;100;; ;;;235;comp’;497;;104;113;'''fin; ;22*4;;20;;294;;115;129;<201;10 ;;;497;;61;;123;145;total;18 ;26 25 24;;79;comp’;43;;125;169;%;56% ;;;90;;220;;128;183;; ;;;90;;215;;132;280;'''total; ;49 51 44;;150;comp’;312;;158;312;<201;22 ;83;;595;comp’;39;;332;353;total;31 ;;;;;;;_;366;%;71% ;;;;;;;_;381;; ;;;;;;;_;466;; ;;;;;;;_;497;; ;;;;;;;_;593;; ;;deb;fin;total;;;;;; ;<201;30;25;55;;;;;; ;total;39;40;79;;;;;; ;taux;77%;63%;70%;;;;;; </pre> ===fps=== ====fps opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_opérons|fps opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Flav_psyc_JIP02_86/flavPsyc-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009613.3;fps;;genome;;;;;;;; 32.4%GC;14.8.19 Paris;16s 6;49;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Flavobacterium psychrophilum JIP02/86;;;;;;;;;;; ;3517..4200;;CDS;;43;43;;;228;; comp;4244..4317;;tgc;;104;104;;;;; comp;4422..4781;;CDS;;;;;;120;; ;;;;;;;;;;; ;113561..114154;;CDS;;107;107;;;198;; comp;114262..114335;;aac;;147;147;;;;; comp;114483..115817;;CDS;;;;;;445;; ;;;;;;;;;;; comp;190346..191287;;CDS;;175;175;;;314;; ;191463..191545;;ttg;@1;290;;*290;;;; comp;191836..191920;;cta;;132;132;;;;; ;192053..193441;;CDS;;;;;;463;; ;;;;;;;;;;; comp;295744..295950;;CDS;;179;179;;;69;; comp;296130..296203;;atgi;;86;86;;;;; comp;296290..296694;;CDS;;;;;;135;; ;;;;;;;;;;; comp;318122..319414;;CDS;;896;*896;;;431;; comp;320311..320387;;gac;;86;86;;;;; comp;320474..321400;;CDS;;;;;;309;; ;;;;;;;;;;; comp;371118..374348;;CDS;;154;154;;;1077;; ;374503..374576;;caa;;47;47;;;;; comp;374624..375631;;CDS;;;;;;336;; ;;;;;;;;;;; comp;464114..466717;;CDS;;125;125;;;868;; 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;;;;;;;;;;; ;852715..853170;;CDS;;128;128;;;152;; comp;853299..853375;;cac;;75;75;;;;; comp;853451..854167;;CDS;;;;;;239;; ;;;;;;;;;;; ;897041..897184;;CDS;;75;75;;;48;; ;897260..897336;;cgt;;46;46;;;;; ;897383..897955;;CDS;;;;;;191;; ;;;;;;;;;;; comp;982868..984043;;CDS;;254;254;;;392;; ;984298..984384;;agc;;15;;15;;;; ;984400..984477;;cca;;30;;30;;;; ;984508..984584;;aga;;93;93;;;;; ;984678..985880;;CDS;;;;;;401;; ;;;;;;;;;;; comp;1110660..1112606;;CDS;;1082;*1082;;;649;; ;1113689..1115188;;16s;;110;;;;1500;; ;1115299..1115375;;atc;;158;;;158;;; ;1115534..1115610;;gca;;213;;;;;; ;1115824..1118708;;23s;;156;;;;2885;; ;1118865..1118970;;5s;;282;282;;;106;; comp;1119253..1120218;;CDS;;;;;;322;; ;;;;;;;;;;; comp;1123344..1124324;;CDS;;-981;*-981;;;327;; comp;1123344..1124324;;rpr;@2;191;191;;;981;; comp;1124516..1124698;;rpr;;20;20;;;183;; comp;1124719..1124862;;rpr;;289;289;;;144;; comp;1125152..1125229;;gta;;82;82;;;;; comp;1125312..1125686;;CDS;;;;;;125;; ;;;;;;;;;;; ;1285199..1285477;;CDS;;148;148;;;93;; ;1285626..1285710;;tac;;473;*473;;;;; ;1286184..1286810;;CDS;;;;;;209;; ;;;;;;;;;;; ;1309373..1310833;;CDS;;1079;*1079;;;487;; comp;1311913..1312018;;5s;;156;;;;106;; comp;1312175..1315059;;23s;;213;;;;2885;; comp;1315273..1315349;;gca;;158;;;158;;; comp;1315508..1315584;;atc;;110;;;;;; comp;1315695..1317194;;16s;;1276;*1276;;;1500;; ;1318471..1319160;;CDS;;;;;;230;; ;;;;;;;;;;; comp;1395138..1395728;;CDS;;73;73;;;197;; comp;1395802..1396536;;rpr;;93;93;;;735;; comp;1396630..1397052;;rpr;;248;248;;;423;; comp;1397301..1397388;;tca;;135;135;;;;; comp;1397524..1398660;;CDS;;;;;;379;; ;;;;;;;;;;; comp;1622342..1622755;;CDS;;100;100;;;138;; comp;1622856..1622929;;aca;;79;79;;;;; comp;1623009..1623275;;CDS;;;;;;89;; ;;;;;;;;;;; comp;1815453..1816334;;CDS;;239;239;;;294;; ;1816574..1816649;;atgf;+;31;;31;;;; ;1816681..1816756;;atgf;2 atgf;591;*591;;;;; ;1817348..1817794;;CDS;;;;;;149;; ;;;;;;;;;;; ;1859580..1860149;;CDS;;305;305;;;190;; comp;1860455..1860531;;atgj;;143;143;;;;; ;1860675..1861067;;CDS;;;;;;131;; ;;;;;;;;;;; comp;1904719..1905537;;CDS;;26;26;;;273;; comp;1905564..1905637;;cga;;70;70;;;;; comp;1905708..1906157;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; ;1995546..1996253;;CDS;;35;35;;;236;; comp;1996289..1996361;;gga;;281;281;;;;; ;1996643..1997074;;CDS;;;;;;144;; ;;;;;;;;;;; ;2088032..2088418;;CDS;;105;105;;;129;; ;2088524..2089369;;rpr;;116;;;;846;; comp;2089486..2089591;;5s;;156;;;;106;; comp;2089748..2092632;;23s;;213;;;;2885;; comp;2092846..2092922;;gca;;158;;;158;;; comp;2093081..2093157;;atc;;110;;;;;; comp;2093268..2094767;;16s;;1570;*1570;;;1500;; comp;2096338..2099241;;CDS;;;;;;968;; ;;;;;;;;;;; ;2182840..2185440;;CDS;;138;138;;;867;; ;2185579..2185654;;ggc;;40;;40;;;; ;2185695..2185782;;tta;;93;93;;;;; comp;2185876..2190132;;CDS;;;;;;1419;; ;;;;;;;;;;; comp;2295987..2296184;;CDS;;14;14;;;66;; comp;2296199..2296272;;tgg;;61;61;;;;; comp;2296334..2297521;;CDS;;55;55;;;396;; comp;2297577..2297651;;acc;;83;;*83;;;; comp;2297735..2297818;;tac;;138;;*138;;;; comp;2297957..2298033;;aca;;90;90;;;;; comp;2298124..2298426;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; ;2506720..2507055;;CDS;;288;288;;;112;; comp;2507344..2507449;;5s;;156;;;;106;; comp;2507606..2510490;;23s;;213;;;;2885;; comp;2510704..2510780;;gca;;158;;;158;;; comp;2510939..2511015;;atc;;110;;;;;; comp;2511126..2512625;;16s;;1010;*1010;;;1500;; comp;2513636..2514889;;CDS;;;;;;418;; ;;;;;;;;;;; ;2632307..2633335;;CDS;;53;53;;;343;; ;2633389..2633476;;tcc;;246;246;;;;; ;2633723..2634982;;CDS;;;;;;420;; ;;;;;;;;;;; comp;2752993..2753322;;CDS;;64;64;;;110;; ;2753387..2753463;;gcc;;105;105;;;;; comp;2753569..2757033;;CDS;;;;;;1155;; ;;;;;;;;;;; comp;2800796..2801521;;CDS;;98;98;;;242;; ;2801620..2801695;;ttc;;299;299;;;;; comp;2801995..2802723;;gene;@3;406;*406;;;243;; comp;2803130..2803444;;CDS;;;;;;105;; </pre> ====fps cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_cumuls|fps cumuls]] <pre> fps cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;6;1;0;;1;1;1;;100;6;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;1;;50;7;20;;200;19;60;1 ;16 atc gca;6;40;6;;100;20;40;;300;12;90;4 ;16 23 5s a;0;60;0;;150;13;60;;400;10;120;6 ;max a;2;80;0;;200;6;80;;500;10;150;8 ;a doubles;0;100;1;;250;5;100;;600;1;180;2 ;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;1;210;5 ;total aas;12;140;1;;350;2;140;;800;0;240;5 sans ;opérons;26;160;0;6;400;0;160;;900;2;270;4 ;1 aa;19;180;0;;450;1;180;;1000;1;300;2 ;max a;3;200;0;;500;1;200;;1100;1;330;4 ;a doubles;3;;1;;;10;;;;2;;24 ;total aas;37;;10;6;;72;;0;;65;;65 total aas;;49;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;72;158;;257;;;;333;; ;;;variance;85;0;;374;;;;276;; sans jaune;;;moyenne;30;;;135;;;;246;;181 ;;;variance;9;;;82;;;;126;;78 </pre> ====fps blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_blocs|fps blocs]] <pre> fps blocs;;;;;; CDS;1042;226;1149;84;1082;649 16s;110;1500;110;1500;110;1500 atc;158;;158;;158; gca;213;;213;;213; 23s;156;2885;156;2885;156;2885 5s;204;106;931;106;282;106 CDS;;251;;599;;322 ;;;;;; ;;;105;129;; CDS;1079;487;116;846;288;112 5s;156;106;156;106;156;106 23s;213;2885;213;2885;213;2885 gca;158;;158;;158; atc;110;;110;;110; 16s;1276;1500;1570;1500;1010;1500 CDS;;230;;968;;418 </pre> ====fps remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_remarques|fps remarques]] *code génétique fps <pre> fps;;;;;;;49 atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;6;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;6;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====fps données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_données_intercalaires|fps données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;fps;fx;fc;fps;fx40;fc40;fps;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;7;12;0;7;12;-1;0;60;104;46;16s tRNA;; ;0;10;18;323;1;0;60;-2;1;0;147;107;6* 105;;atc ;1;20;9;108;2;5;50;-3;0;0;86;175;tRNA 23s;; ;1;30;17;53;3;2;38;-4;22;46;899;132;6* 214;;gca 1;0;40;13;77;4;0;29;-5;0;0;86;133;tRNA tRNA;;intra 2;1;50;11;76;5;1;33;-6;2;0;128;151;6* 161;;atc gca ;2;60;23;65;6;2;31;-7;0;3;91;50;tRNA tRNA;; 1;2;70;16;67;7;2;17;-8;0;28;165;163;-;296;ttg ;3;80;25;79;8;2;16;-9;3;0;81;312;**;;cta ;5;90;24;72;9;1;18;-10;0;3;75;128;43;;ctc 2;2;100;32;56;10;3;31;-11;2;17;75;210;26;;aaa 2;1;110;29;50;11;2;14;-12;2;0;49;131;**;;aaa ;0;120;14;46;12;3;14;-13;1;3;96;254;31;;gaa 1;1;130;19;31;13;0;11;-14;1;14;456;239;**;;gaa 3;2;140;13;28;14;1;11;-15;0;0;82;308;15;;agc 1;2;150;15;35;15;1;15;-16;0;1;148;143;33;;cca 1;0;160;16;37;16;0;6;-17;1;10;476;35;**;;aga 1;1;170;20;34;17;0;14;-18;1;0;248;281;34;;atgf 1;0;180;13;23;18;1;7;-19;1;2;135;96;**;;atgf ;0;190;13;25;19;1;5;-20;1;3;259;64;43;;ggc ;0;200;13;13;20;0;11;-21;0;0;79;108;**;;tta 1;0;210;7;19;21;2;4;-22;0;0;594;98;86;;acc ;0;220;6;12;22;6;8;-23;0;4;26;302;141;;tac ;0;230;12;19;23;0;5;-24;0;0;70;;**;;aca 1;0;240;5;17;24;1;9;-25;0;0;138;;;; ;2;250;8;17;25;2;3;-26;0;4;17;;;; 1;1;260;7;9;26;2;9;-27;1;0;61;;;; ;0;270;5;14;27;0;4;-28;0;1;58;;;; ;0;280;6;14;28;0;2;-29;1;1;90;;;; 1;0;290;6;12;29;1;2;-30;1;0;53;;;; ;0;300;10;13;30;3;7;-31;0;1;249;;;; 2;0;310;8;12;31;1;10;-32;0;1;CDS 16s;;;; 1;0;320;9;10;32;0;11;-33;0;0;1035;1075;;; ;0;330;10;12;33;0;9;-34;1;0;1142;1269;;; ;0;340;5;10;34;2;5;-35;0;2;1563;;;; ;0;350;4;5;35;1;5;-36;0;0;1003;;;; ;0;360;1;7;36;4;6;-37;0;0;23s 5s;;;; ;0;370;3;3;37;0;1;-38;0;0;6* 154;;;; ;0;380;5;4;38;3;5;-39;0;0;5s CDS;;;; ;0;390;5;3;39;0;8;-40;0;1;202;268;;; ;0;400;3;2;40;2;17;-41;0;0;;280;;; ;4;reste;74;101;reste;495;1052;-42;0;0;;268;;; 23;31;total;559;1625;total;559;1625;-43;0;0;;114;;; 23;27;diagr;478;1512;diagr;57;561;-44;0;0;;286;;; 0;2; t30;44;484;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;552;42;7;601;;;-49;0;0;;;;; ;c;1613;209;12;1834;;;-50;0;1;;;;; ;;;;;2435;115;;reste;0;3;;;;; ;;;;;;2550;;total;42;209;;;;; </pre> =====fps autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_autres_intercalaires_aas|fps autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;fps;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;3517;4200;46;*; ;comp;tRNA;4247;4317;104;*;tga fin;comp;CDS;4422;4781;;0; deb;;CDS;113561;114154;107;*; ;comp;tRNA;114262;114335;147;*;aac fin;comp;CDS;114483;115817;;; deb;comp;CDS;190346;191287;175;*; ;;tRNA;191463;191542;296;*;ttg ;comp;tRNA;191839;191920;132;*;cta fin;;CDS;192053;193441;;; deb;;CDS;295793;295996;133;*; ;comp;tRNA;296130;296203;86;*;atgi fin;comp;CDS;296290;296694;;0; deb;comp;CDS;318122;319414;899;*; ;comp;tRNA;320314;320387;86;*;gac fin;comp;CDS;320474;321400;;; deb;comp;CDS;371118;374351;151;*; ;;tRNA;374503;374573;50;*;caa fin;comp;CDS;374624;375631;;0; deb;comp;CDS;431782;433344;51;*; ;comp;ncRNA;433396;433502;51;*; fin;comp;CDS;433554;433847;;; deb;comp;CDS;464114;466717;128;*; ;comp;tRNA;466846;466920;163;*;cca fin;;CDS;467084;468346;;0; deb;;CDS;507944;508621;1035;*; ;;rRNA;509657;511168;105;*;1512 ;;tRNA;511274;511347;161;*;atc ;;tRNA;511509;511582;214;*;gca ;;rRNA;511797;514683;154;*;2887 ;;rRNA;514838;514947;202;*;110 fin;;CDS;515150;515902;;; deb;;CDS;586281;586805;94;*; ;;regulatory;586900;587164;29;*; fin;;CDS;587194;589056;;; deb;;CDS;596537;597679;312;*; ;comp;tRNA;597992;598074;43;*;ctc ;comp;tRNA;598118;598190;26;*;aaa ;comp;tRNA;598217;598289;128;*;aaa fin;;CDS;598418;598936;;1; deb;;CDS;642117;643595;91;*; ;;tRNA;643687;643758;31;*;gaa ;;tRNA;643790;643861;165;*;gaa deb;;CDS;644027;644278;1142;*; ;;rRNA;645421;646932;105;*;1512 ;;tRNA;647038;647111;161;*;atc ;;tRNA;647273;647346;214;*;gca ;;rRNA;647561;650447;154;*;2887 ;;rRNA;650602;650711;268;*;110 fin;comp;CDS;650980;651266;;0; deb;;CDS;659297;660505;37;*; ;;tmRNA;660543;660939;63;*; fin;comp;CDS;661003;661833;;; deb;;CDS;726614;727399;210;*; ;comp;tRNA;727610;727684;81;*;gta fin;comp;CDS;727766;728980;;0; deb;;CDS;852715;853170;131;*; ;comp;tRNA;853302;853375;75;*;cac fin;comp;CDS;853451;854167;;0; deb;;CDS;897041;897184;75;*; ;;tRNA;897260;897333;49;*;cgt fin;;CDS;897383;897955;;0; deb;comp;CDS;982868;984043;254;*; ;;tRNA;984298;984384;15;*;agc ;;tRNA;984400;984474;33;*;cca ;;tRNA;984508;984581;96;*;aga fin;;CDS;984678;985880;;1; deb;comp;CDS;1110660;1112606;1075;*; ;;rRNA;1113682;1115193;105;*;1512 ;;tRNA;1115299;1115372;161;*;atc ;;tRNA;1115534;1115607;214;*;gca ;;rRNA;1115822;1118708;154;*;2887 ;;rRNA;1118863;1118972;280;*;110 fin;comp;CDS;1119253;1120218;;; deb;comp;CDS;1124516;1124698;456;*; ;comp;tRNA;1125155;1125229;82;*;gta fin;comp;CDS;1125312;1125686;;; deb;comp;CDS;1141104;1142156;88;*; ;;ncRNA;1142245;1142342;13;*; fin;;CDS;1142356;1142553;;; deb;;CDS;1285061;1285477;148;*; ;;tRNA;1285626;1285707;476;*;tac fin;;CDS;1286184;1286810;;; deb;;CDS;1311356;1311642;268;*; ;comp;rRNA;1311911;1312020;154;*;110 ;comp;rRNA;1312175;1315061;214;*;2887 ;comp;tRNA;1315276;1315349;161;*;gca ;comp;tRNA;1315511;1315584;105;*;atc ;comp;rRNA;1315690;1317201;1269;*;1512 deb;;CDS;1318471;1319160;0;*; ;comp;ncRNA;1319161;1319480;341;*; fin;;CDS;1319822;1323886;;; deb;;CDS;1325084;1325431;419;*; ;;repeat_region;1325851;1326881;279;*; fin;comp;CDS;1327161;1328027;;0; deb;comp;CDS;1395802;1397052;248;*; ;comp;tRNA;1397301;1397388;135;*;tca fin;comp;CDS;1397524;1398660;;; deb;comp;CDS;1622342;1622596;259;*; ;comp;tRNA;1622856;1622929;79;*;aca fin;comp;CDS;1623009;1623275;;; deb;comp;CDS;1815453;1816334;239;*; ;;tRNA;1816574;1816646;34;*;atgf ;;tRNA;1816681;1816753;594;*;atgf fin;;CDS;1817348;1817794;;; deb;;CDS;1859580;1860149;308;*; ;comp;tRNA;1860458;1860531;143;*;atgj fin;;CDS;1860675;1861067;;; deb;comp;CDS;1904719;1905537;26;*; ;comp;tRNA;1905564;1905637;70;*;cga fin;comp;CDS;1905708;1906157;;; deb;;CDS;1995546;1996253;35;*; ;comp;tRNA;1996289;1996361;281;*;gga fin;;CDS;1996643;1997074;;; deb;;CDS;2088524;2089369;114;*; ;comp;rRNA;2089484;2089593;154;*;110 ;comp;rRNA;2089748;2092634;214;*;2887 ;comp;tRNA;2092849;2092922;161;*;gca ;comp;tRNA;2093084;2093157;105;*;atc ;comp;rRNA;2093263;2094774;1563;*;1512 fin;comp;CDS;2096338;2099241;;; deb;comp;CDS;2145831;2146037;66;*; ;comp;regulatory;2146104;2146199;493;*; fin;comp;CDS;2146693;2148675;;; deb;;CDS;2182840;2185440;138;*; ;;tRNA;2185579;2185651;43;*;ggc ;;tRNA;2185695;2185779;96;*;tta fin;comp;CDS;2185876;2190132;;; deb;comp;CDS;2295987;2296184;17;*; ;comp;tRNA;2296202;2296272;61;*;tgg deb;comp;CDS;2296334;2297521;58;*; ;comp;tRNA;2297580;2297651;86;*;acc ;comp;tRNA;2297738;2297818;141;*;tac ;comp;tRNA;2297960;2298033;90;*;aca fin;comp;CDS;2298124;2298426;;; deb;;CDS;2506720;2507055;286;*; ;comp;rRNA;2507342;2507451;154;*;110 ;comp;rRNA;2507606;2510492;214;*;2887 ;comp;tRNA;2510707;2510780;161;*;gca ;comp;tRNA;2510942;2511015;105;*;atc ;comp;rRNA;2511121;2512632;1003;*;1512 fin;comp;CDS;2513636;2514889;;0; deb;;CDS;2632307;2633335;53;*; ;;tRNA;2633389;2633473;249;*;tcc fin;;CDS;2633723;2634982;;; deb;comp;CDS;2752993;2753322;64;*; ;;tRNA;2753387;2753460;108;*;gcc fin;comp;CDS;2753569;2757033;;; deb;comp;CDS;2800796;2801521;98;*; ;;tRNA;2801620;2801692;302;*;ttc fin;comp;CDS;2801995;2802585;;; </pre> ====fps distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_distribution|fps distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;; </pre> ===bacteroide synthèse=== ====bacteroide distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_génome|bacteroide distribution par génome]] <pre> bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total myr;11;16;;;1;16;57;;101 fps;11;20;;;;12;6;;49 total;22;36;0;0;1;28;63;0;150 </pre> ====bacteroide distribution du total==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_du_total|bacteroide distribution du total]] <pre> bact2;;;;;;;150 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2 atc;14;acc;2;aac;3;agc;3 ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3 gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4 cta;3;cca;6;caa;3;cga;2 gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;85;36;;;1 -16s tac;28;150 </pre> ====bacteroide distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_type|bacteroide distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> bact2;;;;;;;150;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc; atc;14;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2 cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====bacteroide par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacteroide par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;3;2;0;;;;5; 16;moyen;16;10;12;;;28;66; 14;fort;17;10;51;;;1;79; ; ;36;22;63;;;29;150; 10;g+cga;2;;;;;;2; 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;1;2;;;;;3; 5;autres;;;;;;;; ;;3;2;;;;;5; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;20;13;;;;;33;26 16;moyen;107;67;80;;;187;440;324 14;fort;113;67;340;;;7;527;650 ; ;240;147;420;;;193;150;729 10;g+cgg;13;;;;;;13;10 2;agg+cga;;;;;;;; 4;carre ccc;7;13;;;;;20;16 5;autres;;;;;;;; ;;20;13;;;;;33; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;25;17;;41;26;8;9; 16;moyen;132;83;99;314;324;44;45;19 14;fort;140;83;421;645;650;47;45;81 ; ;298;182;521;121;729;36;22;63 10;g+cgg;17;;;17;10;;; 2;agg+cga;;;;;;;; 4;carre ccc;8;17;;25;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;25;17;;41;;;; </pre> ====bacteroide, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide,_estimation_des_-rRNAs|bacteroide, estimation des -rRNAs]] <pre> bacteroide;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 29 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;29;210; ; ;;indices;;;;29;725;0;0;;bact2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;121 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2 atc;104;acc;;aac;1;agc;;;atc;359;acc;;aac;3.4;agc;;;atc;;acc;2;aac;3;agc;3 ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3.4;;ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;3.4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;8;aaa;8;aga;4 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3.4;caa;;cga;;;cta;3;cca;6;caa;3;cga;2 gta;;gca;102;gaa;;gga;;;gta;;gca;352;gaa;;gga;;;gta;9;gca;;gaa;8;gga;7 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;207;;3;;0;210;;;;714;;10;;0;725;;;;39;;77;;5;121 27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;7096;1.4;0.7;;;;;;146;7096;1.4;0.7;;bact2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;129;;atgi;105;tct;0.7;tat;0.7;atgf;129;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;250 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;0.7;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.7;cct;1.4;cat;;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;200;tcc;50;tac;350;tgc;100 atc;-64;acc;102;aac;127;agc;110;;atc;295;acc;102;aac;130;agc;110;;atc;;acc;100;aac;150;agc;150 ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;131;;ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;134;;ctc;100;ccc;;cac;250;cgt;150 gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;;gcc;50;gac;200;ggc;100 tta;112;tca;122;taa;6.2;tga;2;;tta;112;tca;125;taa;6.2;tga;2.1;;tta;200;tca;200;taa;;tga; ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;;aca;400;aaa;400;aga;200 cta;109;cca;146;caa;113;cga;42;;cta;109;cca;149;caa;113;cga;42;;cta;150;cca;300;caa;150;cga;100 gta;184;gca;-66;gaa;181;gga;141;;gta;184;gca;286;gaa;181;gga;141;;gta;450;gca;;gaa;400;gga;350 ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;150 atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;150;acg;;aag;;agg; ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;3;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;3.4;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1350;;2103;;670;4122;;;;2064;;2113;;669;4846;;;;1950;;3850;;250;6050 rapports;;65;;100;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;bact2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;53.759;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;48 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1559;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt;100 ctt;129;cct;;cat;;cgc;;;avec;218;;;10;3;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;29;;;20;4;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;36;tcc;49;tac;57;tgc;16 atc;-22;acc;100;aac;97;agc;100;;bact2;60.5;;;40;4;;;;atc;100;acc;2;aac;16;agc;27 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;97;;sans;121;;;50;4;21;;;ctc;1;ccc;100;cac;54;cgt;13 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;29;;;60;9;;;;gtc;100;gcc;40;gac;14;ggc;34 tta;100;tca;97;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;0;;;;tta;44;tca;39;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;60;aaa;54;aga;46 cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;27;cca;51;caa;25;cga;58 gta;100;gca;-23;gaa;100;gga;100;;est 12% au dessus;;;;100;18;;;;gta;59;gca;100;gaa;55;gga;60 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;100;tgg;22 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;24;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;381;;579;;99;1059 </pre> ==tenericutes== ===abra=== ====abra opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_opérons|abra opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_bras_O502/achoBras_O502-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022549.1;abra;;genome;;;;;;;; 35.8%GC;15.8.19 Paris;16s 4;45;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Acholeplasma brassicae;;;;;;;;;;; ;253257..253430;;CDS;;86;86;;;58;; ;253517..253601;;tac;;214;;;;;; ;253816..255351;;16s;;137;;;;1536;; ;255489..255565;;atc;;88;;;;;; ;255654..258507;;23s;;34;;;;2854;; ;258542..258652;;5s;;11;;;;111;; ;258664..258740;;aac;;149;;;;;; ;258890..259000;;5s;;11;;;;111;; ;259012..259088;;aac;;860;*860;;;;; ;259949..260053;;CDS;;432;;;;35;; ;260486..262021;;16s;;137;;;;1536;; ;262159..262235;;atc;;88;;;;;; ;262324..265177;;23s;;34;;;;2854;; ;265212..265322;;5s;@1;14;;;;111;; ;265337..265412;;gta;;44;;;44;;; ;265457..265532;;aca;;11;;;11;;; ;265544..265619;;aaa;;7;;;7;;; ;265627..265713;;tta;;8;;;8;;; ;265722..265797;;gca;;72;;;72;;; ;265870..265946;;atgj;;7;;;7;;; ;265954..266030;;atgi;;44;;;44;;; ;266075..266165;;tca;;8;;;8;;; ;266174..266250;;atgf;;4;;;4;;; ;266255..266330;;gac;;11;;;11;;; ;266342..266417;;ttc;;137;137;;;;; ;266555..267409;;CDS;;;;;;285;; ;;;;;;;;;;; ;582446..584125;;CDS;;49;49;;;*560;; ;584175..584260;;ctc;;170;170;;;;; ;584431..586110;;CDS;;;;;;*560;; ;;;;;;;;;;; ;625631..626317;;CDS;;84;84;;;229;; comp;626402..626476;;ggc;;66;;66;;;; comp;626543..626619;;cca;;17;;17;;;; comp;626637..626713;;cga;;13;;13;;;; comp;626727..626802;;gac;;149;149;;;;; ;626952..627599;;CDS;;;;;;216;; ;;;;;;;;;;; ;633526..634710;;CDS;;63;63;;;395;; comp;634774..634847;;acc;;76;76;;;;; ;634924..636651;;CDS;;;;;;*576;; ;;;;;;;;;;; ;755442..756548;;CDS;;64;64;;;369;; comp;756613..756688;;aag;;130;130;;;;; ;756819..757373;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; ;807788..808216;;CDS;;108;108;;;143;; ;808325..808401;;aga;;216;216;;;;; ;808618..808854;;CDS;;;;;;79;; ;;;;;;;;;;; ;829563..829871;;CDS;;155;155;;;103;; ;830027..830102;;agg;;27;27;;;;; ;830130..831458;;CDS;;;;;;443;; ;;;;;;;;;;; comp;1176200..1176799;;CDS;;398;398;;;200;; comp;1177198..1177291;;tcg;;8;;8;;;; comp;1177300..1177375;;gcc;;569;*569;;;;; comp;1177945..1179252;;CDS;;;;;;436;; ;;;;;;;;;;; ;1187918..1188148;;CDS;;382;382;;;77;; ;1188531..1188621;;tcc;;66;66;;;;; ;1188688..1189761;;CDS;;;;;;358;; ;;;;;;;;;;; comp;1194077..1194568;;CDS;;206;206;;;164;; comp;1194775..1194859;;ttg;;10;10;;;;; comp;1194870..1196045;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;1251487..1252329;;CDS;;68;68;;;281;; ;1252398..1252472;;gtc;;44;44;;;;; comp;1252517..1252873;;CDS;;;;;;119;; ;;;;;;;;;;; comp;1416224..1416484;;CDS;;301;301;;;87;; comp;1416786..1416859;;tgc;;92;92;;;;; comp;1416952..1418427;;CDS;;;;;;492;; ;;;;;;;;;;; comp;1427372..1427890;;CDS;@2;379;379;;;173;; comp;1428270..1428343;;gga;;9;;9;;;; comp;1428353..1428429;;cca;;1;;1;;;; comp;1428431..1428507;;cgt;;8;;8;;;; comp;1428516..1428591;;gaa;;73;73;;;;; comp;1428665..1429210;;CDS;;;;;;182;; ;;;;;;;;;;; comp;1431948..1432259;;CDS;;96;96;;;104;; comp;1432356..1432432;;aac;;11;;;;;; comp;1432444..1432554;;5s;;34;;;;111;; comp;1432589..1435442;;23s;;158;;;;2854;; comp;1435601..1437135;;16s;;432;;;;1535;; comp;1437568..1437672;;CDS;;860;*860;;;35;; comp;1438533..1438609;;aac;;11;;;;;; comp;1438621..1438731;;5s;@3;149;;;;111;; comp;1438881..1438957;;aac;;11;;;;;; comp;1438969..1439079;;5s;;34;;;;111;; comp;1439114..1441967;;23s;;159;;;;2854;; comp;1442127..1443662;;16s;;431;*431;;;1536;; comp;1444094..1444624;;CDS;;;;;;177;; ;;;;;;;;;;; comp;1532381..1533052;;CDS;;262;262;;;224;; comp;1533315..1533399;;cta;;46;46;;;;; comp;1533446..1535560;;CDS;;;;;;*705;; ;;;;;;;;;;; comp;1540295..1540534;;CDS;;171;171;;;80;; comp;1540706..1540780;;tgg;;47;47;;;;; comp;1540828..1541754;;CDS;;137;137;;;;; ;1541892..1541967;;cac;;63;;63;;;; ;1542031..1542104;;caa;;37;37;;;;; comp;1542142..1542357;;CDS;;;;;;72;; ;;;;;;;;;;; comp;1716869..1717186;;CDS;;854;*854;;;106;; comp;1718041..1718116;;acg;;87;87;;;;; comp;1718204..1718947;;CDS;;;;;;248;; ;;;;;;;;;;; comp;1742909..1743664;;CDS;;487;*487;;;252;; comp;1744152..1744227;;gaa;;109;109;;;;; comp;1744337..1744720;;CDS;;;;;;128;; ;;;;;;;;;;; comp;1747424..1747726;;CDS;;100;100;;;101;; comp;1747827..1747919;;agc;;102;102;;;;; comp;1748022..1750199;;CDS;;;;;;*726;; </pre> ====abra cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_cumuls|abra cumuls]] <pre> abra cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;4;1;1;0;1;0;1;;100;8;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;5;7;50;7;20;;200;13;60;3 ;16 atc 235 a;2;40;0;0;100;12;40;;300;7;90;5 ;16 23 5s a;2;60;0;2;150;7;60;;400;4;120;5 ;max a;12;80;2;1;200;3;80;;500;3;150;2 ;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;3;180;3 ;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;0;210;3 ;total aas;19;140;0;0;350;1;140;;800;2;240;3 sans ;opérons;18;160;0;0;400;3;160;;900;0;270;2 ;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;;1000;0;300;2 ;max a;4;200;0;0;500;1;200;;1100;0;330;0 ;a doubles;0;;0;0;;4;;;;0;;12 ;total aas;26;;8;10;;42;;0;;40;;40 total aas;;45;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;209;;;;254;; ;;;variance;;;;226;;;;187;; sans jaune;;;moyenne;23;22;;131;;;;201;;148 ;;;variance;26;23;;101;;;;127;;74 </pre> ====abra blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_blocs|abra blocs]] <pre> abra blocs;; CDS;86;58 tac;214; 16s;137;1536 atc;88; 23s;34;2854 5s;11;111 aac;149; 5s;11;111 aac;860; CDS;432;35 16s;137;1536 atc;88; 23s;34;2854 5s;14;111 gta;44; ;; CDS;96;104 aac;11; 5s;34;111 23s;158;2854 16s;432;1535 CDS;860;35 aac;11; 5s;149;111 aac;11; 5s;34;111 23s;159;2854 16s;431;1536 CDS;;177 </pre> ====abra remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_remarques|abra remarques]] *code génétique abra <pre> abra;;;;;;;45 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;5;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====abra distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_distribution|abra distribution]] *code génétique abra <pre> tenericutes;sans rRNA;>1 aas 12;1aas ;avant 16s;après 5s;après 16s; abra;;gac gaa;14;1;16;2;45 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;5;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====abra données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_données_intercalaires|abra données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abra;fx;fc;abra;fx40;fc40;abra;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;68;86;84;tRNA 16s;; ;1;10;5;208;1;0;58;-2;0;0;860;149;215;;tac ;0;20;9;127;2;1;40;-3;0;0;140;63;16s tRNA;; ;1;30;10;51;3;1;21;-4;2;141;49;76;2* 145;;atc ;0;40;17;34;4;0;29;-5;0;2;170;64;tRNA 23s;; 1;3;50;19;35;5;0;7;-6;0;0;108;130;2* 89;;atc ;0;60;18;31;6;0;6;-7;0;1;216;68;5s tRNA;; 3;1;70;15;42;7;0;4;-8;0;70;155;44;5* 11;;aac 1;1;80;14;35;8;0;15;-9;1;0;27;137;14;;gta 1;2;90;9;32;9;2;16;-10;0;3;434;714;tRNA 5s;; ;3;100;10;23;10;1;12;-11;0;34;569;;2* 149;;aac ;3;110;8;35;11;0;19;-12;1;0;382;;tRNA tRNA;;contig ;0;120;16;29;12;1;33;-13;0;1;66;;44;;gta 1;0;130;12;31;13;0;13;-14;1;24;206;;11;;aca 1;1;140;7;24;14;3;11;-15;0;0;10;;7;;aaa 1;0;150;10;30;15;1;13;-16;0;1;301;;8;;tta ;1;160;10;26;16;0;7;-17;1;16;92;;72;;gca ;1;170;2;13;17;1;6;-18;0;0;415;;7;;atgj ;1;180;8;14;18;0;11;-19;0;1;73;;44;;atgi ;0;190;9;14;19;1;7;-20;0;12;96;;8;;tca ;0;200;4;9;20;2;7;-21;0;0;860;;4;;atgf ;1;210;4;7;21;2;5;-22;0;1;262;;11;;gac ;1;220;3;13;22;0;7;-23;0;6;46;;**;;ttc ;0;230;2;8;23;1;14;-24;1;0;171;;tRNA tRNA;; ;0;240;7;3;24;2;4;-25;0;1;47;;66;;ggc ;0;250;1;6;25;0;5;-26;1;4;854;;17;;cca ;0;260;3;8;26;2;5;-27;0;0;87;;13;;cga ;1;270;3;7;27;2;3;-28;0;0;493;;**;;gac ;0;280;2;6;28;1;1;-29;0;1;109;;8;;tcg ;0;290;1;3;29;0;3;-30;0;0;100;;**;;gcc ;0;300;4;1;30;0;4;-31;0;1;CDS 16s;;9;;gga ;1;310;0;1;31;0;4;-32;0;1;433;;1;;cca ;0;320;2;8;32;2;6;-33;0;0;433;;8;;cgt ;0;330;2;2;33;1;3;-34;0;0;432;;**;;gaa ;0;340;0;1;34;3;1;-35;0;2;16s 23s;;63;;cac ;0;350;2;1;35;1;3;-36;0;0;167;;**;;caa ;0;360;2;2;36;3;6;-37;0;0;168;;;; ;0;370;0;6;37;2;4;-38;0;2;23s 5s;;;; ;0;380;1;4;38;3;3;-39;0;0;4* 35;;;; ;1;390;0;4;39;1;2;-40;0;0;;;;; ;0;400;4;1;40;1;2;-41;0;0;;;;; 1;7;reste;14;33;reste;229;547;-42;0;0;;;;; 10;31;total;270;980;total;271;979;-43;0;0;;;;; 9;24;diagr;255;935;diagr;41;420;-44;0;0;;;;; 0;2; t30;24;386;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;269;8;1;278;;;-49;0;1;;;;; ;c;968;409;12;1389;;;-50;0;1;;;;; ;;;;;1667;128;;reste;0;13;;;;; ;;;;;;1795;;total;8;409;;;;; </pre> =====abra autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires_aas|abra autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abra;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;6032;8602;39;*; ;;misc_binding;8642;8842;66;*; fin;;CDS;8909;10186;;; deb;;CDS;58474;59019;199;*; ;;misc_binding;59219;59468;96;*; fin;;CDS;59565;60740;;; deb;;CDS;175843;176448;64;*; ;;regulatory;176513;176610;67;*; fin;;CDS;176678;178138;;; deb;;CDS;226433;226846;115;*; ;;regulatory;226962;227062;128;*; fin;;CDS;227191;228555;;; deb;;CDS;241700;242158;14;*; ;;ncRNA;242173;242267;222;*; fin;;CDS;242490;243404;;; deb;;CDS;253260;253430;86;*; ;;tRNA;253517;253601;215;*;tac ;;rRNA;253817;255343;145;*;16s ;;tRNA;255489;255565;89;*;atc ;;rRNA;255655;258506;35;*;23s ;;rRNA;258542;258652;11;*;5s ;;tRNA;258664;258740;149;*;aac ;;rRNA;258890;259000;11;*;5s ;;tRNA;259012;259088;860;*;aac deb;;CDS;259949;260053;433;*; ;;rRNA;260487;262013;145;*;16s ;;tRNA;262159;262235;89;*;atc ;;rRNA;262325;265176;35;*;23s ;;rRNA;265212;265322;14;*;5s ;;tRNA;265337;265412;44;*;gta ;;tRNA;265457;265532;11;*;aca ;;tRNA;265544;265619;7;*;aaa ;;tRNA;265627;265713;8;*;tta ;;tRNA;265722;265797;72;*;gca ;;tRNA;265870;265946;7;*;atgj ;;tRNA;265954;266030;44;*;atgi ;;tRNA;266075;266165;8;*;tca ;;tRNA;266174;266250;4;*;atgf ;;tRNA;266255;266330;11;*;gac ;;tRNA;266342;266417;140;*;ttc fin;;CDS;266558;267409;;; deb;;CDS;296513;297367;98;*; ;;misc_binding;297466;297674;30;*; fin;;CDS;297705;299270;;; deb;;CDS;326721;327413;0;*; ;;misc_feature;327414;327533;18;*; fin;;CDS;327552;328049;;; deb;;CDS;574175;574945;-5;*; ;;misc_binding;574941;575144;43;*; fin;;CDS;575188;576195;;; deb;;CDS;582446;584125;49;*; ;;tRNA;584175;584260;170;*;ctc fin;;CDS;584431;586110;;; deb;;CDS;625631;626317;84;*; ;comp;tRNA;626402;626476;66;*;ggc ;comp;tRNA;626543;626619;17;*;cca ;comp;tRNA;626637;626713;13;*;cga ;comp;tRNA;626727;626802;149;*;gac fin;;CDS;626952;627599;;; deb;;CDS;633550;634710;63;*; ;comp;tRNA;634774;634847;76;*;acc fin;;CDS;634924;636651;;; deb;;CDS;690994;692286;64;*; ;;regulatory;692351;692446;55;*; fin;;CDS;692502;693653;;; deb;;CDS;755442;756548;64;*; ;comp;tRNA;756613;756688;130;*;aag fin;;CDS;756819;757373;;; deb;;CDS;807788;808216;108;*; ;;tRNA;808325;808401;216;*;aga fin;;CDS;808618;808854;;0; deb;comp;CDS;818257;818448;29;*; ;comp;ncRNA;818478;818549;-2;*; fin;comp;CDS;818548;818796;;; deb;;CDS;829563;829871;155;*; ;;tRNA;830027;830102;27;*;agg fin;;CDS;830130;831458;;; deb;;CDS;862237;863004;104;*; ;;regulatory;863109;863206;46;*; fin;;CDS;863253;863771;;1; deb;;CDS;951162;951842;56;*; ;;misc_feature;951899;952022;10;*; fin;;CDS;952033;952593;;; deb;;CDS;979156;980118;92;*; ;comp;ncRNA;980211;980543;41;*; fin;comp;CDS;980585;980917;;; deb;comp;CDS;1000286;1000837;45;*; ;comp;misc_binding;1000883;1001091;36;*; fin;comp;CDS;1001128;1001976;;; deb;comp;CDS;1033802;1034467;48;*; ;comp;regulatory;1034516;1034590;41;*; ;comp;regulatory;1034632;1034706;43;*; fin;comp;CDS;1034750;1035400;;; deb;comp;CDS;1043459;1044169;55;*; ;comp;regulatory;1044225;1044298;61;*; fin;comp;CDS;1044360;1045796;;; deb;comp;CDS;1055719;1056522;197;*; ;comp;misc_binding;1056720;1056926;146;*; fin;;CDS;1057073;1058293;;; deb;comp;CDS;1125033;1127627;53;*; ;comp;misc_binding;1127681;1127864;34;*; fin;comp;CDS;1127899;1128741;;; deb;comp;CDS;1135303;1135953;71;*; ;comp;regulatory;1136025;1136141;48;*; fin;comp;CDS;1136190;1137014;;0; deb;comp;CDS;1176200;1176763;434;*; ;comp;tRNA;1177198;1177291;8;*;tcg ;comp;tRNA;1177300;1177375;569;*;gcc fin;comp;CDS;1177945;1179252;;; deb;comp;CDS;1187918;1188148;382;*; ;comp;tRNA;1188531;1188621;66;*;tcc fin;comp;CDS;1188688;1189704;;; deb;comp;CDS;1194077;1194568;206;*; ;comp;tRNA;1194775;1194859;10;*;ttg fin;comp;CDS;1194870;1196045;;; deb;comp;CDS;1221355;1222416;217;*; ;;tmRNA;1222634;1222981;262;*; fin;;CDS;1223244;1223657;;; deb;comp;CDS;1251487;1252329;68;*; ;;tRNA;1252398;1252472;44;*;gtc fin;comp;CDS;1252517;1252873;;0; deb;comp;CDS;1416224;1416484;301;*; ;comp;tRNA;1416786;1416859;92;*;tgc fin;comp;CDS;1416952;1418427;;0; deb;comp;CDS;1427372;1427854;415;*; ;comp;tRNA;1428270;1428343;9;*;gga ;comp;tRNA;1428353;1428429;1;*;cca ;comp;tRNA;1428431;1428507;8;*;cgt ;comp;tRNA;1428516;1428591;73;*;gaa fin;comp;CDS;1428665;1429210;;; deb;comp;CDS;1431948;1432259;96;*; ;comp;tRNA;1432356;1432432;11;*;aac ;comp;rRNA;1432444;1432554;35;*;5s ;comp;rRNA;1432590;1435441;167;*;23s ;comp;rRNA;1435609;1437134;433;*;16s deb;comp;CDS;1437568;1437672;860;*; ;comp;tRNA;1438533;1438609;11;*;aac ;comp;rRNA;1438621;1438731;149;*;5s ;comp;tRNA;1438881;1438957;11;*;aac ;comp;rRNA;1438969;1439079;35;*;5s ;comp;rRNA;1439115;1441966;168;*;23s ;comp;rRNA;1442135;1443661;432;*;16s fin;comp;CDS;1444094;1444618;;; deb;comp;CDS;1453717;1454874;96;*; ;comp;regulatory;1454971;1455142;38;*; fin;comp;CDS;1455181;1455630;;; deb;comp;CDS;1532381;1533052;262;*; ;comp;tRNA;1533315;1533399;46;*;cta fin;comp;CDS;1533446;1535560;;; deb;comp;CDS;1540295;1540534;171;*; ;comp;tRNA;1540706;1540780;47;*;tgg deb;comp;CDS;1540828;1541754;137;*; ;;tRNA;1541892;1541967;63;*;cac ;;tRNA;1542031;1542104;714;*;caa fin;comp;CDS;1542819;1544120;;0; deb;comp;CDS;1716869;1717186;854;*; ;comp;tRNA;1718041;1718116;87;*;acg fin;comp;CDS;1718204;1718947;;; deb;comp;CDS;1729328;1729618;30;*; ;comp;regulatory;1729649;1729758;73;*; fin;comp;CDS;1729832;1730329;;; deb;comp;CDS;1742909;1743658;493;*; ;comp;tRNA;1744152;1744227;109;*;gaa fin;comp;CDS;1744337;1744720;;; deb;comp;CDS;1747424;1747726;100;*; ;comp;tRNA;1747827;1747919;102;*;agc fin;comp;CDS;1748022;1750199;;; deb;comp;CDS;1796937;1799234;102;*; ;comp;regulatory;1799337;1799515;112;*; fin;comp;CDS;1799628;1800182;;0; </pre> ====abra intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_entre_cds|abra intercalaires entre cds]] *'''intercalaires entre cds''', tableau. <pre> abra;3.2.21 Paris;;abra 13.12.20;;;;;;; abra;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5 ;négatif;417;25.0;négatif ;-10;12;-1 à -73;1,877,792;-1;417 ;zéro;13;0.8;;;;;intercals;0;13 ;1 à 200;1055;63.3;0 à 200;65;57;;135,857;5;157 ;201 à 370;121;7.3;201 à 370;265;48;;7%;10;56 ;371 à 600;42;2.5;371 à 600;442;62;;;15;94 ;601 à max;19;1.1;601 à 1230;852;195;;;20;42 ;Total 1667;<201;89.1;Total 1665;79;132;-73 à 1230;;25;40 adresse;intercalx;intercal;fréquence1;intercal;fréquence6;cumul et %;intercal;fréquence-1;30;21 1537782;1230;-1;417;-70;3;;0;13;35;24 1707618;1229;0;13;-60;9;;-1;°68;40;27 1578501;1176;1;°58;-50;2;;-2;0;45;26 1526950;1027;2;41;-40;2;;-3;0;50;28 87364;968;3;22;-30;6;min à -1;-4;°143;55;29 826414;926;4;°29;-20;27;417;-5;2;60;20 171283;878;5;7;-10;83;25.0%;-6;0;65;30 1768322;822;6;6;0;298;;-7;1;70;27 819242;821;7;4;10;213;;-8;°70;75;22 1769594;816;8;15;20;136;;-9;1;80;27 158518;793;9;°18;30;61;;-10;3;85;22 1412625;756;10;13;40;51;1 à 100;-11;°34;90;19 968622;741;11;19;50;54;744;-12;1;95;16 1738100;729;12;°34;60;49;44.6%;-13;1;100;17 816181;706;13;13;70;57;;-14;°25;105;17 1683910;675;14;14;80;49;;-15;0;110;26 1186776;646;15;°14;90;41;;-16;1;115;25 1529536;628;16;7;100;33;;-17;°17;120;20 133841;619;17;7;110;43;;-18;0;125;26 1183129;595;18;°11;120;45;;-19;1;130;17 1861159;579;19;8;130;43;;-20;°12;135;18 615740;575;20;9;140;31;;-21;0;140;13 1171702;555;21;7;150;40;;-22;1;145;21 1525837;555;22;7;160;36;;-23;°6;150;19 153593;526;23;°15;170;15;1 à 200;-24;1;155;20 1714960;500;24;6;180;22;1055;-25;1;160;16 1842150;494;25;5;190;23;63.3%;-26;°5;165;7 1168850;483;26;7;200;13;;-27;0;170;8 1834829;483;27;5;210;11;;-28;0;175;10 556334;476;28;2;220;16;;-29;1;180;12 151602;474;29;3;230;10;;-30;0;185;13 493661;465;30;4;240;10;0 à 200;-31;1;190;10 1274718;449;31;4;250;7;1068;-32;1;195;10 1681282;446;32;°8;260;11;;total;410;200;3 1503782;443;33;4;270;10;;reste;20;205;5 178131;441;34;4;280;8;;;430;210;6 1728410;438;35;4;290;4;;;;215;12 1022865;434;36;°9;300;5;;intercal;fréquencef;220;4 36959;428;37;6;310;1;;600;1648;225;1 ;;38;6;320;10;;620;1;230;9 ;;39;3;330;4;;640;1;235;7 ;;40;3;340;1;201 à 370;660;1;240;3 ;;reste;776;350;3;121;680;1;245;2 ;;total;1471;360;4;7.3%;700;;250;5 ;;;;370;6;;720;1;255;8 adresse;intercaln;décalage;long;380;5;;740;1;260;3 1040608;-92;shift2;815;390;4;;760;2;265;7 1766313;-86;shift2;1001;400;5;;780;;270;3 1083669;-73;shift2;816;410;4;;800;1;275;7 169623;-67;shift2;654;420;2;;820;1;280;1 353304;-67;shift2;864;430;3;;840;2;285;1 758070;-67;shift2;864;440;2;;860;;290;3 891412;-67;shift2;864;450;4;;880;1;295;3 1155286;-67;shift2;654;460;0;;900;;300;2 1646854;-67;shift2;864;470;1;;920;;305;0 1690631;-67;shift2;654;480;2;;940;1;310;1 1714097;-67;shift2;864;490;2;;960;;315;7 1793555;-67;shift2;654;500;2;;980;1;320;3 1485635;-59;shift2;629;510;0;;1000;;325;1 738923;-50;shift2;293;520;0;;1020;;330;3 1668172;-49;shift2;315;530;1;;1040;1;335;0 1847532;-47;shift2;227;540;0;371 à 600;;16;340;1 904492;-38;shift2;962;550;0;42;;;345;1 1129734;-38;shift2;413;560;2;2.5%;;;350;2 844539;-35;shift2;;570;0;;;;355;4 986747;-35;shift2;;580;2;601 à max;;;360;0 1114675;-32;shift2;;590;0;19;;;365;3 526681;-31;shift2;;600;1;1.1%;;;370;3 1072749;-29;shift2;;reste;19;;reste;3;reste;61 251649;-26;shift2;;total;1667;;total;1667;total;1667 </pre> ====abra intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> corrélations et fréquences faibles;;;;;;;;;;;;;; abra. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;; abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;; 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; ;;;;;;;;;;;;;; diagrammes;;;;;;;;;;;;;; abra;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;53;-314;342;39;734;197;max50;&-99;750;-1818;148;702;253;min60 31 à 400;;;;;;;;&21;-104;-7.3;42;912;165;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;148;55;-;638;poly;96;tF;&223;71;;425;poly;277;SF 31 à 400;;;;;;;;&118;42;-;827;poly;85;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et faibles fréquences <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.243;;;;; 41-n;0.874;0.716;0.797;;;;;;;;;;;; 1-n;0.312;-0.163;0.059;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; abra;fx;fc;;abra;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;abra;Sx-;Sc- 0;1;12;;0;4;13;;0;1;12;>0;270;-1;0;68 10;5;208;;10;20;223;;1;0;58;<0;8;-2;0;0 20;9;127;;20;35;136;;2;1;40;zéro;1;-3;0;0 30;10;51;;30;39;55;;3;1;21;total;279;-4;2;141 40;17;34;;40;66;36;;4;0;29;;c;-5;0;2 50;19;35;;50;74;37;;5;0;7;>0;967;-6;0;0 60;18;31;;60;70;33;;6;0;6;<0;409;-7;0;1 70;15;42;;70;59;45;;7;0;4;zéro;12;-8;0;70 80;15;34;;80;59;36;;8;0;15;total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reste;14;33;;;;;;reste;229;547;;;-42;0;0 total;271;979;;t30;94;413;;total;271;979;;;-43;0;0 diagr;256;934;;;;;;diagr;41;420;;;-44;0;0 - t30;232;548;;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;;reste;0;13 ;;;;;;;;;;;;;total;8;409 </pre> ====abra intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_négatifs_S-|abra intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ;;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; abra;comp’;;;;1;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;6 ;continu;68;0;0;142;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;411 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;abra;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;8 ;Sc-;68;0;0;141;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;4;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;409 </pre> ====abra autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra autres intercalaires]] *Légende: ° pour cyan, & pour jaune, $ pour rouge. <pre> deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens deb;°CDS;6032;39;;;deb;°CDS;633550;63;;;deb;°CDS;1221355;217;comp ;misc_binding;8642;66;;;;&tRNA;634774;76;comp;;;tmRNA;1222634;262; fin;°CDS;8909;;;;fin;°CDS;634924;;;;fin;°CDS;1223244;; deb;°CDS;58474;199;;;deb;°CDS;690994;64;;;deb;°CDS;1251487;68;comp ;misc_binding;59219;96;;;;regulatory;692351;55;;;;&tRNA;1252398;44; fin;°CDS;59565;;;;fin;°CDS;692502;;;;fin;°CDS;1252517;;comp deb;°CDS;175843;64;;;deb;°CDS;755442;64;;;deb;°CDS;1416224;301;comp ;regulatory;176513;67;;;;&tRNA;756613;130;comp;;;&tRNA;1416786;92;comp fin;°CDS;176678;;;;fin;°CDS;756819;;;;fin;°CDS;1416952;;comp deb;°CDS;226433;115;;;deb;°CDS;807788;108;;;deb;°CDS;1427372;415;comp ;regulatory;226962;128;;;;&tRNA;808325;216;;;;&tRNA;1428270;9;comp fin;°CDS;227191;;;;fin;°CDS;808618;;;;;&tRNA;1428353;1;comp deb;°CDS;241700;14;;;deb;°CDS;818257;29;comp;;;&tRNA;1428431;8;comp ;ncRNA;242173;222;;;;ncRNA;818478;-2;comp;;;&tRNA;1428516;73;comp fin;°CDS;242490;;;;fin;°CDS;818548;;comp;;fin;°CDS;1428665;;comp deb;°CDS;253260;86;;;deb;°CDS;829563;155;;;deb;°CDS;1431948;96;comp ;&tRNA;253517;215;;;;&tRNA;830027;27;;;;&tRNA;1432356;11;comp ;$rRNA;253817;145;;;fin;°CDS;830130;;;;;$rRNA;1432444;35;comp ;&tRNA;255489;89;;;deb;°CDS;862237;104;;;;$rRNA;1432590;167;comp ;$rRNA;255655;35;;;;regulatory;863109;46;;;;$rRNA;1435609;433;comp ;$rRNA;258542;11;;;fin;°CDS;863253;;;;deb;°CDS;1437568;860;comp ;&tRNA;258664;149;;;deb;°CDS;951162;56;;;;&tRNA;1438533;11;comp ;$rRNA;258890;11;;;;misc_feature;951899;10;;;;$rRNA;1438621;149;comp ;&tRNA;259012;860;;;fin;°CDS;952033;;;;;&tRNA;1438881;11;comp deb;°CDS;259949;433;;;deb;°CDS;979156;92;;;;$rRNA;1438969;35;comp ;$rRNA;260487;145;;;;ncRNA;980211;41;comp;;;$rRNA;1439115;168;comp ;&tRNA;262159;89;;;fin;°CDS;980585;;comp;;;$rRNA;1442135;432;comp ;$rRNA;262325;35;;;deb;°CDS;1000286;45;comp;;fin;°CDS;1444094;;comp ;$rRNA;265212;14;;;;misc_binding;1000883;36;comp;;deb;°CDS;1453717;96;comp ;&tRNA;265337;44;;;fin;°CDS;1001128;;comp;;;regulatory;1454971;38;comp ;&tRNA;265457;11;;;deb;°CDS;1033802;48;comp;;fin;°CDS;1455181;;comp ;&tRNA;265544;7;;;;regulatory;1034516;41;comp;;deb;°CDS;1532381;262;comp ;&tRNA;265627;8;;;;regulatory;1034632;43;comp;;;&tRNA;1533315;46;comp ;&tRNA;265722;72;;;fin;°CDS;1034750;;comp;;fin;°CDS;1533446;;comp ;&tRNA;265870;7;;;deb;°CDS;1043459;55;comp;;deb;°CDS;1540295;171;comp ;&tRNA;265954;44;;;;regulatory;1044225;61;comp;;;&tRNA;1540706;47;comp ;&tRNA;266075;8;;;fin;°CDS;1044360;;comp;;deb;°CDS;1540828;137;comp ;&tRNA;266174;4;;;deb;°CDS;1055719;197;comp;;;&tRNA;1541892;63; ;&tRNA;266255;11;;;;misc_binding;1056720;146;comp;;;&tRNA;1542031;714; ;&tRNA;266342;140;;;fin;°CDS;1057073;;;;fin;°CDS;1542819;;comp fin;°CDS;266558;;;;deb;°CDS;1125033;53;comp;;deb;°CDS;1716869;854;comp deb;°CDS;296513;98;;;;misc_binding;1127681;34;comp;;;&tRNA;1718041;87;comp ;misc_binding;297466;30;;;fin;°CDS;1127899;;comp;;fin;°CDS;1718204;;comp fin;°CDS;297705;;;;deb;°CDS;1135303;71;comp;;deb;°CDS;1729328;30;comp deb;°CDS;326721;0;;;;regulatory;1136025;48;comp;;;regulatory;1729649;73;comp ;misc_feature;327414;18;;;fin;°CDS;1136190;;comp;;fin;°CDS;1729832;;comp fin;°CDS;327552;;;;deb;°CDS;1176200;434;comp;;deb;°CDS;1742909;493;comp deb;°CDS;574175;-5;;;;&tRNA;1177198;8;comp;;;&tRNA;1744152;109;comp ;misc_binding;574941;43;;;;&tRNA;1177300;569;comp;;fin;°CDS;1744337;;comp fin;°CDS;575188;;;;fin;°CDS;1177945;;comp;;deb;°CDS;1747424;100;comp deb;°CDS;582446;49;;;deb;°CDS;1187918;382;;;;&tRNA;1747827;102;comp ;&tRNA;584175;170;;;;&tRNA;1188531;66;;;fin;°CDS;1748022;;comp fin;°CDS;584431;;;;fin;°CDS;1188688;;;;deb;°CDS;1796937;102;comp deb;°CDS;625631;84;;;deb;°CDS;1194077;206;comp;;;regulatory;1799337;112;comp ;&tRNA;626402;66;comp;;;&tRNA;1194775;10;comp;;fin;°CDS;1799628;;comp ;&tRNA;626543;17;comp;;fin;°CDS;1194870;;comp;;;;;; ;&tRNA;626637;13;comp;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;626727;149;comp;;;;;;;;;;;; fin;CDS;626952;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====abra intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_tRNA|abra intercalaires tRNA]] <pre> abra;intercalaires tRNA;;;;;;proportion des intercalaires <201;;; comp’;entre tRNAs;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;44 11 7 8 72 ;;86;;860;;49;10;deb; ;7 44 8 4 11;;;;140;;86;27;<201;7 ;;;49;;170;;96;46;total;15 ;66 17 13;comp’;84;comp’;149;;100;47;%;47% ;;comp’;63;comp’;76;;108;66;; ;;comp’;64;comp’;130;;155;73;fin; ;;;108;;216;;171;87;<201;12 ;;;155;;27;;206;92;total;16 ;8;;424;;569;;262;102;%;75% ;;;382;;66;;301;109;; ;;;206;;10;;382;140;total; ;;comp’;68;comp’;44;;415;170;<201;19 ;;;301;;92;;424;216;total;31 ;9 1 8;;415;;73;;493;569;%;61% ;;;96;;860;;854;860;; ;;;262;;46;;-;860;comp’;cumuls ;;;171;;47;;63;44;deb;100% ;63;comp’;137;comp’;714;;64;76;; ;;;854;;87;;68;130;fin;80% ;;;493;;109;;84;149;; ;;;100;;102;;137;714;total;90% </pre> ===apal=== ====apal opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_opérons|apal opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_palm_J233/achoPalm_J233-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022538.1;apal;;genome;;;;;;;; 29%GC;16.8.19 Paris;16s 2 ;35;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Acholeplasma palmae J233;;;;;;;;;;; ;161706..162593;;CDS;;132;132;;;296;; ;162726..162816;;agc;;9;;9;;;; ;162826..162901;;gaa;;126;126;;;;; ;163028..163522;;CDS;;;;;;165;; ;;;;;;;;;;; comp;205002..205226;;CDS;;72;72;;;75;; comp;205299..205373;;tgg;;73;73;;;;; comp;205447..206382;;CDS;;133;133;;;;; ;206516..206591;;cac;;14;;14;;;; ;206606..206680;;caa;;34;;34;;;; ;206715..206797;;cta;;168;168;;;;; ;206966..207208;;CDS;;;;;;81;; ;;;;;;;;;;; ;294770..296290;;CDS;;347;347;;;*507;; ;296638..298160;;16s;;128;;;;1523;; ;298289..301126;;23s;;34;;;;2838;; ;301161..301268;;5s;;51;;;;108;; ;301320..301396;;aac;;118;118;;;;; ;301515..301835;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; ;303638..304993;;CDS;;70;70;;;452;; ;305064..305139;;gaa;@1;9;;9;;;; ;305149..305225;;cgt;;71;;71;;;; ;305297..305373;;cca;;13;;13;;;; ;305387..305461;;gga;;86;86;;;;; ;305548..308184;;CDS;;;;;;*879;; ;;;;;;;;;;; ;326174..327313;;CDS;;91;91;;;380;; ;327405..327478;;tgc;;527;*527;;;;; comp;328006..328539;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; ;435096..436751;;CDS;;48;48;;;*552;; ;436800..436885;;ctc;;214;214;;;;; ;437100..438890;;CDS;;;;;;*597;; ;;;;;;;;;;; ;441323..442294;;CDS;;38;38;;;324;; comp;442333..442407;;ggc;;100;100;;;;; ;442508..443650;;CDS;;;;;;381;; ;;;;;;;;;;; ;443640..444197;;CDS;;93;93;;;186;; comp;444291..444364;;acc;;133;133;;;;; ;444498..444695;;CDS;;;;;;66;; ;;;;;;;;;;; ;644468..646315;;CDS;;124;124;;;*616;; ;646440..646516;;aga;;251;251;;;;; ;646768..647322;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; ;669786..670511;;CDS;;45;45;;;242;; ;670557..670632;;cgg;;1;;;;;; ;670634..670722;;tcc;;133;133;;;;; ;670856..671359;;CDS;;;;;;168;; ;;;;;;;;;;; comp;837575..837796;;CDS;;157;157;;;74;; comp;837954..838029;;aag;;214;214;;;;; ;838244..838888;;CDS;;;;;;215;; ;;;;;;;;;;; comp;1172026..1173090;;CDS;;112;112;;;355;; comp;1173203..1173285;;ttg;;82;82;;;;; comp;1173368..1175038;;CDS;;;;;;*557;; ;;;;;;;;;;; comp;1456398..1457315;;CDS;;72;72;;;306;; comp;1457388..1457463;;gac;;40;40;;;;; comp;1457504..1458355;;CDS;;154;154;;;284;; comp;1458510..1458585;;ttc;;7;;;7;;; comp;1458593..1458668;;gac;;4;;;4;;; comp;1458673..1458749;;atgf;;55;;;55;;; comp;1458805..1458895;;tca;;22;;;22;;; comp;1458918..1458994;;atgi;;4;;;4;;; comp;1458999..1459075;;atgj;;45;;;45;;; comp;1459121..1459196;;gca;;5;;;5;;; comp;1459202..1459286;;tta;;20;;;20;;; comp;1459307..1459382;;aaa;;6;;;6;;; comp;1459389..1459464;;aca;;15;;;15;;; comp;1459480..1459555;;gta;;21;;;;;; comp;1459577..1459684;;5s;@2;34;;;;108;; comp;1459719..1462556;;23s;;50;;;;2838;; comp;1462607..1462682;;gca;;6;;;6;;; comp;1462689..1462765;;atc;;110;;;;;; comp;1462876..1464398;;16s;;206;;;;1523;; comp;1464605..1464688;;tac;;114;114;;;;; comp;1464803..1464973;;cds;;;;;;;; </pre> ====apal cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_cumuls|apal cumuls]] <pre> apal cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;0;1;;100;5;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;4;8;50;4;20;;200;6;60;1 ;16 atc gca;1;40;1;1;100;9;40;;300;4;90;4 ;16 23 5s a;1;60;0;2;150;9;60;;400;5;120;1 ;max a;14;80;1;0;200;3;80;;500;1;150;0 ;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;4;180;3 ;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;1;210;2 ;total aas;15;140;0;0;350;1;140;;800;0;240;1 sans ;opérons;14;160;0;0;400;0;160;;900;1;270;1 ;1 aa;9;180;0;0;450;0;180;;1000;0;300;2 ;max a;4;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2 ;a doubles;0;;0;0;;1;;;;0;;10 ;total aas;20;;6;11;;30;;0;;27;;27 total aas;;35;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;136;;;;307;; ;;;variance;;;;100;;;;208;; sans jaune;;;moyenne;25;17;;122;;;;218;;177 ;;;variance;24;18;;68;;;;120;;91 </pre> ====apal blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_blocs|apal blocs]] <pre> apal blocs;;;;; gta;21;;CDS;347; 5s;34;108;16s;128;1523 23s;50;2838;23s;34;2838 gca;6;;5s;51;108 atc;110;;aac;118; 16s;206;1523;CDS;; tac;114;;;; CDS;;;;; </pre> ====apal remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_remarques|apal remarques]] *code génétique apal <pre> apal;;;;;;;35 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;1;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====apal distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_distribution|apal distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total apal;;9; ;;;;;;apal;9;;;;;;;;apal;0;;;;;; </pre> ====apal données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_données_intercalaires|apal données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;apal;fx;fc;apal;fx40;fc40;apal;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;0;10;0;0;10;-1;;43;132;133;16s tRNA;; ;0;10;6;163;1;0;42;-2;;0;126;527;118;;atc ;0;20;4;157;2;0;26;-3;;0;72;38;tRNA 16s;; ;0;30;11;37;3;0;17;-4;2;102;73;100;206;;tac 1;1;40;9;34;4;0;14;-5;;0;168;93;tRNA 23s;;gca ;2;50;8;35;5;0;10;-6;1;0;139;133;51;; ;0;60;12;41;6;2;4;-7;;1;70;214;5s tRNA;; ;1;70;7;37;7;2;6;-8;2;44;137;;51;;aac ;2;80;8;29;8;1;10;-9;;0;91;;21;;gta ;1;90;6;31;9;1;15;-10;;1;48;;tRNA tRNA;;intra 2;1;100;11;33;10;0;19;-11;1;33;214;;6;;atc gca ;0;110;6;24;11;0;18;-12;;0;124;;tRNA tRNA;;contig ;2;120;14;31;12;0;23;-13;;2;251;;7;;ttc ;2;130;9;23;13;2;15;-14;;17;45;;4;;gac 2;5;140;11;26;14;0;16;-15;;0;133;;55;;atgf ;0;150;4;17;15;0;18;-16;;1;157;;22;;tca ;2;160;7;16;16;0;9;-17;;13;112;;4;;atgi ;1;170;10;11;17;0;15;-18;;0;82;;45;;atgj ;0;180;6;13;18;1;18;-19;;0;138;;5;;gca ;0;190;4;14;19;0;13;-20;;8;40;;20;;tta ;0;200;3;11;20;1;12;-21;;0;154;;6;;aaa ;0;210;4;10;21;2;1;-22;;0;114;;15;;aca 1;1;220;4;7;22;2;5;-23;;5;CDS 16s;;**;;gta ;0;230;4;5;23;0;5;-24;;0;347;;tRNA tRNA;; ;0;240;3;7;24;3;6;-25;;1;206;;9;;agc ;0;250;1;6;25;0;7;-26;;9;16s 23s;;**;;gaa ;1;260;0;9;26;0;7;-27;;0;137;;14;;cac ;0;270;3;6;27;1;3;-28;;0;23s 5s;;34;;caa ;0;280;0;5;28;1;0;-29;;5;35;;**;;cta ;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;;;9;;gaa ;0;300;0;3;30;2;3;-31;;0;;;71;;cgt ;0;310;0;1;31;1;3;-32;;3;;;13;;cca ;0;320;1;6;32;1;6;-33;;0;;;**;;gga ;0;330;4;4;33;1;2;-34;;0;;;1;;cgg ;0;340;2;2;34;0;5;-35;;2;;;**;;tcc ;0;350;1;4;35;1;1;-36;;0;;;;; ;0;360;0;0;36;0;1;-37;;0;;;;; ;0;370;1;2;37;0;2;-38;;1;;;;; ;0;380;0;3;38;1;6;-39;;0;;;;; ;0;390;0;5;39;3;4;-40;;1;;;;; ;0;400;0;3;40;1;4;-41;;0;;;;; 1;0;reste;5;38;reste;160;518;-42;;0;;;;; 7;22;total;190;919;total;190;919;-43;;0;;;;; 6;22;diagr;185;871;diagr;30;391;-44;;0;;;;; 0;0; t30;21;357;;;;-45;;0;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;; ;x;190;6;0;196;;;-49;;0;;;;; ;c;909;294;10;1213;;;-50;;0;;;;; ;;;;;1409;97;;reste;;2;;;;; ;;;;;;1506;;total;6;294;;;;; </pre> =====apal autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_autres_intercalaires_aas|apal autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;apal;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas fin;;CDS;292;1638;;; deb;;CDS;82590;85343;109;*; ;;regulatory;85453;85552;216;*; fin;;CDS;85769;86557;;; deb;;CDS;86565;87845;35;*; ;;misc_binding;87881;88073;51;*; fin;;CDS;88125;89402;;; deb;;CDS;161706;162593;132;*; ;;tRNA;162726;162816;9;*;agc ;;tRNA;162826;162901;126;*;gaa fin;;CDS;163028;163522;;; deb;comp;CDS;205002;205226;72;*; ;comp;tRNA;205299;205373;73;*;tgg deb;comp;CDS;205447;206382;133;*; ;;tRNA;206516;206591;14;*;cac ;;tRNA;206606;206680;34;*;caa ;;tRNA;206715;206797;168;*;cta fin;;CDS;206966;207208;;; deb;comp;CDS;278906;279901;56;*; ;comp;misc_binding;279958;280136;8;*; fin;comp;CDS;280145;281908;;0; deb;;CDS;294770;296290;347;*; ;;rRNA;296638;298152;137;*;1515 ;;rRNA;298290;301125;35;*;2836 ;;rRNA;301161;301268;51;*;108 ;;tRNA;301320;301396;139;*;aac fin;;CDS;301536;301835;;; deb;;CDS;303638;304993;70;*; ;;tRNA;305064;305139;9;*;gaa ;;tRNA;305149;305225;71;*;cgt ;;tRNA;305297;305373;13;*;cca ;;tRNA;305387;305461;137;*;gga fin;;CDS;305599;308184;;; deb;;CDS;310206;311093;42;*; ;;repeat_region;311136;314336;391;*; fin;;CDS;314728;315327;;; deb;;CDS;326174;327313;91;*; ;;tRNA;327405;327478;527;*;tgc fin;comp;CDS;328006;328539;;0; deb;;CDS;426740;427501;5;*; ;;misc_binding;427507;427707;40;*; fin;;CDS;427748;428767;;; deb;;CDS;435096;436751;48;*; ;;tRNA;436800;436885;214;*;ctc fin;;CDS;437100;438890;;; deb;;CDS;441323;442294;38;*; ;comp;tRNA;442333;442407;100;*;ggc fin;;CDS;442508;443650;;; deb;;CDS;443640;444197;93;*; ;comp;tRNA;444291;444364;133;*;acc fin;;CDS;444498;444695;;; deb;;CDS;480393;481697;56;*; ;;regulatory;481754;481850;51;*; fin;;CDS;481902;483050;;; deb;;CDS;575929;577302;54;*; ;;regulatory;577357;577432;44;*; fin;;CDS;577477;578175;;; deb;;CDS;583894;584502;19;*; ;;regulatory;584522;584597;56;*; fin;;CDS;584654;585274;;; deb;;CDS;644468;646315;124;*; ;;tRNA;646440;646516;251;*;aga fin;;CDS;646768;647322;;; deb;;CDS;669786;670511;45;*; ;;tRNA;670557;670632;1;*;cgg ;;tRNA;670634;670722;133;*;tcc fin;;CDS;670856;671359;;; deb;;CDS;778517;780295;54;*; ;;misc_binding;780350;780540;55;*; fin;;CDS;780596;783169;;; deb;comp;CDS;837575;837796;157;*; ;comp;tRNA;837954;838029;214;*;aag fin;;CDS;838244;838888;;; deb;comp;CDS;859225;859602;141;*; ;;regulatory;859744;859842;69;*; fin;;CDS;859912;860478;;0; deb;;CDS;900888;901286;41;*; ;;ncRNA;901328;901664;157;*; fin;;CDS;901822;906708;;; deb;;CDS;930603;931235;52;*; ;;tmRNA;931288;931628;154;*; fin;;CDS;931783;934152;;; deb;comp;CDS;997671;998201;47;*; ;comp;misc_binding;998249;998458;29;*; fin;comp;CDS;998488;998940;;; deb;comp;CDS;1099021;1099650;75;*; ;comp;regulatory;1099726;1099840;44;*; fin;comp;CDS;1099885;1100643;;0; deb;comp;CDS;1172026;1173090;112;*; ;comp;tRNA;1173203;1173285;82;*;ttg fin;comp;CDS;1173368;1175038;;; deb;comp;CDS;1296140;1297378;79;*; ;comp;regulatory;1297458;1297558;175;*; fin;;CDS;1297734;1298978;;; deb;comp;CDS;1395785;1396276;13;*; ;comp;misc_feature;1396290;1396409;2;*; fin;comp;CDS;1396412;1397101;;; deb;comp;CDS;1420757;1422160;117;*; ;comp;regulatory;1422278;1422379;175;*; fin;comp;CDS;1422555;1422713;;0; deb;comp;CDS;1424704;1426260;38;*; ;comp;misc_binding;1426299;1426505;43;*; fin;comp;CDS;1426549;1427391;;; deb;comp;CDS;1456398;1457249;138;*; ;comp;tRNA;1457388;1457463;40;*;gac deb;comp;CDS;1457504;1458355;154;*; ;comp;tRNA;1458510;1458585;7;*;ttc ;comp;tRNA;1458593;1458668;4;*;gac ;comp;tRNA;1458673;1458749;55;*;atgf ;comp;tRNA;1458805;1458895;22;*;tca ;comp;tRNA;1458918;1458994;4;*;atgi ;comp;tRNA;1458999;1459075;45;*;atgj ;comp;tRNA;1459121;1459196;5;*;gca ;comp;tRNA;1459202;1459286;20;*;tta ;comp;tRNA;1459307;1459382;6;*;aaa ;comp;tRNA;1459389;1459464;15;*;aca ;comp;tRNA;1459480;1459555;21;*;gta ;comp;rRNA;1459577;1459684;35;*;108 ;comp;rRNA;1459720;1462555;51;*;2836 ;comp;tRNA;1462607;1462682;6;*;gca ;comp;tRNA;1462689;1462765;118;*;atc ;comp;rRNA;1462884;1464398;206;*;1515 ;comp;tRNA;1464605;1464688;114;*;tac fin;comp;CDS;1464803;1464973;;; deb;comp;CDS;1471917;1474742;32;*; ;comp;ncRNA;1474775;1474868;9;*; fin;comp;CDS;1474878;1475336;;; deb;comp;CDS;1547053;1548444;47;*; ;comp;misc_binding;1548492;1548707;39;*; fin;comp;CDS;1548747;1549406;;; deb;comp;CDS;1554025;1554159;291;*; </pre> ===tenericutes synthèse=== ====tenericutes distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_génome|tenericutes distribution par génome]] <pre> tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total abra;12;14; ;11;1;2;;5;45 apal;9;9; ;11;1;4;;1;35 total;21;23;0;22;2;6;0;6;80 </pre> ====tenericutes distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_du_total|tenericutes distribution du total]] <pre> tener2;;;;;;;66 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2 atc;;acc;2;aac;;agc;2 ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;2 cta;2;cca;3;caa;2;cga;1 gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2 ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;21;23;;22;;;66 ;;;;;;; tener2;;;;;;;14 atgi; ;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;2;tgc; atc;4;acc;;aac;6;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;2;gaa;;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj; ;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;6 1-3aas;2;6;66 </pre> ====tenericutes distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_type|tenericutes distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;22 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga; cta;2;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;2;gaa;;gga; ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;21;23;;22;;;66;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====tenericutes par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_par_rapport_au_groupe_de_référence|tenericutes par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;7;3;;;;;10; 16;moyen;13;4;;10;;6;33; 14;fort;3;14;;12;6;2;37; ; ;23;21;;22;6;8;80; 10;g+cga;3;2;;;;;5; 2;agg+cgg;1;;;;;;1; 4;carre ccc;3;1;;;;;4; 5;autres;;;;;;;; ;;7;3;;;;;10; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;88;38;;;;;125;26 16;moyen;163;50;;125;;75;413;324 14;fort;38;175;;150;75;25;463;650 ; ;288;263;;275;75;100;80;729 10;g+cgg;38;25;;;;;63;10 2;agg+cga;13;;;;;;13; 4;carre ccc;38;13;;;;;50;16 5;autres;;;;;;;; ;;88;38;;;;;125; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;159;68;;227;26;30;14; 16;moyen;295;91;;386;324;57;19; 14;fort;68;318;;386;650;13;67; ; ;523;477;;44;729;23;21; 10;g+cgg;68;45;;114;10;;; 2;agg+cga;23;;;23;;;; 4;carre ccc;68;23;;91;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;159;68;;227;;;; </pre> ====tenericutes, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes,_estimation_des_-rRNAs|tenericutes, estimation des -rRNAs]] <pre> tenericutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 20 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;20;93; ; ;;indices;;;;20;465;0;0;;tener2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;44 atgi;5;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;25;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;;tac;5;tgc;;;ttc;25;tcc;;tac;25;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2 atc;10;acc;;aac;11;agc;;;atc;50;acc;;aac;55;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;25;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;2 tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;25;tca;25;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;6;aaa;7;aga;;;ata;;aca;30;aaa;35;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;2 cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;10;cca;;caa;;cga;;;cta;2;cca;3;caa;2;cga;1 gta;8;gca;7;gaa;2;gga;;;gta;40;gca;35;gaa;10;gga;;;gta;;gca;;gaa;4;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;5;acg;;aag;;agg;;;atgj;25;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;39;;54;;0;93;;;;195;;270;;0;465;;;;17;;17;;10;44 27.5.20 Tanger;;;;tener;total;ttt;tgt;;10.1.21 Paris;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;112;3535;0.9;0;;;;;;112;3535;0.9;0;;tener2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;62;tct;;tat;;atgf;71;;atgi;87;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;79;tcc;40;tac;75;tgc;99;;ttc;104;tcc;40;tac;100;tgc;99;;ttc;;tcc;50;tac;;tgc;100 atc;53;acc;71;aac;49;agc;99;;atc;103;acc;71;aac;104;agc;99;;atc;;acc;100;aac;;agc;100 ctc;32;ccc;0.0;cac;100;cgt;72;;ctc;32;ccc;;cac;100;cgt;72;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100 gtc;1.8;gcc;0.9;gac;77;ggc;56;;gtc;1.8;gcc;0.9;gac;102;ggc;56;;gtc;50;gcc;50;gac;100;ggc;100 tta;73;tca;75;taa;;tga;90;;tta;98;tca;100;taa;;tga;90;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;8;aca;73;aaa;86;aga;103;;ata;8.0;aca;103;aaa;121;aga;103;;ata;;aca;;aaa;;aga;100 cta;90;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;150;caa;100;cga;50 gta;65;gca;69;gaa;94;gga;102;;gta;105;gca;104;gaa;104;gga;102;;gta;;gca;;gaa;200;gga;100 ttg;98;tcg;33;tag;0.0;tgg;100;;ttg;98;tcg;33;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;50;tag;;tgg;100 atgj;69;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;94;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;;acg;50;aag;100;agg;50 ctg;0;ccg;0;cag;0;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1201;;1101;;349;2651;;;;1396;;1371;;329;3096;;;;850;;850;;500;2200 rapports;;86;;80;;106;86;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;tener2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;71;tct;;tat;;atgf;74;;fiches;28.45;;;fréquences;;;;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;569;;;0/0;7;;;;att;100;act;100;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;93;;;10;9;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;20;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;100 ttc;76;tcc;100;tac;75;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;100;tcc;20;tac;100;tgc;1 atc;51;acc;100;aac;47;agc;100;;tener2;22;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;100;agc;1 ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100;;sans;44;;;50;2;19;;;ctc;68;ccc;;cac;0;cgt;28 gtc;100;gcc;100;gac;75;ggc;100;;avec;36;;;60;2;;;;gtc;96;gcc;98;gac;23;ggc;44 tta;74;tca;75;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;1;;;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100 ata;100;aca;71;aaa;71;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;100;aaa;100;aga;3 cta;90;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par tener;;;;90;0;;;;cta;10;cca;34;caa;3;cga;24 gta;62;gca;66;gaa;90;gga;100;;est 23% en dessous;;;;100;19;;;;gta;100;gca;100;gaa;53;gga;2 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;34;tag;;tgg;0 atgj;73;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;100;acg;50;aag;38;agg;56 ctg;;ccg;;cag;;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;100 gtg;;gcg;;gag;;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;100 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;66;;187;;441;693 </pre> ==spirochète== ===Sphaerochaeta coccoides DSM 17374=== ====scc opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_opérons|scc opérons]] *Notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc. <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Spha_cocc_DSM_17374/sphaCocc_DSM17374-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_015436.1;scc;génome;;;;;;;;;; 50.6%GC;12.1.21 Paris;16s 3;47;;;;;;;cds dirigé;; Sphaerochaeta coccoides DSM 17374 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; comp;215073..215231;;cds;;1194;*1194;;;53;;hp; comp;216426..216498;;gcg;@1;369;369;;;;*369;; comp;216868..217047;;cds;;;;;;60;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;243358..244170;;cds;@2;812;*812;;;271;;HAD-IIB family hydrolase;* ;244983..246519;;16s;;132;;;132;;;; ;246652..246725;;atc;;79;;;79;;;; ;246805..249778;;23s;;72;;;;;;; ;249851..249962;;5s;;175;175;;;;175;; ;250138..250947;;cds;;;;;;270;;metal ABC transporter permease;* ;;;;;;;;;;;; ;300128..301798;;cds;;669;*669;;;557;;formate--tetrahydrofolate ligase;* ;302468..302539;;ggg;;452;*452;;;;*452;; ;302992..304032;;cds;;;;;;347;;ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;316296..317216;;cds;;152;152;;;307;152;phosphatase PAP2 family protein;* ;317369..317442;;gac;;176;176;;;;;; ;317619..318692;;cds;;;;;;358;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;; ;330207..331004;;cds;;16;16;;;266;16;class I SAM-dependent methyltransferase;* comp;331021..331104;;ttg;;251;251;;;;;; ;331356..333446;;cds;;;;;;*697;;patatin-like phospholipase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;345290..346216;;cds;;228;228;;;309;;hp; comp;346445..346517;;ccg;;182;182;;;;182;; comp;346700..347059;;cds;;;;;;120;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;422975..424363;;cds;;71;71;;;463;71;sulfatase-like hydrolase/transferase;* comp;424435..424506;;gtc;;252;252;;;;;; ;424759..426600;;cds;;;;;;614;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;436852..438168;;cds;;237;237;;;439;;MFS transporter;* comp;438406..438477;;gtg;;202;202;;;;202;; ;438680..440152;;cds;;;;;;491;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;481186..482484;;cds;;180;180;;;433;;HD domain-containing protein;* ;482665..482737;;atgj;;82;82;;;;82;; ;482820..483494;;cds;;;;;;225;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;530805..532313;;cds;;82;82;;;503;82;IMP dehydrogenase;* ;532396..532467;;gta;;310;310;;;;;; ;532778..533485;;cds;;;;;;236;;YggS family pyridoxal phosphate-dependent enzyme;* ;;;;;;;;;;;; ;568939..569700;;cds;;102;102;;;254;102;NAD-dependent deacetylase;* ;569803..569874;;gga;;412;412;;;;;; ;570287..570952;;cds;;;;;;222;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;636017..636391;;cds;;52;52;;;125;52;chorismate mutase;* ;636444..636517;;aca;;334;334;;;;;; comp;636852..637013;;cds;;;;;;54;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;717326..717772;;cds;;66;66;;;149;66;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;717839..717920;;tac;;230;230;;;;;; ;718151..719386;;cds;;;;;;412;;aminopeptidase;* ;;;;;;;;;;;; comp;721419..723056;;cds;@3;67;67;;;546;67;ATP-binding cassette domain-containing protein;* comp;723124..723195;;gag;;10;;10;;;;; comp;723206..723276;;cag;;104;104;;;;;; comp;723381..723911;;cds;;;;;;177;;adenine phosphoribosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;724974..725225;;cds;;236;236;;;84;;hp; comp;725462..725533;;acg;;124;124;;;;124;; comp;725658..728366;;cds;;;;;;*903;;pyruvate, phosphate dikinase;* ;;;;;;;;;;;; comp;767509..768549;;cds;;350;350;;;347;*350;DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family protein;* comp;768900..769011;;5s;;72;;;;;;; comp;769084..772057;;23s;;40;;;40;;;; comp;772098..772171;;gca;;137;;;137;;;; comp;772309..773845;;16s;;535;*535;;;;;; ;774381..774947;;cds;;;;;;189;;peroxiredoxin;* ;;;;;;;;;;;; ;783089..784627;;cds;;273;273;;;513;;glycoside hydrolase family 43 protein;* comp;784901..784972;;gaa;;43;;43;;;;; comp;785016..785088;;aaa;;223;223;;;;223;; ;785312..787483;;cds;;;;;;*724;;cadmium-translocating P-type ATPase;* ;;;;;;;;;;;; comp;877367..879202;;cds;;447;447;;;612;*447;translational GTPase TypA;* comp;879650..879761;;5s;;72;;;;;;; comp;879834..882807;;23s;;40;;;40;;;; comp;882848..882921;;gca;;137;;;137;;;; comp;883059..884595;;16s;;648;*648;;;;;; ;885244..885867;;cds;;;;;;208;;GNAT family N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;900855..901490;;cds;;73;73;;;212;73;Fic family protein;* comp;901564..901637;;ccc;;214;214;;;;;; ;901852..903519;;cds;;;;;;556;;Alpha-glucosidase;* ;;;;;;;;;;;; ;928254..930545;;cds;;138;138;;;*764;138;AAA family ATPase;* ;930684..930755;;cac;;32;;32;;;;; ;930788..930861;;cga;;38;;38;;;;; ;930900..930972;;aag;;37;;37;;;;; ;931010..931091;;cta;;36;;36;;;;; ;931128..931199;;ggc;;423;423;;;;;; ;931623..932981;;cds;;;;;;453;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;; ;937885..939693;;cds;;171;171;;;603;171;oligoendopeptidase F;* ;939865..939938;;aga;;437;437;;;;;; ;940376..940579;;cds;;;;;;68;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;974079..974468;;cds;@4;223;223;;;130;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;974692..974775;;ctc;;153;153;;;;153;; comp;974929..975384;;cds;;112;112;;;152;;VOC family protein;* comp;975497..975569;;cca;;95;95;;;;95;; ;975665..976339;;cds;;;;;;225;;endonuclease III;* ;;;;;;;;;;;; ;1069506..1069922;;cds;;81;81;;;139;;hp; comp;1070004..1070087;;tta;;78;78;;;;78;; ;1070166..1070981;;cds;;;;;;272;;TatD family hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1113338..1113928;;cds;;247;247;;;197;247;NAD(P)H-dependent oxidoreductase;* ;1114176..1114248;;aac;;247;247;;;;;; comp;1114496..1117318;;cds;;;;;;*941;;5'-nucleotidase C-terminal domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1126672..1127604;;cds;;173;173;;;311;173;DUF362 domain-containing protein;* ;1127778..1127850;;caa;;193;193;;;;;; comp;1128044..1128334;;cds;;;;;;97;;septation regulator SpoVG;* ;;;;;;;;;;;; comp;1257969..1258763;;cds;;140;140;;;265;;nucleotidyltransferase domain-containing protein;* ;1258904..1258977;;agg;;79;79;;;;79;; ;1259057..1259779;;cds;;;;;;241;;nitroreductase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1273039..1273944;;cds;;217;217;;;302;;DNA-protecting protein DprA;* ;1274162..1274234;;ttc;;103;103;;;;103;; comp;1274338..1274865;;cds;;;;;;176;;cysteine hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1363097..1364389;;cds;;432;432;;;431;;H(+)-transporting two-sector ATPase;* ;1364822..1364894;;atgf;;213;213;;;;213;; ;1365108..1366457;;cds;;;;;;450;;Trk system potassium transporter TrkA;* ;;;;;;;;;;;; comp;1478531..1479448;;cds;;196;196;;;306;196;hp; ;1479645..1479718;;cgg;;256;256;;;;;; comp;1479975..1481738;;cds;;;;;;588;;ABC transporter ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1522454..1523143;;cds;;86;86;;;230;;hp; ;1523230..1523301;;tgc;;34;34;;;;34;; comp;1523336..1523890;;cds;;;;;;185;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;1540671..1541807;;cds;;186;186;;;379;186;DUF2974 domain-containing protein;* comp;1541994..1542066;;gcc;;351;351;;;;;; ;1542418..1544223;;cds;;;;;;602;;IS1634 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;1691238..1692578;;cds;;189;189;;;447;189;sn-glycerol-1-phosphate dehydrogenase;* ;1692768..1692851;;ctg;;564;*564;;;;;; ;1693416..1693646;;cds;;;;;;77;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1760709..1761905;;cds;;185;185;;;399;185;hp; ;1762091..1762164;;atgi;;316;316;;;;;; comp;1762481..1765135;;cds;;;;;;*885;;valine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2034849..2035028;;cds;@4;32;32;;;60;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2035061..2035134;;tgg;;26;26;;;;26;; comp;2035161..2035337;;cds;;64;64;;;59;64;50S ribosomal protein L33;* comp;2035402..2035474;;acc;;246;246;;;;;; ;2035721..2036506;;cds;;;;;;262;;HAD family hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; ;2185380..2186171;;cds;@5;84;84;;;264;84;16S rRNA (uracil(1498)-N(3))-methyltransferase;* ;2186256..2186340;;tca;;40;;40;;;;; ;2186381..2186467;;agc;;25;;25;;;;; ;2186493..2186566;;cgc;;16;;16;;;;; ;2186583..2186669;;tcg;;40;;40;;;;; ;2186710..2186795;;tcc;;13;;;;;;; ;2186809..2186906;;ncRNA;;133;133;;;*33;;; comp;2187040..2188236;;cds;;;;;;399;;transposase;* </pre> ====scc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_cumuls|scc cumuls]] *Notes: * pour le nombre de jaunes <pre> scc cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;3;1;0;;1;0;1;0;100;9 ;16 23 5s 0;;20;2;;50;4;20;1;200;11 ;16 atc23s5s;1;40;7;2;100;14;40;2;300;16 ;16gca23s5s;2;60;1;0;150;8;60;1;400;11 ;max a;1;80;;1;200;13;80;7;500;9 ;a doubles;;100;;0;250;13;100;4;600;6 ;autres;;120;;0;300;4;120;2;700;5 ;total aas;3;140;;3;350;4;140;2;800;*2 sans ;opérons;34;160;;;400;2;160;2;900;*1 ;1 aa;30;180;;;450;5;180;3;1000;*2 ;max a;5;200;;;500;*1;200;5;1100; ;a doubles;0;;;;;*6;;*4;; ;total aas;44;;10;6;;74;;33;;72 total aas;;47;;;;;;;*4;;*6 remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;32;94;;236;;154;;343 ;;;variance;11;47;;196;;108;;215 sans jaune;;;moyenne;;;;188;;124;;299 ;;;variance;;;;110;;64;;164 </pre> ====scc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_blocs|scc blocs]] <pre> cds;812;;cds;350;447 16s;132;;5s;72;72 atc;79;;23s;40;40 23s;72;;gca;137;137 5s;175;;16s;535;648 cds;;;cds;; </pre> ====scc remarques==== ====scc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_distribution|scc distribution]] <pre> distribution;scc;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;14;30;;;;3;47 ;;;;;;; ;;;;;;; distribution;scc;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;inter;;max;;min;;total ;17;;13;;17;;47 </pre> ====scc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_données_intercalaires|scc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;scc;fx;fc;scc;fx40;fc40;scc;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;39;1194;152;16s tRNA;; ;0;10;9;164;1;1;31;-2;1;0;369;16;132;;atc 1;0;20;15;120;2;0;27;-3;0;0;669;251;2* 137;;gca ;1;30;25;55;3;3;23;-4;2;156;452;71;tRNA 23s;; 1;1;40;11;50;4;1;7;-5;0;0;176;252;79;;atc ;0;50;20;52;5;0;13;-6;2;0;228;237;2* 40;;gca ;1;60;10;31;6;0;4;-7;0;6;182;202;tRNA tRNA;; ;3;70;18;44;7;2;8;-8;0;31;82;180;10;;gag 3;1;80;15;38;8;0;11;-9;2;0;82;334;**;;cag 2;3;90;17;36;9;1;20;-10;0;5;310;273;43;;gaa 1;0;100;27;28;10;1;20;-11;4;15;102;223;**;;aaa 1;2;110;13;31;11;0;12;-12;2;0;412;73;32;;cac ;1;120;18;23;12;2;15;-13;1;2;52;214;38;;cga ;1;130;17;21;13;2;16;-14;0;17;66;95;37;;aag 1;1;140;16;23;14;2;16;-15;1;0;230;81;36;;cta ;0;150;10;20;15;1;12;-16;1;4;67;78;**;;ggc 1;1;160;12;18;16;0;8;-17;2;7;104;247;40;;tca ;0;170;15;12;17;1;7;-18;1;0;236;247;25;;agc 2;2;180;14;14;18;0;15;-19;0;0;124;173;16;;cgc 1;3;190;9;13;19;4;7;-20;0;10;138;193;40;;tcg 2;0;200;11;17;20;3;12;-21;0;0;423;140;**;;tcc 1;0;210;6;15;21;2;5;-22;0;0;171;217;;; 2;1;220;13;14;22;0;6;-23;2;2;437;103;;; 1;3;230;10;9;23;1;9;-24;1;1;223;432;;; 1;1;240;14;8;24;4;8;-25;0;2;153;196;;; 3;0;250;10;7;25;3;6;-26;2;5;112;256;;; 3;0;260;5;7;26;3;9;-27;0;0;79;86;;; ;0;270;6;9;27;4;3;-28;0;0;213;34;;; 1;0;280;3;7;28;0;5;-29;0;2;186;351;;; ;0;290;7;8;29;3;3;-30;0;0;189;185;;; ;0;300;4;8;30;5;1;-31;1;1;564;316;;; ;1;310;3;8;31;2;7;-32;1;2;32;246;;; 1;0;320;6;10;32;1;2;-33;0;0;26;;;; ;0;330;2;6;33;1;3;-34;0;1;64;;;; 1;0;340;8;3;34;0;8;-35;0;0;84;;;; ;0;350;1;6;35;1;5;-36;0;0;CDS 16s;;;; 1;0;360;5;7;36;1;5;-37;0;0;812;;;; ;1;370;1;5;37;2;2;-38;0;0;350;;;; ;0;380;3;5;38;2;7;-39;0;0;447;;;; ;0;390;5;5;39;1;9;-40;0;0;23s 5s;;;; ;0;400;2;4;40;0;2;-41;0;2;3* 72;;;; 1;7;reste;39;34;reste;395;606;-42;0;0;5s CDS;;;; 32;35;total;457;1001;total;457;1001;-43;0;0;350;175;;; 31;28;diagr;416;961;diagr;60;389;-44;0;2;447;;;; 1;1; t30;49;339;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;455;28;2;485;;;-49;0;0;;;;; ;c;995;319;6;1320;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1805;104;;reste;1;6;;;;; ;;;;;;1909;;total;28;319;;;;; </pre> =====scc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires_aas|scc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;scc;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;215073;1194;comp; ;tRNA;216426;369;comp;gcg fin;CDS;216868;;comp; deb;CDS;243358;812;; ;rRNA;244983;132;;16s ;tRNA;246652;79;;atc ;rRNA;246805;72;;23s ;rRNA;249851;175;;5s fin;CDS;250138;;comp; deb;CDS;300128;669;; ;tRNA;302468;452;;ggg fin;CDS;302992;;; deb;CDS;316296;152;comp; ;tRNA;317369;176;;gac fin;CDS;317619;;; deb;CDS;330207;16;; ;tRNA;331021;251;comp;ttg fin;CDS;331356;;; deb;CDS;345290;228;comp; ;tRNA;346445;182;comp;ccg fin;CDS;346700;;comp; deb;CDS;422975;71;; ;tRNA;424435;252;comp;gtc fin;CDS;424759;;; deb;CDS;436852;237;; ;tRNA;438406;202;comp;gtg fin;CDS;438680;;; deb;CDS;481186;180;comp; ;tRNA;482665;82;;atgj fin;CDS;482820;;; deb;CDS;530805;82;; ;tRNA;532396;310;;gta fin;CDS;532778;;; deb;CDS;568939;102;; ;tRNA;569803;412;;gga fin;CDS;570287;;; deb;CDS;636017;52;; ;tRNA;636444;334;;aca fin;CDS;636852;;comp; deb;CDS;640192;79;; ;tmRNA;640610;334;; fin;CDS;641322;;comp; deb;CDS;711173;51;; ;ncRNA;712064;10;comp; fin;CDS;712417;;comp; deb;CDS;717326;66;; ;tRNA;717839;230;;tac fin;CDS;718151;;; deb;CDS;721419;67;comp; ;tRNA;723124;10;comp;gag ;tRNA;723206;104;comp;cag fin;CDS;723381;;comp; deb;CDS;724974;236;comp; ;tRNA;725462;124;comp;acg fin;CDS;725658;;comp; deb;CDS;767509;350;comp; ;rRNA;768900;72;comp;5s ;rRNA;769084;40;comp;23s ;tRNA;772098;137;comp;gca ;rRNA;772309;535;comp;16s fin;CDS;774381;;; deb;CDS;783089;273;; ;tRNA;784901;43;comp;gaa ;tRNA;785016;223;comp;aaa fin;CDS;785312;;; deb;CDS;877367;447;comp; ;rRNA;879650;72;comp;5s ;rRNA;879834;40;comp;23s ;tRNA;882848;137;comp;gca ;rRNA;883059;648;comp;16s fin;CDS;885244;;; deb;CDS;900855;73;; ;tRNA;901564;214;comp;ccc fin;CDS;901852;;; deb;CDS;928254;138;; ;tRNA;930684;32;;cac ;tRNA;930788;38;;cga ;tRNA;930900;37;;aag ;tRNA;931010;36;;cta ;tRNA;931128;423;;ggc fin;CDS;931623;;; deb;CDS;937885;171;; ;tRNA;939865;437;;aga fin;CDS;940376;;; deb;CDS;974079;223;comp; ;tRNA;974692;153;comp;ctc deb;CDS;974929;112;comp; ;tRNA;975497;95;comp;cca fin;CDS;975665;;; deb;CDS;1069506;81;; ;tRNA;1070004;78;comp;tta fin;CDS;1070166;;; deb;CDS;1084097;24;; ;regulatory;1084535;39;; fin;CDS;1084670;;; deb;CDS;1113338;247;comp; ;tRNA;1114176;247;;aac fin;CDS;1114496;;comp; deb;CDS;1126672;173;comp; ;tRNA;1127778;193;;caa fin;CDS;1128044;;comp; deb;CDS;1257969;140;comp; ;tRNA;1258904;79;;agg fin;CDS;1259057;;; deb;CDS;1273039;217;comp; ;tRNA;1274162;103;;ttc fin;CDS;1274338;;comp; deb;CDS;1301674;54;; ;repeat_region;1302007;4;; fin;CDS;1306496;;; deb;CDS;1319568;73;; ;repeat_region;1319986;84;; fin;CDS;1322087;;comp; deb;CDS;1363097;432;comp; ;tRNA;1364822;213;;atgf fin;CDS;1365108;;; deb;CDS;1478531;196;comp; ;tRNA;1479645;256;;cgg fin;CDS;1479975;;comp; deb;CDS;1522454;86;comp; ;tRNA;1523230;34;;tgc fin;CDS;1523336;;comp; deb;CDS;1540671;186;comp; ;tRNA;1541994;351;comp;gcc fin;CDS;1542418;;; deb;CDS;1691238;189;; ;tRNA;1692768;564;;ctg fin;CDS;1693416;;; deb;CDS;1760709;185;comp; ;tRNA;1762091;316;;atgi fin;CDS;1762481;;comp; deb;CDS;2034849;32;comp; ;tRNA;2035061;26;comp;tgg deb;CDS;2035161;64;comp; ;tRNA;2035402;246;comp;acc fin;CDS;2035721;;; deb;CDS;2185380;84;; ;tRNA;2186256;40;;tca ;tRNA;2186381;25;;agc ;tRNA;2186493;16;;cgc ;tRNA;2186583;40;;tcg ;tRNA;2186710;13;;tcc ;ncRNA;2186809;133;; fin;CDS;2187040;;comp; </pre> ====scc intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_entre_cds|scc intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> scc;3.2.21 Paris;;scc 16.7.20;;;;;;; scc;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;347;19.2;'''négatif ;-10;13;-1 à -74;'''2 227 296;-1;347 ;'''zéro;8;0.4;;;;;'''intercals;0;8 ;'''1 à 200;1112;61.6;'''0 à 200;69;57;;'''195 310;5;106 ;'''201 à 370;241;13.4;'''201 à 370;269;49;;'''8.8%;10;67 ;'''371 à 600;78;4.3;'''371 à 600;445;63;;;15;78 ;'''601 à max;19;1.1;'''601 à 1048;779;145;;;20;57 ;'''total 1805;<201;81;'''total 1800;103;136;-74 à 1048;;25;44 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>fréquence-1;30;36 1398976;1670;-1;347;-70;2;;0;8;35;30 1167746;1666;0;8;-60;2;;-1;°39;40;31 1943263;1598;1;°32;-50;3;;-2;1;45;39 2221165;1229;2;27;-40;6;;-3;0;50;33 940376;1048;3;26;-30;6;'''min à -1;-4;°158;55;27 2116721;960;4;8;-20;27;347;-5;0;60;14 1197192;959;5;°13;-10;62;19.2%;-6;2;65;36 1728512;916;6;4;0;247;;-7;6;70;26 1917725;874;7;10;10;173;;-8;°31;75;22 972954;867;8;11;20;135;;-9;2;80;31 1554925;775;9;°21;30;80;;-10;5;85;26 1997696;715;10;21;40;61;'''1 à 100;-11;°19;90;27 1693573;700;11;12;50;72;785;-12;2;95;33 1314184;671;12;°17;60;41;43.5%;-13;3;100;22 1528150;655;13;18;70;62;;-14;°17;105;23 1659099;643;14;18;80;53;;-15;1;110;21 1773078;643;15;°13;90;53;;-16;5;115;20 1732369;635;16;8;100;55;'''0 à 200;-17;°9;120;21 356981;617;17;8;110;44;1120;-18;1;125;20 137346;590;18;°15;120;41;;-19;0;130;18 1639500;590;19;11;130;38;;-20;°10;135;20 977451;580;20;°15;140;39;;-21;0;140;19 661808;579;21;7;150;30;;-22;0;145;16 1611095;565;22;6;160;30;;-23;°4;150;14 1590201;563;23;°10;170;27;'''1 à 200;-24;2;155;17 1330173;561;24;12;180;28;1112;-25;2;160;13 379215;558;25;9;190;22;62%;-26;°7;165;15 1755945;548;26;°12;200;28;;-27;0;170;12 191845;527;27;7;210;21;;-28;0;175;12 1897378;525;28;5;220;27;;-29;°2;180;16 72886;522;29;6;230;19;;-30;0;185;12 1978592;521;30;6;240;22;;-31;2;190;10 511329;515;31;°9;250;17;;-32;°3;195;14 220737;512;32;3;260;12;;;42;200;14 1410834;511;33;4;270;15;;reste;14;205;11 ;;34;8;280;10;;total;355;210;10 ;;35;6;290;15;;;;215;20 ;;36;6;300;12;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;7 ;;37;4;310;11;;600;1786;225;11 ;;38;9;320;16;;620;1;230;8 ;;39;°10;330;8;;640;1;235;10 ;;40;2;340;11;'''201 à 370;660;3;240;12 ;;reste;1 001;350;7;241;680;1;245;8 ;;total;1 805;360;12;13.4%;700;1;250;9 ;;;;370;6;;720;1;255;7 ;;;;380;8;;740;;260;5 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;10;;760;;265;8 438680;-120;comp;;400;6;;780;1;270;7 1693416;-74;shift2;158;410;7;;800;;275;4 277564;-68;shift2;1487;420;8;;820;;280;6 1935981;-68;shift2;686;430;4;;840;;285;6 964418;-59;shift2;296;440;4;;860;;290;9 1721260;-59;shift2;1127;450;1;;880;2;295;8 482820;-53;shift2;623;460;1;;900;;300;4 1283977;-47;comp;;470;5;;920;1;305;6 1310625;-46;shift2;417;480;3;;940;;310;5 1544483;-44;shift2;374;490;2;;960;2;315;9 1705959;-44;shift2;1007;500;2;;980;;320;7 950419;-41;;;510;1;;1000;;325;4 1249575;-41;;;520;3;;1020;;330;4 2054241;-34;;;530;4;;1040;;335;4 937251;-32;;;540;0;'''371 à 600;1060;1;340;7 1154295;-32;;;550;1;78;;15;345;2 1972305;-32;;;560;1;4.3%;;;350;5 485333;-31;;;570;3;;;;355;4 1666650;-31;;;580;2;'''601 à max;;;360;8 952193;-29;;;590;2;19;;;365;4 1123783;-29;;;600;0;1.1%;;;370;2 669889;-26;;;reste;19;;reste;4;reste;97 733006;-26;;;total;1805;;total;1805;total;1805 </pre> ====scc intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> scc Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; scc;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;30;-200;266;31;690;222;max30;&-86;660;-1605;134;830;256;min60 31 à 400;;;;;;;2 parties;&-7;162;-551;72;949;318;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;104;46;-;619;poly;71;tF;&197;65;;499;poly;331;SF 31 à 400;;;;;;;;&114;43;-;787;poly;162;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.177;;;;;; 41-n;0.748;0.440;0.530;;;;;;;;;;; 1-n;0.367;-0.088;0.049;;;;;;;;;14.8.21 paris;; scc;fx;fc;;scc;fx%;fc%;scc;fx40;fc40;;x;scc;Sx-;Sc- 0;2;6;;0;5;6;0;2;6;>0;455;-1;0;39 10;9;164;;10;22;171;1;1;31;<0;28;-2;1;0 20;15;120;;20;36;125;2;0;27;zéro;2;-3;0;0 30;25;55;;30;60;57;3;3;23;total;485;-4;2;156 40;11;50;;40;26;52;4;1;7;;c;-5;0;0 50;20;52;;50;48;54;5;0;13;>0;995;-6;2;0 60;10;31;;60;24;32;6;0;4;<0;319;-7;0;6 70;18;44;;70;43;46;7;2;8;zéro;6;-8;0;31 80;15;38;;80;36;40;8;0;11;total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reste;39;34;;;;;reste;395;606;;;-42;0;0 total;457;1001;;t30;118;353;total;457;1001;;;-43;0;0 diagr;416;961;;;;;diagr;60;389;;;-44;0;2 - t30;367;622;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;1;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;total;28;319 </pre> ====scc intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_négatifs_S-|scc intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320 comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;4;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;28 ;Sc-;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;15;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;319 </pre> ====scc autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires|scc autres intercalaires]] <pre> ;scc;autres intercalaires;;adresses1;;;scc;autres intercalaires;;adresses2;;;scc;autres intercalaires;;adresses3 ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;215073;1194;comp;;deb;°CDS;721419;67;comp;;deb;°CDS;1113338;247;comp ;&tRNA;216426;369;comp;;;&tRNA;723124;10;comp;;;&tRNA;1114176;247; fin;°CDS;216868;;comp;;;&tRNA;723206;104;comp;;fin;°CDS;1114496;;comp deb;°CDS;243358;812;;;fin;°CDS;723381;;comp;;deb;°CDS;1126672;173;comp ;$rRNA;244983;132;;;deb;°CDS;724974;236;comp;;;&tRNA;1127778;193; ;&tRNA;246652;79;;;;&tRNA;725462;124;comp;;fin;°CDS;1128044;;comp ;$rRNA;246805;72;;;fin;°CDS;725658;;comp;;deb;°CDS;1257969;140;comp ;$rRNA;249851;175;;;deb;°CDS;767509;350;comp;;;&tRNA;1258904;79; fin;°CDS;250138;;comp;;;$rRNA;768900;72;comp;;fin;°CDS;1259057;; deb;°CDS;300128;669;;;;$rRNA;769084;40;comp;;deb;°CDS;1273039;217;comp ;&tRNA;302468;452;;;;&tRNA;772098;137;comp;;;&tRNA;1274162;103; fin;°CDS;302992;;;;;$rRNA;772309;535;comp;;fin;°CDS;1274338;;comp deb;°CDS;316296;152;comp;;fin;°CDS;774381;;;;deb;°CDS;1301674;54; ;&tRNA;317369;176;;;deb;°CDS;783089;273;;;;repeat_region;1302007;4; fin;°CDS;317619;;;;;&tRNA;784901;43;comp;;fin;°CDS;1306496;; deb;°CDS;330207;16;;;;&tRNA;785016;223;comp;;deb;°CDS;1319568;73; ;&tRNA;331021;251;comp;;fin;°CDS;785312;;;;;repeat_region;1319986;84; fin;°CDS;331356;;;;deb;°CDS;877367;447;comp;;fin;°CDS;1322087;;comp deb;°CDS;345290;228;comp;;;$rRNA;879650;72;comp;;deb;°CDS;1363097;432;comp ;&tRNA;346445;182;comp;;;$rRNA;879834;40;comp;;;&tRNA;1364822;213; fin;°CDS;346700;;comp;;;&tRNA;882848;137;comp;;fin;°CDS;1365108;; deb;°CDS;422975;71;;;;$rRNA;883059;648;comp;;deb;°CDS;1478531;196;comp ;&tRNA;424435;252;comp;;fin;°CDS;885244;;;;;&tRNA;1479645;256; fin;°CDS;424759;;;;deb;°CDS;900855;73;;;fin;°CDS;1479975;;comp deb;°CDS;436852;237;;;;&tRNA;901564;214;comp;;deb;°CDS;1522454;86;comp ;&tRNA;438406;202;comp;;fin;°CDS;901852;;;;;&tRNA;1523230;34; fin;°CDS;438680;;;;deb;°CDS;928254;138;;;fin;°CDS;1523336;;comp deb;°CDS;481186;180;comp;;;&tRNA;930684;32;;;deb;°CDS;1540671;186;comp ;&tRNA;482665;82;;;;&tRNA;930788;38;;;;&tRNA;1541994;351;comp fin;°CDS;482820;;;;;&tRNA;930900;37;;;fin;°CDS;1542418;; deb;°CDS;530805;82;;;;&tRNA;931010;36;;;deb;°CDS;1691238;189; ;&tRNA;532396;310;;;;&tRNA;931128;423;;;;&tRNA;1692768;564; fin;°CDS;532778;;;;fin;°CDS;931623;;;;fin;°CDS;1693416;; deb;°CDS;568939;102;;;deb;°CDS;937885;171;;;deb;°CDS;1760709;185;comp ;&tRNA;569803;412;;;;&tRNA;939865;437;;;;&tRNA;1762091;316; fin;°CDS;570287;;;;fin;°CDS;940376;;;;fin;°CDS;1762481;;comp deb;°CDS;636017;52;;;deb;°CDS;974079;223;comp;;deb;°CDS;2034849;32;comp ;&tRNA;636444;334;;;;&tRNA;974692;153;comp;;;&tRNA;2035061;26;comp fin;°CDS;636852;;comp;;deb;°CDS;974929;112;comp;;deb;°CDS;2035161;64;comp deb;°CDS;640192;79;;;;&tRNA;975497;95;comp;;;&tRNA;2035402;246;comp ;tmRNA;640610;334;;;fin;°CDS;975665;;;;fin;°CDS;2035721;; fin;°CDS;641322;;comp;;deb;°CDS;1069506;81;;;deb;°CDS;2185380;84; deb;°CDS;711173;51;;;;&tRNA;1070004;78;comp;;;&tRNA;2186256;40; ;ncRNA;712064;10;comp;;fin;°CDS;1070166;;;;;&tRNA;2186381;25; fin;°CDS;712417;;comp;;deb;°CDS;1084097;24;;;;&tRNA;2186493;16; deb;°CDS;717326;66;;;;regulatory;1084535;39;;;;&tRNA;2186583;40; ;&tRNA;717839;230;;;fin;°CDS;1084670;;;;;&tRNA;2186710;13; fin;°CDS;718151;;;;;;;;;;;ncRNA;2186809;133; ;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;2187040;;comp </pre> ====scc intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_tRNA|scc intercalaires tRNA]] <pre> scc;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;1194;;369;;32;26;deb; ;;;669;;452;;52;79;<201;13 ;;comp’;152;;176;;64;82;total;18 ;;comp’;16;comp’;251;;66;104;taux;72% ;;;228;;182;;67;124;; ;;comp’;71;comp’;252;;82;153;fin; ;;comp’;237;comp’;202;;84;176;<201;8 ;;comp’;180;;82;;102;182;total;17 ;;;82;;310;;112;213;taux;47% ;;;102;;412;;138;230;; ;;;52;comp’;334;;171;310;total; ;;;66;;230;;186;369;<201;21 ;10;;67;;104;;189;412;total;35 ;;;236;;124;;223;423;taux;60% ;43;comp’;273;comp’;223;;228;437;; ;;comp’;73;comp’;214;;236;452;; ;32 38 37 36;;138;;423;;669;564;; ;;;171;;437;;1194;;comp’;cumuls ;;;223;;153;;16;34;deb; ;;;112;comp’;95;;71;78;<201;11 ;;comp’;81;comp’;78;;73;95;total;16 ;;comp’;247;comp’;247;;81;103;taux;69% ;;comp’;173;comp’;193;;86;193;; ;;comp’;140;;79;;140;202;fin; ;;comp’;217;comp’;103;;152;214;<201;5 ;;comp’;432;;213;;173;223;total;16 ;;comp’;196;comp’;256;;180;246;taux;31% ;;comp’;86;comp’;34;;185;247;; ;;;186;comp’;351;;196;251;total; ;;;189;;564;;217;252;<201;16 ;;comp’;185;comp’;316;;237;256;total;32 ;;;32;;26;;247;316;taux;50% ;;;64;comp’;246;;273;334;; ;40 25 16 40 13;;84;;;;432;351;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;24;13;37;;;;;;; total;34;33;67;;;;;;; taux;71%;39%;55%;;;;;;; </pre> ====scc par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_par_rapport_au_groupe_de_référence|scc par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;scc;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;11;6;;;;;17; 16;moyen;9;5;;;;3;17; 14;fort;10;3;;;;;13; ; ;30;14;0;0;0;3;47; 10;g+cga;5;6;;;;;11; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;;;;;;4; 5;autres;;;;;;;0; ;;11;6;0;0;0;0;17; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;234;128;;;;;362;26 16;moyen;191;106;;;;64;362;324 14;fort;213;64;;;;;277;650 ;;638;298;;;;64;47;729 10;g+cga;106;128;;;;;234;10 2;agg+cgg;43;;;;;;43; 4;carre ccc;85;;;;;;85;16 5;autres;;;;;;;; ;;234;128;;;;;362; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;250;136;;386;26;37;43; 16;moyen;205;114;;318;324;30;36; 14;fort;227;68;;295;650;33;21; ;;682;318;;44;729;30;14; 10;g+cga;114;136;;250;10;45;100; 2;agg+cgg;45;;;45;;18;; 4;carre ccc;91;;;91;16;36;; 5;autres;;;;;;;; ;;250;136;;386;;11;6; </pre> ===spirochetes, estimation des -rRNAs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#spirochetes,_estimation_des_-rRNAs|spirochetes, estimation des -rRNAs]] <pre> spirochetes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 13 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;13;21; ; ;;indices;;;;13;162;0;0;;spiro1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;44 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;9;acc;;aac;;agc;;;atc;69;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;;gca;12;gaa;;gga;;;gta;;gca;92;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;;;;;;;;;;162;;0;;0;162;;;;14;;14;;16;44 11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;73;2823;0;0;;indices;;;;73;2823;0;0;;spiro1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4400 atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100 atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100 ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt; gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100 tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100 gta;101;gca;22;gaa;82;gga;100;;gta;101;gca;114;gaa;82;gga;100;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100 ttg;100;tcg;41;tag;0;tgg;100;;ttg;100;tcg;41;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1398;;1326;;891;3615;;;;1560;;1326;;891;3777;;;;1400;;1400;;1600;4400 rapports;;90;;100;;100;96;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;spiro1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;37.31;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;485;;;0/0;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;100;;avec;22;;;10;27;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;10 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;13;;;20;2;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;1;;;;ttc;20;tcc;0;tac;0;tgc;0 atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;spiro1;44;;;40;1;;;;atc;100;acc;0;aac;0;agc;0 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;44;;;50;5;36;;;ctc;3;ccc;45;cac;0;cgt;100 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;3;;;60;6;;;;gtc;45;gcc;41;gac;7;ggc;3 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100 ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;0;aaa;0;aga;1 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par spiro;;;;90;0;;;;cta;0;cca;0;caa;0;cga;8 gta;100;gca;19;gaa;100;gga;100;;est 18% au dessus;;;;100;5;;;;gta;1;gca;100;gaa;18;gga;0 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;59;tag;;tgg;0 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;3;acg;42;aag;22;agg;34 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;48;ccg;58;cag;58;cgg;53 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;66;gcg;59;gag;60;ggg;79 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;56;;62;;732;850 </pre> ==archeo== ===mfi=== ====mfi opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_opérons|mfi opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_form/methForm-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_LN515531.1;mfi;;genome;;;;;;;; 41.2%GC;17.8.19 Paris;16s 2 ;47;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Methanobacterium formicicum DSM1535;;;;;;;;;;; ;157153..157563;;CDS;;36;36;;;137;; comp;157600..157683;;ctc;;246;246;;;;; ;157930..158232;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; comp;211693..213681;;CDS;;206;206;;;*663;; ;213888..213971;;tcg;;281;281;;;;; ;214253..215677;;CDS;;;;;;475;; ;;;;;;;;;;; comp;314088..314264;;CDS;;50;50;;;59;; comp;314315..314487;;caa;@1;-1;*-1;;;;; comp;314487..314654;;CDS;;;;;;56;; ;;;;;;;;;;; comp;317759..318211;;CDS;;198;198;;;151;; comp;318410..318494;;tcc;;177;177;;;;; comp;318672..319634;;CDS;;;;;;321;; ;;;;;;;;;;; comp;419250..419975;;CDS;;156;156;;;242;; comp;420132..420204;;aac;;29;29;;;;; comp;420234..420545;;CDS;;;;;;104;; ;;;;;;;;;;; comp;466570..467484;;CDS;;223;223;;;305;; comp;467708..467792;;agc;;186;186;;;;; comp;467979..468294;;ncRNA;@2;122;122;;;316;; ;468417..469397;;CDS;;;;;;327;; ;;;;;;;;;;; ;681116..681676;;CDS;;37;37;;;187;; comp;681714..681786;;gcg;;195;195;;;;; comp;681982..682488;;CDS;;;;;;169;; ;;;;;;;;;;; ;695936..696538;;CDS;;939;*939;;;201;; comp;697478..697600;;5s;;305;;;;123;; comp;697906..700772;;23s;;233;;;;2867;; comp;701006..701079;;gca;;87;;;;;; comp;701167..702646;;16s;;724;*724;;;1480;; ;703371..704336;;CDS;;;;;;322;; ;;;;;;;;;;; comp;746487..747290;;CDS;;155;155;;;268;; comp;747446..747518;;acc;;85;;*85;;;; comp;747604..747686;;tta;;303;303;;;;; ;747990..748163;;CDS;;;;;;58;; ;;;;;;;;;;; comp;800615..801820;;CDS;;43;43;;;402;; comp;801864..801935;;caa;;72;72;;;;; comp;802008..802697;;CDS;;;;;;230;; ;;;;;;;;;;; comp;963425..964432;;CDS;;273;273;;;336;; ;964706..964778;;aac;;5;;5;;;; ;964784..964857;;atgi;;58;;58;;;; ;964916..964990;;gaa;;53;;53;;;; ;965044..965127;;cta;;29;;29;;;; ;965157..965232;;cac;;146;146;;;;; ;965379..965717;;CDS;;;;;;113;; ;;;;;;;;;;; comp;974621..974842;;CDS;;564;*564;;;74;; ;975407..975480;;aag;;90;;*90;;;; ;975571..975653;;ttg;;504;;*504;;;; ;976158..976231;;aaa;;148;148;;;;; comp;976380..976679;;CDS;;;;;;100;; ;;;;;;;;;;; comp;1006329..1008095;;CDS;;397;397;;;*589;; ;1008493..1008614;;5s;@3;748;;;;122;; ;1009363..1009485;;5s;;286;;;;123;; ;1009772..1012638;;23s;;233;;;;2867;; ;1012872..1012945;;gca;;72;;;;;; ;1013018..1014497;;16s;;454;*454;;;1480;; ;1014952..1016097;;CDS;;;;;;382;; ;;;;;;;;;;; comp;1088211..1088831;;CDS;;53;53;;;207;; comp;1088885..1089038;;tgg;@1;40;;40;;;; comp;1089079..1089150;;tgc;;212;212;;;;; comp;1089363..1089746;;CDS;;;;;;128;; ;;;;;;;;;;; ;1143658..1144137;;CDS;;166;166;;;160;; comp;1144304..1144610;;ncRNA;@2;14;14;;;307;; comp;1144625..1144699;;atgf;;139;139;;;;; comp;1144839..1145162;;CDS;;;;;;108;; ;;;;;;;;;;; ;1153368..1154087;;CDS;;56;56;;;240;; ;1154144..1154217;;aga;;62;;62;;;; ;1154280..1154354;;agg;;552;*552;;;;; comp;1154907..1156157;;CDS;;;;;;417;; ;;;;;;;;;;; ;1247204..1247659;;CDS;;4;4;;;152;; comp;1247664..1247739;;cga;;133;133;;;;; comp;1247873..1248481;;CDS;;;;;;203;; ;;;;;;;;;;; comp;1320721..1321641;;CDS;;183;183;;;307;; ;1321825..1321896;;gta;;99;;*99;;;; ;1321996..1322067;;gtg;;228;228;;;;; comp;1322296..1323084;;CDS;;;;;;263;; ;;;;;;;;;;; comp;1403886..1409507;;CDS;;351;351;;;*1874;; comp;1409859..1409930;;cgc;;222;222;;;;; comp;1410153..1410620;;CDS;;;;;;156;; ;;;;;;;;;;; ;1532795..1533088;;CDS;;127;127;;;98;; comp;1533216..1533325;;atgj;@1;246;246;;;;; ;1533572..1534402;;CDS;;;;;;277;; ;;;;;;;;;;; ;1541929..1542321;;CDS;;127;127;;;131;; ;1542449..1542522;;ggg;;1;*1;;;;; comp;1542524..1543528;;CDS;;;;;;335;; ;;;;;;;;;;; ;1602054..1603277;;CDS;;257;257;;;408;; ;1603535..1603608;;aca;;76;;76;;;; ;1603685..1603759;;cca;;44;;44;;;; ;1603804..1603877;;tac;;170;;*170;;;; ;1604048..1604119;;gac;;7;;7;;;; ;1604127..1604200;;aaa;;24;24;;;;; ;1604225..1604461;;CDS;;;;;;79;; ;;;;;;;;;;; ;1617553..1617861;;CDS;;187;187;;;103;; ;1618049..1618133;;tca;;252;252;;;;; ;1618386..1619444;;CDS;;;;;;353;; ;;;;;;;;;;; comp;1692202..1692552;;CDS;;271;271;;;117;; comp;1692824..1692895;;cag;;156;156;;;;; comp;1693052..1693972;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; ;1887796..1888038;;CDS;;136;136;;;81;; ;1888175..1888257;;ctg;;193;193;;;;; ;1888451..1891267;;CDS;;;;;;*939;; ;;;;;;;;;;; ;2057488..2057883;;CDS;;230;230;;;132;; ;2058114..2058184;;tgc;;143;143;;;;; ;2058328..2059713;;CDS;;;;;;462;; ;;;;;;;;;;; ;2128536..2129312;;CDS;;123;123;;;259;; ;2129436..2129509;;acg;;362;362;;;;; comp;2129872..2130963;;CDS;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; comp;2204492..2204932;;CDS;;178;178;;;147;; ;2205111..2205182;;gtc;;4;;4;;;; ;2205187..2205259;;ttc;;283;283;;;;; comp;2205543..2205875;;CDS;;;;;;111;; ;;;;;;;;;;; ;2317208..2317498;;CDS;;271;271;;;97;; ;2317770..2317842;;atc;;460;*460;;;;; ;2318303..2318863;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; comp;2414821..2415903;;CDS;;491;*491;;;361;; ;2416395..2416468;;gcc;;303;303;;;;; comp;2416772..2417797;;CDS;;;;;;342;; ;;;;;;;;;;; comp;2432399..2432848;;CDS;;537;*537;;;150;; ;2433386..2433459;;ggc;;2;;2;;;; ;2433462..2433535;;gga;;326;326;;;;; comp;2433862..2434263;;CDS;;;;;;134;; </pre> ====mfi cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_cumuls|mfi cumuls]] <pre> mfi cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;-;1;2;1;;100;9;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;4;;50;8;20;;200;21;60;3 ;16 gca 235;2;40;2;;100;3;40;;300;10;90;3 ;16 23 5s a;0;60;3;;150;10;60;;400;12;120;10 ;max a;1;80;2;;200;12;80;;500;5;150;7 ;a doubles;0;100;3;;250;8;100;;600;1;180;5 ;autres;2;120;0;;300;7;120;;700;1;210;5 ;total aas;2;140;0;;350;3;140;;800;0;240;2 sans ;opérons;29;160;0;;400;3;160;;900;0;270;4 ;1 aa;20;180;1;;450;0;180;;1000;1;300;1 ;max a;5;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;6 ;a doubles;0;;1;;;5;;;;1;;15 ;total aas;45;;16;0;;64;;0;;61;;61 total aas;;47;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;83;;;224;;;;266;; ;;;variance;121;;;176;;;;265;; sans jaune;;;moyenne;35;;;178;;;;213;;171 ;;;variance;27;;;96;;;;115;;81 </pre> ====mfi blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_blocs|mfi blocs]] <pre> mfi blocs;; CDS;939;201 5s;305;123 23s;233;2867 gca;87; 16s;724;1480 CDS;;322 ;; CDS;397;589 5s;748;122 5s;286;123 23s;233;2867 gca;72; 16s;454;1480 CDS;;382 </pre> ====mfi remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_remarques|mfi remarques]] <pre> mfi;;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;1;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;1;caa;2;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;;cag;1;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ====mfi distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_distribution|mfi distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;;;;;; atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;;;;;; ctc;1;ccc;;cac;;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;;;;;;; gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;;;;;; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1;;ata;;;;;;; cta;;cca;;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;;;;;; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;; ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;;;;;; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;;;;;; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mfi;;20;;;;;;;mfi;25;;;;;2;47;;mfi;0;;;;;; </pre> ====mfi données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_données_intercalaires|mfi données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mfi;fx;fc;mfi;fx40;fc40;mfi;x-;c-;c;x;c;x;aa ;1;0;0;29;0;0;29;-1;;22;281;36;16s tRNA;; 2;0;10;12;146;1;0;20;-2;;0;50;246;87;;gca ;0;20;6;108;2;1;25;-3;;0;-1;206;72;;gca ;2;30;18;58;3;0;14;-4;1;70;198;37;tRNA 23s;; 2;0;40;14;56;4;1;20;-5;;0;177;303;2* 233;;gca ;2;50;11;53;5;1;14;-6;1;0;156;273;tRNA tRNA;; ;2;60;15;58;6;2;7;-7;;0;29;564;85;;acc ;0;70;17;61;7;0;8;-8;1;27;223;148;**;;tta ;1;80;14;57;8;1;10;-9;;0;195;552;5;;aac ;0;90;21;61;9;4;14;-10;;3;155;4;58;;atgi ;0;100;16;67;10;2;14;-11;;11;43;183;53;;gaa ;0;110;10;46;11;0;17;-12;;0;72;228;29;;cta ;0;120;23;51;12;1;12;-13;;4;146;127;**;;cac 1;2;130;22;52;13;0;18;-14;;3;53;246;90;;aag ;3;140;21;40;14;0;16;-15;;0;212;1;504;;ttg 1;2;150;23;47;15;0;3;-16;;1;139;362;**;;aaa ;3;160;21;39;16;0;10;-17;;3;56;178;40;;tgg ;0;170;15;28;17;1;8;-18;;0;133;283;**;;tgc 1;1;180;17;27;18;2;12;-19;;1;351;491;62;;aga 1;1;190;20;34;19;2;5;-20;;1;222;303;**;;agg ;3;200;16;27;20;0;7;-21;;0;127;537;99;;gta 1;0;210;13;28;21;2;6;-22;;0;257;326;**;;gtg ;1;220;17;21;22;3;4;-23;;2;24;;76;;aca 1;3;230;11;30;23;2;8;-24;;0;187;;44;;cca ;0;240;14;24;24;0;12;-25;;0;252;;170;;tac 2;0;250;9;22;25;1;6;-26;;0;271;;7;;gac ;2;260;7;17;26;2;0;-27;;0;156;;**;;aaa ;0;270;17;18;27;2;9;-28;;0;136;;4;;gtc 1;2;280;10;16;28;2;5;-29;;1;193;;**;;ttc 1;1;290;5;12;29;3;4;-30;;0;230;;2;;ggc ;0;300;5;14;30;1;4;-31;;0;143;;**;;gga 2;0;310;13;14;31;1;6;-32;;2;123;;;; ;0;320;12;14;32;5;5;-33;;0;271;;;; 1;0;330;11;17;33;2;10;-34;;1;460;;;; ;0;340;8;6;34;1;5;-35;;2;CDS 16s;;;; ;0;350;7;8;35;2;5;-36;;0;454;724;;; ;1;360;7;10;36;0;3;-37;;0;23s 5s;;;; 1;0;370;9;7;37;0;5;-38;;1;305;;;; ;0;380;6;11;38;0;7;-39;;0;286;;;; ;0;390;9;8;39;0;8;-40;;0;5s 5s;;;; ;0;400;5;10;40;3;2;-41;;0;748;;;; 4;1;reste;99;93;reste;576;1148;-42;;0;5s CDS;;;; 22;34;total;626;1545;total;626;1545;-43;;1;;939;;; 18;32;diagr;527;1423;diagr;50;368;-44;;2;;397;;; 2;2; t30;36;312;;;;-45;;0;;;;; ;;;;;;;;-46;;2;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;; ;x;626;5;0;631;;;-49;;0;;;;; ;c;1516;167;29;1712;;;-50;;0;;;;; ;;;;;2343;87;;reste;2;7;;;;; ;;;;;;2430;;total;5;167;;;;; </pre> =====mfi autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_autres_intercalaires_aas|mfi autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;mfi;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;157153;157563;36;*; ;comp;tRNA;157600;157683;246;*;ctc fin;;CDS;157930;158232;;0; deb;comp;CDS;211693;213681;206;*; ;;tRNA;213888;213971;281;*;tcg fin;;CDS;214253;215677;;0; deb;comp;CDS;314088;314264;50;*; ;comp;tRNA;314315;314487;-1;*;caa fin;comp;CDS;314487;314654;;; deb;comp;CDS;317759;318211;198;*; ;comp;tRNA;318410;318494;177;*;tcc fin;comp;CDS;318672;319634;;; deb;comp;CDS;419250;419975;156;*; ;comp;tRNA;420132;420204;29;*;aac fin;comp;CDS;420234;420545;;; deb;comp;CDS;466570;467484;223;*; ;comp;tRNA;467708;467792;186;*;agc ;comp;ncRNA;467979;468294;122;*; fin;;CDS;468417;469397;;; deb;;CDS;681116;681676;37;*; ;comp;tRNA;681714;681786;195;*;gcg fin;comp;CDS;681982;682488;;0; deb;;CDS;695936;696538;939;*; ;comp;rRNA;697478;697600;305;*;123 ;comp;rRNA;697906;700772;233;*;2867 ;comp;tRNA;701006;701079;87;*;gca ;comp;rRNA;701167;702646;724;*;1480 fin;;CDS;703371;704336;;0; deb;comp;CDS;746487;747290;155;*; ;comp;tRNA;747446;747518;85;*;acc ;comp;tRNA;747604;747686;303;*;tta fin;;CDS;747990;748163;;; deb;comp;CDS;800615;801820;43;*; ;comp;tRNA;801864;801935;72;*;caa fin;comp;CDS;802008;802697;;; deb;comp;CDS;963425;964432;273;*; ;;tRNA;964706;964778;5;*;aac ;;tRNA;964784;964857;58;*;atgi ;;tRNA;964916;964990;53;*;gaa ;;tRNA;965044;965127;29;*;cta ;;tRNA;965157;965232;146;*;cac fin;;CDS;965379;965717;;; deb;comp;CDS;974621;974842;564;*; ;;tRNA;975407;975480;90;*;aag ;;tRNA;975571;975653;504;*;ttg ;;tRNA;976158;976231;148;*;aaa fin;comp;CDS;976380;976679;;0; deb;;CDS;1006329;1008095;397;*; ;comp;rRNA;1008493;1008614;748;*;122 ;comp;rRNA;1009363;1009485;286;*;123 ;comp;rRNA;1009772;1012638;233;*;2867 ;comp;tRNA;1012872;1012945;72;*;gca ;comp;rRNA;1013018;1014497;454;*;1480 fin;comp;CDS;1014952;1016097;;; deb;comp;CDS;1088211;1088831;53;*; ;comp;tRNA;1088885;1089038;40;*;tgg ;comp;tRNA;1089079;1089150;212;*;tgc fin;comp;CDS;1089363;1089746;;0; deb;;CDS;1143658;1144137;166;*; ;comp;ncRNA;1144304;1144610;14;*; ;comp;tRNA;1144625;1144699;139;*;atgf fin;comp;CDS;1144839;1145162;;; deb;;CDS;1153368;1154087;56;*; ;;tRNA;1154144;1154217;62;*;aga ;;tRNA;1154280;1154354;552;*;agg fin;comp;CDS;1154907;1156157;;; deb;;CDS;1247204;1247659;4;*; ;comp;tRNA;1247664;1247739;133;*;cga fin;comp;CDS;1247873;1248481;;; deb;comp;CDS;1320721;1321641;183;*; ;;tRNA;1321825;1321896;99;*;gta ;;tRNA;1321996;1322067;228;*;gtg fin;comp;CDS;1322296;1323084;;0; deb;comp;CDS;1403886;1409507;351;*; ;comp;tRNA;1409859;1409930;222;*;cgc fin;comp;CDS;1410153;1410620;;; deb;;CDS;1532795;1533088;127;*; ;comp;tRNA;1533216;1533325;246;*;atgj fin;;CDS;1533572;1534402;;0; deb;;CDS;1541929;1542321;127;*; ;;tRNA;1542449;1542522;1;*;ggg fin;comp;CDS;1542524;1543528;;; deb;;CDS;1602054;1603277;257;*; ;;tRNA;1603535;1603608;76;*;aca ;;tRNA;1603685;1603759;44;*;cca ;;tRNA;1603804;1603877;170;*;tac ;;tRNA;1604048;1604119;7;*;gac ;;tRNA;1604127;1604200;24;*;aaa fin;;CDS;1604225;1604461;;; deb;;CDS;1617553;1617861;187;*; ;;tRNA;1618049;1618133;252;*;tca fin;;CDS;1618386;1619444;;0; deb;comp;CDS;1692202;1692552;271;*; ;comp;tRNA;1692824;1692895;156;*;cag fin;comp;CDS;1693052;1693972;;; deb;;CDS;1887796;1888038;136;*; ;;tRNA;1888175;1888257;193;*;ctg fin;;CDS;1888451;1891267;;; deb;;CDS;2057488;2057883;230;*; ;;tRNA;2058114;2058184;143;*;tgc fin;;CDS;2058328;2059713;;; deb;;CDS;2128536;2129312;123;*; ;;tRNA;2129436;2129509;362;*;acg fin;comp;CDS;2129872;2130963;;; deb;comp;CDS;2204492;2204932;178;*; ;;tRNA;2205111;2205182;4;*;gtc ;;tRNA;2205187;2205259;283;*;ttc fin;comp;CDS;2205543;2205875;;; deb;;CDS;2317208;2317498;271;*; ;;tRNA;2317770;2317842;460;*;atc fin;;CDS;2318303;2318863;;0; deb;comp;CDS;2414821;2415903;491;*; ;;tRNA;2416395;2416468;303;*;gcc fin;comp;CDS;2416772;2417797;;; deb;comp;CDS;2432399;2432848;537;*; ;;tRNA;2433386;2433459;2;*;ggc ;;tRNA;2433462;2433535;326;*;gga fin;comp;CDS;2433862;2434263;;0; </pre> ===mja=== ====mja opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_opérons|mja opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_jann_DSM_2661/methJann1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000909.1;mja;;genome;;;;;;;; 31.3%GC;17.8.19 Paris;16s 2 ;37;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661;;;;;;;;;;; comp;96499..97053;;CDS;;372;372;;;185;; comp;97426..97537;;atgj;@1;91;;*91;;;; ;97629..97716;;ctc;;241;241;;;;; ;97958..99259;;CDS;;;;;;434;; ;;;;;;;;;;; comp;110328..111545;;CDS;;222;222;;;406;; ;111768..111852;;tga ;;21;21;;;;; ;111874..112785;;CDS;;;;;;304;; ;;;;;;;;;;; ;137244..138245;;CDS;;98;98;;;334;; comp;138344..138419;;gtg;;59;59;;;;; comp;138479..138781;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; ;153070..154479;;CDS;;182;182;;;470;; comp;154662..157639;;23s;;207;;;;2978;; comp;157847..157919;;gca;;64;;;;;; comp;157984..159463;;16s;;340;340;;;1480;; ;159804..160085;;CDS;;;;;;94;; ;;;;;;;;;;; comp;185874..186671;;CDS;;306;306;;;266;; ;186978..187066;;tcc;;71;71;;;;; ;187138..187590;;CDS;;;;;;151;; ;;;;;;;;;;; ;190579..190800;;CDS;;31;31;;;74;; ;190832..190908;;ccc;;32;32;;;;; ;190941..191114;;CDS;;;;;;58;; ;;;;;;;;;;; comp;214560..215060;;CDS;;149;149;;;167;; ;215210..215297;;tta;;154;154;;;;; ;215452..216240;;CDS;;;;;;263;; ;;;;;;;;;;; ;226386..227639;;CDS;;64;64;;;418;; comp;227704..227780;;gcc;;239;239;;;;; ;228020..229720;;CDS;;;;;;*567;; ;;;;;;;;;;; ;303613..303927;;CDS;;64;64;;;105;; ;303992..304081;;tca;;230;230;;;;; comp;304312..304752;;CDS;;;;;;147;; ;;;;;;;;;;; comp;357984..358547;;CDS;;220;220;;;188;; ;358768..358845;;aga;;23;;23;;;; ;358869..358943;;gaa;;164;164;;;;; ;359108..359923;;CDS;;;;;;272;; ;;;;;;;;;;; ;359108..359923;;CDS;;48;48;;;272;; comp;359972..360047;;atgf;;103;103;;;;; comp;360151..361485;;CDS;;;;;;445;; ;;;;;;;;;;; ;401945..402796;;CDS;;171;171;;;284;; comp;402968..403044;;gtc;;229;229;;;;; ;403274..403834;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; comp;618311..618757;;CDS;;402;*402;;;149;; comp;619160..619234;;tgc;;63;63;;;;; comp;619298..619915;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; ;636394..637449;;CDS;;133;133;;;352;; ;637583..637659;;ttc;;7;;;7;;; ;637667..637742;;aac;;29;;;29;;; ;637772..637849;;atgi;;18;;;18;;; ;637868..637942;;gaa;;39;;;39;;; ;637982..638069;;cta;;11;;;11;;; ;638081..638152;;cac;;295;;;;;; ;638448..639930;;16s;;64;;;;1483;; ;639995..640067;;gca;;207;;;;;; ;640275..643254;;23s;;78;;;;2980;; ;643333..643447;;5s;;56;;;;115;; ;643504..643761;;ncRNA;@2;232;232;;;258;; ;643994..644962;;CDS;;;;;;323;; ;;;;;;;;;;; ;762859..763608;;CDS;;157;157;;;250;; comp;763766..763842;;acc;;178;;*178;;;; ;764021..764096;;caa;;50;50;;;;; ;764147..764818;;CDS;;;;;;224;; ;;;;;;;;;;; ;862207..862410;;CDS;;179;179;;;68;; ;862590..862661;;cga;;41;41;;;;; ;862703..863392;;CDS;;86;86;;;230;; ;863479..863555;;aca;;14;;;14;;; ;863570..863647;;cca;;8;;;8;;; ;863656..863732;;tac;;83;;;83;;; ;863816..863889;;aaa;;13;;;;;; ;863903..864017;;5s;@3;46;;;;115;; ;864064..864141;;gac;;80;80;;;;; ;864222..864842;;CDS;;;;;;207;; ;;;;;;;;;;; ;871492..873447;;CDS;;238;238;;;*652;; comp;873686..873763;;atc;;102;102;;;;; comp;873866..875110;;CDS;;;;;;415;; ;;;;;;;;;;; comp;882566..883615;;CDS;;65;65;;;350;; ;883681..883754;;gta;;123;123;;;;; comp;883878..884297;;CDS;;;;;;140;; ;;;;;;;;;;; comp;1037197..1038504;;CDS;;39;39;;;436;; comp;1038544..1038620;;cgc;@4;1;*1;;;;; comp;1038622..1039386;;CDS;;;;;;255;; ;;;;;;;;;;; comp;1148669..1149934;;CDS;;210;210;;;422;; ;1150145..1150220;;ggc;;34;;34;;;; ;1150255..1150330;;gga;;243;243;;;;; ;1150574..1151254;;CDS;;;;;;227;; ;;;;;;;;;;; comp;1188906..1189772;;CDS;;172;172;;;289;; ;1189945..1190055;;tgg;@1;95;95;;;;; ;1190151..1190684;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; comp;1312335..1312781;;CDS;;383;383;;;149;; ;1313165..1313249;;agc;;177;177;;;;; ;1313427..1314617;;CDS;;;;;;397;; </pre> ====mja cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_cumuls|mja cumuls]] <pre> mja cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;1;1;;100;4;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;0;5;50;7;20;;200;12;60;1 ;16 atc gca;0;40;2;2;100;10;40;;300;13;90;2 ;16 23 5s a;0;60;0;0;150;5;60;;400;6;120;3 ;max a;7;80;0;0;200;8;80;;500;8;150;4 ;a doubles;0;100;1;1;250;10;100;;600;1;180;3 ;autres;2;120;0;0;300;0;120;;700;1;210;5 ;total aas;13;140;0;0;350;2;140;;800;0;240;3 sans ;opérons;20;160;0;0;400;2;160;;900;0;270;4 ;1 aa;16;180;1;0;450;1;180;;1000;0;300;4 ;max a;2;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2 ;a doubles;0;;0;0;;0;;;;0;;14 ;total aas;24;;4;8;;46;;0;;45;;45 total aas;;37;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;82;26;;154;;;;269;; ;;;variance;71;25;;102;;;;137;; sans jaune;;;moyenne;29;18;;152;;;;253;;194 ;;;variance;8;12;;95;;;;117;;74 </pre> ====mja blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_blocs|mja blocs]] <pre> mja blocs;; CDS;182; 23s;207;2978 gca;64; 16s;340;1480 CDS;; ;; cac;295; 16s;64;1483 gca;207; 23s;78;2980 5s;56;115 ncRNA;232;258 CDS;; ;; aaa;13; 5s;46;115 gac;80; CDS;; </pre> ====mja remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_remarques|mja remarques]] <pre> mja;;;;;;;37 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====mja distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_distribution|mja distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;;;;;; atc;1;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;;;;;; ctc;;ccc;1;cac;;cgc;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;;;;;; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;;;;;; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;;;;;; cta;;cca;;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;;;;;; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;; ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;;;;;; atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;;;;;; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;; gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mja;;16;;;;;;;mja;8;;;;;;;;mja;0;;;;;; </pre> ====mja données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_données_intercalaires|mja données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mja;fx;fc;mja;fx40;fc40;mja;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;10;11;0;10;11;-1;0;25;372;250;tRNA 16s;; ;1;10;49;179;1;12;18;-2;0;0;241;98;295;;cac ;1;20;31;154;2;12;28;-3;0;0;19;306;16s tRNA;; ;0;30;17;91;3;3;6;-4;26;51;59;149;2* 64;;gca ;3;40;16;50;4;6;32;-5;0;2;71;64;tRNA 23s;; 1;2;50;11;50;5;0;11;-6;4;0;31;239;2* 207;;gca ;1;60;10;45;6;5;4;-7;2;1;32;230;5s tRNA;; 2;2;70;14;44;7;2;5;-8;2;12;154;220;80;;gac ;2;80;14;34;8;5;15;-9;3;0;64;48;tRNA 5s;; ;1;90;28;43;9;3;32;-10;0;1;164;171;13;;aaa 1;1;100;19;36;10;1;28;-11;2;10;103;229;tRNA tRNA;;contig ;2;110;10;28;11;7;16;-12;3;0;402;157;7;;ttc ;0;120;16;30;12;4;22;-13;0;4;63;238;29;;aac 1;0;130;14;28;13;3;17;-14;1;9;133;65;18;;atgi ;1;140;19;32;14;5;13;-15;3;0;50;123;39;;gaa 1;0;150;7;27;15;2;13;-16;0;2;179;210;11;;cta 1;1;160;13;18;16;1;14;-17;0;5;41;172;**;;cac ;1;170;9;12;17;2;10;-18;2;0;86;383;14;;aca 2;2;180;14;14;18;2;17;-19;0;2;80;;8;;cca ;0;190;13;11;19;3;18;-20;0;6;102;;83;;tac ;0;200;10;15;20;2;14;-21;1;0;39;;**;;aaa 1;0;210;5;10;21;4;16;-22;0;0;1;;tRNA tRNA;; 1;0;220;11;11;22;4;11;-23;1;6;243;;91;;atgj 2;0;230;7;10;23;1;9;-24;1;0;95;;**;;ctc 2;0;240;3;9;24;3;11;-25;1;3;177;;23;;aga 1;2;250;3;9;25;2;12;-26;0;1;5s 16s;;**;;gaa ;0;260;0;7;26;1;9;-27;0;0;-;340;178;;acc ;0;270;6;7;27;2;6;-28;0;1;CDS 23s;;**;;caa ;0;280;2;7;28;0;3;-29;1;3;-;182;34;;ggc ;0;290;4;10;29;0;6;-30;0;0;23s 5s;;**;;gga ;0;300;3;1;30;0;8;-31;0;0;78;;;; 1;0;310;2;3;31;3;4;-32;0;3;;;;; ;0;320;6;6;32;2;4;-33;0;0;;;;; ;0;330;1;2;33;1;11;-34;0;2;;;;; ;0;340;3;3;34;2;11;-35;0;1;;;;; ;0;350;2;1;35;0;1;-36;0;0;;;;; ;0;360;3;3;36;1;4;-37;0;0;;;;; ;0;370;3;3;37;1;3;-38;0;3;;;;; ;1;380;3;2;38;1;5;-39;1;0;;;;; 1;0;390;3;0;39;4;7;-40;0;0;;;;; ;0;400;3;1;40;1;0;-41;0;2;;;;; ;1;reste;24;12;reste;318;584;-42;0;0;;;;; 18;25;total;441;1069;total;441;1069;-43;0;0;;;;; 18;24;diagr;407;1046;diagr;113;474;-44;0;1;;;;; 0;2; t30;97;424;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;; ;x;431;56;10;497;;;-49;0;1;;;;; ;c;1058;163;11;1232;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1729;99;;reste;1;6;;;;; ;;;;;;1828;;total;56;163;;;;; </pre> =====mja autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires_aas|mja autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *'''Attention''': Correction erreur fin de génome <pre> autres intercalaires;;mja;;;;; deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;;rpr;378;2126;89;*; fin;comp;CDS;2216;3343;;; deb;comp;CDS;96499;97053;372;*; ;comp;tRNA;97426;97537;91;*;atgj ;;tRNA;97629;97716;241;*;ctc fin;;CDS;97958;99259;;; deb;comp;CDS;110328;111515;250;*; ;;tRNA;111766;111854;19;*;tga fin;;CDS;111874;112785;;1; deb;;CDS;131467;132552;369;*; ;;rpr;132922;133999;114;*; fin;comp;CDS;134114;134959;;; deb;;CDS;137244;138245;98;*; ;comp;tRNA;138344;138419;59;*;gtg fin;comp;CDS;138479;138781;;0; deb;;CDS;153070;154479;182;*; ;comp;rRNA;154662;157639;207;*;23s ;comp;tRNA;157847;157919;64;*;gca ;comp;rRNA;157984;159463;340;*;16s fin;;CDS;159804;160085;;; deb;comp;CDS;185874;186671;306;*; ;;tRNA;186978;187066;71;*;tcc fin;;CDS;187138;187590;;; deb;;CDS;190579;190800;31;*; ;;tRNA;190832;190908;32;*;ccc fin;;CDS;190941;191114;;; deb;comp;CDS;214560;215060;149;*; ;;tRNA;215210;215297;154;*;tta fin;;CDS;215452;216240;;; deb;;CDS;226386;227639;64;*; ;comp;tRNA;227704;227780;239;*;gcc fin;;CDS;228020;229720;;; deb;;CDS;235984;236169;394;*; ;;rpr;236564;238184;97;*; fin;comp;CDS;238282;238725;;0; deb;;CDS;303622;303927;64;*; ;;tRNA;303992;304081;230;*;tca fin;comp;CDS;304312;304752;;; deb;comp;CDS;351301;351564;129;*; ;;rpr;351694;352468;374;*; fin;comp;CDS;352843;353142;;; deb;comp;CDS;357984;358547;220;*; ;;tRNA;358768;358845;23;*;aga ;;tRNA;358869;358943;164;*;gaa deb;;CDS;359108;359923;48;*; ;comp;tRNA;359972;360047;103;*;atgf fin;comp;CDS;360151;361485;;0; deb;;CDS;401945;402796;171;*; ;comp;tRNA;402968;403044;229;*;gtc fin;;CDS;403274;403834;;; deb;;CDS;427091;428104;467;*; ;;rpr;428572;429636;39;*; fin;comp;CDS;429676;430632;;0; deb;comp;CDS;498208;500886;604;*; ;;rpr;501491;501989;52;*; fin;comp;CDS;502042;502485;;; deb;comp;CDS;506108;506779;484;*; ;;rpr;507264;508115;282;*; fin;;CDS;508398;509819;;; deb;comp;CDS;551189;552289;251;*; ;;ncRNA;552541;552856;28;*; fin;;CDS;552885;553364;;; deb;comp;CDS;618311;618757;402;*; ;comp;tRNA;619160;619234;63;*;tgc fin;comp;CDS;619298;619915;;0; deb;;CDS;636394;637449;133;*; ;;tRNA;637583;637659;7;*;ttc ;;tRNA;637667;637742;29;*;aac ;;tRNA;637772;637849;18;*;atgi ;;tRNA;637868;637942;39;*;gaa ;;tRNA;637982;638069;11;*;cta ;;tRNA;638081;638152;295;*;cac ;;rRNA;638448;639930;64;*;16s ;;tRNA;639995;640067;207;*;gca ;;rRNA;640275;643254;78;*;23s ;;rRNA;643333;643447;56;*;5s ;;ncRNA;643504;643761;232;*; fin;;CDS;643994;644962;;1; deb;;CDS;762859;763608;157;*; ;comp;tRNA;763766;763842;178;*;acc ;;tRNA;764021;764096;50;*;caa fin;;CDS;764147;764818;;0; deb;comp;CDS;857400;857993;118;*; ;;rpr;858112;858343;532;*; fin;;CDS;858876;860228;;; deb;;CDS;862207;862410;179;*; ;;tRNA;862590;862661;41;*;cga deb;;CDS;862703;863392;86;*; ;;tRNA;863479;863555;14;*;aca ;;tRNA;863570;863647;8;*;cca ;;tRNA;863656;863732;83;*;tac ;;tRNA;863816;863889;13;*;aaa ;;rRNA;863903;864017;46;*;5s ;;tRNA;864064;864141;80;*;gac fin;;CDS;864222;864842;;; deb;;CDS;871492;873447;238;*; ;comp;tRNA;873686;873763;102;*;atc fin;comp;CDS;873866;875110;;0; deb;comp;CDS;882566;883615;65;*; ;;tRNA;883681;883754;123;*;gta fin;comp;CDS;883878;884297;;0; deb;comp;CDS;1033083;1034345;474;*; ;;rpr;1034820;1035754;93;*; fin;comp;CDS;1035848;1036873;;; deb;comp;CDS;1037197;1038504;39;*; ;comp;tRNA;1038544;1038620;1;*;cgc fin;comp;CDS;1038622;1039386;;; deb;comp;CDS;1047158;1048804;568;*; ;;rpr;1049373;1050302;181;*; fin;;CDS;1050484;1051014;;0; deb;comp;CDS;1148669;1149934;210;*; ;;tRNA;1150145;1150220;34;*;ggc ;;tRNA;1150255;1150330;243;*;gga fin;;CDS;1150574;1151254;;; deb;comp;CDS;1188906;1189772;172;*; ;;tRNA;1189945;1190055;95;*;tgg fin;;CDS;1190151;1190684;;0; deb;;CDS;1218598;1219764;79;*; ;;rpr;1219844;1220165;479;*; fin;comp;CDS;1220645;1222306;;; deb;;CDS;1266436;1266561;484;*; ;;rpr;1267046;1267714;79;*; fin;comp;CDS;1267794;1268189;;; deb;comp;CDS;1312335;1312781;383;*; ;;tRNA;1313165;1313249;177;*;agc fin;;CDS;1313427;1314617;;; deb;;CDS;1455222;1456646;68;*; ;;rpr;1456715;1457335;384;*; fin;comp;CDS;1457720;1458889;;0; deb;;CDS;1568600;1569889;484;*; ;;rpr;1570374;1570895;121;*; fin;comp;CDS;1571017;1572063;;; deb;;CDS;1574035;1575045;473;*; ;;rpr;1575519;1576383;223;*; fin;;CDS;1576607;1577287;;0; deb;comp;CDS;1664008;1664862;377;*; </pre> ====mja intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_entre_cds|mja intercalaires entre cds]] *'''Les intercalaires négatifs:''' <pre> mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;0;0;0;25;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;53 continu;25;0;0;52;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;1;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;7;166 </pre> *'''Le Tableau''' <pre> mja;4.2.21 Paris;;mja 9.4.20;;;;;;; ;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquence5 ;'''négatif;219;12.7;'''négatif ;-13;14;-1 à -83;'''1 664 970;-1;219 ;'''zéro;21;1.2;;;;;'''intercals;0;21 ;'''1 à 200;1275;73.7;'''0 à 200;64;56;;'''151 580;5;128 ;'''201 à 370;166;9.6;'''201 à 370;265;47;;'''9.1%;10;100 ;'''371 à 600;36;2.1;'''371 à 600;438;51;;;15;102 ;'''601 à max;12;0.7;'''601 à 1028;675;39;;;20;83 ;'''total 1729;<201;88;'''total 1727;85;109;-83 à 724;;25;73 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;35 470326;1019;-1;219;-70;3;;0;21;35;39 47370;859;0;21;-60;3;;-1;°25;40;27 451281;848;1;30;-50;1;;-2;0;45;36 449897;724;2;°40;-40;5;;-3;0;50;25 291222;711;3;9;-30;10;'''min à -1;-4;°77;55;18 623421;694;4;°38;-20;25;219;-5;2;60;37 1432395;694;5;11;-10;44;12.7%;-6;4;65;22 694012;687;6;9;0;149;;-7;3;70;36 1461617;685;7;7;10;228;;-8;°14;75;21 1176472;629;8;20;20;185;;-9;3;80;27 328329;625;9;°35;30;108;;-10;1;85;27 911715;622;10;29;40;66;'''1 à 100;-11;°12;90;44 106958;542;11;23;50;61;935;-12;3;95;22 91672;527;12;26;60;55;54.0%;-13;4;100;33 692428;522;13;20;70;58;;-14;°10;105;21 256182;501;14;18;80;48;;-15;3;110;17 1370826;495;15;15;90;71;;-16;2;115;21 15863;490;16;15;100;55;;-17;°5;120;25 424100;489;17;12;110;38;;-18;2;125;22 1547813;489;18;19;120;46;;-19;2;130;20 73799;487;19;°21;130;42;;-20;°6;135;25 1128054;479;20;16;140;51;;-21;1;140;26 777753;478;21;°20;150;34;;-22;0;145;18 983847;478;22;15;160;31;;-23;°7;150;16 1338520;474;23;10;170;21;'''1 à 200;-24;1;155;15 518562;472;24;°14;180;28;1275;-25;4;160;16 410085;456;25;14;190;24;74%;-26;°1;165;11 1291124;450;26;10;200;25;;-27;0;170;10 1607321;446;27;8;210;15;;-28;1;175;16 1596121;439;28;3;220;22;;-29;°4;180;12 439827;431;29;6;230;17;;-30;0;185;10 489906;417;30;8;240;12;;-31;0;190;14 966335;417;31;7;250;12;'''0 à 200;-32;°5;195;16 7338;412;32;6;260;7;1296;;223;200;9 325298;411;33;12;270;13;;reste;17;205;6 1119539;406;34;°13;280;9;;total;240;210;9 258119;400;35;1;290;14;;;;215;11 ;;36;5;300;4;;;;220;11 ;;37;4;310;5;;;;225;5 ;;38;6;320;12;;;;230;12 ;;39;°11;330;3;;;;235;5 ;;40;1;340;6;'''201 à 370;;;240;7 ;;reste;902;350;3;166;;;245;6 ;;total;1729;360;6;9.6%;;;250;6 ;;;;370;6;;;;255;4 ;;;;380;5;;;;260;3 ;;;;390;3;;;;265;7 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;4;;;;270;6 349543;-83;shift2;635;410;1;;;;275;7 541115;-73;shift2;498;420;4;;;;280;2 575292;-71;shift2;146;430;0;;;;285;9 125178;-64;shift2;246;440;2;;;;290;5 1600078;-62;comp;;450;2;;;;295;3 1611178;-62;shift2;1499;460;1;;;;300;1 28018;-59;shift2;497;470;0;;;;305;4 316817;-49;shift2;495;480;5;;;;310;1 1478759;-48;comp;;490;4;;;;315;6 739648;-44;shift2;851;500;1;;;;320;6 875683;-41;shift2;635;510;1;;;;325;3 1378478;-41;shift2;1910;520;0;;;;330;0 12869;-39;;;530;2;;;;335;5 1051112;-38;;;540;0;'''371 à 600;;;340;1 1285398;-38;;;550;1;36;;;345;2 1623026;-38;;;560;0;2.1%;;;350;1 697374;-35;;;570;0;;;;355;3 1152607;-34;;;580;0;'''601 à max;;;360;3 1328814;-34;;;590;0;12;;;365;4 139527;-32;;;600;0;0.7%;;;370;2 312088;-32;;;reste;12;;;;reste;49 352843;-32;;;total;1729;;;;total;1729 </pre> ====mja intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; mja;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-16;150;-532;77;660;313;min50;&-94;719;-1762;147;856;255;min40 31 à 400;47;-300;424;21;711;213;2 parties;&-6.2;87;-410;65;964;468;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;154;57;-;582;poly;78;SF;&227;71;;537;poly;319;SF 31 à 400;115;46;-;623;poly;88;tF;&128;44;-;859;poly;105;SF ;;;;;;;;;;;;;; mja. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.502;;;;; 41-n;0.776;0.326;0.571;;;;;;;;;;; 1-n;0.881;0.844;0.857;;;;;;;;;14.8.21 paris;; mja;fx;fc;;mja;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;mja;Sx-;Sc- 0;10;11;;0;25;11;0;10;11;>0;429;-1;0;25 10;49;179;;10;121;171;1;12;18;<0;56;-2;0;0 20;31;154;;20;76;147;2;12;28;zéro;10;-3;0;0 30;17;91;;30;42;87;3;3;6;total;495;-4;26;51 40;16;50;;40;39;48;4;6;32;;c;-5;0;2 50;11;50;;50;27;48;5;0;11;>0;1060;-6;4;0 60;10;45;;60;25;43;6;5;4;<0;163;-7;2;1 70;14;44;;70;34;42;7;2;5;zéro;11;-8;2;12 80;14;34;;80;34;32;8;5;15;total;1234;-9;3;0 90;28;43;;90;69;41;9;3;32;;;-10;0;1 100;19;36;;100;47;34;10;1;28;total;1729;-11;2;10 110;10;28;;110;25;27;11;7;16;;;-12;3;0 120;16;30;;120;39;29;12;4;22;;;-13;0;4 130;14;28;;130;34;27;13;3;17;;;-14;1;9 140;19;32;;140;47;31;14;5;13;;;-15;3;0 150;7;27;;150;17;26;15;2;13;;;-16;0;2 160;13;18;;160;32;17;16;1;14;;;-17;0;5 170;9;12;;170;22;11;17;2;10;;;-18;2;0 180;14;14;;180;34;13;18;2;17;;;-19;0;2 190;13;11;;190;32;11;19;3;18;;;-20;0;6 200;10;15;;200;25;14;20;2;14;;;-21;1;0 210;5;10;;210;12;10;21;4;16;;;-22;0;0 220;11;11;;220;27;11;22;4;11;;;-23;1;6 230;7;10;;230;17;10;23;1;9;;;-24;1;0 240;3;9;;240;7;9;24;3;11;;;-25;1;3 250;3;9;;250;7;9;25;2;12;;;-26;0;1 260;0;7;;260;0;7;26;1;9;;;-27;0;0 270;6;7;;270;15;7;27;2;6;;;-28;0;1 280;2;7;;280;5;7;28;0;3;;;-29;1;3 290;4;10;;290;10;10;29;0;6;;;-30;0;0 300;3;1;;300;7;1;30;0;8;;;-31;0;0 310;2;3;;310;5;3;31;3;4;;;-32;0;3 320;6;6;;320;15;6;32;2;4;;;-33;0;0 330;0;3;;330;0;3;33;1;11;;;-34;0;2 340;3;3;;340;7;3;34;2;11;;;-35;0;1 350;2;1;;350;5;1;35;0;1;;;-36;0;0 360;3;3;;360;7;3;36;1;4;;;-37;0;0 370;3;3;;370;7;3;37;1;3;;;-38;0;3 380;3;2;;380;7;2;38;1;5;;;-39;1;0 390;3;0;;390;7;0;39;4;7;;;-40;0;0 400;3;1;;400;7;1;40;1;0;;;-41;0;2 reste;23;13;;;;;reste;316;586;;;-42;0;0 total;439;1071;;t30;239;405;total;439;1071;;;-43;0;0 diagr;406;1047;;;;;diagr;113;474;;;-44;0;1 - t30;309;623;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;1;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;total;56;163 </pre> ====mja intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_négatifs_S-|mja intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320 comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;26;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;3;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;56 ;Sc-;25;0;0;51;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;0;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;6;163 </pre> ====mja autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires|mja autres intercalaires]] <pre> mja;autres intercalaires;;adresses1;;;mja;autres intercalaires;;adresses2;;;mja;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;1664008;?;comp;;deb;°CDS;862207;179;;;deb;°CDS;857400;118;comp ;repeat_region;378;89;;;;&tRNA;862590;41;;;;repeat_region;858112;532; fin;°CDS;2216;;comp;;deb;°CDS;862703;86;;;fin;°CDS;858876;; deb;°CDS;96499;372;comp;;;&tRNA;863479;14;;;deb;°CDS;871492;238; ;&tRNA;97426;91;comp;;;&tRNA;863570;8;;;;&tRNA;873686;102;comp ;&tRNA;97629;241;;;;&tRNA;863656;83;;;fin;°CDS;873866;;comp fin;°CDS;97958;;;;;&tRNA;863816;13;;;deb;°CDS;882566;65;comp deb;°CDS;110328;250;comp;;;$rRNA;863903;46;;;;&tRNA;883681;123; ;&tRNA;111766;19;;;;&tRNA;864064;80;;;fin;°CDS;883878;;comp fin;°CDS;111874;;;;fin;°CDS;864222;;;;deb;°CDS;1033083;474;comp deb;°CDS;131467;369;;;deb;°CDS;401945;171;;;;repeat_region;1034820;93; ;repeat_region;132922;114;;;;&tRNA;402968;229;comp;;fin;°CDS;1035848;;comp fin;°CDS;134114;;comp;;fin;°CDS;403274;;;;deb;°CDS;1037197;39;comp deb;°CDS;137244;98;;;deb;°CDS;427091;467;;;;&tRNA;1038544;1;comp ;&tRNA;138344;59;comp;;;repeat_region;428572;39;;;fin;°CDS;1038622;;comp fin;°CDS;138479;;comp;;fin;°CDS;429676;;comp;;deb;°CDS;1047158;568;comp deb;°CDS;153070;182;;;deb;°CDS;498208;604;comp;;;repeat_region;1049373;181; ;$rRNA;154662;207;comp;;;repeat_region;501491;52;;;fin;°CDS;1050484;; ;&tRNA;157847;64;comp;;fin;°CDS;502042;;comp;;deb;°CDS;1148669;210;comp ;$rRNA;157984;340;comp;;deb;°CDS;506108;484;comp;;;&tRNA;1150145;34; fin;°CDS;159804;;;;;repeat_region;507264;282;;;;&tRNA;1150255;243; deb;°CDS;185874;306;comp;;fin;°CDS;508398;;;;fin;°CDS;1150574;; ;&tRNA;186978;71;;;deb;°CDS;551189;251;comp;;deb;°CDS;1188906;172;comp fin;°CDS;187138;;;;;ncRNA;552541;28;;;;&tRNA;1189945;95; deb;°CDS;190579;31;;;fin;°CDS;552885;;;;fin;°CDS;1190151;; ;&tRNA;190832;32;;;deb;°CDS;618311;402;comp;;deb;°CDS;1218598;79; fin;°CDS;190941;;;;;&tRNA;619160;63;comp;;;repeat_region;1219844;479; deb;°CDS;214560;149;comp;;fin;°CDS;619298;;comp;;fin;°CDS;1220645;;comp ;&tRNA;215210;154;;;deb;°CDS;636394;133;;;deb;°CDS;1266436;484; fin;°CDS;215452;;;;;&tRNA;637583;7;;;;repeat_region;1267046;79; deb;°CDS;226386;64;;;;&tRNA;637667;29;;;fin;°CDS;1267794;;comp ;&tRNA;227704;239;comp;;;&tRNA;637772;18;;;deb;°CDS;1312335;383;comp fin;°CDS;228020;;;;;&tRNA;637868;39;;;;&tRNA;1313165;177; deb;°CDS;235984;394;;;;&tRNA;637982;11;;;fin;°CDS;1313427;; ;repeat_region;236564;97;;;;&tRNA;638081;295;;;deb;°CDS;1455222;68; fin;°CDS;238282;;comp;;;$rRNA;638448;64;;;;repeat_region;1456715;384; deb;°CDS;303622;64;;;;&tRNA;639995;207;;;fin;°CDS;1457720;;comp ;&tRNA;303992;230;;;;$rRNA;640275;78;;;deb;°CDS;1568600;484; fin;°CDS;304312;;comp;;;$rRNA;643333;56;;;;repeat_region;1570374;121; deb;°CDS;351301;129;comp;;;ncRNA;643504;232;;;fin;°CDS;1571017;;comp ;repeat_region;351694;374;;;fin;°CDS;643994;;;;deb;°CDS;1574035;473; fin;°CDS;352843;;comp;;deb;°CDS;762859;157;;;;repeat_region;1575519;223; deb;°CDS;357984;220;comp;;;&tRNA;763766;178;comp;;fin;°CDS;1576607;; ;&tRNA;358768;23;;;;&tRNA;764021;50;;;;;;; ;&tRNA;358869;164;;;fin;°CDS;764147;;;;;;;; deb;°CDS;359108;48;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;359972;103;comp;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;360151;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====mja intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_tRNA|mja intercalaires tRNA]] <pre> mja;intercalaires tRNA;;;;;;;;; ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;continu;cumuls ;;;;;;;;;; comp’;91;;372;;241;;31;1;'''deb; ;23;comp’;250;;19;;39;19;<201;6 ;7;comp’;98;;59;;64;32;total;8 ;29;comp’;306;;71;;86;41;taux;75% ;18;;31;;32;;133;50;; ;39;comp’;149;;154;;179;59;'''fin; ;11;comp’;64;comp’;239;;372;63;<201;15 comp’;178;;64;comp’;230;;402;71;total;17 ;14;comp’;220;;164;;'''-;80;taux;88% ;8;comp’;48;;103;;'''-;95;; ;83;comp’;171;comp’;229;;'''-;102;'''total; ;34;;402;;63;;'''-;103;<201;21 ;;;133;;;;'''-;154;total;25 ;;comp’;157;;50;;'''-;164;taux;84% ;;;179;;41;;'''-;177;; ;;;86;;80;;'''-;241;; ;;comp’;238;;102;;'''-;243;'''comp’;'''cumuls ;;comp’;65;comp’;123;;48;123;'''deb; ;;;39;;1;;64;229;<201;8 ;;comp’;210;;243;;65;230;total;14 ;;comp’;172;;95;;98;239;taux;57% ;;comp’;383;;177;;149;'''-;; ;;;;;;;157;'''-;'''fin; ;;;;;;;171;'''-;<201;1 ;;;;;;;172;'''-;total;4 ;;;;;;;210;'''-;taux;25% ;;;;;;;220;'''-;; ;;;;;;;238;'''-;'''total; ;;;;;;;250;'''-;<201;9 ;;;;;;;306;'''-;total;18 ;;;;;;;383;'''-;taux;50% ;;;;;;;;;; ;;;;;deb;fin;total;;; ;;;;<201;14;16;30;;; ;;;;total;22;21;43;;; ;;;;taux;64%;76%;70%;;; </pre> ===mba=== ====mba opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_opérons|mba opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_bark_Fusaro/methBark1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007355.1;mba;;genome;;;;;;;;; 39.2%GC;2.2.20 Paris;16s 3 ;62;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Methanosarcina barkeri str. Fusaro;;;;;;;;;;;; ;91192..91938;;cds;;137;137;;;249;;DUF429 domain-containing protein;* comp;92076..92160;;ctc;+;132;;*132;;;;;* comp;92293..92377;;ctc;2 ctc;298;298;;;;;;* comp;92676..93476;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;* ;;;;;;;;;;;;* comp;98630..99337;;cds;;535;*535;;;236;;ABC transporter ATP-binding protein;* comp;99873..99955;;tcc;;222;222;;;;;;* comp;100178..101194;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;* ;;;;;;;;;;;;* comp;146979..147518;;cds;;80;80;;;180;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;147599..147670;;acc;;198;198;;;;;;* comp;147869..148381;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;199345..200268;;cds;;492;*492;;;308;;aldolase;* comp;200761..200833;;aac;+;71;;71;;;;;* comp;200905..200979;;atgi;2 aac;119;;*119;;;;;* comp;201099..201171;;aac;;964;*964;;;;;;* ;202136..202366;;cds;;;;;;77;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;260990..261532;;cds;;173;173;;;181;;nitroreductase family protein";* ;261706..261777;;cgg;;673;*673;;;;;;* ;262451..262960;;cds;;;;;;170;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;463836..464723;;cds;;2075;*2075;;;296;;polyprenyl synthetase family protein;* ;466799..466870;;gga;;94;;*94;;;;;* ;466965..467049;;cta;;221;221;;;;;;* comp;467271..468818;;cds;;;;;;*516;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;473154..473723;;cds;;298;298;;;190;;hp;* comp;474022..474096;;gag;;246;246;;;;;;* comp;474343..475584;;cds;;;;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;692109..692987;;cds;;349;349;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;* ;693337..693411;;aga;;400;400;;;;;;* comp;693812..694420;;cds;;;;;;203;;sulfite exporter TauE/SafE family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;703446..703958;;cds;;488;*488;;;171;;biotin transporter BioY;* ;704447..704521;;agg;;283;283;;;;;;* ;704805..705284;;cds;;;;;;160;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;800463..800642;;cds;;799;*799;;;60;;hp;* comp;801442..801526;;agc;;137;137;;;;;;* comp;801664..801978;;ncRNA;@1;327;327;;;315;;;* ;802306..803931;;cds;;;;;;*542;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1109819..1110013;;cds;;15;15;;;65;;hp;* ;1110029..1110103;;atgf;+;63;;63;;;;;* ;1110167..1110241;;atgf;3 atg;63;;63;;;;;* ;1110305..1110379;;atgf;;273;273;;;;;;* ;1110653..1111984;;cds;;;;;;444;;signal recognition particle protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1134460..1135074;;cds;;235;235;;;205;;endonuclease III;* comp;1135310..1135381;;tgc;+;65;;65;;;;;* comp;1135447..1135518;;tgc;2 tgc;126;126;;;;;;* comp;1135645..1136277;;cds;;;;;;211;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1137210..1137680;;cds;;488;*488;;;157;;P-bacterioferritin;* comp;1138169..1138290;;5s;;129;;;;122;;;* comp;1138420..1141252;;23s;;222;;;;2833;;;* comp;1141475..1142963;;16s;;830;*830;;;1489;;;* ;1143794..1145302;;cds;;;;;;*503;;2-isopropylmalate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1249870..1250040;;cds;;423;*423;;;57;;CopG family transcriptional regulator;* comp;1250464..1250537;;aag;;546;*546;;;;;;* ;1251084..1251290;;cds;;;;;;69;;TRAM domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1315521..1315691;;cds;@2;-12;*-12;;;57;;hp;* comp;1315680..1315751;;cgc;;174;174;;;;;;* ;1315926..1317110;;cds;;;;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1514831..1515373;;cds;;1133;*1133;;;181;;ArsR family transcriptional regulator;* ;1516507..1516579;;caa;;760;*760;;;;;;* comp;1517340..1517663;;cds;;;;;;108;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1538879..1539286;;cds;;36;36;;;136;;sensor histidine kinase;* comp;1539323..1539395;;other;@3;1249;*1249;;;73;;;* >comp;1540645..1540794;;cds;;;;;;50;;PKD domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1546247..1547791;;cds;;576;*576;;;*515;;aminotransferase class V-fold PLP-dependent enzyme;* comp;1548368..1548441;;aca;;448;*448;;;;;;* <;1548890..1549093;;cds;;;;;;68;;matrixin family metalloprotease;* ;;;;;;;;;;;;* ;1550566..1550760;;cds;;745;*745;;;65;;DeoR family transcriptional regulator;* comp;1551506..1551579;;aca;;506;*506;;;;;;* ;1552086..1552640;;cds;;;;;;185;;YkgJ family cysteine cluster protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1621639..1622835;;cds;;433;*433;;;399;;methionine adenosyltransferase;* ;1623269..1623384;;tac;@4;112;;*112;;;;;* ;1623497..1623569;;gac;;300;300;;;;;;* comp;1623870..1624067;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1714788..1715069;;cds;;154;154;;;94;;hp;* comp;1715224..1715295;;acg;;187;187;;;;;;* comp;1715483..1716493;;cds;;;;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1755811..1755993;;cds;;113;113;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;* comp;1756107..1756181;;ccg;@5;0;*0;;;;;;* comp;1756182..1756370;;cds;;;;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;* ;;;;;;;;;;;;* ;1842058..1842195;;cds;;16;16;;;46;;hp;* comp;1842212..1842285;;gtg;;717;*717;;;;;;* ;1843003..1843767;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1852573..1852896;;cds;;1364;*1364;;;108;;PadR family transcriptional regulator;* comp;1854261..1854338;;ccc;;198;198;;;;;;* comp;1854537..1855097;;cds;;;;;;187;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1908225..1908989;;cds;;349;349;;;255;;hp;* comp;1909339..1909530;;tgg;;445;*445;;;;;;* >;1909976..1910152;;cds;;;;;;59;;nitrogenase reductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1926717..1927178;;cds;;183;183;;;154;;DUF4145 domain-containing protein;* comp;1927362..1927445;;tcg;;125;125;;;;;;* comp;1927571..1928944;;cds;;;;;;458;;endonuclease Q family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2005431..2007053;;cds;;2315;*2315;;;*541;;PKD domain-containing protein;* comp;2009369..2009443;;cca;;199;199;;;;;;* comp;2009643..2010194;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2026807..2028456;;cds;;314;314;;;*550;;ATP-dependent DNA ligase;* ;2028771..2028842;;ggg;;513;*513;;;;;;* comp;2029356..2029766;;cds;;;;;;137;;PaaI family thioesterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2157926..2158684;;cds;;567;*567;;;253;;hp;* ;2159252..2159362;;atgj;;349;349;;;;;;* ;2159712..2160225;;cds;;;;;;171;;amidohydrolase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2194967..2195302;;cds;;713;*713;;;112;;translation initiation factor eIF-1A;* ;2196016..2197504;;16s;;222;;;;1489;;;* ;2197727..2200559;;23s;;129;;;;2833;;;* ;2200689..2200810;;5s;;607;*607;;;122;;;* comp;2201418..2201615;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;2434335..2434609;;cds;;603;*603;;;92;;nucleoside deaminase;* comp;2435213..2435284;;gcc;;223;;*223;;;;;* ;2435508..2435584;;atc;+;74;;74;;;;;* ;2435659..2435735;;atc;2 atc;241;241;;;;;;* comp;2435977..2436390;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;2622097..2624025;;cds;;1489;*1489;;;*643;;replication factor C large subunit;* ;2625515..2625588;;gta;;1102;*1102;;;;;;* ;2626691..2626918;;cds;;;;;;76;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2650514..2651296;;cds;;164;164;;;261;;thiazole biosynthesis protein;* ;2651461..2651532;;cac;;218;218;;;;;;* ;2651751..2653460;;cds;;;;;;*570;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2663547..2664668;;cds;;318;318;;;374;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* comp;2664987..2665058;;ggc;;263;263;;;;;;* ;2665322..2666563;;cds;;;;;;414;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2856552..2857409;;cds;;134;134;;;286;;hp;* comp;2857544..2857628;;tca;;153;153;;;;;;* comp;2857782..2858546;;cds;;;;;;255;;peptidylprolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3326036..3326557;;cds;;539;*539;;;174;;hp;* ;3327097..3327168;;tgc;;995;*995;;;;;;* ;3328164..3328898;;cds;;;;;;245;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3994472..3994921;;cds;;514;*514;;;150;;IS200/IS605 family transposase;* comp;3995436..3995529;;cga;;477;*477;;;;;;* ;3996007..3996714;;cds;;;;;;236;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4005709..4006026;;cds;;269;269;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;* ;4006296..4006378;;ttg;;860;*860;;;;;;* ;4007239..4009012;;rpr;@6;169;169;;;1774;;Family CRISPR;* comp;4009182..4009478;;cds;;;;;;99;;CRISPR-associated endonuclease Cas2;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4031590..4031871;;cds;;1075;*1075;;;94;;hp;* ;4032947..4033019;;cag;;182;182;;;;;;* comp;4033202..4033765;;cds;;;;;;188;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4041205..4041960;;cds;;96;96;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;4042057..4042141;;tta;;375;375;;;;;;* comp;4042517..4044976;;cds;;;;;;*820;;beta-propeller fold lactonase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4045359..4048274;;cds;;718;*718;;;*972;;PKD domain-containing protein;* ;4048993..4049077;;tta;;35;35;;;;;;* comp;4049113..4052403;;cds;;241;241;;;*1097;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* ;4052645..4052729;;tta;;177;177;;;;;;* comp;4052907..4053395;;cds;;;;;;163;;MarR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;4407561..4407830;;cds;;64;64;;;90;;elongation factor 1-beta;* ;4407895..4407966;;gcg;;675;*675;;;;;;* comp;4408642..4409715;;cds;;;;;;358;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4504139..4504300;;cds;;536;*536;;;54;;hp;* comp;4504837..4504921;;ctg;;220;220;;;;;;* comp;4505142..4506050;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4551177..4551851;;cds;;566;*566;;;225;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;4552418..4552491;;gtc;+;94;;*94;;;;;* ;4552586..4552660;;ttc;2 gtc;7;;7;;;;;* ;4552668..4552739;;ggc;2 ttc;61;;61;;;;;* ;4552801..4552874;;gtc;2 ggc;94;;*94;;;;;* ;4552969..4553043;;ttc;;7;;7;;;;;* ;4553051..4553122;;ggc;;717;*717;;;;;;* ;4553840..4554052;;cds;;;;;;71;;MoaD/ThiS family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;4617920..4618339;;cds;;200;200;;;140;;hp;* ;4618540..4618617;;gaa;;351;351;;;;;;* ;4618969..4619190;;cds;;377;377;;;74;;hp;* ;4619568..4619645;;gaa;;214;214;;;;;;* comp;4619860..4620678;;cds;;;;;;273;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4673041..4673643;;cds;;289;289;;;201;;adenosylcobinamide amidohydrolase;* comp;4673933..4674054;;5s;;129;;;;122;;;* comp;4674184..4677016;;23s;;135;;;;2833;;;* comp;4677152..4677224;;gca;;79;;;;;;;* comp;4677304..4678792;;16s;;1242;*1242;;;1489;;;* ;4680035..4680817;;cds;;;;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4759174..4759410;;cds;;89;89;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;* comp;4759500..4759576;;aaa;;655;*655;;;;;;* comp;4760232..4760801;;cds;;;;;;190;;DJ-1/PfpI family protein;* </pre> ====mba cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_cumuls|mba cumuls]] <pre> mba cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;2;1;;100;25;30;0 ;16 23 5s 0;2;20;2;;50;4;20;;200;27;60;7 ;16 gca 235;1;40;0;;100;4;40;;300;21;90;14 ;16 23 5s a;0;60;0;;150;6;60;;400;8;120;8 ;max a;1;80;6;;200;14;80;;500;4;150;5 ;a doubles;0;100;3;;250;9;100;;600;7;180;10 ;autres;0;120;2;;300;8;120;;700;1;210;11 ;total aas;1;140;1;;350;6;140;;800;0;240;4 sans ;opérons;44;160;0;;400;4;160;;900;1;270;10 ;1 aa;37;180;0;;450;4;180;;1000;1;300;4 ;max a;6;200;0;;500;4;200;;1100;1;330;2 ;a doubles;6;;1;;;35;;;;0;;21 ;total aas;61;;15;0;;100;;0;;96;;96 total aas;;62;;;;;;;;;;; remarques;;6;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;85;;;457;;;;240;; ;;;variance;52;;;407;;;;194;; sans jaune;;;moyenne;51;;;210;;;;186;;158 ;;;variance;28;;;98;;;;106;;78 </pre> ====mba blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_blocs|mba blocs]] <pre> mba blocs;;;; cds;289;201;adenosylcobinamide amidohydrolase;* 5s;129;122;;* 23s;135;2833;;* gca;79;;;* 16s;1242;1489;;* cds;;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;;;; cds;713;112;translation initiation factor eIF-1A;* 16s;222;1489;;* 23s;129;2833;;* 5s;607;122;;* cds;;66;hp;* ;;;; cds;488;157;P-bacterioferritin;* 5s;129;122;;* 23s;222;2833;;* 16s;830;1489;;* cds;;503;2-isopropylmalate synthase;* </pre> ====mba remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_remarques|mba remarques]] <pre> mba;;;;;;62;62 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;4 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3 tta;3;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====mba distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_distribution|mba distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc; gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;3;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mba;;37;;;;;;;mba;14;;;;;;;;mba;9;;;;;; </pre> ====mba données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_données_intercalaires|mba données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mba;fx;fc;mba;fx40;fc40;mba;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;1;0;1;21;0;1;21;-1;0;33;298;137;CDS 16s;; ;0;10;8;155;1;0;22;-2;2;0;535;790;;835; 1;1;20;13;127;2;2;31;-3;0;2;222;2075;;718; ;0;30;11;72;3;0;12;-4;3;117;80;221;;1247; 1;1;40;19;74;4;2;17;-5;1;0;198;298;16s 23s;; ;0;50;12;54;5;1;23;-6;2;0;492;349;2*209;; ;0;60;18;61;6;0;15;-7;0;5;173;400;23s 5s;; ;1;70;11;48;7;0;4;-8;0;33;673;488;3*74;; ;1;80;16;54;8;2;4;-9;0;1;246;546;5s CDS;; ;1;90;18;53;9;0;8;-10;0;4;307;-12;;488; 1;0;100;17;37;10;1;19;-11;0;13;799;174;;607; ;0;110;16;38;11;2;16;-12;0;0;15;286;;289; ;1;120;30;43;12;0;8;-13;1;4;273;760;16s tRNA;; ;2;130;11;39;13;0;19;-14;3;15;235;448;85;;gca 2;0;140;20;35;14;2;13;-15;0;0;126;745;tRNA 23s;; ;0;150;19;52;15;1;12;-16;0;5;423;506;116;;gca 1;1;160;22;25;16;1;13;-17;1;11;36;300;tRNA tRNA;; ;1;170;14;44;17;0;11;-18;0;5;1249;154;132;;ctc 2;1;180;24;36;18;3;13;-19;0;4;576;16;**;;ctc 2;1;190;29;46;19;1;7;-20;1;7;433;717;71;;aac ;4;200;27;30;20;3;15;-21;0;0;187;445;119;;atgi ;0;210;18;21;21;1;8;-22;0;1;113;183;**;;aac 1;2;220;31;43;22;4;8;-23;1;5;0;314;94;;gga 1;1;230;20;31;23;2;4;-24;0;0;1379;513;**;;cta ;1;240;15;32;24;0;14;-25;0;5;198;241;63;;atgf 2;1;250;24;27;25;1;4;-26;1;8;349;318;63;;atgf ;0;260;25;34;26;0;6;-27;0;1;125;263;**;;atgf 1;1;270;18;35;27;1;10;-28;0;3;2315;134;65;;tgc ;1;280;18;37;28;1;4;-29;0;1;199;514;**;;tgc 1;0;290;16;26;29;1;4;-30;0;0;567;477;112;;tac 2;1;300;12;23;30;0;10;-31;0;0;349;1075;**;;gac ;1;310;19;24;31;1;2;-32;0;4;603;182;223;;gcc 2;0;320;17;27;32;0;6;-33;0;0;1489;96;74;;atc ;0;330;14;23;33;0;8;-34;1;0;1102;375;**;;atc ;0;340;27;22;34;3;7;-35;1;5;164;718;94;;gtc 1;2;350;12;28;35;1;11;-36;0;0;218;35;7;;ttc ;1;360;14;18;36;6;8;-37;0;0;153;241;61;;ggc ;0;370;11;20;37;0;9;-38;0;3;539;177;94;;gtc 1;1;380;12;24;38;0;11;-39;0;0;995;675;7;;ttc ;0;390;8;15;39;4;6;-40;0;0;269;566;**;;ggc 1;0;400;19;18;40;4;6;-41;1;1;64;214;;; 17;19;reste;527;709;reste;1181;1932;-42;0;0;536;;;; 41;49;total;1233;2381;total;1233;2381;-43;0;0;220;;;; 23;29;diagr;705;1651;diagr;51;428;-44;0;1;717;;;; 1;1; t30;32;354;;;;-45;0;0;200;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;351;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;377;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;89;;;; ;x;1232;22;1;1255;;;-49;0;3;655;;;; ;c;2360;307;21;2688;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;3943;128;;reste;3;6;;;;; ;;;;;;4071;;total;22;307;;;;; </pre> =====mba autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_autres_intercalaires_aas|mba autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;mba;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;91192;137;; ;tRNA;92076;132;comp;ctc ;tRNA;92293;298;comp;ctc fin;CDS;92676;;comp; deb;CDS;98630;535;comp; ;tRNA;99873;222;comp;tcc fin;CDS;100178;;comp; deb;CDS;146979;80;comp; ;tRNA;147599;198;comp;acc fin;CDS;147869;;comp; deb;CDS;199345;492;comp; ;tRNA;200761;71;comp;aac ;tRNA;200905;119;comp;atgi ;tRNA;201099;790;comp;aac fin;CDS;201962;;; deb;CDS;260990;173;; ;tRNA;261706;673;;cgg fin;CDS;262451;;; deb;CDS;355894;309;; ;repeat_region;356467;137;; fin;CDS;359947;;; deb;CDS;463836;2075;comp; ;tRNA;466799;94;;gga ;tRNA;466965;221;;cta fin;CDS;467271;;comp; deb;CDS;473154;298;; ;tRNA;474022;246;comp;gag fin;CDS;474343;;comp; deb;CDS;692109;349;comp; ;tRNA;693337;400;;aga fin;CDS;693812;;comp; deb;CDS;703446;488;comp; ;tRNA;704447;307;;agg fin;CDS;704829;;; deb;CDS;800463;799;comp; ;tRNA;801442;137;comp;agc ;ncRNA;801664;327;comp; fin;CDS;802306;;; deb;CDS;1109819;15;; ;tRNA;1110029;63;;atgf ;tRNA;1110167;63;;atgf ;tRNA;1110305;273;;atgf fin;CDS;1110653;;; deb;CDS;1134460;235;comp; ;tRNA;1135310;65;comp;tgc ;tRNA;1135447;126;comp;tgc fin;CDS;1135645;;comp; deb;CDS;1137210;488;; ;rRNA;1138169;74;comp;122 ;rRNA;1138365;209;comp;2833 ;rRNA;1141481;835;comp;1489 fin;CDS;1143794;;; deb;CDS;1249870;423;comp; ;tRNA;1250464;546;comp;aag fin;CDS;1251084;;; deb;CDS;1315521;-12;; ;tRNA;1315680;174;comp;cgc fin;CDS;1315926;;; deb;CDS;1516050;286;comp; ;tRNA;1516507;760;;caa fin;CDS;1517340;;comp; deb;CDS;1538879;36;comp; ;tRNA;1539323;1249;comp;other fin;CDS;1540645;;comp; deb;CDS;1546247;576;comp; ;tRNA;1548368;448;comp;aca fin;CDS;1548890;;; deb;CDS;1550566;745;; ;tRNA;1551506;506;comp;aca fin;CDS;1552086;;; deb;CDS;1621639;433;; ;tRNA;1623269;112;;tac ;tRNA;1623497;300;;gac fin;CDS;1623870;;comp; deb;CDS;1657967;616;comp; ;repeat_region;1660242;74;; fin;CDS;1661656;;; deb;CDS;1714788;154;; ;tRNA;1715224;187;comp;acg fin;CDS;1715483;;comp; deb;CDS;1755811;113;comp; ;tRNA;1756107;0;comp;ccg fin;CDS;1756182;;comp; deb;CDS;1842058;16;; ;tRNA;1842212;717;comp;gtg fin;CDS;1843003;;; deb;CDS;1852573;1379;comp; ;tRNA;1854261;198;comp;ccc fin;CDS;1854537;;comp; deb;CDS;1908225;349;comp; ;tRNA;1909339;445;comp;tgg fin;CDS;1909976;;; deb;CDS;1926495;183;; ;tRNA;1927362;125;comp;tcg fin;CDS;1927571;;comp; deb;CDS;1975038;78;; ;ncRNA;1976292;428;comp; fin;CDS;1977078;;; deb;CDS;2005431;2315;comp; ;tRNA;2009369;199;comp;cca fin;CDS;2009643;;comp; deb;CDS;2026807;314;comp; ;tRNA;2028771;513;;ggg fin;CDS;2029356;;comp; deb;CDS;2157926;567;; ;tRNA;2159252;349;;atgj fin;CDS;2159712;;; deb;CDS;2194967;718;comp; ;rRNA;2196021;209;;1489 ;rRNA;2197708;74;;2833 ;rRNA;2200689;607;;122 fin;CDS;2201418;;comp; deb;CDS;2434335;603;comp; ;tRNA;2435213;223;comp;gcc ;tRNA;2435508;74;;atc ;tRNA;2435659;241;;atc fin;CDS;2435977;;comp; deb;CDS;2622097;1489;; ;tRNA;2625515;1102;;gta fin;CDS;2626691;;; deb;CDS;2650514;164;; ;tRNA;2651461;218;;cac fin;CDS;2651751;;; deb;CDS;2663547;318;; ;tRNA;2664987;263;comp;ggc fin;CDS;2665322;;; deb;CDS;2856552;134;; ;tRNA;2857544;153;comp;tca fin;CDS;2857782;;comp; deb;CDS;3326036;539;; ;tRNA;3327097;995;;tgc fin;CDS;3328164;;; deb;CDS;3994472;514;; ;tRNA;3995436;477;comp;cga fin;CDS;3996007;;; deb;CDS;4005709;269;; ;tRNA;4006296;860;;ttg ;repeat_region;4007239;169;; fin;CDS;4009182;;comp; deb;CDS;4031590;1075;comp; ;tRNA;4032947;182;;cag fin;CDS;4033202;;comp; deb;CDS;4041205;96;comp; ;tRNA;4042057;375;;tta fin;CDS;4042517;;comp; deb;CDS;4045359;718;comp; ;tRNA;4048993;35;;tta deb;CDS;4049113;241;comp; ;tRNA;4052645;177;;tta fin;CDS;4052907;;comp; deb;CDS;4407561;64;; ;tRNA;4407895;675;;gcg fin;CDS;4408642;;comp; deb;CDS;4504139;536;comp; ;tRNA;4504837;220;comp;ctg fin;CDS;4505142;;comp; deb;CDS;4551177;566;comp; ;tRNA;4552418;94;;gtc ;tRNA;4552586;7;;ttc ;tRNA;4552668;61;;ggc ;tRNA;4552801;94;;gtc ;tRNA;4552969;7;;ttc ;tRNA;4553051;717;;ggc fin;CDS;4553840;;; deb;CDS;4617920;200;; ;tRNA;4618540;351;;gaa deb;CDS;4618969;377;; ;tRNA;4619568;214;;gaa fin;CDS;4619860;;comp; deb;CDS;4673041;289;; ;rRNA;4673933;74;comp;122 ;rRNA;4674129;116;comp;2833 ;tRNA;4677152;85;comp;gca ;rRNA;4677310;1247;comp;1489 fin;CDS;4680035;;; deb;CDS;4759174;89;comp; ;tRNA;4759500;655;comp;aaa fin;CDS;4760232;;comp; </pre> ====mba intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_entre_cds|mba intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> mba;4.2.21 Paris;;mba 17.12.20;;;;;;;;; mba;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;329;8.3;'''négatif ;-12;13;-1 à -74;'''4 837 408;-1;329;610;21 ;'''zéro;22;0.6;;;;;'''intercals;0;22;620;23 ;'''1 à 200;1478;37.5;'''0 à 200;85;62;;'''1 292 909;5;110;630;21 ;'''201 à 370;782;19.8;'''201 à 370;278;48;;'''26.7%;10;53;640;20 ;'''371 à 600;643;16.3;'''371 à 600;475;66;;;15;73;650;14 ;'''601 à max;689;17.5;'''601 à 1028;920;310;;;20;67;660;22 ;'''total 3943;<201;46;'''total 3938;324;341;-74 à 2323;;25;46;670;14 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;37;680;28 3095040;2919;-1;329;-70;1;;0;22;35;39;690;6 526434;2894;0;22;-60;0;;-1;°33;40;54;700;11 1788553;2705;1;22;-50;8;;-2;2;45;35;710;20 2002090;2693;2;°33;-40;7;;-3;2;50;31;720;14 4631335;2517;3;12;-30;14;'''min à -1;-4;°120;55;34;730;7 818173;2323;4;19;-20;34;329;-5;1;60;45;740;16 2797830;2322;5;°24;-10;66;8.3%;-6;2;65;34;750;20 3799612;2309;6;15;0;221;;-7;5;70;25;760;12 376145;2299;7;4;10;163;;-8;°33;75;34;770;18 3653740;2282;8;6;20;140;;-9;1;80;36;780;12 4809596;2233;9;8;30;83;;-10;4;85;41;790;8 1187952;2165;10;°20;40;93;'''1 à 100;-11;°13;90;30;800;7 4415180;2161;11;18;50;66;878;-12;0;95;27;810;6 3268995;2076;12;8;60;79;22.3%;-13;5;100;27;820;8 372411;1964;13;°19;70;59;;-14;°18;105;23;830;8 3552425;1946;14;15;80;70;;-15;0;110;31;840;9 3151269;1901;15;13;90;71;;-16;5;115;32;850;13 3603917;1870;16;°14;100;54;;-17;°12;120;41;860;6 542032;1854;17;11;110;54;;-18;5;125;25;870;18 682785;1848;18;°16;120;73;;-19;4;130;25;880;8 3195397;1797;19;8;130;50;;-20;°8;135;24;890;10 2484625;1761;20;°18;140;55;;-21;0;140;31;900;9 3100209;1754;21;9;150;71;;-22;1;145;42;910;7 2724177;1733;22;°12;160;47;;-23;°6;150;29;920;5 912406;1712;23;6;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;23;930;4 2448660;1707;24;°14;180;60;1478;-25;5;160;24;940;7 2750853;1677;25;5;190;75;37.5%;-26;°9;165;22;950;15 4703857;1624;26;6;200;57;;-27;1;170;36;960;9 974831;1613;27;°11;210;39;;-28;3;175;29;970;5 4637075;1600;28;5;220;74;;-29;°1;180;31;980;9 2503952;1596;29;5;230;51;;-30;0;185;39;990;8 511626;1595;30;°10;240;47;;-31;0;190;36;1000;9 2705610;1569;31;3;250;51;'''0 à 200;-32;°4;195;33;1010;3 3908084;1568;32;6;260;59;1500;;325;200;24;1020;9 2490112;1557;33;8;270;53;;reste;26;205;19;1030;4 63786;1555;34;10;280;55;;total;351;210;20;1040;7 136653;1553;35;12;290;42;;;;215;46;1050;3 958597;1549;36;°14;300;35;;;;220;28;1060;7 301149;1548;37;9;310;43;;;;225;29;1070;10 1165546;1516;38;°11;320;44;;'''intercal;'''<u>frequencef;230;22;1080;5 ;;39;10;330;37;;600;3254;235;24;1090;3 ;;40;10;340;49;'''201 à 370;700;180;240;23;1100;1 ;;reste;3113;350;40;782;800;134;245;29;1110;8 ;;total;3943;360;32;19.8%;900;95;250;22;1120;4 ;;;;370;31;;1000;78;255;30;1130;3 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;36;;1100;52;260;29;1140;4 4403838;-74;comp;;390;23;;1200;41;265;26;1150;3 1874377;-59;shift2;688;400;37;;1300;30;270;27;1160;5 4136612;-59;shift2;694;410;34;;1400;22;275;22;1170;4 493240;-56;shift2;127;420;31;;1500;15;280;33;1180;3 942901;-56;shift2;601;430;43;;1600;13;285;20;1190;3 4169341;-56;shift2;238;440;34;;1700;3;290;22;1200;4 4335751;-56;shift2;445;450;30;;1800;6;295;20;;580 4374865;-55;comp;;460;27;;1900;3;300;15;reste;109 2801727;-51;comp;;470;31;;2000;3;305;18;total;3943 1742959;-49;shift2;2660;480;28;;2100;1;310;25;; 2882494;-49;shift2;1325;490;28;;2200;2;315;24;; 3292321;-49;shift2;101;500;26;;2300;3;320;20;; 2440972;-47;shift2;664;510;22;;2400;3;325;19;; 4561346;-44;shift2;1744;520;32;;2500;0;330;18;; 1057681;-41;shift2;394;530;25;;2600;1;335;21;; 1723225;-41;comp;;540;20;'''371 à 600;2700;1;340;28;; 82489;-38;;;550;23;643;2800;1;345;21;; 222695;-38;;;560;22;16.3%;2900;1;350;19;; 3533580;-38;;;570;22;;3000;1;355;19;; 1573832;-35;;;580;28;'''601 à max;;689;360;13;; 1931905;-35;;;590;18;689;;;365;15;; 3122151;-35;;;600;23;17.5%;;;370;16;; 3337334;-35;;;reste;689;;reste;0;reste;1332;; 4054645;-35;;;total;3943;;total;3943;total;3943;; </pre> ====mba intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> mba Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; mba;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;4.9;-71;219;11;350;483;min10;-50;359;-832;80;823;239;min50 1 à 600;5.8;-62;170;7.4;465;354;2 parties;-6.7;100;-498;10;789;495;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;2;25;-;1;poly;348;tF;104;46;;536;poly;287;SF 1 à 600;14;20;-;156;poly;309;tF;80;59;-;580;poly;209;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélation et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;800;;;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;corrélation;;;;;;;;complément à 800;; 41-n;0.154;-0.330;-0.221;0.639;;;;;;;-0.074;;;;;;;;effectifs;; 1-n;-0.223;-0.512;-0.477;;;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;;; mba;fx;fc;;mba;fx%;fc%;mba;fx;fc;;fx40;fc40;;x;mba;Sx-;Sc-;;mba;fx;fc 0;1;21;;0;1;13;;;;0;1;21;>0;1232;-1;0;33;;410;13;21 10;8;155;;10;11;94;410;13;21;1;0;22;<0;22;-2;2;0;;420;13;18 20;13;127;;20;18;77;420;13;18;2;2;31;zéro;1;-3;0;2;;430;19;24 30;11;72;;30;16;44;430;19;24;3;0;12;total;1255;-4;3;117;;440;15;19 40;19;74;;40;27;45;440;15;19;4;2;17;;c;-5;1;0;;450;14;16 50;12;54;;50;17;33;450;14;16;5;1;23;>0;2360;-6;2;0;;460;7;20 60;18;61;;60;26;37;460;7;20;6;0;15;<0;307;-7;0;5;;470;11;20 70;11;48;;70;16;29;470;11;20;7;0;4;zéro;21;-8;0;33;;480;7;21 80;16;54;;80;23;33;480;7;21;8;2;4;total;2688;-9;0;1;;490;14;14 90;18;53;;90;26;32;490;14;14;9;0;8;;;-10;0;4;;500;12;14 100;17;37;;100;24;22;500;12;14;10;1;19;;;-11;0;13;;510;5;17 110;16;38;;110;23;23;510;5;17;11;2;16;;;-12;0;0;;520;15;17 120;30;43;;120;43;26;520;15;17;12;0;8;;;-13;1;4;;530;8;17 130;11;39;;130;16;24;530;8;17;13;0;19;;;-14;3;15;;540;6;14 140;20;35;;140;28;21;540;6;14;14;2;13;;;-15;0;0;;550;15;8 150;19;52;;150;27;31;550;15;8;15;1;12;;;-16;0;5;;560;10;12 160;22;25;;160;31;15;560;10;12;16;1;13;;;-17;1;11;;570;14;8 170;14;44;;170;20;27;570;14;8;17;0;11;;;-18;0;5;;580;13;15 180;24;36;;180;34;22;580;13;15;18;3;13;;;-19;0;4;;590;8;10 190;29;46;;190;41;28;590;8;10;19;1;7;;;-20;1;7;;600;13;10 200;27;30;;200;38;18;600;13;10;20;3;15;;;-21;0;0;;610;10;11 210;18;21;;210;26;13;610;10;11;21;1;8;;;-22;0;1;;620;7;16 220;31;43;;220;44;26;620;7;16;22;4;8;;;-23;1;5;;630;9;12 230;20;31;;230;28;19;630;9;12;23;2;4;;;-24;0;0;;640;7;13 240;15;32;;240;21;19;640;7;13;24;0;14;;;-25;0;5;;650;4;10 250;24;27;;250;34;16;650;4;10;25;1;4;;;-26;1;8;;660;8;14 260;25;34;;260;35;21;660;8;14;26;0;6;;;-27;0;1;;670;4;10 270;18;35;;270;26;21;670;4;10;27;1;10;;;-28;0;3;;680;12;16 280;18;37;;280;26;22;680;12;16;28;1;4;;;-29;0;1;;690;2;4 290;16;26;;290;23;16;690;2;4;29;1;4;;;-30;0;0;;700;5;6 300;12;23;;300;17;14;700;5;6;30;0;10;;;-31;0;0;;710;8;12 310;19;24;;310;27;15;710;8;12;31;1;2;;;-32;0;4;;720;5;9 320;17;27;;320;24;16;720;5;9;32;0;6;;;-33;0;0;;730;3;4 330;14;23;;330;20;14;730;3;4;33;0;8;;;-34;1;0;;740;5;11 340;27;22;;340;38;13;740;5;11;34;3;7;;;-35;1;5;;750;9;11 350;12;28;;350;17;17;750;9;11;35;1;11;;;-36;0;0;;760;6;6 360;14;18;;360;20;11;760;6;6;36;6;8;;;-37;0;0;;770;10;8 370;11;20;;370;16;12;770;10;8;37;0;9;;;-38;0;3;;780;3;9 380;12;24;;380;17;15;780;3;9;38;0;11;;;-39;0;0;;790;5;3 390;8;15;;390;11;9;790;5;3;39;4;6;;;-40;0;0;;800;2;5 400;19;18;;400;27;11;800;2;5;40;4;6;;;-41;1;1;;;1061;2156 reste;527;709;;;;;reste;171;204;reste;1181;1932;;;-42;0;0;;;; total;1233;2381;;t30;45;214;total;1233;2381;total;1233;2381;;;-43;0;0;;;; diagr;705;1651;;;;;diagr;356;505;diagr;51;428;;;-44;0;1;;;; - t30;673;1297;;;;;;;;;;;;;-45;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-46;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-47;0;1;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-49;0;3;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-50;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;reste;3;6;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;total;22;307;;;; </pre> ====mba intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_négatifs_S-|mba intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;2;;1;1;2;;;;;;;1;3;;;1;;;1;;;;;;1;;;;;;;;1;1;;;;;;1;;;;;;;;;;2;18 continu;33;0;2;119;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;6;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;7;311 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;3;1;2;0;0;0;0;0;0;1;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;22 ;Sc-;33;0;2;117;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;5;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;6;307 </pre> ====mba autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_autres_intercalaires|mba autres intercalaires]] <pre> ;mba;autres intercalaires;;adresses1;;mba;autres intercalaires;;adresses2;;;mba;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;91192;137;;;deb;°CDS;1516050;286;comp;;deb;°CDS;2622097;1489; ;&tRNA;92076;132;comp;;;&tRNA;1516507;760;;;;&tRNA;2625515;1102; ;&tRNA;92293;298;comp;;fin;°CDS;1517340;;comp;;fin;°CDS;2626691;; fin;°CDS;92676;;comp;;deb;°CDS;1538879;36;comp;;deb;°CDS;2650514;164; deb;°CDS;98630;535;comp;;;&tRNA;1539323;1249;comp;;;&tRNA;2651461;218; ;&tRNA;99873;222;comp;;fin;°CDS;1540645;;comp;;fin;°CDS;2651751;; fin;°CDS;100178;;comp;;deb;°CDS;1546247;576;comp;;deb;°CDS;2663547;318; deb;°CDS;146979;80;comp;;;&tRNA;1548368;448;comp;;;&tRNA;2664987;263;comp ;&tRNA;147599;198;comp;;fin;°CDS;1548890;;;;fin;°CDS;2665322;; fin;°CDS;147869;;comp;;deb;°CDS;1550566;745;;;deb;°CDS;2856552;134; deb;°CDS;199345;492;comp;;;&tRNA;1551506;506;comp;;;&tRNA;2857544;153;comp ;&tRNA;200761;71;comp;;fin;°CDS;1552086;;;;fin;°CDS;2857782;;comp ;&tRNA;200905;119;comp;;deb;°CDS;1621639;433;;;deb;°CDS;3326036;539; ;&tRNA;201099;790;comp;;;&tRNA;1623269;112;;;;&tRNA;3327097;995; fin;°CDS;201962;;;;;&tRNA;1623497;300;;;fin;°CDS;3328164;; deb;°CDS;260990;173;;;fin;°CDS;1623870;;comp;;deb;°CDS;3994472;514; ;&tRNA;261706;673;;;deb;°CDS;1657967;616;comp;;;&tRNA;3995436;477;comp fin;°CDS;262451;;;;;repeat_region;1660242;74;;;fin;°CDS;3996007;; deb;°CDS;355894;309;;;fin;°CDS;1661656;;;;deb;°CDS;4005709;269; ;repeat_region;356467;137;;;deb;°CDS;1714788;154;;;;&tRNA;4006296;860; fin;°CDS;359947;;;;;&tRNA;1715224;187;comp;;;repeat_region;4007239;169; deb;°CDS;463836;2075;comp;;fin;°CDS;1715483;;comp;;fin;°CDS;4009182;;comp ;&tRNA;466799;94;;;deb;°CDS;1755811;113;comp;;deb;°CDS;4031590;1075;comp ;&tRNA;466965;221;;;;&tRNA;1756107;0;comp;;;&tRNA;4032947;182; fin;°CDS;467271;;comp;;fin;°CDS;1756182;;comp;;fin;°CDS;4033202;;comp deb;°CDS;473154;298;;;deb;°CDS;1842058;16;;;deb;°CDS;4041205;96;comp ;&tRNA;474022;246;comp;;;&tRNA;1842212;717;comp;;;&tRNA;4042057;375; fin;°CDS;474343;;comp;;fin;°CDS;1843003;;;;fin;°CDS;4042517;;comp deb;°CDS;692109;349;comp;;deb;°CDS;1852573;1379;comp;;deb;°CDS;4045359;718;comp ;&tRNA;693337;400;;;;&tRNA;1854261;198;comp;;;&tRNA;4048993;35; 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;&tRNA;1135447;126;comp;;fin;°CDS;2029356;;comp;;;&tRNA;4553051;717; fin;°CDS;1135645;;comp;;deb;°CDS;2157926;567;;;fin;°CDS;4553840;; deb;°CDS;1137210;488;;;;&tRNA;2159252;349;;;deb;°CDS;4617920;200; ;$rRNA;1138169;74;comp;;fin;°CDS;2159712;;;;;&tRNA;4618540;351; ;$rRNA;1138365;209;comp;;deb;°CDS;2194967;718;comp;;deb;°CDS;4618969;377; ;$rRNA;1141481;835;comp;;;$rRNA;2196021;209;;;;&tRNA;4619568;214; fin;°CDS;1143794;;;;;$rRNA;2197708;74;;;fin;°CDS;4619860;;comp deb;°CDS;1249870;423;comp;;;$rRNA;2200689;607;;;deb;°CDS;4673041;289; ;&tRNA;1250464;546;comp;;fin;°CDS;2201418;;comp;;;$rRNA;4673933;74;comp fin;°CDS;1251084;;;;deb;°CDS;2434335;603;comp;;;$rRNA;4674129;116;comp deb;°CDS;1315521;-12;;;;&tRNA;2435213;223;comp;;;&tRNA;4677152;85;comp ;&tRNA;1315680;174;comp;;;&tRNA;2435508;74;;;;$rRNA;4677310;1247;comp fin;°CDS;1315926;;;;;&tRNA;2435659;241;;;fin;°CDS;4680035;; ;;;;;;fin;°CDS;2435977;;comp;;deb;°CDS;4759174;89;comp ;;;;;;;;;;;;;&tRNA;4759500;655;comp ;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;4760232;;comp </pre> ====mba intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_tRNA|mba intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aa;comp’;cds aa deb;comp’;cds aa fin ;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;132;comp’;137;;298;;15;0;'''deb; ;;;535;;222;;36;125;<201;9 ;;;80;;198;;64;126;total;25 ;71 119;;492;comp’;790;;80;153;taux;36% ;;;173;;673;;89;187;; ;94;comp’;2075;comp’;221;;113;198;'''fin; ;;comp’;298;;246;;164;198;<201;8 ;;comp’;349;comp’;400;;173;199;total;23 ;;comp’;488;;307;;200;218;taux;35% ;;;799;;;;235;220;; ;63 63;;15;;273;;269;222;'''total; ;65;;235;;126;;349;246;<201;17 ;;;423;comp’;546;;377;273;total;48 ;;comp’;-12;comp’;174;;423;298;taux;35% ;;comp’;286;comp’;760;;433;307;; ;;;36;;1249;;535;349;; ;;;576;comp’;448;;536;351;; ;;comp’;745;comp’;506;;539;655;; ;112;;433;comp’;300;;567;673;; ;;comp’;154;;187;;576;717;; ;;;113;;0;;603;995;; ;;comp’;16;comp’;717;;799;1102;; ;;;1379;;198;;1379;1249;; ;;;349;comp’;445;;1489;-;; ;;comp’;183;;125;;2315;-;'''comp’;'''cumuls ;;;2315;;199;;'''-12;35;; ;;comp’;314;comp’;513;;16;174;'''deb; ;;;567;;349;;96;177;<201;7 '''comp’;'''223;;603;comp’;241;;134;182;total;21 ;'''74;;;;;;137;214;taux;33% ;;;1489;;1102;;154;221;; ;;;164;;218;;183;241;'''fin; 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WH1;;;;;;;;;;;; comp;38726..40264;;cds;;698;*698;;;*513;;2-isopropylmalate synthase;* ;40963..42450;;16s;;208;;;;1488;;;* ;42659..45491;;23s;;130;;;;2833;;;* ;45622..45743;;5s;;857;*857;;;122;;;* ;46601..47164;;cds;;102;102;;;188;;hp;* ;47267..47338;;tgc;+;72;;72;;;;;* ;47411..47482;;tgc;2 tgc;411;*411;;;;;;* ;47894..48508;;cds;;;;;;205;;endonuclease III;* ;;;;;;;;;;;;* comp;71092..72423;;cds;;384;384;;;444;;signal recognition particle protein;* comp;72808..72882;;atgf;+;89;;*89;;;;;* comp;72972..73046;;atgf;2 atgf;234;234;;;;;;* ;73281..73472;;cds;;;;;;64;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;175573..176153;;cds;;163;163;;;194;;hp;* comp;176317..176389;;gac;;111;;*111;;;;;* comp;176501..176614;;tac;@1;295;295;;;;;;* ;176910..177248;;cds;;;;;;113;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;214884..215966;;cds;;801;*801;;;361;;hp;* comp;216768..216841;;aca;;150;150;;;;;;* ;216992..217582;;cds;;;;;;197;;aldolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;372219..373091;;cds;;558;*558;;;291;;hp;* comp;373650..373723;;gtg;;340;340;;;;;;* ;374064..374828;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;* ;;;;;;;;;;;;* comp;379248..381950;;cds;;1076;*1076;;;*901;;DNA mismatch repair protein MutS;* comp;383027..383104;;ccc;;193;193;;;;;;* comp;383298..383882;;cds;;;;;;195;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;532751..533176;;cds;;356;356;;;142;;hp;* comp;533533..533607;;cca;;149;149;;;;;;* comp;533757..534308;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;598666..599850;;cds;;170;170;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;* ;600021..600092;;cgc;;341;341;;;;;;* ;600434..600868;;cds;;;;;;145;;cell surface lipoprotein;* ;;;;;;;;;;;;* ;680493..681734;;cds;;185;185;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;* ;681920..681994;;gag;;242;242;;;;;;* >;682237..682560;;cds;;;;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* ;689062..689631;;cds;;36;36;;;190;;phosphatase PAP2 family protein;* comp;689668..689752;;cta;;73;;73;;;;;* comp;689826..689897;;gga;;1481;*1481;;;;;;* ;691379..691483;;cds;;;;;;35;;CcmD family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;793563..795017;;cds;;111;111;;;485;;p-IS66 family transposase;* comp;795129..795213;;ctc;+;117;;*117;;;;;* comp;795331..795418;;ctc;2 ctc;235;235;;;;;;* comp;795654..796454;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;* ;;;;;;;;;;;;* ;810088..810471;;cds;;861;*861;;;128;;hp;* comp;811333..811415;;tcc;;123;123;;;;;;* comp;811539..812555;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;* ;;;;;;;;;;;;* comp;893309..894232;;cds;;391;391;;;308;;aldolase;* comp;894624..894696;;aac;+;87;;*87;;;;;* comp;894784..894858;;atgi;2 aac;110;;*110;;;;;* comp;894969..895041;;aac;;1415;*1415;;;;;;* comp;896457..897506;;cds;;;;;;350;;TIGR00303 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;949570..950112;;cds;;208;208;;;181;;nitroreductase family protein;* ;950321..950392;;cgg;;498;*498;;;;;;* comp;950891..952300;;cds;;;;;;470;;NADPH-dependent glutamate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1088496..1090946;;cds;;360;360;;;*817;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* comp;1091307..1091378;;gcc;;227;;*227;;;;;* ;1091606..1091682;;atc;+;62;;62;;;;;* ;1091745..1091818;;atc;2 atc;353;353;;;;;;* comp;1092172..1092585;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1155736..1156137;;cds;;210;210;;;134;;AsnC family transcriptional regulator;* ;1156348..1156425;;gaa;+;718;;*718;;;;;* ;1157144..1157221;;gaa;2 gaa;233;233;;;;;;* comp;1157455..1158645;;cds;@4;;;;;397;;ISH3 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1199367..1200149;;cds;;967;*967;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;1201117..1202604;;16s;;80;;;;1488;;;* ;1202685..1202757;;gca;;135;;;;;;;* ;1202893..1205725;;23s;;130;;;;2833;;;* ;1205856..1205977;;5s;;5;5;;;122;;;* comp;1205983..1206231;;cds;;;;;;83;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1207508..1211485;;cds;;12;12;;;*1326;;PAS domain S-box protein;* comp;1211498..1211582;;ctg;;190;190;;;;;;* comp;1211773..1212681;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1220571..1220783;;cds;;596;*596;;;71;;MoaD/ThiS family protein;* comp;1221380..1221451;;ggc;+;25;;25;;;;;* comp;1221477..1221551;;ttc;2 ggc;57;;57;;;;;* comp;1221609..1221682;;gtc;2 ttc;71;;71;;;;;* comp;1221754..1221825;;ggc;2 gtc;25;;25;;;;;* comp;1221851..1221925;;ttc;;118;;*118;;;;;* comp;1222044..1222117;;gtc;;358;358;;;;;;* ;1222476..1223792;;cds;;;;;;439;;methanogenesis marker 16 metalloprotein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1400830..1401773;;cds;;914;*914;;;315;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;1402688..1402761;;gta;;287;287;;;;;;* ;1403049..1403276;;cds;;;;;;76;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1504221..1505630;;cds;;686;*686;;;470;;F0F1 ATP synthase subunit beta;* comp;1506317..1506410;;cga;;750;*750;;;;;;* ;1507161..1508039;;cds;;;;;;293;;response regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1513245..1513562;;cds;;213;213;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;* ;1513776..1513858;;ttg;;268;268;;;;;;* >;1514127..1514647;;cds;;;;;;174;;p-IS1634 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1887880..1888338;;cds;;392;392;;;153;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein;* comp;1888731..1888802;;ggc;;378;378;;;;;;* ;1889181..1890518;;cds;;;;;;446;;DHH family phosphoesterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1962666..1963553;;cds;;130;130;;;296;;hp;* comp;1963684..1963768;;tta;;235;235;;;;;;* ;1964004..1964759;;cds;;;;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1971331..1971852;;cds;;319;319;;;174;;hp;* comp;1972172..1972244;;cag;;204;204;;;;;;* comp;1972449..1972850;;cds;;;;;;134;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2170713..2172446;;cds;;156;156;;;*578;;radical SAM protein;* comp;2172603..2172674;;cac;;174;174;;;;;;* comp;2172849..2173631;;cds;;;;;;261;;thiazole biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;2320809..2321131;;cds;;141;141;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;* comp;2321273..2321344;;gcg;;65;65;;;;;;* comp;2321410..2321679;;cds;;;;;;90;;elongation factor 1-beta;* ;;;;;;;;;;;;* ;2387890..2388675;;cds;;150;150;;;262;;peptidylprolyl isomerase;* ;2388826..2388911;;tca;;326;326;;;;;;* comp;2389238..2389453;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2678132..2678368;;cds;;85;85;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;* comp;2678454..2678530;;aaa;;824;*824;;;;;;* comp;2679355..2679537;;cds;;;;;;61;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3091524..3091754;;cds;;271;271;;;77;;hp;* comp;3092026..3092147;;5s;;130;;;;122;;;* comp;3092278..3095110;;23s;;208;;;;2833;;;* comp;3095319..3096806;;16s;;839;*839;;;1488;;;* ;3097646..3097975;;cds;;;;;;110;;translation initiation factor eIF-1A;* ;;;;;;;;;;;; comp;3153517..3155214;;cds;;599;*599;;;*566;;diguanylate phosphodiesterase;* comp;3155814..3155923;;atgj;;799;*799;;;;;;* ;3156723..3157106;;cds;;;;;;128;;tRNA CCA-pyrophosphorylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3241682..3242944;;cds;;473;*473;;;421;;diaminopimelate decarboxylase;* ;3243418..3243489;;ggg;;377;377;;;;;;* ;3243867..3244073;;cds;;;;;;69;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3341829..3342017;;cds;@2;0;*0;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;* ;3342018..3342092;;ccg;;112;112;;;;;;* ;3342205..3342387;;cds;;;;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;* ;;;;;;;;;;;;* ;3358176..3359186;;cds;;533;*533;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;* ;3359720..3359791;;acg;;52;52;;;;;;* comp;3359844..3360305;;cds;;;;;;154;;peroxiredoxin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3397316..3398947;;cds;;422;*422;;;*544;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;* ;3399370..3399684;;ncRNA;@3;149;149;;;315;;;* ;3399834..3399918;;agc;;230;230;;;;;;* ;3400149..3400847;;cds;;;;;;233;;ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3435506..3436918;;cds;;181;181;;;471;;phosphotransferase;* ;3437100..3437183;;tcg;;273;273;;;;;;* ;3437457..3437948;;cds;;870;*870;;;164;;rubrerythrin family protein;* ;3438819..3438989;;cds;;107;107;;;57;;hp;* ;3439097..3439289;;tgg;;42;42;;;;;;* comp;3439332..3439484;;cds;;;;;;51;;hp MLELDILDLDILDLDILDLKILELEILELEVLELEILELEILELEVLVQS;* ;;;;;;;;;;;;* ;3456114..3456473;;cds;;260;260;;;120;;hp;* comp;3456734..3456805;;acc;;200;200;;;;;;* comp;3457006..3457518;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3583589..3584044;;cds;;295;295;;;152;;N-acetyltransferase;* comp;3584340..3584414;;agg;;339;339;;;;;;* ;3584754..3585317;;cds;;;;;;188;;biotin transporter BioY;* ;;;;;;;;;;;;* ;3593430..3593861;;cds;;343;343;;;144;;PspC domain-containing protein;* comp;3594205..3594279;;aga;;348;348;;;;;;* ;3594628..3595506;;cds;;;;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3603458..3603697;;cds;;389;389;;;80;;type II toxin-antitoxin system HicB family antitoxin;* ;3604087..3604159;;caa;;633;*633;;;;;;* comp;3604793..3606301;;cds;;;;;;*503;;lipopolysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3856073..3856279;;cds;;402;*402;;;69;;TRAM domain-containing protein;* ;3856682..3856755;;aag;;498;*498;;;;;;* ;3857254..3857424;;cds;;;;;;57;;CopG family transcriptional regulator;* </pre> ====mfe cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_cumuls|mfe cumuls]] <pre> mfe cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;1;1;;100;18;30;0 ;16 23 5s 0;2;20;0;;50;4;20;;200;29;60;4 ;16 gca 235;1;40;2;;100;3;40;;300;12;90;14 ;16 23 5s a;0;60;1;;150;11;60;;400;9;120;6 ;max a;1;80;4;;200;9;80;;500;9;150;8 ;a doubles;0;100;2;;250;10;100;;600;5;180;7 ;autres;0;120;4;;300;7;120;;700;0;210;9 ;total aas;1;140;0;;350;7;140;;800;0;240;1 sans ;opérons;40;160;0;;400;10;160;;900;1;270;6 ;1 aa;31;180;0;;450;3;180;;1000;1;300;4 ;max a;6;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;3 ;a doubles;7;;2;;;20;;;;1;;23 ;total aas;55;;15;0;;88;;0;;85;;85 total aas;;56;;;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;131;;;376;;;;255;; ;;;variance;169;;;299;;;;210;; sans jaune;;;moyenne;55;;;223;;;;207;;157 ;;;variance;21;;;108;;;;127;;80 </pre> ====mfe blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_blocs|mfe blocs]] <pre> mfe blocs;;;; cds;698;513;2-isopropylmalate synthase;* 16s;208;1488;;* 23s;130;2833;;* 5s;857;122;;* cds;102;188;hp;* ;;;; cds;967;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* 16s;80;1488;;* gca;135;;;* 23s;130;2833;;* 5s;5;122;;* cds;;83;hp;* ;;;; cds;271;77;hp;* 5s;130;122;;* 23s;208;2833;;* 16s;839;1488;;* cds;;110;translation initiation factor eIF-1A;* </pre> ====mfe remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_remarques|mfe remarques]] <pre> mfe;;;;;;56;56 atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====mfe distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_distribution|mfe distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc; gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mfe;;31;;;;;;;mfe;14;;;;;;;;mfe;10;;;;;; </pre> ====mfe données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_données_intercalaires|mfe données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mfe;fx;fc;mfe;fx40;fc40;mfe;x-;c-;c;x;c;x;aa ;1;0;1;17;0;1;17;-1;;26;102;207;CDS 16s;; ;0;10;11;152;1;2;28;-2;1;0;411;295;;704; 1;0;20;15;94;2;0;29;-3;;0;384;150;;973; ;0;30;21;74;3;1;16;-4;4;116;225;340;;845; 1;0;40;22;60;4;1;15;-5;;0;801;170;16s 23s;; 1;0;50;24;58;5;1;18;-6;;0;558;36;2* 196;; 1;0;60;11;41;6;1;14;-7;;4;1076;1611;23s 5s;; ;1;70;18;55;7;2;3;-8;;27;193;861;3* 74;; ;0;80;23;52;8;1;7;-9;2;0;356;498;5s CDS;; ;1;90;24;43;9;1;8;-10;2;6;149;360;857;5; ;0;100;18;41;10;1;14;-11;;10;332;353;;271; ;2;110;25;48;11;2;15;-12;1;0;185;233;16s tRNA;; ;2;120;24;44;12;0;11;-13;;5;296;12;84;;gca 1;1;130;30;46;13;2;12;-14;1;11;111;358;tRNA 23s;; ;0;140;10;40;14;3;8;-15;;1;235;774;119;;gca 1;3;150;25;36;15;3;10;-16;;1;123;392;tRNA tRNA;; ;1;160;13;41;16;2;3;-17;1;9;391;378;72;;tgc 1;0;170;25;35;17;1;7;-18;;1;1415;130;**;;tgc ;1;180;22;31;18;0;8;-19;;1;208;235;89;;atgf ;3;190;14;38;19;2;12;-20;;5;210;319;**;;atgf ;2;200;11;28;20;0;8;-21;;0;190;326;111;;gac 1;3;210;17;42;21;0;11;-22;;1;596;799;**;;tac ;1;220;27;29;22;0;3;-23;;3;914;473;73;;cta ;2;230;24;32;23;3;9;-24;;1;287;52;**;;gga 2;1;240;18;34;24;2;12;-25;;3;686;42;117;;ctc ;0;250;10;20;25;0;8;-26;;2;213;260;**;;ctc 1;0;260;18;34;26;0;10;-27;;0;268;339;87;;aac ;1;270;14;26;27;1;5;-28;;1;204;343;110;;atgi ;1;280;16;21;28;11;10;-29;;0;156;348;**;;aac ;1;290;16;20;29;1;2;-30;;0;174;633;-;227;gcc 1;2;300;19;25;30;3;4;-31;;0;141;402;62;;atc ;0;310;10;21;31;2;6;-32;;1;65;;**;;atc 1;0;320;14;24;32;2;3;-33;1;0;150;;718;;gaa 1;0;330;15;23;33;1;1;-34;;0;85;;**;;gaa 2;1;340;12;20;34;2;7;-35;;6;824;;25;;ggc 2;0;350;13;22;35;2;4;-36;;0;599;;57;;ttc 3;1;360;13;14;36;2;4;-37;;0;377;;71;;gtc ;0;370;13;13;37;1;10;-38;;0;0;;25;;ggc 1;1;380;15;17;38;3;5;-39;1;0;112;;118;;ttc ;2;390;12;18;39;4;8;-40;;0;533;;**;;gtc 1;1;400;12;15;40;3;12;-41;;4;230;;;; 8;12;reste;372;467;reste;997;1614;-42;;0;181;;;; 31;48;total;1067;2011;total;1067;2011;-43;;0;273;;;; 23;35;diagr;694;1527;diagr;69;380;-44;;0;107;;;; 1;0; t30;47;320;;;;-45;;0;200;;;; ;;;;;;;;-46;;0;295;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;389;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;498;;;; ;x;1066;17;1;1084;;;-49;;0;;;;; ;c;1994;250;17;2261;;;-50;;0;;;;; ;;;;;3345;122;;reste;3;3;;;;; ;;;;;;3467;;total;17;250;;;;; </pre> =====mfe autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_autres_intercalaires_aas|mfe autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;mfe;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;38726;40264;704;*; ;;rRNA;40969;42446;196;*;1478 ;;rRNA;42643;45547;74;*;2905 ;;rRNA;45622;45743;857;*;122 deb;;CDS;46601;47164;102;*; ;;tRNA;47267;47338;72;*;tgc ;;tRNA;47411;47482;411;*;tgc fin;;CDS;47894;48508;;; deb;comp;CDS;71092;72423;384;*; ;comp;tRNA;72808;72882;89;*;atgf ;comp;tRNA;72972;73046;207;*;atgf fin;;CDS;73254;73472;;0; deb;comp;CDS;175573;176091;225;*; ;comp;tRNA;176317;176389;111;*;gac ;comp;tRNA;176501;176614;295;*;tac fin;;CDS;176910;177248;;0; deb;comp;CDS;214884;215966;801;*; ;comp;tRNA;216768;216841;150;*;aca fin;;CDS;216992;217582;;; deb;comp;CDS;372219;373091;558;*; ;comp;tRNA;373650;373723;340;*;gtg fin;;CDS;374064;374828;;0; deb;comp;CDS;379248;381950;1076;*; ;comp;tRNA;383027;383104;193;*;ccc fin;comp;CDS;383298;383828;;; deb;;CDS;508114;509238;100;*; ;comp;ncRNA;509339;509698;415;*; fin;;CDS;510114;511253;;; deb;comp;CDS;532751;533176;356;*; ;comp;tRNA;533533;533607;149;*;cca fin;comp;CDS;533757;534308;;; deb;comp;CDS;598666;599850;170;*; ;;tRNA;600021;600092;332;*;cgc fin;;CDS;600425;600868;;0; deb;;CDS;680493;681734;185;*; ;;tRNA;681920;681994;296;*;gag fin;;CDS;682291;682578;;0; deb;;CDS;689098;689631;36;*; ;comp;tRNA;689668;689752;73;*;cta ;comp;tRNA;689826;689897;1611;*;gga fin;;CDS;691509;691889;;; deb;comp;CDS;793563;795017;111;*; ;comp;tRNA;795129;795213;117;*;ctc ;comp;tRNA;795331;795418;235;*;ctc fin;comp;CDS;795654;796454;;; deb;;CDS;810088;810471;861;*; ;comp;tRNA;811333;811415;123;*;tcc fin;comp;CDS;811539;812555;;; deb;comp;CDS;893309;894232;391;*; ;comp;tRNA;894624;894696;87;*;aac ;comp;tRNA;894784;894858;110;*;atgi ;comp;tRNA;894969;895041;1415;*;aac fin;comp;CDS;896457;897506;;; deb;;CDS;949570;950112;208;*; ;;tRNA;950321;950392;498;*;cgg fin;comp;CDS;950891;952300;;; deb;;CDS;1088496;1090946;360;*; ;comp;tRNA;1091307;1091378;227;*;gcc ;;tRNA;1091606;1091682;62;*;atc ;;tRNA;1091745;1091818;353;*;atc fin;comp;CDS;1092172;1092585;;; deb;;CDS;1155748;1156137;210;*; ;;tRNA;1156348;1156425;718;*;gaa ;;tRNA;1157144;1157221;233;*;gaa fin;comp;CDS;1157455;1158645;;; deb;comp;CDS;1199367;1200149;973;*; ;;rRNA;1201123;1202600;84;*;1478 ;;tRNA;1202685;1202757;119;*;gca ;;rRNA;1202877;1205781;74;*;2905 ;;rRNA;1205856;1205977;5;*;122 fin;comp;CDS;1205983;1206231;;; deb;;CDS;1207508;1211485;12;*; ;comp;tRNA;1211498;1211582;190;*;ctg fin;comp;CDS;1211773;1212681;;; deb;comp;CDS;1220571;1220783;596;*; ;comp;tRNA;1221380;1221451;25;*;ggc ;comp;tRNA;1221477;1221551;57;*;ttc ;comp;tRNA;1221609;1221682;71;*;gtc ;comp;tRNA;1221754;1221825;25;*;ggc ;comp;tRNA;1221851;1221925;118;*;ttc ;comp;tRNA;1222044;1222117;358;*;gtc fin;;CDS;1222476;1223792;;0; deb;;CDS;1400830;1401773;914;*; ;;tRNA;1402688;1402761;287;*;gta fin;;CDS;1403049;1403276;;; deb;comp;CDS;1504221;1505630;686;*; ;comp;tRNA;1506317;1506410;774;*;cga fin;;CDS;1507185;1508039;;0; deb;;CDS;1513245;1513562;213;*; ;;tRNA;1513776;1513858;268;*;ttg fin;;CDS;1514127;1514647;;; deb;;CDS;1887880;1888338;392;*; ;comp;tRNA;1888731;1888802;378;*;ggc fin;;CDS;1889181;1890518;;; deb;;CDS;1962666;1963553;130;*; ;comp;tRNA;1963684;1963768;235;*;tta fin;;CDS;1964004;1964759;;; deb;;CDS;1971373;1971852;319;*; ;comp;tRNA;1972172;1972244;204;*;cag fin;comp;CDS;1972449;1972850;;; deb;comp;CDS;2066516;2069038;121;*; ;;repeat_region;2069160;2069707;535;*; fin;;CDS;2070243;2071250;;; deb;comp;CDS;2073346;2074599;417;*; ;;repeat_region;2075017;2076588;535;*; fin;;CDS;2077124;2077771;;0; deb;comp;CDS;2170713;2172446;156;*; ;comp;tRNA;2172603;2172674;174;*;cac fin;comp;CDS;2172849;2173631;;; deb;;CDS;2231846;2232133;164;*; ;;repeat_region;2232298;2233846;77;*; fin;;CDS;2233924;2235552;;0; deb;comp;CDS;2320856;2321131;141;*; ;comp;tRNA;2321273;2321344;65;*;gcg fin;comp;CDS;2321410;2321679;;; deb;;CDS;2387890;2388675;150;*; ;;tRNA;2388826;2388911;326;*;tca fin;comp;CDS;2389238;2389453;;; deb;comp;CDS;2678132;2678368;85;*; ;comp;tRNA;2678454;2678530;824;*;aaa fin;comp;CDS;2679355;2679537;;; deb;;CDS;2969291;2969554;306;*; ;;repeat_region;2969861;2971629;480;*; fin;;CDS;2972110;2973468;;; deb;;CDS;2979566;2980078;280;*; ;;repeat_region;2980359;2981568;343;*; ;;repeat_region;2981912;2982974;5;*; fin;;CDS;2982980;2983372;;; deb;;CDS;3091533;3091754;271;*; ;comp;rRNA;3092026;3092147;74;*;122 ;comp;rRNA;3092222;3095126;196;*;2905 ;comp;rRNA;3095323;3096800;845;*;1478 fin;;CDS;3097646;3097975;;; deb;comp;CDS;3153517;3155214;599;*; ;comp;tRNA;3155814;3155923;799;*;atgj fin;;CDS;3156723;3157106;;; deb;comp;CDS;3241682;3242944;473;*; ;;tRNA;3243418;3243489;377;*;ggg fin;;CDS;3243867;3244073;;0; deb;;CDS;3341829;3342017;0;*; ;;tRNA;3342018;3342092;112;*;ccg fin;;CDS;3342205;3342387;;; deb;;CDS;3358176;3359186;533;*; ;;tRNA;3359720;3359791;52;*;acg fin;comp;CDS;3359844;3360305;;; deb;comp;CDS;3397316;3398947;422;*; ;;ncRNA;3399370;3399684;149;*; ;;tRNA;3399834;3399918;230;*;agc fin;;CDS;3400149;3400847;;; deb;;CDS;3435506;3436918;181;*; ;;tRNA;3437100;3437183;273;*;tcg fin;;CDS;3437457;3437948;;; deb;;CDS;3438819;3438989;107;*; ;;tRNA;3439097;3439289;42;*;tgg fin;comp;CDS;3439332;3439484;;0; deb;;CDS;3456114;3456473;260;*; ;comp;tRNA;3456734;3456805;200;*;acc fin;comp;CDS;3457006;3457518;;; deb;comp;CDS;3583589;3584044;295;*; ;comp;tRNA;3584340;3584414;339;*;agg fin;;CDS;3584754;3585317;;; deb;;CDS;3593430;3593861;343;*; ;comp;tRNA;3594205;3594279;348;*;aga fin;;CDS;3594628;3595506;;; deb;;CDS;3603458;3603697;389;*; ;;tRNA;3604087;3604159;633;*;caa fin;comp;CDS;3604793;3606301;;; deb;comp;CDS;3856073;3856279;402;*; ;;tRNA;3856682;3856755;498;*;aag fin;;CDS;3857254;3857424;;0; </pre> ===archées synthèse=== ====archées distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_génome|archées distribution par génome]] <pre> arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total mba;14;37;;;;1;9;;61 mfe;14;31;;;;1;10;;56 mfi;25;20;;;;2;;;47 mja;8;16;1;4;6;2;;;37 total;61;104;1;4;6;6;19;0;201 ;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;;;; </pre> ====archées distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_du_total|archées distribution du total]] <pre> atgi;4;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;4;tac;4;tgc;8 atc;6;acc;4;aac;7;agc;4 ctc;6;ccc;3;cac;4;cgc;4 gtc;6;gcc;4;gac;4;ggc;8 tta;6;tca;4;taa;;tga;1 ata;;aca;5;aaa;5;aga;4 cta;4;cca;4;caa;5;cga;4 gta;4;gca;6;gaa;7;gga;4 ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4 atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3 ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2 gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3 arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;80;104;1;4;6;6;201 ;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;; </pre> ====archées distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_type|archées distribution par type]] <pre> ;;;;;;;104;;;;;;;;;61;;;;;;;;;19 atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;4;tac;;tgc;3;;ttc;5;tcc;;tac;3;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;4 atc;2;acc;2;aac;1;agc;4;;atc;;acc;2;aac;5;agc;;;atc;4;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;3;cac;2;cgc;4;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;4;ccc;;cac;;cgc; gtc;1;gcc;2;gac;;ggc;2;;gtc;5;gcc;2;gac;3;ggc;6;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;5;tca;4;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;3;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;2;caa;4;cga;4;;cta;3;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;3;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;2;tcg;3;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;3;aag;2;agg;2;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;3;gcg;3;gag;2;ggg;3;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; archées;1aa;104;;;;;;;archées;>1aa;61;;;;;;;archées;duplica;19;;;;; ;;4;4;;;;;;;;37;61;;;;;;;;0;0;;;; ;;68;65;;;;;;;;7;11;;;;;;;;4;21;;;; ;;32;31;;;;;;;;17;28;;;;;;;;15;79;;;; </pre> ====archées par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_par_rapport_au_groupe_de_référence|archées par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;40;11;4;;;;55; 16;moyen;39;16;8;;;9;72; 14;fort;25;34;7;4;;4;74; ; ;104;61;19;4;;13;201; 10;g+cgg;26;2;;;;;28; 2;agg+cga;6;1;;;;;7; 4;carre ccc;7;8;4;;;;19; 5;autres;1;;;;;;1; ;;40;11;4;;;;55; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;199;55;20;;;;274;26 16;moyen;194;80;40;;;45;358;324 14;fort;124;169;35;20;;20;368;650 ; ;517;303;95;20;;65;201;729 10;g+cgg;129;10;;;;;139;10 2;agg+cga;30;5;;;;;35; 4;carre ccc;35;40;20;;;;95;16 5;autres;5;;;;;;5; ;;199;55;20;;;;274; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;217;60;22;299;26;38;18; 16;moyen;212;87;43;342;324;38;26; 14;fort;136;185;38;359;650;24;56; ; ;565;332;103;184;729;104;61; 10;g+cgg;141;11;;152;10;65;; 2;agg+cga;33;5;;38;;15;; 4;carre ccc;38;43;22;103;16;18;; 5;autres;5;;;5;;3;; ;;217;60;22;299;;40;; </pre> ====euryarchaeota, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#euryarchaeota,_estimation_des_-rRNAs|euryarchaeota, estimation des -rRNAs]] <pre> euryarchaeota;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 63 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;63;124; ; ;;indices;;;;63;197;0;0;;eury4;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;184 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;2;tac;;tgc;28;;ttc;;tcc;3;tac;;tgc;44;;ttc;5;tcc;4;tac;3;tgc;8 atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc;;;atc;6;acc;4;aac;6;agc;4 ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;6;ccc;3;cac;3;cgc;4 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;6;gcc;4;gac;3;ggc;8 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;6;tca;4;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;5;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;5;cga;4 gta;;gca;87;gaa;;gga;;;gta;;gca;138;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;6;gga;4 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4 atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3 ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;3;;ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3 ;;118;;3;;3;124;;;;187;;4.76190476190476;;5;197;;;;63;;66;;55;184 11.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;16.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;143;6935;0;0;;eury4;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4600 atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;75;tct;;tat;;atgf;175 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;102;tac;104;tgc;137;;ttc;122;tcc;106;tac;104;tgc;181;;ttc;125;tcc;100;tac;75;tgc;200 atc;119;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;121;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;150;acc;100;aac;150;agc;100 ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;150;ccc;75;cac;75;cgc;100 gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;150;gcc;100;gac;75;ggc;200 tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;150;tca;100;taa;;tga;25 ata;;aca;110;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;110;aaa;110;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;75;cca;75;caa;125;cga;100 gta;103;gca;13;gaa;132;gga;103;;gta;103;gca;151;gaa;132;gga;103;;gta;100;gca;;gaa;150;gga;100 ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;75;tcg;75;tag;;tgg;100 atgj;101;acg;90;aag;85;agg;88;;atgj;101;acg;90;aag;87;agg;88;;atgj;100;acg;75;aag;75;agg;75 ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;68;;ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;71;;ctg;75;ccg;50;cag;75;cgg;50 gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;100;gcg;75;gag;50;ggg;75 ;;1569;;1607;;1475;4651;;;;1757;;1612;;1480;4848;;;;1575;;1650;;1375;4600 rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;eury4;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;41.778;;;fréquences;;;;;atgi;24;tct;;tat;;atgf;28 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2632;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;100;;avec;150;;;10;17;;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;100;;genom;63;;;20;14;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;97;tac;100;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;2;tcc;2;tac;28;tgc;32 atc;99;acc;100;aac;100;agc;100;;archeo;46;;;40;3;;;;atc;20;acc;4;aac;19;agc;4 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgc;;;sans;184;;;50;2;46;;;ctc;19;ccc;19;cac;26;cgc;2 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;17;;;60;0;;;;gtc;19;gcc;1;gac;39;ggc;29 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;29;tca;1;taa;;tga;50 ata;;aca;100;aaa;96;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;9;aaa;5;aga;3 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par archeo;;;;90;0;;;;cta;27;cca;27;caa;13;cga;3 gta;100;gca;9;gaa;100;gga;100;;est 10% au dessus;;;;100;0;;;;gta;3;gca;100;gaa;12;gga;3 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;14;tcg;14;tag;;tgg;2 atgj;100;acg;100;aag;98;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;1;acg;17;aag;12;agg;15 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;96;;;;;;;;;;;ctg;12;ccg;36;cag;14;cgg;27 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;9;gcg;11;gag;40;ggg;5 rapports;;89;;100;;100;96;;;;;;;;;;;diff;;301;;220;;311;832 </pre> ==génomes synthèse== ===Les intercalaires entre cds d'un génome=== ====Fréquences des intercalaires cds-cds, courbes puissance==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds,_courbes_puissance|puissance]] *Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre classe <pre> ;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600; gen;cds;K6;'- a6;R2;K6 %0;;K12;'- a12;R2;k12/k6;a% ;;;;;;;;;;; pub;1,307;19,910;&1.63;89;&15,233;;;;;; ant;3,095;158,387;&'''1.80;85;&'''51,175;;;;;; abra;1,667;17,186;&1.41;81;10,310;;;;;; pmg;1,800;48,983;&1.62;85;&27,213;;;;;; mja;1,729;25,564;&1.45;81;&14,777;;;;;; fin rang faible;;;1.00;;2,121;;;;;5.0;1 rang moyen;;;1.18;;4,599;;;;;9.9;16 ;;;1.33;;12,201;;;;;17.6;31 rru;3,786;46,193;&1.4;73;12,201;;157,774;1.66;79;3.4;16 eco;4,024;64,507;&1.46;74;&16,031;;;;;; cvi;4,282;5,941;&1.42;79;1,387;;272,330;1.76;85;&'''45.8;19 ade;4,464;83,541;&1.51;81;&18,714;;344,171;1.81;86;4.1;17 bsu;4,213;110,979;&1.58;79;&26,323;;;;;; cbn;2,491;24,707;1.33;74;9,919;;;;;; afn;2,038;16,580;1.32;74;8,131;;;;;; ase;8,197;38,168;1.20;82;4,656;;537,079;1.74;84;14.1;31 scc;1,805;13,461;1.30;77;7,458;;;;;; Début rang fort;;;1.40;;14,777;;;;;30.0;39 rtb;793;1,117;°0.97;68;°1,409;;1,119;0.98;75;°'''1.0;°'''1 spl;4,213;6,234;°0.93;79;°1,480;;109,920;1.52;79;17.6;&39 pmq;7,223;15,320;°1.00;72;°2,121;;459,123;1.70;80;&30.0;&41 cbei;5,623;3,288;°0.73;79;°585;;111,913;1.45;75;&34.0;&50 blo;1,772;8,149;1.18;71;4,599;;;;;; myr;3,555;19,289;1.22;87;5,426;;97,139;1.55;87;°5.0;21 mba;3,943;561;°'''0.47;80;°'''142;;5,558;0.93;71;9.9;&49 </pre> *Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre pente a37 <pre> ;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600; gen;cds;K;-a;R2;K %;;K;-a;R2;k12/k6;a% pub;1 307;19 910;&1,63;89;&15 233;;;;;; rtb;793;1 117;°0,97;68;°1 409;;1 119;0,98;75;°1,0;°1 rru;3 786;46 193;&1,40;73;12 201;;157 774;1,66;79;°3,4;16 ;;;;;;;;;;; eco;4 024;64 507;&1,46;74;&16 031;;;;;; spl;4 213;6 234;°0,93;79;°1 480;;109 920;1,52;79;17,6;&39 ;;;;;;;;;;; bsu;4 216;110 979;&1,58;79;&26 323;;;;;; pmq;7 223;15 320;°1,00;72;°2 121;;459 123;1,70;80;&30,0;&41 ;;;;;;;;;;; cbn;2 491;24 707;1,33;74;9 919;;;;;; cbei;5 623;3 288;°0,73;79;°585;;111 913;1,45;75;&34,0;&50 ;;;;;;;;;;; ase;8 197;38 168;1,20;82;4 656;;537 079;1,74;84;14,1;31 blo;1 772;8 149;1,18;71;4 599;;;;;; ;;;;;;;;;;; myr;3 555;19 289;1,22;87;5 426;;97 139;1,55;87;°5,0;21 pmg;1 800;48 983;&1,62;85;&27 213;;;;;; abra;1 667;17 186;&1,41;81;10 310;;;;;; cvi;4 282;5 941;&1,42;79;°1 387;;272 330;1,76;85;&45,8;19 ade;4 464;83 541;&1,51;81;&18 714;;344 171;1,81;86;°4,1;17 ant;3 095;158 387;&1,80;85;&51 175;;;;;; afn;2 039;16 580;1,32;74;8 131;;;;;; scc;1 805;13 461;1,30;77;7 458;;;;;; mja;1 730;25 564;&1,45;81;&14 777;;;;;; mba;3 943;561;°0,47;80;°142;;5 558;0,93;71;9,9;&49 </pre> ====Fréquences des intercalaires cds-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds|cds-cds]] <pre> génome;nombre cds;intercalaires;200;rapport;26-370;;;total;;;;;;;;génome;;;;;;; gen;n-cds;inter%;moy;rap;a37;b37;R2;cds;<0;100;200;370;600;max;freq5;gen;<0;100;200;370;600;max;freq5 pub;1,343;3.0;37;14;5.93;17.15;63;1307;473;720;87;19;7;1;365;pub;362;551;67;15;5;1;''438 rtb;828;20.2;85;109;3.05;11.85;58;793;102;248;187;84;52;120;396;rtb;129;313;236;106;66;151;''573 rru;3,854;9.9;78;89;18.99;71.15;91;3786;683;1546;835;535;139;48;2 289;rru;180;408;221;141;37;13;'''738 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; eco;4,285;9.1;72;76;20.08;74.15;88;4024;738;1730;810;572;142;32;2 346;eco;183;430;201;142;35;8;714 spl;4,269;14.1;82;105;17.06;72.54;76;4213;426;1561;905;776;378;167;2 651;spl;101;371;215;184;90;40;700 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; bsu;4,325;9.5;72;64;29.29;'''96.38;81;4213;608;2086;971;412;118;18;2 606;bsu;144;495;230;98;28;4;'''723 pmq;7,258;13.8;88;130;28.46;'''126.75;90;7223;795;2448;1722;1520;506;232;4 818;pmq;110;339;238;210;70;32;'''750 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cbn;2,521;11.3;71;79;14.59;53.49;82;2491;176;1201;577;394;117;26;1 678;cbn;71;482;232;158;47;10;'''725 cbei;5,665;17.9;83;136;14.71;'''79.19;83;5622;400;1788;1188;1240;713;293;3 434;cbei;71;318;211;221;127;52;658 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ase;8,256;11.5;76;79;43.46;'''155.74;88;8197;1652;3299;1568;1047;399;232;4 749;ase;202;402;191;128;49;28;'''726 blo;1,824;10.6;88;116;9.53;36.46;78;1772;228;661;483;281;85;34;1 201;blo;129;373;273;159;48;19;'''778 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; myr;3,611;12.2;67;63;19.62;69.35;84;3555;302;1780;681;440;202;150;2 078;myr;85;501;192;124;57;42;639 pmg;1,839;8.5;55;35;11.99;37.52;76;1800;253;1104;267;120;42;14;935;pmg;141;613;148;67;23;8;''604 abra;1,712;7.2;65;57;8.52;28.44;82;1667;417;757;311;121;42;19;787;abra;250;454;187;73;25;11;630 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cvi;4,345;9.5;74;67;26.50;'''89.98;78;4282;756;1984;873;455;147;67;2 551;cvi;177;463;204;106;34;16;'''723 ade;4,506;8.5;70;66;25.60;'''87.68;90;4464;815;2097;919;464;124;45;2 517;ade;183;470;206;104;28;10;690 ant;3,119;6.0;56;38;16.12;51.22;81;3095;762;1651;474;150;33;25;1 309;ant;246;533;153;48;11;8;''561 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; afn;2,093;9.5;66;75;8.68;33.73;77;2038;307;934;401;304;69;23;1 128;afn;151;458;197;149;34;11;652 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; scc;1,847;8.8;69;72;8.68;31.86;82;1805;347;793;327;241;78;19;1 001;scc;192;439;181;134;43;11;687 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; mja;1,768;9.1;64;53;9.96;33.76;80;1729;219;956;340;166;36;12;955;mja;127;553;197;96;20;7;632 mba;3,995;26.7;85;154;5.54;38.77;46;3943;329;900;600;782;643;689;1 911;mba;83;228;152;198;163;175;''529 rang;X1 000;;;;;;;;;;;;;;;rang;;;;;;; faible;1350-2500;3-7;37-55;14-64;3-6;12-17;46-63;;;;;;;;;faible;70-100;230-375;65-150;15-70;5-25;4-15;438-604 moyen;3100-4500;8.5 -11.5;64-72;66-109;9-17;28-74;76-84;;;;;;;;;moyen;110-180;400-500;180-210;100-150;30-60;20-50;630-714 fort;5700-8300;12-27;78-88;116-154;19-43;79-156;88-91;;;;;;;;;fort;190-360;530-610;220-270;160-220;70-160;150-175;723-778 effectif;9 9 3;3 12 6;3 11 7;7 10 4;3 10 8;2 13 6;3 13 5;;;;;;;;;effectif;5 11 5;6 11 4;4 11 6;4 11 6;5 11 5;13 6 2; 5 9 7 </pre> ====Classement des génomes cds-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_cds-cds|Classement]] <pre> gen;n-cds;%;moy;rap;a37;R2;;<0;100;200;370;600;max '''pub;1m;''3;''37;''14;''5.93;''63;;'''362;'''551;''67;''15;''5;''1 '''ant;3m;''6;''56;''38;°16.12;°81;;'''246;'''533;''153;''48;''11;''8 '''abra;2m;''7;<u>65;''57;''8.52;°82;;'''250;°454;°187;''73;''25;<u>11 '''pmg;2m;<u>8,5;''55;''35;<u>11.99;°76;;°141;'''613;''148;''67;''23;''8 '''mja;2m;°9;<u>64;''53;''9.96;°80;;°127;'''553;°197;°96;''20;''7 ;;;;;;;;;;;;; fin rang faible;;''7,2;''56;''64;''10;''63;;''101;''375;''153;''73;''25;''8 ;;;;;;;;;;;;; rang moyen;;8.5;64;66;12;76;;110;402;181;96;28;10 ;;11.5;72;109;20;84;;183;502;211;149;57;16 ;;;;;;;;;;;;; '''rru;4M;°10;<u>'''78;°89;°18.99;'''91;;°180;°408;<u>'''221;°141;°37;°13 '''eco;4M;°9;°72;°76;°20.08;'''88;;°183;°430;°201;°142;°35;<u>''8 '''cvi;4M;°9,5;°74;°67;'''26.50;°78;;°177;°463;°204;°106;°34;°16 '''ade;4M;°8,5;°70;°66;'''25.60;'''90;;°183;°470;°206;°104;°28;°10 '''bsu;4M;°9,5;°72;<u>''64;'''29.29;°81;;°144;°495;<u>'''230;°98;°28;''4 '''cbn;2m;°11;°71;°79;°14.59;°82;;''71;°482;<u>'''232;<u>'''158;°47;°10 '''afn;2m;°9,5;°66;°75;''8.68;°77;;°151;°458;°197;°149;°34;°11 '''ase;'''8M;°11,5;°76;°79;'''43.46;'''88;;'''202;°402;°191;°128;°49;'''28 '''scc;2m;°9;°69;°72;''8.68;°82;;<u>'''192;°439;°181;°134;°43;°11 ;;;;;;;;;;;;; Début rang fort;;'''12,2;'''78;'''116;'''25.6;'''88;;'''192;'''533;'''221;'''158;'''66;'''19 ;;;;;;;;;;;;; '''rtb;1m;'''20;'''85;<u>109;''3.05;''58;;°129;''313;'''236;°106;'''66;'''151 '''spl;4M;'''14;'''82;<u>105;°17.06;°76;;''101;''371;<u>215;'''184;'''90;'''40 &'''pmq;'''7M;'''14;'''88;'''130;'''28.46;'''90;;<u>110;''339;'''238;'''210;'''70;'''32 &'''cbei;'''6M;'''18;'''83;'''136;°14.71;°83;;''71;''318;<u>211;'''221;'''127;'''52 '''blo;2m;<u>11;'''88;'''116;''9.53;°78;;°129;''373;'''273;'''159;°48;'''19 '''myr;4M;'''12;°67;''63;°19.62;°84;;''85;°501;°192;°124;<u>57;'''42 &'''mba;4M;'''27;'''85;'''154;''5.54;''46;;''83;''228;''152;'''198;'''163;'''175 </pre> ====Les intercalaires tRNAs-cds==== =====comparaison continu-discontinu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_continu-discontinu|comparaison continu-discontinu]] *Total des nuls cds-cds <pre> gen;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total nuls;13;29;11;65;35;3;27;19;11;15;29;22;21;18;46;31;71;13;5;8;18;510 </pre> *tableau <pre> ;détail;tRNA-cds positifs;;;;ensemble;cds-cds négatifs;;;; gen;deb;fin;deb’;fin’;total;cds;<0;reste32;reste32%;comp’/<0%;min’-min% abra;7;12;5;4;41;1 667;417;20;4,8;1,4;117 ade;20;16;7;9;69;4 464;815;40;4,9;11,9;6 afn;20;17;2;5;53;2 038;307;21;6,8;1,3;31 ant;11;12;4;1;34;3 095;762;17;2,2;10,9;11 ase;18;16;12;12;101;8 197;1 652;128;7,7;19,3;1 blo;15;15;5;6;78;1 772;228;8;3,5;7,0;17 bsu;3;5;7;5;28;4 213;608;52;8,6;3,9;182 cbei;9;5;4;1;47;5 622;400;24;6,0;2,8;59 cbn;12;12;2;2;40;2 491;176;6;3,4;4,5;54 cvi;22;20;7;9;78;4 282;756;26;3,4;8,2;5 eco;10;11;5;7;65;4 024;738;55;7,5;12,3;107 mba;9;8;7;4;90;3 943;329;26;7,9;5,5;23 mja;6;15;8;1;43;1 729;219;17;7,8;24,2;29 myr;18;15;12;10;79;3 555;302;12;4,0;6,6;37 pmg;16;17;13;8;67;1 800;253;12;4,7;36,0;3 pmq;8;11;2;5;42;7 223;795;52;6,5;4,3;45 pub;13;14;11;11;50;1 307;473;14;3,0;19,0;41 rru;15;18;10;11;83;3 786;683;32;4,7;10,1;12 rtb;9;12;0;2;56;793;102;7;6,9;2,9;35 scc;13;8;11;5;67;1 805;347;14;4,0;7,8;47 spl;9;9;4;3;62;4 213;426;10;2,3;2,8;61 total;263;268;138;121;1273;72 023;10 788;593;5,5;11,8; ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; 10,6,21;con;;cds-cds négatifs continus;;;;;comp’;cds-cds négatifs discontinus;; gen;total;min;con1;con4;c1/c4;reste50;reste50 %;total;min;reste50;reste50 % abra;411;-92;68;142;0,48;13;3,2;6;-24;0; ade;718;-109;70;540;0,13;10;1,4;97;-116;14;14,4 afn;303;-113;38;129;0,29;9;3,0;4;-83;1;25,0 ant;679;-71;164;221;0,74;6;0,9;83;-79;1;1,2 ase;1333;-119;168;892;0,19;32;2,4;319;-120;49;15,4 blo;212;-86;52;109;0,48;2;0,9;16;-102;2;12,5 bsu;578;-7 616;72;233;0,31;17;2,9;30;-361;7;23,3 cbei;389;-110;71;82;0,87;4;1,0;11;-60;1;9,1 cbn;168;-47;34;28;1,21;0;;8;-27;0; cvi;694;-97;118;377;0,31;4;0,6;62;-102;6;9,7 eco;647;-2 400;163;261;0,62;22;3,4;91;-723;11;12,1 mba;311;-59;33;119;0,28;7;2,3;18;-74;2;11,1 mja;166;-83;25;52;0,48;7;4,2;53;-62;0; myr;282;-47;71;60;1,18;0;;20;-68;1;5,0 pmg;162;-65;36;72;0,50;2;1,2;91;-67;2;2,2 pmq;761;-119;80;387;0,21;17;2,2;34;-75;4;11,8 pub;383;-65;152;81;1,88;3;0,8;90;-43;0; rru;614;-137;81;396;0,20;13;2,1;69;-122;7;10,1 rtb;99;-50;10;33;0,30;0;;3;-35;0; scc;320;-74;39;156;0,25;6;1,9;27;-120;1;3,7 spl;414;-98;126;136;0,93;5;1,2;12;-52;1;8,3 total;9 644;;1 671;4 506;0,37;179;1,9;1 144;;110;9,6 </pre> =====Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Rareté_des_tRNA-cds_négatifs_et_petits_positifs|Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs]] *Total des '''tRNAs-cds des 22 génomes''' qui regroupent 11 négatifs: Ci-dessous le total des blocs de tRNAs sans rRNAs (ligne "opérons sans" dans "genome.opérons"). Multiplié par 2 il donne le total des tRNA-cds sans les tRNAs-cds des blocs avec rRNA. J'ai estimé le total de ces derniers à 5% des 1ers. Donc le total des tRNA-cds estimé pour ces 22 génomes est de 1340 + 67 = 1407. <pre> tRNA-cds;ecoN;vha;amed;rpl;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;ppm;lbu;ban;psor;cdc;cdc;hmo;fps;npu;apal;mfi;mfe;total opérons;50;27;38;29;47;45;51;51;38;38;29;23;9;8;5;6;24;26;43;14;29;40;670 </pre> *'''Tableau''' <pre> tRNA-cds négatifs;;; genome;adresse;tRNA;inter Intercalaire continu nc;;; vha chr2;1842556;ctc;-36 amed;779541;caa;-21 oan;1945985;aag;-38 oan;34057;gcc;-40 ppm plasm;7953;gac;-24 hmo;2497882;gtg;-10 mfi;314088;caa;-1 pmg;1600898;gta;-30 blo;207388;tgg;-17 Intercalaire discontinu xc comp’;;; rpm;1941413;agc;-30 oan;1639492;atgj;-44 aua;1350534;cgt;-30 npu;3439846;gca;-19 mba;1315521;cgc;-12 spl;552630;tga*;-23 myr;1926118;tta;-38 ase;1249593;aag;-12 blo;440078;aac;-39 blo;1424907;gag;-8 total;;19; cds-cds;cds 40;tRNA-cds;;;;;; gen;S40%;total;R40;R40%;taux;Rc+;Rx+; abra;&37,3;41;2;4,9;&7,6;2;; ade;32,6;69;8;11,6;2,8;7;1; afn;&35,8;53;4;7,5;4,7;4;; ant;&45,1;34;5;14,7;3,1;3;2; ase;23,9;100;14;14,0;1,7;11;3; blo;19,1;75;1;1,3;&14,4;1;; bsu;34,6;28;0;0;&'''9,7;;; cbei;19,0;47;3;6,4;3,0;1;2; cbn;29,3;40;0;0;&'''11,7;;; cvi;26,9;78;8;10,3;2,6;8;; eco;29,1;65;4;6,2;4,7;1;3; mba;°13,3;88;4;4,5;2,9;2;2; mja;&39,4;43;5;11,6;3,4;5;; myr;30,8;78;7;9,0;3,4;5;2; pmg;&42,9;65;11;16,9;2,5;8;3; pmq;19,1;42;1;2,4;&8,0;1;; pub;&'''59,6;48;27;'''56,3;°'''1,1;18;9; rru;26,1;83;3;3,6;&7,2;1;3; rtb;20,3;56;6;10,7;1,9;6;; scc;31,0;67;4;6,0;5,2;2;2; spl;20,0;61;1;1,6;&12,2;;1; total;27,1;1261;118;9,4;2,9;86;33; ;;;;;;;; ;27±7;;;;3,4±1,7;;Rx+%;% 27,7 </pre> =====Les cds-cds positif-négatif===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds-cds_positif-négatif|Les cds-cds positif-négatif]] <pre> taux de 1-40;;;;;;;; gen;<0 %;<1;reste;total;1-40;>0;1-40 %;1-32 % abra;;430;776;1 667;461;1237;37;95 ade;18;844;2440;4464;1180;3620;33;95 afn;15;318;1104;2038;616;1720;36;93 ant;25;827;1246;3095;1022;2268;45;98 ase;20;1687;4956;8197;1554;6510;24;92 blo;13;231;1246;1772;295;1541;19;97 bsu;14;635;2341;4213;1237;3578;35;91 cbei;7;419;4214;5622;989;5203;19;94 cbn;7;187;1628;2491;676;2304;29;97 cvi;18;771;2566;4282;945;3511;27;97 eco;18;767;2310;4024;947;3257;29;93 mba;8;351;3113;3943;479;3592;13;92 mja;13;240;903;1730;587;1490;39;92 myr;9;320;2239;3555;996;3235;31;96 pmg;14;298;857;1800;645;1502;43;95 pmq;11;826;5173;7223;1224;6397;19;94 pub;36;544;308;1307;455;763;60;97 rru;18;696;2285;3786;805;3090;26;95 rtb;13;107;547;793;139;686;20;93 scc;19;355;1001;1805;449;1450;31;96 spl;10;444;3017;4213;752;3769;20;98 total;;11297;;72019;16453;60722;27;94,5 écart;;;;;;;27±7;95±3 22.2.22;génomes. Les intercalaires cds-cds, continu – discontinu;;;;;;;;;;;; lien a;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra]];;;;;;;;;;22.2.22;; lien S;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];;;;;;;;;;;; lien a;total;nc;ac;ax;lien S;Sc-;Sx-;Sx-%;Sc+;Sx+;Sx+%;S-%;total S abra;1795;37;78;13;abra;409;8;°1.9;979;271;°22;&25;1667 ade;4569;22;57;26;ade;713;102;12.5;2339;1310;&36;18;4464 afn;2192;44;88;22;afn;303;4;°1.3;1385;346;20;15;2038 ant;3190;47;37;11;ant;679;83;10.9;1702;631;27;&25;3095 ase;8380;65;69;49;ase;1300;352;21.3;3866;2679;&41;20;8197 blo;1900;24;71;33;blo;210;18;7.9;1045;499;32;13;1772 bsu;4537;&99;&205;20;bsu;573;35;5.8;2515;1090;30;14;4213 cbei;5814;&106;68;18;cbei;390;10;°2.5;4010;1212;23;°7;5622 cbn;2638;87;45;15;cbn;167;9;5.1;1773;542;°23;°7;2491 cvi;4487;79;85;41;cvi;687;69;9.1;2424;1102;31;18;4282 eco;4700;65;&580;31;eco;644;94;12.7;2211;1075;33;18;4024 mba;4071;22;54;52;mba;307;22;6.7;2381;1233;34;°8;3943 mja;1828;21;41;37;mja;163;56;&25.6;1071;439;29;13;1729 myr;3754;87;69;43;myr;282;20;6.6;2274;979;30;°8;3555 pmg;1884;v5;45;34;pmg;158;95;&37.5;950;597;&39;14;1800 pmq;7479;&185;51;20;pmq;753;42;5.3;4543;1885;29;11;7223 pub;1386;°7;44;28;pub;381;92;19.5;599;235;28;&36;1307 rru;3946;23;79;58;rru;614;69;10.1;2140;963;31;18;3786 rtb;868;°5;51;19;rtb;98;4;°3.9;506;185;27;13;793 scc;1909;20;47;37;scc;319;28;8.1;1001;457;31;19;1805 spl;4466;&141;70;42;spl;414;12;°2.8;2486;1301;34;10;4213 total;75793;1191;1934;649;;9564;1224;11.3;42200;19031;31;15;72019 écart;;;;;;;;10±9;;;30±5;16±7; tRNA-cds continu-discontinu;;; gen;nc+; xc+;xc+% abra;31;10;24 ade;47;22;32 afn;43;10;19 ant;29;5;15 ase*;60;41;41 blo*;52;26;33 bsu;12;16;57 cbei;35;12;26 cbn;30;10;25 cvi;52;26;33 eco;37;28;43 mba;48;42;47 mja;25;18;42 myr*;48;31;39 pmg*;41;26;39 pmq;27;15;36 pub;28;22;44 rru;49;34;41 rtb;40;16;29 scc;35;32;48 spl*;39;23;37 total;808;465;37 écart;;;37±7 </pre> =====comparaison cds-cds et tRNA-cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_cds-cds_et_tRNA-cds|comparaison cds-cds et tRNA-cds]] <pre> ;caractéristiques;;;;;;petit;;grand; gen;p;cds;tRNAs;petit;grand;<0;inf;sup;inf;sup abra;0,854;1712;40;27;13;;-8,87;-6.14;-2.37;5.57 ant;0,911;3119;32;16;10;;-0,84;0,58;0,27;6,28 mja;0,858;1768;42;19;10;;0,28;2,87;1,41;9,49 pmg;0,886;1839;66;31;20;1;-0,69;1,86;0,49;9,78 pub;0,866;1343;50;25;17;;-1,78;0,88;-2,60;6,07 ;;;;;;;;;; ade;0,827;4506;68;30;21;;0,98;4,97;-3,20;7,65 afn;0,771;2093;52;26;17;;-3,63;0,91;-6,54;3,48 ase;0,744;8256;100;39;17;1;3,31;10,25;3,14;17,06 bsu;0,848;4325;26;11;8;;0,62;2,78;-1,88;4,59 cbn;0,768;2521;34;13;8;;1,22;4,95;-2,03;6,08 cvi;0,810;4345;78;38;20;;-2,73;1,92;-0,33;11,54 eco;0,773;4285;56;20;7;;4,22;8,90;4,54;14,92 rru;0,767;3854;80;39;15;;-4,03;1,70;2,33;14,78 spl;0,651;4269;60;19;5;1;2,95;9,99;1,97;12,62 ;;;;;;;;;; blo;0,741;1824;78;27;11;3;3,58;9,59;2,79;14,73 cbei;0,570;5665;40;13;5;;-0,17;6,77;-2,69;5,68 mba;0,415;3995;88;21;5;1;1,06;13,51;-2,54;7,36 myr;0,757;3611;78;35;18;1;-2,16;3,66;-2,35;9,85 pmq;0,649;7258;32;15;5;;-3,61;1,66;-2,22;5,68 rtb;0,630;828;56;18;5;;2,52;9,80;0,92;11,27 scc;0,768;1847;66;27;9;;1,64;6,82;4,82;16,12 ;fréquence;;moyenne;;;;;pourcentage;; gen;cds-cds;ADN;cds-cds;tRNA-cds;diff;grd;pet;grd%;pet%;taux abra;1250;135857;109;224;115;358;91;'''229;20;'''2,5 ant;2333;192251;82;126;44;184;68;123;21;1,4 mja;1511;151580;100;148;48;203;94;102;7;1,1 pmg;1547;139122;90;128;38;196;61;118;47;1,5 pub;834;39179;47;51;4;86;16;83;'''201;1,5 ;;;;;;;;;; ade;3649;428947;118;164;46;225;102;92;16;1,1 afn;1732;220467;127;144;17;199;89;56;43;0,9 ase;6545;1063558;162;239;76;346;130;113;25;1,3 bsu;3607;401590;111;188;77;241;135;116;'''-18;0,9 cbn;2315;313764;136;181;45;234;127;73;7;'''0,8 cvi;3526;452650;128;178;50;270;86;111;49;1,4 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vha;5 432;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" amed;4 285;*;*;*;ok;*;*;ok;2;" ecoN;5 157;*;*;*;*;*;ok;*;1;" rpm;3 484;*;ok;*;ok;ok;*;*;3; oan;4 900;*;*;*;*-;*;*;ok;1;" abq;6 576;*;*;*;ok;*;*;ok;2;" abs;6 817;*;*;*;ok;ok;*;ok;3;" agr;5 159;*;*;*;*-;*;*;ok;1;" aua;4 721;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" rpl;850;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" ppm;5 384;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" lbu;1 838;*;ok;ok;ok;ok;*;ok;5; ban;5 700;*;*-;*;ok;*-;ok;ok;3;" psor;3 368;*-;ok;ok;ok;ok;*-;ok;5; cdc;3 614;*;ok;*-;ok;ok;ok;ok;5; hmo;2 707;*;*-;*;ok;ok;*;ok;3;" fps;2 478;*-;ok;ok;ok;ok;*;*;4; npu;7 484;*;*;*;*;*;*;ok;1;" apal;1 453;ok;ok;ok;ok;ok;*;*;5; mfi;3 381;*;*;*;ok;*;ok;ok;3;" mfe;2 374;*;*;*;*;*;ok;*;1;" ;total ok;1;6;4;12;8;9;16;; </pre> *'''Les résultats''' <pre> cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;mba;1,1;13,5;;-3,5;6,4;;afn;-3,6;0,9;;-6,5;3,5 vha;5,2;9,0;;7,2;16,9;;vha;1,4;8,1;;0,9;11,0;;vha;-5,7;3,9;;-4,4;3,3;;vha;4,4;8,9;;5,5;15,5 amed;1,4;5,9;;7,5;19,1;;amed;-3,6;4,4;;-1,4;10,6;;amed;-13,4;-1,9;;-9,2;0,0;;amed;0,4;5,8;;5,0;17,0 ecoN;12,6;17,8;;12,1;25,5;;ecoN;6,2;15,5;;0,1;14,0;;ecoN;-6,8;6,6;;-10,7;0,0;;ecoN;11,2;17,5;;8,8;22,7 rpm;-3,1;1,9;;1,6;14,2;;rpm;-8,8;-0,1;;-9,0;4,1;;rpm;-20,3;-7,8;;-18,4;-8,4;;rpm;-4,3;1,7;;-1,3;11,7 oan;6,1;10,9;;7,4;19,7;;oan;0,6;9,1;;-2,7;10,1;;oan;-10,5;1,8;;-11,7;-1,9;;oan;4,9;10,7;;4,6;17,4 abq;0,7;5,9;;6,9;20,1;;abq;-5,5;3,6;;-4,6;9,0;;abq;-18,0;-4,8;;-15,0;-4,5;;abq;-0,6;5,6;;3,8;17,4 abs;1,4;6,8;;4,3;18,0;;abs;-5,2;4,3;;-8,2;6,0;;abs;-18,6;-5,0;;-19,5;-8,6;;abs;0,1;6,5;;0,9;15,0 agr;5,3;9,9;;6,1;17,8;;agr;0,3;8,4;;-3,1;9,1;;agr;-9,9;1,8;;-11,1;-1,8;;agr;4,3;9,8;;3,6;15,7 aua;7,3;11,9;;8,7;20,5;;aua;2,1;10,3;;-0,8;11,6;;aua;-8,3;3,6;;-9,0;0,4;;aua;6,2;11,7;;6,1;18,3 rpl;6,0;10,0;;8,4;18,4;;rpl;2,1;9,0;;1,6;12,0;;rpl;-5,6;4,4;;-4,2;3,8;;rpl;5,2;9,9;;6,5;16,9 ppm;5,0;9,0;;7,4;17,4;;ppm;1,1;8,0;;0,6;11,0;;ppm;-6,6;3,4;;-5,2;2,8;;ppm;4,2;8,9;;5,5;15,9 lbu;-0,6;3,0;;-0,5;8,7;;lbu;-4,0;2,3;;-6,1;3,4;;lbu;-10,4;-1,3;;-10,7;-3,4;;lbu;-1,3;2,9;;-2,0;7,4 ban;0,7;2,8;;0,6;5,9;;ban;-0,8;2,9;;-1,4;4,2;;ban;-3,4;1,9;;-2,8;1,5;;ban;0,3;2,8;;0,0;5,5 psor;-0,4;1,8;;-0,9;4,8;;psor;-2,1;1,9;;-3,2;2,7;;psor;-4,9;0,8;;-4,7;-0,2;;psor;-0,8;1,9;;-1,6;4,3 cdc;0,0;1,7;;0,2;4,4;;cdc;-1,1;1,9;;-1,1;3,3;;cdc;-2,8;1,4;;-1,8;1,6;;cdc;-0,3;1,7;;-0,2;4,2 hmo;0,5;4,0;;2,0;10,9;;hmo;-2,8;3,4;;-3,4;5,9;;hmo;-9,0;-0,1;;-7,8;-0,7;;hmo;-0,2;3,9;;0,5;9,7 fps;-1,9;2,0;;-2,2;7,7;;fps;-5,7;1,1;;-8,8;1,5;;fps;-13,2;-3,3;;-14,3;-6,4;;fps;-2,7;1,9;;-4,0;6,2 npu;-0,9;3,9;;11,4;23,7;;npu;-6,4;2,1;;1,3;14,1;;npu;-17,5;-5,2;;-7,7;2,1;;npu;-2,1;3,7;;8,6;21,4 apal;-1,8;0,9;;-3,9;3,0;;apal;-4,0;0,8;;-7,1;0,0;;apal;-7,9;-1,0;;-9,5;-4,0;;apal;-2,3;0,9;;-4,8;2,3 mfi;2,0;6,0;;4,4;14,4;;mfi;-1,9;5,0;;-2,4;8,0;;mfi;-9,6;0,4;;-8,2;-0,2;;mfi;1,2;5,9;;2,5;12,9 mfe;14,3;18,9;;14,7;26,5;;mfe;9,1;17,3;;5,2;17,6;;mfe;-1,3;10,6;;-3,0;6,4;;mfe;13,2;18,7;;12,1;24,3 **;;;;;;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;; rru;-2,8;1,9;;5,3;17,3;;mba;12,4;21,0;;5,6;18,6;;myr;-1,3;4,6;;-1,9;10,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7 bsu;0,2;2,9;;-2,9;4,0;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;vha;4,1;8,9;;4,8;14,9;;vha;-0,8;7,2;;-1,3;8,2 eco;14,3;18,9;;14,7;26,5;;cbei;1,6;7,5;;-1,0;7,8;;amed;-0,1;5,7;;4,2;16,2;;amed;-6,6;2,9;;-4,7;6,7 cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;spl;2,9;10,0;;1,9;12,5;;ecoN;10,7;17,4;;7,6;21,6;;ecoN;2,3;13,2;;-4,4;8,9 ade;0,6;4,9;;-4,2;6,9;;myr;-4,9;3,3;;-7,8;4,6;;rpm;-4,7;1,5;;-2,4;10,7;;rpm;;;;; cbn;1,9;4,9;;-0,8;7,1;;blo;0,6;8,5;;-1,8;10,1;;oan;4,4;10,6;;3,6;16,5;;oan;2,3;13,2;;-4,4;8,9 afn;-2,8;1,0;;-4,8;4,9;;rtb;;;;;;;abq;-1,1;5,4;;2,6;16,3;;abq;-9,3;1,5;;-8,9;4,1 scc;2,7;7,0;;7,2;18,1;;;;;;;;;abs;-0,5;6,3;;-0,4;13,9;;abs;-9,2;2,0;;-12,9;0,6 ase;6,6;11,8;;9,1;22,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7;;agr;3,8;9,7;;2,6;14,8;;agr;-2,8;6,8;;-6,4;5,1 ;;;;;;;pub;-8,5;-0,7;;-13,6;-4,2;;aua;5,7;11,6;;5,1;17,5;;aua;-1,1;8,6;;-4,2;7,5 pub;-1,78;0,88;;-2,60;6,07;;ant;-6,1;0,1;;-8,5;-1,1;;rpl;4,8;9,8;;5,8;16,3;;rpl;-0,3;7,9;;-0,9;9,0 vha;;;;;;;pmg;-9,3;-0,5;;-14,9;-4,3;;ppm;3,8;8,8;;4,8;15,3;;ppm;-1,3;6,9;;-1,9;8,0 amed;;;;;;;abra;-4,8;1,2;;-2,8;4,5;;lbu;-1,6;2,9;;-2,6;6,9;;lbu;-6,0;1,5;;-8,0;1,0 ecoN;;;;;;;mja;-5,4;1,7;;-7,5;1,1;;ban;0,2;2,9;;-0,2;5,4;;ban;-1,7;2,7;;-2,1;3,2 rpm;-1,6;2,0;;6,2;17,7;;;;;;;;;psor;-1,0;1,9;;-1,8;4,1;;psor;-3,0;1,7;;-3,9;1,7 oan;;;;;;;rru;-11,3;-1,5;;-7,9;3,9;;cdc;-0,4;1,8;;-0,4;4,1;;cdc;-1,7;1,8;;-1,5;2,7 abq;;;;;;;bsu;-3,2;2,4;;-7,2;-0,4;;hmo;-0,5;3,9;;0,0;9,2;;hmo;-4,7;2,6;;-5,2;3,5 abs;;;;;;;eco;5,9;15,6;;1,8;13,5;;fps;-3,1;1,9;;-4,7;5,6;;fps;-8,0;0,0;;-11,1;-1,4 agr;;;;;;;cvi;-11,1;-1,4;;-13,2;-1,5;;npu;-2,6;3,6;;7,6;20,5;;npu;-9,8;0,3;;-2,4;9,7 aua;;;;;;;ade;-6,8;2,2;;-15,4;-4,5;;apal;-2,5;0,9;;-5,1;2,0;;apal;-5,2;0,4;;-8,2;-1,4 rpl;;;;;;;cbn;-2,3;4,1;;-6,3;1,4;;mfi;0,8;5,8;;1,8;12,3;;mfi;-4,3;3,9;;-4,9;5,0 ppm;;;;;;;afn;-8,8;-0,8;;-13,3;-3,8;;mfe;12,7;18,6;;11,1;23,5;;mfe;;;;; lbu;;;;;;;scc;-4,6;4,4;;-3,7;7,1;;;;;;;;;;;;;; ban;;;;;;;ase;-3,7;7,2;;-7,4;5,9;;;;;;;;;;;;;; psor;0,0;1,6;;0,1;5,3;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cdc;;;;;;;mba;9,0;19,1;;1,8;14,1;;;;;;;;;;;;;; hmo;;;;;;;pmq;-5,1;1,1;;-3,5;3,9;;;;;;;;;;;;;; fps;-0,9;1,9;;0,7;9,7;;cbei;;;;;;;;;;;;;;;;;;; npu;;;;;;;spl;1,2;9,7;;-0,4;9,9;;;;;;;;;;;;;; apal;-1,2;0,7;;-2,4;3,9;;myr;-8,1;1,6;;-11,2;0,5;;;;;;;;;;;;;; mfi;;;;;;;blo;-2,3;7,0;;-4,9;6,3;;;;;;;;;;;;;; mfe;;;;;;;rtb;0,7;8,9;;-0,9;9,0;;;;;;;;;;;;;; **;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ant;-1,4;0,8;;-1,5;5,5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; pmg;-1,1;1,9;;-0,9;8,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; abra;-0,3;1,8;;3,9;10,6;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; mja;0,4;2,8;;1,8;9,7;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; afn;-1,8;0,9;;-1,9;6,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> *'''Les génomes et leurs tRNAs, petit grand''' <pre> test;vha;amed;ecoN;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;apal; cds;5,432;4 285;5 157;3 484;4 900;6 576;6 817;5 159;4 721;1 453; petit;18;32;33;43;32;43;46;29;28;13; grand;5;11;14;21;14;18;23;13;11;9; totat sans -;52;74;100;88;84;96;104;76;78;26; total;54;76;100;90;90;96;104;76;80;26; grand sans -;(4);(10);;(20);(13);;;;;; ;;;;;;;;;;; test;rpl;ppm;lbu;ban;psor;cdc;hmo;fps;npu;mfi;mfe cds;850;5 384;1 838;5 700;3 368;3 614;2 707;2 478;7 484;3 381;2 374 petit;19;20;21;6;8;4;19;26;39;23;21 grand;5;6;11;2;4;1;8;15;10;9;5 totat sans -;56;56;46;16;18;10;44;54;84;56;78 total;56;58;46;16;18;10;46;54;86;58;78 grand sans -;;(5);;;;;(9);;(9);(8); ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;ko;ko;ko;ko;ok;ok;ko;ok;ko;ko; p;0,415;0,858;0,773;0,827;0,649;0,570;0,911;0,866;0,768;0,848; q;0,585;0,142;0,227;0,173;0,351;0,430;0,089;0,134;0,232;0,152; compare;mba;mja;eco;ade;pmq;cbei;ant;pub;cbn;bsu; cds;3 995;1 768;4 285;4 506;7 258;5 665;3 119;1 343;2 521;4 325; petit;21;19;21;30;15;13;16;25;13;11; grand;6;10;5;21;5;5;10;17;8;8; totat sans -;86;42;78;68;32;40;32;50;34;26; total;88;42;78;68;32;40;32;50;34;26; grand sans -;(5);;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;ok;ok;ko;ko;ko;ok;ko;ko;ko;ko;ok p;0,771;0,810;0,744;0,741;0,886;0,757;0,854;0,768;0,651;0,767;0,630 q;0,229;0,190;0,256;0,259;0,114;0,243;0,146;0,232;0,349;0,233;0,370 compare;afn;cvi;ase;blo;pmg;myr;abra;scc;spl;rru;rtb cds;2 093;4 345;8 256;1 824;1 839;3 611;1 712;1 847;4 269;3 854;828 petit;26;38;39;27;31;35;14;27;19;39;18 grand;17;20;17;11;20;18;4;9;5;15;5 totat sans -;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56 total;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56 </pre> *'''Les calculs des bornes''' <pre> ;compare;test;;;;;;;;; ;afn;eco;;;;;;;;; ;0,771;21;;;;;;;;; ;0,229;5;;;;;;;;; ;;78;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;3995;;;;3614;cds;bornes;p;q;;tRNAs archeo;cds total;total;<0;0-200;reste;;petit;0,771;0,229;;78 mba cds-cds;3995;3943;329;1500;2114;;34,181;p2;2pq;1-q2;q2 mba cds %;;;83;415;585;;39,741;0,595;0,353;0,948;0,052 mba tRNA;;88;1;27;60;;grand;varq;varp;attendus; calculs;proba;effect;attendu;plage;2σ;;17,074;nq2(1-q2);np2(1-p2);petit;grand petit;0,771;21;37;22 – 35;2,8;;29,336;1,932;9,398;36,961;23,205 grand;0,229;5;23,2;2 – 12;6,1;;;;;; ;;;;;;;34;40;;17;29 ;;;;;;;;;;; ;;;;;;bornes;13,2;18,7;;12,1;24,3 ;;;;;;petit;inf;sup;grand;inf;sup </pre> =====Récapitulatif des taux discontinu/continu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Récapitulatif_des_taux_discontinu/continu|Récapitulatif des taux discontinu/continu]] <pre> >0;;;<0;;;total;taux tRNA-cds;;;tRNA-cds;;;; Rc+;Rx+;Rx+ %;Rc-;Rx-;Rx- %;;R- % 808;464;&36,5;2;6;&75;1280;&0,6 cds-cds;;;cds-cds;;;; Sc+;Sx+;Sx+ %;Sc-;Sx-;Sx- %;;S- % 42200;19031;&31,08;9564;1224;&11,3;72019;&15,0 cn;ac;ax;ax%;a%;intercal;;Sx% 1191;1934;649;&25,1;&3,4;75793;;28,1 </pre> =====Les taux de discontinus par classe génomique===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_taux_de_discontinus_par_classe_génomique|Les taux de discontinus par classe génomique]] <pre> gen;Sx-%;Sx+%;S-%;Rx+%;ax% $I;;;;; abra;°1,4;°22;&25;°24;°6 ant;&10,9;27;&25;°15;°8 mja;&24,2;30;13;42;&36 pmg;&36,0;&39;14;39;&41 pub;&19,0;29;&36;44;&45 $II;;;;; ade;&11,9;&36;18;32;13 afn;°1,3;°20;15;°19;11 ase;&19,3;&42;20;41;11 bsu;4,9;30;14;&57;16 cbn;4,5;°23;°7;°25;°5 cvi;8,2;32;18;33;18 eco;&12,3;33;18;43;&35 rru;&10,1;31;18;41;&33 spl;°2,8;34;10;37;11 $III;;;;; blo;7,0;32;13;33;18 cbei;°2,8;°23;°7;°26;°6 mba;5,5;34;°8;&47;28 myr;6,6;30;°8;39;9 pmq;4,3;29;11;36;°4 rtb;°2,9;27;13;29;25 scc;7,8;32;19;&48;18 total;10,6;31;15;37;19 écart;10±6;31±4;15±5;37±7;19±10 </pre> =====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds]] *Tableau <pre> 14.8.21;continu;;;comp’;;; inter;nc;nc%;pc;nx;nx%;px;diff -1;1671;'''17.5;;0;0;; -2;4;0.0;;40;3.3;; -3;5;0.1;;0;0;; -4;&4476;'''46.8;<u>0.38;°410;'''33.5;<u>0.10; -5;9;0.1;;3;0.2;; -6;4;0.0;;35;2.9;;16 -7;139;1.5;;19;1.6;; -8;&945;'''9.9;0.15;°51;'''4.2;1.06; -9;3;0.0;;25;2.0;;14 -10;93;1.0;;11;0.9;; -11;&498;'''5.2;0.19;°52;'''4.3;0.69; -12;2;0.0;;23;1.9;;8 -13;94;1.0;;15;1.2;; -14;&329;'''3.4;0.29;°45;'''3.7;0.84; -15;1;0.0;;25;2.0;;12 -16;58;0.6;;13;1.1;; -17;&235;'''2.5;0.25;°42;'''3.4;0.90; -18;5;0.1;;13;1.1;;1 -19;43;0.4;;12;1.0;; -20;&162;'''1.7;0.30;°24;'''2.0;1.04; -21;0;0;;11;0.9;;3 -22;22;0.2;;8;0.7;; -23;&107;'''1.1;0.21;°20;'''1.6;0.95; -24;1;0.0;;19;1.6;;8 -25;34;0.4;;11;0.9;; -26;&101;'''1.1;0.35;°21;'''1.7;1.43; -27;2;0.0;;6;0.5;; -2 -28;19;0.2;;8;0.7;; -29;&61;'''0.6;0.34;°10;'''0.8;1.40; -30;0;0;;5;0.4;; -3 -31;16;0.2;;8;0.7;; -32;&45;'''0.5;0.36;°18;'''1.5;0.72; -33;0;0;;3;0.2;; -4 -34;15;0.2;;7;0.6;; -35;&35;'''0.4;0.43;°19;'''1.6;0.53; -36;0;0;;3;0.2;;0 -37;9;0.1;;3;0.2;; -38;&31;'''0.3;0.29;°12;'''1.0;0.50; -39;0;0;;3;0.2;; -4 -40;5;0.1;;7;0.6;; -41;&34;'''0.4;0.15;°8;'''0.7;1.25; -42;0;0;;4;0.3;; -2 -43;16;0.2;;6;0.5;; -44;&24;'''0.3;0.67;°4;'''0.3;2.50; -45;0;0;;2;0.2;; -1 -46;5;0.1;;3;0.2;; -47;&11;'''0.1;0.45;°4;'''0.3;1.25; -48;0;0;;2;0.2;; -2 -49;11;0.1;;4;0.3;; -50;&9;'''0.1;1.22;°6;'''0.5;1.00; reste;169;1.8;;120;9.8;; total;9558;100.0;;1223;100.0;; </pre> *Fréquences des <span id="nd50">négatifs</span>, détails jusqu'à -50 pour les continus et jusqu'à -80 pour les discontinus <pre> 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0 6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1 7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1 8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3 1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58 1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7 total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12 gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl 1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2 3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5 5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0 6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0 7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0 8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2 9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0 10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0 11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0 12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0 13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0 14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0 15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1 16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0 17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1 18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0 19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0 21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0 22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0 23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0 24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0 25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0 26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0 27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0 28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0 30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0 31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0 33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0 35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0 36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0 39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0 40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0 41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0 42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0 44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0 49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0 51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0 52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1 53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0 56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0 63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0 69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl -1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126 -2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0 -4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136 -5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0 -6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0 -7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10 -8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46 -9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8 -11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28 -12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0 -13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5 -14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15 -15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3 -17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8 -18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1 -20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7 -21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0 -23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4 -24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 -25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0 -26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2 -27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1 -29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2 -30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0 -32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3 -33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1 -35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0 -36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 -38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1 -39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 -41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1 -42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1 -44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0 -45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0 -47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0 -48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0 -50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0 ;169;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;2;16;3;11;0;6;5 ;9558;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;158;753;381;609;98;319;414 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl </pre> =====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds._Diagrammes|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes]] *Tableau <pre> 14.8.21;;diagrammes;;;;;;;;;;; ;R2;;;abscisses modulo 3;;;;;abscisses modulo 1;;moyennes;; fréquence;droite;exp;p4;-a;b;-x;x’;w;'-x1;x’1;m;e;m/e continu 50;;;;;;;;;;;;; 6;537;190;585;0,1;4;36;4;6;107;3.5;1.2;1.66;0.72 7;735;855;971;2,6;111;72;176;245;215;132;38.6;40.2;0.96 8;608;973;987;14,8;603;100;1389;2611;301;841;175.1;253.9;0.69 discontinu 50;;;;;;;;;;;;; 6’;820;912;913;0.7;32;72;54;45;217;43;11.9;10.8;1.11 7’;806;779;835;0.3;17;36;22;26;109;19;9.0;4.5;1.99 8’;857;888;933;1.2;56;61;97;56;184;71;22.4;17.0;1.32 discontinu 80;;;;;;;;;;;;; 6”;667;834;931;0.4;23;51;32;45;152;28;7.8;9.76;0.80 7”;806;769;887;0.2;15;38;22;21;115;19;6.2;5.04;1.22 8”;739;874;949;0.6;42;48;70;80;144;55;14.8;16.14;0.92 </pre> =====Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_négatifs_cds-cds,_recouvrements|Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements]] <pre> recouvrements;;intercalaires cds-cds recouvrements;;;;;;;; bsu;;;;;;eco;;;; intercal;add1;add2;shift;couvre;;intercal;add1;add2;shift;couvre continu;;;;;;continu;;;; -7616;387744;398495;°-7475;141;;-2400;164730;167264;&0;2400 ;390880;391020;;;;;164865;167264;; ;;;;;;-2130;&2731600;2733729;444;2130 -500;3717238;3717825;°-20;480;;;2731600;2734173;; ;3717326;3717805;;;;-1295;&492092;493386;637;1295 ;;;;;;;492092;494023;; -492;2909520;2910011;735;492;;-897;&4577958;4578854;483;897 ;2909520;2910746;;;;;4577958;4579337;; ;;;;;;-729;1179520;1180359;&0;729 -164;1252815;1253021;52;164;;;1179631;1180359;; ;1252858;1253073;;;;-448;1639030;1639527;°-193;255 ;;;;;;;1639080;1639334;; -154;2466721;2467953;209;154;;-242;578107;578568;°-59;183 ;2467800;2468162;;;;;578327;578509;; ;;;;;;-212;508875;511379;&0;212 -143;1916663;1917097;205;143;;;511168;511379;; ;1916955;1917302;;;;-153;&16751;16903;57;153 ;;;;;;;16751;16960;; discontinu;;;;;;discontinu;;;; -361;2601528;2603339;°-64;297;;-723;3111128;3111988;°-663;60 ;2602979;2603275;;;;;3111266;3111325;; ;;;;;;-530;3838248;3839171;°-470;60 -127;3666841;3667059;°-43;84;;;3838642;3838701;; ;3666933;3667016;;;;-527;10643;11356;°-41;486 ;;;;;;;10830;11315;; -93;2652993;2653463;1410;93;;-436;3796948;3798207;°-361;75 ;2653371;2654873;;;;;3797772;3797846;; ;;;;;;-210;3993739;3994059;276;210 ;;;;;;;3993850;3994335;; </pre> =====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus===== ======Tableau cds-cds négatifs discontinus====== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_discontinus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus]] <pre> 14.8.21;recompte;;rouge pour les peu significatifs;;;;couleurs uniformisées;;;“p pour périodiques;;;; ;;génomes à forts cds-cds négatifs discontinues ;trié sur x‰ ;;;puis;génomes à faibles cds-cds négatifs discontinues;;;;;;; clde;gen;r80;“6;“7;“8;“p;x6;x7;x8;x‰ ;cds;“5;x5;“80 1;'''pub;0;§17;3;25;&45;§38;7;56;&<u>70.4;1307;&47;51;&92 2;'''pmg;0;§16;9;30;&55;§29;16;55;&48.9;1800;&33;38;&88 3;'''ase;17;?48;55;123;&<u>226;?21;24;54;&42.9;<u>'''8197;&<u>109;31;&<u>335 4;'''mja;0;@19;3;8;&30;@63;10;27;&32.4;1730;&26;46;&56 5;'''ant;0;@20;5;18;&43;@47;12;42;&26.8;3095;&40;48;&83 6;'''eco;10;§15;6;18;&39;§38;15;46;&23.4;'''4024;&45;48;&84 7;'''ade;9;?4;17;36;&57;?7;30;63;&22.8;'''4464;&36;35;&93 8;'''rru;5;?6;13;22;&41;?15;32;54;&19.5;'''3786;&28;38;&69 9;'''cvi;1;?7;16;20;&43;?16;37;47;&16.1;'''4282;&25;36;&68 10;'''scc;1;§9;3;12;&24;§38;13;50;&15.5;1805;°3;11;27 11;'''blo;2;?1;4;8;13;?8;31;62;10.2;1772;°3;17;°16 12;'''bsu;4;?5;7;5;17;?29;41;29;8.3;'''4215;14;40;31 13;'''myr;0;§5;1;5;11;§45;9;45;5.6;'''3555;9;45;20 14;'''pmq;1;§8;5;14;&27;§30;19;52;5.8;'''7223;14;33;41 15;'''mba;0;?3;3;10;16;?19;19;63;5.6;'''3943;°6;27;22 16;'''rtb;0;§0;0;3;$3;§0;0;100;$5.0;793;$1;25;$4 17;'''abra;0;@3;0;3;$6;@50;0;50;$4.8;1667;$2;25;$8 18;'''cbn;0;@5;0;4;$9;@56;0;44;$3.6;2491;$0;0;$9 19;'''spl;0;?1;1;3;°5;?20;20;60;°2.8;'''4213;7;58;°12 20;'''cbei;0;?2;2;3;°7;?29;29;43;°2.0;'''5622;°4;36;°11 21;'''afn;1;@1;1;0;$2;@50;50;0;$2.0;2039;$1;25;$3 ;'''total;51;195;154;370;719;27;21;51;17.0;72023;453;37;1172 ;;;;;;;;;;;;;; §;bgcolor="#e8f2a8"|;;?;bgcolor="#bbe333"|;;@;bgcolor="#ff00ff"|;;;;;;; </pre> *<span id="cdmc">Coefficient</span> de détermination, moyenne et corrélation: effectifs <pre> 14.8.21 Effectifs des cds-cds négatifs continus 14.8.21 Effectifs des cds-cds négatifs discontinus gen r50 “5 “6 “7 “8 total cds r80 “5 “6 “7 “8 total abra 13 211 0 11 174 409 1667 0 2 3 0 3 8 ade 9 607 0 25 72 713 4464 9 36 4 17 36 102 afn 9 167 2 20 105 303 2039 1 1 1 1 0 4 ant 6 387 1 33 252 679 3095 0 40 20 5 18 83 ase 28 1054 3 70 145 1300 8197 17 109 48 55 123 352 blo 2 161 1 10 36 210 1772 2 3 1 4 8 18 bsu 17 305 0 42 209 573 4215 4 14 5 7 5 35 cbei 4 153 0 32 200 389 5622 0 4 2 2 3 11 cbn 0 62 0 23 82 167 2491 0 0 5 0 4 9 cvi 4 493 0 38 152 687 4282 1 25 7 16 20 69 eco 22 423 0 47 152 644 4024 10 45 15 6 18 94 mba 6 152 7 34 108 307 3943 0 6 3 3 10 22 mja 6 78 0 17 62 163 1730 0 26 19 3 8 56 myr 0 133 0 22 127 282 3555 0 9 5 1 5 20 pmg 2 105 0 10 41 158 1800 0 33 16 9 30 88 pmq 16 466 1 44 226 753 7223 1 14 8 5 14 42 pub 3 233 2 14 129 381 1307 0 47 17 3 25 92 rru 11 475 0 26 97 609 3786 5 28 6 13 22 74 rtb 0 43 0 9 46 98 793 0 1 0 0 3 4 scc 6 195 1 22 95 319 1805 1 3 9 3 12 28 spl 5 262 0 30 117 414 4213 0 7 1 1 3 12 total 169 6165 18 579 2627 9558 72023 51 453 195 154 370 1223 </pre> *Coefficient de détermination, moyenne et corrélation:Résultats <pre> ‰. ;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs continus;;;;;;;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs discontinus;;;;;;‰. ;;;;;;;;;;;;; gen;c50‰. ;c5‰. ;c6‰. ;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;x80‰. ;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. ;;;;;c5‰. ;;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. abra;78.0;1265.7;0.0;66.0;1043.8;2453.5;;0.0;12.0;18.0;0.0;18.0;48.0;;;1;;248.9;;55.6;161.3;670.4;;;0.0;0.0;0.0;0.0;19.6 ade;20.2;1359.8;0.0;56.0;161.3;1597.2;;20.2;80.6;9.0;38.1;80.6;228.5;;;2;;272.1;;56.0;176.9;691.9;;;4.9;2.4;0.0;5.3;19.6 afn;44.1;819.0;9.8;98.1;515.0;1486.0;;4.9;4.9;4.9;4.9;0.0;19.6;;;3;;374.1;;56.4;203.2;778.6;;;7.1;3.6;0.0;7.1;28.5 ant;19.4;1250.4;3.2;106.6;814.2;2193.9;;0.0;129.2;64.6;16.2;58.2;268.2;;;4;;385.5;;56.9;227.8;793.2;;;12.0;4.9;2.4;11.9;36.1 ase;34.2;1285.8;3.7;85.4;176.9;1585.9;;20.7;133.0;58.6;67.1;150.1;429.4;;;5;;450.9;;60.9;256.2;877.8;;;12.6;5.6;2.8;14.1;48.0 blo;11.3;908.6;5.6;56.4;203.2;1185.1;;11.3;16.9;5.6;22.6;45.1;101.6;;;6;;542.2;;61.9;273.9;942.2;;;15.2;7.6;3.6;16.1;50.4 bsu;40.3;723.6;0.0;99.6;495.8;1359.4;;9.5;33.2;11.9;16.6;11.9;83.0;;;7;;583.3;;66.0;277.7;982.7;;;16.6;9.0;4.9;18.0;55.8 cbei;7.1;272.1;0.0;56.9;355.7;691.9;;0.0;7.1;3.6;3.6;5.3;19.6;;;8;;621.9;;68.7;312.9;1042.5;;;16.6;11.1;6.9;19.4;56.3 cbn;0.0;248.9;0.0;92.3;329.2;670.4;;0.0;0.0;20.1;0.0;16.1;36.1;;;9;;645.2;;71.2;329.2;1185.1;;;16.9;11.9;7.6;25.4;58.1 cvi;9.3;1151.3;0.0;88.7;355.0;1604.4;;2.3;58.4;16.3;37.4;46.7;161.1;;;10;;723.6;;85.4;355.0;1235.8;;;19.4;14.1;14.9;37.8;83.0 eco;54.7;1051.2;0.0;116.8;377.7;1600.4;;24.9;111.8;37.3;14.9;44.7;233.6;;;11;;819.0;;86.2;355.7;1359.4;;;25.3;15.8;16.2;44.7;101.6 mba;15.2;385.5;17.8;86.2;273.9;778.6;;0.0;15.2;7.6;7.6;25.4;55.8;;;12;;908.6;;88.7;357.2;1486.0;;;33.2;16.3;16.6;45.1;155.1 mja;34.7;450.9;0.0;98.3;358.4;942.2;;0.0;150.3;109.8;17.3;46.2;323.7;;;13;;1051.2;;92.3;358.4;1585.9;;;58.4;18.0;16.6;46.2;161.1 myr;0.0;374.1;0.0;61.9;357.2;793.2;;0.0;25.3;14.1;2.8;14.1;56.3;;;14;;1080.3;;98.1;377.7;1597.2;;;74.0;20.1;17.3;46.7;195.5 pmg;11.1;583.3;0.0;55.6;227.8;877.8;;0.0;183.3;88.9;50.0;166.7;488.9;;;15;;1151.3;;98.3;495.8;1600.4;;;80.6;37.3;22.6;58.1;228.5 pmq;22.2;645.2;1.4;60.9;312.9;1042.5;;1.4;19.4;11.1;6.9;19.4;58.1;;;16;;1250.4;;99.6;515.0;1604.4;;;111.8;49.9;23.0;58.2;233.6 pub;23.0;1782.7;15.3;107.1;987.0;2915.1;;0.0;359.6;130.1;23.0;191.3;703.9;;;17;;1254.6;;106.6;526.3;1608.6;;;129.2;58.6;34.3;66.5;268.2 rru;29.1;1254.6;0.0;68.7;256.2;1608.6;;13.2;74.0;15.8;34.3;58.1;195.5;;;18;;1265.7;;107.1;580.1;1767.3;;;133.0;64.6;37.4;80.6;323.7 rtb;0.0;542.2;0.0;113.5;580.1;1235.8;;0.0;12.6;0.0;0.0;37.8;50.4;;;19;;1285.8;;113.5;814.2;2193.9;;;150.3;88.9;38.1;150.1;429.4 scc;33.2;1080.3;5.5;121.9;526.3;1767.3;;5.5;16.6;49.9;16.6;66.5;155.1;;;20;;1359.8;;116.8;987.0;2453.5;;;183.3;109.8;50.0;166.7;488.9 spl;11.9;621.9;0.0;71.2;277.7;982.7;;0.0;16.6;2.4;2.4;7.1;28.5;;;21;;1782.7;;121.9;1043.8;2915.1;;;359.6;130.1;67.1;191.3;703.9 total;23.5;856.0;2.5;80.4;364.7;1327.1;;7.1;62.9;27.1;21.4;51.4;169.8;;;;;;;;;;;;;;;; moyenne;23.8;859.9;3.0;84.2;427.9;1398.7;;5.4;69.5;32.4;18.2;52.8;178.3;;;R2 progrès;;;;;;;;;;;;; écart;19.6;422.8;5.2;22.4;248.2;592.6;;8.0;86.6;37.6;18.2;53.8;181.3;;;droite;;967;;978;793;889;;;687;753;850;758;783 m/e;1.2;2.0;0.6;3.8;1.7;2.4;;0.7;0.8;0.9;1.0;1.0;1.0;;;exponentiel;;957;;975;941;967;;;969;980;956;961;986 R2 corel;c5;;;0.193;0.420;;R2 corel;x5;;0.888;0.494;0.853;;;;a;;0.089;;0.043;0.081;0.065;;;0.202;0.195;0.183;0.165;0.171 ;c7;;;;0.420;;;x6;;;0.392;0.754;;;;b;;283.156;;50.427;153.421;628.757;;;3.747;1.976;1.444;5.367;16.404 ;;;;;;;;x7;;;;0.745;;;;;;;;;;;;;;;;; R2 deter;c5;;;0.037;0.176;;R2 deter;x5;;0.788;0.244;0.728;;;;;;;;;;;;;;;;; ;c7;;;;0.177;;;x6;;;0.154;0.569;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;x7;;;;0.555;;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ======Fréquences cds-cds négatifs discontinus jusqu'à 80, détails====== *Fréquences <span id="disc80">des</span> discontinus jusqu'à 80, détails des cumuls <pre> 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0;51;;9 6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1;;;43 7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1;;;27 8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3;;;70 1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58;;;30 1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7;;;64 total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12;1172;;204 gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles 1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;;0 2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2;2;;10 3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;;0 4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5;4;;52 5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;5;;2 6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0;6;;13 7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0;7;;1 8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2;8;;7 9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0;9;;6 10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0;10;;2 11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0;11;;11 12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0;12;;4 13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;13;;3 14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0;14;;9 15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1;15;;3 16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0;16;;2 17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1;17;;10 18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0;18;;2 19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;19;;2 20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0;20;;5 21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0;21;;2 22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;22;;2 23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0;23;;3 24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0;24;;2 25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;25;;4 26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0;26;;8 27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;27;;1 28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;28;;1 29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;29;;0 30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;30;;0 31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;31;;1 32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;32;;3 33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;33;;0 34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;34;;2 35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0;35;;4 36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;36;;2 37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;37;;0 38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;38;;2 39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;39;;1 40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;40;;2 41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;41;;1 42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;42;;1 43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;43;;0 44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;44;;1 45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;45;;1 46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;46;;1 47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;47;;1 48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;48;;0 49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;49;;0 50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;50;;1 51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;51;;2 52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;52;;1 53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;53;;0 54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;54;;0 55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;55;;1 56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;56;;0 57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;57;;0 58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;58;;1 59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;59;;0 60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;60;;1 61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;61;;0 62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;62;;0 63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;63;;0 64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;64;;0 65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;65;;1 66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;66;;0 67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;67;;0 68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;68;;1 69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;69;;1 70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;70;;0 71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;71;;1 72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;72;;0 73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;73;;1 74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;74;;1 75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;75;;1 76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;76;;0 77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;77;;0 78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;78;;0 79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;79;;0 80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;80;;0 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles </pre> ======Restes des cds-cds négatifs====== *Restes <span id="rcdsn">des</span> cds-cds négatifs <pre> 14.8.21;;discont;cont;cont;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;6;14;2;0;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;7;12;48;17;65;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;8;19;43;44;87;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;6;15;0;15;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;51;108;61;169;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;cont;cont;;discontinu;;; ;6;2;2;;6;7;0;;6;1;0;;6;4;0;;6;0;0;0;;;; ;7;1;11;;7;6;18;;7;3;11;;7;2;8;;7;12;5;17;;;; ;8;3;9;;8;4;10;;8;8;9;;8;3;15;;8;25;19;44;1;;; ;reste;5;9;;reste;0;0;;reste;1;6;;reste;0;0;;reste;0;0;0;;;; ;;11;31;;;17;28;;;13;26;;;9;23;;;37;24;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Les occurrences des négatifs autres que ceux des tableaux des continus jusqu’à -50 et des discontinus jusqu’à -80;;;;;;;;;;;;;;;;;discontinu;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;-89;1;;;;;;; eco;discontinu;continu;;ase;discontinu;continu;;bsu;discontinu;continu;;scc;discontinu;continu;;pmq;continu;;ant;continu;;;Les restes ;jusqu’à -56;;1;1;-51;;*;0;-58;;1;2;-120;1;;0;-53;1;1;-71;1;1;continus;169;50 -66;;1;0;-52;;3;2;-59;;1;1;-74;;1;1;-55;1;2;-65;1;1;discontinus;51;80 -75;;1;0;-53;;*;1;-65;;1;1;-68;;2;1;-56;2;1;-59;1;1;;; -82;1;7;2;-55;;1;2;-82;;1;2;-59;;2;1;-65;2;1;-56;1;1;;discontinu;continu -85;;1;2;-57;;*;0;-86;1;;1;-53;;1;1;-74;1;1;-55;1;2;eco;10;22 -86;1;;1;-58;;*;2;-91;;1;2;ok;1;6;;-89;*;1;-53;1;1;ase;17;28 -89;;1;1;-59;;2;1;-92;;1;1;rru;discontinu;continu;;-95;2;1;;;;bsu;4;17 -102;1;;0;-67;;1;2;-93;1;;0;-122;1;;1;-119;2;1;cbei;continu;;pmq;1;16 -113;1;;1;-70;;2;2;-94;;1;2;-120;1;;0;-116;1;1;-110;1;1;ade;9;9 -129;1;;0;-74;;1;1;-95;;1;1;-106;1;;2;-115;1;2;-64;1;2;abra;0;13 -210;1;;0;-76;;1;2;-361;1;;2;-104;2;;1;-113;1;1;-64;1;2;afn;1;9 -436;1;;2;-79;;1;2;-127;1;;2;-137;;1;1;-101;2;1;-62;1;1;ant;0;6 -527;1;;1;-81;1;;0;-7616;;1;1;-104;;*;1;;16;;;;;blo;2;2 -530;1;;1;-82;2;1;2;-500;;1;1;-73;;1;2;;;;mba;continu;;cbei;0;4 -723;1;;0;-86;2;1;1;-492;;1;0;-68;;1;1;pub;continu;;-59;2;1;cvi;1;4 -110;;1;1;-87;1;;0;-164;;1;1;-65;;1;1;-65;1;1;-56;4;1;mba;0;6 -153;;1;0;-88;1;;2;-154;;1;2;-64;;1;2;-59;1;1;-51;*;0;mja;0;6 -212;;1;1;-89;;1;1;-143;;1;1;-62;;1;1;-56;1;1;;;;pmg;0;2 -242;;1;1;-91;;1;2;-119;;1;1;-61;;1;2;;;;mja;continu;;pub;0;3 -448;;1;2;-93;2;;0;-113;;1;1;-59;;1;1;spl;continu;;-83;1;1;rru;5;11 -729;;1;0;-94;;2;2;-101;;1;1;-58;;*;2;-98;1;1;-73;1;2;scc;1;6 -897;;1;0;-95;;1;1;;4;17;;-53;;1;1;-77;1;1;-71;1;1;spl;0;5 -1295;;1;1;-97;;2;2;ade;discontinu;continu;;-52;;2;2;-56;1;1;-64;1;2;;51;169 -2130;;1;0;-100;;1;2;-55;;1;2;;5;11;;-53;2;1;-62;1;1;;; -2400;;1;0;-120;1;;0;-61;;2;2;;;;;;;;-59;1;1;;; ;10;22;;-119;1;;1;-67;;1;2;blo;discontinu;continu;;abra;continu;;;;;;; afn;discontinu;continu;;-111;1;;0;-68;;2;1;-102;1;;0;-92;1;1;pmg;continu;;;; -83;1;;1;-109;2;;2;-116;1;;1;-85;1;;2;-86;1;1;-65;1;1;;; -113;;1;1;-107;1;;1;-110;1;;1;-86;;1;1;-73;1;2;-59;1;1;;; -79;;1;2;-106;1;;2;-107;1;;1;-53;;1;1;-67;9;2;;;;;; -74;;1;1;-105;1;;0;-104;1;;1;;2;2;;-59;1;1;;;;;; -71;;1;1;-119;;2;1;-101;1;;1;cvi;discontinu;continu;;;;;;24;;;; -68;;1;1;-110;;1;1;-98;1;;1;-102;1;;0;;37;;;;;;; -67;;2;2;-106;;2;2;-86;1;;1;-97;;1;2;;;;;;;;; -59;;1;1;-101;;1;1;-82;1;;2;-94;;1;2;;;;;;;;; -53;;1;1;;17;28;;-109;1;1;2;-73;;1;2;;;;;;;;; ;1;9;;;;;;-106;;1;2;-71;;1;1;;;;;;;;; ;;;;;;;;-100;;1;2;;1;4;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;9;9;;;9;23;;;;;;;;;; </pre> =====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_continus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus]] *Tableau cds-cds-c <pre> *Tableau cds-cds-c;;;;;;;;;;;; 14.8.21;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;;;;;; gen;r50;continu;“6;“7;“8;“p;c8;c7;1-5”;c5;c‰;cds '''cbn;0;167;;23;82;105;78;21.9;62;<u>'''37;<u>'''67;°2 491 '''cbei;4;389;;32;200;232;86;°13.8;153;'''39;'''69;&5 622 '''mba;6;307;'''7;34;108;149;77;22.8;152;°50;'''78;3 943 '''myr;0;282;;22;127;149;85;°14.8;133;°47;'''79;3 555 '''pmg;2;158;;10;41;51;80;19.6;105;66;°88;°1 800 '''mja;6;163;;17;62;79;79;21.5;78;°48;°94;'''1 730 '''spl;5;414;;30;117;147;80;20.4;262;63;°98;4 213 '''pmq;16;753;1;44;226;271;84;°16.2;466;62;°104;&7 223 '''blo;2;210;1;10;36;47;79;21.3;161;&77;119;'''1 772 '''rtb;0;98;;9;46;55;84;°16.4;43;'''44;124;<u>'''793 '''bsu;17;573;;42;209;251;83;°16.7;305;53;136;4 215 '''afn;9;303;2;20;105;127;84;°15.7;167;°55;149;°2 039 '''ase;28;'''1300;3;70;145;218;68;&32.1;1054;&81;158.6;&<u>8 197 '''ade;9;713;;25;72;97;74;&25.8;607;&<u>85;159.7;4 464 '''eco;22;644;;47;152;199;76;23.6;423;66;160.0;4 024 '''cvi;4;687;;38;152;190;80;20.0;493;&72;160.4;4 282 '''rru;11;609;;26;97;123;79;21.1;475;&78;160.9;3 786 '''scc;6;319;1;22;95;118;81;18.6;195;61;&177;°1 805 '''ant;6;679;1;33;252;286;89;'''11.5;387;°57;&219;3 095 '''abra;13;409;;11;174;185;94;<u>'''5.9;211;°52;&245;'''1 667 '''pub;3;381;2;14;129;145;90;'''9.7;233;61;&<u>292;'''1 307 '''total;169;9558;18;579;2627;3224;82;18.0;6165;64;134;72 023 </pre> *Tableau cds-cds-x <pre> *Tableau cds-cds-x;;;;;;;;; 14.8.21;;;;;;;;; négatifs continus;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;discontinus par -6;; gen;c5‰;c7‰;c8‰;c‰;c1/c4;cds;x6;x5;x‰ '''cbn;'''25;9.2;°33;<u>'''67;&121;°2 491;@56;0;$3.6 '''cbei;'''27;5.7;°36;'''69;&87;&5 622;?29;36;°2.0 '''mba;'''39;8.6;°27;'''78;°28;3555;?19;27;5.6 '''myr;'''37;6.2;°36;'''79;&118;3943;§45;45;5.6 '''pmg;58;5.6;'''23;°88;52;°1 800;§29;38;&48.9 '''mja;45;9.8;°36;°94;49;'''1 730;@63;46;&32.4 '''spl;62;7.1;°28;°98;&93;4213;?20;58;°2.8 '''pmq;65;6.1;°31;°104;'''21;&7 223;§30;33;5.8 '''blo;91;5.6;'''20;119;48;'''1 772;?8;17;10.2 '''rtb;54;11.3;58;124;°30;<u>'''793;§0;25;$5.0 '''bsu;72;10.0;50;136;°31;4215;?29;40;8.3 '''afn;82;9.8;51;149;°29;°2 039;@50;25;$2.0 '''ase;129;8.5;'''18;158.6;'''19;&<u>8 197;?21;31;&42.9 '''ade;136;5.6;'''16;159.7;<u>'''13;4464;?7;35;&22.8 '''eco;105;11.7;°38;160.0;63;4024;§38;48;&23.4 '''cvi;115;8.9;°35;160.4;°31;3786;?16;36;&16.1 '''rru;125;6.9;°26;160.9;'''21;4282;?15;38;&19.5 '''scc;108;12.2;53;&177;'''25;°1 805;§38;11;&15.5 '''ant;125;10.7;&81;&219;&74;3095;@47;48;&26.8 '''abra;127;6.6;&104;&245;48;'''1 667;@50;25;$4.8 '''pub;178;10.7;&99;&<u>292;&<u>190;'''1 307;§38;51;&<u>70.4 '''total;86;8.0;36;134;37;72023;27;37;17.0 ;;;;;;;;; ? bbe333;;;;;;;;; § e8f2a8;;;;;;;;; @ ff00ff;;;;;;;;; </pre> *Fréquences <span id="fncont">des</span> intercalaires négatifs continus jusqu'à 50, détails <pre> negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl -1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126 -2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0 -4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136 -5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0 -6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0 -7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10 -8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46 -9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8 -11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28 -12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0 -13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5 -14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15 -15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3 -17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8 -18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1 -20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7 -21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0 -23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4 -24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 -25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0 -26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2 -27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1 -29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2 -30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0 -32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3 -33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1 -35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0 -36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 -38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1 -39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 -41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1 -42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1 -44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0 -45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0 -47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0 -48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0 -50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0 ;170;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;3;16;3;11;0;6;5 ;9559;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;159;753;381;609;98;319;414 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 9559;?;?;?;?;?;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;total;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl 6;18;0;0;2;1;3;1;0;0;0;0;0;7;0;0;0;1;2;0;0;1;0 7;579;11;25;20;33;70;10;42;32;23;38;47;34;17;22;10;44;14;26;9;22;30 8;2627;174;72;105;252;145;36;209;200;82;152;152;108;62;127;41;226;129;97;46;95;117 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; “7/t”;18;6;26;16;12;32;21;17;14;22;20;24;23;22;15;20;16;10;21;16;19;20 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; total;3224;185;97;127;286;218;47;251;232;105;190;199;149;79;149;51;271;145;123;55;118;147 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; % 6+7+8 / 50;34;47;14;43;42;17;23;45;60;63;28;32;50;50;53;33;37;38;21;56;38;36 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; %1-5/total;64;52;85;55;57;81;77;53;39;37;72;66;50;48;47;66;62;61;78;44;61;63 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; c1/c4;0.37;0.48;0.13;0.29;0.74;0.19;0.48;0.31;0.87;1.21;0.31;0.63;0.28;0.49;1.18;0.52;0.21;1.90;0.21;0.30;0.25;0.93 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 1-5”;6165;211;607;167;387;1054;161;305;153;62;493;423;152;78;133;105;466;233;475;43;195;262 </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400]] *Légende <pre> 12.2.22 Paris;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Diagramme 400;;Poly3;1 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;1 à 400;Sc+;;;;;;;;;; ;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;;; gen;m50x;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;m50c;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;classe;;;;;12.2.22 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];min 50;-13;90;818;231;20;874;Sf;{{tri1|6}}b1;°rru;50;-34;275;878;270;139;2056;{{tri1|6}}b1;b1;Sf;°rru;20;6;{{tri1|6}}b1 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];max 80;45;-332;496;246;191;118;tF;{{tri1|14}}c3;§rtb;50;-36;279;569;258;82 Sm;402;{{tri1|14}}c3;c3;tF;§rtb;191;14;{{tri1|14}}c3 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];min 20;-58;495;853;284;249;218;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;50;-236;1732;559;245;338;537;{{tri1|1}}a1;a1;SF;$pub;249;1;{{tri1|1}}a1 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];max 70;29;-174;611;200;30;1008;tf;{{tri1|8}}b2;°cvi;50;-44;372;852;282;203;2320;{{tri1|8}}b2;b2;tf;°cvi;30;7;{{tri1|8}}b2 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];min 50;-20;145;782;242;39;1229;Sf;{{tri1|5}}b1;°ade;50;-61;489;843;267;232;2242;{{tri1|5}}b1;b1;Sf;°ade;39;5;{{tri1|5}}b1 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];min 50;-25;209;680;279;70;601;Sm;{{tri1|4}}a2;$ant;40;-135;1021;664;252;306;1616;{{tri1|4}}a2;a2;Sm;$ant;70;4;{{tri1|4}}a2 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];max 50;22;-151;532;230;43;1003;tm;{{tri1|11}}c2;eco;50;-74;565;805;255;265;2130;{{tri1|11}}c2;c2;tm;eco;43;11;{{tri1|11}}c2 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];max 80;47;-333;611;236;336;1071;tF;{{tri1|16}}c5;§spl;50;-47;363;806;257;192;2215;{{tri1|16}}c5;c5;tF;§spl;336;16;{{tri1|16}}c5 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];max 40;-6.4;69;458;359;18;1028;Sf;{{tri1|9}}c1;bsu;50;-41;352;790;286;173;2444;{{tri1|9}}c1;c1;Sf;bsu;18;9;{{tri1|9}}c1 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];régulier;31;-283;878;304;813;1614;tF;{{tri1|19}}d2;&pmq;70;-29;229;946;263;140;4164;{{tri1|19}}d2;d2;tF;&pmq;813;19;{{tri1|19}}d2 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];max 50;16;-109;454;227;27;489;tf;{{tri1|10}}c1;cbn;50;-50;394;855;263;203;1701;{{tri1|10}}c1;c1;tf;cbn;27;10;{{tri1|10}}c1 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];régulier;32;-258;712;269;708;946;tF;{{tri1|18}}d2;&cbei;50;-46;338;779;245;213;3399;{{tri1|18}}d2;d2;tF;&cbei;708;18;{{tri1|18}}d2 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];max 4-14;29;-227;486;261;183;328;tF;{{tri1|15}}c4;§afn;50;-95;712;722;250;297;1323;{{tri1|15}}c4;c4;tF;§afn;183;15;{{tri1|15}}c4 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];max 70;19;-108;872;189;25;2398;tf;{{tri1|7}}b2;°ase;50;-43;352;910;273;216;3558;{{tri1|7}}b2;b2;tf;°ase;25;8;{{tri1|7}}b2 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];régulier;33;-233;728;235;138;448;tF;{{tri1|21}}d3;&'''blo;40;-5.7;69;868;404;41 Sf;993;{{tri1|21}}d3;d3;tF;&'''blo;138;21;{{tri1|21}}d3 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];min 50;-16;150;660;313;78;406;Sm;{{tri1|3}}a2;$mja;50;-94;719;856;255;319;1047;{{tri1|3}}a2;a2;Sm;$mja;78;3;{{tri1|3}}a2 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];régulier;4.9;-71;350;483;348;705;tF;{{tri1|17}}d1;&mba;50;-50;359;823;239;287;1651;{{tri1|17}}d1;d1;tF;&mba;348;17;{{tri1|17}}d1 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];max 70;33;-213;708;215;68;828;tm;{{tri1|12}}c2;myr;50;-94;717;742;254;290;2081;{{tri1|12}}c2;c2;tm;myr;68;12;{{tri1|12}}c2 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];min 40;-67;515;607;256;179;559;SF;{{tri1|2}}a1;$pmg;60;-107;844;869;263;368;895;{{tri1|2}}a1;a1;SF;$pmg;179;2;{{tri1|2}}a1 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];max 50;53;-314;734;197;96;256;tF;{{tri1|13}}c3;§abra;60;-99;750;702;253;277;934;{{tri1|13}}c3;c3;tF;§abra;96;13;{{tri1|13}}c3 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];régulier;30;-200;690;222;71;416;tm;{{tri1|20}}d3;&'''scc;60;-86;660;830;256;331;961;{{tri1|20}}d3;d3;tm;&'''scc;71;20;{{tri1|20}}d3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;Poly3;31 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;31 à 400;Sc+;;;;;bgcolor="#66ffff"|;;°;99ff99;§; ;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;bgcolor="#ffff00"|;;&;00ccff;$; gen;teff;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;f3;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;;;;;; °[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];3786;12;-97;833;269;36;726;tf;{{tri1|6}}b1;°rru;tm;13;-61;957;156;41;1509;{{tri1|6}}b1;;a1;$pub;249;1; §[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];793;;;;;;;;{{tri1|14}}c3;§rtb;tF;70;-478;788;228;190;284;{{tri1|14}}c3;;a1;$pmg;179;2; $[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];1307;-49;437;918;297;256;149;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;SF;-48;403;945;280;365;200;{{tri1|1}}a1;;a2;$ant;70;4; °[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];4282;;;;;;;;{{tri1|8}}b2;°cvi;tF;5.3;22;915;-138;107;1621;{{tri1|8}}b2;;a2;$mja;78;3; °[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];4464;32;-228;874;238;67;958;tm;{{tri1|5}}b1;°ade;tF;2.5;38;957;-507;103;1490;{{tri1|5}}b1;;b1;°ade;39;5; $[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];3095;60;-400;785;222;112;432;tF;{{tri1|4}}a2;$ant;tF;4.8;28;888;-194;142;833;{{tri1|4}}a2;;b2;°cvi;30;7; [[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];4024;;;;;;;;{{tri1|11}}c2;eco;tm;7.6;-18;934;79;61;1389;{{tri1|11}}c2;;b2;°ase;25;8; §[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];4213;;;;;;;;{{tri1|16}}c5;§spl;tf;10.3;-50;915;162;30;1618;{{tri1|16}}c5;;b1;°rru;20;6; [[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];4216;48;-359;861;249;167;645;tF 51;{{tri1|9}}c1;bsu;tF;12;-27;954;75;104;1424;{{tri1|9}}c1;;c1;bsu;18;9; &[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];7223;;;;;;;;{{tri1|19}}d2;&pmq;Sm;-13;112;937;287;51;3257;{{tri1|19}}d2;;c1;cbn;27;10; [[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];2493;;;;;;;;{{tri1|10}}c1;cbn;tm;8.8;-32;932;121;41;1171;{{tri1|10}}c1;;c2;eco;43;11; &[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];5623;;;;;;;;{{tri1|18}}d2;&cbei;Sf;-13;15;935;38;8;2571;{{tri1|18}}d2;;c2;myr;68;12; §[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];2039;;;;;;;;{{tri1|15}}c4;§afn;tm;9.5;-42;904;147;45;791;{{tri1|15}}c4;;c3;§abra;96;13; °[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];8197;;;;;;;;{{tri1|7}}b2;°ase;SF;-18;182;976;337;149;2619;{{tri1|7}}b2;;c3;§rtb;191;14; &[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];1773;;;;;;;;{{tri1|21}}d3;&'''blo;tf;28;-174;897;207;36;786;{{tri1|21}}d3;;c4;§afn;183;15; $[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];1729;47;-300;711;213;88;309;tF;{{tri1|3}}a2;$mja;SF;-6.2;87;964;468;105;623;{{tri1|3}}a2;;c5;§spl;336;16; &[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];3943;;;;;;;;{{tri1|17}}d1;&mba;SF;-6.7;100;789;495;209;2156;{{tri1|17}}d1;;d1;&mba;348;17; [[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];3555;;;;;;;;{{tri1|12}}c2;myr;tF;7.8;-12;897;51;86;1265;{{tri1|12}}c2;;d2;&cbei;708;18; $[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];1800;23;-124;774;180;48;377;tm;{{tri1|2}}a1;$pmg;SF;-35;327;973;311;286;510;{{tri1|2}}a1;;d2;&pmq;813;19; §[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];1667;;;;;;;;{{tri1|13}}c3;§abra;tF;21;-104;912;165;85;548;{{tri1|13}}c3;;d3;&'''scc;71;20; &[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];1805;;;;;;;;{{tri1|20}}d3;&'''scc;SF;-17;162;949;318;162;622;{{tri1|20}}d3;;d3;&'''blo;138;21; </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Corrélations_400_et_faibles_fréquences|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences]] *Légende <pre> ;;12.2.22 Paris;Corrélations x+/c+;;;;;;;;;;Faibles fréquences;;;;;;;;;;;;; ;;;effectifs diagramme;;Corrélations;;;;;;;;1-30 ‰ ;;;teff;;0 ‰;;<0 ‰;;eff40;;corel40;classe; ;;gen;x+;c+;41-250;41-200;diff;1-250;mini;clx+;;gen;x+; c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+; c+;x+/c+;clx+; °rru;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];874;2056;611;193;418;792;min40;{{tri1|6}}b1;;°[[:image:Pro1-2.png|rru]];169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;{{tri1|6}}b1;°rru §rtb;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];118;402;148;-105;253;-165;min30;{{tri1|14}}c3;;§[[:image:Pr-bc1.png|rtb]];51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;{{tri1|14}}c3;§rtb $pub;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];218;537;883;857;26;852;min20;{{tri1|1}}a1;;$[[:image:Pro1-2.png|pub]];317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;{{tri1|1}}a1;$pub °cvi;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];1008;2320;891;858;33;549;min30;{{tri1|8}}b2;;°[[:image:Pro-2.png|cvi]];112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;{{tri1|8}}b2;°cvi °ade;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];1229;2242;758;624;134;897;min50;{{tri1|5}}b1;;°[[:image:Pro-2.png|ade]];221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;{{tri1|5}}b1;°ade $ant;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];601;1616;538;271;267;886;min40;{{tri1|4}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|ant]];281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;{{tri1|4}}a2;$ant eco;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];1003;2130;440;296;144;-64;min20;{{tri1|11}}c2;;[[:image:Pro-2.png|eco]];63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;{{tri1|11}}c2;eco §spl;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];1071;2215;784;735;49;-202;min10;{{tri1|16}}c5;;§[[:image:Pro1-2.png|spl]];37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;{{tri1|16}}c5;§spl bsu;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];1028;2444;282;8;274;257;min10;{{tri1|9}}c1;;[[:image:Bac-2.png|bsu]];140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;{{tri1|9}}c1;bsu &pmq;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];1614;4164;-651;-832;181;-825;min10;{{tri1|19}}d2;;&[[:image:Bac1-2.png|pmq]];32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;{{tri1|19}}d2;&pmq cbn;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];489;1701;508;548;-40;-112;min20;{{tri1|10}}c1;;[[:image:Bac1-2.png|cbn]];65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;{{tri1|10}}c1;cbn &cbei;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];946;3399;-377;-510;133;-646;min10;{{tri1|18}}d2;;&[[:image:Bac-2.png|cbei]];26;244;0.11;1219;4404;0;4;9;88;35;954;272;{{tri1|18}}d2;&cbei §afn;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];328;1323;101;-26;127;-407;min10;{{tri1|15}}c4;;§[[:image:Bac-2.png|afn]];46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;{{tri1|15}}c4;§afn °ase;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];2398;3558;940;922;18;725;min40;{{tri1|7}}b2;;°[[:image:Bac-2.png|ase]];135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;{{tri1|7}}b2;°ase &'''blo;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];448;993;537;406;131;255;min20;{{tri1|21}}d3;;&[[:image:Pr-bc1.png|blo]];89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;{{tri1|21}}d3;&'''blo $mja;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];406;1047;571;326;245;857;min30;{{tri1|3}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|mja]];239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;{{tri1|3}}a2;$mja &mba;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];705;1651;-221;-330;109;-477;min10;{{tri1|17}}d1;;&[[:image:Bac1-2.png|mba]];45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;{{tri1|17}}d1;&mba myr;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];828;2081;764;649;115;41;min20;{{tri1|12}}c2;;[[:image:Pro1-2.png|myr]];71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;{{tri1|12}}c2;myr $pmg;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];559;895;802;728;74;915;min40;{{tri1|2}}a1;;$[[:image:Bac-2.png|pmg]];326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;{{tri1|2}}a1;$pmg §abra;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];256;934;797;716;81;59;min10;{{tri1|13}}c3;;§[[:image:Pro1-2.png|abra]];94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;{{tri1|13}}c3;§abra &'''scc;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];416;961;530;440;90;49;min10;{{tri1|20}}d3;;&[[:image:Bac1-2.png|scc]];118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;{{tri1|20}}d3;&'''scc </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Taux_des_x+_dans_les_diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400]] *Légende <pre> 12.2.22;;;gen;x+;c+;%x+ 1;x+;c+;%x+ 31;x+;c+;%x+ t;t-1;31-1;clx+ 1;°rru;;°[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];874;2056;30;726;1509;32;972;2131;31;1.5;<u>2.7;{{tri1|6}}b1 2;§rtb;;§[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];118;402;'''23;112;284;'''28;189;505;27;'''4.5;5.6;{{tri1|14}}c3 3;$pub;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];218;538;29;149;200;43;239;595;29;-0.2;'''13.9;{{tri1|1}}a1 4;°cvi;;°[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];1008;2320;30;895;1621;36;1115;2410;32;1.3;5.3;{{tri1|8}}b2 5;°ade;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];1229;2242;35;958;1490;39;1320;2325;36;0.8;3.7;{{tri1|5}}b1 6;$ant;;$[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];601;1616;27;432;833;34;639;1694;27;0.3;7.0;{{tri1|4}}a2 7;eco;;[[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];1003;2130;32;940;1389;40;1076;2210;33;0.7;'''8.3;{{tri1|11}}c2 8;§spl;;§[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];1071;2215;33;1031;1618;39;1304;2482;34;1.8;6.3;{{tri1|16}}c5 9;bsu;;[[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];1028;2444;30;884;1629;35;1092;2513;30;0.7;5.6;{{tri1|9}}c1 10;&pmq;;&[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];1614;4164;28;1562;3257;32;1893;4535;29;1.5;4.5;{{tri1|19}}d2 11;cbn;;[[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];489;1701;'''22;457;1171;'''28;543;1776;23;1.1;5.7;{{tri1|10}}c1 12;&cbei;;&[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];946;3399;'''22;921;2571;'''26;1213;4011;23;1.4;4.6;{{tri1|18}}d2 13;§afn;;§[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];328;1323;'''20;313;791;'''28;349;1386;20;0.2;'''8.5;{{tri1|15}}c4 14;°ase;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];2398;3558;40;2072;2619;44;2726;3819;42;1.4;3.9;{{tri1|7}}b2 15;&'''blo;;&[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];448;993;31;408;786;34;502;1044;32;1.4;<u>3.1;{{tri1|21}}d3 16;$mja;;$[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];406;1047;28;309;623;33;447;1063;30;1.7;5.2;{{tri1|3}}a2 17;&mba;;&[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];705;1651;30;673;1297;34;1237;2378;34;'''4.3;4.2;{{tri1|17}}d1 18;myr;;[[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];828;2081;28;769;1265;38;981;2270;30;1.7;'''9.3;{{tri1|12}}c2 19;$pmg;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];559;895;38;377;510;43;604;942;39;0.6;4.1;{{tri1|2}}a1 20;§abra;;§[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];256;934;'''22;232;548;'''30;273;977;22;0.3;'''8.2;{{tri1|13}}c3 21;&'''scc;;&[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];416;961;30;367;622;37;462;993;32;1.5;6.9;{{tri1|20}}d3 </pre> =====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_continus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40]] *Légende *Tableau <pre> Sc+ 40;Diagrammes polynôme de d° 15;;;;;;;;;;;;Pourcentage des tranches de 7 fréquences;;;;;Effectif des tranches de 7 fréquences;;;;; gen;R2;min1;max1;min;max;pente;mx1;mx;pente0;diagr;type;gen;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;total '''rtb;$721;5;8;2;7;&'''1.7;4;13;&-10.7;$131;pr1;'''rtb;&'''39;&27;&18;10;'''6;48;33;22;13;8;124 '''pub;&981;6;8;13;13;$0;2;58;&-11.0;&367;pr2;'''pub;$63;$17;$8;'''6;'''6;223;61;27;21;20;352 '''rru;&882;7;11;11;34;&5.8;4;43;&-11.3;&630;pro1;'''rru;&32;&28;&13;15;11;191;167;78;86;66;588 '''cvi;&897;6;10;13;50;&9.3;1;58;&-9.0;&815;pro;'''cvi;&30;&30;&17;11;11;230;232;133;80;86;761 '''ade;&929;5;9;19;51;&8.0;2;63;&-14.7;&876;pro;'''ade;&30;&32;&15;12;11;247;267;122;95;93;824 '''ant;&923;7;9;14;88;&'''37.0;1;109;&-15.8;&836;pro;'''ant;&'''37;&39;&14;'''5;'''6;297;316;112;40;45;810 '''eco;&894;5;9;13;61;&12.0;2;54;&-13.7;&902;pro;'''eco;&27;&35;&17;12;'''8;232;295;146;103;71;847 '''spl;&881;6;10;13;33;&5.0;2;53;&-10.0;&683;pro1;'''spl;&30;&31;&15;13;11;193;202;94;86;73;648 '''bsu;°897;8;12;7;53;°11.5;1;41;°-4.9;°935;bac;'''bsu;°22;°25;°28;15;11;189;220;245;128;96;878 '''pmq;$758;9;14;10;45;°7.0;1;52;°-5.3;°1155;bac1;'''pmq;°25;°19;°22;18;17;255;192;224;181;177;1029 '''cbn;°891;8;12;9;32;°5.8;1;37;°-4.0;°620;bac1;'''cbn;°23;°24;°23;18;12;134;136;133;101;67;571 '''cbei;°873;7;12;8;51;°8.6;1;55;°-7.8;°954;bac;'''cbei;°22;°27;°25;15;11;194;242;220;138;101;895 '''afn;°829;7;12;5;46;°8.2;1;38;°-5.5;°580;bac;'''afn;°25;°30;°26;13;'''7;138;167;143;71;37;556 '''ase;°827;6;10;28;67;°9.8;1;60;°-6.4;°1165;bac-a;'''ase;$29;°28;$15;12;16;307;298;158;131;166;1060 '''blo;$636;7;10;4;11;°'''2.3;2;15;°'''-2.2;$241;bc1;'''blo;°28;°23;°22;17;10;62;52;50;37;23;224 '''mja;$670;6;9;4;32;&9.3;4;32;&-14.0;&474;pro-a;'''mja;$23;&31;$22;13;10;104;143;102;61;45;455 '''mba;$732;7;10;4;19;°5.0;2;31;-5.4;°428;bac1-a;'''mba;$32;°22;°20;13;12;124;87;79;50;48;388 '''myr;&922;7;12;23;46;&4.6;2;78;&-11.0;&899;pro1-a;'''myr;&'''42;$25;&16;11;'''7;355;213;133;93;61;855 '''pmg;$776;7;9;10;27;°8.5;2;27;°-3.4;°449;bac-b;'''pmg;$35;°25;$16;12;11;146;105;65;50;46;412 '''abra;&895;7;12;4;33;&5.8;1;58;&-9.0;&420;pro1;'''abra;&'''41;&30;&14;10;'''6;165;119;56;39;24;403 '''scc;°855;6;9;4;20;°5.3;1;31;°-5.4;°389;bac1-b;'''scc;$31;°30;$18;13;'''8;113;110;66;46;29;364 ;;;;;;;; ;ant;7;10;14;48;11.3;; ;ant;7;8;14;46;32;; ;;;;;;;; ;;moyenne;7.8;;;;; ;;écart;2.4;;;;; ;;m/e;3.2;;;;; </pre> *<span id="fc40">Données</span> <pre> fc40;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total 0;12;17;9;56;13;1;25;19;10;10;16;21;11;13;33;26;58;12;4;6;17;389 1;58;35;38;109;60;12;41;55;37;58;43;22;18;66;17;52;52;21;10;31;46;883 2;40;63;25;54;59;15;31;39;31;44;51;31;28;78;27;46;58;31;7;27;53;841 3;21;55;20;56;38;8;34;23;13;42;44;12;6;61;25;35;37;38;8;23;29;631 4;29;25;28;24;48;5;27;36;12;30;26;17;32;56;26;34;25;43;13;7;22;572 5;7;19;13;22;43;9;19;17;17;25;13;23;11;29;18;28;26;29;2;13;16;399 6;6;24;9;18;28;9;21;16;13;13;12;15;4;42;23;32;13;18;5;4;13;340 7;4;26;5;14;31;4;16;8;11;18;23;4;5;23;10;28;12;11;3;8;14;281 8;15;37;7;46;37;8;7;15;9;13;15;4;15;32;11;12;13;22;7;11;29;370 9;16;51;19;88;53;6;16;23;10;41;56;8;32;25;27;10;12;14;7;20;29;568 10;12;38;16;48;67;11;19;17;19;50;58;19;28;23;14;21;8;15;2;20;33;539 11;19;32;28;43;49;10;32;48;22;42;48;16;16;41;19;23;5;34;5;12;27;571 12;33;42;46;45;33;7;54;51;32;26;39;8;22;46;14;38;7;30;5;15;35;628 13;13;39;29;31;33;7;46;41;22;35;22;19;17;19;14;43;6;26;3;16;20;501 14;11;28;22;15;26;3;47;47;22;25;37;13;13;27;6;45;10;26;4;16;29;472 15;13;26;37;19;23;14;52;43;23;21;23;12;13;16;12;39;2;13;5;12;15;433 16;7;23;24;19;28;8;31;29;20;28;20;13;14;19;10;34;3;13;5;8;10;366 17;6;16;10;12;23;9;41;25;16;19;19;11;10;24;11;25;3;16;1;7;13;317 18;11;19;25;22;12;5;44;38;20;17;19;13;17;19;11;36;6;9;3;15;20;381 19;7;14;12;16;17;3;23;23;14;18;14;7;18;21;6;29;4;10;3;7;14;280 20;7;12;15;8;35;4;29;30;20;14;23;15;14;19;13;24;5;12;3;12;10;324 21;5;12;20;16;20;7;25;32;20;16;17;8;16;15;2;37;4;5;2;5;12;296 22;7;17;13;7;24;6;29;25;17;13;18;8;11;15;7;32;4;12;2;6;12;285 23;14;13;11;6;23;8;22;18;12;7;13;4;9;15;4;23;3;11;0;9;13;238 24;4;8;9;4;14;4;24;21;13;18;19;14;11;18;8;45;5;10;4;8;19;280 25;5;14;9;4;18;6;15;23;19;10;10;4;12;14;5;28;2;16;3;6;3;226 26;5;14;5;10;24;7;12;22;10;13;14;6;9;10;6;15;3;8;2;9;9;213 27;3;9;14;5;14;3;12;18;17;7;14;10;6;9;11;24;2;13;0;3;21;215 28;1;20;10;4;14;3;14;11;13;12;8;4;3;12;9;14;2;16;2;5;9;186 29;3;7;3;12;28;4;17;16;12;13;9;4;6;10;8;25;3;14;2;3;11;210 30;4;14;10;6;17;2;15;18;14;11;14;10;8;12;11;30;2;11;0;1;11;221 31;4;13;5;8;22;6;16;18;11;17;7;2;4;8;3;26;3;9;0;7;17;206 32;6;14;5;1;34;3;12;13;5;12;7;6;4;14;9;20;5;10;2;2;9;193 33;3;15;3;8;20;2;18;11;11;13;7;8;11;5;7;26;1;7;3;3;8;190 34;1;19;5;5;23;4;7;12;8;11;8;7;11;9;1;20;2;11;0;8;9;181 35;3;11;6;5;22;2;11;13;6;9;7;11;1;3;7;31;4;4;1;5;8;170 36;6;9;3;5;19;3;13;9;8;11;15;8;4;10;11;23;4;7;1;5;6;180 37;4;15;8;6;23;3;5;8;11;9;7;9;3;8;6;24;3;10;2;2;6;172 38;3;8;3;4;29;2;11;11;8;9;7;11;5;7;6;24;1;6;0;7;10;172 39;2;6;6;7;14;9;21;15;10;10;8;6;7;13;6;27;4;9;2;9;7;198 40;2;14;4;4;20;0;7;16;12;15;7;6;0;6;8;28;3;10;2;2;6;172 reste;547;1446;796;810;2688;803;1557;3042;1143;1599;1375;1932;586;1362;467;3361;175;1498;371;606;1786;27950 total;979;2339;1385;1702;3866;1045;2518;4015;1773;2424;2212;2381;1071;2274;949;4543;600;2140;506;1001;2486;42209 diagr;420;876;580;836;1165;241;936;954;620;815;821;428;474;899;449;1156;367;630;131;389;683;13870 </pre> =====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_discontinus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40]] *Légende <pre> 13.9.21 Paris;;publié;;;;;;;;;;;;; Sx+ 40;;;;; gen;poly3;mod3;tot;diagr;note ;;;;; '''rru;°253;5;12;175; '''rtb;;;;8; '''pub;;;;88; '''cvi;499;8;11;130; '''ade;443;8;11;304; '''ant;574;°'''1;9;186; '''eco;'''647;6;11;129;parabole '''spl;;;;69; '''bsu;'''789;5;9;302;croit '''pmq;;;;68; '''cbn;;;;56; '''cbei;;;;35; '''afn;;;;36; '''ase;°315;10;17;389;P15 611 '''blo;;;;54; '''mja;467;4;12;113; '''mba;;;;51; '''myr;;;;97; '''pmg;'''831;5;7;196;décroit '''abra;;;;41; '''scc;;;;60; ;;;;; ;Modulo 3;total;prévu;; ;5;7;;; ;16;22;;; ;10;17;;; ;5;9;;; ;6;11;;; ;5;12;;; ;47;78;26;; ;Jusqu’à 129;;;; ;51;90;30;; ;Jusqu’à 113;;;; </pre> =====Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Intercalaires_entre_tRNA_et_rRNA_en_continu_discontinu|Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu]] *Les tRNA-tRNA x+ <pre> ;tRNA-tRNA; ;x+;pbs aua;ggc-atgf;404 ;ttc-acc;161 ;gac-gta;270 ;ccg-caa;173 ase;gga-cca;130 mja;atgj-ctc;91 ;acc-caa;178 ksk;cca-gga;151 mba;gcc-atc;223 mfe;gcc-atc;227 fps;ttg-cta;290 vpb;cgt-cgt;56 "8 cgt avec 6 intercalaires 56-57 et 1 de 210" rtb;cgg-caa;60 ;gac-gcc;1051 rpl;cgg-caa;49 ;gac-gcc;830 agr;atgj-ggc;793 ;gac-gta;446 lbu;gaa-ctt;151 npu;atgj-atgj;-1 </pre> *'''Tableau''' <pre> tRNA rRNA continu discontinu;;;;;;;;les génomes à discontinu;;; type;total;c+;x+;c-;x-;x+%;;gen;x+;gen;x+ tRNA;1745;1714;19;1;0;1,1;;ase;1;; t-rRNA;814;810;4*;0;0;;;ksk;1;vpb;1 rRNA;1043;1043;0;0;0;;;mja;2;rtb;2 aa interne;127;127;0;0;0;;;mba;1;rpl;2 genomes;50;50;13;;;26;;mfe;1;agr;2 4*;cdc8;aaa-5s;23s’-16s;16s’-16s’;16s-5s;;;fps;1;aua;4 adresse;;4229303;4229975;4189696;4179150;;;npu;c-;lbu;1 ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;c- (-1pbs);; </pre> ===Les blocs à tRNA=== ===Les cds dans les blocs à tRNA=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds_dans_les blocs à tRNA|cds]] <pre> 27.9.20 Paris;;Les cds dans les blocs tRNA sans rRNA;;;d’après les annexes ;;;;; ;;;;; génome;sens;adresse;nom;cds aa;intercal [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma|gamma]];autres rien;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal]];comp ;2042057..2043241 ;tuf1 ;395;117 ;comp ;2043359..2043431;;acc gga tac aca; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_opérons|eco]];comp ;1287087..1287176 ;tpr ;30;67 ;comp ;1287244..1287328 ;;tac tac; ;;4175754..4175829;;acc aca tac gga;114 ;;4175944..4177128 ;tufb ;395; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_opérons|ecoN]];comp ;2192566..2192655;;tcg;93 ;;2192749..2193546 ;DgsA;266;100 ;;2193647..2193722;;aac; ;comp ;2236186..2236261;;aac;4 ;;2236266..2237909 ;YeeO;548;100 ;;2238010..2238085;;aac; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed]];comp ;3913378..3913454;;tgg;52 ;comp ;3913507..3914691 ;cds;395;171 ;comp ;3914863..3914937;;gga ; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha|alpha]];;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm]];comp ;659042..659116 ;;gtc ;155 ;comp ;659272..660159 ;hydrolase;296;106 ;comp ;660266..660340;;gtc ; ;comp ;2114823..2114899;;aga;55 ;comp ;2114955..2115251 ;ETC;96;71 ;comp ;2115323..2115399;;cca ; ; ;2632171..2632246 ;;gcc ;166 ;< ;2632413..2632965 ;transposase;184;-41* ;;2632925..2633473 ;hp;183;30 ;comp ;2633504..2633579 ;;aca ;93 ;comp ;2633673..2634200 ;transferase;176;271 ;comp ;2634472..2634561 ;;tcg; ;;2863981..2864056;aca;;15 ;;2864072..2864317 ;DUF2829;82;8 ;;2864326..2864401;aaa;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru]];;1934224..1934300;;cca ;63 ;;1934364..1934663 ;ETC;100;12 ;;1934676..1934752;;aga; ;comp ;3124836..3125033 ;translocase;66;151 ;comp ;3125185..3125260 ;;tgg ;343 ;comp ;3125604..3126794 ;ef tu;397;93 ;comp ;3126888..3126961 ;;gga ; ;comp ;3126989..3127074 ;;tac ;37 ;;3127112..3128158 ;RlmB;349;57 ;;3128216..3128291 ;;aca ;127 ;;3128419..3128652;hp;78; ;;3378495..3378569;;acc;237 ;;3378807..3379370 ;hp;188;234 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan]];comp ;2040234..2040453 ;hp;73;91 ;;2040545..2040629 ;;tac ; ;;2040654..2040727 ;;gga ;6 ;comp ;2040734..2040916 ;hp;61;-50* ;;2040867..2042042 ;ef Tu;392;65 ;;2042108..2042183 ;;tgg ;420 ;;2042604..2042804 ;translocase;67; ;comp ;2697238..2697314;;aga;123 ;comp ;2697438..2697743 ;ETC;102;156 ;comp ;2697900..2697976;;cca ; 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;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;; ;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;; ;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;; ;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;;;;;;;; ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;;;;;;;; ;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;;;;;;;; ;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;;;;;;;; ;tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;; ;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2;;;;;;;;; ;cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;;;;;;;; ;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6;;;;;;;;; ;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; ;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; 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;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga;;;;;;;;;; ;cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;; ;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;; ;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; ;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;; ;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; ;fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;11 ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 ;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 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aaa3;tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;;;;;;;; caa2;ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;;;;;;;; cag2;cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;;;;;;;; atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;;;;;;;; cgt4;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;;;;;;;; ggc3;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;;;;;;;; ;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;; séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;;;;;;;; (aaa gta)2 aaa3;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;;;;;;;; ;eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;29;;;;;;29;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;34;;;;;;;;;20;;;;;;;;;44;;;;;;;;; 3 gtc2;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;;;;;;;; gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;;;;;;;; 2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;;;;;;;; gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;;;;;;;; tac2;ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;;;;;;;; aaa3;atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;;;;;;;; atgf3;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;;;;;;;; ggc3;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;;;;;;;; atc :;tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;;;;;;;; 4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;;;;;;;; gaa :;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;;;;;;;; 7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;;;;;;;; acc :;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;;;;;;;; 2 5s >aa aa;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s >aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;;;;;;;; ;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;; gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;;;;;;;; séquences;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; (aaa gta)2 aaa3;ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;912;;;;;;;;;1047;;;;;;;;;493;;;;;;;;;751 ;atgi;30;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;7;tct;0;tat;0;atgf;36;;atgi;2;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;14;tct;0;tat;0;atgf;31 ;att;0;act;3;aat;0;agt;1;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0 ;ctt;4;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0 ;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0 ;ttc;21;tcc;37;tac;7;tgc;16;;ttc;35;tcc;6;tac;44;tgc;38;;ttc;9;tcc;2;tac;28;tgc;4;;ttc;28;tcc;10;tac;26;tgc;17 ;atc;4;acc;18;aac;28;agc;18;;atc;7;acc;22;aac;35;agc;34;;atc;2;acc;5;aac;22;agc;0;;atc;15;acc;9;aac;38;agc;15 ;ctc;30;ccc;28;cac;14;cgt;15;;ctc;15;ccc;1;cac;34;cgt;19;;ctc;2;ccc;0;cac;11;cgt;49;;ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30 ;gtc;19;gcc;16;gac;14;ggc;17;;gtc;11;gcc;14;gac;54;ggc;59;;gtc;28;gcc;25;gac;13;ggc;43;;gtc;5;gcc;1;gac;41;ggc;38 ;tta;18;tca;36;taa;0;tga;9;;tta;31;tca;12;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;4;taa;0;tga;0;;tta;24;tca;19;taa;0;tga;0 ;ata;1;aca;19;aaa;17;aga;29;;ata;1;aca;43;aaa;44;aga;21;;ata;0;aca;7;aaa;25;aga;2;;ata;0;aca;33;aaa;41;aga;15 ;cta;21;cca;20;caa;19;cga;3;;cta;32;cca;39;caa;37;cga;7;;cta;8;cca;4;caa;12;cga;0;;cta;20;cca;33;caa;29;cga;0 ;gta;13;gca;4;gaa;15;gga;15;;gta;54;gca;7;gaa;52;gga;45;;gta;26;gca;0;gaa;25;gga;6;;gta;51;gca;17;gaa;42;gga;25 ;ttg;34;tcg;26;tag;0;tgg;31;;ttg;8;tcg;5;tag;0;tgg;13;;ttg;2;tcg;0;tag;0;tgg;2;;ttg;7;tcg;2;tag;0;tgg;12 ;atgj;15;acg;28;aag;18;agg;31;;atgj;39;acg;5;aag;12;agg;1;;atgj;6;acg;0;aag;16;agg;0;;atgj;23;acg;2;aag;0;agg;0 ;ctg;20;ccg;15;cag;9;cgg;24;;ctg;16;ccg;4;cag;14;cgg;10;;ctg;28;ccg;8;cag;10;cgg;0;;ctg;9;ccg;1;cag;0;cgg;0 ;gtg;10;gcg;13;gag;9;ggg;20;;gtg;5;gcg;5;gag;5;ggg;6;;gtg;8;gcg;3;gag;12;ggg;0;;gtg;0;gcg;0;gag;1;ggg;1 ;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;total;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;751;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;(sans abra apl 729);;; </pre> ===Les totaux des types=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_totaux_des_types|Les totaux des types]] <pre> bacts;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total ;1047;912;13;751;11;304;493;135;3666 </pre> ===La référence +5s >3=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#La_référence_+5s_>3|La référence +5s >3]] <pre> La référence;;;;;;; +5s;sans 1-3aas;;729;;;; atgi;12;tct;;tat;;atgf;29 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;26;tcc;10;tac;26;tgc;17 atc;15;acc;9;aac;38;agc;15 ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30 gtc;5;gcc;1;gac;39;ggc;38 tta;22;tca;17;taa;;tga; ata;;aca;31;aaa;39;aga;15 cta;20;cca;33;caa;29;cga; gta;49;gca;15;gaa;42;gga;25 ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;12 atgj;21;acg;2;aag;;agg; ctg;9;ccg;1;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1 ;;;;;;; faible 21;19;0.9;;;;; moyen 16;236;14.8;;;;; fort 14;474;33.9;;;;; ;729;;;;;; g+cga 10;7;0.7;;;;; agg+cgg;0;;;;;; 4 ccc;12;3.0;;;;; autres 5;0;;;;;; ;19;;;;;; </pre> ===totaux par rapport au groupe de référence=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#totaux_par_rapport_au_groupe_de_référence|totaux par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;317;124;114;19;2;7;583; 16;moyen;345;327;80;246;43;253;1294; 14;fort;250;596;299;486;90;68;1789; ; ;912;1047;493;751;135;328;3666; 10;g+cga;151;68;57;7;;;283; 2;agg+cgg;55;11;;12;1;;79; 4;carre ccc;93;41;55;;1;7;197; 5;autres;18;4;2;;;;24; ;;317;124;114;19;2;7;583; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;86;34;31;5;1;2;159;26 16;moyen;94;89;22;67;12;69;353;324 14;fort;68;163;82;133;25;19;488;650 ; ;249;286;134;205;37;89;3666;729 10;g+cgg;41;19;16;2;;;77;10 2;agg+cga;15;3;;3;0.3;;22; 4;carre ccc;25;11;15;;0.3;2;54;16 5;autres;5;1.1;0.5;;;;7; ;;86;34;31;5;0.5;2;159; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;129;51;46;226;26;35;12;23 16;moyen;141;133;33;307;324;38;31;16 14;fort;102;243;122;467;650;27;57;61 ; ;372;427;201;2452;729;912;1047;493 10;g+cgg;62;28;23;113;10;48;55;50 2;agg+cga;22;4; ;27;;17;9; 4;carre ccc;38;17;22;77;16;29;33;48 5;autres;7;2;0.8;10;;6;3;2 ;;129;51;46;226;;317;124;114 </pre> ==Caractérisation des tRNAs== ===Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Caractérisation_d'un_tRNA_par_les_4_processus_+5s_1aa_>1aa_duplication|Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication]] <pre> gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;;; atgi;14;30;7;2;tct;;;;;tat;;;;;atgf;31;30;36;30;;; att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;; ctt;;4;3;2;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;; gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;; ttc;28;21;35;9;tcc;10;37;6;2;tac;26;7;44;28;tgc;17;16;38;4;;tener2;2*11 atc;15;4;7;2;acc;9;18;22;5;aac;38;28;35;22;agc;15;18;34;;;atgi j f;tca ctc;4;30;15;2;ccc;2;28;1;;cac;20;14;34;11;cgt;30;15;19;49;;ttc;aca gtc;5;19;11;28;gcc;1;16;14;25;gac;41;14;54;13;ggc;38;17;59;43;;tta;gca tta;24;18;31;2;tca;19;36;12;4;taa;;;;;tga;;9;;;;gta;gac ata;;1;1;0;aca;33;19;43;7;aaa;41;17;44;25;aga;15;29;21;2;;aaa;+5s cta;20;21;32;8;cca;33;20;39;4;caa;29;19;37;12;cga;;3;7;;;; gta;51;13;54;26;gca;17;4;7;;gaa;42;15;52;25;gga;25;15;45;6;;; ttg;7;34;8;2;tcg;2;26;5;;tag;;;;;tgg;12;31;13;2;;; atgj;23;15;39;6;acg;2;28;5;;aag;;18;12;16;agg;;31;1;;;; ctg;9;20;16;28;ccg;1;15;4;8;cag;;9;14;10;cgg;;24;10;;;; gtg;;10;5;8;gcg;;13;5;3;gag;1;9;5;12;ggg;1;20;6;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;200;240;264;125;;129;263;163;58;;238;150;331;174;;184;259;289;136;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;751;912;1047;493;;3203;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Pour 1000;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;;; atgi;19;33;7;4;tct;;;;;tat;;;;;atgf;41;33;34;61;;; att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;; ctt;;4;3;4;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;; gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;; ttc;37;23;33;18;tcc;13;41;6;4;tac;35;8;42;57;tgc;23;18;36;8;;; atc;20;4;7;4;acc;12;20;21;10;aac;51;31;33;45;agc;20;20;32;;;; ctc;5;33;14;4;ccc;3;31;1;;cac;27;15;32;22;cgt;40;16;18;99;;; gtc;7;21;11;57;gcc;1;18;13;51;gac;55;15;52;26;ggc;51;19;56;87;;; tta;32;20;30;4;tca;25;39;11;8;taa;;;;;tga;;10;;;;; ata;;1;1;;aca;44;21;41;14;aaa;55;19;42;51;aga;20;32;20;4;;; cta;27;23;31;16;cca;44;22;37;8;caa;39;21;35;24;cga;;3;7;;;; gta;68;14;52;53;gca;23;4;7;;gaa;56;16;50;51;gga;33;16;43;12;;; ttg;9;37;8;4;tcg;3;29;5;;tag;;;;;tgg;16;34;12;4;;; atgj;31;16;37;12;acg;3;31;5;;aag;;20;11;32;agg;;34;1;;;; ctg;12;22;15;57;ccg;1;16;4;16;cag;;10;13;20;cgg;;26;10;;;; gtg;;11;5;16;gcg;;14;5;6;gag;1;10;5;24;ggg;1;22;6;;;; </pre> ====Construction du tableau avec les sous-totaux==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|Construction du tableau avec les sous-totaux]] *Lien tableur au tableau de contrôle: [[#Les_totaux_des_g%C3%A9nomes_par_type|tableau]] *Notes: Pour le 1er tRNA d'une colonne je somme sur une colonne de type, des sous totaux ci-dessous, et je copie "formule" pour les autres tRNAs de la colonne. Je récupère l'argument de cette somme sur un txt. Pour les arguments des 2 autres types (colonne) je change le nom de la colonne dans txt et je copie l'argument dans SOMME(). *Les sous-totaux: D'abord j'ai sommé le total (totaux de la fin du tableau de contrôle). Je repère les lignes de chaque clade pour faire le sous-total du clade. Ce n'est pas la peine de cliquer sur chaque case. Il suffit de récupérer l'argument de la somme de tous les génomes d'une colonne et de découper cet argument d'après le relevé des lignes de chaque clade. <pre> bact2;;;;;;;121;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63;;bact2;;;;;;;0 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;9;gca;;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;1 -16s tac;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;;;tener2;;;;;;;22 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; 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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6 1-3aas aac;2 -16s tac;; cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4;;cyano2;;;;;;; atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;10;109;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38;;;;;;;;; atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;; atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc;;;;;;;;;; ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;;;;;;;;; gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2;;;;;;;;; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;; cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;; ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;;;;;;;; ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg;;;;;;;;;; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; ;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; clos8;;;;;;;628;;clos8;;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302 atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11 att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 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;;+16s;gca;atc;aaa;gta;gcc;gaa;total;;;alpha;gama;baci;clos;tener;; ;;gama;29;23;8;8;2;33;103;;atgf;23;;2;2;;; ;;clos;26;11;;;5;;42;;gac;;23;2;1;;; ;;afn;2;2;;;;;4;;aac;;;4;7;6;; ;;baci;16;15;;;;;31;;acc;;9;1;1;;; ;;alpha +bd;37;43;;;;;80;;tgg;;8;;1;;; ;;b t c;21;23;;;;;44;;tca;;4;;;;; ;;actino;0;0;0;0;0;0;0;;gaa;;1;;2;;; ;;total;131;117;8;8;7;33;304;;tcc;;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;23;45;10;14;6;; ;;;;;;;;;;;autres;;;;37;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;+16s;;;référence +5s;;;;304;;total 1-3aas;;;;;;;135 ;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27 ;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; ;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1 ;;atc;117;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;11;aac;17;agc; ;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt; ;;gtc;;gcc;7;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4 ;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1 ;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; ;;gta;8;gca;131;gaa;33;gga;;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1 ;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9 ;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 ;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;;inter;;max;;min;;total;;;;;;;;; ;;;248;;49;;7;;304;;alpha gama;;clostridia;;;baci clos tener;;baci ;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;-16s;-5s;;référence +5s;;;;24;;total 1-3aas;;;référence +5s;;;;135 -16s;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27 2 gga;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 2 tac;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; aac;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; agc;;ttc;;tcc;1;tac;2;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1 atc;;atc;1;acc;;aac;6;agc;1;;atc;;acc;11;aac;17;agc; cgt;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt; gca;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4 tca;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; tcc;;ata;;aca;3;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1 ;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; -5s;;gta;;gca;1;gaa;;gga;7;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1 3 aca;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9 5 gga;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; 5 aac;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 ;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;;inter;;max;;min;;total;;*;inter;;max;;min;;total ;;;5;;19;;0;;24;;;43;;90;;2;;135 </pre> ====Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_processus_+16s_et_1-3aas_des_fiches_mémoires|Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires]] <pre> +16s;;;référence +5s;;;;3957;;+16s;;;;;;;1000 atgi;;cds;121;16s;1039;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1235;acc;;aac;;agc;;;atc;442;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;11;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;11;aga;;;ata;;aca;;aaa;4;aga; cta;;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga; gta;13;gca;1249;gaa;272;gga;;;gta;5;gca;447;gaa;97;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total ;2484;;302;;11;;2797;;;888;;108;;4;;1000 ;;;;;;;;;;;;;;;; 1-3aas;;;;;;;736;;1-3aas;;;;;;;1000 atgi;15;tct;;tat;;atgf;172;;atgi;20;tct;;tat;;atgf;234 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;2;tac;12;tgc;7;;ttc;29;tcc;3;tac;16;tgc;10 atc;3;acc;82;aac;73;agc;1;;atc;4;acc;111;aac;99;agc;1 ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;4;;ctc;3;ccc;;cac;3;cgt;5 gtc;;gcc;;gac;172;ggc;12;;gtc;;gcc;;gac;234;ggc;16 tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;7;tca;7;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;17;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;23;aga;1 cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga; gta;5;gca;14;gaa;7;gga;12;;gta;7;gca;19;gaa;10;gga;16 ttg;;tcg;;tag;;tgg;78;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;106 atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;3 gtg;1;gcg;;gag;;ggg;2;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3 ;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total ;218;;510;;8;;736;;;296;;693;;11;;1000 </pre> ====Classement des tRNAs avec les 8 processus==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_tRNAs_avec_les_8_processus|Classement des tRNAs avec les 8 processus]] <pre> ;Classement des tRNAs;;;;À 1000 par processus;;;;;;;;; ;+5s;1aa;>1aa;dup;1-3aas;+16s;;;+5s;1aa;>1aa;dup;1-3aas;+16s atgf;41;33;34;61;234;1;;tca;25;39;11;8;7;- aac;51;31;33;45;99;-;;aga;20;32;20;4;1;- I;;;;;;;;atgi;19;33;7;4;20;- gaa;56;16;50;51;10;97;;tcc;13;41;6;4;3;- gac;55;15;52;26;234;-;;ttg;9;37;8;4;-;- gta;68;14;52;53;7;5;;ctc;5;33;14;4;3;- aaa;55;19;42;51;23;4;;I;;;;;; ggc;51;19;56;87;16;-;;ccc;3;31;1;0;-;- tac;35;8;42;57;7;-;;tcg;3;29;5;0;-;- II;;;;;;;;acg;3;31;5;0;1;- aca;44;21;41;14;1;-;;agg;0;34;1;0;-;- cca;44;22;37;8;1;2;;cgg;0;26;10;0;3;- caa;39;21;35;24;1;-;;ggg;1;22;6;0;3;- ttc;37;23;33;18;29;-;;II;;;;;; gga;33;16;43;12;16;-;;ctg;12;22;15;57;1;- tta;32;20;30;4;7;-;;gtc;7;21;11;57;-;- atgj;31;16;37;12;1;-;;gcc;1;18;13;51;-;4 cta;27;23;31;16;-;-;;aag;0;20;11;32;-;- cac;27;15;32;22;3;-;;gag;1;10;5;24;-;- III;;;;;;;;cag;0;10;13;20;-;- tgc;23;18;36;8;10;-;;ccg;1;16;4;16;-;- agc;20;20;32;0;1;-;;gtg;0;11;5;16;1;- IV;;;;;;;;gcg;0;14;5;6;-;- cgt;40;16;18;99;5;-;;III;;;;;; V;;;;;;;;cga;0;3;7;0;-;- gca;23;4;7;0;19;447;;ata;0;1;1;0;-;- atc;20;4;7;4;4;442;;tga;0;10;0;0;-;- ;;;;;;;;IV;;;;;; VI;;;;;;;;ctt;0;4;3;4;-;- acc;12;20;21;10;111;-;;act;0;3;0;0;-;- tgg;16;34;12;4;106;-;;agt;0;1;0;0;-;- </pre> ==Les intercalaires dans les genome.cumuls== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_dans_les_genome.cumuls|Les intercalaires dans les genome.cumuls]] *'''Récapitulatif des chapitres cumuls''' * - ne sont pris en compte que les moyennes en excluant quelques valeurs extrêmes (sans jaunes) * - Les 2 dernières colonnes cdsa et cdsa300 sont en aas. * - 19*, erreur dans la lecture de la colonne ( à corriger ant-cumuls et scc-cumuls) <pre> ;sans rRNA;avec rRNA;cds;cdsd;;cdsa;cdsa 300;notes gamme;200;200;500;500;;1100;330; ;;;;;;;; pub;44;9;50;16;;239;-; rtb;57;-;193;-;;269;176; rru;119;66;148;-;;237;140; cvi;26;86;-;-;;-;-; ade;39;22;-;-;;-;-; ant;25;*19;139;60;;239;-; rpl;56;-;191;-;;243;172; rpm;39;-;147;-;;252;170; oan;138;11;258;-;;256;-; abq;72;30;153;-;;249;166; abs;71;31;151;-;;242;166; agr;33;59;172;-;;185;137; aua;131;-;226;153;;235;158; ;;;;;;;; spl;58;-;-;-;;-;-; vpb;43;26;-;-;;-;-; eal;53;-;-;-;;-;-; eco;57;-;-;-;;-;-; ecoN;31;32;178;127;;260;172; vha;46;30;183;86;;240;-; amed;49;-;214;156;;274;-; ;;;;;;;; bsu;14;17;-;-;;-;-; lmo;11;20;-;-;;-;-; lam;14;12;-;-;;-;-; ppm;20;17;193;150;;292;229;cdsj ? pmq;16;14;207;126;;235;213;cdsd ? lbu;14;29;159;114;;275;-; ban;14;15;165;132;;191;-; ;;;;;;;; psor;9;10;173;95;;220;-; cdc;14;9;206;165;;286;-; cdc8;14;10;182;155;;208;-; cbc;15;15;-;-;;-;-; cbn;14;14;-;-;;-;-; cle;19;22;-;-;;-;-; hmo;8;8;196;137;;230;-; cbei;18;7;350;195;;328;-; afn;12;-;-;-;;-;-; ;;;;;;;; ase;19;-;147;-;;254;179; blo;34;-;-;-;;-;-; sma;34;-;-;-;;-;-; ksk;33;-;-;-;;-;-; ;;;;;;;; myr;33;-;144;-;;244;189; fps;30;-;135;-;;246;181; ;;;;;;;; pnu;11;-;176;-;;240;188; pmg;10;12;93;-;;248;170; ;;;;;;;; abra;23;22;131;-;;201;148; apal;25;17;122;-;;218;177; ;;;;;;;; scc;32;*;188;124;;299;-; ;;;;;;;; mja;29;18;152;-;;253;194; mba;51;-;210;-;;186;158; mfi;35;-;178;-;;213;171; mfe;55;-;223;-;;207;157; </pre> fmqpg1s7dl07ob6k1d5pqfiiarqg09b 880702 880699 2022-07-24T10:58:39Z Mekkiwik 5298 /* scc autres intercalaires aas */ wikitext text/x-wiki {{Annexe | idfaculté = biologie | numéro = 12 | niveau = | précédent = [[../archeo/]] | suivant = [[../Apmq/]] }} __TOC__ ==bacilli== ===Bacillus subtilis=== ====bsu==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#Bacillus subtilis|bsu]] <pre> Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168;;;; 43.6%GC;7.3.19 Paris;86;doubles;intercal ;;;; ;9810..11364;16s;@2;99 ;11464..11540;atc;;11 ;11552..11627;gca;;81 ;11709..14636;23s;;55 ;14692..14810;5s;; ;;;; ; 22292..22384;tca;; ;;;; ;30279..31832;16s;;99 ;31932..32008;atc;;11 ;32020..32095;gca;;81 ;32177..35103;23s;;133 ;35237..35355;5s;; ;;;; ;70181..70257;atg;;9 ;70267..70338;gaa;; ;;;; ;90536..92089;16s;@1;164 ;92254..95181;23s;;55 ;95237..95354;5s;;20 ;95375..95450;gta;;4 ;95455..95530;aca;;36 ;95567..95642;aaa;;6 ;95649..95731;cta;;40 ;95772..95846;ggc;;14 ;95861..95946;tta;;9 ;95956..96032;cgt;;27 ;96060..96136;cca;;9 ;96146..96221;gca;;170 ;96392..97945;16s;;164 ;98110..101037;23s;;55 ;101093..101211;5s;; ;;;; ;160893..162445;16s;;164 ;162610..165535;23s;;55 ;165591..165707;5s;;46 ;165754..165825;aac;;4 ;165830..165902;acc;;56 ;165959..166033;ggc;;30 ;166064..166140;cgt;;27 ;166168..166244;cca;;8 ;166253..166328;gca;;171 ;166500..168053;16s;;164 ;168218..171141;23s;;55 ;171197..171314;5s;;183 ;171498..173049;16s;;164 ;173214..176141;23s;;55 ;176197..176315;5s;; ;;;; ;194205..194279;gaa;;3 ;194283..194358;gta;;4 ;194363..194435;aca;;22 ;194458..194542;tac;;4 ;194547..194621;caa;; ;;;; ;528704..528778;aac;;4 ;528783..528873;agc;;29 ;528903..528974;gaa;;11 ;528986..529060;caa;;26 ;529087..529162;aaa;;11 ;529174..529255;cta;;80 ;529336..529422;ctc;; ;;;; ;635110..635186;cgt;;13 ;635200..635273;gga;;159 ;635433..636987;16s;;167 ;637155..640082;23s;;55 ;640138..640254;5s;;13 ;640268..640344;atgf;;60 ;640405..640481;gac;; ;;;; ;946696..948250;16s;;167 ;948418..951345;23s;;111 ;951457..951572;5s;;9 ;951582..951656;aac;;5 ;951662..951753;tcc;;34 ;951788..951859;gaa;;9 ;951869..951944;gta;;9 ;951954..952030;atgf;;11 ;952042..952118;gac;;12 ;952131..952206;ttc;;5 ;952212..952284;aca;;22 ;952307..952391;tac;;5 ;952397..952470;tgg;;24 ;952495..952570;cac;;9 ;952580..952651;caa;;49 ;952701..952775;ggc;;5 ;952781..952851;tgc;;7 ;952859..952947;tta;@3;265 ;953213..953294;ttg;; ;;;; ;967065..967138;gga;; ;;;; ;1262789..1262861;gtc;; ;;;; comp;2003276..2003348;agg;; ;;;; ;2563889..2563959;caa;; ;;;; comp;2899816..2899889;aga;; ;;;; comp;3171879..3171950;gaa;;25 comp;3171976..3172066;agc;;3 comp;3172070..3172144;aac;;10 comp;3172155..3172231;atc;;15 comp;3172247..3172320;gga;;10 comp;3172331..3172406;cac;;17 comp;3172424..3172499;ttc;;12 comp;3172512..3172588;gac;;11 comp;3172600..3172676;atgf;;17 comp;3172694..3172786;tca;;6 comp;3172793..3172869;atgi;;2 comp;3172872..3172948;atgj;;19 comp;3172968..3173040;gca;;5 comp;3173046..3173122;cca;;15 comp;3173138..3173214;cgt;;9 comp;3173224..3173309;tta;;14 comp;3173324..3173398;ggc;;5 comp;3173404..3173490;ctg;;10 comp;3173501..3173576;aaa;;37 comp;3173614..3173689;aca;;32 comp;3173722..3173797;gta;;20 comp;3173818..3173935;5s;;55 comp;3173991..3176918;23s;;167 comp;3177086..3178640;16s;; ;;;; comp;3194455..3194527;gcc;; ;;;; comp;3545889..3545964;cgg;; ;;;; comp;4154787..4154859;ttc;;35 comp;4154895..4154971;gac;;81 comp;4155053..4155124;gaa;;9 comp;4155134..4155209;aaa;; </pre> ====bsu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_blocs|bsu blocs]] <pre> bsu blocs;;;;;;;;; Types;;;;;;;;; I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2;II3 16s;167;167;164;164;;16s;164;164;164 23s;111;55;55;55;;23s;55;55;55 5s;9;20;46;20;;5s;;; ;5;32;4;4;;;;; ;aac;gta;aac;gta;;;;; ;**15aas;**20aas;**5aas;** 8aas;;;;; III;;;;;;IV;;; 16s;99;99;;;;cgt;13;; atc;11;11;;;;gga;159;; gca;81;81;;;;16s;167;; 23s;55;133;;;;23s;55;; 5s;;;;;;5s;13;; ;;;;;;atgf;60;; ;;;;;;gac;;; Groupes;;;;;;;;; ;16s;164;;;;16s;164;; I3;23s;55;;;I4;23s;55;; ;5s;46;;;;5s;20;; ;aac;4;;;;gta;4;; ;**4aas;8;;;;** 7aas;9;; ;gca;171;;;;gca;170;; II1;16s;164;;;II3;16s;164;; ;23s;55;;;;23s;55;; II2;5s;183;;;;5s;;; ;16s;164;;;;;;; ;23s;55;;;;;;; ;5s;;;;;;;; </pre> ====bsu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_données_intercalaires|bsu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;bsu;fx;fc;bsu;fx40;fc40;bsu;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;25;0;2;25;-1;0;72;134;111;tRNA 16s;;;tRNA tRNA;;contig ;0;10;28;231;1;3;41;-2;0;4;168;179;170;;gca;4;;gta ;0;20;46;398;2;2;31;-3;0;0;199;82;171;;gca;36;;aca ;0;30;70;185;3;3;34;-4;14;229;227;333;159;;gga;6;;aaa ;0;40;158;121;4;2;27;-5;0;0;122;78;16s tRNA;;;40;;cta ;0;50;81;84;5;3;19;-6;2;0;180;193;2* 99;;atc;14;;ggc 1;1;60;22;92;6;0;21;-7;1;11;52;90;tRNA 23s;;;9;;tta ;0;70;21;119;7;5;16;-8;1;75;130;172;2* 81;;gca;27;;cgt ;0;80;32;121;8;3;7;-9;1;0;232;840;5s tRNA;;;9;;cca ;0;90;22;112;9;3;16;-10;1;5;107;93;2* 20;;gta;**;;gca ;0;100;25;91;10;4;19;-11;1;43;383;86;46;;aac;4;;aac 1;1;110;24;106;11;0;32;-12;0;0;223;66;13;;atgf;56;;acc ;0;120;39;87;12;3;53;-13;0;6;;63;9;;aac;30;;ggc 2;2;130;41;86;13;5;46;-14;1;19;;106;tRNA tRNA;;intra;27;;cgt 1;1;140;27;66;14;12;47;-15;0;0;;284;2* 11;;atc gca;8;;cca ;0;150;42;68;15;4;52;-16;1;5;;269;tRNA tRNA;;;**;;gca ;0;160;34;66;16;3;31;-17;0;18;CDS 16s;;9;;atgj;13;;cgt 1;1;170;33;58;17;6;41;-18;0;0;350;349;**;;gaa;**;;gga 1;1;180;29;53;18;5;44;-19;1;4;243;;3;;gaa;60;;atgf ;0;190;25;34;19;5;23;-20;1;11;309;;4;;gta;**;;gac 1;1;200;19;34;20;3;29;-21;0;0;291;;22;;aca;5;;aac ;0;210;28;30;21;2;25;-22;0;2;5s 16s;;4;;tac;34;;tcc ;0;220;17;14;22;2;29;-23;0;8;183;;**;;caa;9;;gaa 2;2;230;24;20;23;3;22;-24;0;0;16s 23s;;4;;aac;9;;gta 1;1;240;16;27;24;7;24;-25;1;1;5* 164;;29;;agc;11;;atgf ;0;250;16;18;25;4;15;-26;0;8;3* 167;;11;;gaa;12;;gac ;0;260;13;13;26;13;12;-27;0;0;23s 5s;;26;;caa;5;;ttc ;0;270;19;16;27;12;12;-28;0;0;8* 55;;11;;aaa;22;;aca ;0;280;13;16;28;3;14;-29;0;6;133;;80;;cta;5;;tac ;0;290;13;6;29;10;17;-30;0;0;111;;**;;ctc;24;;tgg ;0;300;6;9;30;14;15;-31;0;1;5s CDS;;35;;ttc;9;;cac ;0;310;8;8;31;9;16;-32;0;2;175;36;81;;gac;49;;caa ;0;320;5;6;32;10;12;-33;0;0;237;;9;;gaa;5;;ggc ;0;330;1;8;33;16;18;-34;0;1;767;;**;;aaa;7;;tgc ;0;340;8;9;34;11;7;-35;0;3;;;;;;265;;tta ;0;350;5;6;35;16;11;-36;0;0;;;;;;**;;ttg ;0;360;4;4;36;19;13;-37;0;1;;;;;;25;;gaa ;0;370;4;2;37;13;5;-38;0;2;;;;;;3;;agc ;0;380;4;7;38;17;11;-39;0;0;;;;;;10;;aac 1;1;390;5;8;39;26;21;-40;1;1;;;;;;15;;atc ;0;400;1;2;40;21;7;-41;0;8;;;;;;10;;gga ;0;reste;60;49;reste;786;1555;-42;1;0;;;;;;17;;cac 12;12;total;1090;2515;total;1090;2515;-43;0;3;;;;;;12;;ttc 12;12;diagr;1028;2441;diagr;302;935;-44;0;2;;;;;;11;;gac 0;0; t30;144;814;;;;-45;0;0;;;;;;17;;atgf ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;6;;tca ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;;2;;atgi ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;19;;atgj ;x;1088;35;2;1125;;;-49;0;1;;;;;;5;;gca ;c;2490;573;25;3088;;;-50;0;2;;;;;;15;;cca ;;;;;4213;324;;reste;7;17;;;;;;9;;cgt ;;;;;;4537;;total;35;573;;;;;;14;;tta ;;;;;;;;;;;;;;;;5;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;10;;ctg ;;;;;;;;;;;;;;;;37;;aaa ;;;;;;;;;;;;;;;;32;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta </pre> =====bsu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires_aas|bsu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> ;autres intercalaires;;bsu;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;6994;350;; ;rRNA;9810;99;;16s ;tRNA;11464;11;;atc ;tRNA;11552;81;;gca ;rRNA;11709;55;;23s ;rRNA;14692;36;;5s fin;CDS;14847;;comp; deb;CDS;19968;52;; ;misc_RNA;20611;56;; deb;CDS;20880;134;; ;tRNA;22292;111;;tca fin;CDS;22496;;comp; deb;CDS;25852;41;; ;misc_RNA;26379;81;; fin;CDS;26814;;; deb;CDS;29772;243;; ;rRNA;30279;99;;16s ;tRNA;31932;11;;atc ;tRNA;32020;81;;gca ;rRNA;32177;133;;23s ;rRNA;35237;175;;5s fin;CDS;35531;;; deb;CDS;69626;168;; ;tRNA;70181;9;;atgj ;tRNA;70267;199;;gaa fin;CDS;70538;;; deb;CDS;88727;309;; ;rRNA;90536;164;;16s ;rRNA;92254;55;;23s ;rRNA;95237;20;;5s ;tRNA;95375;4;;gta ;tRNA;95455;36;;aca ;tRNA;95567;6;;aaa ;tRNA;95649;40;;cta ;tRNA;95772;14;;ggc ;tRNA;95861;9;;tta ;tRNA;95956;27;;cgt ;tRNA;96060;9;;cca ;tRNA;96146;170;;gca ;rRNA;96392;164;;16s ;rRNA;98110;55;;23s ;rRNA;101093;237;;5s fin;CDS;101449;;; deb;CDS;119111;45;; ;misc_RNA;119855;65;; fin;CDS;120061;;; deb;CDS;152937;56;; ;misc_RNA;153737;48;; fin;CDS;153842;;; deb;CDS;159779;349;comp; ;rRNA;160893;164;;16s ;rRNA;162610;55;;23s ;rRNA;165591;46;;5s ;tRNA;165754;4;;aac ;tRNA;165830;56;;acc ;tRNA;165959;30;;ggc ;tRNA;166064;27;;cgt ;tRNA;166168;8;;cca ;tRNA;166253;171;;gca ;rRNA;166500;164;;16s ;rRNA;168218;55;;23s ;rRNA;171197;183;;5s ;rRNA;171498;164;;16s ;rRNA;173214;55;;23s ;rRNA;176197;767;;5s fin;CDS;177083;;; deb;CDS;193570;179;comp; ;tRNA;194205;3;;gaa ;tRNA;194283;4;;gta ;tRNA;194363;22;;aca ;tRNA;194458;4;;tac ;tRNA;194547;227;;caa fin;CDS;194849;;; deb;CDS;198497;173;; ;misc_RNA;200017;89;; fin;CDS;200277;;; deb;CDS;275838;56;; ;misc_RNA;276815;97;; fin;CDS;277160;;; deb;CDS;473803;103;; ;misc_RNA;474329;133;; fin;CDS;474731;;; deb;CDS;483845;135;; ;misc_RNA;486092;196;; fin;CDS;486432;;; deb;CDS;528129;122;; ;tRNA;528704;4;;aac ;tRNA;528783;29;;agc ;tRNA;528903;11;;gaa ;tRNA;528986;26;;caa ;tRNA;529087;11;;aaa ;tRNA;529174;80;;cta ;tRNA;529336;82;;ctc fin;CDS;529505;;comp; deb;CDS;532292;30;; ;misc_RNA;532583;115;; fin;CDS;532758;;; deb;CDS;559264;67;; ;misc_RNA;559532;540;; fin;CDS;560151;;; deb;CDS;625125;54;; ;misc_RNA;626346;175;; fin;CDS;626622;;; deb;CDS;634651;333;comp; ;tRNA;635110;13;;cgt ;tRNA;635200;159;;gga ;rRNA;635433;167;;16s ;rRNA;637155;55;;23s ;rRNA;640138;13;;5s ;tRNA;640268;60;;atgf ;tRNA;640405;180;;gac fin;CDS;640662;;; deb;CDS;692740;143;; ;misc_RNA;694425;134;; fin;CDS;694662;;; deb;CDS;698092;79;; ;misc_RNA;698369;140;; fin;CDS;698612;;; deb;CDS;945520;291;; ;rRNA;946696;167;;16s ;rRNA;948418;111;;23s ;rRNA;951457;9;;5s ;tRNA;951582;5;;aac ;tRNA;951662;34;;tcc ;tRNA;951788;9;;gaa ;tRNA;951869;9;;gta ;tRNA;951954;11;;atgf ;tRNA;952042;12;;gac ;tRNA;952131;5;;ttc ;tRNA;952212;22;;aca ;tRNA;952307;5;;tac ;tRNA;952397;24;;tgg ;tRNA;952495;9;;cac ;tRNA;952580;49;;caa ;tRNA;952701;5;;ggc ;tRNA;952781;7;;tgc ;tRNA;952859;265;;tta ;tRNA;953213;78;;ttg fin;CDS;953373;;comp; deb;CDS;954893;69;; ;misc_RNA;955655;132;; fin;CDS;955895;;; deb;CDS;966671;193;comp; ;tRNA;967065;90;;gga fin;CDS;967229;;comp; deb;CDS;1178757;89;; ;misc_RNA;1180685;106;; fin;CDS;1180909;;; deb;CDS;1218113;58;; ;misc_RNA;1219164;470;; fin;CDS;1219849;;; deb;CDS;1233133;104;; ;misc_RNA;1233405;70;; fin;CDS;1233614;;; deb;CDS;1240356;61;; ;misc_RNA;1242262;78;; fin;CDS;1242449;;; deb;CDS;1257414;167;; ;misc_RNA;1258304;67;; fin;CDS;1258492;;; deb;CDS;1261426;172;comp; ;tRNA;1262789;840;;gtc fin;CDS;1263702;;comp; deb;CDS;1375777;32;; ;misc_RNA;1376328;77;; fin;CDS;1376517;;; deb;CDS;1377243;87;; ;misc_RNA;1378233;52;; fin;CDS;1378496;;; deb;CDS;1383320;127;; ;misc_RNA;1385736;132;; fin;CDS;1386024;;; deb;CDS;1391040;96;; ;misc_RNA;1391739;101;; fin;CDS;1391953;;; deb;CDS;1395371;113;; ;misc_RNA;1395622;237;; fin;CDS;1396013;;; deb;CDS;1409912;55;; ;misc_RNA;1410633;-113;; fin;CDS;1410654;;; deb;CDS;1423241;92;; ;misc_RNA;1424527;83;; fin;CDS;1424767;;; deb;CDS;1425641;38;; ;misc_RNA;1426876;84;; fin;CDS;1427061;;; deb;CDS;1438092;138;; ;misc_RNA;1439274;129;; fin;CDS;1439448;;; deb;CDS;1456092;46;; ;misc_RNA;1457005;30;; fin;CDS;1457187;;; deb;CDS;1482248;85;; ;misc_RNA;1483557;476;; fin;CDS;1484117;;; deb;CDS;1533327;368;; ;misc_RNA;1534070;-161;; fin;CDS;1534120;;; deb;CDS;1568924;2;; ;misc_RNA;1569199;199;; fin;CDS;1569519;;; ;misc_RNA;1607367;87;; deb;CDS;1612521;62;; ;misc_RNA;1613078;52;; fin;CDS;1613357;;; deb;CDS;1617210;39;; ;misc_RNA;1618161;26;; deb;CDS;1618304;3;; ;misc_RNA;1618853;52;; deb;CDS;1619023;0;; ;misc_RNA;1620331;30;; fin;CDS;1620476;;; deb;CDS;1629320;144;; ;misc_RNA;1630115;161;; fin;CDS;1630382;;; deb;CDS;1675171;78;; ;misc_RNA;1675981;19;; fin;CDS;1676042;;; deb;CDS;1727133;10;; ;misc_RNA;1731457;101;; fin;CDS;1731776;;; deb;CDS;1778337;183;; ;misc_RNA;1780404;63;; fin;CDS;1780618;;; deb;CDS;1914630;-4;; ;misc_RNA;1914992;-52;; fin;CDS;1915221;;; deb;CDS;1916955;198;; ;misc_RNA;1917501;58;; fin;CDS;1917639;;; deb;CDS;2002637;93;; ;tRNA;2003276;52;comp;agg fin;CDS;2003401;;comp; deb;CDS;2024042;83;; ;misc_RNA;2025160;148;; fin;CDS;2025400;;; deb;CDS;2069262;170;; ;misc_RNA;2069732;-233;; fin;CDS;2069883;;; deb;CDS;2076206;469;; ;misc_RNA;2079096;10;; fin;CDS;2079214;;; deb;CDS;2094010;123;; ;misc_RNA;2095909;238;; fin;CDS;2096350;;; deb;CDS;2159981;-1389;; ;misc_RNA;2160390;-630;; fin;CDS;2160565;;; deb;CDS;2162108;-2547;; ;misc_feature;2163068;420;; ;misc_RNA;2164643;682;; fin;CDS;2165577;;; deb;CDS;2208328;61;; ;ncRNA;2208590;-26;; fin;CDS;2208855;;; deb;CDS;2219514;-23;; ;misc_RNA;2219743;-66;; fin;CDS;2219784;;; deb;CDS;2273594;-6;; ;misc_RNA;2273705;104;; fin;CDS;2273989;;; deb;CDS;2319440;88;; ;misc_RNA;2320113;141;; fin;CDS;2320355;;; deb;CDS;2330075;87;; ;misc_RNA;2331320;58;; fin;CDS;2331779;;; deb;CDS;2410017;-9;; ;misc_RNA;2410581;197;; fin;CDS;2411086;;; deb;CDS;2430258;129;; ;misc_RNA;2431473;119;; fin;CDS;2431737;;; deb;CDS;2471787;133;; ;misc_RNA;2472880;25;; fin;CDS;2473151;;; deb;CDS;2548245;73;; ;misc_RNA;2549407;168;; fin;CDS;2549775;;; deb;CDS;2562966;86;comp; ;tRNA;2563889;66;;caa fin;CDS;2564026;;comp; deb;CDS;2607762;82;; ;misc_RNA;2608732;39;; fin;CDS;2608946;;; deb;CDS;2624785;39;; ;misc_RNA;2625952;69;; fin;CDS;2626112;;; deb;CDS;2646594;292;; ;misc_RNA;2647405;-208;; fin;CDS;2647456;;; deb;CDS;2678240;-77;; ;misc_RNA;2678343;233;; deb;CDS;2678799;-13;; ;misc_RNA;2678876;127;; fin;CDS;2679142;;; deb;CDS;2773356;136;; ;misc_RNA;2773783;6;; fin;CDS;2773890;;; ;misc_RNA;2800890;43;; deb;CDS;2813643;83;; ;misc_RNA;2814491;51;; fin;CDS;2814743;;; deb;CDS;2816535;89;; ;misc_RNA;2817899;59;; fin;CDS;2818191;;; deb;CDS;2855518;13;; ;misc_RNA;2855840;57;; fin;CDS;2855973;;; deb;CDS;2866664;59;; ;misc_RNA;2869366;165;; fin;CDS;2869754;;; deb;CDS;2895248;121;; ;misc_RNA;2897094;447;; fin;CDS;2897788;;; deb;CDS;2898931;63;; ;tRNA;2899816;130;comp;aga fin;CDS;2900020;;comp; deb;CDS;2909520;125;; ;misc_RNA;2910872;64;; fin;CDS;2911116;;; deb;CDS;2952828;61;; ;misc_RNA;2953411;244;; fin;CDS;2953795;;; deb;CDS;2959257;43;; ;misc_RNA;2961232;106;; fin;CDS;2961586;;; deb;CDS;3033696;153;; ;misc_RNA;3035589;8;; fin;CDS;3035730;;; deb;CDS;3036603;23;; ;misc_RNA;3037895;44;; fin;CDS;3038213;;; deb;CDS;3102629;109;; ;misc_RNA;3105153;102;; fin;CDS;3105470;;; deb;CDS;3127825;167;; ;misc_RNA;3129195;196;; fin;CDS;3129530;;; deb;CDS;3169763;232;comp; ;tRNA;3171879;25;comp;gaa ;tRNA;3171976;3;comp;agc ;tRNA;3172070;10;comp;aac ;tRNA;3172155;15;comp;atc ;tRNA;3172247;10;comp;gga ;tRNA;3172331;17;comp;cac ;tRNA;3172424;12;comp;ttc ;tRNA;3172512;11;comp;gac ;tRNA;3172600;17;comp;atgf ;tRNA;3172694;6;comp;tca ;tRNA;3172793;2;comp;atgi ;tRNA;3172872;19;comp;atgj ;tRNA;3172968;5;comp;gca ;tRNA;3173046;15;comp;cca ;tRNA;3173138;9;comp;cgt ;tRNA;3173224;14;comp;tta ;tRNA;3173324;5;comp;ggc ;tRNA;3173404;10;comp;ctg ;tRNA;3173501;37;comp;aaa ;tRNA;3173614;32;comp;aca ;tRNA;3173722;20;comp;gta ;rRNA;3173818;55;comp;5s ;rRNA;3173991;167;comp;23s ;rRNA;3177086;464;comp;16s ;misc_RNA;3179105;99;; fin;CDS;3179306;;; deb;CDS;3187503;124;; ;misc_RNA;3188173;72;; fin;CDS;3188414;;; deb;CDS;3193863;106;; ;tRNA;3194455;107;comp;gcc fin;CDS;3194635;;comp; deb;CDS;3334646;423;; ;ncRNA;3335414;205;; fin;CDS;3335751;;; deb;CDS;3359995;156;; ;misc_RNA;3360937;-211;; fin;CDS;3360974;;; deb;CDS;3363266;105;; ;misc_RNA;3364397;114;; fin;CDS;3364618;;; deb;CDS;3403493;108;; ;misc_RNA;3404546;158;; fin;CDS;3404835;;; deb;CDS;3419656;103;; ;misc_RNA;3421169;116;; fin;CDS;3421465;;; deb;CDS;3449732;185;; ;misc_RNA;3450712;176;; fin;CDS;3451248;;; deb;CDS;3489910;68;; ;misc_RNA;3491322;97;; fin;CDS;3491655;;; deb;CDS;3544642;284;; ;tRNA;3545889;269;comp;cgg fin;CDS;3546234;;; deb;CDS;3854256;53;; ;misc_RNA;3856226;31;; ;misc_RNA;3856479;81;; fin;CDS;3856782;;; deb;CDS;3946394;0;; ;misc_RNA;3946910;41;; fin;CDS;3947158;;; ;misc_RNA;3988840;388;; deb;CDS;3997221;65;; ;misc_RNA;3997775;82;; deb;CDS;3997964;68;; ;misc_RNA;3999166;77;; fin;CDS;3999350;;; deb;CDS;4004288;386;; ;misc_RNA;4005523;126;; fin;CDS;4005752;;; deb;CDS;4095915;89;; ;misc_RNA;4096997;6;; fin;CDS;4097416;;; deb;CDS;4153696;383;comp; ;tRNA;4154787;35;comp;ttc ;tRNA;4154895;81;comp;gac ;tRNA;4155053;9;comp;gaa ;tRNA;4155134;223;comp;aaa fin;CDS;4155433;;comp; deb;CDS;4169166;189;; ;misc_RNA;4169802;125;; fin;CDS;4170045;;; </pre> ====bsu intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_entre_cds|bsu intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> 23.2.22;;;;;;;;;; bsu;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;608;14.4;'''négatif ;-12;19;-1 à -164;'''4 215 606;-1;608 ;'''zéro;27;0.6;;;;;'''intercals;0;27 ;'''1 à 200;3030;71.9;'''0 à 200;72;56;;'''401 590;5;165 ;'''201 à 370;412;9.8;'''201 à 370;258;44;;'''9.5%;10;94 ;'''371 à 600;118;2.8;'''371 à 600;458;67;;;15;254 ;'''601 à max;18;0.4;'''601 à 1021;755;132;;;20;190 ;'''total 4213;<201;87.0;'''total 4207;92;113;-164 à 1021;;25;133 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;122 390880;7511;-1;608;-70;19;;0;27;35;126 3671416;1306;0;27;-60;2;;-1;°72;40;153 2160565;1021;1;°44;-50;5;;-2;4;45;100 2221061;952;2;33;-40;19;;-3;0;50;65 2226176;950;3;37;-30;10;'''min à -1;-4;°243;55;54 1886057;824;4;°29;-20;38;608;-5;0;60;60 2733772;809;5;22;-10;105;14.4%;-6;2;65;62 785543;783;6;21;0;437;;-7;12;70;78 3699446;783;7;21;10;259;;-8;°76;75;84 2060817;777;8;10;20;444;;-9;1;80;69 875428;731;9;19;30;255;;-10;6;85;83 1446317;682;10;23;40;279;'''1 à 100;-11;°44;90;51 2051329;669;11;32;50;165;2059;-12;0;95;59 2054599;627;12;°56;60;114;48.9%;-13;6;100;57 873402;625;13;°51;70;140;;-14;°20;105;57 1872812;623;14;°59;80;153;;-15;0;110;73 1278565;619;15;°56;90;134;;-16;6;115;65 1900080;602;16;34;100;116;;-17;°18;120;61 1944113;594;17;°47;110;130;;-18;0;125;66 2091705;594;18;°49;120;126;;-19;5;130;61 548710;588;19;28;130;127;;-20;°12;135;51 674832;584;20;°32;140;93;;-21;0;140;42 554669;582;21;27;150;110;;-22;2;145;62 2708943;582;22;31;160;100;;-23;°8;150;48 4172387;577;23;25;170;91;'''1 à 200;-24;0;155;54 376032;573;24;°31;180;82;3030;-25;2;160;46 661630;573;25;19;190;59;71.9%;-26;°8;165;53 820867;572;26;25;200;53;;-27;0;170;38 560151;567;27;°24;210;58;;-28;0;175;42 2225337;560;28;17;220;31;;-29;°6;180;40 1883166;559;29;27;230;44;;-30;0;185;32 1441291;558;30;°29;240;43;;-31;1;190;27 3977791;555;31;25;250;34;'''0 à 200;-32;°2;195;32 552616;552;32;22;260;26;3057;;583;200;21 1269733;550;33;°34;270;35;;reste;52;205;34 2465966;548;34;18;280;29;;total;635;210;24 2763025;546;35;27;290;19;;;;215;15 2701979;544;36;°32;300;15;;;;220;16 3534118;538;37;18;310;16;;'''intercal;'''<u>frequencef;225;17 4128119;533;38;28;320;11;;600;4195;230;27 599107;531;39;°47;330;9;;620;2;235;24 ;;40;28;340;17;'''201 à 370;640;3;240;19 ;;reste;2341;350;11;412;660;0;245;19 ;;total;4213;360;8;9.8%;680;1;250;15 ;;1-40;1237;370;6;;700;1;255;15 ;;;;380;11;;720;0;260;11 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;13;;740;1;265;20 387744;-7616;cont;'''141;400;3;;760;0;270;15 3717238;-500;cont;'''480;410;11;;780;1;275;17 2909520;-492;cont;492;420;7;;800;2;280;12 2601528;-361;comp’;'''297;430;9;;820;1;285;11 1252815;-164;cont;164;440;3;;840;1;290;8 2466721;-154;cont;154;450;7;;860;0;295;7 1916663;-143;cont;143;460;1;;880;0;300;8 3666841;-127;comp’;'''84;470;5;;900;0;305;8 2693597;-119;cont;119;480;5;;920;0;310;8 538322;-113;cont;113;490;8;;940;0;315;4 1322014;-101;cont;101;500;3;;960;2;320;7 238164;-95;cont;95;510;2;;980;0;325;5 1526859;-94;cont;94;520;4;;1000;0;330;4 2652993;-93;comp’;93;530;3;;1020;0;335;12 2758043;-92;cont;92;540;3;'''371 à 600;1040;1;340;5 3755967;-91;cont;91;550;4;118;;16;345;6 2154781;-86;cont;86;560;5;2.8%;;;350;5 2705398;-82;cont;82;570;1;;;;355;6 2154705;-71;cont;71;580;4;'''601 à max;;;360;2 989712;-69;comp’;69;590;4;18;;;365;4 2413585;-65;cont;65;600;2;0.4%;;;370;2 2381919;-59;cont;59;reste;18;;reste;2;reste;136 ;;;;total;4213;;total;4213;total;4213 </pre> ====bsu intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> bsu Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; bsu;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-6.4;69;-338;67;458;359;max40;&-41;352;-1040;112;790;286;min50 51 à 400;48;-359;711;-11;861;249;2 parties;&12;-27;-230;64;954;75;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;152;56;-;440;dte;18;max40;&211;68;;617;poly;173;SF 51 à 400;94;40;-;694;poly;167;tF;&145;50;-;850;poly;104;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.432;;;;;; 41-n;0.660;0.008;0.283;;;;;;;;;;; 1-n;0.471;0.152;0.258;;;;;;;;;20.2.22;; bsu;fx;fc;;bsu;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;bsu;Sx-;Sc- 0;2;25;;0;2;10;0;2;25;>0;1088;-1;0;72 10;28;231;;10;27;95;1;3;41;<0;35;-2;0;4 20;46;398;;20;45;163;2;2;31;zéro;2;-3;0;0 30;70;185;;30;68;76;3;3;34;total;1125;-4;14;229 40;158;121;;40;154;50;4;2;27;;c;-5;0;0 50;81;84;;50;79;34;5;3;19;>0;2490;-6;2;0 60;22;92;;60;21;38;6;0;21;<0;573;-7;1;11 70;21;119;;70;20;49;7;5;16;zéro;25;-8;1;75 80;32;121;;80;31;50;8;3;7;;3088;-9;1;0 90;22;112;;90;21;46;9;3;16;;;-10;1;5 100;25;91;;100;24;37;10;4;19;total;4213;-11;1;43 110;24;106;;110;23;43;11;0;32;;;-12;0;0 120;39;87;;120;38;36;12;3;53;;;-13;0;6 130;41;86;;130;40;35;13;5;46;;;-14;1;19 140;27;66;;140;26;27;14;12;47;;;-15;0;0 150;42;68;;150;41;28;15;4;52;;;-16;1;5 160;34;66;;160;33;27;16;3;31;;;-17;0;18 170;33;58;;170;32;24;17;6;41;;;-18;0;0 180;29;53;;180;28;22;18;5;44;;;-19;1;4 190;25;34;;190;24;14;19;5;23;;;-20;1;11 200;19;34;;200;18;14;20;3;29;;;-21;0;0 210;28;30;;210;27;12;21;2;25;;;-22;0;2 220;17;14;;220;17;6;22;2;29;;;-23;0;8 230;24;20;;230;23;8;23;3;22;;;-24;0;0 240;16;27;;240;16;11;24;7;24;;;-25;1;1 250;16;18;;250;16;7;25;4;15;;;-26;0;8 260;13;13;;260;13;5;26;13;12;;;-27;0;0 270;19;16;;270;18;7;27;12;12;;;-28;0;0 280;13;16;;280;13;7;28;3;14;;;-29;0;6 290;13;6;;290;13;2;29;10;17;;;-30;0;0 300;6;9;;300;6;4;30;14;15;;;-31;0;1 310;8;8;;310;8;3;31;9;16;;;-32;0;2 320;5;6;;320;5;2;32;10;12;;;-33;0;0 330;1;8;;330;1;3;33;16;18;;;-34;0;1 340;8;9;;340;8;4;34;11;7;;;-35;0;3 350;5;6;;350;5;2;35;16;11;;;-36;0;0 360;4;4;;360;4;2;36;19;13;;;-37;0;1 370;4;2;;370;4;1;37;13;5;;;-38;0;2 380;4;7;;380;4;3;38;17;11;;;-39;0;0 390;5;8;;390;5;3;39;26;21;;;-40;1;1 400;1;2;;400;1;1;40;21;7;;;-41;0;8 reste;60;49;;;;;reste;786;1555;;;-42;1;0 total;1090;2515;;t30;140;333;total;1090;2515;;;-43;0;3 diagr;1028;2441;;t50;373;417;diagr;302;935;;;-44;0;2 - t30;884;1627;;;;;;;;;;-45;0;0 - t50;645;1422;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;2 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;;reste;7;17 ;;;;;;;;;;;;total;35;573 </pre> ====bsu intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_négatifs_S-|bsu intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;10;;2;1;1;1;;1;;;1;;1;;;1;1;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;7;30 continu;72;4;0;233;0;0;11;75;0;6;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;578 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;14;0;2;1;1;1;1;1;0;0;1;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;7;35 ;Sc-;72;4;0;229;0;0;11;75;0;5;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;573 </pre> ====bsu autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires|bsu autres intercalaires]] <pre> 23.2.22;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; bsu;autres intercalaires;;adresses1;;;bsu;autres intercalaires;;adresses2;;;bsu;autres intercalaires;;adresses3;;;bsu;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;6994;350;;;deb;°CDS;634651;333;comp;;deb;°CDS;1629320;144;;;deb;°CDS;2909520;125; ;$rRNA;9810;99;;;;&tRNA;635110;13;;;;misc_R;1630115;161;;;;misc_R;2910872;64; ;&tRNA;11464;11;;;;&tRNA;635200;159;;;fin;°CDS;1630382;;;;fin;°CDS;2911116;; ;&tRNA;11552;81;;;;$rRNA;635433;167;;;deb;°CDS;1675171;78;;;deb;°CDS;2952828;61; ;$rRNA;11709;55;;;;$rRNA;637155;55;;;;misc_R;1675981;19;;;;misc_R;2953411;244; ;$rRNA;14692;36;;;;$rRNA;640138;13;;;fin;°CDS;1676042;;;;fin;°CDS;2953795;; fin;°CDS;14847;;comp;;;&tRNA;640268;60;;;deb;°CDS;1727133;10;;;deb;°CDS;2959257;43; deb;°CDS;19968;52;;;;&tRNA;640405;180;;;;misc_R;1731457;101;;;;misc_R;2961232;106; ;misc_R;20611;56;;;fin;°CDS;640662;;;;fin;°CDS;1731776;;;;fin;°CDS;2961586;; deb;°CDS;20880;134;;;deb;°CDS;692740;143;;;deb;°CDS;1778337;183;;;deb;°CDS;3033696;153; ;&tRNA;22292;111;;;;misc_R;694425;134;;;;misc_R;1780404;63;;;;misc_R;3035589;8; fin;°CDS;22496;;comp;;fin;°CDS;694662;;;;fin;°CDS;1780618;;;;fin;°CDS;3035730;; deb;°CDS;25852;41;;;deb;°CDS;698092;79;;;deb;°CDS;1914630;-4;;;deb;°CDS;3036603;23; ;misc_R;26379;81;;;;misc_R;698369;140;;;;misc_R;1914992;-52;;;;misc_R;3037895;44; fin;°CDS;26814;;;;fin;°CDS;698612;;;;fin;°CDS;1915221;;;;fin;°CDS;3038213;; deb;°CDS;29772;243;;;deb;°CDS;945520;291;;;deb;°CDS;1916955;198;;;deb;°CDS;3102629;109; ;$rRNA;30279;99;;;;$rRNA;946696;167;;;;misc_R;1917501;58;;;;misc_R;3105153;102; ;&tRNA;31932;11;;;;$rRNA;948418;111;;;fin;°CDS;1917639;;;;fin;°CDS;3105470;; ;&tRNA;32020;81;;;;$rRNA;951457;9;;;deb;°CDS;2002637;93;;;deb;°CDS;3127825;167; ;$rRNA;32177;133;;;;&tRNA;951582;5;;;;&tRNA;2003276;52;comp;;;misc_R;3129195;196; ;$rRNA;35237;175;;;;&tRNA;951662;34;;;fin;°CDS;2003401;;comp;;fin;°CDS;3129530;; fin;°CDS;35531;;;;;&tRNA;951788;9;;;deb;°CDS;2024042;83;;;deb;°CDS;3169763;232;comp deb;°CDS;69626;168;;;;&tRNA;951869;9;;;;misc_R;2025160;148;;;;&tRNA;3171879;25;comp ;&tRNA;70181;9;;;;&tRNA;951954;11;;;fin;°CDS;2025400;;;;;&tRNA;3171976;3;comp ;&tRNA;70267;199;;;;&tRNA;952042;12;;;deb;°CDS;2069262;170;;;;&tRNA;3172070;10;comp fin;°CDS;70538;;;;;&tRNA;952131;5;;;;misc_R;2069732;-233;;;;&tRNA;3172155;15;comp deb;°CDS;88727;309;;;;&tRNA;952212;22;;;fin;°CDS;2069883;;;;;&tRNA;3172247;10;comp ;$rRNA;90536;164;;;;&tRNA;952307;5;;;deb;°CDS;2076206;469;;;;&tRNA;3172331;17;comp ;$rRNA;92254;55;;;;&tRNA;952397;24;;;;misc_R;2079096;10;;;;&tRNA;3172424;12;comp ;$rRNA;95237;20;;;;&tRNA;952495;9;;;fin;°CDS;2079214;;;;;&tRNA;3172512;11;comp ;&tRNA;95375;4;;;;&tRNA;952580;49;;;deb;°CDS;2094010;123;;;;&tRNA;3172600;17;comp ;&tRNA;95455;36;;;;&tRNA;952701;5;;;;misc_R;2095909;238;;;;&tRNA;3172694;6;comp ;&tRNA;95567;6;;;;&tRNA;952781;7;;;fin;°CDS;2096350;;;;;&tRNA;3172793;2;comp ;&tRNA;95649;40;;;;&tRNA;952859;265;;;deb;°CDS;2159981;-1389;;;;&tRNA;3172872;19;comp ;&tRNA;95772;14;;;;&tRNA;953213;78;;;;misc_R;2160390;-630;;;;&tRNA;3172968;5;comp ;&tRNA;95861;9;;;fin;°CDS;953373;;comp;;fin;°CDS;2160565;;;;;&tRNA;3173046;15;comp ;&tRNA;95956;27;;;deb;°CDS;954893;69;;;deb;°CDS;2162108;-2547;;;;&tRNA;3173138;9;comp ;&tRNA;96060;9;;;;misc_R;955655;132;;;;misc_f;2163068;420;;;;&tRNA;3173224;14;comp ;&tRNA;96146;170;;;fin;°CDS;955895;;;;;misc_R;2164643;682;;;;&tRNA;3173324;5;comp ;$rRNA;96392;164;;;deb;°CDS;966671;193;comp;;fin;°CDS;2165577;;;;;&tRNA;3173404;10;comp ;$rRNA;98110;55;;;;&tRNA;967065;90;;;deb;°CDS;2208328;61;;;;&tRNA;3173501;37;comp ;$rRNA;101093;237;;;fin;°CDS;967229;;comp;;;ncRNA;2208590;-26;;;;&tRNA;3173614;32;comp fin;°CDS;101449;;;;deb;°CDS;1178757;89;;;fin;°CDS;2208855;;;;;&tRNA;3173722;20;comp deb;°CDS;119111;45;;;;misc_R;1180685;106;;;deb;°CDS;2219514;-23;;;;$rRNA;3173818;55;comp ;misc_R;119855;65;;;fin;°CDS;1180909;;;;;misc_R;2219743;-66;;;;$rRNA;3173991;167;comp fin;°CDS;120061;;;;deb;°CDS;1218113;58;;;fin;°CDS;2219784;;;;;$rRNA;3177086;464;comp deb;°CDS;152937;56;;;;misc_R;1219164;470;;;deb;°CDS;2273594;-6;;;;misc_R;3179105;99; ;misc_R;153737;48;;;fin;°CDS;1219849;;;;;misc_R;2273705;104;;;fin;°CDS;3179306;; fin;°CDS;153842;;;;deb;°CDS;1233133;104;;;fin;°CDS;2273989;;;;deb;°CDS;3187503;124; deb;°CDS;159779;349;comp;;;misc_R;1233405;70;;;deb;°CDS;2319440;88;;;;misc_R;3188173;72; ;$rRNA;160893;164;;;fin;°CDS;1233614;;;;;misc_R;2320113;141;;;fin;°CDS;3188414;; ;$rRNA;162610;55;;;deb;°CDS;1240356;61;;;fin;°CDS;2320355;;;;deb;°CDS;3193863;106; ;$rRNA;165591;46;;;;misc_R;1242262;78;;;deb;°CDS;2330075;87;;;;&tRNA;3194455;107;comp ;&tRNA;165754;4;;;fin;°CDS;1242449;;;;;misc_R;2331320;58;;;fin;°CDS;3194635;;comp ;&tRNA;165830;56;;;deb;°CDS;1257414;167;;;fin;°CDS;2331779;;;;deb;°CDS;3334646;423; ;&tRNA;165959;30;;;;misc_R;1258304;67;;;deb;°CDS;2410017;-9;;;;ncRNA;3335414;205; ;&tRNA;166064;27;;;fin;°CDS;1258492;;;;;misc_R;2410581;197;;;fin;°CDS;3335751;; ;&tRNA;166168;8;;;deb;°CDS;1261426;172;comp;;fin;°CDS;2411086;;;;deb;°CDS;3359995;156; ;&tRNA;166253;171;;;;&tRNA;1262789;840;;;deb;°CDS;2430258;129;;;;misc_R;3360937;-211; 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;&tRNA;194547;227;;;fin;°CDS;1391953;;;;;misc_R;2608732;39;;;fin;°CDS;3451248;; fin;°CDS;194849;;;;deb;°CDS;1395371;113;;;fin;°CDS;2608946;;;;deb;°CDS;3489910;68; deb;°CDS;198497;173;;;;misc_R;1395622;237;;;deb;°CDS;2624785;39;;;;misc_R;3491322;97; ;misc_R;200017;89;;;fin;°CDS;1396013;;;;;misc_R;2625952;69;;;fin;°CDS;3491655;; fin;°CDS;200277;;;;deb;°CDS;1409912;55;;;fin;°CDS;2626112;;;;deb;°CDS;3544642;284; deb;°CDS;275838;56;;;;misc_R;1410633;-113;;;deb;°CDS;2646594;292;;;;&tRNA;3545889;269;comp ;misc_R;276815;97;;;fin;°CDS;1410654;;;;;misc_R;2647405;-208;;;fin;°CDS;3546234;; fin;°CDS;277160;;;;deb;°CDS;1423241;92;;;fin;°CDS;2647456;;;;deb;°CDS;3854256;53; deb;°CDS;473803;103;;;;misc_R;1424527;83;;;deb;°CDS;2678240;-77;;;;misc_R;3856226;31; ;misc_R;474329;133;;;fin;°CDS;1424767;;;;;misc_R;2678343;233;;;;misc_R;3856479;81; fin;°CDS;474731;;;;deb;°CDS;1425641;38;;;deb;°CDS;2678799;-13;;;fin;°CDS;3856782;; deb;°CDS;483845;135;;;;misc_R;1426876;84;;;;misc_R;2678876;127;;;deb;°CDS;3946394;0; ;misc_R;486092;196;;;fin;°CDS;1427061;;;;fin;°CDS;2679142;;;;;misc_R;3946910;41; fin;°CDS;486432;;;;deb;°CDS;1438092;138;;;deb;°CDS;2773356;136;;;fin;°CDS;3947158;; deb;°CDS;528129;122;;;;misc_R;1439274;129;;;;misc_R;2773783;6;;;deb;°CDS;3987927;76;comp ;&tRNA;528704;4;;;fin;°CDS;1439448;;;;fin;°CDS;2773890;;;;;misc_R;3988840;388;comp ;&tRNA;528783;29;;;deb;°CDS;1456092;46;;;deb;°CDS;2798174;79;comp;;fin;°CDS;3989331;; ;&tRNA;528903;11;;;;misc_R;1457005;30;;;;misc_R;2800890;43;comp;;deb;°CDS;3997221;65; ;&tRNA;528986;26;;;fin;°CDS;1457187;;;;fin;°CDS;2801141;;comp;;;misc_R;3997775;82; ;&tRNA;529087;11;;;deb;°CDS;1482248;85;;;deb;°CDS;2813643;83;;;deb;°CDS;3997964;68; ;&tRNA;529174;80;;;;misc_R;1483557;476;;;;misc_R;2814491;51;;;;misc_R;3999166;77; ;&tRNA;529336;82;;;fin;°CDS;1484117;;;;fin;°CDS;2814743;;;;fin;°CDS;3999350;; fin;°CDS;529505;;comp;;deb;°CDS;1533327;368;;;deb;°CDS;2816535;89;;;deb;°CDS;4004288;386; deb;°CDS;532292;30;;;;misc_R;1534070;-161;;;;misc_R;2817899;59;;;;misc_R;4005523;126; ;misc_R;532583;115;;;fin;°CDS;1534120;;;;fin;°CDS;2818191;;;;fin;°CDS;4005752;; fin;°CDS;532758;;;;deb;°CDS;1568924;2;;;deb;°CDS;2855518;13;;;deb;°CDS;4095915;89; deb;°CDS;559264;67;;;;misc_R;1569199;199;;;;misc_R;2855840;57;;;;misc_R;4096997;6; ;misc_R;559532;540;;;fin;°CDS;1569519;;;;fin;°CDS;2855973;;;;fin;°CDS;4097416;; fin;°CDS;560151;;;;deb;°CDS;1606560;12;;;deb;°CDS;2866664;59;;;deb;°CDS;4153696;383;comp deb;°CDS;625125;54;;;;misc_R;1607367;87;;;;misc_R;2869366;165;;;;&tRNA;4154787;35;comp ;misc_R;626346;175;;;fin;°CDS;1607556;;;;fin;°CDS;2869754;;;;;&tRNA;4154895;81;comp fin;°CDS;626622;;;;deb;°CDS;1612521;62;;;deb;°CDS;2895248;121;;;;&tRNA;4155053;9;comp &emsp*;;;;;;;misc_R;1613078;52;;;;misc_R;2897094;447;;;;&tRNA;4155134;223;comp &emsp*;;;;;;fin;°CDS;1613357;;;;fin;°CDS;2897788;;;;fin;°CDS;4155433;;comp &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1617210;39;;;deb;°CDS;2898931;63;;;deb;°CDS;4169166;189; &emsp*;;;;;;;misc_R;1618161;26;;;;&tRNA;2899816;130;comp;;;misc_R;4169802;125; &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1618304;3;;;fin;°CDS;2900020;;comp;;fin;°CDS;4170045;; &emsp*;;;;;;;misc_R;1618853;52;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1619023;0;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;;misc_R;1620331;30;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;fin;°CDS;1620476;;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; </pre> ====bsu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_distribution|bsu distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; avant 16s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; cgt;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; gga;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1 ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;3;agc;1 après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;3 atgf;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4 gac;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;1;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga; ;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;2;cga;;;;;;;;;;;;cta;1;cca;3;caa;1;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;4;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;3;gaa;2;gga;1 ;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 ;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;bsu;;8;;;;;8;;bsu;18;;;;;;18;;;;;;;;;;;bsu;;;;52;2;;56 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;;; </pre> ====bsu lmo==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_lmo|bsu lmo]] <pre> bsu-lmo comparaison;;10.11.19 Tanger;;;comparaisons internes bsu, lmo;;;; bsu;intercal;lmo;intercal;diff;bsu;intercal;bsu;intercal;diff gaa;25;gaa;5;-20;16s;167;16s;167; agc;3;agc;34;31;23s;55;23s;111; aac;10;aac;6;-4;5s;20;5s;9; atc;15;atc;25;10;gta;32;aac;5; gga;10;gga;23;13;aca;37;tcc;34; cac;17;cac;28;11;aaa;10;gaa;9; ttc;12;ttc;4;-8;ctg;5;gta;9; gac;11;gac;4;-7;ggc;14;atgf;11;0 atgf;17;atgf;42;25;tta;9;gac;12;0 tca;6;tca;22;16;cgt;15;ttc;5; atgi;2;atgi;11;9;cca;5;aca;22; atgj;19;atgj;42;23;gca;19;tac;5; gca;5;gca;22;17;atgj;2;tgg;24; cca;15;cca;10;-5;atgi;6;cac;9; cgt;9;cgt;9;0;tca;17;caa;49; tta;14;tta;14;0;atgf;11;ggc;5; ggc;5;ggc;15;10;gac;12;tgc;7; ctg;10;cta;5;-5;ttc;17;tta;265; aaa;37;aaa;41;4;cac;10;ttg;; aca;32;aca;8;-24;gga;15;;; gta;20;gta;13;;atc;10;16s;164; 5s;55;5s;81;;aac;3;23s;55; 23s;167;23s;244;;agc;25;5s;20; 16s;;16s;;;gaa;;gta;4;-28 ;;;;;;;aca;36;-1 16s;167;16s;127;;;;aaa;6;-4 23s;111;atc;46;;;;cta;40;35 5s;9;gca;172;;;;ggc;14;0 aac;5;23s;80;;;;tta;9;0 tcc;34;5s;14;;;;cgt;27;12 gaa;9;aac;6;1;;;cca;9;4 gta;9;tcc;33;-1;;;gca;170; atgf;11;gaa;56;47;;;;; gac;12;gta;21;12;lmo;intercal;lmo;intercal;diff ttc;5;atgf;6;-5;16s;244;16s;127; aca;22;gac;4;-8;23s;81;atc;46; tac;5;ttc;20;;5s;13;gca;172; tgg;24;tac;7;2;gta;8;23s;80; cac;9;tgg;15;-9;aca;41;5s;14; caa;49;cac;29;20;aaa;5;aac;6; ggc;5;caa;5;-44;cta;15;tcc;33; tgc;7;ggc;19;14;ggc;14;gaa;56; tta;265;tgc;45;;tta;9;gta;21; ttg;;ttg;;;cgt;10;atgf;6;2 ;;;;;cca;22;gac;4;0 16s;164;16s;244;;gca;42;ttc;20; 23s;55;23s;80;;atgj;11;tac;7; 5s;20;5s;13;;atgi;22;tgg;15; gta;4;gta;8;4;tca;42;cac;29; aca;36;aca;41;5;atgf;4;caa;5; aaa;6;aaa;5;-1;gac;4;ggc;19; cta;40;cta;14;-26;ttc;28;tgc;45; ggc;14;ggc;21;7;cac;23;ttg;; tta;9;tta;12;3;gga;25;;; cgt;27;cgt;10;-17;atc;6;16s;244; cca;9;cca;19;10;aac;34;23s;80; gca;170;gca;341;;agc;5;5s;13; ;;;;;gaa;;gta;8;0 ;;;;;;;aca;41;0 ;;;;;;;aaa;5;0 ;;;;;;;cta;14;-1 ;;;;;;;ggc;21;7 ;;;;;;;tta;12;3 ;;;;;;;cgt;10;0 ;;;;;;;cca;19;-3 ;;;;;;;gca;341; ;;;;;;;;; bsu;intercal;lmo;intercal;diff;entre génomes;;;intra génome; gaa;3;gaa;157;;gamme;fréquence;;gamme;fréquence gta;4;acg;9;;-15;5;;-7;1 aca;22;tac;11;;-14;;;-6; tac;4;caa;6;;-13;;;-5; caa;;aaa;;;-12;;;-4;1 ;;;;;-11;;;-3;1 aga;;aga;;;-10;;;-2; ;;;;;-9;1;;-1;2 cgg;;cgg;;;-8;2;;0;9 ;;;;;-7;1;;1; gga;;gga;;;-6;;;2;1 ;;;;;-5;3;;3;1 gtc;;gtc;;;-4;1;;4;1 ;;;;;-3;;;5; agg;;cgt;;;-2;;;6; ;;;;;-1;2;;7;1 caa;;ctc;;;0;2;;;2 ;;;;;1;1;;total;20 gcc;;tcg;;;2;1;; -2+2;11 ;;;;;3;1;;; tca;;;;;4;2;;; ;;;;;5;1;;; atg;9;aac;3;;6;;;; gaa;;agc;;;7;1;;; ;;;;;8;;;; ;;gaa;27;;9;1;;; ;;gac;;;10;3;;; ;;;;;11;1;;; cgt;13;16s;127;;12;1;;; gga;159;atc;46;;13;1;;; 16s;167;gca;172;;14;1;;; 23s;55;23s;80;;15;;;; 5s;13;5s;14;;;7;;; atgf;60;aac;24;;total;39;;; gac;;acc;;; -2+2;6;;; </pre> ===Listeria monocytogenes=== ====lmo==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo opérons|lmo]] <pre> Listeria monocytogenes EGD-e;;;; 37.9%GC;7.3.19 Paris;67;doubles;intercal ;82705..82777;aag;; ;237466..239020;16s;@1;244 ;239265..242195;23s;;80 ;242276..242385;5s;;13 ;242399..242471;gta;;8 ;242480..242555;aca;;41 ;242597..242669;aaa;;5 ;242675..242756;cta;;14 ;242771..242842;ggc;;21 ;242864..242949;tta;;12 ;242962..243035;cgt;;10 ;243046..243119;cca;;19 ;243139..243214;gca;;341 ;243556..245041;16s;;244 ;245286..248216;23s;;80 ;248297..248406;5s;; ;;;; ;677464..677553;tcg;; ;;;; ;936656..936728;aac;;3 ;936732..936819;agc;; ;;;; ;940017..940088;gaa;;27 ;940116..940188;gac;; ;;;; ;970867..970937;gga;; ;;;; ;1266675..1266748;aga;; ;;;; comp;1740916..1740987;gaa;;5 comp;1740993..1741083;agc;;34 comp;1741118..1741190;aac;;6 comp;1741197..1741270;atc;;25 comp;1741296..1741366;gga;;23 comp;1741390..1741462;cac;;28 comp;1741491..1741563;ttc;;4 comp;1741568..1741643;gac;;4 comp;1741648..1741721;atgf;;42 comp;1741764..1741853;tca;;22 comp;1741876..1741949;atgi;;11 comp;1741961..1742034;atgj;;42 comp;1742077..1742149;gca;;22 comp;1742172..1742245;cca;;10 comp;1742256..1742329;cgt;;9 comp;1742339..1742424;tta;;14 comp;1742439..1742513;ggc;;15 comp;1742529..1742610;cta;;5 comp;1742616..1742688;aaa;;41 comp;1742730..1742805;aca;;8 comp;1742814..1742886;gta;;13 comp;1742900..1743009;5s;;81 comp;1743091..1746021;23s;;244 comp;1746266..1747811;16s;; ;;;; ;1776112..1776183;cgt;; ;;;; comp;1848821..1848930;5s;;81 comp;1849012..1851942;23s;;244 comp;1852187..1853732;16s;; ;;;; ;2162187..2162273;ctc;; ;;;; ;2215375..2215446;gaa;;157 ;2215604..2215677;acg;;9 ;2215687..2215770;tac;;11 ;2215782..2215856;caa;;6 ;2215863..2215935;aaa;; ;;;; comp;2436493..2436576;ttg;;45 comp;2436622..2436695;tgc;;19 comp;2436715..2436786;ggc;;5 comp;2436792..2436863;caa;;29 comp;2436893..2436965;cac;;15 comp;2436981..2437054;tgg;;7 comp;2437062..2437145;tac;;20 comp;2437166..2437238;ttc;;4 comp;2437243..2437318;gac;;6 comp;2437325..2437398;atgf;;21 comp;2437420..2437495;gta;;56 comp;2437552..2437623;gaa;;33 comp;2437657..2437745;tcc;;6 comp;2437752..2437827;aac;;14 comp;2437842..2437951;5s;;80 comp;2438032..2440962;23s;;172 comp;2441135..2441210;gca;;46 comp;2441257..2441330;atc;;127 comp;2441458..2443003;16s;@2; ;;;; comp;2540230..2540301;cgg;; ;;;; comp;2672664..2672736;acc;;24 comp;2672761..2672836;aac;;14 comp;2672851..2672960;5s;;80 comp;2673041..2675971;23s;;172 comp;2676144..2676219;gca;;46 comp;2676266..2676339;atc;;127 comp;2676467..2678012;16s;; ;;;; ;2930362..2930434;gtc;; </pre> ====lmo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_distribution|lmo distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; aac;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1 ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;0;aac;2;agc;1 ;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2 ;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;2;tca;1;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga; ;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;2;caa;1;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;2;gaa;2;gga;1 ;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 ;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;lmo;;8;;;;;8;;lmo;9;;;;;;9;;;;;;;;;;;lmo;;;;44;;;44 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;;; </pre> ====lmo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_données_intercalaires|lmo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;lmo;fx;fc;lmo;fx40;fc40;lmo;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;27;0;1;27;-1;;61;87;68;tRNA 16s;;;tRNA tRNA;;contig ;0;10;10;183;1;1;32;-2;;0;181;940;341;;gca;5;;gaa ;0;20;20;345;2;2;40;-3;;0;52;370;16s tRNA;;;34;;agc ;1;30;20;147;3;1;33;-4;3;173;382;73;2* 127;;atc;6;;aac ;0;40;80;64;4;0;11;-5;;0;197;132;tRNA 23s;;;25;;atc 2;0;50;79;45;5;2;19;-6;;0;127;49;2* 172;;gca;23;;gga 1;1;60;21;46;6;0;16;-7;;0;99;333;5s tRNA;;;28;;cac 1;1;70;12;69;7;0;5;-8;;57;110;118;2* 13;;gta;4;;ttc 1;0;80;13;69;8;3;5;-9;;0;366;56;2* 14;;aac;4;;gac ;1;90;10;69;9;1;13;-10;1;3;66;44;tRNA tRNA;;intra;42;;atgf ;1;100;9;54;10;0;9;-11;2;22;128;;8;;gta;22;;tca ;1;110;9;88;11;1;26;-12;;0;351;;41;;aca;11;;atgi 1;1;120;14;74;12;2;52;-13;;3;119;;5;;aaa;42;;atgj ;2;130;21;57;13;3;31;-14;;14;152;;14;;cta;22;;gca 1;0;140;14;52;14;0;36;-15;;0;21;;21;;ggc;10;;cca ;0;150;13;48;15;4;46;-16;1;2;CDS 16s;;12;;tta;9;;cgt ;1;160;26;42;16;0;42;-17;;13;445;;10;;cgt;14;;tta ;0;170;15;28;17;2;21;-18;1;0;451;;19;;cca;15;;ggc ;0;180;11;30;18;3;43;-19;;2;344;;**;;gca;5;;cta ;1;190;10;25;19;3;26;-20;;7;364;;2* 46;;gca;41;;aaa ;1;200;19;35;20;2;22;-21;;0;289;;**;;atc;8;;aca ;0;210;13;23;21;0;30;-22;;2;16s 23s;;24;;acc;**;;gta ;0;220;14;14;22;3;25;-23;;6;4* 244;;**;;aac;45;;ttg ;0;230;9;16;23;2;16;-24;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;;19;;tgc ;0;240;11;16;24;5;18;-25;;1;4* 80;;3;;aac;5;;ggc ;0;250;11;10;25;1;9;-26;;4;2* 81;;**;;agc;29;;caa ;0;260;9;16;26;2;10;-27;;0;5s CDS;;27;;gaa;15;;cac ;0;270;6;5;27;1;16;-28;;1;148;;**;;gac;7;;tgg ;0;280;3;17;28;0;8;-29;;4;130;;157;;gaa;20;;tac ;0;290;1;14;29;1;6;-30;;0;;;9;;acg;4;;ttc ;0;300;7;12;30;5;9;-31;1;0;;;11;;tac;6;;gac ;0;310;6;5;31;6;8;-32;;1;;;6;;caa;21;;atgf ;0;320;5;7;32;7;5;-33;;0;;;**;;aaa;56;;gta ;0;330;5;9;33;2;9;-34;;0;;;;;;33;;gaa 1;0;340;4;7;34;7;7;-35;;1;;;;;;6;;tcc ;0;350;2;5;35;6;10;-36;;0;;;;;;**;;aac ;1;360;2;5;36;8;9;-37;;1;;;;;;;; 1;1;370;3;9;37;7;3;-38;;1;;;;;;;; ;0;380;1;3;38;14;0;-39;;0;;;;;;;; ;1;390;8;6;39;10;6;-40;;1;;;;;;;; ;0;400;3;2;40;13;7;-41;;2;;;;;;;; 1;0;reste;37;51;reste;456;1082;-42;;0;;;;;;;; 10;15;total;587;1849;total;587;1848;-43;;0;;;;;;;; 9;15;diagr;549;1771;diagr;130;739;-44;;2;;;;;;;; 0;1; t30;50;675;;;;-45;;0;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;1;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;; ;x;586;10;1;597;;;-49;;1;;;;;;;; ;c;1822;393;27;2242;;;-50;;0;;;;;;;; ;;;;;2839;101;;reste;1;7;;;;;;;; ;;;;;;2940;;total;10;393;;;;;;;; </pre> =====lmo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Construction: remarque sur les nombreux regulatory <pre> autres intercalaires;;lmo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;81661;82617;87;*; ;;tRNA;82705;82777;181;*;aag fin;;CDS;82959;84437;;; deb;;CDS;235524;237020;445;*; ;;rRNA;237466;239020;244;*;1555 ;;rRNA;239265;242195;80;*;2931 ;;rRNA;242276;242385;13;*;110 ;;tRNA;242399;242471;8;*;gta ;;tRNA;242480;242555;41;*;aca ;;tRNA;242597;242669;5;*;aaa ;;tRNA;242675;242756;14;*;cta ;;tRNA;242771;242842;21;*;ggc ;;tRNA;242864;242949;12;*;tta ;;tRNA;242962;243035;10;*;cgt ;;tRNA;243046;243119;19;*;cca ;;tRNA;243139;243214;341;*;gca ;;rRNA;243556;245041;244;*;1486 ;;rRNA;245286;248216;80;*;2931 ;;rRNA;248297;248406;148;*;110 fin;;CDS;248555;249013;;; deb;;CDS;676802;677395;68;*; ;comp;tRNA;677464;677553;940;*;tcg fin;;CDS;678494;679123;;; deb;;CDS;936136;936603;52;*; ;;tRNA;936656;936728;3;*;aac ;;tRNA;936732;936819;382;*;agc fin;;CDS;937202;937594;;; deb;;CDS;939106;939819;197;*; ;;tRNA;940017;940088;27;*;gaa ;;tRNA;940116;940188;127;*;gac fin;;CDS;940316;940696;;; deb;comp;CDS;969549;970496;370;*; ;;tRNA;970867;970937;99;*;gga fin;;CDS;971037;972176;;; deb;;CDS;1266040;1266564;110;*; ;;tRNA;1266675;1266748;366;*;aga fin;;CDS;1267115;1268473;;0; deb;comp;CDS;1739674;1740849;66;*; ;comp;tRNA;1740916;1740987;5;*;gaa ;comp;tRNA;1740993;1741083;34;*;agc ;comp;tRNA;1741118;1741190;6;*;aac ;comp;tRNA;1741197;1741270;25;*;atc ;comp;tRNA;1741296;1741366;23;*;gga ;comp;tRNA;1741390;1741462;28;*;cac ;comp;tRNA;1741491;1741563;4;*;ttc ;comp;tRNA;1741568;1741643;4;*;gac ;comp;tRNA;1741648;1741721;42;*;atgf ;comp;tRNA;1741764;1741853;22;*;tca ;comp;tRNA;1741876;1741949;11;*;atgi ;comp;tRNA;1741961;1742034;42;*;atgj ;comp;tRNA;1742077;1742149;22;*;gca ;comp;tRNA;1742172;1742245;10;*;cca ;comp;tRNA;1742256;1742329;9;*;cgt ;comp;tRNA;1742339;1742424;14;*;tta ;comp;tRNA;1742439;1742513;15;*;ggc ;comp;tRNA;1742529;1742610;5;*;cta ;comp;tRNA;1742616;1742688;41;*;aaa ;comp;tRNA;1742730;1742805;8;*;aca ;comp;tRNA;1742814;1742886;13;*;gta ;comp;rRNA;1742900;1743009;81;*;110 ;comp;rRNA;1743091;1746021;244;*;2931 ;comp;rRNA;1746266;1747811;451;*;1546 fin;comp;CDS;1748263;1748709;;; deb;;CDS;1774991;1775983;128;*; ;;tRNA;1776112;1776183;73;*;cgt fin;comp;CDS;1776257;1776829;;; deb;comp;CDS;1848166;1848690;130;*; ;comp;rRNA;1848821;1848930;81;*;110 ;comp;rRNA;1849012;1851942;244;*;2931 ;comp;rRNA;1852187;1853732;344;*;1546 fin;comp;CDS;1854077;1854682;;0; deb;comp;CDS;2161161;2162054;132;*; ;;tRNA;2162187;2162273;49;*;ctc fin;comp;CDS;2162323;2164011;;; deb;comp;CDS;2213218;2215041;333;*; ;;tRNA;2215375;2215446;157;*;gaa ;;tRNA;2215604;2215677;9;*;acg ;;tRNA;2215687;2215770;11;*;tac ;;tRNA;2215782;2215856;6;*;caa ;;tRNA;2215863;2215935;118;*;aaa fin;comp;CDS;2216054;2216743;;0; deb;comp;CDS;2435023;2436141;351;*; ;comp;tRNA;2436493;2436576;45;*;ttg ;comp;tRNA;2436622;2436695;19;*;tgc ;comp;tRNA;2436715;2436786;5;*;ggc ;comp;tRNA;2436792;2436863;29;*;caa ;comp;tRNA;2436893;2436965;15;*;cac ;comp;tRNA;2436981;2437054;7;*;tgg ;comp;tRNA;2437062;2437145;20;*;tac ;comp;tRNA;2437166;2437238;4;*;ttc ;comp;tRNA;2437243;2437318;6;*;gac ;comp;tRNA;2437325;2437398;21;*;atgf ;comp;tRNA;2437420;2437495;56;*;gta ;comp;tRNA;2437552;2437623;33;*;gaa ;comp;tRNA;2437657;2437745;6;*;tcc ;comp;tRNA;2437752;2437827;14;*;aac ;comp;rRNA;2437842;2437951;80;*;110 ;comp;rRNA;2438032;2440962;172;*;2931 ;comp;tRNA;2441135;2441210;46;*;gca ;comp;tRNA;2441257;2441330;127;*;atc ;comp;rRNA;2441458;2443003;364;*;1546 fin;comp;CDS;2443368;2444126;;; deb;;CDS;2539838;2540173;56;*; ;comp;tRNA;2540230;2540301;119;*;cgg fin;comp;CDS;2540421;2541857;;0; deb;comp;CDS;2671624;2672511;152;*; ;comp;tRNA;2672664;2672736;24;*;acc ;comp;tRNA;2672761;2672836;14;*;aac ;comp;rRNA;2672851;2672960;80;*;110 ;comp;rRNA;2673041;2675971;172;*;2931 ;comp;tRNA;2676144;2676219;46;*;gca ;comp;tRNA;2676266;2676339;127;*;atc ;comp;rRNA;2676467;2678012;289;*;1546 fin;comp;CDS;2678302;2679330;;0; deb;;CDS;2929315;2930340;21;*; ;;tRNA;2930362;2930434;44;*;gtc fin;comp;CDS;2930479;2932473;;; </pre> ====lmo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_blocs|lmo blocs]] <pre> lmo blocs;;;;;;;; Types;;;;;;;; I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2 16s;;244;;244;;16s;244;244 23s;;81;;80;;23s;80;81 5s;;13;;13;;5s;; ;;8;;8;;;; ;;gta;;gta;;;; ;;**20aas;;**8aas;;;; III;;;;;;IV;; 16s;127;127;;;;;; atc;46;46;;;;;; gca;172;172;;;;;; 23s;80;80;;;;;; 5s;14;14;;;;;; ;6;24;;;;;; ;aac;aac;;;;;; ;**13aas;acc;;;;;; Groupes;;;;;;;; ;;;;;;16s;244; ;;;;;I4;23s;80; ;;;;;;5s;13; ;;;;;;gta;8; ;;;;;;**7aas;19; ;;;;;;gca;341; ;;;;;;16s;244; ;;;;;II1;23s;80; ;;;;;;5s;; </pre> ===lam=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_opérons|lam]] <pre> ;Lactobacillus amylovorus strain 30SC;;; 38%GC;30.6.19 Paris;63;doubles;intercal ;447399..448972;16s;@1;125 ;449098..449172;atc;;52 ;449225..449297;gca;;115 ;449413..452324;23s;;68 ;452393..452509;5s;;4 ;452514..452586;gta;;2 ;452589..452661;aaa;;13 ;452675..452756;cta;;23 ;452780..452852;aca;;10 ;452863..452934;ggc;;11 ;452946..453031;tta;;8 ;453040..453113;cgt;;5 ;453119..453192;cca;;29 ;453222..453295;atg;;12 ;453308..453381;atgi;;27 ;453409..453482;atgf;;3 ;453486..453559;gac;;6 ;453566..453638;ttc;;19 ;453658..453728;gga;;5 ;453734..453808;atc;;2 ;453811..453900;agc;; ;;;; ;57091..58664;16s;;125 ;58790..58864;atc;;52 ;58917..58989;gca;;115 ;59105..62016;23s;;68 ;62085..62201;5s;;13 ;62215..62287;aac;; ;;;; ;469566..471139;16s;@2;9 ;471149..471334;cds1; hp 186;-3 ;471332..474243;23s;;68 ;474312..474428;5s;;13 ;474442..474514;aac;; ;;;; comp;1709284..1709374;tcc;;10 comp;1709385..1709457;aac;;13 comp;1709471..1709587;5s;;68 comp;1709656..1712567;23s;;-3 comp;1712565..1712750;cds2;hp 186;9 comp;1712760..1714333;16s;; ;;;; comp;79386..79458;aag;; ;;;; comp;79913..79985;aag;; ;;;; ;193922..193994;acc;; ;;;; comp;210866..210939;ggg;; ;;;; ;287678..287752;ggc;+;111 ;287864..287938;ggc;3 ggc;109 ;288048..288122;ggc;;35 ;288158..288231;ccg;; ;;;; ;457611..457682;gaa;;35 ;457718..457804;tca;;9 ;457814..457887;atgf;;3 ;457891..457964;gac;;6 ;457971..458046;ttc;;4 ;458051..458132;tac;;4 ;458137..458207;tgg;;12 ;458220..458295;cac;;4 ;458300..458371;caa;;23 ;458395..458465;tgc;;40 ;458506..458590;ttg;; ;;;; ;474442..474514;aac;; ;;;; ;507688..507760;acg;; ;;;; ;526886..526957;caa;; ;;;; ;551550..551631;tac;;34 ;551666..551737;caa;; ;;;; ;567329..567416;ctt;; ;;;; ;583327..583413;tca;;6 ;583420..583493;gac;;7 ;583501..583576;cac;;4 ;583581..583653;gta;; ;;;; ;642034..642106;agg;; ;;;; comp;729370..729441;cgg;; ;;;; ;784793..784864;gag;; ;;;; ;917887..917975;tcg;; ;;;; ;1456724..1456800;aga;; ;;;; ;1681218..1681301;ctg;; ;;;; comp;1707998..1708070;gta;;5 comp;1708076..1708147;gaa;; ;;;; ;1987190..1987263;cgt;;8 ;1987272..1987345;cca;; </pre> ===lam blocs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_blocs|lam blocs]] <pre> lam blocs;;;;; 16s;125;1574;16s;9;1574 atc;52;;cds1;-3;62 gca;115;;23s;68;2912 23s;68;2912;5s;13;117 5s;4;117;aac;; gta;;;;; ;;;;; 16s;125;1574;16s;9;1574 atc;52;;cds2;-3;62 gca;115;;23s;68;2912 23s;68;2912;5s;13;117 5s;13;117;aac;; aac;;;;; </pre> ====lam distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_distribution|lam distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; après 5s;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; 3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; tcc;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc; ;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;;aac;;agc;1 >1aa;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1 ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga; ;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1 ;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; ;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;lam;;14;;;;;14;;lam;22;;;;;;22;;lam;3;;;;;;3;;lam;;;;16;;;16 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;; </pre> ====lam données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_données_intercalaires|lam données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;lam;fx;fc;lam;fx40;fc40;lam;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;16;0;2;16;-1;;96;222;163;16s tRNA;; ;0;10;8;202;1;1;30;-2;;0;169;85;2* 133;;atc ;0;20;3;162;2;1;38;-3;;0;114;135;tRNA 23s;; ;0;30;12;70;3;2;28;-4;8;49;118;59;2* 118;;gca 1;1;40;27;36;4;0;13;-5;;0;139;212;5s tRNA;; ;0;50;36;39;5;0;11;-6;;0;71;59;3* 13;;aac 3;3;60;39;55;6;0;13;-7;;1;41;39;4;;gta ;0;70;29;66;7;2;7;-8;;38;76;117;tRNA tRNA;;intra ;0;80;17;56;8;2;16;-9;;0;168;239;2* 52;;atc gca 3;3;90;12;43;9;0;23;-10;1;2;222;88;tRNA tRNA;;contig 1;1;100;29;57;10;0;23;-11;1;20;121;129;2;;gta ;0;110;13;57;11;0;23;-12;;0;337;150;13;;aaa 1;1;120;16;43;12;2;17;-13;;1;57;99;23;;cta 1;1;130;15;34;13;0;16;-14;;12;181;82;10;;aca 1;1;140;14;29;14;0;16;-15;;0;278;58;11;;ggc 1;1;150;19;22;15;0;21;-16;;0;65;;8;;tta ;0;160;18;18;16;0;19;-17;1;9;202;;5;;cgt 1;1;170;16;17;17;1;13;-18;;0;81;;29;;cca ;0;180;13;19;18;0;14;-19;;1;86;;12;;atgj ;0;190;12;24;19;0;11;-20;;9;101;;27;;atgi ;0;200;14;13;20;0;12;-21;;0;71;;3;;atgf ;0;210;10;13;21;0;11;-22;;1;57;;6;;gac 1;1;220;8;9;22;0;8;-23;1;3;33;;19;;ttc ;0;230;7;15;23;3;4;-24;;0;134;;5;;gga 1;1;240;6;15;24;2;10;-25;;3;161;;2;;atc ;0;250;4;9;25;2;7;-26;1;4;141;;**;;agc ;0;260;9;8;26;2;11;-27;;0;107;;10;;tcc ;0;270;5;11;27;0;5;-28;;0;213;;**;;aac ;0;280;5;2;28;0;9;-29;1;3;CDS 16s;;tRNA tRNA;; ;0;290;5;7;29;0;4;-30;;0;562;513;111;;ggc ;0;300;4;7;30;3;1;-31;;1;744;649;112;;ggc ;0;310;7;4;31;4;5;-32;;4;16s 23s;;35;;ggc ;0;320;4;5;32;6;0;-33;;0;2* 203;;**;;ccg ;0;330;2;11;33;5;7;-34;;0;23s 5s;;35;;gaa ;0;340;3;2;34;1;4;-35;;1;4* 69;;9;;tca ;0;350;2;4;35;3;4;-36;;0;;;3;;atgf ;0;360;4;7;36;1;3;-37;;2;;;6;;gac ;0;370;2;4;37;2;6;-38;;1;;;7;;ttc ;0;380;1;7;38;1;2;-39;;0;;;4;;tac ;0;390;4;3;39;0;2;-40;;0;;;12;;tgg ;0;400;0;2;40;4;3;-41;;0;;;7;;cac ;0;reste;27;25;reste;431;762;-42;;0;;;23;;caa 15;15;total;483;1248;total;483;1248;-43;;0;;;40;;tgc 15;15;diagr;454;1207;diagr;50;470;-44;;1;;;**;;ttg 0;0; t30;23;434;;;;-45;;0;;;6;;tca ;;;;;;;;-46;;1;;;7;;gac ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;6;;;4;;cac ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;**;;gta ;x;481;15;2;498;;;-49;;0;;;5;;gta ;c;1232;272;16;1520;;;-50;1;3;;;**;;gaa ;;;;;2018;152;;reste;;0;;;8;;cgt ;;;;;;2170;;total;15;272;;;**;;cca </pre> =====lam autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_autres_intercalaires_aas|lam autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;lam;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;19323;20024;163;*; ;;tRNA;20188;20261;222;*;act fin;;CDS;20484;21764;;; deb;;CDS;56117;56530;562;*; ;;rRNA;57093;58656;133;*;1564 ;;tRNA;58790;58864;52;*;atc ;;tRNA;58917;58989;118;*;gca ;;rRNA;59108;62015;69;*;2908 ;;rRNA;62085;62201;13;*;117 ;;tRNA;62215;62287;85;*;aac fin;comp;CDS;62373;63296;;0; deb;comp;CDS;78479;79216;169;*; ;comp;tRNA;79386;79458;114;*;aag deb;comp;CDS;79573;79794;118;*; ;comp;tRNA;79913;79985;135;*;aag fin;;CDS;80121;80837;;; deb;comp;CDS;108050;109663;110;*; ;comp;regulatory;109774;109947;47;*; fin;comp;CDS;109995;110627;;0; deb;;CDS;193447;193782;139;*; ;;tRNA;193922;193994;71;*;acc fin;;CDS;194066;195379;;; deb;;CDS;210147;210809;59;*; ;comp;tRNA;210869;210939;41;*;ggg fin;comp;CDS;210981;211580;;0; deb;;CDS;213163;213804;53;*; ;;regulatory;213858;214021;76;*; fin;;CDS;214098;216761;;; deb;comp;CDS;243078;243656;73;*; ;comp;regulatory;243730;243827;60;*; fin;comp;CDS;243888;244490;;1; deb;comp;CDS;287010;287465;212;*; ;;tRNA;287678;287752;111;*;ggc ;;tRNA;287864;287935;112;*;ggc ;;tRNA;288048;288122;35;*;ggc ;;tRNA;288158;288231;76;*;ccg fin;;CDS;288308;288763;;; deb;comp;CDS;363306;363677;90;*; ;;misc_f;363768;363889;43;*; fin;;CDS;363933;364445;;; deb;;CDS;366810;367316;45;*; ;;ncRNA;367362;367456;54;*; fin;;CDS;367511;369319;;; deb;comp;CDS;445892;446887;513;*; ;;rRNA;447401;448964;133;*;1564 ;;tRNA;449098;449172;52;*;atc ;;tRNA;449225;449297;118;*;gca ;;rRNA;449416;452323;69;*;2908 ;;rRNA;452393;452509;4;*;117 ;;tRNA;452514;452586;2;*;gta ;;tRNA;452589;452661;13;*;aaa ;;tRNA;452675;452756;23;*;cta ;;tRNA;452780;452852;10;*;aca ;;tRNA;452863;452934;11;*;ggc ;;tRNA;452946;453031;8;*;tta ;;tRNA;453040;453113;5;*;cgt ;;tRNA;453119;453192;29;*;cca ;;tRNA;453222;453295;12;*;atgj ;;tRNA;453308;453381;27;*;atgi ;;tRNA;453409;453482;3;*;atgf ;;tRNA;453486;453559;6;*;gac ;;tRNA;453566;453638;19;*;ttc ;;tRNA;453658;453728;5;*;gga ;;tRNA;453734;453808;2;*;atc ;;tRNA;453811;453900;168;*;agc fin;;CDS;454069;454491;;; deb;;CDS;454491;457388;222;*; ;;tRNA;457611;457682;35;*;gaa ;;tRNA;457718;457804;9;*;tca ;;tRNA;457814;457887;3;*;atgf ;;tRNA;457891;457964;6;*;gac ;;tRNA;457971;458043;7;*;ttc ;;tRNA;458051;458132;4;*;tac ;;tRNA;458137;458207;12;*;tgg ;;tRNA;458220;458292;7;*;cac ;;tRNA;458300;458371;23;*;caa ;;tRNA;458395;458465;40;*;tgc ;;tRNA;458506;458590;121;*;ttg fin;;CDS;458712;459875;;; deb;;CDS;467495;468823;744;*; ;;rRNA;469568;471131;203;*;1564 ;;rRNA;471335;474242;69;*;2908 ;;rRNA;474312;474428;13;*;117 ;;tRNA;474442;474514;337;*;aac fin;;CDS;474852;475862;;; deb;;CDS;507082;507630;57;*; ;;tRNA;507688;507760;59;*;acg fin;comp;CDS;507820;509192;;0; deb;;CDS;526021;526704;181;*; ;;tRNA;526886;526957;278;*;caa fin;;CDS;527236;528015;;; deb;;CDS;528027;528719;574;*; ;;regulatory;529294;529457;80;*; fin;;CDS;529538;532225;;; deb;comp;CDS;546953;548239;77;*; ;comp;regulatory;548317;548377;91;*; fin;comp;CDS;548469;548831;;; deb;;CDS;551035;551484;65;*; ;;tRNA;551550;551631;34;*;tac ;;tRNA;551666;551737;202;*;caa fin;;CDS;551940;553055;;; deb;;CDS;566792;567247;81;*; ;;tRNA;567329;567413;86;*;ctt fin;;CDS;567500;568147;;; deb;;CDS;582725;583225;101;*; ;;tRNA;583327;583413;6;*;tca ;;tRNA;583420;583493;7;*;gac ;;tRNA;583501;583576;4;*;cac ;;tRNA;583581;583653;71;*;gta fin;;CDS;583725;585191;;0; deb;;CDS;606557;608326;26;*; ;;regulatory;608353;608445;50;*; fin;;CDS;608496;609074;;; deb;comp;CDS;609745;610383;156;*; ;;misc_b;610540;610782;243;*; fin;;CDS;611026;611766;;; deb;;CDS;640648;641976;57;*; ;;tRNA;642034;642106;39;*;agg fin;comp;CDS;642146;642334;;0; deb;;CDS;728387;729252;117;*; ;comp;tRNA;729370;729441;239;*;cgg fin;;CDS;729681;730712;;; deb;;CDS;770203;771387;52;*; ;;tmRNA;771440;771806;177;*; fin;;CDS;771984;772877;;; deb;comp;CDS;783691;784704;88;*; ;;tRNA;784793;784864;33;*;gag fin;;CDS;784898;784993;;0; deb;comp;CDS;877491;878846;218;*; ;;regulatory;879065;879235;91;*; fin;;CDS;879327;880637;;; deb;comp;CDS;916780;917757;129;*; ;;tRNA;917887;917975;134;*;tcg fin;;CDS;918110;919498;;; deb;comp;CDS;923642;924574;136;*; ;;misc_b;924711;924950;42;*; fin;;CDS;924993;925847;;; deb;;CDS;982901;983617;27;*; ;;regulatory;983645;983759;77;*; fin;;CDS;983837;984526;;; deb;comp;CDS;1011692;1012501;102;*; ;;regulatory;1012604;1012662;43;*; fin;;CDS;1012706;1013095;;; deb;;CDS;1095103;1095633;116;*; ;;misc_b;1095750;1096001;60;*; fin;;CDS;1096062;1097180;;; deb;;CDS;1152540;1155044;66;*; ;;misc_b;1155111;1155358;64;*; fin;;CDS;1155423;1156802;;; deb;comp;CDS;1212112;1213236;72;*; ;comp;ncRNA;1213309;1213675;26;*; fin;comp;CDS;1213702;1214121;;; deb;;CDS;1322695;1324020;55;*; ;;misc_b;1324076;1324319;57;*; fin;;CDS;1324377;1325738;;0; deb;comp;CDS;1449420;1449731;14;*; ;comp;misc_f;1449746;1449826;68;*; fin;comp;CDS;1449895;1451271;;0; deb;comp;CDS;1455677;1456573;150;*; ;;tRNA;1456724;1456800;99;*;aga fin;comp;CDS;1456900;1458480;;; deb;comp;CDS;1593167;1594216;37;*; ;comp;misc_b;1594254;1594461;38;*; fin;comp;CDS;1594500;1594850;;; deb;comp;CDS;1606331;1606858;26;*; ;comp;misc_f;1606885;1606996;53;*; fin;comp;CDS;1607050;1608747;;; deb;comp;CDS;1679837;1681135;82;*; ;;tRNA;1681218;1681301;161;*; fin;;CDS;1681463;1681780;;;ctg deb;comp;CDS;1706640;1707839;-3;*; ;comp;regulatory;1707837;1707930;67;*; ;comp;tRNA;1707998;1708070;5;*;gta ;comp;tRNA;1708076;1708147;141;*;gaa deb;comp;CDS;1708289;1709176;107;*; ;comp;tRNA;1709284;1709374;10;*;tcc ;comp;tRNA;1709385;1709457;13;*;aac ;;rRNA;1709471;1709587;69;*;117 ;;rRNA;1709657;1712564;203;*;2908 ;;rRNA;1712768;1714331;649;*;1564 fin;comp;CDS;1714981;1716288;;; deb;comp;CDS;1765715;1766362;152;*; ;comp;misc_b;1766515;1766748;43;*; fin;comp;CDS;1766792;1769098;;0; deb;;CDS;1985984;1986976;213;*; ;;tRNA;1987190;1987263;8;*;cgt ;;tRNA;1987272;1987345;58;*;cca deb;comp;CDS;1987404;1988462;121;*; ;;misc_b;1988584;1988828;71;*; fin;;CDS;1988900;1989913;;0; deb;;CDS;2017560;2019416;56;*; ;;misc_f;2019473;2019530;40;*; fin;;CDS;2019571;2020740;;; deb;;CDS;2039362;2040669;131;*; ;;regulatory;2040801;2040898;72;*; fin;;CDS;2040971;2042281;;; deb;;CDS;2043158;2043412;56;*; ;;misc_b;2043469;2043702;76;*; fin;;CDS;2043779;2045407;;0; </pre> ===ppm=== ====opérons==== =====ppm chromosome===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm opérons|ppm opérons]] *Chromosome<br> <pre> 45.5%GC;26.7.19 Paris;16s 13;110;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;; ;10545..11633;;CDS;;327;327;;;363; ;11961..13519;;16s;;280;;;;; ;13800..16728;;23s;;143;;;;; ;16872..16988;;5s;;232;232;;;;232 ;17221..17640;;CDS;;93 855;;;;140; ;;;;;;;;;; comp;111496..112530;;CDS;;616;;;;345; ;113147..114705;;16s;;207;;;;; ;114913..117843;;23s;;76;;;;; ;117920..118036;;5s;;343;343;;;; ;118380..119837;;CDS;;3 348;;;;486; ;;;;;;;;;; ;123186..124469;;CDS;;90;90;;;428;90 ;124560..124648;;tca;;145;145;;;; ;124794..125135;;CDS;;55 592;;;;114; ;;;;;;;;;; ;180728..181003;;CDS;;412;;;;92; ;181416..182974;;16s;;108;;;;; ;183083..183199;;5s;@1;39;;;;; ;183239..183315;;atc;;20;;;20;; ;183336..183411;;gca;;128;;;;; ;183540..186468;;23s;;130;;;;; ;186599..186690;;agc;;28;;;28;; ;186719..186795;;atgj;;10;;;10;; ;186806..186881;;gta;;4;;;4;; ;186886..186961;;aca;;19;;;19;; ;186981..187057;;gac;;77;;;77;; ;187135..187210;;ttc;;6;;;6;; ;187217..187302;;tac;;7;;;7;; ;187310..187385;;aaa;;154;154;;;;154 ;187540..188682;;CDS;;24 062;;;;381; ;;;;;;;;;; comp;212745..213341;;CDS;;211;211;;;199;211 comp;213553..213624;;cgg;;259;259;;;; ;213884..214921;;CDS;;238 832;;;;346; ;;;;;;;;;; ;453754..455364;;CDS;;392;;;;537; ;455757..457315;;16s;;207;;;;; ;457523..460453;;23s;;76;;;;; ;460530..460646;;5s;;34;;;;; ;460681..460757;;atc;;22;;;22;; ;460780..460855;;gca;;4;;;4;; ;460860..460935;;aac;;34;;;34;; ;460970..461043;;atgj;;3;;;3;; ;461047..461138;;agc;;31;;;31;; ;461170..461241;;gaa;;6;;;6;; ;461248..461323;;gta;;10;;;10;; ;461334..461407;;atgf;;25;;;25;; ;461433..461509;;gac;;50;;;50;; ;461560..461635;;ttc;;22;;;22;; ;461658..461733;;aca;;5;;;5;; ;461739..461824;;tac;;16;;;16;; ;461841..461913;;cac;;18;;;18;; ;461932..462006;;caa;;4;;;4;; ;462011..462086;;aaa;;15;;;15;; ;462102..462189;;ctg;;6;;;6;; ;462196..462270;;ggc;;10;;;10;; ;462281..462351;;tgc;;26;;;26;; ;462378..462454;;cgt;;22;;;22;; ;462477..462550;;cca;;9;;;9;; ;462560..462630;;gga;;204;204;;;;204 comp;462835..463938;;CDS;;1 537;;;;368; ;;;;;;;;;; ;465476..466216;;CDS;;524;;;;247; ;466741..468299;;16s;;207;;;;; ;468507..471434;;23s;;76;;;;; ;471511..471627;;5s;;629;;;;; ;472257..473588;;CDS;;103 459;;;;444; ;;;;;;;;;; ;577048..577794;;CDS;;1 116;;;;249; ;578911..580469;;16s;;207;;;;; ;580677..583607;;23s;;76;;;;; ;583684..583800;;5s;;82;;;;; ;583883..583958;;gca;;4;;;4;; ;583963..584038;;aac;;3;;;3;; ;584042..584133;;tcc;;19;;;19;; ;584153..584224;;gaa;;9;;;9;; ;584234..584309;;gta;;29;;;29;; ;584339..584412;;atgf;;25;;;25;; ;584438..584514;;gac;;13;;;13;; ;584528..584603;;aca;;4;;;4;; ;584608..584693;;tac;;102;;;102;; ;584796..584870;;caa;;4;;;4;; ;584875..584950;;aaa;;12;;;12;; ;584963..585043;;cta;;10;;;10;; ;585054..585128;;ggc;;5;;;5;; ;585134..585210;;cgt;;12;;;12;; ;585223..585302;;ttg;;7;;;7;; ;585310..585386;;cca;;7;;;7;; ;585394..585464;;gga;;1 133;;;;; ;586598..587560;;CDS;;22 016;;;;321; ;;;;;;;;;; ;609577..609924;;CDS;;73;73;;;116;73 ;609998..610069;;acg;;1 613;;;;; comp;611683..612030;;CDS;;140 810;;;;116; ;;;;;;;;;; ;752841..754124;;CDS;;611;;;;428; ;754736..756294;;16s;;208;;;;; ;756503..759431;;23s;;75;;;;; ;759507..759623;;5s;;183;183;;;;183 comp;759807..760232;;CDS;;173 078;;;;142; ;;;;;;;;;; ;933311..934681;;CDS;;449;;;;457; ;935131..936689;;16s;;221;;;;; ;936911..939839;;23s;;76;;;;; ;939916..940032;;5s;;216;216;;;;216 ;940249..941241;;CDS;;521 183;;;;331; ;;;;;;;;;; ;1462425..1462937;;CDS;;44;44;;;171;44 ;1462982..1463057;;aac;;1;;1;;; ;1463059..1463147;;agc;;122;122;;;; comp;1463270..1464145;;CDS;;74;;;;292; ;;;;;;;;;; comp;1464220..1464981;;CDS;;246;246;;;254; ;1465228..1465299;;gaa;;86;;86;;; ;1465386..1465461;;aaa;;15;;15;;; ;1465477..1465562;;ctc;;162;162;;;;162 ;1465725..1466180;;CDS;;1 667;;;;152; ;;;;;;;;;; comp;1467848..1468585;;CDS;;262;262;;;246; ;1468848..1468930;;ctc;;148;148;;;;148 comp;1469079..1469564;;CDS;;112 990;;;;162; ;;;;;;;;;; ;1582555..1583361;;CDS;;490;;;;269; ;1583852..1583925;;ccc;;244;244;;;; comp;1584170..1585441;;CDS;;32 099;;;;424; ;;;;;;;;;; ;1617541..1619682;;CDS;;107;107;;;714;107 ;1619790..1619860;;gga;;265;265;;;; ;1620126..1621163;;CDS;;254 529;;;;346; ;;;;;;;;;; ;1875693..1876160;;CDS;;129;129;;;156;129 ;1876290..1876365;;gcc;;11;;11;;; ;1876377..1876449;;aag;;520;;;;; comp;1876970..1877974;;CDS;;55 215;;;;335; ;;;;;;;;;; comp;1933190..1933630;;CDS;;381;;;;147; ;1934012..1934096;;ctg;;91;91;;;;91 comp;1934188..1934718;;CDS;;74 847;;;;177; ;;;;;;;;;; comp;2009566..2010102;;CDS;;222;222;;;179; ;2010325..2010409;;ctg;;213;213;;;; ;2010623..2011135;;CDS;;432 608;;;;171; ;;;;;;;;;; ;2443744..2448333;;CDS;;540;;;;1530; ;2448874..2450432;;16s;;400;;;;; ;2450833..2453761;;23s;;143;;;;; ;2453905..2454021;;5s;;236;236;;;;236 comp;2454258..2455367;;CDS;;186 804;;;;370; ;;;;;;;;;; ;2642172..2643329;;CDS;;426;;;;386; ;2643756..2645314;;16s;;343;;;;; ;2645658..2648586;;23s;;144;;;;; ;2648731..2648847;;5s;;156;156;;;;156 ;2649004..2649228;;CDS;;884 577;;;;75; ;;;;;;;;;; comp;3533806..3534249;;CDS;;139;139;;;148;139 ;3534389..3534460;;gtc;;279;279;;;; comp;3534740..3535069;;CDS;;103 837;;;;110; ;;;;;;;;;; ;3638907..3639338;;CDS;;728;;;;144; comp;3640067..3640152;;tta;;249;249;;;;249 ;3640402..3640560;;CDS;;28 092;;;;53; ;;;;;;;;;; ;3668653..3669450;;CDS;;247;247;;;266; comp;3669698..3669766;;atg;;267;267;;;; comp;3670034..3670234;;CDS;;54 456;;;;67; ;;;;;;;;;; ;3724691..3725086;;CDS;;122;122;;;132;122 comp;3725209..3725282;;atgi;;435;;;;; comp;3725718..3726359;;CDS;;612 148;;;;214; ;;;;;;;;;; comp;4338508..4339209;;CDS;;107;107;;;234;107 comp;4339317..4339390;;cca;;7;;;7;; comp;4339398..4339477;;ttg;;12;;;12;; comp;4339490..4339566;;cgt;;5;;;5;; comp;4339572..4339646;;ggc;;35;;;35;; comp;4339682..4339757;;aaa;;28;;;28;; comp;4339786..4339862;;gac;;26;;;26;; comp;4339889..4339965;;atgf;;30;;;30;; comp;4339996..4340071;;gta;;9;;;9;; comp;4340081..4340152;;gaa;;17;;;17;; comp;4340170..4340261;;tcc;;3;;;3;; comp;4340265..4340340;;aac;;18;;;;; comp;4340359..4340475;;5s;;76;;;;; comp;4340552..4343482;;23s;;400;;;;; comp;4343883..4345441;;16s;;493;;;;; comp;4345935..4347563;;CDS;;46 596;;;;543; ;;;;;;;;;; comp;4394160..4395092;;CDS;;238;238;;;311; ;4395331..4395404;;aga;;214;214;;;; ;4395619..4396383;;CDS;;49 894;;;;255; ;;;;;;;;;; ;4446278..4447621;;CDS;;207;207;;;448; comp;4447829..4447902;;aga;;174;174;;;; ;4448077..4448370;;CDS;;256 556;;;;98; ;;;;;;;;;; ;4704927..4705187;;CDS;;361;;;;87; comp;4705549..4705627;;ttg;;11;;11;;; comp;4705639..4705713;;tgc;;11;;11;;; comp;4705725..4705796;;ggc;;6;;6;;; comp;4705803..4705877;;caa;;9;;9;;; comp;4705887..4705959;;cac;;17;;17;;; comp;4705977..4706050;;tgg;;7;;7;;; comp;4706058..4706143;;tac;;4;;4;;; comp;4706148..4706223;;aca;;22;;22;;; comp;4706246..4706318;;ttc;;35;;35;;; comp;4706354..4706430;;gac;;15;;15;;; comp;4706446..4706522;;atgf;;25;;25;;; comp;4706548..4706623;;gta;;58;;58;;; comp;4706682..4706753;;gaa;;17;;17;;; comp;4706771..4706862;;tcc;;3;;3;;; comp;4706866..4706941;;aac;;326;326;;;; comp;4707268..4707597;;CDS;;279 544;;;;110; ;;;;;;;;;; comp;4987142..4989934;;CDS;;726;;;;931; comp;4990661..4990731;;gga;;9;;;9;; comp;4990741..4990814;;cca;;22;;;22;; comp;4990837..4990913;;cgt;;5;;;5;; comp;4990919..4990993;;ggc;;10;;;10;; comp;4991004..4991084;;cta;;11;;;11;; comp;4991096..4991171;;aaa;;4;;;4;; comp;4991176..4991250;;caa;;55;;;55;; comp;4991306..4991381;;gta;;11;;;11;; comp;4991393..4991464;;gaa;;11;;;11;; comp;4991476..4991548;;acc;;3;;;3;; comp;4991552..4991627;;aac;;18;;;;; comp;4991646..4991762;;5s;;76;;;;; comp;4991839..4994768;;23s;;129;;;;; comp;4994898..4994973;;gca;;20;;;20;; comp;4994994..4995070;;atc;;38;;;;; comp;4995109..4995225;;5s;;93;;;;; comp;4995319..4996877;;16s;;367;;;;; comp;4997245..4997475;;CDS;;60 140;;;;77; ;;;;;;;;;; comp;5057616..5058803;;CDS;;163;163;;;396;163 comp;5058967..5059083;;5s;;76;;;;; comp;5059160..5062089;;23s;;185;;;;; comp;5062275..5062350;;gca;;89;;;;; comp;5062440..5063998;;16s;;380;;;;; comp;5064379..5066394;;CDS;;647 899;;;;672; ;;;;;;;;;; ;5714294..5714611;;CDS;;206;206;;;106; comp;5714818..5714908;;tcg;;77;77;;;;77 comp;5714986..5715210;;CDS;;;;;;75; </pre> =====ppm plasmide===== *Plasmide<br> <pre> plasmide;pSC2;37.6%GC;51;;;;;;; ;;;;;;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé ;3920..4174;;CDS;;536;536;;;85; ;4711..4803;;agc;+;5;;5;;; ;4809..4883;;tgc;3 aac;63;;63;;; ;4947..5021;;gaa;2 atc;7;;7;;; ;5029..5105;;ctt;2 caa;6;;6;;; ;5112..5186;;cca;2 cca;101;;101;;; ;5288..5361;;tgg;2 cga;4;;4;;; ;5366..5444;;tac;2 gaa;4;;4;;; ;5449..5522;;caa;2 tac;6;;6;;; ;5529..5605;;cac;3 tgg;5;;5;;; ;5611..5686;;gac;;125;;125;;; ;5812..5887;;gga;;10;;10;;; ;5898..5973;;aac;@1;4;;4;;; ;5978..6066;;tac;ctt;9;;9;;; ;6076..6153;;ata;ata;4;;4;;; ;6158..6231;;caa;;4;;4;;; ;6236..6311;;atgi;;5;;5;;; ;6317..6392;;aac;;4;;4;;; ;6397..6470;;tgg;;131;;131;;; ;6602..6678;;gaa;;5;;5;;; ;6684..6757;;ggc;;55;;55;;; ;6813..6885;;ttc;;22;;22;;; ;6908..6983;;cga;;4;;4;;; ;6988..7065;;cca;;5;;5;;; ;7071..7155;;ttg;;5;;5;;; ;7161..7235;;atc;;5;;5;;; ;7241..7317;;atgf;;5;;5;;; ;7323..7398;;gca;;109;;109;;; ;7508..7584;;cga;;3;;3;;; ;7588..7668;;cta;;13;;13;;; ;7682..7758;;atc;;8;;8;;; ;7767..7841;;aac;;4;;4;;; ;7846..7919;;tgg;;33;33;;;;33 ;7953..8324;;CDS;@4;-24;-24;;;124; ;8301..8378;;gac;;8;;8;;; ;8387..8473;;tac;;86;;86;;; ;8560..8632;;aaa;;14;;14;;; ;8647..8720;;gga;;4;;4;;; ;8725..8800;;ttc;;7;;7;;; ;8808..8882;;acg;@2;100;100;;;; comp;8983..9600;;CDS;acg;89;89;;;206; ;9690..9771;;tta;;3;;3;;; ;9775..9849;;aca;;35;35;;;;35 comp;9885..10169;;CDS;;150;;;;95; ;;;;;;;;;; comp;10320..10622;;CDS;;116;116;;;101; ;10739..10813;;aca;;18;18;;;;18 comp;10832..11146;;CDS;;216;;;;105; ;;;;;;;;;; comp;11363..11599;;CDS;;94;94;;;79;94 ;11694..11768;;aga;;103;103;;;; ;11872..12312;;CDS;;195;;;;147; ;;;;;;;;;; comp;12508..12756;;CDS;;293;293;;;83; ;13050..13126;;atc;;72;72;;;;72 ;13199..14083;;CDS;;226;226;;;295; ;;;;;;;;;; ;14310..14385;;tcg;+;8;;8;;; ;14394..14481;;tcc;2 tcg;7;;7;;; ;14489..14563;;ctt;@3;3;;3;;; ;14567..14654;;tcg;tcg;5;;5;;; ;14660..14751;;tca;ctt;119;119;;;;119 ;14871..15080;;CDS;;212044;;;;70; ;;;;;;;;;; comp;227125..227388;;CDS;;444;444;;;88; comp;227833..227903;;gga;;248;248;;;;248 comp;228152..228391;;CDS;;1401;;;;80; ;;;;;;;;;; comp;229793..229999;;CDS;;24;24;;;69;24 comp;230024..230108;;tca;;289;289;;;; comp;230398..230640;;CDS;;231;;;;81; ;;;;;;;;;; comp;230872..231393;;CDS;;161;161;;;174;161 comp;231555..231640;;tta;;977;977;;;; ;232618..233067;;CDS;;277050;;;;150; ;510118..1;;;;;;;;; </pre> =====ppm plasmide MAJ===== <pre> plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2 MAJ;;;plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2;;; 23.10.19 Tanger;;;;;;26.7.19 Paris;;;; ;;49 aas;doubles;intercalaires;;;;51 aas;doubles;intercalaires 3920..4174;;cds hp;;;;3920..4174;;CDS;;536 4711..4803;;agc;+;;;4711..4803;;agc;+;5 4809..4883;;tgc;3 aac;;;4809..4883;;tgc;3 aac;63 4947..5021;;gaa;2 atc;;;4947..5021;;gaa;2 atc;7 5029..5105;;ctt;2 cca;;;5029..5105;;ctt;2 caa;6 5112..5186;;cca;2 cga;;;5112..5186;;cca;2 cca;101 5288..5361;;tgg;2 gaa;;;5288..5361;;tgg;2 cga;4 5366..5441;;tat;3 tgg;7;;5366..5444;;tac;2 gaa;4 5449..5522;;caa;;;;5449..5522;;caa;2 tac;6 5529..5605;;cac;;;;5529..5605;;cac;3 tgg;5 5611..5686;;gac;;;;5611..5686;;gac;;125 5812..5887;;gga;;;;5812..5887;;gga;;10 5898..5973;;aac;@1;;;5898..5973;;aac;@1;4 5978..6066;;tac;ctt;;;5978..6066;;tac;ctt;9 6076..6153;;ata;ata;82;;6076..6153;;ata;ata;4 ;;****;tat;;;6158..6231;;caa;;4 6236..6311;;atgi;;;;6236..6311;;atgi;;5 6317..6392;;aac;;;;6317..6392;;aac;;4 6397..6470;;tgg;;;;6397..6470;;tgg;;131 6602..6678;;gaa;;;;6602..6678;;gaa;;5 6684..6757;;ggc;;;;6684..6757;;ggc;;55 6813..6885;;ttc;;;;6813..6885;;ttc;;22 6908..6980;;cga;;7;;6908..6983;;cga;;4 6988..7065;;cca;;;;6988..7065;;cca;;5 7071..7155;;ttg;;;;7071..7155;;ttg;;5 7161..7235;;atc;;4;;7161..7235;;atc;;5 7240..7317;;atgf;;;;7241..7317;;atgf;;5 7323..7398;;gca;;;;7323..7398;;gca;;109 7508..7584;;cga;;;;7508..7584;;cga;;3 7588..7668;;cta;;;;7588..7668;;cta;;13 7682..7758;;atc;;;;7682..7758;;atc;;8 7767..7841;;aac;;;;7767..7841;;aac;;4 7846..7919;;tgg;;;;7846..7919;;tgg;;33 7953..8324;;cds hp;;;;7953..8324;;CDS;@4;-24 8301..8378;;gac;;;;8301..8378;;gac;;8 8387..8473;;tac;;;;8387..8473;;tac;;86 8560..8632;;aaa;;;;8560..8632;;aaa;;14 8647..8720;;gga;;;;8647..8720;;gga;;4 8725..8800;;ttc;;;;8725..8800;;ttc;;7 8808..8882;;acg;@2;;;8808..8882;;acg;@2;100 8983..9600;;cds hp;acg;;comp;8983..9600;;CDS;acg;89 9690..9771;;tta;;;;9690..9771;;tta;;3 9775..9849;;aca;;;;9775..9849;;aca;;35 9885..10169;;cds hp;;;comp;9885..10169;;CDS;;150 ;;;;;;;;;; 10320..10622;;cds hp;;;comp;10320..10622;;CDS;;116 10739..10813;;aca;;;;10739..10813;;aca;;18 10832..11146;;cds hp;;;comp;10832..11146;;CDS;;216 ;;;;;;;;;; 11363..11599;;cds hp;;;comp;11363..11599;;CDS;;94 11694..11765;;aga;;85;;11694..11768;;aga;;103 11851..12312;;cds rev-trans;;;;11872..12312;;CDS;;195 ;;;;;;;;;; 12508..12756;;cds trans-rg;;442;comp;12508..12756;;CDS;;293 ****;;****;;;;13050..13126;;atc;;72 13199..14083;;cds hp;;;;13199..14083;;CDS;;226 ;;;;;;;;;; 14310..14385;;tcg;+;;;14310..14385;;tcg;+;8 14394..14481;;tcc;2 tcg;;;14394..14481;;tcc;2 tcg;7 14489..14560;;ctt;@3;6;;14489..14563;;ctt;@3;3 14567..14654;;tcg;tcg;;;14567..14654;;tcg;tcg;5 14660..14751;;tca;ctt;;;14660..14751;;tca;ctt;119 14871..15080;;cds hp;;;;14871..15080;;CDS;;212044 ;;;;;;;;;; 227125..227388;;cds hp;;;comp;227125..227388;;CDS;;444 227833..227903;;gga;;;comp;227833..227903;;gga;;248 228152..228391;;cds hp;;;comp;228152..228391;;CDS;;1401 ;;;;;;;;;; 229793..229999;;cds hp;;;comp;229793..229999;;CDS;;24 230024..230108;;tca;;783;comp;230024..230108;;tca;;289 ****;;****;;;comp;230398..230640;;CDS;;231 ;;;;;;;;;; 230872..231393;;;cds hp;;comp;230872..231393;;CDS;;161 231558..231640;;tta;;;comp;231555..231640;;tta;;977 232618..233067;;cds hp;;;;232618..233067;;CDS;;277050 510118..1;;;;;;510118..1;;;; </pre> ====ppm cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_cumuls|ppm cumuls]] *Chromosome<br> <pre> Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; ;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;; ;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd avec rRNA;opérons;13;1;1;0;1;0;100;8;5;40;0 ;16 23 5s 0;7;20;12;46;50;1;200;20;17;60;1 ;16 5 atc gca;2;40;3;15;100;4;300;10;6;80;2 ;16 23 5s a;3;60;1;2;150;8;400;13;9;100;2 ;max a;21;80;0;1;200;6;500;7;4;120;2 ;a doubles;0;100;1;0;250;15;600;2;0;140;3 ;16 gca 23 5s ;1;120;0;1;300;5;700;1;0;160;3 ;total aas;73;140;0;0;350;3;800;1;1;180;2 sans ;opérons;19;160;0;0;400;5;900;0;0;200;1 ;1 aa;15;180;0;0;450;4;1000;1;0;220;3 ;max a;15;200;0;0;500;2;1100;0;0;240;2 ;a doubles;0;;0;0;;11;;1;0;;1 ;total aas;37;;18;65;;64;;64;42;;22 total aas;;110;moyenne;20;17;;193;;292;229;;150 remarques;;1;variance;21;17;;73;;234;123;;58 jaune;;;;;;;sans;;;sans;; </pre> *Plasmide<br> <pre> Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;; plasmide;;;;;;;;;;;; ;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;; ;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd avec rRNA;opérons;0;1;0;;1;1;60;0;;40;4 ;16 23 5s 0;;20;33;;50;4;80;4;;60;0 ;16 5 atc gca;;40;1;;100;4;100;5;;80;1 ;16 23 5s a;;60;1;;150;3;120;2;;100;1 ;max a;;80;1;;200;1;140;1;;120;1 ;a doubles;;100;1;;250;2;160;2;;140;0 ;16 gca 23 5s ;;120;2;;300;2;180;1;;160;0 ;total aas;;140;2;;350;0;200;0;;180;1 sans ;opérons;10;160;0;;400;0;220;1;;200;0 ;1 aa;6;180;0;;450;1;240;0;;220;0 ;max a;32;200;0;;500;0;260;0;;240;0 ;a doubles;2;;0;;;2;;1;;;1 ;total aas;51;;41;;;20;;17;;;9 total aas;;51;moyenne;6;;;126;;102;;;89 remarques;;3;variance;3;;;92;;32;;;77 ;jaune;;;sans;;;sans;;sans;;; </pre> ====ppm blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_blocs|ppm blocs]] <pre> ppm blocs;;;;;;; cds;392;;cds;1116;;cds;493 $16s;207;;$16s;207;;$16s;400 $23s;76;;$23s;76;;$23s;76 $5s;34;;$5s;82;;$5s;18 atc;22;;gca;4;;aac;3 19aas;*;;15aas;*;;9aas;* gga;'''204’;;gga;1133;;cca;107 cds;;;cds;;;cds; ;;;;;;; cds;367;;cds;412;;cds;380 $16s;93;;$16s;108;;$16s;89 $5s;38;;$5s;39;;gca;185 atc;20;;atc;20;;$23s;76 gca;129;;gca;128;;$5s;163 $23s;76;;$23s;130;;cds; $5s;18;;agc;28;;; aac;3;;6aas;*;;; 9aas;*;;aaa;154;;; gga;726;;cds;;;; cds;;;;;;; ;;;;;;; cds;327;'''616’;524;611;449;540;426 $16s;280;207;207;208;221;400;343 $23s;143;76;76;75;76;143;144 $5s;232;343;629;'''183’;216;'''236’;156 cds;;;;;;; ;;;;;;; $5s;constant;39 aas;117 pbs;;;; </pre> ====ppm distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_distribution|ppm distribution]] *Chromosome <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;2;tac;3;tgc;1 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;4;agc;2 ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;4 gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;4 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;5;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;2;gaa;4;gga;3 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;;;;;;;;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ppm;;15;;;;;15;;ppm;22;;;;;;22;;;;;;;;;;;ppm;;;;68;;;68 </pre> *Plasmide <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;3;tgc;1 atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;3;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;2 gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;2;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ppm;;6;;;;;6;;ppm;45;;;;;;45 </pre> ====ppm données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_données_intercalaires|ppm données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ppm;fx;fc;ppm;fx40;fc40;ppm;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;19;0;0;19;-1;0;59;90;259;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;16;226;1;0;46;-2;0;0;145;204;98;;gca;28;;agc;7;;cca ;0;20;20;240;2;2;33;-3;0;0;157;94;tRNA 23s;;;10;;atgj;12;;ttg ;0;30;11;212;3;0;22;-4;7;229;226;122;129;;gca;4;;gta;5;;cgt ;0;40;16;141;4;2;28;-5;0;0;1133;246;130;;gca;19;;aca;38;;ggc ;1;50;22;136;5;4;25;-6;0;0;73;262;186;;gca;77;;gac;28;;aaa ;0;60;16;103;6;3;17;-7;0;6;44;148;5s tRNA;;;9;;ttc;26;;gac ;0;70;33;103;7;0;14;-8;2;76;165;130;39;;atc;7;;tac;30;;atgf ;2;80;46;105;8;3;12;-9;1;0;107;244;34;;atc;**;;aaa;9;;gta ;1;90;60;114;9;0;13;-10;1;4;265;520;82;;gca;22;;atc;17;;gaa 2;0;100;49;98;10;2;16;-11;2;27;129;381;2* 18;;aac;4;;gca;3;;tcc ;2;110;51;110;11;3;12;-12;1;0;213;91;38;;atc;34;;aac;**;;aac ;0;120;58;96;12;2;31;-13;1;1;270;222;23s tRNA;;;3;;atgj;9;;gga 3;2;130;54;91;13;2;25;-14;0;22;123;139;131;;agc;31;;agc;22;;cca 1;0;140;45;93;14;2;30;-15;0;0;107;279;tRNA tRNA;;intra;6;;gaa;5;;cgt 1;1;150;53;69;15;2;23;-16;1;1;214;504;2* 20;;atc gca;10;;gta;10;;ggc ;1;160;43;87;16;2;29;-17;1;18;1861;249;tRNA tRNA;;;25;;atgf;11;;cta ;1;170;40;88;17;3;21;-18;0;0;2208;247;1;;aac;50;;gac;4;;aaa 1;0;180;29;79;18;1;22;-19;0;1;726;122;**;;agc;25;;ttc;55;;caa ;0;190;32;84;19;1;21;-20;1;15;77;238;86;;gaa;5;;aca;11;;gta ;0;200;35;74;20;2;26;-21;0;0;;207;15;;aaa;16;;tac;11;;gaa 3;0;210;40;54;21;1;20;-22;0;1;;174;**;;ctc;18;;cac;3;;acc ;2;220;35;56;22;0;21;-23;0;11;;206;11;;gcc;4;;caa;**;;aac 1;1;230;36;62;23;1;22;-24;0;1;CDS 16s;;**;;aag;15;;aaa;;; 1;0;240;28;45;24;0;19;-25;0;5;323;612;11;;ttg;6;;ctg;;; 4;0;250;37;44;25;3;16;-26;1;10;408;570;11;;tgc;10;;ggc;;; 1;0;260;16;36;26;0;24;-27;0;0;388;;6;;ggc;26;;tgc;;; 1;2;270;22;28;27;2;25;-28;0;1;520;;9;;caa;22;;cgt;;; 1;0;280;28;44;28;4;20;-29;0;6;607;;17;;cac;9;;cca;;; ;0;290;19;28;29;0;21;-30;0;0;445;;7;;tgg;**;;gga;;; ;0;300;20;22;30;0;24;-31;0;0;536;;4;;tac;4;;gca;;; ;0;310;15;23;31;3;14;-32;2;3;422;;22;;aca;3;;aac;;; ;0;320;14;20;32;1;19;-33;1;0;489;;35;;ttc;19;;tcc;;; ;0;330;10;21;33;2;16;-34;0;1;363;;15;;gac;9;;gaa;;; ;0;340;14;15;34;0;15;-35;0;4;376;;25;;atgf;29;;gta;;; ;0;350;12;22;35;1;14;-36;0;0;16s 23s;;58;;gta;25;;atgf;;; ;0;360;11;20;36;0;20;-37;0;0;290;;17;;gaa;13;;gac;;; ;0;370;11;8;37;2;8;-38;1;1;4* 217;;3;;tcc;4;;aca;;; ;0;380;6;14;38;3;14;-39;0;0;218;;**;;aac;102;;tac;;; 1;0;390;4;18;39;3;12;-40;0;2;231;;;;;4;;caa;;; ;0;400;9;7;40;1;9;-41;1;2;2* 410;;;;;12;;aaa;;; 2;4;reste;151;221;reste;1196;2338;-42;0;0;353;;;;;10;;cta;;; 23;20;total;1267;3176;total;1259;3176;-43;0;0;23s 5s;;;;;5;;ggc;;; 21;16;diagr;1116;2936;diagr;63;819;-44;0;4;6* 77;;;;;12;;cgt;;; 0;0; t30;47;678;;;;-45;1;0;3* 78;;;;;7;;ttg;;; ;;;;;;;;-46;0;0;144;;;;;7;;cca;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;2* 145;;;;;**;;gga;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;16s 5s;;;;;;;;;; ;x;1267;29;0;1296;;;-49;0;1;117;;;;;;;;;; ;c;3157;523;19;3699;;;-50;0;2;102;;;;;;;;;; ;;;;;4995;190;;reste;3;7;5s CDS;;;;;;;;;; ;;;;;;5185;;total;29;523;232;176;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;343;183;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;216;236;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;383;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;163;;;;;;;;;; </pre> =====ppm autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_autres_intercalaires_aas|ppm autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;ppm;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;10545;11633;323;*; ;;rRNA;11957;13510;290;*;1554 ;;rRNA;13801;16726;145;*;2926 ;;rRNA;16872;16988;232;*;117 fin;;CDS;17221;17640;;0; deb;comp;CDS;111496;112530;612;*; ;;rRNA;113143;114696;217;*;1554 ;;rRNA;114914;117842;77;*;2929 ;;rRNA;117920;118036;343;*;117 fin;;CDS;118380;119837;;; deb;;CDS;123186;124469;90;*; ;;tRNA;124560;124648;145;*;tca fin;;CDS;124794;125135;;; deb;;CDS;176747;176944;111;*; ;;ncRNA;177056;177322;155;*; fin;;CDS;177478;179229;;; deb;;CDS;180728;181003;408;*; ;;rRNA;181412;182965;117;*;1554 ;;rRNA;183083;183199;39;*;117 ;;tRNA;183239;183315;20;*;atc ;;tRNA;183336;183411;129;*;gca ;;rRNA;183541;186467;131;*;2927 ;;tRNA;186599;186690;28;*;agc ;;tRNA;186719;186795;10;*;atgj ;;tRNA;186806;186881;4;*;gta ;;tRNA;186886;186961;19;*;aca ;;tRNA;186981;187057;77;*;gac ;;tRNA;187135;187207;9;*;ttc ;;tRNA;187217;187302;7;*;tac ;;tRNA;187310;187382;157;*;aaa fin;;CDS;187540;188682;;; deb;comp;CDS;212745;213326;226;*; ;comp;tRNA;213553;213624;259;*;cgg fin;;CDS;213884;214921;;; deb;;CDS;224658;225137;255;*; ;;tmRNA;225393;225757;618;*; fin;;CDS;226376;227050;;; deb;;CDS;453754;455364;388;*; ;;rRNA;455753;457306;217;*;1554 ;;rRNA;457524;460452;77;*;2929 ;;rRNA;460530;460646;34;*;117 ;;tRNA;460681;460757;22;*;atc ;;tRNA;460780;460855;4;*;gca ;;tRNA;460860;460935;34;*;aac ;;tRNA;460970;461043;3;*;atgj ;;tRNA;461047;461138;31;*;agc ;;tRNA;461170;461241;6;*;gaa ;;tRNA;461248;461323;10;*;gta ;;tRNA;461334;461407;25;*;atgf ;;tRNA;461433;461509;50;*;gac ;;tRNA;461560;461632;25;*;ttc ;;tRNA;461658;461733;5;*;aca ;;tRNA;461739;461824;16;*;tac ;;tRNA;461841;461913;18;*;cac ;;tRNA;461932;462006;4;*;caa ;;tRNA;462011;462086;15;*;aaa ;;tRNA;462102;462189;6;*;ctg ;;tRNA;462196;462270;10;*;ggc ;;tRNA;462281;462351;26;*;tgc ;;tRNA;462378;462454;22;*;cgt ;;tRNA;462477;462550;9;*;cca ;;tRNA;462560;462630;204;*;gga fin;comp;CDS;462835;463938;;; deb;;CDS;465476;466216;520;*; ;;rRNA;466737;468290;217;*;1554 ;;rRNA;468508;471432;78;*;2925 ;;rRNA;471511;471627;176;*;117 fin;comp;CDS;471804;471962;;0; deb;comp;CDS;578235;578336;570;*; ;;rRNA;578907;580460;217;*;1554 ;;rRNA;580678;583605;78;*;2928 ;;rRNA;583684;583800;82;*;117 ;;tRNA;583883;583958;4;*;gca ;;tRNA;583963;584038;3;*;aac ;;tRNA;584042;584133;19;*;tcc ;;tRNA;584153;584224;9;*;gaa ;;tRNA;584234;584309;29;*;gta ;;tRNA;584339;584412;25;*;atgf ;;tRNA;584438;584514;13;*;gac ;;tRNA;584528;584603;4;*;aca ;;tRNA;584608;584693;102;*;tac ;;tRNA;584796;584870;4;*;caa ;;tRNA;584875;584950;12;*;aaa ;;tRNA;584963;585043;10;*;cta ;;tRNA;585054;585128;5;*;ggc ;;tRNA;585134;585210;12;*;cgt ;;tRNA;585223;585302;7;*;ttg ;;tRNA;585310;585386;7;*;cca ;;tRNA;585394;585464;1133;*;gga fin;;CDS;586598;587560;;0; deb;;CDS;609577;609924;73;*; ;;tRNA;609998;610069;94;*;acg fin;comp;CDS;610164;610445;;; deb;;CDS;752841;754124;607;*; ;;rRNA;754732;756285;218;*;1554 ;;rRNA;756504;759429;77;*;2926 ;;rRNA;759507;759623;183;*;117 fin;comp;CDS;759807;760232;;0; deb;;CDS;933311;934681;445;*; ;;rRNA;935127;936680;231;*;1554 ;;rRNA;936912;939838;77;*;2927 ;;rRNA;939916;940032;216;*;117 fin;;CDS;940249;941241;;; deb;;CDS;1462425;1462937;44;*; ;;tRNA;1462982;1463057;1;*;aac ;;tRNA;1463059;1463147;122;*;agc fin;comp;CDS;1463270;1464145;;; deb;comp;CDS;1464220;1464981;246;*; ;;tRNA;1465228;1465299;86;*;gaa ;;tRNA;1465386;1465461;15;*;aaa ;;tRNA;1465477;1465559;165;*;ctc fin;;CDS;1465725;1466180;;; deb;comp;CDS;1467848;1468585;262;*; ;;tRNA;1468848;1468930;148;*;ctc fin;comp;CDS;1469079;1469564;;0; deb;comp;CDS;1583500;1583721;130;*; ;;tRNA;1583852;1583925;244;*;ccc fin;comp;CDS;1584170;1585441;;0; deb;;CDS;1617541;1619682;107;*; ;;tRNA;1619790;1619860;265;*;gga fin;;CDS;1620126;1621163;;; deb;;CDS;1875693;1876160;129;*; ;;tRNA;1876290;1876365;11;*;gcc ;;tRNA;1876377;1876449;520;*;aag fin;comp;CDS;1876970;1877974;;; deb;comp;CDS;1933190;1933630;381;*; ;;tRNA;1934012;1934096;91;*;ctg fin;comp;CDS;1934188;1934718;;0; deb;;CDS;1982038;1982799;58;*; ;;ncRNA;1982858;1983052;216;*; fin;;CDS;1983269;1983661;;0; deb;comp;CDS;2009566;2010102;222;*; ;;tRNA;2010325;2010409;213;*;ctg fin;;CDS;2010623;2011135;;; deb;;CDS;2443744;2448333;536;*; ;;rRNA;2448870;2450423;410;*;1554 ;;rRNA;2450834;2453760;144;*;2927 ;;rRNA;2453905;2454021;236;*;117 fin;comp;CDS;2454258;2455367;;; deb;;CDS;2642172;2643329;422;*; ;;rRNA;2643752;2645305;353;*;1554 ;;rRNA;2645659;2648585;145;*;2927 ;;rRNA;2648731;2648847;383;*;117 fin;;CDS;2649231;2650082;;; deb;comp;CDS;3533806;3534249;139;*; ;;tRNA;3534389;3534460;279;*;gtc fin;comp;CDS;3534740;3535069;;; deb;;CDS;3639395;3639562;504;*; ;comp;tRNA;3640067;3640152;249;*;tta fin;;CDS;3640402;3640560;;; deb;;CDS;3668653;3669450;247;*; ;comp;tRNA;3669698;3669763;270;*;atgj fin;comp;CDS;3670034;3670234;;; deb;;CDS;3724691;3725086;122;*; ;comp;tRNA;3725209;3725282;123;*;atgi fin;comp;CDS;3725406;3725570;;; deb;;CDS;3796407;3797627;286;*; ;comp;ncRNA;3797914;3798312;79;*; fin;comp;CDS;3798392;3798958;;; deb;comp;CDS;4338508;4339209;107;*; ;comp;tRNA;4339317;4339390;7;*;cca ;comp;tRNA;4339398;4339477;12;*;ttg ;comp;tRNA;4339490;4339566;5;*;cgt ;comp;tRNA;4339572;4339646;38;*;ggc ;comp;tRNA;4339685;4339757;28;*;aaa ;comp;tRNA;4339786;4339862;26;*;gac ;comp;tRNA;4339889;4339965;30;*;atgf ;comp;tRNA;4339996;4340071;9;*;gta ;comp;tRNA;4340081;4340152;17;*;gaa ;comp;tRNA;4340170;4340261;3;*;tcc ;comp;tRNA;4340265;4340340;18;*;aac ;comp;rRNA;4340359;4340475;78;*;117 ;comp;rRNA;4340554;4343481;410;*;2928 ;comp;rRNA;4343892;4345445;489;*;1554 fin;comp;CDS;4345935;4347563;;; deb;comp;CDS;4394160;4395092;238;*; ;;tRNA;4395331;4395404;214;*;aga fin;;CDS;4395619;4396383;;0; deb;;CDS;4446278;4447621;207;*; ;comp;tRNA;4447829;4447902;174;*;aga fin;;CDS;4448077;4448370;;0; deb;comp;CDS;4703166;4703687;1861;*; ;comp;tRNA;4705549;4705627;11;*;ttg ;comp;tRNA;4705639;4705713;11;*;tgc ;comp;tRNA;4705725;4705796;6;*;ggc ;comp;tRNA;4705803;4705877;9;*;caa ;comp;tRNA;4705887;4705959;17;*;cac ;comp;tRNA;4705977;4706050;7;*;tgg ;comp;tRNA;4706058;4706143;4;*;tac ;comp;tRNA;4706148;4706223;22;*;aca ;comp;tRNA;4706246;4706318;35;*;ttc ;comp;tRNA;4706354;4706430;15;*;gac ;comp;tRNA;4706446;4706522;25;*;atgf ;comp;tRNA;4706548;4706623;58;*;gta ;comp;tRNA;4706682;4706753;17;*;gaa ;comp;tRNA;4706771;4706862;3;*;tcc ;comp;tRNA;4706866;4706941;2208;*;aac fin;comp;CDS;4709150;4710085;;; deb;comp;CDS;4987142;4989934;726;*; ;comp;tRNA;4990661;4990731;9;*;gga ;comp;tRNA;4990741;4990814;22;*;cca ;comp;tRNA;4990837;4990913;5;*;cgt ;comp;tRNA;4990919;4990993;10;*;ggc ;comp;tRNA;4991004;4991084;11;*;cta ;comp;tRNA;4991096;4991171;4;*;aaa ;comp;tRNA;4991176;4991250;55;*;caa ;comp;tRNA;4991306;4991381;11;*;gta ;comp;tRNA;4991393;4991464;11;*;gaa ;comp;tRNA;4991476;4991548;3;*;acc ;comp;tRNA;4991552;4991627;18;*;aac ;comp;rRNA;4991646;4991762;77;*;117 ;comp;rRNA;4991840;4994767;130;*;2928 ;comp;tRNA;4994898;4994973;20;*;gca ;comp;tRNA;4994994;4995070;38;*;atc ;comp;rRNA;4995109;4995225;102;*;117 ;comp;rRNA;4995328;4996881;363;*;1554 fin;comp;CDS;4997245;4997475;;; deb;comp;CDS;5057616;5058803;163;*; ;comp;rRNA;5058967;5059083;77;*;117 ;comp;rRNA;5059161;5062088;186;*;2928 ;comp;tRNA;5062275;5062350;98;*;gca ;comp;rRNA;5062449;5064002;376;*;1554 fin;comp;CDS;5064379;5066394;;; deb;;CDS;5714294;5714611;206;*; ;comp;tRNA;5714818;5714908;77;*;tcg fin;comp;CDS;5714986;5715210;;; </pre> ===pmq=== ====pmq opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq opérons|pmq opérons]] <pre> 58.3%GC;24.7.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Paenibacillus mucilaginosus 3016;;;;;;;;; ;9206..10276;CDS;;322;322;;;357; ;10599..12139;16s;;269;;;;; ;12409..15343;23s;;95;;;;; ;15439..15555;5s;;178;178;;;;178 ;15734..17190;CDS;;3061;;;;486; ;;;;;;;;; ;20252..21532;CDS;;47;47;;;427;47 ;21580..21666;tca;;140;140;;;; ;21807..22157;CDS hp;@1;17;;;;117; ;22175..22357;CDS hp;;23;;;;*61; ;22381..22524;CDS hp;;86;;;;*48; comp;22611..22796;CDS hp;;138;;;;*62; comp;22935..25265;CDS replicase;;156;;;;*777; ;;;;;;;;; ;25422..26165;CDS;;220;220;;;248; comp;26386..26460;cgg;;183;183;;;;183 ;26644..27168;CDS;;151287;;;;175; ;;;;;;;;; ;178456..179454;CDS;;298;298;;;333; ;179753..181299;16s;;254;;;;; ;181554..184488;23s;;168;;;;; ;184657..184773;5s;;15;;;;; ;184789..184876;agc;;29;;;29;; ;184906..184982;atgj;;39;;;39;; ;185022..185097;gta;;15;;;15;; ;185113..185189;atgf;;14;;;14;; ;185204..185280;gac;;48;;;48;; ;185329..185404;ttc;;5;;;5;; ;185410..185485;aca;;9;;;9;; ;185495..185579;tac;;15;;;15;; ;185595..185670;aaa;;183;183;;;;183 comp;185854..187104;CDS;;30460;;;;417; ;;;;;;;;; comp;217565..218146;CDS;;129;129;;;194;129 comp;218276..218350;cgg;;261;261;;;; ;218612..219643;CDS;;34238;;;;344; ;;;;;;;;; ;253882..254526;CDS;;677;*677;;;215; ;255204..256745;16s;;268;;;;; ;257014..259948;23s;;95;;;;; ;260044..260160;5s;;55;;;;; ;260216..260292;atc;;19;;;19;; ;260312..260387;gca;+;16;;;16;; ;260404..260475;gaa;2 gca;9;;;9;; ;260485..260569;tac;;20;;;20;; ;260590..260665;aac;;3;;;3;; ;260669..260744;gta;;19;;;19;; ;260764..260840;gac;;20;;;20;; ;260861..260933;ttc;;15;;;15;; ;260949..261021;aaa;;10;;;10;; ;261032..261118;ctg;;3;;;3;; ;261122..261196;ggc;;12;;;12;; ;261209..261280;tgc;;15;;;15;; ;261296..261369;cgt;;5;;;5;; ;261375..261448;cca;;158;;;*158;; ;261607..261682;gca;;4;;;4;; ;261687..261759;acc;;5;;;5;; ;261765..261854;tcg;;19;;;19;; ;261874..261961;agc;;17;;;17;; ;261979..262054;gtc;;5;;;5;; ;262060..262134;acg;;39;;;39;; ;262174..262262;tcc;;41;;;41;; ;262304..262386;ctc;;283;283;;;;*283 ;262670..263515;CDS;;314679;;;;282; ;;;;;;;;; ;578195..579055;CDS;;324;324;;;287; ;579380..580921;16s;;258;;;;; ;581180..584114;23s;;166;;;;; ;584281..584397;5s;;31;;;;; ;584429..584505;aac;;6;;;6;; ;584512..584600;tcc;;38;;;38;; ;584639..584710;gaa;;11;;;11;; ;584722..584797;gta;;17;;;17;; ;584815..584891;atgf;;15;;;15;; ;584907..584983;gac;;67;;;67;; ;585051..585125;acg;;11;;;11;; ;585137..585212;cac;;10;;;10;; ;585223..585297;caa;;5;;;5;; ;585303..585378;aaa;;17;;;17;; ;585396..585470;ggc;+;40;;;40;; ;585511..585585;ggc;2 ggc;24;;;24;; ;585610..585692;ttg;;5;;;5;; ;585698..585774;cca;;19;;;19;; ;585794..585867;gga;;1;;;1;; ;585869..585942;aga;;187;187;;;;187 ;586130..586885;CDS;;85587;;;;252; ;;;;;;;;; ;672473..672949;CDS;;18;18;;;159;18 ;672968..673043;aac;;7;;7;;; ;673051..673138;agc;@2;297;;297;;; ;673436..673507;gaa;;9;;9;;; ;673517..673599;ctc;;180;180;;;; ;673780..674199;CDS;;182;;;;140; ;;;;;;;;; ;674382..675278;CDS;;159;159;;;299; ;675438..675520;ctc;;64;64;;;;64 ;675585..675833;CDS;;18450;;;;83; ;;;;;;;;; ;694284..695636;CDS;;797;*797;;;451; ;696434..697974;16s;;261;;;;; ;698236..701170;23s;;94;;;;; ;701265..701381;5s;;43;;;;; ;701425..701498;atc;;11;;;11;; ;701510..701584;gaa;;5;;;5;; ;701590..701665;gtc;;5;;;5;; ;701671..701747;atgf;;4;;;4;; ;701752..701825;tgg;;9;;;9;; ;701835..701909;caa;;8;;;8;; ;701918..701990;aaa;;18;;;18;; ;702009..702095;ctg;;4;;;4;; ;702100..702174;ggc;;11;;;11;; ;702186..702259;cgt;;12;;;12;; ;702272..702348;cca;;577;*577;;;;*577 ;702926..703120;CDS;;370320;;;;65; ;;;;;;;;; ;1073441..1074214;CDS;;373;373;;;258; ;1074588..1076136;16s;;260;;;;; ;1076397..1079331;23s;;168;;;;; ;1079500..1079616;5s;;9;;;;; ;1079626..1079701;aac;;6;;;6;; ;1079708..1079796;tcc;;38;;;38;; ;1079835..1079906;gaa;;11;;;11;; ;1079918..1079993;gta;;17;;;17;; ;1080011..1080087;atgf;;13;;;13;; ;1080101..1080177;gac;;49;;;49;; ;1080227..1080302;ttc;;4;;;4;; ;1080307..1080382;aca;;13;;;13;; ;1080396..1080481;tac;;8;;;8;; ;1080490..1080560;tgg;;13;;;13;; ;1080574..1080649;cac;;26;;;26;; ;1080676..1080747;caa;;9;;;9;; ;1080757..1080831;ggc;;12;;;12;; ;1080844..1080917;tgc;;10;;;10;; ;1080928..1081016;tta;;20;;;20;; ;1081037..1081113;cgt;;3;;;3;; ;1081117..1081199;ttg;;147;147;;;;147 ;1081347..1081973;CDS;;128630;;;;209; ;;;;;;;;; ;1210604..1213519;CDS;;354;354;;;972; ;1213874..1213949;gca;;16;;16;;; ;1213966..1214037;gaa;;12;;12;;; ;1214050..1214125;gta;;16;;16;;; ;1214142..1214218;gac;;17;;17;;; ;1214236..1214311;cac;;9;;9;;; ;1214321..1214395;caa;;9;;9;;; ;1214405..1214477;aaa;;8;;8;;; ;1214486..1214572;ctg;;3;;3;;; ;1214576..1214647;ggc;;169;169;;;;169 comp;1214817..1215602;CDS;;378784;;;;262; ;;;;;;;;; ;1594387..1594665;CDS;;537;*537;;;93; ;1595203..1596743;16s;;252;;;;; ;1596996..1599930;23s;;94;;;;; ;1600025..1600141;5s;;43;;;;; ;1600185..1600261;atc;;19;;;19;; ;1600281..1600356;gca;;17;;;17;; ;1600374..1600445;gaa;;8;;;8;; ;1600454..1600529;gta;+;5;;;5;; ;1600535..1600610;aca;2 gta;10;;;10;; ;1600621..1600705;tac;;18;;;18;; ;1600724..1600799;aac;;4;;;4;; ;1600804..1600879;gta;;21;;;21;; ;1600901..1600977;atgf;;12;;;12;; ;1600990..1601066;gac;;34;;;34;; ;1601101..1601176;cac;;13;;;13;; ;1601190..1601264;caa;;8;;;8;; ;1601273..1601345;aaa;;17;;;17;; ;1601363..1601448;ctc;;13;;;13;; ;1601462..1601548;ctg;;5;;;5;; ;1601554..1601628;ggc;;14;;;14;; ;1601643..1601713;tgc;;10;;;10;; ;1601724..1601797;cgt;;5;;;5;; ;1601803..1601876;cca;;105;105;;;;105 ;1601982..1602245;CDS;;232535;;;;88; ;;;;;;;;; ;1834781..1835260;CDS;;106;106;;;160;106 ;1835367..1835439;gcc;;137;137;;;; comp;1835577..1835978;CDS;;371114;;;;134; ;;;;;;;;; comp;2207093..2208091;CDS;;192;192;;;333;192 ;2208284..2208367;ctg;+;49;;49;;; ;2208417..2208500;ctg;2 ctg;315;315;;;; ;2208816..2209952;CDS;;1246561;;;;379; ;;;;;;;;; ;3456514..3456786;CDS;;256;256;;;91; ;3457043..3457119;ccc;;142;142;;;;142 ;3457262..3457483;CDS;;1547757;;;;74; ;;;;;;;;; comp;5005241..5005426;CDS;;127;127;;;62;127 comp;5005554..5005636;ctc;;40;;40;;; comp;5005677..5005765;tcc;;13;;13;;; comp;5005779..5005852;atg;;19;;19;;; comp;5005872..5005958;tcg;;167;167;;;; ;5006126..5006220;ncRNA;;1377035;;;;32; ;;;;;;;;; comp;6383256..6384173;CDS;;228;228;;;306; ;6384402..6384477;gtc;;69;69;;;;69 comp;6384547..6385458;CDS;;5453;;;;304; ;;;;;;;;; comp;6390912..6391130;CDS;;142;142;;;73;142 comp;6391273..6391358;tta;;7;;7;;; comp;6391366..6391442;atgi;;19;;19;;; comp;6391462..6391538;atgf;;370;370;;;; comp;6391909..6392460;CDS;;962046;;;;184; ;;;;;;;;; ;7354507..7354737;CDS;;342;342;;;77;*342 comp;7355080..7355162;ctc;;28;;;28;; comp;7355191..7355279;tcc;;12;;;12;; comp;7355292..7355368;atgf;;14;;;14;; comp;7355383..7355459;atgj;;14;;;14;; comp;7355474..7355561;agc;;8;;;8;; comp;7355570..7355659;tcg;;4;;;4;; comp;7355664..7355736;acc;;4;;;4;; comp;7355741..7355816;gca;;119;;;;; ;7355936..7356030;ncRNA;@3;36;;;;; comp;7356067..7356140;cca;;6;;;6;; comp;7356147..7356220;cgt;;104;;;*104;; comp;7356325..7356396;ggc;;7;;;7;; comp;7356404..7356490;ctg;;9;;;9;; comp;7356500..7356572;aaa;;9;;;9;; comp;7356582..7356656;caa;;9;;;9;; comp;7356666..7356741;cac;;17;;;17;; comp;7356759..7356835;gac;;12;;;12;; comp;7356848..7356923;gta;;4;;;4;; comp;7356928..7357003;aac;;15;;;15;; comp;7357019..7357103;tac;;8;;;8;; comp;7357112..7357187;aca;;5;;;5;; comp;7357193..7357264;gaa;;15;;;15;; comp;7357280..7357355;gcc;;9;;;9;; comp;7357365..7357438;atc;;54;;;;; comp;7357493..7357609;5s;;112;;;;; comp;7357722..7360655;23s;;258;;;;; comp;7360914..7362454;16s;;403;*403;;;; ;7362858..7363397;CDS;;254752;;;;180; ;;;;;;;;; ;7618150..7618842;CDS;;280;280;;;231;*280 comp;7619123..7619193;ggg;;335;335;;;; ;7619529..7620461;CDS;;46171;;;;311; ;;;;;;;;; comp;7666633..7668069;CDS;;104;104;;;479;104 comp;7668174..7668244;ggg;;5;;;5;; comp;7668250..7668326;cca;;106;;;*106;; comp;7668433..7668506;cgt;;11;;;11;; comp;7668518..7668592;ggc;;5;;;5;; comp;7668598..7668684;ctg;;13;;;13;; comp;7668698..7668783;ctc;;16;;;16;; comp;7668800..7668872;aaa;;10;;;10;; comp;7668883..7668967;tac;;28;;;28;; comp;7668996..7669071;ttc;;12;;;;; comp;7669084..7669200;5s;;159;;;;; comp;7669360..7672297;23s;;256;;;;; comp;7672554..7674095;16s;;537;*537;;;; ;7674633..7675382;CDS;;177794;;;;250; ;;;;;;;;; comp;7853177..7853761;CDS;;57;57;;;195;57 comp;7853819..7853892;cac;;230;;230;;; comp;7854123..7854196;cac;;404;*404;;;; comp;7854601..7854801;CDS;;245639;;;;67; ;;;;;;;;; comp;8100441..8100854;CDS;;123;123;;;138;123 comp;8100978..8101094;5s;;167;;;;; comp;8101262..8104180;23s;;248;;;;; comp;8104429..8105969;16s;;325;325;;;; comp;8106295..8106636;CDS;;45281;;;;114; ;;;;;;;;; comp;8151918..8152448;CDS;;460;*460;;;177;*460 comp;8152909..8153031;5s;;94;;;;; comp;8153126..8156060;23s;;258;;;;; comp;8156319..8157859;16s;;456;*456;;;; ;8158316..8158642;CDS;;98285;;;;109; ;;;;;;;;; ;8256928..8257746;CDS;;83;83;;;273;83 comp;8257830..8257903;gga;;5;;;5;; comp;8257909..8257985;cca;;16;;;16;; comp;8258002..8258078;cgt;;4;;;4;; comp;8258083..8258157;ggc;;8;;;8;; comp;8258166..8258248;cta;;42;;;42;; comp;8258291..8258366;aaa;;8;;;8;; comp;8258375..8258449;caa;;9;;;9;; comp;8258459..8258532;tgg;;4;;;4;; comp;8258537..8258613;atgf;;5;;;5;; comp;8258619..8258694;gtc;;5;;;5;; comp;8258700..8258774;gaa;;11;;;11;; comp;8258786..8258859;atc;;43;;;;; comp;8258903..8259019;5s;;94;;;;; comp;8259114..8262048;23s;;255;;;;; comp;8262304..8263845;16s;;306;306;;;; comp;8264152..8264370;CDS;;58373;;;;73; ;;;;;;;;; comp;8322744..8323205;CDS;;393;393;;;154;*393 comp;8323599..8323715;5s;;94;;;;; comp;8323810..8326748;23s;;258;;;;; comp;8327007..8328547;16s;;369;369;;;; comp;8328917..8330413;CDS;;21505;;;;499; ;;;;;;;;; comp;8351919..8354414;CDS;;396;396;;;832; comp;8354811..8354884;atg;;149;149;;;;149 comp;8355034..8355537;CDS;;34450;;;;168; ;;;;;;;;; ;8389988..8390512;CDS;;296;296;;;175;*296 comp;8390809..8390925;5s;;94;;;;; comp;8391020..8393954;23s;;259;;;;; comp;8394214..8395754;16s;;234;234;;;; comp;8395989..8396255;CDS;;220222;;;;89; ;;;;;;;;; comp;8616478..8616924;CDS;;417;*417;;;149; ;8617342..8617418;gac;;157;157;;;;157 ;8617576..8618541;CDS;;105821;;;;322; ;;;;;;;;; ;8724363..8724614;CDS;;455;*455;;;84; comp;8725070..8725160;tcg;;165;165;;;;165 comp;8725326..8725559;CDS;;9205;;;;78; ;;opéron;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd </pre> ====pmq cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_cumuls|pmq cumuls]] <pre> pmq;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cds dirigé;gammes;cdsa;cdsd avec rRNA;opérons;14;1;0;1;1;0;1;0;100;15;8 ;16 23 5s 0;5;20;14;107;50;3;20;1;200;18;10 ;16 atc gca;0;40;1;12;100;4;40;0;300;12;6 ;16 23 5s a;9;60;1;4;150;11;60;2;400;9;3 ;max a;23;80;0;1;200;11;80;2;500;6;4 ;a doubles;3;100;0;0;250;3;100;1;600;0;0 ;spéciaux;0;120;0;2;300;6;120;3;700;0;0 ;total aas;138;140;0;0;350;7;140;3;800;0;0 sans ;opérons;17;160;0;1;400;6;160;5;900;1;0 ;1 aa;11;180;0;0;450;3;180;3;1000;1;0 ;max a;9;200;0;0;500;3;200;4;1100;0;0 ;a doubles;1;;2;0;;5;;7;;0;0 ;total aas;35;;18;128;;62;;31;;62;31 total aas;;173;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;16;;;;;;235;213 ;;;variance;;20;;;;;;184;122 sans jaune;;;moyenne;16;14;;207;;126;;; ;;;variance;12;11;;106;;49;;; </pre> ====pmq blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_blocs|pmq blocs]] <pre> Les blocs à rRNAs pmq;;;;; CDS;298;324;373;12; 16s;254;258;260;159; 23s;168;166;168;256; 5s;15;31;9;537; 1er aa;agc;aac;aac;ttc; aas;9;16;17;9; CDS;183;187;147;104; ;;;;; CDS;677;797;537;54;43 16s;268;261;252;112;94 23s;95;94;94;258;255 5s;55;43;43;403;306 atc / aas;22;11;19;23;12 CDS;283;577;105;342;83 ;;;;; CDS;322;123;460;393;296 16s;269;167;94;94;94 23s;95;248;258;258;259 5s;178;325;456;369;234 </pre> ====pmq distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_distribution|pmq distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ggc2 5s;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;4;tac;6;tgc;3 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;2;aac;5;agc;3 ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;4;cgt;7 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;3;gcc;1;gac;6;ggc;9 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;8;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;7;caa;6;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;1;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;4;gaa;7;gga;2 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;2;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total pmq;;11;;;;;11;;pmq;22;;;;;;22;;pmq;2;;;;;;2;;pmq;;;;138;;;138 </pre> ====pmq données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_données_intercalaires|pmq données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;pmq;fx;fc;pmq;fx40;fc40;pmq;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;5;26;0;5;26;-1;0;80;47;222;23s 5s;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;15;298;1;1;52;-2;3;0;137;183;2* 97;;;29;;agc;11;;atc;28;;ctc ;1;20;15;336;2;1;46;-3;0;1;129;183;2* 170;;;39;;atgj;5;;gaa;12;;tcc ;0;30;22;273;3;1;35;-4;11;384;283;261;168;;;15;;gta;5;;gtc;14;;atgf ;0;40;16;249;4;1;34;-5;0;1;187;169;6* 96;;;14;;atgf;4;;atgf;14;;atgj ;1;50;22;194;5;1;28;-6;3;1;18;137;113;;;48;;gac;9;;tgg;8;;agc ;0;60;24;156;6;1;32;-7;0;5;180;192;161;;;5;;ttc;8;;caa;4;;tcg ;1;70;32;142;7;2;28;-8;0;76;159;228;169;;;9;;aca;18;;aaa;4;;acc 1;1;80;47;168;8;2;12;-9;1;0;64;72;5s CDS;;;15;;tac;7;;ctg;;119;gca 1;1;90;44;163;9;4;10;-10;1;8;577;342;178;296;;**;;aaa;11;;ggc;;36;ncRNA ;0;100;53;148;10;1;21;-11;2;32;150;280;123;;;19;;atc;12;;cgt;6;;cca ;3;110;53;123;11;1;23;-12;0;0;354;335;460;;;16;;gca;**;;cca;104;;cgt ;0;120;61;117;12;0;38;-13;0;7;105;86;393;;;9;;gaa;6;;aac;7;;ggc ;1;130;77;120;13;1;43;-14;2;27;106;417;5s tRNA;;;20;;tac;38;;tcc;9;;ctg 1;1;140;60;95;14;1;45;-15;0;0;315;455;15;;agc;3;;aac;11;;gaa;9;;aaa ;4;150;64;119;15;3;39;-16;0;5;256;;55;;atc;19;;gta;17;;gta;9;;caa ;2;160;67;87;16;2;34;-17;2;17;142;;54;;atc;20;;gac;13;;atgf;17;;cac 1;1;170;75;94;17;1;25;-18;0;0;394;;3* 43;;atc;15;;ttc;49;;gac;12;;gac ;1;180;66;111;18;3;36;-19;0;1;142;;9;;aac;10;;aaa;4;;ttc;4;;gta 2;1;190;81;93;19;3;29;-20;1;14;75;;31;;aac;3;;ctg;13;;aca;15;;aac 1;0;200;65;94;20;0;24;-21;0;0;104;;12;;ttc;12;;ggc;8;;tac;8;;tac ;0;210;65;86;21;6;37;-22;1;5;84;;tRNA tRNA;;;15;;tgc;13;;tgg;5;;aca ;0;220;58;86;22;1;32;-23;0;13;404;;7;;aac;5;;cgt;26;;cac;15;;gaa 2;0;230;52;79;23;3;23;-24;0;0;396;;297;;agc;158;;cca;9;;caa;9;;gcc ;0;240;54;87;24;2;45;-25;1;3;149;;9;;gaa;4;;gca;12;;ggc;**;;atc ;0;250;47;74;25;0;28;-26;3;13;157;;**;;ctc;5;;acc;10;;tgc;5;;ggg ;1;260;41;66;26;5;15;-27;0;0;165;;16;;gca;19;;tcg;20;;tta;106;;cca 1;0;270;43;60;27;2;24;-28;0;0;CDS 16s;;12;;gaa;17;;agc;3;;cgt;11;;cgt 1;0;280;35;59;28;2;14;-29;0;8;318;399;16;;gta;5;;gtc;**;;ttg;5;;ggc ;1;290;30;44;29;0;25;-30;0;0;299;533;17;;gac;39;;acg;19;;atc;13;;ctg ;0;300;23;35;30;1;30;-31;0;2;673;;9;;cac;41;;tcc;17;;gca;16;;ctc ;0;310;35;45;31;0;26;-32;1;8;320;;9;;caa;**;;ctc;8;;gaa;10;;aaa ;1;320;28;32;32;2;20;-33;0;0;793;;8;;aaa;10;;aac;5;;gta;28;;tac ;0;330;28;41;33;1;26;-34;1;2;377;;3;;ctg;38;;tcc;10;;aca;**;;ttc 1;0;340;21;27;34;3;20;-35;1;6;533;;**;;ggc;11;;gaa;18;;tac;5;;gga 1;0;350;25;33;35;1;31;-36;2;0;321;;49;;ctg;17;;gta;4;;aac;16;;cca ;1;360;19;22;36;1;23;-37;0;2;272;;**;;ctg;15;;atgf;21;;gta;4;;cgt ;0;370;14;26;37;3;24;-38;0;2;302;;40;;ctc;67;;gac;12;;atgf;8;;ggc ;0;380;12;32;38;1;24;-39;0;0;365;;13;;tcc;11;;acg;34;;gac;42;;cta ;0;390;15;24;39;2;27;-40;0;1;230;;19;;atgj;10;;cac;13;;cac;8;;aaa ;2;400;10;26;40;2;28;-41;0;5;16s 23s;;**;;tcg;5;;caa;8;;caa;9;;caa 2;2;reste;266;353;reste;1812;3361;-42;0;0;2* 280;;7;;tta;17;;aaa;17;;aaa;4;;tgg 15;27;total;1885;4543;total;1885;4543;-43;0;0;266;;19;;atgi;40;;ggc;13;;ctc;5;;atgf 13;25;diagr;1614;4164;diagr;68;1156;-44;1;3;272;;**;;atgf;24;;ggc;5;;ctg;5;;gtc 0;1; t30;52;907;;;;-45;0;0;271;;230;;cac;8;;ttg;14;;ggc;11;;gaa ;;;;;;;;-46;0;1;263;;**;;cac;19;;cca;10;;tgc;**;;atc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;4* 269;;;;;1;;gga;5;;cgt;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;268;;;;;**;;aga;**;;cca;;; ;x;1880;42;5;1927;;;-49;0;2;259;;;;;;;;;;;;; ;c;4517;753;26;5296;;;-50;0;1;267;;;;;;;;;;;;; ;;;;;7223;256;;reste;5;16;270;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;7479;;total;42;753;;;;;;;;;;;;;; </pre> =====pmq autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires_aas|pmq autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;pmq;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;9206;318;; ;rRNA;10595;280;;16s ;rRNA;12412;97;;23s ;rRNA;15439;178;;5s fin;CDS;15734;;; deb;CDS;20252;47;; ;tRNA;21580;137;;tca fin;CDS;21807;;; deb;CDS;25422;222;; ;tRNA;26388;183;comp;cgg fin;CDS;26644;;; deb;CDS;178456;299;; ;rRNA;179754;266;;16s ;rRNA;181557;170;;23s ;rRNA;184657;15;;5s ;tRNA;184789;29;;agc ;tRNA;184906;39;;atgj ;tRNA;185022;15;;gta ;tRNA;185113;14;;atgf ;tRNA;185204;48;;gac ;tRNA;185329;5;;ttc ;tRNA;185410;9;;aca ;tRNA;185495;15;;tac ;tRNA;185595;183;;aaa fin;CDS;185854;;comp; deb;CDS;217565;129;comp; ;tRNA;218276;261;comp;cgg fin;CDS;218612;;; deb;CDS;230970;186;; ;tmRNA;231642;140;; fin;CDS;232145;;; deb;CDS;253921;673;; ;rRNA;255200;280;;16s ;rRNA;257017;97;;23s ;rRNA;260044;55;;5s ;tRNA;260216;19;;atc ;tRNA;260312;16;;gca ;tRNA;260404;9;;gaa ;tRNA;260485;20;;tac ;tRNA;260590;3;;aac ;tRNA;260669;19;;gta ;tRNA;260764;20;;gac ;tRNA;260861;15;;ttc ;tRNA;260949;10;;aaa ;tRNA;261032;3;;ctg ;tRNA;261122;12;;ggc ;tRNA;261209;15;;tgc ;tRNA;261296;5;;cgt ;tRNA;261375;158;;cca ;tRNA;261607;4;;gca ;tRNA;261687;5;;acc ;tRNA;261765;19;;tcg ;tRNA;261874;17;;agc ;tRNA;261979;5;;gtc ;tRNA;262060;39;;acg ;tRNA;262174;41;;tcc ;tRNA;262304;283;;ctc fin;CDS;262670;;; deb;CDS;578195;320;; ;rRNA;579376;269;;16s ;rRNA;581183;168;;23s ;rRNA;584281;31;;5s ;tRNA;584429;10;;aac ;tRNA;584512;38;;tcc ;tRNA;584639;11;;gaa ;tRNA;584722;17;;gta ;tRNA;584815;15;;atgf ;tRNA;584907;67;;gac ;tRNA;585051;11;;acg ;tRNA;585137;10;;cac ;tRNA;585223;5;;caa ;tRNA;585303;17;;aaa ;tRNA;585396;40;;ggc ;tRNA;585511;24;;ggc ;tRNA;585610;8;;ttg ;tRNA;585698;19;;cca ;tRNA;585794;1;;gga ;tRNA;585869;187;;aga fin;CDS;586130;;; deb;CDS;672473;18;; ;tRNA;672968;7;;aac ;tRNA;673051;297;;agc ;tRNA;673436;9;;gaa ;tRNA;673517;180;;ctc fin;CDS;673780;;; deb;CDS;674382;159;; ;tRNA;675438;64;;ctc fin;CDS;675585;;; deb;CDS;694284;793;; ;rRNA;696430;272;;16s ;rRNA;698239;96;;23s ;rRNA;701265;43;;5s ;tRNA;701425;11;;atc ;tRNA;701510;5;;gaa ;tRNA;701590;5;;gtc ;tRNA;701671;4;;atgf ;tRNA;701752;9;;tgg ;tRNA;701835;8;;caa ;tRNA;701918;18;;aaa ;tRNA;702009;7;;ctg ;tRNA;702100;11;;ggc ;tRNA;702186;12;;cgt ;tRNA;702272;577;;cca fin;CDS;702926;;; deb;CDS;1073441;377;; ;rRNA;1074592;271;;16s ;rRNA;1076400;170;;23s ;rRNA;1079500;9;;5s ;tRNA;1079626;6;;aac ;tRNA;1079708;38;;tcc ;tRNA;1079835;11;;gaa ;tRNA;1079918;17;;gta ;tRNA;1080011;13;;atgf ;tRNA;1080101;49;;gac ;tRNA;1080227;4;;ttc ;tRNA;1080307;13;;aca ;tRNA;1080396;8;;tac ;tRNA;1080490;13;;tgg ;tRNA;1080574;26;;cac ;tRNA;1080676;9;;caa ;tRNA;1080757;12;;ggc ;tRNA;1080844;10;;tgc ;tRNA;1080928;20;;tta ;tRNA;1081037;3;;cgt ;tRNA;1081117;150;;ttg fin;CDS;1081347;;; deb;CDS;1210625;354;; ;tRNA;1213874;16;;gca ;tRNA;1213966;12;;gaa ;tRNA;1214050;16;;gta ;tRNA;1214142;17;;gac ;tRNA;1214236;9;;cac ;tRNA;1214321;9;;caa ;tRNA;1214405;8;;aaa ;tRNA;1214486;3;;ctg ;tRNA;1214576;169;;ggc fin;CDS;1214817;;comp; deb;CDS;1594387;533;; ;rRNA;1595199;263;;16s ;rRNA;1596999;96;;23s ;rRNA;1600025;43;;5s ;tRNA;1600185;19;;atc ;tRNA;1600281;17;;gca ;tRNA;1600374;8;;gaa ;tRNA;1600454;5;;gta ;tRNA;1600535;10;;aca ;tRNA;1600621;18;;tac ;tRNA;1600724;4;;aac ;tRNA;1600804;21;;gta ;tRNA;1600901;12;;atgf ;tRNA;1600990;34;;gac ;tRNA;1601101;13;;cac ;tRNA;1601190;8;;caa ;tRNA;1601273;17;;aaa ;tRNA;1601363;13;;ctc ;tRNA;1601462;5;;ctg ;tRNA;1601554;14;;ggc ;tRNA;1601643;10;;tgc ;tRNA;1601724;5;;cgt ;tRNA;1601803;105;;cca fin;CDS;1601982;;; deb;CDS;1834781;106;; ;tRNA;1835367;137;;gcc fin;CDS;1835577;;comp; deb;CDS;2147627;89;; ;ncRNA;2148556;114;; fin;CDS;2148850;;; deb;CDS;2207093;192;comp; ;tRNA;2208284;49;;ctg ;tRNA;2208417;315;;ctg fin;CDS;2208816;;; deb;CDS;3456514;256;; ;tRNA;3457043;142;;ccc fin;CDS;3457262;;; deb;CDS;5004536;394;comp; ;tRNA;5005554;40;comp;ctc ;tRNA;5005677;13;comp;tcc ;tRNA;5005779;19;comp;atgj ;tRNA;5005872;167;comp;tcg ;ncRNA;5006126;132;; fin;CDS;5006353;;; deb;CDS;6383256;228;comp; ;tRNA;6384402;72;;gtc fin;CDS;6384547;;comp; deb;CDS;6390912;142;comp; ;tRNA;6391273;7;comp;tta ;tRNA;6391366;19;comp;atgi ;tRNA;6391462;75;comp;atgf fin;CDS;6391614;;comp; deb;CDS;6561157;118;; ;ncRNA;6563228;95;comp; fin;CDS;6563744;;comp; deb;CDS;7354507;342;; ;tRNA;7355080;28;comp;ctc ;tRNA;7355191;12;comp;tcc ;tRNA;7355292;14;comp;atgf ;tRNA;7355383;14;comp;atgj ;tRNA;7355474;8;comp;agc ;tRNA;7355570;4;comp;tcg ;tRNA;7355664;4;comp;acc ;tRNA;7355741;119;comp;gca ;ncRNA;7355936;36;; ;tRNA;7356067;6;comp;cca ;tRNA;7356147;104;comp;cgt ;tRNA;7356325;7;comp;ggc ;tRNA;7356404;9;comp;ctg ;tRNA;7356500;9;comp;aaa ;tRNA;7356582;9;comp;caa ;tRNA;7356666;17;comp;cac ;tRNA;7356759;12;comp;gac ;tRNA;7356848;4;comp;gta ;tRNA;7356928;15;comp;aac ;tRNA;7357019;8;comp;tac ;tRNA;7357112;5;comp;aca ;tRNA;7357193;15;comp;gaa ;tRNA;7357280;9;comp;gcc ;tRNA;7357365;54;comp;atc ;rRNA;7357493;113;comp;5s ;rRNA;7357723;269;comp;23s ;rRNA;7360922;399;comp;16s fin;CDS;7362858;;; deb;CDS;7618150;280;; ;tRNA;7619123;335;comp;ggg fin;CDS;7619529;;; deb;CDS;7666633;104;comp; ;tRNA;7668174;5;comp;ggg ;tRNA;7668250;106;comp;cca ;tRNA;7668433;11;comp;cgt ;tRNA;7668518;5;comp;ggc ;tRNA;7668598;13;comp;ctg ;tRNA;7668698;16;comp;ctc ;tRNA;7668800;10;comp;aaa ;tRNA;7668883;28;comp;tac ;tRNA;7668996;12;comp;ttc ;rRNA;7669084;161;comp;5s ;rRNA;7669362;268;comp;23s ;rRNA;7672563;533;comp;16s fin;CDS;7674633;;; deb;CDS;7853177;84;comp; ;tRNA;7853819;230;comp;cac ;tRNA;7854123;404;comp;cac fin;CDS;7854601;;comp; deb;CDS;8100441;123;comp; ;rRNA;8100978;169;comp;5s ;rRNA;8101264;259;comp;23s ;rRNA;8104437;321;comp;16s fin;CDS;8106295;;comp; deb;CDS;8151918;460;comp; ;rRNA;8152909;96;comp;5s ;rRNA;8153128;269;comp;23s ;rRNA;8156327;272;comp;16s fin;CDS;8158136;;comp; deb;CDS;8256928;86;; ;tRNA;8257833;5;comp;gga ;tRNA;8257909;16;comp;cca ;tRNA;8258002;4;comp;cgt ;tRNA;8258083;8;comp;ggc ;tRNA;8258166;42;comp;cta ;tRNA;8258291;8;comp;aaa ;tRNA;8258375;9;comp;caa ;tRNA;8258459;4;comp;tgg ;tRNA;8258537;5;comp;atgf ;tRNA;8258619;5;comp;gtc ;tRNA;8258700;11;comp;gaa ;tRNA;8258786;43;comp;atc ;rRNA;8258903;96;comp;5s ;rRNA;8259116;267;comp;23s ;rRNA;8262313;302;comp;16s fin;CDS;8264152;;comp; deb;CDS;8322744;393;comp; ;rRNA;8323599;96;comp;5s ;rRNA;8323812;269;comp;23s ;rRNA;8327015;365;comp;16s fin;CDS;8328917;;comp; deb;CDS;8351919;396;comp; ;tRNA;8354811;149;comp;atgj fin;CDS;8355034;;comp; deb;CDS;8389988;296;; ;rRNA;8390809;96;comp;5s ;rRNA;8391022;270;comp;23s ;rRNA;8394222;230;comp;16s fin;CDS;8395989;;comp; deb;CDS;8399622;208;comp; ;ncRNA;8400892;47;comp; fin;CDS;8401203;;comp; deb;CDS;8616478;417;comp; ;tRNA;8617342;157;;gac fin;CDS;8617576;;; deb;CDS;8724363;455;; ;tRNA;8725070;165;comp;tcg fin;CDS;8725326;;comp; </pre> ====pmq intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_entre_cds|pmq intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> ;;;pmq 9.11.20;;;;;;;;; pmq;8.2.21 Paris;;pmq 7.2.21;;;;;;;;; pmq;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquence5;intercal;<u>fréquencez ;'''négatif;795;11.0;'''négatif ;-11;16;-1 à -119;'''8 739 048;-1;795;610;15 ;'''zéro;31;0.4;;;;;'''intercals;0;31;620;10 ;'''1 à 200;4139;57.3;'''0 à 200;88;60;;'''1 202 544;5;200;630;6 ;'''201 à 370;1520;21.0;'''201 à 370;266;46;;'''13.8%;10;113;640;6 ;'''371 à 600;506;7.0;'''371 à 600;460;65;;;15;194;650;10 ;'''601 à max;232;3.2;'''601 à 1028;861;248;;;20;157;660;8 ;'''total 7223;<201;68.7;'''total 7223;165;188;-119 à 1742;;25;177;670;5 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;118;680;5 6589209;1742;-1;795;-70;13;;0;31;35;130;690;6 6004770;1651;0;31;-60;3;;-1;°80;40;135;700;4 4375163;1613;1;°53;-50;6;;-2;3;45;110;710;5 3234976;1576;2;°47;-40;14;;-3;1;50;106;720;5 1433663;1551;3;36;-30;27;'''min à -1;-4;°395;55;93;730;5 1961332;1546;4;35;-20;62;795;-5;1;60;87;740;5 1948392;1534;5;29;-10;104;11.0%;-6;4;65;99;750;4 8025788;1532;6;°33;0;597;;-7;5;70;75;760;6 6672573;1521;7;°30;10;313;;-8;°76;75;106;770;5 4064508;1497;8;14;20;351;;-9;1;80;109;780;4 1735863;1428;9;14;30;295;;-10;9;85;99;790;3 4067449;1378;10;22;40;265;'''1 à 100;-11;°34;90;108;800;5 2875626;1352;11;24;50;216;2448;-12;0;95;98;810;3 896926;1351;12;°38;60;180;33.9%;-13;7;100;103;820;5 6351796;1318;13;°44;70;174;;-14;°29;105;92;830;6 2069562;1279;14;°46;80;215;;-15;0;110;84;840;1 1529184;1277;15;°42;90;207;;-16;5;115;93;850;1 1897252;1277;16;36;100;201;;-17;°19;120;85;860;7 2910237;1276;17;26;110;176;;-18;0;125;100;870;2 3749065;1276;18;°39;120;178;;-19;1;130;97;880;2 4906359;1270;19;32;130;197;;-20;°15;135;72;890;3 1921516;1263;20;24;140;155;;-21;0;140;83;900;3 880003;1252;21;°43;150;183;;-22;6;145;89;910;3 5858747;1240;22;33;160;154;;-23;°13;150;94;920;2 5950046;1211;23;26;170;169;'''1 à 200;-24;0;155;77;930;4 8085655;1206;24;°47;180;177;4139;-25;4;160;77;940;5 7588882;1203;25;28;190;174;57.3%;-26;°16;165;84;950;2 7315024;1200;26;20;200;159;;-27;0;170;85;960;2 5662979;1189;27;°26;210;151;;-28;0;175;91;970;2 8557915;1186;28;16;220;144;;-29;°8;180;86;980;0 359256;1184;29;25;230;131;;-30;0;185;87;990;2 7839445;1169;30;°31;240;141;;-31;2;190;87;1000;2 1773925;1157;31;26;250;121;'''0 à 200;-32;°9;195;80;1010;2 3687367;1141;32;22;260;107;4170;;774;200;79;1020;1 1886363;1109;33;°27;270;103;;reste;52;205;81;1030;2 7335994;1095;34;23;280;94;;total;826;210;70;1040;2 5259590;1088;35;°32;290;74;;;;215;82;1050;2 3089348;1087;36;24;300;58;;;;220;62;1060;4 3287601;1084;37;27;310;80;;'''intercal;'''<u>fréquence5;225;65;1070;0 933373;1077;38;25;320;60;;600;6991;230;66;1080;1 8231158;1055;39;°29;330;69;;650;47;235;68;1090;3 1233491;1054;40;°30;340;48;'''201 à 370;700;28;240;73;1100;1 1379835;1052;reste;5173;350;58;1520;750;24;245;59;1110;1 1438197;1052;total;7223;360;41;21.0%;800;23;250;62;1120;0 2970387;1045;;;370;40;;850;16;255;55;1130;0 5913926;1042;;;380;44;;900;17;260;52;1140;0 7192953;1040;;;390;39;;950;16;265;51;1150;1 247705;1038;;;400;36;;1000;8;270;52;1160;1 1687282;1027;;;410;29;;1050;9;275;42;1170;1 7301491;1024;;;420;25;;1100;9;280;52;1180;0 2362680;1013;;;430;35;;1150;2;285;35;1190;3 ;;;;440;31;;1200;6;290;39;1200;1 ;;;;450;19;;1250;4;295;29;;205 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;460;25;;1300;8;300;29;reste;27 4544722;-119;shift 2;16105;470;17;;1350;1;305;45;total;232 5318942;-119;shift 3;18655;480;21;;1400;3;310;35;; 1976860;-116;shift 4;1615;490;20;;1450;1;315;33;; 5337597;-115;shift 5;1973;500;26;;1500;1;320;27;; 3673911;-113;shift 6;419;510;13;;1550;4;325;30;; 5433750;-101;shift 7;5002;520;14;;1600;2;330;39;; 7350606;-101;shift 8;832;530;14;;1650;1;335;28;; 2131496;-95;shift 9;1189;540;19;'''371 à 600;;230;340;20;; 4669248;-95;;;550;20;506;;;345;34;; 2553569;-89;;;560;12;7.0%;;;350;24;; 2198194;-75;;;570;15;;;;355;28;; 1029214;-74;;;580;9;'''601 à max;;;360;13;; 7372543;-73;;;590;11;232;;;365;21;; 1297148;-65;;;600;12;3.2%;;;370;19;; 3921139;-65;;;reste;232;;reste;2;reste;738;; 6624824;-65;;;total;7223;;total;7223;total;7223;; </pre> ====pmq intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;; pmq Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; pmq;min10;1614;4164;5778;458;-832;-651;181;-866;-825;-61;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; 32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pmq;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;31;-283;664;-7.0;878;304;max190;&-29;229;-645;79;946;263;min70 31 à 400;;;;;;;2 parties;&-13;112;-388;63;937;287;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;28;31;-;65;poly;813;tF;&143;54;;806;poly;140;SF 31 à 400;;;;;;;;&113;46;-;886;dte;51;Sf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.207;;24.1.22 Paris;;;; 41-n;0.458;-0.832;-0.651;;;;;;;;;;; 1-n;-0.061;-0.866;-0.825;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; pmq;fx;fc;;pmq;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;pmq;Sx-;Sc- 0;5;26;;0;3;6;0;5;26;>0;1880;-1;0;80 10;15;298;;10;9;72;1;1;52;<0;42;-2;3;0 20;15;336;;20;9;81;2;1;46;zéro;5;-3;0;1 30;22;273;;30;14;66;3;1;35;total;1927;-4;11;384 40;16;249;;40;10;60;4;1;34;;c;-5;0;1 50;22;194;;50;14;47;5;1;28;>0;4517;-6;3;1 60;24;156;;60;15;37;6;1;32;<0;753;-7;0;5 70;32;142;;70;20;34;7;2;28;zéro;26;-8;0;76 80;47;168;;80;29;40;8;2;12;total;5296;-9;1;0 90;44;163;;90;27;39;9;4;10;;;-10;1;8 100;53;148;;100;33;36;10;1;21;total;7223;-11;2;32 110;53;123;;110;33;30;11;1;23;;;-12;0;0 120;61;117;;120;38;28;12;0;38;;;-13;0;7 130;77;120;;130;48;29;13;1;43;;;-14;2;27 140;60;95;;140;37;23;14;1;45;;;-15;0;0 150;64;119;;150;40;29;15;3;39;;;-16;0;5 160;67;87;;160;42;21;16;2;34;;;-17;2;17 170;75;94;;170;46;23;17;1;25;;;-18;0;0 180;66;111;;180;41;27;18;3;36;;;-19;0;1 190;81;93;;190;50;22;19;3;29;;;-20;1;14 200;65;94;;200;40;23;20;0;24;;;-21;0;0 210;65;86;;210;40;21;21;6;37;;;-22;1;5 220;58;86;;220;36;21;22;1;32;;;-23;0;13 230;52;79;;230;32;19;23;3;23;;;-24;0;0 240;54;87;;240;33;21;24;2;45;;;-25;1;3 250;47;74;;250;29;18;25;0;28;;;-26;3;13 260;41;66;;260;25;16;26;5;15;;;-27;0;0 270;43;60;;270;27;14;27;2;24;;;-28;0;0 280;35;59;;280;22;14;28;2;14;;;-29;0;8 290;30;44;;290;19;11;29;0;25;;;-30;0;0 300;23;35;;300;14;8;30;1;30;;;-31;0;2 310;35;45;;310;22;11;31;0;26;;;-32;1;8 320;28;32;;320;17;8;32;2;20;;;-33;0;0 330;28;41;;330;17;10;33;1;26;;;-34;1;2 340;21;27;;340;13;6;34;3;20;;;-35;1;6 350;25;33;;350;15;8;35;1;31;;;-36;2;0 360;19;22;;360;12;5;36;1;23;;;-37;0;2 370;14;26;;370;9;6;37;3;24;;;-38;0;2 380;12;32;;380;7;8;38;1;24;;;-39;0;0 390;15;24;;390;9;6;39;2;27;;;-40;0;1 400;10;26;;400;6;6;40;2;28;;;-41;0;5 reste;266;353;;;;;reste;1812;3361;;;-42;0;0 total;1885;4543;;t30;32;218;total;1885;4543;;;-43;0;0 diagr;1614;4164;;;;;diagr;68;1156;;;-44;1;3 - t30;1562;3257;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;2 ;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;reste;5;16 ;;;;;;;;;;;;total;42;753 </pre> ====pmq intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_négatifs_S-|pmq intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;;à partir de 51 comp’;0;3;0;8;0;3;0;0;1;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;34;4 continu;80;0;1;387;1;1;5;76;0;9;32;0;7;27;0;5;18;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;3;7;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;0;0;1;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;7;761;17 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;11;0;3;0;0;1;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;1;1;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;5;42 ;Sc-;80;0;1;384;1;1;5;76;0;8;32;0;7;27;0;5;17;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;2;6;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;16;753 </pre> ====pmq autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires|pmq autres intercalaires]] <pre> pmq;autres intercalaires;;adresses1;;;pmq;autres intercalaires;;adresses2;;;pmq;autres intercalaires;;adresses3;;;pmq;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;9206;318;;;deb;°CDS;672473;18;;;deb;°CDS;1834781;106;;;deb;°CDS;7666633;104;comp ;$rRNA;10595;280;;;;&tRNA;672968;7;;;;&tRNA;1835367;137;;;;&tRNA;7668174;5;comp ;$rRNA;12412;97;;;;&tRNA;673051;297;;;fin;°CDS;1835577;;comp;;;&tRNA;7668250;106;comp ;$rRNA;15439;178;;;;&tRNA;673436;9;;;deb;°CDS;2147627;89;;;;&tRNA;7668433;11;comp fin;°CDS;15734;;;;;&tRNA;673517;180;;;;ncRNA;2148556;114;;;;&tRNA;7668518;5;comp deb;°CDS;20252;47;;;fin;°CDS;673780;;;;fin;°CDS;2148850;;;;;&tRNA;7668598;13;comp ;&tRNA;21580;137;;;deb;°CDS;674382;159;;;deb;°CDS;2207093;192;comp;;;&tRNA;7668698;16;comp fin;°CDS;21807;;;;;&tRNA;675438;64;;;;&tRNA;2208284;49;;;;&tRNA;7668800;10;comp deb;°CDS;25422;222;;;fin;°CDS;675585;;;;;&tRNA;2208417;315;;;;&tRNA;7668883;28;comp ;&tRNA;26388;183;comp;;deb;°CDS;694284;793;;;fin;°CDS;2208816;;;;;&tRNA;7668996;12;comp fin;°CDS;26644;;;;;$rRNA;696430;272;;;deb;°CDS;3456514;256;;;;$rRNA;7669084;161;comp deb;°CDS;178456;299;;;;$rRNA;698239;96;;;;&tRNA;3457043;142;;;;$rRNA;7669362;268;comp ;$rRNA;179754;266;;;;$rRNA;701265;43;;;fin;°CDS;3457262;;;;;$rRNA;7672563;533;comp ;$rRNA;181557;170;;;;&tRNA;701425;11;;;deb;°CDS;5004536;394;comp;;fin;°CDS;7674633;; ;$rRNA;184657;15;;;;&tRNA;701510;5;;;;&tRNA;5005554;40;comp;;deb;°CDS;7853177;84;comp ;&tRNA;184789;29;;;;&tRNA;701590;5;;;;&tRNA;5005677;13;comp;;;&tRNA;7853819;230;comp ;&tRNA;184906;39;;;;&tRNA;701671;4;;;;&tRNA;5005779;19;comp;;;&tRNA;7854123;404;comp ;&tRNA;185022;15;;;;&tRNA;701752;9;;;;&tRNA;5005872;167;comp;;fin;°CDS;7854601;;comp ;&tRNA;185113;14;;;;&tRNA;701835;8;;;;ncRNA;5006126;132;;;deb;°CDS;8100441;123;comp ;&tRNA;185204;48;;;;&tRNA;701918;18;;;fin;°CDS;5006353;;;;;$rRNA;8100978;169;comp ;&tRNA;185329;5;;;;&tRNA;702009;7;;;deb;°CDS;6383256;228;comp;;;$rRNA;8101264;259;comp ;&tRNA;185410;9;;;;&tRNA;702100;11;;;;&tRNA;6384402;72;;;;$rRNA;8104437;321;comp ;&tRNA;185495;15;;;;&tRNA;702186;12;;;fin;°CDS;6384547;;comp;;fin;°CDS;8106295;;comp ;&tRNA;185595;183;;;;&tRNA;702272;577;;;deb;°CDS;6390912;142;comp;;deb;°CDS;8151918;460;comp fin;°CDS;185854;;comp;;fin;°CDS;702926;;;;;&tRNA;6391273;7;comp;;;$rRNA;8152909;96;comp deb;°CDS;217565;129;comp;;deb;°CDS;1073441;377;;;;&tRNA;6391366;19;comp;;;$rRNA;8153128;269;comp ;&tRNA;218276;261;comp;;;$rRNA;1074592;271;;;;&tRNA;6391462;75;comp;;;$rRNA;8156327;272;comp fin;°CDS;218612;;;;;$rRNA;1076400;170;;;fin;°CDS;6391614;;comp;;fin;°CDS;8158136;;comp deb;°CDS;230970;186;;;;$rRNA;1079500;9;;;deb;°CDS;6561157;118;;;deb;°CDS;8256928;86; ;tmRNA;231642;140;;;;&tRNA;1079626;6;;;;ncRNA;6563228;95;comp;;;&tRNA;8257833;5;comp fin;°CDS;232145;;;;;&tRNA;1079708;38;;;fin;°CDS;6563744;;comp;;;&tRNA;8257909;16;comp deb;°CDS;253921;673;;;;&tRNA;1079835;11;;;deb;°CDS;7354507;342;;;;&tRNA;8258002;4;comp ;$rRNA;255200;280;;;;&tRNA;1079918;17;;;;&tRNA;7355080;28;comp;;;&tRNA;8258083;8;comp ;$rRNA;257017;97;;;;&tRNA;1080011;13;;;;&tRNA;7355191;12;comp;;;&tRNA;8258166;42;comp ;$rRNA;260044;55;;;;&tRNA;1080101;49;;;;&tRNA;7355292;14;comp;;;&tRNA;8258291;8;comp ;&tRNA;260216;19;;;;&tRNA;1080227;4;;;;&tRNA;7355383;14;comp;;;&tRNA;8258375;9;comp ;&tRNA;260312;16;;;;&tRNA;1080307;13;;;;&tRNA;7355474;8;comp;;;&tRNA;8258459;4;comp ;&tRNA;260404;9;;;;&tRNA;1080396;8;;;;&tRNA;7355570;4;comp;;;&tRNA;8258537;5;comp ;&tRNA;260485;20;;;;&tRNA;1080490;13;;;;&tRNA;7355664;4;comp;;;&tRNA;8258619;5;comp ;&tRNA;260590;3;;;;&tRNA;1080574;26;;;;&tRNA;7355741;119;comp;;;&tRNA;8258700;11;comp ;&tRNA;260669;19;;;;&tRNA;1080676;9;;;;ncRNA;7355936;36;;;;&tRNA;8258786;43;comp ;&tRNA;260764;20;;;;&tRNA;1080757;12;;;;&tRNA;7356067;6;comp;;;$rRNA;8258903;96;comp ;&tRNA;260861;15;;;;&tRNA;1080844;10;;;;&tRNA;7356147;104;comp;;;$rRNA;8259116;267;comp ;&tRNA;260949;10;;;;&tRNA;1080928;20;;;;&tRNA;7356325;7;comp;;;$rRNA;8262313;302;comp ;&tRNA;261032;3;;;;&tRNA;1081037;3;;;;&tRNA;7356404;9;comp;;fin;°CDS;8264152;;comp ;&tRNA;261122;12;;;;&tRNA;1081117;150;;;;&tRNA;7356500;9;comp;;deb;°CDS;8322744;393;comp ;&tRNA;261209;15;;;fin;°CDS;1081347;;;;;&tRNA;7356582;9;comp;;;$rRNA;8323599;96;comp ;&tRNA;261296;5;;;deb;°CDS;1210625;354;;;;&tRNA;7356666;17;comp;;;$rRNA;8323812;269;comp ;&tRNA;261375;158;;;;&tRNA;1213874;16;;;;&tRNA;7356759;12;comp;;;$rRNA;8327015;365;comp ;&tRNA;261607;4;;;;&tRNA;1213966;12;;;;&tRNA;7356848;4;comp;;fin;°CDS;8328917;;comp ;&tRNA;261687;5;;;;&tRNA;1214050;16;;;;&tRNA;7356928;15;comp;;deb;°CDS;8351919;396;comp ;&tRNA;261765;19;;;;&tRNA;1214142;17;;;;&tRNA;7357019;8;comp;;;&tRNA;8354811;149;comp ;&tRNA;261874;17;;;;&tRNA;1214236;9;;;;&tRNA;7357112;5;comp;;fin;°CDS;8355034;;comp ;&tRNA;261979;5;;;;&tRNA;1214321;9;;;;&tRNA;7357193;15;comp;;deb;°CDS;8389988;296; ;&tRNA;262060;39;;;;&tRNA;1214405;8;;;;&tRNA;7357280;9;comp;;;$rRNA;8390809;96;comp ;&tRNA;262174;41;;;;&tRNA;1214486;3;;;;&tRNA;7357365;54;comp;;;$rRNA;8391022;270;comp ;&tRNA;262304;283;;;;&tRNA;1214576;169;;;;$rRNA;7357493;113;comp;;;$rRNA;8394222;230;comp fin;°CDS;262670;;;;fin;°CDS;1214817;;comp;;;$rRNA;7357723;269;comp;;fin;°CDS;8395989;;comp deb;°CDS;578195;320;;;deb;°CDS;1594387;533;;;;$rRNA;7360922;399;comp;;deb;°CDS;8399622;208;comp ;$rRNA;579376;269;;;;$rRNA;1595199;263;;;fin;°CDS;7362858;;;;;ncRNA;8400892;47;comp ;$rRNA;581183;168;;;;$rRNA;1596999;96;;;deb;°CDS;7618150;280;;;fin;°CDS;8401203;;comp ;$rRNA;584281;31;;;;$rRNA;1600025;43;;;;&tRNA;7619123;335;comp;;deb;°CDS;8616478;417;comp ;&tRNA;584429;10;;;;&tRNA;1600185;19;;;fin;°CDS;7619529;;;;;&tRNA;8617342;157; ;&tRNA;584512;38;;;;&tRNA;1600281;17;;;;;;;;;fin;°CDS;8617576;; ;&tRNA;584639;11;;;;&tRNA;1600374;8;;;;;;;;;deb;°CDS;8724363;455; ;&tRNA;584722;17;;;;&tRNA;1600454;5;;;;;;;;;;&tRNA;8725070;165;comp ;&tRNA;584815;15;;;;&tRNA;1600535;10;;;;;;;;;fin;°CDS;8725326;;comp ;&tRNA;584907;67;;;;&tRNA;1600621;18;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585051;11;;;;&tRNA;1600724;4;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585137;10;;;;&tRNA;1600804;21;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585223;5;;;;&tRNA;1600901;12;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585303;17;;;;&tRNA;1600990;34;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585396;40;;;;&tRNA;1601101;13;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585511;24;;;;&tRNA;1601190;8;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585610;8;;;;&tRNA;1601273;17;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585698;19;;;;&tRNA;1601363;13;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585794;1;;;;&tRNA;1601462;5;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585869;187;;;;&tRNA;1601554;14;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;586130;;;;;&tRNA;1601643;10;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1601724;5;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1601803;105;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1601982;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====pmq intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_tRNA-cds|pmq intercalaires tRNA-cds]] <pre> pmq;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;47;;137;;18;64;'''deb; comp’;222;comp’;183;;47;75;<201;8 ;;comp’;183;;84;105;total;12 ;129;comp’;261;;104;137;taux;67% ;;;283;;106;142;'''fin; ;;;187;;129;149;<201;11 ;18;;180;;142;150;total;15 ;159;;64;;159;157;taux;73% ;;;577;;256;165;; ;;;150;;354;180;'''total; ;354;comp’;169;;394;187;<201;19 ;;;105;;396;283;total;27 ;106;comp’;137;;'''-;315;taux;70% comp’;192;;315;;'''-;404;; ;256;;142;;'''-;577;'''comp’;'''cumuls ;394;;;;86;72;; comp’;228;comp’;72;;192;137;'''deb;2 ;142;;75;;222;169;;8 comp’;342;;;;228;183;; comp’;280;comp’;335;;280;183;'''fin;5 ;104;;;;342;261;;7 ;84;;404;;417;335;'''total; comp’;86;;;;455;'''-;<201;7 ;396;;149;;;;total;15 comp’;417;;157;;;;taux;47% comp’;455;;165;;;;; ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;; <201;10;16;26;;;;; total;20;22;42;;;;; taux;50%;73%;62%;;;;; </pre> ===lbu=== ====lbu opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_opérons|lbu opérons]] <pre> 49.8%GC;29.7.19 Paris;16s 8;;;;;;;; Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC BAA-365 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé comp;18533..19237;CDS;;128;128;;;235;128 ;19366..19438;act;@1;195;195;;;; ;19634..20371;CDS;;6912;;;;246; ;;;;;;;;; ;27284..29785;CDS;;276;276;;;*834; ;30062..30134;act;;134;134;;;;134 ;30269..30907;CDS;;11768;;;;213; ;;;;;;;;; ;42676..43248;cds hp;;451;*451;;;*191; ;43700..45271;16s;;209;;;;; ;45481..48391;23s;;69;;;;; ;48461..48577;5s;;275;275;;;;275 ;48853..49091;cds hp;;56679;;;;80; ;;;;;;;;; comp;105771..106547;CDS;;56;56;;;259;56 comp;106604..106679;aag;;125;125;;;; ;106805..107533;CDS;;103754;;;;243; ;;;;;;;;; ;211288..212553;CDS;;94;94;;;422; ;212648..212720;acc;;23;23;;;;23 comp<;212744..213262;CDS;;64997;;;;173; ;;;;;;;;; ;278260..278928;CDS;;69;69;;;223;69 comp;278998..279068;ggg;;181;181;;;; ;279250..280275;CDS;;44047;;;;342; ;;;;;;;;; comp;324323..324949;CDS;;117;117;;;209;117 ;325067..325138;ggc;+;4;;4;;; ;325143..325216;ccg;2 ggc;108;;;;; ;325325..325399;ggc;;155;155;;;; ;325555..326016;CDS;;37886;;;;154; ;;;;;;;;; ;363903..364394;CDS;;98;98;;;164;98 ;364493..364564;caa;;614;*614;;;; ;365179..366360;CDS;;-14;;;;*394; ;;;;;;;;; ;366347..367402;CDS;;75;75;;;352; ;367478..367559;tac;;5;;5;;; ;367565..367636;caa;;62;62;;;;62 <;367699..368318;CDS;;14127;;;;207; ;;;;;;;;; ;382446..382907;CDS;;30;30;;;154;30 ;382938..383026;ctt;;118;118;;;; ;383145..383768;CDS;;70441;;;;208; ;;;;;;;;; ;454210..455529;CDS;;61;61;;;440;61 ;455591..455665;agg;;341;341;;;; ;456007..457035;CDS;;75557;;;;343; ;;;;;;;;; ;532593..533285;CDS;;82;82;;;231;82 comp;533368..533442;cgg;;296;296;;;; ;533739..534782;CDS;;48963;;;;348; ;;;;;;;;; ;583746..584728;CDS;;57;57;;;328;57 comp;584786..584858;cag;;5;;5;;; comp;584864..584935;gag;;170;170;;;; ;585106..586110;CDS;;94988;;;;335; ;;;;;;;;; ;681099..682741;CDS;;518;*518;;;*548; ;683260..684831;16s;;106;;;;; ;684938..685011;atc;;69;;;69;; ;685081..685153;gca;;127;;;;; ;685281..688191;23s;;68;;;;; ;688260..688376;5s;;208;208;;;;208 comp;688585..689801;CDS;;55794;;;;406; ;;;;;;;;; comp;745596..745821;CDS;;134;134;;;75;134 comp;745956..746044;tcg;;787;*787;;;; ;746832..749597;CDS;;36741;;;;*922; ;;;;;;;;; ;786339..787004;CDS;;54;54;;;222;54 ;787059..787142;ctg;;109;109;;;; comp;787252..787872;CDS;;2072;;;;207; ;;;;;;;;; comp;789945..791867;CDS;;613;*613;;;*641; ;792481..794052;16s;;105;;;;; ;794158..794231;atc;;69;;;69;; ;794301..794373;gca;;126;;;;; ;794500..797410;23s;;69;;;;; ;797480..797596;5s;;87;87;;;;87 ;797684..798559;CDS;;36;;;;292; ;;;;;;;;; comp;798596..800178;CDS;;530;*530;;;*528; ;800709..800781;aac;@2;3;;3;;; ;800785..800858;cca;;24;;24;;; ;800883..800954;ggc;;30;;30;;; ;800985..801058;cgt;;2;;2;;; ;801061..801133;gta;;3;;3;;; ;801137..801208;gaa;;42;;42;;; ;801251..801338;tca;;9;;9;;; ;801348..801421;atgf;;3;;3;;; ;801425..801498;gac;;6;;6;;; ;801505..801577;ttc;;8;;8;;; ;801586..801667;tac;;4;;4;;; ;801672..801742;tgg;;13;;13;;; ;801756..801831;cac;;26;;26;;; ;801858..801928;tgc;;28;;28;;; ;801957..802041;ttg;;356;356;;;;356 ;802398..802961;CDS;;284259;;;;188; ;;;;;;;;; comp;1087221..1088531;CDS;;157;157;;;437;157 comp;1088689..1088760;caa;;656;*656;;;; comp;1089417..1090313;CDS;;173317;;;;*299; ;;;;;;;;; comp;1263631..1265769;CDS;;188;188;;;*713;188 comp;1265958..1266031;aga;;222;222;;;; ;1266254..1268632;CDS;;84103;;;;*793; ;;;;;;;;; comp;1352736..1354022;CDS;;98;98;;;429;98 ;1354121..1354204;ctg;;204;204;;;; comp;1354409..1354928;CDS;;13182;;;;173; ;;;;;;;;; comp;1368111..1369307;CDS;;161;161;;;399;161 comp;1369469..1369541;gta;;3;;;3;; comp;1369545..1369616;gaa;;138;;;*138;; comp;1369755..1369828;atgj;;6;;;6;; comp;1369835..1369925;tcc;;8;;;8;; comp;1369934..1370006;aac;;7;;;;; comp;1370014..1370130;5s;;69;;;;; comp;1370200..1373111;23s;;126;;;;; comp;1373238..1373310;gca;;69;;;69;; comp;1373380..1373453;atc;;105;;;;; comp;1373559..1375130;16s;;547;*547;;;; ;1375678..1376604;CDS;;102845;;;;*309; ;;;;;;;;; comp;1479450..1479824;CDS;;200;200;;;125; comp;1480025..1480101;gac;;26;;;26;; comp;1480128..1480199;gaa;;3;;;3;; comp;1480203..1480275;gta;;2;;;2;; comp;1480278..1480351;cgt;;35;;;35;; comp;1480387..1480458;ggc;;36;;;;; comp;1480495..1480611;5s;;68;;;;; comp;1480680..1483590;23s;;208;;;;; comp;1483799..1485370;16s;;153;153;;;;153 comp;1485524..1485716;CDS;;20944;;;;64; ;;;;;;;;; comp;1506661..1507464;CDS;;270;270;;;268; comp;1507735..1507807;aag;+;34;;34;;; comp;1507842..1507914;aag;5 aag;33;;33;;; comp;1507948..1508020;aag;;33;;33;;; comp;1508054..1508126;aag;@3;33;;33;;; comp;1508160..1508232;aag;;130;130;;;;130 comp;1508363..1509226;CDS;;167;;;;288; ;;;;;;;;; ;1509394..1510872;CDS;;106;106;;;493;106 comp;1510979..1511051;gta;;3;;3;;; comp;1511055..1511126;gaa;;151;;*151;;; ;1511278..1511366;ctt;;113;113;;;; ;1511480..1512010;CDS;;21195;;;;177; ;;;;;;;;; comp;1533206..1534129;CDS;;355;355;;;308; comp;1534485..1534557;acg;;154;154;;;;154 comp;1534712..1535950;CDS;;18502;;;;413; ;;;;;;;;; ;1554453..1554638;CDS;;303;303;;;62;303 comp;1554942..1555029;agc;;673;*673;;;; comp;1555703..1556203;CDS;;595;;;;*167; ;;;;;;;;; ;1556799..1558178;CDS;;277;277;;;460; comp;1558456..1558572;5s;;68;;;;; comp;1558641..1561551;23s;;126;;;;; comp;1561678..1561750;gca;;69;;;69;; comp;1561820..1561893;atc;;105;;;;; comp;1561999..1563570;16s;;189;189;;;;189 ;1563760..1563948;CDS;;19274;;;;63; ;;;;;;;;; comp;1583223..1584392;CDS;;151;151;;;390;151 comp;1584544..1584628;ttg;+;17;;17;;; comp;1584646..1584730;ttg;2 ttg;28;;28;;; comp;1584759..1584829;tgc;2 ttc;26;;26;;; comp;1584856..1584931;cac;2 atgf;13;;13;;; comp;1584945..1585015;tgg;;4;;4;;; comp;1585020..1585101;tac;;8;;8;;; comp;1585110..1585182;ttc;;6;;6;;; comp;1585189..1585262;gac;;3;;3;;; comp;1585266..1585339;atgf;;9;;9;;; comp;1585349..1585436;tca;;42;;42;;; comp;1585479..1585550;gaa;;258;;*258;;; comp;1585809..1585899;agc;;2;;2;;; comp;1585902..1585975;atc;;3;;3;;; comp;1585979..1586049;gga;;14;;14;;; comp;1586064..1586136;ttc;;17;;17;;; comp;1586154..1586227;atgf;;11;;11;;; comp;1586239..1586312;atgi;;12;;12;;; comp;1586325..1586398;atg;;36;;36;;; comp;1586435..1586508;cca;;6;;6;;; comp;1586515..1586588;cgt;;5;;5;;; comp;1586594..1586679;tta;;15;;15;;; comp;1586695..1586766;ggc;;4;;4;;; comp;1586771..1586843;aca;;11;;11;;; comp;1586855..1586936;cta;;12;;12;;; comp;1586949..1587021;aaa;;2;;2;;; comp;1587024..1587096;gta;;157;157;;;; comp;1587254..1588681;CDS;;539;;;;476; ;;;;;;;;; comp;1589221..1590557;CDS;;156;156;;;446;156 comp;1590714..1590830;5s;;68;;;;; comp;1590899..1593809;23s;;126;;;;; comp;1593936..1594008;gca;;69;;;69;; comp;1594078..1594151;atc;;105;;;;; comp;1594257..1595828;16s;;581;*581;;;; comp;1596410..1597276;CDS;;189853;;;;*289; ;;;;;;;;; comp;1787130..1788440;CDS;;298;298;;;437;298 comp;1788739..1788855;5s;;68;;;;; comp;1788924..1791834;23s;@4;208;;;;; comp;1792043..1793614;16s;;436;*436;;;; comp;1794051..1794596;CDS;;-8;;;;*182; comp;1794589..1795436;CDS;;138;138;;;283;138 comp;1795575..1795648;gac;;3;;;3;; comp;1795652..1795724;gta;;2;;;2;; comp;1795727..1795800;cgt;;35;;;35;; comp;1795836..1795907;ggc;;19;;;19;; comp;1795927..1796000;cca;;3;;;3;; comp;1796004..1796076;aac;;7;;;;; comp;1796084..1796200;5s;;68;;;;; comp;1796269..1799179;23s;;208;;;;; comp;1799388..1800959;16s;;501;*501;;;; comp;1801461..1802087;CDS;;;;;;*209; </pre> ====lbu cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_cumuls|lbu cumuls]] <pre> lbu cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;0;1;0;100;5 ;16 23 5s 0;2;20;33;9;50;2;20;0;200;11 ;16 atc gca;5;40;11;3;100;12;40;2;300;19 ;16 23 5s a;2;60;2;0;150;11;60;3;400;11 ;max a;7;80;0;5;200;14;80;3;500;11 ;a doubles;0;100;0;0;250;3;100;4;600;2 ;autres;0;120;0;0;300;6;120;2;700;1 ;total aas;26;140;0;1;350;2;140;5;800;2 sans ;opérons;23;160;1;0;400;2;160;5;900;1 ;1 aa;16;180;0;0;450;1;180;1;1000;1 ;max a;26;200;0;0;500;1;200;2;1100;0 ;a doubles;3;;1;0;;10;;5;;0 ;total aas;72;;48;18;;64;;32;;64 total aas;;98;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;138;;320 ;;;variance;;;;;;81;;182 sans jaune;;;moyenne;14;29;;159;;114;;275 ;;;variance;12;29;;85;;50;;122 </pre> ====lbu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_blocs|lbu blocs]] <pre> lbu blocs;;;;;;; cds;'''277’;;cds;156;;cds;298 $5s;68;;$5s;68;;$5s;68 $23s;126;;$23s;126;;$23s;208 gca;69;;gca;69;;$16s;436 atc;105;;atc;105;;cds;-8 $16s;'''189’;;$16s;581;;cds;138 cds;;;cds;;;gac;3 ;;;;;;4aas;* cds;518;;cds;'''613’;;aac;7 $16s;106;;$16s;105;;$5s;68 atc;69;;atc;69;;$23s;208 gca;127;;gca;126;;$16s;501 $23s;68;;$23s;69;;cds; $5s;'''208’;;$5s;87;;; cds;;;cds;;;; ;;;;;;; cds;161;;cds hp;451;;cds;200 gta;3;;$16s;209;;gac;26 3aas;*;;$23s;69;;3aas;* aac;7;;$5s;275;;ggc;36 $5s;69;;cds hp;;;$5s;68 $23s;126;;;;;$23s;208 gca;69;;;;;$16s;153 atc;105;;;;;cds; $16s;'''547’;;;;;; cds;;;;;;; </pre> ====lbu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_distribution|lbu distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttg2;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;aag5;atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;2;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;3;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;2;gga; ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total lbu;;16;;;;;16;;lbu;49;;;;;;49;;lbu;7;;;;;;7;;lbu;;;;16;;;16 </pre> ====lbu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_données_intercalaires|lbu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;lbu;fx;fc;lbu;fx40;fc40;lbu;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;10;0;2;10;-1;1;80;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;1;142;1;0;24;-2;1;0;195;128;114;;atc;4;;ggc 1;0;20;2;128;2;0;36;-3;;1;95;125;4* 113;;atc;108;;ccg ;1;30;9;78;3;0;15;-4;4;55;134;11;tRNA 23s;;;**;;ggc ;0;40;17;35;4;0;10;-5;;0;59;69;128;;gca;5;;tac ;0;50;22;43;5;0;11;-6;;0;94;181;4* 127;;gca;**;;caa 1;2;60;27;43;6;0;5;-7;;3;158;117;5s tRNA;;;5;;cag 1;1;70;31;40;7;0;3;-8;1;38;98;85;2* 7;;aac;**;;gag ;1;80;26;34;8;0;4;-9;;0;119;296;36;;ggc;3;;aac 1;0;90;19;33;9;1;17;-10;;1;75;57;tRNA tRNA;;intra;24;;cca 1;3;100;21;39;10;0;17;-11;;24;137;170;5* 69;;atc gca;30;;ggc 2;1;110;15;43;11;0;15;-12;;0;30;787;tRNA tRNA;;contigu;2;;cgt 1;2;120;8;37;12;1;16;-13;;1;121;109;3;;gta;3;;gta 2;3;130;14;25;13;0;12;-14;1;17;61;530;138;;gaa;42;;gaa ;2;140;20;32;14;0;15;-15;2;0;341;222;6;;atgj;9;;tca ;0;150;10;25;15;0;16;-16;;0;204;98;8;;tcc;3;;atgf ;5;160;6;34;16;0;12;-17;;7;54;204;**;;aac;6;;gac 1;0;170;8;29;17;0;10;-18;;1;356;106;26;;gac;8;;ttc ;0;180;15;21;18;1;11;-19;;1;157;303;3;;gaa;4;;tac 1;1;190;8;16;19;0;12;-20;;5;126;;2;;gta;13;;tgg ;1;200;11;14;20;0;9;-21;;0;188;;35;;cgt;29;;cac 1;2;210;7;16;21;0;11;-22;;3;203;;**;;ggc;28;;tgc ;0;220;8;14;22;1;17;-23;;3;270;;2;;gta;**;;ttg 1;0;230;7;11;23;1;7;-24;;0;130;;35;;cgt;34;;aag ;0;240;5;13;24;1;5;-25;;2;113;;19;;ggc;33;;aag ;0;250;10;9;25;1;7;-26;;4;355;;3;;cca;33;;aag ;0;260;7;7;26;1;8;-27;;0;154;;**;;aac;33;;aag ;1;270;5;8;27;1;6;-28;;2;673;;;;;**;;aag ;0;280;7;7;28;1;5;-29;2;3;151;;;;;3;;gta ;0;290;2;12;29;2;5;-30;;0;157;;;;;-;151;gaa 1;0;300;1;5;30;0;7;-31;;2;102;;;;;**;;ctt 1;0;310;4;8;31;1;4;-32;;4;CDS 16s;;;;;17;;ttg ;0;320;7;2;32;0;4;-33;;0;451;613;;;;28;;ttg ;0;330;6;8;33;1;6;-34;;0;518;547;;;;29;;tgc ;0;340;5;2;34;1;2;-35;;3;510;295;;;;13;;cac ;1;350;0;4;35;0;3;-36;;0;258;;;;;4;;tgg ;2;360;1;2;36;1;4;-37;;0;298;;;;;8;;tac ;0;370;1;5;37;1;2;-38;;0;501;;;;;6;;ttc ;0;380;0;3;38;1;2;-39;1;0;23s 5s;;;;;3;;gac ;0;390;1;7;39;5;6;-40;;1;3* 71;;;;;9;;atgf ;0;400;3;3;40;6;2;-41;;0;6* 701;;;;;42;;tca 2;1;reste;32;51;reste;380;705;-42;;0;16s 23s;;;;;261;;gaa 18;30;total;411;1098;total;411;1098;-43;;0;218;;;;;2;;agc 16;29;diagr;377;1037;diagr;29;383;-44;1;0;3* 217;;;;;3;;atc 1;1; t30;12;348;;;;-45;;0;5s CDS;;;;;14;;gga ;;;;;;;;-46;;2;308;208;;;;17;;ttc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;87;277;;;;11;;atgf ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;156;;;;;12;;atgi ;x;409;20;2;431;;;-49;;1;298;;;;;36;;atgj ;c;1088;280;10;1378;;;-50;;15;;;;;;6;;cca ;;;;;1809;198;;reste;6;0;;;;;;5;;cgt ;;;;;;2007;;total;20;280;;;;;;15;;tta ;;;;;;;;;;;;;;;;4;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;11;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;12;;cta ;;;;;;;;;;;;;;;;2;;aaa ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta </pre> =====lbu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_autres_intercalaires_aas|lbu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;lbu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;18533;19237;128;*; ;;tRNA;19366;19438;195;*;act fin;;CDS;19634;20371;;; deb;;CDS;29805;29966;95;*; ;;tRNA;30062;30134;134;*;act fin;;CDS;30269;30907;;; deb;;CDS;42676;43248;451;*; ;;rRNA;43700;45263;218;*;1564 ;;rRNA;45482;48389;71;*;2908 ;;rRNA;48461;48577;308;*;117 fin;;CDS;48886;49215;;; deb;;CDS;64875;65066;71;*; ;;misc_b;65138;65377;147;*; fin;;CDS;65525;65743;;; deb;comp;CDS;105771;106547;59;*; ;comp;tRNA;106607;106679;125;*;aag fin;;CDS;106805;107533;;; deb;comp;CDS;118390;119745;29;*; ;comp;regulatory;119775;119862;185;*; fin;;CDS;120048;121523;;; deb;comp;CDS;134737;136320;120;*; ;comp;regulatory;136441;136616;92;*; fin;comp;CDS;136709;137335;;0; deb;;CDS;211288;212553;94;*; ;;tRNA;212648;212720;11;*;acc fin;comp;CDS;212732;213079;;; deb;;CDS;215354;216541;50;*; ;;misc_b;216592;216828;95;*; fin;;CDS;216924;217778;;; deb;comp;CDS;242936;243505;67;*; ;comp;regulatory;243573;243670;189;*; fin;;CDS;243860;245017;;; deb;;CDS;278260;278928;69;*; ;comp;tRNA;278998;279068;181;*;ggg fin;;CDS;279250;280275;;; deb;;CDS;280740;281354;106;*; ;;regulatory;281461;281624;89;*; fin;;CDS;281714;284404;;; deb;comp;CDS;324323;324949;117;*; ;;tRNA;325067;325138;4;*;ggc ;;tRNA;325143;325216;108;*;ccg ;;tRNA;325325;325396;158;*;ggc fin;;CDS;325555;326016;;; deb;;CDS;363903;364394;98;*; ;;tRNA;364493;364564;119;*;caa fin;;CDS;364684;364854;;; deb;;CDS;366347;367402;75;*; ;;tRNA;367478;367559;5;*;tac ;;tRNA;367565;367636;137;*;caa fin;;CDS;367774;368166;;; deb;;CDS;382446;382907;30;*; ;;tRNA;382938;383023;121;*;ctt fin;;CDS;383145;383768;;; deb;;CDS;425577;426662;66;*; ;;regulatory;426729;426825;44;*; fin;;CDS;426870;427439;;0; deb;;CDS;454210;455529;61;*; ;;tRNA;455591;455665;341;*;agg fin;;CDS;456007;457035;;; deb;;CDS;532593;533285;85;*; ;comp;tRNA;533371;533442;296;*;cgg fin;;CDS;533739;534782;;; deb;;CDS;574078;575265;66;*; ;;tmRNA;575332;575693;294;*; fin;;CDS;575988;576143;;; deb;;CDS;583246;584728;57;*; ;comp;tRNA;584786;584858;5;*;cag ;comp;tRNA;584864;584935;170;*;gag fin;;CDS;585106;586110;;; deb;;CDS;673933;676341;66;*; ;;misc_b;676408;676655;83;*; fin;;CDS;676739;677599;;; deb;;CDS;681099;682741;518;*; ;;rRNA;683260;684823;114;*;1564 ;;tRNA;684938;685011;69;*;atc ;;tRNA;685081;685153;128;*;gca ;;rRNA;685282;688189;70;*;2908 ;;rRNA;688260;688376;208;*;117 fin;comp;CDS;688585;689738;;; deb;;CDS;727702;728421;27;*; ;;regulatory;728449;728564;80;*; fin;;CDS;728645;729349;;; deb;comp;CDS;745596;745751;204;*; ;comp;tRNA;745956;746044;787;*;tcg fin;;CDS;746832;749597;;; deb;;CDS;755313;756185;29;*; ;;repeat_region;756215;757463;258;*; fin;;CDS;757722;758336;;; deb;;CDS;786339;787004;54;*; ;;tRNA;787059;787142;109;*;ctg fin;comp;CDS;787252;787872;;0; deb;comp;CDS;789978;791867;613;*; ;;rRNA;792481;794044;113;*;1564 ;;tRNA;794158;794231;69;*;atc ;;tRNA;794301;794373;127;*;gca ;;rRNA;794501;797408;71;*;2908 ;;rRNA;797480;797596;87;*;117 fin;;CDS;797684;798559;;0; deb;comp;CDS;798596;800178;530;*; ;;tRNA;800709;800781;3;*;aac ;;tRNA;800785;800858;24;*;cca ;;tRNA;800883;800954;30;*;ggc ;;tRNA;800985;801058;2;*;cgt ;;tRNA;801061;801133;3;*;gta ;;tRNA;801137;801208;42;*;gaa ;;tRNA;801251;801338;9;*;tca ;;tRNA;801348;801421;3;*;atgf ;;tRNA;801425;801498;6;*;gac ;;tRNA;801505;801577;8;*;ttc ;;tRNA;801586;801667;4;*;tac ;;tRNA;801672;801742;13;*;tgg ;;tRNA;801756;801828;29;*;cac ;;tRNA;801858;801928;28;*;tgc ;;tRNA;801957;802041;356;*;ttg fin;;CDS;802398;804017;;; deb;;CDS;862229;862693;29;*; ;;ncRNA;862723;863083;125;*; fin;;CDS;863209;864333;;; deb;comp;CDS;905582;905794;173;*; ;comp;misc_b;905968;906185;390;*; fin;;CDS;906576;907085;;0; deb;comp;CDS;952333;952842;390;*; ;;misc_b;953233;953450;173;*; fin;;CDS;953624;953836;;; deb;comp;CDS;1087221;1088531;157;*; ;comp;tRNA;1088689;1088760;126;*;caa fin;comp;CDS;1088887;1089033;;; deb;comp;CDS;1242851;1243162;16;*; ;comp;misc_f;1243179;1243255;147;*; fin;;CDS;1243403;1243759;;0; deb;comp;CDS;1263631;1265769;188;*; ;comp;tRNA;1265958;1266031;222;*;aga fin;;CDS;1266254;1268632;;; deb;comp;CDS;1297694;1298743;37;*; ;comp;misc_b;1298781;1298982;42;*; fin;comp;CDS;1299025;1299375;;; deb;comp;CDS;1309324;1309845;47;*; ;comp;misc_f;1309893;1310004;394;*; fin;;CDS;1310399;1311799;;0; deb;comp;CDS;1352736;1354022;98;*; ;;tRNA;1354121;1354204;204;*;ctg fin;comp;CDS;1354409;1355976;;; deb;comp;CDS;1368111;1369307;-3;*; ;comp;regulatory;1369305;1369392;76;*; ;comp;tRNA;1369469;1369541;3;*;gta ;comp;tRNA;1369545;1369616;138;*;gaa ;comp;tRNA;1369755;1369828;6;*;atgj ;comp;tRNA;1369835;1369925;8;*;tcc ;comp;tRNA;1369934;1370006;7;*;aac ;comp;rRNA;1370014;1370130;71;*;117 ;comp;rRNA;1370202;1373110;127;*;2909 ;comp;tRNA;1373238;1373310;69;*;gca ;comp;tRNA;1373380;1373453;113;*;atc ;comp;rRNA;1373567;1375130;547;*;1564 fin;;CDS;1375678;1376604;;; deb;comp;CDS;1418883;1420661;53;*; ;comp;ncRNA;1420715;1420811;9;*; fin;comp;CDS;1420821;1421330;;; deb;comp;CDS;1434541;1435050;33;*; ;comp;misc_f;1435084;1435213;440;*; fin;;CDS;1435654;1436972;;; deb;comp;CDS;1479450;1479824;203;*; ;comp;tRNA;1480028;1480101;26;*;gac ;comp;tRNA;1480128;1480199;3;*;gaa ;comp;tRNA;1480203;1480275;2;*;gta ;comp;tRNA;1480278;1480351;35;*;cgt ;comp;tRNA;1480387;1480458;36;*;ggc ;comp;rRNA;1480495;1480611;70;*;117 ;comp;rRNA;1480682;1483589;217;*;2908 ;comp;rRNA;1483807;1485370;510;*;1564 fin;comp;CDS;1485881;1487044;;; deb;comp;CDS;1506661;1507464;270;*; ;comp;tRNA;1507735;1507807;34;*;aag ;comp;tRNA;1507842;1507914;33;*;aag ;comp;tRNA;1507948;1508020;33;*;aag ;comp;tRNA;1508054;1508126;33;*;aag ;comp;tRNA;1508160;1508232;130;*;aag fin;comp;CDS;1508363;1509226;;0; deb;;CDS;1509394;1510872;106;*; ;comp;tRNA;1510979;1511051;3;*;gta ;comp;tRNA;1511055;1511126;151;*;gaa ;;tRNA;1511278;1511366;113;*;ctt fin;;CDS;1511480;1512010;;0; deb;comp;CDS;1533206;1534129;355;*; ;comp;tRNA;1534485;1534557;154;*;acg fin;comp;CDS;1534712;1535950;;0; deb;;CDS;1554441;1554638;303;*; ;comp;tRNA;1554942;1555029;673;*;agc fin;comp;CDS;1555703;1556164;;0; deb;;CDS;1556799;1558178;277;*; ;comp;rRNA;1558456;1558572;70;*;117 ;comp;rRNA;1558643;1561550;127;*;2908 ;comp;tRNA;1561678;1561750;69;*;gca ;comp;tRNA;1561820;1561893;113;*;act ;comp;rRNA;1562007;1563570;258;*;1564 fin;comp;CDS;1563829;1564131;;0; deb;comp;CDS;1583223;1584392;151;*; ;comp;tRNA;1584544;1584628;17;*;ttg ;comp;tRNA;1584646;1584730;28;*;ttg ;comp;tRNA;1584759;1584829;29;*;tgc ;comp;tRNA;1584859;1584931;13;*;cac ;comp;tRNA;1584945;1585015;4;*;tgg ;comp;tRNA;1585020;1585101;8;*;tac ;comp;tRNA;1585110;1585182;6;*;ttc ;comp;tRNA;1585189;1585262;3;*;gac ;comp;tRNA;1585266;1585339;9;*;atgf ;comp;tRNA;1585349;1585436;42;*;tca ;comp;tRNA;1585479;1585550;261;*;gaa ;comp;tRNA;1585812;1585899;2;*;agc ;comp;tRNA;1585902;1585975;3;*;atc ;comp;tRNA;1585979;1586049;14;*;gga ;comp;tRNA;1586064;1586136;17;*;ttc ;comp;tRNA;1586154;1586227;11;*;atgf ;comp;tRNA;1586239;1586312;12;*;atgi ;comp;tRNA;1586325;1586398;36;*;atgj ;comp;tRNA;1586435;1586508;6;*;cca ;comp;tRNA;1586515;1586588;5;*;cgt ;comp;tRNA;1586594;1586679;15;*;tta ;comp;tRNA;1586695;1586766;4;*;ggc ;comp;tRNA;1586771;1586843;11;*;aca ;comp;tRNA;1586855;1586936;12;*;cta ;comp;tRNA;1586949;1587021;2;*;aaa ;comp;tRNA;1587024;1587096;157;*;gta fin;comp;CDS;1587254;1588681;;; 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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP009902;ban*;;genome;;;;;;aas;cds dirigé 35.1%GC;15.8.19 Paris;16s 11;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Bacillus anthracis strain 2002013094;;;;;;;;;; ;618142..618366;;CDS;;188;188;;;75;188 ;618555..618627;;gtc;;419;*419;;;; comp;619047..619235;;CDS;;;;;;63; ;;;;;;;;;; comp;1102183..1102602;;CDS;;130;130;;;140;130 comp;1102733..1102804;;gaa;+;1;;;1;; comp;1102806..1102880;;aac;2 aca;8;;;8;; comp;1102889..1102965;;atc;2 tca;11;;;11;; comp;1102977..1103047;;tgg;;6;;;6;; comp;1103054..1103126;;aca;;9;;;9;; comp;1103136..1103211;;ttc;;9;;;9;; comp;1103221..1103296;;gac;;4;;;4;; comp;1103301..1103377;;atgf;;20;;;20;; comp;1103398..1103490;;tca;;54;;;54;; comp;1103545..1103637;;tca;;20;;;20;; comp;1103658..1103730;;gca;;16;;;16;; comp;1103747..1103820;;cca;;10;;;10;; comp;1103831..1103904;;cgt;;3;;;3;; comp;1103908..1103996;;tta;;16;;;16;; comp;1104013..1104087;;ggc;;29;;;29;; comp;1104117..1104197;;cta;;22;;;22;; comp;1104220..1104295;;cac;;9;;;9;; 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;;;;;;;;;; comp;1702642..1703788;;CDS;;114;114;;;382;114 comp;1703903..1703975;;gca;;10;;;10;; comp;1703986..1704057;;ggc;;5;;;5;; comp;1704063..1704138;;aaa;;5;;;5;; comp;1704144..1704218;;caa;;65;;;65;; comp;1704284..1704366;;tac;;17;;;17;; comp;1704384..1704459;;gta;;5;;;5;; comp;1704465..1704539;;gaa;;24;;;24;; comp;1704564..1704636;;acc;;4;;;4;; comp;1704641..1704715;;aac;;9;;;;; comp;1704725..1704840;;5s;;82;;;;; comp;1704923..1707851;;23s;;141;;;;; comp;1707993..1709545;;16s;;223;223;;;; comp;1709769..1709987;;CDS;;;;;;73; ;;;;;;;;;; comp;1767157..1767618;;CDS;;206;206;;;154;206 comp;1767825..1767940;;5s;;45;;;;; comp;1767986..1770913;;23s;;141;;;;; comp;1771055..1772608;;16s;;372;*372;;;; comp;1772981..1774480;;CDS;;;;;;*500; ;;;;;;;;;; comp;1787717..1790188;;CDS;;259;259;;;*824; comp;1790448..1790519;;gaa;;13;;13;;; comp;1790533..1790606;;atgj;@2;160;160;;;;160 comp;1790767..1791249;;CDS;;;;;;161; ;;;;;;;;;; comp;1820538..1820717;;CDS;;190;190;;;60;190 comp;1820908..1821023;;5s;;44;;;;; comp;1821068..1823996;;23s;;77;;;;; comp;1824074..1824149;;gca;;8;;;8;; comp;1824158..1824234;;atc;;130;;;;; comp;1824365..1825919;;16s;;217;217;;;; comp;1826137..1826406;;CDS;;;;;;90; ;;;;;;;;;; comp;1832600..1832992;;CDS;;166;166;;;131; comp;1833159..1833251;;tca;;156;156;;;;156 comp;1833408..1834682;;CDS;;;;;;425; ;;;;;;;;;; ;1839668..1840669;;CDS;;34;34;;;334;34 comp;1840704..1840819;;5s;;44;;;;; comp;1840864..1843791;;23s;;76;;;;; comp;1843868..1843943;;gca;;8;;;8;; comp;1843952..1844028;;atc;;130;;;;; comp;1844159..1845713;;16s;;240;240;;;; comp;1845954..1848425;;CDS;;;;;;*824; ;;;;;;;;;; ;1873838..1875127;;CDS;;139;139;;;430;139 ;1875267..1875342;;aaa;;13;;13;;; ;1875356..1875427;;gaa;;21;;21;;; ;1875449..1875524;;gac;;41;;41;;; ;1875566..1875638;;ttc;;403;*403;;;; ;1876042..1876749;;CDS;;;;;;236; ;;;;;;;;;; comp;2217640..2217846;;CDS;;205;205;;;69;205 ;2218052..2218130;;cgg;;255;255;;;; ;2218386..2219693;;CDS;;;;;;436; ;;;;;;;;;; comp;2428815..2429495;;CDS;;404;*404;;;227; ;2429900..2431456;;16s;;139;;;;; ;2431596..2434524;;23s;;97;;;;; ;2434622..2434737;;5s;;4;;;;; ;2434742..2434817;;gta;+;4;;;4;; ;2434822..2434897;;aca;2 cta;9;;;9;; ;2434907..2434982;;cac;2 aca;22;;;22;; ;2435005..2435085;;cta;;29;;;29;; ;2435115..2435189;;ggc;;16;;;16;; ;2435206..2435294;;tta;;3;;;3;; ;2435298..2435371;;cgt;;10;;;10;; ;2435382..2435455;;cca;;16;;;16;; ;2435472..2435544;;gca;;20;;;20;; ;2435565..2435657;;tca;;54;;;54;; ;2435712..2435805;;cta;;20;;;20;; ;2435826..2435902;;atgf;;1;;;1;; ;2435904..2435979;;gac;;12;;;12;; ;2435992..2436067;;ttc;;14;;;14;; ;2436082..2436157;;aca;;10;;;10;; ;2436168..2436243;;aaa;;13;;;13;; ;2436257..2436327;;gga;;10;;;10;; ;2436338..2436414;;atc;;7;;;7;; ;2436422..2436496;;aac;;7;;;7;; ;2436504..2436594;;agc;;6;;;6;; ;2436601..2436672;;gaa;;59;59;;;;59 ;2436732..2436842;;CDS;;;;;;37; ;;;;;;;;;; ;2798971..2799474;;CDS;;109;109;;;168;109 ;2799584..2799657;;gga;;1;;1;;; ;2799659..2799735;;aga;;407;*407;;;; ;2800143..2800343;;CDS;;;;;;67; ;;;;;;;;;; comp;2991608..2992366;;CDS;;242;242;;;253; ;2992609..2992682;;atgi;;221;221;;;;221 ;2992904..2993515;;CDS;;;;;;204; </pre> ====ban cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_cumuls|ban cumuls]] <pre> ban* cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;3;2;1;0;1;0;100;10 ;16 23 5s 0;4;20;25;47;50;2;20;1;200;9 ;16 atc gca;2;40;3;6;100;3;40;1;300;6 ;16 23 5s a;5;60;4;2;150;6;60;2;400;4 ;max a;21;80;0;2;200;7;80;0;500;4 ;a doubles;2;100;2;0;250;8;100;1;600;1 ;autres;0;120;0;0;300;3;120;4;700;1 ;total aas;66;140;0;0;350;0;140;2;800;0 sans ;opérons;9;160;0;0;400;2;160;2;900;2 ;1 aa;5;180;0;0;450;3;180;0;1000;0 ;max a;33;200;0;0;500;0;200;2;1100;1 ;a doubles;1;;0;0;;0;;4;;0 ;total aas;46;;37;59;;34;;19;;38 total aas;;112;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;18;15;;232;;132;;274 ;;;variance;21;14;;143;;62;;238 sans jaune;;;moyenne;14;;;165;;;;191 ;;;variance;14;;;71;;;;124 </pre> ====ban blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_blocs|ban blocs]] <pre> ban intercalaires des 11 clusters à rrnas;;;;;;;; cds;694’;;cds;386’;;cds;114; 16s;141;;16s;141;;aac;*; 23s;97;;23s;96;;31aas;1; 5s;4;;5s;9;;gga;75; gta;*;;aac;*;;16s;141; 17aas;1;;9aas;10;;23s;46; gaa;130;;ttg;207’;;5s;12; cds;;;cds;;;atgf;3; ;;;;;;gac;174; cds;223;;cds;404’;;cds;; 16s;141;;16s;139;;;; 23s;82;;23s;97;;cds;217;240 5s;9;;5s;4;;16s;130;130 aac;*;;gta;4;;atc;8;8 7aas;10;;19aas;*;;gca;77;76 gca;114;;gaa;59;;23s;44;44 cds;;;cds;;;5s;190;34’ ;;;;;;cds;; cds;476’;451’;294;372;;;; 16s;173;142;153;141;;;; 23s;49;46;45;45;;;; 5s;57’;99’;14’;206;;;; cds;;;;;;;; </pre> ====ban distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_distribution|ban distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;tca2 5s;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;2;tgc;1 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;3;acc;2;aac;6;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;4 gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;6 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;4;tca;5;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;5;aaa;4;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;5;cca;4;caa;4;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;6;gca;4;gaa;6;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ban;;5;;;;;5;;ban;8;;;;;;8;;;;;;;;;;;ban;;;;93;;;93 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;33 -16s;; </pre> ====ban données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_données_intercalaires|ban données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ban;fx;fc;ban;fx40;fc40;ban;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;33;0;0;33;-1;;73;188;419;16s tRNA;;;tRNA tRNA;suite;contigu;tRNA tRNA;suite;contigu ;0;10;16;234;1;1;38;-2;;1;130;210;2* 132;;atc;14;;tgc;10;;gca ;0;20;41;427;2;2;35;-3;;0;198;205;;;;5;;ggc;5;;ggc ;0;30;81;192;3;2;40;-4;3;241;115;242;tRNA 16s;;;63;;caa;5;;aaa ;0;40;134;137;4;3;33;-5;;0;174;;76;;gaa;19;;cac;65;;caa ;0;50;84;97;5;1;20;-6;;0;114;;tRNA 23s;;gca;7;;tgg;17;;tac ;0;60;75;97;6;0;22;-7;;3;114;;80;;;17;;tac;5;;gta ;0;70;35;120;7;3;10;-8;1;84;259;;79;;;5;;gta;24;;gaa ;0;80;36;127;8;1;7;-9;2;0;160;;5s tRNA;;;24;;gaa;4;;acc ;0;90;38;94;9;0;12;-10;;3;166;;2* 4;;gta;4;;acc;**;;aac ;0;100;57;108;10;3;17;-11;1;30;156;;2* 9;;aac;**;;aac;4;;gta ;1;110;44;135;11;3;31;-12;1;0;139;;12;;atgf;3;;gac;9;;aca ;3;120;52;132;12;2;63;-13;;10;403;;tRNA tRNA;;intra;**;;atgf;22;;cac ;1;130;45;108;13;4;42;-14;1;19;258;;2* 8;;atc gca;1;;gga;29;;cta ;1;140;38;89;14;6;50;-15;;0;657;;tRNA tRNA;;;4;;cca;16;;ggc ;0;150;55;94;15;2;62;-16;;5;109;;13;;gaa;3;;cgt;3;;tta ;2;160;37;82;16;4;37;-17;;15;410;;**;;atgj;16;;tta;10;;cgt ;1;170;45;66;17;4;39;-18;;0;221;;139;;;29;;ggc;16;;cca ;1;180;39;55;18;5;40;-19;;3;CDS 16s;;13;;aaa;14;;cta;20;;gca ;1;190;42;62;19;3;31;-20;;15;295;695;21;;gaa;5;;aaa;54;;tca ;1;200;42;51;20;8;32;-21;;0;224;387;41;;gac;87;;caa;20;;cta 2;0;210;34;65;21;1;29;-22;;3;373;477;**;;ttc;46;;gac;1;;atgf ;0;220;25;48;22;6;21;-23;;10;218;452;1;;gga;4;;gta;12;;gac ;1;230;30;43;23;7;29;-24;;0;241;404;**;;aga;1;;gaa;14;;ttc ;0;240;28;35;24;10;21;-25;1;5;23s 5s;;tRNA tRNA;;contigu;8;;aac;10;;aca 1;0;250;22;30;25;6;16;-26;;10;2* 101;;1;;gaa;11;;atc;13;;aaa ;2;260;25;25;26;6;18;-27;;0;100;;8;;aac;6;;tgg;10;;gga ;0;270;22;36;27;9;20;-28;1;3;3* 50;;11;;atc;9;;aca;7;;atc ;0;280;26;29;28;13;12;-29;;2;2* 49;;6;;tgg;8;;ttc;7;;aac ;0;290;15;28;29;13;16;-30;;0;86;;9;;aca;4;;gac;6;;agc ;0;300;20;28;30;10;10;-31;;1;2* 48;;9;;ttc;20;;atgf;**;;gaa ;0;310;12;32;31;10;22;-32;;6;16s 23s;;4;;gac;54;;tca;;; ;0;320;17;19;32;5;13;-33;;0;5* 146;;20;;atgf;20;;tca;;; ;0;330;11;26;33;15;17;-34;;1;147;;54;;tca;16;;gca;;; ;0;340;22;28;34;10;12;-35;;6;177;;20;;tca;10;;cca;;; ;0;350;8;27;35;18;12;-36;;0;158;;16;;gca;3;;cgt;;; ;0;360;19;17;36;12;16;-37;;2;144;;10;;cca;16;;tta;;; ;0;370;11;17;37;11;13;-38;;2;5s CDS;;3;;cgt;29;;ggc;;; ;0;380;13;13;38;12;13;-39;;0;190;57;16;;tta;13;;cta;;; ;0;390;10;20;39;19;11;-40;;0;206;99;29;;ggc;5;;aaa;;; ;0;400;10;15;40;22;8;-41;;0;;14;22;;cta;87;;caa;;; 1;3;reste;163;168;reste;1307;2266;-42;1;0;;34;9;;cac;46;;gac;;; 4;18;total;1579;3289;total;1579;3289;-43;;0;;;4;;aca;4;;gta;;; 3;15;diagr;1416;3088;diagr;272;990;-44;;2;;;**;;gta;8;;gaa;;; 0;0; t30;138;853;;;;-45;;0;;;;;;3;;agc;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;**;;aac;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;; ;x;1579;13;0;1592;;;-49;;1;;;;;;;;;;; ;c;3256;564;33;3853;;;-50;;8;;;;;;;;;;; ;;;;;5445;173;;reste;1;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;5618;;total;13;564;;;;;;;;;;; </pre> =====ban autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_autres_intercalaires_aas|ban autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ban;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;342504;342953;175;*; ;comp;ncRNA;343129;343312;21;*; ;comp;ncRNA;343334;343516;116;*; fin;comp;CDS;343633;344466;;; deb;comp;CDS;359943;361082;180;*; ;comp;ncRNA;361263;361653;87;*; fin;comp;CDS;361741;362079;;; deb;;CDS;618142;618366;188;*; ;;tRNA;618555;618627;419;*;gtc fin;comp;CDS;619047;619235;;; deb;comp;CDS;1102183;1102602;130;*; ;comp;tRNA;1102733;1102804;1;*;gaa ;comp;tRNA;1102806;1102880;8;*;aac ;comp;tRNA;1102889;1102965;11;*;atc ;comp;tRNA;1102977;1103047;6;*;tgg ;comp;tRNA;1103054;1103126;9;*;aca ;comp;tRNA;1103136;1103211;9;*;ttc ;comp;tRNA;1103221;1103296;4;*;gac ;comp;tRNA;1103301;1103377;20;*;atgf ;comp;tRNA;1103398;1103490;54;*;tca ;comp;tRNA;1103545;1103637;20;*;tca ;comp;tRNA;1103658;1103730;16;*;gca ;comp;tRNA;1103747;1103820;10;*;cca ;comp;tRNA;1103831;1103904;3;*;cgt ;comp;tRNA;1103908;1103996;16;*;tta ;comp;tRNA;1104013;1104087;29;*;ggc ;comp;tRNA;1104117;1104197;22;*;cta ;comp;tRNA;1104220;1104295;9;*;cac ;comp;tRNA;1104305;1104380;4;*;aca ;comp;tRNA;1104385;1104460;4;*;gta ;comp;rRNA;1104465;1104580;101;*;116 ;comp;rRNA;1104682;1107601;146;*;2920 ;comp;rRNA;1107748;1109298;695;*;1551 fin;;CDS;1109994;1113038;;0; deb;comp;CDS;1306706;1307848;198;*; ;comp;tRNA;1308047;1308120;115;*;gga fin;comp;CDS;1308236;1308889;;; deb;;CDS;1312025;1312345;210;*; ;comp;tRNA;1312556;1312637;10;*;ttg ;comp;tRNA;1312648;1312718;14;*;tgc ;comp;tRNA;1312733;1312807;5;*;ggc ;comp;tRNA;1312813;1312887;63;*;caa ;comp;tRNA;1312951;1313026;19;*;cac ;comp;tRNA;1313046;1313119;7;*;tgg ;comp;tRNA;1313127;1313210;17;*;tac ;comp;tRNA;1313228;1313303;5;*;gta ;comp;tRNA;1313309;1313383;24;*;gaa ;comp;tRNA;1313408;1313480;4;*;acc ;comp;tRNA;1313485;1313559;9;*;aac ;comp;rRNA;1313569;1313684;100;*;116 ;comp;rRNA;1313785;1316706;146;*;2922 ;comp;rRNA;1316853;1318404;387;*;1552 fin;;CDS;1318792;1319148;;0; deb;;CDS;1556278;1556507;57;*; ;comp;rRNA;1556565;1556680;50;*;116 ;comp;rRNA;1556731;1560125;177;*;3395 ;comp;rRNA;1560303;1562131;477;*;1829 fin;;CDS;1562609;1563322;;; deb;;CDS;1566949;1567219;99;*; ;comp;rRNA;1567319;1567434;50;*;116 ;comp;rRNA;1567485;1570406;147;*;2922 ;comp;rRNA;1570554;1572114;452;*;1561 fin;;CDS;1572567;1574498;;; deb;;CDS;1579539;1580615;14;*; ;comp;rRNA;1580630;1580745;49;*;116 ;comp;rRNA;1580795;1583909;158;*;3115 ;comp;rRNA;1584068;1585719;295;*;1652 fin;comp;CDS;1586015;1587520;;; deb;comp;CDS;1600693;1601166;174;*; ;comp;tRNA;1601341;1601416;3;*;gac ;comp;tRNA;1601420;1601496;12;*;atgf ;comp;rRNA;1601509;1601624;50;*;116 ;comp;rRNA;1601675;1604595;146;*;2921 ;comp;rRNA;1604742;1606293;76;*;1552 ;comp;tRNA;1606370;1606440;1;*;gga ;comp;tRNA;1606442;1606518;4;*;cca ;comp;tRNA;1606523;1606599;3;*;cgt ;comp;tRNA;1606603;1606691;16;*;tta ;comp;tRNA;1606708;1606782;29;*;ggc ;comp;tRNA;1606812;1606892;14;*;cta ;comp;tRNA;1606907;1606982;5;*;aaa ;comp;tRNA;1606988;1607062;87;*;caa ;comp;tRNA;1607150;1607225;46;*;gac ;comp;tRNA;1607272;1607347;4;*;gta ;comp;tRNA;1607352;1607426;1;*;gaa ;comp;tRNA;1607428;1607502;8;*;aac ;comp;tRNA;1607511;1607587;11;*;atc ;comp;tRNA;1607599;1607669;6;*;tgg ;comp;tRNA;1607676;1607748;9;*;aca ;comp;tRNA;1607758;1607833;8;*;ttc ;comp;tRNA;1607842;1607917;4;*;gac ;comp;tRNA;1607922;1607998;20;*;atgf ;comp;tRNA;1608019;1608111;54;*;tca ;comp;tRNA;1608166;1608258;20;*;tca ;comp;tRNA;1608279;1608351;16;*;gca ;comp;tRNA;1608368;1608441;10;*;cca ;comp;tRNA;1608452;1608525;3;*;cgt ;comp;tRNA;1608529;1608617;16;*;tta ;comp;tRNA;1608634;1608708;29;*;ggc ;comp;tRNA;1608738;1608818;13;*;cta ;comp;tRNA;1608832;1608907;5;*;aaa ;comp;tRNA;1608913;1608987;87;*;caa ;comp;tRNA;1609075;1609150;46;*;gac ;comp;tRNA;1609197;1609272;4;*;gta ;comp;tRNA;1609277;1609351;8;*;gaa ;comp;tRNA;1609360;1609450;3;*;agc ;comp;tRNA;1609454;1609528;114;*;aac fin;comp;CDS;1609643;1610101;;0; deb;comp;CDS;1702642;1703788;114;*; ;comp;tRNA;1703903;1703975;10;*;gca ;comp;tRNA;1703986;1704057;5;*;ggc ;comp;tRNA;1704063;1704138;5;*;aaa ;comp;tRNA;1704144;1704218;65;*;caa ;comp;tRNA;1704284;1704366;17;*;tac ;comp;tRNA;1704384;1704459;5;*;gta ;comp;tRNA;1704465;1704539;24;*;gaa ;comp;tRNA;1704564;1704636;4;*;acc ;comp;tRNA;1704641;1704715;9;*;aac ;comp;rRNA;1704725;1704840;86;*;116 ;comp;rRNA;1704927;1707848;146;*;2922 ;comp;rRNA;1707995;1709544;224;*;1550 fin;comp;CDS;1709769;1709987;;0; deb;comp;CDS;1767157;1767618;206;*; ;comp;rRNA;1767825;1767940;49;*;116 ;comp;rRNA;1767990;1770910;146;*;2921 ;comp;rRNA;1771057;1772607;373;*;1551 fin;comp;CDS;1772981;1774480;;; deb;comp;CDS;1787717;1790188;259;*; ;comp;tRNA;1790448;1790519;13;*;gaa ;comp;tRNA;1790533;1790606;160;*;atgj fin;comp;CDS;1790767;1791249;;; deb;comp;CDS;1820538;1820717;190;*; ;comp;rRNA;1820908;1821023;48;*;116 ;comp;rRNA;1821072;1823993;80;*;2922 ;comp;tRNA;1824074;1824149;8;*;gca ;comp;tRNA;1824158;1824234;132;*;atc ;comp;rRNA;1824367;1825918;218;*;1552 fin;comp;CDS;1826137;1826406;;; deb;comp;CDS;1827820;1829508;132;*; ;comp;ncRNA;1829641;1829905;79;*; fin;comp;CDS;1829985;1830485;;0; deb;comp;CDS;1832600;1832992;166;*; ;comp;tRNA;1833159;1833251;156;*;tca fin;comp;CDS;1833408;1834682;;; deb;;CDS;1839668;1840669;34;*; ;comp;rRNA;1840704;1840819;48;*;116 ;comp;rRNA;1840868;1843788;79;*;2921 ;comp;tRNA;1843868;1843943;8;*;gca ;comp;tRNA;1843952;1844028;132;*;atc ;comp;rRNA;1844161;1845712;241;*;1552 fin;comp;CDS;1845954;1848425;;; deb;;CDS;1873838;1875127;139;*; ;;tRNA;1875267;1875342;13;*;aaa ;;tRNA;1875356;1875427;21;*;gaa ;;tRNA;1875449;1875524;41;*;gac ;;tRNA;1875566;1875638;403;*;ttc fin;;CDS;1876042;1876749;;; deb;comp;CDS;2217640;2217846;205;*; ;;tRNA;2218052;2218127;258;*;cgg fin;;CDS;2218386;2219693;;; deb;;CDS;2250178;2250645;126;*; ;;tmRNA;2250772;2251126;407;*; fin;;CDS;2251534;2252211;;; deb;comp;CDS;2428815;2429495;404;*; ;;rRNA;2429900;2431454;144;*;1555 ;;rRNA;2431599;2434520;101;*;2922 ;;rRNA;2434622;2434737;4;*;116 ;;tRNA;2434742;2434817;4;*;gta ;;tRNA;2434822;2434897;9;*;aca ;;tRNA;2434907;2434982;22;*;cac ;;tRNA;2435005;2435085;29;*;cta ;;tRNA;2435115;2435189;16;*;ggc ;;tRNA;2435206;2435294;3;*;tta ;;tRNA;2435298;2435371;10;*;cgt ;;tRNA;2435382;2435455;16;*;cca ;;tRNA;2435472;2435544;20;*;gca ;;tRNA;2435565;2435657;54;*;tca ;;tRNA;2435712;2435805;20;*;cta ;;tRNA;2435826;2435902;1;*;atgf ;;tRNA;2435904;2435979;12;*;gac ;;tRNA;2435992;2436067;14;*;ttc ;;tRNA;2436082;2436157;10;*;aca ;;tRNA;2436168;2436243;13;*;aaa ;;tRNA;2436257;2436327;10;*;gga ;;tRNA;2436338;2436414;7;*;atc ;;tRNA;2436422;2436496;7;*;aac ;;tRNA;2436504;2436594;6;*;agc ;;tRNA;2436601;2436672;657;*;gaa fin;;CDS;2437330;2438274;;0; deb;;CDS;2798971;2799474;109;*; ;;tRNA;2799584;2799657;1;*;gga ;;tRNA;2799659;2799732;410;*;aga fin;;CDS;2800143;2800343;;0; deb;comp;CDS;2991608;2992366;242;*; ;;tRNA;2992609;2992682;221;*;atgi fin;;CDS;2992904;2993515;;; </pre> ====ban séquences==== <pre> 33 aas;inter;21 aas;inter;19 aas;inter;11 aas;inter ;;;;;;; gga;1;;;;;ttg;10 cca;4;;;;;tgc;14 cgt;3;;;;;ggc;5 tta;16;;;;;caa;63 ggc;29;;;;;cac;19 cta;14;;;;;tgg;7 aaa;5;;;;;tac;17 caa;87;;;;;gta;5 gac;46;gaa;6;;;gaa;24 gta;4;agc;7;;;acc;4 gaa;1;aac;7;gaa;1;aac; aac;8;atc;10;aac;8;; atc;11;gga;13;atc;11;; tgg;6;aaa;10;tgg;6;; aca;9;aca;14;aca;9;; ttc;8;ttc;12;ttc;9;; gac;4;gac;1;gac;4;; atgf;20;atgf;20;atgf;20;; tca;54;cta;54;tca;54;9 aas;inter tca;20;tca;20;tca;20;; gca;16;gca;16;gca;16;gca;10 cca;10;cca;10;cca;10;ggc;5 cgt;3;cgt;3;cgt;3;aaa;5 tta;16;tta;16;tta;16;caa;65 ggc;29;ggc;29;ggc;29;tac;17 cta;13;cta;22;cta;22;gta;5 aaa;5;cac;9;cac;9;gaa;24 caa;87;aca;4;aca;4;acc;4 gac;46;gta;;gta;;aac; gta;4;;;;;; gaa;8;;;;;; agc;3;;;;;; aac;;;;;;; </pre> ===bacilli synthèse=== ====bacilli distribution par génome==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_génome|bacilli distribution par génome]] <pre> baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total bsu;18;8;;52;2;4;;2;86 lmo;9;8;;44;;4;;2;67 lam;22;14;;16;;4;3;4;63 ppm;67;21;;68;;5;;;161 pmq;22;11;;138;;0;2;;173 lbu;49;16;;16;;10;7;;98 ban;8;5;;60;33;4;;2;112 ;;;;;;;;; total;195;83;0;394;35;31;12;10;760 </pre> ====bacilli distribution du total==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_du_total|bacilli distribution du total]] <pre> baci8;Sans 2 16s, 10 13aas et 31 +16s;;;;;;717;;baci8;Le reste;;;;;;43 atgi;8;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc; atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;15;acc;1;aac;4;agc; ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1 gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3 tta;16;tca;17;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;16;gaa;;gga;1 ttg;13;tcg;10;tag;;tgg;15;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg; atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;;acg;;aag;5;agg; ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total type;207;83;0;394;33;0;717;;type;12;;;10;2;31;43 </pre> ====bacilli distribution par type==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_type|bacilli distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> baci8;;;;;;;717;;baci8;;;;;;;83;;baci8;;;;;;;195;;baci8;;;;;;;12;;baci8;;;;;;;427 atgi;8;tct;0;tat;0;atgf;25;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;18 att;0;act;2;aat;0;agt;0;;att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;5;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;0;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;14;tcc;9;tac;13;tgc;7 atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;1;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;3;acc;;aac;9;agc;6;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;12;acc;6;aac;22;agc;10 ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;3;ccc;2;cac;;cgt;1;;ctc;4;ccc;;cac;9;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;23 gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;5;gcc;2;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;11;ggc;7;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;3;gcc;1;gac;22;ggc;29 tta;16;tca;17;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;5;taa;;tga;;;tta;3;tca;5;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;11;tca;7;taa;;tga; ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;1;aaa;;aga;7;;ata;1;aca;4;aaa;8;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;18;aaa;22;aga;1 cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;3;cca;5;caa;10;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;12;cca;22;caa;15;cga; gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;;gaa;;gga;5;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;28;gca;15;gaa;23;gga;10 ttg;13;tcg;10;tag;0;tgg;15;;ttg;;tcg;5;tag;;tgg;;;ttg;4;tcg;3;tag;;tgg;7;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;8 atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;2;acg;3;aag;4;agg;3;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;8;acg;2;aag;;agg; ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;1;ccg;2;cag;1;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====bacilli par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacilli par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;43;21;5;13;;;82; 16;moyen;27;59;4;135;2;31;227; 14;fort;13;115;3;279;8;2;418; ; ;83;195;12;427;10;33;760; 10;g+cga;16;12;5;5;;;38; 2;agg+cgg;11;0;;;;;11; 4;carre ccc;12;5;;8;;;25; 5;autres;4;4;;;;;8; ;;43;21;5;13;;;82; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;baci ‰;ref. ‰ 21;faible;57;28;7;17;;;108;26 16;moyen;36;78;5;178;3;41;299;324 14;fort;17;151;4;367;11;3;550;650 ;;109;257;16;562;13;43;760;729 10;g+cga;21;16;7;7;;;50;10 2;agg+cgg;14;;;;;;14; 4;carre ccc;16;7;;11;;;33;16 5;autres;5;5;;;;;11; ;;57;28;7;17;;;108; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;148;72;17;238;26;52;11; 16;moyen;93;203;14;310;324;33;30; 14;fort;45;397;10;452;650;16;59; ;;286;672;41;290;729;83;195; 10;g+cga;55;41;17;114;;37;; 2;agg+cgg;38;;;38;;26;; 4;carre ccc;41;17;;59;;28;; 5;autres;14;14;;28;;9;; ;;148;72;17;238;;43;; </pre> ====bacilli, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli,_estimation_des_-rRNAs|bacilli, estimation des -rRNAs]] <pre> ;;;;;;;;bacilli;;;;;;;;;;;;;;;;; 32 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;32;1889;0;0;;indices;;;;32;5903;0;0;;baci7;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;290 atgi;20;tct;;tat;;atgf;91;;atgi;63;tct;;tat;;atgf;284;;atgi;5;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;2;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;5;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;63;tcc;30;tac;56;tgc;30;;ttc;197;tcc;94;tac;175;tgc;94;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5 atc;92;acc;27;aac;99;agc;38;;atc;288;acc;84;aac;309;agc;119;;atc;4;acc;2;aac;10;agc;7 ctc;15;ccc;;cac;53;cgt;82;;ctc;47;ccc;;cac;166;cgt;256;;ctc;7;ccc;2;cac;9;cgt;4 gtc;3;gcc;1;gac;106;ggc;101;;gtc;9.4;gcc;3.1;gac;331;ggc;316;;gtc;5;gcc;3;gac;12;ggc;10 tta;59;tca;49;taa;;tga;;;tta;184;tca;153;taa;;tga;;;tta;5;tca;10;taa;;tga; ata;;aca;87;aaa;84;aga;1;;ata;0;aca;272;aaa;263;aga;3.1;;ata;1;aca;5;aaa;8;aga;8 cta;54;cca;77;caa;69;cga;;;cta;169;cca;241;caa;216;cga;;;cta;3;cca;5;caa;14;cga;2 gta;113;gca;122;gaa;94;gga;49;;gta;353;gca;381;gaa;294;gga;153;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;9 ttg;32;tcg;2;tag;;tgg;42;;ttg;100;tcg;6.3;tag;;tgg;131;;ttg;6;tcg;8;tag;;tgg;7 atgj;32;acg;3;aag;;agg;;;atgj;100;acg;9.4;aag;;agg;;;atgj;6;acg;5;aag;10;agg;3 ctg;12;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;37.5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;2;cag;1;cgg;8 gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3.1;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg;3 ;;693;;1171;;25;1889;;;;2166;;3659;;78;5903;;;;90;;131;;69;290 29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;49366;0,2;0;;indices;sans +16s;;;618;49366;0,2;0;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;84;tct;0.3;tat;0.5;atgf;1;;atgi;146;tct;0.3;tat;0.5;atgf;285;;atgi;71;tct;;tat;;atgf;100 att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;;act;29;aat;;agt; ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;71;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;75;tcc;26;tac;64;tgc;23;;ttc;272;tcc;120;tac;239;tgc;117;;ttc;129;tcc;43;tac;157;tgc;71 atc;23;acc;8;aac;69;agc;40;;atc;310;acc;92;aac;378;agc;159;;atc;57;acc;29;aac;143;agc;100 ctc;28;ccc;6.1;cac;20;cgt;32;;ctc;75;ccc;6.1;cac;186;cgt;288;;ctc;100;ccc;29;cac;129;cgt;57 gtc;44;gcc;27;gac;55;ggc;-6;;gtc;53;gcc;30;gac;386;ggc;310;;gtc;71;gcc;43;gac;171;ggc;143 tta;27;tca;91;taa;1.1;tga;1.8;;tta;211;tca;244;taa;1.1;tga;1.8;;tta;71;tca;143;taa;;tga; ata;2.1;aca;22;aaa;78;aga;116;;ata;2.1;aca;294;aaa;340;aga;119;;ata;14;aca;71;aaa;114;aga;114 cta;30;cca;2;caa;83;cga;6.3;;cta;199;cca;243;caa;299;cga;6.3;;cta;43;cca;71;caa;200;cga;29 gta;44;gca;62;gaa;174;gga;152;;gta;397;gca;443;gaa;468;gga;305;;gta;114;gca;29;gaa;271;gga;129 ttg;25;tcg;41;tag;0.8;tgg;6;;ttg;125;tcg;47;tag;0.8;tgg;137;;ttg;86;tcg;114;tag;;tgg;100 atgj;52;acg;38;aag;73;agg;72;;atgj;152;acg;47;aag;73;agg;72;;atgj;86;acg;71;aag;143;agg;43 ctg;22.5;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;60;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;114;ccg;29;cag;14;cgg;114 gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;15;;gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;18;;gtg;;gcg;;gag;29;ggg;43 ;;654;;845;;582;2081;;;;2820;;4504;;660;7984;;;;1286;;1871;;986;4143 rapports;;23;;19;;88;26;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;57;tct;;tat;;atgf;0.2;;fiches;28.90625;;;fréquences;;;;;atgi;14;tct;100;tat;100;atgf;99 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;925;;;0/0;0;;;;att;100;act;62;aat;100;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;1902;;;10;2;;;;ctt;34;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;32;;;20;3;;;;gtt;100;gct;100;gat;;ggt; ttc;28;tcc;22;tac;27;tgc;20;;;;;;30;1;;;;ttc;42;tcc;39;tac;59;tgc;67 atc;7;acc;8;aac;18;agc;25;;baci7;41.429;;;40;9;;;;atc;61;acc;73;aac;52;agc;60 ctc;38;ccc;100;cac;11;cgt;11;;sans;290;;;50;6;21;;;ctc;72;ccc;79;cac;84;cgt;44 gtc;82;gcc;90;gac;14;ggc;-2;;avec;470;;;60;5;;;;gtc;39;gcc;37;gac;68;ggc;104 tta;13;tca;37;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;9;;;;tta;63;tca;36;taa;100;tga;100 ata;100;aca;8;aaa;23;aga;97;;;;;;80;5;;;;ata;85;aca;69;aaa;32;aga;1 cta;15;cca;1.0;caa;28;cga;100;;L’estimation par baci7;;;;90;3;;;;cta;29;cca;97;caa;58;cga;78 gta;11;gca;14;gaa;37;gga;50;;est 43 % au dessus;;;;100;6;;;;gta;62;gca;54;gaa;36;gga;15 ttg;20;tcg;87;tag;;tgg;4;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;71;tcg;64;tag;100;tgg;94 atgj;34;acg;80;aag;100;agg;100;;32;;100;;;50;;;;atgj;39;acg;47;aag;49;agg;40 ctg;38;ccg;100;cag;100;cgg;100;;atc;45;310;;;;;;;ctg;80;ccg;34;cag;16;cgg;5 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;83;;gca;59;443;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;44;ggg;65 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;867;;838;;850;2554 </pre> ==clostridia== ===psor=== ====psor opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_opérons|psor opérons]] <pre> 27.3%GC;8.8.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Paeniclostridium sordellii AM370;;;;;;;;; ;9847..10620;CDS;;205;205;;;258; ;10826..12332;16s;;196;;;;; ;12529..15445;23s;;78;;;;; ;15524..15640;5s;;85;85;;;;85 ;15726..15947;CDS;;;;;;74; ;;;;;;;;; ;18845..19297;CDS;;3;3;;;151;3 ;19301..19393;tcc;;27;;;;; ;19421..19685;ncRNA;;152;152;;;; ;19838..21478;CDS;;;;;;*547; ;;;;;;;;; ;24343..24570;CDS;;309;309;;;76; ;24880..26386;16s;;196;;;;; ;26583..29499;23s;;122;;;;; ;29622..29738;5s;;5;;;5;; ;29744..29832;tta;+;13;;;13;; ;29846..29921;atgf;3 aaa;15;;;15;; ;29937..30011;gaa;6 atg;9;;;9;; ;30021..30094;gga;3 gta;6;;;6;; ;30101..30176;gta;1 cgt;5;;;5;; ;30182..30258;gac;1 ggc;16;;;16;; ;30275..30350;aac;2 fois suite;4;;;4;; ;30355..30429;aca;aac aca aga;4;;;4;; ;30434..30518;tac;caa cac cca;15;;;15;; ;30534..30617;cta;cta gaa gac;14;;;14;; ;30632..30708;aga;gga tac tca;7;;;7;; ;30716..30791;caa;tgc tta ttc;11;;;11;; ;30803..30878;aaa;;6;;;6;; ;30885..30973;tca;;3;;;3;; ;30977..31052;ttc;;9;;;9;; ;31062..31138;atgj;;8;;;8;; ;31147..31223;atgi;;21;;;21;; ;31245..31321;cca;;6;;;6;; ;31328..31404;cac;;4;;;4;; ;31409..31482;tgc;;25;;;25;; ;31508..31596;tta;;13;;;13;; ;31610..31685;atgf;;15;;;15;; ;31701..31775;gaa;;9;;;9;; ;31785..31858;gga;;6;;;6;; ;31865..31940;gta;;5;;;5;; ;31946..32022;gac;;16;;;16;; ;32039..32114;aac;;4;;;4;; ;32119..32193;aca;;4;;;4;; ;32198..32282;tac;;15;;;15;; ;32298..32381;cta;;11;;;11;; ;32393..32467;ggc;;13;;;13;; ;32481..32557;aga;;7;;;7;; ;32565..32640;caa;;11;;;11;; ;32652..32727;aaa;;6;;;6;; ;32734..32822;tca;;3;;;3;; ;32826..32901;ttc;;9;;;9;; ;32911..32987;atgj;;8;;;8;; ;32996..33072;atgi;;21;;;21;; ;33094..33170;cca;;6;;;6;; ;33177..33253;cac;;9;;;9;; ;33263..33338;aaa;;21;;;21;; ;33360..33433;tgc;;6;;;6;; ;33440..33516;cgt;;10;;;;; ;33527..33602;gta;;162;162;;;;162 ;33765..34016;CDS;;;;;;84; ;;;;;;;;; ;34042..34455;CDS;;249;249;;;138; ;34705..36211;16s;;196;;;;; ;36408..39324;23s;;78;;;;; ;39403..39519;5s;;402;*402;;;; comp;39922..40113;CDS;;348;348;;;64; ;40462..41968;16s;;196;;;;; ;42165..45081;23s;;78;;;;; ;45160..45276;5s;;180;180;;;;*180 ;45457..47394;CDS;;;;;;*646; ;;;;;;;;; ;101428..102144;CDS;;276;276;;;239; ;102421..103927;16s;;54;;;;; ;103982..104057;gca;;114;;;;; ;104172..107096;23s;;41;;;;; ;107138..107211;gga;;11;;;;; ;107223..107339;5s;;99;99;;;;99 comp;107439..108617;CDS;;;;;;393; ;;;;;;;;; ;111345..111884;CDS;;431;*431;;;180; ;112316..113822;16s;;54;;;;; ;113877..113952;gca;;114;;;;; ;114067..116982;23s;;193;;;;; ;117176..117292;5s;;5;;;;; ;117298..117386;tta;;9;;;9;; ;117396..117472;atgi;;123;;;;; ;117596..119102;16s;;54;;;;; ;119157..119232;gca;;114;;;;; ;119347..122263;23s;;193;;;;; ;122457..122573;5s;;5;;;;; ;122579..122667;tta;;9;;;9;; ;122677..122753;atgi;;123;;;;; ;122877..124383;16s;;54;;;;; ;124438..124513;gca;;114;;;;; ;124628..127549;23s;;78;;;;; ;127628..127744;5s;;100;100;;;;100 ;127845..129260;CDS;;;;;;472; ;;;;;;;;; ;215388..216260;CDS;;264;264;;;291; ;216525..218030;16s;;123;;;;; ;218154..218229;gca;;152;;;;; ;218382..221296;23s;;50;;;;; ;221347..221420;gga;;12;;;;; ;221433..221549;5s;;109;109;;;;109 ;221659..221940;CDS;;525;*525;;;94; ;222466..223972;16s;;196;;;;; ;224169..227083;23s;;144;;;;; ;227228..227344;5s;;228;228;;;;*228 ;227573..227989;CDS;;;;;;139; ;;;;;;;;; ;449964..450266;CDS;;253;253;;;101; ;450520..452026;16s;;196;;;;; ;452223..455139;23s;;144;;;;; ;455284..455400;5s;;112;112;;;;112 comp;455513..456616;CDS;;;;;;368; ;;;;;;;;; ;498418..499074;CDS;;189;189;;;219; ;499264..500770;16s;;118;;;;; ;500889..500964;gca;;95;;;;; ;501060..503976;23s;;144;;;;; ;504121..504237;5s;;131;131;;;;131 ;504369..504551;CDS;;;;;;61; ;;;;;;;;; ;546886..550416;CDS;;41;41;;;*1177;*41 comp;550458..550544;ttg;;138;138;;;; ;550683..553325;CDS;;;;;;*881; ;;;;;;;;; ;608009..608683;CDS;;195;195;;;225; ;608879..608975;tga;;37;37;;;;37 comp;609013..609732;CDS;;;;;;240; ;;;;;;;;; ;815939..816655;CDS;;71;71;;;239;71 ;816727..816800;tgc;;12;;12;;; ;816813..816888;aac;;3;;3;;; ;816892..816966;aca;;285;285;;;; ;817252..818727;CDS;;;;;;492; ;;;;;;;;; ;1284870..1288097;CDS;;111;111;;;*1076;*111 ;1288209..1288297;cta;;426;*426;;;; ;1288724..1290853;CDS;;;;;;*710; ;;;;;;;;; ;1445161..1445664;CDS;;135;135;;;168;135 ;1445800..1445868;other;@1;258;258;;;; ;1446127..1446813;CDS;;;;;;229; ;;;;;;;;; ;2267513..2267698;CDS;@2;306;306;;;62;*306 comp;2268005..2268088;cta;;404;*404;;;; ;2268493..2269758;CDS;;;;;;422; ;;;;;;;;; ;3094098..3094784;CDS;;40;40;;;229;40 comp;3094825..3094941;5s;;78;;;;; comp;3095020..3097936;23s;;194;;;;; comp;3098131..3099637;16s;;276;276;;;; comp;3099914..3101161;CDS;;;;;;416; ;;;;;;;;; ;3159922..3160827;CDS;;37;37;;;302;37 comp;3160865..3160956;agc;;120;120;;;; comp;3161077..3161376;CDS;;;;;;100; ;;;;;;;;; comp;3274188..3274733;CDS;;245;245;;;182;*245 comp;3274979..3275095;5s;@3;12;;;;; comp;3275108..3275181;gga;;107;;;;; comp;3275289..3278214;23s;;137;;;;; comp;3278352..3279858;16s;;253;253;;;; comp;3280112..3280690;CDS;;;;;;193; ;;;;;;;;; comp;3303104..3304150;CDS;;124;124;;;349;124 comp;3304275..3304459;riboswitch;@4;96;;;;; comp;3304556..3304672;5s;;11;;;;; comp;3304684..3304758;aca;;116;;;;; comp;3304875..3307789;23s;;196;;;;; comp;3307986..3309492;16s;;364;*364;;;; ;3309857..3310504;CDS;;;;;;216; ;;;;;;;;; comp;3438683..3439531;CDS;;142;142;;;283;142 comp;3439674..3439750;aga;;7;;;7;; comp;3439758..3439832;ggc;;9;;;9;; comp;3439842..3439918;gac;;5;;;5;; comp;3439924..3439999;gta;;8;;;8;; comp;3440008..3440082;gaa;;5;;;;; comp;3440088..3440204;5s;;40;;;;; comp;3440245..3443168;23s;;112;;;;; comp;3443281..3443356;gca;;109;;;;; comp;3443466..3444972;16s;;138;;;;; comp;3445111..3445187;atgj;+;13;;;13;; comp;3445201..3445276;ttc;3 atg;6;;;6;; comp;3445283..3445359;atc;2 cca;6;;;6;; comp;3445366..3445442;cca;2 gga;31;;;31;; comp;3445474..3445549;tgg;2 aac;11;;;11;; comp;3445561..3445637;atgi;;6;;;6;; comp;3445644..3445720;cca;;6;;;6;; comp;3445727..3445817;agc;;11;;;11;; comp;3445829..3445917;tca;;6;;;6;; comp;3445924..3445999;aaa;;12;;;12;; comp;3446012..3446087;caa;;6;;;6;; comp;3446094..3446170;aga;;19;;;19;; comp;3446190..3446263;gga;;11;;;11;; comp;3446275..3446359;tac;;4;;;4;; comp;3446364..3446438;aca;;4;;;4;; comp;3446443..3446518;aac;;31;;;31;; comp;3446550..3446625;aac;;16;;;16;; comp;3446642..3446718;gac;;5;;;5;; comp;3446724..3446799;gta;;6;;;6;; comp;3446806..3446879;gga;;9;;;9;; comp;3446889..3446963;gaa;;15;;;15;; comp;3446979..3447054;atgf;;13;;;13;; comp;3447068..3447156;tta;;5;;;;; comp;3447162..3447278;5s;;213;;;;; comp;3447492..3450406;23s;;196;;;;; comp;3450603..3452109;16s;;239;239;;;; comp;3452349..3452552;CDS;;;;;;68; ;;;;;;;;; comp;3523330..3524046;CDS;;129;129;;;239;129 comp;3524176..3524251;gta;+;8;;8;;; comp;3524260..3524334;gaa;2 fois;20;;20;;; comp;3524355..3524430;aaa;gta gaa aaa;10;;10;;; comp;3524441..3524515;aca;;10;;10;;; comp;3524526..3524602;gac;;7;;7;;; comp;3524610..3524685;gta;;9;;9;;; comp;3524695..3524769;gaa;;5;;5;;; comp;3524775..3524850;aaa;;289;289;;;; ;3525140..3526039;CDS;;;;;;300; </pre> ====psor cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_cumuls|psor cumuls]] <pre> psor cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;17;1;0;0;1;0;1;0;100;9 ;16 23 5s 0;6;20;9;65;50;5;20;1;200;8 ;16 atc gca;0;40;0;6;100;4;40;3;300;13 ;16 23 5s a;2;60;0;0;150;10;60;1;400;4 ;max a;44;80;0;0;200;5;80;1;500;4 ;a doubles;2;100;0;0;250;5;100;3;600;1 ;autres;9;120;0;0;300;8;120;3;700;1 ;total aas;87;140;0;0;350;3;140;4;800;1 sans ;opérons;8;160;0;0;400;1;160;1;900;1 ;1 aa;6;180;0;0;450;4;180;2;1000;0 ;max a;8;200;0;0;500;0;200;0;1100;1 ;a doubles;1;;0;0;;1;;3;;1 ;total aas;17;;9;71;;46;;22;;44 total aas;;104;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;9;10;;206;;119;;304 ;;;variance;5;6;;121;;73;;257 sans jaune;;;moyenne;;;;173;;95;;220 ;;;variance;;;;90;;45;;121 </pre> ====psor blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_blocs|psor blocs]] <pre> I;;I2;I3;I4;;;II;;III;;IV;IV1;IV2 ;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;CDS;124;;; ;;;;;;;CDS;245;riboswitch;96;;; CDS;205;249;348;525;253;40;5s;12;5s;11;CDS;309;5 16s;196;196;196;196;196;78;gga;107;aca;116;16s;196;213 23s;78;78;78;144;144;194;23s;137;23s;196;23s;122;196 5s;85;402;180;228;112;276;16s;253;16s;364;5s;5;239 CDS;;;;;;;CDS;;CDS;;tta;; V;;V2;VI;VI1;VII;VII1;VIII;VIII1;IX;;X;X1; ;;;;;;;;;;;;; CDS;276;264;CDS;431;;;;;CDS;189;gaa;5; 16s;54;123;16s;54;16s;54;16s;54;16s;118;5s;40; gca;114;152;gca;114;gca;114;gca;114;gca;95;23s;112; 23s;41;50;23s;193;23s;193;23s;78;23s;144;gca;109; gga;11;12;5s;5;5s;5;5s;100;5s;131;16s;138; 5s;99;109;tta;9;tta;9;CDS;;CDS;;atgj;; CDS;;;atgi;123;atgi;123;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;; ;CDS;431;;CDS;309;;CDS;142;;CDS;264;; VI;16s;54;IV1;16s;196;;* * * *4aas;8;V2;16s;123;; ;gca;114;;23s;122;;gaa;5;;gca;152;; ;23s;193;;5s;5;;5s;40;;23s;50;; ;5s;5;;tta;13;;23s;112;;gga;12;; ;tta;9;;* * * * 42aas;10;;gca;109;;5s;109;; ;atgi;123;;gta;162;X1;16s;138;;CDS;525;; VII;16s;54;;CDS;25;;atgj;13;I4;16s;196;; ;gca;114;;CDS;249;;* * * *21aas;13;;23s;144;; ;23s;193;I2;16s;196;;tta;5;;5s;228;; ;5s;5;;23s;78;;5s;213;;CDS;;; ;tta;9;;5s;402;;23s;196;;;;; ;atgi;123;;CDS;348;IV2;16s;239;;;;; VIII;16s;54;I3;16s;196;;CDS;;;;;; ;gca;114;;23s;78;;;;;;;; ;23s;78;;5s;180;;;;;;;; ;5s;100;;CDS;;;;;;;;; ;CDS;;;;;;;;;;;; </pre> ====psor distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_distribution|psor distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;3 gga;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca ;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;;;;;;;;;1-3 aas;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;;;;;;;;;2 tta;atc;1;acc;;aac;4;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;2 atgi;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4 cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total psor;;5 *;;;;;5;;psor;12;;;;;;12;;;;;;;;;;;psor;;;4;72;;7;87 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3 aas;;; </pre> ====psor données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_données_intercalaires|psor données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;psor;fx;fc;psor;fx40;fc40;psor;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;23;0;0;23;-1;;52;3;41;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;1;10;8;223;1;1;40;-2;;0;162;138;4* 54;;gca;13;;tta;13;;atgj ;0;20;16;347;2;0;52;-3;;0;195;37;123;;gca;15;;atgf;6;;ttc ;0;30;42;182;3;0;19;-4;1;23;71;306;118;;gca;9;;gaa;6;;atc 2;0;40;52;86;4;0;22;-5;;3;285;404;109;;gca;6;;gga;31;;cca 1;0;50;45;48;5;1;15;-6;;0;111;37;tRNA 23s;;;5;;gta;11;;tgg ;0;60;21;74;6;1;3;-7;;18;426;289;4* 114;;gca;16;;gac;6;;atgi ;0;70;28;60;7;1;4;-8;;50;135;;152;;gca;4;;aac;6;;cca ;1;80;19;87;8;1;15;-9;;0;258;;95;;gca;4;;aca;11;;agc ;0;90;19;67;9;3;24;-10;;2;120;;109;;gca;15;;tac;6;;tca ;0;100;9;76;10;0;29;-11;1;31;142;;23s tRNA;;;14;;cta;12;;aaa ;0;110;18;75;11;2;44;-12;;0;129;;41;;gga;7;;aga;6;;caa ;2;120;15;85;12;1;46;-13;;1;CDS 16s;;50;;gga;11;;caa;19;;aga ;1;130;12;65;13;1;34;-14;;19;205;348;107;;gga;6;;aaa;11;;gga 1;1;140;24;68;14;1;41;-15;;0;309;264;116;;aca;3;;tca;4;;tac ;1;150;17;63;15;1;31;-16;;3;249;364;5s tRNA;;;9;;ttc;4;;aca ;0;160;27;59;16;1;30;-17;;7;276;;4* 5;;tta;8;;atgj;31;;aac ;1;170;26;62;17;2;34;-18;;0;431;;5;;gaa;21;;atgi;16;;aac ;0;180;19;44;18;1;36;-19;;1;525;;tRNA 5s;;;6;;cca;5;;gac ;0;190;24;48;19;3;26;-20;;7;253;;11;;gga;4;;cac;6;;gta ;1;200;22;36;20;3;25;-21;;0;189;;2* 12;;gga;25;;tgc;9;;gga ;0;210;20;40;21;2;20;-22;;1;276;;11;;aca;13;;tta;15;;gaa ;0;220;13;35;22;1;19;-23;;2;253;;tRNA tRNA;;intra;15;;atgf;13;;atgf ;0;230;18;25;23;3;22;-24;;0;239;;2* 9;;tta atgi;9;;gaa;**;;tta ;0;240;15;28;24;2;24;-25;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;;6;;gga;;; ;0;250;7;18;25;3;19;-26;;4;5* 78;;12;;tgc;5;;gta;;; ;1;260;13;24;26;6;16;-27;;0;122;;3;;aac;16;;gac;;; ;0;270;8;15;27;6;18;-28;;0;2* 193;;**;;aca;4;;aac;;; ;0;280;7;22;28;6;14;-29;;3;3* 144;;8;;gta;4;;aca;;; 1;1;290;9;14;29;4;10;-30;;0;40;;20;;gaa;15;;tac;;; ;0;300;13;15;30;9;20;-31;;1;213;;10;;aaa;11;;cta;;; 1;0;310;3;19;31;4;14;-32;;1;16s 23s;;10;;aca;13;;ggc;;; ;0;320;9;11;32;3;12;-33;;0;8* 196;;7;;gac;7;;aga;;; ;0;330;6;14;33;5;8;-34;;0;194;;9;;gta;11;;caa;;; ;0;340;6;10;34;5;5;-35;;0;137;;5;;gaa;6;;aaa;;; ;0;350;4;9;35;7;13;-36;;0;5s CDS;;**;;aaa;3;;tca;;; ;0;360;4;10;36;5;8;-37;;0;85;402;;;;9;;ttc;;; ;0;370;6;8;37;5;2;-38;;0;180;99;;;;8;;atgj;;; ;0;380;2;9;38;8;8;-39;;0;100;112;;;;21;;atgi;;; ;0;390;1;8;39;2;7;-40;;0;109;40;;;;6;;cca;;; ;0;400;2;7;40;8;9;-41;;1;228;;;;;9;;cac;;; 1;1;reste;63;131;reste;574;1489;-42;;0;131;;;;;21;;aaa;;; 7;12;total;692;2350;total;692;2350;-43;;0;245;;;;;6;;tgc;;; 6;11;diagr;629;2196;diagr;118;838;-44;;0;;;;;;10;;cgt;;; 0;1; t30;66;752;;;;-45;;0;;;;;;**;;gta;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;7;;aga;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;9;;ggc;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;5;;gac;;; ;x;692;3;0;695;;;-49;;0;;;;;;8;;gta;;; ;c;2327;235;23;2585;;;-50;;1;;;;;;**;;gaa;;; ;;;;;3280;227;;reste;1;1;;;;;;;;;;; ;;;;;;3507;;total;3;235;;;;;;;;;;; </pre> =====psor autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_autres_intercalaires_aas|psor autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;psor;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas fin;;CDS;1;1332;; deb;;CDS;9847;10620;205; ;;rRNA;10826;12332;196;1507 ;;rRNA;12529;15445;78;2917 ;;rRNA;15524;15640;85;117 fin;;CDS;15726;15947;; deb;;CDS;18845;19297;3; ;;tRNA;19301;19393;27;tcc ;;ncRNA;19421;19685;152; fin;;CDS;19838;21478;; deb;;CDS;24343;24570;309; ;;rRNA;24880;26386;196;1507 ;;rRNA;26583;29499;122;2917 ;;rRNA;29622;29738;5;117 ;;tRNA;29744;29832;13;tta ;;tRNA;29846;29921;15;atgf ;;tRNA;29937;30011;9;gaa ;;tRNA;30021;30094;6;gga ;;tRNA;30101;30176;5;gta ;;tRNA;30182;30258;16;gac ;;tRNA;30275;30350;4;aac ;;tRNA;30355;30429;4;aca ;;tRNA;30434;30518;15;tac ;;tRNA;30534;30617;14;cta ;;tRNA;30632;30708;7;aga ;;tRNA;30716;30791;11;caa ;;tRNA;30803;30878;6;aaa ;;tRNA;30885;30973;3;tca ;;tRNA;30977;31052;9;ttc ;;tRNA;31062;31138;8;atgj ;;tRNA;31147;31223;21;atgi ;;tRNA;31245;31321;6;cca ;;tRNA;31328;31404;4;cac ;;tRNA;31409;31482;25;tgc ;;tRNA;31508;31596;13;tta ;;tRNA;31610;31685;15;atgf ;;tRNA;31701;31775;9;gaa ;;tRNA;31785;31858;6;gga ;;tRNA;31865;31940;5;gta ;;tRNA;31946;32022;16;gac ;;tRNA;32039;32114;4;aac ;;tRNA;32119;32193;4;aca ;;tRNA;32198;32282;15;tac ;;tRNA;32298;32381;11;cta ;;tRNA;32393;32467;13;ggc ;;tRNA;32481;32557;7;aga ;;tRNA;32565;32640;11;caa ;;tRNA;32652;32727;6;aaa ;;tRNA;32734;32822;3;tca ;;tRNA;32826;32901;9;ttc ;;tRNA;32911;32987;8;atgj ;;tRNA;32996;33072;21;atgi ;;tRNA;33094;33170;6;cca ;;tRNA;33177;33253;9;cac ;;tRNA;33263;33338;21;aaa ;;tRNA;33360;33433;6;tgc ;;tRNA;33440;33516;10;cgt ;;tRNA;33527;33602;162;gta fin;;CDS;33765;34016;; deb;;CDS;34042;34455;249; ;;rRNA;34705;36211;196;1507 ;;rRNA;36408;39324;78;2917 ;;rRNA;39403;39519;402;117 deb;comp;CDS;39922;40113;348; ;;rRNA;40462;41968;196;1507 ;;rRNA;42165;45081;78;2917 ;;rRNA;45160;45276;180;117 fin;;CDS;45457;47394;; deb;;CDS;101428;102144;276; ;;rRNA;102421;103927;54;1507 ;;tRNA;103982;104057;114;gca ;;rRNA;104172;107096;41;2925 ;;tRNA;107138;107211;11;gga ;;rRNA;107223;107339;99;117 fin;comp;CDS;107439;108617;; deb;;CDS;111345;111884;431; ;;rRNA;112316;113822;54;1507 ;;tRNA;113877;113952;114;gca ;;rRNA;114067;116982;193;2916 ;;rRNA;117176;117292;5;117 ;;tRNA;117298;117386;9;tta ;;tRNA;117396;117472;123;atgi ;;rRNA;117596;119102;54;1507 ;;tRNA;119157;119232;114;gca ;;rRNA;119347;122263;193;2917 ;;rRNA;122457;122573;5;117 ;;tRNA;122579;122667;9;tta ;;tRNA;122677;122753;123;atgi ;;rRNA;122877;124383;54;1507 ;;tRNA;124438;124513;114;gca ;;rRNA;124628;127549;78;2922 ;;rRNA;127628;127744;100;117 fin;;CDS;127845;129260;; deb;;CDS;157173;157352;467; ;;regulatory;157820;157903;46; fin;;CDS;157950;158441;; deb;comp;CDS;215388;216260;264; ;;rRNA;216525;218030;123;1506 ;;tRNA;218154;218229;152;gca ;;rRNA;218382;221296;50;2915 ;;tRNA;221347;221420;12;gga ;;rRNA;221433;221549;109;117 deb;;CDS;221659;221940;525; ;;rRNA;222466;223972;196;1507 ;;rRNA;224169;227083;144;2915 ;;rRNA;227228;227344;228;117 fin;;CDS;227573;227989;; deb;;CDS;349139;349594;119; ;;tmRNA;349714;350063;508; fin;;CDS;350572;351813;; deb;;CDS;449964;450266;253; ;;rRNA;450520;452026;196;1507 ;;rRNA;452223;455139;144;2917 ;;rRNA;455284;455400;112;117 fin;comp;CDS;455513;456616;; deb;;CDS;498418;499074;189; ;;rRNA;499264;500770;118;1507 ;;tRNA;500889;500964;95;gca ;;rRNA;501060;503976;144;2917 ;;rRNA;504121;504237;131;117 fin;;CDS;504369;504551;; deb;;CDS;535194;536090;85; ;;ncRNA;536176;536362;27; fin;comp;CDS;536390;537400;; deb;;CDS;546886;550416;41; ;comp;tRNA;550458;550544;138;ttg fin;;CDS;550683;553325;; deb;;CDS;608009;608683;195; ;;tRNA;608879;608975;37;tga fin;comp;CDS;609013;609732;; deb;;CDS;664519;665208;281; 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dir ;378341..380728;;cds;;583;*583;2388;;796;;cadmium-translocating P-type ATPase dir ;381312..382819;;16s;;311;;1508;;;; dir ;383131..386030;;23s;;126;;2900;;;; dir ;386157..386273;;5s;;177;177;117;;;177; dir ;386451..387059;;cds;;;;609;;203;;DedA family protein ;;;;;;;;;;; comp;833130..833894;;cds;;258;258;765;;255;;DeoR/GlpR transcriptional regulator dir ;834153..834243;;agc;;87;87;91;;;87; dir ;834331..835119;;cds;;;;789;;263;;flagellar motor protein ;;;;;;;;;;; dir ;1089165..1090139;;cds;;239;239;975;;325;239;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase dir ;1090379..1091886;;16s;;320;;1508;;;; dir ;1092207..1095106;;23s;;91;;2900;;;; dir ;1095198..1095271;;gga;@2;8;;74;;;; dir ;1095280..1095396;;5s;;273;273;117;;;; dir ;1095670..1097688;;cds;;;;2019;;673;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase ;;;;;;;;;;; comp;1181549..1182958;;cds;;1374;*1374;1410;;470;;MBOAT family protein comp;1184333..1184415;;ttg;;318;318;83;;;318; dir ;1184734..1187382;;cds;;;;2649;;883;;DNA polymerase I ;;;;;;;;;;; dir ;1835768..1837498;;cds;;109;109;1731;;577;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein dir ;1837608..1837688;;cta;;231;231;81;;;; <dir ;1837920..1838093;;cds;;;;174;;58;;HXXEE domain-containing protein ;;;;;;;;;;; dir ;2981767..2982444;;cds;;159;159;678;;226;159;sortase SrtB comp;2982604..2982678;;aca;@3;94;;75;;;; comp;2982773..2985672;;23s;;184;;2900;;;; comp;2985857..2987364;;16s;;340;340;1508;;;; dir ;2987705..2988643;;cds;;;;939;;313;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase ;;;;;;;;;;; comp;3787361..3788431;;cds;;454;*454;1071;;357;;ABC transporter ATP-binding protein comp;3788886..3789002;;5s;;126;;117;;;; comp;3789129..3792028;;23s;;281;;2900;;;; comp;3792310..3793817;;16s;;191;191;1508;;;191; comp;3794009..3794587;;cds;;;;579;;193;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase ;;;;;;;;;;; comp;3944262..3944453;;cds;;119;119;192;;64;119;DUF378 domain-containing protein comp;3944573..3944689;;5s;;126;;117;;;; comp;3944816..3947715;;23s;;217;;2900;;;; comp;3947933..3949440;;16s;;282;282;1508;;;; comp;3949723..3950004;;cds;;221;221;282;;94;;hp comp;3950226..3951755;;cds;;;;1530;;510;;lysine--tRNA ligase ;;;;;;;;;;; dir ;4084445..4085437;;cds;;382;*382;993;;331;;DNA replication protein DnaC comp;4085820..4085894;;aca;;33;;75;;;; comp;4085928..4086003;;gta;;4;;76;;;; comp;4086008..4086082;;gaa;;6;;75;;;; comp;4086089..4086164;;aaa;;326;326;76;;;326; comp;4086491..4087780;;cds;;;;1290;;430;;adenylosuccinate synthase </pre> ====cdc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_cumuls|cdc cumuls]] <pre> cdc cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;;0;1;1;1;1;100;3 ;16 23 5s 0;3;20;2;61;50;1;20;0;200;5 ;16 gca 235;3;40;1;4;100;3;40;0;300;7 ;16 23 5s a;2;60;;1;150;3;60;0;400;5 ;max a;43;80;;0;200;4;80;1;500;3 ;a doubles;2;100;;2;250;4;100;1;600;3 ;autres;2;120;;0;300;4;120;2;700;1 ;total aas;75;140;;0;350;4;140;1;800;2 sans ;opérons;5;160;;0;400;2;160;1;900;1 ;1 aa;4;180;;0;450;0;180;1;1000;0 ;max a;4;200;;0;500;1;200;1;1100;0 ;a doubles;0;;;0;;5;;4;;1 ;total aas;8;;3;68;;32;;13;;31 total aas;;83;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;14;12;;313;;165;;378 ;;;variance;;15;;283;;94;;259 sans jaune;;;moyenne;;9;;206;;;;286 ;;;variance;;5;;107;;;;144 </pre> ====cdc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_blocs|cdc blocs]] <pre> 7.11.19 Tanger;;;;;;;;;;;;;; cdc blocs;groupes;;types;;;;absents;;;;;;; ;cds;281;I;;;;;II;;III;;IV;IV1;IV2 IV2;16s;279;;;;;;;;;;;; ;23s;131;CDS;583;454;119;;cds;239;;;;; ;5s;6;16s;311;126;126;;16s;320;cds;159;cds;505;281 ;aac;4;23s;126;281;217;;23s;91;aca;94;16s;279;279 ;**16aas;3;5s;177;191;282;;gga;8;23s;184;23s;180;131 ;ttc;7;CDS;;;;;5s;273;16s;340;5s;6;6 ;atgj;114;;;;;;cds;;cds;;aac;6;4 VIII1;16s;68;;;;;;;;;;;; ;gca;271;;;;;;V;;V2;VI;VI1;VII;VII1 ;23s;126;;;;;;;;;;;; ;5s;213;;;;;;;;;;;; ;cds;372;;;;;;;;;;;; ;cds;21;;;;;;VIII;VIII1;IX;;X;X1; ;cds;776;;;;;;;;;;cds;21; X1;16s;52;;;;;;atgj;114;cds;179;cds;776; ;gca;373;;;;;;16s;68;16s;52;16s;52; ;23s;126;;;;;;gca;271;gca;249;gca;373; ;5s;7;;;;;;23s;126;23s;111;23s;126; ;aac;5;;;;;;5s;213;5s;126;5s;7; ;**7aas;9;;;;;;cds;372;cds;;aac;5; ;aga;975;;;;;;;;;;;; ;cds;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cdc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_distribution|cdc distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;2;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;gga 1;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca 1;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;1;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4 cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;3;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cdc;;4 *;;;;;4;;cdc;4;;;;;;4;;;;;;;;;;;cdc;;;2 *;70;;3;75 </pre> ====cdc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_données_intercalaires|cdc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cdc;fx;fc;cdc;fx40;fc40;cdc;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;0;37;0;0;37;-1;;59;0;258;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;3;242;1;0;52;-2;;0;75;318;3* 55;;gca;6;;aac;4;;aac ;0;20;0;311;2;0;55;-3;;1;975;159;tRNA 16s;;;15;;tta;5;;gaa ;0;30;0;210;3;1;21;-4;1;44;87;382;116;;atgj;7;;atgf;5;;gta ;0;40;1;134;4;2;26;-5;;0;1374;;tRNA 23s;;;9;;gaa;10;;gac ;0;50;2;79;5;0;15;-6;;0;109;;250;;gca;5;;gga;14;;aca ;0;60;7;80;6;0;6;-7;;16;150;;272;;;5;;gta;9;;tac ;0;70;7;66;7;0;11;-8;;61;242;;374;;;9;;gac;10;;gga ;1;80;10;68;8;0;12;-9;;0;326;;23s tRNA;;;14;;aca;9;;aga ;1;90;17;63;9;0;20;-10;;3;CDS 16s;;92;;gga;8;;tac;11;;caa ;0;100;17;67;10;0;24;-11;;30;181;507;95;;aca;29;;cta;2;;aaa ;1;110;13;85;11;0;35;-12;;0;283;342;5s tRNA;;;7;;aga;17;;tca ;0;120;25;74;12;0;45;-13;;7;778;;2* 6;;aac;88;;caa;8;;agc ;0;130;22;55;13;0;25;-14;;17;585;;7;;aac;3;;tca;85;;cca ;0;140;20;44;14;0;41;-15;;0;241;;tRNA 5s;;;6;;ttc;60;;tgg ;1;150;16;50;15;0;30;-16;;2;193;;8;;gga;14;;atgj;6;;cca 1;0;160;25;41;16;0;26;-17;;12;284;;tRNA tRNA;;;23;;atgi;3;;atc ;0;170;23;34;17;0;35;-18;;0;23s 5s;;33;;aca;7;;cca;7;;ttc ;0;180;19;39;18;0;29;-19;;1;114;;4;;gta;8;;cac;**;;atgj ;0;190;24;46;19;0;21;-20;;8;181;;6;;gaa;7;;aaa;5;;aac ;0;200;13;39;20;0;24;-21;;0;132;;**;;aaa;6;;tgc;15;;tta ;0;210;20;29;21;0;25;-22;;0;5* 127;;;;;5;;aac;7;;atgf ;0;220;27;40;22;0;18;-23;;5;16s 23s;;;;;15;;tta;14;;gaa ;0;230;16;32;23;0;24;-24;;1;2* 283;;;;;7;;atgf;5;;gga ;0;240;8;27;24;0;22;-25;;1;315;;;;;9;;gaa;5;;gta ;1;250;12;28;25;0;22;-26;;5;324;;;;;5;;gga;10;;gac 1;0;260;18;32;26;0;17;-27;;0;188;;;;;5;;gta;9;;ggc ;0;270;19;31;27;0;18;-28;;0;285;;;;;9;;gac;**;;aga ;0;280;16;22;28;0;23;-29;;6;221;;;;;14;;aca;;; ;0;290;12;34;29;0;23;-30;;0;5s CDS;;;;;9;;tac;;; ;0;300;14;24;30;0;18;-31;;0;126;213;;;;23;;cta;;; ;0;310;8;24;31;0;21;-32;;5;177;;;;;24;;ggc;;; 1;0;320;14;24;32;0;17;-33;;0;273;;;;;9;;aga;;; ;1;330;12;24;33;0;12;-34;;0;454;;;;;8;;caa;;; ;0;340;13;17;34;0;12;-35;;1;119;;;;;2;;aaa;;; ;0;350;6;15;35;0;18;-36;;0;;;;;;3;;tca;;; ;0;360;11;15;36;0;14;-37;;1;;;;;;6;;ttc;;; ;0;370;9;17;37;0;10;-38;;0;;;;;;14;;atgj;;; ;0;380;6;16;38;0;11;-39;;0;;;;;;17;;atgi;;; 1;0;390;7;16;39;0;10;-40;;1;;;;;;8;;cac;;; ;0;400;3;12;40;1;9;-41;;0;;;;;;7;;aaa;;; ;2;reste;125;246;reste;636;1655;-42;;0;;;;;;7;;tgc;;; 4;9;total;640;2589;total;640;2589;-43;;0;;;;;;12;;cgt;;; 4;6;diagr;515;2306;diagr;4;897;-44;;1;;;;;;**;;gta;;; 0;0; t30;3;763;;;;-45;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;; ;x;640;2;0;642;;;-49;;0;;;;;;;;;;; ;c;2552;296;37;2885;;;-50;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;3527;282;;reste;1;5;;;;;;;;;;; ;;;;;;3809;;total;2;296;;;;;;;;;;; </pre> =====cdc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_autres_intercalaires_aas|cdc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cdc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;9857;10630;181;*; ;;rRNA;10812;12314;55;*;1503 ;;tRNA;12370;12445;250;*;gca ;;rRNA;12696;15593;114;*;2898 ;;rRNA;15708;15824;126;*;117 fin;;CDS;15951;16460;;; deb;;CDS;16472;17353;126;*; ;;misc_b;17480;17686;124;*; fin;;CDS;17811;19082;;; deb;;CDS;19402;19857;0;*; ;;tRNA;19858;19949;37;*;tcc ;;ncRNA;19987;20251;76;*; fin;;CDS;20328;21965;;; deb;comp;CDS;23419;24624;507;*; ;;rRNA;25132;26634;283;*;1503 ;;rRNA;26918;29815;181;*;2898 ;;rRNA;29997;30113;6;*;117 ;;tRNA;30120;30194;6;*;aac ;;tRNA;30201;30286;15;*;tta ;;tRNA;30302;30377;7;*;atgf ;;tRNA;30385;30459;9;*;gaa ;;tRNA;30469;30542;5;*;gga ;;tRNA;30548;30623;5;*;gta ;;tRNA;30629;30705;9;*;gac ;;tRNA;30715;30789;14;*;aca ;;tRNA;30804;30888;8;*;tac ;;tRNA;30897;30980;29;*;cta ;;tRNA;31010;31086;7;*;aga ;;tRNA;31094;31169;88;*;caa ;;tRNA;31258;31346;3;*;tca ;;tRNA;31350;31425;6;*;ttc ;;tRNA;31432;31505;14;*;atgj ;;tRNA;31520;31596;23;*;atgi ;;tRNA;31620;31696;7;*;cca ;;tRNA;31704;31780;8;*;cac ;;tRNA;31789;31864;7;*;aaa ;;tRNA;31872;31945;6;*;tgc ;;tRNA;31952;32026;5;*;aac ;;tRNA;32032;32117;15;*;tta ;;tRNA;32133;32208;7;*;atgf ;;tRNA;32216;32290;9;*;gaa ;;tRNA;32300;32373;5;*;gga ;;tRNA;32379;32454;5;*;gta ;;tRNA;32460;32536;9;*;gac ;;tRNA;32546;32620;14;*;aca ;;tRNA;32635;32719;9;*;tac ;;tRNA;32729;32812;23;*;cta ;;tRNA;32836;32910;24;*;ggc ;;tRNA;32935;33011;9;*;aga ;;tRNA;33021;33096;8;*;caa ;;tRNA;33105;33180;2;*;aaa ;;tRNA;33183;33271;3;*;tca ;;tRNA;33275;33350;6;*;ttc ;;tRNA;33357;33430;14;*;atgj ;;tRNA;33445;33521;17;*;atgi ;;tRNA;33539;33615;8;*;cac ;;tRNA;33624;33699;7;*;aaa ;;tRNA;33707;33780;7;*;tgc ;;tRNA;33788;33864;12;*;cgt ;;tRNA;33877;33952;75;*;gta fin;;CDS;34028;34441;;; deb;;CDS;72345;72830;94;*; ;;misc_b;72925;73133;63;*; fin;;CDS;73197;74912;;; deb;;CDS;90506;91204;51;*; ;;misc_f;91256;91384;42;*; fin;;CDS;91427;91933;;; deb;;CDS;127011;127715;283;*; ;;rRNA;127999;129502;283;*;1504 ;;rRNA;129786;132684;132;*;2899 ;;rRNA;132817;132933;6;*;117 ;;tRNA;132940;133014;4;*;aac ;;tRNA;133019;133093;5;*;gaa ;;tRNA;133099;133174;5;*;gta ;;tRNA;133180;133256;10;*;gac ;;tRNA;133267;133341;14;*;aca ;;tRNA;133356;133440;9;*;tac ;;tRNA;133450;133523;10;*;gga ;;tRNA;133534;133610;9;*;aga ;;tRNA;133620;133695;11;*;caa ;;tRNA;133707;133782;2;*;aaa ;;tRNA;133785;133873;17;*;tca ;;tRNA;133891;133981;8;*;agc ;;tRNA;133990;134066;85;*;cca ;;tRNA;134152;134227;60;*;tgg ;;tRNA;134288;134364;6;*;cca ;;tRNA;134371;134447;3;*;atc ;;tRNA;134451;134526;7;*;ttc ;;tRNA;134534;134610;116;*;atgj ;;rRNA;134727;136128;55;*;1402 ;;tRNA;136184;136259;272;*;gca ;;rRNA;136532;139429;127;*;2898 ;;rRNA;139557;139673;213;*;117 fin;comp;CDS;139887;141071;;0; deb;;CDS;143817;144356;778;*; ;;rRNA;145135;146637;55;*;1503 ;;tRNA;146693;146768;374;*;gca ;;rRNA;147143;150040;127;*;2898 ;;rRNA;150168;150284;7;*;117 ;;tRNA;150292;150366;5;*;aac ;;tRNA;150372;150457;15;*;tta ;;tRNA;150473;150548;7;*;atgf ;;tRNA;150556;150630;14;*;gaa ;;tRNA;150645;150718;5;*;gga ;;tRNA;150724;150799;5;*;gta ;;tRNA;150805;150881;10;*;gac ;;tRNA;150892;150966;9;*;ggc ;;tRNA;150976;151049;975;*;aga fin;;CDS;152025;152864;;; deb;comp;CDS;171557;172066;188;*; ;;regulatory;172255;172358;136;*; fin;;CDS;172495;173688;;; deb;;CDS;193614;194780;59;*; ;;regulatory;194840;194957;124;*; fin;;CDS;195082;195687;;; deb;;CDS;253195;254327;59;*; ;;regulatory;254387;254488;220;*; fin;;CDS;254709;256244;;; deb;;CDS;309184;310275;308;*; ;;regulatory;310584;310674;406;*; fin;;CDS;311081;311398;;; deb;;CDS;378341;380728;585;*; ;;rRNA;381314;382816;315;*;1503 ;;rRNA;383132;386029;127;*;2898 ;;rRNA;386157;386273;177;*;117 fin;;CDS;386451;387059;;0; deb;;CDS;393173;394945;131;*; ;;regulatory;395077;395269;188;*; fin;;CDS;395458;396210;;; deb;comp;CDS;518815;519642;205;*; ;;regulatory;519848;519954;69;*; fin;;CDS;520024;520344;;0; deb;;CDS;601016;601618;560;*; ;;misc_b;602179;602417;63;*; fin;;CDS;602481;604400;;; deb;;CDS;703255;703989;800;*; ;;regulatory;704790;704866;264;*; fin;;CDS;705131;706387;;; deb;;CDS;774245;775042;343;*; ;;misc_b;775386;775620;49;*; fin;;CDS;775670;776689;;; deb;comp;CDS;833130;833894;258;*; ;;tRNA;834153;834243;87;*;agc fin;;CDS;834331;835119;;; deb;;CDS;840990;843056;591;*; ;;misc_b;843648;843858;225;*; fin;;CDS;844084;844899;;; deb;;CDS;1027707;1028153;147;*; ;;misc_b;1028301;1028547;123;*; fin;;CDS;1028671;1030413;;; deb;;CDS;1089165;1090139;241;*; ;;rRNA;1090381;1091883;324;*;1503 ;;rRNA;1092208;1095105;92;*;2898 ;;tRNA;1095198;1095271;8;*;gga ;;rRNA;1095280;1095396;273;*;117 fin;;CDS;1095670;1097688;;; deb;;CDS;1140023;1140928;114;*; ;;ncRNA;1141043;1141223;182;*; fin;;CDS;1141406;1142623;;0; deb;comp;CDS;1181549;1182958;1374;*; ;comp;tRNA;1184333;1184415;318;*;ttg fin;;CDS;1184734;1187382;;; deb;;CDS;1221766;1222134;91;*; ;;regulatory;1222226;1222332;102;*; fin;;CDS;1222435;1223640;;0; deb;;CDS;1292920;1293819;907;*; ;;repeat_region;1294727;1295680;1216;*; fin;;CDS;1296897;1297052;;; deb;;CDS;1347580;1348659;142;*; ;;misc_b;1348802;1349040;67;*; fin;;CDS;1349108;1351747;;; deb;;CDS;1503182;1503538;530;*; ;;repeat_region;1504069;1504755;391;*; fin;comp;CDS;1505147;1506880;;; deb;comp;CDS;1512381;1512557;53;*; ;comp;regulatory;1512611;1512707;354;*; fin;comp;CDS;1513062;1513736;;; deb;;CDS;1583597;1584714;449;*; ;;regulatory;1585164;1585270;105;*; fin;;CDS;1585376;1586341;;; deb;;CDS;1612685;1614778;660;*; ;;repeat_region;1615439;1615732;167;*; fin;comp;CDS;1615900;1616184;;0; deb;;CDS;1620655;1621623;151;*; ;;misc_b;1621775;1622027;71;*; fin;;CDS;1622099;1623307;;0; deb;;CDS;1668527;1669288;160;*; ;;misc_b;1669449;1669706;112;*; fin;;CDS;1669819;1670058;;; deb;;CDS;1708973;1709134;741;*; ;;repeat_region;1709876;1710232;238;*; fin;;CDS;1710471;1710659;;; deb;;CDS;1710778;1711644;452;*; ;;repeat_region;1712097;1712386;122;*; fin;;CDS;1712509;1713036;;; deb;;CDS;1745654;1747510;82;*; ;;misc_b;1747593;1747833;65;*; ;;misc_b;1747899;1748134;84;*; fin;;CDS;1748219;1749436;;; deb;;CDS;1770800;1771111;92;*; ;;regulatory;1771204;1771296;99;*; fin;;CDS;1771396;1772190;;; deb;comp;CDS;1833191;1833988;112;*; ;comp;regulatory;1834101;1834206;91;*; deb;comp;CDS;1834298;1835284;163;*; ;;regulatory;1835448;1835624;143;*; deb;;CDS;1835768;1837498;109;*; ;;tRNA;1837608;1837688;896;*;cta ;;regulatory;1838585;1838689;209;*; fin;;CDS;1838899;1839933;;; deb;comp;CDS;1847745;1849016;646;*; ;;repeat_region;1849663;1850878;408;*; fin;;CDS;1851287;1851574;;0; deb;comp;CDS;1869839;1870468;364;*; ;;regulatory;1870833;1870876;100;*; fin;;CDS;1870977;1871945;;; deb;comp;CDS;1886422;1887495;161;*; ;comp;regulatory;1887657;1887778;188;*; deb;;CDS;1887967;1890450;87;*; ;;regulatory;1890538;1890649;141;*; fin;;CDS;1890791;1892092;;; deb;;CDS;1903300;1903731;430;*; ;;misc_b;1904162;1904373;162;*; fin;;CDS;1904536;1905825;;; deb;;CDS;1963260;1964567;85;*; ;;misc_b;1964653;1964915;125;*; fin;;CDS;1965041;1965844;;; deb;;CDS;1974995;1975732;110;*; ;;misc_b;1975843;1976050;252;*; fin;;CDS;1976303;1977502;;; deb;;CDS;2015338;2017995;53;*; ;;regulatory;2018049;2018151;109;*; fin;;CDS;2018261;2019526;;; deb;comp;CDS;2142818;2143108;130;*; ;comp;regulatory;2143239;2143338;619;*; ;;regulatory;2143958;2144047;52;*; fin;;CDS;2144100;2144276;;0; deb;comp;CDS;2153631;2154182;150;*; ;comp;misc_b;2154333;2154596;435;*; fin;comp;CDS;2155032;2155430;;; deb;comp;CDS;2155785;2156270;82;*; ;comp;regulatory;2156353;2156446;556;*; deb;comp;CDS;2157003;2157185;226;*; ;;regulatory;2157412;2157509;54;*; fin;;CDS;2157564;2157740;;; deb;comp;CDS;2192160;2193194;253;*; ;comp;misc_b;2193448;2193661;222;*; fin;comp;CDS;2193884;2194648;;0; deb;comp;CDS;2199791;2200075;110;*; ;;repeat_region;2200186;2200869;830;*; fin;comp;CDS;2201700;2202572;;; deb;comp;CDS;2207935;2209128;81;*; ;comp;regulatory;2209210;2209378;110;*; fin;comp;CDS;2209489;2210106;;; deb;comp;CDS;2274866;2276242;93;*; ;comp;regulatory;2276336;2276438;249;*; fin;;CDS;2276688;2278034;;; deb;comp;CDS;2289838;2290746;801;*; ;;misc_b;2291548;2291779;107;*; fin;;CDS;2291887;2293368;;; deb;comp;CDS;2432824;2434221;76;*; ;comp;misc_b;2434298;2434531;168;*; fin;comp;CDS;2434700;2434903;;; deb;comp;CDS;2473840;2475960;427;*; ;;regulatory;2476388;2476476;189;*; fin;;CDS;2476666;2478033;;0; deb;comp;CDS;2501260;2501931;184;*; ;;regulatory;2502116;2502205;53;*; fin;;CDS;2502259;2502435;;; deb;comp;CDS;2524251;2524823;182;*; ;comp;regulatory;2525006;2525107;105;*; fin;comp;CDS;2525213;2526364;;; deb;comp;CDS;2555495;2555866;103;*; ;comp;regulatory;2555970;2556080;331;*; fin;comp;CDS;2556412;2558106;;0; deb;comp;CDS;2595509;2596213;63;*; ;comp;regulatory;2596277;2596371;195;*; fin;comp;CDS;2596567;2597583;;; deb;comp;CDS;2695506;2696213;150;*; ;comp;tRNA;2696364;2696460;242;*;tga fin;comp;CDS;2696703;2697542;;; deb;comp;CDS;2719492;2720808;86;*; ;comp;misc_b;2720895;2721106;78;*; fin;comp;CDS;2721185;2721980;;0; deb;comp;CDS;2845118;2845816;42;*; ;comp;misc_b;2845859;2846099;90;*; fin;comp;CDS;2846190;2847593;;0; deb;comp;CDS;2854480;2857587;92;*; ;comp;misc_b;2857680;2857912;174;*; fin;comp;CDS;2858087;2858614;;; deb;comp;CDS;2947183;2948184;58;*; ;comp;misc_b;2948243;2948498;133;*; fin;comp;CDS;2948632;2949822;;; deb;comp;CDS;2957885;2958538;329;*; ;;regulatory;2958868;2958969;72;*; fin;;CDS;2959042;2960385;;; deb;comp;CDS;2978480;2981023;277;*; ;comp;ncRNA;2981301;2981635;131;*; deb;;CDS;2981767;2982444;159;*; ;comp;tRNA;2982604;2982678;95;*;aca ;comp;rRNA;2982774;2985671;188;*;2898 ;comp;rRNA;2985860;2987362;342;*;1503 fin;;CDS;2987705;2988643;;0; deb;comp;CDS;3090012;3095975;123;*; ;comp;regulatory;3096099;3096184;171;*; fin;comp;CDS;3096356;3097759;;; deb;comp;CDS;3135811;3136473;99;*; ;comp;regulatory;3136573;3136658;185;*; deb;comp;CDS;3136844;3139798;112;*; ;comp;regulatory;3139911;3139996;125;*; fin;comp;CDS;3140122;3141300;;0; deb;comp;CDS;3244007;3244435;189;*; ;;repeat_region;3244625;3246042;183;*; fin;comp;CDS;3246226;3246492;;; deb;comp;CDS;3274824;3275954;227;*; ;comp;regulatory;3276182;3276363;52;*; fin;comp;CDS;3276416;3277309;;; deb;comp;CDS;3405889;3407280;143;*; ;comp;regulatory;3407424;3407603;271;*; fin;comp;CDS;3407875;3409527;;; deb;comp;CDS;3489429;3490850;579;*; ;;repeat_region;3491430;3492052;252;*; fin;comp;CDS;3492305;3494290;;; deb;;CDS;3508604;3509509;673;*; ;comp;tmRNA;3510183;3510532;157;*; fin;comp;CDS;3510690;3511145;;0; deb;;CDS;3600566;3601447;77;*; ;;regulatory;3601525;3601699;172;*; fin;;CDS;3601872;3602873;;; deb;comp;CDS;3636881;3639547;75;*; ;comp;misc_b;3639623;3639885;300;*; fin;comp;CDS;3640186;3641013;;; deb;comp;CDS;3654516;3655193;579;*; ;comp;regulatory;3655773;3655856;232;*; fin;comp;CDS;3656089;3656931;;; deb;comp;CDS;3689422;3690501;287;*; ;;regulatory;3690789;3690904;174;*; fin;;CDS;3691079;3692449;;0; deb;comp;CDS;3749041;3749442;795;*; ;;regulatory;3750238;3750334;53;*; fin;;CDS;3750388;3750564;;; deb;comp;CDS;3787361;3788431;454;*; ;comp;rRNA;3788886;3789002;127;*;117 ;comp;rRNA;3789130;3792027;285;*;2898 ;comp;rRNA;3792313;3793815;193;*;1503 fin;comp;CDS;3794009;3794587;;; deb;comp;CDS;3810367;3811866;129;*; ;comp;regulatory;3811996;3812175;66;*; fin;comp;CDS;3812242;3812856;;; deb;comp;CDS;3905129;3905650;161;*; ;comp;regulatory;3905812;3905897;839;*; fin;comp;CDS;3906737;3907687;;; deb;comp;CDS;3931996;3933933;83;*; ;comp;misc_b;3934017;3934263;65;*; fin;comp;CDS;3934329;3934850;;; deb;comp;CDS;3944262;3944453;119;*; ;comp;rRNA;3944573;3944689;127;*;117 ;comp;rRNA;3944817;3947714;221;*;2898 ;comp;rRNA;3947936;3949438;284;*;1503 fin;comp;CDS;3949723;3949917;;; deb;;CDS;4084445;4085437;382;*; ;comp;tRNA;4085820;4085894;33;*;aca ;comp;tRNA;4085928;4086003;4;*;gta ;comp;tRNA;4086008;4086082;6;*;gaa ;comp;tRNA;4086089;4086164;326;*;aaa fin;comp;CDS;4086491;4087780;;; </pre> ====cdc psor==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_psor|cdc psor]] <pre> cdc-psor comparaison;;7.11.19 Tanger;;;comparaisons internes cdc, psor;;;; cdc;intercal;psor;intercal;diff;cdc;intercal;cdc;intercal;diff cds;505;CDS;309;;cds;505;cds;281; 16s;279;16s;196;;16s;279;16s;279; 23s;180;23s;122;;23s;180;23s;131; 5s;6;5s;5;;5s;6;5s;6; aac;6;tta;13;;aac;6;aac;4; tta;15;atg;15;-2;tta;15;gaa;5; atgf;7;gaa;9;8;atgf;7;gta;5; gaa;9;gga;6;0;gaa;9;gac;10; gga;5;gta;5;1;gga;5;aca;14; gta;5;gac;16;;gta;5;tac;9;0 gac;9;aac;4;;gac;9;gga;10;1 aca;14;aca;4;-10;aca;14;aga;9;0 tac;8;tac;15;7;tac;8;caa;11; cta;29;cta;14;-15;cta;29;aaa;2; aga;7;aga;7;0;aga;7;tca;17;2 caa;88;caa;11;;caa;88;agc;8; tca;3;aaa;6;;tca;3;cca;85; ttc;6;tca;3;0;ttc;6;tgg;60; atgj;11;ttc;9;3;atgj;11;cca;6; atgi;23;atg;8;-3;atgi;23;atc;3; cca;7;atg;21;-2;cca;7;ttc;7; cac;8;cca;6;-1;cac;8;atgj;114; aaa;7;cac;4;;aaa;7;16s;; tgc;6;tgc;25;;tgc;6;cds;776; aac;5;tta;13;-2;aac;5;16s;52; tta;15;atg;15;8;tta;15;gca;373; atgf;7;gaa;9;0;atgf;7;23s;126; gaa;9;gga;6;1;gaa;9;5s;7; gga;5;gta;5;0;gga;5;aac;5; gta;5;gac;16;;gta;5;tta;15;0 gac;9;aac;4;;gac;9;atgf;7;1 aca;14;aca;4;-10;aca;14;gaa;14;0 tac;9;tac;15;6;tac;9;gga;5; cta;23;cta;11;-12;cta;23;gta;5; ggc;24;ggc;13;-11;ggc;24;gac;10; aga;9;aga;7;-2;aga;9;ggc;9;0 caa;8;caa;11;3;caa;8;aga;975;3 aaa;2;aaa;6;4;aaa;2;cds;;0 tca;3;tca;3;0;tca;3;;; ttc;6;ttc;9;3;ttc;6;;; atgj;11;atg;8;-3;atgj;11;;; atgi;17;atg;21;;atgi;17;;; cac;8;cca;6;;cac;8;;; aaa;7;cac;9;1;aaa;7;;; tgc;7;aaa;21;14;tgc;7;;; cgt;12;tgc;6;-1;cgt;12;;; gta;75;cgt;10;-2;gta;75;;; cds;;gta;162;;cds;;;; ;;CDS;;;;;;; ;;;;;psor;;psor;intercal;diff cds;776;;;;CDS;309;CDS;239; 16s;52;;;;16s;196;16s;196; gca;373;;;;23s;122;23s;213; 23s;126;;;;5s;5;5s;5; 5s;7;atg;138;;tta;13;tta;13;0 aac;5;16s;109;;atg;15;atg;15;0 tta;15;gca;112;;gaa;9;gaa;9;0 atgf;7;23s;40;;gga;6;gga;6;0 gaa;14;5s;5;;gta;5;gta;5;0 gga;5;gaa;8;;gac;16;gac;16;0 gta;5;gta;5;0;aac;4;aac;31; gac;10;gac;9;-1;aca;4;aac;4; ggc;9;ggc;7;-2;tac;15;aca;4;0 aga;975;aga;142;;cta;14;tac;11;-4 cds;;CDS;;;aga;7;gga;19;5 ;;;;;caa;11;aga;6;-1 cds;281;CDS;239;;aaa;6;caa;12;1 16s;279;16s;196;;tca;3;aaa;6;0 23s;131;23s;213;;ttc;9;tca;11; 5s;6;5s;5;;atg;8;agc;6; aac;4;tta;13;;atg;21;cca;6; gaa;5;atg;15;;cca;6;atg;11; gta;5;gaa;9;;cac;4;tgg;31; gac;10;gga;6;;tgc;25;cca;6; aca;14;gta;5;;tta;13;atc;6;0 tac;9;gac;16;;atg;15;ttc;13;0 gga;10;aac;31;;gaa;9;atg;138;0 aga;9;aac;4;;gga;6;16s;;0 caa;11;aca;4;-10;gta;5;atg;138;0 aaa;2;tac;11;2;gac;16;16s;109;0 tca;17;gga;19;9;aac;4;gca;112; agc;8;aga;6;-3;aca;4;23s;40;0 cca;85;caa;12;1;tac;15;5s;5; tgg;60;aaa;6;4;cta;11;gaa;8; cca;6;tca;11;-6;ggc;13;gta;5; atc;3;agc;6;-2;aga;7;gac;9;-1 ttc;7;cca;6;;caa;11;ggc;7;1 atgj;114;atg;11;;aaa;6;aga;142;0 16s;;tgg;31;-29;tca;3;CDS;; ;;cca;6;0;ttc;9;;; ;;atc;6;3;atg;8;;; ;;ttc;13;6;atg;21;;; ;;atg;138;;cca;6;;; ;;16s;;;cac;9;;; ;;;;;aaa;21;;; ;;CDS;129;;tgc;6;;; ;;gta;8;;cgt;10;;; ;;gaa;20;;gta;162;;; ;;aaa;10;;CDS;;;; cds;382;aca;10;;;;;; aca;33;gac;7;;;;;; gta;4;gta;9;5;;;;; gaa;6;gaa;5;-1;;;;; aaa;326;aaa;289;;;;;; cds;;CDS;;;;;;; ;;;;;;;;; cdc-psor coservation des cds;;;;;fréquence des diff psor-cdc des intercalaires;;;; cdc;intercal;psor;intercal;protéines;;gamme;fréquence;; cds;0;CDS;3;151 – 152;;-15;2;; tcc;37;tcc;27;;;-14;;; ncRNA;76;ncRNA;152;547 – 546;;-13;;; cds;;CDS;;;;-12;1;; ;;;;;;-11;1;; cds;1374;CDS;41;470 – 1177;;-10;3;; ttg;318;ttg;138;883 – 881;;-9;;; cds;;CDS;;;;-8;;; ;;;;;;-7;;; cds;109;CDS;111;577 – 1076;;-6;1;; cta;231;cta;426;;;-5;;; cds;;CDS;;58 – 577;;-4;;; ;;;;;;-3;3;; cds;258;CDS;37;255 – 302;;-2;7;; agc;87;agc;120;;;-1;4;; cds;;CDS;;263 – 100;;0;8;; ;;;;;;1;4;; ;;CDS;306;62;;2;1;; ;;cta;404;422;;3;4;; ;;CDS;;;;4;2;; ;;;;;;5;1;; ;;CDS;135;;;6;2;; ;;other;258;;;7;1;; ;;CDS;;;;8;2;; ;;;;;;9;1;; ;;CDS;195;;;10;;; ;;tga;37;;;11;;; ;;CDS;;;;12;;; ;;;;;;13;;; ;;CDS;71;;;14;1;; ;;tgc;12;;;15;;; ;;aac;3;;;;;; ;;aca;285;;;total;49;; ;;CDS;;;;sous t. -2+2;24;; </pre> ===cdc8=== ====cdc8 opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_opérons|cdc8 opérons]] <pre> 28.6%GC;11.9.19 Paris;16s 16 ;110 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;pbs;CDS dirigé;protéines Peptoclostridium difficile M68;;;;;;;;;;; dir ;4299490..4300134;;cds;;214;214;;;645;;tyrosine-type recombinase/integrase dir ;4300349..4300807;;cds;@1;554;*554;;;459;;helix-turn-helix domain-containing protein dir ;4301362..4303101;;cds;;0;0;;;*1740;;hypothetical protein dir ;4303102..4303305;;cds;;167;167;;;204;;hp dir ;4303473..4304299;;23s°;;132;;;;827;; dir ;4304432..4304548;;5s;+;6;;;;117;; dir ;4304555..4304629;;aac;;4;;;4;75;; dir ;4304634..4304708;;gaa;2 cca;5;;;5;75;; dir ;4304714..4304789;;gta;;5;;;5;76;; dir ;4304795..4304871;;gac;;11;;;11;77;; dir ;4304883..4304957;;aca;;14;;;14;75;; dir ;4304972..4305056;;tac;;9;;;9;85;; dir ;4305066..4305139;;gga;;10;;;10;74;; dir ;4305150..4305226;;aga;;9;;;9;77;; dir ;4305236..4305311;;caa;;11;;;11;76;; dir ;4305323..4305398;;aaa;;2;;;2;76;; dir ;4305401..4305489;;tca;;18;;;18;89;; dir ;4305508..4305598;;agc;;8;;;8;91;; dir ;4305607..4305683;;cca;;85;;;*85;77;; dir ;4305769..4305844;;tgg;;60;;;*60;76;; dir ;4305905..4305981;;cca;;5;;;5;77;; dir ;4305987..4306063;;atc;;3;;;3;77;; dir ;4306067..4306142;;ttc;;7;;;7;76;; dir ;4306150..4306226;;atgj;;114;;;;77;; dir ;4306341..4307538;;16s;;0;0;;;1198;0; dir ;4307539..4308225;;cds;;100;100;;;687;;xylose isomerase dir ;1..796;4308325;23s°;;181;;;;796;; dir ;978..1094;;5s;;6;;;;117;; dir ;1101..1175;;aac;+;6;;;6;75;; dir ;1182..1267;;tta;3 aaa;15;;;15;86;; dir ;1283..1358;;atgf;3 gta;7;;;7;76;; dir ;1366..1440;;gaa;;9;;;9;75;; dir ;1450..1523;;gga;;5;;;5;74;; dir ;1529..1604;;gta;;5;;;5;76;; dir ;1610..1686;;gac;;9;;;9;77;; dir ;1696..1770;;aca;;14;;;14;75;; dir ;1785..1869;;tac;;10;;;10;85;; 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dir ;4615..4690;;aaa;;7;;;7;76;; dir ;4698..4771;;tgc;;7;;;7;74;; dir ;4779..4855;;cgt;;12;;;12;77;; dir ;4868..4943;;gta;;75;75;;;76;75; dir ;5019..5432;;cds;;308;308;;;414;;hp dir ;5741..9172;;cds;;;;;;*3432;;pyruvate carboxylase ;;;;;;;;;;; dir ;94032..94736;;cds;;281;281;;;705;281;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD dir ;95018..95994;;16s°;;100;;;;977;; dir ;96095..97613;;23s°;;126;;;;1519;; dir ;97740..97856;;5s;;7;;;;117;; dir ;97864..97938;;aac;;6;;;6;75;; dir ;97945..98030;;tta;;15;;;15;86;; dir ;98046..98121;;atgf;;7;;;7;76;; dir ;98129..98203;;gaa;;8;;;8;75;; dir ;98212..98285;;gga;;4;;;4;74;; dir ;98290..98365;;gta;;5;;;5;76;; dir ;98371..98447;;gac;;10;;;10;77;; dir ;98458..98532;;ggc;;9;;;9;75;; dir ;98542..98615;;aga;;954;*954;;;74;; dir ;99570..100409;;cds;;;;;;840;;TIGR00159 family protein ;;;;;;;;;;; dir ;306829..309216;;cds;;733;;;;*2388;;cadmium-translocating P-type ATPase <> comp;309950..310076;;cds;;1;1;;;127;1;glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A dir ;310078..311313;;23s°;;126;;;;1236;; dir ;311440..311556;;5s;;177;177;;;117;; dir ;311734..312342;;cds;;;;;;609;;DedA family protein ;;;;;;;;;;; comp;861856..862620;;cds;;258;258;;;765;;DeoR/GlpR transcriptional regulator dir ;862879..862969;;agc;;87;87;;;91;87; dir ;863057..863845;;cds;;;;;;789;;flagellar motor protein ;;;;;;;;;;; dir ;1106477..1107451;;cds;;238;238;;;975;238;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase dir ;1107690..1109197;;16s;@2;320;;;;1508;; dir ;1109518..1112416;;23s;;91;;;;2899;; dir ;1112508..1112581;;gga;;8;;;;74;; dir ;1112590..1112706;;5s;;273;273;;;117;; dir ;1112980..1114998;;cds;;;;;;*2019;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase ;;;;;;;;;;; comp;1196804..1198213;;cds;;1378;*1378;;;*1410;;MBOAT family protein comp;1199592..1199674;;ttg;;318;318;;;83;318; dir ;1199993..1202641;;cds;;;;;;*2649;;DNA polymerase I ;;;;;;;;;;; dir ;1850896..1852626;;cds;;109;109;;;*1731;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein dir ;1852736..1852816;;cta;;334;334;;;81;; dir ;1853151..1853666;;cds;;;;;;516;;HXXEE domain-containing protein ;;;;;;;;;;; dir ;3024038..3024715;;cds;;150;150;;;678;150;sortase SrtB comp;3024866..3024940;;aca;@3;93;;;;75;; comp;3025034..3027933;;23s;;184;;;;2900;; comp;3028118..3029625;;16s;;374;374;;;1508;; dir ;3030000..3030938;;cds;;;;;;939;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase ;;;;;;;;;;; dir ;3805298..3806743;;cds;;208;208;;;*1446;;tyrosine-type recombinase/integrase comp;3806952..3807028;;agg;;61;61;;;77;61; <comp;3807090..3808790;;cds;;;;;;*1701;;formate dehydrogenase subunit alpha ;;;;;;;;;;; comp;3875816..3876886;;cds;;452;*452;;;1071;;ABC transporter ATP-binding protein comp;3877339..3877455;;5s;;125;;;;117;; comp;3877581..3880480;;23s;;261;;;;2900;; comp;3880742..3882249;;16s;;190;190;;;1508;190; comp;3882440..3883018;;cds;;;;;;579;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase ;;;;;;;;;;; comp;4017523..4017714;;cds;;118;118;;;192;118;DUF378 domain-containing protein comp;4017833..4017949;;5s;;126;;;;117;; comp;4018076..4020975;;23s;;321;;;;2900;; comp;4021297..4022804;;16s;;292;292;;;1508;; 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comp;4217110..4218529;;23s°;;250;;;;1420;; comp;4218780..4218855;;gca;;52;;;;76;; comp;4218908..4219471;;16s°;;100;;;;564;; comp;4219572..4219856;;23s°;;217;;;;285;; comp;4220074..4221581;;16s;;179;179;;;1508;179; >comp;4221761..4222206;;cds;;386;386;;;446;386;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor dir ;4222593..4224100;;16s;;321;;;;1508;; dir ;4224422..4227321;;23s;;181;;;;2900;; dir ;4227503..4227619;;5s;;6;;;;117;; dir ;4227626..4227700;;aac;;6;;;6;75;; dir ;4227707..4227792;;tta;;15;;;15;86;; dir ;4227808..4227883;;atgf;;7;;;7;76;; dir ;4227891..4227965;;gaa;;9;;;9;75;; dir ;4227975..4228048;;gga;;5;;;5;74;; dir ;4228054..4228129;;gta;;5;;;5;76;; dir ;4228135..4228211;;gac;;9;;;9;77;; dir ;4228221..4228295;;aca;;14;;;14;75;; dir ;4228310..4228394;;tac;;10;;;10;85;; dir ;4228405..4228488;;cta;;28;;;28;84;; dir ;4228517..4228593;;aga;;7;;;7;77;; dir ;4228601..4228676;;caa;;89;;;*89;76;; dir ;4228766..4228854;;tca;;3;;;3;89;; dir ;4228858..4228933;;ttc;;6;;;6;76;; dir ;4228940..4229016;;atgj;;11;;;11;77;; 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comp;4253521..4253596;;gca;;52;;;;76;; comp;4253649..4254226;;16s°;;282;282;;;578;; dir ;4254509..4254712;;cds;;12;12;;;204;;hp dir ;4254725..4256002;;cds;;;;;;*1278;;phage portal protein </pre> ====cdc8 cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cumuls|cdc8 cumuls]] <pre> cdc8 cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;21;1;;0;1;4;1;3;100;6 ;16 23 5s 0;4;20;2;77;50;2;20;0;200;8 ;16 gca 235;2;40;1;6;100;7;40;0;300;11 ;16 23 5s a;5;60;;0;150;5;60;0;400;5 ;max a;43;80;;1;200;5;80;2;500;5 ;a doubles;2;100;;3;250;6;100;3;600;5 ;autres;10;120;;0;300;5;120;3;700;1 ;total aas;98;140;;0;350;4;140;1;800;1 sans ;opérons;6;160;;0;400;4;160;1;900;1 ;1 aa;5;180;;0;450;0;180;1;1000;0 ;max a;4;200;;0;500;2;200;1;1100;0 ;a doubles;0;;;0;;4;;7;;1 ;total aas;9;;3;87;;48;;22;;44 total aas;;108;;;;;;;;; remarques;;7;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;14;14;;256;;155;;330 ;;;variance;;16;;252;;109;;234 sans jaune;;;moyenne;;10;;182;;;;208 ;;;variance;;6;;117;;;;97 </pre> ====cdc8 blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_blocs|cdc8 blocs]] <pre> cdc8 blocs;;;;;;;; Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupe;intercal ;cds;554;;cds;150;;cds;496 ;cds;0;;aca;93;;16s;321 ;cds;168;;23s;184;;23s°;100 ;23s°;133;III;16s;374;;cds;111 IV2;5s;7;;cds;;;cds;228 ;aac;5;;;;;16s;321 ;**16aas;8;;cds;452;;23s°;101 ;atgj;115;;5s;125;;23s°;250 IV1;16s;1;;23s;261;;gca;52 ;cds;100;I2;16s;190;;16s°;100 ;23s°;182;;cds;;;23s°;217 ;5s;7;;;;;16s;179 ;aac;7;;cds;118;;cds;386 ;**41aas;13;;5s;126;IV3;16s;321 ;gta;76;;23s;321;;23s;181 ;cds;308;I3;16s;292;;5s;6 ;cds;;;cds;;;aac;6 ;;;;;;;**17aas;8 ;cds;281;;cds;179;;aaa;353 ;16s°;100;;16s;161;;5s;126 ;23s°;126;;5s;201;;23s;582 X1;5s;7;I1;23s;217;I4;16s;217 ;aac;6;;16s;108;;23s;126 ;**7aas;9;;atgi;11;;5s;216 ;aga;954;;tta;5;;cds;372 ;cds;;;5s;201;;cds;21 ;;;;23s;375;;cds;778 ;cds;733;VII1;gca;52;IV4;16s;261 ;cds;1;;16s’;100;;23s;201 ;23s°;126;;16s’;52;;5s;5 ;5s;177;;gca;248;;tta;11 ;cds;;;23s°;100;;atgi;108 ;;;;16s°;321;;16s;184 ;cds;238;;23s;100;;23s°;100 II;16s;320;;16s°;320;;cds;112 ;23s;91;;23s°;100;;23s’;375 ;gga;8;;23s’;126;;gca;52 ;5s;273;;5s;127;;16s°;282 ;cds;;;cds;;;cds; </pre> ====cdc8 cdc psor 43==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_43|cdc8 cdc psor 43]] <pre> cdc8;43aas;cdc;43aas;;;cdc8;43aas;psor;44aas; 16s;1;;;;;16s;1;;; cds;100;16s;279;;;cds;100;16s;196; 23s°;181;23s;180;-1;;23s°;181;23s;122; 5s;6;5s;6;0;;5s;6;5s;5; aac;6;aac;6;0;;aac;6;tta;13;-2 tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8 atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0 gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1 gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0 gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16; gac;9;gac;9;0;;gac;9;aac;4; aca;14;aca;14;0;;aca;14;aca;4;-10 tac;10;tac;8;-2;;tac;10;tac;15;5 cta;28;cta;29;1;;cta;28;cta;14;-14 aga;7;aga;7;0;;aga;7;aga;7;0 caa;89;caa;88;-1;;caa;89;caa;11; tca;3;tca;3;0;;tca;3;aaa;6; ttc;6;ttc;6;0;;ttc;6;tca;3;0 atgj;11;atgj;11;0;;atgj;11;ttc;9;3 atgi;29;atgi;23;-6;;atgi;29;atg;8;-3 cca;7;cca;7;0;;cca;7;atg;21;-8 cac;8;cac;8;0;;cac;8;cca;6;-1 aaa;7;aaa;7;0;;aaa;7;cac;4; tgc;6;tgc;6;0;;tgc;6;tgc;25; aac;6;aac;5;-1;;aac;6;tta;13;-2 tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8 atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0 gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1 gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0 gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16; 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;comp;3882440..3883018;cds;;579;precorrin;;;dir ;4237342..4237458;5s;216;117;;;;;; ;;;;;;;;;comp;4237675..4238859;cds;372;1185;B6;;;;; ;comp;4017523..4017714;cds;118;192;DUF378;;5;dir ;4239232..4241583;cds;21;2352;Art-red;;;;; ;comp;4017833..4017949;5s;126;117;;;;dir ;4241605..4242144;cds;778;540;Art-reda;;;;; 14;comp;4018076..4020975;23s;321;2900;;;insert;dir ;4242923..4244459;16s;261;1537;;;;;; ;comp;4021297..4022804;16s;292;1508;;;insert;dir ;4244721..4247619;23s;201;2899;;;;;; ;comp;4023097..4023378;cds;221;282;hp-282;;insert;dir ;4247821..4247937;5s;5;117;;111345..111884;CDS;431;540;Art-reda ;comp;4023600..4025129;cds;;1530;K-ligase;;insert;dir ;4247943..4248031;tta;11;89;;112316..113822;16s;54;; ;;;;;;;;insert;dir ;4248043..4248119;atgi;108;77;;113877..113952;gca;114;; ;dir ;4135881..4136873;cds;383;993; DnaC;;insert;dir ;4248228..4249735;16s;184;1508;;114067..116982;23s;193;; ;comp;4137257..4137331;aca;33;75;;;insert;dir ;4249920..4250564;23s°;100;645;;117176..117292;5s;5;; 15;comp;4137365..4137440;gta;4;76;;;insert;<dir ;4250665..4250923;cds;112;259;hp-259;117298..117386;tta;9;; 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;cdc8;pbs;cdc;pbs;psor;pbs seleno A;309950..310076;127;0;;-; Y-r;457663..457878;216;457207..457422;216;-; ;1237414..1237986;573;1223841..1224413;573;; ;1291413..1292327;915;1277836..1278750;915;; ;1418672..1419580;909;1405262..1406170;909;; ;2120221..2121348;1128;;;; ;2785863..2786042;180;;;; ;3564835..3565434;600;;;; Y-r2;3805298..3806743;1446;;;; Y-r1;4299490..4300134;645;;;; Helix;351106..351336;231;391813..392001;189;-; ;379952..380503;552;429510..430061;552;; ;456588..456776;189;461727..462398;672;; ;1187185..1187736;552;1169984..1170535;552;; ;1466364..1466783;420;1292255..1292926;672;; ;1467749..1468147;399;1454375..1454773;399;; ;1605760..1606344;585;1517855..1518619;765;; ;1694358..1694750;393;1592306..1592890;585;; ;1936722..1937267;546;1682266..1682658;393;; ;2105662..2106711;1050;1695592..1696284;693;; ;2196549..2198204;1656;1916424..1916630;207;; ;2342487..2342690;204;1922813..1923358;546;; ;2353934..2354578;645;2164151..2165806;1656;; ;2378761..2379891;1131;2308386..2308589;204;; ;2721795..2722316;522;2319833..2320477;645;; ;3485137..3486024;888;2344477..2345607;1131;; ;3570953..3571183;231;2501260..2501931;672;; ;3571660..3571878;219;2688255..2688776;522;; ;3804379..3804627;249;3459701..3460588;888;; ;3804878..3805279;402;3475449..3475589;141;; ;4286854..4287222;369;;;; ;4288799..4289518;720;;;; ;4300349..4300807;459;;;; xylose;3383443..3384780;1338;3349843..3351180;1338;0; ;<4307539..4308225;687;;;; CHAP;<4213228..>4213849;622;0;;-; A-1chlor;4213961..4214620;660;0;;0; SigB2;4221761..4222206;446;0;;0; fdHa;4221761..4222206;1701;3711229..3713373;2145;-; R-deca;0;;0;;127845..129260;1416 ;;;;;876023..877522;1500 phagePP;1448919..1449983;1065;1435547..1436611;1065;1489507..1490769;1263 ;1450539..1450985;447;1437167..1437613;447;; ;1709611..1711050;1440;1697521..1698963;1443;; ;1718404..1718844;441;1708192..1708632;441;; ;3560756..3561910;1155;3841162..3842367;1206;; ;4254725..4256002;1278;;;; ;4260531..4261586;1056;;;; ;4262058..4262474;417;;;; hp-204;4254509..4254712;204;;;; phagePP;4254725..4256002;1278;;;; phageHM;4255980..4256741;762;;;; hp;;;3840525..3841067;543;; phagePP;;;3841162..3842367;1206;; hydrolase;;;3842345..3842512;168;; terminase;;;;;1487770..1489491;1722 phagePP;;;;;1489507..1490769;1263 Clp;;;;;1490762..1491607;846 </pre> ====cdc8 cdc abrégé protéines==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_abrégé_protéines|cdc8 cdc abrégé protéines]] <pre> A-1chlor;type A-1 chloramphenicol O-acetyltransferase ABC;ABC transporter ATP-binding protein Ala amid;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase Art-red;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase Art-reda;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein B6;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase cad;cadmium-translocating P-type ATPase CHAP;CHAP domain-containing protein CwlD;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD DedA;DedA family protein DeoR;DeoR/GlpR transcriptional regulator DnaC;DNA replication protein DnaC DUF378;DUF378 domain-containing protein fdHa;formate dehydrogenase subunit alpha flagellar;flagellar motor protein Glyco-tr;glycosyl transferase Helix;helix-turn-helix domain-containing protein hp-1740;hp-1740 hp-204;hp-204 hp-282;hp-282 hp-414;hp-414 HXXEE;HXXEE domain-containing protein III-tau;DNA polymerase III subunit gamma/tau K-ligase;lysine--tRNA ligase S-ligase;serine--tRNA ligase lactam;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase Mannosyl;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase MBOAT;MBOAT family protein mecano;mechanosensitive ion channel NadR;transcription repressor NadR NhaC;Na+/H+ antiporter NhaC family protein Nuc-de;nucleoside deaminase phagePP;phage portal protein PolyI;DNA polymerase I precorrin;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase pyruvate;pyruvate carboxylase R-deca;arginine decarboxylase seleno;glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A SigB;SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor SigB2;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor SrtB;sortase SrtB succinate;adenylosuccinate synthase TIGR;TIGR00159 family protein xylose;xylose isomerase Y-r1;tyrosine-type recombinase/integrase – 1 Y-r2;tyrosine-type recombinase/integrase – 2 </pre> ====cdc8 cdc psor stats==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_stats|cdc8 cdc psor stats]] <pre> NCBI du 13.11.19;cdc8;cdc;psor date;15-MAR-2017;18-MAY-2017;08-JAN-2018 DNA circulaire;4 308 325;4 110 554;3 550 458 Genes (total) ;4 025;3 807;3 528 CDS (total) ;3 870;3 691;3 368 Genes (coding) ;3 763;3 615;3 327 CDS (coding) ;3 763;3 615;3 327 Genes (RNA) ;155;116;160 RRNAs (5S, 16S, 23S); 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17 complete rRNAs ; 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17 tRNAs ;108;83;105 ncRNAs ;4;4;4 Pseudo Genes (total) ;107;76;41 Pseudo Genes (ambiguous residues) ; 0 of 107; 0 of 76; 0 of 41 Pseudo Genes (frameshifted) ; 60 of 107; 42 of 76; 4 of 41 Pseudo Genes (incomplete) ; 35 of 107; 30 of 76; 18 of 41 Pseudo Genes (internal stop) ; 31 of 107; 18 of 76; 22 of 41 Pseudo Genes (multiple problems) ; 18 of 107; 12 of 76; 3 of 41 CRISPR Arrays ;4;9; - ;;; Décompte du 19.11.19;;; hypothetical protein;609;523;1 256 hp / cds (total);0,16;0,14;0,37 </pre> ====cdc8 distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_distribution|cdc8 distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga; cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cdc8;;5;;;;;5;;cdc8;4;;;;;;9 </pre> ====cdc8 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_données_intercalaires|cdc8 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cdc8;fx;fc;cdc8;fx40;fc40;cdc8;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;0;39;0;0;39;-1;;71;75;258;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;5;241;1;0;48;-2;;0;954;318;55;;gca;6;;aac;6;;aac ;0;20;3;344;2;0;53;-3;;1;87;150;tRNA 16s;;;15;;tta;15;;tta ;0;30;4;232;3;1;24;-4;1;51;1378;208;2* 110;;atgi;7;;atgf;7;;atgf ;0;40;0;138;4;2;29;-5;;0;109;383;116;;atgj;9;;gaa;9;;gaa ;0;50;4;89;5;0;15;-6;;0;334;;tRNA 23s;;;5;;gga;5;;gga ;0;60;9;87;6;0;7;-7;;15;150;;376;;gca;5;;gta;5;;gta ;1;70;6;73;7;0;11;-8;1;68;264;;23s tRNA;;;9;;gac;9;;gac ;1;80;11;66;8;0;13;-9;;0;67;;94;;aca;14;;aca;14;;aca ;1;90;15;73;9;1;21;-10;;2;331;;8;;gga;10;;tac;10;;tac ;0;100;21;72;10;1;20;-11;;32;0;;5s tRNA;;;28;;cta;28;;cta ;1;110;16;84;11;0;38;-12;;0;CDS 16s;;3* 6;;aac;7;;aga;7;;aga ;0;120;23;86;12;0;46;-13;;7;240;376;7;;aac;89;;caa;89;;caa ;0;130;25;53;13;1;30;-14;;15;192;498;2* 5;;tta;3;;tca;3;;tca ;0;140;21;49;14;0;39;-15;;0;294;81;-;353;aaa;6;;ttc;6;;ttc 1;1;150;15;53;15;0;36;-16;;2;181;388;tRNA tRNA;;intra;14;;atgj;14;;atgj ;0;160;23;44;16;0;28;-17;1;14;181;;2* 11;;atgi;29;;atgi;29;;atgi ;0;170;24;38;17;1;45;-18;;0;780;;**;;tta;7;;cca;7;;cca ;0;180;22;44;18;1;31;-19;;1;16s 23s;;tRNA tRNA;;;8;;cac;8;;cac ;0;190;26;43;19;0;27;-20;;7;324;;33;;aca;7;;aaa;**;;aaa ;0;200;18;43;20;0;24;-21;;0;188;;4;;gta;6;;tgc;4;;aac 1;0;210;22;36;21;1;24;-22;1;0;2* 265;;6;;gaa;6;;aac;5;;gaa ;0;220;25;39;22;0;22;-23;;6;2* 325;;**;;aaa;15;;tta;5;;gta ;0;230;14;30;23;0;28;-24;;1;2* 221;;;;;7;;atgf;11;;gac ;0;240;9;27;24;0;21;-25;;0;23s 5s;;;;;9;;gaa;14;;aca ;0;250;15;30;25;1;27;-26;;6;126;;;;;5;;gga;9;;tac 1;0;260;15;30;26;1;19;-27;;0;2* 127;;;;;5;;gta;10;;gga ;1;270;18;30;27;0;19;-28;;1;3* 202;;;;;9;;gac;9;;aga ;0;280;12;19;28;1;26;-29;;8;182;;;;;14;;aca;11;;caa ;0;290;16;38;29;0;24;-30;;0;5s CDS;;;;;9;;tac;2;;aaa ;0;300;17;23;30;0;22;-31;;1;177;216;;;;24;;cta;18;;tca ;0;310;7;29;31;0;20;-32;;5;273;;;;;24;;ggc;8;;agc 1;0;320;18;22;32;0;18;-33;;0;452;;;;;9;;aga;85;;cca ;0;330;14;30;33;0;13;-34;;0;118;;;;;8;;caa;60;;tgg ;2;340;9;13;34;0;12;-35;;2;127;;;;;2;;aaa;5;;cca ;0;350;6;15;35;0;17;-36;;0;5s 16s;;;;;3;;tca;3;;atc ;0;360;16;18;36;0;14;-37;;0;-;161;;;;6;;ttc;7;;ttc ;0;370;7;16;37;0;13;-38;;1;;;;;;14;;atgj;**;;atgj ;0;380;6;17;38;0;11;-39;;0;;;;;;17;;atgi;;; 1;0;390;7;14;39;0;10;-40;;1;;;;;;8;;cac;;; ;0;400;4;18;40;0;10;-41;;0;;;;;;7;;aaa;;; ;2;reste;138;242;reste;674;1733;-42;;0;;;;;;7;;tgc;;; 5;11;total;686;2727;total;686;2727;-43;;0;;;;;;12;;cgt;;; 5;8;diagr;548;2446;diagr;12;955;-44;;1;;;;;;**;;gta;;; 0;0; t30;12;817;;;;-45;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;; ;x;686;4;0;690;;;-49;;0;;;;;;;;;;; ;c;2688;326;39;3053;;;-50;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;3743;348;;reste;;5;;;;;;;;;;; ;;;;;;4091;;total;4;326;;;;;;;;;;; </pre> =====cdc8 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_autres_intercalaires_aas|cdc8 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cdc8;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;;misc_f;1;795;182;*; ;;rRNA;978;1094;6;*;117 ;;tRNA;1101;1175;6;*;aac ;;tRNA;1182;1267;15;*;tta ;;tRNA;1283;1358;7;*;atgf ;;tRNA;1366;1440;9;*;gaa ;;tRNA;1450;1523;5;*;gga ;;tRNA;1529;1604;5;*;gta ;;tRNA;1610;1686;9;*;gac ;;tRNA;1696;1770;14;*;aca ;;tRNA;1785;1869;10;*;tac ;;tRNA;1880;1963;28;*;cta ;;tRNA;1992;2068;7;*;aga ;;tRNA;2076;2151;89;*;caa ;;tRNA;2241;2329;3;*;tca ;;tRNA;2333;2408;6;*;ttc ;;tRNA;2415;2488;14;*;atgj ;;tRNA;2503;2579;29;*;atgi ;;tRNA;2609;2685;7;*;cca ;;tRNA;2693;2769;8;*;cac ;;tRNA;2778;2853;7;*;aaa ;;tRNA;2861;2934;6;*;tgc ;;tRNA;2941;3015;6;*;aac ;;tRNA;3022;3107;15;*;tta ;;tRNA;3123;3198;7;*;atgf ;;tRNA;3206;3280;9;*;gaa ;;tRNA;3290;3363;5;*;gga ;;tRNA;3369;3444;5;*;gta ;;tRNA;3450;3526;9;*;gac ;;tRNA;3536;3610;14;*;aca ;;tRNA;3625;3709;9;*;tac ;;tRNA;3719;3802;24;*;cta ;;tRNA;3827;3901;24;*;ggc ;;tRNA;3926;4002;9;*;aga ;;tRNA;4012;4087;8;*;caa ;;tRNA;4096;4171;2;*;aaa ;;tRNA;4174;4262;3;*;tca ;;tRNA;4266;4341;6;*;ttc ;;tRNA;4348;4421;14;*;atgj ;;tRNA;4436;4512;17;*;atgi ;;tRNA;4530;4606;8;*;cac ;;tRNA;4615;4690;7;*;aaa ;;tRNA;4698;4771;7;*;tgc ;;tRNA;4779;4855;12;*;cgt ;;tRNA;4868;4943;75;*;gta fin;;CDS;5019;5432;;; deb;;CDS;43312;43797;94;*; ;;misc_b;43892;44100;63;*; fin;;CDS;44164;45882;;; deb;;CDS;57549;58247;51;*; ;;misc_f;58299;58427;42;*; fin;;CDS;58470;58976;;; deb;;CDS;93984;94736;291;*; ;;misc_f;95028;95862;232;*; ;;misc_f;96095;96344;50;*; ;;misc_f;96395;96725;9;*; ;;misc_f;96735;97600;139;*; ;;rRNA;97740;97856;7;*;117 ;;tRNA;97864;97938;6;*;aac ;;tRNA;97945;98030;15;*;tta ;;tRNA;98046;98121;7;*;atgf ;;tRNA;98129;98203;8;*;gaa ;;tRNA;98212;98285;4;*;gga ;;tRNA;98290;98365;5;*;gta ;;tRNA;98371;98447;10;*;gac ;;tRNA;98458;98532;9;*;ggc ;;tRNA;98542;98615;954;*;aga fin;;CDS;99570;100409;;; deb;comp;CDS;119142;119651;188;*; ;;regulatory;119840;119943;135;*; fin;;CDS;120079;121272;;; deb;;CDS;141169;142335;59;*; ;;regulatory;142395;142512;124;*; fin;;CDS;142637;143242;;; deb;;CDS;192887;194019;59;*; ;;regulatory;194079;194180;220;*; fin;;CDS;194401;195936;;; deb;;CDS;240412;241887;526;*; ;;regulatory;242414;242504;406;*; fin;;CDS;242911;243228;;; deb;comp;CDS;309950;310076;16;*; ;;misc_f;310093;310425;9;*; ;;misc_f;310435;311300;139;*; ;;rRNA;311440;311556;177;*;117 fin;;CDS;311734;312342;;0; deb;;CDS;318620;320392;131;*; ;;regulatory;320524;320716;181;*; fin;;CDS;320898;321650;;; deb;comp;CDS;522666;523493;205;*; ;;regulatory;523699;523805;69;*; fin;;CDS;523875;524195;;0; deb;;CDS;605941;606543;375;*; ;;misc_b;606919;607151;63;*; fin;;CDS;607215;609134;;; deb;;CDS;727895;728629;644;*; ;;regulatory;729274;729350;262;*; fin;;CDS;729613;730869;;; deb;;CDS;801271;802068;383;*; ;;misc_b;802452;802685;49;*; fin;;CDS;802735;803754;;; deb;comp;CDS;861856;862620;258;*; ;;tRNA;862879;862969;87;*;agc fin;;CDS;863057;863845;;; deb;;CDS;869869;871935;594;*; ;;misc_b;872530;872740;225;*; fin;;CDS;872966;873781;;; deb;;CDS;1044480;1044926;147;*; ;;misc_b;1045074;1045320;122;*; fin;;CDS;1045443;1047185;;; deb;;CDS;1106477;1107451;240;*; ;;rRNA;1107692;1109194;324;*;1503 ;;rRNA;1109519;1112415;92;*;2897 ;;tRNA;1112508;1112581;8;*;gga ;;rRNA;1112590;1112706;273;*;117 fin;;CDS;1112980;1114998;;; deb;;CDS;1157234;1158145;114;*; ;;ncRNA;1158260;1158440;182;*; fin;;CDS;1158623;1159840;;0; deb;comp;CDS;1196804;1198213;1378;*; ;comp;tRNA;1199592;1199674;318;*;ttg fin;;CDS;1199993;1202641;;; deb;;CDS;1235339;1235707;91;*; ;;regulatory;1235799;1235905;102;*; fin;;CDS;1236008;1237213;;0; deb;;CDS;1360996;1362075;141;*; ;;misc_b;1362217;1362455;67;*; fin;;CDS;1362523;1365162;;; deb;comp;CDS;1527009;1527185;53;*; ;comp;regulatory;1527239;1527335;341;*; fin;comp;CDS;1527677;1528351;;; deb;;CDS;1597387;1598331;288;*; ;;regulatory;1598620;1598726;105;*; fin;;CDS;1598832;1599797;;; deb;;CDS;1625872;1627965;660;*; ;;repeat_region;1628626;1629050;897;*; fin;;CDS;1629948;1630766;;0; deb;;CDS;1634212;1635180;151;*; ;;misc_b;1635332;1635584;72;*; fin;;CDS;1635657;1636865;;0; deb;;CDS;1682039;1682800;159;*; ;;misc_b;1682960;1683217;112;*; fin;;CDS;1683330;1683569;;; deb;;CDS;1719185;1719346;735;*; ;;repeat_region;1720082;1720376;117;*; fin;;CDS;1720494;1721246;;; deb;;CDS;1767472;1769328;81;*; ;;misc_b;1769410;1769650;65;*; ;;misc_b;1769716;1769951;84;*; fin;;CDS;1770036;1771253;;; deb;;CDS;1792609;1792920;92;*; ;;regulatory;1793013;1793105;99;*; fin;;CDS;1793205;1793999;;; deb;comp;CDS;1848320;1849117;112;*; ;comp;regulatory;1849230;1849335;91;*; deb;comp;CDS;1849427;1850413;163;*; ;;regulatory;1850577;1850753;142;*; deb;;CDS;1850896;1852626;109;*; ;;tRNA;1852736;1852816;334;*;cta deb;;CDS;1853151;1853666;475;*; ;;regulatory;1854142;1854246;209;*; fin;;CDS;1854456;1855490;;; deb;comp;CDS;1862461;1863732;644;*; ;;repeat_region;1864377;1864796;406;*; fin;;CDS;1865203;1865490;;0; deb;comp;CDS;1883751;1884380;364;*; ;;regulatory;1884745;1884788;100;*; fin;;CDS;1884889;1885857;;; deb;comp;CDS;1900325;1901437;131;*; ;comp;regulatory;1901569;1901690;188;*; deb;;CDS;1901879;1904362;88;*; ;;regulatory;1904451;1904562;141;*; fin;;CDS;1904704;1906005;;; deb;;CDS;1917211;1917642;430;*; ;;misc_b;1918073;1918284;162;*; fin;;CDS;1918447;1919736;;; deb;;CDS;1979975;1981282;85;*; ;;misc_b;1981368;1981630;125;*; fin;;CDS;1981756;1982559;;; deb;;CDS;1991720;1992457;110;*; ;;misc_b;1992568;1992775;252;*; fin;;CDS;1993028;1994227;;; deb;;CDS;2033932;2036589;53;*; ;;regulatory;2036643;2036745;109;*; fin;;CDS;2036855;2038120;;; deb;comp;CDS;2174937;2175227;130;*; ;comp;regulatory;2175358;2175457;617;*; ;;regulatory;2176075;2176164;52;*; fin;;CDS;2176217;2176393;;0; deb;comp;CDS;2183867;2184418;151;*; ;comp;misc_b;2184570;2184833;435;*; fin;comp;CDS;2185269;2185667;;; deb;comp;CDS;2186020;2186505;82;*; ;comp;regulatory;2186588;2186681;177;*; fin;;CDS;2186859;2186990;;0; deb;comp;CDS;2226535;2227569;253;*; ;comp;misc_b;2227823;2228036;218;*; fin;comp;CDS;2228255;2229019;;0; deb;comp;CDS;2242205;2243398;81;*; ;comp;regulatory;2243480;2243648;110;*; fin;comp;CDS;2243759;2244376;;; deb;comp;CDS;2309004;2310380;93;*; ;comp;regulatory;2310474;2310576;248;*; fin;;CDS;2310825;2312171;;; deb;comp;CDS;2323975;2324883;801;*; ;;misc_b;2325685;2325916;107;*; fin;;CDS;2326024;2327505;;; deb;comp;CDS;2460052;2461448;76;*; ;comp;misc_b;2461525;2461758;168;*; fin;comp;CDS;2461927;2462130;;; 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deb;;CDS;4241605;4242144;780;*; ;;rRNA;4242925;4244456;265;*;1532 ;;rRNA;4244722;4247618;202;*;2897 ;;rRNA;4247821;4247937;5;*;117 ;;tRNA;4247943;4248031;11;*;tta ;;tRNA;4248043;4248119;110;*;atgi ;;rRNA;4248230;4249732;202;*;1503 ;;misc_f;4249935;4250480;184;*; fin;;CDS;4250665;4250923;;; deb;;CDS;4250940;4251038;87;*; ;comp;rRNA;4251126;4253130;390;*;2005 ;comp;tRNA;4253521;4253596;68;*;gca ;comp;misc_f;4253665;4253797;18;*; ;comp;misc_f;4253816;4254229;294;*; fin;;CDS;4254524;4254712;;; deb;;CDS;4303117;4303305;167;*; ;;misc_f;4303473;4304013;15;*; ;;misc_f;4304029;4304286;145;*; ;;rRNA;4304432;4304548;6;*;117 ;;tRNA;4304555;4304629;4;*;aac ;;tRNA;4304634;4304708;5;*;gaa ;;tRNA;4304714;4304789;5;*;gta ;;tRNA;4304795;4304871;11;*;gac ;;tRNA;4304883;4304957;14;*;aca ;;tRNA;4304972;4305056;9;*;tac ;;tRNA;4305066;4305139;10;*;gga ;;tRNA;4305150;4305226;9;*;aga ;;tRNA;4305236;4305311;11;*;caa ;;tRNA;4305323;4305398;2;*;aaa ;;tRNA;4305401;4305489;18;*;tca ;;tRNA;4305508;4305598;8;*;agc ;;tRNA;4305607;4305683;85;*;cca ;;tRNA;4305769;4305844;60;*;tgg ;;tRNA;4305905;4305981;5;*;cca ;;tRNA;4305987;4306063;3;*;atc ;;tRNA;4306067;4306142;7;*;ttc ;;tRNA;4306150;4306226;116;*;atgj ;;rRNA;4306343;4307677;2;*;1335 deb;;CDS;4307680;4308225;0;*; </pre> ===cbc=== ====cbc opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_opérons|cbc* opérons]] <pre> 28%GC;30.6.19 Paris;16s 5;;52;doubles;intercalaires Clostridium botulinum CDC_297;;;NCBI;gtRNAdb;; comp;1309334..1309408;;Glu;gag;; ;;;;;; comp;1385938..1386012;;Asn;aac;;8 comp;1386021..1386134;;5s;;;108 comp;1386243..1389140;;23s;;;228 comp;1389369..1390866;;16s;;@1; ;;;;;; comp;1392997..1393072;;Phe;ttc;;7 comp;1393080..1393193;;5s;;;108 comp;1393302..1396199;;23s;;;228 comp;1396428..1397925;;16s;;; ;;;;;; comp;1408673..1408762;;Ser;tcc;; ;;;;;; comp;1412183..1412259;;Arg;agg;; ;;;;;; comp;1415464..1415540;;Arg;cgt;;84 comp;1415625..1415715;;Ser;agc;+;20 comp;1415736..1415826;;Ser;tca;2 agc;306 comp;1416133..1416223;;Ser;agc;2 tca;20 comp;1416244..1416334;;Ser;tca;@4; ;;;;;; comp;1425969..1426044;;Ala;gca;;3 comp;1426048..1426124;;Met;atgi;;8 comp;1426133..1426246;;5s;;;79 comp;1426326..1427823;;16s;;@2;117 comp;1427941..1428051;;MNEGCDRILIVVARWQVSKNKKMLTKIKKRATIIKH;CDS 108pb;; ;;;;;; ;1694943..1695017;;Gln;cag;; ;;;;;; comp;1722580..1722664;;Tyr;tac;;5 comp;1722670..1722745;;Thr;aca;; ;;;;;; comp;1841437..1841510;;Cys;tgc;; ;;;;;; comp;1842698..1842811;;5s;;;108 comp;1842920..1845817;;23s;;;228 comp;1846046..1847543;;16s;;; ;;;;;; ;1890534..1890608;;Glu;gaa;+;17 ;1890626..1890701;;Val;gta;3 gaa;9 ;1890711..1890787;;Asp;gac;3 gta;4 ;1890792..1890867;;Thr;aca;3 gac;5 ;1890873..1890947;;Glu;gaa;2 aca;18 ;1890966..1891041;;Val;gta;;7 ;1891049..1891125;;Asp;gac;;57 ;1891183..1891257;;Glu;gaa;;17 ;1891275..1891350;;Val;gta;;9 ;1891360..1891436;;Asp;gac;;4 ;1891441..1891516;;Thr;aca;; ;;;;;; comp;1948153..1948228;;Pro;cca;; ;;;;;; ;1969157..1969245;;Leu;tta;;4 ;1969250..1969325;;Met;atgf;+;53 ;1969379..1969454;;Met;atgf;2 atgf;10 ;1969465..1969541;;Met;atg;; ;;;;;; ;1987541..1989040;;16s;;@3;226 ;1989267..1992166;;23s;;;93 ;1992260..1992375;;5s;;;7 ;1992383..1992457;;Asn;aac;+;27 ;1992485..1992559;;Asn;aac;; ;;;;;; ;2013239..2013313;;Gly;ggg;;18 ;2013332..2013407;;Thr;acc;; ;;;;;; ;2222515..2222590;;Trp;tgg;; ;;;;;; ;2294767..2294842;;Pro;cca;+;7 ;2294850..2294923;;Gly;gga;2 cca;6 ;2294930..2295006;;Arg;aga;2 gga;5 ;2295012..2295087;;Lys;aag;;26 ;2295114..2295189;;Pro;cca;;29 ;2295219..2295292;;Gly;gga;;24 ;2295317..2295393;;Arg;cga;; ;;;;;; ;2402556..2402631;;Val;gta;;5 ;2402637..2402713;;Asp;gac;;3 ;2402717..2402792;;Phe;ttc;;4 ;2402797..2402871;;Gly;ggc;;9 ;2402881..2402954;;Cys;tgc;; ;;;;;; ;2517305..2517391;;Leu;ttg;; ;;;;;; ;2548708..2548792;;Leu;ctc;; ;;;;;; ;2583298..2583388;;SeC;tga;; </pre> ====cbc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_cumuls|cbc* cumuls]] <pre> cbc* cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;5;1;0;0 ;16 23 5s 0;1;20;22;1 ;16 atc gca;0;40;3;1 ;16 23 5s a;3;60;2;0 ;max a;2;80;0;0 ;a doubles;1;100;1;0 ;spéciaux;1;120;0;0 ;total aas;6;140;0;0 sans ;opérons;17;160;0;0 ;1 aa;10;180;0;0 ;max a;11;200;0;0 ;a doubles;4;;0;0 ;total aas;46;;28;2 total aas;;52;;; remarques;;4;;; avec jaune;;;moyenne;17;15 ;;;variance;19; sans jaune;;;moyenne;15; ;;;variance;14; </pre> ====cbc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_blocs|cbc* blocs]] <pre> cbc* blocs;;;; aac;8;7;-; 5s;108;108;108;226 23s;228;228;228;93 16s;;;-;7 ;;;; gca;3;;; atgi;8;;; 5s;79;;; 16s;;;; </pre> ====cbc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_distribution|cbc distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;1-3 aas att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;gca ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;atgi gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aac ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttc atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;aac2 ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;>1aa tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;atgf2 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;; atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;; ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total; cbc*;;10;;;;;10;;cbc*;36;;;;;;34;;cbc*;2;;;;;;2; </pre> ====cbc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_données_intercalaires|cbc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;cbc;fx;fc;cbc;fx40;fc40;cbc;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;24;0;1;24;-1;;72;1018;103;5s tRNA;; ;0;10;5;198;1;1;55;-2;;0;419;184;8;;aac ;0;20;2;293;2;2;38;-3;;0;732;35;7;;ttc 1;0;30;11;166;3;0;14;-4;3;58;389;227;8;;atgi 1;0;40;15;108;4;1;18;-5;;0;156;30;7;;aac ;0;50;9;61;5;0;15;-6;1;0;164;90;tRNA tRNA;;contig ;2;60;11;83;6;0;11;-7;;4;276;431;3;;gca ;2;70;13;65;7;0;3;-8;;40;162;584;**;;atgi ;2;80;12;73;8;1;18;-9;;0;53;;27;;aac 1;1;90;12;68;9;0;10;-10;;8;170;;**;;aac ;2;100;16;58;10;0;16;-11;;25;318;;tRNA tRNA;; 1;0;110;18;52;11;0;28;-12;;0;80;;84;;cgt ;0;120;19;66;12;0;44;-13;;3;172;;20;;agc ;0;130;19;59;13;0;28;-14;;13;92;;306;;tca ;0;140;16;61;14;0;32;-15;;0;77;;20;;agc ;2;150;15;64;15;0;36;-16;;1;142;;**;;tca ;1;160;19;48;16;0;21;-17;;11;328;;9;;gta ;3;170;15;48;17;0;26;-18;;0;187;;4;;gac ;1;180;17;46;18;1;30;-19;1;4;64;;5;;aca 1;1;190;19;32;19;0;24;-20;;11;82;;18;;gaa ;0;200;20;39;20;1;24;-21;;0;51;;7;;gta ;0;210;17;44;21;2;17;-22;;2;239;;57;;gac ;0;220;16;31;22;1;21;-23;;8;145;;17;;gaa 1;0;230;15;40;23;1;14;-24;;0;387;;9;;gta ;1;240;7;36;24;0;20;-25;;1;64;;4;;gac ;0;250;15;18;25;0;22;-26;;6;313;;**;;aca ;0;260;12;22;26;1;13;-27;;0;97;;4;;tta ;0;270;14;35;27;3;17;-28;;2;556;;53;;atgf ;1;280;15;31;28;0;18;-29;;2;754;;10;;atgf ;0;290;12;29;29;2;12;-30;;0;745;;**;;atgj ;0;300;18;27;30;1;12;-31;;2;CDS 16s;;18;;ggg ;0;310;11;29;31;2;9;-32;;3;909;;**;;acc ;2;320;16;21;32;0;9;-33;;0;387;;7;;cca ;1;330;23;18;33;1;12;-34;;1;117;;6;;gga ;0;340;12;14;34;3;13;-35;;1;416;;5;;aga ;0;350;9;25;35;1;13;-36;;0;570;;26;;aag ;0;360;10;27;36;4;12;-37;;0;16s 23s;;29;;cca ;0;370;13;24;37;1;11;-38;;3;3* 228;;24;;gga ;0;380;12;22;38;1;6;-39;;0;226;;**;;cga ;2;390;8;19;39;2;12;-40;;0;23s 5s;;5;;gta ;0;400;8;22;40;0;11;-41;;0;3* 108;;3;;gac 2;6;reste;172;326;reste;685;1783;-42;;0;93;;4;;ttc 8;30;total;719;2572;total;719;2572;-43;;0;16s 5s;;9;;ggc 6;24;diagr;546;2222;diagr;33;765;-44;1;1;79;;**;;tgc 1;0; t30;18;657;;;;-45;;0;5s CDS;;;; ;;;;;;;;-46;;0;363;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;; ;x;718;7;1;726;;;-49;;0;;;;; ;c;2548;288;24;2860;;;-50;;1;;;;; ;;;;;3586;88;;reste;1;4;;;;; ;;;;;;3674;;total;7;288;;;;; </pre> =====cbc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_autres_intercalaires_aas|cbc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;1307968;1308315;1018;*; ;comp;tRNA;1309334;1309408;419;*;gag fin;comp;CDS;1309828;1312056;;; deb;;CDS;1384971;1385834;103;*; ;comp;tRNA;1385938;1386012;8;*;aac ;comp;rRNA;1386021;1386134;108;*;114 ;comp;rRNA;1386243;1389140;228;*;2898 ;comp;rRNA;1389369;1390866;909;*;1498 deb;comp;CDS;1391776;1392264;732;*; ;comp;tRNA;1392997;1393072;7;*;ttc ;comp;rRNA;1393080;1393193;108;*;114 ;comp;rRNA;1393302;1396199;228;*;2898 ;comp;rRNA;1396428;1397925;387;*;1498 fin;comp;CDS;1398313;1399257;;; deb;comp;CDS;1406658;1408283;389;*; ;comp;tRNA;1408673;1408762;156;*;tcc fin;comp;CDS;1408919;1409365;;; deb;comp;CDS;1411833;1412018;164;*; ;comp;tRNA;1412183;1412259;184;*;agg fin;;CDS;1412444;1412764;;; deb;;CDS;1414541;1415428;35;*; ;comp;tRNA;1415464;1415540;84;*;cgt ;comp;tRNA;1415625;1415715;20;*;agc ;comp;tRNA;1415736;1415826;306;*;tca ;comp;tRNA;1416133;1416223;20;*;agc ;comp;tRNA;1416244;1416334;276;*;tca fin;comp;CDS;1416611;1417891;;; deb;comp;CDS;1425354;1425806;162;*; ;comp;tRNA;1425969;1426044;3;*;gca ;comp;tRNA;1426048;1426124;8;*;atgi ;comp;rRNA;1426133;1426246;79;*;114 ;comp;rRNA;1426326;1427823;117;*;1498 fin;comp;CDS;1427941;1428051;;; deb;;CDS;1694365;1694889;53;*; ;;tRNA;1694943;1695017;170;*;cag fin;;CDS;1695188;1695592;;; deb;comp;CDS;1721086;1722261;318;*; ;comp;tRNA;1722580;1722664;5;*;tac ;comp;tRNA;1722670;1722745;227;*;aca fin;;CDS;1722973;1723695;;; deb;;CDS;1840498;1841406;30;*; ;comp;tRNA;1841437;1841510;80;*;tgc deb;comp;CDS;1841591;1842334;363;*; ;comp;rRNA;1842698;1842811;108;*;114 ;comp;rRNA;1842920;1845817;228;*;2898 ;comp;rRNA;1846046;1847543;416;*;1498 fin;comp;CDS;1847960;1850440;;; deb;;CDS;1889552;1890361;172;*; ;;tRNA;1890534;1890608;17;*;gaa ;;tRNA;1890626;1890701;9;*;gta ;;tRNA;1890711;1890787;4;*;gac ;;tRNA;1890792;1890867;5;*;aca ;;tRNA;1890873;1890947;18;*;gaa ;;tRNA;1890966;1891041;7;*;gta ;;tRNA;1891049;1891125;57;*;gac ;;tRNA;1891183;1891257;17;*;gaa ;;tRNA;1891275;1891350;9;*;gta ;;tRNA;1891360;1891436;4;*;gac ;;tRNA;1891441;1891516;90;*;aca fin;comp;CDS;1891607;1892584;;; deb;comp;CDS;1946711;1948060;92;*; ;comp;tRNA;1948153;1948228;77;*;cca fin;comp;CDS;1948306;1948614;;; deb;;CDS;1968610;1969014;142;*; ;;tRNA;1969157;1969245;4;*;tta ;;tRNA;1969250;1969325;53;*;atgf ;;tRNA;1969379;1969454;10;*;atgf ;;tRNA;1969465;1969541;328;*;atgj fin;;CDS;1969870;1972257;;; deb;;CDS;1985594;1986970;570;*; ;;rRNA;1987541;1989040;226;*;1500 ;;rRNA;1989267;1992166;93;*;2900 ;;rRNA;1992260;1992375;7;*;116 ;;tRNA;1992383;1992457;27;*;aac ;;tRNA;1992485;1992559;187;*;aac fin;;CDS;1992747;1994819;;; deb;;CDS;2012533;2013174;64;*; ;;tRNA;2013239;2013313;18;*;ggg ;;tRNA;2013332;2013407;82;*;acc fin;;CDS;2013490;2014683;;; deb;;CDS;2222077;2222463;51;*; ;;tRNA;2222515;2222590;239;*;tgg fin;;CDS;2222830;2224086;;0; deb;;CDS;2294151;2294621;145;*; ;;tRNA;2294767;2294842;7;*;cca ;;tRNA;2294850;2294923;6;*;gga ;;tRNA;2294930;2295006;5;*;aga ;;tRNA;2295012;2295087;26;*;aag ;;tRNA;2295114;2295189;29;*;cca ;;tRNA;2295219;2295292;24;*;gga ;;tRNA;2295317;2295393;387;*;cga fin;;CDS;2295781;2297040;;; deb;;CDS;2401601;2402491;64;*; ;;tRNA;2402556;2402631;5;*;gta ;;tRNA;2402637;2402713;3;*;gac ;;tRNA;2402717;2402792;4;*;ttc ;;tRNA;2402797;2402871;9;*;ggc ;;tRNA;2402881;2402954;313;*;tgc fin;;CDS;2403268;2403963;;; deb;comp;CDS;2515386;2516873;431;*; ;;tRNA;2517305;2517391;584;*;ttg fin;comp;CDS;2517976;2518125;;; deb;;CDS;2548065;2548610;97;*; ;;tRNA;2548708;2548792;556;*;ctc fin;;CDS;2549349;2549786;;0; deb;;CDS;2580636;2582543;754;*; ;;tRNA;2583298;2583388;745;*;tga fin;;CDS;2584134;2585648;;; </pre> ===cbn=== ====cbn opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_opérons|cbn opérons]] <pre> 28%GC;30.6.19 Paris;16s 10;86;doubles;intercal;aa;avec aa ;Clostridium botulinum BKT015925;;;;;; ;20666..20741;;acg;;;; ;;;;;;; ;36413..36487;;gaa;+;12;12; ;36500..36575;;gta;2 gaa;13;13; ;36589..36665;;gac;2 gta;5;5; ;36671..36746;;aca;2 gac;18;18; ;36765..36839;;gaa;2 aca;12;12; ;36852..36927;;gta;;13;13; ;36941..37017;;gac;;5;5; ;37023..37098;;aca;;;; ;;;;;;; ;137366..137441;;cca;;;; ;;;;;;; ;161964..162052;;tta;+;5;5; ;162058..162133;;atgf;3 tta;5;5; ;162139..162215;;atgj;3 atgf;46;46; ;162262..162350;;tta;2 atgj;5;5; ;162356..162431;;atgf;;30;30; ;162462..162538;;atgj;;46;46; ;162585..162673;;tta;;5;5; ;162679..162754;;atgf;;;; ;;;;;;; ;76258..176332;;aac;;;; ;;;;;;; ;180177..181695;;16s;@5;233;; ;181929..184836;;23s;;45;; ;184882..184956;;aac;+;14;; ;184971..185087;;5s;;7;; ;185095..185169;;aac;2 aac;;; ;;;;;;; ;222409..222484;;acc;;;; ;;;;;;; comp;578417..578492;;cag;;;; ;;;;;;; comp;944747..944833;;ttg;;;; ;;;;;;; ;955546..955630;;ctt;;;; ;;;;;;; ;1026946..1027021;;gta;;17;17;17 ;1027039..1027115;;gac;;14;14;14 ;1027130..1027205;;ttc;;4;4;4 ;1027210..1027284;;ggc;;8;8;8 ;1027293..1027367;;tgc;+;57;57;57 ;1027425..1027499;;tgc;2 tgc;;; ;;;;;;; comp;2030816..2030890;;aac;;45;; comp;2030936..2033842;;23s;;96;; comp;2033939..2034015;;atc;;7;;7 comp;2034023..2034098;;gca;;121;; comp;2034220..2035734;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2283768..2283884;;5s;;95;; comp;2283980..2286886;;23s;;233;; comp;2287120..2288638;;16s;@3;464;; comp;2289103..2289176;;gga;;15;;15 comp;2289192..2289268;;atc;;7;;7 comp;2289276..2289351;;gca;;;; ;;;;;;; comp;2350598..2350674;;cga;+;21;21; comp;2350696..2350769;;gga;4 gga;28;28; comp;2350798..2350873;;aaa;2 aaa;4;4; comp;2350878..2350952;;caa;2 caa;4;4; comp;2350957..2351032;;cac;2 cac;5;5; comp;2351038..2351112;;aag;3 aag;3;3; comp;2351116..2351192;;aga;3 aga;6;6; comp;2351199..2351272;;gga;2 cca;4;4; comp;2351277..2351352;;cca;2 ggc;21;21; comp;2351374..2351449;;aag;;5;5; comp;2351455..2351531;;aga;;5;5; comp;2351537..2351610;;gga;;5;5; comp;2351616..2351690;;ggc;;3;3; comp;2351694..2351777;;cta;;22;22; comp;2351800..2351875;;aaa;;4;4; comp;2351880..2351954;;caa;;4;4; comp;2351959..2352034;;cac;;5;5; comp;2352040..2352115;;aag;;5;5; comp;2352121..2352197;;aga;;5;5; comp;2352203..2352276;;gga;;5;5; comp;2352282..2352356;;ggc;;6;6; comp;2352363..2352438;;cca;;;; ;;;;;;; comp;2432784..2432859;;tgg;;;; ;;;;;;; comp;2454880..2454964;;tac;+;39;39; comp;2455004..2455079;;gta;2 tac;8;8; comp;2455088..2455172;;tac;;4;4; comp;2455177..2455252;;aca;;;; ;;;;;;; comp;2697795..2697911;;5s;@1;31;; comp;2697943..2700847;;23s;;233;; comp;2701081..2702599;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2703946..2704021;;aaa;;311;;311 comp;2704333..2704408;;ttc;;5;; comp;2704414..2704530;;5s;;336;; comp;2704867..2704942;;ttc;;5;; comp;2704948..2705064;;5s;;97;; comp;2705162..2708066;;23s;;233;; comp;2708300..2709814;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2721253..2721328;;aaa;@2;5;; comp;2721334..2721450;;5s;;95;; comp;2721546..2724452;;23s;;233;; comp;2724686..2726203;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2731902..2731976;;gag;;61;;61 comp;2732038..2732112;;caa;;6;;6 comp;2732119..2732195;;aga;;4;;4 comp;2732200..2732273;;gga;;19;;19 comp;2732293..2732376;;cta;;16;;16 comp;2732393..2732467;;gaa;;4;; comp;2732472..2732588;;5s;;97;; comp;2732686..2735592;;23s;@4;94;; comp;2735687..2735763;;atc;;3;; comp;2735767..2735842;;gca;;74;; comp;2735917..2737435;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2742262..2742351;;tcc;;;; ;;;;;;; comp;2743220..2743312;;tcg;;;; ;;;;;;; comp;2743891..2743967;;agg;;;; ;;;;;;; comp;2748534..2748610;;cgt;;144;144; comp;2748755..2748845;;agc;;23;23; comp;2748869..2748959;;tca;+;69;69; comp;2749029..2749119;;tca;2 tca;;; ;;;;;;; comp;2758688..2758763;;gca;;4;;4 comp;2758768..2758844;;atgi;;3;; comp;2758848..2758964;;5s;;73;; comp;2759038..2761942;;23s;;233;; comp;2762176..2763694;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2150504..2150620;;5s;;31;; comp;2150652..2153560;;23s;;233;; comp;2153794..2155308;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2169525..2169641;;5s;;32;; comp;2169674..2172579;;23s;;233;; comp;2172813..2174331;;16s;;;; ;;;;;;; sur plasmide;;;tgg;;;; </pre> ====cbn cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_cumuls|cbn cumuls]] <pre> cbn cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;10;1;0;0 ;16 23 5s 0;3;20;34;9 ;16 gca atc;2;40;7;0 ;16 23 5s a;4;60;3;0 ;max a;8;80;1;1 ;a doubles;1;100;0;0 ;spéciaux;1;120;0;0 ;total aas;22;140;0;0 sans ;opérons;18;160;1;0 ;1 aa;12;180;0;0 ;max a;22;200;0;0 ;a doubles;6;;0;0 ;total aas;64;;46;10 total aas;;86;;; remarques;;5;;; avec jaune;;;moyenne;17; ;;;variance;25; sans jaune;;;moyenne;14;14 ;;;variance;15;17 </pre> ====cbn blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_blocs|cbn blocs]] <pre> cbn blocs;;;;;; 5s;31;31;32;;; 23s;233;233;233;;; 16s;;;;;; ;;;;;ttc;5 ;;;;;5s;336 aaa;5;3;;;ttc;5 5s;95;73;5s;95;5s;97 23s;233;233;23s;233;23s;233 16s;aaa;atgi;16s;464;16s; ;;;gga;15;; 16s;233;;;;; 23s;45;;;;; aac;14;;;;; 5s;7;;;;; aac;;;;;; gaa;4;;;;; 5s;97;aac;45;;; 23s;94;23s;96;;; atc;3;atc;7;;; gca;74;gca;121;;; 16s;;16s;;;; </pre> ====cbn distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_distribution|cbn distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;avant 5s;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;2 aac;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;4-8 aas;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;gag;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;caa;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;aga;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;gga;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga;3;;ata;;aca;;aaa;;aga;;cta;ata;;aca;;aaa;;aga;1 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa;cta;1;cca;;caa;1;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;>1aa;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;3;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgc2;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;tca2;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cbn;;12;;;;;12;;cbn;48;;;;;;48;;cbn;4;;;;;;4;;cbn;;;;6;;;6 </pre> ====cbn données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_données_intercalaires|cbn données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cbn;fx;fc;cbn;fx40;fc40;cbn;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;10;0;1;10;-1;;34;214;206;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;10;172;1;1;37;-2;;0;168;307;124;;gca;12;;gaa ;0;20;3;211;2;1;31;-3;;0;131;106;77;;gca;13;;gta ;0;30;19;147;3;2;13;-4;;28;158;480;tRNA 23s;;;5;;gac ;0;40;24;90;4;2;12;-5;;0;115;435;97;;atc;18;;aca ;0;50;34;60;5;0;17;-6;1;0;275;60;95;;atc;12;;gaa 1;2;60;28;67;6;0;13;-7;;5;140;348;23s tRNA;;;13;;gta ;5;70;26;71;7;1;11;-8;1;30;106;104;2* 48;;aac;5;;gac ;2;80;17;53;8;0;9;-9;1;0;67;255;5s tRNA;;;**;;aca ;1;90;13;59;9;1;10;-10;;6;261;130;7;;aac;5;;tta ;1;100;18;68;10;2;19;-11;2;13;59;;13;;ttc;5;;atgf 2;1;110;12;42;11;0;22;-12;1;0;82;;15;;ttc;46;;atgj ;3;120;16;50;12;0;32;-13;;2;379;;5;;aaa;5;;tta 1;1;130;24;50;13;0;22;-14;;7;265;;4;;gaa;30;;atgf ;2;140;4;50;14;0;22;-15;;0;117;;3;;atgi;46;;atgj ;0;150;12;49;15;0;23;-16;;3;233;;tRNA 5s;;;5;;tta ;1;160;7;45;16;1;20;-17;1;10;199;;336;;ttc;**;;atgf ;1;170;16;48;17;1;16;-18;;0;73;;tRNA tRNA;;intra;17;;gta ;0;180;16;36;18;0;20;-19;;2;295;;7;;gca atc;14;;gac ;1;190;12;42;19;1;14;-20;;7;58;;3;;gca atc;4;;ttc ;1;200;15;31;20;0;20;-21;1;0;324;;tRNA tRNA;;contig;8;;ggc 1;0;210;11;27;21;0;20;-22;;1;183;;311;;aaa;57;;tgc ;1;220;12;29;22;1;17;-23;;2;80;;**;;ttc;**;;tgc ;0;230;11;30;23;3;12;-24;;0;245;;61;;gag;15;;gga ;1;240;15;19;24;1;13;-25;;1;408;;6;;caa;7;;atc ;1;250;14;14;25;1;19;-26;;2;111;;4;;aga;**;;gca 1;0;260;14;16;26;2;10;-27;1;0;64;;19;;gga;21;;cga ;2;270;11;10;27;3;17;-28;;1;69;;16;;cta;28;;gga ;1;280;6;8;28;3;13;-29;;5;65;;**;;gaa;4;;aaa ;0;290;9;10;29;2;12;-30;;0;95;;4;;gca;4;;caa ;1;300;11;21;30;3;14;-31;;1;61;;**;;atgi;5;;cac 1;0;310;4;7;31;2;11;-32;;1;125;;;;;3;;aag ;0;320;5;7;32;2;5;-33;;0;CDS 16s;;;;;6;;aga ;1;330;5;11;33;4;11;-34;;0;453;111;;;;4;;gga ;0;340;11;5;34;0;8;-35;;2;423;;;;;21;;cca 1;0;350;4;9;35;1;6;-36;;0;424;;;;;5;;aag ;0;360;2;12;36;3;8;-37;;0;111;;;;;5;;aga ;0;370;6;8;37;2;11;-38;;0;423;;;;;5;;gga ;1;380;6;7;38;1;8;-39;;0;346;;;;;3;;ggc ;0;390;1;6;39;7;10;-40;;0;393;;;;;22;;cta ;0;400;5;4;40;2;12;-41;;1;402;;;;;4;;aaa 2;1;reste;54;62;reste;485;1143;-42;;0;369;;;;;4;;caa 10;32;total;544;1773;total;542;1773;-43;;0;16s 23s;;;;;5;;cac 8;31;diagr;489;1701;diagr;56;620;-44;;1;8* 237;;;;;5;;aag 0;0; t30;32;530;;;;-45;;0;23s 5s;;;;;5;;aga ;;;;;;;;-46;;1;2* 34;;;;;5;;gga ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;35;;;;;6;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;2* 98;;;;;**;;cca ;x;541;9;1;551;;;-49;;0;2* 100;;;;;39;;tac ;c;1763;167;10;1940;;;-50;;0;76;;;;;8;;gta ;;;;;2491;147;;reste;0;0;5s CDS;;;;;4;;tac ;;;;;;2638;;total;9;167;128;590;;;;**;;aca ;;;;;;;;;;;138;144;;;;144;;cgt ;;;;;;;;;;;;;;;;23;;agc ;;;;;;;;;;;;;;;;69;;tca ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tca </pre> =====cbn autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires_aas|cbn autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbn;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;20118;206;comp; ;tRNA;20666;214;;acg fin;CDS;20956;;; deb;CDS;34861;307;comp; ;tRNA;36413;12;;gaa ;tRNA;36500;13;;gta ;tRNA;36589;5;;gac ;tRNA;36671;18;;aca ;tRNA;36765;12;;gaa ;tRNA;36852;13;;gta ;tRNA;36941;5;;gac ;tRNA;37023;106;;aca fin;CDS;37205;;comp; deb;CDS;135851;168;comp; ;tRNA;137366;131;comp;cca fin;CDS;137573;;comp; deb;CDS;161395;158;; ;tRNA;161964;5;;tta ;tRNA;162058;5;;atgf ;tRNA;162139;46;;atgj ;tRNA;162262;5;;tta ;tRNA;162356;30;;atgf ;tRNA;162462;46;;atgj ;tRNA;162585;5;;tta ;tRNA;162679;480;;atgf fin;CDS;163235;;comp; deb;CDS;174610;115;; ;tRNA;176258;275;;aac fin;CDS;176608;;; deb;CDS;178351;453;; ;rRNA;180181;237;;16s ;rRNA;181930;48;;23s ;tRNA;184882;14;;aac ;rRNA;184971;7;;5s ;tRNA;185095;435;;aac fin;CDS;185605;;comp; deb;CDS;221558;140;; ;tRNA;222409;106;;aac fin;CDS;222591;;; deb;CDS;577193;60;; ;tRNA;578417;67;comp;cag fin;CDS;578560;;comp; deb;CDS;943937;261;comp; ;tRNA;944747;348;comp;ttg fin;CDS;945182;;; deb;CDS;954881;59;; ;tRNA;955546;82;;ctt fin;CDS;955713;;; deb;CDS;1025682;379;; ;tRNA;1026946;17;;gta ;tRNA;1027039;14;;gac ;tRNA;1027130;4;;ttc ;tRNA;1027210;8;;ggc ;tRNA;1027293;57;;tgc ;tRNA;1027425;265;;tgc fin;CDS;1027765;;; deb;CDS;1679540;6;; ;gene;1680008;128;comp; fin;CDS;1681704;;comp; deb;CDS;1865810;45;; ;gene;1866395;88;; fin;CDS;1867620;;comp; deb;CDS;2029941;104;; ;tRNA;2030816;48;comp;aac ;rRNA;2030939;97;comp;23s ;tRNA;2033939;7;comp;atc ;tRNA;2034023;124;comp;gca ;rRNA;2034223;423;comp;16s fin;CDS;2036154;;comp; deb;CDS;2149914;128;comp; ;rRNA;2150504;34;comp;5s ;rRNA;2150655;237;comp;23s ;rRNA;2153797;424;comp;16s fin;CDS;2155729;;comp; deb;CDS;2168490;590;; ;rRNA;2169533;35;comp;5s ;rRNA;2169677;237;comp;23s ;rRNA;2172816;111;comp;16s fin;CDS;2174439;;; deb;CDS;2281037;144;; ;rRNA;2283779;98;comp;5s ;rRNA;2283983;237;comp;23s ;rRNA;2287123;111;comp;16s deb;CDS;2288746;117;comp; ;tRNA;2289103;15;comp;gga ;tRNA;2289192;7;comp;atc ;tRNA;2289276;233;comp;gca fin;CDS;2289585;;comp; deb;CDS;2349136;199;comp; ;tRNA;2350598;21;comp;cga ;tRNA;2350696;28;comp;gga ;tRNA;2350798;4;comp;aaa ;tRNA;2350878;4;comp;caa ;tRNA;2350957;5;comp;cac ;tRNA;2351038;3;comp;aag ;tRNA;2351116;6;comp;aga ;tRNA;2351199;4;comp;gga ;tRNA;2351277;21;comp;cca ;tRNA;2351374;5;comp;aag ;tRNA;2351455;5;comp;aga ;tRNA;2351537;5;comp;gga ;tRNA;2351616;3;comp;ggc ;tRNA;2351694;22;comp;cta ;tRNA;2351800;4;comp;aaa ;tRNA;2351880;4;comp;caa ;tRNA;2351959;5;comp;cac ;tRNA;2352040;5;comp;aag ;tRNA;2352121;5;comp;aga ;tRNA;2352203;5;comp;gga ;tRNA;2352282;6;comp;ggc ;tRNA;2352363;73;comp;cca fin;CDS;2352512;;comp; deb;CDS;2430767;295;comp; ;tRNA;2432784;58;comp;tgg fin;CDS;2432918;;comp; deb;CDS;2453380;324;comp; ;tRNA;2454880;39;comp;tac ;tRNA;2455004;8;comp;gta ;tRNA;2455088;4;comp;tac ;tRNA;2455177;255;comp;aca fin;CDS;2455508;;; deb;CDS;2696774;138;comp; ;rRNA;2697803;34;comp;5s ;rRNA;2697946;237;comp;23s ;rRNA;2701084;423;comp;16s deb;CDS;2703019;183;comp; ;tRNA;2703946;311;comp;aaa ;tRNA;2704333;13;comp;ttc ;rRNA;2704422;336;comp;5s ;tRNA;2704867;15;comp;ttc ;rRNA;2704958;100;comp;5s ;rRNA;2705165;237;comp;23s ;rRNA;2708303;346;comp;16s fin;CDS;2710157;;comp; deb;CDS;2720030;80;comp; ;tRNA;2721253;5;comp;aaa ;rRNA;2721334;98;comp;5s ;rRNA;2721549;237;comp;23s ;rRNA;2724689;393;comp;16s fin;CDS;2726593;;comp; deb;CDS;2730964;245;comp; ;tRNA;2731902;61;comp;gag ;tRNA;2732038;6;comp;caa ;tRNA;2732119;4;comp;aga ;tRNA;2732200;19;comp;gga ;tRNA;2732293;16;comp;cta ;tRNA;2732393;4;comp;gaa ;rRNA;2732472;100;comp;5s ;rRNA;2732689;95;comp;23s ;tRNA;2735687;3;comp;atc ;tRNA;2735767;77;comp;gca ;rRNA;2735920;402;comp;16s fin;CDS;2737834;;comp; deb;CDS;2740228;408;comp; ;tRNA;2742262;111;comp;tcc deb;CDS;2742463;64;comp; ;tRNA;2743220;69;comp;tcg deb;CDS;2743382;65;comp; ;tRNA;2743891;130;comp;agg fin;CDS;2744098;;; deb;CDS;2746633;95;comp; ;tRNA;2748534;144;comp;cgt ;tRNA;2748755;23;comp;agc ;tRNA;2748869;69;comp;tca ;tRNA;2749029;61;comp;tca fin;CDS;2749181;;comp; deb;CDS;2758098;125;comp; ;tRNA;2758688;4;comp;gca ;tRNA;2758768;3;comp;atgi ;rRNA;2758848;76;comp;5s ;rRNA;2759041;237;comp;23s ;rRNA;2762179;369;comp;16s fin;CDS;2764060;;comp; </pre> ====cbn intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_entre_cds|cbn intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> cbn;2.2.21 Paris;;cbn 31.1.14;;;;;;; cbn;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;176;7.1;'''négatif ;-11;10;-1 à -47;'''2 773 157;-1;176 ;'''zéro;11;0.4;;;;;'''intercals;0;11 ;'''1 à 200;1767;70.9;'''0 à 200;71;60;;'''313 764;5;116 ;'''201 à 370;394;15.8;'''201 à 370;266;48;;'''11.3%;10;66 ;'''371 à 600;117;4.7;'''371 à 600;464;65;;;15;121 ;'''601 à max;26;1.0;'''601 à 1028;810;204;;;20;93 ;'''total 2491;<201;78.4;'''total 2491;125;141;-47 à 1443;;25;87 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;79 624731;1443;-1;176;-70;0;;0;11;35;50 834812;1270;0;11;-60;0;;-1;°34;40;64 1909773;1149;1;°38;-50;0;;-2;0;45;44 1395656;1025;2;°32;-40;4;;-3;0;50;50 1366434;952;3;15;-30;4;'''min à -1;-4;°28;55;60 2662601;856;4;14;-20;21;176;-5;0;60;35 1385645;836;5;°17;-10;47;7.1%;-6;1;65;56 754437;826;6;13;0;111;;-7;5;70;41 1803918;777;7;12;10;182;;-8;°31;75;32 1826878;759;8;9;20;214;;-9;1;80;38 1307165;753;9;11;30;166;;-10;6;85;35 627889;751;10;°21;40;114;'''1 à 100;-11;°15;90;37 1388755;748;11;22;50;94;1190;-12;1;95;40 2579132;747;12;°32;60;95;47.8%;-13;2;100;46 1789056;745;13;22;70;97;;-14;°7;105;28 1830367;730;14;22;80;70;;-15;0;110;26 841754;723;15;°23;90;72;;-16;3;115;35 1855513;710;16;21;100;86;;-17;°11;120;31 2136552;703;17;17;110;54;;-18;0;125;41 390878;696;18;°20;120;66;;-19;2;130;33 943107;680;19;15;130;74;;-20;°7;135;25 2674137;655;20;20;140;54;;-21;1;140;29 1095841;652;21;°20;150;61;;-22;1;145;30 2644575;626;22;18;160;52;;-23;°2;150;31 261153;625;23;15;170;64;'''1 à 200;-24;0;155;21 1887215;619;24;14;180;52;1767;-25;1;160;31 2676061;600;25;°20;190;54;70.9%;-26;°2;5;34 2443011;582;26;12;200;46;;-27;1;170;30 1811650;581;27;°20;210;38;;-28;1;175;27 1933429;576;28;16;220;41;;-29;°5;180;25 1797999;574;29;14;230;41;;-30;0;185;23 2550424;574;30;°17;240;34;;-31;1;190;31 2050753;573;31;13;250;28;;-32;1;195;23 923904;572;32;7;260;30;'''0 à 200;;181;200;23 313619;570;33;°15;270;21;1778;reste;6;205;19 1471664;569;34;8;280;14;;total;187;210;19 1133306;567;35;7;290;19;;;;215;17 262285;563;36;11;300;32;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;24 ;;37;°13;310;11;;600;2465;225;25 ;;38;9;320;12;;620;1;230;16 ;;39;°17;330;16;;640;2;235;17 ;;40;14;340;16;'''201 à 370;660;2;240;17 ;;reste;1628;350;13;394;680;1;245;15 ;;total;2491;360;14;15.8%;700;1;250;13 ;;;;370;14;;720;2;255;15 ;;;;380;13;;740;2;260;15 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;7;;760;6;265;10 1144166;-47;shift 2;1795;400;9;;780;1;270;11 369225;-46;shift 2;3395;410;5;;800;0;275;9 1579583;-44;shift 2;487;420;6;;820;0;280;5 430053;-41;;;430;3;;840;2;285;9 1494403;-35;;;440;2;;860;1;290;10 1957540;-35;;;450;8;;880;0;295;15 733250;-32;;;460;6;;900;0;300;17 271633;-31;;;470;5;;920;0;305;6 913392;-29;;;480;5;;940;0;310;5 1503608;-29;;;490;6;;960;1;315;9 1620962;-29;;;500;7;;980;0;320;3 1725747;-29;;;510;6;;1000;0;325;13 1823162;-29;;;520;1;;1020;0;330;3 2449289;-28;;;530;1;'''371 à 600;1040;1;335;5 1086603;-27;;;540;11;117;1060;0;340;11 783920;-26;;;550;2;4.7%;1080;0;345;4 2471206;-26;;;560;2;;1100;0;350;9 2107067;-25;;;570;4;'''601 à max;1120;0;355;10 292336;-23;;;580;5;26;1140;0;360;4 2553714;-23;;;590;2;1.0%;1160;1;365;8 2686151;-22;;;600;1;;;24;370;6 1577865;-21;;;reste;26;;reste;2;reste;143 500363;-20;;;total;2491;;total;2491;total;2491 </pre> ====cbn intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cbn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; cbn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;15;-107;126;33;450;238;max50;&-50;394;-1048;106;855;263;min50 31 à 400;;;;;;;;&8.8;-32;-123;49;932;121;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;86;43;-;424;dte;26;tf;&184;63;-;652;poly;203;SF 31 à 400;;;-;;;;;&120;45;-;891;dte;41;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.731;0.543;0.505;;;;;-0.382;;;;;; 1-n;0.271;-0.222;-0.114;;;;;;;;;14.8.21 paris;; cbn;fx;fc;;cbn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbn;Sx-;Sc- 0;1;10;;0;2;6;0;1;10;>0;543;-1;0;34 10;10;172;;10;20;101;1;1;37;<0;9;-2;0;0 20;3;211;;20;6;124;2;1;31;zéro;1;-3;0;0 30;19;147;;30;39;86;3;2;13;total;553;-4;0;28 40;24;90;;40;49;53;4;2;12;;c;-5;0;0 50;34;60;;50;70;35;5;0;17;>0;1763;-6;1;0 60;28;67;;60;57;39;6;0;13;<0;167;-7;0;5 70;26;71;;70;53;42;7;1;11;zéro;10;-8;1;30 80;17;53;;80;35;31;8;0;9;total;1940;-9;1;0 90;13;59;;90;27;35;9;1;10;;;-10;0;6 100;18;68;;100;37;40;10;2;19;total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reste;54;62;;;;;reste;487;1143;;;-42;0;0 total;544;1773;;t30;65;312;total;544;1773;;;-43;0;0 diagr;489;1701;;;;;diagr;56;620;;;-44;0;1 - t30;457;1171;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;0;0 ;;;;;;;;;;;;total;9;167 </pre> ====cbn intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_négatifs_S-|cbn intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;;;1;;;1;;2;1;;;;;1;;;;1;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;0;8 continu;34;0;0;28;0;0;5;31;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;168 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;0;0;1;0;1;1;0;2;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9 ;Sc-;34;0;0;28;0;0;5;30;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;167 </pre> ====cbn autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires|cbn autres intercalaires]] <pre> deb;°CDS;20118;206;comp;;deb;°CDS;1865810;45;;;deb;°CDS;2453380;324;comp ;&tRNA;20666;214;;;;gene;1866395;88;;;;&tRNA;2454880;39;comp fin;°CDS;20956;;;;fin;°CDS;1867620;;comp;;;&tRNA;2455004;8;comp deb;°CDS;34861;307;comp;;deb;°CDS;2029941;104;;;;&tRNA;2455088;4;comp ;&tRNA;36413;12;;;;&tRNA;2030816;48;comp;;;&tRNA;2455177;255;comp ;&tRNA;36500;13;;;;$rRNA;2030939;97;comp;;fin;°CDS;2455508;; ;&tRNA;36589;5;;;;&tRNA;2033939;7;comp;;deb;°CDS;2696774;138;comp ;&tRNA;36671;18;;;;&tRNA;2034023;124;comp;;;$rRNA;2697803;34;comp ;&tRNA;36765;12;;;;$rRNA;2034223;423;comp;;;$rRNA;2697946;237;comp ;&tRNA;36852;13;;;fin;°CDS;2036154;;comp;;;$rRNA;2701084;423;comp ;&tRNA;36941;5;;;deb;°CDS;2149914;128;comp;;deb;°CDS;2703019;183;comp ;&tRNA;37023;106;;;;$rRNA;2150504;34;comp;;;&tRNA;2703946;311;comp fin;°CDS;37205;;comp;;;$rRNA;2150655;237;comp;;;&tRNA;2704333;13;comp deb;°CDS;135851;168;comp;;;$rRNA;2153797;424;comp;;;$rRNA;2704422;336;comp ;&tRNA;137366;131;comp;;fin;°CDS;2155729;;comp;;;&tRNA;2704867;15;comp fin;°CDS;137573;;comp;;deb;°CDS;2168490;590;;;;$rRNA;2704958;100;comp deb;°CDS;161395;158;;;;$rRNA;2169533;35;comp;;;$rRNA;2705165;237;comp ;&tRNA;161964;5;;;;$rRNA;2169677;237;comp;;;$rRNA;2708303;346;comp ;&tRNA;162058;5;;;;$rRNA;2172816;111;comp;;fin;°CDS;2710157;;comp ;&tRNA;162139;46;;;fin;°CDS;2174439;;;;deb;°CDS;2720030;80;comp ;&tRNA;162262;5;;;deb;°CDS;2281037;144;;;;&tRNA;2721253;5;comp ;&tRNA;162356;30;;;;$rRNA;2283779;98;comp;;;$rRNA;2721334;98;comp ;&tRNA;162462;46;;;;$rRNA;2283983;237;comp;;;$rRNA;2721549;237;comp ;&tRNA;162585;5;;;;$rRNA;2287123;111;comp;;;$rRNA;2724689;393;comp ;&tRNA;162679;480;;;deb;°CDS;2288746;117;comp;;fin;°CDS;2726593;;comp fin;°CDS;163235;;comp;;;&tRNA;2289103;15;comp;;deb;°CDS;2730964;245;comp deb;°CDS;174610;115;;;;&tRNA;2289192;7;comp;;;&tRNA;2731902;61;comp ;&tRNA;176258;275;;;;&tRNA;2289276;233;comp;;;&tRNA;2732038;6;comp fin;°CDS;176608;;;;fin;°CDS;2289585;;comp;;;&tRNA;2732119;4;comp deb;°CDS;178351;453;;;deb;°CDS;2349136;199;comp;;;&tRNA;2732200;19;comp ;$rRNA;180181;237;;;;&tRNA;2350598;21;comp;;;&tRNA;2732293;16;comp ;$rRNA;181930;48;;;;&tRNA;2350696;28;comp;;;&tRNA;2732393;4;comp ;&tRNA;184882;14;;;;&tRNA;2350798;4;comp;;;$rRNA;2732472;100;comp ;$rRNA;184971;7;;;;&tRNA;2350878;4;comp;;;$rRNA;2732689;95;comp ;&tRNA;185095;435;;;;&tRNA;2350957;5;comp;;;&tRNA;2735687;3;comp fin;°CDS;185605;;comp;;;&tRNA;2351038;3;comp;;;&tRNA;2735767;77;comp deb;°CDS;221558;140;;;;&tRNA;2351116;6;comp;;;$rRNA;2735920;402;comp ;&tRNA;222409;106;;;;&tRNA;2351199;4;comp;;fin;°CDS;2737834;;comp fin;°CDS;222591;;;;;&tRNA;2351277;21;comp;;deb;°CDS;2740228;408;comp deb;°CDS;577193;60;;;;&tRNA;2351374;5;comp;;;&tRNA;2742262;111;comp ;&tRNA;578417;67;comp;;;&tRNA;2351455;5;comp;;deb;°CDS;2742463;64;comp fin;°CDS;578560;;comp;;;&tRNA;2351537;5;comp;;;&tRNA;2743220;69;comp deb;°CDS;943937;261;comp;;;&tRNA;2351616;3;comp;;deb;°CDS;2743382;65;comp ;&tRNA;944747;348;comp;;;&tRNA;2351694;22;comp;;;&tRNA;2743891;130;comp fin;°CDS;945182;;;;;&tRNA;2351800;4;comp;;fin;°CDS;2744098;; deb;°CDS;954881;59;;;;&tRNA;2351880;4;comp;;deb;°CDS;2746633;95;comp ;&tRNA;955546;82;;;;&tRNA;2351959;5;comp;;;&tRNA;2748534;144;comp fin;°CDS;955713;;;;;&tRNA;2352040;5;comp;;;&tRNA;2748755;23;comp deb;°CDS;1025682;379;;;;&tRNA;2352121;5;comp;;;&tRNA;2748869;69;comp ;&tRNA;1026946;17;;;;&tRNA;2352203;5;comp;;;&tRNA;2749029;61;comp ;&tRNA;1027039;14;;;;&tRNA;2352282;6;comp;;fin;°CDS;2749181;;comp ;&tRNA;1027130;4;;;;&tRNA;2352363;73;comp;;deb;°CDS;2758098;125;comp ;&tRNA;1027210;8;;;fin;°CDS;2352512;;comp;;;&tRNA;2758688;4;comp ;&tRNA;1027293;57;;;deb;°CDS;2430767;295;comp;;;&tRNA;2758768;3;comp ;&tRNA;1027425;265;;;;&tRNA;2432784;58;comp;;;$rRNA;2758848;76;comp fin;°CDS;1027765;;;;fin;°CDS;2432918;;comp;;;$rRNA;2759041;237;comp deb;°CDS;1679540;6;;;;;;;;;;$rRNA;2762179;369;comp ;gene;1680008;128;comp;;;;;;;;fin;°CDS;2764060;;comp fin;°CDS;1681704;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====cbn intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_tRNA-cds|cbn intercalaires tRNA-cds]] <pre> cbn;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls comp’;206;;214;;59;58;; comp’;307;comp’;106;;64;61;'''deb; ;168;;131;;65;67;<201;12 ;158;comp’;480;;80;69;total;18 ;115;;275;;98;73;taux;67% ;;comp’;435;;115;82;; ;140;;106;;125;106;'''fin; comp’;60;;67;;140;111;<201;9 ;261;comp’;348;;158;131;total;12 ;59;;82;;168;214;taux;75% ;379;;265;;183;265;; comp’;104;;;;199;275;'''total; ;199;;73;;245;;<201;21 ;295;;58;;261;;total;30 ;324;comp’;255;;295;;taux;70% ;183;;;;324;;; ;80;;;;379;;; ;245;;;;408;;'''comp’;'''cumuls ;408;;111;;60;106;'''deb;2 ;64;;69;;104;130;;4 ;65;comp’;130;;206;255;'''fin;2 ;98;;61;;307;348;;6 ;125;;;;'''-;435;'''total; ;;;;;'''-;480;<201;4 ;;;;;;;total;10 ;;;;;;;taux;40% ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;; ;<201;14;11;25;;;; ;total;22;18;40;;;; ;taux;64%;61%;63%;;;; </pre> ===cle=== ====cle opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_opérons|cle opérons]] <pre> 34.3%GC;30.6.19 Paris;16s 11;104;doubles;intercalaires;; ;Clostridium lentocellum DSM 5427;;;;;; ;10157..10246;;agc;@1;202;; ;10449..11981;;16s;;72;; ;12054..12171;;5s;;4;; ;12176..12248;;gca;;262;; ;12511..15414;;23s;;55;; ;15470..15543;;gac;;61;;61 ;15605..15677;;gta;;7;;7 ;15685..15757;;aca;;34;;34 ;15792..15872;;tac;;12;;12 ;15885..15961;;atgj;;3;;3 ;15965..16040;;ttc;;3;;3 ;16044..16116;;aaa;;;; ;;;;;30118;; ;46235..47767;;16s;@3;21284;; ;;;;;;; ;69052..71964;;23s;;;; ;;;;;4873;; ;76838..78371;;16s;;72;; ;78444..78561;;5s;;5;; ;78567..78639;;gca;;282;; ;78922..81829;;23s;;;; ;;;;;904;; ;82734..82851;;5s;;4;; ;82856..82928;;ggc;;;; ;;;;;1463;; ;84392..85929;;16s;;72;; ;86002..86119;;5s;;4;; ;86124..86196;;gca;;280;; ;86477..89386;;23s;;;; ;;;;;7380;; ;96767..96884;;5s;;89;; ;96974..97047;;ggc;;;; ;;;;;5082;; ;102130..102204;;cag;;;; ;;;;;;; ;104716..104799;;tta;;13;13; ;104813..104898;;tca;;;; ;;;;;;; ;141499..143034;;16s;;138;; ;143173..143290;;5s;;7;; ;143298..143374;;atc; ;258;; ;143633..146538;;23s;;;; ;;;;;;; ;150968..151085;;5s;@4;4;; ;151090..151161;;gaa;;457;; ;151619..153160;;16s;;605;; ;153766..156671;;23s;;475;; ;157147..157219;;aaa;;9;;9 ;157229..157299;;gga;;6;;6 ;157306..157379;;aga;;;; ;;;;;4223;; ;161603..161720;;5s;;4;; ;161725..161797;;ggc;;;; ;;;;;11104;; ;172902..172973;;gaa;;23;23; ;172997..173071;;cca;;45;45; ;173117..173189;;aaa;;11;11; ;173201..173274;;gac;;56;56; ;173331..173403;;gta;;7;7; ;173411..173494;;tta;;187;187; ;173682..173754;;aca;;26;26; ;173781..173861;;tac;;10;10; ;173872..173948;;atgj;;31;31; ;173980..174052;;ttc;;;; ;;;;;248498;; ;422551..424086;;16s;;;; ;;;;;113898;; ;537985..540890;;23s;;;; ;;;;;25153;; ;566044..566117;;cac;;23;23; ;566141..566212;;caa;;32;32; ;566245..566330;;tca;;;; ;;;;;;; ;571984..573519;;16s;;72;; ;573592..573709;;5s;;4;; ;573714..573786;;gca;;282;; ;574069..576975;;23s;;;; ;;;;;25302;; ;602278..603812;;16s;;137;; ;603950..604067;;5s;;;; ;;;;;11014;; ;615082..617987;;23s;;;; ;;;;;21159;; ;639147..639362;;16s°;@5;;; ;;;;;98139;; ;737502..737619;;5s;;4;; ;737624..737696;;ggc;;;; ;;;;;3291;; ;740988..741058;;gga;;;; ;;;;;;; ;759839..759920;;cta;;;; ;;;;;;; ;911999..912083;;ctt;+;148;148; ;912232..912316;;ctt;2 ctt;;; ;;;;;;; ;1035192..1035265;;cga;;;; ;;;;;;; ;1061152..1061225;;agg;;;; ;;;;;;; comp;1136376..1136448;;ccc;;;; ;;;;;;; ;1229184..1230718;;16s;@2;72;; ;1230791..1230908;;5s;;7;; ;1230916..1230989;;atc;;53;;53 ;1231043..1231115;;gca;;261;; ;1231377..1234282;;23s;;110;; ;1234393..1234464;;aac;+;9;;9 ;1234474..1234545;;gaa;2 tgc ;6;;6 ;1234552..1234622;;tgc;2 aac;23;;23 ;1234646..1234717;;aac;;58;;58 ;1234776..1234846;;tgc;;;; ;;;;;;; ;1280211..1280283;;atgf;;;; ;;;;;;; ;1283250..1283320;;gga;+;5;5; ;1283326..1283399;;aga;2 gga;5;5; ;1283405..1283478;;cac;2 aga;31;31; ;1283510..1283581;;caa;2 caa;23;23; ;1283605..1283677;;aaa;;30;30; ;1283708..1283792;;cta;;23;23; ;1283816..1283886;;gga;;5;5; ;1283892..1283965;;aga;;6;6; ;1283972..1284043;;caa;;;; ;;;;;;; ;1299560..1299632;;ggc;;4;4; ;1299637..1299711;;cca;;;; ;;;;;;; ;1346208..1346290;;ctg;;;; ;;;;;;; ;1363346..1363428;;ctg;;;; ;;;;;;; ;1515234..1515305;;gaa;;62;62; ;1515368..1515442;;cca;;22;22; ;1515465..1515537;;aaa;;;; ;;;;;;; ;1597292..1597364;;acg;;;; ;;;;;;; ;1611976..1612042;;acg;;;; ;;;;;;; ;2065352..2065425;;ata;;;; ;;;;;;; comp;2090478..2090550;;acc;;;; ;;;;;;; ;2394421..2394501;;tac;;3;3; ;2394505..2394577;;ttc;;;; ;;;;;;; ;2592342..2592422;;ttg;;;; ;;;;;;; ;2606024..2606104;;ttg;;;; ;;;;;;; comp;2737232..2737304;;gcc;;;; ;;;;;;; comp;2798802..2798874;;aag;;;; ;;;;;;; comp;2881571..2881642;;gag;;;; ;;;;;;; comp;3215471..3215545;;cca;;;; ;;;;;;; comp;3252582..3252655;;atgj;;7;7; comp;3252663..3252735;;gta;;4;4; comp;3252740..3252813;;gac;;10;10; comp;3252824..3252896;;tgg;;20;20; comp;3252917..3252988;;aac;;;; ;;;;;683;; comp;3253672..3253748;;atgj;;7;;7 comp;3253756..3253828;;gta;;9;;9 comp;3253838..3253910;;tgg;;18;;18 comp;3253929..3254000;;aac;;60;; comp;3254061..3256967;;23s;;;; ;;;;;362637;; comp;3619605..3619677;;aca;+;4;;4 comp;3619682..3619755;;cgt;2 cgt;50;;50 comp;3619806..3619879;;cgt;2 aca;27;;27 comp;3619907..3619990;;tta;;3;;3 comp;3619994..3620069;;gta;;47;;47 comp;3620117..3620190;;gac;;22;;22 comp;3620213..3620289;;atgi;;23;;23 comp;3620313..3620385;;aca;;14;;14 comp;3620400..3620471;;gaa;;9;;9 comp;3620481..3620552;;aac;;110;; comp;3620663..3623568;;23s;;261;; comp;3623830..3623902;;gca;;53;;53 comp;3623956..3624029;;atc;;7;; comp;3624037..3624154;;5s;;72;; comp;3624227..3625761;;16s;;149;; comp;3625911..3625999;;tcc;;33;;33 comp;3626033..3626118;;tca;;;; ;;;;;;; comp;3714637..3714709;;gta;;1;1; comp;3714711..3714787;;atgj;;;; </pre> ====cle cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_cumuls|cle cumuls]] <pre> cle cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;19;1;1;0 ;16 5 aa 23;5;20;14;15 ;16 5 atc gca;2;40;10;6 ;solo;11;60;2;5 ;max a;14;80;1;1 ;a doubles;2;100;0;0 ;indéterminé;1;120;0;0 ;total aas;46;140;0;0 sans ;opérons;29;160;1;0 ;1 aa;19;180;0;0 ;max a;10;200;1;0 ;a doubles;2;;0;0 ;total aas;59;;30;27 total aas;;105;;; remarques;;5;;; avec jaune;;;moyenne;29; ;;;variance;41; sans jaune;;;moyenne;19;22 ;;;variance;16;19 </pre> ====cle blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_blocs|cle blocs]] <pre> cle blocs;;; Solitaires;;; 16s;*2;16s°;@5 ;;; 23s;*3;; ;;; 5s;3*4;89; ggc;;; ;;; aac;60;; 23s;;; ;;; 16s;137;; 5s;;; ;;; 16s;72;72;72 5s;5;4;4 gca;282;280;282 23s;;; ;;; ;;agc;202 16s;138;16s;72 5s;7;5s;4 atc;258;gca;262 23s;;23s;55 ;;gac;61 ;;; ;;; ;;aac;110 16s;72;23s;261 5s;7;gca;53 atc;53;atc;7 gca;261;5s;72 23s;110;16s;149 aac;9;tcc;33 ;;; ;;; 5s;4;;@4 gaa;457;; 16s;605;; 23s;475;; aaa;9;; </pre> ====cle distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_distribution|cle distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;après 16s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;1-3;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;(atcgca)2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;aaa;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gca4;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aga;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;atc1;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;gga;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;4;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;16s5saa23s;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;4 ggc;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;gaa;tta;1;tca;;taa;;tga; ata;1;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;1;;cta;1;cca;3;caa;3;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;cgt2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;3;gca;;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;ctt2;gta;3;gca;;gaa;2;gga; ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;2;aag;1;agg;1;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;16s5saa23s;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cle;;19;;;;;19;;cle;38;;;;;;38;;cle;2;;;;;;2;;cle;;;;26;3;9;26 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;8 1-3aas;;; </pre> ====cle données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_données_intercalaires|cle données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cle;fx;fc;cle;fx40;fc40;cle;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;35;0;0;35;-1;0;78;421;212;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;; ;0;10;9;278;1;0;56;-2;0;0;121;409;437;347;;61;;gac;13;;tta ;0;20;6;387;2;0;50;-3;0;0;275;214;643;;;7;;gta;**;;tca ;1;30;5;213;3;0;36;-4;8;107;757;50;302;;;34;;aca;23;;gaa ;0;40;12;144;4;2;24;-5;0;1;262;622;325;;;12;;tac;45;;cca 1;1;50;21;85;5;2;20;-6;1;0;487;66;602;;;3;;atgj;11;;aaa ;1;60;27;93;6;1;8;-7;0;10;207;224;331;;;3;;ttc;56;;gac 1;1;70;20;88;7;1;7;-8;1;72;92;142;323;;;**;;aaa;7;;gta ;1;80;37;104;8;2;12;-9;0;0;289;264;16s CDS;;;9;;aaa;187;;tta 1;0;90;35;84;9;1;30;-10;0;5;489;142;695;228;;6;;gga;26;;aca ;4;100;29;82;10;0;35;-11;1;41;125;405;16s 5s;;;**;;aga;10;;tac ;1;110;24;80;11;2;55;-12;0;0;322;227;6* 79;;;9;;aac;31;;atgj ;3;120;17;65;12;0;64;-13;1;7;121;454;146;;;6;;gaa;**;;ttc 1;5;130;26;79;13;2;39;-14;1;28;342;139;144;;;23;;tgc;23;;cac 1;1;140;21;63;14;0;32;-15;1;0;44;445;16s 23s;;;58;;aac;32;;caa 3;2;150;21;79;15;1;42;-16;1;2;61;195;613;;;**;;tgc;**;;tca 1;1;160;31;72;16;0;37;-17;0;12;231;154;CDS 5s;;;7;;atgj;148;;ctt ;0;170;26;55;17;0;36;-18;0;0;132;201;335;228;;9;;gta;**;;ctt ;2;180;21;50;18;1;28;-19;0;2;75;527;;343;;18;;tgg;5;;gga ;0;190;39;58;19;0;34;-20;1;14;125;409;;184;;**;;aac;5;;aga 1;1;200;22;50;20;0;20;-21;0;0;112;149;;301;;4;;aca;31;;cac 1;2;210;24;48;21;0;25;-22;1;2;91;87;5s CDS;;;50;;cgt;23;;caa 2;1;220;20;42;22;0;21;-23;0;8;53;125;301;;;27;;cgt;30;;aaa 2;1;230;25;28;23;0;24;-24;0;0;124;;tRNA 16s;;;6;;tta;26;;cta ;2;240;13;30;24;0;24;-25;0;5;473;;204;;agc;47;;gta;5;;gga ;1;250;17;32;25;2;18;-26;1;9;141;;459;;gaa;25;;gac;6;;aga ;0;260;15;41;26;0;18;-27;0;0;174;;151;;tcc;23;;atgi;**;;caa 1;2;270;17;35;27;1;31;-28;0;1;198;;23s tRNA;;;14;;aca;4;;ggc ;1;280;14;26;28;0;18;-29;0;8;101;;56;;gac;9;;gaa;**;;cca ;1;290;14;22;29;0;16;-30;0;0;238;;476;;aaa;**;;aac;62;;gaa ;0;300;14;29;30;2;18;-31;0;1;29;;2* 111;;aac;33;;tcc;22;;cca ;1;310;10;21;31;3;21;-32;2;8;93;;61;;aac;**;;tca;**;;aaa ;0;320;8;20;32;2;26;-33;0;0;223;;tRNA 23s;;;;;;3;;tac ;2;330;5;7;33;0;10;-34;0;1;112;;263;;gca;;;;**;;ttc ;0;340;11;14;34;2;7;-35;0;2;95;;2* 283;;gca;;;;7;;atgj ;1;350;4;12;35;2;9;-36;0;0;155;;284;;gca;;;;4;;gta ;0;360;10;22;36;1;13;-37;0;0;523;;262;;atc;;;;10;;gac ;0;370;6;14;37;1;19;-38;0;2;178;;2* 262;;gca;;;;20;;tgg ;0;380;10;9;38;1;15;-39;0;0;141;;5s tRNA;;;;;;**;;aac ;0;390;4;13;39;0;13;-40;0;0;116;;3* 4;;gca;;;;4;;gta ;0;400;6;6;40;0;11;-41;0;2;212;;5;;gca;;;;**;;atgj 7;6;reste;83;185;reste;747;1843;-42;0;0;209;;89;;ggc;;;;;; 23;46;total;779;2900;total;779;2900;-43;0;0;329;;3* 7;;atc;;;;;; 16;40;diagr;696;2680;diagr;32;1022;-44;1;0;267;;4;;gaa;;;;;; 0;1; t30;20;878;;;;-45;0;0;249;;3* 4;;ggc;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;310;;tRNA tRNA;;intra;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;2* 53;;atc;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;**;;gca;;;;;; ;x;779;21;0;800;;;-49;0;0;;;;;;;;;;; ;c;2865;441;35;3341;;;-50;0;1;;;;;;;;;;; ;;;;;4141;273;;reste;0;10;;;;;;;;;;; ;;;;;;4414;;total;21;441;;;;;;;;;;; </pre> =====cle autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_autres_intercalaires_aas|cle autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cle;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;8716;9735;421;*; ;;tRNA;10157;10246;204;*;agc ;;rRNA;10451;11974;79;*;1524 ;;rRNA;12054;12171;4;*;118 ;;tRNA;12176;12248;263;*;gca ;;rRNA;12512;15413;56;*;2902 ;;tRNA;15470;15543;61;*;gac ;;tRNA;15605;15677;7;*;gta ;;tRNA;15685;15757;34;*;aca ;;tRNA;15792;15872;12;*;tac ;;tRNA;15885;15961;3;*;atgj ;;tRNA;15965;16040;3;*;ttc ;;tRNA;16044;16116;121;*;aaa fin;;CDS;16238;16705;;; deb;;CDS;44432;45799;437;*; ;;rRNA;46237;47760;695;*;1524 fin;;CDS;48456;50240;;0; deb;;CDS;66902;68521;531;*; ;;rRNA;69053;71963;313;*;2911 fin;;CDS;72277;72981;;; deb;;CDS;72981;76196;643;*; ;;rRNA;76840;78364;79;*;1525 ;;rRNA;78444;78561;5;*;118 ;;tRNA;78567;78639;283;*;gca ;;rRNA;78923;81828;188;*;2906 deb;comp;CDS;82017;82505;228;*; ;;rRNA;82734;82851;4;*;118 ;;tRNA;82856;82928;275;*;ggc deb;;CDS;83204;84091;302;*; ;;rRNA;84394;85922;79;*;1529 ;;rRNA;86002;86119;4;*;118 ;;tRNA;86124;86196;284;*;gca ;;rRNA;86481;89385;237;*;2905 fin;;CDS;89623;90231;;; deb;comp;CDS;94411;96423;343;*; ;;rRNA;96767;96884;89;*;118 ;;tRNA;96974;97044;757;*;ggc fin;;CDS;97802;98497;;; deb;comp;CDS;101240;101917;212;*; ;;tRNA;102130;102201;409;*;cag fin;comp;CDS;102611;103510;;; deb;comp;CDS;103635;104501;214;*; ;;tRNA;104716;104799;13;*;tta ;;tRNA;104813;104898;262;*;tca fin;;CDS;105161;106408;;; deb;comp;CDS;135278;135838;80;*; ;comp;regulatory;135919;136018;495;*; fin;;CDS;136514;138715;;; deb;;CDS;140906;141175;325;*; ;;rRNA;141501;143026;146;*;1526 ;;rRNA;143173;143290;7;*;118 ;;tRNA;143298;143371;262;*;atc ;;rRNA;143634;146537;299;*;2904 fin;;CDS;146837;147139;;0; deb;;CDS;149226;150632;335;*; ;;rRNA;150968;151085;4;*;118 ;;tRNA;151090;151161;459;*;gaa ;;rRNA;151621;153153;613;*;1533 ;;rRNA;153767;156670;476;*;2904 ;;tRNA;157147;157219;9;*;aaa ;;tRNA;157229;157299;6;*;gga ;;tRNA;157306;157379;487;*;aga fin;;CDS;157867;158490;;; deb;comp;CDS;160912;161418;184;*; ;;rRNA;161603;161720;4;*;118 ;;tRNA;161725;161797;50;*;ggc fin;comp;CDS;161848;162624;;; deb;comp;CDS;162740;165070;522;*; ;;misc_b;165593;165910;56;*; fin;;CDS;165967;167493;;; deb;comp;CDS;171336;172279;622;*; ;;tRNA;172902;172973;23;*;gaa ;;tRNA;172997;173071;45;*;cca ;;tRNA;173117;173189;11;*;aaa ;;tRNA;173201;173274;56;*;gac ;;tRNA;173331;173403;7;*;gta ;;tRNA;173411;173494;187;*;tta ;;tRNA;173682;173754;26;*;aca ;;tRNA;173781;173861;10;*;tac ;;tRNA;173872;173948;31;*;atgj ;;tRNA;173980;174052;207;*;ttc fin;;CDS;174260;174673;;; deb;comp;CDS;190039;190368;288;*; ;;misc_b;190657;190881;79;*; fin;;CDS;190961;192721;;; deb;comp;CDS;421861;422205;347;*; ;;rRNA;422553;424078;228;*;1526 fin;comp;CDS;424307;425017;;0; deb;;CDS;459976;460971;367;*; ;;regulatory;461339;461464;137;*; fin;;CDS;461602;462906;;0; deb;comp;CDS;473892;474338;416;*; ;;regulatory;474755;474880;137;*; fin;;CDS;475018;476358;;; deb;;CDS;536211;537422;563;*; ;;rRNA;537986;540889;357;*;2904 fin;;CDS;541247;541735;;0; deb;;CDS;564995;565951;92;*; ;;tRNA;566044;566117;23;*;cac ;;tRNA;566141;566212;32;*;caa ;;tRNA;566245;566330;289;*;tca fin;;CDS;566620;567750;;; deb;;CDS;570670;571383;602;*; ;;rRNA;571986;573512;79;*;1527 ;;rRNA;573592;573709;4;*;118 ;;tRNA;573714;573786;283;*;gca ;;rRNA;574070;576974;187;*;2905 fin;;CDS;577162;578526;;; deb;;CDS;601262;601948;331;*; ;;rRNA;602280;603805;144;*;1526 ;;rRNA;603950;604067;301;*;118 fin;;CDS;604369;605106;;; deb;;CDS;614484;614675;407;*; ;;rRNA;615083;617986;260;*;2904 fin;comp;CDS;618247;619251;;0; deb;;CDS;685823;686155;210;*; ;;misc_b;686366;686632;51;*; fin;;CDS;686684;686965;;; deb;comp;CDS;736286;737200;301;*; ;;rRNA;737502;737619;4;*;118 ;;tRNA;737624;737696;489;*;ggc fin;;CDS;738186;738905;;; deb;;CDS;740293;740862;125;*; ;;tRNA;740988;741058;322;*;gga fin;;CDS;741381;742271;;; deb;;CDS;757105;759717;121;*; ;;tRNA;759839;759920;66;*;cta fin;comp;CDS;759987;760835;;0; deb;;CDS;786859;787458;71;*; ;;misc_b;787530;787823;195;*; fin;;CDS;788019;789995;;; deb;;CDS;825593;830971;885;*; ;;regulatory;831857;832030;230;*; fin;;CDS;832261;833262;;; deb;comp;CDS;910521;911774;224;*; ;;tRNA;911999;912083;148;*;ctt ;;tRNA;912232;912316;342;*;ctt fin;;CDS;912659;914539;;0; deb;;CDS;1015700;1016551;80;*; ;;misc_b;1016632;1016837;131;*; fin;;CDS;1016969;1018252;;0; deb;;CDS;1034743;1035147;44;*; ;;tRNA;1035192;1035265;142;*;cga fin;comp;CDS;1035408;1036631;;; deb;;CDS;1060209;1061090;61;*; ;;tRNA;1061152;1061225;231;*;agg fin;;CDS;1061457;1061942;;0; deb;;CDS;1135668;1136111;264;*; ;comp;tRNA;1136376;1136448;142;*;ccc fin;;CDS;1136591;1137205;;; deb;;CDS;1181242;1181676;81;*; ;;ncRNA;1181758;1182021;95;*; fin;comp;CDS;1182117;1183028;;; deb;;CDS;1228173;1228862;323;*; ;;rRNA;1229186;1230711;79;*;1526 ;;rRNA;1230791;1230908;7;*;118 ;;tRNA;1230916;1230989;53;*;atc ;;tRNA;1231043;1231115;262;*;gca ;;rRNA;1231378;1234281;111;*;2904 ;;tRNA;1234393;1234464;9;*;aac ;;tRNA;1234474;1234545;6;*;gaa ;;tRNA;1234552;1234622;23;*;tgc ;;tRNA;1234646;1234717;58;*;aac ;;tRNA;1234776;1234846;132;*;tgc fin;;CDS;1234979;1235152;;; deb;;CDS;1279854;1280135;75;*; ;;tRNA;1280211;1280283;125;*;atgf fin;;CDS;1280409;1281519;;; deb;;CDS;1282595;1283137;112;*; ;;tRNA;1283250;1283320;5;*;gga ;;tRNA;1283326;1283399;5;*;aga ;;tRNA;1283405;1283478;31;*;cac ;;tRNA;1283510;1283581;23;*;caa ;;tRNA;1283605;1283677;30;*;aaa ;;tRNA;1283708;1283789;26;*;cta ;;tRNA;1283816;1283886;5;*;gga ;;tRNA;1283892;1283965;6;*;aga ;;tRNA;1283972;1284043;405;*;caa fin;comp;CDS;1284449;1284907;;0; deb;;CDS;1298530;1299468;91;*; ;;tRNA;1299560;1299632;4;*;ggc ;;tRNA;1299637;1299711;227;*;cca fin;comp;CDS;1299939;1300463;;; deb;;CDS;1317893;1318795;58;*; ;;misc_b;1318854;1319058;143;*; fin;;CDS;1319202;1320467;;; deb;;CDS;1330208;1331050;68;*; ;;regulatory;1331119;1331225;168;*; fin;;CDS;1331394;1332701;;; deb;;CDS;1344739;1346154;53;*; ;;tRNA;1346208;1346290;124;*;ctg fin;;CDS;1346415;1347350;;; deb;;CDS;1361763;1362872;473;*; ;;tRNA;1363346;1363428;454;*;ctg fin;comp;CDS;1363883;1365469;;; deb;;CDS;1501342;1502331;88;*; ;;misc_b;1502420;1502635;130;*; fin;;CDS;1502766;1505162;;0; deb;;CDS;1514802;1515092;141;*; ;;tRNA;1515234;1515305;62;*;gaa ;;tRNA;1515368;1515442;22;*;cca ;;tRNA;1515465;1515537;174;*;aaa fin;;CDS;1515712;1516611;;; deb;comp;CDS;1536473;1538146;169;*; ;;misc_b;1538316;1538527;148;*; fin;;CDS;1538676;1539512;;; deb;;CDS;1558609;1559226;150;*; ;;ncRNA;1559377;1559568;105;*; fin;;CDS;1559674;1560162;;; deb;comp;CDS;1596655;1597152;139;*; ;;tRNA;1597292;1597364;198;*;acg fin;;CDS;1597563;1600298;;0; deb;;CDS;1776389;1777042;54;*; ;;regulatory;1777097;1777202;89;*; fin;;CDS;1777292;1778305;;; deb;;CDS;1809551;1811686;53;*; ;;regulatory;1811740;1811862;110;*; fin;;CDS;1811973;1812599;;0; deb;;CDS;1897547;1898221;77;*; ;;misc_b;1898299;1898549;46;*; fin;;CDS;1898596;1899603;;; deb;;CDS;2051328;2051531;445;*; ;comp;tRNA;2051977;2052063;101;*;acc fin;comp;CDS;2052165;2053262;;; deb;;CDS;2064667;2065113;238;*; ;;tRNA;2065352;2065425;29;*;ata fin;;CDS;2065455;2066012;;; deb;;CDS;2089815;2090282;195;*; ;comp;tRNA;2090478;2090550;93;*;acc fin;comp;CDS;2090644;2091279;;0; deb;;CDS;2125666;2126805;19;*; ;;misc_b;2126825;2127056;63;*; fin;;CDS;2127120;2127326;;; deb;comp;CDS;2290223;2291446;61;*; ;comp;misc_b;2291508;2291704;185;*; fin;;CDS;2291890;2293848;;0; deb;;CDS;2378236;2379462;104;*; ;;misc_b;2379567;2379785;50;*; fin;;CDS;2379836;2380420;;; deb;comp;CDS;2393679;2394266;154;*; ;;tRNA;2394421;2394501;3;*;tac ;;tRNA;2394505;2394577;223;*;ttc fin;;CDS;2394801;2396147;;; deb;comp;CDS;2447012;2447701;85;*; ;comp;regulatory;2447787;2447882;852;*; fin;comp;CDS;2448735;2450363;;; deb;comp;CDS;2573684;2574703;297;*; ;;ncRNA;2575001;2575351;65;*; fin;comp;CDS;2575417;2577075;;; deb;comp;CDS;2589039;2590424;65;*; ;comp;misc_b;2590490;2590663;90;*; fin;comp;CDS;2590754;2591524;;; deb;comp;CDS;2591541;2592140;201;*; ;;tRNA;2592342;2592422;112;*;ttg fin;;CDS;2592535;2593464;;0; deb;comp;CDS;2603463;2605496;527;*; ;;tRNA;2606024;2606100;409;*;ttg fin;comp;CDS;2606510;2606668;;; deb;comp;CDS;2735781;2737136;95;*; ;comp;tRNA;2737232;2737304;155;*;gcc fin;comp;CDS;2737460;2738386;;0; deb;comp;CDS;2797787;2798278;523;*; ;comp;tRNA;2798802;2798874;178;*;aag fin;comp;CDS;2799053;2800327;;; deb;comp;CDS;2820846;2822237;109;*; ;comp;misc_b;2822347;2822575;116;*; fin;comp;CDS;2822692;2823483;;; deb;comp;CDS;2848560;2849579;82;*; ;comp;misc_b;2849662;2849892;105;*; fin;comp;CDS;2849998;2851539;;; deb;comp;CDS;2880836;2881429;141;*; ;comp;tRNA;2881571;2881642;116;*;gag fin;comp;CDS;2881759;2882100;;; deb;comp;CDS;2978303;2979394;255;*; ;comp;regulatory;2979650;2979765;74;*; fin;comp;CDS;2979840;2980706;;; deb;comp;CDS;3048813;3049790;231;*; ;comp;tmRNA;3050022;3050370;186;*; fin;comp;CDS;3050557;3051027;;0; deb;comp;CDS;3096224;3097831;76;*; ;comp;misc_b;3097908;3098167;611;*; fin;comp;CDS;3098779;3100596;;0; deb;comp;CDS;3190635;3191126;123;*; ;comp;misc_f;3191250;3191389;88;*; deb;comp;CDS;3191478;3193451;103;*; ;comp;misc_b;3193555;3193827;401;*; fin;comp;CDS;3194229;3194576;;; deb;comp;CDS;3214425;3215258;212;*; ;comp;tRNA;3215471;3215545;209;*;cca fin;comp;CDS;3215755;3217302;;; deb;comp;CDS;3252067;3252252;329;*; ;comp;tRNA;3252582;3252655;7;*;atgj ;comp;tRNA;3252663;3252735;4;*;gta ;comp;tRNA;3252740;3252813;10;*;gac ;comp;tRNA;3252824;3252896;20;*;tgg ;comp;tRNA;3252917;3252988;149;*;aac deb;;CDS;3253138;3253587;87;*; ;comp;tRNA;3253675;3253748;7;*;atgj ;comp;tRNA;3253756;3253828;9;*;gta ;comp;tRNA;3253838;3253910;18;*;tgg ;comp;tRNA;3253929;3254000;61;*;aac ;comp;rRNA;3254062;3256966;336;*;2905 fin;comp;CDS;3257303;3257995;;0; deb;comp;CDS;3407358;3408182;69;*; ;comp;regulatory;3408252;3408361;113;*; fin;comp;CDS;3408475;3410325;;; deb;comp;CDS;3489519;3490856;58;*; ;comp;regulatory;3490915;3491016;261;*; fin;;CDS;3491278;3492633;;0; deb;;CDS;3618295;3619479;125;*; ;comp;tRNA;3619605;3619677;4;*;aca ;comp;tRNA;3619682;3619755;50;*;cgt ;comp;tRNA;3619806;3619879;27;*;cgt ;comp;tRNA;3619907;3619990;6;*;tta ;comp;tRNA;3619997;3620069;47;*;gta ;comp;tRNA;3620117;3620190;25;*;gac ;comp;tRNA;3620216;3620289;23;*;atgi ;comp;tRNA;3620313;3620385;14;*;aca ;comp;tRNA;3620400;3620471;9;*;gaa ;comp;tRNA;3620481;3620552;111;*;aac ;comp;rRNA;3620664;3623567;262;*;2904 ;comp;tRNA;3623830;3623902;53;*;gca ;comp;tRNA;3623956;3624029;7;*;atc ;comp;rRNA;3624037;3624154;79;*;118 ;comp;rRNA;3624234;3625759;151;*;1526 ;comp;tRNA;3625911;3625999;33;*;tcc ;comp;tRNA;3626033;3626118;267;*;tca fin;comp;CDS;3626386;3627084;;0; deb;comp;CDS;3713386;3714387;249;*; ;comp;tRNA;3714637;3714709;4;*;gta ;comp;tRNA;3714714;3714787;310;*;atgj fin;comp;CDS;3715098;3715457;;; deb;comp;CDS;3740094;3741623;336;*; ;comp;regulatory;3741960;3742137;71;*; fin;comp;CDS;3742209;3742868;;; deb;comp;CDS;3876932;3877417;18;*; ;comp;misc_f;3877436;3877575;59;*; fin;comp;CDS;3877635;3878774;;; deb;comp;CDS;3921947;3923137;87;*; ;comp;regulatory;3923225;3923325;65;*; fin;comp;CDS;3923391;3923816;;; deb;comp;CDS;3971663;3972166;188;*; ;;misc_b;3972355;3972601;74;*; fin;;CDS;3972676;3975807;;0; deb;comp;CDS;4298681;4299859;146;*; ;comp;misc_b;4300006;4300267;210;*; fin;;CDS;4300478;4301533;;0; deb;comp;CDS;4552288;4553814;82;*; ;comp;misc_b;4553897;4554160;196;*; fin;;CDS;4554357;4554878;;0; deb;comp;CDS;4592703;4593860;153;*; ;comp;regulatory;4594014;4594127;357;*; fin;;CDS;4594485;4595609;;; deb;comp;CDS;4661871;4663577;550;*; ;;regulatory;4664128;4664228;86;*; fin;;CDS;4664315;4664980;;0; deb;comp;CDS;4694284;4695744;237;*; ;comp;regulatory;4695982;4696073;275;*; fin;comp;CDS;4696349;4697491;;0; </pre> ===hmo=== ====hmo opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_opérons|hmo opérons]] <pre> 57%GC;24.7.19 Paris;16s ;109;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé Heliobacterium modesticaldum Ice1 ATCC 51547 ;;;;;;;;;; ;103699..104088;;CDS;;380;;;;130; ;;;;;;;;;; ;104469..105695;;CDS;;186;186;;;409;186 comp;105882..105956;;ggc;;1;;1;;; comp;105958..106044;;ctg;;321;321;;;; comp;106366..106929;;CDS;@1;241;241;;;188;241 comp;107171..107246;;aca;;202;202;;;;202 comp;107449..108183;;CDS;;111772;;;;245; ;;;;;;;;;; comp;219956..220483;;CDS;;260;260;;;176;260 comp;220744..220820;;gac;;5;;;5;; comp;220826..220901;;gta;;10;;;10;; comp;220912..220987;;gaa;;4;;;4;; comp;220992..221067;;aaa;;18;;;18;; comp;221086..221160;;caa;;103;;;;; comp;221264..224182;;23s;;237;;;;; comp;224420..224495;;gcc;;64;;;;; comp;224560..224676;;5s;@2;328;;;;; comp;225005..226536;;16s;;651;651;;;; comp;227188..228162;;CDS;;98792;;;;325; ;;;;;;;;;; comp;326955..328340;;CDS;;178;178;;;462;178 comp;328519..328601;;cta;;65;;65;;; comp;328667..328743;;aga;;60;;60;;; comp;328804..328880;;cca;;568;568;;;; comp;329449..330090;;CDS;;57730;;;;214; ;;;;;;;;;; comp;387821..388105;;CDS;;135;135;;;95; ;388241..388317;;ccc;;7;;7;;; ;388325..388410;;tac;;47;47;;;;47 comp;388458..388742;;CDS;;588493;;;;95; ;;;;;;;;;; comp;977236..978504;;CDS;;439;439;;;423; comp;978944..981860;;23s;;237;;;;; comp;982098..982173;;gcc;;64;;;;; comp;982238..982354;;5s;;328;;;;; comp;982683..984208;;16s;;460;;;;; comp;984669..984744;;tgg;@3;5;;;5;; comp;984750..984824;;cgg;;207;207;;;;207 comp;985032..987656;;CDS;;26258;;;;875; ;;;;;;;;;; comp;1013915..1014760;;CDS;;105;105;;;282;105 comp;1014866..1014942;;gac;;75;;75;;; comp;1015018..1015093;;gaa;;265;265;;;; comp;1015359..1016642;;CDS;;40115;;;;428; ;;;;;;;;;; ;1056758..1058014;;CDS;;121;121;;;419;121 comp;1058136..1058233;;tga;;173;173;;;; ;1058407..1058733;;CDS;;62951;;;;109; ;;;;;;;;;; ;1121685..1122878;;CDS;;588;588;;;398; ;1123467..1124998;;16s;;328;;;;; ;1125327..1125443;;5s;;64;;;;; ;1125508..1125583;;gcc;;233;;;;; ;1125817..1128734;;23s;;337;337;;;;337 >;1129072..1129785;;CDS;;24938;;;;238; ;;;;;;;;;; ;1154724..1155224;;CDS;;99;99;;;167; ;1155324..1155413;;tca;;56;56;;;;56 comp;1155470..1156627;;CDS;;13350;;;;386; ;;;;;;;;;; ;1169978..1171828;;CDS;;129;129;;;617;129 ;1171958..1172034;;cgt;;85;;85;;; ;1172120..1172196;;agg;;181;181;;;; ;1172378..1172812;;CDS;;62;62;;;145;62 ;1172875..1172966;;tcg;;548;548;;;; ;1173515..1174330;;CDS;;6655;;;;272; ;;;;;;;;;; comp;1180986..1182974;;CDS;;444;444;;;663; ;1183419..1183512;;tcc;;39;39;;;;39 ;1183552..1183817;;ncRNA;;11908;;;;89; ;;;;;;;;;; ;1195726..1195998;;CDS;;181;181;;;91; ;1196180..1196255;;gcg;;151;151;;;;151 ;1196407..1197051;;CDS;;86894;;;;215; ;;;;;;;;;; comp;1283946..1285331;;CDS;;177;177;;;462;177 ;1285509..1285584;;atgf;;5;;5;;; ;1285590..1285667;;atgj;;7;;7;;; ;1285675..1285750;;gaa;;542;542;;;; ;1286293..1287630;;CDS;;63447;;;;446; ;;;;;;;;;; ;1351078..1352549;;CDS;;704;704;;;491; ;1353254..1354786;;16s;;252;;;;; ;1355039..1355155;;5s;;64;;;;; ;1355220..1355296;;atc;;194;;;;; ;1355491..1358408;;23s;;112;;;;; ;1358521..1358595;;aac;;109;109;;;;109 comp;1358705..1358926;;CDS;;139555;;;;74; ;;;;;;;;;; ;1498482..1498898;;CDS;;535;535;;;139; comp;1499434..1499509;;acg;;238;238;;;;238 ;1499748..1500836;;CDS;;262182;;;;363; ;;;;;;;;;; ;1763019..1763858;;CDS;;68;68;;;280;68 ;1763927..1764003;;gac;;4;;4;;; ;1764008..1764083;;ttc;;3;;3;;; ;1764087..1764161;;ggc;;92;92;;;; comp;1764254..1764493;;CDS;;72;72;;;80;72 ;1764566..1764641;;tgc;;18;;18;;; ;1764660..1764746;;tta;;253;253;;;; comp;1765000..1765467;;CDS;;52131;;;;156; ;;;;;;;;;; ;1817599..1818318;;CDS;;487;487;;;240; ;1818806..1820337;;16s;;252;;;;; ;1820590..1820706;;5s;;64;;;;; ;1820771..1820847;;atc;;6;;;6;; ;1820854..1820929;;gca;;229;;;;; ;1821159..1824076;;23s;;112;;;;; ;1824189..1824263;;aac;;6;;;6;; ;1824270..1824345;;atgf;;243;243;;;;243 ;1824589..1825014;;CDS;;168198;;;;142; ;;;;;;;;;; ;1993213..1994328;;CDS;;99;99;;;372; ;1994428..1994502;;atgi;;41;41;;;;41 ;1994544..1995368;;CDS;;284281;;;;275; ;;;;;;;;;; ;2279650..2279997;;CDS ;;541;541;;;116; ;2280539..2282070;;16s;;253;;;;; ;2282324..2282440;;5s;;64;;;;; ;2282505..2282580;;gcc;;234;;;;; ;2282815..2285735;;23s;;119;;;;; ;2285855..2285948;;tcc;;6;;;6;; ;2285955..2286031;;ccg;;10;;;10;; ;2286042..2286115;;gga;;14;;;14;; ;2286130..2286205;;cac;;1;;;1;; ;2286207..2286281;;tgc;;9;;;9;; ;2286291..2286367;;gtc;;3;;;3;; ;2286371..2286446;;ttc;;6;;;6;; ;2286453..2286537;;tac;;4;;;4;; ;2286542..2286616;;caa;;17;;;17;; ;2286634..2286709;;aaa;;4;;;4;; ;2286714..2286789;;gaa;;5;;;5;; ;2286795..2286870;;gta;;5;;;5;; ;2286876..2286952;;gac;;7;;;7;; ;2286960..2287050;;agc;;43;;;43;; ;2287094..2287170;;ccc;;30;;;30;; ;2287201..2287287;;ctg;;3;;;3;; ;2287291..2287365;;ggc;;4;;;4;; ;2287370..2287446;;cgt;;4;;;4;; ;2287451..2287526;;acc;;352;352;;;;352 ;2287879..2288343;;CDS ;;33184;;;;155; ;;;;;;;;;; comp;2321528..2322544;;CDS ;;268;268;;;339; comp;2322813..2322889;;gtc;;9;;9;;; comp;2322899..2322973;;cgg;;81;81;;;;81 comp;2323055..2323243;;CDS ;;3375;;;;63; ;;;;;;;;;; ;2326619..2327947;;CDS ;;464;464;;;443;464 ;2328412..2329943;;16s;;327;;;;; ;2330271..2330387;;5s;;226;;;;; ;2330614..2333532;;23s;;98;;;;; ;2333631..2333706;;aaa;;4;;;4;; ;2333711..2333786;;acc;;8;;;8;; ;2333795..2333877;;ctc;;89;89;;;;89 comp;2333967..2334704;;CDS;;7389;;;;246; ;;;;;;;;;; ;2342094..2342804;;CDS;;155;155;;;237;155 comp;2342960..2343030;;ttc;;213;213;;;; ;2343244..2343936;;CDS;;563;563;;;231; ;2344500..2346025;;16s;;252;;;;; ;2346278..2346394;;5s;;64;;;;; ;2346459..2346535;;atc;;141;;;;; ;2346677..2349594;;23s;;100;;;;; ;2349695..2349769;;aac;;6;;;6;; ;2349776..2349851;;atgf;;102;102;;;;102 ;2349954..2350976;;CDS;;113601;;;;341; ;;;;;;;;;; ;2464578..2465114;;CDS;;271;271;;;179;271 comp;2465386..2465461;;aca;;432;432;;;; ;2465894..2466226;;CDS;;4722;;;;111; ;;;;;;;;;; ;2470949..2471977;;CDS;;69;69;;;343;69 ;2472047..2472133;;ctg;;678;678;;;; ;2472812..2473192;;CDS;;22232;;;;127; ;;;;;;;;;; ;2495425..2496048;;CDS;;402;402;;;208; comp;2496451..2496527;;gtc;;4;;4;;; comp;2496532..2496609;;atgj;;175;175;;;;175 ;2496785..2497120;;CDS;;217;217;;;112; comp;2497338..2497420;;ctc;;7;;7;;; comp;2497428..2497503;;acc;;18;;18;;; comp;2497522..2497596;;tgg;;14;;14;;; comp;2497611..2497684;;ggg;;19;;19;;; comp;2497704..2497778;;ggc;;7;;7;;; comp;2497786..2497873;;ttg;;8;;8;;; comp;2497882..2497958;;gtg;;-10;-10;;;;-10 comp;2497949..2498185;;CDS;;66;66;;;79;66 ;2498252..2498328;;ccg;;314;314;;;; comp;2498643..2499506;;CDS;;55292;;;;288; ;;;;;;;;;; ;2554799..2554984;;CDS;;109;109;;;62;109 ;2555094..2555169;;gaa;;2;;2;;; ;2555172..2555247;;ttc;;6;;6;;; ;2555254..2555338;;tac;;4;;4;;; ;2555343..2555417;;caa;;18;;18;;; ;2555436..2555511;;aaa;;4;;4;;; ;2555516..2555590;;ggc;;9;;9;;; ;2555600..2555675;;cac;;117;117;;;; comp;2555793..2557049;;CDS;;235940;;;;419; ;;;;;;;;;; comp;2792990..2793442;;CDS;;219;219;;;151;219 comp;2793662..2796583;;23s;;236;;;;; comp;2796820..2796895;;gca;;6;;;6;; comp;2796902..2796978;;atc;;64;;;;; comp;2797043..2797159;;5s;;328;;;;; comp;2797488..2799019;;16s;;505;;;;; comp;2799525..2799599;;ggc;+;1;;;1;; comp;2799601..2799687;;ctg;2 ggc;32;;;32;; comp;2799720..2799796;;ccc;;42;;;42;; comp;2799839..2799915;;cgt;;4;;;4;; comp;2799920..2799994;;ggc;;120;;;120;; comp;2800115..2800192;;atgj;;42;;;42;; comp;2800235..2800325;;agc;;16;;;16;; comp;2800342..2800417;;atgf;;6;;;6;; comp;2800424..2800498;;aac;;7;;;7;; comp;2800506..2800581;;gaa;;4;;;4;; comp;2800586..2800661;;aaa;;18;;;18;; comp;2800680..2800754;;caa;;4;;;4;; comp;2800759..2800843;;tac;;91;;;91;; comp;2800935..2801011;;gtc;;7;;;7;; comp;2801019..2801093;;tgc;;325;325;;;; ;2801419..2801724;;CDS;;230813;;;;102; ;;;;;;;;;; ;3032538..3032729;;CDS;;109;109;;;64;109 comp;3032839..3035757;;23s;;233;;;;; comp;3035991..3036066;;gcc;;64;;;;; comp;3036131..3036247;;5s;;253;;;;; comp;3036501..3038026;;16s;;779;779;;;; comp;3038806..3040017;;CDS;;232;;;;404; ;;;;;;;;;; comp;3040250..3042013;;CDS;;;;;;588; </pre> ====hmo cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_cumuls|hmo cumuls]] <pre> hmo cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;1;2;1;1;40;1;100;10 ;16 5s gcc 23;5;20;20;34;50;3;80;8;200;16 ;16 5s atc 23;2;40;0;2;100;11;120;7;300;14 ;16 5 23s a;1;60;1;3;150;9;160;4;400;8 ;max a;20;80;2;0;200;9;200;4;500;11 ;a doubles;1;100;1;1;250;8;240;4;600;0 ;16 5s atc gca;2;120;0;1;300;5;280;4;700;2 ;total aas;60;140;0;0;350;4;320;0;800;0 sans ;opérons;24;160;0;0;400;1;360;2;900;1 ;1 aa;12;180;0;0;450;4;400;0;1000;0 ;max a;7;200;0;0;500;2;440;0;1100;0 ;a doubles;0;;0;0;;11;;1;;0 ;total aas;49;;25;43;;68;;35;;62 total aas;;109;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;8;8;;196;;137;;230 ;;;variance;6;7;;120;;71;;128 </pre> ====hmo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_blocs|hmo blocs]] <pre> hmo blocs;;;;;tgg CDS ;541;651;588;779;460 16s;253;328;328;253;328 5s;64;64;64;64;64 gcc;234;237;233;233;237 23s;119;103;337;109;439 tcc;tcc;caa;cds;cds;cds ;;;;; CDS;704;563;;CDS ;464 16s;252;252;;16s;327 5s;64;64;;5s;226 atc;194;141;;23s;98 23s;112;100;;aaa; aac;aac;aac;;; ;;;;; ;;ggc;;; CDS;487;505;;; 16s;252;328;;; 5s;64;64;;; atc;6;6;;; gca;229;236;;; 23s;112;219;;; aac;aac;cds;;; </pre> ====hmo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_distribution|hmo distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;1-3 aas;atgi;;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;ctc;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;acc;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;1;;;;;;;;;;aaa;ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;;;;;;;;;2 atgf;atc;;acc;1;aac;1;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;;;;;;;;;tgg;ctc;;ccc;2;cac;1;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;4;;;;;;;;;;cgg;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;3 tta;;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;3;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;;;;;;;;;;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;1 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;1;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;;;;;;;;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;1;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total hmo;;12;;;;;12;;hmo;37;;;;;;37;;;;;;;;;;;hmo;;;;39;;11;39 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;10 1-3 aas;;; </pre> ====hmo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_données_intercalaires|hmo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;hmo;fx;fc;hmo;fx40;fc40;hmo;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;17;0;0;17;-1;0;36;321;186;23s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;; ;0;10;9;183;1;1;21;-2;1;0;268;135;103;;caa;5;;gac;1;;ggc ;0;20;10;167;2;3;38;-3;0;0;202;121;2* 112;;aac;10;;gta;**;;ctg ;0;30;4;109;3;0;37;-4;3;149;260;173;119;;tcc;4;;gaa;65;;cta ;0;40;6;77;4;0;21;-5;0;0;268;56;98;;aaa;18;;aaa;60;;aga ;0;50;9;70;5;0;18;-6;0;0;176;444;100;;aac;**;;caa;**;;cca 1;0;60;9;64;6;2;9;-7;0;11;1012;159;tRNA 23s;;;6;;aac;7;;ccc ;3;70;8;66;7;0;8;-8;0;23;159;535;2* 241;;gcc;**;;atgf;**;;tac 1;0;80;12;71;8;0;7;-9;0;1;207;238;2* 237;;gcc;6;;tcc;5;;tgg 1;1;90;27;71;9;3;11;-10;0;7;165;92;198;;atc;10;;ccg;**;;cgg 1;2;100;7;68;10;0;13;-11;0;17;265;72;233;;gca;14;;gga;75;;gac ;1;110;18;66;11;1;15;-12;0;0;99;253;238;;gcc;1;;cac;**;;gaa 1;1;120;18;53;12;1;16;-13;1;8;129;89;145;;atc;9;;tgc;85;;cgt 1;2;130;16;56;13;1;24;-14;0;15;157;158;240;;gca;3;;gtc;**;;agg 1;0;140;16;47;14;0;23;-15;1;0;62;222;5s tRNA;;;6;;ttc;5;;atgf ;1;150;16;57;15;0;15;-16;0;0;551;271;5* 64;;gcc;4;;tac;7;;atgj 2;2;160;12;43;16;0;13;-17;0;12;181;432;4* 64;;atc;17;;caa;**;;gaa ;1;170;10;46;17;1;16;-18;0;0;205;402;tRNA tRNA;;intra;4;;aaa;4;;gac 2;1;180;16;36;18;1;18;-19;0;3;542;175;2* 6;;atc;5;;gaa;3;;ttc 1;1;190;10;32;19;3;11;-20;0;8;431;217;**;;gca;5;;gta;**;;ggc ;0;200;7;31;20;2;16;-21;0;0;68;314;;;;7;;gac;18;;tgc ;3;210;14;24;21;2;16;-22;0;2;243;117;;;;43;;agc;**;;tta 1;0;220;8;32;22;0;6;-23;0;5;99;325;;;;30;;ccc;9;;gtc 1;0;230;15;20;23;0;9;-24;0;0;116;;;;;3;;ctg;**;;cgg 1;0;240;16;27;24;0;12;-25;0;4;352;;;;;4;;ggc;4;;gtc ;1;250;15;30;25;0;4;-26;0;2;268;;;;;4;;cgt;**;;atgj 1;1;260;10;23;26;0;12;-27;0;0;81;;;;;**;;acc;7;;ctc ;4;270;7;17;27;0;19;-28;0;2;126;;;;;4;;aaa;18;;acc 1;0;280;7;21;28;1;13;-29;0;1;69;;;;;8;;acc;14;;tgg ;0;290;7;20;29;0;8;-30;0;0;148;;;;;**;;ctc;19;;ggg ;0;300;6;16;30;1;10;-31;0;1;109;;;;;6;;aac;7;;ggc ;0;310;5;13;31;1;11;-32;1;3;CDS 16s;;;;;**;;atgf;8;;ttg 1;0;320;7;10;32;1;8;-33;0;0;652;;;;;1;;ggc;-;293;gtg 1;1;330;12;12;33;0;14;-34;1;1;20;;;;;32;;ctg;**;;ccg ;0;340;1;11;34;0;6;-35;0;1;559;;;;;42;;ccc;2;;gaa ;0;350;6;6;35;1;6;-36;0;0;705;;;;;4;;cgt;6;;ttc ;1;360;3;10;36;1;11;-37;0;2;488;;;;;120;;ggc;4;;tac ;0;370;12;13;37;0;7;-38;0;2;542;;;;;42;;atgj;18;;caa ;0;380;3;11;38;1;4;-39;0;0;459;;;;;16;;agc;4;;aaa ;0;390;6;7;39;0;4;-40;1;0;558;;;;;6;;atgf;9;;ggc ;0;400;2;6;40;1;6;-41;0;0;506;;;;;7;;aac;**;;cac 4;4;reste;58;108;reste;431;1314;-42;0;0;774;;;;;4;;gaa;;; 23;31;total;460;1867;total;460;1867;-43;0;0;5s 23s;;;;;18;;aaa;;; 19;27;diagr;402;1742;diagr;29;536;-44;0;0;230;;;;;4;;caa;;; 0;0; t30;23;459;;;;-45;0;0;16s 5s;;;;;91;;tac;;; ;;;;;;;;-46;0;0;4* 337;;;;;7;;gtc;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;3* 261;;;;;**;;tgc;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;2* 262;;;;;;;;;; ;x;460;11;0;471;;;-49;0;0;336;;;;;;;;;; ;c;1850;332;17;2199;;;-50;0;15;23s CDS;;;;;;;;;; ;;;;;2670;223;;reste;2;0;463;109;;;;;;;;; ;;;;;;2893;;total;11;332;322;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;223;;;;;;;;;; </pre> =====hmo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_autres_intercalaires_aas|hmo autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;hmo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;83932;85227;106;*; ;comp;regulatory;85334;85456;283;*; fin;;CDS;85740;86651;;; deb;;CDS;104469;105695;186;*; ;comp;tRNA;105882;105956;1;*;ggc ;comp;tRNA;105958;106044;321;*;ctg deb;comp;CDS;106366;106902;268;*; ;comp;tRNA;107171;107246;202;*;aca fin;comp;CDS;107449;108138;;; deb;comp;CDS;119439;119855;458;*; ;comp;regulatory;120314;120402;165;*; fin;comp;CDS;120568;129390;;; deb;comp;CDS;219956;220483;260;*; ;comp;tRNA;220744;220820;5;*;gac ;comp;tRNA;220826;220901;10;*;gta ;comp;tRNA;220912;220987;4;*;gaa ;comp;tRNA;220992;221067;18;*;aaa ;comp;tRNA;221086;221160;103;*;caa ;comp;rRNA;221264;224178;241;*;2915 ;comp;tRNA;224420;224495;64;*;gcc ;comp;rRNA;224560;224676;337;*;117 ;comp;rRNA;225014;226535;652;*;1522 fin;comp;CDS;227188;228162;;; deb;;CDS;268169;269791;139;*; ;;repeat_region;269931;271232;197;*; fin;comp;CDS;271430;272362;;; deb;comp;CDS;326955;328250;268;*; ;comp;tRNA;328519;328601;65;*;cta ;comp;tRNA;328667;328743;60;*;aga ;comp;tRNA;328804;328880;176;*;cca fin;comp;CDS;329057;329254;;; deb;;CDS;377234;378433;102;*; ;;ncRNA;378536;378894;134;*; fin;;CDS;379029;380159;;; deb;;CDS;384528;384812;140;*; ;;misc_b;384953;385256;391;*; fin;;CDS;385648;387258;;0; deb;comp;CDS;387821;388105;135;*; ;;tRNA;388241;388317;7;*;ccc ;;tRNA;388325;388410;1012;*;tac fin;;CDS;389423;390235;;0; deb;comp;CDS;562422;562793;296;*; ;;regulatory;563090;563272;296;*; fin;;CDS;563569;564243;;; deb;comp;CDS;574512;575822;83;*; ;comp;regulatory;575906;576021;352;*; fin;;CDS;576374;577480;;0; deb;comp;CDS;600853;602214;294;*; ;;repeat_region;602509;603596;212;*; fin;comp;CDS;603809;605377;;; deb;;CDS;644127;645932;398;*; ;comp;tmRNA;646331;646683;325;*; fin;;CDS;647009;648202;;0; deb;comp;CDS;977236;978480;463;*; ;comp;rRNA;978944;981856;241;*;2913 ;comp;tRNA;982098;982173;64;*;gcc ;comp;rRNA;982238;982354;337;*;117 ;comp;rRNA;982692;984213;20;*;1522 deb;comp;CDS;984234;984509;159;*; ;comp;tRNA;984669;984744;5;*;tgg ;comp;tRNA;984750;984824;207;*;cgg fin;comp;CDS;985032;987656;;; deb;comp;CDS;1013915;1014700;165;*; ;comp;tRNA;1014866;1014942;75;*;gac ;comp;tRNA;1015018;1015093;265;*;gaa fin;comp;CDS;1015359;1016642;;0; deb;;CDS;1056587;1058014;121;*; ;comp;tRNA;1058136;1058233;173;*;tga fin;;CDS;1058407;1058733;;; deb;;CDS;1121685;1122878;589;*; ;;rRNA;1123468;1124989;337;*;1522 ;;rRNA;1125327;1125443;64;*;117 ;;tRNA;1125508;1125583;237;*;gcc ;;rRNA;1125821;1128734;322;*;2914 fin;;CDS;1129057;1129959;;; deb;;CDS;1145930;1146832;103;*; ;;misc_b;1146936;1147145;99;*; fin;;CDS;1147245;1148408;;; deb;;CDS;1154724;1155224;99;*; ;;tRNA;1155324;1155413;56;*;tca fin;comp;CDS;1155470;1156627;;; deb;;CDS;1169978;1171828;129;*; ;;tRNA;1171958;1172034;85;*;cgt ;;tRNA;1172120;1172196;157;*;agg deb;;CDS;1172354;1172812;62;*; ;;tRNA;1172875;1172966;551;*;tcg fin;;CDS;1173518;1174330;;; deb;comp;CDS;1180986;1182974;444;*; ;;tRNA;1183419;1183512;39;*;tcc ;;ncRNA;1183552;1183817;122;*; fin;;CDS;1183940;1185760;;0; deb;;CDS;1195726;1195998;181;*; ;;tRNA;1196180;1196255;205;*;gcg fin;;CDS;1196461;1197051;;; deb;comp;CDS;1202248;1202961;83;*; ;comp;regulatory;1203045;1203106;414;*; fin;;CDS;1203521;1205617;;; deb;comp;CDS;1283946;1285349;159;*; ;;tRNA;1285509;1285584;5;*;atgf ;;tRNA;1285590;1285667;7;*;atgj ;;tRNA;1285675;1285750;542;*;gaa fin;;CDS;1286293;1287630;;0; deb;;CDS;1351078;1352549;705;*; ;;rRNA;1353255;1354777;261;*;1523 ;;rRNA;1355039;1355155;64;*;117 ;;tRNA;1355220;1355296;198;*;atc ;;rRNA;1355495;1358408;112;*;2914 ;;tRNA;1358521;1358595;431;*;aac fin;;CDS;1359027;1360454;;0; deb;;CDS;1387701;1388411;58;*; ;;misc_f;1388470;1388647;25;*; fin;;CDS;1388673;1389203;;; deb;;CDS;1498482;1498898;535;*; ;comp;tRNA;1499434;1499509;238;*;acg fin;;CDS;1499748;1500836;;0; deb;comp;CDS;1553617;1554957;296;*; ;;regulatory;1555254;1555354;211;*; fin;;CDS;1555566;1556966;;0; deb;;CDS;1733682;1734398;211;*; ;;regulatory;1734610;1734715;150;*; fin;;CDS;1734866;1736005;;; deb;;CDS;1763019;1763858;68;*; ;;tRNA;1763927;1764003;4;*;gac ;;tRNA;1764008;1764083;3;*;ttc ;;tRNA;1764087;1764161;92;*;ggc deb;comp;CDS;1764254;1764493;72;*; ;;tRNA;1764566;1764641;18;*;tgc ;;tRNA;1764660;1764746;253;*;tta fin;comp;CDS;1765000;1765479;;0; deb;;CDS;1817623;1818318;488;*; ;;rRNA;1818807;1820328;261;*;1522 ;;rRNA;1820590;1820706;64;*;117 ;;tRNA;1820771;1820847;6;*;atc ;;tRNA;1820854;1820929;233;*;gca ;;rRNA;1821163;1824076;112;*;2914 ;;tRNA;1824189;1824263;6;*;aac ;;tRNA;1824270;1824345;243;*;atgf fin;;CDS;1824589;1825014;;; deb;;CDS;1854540;1855880;78;*; ;;regulatory;1855959;1856148;170;*; ;;regulatory;1856319;1856511;32;*; fin;;CDS;1856544;1857368;;; deb;;CDS;1882378;1883172;126;*; ;;regulatory;1883299;1883521;158;*; fin;;CDS;1883680;1884993;;; deb;;CDS;1993213;1994328;99;*; ;;tRNA;1994428;1994502;116;*;atgi fin;;CDS;1994619;1995368;;; deb;comp;CDS;2030610;2030810;83;*; ;comp;regulatory;2030894;2030999;259;*; fin;comp;CDS;2031259;2032233;;0; deb;;CDS;2073488;2074249;237;*; ;;regulatory;2074487;2074659;123;*; fin;;CDS;2074783;2076180;;; deb;;CDS;2145684;2146346;57;*; ;;regulatory;2146404;2146520;136;*; fin;;CDS;2146657;2147781;;; deb;;CDS;2279650;2279997;542;*; ;;rRNA;2280540;2282061;262;*;1522 ;;rRNA;2282324;2282440;64;*;117 ;;tRNA;2282505;2282580;238;*;gcc ;;rRNA;2282819;2285735;119;*;2917 ;;tRNA;2285855;2285948;6;*;tcc ;;tRNA;2285955;2286031;10;*;ccg ;;tRNA;2286042;2286115;14;*;gga ;;tRNA;2286130;2286205;1;*;cac ;;tRNA;2286207;2286281;9;*;tgc ;;tRNA;2286291;2286367;3;*;gtc ;;tRNA;2286371;2286446;6;*;ttc ;;tRNA;2286453;2286537;4;*;tac ;;tRNA;2286542;2286616;17;*;caa ;;tRNA;2286634;2286709;4;*;aaa ;;tRNA;2286714;2286789;5;*;gaa ;;tRNA;2286795;2286870;5;*;gta ;;tRNA;2286876;2286952;7;*;gac ;;tRNA;2286960;2287050;43;*;agc ;;tRNA;2287094;2287170;30;*;ccc ;;tRNA;2287201;2287287;3;*;ctg ;;tRNA;2287291;2287365;4;*;ggc ;;tRNA;2287370;2287446;4;*;cgt ;;tRNA;2287451;2287526;352;*;acc fin;;CDS;2287879;2288343;;; deb;;CDS;2303367;2303639;73;*; ;;regulatory;2303713;2303896;104;*; fin;;CDS;2304001;2304804;;; deb;comp;CDS;2321528;2322544;268;*; ;comp;tRNA;2322813;2322889;9;*;gtc ;comp;tRNA;2322899;2322973;81;*;cgg fin;comp;CDS;2323055;2323441;;0; deb;;CDS;2326619;2327947;459;*; ;;rRNA;2328407;2329934;336;*;1528 ;;rRNA;2330271;2330387;230;*;117 ;;rRNA;2330618;2333532;98;*;2915 ;;tRNA;2333631;2333706;4;*;aaa ;;tRNA;2333711;2333786;8;*;acc ;;tRNA;2333795;2333877;89;*;ctc fin;comp;CDS;2333967;2334704;;; deb;;CDS;2342094;2342804;158;*; ;comp;tRNA;2342963;2343030;222;*;ttc deb;;CDS;2343253;2343936;558;*; ;;rRNA;2344495;2346016;261;*;1522 ;;rRNA;2346278;2346394;64;*;117 ;;tRNA;2346459;2346535;145;*;atc ;;rRNA;2346681;2349594;100;*;2914 ;;tRNA;2349695;2349769;6;*;aac ;;tRNA;2349776;2349851;126;*;atgf fin;;CDS;2349978;2350976;;; deb;;CDS;2375597;2375872;14;*; ;;regulatory;2375887;2376057;106;*; fin;;CDS;2376164;2377375;;; deb;;CDS;2464578;2465114;271;*; ;comp;tRNA;2465386;2465461;432;*;aca fin;;CDS;2465894;2466226;;0; deb;;CDS;2471030;2471977;69;*; ;;tRNA;2472047;2472133;148;*;ctg fin;;CDS;2472282;2472431;;; deb;;CDS;2478637;2479455;61;*; ;;misc_b;2479517;2479758;48;*; fin;;CDS;2479807;2480301;;; deb;comp;CDS;2488189;2488956;8;*; ;comp;regulatory;2488965;2489129;204;*; fin;;CDS;2489334;2491055;;; deb;;CDS;2495461;2496048;402;*; ;comp;tRNA;2496451;2496527;4;*;gtc ;comp;tRNA;2496532;2496609;175;*;atgj deb;;CDS;2496785;2497120;217;*; ;comp;tRNA;2497338;2497420;7;*;ctc ;comp;tRNA;2497428;2497503;18;*;acc ;comp;tRNA;2497522;2497596;14;*;tgg ;comp;tRNA;2497611;2497684;19;*;ggg ;comp;tRNA;2497704;2497778;7;*;ggc ;comp;tRNA;2497786;2497873;8;*;ttg ;comp;tRNA;2497882;2497958;293;*;gtg ;;tRNA;2498252;2498328;314;*;ccg fin;comp;CDS;2498643;2499167;;0; deb;;CDS;2525576;2528362;87;*; ;;ncRNA;2528450;2528627;152;*; fin;;CDS;2528780;2529436;;; deb;;CDS;2554799;2554984;109;*; ;;tRNA;2555094;2555169;2;*;gaa ;;tRNA;2555172;2555247;6;*;ttc ;;tRNA;2555254;2555338;4;*;tac ;;tRNA;2555343;2555417;18;*;caa ;;tRNA;2555436;2555511;4;*;aaa ;;tRNA;2555516;2555590;9;*;ggc ;;tRNA;2555600;2555675;117;*;cac fin;comp;CDS;2555793;2557220;;; deb;comp;CDS;2792990;2793442;223;*; ;comp;rRNA;2793666;2796579;240;*;2914 ;comp;tRNA;2796820;2796895;6;*;gca ;comp;tRNA;2796902;2796978;64;*;atc ;comp;rRNA;2797043;2797159;337;*;117 ;comp;rRNA;2797497;2799018;506;*;1522 ;comp;tRNA;2799525;2799599;1;*;ggc ;comp;tRNA;2799601;2799687;32;*;ctg ;comp;tRNA;2799720;2799796;42;*;ccc ;comp;tRNA;2799839;2799915;4;*;cgt ;comp;tRNA;2799920;2799994;120;*;ggc ;comp;tRNA;2800115;2800192;42;*;atgj ;comp;tRNA;2800235;2800325;16;*;agc ;comp;tRNA;2800342;2800417;6;*;atgf ;comp;tRNA;2800424;2800498;7;*;aac ;comp;tRNA;2800506;2800581;4;*;gaa ;comp;tRNA;2800586;2800661;18;*;aaa ;comp;tRNA;2800680;2800754;4;*;caa ;comp;tRNA;2800759;2800843;91;*;tac ;comp;tRNA;2800935;2801011;7;*;gtc ;comp;tRNA;2801019;2801093;325;*;tgc fin;;CDS;2801419;2801724;;; deb;;CDS;3032538;3032729;109;*; ;comp;rRNA;3032839;3035753;237;*;2915 ;comp;tRNA;3035991;3036066;64;*;gcc ;comp;rRNA;3036131;3036247;262;*;117 ;comp;rRNA;3036510;3038031;774;*;1522 fin;comp;CDS;3038806;3040017;;; </pre> ===cbei=== ====cbei opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_opérons|cbei opérons]] <pre> 29.65%GC;29.7.19 Paris;16s 16 ;;;;;;;; Clostridium beijerinckii strain NCIMB 14988;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé ;6477551..6480031;;CDS;;496;496;;;827; ;6480528..6482044;;16s;;213;;;;; ;6482258..6485171;;23s;;108;;;;; ;6485280..6485394;;5s;;14;;;;; ;15..91;;atgi;;1;;;1;; ;93..168;;gca;;85;85;;;;85 ;254..769;;CDS;;1940;;;;172; ;;;;;;;;;; ;2710..2937;;CDS;;119;119;;;76;119 ;3057..3147;;tca;+;30;;30;;; ;3178..3268;;agc;2 tca;241;;*241;;; ;3510..3600;;tca;2 agc;18;;18;;; ;3619..3709;;agc;;125;125;;;; ;3835..4350;;CDS;;9470;;;;172; ;;;;;;;;;; ;13821..14726;;CDS;;187;187;;;302; ;14914..14988;;cgt;;34;34;;;;34 comp;15023..15913;;CDS;;109014;;;;297; ;;;;;;;;;; ;124928..125338;;CDS;;275;275;;;137;275 ;125614..125702;;tta;+;20;;20;;; ;125723..125798;;atgf;4 tta;7;;7;;; ;125806..125882;;atgj;4 atgf;6;;6;;; ;125889..125977;;tta;2 atgj;22;;22;;; ;126000..126075;;atgf;;7;;7;;; ;126083..126159;;atgj;;6;;6;;; ;126166..126254;;tta;;21;;21;;; ;126276..126351;;atgf;;70;;70;;; ;126422..126510;;tta;;21;;21;;; ;126532..126607;;atgf;;664;664;;;; ;127272..129683;;CDS;;8954;;;;804; ;;;;;;;;;; ;138638..140143;;CDS;;307;307;;;502; ;140451..140525;;aac;+;234;;*234;;; ;140760..140834;;aac;3 aac;439;;*439;;; ;141274..141348;;aac;@6;299;299;;;;299 ;141648..143039;;CDS;;1587;;;;464; ;;;;;;;;;; comp;144627..145649;;CDS;;543;543;;;341; ;146193..147709;;16s;;140;;;;; ;147850..147925;;gca;;3;;;3;; ;147929..148005;;atc;;111;;;;; ;148117..151030;;23s;;70;;;;; ;151101..151217;;5s;;5;;;5;; ;151223..151298;;ttc;;4;;;;; ;151303..151377;;tgc;;167;167;;;;167 ;151545..151841;;CDS;;25608;;;;99; ;;;;;;;;;; ;177450..178097;;CDS;;76;76;;;216; ;178174..178249;;acc;;65;65;;;;65 ;178315..179508;;CDS;;134221;;;;398; ;;;;;;;;;; ;313730..316207;;CDS;;90;90;;;826;90 ;316298..316382;;cta;;4;;4;;; ;316387..316461;;ggg;;120;120;;;; comp;316582..316986;;CDS;;85487;;;;135; ;;;;;;;;;; ;402474..402953;;CDS;;125;125;;;160;125 ;403079..403154;;cca;+;17;;17;;; ;403172..403245;;gga;2x;149;;*149;;; ;403395..403471;;aga;cca gga aga;6;;6;;; ;403478..403553;;cca;;16;;16;;; ;403570..403643;;gga;;35;;35;;; ;403679..403755;;aga;;5;;5;;; ;403761..403836;;cac;;3;;3;;; ;403840..403914;;caa;2x;7;;7;;; ;403922..403997;;aaa;caa aaa cta ;18;;18;;; ;404016..404100;;cta;ggc gga ;5;;5;;; ;404106..404180;;ggc;;25;;25;;; ;404206..404279;;gga;;5;;5;;; ;404285..404360;;aag;;57;;57;;; ;404418..404492;;caa;;7;;7;;; ;404500..404575;;aaa;;18;;18;;; ;404594..404678;;cta;;5;;5;;; ;404684..404758;;ggc;;25;;25;;; ;404784..404857;;gga;;46;;46;;; ;404904..404980;;cga;;325;325;;;; <;405306..405467;;CDS;;8393;;;;54; ;;;;;;;;;; ;413861..415921;;CDS;;385;385;;;687; ;416307..417823;;16s;@5;132;;;;; ;417956..418032;;atc;;84;;;;; ;418117..421031;;23s;;71;;;;; ;421103..421177;;aac;;345;345;;;;345 ;421523..422449;;CDS;;63814;;;;309; ;;;;;;;;;; ;486264..486668;;CDS;;159;159;;;135;159 ;486828..486912;;tac;+;9;;9;;; ;486922..486997;;gta;3 tac;27;;27;;; ;487025..487099;;aca;2 gta;12;;12;;; ;487112..487196;;tac;2 aca;9;;9;;; ;487206..487281;;gta;;30;;30;;; ;487312..487386;;aca;;12;;12;;; ;487399..487483;;tac;;451;451;;;; ;487935..489110;;CDS;;50956;;;;392; ;;;;;;;;;; ;540067..540969;;CDS;;187;187;;;301;187 ;541157..541231;;tgg;;208;208;;;; ;541440..541820;;CDS;;97;;;;127; ;;;;;;;;;; comp;541918..542985;;CDS;;252;252;;;356;252 ;543238..543312;;tgg;;354;354;;;; ;543667..544683;;CDS;;347735;;;;339; ;;;;;;;;;; ;892419..893339;;CDS;;560;560;;;307; ;893900..895416;;16s;;137;;;;; ;895554..895629;;gca;;118;;;;; ;895748..898661;;23s;;204;;;;; ;898866..898982;;5s;;552;552;;;;*552 ;899535..900446;;CDS;;351;;;;304; ;;;;;;;;;; ;900798..902048;;CDS;;704;704;;;417; ;902753..904269;;16s;;339;;;;; ;904609..907522;;23s;;273;;;;; ;907796..907912;;5s;;69;69;;;;69 comp;907982..908449;;CDS;;43545;;;;156; ;;;;;;;;;; ;951995..952630;;CDS;;97;97;;;212;97 ;952728..952813;;ctc;;396;396;;;; ;953210..954919;;CDS;;784414;;;;570; ;;;;;;;;;; ;1739334..1739933;;CDS;;380;380;;;200;380 ;1740314..1740389;;cac;;3;;3;;; ;1740393..1740467;;cag;;5;;5;;; ;1740473..1740548;;aaa;;443;443;;;; comp;1740992..1742350;;CDS;;151829;;;;453; ;;;;;;;;;; ;1894180..1895406;;CDS;;34;34;;;409;34 comp;1895441..1895527;;ttg;;574;574;;;; ;1896102..1896794;;CDS;;200701;;;;231; ;;;;;;;;;; ;2097496..2097915;;CDS;;722;722;;;140; ;2098638..2100154;;16s;;502;;;;; ;2100657..2103569;;23s;;205;;;;; ;2103775..2103891;;5s;;315;315;;;;315 ;2104207..2104905;;CDS;;234313;;;;233; ;;;;;;;;;; ;2339219..2340322;;CDS;;662;662;;;368; ;2340985..2342501;;16s;;338;;;;; ;2342840..2345755;;23s;;140;;;;; ;2345896..2345970;;aac;;3;;;;; ;2345974..2346090;;5s;;429;429;;;;429 ;2346520..2348088;;CDS;;3574;;;;523; ;;;;;;;;;; ;2351663..2352139;;CDS;;568;568;;;159; ;2352708..2354224;;16s;;338;;;;; ;2354563..2357477;;23s;;140;;;;; ;2357618..2357692;;aac;;3;;;;; ;2357696..2357812;;5s;;90;90;;;;90 ;2357903..2358316;;CDS;;406783;;;;138; ;;;;;;;;;; ;2765100..2765525;;CDS;;625;625;;;142; ;2766151..2767667;;16s;;503;;;;; ;2768171..2771082;;23s;;202;;;;; ;2771285..2771401;;5s;;5;;;;; ;2771407..2771482;;ttc;;6;;;6;; ;2771489..2771565;;gac;;25;;;25;; ;2771591..2771665;;gaa;;448;448;;;;448 ;2772114..2774864;;CDS;;781818;;;;917; ;;;;;;;;;; ;3556683..3557051;;CDS;;565;565;;;123;*565 ;3557617..3557691;;gag;;925;925;;;; comp;3558617..3559759;;CDS;;192275;;;;381; ;;;;;;;;;; comp;3752035..3752652;;CDS;;245;245;;;206;245 comp;3752898..3752985;;agt;@1;711;711;;;; comp;3753697..3755112;;CDS;;501326;;;;472; ;;;;;;;;;; comp;4256439..4258403;;CDS;;267;267;;;655;267 comp;4258671..4258746;;aaa;;79;;79;;; comp;4258826..4258901;;cac;;7;;7;;; comp;4258909..4258985;;aga;;35;;35;;; comp;4259021..4259094;;gga;;752;752;;;; ;4259847..4260392;;CDS;;619853;;;;182; ;;;;;;;;;; comp;4880246..4880488;;CDS;;508;508;;;81;*508 comp;4880997..4881113;;5s;;274;;;;; comp;4881388..4884300;;23s;;578;;;;; comp;4884879..4886395;;16s;;703;703;;;; comp;4887099..4888034;;CDS;;1272704;;;;312; ;;;;;;;;;; comp;6160739..6161977;;CDS;;343;343;;;413; ;6162321..6162396;;cca;;242;242;;;;242 ;6162639..6163283;;CDS;;2040;;;;215; ;;;;;;;;;; ;6165324..6165734;;CDS;;222;222;;;137; comp;6165957..6166032;;ttc;;5;;;;; comp;6166038..6166154;;5s;@2;188;188;;;;188 ;6166343..6167074;;CDS;;8085;;;;244; ;;;;;;;;;; comp;6175160..6175597;;CDS;;249;249;;;146;249 comp;6175847..6175922;;gca;;1;;;1;; comp;6175924..6176000;;atgi;;44;;;;; comp;6176045..6176161;;5s;;138;;;;; comp;6176300..6179216;;23s;;339;;;;; comp;6179556..6181072;;16s;;567;567;;;; comp;6181640..6182446;;CDS;;223;;;;269; ;;;;;;;;;; ;6182670..6183419;;CDS;;190;190;;;250;190 comp;6183610..6183685;;aaa;+;5;;;;; comp;6183691..6183807;;5s;2 aaa;159;159;;;;159 comp;6183967..6184914;;CDS;@3;294;294;;;316;294 comp;6185209..6185284;;aaa;;7;;;;; comp;6185292..6185408;;5s;;138;;;;; comp;6185547..6188463;;23s;;339;;;;; comp;6188803..6190319;;16s;;771;771;;;; comp;6191091..6192203;;CDS;;7306;;;;371; ;;;;;;;;;; comp;6199510..6202059;;CDS;;661;661;;;850; comp;6202721..6202837;;5s;@4;139;;;;; comp;6202977..6205893;;23s;;339;;;;; comp;6206233..6207749;;16s;;1102;;;;; comp;6208852..6208968;;5s;;138;;;;; comp;6209107..6212023;;23s;;339;;;;; comp;6212363..6213879;;16s;;502;502;;;;*502 comp;6214382..6215329;;CDS;;90019;;;;316; ;;;;;;;;;; comp;6305349..6306314;;CDS;;123;123;;;322;123 comp;6306438..6306527;;tcc;;281;281;;;; comp;6306809..6307984;;CDS;;66527;;;;392; ;;;;;;;;;; ;6374512..6375684;;CDS;;125;125;;;391;125 comp;6375810..6375884;;agg;;303;303;;;; comp;6376188..6378578;;CDS;;13398;;;;797; ;;;;;;;;;; comp;6391977..6392753;;CDS;;114;114;;;259;114 comp;6392868..6392984;;5s;;134;;;;; comp;6393119..6396033;;23s;;214;;;;; comp;6396248..6397764;;16s;;1120;;;;; comp;6398885..6399001;;5s;;139;;;;; comp;6399141..6402055;;23s;;214;;;;; comp;6402270..6403786;;16s;;748;748;;;; comp;6404535..6405107;;CDS;;31702;;;;191; ;;;;;;;;;; ;6436810..6437790;;CDS;;192;192;;;327; comp;6437983..6438059;;gac;+;6;;6;;; comp;6438066..6438141;;gta;3x;14;;14;;; comp;6438156..6438230;;gaa;gac gta ;29;;29;;; comp;6438260..6438334;;aca;gaa aca – 1;10;;10;;; comp;6438345..6438421;;gac;;6;;6;;; comp;6438428..6438503;;gta;;16;;16;;; comp;6438520..6438594;;gaa;;29;;29;;; comp;6438624..6438698;;aca;;10;;10;;; comp;6438709..6438785;;gac;;6;;6;;; comp;6438792..6438867;;gta;;14;;14;;; comp;6438882..6438956;;gaa;;162;162;;;;162 comp;6439119..6439685;;CDS;;37865;;;;189; </pre> ====cbei cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_cumuls|cbei cumuls]] <pre> cbei cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;17;1;0;2;1;0;1;0;100;4 ;16 23 5s 0;7;20;34;3;50;2;50;2;200;19 ;16 atc gca;1;40;12;1;100;7;100;6;300;11 ;16 23 5s a;4;60;2;0;150;7;150;5;400;20 ;max a;4;80;2;0;200;9;200;7;500;6 ;a doubles;1;100;0;0;250;5;250;3;600;3 ;autres;6;120;0;0;300;6;300;5;700;2 ;total aas;19;140;0;0;350;6;350;2;800;1 sans ;opérons;20;160;1;0;400;4;400;1;900;4 ;1 aa;11;180;0;0;450;3;450;2;1000;1 ;max a;19;200;0;0;500;2;500;0;1100;0 ;a doubles;5;;3;0;;21;;4;;0 ;total aas;74;;54;6;;72;;37;;71 total aas;;93;;;;;;;;; remarques;;6;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;18;7;;350;;195;;328 ;;;variance;17;9;;225;;111;;206 </pre> ====cbei blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_blocs|cbei blocs]] <pre> cbei blocs;;;; 16s;213;503;339; 23s;108;202;138; 5s;14;5;44; atgi;atgi;ttc;atgi; ;;;; 16s;339;502;578; 23s;273;205;274; 5s;;;; ;;;; aaa;5;;; 5s;159;5s;139;134 cds;294;23s;339;214 aaa;7;16s;1102;1120 5s;138;5s;138;139 23s;339;23s;339;214 16s;;16s;; ;;;; 16s;338;338;16s;140 23s;140;140;gca;3 aac;3;3;atc;111 5s;aac;aac;23s;70 ;;;5s;5 ;;;ttc; ;;;; 16s;137;;16s;132 gca;118;;atc;84 23s;204;;23s;71 5s;;;aac; ;;;; ttc;5;;; 5s;;;; </pre> ====cbei distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_distribution|cbei distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4 aac 3 -5 et 3 >1;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt; aaa 2 +5 et 4 >1;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gca 2+16s, 2+5s;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;3;tgc; les +5s sont;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;3;agc;2 des 1-3aas;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt; ;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;2 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;2;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;3 ;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;1 ;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;3;gga;5 ;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; ;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;1;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 ;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;cbei;;11;;;;;11;;cbei;63;;;;;;63 </pre> ====cbei données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_données_intercalaires|cbei données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cbei;fx;fc;cbei;fx40;fc40;cbei;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;19;0;0;19;-1;;71;85;34;5s 16s;;;tRNA tRNA;;intra;tRNA tRNA;suite; ;0;10;6;249;1;3;55;-2;;0;119;120;1107;;;3;;gca atc;17;;cca ;1;20;12;375;2;1;39;-3;;0;125;252;1125;;;tRNA tRNA;;contig;149;;gga ;0;30;7;204;3;0;23;-4;2;83;187;443;5s CDS;;;1;;atgi;6;;aga 2;0;40;10;126;4;0;36;-5;1;0;275;34;552;69;;**;;gca;16;;cca ;0;50;10;119;5;0;17;-6;;0;664;574;315;188;;4;;ttc;35;;gga ;0;60;24;126;6;1;16;-7;;8;307;505;429;114;;**;;tgc;5;;aga ;1;70;30;98;7;0;8;-8;1;72;299;752;90;;;6;;ttc;3;;cac ;1;80;25;95;8;0;15;-9;;0;681;343;508;;;25;;gac;7;;caa ;2;90;19;100;9;0;23;-10;;5;76;222;159;;;**;;gaa;18;;aaa ;1;100;33;101;10;1;17;-11;;38;65;190;661;;;1;;gca;5;;cta ;0;110;34;103;11;3;48;-12;;0;90;125;23s 5s;;;**;;atgi;25;;ggc 1;1;120;29;89;12;2;51;-13;;4;125;192;70;;;tRNA tRNA;;;5;;gga 1;2;130;34;79;13;0;41;-14;;21;325;;204;;;30;;tca;57;;aag ;1;140;38;85;14;0;47;-15;;0;345;;273;;;241;;agc;7;;caa ;0;150;31;103;15;1;43;-16;;3;159;;205;;;18;;tca;18;;aaa ;1;160;47;86;16;2;29;-17;;21;451;;202;;;**;;agc;5;;cta ;1;170;32;86;17;0;25;-18;;0;187;;274;;;20;;tta;25;;ggc ;0;180;30;78;18;0;38;-19;;2;208;;138;;;7;;atgf;46;;gga 1;2;190;33;68;19;2;23;-20;;11;354;;138;;;6;;atgj;**;;cga 1;0;200;24;79;20;2;30;-21;1;0;97;;139;;;22;;tta;9;;tac ;1;210;38;63;21;2;32;-22;;1;396;;138;;;7;;atgf;27;;gta ;0;220;23;76;22;0;25;-23;;9;380;;134;;;6;;atgj;12;;aca 1;0;230;28;60;23;0;18;-24;;0;448;;139;;;21;;tta;9;;tac ;0;240;25;61;24;0;21;-25;1;1;565;;108;;;70;;atgf;30;;gta ;3;250;35;47;25;0;23;-26;1;10;248;;16s tRNA;;;21;;tta;12;;aca 1;0;260;23;60;26;1;22;-27;;0;13;;140;;gca;**;;atgf;**;;tac ;1;270;17;62;27;0;18;-28;;4;267;;132;;atc;234;;aac;3;;cac ;1;280;21;62;28;1;11;-29;;5;242;;137;;gca;439;;aac;5;;cag ;1;290;18;48;29;2;16;-30;;0;249;;tRNA 23s;;;**;;aac;**;;aaa ;2;300;26;53;30;1;18;-31;;0;294;;111;;atc;3;;gca;79;;aaa ;2;310;21;38;31;0;18;-32;;0;135;;84;;atc;**;;atc;7;;cac ;0;320;24;38;32;1;13;-33;;0;281;;71;;aac;4;;cta;35;;aga ;1;330;23;46;33;1;11;-34;;0;303;;118;;gca;**;;ggg;**;;gga ;0;340;17;36;34;2;12;-35;;4;162;;140;;aac;;;;6;;gac 1;1;350;18;40;35;0;13;-36;;0;CDS 16s;;140;;aac;;;;14;;gta ;1;360;15;28;36;1;9;-37;;1;548;;5s tRNA;;;;;;29;;gaa ;0;370;15;35;37;0;8;-38;1;4;390;;5;;ttc;;;;10;;aca ;1;380;18;35;38;2;11;-39;;0;565;;3;;aac;;;;6;;gac ;0;390;20;37;39;2;15;-40;;1;709;;3;;aac;;;;16;;gta ;1;400;13;25;40;1;16;-41;;1;727;;5;;ttc;;;;29;;gaa 4;5;reste;262;597;reste;1177;3037;-42;;0;667;;5;;ttc;;;;10;;aca 13;35;total;1208;4015;total;1212;4010;-43;;1;573;;44;;atgi;;;;6;;gac 9;30;diagr;946;3399;diagr;35;954;-44;;2;282;;5;;aaa;;;;14;;gta 0;1; t30;25;828;;;;-45;;0;703;;7;;aaa;;;;**;;gaa ;;;;;;;;-46;1;0;572;;14;;atgi;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;776;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;507;;;;;;;;;; ;x;1212;10;0;1222;;;-49;;1;753;;;;;;;;;; ;c;3991;390;19;4400;;;-50;;1;501;;;;;;;;;; ;;;;;5622;192;;reste;1;4;;;;;;;;;;; ;;;;;;5814;;total;10;390;;;;;;;;;;; </pre> =====cbei autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires_aas|cbei autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbei;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas ;tRNA;15;1;;atgi ;tRNA;93;85;;gca fin;CDS;254;;; deb;CDS;2710;119;; ;tRNA;3057;30;;tca ;tRNA;3178;241;;agc ;tRNA;3510;18;;tca ;tRNA;3619;125;;agc fin;CDS;3835;;; deb;CDS;13821;187;; ;tRNA;14914;34;;cgt fin;CDS;15023;;comp; deb;CDS;124928;275;; ;tRNA;125614;20;;tta ;tRNA;125723;7;;atgf ;tRNA;125806;6;;atgj ;tRNA;125889;22;;tta ;tRNA;126000;7;;atgf ;tRNA;126083;6;;atgj ;tRNA;126166;21;;tta ;tRNA;126276;70;;atgf ;tRNA;126422;21;;tta ;tRNA;126532;664;;atgf fin;CDS;127272;;; deb;CDS;138638;307;; ;tRNA;140451;234;;aac ;tRNA;140760;439;;aac ;tRNA;141274;299;;aac fin;CDS;141648;;; deb;CDS;144627;548;; 16s;rRNA;146198;140;; ;tRNA;147850;3;;gca ;tRNA;147929;111;;atc 23s;rRNA;148117;70;; 5s;rRNA;151101;5;; ;tRNA;151223;4;;ttc ;tRNA;151303;681;;tgc fin;CDS;152059;;; deb;CDS;177450;76;; ;tRNA;178174;65;;acc fin;CDS;178315;;; deb;CDS;313730;90;; ;tRNA;316298;4;;cta ;tRNA;316387;120;;ggg fin;CDS;316582;;comp; deb;CDS;402474;125;; ;tRNA;403079;17;;cca ;tRNA;403172;149;;gga ;tRNA;403395;6;;aga ;tRNA;403478;16;;cca ;tRNA;403570;35;;gga ;tRNA;403679;5;;aga ;tRNA;403761;3;;cac ;tRNA;403840;7;;caa ;tRNA;403922;18;;aaa ;tRNA;404016;5;;cta ;tRNA;404106;25;;ggc ;tRNA;404206;5;;gga ;tRNA;404285;57;;aag ;tRNA;404418;7;;caa ;tRNA;404500;18;;aaa ;tRNA;404594;5;;cta ;tRNA;404684;25;;ggc ;tRNA;404784;46;;gga ;tRNA;404904;325;;cga fin;CDS;405306;;; deb;CDS;413861;390;; 16s;rRNA;416312;132;; ;tRNA;417956;84;;atc 23s;rRNA;418117;71;; ;tRNA;421103;345;;aac fin;CDS;421523;;; deb;CDS;486264;159;; ;tRNA;486828;9;;tac ;tRNA;486922;27;;gta ;tRNA;487025;12;;aca ;tRNA;487112;9;;tac ;tRNA;487206;30;;gta ;tRNA;487312;12;;aca ;tRNA;487399;451;;tac fin;CDS;487935;;; deb;CDS;540067;187;; ;tRNA;541157;208;;tgg fin;CDS;541440;;; deb;CDS;541918;252;comp; ;tRNA;543238;354;; fin;CDS;543667;;; deb;CDS;772270;262;; ;tmRNA;774356;871;; fin;CDS;775585;;; deb;CDS;892419;565;; 16s;rRNA;893905;137;; ;tRNA;895554;118;;gca 23s;rRNA;895748;204;; 5s;rRNA;898866;552;; fin;CDS;899535;;; deb;CDS;900798;709;; 16s;rRNA;902758;339;; 23s;rRNA;904609;273;; 5s;rRNA;907796;69;; fin;CDS;907982;;comp; deb;CDS;951995;97;; ;tRNA;952728;396;;ctc fin;CDS;953210;;; deb;CDS;1017389;70;; ;ncRNA;1017765;758;; fin;CDS;1018872;;; deb;CDS;1646835;56;; ;ncRNA;1647290;182;; fin;CDS;1647666;;comp; deb;CDS;1739334;380;; ;tRNA;1740314;3;;cac ;tRNA;1740393;5;;cag ;tRNA;1740473;443;;aaa fin;CDS;1740992;;comp; deb;CDS;1846157;-183;; ;gene;1847876;588;; fin;CDS;1848647;;; deb;CDS;1894180;34;; ;tRNA;1895441;574;comp;ttg fin;CDS;1896102;;; deb;CDS;2097496;727;; 16s;rRNA;2098643;502;; 23s;rRNA;2100657;205;; 5s;rRNA;2103775;315;; fin;CDS;2104207;;; deb;CDS;2296804;104;; ;ncRNA;2297577;380;comp; fin;CDS;2298150;;; deb;CDS;2305297;275;; ;ncRNA;2306778;230;comp; fin;CDS;2307274;;; deb;CDS;2339219;667;; 16s;rRNA;2340990;338;; 23s;rRNA;2342840;140;; ;tRNA;2345896;3;;aac 5s;rRNA;2345974;429;; fin;CDS;2346520;;; deb;CDS;2351663;573;; 16s;rRNA;2352713;338;; 23s;rRNA;2354563;140;; ;tRNA;2357618;3;;aac 5s;rRNA;2357696;90;; fin;CDS;2357903;;; deb;CDS;2765706;282;; 16s;rRNA;2766156;503;; 23s;rRNA;2768171;202;; 5s;rRNA;2771285;5;; ;tRNA;2771407;6;;ttc ;tRNA;2771489;25;;gac ;tRNA;2771591;448;;gaa fin;CDS;2772114;;; deb;CDS;3556683;565;; ;tRNA;3557617;505;;gag fin;CDS;3558197;;comp; deb;CDS;3752035;248;comp; ;tRNA;3752901;13;comp;agt fin;CDS;3752999;;comp; deb;CDS;4256439;267;comp; ;tRNA;4258671;79;comp;aaa ;tRNA;4258826;7;comp;cac ;tRNA;4258909;35;comp;aga ;tRNA;4259021;752;comp;gga fin;CDS;4259847;;; deb;CDS;4880246;508;comp; 5s;rRNA;4880997;274;comp; 23s;rRNA;4881388;578;comp; 16s;rRNA;4884879;703;comp; fin;CDS;4887099;;comp; deb;CDS;6160739;343;comp; ;tRNA;6162321;242;;cca fin;CDS;6162639;;; deb;CDS;6165324;222;; ;tRNA;6165957;5;comp;ttc 5s;rRNA;6166038;188;comp; fin;CDS;6166343;;; deb;CDS;6175160;249;comp; ;tRNA;6175847;1;comp;gca ;tRNA;6175924;44;comp;atgi 5s;rRNA;6176045;138;comp; 23s;rRNA;6176300;339;comp; 16s;rRNA;6179556;572;comp; fin;CDS;6181640;;comp; deb;CDS;6182670;190;; ;tRNA;6183610;5;comp;aaa 5s;rRNA;6183691;159;comp; deb;CDS;6183967;294;comp; ;tRNA;6185209;7;comp;aaa 5s;rRNA;6185292;138;comp; 23s;rRNA;6185547;339;comp; 16s;rRNA;6188803;776;comp; fin;CDS;6191091;;comp; deb;CDS;6199510;661;comp; 5s;rRNA;6202721;139;comp; 23s;rRNA;6202977;339;comp; 16s;rRNA;6206233;1107;comp; 5s;rRNA;6208852;138;comp; 23s;rRNA;6209107;339;comp; 16s;rRNA;6212363;507;comp; fin;CDS;6214382;;comp; deb;CDS;6256716;154;; ;ncRNA;6257755;316;comp; fin;CDS;6258338;;comp; deb;CDS;6305349;135;comp; ;tRNA;6306438;281;comp;tcc fin;CDS;6306809;;comp; deb;CDS;6374512;125;; ;tRNA;6375810;303;comp;agg fin;CDS;6376188;;comp; deb;CDS;6391977;114;comp; 5s;rRNA;6392868;134;comp; 23s;rRNA;6393119;214;comp; 16s;rRNA;6396248;1125;comp; 5s;rRNA;6398885;139;comp; 23s;rRNA;6399141;214;comp; 16s;rRNA;6402270;753;comp; fin;CDS;6404535;;comp; deb;CDS;6436810;192;; ;tRNA;6437983;6;comp;gac ;tRNA;6438066;14;comp;gta ;tRNA;6438156;29;comp;gaa ;tRNA;6438260;10;comp;aca ;tRNA;6438345;6;comp;gac ;tRNA;6438428;16;comp;gta ;tRNA;6438520;29;comp;gaa ;tRNA;6438624;10;comp;aca ;tRNA;6438709;6;comp;gac ;tRNA;6438792;14;comp;gta ;tRNA;6438882;162;comp;gaa fin;CDS;6439119;;comp; deb;CDS;6477551;501;; 16s;rRNA;6480533;213;; 23s;rRNA;6482258;108;; 5s;rRNA;6485280;14;; </pre> ====cbei intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_entre_cds|cbei intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> cbei;2.2.21 Paris;;cbei 31.7.20;;;;;;;;; cbei;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;400;7.1;'''négatif ;-11;12;-1 à -64;'''6 485 394;-1;400;610;14 ;'''zéro;19;0.3;;;;;'''intercals;0;19;620;19 ;'''1 à 200;2957;52.6;'''0 à 200;83;61;;'''1 159 420;5;174;630;8 ;'''201 à 370;1240;22.1;'''201 à 370;275;48;;'''17.9%;10;81;640;14 ;'''371 à 600;713;12.7;'''371 à 600;464;66;;;15;236;650;10 ;'''601 à max;293;5.2;'''601 à 1028;808;203;;;20;151;660;8 ;'''total 5623;<201;60.0;'''total 5620;205;211;-64 à 1555;;25;121;670;13 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;90;680;7 1860894;2121;-1;400;-70;1;;0;19;35;71;690;9 1898453;1881;0;19;-60;4;;-1;°71;40;65;700;14 4639922;1555;1;°58;-50;1;;-2;0;45;61;710;7 6361933;1545;2;°40;-40;8;;-3;0;50;68;720;8 5176736;1499;3;23;-30;10;'''min à -1;-4;°85;55;81;730;6 2532196;1482;4;36;-20;44;400;-5;1;60;69;740;12 3181990;1469;5;17;-10;94;7.1%;-6;0;65;68;750;5 4033167;1431;6;17;0;257;;-7;8;70;60;760;6 4590435;1429;7;8;10;255;;-8;°73;75;70;770;7 3571512;1391;8;15;20;387;;-9;0;80;50;780;4 4428508;1372;9;23;30;211;;-10;5;85;61;790;8 5504697;1348;10;18;40;136;;-11;°38;90;58;800;4 1486045;1326;11;°51;50;129;;-12;0;95;76;810;2 2570075;1302;12;°53;60;150;;-13;4;100;58;820;6 4602139;1289;13;41;70;128;'''1 à 100;-14;°21;105;68;830;5 3981561;1239;14;°47;80;120;1769;-15;0;110;69;840;5 4621836;1226;15;°44;90;119;31.5%;-16;3;115;53;850;3 4088892;1221;16;31;100;134;;-17;°21;120;65;860;2 4296061;1207;17;25;110;137;;-18;0;125;48;870;2 6061011;1205;18;°38;120;118;;-19;2;130;65;880;5 2648455;1201;19;25;130;113;;-20;°11;135;65;890;2 4064421;1178;20;32;140;123;;-21;1;140;58;900;4 4839562;1176;21;°34;150;134;;-22;1;145;67;910;4 3909835;1173;22;25;160;133;;-23;°9;150;67;920;4 2456047;1153;23;18;170;118;'''1 à 200;-24;0;155;65;930;1 3569689;1127;24;21;180;108;2957;-25;2;160;68;940;2 3023607;1112;25;°23;190;101;52.6%;-26;°11;165;64;950;0 4726206;1107;26;°23;200;103;;-27;0;170;54;960;3 1550735;1102;27;18;210;101;;-28;4;175;53;970;3 4395515;1078;28;12;220;99;;-29;°5;180;55;980;1 1099864;1072;29;18;230;88;;-30;0;185;44;990;2 3075992;1065;30;°19;240;86;;-31;0;190;57;1000;4 3857530;1064;31;°18;250;82;'''0 à 200;-32;0;195;51;1010;3 776201;1058;32;14;260;83;2976;;395;200;52;1020;4 2291086;1058;33;12;270;79;;reste;24;205;53;1030;2 5939293;1054;34;°14;280;83;;total;419;210;48;1040;3 2680682;1051;35;°13;290;66;;;;215;38;1050;0 3035780;1051;36;10;300;79;;;;220;61;1060;5 4035399;1040;37;8;310;59;;'''intercal;'''<u>frequencef;225;45;1070;2 6351672;1032;38;13;320;62;;600;5330;230;43;1080;2 2453621;1031;39;°17;330;69;;650;65;235;40;1090;0 5871985;1027;40;°17;340;53;'''201 à 370;700;51;240;46;1100;0 5197163;1021;reste;4215;350;58;1240;750;38;245;39;1110;2 ;;total;5623;360;43;22.1%;800;29;250;43;1120;1 ;;;;370;50;;850;21;255;46;1130;1 ;;;;380;53;;900;15;260;37;1140;0 ;;;;390;57;;950;11;265;38;1150;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;38;;1000;13;270;41;1160;1 4624137;-110;shift 2;673;410;48;;1050;12;275;48;1170;0 1868484;-64;shift 2;608;420;44;;1100;9;280;35;1180;3 3204859;-64;shift 2;665;430;32;;1150;4;285;37;1190;0 2485518;-62;shift 2;184;440;36;;1200;4;290;29;1200;0 3963063;-60;;;450;42;;1250;6;295;41;reste;21 2029018;-50;;;460;39;;1300;1;300;38;total;293 5912545;-49;;;470;28;;1350;3;305;30;; 5354783;-47;;;480;27;;1400;2;310;29;; 1515675;-46;;;490;24;;1450;2;315;28;; 4067020;-44;;;500;28;;1500;3;320;34;; 5920392;-44;;;510;23;;1550;1;325;33;; 1552479;-43;;;520;19;;1600;1;330;36;; 330305;-41;;;530;23;;;291;335;26;; 4488902;-40;;;540;27;'''371 à 600;;;340;27;; 2489800;-38;;;550;18;714;;;345;33;; 2856876;-38;;;560;27;12.7%;;;350;25;; 4401424;-38;;;570;21;;;;355;26;; 4678887;-38;;;580;20;'''601 à max;;;360;17;; 5785183;-38;;;590;20;293;;;365;28;; 3964014;-37;;;600;20;5.2%;;;370;22;; 1257344;-35;;;reste;293;;reste;2;reste;1007;; 4675094;-35;;;total;5623;;total;5623;total;5623;; </pre> ====cbei intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cbei Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;20.2.22; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; pmq;min10;1613;4170;5783;455;-834;-652;182;-867;-826;-61;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; 32;217;0.15;1926;5302;3;5;22;142;68;1155;-203;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; cbei;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;32;-258;570;-3.2;723;269;max160;&-46;339;-824;83;780;246;min50 31 à 400;12.7;-134;357;3.5;790;352;*;&-1.4;16;-123;40;937;391;1 partie droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;5;26;-;4;poly;708;tF;&123;50;-;566;poly;214;SF 31 à 400;36;30;-;345;poly;445;tF *;&75;37;-;929;dte;8;Sf * diagramme en effectifs de 1 à 600;;;;;;;;;;;;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélation et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;;;;; 41-n;0.402;-0.509;-0.375;;;;;0.272;;;;;;;;complément à 800;; 1-n;-0.290;-0.649;-0.648;;;;;;;;;20.2.22;;;;effectifs;; cbei;fx;fc;;cbei;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbei;Sx-;Sc-;;cbei;fx;fc 0;0;19;;0;0;6;0;0;19;>0;1212;-1;;71;;410;17;31 10;6;249;;10;6;73;1;3;55;<0;10;-2;;0;;420;12;32 20;12;375;;20;13;110;2;1;39;zéro;0;-3;;0;;430;6;26 30;7;204;;30;7;60;3;0;23;total;1222;-4;2;83;;440;11;25 40;10;126;;40;11;37;4;0;36;;c;-5;1;0;;450;19;23 50;10;119;;50;11;35;5;0;17;>0;3991;-6;;0;;460;13;26 60;24;126;;60;25;37;6;1;16;<0;390;-7;;8;;470;11;17 70;30;98;;70;32;29;7;0;8;zéro;19;-8;1;72;;480;6;21 80;25;95;;80;26;28;8;0;15;total;4400;-9;;0;;490;9;15 90;19;100;;90;20;29;9;0;23;;;-10;;5;;500;10;18 100;33;101;;100;35;30;10;1;17;total;5622;-11;;38;;510;6;16 110;34;103;;110;36;30;11;3;48;;;-12;;0;;520;2;17 120;29;89;;120;31;26;12;2;51;;;-13;;4;;530;5;18 130;34;79;;130;36;23;13;0;41;;5203;-14;;21;;540;7;20 140;38;85;;140;40;25;14;0;47;;;-15;;0;;550;5;13 150;32;102;;150;34;30;15;1;43;;;-16;;3;;560;12;15 160;47;86;;160;49;25;16;2;29;;;-17;;21;;570;7;14 170;33;85;;170;35;25;17;0;25;;;-18;;0;;580;4;16 180;30;78;;180;32;23;18;0;38;;;-19;;2;;590;9;11 190;33;68;;190;35;20;19;2;23;;;-20;;11;;600;9;11 200;24;79;;200;25;23;20;2;30;;;-21;1;0;;610;2;12 210;38;63;;210;40;19;21;2;32;;;-22;;1;;620;4;15 220;24;75;;220;25;22;22;0;25;;;-23;;9;;630;3;5 230;28;60;;230;29;18;23;0;18;;;-24;;0;;640;4;10 240;25;61;;240;26;18;24;0;21;;;-25;1;1;;650;2;8 250;35;47;;250;37;14;25;0;23;;;-26;1;10;;660;3;5 260;23;60;;260;24;18;26;1;22;;;-27;;0;;670;3;10 270;18;61;;270;19;18;27;0;18;;;-28;;4;;680;4;3 280;21;62;;280;22;18;28;1;11;;;-29;;5;;690;1;8 290;18;48;;290;19;14;29;2;16;;;-30;;0;;700;6;8 300;26;53;;300;27;16;30;1;18;;;-31;;0;;710;3;4 310;21;38;;310;22;11;31;0;18;;;-32;;0;;720;2;6 320;24;38;;320;25;11;32;1;13;;;-33;;0;;730;3;3 330;23;46;;330;24;14;33;1;11;;;-34;;0;;740;5;7 340;17;36;;340;18;11;34;2;12;;;-35;;4;;750;2;3 350;18;40;;350;19;12;35;0;13;;;-36;;0;;760;1;5 360;15;28;;360;16;8;36;1;9;;;-37;;1;;770;1;6 370;15;35;;370;16;10;37;0;8;;;-38;1;4;;780;1;3 380;18;35;;380;19;10;38;2;11;;;-39;;0;;790;0;8 390;20;37;;390;21;11;39;2;15;;;-40;;1;;800;1;3 400;13;25;;400;14;7;40;1;16;;;-41;;1;;reste;31;79 reste;262;596;;;;;reste;1177;3037;;;-42;;0;;total;231;517 total;1212;4010;;t30;26;244;total;1212;4010;;;-43;;1;;;; diagr;950;3395;;;;;diagr;35;954;;;-44;;2;;;; - t30;925;2567;;;;;;;;;;-45;;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-46;1;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-47;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;-48;;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-49;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;-50;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;reste;1;4;;;; ;;;;;;;;;;;;total;10;390;;;; </pre> ====cbei intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_négatifs_S-|cbei intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;3;1;;;1;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;;;;;1;11 continu;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;total ;Sx-;0;0;0;3;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;11 ;Sc-;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389 </pre> ====cbei autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires|cbei autres intercalaires]] <pre> cbei;autres intercalaires;;adresses1;;;cbei;autres intercalaires;;adresses2;;;cbei;autres intercalaires;;adresses3;; ;&tRNA;15;1;;;deb;°CDS;540067;187;;;deb;°CDS;4256439;267;comp; ;&tRNA;93;85;;;;&tRNA;541157;208;;;;&tRNA;4258671;79;comp; fin;°CDS;254;;;;fin;°CDS;541440;;;;;&tRNA;4258826;7;comp; deb;°CDS;2710;119;;;deb;°CDS;541918;252;comp;;;&tRNA;4258909;35;comp; ;&tRNA;3057;30;;;;&tRNA;543238;354;;;;&tRNA;4259021;752;comp; ;&tRNA;3178;241;;;fin;°CDS;543667;;;;fin;°CDS;4259847;;; ;&tRNA;3510;18;;;deb;°CDS;772270;262;;;deb;°CDS;4880246;508;comp; ;&tRNA;3619;125;;;;tmRNA;774356;871;;;;$rRNA;4880997;274;comp; fin;°CDS;3835;;;;fin;°CDS;775585;;;;;$rRNA;4881388;578;comp; deb;°CDS;13821;187;;;deb;°CDS;892419;565;;;;$rRNA;4884879;703;comp; ;&tRNA;14914;34;;;;$rRNA;893905;137;;;fin;°CDS;4887099;;comp; fin;°CDS;15023;;comp;;;&tRNA;895554;118;;;deb;°CDS;6160739;343;comp; deb;°CDS;124928;275;;;;$rRNA;895748;204;;;;&tRNA;6162321;242;; ;&tRNA;125614;20;;;;$rRNA;898866;552;;;fin;°CDS;6162639;;; ;&tRNA;125723;7;;;fin;°CDS;899535;;;;deb;°CDS;6165324;222;; ;&tRNA;125806;6;;;deb;°CDS;900798;709;;;;&tRNA;6165957;5;comp; ;&tRNA;125889;22;;;;$rRNA;902758;339;;;;$rRNA;6166038;188;comp; ;&tRNA;126000;7;;;;$rRNA;904609;273;;;fin;°CDS;6166343;;; ;&tRNA;126083;6;;;;$rRNA;907796;69;;;deb;°CDS;6175160;249;comp; ;&tRNA;126166;21;;;fin;°CDS;907982;;comp;;;&tRNA;6175847;1;comp; ;&tRNA;126276;70;;;deb;°CDS;951995;97;;;;&tRNA;6175924;44;comp; ;&tRNA;126422;21;;;;&tRNA;952728;396;;;;$rRNA;6176045;138;comp; ;&tRNA;126532;664;;;fin;°CDS;953210;;;;;$rRNA;6176300;339;comp; fin;°CDS;127272;;;;deb;°CDS;1017389;70;;;;$rRNA;6179556;572;comp; deb;°CDS;138638;307;;;;ncRNA;1017765;758;;;fin;°CDS;6181640;;comp; ;&tRNA;140451;234;;;fin;°CDS;1018872;;;;deb;°CDS;6182670;190;; ;&tRNA;140760;439;;;deb;°CDS;1646835;56;;;;&tRNA;6183610;5;comp; ;&tRNA;141274;299;;;;ncRNA;1647290;182;;;;$rRNA;6183691;159;comp; fin;°CDS;141648;;;;fin;°CDS;1647666;;comp;;deb;°CDS;6183967;294;comp; deb;°CDS;144627;548;;;deb;°CDS;1739334;380;;;;&tRNA;6185209;7;comp; ;$rRNA;146198;140;;;;&tRNA;1740314;3;;;;$rRNA;6185292;138;comp; ;&tRNA;147850;3;;;;&tRNA;1740393;5;;;;$rRNA;6185547;339;comp; ;&tRNA;147929;111;;;;&tRNA;1740473;443;;;;$rRNA;6188803;776;comp; ;$rRNA;148117;70;;;fin;°CDS;1740992;;comp;;fin;°CDS;6191091;;comp; ;$rRNA;151101;5;;;deb;°CDS;1846157;-183;;;deb;°CDS;6199510;661;comp; ;&tRNA;151223;4;;;;gene;1847876;588;;;;$rRNA;6202721;139;comp; ;&tRNA;151303;681;;;fin;°CDS;1848647;;;;;$rRNA;6202977;339;comp; fin;°CDS;152059;;;;deb;°CDS;1894180;34;;;;$rRNA;6206233;1107;comp; deb;°CDS;177450;76;;;;&tRNA;1895441;574;comp;;;$rRNA;6208852;138;comp; ;&tRNA;178174;65;;;fin;°CDS;1896102;;;;;$rRNA;6209107;339;comp; fin;°CDS;178315;;;;deb;°CDS;2097496;727;;;;$rRNA;6212363;507;comp; deb;°CDS;313730;90;;;;$rRNA;2098643;502;;;fin;°CDS;6214382;;comp; ;&tRNA;316298;4;;;;$rRNA;2100657;205;;;deb;°CDS;6256716;154;; ;&tRNA;316387;120;;;;$rRNA;2103775;315;;;;ncRNA;6257755;316;comp; fin;°CDS;316582;;comp;;fin;°CDS;2104207;;;;fin;°CDS;6258338;;comp; deb;°CDS;402474;125;;;deb;°CDS;2296804;104;;;deb;°CDS;6305349;135;comp; ;&tRNA;403079;17;;;;ncRNA;2297577;380;comp;;;&tRNA;6306438;281;comp; ;&tRNA;403172;149;;;fin;°CDS;2298150;;;;fin;°CDS;6306809;;comp; ;&tRNA;403395;6;;;deb;°CDS;2305297;275;;;deb;°CDS;6374512;125;; ;&tRNA;403478;16;;;;ncRNA;2306778;230;comp;;;&tRNA;6375810;303;comp; ;&tRNA;403570;35;;;fin;°CDS;2307274;;;;fin;°CDS;6376188;;comp; ;&tRNA;403679;5;;;deb;°CDS;2339219;667;;;deb;°CDS;6391977;114;comp; ;&tRNA;403761;3;;;;$rRNA;2340990;338;;;;$rRNA;6392868;134;comp; ;&tRNA;403840;7;;;;$rRNA;2342840;140;;;;$rRNA;6393119;214;comp; ;&tRNA;403922;18;;;;&tRNA;2345896;3;;;;$rRNA;6396248;1125;comp; ;&tRNA;404016;5;;;;$rRNA;2345974;429;;;;$rRNA;6398885;139;comp; ;&tRNA;404106;25;;;fin;°CDS;2346520;;;;;$rRNA;6399141;214;comp; ;&tRNA;404206;5;;;deb;°CDS;2351663;573;;;;$rRNA;6402270;753;comp; ;&tRNA;404285;57;;;;$rRNA;2352713;338;;;fin;°CDS;6404535;;comp; ;&tRNA;404418;7;;;;$rRNA;2354563;140;;;deb;°CDS;6436810;192;; ;&tRNA;404500;18;;;;&tRNA;2357618;3;;;;&tRNA;6437983;6;comp; ;&tRNA;404594;5;;;;$rRNA;2357696;90;;;;&tRNA;6438066;14;comp; ;&tRNA;404684;25;;;fin;°CDS;2357903;;;;;&tRNA;6438156;29;comp; ;&tRNA;404784;46;;;deb;°CDS;2765706;282;;;;&tRNA;6438260;10;comp; ;&tRNA;404904;325;;;;$rRNA;2766156;503;;;;&tRNA;6438345;6;comp; fin;°CDS;405306;;;;;$rRNA;2768171;202;;;;&tRNA;6438428;16;comp; deb;°CDS;413861;390;;;;$rRNA;2771285;5;;;;&tRNA;6438520;29;comp; ;$rRNA;416312;132;;;;&tRNA;2771407;6;;;;&tRNA;6438624;10;comp; ;&tRNA;417956;84;;;;&tRNA;2771489;25;;;;&tRNA;6438709;6;comp; ;$rRNA;418117;71;;;;&tRNA;2771591;448;;;;&tRNA;6438792;14;comp; ;&tRNA;421103;345;;;fin;°CDS;2772114;;;;;&tRNA;6438882;162;comp; fin;°CDS;421523;;;;deb;°CDS;3556683;565;;;fin;°CDS;6439119;;comp; deb;°CDS;486264;159;;;;&tRNA;3557617;505;;;deb;°CDS;6477551;501;;erreur à corriger ;&tRNA;486828;9;;;fin;°CDS;3558197;;comp;;;$rRNA;6480533;213;; ;&tRNA;486922;27;;;deb;°CDS;3752035;248;comp;;;$rRNA;6482258;108;; ;&tRNA;487025;12;;;;&tRNA;3752901;13;comp;;;$rRNA;6485280;14;; ;&tRNA;487112;9;;;fin;°CDS;3752999;;comp;;;;;;; ;&tRNA;487206;30;;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;487312;12;;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;487399;451;;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;487935;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cbei intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_tRNA-cds|cbei intercalaires tRNA-cds]] <pre> cbei;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;85;;76;13;; ;119;;125;;90;65;deb; ;187;comp’;34;;97;85;<201;9 ;275;;664;;119;125;total;17 ;307;;299;;125;162;taux;53% ;;;681;;135;208;; ;76;;65;;159;242;fin; ;90;comp’;120;;187;281;<201;5 ;125;;325;;187;299;total;18 ;;;345;;248;303;taux;28% ;159;;451;;249;325;; ;187;;208;;267;345;total; comp’;252;;354;;275;354;<201;14 ;97;;396;;294;396;total;35 ;380;comp’;443;;307;448;taux;40% comp’;34;comp’;574;;380;451;; ;;;448;;565;664;; ;565;comp’;505;;-;681;comp’;cumuls ;248;;13;;34;120;deb;4 ;267;comp’;752;;125;443;;7 comp’;343;;242;;190;505;fin;1 comp’;222;;;;192;574;;5 ;249;;;;222;752;total; comp’;190;;;;252;-;<201;5 ;294;;;;343;-;total;12 ;135;;281;;;;taux;42% comp’;125;;303;;;;; comp’;192;;162;;;;; ;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;; ;<201;13;6;19;;;; ;total;24;23;47;;;; ;taux;54%;26%;40%;;;; </pre> ===afn=== ====afn opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_opérons|afn opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Acid_ferm_DSM_20731/;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_013740.1;afn;;;; 56%GC;30.6.19 Paris;16s 6;60;doubles;intercalaires ;Acidaminococcus fermentans DSM 20731;;;; ;24678..26242;;16s;@1;359 ;26602..29507;;23s;;228 ;29736..29852;;5s;; ;;;;; ;36819..36894;;acg;; ;;;;; ;57713..59277;;16s;;359 ;59637..62543;;23s;;228 ;62772..62888;;5s;; ;;;;; ;169459..169534;;gcc;; ;;;;; ;249791..249867;;agg;; ;;;;; comp;274627..274703;;cgt;; ;;;;; ;311123..311198;;aca;;22 ;311221..311305;;tac;;5 ;311311..311386;;atg;;3 ;311390..311465;;acc;;6 ;311472..311548;;atgf;; ;;;;; ;380482..382046;;16s;;251 ;382298..385204;;23s;;229 ;385434..385550;;5s;; ;;;;; ;461553..461627;;aac;;3 ;461631..461705;;gaa;;8 ;461714..461789;;gta;;50 ;461840..461916;;cca;;11 ;461928..462001;;gga;;8 ;462010..462086;;aga;; ;;;;; ;526984..527070;;ctg;+;30 ;527101..527186;;ctc;2 ctg;52 ;527239..527325;;ctg;; ;;;;; ;578049..578123;;ggc;; ;;;;; ;636984..638548;;16s;@2;94 ;638643..638719;;atc;;66 ;638786..638861;;gca;;273 ;639135..642040;;23s;;139 ;642180..642296;;5s;; ;;;;; ;712229..712304;;cac;;18 ;712323..712398;;caa;;3 ;712402..712477;;aaa;;16 ;712494..712577;;cta;; ;;;;; comp;724421..724497;;gtc;; ;;;;; ;774880..774956;;gac;;4 ;774961..775036;;ttc;;8 ;775045..775119;;ggc;;9 ;775129..775202;;tgc;;13 ;775216..775304;;tta;; ;;;;; ;796654..796728;;cgg;; ;;;;; ;842393..842469;;gac;;2 ;842472..842547;;ttc;;8 ;842556..842630;;ggc;;9 ;842640..842713;;tgc;; ;;;;; ;889670..889746;;ccc;; ;;;;; ;906136..906210;;aac;; ;;;;; ;1022783..1022859;;gac;;2 ;1022862..1022936;;ggc;;1 ;1022938..1023011;;tgg;; ;;;;; ;1555201..1555277;;ccg;; ;;;;; comp;1567911..1567999;;tca;; ;;;;; comp;1613773..1613863;;agc;; ;;;;; ;1702659..1702744;;ttg;; ;;;;; comp;1711770..1711886;;5s;;228 comp;1712115..1715021;;23s;;359 comp;1715381..1716945;;16s;; ;;;;; comp;1823852..1823927;;gta;;6 comp;1823934..1824008;;gaa;;8 comp;1824017..1824092;;aag;; ;;;;; ;1909446..1909536;;tcc;; ;;;;; comp;1911342..1911429;;tcg;; ;;;;; comp;1974984..1975058;;atgi;; ;;;;; comp;1984782..1984856;;gag;;12 comp;1984869..1984942;;cag;+;111 comp;1985054..1985127;;cag;2 cag; ;;;;; comp;2072279..2072395;;5s;;228 comp;2072624..2075529;;23s;;298 comp;2075828..2075903;;gca;;66 comp;2075970..2076046;;atc;;94 comp;2076141..2077705;;16s;; ;;;;; ;2148343..2148418;;gcg;; ;;;;; comp;2287117..2287192;;aaa;; ;;;;; comp;2303018..2303094;;gtg;; ;;;;; comp;2323563..2323636;;ggg;; </pre> ====afn cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_cumuls|afn cumuls]] <pre> afn cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;6;1;1;- ;16 23 5s 0;4;20;21; ;16 atc gca;2;40;2; ;16 23 5s a;0;60;2; ;max a;2;80;0; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;1; ;total aas;4;140;0; sans ;opérons;29;160;0; ;1 aa;20;180;0; ;max a;6;200;0; ;a doubles;2;;0; ;total aas;56;;27;0 total aas;;60;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;16; ;;;variance;23; sans jaune;;;moyenne;12; ;;;variance;13; </pre> ====afn blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_blocs|afn blocs]] <pre> afn blocs;;;;;; 16s;359;1565;359;1565;251;1565 23s;228;2906;228;2907;229;2907 5s;;117;;117;;117 ;;;;;; 16s;94;1565;;5s;228;117 atc;66;;;23s;298;2906 gca;273;;;gca;66; 23s;139;2906;;atc;94; 5s;;117;;16s;;1565 ;;;;;; 5s;228;117;;;; 23s;359;2907;;;; 16s;;1565;;;; </pre> ====afn remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_remarques|afn remarques]] <pre> afn;;;;;;;60 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;2;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====negativicutes distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes_distribution|negativicutes distribution]] <pre> 22.1.21 Paris;;tRNAs total des negatives;;;;;;;;;;;;;; genomes;;total;;;total;ttt;tgt;;1-3aas;;;;total;;ttt;tgt 9;;582;;;571;;;;;;;;58;;; atgi;8;tct;;tat;;atgf;15;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;17;tcc;10;tac;16;tgc;13;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;17;acc;11;aac;26;agc;11;;atc;18;acc;;aac;6;agc;1 ctc;11;ccc;7;cac;10;cgt;16;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;8;gcc;7;gac;24;ggc;33;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;11;tca;10;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;13;aaa;20;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;9;cca;11;caa;13;cga;2;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;24;gca;21;gaa;25;gga;10;;gta;;gca;21;gaa;1;gga; ttg;11;tcg;9;tag;;tgg;13;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4 atgj;12;acg;9;aag;10;agg;9;;atgj;;acg;1;aag;;agg; ctg;10;ccg;7;cag;11;cgg;9;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;186;;263;;122;571;;;;7;;11;;1;19 9-23;;;;total;;ttt;tgt;;-rRNA;;;;total;;ttt;tgt ;;;;92;;;;;attention au -2;;;;421;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;7;tct;;tat;;atgf;12 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;2;tac;3;tgc;2;;ttc;11;tcc;8;tac;12;tgc;11 atc;1;acc;;aac;5;agc;2;;atc;-2;acc;11;aac;15;agc;8 ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;4;;ctc;9;ccc;7;cac;5;cgt;10 gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;8;gcc;7;gac;17;ggc;30 tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;7;tca;9;taa;;tga;1 ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;8;aaa;15;aga;9 cta;1;cca;2;caa;5;cga;;;cta;8;cca;9;caa;7;cga;2 gta;7;gca;;gaa;5;gga;4;;gta;17;gca;0;gaa;19;gga;6 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;9;tcg;9;tag;;tgg;7 atgj;1;acg;;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;8;aag;8;agg;9 ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;7;cag;11;cgg;9 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8 ;;24;;64;;4;92;;;;118;;188;;117;423 ;;;;;;;;;;;116;;188;;117;421 </pre> ====afn distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_distribution|afn distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total afn;;20;;;;;20;;afn;34;;;;;;34;;afn;2;;;;;;2 </pre> ====afn données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_données_intercalaires|afn données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;afn;fx;fc;afn;fx40;fc40;afn;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;9;0;2;9;-1;0;38;105;361;16s 23s;;;tRNA tRNA;;intra ;0;10;4;180;1;1;38;-2;0;0;105;51;3* 359;;;2* 66;;atc gca ;0;20;3;248;2;2;25;-3;0;0;122;188;251;;;tRNA tRNA;; ;3;30;7;105;3;0;20;-4;1;129;195;268;23s 5s;;;22;;aca ;1;40;21;48;4;0;28;-5;0;0;200;61;4* 228;;;5;;tac ;2;50;15;38;5;0;13;-6;0;1;131;80;229;;;3;;atgj 1;2;60;16;44;6;0;9;-7;0;6;74;134;139;;;6;;acc 2;0;70;5;42;7;0;5;-8;0;41;266;393;5s CDS;;;**;;atgf 1;4;80;8;41;8;0;7;-9;0;1;145;158;286;266;;3;;aac ;1;90;8;45;9;1;19;-10;0;1;54;91;296;262;;8;;gaa 1;3;100;11;34;10;0;16;-11;0;19;131;70;;512;;50;;gta ;4;110;10;32;11;1;28;-12;0;0;194;196;;193;;11;;cca ;3;120;8;42;12;0;46;-13;0;5;96;;16s tRNA;;;8;;gga ;3;130;15;43;13;1;29;-14;0;8;214;;2* 94;;atc;**;;aga 1;4;140;21;34;14;0;22;-15;0;0;111;;tRNA 23s;;;30;;ctg ;1;150;13;29;15;0;37;-16;0;3;73;;273;;gca;52;;ctc 1;2;160;14;27;16;0;24;-17;0;10;159;;298;;gca;**;;ctg ;0;170;10;28;17;0;10;-18;0;0;119;;;;;18;;cac ;0;180;2;22;18;0;25;-19;0;2;127;;;;;3;;caa 1;1;190;13;13;19;1;12;-20;0;6;71;;;;;16;;aaa 1;3;200;13;12;20;0;15;-21;0;0;156;;;;;**;;cta ;0;210;10;15;21;1;20;-22;0;0;58;;;;;4;;gac ;2;220;12;20;22;1;13;-23;0;4;102;;;;;8;;ttc ;1;230;9;25;23;0;11;-24;0;0;137;;;;;9;;ggc ;0;240;12;21;24;1;9;-25;0;0;112;;;;;13;;tgc ;0;250;6;12;25;0;9;-26;0;4;24;;;;;**;;tta ;0;260;7;9;26;0;6;-27;0;0;21;;;;;2;;gac 1;1;270;5;16;27;1;14;-28;0;0;93;;;;;8;;ttc ;0;280;6;10;28;0;10;-29;0;3;215;;;;;9;;ggc ;0;290;5;6;29;2;3;-30;0;0;76;;;;;**;;tgc ;0;300;8;9;30;1;10;-31;0;2;379;;;;;2;;gac ;0;310;4;11;31;2;5;-32;0;2;83;;;;;1;;ggc ;0;320;4;4;32;2;5;-33;0;0;182;;;;;**;;tgg ;0;330;5;8;33;2;3;-34;0;0;136;;;;;6;;gta ;0;340;1;8;34;5;5;-35;0;3;23;;;;;8;;gaa ;0;350;3;9;35;2;6;-36;0;0;222;;;;;**;;aag ;0;360;2;8;36;3;3;-37;0;1;39;;;;;12;;gag 1;0;370;4;10;37;0;8;-38;0;2;122;;;;;111;;cag ;1;380;4;4;38;3;3;-39;0;0;106;;;;;**;;cag ;0;390;3;4;39;2;6;-40;1;0;91;;;;;;; 1;1;400;1;6;40;0;4;-41;0;1;451;;;;;;; ;2;reste;16;54;reste;309;795;-42;0;0;45;;;;;;; 12;45;total;346;1385;total;346;1385;-43;0;0;486;;;;;;; 12;43;diagr;328;1322;diagr;35;581;-44;0;1;45;;;;;;; 0;3; t30;14;533;;;;-45;1;0;393;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;CDS 16s;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;319;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;346;;;;;;; ;x;344;4;2;350;;;-49;0;0;485;;;;;;; ;c;1376;303;9;1688;;;-50;0;1;300;;;;;;; ;;;;;2038;154;;reste;1;9;391;;;;;;; ;;;;;;2192;;total;4;303;265;;;;;;; </pre> =====afn autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires_aas|afn autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *contrôlé le 21.7.22 <pre> autres intercalaires;;afn;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;23699;24358;319;*; ;;rRNA;24678;26242;359;*;16s ;;rRNA;26602;29507;228;*;23s ;;rRNA;29736;29852;286;*;5s fin;;CDS;30139;30339;;0; deb;;CDS;35919;36713;105;*; ;;tRNA;36819;36894;105;*;acg fin;;CDS;37000;37914;;; deb;;CDS;56077;57366;346;*; ;;rRNA;57713;59277;359;*;16s ;;rRNA;59637;62543;228;*;23s ;;rRNA;62772;62888;266;*;5s fin;comp;CDS;63155;64390;;0; deb;;CDS;168443;169336;122;*; ;;tRNA;169459;169534;361;*;gcc fin;comp;CDS;169896;170894;;; deb;comp;CDS;181646;182656;89;*; ;comp;misc_b;182746;182986;130;*; fin;comp;CDS;183117;183803;;; deb;comp;CDS;183775;185160;510;*; ;;misc_b;185671;185909;146;*; fin;;CDS;186056;187753;;; deb;;CDS;249164;249595;195;*; ;;tRNA;249791;249867;51;*;agg fin;comp;CDS;249919;250062;;; deb;;CDS;253385;254824;90;*; ;;misc_b;254915;255170;84;*; fin;;CDS;255255;256238;;; deb;comp;CDS;273899;274426;200;*; ;comp;tRNA;274627;274703;188;*;cgt fin;;CDS;274892;276166;;; deb;;CDS;310188;310991;131;*; ;;tRNA;311123;311198;22;*;aca ;;tRNA;311221;311305;5;*;tac ;;tRNA;311311;311386;3;*;atgj ;;tRNA;311390;311465;6;*;acc ;;tRNA;311472;311548;74;*;atgf fin;;CDS;311623;312816;;; deb;;CDS;359181;360227;58;*; ;;regulatory;360286;360394;52;*; fin;;CDS;360447;361625;;; deb;;CDS;378908;379996;485;*; ;;rRNA;380482;382046;251;*;16s ;;rRNA;382298;385204;229;*;23s ;;rRNA;385434;385550;262;*;5s fin;comp;CDS;385813;386838;;; deb;;CDS;414288;416231;246;*; ;;regulatory;416478;416590;98;*; fin;;CDS;416689;417768;;; deb;;CDS;460654;461286;266;*; ;;tRNA;461553;461627;3;*;aac ;;tRNA;461631;461705;8;*;gaa ;;tRNA;461714;461789;50;*;gta ;;tRNA;461840;461916;11;*;cca ;;tRNA;461928;462001;8;*;gga ;;tRNA;462010;462086;145;*;aga fin;;CDS;462232;463230;;; deb;;CDS;466993;468717;232;*; ;;misc_b;468950;469148;36;*; fin;;CDS;469185;471839;;; deb;;CDS;526396;526929;54;*; ;;tRNA;526984;527070;30;*;ctg ;;tRNA;527101;527186;52;*;ctc ;;tRNA;527239;527325;268;*;ctg fin;comp;CDS;527594;528586;;0; deb;comp;CDS;570200;571507;65;*; ;comp;regulatory;571573;571669;209;*; fin;;CDS;571879;575394;;; deb;;CDS;577378;577917;131;*; ;;tRNA;578049;578123;194;*;ggc fin;;CDS;578318;579067;;; deb;;CDS;635289;636683;300;*; ;;rRNA;636984;638548;94;*;16s ;;tRNA;638643;638719;66;*;atc ;;tRNA;638786;638861;273;*;gca ;;rRNA;639135;642040;139;*;23s ;;rRNA;642180;642296;296;*;5s fin;;CDS;642593;643381;;0; deb;;CDS;677296;678177;181;*; ;;misc_f;678359;678410;368;*; fin;;CDS;678779;679798;;; deb;;CDS;711704;712132;96;*; ;;tRNA;712229;712304;18;*;cac ;;tRNA;712323;712398;3;*;caa ;;tRNA;712402;712477;16;*;aaa ;;tRNA;712494;712577;61;*;cta fin;comp;CDS;712639;712809;;0; deb;;CDS;723480;724340;80;*; ;comp;tRNA;724421;724497;134;*;gtc fin;;CDS;724632;725645;;; deb;;CDS;774399;774665;214;*; ;;tRNA;774880;774956;4;*;gac ;;tRNA;774961;775036;8;*;ttc ;;tRNA;775045;775119;9;*;ggc ;;tRNA;775129;775202;13;*;tgc ;;tRNA;775216;775304;111;*;tta fin;;CDS;775416;776684;;; deb;;CDS;796146;796580;73;*; ;;tRNA;796654;796728;159;*;cgg fin;;CDS;796888;797310;;; deb;;CDS;841590;842273;119;*; ;;tRNA;842393;842469;2;*;gac ;;tRNA;842472;842547;8;*;ttc ;;tRNA;842556;842630;9;*;ggc ;;tRNA;842640;842713;127;*;tgc fin;;CDS;842841;843362;;; deb;;CDS;881739;882029;121;*; ;;repeat_reg;882151;886170;278;*; fin;;CDS;886449;887618;;; deb;;CDS;889017;889598;71;*; ;;tRNA;889670;889746;156;*;ccc fin;;CDS;889903;891513;;; deb;;CDS;905286;906077;58;*; ;;tRNA;906136;906210;102;*;aac fin;;CDS;906313;907125;;; deb;;CDS;913707;915986;78;*; ;;regulatory;916065;916164;91;*; fin;;CDS;916256;917077;;; deb;;CDS;947642;948565;32;*; ;;ncRNA;948598;948943;38;*; fin;;CDS;948982;949302;;; deb;comp;CDS;1017827;1018843;92;*; ;;misc_b;1018936;1019130;36;*; fin;;CDS;1019167;1020189;;; deb;;CDS;1020207;1022645;137;*; ;;tRNA;1022783;1022859;2;*;gac ;;tRNA;1022862;1022936;1;*;ggc ;;tRNA;1022938;1023011;112;*;tgg fin;;CDS;1023124;1023423;;; deb;comp;CDS;1111497;1112716;73;*; ;comp;misc_b;1112790;1113035;267;*; fin;;CDS;1113303;1114085;;; deb;;CDS;1305277;1306137;298;*; ;;regulatory;1306436;1306545;70;*; fin;;CDS;1306616;1307653;;; deb;;CDS;1328649;1328930;26;*; ;;tmRNA;1328957;1329305;406;*; fin;comp;CDS;1329712;1332120;;; deb;comp;CDS;1403493;1404494;52;*; ;comp;misc_b;1404547;1404789;111;*; fin;comp;CDS;1404901;1406295;;; deb;comp;CDS;1485384;1487072;59;*; ;comp;misc_b;1487132;1487376;146;*; fin;comp;CDS;1487523;1488698;;; deb;;CDS;1536256;1537929;68;*; ;;regulatory;1537998;1538074;113;*;erreur fin;;CDS;1538188;1539855;;0; deb;;CDS;1553542;1555176;24;*; ;;tRNA;1555201;1555277;393;*;ccg fin;comp;CDS;1555671;1556342;;; deb;comp;CDS;1567689;1567889;21;*; ;comp;tRNA;1567911;1567999;93;*;tca fin;comp;CDS;1568093;1568569;;; deb;;CDS;1612826;1613614;158;*; ;comp;tRNA;1613773;1613863;215;*;agc fin;comp;CDS;1614079;1614846;;0; deb;comp;CDS;1668440;1668919;42;*; ;comp;ncRNA;1668962;1669144;51;*; fin;comp;CDS;1669196;1669855;;0; deb;;CDS;1701767;1702582;76;*; ;;tRNA;1702659;1702744;91;*;ttg fin;comp;CDS;1702836;1703666;;; deb;;CDS;1710214;1711257;512;*; ;comp;rRNA;1711770;1711886;228;*;5s ;comp;rRNA;1712115;1715021;359;*;23s ;comp;rRNA;1715381;1716945;391;*;16s fin;comp;CDS;1717337;1718857;;; deb;comp;CDS;1823002;1823472;379;*; ;comp;tRNA;1823852;1823927;6;*;gta ;comp;tRNA;1823934;1824008;8;*;gaa ;comp;tRNA;1824017;1824092;83;*;aag fin;comp;CDS;1824176;1825210;;; deb;comp;CDS;1907578;1909263;182;*; ;;tRNA;1909446;1909536;53;*;tcc ;;ncRNA;1909590;1909689;115;*; deb;comp;CDS;1909805;1911205;136;*; ;comp;tRNA;1911342;1911429;23;*;tcg fin;comp;CDS;1911453;1911932;;; deb;comp;CDS;1912058;1912981;43;*; ;comp;misc_b;1913025;1913256;130;*; fin;;CDS;1913387;1914049;;; deb;comp;CDS;1973889;1974761;222;*; ;comp;tRNA;1974984;1975058;39;*;atgi fin;comp;CDS;1975098;1976867;;; deb;comp;CDS;1983694;1984659;122;*; ;comp;tRNA;1984782;1984856;12;*;gag ;comp;tRNA;1984869;1984942;111;*;cag ;comp;tRNA;1985054;1985127;106;*;cag fin;comp;CDS;1985234;1985980;;; deb;;CDS;2070538;2072085;193;*; ;comp;rRNA;2072279;2072395;228;*;5s ;comp;rRNA;2072624;2075529;298;*;23s ;comp;tRNA;2075828;2075903;66;*;gca ;comp;tRNA;2075970;2076046;94;*;atc ;comp;rRNA;2076141;2077705;265;*;16s fin;comp;CDS;2077971;2079029;;; deb;;CDS;2147697;2148251;91;*; ;;tRNA;2148343;2148418;70;*;gcg fin;comp;CDS;2148489;2148716;;; deb;comp;CDS;2285667;2286665;451;*; ;comp;tRNA;2287117;2287192;45;*;aaa fin;comp;CDS;2287238;2288464;;; deb;comp;CDS;2301950;2302531;486;*; ;comp;tRNA;2303018;2303094;45;*;gtg fin;comp;CDS;2303140;2303844;;; deb;comp;CDS;2322585;2323169;393;*; ;comp;tRNA;2323563;2323636;196;*;ggg fin;;CDS;2323833;2328641;;0; </pre> ====afn intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_entre_cds|afn intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> afn;23.2.22 Paris;;afn 30.8.20;;;;;;; afn;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquenceffrequence5 ;'''négatif;307;15.1;'''négatif ;-10;14;-1 à -83;'''2 329 769;-1;307 ;'''zéro;11;0.5;;;;;'''intercals;0;11 ;'''1 à 200;1324;65.0;'''0 à 200;66;58;;'''220 467;5;127 ;'''201 à 370;304;14.9;'''201 à 370;267;49;;'''9.5%;10;57 ;'''371 à 600;69;3.4;'''371 à 600;449;59;;;15;164 ;'''601 à max;23;1.1;'''601 à 992;743;108;;;20;87 ;'''total 2038;<201;80.6;'''total 2034;105;133;-83 à 992;;25;65 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquenceffréquence6;cumul et %;intercal;<u>fréquenceffréquence-1;30;47 1555671;2261;-1;307;-70;5;;0;11;35;37 1949615;1154;0;11;-60;3;;-1;°38;40;32 1841522;1130;1;°39;-50;3;;-2;0;45;25 1001677;992;2;27;-40;4;;-3;0;50;28 434858;957;3;20;-30;10;'''min à -1;-4;°130;55;31 865205;922;4;°28;-20;17;307;-5;0;60;29 463581;845;5;13;-10;48;15.1%;-6;1;65;23 1969579;795;6;9;0;228;;-7;6;70;24 1287774;772;7;5;10;184;;-8;°41;75;32 843665;744;8;7;20;251;;-9;1;80;17 1081454;736;9;°20;30;112;;-10;1;85;25 34;721;10;16;40;69;;-11;°19;90;28 1347444;718;11;29;50;53;;-12;0;95;16 2155062;701;12;°46;60;60;;-13;5;100;29 1227328;693;13;30;70;48;;-14;°8;105;20 893831;683;14;22;80;49;;-15;0;110;22 1185969;679;15;°37;90;53;'''1 à 100;-16;3;115;28 1657318;677;16;24;100;45;923;-17;°10;120;22 1282010;667;17;10;110;42;45.3%;-18;0;125;29 872797;649;18;°25;120;50;;-19;2;130;29 1240102;647;19;13;130;58;;-20;°6;135;24 1246797;636;20;15;140;55;;-21;0;140;31 117980;628;21;°21;150;42;;-22;0;145;20 867763;580;22;14;160;41;;-23;°4;150;22 406827;567;23;11;170;38;'''1 à 200;-24;0;155;18 1121221;551;24;°10;180;24;1324;-25;0;160;23 2231462;551;25;9;190;26;65%;-26;4;165;21 901417;550;26;6;200;25;;-27;0;170;17 39288;548;27;°15;210;25;;-28;0;175;11 791634;544;28;10;220;32;;-29;°3;180;13 1481233;542;29;5;230;34;;-30;0;185;8 691218;519;30;°11;240;33;'''0 à 200;-31;2;190;18 1388835;517;31;7;250;18;1335;-32;2;195;16 2163709;515;32;7;260;16;;total;297;200;9 1189403;513;33;5;270;21;;reste;21;205;15 1783994;508;34;°10;280;16;;;318;210;10 1749779;507;35;8;290;11;;;;215;18 847959;503;36;6;300;17;;intercal;<u>fréquencef;220;14 1268481;502;37;8;310;15;;600;2015;225;23 ;;38;6;320;8;;620;;230;11 ;;39;8;330;13;;640;2;235;14 ;;40;4;340;9;'''201 à 370;660;2;240;19 ;;reste;1104;350;12;304;680;3;245;7 ;;total;2038;360;10;14.9%;700;2;250;11 ;;;;370;14;;720;2;255;5 2109623;-113;shift2;425;380;8;;740;2;260;11 598105;-83;comp;;390;7;;760;1;265;7 1667526;-79;shift2;915;400;7;;780;1;270;14 2031132;-74;shift2;614;410;1;;800;1;275;5 935587;-71;shift2;518;420;5;;820;;280;11 2283155;-68;shift2;1952;430;2;;840;;285;8 846262;-67;shift2;132;440;4;;860;1;290;3 1528664;-67;shift2;108;450;4;;880;;295;7 1794682;-59;shift2;1601;460;3;;900;;300;10 808710;-53;shift2;1034;470;1;;920;;305;10 1101239;-50;shift2;2423;480;5;;940;1;310;5 287845;-45;;;490;1;;960;1;315;4 532761;-44;;;500;5;;980;;320;4 50634;-41;;;510;4;;1000;1;325;8 434100;-40;;;520;4;;1020;;330;5 276227;-38;;;530;0;;1040;;335;3 629222;-38;;;540;0;'''371 à 600;1060;;340;6 1090320;-37;;;550;4;69;1080;;345;9 503812;-35;;;560;2;3.4%;1100;;350;3 1225885;-35;;;570;1;;1120;;355;3 1260789;-35;;;580;1;'''601 à max;1140;1;360;7 706234;-32;;;590;0;23;1160;1;365;8 2148489;-32;;;600;0;1.1%;;22;370;6 460032;-31;;;reste;23;;reste;1;reste;92 1743849;-31;;;total;2038;;total;2038;total;2038 </pre> ====afn intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> afn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; 46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; afn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;29;-227;419;16;486;261;max40,140;&-95;712;-1690;137;722;250;min50 31 à 400;;;;;;;2 parties;&9.5;-42;-63;38;904;147;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;75;40;-;303;poly;183;tF;&197;65;;425;poly;297;SF 31 à 400;;;;;;;;&92;36;-;859;dte;45;tm </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.607;-0.017;0.108;;;;;-0.369;;;;;; 1-n;-0.008;-0.467;-0.407;;;;;;;;;14.8.21 paris;; afn;fx;fc;;afn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;afn;Sx-;Sc- 0;2;9;;0;6;7;0;2;9;>0;344;-1;0;38 10;4;180;;10;12;136;1;1;38;<0;4;-2;0;0 20;3;248;;20;9;188;2;2;25;zéro;2;-3;0;0 30;8;104;;30;24;79;3;0;20;total;350;-4;1;129 40;21;48;;40;64;36;4;0;28;;c;-5;0;0 50;15;38;;50;46;29;5;0;13;>0;1376;-6;0;1 60;16;44;;60;49;33;6;0;9;<0;303;-7;0;6 70;5;42;;70;15;32;7;0;5;zéro;9;-8;0;41 80;8;41;;80;24;31;8;0;7;total;1688;-9;0;1 90;8;45;;90;24;34;9;1;19;;;-10;0;1 100;11;34;;100;34;26;10;0;16;total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reste;16;54;;;;;reste;308;796;;;-42;0;0 total;346;1385;;t30;46;402;total;346;1385;;;-43;0;0 diagr;328;1322;;;;;diagr;36;580;;;-44;0;1 - t30;313;790;;;;;;;;;;-45;1;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;reste;1;9 ;;;;;;;;;;;;total;4;303 </pre> ====afn intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_négatifs_S-|afn intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;1;;;;;;1;4 continu;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303 </pre> 14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;4 ;Sc-;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303 </pre> ====afn autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires|afn autres intercalaires]] <pre> afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1; deb;°CDS;23699;319;;;deb;°CDS;635289;300;;;deb;°CDS;1485384;59;comp ;$rRNA;24678;359;;;;$rRNA;636984;94;;;;misc_binding;1487132;146;comp ;$rRNA;26602;228;;;;&tRNA;638643;66;;;fin;°CDS;1487523;;comp ;$rRNA;29736;286;;;;&tRNA;638786;273;;;deb;°CDS;1536256;68; fin;°CDS;30139;;;;;$rRNA;639135;139;;;;regulatory;1537998;113; deb;°CDS;35919;105;;;;$rRNA;642180;296;;;fin;°CDS;1538188;; ;&tRNA;36819;105;;;fin;°CDS;642593;;;;deb;°CDS;1553542;24; fin;°CDS;37000;;;;deb;°CDS;677296;181;;;;&tRNA;1555201;393; deb;°CDS;56077;346;;;;misc_feature;678359;368;;;fin;°CDS;1555671;;comp ;$rRNA;57713;359;;;fin;°CDS;678779;;;;deb;°CDS;1567689;21;comp ;$rRNA;59637;228;;;deb;°CDS;711704;96;;;;&tRNA;1567911;93;comp ;$rRNA;62772;266;;;;&tRNA;712229;18;;;fin;°CDS;1568093;;comp fin;°CDS;63155;;comp;;;&tRNA;712323;3;;;deb;°CDS;1612826;158; deb;°CDS;168443;122;;;;&tRNA;712402;16;;;;&tRNA;1613773;215;comp ;&tRNA;169459;361;;;;&tRNA;712494;61;;;fin;°CDS;1614079;;comp fin;°CDS;169896;;comp;;fin;°CDS;712639;;comp;;deb;°CDS;1668440;42;comp deb;°CDS;181646;89;comp;;deb;°CDS;723480;80;;;;ncRNA;1668962;51;comp ;misc_binding;182746;130;comp;;;&tRNA;724421;134;comp;;fin;°CDS;1669196;;comp fin;°CDS;183117;;comp;;fin;°CDS;724632;;;;deb;°CDS;1701767;76; deb;°CDS;183775;510;comp;;deb;°CDS;774399;214;;;;&tRNA;1702659;91; ;misc_binding;185671;146;;;;&tRNA;774880;4;;;fin;°CDS;1702836;;comp fin;°CDS;186056;;;;;&tRNA;774961;8;;;deb;°CDS;1710214;512; deb;°CDS;249164;195;;;;&tRNA;775045;9;;;;$rRNA;1711770;228;comp ;&tRNA;249791;51;;;;&tRNA;775129;13;;;;$rRNA;1712115;359;comp fin;°CDS;249919;;comp;;;&tRNA;775216;111;;;;$rRNA;1715381;391;comp deb;°CDS;253385;90;;;fin;°CDS;775416;;;;fin;°CDS;1717337;;comp ;misc_binding;254915;84;;;deb;°CDS;796146;73;;;deb;°CDS;1823002;379;comp fin;°CDS;255255;;;;;&tRNA;796654;159;;;;&tRNA;1823852;6;comp deb;°CDS;273899;200;comp;;fin;°CDS;796888;;;;;&tRNA;1823934;8;comp ;&tRNA;274627;188;comp;;deb;°CDS;841590;119;;;;&tRNA;1824017;83;comp fin;°CDS;274892;;;;;&tRNA;842393;2;;;fin;°CDS;1824176;;comp deb;°CDS;310188;131;;;;&tRNA;842472;8;;;deb;°CDS;1907578;182;comp ;&tRNA;311123;22;;;;&tRNA;842556;9;;;;&tRNA;1909446;53;comp ;&tRNA;311221;5;;;;&tRNA;842640;127;;;;ncRNA;1909590;115; ;&tRNA;311311;3;;;fin;°CDS;842841;;;;deb;°CDS;1909805;136; ;&tRNA;311390;6;;;deb;°CDS;881739;121;;;;&tRNA;1911342;23; ;&tRNA;311472;74;;;;repeat_region;882151;278;;;fin;°CDS;1911453;; fin;°CDS;311623;;;;fin;°CDS;886449;;;;deb;°CDS;1912058;43;comp deb;°CDS;359181;58;;;deb;°CDS;889017;71;;;;misc_binding;1913025;130;comp ;regulatory;360286;52;;;;&tRNA;889670;156;;;fin;°CDS;1913387;; fin;°CDS;360447;;;;fin;°CDS;889903;;;;deb;°CDS;1973889;222;comp deb;°CDS;378908;485;;;deb;°CDS;905286;58;;;;&tRNA;1974984;39;comp ;$rRNA;380482;251;;;;&tRNA;906136;102;;;fin;°CDS;1975098;;comp ;$rRNA;382298;229;;;fin;°CDS;906313;;;;deb;°CDS;1983694;122;comp ;$rRNA;385434;262;;;deb;°CDS;913707;78;;;;&tRNA;1984782;12;comp fin;°CDS;385813;;comp;;;regulatory;916065;91;;;;&tRNA;1984869;111;comp deb;°CDS;414288;246;;;fin;°CDS;916256;;;;;&tRNA;1985054;106;comp ;regulatory;416478;98;;;deb;°CDS;947642;32;;;fin;°CDS;1985234;;comp fin;°CDS;416689;;;;;ncRNA;948598;38;;;deb;°CDS;2070538;193; deb;°CDS;460654;266;;;fin;°CDS;948982;;;;;$rRNA;2072279;228;comp ;&tRNA;461553;3;;;deb;°CDS;1017827;92;comp;;;$rRNA;2072624;298;comp ;&tRNA;461631;8;;;;misc_binding;1018936;36;;;;&tRNA;2075828;66;comp ;&tRNA;461714;50;;;fin;°CDS;1019167;;;;;&tRNA;2075970;94;comp ;&tRNA;461840;11;;;deb;°CDS;1020207;137;;;;$rRNA;2076141;265;comp ;&tRNA;461928;8;;;;&tRNA;1022783;2;;;fin;°CDS;2077971;;comp ;&tRNA;462010;145;;;;&tRNA;1022862;1;;;deb;°CDS;2147697;91; fin;°CDS;462232;;;;;&tRNA;1022938;112;;;;&tRNA;2148343;70; deb;°CDS;466993;232;;;fin;°CDS;1023124;;;;fin;°CDS;2148489;;comp ;misc_binding;468950;36;;;deb;°CDS;1111497;73;comp;;deb;°CDS;2285667;451;comp fin;°CDS;469185;;;;;misc_binding;1112790;267;comp;;;&tRNA;2287117;45;comp deb;°CDS;526396;54;;;fin;°CDS;1113303;;;;fin;°CDS;2287238;;comp ;&tRNA;526984;30;;;deb;°CDS;1305277;298;;;deb;°CDS;2301950;486;comp ;&tRNA;527101;52;;;;regulatory;1306436;70;;;;&tRNA;2303018;45;comp ;&tRNA;527239;268;;;fin;°CDS;1306616;;;;fin;°CDS;2303140;;comp fin;°CDS;527594;;comp;;deb;°CDS;1328649;26;;;deb;°CDS;2322585;393;comp deb;°CDS;570200;65;comp;;;tmRNA;1328957;406;;;;&tRNA;2323563;196;comp ;regulatory;571573;209;comp;;fin;°CDS;1329712;;comp;;fin;°CDS;2323833;; fin;°CDS;571879;;;;deb;°CDS;1403493;52;comp;;;;;; deb;°CDS;577378;131;;;;misc_binding;1404547;111;comp;;;;;; ;&tRNA;578049;194;;;fin;°CDS;1404901;;comp;;;;;; fin;°CDS;578318;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====afn intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_tRNA|afn intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;105;;105;;21;23;deb; ;;;122;comp’;361;;24;39;<201;20 ;;;195;comp’;51;;54;45;total;25 ;3 8 50 11 8;;200;comp’;188;;58;70;%;80% ;;;131;;145;;71;83;; ;30 52;;54;comp’;268;;73;93;fin; ;;;131;;194;;76;102;<201;17 ;18 3 16;;96;comp’;61;;91;105;total;18 ;;comp’;80;comp’;134;;96;106;%;94% ;4 8 9 13;;214;;111;;105;111;; ;;;73;;159;;119;112;total; ;2 8 9;;119;;127;;122;127;<201;37 ;;;71;;156;;122;145;total;43 ;;;58;;102;;131;156;%;86% ;2 1;;137;;112;;131;159;; ;;;24;comp’;393;;136;194;; ;;;21;;93;;137;196;; ;;comp’;158;;215;;182;215;; ;;;76;comp’;91;;195;;; ;6 8;;379;;83;;200;;; ;;;182;;;;214;;; ;;;136;;23;;222;;; ;;;222;;39;;379;;; ;12 111;;122;;106;;393;;; ;;;91;comp’;70;;451;;comp’;cumuls ;;;451;;45;;80;51;deb;2 ;;;393;comp’;196;;158;61;<201;100% ;;;;;;;;91;fin; ;;;;;;;;134;<201;5 ;deb;fin;total;;;;;188;total;8 <201;22;22;44;;;;;268;%;63% total;27;26;53;;;;;361;total;10 taux;81%;85%;83%;;;;;393;<201;70% </pre> ====afn par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_par_rapport_au_groupe_de_référence|afn par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;11;3;2;;;;16; 16;moyen;5;12;;;;4;21; 14;fort;4;19;;;;;23; ; ;20;34;2;;;4;60; 10;g+cga;6;2;2;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;3;1;;;;;4; 5;autres;;;;;;;; ;;11;3;2;;;;16; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;183;50;33;;;;267;26 16;moyen;83;200;0;;;67;350;324 14;fort;67;317;0;;;;383;650 ; ;333;567;33;;;67;60;729 10;g+cgg;100;33;33;;;;167;10 2;agg+cga;33;;;;;;33; 4;carre ccc;50;17;;;;;67;16 5;autres;;;;;;;; ;;183;50;33;;;;267; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;afn;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;196;54;36;286;26;55;9; 16;moyen;89;214;;304;324;25;35; 14;fort;71;339;;411;650;20;56; ; ;357;607;36;56;729;20;34; 10;g+cgg;107;36;36;179;10;55;; 2;agg+cga;36;;;36;;18;; 4;carre ccc;54;18;;71;16;27;; 5;autres;;;;;;;; ;;196;54;36;286;;11;; </pre> ===negativicutes, estimation des -rRNAs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes,_estimation_des_-rRNAs|negativicutes, estimation des -rRNAs]] <pre> negativicutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 9 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;9;149; ; ;;indices;;;;9;1656;0;0;;neg1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;56 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;33;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;2;tac;4;tgc;2;;ttc;67;tcc;22;tac;44;tgc;22;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;18;acc;;aac;11;agc;3;;atc;200;acc;;aac;122;agc;33;;atc;;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;6;;ctc;22;ccc;;cac;56;cgt;67;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;78;ggc;33;;gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4 tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;44;tca;11;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;56;aaa;56;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;2;caa;6;cga;;;cta;11;cca;22;caa;67;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;7;gca;21;gaa;6;gga;4;;gta;78;gca;233;gaa;67;gga;44;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;6;;ttg;22;tcg;;tag;;tgg;67;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;11;aag;22;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;22;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;69;;75;;5;149;;;;767;;833;;56;1656;;;;16;;24;;16;56 11.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;22.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;9;571;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;5600 atgi;78;tct;;tat;;atgf;133;;atgi;89;tct;;tat;;atgf;167;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;89;tac;133;tgc;122;;ttc;189;tcc;111;tac;178;tgc;144;;ttc;200;tcc;100;tac;100;tgc;200 atc;-11;acc;122;aac;167;agc;89;;atc;189;acc;122;aac;289;agc;122;;atc;;acc;100;aac;200;agc;100 ctc;100;ccc;78;cac;56;cgt;111;;ctc;122;ccc;78;cac;111;cgt;178;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100 gtc;89;gcc;78;gac;189;ggc;333;;gtc;89;gcc;78;gac;267;ggc;367;;gtc;100;gcc;100;gac;300;ggc;400 tta;78;tca;100;taa;;tga;11;;tta;122;tca;111;taa;;tga;11;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;;aca;89;aaa;167;aga;100;;ata;;aca;144;aaa;222;aga;100;;ata;;aca;100;aaa;200;aga;100 cta;89;cca;100;caa;78;cga;22;;cta;100;cca;122;caa;144;cga;22;;cta;100;cca;100;caa;100;cga; gta;189;gca;0;gaa;211;gga;67;;gta;267;gca;233;gaa;278;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;200;gga;100 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;78;;ttg;122;tcg;100;tag;;tgg;144;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;122;acg;89;aag;89;agg;100;;atgj;133;acg;100;aag;111;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;89;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;111;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;200;ccg;100;cag;200;cgg;100 gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1300;;2089;;1300;4689;;;;2067;;2922;;1356;6344;;;;1600;;2400;;1600;5600 rapports;;63;;71;;96;74;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;88;tct;;tat;;atgf;80;;fiches;50.667;;;fréquences;;;;;atgi;22;tct;;tat;;atgf;25 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;456;;;0/0;2;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;152;;;10;11;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;9;;;20;13;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;65;tcc;80;tac;75;tgc;85;;;;;;30;9;;;;ttc;39;tcc;11;tac;25;tgc;39 atc;-6;acc;100;aac;58;agc;73;;neg1;56;;;40;5;;;;atc;100;acc;18;aac;17;agc;11 ctc;82;ccc;100;cac;50;cgt;63;;sans;56;;;50;3;41;;;ctc;0;ccc;22;cac;44;cgt;10 gtc;100;gcc;100;gac;71;ggc;91;;avec;4;;;60;2;;;;gtc;11;gcc;22;gac;37;ggc;17 tta;64;tca;90;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;22;tca;0;taa;;tga;100 ata;;aca;62;aaa;75;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;11;aaa;17;aga;0 cta;89;cca;82;caa;54;cga;100;;L’estimation par nega;;;;90;0;;;;cta;11;cca;0;caa;22;cga;100 gta;71;gca;0;gaa;76;gga;60;;est 10% au dessus;;;;100;3;;;;gta;6;gca;;gaa;5;gga;33 ttg;82;tcg;100;tag;;tgg;54;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;0;tag;;tgg;22 atgj;92;acg;89;aag;80;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;18;acg;11;aag;11;agg;0 ctg;80;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;56;ccg;22;cag;39;cgg;0 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;56;gcg;44;gag;44;ggg;11 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;275;;263;;294;832 </pre> ===clostridia synthèse=== ====clostridia distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_génome|clostridia distribution par génome]] <pre> clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total psor;12;5;4;72;;7;;4;104 cdc;4;4;2;70;;3;;;83 cdc8;4;5;2;89;;4;;4;108 cbc*;36;10;;0;;0;;6;52 cbn;52;12;2;6;3;4;;7;86 cle;40;19;;26;3;9;;8;105 hmo;37;12;;39;;11;;10;109 cbei;63;11;3;0;;4;;12;93 ;;;;;;;;; total;248;78;13;302;6;42;0;51;740 </pre> ====clostridia distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_du_total|clostridia distribution du total]] <pre> clos8;;;;;;;628;;;;;;;;;57;;;;;;;;;55 atgi;10;tct;;tat;;atgf;22;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;1;acc;1;aac;7;agc;1;;atc;11;acc;;aac;5;agc; ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;4;;gtc;;gcc;5;gac;;ggc; tta;22;tca;19;taa;;tga;3;;tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;;aga; cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;41;gca;;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;5;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;26;gaa;;gga;5 ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;11;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;248;78;13;302;6;42;740;;;;;;51;6;;57;;total;8;;13;;;42;55 ;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;;;;;;;;; </pre> ====clostridia distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_type|clostridia distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> clos8;;;;;;;628;;clos8;1208;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302 atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11 att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;1;tcc;6;tac;;tgc;1;;ttc;6;tcc;;tac;10;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;12;tcc;1;tac;13;tgc;10 atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;;acc;3;aac;1;agc;3;;atc;;acc;3;aac;5;agc;5;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;3;acc;3;aac;16;agc;5 ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;8;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;2;cac;8;cgt;7 gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;15;ggc;11;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;17;ggc;9 tta;22;tca;19;taa;0;tga;3;;tta;;tca;1;taa;;tga;3;;tta;11;tca;6;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;11;tca;10;taa;;tga; ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;1;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;15;aaa;14;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;13;aaa;17;aga;14 cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;5;cca;4;caa;;cga;1;;cta;6;cca;10;caa;8;cga;3;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;11;caa;14;cga; gta;41;gca;0;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;13;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;21;gca;;gaa;19;gga;15 ttg;9;tcg;2;tag;0;tgg;11;;ttg;8;tcg;2;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4 atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;4;aag;1;agg;5;;atgj;10;acg;;aag;5;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;13;acg;;aag;;agg; ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;3;ccg;1;cag;3;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;1;gag;3;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;248;78;13;302;6;42;740;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====clostridia par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_par_rapport_au_groupe_de_référence|clostridia par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;31;19;2;6;2;5;65; 16;moyen;36;66;4;101;20;42;269; 14;fort;11;155;2;195;29;14;406; ; ;78;240;8;302;51;61;740; 10;g+cga;16;13;;2;;;31; 2;agg+cgg;5;2;;;1;;8; 4;carre ccc;4;4;;4;1;5;13; 5;autres;6;;2;;;;8; ;;31;19;2;6;2;5;65; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;42;26;3;8;3;7;88;26 16;moyen;49;89;5;136;27;57;364;324 14;fort;15;209;3;264;39;19;549;650 ; ;105;324;11;408;69;82;740;729 10;g+cga;22;18;;3;;;42;10 2;agg+cgg;7;3;;;1;;11; 4;carre ccc;5;5;;5;1;7;18;16 5;autres;8;0;3;0;;;11; ;;42;26;3;8;3;7;88; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;95;58;6;160;26;40;8; 16;moyen;110;202;12;325;324;46;28; 14;fort;34;475;6;515;650;14;65; ; ;239;736;25;326;729;78;240; 10;g+cga;49;40;;89;10;52;; 2;agg+cgg;15;6;;21;;16;; 4;carre ccc;12;12;;25;16;13;; 5;autres;18;;6;25;;19;; ;;95;58;6;160;;31;; </pre> ====clostridia, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia,_estimation_des_-rRNAs|clostridia, estimation des -rRNAs]] <pre> clostridia;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 43 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;43;856; ; ;;indices;;;;43;1991;;;;clos8;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;326 atgi;29;tct;;tat;;atgf;30;;atgi;67;tct;;tat;;atgf;70;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;1 ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;44;tcc;1;tac;26;tgc;16;;ttc;102;tcc;2.3;tac;60;tgc;37;;ttc;7;tcc;6;tac;10;tgc;6 atc;72;acc;10;aac;64;agc;11;;atc;167;acc;23;aac;149;agc;26;;atc;;acc;6;aac;6;agc;8 ctc;2;ccc;3;cac;12;cgt;8;;ctc;4.7;ccc;7.0;cac;28;cgt;19;;ctc;3;ccc;2;cac;8;cgt;4 gtc;4;gcc;12;gac;40;ggc;23;;gtc;9.3;gcc;28;gac;93;ggc;53;;gtc;2;gcc;1;gac;15;ggc;11 tta;19;tca;13;taa;;tga;;;tta;44;tca;30;taa;;tga;;;tta;11;tca;9;taa;;tga;3 ata;;aca;29;aaa;48;aga;21;;ata;;aca;67;aaa;112;aga;49;;ata;1;aca;17;aaa;14;aga;10 cta;18;cca;17;caa;25;cga;1;;cta;42;cca;40;caa;58;cga;2.3;;cta;11;cca;14;caa;8;cga;4 gta;38;gca;92;gaa;45;gga;31;;gta;88;gca;214;gaa;105;gga;72;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;14 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;9;;ttg;;tcg;2.3;tag;;tgg;21;;ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;7 atgj;18;acg;3;aag;2;agg;1;;atgj;42;acg;7.0;aag;4.7;agg;2.3;;atgj;10;acg;4;aag;6;agg;6 ctg;5;ccg;2;cag;1;cgg;3;;ctg;12;ccg;4.7;cag;2.3;cgg;7.0;;ctg;4;ccg;1;cag;4;cgg;1 gtg;1;gcg;;gag;4;ggg;2;;gtg;2.3;gcg;;gag;9.3;ggg;4.7;;gtg;1;gcg;1;gag;3;ggg;3 ;;346;;468;;42;856;;;;805;;1088;;98;1991;;;;107;;168;;51;326 27.5.20 Tanger;;;;clos;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;clos8;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;11144;4.0;0.6;;indices;sans +16s;;;174;11144;4.0;0.6;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;92;tct;1.1;tat;;atgf;117;;atgi;159;tct;1.1;tat;;atgf;187;;atgi;13;tct;;tat;;atgf;138 att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;;act;;aat;;agt;13 ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;38;cct;;cat;;cgc; gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;104;tcc;101;tac;127;tgc;114;;ttc;206;tcc;103;tac;187;tgc;151;;ttc;88;tcc;75;tac;125;tgc;75 atc;-15;acc;79;aac;99;agc;107;;atc;152;acc;102;aac;248;agc;133;;atc;;acc;75;aac;75;agc;100 ctc;76;ccc;55;cac;112;cgt;97;;ctc;81;ccc;62;cac;140;cgt;116;;ctc;38;ccc;25;cac;100;cgt;50 gtc;44;gcc;33;gac;149;ggc;167;;gtc;53;gcc;61;gac;242;ggc;220;;gtc;25;gcc;13;gac;188;ggc;138 tta;128;tca;112;taa;1.1;tga;55;;tta;172;tca;142;taa;1.1;tga;55;;tta;138;tca;113;taa;;tga;38 ata;2.9;aca;151;aaa;159;aga;125;;ata;2.9;aca;218;aaa;271;aga;174;;ata;13;aca;213;aaa;175;aga;125 cta;106;cca;123;caa;98;cga;46;;cta;148;cca;163;caa;156;cga;48;;cta;138;cca;175;caa;100;cga;50 gta;198;gca;5;gaa;134;gga;171;;gta;286;gca;219;gaa;239;gga;243;;gta;250;gca;;gaa;213;gga;175 ttg;108;tcg;81;tag;2.3;tgg;99;;ttg;108;tcg;83;tag;2.3;tgg;120;;ttg;113;tcg;25;tag;;tgg;88 atgj;90;acg;70;aag;115;agg;94;;atgj;132;acg;77;aag;120;agg;96;;atgj;125;acg;50;aag;75;agg;75 ctg;64;ccg;59;cag;75;cgg;53;;ctg;76;ccg;64;cag;77;cgg;60;;ctg;50;ccg;13;cag;50;cgg;13 gtg;32;gcg;35;gag;74;ggg;65;;gtg;34;gcg;35;gag;83;ggg;70;;gtg;13;gcg;13;gag;38;ggg;38 ;;1426;;1894;;1080;4400;;;;2231;;2982;;1177;6390;;;;1325;;2100;;638;4063 rapports;;64;;64;;92;69;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;58;tct;;tat;;atgf;63;;fiches;47.674;;;fréquences;;;;;atgi;86;tct;100;tat;;atgf;15 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2050;;;0/0;;;;;att;100;act;;aat;;agt;95 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;888;;;10;11;;;;ctt;59;cct;100;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;43;;;20;6;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt; ttc;50;tcc;98;tac;68;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;16;tcc;26;tac;1;tgc;34 atc;-10;acc;77;aac;40;agc;81;;clos8;40.75;;;40;5;;;;atc;100;acc;5;aac;24;agc;7 ctc;94;ccc;89;cac;80;cgt;84;;sans;326;;;50;4;36;;;ctc;51;ccc;55;cac;11;cgt;49 gtc;82;gcc;54;gac;62;ggc;76;;avec;752;;;60;3;;;;gtc;43;gcc;62;gac;21;ggc;17 tta;74;tca;79;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;4;;;;tta;7;tca;1;taa;100;tga;32 ata;100;aca;69;aaa;59;aga;72;;;;;;80;3;;;;ata;77;aca;29;aaa;9;aga;0 cta;72;cca;75.7;caa;63;cga;95;;L’estimation par clos8;;;;90;1;;;;cta;23;cca;29;caa;2;cga;9 gta;69;gca;2;gaa;56;gga;70;;est 15 % en dessous;;;;100;2;;;;gta;21;gca;100;gaa;37;gga;2 ttg;100;tcg;97;tag;;tgg;83;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;4;tcg;69;tag;100;tgg;12 atgj;68;acg;91;aag;96;agg;98;;43;;100;;;49;;;;atgj;28;acg;29;aag;35;agg;20 ctg;85;ccg;93;cag;97;cgg;88;;atc;59;152;;;;;;;ctg;22;ccg;79;cag;33;cgg;76 gtg;93;gcg;100;gag;89;ggg;93;;gca;73;219;;;;;;;gtg;61;gcg;64;gag;49;ggg;43 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;265;;272;;944;1481 </pre> ==gamma== ===Shewanella=== ====spl opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_opérons|spl opérons]] <pre> 39.1%GC;30.6.19 Paris;16s 11;147;doubles;intercalaires ;Shewanella pealeana;;;; ;45136..46685;;16s;@1;339 ;47025..49946;;23s;;112 ;50059..50174;;5s;; ;;;;; ;51490..53039;;16s;;339 ;53379..56298;;23s;;114 ;56413..56528;;5s;; ;;;;; ;182271..183820;;16s;@2;71 ;183892..183968;;atc;;65 ;184034..184109;;gca;;364 ;184474..187395;;23s;;112 ;187508..187623;;5s;;100 ;187724..187800;;gac;; ;;;;; ;191614..191689;;aca;;8 ;191698..191782;;tac;;35 ;191818..191891;;gga;; ;;;;; ;235182..236731;;16s;;374 ;237106..240025;;23s;;114 ;240140..240255;;5s;; ;;;;; ;243631..245180;;16s;;338 ;245519..248440;;23s;;113 ;248554..248669;;5s;;68 ;248738..248813;;acc;;17 ;248831..248946;;5s;; ;;;;; ;416766..416842;;cgg;;39 ;416882..416957;;cac;;41 ;416999..417075;;cca;+;58 ;417134..417210;;cca;2 cca; ;;;;; ;493711..495260;;16s;;339 ;495600..498519;;23s;;114 ;498634..498749;;5s;; ;;;;; ;641376..641466;;tca;@3;1172 ;642639..642729;;tca;; ;;;;; ;645847..647396;;16s;;71 ;647468..647544;;atc;;65 ;647610..647685;;gca;;329 ;648015..650937;;23s;;156 ;651094..651209;;5s;; ;;;;; ;728115..728199;;ttg;; ;;;;; comp;1168942..1169018;;atgi;; ;;;;; comp;1339706..1339781;;aca;+;52 comp;1339834..1339909;;ttc;2 ttc;539 comp;1340449..1340524;;aca;2 aca;52 comp;1340577..1340652;;ttc;; ;;;;; comp;1342467..1342542;;aca;;52 comp;1342595..1342670;;ttc;; ;;;;; ;1456724..1456815;;agc;;21 ;1456837..1456913;;cgt;+;30 ;1456944..1457020;;cgt;7 cgt;32 ;1457053..1457129;;cgt;3 agc;30 ;1457160..1457236;;cgt;;33 ;1457270..1457346;;cgt;;9 ;1457356..1457447;;agc;;76 ;1457524..1457600;;cgt;;35 ;1457636..1457712;;cgt;;9 ;1457722..1457813;;agc;; ;;;;; comp;1627363..1627438;;agg;; ;;;;; comp;1770483..1770558;;gta;+;37 comp;1770596..1770671;;gta;11 gta;37 comp;1770709..1770784;;gta;;37 comp;1770822..1770897;;gta;;37 comp;1770935..1771010;;gta;;37 comp;1771048..1771123;;gta;;37 comp;1771161..1771236;;gta;;37 comp;1771274..1771349;;gta;;37 comp;1771387..1771462;;gta;;37 comp;1771500..1771575;;gta;;39 comp;1771615..1771690;;gta;; ;;;;; ;1773910..1773985;;gcc;+;80 ;1774066..1774141;;gaa;13 gaa;102 ;1774244..1774319;;gaa;2 gcc;102 ;1774422..1774497;;gaa;;102 ;1774600..1774675;;gaa;;102 ;1774778..1774853;;gaa;;102 ;1774956..1775031;;gaa;;102 ;1775134..1775209;;gaa;;102 ;1775312..1775387;;gaa;;253 ;1775641..1775716;;gaa;;102 ;1775819..1775894;;gaa;;102 ;1775997..1776072;;gaa;;102 ;1776175..1776250;;gaa;;102 ;1776353..1776428;;gaa;;47 ;1776476..1776551;;gcc;; ;;;;; ;2081297..2082846;;16s;;338 ;2083185..2086104;;23s;;114 ;2086219..2086334;;5s;; ;;;;; comp;2143274..2143350;;ccc;; ;;;;; comp;2366164..2366240;;atgf;+;40 comp;2366281..2366357;;atgf;4 atgf;40 comp;2366398..2366474;;atgf;;40 comp;2366515..2366591;;atgf;; ;;;;; ;2376218..2376308;;tca;; ;;;;; ;2379767..2379842;;ggc;;13 ;2379856..2379929;;tgc;;85 ;2380015..2380100;;tta;; ;;;;; ;2550857..2550932;;ggc;;13 ;2550946..2551019;;tgc;+;95 ;2551115..2551200;;tta;3 tgc;634 ;2551835..2551908;;tgc;3 tta;95 ;2552004..2552089;;tta;;479 ;2552569..2552642;;tgc;;132 ;2552775..2552860;;tta;; ;;;;; ;2558019..2558109;;tca;; ;;;;; comp;2717566..2717655;;tcc;; ;;;;; comp;2759730..2759806;;atgf;+;189 comp;2759996..2760072;;atgf;4 atgf;45 comp;2760118..2760194;;gtc;2 gtc;2 comp;2760197..2760273;;atgf;;35 comp;2760309..2760385;;gtc;;13 comp;2760399..2760475;;atgf;; ;;;;; ;2858823..2858907;;tac;+;30 ;2858938..2859022;;tac;5 tac;85 ;2859108..2859192;;tac;;107 ;2859300..2859384;;tac;;107 ;2859492..2859576;;tac;; ;;;;; ;2866268..2866343;;aac;+;45 ;2866389..2866464;;aac;7aac;41 ;2866506..2866581;;aac;;26 ;2866608..2866683;;aac;;32 ;2866716..2866791;;aac;;33 ;2866825..2866900;;aac;;40 ;2866941..2867016;;aac;; ;;;;; comp;2929429..2929505;;gac;+;97 comp;2929603..2929679;;gac;4 gac;97 comp;2929777..2929853;;gac;;83 comp;2929937..2930013;;gac;; ;;;;; comp;3120289..3120364;;aaa;+;58 comp;3120423..3120498;;aaa;12 aaa;58 comp;3120557..3120632;;aaa;;58 comp;3120691..3120766;;aaa;;59 comp;3120826..3120901;;aaa;;57 comp;3120959..3121034;;aaa;;58 comp;3121093..3121168;;aaa;;58 comp;3121227..3121302;;aaa;;59 comp;3121362..3121437;;aaa;;58 comp;3121496..3121571;;aaa;;59 comp;3121631..3121706;;aaa;;59 comp;3121766..3121841;;aaa;; ;;;;; comp;3269860..3269935;;cac;;8 comp;3269944..3270020;;aga;;63 comp;3270084..3270160;;cca;; ;;;;; comp;3757983..3758059;;atgf;; comp;3758163..3758249;;ctc;; ;;;;; comp;3835257..3835331;;caa;+;51 comp;3835383..3835467;;cta;5 caa;131 comp;3835599..3835673;;caa;5 cta;20 comp;3835694..3835778;;cta;3 atg;96 comp;3835875..3835949;;caa;;49 comp;3835999..3836083;;cta;;211 comp;3836295..3836371;;atg;;5 comp;3836377..3836451;;caa;;47 comp;3836499..3836583;;cta;;55 comp;3836639..3836715;;atg;;5 comp;3836721..3836795;;caa;;47 comp;3836843..3836927;;cta;;55 comp;3836983..3837059;;atg;; ;;;;; comp;3862885..3862961;;tgg;+;167 comp;3863129..3863205;;tgg;2 tgg; ;;;;; comp;3867049..3867164;;5s;;114 comp;3867279..3870198;;23s;;338 comp;3870537..3872086;;16s;; ;;;;; ;3882154..3882229;;ttc;; ;;;;; comp;4331488..4331563;;ggc;+;130 comp;4331694..4331769;;ggc;6 ggc;47 comp;4331817..4331892;;ggc;;162 comp;4332055..4332130;;ggc;;16 comp;4332147..4332222;;ggc;;48 comp;4332271..4332346;;ggc;; ;;;;; comp;4616881..4616996;;5s;;112 comp;4617109..4620030;;23s;;364 comp;4620395..4620470;;gca;;65 comp;4620536..4620612;;atc;;71 comp;4620684..4622233;;16s;; ;;;;; comp;5129770..5129846;;gac;;100 comp;5129947..5130062;;5s;;115 comp;5130178..5133097;;23s; ;339 comp;5133437..5134986;;16s;; </pre> ====spl cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_cumuls|spl cumuls]] <pre> spl cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;0;;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;6;20;12;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;27;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;2;60;28;;150;;60;;400; ;max a;3;80;3;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;8;;250;;100;;600; ;spéciaux;0;120;13;;300;;120;;700; ;total aas;9;140;3;;350;;140;;800; sans ;opérons;29;160;0;;400;;160;;900; ;1 aa;8;180;2;;450;;180;;1000; ;max a;15;200;1;;500;;200;;1100; ;a doubles;15;;6;;;;;;; ;total aas;133;;103;;;0;;0;;0 total aas;;142;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;88;;;;;;; ;;;variance;143;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;58;;;;;;; ;;;variance;35;;;;;;; </pre> ====spl blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_blocs|spl blocs]] <pre> spl blocs;;;;;;; 16s;339;339;374;339;338;338; 23s;112;114;114;114;114;114; 5s;;;;;;; ;;;;;;; 16s;71;71;71;16s;338;16s;339 atc;65;65;65;23s;113;23s;115 gca;364;329;364;5s;68;5s;100 23s;112;156;112;acc;17;gac; 5s;100;;;5s;;; gac;;;;;;; </pre> ====spl distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_distribution|spl distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;2 gac;ttc;3;tcc;;tac;;tgc;4;cca2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;cca2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;3;tac5;atc;;acc;;aac;7;agc;;tac5;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;7;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;séquences;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;8;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;(aca ttc)2;tta;4;tca;;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;2;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;(tgc tta)3;ata;;aca;4;aaa;;aga;1;gaa13;ata;;aca;;aaa;12;aga;;gaa13;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;(atf gtc)2;cta;5;cca;1;caa;5;cga;;atgf4+2;cta;;cca;2;caa;;cga;;atgf4+2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;(caa cta atgj)3 ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;cgt5+2;gta;11;gca;;gaa;13;gga;;cgt5+2;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;ou;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;1;(caa cta)5;atgj;3;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total spl;;8;;;;;8;;spl;46;;;;;;46;;spl;79;;;;;;79;;spl;;;;3;;;3 </pre> ====spl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_données_intercalaires|spl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;5s CDS;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;spl;fx;fc;spl;fx40;fc40;spl;x-;c-;c;x;c;x;;c;x;;c;x; 1;0;0;1;17;0;1;17;-1;;126;606;234;16s 23s;;;tRNA tRNA;;suite;tRNA tRNA;;suite ;0;10;8;284;1;0;46;-2;2;0;195;236;4* 349;;;37;;gta;45;;aac ;0;20;19;193;2;0;53;-3;;0;155;320;384;;;37;;gta;41;;aac ;0;30;13;120;3;1;29;-4;5;136;789;-23;3* 348;;;37;;gta;26;;aac 1;0;40;29;86;4;0;22;-5;;0;695;286;5s CDS;;;37;;gta;32;;aac ;0;50;17;74;5;1;16;-6;;0;220;330;703;339;;37;;gta;33;;aac ;0;60;39;80;6;2;13;-7;;10;441;117;727;454;;37;;gta;40;;aac ;0;70;50;72;7;2;14;-8;2;46;913;500;;768;;37;;gta;**;;aac ;0;80;68;100;8;1;29;-9;;0;1058;545;;304;;37;;gta;97;;gac ;1;90;53;92;9;1;29;-10;;8;581;34;;454;;37;;gta;97;;gac 1;0;100;56;90;10;0;33;-11;;28;176;705;;798;;39;;gta;83;;gac ;1;110;38;64;11;2;27;-12;;0;257;977;16s tRNA;;;**;;gta;**;;gac 1;2;120;54;73;12;1;35;-13;;5;104;136;3* 74;;atc;80;;gcc;58;;aaa ;1;130;44;84;13;3;20;-14;;15;134;383;tRNA 23s;;;102;;gaa;58;;aaa 1;1;140;26;56;14;1;29;-15;1;0;455;254;371;;gca;102;;gaa;58;;aaa ;0;150;27;51;15;5;15;-16;;3;216;545;336;;gca;102;;gaa;59;;aaa ;4;160;30;52;16;0;10;-17;1;8;152;184;371;;gca;102;;gaa;57;;aaa ;1;170;31;49;17;3;13;-18;;0;530;98;5s tRNA;;;102;;gaa;58;;aaa ;3;180;36;53;18;2;20;-19;;1;595;291;100;;gac;102;;gaa;58;;aaa 2;1;190;24;43;19;1;14;-20;;7;89;1011;68;;acc;102;;gaa;59;;aaa ;3;200;34;36;20;1;10;-21;;0;178;465;100;;gac;253;;gaa;58;;aaa ;0;210;24;37;21;2;12;-22;;0;192;289;tRNA 5s;;;102;;gaa;59;;aaa ;2;220;25;39;22;1;12;-23;;4;353;187;17;;acc;102;;gaa;59;;aaa ;0;230;25;33;23;0;13;-24;;0;315;;tRNA tRNA;;intra;102;;gaa;**;;aaa 2;0;240;27;32;24;4;19;-25;;0;187;;3* 65;;atc gca;102;;gaa;8;;cac ;0;250;23;25;25;3;3;-26;;2;572;;tRNA tRNA;;;47;;gaa;63;;aga 1;2;260;22;30;26;0;9;-27;;0;124;;8;;aca;**;;gcc;**;;cca ;0;270;23;31;27;2;21;-28;;1;830;;35;;tac;40;;atgf;103;;atgf ;0;280;24;23;28;0;9;-29;;2;193;;**;;gga;40;;atgf;**;;ctc 2;0;290;27;29;29;1;11;-30;;0;255;;39;;cgg;40;;atgf;51;;caa 1;0;300;21;23;30;0;11;-31;;0;157;;41;;cac;**;;atgf;131;;cta ;0;310;18;18;31;3;17;-32;;3;114;;58;;cca;13;;ggc;20;;caa 1;1;320;16;19;32;4;9;-33;;0;162;;**;;cca;85;;tgc;96;;cta 1;0;330;11;18;33;3;8;-34;;1;495;;1172;;tca;**;;tta;49;;caa ;0;340;16;20;34;5;9;-35;;0;180;;**;;tca;13;;ggc;211;;cta ;0;350;13;17;35;2;8;-36;;0;160;;52;;aca;95;;tgc;5;;atgj ;1;360;14;16;36;1;6;-37;;0;663;;539;;ttc;634;;tta;47;;caa ;0;370;15;22;37;4;6;-38;;1;113;;52;;aca;95;;tgc;55;;cta ;0;380;10;9;38;5;10;-39;;0;427;;**;;ttc;479;;tta;5;;atgj 1;0;390;14;10;39;1;7;-40;;0;CDS 16s ;;52;;aca;132;;tgc;47;;caa ;0;400;10;9;40;1;6;-41;;1;647;614;**;;ttc;**;;tta;55;;cta 7;15;reste;230;253;reste;1235;1782;-42;;0;988;687;21;;agc;128;;cat;**;;atgj 23;39;total;1305;2482;total;1305;2482;-43;;1;876;1908;30;;cgt;128;;cat;167;;tgg 15;24;diagr;1074;2212;diagr;69;683;-44;;0;206;1178;32;;cgt;189;;atgf;**;;tgg 0;0; t30;40;597;;;;-45;;0;611;807;30;;cgt;45;;atgf;20;;ggc ;;;;;;;;-46;;0;5s 16s;;33;;cgt;2;;gtc;13;;ggt ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;1319;;9;;cgt;35;;atgf;47;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;23s 5s;;76;;agc;13;;gtc;47;;ggc ;x;1304;12;1;1317;;;-49;;0;8* 132;;35;;cgt;**;;atgf;15;;ggt ;c;2465;414;17;2896;;;-50;;0;2* 133;;9;;cgt;30;;tac;16;;ggc ;;;;;4213;253;;reste;1;5;177;;**;;agc;85;;tac;48;;ggc ;;;;;;4466;;total;12;414;;;;;;107;;tac;**;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;107;;tac;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tac;;; </pre> =====spl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires_aas|spl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;spl;;;;; deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;43968;44525;614;*; ;;rRNA;45140;46682;349;*;16s ;;rRNA;47032;49926;132;*;23s ;;rRNA;50059;50174;1319;*;5s ;;rRNA;51494;53036;349;*;16s ;;rRNA;53386;56280;132;*;23s ;;rRNA;56413;56528;339;*;5s fin;comp;CDS;56868;57011;;; deb;comp;CDS;146328;146498;-16;*; ;comp;regulatory;146483;146744;188;*; fin;;CDS;146933;149083;;; deb;comp;CDS;181132;181587;687;*; ;;rRNA;182275;183817;74;*;16s ;;tRNA;183892;183968;65;*;atc ;;tRNA;184034;184109;371;*;gca ;;rRNA;184481;187375;132;*;23s ;;rRNA;187508;187623;100;*;5s ;;tRNA;187724;187800;606;*;gac fin;;CDS;188407;189432;;; deb;comp;CDS;190429;191379;234;*; ;;tRNA;191614;191689;8;*;aca ;;tRNA;191698;191782;35;*;tac ;;tRNA;191818;191891;195;*;gga fin;;CDS;192087;193271;;; deb;;CDS;233942;234538;647;*; ;;rRNA;235186;236728;384;*;16s ;;rRNA;237113;240007;132;*;23s ;;rRNA;240140;240255;454;*;5s deb;comp;CDS;240710;241726;1908;*; ;;rRNA;243635;245177;348;*;16s ;;rRNA;245526;248420;133;*;23s ;;rRNA;248554;248669;68;*;5s ;;tRNA;248738;248813;17;*;acc ;;rRNA;248831;248946;703;*;5s fin;;CDS;249650;250924;;0; deb;;CDS;282426;283268;135;*; ;;ncRNA;283404;283755;313;*; fin;comp;CDS;284069;285322;;; deb;comp;CDS;413908;416529;236;*; ;;tRNA;416766;416842;39;*;cgg ;;tRNA;416882;416957;41;*;cac ;;tRNA;416999;417075;58;*;cca ;;tRNA;417134;417210;320;*;cca fin;comp;CDS;417531;419450;;; deb;comp;CDS;492003;492536;1178;*; ;;rRNA;493715;495257;349;*;16s ;;rRNA;495607;498501;132;*;23s ;;rRNA;498634;498749;768;*;5s fin;comp;CDS;499518;500534;;; deb;;CDS;550745;552652;-23;*; ;comp;tRNA;552630;552724;286;*;tga fin;;CDS;553011;553874;;; deb;;CDS;640018;641220;155;*; ;;tRNA;641376;641466;1172;*;tca ;;tRNA;642639;642729;789;*;tca deb;;CDS;643519;644862;988;*; ;;rRNA;645851;647393;74;*;16s ;;tRNA;647468;647544;65;*;atc ;;tRNA;647610;647685;336;*;gca ;;rRNA;648022;650916;177;*;23s ;;rRNA;651094;651209;727;*;5s fin;;CDS;651937;653757;;0; deb;comp;CDS;727650;727784;330;*; ;;tRNA;728115;728199;695;*;ttg fin;;CDS;728895;730808;;0; deb;;CDS;878528;879232;406;*; ;;regulatory;879639;879784;204;*; fin;;CDS;879989;881359;;; deb;;CDS;1166653;1168824;117;*; ;comp;tRNA;1168942;1169018;220;*;atgi fin;comp;CDS;1169239;1171089;;; deb;;CDS;1284512;1284730;-193;*; ;comp;misc_f;1284538;1284656;121;*; fin;comp;CDS;1284778;1285140;;0; deb;;CDS;1337892;1339205;500;*; ;comp;tRNA;1339706;1339781;52;*;aca ;comp;tRNA;1339834;1339909;539;*;ttc ;comp;tRNA;1340449;1340524;52;*;aca ;comp;tRNA;1340577;1340652;545;*;ttc deb;;CDS;1341198;1342432;34;*; ;comp;tRNA;1342467;1342542;52;*;aca ;comp;tRNA;1342595;1342670;441;*;ttc fin;comp;CDS;1343112;1343390;;; deb;;CDS;1455613;1455810;913;*; ;;tRNA;1456724;1456815;21;*;agc ;;tRNA;1456837;1456913;30;*;cgt ;;tRNA;1456944;1457020;32;*;cgt ;;tRNA;1457053;1457129;30;*;cgt ;;tRNA;1457160;1457236;33;*;cgt ;;tRNA;1457270;1457346;9;*;cgt ;;tRNA;1457356;1457447;76;*;agc ;;tRNA;1457524;1457600;35;*;cgt ;;tRNA;1457636;1457712;9;*;cgt ;;tRNA;1457722;1457813;1058;*;agc fin;;CDS;1458872;1459117;;; deb;comp;CDS;1564741;1565973;165;*; ;comp;tmRNA;1566139;1566494;110;*; fin;comp;CDS;1566605;1567099;;0; deb;comp;CDS;1625951;1626781;581;*; ;comp;tRNA;1627363;1627438;176;*;agg fin;comp;CDS;1627615;1628784;;0; deb;comp;CDS;1769998;1770225;257;*; ;comp;tRNA;1770483;1770558;37;*;gta ;comp;tRNA;1770596;1770671;37;*;gta ;comp;tRNA;1770709;1770784;37;*;gta ;comp;tRNA;1770822;1770897;37;*;gta ;comp;tRNA;1770935;1771010;37;*;gta ;comp;tRNA;1771048;1771123;37;*;gta ;comp;tRNA;1771161;1771236;37;*;gta ;comp;tRNA;1771274;1771349;37;*;gta ;comp;tRNA;1771387;1771462;37;*;gta ;comp;tRNA;1771500;1771575;39;*;gta ;comp;tRNA;1771615;1771690;705;*;gta deb;;CDS;1772396;1773805;104;*; ;;tRNA;1773910;1773985;80;*;gcc ;;tRNA;1774066;1774141;102;*;gaa ;;tRNA;1774244;1774319;102;*;gaa ;;tRNA;1774422;1774497;102;*;gaa ;;tRNA;1774600;1774675;102;*;gaa ;;tRNA;1774778;1774853;102;*;gaa ;;tRNA;1774956;1775031;102;*;gaa ;;tRNA;1775134;1775209;102;*;gaa ;;tRNA;1775312;1775387;253;*;gaa ;;tRNA;1775641;1775716;102;*;gaa ;;tRNA;1775819;1775894;102;*;gaa ;;tRNA;1775997;1776072;102;*;gaa ;;tRNA;1776175;1776250;102;*;gaa ;;tRNA;1776353;1776428;47;*;gaa ;;tRNA;1776476;1776551;977;*;gcc fin;comp;CDS;1777529;1779358;;0; deb;comp;CDS;1928606;1930189;113;*; ;comp;misc_f;1930303;1930412;474;*; fin;;CDS;1930887;1931621;;; deb;;CDS;2079870;2080424;876;*; ;;rRNA;2081301;2082843;348;*;16s ;;rRNA;2083192;2086086;132;*;23s ;;rRNA;2086219;2086334;304;*;5s fin;comp;CDS;2086639;2087564;;; deb;;CDS;2142913;2143137;136;*; ;comp;tRNA;2143274;2143350;134;*;ccc fin;comp;CDS;2143485;2145269;;; deb;;CDS;2225993;2226382;125;*; ;;regulatory;2226508;2226638;52;*; fin;;CDS;2226691;2228829;;; deb;comp;CDS;2365103;2365708;455;*; ;comp;tRNA;2366164;2366240;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366281;2366357;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366398;2366474;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366515;2366591;383;*;atgf fin;;CDS;2366975;2369110;;; deb;comp;CDS;2374251;2375963;254;*; ;;tRNA;2376218;2376308;216;*;tca fin;;CDS;2376525;2377169;;; deb;;CDS;2379066;2379614;152;*; ;;tRNA;2379767;2379842;13;*;ggc ;;tRNA;2379856;2379929;85;*;tgc ;;tRNA;2380015;2380100;530;*;tta fin;;CDS;2380631;2381200;;; deb;;CDS;2548825;2550261;595;*; ;;tRNA;2550857;2550932;13;*;ggc ;;tRNA;2550946;2551019;95;*;tgc ;;tRNA;2551115;2551200;634;*;tta ;;tRNA;2551835;2551908;95;*;tgc ;;tRNA;2552004;2552089;479;*;tta ;;tRNA;2552569;2552642;132;*;tgc ;;tRNA;2552775;2552860;545;*;tta fin;comp;CDS;2553406;2553735;;; deb;;CDS;2556685;2557929;89;*; ;;tRNA;2558019;2558109;184;*;tca fin;comp;CDS;2558294;2559073;;; deb;;CDS;2716829;2717467;98;*; ;comp;tRNA;2717566;2717655;178;*;tcc fin;comp;CDS;2717834;2719828;;; deb;comp;CDS;2758794;2759069;192;*; ;comp;tRNA;2759262;2759367;128;*;cat ;comp;tRNA;2759496;2759601;128;*;cat ;comp;tRNA;2759730;2759806;189;*;atgf ;comp;tRNA;2759996;2760072;45;*;atgf ;comp;tRNA;2760118;2760194;2;*;gtc ;comp;tRNA;2760197;2760273;35;*;atgf ;comp;tRNA;2760309;2760385;13;*;gtc ;comp;tRNA;2760399;2760475;353;*;atgf fin;comp;CDS;2760829;2762043;;; deb;comp;CDS;2858049;2858531;291;*; ;;tRNA;2858823;2858907;30;*;tac ;;tRNA;2858938;2859022;85;*;tac ;;tRNA;2859108;2859192;107;*;tac ;;tRNA;2859300;2859384;107;*;tac ;;tRNA;2859492;2859576;315;*;tac fin;;CDS;2859892;2860968;;0; deb;comp;CDS;2863253;2865256;1011;*; ;;tRNA;2866268;2866343;45;*;aac ;;tRNA;2866389;2866464;41;*;aac ;;tRNA;2866506;2866581;26;*;aac ;;tRNA;2866608;2866683;32;*;aac ;;tRNA;2866716;2866791;33;*;aac ;;tRNA;2866825;2866900;40;*;aac ;;tRNA;2866941;2867016;187;*;aac fin;;CDS;2867204;2869120;;; deb;comp;CDS;2904901;2906862;188;*; ;comp;regulatory;2907051;2907149;230;*; fin;comp;CDS;2907380;2908291;;0; deb;comp;CDS;2926979;2928856;572;*; ;comp;tRNA;2929429;2929505;97;*;gac ;comp;tRNA;2929603;2929679;97;*;gac ;comp;tRNA;2929777;2929853;83;*;gac ;comp;tRNA;2929937;2930013;124;*;gac fin;comp;CDS;2930138;2931472;;; deb;comp;CDS;3118298;3119458;830;*; ;comp;tRNA;3120289;3120364;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120423;3120498;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120557;3120632;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120691;3120766;59;*;aaa ;comp;tRNA;3120826;3120901;57;*;aaa ;comp;tRNA;3120959;3121034;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121093;3121168;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121227;3121302;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121362;3121437;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121496;3121571;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121631;3121706;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121766;3121841;193;*;aaa fin;comp;CDS;3122035;3122760;;; deb;;CDS;3243130;3243747;634;*; ;comp;ncRNA;3244382;3244478;176;*; fin;comp;CDS;3244655;3244972;;0; deb;comp;CDS;3268300;3269604;255;*; ;comp;tRNA;3269860;3269935;8;*;cac ;comp;tRNA;3269944;3270020;63;*;aga ;comp;tRNA;3270084;3270160;465;*;cca fin;;CDS;3270626;3271480;;0; deb;comp;CDS;3757370;3757825;157;*; ;comp;tRNA;3757983;3758059;103;*;atgf ;comp;tRNA;3758163;3758249;114;*;ctc fin;comp;CDS;3758364;3758699;;; deb;comp;CDS;3834636;3835094;162;*; ;comp;tRNA;3835257;3835331;51;*;caa ;comp;tRNA;3835383;3835467;131;*;cta ;comp;tRNA;3835599;3835673;20;*;caa ;comp;tRNA;3835694;3835778;96;*;cta ;comp;tRNA;3835875;3835949;49;*;caa ;comp;tRNA;3835999;3836083;211;*;cta ;comp;tRNA;3836295;3836371;5;*;atgj ;comp;tRNA;3836377;3836451;47;*;caa ;comp;tRNA;3836499;3836583;55;*;cta ;comp;tRNA;3836639;3836715;5;*;atgj ;comp;tRNA;3836721;3836795;47;*;caa ;comp;tRNA;3836843;3836927;55;*;cta ;comp;tRNA;3836983;3837059;495;*;atgj fin;comp;CDS;3837555;3838646;;; deb;comp;CDS;3862357;3862704;180;*; ;comp;tRNA;3862885;3862961;167;*;tgg ;comp;tRNA;3863129;3863205;160;*;tgg fin;comp;CDS;3863366;3864334;;; deb;;CDS;3865578;3866594;454;*; ;comp;rRNA;3867049;3867164;132;*;5s ;comp;rRNA;3867297;3870191;348;*;23s ;comp;rRNA;3870540;3872082;807;*;16s fin;;CDS;3872890;3873405;;0; deb;comp;CDS;3879732;3881864;289;*; ;;tRNA;3882154;3882229;187;*;ttc fin;comp;CDS;3882417;3884279;;0; deb;comp;CDS;3930329;3932182;122;*; ;comp;regulatory;3932305;3932527;233;*; fin;comp;CDS;3932761;3933408;;0; deb;;CDS;4051244;4051564;82;*; ;;ncRNA;4051647;4051828;251;*; fin;comp;CDS;4052080;4052250;;; deb;comp;CDS;4130284;4131048;211;*; ;comp;regulatory;4131260;4131412;506;*; fin;comp;CDS;4131919;4132536;;0; deb;;CDS;4146436;4146708;183;*; ;;regulatory;4146892;4146991;94;*; fin;;CDS;4147086;4148081;;0; deb;comp;CDS;4330369;4330824;663;*; ;comp;tRNA;4331488;4331563;20;*;ggc ;comp;tRNA;4331584;4331680;13;*;ggt ;comp;tRNA;4331694;4331769;47;*;ggc ;comp;tRNA;4331817;4331892;47;*;ggc ;comp;tRNA;4331940;4332039;15;*;ggt ;comp;tRNA;4332055;4332130;16;*;ggc ;comp;tRNA;4332147;4332222;48;*;ggc ;comp;tRNA;4332271;4332346;113;*;ggc fin;comp;CDS;4332460;4333005;;0; deb;comp;CDS;4446808;4448991;66;*; ;comp;regulatory;4449058;4449140;441;*; fin;;CDS;4449582;4449893;;; deb;comp;CDS;4452358;4453668;212;*; ;;regulatory;4453881;4453980;104;*; fin;;CDS;4454085;4455455;;0; deb;;CDS;4615072;4616082;798;*; ;comp;rRNA;4616881;4616996;132;*;5s ;comp;rRNA;4617129;4620023;371;*;23s ;comp;tRNA;4620395;4620470;65;*;gca ;comp;tRNA;4620536;4620612;74;*;atc ;comp;rRNA;4620687;4622229;206;*;16s fin;comp;CDS;4622436;4623133;;; deb;comp;CDS;5003438;5004418;-13;*; ;comp;regulatory;5004406;5004542;257;*; fin;;CDS;5004800;5006449;;0; deb;comp;CDS;5129088;5129342;427;*; ;comp;tRNA;5129770;5129846;100;*;gac ;comp;rRNA;5129947;5130062;133;*;5s ;comp;rRNA;5130196;5133090;349;*;23s ;comp;rRNA;5133440;5134982;611;*;16s fin;comp;CDS;5135594;5137015;;0; </pre> ====spl intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_entre_cds|spl intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> spl;31.1.21 Paris;NCBI;spl 24-9-2020;;;;;;;;; spl;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;426;10.1;'''négatif ;-7;10;-1 à -98;'''5 174 581;-1;426;610;5 ;'''zéro;18;0.4;;;;;'''intercals;0;18;620;10 ;'''1 à 200;2448;58.1;'''0 à 200;82;58;;'''730 981;5;168;630;7 ;'''201 à 370;776;18.4;'''201 à 370;274;48;;'''14.1%;10;124;640;6 ;'''371 à 600;378;9.0;'''371 à 600;462;62;;;15;138;650;6 ;'''601 à max;167;4.0;'''601 à 1028;849;331;;;20;74;660;6 ;'''total 4213;<201;68.6;'''total 4213;173;207;-98 à 3180;;25;69;670;7 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;64;680;6 3787762;3180;-1;426;-70;2;;0;18;35;68;690;3 2676990;2727;0;18;-60;0;;-1;°126;40;47;700;5 4795292;1942;1;°46;-50;4;;-2;2;45;49;710;6 3628609;1722;2;°53;-40;2;;-3;0;50;42;720;6 1384243;1674;3;°30;-30;5;'''min à -1;-4;°141;55;52;730;2 5168395;1593;4;22;-20;16;426;-5;0;60;67;740;7 1692692;1489;5;17;-10;70;10.1%;-6;0;65;56;750;4 4989087;1401;6;15;0;345;;-7;10;70;66;760;1 5017524;1331;7;16;10;292;;-8;°48;75;77;770;3 1530827;1329;8;°30;20;212;;-9;0;80;91;780;3 4000859;1318;9;°30;30;133;;-10;8;85;67;790;4 1999942;1254;10;°33;40;115;'''1 à 100;-11;°28;90;78;800;4 1605218;1225;11;°29;50;91;1561;-12;0;95;65;810;2 897237;1221;12;°36;60;119;37.1%;-13;5;100;81;820;3 1570703;1178;13;23;70;122;;-14;°15;105;41;830;1 4927424;1166;14;°30;80;168;;-15;1;110;61;840;3 1817514;1161;15;20;90;145;;-16;3;115;52;850;2 3532660;1157;16;10;100;146;;-17;°9;120;75;860;1 1716642;1154;17;16;110;102;;-18;0;125;64;870;4 1413389;1150;18;°22;120;127;;-19;1;130;64;880;2 2276940;1141;19;15;130;128;;-20;°7;135;37;890;3 600202;1140;20;11;140;82;;-21;0;140;45;900;1 1996502;1103;21;°14;150;78;;-22;0;145;45;910;2 3325479;1046;22;13;160;82;;-23;°4;150;33;920;2 223647;1016;23;13;170;80;'''1 à 200;-24;0;155;43;930;1 3589524;1016;24;°23;180;89;2448;-25;0;160;39;940;3 967539;1009;25;6;190;67;58.1%;-26;°2;165;42;950;3 4112640;1007;26;9;200;70;;-27;0;170;38;960;3 4903734;975;27;°23;210;61;;-28;1;175;45;970;1 3472661;968;28;9;220;64;;-29;°2;180;44;980;1 750412;959;29;12;230;58;;-30;0;185;34;990;0 2804938;959;30;11;240;59;;-31;0;190;33;1000;0 2670476;957;31;°20;250;48;;-32;°3;195;35;1010;2 2620635;946;32;13;260;52;;;434;200;35;1020;2 2967190;944;33;11;270;54;;reste;10;205;33;1030;0 4243039;944;34;°14;280;47;'''0 à 200;total;444;210;28;1040;0 2002234;937;35;10;290;56;2466;;;215;23;1050;1 3578230;936;36;7;300;44;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;41;1060;0 4121391;933;37;°10;310;36;;600;4046;225;35;1070;0 1500535;926;38;°15;320;35;;650;34;230;23;1080;0 4952031;915;39;8;330;29;;700;27;235;32;1090;0 2490814;912;40;7;340;36;'''201 à 370;750;25;240;27;1100;0 2028503;909;reste;3017;350;30;776;800;15;245;25;1110;1 4150415;904;total;4213;360;30;18.4%;850;11;250;23;1120;0 2127775;897;;;370;37;;900;11;255;26;1130;0 1003095;887;;;380;19;;950;11;260;26;1140;1 2921392;885;;;390;24;;1000;5;265;31;1150;2 2262088;884;;;400;19;;1050;5;270;23;1160;2 2877064;877;;;410;32;;1100;0;275;24;1170;2 4984821;874;;;420;31;;1150;4;280;23;1180;1 4474909;866;;;430;24;;1200;5;285;30;1190;0 1417740;865;;;440;20;;1250;2;290;26;1200;0 4759907;862;;;450;20;;1300;1;295;19;reste;14 3297697;861;;;460;20;;1350;3;300;25;total;167 ;;;;470;19;;1400;0;305;20;; ;;;;480;12;;1450;1;310;16;; '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;490;12;;1500;1;315;20;; 4734113;-98;shift2;629;500;19;;1550;0;320;15;; 4557422;-77;shift2;764;510;13;;1600;1;325;15;; 2893452;-56;shift2;1688;520;14;;1650;0;330;14;; 4567483;-53;shift2;4142;530;12;;1700;1;335;17;; 5067715;-53;shift2;2369;540;12;'''371 à 600;1750;1;340;19;; 4015714;-52;comp;;550;9;378;1800;0;345;15;; 1735201;-43;shift2;;560;11;9.0%;1850;0;350;15;; 1578876;-41;shift2;;570;15;;1900;0;355;15;; 164778;-38;shift2;;580;7;'''601 à max;1950;1;360;15;; 5173629;-34;shift2;;590;7;167;;165;365;19;; 73781;-32;shift2;;600;7;4.0%;;;370;18;; 2497076;-32;shift2;;reste;167;;reste;2;reste;545;; 2892533;-32;shift2;;total;4213;;total;4213;total;4213;; </pre> ====spl intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> spl. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; ;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; spl;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;47;-333;594;7.7;611;236;max80;-47;363;-934;95;806;257;min50 31 à 400;-;-;-;-;-;-;;10.3;-50;-57;43;915;162;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;59;37;-;275;poly;336;tF;158;57;;614;poly;192;SF 31 à 400;;;;;;;;106;43;-;885;dte;30;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;-0.342;;;;; 41-n;0.884;0.735;0.784;;;;;;;;;;; 1-n;0.172;-0.353;-0.202;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; spl;fx;fc;;spl;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;spl;Sx-;Sc- 0;1;17;;0;1;8;0;1;17;>0;1300;-1;0;126 10;8;284;;10;7;128;1;0;46;<0;12;-2;2;0 20;19;193;;20;18;87;2;0;53;zéro;1;-3;0;0 30;13;120;;30;12;54;3;1;29;total;1313;-4;5;136 40;29;86;;40;27;39;4;0;22;;c;-5;0;0 50;16;75;;50;15;34;5;1;16;>0;2469;-6;0;0 60;39;80;;60;36;36;6;2;13;<0;414;-7;0;10 70;50;72;;70;47;33;7;2;14;zéro;17;-8;2;46 80;67;101;;80;63;46;8;1;29;total;2900;-9;0;0 90;52;93;;90;49;42;9;1;29;;;-10;0;8 100;56;90;;100;52;41;10;0;33;;;-11;0;28 110;38;64;;110;35;29;11;2;27;;;-12;0;0 120;54;73;;120;50;33;12;1;35;;;-13;0;5 130;44;84;;130;41;38;13;3;20;;;-14;0;15 140;26;56;;140;24;25;14;1;29;;;-15;1;0 150;27;51;;150;25;23;15;5;15;;;-16;0;3 160;30;52;;160;28;23;16;0;10;;;-17;1;8 170;30;50;;170;28;23;17;3;13;;;-18;0;0 180;36;53;;180;34;24;18;2;20;;;-19;0;1 190;24;43;;190;22;19;19;1;14;;;-20;0;7 200;33;37;;200;31;17;20;1;10;;;-21;0;0 210;24;37;;210;22;17;21;2;12;;;-22;0;0 220;25;39;;220;23;18;22;1;12;;;-23;0;4 230;25;33;;230;23;15;23;0;13;;;-24;0;0 240;28;31;;240;26;14;24;4;19;;;-25;0;0 250;23;25;;250;21;11;25;3;3;;;-26;0;2 260;22;30;;260;21;14;26;0;9;;;-27;0;0 270;23;31;;270;21;14;27;2;21;;;-28;0;1 280;25;22;;280;23;10;28;0;9;;;-29;0;2 290;27;29;;290;25;13;29;1;11;;;-30;0;0 300;20;24;;300;19;11;30;0;11;;;-31;0;0 310;18;18;;310;17;8;31;3;17;;;-32;0;3 320;16;19;;320;15;9;32;4;9;;;-33;0;0 330;11;18;;330;10;8;33;3;8;;;-34;0;1 340;16;20;;340;15;9;34;5;9;;;-35;0;0 350;13;17;;350;12;8;35;2;8;;;-36;0;0 360;14;16;;360;13;7;36;1;6;;;-37;0;0 370;15;22;;370;14;10;37;4;6;;;-38;0;1 380;10;9;;380;9;4;38;5;10;;;-39;0;0 390;14;10;;390;13;5;39;1;7;;;-40;0;0 400;11;8;;400;10;4;40;1;6;;;-41;0;1 reste;229;254;;;;;reste;1231;1786;;;-42;0;0 total;1301;2486;;t30;37;270;total;1301;2486;;;-43;0;1 diagr;1071;2215;;t60;116;378;diagr;69;683;;;-44;0;0 - t30;1031;1618;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;947;1377;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;5 ;;;;;;;;;;;;total;12;414 ;;;;;;;;;;;;-52;1; </pre> ====spl intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_négatifs_S-|spl intercalaires négatifs S-]] 9.6.21 Paris <pre> spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;2;;5;;;;2;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;12 continu;126;0;0;136;0;0;10;46;0;8;28;0;5;15;0;3;8;0;1;7;0;0;4;0;0;2;0;1;2;0;0;3;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;5;414 </pre> *14.8.21 Paris <pre> 14.8.21 Paris;spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;5;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;12 ;Sc-;126;0;0;136;0;0;10;46;0;8;28;0;5;15;0;3;8;0;1;7;0;0;4;0;0;2;0;1;2;0;0;3;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;5;414 </pre> ====spl autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires|spl autres intercalaires]] <pre> spl;autres intercalaires;;adresses1;;;spl;autres intercalaires;;adresses2;;;spl;autres intercalaires;;adresses3;;;spl;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;43968;614;comp;;deb;°CDS;1337892;500;;;deb;°CDS;2379066;152;;;deb;°CDS;3757370;157;comp ;$rRNA;45140;349;;;;&tRNA;1339706;52;comp;;;&tRNA;2379767;13;;;;&tRNA;3757983;103;comp ;$rRNA;47032;132;;;;&tRNA;1339834;539;comp;;;&tRNA;2379856;85;;;;&tRNA;3758163;114;comp ;$rRNA;50059;1319;;;;&tRNA;1340449;52;comp;;;&tRNA;2380015;530;;;fin;°CDS;3758364;;comp ;$rRNA;51494;349;;;;&tRNA;1340577;545;comp;;fin;°CDS;2380631;;;;deb;°CDS;3834636;162;comp ;$rRNA;53386;132;;;deb;°CDS;1341198;34;;;deb;°CDS;2548825;595;;;;&tRNA;3835257;51;comp ;$rRNA;56413;339;;;;&tRNA;1342467;52;comp;;;&tRNA;2550857;13;;;;&tRNA;3835383;131;comp fin;°CDS;56868;;comp;;;&tRNA;1342595;441;comp;;;&tRNA;2550946;95;;;;&tRNA;3835599;20;comp deb;°CDS;146328;-16;comp;;fin;°CDS;1343112;;comp;;;&tRNA;2551115;634;;;;&tRNA;3835694;96;comp ;regulatory;146483;188;comp;;deb;°CDS;1455613;913;;;;&tRNA;2551835;95;;;;&tRNA;3835875;49;comp fin;°CDS;146933;;;;;&tRNA;1456724;21;;;;&tRNA;2552004;479;;;;&tRNA;3835999;211;comp deb;°CDS;181132;687;comp;;;&tRNA;1456837;30;;;;&tRNA;2552569;132;;;;&tRNA;3836295;5;comp ;$rRNA;182275;74;;;;&tRNA;1456944;32;;;;&tRNA;2552775;545;;;;&tRNA;3836377;47;comp ;&tRNA;183892;65;;;;&tRNA;1457053;30;;;fin;°CDS;2553406;;comp;;;&tRNA;3836499;55;comp ;&tRNA;184034;371;;;;&tRNA;1457160;33;;;deb;°CDS;2556685;89;;;;&tRNA;3836639;5;comp ;$rRNA;184481;132;;;;&tRNA;1457270;9;;;;&tRNA;2558019;184;;;;&tRNA;3836721;47;comp ;$rRNA;187508;100;;;;&tRNA;1457356;76;;;fin;°CDS;2558294;;comp;;;&tRNA;3836843;55;comp ;&tRNA;187724;606;;;;&tRNA;1457524;35;;;deb;°CDS;2716829;98;;;;&tRNA;3836983;495;comp fin;°CDS;188407;;;;;&tRNA;1457636;9;;;;&tRNA;2717566;178;;;fin;°CDS;3837555;;comp deb;°CDS;190429;234;comp;;;&tRNA;1457722;1058;;;fin;°CDS;2717834;;comp;;deb;°CDS;3862357;180;comp ;&tRNA;191614;8;;;fin;°CDS;1458872;;;;deb;°CDS;2758794;192;comp;;;&tRNA;3862885;167;comp ;&tRNA;191698;35;;;deb;°CDS;1564741;165;comp;;;&tRNA;2759262;128;comp;;;&tRNA;3863129;160;comp ;&tRNA;191818;195;;;;tmRNA;1566139;110;comp;;;&tRNA;2759496;128;comp;;fin;°CDS;3863366;;comp fin;°CDS;192087;;;;fin;°CDS;1566605;;comp;;;&tRNA;2759730;189;comp;;deb;°CDS;3865578;454; deb;°CDS;233942;647;;;deb;°CDS;1625951;581;comp;;;&tRNA;2759996;45;comp;;;$rRNA;3867049;132;comp ;$rRNA;235186;384;;;;&tRNA;1627363;176;comp;;;&tRNA;2760118;2;comp;;;$rRNA;3867297;348;comp ;$rRNA;237113;132;;;fin;°CDS;1627615;;comp;;;&tRNA;2760197;35;comp;;;$rRNA;3870540;807;comp ;$rRNA;240140;454;;;deb;°CDS;1769998;257;comp;;;&tRNA;2760309;13;comp;;fin;°CDS;3872890;; deb;°CDS;240710;1908;comp;;;&tRNA;1770483;37;;;;&tRNA;2760399;353;comp;;deb;°CDS;3879732;289;comp ;$rRNA;243635;348;;;;&tRNA;1770596;37;;;fin;°CDS;2760829;;comp;;;&tRNA;3882154;187; ;$rRNA;245526;133;;;;&tRNA;1770709;37;;;deb;°CDS;2858049;291;comp;;fin;°CDS;3882417;;comp ;$rRNA;248554;68;;;;&tRNA;1770822;37;;;;&tRNA;2858823;30;;;deb;°CDS;3930329;122;comp ;&tRNA;248738;17;;;;&tRNA;1770935;37;;;;&tRNA;2858938;85;;;;regulatory;3932305;233;comp ;$rRNA;248831;703;;;;&tRNA;1771048;37;;;;&tRNA;2859108;107;;;fin;°CDS;3932761;;comp fin;°CDS;249650;;;;;&tRNA;1771161;37;;;;&tRNA;2859300;107;;;deb;°CDS;4051244;82; deb;°CDS;282426;135;;;;&tRNA;1771274;37;;;;&tRNA;2859492;315;;;;ncRNA;4051647;251; ;ncRNA;283404;313;;;;&tRNA;1771387;37;;;fin;°CDS;2859892;;;;fin;°CDS;4052080;;comp fin;°CDS;284069;;comp;;;&tRNA;1771500;39;;;deb;°CDS;2863253;1011;comp;;deb;°CDS;4130284;211;comp deb;°CDS;413908;236;comp;;;&tRNA;1771615;705;;;;&tRNA;2866268;45;;;;regulatory;4131260;506;comp ;&tRNA;416766;39;;;deb;°CDS;1772396;104;;;;&tRNA;2866389;41;;;fin;°CDS;4131919;;comp ;&tRNA;416882;41;;;;&tRNA;1773910;80;;;;&tRNA;2866506;26;;;deb;°CDS;4146436;183; ;&tRNA;416999;58;;;;&tRNA;1774066;102;;;;&tRNA;2866608;32;;;;regulatory;4146892;94; ;&tRNA;417134;320;;;;&tRNA;1774244;102;;;;&tRNA;2866716;33;;;fin;°CDS;4147086;; fin;°CDS;417531;;comp;;;&tRNA;1774422;102;;;;&tRNA;2866825;40;;;deb;°CDS;4330369;663;comp deb;°CDS;492003;1178;comp;;;&tRNA;1774600;102;;;;&tRNA;2866941;187;;;;&tRNA;4331488;20;comp ;$rRNA;493715;349;;;;&tRNA;1774778;102;;;fin;°CDS;2867204;;;;;&tRNA;4331584;13;comp ;$rRNA;495607;132;;;;&tRNA;1774956;102;;;deb;°CDS;2904901;188;comp;;;&tRNA;4331694;47;comp ;$rRNA;498634;768;;;;&tRNA;1775134;102;;;;regulatory;2907051;230;comp;;;&tRNA;4331817;47;comp fin;°CDS;499518;;comp;;;&tRNA;1775312;253;;;fin;°CDS;2907380;;comp;;;&tRNA;4331940;15;comp deb;°CDS;550745;-23;;;;&tRNA;1775641;102;;;deb;°CDS;2926979;572;comp;;;&tRNA;4332055;16;comp ;&tRNA;552630;286;comp;;;&tRNA;1775819;102;;;;&tRNA;2929429;97;comp;;;&tRNA;4332147;48;comp fin;°CDS;553011;;;;;&tRNA;1775997;102;;;;&tRNA;2929603;97;comp;;;&tRNA;4332271;113;comp deb;°CDS;640018;155;;;;&tRNA;1776175;102;;;;&tRNA;2929777;83;comp;;fin;°CDS;4332460;;comp ;&tRNA;641376;1172;;;;&tRNA;1776353;47;;;;&tRNA;2929937;124;comp;;deb;°CDS;4446808;66;comp ;&tRNA;642639;789;;;;&tRNA;1776476;977;;;fin;°CDS;2930138;;comp;;;regulatory;4449058;441;comp deb;°CDS;643519;988;;;fin;°CDS;1777529;;comp;;deb;°CDS;3118298;830;comp;;fin;°CDS;4449582;; 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aa1;aa2;aa3;;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls &234;&455;&830;;;;;606;;89;113;; 8;40*3;58*3;;comp’;&234;;195;;98;114;'''deb; 35;&152;59;;comp’;&236;comp’;320;;104;124;<201;9 &236;13;57;;comp’;-23;comp’;286;;152;134;total;18 39;85;58*2;;;&155;;789;;155;160;taux;50% 41;&595;59;;comp’;330;;695;;157;176;; 58;13;58;;comp’;117;;220;;162;187;'''fin; &155;95;59*2;;comp’;&500;comp’;545;;180;193;<201;9 1172;634;&255;;comp’;&34;;441;;192;195;total;21 &500;95;8;;;&913;;1058;;255;216;taux;43% 52;479;63;;;581;;176;;427;220;; 539;132;&157;;comp’;&257;;705;;455;315;'''total; 52;&192;103;;;&104;comp’;977;;572;353;<201;18 &34;128*2;&162;;comp’;136;;134;;581;441;total;39 52;189;51;;;&455;comp’;383;;595;495;taux;46% &913;45;131;;comp’;254;;216;;663;530;; 21;2;20;;;&152;;530;;830;606;; 30;35;96;;;89;comp’;184;;913;695;; 32;13;49;;;98;;178;;'''-;705;; 30;&291;211;;;&595;comp’;545;;'''-;789;; 33;30;5;;;&192;;353;;'''-;1058;'''comp’;'''cumuls 9;85;47;;comp’;&291;;315;;-23;178;'''deb; 76;107*2;55;;comp’;&1011;;187;;34;184;<201;4 35;&1011;5;;;&572;;124;;117;187;total;13 9;45;47;;;&830;;193;;136;286;taux;31% &257;41;55;;;&255;comp’;465;;234;320;'''fin; 37*9;26;&180;;;&157;;114;;236;383;<201;3 39;32;167;;;&162;;495;;254;465;total;10 &104;33;&663;;;&180;;160;;257;545;taux;30% 80;40;20;;comp’;289;comp’;187;;289;545;; 102*7;&572;13;;;&663;;113;;291;977;'''total; 253;97*2;47*2;;;427;;;;330;'''-;<201;7 102*4;83;15;;;;;;;500;'''-;total;23 47;;16;;;;;;;1011;'''-;taux;30% ;;48;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;deb;fin;total ;;;;;;;;;<201;13;12;25 ;;;;;;;;;total;31;31;62 ;;;;;;;;;taux;42%;39%;40% </pre> ===Vibrio parahaemolyticus=== ====vpb opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_opérons|vpb opérons]] <pre> 45.3%GC;6.7.19 Paris;16s 11 ;126;doubles;intercalaires Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr1;; ;33614..35175;;16s;@4;80 ;35256..35331;;gaa;;2 ;35334..35409;;aaa;;30 ;35440..35515;;gta;;55 comp;35571..35768;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;59 ;35828..38743;;23s;;73 ;38817..38932;;5s;; ;;;;; ;49997..50073;;cgg;;32 ;50106..50181;;cac;+;72 ;50254..50330;;cca;2 cac;49 ;50380..50455;;cac;2 cca;24 ;50480..50556;;cca;; ;;;;; comp;400045..400120;;atgi;; ;;;;; ;577971..579532;;16s;;88 ;579621..579696;;gcc;;12 ;579709..579784;;gaa;;258 ;580043..582958;;23s;;73 ;583032..583147;;5s;;30 ;583178..583254;;gac;;35 ;583290..583366;;tgg;; ;;;;; comp;769649..769733;;cta;+;29 comp;769763..769847;;cta;10 cta;47 comp;769895..769971;;atg;4 atg;24 comp;769996..770080;;cta;5 caa;52 comp;770133..770207;;caa;;29 comp;770237..770321;;cta;;53 comp;770375..770451;;atg;;24 comp;770476..770560;;cta;;52 comp;770613..770687;;caa;;29 comp;770717..770801;;cta;;54 comp;770856..770930;;caa;;29 comp;770960..771044;;cta;;35 comp;771080..771154;;caa;;48 comp;771203..771287;;cta;;31 comp;771319..771403;;cta;;77 comp;771481..771557;;atg;;77 comp;771635..771709;;caa;;31 comp;771741..771825;;cta;;40 comp;771866..771942;;atg;; ;;;;; ;786939..787015;;cca;; ;;;;; comp;802315..802391;;agg;; ;;;;; ;910219..910295;;aga;; ;;;;; comp;982089..982173;;tac;+;81 comp;982255..982339;;tac;4 tac;81 comp;982421..982505;;tac;;81 comp;982587..982671;;tac;; ;;;;; ;1124715..1124802;;tcc;; ;;;;; ;1418321..1418397;;gtc;+;32 ;1418430..1418506;;gtc;2gtc; ;;;;; comp;1988127..1988202;;ggc;+;10 comp;1988213..1988299;;tta;2 ggc;76 comp;1988376..1988451;;ggc;;20 comp;1988472..1988545;;tgc;; ;;;;; ;2164082..2164157;;aac;; ;;;;; ;2193593..2193683;;tca;; ;;;;; comp;2547884..2547960;;atgf;;56 comp;2548017..2548100;;ctc;; ;;;;; ;2652092..2652168;;cgt;+;56 comp;2652225..2652301;;cgt;9 cgt;57 comp;2652359..2652435;;cgt;2 agc;57 comp;2652493..2652569;;cgt;;57 comp;2652627..2652703;;cgt;;57 comp;2652761..2652837;;cgt;;56 comp;2652894..2652970;;cgt;;210 comp;2653181..2653257;;cgt;;31 comp;2653289..2653380;;agc;@5;320 comp;2653701..2653777;;cgt;;31 comp;2653809..2653900;;agc;; ;;;;; ;2735697..2735772;;ttc;+;64 ;2735837..2735912;;aca;3 ttc;7 ;2735920..2735995;;ttc;2 aca;70 ;2736066..2736141;;aac;2 aac;71 ;2736213..2736288;;aca;;7 ;2736296..2736371;;ttc;;43 ;2736415..2736490;;aac;; ;;;;; ;2738623..2738698;;ttc;;51 ;2738750..2738825;;aca;+;21 ;2738847..2738922;;aac;2 aca;39 ;2738962..2739037;;aca;2 aac;15 ;2739053..2739128;;aac;; ;;;;; comp;2741263..2741339;;gac;;31 comp;2741371..2741487;;5s;;57 comp;2741545..2741620;;acc;;100 comp;2741721..2741836;;5s;;73 comp;2741910..2744825;;23s;;257 comp;2745083..2745158;;gca;;41 comp;2745200..2745276;;atc;;56 comp;2745333..2746894;;16s;; ;;;;; comp;2755928..2756012;;ttg;; ;;;;; comp;2847646..2847722;;tgg;;68 comp;2847791..2847867;;gac;;30 comp;2847898..2848013;;5s;;73 comp;2848087..2851002;;23s;;258 comp;2851261..2851336;;gaa;;80 comp;2851417..2852978;;16s;; ;;;;; comp;2987485..2987561;;atgf;+;56 comp;2987618..2987693;;ggc;5 atgf;18 comp;2987712..2987788;;atgf;8 ggc;35 comp;2987824..2987899;;ggc;;50 comp;2987950..2988025;;ggc;;49 comp;2988075..2988150;;ggc;;49 comp;2988200..2988275;;ggc;;30 comp;2988306..2988382;;atgf;;55 comp;2988438..2988513;;ggc;;30 comp;2988544..2988620;;atgf;;39 comp;2988660..2988735;;ggc;;19 comp;2988755..2988831;;atgf;;35 comp;2988867..2988942;;ggc;; ;;;;; comp;3060924..3061000;;tgg;;68 comp;3061069..3061145;;gac;;30 comp;3061176..3061291;;5s;;73 comp;3061365..3064280;;23s;;257 comp;3064538..3064613;;gta;;14 comp;3064628..3064703;;gca;;32 comp;3064736..3064811;;aaa;;2 comp;3064814..3064889;;gaa;;80 comp;3064970..3066531;;16s;@3;319 comp;3066851..3066966;;5s;;73 comp;3067040..3069955;;23s;;261 comp;3070217..3071778;;16s;; ;;;;; comp;3105094..3105169;;acc;;13 comp;3105183..3105257;;gga;;35 comp;3105293..3105377;;tac;;36 comp;3105414..3105489;;aca;; ;;;;; comp;3111073..3111149;;gac;;30 comp;3111180..3111295;;5s;;73 comp;3111369..3114284;;23s;;261 comp;3114546..3116107;;16s;@1;317 comp;3116425..3116540;;5s;;73 comp;3116614..3119529;;23s;;261 comp;3119791..3121352;;16s;; ;;;;; comp;3175944..3176034;;tca;;69 comp;3176104..3176219;;5s;;73 comp;3176293..3179211;;23s;;257 comp;3179469..3179544;;gca;;41 comp;3179586..3179662;;atc;;56 comp;3179719..3181280;;16s;@2; ;;;;; comp;3217187..3217263;;gac;;30 comp;3217294..3217409;;5s;;73 comp;3217483..3220398;;23s;;59 ;3220458..3220655;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;55 comp;3220711..3220786;;gta;;30 comp;3220817..3220892;;aaa;;2 comp;3220895..3220970;;gaa;;80 comp;3221051..3222612;;16s;; Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr2;; ;132908..134469;;16s;;80 ;134550..134625;;gaa;;2 ;134628..134703;;aaa;;16 ;134720..134795;;gca;;14 ;134810..134885;;gta;;54 comp;134940..135122;;MTSHQSCLQFLNMMQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKLLKS;CDS 180;19 ;135142..138059;;23s;;73 ;138133..138248;;5s;;69 ;138318..138408;;tca;; ;;;;; comp;192886..192969;;ctc;; ;;;;; comp;591931..592021;;tca;; ;;;;; comp;1009457..1009530;;tgc;;73 comp;1009604..1009690;;tta;; ;;;;; comp;1021568..1021641;;tgc;;73 comp;1021715..1021801;;tta;; ;;;;; comp;1029973..1030048;;ggc;;3 comp;1030052..1030125;;tgc;; </pre> ====vpb cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_cumuls|vpb cumuls]] <pre> vpb cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;9;8;50;;20;;200; ;16 atc gca;2;40;24;4;100;;40;;300; ;16 23 5s a;1;60;21;2;150;;60;;400; ;max a;6;80;9;2;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;3;0;250;;100;;600; ;spéciaux;6;120;0;0;300;;120;;700; ;total aas;33;140;0;0;350;;140;;800; sans ;opérons;25;160;0;0;400;;160;;900; ;1 aa;11;180;0;0;450;;180;;1000; ;max a;19;200;0;0;500;;200;;1100; ;a doubles;8;;1;0;;;;;; ;total aas;93;;67;16;;0;;0;;0 total aas;;126;;;;;;;;; remarques;;5;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;46;26;;;;;; ;;;variance;29;22;;;;;; sans jaune;;;moyenne;43;;;;;;; ;;;variance;17;;;;;;; </pre> ====vpb blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_blocs|vpb blocs]] <pre> vpb blocs;;;;;;; 16s;80;16s;80;16s;80;; gaa;2;gaa;2;gaa;2;; aaa;30;aaa;30;aaa;16;; gta;55;gta;55;gca;14;; cds 198;59;cds 198;59;gta;54;; 23s;73;23s;73;cds 180;19;; 5s;;5s;30;23s;73;; ;;gac;;5s;69;; ;;;;tca;;; ;;;;;;; 16s;56;16s;56;16s;88;16s;80 atc;41;atc;41;gcc;12;gaa;258 gca;257;gca;257;gaa;258;23s;73 23s;73;23s;73;23s;73;5s;30 5s;100;5s;69;5s;30;gac; acc;57;tca;;gac;;; 5s;31;;;;;; gac;;;;;;; ;;;;;;; 16s;261;16s;261;;;; 23s;73;23s;73;;;; 5s;319;5s;317;;;; 16s;80;16s;261;;;; gaa;2;23s;73;;;; aaa;32;5s;30;;;; gca;14;gac;;;;; gta;257;;;;;; 23s;73;;;;;; 5s;30;;;;;; gac;;;;;;; </pre> ====vpb distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_distribution|vpb distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;ggc4;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;4;ggc4;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;;ggc4;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;acc 5s + 1 >a;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;8;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;7;tca 2 5s+ 2 a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;4;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;6;cca;2;caa;5;cga;;;cta;4;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;4;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total vpb;;11;;;;;11;;vpb;60;;;;;;60;;vpb;22;;;;;;22;;vpb;;;;12;;;12 </pre> ====vpb1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_données_intercalaires|vpb1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;vpb1;fx;fc;vpb1;fx40;fc40;vpb1;x-;c-;c;x;c;x;;c;x;;c;x; ;0;0;1;9;0;1;9;-1;;83;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;suite; ;0;10;12;254;1;2;25;-2;;0;284;337;97;;gcc;32;;cgg;64;;ttc ;3;20;12;187;2;1;45;-3;;0;140;243;2* 65;;atc;72;;cac;7;;aca ;0;30;9;114;3;2;36;-4;2;115;366;139;4* 89;;gaa;49;;cac;70;;ttc ;0;40;16;74;4;1;16;-5;;0;18;259;tRNA 23s;;;24;;cac;71;;aac ;1;50;26;58;5;0;24;-6;1;0;268;290;2* 264;;gca;**;;cac;7;;aca ;0;60;35;45;6;1;8;-7;;7;179;203;2* 265;;gaa;29;;cta;43;;ttc ;0;70;57;54;7;1;15;-8;1;41;50;477;264;;gta;47;;cta;**;;aac ;0;80;56;57;8;2;21;-9;;0;144;282;2* 319;;gta;24;;atgj;51;;ttc ;0;90;48;57;9;1;44;-10;;4;457;95;5s tRNA;;;52;;cta;21;;aca 3;1;100;36;48;10;1;20;-11;2;29;179;587;5* 30;;gac;29;;caa;39;;aac ;1;110;36;60;11;1;25;-12;;0;736;168;31;;gac;53;;cta;15;;aca ;0;120;20;53;12;0;31;-13;;3;390;135;100;;acc;24;;atgj;**;;aac ;0;130;33;50;13;0;21;-14;;21;327;302;69;;tca;52;;cta;56;;atgf 2;1;140;22;38;14;1;23;-15;1;0;153;456;tRNA 5s;;;29;;caa;18;;ggc ;1;150;15;47;15;2;18;-16;;1;227;620;57;;acc;54;;cta;35;;atgf ;2;160;13;47;16;0;9;-17;;12;15;96;tRNA tRNA;intra;;29;;caa;50;;ggc 1;0;170;16;47;17;1;19;-18;;0;569;206;2;;gaa;35;;cta;49;;ggc ;2;180;11;42;18;3;17;-19;;2;243;497;30;;aaa;48;;caa;49;;ggc ;1;190;18;31;19;2;8;-20;;10;11;964;**;;gta;31;;cta;30;;ggc ;0;200;16;31;20;2;16;-21;1;0;243;93;12;;gcc;77;;cta;55;;atgf 2;0;210;9;26;21;2;14;-22;1;2;100;;**;;gaa;77;;atgj;30;;ggc ;0;220;15;21;22;0;8;-23;;5;272;;41;;gca;31;;caa;39;;atgf ;1;230;14;26;23;0;9;-24;;0;234;;**;;atc;40;;cta;19;;ggc ;1;240;8;21;24;1;20;-25;;1;565;;14;;gta;**;;atgj;35;;atgf 1;2;250;8;22;25;0;10;-26;;1;190;;32;;gca;81;;tac;**;;ggc 1;0;260;12;15;26;1;15;-27;;0;156;;2;;aaa;81;;tac;13;;acc ;1;270;15;17;27;1;6;-28;;0;103;;**;;gaa;81;;tac;35;;gga ;1;280;8;12;28;1;18;-29;;2;CDS 16s;;41;;gca;**;;tac;36;;tac 2;1;290;12;15;29;2;5;-30;;0;454;556;**;;atc;32;;gtc;**;;aca ;0;300;9;19;30;1;9;-31;;0;504;496;30;;gta;**;;gtc;;; 1;0;310;7;18;31;1;11;-32;;1;487;;2;;aaa;10;;ggc;;; ;0;320;12;6;32;1;11;-33;;0;575;;**;;gaa;76;;tta;;; ;1;330;6;8;33;3;6;-34;;1;817;;tRNA tRNA;contig;;20;;ggc;;; 1;0;340;4;6;34;4;9;-35;;2;472;;35;;gac;**;;tgc;;; ;0;350;11;8;35;0;5;-36;;0;5s 16s;;**;;tgg;56;;atgf;;; ;0;360;7;4;36;0;10;-37;;0;319;;2* 68;;tgg;**;;ctc;;; ;1;370;8;6;37;2;6;-38;;0;317;;**;;gac;56;;cgt;;; ;0;380;5;4;38;1;6;-39;;0;16s 23s;;;;;57;;cgt;;; ;1;390;7;3;39;2;6;-40;;0;3* 277;;;;;57;;cgt;;; ;0;400;7;4;40;2;4;-41;1;0;23s 5s;;;;;57;;cgt;;; 6;4;reste;90;93;reste;732;1119;-42;;0;10* 91;;;;;57;;cgt;;; 20;27;total;782;1757;total;782;1757;-43;;0;5s CDS;;;;;56;;cgt;;; 14;23;diagr;691;1655;diagr;49;629;-44;1;0;;110;;;;210;;cgt;;; 0;3;t30;33;555;;;;-45;;0;;;;;;31;;cgt;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;**;;agc;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;;;;;;31;;cgt;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;**;;agc;;; ;x;781;13;1;795;;;-49;;0;;;;;;;;;;; ;c;1748;344;9;2101;;;-50;;1;;;;;;;;;;; ;;;;;2896;203;;reste;1;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;3099;;total;13;344;;;;;;;;;;; </pre> ====vpb2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_données_intercalaires|vpb2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;vpb2;fx;fc;vpb2;fx40;fc40;vpb2;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;11;0;1;11;-1;;50;32;501;16s tRNA;; ;0;10;11;116;1;0;18;-2;1;0;843;563;89;;gaa ;0;20;6;71;2;1;16;-3;;0;356;24;tRNA 23s;; 1;0;30;11;46;3;2;7;-4;4;53;221;329;263;;gta 1;1;40;8;27;4;1;6;-5;;0;222;678;5s tRNA;; ;0;50;17;21;5;0;4;-6;1;0;;537;69;;tca ;0;60;14;28;6;0;6;-7;;1;;314;tRNA tRNA;intra; ;0;70;29;30;7;1;4;-8;;23;;34;2;;gaa ;0;80;39;25;8;1;8;-9;;0;CDS 16s;;16;;aaa ;0;90;32;33;9;3;29;-10;;1;468;;14;;gca ;0;100;28;24;10;2;18;-11;1;11;;;**;;gta ;0;110;24;18;11;0;14;-12;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;; ;0;120;29;19;12;1;13;-13;;1;91;;73;;tgc ;0;130;18;17;13;1;5;-14;3;6;;;**;;tta ;0;140;11;16;14;0;6;-15;;0;;;73;;tgc ;0;150;16;15;15;1;8;-16;;0;;;**;;tta ;0;160;15;30;16;0;4;-17;;6;;;3;;ggc ;0;170;10;19;17;0;2;-18;;0;;;**;;tgc ;0;180;8;23;18;1;9;-19;;1;;;;; ;0;190;11;17;19;2;3;-20;;2;;;;; ;0;200;7;3;20;0;7;-21;;0;;;;; ;0;210;14;16;21;1;7;-22;;0;;;;; ;0;220;9;14;22;1;6;-23;1;2;;;;; ;2;230;9;13;23;0;4;-24;;0;;;;; ;0;240;13;18;24;0;5;-25;;0;;;;; ;0;250;14;9;25;1;4;-26;;4;;;;; ;0;260;12;7;26;1;4;-27;;0;;;;; ;0;270;11;9;27;3;4;-28;;0;;;;; ;0;280;6;8;28;2;6;-29;;2;;;;; ;0;290;7;6;29;0;3;-30;;0;;;;; ;0;300;3;9;30;2;3;-31;;0;;;;; ;0;310;2;6;31;0;3;-32;;1;;;;; 1;0;320;6;3;32;0;5;-33;;0;;;;; 1;0;330;8;3;33;1;3;-34;;0;;;;; ;0;340;5;8;34;1;2;-35;;1;;;;; ;0;350;1;8;35;1;2;-36;;0;;;;; ;1;360;6;8;36;1;1;-37;;0;;;;; ;0;370;5;2;37;1;3;-38;;1;;;;; ;0;380;7;2;38;1;1;-39;1;0;;;;; ;0;390;3;5;39;2;2;-40;;1;;;;; ;0;400;4;2;40;0;5;-41;;0;;;;; 4;1;reste;71;63;reste;524;557;-42;;0;;;;; 8;5;total;561;828;total;561;828;-43;;0;;;;; 4;4;diagr;489;754;diagr;36;260;-44;;0;;;;; 1;0;t30;28;233;;;;-45;;0;;;;; ;;;;;;;;-46;;1;;;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;; ;x;560;14;1;575;;;-49;;0;;;;; ;c;817;171;11;999;;;-50;;3;;;;; ;;;;;1574;32;;reste;1;0;;;;; ;;;;;;1606;;total;14;171;;;;; </pre> =====vpb1 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_autres_intercalaires_aas|vpb1 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vpb1;;;;; deb;;CDS;32632;33159;454;*; ;;rRNA;33614;35166;89;*;1553 ;;tRNA;35256;35331;2;*;gaa ;;tRNA;35334;35409;30;*;aaa ;;tRNA;35440;35515;319;*;gta ;;rRNA;35835;38725;91;*;2891 ;;rRNA;38817;38932;110;*;116 fin;comp;CDS;39043;39933;;0; deb;comp;CDS;49246;49659;337;*; ;;tRNA;49997;50073;32;*;cgg ;;tRNA;50106;50181;72;*;cac ;;tRNA;50254;50330;49;*;cac ;;tRNA;50380;50455;24;*;cac ;;tRNA;50480;50556;243;*;cac fin;comp;CDS;50800;51525;;0; deb;;CDS;330209;330847;37;*; ;;regulatory;330885;331020;72;*; fin;;CDS;331093;332085;;; deb;comp;CDS;398957;399760;284;*; ;comp;tRNA;400045;400120;140;*;atgi fin;comp;CDS;400261;402123;;; deb;;CDS;447282;448145;166;*; ;;ncRNA;448312;448741;175;*; fin;;CDS;448917;449867;;; deb;comp;CDS;503781;504251;439;*; ;;misc_f;504691;504810;54;*; fin;;CDS;504865;507324;;; deb;comp;CDS;568478;569656;13;*; ;comp;misc_f;569670;569792;107;*; fin;comp;CDS;569900;570226;;; deb;;CDS;574893;577466;504;*; ;;rRNA;577971;579523;97;*;1553 ;;tRNA;579621;579696;12;*;gcc ;;tRNA;579709;579784;265;*;gaa ;;rRNA;580050;582940;91;*;2891 ;;rRNA;583032;583147;30;*;116 ;;tRNA;583178;583254;35;*;gac ;;tRNA;583290;583366;366;*;tgg fin;;CDS;583733;584065;;; deb;comp;CDS;670277;672010;111;*; ;comp;tmRNA;672122;672489;67;*; fin;comp;CDS;672557;673042;;0; deb;;CDS;768334;769509;139;*; ;comp;tRNA;769649;769733;29;*;cta ;comp;tRNA;769763;769847;47;*;cta ;comp;tRNA;769895;769971;24;*;atgj ;comp;tRNA;769996;770080;52;*;cta ;comp;tRNA;770133;770207;29;*;caa ;comp;tRNA;770237;770321;53;*;cta ;comp;tRNA;770375;770451;24;*;atgj ;comp;tRNA;770476;770560;52;*;cta ;comp;tRNA;770613;770687;29;*;caa ;comp;tRNA;770717;770801;54;*;cta ;comp;tRNA;770856;770930;29;*;caa ;comp;tRNA;770960;771044;35;*;cta ;comp;tRNA;771080;771154;48;*;caa ;comp;tRNA;771203;771287;31;*;cta ;comp;tRNA;771319;771403;77;*;cta ;comp;tRNA;771481;771557;77;*;atgj ;comp;tRNA;771635;771709;31;*;caa ;comp;tRNA;771741;771825;40;*;cta ;comp;tRNA;771866;771942;18;*;atgj fin;comp;CDS;771961;772221;;; deb;comp;CDS;786539;786679;259;*; ;;tRNA;786939;787015;290;*;cca fin;comp;CDS;787306;788178;;0; deb;comp;CDS;801540;802046;268;*; ;comp;tRNA;802315;802391;179;*;agg fin;comp;CDS;802571;803704;;0; deb;comp;CDS;909155;910015;203;*; ;;tRNA;910219;910295;50;*;aga fin;;CDS;910346;910864;;; deb;;CDS;980739;981611;477;*; ;comp;tRNA;982089;982173;81;*;tac ;comp;tRNA;982255;982339;81;*;tac ;comp;tRNA;982421;982505;81;*;tac ;comp;tRNA;982587;982671;282;*;tac fin;;CDS;982954;984048;;; deb;;CDS;997215;999218;137;*; ;;ncRNA;999356;999452;132;*; fin;;CDS;999585;1000319;;0; deb;comp;CDS;1081601;1082191;116;*; ;comp;regulatory;1082308;1082397;266;*; fin;comp;CDS;1082664;1083668;;; deb;;CDS;1124121;1124570;144;*; ;;tRNA;1124715;1124802;457;*;tcc fin;;CDS;1125260;1126897;;; deb;comp;CDS;1170475;1170882;597;*; ;;regulatory;1171480;1171660;113;*; fin;;CDS;1171774;1173375;;0; deb;comp;CDS;1176029;1176982;364;*; ;;misc_f;1177347;1177484;54;*; fin;;CDS;1177539;1178435;;; deb;;CDS;1417803;1418141;179;*; ;;tRNA;1418321;1418397;32;*;gtc ;;tRNA;1418430;1418506;95;*;gtc fin;comp;CDS;1418602;1419771;;; deb;comp;CDS;1803089;1803247;528;*; ;;regulatory;1803776;1803877;118;*; fin;;CDS;1803996;1805372;;0; deb;comp;CDS;1984514;1987390;736;*; ;comp;tRNA;1988127;1988202;10;*;ggc ;comp;tRNA;1988213;1988299;76;*;tta ;comp;tRNA;1988376;1988451;20;*;ggc ;comp;tRNA;1988472;1988545;390;*;tgc fin;comp;CDS;1988936;1989493;;; deb;;CDS;2000638;2000763;-54;*; ;;misc_f;2000710;2000813;125;*; fin;;CDS;2000939;2002516;;; deb;comp;CDS;2157175;2158164;-12;*; ;comp;regulatory;2158153;2158286;173;*; fin;;CDS;2158460;2159353;;0; deb;comp;CDS;2161464;2163494;587;*; ;;tRNA;2164082;2164157;327;*;aac fin;;CDS;2164485;2165063;;; deb;;CDS;2191631;2193439;153;*; ;;tRNA;2193593;2193683;168;*;tca fin;comp;CDS;2193852;2194760;;0; deb;comp;CDS;2547201;2547656;227;*; ;comp;tRNA;2547884;2547960;56;*;atgf ;comp;tRNA;2548017;2548100;15;*;ctc fin;comp;CDS;2548116;2548454;;; deb;comp;CDS;2651265;2651522;569;*; ;comp;tRNA;2652092;2652168;56;*;cgt ;comp;tRNA;2652225;2652301;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652359;2652435;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652493;2652569;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652627;2652703;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652761;2652837;56;*;cgt ;comp;tRNA;2652894;2652970;210;*;cgt ;comp;tRNA;2653181;2653257;31;*;cgt ;comp;tRNA;2653289;2653380;243;*;agc deb;comp;CDS;2653624;2653689;11;*; ;comp;tRNA;2653701;2653777;31;*;cgt ;comp;tRNA;2653809;2653900;243;*;agc fin;comp;CDS;2654144;2654341;;; deb;;CDS;2699087;2699395;8;*; ;;ncRNA;2699404;2699588;4;*; fin;;CDS;2699593;2700186;;; deb;;CDS;2734457;2735596;100;*; ;;tRNA;2735697;2735772;64;*;ttc ;;tRNA;2735837;2735912;7;*;aca ;;tRNA;2735920;2735995;70;*;ttc ;;tRNA;2736066;2736141;71;*;aac ;;tRNA;2736213;2736288;7;*;aca ;;tRNA;2736296;2736371;43;*;ttc ;;tRNA;2736415;2736490;272;*;aac deb;;CDS;2736763;2738388;234;*; ;;tRNA;2738623;2738698;51;*;ttc ;;tRNA;2738750;2738825;21;*;aca ;;tRNA;2738847;2738922;39;*;aac ;;tRNA;2738962;2739037;15;*;aca ;;tRNA;2739053;2739128;135;*;aac deb;comp;CDS;2739264;2740697;565;*; ;comp;tRNA;2741263;2741339;31;*;gac ;comp;rRNA;2741371;2741487;57;*;117 ;comp;tRNA;2741545;2741620;100;*;acc ;comp;rRNA;2741721;2741836;91;*;116 ;comp;rRNA;2741928;2744818;264;*;2891 ;comp;tRNA;2745083;2745158;41;*;gca ;comp;tRNA;2745200;2745276;65;*;atc ;comp;rRNA;2745342;2746894;487;*;1553 fin;comp;CDS;2747382;2748635;;; deb;;CDS;2754342;2755625;302;*; ;comp;tRNA;2755928;2756012;190;*;ttg fin;comp;CDS;2756203;2756868;;0; deb;comp;CDS;2838215;2839336;326;*; ;;regulatory;2839663;2839841;102;*; fin;;CDS;2839944;2841296;;0; deb;;CDS;2847001;2847189;456;*; ;comp;tRNA;2847646;2847722;68;*;tgg ;comp;tRNA;2847791;2847867;30;*;gac ;comp;rRNA;2847898;2848013;91;*;116 ;comp;rRNA;2848105;2850995;265;*;2891 ;comp;tRNA;2851261;2851336;89;*;gaa ;comp;rRNA;2851426;2852978;575;*;1553 fin;comp;CDS;2853554;2854333;;; deb;;CDS;2985737;2986864;620;*; ;comp;tRNA;2987485;2987561;56;*;atgf ;comp;tRNA;2987618;2987693;18;*;ggc ;comp;tRNA;2987712;2987788;35;*;atgf ;comp;tRNA;2987824;2987899;50;*;ggc ;comp;tRNA;2987950;2988025;49;*;ggc ;comp;tRNA;2988075;2988150;49;*;ggc ;comp;tRNA;2988200;2988275;30;*;ggc ;comp;tRNA;2988306;2988382;55;*;atgf ;comp;tRNA;2988438;2988513;30;*;ggc ;comp;tRNA;2988544;2988620;39;*;atgf ;comp;tRNA;2988660;2988735;19;*;ggc ;comp;tRNA;2988755;2988831;35;*;atgf ;comp;tRNA;2988867;2988942;156;*;ggc fin;comp;CDS;2989099;2989644;;0; deb;;CDS;3060116;3060827;96;*; ;comp;tRNA;3060924;3061000;68;*;tgg ;comp;tRNA;3061069;3061145;30;*;gac ;comp;rRNA;3061176;3061291;91;*;116 ;comp;rRNA;3061383;3064273;264;*;2891 ;comp;tRNA;3064538;3064613;14;*;gta ;comp;tRNA;3064628;3064703;32;*;gca ;comp;tRNA;3064736;3064811;2;*;aaa ;comp;tRNA;3064814;3064889;89;*;gaa ;comp;rRNA;3064979;3066531;319;*;1553 ;comp;rRNA;3066851;3066966;91;*;116 ;comp;rRNA;3067058;3069948;277;*;2891 ;comp;rRNA;3070226;3071778;817;*;1553 fin;comp;CDS;3072596;3074731;;; deb;comp;CDS;3103806;3104990;103;*; ;comp;tRNA;3105094;3105169;13;*;acc ;comp;tRNA;3105183;3105257;35;*;gga ;comp;tRNA;3105293;3105377;36;*;tac ;comp;tRNA;3105414;3105489;206;*;aca fin;;CDS;3105696;3106619;;0; deb;;CDS;3109235;3110575;497;*; ;comp;tRNA;3111073;3111149;30;*;gac ;comp;rRNA;3111180;3111295;91;*;116 ;comp;rRNA;3111387;3114277;277;*;2891 ;comp;rRNA;3114555;3116107;317;*;1553 ;comp;rRNA;3116425;3116540;91;*;116 ;comp;rRNA;3116632;3119522;277;*;2891 ;comp;rRNA;3119800;3121352;556;*;1553 fin;;CDS;3121909;3122364;;1; deb;comp;CDS;3123914;3125749;55;*; ;comp;regulatory;3125805;3126005;184;*; fin;;CDS;3126190;3127299;;0; deb;;CDS;3173798;3174979;964;*; ;comp;tRNA;3175944;3176034;69;*;tca ;comp;rRNA;3176104;3176219;91;*;116 ;comp;rRNA;3176311;3179204;264;*;2894 ;comp;tRNA;3179469;3179544;41;*;gca ;comp;tRNA;3179586;3179662;65;*;atc ;comp;rRNA;3179728;3181280;472;*;1553 fin;comp;CDS;3181753;3182466;;; deb;comp;CDS;3213224;3215164;168;*; ;comp;regulatory;3215333;3215431;61;*; fin;comp;CDS;3215493;3215876;;0; deb;;CDS;3216111;3217093;93;*; ;comp;tRNA;3217187;3217263;30;*;gac ;comp;rRNA;3217294;3217409;91;*;116 ;comp;rRNA;3217501;3220391;319;*;2891 ;comp;tRNA;3220711;3220786;30;*;gta ;comp;tRNA;3220817;3220892;2;*;aaa ;comp;tRNA;3220895;3220970;89;*;gaa ;comp;rRNA;3221060;3222612;496;*;1553 fin;;CDS;3223109;3223657;;0; </pre> =====vpb2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_autres_intercalaires_aas|vpb2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vpb2;;;;; deb;comp;CDS;126972;127829;96;*; ;comp;regulatory;127926;128033;312;*; fin;;CDS;128346;129731;;; deb;;CDS;131915;132439;468;*; ;;rRNA;132908;134460;89;*;1553 ;;tRNA;134550;134625;2;*;gaa ;;tRNA;134628;134703;16;*;aaa ;;tRNA;134720;134795;14;*;gca ;;tRNA;134810;134885;263;*;gta ;;rRNA;135149;138041;91;*;2893 ;;rRNA;138133;138248;69;*;116 ;;tRNA;138318;138408;501;*;tca fin;comp;CDS;138910;139266;;; deb;comp;CDS;192242;192853;32;*; ;comp;tRNA;192886;192969;563;*;ctc fin;;CDS;193533;194741;;0; deb;;CDS;590953;591906;24;*; ;comp;tRNA;591931;592021;329;*;tca fin;;CDS;592351;593031;;0; deb;comp;CDS;1006811;1008613;843;*; ;comp;tRNA;1009457;1009530;73;*;tgc ;comp;tRNA;1009604;1009690;678;*;tta fin;;CDS;1010369;1012618;;0; deb;comp;CDS;1019688;1021211;356;*; ;comp;tRNA;1021568;1021641;73;*;tgc ;comp;tRNA;1021715;1021801;537;*;tta fin;;CDS;1022339;1023970;;; deb;comp;CDS;1028849;1029751;221;*; ;comp;tRNA;1029973;1030048;3;*;ggc ;comp;tRNA;1030052;1030125;222;*;tgc fin;comp;CDS;1030348;1031802;;; deb;comp;CDS;1124360;1124878;314;*; ;;tRNA;1125193;1125267;34;*;gga fin;comp;CDS;1125302;1126159;;; deb;;CDS;1291846;1292463;104;*; ;;regulatory;1292568;1292708;113;*; fin;;CDS;1292822;1293478;;; deb;;CDS;1311512;1311652;298;*; ;;regulatory;1311951;1312050;89;*; fin;;CDS;1312140;1313153;;; deb;;CDS;1632173;1633153;424;*; ;;regulatory;1633578;1633682;100;*; fin;;CDS;1633783;1635246;;0; </pre> ===Escherichia albertii=== ====eal opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal opérons]] <pre> 49.6%GC;10.3.19 Paris;16s 7;89;doubles;intercalaires Escherichia albertii;;;;; ;219063..219144;;tac;+;212 ;219357..219438;;tac;2 tac; ;;;;; ;413135..413219;;tcc;; ;;;;; ;462888..462972;;tca;; ;;;;; comp;489120..489191;;gga;;6 comp;489198..489270;;aca;; ;;;;; ;615149..615233;;tcc;; ;;;;; comp;756823..756895;;aaa;+;5 comp;756901..756973;;gta;3 aaa ;48 comp;757022..757094;;aaa;2 gta;5 comp;757100..757172;;gta;;48 comp;757221..757293;;aaa;; ;;;;; ;834529..834602;;atgj;+;10 ;834613..834694;;cta;2atgj ;26 ;834721..834792;;caa;2caa ;37 ;834830..834901;;caa;2 cag;18 ;834920..834993;;atgj;;51 ;835045..835116;;cag;;35 ;835152..835223;;cag;; ;;;;; comp;968958..969031;;aga;; ;;;;; comp;1192416..1192488;;acg;; ;;;;; comp;1269526..1269599;;gac;; ;;;;; comp;1277040..1277113;;gac;;52 comp;1277166..1277285;;5s;@1;169 comp;1277455..1280377;;23s;;186 comp;1280564..1280636;;gca;;45 comp;1280682..1280755;;atc;;70 comp;1280826..1282367;;16s;; ;;;;; ;1567231..1567314;;ctg;+;31 ;1567346..1567429;;ctg;3 ctg;35 ;1567465..1567548;;ctg;; ;;;;; comp;1657309..1657390;;ttg;; ;;;;; comp;1765401..1765473;;ggc;+;159 comp;1765633..1765705;;ggc;2 ggc; ;;;;; ;1795516..1795588;;ttc;; ;;;;; comp;2006002..2006121;;5s;;169 comp;2006291..2009214;;23s;;186 comp;2009401..2009473;;gca;;45 comp;2009519..2009592;;atc;;70 comp;2009663..2011202;;16s;; ;;;;; comp;2042057..2043241;;tuf1;CDS 1185pb;117 comp;2043359..2043431;;acc;;9 comp;2043441..2043512;;gga;;119 comp;2043632..2043713;;tac;;11 comp;2043725..2043797;;aca;@3; ;;;;; comp;2047429..2047548;;5s;;169 comp;2047718..2050648;;23s;;186 comp;2050835..2050907;;gca;;45 comp;2050953..2051026;;atc;;68 comp;2051095..2052636;;16s;; ;;;;; comp;2208305..2208424;;5s;@2;169 comp;2208594..2211517;;23s;;198 comp;2211716..2211788;;gaa;;85 comp;2211874..2213418;;16s;; ;;;;; comp;2267554..2267627;;cca;;43 comp;2267671..2267754;;ctg;;23 comp;2267778..2267850;;cac;;61 comp;2267912..2267985;;cgg;; ;;;;; comp;2305358..2305430;;tgg;;11 comp;2305442..2305515;;gac;;52 comp;2305568..2305687;;5s;;169 comp;2305857..2308779;;23s;;198 comp;2308978..2309050;;gaa;;85 comp;2309136..2310676;;16s;; ;;;;; comp;2426158..2426248;;tga;; ;;;;; ;2556305..2556378;;ccg;; ;;;;; ;2810766..2812307;;16s;;85 ;2812393..2812465;;gaa;;198 ;2812664..2815586;;23s;;169 ;2815756..2815875;;5s;;151 ;2816027..2816099;;acc;;40 ;2816140..2816259;;5s;; ;;;;; ;2911129..2911212;;ctc;; ;;;;; ; 2913088..2913161;;atgf;; ;;;;; comp;3010332..3010404;;atgi;; ;;;;; comp;3177717..3177789;;ttc;; ;;;;; ;3301617..3301687;;ggg;; ;;;;; comp;3366868..3366941;;atgf;+;37 comp;3366979..3367052;;atgf;3 atgf;37 comp;3367090..3367163;;atgf;; ;;;;; ;3469914..3470003;;agc;;6 ;3470010..3470083;;cgt;+;201 ;3470285..3470358;;cgt;3 cgt;200 ; 3470559..3470632;;cgt;; ;;;;; ;3505321..3505393;;atgi;; ;;;;; ;3563056..3564598;;16s;;85 ;3564684..3564756;;gaa;;198 ;3564955..3567876;;23s;;169 ;3568046..3568165;;5s;; ;;;;; comp;3779750..3779822;;aaa;;7 comp;3779830..3779902;;gta;+;47 comp;3779950..3780022;;gta;2 gta; ;;;;; ;3782718..3782790;;gcc;+;42 ;3782833..3782905;;gcc;2 gcc; ;;;;; comp;3810369..3810440;;agg;; ;;;;; comp;3993500..3993573;;ccc;; ;;;;; comp;4232176..4232248;;aac;; ;;;;; ;4233996..4234068;;aac;; ;;;;; comp;4242952..4243024;;aac;; ;;;;; comp;4248342..4248414;;aac;; ;;;;; ;4249406..4249492;;tcg;; ;;;;; ;4256696..4256768;;atgi;;100 ;4256869..4256942;;aga;; ;;;;; ;4317980..4318052;;ggc;;56 ;4318109..4318179;;tgc;;14 ;4318194..4318277;;tta;; ;;;;; comp;4556753..4556826;;gtc;+;7 comp;4556834..4556907;;gtc;2 gtc; </pre> ====eal cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_cumuls|eal cumuls]] <pre> eal cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;8;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;0;60;7;;150;;60;;400; ;max a;3;80;1;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;1;;250;;100;;600; ;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700; ;total aas;13;140;0;;350;;140;;800; sans ;opérons;38;160;1;;400;;160;;900; ;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000; ;max a;7;200;1;;500;;200;;1100; ;a doubles;10;;2;;;;;;; ;total aas;71;;33;0;;0;;0;;0 total aas;;84;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;53;;;;;;; ;;;variance;59;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; </pre> ====eal blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_blocs|eal blocs]] <pre> eal blocs;;; 16s;70;70;68 atc;45;45;45 gca;186;186;186 23s;169;169;169 5s;52;; gac;;; ;;; 16s;85;85;85 gaa;198;198;198 23s;169;169;169 5s;52;; gac;;; ;;; 16s;85;; gaa;198;; 23s;169;; 5s;151;; acc;40;; 5s;;; </pre> ====eal distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_distribution|eal distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;atgi 2a+>a;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;2;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;1;caa2;tta;1;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;cag2;ata;;aca;2;aaa;4;aga;1;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;atgf3;cta;1;cca;1;caa;;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;2;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;2;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;aaa (gta aaa)2;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total eal;;23;;;;;23;;eal;25;;;;;;25;;eal;23;;;;;;23;;eal;;;;4;;;4 </pre> ====eal données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_données_intercalaires|eal données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;eal;fx;fc;eal;fx40;fc40;eal;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;12;18;0;12;18;-1;0;157;158;376;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;45;323;1;5;35;-2;4;0;294;233;2* 70;;atc;212;;tac 1;1;20;26;264;2;8;39;-3;0;0;162;276;68;;atc;**;;tac ;0;30;28;126;3;10;50;-4;39;250;479;441;4* 85;;gaa;6;;gga 1;0;40;60;94;4;4;29;-5;0;0;284;601;tRNA 23s;;;**;;aca 2;1;50;80;91;5;1;17;-6;2;0;170;156;3* 186;;gca;5;;aaa 3;0;60;55;106;6;4;15;-7;2;13;164;256;4* 198;;gaa;48;;gta ;0;70;43;83;7;2;18;-8;1;58;223;248;5s tRNA;;;5;;aaa 2;1;80;31;75;8;3;18;-9;3;0;114;17;2* 52;;gac;48;;gta ;0;90;42;75;9;3;47;-10;2;6;437;41;151;;acc;**;;aaa 2;3;100;38;74;10;5;55;-11;0;37;132;195;tRNA 5s;;;10;;atgj 1;3;110;40;77;11;2;42;-12;1;0;165;272;40;;acc;26;;cta 1;3;120;27;61;12;2;36;-13;0;2;189;120;tRNA tRNA;intra;;37;;caa 1;1;130;37;57;13;2;19;-14;10;17;189;37;3* 45;;atc gca;18;;caa 1;1;140;33;55;14;1;47;-15;1;0;210;92;tRNA tRNA;contig;;51;;atgj ;3;150;34;50;15;6;26;-16;2;2;106;184;11;;tgg;35;;cag 1;2;160;38;45;16;3;25;-17;3;8;117;347;**;;gac;**;;cag 1;5;170;26;31;17;3;18;-18;2;0;150;59;;;;31;;ctg ;0;180;24;37;18;4;14;-19;1;5;102;125;;;;35;;ctg 1;2;190;43;31;19;1;17;-20;2;10;167;78;;;;**;;ctg 1;2;200;21;30;20;2;20;-21;0;0;398;237;;;;159;;ggc ;2;210;24;30;21;2;18;-22;1;1;91;510;;;;**;;ggc ;0;220;36;33;22;3;18;-23;1;7;408;367;;;;9;;acc ;1;230;21;23;23;0;11;-24;3;0;14;235;;;;119;;gga 3;0;240;13;19;24;3;17;-25;2;4;203;135;;;;11;;tac 2;0;250;15;25;25;4;9;-26;4;6;200;243;;;;**;;aca 1;0;260;19;27;26;5;7;-27;1;0;105;102;;;;43;;cca ;0;270;18;25;27;2;12;-28;1;3;144;58;;;;23;;ctc 2;0;280;14;22;28;5;4;-29;2;6;345;162;;;;61;;cac ;2;290;10;23;29;3;8;-30;3;0;315;71;;;;**;;cgg 1;1;300;7;19;30;1;22;-31;1;2;283;324;;;;37;;atgf ;0;310;11;16;31;6;8;-32;0;5;150;41;;;;37;;atgf ;1;320;15;10;32;4;7;-33;2;0;123;93;;;;**;;atgf 1;0;330;13;12;33;3;11;-34;1;0;192;55;;;;6;;agc ;0;340;9;5;34;5;10;-35;1;5;74;298;;;;201;;cgt 1;1;350;3;12;35;3;8;-36;0;0;100;;;;;200;;cgt ;0;360;6;14;36;6;11;-37;0;0;655;;;;;**;;cgt 1;0;370;13;8;37;5;11;-38;1;2;100;;;;;7;;aaa 1;0;380;15;10;38;11;9;-39;2;0;49;;;;;47;;gta ;0;390;10;3;39;14;9;-40;0;1;502;;;;;**;;gta ;1;400;8;9;40;3;10;-41;2;2;151;;;;;42;;gcc 3;5;reste;122;138;reste;1014;1461;-42;0;0;111;;;;;**;;gcc 35;42;total;1185;2286;total;1185;2286;-43;0;2;CDS 16s;;;;;100;;atgi 32;37;diagr;1051;2130;diagr;159;807;-44;0;1;364;339;;;;**;;aga 1;1;t30;99;713;;;;-45;0;0;370;477;;;;56;;ggc ;;;;;;;;-46;1;1;161;467;;;;14;;tgc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;2;0;;264;;;;**;;tta ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;3;0;23s 5s;;;;;7;;gtc ;x;1173;119;12;1304;;;-49;2;0;7* 169;;;;;**;;gtc ;c;2268;617;18;2903;;;-50;1;0;5s CDS;;;;;;; ;;;;;4207;537;;reste;7;4;300;113;;;;;; ;;;;;;4744;;total;119;617;56;98;;;;;; ;;;;;;;;;;;;460;;;;;; </pre> =====eal autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_autres_intercalaires_aas|eal autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;eal;;;;; deb;;CDS;1006;1392;99;*; ;comp;gene;1492;5941;-3070;*; fin;;CDS;2872;2988;;; deb;;CDS;3611;3976;-366;*; ;;mobile_el;3611;4839;-906;*; fin;;CDS;3934;4839;;; deb;;CDS;14985;15332;-348;*; ;;mobile_el;14985;16921;-1540;*; ;;gene;15382;16569;549;*; fin;;CDS;17119;18501;;; deb;comp;CDS;34568;34681;26;*; ;;gene;34708;38448;-4;*; fin;;CDS;38445;39989;;; deb;comp;CDS;99647;99793;-25;*; ;;gene;99769;99909;51;*; fin;;CDS;99961;100896;;0; deb;comp;CDS;102850;103833;195;*; ;;gene;104029;105320;30;*; fin;comp;CDS;105351;105914;;0; deb;;CDS;191840;192184;85;*; ;comp;gene;192270;193340;282;*; fin;comp;CDS;193623;194339;;0; deb;;CDS;199369;199794;-426;*; ;;mobile_el;199369;201785;-1995;*; fin;;CDS;199791;200141;;; deb;;CDS;218062;218904;158;*; ;;tRNA;219063;219144;212;*;tac ;;tRNA;219357;219438;376;*;tac fin;comp;CDS;219815;220912;;; deb;comp;CDS;239027;239722;104;*; ;comp;gene;239827;239964;271;*; fin;;CDS;240236;241336;;0; deb;comp;CDS;242534;244144;22;*; ;comp;gene;244167;244856;122;*; deb;;CDS;244979;245305;-327;*; ;;mobile_el;244979;246192;-891;*; fin;;CDS;245302;246192;;0; deb;;CDS;277602;278456;130;*; ;;gene;278587;280453;49;*; fin;comp;CDS;280503;280757;;0; deb;comp;CDS;285209;286279;9;*; ;comp;gene;286289;287587;329;*; fin;;CDS;287917;289449;;0; deb;comp;CDS;297458;298864;-1407;*; ;comp;mobile_el;297458;299261;-348;*; fin;comp;CDS;298914;299261;;; deb;comp;CDS;300053;300712;71;*; ;comp;gene;300784;300984;220;*; fin;;CDS;301205;301894;;; deb;comp;CDS;303386;307822;-3485;*; ;;repeat_reg;304338;304360;-23;*; ;;misc_f;304338;304432;-72;*; ;;repeat_reg;304361;304409;0;*; ;;repeat_reg;304410;304432;3985;*; fin;;CDS;308418;308762;;; deb;;CDS;309802;310167;-366;*; ;;mobile_el;309802;311030;-906;*; fin;;CDS;310125;311030;;; deb;;CDS;313323;313712;-232;*; ;;repeat_reg;313481;313501;-21;*; ;;misc_f;313481;313581;-93;*; ;;repeat_reg;313489;313509;-13;*; ;;repeat_reg;313497;313517;-16;*; ;;repeat_reg;313502;313520;-11;*; ;;repeat_reg;313510;313528;276;*; fin;comp;CDS;313805;314563;;; deb;comp;CDS;316137;316262;245;*; ;;gene;316508;316948;113;*; fin;comp;CDS;317062;318312;;1; deb;;CDS;332934;333359;-426;*; ;;mobile_el;332934;335350;-1995;*; fin;;CDS;333356;333706;;; deb;comp;CDS;411963;412901;233;*; ;;tRNA;413135;413219;276;*;tcc fin;comp;CDS;413496;414182;;; deb;;CDS;422060;426022;39;*; ;comp;gene;426062;426701;264;*; fin;;CDS;426966;427097;;; deb;comp;CDS;461328;462446;441;*; ;;tRNA;462888;462972;601;*;tca fin;comp;CDS;463574;463717;;0; deb;;CDS;463890;464255;-366;*; ;;mobile_el;463890;465118;-906;*; fin;;CDS;464213;465118;;; deb;comp;CDS;488610;488825;294;*; ;comp;tRNA;489120;489191;6;*;gga ;comp;tRNA;489198;489270;162;*;aca fin;comp;CDS;489433;489567;;; deb;comp;CDS;522240;523853;-1614;*; ;comp;mobile_el;522240;524454;-605;*; ;comp;gene;523850;524032;-4;*; fin;comp;CDS;524029;524454;;; deb;comp;CDS;545508;546056;180;*; ;comp;gene;546237;548084;260;*; fin;comp;CDS;548345;552805;;; deb;;CDS;590349;590696;-348;*; ;;mobile_el;590349;592284;-1539;*; fin;;CDS;590746;592284;;0; deb;comp;CDS;603716;607669;-1361;*; ;;repeat_reg;606309;606328;-20;*; ;;misc_f;606309;606445;-117;*; ;;repeat_reg;606329;606347;0;*; ;;repeat_reg;606348;606367;0;*; ;;repeat_reg;606368;606386;0;*; ;;repeat_reg;606387;606406;0;*; ;;repeat_reg;606407;606425;0;*; ;;repeat_reg;606426;606445;1358;*; fin;comp;CDS;607804;608298;;0; deb;;CDS;614451;614669;479;*; ;;tRNA;615149;615233;284;*;tcc fin;;CDS;615518;615646;;0; deb;;CDS;625353;625628;-276;*; ;;mobile_el;625353;626050;-504;*; fin;;CDS;625547;626050;;; deb;comp;CDS;660139;661350;273;*; ;;gene;661624;662214;34;*; fin;comp;CDS;662249;662533;;0; deb;;CDS;664227;664940;-14;*; ;comp;gene;664927;666254;7;*; fin;comp;CDS;666262;668610;;; deb;comp;CDS;730722;731225;-504;*; ;comp;mobile_el;730722;731371;-228;*; fin;comp;CDS;731144;731419;;0; deb;comp;CDS;747736;748551;79;*; ;comp;gene;748631;749979;68;*; fin;comp;CDS;750048;750362;;0; deb;comp;CDS;756185;756652;170;*; ;comp;tRNA;756823;756895;5;*;aaa ;comp;tRNA;756901;756973;48;*;gta ;comp;tRNA;757022;757094;5;*;aaa ;comp;tRNA;757100;757172;48;*;gta ;comp;tRNA;757221;757293;164;*;aaa fin;comp;CDS;757458;758249;;; deb;;CDS;782199;782768;47;*; ;;gene;782816;785265;13;*; fin;;CDS;785279;786010;;; deb;comp;CDS;797253;797513;3;*; ;comp;gene;797517;798173;1830;*; fin;comp;CDS;800004;803876;;; deb;;CDS;832389;834305;223;*; ;;tRNA;834529;834602;10;*;atgj ;;tRNA;834613;834694;26;*;cta ;;tRNA;834721;834792;37;*;caa ;;tRNA;834830;834901;18;*;caa ;;tRNA;834920;834993;51;*;atgj ;;tRNA;835045;835116;35;*;cag ;;tRNA;835152;835223;156;*;cag fin;comp;CDS;835380;836555;;0; deb;comp;CDS;849004;850455;-4;*; ;comp;gene;850452;851159;103;*; fin;;CDS;851263;851817;;0; deb;comp;CDS;957178;958083;-906;*; ;comp;mobile_el;957178;958406;-366;*; fin;comp;CDS;958041;958406;;; deb;comp;CDS;958518;960056;-1539;*; ;comp;mobile_el;958518;960453;-348;*; deb;comp;CDS;960106;960453;867;*; ;;gene;961321;961434;545;*; fin;;CDS;961980;962675;;; 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K-12 substr. MG1655;;;;;;; 50.6%GC;10.3.19 Paris;16s 7 ;89;doubles;interca;EcoCyc;adIP ;223771..225312;;16s;;68;opéron; ;225381..225457;;atc;;42;ileV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30045] ;225500..225575;;gca;;183;« ; ;225759..228662;;23s;;93;« ; ;228756..228875;;5s;@1;52;« ; ;228928..229004;;gac;;;aspU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30024] ;;;;;;; ;236931..237007;;gac;;;; ;;;;;;; ;262871..262946;;acg;;;; ;;;;;;; ;564723..564799;;aga;;;; ;;;;;;; comp;696430..696504;;cag;+;37;opéron; comp;696542..696616;;cag;2 cag;47;glnT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30029] comp;696664..696740;;atg;2 atg;15;« ; comp;696756..696830;;caa;2 caa;34;« ; comp;696865..696939;;caa;;23;« ; comp;696963..697047;;cta;;9;« ; comp;697057..697133;;atg;;;; ;;;;;;; ;780554..780629;;aaa;+;135;lysT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30055] ;780765..780840;;gta;5 aaa;2;opéron; ;780843..780918;;aaa;2 gta;149;« ; ;781068..781143;;gta;;3;valZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6389] ;781147..781222;;aaa;;146;opéron; ;781369..781444;;aaa;;132;lysZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6391] ;781577..781652;;aaa;;;lysQ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6392] ;;;;;;EcoCyc;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30055&chromosome=COLI-K12] comp;925884..925971;;tcc;;;InfA-serW;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30096&chromosome=COLI-K12] ;;;;;;; comp;1031625..1031712;;tca;;;; ;;;;;;; comp;1097565..1097652;;tcc;;;; ;;;;;;; comp;1287087..1287176;;tpr ;cds 90pb;67;tpr; comp;1287244..1287328;;tac;+;209;opéron; comp;1287538..1287622;;tac;2 tac;;tyrT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30106] ;;;;;;; ; 1746435..1746511;;gtc;+;4;valV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30111] ; 1746516..1746592;;gtc;2 gtc;;opéron; ;;;;;;«RNA 67pb; comp;1991815..1991901;;tta;;12;leuZ;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1983402/2000314] comp;1991914..1991987;;tgc;;54;« ; comp;1992042..1992117;;ggc;;;opéron; ;;;;;;; comp;2043468..2043557;;tcg;;;; ;;;;;;; ;2044549..2044624;;aac;;;; ;;;;;;; comp;2058027..2058102;;aac;;;; ;;;;;;; ; 2059851..2059926;;aac;;;; ;;;;;;; ;2062260..2062335;;aac;;;; ;;;;;;; ;2286211..2286287;;ccc;;;; ;;;;;;; ;2466309..2466383;;agg;;;; ;;;;;;; comp;2518041..2518116;;gcc;+;39;alaX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30012] comp;2518156..2518231;;gcc;2 gcc;;opéron; ;;;;;;; ;2520931..2521006;;gta;+;44;valU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30110] ;2521051..2521126;;gta;3gta;46;opéron; ;2521173..2521248;;gta;;4;« ; ;2521253..2521328;;aaa;;;« ; ;;;;;;; comp;2726069..2726188;;5s;@2;92;opéron; comp;2726281..2729184;;23s;;184;; comp;2729369..2729444;;gaa;;171;; comp;2729616..2731157;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2785762..2785837;;atgi;;;; ;;;;;;; comp;2817784..2817860;;cgt;+;198;« ; comp;2818059..2818135;;cgt;4 cgt;62;« ; comp;2818198..2818274;;cgt;;198;« ; comp;2818473..2818549;;cgt;;3;opéron; comp;2818553..2818645;;agc;;;serV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30013] ;;;;;;; ;2947387..2947463;;atgf;+;33;opéron; ;2947497..2947573;;atgf;3 atgf;33;metW;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG31117] ;2947607..2947683;;atgf;;;« ; ;;;;;;; comp;2998984..2999057;;ggg;;;; ;;;;;;; ;3110366..3110441;;ttc;;;; ;;;;;;; ;3215598..3215673;;atgi;;;; ;;;;;;; comp;3318213..3318289;;atgf;;;; ;;;;;;; comp;3322072..3322158;;ctc;;;; ;;;;;;; comp;3423423..3423542;;5s;;37;« ; comp;3423580..3423655;;acc;;12;« ; comp;3423668..3423787;;5s;;92;« ; comp;3423880..3426783;;23s;;174;« ; comp;3426958..3427033;;gca;;42;« ; comp;3427076..3427152;;atc;;68;ileU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30044] comp;3427221..3428762;;16s;;;opéron; ;;;;;;; comp;3708616..3708692;;ccg;;;; ;;;;;;; ;3836222..3836316;;tga;;;; ;;;;;;ecoliwiki;[https://ecoliwiki.org/colipedia/index.php/Category:rRNA_operons] ;3941808..3943349;;16s;;85;gltU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30033] ;3943435..3943510;;gaa;;193;opéron; ;3943704..3946607;;23s;;92;« ; ;3946700..3946819;;5s;;52;« ; ;3946872..3946948;;gac;;8;aspT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30023] ;3946957..3947032;;tgg;;;trpT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30105] ;;;;;;; ;3982375..3982451;;cgg;;57;argX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30017] ;3982509..3982585;;cac;;20;opéron; ;3982606..3982692;;ctg;;42;« ; ;3982735..3982811;;cca;;;« ; ;;;;;;; ;4035531..4037072;;16s;;68;opéron; ;4037141..4037217;;atc;;42;ileT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30043] ;4037260..4037335;;gca;;183;« ; ;4037519..4040423;;23s;;93;« ; ;4040517..4040636;;5s;;;« ; ;;;;;;; ;4166659..4168200;;16s;;171;opéron; ;4168372..4168447;;gaa;;193;; ;4168641..4171544;;23s;;92;; ;4171637..4171756;;5s;;;; ;;;;;;; ;4175388..4175463;;aca;@3;8;thrU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30101] ;4175472..4175556;;tac;;116;opéron; ;4175673..4175747;;gga;;6;« ; ;4175754..4175829;;acc;;114;« ; ;4175944..4177128;;tufb;cds 1185 pb;;« ; ;;;;;;; ;4208147..4209688;;16s;;85;opéron; ;4209774..4209849;;gaa;;193;; ;4210043..4212946;;23s;;93;; ;4213040..4213159;;5s;;;; ;;;;;;; comp;4362551..4362626;;ttc;;;; ;;;;;;; ;4392360..4392435;;ggc;+;36;opéron; ;4392472..4392547;;ggc;3 ggc;35;glyX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30040] ;4392583..4392658;;ggc;;;« ; ;;;;;;; ;4496405..4496489;;ttg;;;; ;;;;;;; comp;4606079..4606165;;ctg;+;34;opéron; comp;4606200..4606286;;ctg;3 ctg;28;leuV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30051] comp;4606315..4606401;;ctg;;;« ; </pre> ====eco cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cumuls|eco cumuls]] <pre> eco cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;10;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;0;60;6;;150;;60;;400; ;max a;3;80;1;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;0;;250;;100;;600; ;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700; ;total aas;14;140;2;;350;;140;;800; sans ;opérons;36;160;2;;400;;160;;900; ;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000; ;max a;7;200;2;;500;;200;;1100; ;a doubles;10;;1;;;;;;; ;total aas;72;;36;0;;0;;0;;0 total aas;;86;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;57;;;;;;; ;;;variance;60;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; </pre> ====eco cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cds|eco cds]] <pre> les CDS eco pour opérons;;;;;;;;; clusters;6.8.19 Paris ;;;interca;cdsa;promoteur;terminateur;notes; ;222833..223408;;cds;362;192;sigma FIS;;; ;223771..225312;;16s;68;;;;; ;225381..225457;;atc;42;;;;; ;225500..225575;;gca;183;;;;; ;225759..228662;;23s;93;;;;; ;228756..228875;;5s;52;;;;; ;228928..229004;;gac;162;;Terminateur;+ sigma;; ;229167..229970;;cds;;268;;;; ;;;;;;;;; comp;2724448..2725746;;cds;322;433;rien;début opéron ;rien; comp;2726069..2726188;;5s;92;;;;; comp;2726281..2729184;;23s;184;;;;; comp;2729369..2729444;;gaa;171;;;;; comp;2729616..2731157;;16s;442;;sigma FIS;;; comp;2731600..2734173;;cds;;858;;;; ;;;;;;;;; ;3422436..3423194;;cds;228;253;Terminateur;fin opéron ;rien; comp;3423423..3423542;;5s;37;;;;; comp;3423580..3423655;;acc;12;;;;; comp;3423668..3423787;;5s;92;;;;; comp;3423880..3426783;;23s;174;;;;; comp;3426958..3427033;;gca;42;;;;; comp;3427076..3427152;;atc;68;;;;; comp;3427221..3428762;;16s;473;;sigma FIS;;; ;3429236..3429790;;cds;;185;;;; ;;;;;;;;; comp;3940635..3941327;;cds;480;231;sigma FIS;;; ;3941808..3943349;;16s;85;;;;; ;3943435..3943510;;gaa;193;;;;; ;3943704..3946607;;23s;92;;;;; ;3946700..3946819;;5s;52;;;;; ;3946872..3946948;;gac;8;;;;; ;3946957..3947032;;tgg;95;;Terminateur;fin opéron ;rien; comp;3947128..3947967;;cds;;280;;;; ;;;;;;;;; ;4034608..4035153;;cds;377;182;Sigma Lrp-leu;;; ;4035531..4037072;;16s;68;;;;; ;4037141..4037217;;atc;42;;;;; ;4037260..4037335;;gca;183;;;;; ;4037519..4040423;;23s;93;;;;; ;4040517..4040636;;5s;228;;;;; ;4040865..4040900;;rprg;5;;pas de Term;fin opéron ;rien; comp;4040906..4041433;;cds;;176;;;; ;;;;;;;;; ;4165428..4166285;;cds;373;286;Sigma Lrp-leu;;; ;4166659..4168200;;16s;171;;;;; ;4168372..4168447;;gaa;193;;;;; ;4168641..4171544;;23s;92;;;;; ;4171637..4171756;;5s;300;;Terminateur;début opéron ;rien; ;4172057..4173085;;cds;;343;;;; ;;;;;;;;; comp;4205943..4207532;;cds;614;530;sigma FIS;;; ;4208147..4209688;;16s;85;;;;; ;4209774..4209849;;gaa;193;;;;; ;4210043..4212946;;23s;93;;;;; ;4213040..4213159;;5s;74;;Terminateur;début opéron ;rien; ;4213234..4213617;;cds;;128;;;; ;;;;;;;;; ;695101..696276;;cds;31;392;;;; comp;696308..696378;;rprg;51;;Terminateur;fin opéron;rien; comp;696430..696504;;cag;37;;;;; comp;696542..696616;;cag;47;;;;; comp;696664..696740;;atg;15;;;;; comp;696756..696830;;caa;34;;;;; comp;696865..696939;;caa;23;;;;; comp;696963..697047;;cta;9;;;;; comp;697057..697133;;atg;379;;sigma FIS;fin opéron;rien; comp;697513..699177;;cds;;555;;;; ;;;;;;;;; ;779598..780389;;cds;164;264;sigma FIS;fin opéron;rien; ;780554..780629;;aaa;135;;;;; ;780765..780840;;gta;2;;;;; ;780843..780918;;aaa;149;;;;; ;781068..781143;;gta;3;;;;; ;781147..781222;;aaa;146;;;;; ;781369..781444;;aaa;132;;;;; ;781577..781652;;aaa;432;;Terminateur;début opéron;NadR pas sigma; ;782085..783128;;cds;;348;;;; ;;;;;;;;; ;1286709..1286984;;cds;81;92;Terminateur;;; comp;1287066..1287236;;ncRNA;-150;;;;; comp;1287087..1287176;;tpr ;67;30;;;; comp;1287244..1287328;;tac;209;;;;; comp;1287538..1287622;;tac;159;;sigma FIS;;; comp;1287782..1288624;;cds;;281;;;; ;;;;;;;;; solitaires;;;;promoteur;terminateur;interc avant;interc après;protéines;lien ;236931..237007;;gac;sigma FIS;Term 1;133;328;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=228513/245425] ;262871..262946;;acg;sigma FIS;rien;115;204;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=262297/263521] ;564723..564799;;aga;sigma FIS;rien;243;16;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=564149/565373] comp;925884..925971;;InfA-tcc;sigma FIS;Term 1;344;254;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30096&chromosome=COLI-K12] comp;1031625..1031712;;tca;sigma FIS;Term 2;207;427;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1023213/1040125] comp;1097565..1097652;;tcc;sigma FIS;Term 4;736;234;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1089153/1106065] comp;2043468..2043557;;tcg;sigma -;Term 1;570;94;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2035057/2051969] ;2044549..2044624;;aac;sigma -;Term 1;101;314;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2036131/2053043] comp;2058027..2058102;;aac;sigma -;Term 1;453;101;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2049609/2066521] ; 2059851..2059926;;aac;sigma -;Term 1;5;38;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2051433/2068345] ;2062260..2062335;;aac;sigma NtrC;rien;327;56;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2053842/2070754] ;2286211..2286287;;ccc;sigma FIS;Term 1;75;103;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2277793/2294705] ;2466309..2466383;;agg;sigma -;Term 1;76;162;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2457890/2474802] comp;2785762..2785837;;atgi;rien;rien;410;-37;évidence faible1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2777344/2794256] comp;2998984..2999057;;ggg;sigma FIS;rien;156;79;évidence faible;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2990565/3007477] ;3110366..3110441;;ttc;sigma FIS;Term 1;106;149;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3101948/3118860] ;3215598..3215673;;atgi;sigma -;Term 1;125;54;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3207180/3224092] comp;3318213..3318289;;atgf;sigma FIS;Term 2;207;348;protéines1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3309795/3326707] comp;3322072..3322158;;ctc;sigma -;Term 1;459;15;protéine2;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3313659/3330571] comp;3708616..3708692;;ccg;sigma FIS;Term 2;911;92;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3700198/3717110] ;3836222..3836316;;tga;sigma -;rien;293;109;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3827813/3844725] comp;4362551..4362626;;ttc;sigma FIS;Term 1;198;107;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4354133/4371045] ;4496405..4496489;;ttg;sigma FIS;Term 1;196;261;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4487991/4504903] </pre> ====eco blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_blocs|eco blocs]] <pre> eco blocs;;;; 16s;68;16s;68;68 atc;42;atc;42;42 gca;174;gca;183;183 23s;92;23s;93;93 5s;12;5s;52; acc;37;gac;; 5s;;;; ;;;; 16s;85;171;171;85 gaa;193;184;193;193 23s;92;92;92;93 5s;52;;; gac;;;; </pre> ====eco distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_distribution|eco distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta3;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;3;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;;23;;4;;;29;;eco;;;;4;;;4 </pre> ====eco données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_données_intercalaires|eco données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;eco;fx;fc;eco;fx40;fc40;eco;c-;x-;c;x;c;x;;c;x; ;0;0;13;16;0;13;16;-1;162;0;162;242;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; 1;0;10;35;345;1;4;43;-2;0;2;132;153;2* 171;;gaa;37;;cag ;1;20;10;265;2;6;51;-3;0;0;327;343;3* 68;;atc;47;;cag ;0;30;18;135;3;10;44;-4;260;43;114;426;2* 85;;gaa;15;;atgj 2;0;40;63;79;4;5;27;-5;0;0;379;735;tRNA 23s;;;34;;caa ;0;50;78;73;5;1;14;-6;0;0;164;233;184;;gaa;23;;caa 2;0;60;51;104;6;3;13;-7;14;1;432;307;174;;gca;9;;cta ;1;70;37;89;7;3;24;-8;59;1;253;569;3* 193;;gaa;**;;atgj 1;3;80;21;88;8;1;15;-9;0;2;206;93;2* 183;;gca;135;;aaa ;0;90;29;67;9;2;56;-10;6;0;67;452;5s tRNA;;;2;;gta 2;3;100;34;82;10;0;58;-11;34;0;159;4;12;;acc;149;;aaa ;4;110;36;83;11;2;48;-12;0;1;107;37;2* 52;;gac;3;;gta ;2;120;32;58;12;3;39;-13;3;0;151;326;tRNA 5s;;;146;;aaa 1;0;130;33;52;13;0;23;-14;14;5;100;55;37;;acc;132;;aaa ;1;140;39;51;14;0;37;-15;0;0;313;235;tRNA tRNA;;intra;**;;aaa 1;1;150;28;50;15;1;23;-16;2;1;100;258;3* 42;;atc gca;209;;tac 1;3;160;39;41;16;2;20;-17;10;0;74;264;;;;**;;tac ;2;170;32;41;17;1;19;-18;0;2;75;208;;;;4;;gtc ;0;180;22;41;18;0;19;-19;4;1;208;73;;;;**;;gtc ;0;190;30;37;19;0;14;-20;9;1;750;148;;;;12;;tta 1;0;200;29;31;20;1;23;-21;0;2;280;124;;;;54;;tgc 1;4;210;35;36;21;1;17;-22;3;0;315;53;;;;**;;ggc ;0;220;29;37;22;0;18;-23;6;1;155;347;;;;39;;ggc ;0;230;20;20;23;1;13;-24;0;2;78;292;;;;**;;ggc 2;1;240;24;18;24;6;19;-25;2;2;105;95;;;;44;;gta 1;0;250;24;17;25;0;10;-26;7;1;206;361;;;;46;;gta 1;1;260;22;26;26;1;14;-27;0;1;458;195;;;;4;;gta 1;1;270;14;14;27;0;14;-28;3;1;14;38;;;;**;;aaa ;1;280;21;16;28;4;8;-29;4;1;910;;;;;198;;cgt ;0;290;17;21;29;2;9;-30;0;1;91;;;;;62;;cgt 1;0;300;9;17;30;3;13;-31;1;0;102;;;;;198;;cgt 1;0;310;9;13;31;3;6;-32;5;1;146;;;;;3;;cgt ;2;320;16;12;32;3;7;-33;0;1;114;;;;;**;;agc 1;1;330;7;11;33;2;7;-34;0;0;106;;;;;33;;atgf ;0;340;11;6;34;7;8;-35;1;3;210;;;;;33;;atgf 2;0;350;2;9;35;5;7;-36;0;0;233;;;;;**;;atgf ;0;360;11;10;36;4;15;-37;1;0;267;;;;;8;;gac 1;0;370;7;12;37;11;7;-38;1;1;CDS 16s ;;;;;**;;tgg ;1;380;18;4;38;6;7;-39;0;1;362;473;;;;57;;cgg ;0;390;6;3;39;14;8;-40;0;0;442;480;;;;20;;cac ;0;400;6;10;40;8;7;-41;0;1;377;614;;;;42;;ctg 5;4;reste;57;64;reste;935;1364;-42;0;0;373;;;;;**;;cca 29;37;total;1074;2204;total;1074;2204;-43;8;0;23s 5s;;;;;8;;aca 24;33;diagr;1004;2124;diagr;126;824;-44;1;1;3* 93;;;;;116;;tac 1;1;t30;63;745;;;;-45;0;0;4* 92;;;;;6;;gga ;;;;;;;;-46;0;0;5s CDS;;;;;**;;acc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;300;81;;;;36;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;1;74;228;;;;35;;ggc ;x;1061;95;13;1169;;;-49;1;0;;269;;;;**;;ggc ;c;2188;647;16;2851;;;-50;1;0;;;;;;34;;ctg ;;;;;4020;712;;reste;25;13;;;;;;28;;ctg ;;;;;;4732;;total;647;95;;;;;;**;;ctg </pre> =====eco autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires_aas|eco autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> ;autres intercalaires;;eco27622;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre inter;aas deb;;CDS;14168;15298;88;; ;;mobile_el;15387;16731;-1287;*; fin;;CDS;15445;16557;;; deb;comp;CDS;16751;16960;-9;; ;;ncRNA;16952;17010;478;*; fin;;CDS;17489;18655;;; deb;;CDS;18715;19620;175;; ;comp;mobile_el;19796;20563;-753;*; fin;comp;CDS;19811;20314;;; deb;comp;CDS;74497;75480;35;; ;comp;ncRNA;75516;75608;35;*; deb;comp;CDS;75644;77299;67;; ;;ncRNA;77367;77593;-206;*; fin;;CDS;77388;77519;;; deb;;CDS;91413;93179;-695;; ;;ncRNA;92485;92658;507;*; fin;;CDS;93166;94653;;; deb;comp;CDS;188712;189506;205;; ;;ncRNA;189712;189847;26;*; fin;;CDS;189874;190599;;; deb;;CDS;193521;194717;66;; ;;ncRNA;194784;194844;58;*; fin;;CDS;194903;195664;;; deb;;CDS;222833;223408;362;; 16s;;rRNA;223771;225312;68;*; ;;tRNA;225381;225457;42;*;atc 23s;;tRNA;225500;225575;183;*;gca 5s;;rRNA;225759;228662;93;*; ;;rRNA;228756;228875;52;*; ;;tRNA;228928;229004;162;*;gac fin;;CDS;229167;229970;;; deb;;CDS;236067;236798;132;; ;;tRNA;236931;237007;327;*;gac fin;;CDS;237335;238120;;; deb;comp;CDS;238257;238736;9;; ;comp;gene;238746;239084;105;*; ;;gene;239190;239378;40;*; fin;comp;CDS;239419;240189;;; deb;;CDS;247637;248134;223;; ;comp;gene;248358;250070;1;*; ;;gene;250072;250827;70;*; fin;;CDS;250898;251953;;; deb;;CDS;252709;253161;305;; ;;gene;253467;253733;-32;*; ;;gene;253702;254202;56;*; fin;comp;CDS;254259;255716;;; deb;;CDS;256527;257771;57;; ;;misc_f;257829;257899;8;*; ;comp;mobile_el;257908;258675;-753;*; fin;comp;CDS;257923;258426;;; deb;comp;CDS;258345;258620;55;; ;;misc_f;258676;259006;38;*; fin;comp;CDS;259045;260100;;; deb;;CDS;261503;262756;114;; ;;tRNA;262871;262946;-49;*;acg ;;misc_f;262898;297205;-34056;*; ;comp;gene;263150;263212;115;*; fin;comp;CDS;263328;263669;;; deb;comp;CDS;266110;266553;-1;; ;comp;gene;266553;266774;1;*; ;comp;gene;266776;266967;216;*; fin;comp;CDS;267184;268005;;; deb;comp;CDS;269289;270182;23;; ;;mobile_el;270206;270540;-263;*; ;;misc_f;270278;270540;0;*; ;;mobile_el;270541;271761;-1159;*; deb;;CDS;270603;271754;7;; ;;mobile_el;271762;272190;-427;*; ;;misc_f;271764;272190;389;*; ;;ncRNA;272580;272654;192;*; deb;;CDS;272847;273992;-38;; ;comp;mobile_el;273955;275149;-1049;*; fin;comp;CDS;274101;275081;;; deb;comp;CDS;277756;278802;11;; ;comp;gene;278814;279162;0;*; ;comp;mobile_el;279163;279930;-753;*; fin;comp;CDS;279178;279681;;; deb;comp;CDS;279600;279875;55;; ;;gene;279931;280104;-174;*; ;;mobile_el;279931;280111;2;*; ;comp;gene;280114;280362;-249;*; ;comp;mobile_el;280114;280425;-41;*; fin;comp;CDS;280385;280735;;; deb;;CDS;290510;290638;-5;; ;comp;mobile_el;290634;291401;-753;*; fin;comp;CDS;290649;291152;;; deb;comp;CDS;313141;313242;473;; ;comp;gene;313716;313805;551;*; ;;gene;314357;315244;-16;*; ;;mobile_el;315229;316483;-1193;*; fin;;CDS;315291;315590;;; deb;;CDS;315587;316453;-4;; ;comp;gene;316450;317136;302;*; ;;gene;317439;317567;158;*; fin;comp;CDS;317726;318319;;; deb;comp;CDS;380069;380842;1;; ;comp;misc_f;380844;381260;-1;*; ;;mobile_el;381260;382590;-1240;*; fin;;CDS;381351;381716;;; deb;;CDS;381674;382579;11;; ;comp;misc_f;382591;382872;-134;*; fin;comp;CDS;382739;383935;;; deb;comp;CDS;388753;389727;523;; ;;misc_f;390251;391708;-117;*; deb;comp;CDS;391592;391648;60;; ;comp;mobile_el;391709;392966;-1228;*; fin;comp;CDS;391739;392605;;; deb;comp;CDS;392602;392901;68;; ;;misc_f;392970;394418;87;*; fin;;CDS;394506;395129;;; deb;;CDS;408177;408461;147;; ;;gene;408609;408950;-4;*; fin;;CDS;408947;409030;;; deb;comp;CDS;475982;476371;76;; ;;ncRNA;476448;476561;110;*; fin;;CDS;476672;477025;;; deb;comp;CDS;506603;507082;121;; ;;ncRNA;507204;507287;-2;*; fin;comp;CDS;507286;508080;;; deb;;CDS;527581;527949;-1;; ;;gene;527949;528659;-20;*; ;;gene;528640;529130;366;*; ;;gene;529497;529592;52;*; fin;comp;CDS;529645;530016;;; deb;;CDS;533011;533826;-198;; ;;ncRNA;533629;533863;52;*; fin;;CDS;533916;535697;;; deb;comp;CDS;563848;564480;242;; ;;tRNA;564723;564799;-45;*;aga ;;misc_f;564755;586056;-21242;*; deb;comp;CDS;564815;565978;-121;; ;comp;gene;565858;566079;18;*; ;comp;gene;566098;566361;14;*; ;;gene;566376;566687;-4;*; ;;misc_f;566684;566776;0;*; ;;mobile_el;566777;568034;-1193;*; fin;;CDS;566842;567141;;; deb;;CDS;567138;568004;30;; ;;misc_f;568035;568247;67;*; fin;;CDS;568315;568647;;; deb;;CDS;573956;574339;189;; ;comp;misc_f;574529;574586;4;*; ;comp;mobile_el;574591;575785;-1049;*; deb;comp;CDS;574737;575717;68;; ;comp;misc_f;575786;576825;572;*; fin;;CDS;577398;577613;;; deb;;CDS;580834;581379;-26;; ;;gene;581354;581662;-129;*; deb;;CDS;581534;582097;54;; ;comp;gene;582152;582806;68;*; fin;;CDS;582875;583060;;; deb;comp;CDS;606265;607383;349;; ;comp;ncRNA;607733;607792;43;*; deb;;CDS;607836;607988;18;; ;;mobile_el;608007;609351;-1287;*; fin;;CDS;608065;609177;;; deb;comp;CDS;657555;657938;92;; ;;gene;658031;658818;128;*; fin;;CDS;658947;659150;;; deb;comp;CDS;685929;686669;11;; ;comp;ncRNA;686681;686843;-5;*; deb;comp;CDS;686839;687747;103;; ;comp;mobile_el;687851;689045;-1049;*; fin;comp;CDS;687997;688977;;; deb;;CDS;695101;696276;153;; ;comp;tRNA;696430;696504;37;*;cag ;comp;tRNA;696542;696616;47;*;cag ;comp;tRNA;696664;696740;15;*;atgj ;comp;tRNA;696756;696830;34;*;caa ;comp;tRNA;696865;696939;23;*;caa ;comp;tRNA;696963;697047;9;*;cta ;comp;tRNA;697057;697133;379;*;atgj fin;comp;CDS;697513;699177;;; deb;;CDS;706093;707757;478;; ;;ncRNA;708236;708333;0;*; fin;;CDS;708334;709740;;; deb;;CDS;715412;715906;40;; ;comp;gene;715947;716597;123;*; ;comp;gene;716721;716870;75;*; fin;comp;CDS;716946;718265;;; deb;;CDS;733776;734102;117;; ;;gene;734220;735653;-4;*; fin;;CDS;735650;736219;;; deb;;CDS;736445;736699;200;; ;;gene;736900;737961;130;*; fin;;CDS;738092;738853;;; deb;;CDS;764180;765049;0;; ;;ncRNA;765050;765150;2;*; fin;comp;CDS;765153;765875;;; deb;;CDS;779598;780389;164;; ;;tRNA;780554;780629;135;*;aaa ;;tRNA;780765;780840;2;*;gta ;;tRNA;780843;780918;149;*;aaa ;;tRNA;781068;781143;3;*;gta ;;tRNA;781147;781222;146;*;aaa ;;tRNA;781369;781444;132;*;aaa ;;tRNA;781577;781652;432;*;aaa fin;;CDS;782085;783128;;; deb;;CDS;836351;837436;-2;; ;comp;ncRNA;837435;837531;-29;*; fin;;CDS;837503;837562;;; deb;comp;CDS;851014;852597;127;; ;comp;ncRNA;852725;853064;-196;*; fin;comp;CDS;852869;852997;;; deb;;CDS;887423;887959;19;; ;comp;ncRNA;887979;888057;76;*; fin;comp;CDS;888134;889819;;; deb;;CDS;923264;925540;343;; ;comp;tRNA;925884;925971;253;*;tcc fin;comp;CDS;926225;926443;;; deb;comp;CDS;1030759;1031418;206;; ;comp;tRNA;1031625;1031712;426;*;tca fin;;CDS;1032139;1033257;;; deb;comp;CDS;1049439;1049744;33;; ;;mobile_el;1049778;1050545;-713;*; fin;;CDS;1049833;1050108;;; deb;;CDS;1079305;1080813;542;; ;;gene;1081356;1082185;57;*; fin;;CDS;1082243;1083370;;; deb;;CDS;1092876;1094234;10;; ;comp;mobile_el;1094245;1095502;-1228;*; fin;comp;CDS;1094275;1095141;;; deb;comp;CDS;1095138;1095437;106;; ;;gene;1095544;1095846;-4;*; deb;;CDS;1095843;1096829;735;; ;comp;tRNA;1097565;1097652;233;*;tcc fin;;CDS;1097886;1098824;;; deb;;CDS;1140033;1140986;-1;; ;;ncRNA;1140986;1141063;118;*; fin;comp;CDS;1141182;1144367;;; 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deb;;CDS;4156850;4158223;54;; ;comp;ncRNA;4158278;4158394;95;*; fin;;CDS;4158490;4159407;;; deb;;CDS;4165428;4166285;373;; 16s;;rRNA;4166659;4168200;171;*; ;;tRNA;4168372;4168447;193;*;gaa 23s;;rRNA;4168641;4171544;92;*; 5s;;rRNA;4171637;4171756;300;*; fin;;CDS;4172057;4173085;;; deb;comp;CDS;4174076;4175026;361;; ;;tRNA;4175388;4175463;8;*;aca ;;tRNA;4175472;4175556;116;*;tac ;;tRNA;4175673;4175747;6;*;gga ;;tRNA;4175754;4175829;114;*;acc fin;;CDS;4175944;4177128;;; deb;;CDS;4189786;4190325;1;; ;comp;ncRNA;4190327;4190487;247;*; fin;comp;CDS;4190735;4191868;;; deb;comp;CDS;4205943;4207532;614;; 16s;;rRNA;4208147;4209688;85;*; ;;tRNA;4209774;4209849;193;*;gaa 23s;;rRNA;4210043;4212946;93;*; 5s;;rRNA;4213040;4213159;74;*; fin;;CDS;4213234;4213617;;; deb;;CDS;4218596;4220332;-1454;; ;;ncRNA;4218879;4218963;1337;*; fin;comp;CDS;4220301;4222487;;; deb;comp;CDS;4240779;4242254;276;; ;comp;ncRNA;4242531;4242633;-8;*; fin;comp;CDS;4242626;4243516;;; deb;;CDS;4249554;4250474;228;; ;;gene;4250703;4252283;222;*; fin;;CDS;4252506;4253003;;; deb;;CDS;4262840;4263082;56;; ;;ncRNA;4263139;4263249;-2;*; fin;comp;CDS;4263248;4264231;;; deb;;CDS;4277469;4277933;-8;; ;comp;ncRNA;4277926;4278066;412;*; fin;;CDS;4278479;4279828;;; deb;comp;CDS;4321697;4322422;20;; ;comp;gene;4322443;4323281;54;*; fin;comp;CDS;4323336;4324352;;; deb;comp;CDS;4360396;4361934;256;; ;comp;gene;4362191;4362353;197;*; ;comp;tRNA;4362551;4362626;106;*;ttc fin;comp;CDS;4362733;4363308;;; deb;comp;CDS;4365472;4366773;65;; ;comp;ncRNA;4366839;4366951;-61;*; fin;comp;CDS;4366891;4368327;;; deb;;CDS;4391604;4392149;210;; ;;tRNA;4392360;4392435;36;*;ggc ;;tRNA;4392472;4392547;35;*;ggc ;;tRNA;4392583;4392658;233;*;ggc fin;;CDS;4392892;4392945;;; deb;comp;CDS;4426628;4427422;271;; ;;gene;4427694;4428095;-17;*; fin;comp;CDS;4428079;4428717;;; deb;;CDS;4457959;4459311;176;; ;;gene;4459488;4459855;44;*; fin;comp;CDS;4459900;4460364;;; deb;comp;CDS;4495190;4496209;195;; ;;tRNA;4496405;4496489;185;*;ttg ;;misc_f;4496675;4497940;-1191;*; ;;gene;4496750;4497940;240;*; ;;mobile_el;4498181;4499511;-1240;*; fin;;CDS;4498272;4498637;;; deb;;CDS;4498595;4499500;92;; ;comp;gene;4499593;4500791;468;*; deb;;CDS;4501260;4501589;500;; ;comp;mobile_el;4502090;4503515;-1413;*; fin;comp;CDS;4502103;4503431;;; deb;;CDS;4506448;4506573;52;; ;comp;gene;4506626;4506856;4;*; ;;gene;4506861;4507109;15;*; ;;mobile_el;4507125;4507458;-262;*; ;;misc_f;4507197;4507451;7;*; ;comp;mobile_el;4507459;4508679;-1214;*; deb;comp;CDS;4507466;4508617;62;; ;comp;mobile_el;4508680;4509006;-323;*; ;comp;gene;4508684;4508942;64;*; ;;mobile_el;4509007;4509801;-793;*; ;;misc_f;4509009;4509479;-1;*; ;;misc_f;4509479;4509793;10;*; ;;gene;4509804;4510133;556;*; fin;comp;CDS;4510690;4511457;;; deb;;CDS;4518372;4518440;31;; ;;mobile_el;4518472;4519239;-713;*; deb;;CDS;4518527;4518802;-82;; ;;gene;4518721;4519224;113;*; fin;comp;CDS;4519338;4520324;;; deb;comp;CDS;4527549;4527980;-4;; ;;ncRNA;4527977;4528066;44;*; fin;comp;CDS;4528111;4528917;;; deb;comp;CDS;4530530;4531651;398;; ;comp;gene;4532050;4532310;126;*; fin;comp;CDS;4532437;4533183;;; deb;comp;CDS;4533796;4534053;376;; ;comp;gene;4534430;4534675;339;*; ;;gene;4535015;4536031;565;*; fin;;CDS;4536597;4536695;;; deb;comp;CDS;4568692;4568727;270;; ;;gene;4568998;4569918;243;*; fin;comp;CDS;4570162;4571574;;; deb;;CDS;4572414;4573931;203;; ;;gene;4574135;4576855;56;*; fin;comp;CDS;4576912;4577958;;; deb;comp;CDS;4579499;4579840;-6;; ;;ncRNA;4579835;4579911;156;*; fin;comp;CDS;4580068;4581462;;; deb;;CDS;4605804;4606040;38;; ;comp;tRNA;4606079;4606165;34;*;ctg ;comp;tRNA;4606200;4606286;28;*;ctg ;comp;tRNA;4606315;4606401;267;*;ctg fin;comp;CDS;4606669;4607700;;; </pre> ====eco intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_entre_cds|eco intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> eco;6.2.21 Paris;;eco 23-9-2020;;;;;;; eco;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;738;18.3;'''négatif ;-9;14;-1 à -89;'''4 641 652;-1;738 ;'''zéro;29;0.7;;;;;'''intercals;0;29 ;'''1 à 200;2511;62.4;'''0 à 200;72;58;;'''421 229;5;203 ;'''201 à 370;572;14.2;'''201 à 370;264;47;;'''9.1%;10;174 ;'''371 à 600;142;3.5;'''371 à 600;440;60;;;15;176 ;'''601 à max;32;0.8;'''601 à 1028;693;97;;;20;99 ;'''total 4024;<201;81.5;'''total 4004;103;126;-89 à 950;;25;85 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;67 4538785;1455;-1;738;-70;30;;0;29;35;56 2901896;1372;0;29;-60;2;;-1;°163;40;87 2876581;950;1;°47;-50;2;;-2;2;45;80 2405703;919;2;°57;-40;12;;-3;0;50;72 4077449;852;3;°54;-30;18;'''min à -1;-4;°303;55;82 767978;846;4;°31;-20;45;738;-5;0;60;72 1985139;796;5;14;-10;84;18.3%;-6;0;65;66 310746;775;6;16;0;574;;-7;15;70;60 1253085;768;7;°26;10;377;;-8;°60;75;57 1102546;754;8;16;20;275;;-9;2;80;52 3111266;728;9;°58;30;152;;-10;6;85;50 2303905;714;10;°58;40;143;'''1 à 100;-11;°34;90;49 2455083;680;11;°50;50;152;1701;-12;1;95;58 3353121;674;12;42;60;154;42.3%;-13;3;100;56 1907448;669;13;23;70;126;;-14;°20;105;56 2798091;668;14;°37;80;109;;-15;0;110;64 83622;659;15;24;90;99;;-16;3;115;40 2136104;658;16;22;100;114;;-17;°10;120;51 4325298;657;17;20;110;120;;-18;2;125;34 4294481;641;18;19;120;91;;-19;5;130;53 1299567;634;19;14;130;87;;-20;°9;135;41 2404629;630;20;°24;140;90;;-21;2;140;49 4502103;626;21;18;150;78;;-22;3;145;26 582875;620;22;18;160;81;;-23;°7;150;52 4602088;618;23;14;170;72;'''1 à 200;-24;2;155;51 3922060;616;24;°25;180;62;2511;-25;4;160;30 384059;615;25;10;190;68;62.4%;-26;°8;165;36 3550080;611;26;15;200;61;;-27;1;170;36 1711523;610;27;14;210;72;;-28;4;175;34 1292509;604;28;12;220;66;;-29;°5;180;28 985894;602;29;11;230;40;;-30;1;185;36 88028;601;30;15;240;41;'''0 à 200;-31;1;190;32 4150447;597;31;9;250;41;2540;-32;°7;195;31 654583;588;32;10;260;47;;;712;200;30 1089866;586;33;10;270;27;;reste;55;205;39 ;;34;15;280;37;;total;767;210;33 ;;35;12;290;38;;;;215;29 ;;36;°19;300;26;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;37 ;;37;18;310;22;;600;3992;225;16 ;;38;13;320;29;;610;4;230;24 ;;39;°22;330;18;;620;5;235;19 ;;40;15;340;18;'''201 à 370;630;2;240;22 ;;reste;2310;350;11;572;640;1;245;24 ;;total;4024;360;20;14.2%;650;1;250;17 ;;;;370;19;;660;3;255;19 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;23;;670;2;260;28 164730;-2400;cont;2400;390;9;;680;2;265;15 2731600;-2130;cont;2130;400;18;;690;0;270;12 492092;-1295;cont;1295;410;10;;700;0;275;23 4577958;-897;cont;897;420;7;;710;0;280;14 1179520;-729;cont;729;430;13;;720;1;285;21 3111128;-723;comp';'''20;440;8;;730;1;290;17 3838248;-530;comp';'''20;450;3;;740;0;295;17 10643;-527;comp';'''486;460;8;;750;0;300;9 1639030;-448;cont;'''255;470;4;;760;1;305;10 3796948;-436;comp';'''75;480;6;;770;1;310;12 578107;-242;cont;'''123;490;3;;780;1;315;14 508875;-212;cont;212;500;4;;790;0;320;15 3993739;-210;comp';210;510;1;;800;1;325;8 16751;-153;cont;153;520;5;;810;0;330;10 1240260;-129;comp';129;530;3;;820;0;335;10 4011076;-113;comp';113;540;3;'''371 à 600;830;0;340;8 1491922;-110;cont;110;550;4;142;840;0;345;7 3086145;-102;comp';102;560;3;3.5%;850;1;350;4 3519465;-89;cont;89;570;1;;860;1;355;13 1529922;-86;comp';86;580;3;'''601 à max;total;28;360;7 2475873;-85;cont;85;590;2;32;;;365;13 19811;-82;cont;82;600;1;0.8%;;;370;6 257923;-82;cont;82;reste;32;;reste;4;reste;174 279178;-82;cont;82;total;4024;;total;4024;total;4024 </pre> ====eco intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> eco Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; eco;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;22;-151;195;32;532;230;max50;-74;565;-1405;124;805;255;min50 31 à 400;;;;;;;;7.6;-18;-162;50;934;79;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;94;44;-;489;dte;43;tm;197;65;-;540;poly;265;SF 31 à 400;;;;;;;;117;43;-;873;poly;61;tm </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> 25.1.22 Paris;;;;;;;;;;;;; ;400;200;250;;corrélation;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;-0.119;;;;;;;; 41-n;0.735;0.296;0.440;;;;;;;;;; 1-n;0.287;-0.178;-0.064;;;;;;;;25.1.22 Paris;; eco;fx;fc;;fx40;fc40;eco;fx%;fc%;;x;eco;Sx-;Sc- 0;13;16;0;13;16;0;13;8;>0;1062;-1;0;163 10;36;341;1;4;43;10;36;160;<0;94;-2;2;0 20;11;264;2;6;51;20;11;124;zéro;13;-3;0;0 30;16;136;3;10;44;30;16;64;total;1169;-4;43;260 40;63;80;4;5;26;40;63;38;;c;-5;0;0 50;79;73;5;1;13;50;79;34;>0;2195;-6;0;0 60;51;103;6;4;12;60;51;48;<0;644;-7;1;14 70;37;89;7;3;23;70;37;42;zéro;16;-8;1;59 80;20;89;8;1;15;80;20;42;total;2855;-9;2;0 90;30;69;9;2;56;90;30;32;;;-10;0;6 100;32;82;10;0;58;100;32;38;total;4024;-11;0;34 110;36;84;11;2;48;110;36;39;;;-12;1;0 120;32;59;12;3;39;120;32;28;;;-13;0;3 130;34;53;13;1;22;130;34;25;;;-14;5;15 140;39;51;14;0;37;140;39;24;;;-15;0;0 150;29;49;15;1;23;150;29;23;;;-16;1;2 160;39;42;16;2;20;160;39;20;;;-17;0;10 170;32;40;17;1;19;170;32;19;;;-18;2;0 180;22;40;18;0;19;180;22;19;;;-19;1;4 190;30;38;19;0;14;190;30;18;;;-20;1;8 200;29;32;20;1;23;200;29;15;;;-21;2;0 210;35;37;21;1;17;210;35;17;;;-22;0;3 220;29;37;22;0;18;220;29;17;;;-23;1;6 230;21;19;23;1;13;230;21;9;;;-24;2;0 240;23;18;24;6;19;240;23;8;;;-25;2;2 250;24;17;25;0;10;250;24;8;;;-26;1;7 260;22;25;26;1;14;260;22;12;;;-27;1;0 270;12;15;27;0;14;270;12;7;;;-28;1;3 280;20;17;28;4;8;280;20;8;;;-29;1;4 290;17;21;29;2;9;290;17;10;;;-30;1;0 300;9;17;30;1;14;300;9;8;;;-31;0;1 310;9;13;31;2;7;310;9;6;;;-32;2;5 320;16;13;32;3;7;320;16;6;;;-33;1;0 330;8;10;33;3;7;330;8;5;;;-34;0;0 340;12;6;34;7;8;340;12;3;;;-35;3;1 350;2;9;35;5;7;350;2;4;;;-36;0;0 360;10;10;36;4;15;360;10;5;;;-37;0;1 370;6;13;37;11;7;370;6;6;;;-38;1;1 380;18;5;38;6;7;380;18;2;;;-39;1;0 390;6;3;39;14;8;390;6;1;;;-40;0;0 400;7;11;40;8;7;400;7;5;;;-41;1;0 reste;59;65;reste;936;1374;;;;;;-42;0;0 total;1075;2211;total;1075;2211;t30;63;348;;;-43;0;8 diagr;1003;2130;diagr;126;821;t60;218;302;;;-44;1;1 - t30;940;1389;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;747;1133;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;-48;1;0 ;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;reste;11;21 ;;;;;;;;;;;total;94;644 </pre> ====eco intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_négatifs_S-|eco intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;; comp’;0;2;0;42;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;0;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;8;91;11 continu;163;0;0;261;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;1;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;7;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;10;647;22 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;43;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;1;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;11;94 ;Sc-;163;0;0;260;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;0;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;22;644 </pre> ====eco autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires|eco autres intercalaires]] <pre> eco;autres intercalaires;;adresses1;;;eco;autres intercalaires;;adresses2;;;eco;autres intercalaires;;adresses3;;;eco;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;14168;88;;;deb;°CDS;1205731;-74;;;deb;°CDS;2170532;30;;;deb;°CDS;3579768;116; ;mobile;15387;-1287;;;;gene;1206131;-10;;;;misc_f;2171429;105;;;;ncRNA;3580922;121; fin;°CDS;15445;;;;fin;°CDS;1206913;;;;deb;°CDS;2171833;47;;;fin;°CDS;3581138;; deb;°CDS;16751;-9;;;deb;°CDS;1208517;-1;;;;gene;2172921;3;;;deb;°CDS;3581863;-4; ;ncRNA;16952;482;;;;gene;1209119;29;;;fin;°CDS;2174282;;;;;misc_f;3583038;0; fin;°CDS;17489;;;;fin;°CDS;1209685;;;;deb;°CDS;2196474;111;;;;mobile;3583428;-713; deb;°CDS;18715;175;;;deb;°CDS;1210346;233;;;;gene;2197410;9;;;fin;°CDS;3583483;; ;mobile;19796;-753;;;;gene;1211413;102;;;fin;°CDS;2200279;;;;deb;°CDS;3583677;24; fin;°CDS;19811;;;;fin;°CDS;1211680;;;;deb;°CDS;2226509;52;;;;misc_f;3584205;94; deb;°CDS;74497;35;;;deb;°CDS;1218983;399;;;;gene;2227323;223;;;fin;°CDS;3584404;; ;ncRNA;75516;35;;;;gene;1219601;56;;;fin;°CDS;2228982;;;;deb;°CDS;3623399;104; deb;°CDS;75644;67;;;fin;°CDS;1222305;;;;deb;°CDS;2284376;74;;;;gene;3623887;245; ;ncRNA;77367;-206;;;deb;°CDS;1223264;114;;;;&tRNA;2286211;102;;;fin;°CDS;3624378;; fin;°CDS;77388;;;;;gene;1223564;371;;;;misc_f;2286390;4;;;deb;°CDS;3630968;261; deb;°CDS;188712;205;;;fin;°CDS;1224279;;;;;mobile;2288919;-1049;;;;gene;3632852;382; ;ncRNA;189712;26;;;deb;°CDS;1238879;238;;;deb;°CDS;2289065;68;;;fin;°CDS;3634841;; fin;°CDS;189874;;;;;mobile;1240188;-30;;;;misc_f;2290114;319;;;deb;°CDS;3647705;274; deb;°CDS;222833;362;;;fin;°CDS;1240260;;;;fin;°CDS;2290500;;;;;ncRNA;3648063;149; ;$rRNA;223771;68;;;deb;°CDS;1269168;47;;;deb;°CDS;2311646;334;;;;ncRNA;3648294;152; ;&tRNA;225381;42;;;;ncRNA;1269323;313;;;;ncRNA;2313084;311;;;fin;°CDS;3648528;; ;&tRNA;225500;183;;;deb;°CDS;1269703;47;;;fin;°CDS;2313488;;;;deb;°CDS;3650237;628; ;$rRNA;225759;93;;;;ncRNA;1269858;314;;;deb;°CDS;2328148;0;;;;misc_f;3651291;-1; ;$rRNA;228756;52;;;deb;°CDS;1270238;47;;;;gene;2329798;-67;;;;mobile;3652036;-1049; ;&tRNA;228928;162;;;;ncRNA;1270393;288;;;fin;°CDS;2334336;;;;deb;°CDS;3652182;73; fin;°CDS;229167;;;;fin;°CDS;1270749;;;;deb;°CDS;2348822;214;;;;misc_f;3653236;247; deb;°CDS;236067;132;;;deb;°CDS;1286709;81;;;;gene;2349687;41;;;fin;°CDS;3653961;; ;&tRNA;236931;327;;;;ncRNA;1287066;-150;;;fin;°CDS;2349935;;;;deb;°CDS;3656995;417; fin;°CDS;237335;;;;deb;°CDS;1287087;67;comp;;deb;°CDS;2356904;12;;;;ncRNA;3657985;311; deb;°CDS;238257;9;;;;&tRNA;1287244;209;comp;;;gene;2357816;40;;;deb;°CDS;3658366;98; ;gene;238746;105;;;;&tRNA;1287538;159;comp;;fin;°CDS;2358042;;;;;ncRNA;3658992;149; ;gene;239190;40;;;fin;°CDS;1287782;;comp;;deb;°CDS;2451584;19;;;fin;°CDS;3659232;; fin;°CDS;239419;;;;deb;°CDS;1293527;281;;;;gene;2452356;81;;;deb;°CDS;3663890;245; deb;°CDS;247637;223;;;;gene;1294426;-897;;;fin;°CDS;2455083;;;;;ncRNA;3664864;16; ;gene;248358;1;;;;mobile;1294426;40;;;deb;°CDS;2465301;75;;;fin;°CDS;3664986;; ;gene;250072;70;;;fin;°CDS;1295446;;;;;&tRNA;2466309;-15;;;deb;°CDS;3692618;-4; fin;°CDS;250898;;;;deb;°CDS;1298598;253;;;;misc_f;2466369;-10039;;;;gene;3695233;11; deb;°CDS;252709;305;;;;mobile;1299499;-1127;;;fin;°CDS;2466545;;;;fin;°CDS;3695997;; ;gene;253467;-32;;;fin;°CDS;1299567;;;;deb;°CDS;2470497;159;;;deb;°CDS;3699980;48; ;gene;253702;56;;;deb;°CDS;1380148;13;;;;gene;2470803;-29;;;;ncRNA;3700136;363; fin;°CDS;254259;;;;;gene;1380821;-1;;;deb;°CDS;2471077;26;;;fin;°CDS;3700563;; deb;°CDS;256527;57;;;;gene;1381789;44;;;;gene;2471544;49;;;deb;°CDS;3706098;910;comp ;misc_f;257829;8;;;fin;°CDS;1381947;;;;fin;°CDS;2472112;;;;;&tRNA;3708616;91;comp ;mobile;257908;-753;;;deb;°CDS;1394891;121;;;deb;°CDS;2476310;73;;;fin;°CDS;3708784;;comp fin;°CDS;257923;;;;;mobile;1396044;-1127;;;;gene;2476584;95;;;deb;°CDS;3720448;-153; deb;°CDS;258345;55;;;fin;°CDS;1396112;;;;fin;°CDS;2476694;;;;;gene;3720448;0; ;misc_f;258676;38;;;deb;°CDS;1404741;8;;;deb;°CDS;2513042;28;;;;mobile;3720633;-1396; fin;°CDS;259045;;;;;ncRNA;1405658;227;;;;mobile;2514273;-1287;;;fin;°CDS;3720680;; deb;°CDS;261503;114;;;fin;°CDS;1405979;;;;fin;°CDS;2514331;;;;deb;°CDS;3721198;26; ;&tRNA;262871;-49;;;deb;°CDS;1408050;95;;;deb;°CDS;2515643;208;;;;gene;3722076;222; ;misc_f;262898;-34056;;;;ncRNA;1409129;57;;;;&tRNA;2518041;39;comp;;fin;°CDS;3722328;; 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;&tRNA;1097565;233;comp;;deb;°CDS;2152469;182;;;fin;°CDS;3420134;;;;fin;°CDS;4536597;; fin;°CDS;1097886;;;;;ncRNA;2153311;-106;;;deb;°CDS;3422436;228;;;deb;°CDS;4567287;478; deb;°CDS;1146011;-7;;;deb;°CDS;2153349;237;;;;$rRNA;3423423;37;;;;gene;4568998;243; ;ncRNA;1146589;36;;;;ncRNA;2153646;-101;;;;&tRNA;3423580;12;;;fin;°CDS;4570162;; fin;°CDS;1146794;;;;fin;°CDS;2153681;;;;;$rRNA;3423668;92;;;deb;°CDS;4572414;203; deb;°CDS;1195123;-165;;;deb;°CDS;2165668;84;;;;$rRNA;3423880;174;;;;gene;4574135;56; ;misc_f;1196209;-14546;;;;ncRNA;2167114;-18;;;;&tRNA;3426958;42;;;fin;°CDS;4576912;; fin;°CDS;1196867;;;;;misc_f;2167183;-510;;;;&tRNA;3427076;68;;;deb;°CDS;4579499;-6; deb;°CDS;1203822;9;;;deb;°CDS;2167302;81;;;;$rRNA;3427221;473;;;;ncRNA;4579835;156; ;gene;1204170;-234;;;;gene;2167602;168;;;fin;°CDS;3429236;;;;fin;°CDS;4580068;; deb;°CDS;1204170;-1137;;;fin;°CDS;2167989;;;;deb;°CDS;3558268;-19;;;deb;°CDS;4605804;38; ;gene;1204401;11;;;deb;°CDS;2168712;81;;;;gene;3559848;16;;;;&tRNA;4606079;34;comp fin;°CDS;1205549;;;;;misc_f;2169693;3;;;fin;°CDS;3560622;;;;;&tRNA;4606200;28;comp ;;;;;;;mobile;2170171;-1193;;;;;;;;;;&tRNA;4606315;267;comp ;;;;;;fin;°CDS;2170236;;;;;;;;;;fin;°CDS;4606669;;comp </pre> ====eco intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_tRNA|eco intercalaires tRNA]] <pre> eco;intercalaires tRNAs;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;162;;67;14;; ;;;132;;327;;74;78;; ;;;114;;;;75;91;'''deb; ;;comp’;242;;;;100;100;<201;10 6 aas;37 47 15 34 23 9;comp’;153;;379;;102;106;total;17 6 aas;135 2 149 3 146 132;;164;;432;;105;107;taux;59% ;;comp’;343;;253;;114;114;; ;;;206;comp’;426;;128;146;'''fin; ;;comp’;735;comp’;233;;132;151;<201;11 ;209;;67;;159;;155;159;total;20 ;4;comp’;307;;107;;164;162;taux;55% ;12 54;;-;;151;;206;235;; ;;comp’;569;comp’;93;;206;253;'''total; ;;;100;;313;;210;267;<201;21 ;;comp’;452;;100;;280;313;total;37 ;;comp’;4;comp’;37;;458;315;taux;57% ;;comp’;326;comp’;55;;750;327;; ;;;74;;;;910;379;; ;;;75;;;;233;432;comp’;cumuls ;39;comp’;208;;235;;4;37;; ;44 46 4;comp’;258;comp’;264;;38;53;; ;;;750;;;;124;55;'''deb; 4 aas;198 62 198 3;;280;;315;;153;73;<201;5 ;;comp’;208;comp’;73;;195;93;total;17 ;33 33;;155;;78;;208;95;taux;29% ;;;105;comp’;148;;208;148;; ;;comp’;124;comp’;53;;242;233;'''fin; ;;;206;comp’;347;;258;264;<201;7 ;;;458;;14;;292;347;total;11 ;;;910;;91;;307;426;taux;64% ;;comp’;292;;;;326;'''-;; ;8;;;comp’;95;;343;'''-;'''total; ;57 20 42;;102;;146;;361;'''-;<201;12 ;8 116 6;comp’;361;;114;;452;'''-;total;28 ;;;;;106;;569;'''-;taux;43% ;36 35;;210;;233;;735;'''-;; ;;comp’;195;;;;;;; ;34 28;comp’;38;;267;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;deb;fin;total ;;;;;;;<201;15;18;33 ;;;;;;;total;34;31;65 ;;;;;;;taux;44%;58%;51% </pre> ===Escherichia coli Nissle 1917=== ====ecoN opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_opérons|ecoN opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Esch_coli_Nissle_1917/eschColi_NISSLE_1917-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP007799.1;ecoN;;genome;;;;;;;;; 50%GC;21.8.19 Paris;16s 10 ;123 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;; Escherichia coli Nissle 1917 ;;;;;;;;;;;; ;231864..232436;;CDS;;365;365;;;191;;D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase;* ;232802..234321;;16s;;73;;;;1520;;; ;234395..234471;;gaa;;12;;;12;;;; ;234484..234557;;gca;;174;;;;;;; ;234732..237319;;23s;;83;;;;2588;;; ;237403..237518;;5s;;54;;;;116;;; ;237573..237649;;gac;;162;162;;;;162;; ;237812..238615;;CDS;;;;;;268;;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;* ;;;;;;;;;;;; ;244934..245665;;CDS;;132;132;;;244;;DNA polymerase III subunit epsilon;* ;245798..245874;;gac;;120;120;;;;120;; comp;245995..246852;;CDS;;;;;;286;;DUF4942 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;367329..368582;;CDS;;114;114;;;418;114;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;* ;368697..368772;;acg;;154;154;;;;;; ;368927..369265;;CDS;;;;;;113;;DUF4102 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;631149..632015;;CDS;;270;270;;;289;;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;* ;632286..632362;;aga;;15;15;;;;15;; comp;632378..632997;;CDS;;;;;;207;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;733188..734363;;CDS;;153;153;;;392;153;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;* comp;734517..734591;;cag;+;37;;37;;;;; comp;734629..734703;;cag;2 cag;48;;48;;;;; comp;734752..734828;;atgj;2 atgj;15;;15;;;;; comp;734844..734918;;caa;2 caa;34;;34;;;;; comp;734953..735027;;caa;;23;;23;;;;; comp;735051..735135;;cta;;10;;10;;;;; comp;735146..735222;;atgj;;380;380;;;;;; comp;735603..737267;;CDS;;;;;;555;;asparagine synthase B;* ;;;;;;;;;;;; ;807377..808169;;CDS;;164;164;;;264;164;Pseudo, cell division protein CpoB;* ;808334..808409;;aaa;+;35;;35;;;;; ;808445..808520;;gta;5 aaa;2;;2;;;;; ;808523..808598;;aaa;2 gta;51;;51;;;;; ;808650..808725;;gta;;3;;3;;;;; ;808729..808804;;aaa;;48;;48;;;;; ;808853..808928;;aaa;;33;;33;;;;; ;808962..809037;;aaa;;277;277;;;;;; ;809315..810358;;CDS;;;;;;348;;quinolinate synthase NadA;* ;;;;;;;;;;;; ;950069..952345;;CDS;;343;343;;;*759;343;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;* comp;952689..952776;;tcc;;253;253;;;;;; comp;953030..953248;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;* ;;;;;;;;;;;; comp;1047224..1047883;;CDS;;206;206;;;220;206;FtsH protease modulator YccA;* comp;1048090..1048177;;tca;;426;*426;;;;;; ;1048604..1049722;;CDS;;;;;;373;;hydrogenase 1 small subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;1183656..1184018;;CDS;;463;*463;;;121;;hp;* ;1184482..1184558;;aga;;278;278;;;;278;; > comp;1184837..1185786;;CDS;;;;;;317;;Pseudo, IS4 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;1213982..1214809;;CDS;;165;165;;;276;165;DUF4942 domain-containing protein;* comp;1214975..1215062;;tcc;;233;233;;;;;; ;1215296..1216234;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;* ;;;;;;;;;;;; ;1216817..1217098;;CDS;;165;165;;;94;165;DUF4942 domain-containing protein;* comp;1217264..1217351;;tcc;;234;234;;;;;; ;1217586..1218524;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;* ;;;;;;;;;;;; ;1457038..1458129;;CDS;;16;16;;;364;16;acyl-CoA desaturase;* comp;1458146..1458277;;ncRNA;;46;;;;44;;RtT sRNA; comp;1458324..1458408;;tac;+;33;;33;;;;; comp;1458442..1458526;;tac;2 tac;159;159;;;;;; comp;1458686..1459528;;CDS;;;;;;281;;formyltetrahydrofolate deformylase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1829066..1830322;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1830630..1830706;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1830711..1830787;;gtc;2 gtc;6;6;;;;6;; <;1830794..1831177;;CDS;@4;;;;;128;;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;* ;;;;;;;;;;;; comp;1831218..1832474;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1832782..1832858;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1832863..1832939;;gtc;2 gtc;8;8;;;;8;; <;1832948..1833280;;CDS;;;;;;111;;Pseudo, MATE family efflux transporter;* ;;;;;;;;;;;; comp;1833321..1834577;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1834885..1834961;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1834966..1835042;;gtc;2 gtc;108;108;;;;108;; ;1835151..1835456;;CDS;;;;;;102;;monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2115794..2116459;;CDS;;195;195;;;222;;UPF0149 family protein YecA;* comp;2116655..2116741;;tta;;12;;12;;;;; comp;2116754..2116827;;tgc;;53;;53;;;;; comp;2116881..2116956;;ggc;;151;151;;;;151;; comp;2117108..2117656;;CDS;;;;;;183;;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2191451..2192287;;CDS;;278;278;;;279;;hp;* comp;2192566..2192655;;tcg;;93;93;;;;93;; ;2192749..2193546;;CDS;;100;100;;;266;100;DgsA anti-repressor MtfA;* ;2193647..2193722;;aac;;161;161;;;;;; ;2193884..2195146;;CDS;;;;;;421;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;2232607..2233323;;CDS;;453;*453;;;239;;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;* comp;2233777..2233852;;acc;;326;326;;;;326;; ;2234179..2235096;;CDS;;;;;;306;;nitrogen assimilation transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; ;2235198..2236148;;CDS;;37;37;;;317;;HTH-type transcriptional regulator Cbl;* comp;2236186..2236261;;aac;;4;4;;;;4;; ;2236266..2237909;;CDS;;100;100;;;548;100;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;* ;2238010..2238085;;aac;;161;161;;;;;; ;2238247..2239518;;CDS;;;;;;424;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;2546968..2548728;;CDS;;74;74;;;587;74;cardiolipin transport protein PbgA;* ;2548803..2548879;;ccc;;101;101;;;;;; comp;2548981..2549136;;CDS;;;;;;52;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;2717780..2718712;;CDS;;75;75;;;311;75;formate/nitrite transporter family protein;* ;2718788..2718862;;agg;;437;*437;;;;;; comp;2719300..2719830;;CDS;;;;;;177;;OmpH family outer membrane protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2768744..2770933;;CDS;;206;206;;;*730;206;sensor domain-containing phosphodiesterase;* comp;2771140..2771215;;gcc;+;39;;39;;;;; comp;2771255..2771330;;gcc;2 gcc;220;220;;;;;; ;2771551..2771910;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;2772355..2773770;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;* ;2774029..2774104;;gta;+;43;;43;;;;; ;2774148..2774223;;gta;3 gta;46;;46;;;;; ;2774270..2774345;;gta;;4;;4;;;;; ;2774350..2774425;;aaa;;110;110;;;;110;; comp;2774536..2775420;;CDS;;;;;;295;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;2959205..2960503;;CDS;;323;323;;;433;323;alpha-ketoglutarate permease;* comp;2960827..2960942;;5s;;83;;;;116;;; comp;2961026..2965477;;23s;;184;;;;4452;;; comp;2965662..2965737;;gaa;;431;;;;;;; comp;2966169..2967720;;16s;;441;*441;;;1552;;; comp;2968162..2970735;;CDS;;;;;;*858;;ATP-dependent chaperone ClpB;* ;;;;;;;;;;;; comp;3027207..3027773;;CDS;;280;280;;;189;280;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;* comp;3028054..3028130;;cgt;+;63;;63;;;;; comp;3028194..3028270;;cgt;5 cgt;62;;62;;;;; comp;3028333..3028409;;cgt;;62;;62;;;;; comp;3028472..3028548;;cgt;;64;;64;;;;; comp;3028613..3028689;;cgt;;3;;3;;;;; comp;3028693..3028785;;agc;;315;315;;;;;; comp;3029101..3029286;;CDS;;;;;;62;;carbon storage regulator CsrA;* ;;;;;;;;;;;; comp;3157337..3158434;;CDS;;208;208;;;366;208;murein transglycosylase A;* ;3158643..3158719;;atgf;+;33;;33;;;;; ;3158753..3158829;;atgf;3 atgf;33;;33;;;;; ;3158863..3158939;;atgf;;635;*635;;;;;; ;3159575..3160075;;CDS;;;;;;167;;type VI secretion system contractile sheath small subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;3230172..3231401;;CDS;;316;316;;;410;;HAAAP family serine/threonine permease;* comp;3231718..3231791;;ggg;;78;78;;;;78;; comp;3231870..3232625;;CDS;;;;;;252;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;;;;;;;;;;;; ;3341048..3341755;;CDS;;105;105;;;236;105;DUF554 domain-containing protein;* ;3341861..3341936;;ttc;;197;197;;;;;; ;3342134..3343399;;CDS;;;;;;422;;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;3569308..3569814;;CDS;;124;124;;;169;;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;* ;3569939..3570014;;atgi;;53;53;;;;53;; comp;3570068..3570832;;CDS;;;;;;255;;NADPH-dependent ferric chelate reductase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3670227..3670679;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3670886..3670962;;atgf;;347;347;;;;;; >;3671310..3672155;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3673935..3674387;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3674594..3674670;;atgf;;347;347;;;;;; >;3675018..3675869;;CDS;;;;;;284;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3677794..3678246;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3678453..3678529;;atgf;;347;347;;;;;; >;3678877..3679722;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3681532..3681984;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3682191..3682267;;atgf;;347;347;;;;;; ;3682615..3683958;;CDS;;;;;;448;;argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3683966..3685591;;CDS;;456;*456;;;542;;phosphoethanolamine transferase;* comp;3686048..3686134;;ctc;;14;14;;;;14;; comp;3686149..3686481;;CDS;;;;;;111;;preprotein translocase subunit SecG;* ;;;;;;;;;;;; ;3784553..3785311;;CDS;;62;62;;;253;62;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;* comp;3785374..3785489;;5s;@3;39;;;;116;;; comp;3785529..3785605;;acc;;14;;;;;;; comp;3785620..3785735;;5s;;777;;;;116;;; comp;3786513..3786588;;acc;;14;;;;;;; comp;3786603..3786718;;5s;;1834;;;;116;;; comp;3788553..3788628;;gaa;;1360;*1360;;;;;; ;3789989..3790543;;CDS;;;;;;185;;gamma carbonic anhydrase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;4078635..4080242;;CDS;;743;*743;;;536;;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;* comp;4080986..4081062;;ccg;;91;91;;;;91;; comp;4081154..4082845;;CDS;;;;;;564;;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;4205966..4207348;;CDS;;292;292;;;461;292;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;* ;4207641..4207735;;tga;;300;300;;;;;; >;4208036..4208857;;CDS;;;;;;274;;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;4338643..4339335;;CDS;;479;*479;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;4339815..4341342;;16s;;73;;;;1528;;; ;4341416..4341491;;gaa;;184;;;;;;; ;4341676..4344286;;23s;;83;;;;2611;;; ;4344370..4344485;;5s;;53;;;;116;;; ;4344539..4344615;;gac;;8;;;;;;; ;4344624..4344699;;tgg;;95;95;;;;95;; comp;4344795..4345634;;CDS;;;;;;280;;HTH-type transcriptional regulator HdfR;* ;;;;;;;;;;;; ;4377681..4379066;;CDS;;102;102;;;462;102;amino acid permease;* ;4379169..4379245;;cgg;;58;;58;;;;; ;4379304..4379379;;cac;;20;;20;;;;; ;4379400..4379486;;ctg;;42;;42;;;;; ;4379529..4379605;;cca;;146;146;;;;;; ;4379752..4380987;;CDS;;;;;;412;;anaerobic sulfatase maturase;* ;;;;;;;;;;;; ;4460971..4461516;;CDS;;377;377;;;182;;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;* ;4461894..4463631;;16s;;56;;;;1738;;; ;4463688..4463764;;atc;;42;;;42;;;; ;4463807..4463882;;gca;;165;;;;;;; ;4464048..4467338;;23s;;83;;;;3291;;; ;4467422..4467537;;5s;;104;104;;;116;104;; comp;4467642..4468169;;CDS;;;;;;176;;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;* ;;;;;;;;;;;; ;4605577..4606434;;CDS;;374;374;;;286;;glutamate racemase;* ;4606809..4608362;;16s;;363;;;;1554;;; ;4608726..4608801;;gaa;;1112;;;;;;; ;4609914..4610029;;5s;;136;136;;;116;136;; ;4610166..4611194;;CDS;;;;;;343;;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;* ;;;;;;;;;;;; comp;4612185..4613135;;CDS;;361;361;;;317;;type I pantothenate kinase;* ;4613497..4613572;;aca;;8;;8;;;;; ;4613581..4613665;;tac;;116;;*116;;;;; ;4613782..4613856;;gga;;6;;6;;;;; ;4613863..4613938;;acc;;114;114;;;;114;; ;4614053..4615237;;CDS;;;;;;395;;elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;; comp;4642984..4644573;;CDS;;616;*616;;;530;;bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;* ;4645190..4646378;;16s’;@1;83;83;;;1189;83;; ;4646462..4648150;;CDS;;436;*436;;;563;;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;* ;4648587..4648662;;gaa;;185;;;;;;; ;4648848..4651319;;23s;;83;;;;2472;;; ;4651403..4651518;;5s;;76;76;;;116;76;; ;4651595..4651978;;CDS;;;;;;128;;hypothetical protein;* ;;;;;;;;;;;; < comp;4834504..4834961;;CDS;;197;197;;;153;;pseudo, integrase;* comp;4835159..4835234;;ttc;;106;106;;;;106;; comp;4835341..4835916;;CDS;;;;;;192;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; ;4864628..4865173;;CDS;;210;210;;;182;210;oligoribonuclease;* ;4865384..4865459;;ggc;+;36;;36;;;;; ;4865496..4865571;;ggc;3 ggc;35;;35;;;;; ;4865607..4865682;;ggc;;233;233;;;;;; ;4865916..4865969;;CDS;;;;;;18;;hp;* ;;;;;;;;;;;; comp;4974178..4975197;;CDS;;195;195;;;340;;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;* ;4975393..4975477;;ttg;;39;39;;;;39;; <> comp;4975517..4976055;;CDS;;;;;;180;;pseudo, IS630 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;5042527..5042763;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;* comp;5042802..5042888;;ctg;+;34;;34;;;;; comp;5042923..5043009;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;; comp;5043038..5043124;;ctg;;290;290;;;;;; comp;5043415..5044446;;CDS;;;;;;344;;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;* ;;;;;;;;;;;; comp;5079375..5079581;;CDS;;117;117;;;69;117;AlpA family transcriptional regulator;* ;5079699..5081218;;16s;;73;;;;1520;;; ;5081292..5081368;;gaa;;12;;;12;;;; ;5081381..5081454;;gca;;366;366;;;;;; ;5081821..5082018;;CDS;;524;*524;;;66;;hypothetical protein;* comp;5082543..5082754;;CDS;;;;;;71;;hypothetical protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;5090325..5090876;;CDS;;1808;*1808;;;184;;MarR family transcriptional regulator;* comp;5092685..5092760;;gaa;;588;*588;;;;*588;; < comp ;5093349..5093474;;CDS;;592;*592;;;42;;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;* ;5094067..5094142;;gaa;+;1472;;;*1472;;;; ;5095615..5095691;;atc;3 gaa;42;;;42;;;; ;5095734..5095809;;atc;2 atc;1130;;;*1130;;;; ;5096940..5097015;;gaa;;1145;;;*1145;;;; ;5098161..5098236;;gaa;;185;;;;;;; ;5098422..5100893;;23s;;83;;;;2472;;; ;5100977..5101092;;5s;;76;76;;;116;76;; ;5101169..5101552;;CDS;;63;63;;;128;;hypothetical protein;* comp;5101616..5102059;;CDS;;;;;;148;;acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;5124754..5125197;;CDS;;63;63;;;148;;acetyltransferase;* comp;5125261..5125644;;CDS;;76;76;;;128;;hypothetical protein;* comp;5125721..5125836;;5s;;83;;;;116;;; comp;5125920..5128366;;23s’;@2;-10;*-10;;;2447;*-10;; <;5128357..5128479;;CDS;;;;;;41;;pilus assembly protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;5252659..5253870;;CDS;;300;300;;;404;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;5254171..5254249;;tga;;292;292;;;;292;; >;5254542..5255171;;CDS;;;;;;210;;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;* ;;;;;;;;;;;; > comp;5305902..5306228;;CDS;;0;0;;;109;0;pseudo, hp;* comp;5306229..5306302;;atc;;1096;*1096;;;;;; ;5307399..5308450;;CDS;;;;;;351;;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;* ;;;;;;;;;;;; comp;5321144..5321869;;CDS;;206;206;;;242;206;pseudo, histidine kinase;* comp;5322076..5322151;;gcc;+;39;;39;;;;; comp;5322191..5322266;;gcc;3 gcc;39;;39;;;;; comp;5322306..5322381;;gcc;;220;220;;;;;; ;5322602..5322961;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;5323406..5324821;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;* ;5325080..5325155;;gta;+;44;;44;;;;; ;5325200..5325275;;gta;2 gta;0;0;;;;0;; <;5325276..5325389;;CDS;;;;;;38;;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; >;5375524..5376270;;CDS;;891;*891;;;249;*891;pseudo, AI-2E family transporter;* ;5377162..5377237;;gaa;;1047;*1047;;;;;; comp;5378285..5379589;;CDS;;;;;;435;;isocitrate lyase;* ;;;;;;;;;;;; comp >;5341397..5341492;;CDS;;-2;*-2;;;32;*-2;ABC transporter ATP-binding protein;* comp;5341491..5344303;;23s;;174;;;;2813;;; comp;5344478..5344553;;gca;;42;;;42;;;; comp;5344596..5344672;;atc;;56;;;;;;; comp;5344729..5346282;;16s;;1063;;;;1554;;; comp;5347346..5347421;;gca;;42;;;42;;;; comp;5347464..5347540;;atc;;56;;;;;;; comp;5347597..5349150;;16s;;365;365;;;1554;;; comp;5349516..5350088;;CDS;;187;187;;;191;;D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase;* >;5350276..5350914;;CDS;;;;;;213;;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;* ;;;;;;;;;;;; > comp;5359583..5360512;;CDS;;120;120;;;310;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;5360633..5360708;;gca;;42;;;;;;; comp;5360751..5360827;;atc;;56;;;;;;; comp;5360884..5362138;;16s’;;1;1;;;1255;1;; < comp;5362140..5363543;;CDS;;;;;;468;;IS66 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;5425965..5426201;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;* comp;5426240..5426325;;ctg;+;26;;26;;;;a disparu le 20.12.19;* comp;5426352..5426438;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;; comp;5426467..5426553;;ctg;;63;63;;;;;; < comp;5426617..5427150;;CDS;;;;;;178;;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; >;5433568..5433687;;CDS;;39;39;;;40;39;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;* comp;5433727..5433814;;tcc;;253;253;;;;;; comp;5434068..5434286;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;* </pre> ====ecoN cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_cumuls|ecoN cumuls]] <pre> ecoN cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;12;1;0;;1;5;1;5;100;16;1;0 ;16 23 5s;0;20;13;2;50;11;40;10;200;34;30;1 ;16 atc gca;2;40;17;;100;17;80;7;300;29;60;6 ;16 gaa 235;2;60;9;4;150;16;120;16;400;18;90;8 ;max a;5;80;4;;200;15;160;3;500;18;120;8 ;a doubles;1;100;0;;250;14;200;4;600;8;150;7 ;spéciaux;8;120;1;;300;14;240;9;700;0;180;11 ;total aas;27;140;0;;350;12;280;2;800;2;210;11 sans ;opérons;50;160;0;;400;7;320;2;900;1;240;6 ;1 aa;32;180;0;;450;4;360;3;1000;0;270;9 ;max a;7;200;0;;500;4;400;0;1100;0;300;12 ;a doubles;15;;0;;;11;;2;;0;;0 ;total aas;94;;44;6;;130;;63;;126;;79 total aas;;121;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;33;32;;253;;142;;272;;172 ;;;variance;23;15;;258;;145;;162;;79 sans jaune;;;moyenne;31;;;178;;127;;260;; ;;;variance;19;;;109;;91;;142;; </pre> ====ecoN blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_blocs|ecoN blocs]] <pre> ecoN blocs;;;;;;;;;;;; gène;interca;pbs;cdsa;;;gène;interca;pbs;cdsa;;;rRNAs cds;365;;191;D-glycero;;cds;374;;286;Glu race;;16s 16s;73;1520;;;;16s;363;1554;;;;1189 gaa;12;;;;;gaa;1112;;;;;1255 gca;174;;;;;5s;136;116;;;;1520 23s;83;2588;;;;cds;;;343;UDP-N;;1520 5s;54;116;;;;;;;;;;1528 gac;162;;;;;cds;117;;69;tr AlpA;;1552 cds;;;268;gluDkgB;;16s;73;1520;;;;1554 ;;;;;;gaa;12;;;;;1554 cds;323;;433;glutarate pm;;gca;366;;;;;1554 5s;83;116;;;;cds;524;;66;hp-66;;1738 23s;184;4452;;;;cds;;;71;hp-71;; gaa;431;;;;;;;;;;; 16s;441;1552;;;;cds;-2;;32;ABC 32;;23s cds;;;858;ClpB dep;;23s;174;2813;;;;2447 ;;;;;;gca;42;;;;;2472 cds;616;;530;AICAR2;;atc;56;;;;;2472 16s’;83;1189;;;;16s;1063;1554;;;;2588 cds;436;;563;kinase isocit;;gca;42;;;;;2611 gaa;185;;;;;atc;56;;;;;2813 23s;83;2472;;;;16s;365;1554;;;;3291 5s;76;116;;;;cds;187;;191;D-glycero;;4452 cds;;;128;hp-128;;cds;;;213;ABC MetN;; ;;;;;;;;;;;;5s cds;62;;253;pu-ABC;;cds;120;;310;Tyr recb 310;;116 x 11 5s;39;116;;;;gca;42;;;;; acc;14;;;;;atc;56;;;;; 5s;777;116;;;;16s’;1;1255;;;; acc;14;;;;;cds;;;468;IS66;; 5s;1834;116;;;;;;;;;; gaa;1360;;;;;cds;63;;148;transferase;; cds;;;185;gc anhydrase;;cds;76;;128;hp-128;; ;;;;;;5s;83;116;;;; cds;377;;182;porphyrine M;;23s’;-10;2447;;;; 16s;56;1738;;;;cds;;;41;pilus;; atc;42;;;;;;;;;;; gca;165;;;;;cds;1808;;184;MarR ;; 23s;83;3291;;;;gaa;588;;;;; 5s;104;116;;;;cds;592;;42;sn-glycerol;; cds;;;176;Mlb pB;;gaa;1472;;;;; ;;;;;;atc;42;;;;; cds;479;;231;FadR tr ;;atc;1130;;;;; 16s;73;1528;;;;gaa;1145;;;;; gaa;184;;;;;gaa;185;;;;; 23s;83;2611;;;;23s;83;2472;;;; 5s;53;116;;;;5s;76;116;;;; gac;8;;;;;cds;63;;128;hp-128;; tgg;95;;;;;cds;;;148;transferase;; cds;;;280;HdfR HTH;;;;;;;; </pre> ====ecoN distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_distribution|ecoN distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;atc;;acc;2;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;1;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s >aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;ecoN;;;;6;;;6 </pre> ====ecoN eco==== =====ecoN eco tableaux===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_eco_tableaux|ecoN eco tableaux]] <pre> ;;;;;;rouge;ff6600;$;jaune;ffff00;#;;;;;;;;;;; ;;eco ecoN;;;;orange;ffcc00;&;cyan;66ffff;°;gris2;dddddd;];;;;;;;; ;;;;;;jaunev;ccff66;@;turquoise;33ff99;%;Jaunev 5;669900;(;;;;;;;; ;19.12.19 Paris;;pour les cds;;;bleu;00ccff;§;gris1;eeeeee;[;;;;;;;;;;; ;Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;eco;;;;;;;;ecoN;;;;;;;;;;;;; cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;ecoN suite;sens;;gènes;interca;cdsa;cds eco1;;222833..223408;cds;362;192;@D-glycero;;ecoN1;;231864..232436;CDS;365;191;@D-glycero;;EcoN 48;comp;5079375..5079581;CDS;117;69;tr AlpA ;;223771..225312;$16s;68;&1542;;;;;232802..234321;$16s;73;&1520;;;ok;;5079699..5081218;$16s;73;&1520; ;;225381..225457;atc;42;;;;;;234395..234471;gaa;12;;;;;;5081292..5081368;gaa;12;; ;;225500..225575;gca;183;;;;;;234484..234557;gca;174;;;;;;5081381..5081454;gca;366;; ;;225759..228662;$23s;93;&2904;;;;;234732..237319;$23s;83;&2588;;;;;5081821..5082018;CDS;524;66;hp-66 ;;228756..228875;$5s;52;&120;;;;;237403..237518;$5s;54;&116;;;;comp;5082543..5082754;CDS;;71;hp-71 ;;228928..229004;gac;162;;;;;;237573..237649;gac;162;;;;;;;;;; ;;229167..229970;cds;;268;@metDkgB;;;;237812..238615;CDS;;268;@gluDkgB;;eco1;;222833..223408;cds;[362;192;]D-glycero ;;;;;;;;;;;;;;;;;;223771..225312;$16s;[68;&1542; eco2;;236067..236798;cds;132;244;@DNAIIIe;;ecoN2;;244934..245665;CDS;132;244;@DNAIIIe;;;;225381..225457;atc;[42;; ;;236931..237007;gac;327;;;;;;245798..245874;gac;120;;;;;;225500..225575;gca;[183;; ;;237335..238120;cds;;262;§lipo YafT;;;comp;245995..246852;CDS;;286;§DUF4942;;;;225759..228662;$23s;93;&2904; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;228756..228875;$5s;52;&120; eco3;;261503..262756;cds;114;418;@glu5dH;;ecoN3;;367329..368582;CDS;114;418;@glu5dH;;;;228928..229004;gac;162;; ;;262871..262946;acg;203;;;;;;368697..368772;acg;154;;;;;;229167..229970;cds;;268;@metDkgB ;comp;263150..263212;cds;;21;§YdiA;;;;368927..369265;CDS;;113;§DUF4102;;EcoN 56;comp >;5341397..5341492;CDS;-2;32;]ABC 32 ;;262898..297205;#phage;;11436;pp CP4-6;;;;;;;;;;ok;comp;5341491..5344303;$23s;]174;&2813; ;;;;;;;;;;;;;;;;;comp;5344478..5344553;gca;]42;; eco4;comp;563848..564480;cds;242;211;§put FimZ;;ecoN4;comp;631149..632015;CDS;270;289;§cyclo FolD;;;comp;5344596..5344672;atc;]56;; 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XapR;DNA-binding transcriptional activator XapR;;;;;* permease;aa permease;amino acid permease;;;;;* ABC bind;ABC 32;ABC transporter ATP-binding protein;;;;;* ABC bind;ABC MetN;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;;;;;* desaturase;acyl-CoA ;acyl-CoA desaturase;;;;;* adhesin;adhes YdhQ;adhesin-like autotransporter YdhQ;;;;;* adhesin;adhes YejO;adhesin-like autotransporter YejO, gene fragment 2 of yejO, misc_feature ;;;;;* hydrolase ;AICAR1;bifunctional AICAR transformylase/IMP cyclohydrolase;;;;;* hydrolase ;AICAR2;bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;;;;;* amidase;Ala C;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase C;;;;;* maturase;ans maturase;anaerobic sulfatase maturase;;;;;* synthetase;Arg-suc;argininosuccinate synthetase;;;;;* integrase;arm-type;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;;;;;* synthetase;Asn B;asparagine synthetase B;;;;;* protease b;ATP ClpA;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;;;;;* kinase;B5 kinase;pantothenate kinase;;;;;* kinase;B5 kinase I;type I pantothenate kinase;;;;;* transporter;barrel;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;;;;;* tr-regulator;CadC;DNA-binding transcriptional activator CadC;;;;;* cardiolipin ;cardiolipine;cardiolipin transport protein PbgA;;;;;* transferase;CDP-diacyl;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;;;;;* division;cell CpoB;cell division coordinator CpoB;;;;;* chaperone;ClpB;ClpB chaperone;;;;;* chaperone;ClpB dep;ATP-dependent chaperone ClpB;;;;;* storage;Csr;carbon storage regulator;;;;;* storage;CsrA;carbon storage regulator CsrA;;;;;* hydrolase ;cyclo FolD;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;;;;;* phosphatase;D-glycero;D-glycero-beta-D-manno-heptose-1,7-bisphosphate 7-phosphatase;;;;;* ABC bind;dip ABC;dipeptide ABC transporter periplasmic binding protein;;;;;* polymerase;DNAIIIe;DNA polymerase III subunit epsilon;;;;;* ABC bind;DppA;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;;;;;* DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF4102;DUF4102 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF4942;DUF4942 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF5507;DUF5507 domain-containing protein YpjC;;;;;* DUF;DUF554 ;DUF554 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF554 Yqg;DUF554 domain-containing protein YqgA;;;;;* peptidase;ErfK;L,D-transpeptidase ErfK;;;;;* exporter;exporter;FMN/FAD exporter;;;;;* tr-regulator;FadR tr ;FadR family transcriptional regulator;;;;;* reductase;ferric ;NADPH-dependent ferric chelate reductase;;;;;* phosphatase;fructose;fructose-1-phosphatase;;;;;* phosphatase;fructose 6;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;;;;;* deformylase;fTHF;formyltetrahydrofolate deformylase;;;;;* protase;FtsH;modulator of FtsH protease;;;;;* protease;FtsH YccA;FtsH protease modulator YccA;;;;;* glycosylase;G/U;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;;;;;* glycosylase;G/U station;stationary phase mismatch/uracil DNA glycosylase;;;;;* transferase;G1207;16S rRNA m(2)G1207 methyltransferase;;;;;* transferase;G1207 RsmC;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;;;;;* anhydrase;gc anhydrase;gamma carbonic anhydrase family protein;;;;;* ligase;Glu ligase;glutamate--tRNA ligase;;;;;* racemase;Glu race;glutamate racemase;;;;;* dehydrogenase;glu5dH;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;;;;;* reductase;gluDkgB;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;;;;;* permease;glutarate pm;alpha-ketoglutarate permease;;;;;* symporter;glutarate sm;alpha-ketoglutarate:H(+) symporter;;;;;* peptidase;glycan DD;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;;;;* synthetase;glycerolP;phosphatidylglycerophosphate synthase;;;;;* transporter;glycoside-p5;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;* reductase;glyoxyl A;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A;;;;;* reductase;glyoxyl GhrA;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;;;;;* permease;HAAAP;HAAAP family serine/threonine permease;;;;;* tr-regulator;HdfR;DNA-binding transcriptional dual regulator HdfR;;;;;* tr-regulator;HdfR HTH;HTH-type transcriptional regulator HdfR;;;;;* hydrogenase;Hnase1;hydrogenase 1 small subunit;;;;;* hp;hp-121;hp-121;;;;; hp;hp-128;hypothetical protein;;;;;* hp;hp-18;hp-18;;;;;* adhesin;Inv-adhesin;inverse autotransporter adhesin;;;;;* transposase;IS66;IS66 family transposase;;;;;* lyase;isocitrate;isocitrate lyase;;;;;* transferase;kdo2;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;;;;;* kinase/Pase;kinase isocit;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;;;;;* prophage;KpLE1;CPS-53 (KpLE1) prophage, prophage CPS-53 integrase;;;;;* lipoprotein;lipo YafT;lipoprotein YafT;;;;;* tr-regulator;LysR;LysR family transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;MarR;MarR family transcriptional regulator;;;;;* reductase;metDkgB;methylglyoxal reductase DkgB;;;;;* GDP;Mlb adapt;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis adaptor protein;;;;;* GDP;Mlb pB;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;;;;;* oxygenase;mono-O2;monooxygenase;;;;;* titration;Mtf;Mlc titration factor;;;;;* tr-regulator;MtfA;DgsA anti-repressor MtfA;;;;;* glycosylase;murein;murein transglycosylase A;;;;;* glycosylase;murein lytic;membrane-bound lytic murein transglycosylase A;;;;;* reductase;NADPH- Ah;aldehyde reductase, NADPH-dependent;;;;;* reductase;NADPH- Ahr;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;;;;;* transporter;nitrite;formate/nitrite transporter family protein;;;;;* hydroxylase;octaprenyl;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;;;;;* rnase;oligo-rnase;oligoribonuclease;;;;;* protein;OmpH;OmpH family outer membrane protein;;;;;* transferase;p-Ada;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;;;;;* transporter;p-AI-2E;pseudo, AI-2E family transporter;;;;;* synthetase;p-Arg-sc 282;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;* synthetase;p-Arg-sc 284;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;* division;p-cell CpoB;Pseudo, cell division protein CpoB;;;;;* DUF;p-DUF4102;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;;;;;* transporter;p-glycoside;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;* kinase;p-His kinase;pseudo, histidine kinase;;;;;* hp;p-hp;pseudo, hp 109;;;;;* integrase;p-integrase;pseudo, integrase;;;;;* transposase;p-IS4;Pseudo, IS4 family transposase;;;;;* transposase;p-IS630 ;pseudo, IS630 family transposase;;;;;* transporter;p-MATE;Pseudo, MATE family efflux transporter;;;;;* transporter;p-MdtK;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;;;;;* amidase;p-Nam;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;;;;;* tr-regulator;p-pu-tr 38;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* protein;p-un-YchS;putative uncharacterized protein YchS;;;;;* gene;p-yicT;p-yicT;;;;;* transferase;Pet;phosphoethanolamine transferase;;;;;* protein;pilus;pilus assembly protein;;;;;* dehydrogenase;porphyrine M;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;;;;;* oxidase;porphyrine O;protoporphyrinogen oxidase;;;;;* prophage;pp CP4-6;note="cryptic prophage CP4-6" misc_feature;;;;;* prophage;pp CPS-53;cryptic prophage CPS-53, misc_feature;;;;;* prophage;pp DLP12;note="cryptic prophage DLP12" misc_feature;;;;;* prophage;pp PR-Y;cryptic prophage PR-Y;;;;;* protein;protein YjjZ;protein YjjZ;;;;;* protein;protein YrdA;protein YrdA;;;;;* tr-regulator;pu- YfeC;putative DNA-binding transcriptional regulator YfeC;;;;;* ABC bind;pu-ABC;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;;;;;* exporter;pu-arabi;putative arabinose exporter;;;;;* sulfatase;pu-AslB;putative anaerobic sulfatase maturation enzyme AslB;;;;;* cardiolipin ;pu-cardiolip;putative cardiolipin transport protein;;;;;* cytochrome;pu-cytochrom;putative cytochrome;;;;;* hydrolase;pu-hydrolase;putative hydrolase, inner membrane;;;;;* integrase;pu-KpLE2;KpLE2 phage-like element putative integrase;;;;;* peptidase;pu-LysM;LysM domain-containing putative peptidase lipoprotein YgeR;;;;;* GMP;pu-sensor;putative c-di-GMP phosphodiesterase PdeA;;;;;* protein;Pu-ssM;putative type II secretion system M-type protein;;;;;* tr-regulator;pu-tr 120;putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;pu-tr YieP;putative transcriptional regulator YieP;;;;;* tr-regulator;pu-tr YjdC;putative DNA-binding transcriptional regulator YjdC;;;;;* tr-regulator;pu-tr-YeeN;putative transcriptional regulator YeeN;;;;;* protein;pu-unYgaQ;putative uncharacterized protein YgaQ;;;;;* oxygenase;pu-YdhR;putative monooxygenase YdhR;;;;;* ABC bind;pu-YhdZ;putative ABC transporter ATP-binding subunit YhdZ;;;;;* transporter;pu-YicJ;putative xyloside transporter YicJ;;;;;* transporter;pu-YifK;putative transporter YifK;;;;;* prophage;put DLP12;DLP12 prophage putative integrase;;;;;* tr-regulator;put FimZ;putative LuxR family transcriptional regulator FimZ;;;;;* synthetase;quino;quinolinate synthase;;;;;* synthetase;quino NadA;quinolinate synthase NadA;;;;;* ribosome;RimP;ribosome maturation factor RimP;;;;;* rpt;rpt-29;rpt-29;;;;; rpt;rpt-34;rpt_type=other;;;;;* rpt;rpt-36;rpt_type=other;;;;;* rpt;rpt71;rpt_type=other 71;;;;;* sRNA;RttR sRNA;small RNA RttR;;;;;* translocase;SecE;Sec translocon subunit SecE;;;;;* translocase;SecG-p;preprotein translocase subunit SecG;;;;;* translocase;SecG-t;Sec translocon subunit SecG;;;;;* esterase;sensor;sensor domain-containing phosphodiesterase;;;;;* ABC bind;sn-glycerol;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;;;;;* protein;sscs VI;type VI secretion system contractile sheath small subunit;;;;;* protein;stress;stress response protein;;;;;* tr-regulator;tact Cbl;DNA-binding transcriptional activator Cbl;;;;;* translation;tif IF-1;translation initiation factor IF-1;;;;;* protein;tpr;protamine-like protein;;;;;* tr-regulator;tr 192;transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr AlpA;AlpA family transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr-Cbl;HTH-type transcriptional regulator Cbl;;;;;* tr-regulator;tr-Nac;DNA-binding transcriptional dual regulator Nac;;;;;* tr-regulator;tr-nitrogen;nitrogen assimilation transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr-YebC;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* transferase;transferase;acetyltransferase;;;;;* transporter;trp-YeeO;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;;;;;* translation;tuf;elongation factor Tu;;;;;* translation;tufb;tufb, translation elongation factor Tu 2;;;;;* integrase;Tyr recb 207;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 404;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 421;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 424;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* reductase;UDP-N;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;;;;;* protein;un-YcdU;uncharacterized protein YcdU;;;;;* protein;un-YjeV;uncharacterized protein YjeV;;;;;* protein;UPF0149 YecA;UPF0149 family protein YecA;;;;;* protein;YdiA;YdiA family protein;;;;;* protein;YfdC;inner membrane protein YfdC;;;;;* protein;YgeQ;protein YgeQ;;;;;* gene;yjdQ;gene="yjdQ";;;;;* DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;* transposase;p-IS630;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;;;;;* </pre> ====ecoN données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_données_intercalaires|ecoN données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;ecoN;fx;fc;ecoN;fx40;fc40;ecoN;x-;c-;c;x;c;x;;c;x; ;2;0;18;29;0;18;29;-1;2;173;162;120;CDS 16s ;;;tRNA tRNA;;suite 1;2;10;44;403;1;10;51;-2;4;5;132;15;385;479;;4;;gtc 1;1;20;22;337;2;9;61;-3;2;0;114;153;441;117;;**;;gtc ;0;30;23;182;3;9;58;-4;39;328;154;343;377;;;4;;gtc 4;1;40;90;109;4;3;27;-5;2;2;32;426;374;;;**;;gtc ;0;50;95;113;5;2;18;-6;0;0;380;278;365;;;12;;tta 1;0;60;69;147;6;4;17;-7;1;16;164;165;672;;;53;;tgc ;1;70;48;109;7;3;24;-8;2;81;277;233;23s 5s;;;**;;ggc ;3;80;36;110;8;1;16;-9;3;2;253;165;6* 95;;;39;;gcc ;0;90;39;112;9;1;66;-10;0;7;206;234;1881;;;**;;gcc 2;3;100;43;99;10;2;65;-11;1;48;463;307;23s CDS;;;43;;gta 1;4;110;36;96;11;1;53;-12;2;3;159;307;331;;;46;;gta 1;3;120;38;70;12;7;53;-13;1;6;6;307;385;;;4;;gta 2;0;130;37;63;13;0;29;-14;5;23;8;93;5s CDS;;;**;;aaa ;1;140;43;52;14;0;38;-15;0;0;108;453;323;62;;63;;cgt 1;1;150;29;68;15;2;39;-16;1;3;195;326;136;104;;62;;cgt 1;3;160;44;50;16;6;29;-17;1;11;151;37;3* 76;;;62;;cgt 2;4;170;27;45;17;4;21;-18;3;0;278;4;16s tRNA;;;64;;cgt ;0;180;28;42;18;0;34;-19;2;4;100;125;3* 85;;gaa;3;;cgt ;0;190;38;44;19;1;18;-20;1;9;161;437;443;;gaa;**;;agc 1;3;200;34;36;20;1;23;-21;0;0;100;220;375;;gaa;33;;atgf 1;8;210;31;36;21;1;24;-22;0;3;161;258;4* 68;;atc;33;;atgf 2;0;220;35;43;22;0;23;-23;0;8;74;110;tRNA 16s;;;**;;atgf ;0;230;26;30;23;2;11;-24;2;0;75;208;1063;;gca;8;;gac 2;1;240;21;25;24;4;27;-25;2;2;206;316;tRNA 23s;;;**;;tgg ;0;250;27;18;25;0;19;-26;1;9;280;124;269;;gaa;58;;cgg 2;2;260;27;24;26;1;15;-27;1;0;315;53;2* 193;;gaa;20;;cac ;0;270;18;23;27;2;25;-28;1;3;635;347;2* 194;;gaa;42;;ctg 1;3;280;24;20;28;4;8;-29;4;5;78;347;174;;gca;**;;cca ;1;290;19;18;29;5;14;-30;4;0;105;347;183;;;8;;aca 2;2;300;9;15;30;4;16;-31;0;0;197;347;5s tRNA;;;116;;tac 3;0;310;13;17;31;4;13;-32;1;7;206;1360;54;;gac;6;;gga 1;1;320;22;12;32;3;12;-33;0;0;206;292;2* 14;;acc;**;;acc 1;0;330;11;16;33;7;9;-34;0;0;206;95;53;;gac;36;;ggc ;0;340;14;8;34;9;17;-35;2;4;206;361;tRNA 5s;;;35;;ggc 5;0;350;5;15;35;11;8;-36;0;0;456;195;39;;acc;**;;ggc ;0;360;9;12;36;4;15;-37;1;3;14;39;777;;acc;34;;ctg 1;0;370;10;14;37;10;5;-38;2;1;743;38;1360;;gaa;28;;ctg ;1;380;19;12;38;12;7;-39;2;0;91;1174;1112;;gaa;**;;ctg ;0;390;10;9;39;13;10;-40;1;1;300;592;tRNA tRNA;;intra;1472;;gaa ;0;400;9;14;40;17;13;-41;1;1;102;292;4* 42;;atc gca;42;;atc 7;7;reste;142;125;reste;1185;1762;-42;0;0;146;1096;tRNA tRNA;;début;2351;;atc 46;58;total;1382;2822;total;1382;2822;-43;0;3;114;220;37;;cag;**;;gaa 39;49;diagr;1222;2668;diagr;179;1031;-44;1;0;436;258;48;;cag;39;;gcc 2;3;t30;89;922;;;;-45;0;0;197;150;15;;atgj;39;;gcc ;;;;;;;;-46;0;0;106;39;34;;caa;**;;gcc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;210;;23;;caa;44;;gta ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;233;;10;;cta;**;;gta ;x;1364;105;18;1487;;;-49;0;0;290;;**;;atgj;28;;ctg ;c;2793;782;29;3604;;;-50;0;1;1537;;35;;aaa;**;;ctg ;;;;;5091;217;;reste;5;10;588;;2;;gta;;; ;;;;;;5308;;total;105;782;300;;51;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;0;;3;;gta;;; ;;;;;;;;;;;206;;48;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;0;;33;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;120;;**;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;63;;33;;tac;;; ;;;;;;;;;;;253;;**;;tac;;; </pre> =====ecoN autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_autres_intercalaires_aas|ecoN autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ecoN;;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas;longueur fin;;CDS;190;255;;;; deb;;CDS;231864;232436;365;*;; ;;rRNA;232802;234309;85;*;16s;1508 ;;tRNA;234395;234471;269;*;gaa; ;;rRNA;234741;237307;95;*;23s;2567 ;;rRNA;237403;237518;54;*;5s;116 ;;tRNA;237573;237649;162;*;gac; fin;;CDS;237812;238615;;1;; deb;;CDS;244934;245665;132;*;; ;;tRNA;245798;245874;120;*;gac; fin;comp;CDS;245995;246852;;0;; deb;;CDS;367329;368582;114;*;; ;;tRNA;368697;368772;154;*;acg; fin;;CDS;368927;369265;;0;; deb;comp;CDS;555847;556158;162;*;; ;;ncRNA;556321;556417;119;*;; fin;;CDS;556537;556890;;0;; deb;;CDS;632056;632253;32;*;; ;;tRNA;632286;632362;15;*;aga; fin;comp;CDS;632378;632979;;0;; deb;;CDS;733188;734363;153;*;; ;comp;tRNA;734517;734591;37;*;cag; ;comp;tRNA;734629;734703;48;*;cag; ;comp;tRNA;734752;734828;15;*;atgj; ;comp;tRNA;734844;734918;34;*;caa; ;comp;tRNA;734953;735027;23;*;caa; 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fin;comp;CDS;1458686;1459528;;;; deb;comp;CDS;1829066;1830322;307;*;; ;;tRNA;1830630;1830706;4;*;gtc; ;;tRNA;1830711;1830787;6;*;gtc; fin;;CDS;1830794;1831177;;0;; deb;comp;CDS;1831218;1832474;307;*;; ;;tRNA;1832782;1832858;4;*;gtc; ;;tRNA;1832863;1832939;8;*;gtc; fin;;CDS;1832948;1833280;;0;; deb;comp;CDS;1833321;1834577;307;*;; ;;tRNA;1834885;1834961;4;*;gtc; ;;tRNA;1834966;1835042;108;*;gtc; fin;;CDS;1835151;1835456;;;; deb;;CDS;1857352;1858464;185;*;; ;;ncRNA;1858650;1858757;135;*;; fin;;CDS;1858893;1859249;;;; deb;comp;CDS;2115794;2116459;195;*;; ;comp;tRNA;2116655;2116741;12;*;tta; ;comp;tRNA;2116754;2116827;53;*;tgc; ;comp;tRNA;2116881;2116956;151;*;ggc; fin;comp;CDS;2117108;2117656;;;; deb;comp;CDS;2191451;2192287;278;*;; ;comp;tRNA;2192566;2192655;93;*;tcg; deb;;CDS;2192749;2193546;100;*;; ;;tRNA;2193647;2193722;161;*;aac; fin;;CDS;2193884;2195146;;0;; deb;;CDS;2232607;2233323;453;*;; ;comp;tRNA;2233777;2233852;326;*;acc; fin;;CDS;2234179;2235096;;;; deb;;CDS;2235198;2236148;37;*;; 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comp;106004..106079;;ggc;7 ggc;35;;35;;; comp;106115..106190;;ggc;5 atgf;35;;35;;; comp;106226..106301;;ggc;;18;;18;;; comp;106320..106396;;atgf;;39;;39;;; comp;106436..106511;;ggc;;90;;90;;; comp;106602..106678;;atgf;;39;;39;;; comp;106718..106793;;ggc;;18;;18;;; comp;106812..106888;;atgf;;39;;39;;; comp;106928..107003;;ggc;;18;;18;;; comp;107022..107098;;atgf;;39;;39;;; comp;107138..107213;;ggc;;156;156;;;;156 comp;107370..107915;;CDS;;81764;;;;182; ;;;;;;;;;; ;189680..190715;;CDS;;101;101;;;345;101 comp;190817..190933;;5s;;107;;;;; comp;191041..193955;;23s;;290;;;;; comp;194246..194321;;gca;;43;;;43;; comp;194365..194441;;atc;;97;;;;; comp;194539..196096;;16s;@2;371;;;;; comp;196468..196584;;5s;;77;;;;; comp;196662..199576;;23s;;290;;;;; comp;199867..199942;;gca;;43;;;43;; comp;199986..200062;;atc;;97;;;;; comp;200160..201717;;16s;;853;*853;;;;*853 comp;202571..204706;;CDS;;29595;;;;*712; ;;;;;;;;;; comp;234302..235486;;CDS;;101;101;;;395;101 comp;235588..235663;;acc;;13;;13;;; comp;235677..235751;;gga;;35;;35;;; comp;235787..235871;;tac;;52;;52;;; comp;235924..235999;;aca;;206;206;;;; ;236206..237129;;CDS;;4144;;;;308; ;;;;;;;;;; comp;241274..242467;;CDS;;546;*546;;;*398;*546 comp;243014..243090;;tgg;;68;;;68;; comp;243159..243235;;gac;;32;;;;; comp;243268..243384;;5s;;117;;;;; comp;243502..246404;;23s;;310;;;;; comp;246715..246790;;gta;;30;;;30;; comp;246821..246896;;aaa;;2;;;2;; comp;246899..246974;;gaa;;122;;;;; comp;247097..248654;;16s;;554;*554;;;;*554 ;249209..249664;;CDS;;60596;;;;*152; ;;;;;;;;;; ;310261..311296;;CDS;;121;121;;;345;121 comp;311418..311508;;tca;;91;;;;; comp;311600..311716;;5s;;108;;;;; comp;311825..314739;;23s;;289;;;;; comp;315029..315104;;gca;;43;;;43;; comp;315148..315224;;atc;;56;;;;; comp;315281..316842;;16s;;471;*471;;;;*471 comp;317314..318027;;CDS;;40242;;;;*238; ;;;;;;;;;; ;358270..359305;;CDS;;147;147;;;345; comp;359453..359529;;gac;;31;;;;; comp;359561..359677;;5s;;108;;;;; comp;359786..362700;;23s;;310;;;;; comp;363011..363086;;gta;;30;;;30;; comp;363117..363192;;aaa;;2;;;2;; comp;363195..363270;;gaa;;82;;;;; comp;363353..364914;;16s;;83;83;;;;83 comp;364998..365133;;CDS;;84252;;;;45; ;;;;;;;;;; ;449386..449521;;CDS;;83;83;;;45;83 ;449605..451162;;16s;;122;;;;; ;451285..451360;;gaa;;2;;;2;; ;451363..451438;;aaa;;9;;;9;; ;451448..451523;;gca;;37;;;37;; ;451561..451636;;gta;;51;51;;;;51 comp;451688..451873;;CDS;;16;16;;;62;16 ;451890..454804;;23s;;77;;;;; ;454882..454998;;5s;;32;;;;; ;455031..455107;;gac;;162;162;;;; comp;455270..455533;;CDS;;11718;;;;88; ;;;;;;;;;; comp;467252..467665;;CDS;;361;361;;;138; ;468027..468103;;cgg;;35;;35;;; ;468139..468214;;cac;;76;;76;;; ;468291..468367;;cca;;46;;46;;; ;468414..468489;;cac;;64;;64;;; ;468554..468630;;cca;;194;194;;;;194 comp;468825..469550;;CDS;;365688;;;;242; ;;;;;;;;;; comp;835239..835550;;CDS;;138;138;;;104;138 comp;835689..835764;;atgi;;145;145;;;; comp;835910..837772;;CDS;;182191;;;;621; ;;;;;;;;;; ;1019964..1020128;;CDS;;119;119;;;55; ;1020248..1021805;;16s;;129;;;;; ;1021935..1022010;;gcc;;41;;;41;; ;1022052..1022127;;gaa;;55;55;;;;55 comp;1022183..1022368;;CDS;;16;16;;;62;16 ;1022385..1025299;;23s;;111;;;;; ;1025411..1025527;;5s;;31;;;;; ;1025559..1025635;;gac;;35;;;35;; ;1025671..1025747;;tgg;;3;3;;;;3 comp;1025751..1025933;;CDS;;225465;;;;61; ;;;;;;;;;; ;1251399..1252574;;CDS;;158;158;;;392; comp;1252733..1252817;;cta;+;54;;54;;; comp;1252872..1252946;;caa;5 cta;46;;46;;; comp;1252993..1253077;;cta;3 atgj;21;;21;;; comp;1253099..1253183;;cta;2 caa;18;;18;;; comp;1253202..1253278;;atgj;;23;;23;;; comp;1253302..1253386;;cta;;70;;70;;; comp;1253457..1253533;;atgj;;79;;79;;; comp;1253613..1253687;;caa;;31;;31;;; comp;1253719..1253803;;cta;;39;;39;;; comp;1253843..1253919;;atgj;;26;26;;;;26 comp;1253946..1254157;;CDS;;14564;;;;71; ;;;;;;;;;; comp;1268722..1268862;;CDS;;260;260;;;47; ;1269123..1269199;;cca;;243;243;;;;*243 comp;1269443..1269628;;CDS;;16361;;;;62; ;;;;;;;;;; ;1285990..1286571;;CDS;;88;88;;;194; comp;1286660..1286736;;agg;;68;68;;;;68 comp;1286805..1287938;;CDS;;116753;;;;378; ;;;;;;;;;; comp;1404692..1405552;;CDS;;204;204;;;287;*204 ;1405757..1405833;;aga;;244;244;;;; ;1406078..1407685;;CDS;;49950;;;;536; ;;;;;;;;;; ;1457636..1458508;;CDS;;407;407;;;291; comp;1458916..1459000;;tac;+;100;;100;;; comp;1459101..1459185;;tac;4 tac;100;;100;;; comp;1459286..1459370;;tac;@7;100;;100;;; comp;1459471..1459555;;tac;;282;282;;;;*282 ;1459838..1460935;;CDS;;170368;;;;366; ;;;;;;;;;; ;1631304..1631753;;CDS;;144;144;;;150;144 ;1631898..1631985;;tcc;;312;312;;;; ;1632298..1632684;;CDS;;550413;;;;129; ;;;;;;;;;; ;2183098..2183436;;CDS;;179;179;;;113; ;2183616..2183692;;gtc;+;46;;46;;; ;2183739..2183815;;gtc;2 gtc;149;149;;;;149 ;2183965..2185344;;CDS;;578546;;;;460; ;;;;;;;;;; comp;2763891..2766782;;CDS;;763;*763;;;*964;*763 comp;2767546..2767621;;ggc;+;11;;11;;; comp;2767633..2767719;;tta;2 ggc;78;;78;;; comp;2767798..2767873;;ggc;;37;;37;;; comp;2767911..2767984;;tgc;;400;400;;;;*400 comp;2768385..2768942;;CDS;;82481;;;;186; ;;;;;;;;;; ;2851424..2851855;;CDS;;62;62;;;144;62 ;2851918..2851992;;gga;;333;333;;;; ;2852326..2852970;;CDS;;133282;;;;215; ;;;;;;;;;; comp;2986253..2986402;;CDS;;1;*1;;;50;1 ;2986404..2986479;;aac;;372;372;;;; ;2986852..2989149;;CDS;;60873;;;;766; ;;;;;;;;;; ;3050023..3051831;;CDS;;139;139;;;603;139 ;3051971..3052061;;tca;;321;321;;;; ;3052383..3053693;;CDS;;384243;;;;437; ;;;;;;;;;; comp;3437937..3438392;;CDS;;233;233;;;152; comp;3438626..3438702;;atgf;;56;;56;;; comp;3438759..3438842;;ctc;;18;18;;;;18 comp;3438861..3439199;;CDS;;113972;;;;113; ;;;;;;;;;; comp;3553172..3554167;;CDS;;189;189;;;332;189 comp;3554357..3554433;;cgt;+;59;;59;;; comp;3554493..3554569;;cgt;7 cgt;57;;57;;; comp;3554627..3554703;;cgt;2 agc;57;;57;;; comp;3554761..3554837;;cgt;;57;;57;;; comp;3554895..3554971;;cgt;;57;;57;;; comp;3555029..3555105;;cgt;;85;;85;;; comp;3555191..3555282;;agc;;29;;29;;; comp;3555312..3555388;;cgt;;31;;31;;; comp;3555420..3555511;;agc;;243;243;;;; comp;3555755..3555952;;CDS;;83212;;;;66; ;;;;;;;;;; ;3639165..3640295;;CDS;;108;108;;;377;108 ;3640404..3640479;;ttc;+;51;;51;;; ;3640531..3640606;;aca;3 ttc;7;;7;;; ;3640614..3640689;;ttc;2 aca;43;;43;;; ;3640733..3640808;;aac;2 aac;69;;69;;; ;3640878..3640953;;aca;;10;;10;;; ;3640964..3641039;;ttc;;42;;42;;; ;3641082..3641158;;aac;;292;292;;;; ;3641451..3643076;;CDS;;233;233;;;542; ;3643310..3643385;;ttc;;51;;51;;; ;3643437..3643512;;aca;+;21;;21;;; ;3643534..3643609;;aac;2 aca;39;;39;;; ;3643649..3643724;;aca;2 aac;15;;15;;; ;3643740..3643815;;aac;;156;156;;;;156 comp;3643972..3645405;;CDS;;561;*561;;;*478;*561 comp;3645967..3646043;;gac;;31;;;;; comp;3646075..3646191;;5s;;57;;;;; comp;3646249..3646324;;acc;;100;;;;; comp;3646425..3646541;;5s;;111;;;;; comp;3646653..3649567;;23s;;-13;*-13;;;;*-13 comp;3649555..3649797;;CDS;@3;35;35;;;81;35 comp;3649833..3649908;;gca;;43;;;43;; comp;3649952..3650028;;atc;;97;;;;; comp;3650126..3651683;;16s;;557;*557;;;;*557 comp;3652241..3653491;;CDS;;9514;;;;*417; ;;;;;;;;;; comp;3663006..3663598;;CDS;;181;181;;;198; comp;3663780..3663864;;ttg;;177;177;;;;177 comp;3664042..3664707;;CDS;;93515;;;;222; ;;;;;;;;;; ;3758223..3759258;;CDS;;578;*578;;;*345;*578 comp;3759837..3759913;;gac;;68;;;;; comp;3759982..3760098;;5s;;111;;;;; comp;3760210..3763124;;23s;;290;;;;; comp;3763415..3763490;;gca;;43;;;43;; comp;3763534..3763610;;atc;;97;;;;; comp;3763708..3765265;;16s;;86;;;;; comp;3765351;;16s;début;;;;;; Chromosome II;;;;;;;;;; comp;673782..674186;;CDS;;358;358;;;135; comp;674545..674635;;tca;;329;329;;;;*329 ;674965..675645;;CDS;;205537;;;;227; ;;;;;;;;;; ;881183..882640;;CDS;;244;244;;;486;*244 ;882885..882958;;tgc;;302;302;;;; ;883261..883725;;CDS;;1229;;;;155; ;;;;;;;;;; ;884955..886649;;CDS;;245;245;;;565;*245 ;886895..886981;;tta;;97;;97;;; ;887079..887154;;ggc;;5;;5;;; ;887160..887233;;tgc;;317;317;;;; ;887551..889074;;CDS;;465;;;;508; ;;;;;;;;;; comp;889540..890328;;CDS;;386;386;;;263; ;890715..890801;;tta;+;53;;53;;; ;890855..890928;;tgc;2 tgc;181;;*181;;; ;891110..891183;;tgc;;366;366;;;;*366 ;891550..891891;;CDS;;443950;;;;114; ;;;;;;;;;; ;1335842..1336042;;CDS;;17;17;;;;17 ;1336060..1336134;;gga;;272;272;;;; comp;1336407..1337222;;CDS;;505333;;;;272; ;;;;;;;;;; ;1842556..1842741;;CDS;;-36;*-36;;;62;*-36 ;1842706..1842789;;ctc;;29;29;;;;29 ;1842819..1843430;;CDS;;77699;;;;204; ;;;;;;;;;; ;1921130..1921561;;CDS;;62;62;;;144;62 ;1921624..1921698;;gga;;337;337;;;; comp;1922036..1922209;;CDS;;15660;;;;58; ;;;;;;;;;; comp;1937870..1939129;;CDS;;84;84;;;420; comp;1939214..1939304;;tca;;90;;;;; comp;1939395..1939511;;5s;;77;;;;; comp;1939589..1942503;;23s;;306;;;;; comp;1942810..1942885;;gta;;35;;;35;; comp;1942921..1942996;;gca;;24;;;24;; comp;1943021..1943096;;aaa;;2;;;2;; comp;1943099..1943174;;gaa;;114;;;;; comp;1943289..1944850;;16s;;83;83;;;;83 comp;1944934..1945071;;CDS;;;;;;46; </pre> ====vha cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_cumuls|vha cumuls]] <pre> vha cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;0;0;1;3;1;1;100;17 ;16 aas 23 5s ;3;20;10;5;50;8;20;5;200;17 ;16 atc gca;4;40;17;6;100;10;40;3;300;10 ;16 cds 23 5s ;3;60;16;6;150;12;60;2;400;13 ;max a;5;80;6;1;200;9;80;3;500;6 ;a doubles;0;100;6;0;250;9;100;3;600;4 ;spéciaux;1;120;0;0;300;4;120;3;700;2 ;total aas;37;140;0;0;350;7;140;3;800;2 sans ;opérons;27;160;1;0;400;6;160;4;900;0 ;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;1;1000;1 ;max a;12;200;1;0;500;1;200;2;1100;0 ;a doubles;10;;0;0;;8;;8;;0 ;total aas;84;;57;18;;78;;38;;72 total aas;;121;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;30;;;;;;266 ;;;variance;;19;;;;;;199 sans jaune;;;moyenne;46;;;183;;86;;240 ;;;variance;25;;;114;;59;;178 </pre> ====vha blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_blocs|vha blocs]] <pre> vha blocs;;;;;;; cds;853;cds;471;cds;103 $16s;97;$16s;56;$16s;<u>86 atc;43;atc;43;$16s;97 gca;290;gca;289;atc;43 $23s;77;$23s;108;gca;290 $5s;<u>371;$5s;91;$23s;111 $16s;97;tca;121;$5s;68 atc;43;cds;;gac;578 gca;290;;;cds; $23s;107;;;; $5s;101;;;; cds;;;;; ;;;;; cds;554;cds;83;cds;119 $16s;122;$16s;82;$16s;129 gaa;2;gaa;2;gcc;41 aaa;30;aaa;30;gaa;55 gta;310;gta;310;&cds;16 $23s;117;$23s;108;$23s;111 $5s;32;$5s;31;$5s;31 gac;68;gac;147;gac;35 tgg;546;cds;;tgg;3 cds;;;;cds; ;;;;; cds;83;cds;83;cds;557 $16s;114;$16s;122;$16s;97 gaa;2;gaa;2;atc;43 aaa;24;aaa;9;gca;35 gca;35;gca;37;&cds;-13 gta;306;gta;51;$23s;111 $23s;77;&cds;16;$5s;100 $5s;90;$23s;77;acc;57 tca;84;$5s;32;$5s;31 cds;;gac;162;gac;561 ;;cds;;cds; </pre> ====vha distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_distribution|vha distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;cgt6;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;ggc3;atc;;acc;;aac;;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;6;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;acc 5s + 1 >a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;3;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;3;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;gga 1>a + 3a;ata;;aca;5;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;3;séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2 atgj;;acg;;aag;;agg;1;(cac cca)2;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total vha;;14;;;;;14;ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;51;;;;;;51;;vha;19;;;;;;19;;vha;;;;11;;;11 </pre> ====vha1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_données_intercalaires|vha1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;vha1;fx;fc;vha1;fx40;fc40;vha1;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;3;9;0;3;9;-1;0;98;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;0;10;11;246;1;1;30;-2;0;0;156;529;4* 102;;atc;13;;acc ;1;20;16;193;2;1;40;-3;0;2;101;206;65;;atc;35;;gga ;0;30;16;96;3;2;39;-4;9;141;546;121;2* 127;;gaa;52;;tac ;0;40;29;76;4;0;17;-5;0;1;138;147;91;;gaa;**;;aca ;0;50;22;55;5;1;25;-6;1;0;145;162;134;;gcc;35;;cgg ;0;60;37;90;6;0;11;-7;0;10;284;361;tRNA 23s;;;76;;cac ;2;70;64;61;7;1;13;-8;1;37;497;194;3* 297;;gca;46;;cca ;0;80;43;62;8;2;16;-9;1;0;68;260;2* 317;;gta;64;;cac 1;0;90;46;56;9;0;31;-10;0;2;159;158;296;;gca;**;;cca ;0;100;41;55;10;3;24;-11;1;26;144;260;272;;gca;54;;cta ;2;110;40;59;11;0;21;-12;0;0;312;88;260;;gta;46;;caa ;0;120;28;67;12;0;32;-13;0;4;179;204;264;;gaa;21;;cta 1;0;130;23;55;13;1;27;-14;0;20;149;407;5s tRNA;;;18;;cta ;2;140;24;54;14;2;27;-15;2;0;763;282;2* 32;;gac;23;;atgj 1;3;150;24;51;15;0;13;-16;0;3;400;558;3* 31;;gac;70;;cta 2;2;160;28;54;16;3;9;-17;0;11;62;321;68;;gac;79;;atgj 1;0;170;20;38;17;2;18;-18;0;0;363;156;91;;tca;31;;caa ;2;180;22;45;18;1;22;-19;0;4;372;578;100;;acc;39;;cta ;2;190;18;35;19;2;11;-20;0;13;139;;tRNA 5s;;;**;;atgj 1;0;200;17;30;20;5;13;-21;1;0;233;;57;;acc;100;;tac 2;0;210;15;38;21;1;15;-22;1;1;18;;tRNA tRNA;;intra;100;;tac ;0;220;17;25;22;4;8;-23;0;5;189;;5* 43;;gca;100;;tac ;0;230;15;27;23;1;11;-24;0;0;243;;**;;atc;**;;tac ;2;240;21;26;24;3;9;-25;0;1;108;;2* 30;;gta;46;;gtc ;1;250;10;21;25;0;9;-26;0;2;292;;2;;aaa;**;;gtc 2;0;260;16;22;26;1;8;-27;0;0;233;;**;;gaa;11;;ggc ;0;270;10;16;27;2;12;-28;0;0;558;;2;;gaa;78;;tta ;0;280;14;16;28;2;8;-29;0;1;181;;9;;aaa;37;;ggc 1;1;290;12;15;29;1;7;-30;0;0;177;;37;;gca;**;;tgc ;1;300;15;17;30;1;9;-31;0;0;CDS 16s;;**;;gta;56;;atgf ;0;310;8;20;31;3;11;-32;1;5;631;554;41;;gcc;**;;ctc ;1;320;7;13;32;3;6;-33;0;0;853;492;**;;gaa;59;;cgt 1;0;330;15;9;33;3;6;-34;0;1;471;;tRNA tRNA;;contig;57;;cgt ;0;340;8;9;34;3;8;-35;0;5;451;;68;;tgg;57;;cgt ;0;350;15;7;35;1;6;-36;0;0;543;;**;;gac;57;;cgt ;0;360;7;7;36;1;8;-37;0;0;557;;35;;gac;57;;cgt 1;1;370;7;6;37;5;5;-38;1;3;16s 16s;;**;;tgg;85;;cgt ;1;380;4;7;38;5;9;-39;0;0;0;deb fin chr c;tRNA tRNA;;;29;;agc ;0;390;7;7;39;2;7;-40;0;1;5s 16s;;158;;atgf;31;;cgt ;1;400;14;4;40;3;10;-41;1;0;371;;35;;ggc;**;;agc 4;4;reste;125;146;reste;859;1325;-42;0;0;23s 5s;;35;;ggc;51;;ttc 18;29;total;934;1945;total;934;1945;-43;0;0;125;;18;;ggc;7;;aca 14;25;diagr;806;1790;diagr;72;611;-44;1;2;2* 95;;39;;atgf;43;;ttc 0;1;t30;43;535;;;;-45;0;0;135;;90;;ggc;69;;aac ;;;;;;;;-46;0;0;2* 126;;39;;atgf;10;;aca ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;3* 129;;18;;ggc;42;;ttc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;5s CDS;;39;;atgf;**;;aac ;x;931;25;3;959;;;-49;0;0;;101;18;;ggc;51;;ttc ;c;1936;402;9;2347;;;-50;2;3;;;39;;atgf;21;;aca ;;;;;3306;190;;reste;0;0;;;**;;ggc;39;;aac ;;;;;;3496;;total;25;402;;;;;;15;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;aac </pre> ====vha1 autres intercalaires aas==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vha1;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;comp;rRNA;1;1384;631;*;1384 fin;comp;CDS;2016;2795;;; deb;;CDS;104112;105239;529;*; ;comp;tRNA;105769;105845;158;*;atgf ;comp;tRNA;106004;106079;35;*;ggc ;comp;tRNA;106115;106190;35;*;ggc ;comp;tRNA;106226;106301;18;*;ggc ;comp;tRNA;106320;106396;39;*;atgf ;comp;tRNA;106436;106511;90;*;ggc ;comp;tRNA;106602;106678;39;*;atgf ;comp;tRNA;106718;106793;18;*;ggc ;comp;tRNA;106812;106888;39;*;atgf ;comp;tRNA;106928;107003;18;*;ggc ;comp;tRNA;107022;107098;39;*;atgf ;comp;tRNA;107138;107213;156;*;ggc fin;comp;CDS;107370;107915;;0; deb;;CDS;189680;190715;101;*; ;comp;rRNA;190817;190933;125;*;117 ;comp;rRNA;191059;193948;297;*;2890 ;comp;tRNA;194246;194321;43;*;gca ;comp;tRNA;194365;194441;102;*;atc ;comp;rRNA;194544;196096;371;*;1553 ;comp;rRNA;196468;196584;95;*;117 ;comp;rRNA;196680;199569;297;*;2890 ;comp;tRNA;199867;199942;43;*;gca ;comp;tRNA;199986;200062;102;*;atc ;comp;rRNA;200165;201717;853;*;1553 fin;comp;CDS;202571;204706;;; deb;comp;CDS;234302;235486;101;*; ;comp;tRNA;235588;235663;13;*;acc ;comp;tRNA;235677;235751;35;*;gga ;comp;tRNA;235787;235871;52;*;tac ;comp;tRNA;235924;235999;206;*;aca fin;;CDS;236206;237129;;0; deb;comp;CDS;241274;242467;546;*; ;comp;tRNA;243014;243090;68;*;tgg ;comp;tRNA;243159;243235;32;*;gac ;comp;rRNA;243268;243384;135;*;117 ;comp;rRNA;243520;246397;317;*;2878 ;comp;tRNA;246715;246790;30;*;gta ;comp;tRNA;246821;246896;2;*;aaa ;comp;tRNA;246899;246974;127;*;gaa ;comp;rRNA;247102;248654;554;*;1553 fin;;CDS;249209;249664;;1; deb;comp;CDS;251637;253490;57;*; ;comp;regulatory;253548;253749;184;*; fin;;CDS;253934;255043;;0; deb;;CDS;310261;311296;121;*; ;comp;tRNA;311418;311508;91;*;tca ;comp;rRNA;311600;311716;126;*;117 ;comp;rRNA;311843;314732;296;*;2890 ;comp;tRNA;315029;315104;43;*;gca ;comp;tRNA;315148;315224;65;*;atc ;comp;rRNA;315290;316842;471;*;1553 fin;comp;CDS;317314;318027;;; deb;comp;CDS;352647;354587;165;*; ;comp;regulatory;354753;354851;61;*; fin;comp;CDS;354913;355296;;; deb;;CDS;358270;359305;147;*; ;comp;tRNA;359453;359529;31;*;gac ;comp;rRNA;359561;359677;126;*;117 ;comp;rRNA;359804;362693;317;*;2890 ;comp;tRNA;363011;363086;30;*;gta ;comp;tRNA;363117;363192;2;*;aaa ;comp;tRNA;363195;363270;91;*;gaa ;comp;rRNA;363362;364914;492;*;1553 fin;;CDS;365407;365958;;0; deb;;CDS;448626;449153;451;*; ;;rRNA;449605;451157;127;*;1553 ;;tRNA;451285;451360;2;*;gaa ;;tRNA;451363;451438;9;*;aaa ;;tRNA;451448;451523;37;*;gca ;;tRNA;451561;451636;260;*;gta ;;rRNA;451897;454786;95;*;2890 ;;rRNA;454882;454998;32;*;117 ;;tRNA;455031;455107;162;*;gac fin;comp;CDS;455270;455566;;; deb;comp;CDS;467252;467665;361;*; ;;tRNA;468027;468103;35;*;cgg ;;tRNA;468139;468214;76;*;cac ;;tRNA;468291;468367;46;*;cca ;;tRNA;468414;468489;64;*;cac ;;tRNA;468554;468630;194;*;cca fin;comp;CDS;468825;469550;;0; deb;;CDS;769806;770444;32;*; ;;regulatory;770477;770626;68;*; fin;;CDS;770695;771687;;; deb;comp;CDS;835239;835550;138;*; ;comp;tRNA;835689;835764;145;*;atgi fin;comp;CDS;835910;837772;;; deb;;CDS;883125;883988;533;*; ;;ncRNA;884522;884950;176;*; fin;;CDS;885127;886077;;; deb;comp;CDS;941166;941636;439;*; ;;misc_f;942076;942195;53;*; fin;;CDS;942249;944708;;; deb;comp;CDS;1010675;1011853;13;*; ;comp;misc_f;1011867;1011988;108;*; fin;comp;CDS;1012097;1012423;;; deb;;CDS;1017131;1019704;543;*; ;;rRNA;1020248;1021800;134;*;1553 ;;tRNA;1021935;1022010;41;*;gcc ;;tRNA;1022052;1022127;264;*;gaa ;;rRNA;1022392;1025281;129;*;2890 ;;rRNA;1025411;1025527;31;*;117 ;;tRNA;1025559;1025635;35;*;gac ;;tRNA;1025671;1025747;260;*;tgg fin;comp;CDS;1026008;1026983;;0; deb;comp;CDS;1138561;1139793;183;*; ;comp;tmRNA;1139977;1140344;68;*; fin;comp;CDS;1140413;1140898;;0; deb;;CDS;1251399;1252574;158;*; ;comp;tRNA;1252733;1252817;54;*;cta ;comp;tRNA;1252872;1252946;46;*;caa ;comp;tRNA;1252993;1253077;21;*;cta ;comp;tRNA;1253099;1253183;18;*;cta ;comp;tRNA;1253202;1253278;23;*;atgj ;comp;tRNA;1253302;1253386;70;*;cta ;comp;tRNA;1253457;1253533;79;*;atgj ;comp;tRNA;1253613;1253687;31;*;caa ;comp;tRNA;1253719;1253803;39;*;cta ;comp;tRNA;1253843;1253919;284;*;atgj fin;comp;CDS;1254204;1255295;;; deb;comp;CDS;1268722;1268862;260;*; ;;tRNA;1269123;1269199;497;*;cca fin;;CDS;1269697;1270497;;0; deb;;CDS;1286065;1286571;88;*; ;comp;tRNA;1286660;1286736;68;*;agg fin;comp;CDS;1286805;1287938;;0; deb;comp;CDS;1404692;1405552;204;*; ;;tRNA;1405757;1405833;159;*;aga fin;;CDS;1405993;1407685;;; deb;;CDS;1457636;1458508;407;*; ;comp;tRNA;1458916;1459000;100;*;tac ;comp;tRNA;1459101;1459185;100;*;tac ;comp;tRNA;1459286;1459370;100;*;tac ;comp;tRNA;1459471;1459555;282;*;tac fin;;CDS;1459838;1460935;;; deb;;CDS;1470331;1472328;142;*; ;;ncRNA;1472471;1472567;143;*; fin;;CDS;1472711;1473337;;; deb;comp;CDS;1587286;1587876;116;*; ;comp;regulatory;1587993;1588082;279;*; fin;comp;CDS;1588362;1589366;;; deb;;CDS;1631304;1631753;144;*; ;;tRNA;1631898;1631985;312;*;tcc fin;;CDS;1632298;1632684;;; deb;;CDS;1842140;1843741;180;*; ;;misc_f;1843922;1844060;53;*; fin;;CDS;1844114;1845010;;; deb;;CDS;2183098;2183436;179;*; ;;tRNA;2183616;2183692;46;*;gtc ;;tRNA;2183739;2183815;149;*;gtc fin;;CDS;2183965;2185344;;; deb;comp;CDS;2484550;2484708;529;*; ;;regulatory;2485238;2485339;116;*; fin;;CDS;2485456;2486832;;; deb;comp;CDS;2763891;2766782;763;*; ;comp;tRNA;2767546;2767621;11;*;ggc ;comp;tRNA;2767633;2767719;78;*;tta ;comp;tRNA;2767798;2767873;37;*;ggc ;comp;tRNA;2767911;2767984;400;*;tgc fin;comp;CDS;2768385;2768942;;; deb;;CDS;2780030;2780155;-54;*; ;;misc_f;2780102;2780205;125;*; fin;;CDS;2780331;2781896;;; deb;;CDS;2851424;2851855;62;*; ;;tRNA;2851918;2851992;363;*;gga fin;;CDS;2852356;2852970;;0; deb;comp;CDS;2977057;2978046;-12;*; ;comp;regulatory;2978035;2978168;175;*; fin;;CDS;2978344;2979249;;0; deb;comp;CDS;2983815;2985845;558;*; ;;tRNA;2986404;2986479;372;*;aac fin;;CDS;2986852;2989149;;; deb;;CDS;3050023;3051831;139;*; ;;tRNA;3051971;3052061;321;*;tca fin;comp;CDS;3052383;3053693;;; deb;comp;CDS;3437937;3438392;233;*; ;comp;tRNA;3438626;3438702;56;*;atgf ;comp;tRNA;3438759;3438842;18;*;ctc fin;comp;CDS;3438861;3439199;;; deb;comp;CDS;3553172;3554167;189;*; ;comp;tRNA;3554357;3554433;59;*;cgt ;comp;tRNA;3554493;3554569;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554627;3554703;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554761;3554837;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554895;3554971;57;*;cgt ;comp;tRNA;3555029;3555105;85;*;cgt ;comp;tRNA;3555191;3555282;29;*;agc ;comp;tRNA;3555312;3555388;31;*;cgt ;comp;tRNA;3555420;3555511;243;*;agc fin;comp;CDS;3555755;3555952;;; deb;;CDS;3603439;3603747;8;*; ;;ncRNA;3603756;3603940;5;*; fin;;CDS;3603946;3604539;;; deb;;CDS;3639165;3640295;108;*; ;;tRNA;3640404;3640479;51;*;ttc ;;tRNA;3640531;3640606;7;*;aca ;;tRNA;3640614;3640689;43;*;ttc ;;tRNA;3640733;3640808;69;*;aac ;;tRNA;3640878;3640953;10;*;aca ;;tRNA;3640964;3641039;42;*;ttc ;;tRNA;3641082;3641158;292;*;aac deb;;CDS;3641451;3643076;233;*; ;;tRNA;3643310;3643385;51;*;ttc ;;tRNA;3643437;3643512;21;*;aca ;;tRNA;3643534;3643609;39;*;aac ;;tRNA;3643649;3643724;15;*;aca ;;tRNA;3643740;3643815;156;*;aac deb;comp;CDS;3643972;3645408;558;*; ;comp;tRNA;3645967;3646043;31;*;gac ;comp;rRNA;3646075;3646191;57;*;117 ;comp;tRNA;3646249;3646324;100;*;acc ;comp;rRNA;3646425;3646541;129;*;117 ;comp;rRNA;3646671;3649560;272;*;2890 ;comp;tRNA;3649833;3649908;43;*;gca ;comp;tRNA;3649952;3650028;102;*;atc ;comp;rRNA;3650131;3651683;557;*;1553 fin;comp;CDS;3652241;3653491;;; deb;comp;CDS;3663006;3663598;181;*; ;comp;tRNA;3663780;3663864;177;*;ttg fin;comp;CDS;3664042;3664707;;0; deb;;CDS;3758223;3759258;578;*; ;comp;tRNA;3759837;3759913;68;*;gac ;comp;rRNA;3759982;3760098;129;*;117 ;comp;rRNA;3760228;3763117;297;*;2890 ;comp;tRNA;3763415;3763490;43;*;gca ;comp;tRNA;3763534;3763610;102;*;atc ;comp;rRNA;3763713;3765265;0;*;1553 autres intercalaires;;vha1;;;;; ;;;;;;; ;;;;;;; ;;;;;;; ;;;;;;; ;comp;rRNA;1;1384;631;*;1384 fin;comp;CDS;2016;2795;;; deb;;CDS;104112;105239;529;*; ;comp;tRNA;105769;105845;158;*;atgf ;comp;tRNA;106004;106079;35;*;ggc ;comp;tRNA;106115;106190;35;*;ggc ;comp;tRNA;106226;106301;18;*;ggc ;comp;tRNA;106320;106396;39;*;atgf ;comp;tRNA;106436;106511;90;*;ggc ;comp;tRNA;106602;106678;39;*;atgf ;comp;tRNA;106718;106793;18;*;ggc ;comp;tRNA;106812;106888;39;*;atgf ;comp;tRNA;106928;107003;18;*;ggc ;comp;tRNA;107022;107098;39;*;atgf ;comp;tRNA;107138;107213;156;*;ggc fin;comp;CDS;107370;107915;;0; deb;;CDS;189680;190715;101;*; ;comp;rRNA;190817;190933;125;*;117 ;comp;rRNA;191059;193948;297;*;2890 ;comp;tRNA;194246;194321;43;*;gca ;comp;tRNA;194365;194441;102;*;atc ;comp;rRNA;194544;196096;371;*;1553 ;comp;rRNA;196468;196584;95;*;117 ;comp;rRNA;196680;199569;297;*;2890 ;comp;tRNA;199867;199942;43;*;gca ;comp;tRNA;199986;200062;102;*;atc ;comp;rRNA;200165;201717;853;*;1553 fin;comp;CDS;202571;204706;;; deb;comp;CDS;234302;235486;101;*; ;comp;tRNA;235588;235663;13;*;acc ;comp;tRNA;235677;235751;35;*;gga ;comp;tRNA;235787;235871;52;*;tac ;comp;tRNA;235924;235999;206;*;aca fin;;CDS;236206;237129;;0; deb;comp;CDS;241274;242467;546;*; ;comp;tRNA;243014;243090;68;*;tgg ;comp;tRNA;243159;243235;32;*;gac ;comp;rRNA;243268;243384;135;*;117 ;comp;rRNA;243520;246397;317;*;2878 ;comp;tRNA;246715;246790;30;*;gta ;comp;tRNA;246821;246896;2;*;aaa ;comp;tRNA;246899;246974;127;*;gaa ;comp;rRNA;247102;248654;554;*;1553 </pre> ====vha2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_données_intercalaires|vha2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;vha2;fx;fc;vha2;fx40;fc40;vha2;x-;c-;c;x;c;x;aa ;1;0;1;16;0;1;16;-1;0;62;412;329;16s tRNA;; ;0;10;14;120;1;0;14;-2;2;0;244;386;123;;gaa ;0;20;14;97;2;2;14;-3;0;0;302;325;tRNA 23s;; ;1;30;14;53;3;0;13;-4;3;77;245;272;313;;gta ;0;40;15;19;4;1;13;-5;0;1;317;337;5s tRNA;; ;0;50;15;35;5;2;6;-6;2;0;366;;90;;tca ;0;60;25;50;6;1;5;-7;0;4;-36;;tRNA tRNA;;intra ;1;70;33;42;7;2;2;-8;0;22;29;;35;;gta ;0;80;38;39;8;1;11;-9;1;0;62;;24;;gca ;1;90;31;35;9;2;27;-10;0;2;84;;2;;aaa ;0;100;31;34;10;3;15;-11;4;17;CDS 16s;;**;;gaa ;0;110;26;25;11;1;18;-12;0;0;448;;tRNA tRNA;; ;0;120;31;48;12;2;25;-13;0;2;23s 5s;;97;;tta ;0;130;20;32;13;0;7;-14;0;11;95;;5;;ggc ;0;140;20;30;14;2;12;-15;1;0;;;**;;tgc ;0;150;21;24;15;1;8;-16;0;1;;;53;;tta ;0;160;12;21;16;0;7;-17;0;8;;;181;;tgc ;0;170;13;23;17;2;4;-18;0;0;;;**;;tgc ;0;180;13;21;18;0;6;-19;0;1;;;;; ;0;190;14;15;19;4;7;-20;1;1;;;;; ;0;200;13;11;20;2;3;-21;0;0;;;;; ;0;210;11;20;21;1;9;-22;0;0;;;;; ;0;220;12;20;22;2;10;-23;0;2;;;;; ;0;230;11;15;23;3;5;-24;0;0;;;;; ;0;240;15;14;24;1;3;-25;0;0;;;;; ;2;250;9;9;25;1;2;-26;0;3;;;;; ;0;260;11;12;26;2;9;-27;0;0;;;;; ;0;270;9;17;27;1;3;-28;0;0;;;;; 1;0;280;8;10;28;0;4;-29;1;2;;;;; ;0;290;13;13;29;3;4;-30;0;0;;;;; ;0;300;6;13;30;0;4;-31;1;1;;;;; ;1;310;14;7;31;0;3;-32;3;1;;;;; ;1;320;6;5;32;2;6;-33;0;0;;;;; 2;0;330;7;6;33;3;2;-34;0;1;;;;; 1;0;340;7;7;34;2;1;-35;0;4;;;;; ;0;350;7;5;35;3;2;-36;0;0;;;;; ;0;360;4;4;36;1;1;-37;0;0;;;;; ;1;370;9;5;37;2;1;-38;0;1;;;;; ;0;380;10;7;38;0;1;-39;1;0;;;;; 1;0;390;5;4;39;1;1;-40;0;0;;;;; ;0;400;5;8;40;1;1;-41;0;0;;;;; ;1;reste;96;84;reste;631;770;-42;0;0;;;;; 5;10;total;689;1075;total;689;1075;-43;0;0;;;;; 5;8;diagr;592;975;diagr;57;289;-44;0;0;;;;; 0;1;t30;42;270;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;;;;; ;x;688;25;1;714;;;-49;0;0;;;;; ;c;1059;227;16;1302;;;-50;3;3;;;;; ;;;;;2016;33;;reste;0;0;;;;; ;;;;;;2049;;total;25;227;;;;; </pre> =====vha2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_autres_intercalaires_aas|vha2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vha2;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;545001;545657;173;*; ;comp;regulatory;545831;545971;122;*; fin;comp;CDS;546094;546711;;; deb;comp;CDS;673809;674132;412;*; ;comp;tRNA;674545;674635;329;*;tca fin;;CDS;674965;675645;;; deb;;CDS;881183;882640;244;*; ;;tRNA;882885;882958;302;*;tgc fin;;CDS;883261;883725;;; deb;;CDS;884955;886649;245;*; ;;tRNA;886895;886981;97;*;tta ;;tRNA;887079;887154;5;*;ggc ;;tRNA;887160;887233;317;*;tgc fin;;CDS;887551;889074;;; deb;comp;CDS;889540;890328;386;*; ;;tRNA;890715;890801;53;*;tta ;;tRNA;890855;890928;181;*;tgc ;;tRNA;891110;891183;366;*;tgc fin;;CDS;891550;891992;;; deb;comp;CDS;1335216;1335734;325;*; ;;tRNA;1336060;1336134;272;*;gga fin;comp;CDS;1336407;1337222;;; deb;;CDS;1582077;1582217;305;*; ;;regulatory;1582523;1582622;100;*; fin;;CDS;1582723;1583730;;; deb;;CDS;1842556;1842741;-36;*; ;;tRNA;1842706;1842789;29;*;ctc fin;;CDS;1842819;1843430;;0; deb;;CDS;1921130;1921561;62;*; ;;tRNA;1921624;1921698;337;*;gga fin;comp;CDS;1922036;1922209;;; deb;comp;CDS;1937870;1939129;84;*; ;comp;tRNA;1939214;1939304;90;*;tca ;comp;rRNA;1939395;1939511;95;*;117 ;comp;rRNA;1939607;1942496;313;*;2890 ;comp;tRNA;1942810;1942885;35;*;gta ;comp;tRNA;1942921;1942996;24;*;gca ;comp;tRNA;1943021;1943096;2;*;aaa ;comp;tRNA;1943099;1943174;123;*;gaa ;comp;rRNA;1943298;1944850;468;*;1553 fin;comp;CDS;1945319;1945843;;0; deb;comp;CDS;1948023;1949408;356;*; ;;regulatory;1949765;1949875;108;*; fin;;CDS;1949984;1950871;;; </pre> ===Aeromonas media WS=== ====amed opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed opérons]] <pre> 61.2%GC;25.7.19 Paris;16s ;126;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd Aeromonas media WS;;;;;;;;;; ;6590..7159;;CDS;;3;;;;190; ;;;;;;;;;; comp;7163..8359;;CDS;;512;*512;;;399; ;8872..10421;;16s;;66;;;;; ;10488..10564;;atc;;10;;;10;; ;10575..10650;;gca;;231;;;;; ;10882..13800;;23s;;98;;;;; ;13899..14013;;5s;;386;*386;;;;*386 ;14400..14717;;CDS;;102422;;;;106; ;;;;;;;;;; ;117140..117850;;CDS;;47;47;;;237;47 ;117898..117973;;ttc;;52;;52;;; ;118026..118101;;aca;;3;;3;;; ;118105..118180;;ttc;;45;;45;;; ;118226..118301;;aac;;252;252;;;; ;118554..119573;;CDS;;50489;;;;340; ;;;;;;;;;; comp;170063..170329;;CDS;;103;103;;;89;103 comp;170433..170518;;ctg;+;71;;71;;; comp;170590..170675;;ctg;5 ctg;46;;46;;; comp;170722..170807;;ctg;;46;;46;;; comp;170854..170939;;ctg;;51;;51;;; comp;170991..171076;;ctg;;116;116;;;; comp;171193..172653;;CDS;;146173;;;;487; ;;;;;;;;;; ;318827..320692;;CDS;;190;190;;;622;190 ;320883..320959;;atgi;;244;244;;;; comp;321204..323780;;CDS;;62601;;;;*859; ;;;;;;;;;; ;386382..386732;;CDS;;514;*514;;;117; ;387247..388802;;16s;;268;;;;; ;389071..389146;;gaa;;245;;;;; ;389392..392312;;23s;;104;;;;; ;392417..392531;;5s;;268;268;;;;268 comp;392800..394413;;CDS;;81847;;;;538; ;;;;;;;;;; ;476261..476482;;CDS;;64;64;;;74;64 comp;476547..476622;;aac;;5;;5;;; comp;476628..476703;;ttc;;622;*622;;;; ;477326..477547;;CDS;;22721;;;;*74; ;;;;;;;;;; ;500269..500814;;CDS;;177;177;;;182;177 ;500992..501067;;ggc;+;24;;24;;; ;501092..501167;;ggc;6 ggc;29;;29;;; ;501197..501272;;ggc;;38;;38;;; ;501311..501386;;ggc;;25;;25;;; ;501412..501487;;ggc;;23;;23;;; ;501511..501586;;ggc;;363;*363;;;; comp;501950..502159;;CDS;;4810;;;;70; ;;;;;;;;;; ;506970..507110;;CDS;;236;236;;;47;236 ;507347..507422;;gcc;+;28;;28;;; ;507451..507526;;gcc;5 gcc;66;;66;;; ;507593..507668;;gcc;;58;;58;;; ;507727..507802;;gcc;;40;;40;;; ;507843..507918;;gcc;;471;*471;;;; ;508390..508473;;riboswitch;@1;134002;;;;28; ;;;;;;;;;; ;642476..642802;;CDS;;9;9;;;109;9 ;642812..642896;;ctc;;91;;91;;; ;642988..643064;;atgf;;166;166;;;; ;643231..643689;;CDS;;128528;;;;153; ;;;;;;;;;; ;772218..774050;;CDS;;195;195;;;611;195 comp;774246..774329;;cta;+;8;;8;;; comp;774338..774414;;atg;3 atg;38;;38;;; comp;774453..774527;;caa;4 caa;47;;47;;; comp;774575..774649;;caa;;17;;17;;; comp;774667..774743;;atg;;35;;35;;; comp;774779..774853;;caa;;47;;47;;; comp;774901..774975;;caa;;13;;13;;; comp;774989..775065;;atg;;235;235;;;; comp;775301..776392;;CDS;;3148;;;;364; ;;;;;;;;;; comp;779541..780557;;CDS;;104;104;;;339;104 comp;780662..780736;;caa;;-21;*-21;;;;*-21 comp;780716..781612;;CDS;;373301;;;;299; ;;;;;;;;;; comp;1154914..1155384;;CDS;;131;131;;;157;131 comp;1155516..1155592;;ccc;;226;226;;;; comp;1155819..1157162;;CDS;;67691;;;;448; ;;;;;;;;;; comp;1224854..1226290;;CDS;;301;301;;;479; comp;1226592..1226667;;aac;;2;;2;;; comp;1226670..1226744;;gga;;164;164;;;;164 comp;1226909..1227181;;CDS;;13604;;;;91; ;;;;;;;;;; comp;1240786..1241733;;CDS;;350;*350;;;316; comp;1242084..1242156;;aac;+;2;;2;;; comp;1242159..1242234;;aac;2 aac;49;49;;;;49 ;1242284..1242496;;CDS;;294;;;;71; ;;;;;;;;;; ;1242791..1244527;;CDS;;181;181;;;579;181 ;1244709..1244796;;tcc;;407;*407;;;; ;1245204..1246064;;CDS;;161293;;;;287; ;;;;;;;;;; comp;1407358..1408338;;CDS;;410;*410;;;327; comp;1408749..1408836;;tcc;;177;177;;;;177 comp;1409014..1409631;;CDS;;34595;;;;206; ;;;;;;;;;; ;1444227..1444688;;CDS;;146;146;;;154; ;1444835..1444922;;tcc;;127;127;;;;127 ;1445050..1446834;;CDS;;14349;;;;595; ;;;;;;;;;; comp;1461184..1462401;;CDS;;163;163;;;406;163 comp;1462565..1462640;;cac;;124;;124;;; comp;1462765..1462838;;aga;;240;240;;;; comp;1463079..1464389;;CDS;;61984;;;;437; ;;;;;;;;;; comp;1526374..1527606;;CDS;;151;151;;;411;151 comp;1527758..1527833;;cac;;123;;123;;; comp;1527957..1528033;;aga;;36;;36;;; comp;1528070..1528146;;cca;;203;203;;;; ;1528350..1529207;;CDS;;60230;;;;286; ;;;;;;;;;; ;1589438..1589644;;CDS;;138;138;;;69; comp;1589783..1589858;;aac;;132;132;;;;132 ;1589991..1592003;;CDS;;57434;;;;671; ;;;;;;;;;; ;1649438..1651867;;CDS;;104;104;;;*810;104 comp;1651972..1652048;;gtc;+;36;;36;;; comp;1652085..1652161;;gtc;5 gtc;26;;26;;; comp;1652188..1652264;;gtc;;15;;15;;; comp;1652280..1652356;;gtc;;11;;11;;; comp;1652368..1652444;;gtc;;170;170;;;; comp;1652615..1653994;;CDS;;277443;;;;460; ;;;;;;;;;; comp;1931438..1932934;;CDS;;145;145;;;499;145 comp;1933080..1933156;;atgf;+;110;;110;;; comp;1933267..1933343;;atgf;9 atgf;102;;102;;; comp;1933446..1933522;;atgf;@2;101;;101;;; comp;1933624..1933700;;atgf;;101;;101;;; comp;1933802..1933877;;atgf;;103;;103;;; comp;1933981..1934057;;atgf;;102;;102;;; comp;1934160..1934236;;atgf;;102;;102;;; comp;1934339..1934415;;atgf;;92;;92;;; comp;1934508..1934584;;atgf;;268;268;;;; comp;1934853..1935572;;CDS;;490897;;;;240; ;;;;;;;;;; comp;2426470..2427675;;CDS;;350;350;;;402; comp;2428026..2428112;;tta;;40;;40;;; comp;2428153..2428226;;tgc;;35;;35;;; comp;2428262..2428337;;ggc;;181;181;;;;181 comp;2428519..2429073;;CDS;;117921;;;;185; ;;;;;;;;;; comp;2546995..2547534;;CDS;;271;271;;;180;271 ;2547806..2547882;;ccc;;1103;*1103;;;; ;2548986..2550593;;CDS;;107760;;;;*536; ;;;;;;;;;; ;2658354..2659094;;CDS;;87;87;;;247;87 ;2659182..2659257;;acg;;108;108;;;; < comp;2659366..2659705;;CDS;;198821;;;;113; ;;;;;;;;;; comp;2858527..2859036;;CDS;;126;126;;;170; ;2859163..2859247;;tac;+;30;;30;;; ;2859278..2859362;;tac;2 tac;121;121;;;;121 comp;2859484..2863335;;CDS;;115303;;;;*1284; ;;;;;;;;;; ;2978639..2979358;;CDS;;119;119;;;240;119 comp;2979478..2979552;;gga;;104;;104;;; comp;2979657..2979730;;ggg;;201;201;;;; ;2979932..2981701;;CDS;;41492;;;;590; ;;;;;;;;;; ;3023194..3023487;;CDS;;75;75;;;98;75 comp;3023563..3023636;;tgc;;57;;57;;; comp;3023694..3023769;;ggc;;248;248;;;; ;3024018..3027455;;CDS;;17375;;;;*1146; ;;;;;;;;;; ;3044831..3045361;;CDS;;133;133;;;177;133 comp;3045495..3045584;;tcg;;380;*380;;;; ;3045965..3046882;;CDS;;221147;;;;306; ;;;;;;;;;; comp;3268030..3268398;;CDS;;318;318;;;123; comp;3268717..3268804;;tca;;198;198;;;;198 ;3269003..3269752;;CDS;;20717;;;;250; ;;;;;;;;;; ;3290470..3291624;;CDS;;50;50;;;385;50 ;3291675..3291751;;agg;;126;126;;;; comp;3291878..3292804;;CDS;;41865;;;;309; ;;;;;;;;;; ;3334670..3335758;;CDS;;230;230;;;363; ;3335989..3336073;;tac;+;32;;32;;; ;3336106..3336190;;tac;3 tac;45;;45;;; ;3336236..3336320;;tac;;135;135;;;;135 ;3336456..3336731;;CDS;;169091;;;;92; ;;;;;;;;;; comp;3505823..3506272;;CDS;;275;275;;;150;275 comp;3506548..3506662;;5s;;101;;;;; comp;3506764..3509682;;23s;;229;;;;; comp;3509912..3509987;;gaa;;218;;;;; comp;3510206..3511760;;16s;;592;*592;;;; ;3512353..3515220;;CDS;;161083;;;;*956; ;;;;;;;;;; comp;3676304..3677323;;CDS;;113;113;;;340; comp;3677437..3677521;;ttg;;49;49;;;;49 ;3677571..3678182;;CDS;;9862;;;;204; ;;;;;;;;;; ;3688045..3688872;;CDS;;369;*369;;;276; comp;3689242..3689318;;cgt;+;25;;25;;; comp;3689344..3689420;;cgt;5 cgt;25;;25;;; comp;3689446..3689522;;cgt;;26;;26;;; comp;3689549..3689625;;cgt;;98;;98;;; comp;3689724..3689800;;cgt;;4;;4;;; comp;3689805..3689897;;agc;;213;213;;;;213 comp;3690111..3690299;;CDS;;196546;;;;63; ;;;;;;;;;; ;3886846..3887601;;CDS;;302;302;;;252;302 comp;3887904..3887980;;gac;;98;;;;; comp;3888079..3888193;;5s;;105;;;;; comp;3888299..3891217;;23s;;231;;;;; comp;3891449..3891524;;gca;;10;;;10;; comp;3891535..3891611;;atc;;66;;;;; comp;3891678..3893232;;16s;;420;*420;;;; comp;3893653..3894195;;CDS;;18750;;;;181; ;;;;;;;;;; comp;3912946..3913317;;CDS;;60;60;;;124; comp;3913378..3913454;;tgg;;52;52;;;;52 comp;3913507..3914691;;CDS;@3;171;171;;;395;171 comp;3914863..3914937;;gga;;38;;38;;; comp;3914976..3915060;;tac;;263;263;;;; ;3915324..3916262;;CDS;;45900;;;;313; ;;;;;;;;;; comp;3962163..3963533;;CDS;;306;306;;;457; comp;3963840..3963916;;tgg;;202;202;;;;202 ;3964119..3964703;;CDS;;59641;;;;195; ;;;;;;;;;; comp;4024345..4026816;;CDS;;658;*658;;;*824; comp;4027475..4027551;;ccg;;140;140;;;;140 comp;4027692..4028417;;CDS;;80995;;;;242; ;;;;;;;;;; ;4109413..4111986;;CDS;;99;99;;;*858; comp;4112086..4112200;;5s;;101;;;;; comp;4112302..4115220;;23s;;231;;;;; comp;4115452..4115527;;gaa;;192;;;;; comp;4115720..4117273;;16s;;94;94;;;;94 comp;4117368..4117547;;CDS;;32227;;;;60; ;;;;;;;;;; comp;4149775..4150248;;CDS;;204;204;;;158;204 comp;4150453..4150529;;cca;;58;;58;;; comp;4150588..4150673;;ctg;;20;;20;;; comp;4150694..4150769;;cac;;49;;49;;; comp;4150819..4150895;;cgg;;258;258;;;; ;4151154..4151744;;CDS;;74862;;;;197; ;;;;;;;;;; ;4226607..4227725;;CDS;;428;*428;;;373; ;4228154..4229708;;16s;;192;;;;; ;4229901..4229976;;gaa;;229;;;;; ;4230206..4233124;;23s;;104;;;;; ;4233229..4233343;;5s;;106;;;;; ;4233450..4233525;;acc;;23;;;;; ;4233549..4233663;;5s;;164;164;;;;164 ;4233828..4234793;;CDS;;119351;;;;322; ;;;;;;;;;; comp;4354145..4355686;;CDS;;622;*622;;;*514; ;4356309..4357863;;16s;;268;;;;; ;4358132..4358207;;gaa;;230;;;;; ;4358438..4361364;;23s;;102;;;;; ;4361467..4361581;;5s;;106;;;;; ;4361688..4361763;;acc;;233;233;;;;233 ;4361997..4363241;;CDS;;71363;;;;415; ;;;;;;;;;; ;4434605..4435198;;CDS;;465;*465;;;198; ;4435664..4437217;;16s;;219;;;;; ;4437437..4437512;;gaa;;229;;;;; ;4437742..4440657;;23s;;103;;;;; ;4440761..4440875;;5s;;98;;;;; ;4440974..4441050;;gac;;167;167;;;;167 ;4441218..4442054;;CDS;;39919;;;;279; ;;;;;;;;;; comp;4481974..4482513;;CDS;;477;*477;;;180; ;4482991..4484545;;16s;;513;;;;; ;4485059..4485549;;23s°;;37;;;;; comp;4485587..4486115;;23s°;;229;;;;; comp;4486345..4486419;;gaa;;218;;;;; comp;4486638..4488193;;16s;;94;94;;;;94 comp;4488288..4488509;;CDS;;72132;;;;74; ;;;;;;;;;; comp;4560642..4561676;;CDS;;192;192;;;345; comp;4561869..4561944;;gta;+;18;;18;;; comp;4561963..4562038;;aaa;7 gta;34;;34;;; comp;4562073..4562148;;gta;5 aaa;18;;18;;; comp;4562167..4562242;;aaa;2 aag;23;;23;;; comp;4562266..4562341;;gta;;18;;18;;; comp;4562360..4562435;;aaa;;23;;23;;; comp;4562459..4562534;;gta;;18;;18;;; comp;4562553..4562628;;aaa;;34;;34;;; comp;4562663..4562738;;gta;;22;;22;;; comp;4562761..4562836;;aag;;46;;46;;; comp;4562883..4562958;;gta;;22;;22;;; comp;4562981..4563056;;aag;;46;;46;;; comp;4563103..4563178;;gta;;32;;32;;; comp;4563211..4563286;;aaa;;174;174;;;;174 comp;4563461..4564276;;CDS;;70895;;;;272; ;;;;;;;;;; comp;4635172..4636173;;CDS;;275;275;;;334;275 comp;4636449..4636525;;gac;;95;;;;; comp;4636621..4636735;;5s;;101;;;;; comp;4636837..4639756;;23s;;231;;;;; comp;4639988..4640063;;gca;;10;;;10;; comp;4640074..4640150;;atc;;66;;;;; comp;4640217..4641771;;16s;;512;*512;;;; ;4642284..4643480;;CDS;;3;;;;399; ;;;;;;;;;; comp;4643484..4644053;;CDS;;;;;;190; </pre> ====amed cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_cumuls|amed cumuls]] <pre> amed cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;0;-;1;1;40;1;100;14 ;16 gaa 23 5s ;6;20;15;;50;5;60;5;200;21 ;16 atc gca;3;40;27;;100;8;80;2;300;15 ;16 23 5s ;0;60;14;;150;19;100;3;400;18 ;max a;3;80;2;;200;17;120;4;500;11 ;a doubles;0;100;3;;250;13;140;7;600;6 ;spéciaux;1;120;8;;300;8;160;2;700;3 ;total aas;18;140;2;;350;6;180;8;800;0 sans ;opérons;38;160;0;;400;4;200;5;900;4 ;1 aa;16;180;0;;450;4;220;3;1000;1 ;max a;14;200;0;;500;3;240;2;1100;0 ;a doubles;12;;0;;;8;;6;;2 ;total aas;109;;71;0;;96;;48;;95 total aas;;127;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;49;;;;;156;; ;;;variance;34;;;;;77;; sans jaune;;;moyenne;;;;214;;;;274 ;;;variance;;;;122;;;;157 </pre> ====amed blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_blocs|amed blocs]] <pre> amed blocs;;;;; cds;512;cds;302;cds;275 16s;66;gac;98;gac;95 atc;10;5s;105;5s;101 gca;231;23s;231;23s;231 23s;98;gca;10;gca;10 5s;386;atc;66;atc;66 ;;16s;420;16s;512 ;;;;; cds;514;275;99;; 16s;268;101;101;; gaa;245;229;231;; 23s;104;218;192;; 5s;268;592;94;; ;;;;; cds;428;CDS;622;cds;465 16s;192;16s;268;16s;219 gaa;229;gaa;230;gaa;229 23s;104;23s;102;23s;103 5s;106;5s;106;5s;98 acc;23;acc;233;gac;167 5s;164;;;; </pre> ====amed distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_distribution|amed distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;9;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;3;tac;;tgc;;tac3+2;ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;2;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;aac2;atc;;acc;;aac;3;agc;1;aac2;atc;;acc;;aac;2;agc;;aac2;atc;;acc;2;aac;;agc; ctc;;ccc;2;cac;;cgt;;caa2+2;ctc;1;ccc;;cac;3;cgt;;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;atgf9;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;atgf9;gtc;5;gcc;5;gac;;ggc;6;atgf9;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;cgt5;tta;1;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;1;aaa;5;aga;2;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;;gaa;;gga;3;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;séquences;atgj;3;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;(atgj caa2)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total amed;;16;;;;;16;;amed;47;;;;;;47;;amed;46;;;;;;46;;amed;;;;5;;;5 </pre> ====amed autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_autres_intercalaires|amed autres intercalaires]] <pre> autres intercalaires;;amed;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7163;8359;516;*; ;;rRNA;8876;10415;72;*;1540 ;;tRNA;10488;10564;10;*;atc ;;tRNA;10575;10650;238;*;gca ;;rRNA;10889;13778;120;*;2890 ;;rRNA;13899;14013;386;*;115 fin;;CDS;14400;14717;;; deb;;CDS;45743;46576;187;*; ;;ncRNA;46764;47150;46;*; fin;;CDS;47197;48777;;0; deb;;CDS;117188;117850;47;*; ;;tRNA;117898;117973;52;*;ttc ;;tRNA;118026;118101;3;*;aca ;;tRNA;118105;118180;45;*;ttc ;;tRNA;118226;118301;252;*;aac fin;;CDS;118554;119573;;; deb;comp;CDS;170063;170329;103;*; ;comp;tRNA;170433;170518;71;*;ctg ;comp;tRNA;170590;170675;46;*;ctg ;comp;tRNA;170722;170807;46;*;ctg ;comp;tRNA;170854;170939;51;*;ctg ;comp;tRNA;170991;171076;116;*;ctg fin;comp;CDS;171193;172653;;; deb;;CDS;318836;320692;190;*; ;;tRNA;320883;320959;244;*;atgi fin;comp;CDS;321204;323780;;; deb;;CDS;386382;386732;518;*; ;;rRNA;387251;388796;274;*;1546 ;;tRNA;389071;389146;252;*;gaa ;;rRNA;389399;392290;126;*;2892 ;;rRNA;392417;392531;268;*;115 fin;comp;CDS;392800;394413;;0; deb;;CDS;476261;476482;64;*; ;comp;tRNA;476547;476622;5;*;aac ;comp;tRNA;476628;476703;881;*;ttc fin;comp;CDS;477585;478565;;; deb;;CDS;500269;500814;177;*; ;;tRNA;500992;501067;24;*;ggc ;;tRNA;501092;501167;29;*;ggc ;;tRNA;501197;501272;38;*;ggc ;;tRNA;501311;501386;25;*;ggc ;;tRNA;501412;501487;23;*;ggc ;;tRNA;501511;501586;363;*;ggc fin;comp;CDS;501950;502159;;; deb;;CDS;505552;507110;236;*; ;;tRNA;507347;507422;28;*;gcc ;;tRNA;507451;507526;66;*;gcc ;;tRNA;507593;507668;58;*;gcc ;;tRNA;507727;507802;40;*;gcc ;;tRNA;507843;507918;471;*;gcc ;;regulatory;508390;508473;148;*; fin;;CDS;508622;511627;;0; deb;;CDS;642476;642802;9;*; ;;tRNA;642812;642896;91;*;ctc ;;tRNA;642988;643064;166;*;atgf fin;;CDS;643231;643689;;; deb;;CDS;772218;774050;195;*; ;comp;tRNA;774246;774329;8;*;cta ;comp;tRNA;774338;774414;38;*;atgj ;comp;tRNA;774453;774527;47;*;caa ;comp;tRNA;774575;774649;17;*;caa ;comp;tRNA;774667;774743;35;*;atgj ;comp;tRNA;774779;774853;47;*;caa ;comp;tRNA;774901;774975;13;*;caa ;comp;tRNA;774989;775065;235;*;atgj fin;comp;CDS;775301;776392;;; deb;comp;CDS;779541;780488;173;*; ;comp;tRNA;780662;780736;-21;*;caa fin;comp;CDS;780716;781630;;; deb;comp;CDS;1154914;1155384;131;*; ;comp;tRNA;1155516;1155592;226;*;ccc fin;comp;CDS;1155819;1157162;;0; deb;comp;CDS;1224854;1226290;301;*; ;comp;tRNA;1226592;1226667;2;*;aac ;comp;tRNA;1226670;1226744;460;*;gga fin;comp;CDS;1227205;1228818;;; deb;comp;CDS;1240786;1241733;425;*; ;comp;tRNA;1242159;1242234;556;*;aac deb;;CDS;1242791;1244527;181;*; ;;tRNA;1244709;1244796;83;*;tcc fin;;CDS;1244880;1246145;;0; deb;comp;CDS;1407358;1408665;83;*; ;comp;tRNA;1408749;1408836;177;*;tcc fin;comp;CDS;1409014;1409631;;; deb;;CDS;1444233;1444688;146;*; ;;tRNA;1444835;1444922;127;*;tcc fin;;CDS;1445050;1446834;;; deb;comp;CDS;1461184;1462401;163;*; ;comp;tRNA;1462565;1462640;438;*;cac fin;comp;CDS;1463079;1464389;;; deb;comp;CDS;1526374;1527606;151;*; ;comp;tRNA;1527758;1527833;123;*;cac ;comp;tRNA;1527957;1528033;36;*;aga ;comp;tRNA;1528070;1528146;203;*;cca fin;;CDS;1528350;1529207;;0; deb;comp;CDS;1587325;1589010;772;*; ;comp;tRNA;1589783;1589858;132;*;aac fin;;CDS;1589991;1592003;;; deb;;CDS;1649438;1651867;104;*; ;comp;tRNA;1651972;1652048;36;*;gtc ;comp;tRNA;1652085;1652161;26;*;gtc ;comp;tRNA;1652188;1652264;15;*;gtc ;comp;tRNA;1652280;1652356;11;*;gtc ;comp;tRNA;1652368;1652444;170;*;gtc fin;comp;CDS;1652615;1653994;;; deb;comp;CDS;1734629;1735525;28;*; ;comp;misc_f;1735554;1735678;185;*; fin;;CDS;1735864;1736109;;; deb;comp;CDS;1931438;1932934;145;*; ;comp;tRNA;1933080;1933156;110;*;atgf ;comp;tRNA;1933267;1933343;102;*;atgf ;comp;tRNA;1933446;1933522;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933624;1933700;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933802;1933877;103;*;atgf ;comp;tRNA;1933981;1934057;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934160;1934236;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934339;1934415;92;*;atgf ;comp;tRNA;1934508;1934584;268;*;atgf fin;comp;CDS;1934853;1935572;;; deb;;CDS;1977322;1978332;353;*; ;comp;ncRNA;1978686;1978779;94;*; fin;;CDS;1978874;1979143;;0; deb;comp;CDS;1980394;1981206;97;*; ;comp;ncRNA;1981304;1981397;269;*; fin;;CDS;1981667;1981849;;0; deb;comp;CDS;1997119;1998258;85;*; ;comp;ncRNA;1998344;1998440;102;*; fin;comp;CDS;1998543;1999331;;; deb;;CDS;2154455;2154631;277;*; ;;ncRNA;2154909;2155037;-9;*; fin;comp;CDS;2155029;2155319;;0; deb;;CDS;2234810;2235142;16;*; ;;ncRNA;2235159;2235341;133;*; fin;comp;CDS;2235475;2236674;;; deb;comp;CDS;2426470;2427675;350;*; ;comp;tRNA;2428026;2428112;40;*;tta ;comp;tRNA;2428153;2428226;35;*;tgc ;comp;tRNA;2428262;2428337;181;*;ggc fin;comp;CDS;2428519;2429073;;; deb;comp;CDS;2546995;2547534;271;*; ;;tRNA;2547806;2547882;259;*;ccc fin;;CDS;2548142;2548282;;; deb;;CDS;2658354;2659094;87;*; ;;tRNA;2659182;2659257;114;*;acg fin;;CDS;2659372;2659665;;0; deb;comp;CDS;2827175;2828170;-13;*; ;comp;regulatory;2828158;2828297;79;*; fin;;CDS;2828377;2830089;;; deb;comp;CDS;2858527;2859036;126;*; ;;tRNA;2859163;2859247;30;*;tac ;;tRNA;2859278;2859362;121;*;tac fin;comp;CDS;2859484;2863335;;; deb;;CDS;2953473;2953961;121;*; ;;tmRNA;2954083;2954442;177;*; fin;;CDS;2954620;2955903;;; deb;;CDS;2978639;2979358;119;*; ;comp;tRNA;2979478;2979552;104;*;gga ;comp;tRNA;2979657;2979730;201;*;ggg fin;;CDS;2979932;2981701;;; deb;;CDS;3023194;3023487;75;*; ;comp;tRNA;3023563;3023636;57;*;tgc ;comp;tRNA;3023694;3023769;248;*;ggc fin;;CDS;3024018;3027455;;0; deb;;CDS;3044891;3045361;133;*; ;comp;tRNA;3045495;3045584;380;*;tcg fin;;CDS;3045965;3046882;;; deb;comp;CDS;3052964;3053617;105;*; ;comp;regulatory;3053723;3053869;209;*; fin;;CDS;3054079;3054915;;0; deb;comp;CDS;3093394;3094776;249;*; ;comp;regulatory;3095026;3095141;508;*; fin;;CDS;3095650;3096798;;0; deb;comp;CDS;3268030;3268398;318;*; ;comp;tRNA;3268717;3268804;198;*;tca fin;;CDS;3269003;3269752;;0; deb;comp;CDS;3286866;3287465;164;*; ;;misc_f;3287630;3287752;38;*; fin;;CDS;3287791;3288963;;0; deb;;CDS;3290470;3291624;50;*; ;;tRNA;3291675;3291751;126;*;agg fin;comp;CDS;3291878;3292798;;0; deb;;CDS;3334670;3335758;230;*; ;;tRNA;3335989;3336073;32;*;tac ;;tRNA;3336106;3336190;45;*;tac ;;tRNA;3336236;3336320;135;*;tac fin;;CDS;3336456;3336731;;; deb;comp;CDS;3382564;3385161;111;*; ;comp;regulatory;3385273;3385359;203;*; fin;comp;CDS;3385563;3389024;;; deb;comp;CDS;3497173;3497463;91;*; ;;regulatory;3497555;3497645;99;*; fin;;CDS;3497745;3498725;;; deb;comp;CDS;3505823;3506272;275;*; ;comp;rRNA;3506548;3506662;123;*;115 ;comp;rRNA;3506786;3509675;236;*;2890 ;comp;tRNA;3509912;3509987;224;*;gaa ;comp;rRNA;3510212;3511756;596;*;1545 fin;;CDS;3512353;3515220;;; deb;comp;CDS;3676304;3677323;113;*; ;comp;tRNA;3677437;3677521;142;*;ttg fin;;CDS;3677664;3678182;;0; deb;;CDS;3688045;3688872;369;*; ;comp;tRNA;3689242;3689318;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689344;3689420;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689446;3689522;26;*;cgt ;comp;tRNA;3689549;3689625;98;*;cgt ;comp;tRNA;3689724;3689800;4;*;cgt ;comp;tRNA;3689805;3689897;213;*;agc fin;comp;CDS;3690111;3690299;;; deb;;CDS;3886846;3887601;302;*; ;comp;tRNA;3887904;3887980;98;*;gac ;comp;rRNA;3888079;3888193;127;*;115 ;comp;rRNA;3888321;3891210;238;*;2890 ;comp;tRNA;3891449;3891524;10;*;gca ;comp;tRNA;3891535;3891611;72;*;atc ;comp;rRNA;3891684;3893228;424;*;1545 fin;comp;CDS;3893653;3894195;;; deb;comp;CDS;3912946;3913317;60;*; ;comp;tRNA;3913378;3913454;52;*;tgg deb;comp;CDS;3913507;3914691;171;*; ;comp;tRNA;3914863;3914937;38;*;gga ;comp;tRNA;3914976;3915060;263;*;tac fin;;CDS;3915324;3916262;;0; deb;comp;CDS;3962163;3963533;306;*; ;comp;tRNA;3963840;3963916;202;*;tgg fin;;CDS;3964119;3964703;;; deb;comp;CDS;4024345;4026816;658;*; ;comp;tRNA;4027475;4027551;140;*;ccg fin;comp;CDS;4027692;4028417;;; deb;;CDS;4109413;4111986;99;*; ;comp;rRNA;4112086;4112200;123;*;115 ;comp;rRNA;4112324;4115213;238;*;2890 ;comp;tRNA;4115452;4115527;198;*;gaa ;comp;rRNA;4115726;4117269;627;*;1544 fin;;CDS;4117897;4118388;;0; deb;comp;CDS;4119290;4121155;51;*; ;comp;regulatory;4121207;4121385;207;*; fin;;CDS;4121593;4122102;;; deb;comp;CDS;4149775;4150278;174;*; ;comp;tRNA;4150453;4150529;58;*;cca ;comp;tRNA;4150588;4150673;20;*;ctg ;comp;tRNA;4150694;4150769;49;*;cac ;comp;tRNA;4150819;4150895;258;*;cgg fin;;CDS;4151154;4151744;;; deb;;CDS;4226547;4227725;432;*; ;;rRNA;4228158;4229702;198;*;1545 ;;tRNA;4229901;4229976;236;*;gaa ;;rRNA;4230213;4233102;126;*;2890 ;;rRNA;4233229;4233343;106;*;115 ;;tRNA;4233450;4233525;23;*;acc ;;rRNA;4233549;4233663;164;*;115 fin;;CDS;4233828;4234793;;; deb;comp;CDS;4354145;4355686;626;*; ;;rRNA;4356313;4357857;274;*;1545 ;;tRNA;4358132;4358207;237;*;gaa ;;rRNA;4358445;4361342;124;*;2898 ;;rRNA;4361467;4361581;106;*;115 ;;tRNA;4361688;4361763;233;*;acc fin;;CDS;4361997;4363241;;; deb;;CDS;4434674;4435198;469;*; ;;rRNA;4435668;4437211;225;*;1544 ;;tRNA;4437437;4437512;236;*;gaa ;;rRNA;4437749;4440638;122;*;2890 ;;rRNA;4440761;4440875;98;*;115 ;;tRNA;4440974;4441050;167;*;gac fin;;CDS;4441218;4442054;;0; deb;comp;CDS;4481974;4482513;481;*; ;;rRNA;4482995;4484539;547;*;1545 ;;misc_f;4485087;4486108;236;*; ;comp;tRNA;4486345;4486419;224;*;gaa ;comp;rRNA;4486644;4488189;559;*;1546 fin;comp;CDS;4488749;4489795;;; deb;comp;CDS;4560642;4561715;153;*; ;comp;tRNA;4561869;4561944;18;*;gta ;comp;tRNA;4561963;4562038;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562073;4562148;18;*;gta ;comp;tRNA;4562167;4562242;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562266;4562341;18;*;gta ;comp;tRNA;4562360;4562435;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562459;4562534;18;*;gta ;comp;tRNA;4562553;4562628;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562663;4562738;22;*;gta ;comp;tRNA;4562761;4562836;46;*;aag ;comp;tRNA;4562883;4562958;22;*;gta ;comp;tRNA;4562981;4563056;46;*;aag ;comp;tRNA;4563103;4563178;32;*;gta ;comp;tRNA;4563211;4563286;174;*;aaa fin;comp;CDS;4563461;4564267;;; deb;;CDS;4626091;4627785;262;*; ;;regulatory;4628048;4628133;65;*; fin;;CDS;4628199;4629623;;; deb;comp;CDS;4635172;4636104;344;*; ;comp;tRNA;4636449;4636525;95;*;gac ;comp;rRNA;4636621;4636735;120;*;115 ;comp;rRNA;4636856;4639749;238;*;2894 ;comp;tRNA;4639988;4640063;10;*;gca ;comp;tRNA;4640074;4640150;72;*;atc ;comp;rRNA;4640223;4641767;516;*;1545 fin;;CDS;4642284;4643480;;0; deb;comp;CDS;4698779;4700680;360;*; ;comp;regulatory;4701041;4701154;88;*; fin;;CDS;4701243;4702160;;; </pre> ====amed données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_données_intercalaires|amed données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;amed;fx;fc;amed;fx40;fc40;amed;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;2;12;0;2;12;-1;0;91;47;244;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;1;10;38;225;1;2;26;-2;1;0;252;64;518;516;;52;;ttc;40;;tta ;0;20;20;167;2;0;41;-3;0;0;103;363;424;596;;3;;aca;35;;tgc ;0;30;23;110;3;4;34;-4;8;212;116;195;432;627;;45;;ttc;**;;ggc ;0;40;34;92;4;9;18;-5;0;0;190;556;469;626;;**;;aac;30;;tac ;2;50;43;75;5;0;12;-6;1;0;881;203;599;481;;71;;ctg;**;;tac ;2;60;76;92;6;6;6;-7;0;10;177;132;;516;;46;;ctg;104;;gga 1;0;70;90;111;7;4;12;-8;3;47;236;104;23s 5s;;;46;;ctg;**;;ggg 1;0;80;100;99;8;6;17;-9;1;0;9;271;2* 120;;;51;;ctg;57;;tgc ;3;90;59;120;9;3;34;-10;0;2;166;126;2* 126;;;**;;ctg;**;;ggc ;0;100;54;90;10;4;25;-11;2;31;235;121;2* 123;;;5;;aac;32;;tac 1;1;110;58;112;11;1;21;-12;0;0;173;119;127;;;**;;ttc;45;;tac 1;3;120;50;96;12;3;18;-13;2;6;-21;201;124;;;24;;ggc;**;;tac 3;1;130;35;81;13;2;20;-14;1;7;131;75;122;;;29;;ggc;25;;cgt 2;3;140;30;74;14;2;22;-15;1;0;226;248;5s CDS;;;38;;ggc;25;;cgt 1;2;150;25;72;15;1;14;-16;0;8;301;133;386;268;;25;;ggc;26;;cgt ;2;160;33;70;16;3;13;-17;0;4;460;380;275;99;;23;;ggc;98;;cgt ;4;170;29;32;17;2;20;-18;1;0;425;198;164;;;**;;ggc;4;;cgt ;6;180;35;50;18;1;17;-19;1;1;181;126;16s tRNA;;;28;;gcc;**;;agc ;3;190;25;44;19;2;6;-20;1;7;83;142;3* 72;;atc;66;;gcc;38;;gga 2;0;200;37;53;20;3;16;-21;1;0;83;369;2* 274;;gaa;58;;gcc;**;;tac 3;0;210;39;48;21;3;11;-22;2;1;177;302;2* 198;;gaa;40;;gcc;58;;cca ;1;220;25;34;22;0;8;-23;0;1;146;263;224;;gaa;**;;gcc;20;;ctg ;2;230;30;26;23;1;16;-24;0;0;127;202;225;;gaa;91;;ctc;49;;cac ;3;240;26;30;24;3;10;-25;1;2;163;258;tRNA 23s;;;**;;atgf;**;;cgg 2;0;250;20;26;25;3;13;-26;0;1;438;;3* 238;;gca;8;;cta;18;;gta 1;2;260;21;25;26;1;7;-27;0;0;151;;252;;gaa;38;;atgj;34;;aaa 1;1;270;22;36;27;4;10;-28;0;0;772;;3* 236;;gaa;47;;caa;18;;gta 1;0;280;25;28;28;2;11;-29;1;1;170;;237;;gaa;17;;caa;23;;aaa ;0;290;13;24;29;2;15;-30;0;0;145;;238;;gaa;35;;atgj;18;;gta ;0;300;8;14;30;4;9;-31;0;1;268;;5s tRNA;;;47;;caa;23;;aaa 1;2;310;19;17;31;3;9;-32;0;0;350;;98;;gac;13;;caa;18;;gta ;1;320;12;14;32;3;11;-33;2;0;181;;2* 106;;acc;**;;atgj;34;;aaa ;0;330;8;15;33;4;11;-34;0;2;259;;98;;gac;2;;aac;22;;gta ;0;340;9;8;34;1;9;-35;2;2;87;;95;;gac;**;;gga;46;;aag ;2;350;13;13;35;1;12;-36;1;0;114;;tRNA 5s;;;123;;cac;22;;gta ;0;360;15;8;36;1;5;-37;0;0;318;;23;;acc;36;;aga;46;;aag 2;0;370;7;5;37;5;4;-38;1;0;50;;tRNA tRNA;;intra;**;;cca;32;;gta 1;0;380;8;7;38;7;13;-39;0;0;230;;3* 10;;atc;36;;gtc;**;;aaa ;0;390;7;9;39;7;10;-40;0;0;135;;**;;gca;26;;gtc;;; ;0;400;10;9;40;2;8;-41;0;0;113;;;;;15;;gtc;;; 1;6;reste;110;109;reste;1226;1776;-42;0;0;213;;;;;11;;gtc;;; 25;54;total;1343;2382;total;1343;2382;-43;0;0;60;;;;;**;;gtc;;; 24;47;diagr;1231;2261;diagr;115;594;-44;0;1;52;;;;;110;;atgf;;; 0;1;t30;81;502;;;;-45;0;0;171;;;;;102;;atgf;;; ;;;;;;;;-46;3;0;306;;;;;101;;atgf;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;658;;;;;101;;atgf;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;140;;;;;103;;atgf;;; ;x;1341;42;2;1385;;;-49;0;0;174;;;;;102;;atgf;;; ;c;2370;444;12;2826;;;-50;1;0;233;;;;;102;;atgf;;; ;;;;;4211;239;;reste;4;6;167;;;;;92;;atgf;;; ;;;;;;4450;;total;42;444;153;;;;;**;;atgf;;; ;;;;;;;;;;;174;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;344;;;;;;;;;; </pre> ===gamma synthèse=== ====gamma distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_génome|gamma distribution par génome]] <pre> gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total spl;46;8;;;;6;79;3;142 vpb;60;11;;;;21;22;12;126 vha;51;14;;;;26;19;11;121 amed;47;16;;;;13;46;5;127 eal;25;23;;;;10;23;4;85 eco;20;23;;;;10;29;4;86 ecoN;20;34;;;;17;44;6;121 ;;;;;;;;; total;269;129;0;0;0;103;262;45;808 </pre> ====gamma distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_du_total|gamma distribution du total]] <pre> gama7;;;;;;;660;;gamma7;;;;;;;148 atgi;11;tct;;tat;;atgf;48;;atgi;;tct;;tat;;atgf;0 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;23;acc;9;aac;;agc; ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;2;gac;23;ggc; tta;14;tca;12;taa;;tga;4;;tta;;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;8;aga; cta;24;cca;14;caa;23;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;34;gca;;gaa;17;gga;14;;gta;8;gca;29;gaa;34;gga; ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8 atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;531;129;0;0;0;0;660;;1-3aas;;;;45;;103;148 </pre> ====gamma distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_type|gamma distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> gama7;;;;;;;660;;gama7;;;;;;;129;;gama7;;;;;;;269;;gama7;;;;;;;262;;gama7;;;;;;;45 atgi;11;tct;0;tat;0;atgf;48;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;18;;atgi;;tct;;tat;;atgf;24;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;7;tcc;14;tac;;tgc;1;;ttc;14;tcc;;tac;6;tgc;15;;ttc;;tcc;;tac;24;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;1;acc;1;aac;14;agc;;;atc;;acc;5;aac;11;agc;11;;atc;2;acc;;aac;9;agc;;;atc;;acc;9;aac;;agc; ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;5;ccc;6;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;38;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;17;;gtc;19;gcc;14;gac;4;ggc;29;;gtc;;gcc;;gac;23;ggc; tta;14;tca;12;taa;0;tga;4;;tta;;tca;10;taa;;tga;4;;tta;14;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;4;taa;;tga; ata;0;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;6;;ata;;aca;19;aaa;15;aga;4;;ata;;aca;;aaa;18;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;24;cca;14;caa;23;cga;0;;cta;;cca;2;caa;1;cga;;;cta;18;cca;10;caa;12;cga;;;cta;6;cca;2;caa;10;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;34;gca;0;gaa;17;gga;14;;gta;;gca;;gaa;4;gga;4;;gta;13;gca;;gaa;;gga;10;;gta;21;gca;;gaa;13;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga; ttg;7;tcg;4;tag;0;tgg;4;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8 atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;4;aag;;agg;7;;atgj;19;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;4;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;;cag;;cgg;7;;ctg;17;ccg;;cag;6;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;45;;; </pre> ====gamma par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_par_rapport_au_groupe_de_référence|gamma par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;37;18;39;;;2;96; 16;moyen;51;104;31;;21;52;259; 14;fort;41;147;192;;24;49;453; ; ;129;269;262;;45;103;808; 10;g+cga;15;3;6;;;;24; 2;agg+cgg;7;7;;;;;14; 4;carre ccc;11;8;33;;;2;54; 5;autres;4;;;;;;4; ;;37;18;39;;;2;96; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;gama ‰;ref. ‰ 21;faible;46;22;48;;;2;119;26 16;moyen;63;129;38;;26;64;321;324 14;fort;51;182;238;;30;61;561;650 ;;160;333;324;;56;127;808;729 10;g+cga;19;4;7;;;;30;10 2;agg+cgg;9;9;;;;;17; 4;carre ccc;14;10;41;;;2;67;16 5;autres;5;;;;;;5; ;;46;22;48;;;2;119; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;56;27;59;142;26;29;7;15 16;moyen;77;158;47;282;324;40;39;12 14;fort;62;223;291;576;650;32;55;73 ;;195;408;397;660;729;129;269;262 10;g+cga;23;5;9;36;10;41;;15 2;agg+cgg;11;11;;21;;19;; 4;carre ccc;17;12;50;79;16;30;;85 5;autres;6;;;6;;11;; ;;56;27;59;142;;37;;39 </pre> ====gamma, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma,_estimation_des_-rRNAs|gamma, estimation des -rRNAs]] <pre> gamma;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 144 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;144;1536; ; ;;indices;;;;144;1067;0;0;;gama7;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;660 atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;48 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18 atc;373;acc;57;aac;;agc;3;;atc;259;acc;40;aac;;agc;2;;atc;3;acc;6;aac;34;agc;11 ctc;;ccc;;cac;10;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;7;cgt;;;ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40 gtc;;gcc;3;gac;151;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;105;ggc;;;gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46 tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;14;tca;12;taa;;tga;4 ata;;aca;;aaa;13;aga;;;ata;;aca;;aaa;9;aga;;;ata;;aca;19;aaa;33;aga;10 cta;;cca;14;caa;;cga;;;cta;;cca;10;caa;;cga;;;cta;24;cca;14;caa;23;cga; gta;14;gca;378;gaa;423;gga;;;gta;10;gca;263;gaa;294;gga;;;gta;34;gca;;gaa;17;gga;14 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;73;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;51;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4 atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7 ctg;;ccg;;cag;;cgg;11;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;4 ;;900;;622;;14;1536;;;;625;;432;;10;1067;;;;186;;380;;94;660 27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;86713;1.5;0;;avec +16s;;;;1183;86713;1.5;0;;gama7;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;290;;atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;292;;atgi;157;tct;;tat;;atgf;686 att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;173;tcc;152;tac;226;tgc;114;;ttc;175;tcc;152;tac;227;tgc;114;;ttc;300;tcc;200;tac;429;tgc;257 atc;26;acc;115;aac;311;agc;104;;atc;285;acc;155;aac;311;agc;106;;atc;43;acc;86;aac;486;agc;157 ctc;102;ccc;86;cac;108;cgt;298;;ctc;102;ccc;86;cac;115;cgt;298;;ctc;129;ccc;86;cac;171;cgt;571 gtc;173;gcc;165;gac;184;ggc;351;;gtc;173;gcc;167;gac;289;ggc;351;;gtc;300;gcc;229;gac;100;ggc;657 tta;119;tca;138;taa;1.0;tga;64;;tta;120;tca;140;taa;1.0;tga;64;;tta;200;tca;171;taa;;tga;57 ata;0.8;aca;141;aaa;368;aga;151;;ata;0.8;aca;141;aaa;377;aga;151;;ata;;aca;271;aaa;471;aga;143 cta;128;cca;131;caa;189;cga;13;;cta;128;cca;141;caa;189;cga;13;;cta;343;cca;200;caa;329;cga; gta;311;gca;21;gaa;30;gga;114;;gta;321;gca;283;gaa;324;gga;114;;gta;486;gca;;gaa;243;gga;200 ttg;102;tcg;83;tag;2.7;tgg;62;;ttg;103;tcg;83;tag;2.7;tgg;113;;ttg;100;tcg;57;tag;;tgg;57 atgj;169;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;170;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;271;acg;57;aag;29;agg;100 ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;92;;ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;100;;ctg;300;ccg;57;cag;86;cgg;100 gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;57 ;;1892;;3118;;1244;6254;;;;2517;;3550;;1254;7321;;;;2657;;5429;;1343;9429 rapports;;75;;88;;99;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;gama7;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;99;;fiches;57.882;;;fréquences;;;;;atgi;17;tct;100;tat;100;atgf;58 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;8335;;;0/0;;;;;att;100;act;100;aat;100;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;1401;;;10;7;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;144;;;20;7;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt;100 ttc;99;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;42;tcc;24;tac;47;tgc;56 atc;9;acc;74;aac;100;agc;98;;gama7;94.2857142857143;;;40;8;;;;atc;39;acc;26;aac;36;agc;34 ctc;100;ccc;100;cac;94;cgt;100;;sans;660;;;50;10;38;;;ctc;21;ccc;0;cac;37;cgt;48 gtc;100;gcc;99;gac;64;ggc;100;;avec;148;;;60;2;;;;gtc;42;gcc;28;gac;46;ggc;47 tta;99;tca;99;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;1;;;;tta;40;tca;20;taa;100;tga;11 ata;100;aca;100;aaa;98;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;48;aaa;22;aga;5 cta;100;cca;93;caa;100;cga;100;;L’estimation par gama7;;;;90;1;;;;cta;63;cca;34;caa;42;cga;100 gta;97;gca;7;gaa;9;gga;100;;est 62% au dessus;;;;100;6;;;;gta;36;gca;100;gaa;88;gga;43 ttg;99;tcg;100;tag;100;tgg;55;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;31;tag;100;tgg;8 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;38;acg;20;aag;16;agg;9 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;92;;;;;;;;;;;ctg;16;ccg;8;cag;16;cgg;8 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;21 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;425;;656;;229;1310 </pre> ==alpha== ===rtb=== ====rtb opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_opérons|rtb opérons]] <pre> 29.0%GC;31.12.19 Paris;16s 1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rickettsia typhi str. B9991CWPP ;;;;;;;;;;;; comp;7429..8469;;cds;;381;381;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;* comp;8851..8926;;ttc;;368;368;;;;;;* ;9295..10278;;cds;;;;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;* ;;;;;;;;;;;;* ;14663..18055;;cds;;108;108;;;1131;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;18164..18238;;gaa;;1394;*1394;;;;;;* comp;19633..20106;;cds;;;;;;158;;crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;48065..48709;;cds;;278;278;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;* comp;48988..49064;;atgf;;110;110;;;;;;* comp;49175..49411;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;* ;;;;;;;;;;;;* comp;73627..73929;;cds;;17;17;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;* comp;73947..74021;;acc;;139;139;;;;;;* comp;74161..75417;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* ;155064..157163;;cds;;143;143;;;700;;elongation factor G;* ;157307..157382;;tgg;;167;167;;;;;;* ;157550..157750;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* ;189197..189400;;cds;;889;*889;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;* comp;190290..190365;;acg;;142;142;;;;;;* comp;190508..192814;;cds;;;;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;* ;;;;;;;;;;;;* ;255010..255921;;cds;;732;*732;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;* ;256654..259439;;23s;;206;;;;2786;;;* ;259646..259760;;5s;;173;173;;;115;;;* comp;259934..261007;;cds;;;;;;358;;cell division protein ZapE;* ;;;;;;;;;;;;* ;291358..291843;;cds;;35;35;;;162;;30S ribosomal protein S9;* ;291879..291955;;atgj;;1364;*1364;;;;;;* comp;293320..293805;;cds;;;;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;335194..336996;;cds;;402;402;;;601;;elongation factor 4;* ;337399..337473;;aac;;633;*633;;;;;;* comp;338107..338793;;cds;;;;;;229;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;440466..440933;;cds;;496;496;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;* ;441430..441504;;tgc;;31;31;;;;;;* ;441536..442456;;cds;;;;;;307;;site-specific tyrosine recombinase XerD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;469056..469781;;cds;;218;218;;;242;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;* ;470000..470075;;aaa;;15;;15;;;;;* ;470091..470167;;atc;;1922;*1922;;;;;;* ;472090..472662;;cds;;;;;;191;;GTP cyclohydrolase I FolE;* ;;;;;;;;;;;;* comp;564534..565562;;cds;;1530;*1530;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;* comp;567093..567180;;tcc;;218;218;;;;;;* comp;567399..568145;;cds;;;;;;249;;NTP transferase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;583250..584149;;cds;;1278;*1278;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;* comp;585428..585518;;tca;;58;58;;;;;;* comp;585577..586569;;cds;;;;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;;* ;598723..599706;;cds;;26;26;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;* ;599733..599809;;cgg;;60;;60;;;;;* comp;599870..599944;;caa;;62;62;;;;;;* comp;600007..601779;;cds;;;;;;591;;aminopeptidase P family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;644357..644745;;cds;;499;499;;;130;;p-ribosome-associated translation inhibitor RaiA;* ;645245..645321;;gac;@1;1051;;1051;;;;;* comp;646373..646448;;gcc;;222;222;;;;;;* comp;646671..647276;;cds;;;;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;* ;;;;;;;;;;;;* comp;649389..650048;;cds;;452;452;;;220;;(d)CMP kinase;* ;650501..650577;;gtc;;1274;*1274;;;;;;* comp;651852..652094;;cds;;;;;;81;;HU family DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;696163..697398;;cds;;1535;*1535;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;* ;698934..699010;;cgt;;1028;*1028;;;;;;* ;700039..705720;;cds;;;;;;1894;;alpha-2-macroglobulin family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;727560..728087;;cds;;1164;*1164;;;176;;copper chaperone Pcu(A)C;* comp;729252..729326;;gca;;32;32;;;;;;* comp;729359..729574;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;739215..740075;;cds;;181;181;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;* ;740257..740343;;ctc;;246;246;;;;;;* ;740590..741960;;cds;;1199;*1199;;;457;;magnesium transporter;* ;743160..743234;;ggc;;1090;*1090;;;;;;* ;744325..744753;;cds;;;;;;143;;preprotein translocase subunit YajC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;775944..777866;;cds;;2465;*2465;;;641;;hp;* comp;780332..781831;;16s;;1854;*1854;;;1500;;;* comp;783686..785485;;cds;;;;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;814590..814823;;cds;;349;349;;;78;;hp;* comp;815173..815248;;gta;;68;68;;;;;;* comp;815317..815589;;cds;;;;;;91;;30S ribosomal protein S20;* ;;;;;;;;;;;;* comp;829300..830484;;cds;;82;82;;;395;;elongation factor Tu;* comp;830567..830640;;gga;;95;;95;;;;;* comp;830736..830821;;tac;;183;183;;;;;;* ;831005..831733;;cds;;;;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* ;839841..839969;;cds;;145;145;;;43;;dimethyladenosine transferase;* ;840115..840200;;tta;;2009;*2009;;;;;;* ;842210..842446;;cds;;;;;;79;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;876906..877589;;cds;;401;401;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;* ;877991..878067;;cac;;145;145;;;;;;* ;878213..879943;;cds;;;;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;918938..919882;;cds;;951;*951;;;315;;ACP S-malonyltransferase;* ;920834..920925;;agc;;1945;*1945;;;;;;* comp;922871..924049;;cds;;;;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;961209..962297;;cds;;41;41;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;* comp;962339..962415;;atgi;;390;390;;;;;;* comp;962806..963273;;cds;;;;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* ;;;;;;;;;;;;* ;1023375..1023626;;cds;;1585;*1585;;;84;;BolA family transcriptional regulator;* ;1025212..1025288;;cca;;17;17;;;;;;* ;1025306..1025521;;cds;;;;;;72;;translation initiation factor IF-1;* ;;;;;;;;;;;;* ;1053321..1054139;;cds;;2191;*2191;;;273;;alpha/beta hydrolase;* comp;1056331..1056407;;aga;;98;98;;;;;;* ;1056506..1056823;;cds;;;;;;106;;DUF167 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1098776..1099240;;cds;;40;40;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;* comp;1099281..1099365;;cta;;145;145;;;;;;* comp;1099511..1100662;;cds;;;;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1102351..1102980;;cds;;475;475;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* comp;1103456..1103530;;aca;;130;130;;;;;;* comp;1103661..1103996;;cds;;;;;;112;;30S ribosomal protein S16;* </pre> ====rtb cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_cumuls|rtb cumuls]] <pre> rtb cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;11;30;0 ;23s5s;1;20;1;;50;8;40;;200;13;60;1 ;16s;1;40;;;100;5;80;;300;12;90;9 ;16s23s;0;60;1;;150;9;120;;400;13;120;4 ;max a;0;80;;;200;4;160;;500;3;150;2 ;a doubles;0;100;1;;250;4;200;;600;3;180;7 ;spéciaux;0;120;;;300;1;240;;700;3;210;3 ;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;4 sans ;opérons;29;160;;;400;3;320;;900;0;270;3 ;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;3 ;max a;2;200;;;500;4;400;;1100;0;330;5 ;a doubles;0;;1;;;21;;;;2;;20 ;total aas;33;;4;0;;62;;0;;61;;61 total aas;;33;;;;21;1430;;;;;; remarques;;1;;;;;491;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;612;;;;310;; ;;;variance;;;;665;;;;291;; sans jaune;;;moyenne;57;;;193;;;;269;;176 ;;;variance;40;;;148;;;;176;;86 </pre> ====rtb blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_blocs|rtb blocs]] ====rtb distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_distribution|rtb distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rtb;;25;;;;;25;;rtb;8;;;;;;8 </pre> ====rtb données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_données_intercalaires|rtb données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;rtb;fx;fc;rtb;fx40;fc40;rtb;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;4;0;1;4;-1;0;10;381;368;tRNA tRNA;; ;0;10;2;64;1;0;10;-2;1;0;108;1394;15;;aaa ;2;20;3;37;2;0;7;-3;0;0;278;411;**;;atc ;1;30;1;17;3;0;8;-4;0;33;110;633;60;;cgg ;4;40;2;13;4;0;13;-5;0;0;17;496;**;;caa ;1;50;3;7;5;2;2;-6;0;0;139;218;1051;;gac ;1;60;4;9;6;0;5;-7;0;2;143;1278;**;;gcc ;2;70;6;16;7;0;3;-8;0;16;167;499;95;;gga ;0;80;12;9;8;0;7;-9;0;0;142;452;**;;tac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reste;66;100;reste;176;371;-42;0;0;130;;;; 16;42;total;186;505;total;185;506;-43;0;0;CDS 16s;;;; 4;30;diagr;118;402;diagr;8;131;-44;0;0;1854;;;; 0;3; t30;6;118;;;;-45;0;0;16s CDS;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;2466;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;CDS 23s;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;736;;;; ;x;185;4;1;190;;;-49;0;0;23s 5s;;;; ;c;501;98;4;603;;;-50;1;0;228;;;; ;;;;;793;75;;reste;0;0;5s CDS;;;; ;;;;;;868;;total;4;98;;173;;; </pre> =====rtb autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires_aas|rtb autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;rtb;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7429;8469;381;*; ;comp;tRNA;8851;8926;368;*;ttc fin;;CDS;9295;10278;;; deb;;CDS;14663;18055;108;*; ;;tRNA;18164;18238;1394;*;gaa fin;comp;CDS;19633;20106;;; deb;comp;CDS;48065;48709;278;*; ;comp;tRNA;48988;49064;110;*;atgf fin;comp;CDS;49175;49411;;; deb;comp;CDS;73627;73929;17;*; ;comp;tRNA;73947;74021;139;*;acc fin;comp;CDS;74161;75417;;; deb;;CDS;155064;157163;143;*; ;;tRNA;157307;157382;167;*;tgg fin;;CDS;157550;157750;;; deb;comp;CDS;189738;189878;411;*; ;comp;tRNA;190290;190365;142;*;acg fin;comp;CDS;190508;192814;;; deb;;CDS;255010;255921;736;*; ;;rRNA;256658;259417;228;*;23s ;;rRNA;259646;259760;173;*;5s fin;comp;CDS;259934;261007;;; deb;;CDS;291358;291843;35;*; ;;tRNA;291879;291955;1364;*;atgj fin;comp;CDS;293320;293805;;; deb;;CDS;335194;336996;402;*; ;;tRNA;337399;337473;633;*;aac fin;comp;CDS;338107;338793;;; deb;comp;CDS;440466;440933;496;*; ;;tRNA;441430;441504;31;*;tgc fin;;CDS;441536;442456;;; deb;comp;CDS;469056;469781;218;*; ;;tRNA;470000;470075;15;*;aaa ;;tRNA;470091;470167;1922;*;atc fin;;CDS;472090;472662;;; deb;comp;CDS;564534;565562;1530;*; ;comp;tRNA;567093;567180;218;*;tcc fin;comp;CDS;567399;568145;;; deb;;CDS;583250;584149;1278;*; ;comp;tRNA;585428;585518;58;*;tca fin;comp;CDS;585577;586569;;0; deb;;CDS;598723;599706;26;*; ;;tRNA;599733;599809;60;*;cgg ;comp;tRNA;599870;599944;62;*;caa fin;comp;CDS;600007;601779;;; deb;comp;CDS;608541;609209;176;*; ;comp;ncRNA;609386;609769;248;*; fin;;CDS;610018;612660;;; deb;comp;CDS;644395;644745;499;*; ;;tRNA;645245;645321;1051;*;gac ;comp;tRNA;646373;646448;222;*;gcc fin;comp;CDS;646671;647276;;; deb;comp;CDS;649389;650048;452;*; ;;tRNA;650501;650577;1274;*;gtc fin;comp;CDS;651852;652094;;; deb;comp;CDS;696163;697398;1535;*; ;;tRNA;698934;699010;1028;*;cgt fin;;CDS;700039;705720;;0; deb;comp;CDS;727560;728087;1164;*; ;comp;tRNA;729252;729326;32;*;cga fin;comp;CDS;729359;729574;;; deb;;CDS;739215;740075;181;*; ;;tRNA;740257;740343;246;*;ctc deb;;CDS;740590;741960;1199;*; ;;tRNA;743160;743234;1090;*;ggc fin;;CDS;744325;744753;;; deb;comp;CDS;775944;777866;2466;*; ;comp;rRNA;780333;781831;1854;*;16s fin;comp;CDS;783686;785485;;; deb;comp;CDS;814590;814823;349;*; ;comp;tRNA;815173;815248;68;*;gta fin;comp;CDS;815317;815589;;; deb;comp;CDS;829300;830484;82;*; ;comp;tRNA;830567;830640;95;*;gga ;comp;tRNA;830736;830821;183;*;tac fin;;CDS;831005;831733;;; deb;comp;CDS;839520;839732;382;*; ;;tRNA;840115;840200;2009;*;tta fin;;CDS;842210;842446;;; deb;comp;CDS;876906;877589;401;*; ;;tRNA;877991;878067;145;*;cac fin;;CDS;878213;879943;;; deb;comp;CDS;911079;911558;179;*; ;comp;tmRNA;911738;912287;74;*; fin;;CDS;912362;913186;;; deb;;CDS;918938;919882;951;*; ;;tRNA;920834;920925;1945;*;agc fin;comp;CDS;922871;924049;;; deb;comp;CDS;941489;942730;156;*; ;comp;ncRNA;942887;943045;9;*; fin;comp;CDS;943055;943372;;; deb;comp;CDS;961209;962297;41;*; ;comp;tRNA;962339;962415;390;*;atgi fin;comp;CDS;962806;963273;;; deb;;CDS;1023375;1023626;1585;*; ;;tRNA;1025212;1025288;17;*;cca fin;;CDS;1025306;1025521;;; deb;;CDS;1053321;1054139;2191;*; ;comp;tRNA;1056331;1056407;98;*;aga fin;;CDS;1056506;1056823;;; deb;;CDS;1090984;1091625;14;*; ;;ncRNA;1091640;1091733;152;*; fin;;CDS;1091886;1093411;;; deb;comp;CDS;1098776;1099240;40;*; ;comp;tRNA;1099281;1099365;145;*;cta fin;comp;CDS;1099511;1100662;;; deb;comp;CDS;1102351;1102980;475;*; ;comp;tRNA;1103456;1103530;130;*;aca fin;comp;CDS;1103661;1103996;;; </pre> ====rtb intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_entre_cds|rtb intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> rtb;28.1.21 Paris;NCBI;7.12.2020;;;;;;;;; rtb;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5;intercal;frequencez ;'''négatif;102;12.9;'''négatif ;-11;10;-50 à -1;'''1 112 957;-1;102;610;1 ;'''zéro;5;0.6;;;;;'''intercals;0;5;620;2 ;'''1 à 200;430;54.2;'''0 à 200;85;61;;'''224 467;5;42;630;1 ;'''201 à 370;84;10.6;'''201 à 370;261;43;;'''20.2%;10;24;640;3 ;'''371 à 600;52;6.6;'''371 à 600;481;63;;;15;24;650;2 ;'''601 à max;120;15.1;'''601 à 1028;1173;515;;;20;16;660;3 ;'''total 793;<201;67.7;'''total 793;282;445;-50 à 3216;;25;12;670;0 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul, %;intercal;fréquence;30;6;680;7 665700;3216;-1;102;-70;0;;0;5;35;7;690;0 1032528;3065;0;5;-60;0;;-1;°10;40;8;700;1 506416;2624;1;°10;-50;1;;-2;1;45;2;710;1 64385;2360;2;7;-40;1;;-3;0;50;8;720;2 801292;2313;3;8;-30;5;'''min à -1;-4;°33;55;5;730;2 272796;2262;4;°13;-20;12;102;-5;0;60;8;740;0 131965;2171;5;4;-10;21;12.9%;-6;0;65;10;750;1 763244;2078;6;5;0;67;;-7;2;70;12;760;1 101695;2071;7;3;10;66;;-8;°16;75;9;770;2 446016;1893;8;°7;20;40;;-9;0;80;12;780;2 905133;1870;9;°7;30;18;;-10;1;85;9;790;0 141270;1858;10;2;40;15;'''1 à 100;-11;°2;90;4;800;1 570117;1846;11;°6;50;10;243;-12;0;95;10;810;3 129767;1794;12;5;60;13;30.6%;-13;3;100;15;820;0 378376;1765;13;3;70;22;;-14;°7;105;11;830;4 232652;1743;14;5;80;21;;-15;0;110;12;840;0 871293;1715;15;5;90;13;;-16;1;115;10;850;1 998041;1656;16;°6;100;25;;-17;°7;120;10;860;1 359936;1637;17;1;110;23;;-18;0;125;13;870;0 1014216;1621;18;3;120;20;;-19;0;130;8;880;1 847537;1581;19;3;130;21;;-20;°2;135;16;890;1 338816;1539;20;3;140;26;;-21;0;140;10;900;1 808693;1532;21;2;150;17;;-22;1;145;10;910;2 950532;1524;22;2;160;17;'''1 à 200;-23;°3;150;7;920;1 969491;1524;23;1;170;21;430;-24;0;155;8;930;1 706435;1485;24;°4;180;16;54%;-25;1;160;9;940;1 536071;1468;25;3;190;15;;-26;°5;165;12;950;3 638208;1464;26;2;200;11;;-27;0;170;9;960;0 597131;1463;27;0;210;7;;;100;175;9;970;0 544938;1446;28;2;220;7;;reste;7;180;7;980;1 235220;1444;29;2;230;11;;total;107;185;8;990;0 90984;1401;30;0;240;8;;;;190;7;1000;1 693395;1374;31;0;250;9;;'''intercal;'''<u>fréquencef;195;6;1010;1 422301;1373;32;3;260;9;'''0 à 200;600;673;200;5;1020;1 678698;1370;33;3;270;6;435;650;9;205;3;1030;1 476675;1354;34;0;280;3;;700;11;210;4;1040;1 1079428;1335;35;1;290;6;;750;6;215;3;1050;2 270767;1318;36;1;300;1;;800;6;220;4;1060;2 687447;1302;37;2;310;3;;850;8;225;5;1070;1 49408;1282;38;0;320;3;;900;4;230;6;1080;1 247450;1266;39;2;330;2;;950;8;235;5;1090;0 398128;1260;40;3;340;2;;1000;2;240;3;1100;0 577310;1255;reste;547;350;3;;1050;6;245;6;1110;2 676898;1227;total;793;360;2;'''201 à 370;1100;4;250;3;1120;2 425653;1184;;;370;2;84;1150;7;255;5;1130;1 915284;1182;;;380;0;10.6%;1200;5;260;4;1140;0 ;;;;390;1;;1250;1;265;4;1150;2 ;;;;400;5;;1300;4;270;2;1160;0 ;;;;410;4;;1350;3;275;1;1170;2 ;;;;420;3;;1400;4;280;2;1180;1 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;2;;1450;3;285;3;1190;2 384083;-50;comp;;440;2;;1500;4;290;3;1200;0 523034;-41;shift2;646;450;3;;1550;4;295;1;reste;44 362986;-38;shift2;850;460;2;;1600;1;300;0;total;793 864784;-38;shift2;2407;470;1;;1650;2;305;3;; 628502;-35;shift2;571;480;2;;1700;1;310;0;; 1068153;-35;comp;;490;3;;1750;2;315;1;; 1110540;-32;shift2;997;500;3;;1800;2;320;2;; 511489;-26;shift2;;510;4;'''371 à 600;1850;1;325;2;; 661241;-26;shift2;;520;3;52;1900;3;330;0;; 710083;-26;shift2;;530;3;6.6%;1950;0;335;1;; 899806;-26;shift2;;540;0;;2000;0;340;1;; 1089393;-26;shift2;;550;0;;2050;0;345;2;; 417665;-25;shift2;;560;3;;2100;2;350;1;; 276966;-23;shift2;;570;3;;2150;0;355;1;; 480829;-23;shift2;;580;1;'''601 à max;2200;1;360;1;; 981350;-23;shift2;;590;1;120;;114;365;1;; 110015;-22;shift2;;600;3;15.1%;;;370;1;; 415433;-20;shift2;;reste;120;;reste;6;reste;172;; 748256;-20;shift2;;total;793;;total;793;total;793;; </pre> ====rtb intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> rtb Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; afn;min10;328;1323;1651;603;-26;101;127;-468;-407;-9;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; 46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; rtb;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;45;-332;590;12;496;246;max80;&-36;279;-782;91;569;258;min50 31 à 400;;;;;;;;&70;-478;827;-4.5;788;228;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;91;44;-;304;poly;191;tF;&174;61;-;487;poly;82;Sm 31 à 400;;;;;;;;&-36;44;-;598;poly;190;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.536;-0.105;0.148;;;;;-0.081;;;;;; 1-n;0.202;-0.277;-0.165;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; rtb;fx;fc;;rtb;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rtb;Sx-;Sc- 0;1;4;;0;8;10;0;1;4;>0;184;-1;0;10 10;2;64;;10;17;159;1;0;10;<0;4;-2;1;0 20;3;37;;20;25;92;2;0;7;zéro;1;-3;0;0 30;1;17;;30;8;42;3;0;8;total;189;-4;0;33 40;2;13;;40;17;32;4;0;13;;c;-5;0;0 50;3;7;;50;25;17;5;2;2;>0;502;-6;0;0 60;4;9;;60;34;22;6;0;5;<0;98;-7;0;2 70;6;16;;70;51;40;7;0;3;zéro;4;-8;0;16 80;12;9;;80;102;22;8;0;7;total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reste;66;100;;;;;reste;176;371;;;-42;0;0 total;185;506;;t30;51;294;total;185;506;;;-43;0;0 diagr;118;402;;;;;diagr;8;131;;;-44;0;0 - t30;112;284;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;reste;0;0 ;;;;;;;;;;;;total;4;98 </pre> ====rtb intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_négatifs_S-|rtb intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;0;3 continu;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;99 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;4 ;Sc-;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;98 </pre> ====rtb autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires|rtb autres intercalaires]] <pre> rtb;les autres intercalaires;;adresses1;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses2;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses3; deb; °CDS;7429;381;comp;;deb; °CDS;564534;1530;comp;;deb; °CDS;829300;82;comp ; &tRNA;8851;368;comp;;; &tRNA;567093;218;comp;;; &tRNA;830567;95;comp fin; °CDS;9295;;;;fin; °CDS;567399;;comp;;; &tRNA;830736;183;comp deb; °CDS;14663;108;;;deb; °CDS;583250;1278;;;fin; °CDS;831005;; ; &tRNA;18164;1394;;;; &tRNA;585428;58;comp;;deb; °CDS;839520;382; fin; °CDS;19633;;comp;;fin; °CDS;585577;;comp;;; &tRNA;840115;2009; deb; °CDS;48065;278;comp;;deb; °CDS;598723;26;;;fin; °CDS;842210;; ; &tRNA;48988;110;comp;;; &tRNA;599733;60;;;deb; °CDS;876906;401;comp fin; °CDS;49175;;comp;;; &tRNA;599870;62;comp;;; &tRNA;877991;145; deb; °CDS;73627;17;comp;;fin; °CDS;600007;;comp;;fin; °CDS;878213;; ; &tRNA;73947;139;comp;;deb; °CDS;608541;176;comp;;deb; °CDS;911079;179;comp fin; °CDS;74161;;comp;;; ncRNA;609386;248;comp;;; tmRNA;911738;74;comp deb; °CDS;155064;143;;;fin; °CDS;610018;;;;fin; °CDS;912362;; ; &tRNA;157307;167;;;deb; °CDS;644395;499;comp;;deb; °CDS;918938;951; fin; °CDS;157550;;;;; &tRNA;645245;1051;;;; &tRNA;920834;1945; deb; °CDS;189738;411;;;; &tRNA;646373;222;comp;;fin; °CDS;922871;;comp ; &tRNA;190290;142;comp;;fin; °CDS;646671;;comp;;deb; °CDS;941489;156;comp fin; °CDS;190508;;comp;;deb; °CDS;649389;452;comp;;; ncRNA;942887;9;comp deb; °CDS;255010;736;;;; &tRNA;650501;1274;;;fin; °CDS;943055;;comp 23s; $rRNA;256658;228;;;fin; °CDS;651852;;comp;;deb; °CDS;961209;41;comp 5s; $rRNA;259646;173;;;deb; °CDS;696163;1535;comp;;; &tRNA;962339;390;comp fin; °CDS;259934;;comp;;; &tRNA;698934;1028;;;fin; °CDS;962806;;comp deb; °CDS;291358;35;;;fin; °CDS;700039;;;;deb; °CDS;1023375;1585; ; &tRNA;291879;1364;;;deb; °CDS;727560;1164;comp;;; &tRNA;1025212;17; fin; °CDS;293320;;;;; &tRNA;729252;32;comp;;fin; °CDS;1025306;; deb; °CDS;335194;402;;;fin; °CDS;729359;;comp;;deb; °CDS;1053321;2191; ; &tRNA;337399;633;;;deb; °CDS;739215;181;;;; &tRNA;1056331;98;comp fin; °CDS;338107;;comp;;; &tRNA;740257;246;;;fin; °CDS;1056506;; deb; °CDS;440466;496;comp;;deb; °CDS;740590;1199;;;deb; °CDS;1090984;14; ; &tRNA;441430;31;;;; &tRNA;743160;1090;;;; ncRNA;1091640;152; fin; °CDS;441536;;;;fin; °CDS;744325;;;;fin; °CDS;1091886;; deb; °CDS;469056;218;comp;;deb; °CDS;775944;2466;comp;;deb; °CDS;1098776;40;comp ; &tRNA;470000;15;;;16s; $rRNA;780333;1854;comp;;; &tRNA;1099281;145;comp ; &tRNA;470091;1922;;;fin; °CDS;783686;;comp;;fin; °CDS;1099511;;comp fin; °CDS;472090;;;;deb; °CDS;814590;349;comp;;deb; °CDS;1102351;475;comp ;;;;;;; &tRNA;815173;68;comp;;; &tRNA;1103456;130;comp ;;;;;;fin; °CDS;815317;;comp;;fin; °CDS;1103661;;comp </pre> ====rtb intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_tRNA|rtb intercalaires tRNA]] <pre> ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;; ;;;;;;;;;; ;15;;381;comp’;368;;17;31;'''deb; comp’;60;;108;comp’;1394;;26;32;<201;9 comp’;1051;;278;;110;;35;58;total;19 ;95;;17;;139;;40;62;taux;47% ;;;143;;167;;82;68;; ;;comp’;411;;142;;108;110;'''fin; ;;;;;;;143;130;<201;12 ;;;35;;1364;;176;139;total;21 ;;;402;comp’;633;;181;142;taux;57% ;;comp’;496;;31;;278;145;; ;;comp’;218;;1922;;349;145;'''total; ;;;1530;;218;;381;167;<201;21 ;;comp’;1278;;58;;382;218;total;40 ;;;26;;62;;402;222;taux;53% ;;;176;;248;;475;246;; ;;comp’;499;;222;;951;248;; ;;comp’;452;comp’;1274;;1164;1028;; ;;comp’;1535;;1028;;1199;1090;; ;;;1164;;32;;1530;1364;; ;;;181;;246;;'''-;1922;; ;;;1199;;1090;;'''-;2009;'''comp’;'''cumuls ;;;349;;68;;218;98;'''deb;9 ;;;82;comp’;183;;401;183;<201;0 ;;;382;;2009;;411;368;'''fin;7 ;;comp’;401;;145;;452;633;<201;2 ;;;951;comp’;1945;;496;1274;; ;;comp’;2191;comp’;98;;499;1394;'''total; ;;;40;;145;;1278;1945;<201;2 ;;;475;;130;;1535;'''-;total;16 ;;;;;;;2191;'''-;taux;13% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;9;14;23;;;;; ;;total;28;28;56;;;;; ;;taux;32%;50%;41%;;;;; </pre> ===rpl=== ====rpl opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_opérons|rpl opérons]] <pre> 29.0%GC;30.12.19 Paris;16s 1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rickettsia prowazekii str. Breinl ;;;;;;;;;;;; comp;31462..31892;;cds;;263;263;;;144;;p-preprotein translocase subunit YajC;* comp;32156..32181;;rpr;;870;870;;;26;;tandem;* comp;33052..33126;;ggc;;1253;1253;;;;;;* comp;34380..35750;;cds;;256;256;;;;;magnesium transporter;* comp;36007..36093;;ctc;;190;190;;;;;;* comp;36284..37144;;cds;;;;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;46825..47040;;cds;;31;31;;;72;;hp;* ;47072..47146;;gca;;1964;1964;;;;;;* ;49111..49650;;cds;;;;;;180;;copper chaperone Pcu(A)C;* ;;;;;;;;;;;;* comp;71150..76816;;cds;;933;933;;;1889;;alpha-2-macroglobulin family protein;* comp;77750..77826;;cgt;;1179;1179;;;;;;* ;79006..80241;;cds;;;;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;;* ;121704..121946;;cds;;984;984;;;81;;HU family DNA-binding protein;* comp;122931..123007;;gtc;;446;446;;;;;;* ;123454..124113;;cds;;;;;;220;;(d)CMP kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;126222..126827;;cds;;236;236;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;* ;127064..127139;;gcc;@1;830;;830;;;;;* comp;127970..128046;;gac;;365;365;;;;;;* ;128412..128843;;cds;;;;;;144;;ribosome-associated translation inhibitor RaiA;* ;;;;;;;;;;;;* ;171237..173012;;cds;;50;50;;;592;;aminopeptidase P family protein;* ;173063..173137;;caa;;49;;49;;;;;* comp;173187..173263;;cgg;;18;18;;;;;;* comp;173282..174265;;cds;;;;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;186344..187336;;cds;;58;58;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;* ;187395..187484;;tca;;354;354;;;;;;* comp;187839..188738;;cds;;;;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;* ;;;;;;;;;;;;* ;203097..203846;;cds;;219;219;;;250;;bifunctional N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase/glucosamine-1-phosphate acetyltransferase;* ;204066..204153;;tcc;;1457;1457;;;;;;* ;205611..206639;;cds;;;;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;299321..300853;;cds;;419;419;;;511;;hp;* comp;301273..301349;;atc;;15;;15;;;;;* comp;301365..301440;;aaa;;219;219;;;;;;* ;301660..302400;;cds;;;;;;247;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;328700..329635;;cds;;22;22;;;312;;site-specific tyrosine recombinase XerD;* comp;329658..329732;;tgc;;499;499;;;;;;* ;330232..330699;;cds;;;;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;429121..429807;;cds;;723;723;;;229;;hp;* comp;430531..430605;;aac;;359;359;;;;;;* comp;430965..432767;;cds;;;;;;601;;elongation factor 4;* ;;;;;;;;;;;;* ;473867..474352;;cds;;928;928;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;* comp;475281..475357;;atgj;;40;40;;;;;;* comp;475398..475883;;cds;;;;;;162;;30S ribosomal protein S9;* ;;;;;;;;;;;;* ;506934..508007;;cds;;183;183;;;358;;cell division protein ZapE;* comp;508191..508305;;5s;;240;;;;115;;;* comp;508546..511330;;23s;;716;716;;;2785;;;* comp;512047..512958;;cds;;;;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;577419..579725;;cds;;138;138;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;* ;579864..579939;;acg;;1026;1026;;;;;;* comp;580966..581169;;cds;;;;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;612439..612639;;cds;;143;143;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;612783..612858;;tgg;;143;143;;;;;;* comp;613002..615101;;cds;;;;;;700;;elongation factor G;* ;;;;;;;;;;;;* comp;656226..656870;;cds;;296;296;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;* comp;657167..657243;;atgf;;119;119;;;;;;* comp;657363..657599;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;* ;;;;;;;;;;;;* comp;678911..679213;;cds;;19;19;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;* comp;679233..679307;;acc;;159;159;;;;;;* comp;679467..680723;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;746326..746529;;cds;;1664;1664;;;68;;hp;* comp;748194..748268;;gaa;;109;109;;;;;;* comp;748378..749421;;cds;;;;;;348;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;756703..757686;;cds;;363;363;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;* ;758050..758125;;ttc;;564;564;;;;;;* ;758690..759730;;cds;;;;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;776202..776537;;cds;;154;154;;;112;;30S ribosomal protein S16;* ;776692..776766;;aca;;467;467;;;;;;* ;777234..777863;;cds;;;;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;779197..780348;;cds;;140;140;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;* ;780489..780573;;cta;;37;37;;;;;;* ;780611..781075;;cds;;;;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;* ;;;;;;;;;;;;* comp;823242..823559;;cds;;98;98;;;106;;DUF167 domain-containing protein;* ;823658..823734;;aga;;1364;1364;;;;;;* comp;825099..825230;;cds;;;;;;44;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;854241..854456;;cds;;17;17;;;72;;translation initiation factor IF-1;* comp;854474..854550;;cca;;1573;1573;;;;;;* comp;856124..856357;;cds;;;;;;78;;BolA family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;915034..915501;;cds;;391;391;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* ;915893..915969;;atgi;;41;41;;;;;;* ;916011..917099;;cds;;;;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;* ;;;;;;;;;;;;* ;953564..954742;;cds;;696;696;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* comp;955439..955530;;agc;;898;898;;;;;;* comp;956429..957373;;cds;;;;;;315;;ACP S-malonyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1009435..1011165;;cds;;142;142;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* comp;1011308..1011384;;cac;;346;346;;;;;;* ;1011731..1012414;;cds;;;;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1045414..1045656;;cds;;2381;2381;;;81;;hp;* comp;1048038..1048123;;tta;;135;135;;;;;;* comp;1048259..1048387;;cds;;;;;;43;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1056245..1056973;;cds;;188;188;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;1057162..1057247;;tac;;105;;105;;;;;* ;1057353..1057426;;gga;;82;82;;;;;;* ;1057509..1058693;;cds;;;;;;395;;elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;;* ;1072391..1072663;;cds;;62;62;;;91;;30S ribosomal protein S20;* ;1072726..1072801;;gta;;1181;1181;;;;;;* comp;1073983..1074648;;cds;;;;;;222;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1102136..1103935;;cds;;1458;1462;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;1105394..1106893;;16s;;1462;1462;;;1500;;;* ;1108356..1109301,1..184;;cds;;;;;;377;;P-hp;* </pre> ====rpl cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_cumuls|rpl cumuls]] <pre> rpl cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;12;30;0 ;23s5s;1;20;1;;50;9;40;;200;11;60;2 ;16s;1;40;;;100;4;80;;300;12;90;9 ;16s23s;0;60;1;;150;8;120;;400;15;120;4 ;max a;0;80;;;200;5;160;;500;2;150;2 ;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;4;180;6 ;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;2;210;2 ;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;5 sans ;opérons;29;160;;;400;5;320;;900;0;270;3 ;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;2 ;max a;2;200;;;500;2;400;;1100;0;330;5 ;a doubles;0;;1;;;21;;;;1;;20 ;total aas;33;;4;0;;63;;0;;60;;60 total aas;;33;;;;21;1204;;;;;; remarques;;1;;;;;453;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;528;;;;293;; ;;;variance;;;;558;;;;271;; sans jaune;;;moyenne;56;;;191;;;;243;;172 ;;;variance;45;;;140;;;;145;;89 </pre> ====rpl blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_blocs|rpl blocs]] ====rpl distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_distribution|rpl distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rpl;;25;;;;;25;;rpl;8;;;;;;8 </pre> ====rpl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_données_intercalaires|rpl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;rpl;fx;fc;rpl;fx40;fc40;rpl;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;0;5;0;0;5;-1;;10;1159;1179;tRNA tRNA;; ;0;10;2;64;1;0;8;-2;1;0;1253;984;;830;gcc ;3;20;4;35;2;0;10;-3;;0;256;446;**;;gac ;1;30;2;19;3;0;9;-4;;35;190;365;;49;caa ;3;40;4;11;4;0;11;-5;;0;31;354;**;;cgg ;2;50;1;8;5;2;4;-6;;0;1964;219;15;;atc ;1;60;4;10;6;0;4;-7;;2;933;499;**;;aaa ;1;70;5;14;7;0;3;-8;;17;236;723;105;;tac ;0;80;12;13;8;0;6;-9;;0;50;928;**;;gga ;1;90;7;18;9;0;6;-10;;1;18;1026;;; 1;0;100;4;16;10;0;3;-11;;2;58;1999;;; ;1;110;3;19;11;0;3;-12;;0;219;363;;; ;1;120;7;17;12;1;7;-13;;3;1457;98;;; ;0;130;4;21;13;0;3;-14;1;7;419;1971;;; ;2;140;3;17;14;1;2;-15;;0;22;696;;; ;3;150;3;14;15;1;3;-16;;1;359;346;;; ;2;160;3;22;16;1;4;-17;;6;40;373;;; ;0;170;4;16;17;0;2;-18;;0;138;188;;; ;0;180;6;8;18;0;4;-19;;0;143;1181;;; 1;1;190;4;10;19;0;4;-20;;1;143;;;; ;0;200;2;9;20;0;3;-21;;0;296;;;; ;0;210;3;4;21;0;5;-22;;1;119;;;; 1;1;220;6;5;22;0;1;-23;;5;19;;;; ;0;230;3;9;23;1;1;-24;;0;159;;;; ;1;240;0;5;24;0;6;-25;;1;109;;;; ;0;250;5;8;25;0;3;-26;;4;564;;;; ;1;260;4;5;26;0;1;-27;;0;154;;;; ;0;270;4;1;27;1;0;-28;;0;467;;;; ;0;280;0;4;28;0;1;-29;;0;140;;;; ;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;37;;;; ;1;300;1;0;30;0;1;-31;;0;17;;;; ;0;310;1;3;31;0;0;-32;;1;1573;;;; ;0;320;1;3;32;1;4;-33;;0;391;;;; ;0;330;0;1;33;1;3;-34;;0;41;;;; ;0;340;0;0;34;0;2;-35;1;1;898;;;; 1;0;350;3;4;35;1;0;-36;;0;142;;;; 1;1;360;0;1;36;0;0;-37;;0;2381;;;; 2;0;370;1;4;37;0;1;-38;;3;82;;;; 1;0;380;2;1;38;0;0;-39;;0;62;;;; ;0;390;4;1;39;1;1;-40;;0;CDS 16s;;;; ;1;400;1;0;40;0;0;-41;;1;1458;;;; 11;11;reste;59;102;reste;171;393;-42;;0;16s CDS;;;; 19;39;total;183;527;total;183;527;-43;;0;1463;;;; 8;28;diagr;124;420;diagr;12;129;-44;;1;CDS 23s;;;; 0;4; t30;8;118;;;;-45;;0;719;;;; ;;;;;;;;-46;;0;23s 5s;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;261;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;5s CDS;;;; ;x;183;5;0;188;;;-49;;0;-;183;;; ;c;522;103;5;630;;;-50;1;0;;;;; ;;;;;818;75;;reste;1;0;;;;; ;;;;;;893;;total;5;103;;;;; </pre> =====rpl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_autres_intercalaires_aas|rpl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;rpl;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;31462;31892;1159;*; ;comp;tRNA;33052;33126;1253;*;ggc deb;comp;CDS;34380;35750;256;*; ;comp;tRNA;36007;36093;190;*;ctc fin;comp;CDS;36284;37144;;0; deb;;CDS;46825;47040;31;*; ;;tRNA;47072;47146;1964;*;gca fin;;CDS;49111;49650;;; deb;comp;CDS;71150;76816;933;*; ;comp;tRNA;77750;77826;1179;*;cgt fin;;CDS;79006;80241;;; deb;;CDS;121704;121946;984;*; ;comp;tRNA;122931;123007;446;*;gtc fin;;CDS;123454;124113;;; deb;;CDS;126222;126827;236;*; ;;tRNA;127064;127139;830;*;gcc ;comp;tRNA;127970;128046;365;*;gac fin;;CDS;128412;128915;;; deb;comp;CDS;160532;163174;244;*; ;;ncRNA;163419;163803;171;*; fin;;CDS;163975;164643;;; deb;;CDS;171237;173012;50;*; ;;tRNA;173063;173137;49;*;caa ;comp;tRNA;173187;173263;18;*;cgg fin;comp;CDS;173282;174265;;; deb;;CDS;186344;187336;58;*; ;;tRNA;187395;187484;354;*;tca fin;comp;CDS;187839;188738;;; deb;;CDS;203097;203846;219;*; ;;tRNA;204066;204153;1457;*;tcc fin;;CDS;205611;206639;;0; deb;comp;CDS;299321;300853;419;*; ;comp;tRNA;301273;301349;15;*;atc ;comp;tRNA;301365;301440;219;*;aaa fin;;CDS;301660;302400;;; deb;comp;CDS;328700;329635;22;*; ;comp;tRNA;329658;329732;499;*;tgc fin;;CDS;330232;330699;;; deb;;CDS;429121;429807;723;*; ;comp;tRNA;430531;430605;359;*;aac fin;comp;CDS;430965;432767;;0; deb;;CDS;473867;474352;928;*; ;comp;tRNA;475281;475357;40;*;atgj fin;comp;CDS;475398;475883;;; deb;;CDS;506934;508007;183;*; ;comp;rRNA;508191;508305;261;*;115 ;comp;rRNA;508567;511327;719;*;2761 fin;comp;CDS;512047;512958;;; deb;;CDS;577419;579725;138;*; ;;tRNA;579864;579939;1026;*;acg fin;comp;CDS;580966;581169;;0; deb;comp;CDS;612439;612639;143;*; ;comp;tRNA;612783;612858;143;*;tgg fin;comp;CDS;613002;615101;;; deb;comp;CDS;656226;656870;296;*; ;comp;tRNA;657167;657243;119;*;atgf fin;comp;CDS;657363;657599;;; deb;comp;CDS;678911;679213;19;*; ;comp;tRNA;679233;679307;159;*;acc fin;comp;CDS;679467;680723;;; deb;;CDS;745691;746194;1999;*; ;comp;tRNA;748194;748268;109;*;gaa fin;comp;CDS;748378;749594;;; deb;comp;CDS;756703;757686;363;*; ;;tRNA;758050;758125;564;*;ttc fin;;CDS;758690;759730;;; deb;;CDS;776202;776537;154;*; ;;tRNA;776692;776766;467;*;aca fin;;CDS;777234;777863;;; deb;;CDS;779197;780348;140;*; ;;tRNA;780489;780573;37;*;cta fin;;CDS;780611;781075;;0; deb;comp;CDS;786459;787982;143;*; ;comp;ncRNA;788126;788219;14;*; fin;comp;CDS;788234;788875;;0; deb;comp;CDS;823242;823559;98;*; ;;tRNA;823658;823734;1971;*;aga fin;comp;CDS;825706;826527;;; deb;comp;CDS;854241;854456;17;*; ;comp;tRNA;854474;854550;1573;*;cca fin;comp;CDS;856124;856357;;0; deb;;CDS;915034;915501;391;*; ;;tRNA;915893;915969;41;*;atgi fin;;CDS;916011;917099;;; deb;;CDS;934616;934933;9;*; ;;ncRNA;934943;935101;153;*; fin;;CDS;935255;936496;;0; deb;;CDS;953564;954742;696;*; ;comp;tRNA;955439;955530;898;*;agc fin;comp;CDS;956429;957373;;; deb;comp;CDS;963044;963856;74;*; ;;tmRNA;963931;964460;185;*; fin;;CDS;964646;965125;;; deb;comp;CDS;1009435;1011165;142;*; ;comp;tRNA;1011308;1011384;346;*;cac fin;;CDS;1011731;1012414;;; deb;comp;CDS;1045414;1045656;2381;*; ;comp;tRNA;1048038;1048123;373;*;tta fin;;CDS;1048497;1048709;;; deb;comp;CDS;1056245;1056973;188;*; ;;tRNA;1057162;1057247;105;*;tac ;;tRNA;1057353;1057426;82;*;gga fin;;CDS;1057509;1058693;;; deb;;CDS;1072391;1072663;62;*; ;;tRNA;1072726;1072801;1181;*;gta fin;comp;CDS;1073983;1074648;;; deb;;CDS;1102136;1103935;1458;*; ;;rRNA;1105394;1106892;1463;*;1499 fin;;CDS;1108356;17;;; </pre> ===rpm=== ====rpm opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm opérons]] <pre> ;20 m23s;17 m16s;;;;;;;;;; ;;9 m16s seuls;;;;;;;;;; http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_phot_DSM_122/rhodPhot_DSM122-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017059.1;rpm;;genome;24.12.19;;;;;;;; 64.7%GC;26.12.19 Paris;16s 7;95 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rhodospirillum photometricum DSM 122;;;;;;;;;;;; comp;3322..4194;;cds;;30;30;;;291;;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein;* comp;4225..4821;;23s°;@1;196;;;;595;;;* comp;5018..5093;;gca;;182;;;;;;;* comp;5276..5684;;16s°;;38;38;;;407;;;* ;5723..6664;;cds;;;;;;314;;SEL1-like repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp <;12458..13198;;cds;;242;242;;;247;;p-transposase;* comp;13441..13555;;5s;@2;72;;;;113;;;* comp;13628..13880;;23s°;;-7;*-7;;;251;;;* comp;13874..15127;;cds;;;;;;418;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;21325..22362;;cds;;586;*586;;;346;;hp;* ;22949..23237;;16s°;;85;85;;;287;;;* comp;23323..23490;;cds;;;;;;56;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;24015..24287;;cds;;250;250;;;91;;TraYdomain-containingprotein;* comp;24538..24652;;5s;;71;;;;113;;;* comp;24724..27490;;23s;;212;;;;2765;;;* comp;27703..27779;;atc;;112;;;;;;;* comp;27892..28378;;16s°;;18;18;;;485;;;* <>;28397..29119;;cds;;;;;;241;;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;32782..33759;;cds;;190;190;;;326;;glycosyltransferase;* ;33950..34357;;16s°;;112;;;;406;;;* ;34470..34546;;atc;;216;;;;;;;* ;34763..35591;;23s°;;44;;;;827;;;* comp;35636..35750;;5s;;72;;;;113;;;* comp;35823..38589;;23s;;215;;;;2765;;;* comp;38805..38881;;atc;;112;;;;;;;* comp;38994..40502;;16s;;260;;;;1507;;;* comp;40763..42629;;23s°;;-15;;;;1865;;;* ;42615..42903;;16s°;;112;;;;287;;;* ;43016..43092;;atc;;213;;;;;;;* ;43306..44132;;23s°;;-1;;;;825;;;* comp;44132..44835;;23s°;;-5;*-5;;;702;;;* ;44831..45121;;cds;;;;;;97;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* <;45496..45768;;cds;;553;*553;;;91;;p-glycosyl transferase family 1;* ;46322..47040;;16s°;;0;*0;;;717;;;* comp;47041..47433;;cds;;;;;;131;;winged helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;49761..51017;;cds;;128;128;;;419;;glycosyltransferase;* comp;51146..51221;;23s°;;214;;;;74;;;* comp;51436..51512;;atc;;112;;;;;;;* comp;51625..52017;;16s°;;-7;;;;391;;;* ;52011..52881;;23s°;;106;106;;;869;;;* ;52988..53464;;cds;;-37;*-37;;;159;;hp;* >;53428..53694;;cds;;86;86;;;89;;p-glycosyltransferase;* comp;53781..54709;;23s°;;26;;;;927;;;* ;54736..54898;;16s°;;112;;;;161;;;* ;55011..55087;;atc;;216;;;;;;;* ;55304..55741;;23s°;;438;*438;;;436;;;* ;56180..56440;;cds;;;;;;87;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;82891..83088;;cds;;116;116;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;83205..83280;;tgg;;199;199;;;;;;* >comp;83480..84178;;cds;;;;;;233;;p-elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;;* ;417242..417412;;cds;;142;142;;;57;;tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase;* ;417555..417631;;atgj;+;24;;24;;;;;* ;417656..417732;;atgj;2 atgj;38;38;;;;;;* comp;417771..418796;;cds;;;;;;342;;tRNA epoxyqueuosine(34) reductase QueG;* ;;;;;;;;;;;;* ;434306..435142;;cds;;512;*512;;;279;;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase;* ;435655..435842;;16s°;;-6;;;;186;;;* ;435837..436075;;23s°;;72;;;;237;;;* ;436148..436262;;5s;;51;;;;113;;;* ;436314..436390;;atgf;;196;196;;;;;;* ;436587..436883;;cds;;;;;;99;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;467261..468370;;cds;;167;167;;;370;;3-isopropylmalate dehydrogenase;* ;468538..468667;;23s°;;72;;;;128;;;* ;468740..468854;;5s;;51;;;;113;;;* ;468906..468982;;atgf;;125;125;;;;;;* ;469108..469863;;cds;;;;;;252;;SAM-dependent chlorinase/fluorinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;534521..536161;;cds;;367;367;;;547;;glucose-6-phosphate isomerase;* ;536529..536603;;acg;;92;92;;;;;;* comp;536696..537778;;cds;;;;;;361;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;658467..658931;;cds;;110;110;;;155;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;659042..659116;;gtc;;155;155;;;;;;* ;659272..660159;;cds;;106;106;;;296;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;660266..660340;;gtc;;648;*648;;;;;;* comp;660989..661800;;cds;;;;;;271;;p-N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* 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;875638..876117;;cds;;;;;;160;;CreA family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;885688..886299;;cds;;176;176;;;204;;LysE family translocator;* ;886476..886552;;ccc;;144;144;;;;;;* comp;886697..887233;;cds;;;;;;179;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;932708..934243;;cds;;93;93;;;512;;Fic family protein;* comp;934337..934413;;cgt;+;35;;35;;;;;* comp;934449..934525;;cgt;3 cgt;44;;44;;;;;* comp;934570..934646;;cgt;;449;*449;;;;;;* ;935096..936175;;cds;;;;;;360;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;978995..979396;;cds;;138;138;;;134;;MFS transporter;* comp;979535..979609;;ggc;+;23;;23;;;;;* comp;979633..979707;;ggc;4 ggc;45;;45;;;;;* comp;979753..979827;;ggc;;29;;29;;;;;* comp;979857..979931;;ggc;;206;206;;;;;;* ;980138..981679;;cds;;;;;;514;;murein biosynthesis integral membrane protein MurJ;* ;;;;;;;;;;;;* ;997575..997898;;cds;;95;95;;;108;;DUF1476 domain-containing protein;* comp;997994..998067;;cag;+;54;;54;;;;;* comp;998122..998195;;cag;2 cag;168;168;;;;;;* ;998364..999509;;cds;;;;;;382;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1050081..1051028;;cds;;60;60;;;316;;NnrS family protein;* comp;1051089..1051163;;acc;+;16;;16;;;;;* comp;1051180..1051254;;acc;3 acc;18;;18;;;;;* comp;1051273..1051347;;acc;;170;170;;;;;;* comp;1051518..1053305;;cds;;;;;;596;;EAL domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1197836..1199341;;cds;;197;197;;;502;;aldehyde dehydrogenase;* ;1199539..1199623;;cta;;126;126;;;;;;* ;1199750..1201090;;cds;;;;;;447;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1206196..1206501;;cds;;93;93;;;102;;HU family DNA-binding protein;* ;1206595..1206670;;gta;;50;50;;;;;;* ;1206721..1207092;;cds;;;;;;124;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1213113..1214459;;cds;;210;210;;;449;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit;* comp;1214670..1214874;;16s°;;600;*600;;;203;;;* comp;1215475..1216716;;cds;;;;;;414;;polyphosphate kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1349719..1350132;;cds;;109;109;;;138;;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha;* comp;1350242..1350608;;23s°;;212;;;;365;;;* comp;1350821..1350897;;atc;;115;;;;;;;* comp;1351013..1351438;;16s°;;23;23;;;424;;;* < comp;1351462..1352160;;cds;;;;;;233;;p-tetratricopeptide repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1359745..1360302;;cds;;176;176;;;186;;hp;* ;1360479..1360555;;gac;+;37;;37;;;;;* ;1360593..1360669;;gac;2 gac;274;274;;;;;;* ;1360944..1361204;;cds;;;;;;87;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1416615..1417769;;cds;;214;214;;;385;;glycosyltransferase family 61 protein;* ;1417984..1418074;;tcc;;154;154;;;;;;* comp;1418229..1419095;;cds;;;;;;289;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1472421..1473403;;cds;;250;250;;;328;;biotin synthase BioB;* comp;1473654..1473740;;ttg;;77;77;;;;;;* comp;1473818..1474678;;cds;;;;;;287;;homocysteine S-methyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1735298..1736380;;cds;;209;209;;;361;;DUF262 domain-containing protein;* ;1736590..1736859;;23s°;;72;;;;268;;;* ;1736932..1737046;;5s;;52;;;;113;;;* ;1737099..1737175;;atgf;;93;93;;;;;;* comp;1737269..1737694;;cds;;;;;;142;;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1812365..1813924;;cds;;894;*894;;;520;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;1814819..1815040;;16s°;;-7;*-7;;;222;;;* <comp;1815034..1815837;;cds;;80;80;;;268;;p-elongation factor Tu;* comp;1815918..1815991;;gga;;34;;34;;;;;* comp;1816026..1816111;;tac;;144;144;;;;;;* ;1816256..1817143;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1833109..1833603;;cds;;83;83;;;165;;MBL fold metallo-hydrolase;* comp;1833687..1833762;;aag;+;24;;24;;;;;* comp;1833787..1833862;;aag;2 aag;198;198;;;;;;* comp;1834061..1835224;;cds;;;;;;388;;rod shape-determining protein RodA;* ;;;;;;;;;;;;* >;1941413..1943059;;cds;;-30;*-30;;;549;;p-recombinase family protein;* comp;1943030..1943121;;agc;;160;160;;;;;;* comp;1943282..1944133;;cds;;;;;;284;;FAD-dependent thymidylate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2087696..2090938;;cds;;705;*705;;;1081;;PAS domain-containing protein;* ;2091644..2091826;;16s°;;7;7;;;181;;;* ;2091834..2092247;;cds;;;;;;138;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2095044..2095490;;cds;;48;48;;;149;;hp;* comp;2095539..2095733;;16s°;;614;*614;;;193;;;* comp;2096348..2097337;;cds;;;;;;330;;trypsin-like serine protease;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2113248..2114603;;cds;;219;219;;;452;;hp;* comp;2114823..2114899;;aga;;55;55;;;;;;* comp;2114955..2115251;;cds;;71;71;;;99;;ETC complex I subunit;* comp;2115323..2115399;;cca;;261;261;;;;;;* comp;2115661..2115960;;cds;;;;;;100;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2144042..2146288;;cds;;308;308;;;749;;HAMP domain-containing protein;* ;2146597..2147256;;23s°;;72;;;;658;;;* ;2147329..2147443;;5s;;52;;;;113;;;* ;2147496..2147572;;atgf;;645;*645;;;;;;* comp;2148218..2148664;;cds;;;;;;149;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2268003..2268461;;cds;;87;87;;;153;;23S rRNA (pseudouridine(1915)-N(3))-methyltransferase RlmH;* comp;2268549..2268625;;ccg;+;165;;*165;;;;;* comp;2268791..2268867;;ccg;2 ccg;56;56;;;;;;* comp;2268924..2269910;;cds;;;;;;329;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2321621..2322145;;cds;;332;332;;;175;;hp;* ;2322478..2322554;;ccc;;225;225;;;;;;* ;2322780..2322974;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2393295..2396009;;cds;@3;1003;*1003;;;905;;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3;* ;2397013..2397919;;16s°;;2;2;;;905;;;* ;2397922..2400888;;cds;;;;;;989;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2517845..2520559;;cds;;229;229;;;905;;phosphoenolpyruvate carboxylase;* comp;2520789..2520903;;5s;;72;;;;113;;;* comp;2520976..2521339;;23s°;;189;189;;;362;;;* comp;2521529..2522152;;cds;;;;;;208;;3-isopropylmalate dehydratase small subunit;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2596508..2596738;;cds;;989;989;;;77;;motility twitching protein PilT;* comp;2597728..2597815;;tca;;194;194;;;;;;* ;2598010..2599204;;cds;;;;;;398;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2621435..2622058;;cds;;106;106;;;208;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* comp;2622165..2622251;;ctc;;202;202;;;;;;* ;2622454..2623107;;cds;;;;;;218;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;2631201..2631554;;cds;;192;192;;;118;;hp;* ;2631747..2631822;;gcc;+;70;;70;;;;;* ;2631893..2631968;;gcc;4 gcc;69;;69;;;;;* ;2632038..2632113;;gcc;;57;;57;;;;;* ;2632171..2632246;;gcc;;166;166;;;;;;* <;2632413..2632965;;cds;;-41;*-41;;;184;;p-IS256 family transposase;* ;2632925..2633473;;cds;;30;30;;;183;;hp;* comp;2633504..2633579;;aca;;93;93;;;;;;* comp;2633673..2634200;;cds;;271;271;;;176;;N-acetyltransferase;* comp;2634472..2634561;;tcg;;155;155;;;;;;* ;2634717..2635742;;cds;;;;;;342;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2655872..2656489;;cds;;182;182;;;206;;YitT family protein;* comp;2656672..2656747;;gag;;141;141;;;;;;* comp;2656889..2657674;;cds;;;;;;262;;MetQ/NlpA family ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2758160..2758312;;cds;;110;110;;;51;;light-harvesting protein;* comp;2758423..2758509;;tta;;94;94;;;;;;* comp;2758604..2759899;;cds;;;;;;432;;bifunctional folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* >;2768823..2769518;;cds;;-12;*-12;;;232;;methyltransferase;* ;2769507..2769776;;23s°;;71;;;;268;;;* ;2769848..2769962;;5s;;118;118;;;113;;;* comp;2770081..2771016;;cds;;;;;;312;;tetratricopeptide repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2792922..2794778;;cds;;129;129;;;619;;glutathione-regulated potassium-efflux system protein KefB;* ;2794908..2794982;;caa;;92;92;;;;;;* comp;2795075..2795686;;cds;;;;;;204;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2862755..2862982;;cds;;123;123;;;76;;hp;* ;2863106..2863182;;cca;;117;;*117;;;;;* ;2863300..2863374;;atgi;;373;;*373;;;;;* ;2863748..2863823;;gca;;157;;*157;;;;;* ;2863981..2864056;;aca;;15;;;;;;;* ;2864072..2864317;;cds;;8;;;;82;;DUF2829 domain-containing protein;* ;2864326..2864401;;aaa;;250;250;;;;;;* >;2864652..2865041;;cds;;;;;;130;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2867066..2868112;;cds;;76;76;;;349;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;2868189..2868264;;aaa;;99;99;;;;;;* comp;2868364..2868870;;cds;;;;;;169;;peptidylprolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2893891..2894430;;cds;;25;25;;;180;;phage portal protein;* ;2894456..2894570;;5s;;51;;;;113;;;* ;2894622..2894698;;atgf;;285;285;;;;;;* ;2894984..2895400;;cds;;;;;;139;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3034652..3035092;;cds;;250;250;;;147;;hp;* comp;3035343..3035418;;aaa;;8;8;;;;;;* comp;3035427..3035986;;cds;;;;;;187;;DUF2829 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3305068..3306534;;cds;;379;*379;;;489;;S8 family serine peptidase;* comp;3306914..3306989;;ttc;+;29;;29;;;;;* comp;3307019..3307094;;ttc;4 ttc;34;;34;;;;;* comp;3307129..3307204;;ttc;;33;;33;;;;;* comp;3307238..3307313;;ttc;;60;60;;;;;;* comp;3307374..3308864;;cds;;;;;;497;;RimK family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3332977..3334356;;cds;;54;54;;;460;;type II secretion system protein;* ;3334411..3334487;;cgg;;176;176;;;;;;* < comp;3334664..3335983;;cds;;;;;;440;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3408217..3409026;;cds;;91;91;;;270;;hp;* comp;3409118..3409232;;5s;;71;;;;113;;;* comp;3409304..3409410;;23s°;;1;*1;;;105;;;* <;3409412..3409711;;cds;;;;;;100;;p-IS5/IS1182 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3456276..3461666;;cds;;387;*387;;;1797;;alpha-2-macroglobulin family protein;* ;3462054..3462130;;agg;;29;29;;;;;;* ;3462160..3462951;;cds;;;;;;264;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3500025..3500675;;cds;;210;210;;;217;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;3500886..3500959;;tgc;+;27;;27;;;;;* ;3500987..3501061;;aac;2 aac;31;;31;;;;;* ;3501093..3501167;;aac;;84;84;;;;;;* comp;3501252..3501659;;cds;;;;;;136;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3639978..3641276;;cds;;172;172;;;433;;outer membrane efflux protein;* ;3641449..3641525;;gcg;+;70;;70;;;;;* ;3641596..3641671;;gcg;3 gcg;33;;33;;;;;* ;3641705..3641780;;gcg;;389;*389;;;;;;* ;3642170..3644392;;cds;;;;;;741;;sigma-54-dependent Fis family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;3651524..3652711;;cds;;55;55;;;396;;aminotransferase;* ;3652767..3652843;;cac;;202;202;;;;;;* <comp;3653046..3653543;;cds;;;;;;166;;arsenical-resistance protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;3710072..3710840;;cds;;126;126;;;256;;TonB family protein;* comp;3710967..3711042;;gaa;+;214;;*214;;;;;* comp;3711257..3711332;;gaa;2 gaa;125;125;;;;;;* comp;3711458..3711664;;cds;;;;;;69;;cold-shock protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3727874..3729085;;cds;;828;*828;;;404;;hp;* ;3729914..3730068;;16s°;;87;87;;;153;;;* ;3730156..3730545;;cds;;;;;;130;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3804728..3805231;;cds;;118;118;;;168;;response regulator;* comp;3805350..3805425;;gag;;241;241;;;;;;* comp;3805667..3806140;;cds;;;;;;158;;transcription elongation factor GreA;* ;;;;;;;;;;;;* ;3813820..3815895;;cds;;138;138;;;692;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;3816034..3816109;;atgi;;94;94;;;;;;* ;3816204..3818993;;cds;;;;;;930;;diguanylate cyclase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3827982..3828878;;cds;;90;90;;;299;;phosphoserine phosphatase SerB;* comp;3828969..3829042;;ggg;@5;292;292;;;;;;* ;3829335..3830670;;cds;;;;;;445;;chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3832305..3833264;;cds;;311;311;;;320;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;3833576..3833662;;ctg;+;47;;47;;;;;* ;3833710..3833796;;ctg;5 ctg;153;;*153;;;;;* ;3833950..3834036;;ctg;;48;;48;;;;;* ;3834085..3834171;;ctg;;47;;47;;;;;* ;3834219..3834305;;ctg;;113;113;;;;;;* ;3834419..3835039;;cds;;;;;;207;;ribonuclease D;* </pre> ====rpm cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_cumuls|rpm cumuls]] <pre> rpm cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300 avec rRNA;opérons;27;1;0;;1;9;1;;100;20;1;0 ;16s°atc23s°;7;20;2;;50;15;40;;200;35;30;0 ;16s°gca23s°;1;40;14;;100;30;80;;300;30;60;3 ;16s°23s°;1;60;7;;150;24;120;;400;23;90;10 ;max a;1;80;3;;200;23;160;;500;14;120;10 ;a doubles;0;100;0;;250;16;200;;600;7;150;14 ;spéciaux;18;120;1;;300;5;240;;700;2;180;13 ;total aas;13;140;0;;350;4;280;;800;3;210;11 sans ;opérons;47;160;2;;400;5;320;;900;0;240;6 ;1 aa;30;180;1;;450;2;360;;1000;4;270;9 ;max a;5;200;0;;500;0;400;;1100;1;300;9 ;a doubles;15;;2;;;14;;;;2;;56 ;total aas;79;;32;0;;147;;0;;141;;141 total aas;;92;;;;;;;;;;; remarques;;5;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;69;;;194;;;;310;; ;;;variance;75;;;197;;;;248;; sans jaune;;;moyenne;39;;;147;;;;252;;170 ;;;variance;16;;;112;;;;134;;71 </pre> ====rpm blocs==== ====rpm blocs protéines==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_protéines|rpm blocs protéines]] <pre> 23s;23s rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB 3-isop;3-isopropylmalate dehydrogenase 3-isop-sub;3-isopropylmalate dehydratase small subunit acetyl;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit cas3;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3 CDP;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase ComF;ComF family protein CRISPR;CRISPR DUF262;DUF262 domain-containing protein FeFe;[FeFe] hydrogenase H-cluster radical SAM maturase HydE glyco;glycosyltransferase HAMP;HAMP domain-containing protein LysM ;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein methyl;methyltransferase NAD;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha p-elon;p-elongation factor Tu p-EscV;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein p-glyco;p-glycosyltransferase P-glyco1;p-glycosyl transferase family 1 p-IS5;p-IS5/IS1182 family transposase p-tetra;p-tetratricopeptide repeat protein p-trans;p-transposase PAS;PAS domain-containing protein peptido;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein phage;phage portal protein phospho;phosphoenolpyruvate carboxylase polypho;polyphosphate kinase respons;response regulator SAM;SAM-dependent chlorinase/fluorinase SEL1;SEL1-like repeat protein tetra;tetratricopeptide repeat protein TraY;TraY domain-containing protein trypsin;trypsin-like serine protease type II;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin VWA;VWA domain-containing protein winged ;winged helix-turn-helix domain-containing protein </pre> ====rpm blocs construits==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_construits|rpm blocs construits]] *Notes: J'ai gardé les symboles de coloration. Il suffit de les rechercher et les remplacer et sans désélectionner colorer comme suite: *: - '''*''' jaune, ffff00 *: - '''$''' orange, ff6600 *: - '''?''' cyan, 66ffff *: - '''§''' vert, 99ff33 *: - '''&''' bleu, 00ccff *: - '''(''' gris, dddddd *: - enlever le '''gras''', et <u>surligne</u>. <pre> rpm blocs;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;9 blocs 16s° solitaires, 6 blocs atc gca;;;;;;;;;;9 blocs 23s°5s, 3 blocs complets;;;;;; sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait;;sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait ;21325..22362;;cds;586;346;hp;1493;;;comp;13874..15127;;cds;-7;418;hp;1505; ;22949..23237;;*16s°;85;§287;;;;;comp;13628..13880;;*23s°;?72;§251;;; comp;23323..23490;;cds;;56;hp;;b3;;comp;13441..13555;;$5s;242;§113;;; ;;;;;;;;;;comp <;12458..13198;;cds;;247;p-trans;;b5 <;45496..45768;;cds;553;91;p-glyco1;1383;;;;;;;;;;; ;46322..47040;;*16s°;0;§717;;;;;comp;691078..691773;;cds;4;232;ComF;814; comp;47041..47433;;cds;;131;winged ;;b4;;;691778..691897;;*23s°;?72;§118;;; 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ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;atgj2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;cag2;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;;ccg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;;gac;;ggc;;cgt3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;ctg5;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;3;aga;1;gaa2;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;gac2;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;gcc4;gta;;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;gcg3;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc4;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;gtg2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;2;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;2;ggg;1;ttc4;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;3;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;gca >1 16s;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rpm;;30;;;;;30;;rpm;7;;;;;;7;;rpm;42;;;;;;42;;rpm;;;;5;;;5 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;5 1-3aas;;; </pre> ====rpm données intercalaires==== autres intercalaires aas *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_données_intercalaires|rpm données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;rpm;fx;fc;rpm;fx40;fc40;rpm;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;4;9;0;4;16;-1;0;65;418;38; CDS 16s;;;tRNA tRNA;; ;2;10;14;213;1;2;30;-2;3;1;116;367;néant;;;24;;atgj ;1;20;6;171;2;1;36;-3;0;0;199;92;5s CDS;;;**;;atgj ;1;30;8;116;3;2;23;-4;7;338;142;155;173;114;;25;;gtg 1;0;40;27;74;4;2;31;-5;0;0;196;648;250;161;;**;;gtg ;1;50;95;61;5;2;22;-6;0;0;125;195;229;118;;35;;cgt 2;4;60;78;63;6;1;8;-7;0;3;110;144;25;91;;44;;cgt ;0;70;47;80;7;0;11;-8;1;40;106;93;23s 5s;;;**;;cgt 2;3;80;30;75;8;2;18;-9;1;0;350;449;68;;;23;;ggc 2;4;90;21;68;9;0;20;-10;0;6;88;206;16s tRNA;;;45;;ggc 5;4;100;27;59;10;2;14;-11;0;18;81;95;116;;atc;29;;ggc 1;3;110;24;54;11;0;18;-12;0;0;176;168;tRNA 23s;;;**;;ggc ;3;120;25;53;12;1;29;-13;1;8;138;60;240;;atc;54;;cag 1;5;130;18;63;13;0;19;-14;1;20;170;154;243;;atc;**;;cag ;2;140;25;50;14;2;16;-15;0;0;197;93;5s tRNA;;;16;;acc 1;3;150;21;57;15;1;22;-16;0;2;126;195;51;;atgf;18;;acc 3;1;160;16;56;16;0;21;-17;0;10;93;645;51;;atgf;**;;acc 1;2;170;16;42;17;1;16;-18;3;0;50;87;52;;atgf;37;;gac 1;3;180;18;38;18;1;12;-19;1;3;176;74;52;;atgf;**;;gac 1;1;190;16;37;19;0;13;-20;1;5;274;194;51;;atgf;34;;gga 3;5;200;19;32;20;0;5;-21;0;0;214;205;;;;**;;tac 3;0;210;19;37;21;1;17;-22;0;1;250;538;;;;24;;aag ;3;220;8;25;22;0;13;-23;0;5;77;155;;;;**;;aag ;1;230;21;27;23;1;11;-24;0;0;80;110;;;;165;;ccg ;0;240;12;29;24;1;13;-25;0;1;83;92;;;;**;;ccg ;4;250;13;36;25;1;11;-26;3;5;198;76;;;;70;;gcc ;0;260;17;12;26;0;9;-27;0;0;141;54;;;;69;;gcc ;1;270;15;16;27;0;8;-28;0;2;160;176;;;;57;;gcc ;2;280;26;10;28;1;14;-29;2;5;219;387;;;;**;;gcc ;1;290;14;13;29;1;12;-30;0;0;55;210;;;;117;;cca 1;0;300;13;11;30;2;8;-31;0;5;71;84;;;;373;;atgi ;0;310;15;12;31;0;7;-32;0;2;261;184;;;;157;;gca 1;0;320;9;9;32;2;10;-33;0;0;56;126;;;;**;;aca ;0;330;8;12;33;1;12;-34;0;3;225;292;;;;29;;ttc ;0;340;8;8;34;5;4;-35;0;1;989;311;;;;34;;ttc ;1;350;9;8;35;0;4;-36;0;0;106;;;;;33;;ttc ;0;360;6;8;36;3;9;-37;0;2;192;;;;;**;;ttc 1;0;370;8;9;37;3;10;-38;0;5;166;;;;;27;;tgc ;1;380;4;5;38;5;5;-39;0;0;93;;;;;31;;aac 1;1;390;6;8;39;4;6;-40;0;1;271;;;;;**;;aac ;0;400;13;4;40;4;7;-41;0;2;182;;;;;70;;gcg 4;2;reste;99;76;reste;847;1263;-42;1;0;141;;;;;33;;gcg 35;65;total;898;1846;total;906;1853;-43;0;4;94;;;;;**;;gcg 31;63;diagr;795;1761;diagr;55;574;-44;1;2;129;;;;;214;;gaa 0;4; t30;28;500;;;;-45;0;0;123;;;;;**;;gaa ;;;;;;;;-46;0;0;15;;;;;47;;ctg ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;2;8;;;;;153;;ctg ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;250;;;;;48;;ctg ;x;902;46;4;952;;;-49;2;2;99;;;;;47;;ctg ;c;1837;603;9;2449;;;-50;0;2;285;;;;;**;;ctg ;;;;;3401;244;;reste;16;32;250;;;;;;; ;;;;;;3645;;total;46;603;8;;;;;;; ;;;;;;;;;;;379;;;;;;; ;;;;;;;;;;;60;;;;;;; ;;;;;;;;;;;29;;;;;;; ;;;;;;;;;;;172;;;;;;; ;;;;;;;;;;;389;;;;;;; ;;;;;;;;;;;55;;;;;;; ;;;;;;;;;;;125;;;;;;; ;;;;;;;;;;;118;;;;;;; ;;;;;;;;;;;241;;;;;;; ;;;;;;;;;;;138;;;;;;; ;;;;;;;;;;;220;;;;;;; ;;;;;;;;;;;90;;;;;;; ;;;;;;;;;;;113;;;;;;; </pre> =====rpm autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_autres_intercalaires_aas|rpm autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;rpm;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas deb;comp;CDS;3322;4086;198; ;comp;misc_f;4285;4778;239; ;comp;tRNA;5018;5093;199;gca ;comp;misc_f;5293;5425;62; ;comp;misc_f;5488;5583;7; fin;;CDS;5591;6664;; deb;comp;CDS;12473;13267;173; ;comp;rRNA;13441;13555;82;115 ;comp;misc_f;13638;13881;-8; fin;comp;CDS;13874;15127;; deb;;CDS;21325;22362;656; ;;misc_f;23019;23290;32; fin;comp;CDS;23323;23490;; deb;comp;CDS;24015;24287;250; ;comp;rRNA;24538;24652;68;115 ;comp;rRNA;24721;27462;240;2742 ;comp;tRNA;27703;27779;129;atc ;comp;misc_f;27909;28041;5; ;comp;misc_f;28047;28494;-14; fin;;CDS;28481;29194;; deb;comp;CDS;32782;33759;290; ;;misc_f;34050;34145;62; ;;misc_f;34208;34340;129; ;;tRNA;34470;34546;259;atc ;;misc_f;34806;35299;7; ;comp;misc_f;35307;35750;69; ;comp;rRNA;35820;38561;243;2742 ;comp;tRNA;38805;38881;116;atc ;comp;rRNA;38998;40479;268;1482 ;;misc_f;40748;45159;-2406; ;;misc_f;42754;42886;129; ;;tRNA;43016;43092;256;atc ;;misc_f;43349;43842;7; ;;misc_f;43850;44142;601; fin;;CDS;44744;45121;; deb;;CDS;45496;45768;576; ;;misc_f;46345;47084;10; fin;comp;CDS;47095;47433;; deb;comp;CDS;49761;51017;418; ;comp;tRNA;51436;51512;129;atc ;comp;misc_f;51642;51774;62; ;comp;misc_f;51837;51932;84; ;;misc_f;52017;52217;76; ;;misc_f;52294;52918;69; fin;;CDS;52988;53464;; deb;;CDS;53428;53694;87; ;comp;misc_f;53782;53921;72; ;comp;misc_f;53994;54619;90; ;;misc_f;54710;54881;129; ;;tRNA;55011;55087;289;atc ;;misc_f;55377;55746;433; fin;;CDS;56180;56440;; deb;comp;CDS;82891;83088;116; ;comp;tRNA;83205;83280;199;tgg fin;comp;CDS;83480;84178;; deb;;CDS;417242;417412;142; ;;tRNA;417555;417631;24;atgj ;;tRNA;417656;417732;38;atgj fin;comp;CDS;417771;418820;; deb;;CDS;434306;435142;672; ;;misc_f;435815;436065;82; ;;rRNA;436148;436262;51;115 ;;tRNA;436314;436390;196;atgf fin;;CDS;436587;436883;; deb;comp;CDS;467261;468367;193; ;;misc_f;468561;468657;82; ;;rRNA;468740;468854;51;115 ;;tRNA;468906;468982;125;atgf fin;;CDS;469108;469863;; deb;comp;CDS;534521;536161;367; ;;tRNA;536529;536603;92;acg fin;comp;CDS;536696;537778;; deb;;CDS;619174;620157;82; ;;regulatory;620240;620316;45; fin;;CDS;620362;621558;; deb;comp;CDS;658467;658931;110; ;comp;tRNA;659042;659116;155;gtc deb;;CDS;659272;660159;106; ;;tRNA;660266;660340;648;gtc fin;comp;CDS;660989;661800;; deb;comp;CDS;684188;685114;350; ;comp;tRNA;685465;685539;25;gtg ;comp;tRNA;685565;685639;195;gtg fin;;CDS;685835;686251;; deb;comp;CDS;691078;691803;-14; ;;misc_f;691790;691887;82; ;;rRNA;691970;692084;114;115 fin;comp;CDS;692199;694505;; deb;;CDS;750262;751398;161; ;comp;rRNA;751560;751674;82;115 ;comp;misc_f;751757;752004;598; ;;repeat_region;752603;752814;388; fin;;CDS;753203;753760;; deb;comp;CDS;839402;839962;163; ;comp;misc_f;840126;840415;631; fin;comp;CDS;841047;844388;; deb;;CDS;874585;875391;88; ;;tRNA;875480;875556;81;cac fin;;CDS;875638;876117;; deb;;CDS;885688;886299;176; 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gtt;0.52;gct;0;gat;0;ggt;0.52 ttc;179;tcc;155;tac;231;tgc;116 atc;290;acc;158;aac;317;agc;108 ctc;104;ccc;87;cac;118;cgt;303 gtc;176;gcc;170;gac;295;ggc;358 tta;122;tca;143;taa;1.03;tga;66 ata;0.86;aca;143;aaa;384;aga;154 cta;131;cca;144;caa;193;cga;13.4 gta;327;gca;288;gaa;330;gga;116 ttg;105;tcg;85;tag;2.76;tgg;115 atg;604;acg;73;aag;24.3;agg;112 ctg;256;ccg;63;cag;104;cgg;102 gtg;8.4;gcg;7.1;gag;7.8;ggg;74 </pre> ===rru=== ====rru opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_rubr_ATCC_11170/rhodRubr_ATCC11170-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007643.1;rru;;genome;3.8.16;;;;;;;; 64.97%GC;26.12.19 Paris;16s 4 ;55 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rhodospirillum rubrum ATCC 11170;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; comp;16232..16852;;cds;;163;163;;;207;;3'-5' exonuclease;* comp;17016..17102;;ctg;;253;253;;;;;;* ;17356..18378;;cds;;;;;;341;;3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;117072..117287;;cds;;37;37;;;72;;slyX;* comp;117325..117401;;agg;;341;341;;;;;;* ;117743..123022;;cds;;;;;;*1760;;alpha-2-macroglobulin-like protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;149921..151015;;cds;;225;225;;;365;;hp;* ;151241..151317;;cgg;;136;136;;;;;;* comp;151454..152929;;cds;;;;;;492;;chemotaxis sensory transducer protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;189941..191668;;cds;;859;*859;;;576;;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;* ;192528..194004;;16s;;184;;;;1477;;;* ;194189..194265;;atc;;66;;;66;;;;* ;194332..194407;;gca;;362;;;;;;;* ;194770..197527;;23s;;119;;;;2758;;;* ;197647..197761;;5s;;96;;;;115;;;* ;197858..197934;;atgf;;287;287;;;;;;* comp;198222..198455;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;305449..306648;;cds;;257;257;;;400;;Ppx/GppA phosphatase;* ;306906..306979;;cag;;319;319;;;;;;* comp;307299..308303;;cds;;;;;;335;;LacI family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;322896..323807;;cds;;292;292;;;304;;hp;* comp;324100..324174;;caa;;98;98;;;;;;* comp;324273..325601;;cds;;;;;;443;;chemotaxis sensory transducer protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;362552..362881;;cds;;224;224;;;110;;hp;* ;363106..363181;;gcc;+;202;;202;;;;;* ;363384..363459;;gcc;2 gcc;43;43;;;;;;* comp;363503..364531;;cds;;;;;;343;;esterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;407067..407606;;cds;;92;92;;;180;;YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;407699..407790;;agc;;141;141;;;;;;* ;407932..408774;;cds;;;;;;281;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;466945..467925;;cds;;115;115;;;327;;hp;* comp;468041..468126;;tta;;83;83;;;;;;* comp;468210..468458;;cds;;;;;;83;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;559038..559610;;cds;;86;86;;;191;;OsmC-like protein;* ;559697..559772;;aag;;140;140;;;;;;* ;559913..560608;;cds;;;;;;232;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;794877..795188;;cds;;-81;*-81;;;104;;hp;* comp;795108..795188;;Sig-pep;;217;217;;;27;;hp;* ;795406..795496;;tcc;;44;44;;;;;;* ;795541..795846;;cds;;;;;;102;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;908584..910185;;cds;;-102;*-102;;;534;;peptidase M23B;* comp;910084..910185;;Sig-pep;@1;1212;*1212;;;34;;hp;* ;911398..912874;;16s;;182;;;;1477;;;* ;913057..913133;;atc;;66;;;66;;;;* ;913200..913275;;gca;;361;;;;;;;* ;913637..916394;;23s;;118;;;;2758;;;* ;916513..916627;;5s;;95;;;;115;;;* ;916723..916799;;atgf;;573;*573;;;;;;* ;917373..921860;;cds;;;;;;*1496;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1159249..1160091;;cds;;71;71;;;281;;Linocin_M18 bacteriocin protein;* ;1160163..1160238;;gag;;117;117;;;;;;* ;1160356..1160613;;cds;;;;;;86;;prevent-host-death protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1464820..1465122;;cds;;283;283;;;101;;50S ribosomal protein L21;* ;1465406..1465495;;tcg;;139;139;;;;;;* comp;1465635..1466303;;cds;;;;;;223;;cytochrome B561;* ;;;;;;;;;;;;* ;1791953..1792159;;cds;;116;116;;;69;;hp;* comp;1792276..1792351;;gaa;;131;131;;;;;;* comp;1792483..1792689;;cds;;;;;;69;;cold-shock DNA-binding protein family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1824302..1825738;;cds;;98;98;;;479;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;1825837..1825921;;cta;;102;102;;;;;;* ;1826024..1827415;;cds;;;;;;464;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1833133..1833408;;cds;;284;284;;;92;;histone-like DNA-binding protein;* ;1833693..1833768;;gta;;70;70;;;;;;* comp;1833839..1835326;;cds;;;;;;496;;methyl-accepting chemotaxis sensory transducer;* ;;;;;;;;;;;;* ;1933506..1934138;;cds;;-633;*-633;;;211;;hp;* ;1933506..1933652;;Sig-pep;;571;*571;;;49;;hp;* ;1934224..1934300;;cca;;63;63;;;;;;* ;1934364..1934663;;cds;;12;12;;;100;;ETC complex I subunit region;* ;1934676..1934752;;aga;;396;*396;;;;;;* ;1935149..1939624;;cds;;;;;;*1492;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1959133..1959858;;cds;;175;175;;;242;;MerR family transcriptional regulator;* ;1960034..1960110;;ccc;@2;1062;*1062;;;;;;* ;1961173..1961367;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1996760..1998124;;cds;;-120;*-120;;;455;;lytic murein transglycosylase;* comp;1998005..1998124;;Sig-pep;;119;119;;;40;;hp;* ;1998244..1998333;;tca;;927;*927;;;;;;* comp;1999261..1999929;;cds;;;;;;223;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2032027..2032863;;cds;;123;123;;;279;;phage integrase;* comp;2032987..2033062;;aaa;;186;186;;;;;;* comp;2033249..2033755;;cds;;;;;;169;;peptidyl-prolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2093327..2093977;;cds;;295;295;;;217;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;* ;2094273..2094346;;tgc;;81;;81;;;;;* ;2094428..2094502;;aac;;150;150;;;;;;* ;2094653..2094916;;cds;;;;;;88;;prevent-host-death protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2304404..2305834;;cds;;89;89;;;477;;divalent cation transporter;* comp;2305924..2306010;;ctc;;178;178;;;;;;* ;2306189..2306839;;cds;;;;;;217;;lipoate-protein ligase B;* ;;;;;;;;;;;;* ;2331183..2331521;;cds;;73;73;;;113;;hp;* ;2331595..2331671;;atgj;;126;126;;;;;;* comp;2331798..2332040;;cds;;;;;;81;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2411337..2411804;;cds;;-72;*-72;;;156;;CreA;* comp;2411733..2411804;;Sig-pep;;202;202;;;24;;hp;* comp;2412007..2412083;;cac;;75;75;;;;;;* comp;2412159..2413343;;cds;;;;;;395;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2729598..2731271;;cds;;449;*449;;;558;;macrocin-O-methyltransferase;* comp;2731721..2731797;;atgf;;95;;;;;;;* comp;2731893..2732007;;5s;;119;;;115;;;;* comp;2732127..2734884;;23s;;362;;;2758;;;;* comp;2735247..2735322;;gca;;66;;;66;;;;* comp;2735389..2735465;;atc;;184;;;;;;;* comp;2735650..2737126;;16s;;606;*606;;1477;;;;* comp;2737733..2738110;;cds;;;;;;126;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2959802..2961874;;cds;;354;*354;;;*691;;chemotaxis sensory transducer protein;* comp;2962229..2962303;;gtc;;123;123;;;;;;* ;2962427..2963359;;cds;;;;;;311;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3124836..3125033;;cds;;151;151;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;3125185..3125260;;tgg;;343;343;;;;;;* comp;3125604..3126794;;cds;;93;93;;;397;;elongation factor Tu;* comp;3126888..3126961;;gga;;27;;27;;;;;* comp;3126989..3127074;;tac;;37;37;;;;;;* ;3127112..3128158;;cds;;57;57;;;349;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;3128216..3128291;;aca;;127;127;;;;;;* ;3128419..3128652;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3193350..3194507;;cds;;430;*430;;;386;;acyltransferase;* comp;3194938..3195013;;ttc;;103;103;;;;;;* comp;3195117..3195635;;cds;;;;;;173;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3320745..3322115;;cds;;-1371;*-1371;;;457;;virulence protein;* ;3320745..3320816;;Sig-pep;;1389;*1389;;;24;;hp;* comp;3322206..3322281;;atgi;;60;60;;;;;;* comp;3322342..3324432;;cds;;;;;;*697;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3377932..3378114;;cds;;140;140;;;61;;hp;* ;3378255..3378329;;acc;+;165;;165;;;;;* ;3378495..3378569;;acc;2 acc;237;237;;;;;;* ;3378807..3379370;;cds;;234;234;;;188;;hp;* ;3379605..3379681;;gac;;77;77;;;;;;* comp;3379759..3380517;;cds;;;;;;253;;diguanylate phosphodiesterase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3399207..3399494;;cds;;262;262;;;96;;hp;* comp;3399757..3399833;;ccg;;56;56;;;;;;* comp;3399890..3400972;;cds;;;;;;361;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3490378..3491148;;cds;;84;84;;;257;;2-phosphoglycolate phosphatase;* ;3491233..3491307;;gtg;;407;*407;;;;;;* ;3491715..3492080;;cds;;;;;;122;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3719367..3719753;;cds;;163;163;;;129;;hp;* comp;3719917..3719990;;ggg;;95;95;;;;;;* comp;3720086..3720859;;cds;;;;;;258;;enoyl-ACP reductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3805869..3806813;;cds;;130;130;;;315;;inner-membrane translocator;* comp;3806944..3807058;;5s;;116;;;;115;;;* comp;3807175..3809932;;23s;;362;;;;2758;;;* comp;3810295..3810370;;gca;;66;;;66;;;;* comp;3810437..3810513;;atc;;184;;;;;;;* comp;3810698..3812174;;16s;;1227;*1227;;;1477;;;* ;3813402..3814118;;cds;;;;;;239;;transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3824154..3825854;;cds;;76;76;;;567;;phage integrase;* comp;3825931..3826007;;cgt;;387;*387;;;;;;* ;3826395..3827531;;cds;;;;;;379;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4021982..4023163;;cds;;27;27;;;394;;diguanylate phosphodiesterase;* comp;4023191..4023277;;ttg;;224;224;;;;;;* ;4023502..4023855;;cds;;;;;;118;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4058818..4059117;;cds;;187;187;;;100;;hp;* ;4059305..4059380;;gcg;;179;179;;;;;;* comp;4059560..4060126;;cds;;;;;;189;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4105626..4107317;;cds;;-114;*-114;;;564;;chemotaxis sensory transducer;* comp;4107204..4107317;;Sig-pep;;721;*721;;;38;;hp;* comp;4108039..4108113;;acg;;148;148;;;;;;* ;4108262..4108843;;cds;;;;;;194;;D-alpha,beta-D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4261100..4262038;;cds;;269;269;;;313;;thioredoxin-like protein;* ;4262308..4262382;;ggc;;118;118;;;;;;* ;4262501..4263136;;cds;;;;;;212;;lysine exporter protein LysE/YggA;* </pre> ====rru cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_cumuls|rru cumuls]] <pre> rru cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300 avec rRNA;opérons;4;1;;;1;7;1;;100;23;1;0 ;16atcgca235;1;20;;;50;6;40;;200;17;30;3 ;Id-atgf;3;40;1;;100;19;80;;300;16;60;4 ;-;;60;;;150;20;120;;400;17;90;12 ;max a;3;80;;4;200;8;160;;500;8;120;10 ;a doubles;0;100;1;;250;7;200;;600;5;150;3 ;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;2;180;4 ;total aas;11;140;;;350;3;280;;800;0;210;5 sans ;opérons;40;160;;;400;3;320;;900;0;240;8 ;1 aa;36;180;1;;450;3;360;;1000;0;270;4 ;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;300;3 ;a doubles;2;;1;;;10;;;;3;;35 ;total aas;44;;4;4;;95;;0;;91;;91 total aas;;55;;;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;119;66;;208;;;;292;; ;;;variance;79;0;;333;;;;187;; sans jaune;;;moyenne;;;;148;;;;237;;140 ;;;variance;;;;83;;;;132;;69 </pre> ====rru blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_blocs|rru blocs]] <pre> rru blocs;;;;;;; cds;859;576;sulfate;cds;606;126;hp 16s;184;1477;;16s;184;1477; atc;66;;;atc;66;; gca;362;;;gca;362;; 23s;119;2758;;23s;119;2758; 5s;96;115;;5s;95;115; atgf;287;;;atgf;449;; cds;;78;hp;cds;;558;macrocin ;;;;;;; cds;-102;534;peptidase;;;; Sig-pep;1212;34;hp;cds;1227;239;transposase 16s;182;1477;;16s;184;1477; atc;66;;;atc;66;; gca;361;;;gca;362;; 23s;118;2758;;23s;116;2758; 5s;95;115;;5s;130;115; atgf;573;;;cds;;315;inner cds;;1496;hp;;;; ;;;;;;; sulfate;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;;;;;; inner;inner-membrane translocator;;;;;; macrocin;macrocin-O-methyltransferase;;;;;; peptidase;peptidase M23B;;;;;; </pre> ====rru distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_distribution|rru distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rru;;36;;;;;36;;rru;4;;;;;;4;;rru;4;;;;;;4;;rru;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====rru données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_données_intercalaires|rru données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;rru;fx;fc;rru;fx40;fc40;rru;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;81;163;253;CDS 16s ;; ;0;10;47;242;1;4;21;-2;1;0;406;37;841;1193; ;1;20;50;189;2;3;31;-3;0;0;98;299;972;999; 1;0;30;51;116;3;3;38;-4;27;394;224;147;5s CDS;; 1;0;40;27;83;4;4;43;-5;0;0;92;136;;130; 1;0;50;23;99;5;4;29;-6;2;0;141;287;23s 5s;; ;3;60;34;100;6;2;18;-7;0;5;83;257;2* 119;; 1;1;70;31;82;7;5;11;-8;0;42;170;319;118;; 1;3;80;24;87;8;5;22;-9;0;0;86;43;116;; 1;5;90;29;93;9;6;14;-10;3;6;738;115;16s tRNA;;atc ;5;100;30;96;10;11;15;-11;4;22;71;239;180;; ;2;110;38;64;11;7;34;-12;0;0;117;217;178;; 2;2;120;27;67;12;7;30;-13;0;4;131;283;180;; 2;1;130;30;59;13;2;26;-14;2;11;98;139;180;; 3;1;140;25;67;14;2;26;-15;1;0;150;116;tRNA 23s;;gca 2;3;150;28;55;15;8;13;-16;1;2;284;70;347;; ;1;160;27;60;16;3;13;-17;3;11;85;164;346;; 2;3;170;28;64;17;9;16;-18;0;0;63;261;347;; 3;1;180;16;46;18;7;9;-19;1;4;12;123;347;; 1;1;190;32;36;19;3;10;-20;4;3;396;295;5s tRNA;; ;0;200;23;43;20;2;12;-21;1;0;175;178;96;;atgf ;1;210;18;27;21;8;5;-22;1;0;215;126;95;;atgf 1;1;220;21;35;22;8;12;-23;1;1;186;449;95;;atgf 1;1;230;15;32;23;4;11;-24;0;0;150;171;tRNA tRNA;;intra 1;2;240;15;24;24;7;10;-25;1;1;89;166;4*66;;atc gca ;0;250;16;23;25;5;16;-26;2;2;73;90;tRNA tRNA;; 2;0;260;16;27;26;2;8;-27;1;0;202;140;202;;gcc 2;1;270;18;15;27;5;13;-28;0;0;75;77;**;;gcc ;0;280;13;20;28;4;16;-29;1;2;354;387;81;;tgc 2;1;290;17;14;29;3;14;-30;0;0;151;27;**;;aac 2;0;300;17;12;30;5;11;-31;0;2;343;224;27;;gga ;0;310;15;18;31;1;9;-32;0;1;93;187;**;;tac 1;0;320;14;8;32;4;10;-33;0;0;57;179;165;;acc ;0;330;9;6;33;3;7;-34;0;1;127;148;**;;acc ;0;340;7;12;34;2;11;-35;1;0;430;269;;; ;1;350;10;7;35;3;4;-36;0;0;103;;;; ;1;360;11;3;36;3;7;-37;0;0;60;;;; ;0;370;10;10;37;3;10;-38;1;0;237;;;; ;0;380;3;6;38;5;6;-39;0;0;234;;;; 1;0;390;4;5;39;1;9;-40;2;0;262;;;; ;1;400;5;4;40;2;10;-41;1;2;56;;;; 1;5;reste;88;72;reste;787;1498;-42;0;0;84;;;; 35;48;total;963;2140;total;963;2140;-43;0;1;407;;;; 34;43;diagr;874;2056;diagr;175;630;-44;0;0;163;;;; 1;1; t30;148;547;;;;-45;1;0;95;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;103;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;721;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;118;;;; ;x;962;74;1;1037;;;-49;1;0;;;;; ;c;2128;609;12;2749;;;-50;1;0;;;;; ;;;;;3786;160;;reste;9;11;;;;; ;;;;;;3946;;total;74;609;;;;; </pre> =====rru autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_autres_intercalaires_aas|rru autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;rru;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;16232;163;comp; ;tRNA;17016;253;comp;ctg fin;CDS;17356;;; deb;CDS;117072;37;; ;tRNA;117325;299;comp;agg fin;CDS;117701;;; deb;CDS;149921;147;comp; ;tRNA;151241;136;;cgg fin;CDS;151454;;comp; deb;CDS;189941;841;; 16s;rRNA;192510;180;;1477 ;tRNA;194189;66;;atc ;tRNA;194332;347;;gca 23s;rRNA;194755;119;;2758 5s;rRNA;197647;96;;115 ;tRNA;197858;287;;atgf deb;CDS;198222;222;comp; ;repeat_region;198678;145;; fin;CDS;200012;;comp; deb;CDS;211593;261;comp; ;repeat_region;213597;128;; fin;CDS;214303;;comp; deb;CDS;305449;257;comp; ;tRNA;306906;319;;cag fin;CDS;307299;;comp; deb;CDS;322896;406;comp; ;tRNA;324100;98;comp;caa fin;CDS;324273;;comp; deb;CDS;362552;224;; ;tRNA;363106;202;;gcc ;tRNA;363384;43;;gcc fin;CDS;363503;;comp; deb;CDS;407067;92;; ;tRNA;407699;141;;agc fin;CDS;407932;;; deb;CDS;419952;57;; ;repeat_region;420333;228;; fin;CDS;423032;;comp; deb;CDS;466945;115;; ;tRNA;468041;83;comp;tta fin;CDS;468210;;comp; deb;CDS;529650;67;; ;repeat_region;530056;180;; fin;CDS;530734;;comp; deb;CDS;536858;111;comp; ;regulatory;537266;38;; fin;CDS;537511;;; deb;CDS;559038;239;comp; ;tRNA;559697;170;;aag fin;CDS;559943;;; deb;CDS;571949;20;; ;regulatory;572902;194;; fin;CDS;573329;;; deb;CDS;794877;217;comp; ;tRNA;795406;86;;tcc fin;CDS;795583;;; deb;CDS;908584;1193;comp; 16s;rRNA;911379;178;;1477 ;tRNA;913057;66;;atc ;tRNA;913200;346;;gca 23s;rRNA;913622;118;;2758 5s;rRNA;916513;95;;115 ;tRNA;916723;738;;atgf fin;CDS;917538;;; deb;CDS;988887;204;; ;repeat_region;989382;533;; fin;CDS;992381;;comp; deb;CDS;1144656;314;comp; ;ncRNA;1145438;15;comp; fin;CDS;1145882;;comp; deb;CDS;1159249;71;; ;tRNA;1160163;117;;gag fin;CDS;1160356;;; deb;CDS;1339162;168;; ;regulatory;1340533;238;; fin;CDS;1340988;;; deb;CDS;1362782;177;comp; ;repeat_region;1363865;208;; fin;CDS;1364648;;comp; deb;CDS;1464820;283;comp; ;tRNA;1465406;139;;tcg fin;CDS;1465635;;comp; 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;tRNA;2305924;178;comp;ctc fin;CDS;2306189;;; deb;CDS;2318681;138;comp; ;regulatory;2319857;73;; fin;CDS;2320063;;; deb;CDS;2331183;73;; ;tRNA;2331595;126;;atgj fin;CDS;2331798;;comp; deb;CDS;2411337;202;comp; ;tRNA;2412007;75;comp;cac fin;CDS;2412159;;comp; deb;CDS;2550773;186;comp; ;regulatory;2551172;147;; fin;CDS;2551477;;; deb;CDS;2559473;36;; ;tmRNA;2560658;131;; fin;CDS;2561126;;; deb;CDS;2667051;354;; ;repeat_region;2668113;204;; fin;CDS;2669862;;comp; deb;CDS;2714978;129;; ;repeat_region;2715965;262;; fin;CDS;2716563;;; deb;CDS;2729598;449;; ;tRNA;2731721;95;comp;atgf 5s;rRNA;2731893;119;comp;115 23s;rRNA;2732127;347;comp;2758 ;tRNA;2735247;66;comp;gca ;tRNA;2735389;180;comp;atc 16s;rRNA;2735646;972;comp;1477 fin;CDS;2738117;;comp; deb;CDS;2959802;354;comp; ;tRNA;2962229;171;comp;gtc fin;CDS;2962475;;; deb;CDS;3124836;151;comp; ;tRNA;3125185;343;comp;tgg deb;CDS;3125604;93;comp; ;tRNA;3126888;27;comp;gga ;tRNA;3126989;166;comp;tac deb;CDS;3127241;57;; ;tRNA;3128216;127;;aca fin;CDS;3128419;;; deb;CDS;3193350;430;comp; ;tRNA;3194938;103;comp;ttc fin;CDS;3195117;;comp; deb;CDS;3320745;90;; ;tRNA;3322206;60;comp;atgi fin;CDS;3322342;;comp; deb;CDS;3377932;140;comp; ;tRNA;3378255;165;;acc ;tRNA;3378495;237;;acc deb;CDS;3378807;234;; ;tRNA;3379605;77;;gac fin;CDS;3379759;;comp; deb;CDS;3399207;262;comp; ;tRNA;3399757;56;comp;ccg fin;CDS;3399890;;comp; deb;CDS;3490378;84;; ;tRNA;3491233;407;;gtg fin;CDS;3491715;;; deb;CDS;3514107;56;comp; ;regulatory;3515291;4;comp; ;regulatory;3515401;88;comp; fin;CDS;3515601;;comp; deb;CDS;3523910;371;; ;repeat_region;3524497;79;; fin;CDS;3525452;;comp; deb;CDS;3705744;56;comp; ;regulatory;3707042;399;comp; fin;CDS;3707518;;; deb;CDS;3719367;163;comp; ;tRNA;3719917;95;comp;ggg fin;CDS;3720086;;comp; deb;CDS;3805869;130;; 5s;rRNA;3806944;116;comp;115 23s;rRNA;3807175;347;comp;2758 ;tRNA;3810295;66;comp;gca ;tRNA;3810437;180;comp;atc 16s;rRNA;3810694;999;comp;1477 fin;CDS;3813192;;; deb;CDS;3824154;103;comp; ;tRNA;3825931;387;comp;cgt fin;CDS;3826395;;; deb;CDS;3996560;58;comp; ;ncRNA;3998598;106;comp; fin;CDS;3998802;;comp; deb;CDS;4021982;27;; ;tRNA;4023191;224;comp;ttg fin;CDS;4023502;;; deb;CDS;4058818;187;comp; ;tRNA;4059305;179;;gcg fin;CDS;4059560;;comp; deb;CDS;4105626;721;comp; ;tRNA;4108039;148;comp;acg fin;CDS;4108262;;; deb;CDS;4261100;269;comp; ;tRNA;4262308;118;;ggc fin;CDS;4262501;;; </pre> ====rru intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_entre_cds|rru intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> rru;27.1.21 paris;NCBI;10.3.20;;;;;;;;; rru;intercalaires;total;%;intercalaires;moyennes;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;683;18.0;'''négatif ;-8;15;-73 à -1;'''4 352 825;-1;683;610;1 ;'''zéro;13;0.3;;;;;'''intercals;0;13;620;0 ;'''1 à 200;2368;62.5;'''0 à 200;78;58;;'''429 144;5;180;630;5 ;'''201 à 370;535;14.1;'''201 à 370;268;46;;'''9.9%;10;109;640;6 ;'''371 à 600;139;3.7;'''371 à 600;453;60;;;15;155;650;1 ;'''601 à max;48;1.3;'''601 à 1028;733;105;;;20;84;660;4 ;'''total 3786;<201;80.9;'''total 3779;112;136;-73 à 995;;25;86;670;3 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;81;680;1 3818575;1469;-1;683;-70;8;;0;13;35;54;690;2 844364;995;0;13;-60;5;;-1;°81;40;56;700;1 3816901;954;1;25;-50;8;;-2;1;45;59;710;1 3134490;938;2;34;-40;8;;-3;0;50;63;720;0 3477618;929;3;°41;-30;6;'''min à -1;-4;°421;55;67;730;0 1097019;885;4;°47;-20;21;683;-5;0;60;67;740;3 3856065;884;5;°33;-10;75;18.0%;-6;2;65;61;750;0 566184;881;6;20;0;565;;-7;5;70;52;760;1 1833839;873;7;16;10;289;;-8;°42;75;59;770;2 3136049;866;8;°27;20;239;;-9;0;80;52;780;3 2475546;802;9;20;30;167;;-10;9;85;58;790;3 93164;788;10;26;40;110;;-11;°26;90;64;800;0 409696;787;11;°41;50;122;;-12;0;95;51;810;1 400635;785;12;37;60;134;;-13;4;100;75;820;0 1366462;777;13;28;70;113;;-14;°13;105;49;830;0 3456663;777;14;°28;80;111;;-15;1;110;53;840;0 3312945;771;15;21;90;122;'''1 à 100;-16;3;115;49;850;0 550038;769;16;16;100;126;1533;-17;°14;120;45;860;0 2493887;767;17;°25;110;102;41%;-18;0;125;44;870;1 1410707;755;18;16;120;94;;-19;5;130;45;880;1 1423514;739;19;13;130;89;;-20;°7;135;48;890;3 2688282;734;20;°14;140;92;;-21;1;140;44;900;0 3627241;732;21;13;150;83;;-22;1;145;41;910;0 2706640;702;22;°20;160;87;;-23;°2;150;42;920;0 3937050;697;23;15;170;92;;-24;0;155;44;930;1 1011650;686;24;17;180;62;;-25;2;160;43;940;1 742860;682;25;°21;190;68;'''1 à 200;-26;°4;165;42;950;0 3424033;675;26;10;200;66;2368;-27;1;170;50;960;1 139185;669;27;18;210;45;62.5%;-28;0;175;31;970;0 880072;663;28;°20;220;56;;-29;°3;180;31;980;0 1976647;662;29;17;230;47;;-30;0;185;28;990;0 2640270;659;30;16;240;39;;-31;2;190;40;1000;1 90214;657;31;10;250;39;;-32;1;195;39;1010;0 961964;656;32;°14;260;43;;;664;200;27;1020;0 1209394;652;33;10;270;33;'''0 à 200;reste;32;205;19;1030;0 2536913;650;34;13;280;33;2381;total;696;210;26;1040;0 2591508;639;35;7;290;31;;;;215;25;1050;0 55947;637;36;10;300;29;;intercal;<u>frequencef;220;31;1060;0 1786743;636;37;°13;310;33;;600;3738;225;25;1070;0 2231609;636;38;11;320;22;;620;1;230;22;1080;0 3609912;633;39;10;330;15;;640;11;235;18;1090;0 3187318;631;40;°12;340;19;;660;5;240;21;1100;0 ;;reste;2285;350;17;;680;4;245;24;1110;0 ;;total;3786;360;14;'''201 à 370;700;3;250;15;1120;0 ;;;;370;20;535;720;1;255;21;1130;0 ;;;;380;9;14.1%;740;3;260;22;1140;0 ;;;;390;9;;760;1;265;23;1150;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;9;;780;5;270;10;1160;0 2068001;-137;shift2;1009;410;14;;800;3;275;15;1170;0 651352;-122;comp;;420;14;;820;1;280;18;1180;0 2462962;-120;comp;;430;9;;840;0;285;13;1190;0 1155908;-106;comp;;440;4;;860;0;290;18;1200;0 2381188;-104;comp;;450;15;;880;2;295;14;reste;1 3871151;-104;comp;;460;5;;900;3;300;15;total;3786 4292550;-73;shift2;662;470;5;'''371 à 600;920;0;305;18;; 664620;-70;comp;;480;4;139;940;2;310;15;; 3822351;-68;shift2;682;490;4;3.7%;960;1;315;10;; 3867765;-65;shift2;451;500;5;;980;0;320;12;; 1091959;-64;shift2;1268;510;7;;1000;1;325;8;; 3289914;-62;shift2;;520;1;;;47;330;7;; 1568904;-61;shift2;;530;3;;;;335;11;; 465562;-59;comp;;540;4;;;;340;8;; 2309068;-59;shift2;;550;7;;;;345;12;; 780196;-58;shift2;;560;2;;;;350;5;; 2759874;-55;comp;;570;1;;;;355;7;; 3267314;-53;shift2;;580;5;'''601 à max;;;360;7;; 210683;-52;shift2;;590;1;48;;;365;7;; 1365051;-52;shift2;;600;2;1.3%;;;370;13;; 622208;-50;comp;;reste;48;;reste;1;reste;187;; 2342888;-49;comp;;total;3786;;total;3786;total;3786;; </pre> ====rru intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru intercalaires positifs S+]] *Légende: *Tableaux <pre> rru. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; rru;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-13;90;-272;53;818;231;min50;-34;275;-804;94;878;270;min40 31 à 400;12;-97;135;28;833;269;2 parties;13;-61;-91;52;957;156;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;103;46;-;798;dte;20;Sf;181;62;-;739;poly;139;SF 31 à 400;86;41;-;797;dte;36;tf;137;50;-;916;dte;41;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.017;;;;; 41-n;0.829;0.193;0.611;;;;;;;;;;; 1-n;0.861;0.722;0.792;;;;;;;;;14.8.21 Paqris;; rru;fx;fc;;rru;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rru;Sx-;Sc- 0;1;12;;0;1;6;0;1;12;>0;962;-1;0;81 10;47;242;;10;54;118;1;4;21;<0;74;-2;1;0 20;50;189;;20;57;92;2;3;31;zéro;1;-3;0;0 30;51;116;;30;58;56;3;3;38;total;1037;-4;27;394 40;27;83;;40;31;40;4;4;43;;c;-5;0;0 50;23;99;;50;26;48;5;4;29;>0;2128;-6;2;0 60;34;100;;60;39;49;6;2;18;<0;609;-7;0;5 70;31;82;;70;35;40;7;5;11;zéro;12;-8;0;42 80;24;87;;80;27;42;8;5;22;total;2749;-9;0;0 90;29;93;;90;33;45;9;6;14;;;-10;3;6 100;30;96;;100;34;47;10;11;15;;;-11;4;22 110;38;64;;110;43;31;11;7;34;;;-12;0;0 120;27;67;;120;31;33;12;7;30;;;-13;0;4 130;30;59;;130;34;29;13;2;26;;;-14;2;11 140;25;67;;140;29;33;14;2;26;;;-15;1;0 150;28;55;;150;32;27;15;8;13;;;-16;1;2 160;27;60;;160;31;29;16;3;13;;;-17;3;11 170;28;64;;170;32;31;17;9;16;;;-18;0;0 180;16;46;;180;18;22;18;7;9;;;-19;1;4 190;32;36;;190;37;18;19;3;10;;;-20;4;3 200;23;43;;200;26;21;20;2;12;;;-21;1;0 210;18;27;;210;21;13;21;8;5;;;-22;1;0 220;21;35;;220;24;17;22;8;12;;;-23;1;1 230;15;32;;230;17;16;23;4;11;;;-24;0;0 240;15;24;;240;17;12;24;7;10;;;-25;1;1 250;16;23;;250;18;11;25;5;16;;;-26;2;2 260;16;27;;260;18;13;26;2;8;;;-27;1;0 270;18;15;;270;21;7;27;5;13;;;-28;0;0 280;13;20;;280;15;10;28;4;16;;;-29;1;2 290;17;14;;290;19;7;29;3;14;;;-30;0;0 300;17;12;;300;19;6;30;5;11;;;-31;0;2 310;15;18;;310;17;9;31;1;9;;;-32;0;1 320;14;8;;320;16;4;32;4;10;;;-33;0;0 330;9;6;;330;10;3;33;3;7;;;-34;0;1 340;7;12;;340;8;6;34;2;11;;;-35;1;0 350;10;7;;350;11;3;35;3;4;;;-36;0;0 360;11;3;;360;13;1;36;3;7;;;-37;0;0 370;10;10;;370;11;5;37;3;10;;;-38;1;0 380;3;6;;380;3;3;38;5;6;;;-39;0;0 390;4;5;;390;5;2;39;1;9;;;-40;2;0 400;5;4;;400;6;2;40;2;10;;;-41;1;2 reste;88;72;;;;;reste;787;1498;;;-42;0;0 total;963;2140;;t30;169;266;total;963;2140;;;-43;0;1 diagr;874;2056;;;;;diagr;175;630;;;-44;0;0 - t30;726;1509;;;;;;;;;;-45;1;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;reste;9;11 ;;;;;;;;;;;;total;74;609 </pre> ====rru intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_négatifs_S-|rru intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> rru;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;;; comp’;0;1;0;25;0;2;0;0;0;3;4;0;0;2;1;1;3;0;1;4;1;1;0;0;1;2;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;4;69;7 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fin;°CDS;1145882;;comp;;deb;°CDS;2714978;129;;;deb;°CDS;4105626;721;comp deb;°CDS;1159249;71;;;;repeat_region;2715965;262;;;;&tRNA;4108039;148;comp ;&tRNA;1160163;117;;;fin;°CDS;2716563;;;;fin;°CDS;4108262;; fin;°CDS;1160356;;;;;;;;;;deb;°CDS;4261100;269;comp deb;°CDS;1339162;168;;;;;;;;;;&tRNA;4262308;118; ;regulatory;1340533;238;;;;;;;;;fin;°CDS;4262501;; fin;°CDS;1340988;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====rru intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_tRNA|rru intercalaires tRNA]] <pre> rru;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;; ;;;;;;;;;; ;66;;163;comp’;253;;12;56;'''deb; ;202;comp’;37;comp’;299;;57;60;<201;15 ;66;comp’;147;comp’;136;;71;63;total;24 ;81;;;;287;;73;75;taux;63% ;66;comp’;257;comp’;319;;84;83;; ;27;;406;;98;;85;86;'''fin; ;165;;224;comp’;43;;89;95;<201;18 ;66;;92;;141;;92;98;total;25 ;;comp’;115;;83;;93;103;taux;72% ;;comp’;239;;170;;98;117;; 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;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;25;29;54;;;;; ;;total;41;42;83;;;;; ;;taux;61%;69%;65%;;;;; </pre> ===oan=== ====oan opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;oan;;genome;;;;;;;;; 56.1%GC;27.12.19 Paris;16s 4 ;61 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 ;;;;;;;;;;;; chromosom1;;;;;;;;;;;; ;34057..34446;;cds;;224;224;;;130;;TIGR02300 family protein;* ;34671..34746;;gcc;@1;-40;*-40;;;;;;* ;34707..35480;;cds;;;;;;258;;glutathione S-transferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;223549..224394;;cds;;164;164;;;282;;3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase CysQ;* ;224559..224635;;ccg;;109;109;;;;;;* comp;224745..225806;;cds;;;;;;354;;site-specific integrase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;337757..338197;;cds;;158;158;;;147;;DMT family transporter;* comp;338356..338431;;ttc;;171;171;;;;;;* comp;338603..338818;;cds;;;;;;72;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;;;;;;;;;;;;* comp;344419..344598;;cds;;147;147;;;60;;hp;* ;344746..344820;;acc;;397;397;;;;;;* ;345218..346030;;cds;;;;;;271;;DUF2189 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;351922..353328;;cds;;167;167;;;469;;deoxyribodipyrimidine photo-lyase;* comp;353496..353572;;cgt;;159;159;;;;;;* comp;353732..355285;;cds;;;;;;*518;;HAMP domain-containing histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;725472..726479;;cds;;219;219;;;336;;glycosyltransferase family 4 protein;* ;726699..726773;;caa;;61;61;;;;;;* comp;726835..727413;;cds;;;;;;193;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;934613..934987;;cds;;333;333;;;125;;transposase;* comp;935321..935397;;agg;;114;114;;;;;;* comp;935512..936675;;cds;;;;;;388;;amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1049919..1051202;;cds;;24;24;;;428;;cystathionine gamma-synthase family protein;* comp;1051227..1051311;;ttg;@2;593;*593;;;;;;* comp;1051905..1053539;;cds;;;;;;*545;;phosphoethanolamine transferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1081066..1083021;;cds;;998;*998;;;*652;;M23 family metallopeptidase;* ;1084020..1085508;;16s;;268;;;;1489;;;* ;1085777..1085853;;atc;;11;;;11;;;;* ;1085865..1085940;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;1085980..1086168;;cds;@3;38;38;;;63;;P-hp;* ;1086207..1089125;;23s;;186;;;;2919;;;* ;1089312..1089426;;5s;;54;;;;115;;;* ;1089481..1089557;;atgf;;363;363;;;;;;* ;1089921..1090091;;cds;;;;;;57;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1096454..1096912;;cds;;7;7;;;153;;hp;* comp;1096920..1097009;;tcg;;352;352;;;;;;* ;1097362..1097751;;cds;;;;;;130;;50S ribosomal protein L21;* ;;;;;;;;;;;;* ;1311344..1311823;;cds;;211;211;;;160;;hp;* ;1312035..1312109;;gag;;88;88;;;;;;* ;1312198..1312467;;cds;;;;;;90;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1344750..1345565;;cds;;677;*677;;;272;;IclR family transcriptional regulator;* ;1346243..1347731;;16s;;268;;;;1489;;;* ;1348000..1348076;;atc;;11;;;11;;;;* ;1348088..1348163;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;1348203..1348391;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;* ;1348430..1351348;;23s;;186;;;;2919;;;* ;1351535..1351649;;5s;;54;;;;115;;;* ;1351704..1351780;;atgf;;360;360;;;;;;* ;1352141..1353082;;cds;;;;;;314;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1354558..1355604;;cds;;85;85;;;349;;polysaccharide deacetylase family protein;* comp;1355690..1355764;;ggc;;136;136;;;;;;* comp;1355901..1357280;;cds;;;;;;460;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1386666..1387982;;cds;;819;*819;;;439;;hp;* comp;1388802..1388891;;tcc;;374;374;;;;;;* ;1389266..1389589;;cds;;;;;;108;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1405236..1405859;;cds;;139;139;;;208;;5,6-dimethylbenzimidazole synthase;* comp;1405999..1406085;;ctg;;146;146;;;;;;* comp;1406232..1406852;;cds;;;;;;207;;2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1604615..1604854;;cds;;26;26;;;80;;hp;* comp;1604881..1604958;;atgj;;10;10;;;;;;* comp;1604969..1605214;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1639492..1640289;;cds;;-44;*-44;;;266;;hp;* comp;1640246..1640322;;atgj;;55;55;;;;;;* ;1640378..1640572;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1778816..1779571;;cds;;385;385;;;252;;SIMPL domain-containing protein;* ;1779957..1780033;;atgi;;265;265;;;;;;* ;1780299..1780844;;cds;;;;;;182;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* ;;;;;;;;;;;;* >;1945985..1946374;;cds;;721;*721;;;130;;P-hp;* comp;1947096..1947171;;aag;;-38;*-38;;;;;;* comp;1947134..1947319;;cds;;;;;;62;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2014813..2015097;;cds;;103;103;;;95;;DUF2218 domain-containing protein;* comp;2015201..2015275;;gaa;+;146;;146;;;;;* comp;2015422..2015496;;gaa;2 gaa;200;200;;;;;;* comp;2015697..2016962;;cds;;;;;;422;;DUF882 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2040234..2040453;;cds;;91;91;;;73;;hp;* ;2040545..2040629;;tac;;24;;24;;;;;* ;2040654..2040727;;gga;;6;6;;;;;;* comp;2040734..2040916;;cds;;-50;*-50;;;61;;hp;* ;2040867..2042042;;cds;;65;65;;;392;;elongation factor Tu;* ;2042108..2042183;;tgg;;420;*420;;;;;;* ;2042604..2042804;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* ;2168416..2168658;;cds;;28;28;;;81;;PepSY domain-containing protein;* comp;2168687..2168760;;ggg;;289;289;;;;;;* ;2169050..2169946;;cds;;;;;;299;;lipid kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2244184..2245050;;cds;;112;112;;;289;;mechanosensitive ion channel;* comp;2245163..2245248;;tta;;200;200;;;;;;* ;2245449..2246705;;cds;;;;;;419;;threonine ammonia-lyase IlvA;* ;;;;;;;;;;;;* ;2267888..2268835;;cds;;305;305;;;316;;patatin family protein;* ;2269141..2269225;;ctc;;66;66;;;;;;* comp;2269292..2270185;;cds;;;;;;298;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2332394..2333530;;cds;;393;393;;;379;;glycosyltransferase family 2 protein;* comp;2333924..2334000;;cgg;;169;169;;;;;;* comp;2334170..2335792;;cds;;;;;;*541;;ABC-F family ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2339396..2340514;;cds;;1650;*1650;;;373;;porin;* comp;2342165..2342239;;gtg;;178;178;;;;;;* comp;2342418..2344424;;cds;;;;;;*669;;murein L,D-transpeptidase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2369668..2370441;;cds;;152;152;;;258;;NAD kinase;* ;2370594..2370669;;aca;;987;*987;;;;;;* comp;2371657..2372076;;cds;;;;;;140;;SUF system Fe-S cluster assembly protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2442729..2443145;;cds;;299;299;;;139;;hp;* comp;2443445..2443519;;atgf;;70;70;;;;;;* <comp;2443590..2443799;;cds;;;;;;70;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2449947..2451311;;cds;;156;156;;;455;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;2451468..2451550;;cta;;236;236;;;;;;* comp;2451787..2452356;;cds;;;;;;190;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2548914..2550098;;cds;;513;*513;;;395;;alpha/beta hydrolase;* comp;2550612..2550688;;gac;+;245;;245;;;;;* comp;2550934..2551010;;gac;2 gac;328;328;;;;;;* ;2551339..2551956;;cds;;;;;;206;;TetR/AcrR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;2604616..2605908;;cds;;824;*824;;;431;;FAD-binding oxidoreductase;* comp;2606733..2606808;;gta;;264;264;;;;;;* comp;2607073..2607996;;cds;;;;;;308;;sugar kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2641040..2641360;;cds;;97;97;;;107;;YnfA family protein;* ;2641458..2641534;;ccc;;94;94;;;;;;* ;2641629..2642357;;cds;;;;;;243;;SDR family oxidoreductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2696299..2697183;;cds;;54;54;;;295;;transcriptional regulator GcvA;* comp;2697238..2697314;;aga;;123;123;;;;;;* comp;2697438..2697743;;cds;;156;156;;;102;;ETC complex I subunit;* comp;2697900..2697976;;cca;;186;186;;;;;;* ;2698163..2698309;;cds;;;;;;49;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2771579..2772697;;cds;;584;*584;;;373;;porin;* ;2773282..2773372;;agc;;203;203;;;;;;* ;2773576..2774643;;cds;;;;;;356;;porin;* chromosom2;;;;;;;;;;;;* ;149537..151504;;cds;;355;355;;;*656;;selenocysteine-specific translation elongation factor;* ;151860..151955;;tga;;14;14;;;;;;* comp;151970..152605;;cds;;;;;;212;;lipase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;298403..299422;;cds;;300;300;;;340;;TerC family protein;* comp;299723..299796;;cag;;361;361;;;;;;* comp;300158..300460;;cds;;;;;;101;;DUF1127 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;455428..456111;;cds;;713;*713;;;228;;FkbM family methyltransferase;* ;456825..458313;;16s;;268;;;;1489;;;* ;458582..458658;;atc;;11;;;11;;;;* ;458670..458745;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;458785..458973;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;* ;459012..461930;;23s;;186;;;;2919;;;* ;462117..462231;;5s;;54;;;;115;;;* ;462286..462362;;atgf;;-44;*-44;;;;;;* comp;462319..463974;;cds;;;;;;*552;;recombinase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;572059..572721;;cds;;545;*545;;;221;;response regulator transcription factor;* comp;573267..573357;;other;@4;620;*620;;;;;;* comp;573978..575285;;cds;;;;;;436;;SidA/IucD/PvdA family monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;611464..611742;;cds;;88;88;;;93;;hp;* comp;611831..611905;;ggc;;387;387;;;;;;* ;612293..612814;;cds;;;;;;174;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;991265..991999;;cds;;217;217;;;245;;alpha/beta hydrolase;* comp;992217..992306;;tca;;323;323;;;;;;* ;992630..992884;;cds;;;;;;85;;DUF2171 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1031528..1032946;;cds;;607;*607;;;473;;PepSY domain-containing protein;* comp;1033554..1033629;;aaa;;327;327;;;;;;* ;1033957..1035651;;cds;;;;;;*565;;membrane protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1067405..1068742;;cds;;131;131;;;446;;DNA polymerase IV;* ;1068874..1068947;;tgc;;739;*739;;;;;;* ;1069687..1069905;;cds;;;;;;73;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1081639..1082031;;cds;;103;103;;;131;;hp;* comp;1082135..1082209;;aac;;168;168;;;;;;* ;1082378..1082653;;cds;;;;;;92;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1333375..1333587;;cds;;209;209;;;71;;hp;* comp;1333797..1333873;;cac;;352;352;;;;;;* ;1334226..1337393;;cds;;;;;;*1056;;PAS domain S-box protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1473437..1474405;;cds;;269;269;;;323;;nitronate monooxygenase;* ;1474675..1474750;;acg;;156;156;;;;;;* >comp;1474907..1475239;;cds;;;;;;111;;DNA adenine methylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1597496..1597666;;cds;;363;363;;;57;;LysR family transcriptional regulator;* comp;1598030..1598106;;atgf;;54;;;;;;;* comp;1598161..1598275;;5s;;186;;;;115;;;* comp;1598462..1601380;;23s;;38;38;;;2919;;;* <;1601419..1601607;;cds;;39;39;;;63;;P-hp;* comp;1601647..1601722;;gca;;11;;;11;;;;* comp;1601734..1601810;;atc;;268;;;;;;;* comp;1602079..1603567;;16s;;743;*743;;;1489;;;* ;1604311..1605192;;cds;;;;;;294;;ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1720169..1720531;;cds;;113;113;;;121;;response regulator;* ;1720645..1720719;;gtc;;465;*465;;;;;;* ;1721185..1721838;;cds;;;;;;218;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;* </pre> ====oan cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_cumuls|oan cumuls]] <pre> oan cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;4;1;;4;1;5;1;;100;25;1;0 ;16atcgca-cds;4;20;;;50;15;40;;200;20;30;0 ;-;;40;1;;100;12;80;;300;21;60;4 ;-;;60;;;150;12;120;;400;15;90;18 ;max a;3;80;;;200;15;160;;500;11;120;8 ;a doubles;0;100;;;250;7;200;;600;5;150;9 ;spéciaux;0;120;;;300;6;240;;700;3;180;3 ;total aas;12;140;;;350;5;280;;800;0;210;6 sans ;opérons;45;160;1;;400;12;320;;900;0;240;4 ;1 aa;42;180;;;450;1;360;;1000;0;270;6 ;max a;2;200;;;500;1;400;;1100;1;300;8 ;a doubles;2;;1;;;16;;;;0;;35 ;total aas;48;;3;4;;107;;0;;101;;101 total aas;;60;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;138;11;;258;;;;256;; ;;;variance;111;0;;268;;;;180;; sans jaune;;;moyenne;;;;174;;;;218;;150 ;;;variance;;;;117;;;;132;;81 </pre> ====oan blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_blocs|oan blocs]] <pre> oan blocs;;;; Constantes;;;; cds;;intercal;cdsa; 16s;;268;1489; atc;;11;; gca;;39;; cds;;38;63;P-hp 23s;;186;2919; 5s;;54;115; atgf;;;; cds;;;; Variations;;;; blocs 16s;;intercal;cdsa; 1084020..1085508;;998;652;M23 family metallopeptidase ;;363;57;LysR family transcriptional regulator ;;;; 1346243..1347731;;677;272;IclR family transcriptional regulator ;;360;314;LysR family transcriptional regulator ;;;; 456825..458313;;713;228;FkbM family methyltransferase ;;-44;552;recombinase family protein ;;;; 1602079..1603567;;743;294;ATPase ;;363;57;LysR family transcriptional regulator </pre> *Détails <pre> cds;743’;713;677;998’ 16s;268;268;268;268 atc;11;11;11;11 gca;39’;39’;39’;39’ cds;38’;38’;38’;38’ 23s;186;186;186;186 5s;54;54;54;54 atgf;363;-44';360;363 cds;;;; </pre> ====oan distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_distribution|oan distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total oan;;41;;;;;41;;oan;6;;;;;;6;;;;;;;;;;;oan;;;;4;;;4 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;; </pre> ====oan1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_données_intercalaires|oan1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;oan1;fx;fc;oan1;fx40;fc40;oan1;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;12;9;0;12;9;-1;0;93;224;109;CDS 16s;; 1;1;10;42;226;1;3;24;-2;1;0;95;147;678;999; ;0;20;29;119;2;4;45;-3;0;0;164;219;23s 5s;; 2;1;30;16;70;3;5;30;-4;22;215;158;24;2* 194;; ;0;40;21;48;4;4;22;-5;0;0;171;7;16s tRNA;; ;0;50;33;45;5;5;21;-6;1;0;397;352;2*273;;atc 1;0;60;43;49;6;5;12;-7;4;3;167;85;tRNA 23s;; 1;2;70;31;61;7;5;10;-8;2;27;159;374;2* 270;;gca ;0;80;28;67;8;3;20;-9;1;0;172;-44;5s tRNA;; 1;1;90;23;42;9;4;14;-10;1;3;333;186;2* 54;;atgf ;3;100;25;51;10;4;28;-11;2;20;114;385;tRNA tRNA;;intra 1;1;110;20;43;11;4;16;-12;2;0;593;721;2* 11;;atc gca ;2;120;12;52;12;2;16;-13;3;3;363;578;tRNA tRNA;; ;1;130;13;45;13;3;15;-14;2;9;211;318;146;;gaa ;3;140;25;36;14;4;19;-15;3;0;88;28;**;;gaa 1;1;150;23;48;15;1;13;-16;0;1;363;289;24;;tac 1;4;160;24;32;16;3;9;-17;2;4;136;197;**;;gga ;3;170;27;33;17;3;9;-18;1;0;819;66;245;;gac ;3;180;14;34;18;3;12;-19;0;1;139;393;**;;gac 2;0;190;24;30;19;4;4;-20;1;6;146;152;;; 1;1;200;12;32;20;2;6;-21;0;1;26;987;;; ;1;210;14;29;21;2;10;-22;0;2;10;328;;; 1;1;220;22;20;22;3;6;-23;0;2;265;824;;; ;1;230;18;19;23;1;11;-24;0;0;103;54;;; ;1;240;15;27;24;2;6;-25;0;0;200;186;;; ;0;250;15;15;25;1;5;-26;1;4;139;584;;; ;0;260;6;12;26;1;4;-27;0;1;65;;;; ;2;270;12;17;27;3;6;-28;0;0;420;;;; ;0;280;8;16;28;0;6;-29;0;2;112;;;; 1;0;290;9;7;29;1;9;-30;0;0;305;;;; ;1;300;12;17;30;2;7;-31;2;0;169;;;; ;1;310;8;12;31;1;3;-32;0;0;1650;;;; 1;0;320;8;5;32;1;4;-33;0;0;178;;;; 1;0;330;13;14;33;1;8;-34;0;0;299;;;; ;1;340;7;14;34;1;9;-35;0;0;70;;;; ;0;350;9;16;35;2;6;-36;1;0;156;;;; 1;0;360;6;5;36;3;2;-37;0;0;236;;;; ;2;370;6;7;37;3;3;-38;0;1;513;;;; 1;0;380;5;8;38;2;9;-39;0;0;264;;;; 1;0;390;7;5;39;4;1;-40;0;0;97;;;; 1;1;400;4;9;40;3;3;-41;0;0;94;;;; 5;5;reste;70;70;reste;651;1044;-42;0;0;123;;;; 26;44;total;771;1516;total;771;1516;-43;0;0;156;;;; 20;39;diagr;689;1437;diagr;108;463;-44;0;0;203;;;; 3;2; t30;87;415;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;759;55;12;826;;;-49;0;0;;;;; ;c;1507;402;9;1918;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;2744;106;;reste;3;4;;;;; ;;;;;;2850;;total;55;402;;;;; </pre> =====oan1 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_autres_intercalaires_aas|oan1 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;oan1;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas fin;;CDS;85;261;; deb;comp;CDS;20987;21391;93; ;;ncRNA;21485;21582;117; fin;;CDS;21700;23517;; deb;;CDS;34057;34446;224; ;;tRNA;34671;34746;95;gcc fin;;CDS;34842;35480;; deb;comp;CDS;36750;37604;244; ;comp;regulatory;37849;38001;259; fin;;CDS;38261;40249;; deb;;CDS;223549;224394;164; ;;tRNA;224559;224635;109;ccg fin;comp;CDS;224745;225806;; deb;comp;CDS;295366;296238;86; ;comp;regulatory;296325;296481;233; fin;;CDS;296715;298838;; deb;comp;CDS;337757;338197;158; ;comp;tRNA;338356;338431;171;ttc fin;comp;CDS;338603;338818;; deb;comp;CDS;344419;344598;147; ;;tRNA;344746;344820;397;acc fin;;CDS;345218;346030;; deb;comp;CDS;351922;353328;167; ;comp;tRNA;353496;353572;159;cgt fin;comp;CDS;353732;355285;; deb;comp;CDS;424109;425302;91; ;comp;regulatory;425394;425473;298; fin;;CDS;425772;426863;; deb;comp;CDS;725472;726479;219; ;;tRNA;726699;726773;172;caa fin;;CDS;726946;729048;; deb;comp;CDS;934613;934987;333; ;comp;tRNA;935321;935397;114;agg fin;comp;CDS;935512;936675;; deb;;CDS;1049919;1051202;24; ;comp;tRNA;1051227;1051311;593;ttg fin;comp;CDS;1051905;1053539;; deb;comp;CDS;1081066;1083021;999; ;;rRNA;1084021;1085503;273;1483 ;;tRNA;1085777;1085853;11;atc ;;tRNA;1085865;1085940;270;gca ;;rRNA;1086211;1089117;194;2907 ;;rRNA;1089312;1089426;54;115 ;;tRNA;1089481;1089557;363;atgj f fin;;CDS;1089921;1090091;; deb;;CDS;1096454;1096912;7; ;comp;tRNA;1096920;1097009;352;tcg fin;;CDS;1097362;1097751;; deb;comp;CDS;1202605;1203609;41; ;comp;regulatory;1203651;1203765;95; fin;;CDS;1203861;1204517;; deb;;CDS;1263516;1263881;88; ;;ncRNA;1263970;1264128;99; fin;;CDS;1264228;1265223;; deb;;CDS;1311344;1311823;211; ;;tRNA;1312035;1312109;88;gag fin;;CDS;1312198;1312467;; deb;;CDS;1344750;1345565;678; ;;rRNA;1346244;1347726;273;1483 ;;tRNA;1348000;1348076;11;atc ;;tRNA;1348088;1348163;270;gca ;;rRNA;1348434;1351340;194;2907 ;;rRNA;1351535;1351649;54;115 ;;tRNA;1351704;1351780;363;atgj f fin;;CDS;1352144;1353082;; deb;;CDS;1354558;1355604;85; ;comp;tRNA;1355690;1355764;136;ggc fin;comp;CDS;1355901;1357280;; deb;comp;CDS;1386666;1387982;819; ;comp;tRNA;1388802;1388891;374;tcc fin;;CDS;1389266;1389589;; deb;comp;CDS;1405236;1405859;139; ;comp;tRNA;1405999;1406085;146;ctg fin;comp;CDS;1406232;1406852;; deb;comp;CDS;1604615;1604854;26; ;comp;tRNA;1604881;1604958;10;atgj j fin;comp;CDS;1604969;1605214;; deb;;CDS;1639492;1640289;-44; ;comp;tRNA;1640246;1640322;186;atgj j fin;;CDS;1640509;1641465;; deb;comp;CDS;1778816;1779571;385; ;;tRNA;1779957;1780033;265;atgi fin;;CDS;1780299;1780844;; deb;;CDS;1818096;1818755;175; ;;ncRNA;1818931;1819358;205; fin;;CDS;1819564;1820313;; deb;;CDS;1881047;1881754;33; ;comp;tmRNA;1881788;1882155;188; fin;;CDS;1882344;1882655;; deb;;CDS;1917737;1918849;108; ;;regulatory;1918958;1919182;154; fin;;CDS;1919337;1921202;; deb;;CDS;1945985;1946374;721; ;comp;tRNA;1947096;1947171;578;aag fin;;CDS;1947750;1948412;; deb;;CDS;1973835;1975286;48; ;;regulatory;1975335;1975573;50; fin;;CDS;1975624;1975812;; deb;comp;CDS;2014813;2015097;103; ;comp;tRNA;2015201;2015275;146;gaa ;comp;tRNA;2015422;2015496;200;gaa fin;comp;CDS;2015697;2016962;; deb;comp;CDS;2039366;2040226;318; ;;tRNA;2040545;2040629;24;tac ;;tRNA;2040654;2040727;139;gga deb;;CDS;2040867;2042042;65; ;;tRNA;2042108;2042183;420;tgg fin;;CDS;2042604;2042804;; deb;;CDS;2168416;2168658;28; ;comp;tRNA;2168687;2168760;289;ggg fin;;CDS;2169050;2169946;; deb;comp;CDS;2244184;2245050;112; ;comp;tRNA;2245163;2245248;197;tta fin;;CDS;2245446;2246705;; deb;;CDS;2267888;2268835;305; ;;tRNA;2269141;2269225;66;ctc fin;comp;CDS;2269292;2270185;; deb;;CDS;2332394;2333530;393; ;comp;tRNA;2333924;2334000;169;cgg fin;comp;CDS;2334170;2335792;; deb;comp;CDS;2339396;2340514;1650; ;comp;tRNA;2342165;2342239;178;gtg fin;comp;CDS;2342418;2344424;; deb;comp;CDS;2369668;2370441;152; ;;tRNA;2370594;2370669;987;aca fin;comp;CDS;2371657;2372076;; deb;comp;CDS;2442729;2443145;299; ;comp;tRNA;2443445;2443519;70;atgj f fin;comp;CDS;2443590;2443781;; deb;comp;CDS;2449947;2451311;156; ;comp;tRNA;2451468;2451550;236;cta fin;comp;CDS;2451787;2452356;; deb;comp;CDS;2548914;2550098;513; ;comp;tRNA;2550612;2550688;245;gac ;comp;tRNA;2550934;2551010;328;gac fin;;CDS;2551339;2551956;; deb;;CDS;2604616;2605908;824; ;comp;tRNA;2606733;2606808;264;gta fin;comp;CDS;2607073;2607996;; deb;;CDS;2641040;2641360;97; ;;tRNA;2641458;2641534;94;ccc fin;;CDS;2641629;2642357;; deb;;CDS;2696299;2697183;54; ;comp;tRNA;2697238;2697314;123;aga deb;comp;CDS;2697438;2697743;156; ;comp;tRNA;2697900;2697976;186;cca fin;;CDS;2698163;2698309;; deb;comp;CDS;2771579;2772697;584; ;;tRNA;2773282;2773372;203;agc fin;;CDS;2773576;2774643;; deb;;CDS;2886536;2887183;84; </pre> ====oan2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_données_intercalaires|oan2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;oan2;fx;fc;oan2;fx40;fc40;oan2;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;2;1;0;2;1;-1;0;48;355;14;CDS 16s ;; ;0;10;29;159;1;2;26;-2;1;0;300;-44;714;744; 1;0;20;25;104;2;3;23;-3;1;0;361;387;23s 5s;; ;0;30;9;49;3;8;18;-4;12;195;545;217;2* 194;; ;0;40;21;49;4;4;17;-5;0;0;620;323;16s tRNA;; ;0;50;15;25;5;2;14;-6;0;0;88;327;2* 273;;atc ;0;60;17;29;6;3;4;-7;0;2;607;103;tRNA 23s;; ;0;70;13;45;7;5;8;-8;1;16;131;168;2* 270;;gca ;0;80;13;35;8;1;15;-9;0;0;739;352;5s tRNA;; ;1;90;18;32;9;1;12;-10;0;2;209;156;2* 54;;atgf ;0;100;13;31;10;0;22;-11;0;8;269;;tRNA tRNA;;intra 1;0;110;25;29;11;4;26;-12;1;0;363;;2* 11;;atc gca ;1;120;7;32;12;4;19;-13;1;0;113;;;; ;0;130;16;20;13;2;12;-14;0;6;465;;;; ;1;140;12;30;14;2;10;-15;0;0;;;;; ;0;150;10;17;15;2;6;-16;2;0;;;;; 1;0;160;15;20;16;0;6;-17;0;1;;;;; 1;0;170;13;14;17;4;3;-18;1;0;;;;; ;0;180;13;12;18;3;4;-19;1;0;;;;; ;0;190;11;18;19;2;8;-20;0;3;;;;; ;0;200;10;10;20;2;10;-21;1;0;;;;; ;1;210;9;7;21;1;6;-22;0;0;;;;; 1;0;220;10;10;22;2;5;-23;0;1;;;;; ;0;230;5;16;23;0;7;-24;0;0;;;;; ;0;240;6;10;24;2;7;-25;0;1;;;;; ;0;250;7;12;25;1;1;-26;0;0;;;;; ;0;260;6;7;26;0;9;-27;1;0;;;;; ;1;270;5;8;27;0;4;-28;0;1;;;;; ;0;280;6;2;28;3;1;-29;0;1;;;;; ;0;290;2;7;29;0;3;-30;0;0;;;;; ;1;300;6;3;30;0;6;-31;0;0;;;;; ;0;310;8;7;31;0;4;-32;0;2;;;;; ;0;320;3;7;32;1;4;-33;0;0;;;;; 2;0;330;7;4;33;3;7;-34;0;0;;;;; ;0;340;4;5;34;0;3;-35;0;1;;;;; ;0;350;8;1;35;1;5;-36;0;0;;;;; 1;1;360;3;4;36;2;9;-37;0;0;;;;; ;2;370;7;3;37;4;6;-38;0;0;;;;; ;0;380;6;2;38;3;3;-39;0;0;;;;; 1;0;390;3;5;39;4;6;-40;0;0;;;;; ;0;400;2;1;40;3;2;-41;2;0;;;;; ;5;reste;40;32;reste;374;552;-42;0;0;;;;; 10;14;total;460;914;total;460;914;-43;0;0;;;;; 9;9;diagr;418;881;diagr;84;361;-44;0;0;;;;; 1;0; t30;63;312;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;458;28;2;488;;;-49;0;0;;;;; ;c;913;292;1;1206;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1694;46;;reste;2;2;;;;; ;;;;;;1740;;total;28;292;;;;; </pre> =====oan2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_autres_intercalaires_aas|oan2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;oan2;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;149537;151504;355;*; ;;tRNA;151860;151955;14;*;tga fin;comp;CDS;151970;152605;;; deb;;CDS;249965;250795;64;*; ;;regulatory;250860;251074;365;*; fin;;CDS;251440;251661;;; deb;comp;CDS;298403;299422;300;*; ;comp;tRNA;299723;299796;361;*;cag fin;comp;CDS;300158;300460;;; deb;;CDS;455428;456111;714;*; ;;rRNA;456826;458308;273;*;1483 ;;tRNA;458582;458658;11;*;atc ;;tRNA;458670;458745;270;*;gca ;;rRNA;459016;461922;194;*;2907 ;;rRNA;462117;462231;54;*;115 ;;tRNA;462286;462362;-44;*;atgf fin;comp;CDS;462319;463974;;; deb;comp;CDS;572059;572721;545;*; ;comp;tRNA;573267;573357;620;*;other fin;comp;CDS;573978;575285;;; deb;comp;CDS;611464;611742;88;*; ;comp;tRNA;611831;611905;387;*;ggc fin;;CDS;612293;612814;;; deb;;CDS;850872;851594;138;*; ;;regulatory;851733;851842;43;*; fin;;CDS;851886;852806;;; deb;;CDS;991265;991999;217;*; ;comp;tRNA;992217;992306;323;*;tca fin;;CDS;992630;992884;;; deb;comp;CDS;1031528;1032946;607;*; ;comp;tRNA;1033554;1033629;327;*;aaa fin;;CDS;1033957;1035651;;; deb;;CDS;1067405;1068742;131;*; ;;tRNA;1068874;1068947;739;*;tgc fin;;CDS;1069687;1069905;;; deb;;CDS;1081639;1082031;103;*; ;comp;tRNA;1082135;1082209;168;*;aac fin;;CDS;1082378;1082653;;; deb;comp;CDS;1215924;1217189;597;*; ;;regulatory;1217787;1217947;76;*; fin;;CDS;1218024;1218500;;; deb;comp;CDS;1273601;1274704;142;*; ;comp;regulatory;1274847;1274930;495;*; fin;;CDS;1275426;1275572;;; deb;comp;CDS;1327333;1328361;180;*; ;comp;regulatory;1328542;1328776;221;*; fin;;CDS;1328998;1329948;;; deb;comp;CDS;1333375;1333587;209;*; ;comp;tRNA;1333797;1333873;352;*;cac fin;;CDS;1334226;1337393;;; deb;;CDS;1473437;1474405;269;*; ;;tRNA;1474675;1474750;156;*;acg fin;comp;CDS;1474907;1475239;;; deb;comp;CDS;1597496;1597666;363;*; ;comp;tRNA;1598030;1598106;54;*;atgf ;comp;rRNA;1598161;1598275;194;*;115 ;comp;rRNA;1598470;1601376;270;*;2907 ;comp;tRNA;1601647;1601722;11;*;gca ;comp;tRNA;1601734;1601810;273;*;atc ;comp;rRNA;1602084;1603566;744;*;1483 fin;;CDS;1604311;1605192;;; deb;;CDS;1720169;1720531;113;*; ;;tRNA;1720645;1720719;465;*;gtc fin;;CDS;1721185;1721838;;; </pre> ===abq=== ====abq opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_opérons|abq opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;abq;;genome;;;;;;;;; 68.45%GC;29.12.19 Paris;16s 9 ;88 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; ;125527..126444;;cds;;127;127;;;306;;restriction endonuclease;* comp;126572..126647;;gcg;;206;206;;;;;;* ;126854..127138;;cds;;;;;;95;;YggT family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;163237..164982;;cds;;175;175;;;582;;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;* ;165158..165234;;agg;;59;59;;;;;;* ;165294..166022;;cds;;;;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;188235..189860;;cds;;42;42;;;542;;glycosyltransferase;* comp;189903..189977;;acg;;81;81;;;;;;* comp;190059..191987;;cds;;;;;;643;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;250833..251111;;cds;;169;169;;;93;;hp;* comp;251281..251356;;gcc;;141;141;;;;;;* comp;251498..251893;;cds;;;;;;132;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;458142..458459;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;* ;458669..458758;;tcg;;63;63;;;;;;* comp;458822..459664;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;496776..497171;;cds;;162;162;;;132;;cupin domain-containing protein;* comp;497334..497420;;ttg;;137;137;;;;;;* ;497558..498085;;cds;;;;;;176;;disulfide bond formation protein B;* ;;;;;;;;;;;;* comp;615937..616350;;cds;;121;121;;;138;;hp;* comp;616472..616548;;ccg;+;206;;206;;;;;* comp;616755..616831;;ccg;2 ccg;109;109;;;;;;* comp;616941..617957;;cds;;;;;;339;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;748703..749161;;cds;;38;38;;;153;;hp;* comp;749200..749275;;aca;;91;91;;;;;;* comp;749367..750221;;cds;;144;144;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;750366..750451;;tac;;60;;60;;;;;* ;750512..750585;;gga;;81;81;;;;;;* ;750667..751857;;cds;;153;153;;;397;;elongation factor Tu;* ;752011..752086;;tgg;;69;69;;;;;;* ;752156..752353;;cds;;;;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* comp;794457..795983;;cds;;296;296;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;* ;796280..796355;;aag;+;76;;76;;;;;* ;796432..796507;;aag;2 aag;109;109;;;;;;* comp;796617..797057;;cds;;;;;;147;;MaoC family dehydratase;* ;;;;;;;;;;;;* ;870412..872373;;cds;;159;159;;;654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;872533..872608;;atgi;;5;5;;;;;;* comp;872614..873093;;cds;;134;134;;;160;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;873228..873304;;cgt;;212;212;;;;;;* ;873517..874023;;cds;;;;;;169;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;931962..933011;;cds;;68;68;;;350;;low specificity L-threonine aldolase;* ;933080..933155;;gag;+;38;;38;;;;;* ;933194..933269;;gag;2 gag;72;72;;;;;;* comp;933342..934340;;cds;;;;;;333;;transglycosylase SLT domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;997881..998357;;cds;;246;246;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* comp;998604..998678;;acc;;175;175;;;;;;* comp;998854..1000815;;cds;;;;;;654;;polysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1164137..1165048;;cds;;159;159;;;304;;DUF3108 domain-containing protein;* ;1165208..1165282;;gtg;+;132;;132;;;;;* ;1165415..1165489;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;* ;1165721..1165885;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1242416..1242919;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;* ;1243005..1243081;;ccc;;139;139;;;;;;* comp;1243221..1244999;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1353398..1353895;;cds;;118;118;;;166;;hp;* ;1354014..1354091;;cca;;49;49;;;;;;* ;1354141..1354437;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;* ;1354448..1354524;;aga;;443;*443;;;;;;* ;1354968..1355213;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1370270..1370500;;cds;;196;196;;;77;;hp;* comp;1370697..1370772;;aac;@2;220;;220;;;;;* comp;1370993..1371066;;tgc;;218;218;;;;;;* ;1371285..1371941;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1427443..1427733;;cds;;236;236;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;1427970..1428085;;5s;;129;;;;116;;;* comp;1428215..1430967;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;1431234..1431309;;gca;;30;;;30;;;;* comp;1431340..1431416;;atc;;108;;;;;;;* comp;1431525..1433015;;16s;;779;*779;;;1491;;;* ;1433795..1437778;;cds;;;;;;1328;;non-ribosomal peptide synthetase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1576457..1577296;;cds;;243;243;;;280;;aldo/keto reductase;* comp;1577540..1577615;;gaa;;123;123;;;;;;* comp;1577739..1579538;;cds;;;;;;600;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1723089..1723457;;cds;;344;344;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* comp;1723802..1723878;;gac;;164;;164;;;;;* comp;1724043..1724117;;gta;;106;106;;;;;;* comp;1724224..1724496;;cds;;;;;;91;;HU family DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1730385..1731719;;cds;;91;91;;;445;;trigger factor;* comp;1731811..1731895;;cta;;173;173;;;;;;* comp;1732069..1733634;;cds;;;;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1733741..1735207;;cds;;129;129;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;* comp;1735337..1735412;;cac;+;109;;109;;;;;* comp;1735522..1735597;;cac;2 cac;337;337;;;;;;* ;1735935..1736273;;cds;;;;;;113;;P-II family nitrogen regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1951126..1951752;;cds;;149;149;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;* ;1951902..1951987;;tac;;74;74;;;;;;* comp;1952062..1952424;;cds;;;;;;121;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1996903..1997244;;cds;;595;*595;;;114;;hp;* comp;1997840..1997914;;atgj;;131;131;;;;;;* comp;1998046..1999179;;cds;;;;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;;* ;2086487..2088658;;cds;;156;156;;;724;;malate synthase G;* comp;2088815..2088889;;gtc;;234;234;;;;;;* ;2089124..2090002;;cds;;;;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2303404..2303880;;cds;;414;*414;;;159;;bacterioferritin;* comp;2304295..2304377;;tta;;406;*406;;;;;;* comp;2304784..2305029;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2482875..2484518;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;* comp;2484884..2484974;;tcc;;120;120;;;;;;* comp;2485095..2485898;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2640759..2641325;;cds;;149;149;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;2641475..2641549;;ggc;;688;*688;;;;;;* ;2642238..2642915;;cds;;;;;;226;;dimethylmenaquinone methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2764482..2765567;;cds;;659;*659;;;362;;hp;* comp;2766227..2766300;;ggg;;35;35;;;;;;* comp;2766336..2766995;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2781933..2783774;;cds;;187;187;;;614;;EAL and GGDEF domain-containing protein;* comp;2783962..2784077;;5s;;129;;;;116;;;* comp;2784207..2786959;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;2787215..2787290;;gca;;30;;;30;;;;* comp;2787321..2787397;;atc;;108;;;;;;;* comp;2787506..2789006;;16s;;496;*496;;;1501;;;* comp;2789503..2790207;;cds;;;;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2843264..2843443;;cds;;77;77;;;60;;hp;* comp;2843521..2843597;;cgt;;170;170;;;;;;* ;2843768..2844268;;cds;;;;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;* plasmide2;;;;;;;;;;;;* comp;51090..51836;;cds;;481;*481;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* comp;52318..52393;;tgg;;363;*363;;;;;;* ;52757..53587;;cds;;;;;;277;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;809229..810019;;cds;;870;*870;;;264;;IS5 family transposase;* comp;810890..810966;;atgf;;96;;;;;;;* comp;811063..811178;;5s;;127;;;;116;;;* comp;811306..814058;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;814325..814400;;gca;;30;;;30;;;;* comp;814431..814507;;atc;;108;;;;;;;* comp;814616..816106;;16s;;452;*452;;;1491;;;* comp;816559..817443;;cds;;;;;;295;;helix-turn-helix domain-containing protein;* plasmide4;;;;;;;;;;;;* ;196992..199346;;cds;;148;148;;;785;;mechanosensitive ion channel;* ;199495..199581;;ctg;;30;;30;;;;;* ;199612..199687;;gcc;;188;188;;;;;;* ;199876..201333;;cds;;;;;;486;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;237538..238578;;cds;;92;92;;;347;;response regulator;* comp;238671..238747;;cgg;;96;96;;;;;;* comp;238844..239821;;cds;;;;;;326;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;257739..258470;;cds;;125;125;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;258596..258682;;ctc;;123;123;;;;;;* comp;258806..259108;;cds;;;;;;101;;STAS domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;399367..400527;;cds;;278;278;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;* comp;400806..400921;;5s;;129;;;;116;;;* comp;401051..403803;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;404059..404134;;gca;;30;;;30;;;;* comp;404165..404241;;atc;;108;;;;;;;* comp;404350..405850;;16s;;502;*502;;;1501;;;* comp;406353..406547;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;504531..504893;;cds;;82;82;;;121;;response regulator;* ;504976..505051;;aac;;3;;3;;;;;* ;505055..505131;;gac;;4;;4;;;;;* ;505136..505210;;ggc;;102;102;;;;;;* comp;505313..506080;;cds;;83;83;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;506164..506790;;cds;;202;202;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;* comp;506993..507108;;5s;;127;;;;116;;;* comp;507236..509988;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;510255..510330;;gca;;30;;;30;;;;* comp;510361..510437;;atc;;110;;;;;;;* comp;510548..512038;;16s;;615;*615;;;1491;;;* ;512654..513568;;cds;;;;;;305;;lytic transglycosylase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;588108..590768;;cds;;340;340;;;887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;* ;591109..591184;;ttc;;286;286;;;;;;* ;591471..592979;;cds;;;;;;503;;FAD-binding oxidoreductase;* plasmide5;;;;;;;;;;;;* ;86421..87089;;cds;;455;*455;;;223;;RraA family protein;* ;87545..87619;;ggc;;193;193;;;;;;* ;87813..88865;;cds;;;;;;351;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);* plasmide1;;;;@3;;;;;;;;* >comp;115594..115896;;cds;;394;*394;;;101;;P-IS5/IS1182 family transposase;* comp;116291..116367;;atgf;;96;;;;;;;* comp;116464..116579;;5s;;129;;;;116;;;* comp;116709..119461;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;119717..119792;;gca;;30;;;30;;;;* comp;119823..119899;;atc;;108;;;;;;;* comp;120008..121498;;16s;;740;*740;;;1491;;;* ;122239..123597;;cds;;;;;;453;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;217550..218176;;cds;;123;123;;;209;;ribonuclease D;* comp;218300..218386;;ctg;;228;228;;;;;;* ;218615..219604;;cds;;;;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;300477..301733;;cds;;472;*472;;;419;;exonuclease subunit SbcD;* ;302206..303696;;16s;;108;;;;1491;;;* ;303805..303881;;atc;;30;;;30;;;;* ;303912..303987;;gca;;255;;;;;;;* ;304243..306995;;23s;;129;;;;2753;;;* ;307125..307240;;5s;;96;;;;116;;;* ;307337..307413;;atgf;;161;161;;;;;;* <comp;307575..307805;;cds;;;;;;77;;p-ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;466493..467710;;cds;;231;231;;;406;;site-specific integrase;* comp;467942..468031;;tca;;205;205;;;;;;* comp;468237..468809;;cds;;;;;;191;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;512242..512790;;cds;;136;136;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;* ;512927..513002;;aaa;;209;209;;;;;;* ;513212..514036;;cds;;;;;;275;;DUF3618 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;931813..933912;;cds;;79;79;;;700;;membrane protein;* ;933992..934066;;caa;;382;*382;;;;;;* comp;934449..935270;;cds;;;;;;274;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;948715..949743;;cds;;199;199;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;949943..950016;;cag;;246;246;;;;;;* comp;950263..950829;;cds;;;;;;189;;IS3 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* >;971260..971532;;cds;;493;*493;;;91;;P-hp;* comp;972026..972119;;agc;;197;197;;;;;;* ;972317..972550;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1302373..1303350;;cds;;166;166;;;326;;alpha-1,3-fucosyltransferase;* comp;1303517..1303592;;ttc;;98;98;;;;;;* comp;1303691..1303876;;cds;;;;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;;;;;;;;;;;;* ;1349823..1350929;;cds;;145;145;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;1351075..1353828;;23s;;262;;;;2754;;;* comp;1354091..1355591;;16s;@1;676;*676;;;1501;;;* ;1356268..1356726;;cds;;;;;;153;;MarR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1441708..1443066;;cds;;153;153;;;453;;hp;* ;1443220..1443294;;acc;;1;;1;;;;;* ;1443296..1443371;;gcg;;99;;99;;;;;* ;1443471..1443547;;gac;;44;;44;;;;;* ;1443592..1443666;;gtc;;1;;1;;;;;* ;1443668..1443741;;cag;;137;137;;;;;;* comp;1443879..1446428;;cds;;;;;;850;;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1566394..1566612;;cds;;193;193;;;73;;hp;* comp;1566806..1566921;;5s;;128;;;;116;;;* comp;1567050..1569802;;23s;;254;;;;2753;;;* comp;1570057..1570132;;gca;;30;;;30;;;;* comp;1570163..1570239;;atc;;94;;;;;;;* comp;1570334..1571834;;16s;;444;*444;;;1501;;;* comp;1572279..1572707;;cds;;;;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1723583..1724962;;cds;;94;94;;;460;;hp;* comp;1725057..1725143;;ctc;;475;*475;;;;;;* ;1725619..1726311;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1757680..1760568;;cds;;308;308;;;963;;PAS domain-containing protein;* ;1760877..1760963;;ctg;;29;;29;;;;;* ;1760993..1761068;;gcc;;247;247;;;;;;* comp;1761316..1761840;;cds;;;;;;175;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1854042..1855049;;cds;;135;135;;;336;;inorganic phosphate transporter;* comp;1855185..1855259;;ggc;;243;243;;;;;;* ;1855503..1858685;;cds;;;;;;1061;;AAA family ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;1883235..1883816;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;* ;1884027..1884102;;aac;;4;;4;;;;;* ;1884107..1884183;;gac;;32;32;;;;;;* comp;1884216..1884821;;cds;;;;;;202;;hp;* </pre> ====abq cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_cumuls|abq cumuls]] <pre> abq cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300; avec rRNA;opérons;9;1;2;;1;0;1;;100;17;1;0 ;16atcgca235;5;20;3;;50;7;40;;200;29;30;0 ;Id-atgf;3;40;3;8;100;19;80;;300;24;60;2 ;16s23s;1;60;2;;150;26;120;;400;18;90;9 ;max a;3;80;1;;200;20;160;;500;8;120;11 ;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;8;150;8 ;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;5;180;11 ;total aas;19;140;1;;350;4;280;;800;2;210;9 sans ;opérons;51;160;0;;400;4;320;;900;2;240;6 ;1 aa;38;180;1;;450;4;360;;1000;1;270;6 ;max a;5;200;0;;500;7;400;;1100;1;300;8 ;a doubles;5;;2;;;9;;;;1;;46 ;total aas;68;;17;8;;121;;0;;116;;116 total aas;;87;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;72;30;;227;;;;308;; ;;;variance;72;0;;175;;;;230;; sans jaune;;;moyenne;;;;153;;;;249;;166 ;;;variance;;;;74;;;;142;;71 </pre> ====abq blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_blocs|abq blocs]] <pre> abq blocs;;;;;;;;;;;;;;; bloc;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa; cds;779;1328;non ribosom;496;235;PAP2 fam;502;65;hp;615;305;lytic dom;444;143;DUF1489 $16s;108;§1491;;108;§1501;;108;§1501;;110;1491;;94;§1501; atc;30;;;30;;;30;;;30;;;30;; gca;266;;;255;;;255;;;266;;;254;; $23s;129;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;127;2753;;128;§2753; $5s;236;§116;;187;§116;;278;§116;;202;116;;193;§116; cds;;97;YkgJ fam;;614;EAL & GGDEF;;387;PQQ;;209;pyridoxamine;;73;hp ;;;;;;;;;;;;;;; cds;452;295;Hx-t-Hx;740;453;peptido fam;472;419;exo SbcD;;;;;; $16s;108;§1491;;108;§1491;;108;§1491;;;;;;; atc;30;;;30;;;30;;;;;;;; gca;266;;;255;;;255;;;;cds;676;153;MarR fam; $23s;127;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;;$16s;262;§1501;; $5s;96;§116;;96;§116;;96;§116;;;$23s;145;§2754;; atgf;870;;;394;;;161;;;;cds;;369;GNAT fam; cds;;264;IS5 fam;;101;p-IS5/IS1182;;77;p-ATP-bind;;;;;; </pre> ====abq distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_distribution|abq distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;aag2;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;cac2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;ccg2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;gag2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;gtg2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;ggc;gtc;1;gcc;2;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;3 1aa;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;1 >1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total abq;;38;;;;;38;;abq;20;;;;;;20;;abq;10;;;;;;10;;abq;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====abq données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_données_intercalaires|abq données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abq;fx;fc;abq;fx40;fc40;abq;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;4;0;2;4;-1;0;61;59;127;16s tRNA;; 1;1;10;65;170;1;4;13;-2;1;0;42;206;2* 114;;atc ;0;20;54;138;2;4;15;-3;0;0;81;175;tRNA 23s;; ;0;30;57;90;3;10;20;-4;6;199;169;209;267;;gca ;2;40;17;65;4;11;26;-5;0;0;141;63;256;;gca ;2;50;24;74;5;6;24;-6;1;0;162;137;tRNA tRNA;;intra ;1;60;21;59;6;7;12;-7;1;1;121;144;2* 30;;atc gca 1;2;70;24;47;7;8;15;-8;1;20;109;296;tRNA tRNA;; 3;0;80;31;67;8;4;16;-9;0;0;38;109;206;;ccg ;3;90;24;68;9;6;8;-10;1;1;91;5;**;;ccg ;2;100;29;70;10;5;21;-11;1;6;81;212;60;;tac 1;2;110;29;61;11;3;17;-12;0;0;153;72;**;;gga 1;1;120;23;59;12;6;14;-13;0;4;69;246;76;;aag 1;3;130;26;56;13;6;22;-14;1;3;159;165;**;;aag 2;2;140;21;50;14;2;21;-15;0;0;134;139;38;;gag 2;2;150;27;44;15;8;14;-16;0;1;68;118;**;;gag 1;2;160;25;47;16;11;14;-17;3;2;175;218;132;;gtg 2;2;170;33;37;17;1;8;-18;0;1;231;337;**;;gtg 1;2;180;15;41;18;3;7;-19;0;1;85;74;220;;aac 1;0;190;22;24;19;8;13;-20;0;7;49;595;**;;tgc ;1;200;24;36;20;6;8;-21;0;0;10;156;164;;gac 2;0;210;27;24;21;10;8;-22;0;0;443;234;**;;gta 2;0;220;13;24;22;9;8;-23;3;3;196;187;109;;cac ;0;230;18;16;23;5;3;-24;1;0;243;365;**;;cac 1;1;240;17;19;24;4;9;-25;0;1;123;149;;; 1;1;250;14;17;25;7;11;-26;1;2;344;77;;; ;0;260;16;15;26;6;13;-27;0;0;106;170;;; ;0;270;19;17;27;5;11;-28;0;0;91;;;; ;0;280;15;7;28;3;8;-29;3;2;173;;;; ;0;290;9;2;29;0;8;-30;0;0;129;;;; 1;0;300;6;8;30;8;11;-31;0;4;149;;;; ;0;310;7;9;31;0;11;-32;1;0;131;;;; ;0;320;9;7;32;3;5;-33;0;0;414;;;; ;0;330;8;5;33;2;8;-34;0;0;120;;;; 1;0;340;9;3;34;5;6;-35;0;0;688;;;; ;1;350;3;3;35;3;7;-36;0;0;659;;;; ;0;360;5;3;36;1;9;-37;0;0;35;;;; 1;0;370;8;9;37;1;5;-38;3;0;CDS 16s;;;; ;0;380;6;2;38;0;3;-39;0;0;496;779;;; ;0;390;2;7;39;1;4;-40;0;0;23s 5s;;;; ;0;400;4;4;40;1;7;-41;2;1;2* 134;;;; 1;4;reste;82;57;reste;695;1098;-42;0;0;5s CDS;;;; 27;37;total;890;1565;total;890;1565;-43;0;1;236;187;;; 26;33;diagr;806;1504;diagr;193;463;-44;0;0;;;;; 1;1; t30;176;398;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;888;37;2;927;;;-49;1;0;;;;; ;c;1561;330;4;1895;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;2822;104;;reste;5;7;;;;; ;;;;;;2926;;total;37;330;;;;; </pre> =====abq autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_autres_intercalaires_aas|abq autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abq;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;125527;126444;127;*; ;comp;tRNA;126572;126647;206;*;gcg fin;;CDS;126854;127138;;; deb;comp;CDS;163237;164982;175;*; ;;tRNA;165158;165234;59;*;agg fin;;CDS;165294;166022;;; deb;comp;CDS;188235;189860;42;*; ;comp;tRNA;189903;189977;81;*;acg fin;comp;CDS;190059;191987;;; deb;comp;CDS;250833;251111;169;*; ;comp;tRNA;251281;251356;141;*;gcc fin;comp;CDS;251498;251893;;0; deb;;CDS;409912;410451;134;*; ;;ncRNA;410586;410683;99;*; fin;;CDS;410783;412645;;; deb;comp;CDS;458142;458459;209;*; ;;tRNA;458669;458758;63;*;tcg fin;comp;CDS;458822;459664;;; deb;comp;CDS;496776;497171;162;*; ;comp;tRNA;497334;497420;137;*;ttg fin;;CDS;497558;498085;;; deb;comp;CDS;599094;599591;554;*; ;comp;ncRNA;600146;600563;62;*; fin;comp;CDS;600626;601336;;; deb;comp;CDS;615937;616350;121;*; ;comp;tRNA;616472;616548;206;*;ccg ;comp;tRNA;616755;616831;109;*;ccg fin;comp;CDS;616941;617957;;0; deb;comp;CDS;748703;749161;38;*; ;comp;tRNA;749200;749275;91;*;aca deb;comp;CDS;749367;750221;144;*; ;;tRNA;750366;750451;60;*;tac ;;tRNA;750512;750585;81;*;gga deb;;CDS;750667;751857;153;*; ;;tRNA;752011;752086;69;*;tgg fin;;CDS;752156;752353;;; deb;comp;CDS;794457;795983;296;*; ;;tRNA;796280;796355;76;*;aag ;;tRNA;796432;796507;109;*;aag fin;comp;CDS;796617;797057;;; deb;;CDS;870412;872373;159;*; ;;tRNA;872533;872608;5;*;atgi deb;comp;CDS;872614;873093;134;*; ;comp;tRNA;873228;873304;212;*;cgt fin;;CDS;873517;874023;;; deb;;CDS;931977;933011;68;*; ;;tRNA;933080;933155;38;*;gag ;;tRNA;933194;933269;72;*;gag fin;comp;CDS;933342;934340;;0; deb;;CDS;965995;966240;85;*; ;;regulatory;966326;966425;175;*; fin;;CDS;966601;967713;;; deb;;CDS;987790;988104;13;*; ;;ncRNA;988118;988277;39;*; fin;;CDS;988317;988940;;; deb;;CDS;997881;998357;246;*; ;comp;tRNA;998604;998678;175;*;acc fin;comp;CDS;998854;1000815;;; deb;comp;CDS;1164137;1165042;165;*; ;;tRNA;1165208;1165282;132;*;gtg ;;tRNA;1165415;1165489;231;*;gtg fin;;CDS;1165721;1165885;;; deb;;CDS;1242416;1242919;85;*; ;;tRNA;1243005;1243081;139;*;ccc fin;comp;CDS;1243221;1244972;;0; deb;comp;CDS;1353398;1353895;118;*; ;;tRNA;1354014;1354091;49;*;cca deb;;CDS;1354141;1354437;10;*; ;;tRNA;1354448;1354524;443;*;aga fin;;CDS;1354968;1355213;;0; deb;comp;CDS;1370270;1370500;196;*; ;comp;tRNA;1370697;1370772;220;*;aac ;comp;tRNA;1370993;1371066;218;*;tgc fin;;CDS;1371285;1371941;;; deb;comp;CDS;1427443;1427733;236;*; ;comp;rRNA;1427970;1428085;134;*;116 ;comp;rRNA;1428220;1430966;267;*;2747 ;comp;tRNA;1431234;1431309;30;*;gca ;comp;tRNA;1431340;1431416;114;*;atc ;comp;rRNA;1431531;1433015;779;*;1485 fin;;CDS;1433795;1437778;;; deb;comp;CDS;1553335;1555176;116;*; ;comp;regulatory;1555293;1555405;204;*; fin;;CDS;1555610;1555798;;0; deb;comp;CDS;1576457;1577296;243;*; ;comp;tRNA;1577540;1577615;123;*;gaa fin;comp;CDS;1577739;1579538;;; deb;comp;CDS;1723089;1723457;344;*; ;comp;tRNA;1723802;1723878;164;*;gac ;comp;tRNA;1724043;1724117;106;*;gta fin;comp;CDS;1724224;1724496;;; deb;comp;CDS;1730385;1731719;91;*; ;comp;tRNA;1731811;1731895;173;*;cta fin;comp;CDS;1732069;1733634;;; deb;comp;CDS;1733741;1735207;129;*; ;comp;tRNA;1735337;1735412;109;*;cac ;comp;tRNA;1735522;1735597;337;*;cac fin;;CDS;1735935;1736273;;; deb;comp;CDS;1819331;1820473;69;*; ;comp;regulatory;1820543;1820640;161;*; fin;;CDS;1820802;1821179;;0; deb;comp;CDS;1862505;1863443;95;*; ;;tmRNA;1863539;1863915;31;*; fin;;CDS;1863947;1864516;;; deb;;CDS;1951126;1951752;149;*; ;;tRNA;1951902;1951987;74;*;tac fin;comp;CDS;1952062;1952424;;; deb;;CDS;1996903;1997244;595;*; ;comp;tRNA;1997840;1997914;131;*;atgj fin;comp;CDS;1998046;1999179;;; deb;;CDS;2086487;2088658;156;*; ;comp;tRNA;2088815;2088889;234;*;gtc fin;;CDS;2089124;2090002;;; deb;comp;CDS;2281336;2282022;151;*; ;comp;regulatory;2282174;2282326;63;*; fin;comp;CDS;2282390;2284078;;0; deb;comp;CDS;2303404;2303880;414;*; ;comp;tRNA;2304295;2304377;187;*;tta fin;;CDS;2304565;2304732;;0; deb;;CDS;2482875;2484518;365;*; ;comp;tRNA;2484884;2484974;120;*;tcc fin;comp;CDS;2485095;2485898;;0; deb;;CDS;2526814;2528505;73;*; ;;regulatory;2528579;2528683;49;*; fin;;CDS;2528733;2529680;;1; deb;comp;CDS;2640759;2641325;149;*; ;;tRNA;2641475;2641549;688;*;ggc fin;;CDS;2642238;2642915;;; deb;comp;CDS;2764482;2765567;659;*; ;comp;tRNA;2766227;2766300;35;*;ggg fin;comp;CDS;2766336;2766995;;0; deb;;CDS;2781933;2783774;187;*; ;comp;rRNA;2783962;2784077;134;*;116 ;comp;rRNA;2784212;2786958;256;*;2747 ;comp;tRNA;2787215;2787290;30;*;gca ;comp;tRNA;2787321;2787397;114;*;atc ;comp;rRNA;2787512;2789006;496;*;1495 fin;comp;CDS;2789503;2790207;;; deb;;CDS;2843264;2843443;77;*; ;comp;tRNA;2843521;2843597;170;*;cgt fin;;CDS;2843768;2844268;;0; deb;comp;CDS;2886497;2887705;76;*; ;comp;regulatory;2887782;2887861;126;*; fin;;CDS;2887988;2888500;;; </pre> ====abqp données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_données_intercalaires|abqp données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abqp;fx;fc;abqp;fx40;fc40;abqp;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;30;394;228;16s tRNA;;atc ;0;10;35;82;1;7;10;-2;1;0;123;161;2* 114;; 1;0;20;32;85;2;0;10;-3;0;0;231;382;100;; ;0;30;28;64;3;2;10;-4;1;143;205;199;tRNA 23s;;gca 1;0;40;5;60;4;3;10;-5;0;0;136;246;2* 256;; ;0;50;16;34;5;2;7;-6;0;0;209;19;255;; ;0;60;13;39;6;3;8;-7;0;4;79;197;5s tRNA;; ;0;70;14;41;7;4;8;-8;1;11;166;177;2* 96;;atgf ;1;80;16;38;8;1;7;-9;0;0;98;137;tRNA tRNA;;intra ;0;90;9;28;9;2;6;-10;1;1;308;94;3* 30;;atc gca 1;1;100;15;40;10;11;6;-11;2;12;;418;tRNA tRNA;; ;0;110;15;33;11;2;14;-12;1;0;;247;29;;ctg ;0;120;14;24;12;4;6;-13;0;2;;135;**;;gcc ;1;130;15;23;13;9;15;-14;0;3;;351;4;;aac 2;1;140;17;32;14;0;12;-15;0;1;;213;**;;gac ;0;150;21;29;15;2;5;-16;1;2;;32;1;;acc ;0;160;13;30;16;3;10;-17;1;3;CDS 16s;;99;;gcg 1;1;170;20;25;17;2;6;-18;0;0;444;734;44;;gac 1;0;180;11;15;18;3;9;-19;0;1;;472;1;;gtc ;0;190;14;17;19;4;6;-20;0;1;;643;**;;cag 2;0;200;8;17;20;3;2;-21;0;0;5s CDS;;;; ;2;210;9;16;21;5;8;-22;0;1;-;193;;; 1;0;220;12;19;22;5;5;-23;1;3;23s CDS;;;; 1;0;230;6;10;23;4;5;-24;0;0;-;151;;; ;1;240;8;11;24;1;6;-25;0;1;23s 5s;;;; 2;0;250;14;6;25;3;6;-26;1;4;2* 134;;;; ;0;260;8;7;26;0;8;-27;0;0;133;;;; ;0;270;8;3;27;4;7;-28;1;1;;;;; ;0;280;8;6;28;3;7;-29;0;3;;;;; ;0;290;7;5;29;2;7;-30;0;0;;;;; ;0;300;6;6;30;1;5;-31;1;0;;;;; ;1;310;4;4;31;2;9;-32;1;0;;;;; ;0;320;5;3;32;0;7;-33;1;0;;;;; ;0;330;4;6;33;2;5;-34;0;0;;;;; ;0;340;5;6;34;0;4;-35;0;0;;;;; ;0;350;6;0;35;0;11;-36;0;0;;;;; 1;0;360;4;2;36;0;5;-37;1;0;;;;; ;0;370;1;3;37;0;1;-38;0;0;;;;; ;0;380;1;1;38;0;8;-39;0;0;;;;; 1;0;390;1;3;39;0;5;-40;0;0;;;;; ;1;400;5;0;40;1;5;-41;1;0;;;;; 1;0;reste;43;46;reste;396;628;-42;0;0;;;;; 16;10;total;497;921;total;497;921;-43;1;0;;;;; 15;10;diagr;453;873;diagr;100;291;-44;1;0;;;;; 1;0; t30;95;231;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;496;26;1;523;;;-49;0;1;;;;; ;c;919;235;2;1156;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1679;65;;reste;6;7;;;;; ;;;;;;1744;;total;26;235;;;;; </pre> =====abqp autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_autres_intercalaires_aas|abqp autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abqp;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;115594;115896;394;*; ;comp;tRNA;116291;116367;96;*;atgf ;comp;rRNA;116464;116579;134;*;116 ;comp;rRNA;116714;119460;256;*;2747 ;comp;tRNA;119717;119792;30;*;gca ;comp;tRNA;119823;119899;114;*;atc ;comp;rRNA;120014;121498;734;*;1485 fin;;CDS;122233;123597;;0; deb;;CDS;138420;138878;54;*; ;;regulatory;138933;139152;115;*; fin;;CDS;139268;141196;;; deb;comp;CDS;217550;218176;123;*; ;comp;tRNA;218300;218386;228;*;ctg fin;;CDS;218615;219604;;; deb;comp;CDS;241293;242384;76;*; ;comp;regulatory;242461;242590;232;*; fin;comp;CDS;242823;243398;;; deb;comp;CDS;300477;301733;472;*; ;;rRNA;302206;303690;114;*;1485 ;;tRNA;303805;303881;30;*;atc ;;tRNA;303912;303987;256;*;gca ;;rRNA;304244;306990;134;*;2747 ;;rRNA;307125;307240;96;*;116 ;;tRNA;307337;307413;161;*;atgf fin;comp;CDS;307575;307805;;0; deb;;CDS;353736;354107;193;*; ;;regulatory;354301;354527;305;*; fin;;CDS;354833;355231;;; deb;comp;CDS;358353;360380;175;*; ;;regulatory;360556;360807;103;*; fin;;CDS;360911;361297;;0; deb;;CDS;366313;366825;113;*; ;;regulatory;366939;367191;109;*; fin;;CDS;367301;369220;;; deb;comp;CDS;466493;467710;231;*; ;comp;tRNA;467942;468031;205;*;tca fin;comp;CDS;468237;468809;;; deb;;CDS;512242;512790;136;*; ;;tRNA;512927;513002;209;*;aaa fin;;CDS;513212;514036;;; deb;;CDS;931813;933912;79;*; ;;tRNA;933992;934066;382;*;caa fin;comp;CDS;934449;935270;;; deb;comp;CDS;948715;949743;199;*; ;;tRNA;949943;950016;246;*;cag fin;comp;CDS;950263;950616;;; deb;;CDS;970933;972006;19;*; ;comp;tRNA;972026;972119;197;*;agc fin;;CDS;972317;972550;;0; deb;comp;CDS;1161686;1162450;290;*; ;;regulatory;1162741;1162957;38;*; fin;;CDS;1162996;1164069;;; deb;comp;CDS;1302373;1303350;166;*; ;comp;tRNA;1303517;1303592;98;*;ttc fin;comp;CDS;1303691;1303876;;; deb;;CDS;1349865;1350929;151;*; ;comp;rRNA;1351081;1353827;269;*;2747 ;comp;rRNA;1354097;1355591;643;*;1495 fin;;CDS;1356235;1356726;;; deb;comp;CDS;1441708;1443042;177;*; ;;tRNA;1443220;1443294;1;*;acc ;;tRNA;1443296;1443371;99;*;gcg ;;tRNA;1443471;1443547;44;*;gac ;;tRNA;1443592;1443666;1;*;gtc ;;tRNA;1443668;1443741;137;*;cag fin;comp;CDS;1443879;1444727;;; deb;;CDS;1566394;1566612;193;*; ;comp;rRNA;1566806;1566921;133;*;116 ;comp;rRNA;1567055;1569801;255;*;2747 ;comp;tRNA;1570057;1570132;30;*;gca ;comp;tRNA;1570163;1570239;100;*;atc ;comp;rRNA;1570340;1571834;444;*;1495 fin;comp;CDS;1572279;1572707;;; deb;;CDS;1722755;1724962;94;*; ;comp;tRNA;1725057;1725143;418;*;ctc fin;;CDS;1725562;1726311;;; deb;;CDS;1757680;1760568;308;*; ;;tRNA;1760877;1760963;29;*;ctg ;;tRNA;1760993;1761068;247;*;gcc fin;comp;CDS;1761316;1761840;;0; deb;;CDS;1854042;1855049;135;*; ;comp;tRNA;1855185;1855259;351;*;ggc fin;;CDS;1855611;1858685;;0; deb;comp;CDS;1883235;1883813;213;*; ;;tRNA;1884027;1884102;4;*;aac ;;tRNA;1884107;1884183;32;*;gac fin;comp;CDS;1884216;1884821;;; </pre> ===abs=== ====abs opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_opérons|abs opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;abs;;genome;;;;;;;;; 68.45%GC;10.1.20 Paris;16s 5 ;80 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; comp;16414..16980;;cds;;163;163;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;17144..17218;;ggc;;670;*670;;;;;;* ;17889..18566;;cds;;;;;;226;;demethylmenaquinone methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;84790..85017;;cds;;114;114;;;76;;osmotically-inducible lipoprotein B;* comp;85132..85205;;ggg;;35;35;;;;;;* comp;85241..85900;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;93530..94258;;cds;;60;60;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;* comp;94319..94395;;agg;;175;175;;;;;;* ;94571..96262;;cds;;;;;;564;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;131833..132117;;cds;;206;206;;;95;;YggT family protein;* ;132324..132399;;gcg;;140;140;;;;;;* comp;132540..133586;;cds;;;;;;349;;DMT family transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;483582..484082;;cds;;170;170;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;* ;484253..484329;;cgt;;77;77;;;;;;* comp;484407..484586;;cds;;;;;;60;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;536869..537573;;cds;;495;*495;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;* ;538069..539152;;16s’;@1;189;;;;1084;;;* ;539342..540019;;23s°;;127;;;;678;;;* ;540147..540262;;5s;;153;153;;;116;;;* comp;540416..542290;;cds;;;;;;*625;;GGDEF domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;600048..601079;;cds;;79;79;;;344;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;601159..601233;;acg;;81;81;;;;;;* comp;601315..603243;;cds;;;;;;*643;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;656242..656520;;cds;;169;169;;;93;;hp;* comp;656690..656765;;gcc;;141;141;;;;;;* comp;656907..657305;;cds;;;;;;133;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;864141..864458;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;* ;864668..864757;;tcg;;79;79;;;;;;* comp;864837..865679;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;927651..927896;;cds;;392;*392;;;82;;hp;* ;928289..928371;;tta;;175;175;;;;;;* ;928547..929164;;cds;;;;;;206;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1148345..1149223;;cds;;234;234;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;1149458..1149532;;gtc;;106;106;;;;;;* comp;1149639..1151516;;cds;;;;;;*626;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1243974..1245108;;cds;;131;131;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;1245240..1245314;;atgj;;354;*354;;;;;;* comp;1245669..1246637;;cds;;;;;;323;;NAD(+) diphosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1279875..1280237;;cds;;74;74;;;121;;hp;* comp;1280312..1280397;;tac;;148;148;;;;;;* comp;1280546..1281172;;cds;;;;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1500772..1501110;;cds;;338;338;;;113;;P-II family nitrogen regulator;* ;1501449..1501524;;cac;+;109;;109;;;;;* ;1501634..1501709;;cac;2 cac;129;129;;;;;;* ;1501839..1503305;;cds;;106;106;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;* ;1503412..1504977;;cds;;173;173;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;1505151..1505235;;cta;;91;91;;;;;;* ;1505327..1506661;;cds;;;;;;445;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1511745..1512017;;cds;;105;105;;;91;;HU family DNA-binding protein;* ;1512123..1512197;;gta;;163;;163;;;;;* ;1512361..1512437;;gac;;344;344;;;;;;* ;1512782..1513150;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;;* ;1657596..1659397;;cds;;123;123;;;*601;;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;1659521..1659596;;gaa;;234;234;;;;;;* ;1659831..1660671;;cds;;;;;;280;;aldo/keto reductase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1808199..1808735;;cds;;79;79;;;179;;hp;* ;1808815..1808892;;cca;;49;49;;;;;;* ;1808942..1809238;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;* ;1809249..1809325;;aga;;442;*442;;;;;;* ;1809768..1810013;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1825075..1825305;;cds;;210;210;;;77;;hp;* comp;1825516..1825591;;aac;@2;219;;219;;;;;* comp;1825811..1825884;;tgc;;217;217;;;;;;* ;1826102..1826758;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1878424..1878714;;cds;;244;244;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;1878959..1879074;;5s;;123;;;;116;;;* comp;1879198..1881950;;23s;;272;;;;2753;;;* comp;1882223..1882298;;gca;;32;;;32;;;;* comp;1882331..1882407;;atc;;110;;;;;;;* comp;1882518..1883224;;16s°;;100;100;;;707;;;* <comp;1883325..1883763;;cds;;;;;;146;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1896604..1897080;;cds;;192;192;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* comp;1897273..1897347;;acc;;162;162;;;;;;* comp;1897510..1899495;;cds;;;;;;*662;;polysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2032701..2033588;;cds;;165;165;;;296;;DUF3108 domain-containing protein;* ;2033754..2033828;;gtg;+;132;;132;;;;;* ;2033961..2034035;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;* ;2034267..2034431;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2113098..2113601;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;* ;2113687..2113763;;ccc;;140;140;;;;;;* comp;2113904..2115682;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2163405..2167388;;cds;;775;*775;;;*1328;;non-ribosomal peptide synthetase;* ;2168164..2168552;;16s°;;100;;;;389;;;* comp;2168653..2169323;;16s°;;522;*522;;;671;;;* comp;2169846..2170325;;cds;;;;;;160;;DUF2141 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2176963..2177427;;cds;;107;107;;;155;;membrane protein;* comp;2177535..2177610;;gcc;;30;;30;;;;;* comp;2177641..2177727;;ctg;;135;135;;;;;;* comp;2177863..2180208;;cds;;;;;;*782;;mechanosensitive ion channel;* ;;;;;;;;;;;;* ;2233677..2234435;;cds;;92;92;;;253;;hp;* comp;2234528..2234603;;gag;+;38;;38;;;;;* comp;2234642..2234717;;gag;2 gag;68;68;;;;;;* comp;2234786..2235836;;cds;;;;;;350;;p-low specificity L-threonine aldolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2293087..2293593;;cds;;211;211;;;169;;hp;* ;2293805..2293881;;cgt;;137;137;;;;;;* ;2294019..2294495;;cds;;5;5;;;159;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;2294501..2294576;;atgi;;145;145;;;;;;* comp;2294722..2296683;;cds;;;;;;*654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;;* ;2372946..2373401;;cds;;86;86;;;152;;MaoC family dehydratase;* comp;2373488..2373563;;aag;+;74;;74;;;;;* comp;2373638..2373713;;aag;2 aag;309;309;;;;;;* ;2374023..2375549;;cds;;;;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2418203..2418400;;cds;;69;69;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2418470..2418545;;tgg;;152;152;;;;;;* comp;2418698..2419888;;cds;;81;81;;;397;;elongation factor Tu;* comp;2419970..2420043;;gga;;60;;60;;;;;* comp;2420104..2420189;;tac;;144;144;;;;;;* ;2420334..2421188;;cds;;91;91;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;2421280..2421355;;aca;;137;137;;;;;;* ;2421493..2423187;;cds;;;;;;565;;site-specific integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2561207..2562223;;cds;;109;109;;;339;;farnesyltranstransferase;* ;2562333..2562409;;ccg;+;205;;205;;;;;* ;2562615..2562691;;ccg;2 ccg;136;136;;;;;;* ;2562828..2563241;;cds;;;;;;138;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2680406..2680930;;cds;;140;140;;;175;;disulfide bond formation protein B;* ;2681071..2681157;;ttg;;162;162;;;;;;* ;2681320..2681715;;cds;;;;;;132;;cupin domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2856509..2858152;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;* comp;2858518..2858608;;tcc;;118;118;;;;;;* comp;2858727..2859530;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;* plasmide1;;;@3;;;;;;;;;* ;198109..199200;;cds;;84;84;;;364;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;199285..199360;;aaa;;135;135;;;;;;* comp;199496..200044;;cds;;;;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;243776..244348;;cds;;205;205;;;191;;hp;* ;244554..244643;;tca;;143;143;;;;;;* ;244787..245683;;cds;;;;;;299;;diguanylate cyclase;* ;;;;;;;;;;;;* ;338004..339383;;cds;;116;116;;;460;;hp;* comp;339500..339586;;ctc;;257;257;;;;;;* comp;339844..340836;;cds;;;;;;331;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;364473..365501;;cds;;200;200;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;365702..365775;;cag;;746;*746;;;;;;* ;366522..367214;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;474173..477079;;cds;;298;298;;;*969;;PAS domain-containing protein;* ;477378..477464;;ctg;;30;;30;;;;;* ;477495..477570;;gcc;;238;238;;;;;;* ;477809..478123;;cds;;;;;;105;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;599223..600230;;cds;;245;245;;;336;;inorganic phosphate transporter;* comp;600476..600550;;ggc;;351;*351;;;;;;* ;600902..602071;;cds;;;;;;390;;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;629856..631229;;cds;;154;154;;;458;;tetratricopeptide repeat protein;* ;631384..631458;;acc;;1;;1;;;;;* ;631460..631535;;gcg;;99;;99;;;;;* ;631635..631711;;gac;;35;;35;;;;;* ;631747..631821;;gtc;;1;;1;;;;;* ;631823..631896;;cag;;153;153;;;;;;* ;632050..632259;;cds;;;;;;70;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;699265..699846;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;* ;700057..700132;;aac;;4;;4;;;;;* ;700137..700213;;gac;;32;32;;;;;;* comp;700246..700851;;cds;;;;;;202;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;909530..909766;;cds;;153;153;;;79;;hp;* comp;909920..910035;;5s;;127;;;;116;;;* comp;910163..912915;;23s;;271;;;;2753;;;* comp;913187..913262;;gca;;30;;;30;;;;* comp;913293..913369;;atc;;110;;;;;;;* comp;913480..914970;;16s;;486;*486;;;1491;;;* ;915457..916713;;cds;;;;;;419;;exonuclease subunit SbcD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;998160..999149;;cds;;229;229;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;999379..999465;;ctg;;123;123;;;;;;* ;999589..1000215;;cds;;;;;;209;;ribonuclease D;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1098197..1098655;;cds;;675;*675;;;153;;MarR family transcriptional regulator;* ;1099331..1100821;;16s;;107;;;;1491;;;* ;1100929..1101005;;atc;;31;;;31;;;;* ;1101037..1101112;;gca;;271;;;;;;;* ;1101384..1104136;;23s;;147;147;;;2753;;;* comp;1104284..1105390;;cds;;;;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1157171..1157356;;cds;;98;98;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;1157455..1157530;;ttc;;178;178;;;;;;* ;1157709..1158686;;cds;;;;;;326;;alpha-(1,3)-fucosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1394614..1396740;;cds;;453;*453;;;*709;;PAS domain S-box protein;* ;1397194..1397287;;agc;;52;52;;;;;;* comp;1397340..1397858;;cds;;;;;;173;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1399009..1399830;;cds;;301;301;;;274;;hp;* comp;1400132..1400206;;caa;;79;79;;;;;;* comp;1400286..1402379;;cds;;;;;;*698;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1577667..1578095;;cds;;457;*457;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;* ;1578553..1580043;;16s;;110;;;;1491;;;* ;1580154..1580230;;atc;;31;;;31;;;;* ;1580262..1580337;;gca;;269;;;;;;;* ;1580607..1581986;;23s°;;100;;;;1380;;;* ;1582087..1582616;;23s°;;123;;;;530;;;* ;1582740..1582855;;5s;;100;;;;116;;;* ;1582956..1583032;;atgf;;706;*706;;;;;;* ;1583739..1585157;;cds;;;;;;473;;pyruvate kinase;* plasmide2;;;;;;;;;;;;* ;271302..272090;;cds;;529;*529;;;263;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;272620..272695;;tgg;;480;*480;;;;;;* ;273176..273922;;cds;;;;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;449562..450338;;cds;;465;*465;;;259;;IclR family transcriptional regulator;* ;450804..452289;;16s;;584;;;;1486;;;* ;452874..453640;;23s°;;128;;;;767;;;* ;453769..453884;;5s;;101;;;;116;;;* ;453986..454062;;atgf;;359;*359;;;;;;* comp;454422..457751;;cds;;;;;;*1110;;NERD domain-containing protein;* plasmide4;;;;;;;;;;;;* >comp;131140..131621;;cds;;193;193;;;161;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;* ;131815..131891;;atgf;;202;202;;;;;;* comp;132094..132276;;cds;;;;;;61;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;197300..198643;;cds;;738;*738;;;448;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;199382..199953;;16s°;;193;;;;572;;;* ;200147..200223;;atgf;;437;*437;;;;;;* comp;200661..202571;;cds;;;;;;*637;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;246777..248687;;cds;;208;208;;;*637;;RNA-directed DNA polymerase;* comp;248896..248972;;cgg;;96;96;;;;;;* comp;249069..249983;;cds;;;;;;305;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;319641..319943;;cds;;134;134;;;101;;STAS domain-containing protein;* comp;320078..320164;;ctc;;125;125;;;;;;* ;320290..321018;;cds;;;;;;243;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* comp;401067..402227;;cds;;281;281;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;* comp;402509..402624;;5s;;129;;;;116;;;* comp;402754..403402;;23s°;;106;;;;649;;;* comp;403509..403880;;16s°;;502;*502;;;372;;;* comp;404383..404577;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;501394..501756;;cds;;95;95;;;121;;response regulator;* ;501852..501927;;aac;;4;;4;;;;;* ;501932..502008;;gac;;4;;4;;;;;* ;502013..502087;;ggc;;102;102;;;;;;* comp;502190..502957;;cds;;;;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;503041..503667;;cds;;249;249;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;* comp;503917..504474;;16s°;;547;*547;;;558;;;* ;505022..506005;;cds;;;;;;328;;lytic transglycosylase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;601019..603679;;cds;;358;*358;;;*887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;* ;604038..604113;;ttc;;318;318;;;;;;* >;604432..605613;;cds;;;;;;394;;site-specific integrase;* plasmide6;;;;;;;;;;;;* ;88804..89472;;cds;;397;*397;;;223;;RraA family protein;* ;89870..89944;;ggc;;249;249;;;;;;* ;90194..91186;;cds;;;;;;331;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);* </pre> ====abs cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_cumuls|abs cumuls]] <pre> abs cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300; avec rRNA;opérons;10;1;2;;1;0;1;;100;18;1;0 ;16atcgca235;1;20;3;;50;5;40;;200;29;30;0 ;Id-23s°-atgf;1;40;4;4;100;22;80;;300;26;60;3 ;1623s°5atgf;1;60;1;;150;29;120;;400;20;90;10 ;max a;3;80;1;;200;18;160;;500;7;120;9 ;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;6;150;8 ;autres;7;120;1;;300;3;240;;700;9;180;13 ;total aas;10;140;1;;350;5;280;;800;2;210;9 sans ;opérons;51;160;0;;400;7;320;;900;1;240;6 ;1 aa;39;180;1;;450;2;360;;1000;1;270;8 ;max a;5;200;0;;500;6;400;;1100;0;300;7 ;a doubles;5;;2;;;10;;;;2;;48 ;total aas;67;;17;4;;125;;0;;121;;121 total aas;;;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;71;31;;221;;;;308;; ;;;variance;72;1;;168;;;;230;; sans jaune;;;moyenne;;;;151;;;;242;;166 ;;;variance;;;;72;;;;137;;72 </pre> ====abs blocs==== =====abs blocs abrégé===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_abrégé|abs blocs abrégé]] <pre> abs abq;;; abrégé;nom;; 23s RlmB;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;;* 50s L21;50S ribosomal protein L21;;* AAA fam;AAA family ATPase;;* ab hydrolase;alpha/beta hydrolase;;* ab hydrolase f;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;;* AG cyclase;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;;* ak reductase;aldo/keto reductase;;* ATP bind;ATP-binding cassette domain-containing protein;;* bacteriofer;bacterioferritin;;* bif CoA;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;;* bif NAD;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;;* chemotaxis p;methyl-accepting chemotaxis protein;;* cupin dom;cupin domain-containing protein;;* cyclicN bind;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;;* diG cyclase;diguanylate cyclase;;* dip ABC;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;;* disulfide;disulfide bond formation protein B;;* DMT fam;DMT family transporter;;* DUF1489;DUF1489 domain-containing protein;;* DUF2141;DUF2141 domain-containing protein;;* DUF3108;DUF3108 domain-containing protein;;* DUF3618;DUF3618 domain-containing protein;;* EAL & GGDEF;EAL and GGDEF domain-containing protein;;* elonga Tu;elongation factor Tu;;* ETC complex;ETC complex I subunit;;* exo SbcD;exonuclease subunit SbcD;;* FAD bind;FAD-binding oxidoreductase;;* FadR fam;FadR family transcriptional regulator;;* farnesyl;farnesyltranstransferase;;* fucosyl;alpha-1,3-fucosyltransferase;;* GGDEF dom;GGDEF domain-containing protein;;* glycosyl;glycosyltransferase;;* GNAT fam;GNAT family N-acetyltransferase;;* gyrase YacG;DNA gyrase inhibitor YacG;;* Hase HypA;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;;* helicas RecQ;DNA helicase RecQ;;* HU bind;HU family DNA-binding protein;;* Hx-t-Hx;helix-turn-helix transcriptional regulator;;* Hx-t-Hx dom;helix-turn-helix domain-containing protein;;* IclR fam;IclR family transcriptional regulator;;* inorganic P;inorganic phosphate transporter;;* IS3 fam;IS3 family transposase;;* IS5 fam;IS5 family transposase;;* L-iso-Asp;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;;* lipoyl LipB;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;;* low Thr;low specificity L-threonine aldolase;;* lytic dom;lytic transglycosylase domain-containing protein;;* malate G;malate synthase G;;* malonyl CoA;malonyl-CoA decarboxylase;;* MaoC fam;MaoC family dehydratase;;* MarR fam;MarR family transcriptional regulator;;* mecano ion;mechanosensitive ion channel;;* membrane p;membrane protein;;* menaquinone;dimethylmenaquinone methyltransferase;;* MerR fam;MerR family transcriptional regulator;;* methyl trans;methyltransferase domain-containing protein;;* N-acetyl trans;N-acetyltransferase;;* N-formyl Glu;N-formylglutamate amidohydrolase;;* NAD diP;NAD(+) diphosphatase;;* NADH-quinone;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;;* NDUFA9;complex I NDUFA9 subunit family protein;;* NERD dom;NERD domain-containing protein;;* nitrogen NifQ;nitrogen fixation protein NifQ;;* non ribosom;non-ribosomal peptide synthetase;;* osmose LipB;osmotically-inducible lipoprotein B;;* p-ATP-bind;p-ATP-binding protein;;* p-erythrose;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;;* P-II nitrogen;P-II family nitrogen regulator;;* p-IS5/IS1182;P-IS5/IS1182 family transposase;;* p-low Thr;p-low specificity L-threonine aldolase;;* p-ssDNA exo;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;* pantetheine;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;;* PAP2 fam;phosphatase PAP2 family protein;;* PAS dom;PAS domain-containing protein;;* PAS kinase;PAS domain-containing sensor histidine kinase;;* PAS S-box;PAS domain S-box protein;;* peptido fam;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;* peptido Pal;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;;* polymerase;RNA-directed DNA polymerase;;* polysacchard;polysaccharide biosynthesis protein;;* Ppx/GppA;Ppx/GppA family phosphatase;;* PQQ;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;;* Prolyl-tRNA;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;;* pyridoxamine;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;;* pyruvate kin;pyruvate kinase;;* recombinase;recombinase family protein;;* response reg;response regulator;;* restriction end;restriction endonuclease;;* ribonucleaseD;ribonuclease D;;* RraA fam;RraA family protein;;* SDR fam;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;;* sigma RpoD;RNA polymerase sigma factor RpoD;;* sigma-70 fam;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;;* SLT dom;transglycosylase SLT domain-containing protein;;* ss integrase;site-specific integrase;;* Ss-DNA;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;* STAS dom;STAS domain-containing protein;;* subunit SecE;preprotein translocase subunit SecE;;* tetratricopep;tetratricopeptide repeat protein;;* TIGR02300;TIGR02300 family protein;;* trigger factor;trigger factor;;* tRNA MnmA;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;;* Tyr rec/int;tyrosine-type recombinase/integrase;;* UDP-N-acetyl;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);;* xanthine;xanthine phosphoribosyltransferase;;* YggT fam;YggT family protein;;* YkgJ fam;YkgJ family cysteine cluster protein;;* </pre> =====abs blocs tableau===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_tableau|abs blocs tableau]] <pre> abs blocs;;;;;;;;;;; gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé cds;486;419;SbcD;cds;100;146;P-eryt;cds;675;153;MarR 16s;110;1491;;16s°;110;707;;16s;107;1491; atc;30;;;atc;32;;;atc;31;; gca;271;;;gca;272;;;gca;271;; 23s;127;2753;;23s;123;2753;;23s;147;2753; 5s;153;116;;5s;244;116;;cds;;369;GNAT cds;;79;hp;cds;;97;YkgJ;;;; ;;;;;;;;;;; cds;457;143;DUF1489;;;;;;;; 16s;110;1491;;;;;;;;; atc;31;;;;;;;;;; gca;269;;;;;10 cds < 259 sur 20;;;;; 23s°;100;1380;;;;Dont 2 hp + 1 p;;;;; 23s°;123;530;;;;;;;;; 5s;100;116;;;;;;;;; atgf;706;;;;;;;;;; cds;;473;pyruvat;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; cds;465;259;IclR;cds;502;65;hp;cds;495;235;PAP2 16s;584;1486;;16s°;106;372;;16s’;189;1084; 23s°;128;767;;23s°;129;649;;23s°;127;678; 5s;101;116;;5s;281;116;;5s;153;116; atgf;359;;;cds;;387;PQQ;cds;;625;GGDEF cds;;1110;NERD;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; 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(d'où?) 3 fois <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;gtRNAdb;;;;; ;abs;genome;;;;;;;;;abq;genome;;;; 68.45%GC;10.1.20 Paris;80 aas;intercalaires;cdsa;protéines;;;;;68.45%GC;29.12.19 Paris;88 aas;intercalaires;cdsa;protéines; Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;chromosome;;;;;; ;2856509..2858152;cds;365;548;recombinase;* CHA1;;* comp;;;2482875..2484518;cds;365;548;recombinase;* CHA1 comp;2858518..2858608;tcc;118;;;*;;* hp caracter;;comp;2484884..2484974;tcc;120;;;* comp;2858727..2859530;cds;;268;ab hydrolase;* ;;* modif;;comp;2485095..2485898;cds;;268;ab hydrolase;* ;;;;;;;;* déplacé;;;;;;;;* comp;16414..16980;cds;163;189;Prolyl-tRNA;* ;;* d’où?;;comp;2640759..2641325;cds;149;189;Prolyl-tRNA;* ;17144..17218;ggc;670;;;*;;* recomb;;;2641475..2641549;ggc;688;;;* ;17889..18566;cds;;226;menaquinone;*;;* insertion;;;2642238..2642915;cds;;226;menaquinone;* ;;;;;;*;;* bloc?;;;;;;;;* ;84790..85017;cds;114;76;@osmose LipB;* comp;;* réunion;;comp;2764482..2765567;cds;659;362;@hp;* comp;85132..85205;ggg;35;;;*;;* recombi;;comp;2766227..2766300;ggg;35;;;* comp;85241..85900;cds;;220;N-acetyl trans;*;;;;comp;2766336..2766995;cds;;220;N-acetyl trans;* ;;;;;;;;;;;;;;;; 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ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;cac2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;ccg2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;gag2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;gtg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;;gtc;1;gcc;2;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;ggc;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;3 1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;1 >1aa;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total abs;;39;;;;;;;abs;20;;;;;;20;;abs;10;;;;;;10;;abs;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====abs données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_données_intercalaires|abs données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abs;fx;fc;abs;fx40;fc40;abs;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;55;670;163;tRNA 23s;; 1;1;10;65;167;1;4;12;-2;1;0;35;114;272;;gca ;0;20;41;134;2;1;18;-3;0;0;60;175;tRNA tRNA;;contig ;0;30;61;89;3;13;20;-4;3;194;81;206;32;;atc gca ;1;40;24;76;4;13;21;-5;0;0;169;140;tRNA tRNA;; ;1;50;27;62;5;2;24;-6;1;0;141;170;109;;cac ;1;60;25;63;6;14;9;-7;1;4;175;77;**;;cac ;2;70;16;52;7;9;14;-8;0;23;131;79;163;;gta 5;0;80;34;64;8;1;17;-9;0;0;148;209;**;;gac 1;3;90;28;70;9;6;11;-10;1;2;129;79;219;;aac 1;2;100;32;71;10;2;21;-11;0;7;173;187;**;;tgc 2;2;110;29;52;11;3;20;-12;0;0;91;234;132;;gtg 1;1;120;22;59;12;5;13;-13;0;3;105;106;**;;gtg ;2;130;24;59;13;4;23;-14;0;4;344;354;30;;gcc 3;5;140;25;54;14;4;15;-15;1;0;123;74;**;;ctg 1;3;150;21;52;15;4;17;-16;0;1;234;338;38;;gag ;1;160;29;37;16;4;9;-17;4;2;49;79;**;;gag 3;3;170;30;36;17;1;6;-18;0;1;10;217;74;;aag 1;2;180;24;43;18;5;6;-19;1;1;442;192;**;;aag 1;0;190;19;35;19;9;13;-20;1;4;210;165;60;;gga 1;0;200;17;34;20;2;12;-21;0;1;162;140;**;;tac 2;1;210;13;17;21;12;5;-22;0;0;231;107;205;;ccg 2;0;220;23;23;22;12;7;-23;2;3;85;92;**;;ccg ;0;230;13;22;23;3;7;-24;1;0;135;211;;; 1;2;240;13;15;24;9;11;-25;1;2;68;5;;; ;0;250;17;15;25;6;11;-26;0;2;134;86;;; ;0;260;9;15;26;0;9;-27;0;0;145;309;;; ;0;270;18;18;27;5;10;-28;0;0;69;144;;; ;0;280;10;11;28;6;12;-29;5;1;152;140;;; ;0;290;9;10;29;2;9;-30;0;0;81;365;;; ;0;300;10;7;30;6;8;-31;1;2;91;;;; 1;0;310;6;10;31;1;11;-32;1;0;137;;;; ;0;320;7;9;32;1;7;-33;0;0;109;;;; ;0;330;10;3;33;4;10;-34;0;0;136;;;; 1;0;340;11;2;34;4;5;-35;1;1;162;;;; ;1;350;4;2;35;4;6;-36;0;0;118;;;; 1;0;360;5;5;36;1;5;-37;0;0;23s 5s;;;; 1;0;370;8;7;37;6;8;-38;1;0;128;;;; ;0;380;2;3;38;1;8;-39;0;0;5s CDS;;;; ;0;390;4;2;39;2;10;-40;0;0;244;153;;; ;0;400;6;4;40;0;6;-41;0;0;;;;; ;2;reste;90;55;reste;690;1098;-42;0;0;;;;; 30;36;total;883;1570;total;883;1570;-43;0;0;;;;; 30;34;diagr;791;1509;diagr;191;466;-44;0;0;;;;; 1;1; t30;167;390;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;881;34;2;917;;;-49;1;0;;;;; ;c;1564;324;6;1894;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;2811;110;;reste;3;11;;;;; ;;;;;;2921;;total;34;324;;;;; </pre> =====abs autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_autres_intercalaires_aas|abs autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abs;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;16414;16980;163;*; ;;tRNA;17144;17218;670;*;ggc fin;;CDS;17889;18566;;; deb;;CDS;84790;85017;114;*; ;comp;tRNA;85132;85205;35;*;ggg fin;comp;CDS;85241;85900;;0; deb;comp;CDS;93530;94258;60;*; ;comp;tRNA;94319;94395;175;*;agg fin;;CDS;94571;96262;;0; deb;comp;CDS;131833;132117;206;*; ;;tRNA;132324;132399;140;*;gcg fin;comp;CDS;132540;133586;;; deb;comp;CDS;440193;440705;127;*; ;;regulatory;440833;440912;76;*; fin;;CDS;440989;442197;;; deb;comp;CDS;483582;484082;170;*; ;;tRNA;484253;484329;77;*;cgt fin;comp;CDS;484407;484586;;0; deb;;CDS;536869;537573;506;*; ;;misc_f;538080;538894;491;*; ;;misc_f;539386;539554;19;*; ;;misc_f;539574;539733;19;*; ;;misc_f;539753;540001;145;*; ;;rRNA;540147;540262;153;*;116 fin;comp;CDS;540416;542290;;0; deb;;CDS;600048;601079;79;*; ;comp;tRNA;601159;601233;81;*;acg fin;comp;CDS;601315;603243;;; deb;comp;CDS;656242;656520;169;*; ;comp;tRNA;656690;656765;141;*;gcc fin;comp;CDS;656907;657305;;0; deb;;CDS;815905;816444;135;*; ;;ncRNA;816580;816677;99;*; fin;;CDS;816777;818633;;; deb;comp;CDS;864141;864458;209;*; ;;tRNA;864668;864757;79;*;tcg fin;comp;CDS;864837;865679;;; deb;comp;CDS;927934;928101;187;*; ;;tRNA;928289;928371;175;*;tta fin;;CDS;928547;929164;;; deb;;CDS;946069;947757;64;*; ;;regulatory;947822;947974;151;*; fin;;CDS;948126;948812;;; deb;comp;CDS;1148345;1149223;234;*; ;;tRNA;1149458;1149532;106;*;gtc fin;comp;CDS;1149639;1151516;;; deb;;CDS;1244040;1245108;131;*; ;;tRNA;1245240;1245314;354;*;atgj fin;comp;CDS;1245669;1246637;;; deb;;CDS;1279875;1280237;74;*; ;comp;tRNA;1280312;1280397;148;*;tac fin;comp;CDS;1280546;1281172;;; deb;comp;CDS;1369782;1370351;31;*; ;comp;tmRNA;1370383;1370759;95;*; fin;;CDS;1370855;1371793;;; deb;comp;CDS;1414313;1414690;160;*; ;;regulatory;1414851;1414948;69;*; fin;;CDS;1415018;1416172;;; deb;comp;CDS;1500772;1501110;338;*; ;;tRNA;1501449;1501524;109;*;cac ;;tRNA;1501634;1501709;129;*;cac fin;;CDS;1501839;1503305;;; deb;;CDS;1503412;1504977;173;*; ;;tRNA;1505151;1505235;91;*;cta fin;;CDS;1505327;1506661;;; deb;;CDS;1511745;1512017;105;*; ;;tRNA;1512123;1512197;163;*;gta ;;tRNA;1512361;1512437;344;*;gac fin;;CDS;1512782;1513150;;; deb;;CDS;1657596;1659397;123;*; ;;tRNA;1659521;1659596;234;*;gaa fin;;CDS;1659831;1660671;;; deb;comp;CDS;1671855;1672043;204;*; ;;regulatory;1672248;1672360;116;*; fin;;CDS;1672477;1674318;;0; deb;comp;CDS;1808199;1808735;79;*; ;;tRNA;1808815;1808892;49;*;cca deb;;CDS;1808942;1809238;10;*; ;;tRNA;1809249;1809325;442;*;aga fin;;CDS;1809768;1810013;;0; deb;comp;CDS;1825075;1825305;210;*; ;comp;tRNA;1825516;1825591;219;*;aac ;comp;tRNA;1825811;1825884;217;*;tgc fin;;CDS;1826102;1826758;;; deb;comp;CDS;1878424;1878714;244;*; ;comp;rRNA;1878959;1879074;128;*;116 ;comp;rRNA;1879203;1881950;272;*;2748 ;comp;tRNA;1882223;1882298;32;*;gca ;comp;tRNA;1882331;1882407;129;*;atc ;comp;misc_f;1882537;1883185;139;*; fin;comp;CDS;1883325;1883763;;; deb;;CDS;1886482;1886796;13;*; ;;ncRNA;1886810;1886969;39;*; fin;;CDS;1887009;1887617;;; deb;;CDS;1896604;1897080;192;*; ;comp;tRNA;1897273;1897347;162;*;acc fin;comp;CDS;1897510;1899495;;; deb;comp;CDS;2032701;2033588;165;*; ;;tRNA;2033754;2033828;132;*;gtg ;;tRNA;2033961;2034035;231;*;gtg fin;;CDS;2034267;2034431;;; deb;;CDS;2113098;2113601;85;*; ;;tRNA;2113687;2113763;140;*;ccc fin;comp;CDS;2113904;2115682;;0; deb;comp;CDS;2163405;2167388;813;*; ;;misc_f;2168202;2168532;294;*; ;comp;misc_f;2168827;2169315;530;*; fin;comp;CDS;2169846;2170325;;; deb;;CDS;2176963;2177427;107;*; ;comp;tRNA;2177535;2177610;30;*;gcc ;comp;tRNA;2177641;2177727;135;*;ctg fin;comp;CDS;2177863;2180208;;0; deb;comp;CDS;2197944;2199056;175;*; ;comp;regulatory;2199232;2199345;72;*; fin;comp;CDS;2199418;2199663;;0; deb;;CDS;2233677;2234435;92;*; ;comp;tRNA;2234528;2234603;38;*;gag ;comp;tRNA;2234642;2234717;68;*;gag fin;comp;CDS;2234786;2235821;;; deb;comp;CDS;2293087;2293593;211;*; ;;tRNA;2293805;2293881;134;*;cgt deb;;CDS;2294016;2294495;5;*; ;comp;tRNA;2294501;2294576;145;*;atgi fin;comp;CDS;2294722;2296683;;; deb;;CDS;2372946;2373401;86;*; ;comp;tRNA;2373488;2373563;74;*;aag ;comp;tRNA;2373638;2373713;309;*;aag fin;;CDS;2374023;2375549;;1; deb;comp;CDS;2418203;2418400;69;*; ;comp;tRNA;2418470;2418545;152;*;tgg deb;comp;CDS;2418698;2419888;81;*; ;comp;tRNA;2419970;2420043;60;*;gga ;comp;tRNA;2420104;2420189;144;*;tac deb;;CDS;2420334;2421188;91;*; ;;tRNA;2421280;2421355;137;*;aca fin;;CDS;2421493;2423187;;; deb;;CDS;2561207;2562223;109;*; ;;tRNA;2562333;2562409;205;*;ccg ;;tRNA;2562615;2562691;136;*;ccg fin;;CDS;2562828;2563241;;0; deb;;CDS;2577826;2578533;62;*; ;;ncRNA;2578596;2578998;554;*; fin;;CDS;2579553;2580050;;; deb;comp;CDS;2680406;2680930;140;*; ;;tRNA;2681071;2681157;162;*;ttg fin;;CDS;2681320;2681715;;; deb;;CDS;2856509;2858152;365;*; ;comp;tRNA;2858518;2858608;118;*;tcc fin;comp;CDS;2858727;2859530;;0; deb;;CDS;2940550;2940948;67;*; ;;regulatory;2941016;2941120;49;*; fin;;CDS;2941170;2942093;;0; </pre> ====absp données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_données_intercalaires|absp données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;absp;fx;fc;absp;fx40;fc40;absp;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;0;0;0;0;0;-1;0;26;135;84;16s tRNA;; ;0;10;38;87;1;4;8;-2;2;0;205;116;2* 116;;atc ;0;20;28;81;2;1;9;-3;0;0;143;200;113;;atc ;0;30;27;59;3;4;16;-4;2;124;257;245;tRNA 23s;; 1;0;40;12;44;4;7;10;-5;0;0;746;351;272;;gca ;0;50;15;38;5;3;7;-6;0;0;298;178;270;;gca 1;0;60;8;39;6;2;3;-7;0;1;238;213;5s tRNA;; ;0;70;14;33;7;7;7;-8;1;12;153;32;100;;atgf ;1;80;15;31;8;0;11;-9;0;0;123;229;tRNA tRNA;;intra 1;0;90;14;23;9;2;5;-10;1;0;98;52;30;;atc gca ;1;100;9;41;10;8;11;-11;1;6;178;301;2* 31;;atc gca ;0;110;13;29;11;1;7;-12;1;0;453;;tRNA tRNA;; 1;0;120;18;28;12;0;6;-13;0;2;79;;30;;ctg ;1;130;12;24;13;5;14;-14;0;4;706;;**;;gcc ;1;140;15;34;14;1;15;-15;0;0;CDS 16s;;1;;acc ;1;150;18;25;15;3;3;-16;1;1;457;486;99;;gcg ;1;160;8;22;16;4;9;-17;0;2;;642;35;;gac ;0;170;26;30;17;3;6;-18;0;0;23s 5s;;1;;gtc 1;1;180;8;19;18;4;10;-19;0;1;128;;**;;cag ;0;190;10;14;19;3;7;-20;3;1;132;;4;;aac 1;0;200;6;12;20;4;4;-21;0;0;23s CDS;;**;;gac ;1;210;6;10;21;1;6;-22;0;0;-;151;;; 1;0;220;12;17;22;8;3;-23;0;1;5s CDS;;;; 1;0;230;6;9;23;5;5;-24;0;0;-;153;;; ;1;240;12;11;24;1;3;-25;0;1;;;;; 1;0;250;6;13;25;4;9;-26;1;2;;;;; ;1;260;6;8;26;4;9;-27;0;0;;;;; ;0;270;11;9;27;1;8;-28;1;1;;;;; ;0;280;9;5;28;1;8;-29;0;1;;;;; ;0;290;4;3;29;2;4;-30;0;0;;;;; ;1;300;5;5;30;0;4;-31;1;0;;;;; 1;0;310;2;3;31;1;3;-32;0;0;;;;; ;0;320;6;3;32;2;3;-33;0;0;;;;; ;0;330;4;2;33;1;3;-34;0;0;;;;; ;0;340;5;7;34;2;7;-35;0;2;;;;; ;0;350;6;1;35;1;8;-36;0;0;;;;; 1;0;360;2;3;36;1;4;-37;1;0;;;;; ;0;370;1;4;37;1;3;-38;0;2;;;;; ;0;380;0;1;38;0;5;-39;0;0;;;;; ;0;390;1;0;39;2;6;-40;0;0;;;;; ;0;400;2;2;40;1;2;-41;1;1;;;;; ;3;reste;52;44;reste;367;602;-42;0;0;;;;; 11;14;total;472;873;total;472;873;-43;1;0;;;;; 11;11;diagr;420;829;diagr;105;271;-44;1;0;;;;; 0;0; t30;93;227;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;472;25;0;497;;;-49;0;1;;;;; ;c;873;206;0;1079;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1576;54;;reste;5;14;;;;; </pre> =====absp autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_autres_intercalaires_aas|absp autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;absp;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;198109;199200;84;*; ;comp;tRNA;199285;199360;135;*;aaa fin;comp;CDS;199496;200044;;; deb;;CDS;243776;244348;205;*; ;;tRNA;244554;244643;143;*;tca fin;;CDS;244787;245683;;0; deb;;CDS;338004;339383;116;*; ;comp;tRNA;339500;339586;257;*;ctc fin;comp;CDS;339844;340836;;; deb;comp;CDS;364473;365501;200;*; ;;tRNA;365702;365775;746;*;cag fin;;CDS;366522;367214;;; deb;;CDS;474173;477079;298;*; ;;tRNA;477378;477464;30;*;ctg ;;tRNA;477495;477570;238;*;gcc fin;;CDS;477809;478123;;; deb;comp;CDS;496623;497399;289;*; ;;regulatory;497689;497905;38;*; fin;;CDS;497944;499011;;; deb;;CDS;599223;600230;245;*; ;comp;tRNA;600476;600550;351;*;ggc fin;;CDS;600902;602071;;; deb;comp;CDS;629856;631205;178;*; ;;tRNA;631384;631458;1;*;acc ;;tRNA;631460;631535;99;*;gcg ;;tRNA;631635;631711;35;*;gac ;;tRNA;631747;631821;1;*;gtc ;;tRNA;631823;631896;153;*;cag fin;;CDS;632050;632259;;; deb;comp;CDS;699265;699843;213;*; ;;tRNA;700057;700132;4;*;aac ;;tRNA;700137;700213;32;*;gac fin;comp;CDS;700246;700851;;; deb;;CDS;909530;909766;153;*; ;comp;rRNA;909920;910035;132;*;116 ;comp;rRNA;910168;912914;272;*;2747 ;comp;tRNA;913187;913262;30;*;gca ;comp;tRNA;913293;913369;116;*;atc ;comp;rRNA;913486;914970;486;*;1485 fin;;CDS;915457;916713;;; deb;comp;CDS;975367;977091;141;*; ;;regulatory;977233;977362;74;*; fin;;CDS;977437;978516;;; deb;comp;CDS;998160;999149;229;*; ;;tRNA;999379;999465;123;*;ctg fin;;CDS;999589;1000215;;; deb;comp;CDS;1066729;1068657;115;*; ;comp;regulatory;1068773;1068992;54;*; fin;comp;CDS;1069047;1069505;;0; deb;comp;CDS;1098197;1098688;642;*; ;;rRNA;1099331;1100815;113;*;1485 ;;tRNA;1100929;1101005;31;*;atc ;;tRNA;1101037;1101112;272;*;gca ;;rRNA;1101385;1104132;151;*;2748 fin;comp;CDS;1104284;1105390;;; deb;;CDS;1157171;1157356;98;*; ;;tRNA;1157455;1157530;178;*;ttc fin;;CDS;1157709;1158686;;; deb;;CDS;1394614;1396740;453;*; ;;tRNA;1397194;1397287;52;*;agc fin;comp;CDS;1397340;1397858;;; deb;;CDS;1399009;1399830;301;*; ;comp;tRNA;1400132;1400206;79;*;caa fin;comp;CDS;1400286;1402385;;; deb;;CDS;1577667;1578095;457;*; ;;rRNA;1578553;1580037;116;*;1485 ;;tRNA;1580154;1580230;31;*;atc ;;tRNA;1580262;1580337;270;*;gca ;;rRNA;1580608;1582611;128;*;2004 ;;rRNA;1582740;1582855;100;*;116 ;;tRNA;1582956;1583032;706;*;atgf fin;;CDS;1583739;1585157;;0; </pre> ===agr=== ====agr opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_opérons|agr opérons]] <pre> 59.3%GC;29.12.19 Paris;16s 5 ;58 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Agrobacterium sp. H13-3 ;;;;;;;;;;;; chromosoml;;;;;;;;;;;; comp;1064633..1065274;;cds;;296;296;;;214;;hp;* ;1065571..1065655;;ttg;;266;266;;;;;;* ;1065922..1066437;;cds;;;;;;172;;disulfide bond formation protein B;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1178605..1179114;;cds;;256;256;;;170;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;1179371..1179445;;ggc;@1;793;;793;;;;;* comp;1180239..1180315;;atgj;;135;135;;;;;;* comp;1180451..1181647;;cds;;;;;;399;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1320644..1321006;;cds;;318;318;;;121;;hp;* comp;1321325..1321414;;tcg;;197;197;;;;;;* comp;1321612..1322493;;cds;;;;;;294;;dihydrodipicolinate synthase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1361929..1362942;;cds;;554;*554;;;338;;sugar ABC transporter substrate-binding protein;* comp;1363497..1363571;;gtc;;81;81;;;;;;* comp;1363653..1364015;;cds;;;;;;121;;response regulator;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1426814..1427137;;cds;;105;105;;;108;;hp;* ;1427243..1428733;;16s;;337;;;;1491;;;* ;1429071..1429147;;atc;;59;;;59;;;;* ;1429207..1429282;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;1429429..1429626;;cds;@2;241;241;;;66;;P-hp;* ;1429868..1432681;;23s;;242;;;;2814;;;* ;1432924..1433038;;5s;;257;;;;115;;;* ;1433296..1433372;;atgf;;311;311;;;;;;* ;1433684..1434118;;cds;;;;;;145;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;* ;;;;;;;;;;;;* ;1503534..1504520;;cds;;122;122;;;329;;beta-ketoacyl-ACP synthase III;* comp;1504643..1504716;;cag;;123;123;;;;;;* comp;1504840..1505277;;cds;;;;;;146;;Lrp/AsnC family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1605356..1605856;;cds;;71;71;;;167;;hp;* comp;1605928..1606003;;gcc;;152;152;;;;;;* comp;1606156..1606545;;cds;;;;;;130;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1687683..1688015;;cds;;105;105;;;111;;hp;* ;1688121..1689611;;16s;;337;;;;1491;;;* ;1689949..1690025;;atc;;59;;;59;;;;* ;1690085..1690160;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;1690307..1690504;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;1690746..1693559;;23s;;242;;;;2814;;;* ;1693802..1693916;;5s;;257;;;;115;;;* ;1694174..1694250;;atgf;;203;203;;;;;;* comp;1694454..1694645;;cds;;;;;;64;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;2103153..2103404;;cds;;105;105;;;84;;P-hp;* ;2103510..2105000;;16s;;337;;;;1491;;;* ;2105338..2105414;;atc;;59;;;59;;;;* ;2105474..2105549;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;2105696..2105893;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;2106135..2108948;;23s;;242;;;;2814;;;* ;2109191..2109305;;5s;;257;;;;115;;;* ;2109563..2109639;;atgf;;633;*633;;;;;;* ;2110273..2110680;;cds;;;;;;136;;membrane protein;* chromosomc;;;;;;;;;;;;* <comp;56862..57137;;cds;;105;105;;;92;;P-hp;* ;57243..58733;;16s;;337;;;;1491;;;* ;59071..59147;;atc;;59;;;59;;;;* ;59207..59282;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;59429..59626;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;59868..62681;;23s;;242;;;;2814;;;* ;62924..63038;;5s;;257;;;;115;;;* ;63296..63372;;atgf;;196;196;;;;;;* ;63569..65377;;cds;;;;;;*603;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;125821..127722;;cds;;287;287;;;*634;;molecular chaperone DnaK;* comp;128010..128099;;tcc;;220;220;;;;;;* ;128320..128637;;cds;;;;;;106;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;227621..228004;;cds;;240;240;;;128;;membrane protein;* comp;228245..228331;;ctg;;120;120;;;;;;* comp;228452..228757;;cds;;;;;;102;;SelT/SelW/SelH family protein;* ;;;;;;;;;;;;* >;378307..378396;;cds;;40;40;;;30;;P-hp;* ;378437..378513;;cgt;;174;174;;;;;;* ;378688..379500;;cds;;;;;;271;;class I SAM-dependent methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;407277..407435;;cds;;167;167;;;53;;YqaE/Pmp3 family membrane protein;* comp;407603..407678;;acg;;137;137;;;;;;* comp;407816..408778;;cds;;;;;;321;;nitronate monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;425990..427087;;cds;;56;56;;;366;;2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase;* ;427144..427217;;ggg;;154;154;;;;;;* ;427372..428058;;cds;;;;;;229;;aquaporin Z;* ;;;;;;;;;;;;* ;458659..459081;;cds;;285;285;;;141;;hp;* ;459367..459442;;ttc;;246;246;;;;;;* comp;459689..460033;;cds;;;;;;115;;cation:proton antiporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;493759..494025;;cds;;155;155;;;89;;hp;* ;494181..494255;;acc;;195;195;;;;;;* comp;494451..495686;;cds;;;;;;412;;flagellin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;564938..568684;;cds;;361;*361;;;*1249;;PAS domain S-box protein;* ;569046..569122;;cac;;79;79;;;;;;* ;569202..570920;;cds;;;;;;573;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;763448..764356;;cds;;202;202;;;303;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;764559..764633;;caa;;263;263;;;;;;* comp;764897..766549;;cds;;;;;;551;;malate dehydrogenase (quinone);* ;;;;;;;;;;;;* comp;767020..767439;;cds;;264;264;;;140;;hp;* ;767704..767780;;ccg;;159;159;;;;;;* comp;767940..768260;;cds;;;;;;107;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;960360..960701;;cds;;163;163;;;114;;hp;* ;960865..960955;;agc;;500;*500;;;;;;* comp;961456..961671;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1123408..1124136;;cds;;141;141;;;243;;hp;* ;1124278..1124363;;tta;;241;241;;;;;;* ;1124605..1127115;;cds;;;;;;*837;;copper-translocating P-type ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1154411..1154803;;cds;;91;91;;;131;;DUF2934 domain-containing protein;* comp;1154895..1154969;;aac;;176;176;;;;;;* ;1155146..1155424;;cds;;;;;;93;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1162767..1163027;;cds;;138;138;;;87;;hp;* comp;1163166..1163242;;ccc;;218;218;;;;;;* ;1163461..1163997;;cds;;;;;;179;;DUF1269 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1192452..1194650;;cds;;660;*660;;;*733;;esterase-like activity of phytase family protein;* comp;1195311..1195386;;gta;+;446;;446;;;;;* ;1195833..1195909;;gac;2 gac;41;;41;;;;;* ;1195951..1196027;;gac;;435;*435;;;;;;* ;1196463..1196828;;cds;;;;;;122;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;;* ;1421863..1422201;;cds;;134;134;;;113;;hp;* comp;1422336..1422425;;tca;;88;88;;;;;;* comp;1422514..1422678;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1468229..1469110;;cds;;180;180;;;294;;HNH endonuclease;* comp;1469291..1469367;;atgf;;132;132;;;;;;* comp;1469500..1470450;;cds;;;;;;317;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1508458..1508883;;cds;;558;*558;;;142;;PAS domain-containing protein;* comp;1509442..1509526;;ctc;;189;189;;;;;;* ;1509716..1510447;;cds;;;;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;1531160..1531933;;cds;;447;*447;;;258;;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;* ;1532381..1532455;;gaa;;121;121;;;;;;* ;1532577..1532818;;cds;;89;89;;;81;;P-hp;* ;1532908..1532982;;gaa;;129;129;;;;;;* comp;1533112..1534920;;cds;;;;;;*603;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;;;;;;;;;;;;* ;1584509..1584763;;cds;;155;155;;;85;;GlsB/YeaQ/YmgE family stress response membrane protein;* ;1584919..1584994;;aag;;134;134;;;;;;* comp;1585129..1585575;;cds;;;;;;149;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1612420..1613898;;cds;;240;240;;;493;;trigger factor;* comp;1614139..1614221;;cta;;447;*447;;;;;;* <;1614669..1614876;;cds;;;;;;69;;P-hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1672216..1672887;;cds;;245;245;;;224;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* comp;1673133..1673206;;tgc;;240;240;;;;;;* comp;1673447..1673599;;cds;;;;;;51;;DUF3309 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1744688..1745434;;cds;;341;341;;;249;;cytochrome c biogenesis protein CcdA;* ;1745776..1745851;;aaa;;310;310;;;;;;* ;1746162..1746743;;cds;;;;;;194;;DUF1003 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1770727..1772280;;cds;;91;91;;;518;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;1772372..1772448;;cca;;265;265;;;;;;* ;1772714..1773019;;cds;;51;51;;;102;;ETC complex I subunit;* ;1773071..1773147;;aga;;7;7;;;;;;* comp;1773155..1773892;;cds;;;;;;246;;DUF429 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1902337..1902537;;cds;;184;184;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;1902722..1902797;;tgg;;241;241;;;;;;* comp;1903039..1903845;;cds;;;;;;269;;glycosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1908698..1908892;;cds;;70;70;;;65;;hp;* comp;1908963..1909036;;gga;;26;26;26;;;;;* comp;1909063..1909147;;tac;;209;209;;;;;;* ;1909357..1910244;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* ;1922447..1922800;;cds;;55;55;;;118;;hp;* comp;1922856..1922931;;aca;;207;207;;;;;;* ;1923139..1924878;;cds;;;;;;580;;GGDEF domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2079925..2080287;;cds;;156;156;;;121;;hp;* comp;2080444..2080519;;atgi;;178;178;;;;;;* ;2080698..2081441;;cds;;;;;;248;;SIMPL domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2275632..2276138;;cds;;522;*522;;;169;;winged helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;2276661..2276737;;cgg;;287;287;;;;;;* ;2277025..2277264;;cds;;;;;;80;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2388300..2388497;;cds;;87;87;;;66;;hp;* ;2388585..2388659;;ggc;;361;*361;;;;;;* ;2389021..2391024;;cds;;;;;;*668;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2490745..2491854;;cds;;535;*535;;;370;;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;* comp;2492390..2492466;;atgf;;287;;;;115;;;* comp;2492754..2492868;;5s;;242;;;;2814;;;* comp;2493111..2495924;;23s;;241;241;;;;;;* >;2496166..2496363;;cds;;146;146;;;66;;P-hp;* comp;2496510..2496585;;gca;;59;;;59;;;;* comp;2496645..2496721;;atc;;337;;;;;;;* comp;2497059..2498549;;16s;;105;105;;;1491;;;* >;2498655..2498930;;cds;;;;;;92;;P-hp;* </pre> ====agr cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_cumuls|agr cumuls]] <pre> agr cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;5;1;;;1;0;1;;100;24;1;0 ;16atcgca235;0;20;;;50;3;40;;200;30;30;1 ;Id-atgf;5;40;1;;100;12;80;;300;14;60;3 ;16s23s;0;60;1;5;150;22;120;;400;8;90;17 ;max a;3;80;;;200;17;160;;500;2;120;13 ;a doubles;0;100;;;250;18;200;;600;4;150;14 ;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;4;180;5 ;total aas;15;140;;;350;4;280;;800;1;210;1 sans ;opérons;38;160;;;400;2;320;;900;1;240;3 ;1 aa;35;180;;;450;3;360;;1000;0;270;7 ;max a;3;200;;;500;1;400;;1100;0;300;4 ;a doubles;1;;2;;;6;;;;1;;21 ;total aas;42;;4;5;;97;;0;;89;;89 total aas;;57;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;59;;213;;;;230;; ;;;variance;;0;;134;;;;209;; sans jaune;;;moyenne;33;;;172;;;;185;;137 ;;;variance;;;;76;;;;131;;71 </pre> ====agr blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_blocs|agr blocs]] <pre> agr blocs;;;;;;;;; chromoml;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa; cds;105;108;hp;105;111;hp;105;84;P-hp 16s;337;1491;;337;1491;;337;1491; atc;59;;;59;;;59;; gca;146;;;146;;;146;; cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;241;66;P-hp 23s;242;2814;;242;2814;;242;2814; 5s;257;115;;257;115;;257;115; atgf;311;;;203;;;633;; cds;;145;CoA;;64;hp;;136;membrane chromosomc;;;;;;;;; cds;105;92;P-hp;105;92;P-hp;;; 16s;337;1491;;337;1491;;;; atc;59;;;59;;;;; gca;146;;;146;;;;; cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;;; 23s;242;2814;;242;2814;;;; 5s;257;115;;287;115;;;; atgf;196;;;535;;;;; cds;;603;helicase;;370;2Fe-2S;;; ;;;;;;;;; ;;;;;;;;; CoA;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;;;;;;;; helicase;DNA helicase RecQ;;;;;;;; 2Fe-2S;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;;;;;;;; membrane;membrane protein;;;;;;;; </pre> ====agr distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_distribution|agr distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total agr;;35;;;;;35;;agr;5;;;;;;5;;agr;2;;;;;;;;agr;;;;5;;;5 </pre> ====agrc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_données_intercalaires|agrc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;agrc;fx;fc;agrc;fx40;fc40;agrc;x-;c-;cont;x;cont;x;aa ;0;0;9;3;0;9;3;-1;;57;196;220;16s tRNA;; 1;0;10;42;173;1;2;26;-2;5;0;287;240;2* 342;;atc ;0;20;36;142;2;2;20;-3;;0;120;246;tRNA 23s;; ;0;30;28;69;3;11;32;-4;6;226;217;155;2* 585;;gca ;0;40;22;56;4;6;26;-5;;1;174;195;5s tRNA;; 1;0;50;31;39;5;2;11;-6;;0;167;361;257;;atgf 1;2;60;41;42;6;6;14;-7;;2;137;202;287;;atgf 1;0;70;30;63;7;5;8;-8;3;21;56;263;tRNA tRNA;;intra ;0;80;33;53;8;0;6;-9;1;0;154;264;2* 59;;atc gca ;0;90;17;62;9;6;13;-10;;2;285;159;tRNA tRNA;; 1;1;100;21;54;10;2;17;-11;;14;166;163;41;;gac ;0;110;30;55;11;3;25;-12;;0;778;91;**;;gac ;1;120;23;65;12;5;28;-13;;3;141;176;452;;gaa 1;1;130;23;56;13;4;10;-14;1;3;247;218;**;;gaa 2;3;140;21;47;14;3;17;-15;;0;138;41;26;;gga ;1;150;32;41;15;6;13;-16;;0;311;134;**;;tac 3;2;160;16;50;16;4;13;-17;1;5;123;189;;; 1;2;170;19;43;17;1;11;-18;;0;435;129;;; 2;1;180;23;21;18;4;4;-19;3;0;584;134;;; 1;1;190;16;36;19;4;10;-20;1;2;1054;657;;; 1;1;200;17;35;20;2;11;-21;;0;132;341;;; 2;0;210;24;25;21;4;13;-22;1;1;597;265;;; 2;1;220;16;26;22;5;6;-23;1;1;447;7;;; ;0;230;18;15;23;2;8;-24;;0;155;70;;; 1;2;240;19;19;24;3;5;-25;1;0;240;209;;; 1;3;250;13;16;25;2;4;-26;;1;245;55;;; ;0;260;15;11;26;4;9;-27;;0;240;270;;; 4;0;270;12;20;27;4;7;-28;;0;310;156;;; ;0;280;11;11;28;2;4;-29;;1;91;178;;; ;3;290;10;7;29;1;6;-30;1;0;51;522;;; ;0;300;8;16;30;1;7;-31;;0;184;373;;; ;1;310;10;10;31;4;10;-32;1;1;241;;;; ;1;320;10;3;32;2;3;-33;;0;287;;;; ;0;330;5;6;33;2;9;-34;1;0;403;;;; ;0;340;10;6;34;1;8;-35;1;1;535;;;; 1;0;350;6;5;35;2;2;-36;;;CDS 16s;;;; ;0;360;5;5;36;0;9;-37;;;;689;;; 1;0;370;5;5;37;3;5;-38;;;;585;;; 1;0;380;3;7;38;3;1;-39;;;23s 5s;;;; ;0;390;4;9;39;2;3;-40;;;2* 249;;;; ;0;400;5;5;40;3;6;-41;1;1;;;;; 2;8;reste;57;34;reste;659;1023;-42;;;;;;; 31;35;total;796;1466;total;796;1466;-43;;;;;;; 29;27;diagr;730;1429;diagr;128;440;-44;;;;;;; 1;0; t30;106;384;;;;-45;1;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;;;;;; ;x;787;35;9;831;;;-49;1;;;;;; ;c;1463;345;3;1811;;;-50;;;;;;; ;;;;;2642;109;;reste;1;2;;;;; ;;;;;;2751;;total;35;345;;;;; </pre> =====agrc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_autres_intercalaires_aas|agrc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;agr-c;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;54088;56574;669;*; ;;rRNA;57244;58728;342;*;1485 ;;tRNA;59071;59147;59;*;atc ;;tRNA;59207;59282;585;*;gca ;;rRNA;59868;62674;249;*;2807 ;;rRNA;62924;63038;257;*;115 ;;tRNA;63296;63372;196;*;atgf fin;;CDS;63569;65377;;; deb;;CDS;70038;70667;131;*; ;;regulatory;70799;71023;255;*; fin;;CDS;71279;71500;;; deb;comp;CDS;99269;101146;162;*; ;comp;ncRNA;101309;101405;77;*; fin;;CDS;101483;101899;;; deb;comp;CDS;125821;127722;287;*; ;comp;tRNA;128010;128099;220;*;tcc fin;;CDS;128320;128637;;; deb;;CDS;227621;228004;240;*; ;comp;tRNA;228245;228331;120;*;ctg fin;comp;CDS;228452;228757;;; deb;;CDS;376801;378219;217;*; ;;tRNA;378437;378513;174;*;cgt fin;;CDS;378688;379500;;; deb;comp;CDS;407277;407435;167;*; ;comp;tRNA;407603;407678;137;*;acg fin;comp;CDS;407816;408778;;; deb;comp;CDS;424611;425795;42;*; ;comp;regulatory;425838;425916;73;*; deb;;CDS;425990;427087;56;*; ;;tRNA;427144;427217;154;*;ggg fin;;CDS;427372;428058;;; deb;;CDS;458659;459081;285;*; ;;tRNA;459367;459442;246;*;ttc fin;comp;CDS;459689;460033;;; deb;comp;CDS;493759;494025;155;*; ;;tRNA;494181;494255;195;*;acc fin;comp;CDS;494451;495686;;; deb;comp;CDS;564938;568684;361;*; ;;tRNA;569046;569122;166;*;cac fin;;CDS;569289;570920;;; deb;comp;CDS;763448;764356;202;*; ;;tRNA;764559;764633;263;*;caa fin;comp;CDS;764897;766630;;; deb;comp;CDS;767020;767439;264;*; ;;tRNA;767704;767780;159;*;ccg fin;comp;CDS;767940;768260;;; deb;;CDS;829597;830517;91;*; ;;regulatory;830609;830834;165;*; fin;;CDS;831000;831182;;; deb;comp;CDS;960360;960701;163;*; ;;tRNA;960865;960955;778;*;agc fin;;CDS;961734;962801;;; deb;;CDS;1095507;1096961;76;*; ;;misc_f;1097038;1097093;74;*; fin;;CDS;1097168;1098649;;; deb;;CDS;1123408;1124136;141;*; ;;tRNA;1124278;1124363;247;*;tta fin;;CDS;1124611;1127115;;; deb;;CDS;1154411;1154803;91;*; ;comp;tRNA;1154895;1154969;176;*;aac fin;;CDS;1155146;1155424;;; deb;comp;CDS;1162767;1163027;138;*; ;comp;tRNA;1163166;1163242;218;*;ccc fin;;CDS;1163461;1163997;;; deb;comp;CDS;1194859;1194999;311;*; ;comp;tRNA;1195311;1195386;41;*;gta deb;;CDS;1195428;1195709;123;*; ;;tRNA;1195833;1195909;41;*;gac ;;tRNA;1195951;1196027;435;*;gac fin;;CDS;1196463;1196828;;; deb;comp;CDS;1367095;1368234;154;*; ;comp;regulatory;1368389;1368476;124;*; fin;comp;CDS;1368601;1368786;;; deb;;CDS;1421863;1422201;134;*; ;comp;tRNA;1422336;1422425;584;*;tca fin;comp;CDS;1423010;1423237;;; deb;;CDS;1440191;1441231;40;*; ;comp;regulatory;1441272;1441350;365;*; fin;;CDS;1441716;1441916;;; deb;comp;CDS;1467928;1468236;1054;*; ;comp;tRNA;1469291;1469367;132;*;atgf fin;comp;CDS;1469500;1470450;;; deb;comp;CDS;1508458;1508844;597;*; ;comp;tRNA;1509442;1509526;189;*;ctc fin;;CDS;1509716;1510447;;; deb;;CDS;1531160;1531933;447;*; ;;tRNA;1532381;1532455;452;*;gaa ;;tRNA;1532908;1532982;129;*;gaa fin;comp;CDS;1533112;1534914;;; deb;;CDS;1584509;1584763;155;*; ;;tRNA;1584919;1584994;134;*;aag fin;comp;CDS;1585129;1585674;;; deb;comp;CDS;1600224;1600940;97;*; ;comp;regulatory;1601038;1601224;128;*; fin;comp;CDS;1601353;1602183;;; deb;comp;CDS;1612420;1613898;240;*; ;comp;tRNA;1614139;1614221;657;*;cta fin;;CDS;1614879;1615025;;; deb;comp;CDS;1672216;1672887;245;*; ;comp;tRNA;1673133;1673206;240;*;tgc fin;comp;CDS;1673447;1673599;;; deb;comp;CDS;1744688;1745434;341;*; ;;tRNA;1745776;1745851;310;*;aaa fin;;CDS;1746162;1746743;;; deb;comp;CDS;1770727;1772280;91;*; ;comp;tRNA;1772372;1772448;265;*;cca deb;;CDS;1772714;1773019;51;*; ;;tRNA;1773071;1773147;7;*;aga fin;comp;CDS;1773155;1773892;;; deb;comp;CDS;1902337;1902537;184;*; ;comp;tRNA;1902722;1902797;241;*;tgg fin;comp;CDS;1903039;1903845;;; deb;;CDS;1908698;1908892;70;*; ;comp;tRNA;1908963;1909036;26;*;gga ;comp;tRNA;1909063;1909147;209;*;tac fin;;CDS;1909357;1910244;;; deb;;CDS;1922447;1922800;55;*; ;comp;tRNA;1922856;1922931;270;*;aca fin;;CDS;1923202;1924878;;; deb;comp;CDS;1963129;1963437;141;*; ;;tmRNA;1963579;1963951;229;*; fin;;CDS;1964181;1964693;;; deb;comp;CDS;2025879;2026319;399;*; ;comp;ncRNA;2026719;2027124;56;*; fin;comp;CDS;2027181;2028371;;; deb;;CDS;2079925;2080287;156;*; ;comp;tRNA;2080444;2080519;178;*;atgi fin;;CDS;2080698;2081441;;; deb;comp;CDS;2275632;2276138;522;*; ;;tRNA;2276661;2276737;287;*;cgg fin;;CDS;2277025;2277264;;; deb;comp;CDS;2387990;2388211;373;*; ;;tRNA;2388585;2388659;403;*;ggc fin;;CDS;2389063;2391024;;; deb;comp;CDS;2490745;2491854;535;*; ;comp;tRNA;2492390;2492466;287;*;atgf ;comp;rRNA;2492754;2492868;249;*;115 ;comp;rRNA;2493118;2495924;585;*;2807 ;comp;tRNA;2496510;2496585;59;*;gca ;comp;tRNA;2496645;2496721;342;*;atc ;comp;rRNA;2497064;2498548;585;*;1485 fin;;CDS;2499134;2500084;;; deb;comp;CDS;2519640;2521463;94;*; ;comp;regulatory;2521558;2521669;180;*; fin;;CDS;2521850;2522101;;; deb;comp;CDS;2681110;2682123;37;*; ;comp;regulatory;2682161;2682271;45;*; fin;comp;CDS;2682317;2682709;;; deb;comp;CDS;2684632;2685285;90;*; ;;regulatory;2685376;2685452;82;*; fin;;CDS;2685535;2686461;;; deb;comp;CDS;2791781;2792167;154;*; ;comp;regulatory;2792322;2792537;127;*; fin;;CDS;2792665;2793282;;; </pre> ====agrl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_données_intercalaires|agrl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;agrl;fx;fc;agrl;fx40;fc40;agrl;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;46;266;296;16s tRNA;; ;0;10;21;151;1;1;25;-2;1;0;135;256;3* 342;;atc ;0;20;19;126;2;1;19;-3;0;0;318;122;tRNA 23s;; ;0;30;20;63;3;5;18;-4;9;199;197;71;3* 585;;gca ;0;40;19;34;4;4;24;-5;0;0;554;203;5s tRNA;; ;0;50;19;39;5;2;12;-6;1;0;81;;3* 257;;atgf ;0;60;20;50;6;3;8;-7;2;4;311;;tRNA tRNA;;intra ;0;70;18;56;7;1;10;-8;0;23;123;;3* 59;;atc gca 1;0;80;12;39;8;2;11;-9;0;0;152;;tRNA tRNA;; ;1;90;20;30;9;0;8;-10;1;1;633;;-;793;ggc ;0;100;20;32;10;2;16;-11;0;9;CDS 16s;;**;;atgj ;0;110;11;29;11;2;14;-12;0;0;581;714;;; ;0;120;20;30;12;4;20;-13;0;1;2136;;;; 1;1;130;13;27;13;0;20;-14;2;8;23s 5s;;;; ;1;140;15;26;14;1;10;-15;0;0;3* 249;;;; ;0;150;10;26;15;3;9;-16;0;2;;;;; ;1;160;9;21;16;2;10;-17;0;3;;;;; ;0;170;7;20;17;0;13;-18;1;0;;;;; ;0;180;16;14;18;3;15;-19;0;0;;;;; ;0;190;10;19;19;3;11;-20;0;4;;;;; ;1;200;18;17;20;1;4;-21;0;0;;;;; 1;0;210;11;17;21;4;4;-22;0;1;;;;; ;0;220;16;19;22;0;8;-23;0;4;;;;; ;0;230;7;11;23;2;7;-24;0;0;;;;; ;0;240;9;14;24;5;5;-25;0;0;;;;; ;0;250;10;9;25;2;6;-26;0;1;;;;; 1;0;260;7;9;26;1;6;-27;0;0;;;;; ;1;270;10;11;27;1;4;-28;1;0;;;;; ;0;280;3;3;28;1;5;-29;1;1;;;;; ;0;290;7;6;29;2;7;-30;0;0;;;;; 1;0;300;5;11;30;2;11;-31;1;0;;;;; ;0;310;9;5;31;4;5;-32;2;0;;;;; ;2;320;9;5;32;0;4;-33;1;0;;;;; ;0;330;6;3;33;1;1;-34;0;0;;;;; ;0;340;5;5;34;1;3;-35;0;0;;;;; ;0;350;4;1;35;0;5;-36;0;0;;;;; ;0;360;3;2;36;2;3;-37;1;0;;;;; ;0;370;3;6;37;2;8;-38;0;0;;;;; ;0;380;5;6;38;5;5;-39;1;0;;;;; ;0;390;5;2;39;0;0;-40;0;0;;;;; ;0;400;5;3;40;4;0;-41;0;0;;;;; ;2;reste;42;41;reste;419;664;-42;0;0;;;;; 5;10;total;499;1040;total;499;1040;-43;0;0;;;;; 5;8;diagr;456;997;diagr;79;374;-44;0;0;;;;; 0;0; t30;60;340;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;498;25;1;524;;;-49;0;0;;;;; ;c;1038;307;2;1347;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1871;41;;reste;0;0;;;;; ;;;;;;1912;;total;25;307;;;;; </pre> =====agrl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_autres_intercalaires_aas|agrl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;agrl;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;784904;786193;181;*; ;;regulatory;786375;786477;128;*; fin;;CDS;786606;787391;;; deb;comp;CDS;928915;929946;164;*; ;comp;regulatory;930111;930346;39;*; fin;comp;CDS;930386;931264;;0; deb;comp;CDS;1064633;1065274;296;*; ;;tRNA;1065571;1065655;266;*;ttg fin;;CDS;1065922;1066437;;0; deb;comp;CDS;1178605;1179114;256;*; ;;tRNA;1179371;1179445;793;*;ggc ;comp;tRNA;1180239;1180315;135;*;atgj fin;comp;CDS;1180451;1181647;;; deb;comp;CDS;1212291;1213553;234;*; ;comp;ncRNA;1213788;1213946;78;*; fin;comp;CDS;1214025;1214402;;; deb;comp;CDS;1320644;1321006;318;*; ;comp;tRNA;1321325;1321414;197;*;tcg fin;comp;CDS;1321612;1322493;;; deb;comp;CDS;1361929;1362942;554;*; ;comp;tRNA;1363497;1363571;81;*;gtc fin;comp;CDS;1363653;1364015;;0; deb;;CDS;1425957;1426682;561;*; ;;rRNA;1427244;1428728;342;*;1485 ;;tRNA;1429071;1429147;59;*;atc ;;tRNA;1429207;1429282;585;*;gca ;;rRNA;1429868;1432674;249;*;2807 ;;rRNA;1432924;1433038;257;*;115 ;;tRNA;1433296;1433372;311;*;atgf fin;;CDS;1433684;1434118;;; deb;;CDS;1503534;1504520;122;*; ;comp;tRNA;1504643;1504716;123;*;cag fin;comp;CDS;1504840;1505277;;0; deb;;CDS;1605356;1605856;71;*; ;comp;tRNA;1605928;1606003;152;*;gcc fin;comp;CDS;1606156;1606545;;0; deb;comp;CDS;1685461;1687407;714;*; ;;rRNA;1688122;1689606;342;*;1485 ;;tRNA;1689949;1690025;59;*;atc ;;tRNA;1690085;1690160;585;*;gca ;;rRNA;1690746;1693552;249;*;2807 ;;rRNA;1693802;1693916;257;*;115 ;;tRNA;1694174;1694250;203;*;atgf fin;comp;CDS;1694454;1694645;;; deb;;CDS;2101066;2101374;2136;*; ;;rRNA;2103511;2104995;342;*;1485 ;;tRNA;2105338;2105414;59;*;atc ;;tRNA;2105474;2105549;585;*;gca ;;rRNA;2106135;2108941;249;*;2807 ;;rRNA;2109191;2109305;257;*;115 ;;tRNA;2109563;2109639;633;*;atgf fin;;CDS;2110273;2110680;;; </pre> ===aua=== ====aua opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_opérons|aua opérons]] <pre> https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP006367.1;aua;;genome;;pau20rrn;;;;;;; 67%GC;8.8.19 Paris;16s 1;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;cdsd;protéines; Aureimonas sp. AU20;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;; pAU20rrn;;;;;;;;;;;; ;324..1028;;CDS rep;;461;;;;235;;replication initiation protein;* comp;1490..1604;;5s;@1;82;;;;115;;; comp;1687..4515;;23s;;-15;;;;2829;;; comp;4501..4851;;CDS hp;;142;;;;117;;hp; comp;4994..5069;;gca;;33;;;33;;;; comp;5103..5179;;atc;;233;;;;;;; comp;5413..6898;;16s;;1752;;;;1486;;; comp;8651..9109;;CDS hp;;;;;;153;;hp; ;;;;;;;;;;;; Chromosome;;;;;;;;;;;; comp;170900..171925;;CDS;;368;368;;;342;;; ;172294..172378;;ctg;;130;130;;;;130;; ;172509..172772;;CDS;;;;;;88;;; ;;;;;;;;;;;; comp;330094..330690;;CDS;;338;338;;;199;;; ;331029..331103;;ggc;@2;404;;*404;;;;; comp;331508..331584;;atgf;+;44;;44;;;;; comp;331629..331705;;atgf;2 atg;255;255;;;;255;; comp;331961..333217;;CDS;;;;;;419;;; ;;;;;;;;;;;; ;344949..346025;;CDS;;589;589;;;359;589;; ;346615..346704;;tcg;;609;609;;;;;; ;347314..348471;;CDS;;;;;;386;;; ;;;;;;;;;;;; comp;393335..395356;;CDS;;800;*800;;;*674;;; comp;396157..396232;;gcc;;439;439;;;;439;; comp;396672..397094;;CDS;;;;;;141;;; ;;;;;;;;;;;; ;635177..637537;;CDS;;640;640;;;*787;;; comp;638178..638253;;gcg;;182;182;;;;182;; ;638436..638738;;CDS;;;;;;101;;; ;;;;;;;;;;;; comp;924507..925466;;CDS;;529;529;;;320;;; comp;925996..926085;;tcc;;349;349;;;;349;; ;926435..926767;;CDS;;;;;;111;;; ;;;;;;;;;;;; ;1216789..1217439;;CDS;;60;60;;;217;60;; ;1217500..1217576;;agg;;68;68;;;;;; comp;1217645..1218760;;CDS;;;;;;372;;; ;;;;;;;;;;;; ;1350534..1352180;;CDS;@4;-30;*-30;;;*549;;; comp;1352151..1352227;;cgt;+;51;;51;;;;; comp;1352279..1352355;;cgt;2 cgt;169;169;;;;;; comp;1352525..1353967;;CDS;;;;;;*481;;; ;;;;;;;;;;;; ;1401921..1402442;;CDS;;142;142;;;174;142;; ;1402585..1402661;;cac;;585;585;;;;;; ;1403247..1404875;;CDS;;;;;;*543;;; ;;;;;;;;;;;; ;1544580..1546277;;CDS;;455;455;;;*566;;; comp;1546733..1546808;;ttc;@2;161;;161;;;;; ;1546970..1547044;;acc;;414;414;;;;414;; ;1547459..1549516;;CDS;;;;;;*686;;; ;;;;;;;;;;;; ;1609269..1610216;;CDS;;278;278;;;316;;; comp;1610495..1610571;;cgg;;121;121;;;;121;; comp;1610693..1611427;;CDS;;;;;;245;;; ;;;;;;;;;;;; >;1683255..1683581;;CDS;;209;209;;;109;209;; comp;1683791..1683864;;cag;;580;580;;;;;; ;1684445..1685734;;CDS;;;;;;430;;; ;;;;;;;;;;;; ;1700827..1701852;;CDS;;300;300;;;342;;; comp;1702153..1702227;;gtc;+;128;;128;;;;; comp;1702356..1702430;;gtc;3 gtc;186;;186;;;;; comp;1702617..1702691;;gtc;;68;68;;;;68;; comp;1702760..1703125;;CDS;;;;;;122;;; ;;;;;;;;;;;; ;1946715..1946936;;CDS;;6;6;;;74;6;; comp;1946943..1947018;;atgi;;105;105;;;;;; ;1947124..1947345;;CDS;;;;;;74;;; ;;;;;;;;;;;; ;1981934..1983139;;CDS;;139;139;;;402;139;; ;1983279..1983368;;agc;;825;*825;;;;;; ;1984194..1985339;;CDS;;;;;;382;;; ;;;;;;;;;;;; ;1996083..1997171;;CDS;;243;243;;;363;;; comp;1997415..1997490;;acg;;112;112;;;;112;; comp;1997603..1998583;;CDS;;;;;;327;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2263930..2264781;;CDS;;30;30;;;284;30;; comp;2264812..2264886;;gtg;;111;111;;;;;; comp;2264998..2265768;;CDS;;;;;;257;;; ;;;;;;;;;;;; ;2363764..2364786;;CDS;;18;18;;;341;18;; comp;2364805..2364879;;gaa;+;140;;140;;;;; comp;2365020..2365094;;gaa;2 gaa;69;69;;;;69;; comp;2365164..2366144;;CDS;;;;;;327;;; ;;;;;;;;;;;; ;2367774..2368247;;CDS;;105;105;;;158;;; ;2368353..2368429;;cca;@3;43;43;;;;43;; ;2368473..2368778;;CDS;;36;36;;;102;36;; ;2368815..2368890;;aga;;448;448;;;;;; ;2369339..2369929;;CDS;;;;;;197;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2401620..2402732;;CDS;;155;155;;;371;155;; comp;2402888..2402963;;aaa;;169;169;;;;;; ;2403133..2403870;;CDS;;;;;;246;;; ;;;;;;;;;;;; ;2419689..2420852;;CDS;;13;13;;;388;13;; ;2420866..2420955;;tca;;238;238;;;;;; ;2421194..2421934;;CDS;;;;;;247;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2601493..2601858;;CDS;;287;287;;;122;287;; comp;2602146..2602222;;gac;+;58;;58;;;;; comp;2602281..2602357;;gac;2 gac;270;;270;;;;; ;2602628..2602703;;gta;@2;330;330;;;;;; comp;2603034..2603312;;CDS;;;;;;93;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2608494..2609852;;CDS;;73;73;;;*453;73;; comp;2609926..2610009;;cta;;307;307;;;;;; ;2610317..2610460;;CDS;;;;;;48;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2641174..2641824;;CDS;@3;125;125;;;217;125;; comp;2641950..2642023;;tgc;;153;153;;;;;; comp <;2642177..2642443;;CDS;;296;296;;;89;;; ;2642740..2642814;;aac;;269;269;;;;269;; ;2643084..2644127;;CDS;;;;;;348;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2651145..2652935;;CDS;;239;239;;;*597;239;; ;2653175..2653259;;tta;;265;265;;;;;; ;2653525..2653725;;CDS;;;;;;67;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2749758..2750318;;CDS;;3102;*3102;;;187;;; comp;2753421..2753497;;atgf;;83;83;;;;83;; comp;2753581..2754180;;CDS;;;;;;200;;; ;;;;;;;;;;;; ;2768127..2769224;;CDS;;63;63;;;366;63;; comp;2769288..2769364;;ccg;@2;173;;173;;;;; ;2769538..2769612;;caa;;528;528;;;;;; comp;2770141..2770566;;CDS;;;;;;142;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2787112..2788920;;CDS;;217;217;;;*603;217;; comp;2789138..2789214;;ccc;;265;265;;;;;; comp;2789480..2790022;;CDS;;;;;;181;;; ;;;;;;;;;;;; ;2927857..2928789;;CDS;;136;136;;;311;136;; comp;2928926..2929010;;ctc;+;132;;132;;;;; comp;2929143..2929227;;ctc;2 ctc;175;175;;;;;; ;2929403..2930164;;CDS;;;;;;254;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2971057..2971257;;CDS;;130;130;;;67;;; comp;2971388..2971463;;tgg;;53;53;;;;53;; comp;2971517..2972374;;CDS;;;;;;286;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2973322..2974497;;CDS;;291;291;;;392;;; comp;2974789..2974862;;gga;;24;;24;;;;; comp;2974887..2974971;;tac;;259;259;;;;259;; ;2975231..2976097;;CDS;;;;;;289;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2979955..2981049;;CDS;;221;221;;;365;;; ;2981271..2981346;;aca;;55;55;;;;55;; comp;2981402..2981752;;CDS;;;;;;117;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3063743..3064045;;CDS;;106;106;;;101;106;; comp;3064152..3064227;;aag;;147;147;;;;;; comp;3064375..3064803;;CDS;;;;;;143;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3194307..3194906;;CDS;;249;249;;;200;;; ;3195156..3195232;;atgj;;173;173;;;;173;; ;3195406..3196356;;CDS;;;;;;317;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3206006..3206455;;CDS;;743;*743;;;150;;; comp;3207199..3207273;;gag;;50;50;;;;50;; comp;3207324..3207689;;CDS;;;;;;122;;; ;;;;;;;;;;;; ;3398165..3399901;;CDS;;554;554;;;*579;;; ;3400456..3400530;;aac;;115;115;;;;115;; ;3400646..3400924;;CDS;;;;;;93;;; ;;;;;;;;;;;; ;3401737..3403497;;CDS;;227;227;;;*587;;; comp;3403725..3403799;;ggc;;208;;208;;;;; comp;3404008..3404082;;ggg;;74;74;;;;74;; comp;3404157..3404819;;CDS;;;;;;221;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3597872..3598414;;CDS;;370;370;;;181;;; ;3598785..3598869;;ttg;;151;151;;;;151;; comp;3599021..3599251;;CDS;;;;;;77;;; </pre> ====aua cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_cumuls|aua cumuls]] <pre> aua cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;1;1;0;-;1;1;1;0;100;10;1;0 ;16 aas 23 5s ;0;20;0;;50;7;40;7;200;22;30;0 ;16 atc gca hp;1;40;1;;100;10;80;9;300;11;60;1 ;16 cds 23 5s ;0;60;3;;150;14;120;9;400;20;90;7 ;max a;2;80;0;;200;8;160;4;500;5;120;8 ;a doubles;0;100;0;;250;8;200;3;600;6;150;7 ;spéciaux;0;120;0;;300;10;240;4;700;3;180;2 ;total aas;2;140;3;;350;4;280;1;800;1;210;7 sans ;opérons;38;160;0;;400;2;320;0;900;0;240;3 ;1 aa;26;180;2;;450;3;360;2;1000;0;270;5 ;max a;3;200;1;;500;1;400;0;1100;0;300;3 ;a doubles;6;;3;;;12;;1;;0;;35 ;total aas;53;;13;0;;80;;40;;78;;78 total aas;;55;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;131;;;226;;153;;235;;158 ;;;variance;75;;;165;;128;;125;;69 </pre> ====aua blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_blocs|aua blocs]] <pre> CDS ;1752;153;hp 16s;233;1486; atc;33;; gca;142;; CDS;-15;117;hp 23s;82;2829; 5s;461;115; CDS ;;235;replication initiation protein </pre> ====aua distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_distribution|aua distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;aua;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;ctc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;gtc3;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;2;agc;1;gac2;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;;gaa2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;cgt2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;2;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;atgf2;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total aua;;30;;;;;30;;aua;10;;;;;;10;;aua;13;;;;;;13 </pre> ====aua données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_données_intercalaires|aua données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;aua;fx;fc;aua;fx40;fc40;aua;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;3;0;0;3;0;-1;0;87;130;368;16s tRNA;; 1;0;10;50;230;1;1;32;-2;1;0;255;338;233;;atc 1;2;20;38;127;2;1;24;-3;0;0;589;640;tRNA 23s;; ;2;30;38;96;3;9;36;-4;14;345;660;182;478;;gca ;1;40;23;58;4;8;33;-5;0;1;812;349;tRNA tRNA;;intra ;2;50;29;57;5;2;32;-6;1;0;439;68;33;;atc gca 1;2;60;48;59;6;11;13;-7;1;0;529;-30;tRNA tRNA;; 2;2;70;41;77;7;3;11;-8;3;27;60;455;-;404;ggc ;3;80;33;80;8;3;17;-9;0;1;169;278;44;;atgf ;1;90;39;71;9;10;12;-10;0;2;142;209;**;;atgf ;0;100;35;71;10;2;20;-11;0;16;175;580;51;;cgt ;2;110;24;63;11;3;22;-12;1;0;414;300;**;;cgt ;2;120;25;52;12;4;31;-13;1;5;121;6;-;161;ttc 1;4;130;21;63;13;3;12;-14;2;4;68;126;**;;acc 1;1;140;23;57;14;0;13;-15;0;1;139;234;128;;gtc ;2;150;31;69;15;7;8;-16;1;1;112;243;186;;gtc 1;1;160;19;44;16;1;5;-17;0;4;30;18;**;;gtc 1;2;170;21;37;17;3;14;-18;2;0;111;177;140;;gaa 2;2;180;18;35;18;4;6;-19;0;3;69;169;**;;gaa 1;0;190;23;34;19;11;6;-20;1;6;105;330;58;;gac ;0;200;30;32;20;2;10;-21;0;0;43;307;-;270;gac 1;0;210;29;33;21;8;9;-22;0;0;36;296;**;;gta ;0;220;20;35;22;3;15;-23;3;1;170;239;-;173;ccg 2;0;230;21;26;23;3;11;-24;0;0;13;63;**;;caa 2;0;240;22;25;24;5;7;-25;2;0;277;528;132;;ctc 2;0;250;11;26;25;2;13;-26;1;2;287;136;**;;ctc 1;1;260;14;23;26;2;12;-27;1;0;76;175;24;;gga ;3;270;23;19;27;5;10;-28;1;0;125;259;**;;tac 1;1;280;13;10;28;6;5;-29;1;3;72;221;208;;ggc ;1;290;13;19;29;0;8;-30;0;0;269;55;**;;ggg 2;1;300;15;9;30;4;6;-31;1;0;265;249;;; 1;0;310;13;14;31;2;8;-32;1;0;24;311;;; 1;0;320;13;12;32;2;9;-33;0;0;83;227;;; 1;0;330;9;10;33;4;4;-34;0;0;16;370;;; 1;0;340;9;6;34;1;6;-35;0;1;265;151;;; 1;0;350;11;6;35;1;6;-36;1;0;130;;;; ;0;360;8;8;36;5;1;-37;0;0;53;;;; 2;0;370;6;5;37;3;2;-38;1;0;291;;;; ;0;380;7;5;38;1;7;-39;0;0;106;;;; ;0;390;4;7;39;3;6;-40;1;0;147;;;; ;0;400;5;1;40;1;9;-41;0;1;173;;;; 4;7;reste;97;92;reste;823;1292;-42;0;0;743;;;; 35;45;total;975;1803;total;975;1803;-43;0;1;50;;;; 30;38;diagr;875;1711;diagr;149;511;-44;0;0;154;;;; 2;4; t30;126;453;;;;-45;0;0;74;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;CDS 16s;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;1752;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;23s 5s;;;; ;x;972;55;3;1030;;;-49;1;0;82;;;; ;c;1803;523;0;2326;;;-50;1;0;5s CDS;;;; ;;;;;3356;117;;reste;9;10;-;461;;; ;;;;;;3473;;total;55;523;;;;; </pre> =====aua autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_autres_intercalaires_aas|aua autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement <pre> autres intercalaires ;;aua;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;157474;158811;438;*; ;;regulatory;159250;159351;138;*; fin;;CDS;159490;160275;;; deb;comp;CDS;170900;171925;368;*; ;;tRNA;172294;172378;130;*;ctg fin;;CDS;172509;172772;;; deb;comp;CDS;330094;330690;338;*; ;;tRNA;331029;331103;404;*;ggc ;comp;tRNA;331508;331584;44;*;atgf ;comp;tRNA;331629;331705;255;*;atgf fin;comp;CDS;331961;333217;;0; deb;;CDS;344949;346025;589;*; ;;tRNA;346615;346704;660;*;tcg fin;;CDS;347365;348471;;0; deb;comp;CDS;393335;395344;812;*; ;comp;tRNA;396157;396232;439;*;gcc fin;comp;CDS;396672;397094;;0; deb;;CDS;636089;637537;640;*; ;comp;tRNA;638178;638253;182;*;gcg fin;;CDS;638436;638738;;; deb;;CDS;680871;681065;46;*; ;;regulatory;681112;681214;62;*; fin;;CDS;681277;683100;;; deb;comp;CDS;762422;762607;31;*; ;comp;regulatory;762639;762877;116;*; fin;comp;CDS;762994;763371;;; deb;;CDS;894578;894772;102;*; ;;regulatory;894875;895098;119;*; fin;;CDS;895218;896204;;; deb;comp;CDS;924507;925466;529;*; ;comp;tRNA;925996;926085;349;*;tcc fin;;CDS;926435;926767;;; deb;comp;CDS;973959;974375;30;*; ;;ncRNA;974406;974502;208;*; fin;comp;CDS;974711;975313;;0; deb;comp;CDS;1215259;1216272;45;*; ;comp;regulatory;1216318;1216420;368;*; deb;;CDS;1216789;1217439;60;*; ;;tRNA;1217500;1217576;68;*;agg fin;comp;CDS;1217645;1218760;;; deb;;CDS;1350534;1352180;-30;*; ;comp;tRNA;1352151;1352227;51;*;cgt ;comp;tRNA;1352279;1352355;169;*;cgt fin;comp;CDS;1352525;1353967;;0; deb;;CDS;1401921;1402442;142;*; ;;tRNA;1402585;1402661;175;*;cac fin;;CDS;1402837;1402989;;; deb;;CDS;1544580;1546277;455;*; ;comp;tRNA;1546733;1546808;161;*;ttc ;;tRNA;1546970;1547044;414;*;acc fin;;CDS;1547459;1549516;;0; deb;;CDS;1609269;1610216;278;*; ;comp;tRNA;1610495;1610571;121;*;cgg fin;comp;CDS;1610693;1611427;;; deb;;CDS;1619798;1621321;102;*; ;;regulatory;1621424;1621513;147;*; fin;;CDS;1621661;1622968;;; deb;;CDS;1683255;1683581;209;*; ;comp;tRNA;1683791;1683864;580;*;cag fin;;CDS;1684445;1685734;;; deb;;CDS;1700827;1701852;300;*; ;comp;tRNA;1702153;1702227;128;*;gtc ;comp;tRNA;1702356;1702430;186;*;gtc ;comp;tRNA;1702617;1702691;68;*;gtc fin;comp;CDS;1702760;1703125;;0; deb;;CDS;1946715;1946936;6;*; ;comp;tRNA;1946943;1947018;126;*;atgi fin;;CDS;1947145;1947345;;0; deb;;CDS;1981934;1983139;139;*; ;;tRNA;1983279;1983368;234;*;agc fin;comp;CDS;1983603;1984061;;0; deb;;CDS;1996083;1997171;243;*; ;comp;tRNA;1997415;1997490;112;*;acg fin;comp;CDS;1997603;1998583;;0; deb;;CDS;2082120;2083970;0;*; ;;regulatory;2083971;2084083;157;*; fin;;CDS;2084241;2085203;;; deb;comp;CDS;2263930;2264781;30;*; ;comp;tRNA;2264812;2264886;111;*;gtg fin;comp;CDS;2264998;2265768;;0; deb;;CDS;2363764;2364786;18;*; ;comp;tRNA;2364805;2364879;140;*;gaa ;comp;tRNA;2365020;2365094;69;*;gaa fin;comp;CDS;2365164;2366240;;; deb;;CDS;2367774;2368247;105;*; ;;tRNA;2368353;2368429;43;*;cca deb;;CDS;2368473;2368778;36;*; ;;tRNA;2368815;2368890;177;*;aga fin;comp;CDS;2369068;2369220;;0; deb;comp;CDS;2401620;2402717;170;*; ;comp;tRNA;2402888;2402963;169;*;aaa fin;;CDS;2403133;2403870;;; deb;;CDS;2419602;2420852;13;*; ;;tRNA;2420866;2420955;277;*;tca fin;;CDS;2421233;2421934;;; deb;comp;CDS;2601493;2601858;287;*; ;comp;tRNA;2602146;2602222;58;*;gac ;comp;tRNA;2602281;2602357;270;*;gac ;;tRNA;2602628;2602703;330;*;gta fin;comp;CDS;2603034;2603312;;; deb;comp;CDS;2608494;2609849;76;*; ;comp;tRNA;2609926;2610009;307;*;cta fin;;CDS;2610317;2610460;;; deb;comp;CDS;2641174;2641824;125;*; ;comp;tRNA;2641950;2642023;72;*;tgc deb;comp;CDS;2642096;2642443;296;*; ;;tRNA;2642740;2642814;269;*;aac fin;;CDS;2643084;2644127;;; deb;comp;CDS;2651145;2652935;239;*; ;;tRNA;2653175;2653259;265;*;tta fin;;CDS;2653525;2653725;;0; deb;comp;CDS;2753154;2753396;24;*; ;comp;tRNA;2753421;2753497;83;*;atgf fin;comp;CDS;2753581;2754180;;; deb;;CDS;2768127;2769224;63;*; ;comp;tRNA;2769288;2769364;173;*;ccg ;;tRNA;2769538;2769612;528;*;caa fin;comp;CDS;2770141;2770566;;0; deb;comp;CDS;2787112;2789121;16;*; ;comp;tRNA;2789138;2789214;265;*;ccc fin;comp;CDS;2789480;2790022;;; deb;;CDS;2927857;2928789;136;*; ;comp;tRNA;2928926;2929010;132;*;ctc ;comp;tRNA;2929143;2929227;175;*;ctc fin;;CDS;2929403;2930164;;; deb;comp;CDS;2971057;2971257;130;*; ;comp;tRNA;2971388;2971463;53;*;tgg fin;comp;CDS;2971517;2972374;;; deb;comp;CDS;2973322;2974497;291;*; ;comp;tRNA;2974789;2974862;24;*;gga ;comp;tRNA;2974887;2974971;259;*;tac fin;;CDS;2975231;2976097;;0; deb;comp;CDS;2979955;2981049;221;*; ;;tRNA;2981271;2981346;55;*;aca fin;comp;CDS;2981402;2981752;;; deb;comp;CDS;3063743;3064045;106;*; ;comp;tRNA;3064152;3064227;147;*;aag fin;comp;CDS;3064375;3064803;;; deb;;CDS;3082739;3084151;84;*; ;;tmRNA;3084236;3084602;54;*; fin;;CDS;3084657;3085265;;; deb;comp;CDS;3194307;3194906;249;*; ;;tRNA;3195156;3195232;173;*;atgj fin;;CDS;3195406;3196356;;0; deb;comp;CDS;3206006;3206455;743;*; ;comp;tRNA;3207199;3207273;50;*;gag fin;comp;CDS;3207324;3207689;;1; deb;;CDS;3243122;3243553;99;*; ;comp;ncRNA;3243653;3243811;80;*; fin;comp;CDS;3243892;3244527;;; deb;comp;CDS;3301324;3301785;705;*; ;comp;ncRNA;3302491;3302881;111;*; fin;comp;CDS;3302993;3303622;;; deb;comp;CDS;3399971;3400144;311;*; ;;tRNA;3400456;3400530;154;*;aac fin;;CDS;3400685;3400924;;; deb;;CDS;3401737;3403497;227;*; ;comp;tRNA;3403725;3403799;208;*;ggc ;comp;tRNA;3404008;3404082;74;*;ggg fin;comp;CDS;3404157;3404834;;; deb;comp;CDS;3404854;3405936;125;*; ;;regulatory;3406062;3406139;56;*; fin;;CDS;3406196;3407389;;; deb;comp;CDS;3597872;3598414;370;*; ;;tRNA;3598785;3598869;151;*;ttg fin;comp;CDS;3599021;3599251;;0; </pre> ===alpha synthèse=== ====alpha distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_génome|alpha distribution par génome]] <pre> alpha8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total rtb;8;25;;;;0;;;33 rpm;7;30;;;;8;42;5;92 rru;4;36;;;;8;4;3;55 oan;6;41;;;;8;;4;59 abq;20;38;;;;16;10;3;87 abs;20;39;;;;8;10;3;80 agr;5;35;;;;10;2;5;57 aua;10;30;;;;2;13;;55 ;;;;;;;;; total;80;274;0;0;0;60;81;23;518 </pre> ====alpha distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_du_total|alpha distribution du total]] <pre> alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;83 atgi;9;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;33;acc;0;aac;;agc; ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;;gcc;;gac;0;ggc; tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;0;taa;;tga; ata;;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;8;cca;9;caa;8;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;;gca;27;gaa;;gga; ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;0 atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;161;274;0;0;0;0;435;;1-3aas;;;;23;;60;83 </pre> ====alpha distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_type|alpha distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;274;;alpha8;;;;;;;80;;alpha8;;;;;;;81;;alpha6;;;;;;; atgi;9;tct;0;tat;0;atgf;7;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23 att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;8;tcc;8;tac;2;tgc;4;;ttc;1;tcc;;tac;8;tgc;4;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;;acc;5;aac;5;agc;8;;atc;1;acc;3;aac;7;agc;;;atc;;acc;5;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;9;ccc;8;cac;7;cgt;8;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;4;cgt;5;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;8;gcc;5;gac;1;ggc;11;;gtc;2;gcc;5;gac;10;ggc;7;;gtc;3;gcc;6;gac;6;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;8;tca;8;taa;0;tga;1;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;0;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;8;aaa;9;aga;8;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;8;cca;9;caa;8;cga;0;;cta;8;cca;8;caa;6;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;4;gca;1;gaa;6;gga;;;gta;3;gca;1;gaa;2;gga;8;;gta;;gca;;gaa;4;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;7;tcg;7;tag;0;tgg;10;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;7;acg;8;aag;4;agg;6;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;6;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;6;ccg;3;cag;6;cgg;7;;ctg;4;ccg;1;cag;2;cgg;1;;ctg;5;ccg;6;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;3;gcg;4;gag;5;ggg;6;;gtg;;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;6;gcg;3;gag;4;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha 6;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;23;;; </pre> ====alpha par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_par_rapport_au_groupe_de_référence|alpha par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;90;14;38;;;;142; 16;moyen;103;15;16;;;60;134; 14;fort;81;51;27;;23;;182; ; ;274;80;81;;23;60;518; 10;g+cga;46;6;27;;;;79; 2;agg+cgg;13;1;;;;;14; 4;carre ccc;30;7;11;;;;48; 5;autres;1;;;;;;1; ;;90;14;38;;;;142; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;174;27;73;;;;274;26 16;moyen;199;29;31;;;116;259;324 14;fort;156;98;52;;44;;351;650 ;;529;154;156;;44;116;518;729 10;g+cga;89;12;52;;;;153;10 2;agg+cgg;25;2;0;;;;27; 4;carre ccc;58;14;21;;;;93;16 5;autres;2;0;0;;;;2; ;;174;27;73;;;;274; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;207;32;87;326;26;33;18;47 16;moyen;237;34;37;308;324;38;19;20 14;fort;186;117;62;366;650;30;64;33 ;;630;184;186;435;729;274;80;81 10;g+cga;106;14;62;182;10;51;;71 2;agg+cgg;30;2;0;32;;14;; 4;carre ccc;69;16;25;110;16;33;;29 5;autres;2;0;0;2;;1;; ;;207;32;87;326;;90;;38 </pre> ====alpha, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha,_estimation_des_-rRNAs|alpha, estimation des -rRNAs]] <pre> alpha;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 70 génomes total avec rRNA;;;;alpha8;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;70;525; ; ;;indices;;;;70;750;0;0;;alpha8;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;435 atgi;;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;;tct;;tat;;atgf;206;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8 atc;189;acc;;aac;;agc;;;atc;270;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;13;aac;14;agc;8 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;9;aaa;10;aga;8 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;9;caa;8;cga; gta;;gca;191;gaa;;gga;;;gta;;gca;273;gaa;;gga;;;gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6 ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1.4;;ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7 ;;380;;144;;1;525;;;;543;;206;;1;750;;;;134;;159;;142;435 27.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;30.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;16935;0.6;0.3;;indices;sans +16s;;;347;16935;0,6;0,3;;alpha8;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;30;;atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;236;;atgi;113;tct;;tat;;atgf;88 att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;163;tcc;100;tac;125;tgc;100 atc;-1;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;269;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;13;acc;163;aac;175;agc;100 ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;138;ccc;100;cac;138;cgt;163 gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;163;gcc;200;gac;213;ggc;275 tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;100;tca;100;taa;;tga;13 ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;113;aaa;125;aga;100 cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;100;cca;113;caa;100;cga; gta;105;gca;-2;gaa;141;gga;104;;gta;105;gca;271;gaa;141;gga;104;;gta;88;gca;25;gaa;150;gga;100 ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;88;tcg;88;tag;;tgg;125 atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;125;acg;100;aag;125;agg;75 ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;106;;ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;107;;ctg;188;ccg;125;cag;125;cgg;100 gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;113;gcg;113;gag;113;ggg;88 ;;1421;;1529;;1241;4191;;;;1964;;1735;;1242;4941;;;;1675;;1988;;1775;5438 rapports;;72;;88;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;alpha8;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;13;;fiches;45.571;;;fréquences;;;;;atgi;6;tct;;tat;100;atgf;66 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;3190;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;525;;;10;18;;;;ctt;100;cct;100;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;70;;;20;9;;;;gtt;;gct;;gat;100;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;33;tcc;1;tac;17;tgc;5 atc;0;acc;100;aac;100;agc;100;;alpha8;54.375;;;40;6;;;;atc;108;acc;34;aac;37;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;435;;;50;4;39;;;ctc;16;ccc;18;cac;26;cgt;31 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;205;;;60;4;;;;gtc;35;gcc;52;gac;29;ggc;52 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;1;;;;tta;6;tca;2;taa;100;tga;20 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;5;aaa;15;aga;3 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par alpha8;;;;90;0;;;;cta;3;cca;8;caa;12;cga;100 gta;100;gca;-1;gaa;100;gga;100;;est 19 % au dessus;;;;100;2;;;;gta;17;gca;107;gaa;6;gga;4 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;2;;;;ttg;4;tcg;2;tag;100;tgg;18 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;70;;100;;;48;;;;atgj;7;acg;9;aag;36;agg;0 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;99;;atc;189;269;;;;;;;ctg;52;ccg;43;cag;48;cgg;5 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;gca;191;271;;;;;;;gtg;48;gcg;48;gag;52;ggg;20 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;178;;330;;451;959 </pre> ===cvi=== ====cvi opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_opérons|cvi opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Chro_viol_ATCC_12472/chroViol-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_005085.1;cvi;genome;;; 65%GC;30.6.19 Paris;16s 8;98;doubles;intercalaires ;Chromobacterium violaceum ATCC 12472;;;; ;421217..422762;;16s;@1;179 ;422942..423018;;atc;;86 ;423105..423180;;gca;;249 ;423430..426324;;23s;;125 ;426450..426564;;5s;; ;;;;; ;502182..503727;;16s;;79 ;503807..503883;;atc;;12 ;503896..503971;;gca;;250 ;504222..507116;;23s;;122 ;507239..507353;;5s;; ;;;;; comp;682034..682118;;ttg;; ;;;;; ;759824..759908;;tac;; ;;;;; comp;878775..878849;;agg;; ;;;;; ;955155..955230;;gcg;; ;;;;; ;975612..975696;;ctc;; ;;;;; ;1006822..1006897;;ttc;+;6 ;1006904..1006979;;ttc;2 ttc; ;;;;; ;1058518..1058611;;agc;;6 ;1058618..1058694;;cgt;;3 ;1058698..1058772;;gaa;; ;;;;; comp;1061741..1061815;;gaa;+;3 comp;1061819..1061895;;cgt;2 gaa;7 comp;1061903..1061977;;gaa;2cgt;5 comp;1061983..1062059;;cgt;; ;;;;; ;1154020..1155565;;16s;;179 ;1155745..1155821;;atc;;86 ;1155908..1155983;;gca;;250 ;1156234..1159128;;23s;;122 ;1159251..1159365;;5s;; ;;;;; comp;1263556..1263645;;tcg;; ;;;;; ;1273710..1273786;;atgf;; ;;;;; ;1377435..1377510;;ggc;+;23 ;1377534..1377609;;ggc;5 ggc;22 ;1377632..1377707;;ggc;;24 ;1377732..1377807;;ggc;;29 ;1377837..1377912;;ggc;;45 ;1377958..1378031;;tgc;; ;;;;; ;1387010..1387094;;tta;; ;;;;; ;1420085..1420161;;gtc;; ;;;;; ;1427771..1427847;;ccc;; ;;;;; comp;1433244..1433319;;aac;+;32 comp;1433352..1433427;;aac;3 aac;31 comp;1433459..1433534;;aac;; ;;;;; ;1646821..1648366;;16s;;179 ;1648546..1648622;;atc;;86 ;1648709..1648784;;gca;;249 ;1649034..1651928;;23s;;122 ;1652051..1652165;;5s;;89 ;1652255..1652369;;5s;; ;;;;; ;1746117..1746207;;tcc;+;53 ;1746261..1746351;;tcc;2 tcc; ;;;;; ;1978844..1978919;;aac;; ;;;;; comp;2094372..2094447;;cac;+;26 comp;2094474..2094549;;cac;3 cac;45 comp;2094595..2094670;;cac;;27 comp;2094698..2094774;;aga;;18 comp;2094793..2094869;;cca;; ;;;;; comp;2511625..2511712;;tca;; ;;;;; comp;2747299..2747375;;gac;;7 comp;2747383..2747458;;gta;; ;;;;; ;2853221..2853305;;cta;; ;;;;; ;3187082..3187157;;aca;; ;;;;; ;3257362..3257437;;gcc;; ;;;;; ;3262246..3262321;;gcc;+;8 ;3262330..3262405;;gaa;2 gcc;11 ;3262417..3262492;;gcc;; ;;;;; comp;3371478..3371592;;5s;;122 comp;3371715..3374609;;23s;;250 comp;3374860..3374935;;gca;;12 comp;3374948..3375024;;atc;;79 comp;3375104..3376649;;16s;; ;;;;; ;3472822..3472897;;gta;+;12 ;3472910..3472986;;gac;5 gta;26 ;3473013..3473088;;gta;6 gac;12 ;3473101..3473177;;gac;1gtg;26 ;3473204..3473279;;gta;;12 ;3473292..3473368;;gac;;26 ;3473395..3473470;;gta;;12 ;3473483..3473559;;gac;;27 ;3473587..3473663;;gtg;;6 ;3473670..3473746;;gac;;27 ;3473774..3473850;;gtg;;6 ;3473857..3473933;;gac;; ;;;;; ;3622292..3622365;;ggg;; ;;;;; comp;3820120..3820234;;5s;;122 comp;3820357..3823251;;23s;;249 comp;3823501..3823576;;gca;;86 comp;3823663..3823739;;atc;;179 comp;3823919..3825464;;16s;; ;;;;; ;3828836..3828922;;ctg;+;51 ;3828974..3829060;;ctg;4 ctg;33 ;3829094..3829180;;ctg;;57 ;3829238..3829324;;ctg;; ;;;;; ;3854547..3854622;;caa;@2;*557 ;3855180..3855255;;acg;;61 ;3855317..3855393;;ccg;+;78 ;3855472..3855548;;ccg;2 ccg; ;;;;; comp;4059834..4059912;;atgi;; ;;;;; comp;4244591..4244705;;5s;;122 comp;4244828..4247722;;23s;;249 comp;4247972..4248047;;gca;;86 comp;4248134..4248210;;atc;;179 comp;4248390..4249935;;16s;; ;;;;; comp;4325718..4325794;;atgf;; ;;;;; comp;4389268..4389342;;caa;; ;;;;; ;4402077..4402153;;cgg;; ;;;;; comp;4434130..4434244;;5s;;122 comp;4434367..4437261;;23s;;249 comp;4437511..4437586;;gca;;86 comp;4437673..4437749;;atc;;179 comp;4437929..4439474;;16s;; ;;;;; ;4474196..4474272;;atg;+;35 ;4474308..4474384;;atg;2 atg; ;;;;; comp;4529616..4529690;;acc;; ;;;;; comp;4532053..4532128;;tgg;; ;;;;; comp;4533370..4533444;;acc;;24 comp;4533469..4533542;;gga;;52 comp;4533595..4533679;;tac;; ;;;;; comp;4586712..4586787;;aaa;+;38 comp;4586826..4586901;;aag;3 aaa;35 comp;4586937..4587012;;aaa;2 aag;28 comp;4587041..4587116;;aag;;37 comp;4587154..4587229;;aaa;; </pre> ====cvi cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_cumuls|cvi cumuls]] <pre> cvi cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;8;1;0;- ;16 23 5s 0;0;20;16;2 ;16 atc gca;8;40;20; ;16 23 5s a;0;60;6; ;max a;2;80;2; ;a doubles;0;100;0;6 ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;16;140;0; sans ;opérons;37;160;0; ;1 aa;22;180;0; ;max a;12;200;0; ;a doubles;12;;1; ;total aas;82;;45;8 total aas;;98;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;; ;;;variance;; sans jaune;;;moyenne;26;86 ;;;variance;18;0 </pre> ====cvi blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_blocs|cvi blocs]] <pre> cvi blocs;;;;;; 16s;179;1546;79;1546;179;1546 atc;86;;12;;86; gca;249;;250;;250; 23s;125;2895;122;2895;122;2895 5s;;115;;115;;115 ;;;;;; ;;;;;; 5s;122;115;122;115;122;115 23s;250;2895;249;2895;249;2895 gca;12;;86;;86; atc;79;;179;;179; 16s;;1546;;1546;;1546 ;;;;;; 16s;179;1546;;5s;122;115 atc;86;;;23s;249;2895 gca;249;;;gca;86; 23s;122;2895;;atc;179; 5s;89;115;;16s;;1546 5s;;115;;;; </pre> ====cvi distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_distribution|cvi distribution]] <pre> beta1;;;;;;;82;;beta1;;;;;;;22;;beta1;;;;;;;37;;beta1;;;;;;;23 atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc; atc;0;acc;1;aac;4;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;3;agc; ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt; gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;7;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5 tta;1;tca;1;taa;0;tga;0;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;0;aca;1;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;2;cga;0;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;6;gca;0;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;4;ccg;2;cag;0;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg; gtg;1;gcg;2;gag;0;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cvi données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_données_intercalaires|cvi données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cvi;fx;fc;cvi;fx40;fc40;cvi;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa 0;0;0;5;10;0;5;10;-1;0;118;177;152;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;suite 0;2;10;62;334;1;7;58;-2;3;0;58;57;447;506;;7;;gac 0;3;20;33;245;2;3;44;-3;0;0;858;110;370;450;;**;;gta 0;2;30;18;120;3;10;42;-4;22;375;19;46;439;391;;8;;gcc 0;1;40;17;116;4;6;30;-5;0;0;49;190;439;;;11;;gaa 2;3;50;43;99;5;2;25;-6;2;0;329;180;437;;;**;;gcc 1;4;60;71;107;6;8;13;-7;2;10;19;425;23s 5s;;;12;;gta 2;2;70;92;154;7;6;18;-8;0;56;91;707;127;;;26;;gac 1;1;80;56;140;8;5;13;-9;1;0;155;136;7* 124;;;12;;gta 0;3;90;32;83;9;8;41;-10;0;6;51;211;5s CDS;;;26;;gac 1;4;100;52;95;10;7;50;-11;4;31;62;66;280;137;;12;;gta 2;1;110;35;82;11;2;42;-12;1;0;173;225;189;154;;26;;gac 0;1;120;44;73;12;6;26;-13;2;10;120;182;415;101;;12;;gta 0;3;130;43;84;13;4;35;-14;0;21;435;70;213;206;;27;;gac 2;1;140;32;60;14;3;25;-15;0;0;101;49;5s 5s;;;6;;gta 0;0;150;20;51;15;4;21;-16;0;4;183;205;89;;;27;;gac 2;2;160;32;49;16;5;28;-17;3;16;182;151;16s tRNA;;;6;;gtg 0;2;170;22;50;17;0;19;-18;0;0;30;303;6* 182;;atc;**;;gac 1;3;180;20;43;18;3;17;-19;2;3;204;106;2* 82;;atc;51;;ctg 2;2;190;28;39;19;5;18;-20;1;12;98;212;tRNA 23s;;;33;;ctg 0;1;200;36;30;20;1;14;-21;1;0;59;73;3* 254;;gca;57;;ctg 1;2;210;23;35;21;1;16;-22;1;1;360;651;5* 253;;gca;**;;ctg 2;0;220;12;26;22;2;13;-23;1;4;25;97;tRNA tRNA;;intra;61;;acg 1;1;230;17;25;23;1;7;-24;1;0;15;137;6* 86;;atc gca;78;;ccg 0;0;240;23;14;24;3;18;-25;1;2;93;265;2* 12;;atc gca;;;ccg 0;0;250;11;11;25;1;10;-26;0;3;230;;tRNA tRNA;;;35;;atgj 0;0;260;16;13;26;2;13;-27;0;0;130;;6;;ttc;**;;atgj 1;0;270;16;21;27;3;7;-28;1;0;46;;**;;ttc;24;;acc 0;0;280;17;14;28;2;12;-29;1;2;71;;6;;agc;52;;gga 0;0;290;17;11;29;2;13;-30;0;0;48;;3;;cgt;**;;tac 0;0;300;7;15;30;1;11;-31;3;1;411;;**;;gaa;38;;aaa 1;0;310;12;9;31;1;17;-32;2;0;163;;3;;gaa;35;;aag 0;0;320;6;14;32;0;12;-33;0;0;170;;7;;cgt;28;;aaa 0;1;330;2;9;33;4;13;-34;0;0;55;;5;;gaa;37;;aag 0;0;340;10;9;34;0;11;-35;2;1;770;;**;;cgt;**;;aaa 0;0;350;6;5;35;1;9;-36;0;0;201;;23;;ggc;;; 0;1;360;6;5;36;1;11;-37;1;0;92;;22;;ggc;;; 0;0;370;7;11;37;5;9;-38;0;2;747;;24;;ggc;;; 0;0;380;4;6;38;1;9;-39;0;0;151;;29;;ggc;;; 0;0;390;3;7;39;3;10;-40;0;1;89;;45;;ggc;;; 0;0;400;5;6;40;1;15;-41;2;1;6;;**;;tgc;;; 3;5;reste;89;94;reste;967;1599;-42;0;0;87;;32;;aac;;; 25;51;total;1102;2424;total;1102;2424;-43;1;0;125;;31;;aac;;; 22;46;diagr;1008;2320;diagr;130;815;-44;0;3;86;;**;;aac;;; 0;7; t30;113;699;;;;-45;0;0;179;;53;;tcc;;; ;;;;;;;;-46;0;0;64;;**;;tcc;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;10;;26;;cac;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;40;;45;;cac;;; ;x;1097;69;5;1171;;;-49;1;0;139;;27;;cac;;; ;c;2414;687;10;3111;;;-50;1;0;194;;18;;aga;;; ;;;;;4282;205;;reste;6;4;130;;**;;cca;;; ;;;;;;4487;;total;69;687;;;;;;;; </pre> =====cvi autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires_aas|cvi autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cvi;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;242272;116;comp; ;regulatory;243048;76;; fin;CDS;243272;;; deb;CDS;419401;506;comp; ;rRNA;421224;182;;16s ;tRNA;422942;86;;atc ;tRNA;423105;253;;gca ;rRNA;423434;127;;23s ;rRNA;426450;137;;5s fin;CDS;426702;;comp; deb;CDS;500524;447;; ;rRNA;502189;82;;16s ;tRNA;503807;12;;atc ;tRNA;503896;254;;gca ;rRNA;504226;124;;23s ;rRNA;507239;280;;5s fin;CDS;507634;;; deb;CDS;521304;119;comp; ;regulatory;522458;124;; fin;CDS;522848;;; deb;CDS;526333;31;; ;ncRNA;526676;12;; fin;CDS;526872;;; deb;CDS;578634;106;comp; ;ncRNA;581905;130;; fin;CDS;582495;;; deb;CDS;680663;177;comp; ;tRNA;682034;58;comp;ttg fin;CDS;682177;;comp; deb;CDS;758940;152;comp; ;tRNA;759824;57;;tac fin;CDS;759966;;comp; deb;CDS;877002;858;comp; ;tRNA;878775;19;comp;agg fin;CDS;878869;;comp; deb;CDS;952811;49;; ;tRNA;955155;329;;gcg fin;CDS;955560;;; deb;CDS;975236;19;; ;tRNA;975612;91;;ctc fin;CDS;975788;;; deb;CDS;996781;89;comp; ;regulatory;998457;72;; fin;CDS;998621;;; deb;CDS;1006022;155;; ;tRNA;1006822;6;;ttc ;tRNA;1006904;51;;ttc fin;CDS;1007031;;; deb;CDS;1057229;62;; ;tRNA;1058518;6;;agc ;tRNA;1058618;3;;cgt ;tRNA;1058698;110;;gaa deb;CDS;1058883;173;comp; ;tRNA;1061741;3;comp;gaa ;tRNA;1061819;7;comp;cgt ;tRNA;1061903;5;comp;gaa ;tRNA;1061983;46;comp;cgt fin;CDS;1062106;;; deb;CDS;1153105;370;; ;rRNA;1154027;182;;16s ;tRNA;1155745;86;;atc ;tRNA;1155908;254;;gca ;rRNA;1156238;124;;23s ;rRNA;1159251;189;;5s fin;CDS;1159555;;; deb;CDS;1262223;190;; ;tRNA;1263556;120;comp;tcg fin;CDS;1263766;;comp; deb;CDS;1272648;435;; ;tRNA;1273710;180;;atgf fin;CDS;1273967;;comp; deb;CDS;1292860;191;; ;repeat_region;1293342;324;; fin;CDS;1295441;;; deb;CDS;1376752;101;; ;tRNA;1377435;23;;ggc ;tRNA;1377534;22;;ggc ;tRNA;1377632;24;;ggc ;tRNA;1377732;29;;ggc ;tRNA;1377837;45;;ggc ;tRNA;1377958;425;;tgc fin;CDS;1378457;;comp; deb;CDS;1385508;707;comp; ;tRNA;1387010;183;;tta fin;CDS;1387278;;; deb;CDS;1418833;136;comp; ;tRNA;1420085;182;;gtc fin;CDS;1420344;;; deb;CDS;1427387;30;; ;tRNA;1427771;204;;ccc fin;CDS;1428052;;; deb;CDS;1432303;98;comp; ;tRNA;1433244;32;comp;aac ;tRNA;1433352;31;comp;aac ;tRNA;1433459;211;comp;aac fin;CDS;1433746;;; deb;CDS;1451057;323;comp; ;repeat_region;1452712;105;; fin;CDS;1454130;;comp; deb;CDS;1458879;179;; ;repeat_region;1461308;144;; fin;CDS;1462645;;; deb;CDS;1644076;439;; ;rRNA;1646828;182;;16s ;tRNA;1648546;86;;atc ;tRNA;1648709;253;;gca ;rRNA;1649038;124;;23s ;rRNA;1652051;89;;5s ;rRNA;1652255;154;;5s fin;CDS;1652524;;comp; deb;CDS;1689363;107;comp; ;regulatory;1690517;42;comp; fin;CDS;1690745;;comp; deb;CDS;1744930;59;; ;tRNA;1746117;53;;tcc ;tRNA;1746261;360;;tcc fin;CDS;1746712;;; deb;CDS;1786722;25;; ;tRNA;1786963;15;; fin;CDS;1787071;;; deb;CDS;1899096;223;; ;repeat_region;1900978;157;; fin;CDS;1902728;;comp; deb;CDS;1975805;93;; ;tRNA;1978844;66;;aac fin;CDS;1978986;;comp; deb;CDS;2093021;230;; ;tRNA;2094372;26;;cac ;tRNA;2094474;45;;cac ;tRNA;2094595;27;;cac ;tRNA;2094698;18;;aga ;tRNA;2094793;225;;cca fin;CDS;2095095;;comp; deb;CDS;2186305;69;; ;tmRNA;2186992;205;; fin;CDS;2187562;;; deb;CDS;2192639;145;comp; ;regulatory;2193399;4;comp; ;regulatory;2193502;65;comp; fin;CDS;2193653;;comp; deb;CDS;2337863;-1;; ;ncRNA;2338135;0;; fin;CDS;2338210;;; deb;CDS;2511015;130;comp; ;tRNA;2511625;46;comp;tca fin;CDS;2511759;;comp; deb;CDS;2560167;264;comp; ;ncRNA;2560755;168;comp; fin;CDS;2561022;;; deb;CDS;2745389;71;comp; ;tRNA;2747299;7;comp;gac ;tRNA;2747383;48;comp;gta fin;CDS;2747507;;comp; deb;CDS;2852349;182;comp; ;tRNA;2853221;70;;cta fin;CDS;2853376;;comp; deb;CDS;3186574;49;comp; ;tRNA;3187082;411;;aca fin;CDS;3187569;;; deb;CDS;3256344;205;comp; ;tRNA;3257362;151;;gcc fin;CDS;3257589;;comp; deb;CDS;3261178;303;comp; ;tRNA;3262246;8;;gcc ;tRNA;3262330;11;;gaa ;tRNA;3262417;106;;gcc fin;CDS;3262599;;comp; deb;CDS;3368966;415;comp; ;rRNA;3371478;124;comp;5s ;rRNA;3371717;254;comp;23s ;tRNA;3374860;12;comp;gca ;tRNA;3374948;82;comp;atc ;rRNA;3375107;439;comp;16s fin;CDS;3377082;;comp; deb;CDS;3447322;50;comp; ;regulatory;3448389;124;comp; fin;CDS;3448608;;; deb;CDS;3471644;212;comp; ;tRNA;3472822;12;;gta ;tRNA;3472910;26;;gac ;tRNA;3473013;12;;gta ;tRNA;3473101;26;;gac ;tRNA;3473204;12;;gta ;tRNA;3473292;26;;gac ;tRNA;3473395;12;;gta ;tRNA;3473483;27;;gac ;tRNA;3473587;6;;gta ;tRNA;3473670;27;;gac ;tRNA;3473774;6;;gtg ;tRNA;3473857;163;;gac fin;CDS;3474097;;; deb;CDS;3621600;170;; ;tRNA;3622292;55;;ggg fin;CDS;3622421;;; deb;CDS;3727029;40;comp; ;regulatory;3728158;14;comp; ;regulatory;3728271;172;comp; fin;CDS;3728534;;comp; deb;CDS;3818863;213;comp; ;rRNA;3820120;124;comp;5s ;rRNA;3820359;253;comp;23s ;tRNA;3823501;86;comp;gca ;tRNA;3823663;182;comp;atc ;rRNA;3823922;437;comp;16s deb;CDS;3825895;73;comp; ;tRNA;3828836;51;;ctg ;tRNA;3828974;33;;ctg ;tRNA;3829094;57;;ctg ;tRNA;3829238;651;;ctg fin;CDS;3829976;;comp; deb;CDS;3854191;770;comp; ;tRNA;3855180;61;comp;acg ;tRNA;3855317;78;comp;ccg ;tRNA;3855472;97;comp;ccg fin;CDS;3855646;;; deb;CDS;4058859;201;comp; ;tRNA;4059834;92;comp;atgi fin;CDS;4060005;;comp; deb;CDS;4244169;101;; ;rRNA;4244591;124;comp;5s ;rRNA;4244830;253;comp;23s ;tRNA;4247972;86;comp;gca ;tRNA;4248134;182;comp;atc ;rRNA;4248393;450;comp;16s fin;CDS;4250379;;; deb;CDS;4324029;747;comp; ;tRNA;4325718;151;comp;atgf fin;CDS;4325946;;comp; deb;CDS;4388195;89;comp; ;tRNA;4389268;6;comp;caa fin;CDS;4389349;;comp; deb;CDS;4401196;137;comp; ;tRNA;4402077;265;;cgg fin;CDS;4402419;;comp; deb;CDS;4433423;206;; ;rRNA;4434130;124;comp;5s ;rRNA;4434369;253;comp;23s ;tRNA;4437511;86;comp;gca ;tRNA;4437673;182;comp;atc ;rRNA;4437932;391;comp;16s fin;CDS;4439859;;; deb;CDS;4472951;87;; ;tRNA;4474196;35;;atgj ;tRNA;4474308;125;;atgj fin;CDS;4474510;;; deb;CDS;4529035;86;comp; ;tRNA;4529616;179;comp;acc fin;CDS;4529870;;comp; deb;CDS;4531632;64;comp; ;tRNA;4532053;10;comp;tgg deb;CDS;4532139;40;comp; ;tRNA;4533370;24;comp;acc ;tRNA;4533469;52;comp;gga ;tRNA;4533595;139;comp;tac fin;CDS;4533819;;comp; deb;CDS;4549877;87;comp; ;regulatory;4551002;131;; fin;CDS;4551282;;; deb;CDS;4586188;194;comp; ;tRNA;4586712;38;comp;aaa ;tRNA;4586826;35;comp;aag ;tRNA;4586937;28;comp;aaa ;tRNA;4587041;37;comp;aag ;tRNA;4587154;130;comp;aaa fin;CDS;4587360;;comp; </pre> ====cvi intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_entre_cds|cvi intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> cvi;4.2.21 Paris;;cvi 25.12.20;;;;;;;;; cvi;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5;intercal;<u>'''frequencez ;'''négatif;756;17.7;'''négatif ;-8;11;-1 à -102;'''4 751 080;-1;756;610;2 ;'''zéro;15;0.4;;;;;'''intercals;0;15;620;1 ;'''1 à 200;2842;66.4;'''0 à 200;74;55;;'''452 650;5;227;630;2 ;'''201 à 370;455;10.6;'''201 à 370;266;47;;'''9.5%;10;169;640;1 ;'''371 à 600;147;3.4;'''371 à 600;453;59;;;15;168;650;1 ;'''601 à max;67;1.6;'''601 à 1309;795;172;;;20;110;660;4 ;'''total 4282;<201;84.4;'''total 4281;104;142;-102 à 1309;;25;72;670;4 adresse;intercalx;intercal;<u>'''fréquence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul,t %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;66;680;2 1407250;1977;-1;756;-70;6;;0;15;35;68;690;3 2476400;1309;0;15;-60;1;;-1;°118;40;65;700;5 667844;1253;1;°65;-50;4;;-2;3;45;75;710;2 448587;1220;2;47;-40;9;;-3;0;50;67;720;1 357760;1187;3;°52;-30;12;'''min à -1;-4;°397;55;84;730;5 707510;1165;4;36;-20;32;756;-5;0;60;94;740;2 139762;1148;5;27;-10;103;17.7%;-6;2;65;120;750;1 1309853;1098;6;21;0;604;;-7;12;70;126;760;2 2457295;1068;7;°24;10;396;;-8;°56;75;114;770;1 669869;1004;8;18;20;278;;-9;1;80;82;780;1 2288697;984;9;49;30;138;;-10;6;85;62;790;1 1828489;968;10;°57;40;133;'''1 à 100;-11;°35;90;53;800;4 3613803;905;11;44;50;142;1969;-12;1;95;81;810;1 2465473;902;12;32;60;178;46.0%;-13;12;100;66;820;2 2025387;900;13;°39;70;246;;-14;°21;105;60;830;0 869124;888;14;28;80;196;;-15;0;110;57;840;1 2030614;865;15;25;90;115;;-16;4;115;69;850;0 664864;858;16;°33;100;147;;-17;°19;120;48;860;1 2442265;838;17;19;110;117;;-18;0;125;58;870;1 561508;819;18;20;120;117;;-19;5;130;69;880;0 1345805;811;19;°23;130;127;;-20;°13;135;48;890;1 27453;809;20;15;140;92;;-21;1;140;44;900;1 3009727;799;21;°17;150;71;;-22;2;145;41;910;2 914899;796;22;15;160;81;;-23;°5;150;30;920;0 344593;793;23;8;170;72;'''1 à 200;-24;1;155;46;930;0 1783705;791;24;°21;180;63;2842;-25;3;160;35;940;0 1569417;787;25;11;190;67;66.4%;-26;°3;165;41;950;0 3000804;771;26;°15;200;66;;-27;0;170;31;960;0 34255;767;27;10;210;58;;-28;1;175;37;970;1 136535;759;28;°14;220;38;;-29;°3;180;26;980;0 2126902;751;29;15;230;42;;-30;0;185;39;990;1 1360178;742;30;12;240;37;;-31;4;190;28;1000;0 3310655;736;31;°18;250;22;'''0 à 200;-32;2;195;34;1010;1 2140607;733;32;12;260;29;2857;total;75;200;32;1020;0 ;;33;°17;270;37;;reste;26;205;32;1030;0 ;;34;11;280;31;;total;771;210;26;1040;0 ;;35;10;290;28;;;;215;19;1050;0 ;;36;12;300;22;;intercal;<u>'''frequencef;220;19;1060;0 ;;37;°14;310;21;;600;4215;225;21;1070;1 ;;38;10;320;20;;620;3;230;21;1080;0 ;;39;13;330;11;;640;3;235;17;1090;0 ;;40;°16;340;19;'''201 à 370;660;5;240;20;1100;1 ;;reste;2566;350;11;455;680;6;245;11;1110;0 ;;total;4282;360;11;10.6%;700;8;250;11;1120;0 ;;;;370;18;;720;3;255;9;1130;0 ;;;;380;10;;740;7;260;20;1140;0 ;;;;390;10;;760;3;265;17;1150;1 '''adresses;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;11;;780;2;270;20;1160;0 4014450;-102;comp;;410;11;;800;5;275;15;1170;1 1765439;-97;shift2;1671;420;9;;820;3;280;16;1180;0 1246857;-94;shift2;798;430;12;;840;1;285;17;1190;1 4426186;-80;comp;;440;14;;860;1;290;11;1200;0 3511064;-73;shift2;1;450;9;;880;1;295;14;reste;4 3199809;-71;shift2;494;460;5;;900;2;300;8;total;4282 3580355;-61;comp;;470;6;;920;2;305;14;; 4088183;-59;comp;;480;6;;940;;310;7;; 2599768;-57;comp;;490;5;;960;;315;14;; 1062106;-56;comp;;500;1;;980;1;320;6;; 3542032;-50;comp;;510;10;;1000;1;325;5;; 834886;-49;comp;;520;5;;1020;1;330;6;; 2603937;-44;shift2;;530;4;;1040;;335;13;; 2822032;-44;shift2;;540;2;'''371 à 600;1060;;340;6;; 4104968;-44;shift2;;550;4;147;1080;1;345;6;; 283435;-43;comp;;560;3;3.4%;1100;1;350;5;; 226851;-41;comp;;570;5;;1120;;355;6;; 387678;-41;comp;;580;3;'''601 à max;1140;;360;5;; 1796583;-41;shift2;;590;0;67;1160;1;365;10;; 4120154;-40;shift2;;600;2;1.6%;;61;370;8;; 3951302;-38;shift2;;reste;67;;reste;6;reste;214;; 4595659;-38;shift2;;total;4282;;total;4282;total;4282;; </pre> ====cvi intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cvi;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;29;-174;154;42;611;200;max70;&-44;372;-1071;112;852;282;min50 31 à 400;;;;;;;;&5.3;22;-332;69;915;-138;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;131;52;-;581;dte;30;tf;&204;67;;649;poly;203;SF 31 à 400;;;;;;;;&149;52;-;808;poly;107;tF corrélations cvi. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400 ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814 cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696 abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+ 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243 </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60 70, '''t30 t70'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.582;;;;; 41-n;0.931;0.858;0.891;;;;;;;;;;;; 1-n;0.696;0.434;0.549;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; cvi;fx;fc;;cvi;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;;cvi;Sx-;Sc- 0;5;10;;0;5;4;;0;5;10;;x;-1;0;118 10;62;334;;10;62;144;;1;7;58;>0;1097;-2;3;0 20;33;245;;20;33;106;;2;3;44;<0;69;-3;0;0 30;18;120;;30;18;52;;3;10;42;zéro;5;-4;22;375 40;17;116;;40;17;50;;4;6;30;total;1171;-5;0;0 50;43;99;;50;43;43;;5;2;25;;c;-6;2;0 60;71;107;;60;70;46;;6;8;13;>0;2414;-7;2;10 70;92;154;;70;91;66;;7;6;18;<0;687;-8;0;56 80;56;140;;80;56;60;;8;5;13;zéro;10;-9;1;0 90;32;83;;90;32;36;;9;8;41;total;3111;-10;0;6 100;52;95;;100;52;41;;10;7;50;;;-11;4;31 110;35;82;;110;35;35;;11;2;42;;;-12;1;0 120;44;73;;120;44;31;;12;6;26;;;-13;2;10 130;43;84;;130;43;36;;13;4;35;;;-14;0;21 140;32;60;;140;32;26;;14;3;25;;;-15;0;0 150;20;51;;150;20;22;;15;4;21;;;-16;0;4 160;32;49;;160;32;21;;16;5;28;;;-17;3;16 170;22;50;;170;22;22;;17;0;19;;;-18;0;0 180;20;43;;180;20;19;;18;3;17;;;-19;2;3 190;28;39;;190;28;17;;19;5;18;;;-20;1;12 200;36;30;;200;36;13;;20;1;14;;;-21;1;0 210;23;35;;210;23;15;;21;1;16;;;-22;1;1 220;12;26;;220;12;11;;22;2;13;;;-23;1;4 230;17;25;;230;17;11;;23;1;7;;;-24;1;0 240;23;14;;240;23;6;;24;3;18;;;-25;1;2 250;11;11;;250;11;5;;25;1;10;;;-26;0;3 260;16;13;;260;16;6;;26;2;13;;;-27;0;0 270;16;21;;270;16;9;;27;3;7;;;-28;1;0 280;17;14;;280;17;6;;28;2;12;;;-29;1;2 290;17;11;;290;17;5;;29;2;13;;;-30;0;0 300;7;15;;300;7;6;;30;1;11;;;-31;3;1 310;12;9;;310;12;4;;31;1;17;;;-32;2;0 320;6;14;;320;6;6;;32;0;12;;;-33;0;0 330;2;9;;330;2;4;;33;4;13;;;-34;0;0 340;10;9;;340;10;4;;34;0;11;;;-35;2;1 350;6;5;;350;6;2;;35;1;9;;;-36;0;0 360;6;5;;360;6;2;;36;1;11;;;-37;1;0 370;7;11;;370;7;5;;37;5;9;;;-38;0;2 380;4;6;;380;4;3;;38;1;9;;;-39;0;0 390;3;7;;390;3;3;;39;3;10;;;-40;0;1 400;5;6;;400;5;3;;40;1;15;;;-41;2;1 reste;89;94;;;;;;reste;967;1599;;;-42;0;0 total;1102;2424;;t30;112;301;;total;1102;2424;;;-43;1;0 diagr;1008;2320;;t70;333;506;;diagr;130;815;;;-44;0;3 - t30;895;1621;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t70;672;1145;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;6;4 ;;;;;;;;;;;;;total;69;687 </pre> ====cvi intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_négatifs_S-|cvi intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;; comp’;0;3;0;20;0;2;2;0;1;0;3;0;2;0;0;0;2;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;1;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;62;6 continu;118;0;0;377;0;0;10;56;0;6;32;1;10;21;0;4;17;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;2;1;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;694;4 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;22;0;2;2;0;1;0;4;1;2;0;0;0;3;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;3;2;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;6;69 ;Sc-;118;0;0;375;0;0;10;56;0;6;31;0;10;21;0;4;16;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;1;0;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;4;687 </pre> ====cvi autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires|cvi autres intercalaires]] <pre> ;cvi;autres intercalaires;;adresses1;;cvi;autres intercalaires;;adresses2;;;cvi;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;242272;116;comp;;deb;°CDS;1427387;30;;;deb;°CDS;3471644;212;comp ;regulatory;243048;76;;;;&tRNA;1427771;204;;;;&tRNA;3472822;12; fin;°CDS;243272;;;;fin;°CDS;1428052;;;;;&tRNA;3472910;26; deb;°CDS;419401;506;comp;;deb;°CDS;1432303;98;comp;;;&tRNA;3473013;12; ;$rRNA;421224;182;;;;&tRNA;1433244;32;comp;;;&tRNA;3473101;26; ;&tRNA;422942;86;;;;&tRNA;1433352;31;comp;;;&tRNA;3473204;12; ;&tRNA;423105;253;;;;&tRNA;1433459;211;comp;;;&tRNA;3473292;26; ;$rRNA;423434;127;;;fin;°CDS;1433746;;;;;&tRNA;3473395;12; ;$rRNA;426450;137;;;deb;°CDS;1451057;323;comp;;;&tRNA;3473483;27; fin;°CDS;426702;;comp;;;repeat_region;1452712;105;;;;&tRNA;3473587;6; deb;°CDS;500524;447;;;fin;°CDS;1454130;;comp;;;&tRNA;3473670;27; ;$rRNA;502189;82;;;deb;°CDS;1458879;179;;;;&tRNA;3473774;6; ;&tRNA;503807;12;;;;repeat_region;1461308;144;;;;&tRNA;3473857;163; ;&tRNA;503896;254;;;fin;°CDS;1462645;;;;fin;°CDS;3474097;; ;$rRNA;504226;124;;;deb;°CDS;1644076;439;;;deb;°CDS;3621600;170; ;$rRNA;507239;280;;;;$rRNA;1646828;182;;;;&tRNA;3622292;55; fin;°CDS;507634;;;;;&tRNA;1648546;86;;;fin;°CDS;3622421;; deb;°CDS;521304;119;comp;;;&tRNA;1648709;253;;;deb;°CDS;3727029;40;comp ;regulatory;522458;124;;;;$rRNA;1649038;124;;;;regulatory;3728158;14;comp fin;°CDS;522848;;;;;$rRNA;1652051;89;;;;regulatory;3728271;172;comp deb;°CDS;526333;31;;;;$rRNA;1652255;154;;;fin;°CDS;3728534;;comp ;ncRNA;526676;12;;;fin;°CDS;1652524;;comp;;deb;°CDS;3818863;213;comp fin;°CDS;526872;;;;deb;°CDS;1689363;107;comp;;;$rRNA;3820120;124;comp deb;°CDS;578634;106;comp;;;regulatory;1690517;42;comp;;;$rRNA;3820359;253;comp ;ncRNA;581905;130;;;fin;°CDS;1690745;;comp;;;&tRNA;3823501;86;comp fin;°CDS;582495;;;;deb;°CDS;1744930;59;;;;&tRNA;3823663;182;comp deb;°CDS;680663;177;comp;;;&tRNA;1746117;53;;;;$rRNA;3823922;437;comp ;&tRNA;682034;58;comp;;;&tRNA;1746261;360;;;deb;°CDS;3825895;73;comp fin;°CDS;682177;;comp;;fin;°CDS;1746712;;;;;&tRNA;3828836;51; deb;°CDS;758940;152;comp;;deb;°CDS;1786722;25;;;;&tRNA;3828974;33; ;&tRNA;759824;57;;;;&tRNA;1786963;15;;;;&tRNA;3829094;57; fin;°CDS;759966;;comp;;fin;°CDS;1787071;;;;;&tRNA;3829238;651; deb;°CDS;877002;858;comp;;deb;°CDS;1899096;223;;;fin;°CDS;3829976;;comp ;&tRNA;878775;19;comp;;;repeat_region;1900978;157;;;deb;°CDS;3854191;770;comp fin;°CDS;878869;;comp;;fin;°CDS;1902728;;comp;;;&tRNA;3855180;61;comp deb;°CDS;952811;49;;;deb;°CDS;1975805;93;;;;&tRNA;3855317;78;comp ;&tRNA;955155;329;;;;&tRNA;1978844;66;;;;&tRNA;3855472;97;comp fin;°CDS;955560;;;;fin;°CDS;1978986;;comp;;fin;°CDS;3855646;; deb;°CDS;975236;19;;;deb;°CDS;2093021;230;;;deb;°CDS;4058859;201;comp ;&tRNA;975612;91;;;;&tRNA;2094372;26;;;;&tRNA;4059834;92;comp fin;°CDS;975788;;;;;&tRNA;2094474;45;;;fin;°CDS;4060005;;comp deb;°CDS;996781;89;comp;;;&tRNA;2094595;27;;;deb;°CDS;4244169;101; ;regulatory;998457;72;;;;&tRNA;2094698;18;;;;$rRNA;4244591;124;comp fin;°CDS;998621;;;;;&tRNA;2094793;225;;;;$rRNA;4244830;253;comp deb;°CDS;1006022;155;;;fin;°CDS;2095095;;comp;;;&tRNA;4247972;86;comp ;&tRNA;1006822;6;;;deb;°CDS;2186305;69;;;;&tRNA;4248134;182;comp ;&tRNA;1006904;51;;;;tmRNA;2186992;205;;;;$rRNA;4248393;450;comp fin;°CDS;1007031;;;;fin;°CDS;2187562;;;;fin;°CDS;4250379;; deb;°CDS;1057229;62;;;deb;°CDS;2192639;145;comp;;deb;°CDS;4324029;747;comp ;&tRNA;1058518;6;;;;regulatory;2193399;4;comp;;;&tRNA;4325718;151;comp ;&tRNA;1058618;3;;;;regulatory;2193502;65;comp;;fin;°CDS;4325946;;comp ;&tRNA;1058698;110;;;fin;°CDS;2193653;;comp;;deb;°CDS;4388195;89;comp deb;°CDS;1058883;173;comp;;deb;°CDS;2337863;-1;;;;&tRNA;4389268;6;comp ;&tRNA;1061741;3;comp;;;ncRNA;2338135;0;;;fin;°CDS;4389349;;comp ;&tRNA;1061819;7;comp;;fin;°CDS;2338210;;;;deb;°CDS;4401196;137;comp ;&tRNA;1061903;5;comp;;deb;°CDS;2511015;130;comp;;;&tRNA;4402077;265; ;&tRNA;1061983;46;comp;;;&tRNA;2511625;46;comp;;fin;°CDS;4402419;;comp fin;°CDS;1062106;;;;fin;°CDS;2511759;;comp;;deb;°CDS;4433423;206; deb;°CDS;1153105;370;;;deb;°CDS;2560167;264;comp;;;$rRNA;4434130;124;comp ;$rRNA;1154027;182;;;;ncRNA;2560755;168;comp;;;$rRNA;4434369;253;comp ;&tRNA;1155745;86;;;fin;°CDS;2561022;;;;;&tRNA;4437511;86;comp ;&tRNA;1155908;254;;;deb;°CDS;2745389;71;comp;;;&tRNA;4437673;182;comp ;$rRNA;1156238;124;;;;&tRNA;2747299;7;comp;;;$rRNA;4437932;391;comp ;$rRNA;1159251;189;;;;&tRNA;2747383;48;comp;;fin;°CDS;4439859;; fin;°CDS;1159555;;;;fin;°CDS;2747507;;comp;;deb;°CDS;4472951;87; deb;°CDS;1262223;190;;;deb;°CDS;2852349;182;comp;;;&tRNA;4474196;35; ;&tRNA;1263556;120;comp;;;&tRNA;2853221;70;;;;&tRNA;4474308;125; fin;°CDS;1263766;;comp;;fin;°CDS;2853376;;comp;;fin;°CDS;4474510;; deb;°CDS;1272648;435;;;deb;°CDS;3186574;49;comp;;deb;°CDS;4529035;86;comp ;&tRNA;1273710;180;;;;&tRNA;3187082;411;;;;&tRNA;4529616;179;comp fin;°CDS;1273967;;comp;;fin;°CDS;3187569;;;;fin;°CDS;4529870;;comp deb;°CDS;1292860;191;;;deb;°CDS;3256344;205;comp;;deb;°CDS;4531632;64;comp ;repeat_region;1293342;324;;;;&tRNA;3257362;151;;;;&tRNA;4532053;10;comp fin;°CDS;1295441;;;;fin;°CDS;3257589;;comp;;deb;°CDS;4532139;40;comp deb;°CDS;1376752;101;;;deb;°CDS;3261178;303;comp;;;&tRNA;4533370;24;comp ;&tRNA;1377435;23;;;;&tRNA;3262246;8;;;;&tRNA;4533469;52;comp ;&tRNA;1377534;22;;;;&tRNA;3262330;11;;;;&tRNA;4533595;139;comp ;&tRNA;1377632;24;;;;&tRNA;3262417;106;;;fin;°CDS;4533819;;comp ;&tRNA;1377732;29;;;fin;°CDS;3262599;;comp;;deb;°CDS;4549877;87;comp ;&tRNA;1377837;45;;;deb;°CDS;3368966;415;comp;;;regulatory;4551002;131; ;&tRNA;1377958;425;;;;$rRNA;3371478;124;comp;;fin;°CDS;4551282;; fin;°CDS;1378457;;comp;;;$rRNA;3371717;254;comp;;deb;°CDS;4586188;194;comp deb;°CDS;1385508;707;comp;;;&tRNA;3374860;12;comp;;;&tRNA;4586712;38;comp ;&tRNA;1387010;183;;;;&tRNA;3374948;82;comp;;;&tRNA;4586826;35;comp fin;°CDS;1387278;;;;;$rRNA;3375107;439;comp;;;&tRNA;4586937;28;comp deb;°CDS;1418833;136;comp;;fin;°CDS;3377082;;comp;;;&tRNA;4587041;37;comp ;&tRNA;1420085;182;;;deb;°CDS;3447322;50;comp;;;&tRNA;4587154;130;comp fin;°CDS;1420344;;;;;regulatory;3448389;124;comp;;fin;°CDS;4587360;;comp ;;;;;;fin;°CDS;3448608;;;;;;;; </pre> ====cvi intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_tRNA|cvi intercalaires tRNA]] <pre> cvi intercalaires tRNA ;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;177;;58;;19;6;deb; ;;comp’;152;comp’;57;;25;10;<201;22 ;;;858;;19;;30;15;total;27 ;;;49;;329;;40;19;taux;81% ;;;19;;91;;49;46;; ;6;;155;;51;;59;48;fin; ;6 3;;62;comp’;110;;62;51;<201;20 ;3 7 5;;173;comp’;46;;64;55;total;25 ;;comp’;190;;120;;71;58;taux;80% ;;;435;comp’;180;;86;91;; ;;;191;;324;;87;92;total; ;23 22 24 29 45;;101;comp’;425;;89;120;<201;42 ;;comp’;707;;183;;93;125;total;52 ;;comp’;136;;182;;98;130;taux;81% ;;;30;;204;;101;139;; ;32 31;;98;comp’;211;;130;151;; ;53;;59;;360;;155;163;; ;;;25;;15;;170;179;; ;;;93;comp’;66;;173;182;; ;26 45 27 18;;230;comp’;225;;177;183;; ;;;130;;46;;191;204;; ;7;;71;;48;;194;324;; ;;comp’;182;comp’;70;;201;329;; ;;comp’;49;;411;;230;360;; ;;comp’;205;comp’;151;;435;411;; ;8 11;comp’;303;comp’;106;;747;;; ;12 26 12 26 12 26;comp’;212;;163;;858;;comp’;cumuls ;12 27 6 27 6;;;;;;49;46;deb; ;;;170;;55;;73;57;<201;7 ;51 33 57;comp’;73;comp’;651;;136;66;total;12 ;61 78;;770;comp’;97;;137;70;taux;58% ;;;201;;92;;152;97;; ;;;747;;151;;182;106;fin; ;;;89;;6;;190;110;<201;9 ;;comp’;137;comp’;265;;205;151;total;14 ;35;;87;;125;;212;180;taux;64% ;;;86;;179;;303;211;; ;;;64;;10;;707;225;total; ;24 52;;40;;139;;770;265;<201;16 ;38 35 28 37;;194;;130;;-;425;total;26 ;;;;;;;-;651;taux;62% ;;;;;;;;;; continu + comp’;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;29;29;58;;;;;;; total;39;39;78;;;;;;; taux;74%;74%;74%;;;;;;; </pre> ====cvi par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_par_rapport_au_groupe_de_référence|cvi par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;9;7;2;;;;18; 16;moyen;7;3;11;;;16;37; 14;fort;6;27;10;;;;43; ; ;22;37;23;;;16;98; 10;g+cga;3;5;2;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;2;;;;;6; 5;autres;;;;;;;0; ;;9;7;2;;;;18; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;92;71;20;;;;184;26 16;moyen;71;31;112;;;163;378;324 14;fort;61;276;102;;;;439;650 ; ;224;378;235;;;163;98;729 10;g+cgg;31;51;20;;;;102;10 2;agg+cga;20;;;;;;20; 4;carre ccc;41;20;;;;;61;16 5;autres;;;;;;;0; ;;92;71;20;;;;184; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;110;85;24;220;26;41;19;9 16;moyen;85;37;134;256;324;32;8;48 14;fort;73;329;122;524;650;27;73;43 ; ;268;451;280;82;729;22;37;23 10;g+cgg;37;61;24;122;10;;; 2;agg+cga;24;;;24;;;; 4;carre ccc;49;24;;73;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;110;85;24;220;;;; </pre> ====beta, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#beta,_estimation_des_-rRNAs|beta, estimation des -rRNAs]] <pre> 44 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;44;351; ; ;;indices;;;;44;798;0;0;;beta1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;82 atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;10;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;23;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1 atc;159;acc;10;aac;;agc;1;;atc;361;acc;23;aac;;agc;2;;atc;;acc;1;aac;4;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;2;cga; gta;;gca;159;gaa;;gga;10;;gta;;gca;361;gaa;;gga;23;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1 ;;329;;22;;0;351;;;;748;;50;;0;798;;;;21;;43;;18;82 11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;268;15707;5.2;0;;indices;;;;268;15707;5.2;0;;beta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;172;;atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;177;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;200 att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;;act;;aat;;agt; ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;108;tcc;101;tac;84;tgc;142;;ttc;108;tcc;101;tac;107;tgc;142;;ttc;200;tcc;200;tac;200;tgc;100 atc;6;acc;79;aac;184;agc;99;;atc;367;acc;102;aac;184;agc;101;;atc;;acc;100;aac;400;agc;100 ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;100;ccc;100;cac;300;cgt;300 gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;100;gcc;300;gac;700;ggc;500 tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;;aca;100;aaa;300;aga;100 cta;101;cca;137;caa;123;cga;0;;cta;101;cca;137;caa;123;cga;;;cta;100;cca;100;caa;200;cga; gta;118;gca;12;gaa;202;gga;78;;gta;118;gca;373;gaa;202;gga;101;;gta;600;gca;;gaa;400;gga;100 ttg;102;tcg;111;tag;2.6;tgg;102;;ttg;102;tcg;111;tag;3;tgg;102;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;200;acg;100;aag;200;agg;100 ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;400;ccg;200;cag;;cgg;100 gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;100;gcg;200;gag;;ggg;100 ;;1517;;2099;;1440;5057;;;;2265;;2149;;1440;5854;;;;2100;;4300;;1800;8200 rapports;;67;;98;;100;86;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;beta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;97;;fiches;54.068;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;100;tat;;atgf;14 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2379;;;0/0;1;;;;att;100;act;100;aat;100;agt;100 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;353;;;10;12;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;44;;;20;4;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;79;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;46;tcc;50;tac;58;tgc;30 atc;2;acc;78;aac;100;agc;98;;beta1;82;;;40;4;;;;atc;100;acc;21;aac;54;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;82;;;50;6;30;;;ctc;30;ccc;0;cac;64;cgt;38 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;16;;;60;7;;;;gtc;33;gcc;59;gac;65;ggc;55 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;3;;;;tta;45;tca;1;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;12;aaa;60;aga;12 cta;100;cca;100;caa;100;cga;;;L’estimation par beta ;;;;90;1;;;;cta;1;cca;27;caa;39;cga; gta;100;gca;3;gaa;100;gga;77;;est 52% en dessous;;;;100;6;;;;gta;80;gca;100;gaa;50;gga;22 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;10;tag;;tgg;2 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;47;acg;4;aag;49;agg;1 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;52;ccg;54;cag;100;cgg;7 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;10;gcg;61;gag;100;ggg;18 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;328;;618;;335;1281 </pre> ====cvi remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_remarques|cvi remarques]] *code génétique cvi <pre> cvi;;;;;98;;99 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1 atc;8;acc;2;aac;4;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3 gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;1;caa;2;cga; gta;5;gca;8;gaa;4;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1 gtg;2;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ===ade=== ====ade opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_opérons|ade opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Anae_deha_2CP_C/anaeDeha_2CP_C-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_011891.1;ade;genome;;; 75%GC;30.6.19 Paris;16s 2;49;doubles;intercalaires ;Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C;;;; ;8147..8220;;caa;; ;;;;; ;21040..21112;;ttc;; ;;;;; comp;433303..433378;;ggg;; ;;;;; comp;666509..666585;;gac;;6 comp;666592..666666;;gta;; ;;;;; comp;693146..693229;;ctg;; ;;;;; ;851483..851555;;atg;; ;;;;; comp;1057311..1057386;;gcg;; ;;;;; comp;1306222..1306295;;ccc;; ;;;;; ;1442379..1442450;;tgc;; ;;;;; ;1495545..1497102;;16s;@1;187 ;1497290..1497367;;atc;;22 ;1497390..1497465;;gca;;194 ;1497660..1500648;;23s;;152 ;1500801..1500917;;5s;; ;;;;; ;1509186..1509259;;cag;;60 ;1509320..1509394;;gag;; ;;;;; ;1691085..1691160;;gcc;; ;;;;; ;819377..1819453;;atg;; ;;;;; ;2235670..2235741;;gtc;; ;;;;; comp;2314981..2315079;;tga;; ;;;;; comp;2337031..2337104;;atg;; ;;;;; ;2376009..2376080;;gtg;; ;;;;; comp;2429718..2429790;;acg;; ;;;;; comp;2623942..2624017;;tgg;; ;;;;; comp;2625463..2625535;;acc;;22 comp;2625558..2625633;;gga;;63 comp;2625697..2625779;;tac;;46 comp;2625826..2625898;;aca;; ;;;;; ;2653452..2653535;;ttg;; ;;;;; ;2680790..2680871;;ctc;; ;;;;; comp;2747806..2747879;;agg;; ;;;;; ;3029047..3029122;;aac;; ;;;;; comp;3076236..3076352;;5s;;152 comp;3076505..3079493;;23s;;194 comp;3079688..3079763;;gca;;22 comp;3079786..3079863;;atc;;187 comp;3080051..3081608;;16s;; ;;;;; comp;3144286..3144357;;aaa;; ;;;;; ;3156732..3156804;;gaa;; ;;;;; ;3253990..3254063;;cgg;; ;;;;; comp;3793996..3794069;;ccg;; ;;;;; ;3806164..3806249;;tta;; ;;;;; comp;3915708..3915789;;cta;; ;;;;; comp;3920245..3920317;;aag;@2;*248 comp;3920566..3920639;;aga;;*140 comp;3920780..3920854;;cac;;18 comp;3920873..3920946;;cga;;*134 comp;3921081..3921154;;cca;; ;;;;; comp;4121675..4121749;;ggc;; ;;;;; comp;4195371..4195460;;tcc;;*278 comp;4195739..4195829;;tcg;; ;;;;; ;4456675..4456764;;tca;;27 ;4456792..4456883;;agc;;73 ;4456957..4457033;;cgt;; </pre> ====ade cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_cumuls|ade cumuls]] <pre> cvi cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;2;1;0; ;16 23 5s 0;0;20;2; ;16 atc gca;2;40;2;2 ;16 23 5s a;0;60;2; ;max a;2;80;2; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;4;140;2; sans ;opérons;33;160;0; ;1 aa;27;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;0;;2; ;total aas;45;;12;2 total aas;;49;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;93; ;;;variance;90; sans jaune;;;moyenne;39;22 ;;;variance;24;0 </pre> ====ade blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_blocs|ade blocs]] <pre> ade blocs;;;;; 16s;187;1558;5s;152;117 atc;22;;23s;194;2989 gca;194;;gca;22; 23s;152;2989;atc;187; 5s;;117;16s;;1558 </pre> ====ade distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_distribution|ade distribution]] <pre> delta1;;;;;;;49;;delta1;;;;;;;27;;delta1;;;;;;;18 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;1;tac;1;tgc; atc;2;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;1;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;18;27;;;;4;49;;;;*;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====ade données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_données_intercalaires|ade données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;ade;fx;fc;ade;fx40;fc40;ade;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;12;17;0;12;17;-1;0;70;91;220;CDS 16s;; ;1;10;102;373;1;10;35;-2;3;0;44;157;691;; ;2;20;104;251;2;5;63;-3;0;0;158;333;590;; ;0;30;65;128;3;18;55;-4;33;537;119;68;23s 5s;; 2;2;40;33;124;4;14;25;-5;0;0;79;105;2* 152;; ;2;50;22;93;5;7;19;-6;2;0;456;130;5s CDS;; ;3;60;52;104;6;10;24;-7;1;6;157;96;167;75; 2;2;70;49;129;7;9;26;-8;5;20;53;38;16s tRNA;; ;4;80;59;106;8;8;37;-9;0;0;36;222;2* 187;;atc ;1;90;48;99;9;14;51;-10;1;2;350;190;tRNA 23s;; 1;4;100;43;84;10;7;38;-11;4;17;105;111;2* 194;;gca 2;4;110;48;76;11;4;32;-12;1;0;14;124;tRNA tRNA;;intra 1;3;120;44;84;12;12;42;-13;3;7;111;110;2* 22;;atc gca 3;1;130;49;67;13;10;39;-14;4;12;3;94;tRNA tRNA;; ;0;140;46;63;14;7;28;-15;1;0;9;161;6;;gac ;0;150;37;53;15;14;26;-16;1;3;110;193;**;;gta 1;2;160;30;37;16;13;23;-17;7;4;53;226;60;;cag 1;0;170;28;47;17;7;16;-18;0;0;38;127;**;;gag ;1;180;33;41;18;16;19;-19;0;2;77;63;22;;acc 1;1;190;31;50;19;15;14;-20;1;3;92;34;63;;gga 1;0;200;33;22;20;6;12;-21;0;0;406;246;46;;tac ;0;210;30;27;21;7;12;-22;0;2;53;715;**;;aca 1;0;220;28;20;22;8;17;-23;2;6;437;;248;;aag 2;1;230;27;18;23;11;13;-24;0;0;62;;142;;aga ;0;240;17;17;24;10;8;-25;1;0;15;;18;;cac 1;0;250;27;12;25;4;14;-26;0;6;65;;134;;cga ;0;260;28;19;26;8;14;-27;0;0;105;;**;;cca ;0;270;15;15;27;7;9;-28;1;0;100;;278;;tcc ;0;280;17;10;28;7;20;-29;2;2;91;;**;;tcg ;0;290;11;9;29;2;7;-30;0;0;106;;27;;tca ;0;300;11;9;30;1;14;-31;0;0;184;;73;;agc ;1;310;10;11;31;2;13;-32;2;1;230;;**;;cgt ;0;320;8;10;32;1;14;-33;0;0;306;;;; ;0;330;10;5;33;7;15;-34;2;2;78;;;; 1;0;340;3;8;34;7;19;-35;1;1;694;;;; ;1;350;6;3;35;2;11;-36;0;0;130;;;; ;0;360;10;7;36;4;9;-37;1;1;386;;;; ;0;370;5;1;37;2;15;-38;1;0;111;;;; ;0;380;5;4;38;1;8;-39;0;0;81;;;; ;1;390;2;3;39;2;6;-40;1;0;179;;;; ;0;400;3;3;40;5;14;-41;2;0;76;;;; 1;5;reste;69;80;reste;994;1446;-42;0;0;50;;;; 21;42;total;1310;2339;total;1310;2339;-43;0;0;492;;;; 20;37;diagr;1229;2242;diagr;304;876;-44;0;0;;;;; 0;3; t30;271;752;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;2;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;1298;102;12;1412;;;-49;1;0;;;;; ;c;2322;713;17;3052;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;4464;105;;reste;15;9;;;;; ;;;;;;4569;;total;102;713;;;;; </pre> =====ade autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires_aas|ade autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;ade;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;7060;91;; ;tRNA;8147;44;;caa fin;CDS;8265;;; deb;CDS;20441;158;; ;tRNA;21040;220;;ttc fin;CDS;21333;;comp; deb;CDS;432722;119;comp; ;tRNA;433303;79;comp;ggg fin;CDS;433458;;comp; deb;CDS;664814;456;comp; ;tRNA;666509;6;comp;gac ;tRNA;666592;157;comp;gta fin;CDS;666824;;; deb;CDS;691951;157;comp; ;tRNA;693146;333;comp;ctg fin;CDS;693563;;; deb;CDS;849021;53;; ;tRNA;851483;36;;atgi fin;CDS;851592;;; deb;CDS;883315;64;; ;repeat_region;883709;98;; fin;CDS;886703;;comp; deb;CDS;887392;77;comp; ;repeat_region;888746;95;; fin;CDS;892587;;; deb;CDS;1055941;68;; ;tRNA;1057311;105;comp;gcg fin;CDS;1057492;;; deb;CDS;1305647;350;comp; ;tRNA;1306222;105;comp;ccc fin;CDS;1306401;;comp; deb;CDS;1311419;33;comp; ;ncRNA;1312049;302;comp; fin;CDS;1312542;;; deb;CDS;1441648;14;; ;tRNA;1442379;111;;tgc fin;CDS;1442562;;; deb;CDS;1492304;691;; 16s;rRNA;1495545;187;; ;tRNA;1497290;22;;atc ;tRNA;1497390;194;;gca 23s;rRNA;1497660;152;; 5s;rRNA;1500801;75;; fin;CDS;1500993;;comp; deb;CDS;1508769;3;; ;tRNA;1509186;60;;cag ;tRNA;1509320;130;;gag fin;CDS;1509525;;comp; deb;CDS;1690794;9;; ;tRNA;1691085;96;;gcc fin;CDS;1691254;;comp; deb;CDS;1818424;110;; ;tRNA;1819377;53;;atgf fin;CDS;1819507;;; deb;CDS;1968293;141;; ;regulatory;1969289;108;; fin;CDS;1969480;;; deb;CDS;2235017;38;; ;tRNA;2235670;77;;gtc fin;CDS;2235819;;; deb;CDS;2313926;38;; ;tRNA;2314981;92;comp;tga fin;CDS;2315172;;comp; deb;CDS;2335260;406;comp; ;tRNA;2337031;222;comp;atgj fin;CDS;2337327;;; deb;CDS;2375620;53;; ;tRNA;2376009;437;;gtg fin;CDS;2376518;;; deb;CDS;2429105;190;; ;tRNA;2429718;111;comp;acg fin;CDS;2429902;;; deb;CDS;2623487;62;comp; ;tRNA;2623942;15;comp;tgg fin;CDS;2624033;;comp; deb;CDS;2624207;65;comp; ;tRNA;2625463;22;comp;acc ;tRNA;2625558;63;comp;gga ;tRNA;2625697;46;comp;tac ;tRNA;2625826;105;comp;aca fin;CDS;2626004;;comp; deb;CDS;2652965;124;comp; ;tRNA;2653452;100;;ttg fin;CDS;2653636;;; deb;CDS;2680375;91;; ;tRNA;2680790;110;;ctc fin;CDS;2680982;;comp; deb;CDS;2747439;94;; ;tRNA;2747806;106;comp;agg fin;CDS;2747986;;comp; deb;CDS;3027884;161;comp; ;tRNA;3029047;184;;aac fin;CDS;3029307;;; deb;CDS;3075187;167;comp; 5s;rRNA;3076236;152;comp; 23s;rRNA;3076505;194;comp; ;tRNA;3079688;22;comp;gca ;tRNA;3079786;187;comp;atc 16s;rRNA;3080051;590;comp; fin;CDS;3082199;;comp; deb;CDS;3143759;230;comp; ;tRNA;3144286;306;comp;aaa fin;CDS;3144664;;comp; deb;CDS;3155946;78;; ;tRNA;3156732;694;;gaa fin;CDS;3157499;;; deb;CDS;3253083;193;comp; ;tRNA;3253990;130;;cgg fin;CDS;3254194;;; deb;CDS;3372825;107;; ;tmRNA;3373094;219;; fin;CDS;3373664;;; deb;CDS;3793550;226;; ;tRNA;3793996;386;comp;ccg fin;CDS;3794456;;comp; deb;CDS;3805030;111;; ;tRNA;3806164;127;;tta fin;CDS;3806377;;comp; deb;CDS;3914337;81;comp; ;tRNA;3915708;63;comp;cta fin;CDS;3915853;;; deb;CDS;3919322;179;comp; ;tRNA;3920245;248;comp;aag ;tRNA;3920566;142;comp;aga ;tRNA;3920782;18;comp;cac ;tRNA;3920873;134;comp;cga ;tRNA;3921081;76;comp;cca fin;CDS;3921231;;comp; deb;CDS;4031625;149;; ;regulatory;4032113;67;; fin;CDS;4032337;;; deb;CDS;4120462;34;; ;tRNA;4121675;246;comp;ggc fin;CDS;4121996;;; deb;CDS;4164508;430;; ;ncRNA;4166687;43;comp; fin;CDS;4167140;;comp; deb;CDS;4193348;55;comp; ;ncRNA;4195209;68;comp; ;tRNA;4195371;278;comp;tcc ;tRNA;4195739;50;comp;tcg fin;CDS;4195880;;comp; deb;CDS;4454313;715;comp; ;tRNA;4456675;27;;tca ;tRNA;4456792;73;;agc ;tRNA;4456957;492;;cgt fin;CDS;4457526;;; </pre> ====ade intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_entre_cds|ade intercalaires entre cds]] *'''Intercalaires entre cds, Tableau''' <pre> ade;4.2.21 Paris;;ade 16.7.20;;;;;;;;; ade;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5;intercal;<u>'''frequencez ;'''négatif;815;18.3;'''négatif ;-8;15;-1 à -116;'''5 029 329;-1;815;610;5 ;'''zéro;29;0.6;;;;;'''intercals;0;29;620;3 ;'''1 à 200;2987;66.9;'''0 à 200;70;57;;'''42 8947;5;251;630;2 ;'''201 à 370;464;10.4;'''201 à 370;260;44;;'''8.5%;10;224;640;0 ;'''371 à 600;124;2.8;'''371 à 600;469;63;;;15;214;650;3 ;'''601 à max;45;1.0;'''601 à 1160;771;157;;;20;141;660;1 ;'''total 4464;<201;85.8;'''total 4461;93;127;-116 à 1160;;25;104;670;0 adresse;intercal;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;89;680;1 4491815;1915;-1;815;-70;14;;0;29;35;91;690;1 3576176;1774;0;29;-60;8;;-1;°70;40;66;700;1 4068576;1388;1;45;-50;2;;-2;3;45;58;710;1 3337295;1160;2;68;-40;7;;-3;0;50;57;720;2 3373664;1119;3;°73;-30;12;'''min à -1;-4;°570;55;74;730;1 2044486;1080;4;39;-20;26;815;-5;0;60;82;740;2 4163005;1080;5;26;-10;69;18.3%;-6;2;65;92;750;2 1981544;1014;6;°34;0;706;;-7;7;70;86;760;0 427780;984;7;35;10;475;;-8;°25;75;87;770;0 540538;963;8;45;20;355;;-9;0;80;78;780;0 1223737;917;9;°65;30;193;;-10;3;85;70;790;1 1005799;900;10;45;40;157;'''1 à 100;-11;°21;90;77;800;1 4943119;860;11;36;50;115;2068;-12;1;95;66;810;1 4581242;849;12;°54;60;156;46.3%;-13;10;100;61;820;1 104609;834;13;49;70;178;;-14;°16;105;69;830;1 4846209;821;14;35;80;165;;-15;1;110;55;840;1 1084460;817;15;°40;90;147;;-16;4;115;65;850;1 2814006;807;16;36;100;127;;-17;°11;120;63;860;1 2386981;793;17;23;110;124;;-18;0;125;60;870;0 3422997;788;18;°35;120;128;;-19;2;130;56;880;0 494107;749;19;29;130;116;;-20;°4;135;64;890;0 3820597;741;20;18;140;109;;-21;0;140;45;900;1 4073584;732;21;19;150;90;;-22;2;145;50;910;0 1445527;731;22;°25;160;67;;-23;°8;150;40;920;1 3757399;730;23;24;170;75;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;0 4117240;719;24;18;180;74;2987;-25;1;160;31;940;0 3533685;715;25;18;190;81;67%;-26;°6;165;34;950;0 3631148;704;26;°22;200;55;;-27;0;170;41;960;0 2060112;697;27;16;210;57;;-28;1;175;36;970;1 1026522;689;28;°27;220;48;;-29;°4;180;38;980;0 4180297;676;29;9;230;45;;-30;0;185;40;990;1 3200409;660;30;15;240;34;;-31;0;190;41;1000;0 1266186;649;31;15;250;39;;-32;°3;195;29;1010;0 4553826;643;32;15;260;47;;total;66;200;26;1020;1 4101937;641;33;22;270;30;'''0 à 200;reste;40;205;27;1030;0 ;;34;°26;280;27;3016;;844;210;30;1040;0 ;;35;13;290;20;;;;215;26;1050;0 ;;36;13;300;20;;intercal;<u>'''frequencef;220;22;1060;0 ;;37;17;310;21;;600;4419;225;28;1070;0 ;;38;9;320;18;;620;8;230;17;1080;2 ;;39;8;330;15;;640;2;235;13;1090;0 ;;40;°19;340;11;'''201 à 370;660;4;240;21;1100;0 ;;reste;2440;350;9;464;680;1;245;18;1110;0 ;;total;4464;360;17;10.4%;700;2;250;21;1120;1 ;;;;370;6;;720;3;255;23;1130;0 adresse;intercaln;décalage;long;380;9;;740;3;260;24;1140;0 3295433;-116;comp;;390;5;;760;2;265;17;1150;0 4579158;-110;comp;;400;6;;780;;270;13;1160;1 1556750;-109;shift2;738;410;10;;800;2;275;16;1170;0 4555636;-109;comp;;420;4;;820;2;280;11;1180;0 4916430;-107;comp;;430;2;;840;2;285;13;1190;0 3210093;-106;shift2;1146;440;11;;860;2;290;7;1200;0 3997874;-104;comp;;450;5;;880;;295;10;reste;3 2946107;-101;comp;;460;8;;900;1;300;10;total;4464 3213081;-100;shift2;279;470;8;;920;1;305;10;; 1033174;-98;comp;;480;6;;940;;310;11;; 4178347;-86;comp;;490;4;;960;;315;13;; 1150010;-82;comp;;500;4;;980;1;320;5;; 526736;-79;comp;;510;8;;1000;1;325;9;; 1558055;-74;comp;;520;4;;1020;1;330;6;; 178866;-68;shift2;797;530;4;;1040;;335;6;; 4625265;-68;shift2;869;540;7;'''371 à 600;1060;;340;5;; 1268795;-67;;;550;3;124;1080;2;345;6;; 1590849;-67;;;560;6;2.8%;1100;;350;3;; 1222168;-65;;;570;3;;1120;1;355;11;; 3832496;-65;;;580;1;'''601 à max;1140;;360;6;; 23880;-61;;;590;3;45;1160;1;365;5;; 157893;-61;;;600;3;1.0%;;42;370;1;; 4881610;-59;;;reste;45;;reste;3;;169;; 3182922;-55;;;total;4464;;total;4464;;4464;; </pre> ====ade intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ade;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-20;145;-446;69;782;242;min50;&-61;489;-1310;125;843;267;min50 31 à 400;32;-228;356;20;874;238;2 parties;&2.5;38;-356;69;957;-507;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;144;54;-;743;dte;39;Sf;&218;70;-;610;poly;232;SF 31 à 400;112;46;-;807;poly;67;tm;&149;51;-;854;poly;103;tF ;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;; ade. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;14.8.21 Paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.459;;;ade;Sx-;Sc- 41-n;0.867;0.624;0.758;;;;;;;;;;-1;0;70 1-n;0.903;0.879;0.897;;;;;;;;;;-2;3;0 ade;fx;fc;;ade;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;-3;0;0 0;12;17;;0;10;8;;0;12;17;>0;1298;-4;33;537 10;102;373;;10;83;166;;1;10;35;<0;102;-5;0;0 20;104;251;;20;85;112;;2;5;63;zéro;12;-6;2;0 30;65;128;;30;53;57;;3;18;55;total;1412;-7;1;6 40;33;124;;40;27;55;;4;14;25;;c;-8;5;20 50;22;93;;50;18;41;;5;7;19;>0;2322;-9;0;0 60;52;104;;60;42;46;;6;10;24;<0;713;-10;1;2 70;49;129;;70;40;58;;7;9;26;zéro;17;-11;4;17 80;59;106;;80;48;47;;8;8;37;total;3052;-12;1;0 90;48;99;;90;39;44;;9;14;51;;;-13;3;7 100;43;84;;100;35;37;;10;7;38;;;-14;4;12 110;48;76;;110;39;34;;11;4;32;;;-15;1;0 120;44;84;;120;36;37;;12;12;42;;;-16;1;3 130;49;67;;130;40;30;;13;10;39;;;-17;7;4 140;46;63;;140;37;28;;14;7;28;;;-18;0;0 150;37;53;;150;30;24;;15;14;26;;;-19;0;2 160;30;37;;160;24;17;;16;13;23;;;-20;1;3 170;28;47;;170;23;21;;17;7;16;;;-21;0;0 180;33;41;;180;27;18;;18;16;19;;;-22;0;2 190;31;50;;190;25;22;;19;15;14;;;-23;2;6 200;33;22;;200;27;10;;20;6;12;;;-24;0;0 210;30;27;;210;24;12;;21;7;12;;;-25;1;0 220;28;20;;220;23;9;;22;8;17;;;-26;0;6 230;27;18;;230;22;8;;23;11;13;;;-27;0;0 240;17;17;;240;14;8;;24;10;8;;;-28;1;0 250;27;12;;250;22;5;;25;4;14;;;-29;2;2 260;28;19;;260;23;8;;26;8;14;;;-30;0;0 270;15;15;;270;12;7;;27;7;9;;;-31;0;0 280;17;10;;280;14;4;;28;7;20;;;-32;2;1 290;11;9;;290;9;4;;29;2;7;;;-33;0;0 300;11;9;;300;9;4;;30;1;14;;;-34;2;2 310;10;11;;310;8;5;;31;2;13;;;-35;1;1 320;8;10;;320;7;4;;32;1;14;;;-36;0;0 330;10;5;;330;8;2;;33;7;15;;;-37;1;1 340;3;8;;340;2;4;;34;7;19;;;-38;1;0 350;6;3;;350;5;1;;35;2;11;;;-39;0;0 360;10;7;;360;8;3;;36;4;9;;;-40;1;0 370;5;1;;370;4;0;;37;2;15;;;-41;2;0 380;5;4;;380;4;2;;38;1;8;;;-42;0;0 390;2;3;;390;2;1;;39;2;6;;;-43;0;0 400;3;3;;400;2;1;;40;5;14;;;-44;0;0 reste;69;80;;;;;;;994;1446;;;-45;0;0 total;1310;2339;;t30;221;335;;;1310;2339;;;-46;2;0 diagr;1229;2242;;t50;265;432;;;304;876;;;-47;1;0 - t30;958;1490;;;;;;;;;;;-48;0;0 - t50;903;1273;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;15;9 ;;;;;;;;;;;;;total;102;713 </pre> ====ade intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_négatifs_S-|ade intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;; comp’;0;3;0;30;0;2;1;4;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;8;97;14 continu;70;0;0;540;0;0;6;21;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;4;718;10 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;33;0;2;1;5;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;15;102 ;Sc-;70;0;0;537;0;0;6;20;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9;713 </pre> ====ade autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires|ade autres intercalaires]] <pre> deb;°CDS;7060;91;;;deb;°CDS;1818424;110;;;deb;°CDS;3143759;230;comp ;&tRNA;8147;44;;;;&tRNA;1819377;53;;;;&tRNA;3144286;306;comp fin;°CDS;8265;;;;fin;°CDS;1819507;;;;fin;°CDS;3144664;;comp deb;°CDS;20441;158;;;deb;°CDS;1968293;141;;;deb;°CDS;3155946;78; ;&tRNA;21040;220;;;;regulatory;1969289;108;;;;&tRNA;3156732;694; fin;°CDS;21333;;comp;;fin;°CDS;1969480;;;;fin;°CDS;3157499;; deb;°CDS;432722;119;comp;;deb;°CDS;2235017;38;;;deb;°CDS;3253083;193;comp ;&tRNA;433303;79;comp;;;&tRNA;2235670;77;;;;&tRNA;3253990;130; fin;°CDS;433458;;comp;;fin;°CDS;2235819;;;;fin;°CDS;3254194;; deb;°CDS;664814;456;comp;;deb;°CDS;2313926;38;;;deb;°CDS;3372825;107; ;&tRNA;666509;6;comp;;;&tRNA;2314981;92;comp;;;tmRNA;3373094;219; ;&tRNA;666592;157;comp;;fin;°CDS;2315172;;comp;;fin;°CDS;3373664;; fin;°CDS;666824;;;;deb;°CDS;2335260;406;comp;;deb;°CDS;3793550;226; deb;°CDS;691951;157;comp;;;&tRNA;2337031;222;comp;;;&tRNA;3793996;386;comp ;&tRNA;693146;333;comp;;fin;°CDS;2337327;;;;fin;°CDS;3794456;;comp fin;°CDS;693563;;;;deb;°CDS;2375620;53;;;deb;°CDS;3805030;111; deb;°CDS;849021;53;;;;&tRNA;2376009;437;;;;&tRNA;3806164;127; ;&tRNA;851483;36;;;fin;°CDS;2376518;;;;fin;°CDS;3806377;;comp fin;°CDS;851592;;;;deb;°CDS;2429105;190;;;deb;°CDS;3914337;81;comp deb;°CDS;883315;64;;;;&tRNA;2429718;111;comp;;;&tRNA;3915708;63;comp ;repeat_region;883709;98;;;fin;°CDS;2429902;;;;fin;°CDS;3915853;; fin;°CDS;886703;;comp;;deb;°CDS;2623487;62;comp;;deb;°CDS;3919322;179;comp deb;°CDS;887392;77;comp;;;&tRNA;2623942;15;comp;;;&tRNA;3920245;248;comp ;repeat_region;888746;95;;;fin;°CDS;2624033;;comp;;;&tRNA;3920566;142;comp fin;°CDS;892587;;;;deb;°CDS;2624207;65;comp;;;&tRNA;3920782;18;comp deb;°CDS;1055941;68;;;;&tRNA;2625463;22;comp;;;&tRNA;3920873;134;comp ;&tRNA;1057311;105;comp;;;&tRNA;2625558;63;comp;;;&tRNA;3921081;76;comp fin;°CDS;1057492;;;;;&tRNA;2625697;46;comp;;fin;°CDS;3921231;;comp deb;°CDS;1305647;350;comp;;;&tRNA;2625826;105;comp;;deb;°CDS;4031625;149; ;&tRNA;1306222;105;comp;;fin;°CDS;2626004;;comp;;;regulatory;4032113;67; fin;°CDS;1306401;;comp;;deb;°CDS;2652965;124;comp;;fin;°CDS;4032337;; deb;°CDS;1311419;33;comp;;;&tRNA;2653452;100;;;deb;°CDS;4120462;34; ;ncRNA;1312049;302;comp;;fin;°CDS;2653636;;;;;&tRNA;4121675;246;comp fin;°CDS;1312542;;;;deb;°CDS;2680375;91;;;fin;°CDS;4121996;; deb;°CDS;1441648;14;;;;&tRNA;2680790;110;;;deb;°CDS;4164508;430; ;&tRNA;1442379;111;;;fin;°CDS;2680982;;comp;;;ncRNA;4166687;43;comp fin;°CDS;1442562;;;;deb;°CDS;2747439;94;;;fin;°CDS;4167140;;comp deb;°CDS;1492304;691;;;;&tRNA;2747806;106;comp;;deb;°CDS;4193348;55;comp ;$rRNA;1495545;187;;;fin;°CDS;2747986;;comp;;;ncRNA;4195209;68;comp ;&tRNA;1497290;22;;;deb;°CDS;3027884;161;comp;;;&tRNA;4195371;278;comp ;&tRNA;1497390;194;;;;&tRNA;3029047;184;;;;&tRNA;4195739;50;comp ;$rRNA;1497660;152;;;fin;°CDS;3029307;;;;fin;°CDS;4195880;;comp ;$rRNA;1500801;75;;;deb;°CDS;3075187;167;comp;;deb;°CDS;4454313;715;comp fin;°CDS;1500993;;comp;;;$rRNA;3076236;152;comp;;;&tRNA;4456675;27; deb;°CDS;1508769;3;;;;$rRNA;3076505;194;comp;;;&tRNA;4456792;73; ;&tRNA;1509186;60;;;;&tRNA;3079688;22;comp;;;&tRNA;4456957;492; ;&tRNA;1509320;130;;;;&tRNA;3079786;187;comp;;fin;°CDS;4457526;; fin;°CDS;1509525;;comp;;;$rRNA;3080051;590;comp;;;;;; deb;°CDS;1690794;9;;;fin;°CDS;3082199;;comp;;;;;; ;&tRNA;1691085;96;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;1691254;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====ade intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_tRNA|ade intercalaires tRNA]] <pre> ade intercalaires tRNA;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;91;;44;;3;15;deb; ;;;158;comp’;220;;9;36;<201;20 ;;;119;;79;;14;43;total;25 ;6;;456;comp’;156;;38;44;taux;80% ;;;157;comp’;353;;38;50;; ;;;53;;36;;53;53;fin; ;;comp’;68;comp’;105;;53;76;<201;16 ;;;350;;105;;62;77;total;22 ;;;14;;111;;65;79;taux;73% ;60;;3;comp’;130;;78;100;; ;;;9;comp’;96;;81;105;total; ;;;110;;53;;91;105;<201;36 ;;;38;;77;;91;106;total;47 ;;;38;comp’;92;;107;111;taux;77% ;;;406;comp’;222;;110;130;; ;;;53;;437;;111;184;; ;;comp’;190;comp’;111;;119;219;; ;;;62;;15;;157;306;; ;22 63 46;;65;;105;;158;386;; ;;comp’;124;;100;;179;437;; ;;;91;comp’;110;;230;492;; ;;comp’;94;;106;;350;694;; ;;comp’;161;;184;;406;-;; ;;;230;;306;;430;-;; ;;;78;;694;;456;-;comp’;cumuls ;;comp’;193;;130;;34;63;deb; ;;;107;;219;;68;92;<201;7 ;;comp’;226;;386;;94;96;total;9 ;;;111;comp’;127;;124;105;taux;78% ;;;81;comp’;63;;161;110;fin; ;248 142 18 134;;179;;76;;190;111;<201;9 ;;comp’;34;comp’;246;;193;127;total;13 ;;;430;;43;;226;130;taux;69% ;278;;;;50;;715;156;; ;27 73;comp’;715;;492;;-;220;total; ;;;;;;;-;222;<201;16 ;;;;;;;-;246;total;22 ;;;;;;;-;353;taux;73% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;29;25;54;;;;;;; total;34;35;69;;;;;;; taux;85%;71%;78%;;;;;;; </pre> ====ade par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_par_rapport_au_groupe_de_référence|ade par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;ade;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;12;5;;;;;17; 16;moyen;9;6;;;;4;19; 14;fort;6;7;;;;;13; ; ;27;18;;;;4;49; 10;g+cga;5;5;;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;;;;;;4; 5;autres;1;;;;;;1; ;;12;5;;;;;17; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;245;102;;;;;347;26 16;moyen;184;122;;;;82;388;324 14;fort;122;143;;;;;265;650 ; ;551;367;;;;82;49;729 10;g+cgg;102;102;;;;;204;10 2;agg+cga;41;;;;;;41; 4;carre ccc;82;;;;;;82;16 5;autres;20;;;;;;20; ;;245;102;;;;;347; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;ade;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;267;111;;378;26;44;28; 16;moyen;200;133;;333;324;33;33; 14;fort;133;156;;289;650;22;39; ; ;600;400;;45;729;27;18; 10;g+cgg;111;111;;222;10;42;; 2;agg+cga;44;;;44;;17;; 4;carre ccc;89;;;89;16;33;; 5;autres;22;;;22;;8;; ;;267;111;;378;;12;; </pre> ====delta, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#delta,_estimation_des_-rRNAs|delta, estimation des -rRNAs]] <pre> delta;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 19 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;19;90; ; ;;indices;;;;19;474;0;0;;delta1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;à faire;45 atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;45;acc;;aac;;agc;;;atc;237;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;;gca;44;gaa;;gga;;;gta;;gca;232;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;14;;14;;17;45 11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;65;3550;1.4;0;;indices;;;;65;3550;1.4;0;;delta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4500 atgi;97;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;97;tct;;tat;;atgf;149;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100 atc;6;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;243;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100 ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100 gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100 tta;108;tca;108;taa;;tga;86;;tta;108;tca;108;taa;3.1;tga;86;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100 ata;0.0;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100 gta;115;gca;2;gaa;180;gga;105;;gta;115;gca;234;gaa;180;gga;105;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100 ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1558;;1816;;1581;4954;;;;2026;;1821;;1581;5428;;;;1400;;1400;;1700;4500 rapports;;77;;100;;100;91;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;delta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;96;;fiches;57.737;;;fréquences;;;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;30 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1097;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;89;;;10;22;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;19;;;20;12;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;5;;;;ttc;18;tcc;8;tac;15;tgc;7 atc;3;acc;100;aac;100;agc;100;;delta1;45;;;40;3;;;;atc;100;acc;15;aac;18;agc;5 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;45;;;50;2;;;;ctc;22;ccc;6;cac;10;cgt;25 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;4;;;60;1;;;;gtc;0;gcc;24;gac;39;ggc;43 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;7;tca;7;taa;;tga;14 ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;2;aaa;15;aga;6 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par delta;;;;90;0;;;;cta;7;cca;5;caa;10;cga;35 gta;100;gca;1;gaa;100;gga;100;;est 22% en dessous;;;;100;3;;;;gta;13;gca;100;gaa;44;gga;5 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;6;tag;;tgg;10 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;11;acg;2;aag;15;agg;0 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;18;ccg;2;cag;12;cgg;8 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;17;gcg;22;gag;60;ggg;6 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;136;;284;;250;670 </pre> ====ade remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_remarques|ade remarques]] *code génétique ade <pre> ade;;;;;;;49 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ==epsilon== ===Arcobacter nitrofigilis DSM 7299=== ====ant opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_opérons|ant opérons]] *notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc. <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Arco_nitr_DSM_7299/arcoNitr_DSM7299-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_014166.1;ant;génome;;;;;;;;;; 28.4%GC;12.1.21 Paris;16s 4;55;;;;;;;cds dirigé;; Arcobacter nitrofigilis DSM 7299;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; ;167574..168434;;cds;;66;66;;;287;66;4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase;* ;168501..168577;;cga;@1;447;*447;;;;;; ;169025..169261;;cds;;;;;;79;;DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; ;237275..237622;;cds;;305;305;;;116;*305;nucleotide pyrophosphohydrolase;* ;237928..239444;;16s;;111;;;111;;;; ;239556..239632;;atc;;19;;19;;;;; ;239652..239727;;gca;;301;;;301;;;; ;240029..242945;;23s;;202;;;;;;; ;243148..243263;;5s;;354;354;;;;;; comp;243618..244301;;cds;;;;;;228;;bifunctional phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase/phosphoribosyl-ATP diphosphatase HisIE;* ;;;;;;;;;;;; comp;302333..303160;;cds;;155;155;;;276;;AraC family transcriptional regulator;* ;303316..303393;;cca;;10;;10;;;;; ;303404..303480;;cac;;16;;16;;;;; ;303497..303573;;aga;;61;;61;;;;; ;303635..303719;;cta;;96;;96;;;;; ;303816..303892;;atgf;;70;70;;;;70;; ;303963..304103;;cds;;;;;;47;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;316375..317343;;cds;;110;110;;;323;;glycine betaine/L-proline ABC transporter substrate-binding protein ProX";* ;317454..317530;;atgf;;109;109;;;;109;; ;317640..318416;;cds;;;;;;259;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;373519..375741;;cds;;120;120;;;*741;;PAS domain-containing protein;* ;375862..375937;;ttc;;5;;5;;;;; ;375943..376027;;tac;;65;65;;;;65;; ;376093..376725;;cds;;;;;;211;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;597419..598486;;cds;;47;47;;;356;47;class II fructose-bisphosphate aldolase;* ;598534..598618;;ttg;;208;208;;;;;; ;598827..600107;;cds;;;;;;427;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; comp;751446..752990;;cds;@2;73;73;;;515;;cache domain-containing protein;* comp;753064..753140;;gac;+;16;;16;;;;; comp;753157..753232;;gta;2 gac gta gaa;3;;3;;;;; comp;753236..753310;;gaa;2 aaa;31;;31;;;;; comp;753342..753417;;aaa;;8;;8;;;;; comp;753426..753502;;gac;;22;;22;;;;; comp;753525..753600;;gta;;3;;3;;;;; comp;753604..753678;;gaa;;42;;42;;;;; comp;753721..753796;;aaa;;40;40;;;;40;; comp;753837..754343;;cds;;;;;;169;;CinA family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;833388..833978;;cds;;142;142;;;197;;LemA family protein;* comp;834121..834204;;ctc;;93;93;;;;93;; comp;834298..836409;;cds;;;;;;*704;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1445917..1449822;;cds;;93;93;;;*1302;93;hemolysin-type calcium-binding region;* ;1449916..1449991;;gaa;;270;270;;;;;; ;1450262..1450510;;cds;;;;;;83;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;1615201..1615542;;cds;;29;29;;;114;29;hp; ;1615572..1615647;;gtc;;99;99;;;;;; ;1615747..1616595;;cds;;;;;;283;;universal stress protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1703617..1703835;;cds;;1;1;;;73;1;hp; comp;1703837..1703913;;atgf;;12;;12;;;;; comp;1703926..1704000;;caa;;117;117;;;;;; ;1704118..1705149;;cds;;;;;;344;;bifunctional 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase/GTP cyclohydrolase II;* ;;;;;;;;;;;; comp;2221719..2222525;;cds;+;242;242;;;269;;hp; comp;2222768..2222842;;aac;2 aac;33;;33;;;;; comp;2222876..2222950;;aac;;72;72;;;;72;; comp;2223023..2223931;;cds;@3;;;;;303;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2282678..2283442;;cds;;349;349;;;255;;oxidoreductase;* comp;2283792..2283880;;tcc;;81;;81;;;;; comp;2283962..2284038;;gga;;39;;39;;;;; comp;2284078..2284154;;atgi;;15;;15;;;;; comp;2284170..2284259;;agc;;102;102;;;;102;; comp;2284362..2285048;;cds;;;;;;229;;orotidine-5'-phosphate decarboxylase;* ;;;;;;;;;;;; ;2323802..2324866;;cds;@4;12;12;;;355;12;methyltransferase domain-containing protein;* comp;2324879..2324954;;acc;;167;;;167;;;; comp;2325122..2325237;;5s;;202;;;;;;; comp;2325440..2328356;;23s;;300;;;300;;;; comp;2328657..2328732;;gca;;19;;19;;;;; comp;2328752..2328828;;atc;;111;;;111;;;; comp;2328940..2330456;;16s;;378;378;;;;;; comp;2330835..2331530;;cds;;;;;;232;;5'-methylthioadenosine/adenosylhomocysteine nucleosidase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2581821..2582840;;cds;;192;192;;;340;;UDP-glucose 4-epimerase GalE;* comp;2583033..2583108;;tgc;;45;;45;;;;; comp;2583154..2583242;;tca;;16;;16;;;;; comp;2583259..2583345;;tta;;143;143;;;;*143;; ;2583489..2585177;;cds;;;;;;563;;dihydroxy-acid dehydratase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2637277..2637459;;cds;;81;81;;;61;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2637541..2637616;;tgg;;31;31;;;;31;; comp;2637648..2637815;;cds;;;;;;56;;50S ribosomal protein L33;* ;;;;;;;;;;;; comp;2637824..2639032;;cds;;240;240;;;403;;elongation factor Tu;* comp;2639273..2639349;;gga;;8;;8;;;;; comp;2639358..2639442;;tac;;69;;69;;;;; comp;2639512..2639588;;aca;;21;;21;;;;; comp;2639610..2639685;;ttc;;41;41;;;;41;; comp;2639727..2640881;;cds;;;;;;385;;UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine—D-glutamate ligase;* ;;;;;;;;;;;; ;2656033..2656263;;cds;;231;231;;;77;*231;transcriptional antiterminator Rof;* comp;2656495..2656610;;5s;;223;;;;;;; comp;2656834..2659750;;23s;;301;;;301;;;; comp;2660052..2660127;;gca;;19;;19;;;;; comp;2660147..2660223;;atc;;111;;;111;;;; comp;2660335..2661851;;16s;;292;292;;;;;; comp;2662144..2662782;;cds;;;;;;213;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;2693436..2695451;;cds;;95;95;;;*672;;dynamin family protein;* ;2695547..2695621;;caa;;16;;16;;;;; ;2695638..2695724;;tta;;7;;7;;;;; ;2695732..2695808;;gga;;14;;14;;;;; ;2695823..2695898;;aaa;;16;;16;;;;; ;2695915..2695991;;atgf;;14;;14;;;;; ;2696006..2696082;;atgj;;12;;12;;;;; ;2696095..2696171;;aca;;30;;30;;;;; ;2696202..2696290;;tca;;90;90;;;;90;; ;2696381..2696893;;cds;;;;;;171;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;3082950..3083174;;cds;;143;143;;;75;*143;CcoQ/FixQ family Cbb3-type cytochrome c oxidase assembly chaperone;* comp;3083318..3083393;;acc;;173;;;173;;;; comp;3083567..3083682;;5s;;202;;;;;;; comp;3083885..3086801;;23s;;273;;;273;;;; comp;3087075..3087150;;gca;;19;;19;;;;; comp;3087170..3087246;;atc;;111;;;111;;;; comp;3087358..3088874;;16s;;462;*462;;;;;; ;3089337..3090032;;cds;;;;;;232;;Bax inhibitor-1/YccA family protein;* </pre> ====ant cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_cumuls|ant cumuls]] *Notes: * pour les jaunes <pre> ant cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;4;1;0;;1;1;1;1;100;8 ;16 23 5s 0;;20;21;;50;6;20;1;200;5 ;16 atc gca;4;40;6;;100;11;40;3;300;12 ;16 23 5s a;;60;2;;150;8;60;2;400;7 ;max a;3;80;2;;200;2;80;4;500;2 ;a doubles;;100;2;;250;4;100;3;600;2 ;autres;;120;;4;300;2;120;2;700;*1 ;total aas;10;140;;0;350;2;140;0;800;*2 sans ;opérons;16;160;;0;400;2;160;*2;900;0 ;1 aa;7;180;;2;450;*1;180;0;1000;0 ;max a;8;200;;0;500;*1;200;0;1100;0 ;a doubles;2;;;4;;0;;*2;;*1 ;total aas;45;;33;10;;40;;20;;40 total aas;;55;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;25;196;;155;;89;;301 ;;;variance;22;88;;121;;73;;240 sans jaune;;;moyenne;;;;139;;60;;239 ;;;variance;;;;102;;33;;132 </pre> ====ant blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_blocs|ant blocs]] <pre> Blocs 16s ant;;;;;;;; cds;143;12;;cds;231;;cds;305 acc;173;167;;5s;223;;16s;111 5s;202;202;;23s;301;;atc;19 23s;273;300;;gca;19;;gca;301 gca;19;19;;atc;111;;23s;202 atc;111;111;;16s;292;;5s;354 16s;462;378;;cds;;;cds; cds;;;;;;;; </pre> ====ant remarques==== ====ant distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_distribution|ant distribution]] *Notes: atgf gaa ont chacun un 1aa le reste >1aa. aac est un double. <pre> distribution;ant;;;;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;4;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;38;7;;2;;8;55 ;;;;;;; ;;;;;;; distribution;ant;;;;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;4;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total ;24;;28;;3;;55 </pre> ====ant données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_données_intercalaires|ant données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ant;fx;fc;ant;fx40;fc40;ant;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;9;56;0;9;56;-1;0;164;66;155;CDS 16s;;;tRNA tRNA;; 1;0;10;82;479;1;11;109;-2;0;0;447;1;305;462;;10;;cca 1;0;20;52;230;2;16;54;-3;0;0;70;117;378;;;16;;cac ;1;30;35;74;3;3;56;-4;40;221;110;12;292;;;61;;aga ;2;40;17;53;4;7;24;-5;0;2;109;143;23s 5s;;;96;;cta ;2;50;15;63;5;11;22;-6;7;0;120;143;3* 202;;;**;;atgf ;0;60;18;73;6;8;18;-7;0;12;65;;223;;;5;;ttc ;3;70;19;83;7;7;14;-8;5;98;47;;5s CDS;;;**;;tac ;2;80;20;83;8;4;46;-9;3;0;208;;-;354;;16;;gac ;2;90;35;77;9;6;88;-10;1;7;73;;-;231;;3;;gta ;4;100;24;54;10;9;48;-11;3;46;40;;16s tRNA;;;31;;gaa ;3;110;32;40;11;5;43;-12;3;1;142;;4* 111;;atc;8;;aaa 1;1;120;25;51;12;7;45;-13;0;9;93;;tRNA 23s;;;22;;gac ;0;130;27;35;13;8;31;-14;1;34;93;;2* 301;;gca;3;;gta ;0;140;26;31;14;7;15;-15;3;0;270;;300;;gca;42;;gaa 2;1;150;19;29;15;2;19;-16;1;0;29;;273;;gca;**;;aaa 1;0;160;32;21;16;2;19;-17;2;24;99;;5s tRNA;;;12;;atgf ;0;170;9;11;17;3;12;-18;0;0;242;;167;;acc;**;;caa ;0;180;8;22;18;4;22;-19;0;2;72;;173;;acc;33;;aac ;0;190;19;11;19;10;16;-20;1;19;349;;tRNA tRNA;;intra;**;;aac ;1;200;11;15;20;4;8;-21;1;0;102;;4* 19;;atc gca;81;;tcc ;1;210;11;9;21;6;16;-22;0;0;192;;;;;39;;gga ;0;220;9;9;22;4;7;-23;0;9;81;;;;;15;;atgi ;0;230;3;10;23;5;6;-24;1;0;31;;;;;**;;agc ;1;240;6;10;24;2;4;-25;0;2;240;;;;;45;;tgc ;1;250;5;4;25;4;4;-26;1;5;41;;;;;16;;tca ;0;260;8;5;26;2;10;-27;2;0;95;;;;;**;;tta ;1;270;7;2;27;3;5;-28;0;0;90;;;;;8;;gga ;0;280;2;7;28;2;4;-29;1;7;;;;;;69;;tac ;0;290;3;2;29;4;12;-30;0;0;;;;;;21;;aca ;0;300;9;3;30;3;6;-31;0;1;;;;;;**;;ttc ;0;310;4;1;31;3;8;-32;1;5;;;;;;16;;caa ;0;320;1;2;32;1;1;-33;0;0;;;;;;7;;tta ;0;330;3;4;33;2;8;-34;0;0;;;;;;14;;gga ;0;340;0;4;34;1;5;-35;1;2;;;;;;16;;aaa ;1;350;1;1;35;2;5;-36;0;0;;;;;;14;;atgf ;0;360;0;3;36;1;5;-37;0;0;;;;;;12;;atgj ;0;370;1;1;37;1;6;-38;1;3;;;;;;30;;aca ;0;380;1;0;38;2;4;-39;0;0;;;;;;**;;tca ;0;390;1;3;39;2;7;-40;0;0;;;;;;;; ;0;400;1;1;40;2;4;-41;1;0;;;;;;;; ;1;reste;21;30;reste;436;810;-42;0;0;;;;;;;; 6;28;total;631;1702;total;631;1702;-43;1;0;;;;;;;; 6;27;diagr;601;1616;diagr;186;836;-44;0;0;;;;;;;; 2;1; t30;169;783;;;;-45;0;0;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;; ;x;622;83;9;714;;;-49;1;0;;;;;;;; ;c;1646;679;56;2381;;;-50;0;0;;;;;;;; ;;;;;3095;95;;reste;1;6;;;;;;;; ;;;;;;3190;;total;83;679;;;;;;;; </pre> =====ant autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires_aas|ant autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;ant;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;167574;66;; ;tRNA;168501;447;;cga fin;CDS;169025;;; deb;CDS;237275;305;; 16s;rRNA;237928;111;; ;tRNA;239556;19;;atc ;tRNA;239652;301;;gca 23s;rRNA;240029;202;; 5s;rRNA;243148;354;; fin;CDS;243618;;comp; deb;CDS;302333;155;comp; ;tRNA;303316;10;;cca ;tRNA;303404;16;;cac ;tRNA;303497;61;;aga ;tRNA;303635;96;;cta ;tRNA;303816;70;;atgf fin;CDS;303963;;; deb;CDS;316375;110;; ;tRNA;317454;109;;atgf fin;CDS;317640;;; deb;CDS;373519;120;; ;tRNA;375862;5;;ttc ;tRNA;375943;65;;tac fin;CDS;376093;;; deb;CDS;597419;47;; ;tRNA;598534;208;;ttg fin;CDS;598827;;; deb;CDS;751446;73;comp; ;tRNA;753064;16;comp;gac ;tRNA;753157;3;comp;gta ;tRNA;753236;31;comp;gaa ;tRNA;753342;8;comp;aaa ;tRNA;753426;22;comp;gac ;tRNA;753525;3;comp;gta ;tRNA;753604;42;comp;gaa ;tRNA;753721;40;comp;aaa fin;CDS;753837;;comp; deb;CDS;833388;142;comp; ;tRNA;834121;93;comp;ctc fin;CDS;834298;;comp; deb;CDS;1445917;93;; ;tRNA;1449916;270;;gaa fin;CDS;1450262;;; deb;CDS;1615201;29;; ;tRNA;1615572;99;;gtc fin;CDS;1615747;;; deb;CDS;1703617;1;; ;tRNA;1703837;12;comp;atgf ;tRNA;1703926;117;comp;caa fin;CDS;1704118;;; deb;CDS;1907982;-5;; ;ncRNA;1908268;28;comp; fin;CDS;1908619;;comp; deb;CDS;2221719;242;comp; ;tRNA;2222768;33;comp;aac ;tRNA;2222876;72;comp;aac fin;CDS;2223023;;comp; deb;CDS;2282678;349;comp; ;tRNA;2283792;81;comp;tcc ;tRNA;2283962;39;comp;gga ;tRNA;2284078;15;comp;atgi ;tRNA;2284170;102;comp;agc fin;CDS;2284362;;comp; deb;CDS;2323802;12;; ;tRNA;2324879;167;comp;acc 5s;rRNA;2325122;202;comp; 23s;rRNA;2325440;300;comp; ;tRNA;2328657;19;comp;gca ;tRNA;2328752;111;comp;atc 16s;rRNA;2328940;378;comp; fin;CDS;2330835;;comp; deb;CDS;2425110;353;; ;tmRNA;2427398;181;comp; fin;CDS;2427974;;comp; deb;CDS;2581821;192;comp; ;tRNA;2583033;45;comp;tgc ;tRNA;2583154;16;comp;tca ;tRNA;2583259;143;comp;tta fin;CDS;2583489;;; deb;CDS;2637277;81;comp; ;tRNA;2637541;31;comp;tgg fin;CDS;2637648;;comp; deb;CDS;2637824;240;comp; ;tRNA;2639273;8;comp;gga ;tRNA;2639358;69;comp;tac ;tRNA;2639512;21;comp;aca ;tRNA;2639610;41;comp;ttc fin;CDS;2639727;;comp; deb;CDS;2656033;231;; 5s;rRNA;2656495;223;comp; 23s;rRNA;2656834;301;comp; ;tRNA;2660052;19;comp;gca ;tRNA;2660147;111;comp;atc 16s;rRNA;2660335;292;comp; fin;CDS;2662144;;comp; deb;CDS;2693436;95;; ;tRNA;2695547;16;;caa ;tRNA;2695638;7;;tta ;tRNA;2695732;14;;gga ;tRNA;2695823;16;;aaa ;tRNA;2695915;14;;atgf ;tRNA;2696006;12;;atgj ;tRNA;2696095;30;;aca ;tRNA;2696202;90;;tca fin;CDS;2696381;;; deb;CDS;2739487;88;comp; ;Regulatory;2740208;48;comp; fin;CDS;2740399;;comp; deb;CDS;2825449;163;; ;repeat_region;2825927;233;; fin;CDS;2827303;;; deb;CDS;3082950;143;; ;tRNA;3083318;173;comp;acc 5s;rRNA;3083567;202;comp; 23s;rRNA;3083885;273;comp; ;tRNA;3087075;19;comp;gca ;tRNA;3087170;111;comp;atc 16s;rRNA;3087358;462;comp; fin;CDS;3089337;;; </pre> ====ant intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_entre_cds|ant intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> ant;5.2.21 Paris;;ant 24.9.20;;;;;;; ant;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5 ;'''négatif;762;24.6;'''négatif ;-8;9;-1 à -79;'''3 192 235;-1;762 ;'''zéro;65;2.1;;;;;'''intercals;0;65 ;'''1 à 200;2060;66.6;'''0 à 200;56;54;;'''192 251;5;313 ;'''201 à 370;150;4.8;'''201 à 370;258;43;;'''6.0%;10;248 ;'''371 à 600;33;1.1;'''371 à 600;470;68;;;15;182 ;'''601 à max;25;0.8;'''601 à 1028;769;128;;;20;100 ;'''total 3095;<201;93.3;'''total 3094;60;105;-79 à 1028;;25;58 adresse;intercalx;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;Cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;51 184238;1181;-1;762;-70;2;;0;65;35;36 2384649;1028;0;65;-60;1;;-1;°164;40;34 710835;984;1;°120;-50;4;;-2;0;45;33 982825;947;2;70;-40;3;;-3;0;50;45 3045330;924;3;59;-30;14;'''min à -1;-4;°261;55;47 1534263;916;4;31;-20;49;762;-5;2;60;44 2391806;863;5;°33;-10;137;24.6%;-6;7;65;60 269108;850;6;26;0;617;;-7;12;70;42 1454453;848;7;21;10;561;;-8;°103;75;54 1174364;789;8;50;20;282;;-9;3;80;49 1115863;783;9;°94;30;109;;-10;8;85;56 2054584;776;10;57;40;70;'''1 à 100;-11;°49;90;56 2920637;773;11;48;50;78;1586;-12;4;95;31 1754154;772;12;°52;60;91;51.2%;-13;9;100;47 997474;739;13;39;70;102;;-14;°35;105;38 1906747;712;14;22;80;103;;-15;3;110;34 1172194;702;15;°21;90;112;;-16;1;115;45 606029;672;16;21;100;78;;-17;°26;120;31 1071807;649;17;15;110;72;;-18;0;125;35 1204569;642;18;°26;120;76;;-19;2;130;27 792914;628;19;26;130;62;;-20;°20;135;33 2100174;625;20;12;140;57;;-21;1;140;24 949485;617;21;°22;150;48;;-22;0;145;24 2733159;613;22;11;160;53;;-23;°9;150;24 2042643;612;23;11;170;20;'''1 à 200;-24;1;155;21 2270147;596;24;6;180;30;2060;-25;2;160;32 3006396;587;25;8;190;30;66.6%;-26;°6;165;16 2176130;583;26;°12;200;26;;-27;2;170;4 27717;575;27;8;210;20;;-28;0;175;15 1024897;562;28;6;220;18;;-29;°8;180;15 715253;551;29;°16;230;13;;-30;0;185;15 2128182;532;30;9;240;16;;-31;1;190;15 1829788;526;31;°11;250;9;;-32;°6;195;14 1763296;520;32;2;260;13;'''0 à 200;;810;200;12 ;;33;°10;270;9;2125;reste;17;205;11 ;;34;6;280;9;;total;827;210;9 ;;35;7;290;5;;;;215;10 ;;36;6;300;12;;'''intercal;<u>'''frequencef;220;8 ;;37;7;310;5;;600;3070;225;5 ;;38;6;320;3;;620;3;230;8 ;;39;°9;330;7;;640;2;235;6 ;;40;6;340;4;'''201 à 370;660;2;240;10 ;;;1246;350;2;150;680;1;245;6 ;;;3095;360;3;4.8%;700;;250;3 ;;;;370;2;;720;2;255;7 ;;;;380;1;;740;1;260;6 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;4;;760;;265;5 3067823;-79;comp;;400;2;;780;3;270;4 2531271;-71;shift2;1430;410;3;;800;2;275;5 1382616;-65;shift2;248;420;1;;820;;280;4 1058996;-59;shift2;389;430;0;;840;;285;3 2237436;-56;shift2;872;440;0;;860;2;290;2 641645;-55;shift2;861;450;3;;880;1;295;5 1374304;-53;shift2;1223;460;4;;900;;300;7 3090072;-49;;;470;0;;920;1;305;1 542837;-43;;;480;1;;940;1;310;4 2236436;-41;;;490;1;;960;1;315;3 907463;-38;;;500;1;;980;;320;0 984116;-38;;;510;2;;1000;1;325;3 1476725;-38;;;520;2;;1020;;330;4 1904926;-38;;;530;1;;1040;1;335;3 1716281;-35;;;540;1;'''371 à 600;;24;340;1 2233985;-35;;;550;0;33;;;345;0 3184884;-35;;;560;1;1.1%;;;350;2 531215;-32;;;570;1;;;;355;2 642505;-32;;;580;1;'''601 à max;;;360;1 1843228;-32;;;590;2;25;;;365;1 2546649;-32;;;600;1;0.8%;;;370;1 2808157;-32;;;reste;25;;reste;1;reste;58 3127986;-32;;;total;3095;;total;3095;total;3095 </pre> ====ant intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ant;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-25;209;-664;88;680;279;min40;-135;1021;-2424;183;664;252;min40 31 à 400;60;-400;637;9.8;785;222;2 parties;4.8;28;-332;62;888;-194;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;183;63;-;609;poly;70;SF;262;79;-;358;poly;306;SF 31 à 400;132;48;-;673;poly;112;tF;130;43;-;746;poly;142;tF ;;;;;;;;;;;;;; ant. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;0.038;0.255;0.669;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.575;;;;; ;0.730;0.271;0.538;;;;;;;;;;;; ;0.876;0.892;0.886;;;;;;;;;;;; ant;fx;fc;;ant;fx%;fc%;;fre;fx40;fc40;;x;ant;comp’;continu 0;9;56;;0;15;35;;0;9;56;>0;622;-1;0;164 10;82;479;;10;136;296;;1;11;109;<0;83;-2;0;0 20;52;230;;20;87;142;;2;16;54;zéro;9;-3;0;0 30;35;74;;30;58;46;;3;3;56;total;714;-4;40;221 40;17;53;;40;28;33;;4;7;24;;c;-5;0;2 50;15;63;;50;25;39;;5;11;22;>0;1646;-6;7;0 60;18;73;;60;30;45;;6;8;18;<0;679;-7;0;12 70;19;83;;70;32;51;;7;7;14;zéro;56;-8;5;98 80;20;83;;80;33;51;;8;4;46;total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reste;21;30;;;;;;reste;436;810;;;-42;0;0 total;631;1702;;t30;281;485;;total;631;1702;;;-43;1;0 diagr;601;1616;;t60;364;601;;diagr;186;836;;;-44;0;0 - t30;432;833;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;382;644;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;;total;83;679 </pre> ====ant intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_négatifs_S-|ant intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;; comp’;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83;1 continu;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679;6 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total Sx-;;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83 Sc-;;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679 </pre> ====ant autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires|ant autres intercalaires]] <pre> ant;autres intercalaires;;adresses1;;;ant;autres intercalaires;;adresses2;;;ant;autres intercalaires;;adresses3; deb;°CDS;167574;66;;;deb;°CDS;1445917;93;;;deb;°CDS;2637277;81;comp ;&tRNA;168501;447;;;;&tRNA;1449916;270;;;;&tRNA;2637541;31;comp fin;°CDS;169025;;;;fin;°CDS;1450262;;;;fin;°CDS;2637648;;comp deb;°CDS;237275;305;;;deb;°CDS;1615201;29;;;deb;°CDS;2637824;240;comp ;$rRNA;237928;111;;;;&tRNA;1615572;99;;;;&tRNA;2639273;8;comp ;&tRNA;239556;19;;;fin;°CDS;1615747;;;;;&tRNA;2639358;69;comp ;&tRNA;239652;301;;;deb;°CDS;1703617;1;;;;&tRNA;2639512;21;comp ;$rRNA;240029;202;;;;&tRNA;1703837;12;comp;;;&tRNA;2639610;41;comp ;$rRNA;243148;354;;;;&tRNA;1703926;117;comp;;fin;°CDS;2639727;;comp fin;°CDS;243618;;comp;;fin;°CDS;1704118;;;;deb;°CDS;2656033;231; deb;°CDS;302333;155;comp;;deb;°CDS;1907982;-5;;;;$rRNA;2656495;223;comp ;&tRNA;303316;10;;;;ncRNA;1908268;28;comp;;;$rRNA;2656834;301;comp ;&tRNA;303404;16;;;fin;°CDS;1908619;;comp;;;&tRNA;2660052;19;comp ;&tRNA;303497;61;;;deb;°CDS;2221719;242;comp;;;&tRNA;2660147;111;comp ;&tRNA;303635;96;;;;&tRNA;2222768;33;comp;;;$rRNA;2660335;292;comp ;&tRNA;303816;70;;;;&tRNA;2222876;72;comp;;fin;°CDS;2662144;;comp fin;°CDS;303963;;;;fin;°CDS;2223023;;comp;;deb;°CDS;2693436;95; deb;°CDS;316375;110;;;deb;°CDS;2282678;349;comp;;;&tRNA;2695547;16; ;&tRNA;317454;109;;;;&tRNA;2283792;81;comp;;;&tRNA;2695638;7; fin;°CDS;317640;;;;;&tRNA;2283962;39;comp;;;&tRNA;2695732;14; deb;°CDS;373519;120;;;;&tRNA;2284078;15;comp;;;&tRNA;2695823;16; ;&tRNA;375862;5;;;;&tRNA;2284170;102;comp;;;&tRNA;2695915;14; ;&tRNA;375943;65;;;fin;°CDS;2284362;;comp;;;&tRNA;2696006;12; fin;°CDS;376093;;;;deb;°CDS;2323802;12;;;;&tRNA;2696095;30; deb;°CDS;597419;47;;;;&tRNA;2324879;167;comp;;;&tRNA;2696202;90; ;&tRNA;598534;208;;;;$rRNA;2325122;202;comp;;fin;°CDS;2696381;; fin;°CDS;598827;;;;;$rRNA;2325440;300;comp;;deb;°CDS;2739487;88;comp deb;°CDS;751446;73;comp;;;&tRNA;2328657;19;comp;;;Regulatory;2740208;48;comp ;&tRNA;753064;16;comp;;;&tRNA;2328752;111;comp;;fin;°CDS;2740399;;comp ;&tRNA;753157;3;comp;;;$rRNA;2328940;378;comp;;deb;°CDS;2825449;163; ;&tRNA;753236;31;comp;;fin;°CDS;2330835;;comp;;;repeat_region;2825927;233; ;&tRNA;753342;8;comp;;deb;°CDS;2425110;353;;;fin;°CDS;2827303;; ;&tRNA;753426;22;comp;;;tmRNA;2427398;181;comp;;deb;°CDS;3082950;143; ;&tRNA;753525;3;comp;;fin;°CDS;2427974;;comp;;;&tRNA;3083318;173;comp ;&tRNA;753604;42;comp;;deb;°CDS;2581821;192;comp;;;$rRNA;3083567;202;comp ;&tRNA;753721;40;comp;;;&tRNA;2583033;45;comp;;;$rRNA;3083885;273;comp fin;°CDS;753837;;comp;;;&tRNA;2583154;16;comp;;;&tRNA;3087075;19;comp deb;°CDS;833388;142;comp;;;&tRNA;2583259;143;comp;;;&tRNA;3087170;111;comp ;&tRNA;834121;93;comp;;fin;°CDS;2583489;;;;;$rRNA;3087358;462;comp fin;°CDS;834298;;comp;;;;;;;;fin;°CDS;3089337;; </pre> ====ant intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_tRNA|ant intercalaires tRNA]] <pre> ant ;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;66;;447;;29;31;'''deb; ;10 16 61 96;comp’;155;;70;;47;40;<201;11 ;;;110;;109;;66;41;total;14 ;5;;120;;65;;73;65;taux;79% ;;;47;;208;;81;70;'''fin; ;16 3 31 8 22 3 42;;73;;40;;93;73;<201;12 ;;;142;;93;;95;90;total;15 ;;;93;;270;;110;93;taux;80% ;;;29;;99;;120;99;'''total; ;12;comp’;1;;117;;142;102;<201;23 ;33;;242;;73;;192;109;total;29 ;81 39 15;;349;;102;;240;117;taux;79% ;;comp’;12;;;;242;208;; ;45 16;;192;comp’;143;;349;270;; ;;;81;;31;;'''-;447;'''comp’;'''cumuls ;8 69 21;;240;;41;;1;143;'''deb;100% ;16 7 14 16 14 12 30;;95;;90;;12;-;'''fin;100% ;;comp’;143;;;;143;-;'''total;100% ;;;;;;;155;-;; ;;;;;;;;;; comp’+continu;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;15;13;28;;;;;;; total;18;16;34;;;;;;; %;83%;81%;82%;;;;;;; </pre> ====ant par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_par_rapport_au_groupe_de_référence|ant par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;ant;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;3;;;;;;3; 16;moyen;2;12;;;2;8;24; 14;fort;2;24;2;;;;28; ; ;7;36;2;0;2;8;55; 10;g+cga;1;;;;;;1; 2;agg+cgg;;;;;;;0; 4;carre ccc;2;;;;;;2; 5;autres;;;;;;;0; ;;3;0;0;0;0;0;3; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;55;;;;;;55;26 16;moyen;36;218;0;;36;145;436;324 14;fort;36;436;36;;;;509;650 ;;127;655;36;0;36;145;55;729 10;g+cga;18;;;;;;18;10 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;36;;;;;;36;16 5;autres;;;;;;;; ;;55;0;0;0;0;0;55; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;67;;;67;26;;0; 16;moyen;44;267;;311;324;;33; 14;fort;44;533;44;622;650;;67; ;;156;800;44;45;729;;36; 10;g+cga;22;;;22;10;;; 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;44;;;44;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;67;;;67;;;; </pre> ====epsilon, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#epsilon,_estimation_des_-rRNAs|epsilon, estimation des -rRNAs]] <pre> epsilon;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 40 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;40;187; ; ;;indices;;;;40;468;0;0;;epsi1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;45 atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;3;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;80;acc;3;aac;3;agc;;;atc;200;acc;8;aac;8;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;89;gaa;;gga;;;gta;5;gca;223;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;3 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;172;;13;;2;187;;;;430;;33;;5;468;;;;14;;28;;3;45 11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;161;6531;0;0;;indices;;;;161;6531;0;0;;epsi1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4500 atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;104;;atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;106;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;400 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;95;;ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;200;tcc;100;tac;200;tgc;100 atc;-9;acc;92;aac;105;agc;101;;atc;191;acc;99;aac;112;agc;101;;atc;;acc;;aac;200;agc;100 ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt; gtc;98;gcc;95;gac;134;ggc;140;;gtc;98;gcc;95;gac;139;ggc;140;;gtc;100;gcc;;gac;200;ggc; tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;200;tca;200;taa;;tga; ata;0.0;aca;108;aaa;143;aga;124;;ata;;aca;108;aaa;150;aga;124;;ata;;aca;200;aaa;300;aga;100 cta;101;cca;99;caa;109;cga;100;;cta;101;cca;101;caa;109;cga;100;;cta;100;cca;200;caa;100;cga;100 gta;134;gca;-24;gaa;173;gga;111;;gta;139;gca;199;gaa;173;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;300;gga;300 ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;100 atgj;98;acg;1.9;aag;6.5;agg;96;;atgj;98;acg;1.9;aag;9.0;agg;96;;atgj;100;acg;;aag;;agg; ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;23;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;25;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1287;;1663;;641;3591;;;;1717;;1695;;646;4058;;;;1400;;2800;;300;4500 rapports;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;epsi1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;98;;fiches;39.7;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;74 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1588;;;0/0;4;cgt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;avec;188;;;10;13;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;40;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;0;;;;ttc;47;tcc;3;tac;49;tgc;1 atc;-5;acc;92;aac;93;agc;100;;epsi1;45;;;40;2;;;;atc;100;acc;100;aac;48;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;45;;;50;7;23;;;ctc;1;ccc;100;cac;0;cgt; gtc;100;gcc;100;gac;96;ggc;100;;avec;10;;;60;2;;;;gtc;2;gcc;100;gac;33;ggc;100 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;48;tca;50;taa;;tga;100 ata;;aca;100;aaa;95;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;;aca;46;aaa;53;aga;19 cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par epsilon;;;;90;0;;;;cta;1;cca;51;caa;8;cga;0 gta;96;gca;-12;gaa;100;gga;100;;est 13% au dessu;;;;100;18;;;;gta;33;gca;100;gaa;42;gga;63 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;;tgg;0 atgj;100;acg;100;aag;72;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;2;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;;gcg;;gag;90;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100 ;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;127;;546;;3;676 </pre> ===pub=== ====pub opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_opérons|pub opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Cand_Pela_ubique_HTCC1062/candPela_UBIQUE_HTCC1062-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007205.1;ant;génome;;;;;;;;;; 29.2%GC;30.1.21 Paris;16s 1;31;;;;;;;cds dirigé;; Pelagibacter ubique;;;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; ;41060..41653;;cds;;20;20;;;198;;ABC transporter substrate-binding protein;* comp;41674..41750;;atgi;;66;;66;;;;; comp;41817..41891;;gtc;;8;8;;;;8;; comp;41900..43723;;cds;;;;;;*608;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;; comp;114873..116147;;cds;;3;3;;;425;3;CCA tRNA nucleotidyltransferase;* comp;116151..116224;;caa;;32;32;;;;;; comp;116257..117102;;cds;;;;;;282;;4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol kinase;* ;;;;;;;;;;;; comp;319204..319548;;cds;;22;22;;;115;22;4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase;* comp;319571..319645;;ggc;;97;97;;;;;; ;319743..320384;;cds;;;;;;214;;LON peptidase substrate-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;407852..408448;;cds;;68;68;;;199;;DedA family protein;* ;408517..408601;;ttg;;7;7;;;;7;; ;408609..410315;;cds;;;;;;*569;;AMP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;414886..415407;;cds;;26;26;;;174;26;PaaI family thioesterase;* comp;415434..415510;;cgt;;75;75;;;;;; ;415586..416773;;cds;;;;;;396;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;438405..440213;;cds;;2;2;;;*603;2;elongation factor 4;* ;440216..440305;;tcc;;5;5;;;;5;; comp;440311..441081;;cds;;;;;;257;;FkbM family methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;461643..462362;;cds;;2;2;;;240;2;VTT domain-containing protein;* comp;462365..462438;;acc;;101;101;;;;;; ;462540..462737;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;; ;466335..466550;;cds;;5;5;;;72;5;translation initiation factor IF-1;* ;466556..466631;;ttc;;88;88;;;;;; ;466720..466932;;cds;;235;235;;;71;;cold-shock protein;* ;467168..467242;;cac;;5;5;;;;5;; ;467248..468645;;cds;;;;;;466;;histidine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; comp;509729..511027;;cds;;330;*330;;;433;*330;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;511358..512832;;16s;@1;98;;;;;;; ;512931..513007;;atc;;9;;;9;;;; ;513017..513092;;gca;;149;;;;;;; ;513242..515995;;23s;;446;*446;;;;;; ;516442..516975;;cds;;46625;;;;178;;WbuC family cupin fold metalloprotein;* ;;;;;;;;;;;; ;563601..564479;;cds;;52;52;;;293;;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;* ;564532..564646;;5s;;13;13;;;;13;; ;564660..564785;;cds;;;;;;42;;type B 50S ribosomal protein L36;* ;;;;;;;;;;;; ;567715..568413;;cds;;18;18;;;233;;transaldolase;* comp;568432..568508;;atgf;;6;6;;;;6;; comp;568515..568709;;cds;;;;;;65;;30S ribosomal protein S21;* ;;;;;;;;;;;; comp;593396..594376;;cds;;23;23;;;327;;RluA family pseudouridine synthase;* ;594400..594476;;cga;@2;16;16;;;;16;; comp;594493..595425;;cds;;;;;;311;;threonylcarbamoyl-AMP synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;842772..843023;;cds;;101;101;;;84;;DUF1289 domain-containing protein;* ;843125..843209;;cta;;16;16;;;;16;; ;843226..844659;;cds;;;;;;478;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;; ;846722..849106;;cds;;49;49;;;*795;49;endopeptidase La;* ;849156..849231;;gta;;13;;13;;;;; ;849245..849321;;gac;;88;88;;;;;; ;849410..849778;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;; ;934654..936063;;cds;;31;31;;;470;31;potassium transporter Trk;* ;936095..936171;;aga;;170;170;;;;;; ;936342..937382;;cds;;;;;;347;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; ;941232..942389;;cds;;19;19;;;386;19;hp;* comp;942409..942484;;aac;;52;;52;;;;; comp;942537..942610;;tgc;;128;128;;;;;; ;942739..945366;;cds;;;;;;*876;;valine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; ;970015..971127;;cds;;200;200;;;371;;tRNA guanosine(34) transglycosylase Tgt;* ;971328..971403;;aaa;;20;20;;;;20;; comp;971424..972251;;cds;;;;;;276;;M48 family metallopeptidase;* ;;;;;;;;;;;; ;975062..975328;;cds;;0;0;;;89;0;succinate dehydrogenase assembly factor 2;* comp;975329..975418;;tca;;92;92;;;;;; ;975511..976392;;cds;;;;;;294;;EamA family transporter RarD;* ;;;;;;;;;;;; comp;985615..986127;;cds;;93;93;;;171;;zinc-ribbon domain-containing protein;* ;986221..986297;;cca;;4;4;;;;4;; ;986302..986583;;cds;;;;;;94;;ETC complex I subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;988522..990216;;cds;;50;50;;;*565;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;990267..990341;;gaa;;23;23;;;;23;; ;990365..990598;;cds;;;;;;78;;GIY-YIG nuclease family protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1029539..1031752;;cds;;0;0;;;*738;0;lytic transglycosylase domain-containing protein;* comp;1031753..1031844;;agc;;68;68;;;;;; ;1031913..1033166;;cds;;;;;;418;;sarcosine oxidase subunit beta family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1085222..1085413;;cds;;19;19;;;64;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;1085433..1085508;;tgg;;7;7;;;;7;; comp;1085516..1086706;;cds;;47;47;;;397;47;elongation factor Tu;* comp;1086754..1086827;;gga;;46;;46;;;;; comp;1086874..1086959;;tac;;131;131;;;;;; ;1087091..1087834;;cds;;33;33;;;248;33;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;1087868..1087943;;aca;;4;4;;;;4;; comp;1087948..1088727;;cds;;4;4;;;260;4;NAD kinase;* comp;1088732..1088816;;tta;;79;79;;;;;; comp;1088896..1089312;;cds;;;;;;139;;Gamma-glutamylcyclotransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;1165696..1166454;;cds;;141;141;;;253;;pilin;* comp;1166596..1166672;;atgj;;64;64;;;;64;; comp;1166737..1166964;;cds;;;;;;76;;hp;* </pre> ====pub cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_cumuls|pub cumuls]] <pre> pub cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;2;100;11 ;16 atcgca 23;1;20;1;1;50;31;20;18;200;8 ;16 atc23s5s;;40;;;100;11;40;5;300;11 ;16gca23s5s;;60;2;;150;5;60;2;400;7 ;max a;2;80;1;;200;2;80;1;500;6 ;a doubles;;100;;;250;1;100;;600;2 ;autres;;120;;;300;;120;;700;2 ;total aas;2;140;;;350;1;140;;800;2 sans ;opérons;25;160;;;400;;160;;900;1 ;1 aa;21;180;;;450;1;180;;1000; ;max a;2;200;;;500;;200;;1100; ;a doubles;0;;;;;;;1;; ;total aas;29;;4;1;;54;;29;;50 total aas;;31;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;44;9;;63;;27;;299 ;;;variance;22;0;;85;;61;;203 sans jaune;;;moyenne;;;;50;;16;;237 ;;;variance;;;;55;;16;;134 </pre> ====pub blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_blocs|pub blocs]] <pre> Blocs 16s pub;;;; cds;330;433;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* 16s;98;1475;; atc;9;77;; gca;149;76;; 23s;446;2754;; cds;46625;178;WbuC family cupin fold metalloprotein;* ;;;; cds;52;293;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;* 5s;13;115;; cds;;42;type B 50S ribosomal protein L36;* </pre> ====pub distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_distribution|pub distribution]] <pre> distribution;pub;;;;;;31 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;8;21;;;;2;31 ;;1aa;1;11;9;; ;;>1aa;1;2;5;; distribution;scc;;min;inter;max;;29 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total ;13;;14;;2;;29 </pre> ====pub données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_données_intercalaires|pub données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;pub;fx;fc;pub;fx40;fc40;pub;x-;c-;c;x;c;x;aa 2;0;0;13;58;0;13;58;-1;0;152;8;20;CDS 16s;; 3;10;10;39;256;1;4;52;-2;3;0;3;97;;330; 5;2;20;15;51;2;11;58;-3;0;0;32;68;23s CDS;; 1;3;30;15;30;3;6;37;-4;44;79;22;75;446;; ;3;40;19;30;4;5;25;-5;0;1;7;5;5s CDS;; ;3;50;17;32;5;4;26;-6;2;0;26;2;52;; ;0;60;19;29;6;2;13;-7;1;2;2;101;13;; 2;1;70;10;18;7;3;12;-8;14;42;5;18;16s tRNA;; 1;1;80;15;15;8;2;13;-9;7;0;88;23;98;; ;2;90;6;18;9;2;12;-10;0;2;235;16;tRNA 23s;; 3;0;100;7;9;10;0;8;-11;5;30;5;101;149;; 2;0;110;5;7;11;3;5;-12;4;0;6;19;tRNA tRNA;;intra ;0;120;9;8;12;0;7;-13;1;2;16;128;9;;atc gca 1;0;130;7;6;13;0;6;-14;2;18;49;20;tRNA tRNA;; 1;0;140;4;6;14;2;10;-15;0;0;88;0;66;;atgi 1;0;150;3;3;15;0;2;-16;0;2;31;92;**;;gtc ;0;160;6;1;16;2;3;-17;1;9;170;93;13;;gta ;1;170;3;2;17;3;3;-18;2;0;200;0;**;;gac ;0;180;2;3;18;2;6;-19;0;1;4;68;52;;aac ;0;190;1;6;19;0;4;-20;3;10;50;131;**;;tgc ;1;200;4;1;20;3;5;-21;0;0;23;4;46;;gga ;0;210;1;1;21;5;4;-22;0;1;19;141;**;;tac ;0;220;2;1;22;1;4;-23;1;5;7;;;; ;0;230;1;2;23;0;3;-24;3;0;47;;;; ;1;240;1;0;24;3;5;-25;0;1;33;;;; ;0;250;0;1;25;2;2;-26;0;3;4;;;; ;0;260;1;0;26;0;3;-27;0;0;79;;;; ;0;270;1;0;27;2;2;-28;0;1;64;;;; ;0;280;0;1;28;2;2;-29;0;1;;;;; ;0;290;1;0;29;0;3;-30;1;0;;;;; ;0;300;0;0;30;0;2;-31;0;1;;;;; ;0;310;1;0;31;0;3;-32;0;1;;;;; ;0;320;0;2;32;3;5;-33;0;0;;;;; ;0;330;0;0;33;4;1;-34;0;1;;;;; ;0;340;1;0;34;0;2;-35;0;2;;;;; ;0;350;0;0;35;4;4;-36;0;0;;;;; ;0;360;1;0;36;3;4;-37;0;0;;;;; ;0;370;0;0;37;2;3;-38;0;2;;;;; ;0;380;0;0;38;1;1;-39;0;0;;;;; ;0;390;0;0;39;2;4;-40;0;0;;;;; ;0;400;0;0;40;0;3;-41;0;2;;;;; ;0;reste;4;4;reste;135;175;-42;0;0;;;;; 22;28;total;234;601;total;236;600;-43;1;0;;;;; 20;28;diagr;217;539;diagr;88;367;-44;0;1;;;;; 9;15; t30;69;337;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;221;95;13;329;;;-49;0;0;;;;; ;c;543;377;58;978;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1307;79;;reste;0;3;;;;; ;;;;;;1386;;total;95;377;;;;; </pre> =====pub autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires_aas|pub autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pub;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;9267;10214;4;*; ;;tmRNA;10219;10520;-2;*; fin;comp;CDS;10519;10890;;0; deb;comp;CDS;38328;38795;255;*; ;comp;ncRNA;39051;39405;42;*; fin;comp;CDS;39448;40191;;; deb;;CDS;41060;41653;20;*; ;comp;tRNA;41674;41750;66;*;atgi ;comp;tRNA;41817;41891;8;*;gtc fin;comp;CDS;41900;43723;;; deb;comp;CDS;114873;116147;3;*; ;comp;tRNA;116151;116224;32;*;caa fin;comp;CDS;116257;117102;;0; deb;comp;CDS;319204;319548;22;*; ;comp;tRNA;319571;319645;97;*;ggc fin;;CDS;319743;320384;;0; deb;comp;CDS;407852;408448;68;*; ;;tRNA;408517;408601;7;*;ttg fin;;CDS;408609;410315;;; deb;comp;CDS;414886;415407;26;*; ;comp;tRNA;415434;415510;75;*;cgt fin;;CDS;415586;416773;;; deb;;CDS;438405;440213;2;*; ;;tRNA;440216;440305;5;*;tcc fin;comp;CDS;440311;441081;;; deb;;CDS;461643;462362;2;*; ;comp;tRNA;462365;462438;101;*;acc fin;;CDS;462540;462737;;; deb;;CDS;466335;466550;5;*; ;;tRNA;466556;466631;88;*;ttc deb;;CDS;466720;466932;235;*; ;;tRNA;467168;467242;5;*;cac fin;;CDS;467248;468645;;; deb;comp;CDS;496262;498457;70;*; ;comp;regulatory;498528;498615;91;*; fin;;CDS;498707;499813;;1; deb;comp;CDS;509729;511027;330;*; ;;rRNA;511358;512832;98;*;1475 ;;tRNA;512931;513007;9;*;atc ;;tRNA;513017;513092;149;*;gca ;;rRNA;513242;515995;446;*;2754 fin;;CDS;516442;516975;;; deb;;CDS;563601;564479;52;*; ;;rRNA;564532;564646;13;*;115 fin;;CDS;564660;564785;;; deb;;CDS;567715;568413;18;*; ;comp;tRNA;568432;568508;6;*;atgf fin;comp;CDS;568515;568709;;; deb;comp;CDS;593396;594376;23;*; ;;tRNA;594400;594476;16;*;cga fin;comp;CDS;594493;595425;;; deb;;CDS;648881;649762;24;*; ;;regulatory;649787;649876;77;*; fin;;CDS;649954;651060;;; deb;comp;CDS;731869;732777;9;*; ;comp;regulatory;732787;732850;88;*; fin;comp;CDS;732939;733529;;0; deb;;CDS;785951;786466;32;*; ;;regulatory;786499;786587;-13;*; fin;;CDS;786575;788023;;; deb;comp;CDS;842772;843023;101;*; ;;tRNA;843125;843209;16;*;cta fin;;CDS;843226;844659;;; deb;;CDS;846722;849106;49;*; ;;tRNA;849156;849231;13;*;gta ;;tRNA;849245;849321;88;*;gac fin;;CDS;849410;849778;;; deb;;CDS;934654;936063;31;*; ;;tRNA;936095;936171;170;*;aga fin;;CDS;936342;937382;;; deb;;CDS;941232;942389;19;*; ;comp;tRNA;942409;942484;52;*;aac ;comp;tRNA;942537;942610;128;*;tgc fin;;CDS;942739;945366;;; deb;;CDS;970015;971127;200;*; ;;tRNA;971328;971403;20;*;aaa fin;comp;CDS;971424;972251;;0; deb;;CDS;975062;975328;0;*; ;comp;tRNA;975329;975418;92;*;tca fin;;CDS;975511;976392;;; deb;comp;CDS;985615;986127;93;*; ;;tRNA;986221;986297;4;*;cca fin;;CDS;986302;986583;;; deb;;CDS;988522;990216;50;*; ;;tRNA;990267;990341;23;*;gaa fin;;CDS;990365;990598;;; deb;comp;CDS;1005217;1005678;139;*; ;;regulatory;1005818;1005886;4;*; fin;;CDS;1005891;1007219;;1; deb;;CDS;1029539;1031752;0;*; ;comp;tRNA;1031753;1031844;68;*;agc fin;;CDS;1031913;1033166;;; deb;comp;CDS;1085222;1085413;19;*; ;comp;tRNA;1085433;1085508;7;*;tgg deb;comp;CDS;1085516;1086706;47;*; ;comp;tRNA;1086754;1086827;46;*;gga ;comp;tRNA;1086874;1086959;131;*;tac deb;;CDS;1087091;1087834;33;*; ;;tRNA;1087868;1087943;4;*;aca deb;comp;CDS;1087948;1088727;4;*; ;comp;tRNA;1088732;1088816;79;*;tta fin;comp;CDS;1088896;1089312;;1; deb;comp;CDS;1125607;1126158;4;*; ;comp;regulatory;1126163;1126227;3;*; deb;comp;CDS;1126231;1127292;66;*; ;comp;regulatory;1127359;1127423;295;*; fin;comp;CDS;1127719;1127925;;; deb;;CDS;1165696;1166454;141;*; ;comp;tRNA;1166596;1166672;64;*;atgj fin;comp;CDS;1166737;1166964;;; </pre> ====pub intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_entre_cds|pub intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> 28.1.21 paris;24.1.21;1380;pilM ;Pseudo : incomplete, partial in the middle of a contig, missing N-terminus;;;;;; pub;intercalaires;total;%;intercalaires;;;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5 ;'''négatif;473;36.2;'''négatif ;-8;9;-65 à -1;'''1 308 759;-1;473 ;'''zéro;71;5.4;;;;;'''intercals;0;71 ;'''1 à 200;736;56.3;'''0 à 200;37;45;;'''39 179;5;228 ;'''201 à 370;19;1.5;'''201 à 370;260;47;;'''3.0%;10;67 ;'''371 à 600;7;0.5;'''371 à 600;475;70;;;15;35 ;'''601 à max;1;0.1;'''601 et +;-;;;;20;31 ;'''total 1307;<201;97.9;'''total 1306;26;61;-65 à 596;;25;29 adresse;intercalx;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;16 73227;1380;-1;473;-70;0;;0;71;35;26 999551;596;0;71;-60;1;;-1;°152;40;23 1162229;549;1;56;-50;2;;-2;3;45;33 537246;464;2;°69;-40;6;'''-65 à -1;-3;0;50;16 1119848;445;3;43;-30;8;473;-4;°123;55;23 1180952;435;4;30;-20;29;36%;-5;2;60;25 193367;434;5;°30;-10;79;;-6;2;65;15 398173;403;6;15;0;419;;-7;3;70;13 408609;356;7;15;10;295;;-8;°56;75;17 762333;335;8;°15;20;66;;-9;7;80;12 1122717;318;9;14;30;45;'''1 à 100;-10;2;85;10 338267;317;10;8;40;49;649;-11;°35;90;14 997872;304;11;°8;50;49;49.7%;-12;4;95;7 334628;284;12;7;60;48;;-13;3;100;9 675167;279;13;6;70;28;;-14;°20;105;8 1135181;268;14;°12;80;29;;-15;0;110;4 627169;255;15;2;90;24;;-16;2;115;9 1118568;248;16;5;100;16;;-17;°10;120;8 79392;239;17;6;110;12;'''1 à 200;-18;2;125;7 807867;230;18;°8;120;17;736;-19;1;130;6 58997;223;19;4;130;13;56.3%;-20;°13;135;5 1152723;221;20;8;140;10;;-21;0;140;5 761553;219;21;°9;150;6;;-22;1;145;1 782276;217;22;5;160;7;;-23;°6;150;5 612190;216;23;3;170;5;;-24;3;155;2 351261;209;24;°8;180;5;;-25;1;160;5 838936;201;25;4;190;7;'''0 à 200;-26;°3;165;3 744621;200;26;3;200;5;807;-27;0;170;2 166432;195;27;°4;210;2;;-28;1;175;4 625822;195;28;4;220;3;;-29;1;180;1 164576;191;29;3;230;3;;-30;1;185;6 217060;191;30;2;240;1;;-31;1;190;1 1163621;188;31;3;250;1;;-32;1;195;4 798049;185;32;°8;260;1;;;530;200;1 422106;184;33;5;270;1;;reste;14;205;1 288782;182;34;2;280;1;'''201 à 370;total;544;210;1 560488;182;35;°8;290;1;19;;;215;0 262705;181;36;7;300;0;1.5%;;;220;3 469675;181;37;5;310;1;;;;225;2 832239;177;38;2;320;2;;;;230;1 939877;174;39;°6;330;0;;;;235;0 ;;40;3;340;1;;;;240;1 ;;reste;308;350;0;;;;245;0 ;;total;1307;360;1;;;;250;1 ;;;;370;0;;;;255;1 ;;;;380;0;;;;260;0 ;;;;390;0;;;;265;0 ;;;;400;0;;;;270;1 ;;;;410;1;;;;275;0 ;;;;420;0;;;;280;1 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;0;;;;285;1 817687;-65;shift2;2521;440;2;;;;290;0 410672;-59;shift2;856;450;1;;;;295;0 1196013;-56;shift2;445;460;0;;;;300;0 474189;-47;shift2;1222;470;1;;;;305;1 682918;-47;shift2;1435;480;0;;;;310;0 1025350;-44;shift2;544;490;0;;;;315;0 1197066;-43;comp;;500;0;'''371 à 600;;;320;2 584040;-41;shift2;934;510;0;7;;;325;0 707855;-41;shift2;319;520;0;0.5%;;;330;0 802906;-38;shift2;;530;0;;;;335;1 1038898;-38;shift2;;540;0;;;;340;0 279711;-35;shift2;;550;1;;;;345;0 1027659;-35;shift2;;560;0;;;;350;0 928018;-34;shift2;;570;0;;;;355;0 803426;-32;shift2;;580;0;;;;360;1 1176246;-31;shift2;;590;0;'''max;;;365;0 429007;-30;comp;;600;1;1380;;;370;0 992704;-29;shift2;;reste;1;;;;reste;8 1233832;-28;shift2;;total;1307;;;;total;1307 </pre> ====pub intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;; pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pub;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-58;495;-1405;136;853;284;min20;&-236;1732;-3869;256;559;245;min30 31 à 400;-49;437;-1304;133;918;297;2 parties;&-48;403;-1093;97;945;280;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;243;75;-;604;poly;249;SF;&308;88;;221;poly;338;SF 31 à 400;190;60;-;662;poly;256;SF;&117;36;-;580;poly;365;SF ;;;;;;;;;;;;;; pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; </pre> *Diagrammes 400: Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;26.1.22 Paris;;;;;;corrélation;;14.8.21 Paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;0.715;;pub;Sx-;Sc- 41-400;0.908;0.857;0.883;;;;;;;;;;-1;0;152 1-400;0.840;0.866;0.852;;;;;;;;;;-2;3;0 pub;fx;fc;;pub;fx%;fc%;;x;;fx40;fc40;;-3;0;0 0;13;58;;0;60;108;>0;222;0;13;58;;-4;43;80 10;39;256;;10;179;477;<0;92;1;4;52;;-5;1;1 20;15;51;;20;69;95;zéro;13;2;11;58;;-6;1;1 30;15;30;;30;69;56;total;327;3;6;37;;-7;1;2 40;19;30;;40;87;56;;c;4;5;25;;-8;14;42 50;17;32;;50;78;60;>0;541;5;4;26;;-9;7;0 60;19;29;;60;87;54;<0;381;6;2;13;;-10;0;2 70;10;18;;70;46;34;zéro;58;7;3;12;;-11;4;31 80;15;14;;80;69;26;total;980;8;2;13;;-12;3;1 90;6;18;;90;28;34;;;9;2;12;;-13;1;2 100;7;9;;100;32;17;total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reste;4;4;;;;;;;reste;135;175;;-45;0;0 total;235;599;;t30;317;628;;;total;236;600;;-46;0;0 diagr;218;537;;;;;;;diagr;88;367;;-47;0;2 - t30;149;200;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;0;3 ;;;;;;;;;;;;;total;92;381 </pre> ====pub intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_négatifs_S-|pub intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;0;3;0;42;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;2;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;90 continu;152;0;0;81;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;11;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;383 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;43;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;3;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;92 ;Sc-;152;0;0;80;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;10;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;381 </pre> ====pub autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires|pub autres intercalaires]] <pre> pub;autres intercalaires;;adresses1;;;pub;autres intercalaires;;adresses2;;;pub;autres intercalaires;;adresses3; deb;°CDS;9267;4;comp;;deb;°CDS;509729;330;comp;;deb;°CDS;970015;200; ;tmRNA;10219;-2;;;;$rRNA;511358;98;;;;&tRNA;971328;20; fin;°CDS;10519;;comp;;;&tRNA;512931;9;;;fin;°CDS;971424;;comp deb;°CDS;38328;255;comp;;;&tRNA;513017;149;;;deb;°CDS;975062;0; ;ncRNA;39051;42;comp;;;$rRNA;513242;446;;;;&tRNA;975329;92;comp fin;°CDS;39448;;comp;;fin;°CDS;516442;;;;fin;°CDS;975511;; deb;°CDS;41060;20;;;deb;°CDS;563601;52;;;deb;°CDS;985615;93;comp ;&tRNA;41674;66;comp;;;$rRNA;564532;13;;;;&tRNA;986221;4; ;&tRNA;41817;8;comp;;fin;°CDS;564660;;;;fin;°CDS;986302;; fin;°CDS;41900;;comp;;deb;°CDS;567715;18;;;deb;°CDS;988522;50; deb;°CDS;114873;3;comp;;;&tRNA;568432;6;comp;;;&tRNA;990267;23; ;&tRNA;116151;32;comp;;fin;°CDS;568515;;comp;;fin;°CDS;990365;; fin;°CDS;116257;;comp;;deb;°CDS;593396;23;comp;;deb;°CDS;1005217;139;comp deb;°CDS;319204;22;comp;;;&tRNA;594400;16;;;;regulatory;1005818;4; ;&tRNA;319571;97;comp;;fin;°CDS;594493;;comp;;fin;°CDS;1005891;; fin;°CDS;319743;;;;deb;°CDS;648881;24;;;deb;°CDS;1029539;0; deb;°CDS;407852;68;comp;;;regulatory;649787;77;;;;&tRNA;1031753;68;comp ;&tRNA;408517;7;;;fin;°CDS;649954;;;;fin;°CDS;1031913;; fin;°CDS;408609;;;;deb;°CDS;731869;9;comp;;deb;°CDS;1085222;19;comp deb;°CDS;414886;26;comp;;;regulatory;732787;88;comp;;;&tRNA;1085433;7;comp ;&tRNA;415434;75;comp;;fin;°CDS;732939;;comp;;deb;°CDS;1085516;47;comp fin;°CDS;415586;;;;deb;°CDS;785951;32;;;;&tRNA;1086754;46;comp deb;°CDS;438405;2;;;;regulatory;786499;-13;;;;&tRNA;1086874;131;comp ;&tRNA;440216;5;;;fin;°CDS;786575;;;;deb;°CDS;1087091;33; fin;°CDS;440311;;comp;;deb;°CDS;842772;101;comp;;;&tRNA;1087868;4; deb;°CDS;461643;2;;;;&tRNA;843125;16;;;deb;°CDS;1087948;4;comp ;&tRNA;462365;101;comp;;fin;°CDS;843226;;;;;&tRNA;1088732;79;comp fin;°CDS;462540;;;;deb;°CDS;846722;49;;;fin;°CDS;1088896;;comp deb;°CDS;466335;5;;;;&tRNA;849156;13;;;deb;°CDS;1125607;4;comp ;&tRNA;466556;88;;;;&tRNA;849245;88;;;;regulatory;1126163;3;comp deb;°CDS;466720;235;;;fin;°CDS;849410;;;;deb;°CDS;1126231;66;comp ;&tRNA;467168;5;;;deb;°CDS;934654;31;;;;regulatory;1127359;295;comp fin;°CDS;467248;;;;;&tRNA;936095;170;;;fin;°CDS;1127719;;comp deb;°CDS;496262;70;comp;;fin;°CDS;936342;;;;deb;°CDS;1165696;141; ;regulatory;498528;91;comp;;deb;°CDS;941232;19;;;;&tRNA;1166596;64;comp fin;°CDS;498707;;;;;&tRNA;942409;52;comp;;fin;°CDS;1166737;;comp ;;;;;;;&tRNA;942537;128;comp;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;942739;;;;;;;; </pre> ====pub intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_tRNA|pub intercalaires tRNA]] <pre> pub;intercalaires tRNA;;;;;;;;; ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;; ;;;;;;;;;; ;66;comp’;20;;8;;2;4;deb; ;9;;3;;32;;3;5;<201;13 ;13;;22;comp’;97;;4;6;total;14 comp’;52;comp’;68;;7;;5;7;taux;93% ;46;;26;comp’;75;;19;7;fin; ;;;2;comp’;5;;22;8;<201;14 ;;comp’;2;comp’;101;;26;16;total;14 ;;;5;;88;;31;23;taux;100% ;;;235;;5;;33;32;total; ;;comp’;18;;6;;47;64;<201;27 ;;comp’;23;comp’;16;;49;79;total;28 ;;comp’;101;;16;;50;88;taux;96% ;;;49;;88;;200;88;; ;;;31;;170;;235;170;comp’;cumuls ;;comp’;19;comp’;128;;0;4;; ;;;200;comp’;20;;0;5;deb;11 ;;comp’;0;comp’;92;;2;16;<201;100% ;;comp’;93;;4;;18;20;; ;;;50;;23;;19;68;fin;11 ;;comp’;0;comp’;68;;20;75;<201;100% ;;;19;;7;;23;92;; ;;;47;comp’;131;;68;97;total; ;;;33;comp’;4;;93;101;<201;22 ;;;4;;79;;101;128;total;22 ;;comp’;141;;64;;141;131;taux;100% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;24;25;49;;;;; ;;total;25;25;50;;;;; ;;taux;96%;100%;98%;;;;; </pre> ==actino== ===Actinoplanes sp. SE50/110=== ====ase opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_opérons|ase opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acti_SE50_110/actiSp_SE50_110-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017803.1;ase;;genome;;;;;;;; 71.15%GC;13.8.19 Paris;16s 6;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Actinoplanes sp. SE50/110;;;;;;;;;;; ;12658..13392;;CDS;;78;78;;;245;; ;13471..13547;;atc;@1;242;;*242;;;; ;13790..13862;;gca;;202;202;;;;; comp;14065..14607;;CDS;;;;;;181;; ;;;;;;;;;;; ;153733..155094;;CDS;;556;*556;;;454;; ;155651..157174;;16s;;308;;;;1524;; ;157483..160591;;23s;;99;;;;3109;; ;160691..160807;;5s;;134;134;;;117;; comp;160942..161988;;CDS;;;;;;349;; ;;;;;;;;;;; comp;45153..45968;;CDS;;276;276;;;272;; comp;46245..46330;;ctg;;257;257;;;;; ;46588..47385;;CDS;;;;;;266;; ;;;;;;;;;;; ;568633..569007;;CDS;;492;*492;;;125;; ;569500..571022;;16s;;308;;;;1523;; ;571331..574439;;23s;;108;;;;3109;; ;574548..574664;;5s;;245;245;;;117;; ;574910..576340;;CDS;;;;;;477;; ;;;;;;;;;;; comp;66324..66533;;CDS;;177;177;;;70;; comp;66711..66784;;ggg;;151;151;;;;; comp;66936..67442;;CDS;;;;;;169;; ;;;;;;;;;;; comp;145264..145572;;CDS;;595;*595;;;103;; comp;146168..146244;;ttc;;12;;12;;;; comp;146257..146333;;gac;;62;;62;;;; comp;146396..146468;;gaa;;338;338;;;;; comp;146807..148066;;CDS;;;;;;420;; ;;;;;;;;;;; ;164168..164716;;CDS;;92;92;;;183;; ;164809..164883;;aaa;;250;250;;;;; ;165134..166444;;CDS;;;;;;437;; ;;;;;;;;;;; comp;457033..458760;;CDS;;116;116;;;*576;; ;458877..458950;;acg;;74;74;;;;; comp;459025..460758;;CDS;;;;;;*578;; ;;;;;;;;;;; ;627485..628396;;CDS;;42;42;;;304;; ;628439..628515;;gac;;5;5;;;;; comp;628521..629174;;CDS;;;;;;218;; ;;;;;;;;;;; ;645098..645421;;CDS;;355;355;;;108;; ;645777..645849;;agg;;459;*459;;;;; comp;646309..648462;;CDS;;;;;;*718;; ;;;;;;;;;;; ;747312..748337;;CDS;;430;*430;;;342;; comp;748768..748851;;tac;;148;148;;;;; ;749000..749491;;CDS;;;;;;164;; ;;;;;;;;;;; ;752175..754703;;CDS;;94;94;;;*843;; ;754798..754873;;acc;;44;;44;;;; ;754918..754990;;atgj;;138;138;;;;; ;755129..755296;;CDS;;;;;;56;; ;;;;;;;;;;; ;755829..756224;;CDS;;79;79;;;132;; ;756304..756376;;tgg;;103;103;;;;; ;756480..756857;;CDS;;;;;;126;; ;;;;;;;;;;; ;940643..942004;;CDS;;55;55;;;454;; ;942060..942142;;tta;;221;221;;;;; ;942364..943218;;CDS;;;;;;285;; ;;;;;;;;;;; comp;1155560..1155901;;CDS;;200;200;;;114;; comp;1156102..1156177;;gcc;;89;89;;;;; comp;1156267..1156824;;CDS;;;;;;186;; ;;;;;;;;;;; ;1222705..1223634;;CDS;;259;259;;;310;; comp;1223894..1223980;;cta;;244;244;;;;; comp;1224225..1224701;;CDS;;;;;;159;; ;;;;;;;;;;; ;1237525..1238115;;CDS;;91;91;;;197;; ;1238207..1238282;;cac;;54;54;;;;; comp;1238337..1238684;;CDS;;;;;;116;; ;;;;;;;;;;; comp;1248040..1249266;;CDS;;132;132;;;409;; ;1249399..1249474;;aag;+;118;;*118;;;; ;1249593..1249668;;aag;2 aag;-15;*-15;;;;; comp;1249654..1249878;;CDS;@2;;;;;75;; ;;;;;;;;;;; ;1335812..1336096;;CDS;;296;296;;;95;; comp;1336393..1336465;;aga;;13;13;;;;; comp;1336479..1337558;;CDS;;;;;;360;; ;;;;;;;;;;; comp;1399552..1400070;;CDS;;376;376;;;173;; comp;1400447..1400520;;gga;;130;;*130;;;; ;1400651..1400724;;cca;;38;38;;;;; ;1400763..1402112;;CDS;;;;;;450;; ;;;;;;;;;;; comp;1406634..1406849;;CDS;;586;*586;;;72;; ;1407436..1408958;;16s;;307;;;;1523;; ;1409266..1412374;;23s;;99;;;;3109;; ;1412474..1412590;;5s;;122;122;;;117;; comp;1412713..1413510;;CDS;;;;;;266;; ;;;;;;;;;;; comp;1519931..1520254;;CDS;;217;217;;;108;; ;1520472..1520544;;aac;;315;315;;;;; ;1520860..1522122;;CDS;;236;236;;;421;; ;1522359..1522432;;atgi;;1097;*1097;;;;; < comp;1523530..1523919;;CDS;;;;;;130;; ;;;;;;;;;;; ;1604562..1605026;;CDS;;38;38;;;155;; ;1605065..1605139;;gta;;357;357;;;;; <>;1605497..1605583;;CDS;;;;;;29;; ;;;;;;;;;;; comp;1935668..1936510;;CDS;;317;317;;;281;; comp;1936828..1936904;;ttg;;131;131;;;;; ;1937036..1937656;;CDS;;;;;;207;; ;;;;;;;;;;; ;2434408..2435559;;CDS;;19;19;;;384;; comp;2435579..2435661;;ctc;;151;151;;;;; ;2435813..2438881;;CDS;;;;;;*1023;; ;;;;;;;;;;; comp;2570204..2570824;;CDS;;794;*794;;;207;; ;2571619..2573141;;16s;;315;;;;1523;; ;2573457..2576562;;23s;;98;;;;3106;; ;2576661..2576777;;5s;;247;247;;;117;; comp;2577025..2577462;;CDS;;;;;;146;; ;;;;;;;;;;; comp;4900233..4901780;;CDS;;19;19;;;*516;; comp;4901800..4901878;;tgc;;29;;29;;;; comp;4901908..4901981;;gcg;;19;19;;;;; comp;4902001..4902321;;CDS;;23;23;;;107;; comp;4902345..4902417;;gac;;31;31;;;;; comp;4902449..4903369;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; ;5443888..5444526;;CDS;;409;*409;;;213;; ;5444936..5445012;;ctc;;17;;17;;;; ;5445030..5445114;;tac;;29;29;;;;; comp;5445144..5446565;;CDS;;;;;;474;; ;;;;;;;;;;; ;6208479..6209489;;CDS;;101;101;;;337;; comp;6209591..6209666;;cgg;;9;;9;;;; comp;6209676..6209749;;cca;;17;;17;;;; comp;6209767..6209859;;agc;;5;;5;;;; comp;6209865..6209939;;ctg;;4;;4;;;; comp;6209944..6210015;;cag;;8;;8;;;; comp;6210024..6210100;;ggc;;4;;4;;;; comp;6210105..6210177;;cgt;;3;;3;;;; comp;6210181..6210254;;gcc;;43;;43;;;; comp;6210298..6210369;;tgg;;562;*562;;;;; comp;6210932..6212365;;CDS;;;;;;478;; ;;;;;;;;;;; ;6397923..6398423;;CDS;;699;*699;;;167;; ;6399123..6399196;;tgg;;199;;*199;;;; ;6399396..6399468;;ggg;;157;;*157;;;; ;6399626..6399701;;gcc;;61;;61;;;; ;6399763..6399837;;gag;;78;;78;;;; ;6399916..6399992;;gga;;359;;*359;;;; ;6400352..6400426;;ttg;;1;;1;;;; ;6400428..6400500;;acc;;5;;5;;;; ;6400506..6400577;;ggc;;25;25;;;;; ;6400603..6401055;;CDS;;35;35;;;151;; ;6401091..6401163;;cag;;110;;*110;;;; ;6401274..6401350;;ctc;;1;;1;;;; ;6401352..6401427;;acg;;1;;1;;;; ;6401429..6401503;;ctg;;5;;5;;;; ;6401509..6401584;;gcg;;30;;30;;;; ;6401615..6401686;;gac;;5;;5;;;; ;6401692..6401779;;agc;;1;;1;;;; ;6401781..6401854;;atc;;6;6;;;;; ;6401861..6402227;;ncRNA;@3;7;7;;;;; ;6402235..6402309;;cgt;;10;;10;;;; ;6402320..6402395;;other;@4;11;;11;;;; ;6402407..6402477;;aag;;14;;14;;;; ;6402492..6402565;;aga;;11;;11;;;; ;6402577..6402650;;aaa;;1;;1;;;; ;6402652..6402727;;atgf;;1;;1;;;; ;6402729..6402804;;gtc;;1;;1;;;; ;6402806..6402879;;gaa;;5;;5;;;; ;6402885..6402958;;aac;;44;;44;;;; ;6403003..6403088;;tcc;;1;;1;;;; ;6403090..6403163;;gtg;;2;;2;;;; ;6403166..6403239;;cac;;93;;*93;;;; ;6403333..6403405;;other;;411;*411;;;;; comp;6403817..6404185;;CDS;;;;;;123;; ;;;;;;;;;;; ;6543230..6543619;;CDS;;412;*412;;;130;; ;6544032..6544106;;ctg;;152;;*152;;;; ;6544259..6544331;;gca;;410;*410;;;;; ;6544742..6545917;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; ;6934653..6935819;;CDS;;69;69;;;389;; comp;6935889..6935962;;ccc;;51;51;;;;; comp;6936014..6937450;;CDS;;;;;;479;; ;;;;;;;;;;; comp;6991952..6992437;;CDS;;174;174;;;162;; comp;6992612..6992728;;5s;;170;;;;117;; comp;6992899..6996006;;23s;;307;;;;3108;; comp;6996314..6997836;;16s;;531;*531;;;1523;; comp;6998368..6999624;;CDS;;;;;;419;; ;;;;;;;;;;; ;7455514..7456608;;CDS;;167;167;;;365;; comp;7456776..7456847;;gtg;;55;55;;;;; comp;7456903..7457310;;CDS;;;;;;136;; ;;;;;;;;;;; ;7481671..7483989;;CDS;;83;83;;;*773;; comp;7484073..7484189;;5s;;169;;;;117;; comp;7484359..7487466;;23s;;315;;;;3108;; comp;7487782..7489304;;16s;;800;*800;;;1523;; comp;7490105..7490731;;CDS;;;;;;209;; ;;;;;;;;;;; ;7670534..7671652;;CDS;;136;136;;;373;; comp;7671789..7671863;;gtc;;18;;18;;;; comp;7671882..7671952;;tgc;;38;;38;;;; comp;7671991..7672063;;ggc;;116;116;;;;; comp;7672180..7674045;;CDS;;;;;;*622;; ;;;;;;;;;;; ;7710075..7711193;;CDS;;136;136;;;373;; comp;7711330..7711404;;gtc;;28;;28;;;; comp;7711433..7711503;;tgc;;38;;38;;;; comp;7711542..7711614;;ggc;;112;112;;;;; ;7711727..7712905;;CDS;;;;;;393;; ;;;;;;;;;;; ;8111157..8111843;;CDS;;546;*546;;;229;; comp;8112390..8112465;;gag;+;532;;*532;;;; comp;8112998..8113070;;gag;2 gag;57;;57;;;; comp;8113128..8113199;;cag;;451;*451;;;;; comp;8113651..8114457;;CDS;;;;;;269;; ;;;;;;;;;;; ;8275151..8275810;;CDS;;65;65;;;220;; ;8275876..8275950;;cgg;;416;*416;;;;; comp;8276367..8276921;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; comp;8391343..8392530;;CDS;;255;255;;;396;; comp;8392786..8392862;;atgf;;296;296;;;;; comp;8393159..8394607;;CDS;;;;;;483;; ;;;;;;;;;;; comp;8397029..8399113;;CDS;;596;*596;;;*695;; comp;8399710..8399786;;atgf;;71;71;;;;; comp;8399858..8402857;;CDS;;;;;;*1000;; ;;;;;;;;;;; comp;8601686..8603128;;CDS;;81;81;;;481;; comp;8603210..8603280;;caa;;37;37;;;;; comp;8603318..8604199;;CDS;;;;;;294;; ;;;;;;;;;;; ;8623005..8623730;;CDS;;64;64;;;242;; comp;8623795..8623871;;gcg;;171;171;;;;; comp;8624043..8624792;;CDS;;;;;;250;; ;;;;;;;;;;; comp;8821061..8822146;;CDS;;136;136;;;362;; ;8822283..8822356;;aca;;175;175;;;;; comp;8822532..8824421;;CDS;;;;;;*630;; ;;;;;;;;;;; ;8945870..8946763;;CDS;;190;190;;;298;; ;8946954..8947030;;ccg;;204;204;;;;; comp;8947235..8947531;;CDS;;;;;;99;; ;;;;;;;;;;; comp;8963177..8966704;;CDS;;104;104;;;*1176;; comp;8966809..8966904;;ncRNA;;83;83;*83;;;; ;8966988..8967075;;tcc;;270;270;;;;; comp;8967346..8967687;;CDS;;;;;;114;; ;;;;;;;;;;; ;8968639..8969070;;CDS;;521;*521;;;144;; comp;8969592..8969681;;tcg;;116;116;;;;; ;8969798..8970505;;CDS;;;;;;236;; ;;;;;;;;;;; ;9077764..9078855;;CDS;;326;326;;;364;; comp;9079182..9079256;;cgt;;370;370;;;;; comp;9079627..9082830;;CDS;;;;;;*1068;; ;;;;;;;;;;; comp;9084051..9086675;;CDS;;560;*560;;;*875;; comp;9087236..9087311;;cgt;;40;;40;;;; comp;9087352..9087442;;agc;;399;399;;;;; ;9087842..9089017;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;9100587..9101549;;CDS;;77;77;;;321;; ;9101627..9101714;;tca;;144;144;;;;; comp;9101859..9102145;;CDS;;;;;;96;; </pre> ====ase cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_cumuls|ase cumuls]] <pre> ase cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;6;1;8;-;1;1;1;;100;8;30;1 ;16 23 5s 0;6;20;19;;50;16;20;;200;29;60;1 ;16 atc gca;0;40;6;;100;19;40;;300;19;90;3 ;16 23 5s a;0;60;4;;150;17;60;;400;19;120;10 ;max a;0;80;3;;200;9;80;;500;14;150;9 ;a doubles;0;100;2;;250;9;100;;600;3;180;8 ;autres;0;120;2;;300;7;120;;700;3;210;8 ;total aas;0;140;1;;350;4;140;;800;2;240;5 sans ;opérons;45;160;2;;400;5;160;;900;2;270;6 ;1 aa;31;180;0;;450;6;180;;1000;1;300;5 ;max a;29;200;1;;500;3;200;;1100;2;330;4 ;a doubles;2;;3;;;13;;;;1;;43 ;total aas;98;;51;0;;109;;0;;103;;103 total aas;;98;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;58;;;229;;;;328;; ;;;variance;98;;;206;;;;173;; sans jaune;;;moyenne;19;;;147;;;;254;;179 ;;;variance;21;;;104;;;;111;;62 </pre> ====ase blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_blocs|ase blocs]] <pre> ase blocs;;;;;; CDS;556;454;492;125;586;72 16s;308;1524;308;1523;307;1523 23s;99;3109;108;3109;99;3109 5s;134;117;245;117;122;117 CDS;;349;;477;;266 ;;;;;; CDS;794;207;531;419;800;209 16s;315;1523;307;1523;315;1523 23s;98;3106;170;3108;169;3108 5s;247;117;174;117;83;117 CDS;;146;;162;;773 </pre> ====ase remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_remarques|ase remarques]] ====ase distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_distribution|ase distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;2;acc;2;aac;1;agc;3;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;2;ggc;;;gtc;3;gcc;2;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;2;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;3;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ase; ;32;;;;;;;ase;58;;;;;;;;ase;6;;;;;; </pre> ====ase données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_données_intercalaires|ase données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ase;fx;fc;ase;fx40;fc40;ase;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 1;0;0;22;13;0;22;13;-1;0;168;78;202;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite 1;0;10;141;464;1;20;60;-2;18;0;279;257;555;585;;245;;atc;97;;cgt 1;3;20;93;279;2;5;59;-3;0;0;387;185;491;793;;**;;gca;14;;aag ;2;30;92;196;3;23;38;-4;91;885;151;74;530;;;15;;ttc;11;;aga 1;6;40;63;226;4;21;48;-5;0;1;595;8;799;;;62;;gac;1;;aaa 1;2;50;101;178;5;10;43;-6;2;0;338;459;16s 23s;;;**;;gaa;1;;atgf 1;3;60;130;183;6;12;28;-7;11;18;92;430;2* 345;;;47;;acc;1;;gtc 2;1;70;137;193;7;12;31;-8;6;71;274;148;2* 344;;;**;;atgj;5;;gaa 2;3;80;126;160;8;9;37;-9;2;1;434;262;2* 352;;;118;;aag;44;;aac ;2;90;104;171;9;17;53;-10;4;9;817;54;23s 5s;;;**;;aag;1;;tcc 1;3;100;101;126;10;12;67;-11;17;22;42;132;2* 105;;;-;130;gga;2;;gtg 1;1;110;95;122;11;9;49;-12;5;0;1343;-12;114;;;**;;cca;96;;cac 2;2;120;82;98;12;11;33;-13;6;12;94;296;100;;;29;;tgc;**;;other ;0;130;96;96;13;8;33;-14;18;12;138;217;176;;;**;;gcg;152;;ctg 5;2;140;89;88;14;5;26;-15;11;1;79;827;175;;;20;;ctc;**;;gca 1;0;150;62;78;15;11;23;-16;4;5;103;131;5s CDS;;;**;;tac;18;;gtc 1;1;160;73;82;16;17;28;-17;12;6;55;19;245;377;;9;;cgg;38;;tgc 1;0;170;66;71;17;6;23;-18;4;0;221;151;983;122;;17;;cca;**;;ggc 1;2;180;59;57;18;8;12;-19;6;5;203;278;;247;;5;;agc;532;;gag 1;1;190;61;70;19;10;17;-20;5;6;89;32;;83;;4;;ctg;57;;gag ;0;200;65;58;20;8;35;-21;1;0;244;104;;;;11;;cag;**;;cag 2;1;210;55;45;21;15;20;-22;2;3;91;43;tRNA CDS;suite;;4;;ggc;40;;cgt 1;0;220;39;46;22;11;24;-23;8;7;13;411;34;77;;3;;cgt;**;;agc ;1;230;42;53;23;7;23;-24;7;0;373;69;35;1017;;43;;gcc;;; ;0;240;39;37;24;10;14;-25;1;5;38;167;412;;;**;;tgg;;; ;1;250;41;48;25;11;18;-26;8;5;315;136;380;;;199;;tgg;;; 1;0;260;36;17;26;2;24;-27;0;1;47;136;113;;;157;;ggg;;; 1;0;270;43;33;27;17;14;-28;3;4;38;112;178;;;64;;gcc;;; 2;2;280;34;33;28;6;14;-29;3;4;1132;546;51;;;81;;gag;;; ;0;290;23;29;29;4;28;-30;2;0;362;419;55;;;141;;gga;;; 1;1;300;22;29;30;9;17;-31;4;1;19;64;116;;;144;;caa;;; ;0;310;31;21;31;1;22;-32;7;4;19;136;451;;;1;;ttg;;; ;2;320;22;22;32;6;34;-33;2;0;23;175;65;;;5;;acc;;; 1;0;330;16;20;33;10;20;-34;3;1;31;204;135;;;**;;ggc;;; ;1;340;20;32;34;4;23;-35;6;0;22;273;296;;;110;;cag;;; ;1;350;22;24;35;4;22;-36;1;0;409;91;599;;;4;;ctc;;; ;0;360;24;19;36;7;19;-37;1;2;345;116;71;;;1;;acg;;; ;2;370;14;16;37;7;23;-38;5;0;317;329;81;;;5;;ctg;;; ;2;380;11;14;38;7;29;-39;0;0;699;408;37;;;30;;gcg;;; ;1;390;13;14;39;7;14;-40;2;1;;;171;;;5;;gac;;; ;0;400;15;10;40;10;20;-41;0;3;;;190;;;1;;agc;;; 8;11;reste;259;295;reste;2268;2688;-42;2;0;;;370;;;**;;atc;;; 41;60;total;2679;3866;total;2679;3866;-43;2;1;;;524;;;;;;;; 32;49;diagr;2398;3558;diagr;389;1165;-44;2;4;;;;;;;;;;; 2;5; t30;326;939;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;; ;x;2657;352;22;3031;;;-49;0;2;;;;;;;;;;; ;c;3853;1300;13;5166;;;-50;3;0;;;;;;;;;;; ;;;;;8197;183;;reste;53;28;;;;;;;;;;; ;;;;;;8380;;total;352;1300;;;;;;;;;;; </pre> =====ase autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires_aas|ase autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ase;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;12497;78;; ;tRNA;13471;245;;atc ;tRNA;13790;202;;gca fin;CDS;14065;;comp; deb;CDS;45153;279;comp; ;tRNA;46248;257;comp;ctg fin;CDS;46588;;; deb;CDS;65469;387;comp; ;tRNA;66711;151;comp;ggg fin;CDS;66936;;comp; deb;CDS;145264;595;comp; ;tRNA;146168;15;comp;ttc ;tRNA;146260;62;comp;gac ;tRNA;146396;338;comp;gaa fin;CDS;146807;;comp; deb;CDS;153733;555;; ;rRNA;155650;345;;16s ;rRNA;157512;105;;23s ;rRNA;160691;377;;5s fin;CDS;161185;;comp; deb;CDS;164168;92;; ;tRNA;164809;274;;aaa fin;CDS;165158;;; deb;CDS;261106;434;; ;tRNA;262062;817;;aaa fin;CDS;262948;;; deb;CDS;457033;185;comp; ;tRNA;458877;74;;acg fin;CDS;459025;;comp; deb;CDS;568633;491;; ;rRNA;569499;345;;16s ;rRNA;571360;114;;23s ;rRNA;574548;245;;5s fin;CDS;574910;;; deb;CDS;627485;42;; ;tRNA;628439;8;;gac fin;CDS;628521;;comp; deb;CDS;643285;1343;; ;tRNA;645777;459;;agg fin;CDS;646309;;comp; deb;CDS;747348;430;; ;tRNA;748768;148;comp;tac fin;CDS;749000;;; deb;CDS;752175;94;; ;tRNA;754798;47;;acc ;tRNA;754918;138;;atgj fin;CDS;755129;;; deb;CDS;755829;79;; ;tRNA;756304;103;;tgg fin;CDS;756480;;; deb;CDS;940643;55;; ;tRNA;942060;221;;tta fin;CDS;942364;;; deb;CDS;1120784;33;; ;tmRNA;1121477;553;; fin;CDS;1122412;;comp; deb;CDS;1155560;203;comp; ;tRNA;1156105;89;comp;gcc fin;CDS;1156267;;comp; deb;CDS;1222705;262;; ;tRNA;1223897;244;comp;cta fin;CDS;1224225;;comp; deb;CDS;1237525;91;; ;tRNA;1238207;54;;cac fin;CDS;1238337;;comp; deb;CDS;1248040;132;comp; ;tRNA;1249399;118;;aag ;tRNA;1249593;-12;;aag fin;CDS;1249654;;comp; deb;CDS;1335812;296;; ;tRNA;1336393;13;comp;aga fin;CDS;1336479;;comp; deb;CDS;1399552;373;comp; ;tRNA;1400450;130;comp;gga ;tRNA;1400651;38;;cca fin;CDS;1400763;;; deb;CDS;1406634;585;comp; ;rRNA;1407435;344;;16s ;rRNA;1409295;105;;23s ;rRNA;1412474;122;;5s fin;CDS;1412713;;comp; deb;CDS;1519931;217;comp; ;tRNA;1520472;315;;aac fin;CDS;1520860;;; deb;CDS;1522138;47;; ;tRNA;1522359;827;;atgi fin;CDS;1523260;;comp; deb;CDS;1604562;38;; ;tRNA;1605065;1132;;gta fin;CDS;1606269;;; deb;CDS;1618796;261;comp; ;ncRNA;1619690;61;comp; fin;CDS;1620155;;; deb;CDS;1935668;362;comp; ;tRNA;1936828;131;comp;ttg fin;CDS;1937036;;; deb;CDS;2434657;19;; ;tRNA;2435579;151;comp;ctc fin;CDS;2435813;;; deb;CDS;2570204;793;comp; ;rRNA;2571618;352;;16s ;rRNA;2573486;100;;23s ;rRNA;2576661;247;;5s fin;CDS;2577025;;comp; deb;CDS;4900233;19;comp; ;tRNA;4901800;29;comp;tgc ;tRNA;4901908;19;comp;gcg deb;CDS;4902001;23;comp; ;tRNA;4902345;31;comp;gac fin;CDS;4902449;;comp; deb;CDS;4989030;22;; ;tRNA;4989784;278;;other fin;CDS;4990157;;comp; deb;CDS;5443888;409;; ;tRNA;5444936;20;;ctc ;tRNA;5445030;32;;tac fin;CDS;5445144;;comp; deb;CDS;6208479;104;; ;tRNA;6209594;9;comp;cgg ;tRNA;6209676;17;comp;cca ;tRNA;6209767;5;comp;agc ;tRNA;6209865;4;comp;ctg ;tRNA;6209944;11;comp;cag ;tRNA;6210027;4;comp;ggc ;tRNA;6210105;3;comp;cgt ;tRNA;6210181;43;comp;gcc ;tRNA;6210298;345;comp;tgg fin;CDS;6210715;;comp; deb;CDS;6288256;317;comp; ;tRNA;6290910;43;comp;tga fin;CDS;6291049;;; deb;CDS;6397947;699;; ;tRNA;6399123;199;;tgg ;tRNA;6399396;157;;ggg ;tRNA;6399626;64;;gcc ;tRNA;6399763;81;;gag ;tRNA;6399916;141;;gga ;tRNA;6400131;144;;caa ;tRNA;6400352;1;;ttg ;tRNA;6400428;5;;acc ;tRNA;6400506;34;;ggc deb;CDS;6400612;35;; ;tRNA;6401091;110;;cag ;tRNA;6401274;4;;ctc ;tRNA;6401352;1;;acg ;tRNA;6401429;5;;ctg ;tRNA;6401509;30;;gcg ;tRNA;6401615;5;;gac ;tRNA;6401692;1;;agc ;tRNA;6401781;6;;atc ;ncRNA;6401861;7;; ;tRNA;6402235;97;;cgt ;tRNA;6402407;14;;aag ;tRNA;6402492;11;;aga ;tRNA;6402577;1;;aaa ;tRNA;6402652;1;;atgf ;tRNA;6402729;1;;gtc ;tRNA;6402806;5;;gaa ;tRNA;6402885;44;;aac ;tRNA;6403003;1;;tcc ;tRNA;6403090;2;;gtg ;tRNA;6403166;96;;cac ;tRNA;6403333;411;;other fin;CDS;6403817;;comp; deb;CDS;6543191;412;; ;tRNA;6544032;152;;ctg ;tRNA;6544259;380;;gca deb;CDS;6544712;113;; ;tRNA;6546031;178;;gac fin;CDS;6546284;;; deb;CDS;6934653;69;; ;tRNA;6935889;51;comp;ccc fin;CDS;6936014;;comp; deb;CDS;6991353;983;comp; ;rRNA;6992612;176;comp;5s ;rRNA;6992905;344;comp;23s ;rRNA;6996322;530;comp;16s fin;CDS;6998368;;comp; deb;CDS;7455514;167;; ;tRNA;7456776;55;comp;gtg fin;CDS;7456903;;comp; deb;CDS;7481701;83;; ;rRNA;7484073;175;comp;5s ;rRNA;7484365;352;comp;23s ;rRNA;7487790;799;comp;16s fin;CDS;7490105;;comp; deb;CDS;7670534;136;; ;tRNA;7671789;18;comp;gtc ;tRNA;7671882;38;comp;tgc ;tRNA;7671991;116;comp;ggc fin;CDS;7672180;;comp; deb;CDS;7710075;136;; ;tRNA;7711330;28;comp;gtc ;tRNA;7711433;38;comp;tgc ;tRNA;7711542;112;comp;ggc fin;CDS;7711727;;; deb;CDS;8111157;546;; ;tRNA;8112390;532;comp;gag ;tRNA;8112998;57;comp;gag ;tRNA;8113128;451;comp;cag fin;CDS;8113651;;comp; deb;CDS;8275151;65;; ;tRNA;8275876;419;;cgg fin;CDS;8276367;;comp; deb;CDS;8391343;135;comp; ;tRNA;8392786;296;comp;atgf fin;CDS;8393159;;comp; deb;CDS;8397029;599;comp; ;tRNA;8399713;71;comp;atgf fin;CDS;8399858;;comp; deb;CDS;8601686;81;comp; ;tRNA;8603210;37;comp;caa fin;CDS;8603318;;comp; deb;CDS;8623005;64;; ;tRNA;8623795;171;comp;gcg fin;CDS;8624043;;comp; deb;CDS;8821061;136;comp; ;tRNA;8822283;175;;aca fin;CDS;8822532;;comp; deb;CDS;8945870;190;; ;tRNA;8946954;204;;ccg fin;CDS;8947235;;comp; deb;CDS;8963177;104;comp; ;ncRNA;8966809;83;comp; ;tRNA;8966988;273;;tcc fin;CDS;8967346;;comp; deb;CDS;8969168;91;; ;tRNA;8969592;116;comp;tcg fin;CDS;8969798;;; deb;CDS;9077764;329;; ;tRNA;9079185;370;comp;cgt fin;CDS;9079627;;comp; deb;CDS;9084051;524;comp; ;tRNA;9087239;40;comp;cgt ;tRNA;9087352;408;comp;agc fin;CDS;9087851;;; deb;CDS;9100587;77;comp; ;tRNA;9101627;1017;;tca fin;CDS;9102729;;comp; </pre> ====ase intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_entre_cds|ase intercalaires entre cds]] *'''Tableau''' <pre> ase;2.2.21 Paris;;ase 17.12.20;;;;;;;;; ase;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;1652;20.2;'''négatif ;-11;18;-1 à -120;'''9 239 851;-1;1652;610;9 ;'''zéro;35;0.4;;;;;'''intercals;0;35;620;10 ;'''1 à 200;4832;58.9;'''0 à 200;76;56;;'''1 063 558;5;327;630;11 ;'''201 à 370;1047;12.8;'''201 à 370;270;48;;'''11.5%;10;278;640;9 ;'''371 à 600;399;4.9;'''371 à 600;466;64;;;15;208;650;8 ;'''601 à max;232;2.8;'''601 à 1028;901;335;;;20;164;660;5 ;'''total 8197;<201;79.5;'''total 8191;125;189;-120 à 2272;;25;153;670;10 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;135;680;7 3108649;3760;-1;1652;-70;42;;0;35;35;146;690;2 5950001;3290;0;35;-60;13;;-1;°168;40;143;700;3 9227973;3263;1;°80;-50;29;;-2;18;45;135;710;4 5776402;3118;2;64;-40;23;;-3;0;50;144;720;4 6218652;2918;3;61;-30;39;'''min à -1;-4;°976;55;169;730;4 2517961;2663;4;°69;-20;73;1652;-5;1;60;144;740;5 7134889;2272;5;53;-10;159;20.2%;-6;2;65;154;750;6 355339;2255;6;40;0;1309;;-7;29;70;176;760;4 6142216;2155;7;43;10;605;;-8;°77;75;138;770;5 744687;2103;8;46;20;372;;-9;3;80;148;780;3 7132107;2080;9;70;30;288;;-10;13;85;145;790;4 713737;2014;10;°79;40;289;'''1 à 100;-11;°39;90;130;800;5 56486;1991;11;58;50;279;3264;-12;5;95;123;810;3 7915401;1920;12;44;60;313;39.8%;-13;18;100;104;820;5 1728815;1782;13;41;70;330;;-14;°30;105;106;830;3 6917877;1616;14;31;80;286;;-15;12;110;111;840;5 3627392;1532;15;34;90;275;;-16;9;115;101;850;3 6902269;1526;16;°45;100;227;;-17;°18;120;79;860;1 7156539;1508;17;29;110;217;;-18;4;125;101;870;4 4817485;1484;18;20;120;180;;-19;11;130;91;880;4 3228912;1467;19;27;130;192;;-20;°11;135;89;890;4 1528987;1458;20;°43;140;177;;-21;1;140;88;900;1 8078456;1411;21;35;150;140;;-22;5;145;76;910;1 8199307;1409;22;35;160;155;;-23;°15;150;64;920;1 5463416;1395;23;30;170;137;'''1 à 200;-24;7;155;89;930;1 1188761;1392;24;24;180;116;4832;-25;6;160;66;940;1 9239126;1338;25;29;190;131;58.9%;-26;°13;165;76;950;2 3240125;1331;26;26;200;123;;-27;1;170;61;960;0 1083604;1320;27;31;210;100;;-28;7;175;58;970;7 6788001;1297;28;20;220;85;;-29;°7;180;58;980;0 3417418;1292;29;32;230;95;;-30;2;185;67;990;3 6304514;1289;30;26;240;76;'''0 à 200;-31;5;190;64;1000;4 8425004;1285;31;23;250;89;4867;-32;°11;195;72;1010;0 5338257;1267;32;°40;260;53;;;1559;200;51;1020;1 204079;1263;33;30;270;76;;reste;128;205;54;1030;1 6897972;1260;34;27;280;67;;total;1687;210;46;1040;2 ;;35;26;290;52;;;;215;45;1050;3 ;;36;26;300;51;;'''intercal;'''<u>frequence5;220;40;1060;2 ;;37;30;310;52;;600;7965;225;50;1070;0 ;;38;°36;320;44;;650;47;230;45;1080;0 ;;39;21;330;36;;700;27;235;43;1090;3 ;;40;30;340;52;'''201 à 370;750;23;240;33;1100;0 ;;reste;4956;350;46;1047;800;21;245;45;1110;1 ;;total;8197;360;43;12.8%;850;19;250;44;1120;1 ;;;;370;30;;900;14;255;28;1130;1 ;;;;380;25;;950;6;260;25;1140;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;27;;1000;14;265;34;1150;0 1905626;-120;comp;;400;25;;1050;7;270;42;1160;0 1623585;-119;shift2;1160;410;16;;1100;5;275;37;1170;0 3648339;-119;comp;;420;36;;1150;3;280;30;1180;2 5459717;-119;shift2;533;430;19;;1200;4;285;23;1190;1 2592786;-111;comp;;440;20;;1250;2;290;29;1200;1 7166313;-110;shift2;3494;450;19;;1300;11;295;24;reste;42 2954690;-109;;;460;19;;1350;3;300;27;total;8197 3376872;-109;;;470;16;;1400;2;305;28;; 1386988;-107;;;480;20;;1450;2;310;24;; 1241468;-106;;;490;21;;1500;3;315;23;; 2667462;-106;;;500;13;;1550;3;320;21;; 5582768;-106;;;510;22;;1600;0;325;19;; 4986287;-105;;;520;14;;1650;1;330;17;; 5304717;-101;;;530;4;;1700;0;335;33;; 3730598;-100;;;540;16;'''371 à 600;1750;0;340;19;; 5353721;-97;;;550;11;399;1800;1;345;22;; 6351308;-97;;;560;10;4.9%;1850;0;350;24;; 9179797;-95;;;570;12;;1900;0;355;21;; 594603;-94;;;580;14;'''601 à max;1950;1;360;22;; 6906822;-94;;;590;12;232;2000;1;365;12;; 323356;-93;;;600;8;2.8%;;220;370;18;; 1310874;-93;;;reste;232;;reste;12;reste;631;; 5450079;-91;;;total;8197;;total;8197;total;8197;; </pre> ====ase intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> corrélations;;;;;;;;;;;;;; ase. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;; cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;; 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ase;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;19;-108;35;46;872;189;max70;&-43;352;-987;104;910;273;min50 31 à 400;22;-129;74;44;881;195;2 parties;&-18;182;-637;85;976;337;2 parties droite;-a;cste; -;R2;note;R2’;;&-a;cste; -;R2;note;R2’; 1 à 400;125;51; -;847;dte;25;tf;&184;63; -;694;poly;216;SF 31 à 400;129;52; -;849;dte;32;tf;&141;51; -;827;poly;149;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;corrélation;;;;;;;;;;;;; 41-n;0.959;0.922;0.940;;0.346;;;;;;;;;;;;; 1-n;0.814;0.646;0.725;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;; ase;fx;fc;;fx40;fc40;;ase;fx%;fc%;;x;;ase;comp’;continu;ase;comp’;continu 0;22;13;0;22;13;;0;9;4;>0;2657;;-1;0;168;-51;3;0 10;141;464;1;20;60;;10;59;130;<0;352;;-2;18;0;-52;0;3 20;93;279;2;5;59;;20;39;78;zéro;22;;-3;0;0;-53;4;0 30;92;196;3;23;38;;30;38;55;total;3031;;-4;91;885;-54;1;0 40;63;226;4;21;48;;40;26;64;;c;;-5;0;1;-55;0;1 50;101;178;5;10;43;;50;42;50;>0;3853;;-6;2;0;-56;4;0 60;130;183;6;12;28;;60;54;51;<0;1300;;-7;11;18;-57;1;0 70;137;193;7;12;31;;70;57;54;zéro;13;;-8;6;71;-58;3;0 80;126;160;8;9;37;;80;53;45;total;5166;;-9;2;1;-59;4;2 90;104;171;9;17;53;;90;43;48;;;;-10;4;9;-60;0;0 100;101;126;10;12;67;;100;42;35;;;;-11;17;22;-61;0;0 110;95;122;11;9;49;;110;40;34;;;;-12;5;0;-62;2;0 120;82;98;12;11;33;;120;34;28;;;;-13;6;12;-63;0;0 130;96;96;13;8;33;;130;40;27;;;;-14;18;12;-64;1;0 140;89;88;14;5;26;;140;37;25;;;;-15;11;1;-65;3;0 150;62;78;15;11;23;;150;26;22;;;;-16;4;5;-66;1;0 160;73;82;16;17;28;;160;30;23;;;;-17;12;6;-67;2;1 170;66;71;17;6;23;;170;28;20;;;;-18;4;0;-68;2;0 180;59;57;18;8;12;;180;25;16;;;;-19;6;5;-69;1;0 190;61;70;19;10;17;;190;25;20;;;;-20;5;6;-70;0;2 200;65;58;20;8;35;;200;27;16;;;;-21;1;0;-71;0;0 210;55;45;21;15;20;;210;23;13;;;;-22;2;3;-72;2;0 220;39;46;22;11;24;;220;16;13;;;;-23;8;7;-73;0;0 230;42;53;23;7;23;;230;18;15;;;;-24;7;0;-74;1;1 240;39;37;24;10;14;;240;16;10;;;;-25;1;5;-75;0;0 250;41;48;25;11;18;;250;17;13;;;;-26;8;5;-76;0;1 260;36;17;26;2;24;;260;15;5;;;;-27;0;1;-77;0;0 270;43;33;27;17;14;;270;18;9;;;;-28;3;4;-78;0;0 280;34;33;28;6;14;;280;14;9;;;;-29;3;4;-79;0;1 290;23;29;29;4;28;;290;10;8;;;;-30;2;0;-80;1;0 300;22;29;30;9;17;;300;9;8;;;;-31;4;1;-81;1;0 310;31;21;31;1;22;;310;13;6;;;;-32;7;4;-82;2;1 320;22;22;32;6;34;;320;9;6;;;;-33;2;0;-83;0;0 330;16;20;33;10;20;;330;7;6;;;;-34;3;1;-84;0;0 340;20;32;34;4;23;;340;8;9;;;;-35;6;0;-85;0;0 350;22;24;35;4;22;;350;9;7;;;;-36;1;0;-86;2;1 360;24;19;36;7;19;;360;10;5;;;;-37;1;2;-87;1;0 370;14;16;37;7;23;;370;6;4;;;;-38;5;0;-88;1;0 380;11;14;38;7;29;;380;5;4;;;;-39;0;0;-89;0;1 390;13;14;39;7;14;;390;5;4;;;;-40;2;1;-90;0;0 400;15;10;40;10;20;;400;6;3;;;;-41;0;3;-91;0;1 reste;259;295;;2268;2688;;;;;;;;-42;2;0;-92;0;0 total;2679;3866;;2679;3866;;t30;136;264;;;;-43;2;1;-93;2;0 diagr;2398;3558;;389;1165;;t50;204;377;;;;-44;2;4;-94;0;2 - t30;2072;2619;;;;;;;;;;;-45;0;0;-95;0;1 - t50;1908;2215;;;;;;;;;;;-46;0;1;-96;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;2;1;-97;0;2 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;-98;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;2;-99;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;3;0;-100;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;53;28;reste;8;7 ;;;;;;;;;;;;;total;352;1300;total;53;28 </pre> ====ase intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_négatifs_S-|ase intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ase;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;; comp’;0;18;0;84;0;2;10;5;2;4;15;4;4;17;10;4;11;4;5;5;1;2;7;6;1;8;0;2;3;1;3;5;2;3;5;1;1;5;0;1;0;2;2;1;0;0;2;0;0;2;2;0;3;1;0;4;0;2;4;0;0;2;0;1;3;1;2;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;2;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;8;319;49 continu;168;0;0;892;1;0;19;72;1;9;24;1;14;13;2;5;7;0;6;6;0;3;8;1;5;5;1;5;4;1;2;6;0;1;1;0;2;0;0;2;3;0;1;5;0;1;1;0;2;1;1;3;1;0;1;0;1;1;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;2;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;1;6;1333;32 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;ase;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;reste;total ;comp’;0;18;0;91;0;2;11;6;2;4;17;5;6;18;11;4;12;4;6;5;1;2;8;7;1;8;0;3;3;2;4;7;2;3;6;1;1;5;0;2;0;2;2;2;0;0;2;0;0;3;53;352;3;0;4;1;0;4;1;3;4;0;0;2;0;1;3;1;2;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;2;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;8;53 ;continu;168;0;0;885;1;0;18;71;1;9;22;0;12;12;1;5;6;0;5;6;0;3;7;0;5;5;1;4;4;0;1;4;0;1;0;0;2;0;0;1;3;0;1;4;0;1;1;0;2;0;28;1300;0;3;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;2;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;7;28 </pre> ====ase autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires|ase autres intercalaires]] <pre> ase;autres intercalaires;;adresses1;;;ase;autres intercalaires;;adresses2;;;ase;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;12497;78;;;deb;°CDS;1519931;217;comp;;deb;°CDS;6543191;412; ;&tRNA;13471;245;;;;&tRNA;1520472;315;;;;&tRNA;6544032;152; ;&tRNA;13790;202;;;fin;°CDS;1520860;;;;;&tRNA;6544259;380; fin;°CDS;14065;;comp;;deb;°CDS;1522138;47;;;deb;°CDS;6544712;113; deb;°CDS;45153;279;comp;;;&tRNA;1522359;827;;;;&tRNA;6546031;178; ;&tRNA;46248;257;comp;;fin;°CDS;1523260;;comp;;fin;°CDS;6546284;; fin;°CDS;46588;;;;deb;°CDS;1604562;38;;;deb;°CDS;6934653;69; deb;°CDS;65469;387;comp;;;&tRNA;1605065;1132;;;;&tRNA;6935889;51;comp ;&tRNA;66711;151;comp;;fin;°CDS;1606269;;;;fin;°CDS;6936014;;comp fin;°CDS;66936;;comp;;deb;°CDS;1618796;261;comp;;deb;°CDS;6991353;983;comp deb;°CDS;145264;595;comp;;;ncRNA;1619690;61;comp;;;$rRNA;6992612;176;comp ;&tRNA;146168;15;comp;;fin;°CDS;1620155;;;;;$rRNA;6992905;344;comp ;&tRNA;146260;62;comp;;deb;°CDS;1935668;362;comp;;;$rRNA;6996322;530;comp ;&tRNA;146396;338;comp;;;&tRNA;1936828;131;comp;;fin;°CDS;6998368;;comp fin;°CDS;146807;;comp;;fin;°CDS;1937036;;;;deb;°CDS;7455514;167; deb;°CDS;153733;555;;;deb;°CDS;2434657;19;;;;&tRNA;7456776;55;comp ;$rRNA;155650;345;;;;&tRNA;2435579;151;comp;;fin;°CDS;7456903;;comp ;$rRNA;157512;105;;;fin;°CDS;2435813;;;;deb;°CDS;7481701;83; ;$rRNA;160691;377;;;deb;°CDS;2570204;793;comp;;;$rRNA;7484073;175;comp fin;°CDS;161185;;comp;;;$rRNA;2571618;352;;;;$rRNA;7484365;352;comp deb;°CDS;164168;92;;;;$rRNA;2573486;100;;;;$rRNA;7487790;799;comp ;&tRNA;164809;274;;;;$rRNA;2576661;247;;;fin;°CDS;7490105;;comp fin;°CDS;165158;;;;fin;°CDS;2577025;;comp;;deb;°CDS;7670534;136; deb;°CDS;261106;434;;;deb;°CDS;4900233;19;comp;;;&tRNA;7671789;18;comp ;&tRNA;262062;817;;;;&tRNA;4901800;29;comp;;;&tRNA;7671882;38;comp fin;°CDS;262948;;;;;&tRNA;4901908;19;comp;;;&tRNA;7671991;116;comp deb;°CDS;457033;185;comp;;deb;°CDS;4902001;23;comp;;fin;°CDS;7672180;;comp ;&tRNA;458877;74;;;;&tRNA;4902345;31;comp;;deb;°CDS;7710075;136; fin;°CDS;459025;;comp;;fin;°CDS;4902449;;comp;;;&tRNA;7711330;28;comp deb;°CDS;568633;491;;;deb;°CDS;4989030;22;;;;&tRNA;7711433;38;comp ;$rRNA;569499;345;;;;&tRNA;4989784;278;;;;&tRNA;7711542;112;comp ;$rRNA;571360;114;;;fin;°CDS;4990157;;comp;;fin;°CDS;7711727;; ;$rRNA;574548;245;;;deb;°CDS;5443888;409;;;deb;°CDS;8111157;546; fin;°CDS;574910;;;;;&tRNA;5444936;20;;;;&tRNA;8112390;532;comp deb;°CDS;627485;42;;;;&tRNA;5445030;32;;;;&tRNA;8112998;57;comp ;&tRNA;628439;8;;;fin;°CDS;5445144;;comp;;;&tRNA;8113128;451;comp fin;°CDS;628521;;comp;;deb;°CDS;6208479;104;;;fin;°CDS;8113651;;comp deb;°CDS;643285;1343;;;;&tRNA;6209594;9;comp;;deb;°CDS;8275151;65; ;&tRNA;645777;459;;;;&tRNA;6209676;17;comp;;;&tRNA;8275876;419; fin;°CDS;646309;;comp;;;&tRNA;6209767;5;comp;;fin;°CDS;8276367;;comp deb;°CDS;747348;430;;;;&tRNA;6209865;4;comp;;deb;°CDS;8391343;135;comp ;&tRNA;748768;148;comp;;;&tRNA;6209944;11;comp;;;&tRNA;8392786;296;comp fin;°CDS;749000;;;;;&tRNA;6210027;4;comp;;fin;°CDS;8393159;;comp deb;°CDS;752175;94;;;;&tRNA;6210105;3;comp;;deb;°CDS;8397029;599;comp ;&tRNA;754798;47;;;;&tRNA;6210181;43;comp;;;&tRNA;8399713;71;comp ;&tRNA;754918;138;;;;&tRNA;6210298;345;comp;;fin;°CDS;8399858;;comp fin;°CDS;755129;;;;fin;°CDS;6210715;;comp;;deb;°CDS;8601686;81;comp deb;°CDS;755829;79;;;deb;°CDS;6288256;317;comp;;;&tRNA;8603210;37;comp ;&tRNA;756304;103;;;;&tRNA;6290910;43;comp;;fin;°CDS;8603318;;comp fin;°CDS;756480;;;;fin;°CDS;6291049;;;;deb;°CDS;8623005;64; deb;°CDS;940643;55;;;deb;°CDS;6397947;699;;;;&tRNA;8623795;171;comp ;&tRNA;942060;221;;;;&tRNA;6399123;199;;;fin;°CDS;8624043;;comp fin;°CDS;942364;;;;;&tRNA;6399396;157;;;deb;°CDS;8821061;136;comp deb;°CDS;1120784;33;;;;&tRNA;6399626;64;;;;&tRNA;8822283;175; ;tmRNA;1121477;553;;;;&tRNA;6399763;81;;;fin;°CDS;8822532;;comp fin;°CDS;1122412;;comp;;;&tRNA;6399916;141;;;deb;°CDS;8945870;190; deb;°CDS;1155560;203;comp;;;&tRNA;6400131;144;;;;&tRNA;8946954;204; ;&tRNA;1156105;89;comp;;;&tRNA;6400352;1;;;fin;°CDS;8947235;;comp fin;°CDS;1156267;;comp;;;&tRNA;6400428;5;;;deb;°CDS;8963177;104;comp deb;°CDS;1222705;262;;;;&tRNA;6400506;34;;;;ncRNA;8966809;83;comp ;&tRNA;1223897;244;comp;;deb;°CDS;6400612;35;;;;&tRNA;8966988;273; fin;°CDS;1224225;;comp;;;&tRNA;6401091;110;;;fin;°CDS;8967346;;comp deb;°CDS;1237525;91;;;;&tRNA;6401274;4;;;deb;°CDS;8969168;91; ;&tRNA;1238207;54;;;;&tRNA;6401352;1;;;;&tRNA;8969592;116;comp fin;°CDS;1238337;;comp;;;&tRNA;6401429;5;;;fin;°CDS;8969798;; deb;°CDS;1248040;132;comp;;;&tRNA;6401509;30;;;deb;°CDS;9077764;329; ;&tRNA;1249399;118;;;;&tRNA;6401615;5;;;;&tRNA;9079185;370;comp ;&tRNA;1249593;-12;;;;&tRNA;6401692;1;;;fin;°CDS;9079627;;comp fin;°CDS;1249654;;comp;;;&tRNA;6401781;6;;;deb;°CDS;9084051;524;comp deb;°CDS;1335812;296;;;;ncRNA;6401861;7;;;;&tRNA;9087239;40;comp ;&tRNA;1336393;13;comp;;;&tRNA;6402235;97;;;;&tRNA;9087352;408;comp fin;°CDS;1336479;;comp;;;&tRNA;6402407;14;;;fin;°CDS;9087851;; deb;°CDS;1399552;373;comp;;;&tRNA;6402492;11;;;deb;°CDS;9100587;77;comp ;&tRNA;1400450;130;comp;;;&tRNA;6402577;1;;;;&tRNA;9101627;1017; ;&tRNA;1400651;38;;;;&tRNA;6402652;1;;;fin;°CDS;9102729;;comp fin;°CDS;1400763;;;;;&tRNA;6402729;1;;;;;;; deb;°CDS;1406634;585;comp;;;&tRNA;6402806;5;;;;;;; ;$rRNA;1407435;344;;;;&tRNA;6402885;44;;;;;;; ;$rRNA;1409295;105;;;;&tRNA;6403003;1;;;;;;; ;$rRNA;1412474;122;;;;&tRNA;6403090;2;;;;;;; fin;°CDS;1412713;;comp;;;&tRNA;6403166;96;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;6403333;411;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;6403817;;comp;;;;;; </pre> ====ase intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_tRNA|ase intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;245;;78;comp’;202;;19;13;; ;;;279;comp’;257;;22;19;'''deb; ;;;387;;151;;23;31;<201;18 ;15;;595;;338;;35;34;total;32 ;62;;;;;;38;37;taux;56% ;;;92;;274;;42;38;; ;;;434;;817;;47;51;'''fin; ;;comp’;185;comp’;74;;55;55;<201;16 ;;;42;comp’;8;;65;71;total;28 ;;;1343;comp’;459;;78;89;taux;57% ;;comp’;430;comp’;148;;79;103;; ;47;;94;;138;;81;116;'''total; ;;;79;;103;;91;138;<201;34 ;;;55;;221;;92;151;total;60 ;;;203;;89;;94;171;taux;57% ;;comp’;262;;244;;113;178;; ;;;91;comp’;54;;135;221;; ;118;comp’;132;comp’;-12;;190;244;; ;;comp’;296;;13;;203;274;; comp’;130;;373;;38;;279;296;; ;;comp’;217;;315;;317;315;; ;;;47;comp’;827;;362;338;; ;;;38;;1132;;373;345;; ;;;362;comp’;131;;387;370;; ;;comp’;19;comp’;151;;409;380;; ;29;;19;;19;;412;451;; ;;;23;;31;;434;817;; ;;;22;comp’;278;;524;1132;; ;20;;409;comp’;32;;595;'''-;; 5aas;9 17 5 4 11 ;comp’;104;;345;;599;'''-;; 3aas;4 3 43;;;;;;699;'''-;; ;;;317;comp’;43;;1343;'''-;'''comp’;'''cumuls 8aas;199 157 64 81 141 144 1 5;;699;;34;;19;'''-12;; 7aas;110 4 1 5 30 5 1 6ncRNA7;;35;comp’;411;;64;8;'''deb; 11aas ;97 14 11 1 1 1 5 44 1 2 96;;;;;;69;32;<201;12 ;152;;412;;380;;77;43;total;18 ;;;113;;178;;91;54;taux;67% ;;comp’;69;;51;;104;74;; ;;comp’;167;;55;;132;112;'''fin; ;18 38;comp’;136;;116;;136;116;<201;12 ;28 38;comp’;136;comp’;112;;136;131;total;23 ;532 57;comp’;546;;451;;136;148;taux;34% ;;;65;comp’;419;;167;151;; ;;;135;;296;;185;175;'''total; ;;;599;;71;;217;202;<201;24 ;;;81;;37;;262;204;total;41 ;;comp’;64;;171;;296;257;taux;59% ;;comp’;136;comp’;175;;329;273;; ;;;190;comp’;204;;430;278;; ;;;;comp’;273;;546;408;; ;;comp’;91;comp’;116;;'''-;411;; ;;comp’;329;;370;;'''-;419;; ;40;;524;comp’;408;;'''-;459;; ;;comp’;77;comp’;1017;;'''-;827;; ;;;;;;;'''-;1017;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;30;28;58;;;;;;; total;50;51;101;;;;;;; taux;60%;55%;57%;;;;;;; </pre> ===blo=== ====blo opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_opérons|blo opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Bifi_long_NCC2705/bifiLong-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_004307.2;blo;genome;57;;; 60%GC;30.6.19 Paris;16s 4;NCBI;gtRNAdb;doubles;intercalaires ;Bifidobacterium longum NCC2705;;;;; ;115187..115260;;val;gta;; ;;;;;; ;159243..160772;;16s;;@1;430 ;161203..164268;;23s;;;168 ;164437..164556;;5s;;; ;;;;;; comp;207382..207457;;tgg;tgg;; ;;;;;; comp;382849..382924;;aac;aac;+;43 comp;382968..383040;;aac;aac;2 aac; ;;;;;; comp;440078..440150;;aac;aac;; ;;;;;; ;503549..503624;;gly;ggc;+;24 ;503649..503719;;tgc;tgc;2 ggc;41 ;503761..503835;;val;gtc;;45 ;503881..503953;;val;gtg;;31 ;503985..504060;;gly;ggc;; ;;;;;; ;521008..521084;;pro;ccc;; ;;;;;; ;648764..648851;;leu;ctc;; ;;;;;; comp;747296..747369;;arg;cgt;+;29 comp;747399..747472;;arg;cgt;2 cgt; ;;;;;; ;775646..775716;;gln;caa;; ;;;;;; ;778709..778784;;ala;gcc;+;86 ;778871..778946;;ala;gcc;2 gcc; ;;;;;; ;793729..793805;;pro;cca;; ;;;;;; comp;804390..804463;;leu;ttg;; ;;;;;; comp;841055..841136;;leu;tta;; ;;;;;; ;937056..937131;;cac;cac;; ;;;;;; comp;981177..981253;;arg;aga;; ;;;;;; ;1202433..1202505;;thr;acg;;87 ;1202593..1202676;;leu;cta;; ;;;;;; ;1208139..1208211;;thr;acg;; ;;;;;; comp;1264390..1264465;;val;gtg;;48 comp;1264514..1264585;;val;gtc;;46 comp;1264632..1264704;;gly;ggc;; ;;;;;; comp;1280591..1280666;;arg;cgg;; ;;;;;; ;1295466..1295542;;atg;atgf;; ;;;;;; comp;1350001..1350074;;lys;aag;; ;;;;;; comp;1388875..1388950;;lys;aaa;; ;;;;;; ;1410594..1410681;;ser;tcc;; ;;;;;; comp;1424793..1424867;;gln;cag;;36 comp;1424904..1424979;;glu;gag;; ;;;;;; comp;1524142..1524215;;gly;ggg;; ;;;;;; ;1534802..1534887;;leu;ctg;; ;;;;;; ;1606163..1606236;;ile;atc;;42 ;1606279..1606351;;ala;gca;; ;;;;;; comp;1646835..1646911;;thr;aca;; ;;;;;; ;1705902..1707431;;16s;;;429 ;1707861..1710926;;23s;;;168 ;1711095..1711215;;5s;;; ;;;;;; ;1712083..1713614;;16s;;;422 ;1714037..1717102;;23s;;;168 ;1717271..1717390;;5s;;; ;;;;;; ;1769952..1770027;;ala;gcg;; ;;;;;; ;1905665..1905740;;tgg;tgg;; ;;;;;; ;1908902..1910431;;16s;;;428 ;1910860..1913926;;23s;;;168 ;1914095..1914214;;5s;;; ;;;;;; ;1936132..1936205;;gly;gga;; ;;;;;; ;1971396..1971477;;tac;tac;;1 ;1971479..1971550;;thr;acc;;4 ;1971555..1971631;;atg;atgj;; ;;;;;; ;1979312..1979401;;ser;agc;; ;;;;;; ;2016025..2016112;;ser;tcg;; ;;;;;; ;2047072..2047159;;ser;tca;; ;;;;;; comp;2068637..2068713;;pro;ccg;; ;;;;;; comp;2085402..2085473;;glu;gaa;; ;;;;;; ;2087969..2088042;;gac;gac;;47 ;2088090..2088165;;ttc;ttc;; ;;;;;; ;2110850..2110926;;gac;gac;; ;;;;;; ;2130626..2130699;;atg;atgi;; ;;;;;; ;2171440..2171512;;arg;agg;; </pre> ====blo cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_cumuls|blo cumuls]] <pre> blo cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;4;1;1;- ;16 23 5s 0;4;20;1; ;16 atc gca;0;40;4; ;16 23 5s a;0;60;7; ;max a;0;80;0; ;a doubles;0;100;2; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;0; sans ;opérons;41;160;0; ;1 aa;31;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;4;;0; ;total aas;55;;15;0 total aas;;55;;; remarques;;1;;; avec jaune;;;moyenne;41; ;;;variance;24; sans jaune;;;moyenne;34; ;;;variance;16; </pre> ====blo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_blocs|blo blocs]] <pre> blo blocs;;;; 16s;430;1530;422;1532 23s;168;3066;168;3066 5s;;120;;120 ;;;; 16s;429;1530;428;1530 23s;168;3066;168;3067 5s;;121;;120 </pre> ====blo remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_remarques|blo remarques]] ====blo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_distribution|blo distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;1;ggc;3;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total blo;;31;;;;;;;blo;19;;;;;;;;blo;6;;;;;; </pre> ====blo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_données_intercalaires|blo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;blo;fx;fc;blo;fx40;fc40;blo;x-;c-;c;x;c;x;aa 2;1;0;2;1;0;2;1;-1;;52;163;190;CDS 16s;; ;0;10;17;87;1;1;12;-2;1;0;231;284;618;518; ;0;20;8;70;2;1;15;-3;;0;-17;-39;573;; ;0;30;15;50;3;1;8;-4;2;109;154;558;5s 16s;; ;1;40;14;34;4;2;5;-5;;0;148;159;866;; ;0;50;16;40;5;3;9;-6;;1;64;95;16s 23s;; ;2;60;17;51;6;1;9;-7;;1;216;204;432;; 1;4;70;16;43;7;1;4;-8;2;8;60;336;3* 431;; 1;3;80;18;40;8;1;8;-9;;0;187;76;23s 5s;; ;0;90;27;47;9;4;6;-10;;3;117;288;4* 170;; 2;1;100;14;34;10;2;11;-11;;9;116;206;5s CDS;; ;1;110;15;42;11;1;10;-12;;0;94;167;375;188; ;4;120;17;40;12;0;7;-13;;0;218;193;;251; ;2;130;18;38;13;1;7;-14;1;10;206;97;tRNA tRNA;; ;1;140;16;38;14;2;3;-15;;0;272;215;43;;aac ;3;150;15;30;15;1;14;-16;;1;467;175;**;;aac 1;3;160;24;25;16;0;8;-17;1;7;67;580;27;;ggc 1;1;170;12;43;17;0;9;-18;;0;192;469;41;;tgc 1;2;180;20;33;18;1;5;-19;1;2;158;-8;48;;gtc 1;1;190;8;15;19;1;3;-20;1;1;149;62;31;;gtg 1;3;200;10;24;20;1;4;-21;;0;251;356;**;;ggc 3;1;210;15;14;21;0;7;-22;1;0;192;309;29;;cgt 1;2;220;16;16;22;2;6;-23;;0;256;204;**;;cgt ;2;230;12;11;23;2;8;-24;;0;365;519;89;;gcc ;1;240;5;17;24;3;4;-25;1;0;433;333;**;;gcc ;1;250;9;12;25;1;6;-26;;1;113;253;87;;acg 1;2;260;6;11;26;3;7;-27;;0;199;;**;;cta ;0;270;6;17;27;1;3;-28;1;1;75;;48;;gtg ;2;280;11;11;28;1;3;-29;;0;142;;46;;gtc 2;0;290;4;3;29;1;4;-30;;0;74;;**;;ggc ;0;300;5;12;30;1;2;-31;;1;306;;39;;cag 1;1;310;6;7;31;2;6;-32;1;0;871;;**;;gag ;1;320;5;11;32;1;3;-33;;0;102;;42;;atc ;2;330;3;3;33;4;2;-34;;0;314;;**;;gca 2;0;340;7;5;34;1;4;-35;1;0;130;;1;;tac ;0;350;2;3;35;0;2;-36;;0;55;;4;;acc 1;0;360;6;6;36;1;3;-37;;0;329;;**;;atgj ;1;370;3;1;37;1;3;-38;1;0;130;;47;;gac ;1;380;5;4;38;1;2;-39;1;0;37;;**;;ttc ;0;390;2;2;39;1;9;-40;;0;178;;;; ;1;400;3;3;40;2;0;-41;;0;519;;;; 4;5;reste;49;51;reste;443;803;-42;;0;61;;;; 26;56;total;499;1045;total;499;1045;-43;;1;71;;;; 20;50;diagr;448;993;diagr;54;241;-44;;0;376;;;; 0;0; t30;40;207;;;;-45;;0;397;;;; ;;;;;;;;-46;;0;327;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;179;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;245;;;; ;x;497;18;2;517;;;-49;;0;222;;;; ;c;1044;210;1;1255;;;-50;;0;271;;;; ;;;;;1772;128;;reste;2;2;69;;;; ;;;;;;1900;;total;18;210;224;;;; ;;;;;;;;;;;422;;;; ;;;;;;;;;;;117;;;; ;;;;;;;;;;;137;;;; ;;;;;;;;;;;156;;;; </pre> =====blo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires_aas|blo autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;blo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;54774;55427;6;*; ;comp;regulatory;55434;55585;84;*; fin;;CDS;55670;56692;;0; deb;;CDS;114598;115023;163;*; ;;tRNA;115187;115260;231;*;gta fin;;CDS;115492;117195;;; deb;comp;CDS;139965;140909;-10;*; ;comp;regulatory;140900;141008;336;*; fin;;CDS;141345;142817;;; deb;;CDS;158126;158626;618;*; ;;rRNA;159245;160770;432;*;16s ;;rRNA;161203;164268;170;*;23s ;;rRNA;164439;164555;188;*;5s fin;comp;CDS;164744;165571;;0; deb;;CDS;205431;206360;187;*; ;;tmRNA;206548;206944;238;*; deb;comp;CDS;207183;207404;-17;*; ;comp;tRNA;207388;207457;154;*;tgg fin;comp;CDS;207612;207896;;; deb;;CDS;327271;327864;8;*; ;comp;ncRNA;327873;328247;493;*; fin;;CDS;328741;329403;;; deb;;CDS;381615;382658;190;*; ;comp;tRNA;382849;382924;43;*;aac ;comp;tRNA;382968;383040;284;*;aac fin;;CDS;383325;384260;;0; deb;;CDS;439838;440116;-39;*; ;comp;tRNA;440078;440150;558;*;aac fin;;CDS;440709;441398;;0; deb;comp;CDS;502556;503389;159;*; ;;tRNA;503549;503621;27;*;ggc ;;tRNA;503649;503719;41;*;tgc ;;tRNA;503761;503832;48;*;gtc ;;tRNA;503881;503953;31;*;gtg ;;tRNA;503985;504060;148;*;ggc fin;;CDS;504209;506242;;; deb;;CDS;518814;520943;64;*; ;;tRNA;521008;521081;216;*;ccc fin;;CDS;521298;522827;;; deb;comp;CDS;647871;648668;95;*; ;;tRNA;648764;648851;60;*;ctc fin;;CDS;648912;649790;;; deb;comp;CDS;745690;747108;187;*; ;comp;tRNA;747296;747369;29;*;cgt ;comp;tRNA;747399;747472;117;*;cgt fin;comp;CDS;747590;749008;;; deb;;CDS;774507;775529;116;*; ;;tRNA;775646;775716;94;*;caa fin;;CDS;775811;777193;;; deb;;CDS;777792;778490;218;*; ;;tRNA;778709;778781;89;*;gcc ;;tRNA;778871;778943;206;*;gcc fin;;CDS;779150;780820;;; deb;;CDS;790385;793456;272;*; ;;tRNA;793729;793802;467;*;cca fin;;CDS;794270;795018;;1; deb;comp;CDS;803537;804322;67;*; ;comp;tRNA;804390;804463;204;*;ttg fin;;CDS;804668;805267;;0; deb;comp;CDS;840296;840865;192;*; ;comp;tRNA;841058;841136;158;*;tta fin;comp;CDS;841295;842296;;; deb;comp;CDS;884674;884868;174;*; ;comp;regulatory;885043;885146;70;*; fin;comp;CDS;885217;886689;;0; deb;comp;CDS;902480;903079;104;*; ;comp;regulatory;903184;903288;90;*; fin;comp;CDS;903379;904746;;0; deb;comp;CDS;935658;936719;336;*; ;;tRNA;937056;937131;149;*;cac fin;;CDS;937281;938306;;0; deb;comp;CDS;980173;980928;251;*; ;comp;tRNA;981180;981253;76;*;aga fin;;CDS;981330;982538;;0; deb;comp;CDS;1200444;1202144;288;*; ;;tRNA;1202433;1202505;87;*;acg ;;tRNA;1202593;1202673;192;*;cta fin;;CDS;1202866;1203867;;0; deb;comp;CDS;1206664;1207932;206;*; ;;tRNA;1208139;1208211;167;*;acg fin;comp;CDS;1208379;1209137;;; deb;comp;CDS;1263240;1264136;256;*; ;comp;tRNA;1264393;1264465;48;*;gtg ;comp;tRNA;1264514;1264585;46;*;gtc ;comp;tRNA;1264632;1264704;193;*;ggc fin;;CDS;1264898;1265449;;; deb;comp;CDS;1279836;1280225;365;*; ;comp;tRNA;1280591;1280666;97;*;cgg fin;;CDS;1280764;1281390;;0; deb;comp;CDS;1294216;1295250;215;*; ;;tRNA;1295466;1295542;433;*;atgf fin;;CDS;1295976;1296182;;; deb;comp;CDS;1349627;1349887;113;*; ;comp;tRNA;1350001;1350074;199;*;aag fin;comp;CDS;1350274;1350720;;; deb;comp;CDS;1387168;1388802;75;*; ;comp;tRNA;1388878;1388950;175;*;aaa fin;;CDS;1389126;1390664;;; deb;comp;CDS;1408202;1410013;580;*; ;;tRNA;1410594;1410678;469;*;tcc fin;comp;CDS;1411148;1411789;;0; deb;comp;CDS;1424162;1424650;142;*; ;comp;tRNA;1424793;1424867;39;*;cag ;comp;tRNA;1424907;1424979;-8;*;gag fin;;CDS;1424972;1425556;;0; deb;comp;CDS;1446913;1448064;71;*; ;comp;ncRNA;1448136;1448230;433;*; fin;;CDS;1448664;1450847;;0; deb;comp;CDS;1477877;1479229;47;*; ;comp;regulatory;1479277;1479373;128;*; fin;comp;CDS;1479502;1480089;;; deb;;CDS;1523012;1524079;62;*; ;comp;tRNA;1524142;1524215;74;*;ggg fin;comp;CDS;1524290;1525228;;; deb;;CDS;1533182;1534495;306;*; ;;tRNA;1534802;1534887;871;*;ctg fin;;CDS;1535759;1536615;;0; deb;;CDS;1605867;1606060;102;*; ;;tRNA;1606163;1606236;42;*;atc ;;tRNA;1606279;1606351;356;*;gca fin;comp;CDS;1606708;1606953;;; deb;comp;CDS;1645027;1646523;314;*; ;comp;tRNA;1646838;1646911;130;*;aca fin;comp;CDS;1647042;1648019;;; deb;comp;CDS;1704570;1705325;578;*; ;;rRNA;1705904;1707429;431;*;16s ;;rRNA;1707861;1710926;170;*;23s ;;rRNA;1711097;1711213;866;*;5s ;;rRNA;1712080;1713605;431;*;16s ;;rRNA;1714037;1717102;170;*;23s ;;rRNA;1717273;1717389;251;*;5s fin;comp;CDS;1717641;1718426;;; deb;;CDS;1769786;1769896;55;*; ;;tRNA;1769952;1770024;329;*;gcg fin;;CDS;1770354;1771364;;0; deb;;CDS;1904329;1905534;130;*; ;;tRNA;1905665;1905740;37;*;tgg fin;;CDS;1905778;1906005;;; deb;;CDS;1907638;1908330;573;*; ;;rRNA;1908904;1910429;431;*;16s ;;rRNA;1910861;1913926;170;*;23s ;;rRNA;1914097;1914213;375;*;5s fin;;CDS;1914589;1915422;;; deb;;CDS;1935774;1935953;178;*; ;;tRNA;1936132;1936205;519;*;gga fin;;CDS;1936725;1939109;;; deb;comp;CDS;1969854;1971086;309;*; ;;tRNA;1971396;1971477;1;*;tac ;;tRNA;1971479;1971550;4;*;acc ;;tRNA;1971555;1971628;61;*;atgj fin;;CDS;1971690;1971857;;; deb;;CDS;1978293;1979240;71;*; ;;tRNA;1979312;1979398;376;*;agc fin;;CDS;1979775;1981118;;; deb;;CDS;2014827;2015627;397;*; ;;tRNA;2016025;2016109;327;*;tcg fin;;CDS;2016437;2018005;;; deb;;CDS;2045606;2046892;179;*; ;;tRNA;2047072;2047156;245;*;tca fin;;CDS;2047402;2047542;;; deb;comp;CDS;2067227;2068417;222;*; ;comp;tRNA;2068640;2068713;204;*;ccg fin;;CDS;2068918;2070600;;; deb;comp;CDS;2084303;2085130;271;*; ;comp;tRNA;2085402;2085473;69;*;gaa fin;comp;CDS;2085543;2086448;;0; deb;;CDS;2086731;2087744;224;*; ;;tRNA;2087969;2088042;47;*;gac ;;tRNA;2088090;2088165;519;*;ttc fin;comp;CDS;2088685;2089989;;0; deb;comp;CDS;2108837;2110516;333;*; ;;tRNA;2110850;2110926;422;*;gac fin;;CDS;2111349;2112299;;0; deb;;CDS;2129279;2130508;117;*; ;;tRNA;2130626;2130699;137;*;atgi fin;;CDS;2130837;2131049;;; deb;comp;CDS;2170074;2171186;253;*; ;;tRNA;2171440;2171512;156;*;agg fin;;CDS;2171669;2171887;;; </pre> ====blo intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_entre_cds|blo intercalaires entre cds]] *'''Tableau''' <pre> blo;2.2.21 Paris;;blo 25.10.20;;;;;;; blo;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;228;12.9;'''négatif ;-8;13;-1 à -102;'''2 256 640;-1;228 ;'''zéro;3;0.2;;;;;'''intercals;0;3 ;'''1 à 200;1141;64.4;'''0 à 200;88;57;;'''240 201;5;57 ;'''201 à 370;281;15.9;'''201 à 370;265;46;;'''10.6%;10;47 ;'''371 à 600;85;4.8;'''371 à 600;459;65;;;15;46 ;'''601 à max;34;1.9;'''601 à 1028;732;131;;;20;32 ;'''total 1772;<201;77.4;'''total 1770;133;145;-102 à 1039;;25;39 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;26 1260892;1331;-1;228;-70;3;;0;3;35;25 249292;1253;0;3;-60;0;;-1;°52;40;23 620443;1039;1;13;-50;1;;-2;1;45;27 1772723;1037;2;°16;-40;1;;-3;0;50;29 605939;1003;3;9;-30;5;'''min à -1;-4;°111;55;26 1482011;982;4;7;-20;7;228;-5;0;60;42 2120197;922;5;°12;-10;35;12.9%;-6;1;65;34 1612791;831;6;10;0;179;;-7;1;70;25 1661121;780;7;5;10;104;;-8;°10;75;29 1176021;773;8;9;20;78;;-9;0;80;29 934521;765;9;10;30;65;;-10;3;85;31 1783600;752;10;°13;40;48;'''1 à 100;-11;°9;90;43 1589918;746;11;11;50;56;658;-12;0;95;20 550195;745;12;7;60;68;37.1%;-13;0;100;28 1622403;735;13;8;70;59;;-14;°11;105;34 2035292;729;14;5;80;58;;-15;0;110;23 1358695;698;15;°15;90;74;;-16;1;115;36 1450919;688;16;8;100;48;;-17;°8;120;21 1873696;679;17;9;110;57;;-18;0;125;32 1968887;673;18;6;120;57;;-19;3;130;24 1571609;667;19;4;130;56;;-20;°2;135;33 2192649;666;20;5;140;54;;-21;0;140;21 543951;653;21;7;150;45;;-22;1;145;20 551929;649;22;8;160;49;;-23;0;150;25 1166018;635;23;°10;170;55;'''1 à 200;-24;0;155;24 1199447;631;24;7;180;53;1141;-25;1;160;25 132442;628;25;7;190;23;64.4%;-26;1;165;27 1498961;627;26;°10;200;34;;-27;0;170;28 24634;626;27;4;210;29;;-28;°2;175;28 1942663;620;28;4;220;32;;-29;0;180;25 1750223;618;29;5;230;23;;-30;0;185;10 1648197;606;30;3;240;22;;-31;1;190;13 716378;605;31;8;250;21;'''0 à 200;-32;1;195;20 1804621;603;32;4;260;17;1144;;223;200;14 2208591;593;33;6;270;23;;reste;8;205;17 332770;589;34;5;280;22;;total;231;210;12 1653948;587;35;2;290;7;;;;215;17 618810;586;36;4;300;17;;;;220;15 598849;559;37;4;310;13;;intercal;<u>frequencef;225;12 1698789;559;38;3;320;16;;600;1738;230;11 1425641;557;39;°10;330;6;;620;5;235;14 1925114;557;40;2;340;12;'''201 à 370;640;5;240;8 1592846;554;reste;1246;350;5;281;660;2;245;11 733957;552;total;1 772;360;12;15.9%;680;4;250;10 986367;549;;;370;4;;700;2;255;9 1178750;549;;;380;9;;720;;260;8 1832484;546;;;390;4;;740;2;265;11 ;;;;400;6;;760;3;270;12 ;;;;410;5;;780;3;275;15 ;;;;420;11;;800;;280;7 ;;;;430;3;;820;;285;4 ;;;;440;3;;840;1;290;3 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;450;2;;860;;295;8 516682;-102;comp;;460;4;;880;;300;9 267103;-86;shift2;131;470;3;;900;;305;8 822434;-85;comp;;480;3;;920;;310;5 513572;-53;comp;;490;5;;940;1;315;7 287052;-43;shift2;936;500;3;;960;;320;9 398186;-39;comp;;510;2;;980;;325;2 1553080;-38;;;520;3;;1000;1;330;4 1313073;-35;;;530;3;;1020;1;335;5 1110610;-32;;;540;3;'''371 à 600;1040;2;340;7 2249673;-31;;;550;3;85;;32;345;1 946203;-28;;;560;6;4.8%;;;350;4 2164932;-28;;;570;0;;;;355;7 1823782;-26;;;580;0;'''601 à max;;;360;5 794270;-25;;;590;3;34;;;365;2 2058333;-22;;;600;1;1.9%;;;370;2 268522;-20;;;reste;34;;reste;2;reste;119 1310253;-20;;;total;1772;;total;1772;total;1772 </pre> ====blo intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> blo Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; blo;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;33;-233;362;24;728;235;min20;&-5.7;69;-354;69;868;404;min40 31 à 400;;;;;;;2 parties;&28;-174;163;38;897;207;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;93;44;-;590;poly;138;tF;&159;58;;827;dte;41;Sf 31 à 400;;;;;;;;&136;51;-;861;dte;36;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; ;400;200;250;;;;;-0.109;;;;;; 41-n;0.820;0.406;0.537;;;;;;;;;;; 1-n;0.669;0.038;0.255;;;;;;;;;14.8.21 paris;; blo;fx;fc;;blo;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;blo;Sx-;Sc- 0;2;1;;0;4;1;0;2;1;>0;497;-1;0;52 10;17;87;;10;38;88;1;1;12;<0;18;-2;1;0 20;8;70;;20;18;70;2;1;15;zéro;2;-3;0;0 30;15;50;;30;33;50;3;1;8;total;517;-4;2;109 40;14;34;;40;31;34;4;2;5;;c;-5;0;0 50;16;40;;50;36;40;5;3;9;>0;1044;-6;0;1 60;17;51;;60;38;51;6;1;9;<0;210;-7;0;1 70;16;43;;70;36;43;7;1;4;zéro;1;-8;2;8 80;18;40;;80;40;40;8;1;8;total;1255;-9;0;0 90;27;47;;90;60;47;9;4;6;;;-10;0;3 100;14;34;;100;31;34;10;2;11;total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reste;49;51;;;;;reste;443;803;;;-42;0;0 total;499;1045;;t30;89;208;total;499;1045;;;-43;0;1 diagr;448;993;;;;;diagr;54;241;;;-44;0;0 - t30;408;786;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;2;2 ;;;;;;;;;;;;total;18;210 </pre> ====blo intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_négatifs_S-|blo intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> blo;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;1;;2;;;;2;;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;1;;;;1;;;1;;;1;1;;;;;;;;;;;;2;16 continu;52;0;0;109;0;1;1;8;0;3;9;0;0;10;0;1;7;0;2;2;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;212 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;blo;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;2;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;18 ;Sc-;52;0;0;109;0;1;1;8;0;3;9;0;0;10;0;1;7;0;2;1;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;210 </pre> ====blo autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires|blo autres intercalaires]] <pre> blo;autres intercalaires;;adresses1;;;blo;autres intercalaires;;adresses2;;;blo;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;54774;6;comp;;deb;°CDS;840296;192;comp;;deb;°CDS;1645027;314;comp ;regulatory;55434;84;comp;;;&tRNA;841058;158;comp;;;&tRNA;1646838;130;comp fin;°CDS;55670;;;;fin;°CDS;841295;;comp;;fin;°CDS;1647042;;comp deb;°CDS;114598;163;;;deb;°CDS;884674;174;comp;;deb;°CDS;1704570;578;comp ;&tRNA;115187;231;;;;regulatory;885043;70;comp;;;$rRNA;1705904;431; fin;°CDS;115492;;;;fin;°CDS;885217;;comp;;;$rRNA;1707861;170; deb;°CDS;139965;-10;comp;;deb;°CDS;902480;104;comp;;;$rRNA;1711097;866; ;regulatory;140900;336;comp;;;regulatory;903184;90;comp;;;$rRNA;1712080;431; fin;°CDS;141345;;;;fin;°CDS;903379;;comp;;;$rRNA;1714037;170; deb;°CDS;158126;618;;;deb;°CDS;935658;336;comp;;;$rRNA;1717273;251; ;$rRNA;159245;432;;;;&tRNA;937056;149;;;fin;°CDS;1717641;;comp ;$rRNA;161203;170;;;fin;°CDS;937281;;;;deb;°CDS;1769786;55; ;$rRNA;164439;188;;;deb;°CDS;980173;251;comp;;;&tRNA;1769952;329; fin;°CDS;164744;;comp;;;&tRNA;981180;76;comp;;fin;°CDS;1770354;; deb;°CDS;205431;187;;;fin;°CDS;981330;;;;deb;°CDS;1904329;130; ;tmRNA;206548;238;;;deb;°CDS;1200444;288;comp;;;&tRNA;1905665;37; deb;°CDS;207183;-17;comp;;;&tRNA;1202433;87;;;fin;°CDS;1905778;; ;&tRNA;207388;154;comp;;;&tRNA;1202593;192;;;deb;°CDS;1907638;573; fin;°CDS;207612;;comp;;fin;°CDS;1202866;;;;;$rRNA;1908904;431; deb;°CDS;327271;8;;;deb;°CDS;1206664;206;comp;;;$rRNA;1910861;170; ;ncRNA;327873;493;comp;;;&tRNA;1208139;167;;;;$rRNA;1914097;375; fin;°CDS;328741;;;;fin;°CDS;1208379;;comp;;fin;°CDS;1914589;; deb;°CDS;381615;190;;;deb;°CDS;1263240;256;comp;;deb;°CDS;1935774;178; ;&tRNA;382849;43;comp;;;&tRNA;1264393;48;comp;;;&tRNA;1936132;519; ;&tRNA;382968;284;comp;;;&tRNA;1264514;46;comp;;fin;°CDS;1936725;; fin;°CDS;383325;;;;;&tRNA;1264632;193;comp;;deb;°CDS;1969854;309;comp deb;°CDS;439838;-39;;;fin;°CDS;1264898;;;;;&tRNA;1971396;1; ;&tRNA;440078;558;comp;;deb;°CDS;1279836;365;comp;;;&tRNA;1971479;4; fin;°CDS;440709;;;;;&tRNA;1280591;97;comp;;;&tRNA;1971555;61; deb;°CDS;502556;159;comp;;fin;°CDS;1280764;;;;fin;°CDS;1971690;; ;&tRNA;503549;27;;;deb;°CDS;1294216;215;comp;;deb;°CDS;1978293;71; ;&tRNA;503649;41;;;;&tRNA;1295466;433;;;;&tRNA;1979312;376; ;&tRNA;503761;48;;;fin;°CDS;1295976;;;;fin;°CDS;1979775;; ;&tRNA;503881;31;;;deb;°CDS;1349627;113;comp;;deb;°CDS;2014827;397; ;&tRNA;503985;148;;;;&tRNA;1350001;199;comp;;;&tRNA;2016025;327; fin;°CDS;504209;;;;fin;°CDS;1350274;;comp;;fin;°CDS;2016437;; deb;°CDS;518814;64;;;deb;°CDS;1387168;75;comp;;deb;°CDS;2045606;179; ;&tRNA;521008;216;;;;&tRNA;1388878;175;comp;;;&tRNA;2047072;245; fin;°CDS;521298;;;;fin;°CDS;1389126;;;;fin;°CDS;2047402;; deb;°CDS;647871;95;comp;;deb;°CDS;1408202;580;comp;;deb;°CDS;2067227;222;comp ;&tRNA;648764;60;;;;&tRNA;1410594;469;;;;&tRNA;2068640;204;comp fin;°CDS;648912;;;;fin;°CDS;1411148;;comp;;fin;°CDS;2068918;; deb;°CDS;745690;187;comp;;deb;°CDS;1424162;142;comp;;deb;°CDS;2084303;271;comp ;&tRNA;747296;29;comp;;;&tRNA;1424793;39;comp;;;&tRNA;2085402;69;comp ;&tRNA;747399;117;comp;;;&tRNA;1424907;-8;comp;;fin;°CDS;2085543;;comp fin;°CDS;747590;;comp;;fin;°CDS;1424972;;;;deb;°CDS;2086731;224; deb;°CDS;774507;116;;;deb;°CDS;1446913;71;comp;;;&tRNA;2087969;47; ;&tRNA;775646;94;;;;ncRNA;1448136;433;comp;;;&tRNA;2088090;519; fin;°CDS;775811;;;;fin;°CDS;1448664;;;;fin;°CDS;2088685;;comp deb;°CDS;777792;218;;;deb;°CDS;1477877;47;comp;;deb;°CDS;2108837;333;comp ;&tRNA;778709;89;;;;regulatory;1479277;128;comp;;;&tRNA;2110850;422; ;&tRNA;778871;206;;;fin;°CDS;1479502;;comp;;fin;°CDS;2111349;; fin;°CDS;779150;;;;deb;°CDS;1523012;62;;;deb;°CDS;2129279;117; deb;°CDS;790385;272;;;;&tRNA;1524142;74;comp;;;&tRNA;2130626;137; ;&tRNA;793729;467;;;fin;°CDS;1524290;;comp;;fin;°CDS;2130837;; fin;°CDS;794270;;;;deb;°CDS;1533182;306;;;deb;°CDS;2170074;253;comp deb;°CDS;803537;67;comp;;;&tRNA;1534802;871;;;;&tRNA;2171440;156; ;&tRNA;804390;204;comp;;fin;°CDS;1535759;;;;fin;°CDS;2171669;; fin;°CDS;804668;;;;deb;°CDS;1605867;102;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1606163;42;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1606279;356;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1606708;;comp;;;;;; </pre> ====blo intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_tRNA|blo intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; *;;;163;;231;;'''-17;60;; ;;;-17;;154;;24;61;'''deb; ;43;comp’;190;comp’;284;;65;69;<201;15 ;;comp’;-39;comp’;558;;67;74;total;26 ;27 41 48 31;comp’;159;;148;;71;94;taux;58% ;;;24;;216;;75;117;; ;;comp’;95;;60;;102;130;'''fin; ;29;;187;;117;;113;137;<201;15 ;;;116;;94;;116;148;total;26 ;89;;218;;206;;117;149;taux;58% ;;;212;;467;;142;154;; ;;;67;comp’;204;;163;156;'''total; ;;;192;;158;;179;158;<201;30 ;;comp’;336;;149;;187;192;total;52 ;;;251;comp’;76;;192;199;taux;58% ;87;comp’;288;;192;;212;206;; ;;comp’;206;comp’;167;;218;216;; ;48 46;;256;comp’;193;;222;231;; ;;;365;comp’;97;;224;245;; ;;comp’;215;;433;;251;327;; ;;;113;;199;;256;329;; ;;;75;comp’;175;;271;376;; ;;comp’;580;comp’;469;;306;422;; ;39;;142;comp’;-8;;314;433;; ;;comp’;62;;74;;365;467;; ;;;306;;871;;397;871;'''comp’;'''cumuls ;42;;102;comp’;356;;'''-39;'''-8;'''deb; ;;;314;;130;;62;76;<201;5 ;;;65;;329;;95;97;total;13 ;1 4;comp’;309;;61;;159;167;taux;38% ;;;71;;376;;190;175;'''fin; ;;;397;;327;;206;193;<201;6 ;;;179;;245;;215;204;total;13 ;;;222;comp’;204;;253;204;taux;46% ;;;271;;69;;288;284;; ;47;;224;comp’;519;;309;356;'''total; ;;comp’;333;;422;;333;469;<201;11 ;;;117;;137;;336;519;total;26 ;;comp’;253;;156;;580;558;taux;42% ;;;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;;;; ;<201;20;21;41;;;;;; ;total;39;39;78;;;;;; ;taux;51%;54%;53%;;;;;; </pre> ===sma=== ====sma opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_opérons|sma opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Stre_aver_MA_4680_NBRC_14893/streAver_MA_4680_NBRC_14893-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_003155.5;sma;;;; 70%GC;30.6.19 Paris;16s 6;74;doubles;intercalaires ;Streptomyces avermitilis MA-4680;;;; ;357776..357847;;gtg;; ;;;;; comp;1219274..1219346;;gga;; ;;;;; comp;1225751..1225823;;gga;; ;;;;; ;1675869..1675942;;atgf;; ;;;;; comp;1965347..1965423;;ccc;; ;;;;; comp;1992012..1992088;;ccc;; ;;;;; comp;2222599..2222686;;ctc;; ;;;;; comp;3072632..3072707;;acc;; ;;;;; comp;3073568..3073684;;5s;@1;84 comp;3073769..3076918;;23s;;288 comp;3077207..3078737;;16s;; ;;;;; comp;3295252..3295324;;gag;+;20 comp;3295345..3295416;;cag;3 gag ;21 comp;3295438..3295510;;gag;2 cag;62 comp;3295573..3295645;;gag;;42 comp;3295688..3295759;;cag;; ;;;;; ;3655871..3655942;;cgg;; ;;;;; comp;3813093..3813166;;atgf;; ;;;;; comp;3815457..3815530;;atgf;; ;;;;; comp;4362610..4362695;;tta;; ;;;;; ;4410534..4410608;;caa;; ;;;;; comp;4542466..4542542;;gcg;; ;;;;; ;4589760..4589835;;agg;; ;;;;; comp;4886830..4886906;;aca;; ;;;;; comp;5024109..5024225;;5s;;84 comp;5024310..5027458;;23s;;288 comp;5027747..5029277;;16s;; ;;;;; comp;5051970..5052043;;atgf;; ;;;;; comp;5055486..5055561;;aaa;; ;;;;; ;5063087..5063159;;gaa;;47 ;5063207..5063281;;gac;;24 ;5063306..5063382;;ttc;; ;;;;; ;5068123..5068197;;gac;; ;;;;; ;5081640..5081711;;gga;;79 ;5081791..5081866;;ggc;; ;;;;; ;5085779..5085854;;ggc;; ;;;;; ;5095224..5095311;;tcc;; ;;;;; ;5129698..5129782;;tcg;; ;;;;; comp;5154937..5155009;;cgt;;205 comp;5155215..5155305;;agc;; ;;;;; comp;5177691..5177777;;tca;; ;;;;; comp;5206939..5207028;;agc;; ;;;;; comp;5299302..5299378;;atc;; ;;;;; ;5304905..5304977;;gca;; ;;;;; ;5322106..5322192;;ctg;; ;;;;; comp;5452769..5452842;;ggg;; ;;;;; comp;5594481..5594554;;ccg;; ;;;;; ;5650316..5650389;;acg;; ;;;;; ;5759342..5760872;;16s;;288 ;5761161..5764309;;23s;;84 ;5764394..5764510;;5s;; ;;;;; ;5950170..5950251;;tac;; ;;;;; ;5956602..5956674;;acc;;46 ;5956721..5956793;;atg;; ;;;;; ;5964532..5964607;;tgg;; ;;;;; ;6124386..6125916;;16s;;288 ;6126205..6129353;;23s;;84 ;6129438..6129554;;5s;; ;;;;; comp;6242261..6242335;;tgc;; ;;;;; comp;6279029..6279112;;cta;; ;;;;; comp;6329202..6329278;;aag;; ;;;;; comp;6335068..6335141;;aag;; ;;;;; comp;6349312..6349385;;aag;; ;;;;; comp;6372705..6372777;;cac;; ;;;;; comp;6501509..6501584;;aga;; ;;;;; comp;6604435..6604508;;gga;;153 comp;6604662..6604738;;cca;; ;;;;; ;6653846..6653918;;gcc;; ;;;;; ;6658303..6658375;;gcc;; ;;;;; ;6875603..6875675;;aac;+;5 ;6875681..6875753;;aac;2 aac;166 ;6875920..6875996;;atgi;; ;;;;; ;7021984..7022058;;gta;; ;;;;; ;7025336..7025415;;gtg;; ;;;;; comp;7471270..7471342;;ttg;; ;;;;; ;7765513..7767043;;16s;;284 ;7767328..7770477;;23s;;133 ;7770611..7770727;;5s;; ;;;;; comp;7937463..7937550;;ctc;; ;;;;; comp;8122352..8122426;;gtc;+;40 comp;8122467..8122538;;gtc;3 gtc;19 comp;8122558..8122629;;gtc;;1 comp;8122631..8122704;;tgc;;38 comp;8122743..8122815;;ggc;; ;;;;; ;8129564..8129635;;gtg;; ;;;;; ;8139938..8140012;;gtg;; ;;;;; ;8328596..8330126;;16s;;288 ;8330415..8333563;;23s;;84 ;8333648..8333764;;5s;; ;;;;; ;8576989..8577062;;ccc;; </pre> ====sma cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_cumuls|sma cumuls]] <pre> sma cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;6;1;1;- ;16 23 5s 0;6;20;3; ;16 atc gca;0;40;4; ;16 23 5s a;0;60;3; ;max a;0;80;2; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;0; sans ;opérons;56;160;1; ;1 aa;48;180;1; ;max a;5;200;0; ;a doubles;3;;1; ;total aas;72;;16;0 total aas;;72;;; remarques;;1;;; avec jaune;;;moyenne;61; ;;;variance;61; sans jaune;;;moyenne;34; ;;;variance;22; </pre> ====sma blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_blocs|sma blocs]] <pre> sma blocs;;;;;; 5s;84;117;84;117;288;1531 23s;288;3150;288;3149;84;3149 16s;;1531;;1531;;117 ;;;;;; 16s;288;1531;284;1531;288;1531 23s;84;3149;133;3150;84;3149 5s;;117;;117;;117 </pre> ====sma remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_remarques|sma remarques]] ====sma données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_données_intercalaires|sma données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;sma;fx;fc;sma;fx40;fc40;sma;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;1;0;9;11;0;9;11;-1;0;126;116;509;CDS 16s;; ;0;10;75;332;1;10;35;-2;4;0;467;132;615;852; ;0;20;67;220;2;3;44;-3;0;0;1265;480;653;675; ;1;30;85;143;3;13;35;-4;15;752;179;36;607;; 2;2;40;73;167;4;14;34;-5;0;0;403;84;641;; 3;1;50;86;141;5;3;47;-6;2;1;430;99;16s 23s;; 5;0;60;86;121;6;9;25;-7;2;12;563;198;5* 312;; ;3;70;78;135;7;9;22;-8;5;56;83;682;308;; 3;0;80;101;144;8;7;27;-9;0;0;91;176;23s 5s;; 1;2;90;101;123;9;3;27;-10;1;7;210;58;5* 89;; 4;3;100;85;131;10;4;36;-11;9;20;229;49;138;; 2;4;110;86;144;11;5;29;-12;0;0;44;57;5s CDS;; 1;6;120;83;122;12;9;22;-13;3;7;112;387;114;114; 2;0;130;91;136;13;5;25;-14;12;9;568;-3;134;; 4;1;140;77;123;14;3;32;-15;3;0;118;183;77;; 1;3;150;84;119;15;10;21;-16;1;5;416;422;144;; 1;0;160;71;111;16;5;21;-17;3;8;426;376;150;; 1;1;170;71;94;17;4;15;-18;3;0;504;56;tRNA tRNA;; 1;1;180;62;75;18;13;13;-19;4;5;112;236;37;;other 4;4;190;73;79;19;6;27;-20;7;11;218;51;37;;other 1;2;200;61;72;20;7;15;-21;0;0;143;116;34;;other ;1;210;59;68;21;11;15;-22;4;1;149;216;**;;tct 1;1;220;41;62;22;6;17;-23;4;4;186;133;20;;gag 2;1;230;45;58;23;7;13;-24;1;0;94;136;21;;cag 1;0;240;52;61;24;12;14;-25;0;4;186;40;62;;gag 1;0;250;51;69;25;8;12;-26;2;3;200;334;42;;gag ;1;260;54;40;26;7;21;-27;0;0;170;182;**;;cag 2;2;270;45;45;27;10;13;-28;0;2;23;408;47;;gaa ;0;280;32;34;28;12;13;-29;2;2;270;520;24;;gac ;1;290;31;50;29;8;18;-30;1;0;65;131;**;;ttc ;1;300;28;40;30;4;7;-31;2;2;183;340;79;;gga 2;0;310;31;41;31;7;17;-32;2;1;294;269;**;;ggc ;0;320;30;30;32;3;23;-33;1;0;63;719;205;;cgt ;0;330;24;41;33;8;16;-34;2;2;256;50;**;;agc 2;0;340;24;31;34;7;20;-35;2;1;120;223;46;;acc ;0;350;27;19;35;4;22;-36;2;0;33;372;**;;atgj ;0;360;20;29;36;7;17;-37;0;1;108;249;-;153;gga ;0;370;20;23;37;9;11;-38;1;1;1408;80;**;;cca 3;0;380;24;25;38;5;13;-39;3;0;88;305;5;;aac 1;0;390;25;33;39;13;13;-40;2;1;107;44;166;;aac ;1;400;13;23;40;10;15;-41;3;1;148;229;**;;atgi 7;12;reste;300;329;reste;2272;3021;-42;1;0;64;58;40;;gtc 59;56;total;2581;3894;total;2581;3894;-43;2;1;131;104;19;;gtc 51;43;diagr;2272;3554;diagr;300;862;-44;0;1;-10;166;1;;gtc 0;1; t30;227;695;;;;-45;0;0;191;310;38;;tgc ;;;;;;;;-46;1;0;117;377;**;;ggc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;185;97;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;97;147;;; ;x;2572;135;9;2716;;;-49;0;2;424;128;;; ;c;3883;1077;11;4971;;;-50;0;3;400;181;;; ;;;;;7687;164;;reste;23;24;105;267;;; ;;;;;;7851;;total;135;1077;261;92;;; ;;;;;;;;;;;105;97;;; ;;;;;;;;;;;544;101;;; ;;;;;;;;;;;39;187;;; ;;;;;;;;;;;285;127;;; ;;;;;;;;;;;;155;;; ;;;;;;;;;;;;76;;; ;;;;;;;;;;;;76;;; </pre> =====sma autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_autres_intercalaires_aas|sma autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;sma;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;357102;357266;509;*; ;;tRNA;357776;357847;116;*;gtg fin;;CDS;357964;359805;;; deb;;CDS;615881;616378;467;*; ;;tRNA;616846;616941;1265;*;tcg fin;;CDS;618207;618728;;; deb;;CDS;1218971;1219141;132;*; ;comp;tRNA;1219274;1219346;480;*;gga fin;;CDS;1219827;1220234;;; deb;;CDS;1674937;1675689;179;*; ;;tRNA;1675869;1675942;36;*;atgf fin;comp;CDS;1675979;1676188;;0; deb;;CDS;1964411;1965265;84;*; ;comp;tRNA;1965350;1965423;99;*;ccc fin;;CDS;1965523;1966050;;; deb;comp;CDS;1990145;1991611;403;*; ;comp;tRNA;1992015;1992088;198;*;ccc fin;;CDS;1992287;1992997;;; deb;comp;CDS;2220285;2222168;430;*; ;comp;tRNA;2222599;2222686;682;*;ctc fin;;CDS;2223369;2223569;;0; deb;comp;CDS;2801738;2802733;176;*; ;;tRNA;2802910;2803004;37;*;other ;;tRNA;2803042;2803136;37;*;other ;;tRNA;2803174;2803268;34;*;other ;;tRNA;2803303;2803400;563;*;tct fin;;CDS;2803964;2804761;;; deb;;CDS;3069826;3072573;58;*; ;comp;tRNA;3072632;3072707;83;*;acc deb;comp;CDS;3072791;3073453;114;*; ;comp;rRNA;3073568;3073684;89;*;117 ;comp;rRNA;3073774;3076897;312;*;3124 ;comp;rRNA;3077210;3078735;615;*;1526 fin;comp;CDS;3079351;3081036;;; deb;;CDS;3294558;3295202;49;*; ;comp;tRNA;3295252;3295324;20;*;gag ;comp;tRNA;3295345;3295416;21;*;cag ;comp;tRNA;3295438;3295510;62;*;gag ;comp;tRNA;3295573;3295645;42;*;gag ;comp;tRNA;3295688;3295759;91;*;cag fin;comp;CDS;3295851;3296585;;; deb;comp;CDS;3655220;3655813;57;*; ;;tRNA;3655871;3655942;387;*;cgg fin;comp;CDS;3656330;3657742;;; deb;;CDS;3812904;3813095;-3;*; ;comp;tRNA;3813093;3813166;210;*;atgf deb;comp;CDS;3813377;3815227;229;*; ;comp;tRNA;3815457;3815530;44;*;atgf fin;comp;CDS;3815575;3818571;;0; deb;;CDS;4361587;4362429;183;*; ;comp;tRNA;4362613;4362695;422;*;tta fin;;CDS;4363118;4363888;;; deb;comp;CDS;4408838;4410157;376;*; ;;tRNA;4410534;4410605;112;*;caa fin;;CDS;4410718;4412166;;; deb;comp;CDS;4541721;4541900;568;*; ;comp;tRNA;4542469;4542542;118;*;gcg fin;comp;CDS;4542661;4544010;;; deb;;CDS;4588309;4589343;416;*; ;;tRNA;4589760;4589835;426;*;agg fin;;CDS;4590262;4590483;;0; deb;;CDS;4885883;4886776;56;*; ;comp;tRNA;4886833;4886906;236;*;aca fin;;CDS;4887143;4888279;;; deb;comp;CDS;5023429;5023974;134;*; ;comp;rRNA;5024109;5024225;89;*;117 ;comp;rRNA;5024315;5027437;312;*;3123 ;comp;rRNA;5027750;5029275;653;*;1526 fin;comp;CDS;5029929;5030477;;0; deb;comp;CDS;5050422;5051465;504;*; ;comp;tRNA;5051970;5052043;112;*;atgf fin;comp;CDS;5052156;5053286;;0; deb;comp;CDS;5054956;5055270;218;*; ;comp;tRNA;5055489;5055561;143;*;aaa fin;comp;CDS;5055705;5057240;;; deb;;CDS;5061300;5062937;149;*; ;;tRNA;5063087;5063159;47;*;gaa ;;tRNA;5063207;5063281;24;*;gac ;;tRNA;5063306;5063379;186;*;ttc fin;;CDS;5063566;5063820;;; deb;;CDS;5064051;5068028;94;*; ;;tRNA;5068123;5068197;186;*;gac fin;;CDS;5068384;5068575;;0; deb;;CDS;5081122;5081439;200;*; ;;tRNA;5081640;5081711;79;*;gga ;;tRNA;5081791;5081866;170;*;ggc fin;;CDS;5082037;5083050;;; deb;;CDS;5085108;5085755;23;*; ;;tRNA;5085779;5085854;51;*;ggc fin;comp;CDS;5085906;5086805;;; deb;comp;CDS;5092525;5094970;83;*; ;comp;ncRNA;5095054;5095152;71;*; ;;tRNA;5095224;5095311;270;*;tcc fin;;CDS;5095582;5098305;;; deb;;CDS;5129099;5129632;65;*; ;;tRNA;5129698;5129782;183;*;tcg fin;;CDS;5129966;5130373;;; deb;;CDS;5154416;5154820;116;*; ;comp;tRNA;5154937;5155009;205;*;cgt ;comp;tRNA;5155215;5155305;216;*;agc fin;;CDS;5155522;5155989;;; deb;;CDS;5170356;5170676;133;*; ;comp;tRNA;5170810;5170919;294;*;tca fin;comp;CDS;5171214;5171450;;; deb;;CDS;5177342;5177554;136;*; ;comp;tRNA;5177691;5177777;63;*;tca fin;comp;CDS;5177841;5179259;;0; deb;;CDS;5206071;5206901;40;*; ;comp;tRNA;5206942;5207028;256;*;agc fin;comp;CDS;5207285;5207524;;; deb;;CDS;5298444;5299181;120;*; ;;tRNA;5299302;5299378;334;*;atc fin;comp;CDS;5299713;5300060;;0; deb;comp;CDS;5304174;5304722;182;*; ;;tRNA;5304905;5304977;408;*;gca fin;comp;CDS;5305386;5306087;;0; deb;comp;CDS;5320728;5321585;520;*; ;;tRNA;5322106;5322189;131;*;ctg fin;comp;CDS;5322321;5322974;;0; deb;;CDS;5451109;5452428;340;*; ;comp;tRNA;5452769;5452842;269;*;ggg fin;;CDS;5453112;5453279;;; deb;;CDS;5593279;5593761;719;*; ;comp;tRNA;5594481;5594554;33;*;ccg fin;comp;CDS;5594588;5595373;;; deb;;CDS;5648606;5650207;108;*; ;;tRNA;5650316;5650389;50;*;acg fin;comp;CDS;5650440;5651066;;0; deb;comp;CDS;5757496;5758491;852;*; ;;rRNA;5759344;5760869;312;*;1526 ;;rRNA;5761182;5764304;89;*;3123 ;;rRNA;5764394;5764510;77;*;117 fin;;CDS;5764588;5765232;;; deb;comp;CDS;5949458;5949946;223;*; ;;tRNA;5950170;5950251;1408;*;tac fin;;CDS;5951660;5951977;;0; deb;comp;CDS;5954988;5956229;372;*; ;;tRNA;5956602;5956674;46;*;acc ;;tRNA;5956721;5956793;88;*;atgj fin;;CDS;5956882;5957046;;; deb;comp;CDS;5963056;5964282;249;*; ;;tRNA;5964532;5964604;107;*;tgg fin;;CDS;5964712;5964999;;; deb;;CDS;6122773;6123780;607;*; ;;rRNA;6124388;6125913;312;*;1526 ;;rRNA;6126226;6129348;89;*;3123 ;;rRNA;6129438;6129554;114;*;117 fin;comp;CDS;6129669;6130979;;; deb;;CDS;6202121;6202654;102;*; ;;tmRNA;6202757;6203145;383;*; fin;;CDS;6203529;6204158;;0; deb;;CDS;6240993;6242183;80;*; ;comp;tRNA;6242264;6242335;305;*;tgc fin;;CDS;6242641;6244095;;; deb;;CDS;6278382;6278984;44;*; ;comp;tRNA;6279029;6279112;148;*;cta fin;comp;CDS;6279261;6280244;;0; deb;comp;CDS;6328439;6329140;64;*; ;comp;tRNA;6329205;6329278;229;*;aag fin;;CDS;6329508;6330707;;; deb;;CDS;6333360;6335009;58;*; ;comp;tRNA;6335068;6335141;131;*;aag fin;comp;CDS;6335273;6336031;;; deb;;CDS;6347684;6349207;104;*; ;comp;tRNA;6349312;6349385;-10;*;aag fin;comp;CDS;6349376;6350023;;; deb;comp;CDS;6372118;6372513;191;*; ;comp;tRNA;6372705;6372777;117;*;cac fin;comp;CDS;6372895;6373497;;; deb;;CDS;6500479;6501345;166;*; ;comp;tRNA;6501512;6501584;310;*;aga fin;;CDS;6501895;6503502;;; deb;;CDS;6603863;6604057;377;*; ;comp;tRNA;6604435;6604508;153;*;gga ;;tRNA;6604662;6604738;185;*;cca fin;;CDS;6604924;6606315;;; deb;;CDS;6653086;6653748;97;*; ;;tRNA;6653846;6653918;97;*;gcc fin;comp;CDS;6654016;6654909;;0; deb;comp;CDS;6656953;6658155;147;*; ;;tRNA;6658303;6658375;128;*;gcc fin;comp;CDS;6658504;6660114;;; deb;comp;CDS;6875107;6875421;181;*; ;;tRNA;6875603;6875675;5;*;aac ;;tRNA;6875681;6875753;166;*;aac ;;tRNA;6875920;6875993;424;*;atgi fin;;CDS;6876418;6876726;;0; deb;comp;CDS;7020916;7021716;267;*; ;;tRNA;7021984;7022058;92;*;gta fin;comp;CDS;7022151;7022579;;0; deb;;CDS;7024786;7024941;400;*; ;;tRNA;7025342;7025415;97;*;gtg fin;comp;CDS;7025513;7025833;;; deb;;CDS;7092672;7093520;145;*; ;;ncRNA;7093666;7094071;529;*; fin;comp;CDS;7094601;7095764;;; deb;comp;CDS;7470385;7471164;105;*; ;comp;tRNA;7471270;7471342;101;*;ttg fin;;CDS;7471444;7472100;;0; deb;;CDS;7764232;7764873;641;*; ;;rRNA;7765515;7767040;308;*;1526 ;;rRNA;7767349;7770472;138;*;3124 ;;rRNA;7770611;7770727;144;*;117 fin;;CDS;7770872;7772263;;; deb;comp;CDS;7933326;7937201;261;*; ;comp;tRNA;7937463;7937550;187;*;ctc fin;;CDS;7937738;7939063;;; deb;;CDS;8121931;8122224;127;*; ;comp;tRNA;8122352;8122426;40;*;gtc ;comp;tRNA;8122467;8122538;19;*;gtc ;comp;tRNA;8122558;8122629;1;*;gtc ;comp;tRNA;8122631;8122704;38;*;tgc ;comp;tRNA;8122743;8122815;155;*;ggc fin;;CDS;8122971;8124014;;; deb;;CDS;8129024;8129458;105;*; ;;tRNA;8129564;8129635;544;*;gtg fin;;CDS;8130180;8131466;;; deb;;CDS;8139440;8139898;39;*; ;;tRNA;8139938;8140009;76;*;gtg fin;comp;CDS;8140086;8140811;;0; deb;comp;CDS;8327473;8327922;675;*; ;;rRNA;8328598;8330123;312;*;1526 ;;rRNA;8330436;8333558;89;*;3123 ;;rRNA;8333648;8333764;150;*;117 fin;;CDS;8333915;8334523;;; deb;;CDS;8575186;8576703;285;*; ;;tRNA;8576989;8577062;76;*;ccc fin;comp;CDS;8577139;8577675;;0; </pre> ====sma distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_distribution|sma distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;4;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;3;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;2;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;3;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;4;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total sma;;48;;;;;;;sma;17;;;;;;;;sma;7;;;;;; </pre> ===ksk=== ====ksk opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_opérons|ksk opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Kita_seta_KM_6054/kitaSeta_KM_6054-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_016109.1;ksk;;;; 72%GC;30.6.19 Paris;16s 9;74;doubles;intercalaires ;Kitasatospora setae KM-6054;;;; comp;631024..631098;;act;; ;;;;; ;976172..976245;;tgc;; ;;;;; comp;1615691..1615765;;gtg;+;206 comp;1615972..1616046;;gtg;2 gtg; ;;;;; ;1621501..1621576;;ggc;;76 ;1621653..1621726;;tgc;;36 ;1621763..1621834;;gtc;+;34 ;1621869..1621940;;gtc;3 gtc;37 ;1621978..1622052;;gtc;; ;;;;; comp;1707344..1707460;;5s;@1;73 comp;1707534..1710667;;23s;;267 comp;1710935..1712463;;16s;; ;;;;; comp;1888620..1888736;;5s;;73 comp;1888810..1891942;;23s;;267 comp;1892210..1893738;;16s;; ;;;;; ;1970574..1970661;;ctc;; ;;;;; ;2264495..2264580;;ttg;; ;;;;; comp;2741186..2741257;;gta;; ;;;;; comp;2788071..2788147;;atgi;; ;;;;; comp;2790422..2790494;;aac;+;5 comp;2790500..2790572;;aac;2 aac; ;;;;; comp;2887231..2887303;;gcc;+;269 comp;2887573..2887645;;gcc;3 gcc;38 comp;2887684..2887756;;gcc;@2; ;;;;; comp;2932411..2932487;;cca;;151 direct;2932639..2932712;;gga;; ;;;;; comp;2982955..2983071;;5s;;73 comp;2983145..2986276;;23s;;266 comp;2986543..2988071;;16s;; ;;;;; ;3018063..3018138;;cac;; ;;;;; ;3036654..3036730;;aag;; ;;;;; ;3044201..3044277;;aag;; ;;;;; ;3111827..3111900;;aag;;129 ;3112030..3112103;;aag;; ;;;;; ;3157748..3157834;;cta;; ;;;;; ;3210241..3210315;;tgc;; ;;;;; comp;3289891..3290007;;5s;;73 comp;3290081..3293213;;23s;;267 comp;3293481..3295009;;16s;; ;;;;; comp;3608705..3608777;;tgg;; ;;;;; comp;3616894..3616969;;atgj;;42 comp;3617012..3617084;;acc;; ;;;;; comp;3618677..3618757;;tac;; ;;;;; comp;3851412..3851488;;aca;; ;;;;; comp;3987214..3987290;;acg;; ;;;;; ;4071208..4071281;;ccg;; ;;;;; ;4095099..4095186;;tcc;; ;;;;; ;4142544..4142633;;tcg;; ;;;;; comp;4160864..4160939;;cgt;+;35 comp;4160975..4161050;;cgt;2 cgt;240 comp;4161291..4161381;;agc;@; ;;;;; comp;4177523..4177608;;tca;; ;;;;; comp;4240397..4240470;;ggg;; ;;;;; ;4285828..4285900;;ggc;+;51 ;4285952..4286027;;ggc;2 ggc; ;;;;; ;4383368..4383444;;atc;; ;;;;; ;4385556..4385631;;gca;; ;;;;; ;4401492..4401575;;ctg;; ;;;;; comp;4622975..4623048;;gac;; ;;;;; comp;4640883..4640959;;ttc;;34 comp;4640994..4641067;;gac;;42 comp;4641110..4641182;;gaa;; ;;;;; ;4651832..4651904;;aaa;; ;;;;; comp;4773547..4773620;;atgf;; ;;;;; comp;4774128..4774201;;atgf;; ;;;;; ;4796510..4798038;;16s;;267 ;4798306..4801439;;23s;;71 ;4801511..4801627;;5s;; ;;;;; ;5027433..5027508;;agg;; ;;;;; ;5076388..5076464;;gcg;; ;;;;; ;5123784..5123856;;acc;; ;;;;; ;5132819..5132892;;caa;; ;;;;; comp;5216466..5216550;;tta;; ;;;;; ;5430075..5430148;;atgf;; ;;;;; comp;5530949..5531020;;cgg;; ;;;;; ;5714968..5715039;;cag;;21 ;5715061..5715133;;gag;+;38 ;5715172..5715244;;gag;3 gag;13 ;5715258..5715330;;gag;2 cag;4 ;5715335..5715409;;cag;; ;;;;; ;5853168..5854696;;16s;;256 ;5854953..5858085;;23s;;73 ;5858159..5858275;;5s;; ;;;;; ;5932168..5933696;;16s;;256 ;5933953..5937085;;23s;;71 ;5937157..5937273;;5s;; ;;;;; ;6074082..6075610;;16s;;264 ;6075875..6079006;;23s; ;73 ;6079080..6079196;;5s;; ;;;;; comp;6104344..6104419;;aga;; ;;;;; ;6400221..6401749;;16s;;267 ;6402017..6405146;;23s; ;106 ;6405253..6405369;;5s;; ;;;;; ;6485836..6485909;;ccc;; ;;;;; ;7355279..7355354;;tgc;;19 ;7355374..7355449;;ggc;; ;;;;; comp;7461078..7461165;;ctc;; </pre> ====ksk cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_cumuls|ksk cumuls]] <pre> ksk cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;9;1;0;- ;16 23 5s 0;9;20;4; ;16 atc gca;0;40;8; ;16 23 5s a;0;60;3; ;max a;0;80;1; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;1; sans ;opérons;49;160;1; ;1 aa;37;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;7;;3; ;total aas;70;;21;0 total aas;;70;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;72; ;;;variance;79; sans jaune;;;moyenne;33; ;;;variance;18; </pre> ====ksk blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_blocs|ksk blocs]] <pre> ksk blocs;;;;;; ;;;;;; 5s;73;117;73;117;73;117 23s;267;3134;267;3133;266;3132 16s;;1529;;1529;;1529 ;;;;;; 16s;73;117;267;1529;256;1529 23s;267;3133;71;3134;73;3133 5s;;1529;;117;;117 ;;;;;; 16s;256;1529;264;1529;267;1529 23s;71;3133;73;3132;106;3130 5s;;117;;117;;117 </pre> ====ksk remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_remarques|ksk remarques]] ====ksk données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_données_intercalaires|ksk données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ksk;fx;fc;ksk;fx40;fc40;ksk;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa 1;1;0;7;4;0;7;4;-1;0;107;188;214;CDS 16s;;;tRNA tRNA;; 1;0;10;98;244;1;2;28;-2;1;0;140;967;619;672;;35;;other ;1;20;92;147;2;1;40;-3;0;1;66;108;525;734;;**;;other ;1;30;100;126;3;4;26;-4;12;663;71;462;645;;;209;;gtg ;1;40;93;170;4;4;29;-5;0;0;108;303;553;;;**;;gtg 2;0;50;75;173;5;3;38;-6;0;1;92;240;452;;;79;;ggc ;3;60;101;159;6;10;16;-7;7;10;156;551;405;;;36;;tgc 3;2;70;104;153;7;47;13;-8;1;45;254;1;611;;;34;;gtc 5;2;80;118;172;8;3;12;-9;1;0;114;92;16s 23s;;;37;;gtc ;3;90;97;176;9;13;19;-10;3;9;176;79;5* 291;;;**;;gtc 3;1;100;102;157;10;11;23;-11;4;22;108;172;290;;;5;;aac 1;5;110;92;183;11;3;27;-12;0;0;101;292;2* 280;;;**;;aac 2;4;120;74;130;12;8;12;-13;4;9;70;299;288;;;269;;gcc ;2;130;70;171;13;9;13;-14;2;16;84;119;23s 5s;;;38;;gcc 2;2;140;68;123;14;3;22;-15;0;1;312;309;6* 78;;;**;;gcc ;3;150;63;112;15;9;10;-16;3;3;139;151;2* 76;;;-;151;cca 2;3;160;74;110;16;9;12;-17;3;12;83;112;108;;;**;;gga ;2;170;62;135;17;9;16;-18;1;0;748;66;5s CDS;;;18;;cga 3;1;180;56;95;18;13;7;-19;0;5;117;176;101;82;;18;;cga 1;1;190;48;106;19;16;13;-20;3;7;88;252;182;;;18;;other ;1;200;48;87;20;13;15;-21;1;0;402;70;251;;;18;;cga 1;0;210;45;69;21;13;7;-22;1;2;329;463;553;;;**;;other 2;0;220;54;57;22;14;14;-23;3;6;52;1447;205;;;129;;aag ;0;230;45;77;23;11;18;-24;1;0;159;310;271;;;**;;aag 1;0;240;44;60;24;11;8;-25;1;1;278;263;3080;;;42;;atgj 1;1;250;40;57;25;12;8;-26;1;3;252;75;239;;;**;;acc 2;3;260;44;43;26;4;13;-27;1;0;58;214;;;;35;;cgt 2;0;270;42;51;27;8;9;-28;4;3;1021;93;;;;240;;cgt ;1;280;36;37;28;9;15;-29;4;2;154;314;;;;**;;agc ;1;290;36;45;29;7;23;-30;2;0;161;201;;;;51;;ggc 2;0;300;30;36;30;11;11;-31;0;2;16;157;;;;**;;ggc 3;0;310;36;33;31;8;18;-32;2;0;285;76;;;;34;;ttc 1;2;320;25;22;32;5;14;-33;0;0;110;353;;;;42;;gac ;1;330;28;22;33;7;11;-34;2;1;116;47;;;;**;;gaa ;0;340;20;22;34;15;19;-35;2;1;109;405;;;;21;;cag 1;0;350;19;23;35;14;19;-36;1;0;145;75;;;;38;;gag 1;0;360;26;20;36;6;17;-37;0;0;122;-3;;;;13;;gag ;0;370;12;20;37;12;18;-38;0;1;245;70;;;;4;;gag ;0;380;18;10;38;8;30;-39;0;0;849;46;;;;**;;gag ;0;390;13;22;39;8;13;-40;2;1;71;180;;;;22;;tgc ;0;400;12;20;40;10;11;-41;0;1;113;246;;;;**;;ggc 8;4;reste;297;316;reste;2174;3304;-42;0;0;149;350;;;;;; 51;52;total;2564;3995;total;2564;3995;-43;0;1;167;80;;;;;; 42;47;diagr;2260;3675;diagr;383;687;-44;0;0;124;183;;;;;; 1;2; t30;290;517;;;;-45;2;0;318;135;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;57;140;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;259;749;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;199;819;;;;;; ;x;2557;93;7;2657;;;-49;1;1;148;251;;;;;; ;c;3991;959;4;4954;;;-50;2;1;-13;94;;;;;; ;;;;;7611;171;;reste;14;21;25;270;;;;;; ;;;;;;7782;;total;93;959;32;;;;;;; </pre> =====ksk autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_autres_intercalaires_aas|ksk autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ksk;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;629741;630835;188;*; ;comp;tRNA;631024;631098;140;*;act fin;comp;CDS;631239;632909;;; deb;comp;CDS;975508;975957;214;*; ;;tRNA;976172;976242;66;*;tgc fin;;CDS;976309;977706;;0; deb;comp;CDS;1013242;1014198;71;*; ;comp;tRNA;1014270;1014354;35;*;other ;comp;tRNA;1014390;1014474;967;*;other fin;;CDS;1015442;1015951;;; deb;;CDS;1614812;1615585;108;*; ;comp;tRNA;1615694;1615765;209;*;gtg ;comp;tRNA;1615975;1616046;462;*;gtg fin;;CDS;1616509;1616922;;; deb;comp;CDS;1620154;1621197;303;*; ;;tRNA;1621501;1621573;79;*;ggc ;;tRNA;1621653;1621726;36;*;tgc ;;tRNA;1621763;1621834;34;*;gtc ;;tRNA;1621869;1621940;37;*;gtc ;;tRNA;1621978;1622052;240;*;gtc fin;comp;CDS;1622293;1622469;;0; deb;comp;CDS;1706631;1707242;101;*; ;comp;rRNA;1707344;1707460;78;*;117 ;comp;rRNA;1707539;1710646;291;*;3108 ;comp;rRNA;1710938;1712461;672;*;1524 fin;;CDS;1713134;1713583;;; deb;;CDS;1888172;1888537;82;*; ;comp;rRNA;1888620;1888736;78;*;117 ;comp;rRNA;1888815;1891921;291;*;3107 ;comp;rRNA;1892213;1893736;619;*;1524 fin;comp;CDS;1894356;1895450;;; deb;comp;CDS;1969567;1970022;551;*; ;;tRNA;1970574;1970661;1;*;ctc fin;comp;CDS;1970663;1971622;;0; deb;comp;CDS;2263749;2264402;92;*; ;;tRNA;2264495;2264577;108;*;ttg fin;;CDS;2264686;2265490;;0; deb;;CDS;2661716;2662345;70;*; ;comp;ncRNA;2662416;2662817;52;*; fin;comp;CDS;2662870;2663124;;1; deb;;CDS;2740927;2741106;79;*; ;comp;tRNA;2741186;2741257;172;*;gta fin;;CDS;2741430;2742695;;; deb;;CDS;2785520;2787781;292;*; ;comp;tRNA;2788074;2788147;299;*;atgi fin;;CDS;2788447;2789340;;; deb;;CDS;2789514;2790302;119;*; ;comp;tRNA;2790422;2790494;5;*;aac ;comp;tRNA;2790500;2790572;309;*;aac fin;;CDS;2790882;2791175;;; deb;comp;CDS;2885846;2887138;92;*; ;comp;tRNA;2887231;2887303;269;*;gcc ;comp;tRNA;2887573;2887645;38;*;gcc ;comp;tRNA;2887684;2887756;156;*;gcc fin;comp;CDS;2887913;2888560;;; deb;comp;CDS;2930765;2932159;254;*; ;comp;tRNA;2932414;2932487;151;*;cca ;;tRNA;2932639;2932712;151;*;gga fin;comp;CDS;2932864;2933883;;; deb;comp;CDS;2982257;2982772;182;*; ;comp;rRNA;2982955;2983071;78;*;117 ;comp;rRNA;2983150;2986255;290;*;3106 ;comp;rRNA;2986546;2988069;525;*;1524 fin;comp;CDS;2988595;2989311;;; deb;;CDS;3017346;3017948;114;*; ;;tRNA;3018063;3018138;176;*;cac fin;;CDS;3018315;3018761;;0; deb;;CDS;3036003;3036545;108;*; ;;tRNA;3036654;3036727;101;*;aag fin;;CDS;3036829;3037074;;1; deb;comp;CDS;3042508;3044088;112;*; ;;tRNA;3044201;3044274;66;*;aag fin;comp;CDS;3044341;3044712;;0; deb;comp;CDS;3073276;3074226;70;*; ;comp;tRNA;3074297;3074387;18;*;cga ;comp;tRNA;3074406;3074496;18;*;cga ;comp;tRNA;3074515;3074605;18;*;other ;comp;tRNA;3074624;3074714;18;*;cga ;comp;tRNA;3074733;3074823;176;*;other fin;;CDS;3075000;3076004;;; deb;;CDS;3110984;3111742;84;*; ;;tRNA;3111827;3111900;129;*;aag ;;tRNA;3112030;3112103;312;*;aag fin;;CDS;3112416;3114647;;; deb;comp;CDS;3155159;3157495;252;*; ;;tRNA;3157748;3157831;70;*;cta fin;comp;CDS;3157902;3158507;;; deb;comp;CDS;3209463;3209777;463;*; ;;tRNA;3210241;3210315;1447;*;tgc fin;comp;CDS;3211763;3211972;;; deb;comp;CDS;3232464;3233834;193;*; ;comp;tmRNA;3234028;3234406;122;*; fin;comp;CDS;3234529;3235011;;; deb;comp;CDS;3289487;3289639;251;*; ;comp;rRNA;3289891;3290007;78;*;117 ;comp;rRNA;3290086;3293192;291;*;3107 ;comp;rRNA;3293484;3295007;645;*;1524 fin;comp;CDS;3295653;3296657;;0; deb;comp;CDS;3608197;3608565;139;*; ;comp;tRNA;3608705;3608777;310;*;tgg fin;;CDS;3609088;3610326;;; deb;comp;CDS;3616649;3616813;83;*; ;comp;tRNA;3616897;3616969;42;*;atgj ;comp;tRNA;3617012;3617084;263;*;acc deb;;CDS;3617348;3618601;75;*; ;comp;tRNA;3618677;3618757;214;*;tac fin;;CDS;3618972;3619460;;; deb;;CDS;3848397;3851321;93;*; ;comp;tRNA;3851415;3851488;314;*;aca fin;;CDS;3851803;3852900;;; deb;comp;CDS;3985689;3986465;748;*; ;comp;tRNA;3987214;3987290;117;*;acg fin;comp;CDS;3987408;3988070;;; deb;;CDS;4070175;4071119;88;*; ;;tRNA;4071208;4071281;402;*;ccg fin;;CDS;4071684;4073162;;; deb;comp;CDS;4092593;4094809;66;*; ;comp;ncRNA;4094876;4094966;132;*; ;;tRNA;4095099;4095183;329;*;tcc fin;;CDS;4095513;4095974;;; deb;;CDS;4142060;4142491;52;*; ;;tRNA;4142544;4142633;159;*;tcg fin;;CDS;4142793;4143458;;0; deb;comp;CDS;4160403;4160585;278;*; ;comp;tRNA;4160864;4160939;35;*;cgt ;comp;tRNA;4160975;4161050;240;*;cgt ;comp;tRNA;4161291;4161381;201;*;agc fin;;CDS;4161583;4164981;;0; deb;comp;CDS;4176515;4177270;252;*; ;comp;tRNA;4177523;4177608;58;*;tca fin;comp;CDS;4177667;4178776;;0; deb;comp;CDS;4235119;4239375;1021;*; ;comp;tRNA;4240397;4240470;157;*;ggg fin;;CDS;4240628;4240849;;; deb;;CDS;4285356;4285673;154;*; ;;tRNA;4285828;4285900;51;*;ggc ;;tRNA;4285952;4286024;161;*;ggc fin;;CDS;4286186;4287187;;; deb;;CDS;4381966;4383351;16;*; ;;tRNA;4383368;4383441;285;*;atc fin;;CDS;4383727;4384749;;; deb;;CDS;4385317;4385445;110;*; ;;tRNA;4385556;4385628;76;*;gca fin;comp;CDS;4385705;4386631;;0; deb;comp;CDS;4400257;4401138;353;*; ;;tRNA;4401492;4401575;47;*;ctg fin;comp;CDS;4401623;4402147;;0; deb;;CDS;4622363;4622569;405;*; ;comp;tRNA;4622975;4623048;116;*;gac fin;comp;CDS;4623165;4627139;;0; deb;comp;CDS;4640228;4640773;109;*; ;comp;tRNA;4640883;4640959;34;*;ttc ;comp;tRNA;4640994;4641067;42;*;gac ;comp;tRNA;4641110;4641182;145;*;gaa fin;comp;CDS;4641328;4641669;;0; deb;;CDS;4651026;4651709;122;*; ;;tRNA;4651832;4651904;245;*;aaa fin;;CDS;4652150;4652317;;0; deb;comp;CDS;4770979;4772697;849;*; ;comp;tRNA;4773547;4773620;75;*;atgf deb;;CDS;4773696;4774130;-3;*; ;comp;tRNA;4774128;4774201;71;*;atgf fin;comp;CDS;4774273;4775532;;0; deb;;CDS;4794735;4795958;553;*; ;;rRNA;4796512;4798035;291;*;1524 ;;rRNA;4798327;4801434;76;*;3108 ;;rRNA;4801511;4801627;280;*;117 fin;;CDS;4801908;4802828;;; deb;;CDS;5026285;5027319;113;*; ;;tRNA;5027433;5027505;70;*;agg fin;comp;CDS;5027576;5028037;;1; deb;;CDS;5075303;5076238;149;*; ;;tRNA;5076388;5076464;46;*;gcg fin;comp;CDS;5076511;5077533;;0; deb;comp;CDS;5121699;5123603;180;*; ;;tRNA;5123784;5123856;167;*;acc fin;;CDS;5124024;5124683;;; deb;comp;CDS;5131586;5132572;246;*; ;;tRNA;5132819;5132889;124;*;caa fin;;CDS;5133014;5134459;;; deb;comp;CDS;5215779;5216147;318;*; ;comp;tRNA;5216466;5216550;350;*;tta fin;;CDS;5216901;5217674;;; deb;;CDS;5427006;5430017;57;*; ;;tRNA;5430075;5430148;259;*;atgf fin;;CDS;5430408;5432459;;; deb;;CDS;5530116;5530868;80;*; ;comp;tRNA;5530949;5531020;183;*;cgg fin;;CDS;5531204;5531737;;; deb;;CDS;5713254;5714768;199;*; ;;tRNA;5714968;5715039;21;*;cag ;;tRNA;5715061;5715133;38;*;gag ;;tRNA;5715172;5715244;13;*;gag ;;tRNA;5715258;5715330;4;*;gag ;;tRNA;5715335;5715409;135;*;gag fin;comp;CDS;5715545;5716258;;0; deb;comp;CDS;5851701;5852435;734;*; ;;rRNA;5853170;5854693;280;*;1524 ;;rRNA;5854974;5858080;78;*;3107 ;;rRNA;5858159;5858275;205;*;117 fin;;CDS;5858481;5859890;;; deb;;CDS;5930032;5931717;452;*; ;;rRNA;5932170;5933693;280;*;1524 ;;rRNA;5933974;5937080;76;*;3107 ;;rRNA;5937157;5937273;271;*;117 fin;;CDS;5937545;5938228;;0; deb;;CDS;6072887;6073678;405;*; ;;rRNA;6074084;6075607;288;*;1524 ;;rRNA;6075896;6079001;78;*;3106 ;;rRNA;6079080;6079196;3080;*;117 fin;;CDS;6082277;6082420;;; deb;;CDS;6103592;6104206;140;*; ;comp;tRNA;6104347;6104419;749;*;aga fin;;CDS;6105169;6105423;;; deb;;CDS;6398346;6399611;611;*; ;;rRNA;6400223;6401746;291;*;1524 ;;rRNA;6402038;6405144;108;*;3107 ;;rRNA;6405253;6405369;239;*;117 fin;;CDS;6405609;6406436;;; deb;;CDS;6484449;6485687;148;*; ;;tRNA;6485836;6485909;819;*;ccc fin;comp;CDS;6486729;6487430;;; deb;comp;CDS;7351591;7353366;251;*; ;;tRNA;7353618;7353693;-13;*;gcc fin;;CDS;7353681;7353821;;; deb;;CDS;7353841;7355253;25;*; ;;tRNA;7355279;7355351;22;*;tgc ;;tRNA;7355374;7355446;32;*;ggc fin;;CDS;7355479;7356687;;0; deb;;CDS;7459688;7460983;94;*; ;comp;tRNA;7461078;7461165;270;*;ctc fin;;CDS;7461436;7462761;;; </pre> ====ksk distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_distribution|ksk distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;3;gac;;ggc;2 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;3;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ksk;;37;;;;;;;ksk;14;;;;;;;;ksk;19;;;;;; </pre> ===actino synthèse=== ====actino distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_génome|actino distribution par génome]] <pre> actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total ase;58;32;;;;0;6;;96 blo;19;31;;;;0;6;;56 sma;17;48;;;;0;7;;72 ksk;14;37;;;;0;19;;70 total;108;148;0;0;0;0;38;0;294 </pre> ====actino distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_du_total|actino distribution du total]] <pre> actino4;;;;;;;294 atgi;4;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;1;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10 atc;5;acc;7;aac;9;agc;7 ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9 gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14 tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5 cta;4;cca;6;caa;3;cga; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7 ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7 atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4 ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5 gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;146;148;;;;0;295 </pre> ====actino distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_type|actino distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38 atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc; ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4 gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2 tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg; ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====actino par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_par_rapport_au_groupe_de_référence|actino par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;55;28;26;;;;109; 16;moyen;50;38;;;;;88; 14;fort;43;42;12;;;;97; ; ;148;108;38;;;;294; 10;g+cga;31;18;15;;;;64; 2;agg+cgg;8;1;;;;;9; 4;carre ccc;15;9;11;;;;35; 5;autres;1;;;;;;1; ;;55;28;26;;;;109; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;187;95;88;;;;371;26 16;moyen;170;129;;;;;299;324 14;fort;146;143;41;;;;330;650 ; ;503;367;129;;;;294;729 10;g+cga;105;61;51;;;;218;10 2;agg+cgg;27;3;;;;;31; 4;carre ccc;51;31;37;;;;119;16 5;autres;3;;;;;;3; ;;187;95;88;;;;371; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;187;95;88;371;26;37;26;68 16;moyen;170;129;;299;324;34;35; 14;fort;146;143;41;330;650;29;39;32 ; ;503;367;129;294;729;148;108;38 10;g+cga;105;61;51;218;10;56;64;58 2;agg+cgg;27;3;;31;;15;4; 4;carre ccc;51;31;37;119;16;27;32;42 5;autres;3;;;3;;2;; ;;187;95;88;371;;55;28;26 </pre> ====actinobacteria, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actinobacteria,_estimation_des_-rRNAs|actinobacteria, estimation des -rRNAs]] <pre> actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 99 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;99;2; ; ;;indices;;;;99;2;0;0;;actino4;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;294 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;7;aac;9;agc;7 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;5;aga;5 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;4;cca;6;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;88;;97;;109;294 26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;86713;0.5;0.2;;;;;;618;21937;0,5;0,2;;actino;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;275 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;25;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;106;tcc;98;tac;104;tgc;118;;ttc;106;tcc;100;tac;104;tgc;118;;ttc;125;tcc;125;tac;125;tgc;250 atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;125;acc;175;aac;225;agc;175 ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;200;ccc;150;cac;125;cgt;225 gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;275;gcc;250;gac;250;ggc;350 tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;125;aga;125 cta;100;cca;100;caa;99;cga;1;;cta;100;cca;100;caa;99;cga;1.4;;cta;100;cca;150;caa;75;cga; gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;100;gca;125;gaa;125;gga;175 ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;125;tcg;100;tag;;tgg;175 atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;100;acg;150;aag;275;agg;100 ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;175;ccg;100;cag;200;cgg;125 gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;250;gcg;150;gag;250;ggg;125 ;;1677;;1634;;1736;5047;;;;1679;;1634;;1736;5049;;;;2200;;2425;;2725;7350 rapports;;100;;100;;100;100;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;actino;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;54.081;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;100;tat;;atgf;51 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;5354;;;0/0;;;;;att;;act;97;aat;;agt;100 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;2;;;10;10;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;99;;;20;12;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;98;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;15;tcc;22;tac;17;tgc;53 atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;actino;73.5;;;40;5;;;;atc;17;acc;37;aac;44;agc;41 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;294;;;50;12;41;;;ctc;44;ccc;29;cac;20;cgt;42 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;0;;;60;4;;;;gtc;47;gcc;48;gac;45;ggc;47 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;0;aaa;17;aga;18 cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par actino ;;;;90;0;;;;cta;0;cca;33;caa;24;cga;100 gta;100;gca;100;gaa;100;gga;100;;est 36% au dessus;;;;100;3;;;;gta;2;gca;5;gaa;19;gga;38 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;16;tcg;20;tag;100;tgg;38 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;2;acg;31;aag;54;agg;4 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;43;ccg;1;cag;45;cgg;16 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;54;gcg;43;gag;43;ggg;17 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;313;;395;;593;1301 </pre> ==cyano== ===npu=== ====npu opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_opérons|npu opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Nost_punc_PCC_73102_ATCC_29133/nostPunc_PCC_73102_ATCC29133-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_010628.1;npu;;genome;;;;;;;; 41.4%GC;12.8.19 Paris;16s 4;79;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Nostoc punctiforme PCC 73102 ATCC 29133 ;;;;;;;;;;; ;199270..199464;;CDS;;237;237;;;65;; comp;199702..199775;;agg;;33;33;;;;; comp;199809..200906;;CDS;;;;;;366;; ;;;;;;;;;;; comp;352653..353060;;CDS;;690;*690;;;136;; comp;353751..353822;;ggc;;147;147;;;;; comp;353970..354548;;CDS;;;;;;193;; ;;;;;;;;;;; ;503259..503606;;CDS;;145;145;;;116;; ;503752..503827;;atgj;+;-1;;*-1;;;; ;503827..503901;;atgj;2 atg;397;397;;;;; ;504299..505384;;CDS;@1;;;;;362;; ;;;;;;;;;;; comp;777899..778429;;CDS;;34;34;;;177;; ;778464..778537;;cgt;;38;38;;;;; comp;778576..779829;;CDS;;;;;;418;; ;;;;;;;;;;; ;878016..878609;;CDS;;384;384;;;198;; ;878994..879064;;tgc;;205;205;;;;; ;879270..879491;;CDS;;;;;;74;; ;;;;;;;;;;; comp;951559..952671;;CDS;;53;53;;;371;; ;952725..952796;;acc;;310;310;;;;; comp;953107..953340;;CDS;;;;;;78;; ;;;;;;;;;;; comp;954493..955170;;CDS;;72;72;;;226;; comp;955243..955315;;aga;;356;356;;;;; ;955672..956331;;CDS;;;;;;220;; ;;;;;;;;;;; ; 1054005..1054811;;CDS;;290;290;;;269;; comp;1055102..1055172;;gga;;50;50;;;;; comp;1055223..1056383;;CDS;;;;;;387;; ;;;;;;;;;;; comp;1175326..1175523;;CDS;;247;247;;;66;; comp;1175771..1175844;;ccg;;138;138;;;;; ;1175983..1176855;;CDS;;;;;;291;; ;;;;;;;;;;; ;1380042..1380593;;CDS;;226;226;;;184;; comp;1380820..1380904;;tcc;;107;107;;;;; ;1381012..1381380;;CDS;;;;;;123;; ;;;;;;;;;;; ;1442145..1442867;;CDS;;32;32;;;241;; ;1442900..1442974;;ttc;;362;362;;;;; ;1443337..1444770;;CDS;;;;;;478;; ;;;;;;;;;;; comp;1650791..1652236;;CDS;;133;133;;;482;; comp;1652370..1652443;;gac;;111;111;;;;; comp;1652555..1653088;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; comp;2020233..2021171;;CDS;;317;317;;;313;; ;2021489..2022985;;16s;;123;;;;1497;; ;2023109..2023185;;atc;;79;;;79;;; ;2023265..2023340;;gca;;249;;;;;; ;2023590..2026486;;23s;;59;;;;2897;; ;2026546..2026663;;5s;;230;230;;;118;; > comp;2026894..2027373;;CDS;;;;;;160;; ;;;;;;;;;;; comp;2303766..2304149;;CDS;;124;124;;;128;; ;2304274..2304349;;cac;;1362;*1362;;;;; ;2305712..2308132;;CDS;;;;;;*807;; ;;;;;;;;;;; comp;3372671..3373291;;CDS;;143;143;;;207;; ;3373435..3373507;;gta;;415;*415;;;;; ;3373923..3374555;;CDS;;;;;;211;; ;;;;;;;;;;; comp;3434121..3435443;;CDS;;204;204;;;441;; comp;3435648..3435739;;agc;;141;141;;;;; comp;3435881..3436813;;CDS;;;;;;311;; ;;;;;;;;;;; ;3439846..3440202;;CDS;@2;-19;*-19;;;119;; comp;3440184..3440257;;gca;;48;;48;;;; comp;3440306..3440378;;aca;+;8;;8;;;; comp;3440387..3440462;;atgf;2 aca;11;;11;;;; comp;3440474..3440546;;cta;;4;;4;;;; comp;3440551..3440623;;ccg;;6;;6;;;; comp;3440630..3440706;;ctc;;2;;2;;;; comp;3440709..3440785;;ctg;;3;;3;;;; comp;3440789..3440861;;cca;;1;;1;;;; comp;3440863..3440940;;tta;;6;;6;;;; comp;3440947..3441023;;ttg;;6;;6;;;; comp;3441030..3441105;;caa;;3;;3;;;; comp;3441109..3441181;;cag;;5;;5;;;; comp;3441187..3441261;;aac;;6;;6;;;; comp;3441268..3441365;;aca;;81;;*81;;;; comp;3441447..3441521;;cgt;;4;;4;;;; comp;3441526..3441615;;agc;;113;;*113;;;; comp;3441729..3441800;;gaa;;58;;58;;;; comp;3441859..3441933;;tgg;;88;;*88;;;; comp;3442022..3442095;;tgc;;132;;*132;;;; comp;3442228..3442301;;gac;;118;118;;;;; comp;3442420..3442614;;CDS;;;;;;65;; ;;;;;;;;;;; ;3448311..3448919;;CDS;;80;80;;;203;; comp;3449000..3449072;;gaa;;120;120;;;;; ;3449193..3449375;;CDS;;;;;;61;; ;;;;;;;;;;; ;4538041..4538745;;CDS;;151;151;;;235;; ;4538897..4538981;;tcg;;194;194;;;;; ;4539176..4540357;;CDS;;;;;;394;; ;;;;;;;;;;; comp;4869164..4869988;;CDS;;584;*584;;;275;; comp;4870573..4870646;;cca;;298;298;;;;; comp;4870945..4871493;;CDS;;;;;;183;; ;;;;;;;;;;; comp;5426384..5427841;;CDS;;100;100;;;486;; comp;5427942..5428018;;atgf;;46;46;;;;; comp;5428065..5429018;;CDS;;;;;;318;; ;;;;;;;;;;; comp;5480844..5481563;;CDS;;407;*407;;;240;; comp;5481971..5482043;;gcc;;94;94;;;;; comp;5482138..5482332;;CDS;;;;;;65;; ;;;;;;;;;;; ;5510568..5511620;;CDS;;319;319;;;351;; comp;5511940..5512057;;5s;;59;;;;118;; comp;5512117..5515016;;23s;;249;;;;2900;; comp;5515266..5515341;;gca;;82;;;82;;; comp;5515424..5515497;;atc;;123;;;;;; comp;5515621..5517117;;16s;;682;*682;;;1497;; comp;5517800..5519035;;CDS;;;;;;412;; ;;;;;;;;;;; comp;5572068..5572769;;CDS;;290;290;;;234;; ;5573060..5573132;;atgi;;153;153;;;;; comp;5573286..5573720;;CDS;;;;;;145;; ;;;;;;;;;;; ;5573827..5574450;;CDS;;93;93;;;208;; comp;5574544..5574615;;aca;;345;345;;;;; ;5574961..5575881;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; < comp;5655591..5655800;;CDS;;21;21;;;70;; comp;5655822..5655893;;aac;;144;144;;;;; comp;5656038..5656589;;CDS;;;;;;184;; ;;;;;;;;;;; ;5688669..5689538;;CDS;;75;75;;;290;; ;5689614..5689689;;ttc;;663;*663;;;;; comp;5690353..5692080;;CDS;;;;;;*576;; ;;;;;;;;;;; ;5756596..5757801;;CDS;;66;66;;;402;; ;5757868..5757940;;cgg;;400;400;;;;; comp;5758341..5759045;;CDS;;;;;;235;; ;;;;;;;;;;; comp;6075820..6077016;;CDS;;175;175;;;399;; comp;6077192..6077263;;ggg;;171;171;;;;; comp;6077435..6078052;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; comp;6083633..6084493;;CDS;;676;*676;;;287;; ;6085170..6086666;;16s;;123;;;;1497;; ;6086790..6086866;;atc;;79;;;79;;; ;6086946..6087021;;gca;;249;;;;;; ;6087271..6090169;;23s;;59;;;;2899;; ;6090229..6090346;;5s;;176;176;;;118;; comp;6090523..6090720;;CDS;;;;;;66;; ;;;;;;;;;;; comp;6498176..6499135;;CDS;;149;149;;;320;; comp;6499285..6499402;;5s;;59;;;;118;; comp;6499462..6502360;;23s;;249;;;;2899;; comp;6502610..6502685;;gca;;79;;;79;;; comp;6502765..6502841;;atc;;123;;;;;; comp;6502965..6504461;;16s;;315;315;;;1497;; ;6504777..6505643;;CDS;;;;;;289;; ;;;;;;;;;;; ;6889916..6890785;;CDS;;61;61;;;290;; ;6890847..6890918;;aaa;;294;294;;;;; comp;6891213..6892148;;CDS;;;;;;312;; ;;;;;;;;;;; ;6948457..6949644;;CDS;;162;162;;;396;; ;6949807..6949888;;cta;;400;400;;;;; ;6950289..6950609;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; comp;6980662..6982233;;CDS;;171;171;;;*524;; ;6982405..6982478;;gtc;;1521;*1521;;;;; comp;6984000..6985919;;CDS;;;;;;*640;; ;;;;;;;;;;; ;7066111..7067829;;CDS;;232;232;;;*573;; comp;7068062..7068133;;caa;;270;270;;;;; comp;7068404..7069606;;CDS;;;;;;401;; ;;;;;;;;;;; comp;7071719..7071991;;CDS;;39;39;;;91;; comp;7072031..7072114;;ttg;;109;109;;;;; comp;7072224..7073345;;CDS;;;;;;374;; ;;;;;;;;;;; comp;7074644..7076011;;CDS;;409;*409;;;456;; ;7076421..7076502;;ctg;;95;95;;;;; ;7076598..7077374;;CDS;;;;;;259;; ;;;;;;;;;;; ;7130044..7131132;;CDS;;131;131;;;363;; comp;7131264..7131335;;acg;;33;33;;;;; ;7131369..7131662;;CDS;;;;;;98;; ;;;;;;;;;;; ;7224805..7225167;;CDS;;146;146;;;121;; ;7225314..7225386;;tgg;;378;378;;;;; ;7225765..7225986;;CDS;;;;;;74;; ;;;;;;;;;;; comp;7346902..7348245;;CDS;;396;396;;;448;; ;7348642..7348724;;ctc;;127;127;;;;; ;7348852..7349475;;CDS;;;;;;208;; ;;;;;;;;;;; ;7506243..7506593;;CDS;;747;*747;;;117;; comp;7507341..7507414;;ccc;;50;50;;;;; comp;7507465..7507830;;CDS;;;;;;122;; ;;;;;;;;;;; ;7517008..7519347;;CDS;;167;167;;;*780;; ;7519515..7519588;;atgj;;213;213;;;;; <> comp;7519802..7520109;;CDS;;;;;;103;; ;;;;;;;;;;; comp;7571389..7571706;;CDS;;895;*895;;;106;; comp;7572602..7572676;;aag;;63;63;;;;; comp;7572740..7574992;;CDS;;;;;;*751;; ;;;;;;;;;;; comp;7610323..7610769;;CDS;;481;*481;;;149;; comp;7611251..7611323;;gca;;71;71;;;;; ;7611395..7612312;;CDS;;;;;;306;; ;;;;;;;;;;; ;7936008..7936736;;CDS;;65;65;;;243;; ;7936802..7936874;;gcg;;437;*437;;;;; ;7937312..7938874;;CDS;;;;;;*521;; ;;;;;;;;;;; ;7972961..7973239;;CDS;;313;313;;;93;; comp;7973553..7973624;;acc;;88;;*88;;;; comp;7973713..7973798;;tac;;124;124;;;;; comp;7973923..7974897;;CDS;;;;;;325;; ;;;;;;;;;;; ;7975047..7975976;;CDS;;100;100;;;310;; ;7976077..7976161;;tca;;374;374;;;;; ;7976536..7978545;;CDS;;;;;;*670;; </pre> ====npu cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_cumuls|npu cumuls]] <pre> npu cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;4;1;2;;1;1;1;;100;13;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;12;;50;10;40;;200;21;60;0 ;16 atc gca;4;40;0;;100;14;80;;300;22;90;10 ;16 23 5s a;0;60;2;;150;18;120;;400;19;120;9 ;max a;2;80;0;3;200;9;160;;500;10;150;7 ;a doubles;0;100;3;1;250;8;200;;600;4;180;3 ;autres;0;120;1;;300;5;240;;700;2;210;10 ;total aas;8;140;1;;350;6;280;;800;2;240;7 sans ;opérons;43;160;0;;400;9;320;;900;1;270;4 ;1 aa;40;180;0;;450;4;360;;1000;0;300;6 ;max a;20;200;0;;500;1;400;;1100;0;330;9 ;a doubles;2;;0;;;9;;;;0;;29 ;total aas;64;;21;4;;94;;0;;94;;94 total aas;;72;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;32;79;;254;;;;279;; ;;;variance;43;0;;254;;;;171;; sans jaune;;;moyenne;11;;;176;;;;240;;188 ;;;variance;17;;;111;;;;122;;85 </pre> ====npu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_blocs|npu blocs]] <pre> npu blocs;;;; CDS;317;313;676;287 16s;123;1497;123;1497 atc;79;;79; gca;249;;249; 23s;59;2897;59;2899 5s;230;118;176;118 CDS;;160;;66 ;;;; CDS;319;351;149;320 5s;59;118;59;118 23s;249;2900;249;2899 gca;82;;79; atc;123;;123; 16s;682;1497;315;1497 CDS;;412;;289 </pre> ====npu remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_remarques|npu remarques]] <pre> gtRNAdb;;;;;;;79;;cumuls;;;;;;;72 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;2;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;4;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;4;acc;2;aac;2;agc;2 ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;2 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;1;aca;2;aaa;2;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;1;aga;1 cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1 ttg;3;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;3;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;3;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ====npu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_distribution|npu distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total npu;;39;;;;;;;npu;21;;;;;;;;npu;4;;;;;; </pre> ====npu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_données_intercalaires|npu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;npu;fx;fc;npu;fx40;fc40;npu;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;4;15;0;4;15;-1;0;54;33;237;CDS 16s;; ;1;10;50;188;1;2;22;-2;6;0;690;34;;317; ;0;20;52;152;2;4;24;-3;0;1;147;38;;317; ;1;30;43;135;3;8;22;-4;15;135;145;356;;676; 3;4;40;53;132;4;8;16;-5;1;0;397;290;;315; ;3;50;54;142;5;10;25;-6;2;0;216;518;23s 5s;; 1;0;60;63;142;6;3;17;-7;1;8;615;138;4* 61;; 1;4;70;74;115;7;2;17;-8;1;34;5;226;5s CDS;; 2;2;80;59;146;8;6;16;-9;1;0;231;107;149;68; ;0;90;64;129;9;5;12;-10;1;6;384;124;;319; 1;4;100;59;129;10;2;17;-11;0;27;205;143;;176; 2;1;110;63;168;11;8;15;-12;0;0;72;102;16s tRNA;; ;2;120;61;138;12;3;17;-13;0;11;50;80;4* 131;;atc 1;2;130;56;101;13;5;15;-14;2;23;37;327;tRNA 23s;; 3;1;140;84;119;14;8;23;-15;1;1;247;51;4* 260;;gca 1;6;150;63;107;15;4;15;-16;0;5;705;290;tRNA tRNA;;intra 1;1;160;60;99;16;3;9;-17;0;15;145;153;4* 82;;atc gca ;2;170;48;104;17;4;16;-18;2;0;32;93;tRNA tRNA;; 1;2;180;49;81;18;2;9;-19;1;1;368;345;-1;;atgj ;0;190;47;79;19;10;19;-20;1;10;133;666;**;;atgj ;1;200;49;73;20;5;14;-21;1;0;111;137;44;;other ;2;210;60;55;21;3;15;-22;0;2;1365;427;**;;other ;1;220;33;65;22;7;5;-23;2;6;415;294;156;;aaa 1;0;230;29;69;23;3;11;-24;0;0;204;171;7;;other 2;1;240;38;54;24;4;10;-25;0;2;141;1521;6;;cac ;1;250;39;63;25;3;11;-26;2;8;118;232;48;;gca ;0;260;31;74;26;4;19;-27;1;0;409;409;8;;aca ;2;270;33;53;27;7;15;-28;2;4;151;131;10;;atgf ;0;280;31;53;28;5;18;-29;3;1;194;33;4;;cta 2;0;290;34;47;29;3;16;-30;0;0;599;396;6;;ccg 1;1;300;42;48;30;4;15;-31;0;2;298;747;5;;ctc 1;0;310;25;42;31;6;13;-32;0;4;100;301;3;;ctg ;1;320;27;42;32;3;12;-33;2;0;46;71;1;;cca 1;0;330;26;33;33;6;12;-34;0;0;407;70;6;;tta ;0;340;22;37;34;4;7;-35;0;6;94;;6;;ttg 1;0;350;34;43;35;3;10;-36;0;0;24;;3;;caa 1;0;360;27;42;36;10;16;-37;1;4;144;;5;;cag ;1;370;15;20;37;4;13;-38;2;5;75;;6;;aac ;2;380;36;33;38;5;17;-39;0;0;66;;81;;aca ;1;390;18;17;39;10;19;-40;0;1;268;;4;;cgt 1;1;400;16;29;40;2;13;-41;0;1;175;;4;;agc 6;11;reste;535;586;reste;2104;3377;-42;0;0;171;;7;;tac 34;62;total;2306;3999;total;2306;3999;-43;0;1;61;;62;;gaa 28;51;diagr;1767;3398;diagr;198;607;-44;1;1;162;;3;;tgg 0;2; t30;145;475;;;;-45;0;0;313;;11;;atgi ;;;;;;;;-46;1;0;270;;3;;tgc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;1;39;;4;;other ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;109;;**;;gac ;x;2302;67;4;2373;;;-49;0;0;95;;88;;acc ;c;3984;402;15;4401;;;-50;0;0;146;;**;;tac ;;;;;6774;157;;reste;12;22;378;;;; ;;;;;;6931;;total;67;402;127;;;; ;;;;;;;;;;;50;;;; ;;;;;;;;;;;167;;;; ;;;;;;;;;;;898;;;; ;;;;;;;;;;;63;;;; ;;;;;;;;;;;481;;;; ;;;;;;;;;;;65;;;; ;;;;;;;;;;;437;;;; ;;;;;;;;;;;124;;;; ;;;;;;;;;;;100;;;; ;;;;;;;;;;;374;;;; </pre> =====npu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_autres_intercalaires_aas|npu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;npu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;199270;199464;237;*; ;comp;tRNA;199702;199775;33;*;agg fin;comp;CDS;199809;200906;;0; deb;comp;CDS;352653;353060;690;*; ;comp;tRNA;353751;353822;147;*;ggc fin;comp;CDS;353970;354548;;; deb;;CDS;503259;503606;145;*; ;;tRNA;503752;503827;-1;*;atgj ;;tRNA;503827;503901;397;*;atgj deb;;CDS;504299;505384;216;*; ;;tRNA;505601;505673;615;*;ata fin;;CDS;506289;507815;;; deb;;CDS;727418;728587;5;*; ;;tRNA;728593;728664;231;*;other fin;;CDS;728896;730239;;; deb;comp;CDS;777899;778429;34;*; ;;tRNA;778464;778537;38;*;cgt fin;comp;CDS;778576;779829;;; deb;;CDS;878016;878609;384;*; ;;tRNA;878994;879064;205;*;tgc fin;;CDS;879270;879491;;; deb;comp;CDS;954493;955170;72;*; ;comp;tRNA;955243;955315;356;*;aga fin;;CDS;955672;956331;;; deb;;CDS;1054005;1054811;290;*; ;comp;tRNA;1055102;1055172;50;*;gga fin;comp;CDS;1055223;1056383;;; deb;comp;CDS;1081601;1082335;518;*; ;;tRNA;1082854;1082983;44;*;other ;;tRNA;1083028;1083149;37;*;other fin;;CDS;1083187;1084788;;; deb;comp;CDS;1175326;1175523;247;*; ;comp;tRNA;1175771;1175844;138;*;ccg fin;;CDS;1175983;1176855;;; deb;;CDS;1380042;1380593;226;*; ;comp;tRNA;1380820;1380904;107;*;tcc fin;;CDS;1381012;1381380;;; deb;;CDS;1440092;1440529;705;*; ;;tRNA;1441235;1441304;145;*;other fin;;CDS;1441450;1441650;;; deb;;CDS;1442145;1442867;32;*; ;;tRNA;1442900;1442968;368;*;ttc fin;;CDS;1443337;1444770;;; deb;;CDS;1484155;1484853;46;*; ;;ncRNA;1484900;1485316;115;*; fin;;CDS;1485432;1486151;;; deb;comp;CDS;1650791;1652236;133;*; ;comp;tRNA;1652370;1652443;111;*;gac fin;comp;CDS;1652555;1653130;;0; deb;comp;CDS;2020233;2021171;317;*; ;;rRNA;2021489;2022977;131;*;1489 ;;tRNA;2023109;2023182;82;*;atc ;;tRNA;2023265;2023337;260;*;gca ;;rRNA;2023598;2026484;61;*;2887 ;;rRNA;2026546;2026663;68;*;118 fin;comp;CDS;2026732;2026957;;; deb;comp;CDS;2303766;2304149;124;*; ;;tRNA;2304274;2304346;1365;*;cac fin;;CDS;2305712;2308132;;0; deb;comp;CDS;3372671;3373291;143;*; ;;tRNA;3373435;3373507;415;*;gta fin;;CDS;3373923;3374555;;; deb;comp;CDS;3434121;3435443;204;*; ;comp;tRNA;3435648;3435739;141;*;agc fin;comp;CDS;3435881;3436813;;; deb;;CDS;3438597;3439685;102;*; ;comp;tRNA;3439788;3439858;156;*;aaa ;comp;tRNA;3440015;3440097;7;*;other ;comp;tRNA;3440105;3440177;6;*;cac ;comp;tRNA;3440184;3440257;48;*;gca ;comp;tRNA;3440306;3440378;8;*;aca ;comp;tRNA;3440387;3440463;10;*;atgf ;comp;tRNA;3440474;3440546;4;*;cta ;comp;tRNA;3440551;3440623;6;*;ccg ;comp;tRNA;3440630;3440706;5;*;ctc ;comp;tRNA;3440712;3440785;3;*;ctg ;comp;tRNA;3440789;3440861;1;*;cca ;comp;tRNA;3440863;3440940;6;*;tta ;comp;tRNA;3440947;3441023;6;*;ttg ;comp;tRNA;3441030;3441105;3;*;caa ;comp;tRNA;3441109;3441181;5;*;cag ;comp;tRNA;3441187;3441261;6;*;aac ;comp;tRNA;3441268;3441365;81;*;aca ;comp;tRNA;3441447;3441521;4;*;cgt ;comp;tRNA;3441526;3441615;4;*;agc ;comp;tRNA;3441620;3441721;7;*;tac ;comp;tRNA;3441729;3441799;62;*;gaa ;comp;tRNA;3441862;3441933;3;*;tgg ;comp;tRNA;3441937;3442010;11;*;atgi ;comp;tRNA;3442022;3442095;3;*;tgc ;comp;tRNA;3442099;3442223;4;*;other ;comp;tRNA;3442228;3442301;118;*;gac fin;comp;CDS;3442420;3442614;;0; deb;;CDS;3448311;3448919;80;*; ;comp;tRNA;3449000;3449072;327;*;gaa fin;;CDS;3449400;3451319;;; deb;;CDS;3675128;3675659;409;*; ;;tRNA;3676069;3676151;51;*;tca fin;comp;CDS;3676203;3676421;;; deb;;CDS;4538041;4538745;151;*; ;;tRNA;4538897;4538981;194;*;tcg fin;;CDS;4539176;4540357;;0; deb;comp;CDS;4869164;4869973;599;*; ;comp;tRNA;4870573;4870646;298;*;cca fin;comp;CDS;4870945;4871493;;0; deb;comp;CDS;5108061;5113469;362;*; ;comp;ncRNA;5113832;5114015;60;*; fin;comp;CDS;5114076;5115230;;; deb;comp;CDS;5426384;5427841;100;*; ;comp;tRNA;5427942;5428018;46;*;atgf fin;comp;CDS;5428065;5429018;;; deb;comp;CDS;5480844;5481563;407;*; ;comp;tRNA;5481971;5482043;94;*;gcc fin;comp;CDS;5482138;5482332;;; deb;;CDS;5510568;5511620;319;*; ;comp;rRNA;5511940;5512057;61;*;118 ;comp;rRNA;5512119;5515008;260;*;2890 ;comp;tRNA;5515269;5515341;82;*;gca ;comp;tRNA;5515424;5515497;131;*;atc ;comp;rRNA;5515629;5517117;317;*;1489 fin;;CDS;5517435;5517515;;0; deb;comp;CDS;5572068;5572769;290;*; ;;tRNA;5573060;5573132;153;*;atgi fin;comp;CDS;5573286;5573720;;0; deb;;CDS;5573827;5574450;93;*; ;comp;tRNA;5574544;5574615;345;*;aca fin;;CDS;5574961;5575881;;; deb;comp;CDS;5655654;5655797;24;*; ;comp;tRNA;5655822;5655893;144;*;aac fin;comp;CDS;5656038;5656589;;; deb;;CDS;5688669;5689538;75;*; ;;tRNA;5689614;5689686;666;*;ttc fin;comp;CDS;5690353;5692080;;; deb;;CDS;5756596;5757801;66;*; ;;tRNA;5757868;5757940;137;*;cgg fin;comp;CDS;5758078;5758233;;; deb;;CDS;6022666;6023613;294;*; ;;tmRNA;6023908;6024297;537;*; fin;comp;CDS;6024835;6025290;;0; deb;comp;CDS;6048961;6050142;268;*; ;comp;tRNA;6050411;6050520;427;*;other fin;;CDS;6050948;6051328;;; deb;comp;CDS;6075820;6077016;175;*; ;comp;tRNA;6077192;6077263;171;*;ggg fin;comp;CDS;6077435;6078040;;; deb;comp;CDS;6083633;6084493;676;*; ;;rRNA;6085170;6086658;131;*;1489 ;;tRNA;6086790;6086863;82;*;atc ;;tRNA;6086946;6087018;260;*;gca ;;rRNA;6087279;6090167;61;*;2889 ;;rRNA;6090229;6090346;176;*;118 fin;comp;CDS;6090523;6090720;;; deb;comp;CDS;6498176;6499135;149;*; ;comp;rRNA;6499285;6499402;61;*;118 ;comp;rRNA;6499464;6502352;260;*;2889 ;comp;tRNA;6502613;6502685;82;*;gca ;comp;tRNA;6502768;6502841;131;*;atc ;comp;rRNA;6502973;6504461;315;*;1489 fin;;CDS;6504777;6505643;;0; deb;;CDS;6889916;6890785;61;*; ;;tRNA;6890847;6890918;294;*;aaa fin;comp;CDS;6891213;6892148;;; deb;;CDS;6948457;6949644;162;*; ;;tRNA;6949807;6949888;313;*;cta fin;;CDS;6950202;6950609;;0; deb;comp;CDS;6980662;6982233;171;*; ;;tRNA;6982405;6982478;1521;*;gtc fin;comp;CDS;6984000;6985919;;0; deb;;CDS;7066111;7067829;232;*; ;comp;tRNA;7068062;7068133;270;*;caa fin;comp;CDS;7068404;7069606;;; deb;comp;CDS;7071719;7071991;39;*; ;comp;tRNA;7072031;7072114;109;*;ttg fin;comp;CDS;7072224;7073345;;; deb;comp;CDS;7074644;7076011;409;*; ;;tRNA;7076421;7076502;95;*;ctg fin;;CDS;7076598;7077374;;0; deb;;CDS;7130044;7131132;131;*; ;comp;tRNA;7131264;7131335;33;*;acg fin;;CDS;7131369;7131662;;0; deb;;CDS;7224805;7225167;146;*; ;;tRNA;7225314;7225386;378;*;tgg fin;;CDS;7225765;7225986;;; deb;comp;CDS;7324019;7324405;25;*; ;comp;ncRNA;7324431;7324527;37;*; fin;comp;CDS;7324565;7324831;;0; deb;comp;CDS;7346902;7348245;396;*; ;;tRNA;7348642;7348724;127;*;ctc fin;;CDS;7348852;7349475;;; deb;;CDS;7506243;7506593;747;*; ;comp;tRNA;7507341;7507414;50;*;ccc fin;comp;CDS;7507465;7507830;;; deb;;CDS;7517041;7519347;167;*; ;;tRNA;7519515;7519588;301;*;atgj fin;comp;CDS;7519890;7520066;;; deb;comp;CDS;7571389;7571706;898;*; ;comp;tRNA;7572605;7572676;63;*;aag fin;comp;CDS;7572740;7574992;;; deb;comp;CDS;7610323;7610769;481;*; ;comp;tRNA;7611251;7611323;71;*;gca fin;;CDS;7611395;7612312;;0; deb;;CDS;7936008;7936736;65;*; ;;tRNA;7936802;7936874;437;*;gcg fin;;CDS;7937312;7938874;;; deb;;CDS;7973321;7973482;70;*; ;comp;tRNA;7973553;7973624;88;*;acc ;comp;tRNA;7973713;7973798;124;*;tac fin;comp;CDS;7973923;7974897;;0; deb;;CDS;7975047;7975976;100;*; ;;tRNA;7976077;7976161;374;*;tca fin;;CDS;7976536;7978545;;; </pre> ===pmg=== ====pmg opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_opérons|pmg opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Proc_mari_MIT_9301/procMari_MIT_9301-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009091.1;pmg;;genome;;;;;;;; 31.3%GC;13.8.19 Paris;16s 1;37;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Prochlorococcus marinus str. MIT 9301;;;;;;;;;;; comp;74235..75521;;CDS;;4;4;;;429;; comp;75526..75607;;ctt;;259;259;;;;; ;75867..77216;;CDS;;;;;;450;; ;;;;;;;;;;; ;132034..132708;;CDS;;49;49;;;225;; ;132758..132829;;aac;;566;*566;;;;; ;133396..133845;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; comp;239249..240268;;CDS;;170;170;;;340;; comp;240439..240520;;cta;;71;71;;;;; ;240592..241041;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; comp;257573..258844;;CDS;;77;77;;;424;; comp;258922..258995;;cgt;;86;86;;;;; ;259082..259333;;CDS;;;;;;84;; ;;;;;;;;;;; comp;272771..274039;;CDS;;18;18;;;423;; comp;274058..274130;;atgi;;141;141;;;;; ;274272..274832;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; ;305431..305850;;CDS;;84;84;;;140;; comp;305935..306010;;ttc;;91;91;;;;; comp;306102..307331;;CDS;;;;;;410;; ;;;;;;;;;;; ;313891..314472;;CDS;;178;178;;;194;; comp;314651..314722;;aca;;65;65;;;;; comp;314788..315120;;CDS;;;;;;111;; ;;;;;;;;;;; comp;320549..321988;;CDS;;603;*603;;;480;; ;322592..324074;;16s;;125;;;;;; ;324200..324273;;atc;;12;;;12;;; ;324286..324358;;gca;;256;;;;;; ;324615..327496;;23s;;60;;;;;; ;327557..327673;;5s;;43;43;;;;; comp;327717..328595;;CDS;;;;;;293;; ;;;;;;;;;;; comp;354976..355167;;CDS;;88;88;;;64;; comp;355256..355327;;acc;;10;;10;;;; comp;355338..355419;;tac;;102;102;;;;; ;355522..355962;;CDS;;;;;;147;; ;;;;;;;;;;; comp;434230..435660;;CDS;;17;17;;;477;; comp;435678..435751;;gac;;149;149;;;;; comp;435901..436095;;CDS;;35;35;;;65;; comp;436131..436203;;tgg;;53;53;;;;; comp;436257..436727;;CDS;;;;;;157;; ;;;;;;;;;;; ;521448..522497;;CDS;;99;99;;;350;; ;522597..522682;;tta;;78;78;;;;; ;522761..522994;;CDS;;;;;;78;; ;;;;;;;;;;; comp;609397..609897;;CDS;;249;249;;;167;; comp;610147..610233;;tca;;404;*404;;;;; ;610638..611399;;CDS;;;;;;254;; ;;;;;;;;;;; ;774440..775240;;CDS;;210;210;;;267;; comp;775451..775524;;ccc;;27;27;;;;; comp;775552..776280;;CDS;;;;;;243;; ;;;;;;;;;;; comp;828018..828392;;CDS;;49;49;;;125;; ;828442..828528;;tcc;;214;214;;;;; ;828743..830740;;CDS;;;;;;*666;; ;;;;;;;;;;; ;868731..869213;;CDS;;29;29;;;161;; ;869243..869316;;atgj;;67;67;;;;; ;869384..869671;;CDS;;;;;;96;; ;;;;;;;;;;; ;909742..910707;;CDS;;45;45;;;322;; ;910753..910829;;atgf;;591;*591;;;;; ;911421..911810;;CDS;;;;;;130;; ;;;;;;;;;;; ;996073..996609;;CDS;;16;16;;;179;; comp;996626..996698;;gaa;;41;41;;;;; comp;996740..997858;;CDS;;;;;;373;; ;;;;;;;;;;; comp;1040019..1040135;;CDS;;177;177;;;39;; ;1040313..1040384;;aaa;;512;*512;;;;; ;1040897..1041004;;CDS;;;;;;36;; ;;;;;;;;;;; ;1044863..1045423;;CDS;;276;276;;;187;; ;1045700..1045773;;cca;;188;188;;;;; comp;1045962..1046666;;CDS;;;;;;235;; ;;;;;;;;;;; ;1134197..1134427;;CDS;;251;251;;;77;; comp;1134679..1134763;;tcg;;63;63;;;;; comp;1134827..1135849;;CDS;;;;;;341;; ;;;;;;;;;;; comp;1163424..1164092;;CDS;;138;138;;;223;; ;1164231..1164304;;aga;;27;27;;;;; ;1164332..1165600;;CDS;;;;;;423;; ;;;;;;;;;;; ;1212124..1212894;;CDS;;58;58;;;257;; comp;1212953..1213025;;gcc;;129;129;;;;; comp;1213155..1214180;;CDS;;;;;;342;; ;;;;;;;;;;; ;1253753..1255123;;CDS;;525;*525;;;457;; ;1255649..1255730;;ttg;;5;5;;;;; ;1255736..1256911;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;1259549..1260784;;CDS;;131;131;;;412;; ;1260916..1260988;;cac;;72;72;;;;; ;1261061..1262455;;CDS;;;;;;465;; ;;;;;;;;;;; ;1275239..1277272;;CDS;;0;*0;;;*678;; comp;1277273..1277343;;gga;;112;112;;;;; ;1277456..1278802;;CDS;;;;;;449;; ;;;;;;;;;;; ;1308006..1308797;;CDS;;50;50;;;264;; ;1308848..1308919;;gtc;;67;67;;;;; ;1308987..1309604;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; comp;1419657..1419893;;CDS;;54;54;;;79;; ;1419948..1420019;;acg;;100;100;;;;; ;1420120..1420440;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; ;1453287..1454075;;CDS;;35;35;;;263;; comp;1454111..1454199;;agc;;61;61;;;;; comp;1454261..1455460;;CDS;;;;;;400;; ;;;;;;;;;;; ;1472925..1473932;;CDS;;94;94;;;336;; ;1474027..1474098;;caa;;16;16;;;;; ;1474115..1474891;;CDS;;;;;;259;; ;;;;;;;;;;; comp;1485558..1486649;;CDS;;77;77;;;364;; ;1486727..1486800;;cgg;;11;11;;;;; comp;1486812..1487258;;CDS;;;;;;149;; ;;;;;;;;;;; comp;1500099..1501325;;CDS;;42;42;;;409;; ;1501368..1501438;;tgc;@1;364;364;;;;; comp;1501803..1502447;;CDS;;;;;;215;; ;;;;;;;;;;; comp;1517796..1518128;;CDS;;78;78;;;111;; comp;1518207..1518280;;agg;;38;38;;;;; ;1518319..1518700;;ncRNA;;21;21;;;;; ;1518722..1519471;;CDS;;;;;;250;; ;;;;;;;;;;; comp;1554202..1554633;;CDS;;45;45;;;144;; comp;1554679..1554750;;ggc;;61;61;;;;; comp;1554812..1555288;;CDS;;;;;;159;; ;;;;;;;;;;; comp;1600898..1601284;;CDS;@2;-30;*-30;;;129;; comp;1601255..1601326;;gta;;98;98;;;;; ;1601425..1602279;;CDS;;;;;;285;; </pre> ====pmg cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_cumuls|pmg cumuls]] <pre> pmg cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;;100;9;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;1;1;50;22;40;;200;20;60;2 ;16 atc gca;1;40;;;100;23;80;;300;15;90;6 ;16 23 5s a;0;60;;;150;7;120;;400;10;120;4 ;max a;2;80;;;200;4;160;;500;13;150;9 ;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;0;180;5 ;autres;0;120;;;300;3;240;;700;2;210;4 ;total aas;2;140;;;350;0;280;;800;0;240;4 sans ;opérons;34;160;;;400;1;320;;900;0;270;8 ;1 aa;33;180;;;450;1;360;;1000;0;300;2 ;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;330;1 ;a doubles;0;;;;;5;;;;0;;24 ;total aas;35;;1;1;;71;;0;;69;;69 total aas;;37;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;10;12;;127;;;;260;; ;;;variance;0;0;;146;;;;147;; sans jaune;;;moyenne;;;;93;;;;248;;170 ;;;variance;;;;76;;;;130;;74 </pre> ====pmg blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_blocs|pmg blocs]] <pre> pmg bloc;; CDS;603;480 16s;125;1483 atc;12; gca;256; 23s;60;2882 5s;43;117 CDS;;293 </pre> ====pmg remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_remarques|pmg remarques]] *code génétique de pmg <pre> Remarques;;;;;;;37 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata; ;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====pmg distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_distribution|pmg distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total pmg;;33;;;;;;;pmg;2;;;;;;;;pmg;0;;;;;; </pre> ====pmg données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_données_intercalaires|pmg données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;pmg;fx;fc;pmg;fx40;fc40;pmg;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;11;34;0;11;34;-1;1;35;4;259;16s tRNA;; ;2;10;116;199;1;18;17;-2;0;0;49;185;125;;atc 2;3;20;39;116;2;16;27;-3;0;0;566;86;tRNA 23s;; ;2;30;26;71;3;22;25;-4;40;69;71;141;258;;gca 1;1;40;14;64;4;11;26;-5;0;0;77;87;tRNA tRNA;;intra 2;5;50;23;50;5;9;18;-6;2;0;18;178;12;;atc gca 2;1;60;22;45;6;12;23;-7;0;1;91;102;tRNA tRNA;; ;6;70;22;50;7;8;11;-8;11;13;65;404;10;;acc 1;5;80;34;46;8;8;11;-9;1;0;88;210;**;;tac 2;1;90;21;42;9;6;27;-10;0;2;17;49;;; 1;4;100;28;31;10;6;14;-11;3;11;149;16;;; 1;0;110;16;27;11;1;19;-12;2;0;35;177;;; 1;0;120;12;23;12;2;14;-13;0;3;53;188;;; ;1;130;14;17;13;5;14;-14;3;6;99;251;;; 2;0;140;26;17;14;6;6;-15;3;0;78;138;;; 1;1;150;15;7;15;5;12;-16;3;2;249;58;;; ;0;160;14;13;16;4;10;-17;4;3;27;131;;; ;0;170;9;9;17;5;11;-18;1;0;214;0;;; 2;0;180;12;9;18;6;11;-19;0;0;29;112;;; 2;0;190;13;5;19;2;6;-20;3;1;67;54;;; ;0;200;8;1;20;3;13;-21;2;0;45;35;;; 2;0;210;7;5;21;2;2;-22;2;0;591;77;;; ;1;220;6;5;22;4;7;-23;2;0;41;11;;; ;0;230;6;8;23;4;4;-24;2;0;512;42;;; ;0;240;3;3;24;5;8;-25;0;2;276;210;;; ;1;250;5;2;25;0;5;-26;1;3;63;98;;; 2;0;260;6;2;26;2;6;-27;1;0;342;;;; ;0;270;4;2;27;4;11;-28;1;0;129;;;; ;1;280;3;1;28;3;9;-29;0;0;525;;;; ;0;290;4;2;29;0;8;-30;1;0;5;;;; ;0;300;8;3;30;2;11;-31;0;0;72;;;; ;0;310;2;1;31;4;3;-32;1;0;50;;;; ;0;320;2;4;32;1;9;-33;0;0;67;;;; ;0;330;5;3;33;1;7;-34;0;0;100;;;; ;0;340;6;2;34;1;1;-35;1;0;61;;;; ;1;350;5;0;35;1;7;-36;0;0;94;;;; ;0;360;0;1;36;1;11;-37;0;0;16;;;; ;0;370;2;2;37;0;6;-38;1;0;78;;;; ;0;380;1;3;38;2;6;-39;0;0;45;;;; ;0;390;1;0;39;1;6;-40;0;0;61;;;; ;0;400;1;2;40;2;8;-41;0;1;-30;;;; 1;4;reste;27;21;reste;393;464;-42;1;0;CDS 16s;;;; 26;40;total;599;948;total;599;948;-43;1;0;-;601;;; 24;36;diagr;561;893;diagr;195;450;-44;0;1;23s 5s;;;; 2;7; t30;181;386;;;;-45;0;0;64;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;5s CDS;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;-;43;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;588;96;11;695;;;-49;0;0;;;;; ;c;914;157;34;1105;;;-50;0;2;;;;; ;;;;;1800;84;;reste;2;2;;;;; ;;;;;;1884;;total;96;157;;;;; </pre> =====pmg autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires_aas|pmg autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pmg;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;65120;66082;306;*; ;comp;tmRNA;66389;66662;44;*; fin;;CDS;66707;67831;;0; deb;comp;CDS;74235;75521;4;*; ;comp;tRNA;75526;75607;259;*;ctt fin;;CDS;75867;77216;;0; deb;;CDS;132034;132708;49;*; ;;tRNA;132758;132829;566;*;aac fin;;CDS;133396;133845;;; deb;comp;CDS;239249;240253;185;*; ;;tRNA;240439;240520;71;*;cta fin;;CDS;240592;241041;;; deb;comp;CDS;257573;258844;77;*; ;comp;tRNA;258922;258995;86;*;cgt fin;;CDS;259082;259333;;; deb;comp;CDS;272771;274039;18;*; ;comp;tRNA;274058;274130;141;*;atgi fin;;CDS;274272;274832;;; deb;;CDS;305431;305850;87;*; ;comp;tRNA;305938;306010;91;*;ttc fin;comp;CDS;306102;307331;;; deb;;CDS;313891;314472;178;*; ;comp;tRNA;314651;314722;65;*;aca fin;comp;CDS;314788;315123;;; deb;comp;CDS;320549;321988;601;*; ;;rRNA;322590;324074;125;*;1483 ;;tRNA;324200;324273;12;*;atc ;;tRNA;324286;324358;258;*;gca ;;rRNA;324617;327492;64;*;2882 ;;rRNA;327557;327673;43;*;117 fin;comp;CDS;327717;328595;;; deb;comp;CDS;354976;355167;88;*; ;comp;tRNA;355256;355327;10;*;acc ;comp;tRNA;355338;355419;102;*;tac fin;;CDS;355522;355962;;; deb;comp;CDS;434230;435660;17;*; ;comp;tRNA;435678;435751;149;*;gac deb;comp;CDS;435901;436095;35;*; ;comp;tRNA;436131;436203;53;*;tgg fin;comp;CDS;436257;436595;;; deb;;CDS;521448;522497;99;*; ;;tRNA;522597;522682;78;*;tta fin;;CDS;522761;522994;;; deb;comp;CDS;609397;609897;249;*; ;comp;tRNA;610147;610233;404;*;tca fin;;CDS;610638;611399;;0; deb;;CDS;656308;657498;17;*; ;;ncRNA;657516;657700;162;*; fin;;CDS;657863;658162;;; deb;;CDS;774440;775240;210;*; ;comp;tRNA;775451;775524;27;*;ccc fin;comp;CDS;775552;776280;;; deb;comp;CDS;828018;828392;49;*; ;;tRNA;828442;828528;214;*;tcc fin;;CDS;828743;830740;;; deb;;CDS;868731;869213;29;*; ;;tRNA;869243;869316;67;*;atgj fin;;CDS;869384;869671;;; deb;;CDS;909742;910707;45;*; ;;tRNA;910753;910829;591;*;atgf fin;;CDS;911421;911810;;; deb;;CDS;996073;996609;16;*; ;comp;tRNA;996626;996698;41;*;gaa fin;comp;CDS;996740;997858;;0; deb;comp;CDS;1040019;1040135;177;*; ;;tRNA;1040313;1040384;512;*;aaa fin;;CDS;1040897;1041004;;0; deb;;CDS;1044863;1045423;276;*; ;;tRNA;1045700;1045773;188;*;cca fin;comp;CDS;1045962;1046666;;; deb;;CDS;1134197;1134427;251;*; ;comp;tRNA;1134679;1134763;63;*;tcg fin;comp;CDS;1134827;1135849;;0; deb;comp;CDS;1163424;1164092;138;*; ;;tRNA;1164231;1164304;342;*;aga fin;;CDS;1164647;1165600;;0; deb;;CDS;1212124;1212894;58;*; ;comp;tRNA;1212953;1213025;129;*;gcc fin;comp;CDS;1213155;1214180;;0; deb;;CDS;1253753;1255123;525;*; ;;tRNA;1255649;1255730;5;*;ttg fin;;CDS;1255736;1256911;;; deb;comp;CDS;1259549;1260784;131;*; ;;tRNA;1260916;1260988;72;*;cac fin;;CDS;1261061;1262455;;; deb;;CDS;1264859;1265974;12;*; ;comp;ncRNA;1265987;1266083;47;*; fin;;CDS;1266131;1266904;;1; deb;;CDS;1275239;1277272;0;*; ;comp;tRNA;1277273;1277343;112;*;gga fin;;CDS;1277456;1278802;;; deb;;CDS;1308006;1308797;50;*; ;;tRNA;1308848;1308919;67;*;gtc fin;;CDS;1308987;1309604;;; deb;comp;CDS;1419657;1419893;54;*; ;;tRNA;1419948;1420019;100;*;acg fin;;CDS;1420120;1420440;;; deb;;CDS;1453287;1454075;35;*; ;comp;tRNA;1454111;1454199;61;*;agc fin;comp;CDS;1454261;1455460;;0; deb;;CDS;1472925;1473932;94;*; ;;tRNA;1474027;1474098;16;*;caa fin;;CDS;1474115;1474891;;; deb;comp;CDS;1485558;1486649;77;*; ;;tRNA;1486727;1486800;11;*;cgg fin;comp;CDS;1486812;1487258;;; deb;comp;CDS;1500099;1501325;42;*; ;;tRNA;1501368;1501438;210;*;tgc fin;comp;CDS;1501649;1501816;;; deb;comp;CDS;1517796;1518128;78;*; ;comp;tRNA;1518207;1518280;38;*;agg ;;ncRNA;1518319;1518700;21;*; fin;;CDS;1518722;1519471;;0; deb;comp;CDS;1526173;1527543;34;*; ;comp;regulatory;1527578;1527676;66;*; fin;comp;CDS;1527743;1527955;;; deb;comp;CDS;1554202;1554633;45;*; ;comp;tRNA;1554679;1554750;61;*;ggc fin;comp;CDS;1554812;1555288;;; deb;comp;CDS;1600898;1601284;-30;*; ;comp;tRNA;1601255;1601326;98;*;gta fin;;CDS;1601425;1602279;;; </pre> ====pmg intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_entre_cds|pmg intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> pmg;9.2.21 Paris;;Pmg 8.2.21;;;;;;; ;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;253;14.1;'''négatif ;-10;11;-1 à -67;'''1641879;-1;253 ;'''zéro;45;2.5;;;;;'''intercals;0;45 ;'''1 à 200;1326;73.7;'''0 à 200;55;51;;'''139122;5;189 ;'''201 à 370;120;6.7;'''201 à 370;270;48;;'''8.5%;10;126 ;'''371 à 600;42;2.3;'''371 à 600;452;60;;;15;84 ;'''601 à max;14;0.8;'''601 à 1051;778;154;;;20;71 ;'''total 1800;<201;90.2;'''total 1798;74;114;-67 à 1051;;25;41 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>fréquence-1;30;56 1337910;1643;-1;253;-70;0;;0;45;35;35 344859;1208;0;°45;-60;3;;-1;°36;40;43 1131068;1051;1;35;-50;3;;-2;0;45;34 1332255;987;2;43;-40;4;;-3;0;50;39 666029;950;3;°47;-30;4;'''min à -1;-4;°109;55;34 1046608;901;4;37;-20;20;253;-5;0;60;33 873756;800;5;27;-10;46;14.1%;-6;2;65;30 1082452;696;6;°35;0;218;;-7;1;70;42 1073300;690;7;19;10;315;;-8;°24;75;36 1086818;679;8;19;20;155;;-9;1;80;44 1350077;676;9;°33;30;97;;-10;2;85;36 947641;638;10;20;40;78;'''1 à 100;-11;°14;90;27 1340696;638;11;20;50;73;1059;-12;2;95;22 1274338;625;12;16;60;67;58.8%;-13;3;100;37 1330270;579;13;°19;70;72;;-14;°9;105;20 1040897;574;14;12;80;80;;-15;3;110;23 39429;566;15;17;90;63;;-16;5;115;19 956617;560;16;14;100;59;;-17;°7;120;16 1328069;560;17;16;110;43;;-18;1;125;15 1331574;540;18;°17;120;35;;-19;0;130;16 1071397;523;19;8;130;31;;-20;°4;135;23 661816;518;20;16;140;43;;-21;2;140;20 1341490;508;21;4;150;22;;-22;2;145;14 660601;495;22;11;160;27;;-23;°2;150;8 872185;484;23;8;170;18;'''1 à 200;-24;2;155;18 353338;478;24;°13;180;21;1326;-25;2;160;9 134240;471;25;5;190;18;74%;-26;°4;165;8 1198984;467;26;8;200;9;;-27;1;170;10 332235;461;27;°15;210;12;;-28;1;175;8 892293;459;28;12;220;11;;-29;0;180;13 948687;458;29;8;230;14;;-30;1;185;9 1321313;450;30;°13;240;6;;-31;0;190;9 924950;449;31;7;250;7;'''0 à 200;-32;1;195;6 914728;448;32;10;260;8;1371;;77;200;3 1066510;445;33;°8;270;6;;reste;12;205;7 938157;441;34;2;280;4;;total;298;210;5 226447;435;35;8;290;6;;;;215;4 1188279;430;36;°12;300;11;;intercal;<u>frequencef;220;7 773451;421;37;6;310;3;;600;1786;225;8 858898;421;38;8;320;6;;620;;230;6 ;;39;7;330;8;;640;3;235;3 ;;40;10;340;8;'''201 à 370;660;;240;3 ;;reste;857;350;5;120;680;2;245;3 ;;total;1527;360;1;6.7%;700;2;250;4 ;;;;370;4;;720;;255;4 ;;;;380;4;;740;;260;4 1631675;-67;comp;;390;1;;760;;265;3 701382;-65;shfit2;592;400;3;;780;;270;3 886946;-61;comp;;410;6;;800;1;275;3 1045962;-59;shfit2;646;420;1;;820;;280;1 828743;-50;shfit2;1948;430;4;;840;;285;5 1349614;-50;shfit2;463;440;1;;860;;290;1 1425201;-44;shfit2;1765;450;5;;880;;295;6 1539296;-43;comp;;460;2;;900;;300;5 1249293;-42;comp;;470;2;;920;1;305;1 244064;-41;shfit2;295;480;2;;940;;310;2 162356;-38;;;490;1;;960;1;315;3 20410;-35;;;500;1;;980;;320;3 427059;-32;;;510;1;;1000;1;325;7 587323;-30;;;520;1;;1020;;330;1 1611400;-28;;;530;1;;1040;;335;3 744978;-27;;;540;1;'''371 à 600;1060;1;340;5 303832;-26;;;550;0;42;;12;345;3 489984;-26;;;560;2;2.3%;;;350;2 808548;-26;;;570;1;;;;355;1 1223639;-26;;;580;2;'''601 à max;;;360;0 1181603;-25;;;590;0;14;;;365;3 1209844;-25;;;600;0;0.8%;;;370;1 27867;-24;;;reste;14;;reste;2;reste;56 975566;-24;;;total;1800;;total;1800;total;1800 </pre> ====pmg intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_positifs_S+|pmg intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pmg;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-67;515;-1295;119;607;256;min40;&-107;844;-2106;170;869;263;min60 31 à 400;23;-124;47;41;774;180;2 parties;&-35;327;-1017;107;973;311;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;194;65;-;428;poly;179;SF;&78;69;;501;poly;368;SF 31 à 400;122;45;-;726;dte;48;tm;&153;49;-;687;poly;286;SF ;;;;;;;;;;;;;; pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;24.1.22 paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.703;;;pmg;Sx-;Sc- 41-n;0.856;0.728;0.802;;;;;;;;;;-1;0;36 1-n;0.928;0.904;0.915;;;;;;;;;;-2;0;0 pmg;fx;fc;;pmg;fx%;fc%;;pmg;fx40;fc40;;x;-3;0;0 0;11;34;;0;20;38;;0;11;34;>0;586;-4;40;69 10;117;198;;10;209;221;;1;18;17;<0;95;-5;0;0 20;39;116;;20;70;130;;2;16;27;zéro;11;-6;2;0 30;26;71;;30;47;79;;3;22;25;total;692;-7;0;1 40;14;64;;40;25;72;;4;11;26;;c;-8;11;13 50;22;51;;50;39;57;;5;9;18;>0;916;-9;1;0 60;22;45;;60;39;50;;6;12;23;<0;158;-10;0;2 70;22;50;;70;39;56;;7;9;10;zéro;34;-11;3;11 80;34;46;;80;61;51;;8;8;11;total;1108;-12;2;0 90;21;42;;90;38;47;;9;6;27;;;-13;0;3 100;28;31;;100;50;35;;10;6;14;total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reste;27;21;;;;;;reste;390;467;;;-45;0;0 total;597;950;;t30;326;430;;total;597;950;;;-46;0;0 diagr;559;895;;;;;;diagr;196;449;;;-47;0;0 - t30;377;510;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;;;reste;2;2 ;;;;;;;;;;;;;total;95;158 </pre> ====pmg intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_négatifs_S-|pmg intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp';0;0;0;37;0;2;0;10;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;91 continu;36;0;0;72;0;0;1;14;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;2;162 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;33;0;2;0;11;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;88 ;Sc-;36;0;0;69;0;0;1;13;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;3;159 </pre> ====pmg autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires|pmg autres intercalaires]] <pre> deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin deb;°CDS;65120;306;;;deb;°CDS;521448;99;;;deb;°CDS;1259549;131;comp ;tmRNA;66389;44;comp;;;&tRNA;522597;78;;;;&tRNA;1260916;72; fin;°CDS;66707;;;;fin;°CDS;522761;;;;fin;°CDS;1261061;; deb;°CDS;74235;4;comp;;deb;°CDS;609397;249;comp;;deb;°CDS;1264859;12; ;&tRNA;75526;259;comp;;;&tRNA;610147;404;comp;;;ncRNA;1265987;47;comp fin;°CDS;75867;;;;fin;°CDS;610638;;;;fin;°CDS;1266131;; deb;°CDS;132034;49;;;deb;°CDS;656308;17;;;deb;°CDS;1275239;0; ;&tRNA;132758;566;;;;ncRNA;657516;162;;;;&tRNA;1277273;112;comp fin;°CDS;133396;;;;fin;°CDS;657863;;;;fin;°CDS;1277456;; deb;°CDS;239249;185;comp;;deb;°CDS;774440;210;;;deb;°CDS;1308006;50; ;&tRNA;240439;71;comp;;;&tRNA;775451;27;comp;;;&tRNA;1308848;67; fin;°CDS;240592;;;;fin;°CDS;775552;;comp;;fin;°CDS;1308987;; deb;°CDS;257573;77;comp;;deb;°CDS;828018;49;comp;;deb;°CDS;1419657;54;comp ;&tRNA;258922;86;comp;;;&tRNA;828442;214;;;;&tRNA;1419948;100; fin;°CDS;259082;;;;fin;°CDS;828743;;;;fin;°CDS;1420120;; deb;°CDS;272771;18;comp;;deb;°CDS;868731;29;;;deb;°CDS;1453287;35; ;&tRNA;274058;141;comp;;;&tRNA;869243;67;;;;&tRNA;1454111;61;comp fin;°CDS;274272;;;;fin;°CDS;869384;;;;fin;°CDS;1454261;;comp deb;°CDS;305431;87;;;deb;°CDS;909742;45;;;deb;°CDS;1472925;94; ;&tRNA;305938;91;comp;;;&tRNA;910753;591;;;;&tRNA;1474027;16; fin;°CDS;306102;;comp;;fin;°CDS;911421;;;;fin;°CDS;1474115;; deb;°CDS;313891;178;;;deb;°CDS;996073;16;;;deb;°CDS;1485558;77;comp ;&tRNA;314651;65;comp;;;&tRNA;996626;41;comp;;;&tRNA;1486727;11; fin;°CDS;314788;;comp;;fin;°CDS;996740;;comp;;fin;°CDS;1486812;;comp deb;°CDS;320549;601;comp;;deb;°CDS;1040019;177;comp;;deb;°CDS;1500099;42;comp ;$rRNA;322590;125;;;;&tRNA;1040313;512;;;;&tRNA;1501368;210; ;&tRNA;324200;12;;;fin;°CDS;1040897;;;;fin;°CDS;1501649;;comp ;&tRNA;324286;258;;;deb;°CDS;1044863;276;;;deb;°CDS;1517796;78;comp ;$rRNA;324617;64;;;;&tRNA;1045700;188;;;;&tRNA;1518207;38;comp ;$rRNA;327557;43;;;fin;°CDS;1045962;;comp;;;ncRNA;1518319;21; fin;°CDS;327717;;comp;;deb;°CDS;1134197;251;;;fin;°CDS;1518722;; deb;°CDS;354976;88;comp;;;&tRNA;1134679;63;comp;;deb;°CDS;1526173;34;comp ;&tRNA;355256;10;comp;;fin;°CDS;1134827;;comp;;;regulatory;1527578;66;comp ;&tRNA;355338;102;comp;;deb;°CDS;1163424;138;comp;;fin;°CDS;1527743;;comp fin;°CDS;355522;;;;;&tRNA;1164231;342;;;deb;°CDS;1554202;45;comp deb;°CDS;434230;17;comp;;fin;°CDS;1164647;;;;;&tRNA;1554679;61;comp ;&tRNA;435678;149;comp;;deb;°CDS;1212124;58;;;fin;°CDS;1554812;;comp deb;°CDS;435901;35;comp;;;&tRNA;1212953;129;comp;;deb;°CDS;1600898;-30;comp ;&tRNA;436131;53;comp;;fin;°CDS;1213155;;comp;;;&tRNA;1601255;98;comp fin;°CDS;436257;;comp;;deb;°CDS;1253753;525;;;fin;°CDS;1601425;; ;;;;;;&tRNA;1255649;5;;; ;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1255736;;;; ;;; </pre> ====pmg intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_tRNA|pmg intercalaires tRNA]] <pre> pmg;relevés;;;;;;proportion des intercalaires <201;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls;;;deb;fin;total ;;;;;;;;;;;;<201;29;25;54 ;;;4;comp’;259;;-30;5;deb;;;total;34;33;67 ;;;49;;566;;4;16;<201;16;;taux;85%;76%;81% ;;;185;comp’;71;;17;27;total;19;;;;; ;;;77;comp’;86;;18;41;%;84%;;;;; ;;;18;comp’;141;;29;53;;;;;;; ;;comp’;87;;91;;35;61;fin;;;;;; ;;comp’;178;;65;;45;61;<201;17;;;;; ;10;;88;comp’;102;;45;63;total;22;;;;; ;;;17;;149;;49;65;%;77%;;;;; ;;;35;;53;;50;67;;;;;;; ;;;99;;78;;77;67;total;;;;;; ;;;249;comp’;404;;78;72;<201;33;;;;; ;;comp’;210;;27;;88;78;total;41;;;;; ;;comp’;49;;214;;94;91;%;80%;;;;; ;;;29;;67;;99;100;;;;;;; ;;;45;;591;;185;129;;;;;;; ;;comp’;16;;41;;249;149;;;;;;; ;;comp’;177;;512;;276;214;;;;;;; ;;;276;comp’;188;;525;342;;;;;;; ;;comp’;251;;63;;-;512;;;;;;; ;;comp’;138;;342;;-;566;;;;;;; ;;comp’;58;;129;;-;591;comp’;cumuls;;;;; ;;;525;;5;;0;11;deb;;;;;; ;;comp’;131;;72;;16;71;<201;13;;;;; ;;comp’;0;comp’;112;;35;86;total;15;;;;; ;;;50;;67;;42;98;%;87%;;;;; ;;comp’;54;;100;;49;102;;;;;;; ;;comp’;35;;61;;54;112;fin;;;;;; ;;;94;;16;;58;141;<201;8;;;;; ;;comp’;77;comp’;11;;77;188;total;11;;;;; ;;comp’;42;comp’;210;;87;210;%;73%;;;;; ;;;78;;;;131;259;;;;;;; ;;;45;;61;;138;404;total;;;;;; ;;;-30;comp’;98;;177;-;<201;21;;;;; ;;;;;;;178;-;total;26;;;;; ;;;;;;;210;-;%;81%;;;;; ;;;;;;;251;-;;;;;;; </pre> ===cyano synthèse=== ====cyano distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_génome|cyano distribution par génome]] ====cyano distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_du_total|cyano distribution du total]] <pre> cyano2;;;;;;;99 atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3 atc;;acc;3;aac;3;agc;3 ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3 gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2 tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2 cta;3;cca;3;caa;3;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2 ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2 ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2 gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;27;72;;;;;99 ;;;;;;; cyano2;;;;;;; atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;5;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;5;gaa;;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;4;;;;;10;10 </pre> ====cyano distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_type|cyano distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4 atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;27;72;;;;;99;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====cyano par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_par_rapport_au_groupe_de_référence|cyano par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;19;4;;;;;23; 16;moyen;27;10;2;;;10;49; 14;fort;26;9;2;;;;37; ; ;72;23;4;;;10;109; 10;g+cga;8;2;;;;;10; 2;agg+cgg;4;;;;;;4; 4;carre ccc;6;2;;;;;8; 5;autres;1;;;;;;1; ;;19;4;;;;;23; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;174;37;;;;;211;26 16;moyen;248;92;18;;;92;450;324 14;fort;239;83;18;;;;339;650 ; ;661;211;37;;;92;109;729 10;g+cgg;73;18;;;;;92;10 2;agg+cga;37;;;;;;37; 4;carre ccc;55;18;;;;;73;16 5;autres;9;;;;;;9; ;;174;37;;;;;211; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;192;40;;232;26;26;17; 16;moyen;273;101;20;394;324;38;43; 14;fort;263;91;20;374;650;36;39; ; ;727;232;40;99;729;72;23; 10;g+cgg;81;20;;101;10;42;; 2;agg+cga;40;;;40;;21;; 4;carre ccc;61;20;;81;16;32;; 5;autres;10;;;10;;5;; ;;192;40;;232;;19;; </pre> ====cyano, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano,_estimation_des_-rRNAs|cyano, estimation des -rRNAs]] <pre> actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 31 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;31;103; ; ;;indices;;;;31;332;0;0;;cyano2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;99 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3 atc;58;acc;;aac;;agc;;;atc;187;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;3;agc;3 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;2;aga;2 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;3;cga; gta;;gca;45;gaa;;gga;;;gta;;gca;145;gaa;;gga;;;gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;39;;37;;23;99 27.5.20 Tanger;;;;cyano;total;ttt;tgt;;25.11.20 Paris;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;3959;3.6;0.0;;;;;;84;3959;3.6;0.0;;cyano2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;98;;atgi;105;tct;;tat;;atgf;98;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;150 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;7.1;act;2.4;aat;3.6;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;17;cct;2.4;cat;2.4;cgc;1.2;;ctt;50;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;1.2;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;150 atc;8;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;195;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;;acc;150;aac;150;agc;150 ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;150 gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;100;gcc;100;gac;150;ggc;100 tta;83;tca;114;taa;;tga;0;;tta;83;tca;114;taa;2.4;tga;;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;;aca;200;aaa;100;aga;100 cta;118;cca;130;caa;114;cga;2;;cta;118;cca;130;caa;114;cga;2.4;;cta;150;cca;150;caa;150;cga; gta;111;gca;48;gaa;118;gga;111;;gta;111;gca;193;gaa;118;gga;111;;gta;100;gca;100;gaa;150;gga;100 ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;150;tcg;100;tag;;tgg;150 atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;200;acg;100;aag;50;agg;100 ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;100;ccg;100;cag;50;cgg;100 gtg;43;gcg;82;gag;8;ggg;76;;gtg;43;gcg;82;gag;8.3;ggg;76;;gtg;;gcg;50;gag;;ggg;50 ;;1574;;1607;;1156;4337;;;;1906;;1607;;1171;4684;;;;1950;;1850;;1150;4950 rapports;;83;;100;;99;93;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;cyano2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;48.549;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;35 att;;act;29;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1505;;;0/0;1;;;;att;;act;100;aat;;agt;100 ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;avec;119;;;10;12;;;;ctt;98;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;31;;;20;9;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;14;;;;ttc;19;tcc;2;tac;15;tgc;25 atc;4;acc;100;aac;100;agc;100;;cyano2;49.5;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;22;agc;24 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;99;;;50;2;40;;;ctc;6;ccc;1;cac;9;cgt;26 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;10;;;60;1;;;;gtc;2;gcc;7;gac;21;ggc;7 tta;100;tca;100;taa;;tga;;;genom;2;;;70;0;;;;tta;17;tca;12;taa;;tga; ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;43;aaa;13;aga;12 cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;21;cca;13;caa;24;cga;100 gta;100;gca;25;gaa;100;gga;100;;est 2% au dessus;;;;100;5;;;;gta;10;gca;52;gaa;21;gga;10 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;12;tag;100;tgg;27 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;41;acg;2;aag;24;agg;23 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;8;ccg;15;cag;74;cgg;0 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;39;gag;100;ggg;34 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;330;;279;;337;946 </pre> ==bacteroide== ===myr=== ====myr opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_opérons|myr opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Myro_A21/myroSp_A21-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP010327.1;myr;;genome;;;;;;; 34.1%GC;14.8.19 Paris;16s 8;101;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd Myroides sp. A21;;;;;;;;;; comp;151454..152776;;CDS;;270;270;;;441; comp;153047..153134;;tca;;208;208;;;; comp;153343..154476;;CDS;;;;;;378; ;;;;;;;;;; ;211346..212332;;CDS;;123;123;;;329; comp;212456..212530;;gta;+;27;;27;;; comp;212558..212635;;gta;5 gta;27;;27;;; comp;212663..212740;;gta;;27;;27;;; comp;212768..212845;;gta;;42;;42;;; comp;212888..212965;;gta;;92;92;;;; comp;213058..214275;;CDS;;;;;;406; ;;;;;;;;;; comp;294948..295334;;CDS;;146;146;;;129; comp;295481..295554;;aga;;28;;28;;; comp;295583..295660;;cca;;7;;7;;; comp;295668..295751;;agc;;280;280;;;; ;296032..297210;;CDS;;;;;;393; ;;;;;;;;;; ;327067..328053;;CDS;;112;112;;;329; comp;328166..328241;;aaa;+;698;;*698;;; comp;328940..329021;;ctc;6 aaa;87;;*87;;; comp;329109..329184;;aaa;@1;31;;31;;; comp;329216..329291;;aaa;;36;;36;;; comp;329328..329403;;aaa;;45;;45;;; comp;329449..329524;;aaa;;33;;33;;; comp;329558..329633;;aaa;;129;129;;;; ;329763..330281;;CDS;;;;;;173; ;;;;;;;;;; comp;353908..354384;;CDS;;259;259;;;159; comp;354644..354753;;5s;;107;;;;110; comp;354861..357744;;23s;;150;;;;2884; comp;357895..357971;;gca;;88;;;88;; comp;358060..358136;;atc;;75;;;;; comp;358212..359735;;16s;;265;;;;1524; comp;360001..360110;;5s;;103;;;;110; comp;360214..363107;;23s;;150;;;;2894; comp;363258..363334;;gca;;88;;;88;; comp;363423..363499;;atc;;75;;;;; comp;363575..365098;;16s;;687;*687;;;1524; comp;365786..366973;;CDS;;;;;;396; ;;;;;;;;;; comp;407344..408819;;CDS;;141;141;;;492; comp;408961..409037;;aca;+;33;;33;;; comp;409071..409147;;aca;5 aca;38;;38;;; comp;409186..409262;;aca;;39;;39;;; comp;409302..409378;;aca;;41;;41;;; comp;409420..409493;;aca;;81;81;;;; comp;409575..409838;;CDS;;;;;;88; ;;;;;;;;;; comp;550792..551043;;CDS;;37;37;;;84; comp;551081..551155;;gaa;+;40;;40;;; comp;551196..551267;;gaa;6 gaa;37;;37;;; comp;551305..551376;;gaa;;38;;38;;; comp;551415..551486;;gaa;;35;;35;;; comp;551522..551596;;gaa;;38;;38;;; comp;551635..551706;;gaa;;75;75;;;; comp;551782..553257;;CDS;;;;;;492; ;;;;;;;;;; comp;571079..574315;;CDS;;165;165;;;*1079; comp;574481..574590;;5s;;107;;;;110; comp;574698..577581;;23s;;118;;;;2884; comp;577700..577776;;gca;;88;;;88;; comp;577865..577941;;atc;;76;;;;; comp;578018..579541;;16s;;264;;;;1524; comp;579806..579915;;5s;;106;;;;110; comp;580022..582915;;23s;;150;;;;2894; comp;583066..583142;;gca;;88;;;88;; comp;583231..583307;;atc;;77;;;;; comp;583385..584908;;16s;;1070;*1070;;;1524; comp;585979..586545;;CDS;;;;;;189; ;;;;;;;;;; comp;719558..719755;;CDS;;13;13;;;66; comp;719769..719842;;tgg;;60;60;;;; comp;719903..721090;;CDS;;58;58;;;396; comp;721149..721220;;acc;;20;;20;;; comp;721241..721321;;tac;;27;;27;;; comp;721349..721425;;aca;;93;93;;;; comp;721519..721818;;CDS;;;;;;100; ;;;;;;;;;; ;781522..782178;;CDS;;76;76;;;219; ;782255..782330;;atgf;;93;93;;;; ;782424..782978;;CDS;;;;;;185; ;;;;;;;;;; comp;783008..783451;;CDS;;332;332;;;148; ;783784..783859;;atgf;;110;110;;;; comp;783970..785886;;CDS;;;;;;*639; ;;;;;;;;;; comp;814859..815281;;CDS;;541;*541;;;141; comp;815823..815899;;cga;;10;10;;;; comp;815910..816362;;CDS;;;;;;151; ;;;;;;;;;; ;868515..869267;;CDS;;37;37;;;251; comp;869305..869380;;gga;+;34;;34;;; comp;869415..869490;;gga;6 gga;34;;34;;; comp;869525..869600;;gga;;34;;34;;; comp;869635..869710;;gga;;34;;34;;; comp;869745..869820;;gga;;37;;37;;; comp;869858..869930;;gga;;242;242;;;; ;870173..870646;;CDS;;;;;;158; ;;;;;;;;;; ;1010425..1011210;;CDS;;92;92;;;262; comp;1011303..1011376;;caa;+;221;;*221;;; comp;1011598..1011668;;caa;2 caa;183;183;;;; ;1011852..1015055;;CDS;;;;;;*1068; ;;;;;;;;;; comp;1110980..1111921;;CDS;;158;158;;;314; ;1112080..1112162;;ttg;;44;44;;;; comp;1112207..1112701;;CDS;;;;;;165; ;;;;;;;;;; ;1113809..1114273;;CDS;;158;158;;;155; comp;1114432..1114541;;5s;;105;;;;110; comp;1114647..1117530;;23s;;150;;;;2884; comp;1117681..1117757;;gca;;88;;;88;; comp;1117846..1117922;;atc;;75;;;;; comp;1117998..1119521;;16s;;266;;;;1524; comp;1119788..1119897;;5s;;105;;;;110; comp;1120003..1122896;;23s;;150;;;;2894; comp;1123047..1123123;;gca;;88;;;88;; comp;1123212..1123288;;atc;;77;;;;; comp;1123366..1124889;;16s;;77;;;;1524; comp;1126238..1126311;;aac;;90;90;;;; comp;1126402..1127745;;CDS;;;;;;448; ;;;;;;;;;; ;1214932..1215615;;CDS;;101;101;;;228; comp;1215717..1215790;;tgc;;88;88;;;; comp;1215879..1216235;;CDS;;;;;;119; ;;;;;;;;;; ;1391184..1391825;;CDS;;85;85;;;214; ;1391911..1391987;;aac;+;370;;*370;;; ;1392358..1392434;;aac;2 aac;590;*590;;;; comp;1393025..1393459;;CDS;;;;;;145; ;;;;;;;;;; ;1597909..1598226;;CDS;;635;*635;;;106; ;1598862..1598938;;gac;+;148;;*148;;; ;1599087..1599163;;gac;3 gac;202;;*202;;; ;1599366..1599442;;gac;;169;169;;;; comp;1599612..1600157;;CDS;;;;;;182; ;;;;;;;;;; comp;1643091..1644479;;CDS;;132;132;;;463; ;1644612..1644696;;cta;+;183;;*183;;; ;1644880..1644961;;cta;2 cta;314;314;;;; ;1645276..1646115;;CDS;;;;;;280; ;;;;;;;;;; ;1721814..1722689;;CDS;;66;66;;;292; comp;1722756..1722826;;tgg;;51;51;;;; comp;1722878..1723252;;CDS;;;;;;125; ;;;;;;;;;; comp;1738209..1739033;;CDS;;183;183;;;275; comp;1739217..1739293;;atgi;+;24;;24;;; comp;1739318..1739394;;atgi;2 atgi;69;69;;;; comp;1739464..1739865;;CDS;;;;;;134; ;;;;;;;;;; >;1924596..1926158;;CDS;+;-41;*-41;;;*521; comp;1926118..1926206;;tta;2 tta;341;;*341;;; comp;1926548..1926633;;tta;@2;320;320;;;; <;1926954..1927025;;CDS;;;;;;24; ;;;;;;;;;; ;1928728..1929714;;CDS;;125;125;;;329; comp;1929840..1929925;;tta;;147;147;;;; comp;1930073..1930444;;CDS;;108;108;;;124; comp;1930553..1930638;;tta;;6;;6;;; comp;1930645..1930720;;ggc;;201;201;;;; comp;1930922..1933519;;CDS;;;;;;*866; ;;;;;;;;;; comp;1961822..1962571;;CDS;;128;128;;;250; ;1962700..1962775;;ttc;+;32;;32;;; ;1962808..1962883;;ttc;3 ttc;23;;23;;; ;1962907..1962982;;ttc;;97;97;;;; comp;1963080..1964066;;CDS;;;;;;329; ;;;;;;;;;; ;2082191..2082733;;CDS;;1103;*1103;;;181; ;2083837..2085360;;16s;;77;;;;1524; ;2085438..2085514;;atc;;88;;;88;; ;2085603..2085679;;gca;;150;;;;; ;2085830..2088713;;23s;;106;;;;2884; ;2088820..2088929;;5s;;156;156;;;110; ;2089086..2089943;;CDS;;;;;;286; ;;;;;;;;;; ;2147912..2148241;;CDS;;286;286;;;110; ;2148528..2148604;;cgt;+;49;;49;;; ;2148654..2148730;;cgt;2 cgt;69;69;;;; ;2148800..2149288;;CDS;;;;;;163; ;;;;;;;;;; comp;2207990..2208685;;CDS;;111;111;;;232; comp;2208797..2208872;;atgf;;106;106;;;; comp;2208979..2209605;;CDS;;147;147;;;209; comp;2209753..2209829;;atgj;;145;145;;;; ;2209975..2210361;;CDS;;;;;;129; ;;;;;;;;;; comp;2425634..2426896;;CDS;;299;299;;;421; comp;2427196..2427270;;cca;;353;353;;;; ;2427624..2428565;;CDS;;;;;;314; ;;;;;;;;;; comp;2434061..2435053;;CDS;;125;125;;;331; comp;2435179..2435252;;atgj;;366;366;;;; ;2435619..2436269;;CDS;;;;;;217; ;;;;;;;;;; ;2561350..2563341;;CDS;;1072;*1072;;;*664; ;2564414..2565937;;16s;;74;;;;1524; ;2566012..2566088;;atc;;90;;;90;; ;2566179..2566255;;gca;;118;;;;; ;2566374..2569256;;23s;;105;;;;2883; ;2569362..2569471;;5s;;279;279;;;110; ;2569751..2571682;;CDS;;;;;;*610; ;;;;;;;;;; comp;2676791..2678620;;CDS;;235;235;;;*610; comp;2678856..2678940;;tca;;497;*497;;;; ;2679438..2681390;;CDS;;;;;;*651; ;;;;;;;;;; comp;2977513..2977920;;CDS;;497;*497;;;136; comp;2978418..2978492;;gta;;61;61;;;; comp;2978554..2978928;;CDS;;;;;;125; ;;;;;;;;;; ;3228192..3228908;;CDS;;79;79;;;239; ;3228988..3229064;;cac;+;23;;23;;; ;3229088..3229164;;cac;4 cac;22;;22;;; ;3229187..3229263;;cac;;21;;21;;; ;3229285..3229361;;cac;;40;40;;;; comp;3229402..3230577;;CDS;;;;;;392; ;;;;;;;;;; comp;3394869..3395093;;CDS;;90;90;;;75; comp;3395184..3395268;;tca;;215;215;;;; comp;3395484..3396884;;CDS;;;;;;467; ;;;;;;;;;; ;3457542..3458360;;CDS;;150;150;;;273; ;3458511..3458594;;tac;+;49;;49;;; ;3458644..3458727;;tac;4 tac;48;;48;;; ;3458776..3458859;;tac;;41;;41;;; ;3458901..3458984;;tac;;309;309;;;; comp;3459294..3460415;;CDS;;;;;;374; ;;;;;;;;;; ;3951958..3953367;;CDS;;595;*595;;;470; ;3953963..3954039;;aga;+;80;;80;;; ;3954120..3954196;;aga;2 aga;36;36;;;; comp;3954233..3954712;;CDS;;;;;;160; ;;;;;;;;;; ;3975219..3976205;;CDS;;99;99;;;329; comp;3976305..3976379;;cca;+;36;;36;;; comp;3976416..3976493;;cca;2 cca;7;;7;;; comp;3976501..3976587;;agc;;965;*965;;;; ;3977553..3978161;;CDS;;;;;;203; </pre> ====myr cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_cumuls|myr cumuls]] <pre> myr cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;8;1;0;;1;1;1;;100;6;30;1 ;16 23 5s 0;0;20;4;;50;7;20;;200;25;60;0 ;16 atc gca;8;40;28;;100;21;40;;300;16;90;4 ;16 23 5s a;0;60;7;;150;18;60;;400;14;120;4 ;max a;2;80;1;;200;7;80;;500;9;150;10 ;a doubles;0;100;1;8;250;5;100;;600;1;180;8 ;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;5;210;6 ;total aas;16;140;0;;350;4;140;;800;0;240;6 sans ;opérons;34;160;1;;400;2;160;;900;1;270;3 ;1 aa;13;180;0;;450;0;180;;1000;0;300;5 ;max a;7;200;1;;500;2;200;;1100;2;330;6 ;a doubles;17;;5;;;9;;;;0;;26 ;total aas;85;;48;8;;82;;0;;79;;79 total aas;;101;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;74;88;;223;;;;302;; ;;;variance;120;0;;242;;;;209;; sans jaune;;;moyenne;33;;;144;;;;244;;189 ;;;variance;13;;;90;;;;122;;78 </pre> ====myr blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_blocs|myr blocs]] <pre> myr blocs;;;;;;; CDS;259;159;165;1079;CDS;158;155 5s;107;110;107;110;5s;105;110 23s;150;2884;118;2884;23s;150;2884 gca;88;;88;;gca;88; atc;75;;76;;atc;75; 16s;265;1524;264;1524;16s;266;1524 5s;103;110;106;110;5s;105;110 23s;150;2894;150;2894;23s;150;2894 gca;88;;88;;gca;88; atc;75;;77;;atc;77; 16s;687;1524;1070;1524;16s;77;1524 CDS;;396;;189;aac;90; ;;;;;CDS;;448 ;;;;;;; CDS;1103;181;1072;664;;; 16s;77;1524;74;1524;;; atc;88;;90;;;; gca;150;;118;;;; 23s;106;2884;105;2883;;; 5s;156;110;279;110;;; CDS;;286;;644;;; </pre> ====myr remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_remarques|myr remarques]] *code génétique de myr <pre> myr;;;;;;;101 atgi;2;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;3;tcc;;tac;5;tgc;1 atc;8;acc;1;aac;3;agc;2 ctc;1;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;3;ggc;1 tta;4;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;6;aaa;6;aga;3 cta;2;cca;4;caa;2;cga;1 gta;6;gca;8;gaa;6;gga;6 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2 atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====myr distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_distribution|myr distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2 cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total myr;;16;;;;;;;myr;11;;;;;;;;myr;57;;;;;; </pre> ====myr données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_données_intercalaires|myr données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;myr;fx;fc;myr;fx40;fc40;myr;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 1;0;0;5;13;0;5;13;-1;0;71;273;123;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;1;10;26;435;1;0;66;-2;0;0;208;280;688;;;30;;gta;52;;cgt ;2;20;12;251;2;5;78;-3;0;2;92;115;1071;;;30;;gta;**;;cgt ;0;30;21;130;3;5;61;-4;9;60;146;466;1104;;;30;;gta;22;;tgc 2;2;40;38;83;4;3;56;-5;0;0;144;73;1073;;;42;;gta;22;;tgc 2;0;50;50;69;5;1;29;-6;3;0;81;129;5s 16s;;;**;;gta;22;;tgc ;3;60;47;69;6;1;42;-7;0;10;209;332;266;;;31;;aga;22;;tgc 1;2;70;54;98;7;4;23;-8;0;34;32;113;265;;;7;;cca;**;;tgc 1;4;80;51;80;8;2;32;-9;0;0;40;40;267;;;**;;agc;26;;cac ;5;90;29;96;9;1;25;-10;0;3;75;95;23s 5s;;;90;;ctc;25;;cac 3;3;100;35;88;10;4;23;-11;2;28;16;183;2* 109;;;34;;aaa;24;;cac 1;2;110;22;73;11;1;41;-12;0;0;60;158;105;;;39;;aaa;**;;cac 2;1;120;32;67;12;2;46;-13;1;1;58;47;2* 108;;;48;;aaa;49;;tac 4;1;130;28;42;13;0;19;-14;0;22;93;104;3* 107;;;36;;aaa;51;;tac 1;0;140;22;49;14;1;27;-15;1;0;76;593;5s CDS;;;**;;aaa;44;;tac 1;5;150;28;51;15;2;16;-16;0;2;96;169;259;;;36;;aca;**;;tac 1;0;160;30;30;16;1;19;-17;1;15;544;132;165;;;41;;aca;83;;aga 1;0;170;26;32;17;1;24;-18;1;0;10;66;156;;;42;;aca;**;;aga ;0;180;21;33;18;2;19;-19;0;1;242;-38;279;;;41;;aca;39;;cca 1;1;190;22;29;19;1;21;-20;1;6;90;381;16s tRNA;;;**;;aca;10;;cca ;0;200;20;24;20;1;19;-21;0;0;88;125;3* 80;;atc;40;;gaa;**;;agc ;3;210;19;22;21;0;15;-22;0;0;85;128;81;;atc;37;;gaa;;; ;1;220;12;21;22;4;15;-23;0;7;635;100;3* 82;;atc;38;;gaa;;; ;0;230;17;17;23;0;15;-24;0;0;314;145;79;;atc;38;;gaa;;; ;1;240;19;20;24;0;18;-25;0;1;51;353;tRNA 23s;;;38;;gaa;;; ;1;250;16;15;25;0;14;-26;0;4;186;366;6*151;;gca;**;;gaa;;; ;0;260;14;16;26;2;10;-27;0;0;69;497;2* 119;;gca;20;;acc;;; ;0;270;17;22;27;5;9;-28;0;0;147;43;tRNA 16s;;;30;;tac;;; 1;1;280;9;8;28;4;12;-29;0;3;108;312;90;;aac;**;;aca;;; ;1;290;11;14;29;4;10;-30;0;0;201;39;tRNA tRNA;;intra;37;;gga;;; ;2;300;12;8;30;2;12;-31;0;0;286;99;7* 91;;atc gca;37;;gga;;; ;0;310;12;12;31;4;8;-32;0;1;72;965;93;;atc gca;37;;gga;;; 1;1;320;10;16;32;1;14;-33;0;0;114;;;;;37;;gga;;; ;0;330;10;11;33;3;5;-34;0;3;106;;;;;37;;gga;;; 1;0;340;5;7;34;5;9;-35;0;1;150;;;;;**;;gga;;; ;0;350;4;12;35;2;3;-36;0;0;299;;;;;221;;caa;;; 1;0;360;11;9;36;7;10;-37;0;0;125;;;;;**;;caa;;; 1;0;370;6;6;37;3;8;-38;0;2;235;;;;;373;;aac;;; ;0;380;2;7;38;2;7;-39;0;0;20;;;;;**;;aac;;; 1;0;390;3;5;39;5;13;-40;0;0;294;;;;;151;;gac;;; ;0;400;5;4;40;6;6;-41;0;2;497;;;;;202;;gac;;; 4;4;reste;146;180;reste;877;1362;-42;0;0;61;;;;;**;;gac;;; 32;47;total;979;2274;total;979;2274;-43;0;0;79;;;;;186;;cta;;; 27;43;diagr;828;2081;diagr;97;899;-44;0;1;90;;;;;**;;cta;;; 0;3; t30;59;816;;;;-45;0;0;215;;;;;24;;atgi;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;**;;atgi;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;341;;tta;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;**;;tta;;; ;x;974;20;5;999;;;-49;0;0;;;;;;9;;tta;;; ;c;2261;282;13;2556;;;-50;0;0;;;;;;**;;ggc;;; ;;;;;3555;199;;reste;1;0;;;;;;35;;ttc;;; ;;;;;;3754;;total;20;282;;;;;;26;;ttc;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;ttc;;; </pre> =====myr autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires_aas|myr autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;myr;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;151454;273;comp; ;tRNA;153050;208;comp;tca fin;CDS;153343;;comp; deb;CDS;171836;177;comp; ;regulatory;174323;162;; fin;CDS;174673;;comp; deb;CDS;211346;123;; ;tRNA;212456;30;comp;gta ;tRNA;212561;30;comp;gta ;tRNA;212666;30;comp;gta ;tRNA;212771;42;comp;gta ;tRNA;212888;92;comp;gta fin;CDS;213058;;comp; deb;CDS;294948;146;comp; ;tRNA;295481;31;comp;aga ;tRNA;295586;7;comp;cca ;tRNA;295668;280;comp;agc fin;CDS;296032;;; deb;CDS;327067;115;; ;tRNA;328169;466;comp;aaa deb;CDS;328708;73;; ;tRNA;328940;90;comp;ctc ;tRNA;329112;34;comp;aaa ;tRNA;329219;39;comp;aaa ;tRNA;329331;48;comp;aaa ;tRNA;329452;36;comp;aaa ;tRNA;329561;129;comp;aaa fin;CDS;329763;;; deb;CDS;353908;259;comp; ;rRNA;354644;109;comp;5s ;rRNA;354863;151;comp;23s ;tRNA;357898;91;comp;gca ;tRNA;358063;80;comp;atc ;rRNA;358217;266;comp;16s ;rRNA;360001;105;comp;5s ;rRNA;360216;151;comp;23s ;tRNA;363261;91;comp;gca ;tRNA;363426;80;comp;atc ;rRNA;363580;688;comp;16s fin;CDS;365786;;comp; deb;CDS;407344;144;comp; ;tRNA;408964;36;comp;aca ;tRNA;409074;41;comp;aca ;tRNA;409189;42;comp;aca ;tRNA;409305;41;comp;aca ;tRNA;409420;81;comp;aca fin;CDS;409575;;comp; deb;CDS;539601;209;comp; ;tRNA;542039;32;comp;other fin;CDS;542191;;comp; deb;CDS;550792;40;comp; ;tRNA;551084;40;comp;gaa ;tRNA;551196;37;comp;gaa ;tRNA;551305;38;comp;gaa ;tRNA;551415;38;comp;gaa ;tRNA;551525;38;comp;gaa ;tRNA;551635;75;comp;gaa fin;CDS;551782;;comp; deb;CDS;571079;165;comp; ;rRNA;574481;109;comp;5s ;rRNA;574700;119;comp;23s ;tRNA;577703;91;comp;gca ;tRNA;577868;81;comp;atc ;rRNA;578023;265;comp;16s ;rRNA;579806;108;comp;5s ;rRNA;580024;151;comp;23s ;tRNA;583069;91;comp;gca ;tRNA;583234;82;comp;atc ;rRNA;583390;1071;comp;16s fin;CDS;585979;;comp; deb;CDS;719558;16;comp; ;tRNA;719772;60;comp;tgg deb;CDS;719903;58;comp; ;tRNA;721149;20;comp;acc ;tRNA;721241;30;comp;tac ;tRNA;721352;93;comp;aca fin;CDS;721519;;comp; deb;CDS;781522;76;; ;tRNA;782255;96;;atgf fin;CDS;782424;;; deb;CDS;783008;332;comp; ;tRNA;783784;113;;atgf fin;CDS;783970;;comp; deb;CDS;814859;544;comp; ;tRNA;815826;10;comp;cga fin;CDS;815910;;comp; deb;CDS;868515;40;; ;tRNA;869308;37;comp;gga ;tRNA;869418;37;comp;gga ;tRNA;869528;37;comp;gga ;tRNA;869638;37;comp;gga ;tRNA;869748;37;comp;gga ;tRNA;869858;242;comp;gga fin;CDS;870173;;comp; deb;CDS;887776;96;; ;regulatory;888352;64;; fin;CDS;888516;;; deb;CDS;900643;77;comp; ;regulatory;902862;75;comp; fin;CDS;903026;;comp; deb;CDS;1010425;95;; ;tRNA;1011306;221;comp;caa ;tRNA;1011598;183;comp;caa fin;CDS;1011852;;; deb;CDS;1110980;158;comp; ;tRNA;1112080;47;;ttg fin;CDS;1112207;;comp; deb;CDS;1113809;158;; ;rRNA;1114432;107;comp;5s ;rRNA;1114649;151;comp;23s ;tRNA;1117684;91;comp;gca ;tRNA;1117849;80;comp;atc ;rRNA;1118003;267;comp;16s ;rRNA;1119788;107;comp;5s ;rRNA;1120005;151;comp;23s ;tRNA;1123050;91;comp;gca ;tRNA;1123215;82;comp;atc ;rRNA;1123371;1349;comp;16s ;tRNA;1126238;90;comp;aac fin;CDS;1126402;;comp; deb;CDS;1214932;104;; ;tRNA;1215720;88;comp;tgc fin;CDS;1215879;;comp; deb;CDS;1391184;85;; ;tRNA;1391911;373;;aac ;tRNA;1392358;593;;aac fin;CDS;1393025;;comp; deb;CDS;1597909;635;; ;tRNA;1598862;151;;gac ;tRNA;1599087;202;;gac ;tRNA;1599366;169;;gac fin;CDS;1599612;;comp; deb;CDS;1604664;112;comp; ;regulatory;1606846;57;comp; fin;CDS;1607085;;comp; deb;CDS;1643091;132;comp; ;tRNA;1644612;186;;cta ;tRNA;1644880;314;;cta fin;CDS;1645276;;; deb;CDS;1721814;66;; ;tRNA;1722756;51;comp;tgg fin;CDS;1722878;;comp; deb;CDS;1738209;186;comp; ;tRNA;1739220;24;comp;atgi ;tRNA;1739318;69;comp;atgi fin;CDS;1739464;;comp; deb;CDS;1924596;-38;; ;tRNA;1926121;341;comp;tta ;tRNA;1926548;381;comp;tta fin;CDS;1927015;;; deb;CDS;1928728;125;; ;tRNA;1929840;147;comp;tta deb;CDS;1930073;108;comp; ;tRNA;1930553;9;comp;tta ;tRNA;1930648;201;comp;ggc fin;CDS;1930922;;comp; deb;CDS;1961822;128;comp; ;tRNA;1962700;35;;ttc ;tRNA;1962808;26;;ttc ;tRNA;1962907;100;;ttc fin;CDS;1963080;;comp; deb;CDS;2082191;1104;; ;rRNA;2083838;82;;16s ;tRNA;2085438;91;;atc ;tRNA;2085603;151;;gca ;rRNA;2085828;108;;23s ;rRNA;2088820;156;;5s fin;CDS;2089086;;; deb;CDS;2147912;286;; ;tRNA;2148528;52;;cgt ;tRNA;2148654;72;;cgt fin;CDS;2148800;;; deb;CDS;2207990;114;comp; ;tRNA;2208800;106;comp;atgf deb;CDS;2208979;150;comp; ;tRNA;2209756;145;comp;atgj fin;CDS;2209975;;; deb;CDS;2224025;53;comp; ;ncRNA;2225644;58;comp; fin;CDS;2225810;;comp; deb;CDS;2302059;133;; ;regulatory;2303686;199;; fin;CDS;2304079;;; deb;CDS;2425634;299;comp; ;tRNA;2427196;353;comp;cca fin;CDS;2427624;;; deb;CDS;2434061;125;comp; ;tRNA;2435179;366;comp;atgj fin;CDS;2435619;;; deb;CDS;2505104;88;comp; ;ncRNA;2506290;93;; fin;CDS;2506482;;comp; deb;CDS;2561350;1073;; ;rRNA;2564415;79;;16s ;tRNA;2566012;93;;atc ;tRNA;2566179;119;;gca ;rRNA;2566372;107;;23s ;rRNA;2569362;279;;5s fin;CDS;2569751;;; deb;CDS;2640485;167;comp; ;regulatory;2641078;541;comp; fin;CDS;2641765;;; deb;CDS;2676791;235;comp; ;tRNA;2678856;497;comp;tca fin;CDS;2679438;;; deb;CDS;2729998;20;; ;tRNA;2731143;22;;tgc ;tRNA;2731236;22;;tgc ;tRNA;2731329;22;;tgc ;tRNA;2731422;22;;tgc ;tRNA;2731515;294;;tgc fin;CDS;2731880;;; deb;CDS;2977513;497;comp; ;tRNA;2978418;61;comp;gta fin;CDS;2978554;;comp; deb;CDS;3228192;79;; ;tRNA;3228988;26;;cac ;tRNA;3229088;25;;cac ;tRNA;3229187;24;;cac ;tRNA;3229285;43;;cac fin;CDS;3229402;;comp; deb;CDS;3299472;99;; ;tmRNA;3300558;220;comp; fin;CDS;3301177;;; deb;CDS;3394869;90;comp; ;tRNA;3395184;215;comp;tca fin;CDS;3395484;;comp; deb;CDS;3457542;150;; ;tRNA;3458511;49;;tac ;tRNA;3458644;51;;tac ;tRNA;3458776;44;;tac ;tRNA;3458901;312;;tac fin;CDS;3459294;;comp; deb;CDS;3475368;61;comp; ;regulatory;3476731;337;comp; fin;CDS;3477177;;; deb;CDS;3488568;61;comp; ;regulatory;3489832;337;comp; fin;CDS;3490278;;; deb;CDS;3951958;595;; ;tRNA;3953963;83;;aga ;tRNA;3954120;39;;aga fin;CDS;3954233;;comp; deb;CDS;3975219;99;; ;tRNA;3976305;39;comp;cca ;tRNA;3976419;10;comp;cca ;tRNA;3976504;965;comp;agc fin;CDS;3977553;;; deb;CDS;4054689;76;; ;ncRNA;4055338;275;comp; fin;CDS;4055928;;; </pre> ====myr intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_entre_cds|myr intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> myr;2.2.21 Paris;;Myr 18.1.21;;;;;;;;; myr;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>fréquencez ;'''négatif;302;8.5;'''négatif ;-9;10;-1 à -68;'''4 155 464;-1;302;610;6 ;'''zéro;18;0.5;;;;;'''intercals;0;18;620;2 ;'''1 à 200;2443;68.7;'''0 à 200;67;56;;'''507 186;5;304;630;6 ;'''201 à 370;440;12.4;'''201 à 370;271;47;;'''12.2%;10;157;640;4 ;'''371 à 600;202;5.7;'''371 à 600;470;61;;;15;155;650;2 ;'''601 à max;150;4.2;'''601 à 1353;802;166;;;20;108;660;8 ;'''total 3555;<201;77.7;'''total 3549;139;188;-68 à 1353;;25;81;670;5 adresse;intercalx;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>eréquence-1;30;70;680;3 1253774;2764;-1;302;-70;0;;0;18;35;54;690;3 4076145;2069;0;18;-60;1;;-1;°71;40;67;700;2 3818684;1978;1;66;-50;0;;-2;0;45;52;710;10 3657182;1824;2;°83;-40;5;;-3;2;50;67;720;4 4012754;1661;3;66;-30;7;'''min à -1;-4;°69;55;67;730;2 3629577;1544;4;59;-20;22;302;-5;0;60;49;740;10 2952529;1353;5;30;-10;78;8.5%;-6;3;65;78;750;2 3023352;1312;6;°43;0;207;;-7;10;70;74;760;6 3091776;1283;7;27;10;461;;-8;°34;75;64;770;4 3063256;1274;8;34;20;263;;-9;0;80;67;780;5 792903;1218;9;26;30;151;;-10;3;85;56;790;4 128855;1210;10;27;40;121;'''1 à 100;-11;°30;90;69;800;5 1814854;1180;11;42;50;119;1762;-12;0;95;73;810;3 2893024;1157;12;°48;60;116;49.6%;-13;2;100;50;820;2 3791894;1149;13;19;70;152;;-14;°22;105;50;830;2 1764716;1121;14;28;80;131;;-15;1;110;45;840;3 3858117;1092;15;18;90;125;;-16;2;115;55;850;1 2631119;1079;16;20;100;123;;-17;°16;120;44;860;1 3204160;1074;17;°25;110;95;;-18;1;125;38;870;0 3970791;1045;18;21;120;99;;-19;1;130;32;880;1 638891;1022;19;22;130;70;;-20;°7;135;37;890;3 3392036;1020;20;20;140;71;;-21;0;140;34;900;1 3864400;1007;21;15;150;79;;-22;0;145;40;910;3 1410445;1003;22;°19;160;60;;-23;°7;150;39;920;2 3966467;1001;23;15;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;2 180046;997;24;18;180;54;2443;-25;1;160;24;940;1 226066;997;25;°14;190;51;69%;-26;°4;165;38;950;0 102898;986;26;12;200;44;;-27;0;170;20;960;2 1232294;981;27;14;210;41;;-28;0;175;25;970;0 66244;978;28;°16;220;33;;-29;°3;180;29;980;1 1851963;956;29;14;230;34;;-30;0;185;24;990;2 2836755;953;30;14;240;39;;-31;0;190;27;1000;2 3339204;937;31;12;250;31;;-32;1;195;23;1010;3 485591;928;32;°15;260;30;;;308;200;21;1020;1 1163082;925;33;8;270;39;;reste;12;205;21;1030;1 2704567;918;34;14;280;17;;total;320;210;20;1040;0 1624776;912;35;5;290;25;;;;215;19;1050;1 1989125;909;36;°17;300;20;;intercal;<u>fréquencef;220;14;1060;0 2763942;909;37;11;310;24;;600;3405;225;17;1070;0 3941959;907;38;9;320;26;;650;20;230;17;1080;2 3569216;896;39;°18;330;21;;700;21;235;16;1090;0 3279840;890;40;12;340;12;'''201 à 370;750;28;240;23;1100;1 3713046;890;reste;2239;350;16;440;800;24;245;16;1110;0 1258251;888;total;3555;360;20;12%;850;11;250;15;1120;0 3954233;874;;;370;12;;900;6;255;14;1130;1 248335;860;;;380;9;;950;8;260;16;1140;0 ;;;;390;8;;1000;7;265;17;1150;1 ;;;;400;9;;1050;6;270;22;1160;1 adresse;intercaln;décalage;long;410;15;;1100;3;275;14;1170;0 849554;-68;comp;;420;12;;1150;2;280;3;1180;1 3465496;-47;shift2;473;430;11;;1200;2;285;14;1190;0 3335648;-46;shift2;705;440;9;;1250;2;290;11;1200;0 1686663;-44;shift2;464;450;18;;1300;2;295;11;reste;12 626279;-41;;;460;9;;1350;1;300;9;total;150 3285379;-41;;;470;14;;1400;1;305;18;; 569581;-38;;;480;10;;1450;0;310;6;; 3645168;-38;;;490;11;;1500;0;315;11;; 3007311;-35;;;500;5;;1550;1;320;15;; 890595;-34;;;510;9;;1600;0;325;10;; 1138331;-34;;;520;5;;1650;0;330;11;; 1639425;-34;;;530;9;;1700;1;335;4;; 1509236;-32;;;540;3;'''371 à 600;;146;340;8;; 2356195;-29;;;550;7;202;;;345;11;; 2927121;-29;;;560;6;5.7%;;;350;5;; 3218460;-29;;;570;7;;;;355;11;; 74410;-26;;;580;4;'''601 à max;;;360;9;; 1241101;-26;;;590;6;150;;;365;6;; 1964711;-26;;;600;6;4.2%;;;370;6;; 3675717;-26;;;reste;150;;reste;4;reste;352;; 424302;-25;;;total;3555;;toal;3555;toal;3555;; </pre> ====myr intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> myr. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; myr;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;33;-213;270;32;708;215;max70;&-94;717;-1739;143;742;254;min50 31 à 400;;;;;;;;&7.8;-12;-192;52;897;51;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-7;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;112;48;-;640;poly;68;tm;&215;69;;452;poly;290;SF 31 à 400;;;;;;;;&117;42;-;811;poly;86;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.078;;;;; 41-n;0.872;0.649;0.764;;;;;;;;;;;; 1-n;0.323;-0.143;0.041;;;;;;;;;;14.8.21 paris;; myr;fx;fc;;myr;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;myr;Sx-;Sc- 0;5;13;;0;6;6;;0;5;13;>0;974;-1;0;71 10;26;435;;10;31;209;;1;0;66;<0;20;-2;0;0 20;12;251;;20;14;121;;2;5;78;zéro;5;-3;0;2 30;21;130;;30;25;62;;3;5;61;total;999;-4;9;60 40;38;83;;40;46;40;;4;3;56;;c;-5;0;0 50;50;69;;50;60;33;;5;1;29;>0;2261;-6;3;0 60;47;69;;60;57;33;;6;1;42;<0;282;-7;0;10 70;54;98;;70;65;47;;7;4;23;zéro;13;-8;0;34 80;51;80;;80;62;38;;8;2;32;total;2556;-9;0;0 90;29;96;;90;35;46;;9;1;25;;;-10;0;3 100;35;88;;100;42;42;;10;4;23;;;-11;2;28 110;22;73;;110;27;35;;11;1;41;;;-12;0;0 120;32;67;;120;39;32;;12;2;46;;;-13;1;1 130;28;42;;130;34;20;;13;0;19;;;-14;0;22 140;22;49;;140;27;24;;14;1;27;;;-15;1;0 150;28;51;;150;34;25;;15;2;16;;;-16;0;2 160;30;30;;160;36;14;;16;1;19;;;-17;1;15 170;26;32;;170;31;15;;17;1;24;;;-18;1;0 180;21;33;;180;25;16;;18;2;19;;;-19;0;1 190;22;29;;190;27;14;;19;1;21;;;-20;1;6 200;20;24;;200;24;12;;20;1;19;;;-21;0;0 210;19;22;;210;23;11;;21;0;15;;;-22;0;0 220;12;21;;220;14;10;;22;4;15;;;-23;0;7 230;17;17;;230;21;8;;23;0;15;;;-24;0;0 240;19;20;;240;23;10;;24;0;18;;;-25;0;1 250;16;15;;250;19;7;;25;0;14;;;-26;0;4 260;14;16;;260;17;8;;26;2;10;;;-27;0;0 270;17;22;;270;21;11;;27;5;9;;;-28;0;0 280;9;8;;280;11;4;;28;4;12;;;-29;0;3 290;11;14;;290;13;7;;29;4;10;;;-30;0;0 300;12;8;;300;14;4;;30;2;12;;;-31;0;0 310;12;12;;310;14;6;;31;4;8;;;-32;0;1 320;10;16;;320;12;8;;32;1;14;;;-33;0;0 330;10;11;;330;12;5;;33;3;5;;;-34;0;3 340;5;7;;340;6;3;;34;5;9;;;-35;0;1 350;4;12;;350;5;6;;35;2;3;;;-36;0;0 360;11;9;;360;13;4;;36;7;10;;;-37;0;0 370;6;6;;370;7;3;;37;3;8;;;-38;0;2 380;2;7;;380;2;3;;38;2;7;;;-39;0;0 390;3;5;;390;4;2;;39;5;13;;;-40;0;0 400;5;4;;400;6;2;;40;6;6;;;-41;0;2 reste;146;180;;;;;;reste;877;1362;;;-42;0;0 total;979;2274;;t30;71;392;;total;979;2274;;;-43;0;0 diagr;828;2081;;t60;234;498;;diagr;97;899;;;-44;0;1 - t30;769;1265;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;634;1044;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;1;0 ;;;;;;;;;;;;;total;20;282 </pre> ====myr intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_négatifs_S-|myr intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;9;;3;;;;;2;;1;;1;;1;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;20 continu;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;9;0;3;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;20 ;Sc-;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282 </pre> ====myr autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires|myr autres intercalaires]] <pre> myr1 ;adresse1;;;;;myr2 ;adresse2;;;;;myr3;adresse3;;; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;151454;273;comp;;deb;°CDS;814859;544;comp;;deb;°CDS;2147912;286; ;&tRNA;153050;208;comp;;;&tRNA;815826;10;comp;;;&tRNA;2148528;52; fin;°CDS;153343;;comp;;fin;°CDS;815910;;comp;;;&tRNA;2148654;72; deb;°CDS;171836;177;comp;;deb;°CDS;868515;40;;;fin;°CDS;2148800;; ;regulatory;174323;162;;;;&tRNA;869308;37;comp;;deb;°CDS;2207990;114;comp fin;°CDS;174673;;comp;;;&tRNA;869418;37;comp;;;&tRNA;2208800;106;comp deb;°CDS;211346;123;;;;&tRNA;869528;37;comp;;deb;°CDS;2208979;150;comp ;&tRNA;212456;30;comp;;;&tRNA;869638;37;comp;;;&tRNA;2209756;145;comp ;&tRNA;212561;30;comp;;;&tRNA;869748;37;comp;;fin;°CDS;2209975;; ;&tRNA;212666;30;comp;;;&tRNA;869858;242;comp;;deb;°CDS;2224025;53;comp ;&tRNA;212771;42;comp;;fin;°CDS;870173;;comp;;;ncRNA;2225644;58;comp ;&tRNA;212888;92;comp;;deb;°CDS;887776;96;;;fin;°CDS;2225810;;comp fin;°CDS;213058;;comp;;;regulatory;888352;64;;;deb;°CDS;2302059;133; deb;°CDS;294948;146;comp;;fin;°CDS;888516;;;;;regulatory;2303686;199; ;&tRNA;295481;31;comp;;deb;°CDS;900643;77;comp;;fin;°CDS;2304079;; ;&tRNA;295586;7;comp;;;regulatory;902862;75;comp;;deb;°CDS;2425634;299;comp ;&tRNA;295668;280;comp;;fin;°CDS;903026;;comp;;;&tRNA;2427196;353;comp fin;°CDS;296032;;;;deb;°CDS;1010425;95;;;fin;°CDS;2427624;; deb;°CDS;327067;115;;;;&tRNA;1011306;221;comp;;deb;°CDS;2434061;125;comp ;&tRNA;328169;466;comp;;;&tRNA;1011598;183;comp;;;&tRNA;2435179;366;comp deb;°CDS;328708;73;;;fin;°CDS;1011852;;;;fin;°CDS;2435619;; ;&tRNA;328940;90;comp;;deb;°CDS;1110980;158;comp;;deb;°CDS;2505104;88;comp ;&tRNA;329112;34;comp;;;&tRNA;1112080;47;;;;ncRNA;2506290;93; ;&tRNA;329219;39;comp;;fin;°CDS;1112207;;comp;;fin;°CDS;2506482;;comp ;&tRNA;329331;48;comp;;deb;°CDS;1113809;158;;;deb;°CDS;2561350;1073; ;&tRNA;329452;36;comp;;;$rRNA;1114432;107;comp;;;$rRNA;2564415;79; ;&tRNA;329561;129;comp;;;$rRNA;1114649;151;comp;;;&tRNA;2566012;93; fin;°CDS;329763;;;;;&tRNA;1117684;91;comp;;;&tRNA;2566179;119; deb;°CDS;353908;259;comp;;;&tRNA;1117849;80;comp;;;$rRNA;2566372;107; ;$rRNA;354644;109;comp;;;$rRNA;1118003;267;comp;;;$rRNA;2569362;279; ;$rRNA;354863;151;comp;;;$rRNA;1119788;107;comp;;fin;°CDS;2569751;; ;&tRNA;357898;91;comp;;;$rRNA;1120005;151;comp;;deb;°CDS;2640485;167;comp ;&tRNA;358063;80;comp;;;&tRNA;1123050;91;comp;;;regulatory;2641078;541;comp ;$rRNA;358217;266;comp;;;&tRNA;1123215;82;comp;;fin;°CDS;2641765;; 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fin;°CDS;542191;;comp;;deb;°CDS;1604664;112;comp;;;&tRNA;3229088;25; deb;°CDS;550792;40;comp;;;regulatory;1606846;57;comp;;;&tRNA;3229187;24; ;&tRNA;551084;40;comp;;fin;°CDS;1607085;;comp;;;&tRNA;3229285;43; ;&tRNA;551196;37;comp;;deb;°CDS;1643091;132;comp;;fin;°CDS;3229402;;comp ;&tRNA;551305;38;comp;;;&tRNA;1644612;186;;;deb;°CDS;3299472;99; ;&tRNA;551415;38;comp;;;&tRNA;1644880;314;;;;tmRNA;3300558;220;comp ;&tRNA;551525;38;comp;;fin;°CDS;1645276;;;;fin;°CDS;3301177;; ;&tRNA;551635;75;comp;;deb;°CDS;1721814;66;;;deb;°CDS;3394869;90;comp fin;°CDS;551782;;comp;;;&tRNA;1722756;51;comp;;;&tRNA;3395184;215;comp deb;°CDS;571079;165;comp;;fin;°CDS;1722878;;comp;;fin;°CDS;3395484;;comp ;$rRNA;574481;109;comp;;deb;°CDS;1738209;186;comp;;deb;°CDS;3457542;150; ;$rRNA;574700;119;comp;;;&tRNA;1739220;24;comp;;;&tRNA;3458511;49; ;&tRNA;577703;91;comp;;;&tRNA;1739318;69;comp;;;&tRNA;3458644;51; ;&tRNA;577868;81;comp;;fin;°CDS;1739464;;comp;;;&tRNA;3458776;44; ;$rRNA;578023;265;comp;;deb;°CDS;1924596;-38;;;;&tRNA;3458901;312; 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deb;°CDS;783008;332;comp;;;&tRNA;2085438;91;;;deb;°CDS;4054689;76; ;&tRNA;783784;113;;;;&tRNA;2085603;151;;;;ncRNA;4055338;275;comp fin;°CDS;783970;;comp;;;$rRNA;2085828;108;;;fin;°CDS;4055928;; ;;;;;;;$rRNA;2088820;156;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;2089086;;;;;;;; </pre> ====myr intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_tRNA|myr intercalaires tRNA]] <pre> myr intercalaires tRNA;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;;;; ;;;;;;;deb;fin;continu;cumuls ;;;273;;208;;;;; ;30*3 42;comp’;123;;92;;16;10;'''deb; ;31 7;;146;comp’;280;;20;32;<201;18 ;;comp’;115;comp’;466;;40;51;total;26 ;90 34 39 48 36;comp’;73;comp’;129;;54;60;%;69% ;36 41 42 41;;144;;81;;58;61;; ;;;209;;32;;76;69;'''fin; ;40 37 38*3;;40;;75;;79;72;<201;15 ;;;16;;60;;85;75;total;22 ;20 30;;58;;93;;90;81;%;68% ;;;76;;96;;90;88;; ;;comp’;332;comp’;113;;108;92;'''total; ;;;54;;10;;114;93;<201;33 ;37*5;comp’;40;;242;;125;96;total;48 ;221;comp’;95;comp’;183;;144;106;%;69% ;;comp’;158;comp’;47;;146;147;; ;;;;comp’;90;;150;201;; ;;comp’;104;;88;;150;208;; ;373;;85;comp’;593;;186;215;; ;151 202;;635;comp’;169;;209;220;; ;186;comp’;132;;314;;235;242;; ;;comp’;66;;51;;273;294;; ;24;;186;;69;;286;314;; ;341;comp’;-38;comp’;381;;299;-;; ;;comp’;125;;147;;497;-;; ;9;;108;;201;;595;-;; ;35 26;comp’;128;comp’;100;;635;-;'''comp’;'''cumuls ;52;;286;;72;;'''-38;39;'''deb; ;;;114;;106;;40;43;<201;12 ;;;150;comp’;145;;66;47;total;13 ;;;299;comp’;353;;73;90;%;92% ;;;125;comp’;366;;95;100;; ;;;235;comp’;497;;104;113;'''fin; ;22*4;;20;;294;;115;129;<201;10 ;;;497;;61;;123;145;total;18 ;26 25 24;;79;comp’;43;;125;169;%;56% ;;;90;;220;;128;183;; ;;;90;;215;;132;280;'''total; ;49 51 44;;150;comp’;312;;158;312;<201;22 ;83;;595;comp’;39;;332;353;total;31 ;;;;;;;_;366;%;71% ;;;;;;;_;381;; ;;;;;;;_;466;; ;;;;;;;_;497;; ;;;;;;;_;593;; ;;deb;fin;total;;;;;; ;<201;30;25;55;;;;;; ;total;39;40;79;;;;;; ;taux;77%;63%;70%;;;;;; </pre> ===fps=== ====fps opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_opérons|fps opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Flav_psyc_JIP02_86/flavPsyc-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009613.3;fps;;genome;;;;;;;; 32.4%GC;14.8.19 Paris;16s 6;49;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Flavobacterium psychrophilum JIP02/86;;;;;;;;;;; ;3517..4200;;CDS;;43;43;;;228;; comp;4244..4317;;tgc;;104;104;;;;; comp;4422..4781;;CDS;;;;;;120;; ;;;;;;;;;;; ;113561..114154;;CDS;;107;107;;;198;; comp;114262..114335;;aac;;147;147;;;;; comp;114483..115817;;CDS;;;;;;445;; ;;;;;;;;;;; comp;190346..191287;;CDS;;175;175;;;314;; ;191463..191545;;ttg;@1;290;;*290;;;; comp;191836..191920;;cta;;132;132;;;;; ;192053..193441;;CDS;;;;;;463;; ;;;;;;;;;;; comp;295744..295950;;CDS;;179;179;;;69;; comp;296130..296203;;atgi;;86;86;;;;; comp;296290..296694;;CDS;;;;;;135;; ;;;;;;;;;;; comp;318122..319414;;CDS;;896;*896;;;431;; comp;320311..320387;;gac;;86;86;;;;; comp;320474..321400;;CDS;;;;;;309;; ;;;;;;;;;;; comp;371118..374348;;CDS;;154;154;;;1077;; ;374503..374576;;caa;;47;47;;;;; comp;374624..375631;;CDS;;;;;;336;; ;;;;;;;;;;; comp;464114..466717;;CDS;;125;125;;;868;; 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;;;;;;;;;;; ;852715..853170;;CDS;;128;128;;;152;; comp;853299..853375;;cac;;75;75;;;;; comp;853451..854167;;CDS;;;;;;239;; ;;;;;;;;;;; ;897041..897184;;CDS;;75;75;;;48;; ;897260..897336;;cgt;;46;46;;;;; ;897383..897955;;CDS;;;;;;191;; ;;;;;;;;;;; comp;982868..984043;;CDS;;254;254;;;392;; ;984298..984384;;agc;;15;;15;;;; ;984400..984477;;cca;;30;;30;;;; ;984508..984584;;aga;;93;93;;;;; ;984678..985880;;CDS;;;;;;401;; ;;;;;;;;;;; comp;1110660..1112606;;CDS;;1082;*1082;;;649;; ;1113689..1115188;;16s;;110;;;;1500;; ;1115299..1115375;;atc;;158;;;158;;; ;1115534..1115610;;gca;;213;;;;;; ;1115824..1118708;;23s;;156;;;;2885;; ;1118865..1118970;;5s;;282;282;;;106;; comp;1119253..1120218;;CDS;;;;;;322;; ;;;;;;;;;;; comp;1123344..1124324;;CDS;;-981;*-981;;;327;; comp;1123344..1124324;;rpr;@2;191;191;;;981;; comp;1124516..1124698;;rpr;;20;20;;;183;; comp;1124719..1124862;;rpr;;289;289;;;144;; comp;1125152..1125229;;gta;;82;82;;;;; comp;1125312..1125686;;CDS;;;;;;125;; ;;;;;;;;;;; ;1285199..1285477;;CDS;;148;148;;;93;; ;1285626..1285710;;tac;;473;*473;;;;; ;1286184..1286810;;CDS;;;;;;209;; ;;;;;;;;;;; ;1309373..1310833;;CDS;;1079;*1079;;;487;; comp;1311913..1312018;;5s;;156;;;;106;; comp;1312175..1315059;;23s;;213;;;;2885;; comp;1315273..1315349;;gca;;158;;;158;;; comp;1315508..1315584;;atc;;110;;;;;; comp;1315695..1317194;;16s;;1276;*1276;;;1500;; ;1318471..1319160;;CDS;;;;;;230;; ;;;;;;;;;;; comp;1395138..1395728;;CDS;;73;73;;;197;; comp;1395802..1396536;;rpr;;93;93;;;735;; comp;1396630..1397052;;rpr;;248;248;;;423;; comp;1397301..1397388;;tca;;135;135;;;;; comp;1397524..1398660;;CDS;;;;;;379;; ;;;;;;;;;;; comp;1622342..1622755;;CDS;;100;100;;;138;; comp;1622856..1622929;;aca;;79;79;;;;; comp;1623009..1623275;;CDS;;;;;;89;; ;;;;;;;;;;; comp;1815453..1816334;;CDS;;239;239;;;294;; ;1816574..1816649;;atgf;+;31;;31;;;; ;1816681..1816756;;atgf;2 atgf;591;*591;;;;; ;1817348..1817794;;CDS;;;;;;149;; ;;;;;;;;;;; ;1859580..1860149;;CDS;;305;305;;;190;; comp;1860455..1860531;;atgj;;143;143;;;;; ;1860675..1861067;;CDS;;;;;;131;; ;;;;;;;;;;; comp;1904719..1905537;;CDS;;26;26;;;273;; comp;1905564..1905637;;cga;;70;70;;;;; comp;1905708..1906157;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; ;1995546..1996253;;CDS;;35;35;;;236;; comp;1996289..1996361;;gga;;281;281;;;;; ;1996643..1997074;;CDS;;;;;;144;; ;;;;;;;;;;; ;2088032..2088418;;CDS;;105;105;;;129;; ;2088524..2089369;;rpr;;116;;;;846;; comp;2089486..2089591;;5s;;156;;;;106;; comp;2089748..2092632;;23s;;213;;;;2885;; comp;2092846..2092922;;gca;;158;;;158;;; comp;2093081..2093157;;atc;;110;;;;;; comp;2093268..2094767;;16s;;1570;*1570;;;1500;; comp;2096338..2099241;;CDS;;;;;;968;; ;;;;;;;;;;; ;2182840..2185440;;CDS;;138;138;;;867;; ;2185579..2185654;;ggc;;40;;40;;;; ;2185695..2185782;;tta;;93;93;;;;; comp;2185876..2190132;;CDS;;;;;;1419;; ;;;;;;;;;;; comp;2295987..2296184;;CDS;;14;14;;;66;; comp;2296199..2296272;;tgg;;61;61;;;;; comp;2296334..2297521;;CDS;;55;55;;;396;; comp;2297577..2297651;;acc;;83;;*83;;;; comp;2297735..2297818;;tac;;138;;*138;;;; comp;2297957..2298033;;aca;;90;90;;;;; comp;2298124..2298426;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; ;2506720..2507055;;CDS;;288;288;;;112;; comp;2507344..2507449;;5s;;156;;;;106;; comp;2507606..2510490;;23s;;213;;;;2885;; comp;2510704..2510780;;gca;;158;;;158;;; comp;2510939..2511015;;atc;;110;;;;;; comp;2511126..2512625;;16s;;1010;*1010;;;1500;; comp;2513636..2514889;;CDS;;;;;;418;; ;;;;;;;;;;; ;2632307..2633335;;CDS;;53;53;;;343;; ;2633389..2633476;;tcc;;246;246;;;;; ;2633723..2634982;;CDS;;;;;;420;; ;;;;;;;;;;; comp;2752993..2753322;;CDS;;64;64;;;110;; ;2753387..2753463;;gcc;;105;105;;;;; comp;2753569..2757033;;CDS;;;;;;1155;; ;;;;;;;;;;; comp;2800796..2801521;;CDS;;98;98;;;242;; ;2801620..2801695;;ttc;;299;299;;;;; comp;2801995..2802723;;gene;@3;406;*406;;;243;; comp;2803130..2803444;;CDS;;;;;;105;; </pre> ====fps cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_cumuls|fps cumuls]] <pre> fps cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;6;1;0;;1;1;1;;100;6;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;1;;50;7;20;;200;19;60;1 ;16 atc gca;6;40;6;;100;20;40;;300;12;90;4 ;16 23 5s a;0;60;0;;150;13;60;;400;10;120;6 ;max a;2;80;0;;200;6;80;;500;10;150;8 ;a doubles;0;100;1;;250;5;100;;600;1;180;2 ;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;1;210;5 ;total aas;12;140;1;;350;2;140;;800;0;240;5 sans ;opérons;26;160;0;6;400;0;160;;900;2;270;4 ;1 aa;19;180;0;;450;1;180;;1000;1;300;2 ;max a;3;200;0;;500;1;200;;1100;1;330;4 ;a doubles;3;;1;;;10;;;;2;;24 ;total aas;37;;10;6;;72;;0;;65;;65 total aas;;49;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;72;158;;257;;;;333;; ;;;variance;85;0;;374;;;;276;; sans jaune;;;moyenne;30;;;135;;;;246;;181 ;;;variance;9;;;82;;;;126;;78 </pre> ====fps blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_blocs|fps blocs]] <pre> fps blocs;;;;;; CDS;1042;226;1149;84;1082;649 16s;110;1500;110;1500;110;1500 atc;158;;158;;158; gca;213;;213;;213; 23s;156;2885;156;2885;156;2885 5s;204;106;931;106;282;106 CDS;;251;;599;;322 ;;;;;; ;;;105;129;; CDS;1079;487;116;846;288;112 5s;156;106;156;106;156;106 23s;213;2885;213;2885;213;2885 gca;158;;158;;158; atc;110;;110;;110; 16s;1276;1500;1570;1500;1010;1500 CDS;;230;;968;;418 </pre> ====fps remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_remarques|fps remarques]] *code génétique fps <pre> fps;;;;;;;49 atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;6;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;6;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====fps données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_données_intercalaires|fps données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;fps;fx;fc;fps;fx40;fc40;fps;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;7;12;0;7;12;-1;0;60;104;46;16s tRNA;; ;0;10;18;323;1;0;60;-2;1;0;147;107;6* 105;;atc ;1;20;9;108;2;5;50;-3;0;0;86;175;tRNA 23s;; ;1;30;17;53;3;2;38;-4;22;46;899;132;6* 214;;gca 1;0;40;13;77;4;0;29;-5;0;0;86;133;tRNA tRNA;;intra 2;1;50;11;76;5;1;33;-6;2;0;128;151;6* 161;;atc gca ;2;60;23;65;6;2;31;-7;0;3;91;50;tRNA tRNA;; 1;2;70;16;67;7;2;17;-8;0;28;165;163;-;296;ttg ;3;80;25;79;8;2;16;-9;3;0;81;312;**;;cta ;5;90;24;72;9;1;18;-10;0;3;75;128;43;;ctc 2;2;100;32;56;10;3;31;-11;2;17;75;210;26;;aaa 2;1;110;29;50;11;2;14;-12;2;0;49;131;**;;aaa ;0;120;14;46;12;3;14;-13;1;3;96;254;31;;gaa 1;1;130;19;31;13;0;11;-14;1;14;456;239;**;;gaa 3;2;140;13;28;14;1;11;-15;0;0;82;308;15;;agc 1;2;150;15;35;15;1;15;-16;0;1;148;143;33;;cca 1;0;160;16;37;16;0;6;-17;1;10;476;35;**;;aga 1;1;170;20;34;17;0;14;-18;1;0;248;281;34;;atgf 1;0;180;13;23;18;1;7;-19;1;2;135;96;**;;atgf ;0;190;13;25;19;1;5;-20;1;3;259;64;43;;ggc ;0;200;13;13;20;0;11;-21;0;0;79;108;**;;tta 1;0;210;7;19;21;2;4;-22;0;0;594;98;86;;acc ;0;220;6;12;22;6;8;-23;0;4;26;302;141;;tac ;0;230;12;19;23;0;5;-24;0;0;70;;**;;aca 1;0;240;5;17;24;1;9;-25;0;0;138;;;; ;2;250;8;17;25;2;3;-26;0;4;17;;;; 1;1;260;7;9;26;2;9;-27;1;0;61;;;; ;0;270;5;14;27;0;4;-28;0;1;58;;;; ;0;280;6;14;28;0;2;-29;1;1;90;;;; 1;0;290;6;12;29;1;2;-30;1;0;53;;;; ;0;300;10;13;30;3;7;-31;0;1;249;;;; 2;0;310;8;12;31;1;10;-32;0;1;CDS 16s;;;; 1;0;320;9;10;32;0;11;-33;0;0;1035;1075;;; ;0;330;10;12;33;0;9;-34;1;0;1142;1269;;; ;0;340;5;10;34;2;5;-35;0;2;1563;;;; ;0;350;4;5;35;1;5;-36;0;0;1003;;;; ;0;360;1;7;36;4;6;-37;0;0;23s 5s;;;; ;0;370;3;3;37;0;1;-38;0;0;6* 154;;;; ;0;380;5;4;38;3;5;-39;0;0;5s CDS;;;; ;0;390;5;3;39;0;8;-40;0;1;202;268;;; ;0;400;3;2;40;2;17;-41;0;0;;280;;; ;4;reste;74;101;reste;495;1052;-42;0;0;;268;;; 23;31;total;559;1625;total;559;1625;-43;0;0;;114;;; 23;27;diagr;478;1512;diagr;57;561;-44;0;0;;286;;; 0;2; t30;44;484;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;552;42;7;601;;;-49;0;0;;;;; ;c;1613;209;12;1834;;;-50;0;1;;;;; ;;;;;2435;115;;reste;0;3;;;;; ;;;;;;2550;;total;42;209;;;;; </pre> =====fps autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_autres_intercalaires_aas|fps autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;fps;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;3517;4200;46;*; ;comp;tRNA;4247;4317;104;*;tga fin;comp;CDS;4422;4781;;0; deb;;CDS;113561;114154;107;*; ;comp;tRNA;114262;114335;147;*;aac fin;comp;CDS;114483;115817;;; deb;comp;CDS;190346;191287;175;*; ;;tRNA;191463;191542;296;*;ttg ;comp;tRNA;191839;191920;132;*;cta fin;;CDS;192053;193441;;; deb;;CDS;295793;295996;133;*; ;comp;tRNA;296130;296203;86;*;atgi fin;comp;CDS;296290;296694;;0; deb;comp;CDS;318122;319414;899;*; ;comp;tRNA;320314;320387;86;*;gac fin;comp;CDS;320474;321400;;; deb;comp;CDS;371118;374351;151;*; ;;tRNA;374503;374573;50;*;caa fin;comp;CDS;374624;375631;;0; deb;comp;CDS;431782;433344;51;*; ;comp;ncRNA;433396;433502;51;*; fin;comp;CDS;433554;433847;;; deb;comp;CDS;464114;466717;128;*; ;comp;tRNA;466846;466920;163;*;cca fin;;CDS;467084;468346;;0; deb;;CDS;507944;508621;1035;*; ;;rRNA;509657;511168;105;*;1512 ;;tRNA;511274;511347;161;*;atc ;;tRNA;511509;511582;214;*;gca ;;rRNA;511797;514683;154;*;2887 ;;rRNA;514838;514947;202;*;110 fin;;CDS;515150;515902;;; deb;;CDS;586281;586805;94;*; ;;regulatory;586900;587164;29;*; fin;;CDS;587194;589056;;; deb;;CDS;596537;597679;312;*; ;comp;tRNA;597992;598074;43;*;ctc ;comp;tRNA;598118;598190;26;*;aaa ;comp;tRNA;598217;598289;128;*;aaa fin;;CDS;598418;598936;;1; deb;;CDS;642117;643595;91;*; ;;tRNA;643687;643758;31;*;gaa ;;tRNA;643790;643861;165;*;gaa deb;;CDS;644027;644278;1142;*; ;;rRNA;645421;646932;105;*;1512 ;;tRNA;647038;647111;161;*;atc ;;tRNA;647273;647346;214;*;gca ;;rRNA;647561;650447;154;*;2887 ;;rRNA;650602;650711;268;*;110 fin;comp;CDS;650980;651266;;0; deb;;CDS;659297;660505;37;*; ;;tmRNA;660543;660939;63;*; fin;comp;CDS;661003;661833;;; deb;;CDS;726614;727399;210;*; ;comp;tRNA;727610;727684;81;*;gta fin;comp;CDS;727766;728980;;0; deb;;CDS;852715;853170;131;*; ;comp;tRNA;853302;853375;75;*;cac fin;comp;CDS;853451;854167;;0; deb;;CDS;897041;897184;75;*; ;;tRNA;897260;897333;49;*;cgt fin;;CDS;897383;897955;;0; deb;comp;CDS;982868;984043;254;*; ;;tRNA;984298;984384;15;*;agc ;;tRNA;984400;984474;33;*;cca ;;tRNA;984508;984581;96;*;aga fin;;CDS;984678;985880;;1; deb;comp;CDS;1110660;1112606;1075;*; ;;rRNA;1113682;1115193;105;*;1512 ;;tRNA;1115299;1115372;161;*;atc ;;tRNA;1115534;1115607;214;*;gca ;;rRNA;1115822;1118708;154;*;2887 ;;rRNA;1118863;1118972;280;*;110 fin;comp;CDS;1119253;1120218;;; deb;comp;CDS;1124516;1124698;456;*; ;comp;tRNA;1125155;1125229;82;*;gta fin;comp;CDS;1125312;1125686;;; deb;comp;CDS;1141104;1142156;88;*; ;;ncRNA;1142245;1142342;13;*; fin;;CDS;1142356;1142553;;; deb;;CDS;1285061;1285477;148;*; ;;tRNA;1285626;1285707;476;*;tac fin;;CDS;1286184;1286810;;; deb;;CDS;1311356;1311642;268;*; ;comp;rRNA;1311911;1312020;154;*;110 ;comp;rRNA;1312175;1315061;214;*;2887 ;comp;tRNA;1315276;1315349;161;*;gca ;comp;tRNA;1315511;1315584;105;*;atc ;comp;rRNA;1315690;1317201;1269;*;1512 deb;;CDS;1318471;1319160;0;*; ;comp;ncRNA;1319161;1319480;341;*; fin;;CDS;1319822;1323886;;; deb;;CDS;1325084;1325431;419;*; ;;repeat_region;1325851;1326881;279;*; fin;comp;CDS;1327161;1328027;;0; deb;comp;CDS;1395802;1397052;248;*; ;comp;tRNA;1397301;1397388;135;*;tca fin;comp;CDS;1397524;1398660;;; deb;comp;CDS;1622342;1622596;259;*; ;comp;tRNA;1622856;1622929;79;*;aca fin;comp;CDS;1623009;1623275;;; deb;comp;CDS;1815453;1816334;239;*; ;;tRNA;1816574;1816646;34;*;atgf ;;tRNA;1816681;1816753;594;*;atgf fin;;CDS;1817348;1817794;;; deb;;CDS;1859580;1860149;308;*; ;comp;tRNA;1860458;1860531;143;*;atgj fin;;CDS;1860675;1861067;;; deb;comp;CDS;1904719;1905537;26;*; ;comp;tRNA;1905564;1905637;70;*;cga fin;comp;CDS;1905708;1906157;;; deb;;CDS;1995546;1996253;35;*; ;comp;tRNA;1996289;1996361;281;*;gga fin;;CDS;1996643;1997074;;; deb;;CDS;2088524;2089369;114;*; ;comp;rRNA;2089484;2089593;154;*;110 ;comp;rRNA;2089748;2092634;214;*;2887 ;comp;tRNA;2092849;2092922;161;*;gca ;comp;tRNA;2093084;2093157;105;*;atc ;comp;rRNA;2093263;2094774;1563;*;1512 fin;comp;CDS;2096338;2099241;;; deb;comp;CDS;2145831;2146037;66;*; ;comp;regulatory;2146104;2146199;493;*; fin;comp;CDS;2146693;2148675;;; deb;;CDS;2182840;2185440;138;*; ;;tRNA;2185579;2185651;43;*;ggc ;;tRNA;2185695;2185779;96;*;tta fin;comp;CDS;2185876;2190132;;; deb;comp;CDS;2295987;2296184;17;*; ;comp;tRNA;2296202;2296272;61;*;tgg deb;comp;CDS;2296334;2297521;58;*; ;comp;tRNA;2297580;2297651;86;*;acc ;comp;tRNA;2297738;2297818;141;*;tac ;comp;tRNA;2297960;2298033;90;*;aca fin;comp;CDS;2298124;2298426;;; deb;;CDS;2506720;2507055;286;*; ;comp;rRNA;2507342;2507451;154;*;110 ;comp;rRNA;2507606;2510492;214;*;2887 ;comp;tRNA;2510707;2510780;161;*;gca ;comp;tRNA;2510942;2511015;105;*;atc ;comp;rRNA;2511121;2512632;1003;*;1512 fin;comp;CDS;2513636;2514889;;0; deb;;CDS;2632307;2633335;53;*; ;;tRNA;2633389;2633473;249;*;tcc fin;;CDS;2633723;2634982;;; deb;comp;CDS;2752993;2753322;64;*; ;;tRNA;2753387;2753460;108;*;gcc fin;comp;CDS;2753569;2757033;;; deb;comp;CDS;2800796;2801521;98;*; ;;tRNA;2801620;2801692;302;*;ttc fin;comp;CDS;2801995;2802585;;; </pre> ====fps distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_distribution|fps distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;; </pre> ===bacteroide synthèse=== ====bacteroide distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_génome|bacteroide distribution par génome]] <pre> bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total myr;11;16;;;1;16;57;;101 fps;11;20;;;;12;6;;49 total;22;36;0;0;1;28;63;0;150 </pre> ====bacteroide distribution du total==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_du_total|bacteroide distribution du total]] <pre> bact2;;;;;;;150 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2 atc;14;acc;2;aac;3;agc;3 ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3 gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4 cta;3;cca;6;caa;3;cga;2 gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;85;36;;;1 -16s tac;28;150 </pre> ====bacteroide distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_type|bacteroide distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> bact2;;;;;;;150;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc; atc;14;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2 cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====bacteroide par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacteroide par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;3;2;0;;;;5; 16;moyen;16;10;12;;;28;66; 14;fort;17;10;51;;;1;79; ; ;36;22;63;;;29;150; 10;g+cga;2;;;;;;2; 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;1;2;;;;;3; 5;autres;;;;;;;; ;;3;2;;;;;5; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;20;13;;;;;33;26 16;moyen;107;67;80;;;187;440;324 14;fort;113;67;340;;;7;527;650 ; ;240;147;420;;;193;150;729 10;g+cgg;13;;;;;;13;10 2;agg+cga;;;;;;;; 4;carre ccc;7;13;;;;;20;16 5;autres;;;;;;;; ;;20;13;;;;;33; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;25;17;;41;26;8;9; 16;moyen;132;83;99;314;324;44;45;19 14;fort;140;83;421;645;650;47;45;81 ; ;298;182;521;121;729;36;22;63 10;g+cgg;17;;;17;10;;; 2;agg+cga;;;;;;;; 4;carre ccc;8;17;;25;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;25;17;;41;;;; </pre> ====bacteroide, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide,_estimation_des_-rRNAs|bacteroide, estimation des -rRNAs]] <pre> bacteroide;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 29 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;29;210; ; ;;indices;;;;29;725;0;0;;bact2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;121 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2 atc;104;acc;;aac;1;agc;;;atc;359;acc;;aac;3.4;agc;;;atc;;acc;2;aac;3;agc;3 ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3.4;;ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;3.4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;8;aaa;8;aga;4 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3.4;caa;;cga;;;cta;3;cca;6;caa;3;cga;2 gta;;gca;102;gaa;;gga;;;gta;;gca;352;gaa;;gga;;;gta;9;gca;;gaa;8;gga;7 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;207;;3;;0;210;;;;714;;10;;0;725;;;;39;;77;;5;121 27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;7096;1.4;0.7;;;;;;146;7096;1.4;0.7;;bact2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;129;;atgi;105;tct;0.7;tat;0.7;atgf;129;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;250 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;0.7;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.7;cct;1.4;cat;;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;200;tcc;50;tac;350;tgc;100 atc;-64;acc;102;aac;127;agc;110;;atc;295;acc;102;aac;130;agc;110;;atc;;acc;100;aac;150;agc;150 ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;131;;ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;134;;ctc;100;ccc;;cac;250;cgt;150 gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;;gcc;50;gac;200;ggc;100 tta;112;tca;122;taa;6.2;tga;2;;tta;112;tca;125;taa;6.2;tga;2.1;;tta;200;tca;200;taa;;tga; ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;;aca;400;aaa;400;aga;200 cta;109;cca;146;caa;113;cga;42;;cta;109;cca;149;caa;113;cga;42;;cta;150;cca;300;caa;150;cga;100 gta;184;gca;-66;gaa;181;gga;141;;gta;184;gca;286;gaa;181;gga;141;;gta;450;gca;;gaa;400;gga;350 ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;150 atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;150;acg;;aag;;agg; ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;3;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;3.4;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1350;;2103;;670;4122;;;;2064;;2113;;669;4846;;;;1950;;3850;;250;6050 rapports;;65;;100;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;bact2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;53.759;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;48 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1559;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt;100 ctt;129;cct;;cat;;cgc;;;avec;218;;;10;3;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;29;;;20;4;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;36;tcc;49;tac;57;tgc;16 atc;-22;acc;100;aac;97;agc;100;;bact2;60.5;;;40;4;;;;atc;100;acc;2;aac;16;agc;27 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;97;;sans;121;;;50;4;21;;;ctc;1;ccc;100;cac;54;cgt;13 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;29;;;60;9;;;;gtc;100;gcc;40;gac;14;ggc;34 tta;100;tca;97;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;0;;;;tta;44;tca;39;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;60;aaa;54;aga;46 cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;27;cca;51;caa;25;cga;58 gta;100;gca;-23;gaa;100;gga;100;;est 12% au dessus;;;;100;18;;;;gta;59;gca;100;gaa;55;gga;60 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;100;tgg;22 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;24;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;381;;579;;99;1059 </pre> ==tenericutes== ===abra=== ====abra opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_opérons|abra opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_bras_O502/achoBras_O502-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022549.1;abra;;genome;;;;;;;; 35.8%GC;15.8.19 Paris;16s 4;45;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Acholeplasma brassicae;;;;;;;;;;; ;253257..253430;;CDS;;86;86;;;58;; ;253517..253601;;tac;;214;;;;;; ;253816..255351;;16s;;137;;;;1536;; ;255489..255565;;atc;;88;;;;;; ;255654..258507;;23s;;34;;;;2854;; ;258542..258652;;5s;;11;;;;111;; ;258664..258740;;aac;;149;;;;;; ;258890..259000;;5s;;11;;;;111;; ;259012..259088;;aac;;860;*860;;;;; ;259949..260053;;CDS;;432;;;;35;; ;260486..262021;;16s;;137;;;;1536;; ;262159..262235;;atc;;88;;;;;; ;262324..265177;;23s;;34;;;;2854;; ;265212..265322;;5s;@1;14;;;;111;; ;265337..265412;;gta;;44;;;44;;; ;265457..265532;;aca;;11;;;11;;; ;265544..265619;;aaa;;7;;;7;;; ;265627..265713;;tta;;8;;;8;;; ;265722..265797;;gca;;72;;;72;;; ;265870..265946;;atgj;;7;;;7;;; ;265954..266030;;atgi;;44;;;44;;; ;266075..266165;;tca;;8;;;8;;; ;266174..266250;;atgf;;4;;;4;;; ;266255..266330;;gac;;11;;;11;;; ;266342..266417;;ttc;;137;137;;;;; ;266555..267409;;CDS;;;;;;285;; ;;;;;;;;;;; ;582446..584125;;CDS;;49;49;;;*560;; ;584175..584260;;ctc;;170;170;;;;; ;584431..586110;;CDS;;;;;;*560;; ;;;;;;;;;;; ;625631..626317;;CDS;;84;84;;;229;; comp;626402..626476;;ggc;;66;;66;;;; comp;626543..626619;;cca;;17;;17;;;; comp;626637..626713;;cga;;13;;13;;;; comp;626727..626802;;gac;;149;149;;;;; ;626952..627599;;CDS;;;;;;216;; ;;;;;;;;;;; ;633526..634710;;CDS;;63;63;;;395;; comp;634774..634847;;acc;;76;76;;;;; ;634924..636651;;CDS;;;;;;*576;; ;;;;;;;;;;; ;755442..756548;;CDS;;64;64;;;369;; comp;756613..756688;;aag;;130;130;;;;; ;756819..757373;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; ;807788..808216;;CDS;;108;108;;;143;; ;808325..808401;;aga;;216;216;;;;; ;808618..808854;;CDS;;;;;;79;; ;;;;;;;;;;; ;829563..829871;;CDS;;155;155;;;103;; ;830027..830102;;agg;;27;27;;;;; ;830130..831458;;CDS;;;;;;443;; ;;;;;;;;;;; comp;1176200..1176799;;CDS;;398;398;;;200;; comp;1177198..1177291;;tcg;;8;;8;;;; comp;1177300..1177375;;gcc;;569;*569;;;;; comp;1177945..1179252;;CDS;;;;;;436;; ;;;;;;;;;;; ;1187918..1188148;;CDS;;382;382;;;77;; ;1188531..1188621;;tcc;;66;66;;;;; ;1188688..1189761;;CDS;;;;;;358;; ;;;;;;;;;;; comp;1194077..1194568;;CDS;;206;206;;;164;; comp;1194775..1194859;;ttg;;10;10;;;;; comp;1194870..1196045;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;1251487..1252329;;CDS;;68;68;;;281;; ;1252398..1252472;;gtc;;44;44;;;;; comp;1252517..1252873;;CDS;;;;;;119;; ;;;;;;;;;;; comp;1416224..1416484;;CDS;;301;301;;;87;; comp;1416786..1416859;;tgc;;92;92;;;;; comp;1416952..1418427;;CDS;;;;;;492;; ;;;;;;;;;;; comp;1427372..1427890;;CDS;@2;379;379;;;173;; comp;1428270..1428343;;gga;;9;;9;;;; comp;1428353..1428429;;cca;;1;;1;;;; comp;1428431..1428507;;cgt;;8;;8;;;; comp;1428516..1428591;;gaa;;73;73;;;;; comp;1428665..1429210;;CDS;;;;;;182;; ;;;;;;;;;;; comp;1431948..1432259;;CDS;;96;96;;;104;; comp;1432356..1432432;;aac;;11;;;;;; comp;1432444..1432554;;5s;;34;;;;111;; comp;1432589..1435442;;23s;;158;;;;2854;; comp;1435601..1437135;;16s;;432;;;;1535;; comp;1437568..1437672;;CDS;;860;*860;;;35;; comp;1438533..1438609;;aac;;11;;;;;; comp;1438621..1438731;;5s;@3;149;;;;111;; comp;1438881..1438957;;aac;;11;;;;;; comp;1438969..1439079;;5s;;34;;;;111;; comp;1439114..1441967;;23s;;159;;;;2854;; comp;1442127..1443662;;16s;;431;*431;;;1536;; comp;1444094..1444624;;CDS;;;;;;177;; ;;;;;;;;;;; comp;1532381..1533052;;CDS;;262;262;;;224;; comp;1533315..1533399;;cta;;46;46;;;;; comp;1533446..1535560;;CDS;;;;;;*705;; ;;;;;;;;;;; comp;1540295..1540534;;CDS;;171;171;;;80;; comp;1540706..1540780;;tgg;;47;47;;;;; comp;1540828..1541754;;CDS;;137;137;;;;; ;1541892..1541967;;cac;;63;;63;;;; ;1542031..1542104;;caa;;37;37;;;;; comp;1542142..1542357;;CDS;;;;;;72;; ;;;;;;;;;;; comp;1716869..1717186;;CDS;;854;*854;;;106;; comp;1718041..1718116;;acg;;87;87;;;;; comp;1718204..1718947;;CDS;;;;;;248;; ;;;;;;;;;;; comp;1742909..1743664;;CDS;;487;*487;;;252;; comp;1744152..1744227;;gaa;;109;109;;;;; comp;1744337..1744720;;CDS;;;;;;128;; ;;;;;;;;;;; comp;1747424..1747726;;CDS;;100;100;;;101;; comp;1747827..1747919;;agc;;102;102;;;;; comp;1748022..1750199;;CDS;;;;;;*726;; </pre> ====abra cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_cumuls|abra cumuls]] <pre> abra cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;4;1;1;0;1;0;1;;100;8;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;5;7;50;7;20;;200;13;60;3 ;16 atc 235 a;2;40;0;0;100;12;40;;300;7;90;5 ;16 23 5s a;2;60;0;2;150;7;60;;400;4;120;5 ;max a;12;80;2;1;200;3;80;;500;3;150;2 ;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;3;180;3 ;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;0;210;3 ;total aas;19;140;0;0;350;1;140;;800;2;240;3 sans ;opérons;18;160;0;0;400;3;160;;900;0;270;2 ;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;;1000;0;300;2 ;max a;4;200;0;0;500;1;200;;1100;0;330;0 ;a doubles;0;;0;0;;4;;;;0;;12 ;total aas;26;;8;10;;42;;0;;40;;40 total aas;;45;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;209;;;;254;; ;;;variance;;;;226;;;;187;; sans jaune;;;moyenne;23;22;;131;;;;201;;148 ;;;variance;26;23;;101;;;;127;;74 </pre> ====abra blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_blocs|abra blocs]] <pre> abra blocs;; CDS;86;58 tac;214; 16s;137;1536 atc;88; 23s;34;2854 5s;11;111 aac;149; 5s;11;111 aac;860; CDS;432;35 16s;137;1536 atc;88; 23s;34;2854 5s;14;111 gta;44; ;; CDS;96;104 aac;11; 5s;34;111 23s;158;2854 16s;432;1535 CDS;860;35 aac;11; 5s;149;111 aac;11; 5s;34;111 23s;159;2854 16s;431;1536 CDS;;177 </pre> ====abra remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_remarques|abra remarques]] *code génétique abra <pre> abra;;;;;;;45 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;5;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====abra distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_distribution|abra distribution]] *code génétique abra <pre> tenericutes;sans rRNA;>1 aas 12;1aas ;avant 16s;après 5s;après 16s; abra;;gac gaa;14;1;16;2;45 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;5;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====abra données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_données_intercalaires|abra données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abra;fx;fc;abra;fx40;fc40;abra;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;68;86;84;tRNA 16s;; ;1;10;5;208;1;0;58;-2;0;0;860;149;215;;tac ;0;20;9;127;2;1;40;-3;0;0;140;63;16s tRNA;; ;1;30;10;51;3;1;21;-4;2;141;49;76;2* 145;;atc ;0;40;17;34;4;0;29;-5;0;2;170;64;tRNA 23s;; 1;3;50;19;35;5;0;7;-6;0;0;108;130;2* 89;;atc ;0;60;18;31;6;0;6;-7;0;1;216;68;5s tRNA;; 3;1;70;15;42;7;0;4;-8;0;70;155;44;5* 11;;aac 1;1;80;14;35;8;0;15;-9;1;0;27;137;14;;gta 1;2;90;9;32;9;2;16;-10;0;3;434;714;tRNA 5s;; ;3;100;10;23;10;1;12;-11;0;34;569;;2* 149;;aac ;3;110;8;35;11;0;19;-12;1;0;382;;tRNA tRNA;;contig ;0;120;16;29;12;1;33;-13;0;1;66;;44;;gta 1;0;130;12;31;13;0;13;-14;1;24;206;;11;;aca 1;1;140;7;24;14;3;11;-15;0;0;10;;7;;aaa 1;0;150;10;30;15;1;13;-16;0;1;301;;8;;tta ;1;160;10;26;16;0;7;-17;1;16;92;;72;;gca ;1;170;2;13;17;1;6;-18;0;0;415;;7;;atgj ;1;180;8;14;18;0;11;-19;0;1;73;;44;;atgi ;0;190;9;14;19;1;7;-20;0;12;96;;8;;tca ;0;200;4;9;20;2;7;-21;0;0;860;;4;;atgf ;1;210;4;7;21;2;5;-22;0;1;262;;11;;gac ;1;220;3;13;22;0;7;-23;0;6;46;;**;;ttc ;0;230;2;8;23;1;14;-24;1;0;171;;tRNA tRNA;; ;0;240;7;3;24;2;4;-25;0;1;47;;66;;ggc ;0;250;1;6;25;0;5;-26;1;4;854;;17;;cca ;0;260;3;8;26;2;5;-27;0;0;87;;13;;cga ;1;270;3;7;27;2;3;-28;0;0;493;;**;;gac ;0;280;2;6;28;1;1;-29;0;1;109;;8;;tcg ;0;290;1;3;29;0;3;-30;0;0;100;;**;;gcc ;0;300;4;1;30;0;4;-31;0;1;CDS 16s;;9;;gga ;1;310;0;1;31;0;4;-32;0;1;433;;1;;cca ;0;320;2;8;32;2;6;-33;0;0;433;;8;;cgt ;0;330;2;2;33;1;3;-34;0;0;432;;**;;gaa ;0;340;0;1;34;3;1;-35;0;2;16s 23s;;63;;cac ;0;350;2;1;35;1;3;-36;0;0;167;;**;;caa ;0;360;2;2;36;3;6;-37;0;0;168;;;; ;0;370;0;6;37;2;4;-38;0;2;23s 5s;;;; ;0;380;1;4;38;3;3;-39;0;0;4* 35;;;; ;1;390;0;4;39;1;2;-40;0;0;;;;; ;0;400;4;1;40;1;2;-41;0;0;;;;; 1;7;reste;14;33;reste;229;547;-42;0;0;;;;; 10;31;total;270;980;total;271;979;-43;0;0;;;;; 9;24;diagr;255;935;diagr;41;420;-44;0;0;;;;; 0;2; t30;24;386;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;269;8;1;278;;;-49;0;1;;;;; ;c;968;409;12;1389;;;-50;0;1;;;;; ;;;;;1667;128;;reste;0;13;;;;; ;;;;;;1795;;total;8;409;;;;; </pre> =====abra autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires_aas|abra autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abra;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;6032;8602;39;*; ;;misc_binding;8642;8842;66;*; fin;;CDS;8909;10186;;; deb;;CDS;58474;59019;199;*; ;;misc_binding;59219;59468;96;*; fin;;CDS;59565;60740;;; deb;;CDS;175843;176448;64;*; ;;regulatory;176513;176610;67;*; fin;;CDS;176678;178138;;; deb;;CDS;226433;226846;115;*; ;;regulatory;226962;227062;128;*; fin;;CDS;227191;228555;;; deb;;CDS;241700;242158;14;*; ;;ncRNA;242173;242267;222;*; fin;;CDS;242490;243404;;; deb;;CDS;253260;253430;86;*; ;;tRNA;253517;253601;215;*;tac ;;rRNA;253817;255343;145;*;16s ;;tRNA;255489;255565;89;*;atc ;;rRNA;255655;258506;35;*;23s ;;rRNA;258542;258652;11;*;5s ;;tRNA;258664;258740;149;*;aac ;;rRNA;258890;259000;11;*;5s ;;tRNA;259012;259088;860;*;aac deb;;CDS;259949;260053;433;*; ;;rRNA;260487;262013;145;*;16s ;;tRNA;262159;262235;89;*;atc ;;rRNA;262325;265176;35;*;23s ;;rRNA;265212;265322;14;*;5s ;;tRNA;265337;265412;44;*;gta ;;tRNA;265457;265532;11;*;aca ;;tRNA;265544;265619;7;*;aaa ;;tRNA;265627;265713;8;*;tta ;;tRNA;265722;265797;72;*;gca ;;tRNA;265870;265946;7;*;atgj ;;tRNA;265954;266030;44;*;atgi ;;tRNA;266075;266165;8;*;tca ;;tRNA;266174;266250;4;*;atgf ;;tRNA;266255;266330;11;*;gac ;;tRNA;266342;266417;140;*;ttc fin;;CDS;266558;267409;;; deb;;CDS;296513;297367;98;*; ;;misc_binding;297466;297674;30;*; fin;;CDS;297705;299270;;; deb;;CDS;326721;327413;0;*; ;;misc_feature;327414;327533;18;*; fin;;CDS;327552;328049;;; deb;;CDS;574175;574945;-5;*; ;;misc_binding;574941;575144;43;*; fin;;CDS;575188;576195;;; deb;;CDS;582446;584125;49;*; ;;tRNA;584175;584260;170;*;ctc fin;;CDS;584431;586110;;; deb;;CDS;625631;626317;84;*; ;comp;tRNA;626402;626476;66;*;ggc ;comp;tRNA;626543;626619;17;*;cca ;comp;tRNA;626637;626713;13;*;cga ;comp;tRNA;626727;626802;149;*;gac fin;;CDS;626952;627599;;; deb;;CDS;633550;634710;63;*; ;comp;tRNA;634774;634847;76;*;acc fin;;CDS;634924;636651;;; deb;;CDS;690994;692286;64;*; ;;regulatory;692351;692446;55;*; fin;;CDS;692502;693653;;; deb;;CDS;755442;756548;64;*; ;comp;tRNA;756613;756688;130;*;aag fin;;CDS;756819;757373;;; deb;;CDS;807788;808216;108;*; ;;tRNA;808325;808401;216;*;aga fin;;CDS;808618;808854;;0; deb;comp;CDS;818257;818448;29;*; ;comp;ncRNA;818478;818549;-2;*; fin;comp;CDS;818548;818796;;; deb;;CDS;829563;829871;155;*; ;;tRNA;830027;830102;27;*;agg fin;;CDS;830130;831458;;; deb;;CDS;862237;863004;104;*; ;;regulatory;863109;863206;46;*; fin;;CDS;863253;863771;;1; deb;;CDS;951162;951842;56;*; ;;misc_feature;951899;952022;10;*; fin;;CDS;952033;952593;;; deb;;CDS;979156;980118;92;*; ;comp;ncRNA;980211;980543;41;*; fin;comp;CDS;980585;980917;;; deb;comp;CDS;1000286;1000837;45;*; ;comp;misc_binding;1000883;1001091;36;*; fin;comp;CDS;1001128;1001976;;; deb;comp;CDS;1033802;1034467;48;*; ;comp;regulatory;1034516;1034590;41;*; ;comp;regulatory;1034632;1034706;43;*; fin;comp;CDS;1034750;1035400;;; deb;comp;CDS;1043459;1044169;55;*; ;comp;regulatory;1044225;1044298;61;*; fin;comp;CDS;1044360;1045796;;; deb;comp;CDS;1055719;1056522;197;*; ;comp;misc_binding;1056720;1056926;146;*; fin;;CDS;1057073;1058293;;; deb;comp;CDS;1125033;1127627;53;*; ;comp;misc_binding;1127681;1127864;34;*; fin;comp;CDS;1127899;1128741;;; deb;comp;CDS;1135303;1135953;71;*; ;comp;regulatory;1136025;1136141;48;*; fin;comp;CDS;1136190;1137014;;0; deb;comp;CDS;1176200;1176763;434;*; ;comp;tRNA;1177198;1177291;8;*;tcg ;comp;tRNA;1177300;1177375;569;*;gcc fin;comp;CDS;1177945;1179252;;; deb;comp;CDS;1187918;1188148;382;*; ;comp;tRNA;1188531;1188621;66;*;tcc fin;comp;CDS;1188688;1189704;;; deb;comp;CDS;1194077;1194568;206;*; ;comp;tRNA;1194775;1194859;10;*;ttg fin;comp;CDS;1194870;1196045;;; deb;comp;CDS;1221355;1222416;217;*; ;;tmRNA;1222634;1222981;262;*; fin;;CDS;1223244;1223657;;; deb;comp;CDS;1251487;1252329;68;*; ;;tRNA;1252398;1252472;44;*;gtc fin;comp;CDS;1252517;1252873;;0; deb;comp;CDS;1416224;1416484;301;*; ;comp;tRNA;1416786;1416859;92;*;tgc fin;comp;CDS;1416952;1418427;;0; deb;comp;CDS;1427372;1427854;415;*; ;comp;tRNA;1428270;1428343;9;*;gga ;comp;tRNA;1428353;1428429;1;*;cca ;comp;tRNA;1428431;1428507;8;*;cgt ;comp;tRNA;1428516;1428591;73;*;gaa fin;comp;CDS;1428665;1429210;;; deb;comp;CDS;1431948;1432259;96;*; ;comp;tRNA;1432356;1432432;11;*;aac ;comp;rRNA;1432444;1432554;35;*;5s ;comp;rRNA;1432590;1435441;167;*;23s ;comp;rRNA;1435609;1437134;433;*;16s deb;comp;CDS;1437568;1437672;860;*; ;comp;tRNA;1438533;1438609;11;*;aac ;comp;rRNA;1438621;1438731;149;*;5s ;comp;tRNA;1438881;1438957;11;*;aac ;comp;rRNA;1438969;1439079;35;*;5s ;comp;rRNA;1439115;1441966;168;*;23s ;comp;rRNA;1442135;1443661;432;*;16s fin;comp;CDS;1444094;1444618;;; deb;comp;CDS;1453717;1454874;96;*; ;comp;regulatory;1454971;1455142;38;*; fin;comp;CDS;1455181;1455630;;; deb;comp;CDS;1532381;1533052;262;*; ;comp;tRNA;1533315;1533399;46;*;cta fin;comp;CDS;1533446;1535560;;; deb;comp;CDS;1540295;1540534;171;*; ;comp;tRNA;1540706;1540780;47;*;tgg deb;comp;CDS;1540828;1541754;137;*; ;;tRNA;1541892;1541967;63;*;cac ;;tRNA;1542031;1542104;714;*;caa fin;comp;CDS;1542819;1544120;;0; deb;comp;CDS;1716869;1717186;854;*; ;comp;tRNA;1718041;1718116;87;*;acg fin;comp;CDS;1718204;1718947;;; deb;comp;CDS;1729328;1729618;30;*; ;comp;regulatory;1729649;1729758;73;*; fin;comp;CDS;1729832;1730329;;; deb;comp;CDS;1742909;1743658;493;*; ;comp;tRNA;1744152;1744227;109;*;gaa fin;comp;CDS;1744337;1744720;;; deb;comp;CDS;1747424;1747726;100;*; ;comp;tRNA;1747827;1747919;102;*;agc fin;comp;CDS;1748022;1750199;;; deb;comp;CDS;1796937;1799234;102;*; ;comp;regulatory;1799337;1799515;112;*; fin;comp;CDS;1799628;1800182;;0; </pre> ====abra intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_entre_cds|abra intercalaires entre cds]] *'''intercalaires entre cds''', tableau. <pre> abra;3.2.21 Paris;;abra 13.12.20;;;;;;; abra;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5 ;négatif;417;25.0;négatif ;-10;12;-1 à -73;1,877,792;-1;417 ;zéro;13;0.8;;;;;intercals;0;13 ;1 à 200;1055;63.3;0 à 200;65;57;;135,857;5;157 ;201 à 370;121;7.3;201 à 370;265;48;;7%;10;56 ;371 à 600;42;2.5;371 à 600;442;62;;;15;94 ;601 à max;19;1.1;601 à 1230;852;195;;;20;42 ;Total 1667;<201;89.1;Total 1665;79;132;-73 à 1230;;25;40 adresse;intercalx;intercal;fréquence1;intercal;fréquence6;cumul et %;intercal;fréquence-1;30;21 1537782;1230;-1;417;-70;3;;0;13;35;24 1707618;1229;0;13;-60;9;;-1;°68;40;27 1578501;1176;1;°58;-50;2;;-2;0;45;26 1526950;1027;2;41;-40;2;;-3;0;50;28 87364;968;3;22;-30;6;min à -1;-4;°143;55;29 826414;926;4;°29;-20;27;417;-5;2;60;20 171283;878;5;7;-10;83;25.0%;-6;0;65;30 1768322;822;6;6;0;298;;-7;1;70;27 819242;821;7;4;10;213;;-8;°70;75;22 1769594;816;8;15;20;136;;-9;1;80;27 158518;793;9;°18;30;61;;-10;3;85;22 1412625;756;10;13;40;51;1 à 100;-11;°34;90;19 968622;741;11;19;50;54;744;-12;1;95;16 1738100;729;12;°34;60;49;44.6%;-13;1;100;17 816181;706;13;13;70;57;;-14;°25;105;17 1683910;675;14;14;80;49;;-15;0;110;26 1186776;646;15;°14;90;41;;-16;1;115;25 1529536;628;16;7;100;33;;-17;°17;120;20 133841;619;17;7;110;43;;-18;0;125;26 1183129;595;18;°11;120;45;;-19;1;130;17 1861159;579;19;8;130;43;;-20;°12;135;18 615740;575;20;9;140;31;;-21;0;140;13 1171702;555;21;7;150;40;;-22;1;145;21 1525837;555;22;7;160;36;;-23;°6;150;19 153593;526;23;°15;170;15;1 à 200;-24;1;155;20 1714960;500;24;6;180;22;1055;-25;1;160;16 1842150;494;25;5;190;23;63.3%;-26;°5;165;7 1168850;483;26;7;200;13;;-27;0;170;8 1834829;483;27;5;210;11;;-28;0;175;10 556334;476;28;2;220;16;;-29;1;180;12 151602;474;29;3;230;10;;-30;0;185;13 493661;465;30;4;240;10;0 à 200;-31;1;190;10 1274718;449;31;4;250;7;1068;-32;1;195;10 1681282;446;32;°8;260;11;;total;410;200;3 1503782;443;33;4;270;10;;reste;20;205;5 178131;441;34;4;280;8;;;430;210;6 1728410;438;35;4;290;4;;;;215;12 1022865;434;36;°9;300;5;;intercal;fréquencef;220;4 36959;428;37;6;310;1;;600;1648;225;1 ;;38;6;320;10;;620;1;230;9 ;;39;3;330;4;;640;1;235;7 ;;40;3;340;1;201 à 370;660;1;240;3 ;;reste;776;350;3;121;680;1;245;2 ;;total;1471;360;4;7.3%;700;;250;5 ;;;;370;6;;720;1;255;8 adresse;intercaln;décalage;long;380;5;;740;1;260;3 1040608;-92;shift2;815;390;4;;760;2;265;7 1766313;-86;shift2;1001;400;5;;780;;270;3 1083669;-73;shift2;816;410;4;;800;1;275;7 169623;-67;shift2;654;420;2;;820;1;280;1 353304;-67;shift2;864;430;3;;840;2;285;1 758070;-67;shift2;864;440;2;;860;;290;3 891412;-67;shift2;864;450;4;;880;1;295;3 1155286;-67;shift2;654;460;0;;900;;300;2 1646854;-67;shift2;864;470;1;;920;;305;0 1690631;-67;shift2;654;480;2;;940;1;310;1 1714097;-67;shift2;864;490;2;;960;;315;7 1793555;-67;shift2;654;500;2;;980;1;320;3 1485635;-59;shift2;629;510;0;;1000;;325;1 738923;-50;shift2;293;520;0;;1020;;330;3 1668172;-49;shift2;315;530;1;;1040;1;335;0 1847532;-47;shift2;227;540;0;371 à 600;;16;340;1 904492;-38;shift2;962;550;0;42;;;345;1 1129734;-38;shift2;413;560;2;2.5%;;;350;2 844539;-35;shift2;;570;0;;;;355;4 986747;-35;shift2;;580;2;601 à max;;;360;0 1114675;-32;shift2;;590;0;19;;;365;3 526681;-31;shift2;;600;1;1.1%;;;370;3 1072749;-29;shift2;;reste;19;;reste;3;reste;61 251649;-26;shift2;;total;1667;;total;1667;total;1667 </pre> ====abra intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> corrélations et fréquences faibles;;;;;;;;;;;;;; abra. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;; abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;; 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; ;;;;;;;;;;;;;; diagrammes;;;;;;;;;;;;;; abra;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;53;-314;342;39;734;197;max50;&-99;750;-1818;148;702;253;min60 31 à 400;;;;;;;;&21;-104;-7.3;42;912;165;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;148;55;-;638;poly;96;tF;&223;71;;425;poly;277;SF 31 à 400;;;;;;;;&118;42;-;827;poly;85;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et faibles fréquences <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.243;;;;; 41-n;0.874;0.716;0.797;;;;;;;;;;;; 1-n;0.312;-0.163;0.059;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; abra;fx;fc;;abra;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;abra;Sx-;Sc- 0;1;12;;0;4;13;;0;1;12;>0;270;-1;0;68 10;5;208;;10;20;223;;1;0;58;<0;8;-2;0;0 20;9;127;;20;35;136;;2;1;40;zéro;1;-3;0;0 30;10;51;;30;39;55;;3;1;21;total;279;-4;2;141 40;17;34;;40;66;36;;4;0;29;;c;-5;0;2 50;19;35;;50;74;37;;5;0;7;>0;967;-6;0;0 60;18;31;;60;70;33;;6;0;6;<0;409;-7;0;1 70;15;42;;70;59;45;;7;0;4;zéro;12;-8;0;70 80;15;34;;80;59;36;;8;0;15;total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reste;14;33;;;;;;reste;229;547;;;-42;0;0 total;271;979;;t30;94;413;;total;271;979;;;-43;0;0 diagr;256;934;;;;;;diagr;41;420;;;-44;0;0 - t30;232;548;;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;;reste;0;13 ;;;;;;;;;;;;;total;8;409 </pre> ====abra intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_négatifs_S-|abra intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ;;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; abra;comp’;;;;1;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;6 ;continu;68;0;0;142;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;411 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;abra;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;8 ;Sc-;68;0;0;141;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;4;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;409 </pre> ====abra autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra autres intercalaires]] *Légende: ° pour cyan, & pour jaune, $ pour rouge. <pre> deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens deb;°CDS;6032;39;;;deb;°CDS;633550;63;;;deb;°CDS;1221355;217;comp ;misc_binding;8642;66;;;;&tRNA;634774;76;comp;;;tmRNA;1222634;262; fin;°CDS;8909;;;;fin;°CDS;634924;;;;fin;°CDS;1223244;; deb;°CDS;58474;199;;;deb;°CDS;690994;64;;;deb;°CDS;1251487;68;comp ;misc_binding;59219;96;;;;regulatory;692351;55;;;;&tRNA;1252398;44; fin;°CDS;59565;;;;fin;°CDS;692502;;;;fin;°CDS;1252517;;comp deb;°CDS;175843;64;;;deb;°CDS;755442;64;;;deb;°CDS;1416224;301;comp ;regulatory;176513;67;;;;&tRNA;756613;130;comp;;;&tRNA;1416786;92;comp fin;°CDS;176678;;;;fin;°CDS;756819;;;;fin;°CDS;1416952;;comp deb;°CDS;226433;115;;;deb;°CDS;807788;108;;;deb;°CDS;1427372;415;comp ;regulatory;226962;128;;;;&tRNA;808325;216;;;;&tRNA;1428270;9;comp fin;°CDS;227191;;;;fin;°CDS;808618;;;;;&tRNA;1428353;1;comp deb;°CDS;241700;14;;;deb;°CDS;818257;29;comp;;;&tRNA;1428431;8;comp ;ncRNA;242173;222;;;;ncRNA;818478;-2;comp;;;&tRNA;1428516;73;comp fin;°CDS;242490;;;;fin;°CDS;818548;;comp;;fin;°CDS;1428665;;comp deb;°CDS;253260;86;;;deb;°CDS;829563;155;;;deb;°CDS;1431948;96;comp ;&tRNA;253517;215;;;;&tRNA;830027;27;;;;&tRNA;1432356;11;comp ;$rRNA;253817;145;;;fin;°CDS;830130;;;;;$rRNA;1432444;35;comp ;&tRNA;255489;89;;;deb;°CDS;862237;104;;;;$rRNA;1432590;167;comp ;$rRNA;255655;35;;;;regulatory;863109;46;;;;$rRNA;1435609;433;comp ;$rRNA;258542;11;;;fin;°CDS;863253;;;;deb;°CDS;1437568;860;comp ;&tRNA;258664;149;;;deb;°CDS;951162;56;;;;&tRNA;1438533;11;comp ;$rRNA;258890;11;;;;misc_feature;951899;10;;;;$rRNA;1438621;149;comp ;&tRNA;259012;860;;;fin;°CDS;952033;;;;;&tRNA;1438881;11;comp deb;°CDS;259949;433;;;deb;°CDS;979156;92;;;;$rRNA;1438969;35;comp ;$rRNA;260487;145;;;;ncRNA;980211;41;comp;;;$rRNA;1439115;168;comp ;&tRNA;262159;89;;;fin;°CDS;980585;;comp;;;$rRNA;1442135;432;comp ;$rRNA;262325;35;;;deb;°CDS;1000286;45;comp;;fin;°CDS;1444094;;comp ;$rRNA;265212;14;;;;misc_binding;1000883;36;comp;;deb;°CDS;1453717;96;comp ;&tRNA;265337;44;;;fin;°CDS;1001128;;comp;;;regulatory;1454971;38;comp ;&tRNA;265457;11;;;deb;°CDS;1033802;48;comp;;fin;°CDS;1455181;;comp ;&tRNA;265544;7;;;;regulatory;1034516;41;comp;;deb;°CDS;1532381;262;comp ;&tRNA;265627;8;;;;regulatory;1034632;43;comp;;;&tRNA;1533315;46;comp ;&tRNA;265722;72;;;fin;°CDS;1034750;;comp;;fin;°CDS;1533446;;comp ;&tRNA;265870;7;;;deb;°CDS;1043459;55;comp;;deb;°CDS;1540295;171;comp ;&tRNA;265954;44;;;;regulatory;1044225;61;comp;;;&tRNA;1540706;47;comp ;&tRNA;266075;8;;;fin;°CDS;1044360;;comp;;deb;°CDS;1540828;137;comp ;&tRNA;266174;4;;;deb;°CDS;1055719;197;comp;;;&tRNA;1541892;63; ;&tRNA;266255;11;;;;misc_binding;1056720;146;comp;;;&tRNA;1542031;714; ;&tRNA;266342;140;;;fin;°CDS;1057073;;;;fin;°CDS;1542819;;comp fin;°CDS;266558;;;;deb;°CDS;1125033;53;comp;;deb;°CDS;1716869;854;comp deb;°CDS;296513;98;;;;misc_binding;1127681;34;comp;;;&tRNA;1718041;87;comp ;misc_binding;297466;30;;;fin;°CDS;1127899;;comp;;fin;°CDS;1718204;;comp fin;°CDS;297705;;;;deb;°CDS;1135303;71;comp;;deb;°CDS;1729328;30;comp deb;°CDS;326721;0;;;;regulatory;1136025;48;comp;;;regulatory;1729649;73;comp ;misc_feature;327414;18;;;fin;°CDS;1136190;;comp;;fin;°CDS;1729832;;comp fin;°CDS;327552;;;;deb;°CDS;1176200;434;comp;;deb;°CDS;1742909;493;comp deb;°CDS;574175;-5;;;;&tRNA;1177198;8;comp;;;&tRNA;1744152;109;comp ;misc_binding;574941;43;;;;&tRNA;1177300;569;comp;;fin;°CDS;1744337;;comp fin;°CDS;575188;;;;fin;°CDS;1177945;;comp;;deb;°CDS;1747424;100;comp deb;°CDS;582446;49;;;deb;°CDS;1187918;382;;;;&tRNA;1747827;102;comp ;&tRNA;584175;170;;;;&tRNA;1188531;66;;;fin;°CDS;1748022;;comp fin;°CDS;584431;;;;fin;°CDS;1188688;;;;deb;°CDS;1796937;102;comp deb;°CDS;625631;84;;;deb;°CDS;1194077;206;comp;;;regulatory;1799337;112;comp ;&tRNA;626402;66;comp;;;&tRNA;1194775;10;comp;;fin;°CDS;1799628;;comp ;&tRNA;626543;17;comp;;fin;°CDS;1194870;;comp;;;;;; ;&tRNA;626637;13;comp;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;626727;149;comp;;;;;;;;;;;; fin;CDS;626952;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====abra intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_tRNA|abra intercalaires tRNA]] <pre> abra;intercalaires tRNA;;;;;;proportion des intercalaires <201;;; comp’;entre tRNAs;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;44 11 7 8 72 ;;86;;860;;49;10;deb; ;7 44 8 4 11;;;;140;;86;27;<201;7 ;;;49;;170;;96;46;total;15 ;66 17 13;comp’;84;comp’;149;;100;47;%;47% ;;comp’;63;comp’;76;;108;66;; ;;comp’;64;comp’;130;;155;73;fin; ;;;108;;216;;171;87;<201;12 ;;;155;;27;;206;92;total;16 ;8;;424;;569;;262;102;%;75% ;;;382;;66;;301;109;; ;;;206;;10;;382;140;total; ;;comp’;68;comp’;44;;415;170;<201;19 ;;;301;;92;;424;216;total;31 ;9 1 8;;415;;73;;493;569;%;61% ;;;96;;860;;854;860;; ;;;262;;46;;-;860;comp’;cumuls ;;;171;;47;;63;44;deb;100% ;63;comp’;137;comp’;714;;64;76;; ;;;854;;87;;68;130;fin;80% ;;;493;;109;;84;149;; ;;;100;;102;;137;714;total;90% </pre> ===apal=== ====apal opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_opérons|apal opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_palm_J233/achoPalm_J233-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022538.1;apal;;genome;;;;;;;; 29%GC;16.8.19 Paris;16s 2 ;35;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Acholeplasma palmae J233;;;;;;;;;;; ;161706..162593;;CDS;;132;132;;;296;; ;162726..162816;;agc;;9;;9;;;; ;162826..162901;;gaa;;126;126;;;;; ;163028..163522;;CDS;;;;;;165;; ;;;;;;;;;;; comp;205002..205226;;CDS;;72;72;;;75;; comp;205299..205373;;tgg;;73;73;;;;; comp;205447..206382;;CDS;;133;133;;;;; ;206516..206591;;cac;;14;;14;;;; ;206606..206680;;caa;;34;;34;;;; ;206715..206797;;cta;;168;168;;;;; ;206966..207208;;CDS;;;;;;81;; ;;;;;;;;;;; ;294770..296290;;CDS;;347;347;;;*507;; ;296638..298160;;16s;;128;;;;1523;; ;298289..301126;;23s;;34;;;;2838;; ;301161..301268;;5s;;51;;;;108;; ;301320..301396;;aac;;118;118;;;;; ;301515..301835;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; ;303638..304993;;CDS;;70;70;;;452;; ;305064..305139;;gaa;@1;9;;9;;;; ;305149..305225;;cgt;;71;;71;;;; ;305297..305373;;cca;;13;;13;;;; ;305387..305461;;gga;;86;86;;;;; ;305548..308184;;CDS;;;;;;*879;; ;;;;;;;;;;; ;326174..327313;;CDS;;91;91;;;380;; ;327405..327478;;tgc;;527;*527;;;;; comp;328006..328539;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; ;435096..436751;;CDS;;48;48;;;*552;; ;436800..436885;;ctc;;214;214;;;;; ;437100..438890;;CDS;;;;;;*597;; ;;;;;;;;;;; ;441323..442294;;CDS;;38;38;;;324;; comp;442333..442407;;ggc;;100;100;;;;; ;442508..443650;;CDS;;;;;;381;; ;;;;;;;;;;; ;443640..444197;;CDS;;93;93;;;186;; comp;444291..444364;;acc;;133;133;;;;; ;444498..444695;;CDS;;;;;;66;; ;;;;;;;;;;; ;644468..646315;;CDS;;124;124;;;*616;; ;646440..646516;;aga;;251;251;;;;; ;646768..647322;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; ;669786..670511;;CDS;;45;45;;;242;; ;670557..670632;;cgg;;1;;;;;; ;670634..670722;;tcc;;133;133;;;;; ;670856..671359;;CDS;;;;;;168;; ;;;;;;;;;;; comp;837575..837796;;CDS;;157;157;;;74;; comp;837954..838029;;aag;;214;214;;;;; ;838244..838888;;CDS;;;;;;215;; ;;;;;;;;;;; comp;1172026..1173090;;CDS;;112;112;;;355;; comp;1173203..1173285;;ttg;;82;82;;;;; comp;1173368..1175038;;CDS;;;;;;*557;; ;;;;;;;;;;; comp;1456398..1457315;;CDS;;72;72;;;306;; comp;1457388..1457463;;gac;;40;40;;;;; comp;1457504..1458355;;CDS;;154;154;;;284;; comp;1458510..1458585;;ttc;;7;;;7;;; comp;1458593..1458668;;gac;;4;;;4;;; comp;1458673..1458749;;atgf;;55;;;55;;; comp;1458805..1458895;;tca;;22;;;22;;; comp;1458918..1458994;;atgi;;4;;;4;;; comp;1458999..1459075;;atgj;;45;;;45;;; comp;1459121..1459196;;gca;;5;;;5;;; comp;1459202..1459286;;tta;;20;;;20;;; comp;1459307..1459382;;aaa;;6;;;6;;; comp;1459389..1459464;;aca;;15;;;15;;; comp;1459480..1459555;;gta;;21;;;;;; comp;1459577..1459684;;5s;@2;34;;;;108;; comp;1459719..1462556;;23s;;50;;;;2838;; comp;1462607..1462682;;gca;;6;;;6;;; comp;1462689..1462765;;atc;;110;;;;;; comp;1462876..1464398;;16s;;206;;;;1523;; comp;1464605..1464688;;tac;;114;114;;;;; comp;1464803..1464973;;cds;;;;;;;; </pre> ====apal cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_cumuls|apal cumuls]] <pre> apal cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;0;1;;100;5;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;4;8;50;4;20;;200;6;60;1 ;16 atc gca;1;40;1;1;100;9;40;;300;4;90;4 ;16 23 5s a;1;60;0;2;150;9;60;;400;5;120;1 ;max a;14;80;1;0;200;3;80;;500;1;150;0 ;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;4;180;3 ;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;1;210;2 ;total aas;15;140;0;0;350;1;140;;800;0;240;1 sans ;opérons;14;160;0;0;400;0;160;;900;1;270;1 ;1 aa;9;180;0;0;450;0;180;;1000;0;300;2 ;max a;4;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2 ;a doubles;0;;0;0;;1;;;;0;;10 ;total aas;20;;6;11;;30;;0;;27;;27 total aas;;35;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;136;;;;307;; ;;;variance;;;;100;;;;208;; sans jaune;;;moyenne;25;17;;122;;;;218;;177 ;;;variance;24;18;;68;;;;120;;91 </pre> ====apal blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_blocs|apal blocs]] <pre> apal blocs;;;;; gta;21;;CDS;347; 5s;34;108;16s;128;1523 23s;50;2838;23s;34;2838 gca;6;;5s;51;108 atc;110;;aac;118; 16s;206;1523;CDS;; tac;114;;;; CDS;;;;; </pre> ====apal remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_remarques|apal remarques]] *code génétique apal <pre> apal;;;;;;;35 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;1;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====apal distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_distribution|apal distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total apal;;9; ;;;;;;apal;9;;;;;;;;apal;0;;;;;; </pre> ====apal données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_données_intercalaires|apal données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;apal;fx;fc;apal;fx40;fc40;apal;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;0;10;0;0;10;-1;;43;132;133;16s tRNA;; ;0;10;6;163;1;0;42;-2;;0;126;527;118;;atc ;0;20;4;157;2;0;26;-3;;0;72;38;tRNA 16s;; ;0;30;11;37;3;0;17;-4;2;102;73;100;206;;tac 1;1;40;9;34;4;0;14;-5;;0;168;93;tRNA 23s;;gca ;2;50;8;35;5;0;10;-6;1;0;139;133;51;; ;0;60;12;41;6;2;4;-7;;1;70;214;5s tRNA;; ;1;70;7;37;7;2;6;-8;2;44;137;;51;;aac ;2;80;8;29;8;1;10;-9;;0;91;;21;;gta ;1;90;6;31;9;1;15;-10;;1;48;;tRNA tRNA;;intra 2;1;100;11;33;10;0;19;-11;1;33;214;;6;;atc gca ;0;110;6;24;11;0;18;-12;;0;124;;tRNA tRNA;;contig ;2;120;14;31;12;0;23;-13;;2;251;;7;;ttc ;2;130;9;23;13;2;15;-14;;17;45;;4;;gac 2;5;140;11;26;14;0;16;-15;;0;133;;55;;atgf ;0;150;4;17;15;0;18;-16;;1;157;;22;;tca ;2;160;7;16;16;0;9;-17;;13;112;;4;;atgi ;1;170;10;11;17;0;15;-18;;0;82;;45;;atgj ;0;180;6;13;18;1;18;-19;;0;138;;5;;gca ;0;190;4;14;19;0;13;-20;;8;40;;20;;tta ;0;200;3;11;20;1;12;-21;;0;154;;6;;aaa ;0;210;4;10;21;2;1;-22;;0;114;;15;;aca 1;1;220;4;7;22;2;5;-23;;5;CDS 16s;;**;;gta ;0;230;4;5;23;0;5;-24;;0;347;;tRNA tRNA;; ;0;240;3;7;24;3;6;-25;;1;206;;9;;agc ;0;250;1;6;25;0;7;-26;;9;16s 23s;;**;;gaa ;1;260;0;9;26;0;7;-27;;0;137;;14;;cac ;0;270;3;6;27;1;3;-28;;0;23s 5s;;34;;caa ;0;280;0;5;28;1;0;-29;;5;35;;**;;cta ;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;;;9;;gaa ;0;300;0;3;30;2;3;-31;;0;;;71;;cgt ;0;310;0;1;31;1;3;-32;;3;;;13;;cca ;0;320;1;6;32;1;6;-33;;0;;;**;;gga ;0;330;4;4;33;1;2;-34;;0;;;1;;cgg ;0;340;2;2;34;0;5;-35;;2;;;**;;tcc ;0;350;1;4;35;1;1;-36;;0;;;;; ;0;360;0;0;36;0;1;-37;;0;;;;; ;0;370;1;2;37;0;2;-38;;1;;;;; ;0;380;0;3;38;1;6;-39;;0;;;;; ;0;390;0;5;39;3;4;-40;;1;;;;; ;0;400;0;3;40;1;4;-41;;0;;;;; 1;0;reste;5;38;reste;160;518;-42;;0;;;;; 7;22;total;190;919;total;190;919;-43;;0;;;;; 6;22;diagr;185;871;diagr;30;391;-44;;0;;;;; 0;0; t30;21;357;;;;-45;;0;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;; ;x;190;6;0;196;;;-49;;0;;;;; ;c;909;294;10;1213;;;-50;;0;;;;; ;;;;;1409;97;;reste;;2;;;;; ;;;;;;1506;;total;6;294;;;;; </pre> =====apal autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_autres_intercalaires_aas|apal autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;apal;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas fin;;CDS;292;1638;;; deb;;CDS;82590;85343;109;*; ;;regulatory;85453;85552;216;*; fin;;CDS;85769;86557;;; deb;;CDS;86565;87845;35;*; ;;misc_binding;87881;88073;51;*; fin;;CDS;88125;89402;;; deb;;CDS;161706;162593;132;*; ;;tRNA;162726;162816;9;*;agc ;;tRNA;162826;162901;126;*;gaa fin;;CDS;163028;163522;;; deb;comp;CDS;205002;205226;72;*; ;comp;tRNA;205299;205373;73;*;tgg deb;comp;CDS;205447;206382;133;*; ;;tRNA;206516;206591;14;*;cac ;;tRNA;206606;206680;34;*;caa ;;tRNA;206715;206797;168;*;cta fin;;CDS;206966;207208;;; deb;comp;CDS;278906;279901;56;*; ;comp;misc_binding;279958;280136;8;*; fin;comp;CDS;280145;281908;;0; deb;;CDS;294770;296290;347;*; ;;rRNA;296638;298152;137;*;1515 ;;rRNA;298290;301125;35;*;2836 ;;rRNA;301161;301268;51;*;108 ;;tRNA;301320;301396;139;*;aac fin;;CDS;301536;301835;;; deb;;CDS;303638;304993;70;*; ;;tRNA;305064;305139;9;*;gaa ;;tRNA;305149;305225;71;*;cgt ;;tRNA;305297;305373;13;*;cca ;;tRNA;305387;305461;137;*;gga fin;;CDS;305599;308184;;; deb;;CDS;310206;311093;42;*; ;;repeat_region;311136;314336;391;*; fin;;CDS;314728;315327;;; deb;;CDS;326174;327313;91;*; ;;tRNA;327405;327478;527;*;tgc fin;comp;CDS;328006;328539;;0; deb;;CDS;426740;427501;5;*; ;;misc_binding;427507;427707;40;*; fin;;CDS;427748;428767;;; deb;;CDS;435096;436751;48;*; ;;tRNA;436800;436885;214;*;ctc fin;;CDS;437100;438890;;; deb;;CDS;441323;442294;38;*; ;comp;tRNA;442333;442407;100;*;ggc fin;;CDS;442508;443650;;; deb;;CDS;443640;444197;93;*; ;comp;tRNA;444291;444364;133;*;acc fin;;CDS;444498;444695;;; deb;;CDS;480393;481697;56;*; ;;regulatory;481754;481850;51;*; fin;;CDS;481902;483050;;; deb;;CDS;575929;577302;54;*; ;;regulatory;577357;577432;44;*; fin;;CDS;577477;578175;;; deb;;CDS;583894;584502;19;*; ;;regulatory;584522;584597;56;*; fin;;CDS;584654;585274;;; deb;;CDS;644468;646315;124;*; ;;tRNA;646440;646516;251;*;aga fin;;CDS;646768;647322;;; deb;;CDS;669786;670511;45;*; ;;tRNA;670557;670632;1;*;cgg ;;tRNA;670634;670722;133;*;tcc fin;;CDS;670856;671359;;; deb;;CDS;778517;780295;54;*; ;;misc_binding;780350;780540;55;*; fin;;CDS;780596;783169;;; deb;comp;CDS;837575;837796;157;*; ;comp;tRNA;837954;838029;214;*;aag fin;;CDS;838244;838888;;; deb;comp;CDS;859225;859602;141;*; ;;regulatory;859744;859842;69;*; fin;;CDS;859912;860478;;0; deb;;CDS;900888;901286;41;*; ;;ncRNA;901328;901664;157;*; fin;;CDS;901822;906708;;; deb;;CDS;930603;931235;52;*; ;;tmRNA;931288;931628;154;*; fin;;CDS;931783;934152;;; deb;comp;CDS;997671;998201;47;*; ;comp;misc_binding;998249;998458;29;*; fin;comp;CDS;998488;998940;;; deb;comp;CDS;1099021;1099650;75;*; ;comp;regulatory;1099726;1099840;44;*; fin;comp;CDS;1099885;1100643;;0; deb;comp;CDS;1172026;1173090;112;*; ;comp;tRNA;1173203;1173285;82;*;ttg fin;comp;CDS;1173368;1175038;;; deb;comp;CDS;1296140;1297378;79;*; ;comp;regulatory;1297458;1297558;175;*; fin;;CDS;1297734;1298978;;; deb;comp;CDS;1395785;1396276;13;*; ;comp;misc_feature;1396290;1396409;2;*; fin;comp;CDS;1396412;1397101;;; deb;comp;CDS;1420757;1422160;117;*; ;comp;regulatory;1422278;1422379;175;*; fin;comp;CDS;1422555;1422713;;0; deb;comp;CDS;1424704;1426260;38;*; ;comp;misc_binding;1426299;1426505;43;*; fin;comp;CDS;1426549;1427391;;; deb;comp;CDS;1456398;1457249;138;*; ;comp;tRNA;1457388;1457463;40;*;gac deb;comp;CDS;1457504;1458355;154;*; ;comp;tRNA;1458510;1458585;7;*;ttc ;comp;tRNA;1458593;1458668;4;*;gac ;comp;tRNA;1458673;1458749;55;*;atgf ;comp;tRNA;1458805;1458895;22;*;tca ;comp;tRNA;1458918;1458994;4;*;atgi ;comp;tRNA;1458999;1459075;45;*;atgj ;comp;tRNA;1459121;1459196;5;*;gca ;comp;tRNA;1459202;1459286;20;*;tta ;comp;tRNA;1459307;1459382;6;*;aaa ;comp;tRNA;1459389;1459464;15;*;aca ;comp;tRNA;1459480;1459555;21;*;gta ;comp;rRNA;1459577;1459684;35;*;108 ;comp;rRNA;1459720;1462555;51;*;2836 ;comp;tRNA;1462607;1462682;6;*;gca ;comp;tRNA;1462689;1462765;118;*;atc ;comp;rRNA;1462884;1464398;206;*;1515 ;comp;tRNA;1464605;1464688;114;*;tac fin;comp;CDS;1464803;1464973;;; deb;comp;CDS;1471917;1474742;32;*; ;comp;ncRNA;1474775;1474868;9;*; fin;comp;CDS;1474878;1475336;;; deb;comp;CDS;1547053;1548444;47;*; ;comp;misc_binding;1548492;1548707;39;*; fin;comp;CDS;1548747;1549406;;; deb;comp;CDS;1554025;1554159;291;*; </pre> ===tenericutes synthèse=== ====tenericutes distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_génome|tenericutes distribution par génome]] <pre> tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total abra;12;14; ;11;1;2;;5;45 apal;9;9; ;11;1;4;;1;35 total;21;23;0;22;2;6;0;6;80 </pre> ====tenericutes distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_du_total|tenericutes distribution du total]] <pre> tener2;;;;;;;66 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2 atc;;acc;2;aac;;agc;2 ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;2 cta;2;cca;3;caa;2;cga;1 gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2 ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;21;23;;22;;;66 ;;;;;;; tener2;;;;;;;14 atgi; ;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;2;tgc; atc;4;acc;;aac;6;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;2;gaa;;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj; ;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;6 1-3aas;2;6;66 </pre> ====tenericutes distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_type|tenericutes distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;22 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga; cta;2;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;2;gaa;;gga; ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;21;23;;22;;;66;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====tenericutes par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_par_rapport_au_groupe_de_référence|tenericutes par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;7;3;;;;;10; 16;moyen;13;4;;10;;6;33; 14;fort;3;14;;12;6;2;37; ; ;23;21;;22;6;8;80; 10;g+cga;3;2;;;;;5; 2;agg+cgg;1;;;;;;1; 4;carre ccc;3;1;;;;;4; 5;autres;;;;;;;; ;;7;3;;;;;10; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;88;38;;;;;125;26 16;moyen;163;50;;125;;75;413;324 14;fort;38;175;;150;75;25;463;650 ; ;288;263;;275;75;100;80;729 10;g+cgg;38;25;;;;;63;10 2;agg+cga;13;;;;;;13; 4;carre ccc;38;13;;;;;50;16 5;autres;;;;;;;; ;;88;38;;;;;125; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;159;68;;227;26;30;14; 16;moyen;295;91;;386;324;57;19; 14;fort;68;318;;386;650;13;67; ; ;523;477;;44;729;23;21; 10;g+cgg;68;45;;114;10;;; 2;agg+cga;23;;;23;;;; 4;carre ccc;68;23;;91;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;159;68;;227;;;; </pre> ====tenericutes, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes,_estimation_des_-rRNAs|tenericutes, estimation des -rRNAs]] <pre> tenericutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 20 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;20;93; ; ;;indices;;;;20;465;0;0;;tener2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;44 atgi;5;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;25;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;;tac;5;tgc;;;ttc;25;tcc;;tac;25;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2 atc;10;acc;;aac;11;agc;;;atc;50;acc;;aac;55;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;25;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;2 tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;25;tca;25;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;6;aaa;7;aga;;;ata;;aca;30;aaa;35;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;2 cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;10;cca;;caa;;cga;;;cta;2;cca;3;caa;2;cga;1 gta;8;gca;7;gaa;2;gga;;;gta;40;gca;35;gaa;10;gga;;;gta;;gca;;gaa;4;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;5;acg;;aag;;agg;;;atgj;25;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;39;;54;;0;93;;;;195;;270;;0;465;;;;17;;17;;10;44 27.5.20 Tanger;;;;tener;total;ttt;tgt;;10.1.21 Paris;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;112;3535;0.9;0;;;;;;112;3535;0.9;0;;tener2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;62;tct;;tat;;atgf;71;;atgi;87;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;79;tcc;40;tac;75;tgc;99;;ttc;104;tcc;40;tac;100;tgc;99;;ttc;;tcc;50;tac;;tgc;100 atc;53;acc;71;aac;49;agc;99;;atc;103;acc;71;aac;104;agc;99;;atc;;acc;100;aac;;agc;100 ctc;32;ccc;0.0;cac;100;cgt;72;;ctc;32;ccc;;cac;100;cgt;72;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100 gtc;1.8;gcc;0.9;gac;77;ggc;56;;gtc;1.8;gcc;0.9;gac;102;ggc;56;;gtc;50;gcc;50;gac;100;ggc;100 tta;73;tca;75;taa;;tga;90;;tta;98;tca;100;taa;;tga;90;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;8;aca;73;aaa;86;aga;103;;ata;8.0;aca;103;aaa;121;aga;103;;ata;;aca;;aaa;;aga;100 cta;90;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;150;caa;100;cga;50 gta;65;gca;69;gaa;94;gga;102;;gta;105;gca;104;gaa;104;gga;102;;gta;;gca;;gaa;200;gga;100 ttg;98;tcg;33;tag;0.0;tgg;100;;ttg;98;tcg;33;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;50;tag;;tgg;100 atgj;69;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;94;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;;acg;50;aag;100;agg;50 ctg;0;ccg;0;cag;0;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1201;;1101;;349;2651;;;;1396;;1371;;329;3096;;;;850;;850;;500;2200 rapports;;86;;80;;106;86;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;tener2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;71;tct;;tat;;atgf;74;;fiches;28.45;;;fréquences;;;;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;569;;;0/0;7;;;;att;100;act;100;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;93;;;10;9;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;20;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;100 ttc;76;tcc;100;tac;75;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;100;tcc;20;tac;100;tgc;1 atc;51;acc;100;aac;47;agc;100;;tener2;22;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;100;agc;1 ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100;;sans;44;;;50;2;19;;;ctc;68;ccc;;cac;0;cgt;28 gtc;100;gcc;100;gac;75;ggc;100;;avec;36;;;60;2;;;;gtc;96;gcc;98;gac;23;ggc;44 tta;74;tca;75;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;1;;;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100 ata;100;aca;71;aaa;71;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;100;aaa;100;aga;3 cta;90;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par tener;;;;90;0;;;;cta;10;cca;34;caa;3;cga;24 gta;62;gca;66;gaa;90;gga;100;;est 23% en dessous;;;;100;19;;;;gta;100;gca;100;gaa;53;gga;2 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;34;tag;;tgg;0 atgj;73;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;100;acg;50;aag;38;agg;56 ctg;;ccg;;cag;;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;100 gtg;;gcg;;gag;;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;100 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;66;;187;;441;693 </pre> ==spirochète== ===Sphaerochaeta coccoides DSM 17374=== ====scc opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_opérons|scc opérons]] *Notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc. <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Spha_cocc_DSM_17374/sphaCocc_DSM17374-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_015436.1;scc;génome;;;;;;;;;; 50.6%GC;12.1.21 Paris;16s 3;47;;;;;;;cds dirigé;; Sphaerochaeta coccoides DSM 17374 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; comp;215073..215231;;cds;;1194;*1194;;;53;;hp; comp;216426..216498;;gcg;@1;369;369;;;;*369;; comp;216868..217047;;cds;;;;;;60;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;243358..244170;;cds;@2;812;*812;;;271;;HAD-IIB family hydrolase;* ;244983..246519;;16s;;132;;;132;;;; ;246652..246725;;atc;;79;;;79;;;; ;246805..249778;;23s;;72;;;;;;; ;249851..249962;;5s;;175;175;;;;175;; ;250138..250947;;cds;;;;;;270;;metal ABC transporter permease;* ;;;;;;;;;;;; ;300128..301798;;cds;;669;*669;;;557;;formate--tetrahydrofolate ligase;* ;302468..302539;;ggg;;452;*452;;;;*452;; ;302992..304032;;cds;;;;;;347;;ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;316296..317216;;cds;;152;152;;;307;152;phosphatase PAP2 family protein;* ;317369..317442;;gac;;176;176;;;;;; ;317619..318692;;cds;;;;;;358;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;; ;330207..331004;;cds;;16;16;;;266;16;class I SAM-dependent methyltransferase;* comp;331021..331104;;ttg;;251;251;;;;;; ;331356..333446;;cds;;;;;;*697;;patatin-like phospholipase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;345290..346216;;cds;;228;228;;;309;;hp; comp;346445..346517;;ccg;;182;182;;;;182;; comp;346700..347059;;cds;;;;;;120;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;422975..424363;;cds;;71;71;;;463;71;sulfatase-like hydrolase/transferase;* comp;424435..424506;;gtc;;252;252;;;;;; ;424759..426600;;cds;;;;;;614;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;436852..438168;;cds;;237;237;;;439;;MFS transporter;* comp;438406..438477;;gtg;;202;202;;;;202;; ;438680..440152;;cds;;;;;;491;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;481186..482484;;cds;;180;180;;;433;;HD domain-containing protein;* ;482665..482737;;atgj;;82;82;;;;82;; ;482820..483494;;cds;;;;;;225;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;530805..532313;;cds;;82;82;;;503;82;IMP dehydrogenase;* ;532396..532467;;gta;;310;310;;;;;; ;532778..533485;;cds;;;;;;236;;YggS family pyridoxal phosphate-dependent enzyme;* ;;;;;;;;;;;; ;568939..569700;;cds;;102;102;;;254;102;NAD-dependent deacetylase;* ;569803..569874;;gga;;412;412;;;;;; ;570287..570952;;cds;;;;;;222;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;636017..636391;;cds;;52;52;;;125;52;chorismate mutase;* ;636444..636517;;aca;;334;334;;;;;; comp;636852..637013;;cds;;;;;;54;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;717326..717772;;cds;;66;66;;;149;66;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;717839..717920;;tac;;230;230;;;;;; ;718151..719386;;cds;;;;;;412;;aminopeptidase;* ;;;;;;;;;;;; comp;721419..723056;;cds;@3;67;67;;;546;67;ATP-binding cassette domain-containing protein;* comp;723124..723195;;gag;;10;;10;;;;; comp;723206..723276;;cag;;104;104;;;;;; comp;723381..723911;;cds;;;;;;177;;adenine phosphoribosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;724974..725225;;cds;;236;236;;;84;;hp; comp;725462..725533;;acg;;124;124;;;;124;; comp;725658..728366;;cds;;;;;;*903;;pyruvate, phosphate dikinase;* ;;;;;;;;;;;; comp;767509..768549;;cds;;350;350;;;347;*350;DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family protein;* comp;768900..769011;;5s;;72;;;;;;; comp;769084..772057;;23s;;40;;;40;;;; comp;772098..772171;;gca;;137;;;137;;;; comp;772309..773845;;16s;;535;*535;;;;;; ;774381..774947;;cds;;;;;;189;;peroxiredoxin;* ;;;;;;;;;;;; ;783089..784627;;cds;;273;273;;;513;;glycoside hydrolase family 43 protein;* comp;784901..784972;;gaa;;43;;43;;;;; comp;785016..785088;;aaa;;223;223;;;;223;; ;785312..787483;;cds;;;;;;*724;;cadmium-translocating P-type ATPase;* ;;;;;;;;;;;; comp;877367..879202;;cds;;447;447;;;612;*447;translational GTPase TypA;* comp;879650..879761;;5s;;72;;;;;;; comp;879834..882807;;23s;;40;;;40;;;; comp;882848..882921;;gca;;137;;;137;;;; comp;883059..884595;;16s;;648;*648;;;;;; ;885244..885867;;cds;;;;;;208;;GNAT family N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;900855..901490;;cds;;73;73;;;212;73;Fic family protein;* comp;901564..901637;;ccc;;214;214;;;;;; ;901852..903519;;cds;;;;;;556;;Alpha-glucosidase;* ;;;;;;;;;;;; ;928254..930545;;cds;;138;138;;;*764;138;AAA family ATPase;* ;930684..930755;;cac;;32;;32;;;;; ;930788..930861;;cga;;38;;38;;;;; ;930900..930972;;aag;;37;;37;;;;; ;931010..931091;;cta;;36;;36;;;;; ;931128..931199;;ggc;;423;423;;;;;; ;931623..932981;;cds;;;;;;453;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;; ;937885..939693;;cds;;171;171;;;603;171;oligoendopeptidase F;* ;939865..939938;;aga;;437;437;;;;;; ;940376..940579;;cds;;;;;;68;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;974079..974468;;cds;@4;223;223;;;130;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;974692..974775;;ctc;;153;153;;;;153;; comp;974929..975384;;cds;;112;112;;;152;;VOC family protein;* comp;975497..975569;;cca;;95;95;;;;95;; ;975665..976339;;cds;;;;;;225;;endonuclease III;* ;;;;;;;;;;;; ;1069506..1069922;;cds;;81;81;;;139;;hp; comp;1070004..1070087;;tta;;78;78;;;;78;; ;1070166..1070981;;cds;;;;;;272;;TatD family hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1113338..1113928;;cds;;247;247;;;197;247;NAD(P)H-dependent oxidoreductase;* ;1114176..1114248;;aac;;247;247;;;;;; comp;1114496..1117318;;cds;;;;;;*941;;5'-nucleotidase C-terminal domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1126672..1127604;;cds;;173;173;;;311;173;DUF362 domain-containing protein;* ;1127778..1127850;;caa;;193;193;;;;;; comp;1128044..1128334;;cds;;;;;;97;;septation regulator SpoVG;* ;;;;;;;;;;;; comp;1257969..1258763;;cds;;140;140;;;265;;nucleotidyltransferase domain-containing protein;* ;1258904..1258977;;agg;;79;79;;;;79;; ;1259057..1259779;;cds;;;;;;241;;nitroreductase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1273039..1273944;;cds;;217;217;;;302;;DNA-protecting protein DprA;* ;1274162..1274234;;ttc;;103;103;;;;103;; comp;1274338..1274865;;cds;;;;;;176;;cysteine hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1363097..1364389;;cds;;432;432;;;431;;H(+)-transporting two-sector ATPase;* ;1364822..1364894;;atgf;;213;213;;;;213;; ;1365108..1366457;;cds;;;;;;450;;Trk system potassium transporter TrkA;* ;;;;;;;;;;;; comp;1478531..1479448;;cds;;196;196;;;306;196;hp; ;1479645..1479718;;cgg;;256;256;;;;;; comp;1479975..1481738;;cds;;;;;;588;;ABC transporter ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1522454..1523143;;cds;;86;86;;;230;;hp; ;1523230..1523301;;tgc;;34;34;;;;34;; comp;1523336..1523890;;cds;;;;;;185;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;1540671..1541807;;cds;;186;186;;;379;186;DUF2974 domain-containing protein;* comp;1541994..1542066;;gcc;;351;351;;;;;; ;1542418..1544223;;cds;;;;;;602;;IS1634 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;1691238..1692578;;cds;;189;189;;;447;189;sn-glycerol-1-phosphate dehydrogenase;* ;1692768..1692851;;ctg;;564;*564;;;;;; ;1693416..1693646;;cds;;;;;;77;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1760709..1761905;;cds;;185;185;;;399;185;hp; ;1762091..1762164;;atgi;;316;316;;;;;; comp;1762481..1765135;;cds;;;;;;*885;;valine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2034849..2035028;;cds;@4;32;32;;;60;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2035061..2035134;;tgg;;26;26;;;;26;; comp;2035161..2035337;;cds;;64;64;;;59;64;50S ribosomal protein L33;* comp;2035402..2035474;;acc;;246;246;;;;;; ;2035721..2036506;;cds;;;;;;262;;HAD family hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; ;2185380..2186171;;cds;@5;84;84;;;264;84;16S rRNA (uracil(1498)-N(3))-methyltransferase;* ;2186256..2186340;;tca;;40;;40;;;;; ;2186381..2186467;;agc;;25;;25;;;;; ;2186493..2186566;;cgc;;16;;16;;;;; ;2186583..2186669;;tcg;;40;;40;;;;; ;2186710..2186795;;tcc;;13;;;;;;; ;2186809..2186906;;ncRNA;;133;133;;;*33;;; comp;2187040..2188236;;cds;;;;;;399;;transposase;* </pre> ====scc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_cumuls|scc cumuls]] *Notes: * pour le nombre de jaunes <pre> scc cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;3;1;0;;1;0;1;0;100;9 ;16 23 5s 0;;20;2;;50;4;20;1;200;11 ;16 atc23s5s;1;40;7;2;100;14;40;2;300;16 ;16gca23s5s;2;60;1;0;150;8;60;1;400;11 ;max a;1;80;;1;200;13;80;7;500;9 ;a doubles;;100;;0;250;13;100;4;600;6 ;autres;;120;;0;300;4;120;2;700;5 ;total aas;3;140;;3;350;4;140;2;800;*2 sans ;opérons;34;160;;;400;2;160;2;900;*1 ;1 aa;30;180;;;450;5;180;3;1000;*2 ;max a;5;200;;;500;*1;200;5;1100; ;a doubles;0;;;;;*6;;*4;; ;total aas;44;;10;6;;74;;33;;72 total aas;;47;;;;;;;*4;;*6 remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;32;94;;236;;154;;343 ;;;variance;11;47;;196;;108;;215 sans jaune;;;moyenne;;;;188;;124;;299 ;;;variance;;;;110;;64;;164 </pre> ====scc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_blocs|scc blocs]] <pre> cds;812;;cds;350;447 16s;132;;5s;72;72 atc;79;;23s;40;40 23s;72;;gca;137;137 5s;175;;16s;535;648 cds;;;cds;; </pre> ====scc remarques==== ====scc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_distribution|scc distribution]] <pre> distribution;scc;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;14;30;;;;3;47 ;;;;;;; ;;;;;;; distribution;scc;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;inter;;max;;min;;total ;17;;13;;17;;47 </pre> ====scc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_données_intercalaires|scc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;scc;fx;fc;scc;fx40;fc40;scc;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;39;1194;152;16s tRNA;; ;0;10;9;164;1;1;31;-2;1;0;369;16;132;;atc 1;0;20;15;120;2;0;27;-3;0;0;669;251;2* 137;;gca ;1;30;25;55;3;3;23;-4;2;156;452;71;tRNA 23s;; 1;1;40;11;50;4;1;7;-5;0;0;176;252;79;;atc ;0;50;20;52;5;0;13;-6;2;0;228;237;2* 40;;gca ;1;60;10;31;6;0;4;-7;0;6;182;202;tRNA tRNA;; ;3;70;18;44;7;2;8;-8;0;31;82;180;10;;gag 3;1;80;15;38;8;0;11;-9;2;0;82;334;**;;cag 2;3;90;17;36;9;1;20;-10;0;5;310;273;43;;gaa 1;0;100;27;28;10;1;20;-11;4;15;102;223;**;;aaa 1;2;110;13;31;11;0;12;-12;2;0;412;73;32;;cac ;1;120;18;23;12;2;15;-13;1;2;52;214;38;;cga ;1;130;17;21;13;2;16;-14;0;17;66;95;37;;aag 1;1;140;16;23;14;2;16;-15;1;0;230;81;36;;cta ;0;150;10;20;15;1;12;-16;1;4;67;78;**;;ggc 1;1;160;12;18;16;0;8;-17;2;7;104;247;40;;tca ;0;170;15;12;17;1;7;-18;1;0;236;247;25;;agc 2;2;180;14;14;18;0;15;-19;0;0;124;173;16;;cgc 1;3;190;9;13;19;4;7;-20;0;10;138;193;40;;tcg 2;0;200;11;17;20;3;12;-21;0;0;423;140;**;;tcc 1;0;210;6;15;21;2;5;-22;0;0;171;217;;; 2;1;220;13;14;22;0;6;-23;2;2;437;103;;; 1;3;230;10;9;23;1;9;-24;1;1;223;432;;; 1;1;240;14;8;24;4;8;-25;0;2;153;196;;; 3;0;250;10;7;25;3;6;-26;2;5;112;256;;; 3;0;260;5;7;26;3;9;-27;0;0;79;86;;; ;0;270;6;9;27;4;3;-28;0;0;213;34;;; 1;0;280;3;7;28;0;5;-29;0;2;186;351;;; ;0;290;7;8;29;3;3;-30;0;0;189;185;;; ;0;300;4;8;30;5;1;-31;1;1;564;316;;; ;1;310;3;8;31;2;7;-32;1;2;32;246;;; 1;0;320;6;10;32;1;2;-33;0;0;26;;;; ;0;330;2;6;33;1;3;-34;0;1;64;;;; 1;0;340;8;3;34;0;8;-35;0;0;84;;;; ;0;350;1;6;35;1;5;-36;0;0;CDS 16s;;;; 1;0;360;5;7;36;1;5;-37;0;0;812;;;; ;1;370;1;5;37;2;2;-38;0;0;350;;;; ;0;380;3;5;38;2;7;-39;0;0;447;;;; ;0;390;5;5;39;1;9;-40;0;0;23s 5s;;;; ;0;400;2;4;40;0;2;-41;0;2;3* 72;;;; 1;7;reste;39;34;reste;395;606;-42;0;0;5s CDS;;;; 32;35;total;457;1001;total;457;1001;-43;0;0;350;175;;; 31;28;diagr;416;961;diagr;60;389;-44;0;2;447;;;; 1;1; t30;49;339;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;455;28;2;485;;;-49;0;0;;;;; ;c;995;319;6;1320;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1805;104;;reste;1;6;;;;; ;;;;;;1909;;total;28;319;;;;; </pre> =====scc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires_aas|scc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;scc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;215073;215231;1194;*; ;comp;tRNA;216426;216498;369;*;gcg fin;comp;CDS;216868;217047;;0; deb;;CDS;243358;244170;812;*; ;;rRNA;244983;246519;132;*;16s ;;tRNA;246652;246725;79;*;atc ;;rRNA;246805;249778;72;*;23s ;;rRNA;249851;249962;175;*;5s fin;comp;CDS;250138;250947;;; deb;;CDS;300128;301798;669;*; ;;tRNA;302468;302539;452;*;ggg fin;;CDS;302992;304032;;; deb;comp;CDS;316296;317216;152;*; ;;tRNA;317369;317442;176;*;gac fin;;CDS;317619;318692;;; deb;;CDS;330207;331004;16;*; ;comp;tRNA;331021;331104;251;*;ttg fin;;CDS;331356;333446;;1; deb;comp;CDS;345290;346216;228;*; ;comp;tRNA;346445;346517;182;*;ccg fin;comp;CDS;346700;347059;;0; deb;;CDS;422975;424363;71;*; ;comp;tRNA;424435;424506;252;*;gtc fin;;CDS;424759;426600;;; deb;;CDS;436852;438168;237;*; ;comp;tRNA;438406;438477;202;*;gtg fin;;CDS;438680;440152;;1; deb;comp;CDS;481186;482484;180;*; ;;tRNA;482665;482737;82;*;atgj fin;;CDS;482820;483494;;; deb;;CDS;530805;532313;82;*; ;;tRNA;532396;532467;310;*;gta fin;;CDS;532778;533485;;; deb;;CDS;568939;569700;102;*; ;;tRNA;569803;569874;412;*;gga fin;;CDS;570287;570952;;; deb;;CDS;636017;636391;52;*; ;;tRNA;636444;636517;334;*;aca fin;comp;CDS;636852;637013;;0; deb;;CDS;640192;640530;79;*; ;;tmRNA;640610;640987;334;*; fin;comp;CDS;641322;642209;;0; deb;;CDS;711173;712012;51;*; ;comp;ncRNA;712064;712406;10;*; fin;comp;CDS;712417;713229;;; deb;comp;CDS;717326;717772;66;*; ;comp;tRNA;717839;717920;230;*;tac fin;;CDS;718151;719386;;; deb;comp;CDS;721419;723056;67;*; ;comp;tRNA;723124;723195;10;*;gag ;comp;tRNA;723206;723276;104;*;cag fin;comp;CDS;723381;723911;;; deb;comp;CDS;724974;725225;236;*; ;comp;tRNA;725462;725533;124;*;acg fin;comp;CDS;725658;728366;;; deb;comp;CDS;767509;768549;350;*; ;comp;rRNA;768900;769011;72;*;5s ;comp;rRNA;769084;772057;40;*;23s ;comp;tRNA;772098;772171;137;*;gca ;comp;rRNA;772309;773845;535;*;16s fin;;CDS;774381;774947;;; deb;;CDS;783089;784627;273;*; ;comp;tRNA;784901;784972;43;*;gaa ;comp;tRNA;785016;785088;223;*;aaa fin;;CDS;785312;787483;;; deb;comp;CDS;877367;879202;447;*; ;comp;rRNA;879650;879761;72;*;5s ;comp;rRNA;879834;882807;40;*;23s ;comp;tRNA;882848;882921;137;*;gca ;comp;rRNA;883059;884595;648;*;16s fin;;CDS;885244;885867;;0; deb;;CDS;900855;901490;73;*; ;comp;tRNA;901564;901637;214;*;ccc fin;;CDS;901852;903519;;; deb;;CDS;928254;930545;138;*; ;;tRNA;930684;930755;32;*;cac ;;tRNA;930788;930861;38;*;cga ;;tRNA;930900;930972;37;*;aag ;;tRNA;931010;931091;36;*;cta ;;tRNA;931128;931199;423;*;ggc fin;;CDS;931623;932981;;; deb;;CDS;937885;939693;171;*; ;;tRNA;939865;939938;437;*;aga fin;;CDS;940376;940579;;0; deb;comp;CDS;974079;974468;223;*; ;comp;tRNA;974692;974775;153;*;ctc deb;comp;CDS;974929;975384;112;*; ;comp;tRNA;975497;975569;95;*;cca fin;;CDS;975665;976339;;0; deb;;CDS;1069506;1069922;81;*; ;comp;tRNA;1070004;1070087;78;*;tta fin;;CDS;1070166;1070981;;; deb;;CDS;1084097;1084510;24;*; ;;regulatory;1084535;1084630;39;*; fin;;CDS;1084670;1085716;;; deb;comp;CDS;1113338;1113928;247;*; ;;tRNA;1114176;1114248;247;*;aac fin;comp;CDS;1114496;1117318;;; deb;comp;CDS;1126672;1127604;173;*; ;;tRNA;1127778;1127850;193;*;caa fin;comp;CDS;1128044;1128334;;; deb;comp;CDS;1257969;1258763;140;*; ;;tRNA;1258904;1258977;79;*;agg fin;;CDS;1259057;1259779;;0; deb;comp;CDS;1273039;1273944;217;*; ;;tRNA;1274162;1274234;103;*;ttc fin;comp;CDS;1274338;1274865;;1; deb;;CDS;1301674;1301952;54;*; ;;rpr;1302007;1306491;4;*; fin;;CDS;1306496;1306978;;; deb;;CDS;1319568;1319912;73;*; ;;rpr;1319986;1322002;84;*; fin;comp;CDS;1322087;1322668;;; deb;comp;CDS;1363097;1364389;432;*; ;;tRNA;1364822;1364894;213;*;atgf fin;;CDS;1365108;1366457;;; deb;comp;CDS;1478531;1479448;196;*; ;;tRNA;1479645;1479718;256;*;cgg fin;comp;CDS;1479975;1481738;;; deb;comp;CDS;1522454;1523143;86;*; ;;tRNA;1523230;1523301;34;*;tgc fin;comp;CDS;1523336;1523890;;; deb;comp;CDS;1540671;1541807;186;*; ;comp;tRNA;1541994;1542066;351;*;gcc fin;;CDS;1542418;1544223;;0; deb;;CDS;1691238;1692578;189;*; ;;tRNA;1692768;1692851;564;*;ctg fin;;CDS;1693416;1693646;;; deb;comp;CDS;1760709;1761905;185;*; ;;tRNA;1762091;1762164;316;*;atgi fin;comp;CDS;1762481;1765135;;; deb;comp;CDS;2034849;2035028;32;*; ;comp;tRNA;2035061;2035134;26;*;tgg deb;comp;CDS;2035161;2035337;64;*; ;comp;tRNA;2035402;2035474;246;*;acc fin;;CDS;2035721;2036506;;0; deb;;CDS;2185380;2186171;84;*; ;;tRNA;2186256;2186340;40;*;tca ;;tRNA;2186381;2186467;25;*;agc ;;tRNA;2186493;2186566;16;*;cgc ;;tRNA;2186583;2186669;40;*;tcg ;;tRNA;2186710;2186795;13;*;tcc ;;ncRNA;2186809;2186906;133;*; fin;comp;CDS;2187040;2188236;;; </pre> ====scc intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_entre_cds|scc intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> scc;3.2.21 Paris;;scc 16.7.20;;;;;;; scc;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;347;19.2;'''négatif ;-10;13;-1 à -74;'''2 227 296;-1;347 ;'''zéro;8;0.4;;;;;'''intercals;0;8 ;'''1 à 200;1112;61.6;'''0 à 200;69;57;;'''195 310;5;106 ;'''201 à 370;241;13.4;'''201 à 370;269;49;;'''8.8%;10;67 ;'''371 à 600;78;4.3;'''371 à 600;445;63;;;15;78 ;'''601 à max;19;1.1;'''601 à 1048;779;145;;;20;57 ;'''total 1805;<201;81;'''total 1800;103;136;-74 à 1048;;25;44 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>fréquence-1;30;36 1398976;1670;-1;347;-70;2;;0;8;35;30 1167746;1666;0;8;-60;2;;-1;°39;40;31 1943263;1598;1;°32;-50;3;;-2;1;45;39 2221165;1229;2;27;-40;6;;-3;0;50;33 940376;1048;3;26;-30;6;'''min à -1;-4;°158;55;27 2116721;960;4;8;-20;27;347;-5;0;60;14 1197192;959;5;°13;-10;62;19.2%;-6;2;65;36 1728512;916;6;4;0;247;;-7;6;70;26 1917725;874;7;10;10;173;;-8;°31;75;22 972954;867;8;11;20;135;;-9;2;80;31 1554925;775;9;°21;30;80;;-10;5;85;26 1997696;715;10;21;40;61;'''1 à 100;-11;°19;90;27 1693573;700;11;12;50;72;785;-12;2;95;33 1314184;671;12;°17;60;41;43.5%;-13;3;100;22 1528150;655;13;18;70;62;;-14;°17;105;23 1659099;643;14;18;80;53;;-15;1;110;21 1773078;643;15;°13;90;53;;-16;5;115;20 1732369;635;16;8;100;55;'''0 à 200;-17;°9;120;21 356981;617;17;8;110;44;1120;-18;1;125;20 137346;590;18;°15;120;41;;-19;0;130;18 1639500;590;19;11;130;38;;-20;°10;135;20 977451;580;20;°15;140;39;;-21;0;140;19 661808;579;21;7;150;30;;-22;0;145;16 1611095;565;22;6;160;30;;-23;°4;150;14 1590201;563;23;°10;170;27;'''1 à 200;-24;2;155;17 1330173;561;24;12;180;28;1112;-25;2;160;13 379215;558;25;9;190;22;62%;-26;°7;165;15 1755945;548;26;°12;200;28;;-27;0;170;12 191845;527;27;7;210;21;;-28;0;175;12 1897378;525;28;5;220;27;;-29;°2;180;16 72886;522;29;6;230;19;;-30;0;185;12 1978592;521;30;6;240;22;;-31;2;190;10 511329;515;31;°9;250;17;;-32;°3;195;14 220737;512;32;3;260;12;;;42;200;14 1410834;511;33;4;270;15;;reste;14;205;11 ;;34;8;280;10;;total;355;210;10 ;;35;6;290;15;;;;215;20 ;;36;6;300;12;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;7 ;;37;4;310;11;;600;1786;225;11 ;;38;9;320;16;;620;1;230;8 ;;39;°10;330;8;;640;1;235;10 ;;40;2;340;11;'''201 à 370;660;3;240;12 ;;reste;1 001;350;7;241;680;1;245;8 ;;total;1 805;360;12;13.4%;700;1;250;9 ;;;;370;6;;720;1;255;7 ;;;;380;8;;740;;260;5 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;10;;760;;265;8 438680;-120;comp;;400;6;;780;1;270;7 1693416;-74;shift2;158;410;7;;800;;275;4 277564;-68;shift2;1487;420;8;;820;;280;6 1935981;-68;shift2;686;430;4;;840;;285;6 964418;-59;shift2;296;440;4;;860;;290;9 1721260;-59;shift2;1127;450;1;;880;2;295;8 482820;-53;shift2;623;460;1;;900;;300;4 1283977;-47;comp;;470;5;;920;1;305;6 1310625;-46;shift2;417;480;3;;940;;310;5 1544483;-44;shift2;374;490;2;;960;2;315;9 1705959;-44;shift2;1007;500;2;;980;;320;7 950419;-41;;;510;1;;1000;;325;4 1249575;-41;;;520;3;;1020;;330;4 2054241;-34;;;530;4;;1040;;335;4 937251;-32;;;540;0;'''371 à 600;1060;1;340;7 1154295;-32;;;550;1;78;;15;345;2 1972305;-32;;;560;1;4.3%;;;350;5 485333;-31;;;570;3;;;;355;4 1666650;-31;;;580;2;'''601 à max;;;360;8 952193;-29;;;590;2;19;;;365;4 1123783;-29;;;600;0;1.1%;;;370;2 669889;-26;;;reste;19;;reste;4;reste;97 733006;-26;;;total;1805;;total;1805;total;1805 </pre> ====scc intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> scc Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; scc;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;30;-200;266;31;690;222;max30;&-86;660;-1605;134;830;256;min60 31 à 400;;;;;;;2 parties;&-7;162;-551;72;949;318;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;104;46;-;619;poly;71;tF;&197;65;;499;poly;331;SF 31 à 400;;;;;;;;&114;43;-;787;poly;162;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.177;;;;;; 41-n;0.748;0.440;0.530;;;;;;;;;;; 1-n;0.367;-0.088;0.049;;;;;;;;;14.8.21 paris;; scc;fx;fc;;scc;fx%;fc%;scc;fx40;fc40;;x;scc;Sx-;Sc- 0;2;6;;0;5;6;0;2;6;>0;455;-1;0;39 10;9;164;;10;22;171;1;1;31;<0;28;-2;1;0 20;15;120;;20;36;125;2;0;27;zéro;2;-3;0;0 30;25;55;;30;60;57;3;3;23;total;485;-4;2;156 40;11;50;;40;26;52;4;1;7;;c;-5;0;0 50;20;52;;50;48;54;5;0;13;>0;995;-6;2;0 60;10;31;;60;24;32;6;0;4;<0;319;-7;0;6 70;18;44;;70;43;46;7;2;8;zéro;6;-8;0;31 80;15;38;;80;36;40;8;0;11;total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reste;39;34;;;;;reste;395;606;;;-42;0;0 total;457;1001;;t30;118;353;total;457;1001;;;-43;0;0 diagr;416;961;;;;;diagr;60;389;;;-44;0;2 - t30;367;622;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;1;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;total;28;319 </pre> ====scc intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_négatifs_S-|scc intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320 comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;4;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;28 ;Sc-;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;15;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;319 </pre> ====scc autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires|scc autres intercalaires]] <pre> ;scc;autres intercalaires;;adresses1;;;scc;autres intercalaires;;adresses2;;;scc;autres intercalaires;;adresses3 ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;215073;1194;comp;;deb;°CDS;721419;67;comp;;deb;°CDS;1113338;247;comp ;&tRNA;216426;369;comp;;;&tRNA;723124;10;comp;;;&tRNA;1114176;247; fin;°CDS;216868;;comp;;;&tRNA;723206;104;comp;;fin;°CDS;1114496;;comp deb;°CDS;243358;812;;;fin;°CDS;723381;;comp;;deb;°CDS;1126672;173;comp ;$rRNA;244983;132;;;deb;°CDS;724974;236;comp;;;&tRNA;1127778;193; ;&tRNA;246652;79;;;;&tRNA;725462;124;comp;;fin;°CDS;1128044;;comp ;$rRNA;246805;72;;;fin;°CDS;725658;;comp;;deb;°CDS;1257969;140;comp ;$rRNA;249851;175;;;deb;°CDS;767509;350;comp;;;&tRNA;1258904;79; fin;°CDS;250138;;comp;;;$rRNA;768900;72;comp;;fin;°CDS;1259057;; deb;°CDS;300128;669;;;;$rRNA;769084;40;comp;;deb;°CDS;1273039;217;comp ;&tRNA;302468;452;;;;&tRNA;772098;137;comp;;;&tRNA;1274162;103; fin;°CDS;302992;;;;;$rRNA;772309;535;comp;;fin;°CDS;1274338;;comp deb;°CDS;316296;152;comp;;fin;°CDS;774381;;;;deb;°CDS;1301674;54; ;&tRNA;317369;176;;;deb;°CDS;783089;273;;;;repeat_region;1302007;4; fin;°CDS;317619;;;;;&tRNA;784901;43;comp;;fin;°CDS;1306496;; deb;°CDS;330207;16;;;;&tRNA;785016;223;comp;;deb;°CDS;1319568;73; ;&tRNA;331021;251;comp;;fin;°CDS;785312;;;;;repeat_region;1319986;84; fin;°CDS;331356;;;;deb;°CDS;877367;447;comp;;fin;°CDS;1322087;;comp deb;°CDS;345290;228;comp;;;$rRNA;879650;72;comp;;deb;°CDS;1363097;432;comp ;&tRNA;346445;182;comp;;;$rRNA;879834;40;comp;;;&tRNA;1364822;213; fin;°CDS;346700;;comp;;;&tRNA;882848;137;comp;;fin;°CDS;1365108;; deb;°CDS;422975;71;;;;$rRNA;883059;648;comp;;deb;°CDS;1478531;196;comp ;&tRNA;424435;252;comp;;fin;°CDS;885244;;;;;&tRNA;1479645;256; fin;°CDS;424759;;;;deb;°CDS;900855;73;;;fin;°CDS;1479975;;comp deb;°CDS;436852;237;;;;&tRNA;901564;214;comp;;deb;°CDS;1522454;86;comp ;&tRNA;438406;202;comp;;fin;°CDS;901852;;;;;&tRNA;1523230;34; fin;°CDS;438680;;;;deb;°CDS;928254;138;;;fin;°CDS;1523336;;comp deb;°CDS;481186;180;comp;;;&tRNA;930684;32;;;deb;°CDS;1540671;186;comp ;&tRNA;482665;82;;;;&tRNA;930788;38;;;;&tRNA;1541994;351;comp fin;°CDS;482820;;;;;&tRNA;930900;37;;;fin;°CDS;1542418;; deb;°CDS;530805;82;;;;&tRNA;931010;36;;;deb;°CDS;1691238;189; ;&tRNA;532396;310;;;;&tRNA;931128;423;;;;&tRNA;1692768;564; fin;°CDS;532778;;;;fin;°CDS;931623;;;;fin;°CDS;1693416;; deb;°CDS;568939;102;;;deb;°CDS;937885;171;;;deb;°CDS;1760709;185;comp ;&tRNA;569803;412;;;;&tRNA;939865;437;;;;&tRNA;1762091;316; fin;°CDS;570287;;;;fin;°CDS;940376;;;;fin;°CDS;1762481;;comp deb;°CDS;636017;52;;;deb;°CDS;974079;223;comp;;deb;°CDS;2034849;32;comp ;&tRNA;636444;334;;;;&tRNA;974692;153;comp;;;&tRNA;2035061;26;comp fin;°CDS;636852;;comp;;deb;°CDS;974929;112;comp;;deb;°CDS;2035161;64;comp deb;°CDS;640192;79;;;;&tRNA;975497;95;comp;;;&tRNA;2035402;246;comp ;tmRNA;640610;334;;;fin;°CDS;975665;;;;fin;°CDS;2035721;; fin;°CDS;641322;;comp;;deb;°CDS;1069506;81;;;deb;°CDS;2185380;84; deb;°CDS;711173;51;;;;&tRNA;1070004;78;comp;;;&tRNA;2186256;40; ;ncRNA;712064;10;comp;;fin;°CDS;1070166;;;;;&tRNA;2186381;25; fin;°CDS;712417;;comp;;deb;°CDS;1084097;24;;;;&tRNA;2186493;16; deb;°CDS;717326;66;;;;regulatory;1084535;39;;;;&tRNA;2186583;40; ;&tRNA;717839;230;;;fin;°CDS;1084670;;;;;&tRNA;2186710;13; fin;°CDS;718151;;;;;;;;;;;ncRNA;2186809;133; ;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;2187040;;comp </pre> ====scc intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_tRNA|scc intercalaires tRNA]] <pre> scc;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;1194;;369;;32;26;deb; ;;;669;;452;;52;79;<201;13 ;;comp’;152;;176;;64;82;total;18 ;;comp’;16;comp’;251;;66;104;taux;72% ;;;228;;182;;67;124;; ;;comp’;71;comp’;252;;82;153;fin; ;;comp’;237;comp’;202;;84;176;<201;8 ;;comp’;180;;82;;102;182;total;17 ;;;82;;310;;112;213;taux;47% ;;;102;;412;;138;230;; ;;;52;comp’;334;;171;310;total; ;;;66;;230;;186;369;<201;21 ;10;;67;;104;;189;412;total;35 ;;;236;;124;;223;423;taux;60% ;43;comp’;273;comp’;223;;228;437;; ;;comp’;73;comp’;214;;236;452;; ;32 38 37 36;;138;;423;;669;564;; ;;;171;;437;;1194;;comp’;cumuls ;;;223;;153;;16;34;deb; ;;;112;comp’;95;;71;78;<201;11 ;;comp’;81;comp’;78;;73;95;total;16 ;;comp’;247;comp’;247;;81;103;taux;69% ;;comp’;173;comp’;193;;86;193;; ;;comp’;140;;79;;140;202;fin; ;;comp’;217;comp’;103;;152;214;<201;5 ;;comp’;432;;213;;173;223;total;16 ;;comp’;196;comp’;256;;180;246;taux;31% ;;comp’;86;comp’;34;;185;247;; ;;;186;comp’;351;;196;251;total; ;;;189;;564;;217;252;<201;16 ;;comp’;185;comp’;316;;237;256;total;32 ;;;32;;26;;247;316;taux;50% ;;;64;comp’;246;;273;334;; ;40 25 16 40 13;;84;;;;432;351;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;24;13;37;;;;;;; total;34;33;67;;;;;;; taux;71%;39%;55%;;;;;;; </pre> ====scc par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_par_rapport_au_groupe_de_référence|scc par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;scc;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;11;6;;;;;17; 16;moyen;9;5;;;;3;17; 14;fort;10;3;;;;;13; ; ;30;14;0;0;0;3;47; 10;g+cga;5;6;;;;;11; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;;;;;;4; 5;autres;;;;;;;0; ;;11;6;0;0;0;0;17; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;234;128;;;;;362;26 16;moyen;191;106;;;;64;362;324 14;fort;213;64;;;;;277;650 ;;638;298;;;;64;47;729 10;g+cga;106;128;;;;;234;10 2;agg+cgg;43;;;;;;43; 4;carre ccc;85;;;;;;85;16 5;autres;;;;;;;; ;;234;128;;;;;362; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;250;136;;386;26;37;43; 16;moyen;205;114;;318;324;30;36; 14;fort;227;68;;295;650;33;21; ;;682;318;;44;729;30;14; 10;g+cga;114;136;;250;10;45;100; 2;agg+cgg;45;;;45;;18;; 4;carre ccc;91;;;91;16;36;; 5;autres;;;;;;;; ;;250;136;;386;;11;6; </pre> ===spirochetes, estimation des -rRNAs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#spirochetes,_estimation_des_-rRNAs|spirochetes, estimation des -rRNAs]] <pre> spirochetes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 13 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;13;21; ; ;;indices;;;;13;162;0;0;;spiro1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;44 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;9;acc;;aac;;agc;;;atc;69;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;;gca;12;gaa;;gga;;;gta;;gca;92;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;;;;;;;;;;162;;0;;0;162;;;;14;;14;;16;44 11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;73;2823;0;0;;indices;;;;73;2823;0;0;;spiro1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4400 atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100 atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100 ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt; gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100 tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100 gta;101;gca;22;gaa;82;gga;100;;gta;101;gca;114;gaa;82;gga;100;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100 ttg;100;tcg;41;tag;0;tgg;100;;ttg;100;tcg;41;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1398;;1326;;891;3615;;;;1560;;1326;;891;3777;;;;1400;;1400;;1600;4400 rapports;;90;;100;;100;96;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;spiro1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;37.31;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;485;;;0/0;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;100;;avec;22;;;10;27;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;10 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;13;;;20;2;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;1;;;;ttc;20;tcc;0;tac;0;tgc;0 atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;spiro1;44;;;40;1;;;;atc;100;acc;0;aac;0;agc;0 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;44;;;50;5;36;;;ctc;3;ccc;45;cac;0;cgt;100 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;3;;;60;6;;;;gtc;45;gcc;41;gac;7;ggc;3 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100 ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;0;aaa;0;aga;1 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par spiro;;;;90;0;;;;cta;0;cca;0;caa;0;cga;8 gta;100;gca;19;gaa;100;gga;100;;est 18% au dessus;;;;100;5;;;;gta;1;gca;100;gaa;18;gga;0 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;59;tag;;tgg;0 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;3;acg;42;aag;22;agg;34 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;48;ccg;58;cag;58;cgg;53 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;66;gcg;59;gag;60;ggg;79 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;56;;62;;732;850 </pre> ==archeo== ===mfi=== ====mfi opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_opérons|mfi opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_form/methForm-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_LN515531.1;mfi;;genome;;;;;;;; 41.2%GC;17.8.19 Paris;16s 2 ;47;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Methanobacterium formicicum DSM1535;;;;;;;;;;; ;157153..157563;;CDS;;36;36;;;137;; comp;157600..157683;;ctc;;246;246;;;;; ;157930..158232;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; comp;211693..213681;;CDS;;206;206;;;*663;; ;213888..213971;;tcg;;281;281;;;;; ;214253..215677;;CDS;;;;;;475;; ;;;;;;;;;;; comp;314088..314264;;CDS;;50;50;;;59;; comp;314315..314487;;caa;@1;-1;*-1;;;;; comp;314487..314654;;CDS;;;;;;56;; ;;;;;;;;;;; comp;317759..318211;;CDS;;198;198;;;151;; comp;318410..318494;;tcc;;177;177;;;;; comp;318672..319634;;CDS;;;;;;321;; ;;;;;;;;;;; comp;419250..419975;;CDS;;156;156;;;242;; comp;420132..420204;;aac;;29;29;;;;; comp;420234..420545;;CDS;;;;;;104;; ;;;;;;;;;;; comp;466570..467484;;CDS;;223;223;;;305;; comp;467708..467792;;agc;;186;186;;;;; comp;467979..468294;;ncRNA;@2;122;122;;;316;; ;468417..469397;;CDS;;;;;;327;; ;;;;;;;;;;; ;681116..681676;;CDS;;37;37;;;187;; comp;681714..681786;;gcg;;195;195;;;;; comp;681982..682488;;CDS;;;;;;169;; ;;;;;;;;;;; ;695936..696538;;CDS;;939;*939;;;201;; comp;697478..697600;;5s;;305;;;;123;; comp;697906..700772;;23s;;233;;;;2867;; comp;701006..701079;;gca;;87;;;;;; comp;701167..702646;;16s;;724;*724;;;1480;; ;703371..704336;;CDS;;;;;;322;; ;;;;;;;;;;; comp;746487..747290;;CDS;;155;155;;;268;; comp;747446..747518;;acc;;85;;*85;;;; comp;747604..747686;;tta;;303;303;;;;; ;747990..748163;;CDS;;;;;;58;; ;;;;;;;;;;; comp;800615..801820;;CDS;;43;43;;;402;; comp;801864..801935;;caa;;72;72;;;;; comp;802008..802697;;CDS;;;;;;230;; ;;;;;;;;;;; comp;963425..964432;;CDS;;273;273;;;336;; ;964706..964778;;aac;;5;;5;;;; ;964784..964857;;atgi;;58;;58;;;; ;964916..964990;;gaa;;53;;53;;;; ;965044..965127;;cta;;29;;29;;;; ;965157..965232;;cac;;146;146;;;;; ;965379..965717;;CDS;;;;;;113;; ;;;;;;;;;;; comp;974621..974842;;CDS;;564;*564;;;74;; ;975407..975480;;aag;;90;;*90;;;; ;975571..975653;;ttg;;504;;*504;;;; ;976158..976231;;aaa;;148;148;;;;; comp;976380..976679;;CDS;;;;;;100;; ;;;;;;;;;;; comp;1006329..1008095;;CDS;;397;397;;;*589;; ;1008493..1008614;;5s;@3;748;;;;122;; ;1009363..1009485;;5s;;286;;;;123;; ;1009772..1012638;;23s;;233;;;;2867;; ;1012872..1012945;;gca;;72;;;;;; ;1013018..1014497;;16s;;454;*454;;;1480;; ;1014952..1016097;;CDS;;;;;;382;; ;;;;;;;;;;; comp;1088211..1088831;;CDS;;53;53;;;207;; comp;1088885..1089038;;tgg;@1;40;;40;;;; comp;1089079..1089150;;tgc;;212;212;;;;; comp;1089363..1089746;;CDS;;;;;;128;; ;;;;;;;;;;; ;1143658..1144137;;CDS;;166;166;;;160;; comp;1144304..1144610;;ncRNA;@2;14;14;;;307;; comp;1144625..1144699;;atgf;;139;139;;;;; comp;1144839..1145162;;CDS;;;;;;108;; ;;;;;;;;;;; ;1153368..1154087;;CDS;;56;56;;;240;; ;1154144..1154217;;aga;;62;;62;;;; ;1154280..1154354;;agg;;552;*552;;;;; comp;1154907..1156157;;CDS;;;;;;417;; ;;;;;;;;;;; ;1247204..1247659;;CDS;;4;4;;;152;; comp;1247664..1247739;;cga;;133;133;;;;; comp;1247873..1248481;;CDS;;;;;;203;; ;;;;;;;;;;; comp;1320721..1321641;;CDS;;183;183;;;307;; ;1321825..1321896;;gta;;99;;*99;;;; ;1321996..1322067;;gtg;;228;228;;;;; comp;1322296..1323084;;CDS;;;;;;263;; ;;;;;;;;;;; comp;1403886..1409507;;CDS;;351;351;;;*1874;; comp;1409859..1409930;;cgc;;222;222;;;;; comp;1410153..1410620;;CDS;;;;;;156;; ;;;;;;;;;;; ;1532795..1533088;;CDS;;127;127;;;98;; comp;1533216..1533325;;atgj;@1;246;246;;;;; ;1533572..1534402;;CDS;;;;;;277;; ;;;;;;;;;;; ;1541929..1542321;;CDS;;127;127;;;131;; ;1542449..1542522;;ggg;;1;*1;;;;; comp;1542524..1543528;;CDS;;;;;;335;; ;;;;;;;;;;; ;1602054..1603277;;CDS;;257;257;;;408;; ;1603535..1603608;;aca;;76;;76;;;; ;1603685..1603759;;cca;;44;;44;;;; ;1603804..1603877;;tac;;170;;*170;;;; ;1604048..1604119;;gac;;7;;7;;;; ;1604127..1604200;;aaa;;24;24;;;;; ;1604225..1604461;;CDS;;;;;;79;; ;;;;;;;;;;; ;1617553..1617861;;CDS;;187;187;;;103;; ;1618049..1618133;;tca;;252;252;;;;; ;1618386..1619444;;CDS;;;;;;353;; ;;;;;;;;;;; comp;1692202..1692552;;CDS;;271;271;;;117;; comp;1692824..1692895;;cag;;156;156;;;;; comp;1693052..1693972;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; ;1887796..1888038;;CDS;;136;136;;;81;; ;1888175..1888257;;ctg;;193;193;;;;; ;1888451..1891267;;CDS;;;;;;*939;; ;;;;;;;;;;; ;2057488..2057883;;CDS;;230;230;;;132;; ;2058114..2058184;;tgc;;143;143;;;;; ;2058328..2059713;;CDS;;;;;;462;; ;;;;;;;;;;; ;2128536..2129312;;CDS;;123;123;;;259;; ;2129436..2129509;;acg;;362;362;;;;; comp;2129872..2130963;;CDS;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; comp;2204492..2204932;;CDS;;178;178;;;147;; ;2205111..2205182;;gtc;;4;;4;;;; ;2205187..2205259;;ttc;;283;283;;;;; comp;2205543..2205875;;CDS;;;;;;111;; ;;;;;;;;;;; ;2317208..2317498;;CDS;;271;271;;;97;; ;2317770..2317842;;atc;;460;*460;;;;; ;2318303..2318863;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; comp;2414821..2415903;;CDS;;491;*491;;;361;; ;2416395..2416468;;gcc;;303;303;;;;; comp;2416772..2417797;;CDS;;;;;;342;; ;;;;;;;;;;; comp;2432399..2432848;;CDS;;537;*537;;;150;; ;2433386..2433459;;ggc;;2;;2;;;; ;2433462..2433535;;gga;;326;326;;;;; comp;2433862..2434263;;CDS;;;;;;134;; </pre> ====mfi cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_cumuls|mfi cumuls]] <pre> mfi cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;-;1;2;1;;100;9;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;4;;50;8;20;;200;21;60;3 ;16 gca 235;2;40;2;;100;3;40;;300;10;90;3 ;16 23 5s a;0;60;3;;150;10;60;;400;12;120;10 ;max a;1;80;2;;200;12;80;;500;5;150;7 ;a doubles;0;100;3;;250;8;100;;600;1;180;5 ;autres;2;120;0;;300;7;120;;700;1;210;5 ;total aas;2;140;0;;350;3;140;;800;0;240;2 sans ;opérons;29;160;0;;400;3;160;;900;0;270;4 ;1 aa;20;180;1;;450;0;180;;1000;1;300;1 ;max a;5;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;6 ;a doubles;0;;1;;;5;;;;1;;15 ;total aas;45;;16;0;;64;;0;;61;;61 total aas;;47;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;83;;;224;;;;266;; ;;;variance;121;;;176;;;;265;; sans jaune;;;moyenne;35;;;178;;;;213;;171 ;;;variance;27;;;96;;;;115;;81 </pre> ====mfi blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_blocs|mfi blocs]] <pre> mfi blocs;; CDS;939;201 5s;305;123 23s;233;2867 gca;87; 16s;724;1480 CDS;;322 ;; CDS;397;589 5s;748;122 5s;286;123 23s;233;2867 gca;72; 16s;454;1480 CDS;;382 </pre> ====mfi remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_remarques|mfi remarques]] <pre> mfi;;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;1;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;1;caa;2;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;;cag;1;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ====mfi distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_distribution|mfi distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;;;;;; atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;;;;;; ctc;1;ccc;;cac;;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;;;;;;; gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;;;;;; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1;;ata;;;;;;; cta;;cca;;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;;;;;; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;; ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;;;;;; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;;;;;; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mfi;;20;;;;;;;mfi;25;;;;;2;47;;mfi;0;;;;;; </pre> ====mfi données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_données_intercalaires|mfi données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mfi;fx;fc;mfi;fx40;fc40;mfi;x-;c-;c;x;c;x;aa ;1;0;0;29;0;0;29;-1;;22;281;36;16s tRNA;; 2;0;10;12;146;1;0;20;-2;;0;50;246;87;;gca ;0;20;6;108;2;1;25;-3;;0;-1;206;72;;gca ;2;30;18;58;3;0;14;-4;1;70;198;37;tRNA 23s;; 2;0;40;14;56;4;1;20;-5;;0;177;303;2* 233;;gca ;2;50;11;53;5;1;14;-6;1;0;156;273;tRNA tRNA;; ;2;60;15;58;6;2;7;-7;;0;29;564;85;;acc ;0;70;17;61;7;0;8;-8;1;27;223;148;**;;tta ;1;80;14;57;8;1;10;-9;;0;195;552;5;;aac ;0;90;21;61;9;4;14;-10;;3;155;4;58;;atgi ;0;100;16;67;10;2;14;-11;;11;43;183;53;;gaa ;0;110;10;46;11;0;17;-12;;0;72;228;29;;cta ;0;120;23;51;12;1;12;-13;;4;146;127;**;;cac 1;2;130;22;52;13;0;18;-14;;3;53;246;90;;aag ;3;140;21;40;14;0;16;-15;;0;212;1;504;;ttg 1;2;150;23;47;15;0;3;-16;;1;139;362;**;;aaa ;3;160;21;39;16;0;10;-17;;3;56;178;40;;tgg ;0;170;15;28;17;1;8;-18;;0;133;283;**;;tgc 1;1;180;17;27;18;2;12;-19;;1;351;491;62;;aga 1;1;190;20;34;19;2;5;-20;;1;222;303;**;;agg ;3;200;16;27;20;0;7;-21;;0;127;537;99;;gta 1;0;210;13;28;21;2;6;-22;;0;257;326;**;;gtg ;1;220;17;21;22;3;4;-23;;2;24;;76;;aca 1;3;230;11;30;23;2;8;-24;;0;187;;44;;cca ;0;240;14;24;24;0;12;-25;;0;252;;170;;tac 2;0;250;9;22;25;1;6;-26;;0;271;;7;;gac ;2;260;7;17;26;2;0;-27;;0;156;;**;;aaa ;0;270;17;18;27;2;9;-28;;0;136;;4;;gtc 1;2;280;10;16;28;2;5;-29;;1;193;;**;;ttc 1;1;290;5;12;29;3;4;-30;;0;230;;2;;ggc ;0;300;5;14;30;1;4;-31;;0;143;;**;;gga 2;0;310;13;14;31;1;6;-32;;2;123;;;; ;0;320;12;14;32;5;5;-33;;0;271;;;; 1;0;330;11;17;33;2;10;-34;;1;460;;;; ;0;340;8;6;34;1;5;-35;;2;CDS 16s;;;; ;0;350;7;8;35;2;5;-36;;0;454;724;;; ;1;360;7;10;36;0;3;-37;;0;23s 5s;;;; 1;0;370;9;7;37;0;5;-38;;1;305;;;; ;0;380;6;11;38;0;7;-39;;0;286;;;; ;0;390;9;8;39;0;8;-40;;0;5s 5s;;;; ;0;400;5;10;40;3;2;-41;;0;748;;;; 4;1;reste;99;93;reste;576;1148;-42;;0;5s CDS;;;; 22;34;total;626;1545;total;626;1545;-43;;1;;939;;; 18;32;diagr;527;1423;diagr;50;368;-44;;2;;397;;; 2;2; t30;36;312;;;;-45;;0;;;;; ;;;;;;;;-46;;2;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;; ;x;626;5;0;631;;;-49;;0;;;;; ;c;1516;167;29;1712;;;-50;;0;;;;; ;;;;;2343;87;;reste;2;7;;;;; ;;;;;;2430;;total;5;167;;;;; </pre> =====mfi autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_autres_intercalaires_aas|mfi autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;mfi;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;157153;157563;36;*; ;comp;tRNA;157600;157683;246;*;ctc fin;;CDS;157930;158232;;0; deb;comp;CDS;211693;213681;206;*; ;;tRNA;213888;213971;281;*;tcg fin;;CDS;214253;215677;;0; deb;comp;CDS;314088;314264;50;*; ;comp;tRNA;314315;314487;-1;*;caa fin;comp;CDS;314487;314654;;; deb;comp;CDS;317759;318211;198;*; ;comp;tRNA;318410;318494;177;*;tcc fin;comp;CDS;318672;319634;;; deb;comp;CDS;419250;419975;156;*; ;comp;tRNA;420132;420204;29;*;aac fin;comp;CDS;420234;420545;;; deb;comp;CDS;466570;467484;223;*; ;comp;tRNA;467708;467792;186;*;agc ;comp;ncRNA;467979;468294;122;*; fin;;CDS;468417;469397;;; deb;;CDS;681116;681676;37;*; ;comp;tRNA;681714;681786;195;*;gcg fin;comp;CDS;681982;682488;;0; deb;;CDS;695936;696538;939;*; ;comp;rRNA;697478;697600;305;*;123 ;comp;rRNA;697906;700772;233;*;2867 ;comp;tRNA;701006;701079;87;*;gca ;comp;rRNA;701167;702646;724;*;1480 fin;;CDS;703371;704336;;0; deb;comp;CDS;746487;747290;155;*; ;comp;tRNA;747446;747518;85;*;acc ;comp;tRNA;747604;747686;303;*;tta fin;;CDS;747990;748163;;; deb;comp;CDS;800615;801820;43;*; ;comp;tRNA;801864;801935;72;*;caa fin;comp;CDS;802008;802697;;; deb;comp;CDS;963425;964432;273;*; ;;tRNA;964706;964778;5;*;aac ;;tRNA;964784;964857;58;*;atgi ;;tRNA;964916;964990;53;*;gaa ;;tRNA;965044;965127;29;*;cta ;;tRNA;965157;965232;146;*;cac fin;;CDS;965379;965717;;; deb;comp;CDS;974621;974842;564;*; ;;tRNA;975407;975480;90;*;aag ;;tRNA;975571;975653;504;*;ttg ;;tRNA;976158;976231;148;*;aaa fin;comp;CDS;976380;976679;;0; deb;;CDS;1006329;1008095;397;*; ;comp;rRNA;1008493;1008614;748;*;122 ;comp;rRNA;1009363;1009485;286;*;123 ;comp;rRNA;1009772;1012638;233;*;2867 ;comp;tRNA;1012872;1012945;72;*;gca ;comp;rRNA;1013018;1014497;454;*;1480 fin;comp;CDS;1014952;1016097;;; deb;comp;CDS;1088211;1088831;53;*; ;comp;tRNA;1088885;1089038;40;*;tgg ;comp;tRNA;1089079;1089150;212;*;tgc fin;comp;CDS;1089363;1089746;;0; deb;;CDS;1143658;1144137;166;*; ;comp;ncRNA;1144304;1144610;14;*; ;comp;tRNA;1144625;1144699;139;*;atgf fin;comp;CDS;1144839;1145162;;; deb;;CDS;1153368;1154087;56;*; ;;tRNA;1154144;1154217;62;*;aga ;;tRNA;1154280;1154354;552;*;agg fin;comp;CDS;1154907;1156157;;; deb;;CDS;1247204;1247659;4;*; ;comp;tRNA;1247664;1247739;133;*;cga fin;comp;CDS;1247873;1248481;;; deb;comp;CDS;1320721;1321641;183;*; ;;tRNA;1321825;1321896;99;*;gta ;;tRNA;1321996;1322067;228;*;gtg fin;comp;CDS;1322296;1323084;;0; deb;comp;CDS;1403886;1409507;351;*; ;comp;tRNA;1409859;1409930;222;*;cgc fin;comp;CDS;1410153;1410620;;; deb;;CDS;1532795;1533088;127;*; ;comp;tRNA;1533216;1533325;246;*;atgj fin;;CDS;1533572;1534402;;0; deb;;CDS;1541929;1542321;127;*; ;;tRNA;1542449;1542522;1;*;ggg fin;comp;CDS;1542524;1543528;;; deb;;CDS;1602054;1603277;257;*; ;;tRNA;1603535;1603608;76;*;aca ;;tRNA;1603685;1603759;44;*;cca ;;tRNA;1603804;1603877;170;*;tac ;;tRNA;1604048;1604119;7;*;gac ;;tRNA;1604127;1604200;24;*;aaa fin;;CDS;1604225;1604461;;; deb;;CDS;1617553;1617861;187;*; ;;tRNA;1618049;1618133;252;*;tca fin;;CDS;1618386;1619444;;0; deb;comp;CDS;1692202;1692552;271;*; ;comp;tRNA;1692824;1692895;156;*;cag fin;comp;CDS;1693052;1693972;;; deb;;CDS;1887796;1888038;136;*; ;;tRNA;1888175;1888257;193;*;ctg fin;;CDS;1888451;1891267;;; deb;;CDS;2057488;2057883;230;*; ;;tRNA;2058114;2058184;143;*;tgc fin;;CDS;2058328;2059713;;; deb;;CDS;2128536;2129312;123;*; ;;tRNA;2129436;2129509;362;*;acg fin;comp;CDS;2129872;2130963;;; deb;comp;CDS;2204492;2204932;178;*; ;;tRNA;2205111;2205182;4;*;gtc ;;tRNA;2205187;2205259;283;*;ttc fin;comp;CDS;2205543;2205875;;; deb;;CDS;2317208;2317498;271;*; ;;tRNA;2317770;2317842;460;*;atc fin;;CDS;2318303;2318863;;0; deb;comp;CDS;2414821;2415903;491;*; ;;tRNA;2416395;2416468;303;*;gcc fin;comp;CDS;2416772;2417797;;; deb;comp;CDS;2432399;2432848;537;*; ;;tRNA;2433386;2433459;2;*;ggc ;;tRNA;2433462;2433535;326;*;gga fin;comp;CDS;2433862;2434263;;0; </pre> ===mja=== ====mja opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_opérons|mja opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_jann_DSM_2661/methJann1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000909.1;mja;;genome;;;;;;;; 31.3%GC;17.8.19 Paris;16s 2 ;37;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661;;;;;;;;;;; comp;96499..97053;;CDS;;372;372;;;185;; comp;97426..97537;;atgj;@1;91;;*91;;;; ;97629..97716;;ctc;;241;241;;;;; ;97958..99259;;CDS;;;;;;434;; ;;;;;;;;;;; comp;110328..111545;;CDS;;222;222;;;406;; ;111768..111852;;tga ;;21;21;;;;; ;111874..112785;;CDS;;;;;;304;; ;;;;;;;;;;; ;137244..138245;;CDS;;98;98;;;334;; comp;138344..138419;;gtg;;59;59;;;;; comp;138479..138781;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; ;153070..154479;;CDS;;182;182;;;470;; comp;154662..157639;;23s;;207;;;;2978;; comp;157847..157919;;gca;;64;;;;;; comp;157984..159463;;16s;;340;340;;;1480;; ;159804..160085;;CDS;;;;;;94;; ;;;;;;;;;;; comp;185874..186671;;CDS;;306;306;;;266;; ;186978..187066;;tcc;;71;71;;;;; ;187138..187590;;CDS;;;;;;151;; ;;;;;;;;;;; ;190579..190800;;CDS;;31;31;;;74;; ;190832..190908;;ccc;;32;32;;;;; ;190941..191114;;CDS;;;;;;58;; ;;;;;;;;;;; comp;214560..215060;;CDS;;149;149;;;167;; ;215210..215297;;tta;;154;154;;;;; ;215452..216240;;CDS;;;;;;263;; ;;;;;;;;;;; ;226386..227639;;CDS;;64;64;;;418;; comp;227704..227780;;gcc;;239;239;;;;; ;228020..229720;;CDS;;;;;;*567;; ;;;;;;;;;;; ;303613..303927;;CDS;;64;64;;;105;; ;303992..304081;;tca;;230;230;;;;; comp;304312..304752;;CDS;;;;;;147;; ;;;;;;;;;;; comp;357984..358547;;CDS;;220;220;;;188;; ;358768..358845;;aga;;23;;23;;;; ;358869..358943;;gaa;;164;164;;;;; ;359108..359923;;CDS;;;;;;272;; ;;;;;;;;;;; ;359108..359923;;CDS;;48;48;;;272;; comp;359972..360047;;atgf;;103;103;;;;; comp;360151..361485;;CDS;;;;;;445;; ;;;;;;;;;;; ;401945..402796;;CDS;;171;171;;;284;; comp;402968..403044;;gtc;;229;229;;;;; ;403274..403834;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; comp;618311..618757;;CDS;;402;*402;;;149;; comp;619160..619234;;tgc;;63;63;;;;; comp;619298..619915;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; ;636394..637449;;CDS;;133;133;;;352;; ;637583..637659;;ttc;;7;;;7;;; ;637667..637742;;aac;;29;;;29;;; ;637772..637849;;atgi;;18;;;18;;; ;637868..637942;;gaa;;39;;;39;;; ;637982..638069;;cta;;11;;;11;;; ;638081..638152;;cac;;295;;;;;; ;638448..639930;;16s;;64;;;;1483;; ;639995..640067;;gca;;207;;;;;; ;640275..643254;;23s;;78;;;;2980;; ;643333..643447;;5s;;56;;;;115;; ;643504..643761;;ncRNA;@2;232;232;;;258;; ;643994..644962;;CDS;;;;;;323;; ;;;;;;;;;;; ;762859..763608;;CDS;;157;157;;;250;; comp;763766..763842;;acc;;178;;*178;;;; ;764021..764096;;caa;;50;50;;;;; ;764147..764818;;CDS;;;;;;224;; ;;;;;;;;;;; ;862207..862410;;CDS;;179;179;;;68;; ;862590..862661;;cga;;41;41;;;;; ;862703..863392;;CDS;;86;86;;;230;; ;863479..863555;;aca;;14;;;14;;; ;863570..863647;;cca;;8;;;8;;; ;863656..863732;;tac;;83;;;83;;; ;863816..863889;;aaa;;13;;;;;; ;863903..864017;;5s;@3;46;;;;115;; ;864064..864141;;gac;;80;80;;;;; ;864222..864842;;CDS;;;;;;207;; ;;;;;;;;;;; ;871492..873447;;CDS;;238;238;;;*652;; comp;873686..873763;;atc;;102;102;;;;; comp;873866..875110;;CDS;;;;;;415;; ;;;;;;;;;;; comp;882566..883615;;CDS;;65;65;;;350;; ;883681..883754;;gta;;123;123;;;;; comp;883878..884297;;CDS;;;;;;140;; ;;;;;;;;;;; comp;1037197..1038504;;CDS;;39;39;;;436;; comp;1038544..1038620;;cgc;@4;1;*1;;;;; comp;1038622..1039386;;CDS;;;;;;255;; ;;;;;;;;;;; comp;1148669..1149934;;CDS;;210;210;;;422;; ;1150145..1150220;;ggc;;34;;34;;;; ;1150255..1150330;;gga;;243;243;;;;; ;1150574..1151254;;CDS;;;;;;227;; ;;;;;;;;;;; comp;1188906..1189772;;CDS;;172;172;;;289;; ;1189945..1190055;;tgg;@1;95;95;;;;; ;1190151..1190684;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; comp;1312335..1312781;;CDS;;383;383;;;149;; ;1313165..1313249;;agc;;177;177;;;;; ;1313427..1314617;;CDS;;;;;;397;; </pre> ====mja cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_cumuls|mja cumuls]] <pre> mja cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;1;1;;100;4;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;0;5;50;7;20;;200;12;60;1 ;16 atc gca;0;40;2;2;100;10;40;;300;13;90;2 ;16 23 5s a;0;60;0;0;150;5;60;;400;6;120;3 ;max a;7;80;0;0;200;8;80;;500;8;150;4 ;a doubles;0;100;1;1;250;10;100;;600;1;180;3 ;autres;2;120;0;0;300;0;120;;700;1;210;5 ;total aas;13;140;0;0;350;2;140;;800;0;240;3 sans ;opérons;20;160;0;0;400;2;160;;900;0;270;4 ;1 aa;16;180;1;0;450;1;180;;1000;0;300;4 ;max a;2;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2 ;a doubles;0;;0;0;;0;;;;0;;14 ;total aas;24;;4;8;;46;;0;;45;;45 total aas;;37;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;82;26;;154;;;;269;; ;;;variance;71;25;;102;;;;137;; sans jaune;;;moyenne;29;18;;152;;;;253;;194 ;;;variance;8;12;;95;;;;117;;74 </pre> ====mja blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_blocs|mja blocs]] <pre> mja blocs;; CDS;182; 23s;207;2978 gca;64; 16s;340;1480 CDS;; ;; cac;295; 16s;64;1483 gca;207; 23s;78;2980 5s;56;115 ncRNA;232;258 CDS;; ;; aaa;13; 5s;46;115 gac;80; CDS;; </pre> ====mja remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_remarques|mja remarques]] <pre> mja;;;;;;;37 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====mja distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_distribution|mja distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;;;;;; atc;1;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;;;;;; ctc;;ccc;1;cac;;cgc;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;;;;;; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;;;;;; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;;;;;; cta;;cca;;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;;;;;; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;; ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;;;;;; atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;;;;;; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;; gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mja;;16;;;;;;;mja;8;;;;;;;;mja;0;;;;;; </pre> ====mja données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_données_intercalaires|mja données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mja;fx;fc;mja;fx40;fc40;mja;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;10;11;0;10;11;-1;0;25;372;250;tRNA 16s;; ;1;10;49;179;1;12;18;-2;0;0;241;98;295;;cac ;1;20;31;154;2;12;28;-3;0;0;19;306;16s tRNA;; ;0;30;17;91;3;3;6;-4;26;51;59;149;2* 64;;gca ;3;40;16;50;4;6;32;-5;0;2;71;64;tRNA 23s;; 1;2;50;11;50;5;0;11;-6;4;0;31;239;2* 207;;gca ;1;60;10;45;6;5;4;-7;2;1;32;230;5s tRNA;; 2;2;70;14;44;7;2;5;-8;2;12;154;220;80;;gac ;2;80;14;34;8;5;15;-9;3;0;64;48;tRNA 5s;; ;1;90;28;43;9;3;32;-10;0;1;164;171;13;;aaa 1;1;100;19;36;10;1;28;-11;2;10;103;229;tRNA tRNA;;contig ;2;110;10;28;11;7;16;-12;3;0;402;157;7;;ttc ;0;120;16;30;12;4;22;-13;0;4;63;238;29;;aac 1;0;130;14;28;13;3;17;-14;1;9;133;65;18;;atgi ;1;140;19;32;14;5;13;-15;3;0;50;123;39;;gaa 1;0;150;7;27;15;2;13;-16;0;2;179;210;11;;cta 1;1;160;13;18;16;1;14;-17;0;5;41;172;**;;cac ;1;170;9;12;17;2;10;-18;2;0;86;383;14;;aca 2;2;180;14;14;18;2;17;-19;0;2;80;;8;;cca ;0;190;13;11;19;3;18;-20;0;6;102;;83;;tac ;0;200;10;15;20;2;14;-21;1;0;39;;**;;aaa 1;0;210;5;10;21;4;16;-22;0;0;1;;tRNA tRNA;; 1;0;220;11;11;22;4;11;-23;1;6;243;;91;;atgj 2;0;230;7;10;23;1;9;-24;1;0;95;;**;;ctc 2;0;240;3;9;24;3;11;-25;1;3;177;;23;;aga 1;2;250;3;9;25;2;12;-26;0;1;5s 16s;;**;;gaa ;0;260;0;7;26;1;9;-27;0;0;-;340;178;;acc ;0;270;6;7;27;2;6;-28;0;1;CDS 23s;;**;;caa ;0;280;2;7;28;0;3;-29;1;3;-;182;34;;ggc ;0;290;4;10;29;0;6;-30;0;0;23s 5s;;**;;gga ;0;300;3;1;30;0;8;-31;0;0;78;;;; 1;0;310;2;3;31;3;4;-32;0;3;;;;; ;0;320;6;6;32;2;4;-33;0;0;;;;; ;0;330;1;2;33;1;11;-34;0;2;;;;; ;0;340;3;3;34;2;11;-35;0;1;;;;; ;0;350;2;1;35;0;1;-36;0;0;;;;; ;0;360;3;3;36;1;4;-37;0;0;;;;; ;0;370;3;3;37;1;3;-38;0;3;;;;; ;1;380;3;2;38;1;5;-39;1;0;;;;; 1;0;390;3;0;39;4;7;-40;0;0;;;;; ;0;400;3;1;40;1;0;-41;0;2;;;;; ;1;reste;24;12;reste;318;584;-42;0;0;;;;; 18;25;total;441;1069;total;441;1069;-43;0;0;;;;; 18;24;diagr;407;1046;diagr;113;474;-44;0;1;;;;; 0;2; t30;97;424;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;; ;x;431;56;10;497;;;-49;0;1;;;;; ;c;1058;163;11;1232;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1729;99;;reste;1;6;;;;; ;;;;;;1828;;total;56;163;;;;; </pre> =====mja autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires_aas|mja autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *'''Attention''': Correction erreur fin de génome <pre> autres intercalaires;;mja;;;;; deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;;rpr;378;2126;89;*; fin;comp;CDS;2216;3343;;; deb;comp;CDS;96499;97053;372;*; ;comp;tRNA;97426;97537;91;*;atgj ;;tRNA;97629;97716;241;*;ctc fin;;CDS;97958;99259;;; deb;comp;CDS;110328;111515;250;*; ;;tRNA;111766;111854;19;*;tga fin;;CDS;111874;112785;;1; deb;;CDS;131467;132552;369;*; ;;rpr;132922;133999;114;*; fin;comp;CDS;134114;134959;;; deb;;CDS;137244;138245;98;*; ;comp;tRNA;138344;138419;59;*;gtg fin;comp;CDS;138479;138781;;0; deb;;CDS;153070;154479;182;*; ;comp;rRNA;154662;157639;207;*;23s ;comp;tRNA;157847;157919;64;*;gca ;comp;rRNA;157984;159463;340;*;16s fin;;CDS;159804;160085;;; deb;comp;CDS;185874;186671;306;*; ;;tRNA;186978;187066;71;*;tcc fin;;CDS;187138;187590;;; deb;;CDS;190579;190800;31;*; ;;tRNA;190832;190908;32;*;ccc fin;;CDS;190941;191114;;; deb;comp;CDS;214560;215060;149;*; ;;tRNA;215210;215297;154;*;tta fin;;CDS;215452;216240;;; deb;;CDS;226386;227639;64;*; ;comp;tRNA;227704;227780;239;*;gcc fin;;CDS;228020;229720;;; deb;;CDS;235984;236169;394;*; ;;rpr;236564;238184;97;*; fin;comp;CDS;238282;238725;;0; deb;;CDS;303622;303927;64;*; ;;tRNA;303992;304081;230;*;tca fin;comp;CDS;304312;304752;;; deb;comp;CDS;351301;351564;129;*; ;;rpr;351694;352468;374;*; fin;comp;CDS;352843;353142;;; deb;comp;CDS;357984;358547;220;*; ;;tRNA;358768;358845;23;*;aga ;;tRNA;358869;358943;164;*;gaa deb;;CDS;359108;359923;48;*; ;comp;tRNA;359972;360047;103;*;atgf fin;comp;CDS;360151;361485;;0; deb;;CDS;401945;402796;171;*; ;comp;tRNA;402968;403044;229;*;gtc fin;;CDS;403274;403834;;; deb;;CDS;427091;428104;467;*; ;;rpr;428572;429636;39;*; fin;comp;CDS;429676;430632;;0; deb;comp;CDS;498208;500886;604;*; ;;rpr;501491;501989;52;*; fin;comp;CDS;502042;502485;;; deb;comp;CDS;506108;506779;484;*; ;;rpr;507264;508115;282;*; fin;;CDS;508398;509819;;; deb;comp;CDS;551189;552289;251;*; ;;ncRNA;552541;552856;28;*; fin;;CDS;552885;553364;;; deb;comp;CDS;618311;618757;402;*; ;comp;tRNA;619160;619234;63;*;tgc fin;comp;CDS;619298;619915;;0; deb;;CDS;636394;637449;133;*; ;;tRNA;637583;637659;7;*;ttc ;;tRNA;637667;637742;29;*;aac ;;tRNA;637772;637849;18;*;atgi ;;tRNA;637868;637942;39;*;gaa ;;tRNA;637982;638069;11;*;cta ;;tRNA;638081;638152;295;*;cac ;;rRNA;638448;639930;64;*;16s ;;tRNA;639995;640067;207;*;gca ;;rRNA;640275;643254;78;*;23s ;;rRNA;643333;643447;56;*;5s ;;ncRNA;643504;643761;232;*; fin;;CDS;643994;644962;;1; deb;;CDS;762859;763608;157;*; ;comp;tRNA;763766;763842;178;*;acc ;;tRNA;764021;764096;50;*;caa fin;;CDS;764147;764818;;0; deb;comp;CDS;857400;857993;118;*; ;;rpr;858112;858343;532;*; fin;;CDS;858876;860228;;; deb;;CDS;862207;862410;179;*; ;;tRNA;862590;862661;41;*;cga deb;;CDS;862703;863392;86;*; ;;tRNA;863479;863555;14;*;aca ;;tRNA;863570;863647;8;*;cca ;;tRNA;863656;863732;83;*;tac ;;tRNA;863816;863889;13;*;aaa ;;rRNA;863903;864017;46;*;5s ;;tRNA;864064;864141;80;*;gac fin;;CDS;864222;864842;;; deb;;CDS;871492;873447;238;*; ;comp;tRNA;873686;873763;102;*;atc fin;comp;CDS;873866;875110;;0; deb;comp;CDS;882566;883615;65;*; ;;tRNA;883681;883754;123;*;gta fin;comp;CDS;883878;884297;;0; deb;comp;CDS;1033083;1034345;474;*; ;;rpr;1034820;1035754;93;*; fin;comp;CDS;1035848;1036873;;; deb;comp;CDS;1037197;1038504;39;*; ;comp;tRNA;1038544;1038620;1;*;cgc fin;comp;CDS;1038622;1039386;;; deb;comp;CDS;1047158;1048804;568;*; ;;rpr;1049373;1050302;181;*; fin;;CDS;1050484;1051014;;0; deb;comp;CDS;1148669;1149934;210;*; ;;tRNA;1150145;1150220;34;*;ggc ;;tRNA;1150255;1150330;243;*;gga fin;;CDS;1150574;1151254;;; deb;comp;CDS;1188906;1189772;172;*; ;;tRNA;1189945;1190055;95;*;tgg fin;;CDS;1190151;1190684;;0; deb;;CDS;1218598;1219764;79;*; ;;rpr;1219844;1220165;479;*; fin;comp;CDS;1220645;1222306;;; deb;;CDS;1266436;1266561;484;*; ;;rpr;1267046;1267714;79;*; fin;comp;CDS;1267794;1268189;;; deb;comp;CDS;1312335;1312781;383;*; ;;tRNA;1313165;1313249;177;*;agc fin;;CDS;1313427;1314617;;; deb;;CDS;1455222;1456646;68;*; ;;rpr;1456715;1457335;384;*; fin;comp;CDS;1457720;1458889;;0; deb;;CDS;1568600;1569889;484;*; ;;rpr;1570374;1570895;121;*; fin;comp;CDS;1571017;1572063;;; deb;;CDS;1574035;1575045;473;*; ;;rpr;1575519;1576383;223;*; fin;;CDS;1576607;1577287;;0; deb;comp;CDS;1664008;1664862;377;*; </pre> ====mja intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_entre_cds|mja intercalaires entre cds]] *'''Les intercalaires négatifs:''' <pre> mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;0;0;0;25;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;53 continu;25;0;0;52;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;1;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;7;166 </pre> *'''Le Tableau''' <pre> mja;4.2.21 Paris;;mja 9.4.20;;;;;;; ;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquence5 ;'''négatif;219;12.7;'''négatif ;-13;14;-1 à -83;'''1 664 970;-1;219 ;'''zéro;21;1.2;;;;;'''intercals;0;21 ;'''1 à 200;1275;73.7;'''0 à 200;64;56;;'''151 580;5;128 ;'''201 à 370;166;9.6;'''201 à 370;265;47;;'''9.1%;10;100 ;'''371 à 600;36;2.1;'''371 à 600;438;51;;;15;102 ;'''601 à max;12;0.7;'''601 à 1028;675;39;;;20;83 ;'''total 1729;<201;88;'''total 1727;85;109;-83 à 724;;25;73 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;35 470326;1019;-1;219;-70;3;;0;21;35;39 47370;859;0;21;-60;3;;-1;°25;40;27 451281;848;1;30;-50;1;;-2;0;45;36 449897;724;2;°40;-40;5;;-3;0;50;25 291222;711;3;9;-30;10;'''min à -1;-4;°77;55;18 623421;694;4;°38;-20;25;219;-5;2;60;37 1432395;694;5;11;-10;44;12.7%;-6;4;65;22 694012;687;6;9;0;149;;-7;3;70;36 1461617;685;7;7;10;228;;-8;°14;75;21 1176472;629;8;20;20;185;;-9;3;80;27 328329;625;9;°35;30;108;;-10;1;85;27 911715;622;10;29;40;66;'''1 à 100;-11;°12;90;44 106958;542;11;23;50;61;935;-12;3;95;22 91672;527;12;26;60;55;54.0%;-13;4;100;33 692428;522;13;20;70;58;;-14;°10;105;21 256182;501;14;18;80;48;;-15;3;110;17 1370826;495;15;15;90;71;;-16;2;115;21 15863;490;16;15;100;55;;-17;°5;120;25 424100;489;17;12;110;38;;-18;2;125;22 1547813;489;18;19;120;46;;-19;2;130;20 73799;487;19;°21;130;42;;-20;°6;135;25 1128054;479;20;16;140;51;;-21;1;140;26 777753;478;21;°20;150;34;;-22;0;145;18 983847;478;22;15;160;31;;-23;°7;150;16 1338520;474;23;10;170;21;'''1 à 200;-24;1;155;15 518562;472;24;°14;180;28;1275;-25;4;160;16 410085;456;25;14;190;24;74%;-26;°1;165;11 1291124;450;26;10;200;25;;-27;0;170;10 1607321;446;27;8;210;15;;-28;1;175;16 1596121;439;28;3;220;22;;-29;°4;180;12 439827;431;29;6;230;17;;-30;0;185;10 489906;417;30;8;240;12;;-31;0;190;14 966335;417;31;7;250;12;'''0 à 200;-32;°5;195;16 7338;412;32;6;260;7;1296;;223;200;9 325298;411;33;12;270;13;;reste;17;205;6 1119539;406;34;°13;280;9;;total;240;210;9 258119;400;35;1;290;14;;;;215;11 ;;36;5;300;4;;;;220;11 ;;37;4;310;5;;;;225;5 ;;38;6;320;12;;;;230;12 ;;39;°11;330;3;;;;235;5 ;;40;1;340;6;'''201 à 370;;;240;7 ;;reste;902;350;3;166;;;245;6 ;;total;1729;360;6;9.6%;;;250;6 ;;;;370;6;;;;255;4 ;;;;380;5;;;;260;3 ;;;;390;3;;;;265;7 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;4;;;;270;6 349543;-83;shift2;635;410;1;;;;275;7 541115;-73;shift2;498;420;4;;;;280;2 575292;-71;shift2;146;430;0;;;;285;9 125178;-64;shift2;246;440;2;;;;290;5 1600078;-62;comp;;450;2;;;;295;3 1611178;-62;shift2;1499;460;1;;;;300;1 28018;-59;shift2;497;470;0;;;;305;4 316817;-49;shift2;495;480;5;;;;310;1 1478759;-48;comp;;490;4;;;;315;6 739648;-44;shift2;851;500;1;;;;320;6 875683;-41;shift2;635;510;1;;;;325;3 1378478;-41;shift2;1910;520;0;;;;330;0 12869;-39;;;530;2;;;;335;5 1051112;-38;;;540;0;'''371 à 600;;;340;1 1285398;-38;;;550;1;36;;;345;2 1623026;-38;;;560;0;2.1%;;;350;1 697374;-35;;;570;0;;;;355;3 1152607;-34;;;580;0;'''601 à max;;;360;3 1328814;-34;;;590;0;12;;;365;4 139527;-32;;;600;0;0.7%;;;370;2 312088;-32;;;reste;12;;;;reste;49 352843;-32;;;total;1729;;;;total;1729 </pre> ====mja intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; mja;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-16;150;-532;77;660;313;min50;&-94;719;-1762;147;856;255;min40 31 à 400;47;-300;424;21;711;213;2 parties;&-6.2;87;-410;65;964;468;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;154;57;-;582;poly;78;SF;&227;71;;537;poly;319;SF 31 à 400;115;46;-;623;poly;88;tF;&128;44;-;859;poly;105;SF ;;;;;;;;;;;;;; mja. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.502;;;;; 41-n;0.776;0.326;0.571;;;;;;;;;;; 1-n;0.881;0.844;0.857;;;;;;;;;14.8.21 paris;; mja;fx;fc;;mja;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;mja;Sx-;Sc- 0;10;11;;0;25;11;0;10;11;>0;429;-1;0;25 10;49;179;;10;121;171;1;12;18;<0;56;-2;0;0 20;31;154;;20;76;147;2;12;28;zéro;10;-3;0;0 30;17;91;;30;42;87;3;3;6;total;495;-4;26;51 40;16;50;;40;39;48;4;6;32;;c;-5;0;2 50;11;50;;50;27;48;5;0;11;>0;1060;-6;4;0 60;10;45;;60;25;43;6;5;4;<0;163;-7;2;1 70;14;44;;70;34;42;7;2;5;zéro;11;-8;2;12 80;14;34;;80;34;32;8;5;15;total;1234;-9;3;0 90;28;43;;90;69;41;9;3;32;;;-10;0;1 100;19;36;;100;47;34;10;1;28;total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reste;23;13;;;;;reste;316;586;;;-42;0;0 total;439;1071;;t30;239;405;total;439;1071;;;-43;0;0 diagr;406;1047;;;;;diagr;113;474;;;-44;0;1 - t30;309;623;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;1;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;total;56;163 </pre> ====mja intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_négatifs_S-|mja intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320 comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;26;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;3;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;56 ;Sc-;25;0;0;51;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;0;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;6;163 </pre> ====mja autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires|mja autres intercalaires]] <pre> mja;autres intercalaires;;adresses1;;;mja;autres intercalaires;;adresses2;;;mja;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;1664008;?;comp;;deb;°CDS;862207;179;;;deb;°CDS;857400;118;comp ;repeat_region;378;89;;;;&tRNA;862590;41;;;;repeat_region;858112;532; fin;°CDS;2216;;comp;;deb;°CDS;862703;86;;;fin;°CDS;858876;; deb;°CDS;96499;372;comp;;;&tRNA;863479;14;;;deb;°CDS;871492;238; ;&tRNA;97426;91;comp;;;&tRNA;863570;8;;;;&tRNA;873686;102;comp ;&tRNA;97629;241;;;;&tRNA;863656;83;;;fin;°CDS;873866;;comp fin;°CDS;97958;;;;;&tRNA;863816;13;;;deb;°CDS;882566;65;comp deb;°CDS;110328;250;comp;;;$rRNA;863903;46;;;;&tRNA;883681;123; ;&tRNA;111766;19;;;;&tRNA;864064;80;;;fin;°CDS;883878;;comp fin;°CDS;111874;;;;fin;°CDS;864222;;;;deb;°CDS;1033083;474;comp deb;°CDS;131467;369;;;deb;°CDS;401945;171;;;;repeat_region;1034820;93; ;repeat_region;132922;114;;;;&tRNA;402968;229;comp;;fin;°CDS;1035848;;comp fin;°CDS;134114;;comp;;fin;°CDS;403274;;;;deb;°CDS;1037197;39;comp deb;°CDS;137244;98;;;deb;°CDS;427091;467;;;;&tRNA;1038544;1;comp ;&tRNA;138344;59;comp;;;repeat_region;428572;39;;;fin;°CDS;1038622;;comp fin;°CDS;138479;;comp;;fin;°CDS;429676;;comp;;deb;°CDS;1047158;568;comp deb;°CDS;153070;182;;;deb;°CDS;498208;604;comp;;;repeat_region;1049373;181; ;$rRNA;154662;207;comp;;;repeat_region;501491;52;;;fin;°CDS;1050484;; ;&tRNA;157847;64;comp;;fin;°CDS;502042;;comp;;deb;°CDS;1148669;210;comp ;$rRNA;157984;340;comp;;deb;°CDS;506108;484;comp;;;&tRNA;1150145;34; fin;°CDS;159804;;;;;repeat_region;507264;282;;;;&tRNA;1150255;243; deb;°CDS;185874;306;comp;;fin;°CDS;508398;;;;fin;°CDS;1150574;; ;&tRNA;186978;71;;;deb;°CDS;551189;251;comp;;deb;°CDS;1188906;172;comp fin;°CDS;187138;;;;;ncRNA;552541;28;;;;&tRNA;1189945;95; deb;°CDS;190579;31;;;fin;°CDS;552885;;;;fin;°CDS;1190151;; ;&tRNA;190832;32;;;deb;°CDS;618311;402;comp;;deb;°CDS;1218598;79; fin;°CDS;190941;;;;;&tRNA;619160;63;comp;;;repeat_region;1219844;479; deb;°CDS;214560;149;comp;;fin;°CDS;619298;;comp;;fin;°CDS;1220645;;comp ;&tRNA;215210;154;;;deb;°CDS;636394;133;;;deb;°CDS;1266436;484; fin;°CDS;215452;;;;;&tRNA;637583;7;;;;repeat_region;1267046;79; deb;°CDS;226386;64;;;;&tRNA;637667;29;;;fin;°CDS;1267794;;comp ;&tRNA;227704;239;comp;;;&tRNA;637772;18;;;deb;°CDS;1312335;383;comp fin;°CDS;228020;;;;;&tRNA;637868;39;;;;&tRNA;1313165;177; deb;°CDS;235984;394;;;;&tRNA;637982;11;;;fin;°CDS;1313427;; ;repeat_region;236564;97;;;;&tRNA;638081;295;;;deb;°CDS;1455222;68; fin;°CDS;238282;;comp;;;$rRNA;638448;64;;;;repeat_region;1456715;384; deb;°CDS;303622;64;;;;&tRNA;639995;207;;;fin;°CDS;1457720;;comp ;&tRNA;303992;230;;;;$rRNA;640275;78;;;deb;°CDS;1568600;484; fin;°CDS;304312;;comp;;;$rRNA;643333;56;;;;repeat_region;1570374;121; deb;°CDS;351301;129;comp;;;ncRNA;643504;232;;;fin;°CDS;1571017;;comp ;repeat_region;351694;374;;;fin;°CDS;643994;;;;deb;°CDS;1574035;473; fin;°CDS;352843;;comp;;deb;°CDS;762859;157;;;;repeat_region;1575519;223; deb;°CDS;357984;220;comp;;;&tRNA;763766;178;comp;;fin;°CDS;1576607;; ;&tRNA;358768;23;;;;&tRNA;764021;50;;;;;;; ;&tRNA;358869;164;;;fin;°CDS;764147;;;;;;;; deb;°CDS;359108;48;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;359972;103;comp;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;360151;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====mja intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_tRNA|mja intercalaires tRNA]] <pre> mja;intercalaires tRNA;;;;;;;;; ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;continu;cumuls ;;;;;;;;;; comp’;91;;372;;241;;31;1;'''deb; ;23;comp’;250;;19;;39;19;<201;6 ;7;comp’;98;;59;;64;32;total;8 ;29;comp’;306;;71;;86;41;taux;75% ;18;;31;;32;;133;50;; ;39;comp’;149;;154;;179;59;'''fin; ;11;comp’;64;comp’;239;;372;63;<201;15 comp’;178;;64;comp’;230;;402;71;total;17 ;14;comp’;220;;164;;'''-;80;taux;88% ;8;comp’;48;;103;;'''-;95;; ;83;comp’;171;comp’;229;;'''-;102;'''total; ;34;;402;;63;;'''-;103;<201;21 ;;;133;;;;'''-;154;total;25 ;;comp’;157;;50;;'''-;164;taux;84% ;;;179;;41;;'''-;177;; ;;;86;;80;;'''-;241;; ;;comp’;238;;102;;'''-;243;'''comp’;'''cumuls ;;comp’;65;comp’;123;;48;123;'''deb; ;;;39;;1;;64;229;<201;8 ;;comp’;210;;243;;65;230;total;14 ;;comp’;172;;95;;98;239;taux;57% ;;comp’;383;;177;;149;'''-;; ;;;;;;;157;'''-;'''fin; ;;;;;;;171;'''-;<201;1 ;;;;;;;172;'''-;total;4 ;;;;;;;210;'''-;taux;25% ;;;;;;;220;'''-;; ;;;;;;;238;'''-;'''total; ;;;;;;;250;'''-;<201;9 ;;;;;;;306;'''-;total;18 ;;;;;;;383;'''-;taux;50% ;;;;;;;;;; ;;;;;deb;fin;total;;; ;;;;<201;14;16;30;;; ;;;;total;22;21;43;;; ;;;;taux;64%;76%;70%;;; </pre> ===mba=== ====mba opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_opérons|mba opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_bark_Fusaro/methBark1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007355.1;mba;;genome;;;;;;;;; 39.2%GC;2.2.20 Paris;16s 3 ;62;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Methanosarcina barkeri str. Fusaro;;;;;;;;;;;; ;91192..91938;;cds;;137;137;;;249;;DUF429 domain-containing protein;* comp;92076..92160;;ctc;+;132;;*132;;;;;* comp;92293..92377;;ctc;2 ctc;298;298;;;;;;* comp;92676..93476;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;* ;;;;;;;;;;;;* comp;98630..99337;;cds;;535;*535;;;236;;ABC transporter ATP-binding protein;* comp;99873..99955;;tcc;;222;222;;;;;;* comp;100178..101194;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;* ;;;;;;;;;;;;* comp;146979..147518;;cds;;80;80;;;180;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;147599..147670;;acc;;198;198;;;;;;* comp;147869..148381;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;199345..200268;;cds;;492;*492;;;308;;aldolase;* comp;200761..200833;;aac;+;71;;71;;;;;* comp;200905..200979;;atgi;2 aac;119;;*119;;;;;* comp;201099..201171;;aac;;964;*964;;;;;;* ;202136..202366;;cds;;;;;;77;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;260990..261532;;cds;;173;173;;;181;;nitroreductase family protein";* ;261706..261777;;cgg;;673;*673;;;;;;* ;262451..262960;;cds;;;;;;170;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;463836..464723;;cds;;2075;*2075;;;296;;polyprenyl synthetase family protein;* ;466799..466870;;gga;;94;;*94;;;;;* ;466965..467049;;cta;;221;221;;;;;;* comp;467271..468818;;cds;;;;;;*516;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;473154..473723;;cds;;298;298;;;190;;hp;* comp;474022..474096;;gag;;246;246;;;;;;* comp;474343..475584;;cds;;;;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;692109..692987;;cds;;349;349;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;* ;693337..693411;;aga;;400;400;;;;;;* comp;693812..694420;;cds;;;;;;203;;sulfite exporter TauE/SafE family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;703446..703958;;cds;;488;*488;;;171;;biotin transporter BioY;* ;704447..704521;;agg;;283;283;;;;;;* ;704805..705284;;cds;;;;;;160;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;800463..800642;;cds;;799;*799;;;60;;hp;* comp;801442..801526;;agc;;137;137;;;;;;* comp;801664..801978;;ncRNA;@1;327;327;;;315;;;* ;802306..803931;;cds;;;;;;*542;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1109819..1110013;;cds;;15;15;;;65;;hp;* ;1110029..1110103;;atgf;+;63;;63;;;;;* ;1110167..1110241;;atgf;3 atg;63;;63;;;;;* ;1110305..1110379;;atgf;;273;273;;;;;;* ;1110653..1111984;;cds;;;;;;444;;signal recognition particle protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1134460..1135074;;cds;;235;235;;;205;;endonuclease III;* comp;1135310..1135381;;tgc;+;65;;65;;;;;* comp;1135447..1135518;;tgc;2 tgc;126;126;;;;;;* comp;1135645..1136277;;cds;;;;;;211;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1137210..1137680;;cds;;488;*488;;;157;;P-bacterioferritin;* comp;1138169..1138290;;5s;;129;;;;122;;;* comp;1138420..1141252;;23s;;222;;;;2833;;;* comp;1141475..1142963;;16s;;830;*830;;;1489;;;* ;1143794..1145302;;cds;;;;;;*503;;2-isopropylmalate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1249870..1250040;;cds;;423;*423;;;57;;CopG family transcriptional regulator;* comp;1250464..1250537;;aag;;546;*546;;;;;;* ;1251084..1251290;;cds;;;;;;69;;TRAM domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1315521..1315691;;cds;@2;-12;*-12;;;57;;hp;* comp;1315680..1315751;;cgc;;174;174;;;;;;* ;1315926..1317110;;cds;;;;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1514831..1515373;;cds;;1133;*1133;;;181;;ArsR family transcriptional regulator;* ;1516507..1516579;;caa;;760;*760;;;;;;* comp;1517340..1517663;;cds;;;;;;108;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1538879..1539286;;cds;;36;36;;;136;;sensor histidine kinase;* comp;1539323..1539395;;other;@3;1249;*1249;;;73;;;* >comp;1540645..1540794;;cds;;;;;;50;;PKD domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1546247..1547791;;cds;;576;*576;;;*515;;aminotransferase class V-fold PLP-dependent enzyme;* comp;1548368..1548441;;aca;;448;*448;;;;;;* <;1548890..1549093;;cds;;;;;;68;;matrixin family metalloprotease;* ;;;;;;;;;;;;* ;1550566..1550760;;cds;;745;*745;;;65;;DeoR family transcriptional regulator;* comp;1551506..1551579;;aca;;506;*506;;;;;;* ;1552086..1552640;;cds;;;;;;185;;YkgJ family cysteine cluster protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1621639..1622835;;cds;;433;*433;;;399;;methionine adenosyltransferase;* ;1623269..1623384;;tac;@4;112;;*112;;;;;* ;1623497..1623569;;gac;;300;300;;;;;;* comp;1623870..1624067;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1714788..1715069;;cds;;154;154;;;94;;hp;* comp;1715224..1715295;;acg;;187;187;;;;;;* comp;1715483..1716493;;cds;;;;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1755811..1755993;;cds;;113;113;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;* comp;1756107..1756181;;ccg;@5;0;*0;;;;;;* comp;1756182..1756370;;cds;;;;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;* ;;;;;;;;;;;;* ;1842058..1842195;;cds;;16;16;;;46;;hp;* comp;1842212..1842285;;gtg;;717;*717;;;;;;* ;1843003..1843767;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1852573..1852896;;cds;;1364;*1364;;;108;;PadR family transcriptional regulator;* comp;1854261..1854338;;ccc;;198;198;;;;;;* comp;1854537..1855097;;cds;;;;;;187;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1908225..1908989;;cds;;349;349;;;255;;hp;* comp;1909339..1909530;;tgg;;445;*445;;;;;;* >;1909976..1910152;;cds;;;;;;59;;nitrogenase reductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1926717..1927178;;cds;;183;183;;;154;;DUF4145 domain-containing protein;* comp;1927362..1927445;;tcg;;125;125;;;;;;* comp;1927571..1928944;;cds;;;;;;458;;endonuclease Q family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2005431..2007053;;cds;;2315;*2315;;;*541;;PKD domain-containing protein;* comp;2009369..2009443;;cca;;199;199;;;;;;* comp;2009643..2010194;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2026807..2028456;;cds;;314;314;;;*550;;ATP-dependent DNA ligase;* ;2028771..2028842;;ggg;;513;*513;;;;;;* comp;2029356..2029766;;cds;;;;;;137;;PaaI family thioesterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2157926..2158684;;cds;;567;*567;;;253;;hp;* ;2159252..2159362;;atgj;;349;349;;;;;;* ;2159712..2160225;;cds;;;;;;171;;amidohydrolase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2194967..2195302;;cds;;713;*713;;;112;;translation initiation factor eIF-1A;* ;2196016..2197504;;16s;;222;;;;1489;;;* ;2197727..2200559;;23s;;129;;;;2833;;;* ;2200689..2200810;;5s;;607;*607;;;122;;;* comp;2201418..2201615;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;2434335..2434609;;cds;;603;*603;;;92;;nucleoside deaminase;* comp;2435213..2435284;;gcc;;223;;*223;;;;;* ;2435508..2435584;;atc;+;74;;74;;;;;* ;2435659..2435735;;atc;2 atc;241;241;;;;;;* comp;2435977..2436390;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;2622097..2624025;;cds;;1489;*1489;;;*643;;replication factor C large subunit;* ;2625515..2625588;;gta;;1102;*1102;;;;;;* ;2626691..2626918;;cds;;;;;;76;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2650514..2651296;;cds;;164;164;;;261;;thiazole biosynthesis protein;* ;2651461..2651532;;cac;;218;218;;;;;;* ;2651751..2653460;;cds;;;;;;*570;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2663547..2664668;;cds;;318;318;;;374;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* comp;2664987..2665058;;ggc;;263;263;;;;;;* ;2665322..2666563;;cds;;;;;;414;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2856552..2857409;;cds;;134;134;;;286;;hp;* comp;2857544..2857628;;tca;;153;153;;;;;;* comp;2857782..2858546;;cds;;;;;;255;;peptidylprolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3326036..3326557;;cds;;539;*539;;;174;;hp;* ;3327097..3327168;;tgc;;995;*995;;;;;;* ;3328164..3328898;;cds;;;;;;245;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3994472..3994921;;cds;;514;*514;;;150;;IS200/IS605 family transposase;* comp;3995436..3995529;;cga;;477;*477;;;;;;* ;3996007..3996714;;cds;;;;;;236;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4005709..4006026;;cds;;269;269;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;* ;4006296..4006378;;ttg;;860;*860;;;;;;* ;4007239..4009012;;rpr;@6;169;169;;;1774;;Family CRISPR;* comp;4009182..4009478;;cds;;;;;;99;;CRISPR-associated endonuclease Cas2;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4031590..4031871;;cds;;1075;*1075;;;94;;hp;* ;4032947..4033019;;cag;;182;182;;;;;;* comp;4033202..4033765;;cds;;;;;;188;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4041205..4041960;;cds;;96;96;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;4042057..4042141;;tta;;375;375;;;;;;* comp;4042517..4044976;;cds;;;;;;*820;;beta-propeller fold lactonase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4045359..4048274;;cds;;718;*718;;;*972;;PKD domain-containing protein;* ;4048993..4049077;;tta;;35;35;;;;;;* comp;4049113..4052403;;cds;;241;241;;;*1097;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* ;4052645..4052729;;tta;;177;177;;;;;;* comp;4052907..4053395;;cds;;;;;;163;;MarR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;4407561..4407830;;cds;;64;64;;;90;;elongation factor 1-beta;* ;4407895..4407966;;gcg;;675;*675;;;;;;* comp;4408642..4409715;;cds;;;;;;358;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4504139..4504300;;cds;;536;*536;;;54;;hp;* comp;4504837..4504921;;ctg;;220;220;;;;;;* comp;4505142..4506050;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4551177..4551851;;cds;;566;*566;;;225;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;4552418..4552491;;gtc;+;94;;*94;;;;;* ;4552586..4552660;;ttc;2 gtc;7;;7;;;;;* ;4552668..4552739;;ggc;2 ttc;61;;61;;;;;* ;4552801..4552874;;gtc;2 ggc;94;;*94;;;;;* ;4552969..4553043;;ttc;;7;;7;;;;;* ;4553051..4553122;;ggc;;717;*717;;;;;;* ;4553840..4554052;;cds;;;;;;71;;MoaD/ThiS family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;4617920..4618339;;cds;;200;200;;;140;;hp;* ;4618540..4618617;;gaa;;351;351;;;;;;* ;4618969..4619190;;cds;;377;377;;;74;;hp;* ;4619568..4619645;;gaa;;214;214;;;;;;* comp;4619860..4620678;;cds;;;;;;273;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4673041..4673643;;cds;;289;289;;;201;;adenosylcobinamide amidohydrolase;* comp;4673933..4674054;;5s;;129;;;;122;;;* comp;4674184..4677016;;23s;;135;;;;2833;;;* comp;4677152..4677224;;gca;;79;;;;;;;* comp;4677304..4678792;;16s;;1242;*1242;;;1489;;;* ;4680035..4680817;;cds;;;;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4759174..4759410;;cds;;89;89;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;* comp;4759500..4759576;;aaa;;655;*655;;;;;;* comp;4760232..4760801;;cds;;;;;;190;;DJ-1/PfpI family protein;* </pre> ====mba cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_cumuls|mba cumuls]] <pre> mba cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;2;1;;100;25;30;0 ;16 23 5s 0;2;20;2;;50;4;20;;200;27;60;7 ;16 gca 235;1;40;0;;100;4;40;;300;21;90;14 ;16 23 5s a;0;60;0;;150;6;60;;400;8;120;8 ;max a;1;80;6;;200;14;80;;500;4;150;5 ;a doubles;0;100;3;;250;9;100;;600;7;180;10 ;autres;0;120;2;;300;8;120;;700;1;210;11 ;total aas;1;140;1;;350;6;140;;800;0;240;4 sans ;opérons;44;160;0;;400;4;160;;900;1;270;10 ;1 aa;37;180;0;;450;4;180;;1000;1;300;4 ;max a;6;200;0;;500;4;200;;1100;1;330;2 ;a doubles;6;;1;;;35;;;;0;;21 ;total aas;61;;15;0;;100;;0;;96;;96 total aas;;62;;;;;;;;;;; remarques;;6;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;85;;;457;;;;240;; ;;;variance;52;;;407;;;;194;; sans jaune;;;moyenne;51;;;210;;;;186;;158 ;;;variance;28;;;98;;;;106;;78 </pre> ====mba blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_blocs|mba blocs]] <pre> mba blocs;;;; cds;289;201;adenosylcobinamide amidohydrolase;* 5s;129;122;;* 23s;135;2833;;* gca;79;;;* 16s;1242;1489;;* cds;;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;;;; cds;713;112;translation initiation factor eIF-1A;* 16s;222;1489;;* 23s;129;2833;;* 5s;607;122;;* cds;;66;hp;* ;;;; cds;488;157;P-bacterioferritin;* 5s;129;122;;* 23s;222;2833;;* 16s;830;1489;;* cds;;503;2-isopropylmalate synthase;* </pre> ====mba remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_remarques|mba remarques]] <pre> mba;;;;;;62;62 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;4 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3 tta;3;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====mba distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_distribution|mba distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc; gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;3;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mba;;37;;;;;;;mba;14;;;;;;;;mba;9;;;;;; </pre> ====mba données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_données_intercalaires|mba données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mba;fx;fc;mba;fx40;fc40;mba;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;1;0;1;21;0;1;21;-1;0;33;298;137;CDS 16s;; ;0;10;8;155;1;0;22;-2;2;0;535;790;;835; 1;1;20;13;127;2;2;31;-3;0;2;222;2075;;718; ;0;30;11;72;3;0;12;-4;3;117;80;221;;1247; 1;1;40;19;74;4;2;17;-5;1;0;198;298;16s 23s;; ;0;50;12;54;5;1;23;-6;2;0;492;349;2*209;; ;0;60;18;61;6;0;15;-7;0;5;173;400;23s 5s;; ;1;70;11;48;7;0;4;-8;0;33;673;488;3*74;; ;1;80;16;54;8;2;4;-9;0;1;246;546;5s CDS;; ;1;90;18;53;9;0;8;-10;0;4;307;-12;;488; 1;0;100;17;37;10;1;19;-11;0;13;799;174;;607; ;0;110;16;38;11;2;16;-12;0;0;15;286;;289; ;1;120;30;43;12;0;8;-13;1;4;273;760;16s tRNA;; ;2;130;11;39;13;0;19;-14;3;15;235;448;85;;gca 2;0;140;20;35;14;2;13;-15;0;0;126;745;tRNA 23s;; ;0;150;19;52;15;1;12;-16;0;5;423;506;116;;gca 1;1;160;22;25;16;1;13;-17;1;11;36;300;tRNA tRNA;; ;1;170;14;44;17;0;11;-18;0;5;1249;154;132;;ctc 2;1;180;24;36;18;3;13;-19;0;4;576;16;**;;ctc 2;1;190;29;46;19;1;7;-20;1;7;433;717;71;;aac ;4;200;27;30;20;3;15;-21;0;0;187;445;119;;atgi ;0;210;18;21;21;1;8;-22;0;1;113;183;**;;aac 1;2;220;31;43;22;4;8;-23;1;5;0;314;94;;gga 1;1;230;20;31;23;2;4;-24;0;0;1379;513;**;;cta ;1;240;15;32;24;0;14;-25;0;5;198;241;63;;atgf 2;1;250;24;27;25;1;4;-26;1;8;349;318;63;;atgf ;0;260;25;34;26;0;6;-27;0;1;125;263;**;;atgf 1;1;270;18;35;27;1;10;-28;0;3;2315;134;65;;tgc ;1;280;18;37;28;1;4;-29;0;1;199;514;**;;tgc 1;0;290;16;26;29;1;4;-30;0;0;567;477;112;;tac 2;1;300;12;23;30;0;10;-31;0;0;349;1075;**;;gac ;1;310;19;24;31;1;2;-32;0;4;603;182;223;;gcc 2;0;320;17;27;32;0;6;-33;0;0;1489;96;74;;atc ;0;330;14;23;33;0;8;-34;1;0;1102;375;**;;atc ;0;340;27;22;34;3;7;-35;1;5;164;718;94;;gtc 1;2;350;12;28;35;1;11;-36;0;0;218;35;7;;ttc ;1;360;14;18;36;6;8;-37;0;0;153;241;61;;ggc ;0;370;11;20;37;0;9;-38;0;3;539;177;94;;gtc 1;1;380;12;24;38;0;11;-39;0;0;995;675;7;;ttc ;0;390;8;15;39;4;6;-40;0;0;269;566;**;;ggc 1;0;400;19;18;40;4;6;-41;1;1;64;214;;; 17;19;reste;527;709;reste;1181;1932;-42;0;0;536;;;; 41;49;total;1233;2381;total;1233;2381;-43;0;0;220;;;; 23;29;diagr;705;1651;diagr;51;428;-44;0;1;717;;;; 1;1; t30;32;354;;;;-45;0;0;200;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;351;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;377;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;89;;;; ;x;1232;22;1;1255;;;-49;0;3;655;;;; ;c;2360;307;21;2688;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;3943;128;;reste;3;6;;;;; ;;;;;;4071;;total;22;307;;;;; </pre> =====mba autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_autres_intercalaires_aas|mba autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;mba;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;91192;137;; ;tRNA;92076;132;comp;ctc ;tRNA;92293;298;comp;ctc fin;CDS;92676;;comp; deb;CDS;98630;535;comp; ;tRNA;99873;222;comp;tcc fin;CDS;100178;;comp; deb;CDS;146979;80;comp; ;tRNA;147599;198;comp;acc fin;CDS;147869;;comp; deb;CDS;199345;492;comp; ;tRNA;200761;71;comp;aac ;tRNA;200905;119;comp;atgi ;tRNA;201099;790;comp;aac fin;CDS;201962;;; deb;CDS;260990;173;; ;tRNA;261706;673;;cgg fin;CDS;262451;;; deb;CDS;355894;309;; ;repeat_region;356467;137;; fin;CDS;359947;;; deb;CDS;463836;2075;comp; ;tRNA;466799;94;;gga ;tRNA;466965;221;;cta fin;CDS;467271;;comp; deb;CDS;473154;298;; ;tRNA;474022;246;comp;gag fin;CDS;474343;;comp; deb;CDS;692109;349;comp; ;tRNA;693337;400;;aga fin;CDS;693812;;comp; deb;CDS;703446;488;comp; ;tRNA;704447;307;;agg fin;CDS;704829;;; deb;CDS;800463;799;comp; ;tRNA;801442;137;comp;agc ;ncRNA;801664;327;comp; fin;CDS;802306;;; deb;CDS;1109819;15;; ;tRNA;1110029;63;;atgf ;tRNA;1110167;63;;atgf ;tRNA;1110305;273;;atgf fin;CDS;1110653;;; deb;CDS;1134460;235;comp; ;tRNA;1135310;65;comp;tgc ;tRNA;1135447;126;comp;tgc fin;CDS;1135645;;comp; deb;CDS;1137210;488;; ;rRNA;1138169;74;comp;122 ;rRNA;1138365;209;comp;2833 ;rRNA;1141481;835;comp;1489 fin;CDS;1143794;;; deb;CDS;1249870;423;comp; ;tRNA;1250464;546;comp;aag fin;CDS;1251084;;; deb;CDS;1315521;-12;; ;tRNA;1315680;174;comp;cgc fin;CDS;1315926;;; deb;CDS;1516050;286;comp; ;tRNA;1516507;760;;caa fin;CDS;1517340;;comp; deb;CDS;1538879;36;comp; ;tRNA;1539323;1249;comp;other fin;CDS;1540645;;comp; deb;CDS;1546247;576;comp; ;tRNA;1548368;448;comp;aca fin;CDS;1548890;;; deb;CDS;1550566;745;; ;tRNA;1551506;506;comp;aca fin;CDS;1552086;;; deb;CDS;1621639;433;; ;tRNA;1623269;112;;tac ;tRNA;1623497;300;;gac fin;CDS;1623870;;comp; deb;CDS;1657967;616;comp; ;repeat_region;1660242;74;; fin;CDS;1661656;;; deb;CDS;1714788;154;; ;tRNA;1715224;187;comp;acg fin;CDS;1715483;;comp; deb;CDS;1755811;113;comp; ;tRNA;1756107;0;comp;ccg fin;CDS;1756182;;comp; deb;CDS;1842058;16;; ;tRNA;1842212;717;comp;gtg fin;CDS;1843003;;; deb;CDS;1852573;1379;comp; ;tRNA;1854261;198;comp;ccc fin;CDS;1854537;;comp; deb;CDS;1908225;349;comp; ;tRNA;1909339;445;comp;tgg fin;CDS;1909976;;; deb;CDS;1926495;183;; ;tRNA;1927362;125;comp;tcg fin;CDS;1927571;;comp; deb;CDS;1975038;78;; ;ncRNA;1976292;428;comp; fin;CDS;1977078;;; deb;CDS;2005431;2315;comp; ;tRNA;2009369;199;comp;cca fin;CDS;2009643;;comp; deb;CDS;2026807;314;comp; ;tRNA;2028771;513;;ggg fin;CDS;2029356;;comp; deb;CDS;2157926;567;; ;tRNA;2159252;349;;atgj fin;CDS;2159712;;; deb;CDS;2194967;718;comp; ;rRNA;2196021;209;;1489 ;rRNA;2197708;74;;2833 ;rRNA;2200689;607;;122 fin;CDS;2201418;;comp; deb;CDS;2434335;603;comp; ;tRNA;2435213;223;comp;gcc ;tRNA;2435508;74;;atc ;tRNA;2435659;241;;atc fin;CDS;2435977;;comp; deb;CDS;2622097;1489;; ;tRNA;2625515;1102;;gta fin;CDS;2626691;;; deb;CDS;2650514;164;; ;tRNA;2651461;218;;cac fin;CDS;2651751;;; deb;CDS;2663547;318;; ;tRNA;2664987;263;comp;ggc fin;CDS;2665322;;; deb;CDS;2856552;134;; ;tRNA;2857544;153;comp;tca fin;CDS;2857782;;comp; deb;CDS;3326036;539;; ;tRNA;3327097;995;;tgc fin;CDS;3328164;;; deb;CDS;3994472;514;; ;tRNA;3995436;477;comp;cga fin;CDS;3996007;;; deb;CDS;4005709;269;; ;tRNA;4006296;860;;ttg ;repeat_region;4007239;169;; fin;CDS;4009182;;comp; deb;CDS;4031590;1075;comp; ;tRNA;4032947;182;;cag fin;CDS;4033202;;comp; deb;CDS;4041205;96;comp; ;tRNA;4042057;375;;tta fin;CDS;4042517;;comp; deb;CDS;4045359;718;comp; ;tRNA;4048993;35;;tta deb;CDS;4049113;241;comp; ;tRNA;4052645;177;;tta fin;CDS;4052907;;comp; deb;CDS;4407561;64;; ;tRNA;4407895;675;;gcg fin;CDS;4408642;;comp; deb;CDS;4504139;536;comp; ;tRNA;4504837;220;comp;ctg fin;CDS;4505142;;comp; deb;CDS;4551177;566;comp; ;tRNA;4552418;94;;gtc ;tRNA;4552586;7;;ttc ;tRNA;4552668;61;;ggc ;tRNA;4552801;94;;gtc ;tRNA;4552969;7;;ttc ;tRNA;4553051;717;;ggc fin;CDS;4553840;;; deb;CDS;4617920;200;; ;tRNA;4618540;351;;gaa deb;CDS;4618969;377;; ;tRNA;4619568;214;;gaa fin;CDS;4619860;;comp; deb;CDS;4673041;289;; ;rRNA;4673933;74;comp;122 ;rRNA;4674129;116;comp;2833 ;tRNA;4677152;85;comp;gca ;rRNA;4677310;1247;comp;1489 fin;CDS;4680035;;; deb;CDS;4759174;89;comp; ;tRNA;4759500;655;comp;aaa fin;CDS;4760232;;comp; </pre> ====mba intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_entre_cds|mba intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> mba;4.2.21 Paris;;mba 17.12.20;;;;;;;;; mba;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;329;8.3;'''négatif ;-12;13;-1 à -74;'''4 837 408;-1;329;610;21 ;'''zéro;22;0.6;;;;;'''intercals;0;22;620;23 ;'''1 à 200;1478;37.5;'''0 à 200;85;62;;'''1 292 909;5;110;630;21 ;'''201 à 370;782;19.8;'''201 à 370;278;48;;'''26.7%;10;53;640;20 ;'''371 à 600;643;16.3;'''371 à 600;475;66;;;15;73;650;14 ;'''601 à max;689;17.5;'''601 à 1028;920;310;;;20;67;660;22 ;'''total 3943;<201;46;'''total 3938;324;341;-74 à 2323;;25;46;670;14 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;37;680;28 3095040;2919;-1;329;-70;1;;0;22;35;39;690;6 526434;2894;0;22;-60;0;;-1;°33;40;54;700;11 1788553;2705;1;22;-50;8;;-2;2;45;35;710;20 2002090;2693;2;°33;-40;7;;-3;2;50;31;720;14 4631335;2517;3;12;-30;14;'''min à -1;-4;°120;55;34;730;7 818173;2323;4;19;-20;34;329;-5;1;60;45;740;16 2797830;2322;5;°24;-10;66;8.3%;-6;2;65;34;750;20 3799612;2309;6;15;0;221;;-7;5;70;25;760;12 376145;2299;7;4;10;163;;-8;°33;75;34;770;18 3653740;2282;8;6;20;140;;-9;1;80;36;780;12 4809596;2233;9;8;30;83;;-10;4;85;41;790;8 1187952;2165;10;°20;40;93;'''1 à 100;-11;°13;90;30;800;7 4415180;2161;11;18;50;66;878;-12;0;95;27;810;6 3268995;2076;12;8;60;79;22.3%;-13;5;100;27;820;8 372411;1964;13;°19;70;59;;-14;°18;105;23;830;8 3552425;1946;14;15;80;70;;-15;0;110;31;840;9 3151269;1901;15;13;90;71;;-16;5;115;32;850;13 3603917;1870;16;°14;100;54;;-17;°12;120;41;860;6 542032;1854;17;11;110;54;;-18;5;125;25;870;18 682785;1848;18;°16;120;73;;-19;4;130;25;880;8 3195397;1797;19;8;130;50;;-20;°8;135;24;890;10 2484625;1761;20;°18;140;55;;-21;0;140;31;900;9 3100209;1754;21;9;150;71;;-22;1;145;42;910;7 2724177;1733;22;°12;160;47;;-23;°6;150;29;920;5 912406;1712;23;6;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;23;930;4 2448660;1707;24;°14;180;60;1478;-25;5;160;24;940;7 2750853;1677;25;5;190;75;37.5%;-26;°9;165;22;950;15 4703857;1624;26;6;200;57;;-27;1;170;36;960;9 974831;1613;27;°11;210;39;;-28;3;175;29;970;5 4637075;1600;28;5;220;74;;-29;°1;180;31;980;9 2503952;1596;29;5;230;51;;-30;0;185;39;990;8 511626;1595;30;°10;240;47;;-31;0;190;36;1000;9 2705610;1569;31;3;250;51;'''0 à 200;-32;°4;195;33;1010;3 3908084;1568;32;6;260;59;1500;;325;200;24;1020;9 2490112;1557;33;8;270;53;;reste;26;205;19;1030;4 63786;1555;34;10;280;55;;total;351;210;20;1040;7 136653;1553;35;12;290;42;;;;215;46;1050;3 958597;1549;36;°14;300;35;;;;220;28;1060;7 301149;1548;37;9;310;43;;;;225;29;1070;10 1165546;1516;38;°11;320;44;;'''intercal;'''<u>frequencef;230;22;1080;5 ;;39;10;330;37;;600;3254;235;24;1090;3 ;;40;10;340;49;'''201 à 370;700;180;240;23;1100;1 ;;reste;3113;350;40;782;800;134;245;29;1110;8 ;;total;3943;360;32;19.8%;900;95;250;22;1120;4 ;;;;370;31;;1000;78;255;30;1130;3 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;36;;1100;52;260;29;1140;4 4403838;-74;comp;;390;23;;1200;41;265;26;1150;3 1874377;-59;shift2;688;400;37;;1300;30;270;27;1160;5 4136612;-59;shift2;694;410;34;;1400;22;275;22;1170;4 493240;-56;shift2;127;420;31;;1500;15;280;33;1180;3 942901;-56;shift2;601;430;43;;1600;13;285;20;1190;3 4169341;-56;shift2;238;440;34;;1700;3;290;22;1200;4 4335751;-56;shift2;445;450;30;;1800;6;295;20;;580 4374865;-55;comp;;460;27;;1900;3;300;15;reste;109 2801727;-51;comp;;470;31;;2000;3;305;18;total;3943 1742959;-49;shift2;2660;480;28;;2100;1;310;25;; 2882494;-49;shift2;1325;490;28;;2200;2;315;24;; 3292321;-49;shift2;101;500;26;;2300;3;320;20;; 2440972;-47;shift2;664;510;22;;2400;3;325;19;; 4561346;-44;shift2;1744;520;32;;2500;0;330;18;; 1057681;-41;shift2;394;530;25;;2600;1;335;21;; 1723225;-41;comp;;540;20;'''371 à 600;2700;1;340;28;; 82489;-38;;;550;23;643;2800;1;345;21;; 222695;-38;;;560;22;16.3%;2900;1;350;19;; 3533580;-38;;;570;22;;3000;1;355;19;; 1573832;-35;;;580;28;'''601 à max;;689;360;13;; 1931905;-35;;;590;18;689;;;365;15;; 3122151;-35;;;600;23;17.5%;;;370;16;; 3337334;-35;;;reste;689;;reste;0;reste;1332;; 4054645;-35;;;total;3943;;total;3943;total;3943;; </pre> ====mba intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> mba Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; mba;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;4.9;-71;219;11;350;483;min10;-50;359;-832;80;823;239;min50 1 à 600;5.8;-62;170;7.4;465;354;2 parties;-6.7;100;-498;10;789;495;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;2;25;-;1;poly;348;tF;104;46;;536;poly;287;SF 1 à 600;14;20;-;156;poly;309;tF;80;59;-;580;poly;209;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélation et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;800;;;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;corrélation;;;;;;;;complément à 800;; 41-n;0.154;-0.330;-0.221;0.639;;;;;;;-0.074;;;;;;;;effectifs;; 1-n;-0.223;-0.512;-0.477;;;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;;; mba;fx;fc;;mba;fx%;fc%;mba;fx;fc;;fx40;fc40;;x;mba;Sx-;Sc-;;mba;fx;fc 0;1;21;;0;1;13;;;;0;1;21;>0;1232;-1;0;33;;410;13;21 10;8;155;;10;11;94;410;13;21;1;0;22;<0;22;-2;2;0;;420;13;18 20;13;127;;20;18;77;420;13;18;2;2;31;zéro;1;-3;0;2;;430;19;24 30;11;72;;30;16;44;430;19;24;3;0;12;total;1255;-4;3;117;;440;15;19 40;19;74;;40;27;45;440;15;19;4;2;17;;c;-5;1;0;;450;14;16 50;12;54;;50;17;33;450;14;16;5;1;23;>0;2360;-6;2;0;;460;7;20 60;18;61;;60;26;37;460;7;20;6;0;15;<0;307;-7;0;5;;470;11;20 70;11;48;;70;16;29;470;11;20;7;0;4;zéro;21;-8;0;33;;480;7;21 80;16;54;;80;23;33;480;7;21;8;2;4;total;2688;-9;0;1;;490;14;14 90;18;53;;90;26;32;490;14;14;9;0;8;;;-10;0;4;;500;12;14 100;17;37;;100;24;22;500;12;14;10;1;19;;;-11;0;13;;510;5;17 110;16;38;;110;23;23;510;5;17;11;2;16;;;-12;0;0;;520;15;17 120;30;43;;120;43;26;520;15;17;12;0;8;;;-13;1;4;;530;8;17 130;11;39;;130;16;24;530;8;17;13;0;19;;;-14;3;15;;540;6;14 140;20;35;;140;28;21;540;6;14;14;2;13;;;-15;0;0;;550;15;8 150;19;52;;150;27;31;550;15;8;15;1;12;;;-16;0;5;;560;10;12 160;22;25;;160;31;15;560;10;12;16;1;13;;;-17;1;11;;570;14;8 170;14;44;;170;20;27;570;14;8;17;0;11;;;-18;0;5;;580;13;15 180;24;36;;180;34;22;580;13;15;18;3;13;;;-19;0;4;;590;8;10 190;29;46;;190;41;28;590;8;10;19;1;7;;;-20;1;7;;600;13;10 200;27;30;;200;38;18;600;13;10;20;3;15;;;-21;0;0;;610;10;11 210;18;21;;210;26;13;610;10;11;21;1;8;;;-22;0;1;;620;7;16 220;31;43;;220;44;26;620;7;16;22;4;8;;;-23;1;5;;630;9;12 230;20;31;;230;28;19;630;9;12;23;2;4;;;-24;0;0;;640;7;13 240;15;32;;240;21;19;640;7;13;24;0;14;;;-25;0;5;;650;4;10 250;24;27;;250;34;16;650;4;10;25;1;4;;;-26;1;8;;660;8;14 260;25;34;;260;35;21;660;8;14;26;0;6;;;-27;0;1;;670;4;10 270;18;35;;270;26;21;670;4;10;27;1;10;;;-28;0;3;;680;12;16 280;18;37;;280;26;22;680;12;16;28;1;4;;;-29;0;1;;690;2;4 290;16;26;;290;23;16;690;2;4;29;1;4;;;-30;0;0;;700;5;6 300;12;23;;300;17;14;700;5;6;30;0;10;;;-31;0;0;;710;8;12 310;19;24;;310;27;15;710;8;12;31;1;2;;;-32;0;4;;720;5;9 320;17;27;;320;24;16;720;5;9;32;0;6;;;-33;0;0;;730;3;4 330;14;23;;330;20;14;730;3;4;33;0;8;;;-34;1;0;;740;5;11 340;27;22;;340;38;13;740;5;11;34;3;7;;;-35;1;5;;750;9;11 350;12;28;;350;17;17;750;9;11;35;1;11;;;-36;0;0;;760;6;6 360;14;18;;360;20;11;760;6;6;36;6;8;;;-37;0;0;;770;10;8 370;11;20;;370;16;12;770;10;8;37;0;9;;;-38;0;3;;780;3;9 380;12;24;;380;17;15;780;3;9;38;0;11;;;-39;0;0;;790;5;3 390;8;15;;390;11;9;790;5;3;39;4;6;;;-40;0;0;;800;2;5 400;19;18;;400;27;11;800;2;5;40;4;6;;;-41;1;1;;;1061;2156 reste;527;709;;;;;reste;171;204;reste;1181;1932;;;-42;0;0;;;; total;1233;2381;;t30;45;214;total;1233;2381;total;1233;2381;;;-43;0;0;;;; diagr;705;1651;;;;;diagr;356;505;diagr;51;428;;;-44;0;1;;;; - t30;673;1297;;;;;;;;;;;;;-45;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-46;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-47;0;1;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-49;0;3;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-50;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;reste;3;6;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;total;22;307;;;; </pre> ====mba intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_négatifs_S-|mba intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;2;;1;1;2;;;;;;;1;3;;;1;;;1;;;;;;1;;;;;;;;1;1;;;;;;1;;;;;;;;;;2;18 continu;33;0;2;119;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;6;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;7;311 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;3;1;2;0;0;0;0;0;0;1;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;22 ;Sc-;33;0;2;117;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;5;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;6;307 </pre> ====mba autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_autres_intercalaires|mba autres intercalaires]] <pre> ;mba;autres intercalaires;;adresses1;;mba;autres intercalaires;;adresses2;;;mba;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;91192;137;;;deb;°CDS;1516050;286;comp;;deb;°CDS;2622097;1489; ;&tRNA;92076;132;comp;;;&tRNA;1516507;760;;;;&tRNA;2625515;1102; ;&tRNA;92293;298;comp;;fin;°CDS;1517340;;comp;;fin;°CDS;2626691;; fin;°CDS;92676;;comp;;deb;°CDS;1538879;36;comp;;deb;°CDS;2650514;164; deb;°CDS;98630;535;comp;;;&tRNA;1539323;1249;comp;;;&tRNA;2651461;218; ;&tRNA;99873;222;comp;;fin;°CDS;1540645;;comp;;fin;°CDS;2651751;; fin;°CDS;100178;;comp;;deb;°CDS;1546247;576;comp;;deb;°CDS;2663547;318; deb;°CDS;146979;80;comp;;;&tRNA;1548368;448;comp;;;&tRNA;2664987;263;comp ;&tRNA;147599;198;comp;;fin;°CDS;1548890;;;;fin;°CDS;2665322;; fin;°CDS;147869;;comp;;deb;°CDS;1550566;745;;;deb;°CDS;2856552;134; deb;°CDS;199345;492;comp;;;&tRNA;1551506;506;comp;;;&tRNA;2857544;153;comp ;&tRNA;200761;71;comp;;fin;°CDS;1552086;;;;fin;°CDS;2857782;;comp ;&tRNA;200905;119;comp;;deb;°CDS;1621639;433;;;deb;°CDS;3326036;539; ;&tRNA;201099;790;comp;;;&tRNA;1623269;112;;;;&tRNA;3327097;995; fin;°CDS;201962;;;;;&tRNA;1623497;300;;;fin;°CDS;3328164;; deb;°CDS;260990;173;;;fin;°CDS;1623870;;comp;;deb;°CDS;3994472;514; ;&tRNA;261706;673;;;deb;°CDS;1657967;616;comp;;;&tRNA;3995436;477;comp fin;°CDS;262451;;;;;repeat_region;1660242;74;;;fin;°CDS;3996007;; deb;°CDS;355894;309;;;fin;°CDS;1661656;;;;deb;°CDS;4005709;269; ;repeat_region;356467;137;;;deb;°CDS;1714788;154;;;;&tRNA;4006296;860; fin;°CDS;359947;;;;;&tRNA;1715224;187;comp;;;repeat_region;4007239;169; deb;°CDS;463836;2075;comp;;fin;°CDS;1715483;;comp;;fin;°CDS;4009182;;comp ;&tRNA;466799;94;;;deb;°CDS;1755811;113;comp;;deb;°CDS;4031590;1075;comp ;&tRNA;466965;221;;;;&tRNA;1756107;0;comp;;;&tRNA;4032947;182; fin;°CDS;467271;;comp;;fin;°CDS;1756182;;comp;;fin;°CDS;4033202;;comp deb;°CDS;473154;298;;;deb;°CDS;1842058;16;;;deb;°CDS;4041205;96;comp ;&tRNA;474022;246;comp;;;&tRNA;1842212;717;comp;;;&tRNA;4042057;375; fin;°CDS;474343;;comp;;fin;°CDS;1843003;;;;fin;°CDS;4042517;;comp deb;°CDS;692109;349;comp;;deb;°CDS;1852573;1379;comp;;deb;°CDS;4045359;718;comp ;&tRNA;693337;400;;;;&tRNA;1854261;198;comp;;;&tRNA;4048993;35; 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;&tRNA;1135447;126;comp;;fin;°CDS;2029356;;comp;;;&tRNA;4553051;717; fin;°CDS;1135645;;comp;;deb;°CDS;2157926;567;;;fin;°CDS;4553840;; deb;°CDS;1137210;488;;;;&tRNA;2159252;349;;;deb;°CDS;4617920;200; ;$rRNA;1138169;74;comp;;fin;°CDS;2159712;;;;;&tRNA;4618540;351; ;$rRNA;1138365;209;comp;;deb;°CDS;2194967;718;comp;;deb;°CDS;4618969;377; ;$rRNA;1141481;835;comp;;;$rRNA;2196021;209;;;;&tRNA;4619568;214; fin;°CDS;1143794;;;;;$rRNA;2197708;74;;;fin;°CDS;4619860;;comp deb;°CDS;1249870;423;comp;;;$rRNA;2200689;607;;;deb;°CDS;4673041;289; ;&tRNA;1250464;546;comp;;fin;°CDS;2201418;;comp;;;$rRNA;4673933;74;comp fin;°CDS;1251084;;;;deb;°CDS;2434335;603;comp;;;$rRNA;4674129;116;comp deb;°CDS;1315521;-12;;;;&tRNA;2435213;223;comp;;;&tRNA;4677152;85;comp ;&tRNA;1315680;174;comp;;;&tRNA;2435508;74;;;;$rRNA;4677310;1247;comp fin;°CDS;1315926;;;;;&tRNA;2435659;241;;;fin;°CDS;4680035;; ;;;;;;fin;°CDS;2435977;;comp;;deb;°CDS;4759174;89;comp ;;;;;;;;;;;;;&tRNA;4759500;655;comp ;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;4760232;;comp </pre> ====mba intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_tRNA|mba intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aa;comp’;cds aa deb;comp’;cds aa fin ;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;132;comp’;137;;298;;15;0;'''deb; ;;;535;;222;;36;125;<201;9 ;;;80;;198;;64;126;total;25 ;71 119;;492;comp’;790;;80;153;taux;36% ;;;173;;673;;89;187;; ;94;comp’;2075;comp’;221;;113;198;'''fin; ;;comp’;298;;246;;164;198;<201;8 ;;comp’;349;comp’;400;;173;199;total;23 ;;comp’;488;;307;;200;218;taux;35% ;;;799;;;;235;220;; ;63 63;;15;;273;;269;222;'''total; ;65;;235;;126;;349;246;<201;17 ;;;423;comp’;546;;377;273;total;48 ;;comp’;-12;comp’;174;;423;298;taux;35% ;;comp’;286;comp’;760;;433;307;; ;;;36;;1249;;535;349;; ;;;576;comp’;448;;536;351;; ;;comp’;745;comp’;506;;539;655;; ;112;;433;comp’;300;;567;673;; ;;comp’;154;;187;;576;717;; ;;;113;;0;;603;995;; ;;comp’;16;comp’;717;;799;1102;; ;;;1379;;198;;1379;1249;; ;;;349;comp’;445;;1489;-;; ;;comp’;183;;125;;2315;-;'''comp’;'''cumuls ;;;2315;;199;;'''-12;35;; ;;comp’;314;comp’;513;;16;174;'''deb; ;;;567;;349;;96;177;<201;7 '''comp’;'''223;;603;comp’;241;;134;182;total;21 ;'''74;;;;;;137;214;taux;33% ;;;1489;;1102;;154;221;; ;;;164;;218;;183;241;'''fin; 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WH1;;;;;;;;;;;; comp;38726..40264;;cds;;698;*698;;;*513;;2-isopropylmalate synthase;* ;40963..42450;;16s;;208;;;;1488;;;* ;42659..45491;;23s;;130;;;;2833;;;* ;45622..45743;;5s;;857;*857;;;122;;;* ;46601..47164;;cds;;102;102;;;188;;hp;* ;47267..47338;;tgc;+;72;;72;;;;;* ;47411..47482;;tgc;2 tgc;411;*411;;;;;;* ;47894..48508;;cds;;;;;;205;;endonuclease III;* ;;;;;;;;;;;;* comp;71092..72423;;cds;;384;384;;;444;;signal recognition particle protein;* comp;72808..72882;;atgf;+;89;;*89;;;;;* comp;72972..73046;;atgf;2 atgf;234;234;;;;;;* ;73281..73472;;cds;;;;;;64;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;175573..176153;;cds;;163;163;;;194;;hp;* comp;176317..176389;;gac;;111;;*111;;;;;* comp;176501..176614;;tac;@1;295;295;;;;;;* ;176910..177248;;cds;;;;;;113;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;214884..215966;;cds;;801;*801;;;361;;hp;* comp;216768..216841;;aca;;150;150;;;;;;* ;216992..217582;;cds;;;;;;197;;aldolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;372219..373091;;cds;;558;*558;;;291;;hp;* comp;373650..373723;;gtg;;340;340;;;;;;* ;374064..374828;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;* ;;;;;;;;;;;;* comp;379248..381950;;cds;;1076;*1076;;;*901;;DNA mismatch repair protein MutS;* comp;383027..383104;;ccc;;193;193;;;;;;* comp;383298..383882;;cds;;;;;;195;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;532751..533176;;cds;;356;356;;;142;;hp;* comp;533533..533607;;cca;;149;149;;;;;;* comp;533757..534308;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;598666..599850;;cds;;170;170;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;* ;600021..600092;;cgc;;341;341;;;;;;* ;600434..600868;;cds;;;;;;145;;cell surface lipoprotein;* ;;;;;;;;;;;;* ;680493..681734;;cds;;185;185;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;* ;681920..681994;;gag;;242;242;;;;;;* >;682237..682560;;cds;;;;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* ;689062..689631;;cds;;36;36;;;190;;phosphatase PAP2 family protein;* comp;689668..689752;;cta;;73;;73;;;;;* comp;689826..689897;;gga;;1481;*1481;;;;;;* ;691379..691483;;cds;;;;;;35;;CcmD family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;793563..795017;;cds;;111;111;;;485;;p-IS66 family transposase;* comp;795129..795213;;ctc;+;117;;*117;;;;;* comp;795331..795418;;ctc;2 ctc;235;235;;;;;;* comp;795654..796454;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;* ;;;;;;;;;;;;* ;810088..810471;;cds;;861;*861;;;128;;hp;* comp;811333..811415;;tcc;;123;123;;;;;;* comp;811539..812555;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;* ;;;;;;;;;;;;* comp;893309..894232;;cds;;391;391;;;308;;aldolase;* comp;894624..894696;;aac;+;87;;*87;;;;;* comp;894784..894858;;atgi;2 aac;110;;*110;;;;;* comp;894969..895041;;aac;;1415;*1415;;;;;;* comp;896457..897506;;cds;;;;;;350;;TIGR00303 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;949570..950112;;cds;;208;208;;;181;;nitroreductase family protein;* ;950321..950392;;cgg;;498;*498;;;;;;* comp;950891..952300;;cds;;;;;;470;;NADPH-dependent glutamate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1088496..1090946;;cds;;360;360;;;*817;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* comp;1091307..1091378;;gcc;;227;;*227;;;;;* ;1091606..1091682;;atc;+;62;;62;;;;;* ;1091745..1091818;;atc;2 atc;353;353;;;;;;* comp;1092172..1092585;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1155736..1156137;;cds;;210;210;;;134;;AsnC family transcriptional regulator;* ;1156348..1156425;;gaa;+;718;;*718;;;;;* ;1157144..1157221;;gaa;2 gaa;233;233;;;;;;* comp;1157455..1158645;;cds;@4;;;;;397;;ISH3 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1199367..1200149;;cds;;967;*967;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;1201117..1202604;;16s;;80;;;;1488;;;* ;1202685..1202757;;gca;;135;;;;;;;* ;1202893..1205725;;23s;;130;;;;2833;;;* ;1205856..1205977;;5s;;5;5;;;122;;;* comp;1205983..1206231;;cds;;;;;;83;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1207508..1211485;;cds;;12;12;;;*1326;;PAS domain S-box protein;* comp;1211498..1211582;;ctg;;190;190;;;;;;* comp;1211773..1212681;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1220571..1220783;;cds;;596;*596;;;71;;MoaD/ThiS family protein;* comp;1221380..1221451;;ggc;+;25;;25;;;;;* comp;1221477..1221551;;ttc;2 ggc;57;;57;;;;;* comp;1221609..1221682;;gtc;2 ttc;71;;71;;;;;* comp;1221754..1221825;;ggc;2 gtc;25;;25;;;;;* comp;1221851..1221925;;ttc;;118;;*118;;;;;* comp;1222044..1222117;;gtc;;358;358;;;;;;* ;1222476..1223792;;cds;;;;;;439;;methanogenesis marker 16 metalloprotein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1400830..1401773;;cds;;914;*914;;;315;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;1402688..1402761;;gta;;287;287;;;;;;* ;1403049..1403276;;cds;;;;;;76;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1504221..1505630;;cds;;686;*686;;;470;;F0F1 ATP synthase subunit beta;* comp;1506317..1506410;;cga;;750;*750;;;;;;* ;1507161..1508039;;cds;;;;;;293;;response regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1513245..1513562;;cds;;213;213;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;* ;1513776..1513858;;ttg;;268;268;;;;;;* >;1514127..1514647;;cds;;;;;;174;;p-IS1634 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1887880..1888338;;cds;;392;392;;;153;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein;* comp;1888731..1888802;;ggc;;378;378;;;;;;* ;1889181..1890518;;cds;;;;;;446;;DHH family phosphoesterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1962666..1963553;;cds;;130;130;;;296;;hp;* comp;1963684..1963768;;tta;;235;235;;;;;;* ;1964004..1964759;;cds;;;;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1971331..1971852;;cds;;319;319;;;174;;hp;* comp;1972172..1972244;;cag;;204;204;;;;;;* comp;1972449..1972850;;cds;;;;;;134;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2170713..2172446;;cds;;156;156;;;*578;;radical SAM protein;* comp;2172603..2172674;;cac;;174;174;;;;;;* comp;2172849..2173631;;cds;;;;;;261;;thiazole biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;2320809..2321131;;cds;;141;141;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;* comp;2321273..2321344;;gcg;;65;65;;;;;;* comp;2321410..2321679;;cds;;;;;;90;;elongation factor 1-beta;* ;;;;;;;;;;;;* ;2387890..2388675;;cds;;150;150;;;262;;peptidylprolyl isomerase;* ;2388826..2388911;;tca;;326;326;;;;;;* comp;2389238..2389453;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2678132..2678368;;cds;;85;85;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;* comp;2678454..2678530;;aaa;;824;*824;;;;;;* comp;2679355..2679537;;cds;;;;;;61;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3091524..3091754;;cds;;271;271;;;77;;hp;* comp;3092026..3092147;;5s;;130;;;;122;;;* comp;3092278..3095110;;23s;;208;;;;2833;;;* comp;3095319..3096806;;16s;;839;*839;;;1488;;;* ;3097646..3097975;;cds;;;;;;110;;translation initiation factor eIF-1A;* ;;;;;;;;;;;; comp;3153517..3155214;;cds;;599;*599;;;*566;;diguanylate phosphodiesterase;* comp;3155814..3155923;;atgj;;799;*799;;;;;;* ;3156723..3157106;;cds;;;;;;128;;tRNA CCA-pyrophosphorylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3241682..3242944;;cds;;473;*473;;;421;;diaminopimelate decarboxylase;* ;3243418..3243489;;ggg;;377;377;;;;;;* ;3243867..3244073;;cds;;;;;;69;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3341829..3342017;;cds;@2;0;*0;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;* ;3342018..3342092;;ccg;;112;112;;;;;;* ;3342205..3342387;;cds;;;;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;* ;;;;;;;;;;;;* ;3358176..3359186;;cds;;533;*533;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;* ;3359720..3359791;;acg;;52;52;;;;;;* comp;3359844..3360305;;cds;;;;;;154;;peroxiredoxin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3397316..3398947;;cds;;422;*422;;;*544;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;* ;3399370..3399684;;ncRNA;@3;149;149;;;315;;;* ;3399834..3399918;;agc;;230;230;;;;;;* ;3400149..3400847;;cds;;;;;;233;;ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3435506..3436918;;cds;;181;181;;;471;;phosphotransferase;* ;3437100..3437183;;tcg;;273;273;;;;;;* ;3437457..3437948;;cds;;870;*870;;;164;;rubrerythrin family protein;* ;3438819..3438989;;cds;;107;107;;;57;;hp;* ;3439097..3439289;;tgg;;42;42;;;;;;* comp;3439332..3439484;;cds;;;;;;51;;hp MLELDILDLDILDLDILDLKILELEILELEVLELEILELEILELEVLVQS;* ;;;;;;;;;;;;* ;3456114..3456473;;cds;;260;260;;;120;;hp;* comp;3456734..3456805;;acc;;200;200;;;;;;* comp;3457006..3457518;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3583589..3584044;;cds;;295;295;;;152;;N-acetyltransferase;* comp;3584340..3584414;;agg;;339;339;;;;;;* ;3584754..3585317;;cds;;;;;;188;;biotin transporter BioY;* ;;;;;;;;;;;;* ;3593430..3593861;;cds;;343;343;;;144;;PspC domain-containing protein;* comp;3594205..3594279;;aga;;348;348;;;;;;* ;3594628..3595506;;cds;;;;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3603458..3603697;;cds;;389;389;;;80;;type II toxin-antitoxin system HicB family antitoxin;* ;3604087..3604159;;caa;;633;*633;;;;;;* comp;3604793..3606301;;cds;;;;;;*503;;lipopolysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3856073..3856279;;cds;;402;*402;;;69;;TRAM domain-containing protein;* ;3856682..3856755;;aag;;498;*498;;;;;;* ;3857254..3857424;;cds;;;;;;57;;CopG family transcriptional regulator;* </pre> ====mfe cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_cumuls|mfe cumuls]] <pre> mfe cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;1;1;;100;18;30;0 ;16 23 5s 0;2;20;0;;50;4;20;;200;29;60;4 ;16 gca 235;1;40;2;;100;3;40;;300;12;90;14 ;16 23 5s a;0;60;1;;150;11;60;;400;9;120;6 ;max a;1;80;4;;200;9;80;;500;9;150;8 ;a doubles;0;100;2;;250;10;100;;600;5;180;7 ;autres;0;120;4;;300;7;120;;700;0;210;9 ;total aas;1;140;0;;350;7;140;;800;0;240;1 sans ;opérons;40;160;0;;400;10;160;;900;1;270;6 ;1 aa;31;180;0;;450;3;180;;1000;1;300;4 ;max a;6;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;3 ;a doubles;7;;2;;;20;;;;1;;23 ;total aas;55;;15;0;;88;;0;;85;;85 total aas;;56;;;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;131;;;376;;;;255;; ;;;variance;169;;;299;;;;210;; sans jaune;;;moyenne;55;;;223;;;;207;;157 ;;;variance;21;;;108;;;;127;;80 </pre> ====mfe blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_blocs|mfe blocs]] <pre> mfe blocs;;;; cds;698;513;2-isopropylmalate synthase;* 16s;208;1488;;* 23s;130;2833;;* 5s;857;122;;* cds;102;188;hp;* ;;;; cds;967;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* 16s;80;1488;;* gca;135;;;* 23s;130;2833;;* 5s;5;122;;* cds;;83;hp;* ;;;; cds;271;77;hp;* 5s;130;122;;* 23s;208;2833;;* 16s;839;1488;;* cds;;110;translation initiation factor eIF-1A;* </pre> ====mfe remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_remarques|mfe remarques]] <pre> mfe;;;;;;56;56 atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====mfe distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_distribution|mfe distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc; gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mfe;;31;;;;;;;mfe;14;;;;;;;;mfe;10;;;;;; </pre> ====mfe données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_données_intercalaires|mfe données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mfe;fx;fc;mfe;fx40;fc40;mfe;x-;c-;c;x;c;x;aa ;1;0;1;17;0;1;17;-1;;26;102;207;CDS 16s;; ;0;10;11;152;1;2;28;-2;1;0;411;295;;704; 1;0;20;15;94;2;0;29;-3;;0;384;150;;973; ;0;30;21;74;3;1;16;-4;4;116;225;340;;845; 1;0;40;22;60;4;1;15;-5;;0;801;170;16s 23s;; 1;0;50;24;58;5;1;18;-6;;0;558;36;2* 196;; 1;0;60;11;41;6;1;14;-7;;4;1076;1611;23s 5s;; ;1;70;18;55;7;2;3;-8;;27;193;861;3* 74;; ;0;80;23;52;8;1;7;-9;2;0;356;498;5s CDS;; ;1;90;24;43;9;1;8;-10;2;6;149;360;857;5; ;0;100;18;41;10;1;14;-11;;10;332;353;;271; ;2;110;25;48;11;2;15;-12;1;0;185;233;16s tRNA;; ;2;120;24;44;12;0;11;-13;;5;296;12;84;;gca 1;1;130;30;46;13;2;12;-14;1;11;111;358;tRNA 23s;; ;0;140;10;40;14;3;8;-15;;1;235;774;119;;gca 1;3;150;25;36;15;3;10;-16;;1;123;392;tRNA tRNA;; ;1;160;13;41;16;2;3;-17;1;9;391;378;72;;tgc 1;0;170;25;35;17;1;7;-18;;1;1415;130;**;;tgc ;1;180;22;31;18;0;8;-19;;1;208;235;89;;atgf ;3;190;14;38;19;2;12;-20;;5;210;319;**;;atgf ;2;200;11;28;20;0;8;-21;;0;190;326;111;;gac 1;3;210;17;42;21;0;11;-22;;1;596;799;**;;tac ;1;220;27;29;22;0;3;-23;;3;914;473;73;;cta ;2;230;24;32;23;3;9;-24;;1;287;52;**;;gga 2;1;240;18;34;24;2;12;-25;;3;686;42;117;;ctc ;0;250;10;20;25;0;8;-26;;2;213;260;**;;ctc 1;0;260;18;34;26;0;10;-27;;0;268;339;87;;aac ;1;270;14;26;27;1;5;-28;;1;204;343;110;;atgi ;1;280;16;21;28;11;10;-29;;0;156;348;**;;aac ;1;290;16;20;29;1;2;-30;;0;174;633;-;227;gcc 1;2;300;19;25;30;3;4;-31;;0;141;402;62;;atc ;0;310;10;21;31;2;6;-32;;1;65;;**;;atc 1;0;320;14;24;32;2;3;-33;1;0;150;;718;;gaa 1;0;330;15;23;33;1;1;-34;;0;85;;**;;gaa 2;1;340;12;20;34;2;7;-35;;6;824;;25;;ggc 2;0;350;13;22;35;2;4;-36;;0;599;;57;;ttc 3;1;360;13;14;36;2;4;-37;;0;377;;71;;gtc ;0;370;13;13;37;1;10;-38;;0;0;;25;;ggc 1;1;380;15;17;38;3;5;-39;1;0;112;;118;;ttc ;2;390;12;18;39;4;8;-40;;0;533;;**;;gtc 1;1;400;12;15;40;3;12;-41;;4;230;;;; 8;12;reste;372;467;reste;997;1614;-42;;0;181;;;; 31;48;total;1067;2011;total;1067;2011;-43;;0;273;;;; 23;35;diagr;694;1527;diagr;69;380;-44;;0;107;;;; 1;0; t30;47;320;;;;-45;;0;200;;;; ;;;;;;;;-46;;0;295;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;389;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;498;;;; ;x;1066;17;1;1084;;;-49;;0;;;;; ;c;1994;250;17;2261;;;-50;;0;;;;; ;;;;;3345;122;;reste;3;3;;;;; ;;;;;;3467;;total;17;250;;;;; </pre> =====mfe autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_autres_intercalaires_aas|mfe autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;mfe;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;38726;40264;704;*; ;;rRNA;40969;42446;196;*;1478 ;;rRNA;42643;45547;74;*;2905 ;;rRNA;45622;45743;857;*;122 deb;;CDS;46601;47164;102;*; ;;tRNA;47267;47338;72;*;tgc ;;tRNA;47411;47482;411;*;tgc fin;;CDS;47894;48508;;; deb;comp;CDS;71092;72423;384;*; ;comp;tRNA;72808;72882;89;*;atgf ;comp;tRNA;72972;73046;207;*;atgf fin;;CDS;73254;73472;;0; deb;comp;CDS;175573;176091;225;*; ;comp;tRNA;176317;176389;111;*;gac ;comp;tRNA;176501;176614;295;*;tac fin;;CDS;176910;177248;;0; deb;comp;CDS;214884;215966;801;*; ;comp;tRNA;216768;216841;150;*;aca fin;;CDS;216992;217582;;; deb;comp;CDS;372219;373091;558;*; ;comp;tRNA;373650;373723;340;*;gtg fin;;CDS;374064;374828;;0; deb;comp;CDS;379248;381950;1076;*; ;comp;tRNA;383027;383104;193;*;ccc fin;comp;CDS;383298;383828;;; deb;;CDS;508114;509238;100;*; ;comp;ncRNA;509339;509698;415;*; fin;;CDS;510114;511253;;; deb;comp;CDS;532751;533176;356;*; ;comp;tRNA;533533;533607;149;*;cca fin;comp;CDS;533757;534308;;; deb;comp;CDS;598666;599850;170;*; ;;tRNA;600021;600092;332;*;cgc fin;;CDS;600425;600868;;0; deb;;CDS;680493;681734;185;*; ;;tRNA;681920;681994;296;*;gag fin;;CDS;682291;682578;;0; deb;;CDS;689098;689631;36;*; ;comp;tRNA;689668;689752;73;*;cta ;comp;tRNA;689826;689897;1611;*;gga fin;;CDS;691509;691889;;; deb;comp;CDS;793563;795017;111;*; ;comp;tRNA;795129;795213;117;*;ctc ;comp;tRNA;795331;795418;235;*;ctc fin;comp;CDS;795654;796454;;; deb;;CDS;810088;810471;861;*; ;comp;tRNA;811333;811415;123;*;tcc fin;comp;CDS;811539;812555;;; deb;comp;CDS;893309;894232;391;*; ;comp;tRNA;894624;894696;87;*;aac ;comp;tRNA;894784;894858;110;*;atgi ;comp;tRNA;894969;895041;1415;*;aac fin;comp;CDS;896457;897506;;; deb;;CDS;949570;950112;208;*; ;;tRNA;950321;950392;498;*;cgg fin;comp;CDS;950891;952300;;; deb;;CDS;1088496;1090946;360;*; ;comp;tRNA;1091307;1091378;227;*;gcc ;;tRNA;1091606;1091682;62;*;atc ;;tRNA;1091745;1091818;353;*;atc fin;comp;CDS;1092172;1092585;;; deb;;CDS;1155748;1156137;210;*; ;;tRNA;1156348;1156425;718;*;gaa ;;tRNA;1157144;1157221;233;*;gaa fin;comp;CDS;1157455;1158645;;; deb;comp;CDS;1199367;1200149;973;*; ;;rRNA;1201123;1202600;84;*;1478 ;;tRNA;1202685;1202757;119;*;gca ;;rRNA;1202877;1205781;74;*;2905 ;;rRNA;1205856;1205977;5;*;122 fin;comp;CDS;1205983;1206231;;; deb;;CDS;1207508;1211485;12;*; ;comp;tRNA;1211498;1211582;190;*;ctg fin;comp;CDS;1211773;1212681;;; deb;comp;CDS;1220571;1220783;596;*; ;comp;tRNA;1221380;1221451;25;*;ggc ;comp;tRNA;1221477;1221551;57;*;ttc ;comp;tRNA;1221609;1221682;71;*;gtc ;comp;tRNA;1221754;1221825;25;*;ggc ;comp;tRNA;1221851;1221925;118;*;ttc ;comp;tRNA;1222044;1222117;358;*;gtc fin;;CDS;1222476;1223792;;0; deb;;CDS;1400830;1401773;914;*; ;;tRNA;1402688;1402761;287;*;gta fin;;CDS;1403049;1403276;;; deb;comp;CDS;1504221;1505630;686;*; ;comp;tRNA;1506317;1506410;774;*;cga fin;;CDS;1507185;1508039;;0; deb;;CDS;1513245;1513562;213;*; ;;tRNA;1513776;1513858;268;*;ttg fin;;CDS;1514127;1514647;;; deb;;CDS;1887880;1888338;392;*; ;comp;tRNA;1888731;1888802;378;*;ggc fin;;CDS;1889181;1890518;;; deb;;CDS;1962666;1963553;130;*; ;comp;tRNA;1963684;1963768;235;*;tta fin;;CDS;1964004;1964759;;; deb;;CDS;1971373;1971852;319;*; ;comp;tRNA;1972172;1972244;204;*;cag fin;comp;CDS;1972449;1972850;;; deb;comp;CDS;2066516;2069038;121;*; ;;repeat_region;2069160;2069707;535;*; fin;;CDS;2070243;2071250;;; deb;comp;CDS;2073346;2074599;417;*; ;;repeat_region;2075017;2076588;535;*; fin;;CDS;2077124;2077771;;0; deb;comp;CDS;2170713;2172446;156;*; ;comp;tRNA;2172603;2172674;174;*;cac fin;comp;CDS;2172849;2173631;;; deb;;CDS;2231846;2232133;164;*; ;;repeat_region;2232298;2233846;77;*; fin;;CDS;2233924;2235552;;0; deb;comp;CDS;2320856;2321131;141;*; ;comp;tRNA;2321273;2321344;65;*;gcg fin;comp;CDS;2321410;2321679;;; deb;;CDS;2387890;2388675;150;*; ;;tRNA;2388826;2388911;326;*;tca fin;comp;CDS;2389238;2389453;;; deb;comp;CDS;2678132;2678368;85;*; ;comp;tRNA;2678454;2678530;824;*;aaa fin;comp;CDS;2679355;2679537;;; deb;;CDS;2969291;2969554;306;*; ;;repeat_region;2969861;2971629;480;*; fin;;CDS;2972110;2973468;;; deb;;CDS;2979566;2980078;280;*; ;;repeat_region;2980359;2981568;343;*; ;;repeat_region;2981912;2982974;5;*; fin;;CDS;2982980;2983372;;; deb;;CDS;3091533;3091754;271;*; ;comp;rRNA;3092026;3092147;74;*;122 ;comp;rRNA;3092222;3095126;196;*;2905 ;comp;rRNA;3095323;3096800;845;*;1478 fin;;CDS;3097646;3097975;;; deb;comp;CDS;3153517;3155214;599;*; ;comp;tRNA;3155814;3155923;799;*;atgj fin;;CDS;3156723;3157106;;; deb;comp;CDS;3241682;3242944;473;*; ;;tRNA;3243418;3243489;377;*;ggg fin;;CDS;3243867;3244073;;0; deb;;CDS;3341829;3342017;0;*; ;;tRNA;3342018;3342092;112;*;ccg fin;;CDS;3342205;3342387;;; deb;;CDS;3358176;3359186;533;*; ;;tRNA;3359720;3359791;52;*;acg fin;comp;CDS;3359844;3360305;;; deb;comp;CDS;3397316;3398947;422;*; ;;ncRNA;3399370;3399684;149;*; ;;tRNA;3399834;3399918;230;*;agc fin;;CDS;3400149;3400847;;; deb;;CDS;3435506;3436918;181;*; ;;tRNA;3437100;3437183;273;*;tcg fin;;CDS;3437457;3437948;;; deb;;CDS;3438819;3438989;107;*; ;;tRNA;3439097;3439289;42;*;tgg fin;comp;CDS;3439332;3439484;;0; deb;;CDS;3456114;3456473;260;*; ;comp;tRNA;3456734;3456805;200;*;acc fin;comp;CDS;3457006;3457518;;; deb;comp;CDS;3583589;3584044;295;*; ;comp;tRNA;3584340;3584414;339;*;agg fin;;CDS;3584754;3585317;;; deb;;CDS;3593430;3593861;343;*; ;comp;tRNA;3594205;3594279;348;*;aga fin;;CDS;3594628;3595506;;; deb;;CDS;3603458;3603697;389;*; ;;tRNA;3604087;3604159;633;*;caa fin;comp;CDS;3604793;3606301;;; deb;comp;CDS;3856073;3856279;402;*; ;;tRNA;3856682;3856755;498;*;aag fin;;CDS;3857254;3857424;;0; </pre> ===archées synthèse=== ====archées distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_génome|archées distribution par génome]] <pre> arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total mba;14;37;;;;1;9;;61 mfe;14;31;;;;1;10;;56 mfi;25;20;;;;2;;;47 mja;8;16;1;4;6;2;;;37 total;61;104;1;4;6;6;19;0;201 ;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;;;; </pre> ====archées distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_du_total|archées distribution du total]] <pre> atgi;4;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;4;tac;4;tgc;8 atc;6;acc;4;aac;7;agc;4 ctc;6;ccc;3;cac;4;cgc;4 gtc;6;gcc;4;gac;4;ggc;8 tta;6;tca;4;taa;;tga;1 ata;;aca;5;aaa;5;aga;4 cta;4;cca;4;caa;5;cga;4 gta;4;gca;6;gaa;7;gga;4 ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4 atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3 ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2 gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3 arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;80;104;1;4;6;6;201 ;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;; </pre> ====archées distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_type|archées distribution par type]] <pre> ;;;;;;;104;;;;;;;;;61;;;;;;;;;19 atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;4;tac;;tgc;3;;ttc;5;tcc;;tac;3;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;4 atc;2;acc;2;aac;1;agc;4;;atc;;acc;2;aac;5;agc;;;atc;4;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;3;cac;2;cgc;4;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;4;ccc;;cac;;cgc; gtc;1;gcc;2;gac;;ggc;2;;gtc;5;gcc;2;gac;3;ggc;6;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;5;tca;4;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;3;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;2;caa;4;cga;4;;cta;3;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;3;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;2;tcg;3;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;3;aag;2;agg;2;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;3;gcg;3;gag;2;ggg;3;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; archées;1aa;104;;;;;;;archées;>1aa;61;;;;;;;archées;duplica;19;;;;; ;;4;4;;;;;;;;37;61;;;;;;;;0;0;;;; ;;68;65;;;;;;;;7;11;;;;;;;;4;21;;;; ;;32;31;;;;;;;;17;28;;;;;;;;15;79;;;; </pre> ====archées par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_par_rapport_au_groupe_de_référence|archées par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;40;11;4;;;;55; 16;moyen;39;16;8;;;9;72; 14;fort;25;34;7;4;;4;74; ; ;104;61;19;4;;13;201; 10;g+cgg;26;2;;;;;28; 2;agg+cga;6;1;;;;;7; 4;carre ccc;7;8;4;;;;19; 5;autres;1;;;;;;1; ;;40;11;4;;;;55; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;199;55;20;;;;274;26 16;moyen;194;80;40;;;45;358;324 14;fort;124;169;35;20;;20;368;650 ; ;517;303;95;20;;65;201;729 10;g+cgg;129;10;;;;;139;10 2;agg+cga;30;5;;;;;35; 4;carre ccc;35;40;20;;;;95;16 5;autres;5;;;;;;5; ;;199;55;20;;;;274; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;217;60;22;299;26;38;18; 16;moyen;212;87;43;342;324;38;26; 14;fort;136;185;38;359;650;24;56; ; ;565;332;103;184;729;104;61; 10;g+cgg;141;11;;152;10;65;; 2;agg+cga;33;5;;38;;15;; 4;carre ccc;38;43;22;103;16;18;; 5;autres;5;;;5;;3;; ;;217;60;22;299;;40;; </pre> ====euryarchaeota, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#euryarchaeota,_estimation_des_-rRNAs|euryarchaeota, estimation des -rRNAs]] <pre> euryarchaeota;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 63 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;63;124; ; ;;indices;;;;63;197;0;0;;eury4;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;184 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;2;tac;;tgc;28;;ttc;;tcc;3;tac;;tgc;44;;ttc;5;tcc;4;tac;3;tgc;8 atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc;;;atc;6;acc;4;aac;6;agc;4 ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;6;ccc;3;cac;3;cgc;4 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;6;gcc;4;gac;3;ggc;8 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;6;tca;4;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;5;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;5;cga;4 gta;;gca;87;gaa;;gga;;;gta;;gca;138;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;6;gga;4 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4 atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3 ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;3;;ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3 ;;118;;3;;3;124;;;;187;;4.76190476190476;;5;197;;;;63;;66;;55;184 11.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;16.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;143;6935;0;0;;eury4;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4600 atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;75;tct;;tat;;atgf;175 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;102;tac;104;tgc;137;;ttc;122;tcc;106;tac;104;tgc;181;;ttc;125;tcc;100;tac;75;tgc;200 atc;119;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;121;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;150;acc;100;aac;150;agc;100 ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;150;ccc;75;cac;75;cgc;100 gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;150;gcc;100;gac;75;ggc;200 tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;150;tca;100;taa;;tga;25 ata;;aca;110;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;110;aaa;110;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;75;cca;75;caa;125;cga;100 gta;103;gca;13;gaa;132;gga;103;;gta;103;gca;151;gaa;132;gga;103;;gta;100;gca;;gaa;150;gga;100 ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;75;tcg;75;tag;;tgg;100 atgj;101;acg;90;aag;85;agg;88;;atgj;101;acg;90;aag;87;agg;88;;atgj;100;acg;75;aag;75;agg;75 ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;68;;ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;71;;ctg;75;ccg;50;cag;75;cgg;50 gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;100;gcg;75;gag;50;ggg;75 ;;1569;;1607;;1475;4651;;;;1757;;1612;;1480;4848;;;;1575;;1650;;1375;4600 rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;eury4;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;41.778;;;fréquences;;;;;atgi;24;tct;;tat;;atgf;28 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2632;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;100;;avec;150;;;10;17;;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;100;;genom;63;;;20;14;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;97;tac;100;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;2;tcc;2;tac;28;tgc;32 atc;99;acc;100;aac;100;agc;100;;archeo;46;;;40;3;;;;atc;20;acc;4;aac;19;agc;4 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgc;;;sans;184;;;50;2;46;;;ctc;19;ccc;19;cac;26;cgc;2 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;17;;;60;0;;;;gtc;19;gcc;1;gac;39;ggc;29 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;29;tca;1;taa;;tga;50 ata;;aca;100;aaa;96;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;9;aaa;5;aga;3 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par archeo;;;;90;0;;;;cta;27;cca;27;caa;13;cga;3 gta;100;gca;9;gaa;100;gga;100;;est 10% au dessus;;;;100;0;;;;gta;3;gca;100;gaa;12;gga;3 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;14;tcg;14;tag;;tgg;2 atgj;100;acg;100;aag;98;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;1;acg;17;aag;12;agg;15 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;96;;;;;;;;;;;ctg;12;ccg;36;cag;14;cgg;27 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;9;gcg;11;gag;40;ggg;5 rapports;;89;;100;;100;96;;;;;;;;;;;diff;;301;;220;;311;832 </pre> ==génomes synthèse== ===Les intercalaires entre cds d'un génome=== ====Fréquences des intercalaires cds-cds, courbes puissance==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds,_courbes_puissance|puissance]] *Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre classe <pre> ;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600; gen;cds;K6;'- a6;R2;K6 %0;;K12;'- a12;R2;k12/k6;a% ;;;;;;;;;;; pub;1,307;19,910;&1.63;89;&15,233;;;;;; ant;3,095;158,387;&'''1.80;85;&'''51,175;;;;;; abra;1,667;17,186;&1.41;81;10,310;;;;;; pmg;1,800;48,983;&1.62;85;&27,213;;;;;; mja;1,729;25,564;&1.45;81;&14,777;;;;;; fin rang faible;;;1.00;;2,121;;;;;5.0;1 rang moyen;;;1.18;;4,599;;;;;9.9;16 ;;;1.33;;12,201;;;;;17.6;31 rru;3,786;46,193;&1.4;73;12,201;;157,774;1.66;79;3.4;16 eco;4,024;64,507;&1.46;74;&16,031;;;;;; cvi;4,282;5,941;&1.42;79;1,387;;272,330;1.76;85;&'''45.8;19 ade;4,464;83,541;&1.51;81;&18,714;;344,171;1.81;86;4.1;17 bsu;4,213;110,979;&1.58;79;&26,323;;;;;; cbn;2,491;24,707;1.33;74;9,919;;;;;; afn;2,038;16,580;1.32;74;8,131;;;;;; ase;8,197;38,168;1.20;82;4,656;;537,079;1.74;84;14.1;31 scc;1,805;13,461;1.30;77;7,458;;;;;; Début rang fort;;;1.40;;14,777;;;;;30.0;39 rtb;793;1,117;°0.97;68;°1,409;;1,119;0.98;75;°'''1.0;°'''1 spl;4,213;6,234;°0.93;79;°1,480;;109,920;1.52;79;17.6;&39 pmq;7,223;15,320;°1.00;72;°2,121;;459,123;1.70;80;&30.0;&41 cbei;5,623;3,288;°0.73;79;°585;;111,913;1.45;75;&34.0;&50 blo;1,772;8,149;1.18;71;4,599;;;;;; myr;3,555;19,289;1.22;87;5,426;;97,139;1.55;87;°5.0;21 mba;3,943;561;°'''0.47;80;°'''142;;5,558;0.93;71;9.9;&49 </pre> *Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre pente a37 <pre> ;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600; gen;cds;K;-a;R2;K %;;K;-a;R2;k12/k6;a% pub;1 307;19 910;&1,63;89;&15 233;;;;;; rtb;793;1 117;°0,97;68;°1 409;;1 119;0,98;75;°1,0;°1 rru;3 786;46 193;&1,40;73;12 201;;157 774;1,66;79;°3,4;16 ;;;;;;;;;;; eco;4 024;64 507;&1,46;74;&16 031;;;;;; spl;4 213;6 234;°0,93;79;°1 480;;109 920;1,52;79;17,6;&39 ;;;;;;;;;;; bsu;4 216;110 979;&1,58;79;&26 323;;;;;; pmq;7 223;15 320;°1,00;72;°2 121;;459 123;1,70;80;&30,0;&41 ;;;;;;;;;;; cbn;2 491;24 707;1,33;74;9 919;;;;;; cbei;5 623;3 288;°0,73;79;°585;;111 913;1,45;75;&34,0;&50 ;;;;;;;;;;; ase;8 197;38 168;1,20;82;4 656;;537 079;1,74;84;14,1;31 blo;1 772;8 149;1,18;71;4 599;;;;;; ;;;;;;;;;;; myr;3 555;19 289;1,22;87;5 426;;97 139;1,55;87;°5,0;21 pmg;1 800;48 983;&1,62;85;&27 213;;;;;; abra;1 667;17 186;&1,41;81;10 310;;;;;; cvi;4 282;5 941;&1,42;79;°1 387;;272 330;1,76;85;&45,8;19 ade;4 464;83 541;&1,51;81;&18 714;;344 171;1,81;86;°4,1;17 ant;3 095;158 387;&1,80;85;&51 175;;;;;; afn;2 039;16 580;1,32;74;8 131;;;;;; scc;1 805;13 461;1,30;77;7 458;;;;;; mja;1 730;25 564;&1,45;81;&14 777;;;;;; mba;3 943;561;°0,47;80;°142;;5 558;0,93;71;9,9;&49 </pre> ====Fréquences des intercalaires cds-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds|cds-cds]] <pre> génome;nombre cds;intercalaires;200;rapport;26-370;;;total;;;;;;;;génome;;;;;;; gen;n-cds;inter%;moy;rap;a37;b37;R2;cds;<0;100;200;370;600;max;freq5;gen;<0;100;200;370;600;max;freq5 pub;1,343;3.0;37;14;5.93;17.15;63;1307;473;720;87;19;7;1;365;pub;362;551;67;15;5;1;''438 rtb;828;20.2;85;109;3.05;11.85;58;793;102;248;187;84;52;120;396;rtb;129;313;236;106;66;151;''573 rru;3,854;9.9;78;89;18.99;71.15;91;3786;683;1546;835;535;139;48;2 289;rru;180;408;221;141;37;13;'''738 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; eco;4,285;9.1;72;76;20.08;74.15;88;4024;738;1730;810;572;142;32;2 346;eco;183;430;201;142;35;8;714 spl;4,269;14.1;82;105;17.06;72.54;76;4213;426;1561;905;776;378;167;2 651;spl;101;371;215;184;90;40;700 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; bsu;4,325;9.5;72;64;29.29;'''96.38;81;4213;608;2086;971;412;118;18;2 606;bsu;144;495;230;98;28;4;'''723 pmq;7,258;13.8;88;130;28.46;'''126.75;90;7223;795;2448;1722;1520;506;232;4 818;pmq;110;339;238;210;70;32;'''750 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cbn;2,521;11.3;71;79;14.59;53.49;82;2491;176;1201;577;394;117;26;1 678;cbn;71;482;232;158;47;10;'''725 cbei;5,665;17.9;83;136;14.71;'''79.19;83;5622;400;1788;1188;1240;713;293;3 434;cbei;71;318;211;221;127;52;658 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ase;8,256;11.5;76;79;43.46;'''155.74;88;8197;1652;3299;1568;1047;399;232;4 749;ase;202;402;191;128;49;28;'''726 blo;1,824;10.6;88;116;9.53;36.46;78;1772;228;661;483;281;85;34;1 201;blo;129;373;273;159;48;19;'''778 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; myr;3,611;12.2;67;63;19.62;69.35;84;3555;302;1780;681;440;202;150;2 078;myr;85;501;192;124;57;42;639 pmg;1,839;8.5;55;35;11.99;37.52;76;1800;253;1104;267;120;42;14;935;pmg;141;613;148;67;23;8;''604 abra;1,712;7.2;65;57;8.52;28.44;82;1667;417;757;311;121;42;19;787;abra;250;454;187;73;25;11;630 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cvi;4,345;9.5;74;67;26.50;'''89.98;78;4282;756;1984;873;455;147;67;2 551;cvi;177;463;204;106;34;16;'''723 ade;4,506;8.5;70;66;25.60;'''87.68;90;4464;815;2097;919;464;124;45;2 517;ade;183;470;206;104;28;10;690 ant;3,119;6.0;56;38;16.12;51.22;81;3095;762;1651;474;150;33;25;1 309;ant;246;533;153;48;11;8;''561 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; afn;2,093;9.5;66;75;8.68;33.73;77;2038;307;934;401;304;69;23;1 128;afn;151;458;197;149;34;11;652 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; scc;1,847;8.8;69;72;8.68;31.86;82;1805;347;793;327;241;78;19;1 001;scc;192;439;181;134;43;11;687 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; mja;1,768;9.1;64;53;9.96;33.76;80;1729;219;956;340;166;36;12;955;mja;127;553;197;96;20;7;632 mba;3,995;26.7;85;154;5.54;38.77;46;3943;329;900;600;782;643;689;1 911;mba;83;228;152;198;163;175;''529 rang;X1 000;;;;;;;;;;;;;;;rang;;;;;;; faible;1350-2500;3-7;37-55;14-64;3-6;12-17;46-63;;;;;;;;;faible;70-100;230-375;65-150;15-70;5-25;4-15;438-604 moyen;3100-4500;8.5 -11.5;64-72;66-109;9-17;28-74;76-84;;;;;;;;;moyen;110-180;400-500;180-210;100-150;30-60;20-50;630-714 fort;5700-8300;12-27;78-88;116-154;19-43;79-156;88-91;;;;;;;;;fort;190-360;530-610;220-270;160-220;70-160;150-175;723-778 effectif;9 9 3;3 12 6;3 11 7;7 10 4;3 10 8;2 13 6;3 13 5;;;;;;;;;effectif;5 11 5;6 11 4;4 11 6;4 11 6;5 11 5;13 6 2; 5 9 7 </pre> ====Classement des génomes cds-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_cds-cds|Classement]] <pre> gen;n-cds;%;moy;rap;a37;R2;;<0;100;200;370;600;max '''pub;1m;''3;''37;''14;''5.93;''63;;'''362;'''551;''67;''15;''5;''1 '''ant;3m;''6;''56;''38;°16.12;°81;;'''246;'''533;''153;''48;''11;''8 '''abra;2m;''7;<u>65;''57;''8.52;°82;;'''250;°454;°187;''73;''25;<u>11 '''pmg;2m;<u>8,5;''55;''35;<u>11.99;°76;;°141;'''613;''148;''67;''23;''8 '''mja;2m;°9;<u>64;''53;''9.96;°80;;°127;'''553;°197;°96;''20;''7 ;;;;;;;;;;;;; fin rang faible;;''7,2;''56;''64;''10;''63;;''101;''375;''153;''73;''25;''8 ;;;;;;;;;;;;; rang moyen;;8.5;64;66;12;76;;110;402;181;96;28;10 ;;11.5;72;109;20;84;;183;502;211;149;57;16 ;;;;;;;;;;;;; '''rru;4M;°10;<u>'''78;°89;°18.99;'''91;;°180;°408;<u>'''221;°141;°37;°13 '''eco;4M;°9;°72;°76;°20.08;'''88;;°183;°430;°201;°142;°35;<u>''8 '''cvi;4M;°9,5;°74;°67;'''26.50;°78;;°177;°463;°204;°106;°34;°16 '''ade;4M;°8,5;°70;°66;'''25.60;'''90;;°183;°470;°206;°104;°28;°10 '''bsu;4M;°9,5;°72;<u>''64;'''29.29;°81;;°144;°495;<u>'''230;°98;°28;''4 '''cbn;2m;°11;°71;°79;°14.59;°82;;''71;°482;<u>'''232;<u>'''158;°47;°10 '''afn;2m;°9,5;°66;°75;''8.68;°77;;°151;°458;°197;°149;°34;°11 '''ase;'''8M;°11,5;°76;°79;'''43.46;'''88;;'''202;°402;°191;°128;°49;'''28 '''scc;2m;°9;°69;°72;''8.68;°82;;<u>'''192;°439;°181;°134;°43;°11 ;;;;;;;;;;;;; Début rang fort;;'''12,2;'''78;'''116;'''25.6;'''88;;'''192;'''533;'''221;'''158;'''66;'''19 ;;;;;;;;;;;;; '''rtb;1m;'''20;'''85;<u>109;''3.05;''58;;°129;''313;'''236;°106;'''66;'''151 '''spl;4M;'''14;'''82;<u>105;°17.06;°76;;''101;''371;<u>215;'''184;'''90;'''40 &'''pmq;'''7M;'''14;'''88;'''130;'''28.46;'''90;;<u>110;''339;'''238;'''210;'''70;'''32 &'''cbei;'''6M;'''18;'''83;'''136;°14.71;°83;;''71;''318;<u>211;'''221;'''127;'''52 '''blo;2m;<u>11;'''88;'''116;''9.53;°78;;°129;''373;'''273;'''159;°48;'''19 '''myr;4M;'''12;°67;''63;°19.62;°84;;''85;°501;°192;°124;<u>57;'''42 &'''mba;4M;'''27;'''85;'''154;''5.54;''46;;''83;''228;''152;'''198;'''163;'''175 </pre> ====Les intercalaires tRNAs-cds==== =====comparaison continu-discontinu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_continu-discontinu|comparaison continu-discontinu]] *Total des nuls cds-cds <pre> gen;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total nuls;13;29;11;65;35;3;27;19;11;15;29;22;21;18;46;31;71;13;5;8;18;510 </pre> *tableau <pre> ;détail;tRNA-cds positifs;;;;ensemble;cds-cds négatifs;;;; gen;deb;fin;deb’;fin’;total;cds;<0;reste32;reste32%;comp’/<0%;min’-min% abra;7;12;5;4;41;1 667;417;20;4,8;1,4;117 ade;20;16;7;9;69;4 464;815;40;4,9;11,9;6 afn;20;17;2;5;53;2 038;307;21;6,8;1,3;31 ant;11;12;4;1;34;3 095;762;17;2,2;10,9;11 ase;18;16;12;12;101;8 197;1 652;128;7,7;19,3;1 blo;15;15;5;6;78;1 772;228;8;3,5;7,0;17 bsu;3;5;7;5;28;4 213;608;52;8,6;3,9;182 cbei;9;5;4;1;47;5 622;400;24;6,0;2,8;59 cbn;12;12;2;2;40;2 491;176;6;3,4;4,5;54 cvi;22;20;7;9;78;4 282;756;26;3,4;8,2;5 eco;10;11;5;7;65;4 024;738;55;7,5;12,3;107 mba;9;8;7;4;90;3 943;329;26;7,9;5,5;23 mja;6;15;8;1;43;1 729;219;17;7,8;24,2;29 myr;18;15;12;10;79;3 555;302;12;4,0;6,6;37 pmg;16;17;13;8;67;1 800;253;12;4,7;36,0;3 pmq;8;11;2;5;42;7 223;795;52;6,5;4,3;45 pub;13;14;11;11;50;1 307;473;14;3,0;19,0;41 rru;15;18;10;11;83;3 786;683;32;4,7;10,1;12 rtb;9;12;0;2;56;793;102;7;6,9;2,9;35 scc;13;8;11;5;67;1 805;347;14;4,0;7,8;47 spl;9;9;4;3;62;4 213;426;10;2,3;2,8;61 total;263;268;138;121;1273;72 023;10 788;593;5,5;11,8; ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; 10,6,21;con;;cds-cds négatifs continus;;;;;comp’;cds-cds négatifs discontinus;; gen;total;min;con1;con4;c1/c4;reste50;reste50 %;total;min;reste50;reste50 % abra;411;-92;68;142;0,48;13;3,2;6;-24;0; ade;718;-109;70;540;0,13;10;1,4;97;-116;14;14,4 afn;303;-113;38;129;0,29;9;3,0;4;-83;1;25,0 ant;679;-71;164;221;0,74;6;0,9;83;-79;1;1,2 ase;1333;-119;168;892;0,19;32;2,4;319;-120;49;15,4 blo;212;-86;52;109;0,48;2;0,9;16;-102;2;12,5 bsu;578;-7 616;72;233;0,31;17;2,9;30;-361;7;23,3 cbei;389;-110;71;82;0,87;4;1,0;11;-60;1;9,1 cbn;168;-47;34;28;1,21;0;;8;-27;0; cvi;694;-97;118;377;0,31;4;0,6;62;-102;6;9,7 eco;647;-2 400;163;261;0,62;22;3,4;91;-723;11;12,1 mba;311;-59;33;119;0,28;7;2,3;18;-74;2;11,1 mja;166;-83;25;52;0,48;7;4,2;53;-62;0; myr;282;-47;71;60;1,18;0;;20;-68;1;5,0 pmg;162;-65;36;72;0,50;2;1,2;91;-67;2;2,2 pmq;761;-119;80;387;0,21;17;2,2;34;-75;4;11,8 pub;383;-65;152;81;1,88;3;0,8;90;-43;0; rru;614;-137;81;396;0,20;13;2,1;69;-122;7;10,1 rtb;99;-50;10;33;0,30;0;;3;-35;0; scc;320;-74;39;156;0,25;6;1,9;27;-120;1;3,7 spl;414;-98;126;136;0,93;5;1,2;12;-52;1;8,3 total;9 644;;1 671;4 506;0,37;179;1,9;1 144;;110;9,6 </pre> =====Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Rareté_des_tRNA-cds_négatifs_et_petits_positifs|Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs]] *Total des '''tRNAs-cds des 22 génomes''' qui regroupent 11 négatifs: Ci-dessous le total des blocs de tRNAs sans rRNAs (ligne "opérons sans" dans "genome.opérons"). Multiplié par 2 il donne le total des tRNA-cds sans les tRNAs-cds des blocs avec rRNA. J'ai estimé le total de ces derniers à 5% des 1ers. Donc le total des tRNA-cds estimé pour ces 22 génomes est de 1340 + 67 = 1407. <pre> tRNA-cds;ecoN;vha;amed;rpl;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;ppm;lbu;ban;psor;cdc;cdc;hmo;fps;npu;apal;mfi;mfe;total opérons;50;27;38;29;47;45;51;51;38;38;29;23;9;8;5;6;24;26;43;14;29;40;670 </pre> *'''Tableau''' <pre> tRNA-cds négatifs;;; genome;adresse;tRNA;inter Intercalaire continu nc;;; vha chr2;1842556;ctc;-36 amed;779541;caa;-21 oan;1945985;aag;-38 oan;34057;gcc;-40 ppm plasm;7953;gac;-24 hmo;2497882;gtg;-10 mfi;314088;caa;-1 pmg;1600898;gta;-30 blo;207388;tgg;-17 Intercalaire discontinu xc comp’;;; rpm;1941413;agc;-30 oan;1639492;atgj;-44 aua;1350534;cgt;-30 npu;3439846;gca;-19 mba;1315521;cgc;-12 spl;552630;tga*;-23 myr;1926118;tta;-38 ase;1249593;aag;-12 blo;440078;aac;-39 blo;1424907;gag;-8 total;;19; cds-cds;cds 40;tRNA-cds;;;;;; gen;S40%;total;R40;R40%;taux;Rc+;Rx+; abra;&37,3;41;2;4,9;&7,6;2;; ade;32,6;69;8;11,6;2,8;7;1; afn;&35,8;53;4;7,5;4,7;4;; ant;&45,1;34;5;14,7;3,1;3;2; ase;23,9;100;14;14,0;1,7;11;3; blo;19,1;75;1;1,3;&14,4;1;; bsu;34,6;28;0;0;&'''9,7;;; cbei;19,0;47;3;6,4;3,0;1;2; cbn;29,3;40;0;0;&'''11,7;;; cvi;26,9;78;8;10,3;2,6;8;; eco;29,1;65;4;6,2;4,7;1;3; mba;°13,3;88;4;4,5;2,9;2;2; mja;&39,4;43;5;11,6;3,4;5;; myr;30,8;78;7;9,0;3,4;5;2; pmg;&42,9;65;11;16,9;2,5;8;3; pmq;19,1;42;1;2,4;&8,0;1;; pub;&'''59,6;48;27;'''56,3;°'''1,1;18;9; rru;26,1;83;3;3,6;&7,2;1;3; rtb;20,3;56;6;10,7;1,9;6;; scc;31,0;67;4;6,0;5,2;2;2; spl;20,0;61;1;1,6;&12,2;;1; total;27,1;1261;118;9,4;2,9;86;33; ;;;;;;;; ;27±7;;;;3,4±1,7;;Rx+%;% 27,7 </pre> =====Les cds-cds positif-négatif===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds-cds_positif-négatif|Les cds-cds positif-négatif]] <pre> taux de 1-40;;;;;;;; gen;<0 %;<1;reste;total;1-40;>0;1-40 %;1-32 % abra;;430;776;1 667;461;1237;37;95 ade;18;844;2440;4464;1180;3620;33;95 afn;15;318;1104;2038;616;1720;36;93 ant;25;827;1246;3095;1022;2268;45;98 ase;20;1687;4956;8197;1554;6510;24;92 blo;13;231;1246;1772;295;1541;19;97 bsu;14;635;2341;4213;1237;3578;35;91 cbei;7;419;4214;5622;989;5203;19;94 cbn;7;187;1628;2491;676;2304;29;97 cvi;18;771;2566;4282;945;3511;27;97 eco;18;767;2310;4024;947;3257;29;93 mba;8;351;3113;3943;479;3592;13;92 mja;13;240;903;1730;587;1490;39;92 myr;9;320;2239;3555;996;3235;31;96 pmg;14;298;857;1800;645;1502;43;95 pmq;11;826;5173;7223;1224;6397;19;94 pub;36;544;308;1307;455;763;60;97 rru;18;696;2285;3786;805;3090;26;95 rtb;13;107;547;793;139;686;20;93 scc;19;355;1001;1805;449;1450;31;96 spl;10;444;3017;4213;752;3769;20;98 total;;11297;;72019;16453;60722;27;94,5 écart;;;;;;;27±7;95±3 22.2.22;génomes. Les intercalaires cds-cds, continu – discontinu;;;;;;;;;;;; lien a;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra]];;;;;;;;;;22.2.22;; lien S;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];;;;;;;;;;;; lien a;total;nc;ac;ax;lien S;Sc-;Sx-;Sx-%;Sc+;Sx+;Sx+%;S-%;total S abra;1795;37;78;13;abra;409;8;°1.9;979;271;°22;&25;1667 ade;4569;22;57;26;ade;713;102;12.5;2339;1310;&36;18;4464 afn;2192;44;88;22;afn;303;4;°1.3;1385;346;20;15;2038 ant;3190;47;37;11;ant;679;83;10.9;1702;631;27;&25;3095 ase;8380;65;69;49;ase;1300;352;21.3;3866;2679;&41;20;8197 blo;1900;24;71;33;blo;210;18;7.9;1045;499;32;13;1772 bsu;4537;&99;&205;20;bsu;573;35;5.8;2515;1090;30;14;4213 cbei;5814;&106;68;18;cbei;390;10;°2.5;4010;1212;23;°7;5622 cbn;2638;87;45;15;cbn;167;9;5.1;1773;542;°23;°7;2491 cvi;4487;79;85;41;cvi;687;69;9.1;2424;1102;31;18;4282 eco;4700;65;&580;31;eco;644;94;12.7;2211;1075;33;18;4024 mba;4071;22;54;52;mba;307;22;6.7;2381;1233;34;°8;3943 mja;1828;21;41;37;mja;163;56;&25.6;1071;439;29;13;1729 myr;3754;87;69;43;myr;282;20;6.6;2274;979;30;°8;3555 pmg;1884;v5;45;34;pmg;158;95;&37.5;950;597;&39;14;1800 pmq;7479;&185;51;20;pmq;753;42;5.3;4543;1885;29;11;7223 pub;1386;°7;44;28;pub;381;92;19.5;599;235;28;&36;1307 rru;3946;23;79;58;rru;614;69;10.1;2140;963;31;18;3786 rtb;868;°5;51;19;rtb;98;4;°3.9;506;185;27;13;793 scc;1909;20;47;37;scc;319;28;8.1;1001;457;31;19;1805 spl;4466;&141;70;42;spl;414;12;°2.8;2486;1301;34;10;4213 total;75793;1191;1934;649;;9564;1224;11.3;42200;19031;31;15;72019 écart;;;;;;;;10±9;;;30±5;16±7; tRNA-cds continu-discontinu;;; gen;nc+; xc+;xc+% abra;31;10;24 ade;47;22;32 afn;43;10;19 ant;29;5;15 ase*;60;41;41 blo*;52;26;33 bsu;12;16;57 cbei;35;12;26 cbn;30;10;25 cvi;52;26;33 eco;37;28;43 mba;48;42;47 mja;25;18;42 myr*;48;31;39 pmg*;41;26;39 pmq;27;15;36 pub;28;22;44 rru;49;34;41 rtb;40;16;29 scc;35;32;48 spl*;39;23;37 total;808;465;37 écart;;;37±7 </pre> =====comparaison cds-cds et tRNA-cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_cds-cds_et_tRNA-cds|comparaison cds-cds et tRNA-cds]] <pre> ;caractéristiques;;;;;;petit;;grand; gen;p;cds;tRNAs;petit;grand;<0;inf;sup;inf;sup abra;0,854;1712;40;27;13;;-8,87;-6.14;-2.37;5.57 ant;0,911;3119;32;16;10;;-0,84;0,58;0,27;6,28 mja;0,858;1768;42;19;10;;0,28;2,87;1,41;9,49 pmg;0,886;1839;66;31;20;1;-0,69;1,86;0,49;9,78 pub;0,866;1343;50;25;17;;-1,78;0,88;-2,60;6,07 ;;;;;;;;;; ade;0,827;4506;68;30;21;;0,98;4,97;-3,20;7,65 afn;0,771;2093;52;26;17;;-3,63;0,91;-6,54;3,48 ase;0,744;8256;100;39;17;1;3,31;10,25;3,14;17,06 bsu;0,848;4325;26;11;8;;0,62;2,78;-1,88;4,59 cbn;0,768;2521;34;13;8;;1,22;4,95;-2,03;6,08 cvi;0,810;4345;78;38;20;;-2,73;1,92;-0,33;11,54 eco;0,773;4285;56;20;7;;4,22;8,90;4,54;14,92 rru;0,767;3854;80;39;15;;-4,03;1,70;2,33;14,78 spl;0,651;4269;60;19;5;1;2,95;9,99;1,97;12,62 ;;;;;;;;;; blo;0,741;1824;78;27;11;3;3,58;9,59;2,79;14,73 cbei;0,570;5665;40;13;5;;-0,17;6,77;-2,69;5,68 mba;0,415;3995;88;21;5;1;1,06;13,51;-2,54;7,36 myr;0,757;3611;78;35;18;1;-2,16;3,66;-2,35;9,85 pmq;0,649;7258;32;15;5;;-3,61;1,66;-2,22;5,68 rtb;0,630;828;56;18;5;;2,52;9,80;0,92;11,27 scc;0,768;1847;66;27;9;;1,64;6,82;4,82;16,12 ;fréquence;;moyenne;;;;;pourcentage;; gen;cds-cds;ADN;cds-cds;tRNA-cds;diff;grd;pet;grd%;pet%;taux abra;1250;135857;109;224;115;358;91;'''229;20;'''2,5 ant;2333;192251;82;126;44;184;68;123;21;1,4 mja;1511;151580;100;148;48;203;94;102;7;1,1 pmg;1547;139122;90;128;38;196;61;118;47;1,5 pub;834;39179;47;51;4;86;16;83;'''201;1,5 ;;;;;;;;;; ade;3649;428947;118;164;46;225;102;92;16;1,1 afn;1732;220467;127;144;17;199;89;56;43;0,9 ase;6545;1063558;162;239;76;346;130;113;25;1,3 bsu;3607;401590;111;188;77;241;135;116;'''-18;0,9 cbn;2315;313764;136;181;45;234;127;73;7;'''0,8 cvi;3526;452650;128;178;50;270;86;111;49;1,4 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vha;5 432;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" amed;4 285;*;*;*;ok;*;*;ok;2;" ecoN;5 157;*;*;*;*;*;ok;*;1;" rpm;3 484;*;ok;*;ok;ok;*;*;3; oan;4 900;*;*;*;*-;*;*;ok;1;" abq;6 576;*;*;*;ok;*;*;ok;2;" abs;6 817;*;*;*;ok;ok;*;ok;3;" agr;5 159;*;*;*;*-;*;*;ok;1;" aua;4 721;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" rpl;850;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" ppm;5 384;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" lbu;1 838;*;ok;ok;ok;ok;*;ok;5; ban;5 700;*;*-;*;ok;*-;ok;ok;3;" psor;3 368;*-;ok;ok;ok;ok;*-;ok;5; cdc;3 614;*;ok;*-;ok;ok;ok;ok;5; hmo;2 707;*;*-;*;ok;ok;*;ok;3;" fps;2 478;*-;ok;ok;ok;ok;*;*;4; npu;7 484;*;*;*;*;*;*;ok;1;" apal;1 453;ok;ok;ok;ok;ok;*;*;5; mfi;3 381;*;*;*;ok;*;ok;ok;3;" mfe;2 374;*;*;*;*;*;ok;*;1;" ;total ok;1;6;4;12;8;9;16;; </pre> *'''Les résultats''' <pre> cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;mba;1,1;13,5;;-3,5;6,4;;afn;-3,6;0,9;;-6,5;3,5 vha;5,2;9,0;;7,2;16,9;;vha;1,4;8,1;;0,9;11,0;;vha;-5,7;3,9;;-4,4;3,3;;vha;4,4;8,9;;5,5;15,5 amed;1,4;5,9;;7,5;19,1;;amed;-3,6;4,4;;-1,4;10,6;;amed;-13,4;-1,9;;-9,2;0,0;;amed;0,4;5,8;;5,0;17,0 ecoN;12,6;17,8;;12,1;25,5;;ecoN;6,2;15,5;;0,1;14,0;;ecoN;-6,8;6,6;;-10,7;0,0;;ecoN;11,2;17,5;;8,8;22,7 rpm;-3,1;1,9;;1,6;14,2;;rpm;-8,8;-0,1;;-9,0;4,1;;rpm;-20,3;-7,8;;-18,4;-8,4;;rpm;-4,3;1,7;;-1,3;11,7 oan;6,1;10,9;;7,4;19,7;;oan;0,6;9,1;;-2,7;10,1;;oan;-10,5;1,8;;-11,7;-1,9;;oan;4,9;10,7;;4,6;17,4 abq;0,7;5,9;;6,9;20,1;;abq;-5,5;3,6;;-4,6;9,0;;abq;-18,0;-4,8;;-15,0;-4,5;;abq;-0,6;5,6;;3,8;17,4 abs;1,4;6,8;;4,3;18,0;;abs;-5,2;4,3;;-8,2;6,0;;abs;-18,6;-5,0;;-19,5;-8,6;;abs;0,1;6,5;;0,9;15,0 agr;5,3;9,9;;6,1;17,8;;agr;0,3;8,4;;-3,1;9,1;;agr;-9,9;1,8;;-11,1;-1,8;;agr;4,3;9,8;;3,6;15,7 aua;7,3;11,9;;8,7;20,5;;aua;2,1;10,3;;-0,8;11,6;;aua;-8,3;3,6;;-9,0;0,4;;aua;6,2;11,7;;6,1;18,3 rpl;6,0;10,0;;8,4;18,4;;rpl;2,1;9,0;;1,6;12,0;;rpl;-5,6;4,4;;-4,2;3,8;;rpl;5,2;9,9;;6,5;16,9 ppm;5,0;9,0;;7,4;17,4;;ppm;1,1;8,0;;0,6;11,0;;ppm;-6,6;3,4;;-5,2;2,8;;ppm;4,2;8,9;;5,5;15,9 lbu;-0,6;3,0;;-0,5;8,7;;lbu;-4,0;2,3;;-6,1;3,4;;lbu;-10,4;-1,3;;-10,7;-3,4;;lbu;-1,3;2,9;;-2,0;7,4 ban;0,7;2,8;;0,6;5,9;;ban;-0,8;2,9;;-1,4;4,2;;ban;-3,4;1,9;;-2,8;1,5;;ban;0,3;2,8;;0,0;5,5 psor;-0,4;1,8;;-0,9;4,8;;psor;-2,1;1,9;;-3,2;2,7;;psor;-4,9;0,8;;-4,7;-0,2;;psor;-0,8;1,9;;-1,6;4,3 cdc;0,0;1,7;;0,2;4,4;;cdc;-1,1;1,9;;-1,1;3,3;;cdc;-2,8;1,4;;-1,8;1,6;;cdc;-0,3;1,7;;-0,2;4,2 hmo;0,5;4,0;;2,0;10,9;;hmo;-2,8;3,4;;-3,4;5,9;;hmo;-9,0;-0,1;;-7,8;-0,7;;hmo;-0,2;3,9;;0,5;9,7 fps;-1,9;2,0;;-2,2;7,7;;fps;-5,7;1,1;;-8,8;1,5;;fps;-13,2;-3,3;;-14,3;-6,4;;fps;-2,7;1,9;;-4,0;6,2 npu;-0,9;3,9;;11,4;23,7;;npu;-6,4;2,1;;1,3;14,1;;npu;-17,5;-5,2;;-7,7;2,1;;npu;-2,1;3,7;;8,6;21,4 apal;-1,8;0,9;;-3,9;3,0;;apal;-4,0;0,8;;-7,1;0,0;;apal;-7,9;-1,0;;-9,5;-4,0;;apal;-2,3;0,9;;-4,8;2,3 mfi;2,0;6,0;;4,4;14,4;;mfi;-1,9;5,0;;-2,4;8,0;;mfi;-9,6;0,4;;-8,2;-0,2;;mfi;1,2;5,9;;2,5;12,9 mfe;14,3;18,9;;14,7;26,5;;mfe;9,1;17,3;;5,2;17,6;;mfe;-1,3;10,6;;-3,0;6,4;;mfe;13,2;18,7;;12,1;24,3 **;;;;;;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;; rru;-2,8;1,9;;5,3;17,3;;mba;12,4;21,0;;5,6;18,6;;myr;-1,3;4,6;;-1,9;10,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7 bsu;0,2;2,9;;-2,9;4,0;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;vha;4,1;8,9;;4,8;14,9;;vha;-0,8;7,2;;-1,3;8,2 eco;14,3;18,9;;14,7;26,5;;cbei;1,6;7,5;;-1,0;7,8;;amed;-0,1;5,7;;4,2;16,2;;amed;-6,6;2,9;;-4,7;6,7 cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;spl;2,9;10,0;;1,9;12,5;;ecoN;10,7;17,4;;7,6;21,6;;ecoN;2,3;13,2;;-4,4;8,9 ade;0,6;4,9;;-4,2;6,9;;myr;-4,9;3,3;;-7,8;4,6;;rpm;-4,7;1,5;;-2,4;10,7;;rpm;;;;; cbn;1,9;4,9;;-0,8;7,1;;blo;0,6;8,5;;-1,8;10,1;;oan;4,4;10,6;;3,6;16,5;;oan;2,3;13,2;;-4,4;8,9 afn;-2,8;1,0;;-4,8;4,9;;rtb;;;;;;;abq;-1,1;5,4;;2,6;16,3;;abq;-9,3;1,5;;-8,9;4,1 scc;2,7;7,0;;7,2;18,1;;;;;;;;;abs;-0,5;6,3;;-0,4;13,9;;abs;-9,2;2,0;;-12,9;0,6 ase;6,6;11,8;;9,1;22,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7;;agr;3,8;9,7;;2,6;14,8;;agr;-2,8;6,8;;-6,4;5,1 ;;;;;;;pub;-8,5;-0,7;;-13,6;-4,2;;aua;5,7;11,6;;5,1;17,5;;aua;-1,1;8,6;;-4,2;7,5 pub;-1,78;0,88;;-2,60;6,07;;ant;-6,1;0,1;;-8,5;-1,1;;rpl;4,8;9,8;;5,8;16,3;;rpl;-0,3;7,9;;-0,9;9,0 vha;;;;;;;pmg;-9,3;-0,5;;-14,9;-4,3;;ppm;3,8;8,8;;4,8;15,3;;ppm;-1,3;6,9;;-1,9;8,0 amed;;;;;;;abra;-4,8;1,2;;-2,8;4,5;;lbu;-1,6;2,9;;-2,6;6,9;;lbu;-6,0;1,5;;-8,0;1,0 ecoN;;;;;;;mja;-5,4;1,7;;-7,5;1,1;;ban;0,2;2,9;;-0,2;5,4;;ban;-1,7;2,7;;-2,1;3,2 rpm;-1,6;2,0;;6,2;17,7;;;;;;;;;psor;-1,0;1,9;;-1,8;4,1;;psor;-3,0;1,7;;-3,9;1,7 oan;;;;;;;rru;-11,3;-1,5;;-7,9;3,9;;cdc;-0,4;1,8;;-0,4;4,1;;cdc;-1,7;1,8;;-1,5;2,7 abq;;;;;;;bsu;-3,2;2,4;;-7,2;-0,4;;hmo;-0,5;3,9;;0,0;9,2;;hmo;-4,7;2,6;;-5,2;3,5 abs;;;;;;;eco;5,9;15,6;;1,8;13,5;;fps;-3,1;1,9;;-4,7;5,6;;fps;-8,0;0,0;;-11,1;-1,4 agr;;;;;;;cvi;-11,1;-1,4;;-13,2;-1,5;;npu;-2,6;3,6;;7,6;20,5;;npu;-9,8;0,3;;-2,4;9,7 aua;;;;;;;ade;-6,8;2,2;;-15,4;-4,5;;apal;-2,5;0,9;;-5,1;2,0;;apal;-5,2;0,4;;-8,2;-1,4 rpl;;;;;;;cbn;-2,3;4,1;;-6,3;1,4;;mfi;0,8;5,8;;1,8;12,3;;mfi;-4,3;3,9;;-4,9;5,0 ppm;;;;;;;afn;-8,8;-0,8;;-13,3;-3,8;;mfe;12,7;18,6;;11,1;23,5;;mfe;;;;; lbu;;;;;;;scc;-4,6;4,4;;-3,7;7,1;;;;;;;;;;;;;; ban;;;;;;;ase;-3,7;7,2;;-7,4;5,9;;;;;;;;;;;;;; psor;0,0;1,6;;0,1;5,3;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cdc;;;;;;;mba;9,0;19,1;;1,8;14,1;;;;;;;;;;;;;; hmo;;;;;;;pmq;-5,1;1,1;;-3,5;3,9;;;;;;;;;;;;;; fps;-0,9;1,9;;0,7;9,7;;cbei;;;;;;;;;;;;;;;;;;; npu;;;;;;;spl;1,2;9,7;;-0,4;9,9;;;;;;;;;;;;;; apal;-1,2;0,7;;-2,4;3,9;;myr;-8,1;1,6;;-11,2;0,5;;;;;;;;;;;;;; mfi;;;;;;;blo;-2,3;7,0;;-4,9;6,3;;;;;;;;;;;;;; mfe;;;;;;;rtb;0,7;8,9;;-0,9;9,0;;;;;;;;;;;;;; **;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ant;-1,4;0,8;;-1,5;5,5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; pmg;-1,1;1,9;;-0,9;8,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; abra;-0,3;1,8;;3,9;10,6;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; mja;0,4;2,8;;1,8;9,7;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; afn;-1,8;0,9;;-1,9;6,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> *'''Les génomes et leurs tRNAs, petit grand''' <pre> test;vha;amed;ecoN;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;apal; cds;5,432;4 285;5 157;3 484;4 900;6 576;6 817;5 159;4 721;1 453; petit;18;32;33;43;32;43;46;29;28;13; grand;5;11;14;21;14;18;23;13;11;9; totat sans -;52;74;100;88;84;96;104;76;78;26; total;54;76;100;90;90;96;104;76;80;26; grand sans -;(4);(10);;(20);(13);;;;;; ;;;;;;;;;;; test;rpl;ppm;lbu;ban;psor;cdc;hmo;fps;npu;mfi;mfe cds;850;5 384;1 838;5 700;3 368;3 614;2 707;2 478;7 484;3 381;2 374 petit;19;20;21;6;8;4;19;26;39;23;21 grand;5;6;11;2;4;1;8;15;10;9;5 totat sans -;56;56;46;16;18;10;44;54;84;56;78 total;56;58;46;16;18;10;46;54;86;58;78 grand sans -;;(5);;;;;(9);;(9);(8); ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;ko;ko;ko;ko;ok;ok;ko;ok;ko;ko; p;0,415;0,858;0,773;0,827;0,649;0,570;0,911;0,866;0,768;0,848; q;0,585;0,142;0,227;0,173;0,351;0,430;0,089;0,134;0,232;0,152; compare;mba;mja;eco;ade;pmq;cbei;ant;pub;cbn;bsu; cds;3 995;1 768;4 285;4 506;7 258;5 665;3 119;1 343;2 521;4 325; petit;21;19;21;30;15;13;16;25;13;11; grand;6;10;5;21;5;5;10;17;8;8; totat sans -;86;42;78;68;32;40;32;50;34;26; total;88;42;78;68;32;40;32;50;34;26; grand sans -;(5);;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;ok;ok;ko;ko;ko;ok;ko;ko;ko;ko;ok p;0,771;0,810;0,744;0,741;0,886;0,757;0,854;0,768;0,651;0,767;0,630 q;0,229;0,190;0,256;0,259;0,114;0,243;0,146;0,232;0,349;0,233;0,370 compare;afn;cvi;ase;blo;pmg;myr;abra;scc;spl;rru;rtb cds;2 093;4 345;8 256;1 824;1 839;3 611;1 712;1 847;4 269;3 854;828 petit;26;38;39;27;31;35;14;27;19;39;18 grand;17;20;17;11;20;18;4;9;5;15;5 totat sans -;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56 total;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56 </pre> *'''Les calculs des bornes''' <pre> ;compare;test;;;;;;;;; ;afn;eco;;;;;;;;; ;0,771;21;;;;;;;;; ;0,229;5;;;;;;;;; ;;78;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;3995;;;;3614;cds;bornes;p;q;;tRNAs archeo;cds total;total;<0;0-200;reste;;petit;0,771;0,229;;78 mba cds-cds;3995;3943;329;1500;2114;;34,181;p2;2pq;1-q2;q2 mba cds %;;;83;415;585;;39,741;0,595;0,353;0,948;0,052 mba tRNA;;88;1;27;60;;grand;varq;varp;attendus; calculs;proba;effect;attendu;plage;2σ;;17,074;nq2(1-q2);np2(1-p2);petit;grand petit;0,771;21;37;22 – 35;2,8;;29,336;1,932;9,398;36,961;23,205 grand;0,229;5;23,2;2 – 12;6,1;;;;;; ;;;;;;;34;40;;17;29 ;;;;;;;;;;; ;;;;;;bornes;13,2;18,7;;12,1;24,3 ;;;;;;petit;inf;sup;grand;inf;sup </pre> =====Récapitulatif des taux discontinu/continu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Récapitulatif_des_taux_discontinu/continu|Récapitulatif des taux discontinu/continu]] <pre> >0;;;<0;;;total;taux tRNA-cds;;;tRNA-cds;;;; Rc+;Rx+;Rx+ %;Rc-;Rx-;Rx- %;;R- % 808;464;&36,5;2;6;&75;1280;&0,6 cds-cds;;;cds-cds;;;; Sc+;Sx+;Sx+ %;Sc-;Sx-;Sx- %;;S- % 42200;19031;&31,08;9564;1224;&11,3;72019;&15,0 cn;ac;ax;ax%;a%;intercal;;Sx% 1191;1934;649;&25,1;&3,4;75793;;28,1 </pre> =====Les taux de discontinus par classe génomique===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_taux_de_discontinus_par_classe_génomique|Les taux de discontinus par classe génomique]] <pre> gen;Sx-%;Sx+%;S-%;Rx+%;ax% $I;;;;; abra;°1,4;°22;&25;°24;°6 ant;&10,9;27;&25;°15;°8 mja;&24,2;30;13;42;&36 pmg;&36,0;&39;14;39;&41 pub;&19,0;29;&36;44;&45 $II;;;;; ade;&11,9;&36;18;32;13 afn;°1,3;°20;15;°19;11 ase;&19,3;&42;20;41;11 bsu;4,9;30;14;&57;16 cbn;4,5;°23;°7;°25;°5 cvi;8,2;32;18;33;18 eco;&12,3;33;18;43;&35 rru;&10,1;31;18;41;&33 spl;°2,8;34;10;37;11 $III;;;;; blo;7,0;32;13;33;18 cbei;°2,8;°23;°7;°26;°6 mba;5,5;34;°8;&47;28 myr;6,6;30;°8;39;9 pmq;4,3;29;11;36;°4 rtb;°2,9;27;13;29;25 scc;7,8;32;19;&48;18 total;10,6;31;15;37;19 écart;10±6;31±4;15±5;37±7;19±10 </pre> =====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds]] *Tableau <pre> 14.8.21;continu;;;comp’;;; inter;nc;nc%;pc;nx;nx%;px;diff -1;1671;'''17.5;;0;0;; -2;4;0.0;;40;3.3;; -3;5;0.1;;0;0;; -4;&4476;'''46.8;<u>0.38;°410;'''33.5;<u>0.10; -5;9;0.1;;3;0.2;; -6;4;0.0;;35;2.9;;16 -7;139;1.5;;19;1.6;; -8;&945;'''9.9;0.15;°51;'''4.2;1.06; -9;3;0.0;;25;2.0;;14 -10;93;1.0;;11;0.9;; -11;&498;'''5.2;0.19;°52;'''4.3;0.69; -12;2;0.0;;23;1.9;;8 -13;94;1.0;;15;1.2;; -14;&329;'''3.4;0.29;°45;'''3.7;0.84; -15;1;0.0;;25;2.0;;12 -16;58;0.6;;13;1.1;; -17;&235;'''2.5;0.25;°42;'''3.4;0.90; -18;5;0.1;;13;1.1;;1 -19;43;0.4;;12;1.0;; -20;&162;'''1.7;0.30;°24;'''2.0;1.04; -21;0;0;;11;0.9;;3 -22;22;0.2;;8;0.7;; -23;&107;'''1.1;0.21;°20;'''1.6;0.95; -24;1;0.0;;19;1.6;;8 -25;34;0.4;;11;0.9;; -26;&101;'''1.1;0.35;°21;'''1.7;1.43; -27;2;0.0;;6;0.5;; -2 -28;19;0.2;;8;0.7;; -29;&61;'''0.6;0.34;°10;'''0.8;1.40; -30;0;0;;5;0.4;; -3 -31;16;0.2;;8;0.7;; -32;&45;'''0.5;0.36;°18;'''1.5;0.72; -33;0;0;;3;0.2;; -4 -34;15;0.2;;7;0.6;; -35;&35;'''0.4;0.43;°19;'''1.6;0.53; -36;0;0;;3;0.2;;0 -37;9;0.1;;3;0.2;; -38;&31;'''0.3;0.29;°12;'''1.0;0.50; -39;0;0;;3;0.2;; -4 -40;5;0.1;;7;0.6;; -41;&34;'''0.4;0.15;°8;'''0.7;1.25; -42;0;0;;4;0.3;; -2 -43;16;0.2;;6;0.5;; -44;&24;'''0.3;0.67;°4;'''0.3;2.50; -45;0;0;;2;0.2;; -1 -46;5;0.1;;3;0.2;; -47;&11;'''0.1;0.45;°4;'''0.3;1.25; -48;0;0;;2;0.2;; -2 -49;11;0.1;;4;0.3;; -50;&9;'''0.1;1.22;°6;'''0.5;1.00; reste;169;1.8;;120;9.8;; total;9558;100.0;;1223;100.0;; </pre> *Fréquences des <span id="nd50">négatifs</span>, détails jusqu'à -50 pour les continus et jusqu'à -80 pour les discontinus <pre> 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0 6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1 7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1 8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3 1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58 1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7 total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12 gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl 1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2 3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5 5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0 6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0 7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0 8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2 9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0 10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0 11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0 12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0 13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0 14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0 15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1 16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0 17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1 18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0 19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0 21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0 22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0 23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0 24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0 25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0 26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0 27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0 28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0 30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0 31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0 33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0 35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0 36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0 39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0 40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0 41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0 42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0 44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0 49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0 51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0 52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1 53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0 56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0 63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0 69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl -1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126 -2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0 -4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136 -5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0 -6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0 -7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10 -8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46 -9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8 -11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28 -12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0 -13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5 -14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15 -15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3 -17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8 -18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1 -20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7 -21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0 -23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4 -24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 -25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0 -26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2 -27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1 -29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2 -30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0 -32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3 -33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1 -35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0 -36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 -38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1 -39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 -41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1 -42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1 -44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0 -45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0 -47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0 -48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0 -50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0 ;169;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;2;16;3;11;0;6;5 ;9558;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;158;753;381;609;98;319;414 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl </pre> =====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds._Diagrammes|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes]] *Tableau <pre> 14.8.21;;diagrammes;;;;;;;;;;; ;R2;;;abscisses modulo 3;;;;;abscisses modulo 1;;moyennes;; fréquence;droite;exp;p4;-a;b;-x;x’;w;'-x1;x’1;m;e;m/e continu 50;;;;;;;;;;;;; 6;537;190;585;0,1;4;36;4;6;107;3.5;1.2;1.66;0.72 7;735;855;971;2,6;111;72;176;245;215;132;38.6;40.2;0.96 8;608;973;987;14,8;603;100;1389;2611;301;841;175.1;253.9;0.69 discontinu 50;;;;;;;;;;;;; 6’;820;912;913;0.7;32;72;54;45;217;43;11.9;10.8;1.11 7’;806;779;835;0.3;17;36;22;26;109;19;9.0;4.5;1.99 8’;857;888;933;1.2;56;61;97;56;184;71;22.4;17.0;1.32 discontinu 80;;;;;;;;;;;;; 6”;667;834;931;0.4;23;51;32;45;152;28;7.8;9.76;0.80 7”;806;769;887;0.2;15;38;22;21;115;19;6.2;5.04;1.22 8”;739;874;949;0.6;42;48;70;80;144;55;14.8;16.14;0.92 </pre> =====Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_négatifs_cds-cds,_recouvrements|Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements]] <pre> recouvrements;;intercalaires cds-cds recouvrements;;;;;;;; bsu;;;;;;eco;;;; intercal;add1;add2;shift;couvre;;intercal;add1;add2;shift;couvre continu;;;;;;continu;;;; -7616;387744;398495;°-7475;141;;-2400;164730;167264;&0;2400 ;390880;391020;;;;;164865;167264;; ;;;;;;-2130;&2731600;2733729;444;2130 -500;3717238;3717825;°-20;480;;;2731600;2734173;; ;3717326;3717805;;;;-1295;&492092;493386;637;1295 ;;;;;;;492092;494023;; -492;2909520;2910011;735;492;;-897;&4577958;4578854;483;897 ;2909520;2910746;;;;;4577958;4579337;; ;;;;;;-729;1179520;1180359;&0;729 -164;1252815;1253021;52;164;;;1179631;1180359;; ;1252858;1253073;;;;-448;1639030;1639527;°-193;255 ;;;;;;;1639080;1639334;; -154;2466721;2467953;209;154;;-242;578107;578568;°-59;183 ;2467800;2468162;;;;;578327;578509;; ;;;;;;-212;508875;511379;&0;212 -143;1916663;1917097;205;143;;;511168;511379;; ;1916955;1917302;;;;-153;&16751;16903;57;153 ;;;;;;;16751;16960;; discontinu;;;;;;discontinu;;;; -361;2601528;2603339;°-64;297;;-723;3111128;3111988;°-663;60 ;2602979;2603275;;;;;3111266;3111325;; ;;;;;;-530;3838248;3839171;°-470;60 -127;3666841;3667059;°-43;84;;;3838642;3838701;; ;3666933;3667016;;;;-527;10643;11356;°-41;486 ;;;;;;;10830;11315;; -93;2652993;2653463;1410;93;;-436;3796948;3798207;°-361;75 ;2653371;2654873;;;;;3797772;3797846;; ;;;;;;-210;3993739;3994059;276;210 ;;;;;;;3993850;3994335;; </pre> =====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus===== ======Tableau cds-cds négatifs discontinus====== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_discontinus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus]] <pre> 14.8.21;recompte;;rouge pour les peu significatifs;;;;couleurs uniformisées;;;“p pour périodiques;;;; ;;génomes à forts cds-cds négatifs discontinues ;trié sur x‰ ;;;puis;génomes à faibles cds-cds négatifs discontinues;;;;;;; clde;gen;r80;“6;“7;“8;“p;x6;x7;x8;x‰ ;cds;“5;x5;“80 1;'''pub;0;§17;3;25;&45;§38;7;56;&<u>70.4;1307;&47;51;&92 2;'''pmg;0;§16;9;30;&55;§29;16;55;&48.9;1800;&33;38;&88 3;'''ase;17;?48;55;123;&<u>226;?21;24;54;&42.9;<u>'''8197;&<u>109;31;&<u>335 4;'''mja;0;@19;3;8;&30;@63;10;27;&32.4;1730;&26;46;&56 5;'''ant;0;@20;5;18;&43;@47;12;42;&26.8;3095;&40;48;&83 6;'''eco;10;§15;6;18;&39;§38;15;46;&23.4;'''4024;&45;48;&84 7;'''ade;9;?4;17;36;&57;?7;30;63;&22.8;'''4464;&36;35;&93 8;'''rru;5;?6;13;22;&41;?15;32;54;&19.5;'''3786;&28;38;&69 9;'''cvi;1;?7;16;20;&43;?16;37;47;&16.1;'''4282;&25;36;&68 10;'''scc;1;§9;3;12;&24;§38;13;50;&15.5;1805;°3;11;27 11;'''blo;2;?1;4;8;13;?8;31;62;10.2;1772;°3;17;°16 12;'''bsu;4;?5;7;5;17;?29;41;29;8.3;'''4215;14;40;31 13;'''myr;0;§5;1;5;11;§45;9;45;5.6;'''3555;9;45;20 14;'''pmq;1;§8;5;14;&27;§30;19;52;5.8;'''7223;14;33;41 15;'''mba;0;?3;3;10;16;?19;19;63;5.6;'''3943;°6;27;22 16;'''rtb;0;§0;0;3;$3;§0;0;100;$5.0;793;$1;25;$4 17;'''abra;0;@3;0;3;$6;@50;0;50;$4.8;1667;$2;25;$8 18;'''cbn;0;@5;0;4;$9;@56;0;44;$3.6;2491;$0;0;$9 19;'''spl;0;?1;1;3;°5;?20;20;60;°2.8;'''4213;7;58;°12 20;'''cbei;0;?2;2;3;°7;?29;29;43;°2.0;'''5622;°4;36;°11 21;'''afn;1;@1;1;0;$2;@50;50;0;$2.0;2039;$1;25;$3 ;'''total;51;195;154;370;719;27;21;51;17.0;72023;453;37;1172 ;;;;;;;;;;;;;; §;bgcolor="#e8f2a8"|;;?;bgcolor="#bbe333"|;;@;bgcolor="#ff00ff"|;;;;;;; </pre> *<span id="cdmc">Coefficient</span> de détermination, moyenne et corrélation: effectifs <pre> 14.8.21 Effectifs des cds-cds négatifs continus 14.8.21 Effectifs des cds-cds négatifs discontinus gen r50 “5 “6 “7 “8 total cds r80 “5 “6 “7 “8 total abra 13 211 0 11 174 409 1667 0 2 3 0 3 8 ade 9 607 0 25 72 713 4464 9 36 4 17 36 102 afn 9 167 2 20 105 303 2039 1 1 1 1 0 4 ant 6 387 1 33 252 679 3095 0 40 20 5 18 83 ase 28 1054 3 70 145 1300 8197 17 109 48 55 123 352 blo 2 161 1 10 36 210 1772 2 3 1 4 8 18 bsu 17 305 0 42 209 573 4215 4 14 5 7 5 35 cbei 4 153 0 32 200 389 5622 0 4 2 2 3 11 cbn 0 62 0 23 82 167 2491 0 0 5 0 4 9 cvi 4 493 0 38 152 687 4282 1 25 7 16 20 69 eco 22 423 0 47 152 644 4024 10 45 15 6 18 94 mba 6 152 7 34 108 307 3943 0 6 3 3 10 22 mja 6 78 0 17 62 163 1730 0 26 19 3 8 56 myr 0 133 0 22 127 282 3555 0 9 5 1 5 20 pmg 2 105 0 10 41 158 1800 0 33 16 9 30 88 pmq 16 466 1 44 226 753 7223 1 14 8 5 14 42 pub 3 233 2 14 129 381 1307 0 47 17 3 25 92 rru 11 475 0 26 97 609 3786 5 28 6 13 22 74 rtb 0 43 0 9 46 98 793 0 1 0 0 3 4 scc 6 195 1 22 95 319 1805 1 3 9 3 12 28 spl 5 262 0 30 117 414 4213 0 7 1 1 3 12 total 169 6165 18 579 2627 9558 72023 51 453 195 154 370 1223 </pre> *Coefficient de détermination, moyenne et corrélation:Résultats <pre> ‰. ;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs continus;;;;;;;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs discontinus;;;;;;‰. ;;;;;;;;;;;;; gen;c50‰. ;c5‰. ;c6‰. ;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;x80‰. ;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. ;;;;;c5‰. ;;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. abra;78.0;1265.7;0.0;66.0;1043.8;2453.5;;0.0;12.0;18.0;0.0;18.0;48.0;;;1;;248.9;;55.6;161.3;670.4;;;0.0;0.0;0.0;0.0;19.6 ade;20.2;1359.8;0.0;56.0;161.3;1597.2;;20.2;80.6;9.0;38.1;80.6;228.5;;;2;;272.1;;56.0;176.9;691.9;;;4.9;2.4;0.0;5.3;19.6 afn;44.1;819.0;9.8;98.1;515.0;1486.0;;4.9;4.9;4.9;4.9;0.0;19.6;;;3;;374.1;;56.4;203.2;778.6;;;7.1;3.6;0.0;7.1;28.5 ant;19.4;1250.4;3.2;106.6;814.2;2193.9;;0.0;129.2;64.6;16.2;58.2;268.2;;;4;;385.5;;56.9;227.8;793.2;;;12.0;4.9;2.4;11.9;36.1 ase;34.2;1285.8;3.7;85.4;176.9;1585.9;;20.7;133.0;58.6;67.1;150.1;429.4;;;5;;450.9;;60.9;256.2;877.8;;;12.6;5.6;2.8;14.1;48.0 blo;11.3;908.6;5.6;56.4;203.2;1185.1;;11.3;16.9;5.6;22.6;45.1;101.6;;;6;;542.2;;61.9;273.9;942.2;;;15.2;7.6;3.6;16.1;50.4 bsu;40.3;723.6;0.0;99.6;495.8;1359.4;;9.5;33.2;11.9;16.6;11.9;83.0;;;7;;583.3;;66.0;277.7;982.7;;;16.6;9.0;4.9;18.0;55.8 cbei;7.1;272.1;0.0;56.9;355.7;691.9;;0.0;7.1;3.6;3.6;5.3;19.6;;;8;;621.9;;68.7;312.9;1042.5;;;16.6;11.1;6.9;19.4;56.3 cbn;0.0;248.9;0.0;92.3;329.2;670.4;;0.0;0.0;20.1;0.0;16.1;36.1;;;9;;645.2;;71.2;329.2;1185.1;;;16.9;11.9;7.6;25.4;58.1 cvi;9.3;1151.3;0.0;88.7;355.0;1604.4;;2.3;58.4;16.3;37.4;46.7;161.1;;;10;;723.6;;85.4;355.0;1235.8;;;19.4;14.1;14.9;37.8;83.0 eco;54.7;1051.2;0.0;116.8;377.7;1600.4;;24.9;111.8;37.3;14.9;44.7;233.6;;;11;;819.0;;86.2;355.7;1359.4;;;25.3;15.8;16.2;44.7;101.6 mba;15.2;385.5;17.8;86.2;273.9;778.6;;0.0;15.2;7.6;7.6;25.4;55.8;;;12;;908.6;;88.7;357.2;1486.0;;;33.2;16.3;16.6;45.1;155.1 mja;34.7;450.9;0.0;98.3;358.4;942.2;;0.0;150.3;109.8;17.3;46.2;323.7;;;13;;1051.2;;92.3;358.4;1585.9;;;58.4;18.0;16.6;46.2;161.1 myr;0.0;374.1;0.0;61.9;357.2;793.2;;0.0;25.3;14.1;2.8;14.1;56.3;;;14;;1080.3;;98.1;377.7;1597.2;;;74.0;20.1;17.3;46.7;195.5 pmg;11.1;583.3;0.0;55.6;227.8;877.8;;0.0;183.3;88.9;50.0;166.7;488.9;;;15;;1151.3;;98.3;495.8;1600.4;;;80.6;37.3;22.6;58.1;228.5 pmq;22.2;645.2;1.4;60.9;312.9;1042.5;;1.4;19.4;11.1;6.9;19.4;58.1;;;16;;1250.4;;99.6;515.0;1604.4;;;111.8;49.9;23.0;58.2;233.6 pub;23.0;1782.7;15.3;107.1;987.0;2915.1;;0.0;359.6;130.1;23.0;191.3;703.9;;;17;;1254.6;;106.6;526.3;1608.6;;;129.2;58.6;34.3;66.5;268.2 rru;29.1;1254.6;0.0;68.7;256.2;1608.6;;13.2;74.0;15.8;34.3;58.1;195.5;;;18;;1265.7;;107.1;580.1;1767.3;;;133.0;64.6;37.4;80.6;323.7 rtb;0.0;542.2;0.0;113.5;580.1;1235.8;;0.0;12.6;0.0;0.0;37.8;50.4;;;19;;1285.8;;113.5;814.2;2193.9;;;150.3;88.9;38.1;150.1;429.4 scc;33.2;1080.3;5.5;121.9;526.3;1767.3;;5.5;16.6;49.9;16.6;66.5;155.1;;;20;;1359.8;;116.8;987.0;2453.5;;;183.3;109.8;50.0;166.7;488.9 spl;11.9;621.9;0.0;71.2;277.7;982.7;;0.0;16.6;2.4;2.4;7.1;28.5;;;21;;1782.7;;121.9;1043.8;2915.1;;;359.6;130.1;67.1;191.3;703.9 total;23.5;856.0;2.5;80.4;364.7;1327.1;;7.1;62.9;27.1;21.4;51.4;169.8;;;;;;;;;;;;;;;; moyenne;23.8;859.9;3.0;84.2;427.9;1398.7;;5.4;69.5;32.4;18.2;52.8;178.3;;;R2 progrès;;;;;;;;;;;;; écart;19.6;422.8;5.2;22.4;248.2;592.6;;8.0;86.6;37.6;18.2;53.8;181.3;;;droite;;967;;978;793;889;;;687;753;850;758;783 m/e;1.2;2.0;0.6;3.8;1.7;2.4;;0.7;0.8;0.9;1.0;1.0;1.0;;;exponentiel;;957;;975;941;967;;;969;980;956;961;986 R2 corel;c5;;;0.193;0.420;;R2 corel;x5;;0.888;0.494;0.853;;;;a;;0.089;;0.043;0.081;0.065;;;0.202;0.195;0.183;0.165;0.171 ;c7;;;;0.420;;;x6;;;0.392;0.754;;;;b;;283.156;;50.427;153.421;628.757;;;3.747;1.976;1.444;5.367;16.404 ;;;;;;;;x7;;;;0.745;;;;;;;;;;;;;;;;; R2 deter;c5;;;0.037;0.176;;R2 deter;x5;;0.788;0.244;0.728;;;;;;;;;;;;;;;;; ;c7;;;;0.177;;;x6;;;0.154;0.569;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;x7;;;;0.555;;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ======Fréquences cds-cds négatifs discontinus jusqu'à 80, détails====== *Fréquences <span id="disc80">des</span> discontinus jusqu'à 80, détails des cumuls <pre> 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0;51;;9 6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1;;;43 7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1;;;27 8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3;;;70 1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58;;;30 1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7;;;64 total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12;1172;;204 gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles 1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;;0 2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2;2;;10 3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;;0 4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5;4;;52 5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;5;;2 6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0;6;;13 7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0;7;;1 8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2;8;;7 9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0;9;;6 10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0;10;;2 11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0;11;;11 12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0;12;;4 13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;13;;3 14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0;14;;9 15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1;15;;3 16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0;16;;2 17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1;17;;10 18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0;18;;2 19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;19;;2 20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0;20;;5 21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0;21;;2 22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;22;;2 23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0;23;;3 24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0;24;;2 25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;25;;4 26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0;26;;8 27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;27;;1 28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;28;;1 29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;29;;0 30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;30;;0 31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;31;;1 32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;32;;3 33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;33;;0 34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;34;;2 35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0;35;;4 36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;36;;2 37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;37;;0 38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;38;;2 39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;39;;1 40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;40;;2 41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;41;;1 42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;42;;1 43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;43;;0 44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;44;;1 45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;45;;1 46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;46;;1 47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;47;;1 48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;48;;0 49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;49;;0 50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;50;;1 51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;51;;2 52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;52;;1 53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;53;;0 54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;54;;0 55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;55;;1 56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;56;;0 57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;57;;0 58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;58;;1 59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;59;;0 60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;60;;1 61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;61;;0 62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;62;;0 63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;63;;0 64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;64;;0 65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;65;;1 66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;66;;0 67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;67;;0 68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;68;;1 69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;69;;1 70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;70;;0 71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;71;;1 72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;72;;0 73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;73;;1 74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;74;;1 75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;75;;1 76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;76;;0 77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;77;;0 78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;78;;0 79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;79;;0 80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;80;;0 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles </pre> ======Restes des cds-cds négatifs====== *Restes <span id="rcdsn">des</span> cds-cds négatifs <pre> 14.8.21;;discont;cont;cont;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;6;14;2;0;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;7;12;48;17;65;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;8;19;43;44;87;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;6;15;0;15;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;51;108;61;169;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;cont;cont;;discontinu;;; ;6;2;2;;6;7;0;;6;1;0;;6;4;0;;6;0;0;0;;;; ;7;1;11;;7;6;18;;7;3;11;;7;2;8;;7;12;5;17;;;; ;8;3;9;;8;4;10;;8;8;9;;8;3;15;;8;25;19;44;1;;; ;reste;5;9;;reste;0;0;;reste;1;6;;reste;0;0;;reste;0;0;0;;;; ;;11;31;;;17;28;;;13;26;;;9;23;;;37;24;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Les occurrences des négatifs autres que ceux des tableaux des continus jusqu’à -50 et des discontinus jusqu’à -80;;;;;;;;;;;;;;;;;discontinu;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;-89;1;;;;;;; eco;discontinu;continu;;ase;discontinu;continu;;bsu;discontinu;continu;;scc;discontinu;continu;;pmq;continu;;ant;continu;;;Les restes ;jusqu’à -56;;1;1;-51;;*;0;-58;;1;2;-120;1;;0;-53;1;1;-71;1;1;continus;169;50 -66;;1;0;-52;;3;2;-59;;1;1;-74;;1;1;-55;1;2;-65;1;1;discontinus;51;80 -75;;1;0;-53;;*;1;-65;;1;1;-68;;2;1;-56;2;1;-59;1;1;;; -82;1;7;2;-55;;1;2;-82;;1;2;-59;;2;1;-65;2;1;-56;1;1;;discontinu;continu -85;;1;2;-57;;*;0;-86;1;;1;-53;;1;1;-74;1;1;-55;1;2;eco;10;22 -86;1;;1;-58;;*;2;-91;;1;2;ok;1;6;;-89;*;1;-53;1;1;ase;17;28 -89;;1;1;-59;;2;1;-92;;1;1;rru;discontinu;continu;;-95;2;1;;;;bsu;4;17 -102;1;;0;-67;;1;2;-93;1;;0;-122;1;;1;-119;2;1;cbei;continu;;pmq;1;16 -113;1;;1;-70;;2;2;-94;;1;2;-120;1;;0;-116;1;1;-110;1;1;ade;9;9 -129;1;;0;-74;;1;1;-95;;1;1;-106;1;;2;-115;1;2;-64;1;2;abra;0;13 -210;1;;0;-76;;1;2;-361;1;;2;-104;2;;1;-113;1;1;-64;1;2;afn;1;9 -436;1;;2;-79;;1;2;-127;1;;2;-137;;1;1;-101;2;1;-62;1;1;ant;0;6 -527;1;;1;-81;1;;0;-7616;;1;1;-104;;*;1;;16;;;;;blo;2;2 -530;1;;1;-82;2;1;2;-500;;1;1;-73;;1;2;;;;mba;continu;;cbei;0;4 -723;1;;0;-86;2;1;1;-492;;1;0;-68;;1;1;pub;continu;;-59;2;1;cvi;1;4 -110;;1;1;-87;1;;0;-164;;1;1;-65;;1;1;-65;1;1;-56;4;1;mba;0;6 -153;;1;0;-88;1;;2;-154;;1;2;-64;;1;2;-59;1;1;-51;*;0;mja;0;6 -212;;1;1;-89;;1;1;-143;;1;1;-62;;1;1;-56;1;1;;;;pmg;0;2 -242;;1;1;-91;;1;2;-119;;1;1;-61;;1;2;;;;mja;continu;;pub;0;3 -448;;1;2;-93;2;;0;-113;;1;1;-59;;1;1;spl;continu;;-83;1;1;rru;5;11 -729;;1;0;-94;;2;2;-101;;1;1;-58;;*;2;-98;1;1;-73;1;2;scc;1;6 -897;;1;0;-95;;1;1;;4;17;;-53;;1;1;-77;1;1;-71;1;1;spl;0;5 -1295;;1;1;-97;;2;2;ade;discontinu;continu;;-52;;2;2;-56;1;1;-64;1;2;;51;169 -2130;;1;0;-100;;1;2;-55;;1;2;;5;11;;-53;2;1;-62;1;1;;; -2400;;1;0;-120;1;;0;-61;;2;2;;;;;;;;-59;1;1;;; ;10;22;;-119;1;;1;-67;;1;2;blo;discontinu;continu;;abra;continu;;;;;;; afn;discontinu;continu;;-111;1;;0;-68;;2;1;-102;1;;0;-92;1;1;pmg;continu;;;; -83;1;;1;-109;2;;2;-116;1;;1;-85;1;;2;-86;1;1;-65;1;1;;; -113;;1;1;-107;1;;1;-110;1;;1;-86;;1;1;-73;1;2;-59;1;1;;; -79;;1;2;-106;1;;2;-107;1;;1;-53;;1;1;-67;9;2;;;;;; -74;;1;1;-105;1;;0;-104;1;;1;;2;2;;-59;1;1;;;;;; -71;;1;1;-119;;2;1;-101;1;;1;cvi;discontinu;continu;;;;;;24;;;; -68;;1;1;-110;;1;1;-98;1;;1;-102;1;;0;;37;;;;;;; -67;;2;2;-106;;2;2;-86;1;;1;-97;;1;2;;;;;;;;; -59;;1;1;-101;;1;1;-82;1;;2;-94;;1;2;;;;;;;;; -53;;1;1;;17;28;;-109;1;1;2;-73;;1;2;;;;;;;;; ;1;9;;;;;;-106;;1;2;-71;;1;1;;;;;;;;; ;;;;;;;;-100;;1;2;;1;4;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;9;9;;;9;23;;;;;;;;;; </pre> =====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_continus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus]] *Tableau cds-cds-c <pre> *Tableau cds-cds-c;;;;;;;;;;;; 14.8.21;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;;;;;; gen;r50;continu;“6;“7;“8;“p;c8;c7;1-5”;c5;c‰;cds '''cbn;0;167;;23;82;105;78;21.9;62;<u>'''37;<u>'''67;°2 491 '''cbei;4;389;;32;200;232;86;°13.8;153;'''39;'''69;&5 622 '''mba;6;307;'''7;34;108;149;77;22.8;152;°50;'''78;3 943 '''myr;0;282;;22;127;149;85;°14.8;133;°47;'''79;3 555 '''pmg;2;158;;10;41;51;80;19.6;105;66;°88;°1 800 '''mja;6;163;;17;62;79;79;21.5;78;°48;°94;'''1 730 '''spl;5;414;;30;117;147;80;20.4;262;63;°98;4 213 '''pmq;16;753;1;44;226;271;84;°16.2;466;62;°104;&7 223 '''blo;2;210;1;10;36;47;79;21.3;161;&77;119;'''1 772 '''rtb;0;98;;9;46;55;84;°16.4;43;'''44;124;<u>'''793 '''bsu;17;573;;42;209;251;83;°16.7;305;53;136;4 215 '''afn;9;303;2;20;105;127;84;°15.7;167;°55;149;°2 039 '''ase;28;'''1300;3;70;145;218;68;&32.1;1054;&81;158.6;&<u>8 197 '''ade;9;713;;25;72;97;74;&25.8;607;&<u>85;159.7;4 464 '''eco;22;644;;47;152;199;76;23.6;423;66;160.0;4 024 '''cvi;4;687;;38;152;190;80;20.0;493;&72;160.4;4 282 '''rru;11;609;;26;97;123;79;21.1;475;&78;160.9;3 786 '''scc;6;319;1;22;95;118;81;18.6;195;61;&177;°1 805 '''ant;6;679;1;33;252;286;89;'''11.5;387;°57;&219;3 095 '''abra;13;409;;11;174;185;94;<u>'''5.9;211;°52;&245;'''1 667 '''pub;3;381;2;14;129;145;90;'''9.7;233;61;&<u>292;'''1 307 '''total;169;9558;18;579;2627;3224;82;18.0;6165;64;134;72 023 </pre> *Tableau cds-cds-x <pre> *Tableau cds-cds-x;;;;;;;;; 14.8.21;;;;;;;;; négatifs continus;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;discontinus par -6;; gen;c5‰;c7‰;c8‰;c‰;c1/c4;cds;x6;x5;x‰ '''cbn;'''25;9.2;°33;<u>'''67;&121;°2 491;@56;0;$3.6 '''cbei;'''27;5.7;°36;'''69;&87;&5 622;?29;36;°2.0 '''mba;'''39;8.6;°27;'''78;°28;3555;?19;27;5.6 '''myr;'''37;6.2;°36;'''79;&118;3943;§45;45;5.6 '''pmg;58;5.6;'''23;°88;52;°1 800;§29;38;&48.9 '''mja;45;9.8;°36;°94;49;'''1 730;@63;46;&32.4 '''spl;62;7.1;°28;°98;&93;4213;?20;58;°2.8 '''pmq;65;6.1;°31;°104;'''21;&7 223;§30;33;5.8 '''blo;91;5.6;'''20;119;48;'''1 772;?8;17;10.2 '''rtb;54;11.3;58;124;°30;<u>'''793;§0;25;$5.0 '''bsu;72;10.0;50;136;°31;4215;?29;40;8.3 '''afn;82;9.8;51;149;°29;°2 039;@50;25;$2.0 '''ase;129;8.5;'''18;158.6;'''19;&<u>8 197;?21;31;&42.9 '''ade;136;5.6;'''16;159.7;<u>'''13;4464;?7;35;&22.8 '''eco;105;11.7;°38;160.0;63;4024;§38;48;&23.4 '''cvi;115;8.9;°35;160.4;°31;3786;?16;36;&16.1 '''rru;125;6.9;°26;160.9;'''21;4282;?15;38;&19.5 '''scc;108;12.2;53;&177;'''25;°1 805;§38;11;&15.5 '''ant;125;10.7;&81;&219;&74;3095;@47;48;&26.8 '''abra;127;6.6;&104;&245;48;'''1 667;@50;25;$4.8 '''pub;178;10.7;&99;&<u>292;&<u>190;'''1 307;§38;51;&<u>70.4 '''total;86;8.0;36;134;37;72023;27;37;17.0 ;;;;;;;;; ? bbe333;;;;;;;;; § e8f2a8;;;;;;;;; @ ff00ff;;;;;;;;; </pre> *Fréquences <span id="fncont">des</span> intercalaires négatifs continus jusqu'à 50, détails <pre> negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl -1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126 -2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0 -4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136 -5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0 -6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0 -7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10 -8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46 -9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8 -11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28 -12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0 -13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5 -14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15 -15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3 -17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8 -18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1 -20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7 -21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0 -23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4 -24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 -25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0 -26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2 -27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1 -29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2 -30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0 -32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3 -33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1 -35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0 -36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 -38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1 -39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 -41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1 -42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1 -44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0 -45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0 -47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0 -48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0 -50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0 ;170;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;3;16;3;11;0;6;5 ;9559;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;159;753;381;609;98;319;414 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 9559;?;?;?;?;?;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;total;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl 6;18;0;0;2;1;3;1;0;0;0;0;0;7;0;0;0;1;2;0;0;1;0 7;579;11;25;20;33;70;10;42;32;23;38;47;34;17;22;10;44;14;26;9;22;30 8;2627;174;72;105;252;145;36;209;200;82;152;152;108;62;127;41;226;129;97;46;95;117 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; “7/t”;18;6;26;16;12;32;21;17;14;22;20;24;23;22;15;20;16;10;21;16;19;20 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; total;3224;185;97;127;286;218;47;251;232;105;190;199;149;79;149;51;271;145;123;55;118;147 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; % 6+7+8 / 50;34;47;14;43;42;17;23;45;60;63;28;32;50;50;53;33;37;38;21;56;38;36 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; %1-5/total;64;52;85;55;57;81;77;53;39;37;72;66;50;48;47;66;62;61;78;44;61;63 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; c1/c4;0.37;0.48;0.13;0.29;0.74;0.19;0.48;0.31;0.87;1.21;0.31;0.63;0.28;0.49;1.18;0.52;0.21;1.90;0.21;0.30;0.25;0.93 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 1-5”;6165;211;607;167;387;1054;161;305;153;62;493;423;152;78;133;105;466;233;475;43;195;262 </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400]] *Légende <pre> 12.2.22 Paris;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Diagramme 400;;Poly3;1 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;1 à 400;Sc+;;;;;;;;;; ;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;;; gen;m50x;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;m50c;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;classe;;;;;12.2.22 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];min 50;-13;90;818;231;20;874;Sf;{{tri1|6}}b1;°rru;50;-34;275;878;270;139;2056;{{tri1|6}}b1;b1;Sf;°rru;20;6;{{tri1|6}}b1 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];max 80;45;-332;496;246;191;118;tF;{{tri1|14}}c3;§rtb;50;-36;279;569;258;82 Sm;402;{{tri1|14}}c3;c3;tF;§rtb;191;14;{{tri1|14}}c3 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];min 20;-58;495;853;284;249;218;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;50;-236;1732;559;245;338;537;{{tri1|1}}a1;a1;SF;$pub;249;1;{{tri1|1}}a1 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];max 70;29;-174;611;200;30;1008;tf;{{tri1|8}}b2;°cvi;50;-44;372;852;282;203;2320;{{tri1|8}}b2;b2;tf;°cvi;30;7;{{tri1|8}}b2 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];min 50;-20;145;782;242;39;1229;Sf;{{tri1|5}}b1;°ade;50;-61;489;843;267;232;2242;{{tri1|5}}b1;b1;Sf;°ade;39;5;{{tri1|5}}b1 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];min 50;-25;209;680;279;70;601;Sm;{{tri1|4}}a2;$ant;40;-135;1021;664;252;306;1616;{{tri1|4}}a2;a2;Sm;$ant;70;4;{{tri1|4}}a2 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];max 50;22;-151;532;230;43;1003;tm;{{tri1|11}}c2;eco;50;-74;565;805;255;265;2130;{{tri1|11}}c2;c2;tm;eco;43;11;{{tri1|11}}c2 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];max 80;47;-333;611;236;336;1071;tF;{{tri1|16}}c5;§spl;50;-47;363;806;257;192;2215;{{tri1|16}}c5;c5;tF;§spl;336;16;{{tri1|16}}c5 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];max 40;-6.4;69;458;359;18;1028;Sf;{{tri1|9}}c1;bsu;50;-41;352;790;286;173;2444;{{tri1|9}}c1;c1;Sf;bsu;18;9;{{tri1|9}}c1 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];régulier;31;-283;878;304;813;1614;tF;{{tri1|19}}d2;&pmq;70;-29;229;946;263;140;4164;{{tri1|19}}d2;d2;tF;&pmq;813;19;{{tri1|19}}d2 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];max 50;16;-109;454;227;27;489;tf;{{tri1|10}}c1;cbn;50;-50;394;855;263;203;1701;{{tri1|10}}c1;c1;tf;cbn;27;10;{{tri1|10}}c1 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];régulier;32;-258;712;269;708;946;tF;{{tri1|18}}d2;&cbei;50;-46;338;779;245;213;3399;{{tri1|18}}d2;d2;tF;&cbei;708;18;{{tri1|18}}d2 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];max 4-14;29;-227;486;261;183;328;tF;{{tri1|15}}c4;§afn;50;-95;712;722;250;297;1323;{{tri1|15}}c4;c4;tF;§afn;183;15;{{tri1|15}}c4 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];max 70;19;-108;872;189;25;2398;tf;{{tri1|7}}b2;°ase;50;-43;352;910;273;216;3558;{{tri1|7}}b2;b2;tf;°ase;25;8;{{tri1|7}}b2 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];régulier;33;-233;728;235;138;448;tF;{{tri1|21}}d3;&'''blo;40;-5.7;69;868;404;41 Sf;993;{{tri1|21}}d3;d3;tF;&'''blo;138;21;{{tri1|21}}d3 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];min 50;-16;150;660;313;78;406;Sm;{{tri1|3}}a2;$mja;50;-94;719;856;255;319;1047;{{tri1|3}}a2;a2;Sm;$mja;78;3;{{tri1|3}}a2 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];régulier;4.9;-71;350;483;348;705;tF;{{tri1|17}}d1;&mba;50;-50;359;823;239;287;1651;{{tri1|17}}d1;d1;tF;&mba;348;17;{{tri1|17}}d1 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];max 70;33;-213;708;215;68;828;tm;{{tri1|12}}c2;myr;50;-94;717;742;254;290;2081;{{tri1|12}}c2;c2;tm;myr;68;12;{{tri1|12}}c2 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];min 40;-67;515;607;256;179;559;SF;{{tri1|2}}a1;$pmg;60;-107;844;869;263;368;895;{{tri1|2}}a1;a1;SF;$pmg;179;2;{{tri1|2}}a1 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];max 50;53;-314;734;197;96;256;tF;{{tri1|13}}c3;§abra;60;-99;750;702;253;277;934;{{tri1|13}}c3;c3;tF;§abra;96;13;{{tri1|13}}c3 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];régulier;30;-200;690;222;71;416;tm;{{tri1|20}}d3;&'''scc;60;-86;660;830;256;331;961;{{tri1|20}}d3;d3;tm;&'''scc;71;20;{{tri1|20}}d3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;Poly3;31 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;31 à 400;Sc+;;;;;bgcolor="#66ffff"|;;°;99ff99;§; ;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;bgcolor="#ffff00"|;;&;00ccff;$; gen;teff;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;f3;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;;;;;; °[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];3786;12;-97;833;269;36;726;tf;{{tri1|6}}b1;°rru;tm;13;-61;957;156;41;1509;{{tri1|6}}b1;;a1;$pub;249;1; §[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];793;;;;;;;;{{tri1|14}}c3;§rtb;tF;70;-478;788;228;190;284;{{tri1|14}}c3;;a1;$pmg;179;2; $[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];1307;-49;437;918;297;256;149;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;SF;-48;403;945;280;365;200;{{tri1|1}}a1;;a2;$ant;70;4; °[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];4282;;;;;;;;{{tri1|8}}b2;°cvi;tF;5.3;22;915;-138;107;1621;{{tri1|8}}b2;;a2;$mja;78;3; °[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];4464;32;-228;874;238;67;958;tm;{{tri1|5}}b1;°ade;tF;2.5;38;957;-507;103;1490;{{tri1|5}}b1;;b1;°ade;39;5; $[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];3095;60;-400;785;222;112;432;tF;{{tri1|4}}a2;$ant;tF;4.8;28;888;-194;142;833;{{tri1|4}}a2;;b2;°cvi;30;7; [[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];4024;;;;;;;;{{tri1|11}}c2;eco;tm;7.6;-18;934;79;61;1389;{{tri1|11}}c2;;b2;°ase;25;8; §[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];4213;;;;;;;;{{tri1|16}}c5;§spl;tf;10.3;-50;915;162;30;1618;{{tri1|16}}c5;;b1;°rru;20;6; [[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];4216;48;-359;861;249;167;645;tF 51;{{tri1|9}}c1;bsu;tF;12;-27;954;75;104;1424;{{tri1|9}}c1;;c1;bsu;18;9; &[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];7223;;;;;;;;{{tri1|19}}d2;&pmq;Sm;-13;112;937;287;51;3257;{{tri1|19}}d2;;c1;cbn;27;10; [[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];2493;;;;;;;;{{tri1|10}}c1;cbn;tm;8.8;-32;932;121;41;1171;{{tri1|10}}c1;;c2;eco;43;11; &[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];5623;;;;;;;;{{tri1|18}}d2;&cbei;Sf;-13;15;935;38;8;2571;{{tri1|18}}d2;;c2;myr;68;12; §[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];2039;;;;;;;;{{tri1|15}}c4;§afn;tm;9.5;-42;904;147;45;791;{{tri1|15}}c4;;c3;§abra;96;13; °[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];8197;;;;;;;;{{tri1|7}}b2;°ase;SF;-18;182;976;337;149;2619;{{tri1|7}}b2;;c3;§rtb;191;14; &[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];1773;;;;;;;;{{tri1|21}}d3;&'''blo;tf;28;-174;897;207;36;786;{{tri1|21}}d3;;c4;§afn;183;15; $[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];1729;47;-300;711;213;88;309;tF;{{tri1|3}}a2;$mja;SF;-6.2;87;964;468;105;623;{{tri1|3}}a2;;c5;§spl;336;16; &[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];3943;;;;;;;;{{tri1|17}}d1;&mba;SF;-6.7;100;789;495;209;2156;{{tri1|17}}d1;;d1;&mba;348;17; [[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];3555;;;;;;;;{{tri1|12}}c2;myr;tF;7.8;-12;897;51;86;1265;{{tri1|12}}c2;;d2;&cbei;708;18; $[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];1800;23;-124;774;180;48;377;tm;{{tri1|2}}a1;$pmg;SF;-35;327;973;311;286;510;{{tri1|2}}a1;;d2;&pmq;813;19; §[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];1667;;;;;;;;{{tri1|13}}c3;§abra;tF;21;-104;912;165;85;548;{{tri1|13}}c3;;d3;&'''scc;71;20; &[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];1805;;;;;;;;{{tri1|20}}d3;&'''scc;SF;-17;162;949;318;162;622;{{tri1|20}}d3;;d3;&'''blo;138;21; </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Corrélations_400_et_faibles_fréquences|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences]] *Légende <pre> ;;12.2.22 Paris;Corrélations x+/c+;;;;;;;;;;Faibles fréquences;;;;;;;;;;;;; ;;;effectifs diagramme;;Corrélations;;;;;;;;1-30 ‰ ;;;teff;;0 ‰;;<0 ‰;;eff40;;corel40;classe; ;;gen;x+;c+;41-250;41-200;diff;1-250;mini;clx+;;gen;x+; c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+; c+;x+/c+;clx+; °rru;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];874;2056;611;193;418;792;min40;{{tri1|6}}b1;;°[[:image:Pro1-2.png|rru]];169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;{{tri1|6}}b1;°rru §rtb;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];118;402;148;-105;253;-165;min30;{{tri1|14}}c3;;§[[:image:Pr-bc1.png|rtb]];51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;{{tri1|14}}c3;§rtb $pub;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];218;537;883;857;26;852;min20;{{tri1|1}}a1;;$[[:image:Pro1-2.png|pub]];317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;{{tri1|1}}a1;$pub °cvi;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];1008;2320;891;858;33;549;min30;{{tri1|8}}b2;;°[[:image:Pro-2.png|cvi]];112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;{{tri1|8}}b2;°cvi °ade;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];1229;2242;758;624;134;897;min50;{{tri1|5}}b1;;°[[:image:Pro-2.png|ade]];221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;{{tri1|5}}b1;°ade $ant;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];601;1616;538;271;267;886;min40;{{tri1|4}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|ant]];281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;{{tri1|4}}a2;$ant eco;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];1003;2130;440;296;144;-64;min20;{{tri1|11}}c2;;[[:image:Pro-2.png|eco]];63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;{{tri1|11}}c2;eco §spl;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];1071;2215;784;735;49;-202;min10;{{tri1|16}}c5;;§[[:image:Pro1-2.png|spl]];37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;{{tri1|16}}c5;§spl bsu;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];1028;2444;282;8;274;257;min10;{{tri1|9}}c1;;[[:image:Bac-2.png|bsu]];140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;{{tri1|9}}c1;bsu &pmq;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];1614;4164;-651;-832;181;-825;min10;{{tri1|19}}d2;;&[[:image:Bac1-2.png|pmq]];32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;{{tri1|19}}d2;&pmq cbn;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];489;1701;508;548;-40;-112;min20;{{tri1|10}}c1;;[[:image:Bac1-2.png|cbn]];65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;{{tri1|10}}c1;cbn &cbei;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];946;3399;-377;-510;133;-646;min10;{{tri1|18}}d2;;&[[:image:Bac-2.png|cbei]];26;244;0.11;1219;4404;0;4;9;88;35;954;272;{{tri1|18}}d2;&cbei §afn;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];328;1323;101;-26;127;-407;min10;{{tri1|15}}c4;;§[[:image:Bac-2.png|afn]];46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;{{tri1|15}}c4;§afn °ase;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];2398;3558;940;922;18;725;min40;{{tri1|7}}b2;;°[[:image:Bac-2.png|ase]];135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;{{tri1|7}}b2;°ase &'''blo;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];448;993;537;406;131;255;min20;{{tri1|21}}d3;;&[[:image:Pr-bc1.png|blo]];89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;{{tri1|21}}d3;&'''blo $mja;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];406;1047;571;326;245;857;min30;{{tri1|3}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|mja]];239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;{{tri1|3}}a2;$mja &mba;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];705;1651;-221;-330;109;-477;min10;{{tri1|17}}d1;;&[[:image:Bac1-2.png|mba]];45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;{{tri1|17}}d1;&mba myr;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];828;2081;764;649;115;41;min20;{{tri1|12}}c2;;[[:image:Pro1-2.png|myr]];71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;{{tri1|12}}c2;myr $pmg;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];559;895;802;728;74;915;min40;{{tri1|2}}a1;;$[[:image:Bac-2.png|pmg]];326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;{{tri1|2}}a1;$pmg §abra;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];256;934;797;716;81;59;min10;{{tri1|13}}c3;;§[[:image:Pro1-2.png|abra]];94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;{{tri1|13}}c3;§abra &'''scc;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];416;961;530;440;90;49;min10;{{tri1|20}}d3;;&[[:image:Bac1-2.png|scc]];118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;{{tri1|20}}d3;&'''scc </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Taux_des_x+_dans_les_diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400]] *Légende <pre> 12.2.22;;;gen;x+;c+;%x+ 1;x+;c+;%x+ 31;x+;c+;%x+ t;t-1;31-1;clx+ 1;°rru;;°[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];874;2056;30;726;1509;32;972;2131;31;1.5;<u>2.7;{{tri1|6}}b1 2;§rtb;;§[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];118;402;'''23;112;284;'''28;189;505;27;'''4.5;5.6;{{tri1|14}}c3 3;$pub;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];218;538;29;149;200;43;239;595;29;-0.2;'''13.9;{{tri1|1}}a1 4;°cvi;;°[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];1008;2320;30;895;1621;36;1115;2410;32;1.3;5.3;{{tri1|8}}b2 5;°ade;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];1229;2242;35;958;1490;39;1320;2325;36;0.8;3.7;{{tri1|5}}b1 6;$ant;;$[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];601;1616;27;432;833;34;639;1694;27;0.3;7.0;{{tri1|4}}a2 7;eco;;[[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];1003;2130;32;940;1389;40;1076;2210;33;0.7;'''8.3;{{tri1|11}}c2 8;§spl;;§[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];1071;2215;33;1031;1618;39;1304;2482;34;1.8;6.3;{{tri1|16}}c5 9;bsu;;[[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];1028;2444;30;884;1629;35;1092;2513;30;0.7;5.6;{{tri1|9}}c1 10;&pmq;;&[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];1614;4164;28;1562;3257;32;1893;4535;29;1.5;4.5;{{tri1|19}}d2 11;cbn;;[[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];489;1701;'''22;457;1171;'''28;543;1776;23;1.1;5.7;{{tri1|10}}c1 12;&cbei;;&[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];946;3399;'''22;921;2571;'''26;1213;4011;23;1.4;4.6;{{tri1|18}}d2 13;§afn;;§[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];328;1323;'''20;313;791;'''28;349;1386;20;0.2;'''8.5;{{tri1|15}}c4 14;°ase;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];2398;3558;40;2072;2619;44;2726;3819;42;1.4;3.9;{{tri1|7}}b2 15;&'''blo;;&[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];448;993;31;408;786;34;502;1044;32;1.4;<u>3.1;{{tri1|21}}d3 16;$mja;;$[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];406;1047;28;309;623;33;447;1063;30;1.7;5.2;{{tri1|3}}a2 17;&mba;;&[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];705;1651;30;673;1297;34;1237;2378;34;'''4.3;4.2;{{tri1|17}}d1 18;myr;;[[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];828;2081;28;769;1265;38;981;2270;30;1.7;'''9.3;{{tri1|12}}c2 19;$pmg;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];559;895;38;377;510;43;604;942;39;0.6;4.1;{{tri1|2}}a1 20;§abra;;§[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];256;934;'''22;232;548;'''30;273;977;22;0.3;'''8.2;{{tri1|13}}c3 21;&'''scc;;&[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];416;961;30;367;622;37;462;993;32;1.5;6.9;{{tri1|20}}d3 </pre> =====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_continus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40]] *Légende *Tableau <pre> Sc+ 40;Diagrammes polynôme de d° 15;;;;;;;;;;;;Pourcentage des tranches de 7 fréquences;;;;;Effectif des tranches de 7 fréquences;;;;; gen;R2;min1;max1;min;max;pente;mx1;mx;pente0;diagr;type;gen;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;total '''rtb;$721;5;8;2;7;&'''1.7;4;13;&-10.7;$131;pr1;'''rtb;&'''39;&27;&18;10;'''6;48;33;22;13;8;124 '''pub;&981;6;8;13;13;$0;2;58;&-11.0;&367;pr2;'''pub;$63;$17;$8;'''6;'''6;223;61;27;21;20;352 '''rru;&882;7;11;11;34;&5.8;4;43;&-11.3;&630;pro1;'''rru;&32;&28;&13;15;11;191;167;78;86;66;588 '''cvi;&897;6;10;13;50;&9.3;1;58;&-9.0;&815;pro;'''cvi;&30;&30;&17;11;11;230;232;133;80;86;761 '''ade;&929;5;9;19;51;&8.0;2;63;&-14.7;&876;pro;'''ade;&30;&32;&15;12;11;247;267;122;95;93;824 '''ant;&923;7;9;14;88;&'''37.0;1;109;&-15.8;&836;pro;'''ant;&'''37;&39;&14;'''5;'''6;297;316;112;40;45;810 '''eco;&894;5;9;13;61;&12.0;2;54;&-13.7;&902;pro;'''eco;&27;&35;&17;12;'''8;232;295;146;103;71;847 '''spl;&881;6;10;13;33;&5.0;2;53;&-10.0;&683;pro1;'''spl;&30;&31;&15;13;11;193;202;94;86;73;648 '''bsu;°897;8;12;7;53;°11.5;1;41;°-4.9;°935;bac;'''bsu;°22;°25;°28;15;11;189;220;245;128;96;878 '''pmq;$758;9;14;10;45;°7.0;1;52;°-5.3;°1155;bac1;'''pmq;°25;°19;°22;18;17;255;192;224;181;177;1029 '''cbn;°891;8;12;9;32;°5.8;1;37;°-4.0;°620;bac1;'''cbn;°23;°24;°23;18;12;134;136;133;101;67;571 '''cbei;°873;7;12;8;51;°8.6;1;55;°-7.8;°954;bac;'''cbei;°22;°27;°25;15;11;194;242;220;138;101;895 '''afn;°829;7;12;5;46;°8.2;1;38;°-5.5;°580;bac;'''afn;°25;°30;°26;13;'''7;138;167;143;71;37;556 '''ase;°827;6;10;28;67;°9.8;1;60;°-6.4;°1165;bac-a;'''ase;$29;°28;$15;12;16;307;298;158;131;166;1060 '''blo;$636;7;10;4;11;°'''2.3;2;15;°'''-2.2;$241;bc1;'''blo;°28;°23;°22;17;10;62;52;50;37;23;224 '''mja;$670;6;9;4;32;&9.3;4;32;&-14.0;&474;pro-a;'''mja;$23;&31;$22;13;10;104;143;102;61;45;455 '''mba;$732;7;10;4;19;°5.0;2;31;-5.4;°428;bac1-a;'''mba;$32;°22;°20;13;12;124;87;79;50;48;388 '''myr;&922;7;12;23;46;&4.6;2;78;&-11.0;&899;pro1-a;'''myr;&'''42;$25;&16;11;'''7;355;213;133;93;61;855 '''pmg;$776;7;9;10;27;°8.5;2;27;°-3.4;°449;bac-b;'''pmg;$35;°25;$16;12;11;146;105;65;50;46;412 '''abra;&895;7;12;4;33;&5.8;1;58;&-9.0;&420;pro1;'''abra;&'''41;&30;&14;10;'''6;165;119;56;39;24;403 '''scc;°855;6;9;4;20;°5.3;1;31;°-5.4;°389;bac1-b;'''scc;$31;°30;$18;13;'''8;113;110;66;46;29;364 ;;;;;;;; ;ant;7;10;14;48;11.3;; ;ant;7;8;14;46;32;; ;;;;;;;; ;;moyenne;7.8;;;;; ;;écart;2.4;;;;; ;;m/e;3.2;;;;; </pre> *<span id="fc40">Données</span> <pre> fc40;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total 0;12;17;9;56;13;1;25;19;10;10;16;21;11;13;33;26;58;12;4;6;17;389 1;58;35;38;109;60;12;41;55;37;58;43;22;18;66;17;52;52;21;10;31;46;883 2;40;63;25;54;59;15;31;39;31;44;51;31;28;78;27;46;58;31;7;27;53;841 3;21;55;20;56;38;8;34;23;13;42;44;12;6;61;25;35;37;38;8;23;29;631 4;29;25;28;24;48;5;27;36;12;30;26;17;32;56;26;34;25;43;13;7;22;572 5;7;19;13;22;43;9;19;17;17;25;13;23;11;29;18;28;26;29;2;13;16;399 6;6;24;9;18;28;9;21;16;13;13;12;15;4;42;23;32;13;18;5;4;13;340 7;4;26;5;14;31;4;16;8;11;18;23;4;5;23;10;28;12;11;3;8;14;281 8;15;37;7;46;37;8;7;15;9;13;15;4;15;32;11;12;13;22;7;11;29;370 9;16;51;19;88;53;6;16;23;10;41;56;8;32;25;27;10;12;14;7;20;29;568 10;12;38;16;48;67;11;19;17;19;50;58;19;28;23;14;21;8;15;2;20;33;539 11;19;32;28;43;49;10;32;48;22;42;48;16;16;41;19;23;5;34;5;12;27;571 12;33;42;46;45;33;7;54;51;32;26;39;8;22;46;14;38;7;30;5;15;35;628 13;13;39;29;31;33;7;46;41;22;35;22;19;17;19;14;43;6;26;3;16;20;501 14;11;28;22;15;26;3;47;47;22;25;37;13;13;27;6;45;10;26;4;16;29;472 15;13;26;37;19;23;14;52;43;23;21;23;12;13;16;12;39;2;13;5;12;15;433 16;7;23;24;19;28;8;31;29;20;28;20;13;14;19;10;34;3;13;5;8;10;366 17;6;16;10;12;23;9;41;25;16;19;19;11;10;24;11;25;3;16;1;7;13;317 18;11;19;25;22;12;5;44;38;20;17;19;13;17;19;11;36;6;9;3;15;20;381 19;7;14;12;16;17;3;23;23;14;18;14;7;18;21;6;29;4;10;3;7;14;280 20;7;12;15;8;35;4;29;30;20;14;23;15;14;19;13;24;5;12;3;12;10;324 21;5;12;20;16;20;7;25;32;20;16;17;8;16;15;2;37;4;5;2;5;12;296 22;7;17;13;7;24;6;29;25;17;13;18;8;11;15;7;32;4;12;2;6;12;285 23;14;13;11;6;23;8;22;18;12;7;13;4;9;15;4;23;3;11;0;9;13;238 24;4;8;9;4;14;4;24;21;13;18;19;14;11;18;8;45;5;10;4;8;19;280 25;5;14;9;4;18;6;15;23;19;10;10;4;12;14;5;28;2;16;3;6;3;226 26;5;14;5;10;24;7;12;22;10;13;14;6;9;10;6;15;3;8;2;9;9;213 27;3;9;14;5;14;3;12;18;17;7;14;10;6;9;11;24;2;13;0;3;21;215 28;1;20;10;4;14;3;14;11;13;12;8;4;3;12;9;14;2;16;2;5;9;186 29;3;7;3;12;28;4;17;16;12;13;9;4;6;10;8;25;3;14;2;3;11;210 30;4;14;10;6;17;2;15;18;14;11;14;10;8;12;11;30;2;11;0;1;11;221 31;4;13;5;8;22;6;16;18;11;17;7;2;4;8;3;26;3;9;0;7;17;206 32;6;14;5;1;34;3;12;13;5;12;7;6;4;14;9;20;5;10;2;2;9;193 33;3;15;3;8;20;2;18;11;11;13;7;8;11;5;7;26;1;7;3;3;8;190 34;1;19;5;5;23;4;7;12;8;11;8;7;11;9;1;20;2;11;0;8;9;181 35;3;11;6;5;22;2;11;13;6;9;7;11;1;3;7;31;4;4;1;5;8;170 36;6;9;3;5;19;3;13;9;8;11;15;8;4;10;11;23;4;7;1;5;6;180 37;4;15;8;6;23;3;5;8;11;9;7;9;3;8;6;24;3;10;2;2;6;172 38;3;8;3;4;29;2;11;11;8;9;7;11;5;7;6;24;1;6;0;7;10;172 39;2;6;6;7;14;9;21;15;10;10;8;6;7;13;6;27;4;9;2;9;7;198 40;2;14;4;4;20;0;7;16;12;15;7;6;0;6;8;28;3;10;2;2;6;172 reste;547;1446;796;810;2688;803;1557;3042;1143;1599;1375;1932;586;1362;467;3361;175;1498;371;606;1786;27950 total;979;2339;1385;1702;3866;1045;2518;4015;1773;2424;2212;2381;1071;2274;949;4543;600;2140;506;1001;2486;42209 diagr;420;876;580;836;1165;241;936;954;620;815;821;428;474;899;449;1156;367;630;131;389;683;13870 </pre> =====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_discontinus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40]] *Légende <pre> 13.9.21 Paris;;publié;;;;;;;;;;;;; Sx+ 40;;;;; gen;poly3;mod3;tot;diagr;note ;;;;; '''rru;°253;5;12;175; '''rtb;;;;8; '''pub;;;;88; '''cvi;499;8;11;130; '''ade;443;8;11;304; '''ant;574;°'''1;9;186; '''eco;'''647;6;11;129;parabole '''spl;;;;69; '''bsu;'''789;5;9;302;croit '''pmq;;;;68; '''cbn;;;;56; '''cbei;;;;35; '''afn;;;;36; '''ase;°315;10;17;389;P15 611 '''blo;;;;54; '''mja;467;4;12;113; '''mba;;;;51; '''myr;;;;97; '''pmg;'''831;5;7;196;décroit '''abra;;;;41; '''scc;;;;60; ;;;;; ;Modulo 3;total;prévu;; ;5;7;;; ;16;22;;; ;10;17;;; ;5;9;;; ;6;11;;; ;5;12;;; ;47;78;26;; ;Jusqu’à 129;;;; ;51;90;30;; ;Jusqu’à 113;;;; </pre> =====Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Intercalaires_entre_tRNA_et_rRNA_en_continu_discontinu|Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu]] *Les tRNA-tRNA x+ <pre> ;tRNA-tRNA; ;x+;pbs aua;ggc-atgf;404 ;ttc-acc;161 ;gac-gta;270 ;ccg-caa;173 ase;gga-cca;130 mja;atgj-ctc;91 ;acc-caa;178 ksk;cca-gga;151 mba;gcc-atc;223 mfe;gcc-atc;227 fps;ttg-cta;290 vpb;cgt-cgt;56 "8 cgt avec 6 intercalaires 56-57 et 1 de 210" rtb;cgg-caa;60 ;gac-gcc;1051 rpl;cgg-caa;49 ;gac-gcc;830 agr;atgj-ggc;793 ;gac-gta;446 lbu;gaa-ctt;151 npu;atgj-atgj;-1 </pre> *'''Tableau''' <pre> tRNA rRNA continu discontinu;;;;;;;;les génomes à discontinu;;; type;total;c+;x+;c-;x-;x+%;;gen;x+;gen;x+ tRNA;1745;1714;19;1;0;1,1;;ase;1;; t-rRNA;814;810;4*;0;0;;;ksk;1;vpb;1 rRNA;1043;1043;0;0;0;;;mja;2;rtb;2 aa interne;127;127;0;0;0;;;mba;1;rpl;2 genomes;50;50;13;;;26;;mfe;1;agr;2 4*;cdc8;aaa-5s;23s’-16s;16s’-16s’;16s-5s;;;fps;1;aua;4 adresse;;4229303;4229975;4189696;4179150;;;npu;c-;lbu;1 ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;c- (-1pbs);; </pre> ===Les blocs à tRNA=== ===Les cds dans les blocs à tRNA=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds_dans_les blocs à tRNA|cds]] <pre> 27.9.20 Paris;;Les cds dans les blocs tRNA sans rRNA;;;d’après les annexes ;;;;; ;;;;; génome;sens;adresse;nom;cds aa;intercal [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma|gamma]];autres rien;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal]];comp ;2042057..2043241 ;tuf1 ;395;117 ;comp ;2043359..2043431;;acc gga tac aca; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_opérons|eco]];comp ;1287087..1287176 ;tpr ;30;67 ;comp ;1287244..1287328 ;;tac tac; ;;4175754..4175829;;acc aca tac gga;114 ;;4175944..4177128 ;tufb ;395; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_opérons|ecoN]];comp ;2192566..2192655;;tcg;93 ;;2192749..2193546 ;DgsA;266;100 ;;2193647..2193722;;aac; ;comp ;2236186..2236261;;aac;4 ;;2236266..2237909 ;YeeO;548;100 ;;2238010..2238085;;aac; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed]];comp ;3913378..3913454;;tgg;52 ;comp ;3913507..3914691 ;cds;395;171 ;comp ;3914863..3914937;;gga ; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha|alpha]];;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm]];comp ;659042..659116 ;;gtc ;155 ;comp ;659272..660159 ;hydrolase;296;106 ;comp ;660266..660340;;gtc ; ;comp ;2114823..2114899;;aga;55 ;comp ;2114955..2115251 ;ETC;96;71 ;comp ;2115323..2115399;;cca ; ; ;2632171..2632246 ;;gcc ;166 ;< ;2632413..2632965 ;transposase;184;-41* ;;2632925..2633473 ;hp;183;30 ;comp ;2633504..2633579 ;;aca ;93 ;comp ;2633673..2634200 ;transferase;176;271 ;comp ;2634472..2634561 ;;tcg; ;;2863981..2864056;aca;;15 ;;2864072..2864317 ;DUF2829;82;8 ;;2864326..2864401;aaa;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru]];;1934224..1934300;;cca ;63 ;;1934364..1934663 ;ETC;100;12 ;;1934676..1934752;;aga; ;comp ;3124836..3125033 ;translocase;66;151 ;comp ;3125185..3125260 ;;tgg ;343 ;comp ;3125604..3126794 ;ef tu;397;93 ;comp ;3126888..3126961 ;;gga ; ;comp ;3126989..3127074 ;;tac ;37 ;;3127112..3128158 ;RlmB;349;57 ;;3128216..3128291 ;;aca ;127 ;;3128419..3128652;hp;78; ;;3378495..3378569;;acc;237 ;;3378807..3379370 ;hp;188;234 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan]];comp ;2040234..2040453 ;hp;73;91 ;;2040545..2040629 ;;tac ; ;;2040654..2040727 ;;gga ;6 ;comp ;2040734..2040916 ;hp;61;-50* ;;2040867..2042042 ;ef Tu;392;65 ;;2042108..2042183 ;;tgg ;420 ;;2042604..2042804 ;translocase;67; ;comp ;2697238..2697314;;aga;123 ;comp ;2697438..2697743 ;ETC;102;156 ;comp ;2697900..2697976;;cca ; 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;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;; ;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;; ;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;; ;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;;;;;;;; ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;;;;;;;; ;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;;;;;;;; ;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;;;;;;;; ;tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;; ;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2;;;;;;;;; ;cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;;;;;;;; ;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6;;;;;;;;; ;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; ;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; 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;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga;;;;;;;;;; ;cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;; ;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;; ;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; ;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;; ;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; ;fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;11 ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 ;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 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aaa3;tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;;;;;;;; caa2;ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;;;;;;;; cag2;cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;;;;;;;; atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;;;;;;;; cgt4;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;;;;;;;; ggc3;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;;;;;;;; ;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;; séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;;;;;;;; (aaa gta)2 aaa3;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;;;;;;;; ;eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;29;;;;;;29;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;34;;;;;;;;;20;;;;;;;;;44;;;;;;;;; 3 gtc2;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;;;;;;;; gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;;;;;;;; 2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;;;;;;;; gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;;;;;;;; tac2;ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;;;;;;;; aaa3;atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;;;;;;;; atgf3;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;;;;;;;; ggc3;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;;;;;;;; atc :;tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;;;;;;;; 4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;;;;;;;; gaa :;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;;;;;;;; 7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;;;;;;;; acc :;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;;;;;;;; 2 5s >aa aa;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s >aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;;;;;;;; ;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;; gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;;;;;;;; séquences;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; (aaa gta)2 aaa3;ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;912;;;;;;;;;1047;;;;;;;;;493;;;;;;;;;751 ;atgi;30;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;7;tct;0;tat;0;atgf;36;;atgi;2;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;14;tct;0;tat;0;atgf;31 ;att;0;act;3;aat;0;agt;1;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0 ;ctt;4;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0 ;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0 ;ttc;21;tcc;37;tac;7;tgc;16;;ttc;35;tcc;6;tac;44;tgc;38;;ttc;9;tcc;2;tac;28;tgc;4;;ttc;28;tcc;10;tac;26;tgc;17 ;atc;4;acc;18;aac;28;agc;18;;atc;7;acc;22;aac;35;agc;34;;atc;2;acc;5;aac;22;agc;0;;atc;15;acc;9;aac;38;agc;15 ;ctc;30;ccc;28;cac;14;cgt;15;;ctc;15;ccc;1;cac;34;cgt;19;;ctc;2;ccc;0;cac;11;cgt;49;;ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30 ;gtc;19;gcc;16;gac;14;ggc;17;;gtc;11;gcc;14;gac;54;ggc;59;;gtc;28;gcc;25;gac;13;ggc;43;;gtc;5;gcc;1;gac;41;ggc;38 ;tta;18;tca;36;taa;0;tga;9;;tta;31;tca;12;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;4;taa;0;tga;0;;tta;24;tca;19;taa;0;tga;0 ;ata;1;aca;19;aaa;17;aga;29;;ata;1;aca;43;aaa;44;aga;21;;ata;0;aca;7;aaa;25;aga;2;;ata;0;aca;33;aaa;41;aga;15 ;cta;21;cca;20;caa;19;cga;3;;cta;32;cca;39;caa;37;cga;7;;cta;8;cca;4;caa;12;cga;0;;cta;20;cca;33;caa;29;cga;0 ;gta;13;gca;4;gaa;15;gga;15;;gta;54;gca;7;gaa;52;gga;45;;gta;26;gca;0;gaa;25;gga;6;;gta;51;gca;17;gaa;42;gga;25 ;ttg;34;tcg;26;tag;0;tgg;31;;ttg;8;tcg;5;tag;0;tgg;13;;ttg;2;tcg;0;tag;0;tgg;2;;ttg;7;tcg;2;tag;0;tgg;12 ;atgj;15;acg;28;aag;18;agg;31;;atgj;39;acg;5;aag;12;agg;1;;atgj;6;acg;0;aag;16;agg;0;;atgj;23;acg;2;aag;0;agg;0 ;ctg;20;ccg;15;cag;9;cgg;24;;ctg;16;ccg;4;cag;14;cgg;10;;ctg;28;ccg;8;cag;10;cgg;0;;ctg;9;ccg;1;cag;0;cgg;0 ;gtg;10;gcg;13;gag;9;ggg;20;;gtg;5;gcg;5;gag;5;ggg;6;;gtg;8;gcg;3;gag;12;ggg;0;;gtg;0;gcg;0;gag;1;ggg;1 ;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;total;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;751;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;(sans abra apl 729);;; </pre> ===Les totaux des types=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_totaux_des_types|Les totaux des types]] <pre> bacts;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total ;1047;912;13;751;11;304;493;135;3666 </pre> ===La référence +5s >3=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#La_référence_+5s_>3|La référence +5s >3]] <pre> La référence;;;;;;; +5s;sans 1-3aas;;729;;;; atgi;12;tct;;tat;;atgf;29 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;26;tcc;10;tac;26;tgc;17 atc;15;acc;9;aac;38;agc;15 ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30 gtc;5;gcc;1;gac;39;ggc;38 tta;22;tca;17;taa;;tga; ata;;aca;31;aaa;39;aga;15 cta;20;cca;33;caa;29;cga; gta;49;gca;15;gaa;42;gga;25 ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;12 atgj;21;acg;2;aag;;agg; ctg;9;ccg;1;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1 ;;;;;;; faible 21;19;0.9;;;;; moyen 16;236;14.8;;;;; fort 14;474;33.9;;;;; ;729;;;;;; g+cga 10;7;0.7;;;;; agg+cgg;0;;;;;; 4 ccc;12;3.0;;;;; autres 5;0;;;;;; ;19;;;;;; </pre> ===totaux par rapport au groupe de référence=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#totaux_par_rapport_au_groupe_de_référence|totaux par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;317;124;114;19;2;7;583; 16;moyen;345;327;80;246;43;253;1294; 14;fort;250;596;299;486;90;68;1789; ; ;912;1047;493;751;135;328;3666; 10;g+cga;151;68;57;7;;;283; 2;agg+cgg;55;11;;12;1;;79; 4;carre ccc;93;41;55;;1;7;197; 5;autres;18;4;2;;;;24; ;;317;124;114;19;2;7;583; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;86;34;31;5;1;2;159;26 16;moyen;94;89;22;67;12;69;353;324 14;fort;68;163;82;133;25;19;488;650 ; ;249;286;134;205;37;89;3666;729 10;g+cgg;41;19;16;2;;;77;10 2;agg+cga;15;3;;3;0.3;;22; 4;carre ccc;25;11;15;;0.3;2;54;16 5;autres;5;1.1;0.5;;;;7; ;;86;34;31;5;0.5;2;159; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;129;51;46;226;26;35;12;23 16;moyen;141;133;33;307;324;38;31;16 14;fort;102;243;122;467;650;27;57;61 ; ;372;427;201;2452;729;912;1047;493 10;g+cgg;62;28;23;113;10;48;55;50 2;agg+cga;22;4; ;27;;17;9; 4;carre ccc;38;17;22;77;16;29;33;48 5;autres;7;2;0.8;10;;6;3;2 ;;129;51;46;226;;317;124;114 </pre> ==Caractérisation des tRNAs== ===Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Caractérisation_d'un_tRNA_par_les_4_processus_+5s_1aa_>1aa_duplication|Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication]] <pre> gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;;; atgi;14;30;7;2;tct;;;;;tat;;;;;atgf;31;30;36;30;;; att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;; ctt;;4;3;2;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;; gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;; ttc;28;21;35;9;tcc;10;37;6;2;tac;26;7;44;28;tgc;17;16;38;4;;tener2;2*11 atc;15;4;7;2;acc;9;18;22;5;aac;38;28;35;22;agc;15;18;34;;;atgi j f;tca ctc;4;30;15;2;ccc;2;28;1;;cac;20;14;34;11;cgt;30;15;19;49;;ttc;aca gtc;5;19;11;28;gcc;1;16;14;25;gac;41;14;54;13;ggc;38;17;59;43;;tta;gca tta;24;18;31;2;tca;19;36;12;4;taa;;;;;tga;;9;;;;gta;gac ata;;1;1;0;aca;33;19;43;7;aaa;41;17;44;25;aga;15;29;21;2;;aaa;+5s cta;20;21;32;8;cca;33;20;39;4;caa;29;19;37;12;cga;;3;7;;;; gta;51;13;54;26;gca;17;4;7;;gaa;42;15;52;25;gga;25;15;45;6;;; ttg;7;34;8;2;tcg;2;26;5;;tag;;;;;tgg;12;31;13;2;;; atgj;23;15;39;6;acg;2;28;5;;aag;;18;12;16;agg;;31;1;;;; ctg;9;20;16;28;ccg;1;15;4;8;cag;;9;14;10;cgg;;24;10;;;; gtg;;10;5;8;gcg;;13;5;3;gag;1;9;5;12;ggg;1;20;6;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;200;240;264;125;;129;263;163;58;;238;150;331;174;;184;259;289;136;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;751;912;1047;493;;3203;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Pour 1000;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;;; atgi;19;33;7;4;tct;;;;;tat;;;;;atgf;41;33;34;61;;; att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;; ctt;;4;3;4;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;; gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;; ttc;37;23;33;18;tcc;13;41;6;4;tac;35;8;42;57;tgc;23;18;36;8;;; atc;20;4;7;4;acc;12;20;21;10;aac;51;31;33;45;agc;20;20;32;;;; ctc;5;33;14;4;ccc;3;31;1;;cac;27;15;32;22;cgt;40;16;18;99;;; gtc;7;21;11;57;gcc;1;18;13;51;gac;55;15;52;26;ggc;51;19;56;87;;; tta;32;20;30;4;tca;25;39;11;8;taa;;;;;tga;;10;;;;; ata;;1;1;;aca;44;21;41;14;aaa;55;19;42;51;aga;20;32;20;4;;; cta;27;23;31;16;cca;44;22;37;8;caa;39;21;35;24;cga;;3;7;;;; gta;68;14;52;53;gca;23;4;7;;gaa;56;16;50;51;gga;33;16;43;12;;; ttg;9;37;8;4;tcg;3;29;5;;tag;;;;;tgg;16;34;12;4;;; atgj;31;16;37;12;acg;3;31;5;;aag;;20;11;32;agg;;34;1;;;; ctg;12;22;15;57;ccg;1;16;4;16;cag;;10;13;20;cgg;;26;10;;;; gtg;;11;5;16;gcg;;14;5;6;gag;1;10;5;24;ggg;1;22;6;;;; </pre> ====Construction du tableau avec les sous-totaux==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|Construction du tableau avec les sous-totaux]] *Lien tableur au tableau de contrôle: [[#Les_totaux_des_g%C3%A9nomes_par_type|tableau]] *Notes: Pour le 1er tRNA d'une colonne je somme sur une colonne de type, des sous totaux ci-dessous, et je copie "formule" pour les autres tRNAs de la colonne. Je récupère l'argument de cette somme sur un txt. Pour les arguments des 2 autres types (colonne) je change le nom de la colonne dans txt et je copie l'argument dans SOMME(). *Les sous-totaux: D'abord j'ai sommé le total (totaux de la fin du tableau de contrôle). Je repère les lignes de chaque clade pour faire le sous-total du clade. Ce n'est pas la peine de cliquer sur chaque case. Il suffit de récupérer l'argument de la somme de tous les génomes d'une colonne et de découper cet argument d'après le relevé des lignes de chaque clade. <pre> bact2;;;;;;;121;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63;;bact2;;;;;;;0 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;9;gca;;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;1 -16s tac;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;;;tener2;;;;;;;22 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; 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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6 1-3aas aac;2 -16s tac;; cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4;;cyano2;;;;;;; atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;10;109;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38;;;;;;;;; atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;; atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc;;;;;;;;;; ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;;;;;;;;; gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2;;;;;;;;; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;; cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;; ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;;;;;;;; ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg;;;;;;;;;; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; ;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; clos8;;;;;;;628;;clos8;;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302 atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11 att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 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;;+16s;gca;atc;aaa;gta;gcc;gaa;total;;;alpha;gama;baci;clos;tener;; ;;gama;29;23;8;8;2;33;103;;atgf;23;;2;2;;; ;;clos;26;11;;;5;;42;;gac;;23;2;1;;; ;;afn;2;2;;;;;4;;aac;;;4;7;6;; ;;baci;16;15;;;;;31;;acc;;9;1;1;;; ;;alpha +bd;37;43;;;;;80;;tgg;;8;;1;;; ;;b t c;21;23;;;;;44;;tca;;4;;;;; ;;actino;0;0;0;0;0;0;0;;gaa;;1;;2;;; ;;total;131;117;8;8;7;33;304;;tcc;;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;23;45;10;14;6;; ;;;;;;;;;;;autres;;;;37;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;+16s;;;référence +5s;;;;304;;total 1-3aas;;;;;;;135 ;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27 ;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; ;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1 ;;atc;117;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;11;aac;17;agc; ;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt; ;;gtc;;gcc;7;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4 ;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1 ;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; ;;gta;8;gca;131;gaa;33;gga;;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1 ;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9 ;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 ;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;;inter;;max;;min;;total;;;;;;;;; ;;;248;;49;;7;;304;;alpha gama;;clostridia;;;baci clos tener;;baci ;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;-16s;-5s;;référence +5s;;;;24;;total 1-3aas;;;référence +5s;;;;135 -16s;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27 2 gga;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 2 tac;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; aac;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; agc;;ttc;;tcc;1;tac;2;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1 atc;;atc;1;acc;;aac;6;agc;1;;atc;;acc;11;aac;17;agc; cgt;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt; gca;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4 tca;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; tcc;;ata;;aca;3;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1 ;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; -5s;;gta;;gca;1;gaa;;gga;7;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1 3 aca;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9 5 gga;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; 5 aac;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 ;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;;inter;;max;;min;;total;;*;inter;;max;;min;;total ;;;5;;19;;0;;24;;;43;;90;;2;;135 </pre> ====Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_processus_+16s_et_1-3aas_des_fiches_mémoires|Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires]] <pre> +16s;;;référence +5s;;;;3957;;+16s;;;;;;;1000 atgi;;cds;121;16s;1039;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1235;acc;;aac;;agc;;;atc;442;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;11;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;11;aga;;;ata;;aca;;aaa;4;aga; cta;;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga; gta;13;gca;1249;gaa;272;gga;;;gta;5;gca;447;gaa;97;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total ;2484;;302;;11;;2797;;;888;;108;;4;;1000 ;;;;;;;;;;;;;;;; 1-3aas;;;;;;;736;;1-3aas;;;;;;;1000 atgi;15;tct;;tat;;atgf;172;;atgi;20;tct;;tat;;atgf;234 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;2;tac;12;tgc;7;;ttc;29;tcc;3;tac;16;tgc;10 atc;3;acc;82;aac;73;agc;1;;atc;4;acc;111;aac;99;agc;1 ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;4;;ctc;3;ccc;;cac;3;cgt;5 gtc;;gcc;;gac;172;ggc;12;;gtc;;gcc;;gac;234;ggc;16 tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;7;tca;7;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;17;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;23;aga;1 cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga; gta;5;gca;14;gaa;7;gga;12;;gta;7;gca;19;gaa;10;gga;16 ttg;;tcg;;tag;;tgg;78;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;106 atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;3 gtg;1;gcg;;gag;;ggg;2;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3 ;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total ;218;;510;;8;;736;;;296;;693;;11;;1000 </pre> ====Classement des tRNAs avec les 8 processus==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_tRNAs_avec_les_8_processus|Classement des tRNAs avec les 8 processus]] <pre> ;Classement des tRNAs;;;;À 1000 par processus;;;;;;;;; ;+5s;1aa;>1aa;dup;1-3aas;+16s;;;+5s;1aa;>1aa;dup;1-3aas;+16s atgf;41;33;34;61;234;1;;tca;25;39;11;8;7;- aac;51;31;33;45;99;-;;aga;20;32;20;4;1;- I;;;;;;;;atgi;19;33;7;4;20;- gaa;56;16;50;51;10;97;;tcc;13;41;6;4;3;- gac;55;15;52;26;234;-;;ttg;9;37;8;4;-;- gta;68;14;52;53;7;5;;ctc;5;33;14;4;3;- aaa;55;19;42;51;23;4;;I;;;;;; ggc;51;19;56;87;16;-;;ccc;3;31;1;0;-;- tac;35;8;42;57;7;-;;tcg;3;29;5;0;-;- II;;;;;;;;acg;3;31;5;0;1;- aca;44;21;41;14;1;-;;agg;0;34;1;0;-;- cca;44;22;37;8;1;2;;cgg;0;26;10;0;3;- caa;39;21;35;24;1;-;;ggg;1;22;6;0;3;- ttc;37;23;33;18;29;-;;II;;;;;; gga;33;16;43;12;16;-;;ctg;12;22;15;57;1;- tta;32;20;30;4;7;-;;gtc;7;21;11;57;-;- atgj;31;16;37;12;1;-;;gcc;1;18;13;51;-;4 cta;27;23;31;16;-;-;;aag;0;20;11;32;-;- cac;27;15;32;22;3;-;;gag;1;10;5;24;-;- III;;;;;;;;cag;0;10;13;20;-;- tgc;23;18;36;8;10;-;;ccg;1;16;4;16;-;- agc;20;20;32;0;1;-;;gtg;0;11;5;16;1;- IV;;;;;;;;gcg;0;14;5;6;-;- cgt;40;16;18;99;5;-;;III;;;;;; V;;;;;;;;cga;0;3;7;0;-;- gca;23;4;7;0;19;447;;ata;0;1;1;0;-;- atc;20;4;7;4;4;442;;tga;0;10;0;0;-;- ;;;;;;;;IV;;;;;; VI;;;;;;;;ctt;0;4;3;4;-;- acc;12;20;21;10;111;-;;act;0;3;0;0;-;- tgg;16;34;12;4;106;-;;agt;0;1;0;0;-;- </pre> ==Les intercalaires dans les genome.cumuls== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_dans_les_genome.cumuls|Les intercalaires dans les genome.cumuls]] *'''Récapitulatif des chapitres cumuls''' * - ne sont pris en compte que les moyennes en excluant quelques valeurs extrêmes (sans jaunes) * - Les 2 dernières colonnes cdsa et cdsa300 sont en aas. * - 19*, erreur dans la lecture de la colonne ( à corriger ant-cumuls et scc-cumuls) <pre> ;sans rRNA;avec rRNA;cds;cdsd;;cdsa;cdsa 300;notes gamme;200;200;500;500;;1100;330; ;;;;;;;; pub;44;9;50;16;;239;-; rtb;57;-;193;-;;269;176; rru;119;66;148;-;;237;140; cvi;26;86;-;-;;-;-; ade;39;22;-;-;;-;-; ant;25;*19;139;60;;239;-; rpl;56;-;191;-;;243;172; rpm;39;-;147;-;;252;170; oan;138;11;258;-;;256;-; abq;72;30;153;-;;249;166; abs;71;31;151;-;;242;166; agr;33;59;172;-;;185;137; aua;131;-;226;153;;235;158; ;;;;;;;; spl;58;-;-;-;;-;-; vpb;43;26;-;-;;-;-; eal;53;-;-;-;;-;-; eco;57;-;-;-;;-;-; ecoN;31;32;178;127;;260;172; vha;46;30;183;86;;240;-; amed;49;-;214;156;;274;-; ;;;;;;;; bsu;14;17;-;-;;-;-; lmo;11;20;-;-;;-;-; lam;14;12;-;-;;-;-; ppm;20;17;193;150;;292;229;cdsj ? pmq;16;14;207;126;;235;213;cdsd ? lbu;14;29;159;114;;275;-; ban;14;15;165;132;;191;-; ;;;;;;;; psor;9;10;173;95;;220;-; cdc;14;9;206;165;;286;-; cdc8;14;10;182;155;;208;-; cbc;15;15;-;-;;-;-; cbn;14;14;-;-;;-;-; cle;19;22;-;-;;-;-; hmo;8;8;196;137;;230;-; cbei;18;7;350;195;;328;-; afn;12;-;-;-;;-;-; ;;;;;;;; ase;19;-;147;-;;254;179; blo;34;-;-;-;;-;-; sma;34;-;-;-;;-;-; ksk;33;-;-;-;;-;-; ;;;;;;;; myr;33;-;144;-;;244;189; fps;30;-;135;-;;246;181; ;;;;;;;; pnu;11;-;176;-;;240;188; pmg;10;12;93;-;;248;170; ;;;;;;;; abra;23;22;131;-;;201;148; apal;25;17;122;-;;218;177; ;;;;;;;; scc;32;*;188;124;;299;-; ;;;;;;;; mja;29;18;152;-;;253;194; mba;51;-;210;-;;186;158; mfi;35;-;178;-;;213;171; mfe;55;-;223;-;;207;157; </pre> jxegvqg6ik5lenix15ivod5x2r3bkal 880703 880702 2022-07-24T10:59:59Z Mekkiwik 5298 /* scc données intercalaires */ wikitext text/x-wiki {{Annexe | idfaculté = biologie | numéro = 12 | niveau = | précédent = [[../archeo/]] | suivant = [[../Apmq/]] }} __TOC__ ==bacilli== ===Bacillus subtilis=== ====bsu==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#Bacillus subtilis|bsu]] <pre> Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168;;;; 43.6%GC;7.3.19 Paris;86;doubles;intercal ;;;; ;9810..11364;16s;@2;99 ;11464..11540;atc;;11 ;11552..11627;gca;;81 ;11709..14636;23s;;55 ;14692..14810;5s;; ;;;; ; 22292..22384;tca;; ;;;; ;30279..31832;16s;;99 ;31932..32008;atc;;11 ;32020..32095;gca;;81 ;32177..35103;23s;;133 ;35237..35355;5s;; ;;;; ;70181..70257;atg;;9 ;70267..70338;gaa;; ;;;; ;90536..92089;16s;@1;164 ;92254..95181;23s;;55 ;95237..95354;5s;;20 ;95375..95450;gta;;4 ;95455..95530;aca;;36 ;95567..95642;aaa;;6 ;95649..95731;cta;;40 ;95772..95846;ggc;;14 ;95861..95946;tta;;9 ;95956..96032;cgt;;27 ;96060..96136;cca;;9 ;96146..96221;gca;;170 ;96392..97945;16s;;164 ;98110..101037;23s;;55 ;101093..101211;5s;; ;;;; ;160893..162445;16s;;164 ;162610..165535;23s;;55 ;165591..165707;5s;;46 ;165754..165825;aac;;4 ;165830..165902;acc;;56 ;165959..166033;ggc;;30 ;166064..166140;cgt;;27 ;166168..166244;cca;;8 ;166253..166328;gca;;171 ;166500..168053;16s;;164 ;168218..171141;23s;;55 ;171197..171314;5s;;183 ;171498..173049;16s;;164 ;173214..176141;23s;;55 ;176197..176315;5s;; ;;;; ;194205..194279;gaa;;3 ;194283..194358;gta;;4 ;194363..194435;aca;;22 ;194458..194542;tac;;4 ;194547..194621;caa;; ;;;; ;528704..528778;aac;;4 ;528783..528873;agc;;29 ;528903..528974;gaa;;11 ;528986..529060;caa;;26 ;529087..529162;aaa;;11 ;529174..529255;cta;;80 ;529336..529422;ctc;; ;;;; ;635110..635186;cgt;;13 ;635200..635273;gga;;159 ;635433..636987;16s;;167 ;637155..640082;23s;;55 ;640138..640254;5s;;13 ;640268..640344;atgf;;60 ;640405..640481;gac;; ;;;; ;946696..948250;16s;;167 ;948418..951345;23s;;111 ;951457..951572;5s;;9 ;951582..951656;aac;;5 ;951662..951753;tcc;;34 ;951788..951859;gaa;;9 ;951869..951944;gta;;9 ;951954..952030;atgf;;11 ;952042..952118;gac;;12 ;952131..952206;ttc;;5 ;952212..952284;aca;;22 ;952307..952391;tac;;5 ;952397..952470;tgg;;24 ;952495..952570;cac;;9 ;952580..952651;caa;;49 ;952701..952775;ggc;;5 ;952781..952851;tgc;;7 ;952859..952947;tta;@3;265 ;953213..953294;ttg;; ;;;; ;967065..967138;gga;; ;;;; ;1262789..1262861;gtc;; ;;;; comp;2003276..2003348;agg;; ;;;; ;2563889..2563959;caa;; ;;;; comp;2899816..2899889;aga;; ;;;; comp;3171879..3171950;gaa;;25 comp;3171976..3172066;agc;;3 comp;3172070..3172144;aac;;10 comp;3172155..3172231;atc;;15 comp;3172247..3172320;gga;;10 comp;3172331..3172406;cac;;17 comp;3172424..3172499;ttc;;12 comp;3172512..3172588;gac;;11 comp;3172600..3172676;atgf;;17 comp;3172694..3172786;tca;;6 comp;3172793..3172869;atgi;;2 comp;3172872..3172948;atgj;;19 comp;3172968..3173040;gca;;5 comp;3173046..3173122;cca;;15 comp;3173138..3173214;cgt;;9 comp;3173224..3173309;tta;;14 comp;3173324..3173398;ggc;;5 comp;3173404..3173490;ctg;;10 comp;3173501..3173576;aaa;;37 comp;3173614..3173689;aca;;32 comp;3173722..3173797;gta;;20 comp;3173818..3173935;5s;;55 comp;3173991..3176918;23s;;167 comp;3177086..3178640;16s;; ;;;; comp;3194455..3194527;gcc;; ;;;; comp;3545889..3545964;cgg;; ;;;; comp;4154787..4154859;ttc;;35 comp;4154895..4154971;gac;;81 comp;4155053..4155124;gaa;;9 comp;4155134..4155209;aaa;; </pre> ====bsu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_blocs|bsu blocs]] <pre> bsu blocs;;;;;;;;; Types;;;;;;;;; I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2;II3 16s;167;167;164;164;;16s;164;164;164 23s;111;55;55;55;;23s;55;55;55 5s;9;20;46;20;;5s;;; ;5;32;4;4;;;;; ;aac;gta;aac;gta;;;;; ;**15aas;**20aas;**5aas;** 8aas;;;;; III;;;;;;IV;;; 16s;99;99;;;;cgt;13;; atc;11;11;;;;gga;159;; gca;81;81;;;;16s;167;; 23s;55;133;;;;23s;55;; 5s;;;;;;5s;13;; ;;;;;;atgf;60;; ;;;;;;gac;;; Groupes;;;;;;;;; ;16s;164;;;;16s;164;; I3;23s;55;;;I4;23s;55;; ;5s;46;;;;5s;20;; ;aac;4;;;;gta;4;; ;**4aas;8;;;;** 7aas;9;; ;gca;171;;;;gca;170;; II1;16s;164;;;II3;16s;164;; ;23s;55;;;;23s;55;; II2;5s;183;;;;5s;;; ;16s;164;;;;;;; ;23s;55;;;;;;; ;5s;;;;;;;; </pre> ====bsu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_données_intercalaires|bsu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;bsu;fx;fc;bsu;fx40;fc40;bsu;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;25;0;2;25;-1;0;72;134;111;tRNA 16s;;;tRNA tRNA;;contig ;0;10;28;231;1;3;41;-2;0;4;168;179;170;;gca;4;;gta ;0;20;46;398;2;2;31;-3;0;0;199;82;171;;gca;36;;aca ;0;30;70;185;3;3;34;-4;14;229;227;333;159;;gga;6;;aaa ;0;40;158;121;4;2;27;-5;0;0;122;78;16s tRNA;;;40;;cta ;0;50;81;84;5;3;19;-6;2;0;180;193;2* 99;;atc;14;;ggc 1;1;60;22;92;6;0;21;-7;1;11;52;90;tRNA 23s;;;9;;tta ;0;70;21;119;7;5;16;-8;1;75;130;172;2* 81;;gca;27;;cgt ;0;80;32;121;8;3;7;-9;1;0;232;840;5s tRNA;;;9;;cca ;0;90;22;112;9;3;16;-10;1;5;107;93;2* 20;;gta;**;;gca ;0;100;25;91;10;4;19;-11;1;43;383;86;46;;aac;4;;aac 1;1;110;24;106;11;0;32;-12;0;0;223;66;13;;atgf;56;;acc ;0;120;39;87;12;3;53;-13;0;6;;63;9;;aac;30;;ggc 2;2;130;41;86;13;5;46;-14;1;19;;106;tRNA tRNA;;intra;27;;cgt 1;1;140;27;66;14;12;47;-15;0;0;;284;2* 11;;atc gca;8;;cca ;0;150;42;68;15;4;52;-16;1;5;;269;tRNA tRNA;;;**;;gca ;0;160;34;66;16;3;31;-17;0;18;CDS 16s;;9;;atgj;13;;cgt 1;1;170;33;58;17;6;41;-18;0;0;350;349;**;;gaa;**;;gga 1;1;180;29;53;18;5;44;-19;1;4;243;;3;;gaa;60;;atgf ;0;190;25;34;19;5;23;-20;1;11;309;;4;;gta;**;;gac 1;1;200;19;34;20;3;29;-21;0;0;291;;22;;aca;5;;aac ;0;210;28;30;21;2;25;-22;0;2;5s 16s;;4;;tac;34;;tcc ;0;220;17;14;22;2;29;-23;0;8;183;;**;;caa;9;;gaa 2;2;230;24;20;23;3;22;-24;0;0;16s 23s;;4;;aac;9;;gta 1;1;240;16;27;24;7;24;-25;1;1;5* 164;;29;;agc;11;;atgf ;0;250;16;18;25;4;15;-26;0;8;3* 167;;11;;gaa;12;;gac ;0;260;13;13;26;13;12;-27;0;0;23s 5s;;26;;caa;5;;ttc ;0;270;19;16;27;12;12;-28;0;0;8* 55;;11;;aaa;22;;aca ;0;280;13;16;28;3;14;-29;0;6;133;;80;;cta;5;;tac ;0;290;13;6;29;10;17;-30;0;0;111;;**;;ctc;24;;tgg ;0;300;6;9;30;14;15;-31;0;1;5s CDS;;35;;ttc;9;;cac ;0;310;8;8;31;9;16;-32;0;2;175;36;81;;gac;49;;caa ;0;320;5;6;32;10;12;-33;0;0;237;;9;;gaa;5;;ggc ;0;330;1;8;33;16;18;-34;0;1;767;;**;;aaa;7;;tgc ;0;340;8;9;34;11;7;-35;0;3;;;;;;265;;tta ;0;350;5;6;35;16;11;-36;0;0;;;;;;**;;ttg ;0;360;4;4;36;19;13;-37;0;1;;;;;;25;;gaa ;0;370;4;2;37;13;5;-38;0;2;;;;;;3;;agc ;0;380;4;7;38;17;11;-39;0;0;;;;;;10;;aac 1;1;390;5;8;39;26;21;-40;1;1;;;;;;15;;atc ;0;400;1;2;40;21;7;-41;0;8;;;;;;10;;gga ;0;reste;60;49;reste;786;1555;-42;1;0;;;;;;17;;cac 12;12;total;1090;2515;total;1090;2515;-43;0;3;;;;;;12;;ttc 12;12;diagr;1028;2441;diagr;302;935;-44;0;2;;;;;;11;;gac 0;0; t30;144;814;;;;-45;0;0;;;;;;17;;atgf ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;6;;tca ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;;2;;atgi ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;19;;atgj ;x;1088;35;2;1125;;;-49;0;1;;;;;;5;;gca ;c;2490;573;25;3088;;;-50;0;2;;;;;;15;;cca ;;;;;4213;324;;reste;7;17;;;;;;9;;cgt ;;;;;;4537;;total;35;573;;;;;;14;;tta ;;;;;;;;;;;;;;;;5;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;10;;ctg ;;;;;;;;;;;;;;;;37;;aaa ;;;;;;;;;;;;;;;;32;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta </pre> =====bsu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires_aas|bsu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> ;autres intercalaires;;bsu;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;6994;350;; ;rRNA;9810;99;;16s ;tRNA;11464;11;;atc ;tRNA;11552;81;;gca ;rRNA;11709;55;;23s ;rRNA;14692;36;;5s fin;CDS;14847;;comp; deb;CDS;19968;52;; ;misc_RNA;20611;56;; deb;CDS;20880;134;; ;tRNA;22292;111;;tca fin;CDS;22496;;comp; deb;CDS;25852;41;; ;misc_RNA;26379;81;; fin;CDS;26814;;; deb;CDS;29772;243;; ;rRNA;30279;99;;16s ;tRNA;31932;11;;atc ;tRNA;32020;81;;gca ;rRNA;32177;133;;23s ;rRNA;35237;175;;5s fin;CDS;35531;;; deb;CDS;69626;168;; ;tRNA;70181;9;;atgj ;tRNA;70267;199;;gaa fin;CDS;70538;;; deb;CDS;88727;309;; ;rRNA;90536;164;;16s ;rRNA;92254;55;;23s ;rRNA;95237;20;;5s ;tRNA;95375;4;;gta ;tRNA;95455;36;;aca ;tRNA;95567;6;;aaa ;tRNA;95649;40;;cta ;tRNA;95772;14;;ggc ;tRNA;95861;9;;tta ;tRNA;95956;27;;cgt ;tRNA;96060;9;;cca ;tRNA;96146;170;;gca ;rRNA;96392;164;;16s ;rRNA;98110;55;;23s ;rRNA;101093;237;;5s fin;CDS;101449;;; deb;CDS;119111;45;; ;misc_RNA;119855;65;; fin;CDS;120061;;; deb;CDS;152937;56;; ;misc_RNA;153737;48;; fin;CDS;153842;;; deb;CDS;159779;349;comp; ;rRNA;160893;164;;16s ;rRNA;162610;55;;23s ;rRNA;165591;46;;5s ;tRNA;165754;4;;aac ;tRNA;165830;56;;acc ;tRNA;165959;30;;ggc ;tRNA;166064;27;;cgt ;tRNA;166168;8;;cca ;tRNA;166253;171;;gca ;rRNA;166500;164;;16s ;rRNA;168218;55;;23s ;rRNA;171197;183;;5s ;rRNA;171498;164;;16s ;rRNA;173214;55;;23s ;rRNA;176197;767;;5s fin;CDS;177083;;; deb;CDS;193570;179;comp; ;tRNA;194205;3;;gaa ;tRNA;194283;4;;gta ;tRNA;194363;22;;aca ;tRNA;194458;4;;tac ;tRNA;194547;227;;caa fin;CDS;194849;;; deb;CDS;198497;173;; ;misc_RNA;200017;89;; fin;CDS;200277;;; deb;CDS;275838;56;; ;misc_RNA;276815;97;; fin;CDS;277160;;; deb;CDS;473803;103;; ;misc_RNA;474329;133;; fin;CDS;474731;;; deb;CDS;483845;135;; ;misc_RNA;486092;196;; fin;CDS;486432;;; deb;CDS;528129;122;; ;tRNA;528704;4;;aac ;tRNA;528783;29;;agc ;tRNA;528903;11;;gaa ;tRNA;528986;26;;caa ;tRNA;529087;11;;aaa ;tRNA;529174;80;;cta ;tRNA;529336;82;;ctc fin;CDS;529505;;comp; deb;CDS;532292;30;; ;misc_RNA;532583;115;; fin;CDS;532758;;; deb;CDS;559264;67;; ;misc_RNA;559532;540;; fin;CDS;560151;;; deb;CDS;625125;54;; ;misc_RNA;626346;175;; fin;CDS;626622;;; deb;CDS;634651;333;comp; ;tRNA;635110;13;;cgt ;tRNA;635200;159;;gga ;rRNA;635433;167;;16s ;rRNA;637155;55;;23s ;rRNA;640138;13;;5s ;tRNA;640268;60;;atgf ;tRNA;640405;180;;gac fin;CDS;640662;;; deb;CDS;692740;143;; ;misc_RNA;694425;134;; fin;CDS;694662;;; deb;CDS;698092;79;; ;misc_RNA;698369;140;; fin;CDS;698612;;; deb;CDS;945520;291;; ;rRNA;946696;167;;16s ;rRNA;948418;111;;23s ;rRNA;951457;9;;5s ;tRNA;951582;5;;aac ;tRNA;951662;34;;tcc ;tRNA;951788;9;;gaa ;tRNA;951869;9;;gta ;tRNA;951954;11;;atgf ;tRNA;952042;12;;gac ;tRNA;952131;5;;ttc ;tRNA;952212;22;;aca ;tRNA;952307;5;;tac ;tRNA;952397;24;;tgg ;tRNA;952495;9;;cac ;tRNA;952580;49;;caa ;tRNA;952701;5;;ggc ;tRNA;952781;7;;tgc ;tRNA;952859;265;;tta ;tRNA;953213;78;;ttg fin;CDS;953373;;comp; deb;CDS;954893;69;; ;misc_RNA;955655;132;; fin;CDS;955895;;; deb;CDS;966671;193;comp; ;tRNA;967065;90;;gga fin;CDS;967229;;comp; deb;CDS;1178757;89;; ;misc_RNA;1180685;106;; fin;CDS;1180909;;; deb;CDS;1218113;58;; ;misc_RNA;1219164;470;; fin;CDS;1219849;;; deb;CDS;1233133;104;; ;misc_RNA;1233405;70;; fin;CDS;1233614;;; deb;CDS;1240356;61;; ;misc_RNA;1242262;78;; fin;CDS;1242449;;; deb;CDS;1257414;167;; ;misc_RNA;1258304;67;; fin;CDS;1258492;;; deb;CDS;1261426;172;comp; ;tRNA;1262789;840;;gtc fin;CDS;1263702;;comp; deb;CDS;1375777;32;; ;misc_RNA;1376328;77;; fin;CDS;1376517;;; deb;CDS;1377243;87;; ;misc_RNA;1378233;52;; fin;CDS;1378496;;; deb;CDS;1383320;127;; ;misc_RNA;1385736;132;; fin;CDS;1386024;;; deb;CDS;1391040;96;; ;misc_RNA;1391739;101;; fin;CDS;1391953;;; deb;CDS;1395371;113;; ;misc_RNA;1395622;237;; fin;CDS;1396013;;; deb;CDS;1409912;55;; ;misc_RNA;1410633;-113;; fin;CDS;1410654;;; deb;CDS;1423241;92;; ;misc_RNA;1424527;83;; fin;CDS;1424767;;; deb;CDS;1425641;38;; ;misc_RNA;1426876;84;; fin;CDS;1427061;;; deb;CDS;1438092;138;; ;misc_RNA;1439274;129;; fin;CDS;1439448;;; deb;CDS;1456092;46;; ;misc_RNA;1457005;30;; fin;CDS;1457187;;; deb;CDS;1482248;85;; ;misc_RNA;1483557;476;; fin;CDS;1484117;;; deb;CDS;1533327;368;; ;misc_RNA;1534070;-161;; fin;CDS;1534120;;; deb;CDS;1568924;2;; ;misc_RNA;1569199;199;; fin;CDS;1569519;;; ;misc_RNA;1607367;87;; deb;CDS;1612521;62;; ;misc_RNA;1613078;52;; fin;CDS;1613357;;; deb;CDS;1617210;39;; ;misc_RNA;1618161;26;; deb;CDS;1618304;3;; ;misc_RNA;1618853;52;; deb;CDS;1619023;0;; ;misc_RNA;1620331;30;; fin;CDS;1620476;;; deb;CDS;1629320;144;; ;misc_RNA;1630115;161;; fin;CDS;1630382;;; deb;CDS;1675171;78;; ;misc_RNA;1675981;19;; fin;CDS;1676042;;; deb;CDS;1727133;10;; ;misc_RNA;1731457;101;; fin;CDS;1731776;;; deb;CDS;1778337;183;; ;misc_RNA;1780404;63;; fin;CDS;1780618;;; deb;CDS;1914630;-4;; ;misc_RNA;1914992;-52;; fin;CDS;1915221;;; deb;CDS;1916955;198;; ;misc_RNA;1917501;58;; fin;CDS;1917639;;; deb;CDS;2002637;93;; ;tRNA;2003276;52;comp;agg fin;CDS;2003401;;comp; deb;CDS;2024042;83;; ;misc_RNA;2025160;148;; fin;CDS;2025400;;; deb;CDS;2069262;170;; ;misc_RNA;2069732;-233;; fin;CDS;2069883;;; deb;CDS;2076206;469;; ;misc_RNA;2079096;10;; fin;CDS;2079214;;; deb;CDS;2094010;123;; ;misc_RNA;2095909;238;; fin;CDS;2096350;;; deb;CDS;2159981;-1389;; ;misc_RNA;2160390;-630;; fin;CDS;2160565;;; deb;CDS;2162108;-2547;; ;misc_feature;2163068;420;; ;misc_RNA;2164643;682;; fin;CDS;2165577;;; deb;CDS;2208328;61;; ;ncRNA;2208590;-26;; fin;CDS;2208855;;; deb;CDS;2219514;-23;; ;misc_RNA;2219743;-66;; fin;CDS;2219784;;; deb;CDS;2273594;-6;; ;misc_RNA;2273705;104;; fin;CDS;2273989;;; deb;CDS;2319440;88;; ;misc_RNA;2320113;141;; fin;CDS;2320355;;; deb;CDS;2330075;87;; ;misc_RNA;2331320;58;; fin;CDS;2331779;;; deb;CDS;2410017;-9;; ;misc_RNA;2410581;197;; fin;CDS;2411086;;; deb;CDS;2430258;129;; ;misc_RNA;2431473;119;; fin;CDS;2431737;;; deb;CDS;2471787;133;; ;misc_RNA;2472880;25;; fin;CDS;2473151;;; deb;CDS;2548245;73;; ;misc_RNA;2549407;168;; fin;CDS;2549775;;; deb;CDS;2562966;86;comp; ;tRNA;2563889;66;;caa fin;CDS;2564026;;comp; deb;CDS;2607762;82;; ;misc_RNA;2608732;39;; fin;CDS;2608946;;; deb;CDS;2624785;39;; ;misc_RNA;2625952;69;; fin;CDS;2626112;;; deb;CDS;2646594;292;; ;misc_RNA;2647405;-208;; fin;CDS;2647456;;; deb;CDS;2678240;-77;; ;misc_RNA;2678343;233;; deb;CDS;2678799;-13;; ;misc_RNA;2678876;127;; fin;CDS;2679142;;; deb;CDS;2773356;136;; ;misc_RNA;2773783;6;; fin;CDS;2773890;;; ;misc_RNA;2800890;43;; deb;CDS;2813643;83;; ;misc_RNA;2814491;51;; fin;CDS;2814743;;; deb;CDS;2816535;89;; ;misc_RNA;2817899;59;; fin;CDS;2818191;;; deb;CDS;2855518;13;; ;misc_RNA;2855840;57;; fin;CDS;2855973;;; deb;CDS;2866664;59;; ;misc_RNA;2869366;165;; fin;CDS;2869754;;; deb;CDS;2895248;121;; ;misc_RNA;2897094;447;; fin;CDS;2897788;;; deb;CDS;2898931;63;; ;tRNA;2899816;130;comp;aga fin;CDS;2900020;;comp; deb;CDS;2909520;125;; ;misc_RNA;2910872;64;; fin;CDS;2911116;;; deb;CDS;2952828;61;; ;misc_RNA;2953411;244;; fin;CDS;2953795;;; deb;CDS;2959257;43;; ;misc_RNA;2961232;106;; fin;CDS;2961586;;; deb;CDS;3033696;153;; ;misc_RNA;3035589;8;; fin;CDS;3035730;;; deb;CDS;3036603;23;; ;misc_RNA;3037895;44;; fin;CDS;3038213;;; deb;CDS;3102629;109;; ;misc_RNA;3105153;102;; fin;CDS;3105470;;; deb;CDS;3127825;167;; ;misc_RNA;3129195;196;; fin;CDS;3129530;;; deb;CDS;3169763;232;comp; ;tRNA;3171879;25;comp;gaa ;tRNA;3171976;3;comp;agc ;tRNA;3172070;10;comp;aac ;tRNA;3172155;15;comp;atc ;tRNA;3172247;10;comp;gga ;tRNA;3172331;17;comp;cac ;tRNA;3172424;12;comp;ttc ;tRNA;3172512;11;comp;gac ;tRNA;3172600;17;comp;atgf ;tRNA;3172694;6;comp;tca ;tRNA;3172793;2;comp;atgi ;tRNA;3172872;19;comp;atgj ;tRNA;3172968;5;comp;gca ;tRNA;3173046;15;comp;cca ;tRNA;3173138;9;comp;cgt ;tRNA;3173224;14;comp;tta ;tRNA;3173324;5;comp;ggc ;tRNA;3173404;10;comp;ctg ;tRNA;3173501;37;comp;aaa ;tRNA;3173614;32;comp;aca ;tRNA;3173722;20;comp;gta ;rRNA;3173818;55;comp;5s ;rRNA;3173991;167;comp;23s ;rRNA;3177086;464;comp;16s ;misc_RNA;3179105;99;; fin;CDS;3179306;;; deb;CDS;3187503;124;; ;misc_RNA;3188173;72;; fin;CDS;3188414;;; deb;CDS;3193863;106;; ;tRNA;3194455;107;comp;gcc fin;CDS;3194635;;comp; deb;CDS;3334646;423;; ;ncRNA;3335414;205;; fin;CDS;3335751;;; deb;CDS;3359995;156;; ;misc_RNA;3360937;-211;; fin;CDS;3360974;;; deb;CDS;3363266;105;; ;misc_RNA;3364397;114;; fin;CDS;3364618;;; deb;CDS;3403493;108;; ;misc_RNA;3404546;158;; fin;CDS;3404835;;; deb;CDS;3419656;103;; ;misc_RNA;3421169;116;; fin;CDS;3421465;;; deb;CDS;3449732;185;; ;misc_RNA;3450712;176;; fin;CDS;3451248;;; deb;CDS;3489910;68;; ;misc_RNA;3491322;97;; fin;CDS;3491655;;; deb;CDS;3544642;284;; ;tRNA;3545889;269;comp;cgg fin;CDS;3546234;;; deb;CDS;3854256;53;; ;misc_RNA;3856226;31;; ;misc_RNA;3856479;81;; fin;CDS;3856782;;; deb;CDS;3946394;0;; ;misc_RNA;3946910;41;; fin;CDS;3947158;;; ;misc_RNA;3988840;388;; deb;CDS;3997221;65;; ;misc_RNA;3997775;82;; deb;CDS;3997964;68;; ;misc_RNA;3999166;77;; fin;CDS;3999350;;; deb;CDS;4004288;386;; ;misc_RNA;4005523;126;; fin;CDS;4005752;;; deb;CDS;4095915;89;; ;misc_RNA;4096997;6;; fin;CDS;4097416;;; deb;CDS;4153696;383;comp; ;tRNA;4154787;35;comp;ttc ;tRNA;4154895;81;comp;gac ;tRNA;4155053;9;comp;gaa ;tRNA;4155134;223;comp;aaa fin;CDS;4155433;;comp; deb;CDS;4169166;189;; ;misc_RNA;4169802;125;; fin;CDS;4170045;;; </pre> ====bsu intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_entre_cds|bsu intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> 23.2.22;;;;;;;;;; bsu;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;608;14.4;'''négatif ;-12;19;-1 à -164;'''4 215 606;-1;608 ;'''zéro;27;0.6;;;;;'''intercals;0;27 ;'''1 à 200;3030;71.9;'''0 à 200;72;56;;'''401 590;5;165 ;'''201 à 370;412;9.8;'''201 à 370;258;44;;'''9.5%;10;94 ;'''371 à 600;118;2.8;'''371 à 600;458;67;;;15;254 ;'''601 à max;18;0.4;'''601 à 1021;755;132;;;20;190 ;'''total 4213;<201;87.0;'''total 4207;92;113;-164 à 1021;;25;133 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;122 390880;7511;-1;608;-70;19;;0;27;35;126 3671416;1306;0;27;-60;2;;-1;°72;40;153 2160565;1021;1;°44;-50;5;;-2;4;45;100 2221061;952;2;33;-40;19;;-3;0;50;65 2226176;950;3;37;-30;10;'''min à -1;-4;°243;55;54 1886057;824;4;°29;-20;38;608;-5;0;60;60 2733772;809;5;22;-10;105;14.4%;-6;2;65;62 785543;783;6;21;0;437;;-7;12;70;78 3699446;783;7;21;10;259;;-8;°76;75;84 2060817;777;8;10;20;444;;-9;1;80;69 875428;731;9;19;30;255;;-10;6;85;83 1446317;682;10;23;40;279;'''1 à 100;-11;°44;90;51 2051329;669;11;32;50;165;2059;-12;0;95;59 2054599;627;12;°56;60;114;48.9%;-13;6;100;57 873402;625;13;°51;70;140;;-14;°20;105;57 1872812;623;14;°59;80;153;;-15;0;110;73 1278565;619;15;°56;90;134;;-16;6;115;65 1900080;602;16;34;100;116;;-17;°18;120;61 1944113;594;17;°47;110;130;;-18;0;125;66 2091705;594;18;°49;120;126;;-19;5;130;61 548710;588;19;28;130;127;;-20;°12;135;51 674832;584;20;°32;140;93;;-21;0;140;42 554669;582;21;27;150;110;;-22;2;145;62 2708943;582;22;31;160;100;;-23;°8;150;48 4172387;577;23;25;170;91;'''1 à 200;-24;0;155;54 376032;573;24;°31;180;82;3030;-25;2;160;46 661630;573;25;19;190;59;71.9%;-26;°8;165;53 820867;572;26;25;200;53;;-27;0;170;38 560151;567;27;°24;210;58;;-28;0;175;42 2225337;560;28;17;220;31;;-29;°6;180;40 1883166;559;29;27;230;44;;-30;0;185;32 1441291;558;30;°29;240;43;;-31;1;190;27 3977791;555;31;25;250;34;'''0 à 200;-32;°2;195;32 552616;552;32;22;260;26;3057;;583;200;21 1269733;550;33;°34;270;35;;reste;52;205;34 2465966;548;34;18;280;29;;total;635;210;24 2763025;546;35;27;290;19;;;;215;15 2701979;544;36;°32;300;15;;;;220;16 3534118;538;37;18;310;16;;'''intercal;'''<u>frequencef;225;17 4128119;533;38;28;320;11;;600;4195;230;27 599107;531;39;°47;330;9;;620;2;235;24 ;;40;28;340;17;'''201 à 370;640;3;240;19 ;;reste;2341;350;11;412;660;0;245;19 ;;total;4213;360;8;9.8%;680;1;250;15 ;;1-40;1237;370;6;;700;1;255;15 ;;;;380;11;;720;0;260;11 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;13;;740;1;265;20 387744;-7616;cont;'''141;400;3;;760;0;270;15 3717238;-500;cont;'''480;410;11;;780;1;275;17 2909520;-492;cont;492;420;7;;800;2;280;12 2601528;-361;comp’;'''297;430;9;;820;1;285;11 1252815;-164;cont;164;440;3;;840;1;290;8 2466721;-154;cont;154;450;7;;860;0;295;7 1916663;-143;cont;143;460;1;;880;0;300;8 3666841;-127;comp’;'''84;470;5;;900;0;305;8 2693597;-119;cont;119;480;5;;920;0;310;8 538322;-113;cont;113;490;8;;940;0;315;4 1322014;-101;cont;101;500;3;;960;2;320;7 238164;-95;cont;95;510;2;;980;0;325;5 1526859;-94;cont;94;520;4;;1000;0;330;4 2652993;-93;comp’;93;530;3;;1020;0;335;12 2758043;-92;cont;92;540;3;'''371 à 600;1040;1;340;5 3755967;-91;cont;91;550;4;118;;16;345;6 2154781;-86;cont;86;560;5;2.8%;;;350;5 2705398;-82;cont;82;570;1;;;;355;6 2154705;-71;cont;71;580;4;'''601 à max;;;360;2 989712;-69;comp’;69;590;4;18;;;365;4 2413585;-65;cont;65;600;2;0.4%;;;370;2 2381919;-59;cont;59;reste;18;;reste;2;reste;136 ;;;;total;4213;;total;4213;total;4213 </pre> ====bsu intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> bsu Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; bsu;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-6.4;69;-338;67;458;359;max40;&-41;352;-1040;112;790;286;min50 51 à 400;48;-359;711;-11;861;249;2 parties;&12;-27;-230;64;954;75;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;152;56;-;440;dte;18;max40;&211;68;;617;poly;173;SF 51 à 400;94;40;-;694;poly;167;tF;&145;50;-;850;poly;104;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.432;;;;;; 41-n;0.660;0.008;0.283;;;;;;;;;;; 1-n;0.471;0.152;0.258;;;;;;;;;20.2.22;; bsu;fx;fc;;bsu;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;bsu;Sx-;Sc- 0;2;25;;0;2;10;0;2;25;>0;1088;-1;0;72 10;28;231;;10;27;95;1;3;41;<0;35;-2;0;4 20;46;398;;20;45;163;2;2;31;zéro;2;-3;0;0 30;70;185;;30;68;76;3;3;34;total;1125;-4;14;229 40;158;121;;40;154;50;4;2;27;;c;-5;0;0 50;81;84;;50;79;34;5;3;19;>0;2490;-6;2;0 60;22;92;;60;21;38;6;0;21;<0;573;-7;1;11 70;21;119;;70;20;49;7;5;16;zéro;25;-8;1;75 80;32;121;;80;31;50;8;3;7;;3088;-9;1;0 90;22;112;;90;21;46;9;3;16;;;-10;1;5 100;25;91;;100;24;37;10;4;19;total;4213;-11;1;43 110;24;106;;110;23;43;11;0;32;;;-12;0;0 120;39;87;;120;38;36;12;3;53;;;-13;0;6 130;41;86;;130;40;35;13;5;46;;;-14;1;19 140;27;66;;140;26;27;14;12;47;;;-15;0;0 150;42;68;;150;41;28;15;4;52;;;-16;1;5 160;34;66;;160;33;27;16;3;31;;;-17;0;18 170;33;58;;170;32;24;17;6;41;;;-18;0;0 180;29;53;;180;28;22;18;5;44;;;-19;1;4 190;25;34;;190;24;14;19;5;23;;;-20;1;11 200;19;34;;200;18;14;20;3;29;;;-21;0;0 210;28;30;;210;27;12;21;2;25;;;-22;0;2 220;17;14;;220;17;6;22;2;29;;;-23;0;8 230;24;20;;230;23;8;23;3;22;;;-24;0;0 240;16;27;;240;16;11;24;7;24;;;-25;1;1 250;16;18;;250;16;7;25;4;15;;;-26;0;8 260;13;13;;260;13;5;26;13;12;;;-27;0;0 270;19;16;;270;18;7;27;12;12;;;-28;0;0 280;13;16;;280;13;7;28;3;14;;;-29;0;6 290;13;6;;290;13;2;29;10;17;;;-30;0;0 300;6;9;;300;6;4;30;14;15;;;-31;0;1 310;8;8;;310;8;3;31;9;16;;;-32;0;2 320;5;6;;320;5;2;32;10;12;;;-33;0;0 330;1;8;;330;1;3;33;16;18;;;-34;0;1 340;8;9;;340;8;4;34;11;7;;;-35;0;3 350;5;6;;350;5;2;35;16;11;;;-36;0;0 360;4;4;;360;4;2;36;19;13;;;-37;0;1 370;4;2;;370;4;1;37;13;5;;;-38;0;2 380;4;7;;380;4;3;38;17;11;;;-39;0;0 390;5;8;;390;5;3;39;26;21;;;-40;1;1 400;1;2;;400;1;1;40;21;7;;;-41;0;8 reste;60;49;;;;;reste;786;1555;;;-42;1;0 total;1090;2515;;t30;140;333;total;1090;2515;;;-43;0;3 diagr;1028;2441;;t50;373;417;diagr;302;935;;;-44;0;2 - t30;884;1627;;;;;;;;;;-45;0;0 - t50;645;1422;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;2 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;;reste;7;17 ;;;;;;;;;;;;total;35;573 </pre> ====bsu intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_négatifs_S-|bsu intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;10;;2;1;1;1;;1;;;1;;1;;;1;1;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;7;30 continu;72;4;0;233;0;0;11;75;0;6;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;578 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;14;0;2;1;1;1;1;1;0;0;1;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;7;35 ;Sc-;72;4;0;229;0;0;11;75;0;5;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;573 </pre> ====bsu autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires|bsu autres intercalaires]] <pre> 23.2.22;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; bsu;autres intercalaires;;adresses1;;;bsu;autres intercalaires;;adresses2;;;bsu;autres intercalaires;;adresses3;;;bsu;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;6994;350;;;deb;°CDS;634651;333;comp;;deb;°CDS;1629320;144;;;deb;°CDS;2909520;125; ;$rRNA;9810;99;;;;&tRNA;635110;13;;;;misc_R;1630115;161;;;;misc_R;2910872;64; ;&tRNA;11464;11;;;;&tRNA;635200;159;;;fin;°CDS;1630382;;;;fin;°CDS;2911116;; ;&tRNA;11552;81;;;;$rRNA;635433;167;;;deb;°CDS;1675171;78;;;deb;°CDS;2952828;61; ;$rRNA;11709;55;;;;$rRNA;637155;55;;;;misc_R;1675981;19;;;;misc_R;2953411;244; ;$rRNA;14692;36;;;;$rRNA;640138;13;;;fin;°CDS;1676042;;;;fin;°CDS;2953795;; fin;°CDS;14847;;comp;;;&tRNA;640268;60;;;deb;°CDS;1727133;10;;;deb;°CDS;2959257;43; deb;°CDS;19968;52;;;;&tRNA;640405;180;;;;misc_R;1731457;101;;;;misc_R;2961232;106; ;misc_R;20611;56;;;fin;°CDS;640662;;;;fin;°CDS;1731776;;;;fin;°CDS;2961586;; deb;°CDS;20880;134;;;deb;°CDS;692740;143;;;deb;°CDS;1778337;183;;;deb;°CDS;3033696;153; ;&tRNA;22292;111;;;;misc_R;694425;134;;;;misc_R;1780404;63;;;;misc_R;3035589;8; fin;°CDS;22496;;comp;;fin;°CDS;694662;;;;fin;°CDS;1780618;;;;fin;°CDS;3035730;; deb;°CDS;25852;41;;;deb;°CDS;698092;79;;;deb;°CDS;1914630;-4;;;deb;°CDS;3036603;23; ;misc_R;26379;81;;;;misc_R;698369;140;;;;misc_R;1914992;-52;;;;misc_R;3037895;44; fin;°CDS;26814;;;;fin;°CDS;698612;;;;fin;°CDS;1915221;;;;fin;°CDS;3038213;; deb;°CDS;29772;243;;;deb;°CDS;945520;291;;;deb;°CDS;1916955;198;;;deb;°CDS;3102629;109; ;$rRNA;30279;99;;;;$rRNA;946696;167;;;;misc_R;1917501;58;;;;misc_R;3105153;102; ;&tRNA;31932;11;;;;$rRNA;948418;111;;;fin;°CDS;1917639;;;;fin;°CDS;3105470;; ;&tRNA;32020;81;;;;$rRNA;951457;9;;;deb;°CDS;2002637;93;;;deb;°CDS;3127825;167; ;$rRNA;32177;133;;;;&tRNA;951582;5;;;;&tRNA;2003276;52;comp;;;misc_R;3129195;196; ;$rRNA;35237;175;;;;&tRNA;951662;34;;;fin;°CDS;2003401;;comp;;fin;°CDS;3129530;; fin;°CDS;35531;;;;;&tRNA;951788;9;;;deb;°CDS;2024042;83;;;deb;°CDS;3169763;232;comp deb;°CDS;69626;168;;;;&tRNA;951869;9;;;;misc_R;2025160;148;;;;&tRNA;3171879;25;comp ;&tRNA;70181;9;;;;&tRNA;951954;11;;;fin;°CDS;2025400;;;;;&tRNA;3171976;3;comp ;&tRNA;70267;199;;;;&tRNA;952042;12;;;deb;°CDS;2069262;170;;;;&tRNA;3172070;10;comp fin;°CDS;70538;;;;;&tRNA;952131;5;;;;misc_R;2069732;-233;;;;&tRNA;3172155;15;comp deb;°CDS;88727;309;;;;&tRNA;952212;22;;;fin;°CDS;2069883;;;;;&tRNA;3172247;10;comp ;$rRNA;90536;164;;;;&tRNA;952307;5;;;deb;°CDS;2076206;469;;;;&tRNA;3172331;17;comp ;$rRNA;92254;55;;;;&tRNA;952397;24;;;;misc_R;2079096;10;;;;&tRNA;3172424;12;comp ;$rRNA;95237;20;;;;&tRNA;952495;9;;;fin;°CDS;2079214;;;;;&tRNA;3172512;11;comp ;&tRNA;95375;4;;;;&tRNA;952580;49;;;deb;°CDS;2094010;123;;;;&tRNA;3172600;17;comp ;&tRNA;95455;36;;;;&tRNA;952701;5;;;;misc_R;2095909;238;;;;&tRNA;3172694;6;comp ;&tRNA;95567;6;;;;&tRNA;952781;7;;;fin;°CDS;2096350;;;;;&tRNA;3172793;2;comp ;&tRNA;95649;40;;;;&tRNA;952859;265;;;deb;°CDS;2159981;-1389;;;;&tRNA;3172872;19;comp ;&tRNA;95772;14;;;;&tRNA;953213;78;;;;misc_R;2160390;-630;;;;&tRNA;3172968;5;comp ;&tRNA;95861;9;;;fin;°CDS;953373;;comp;;fin;°CDS;2160565;;;;;&tRNA;3173046;15;comp ;&tRNA;95956;27;;;deb;°CDS;954893;69;;;deb;°CDS;2162108;-2547;;;;&tRNA;3173138;9;comp ;&tRNA;96060;9;;;;misc_R;955655;132;;;;misc_f;2163068;420;;;;&tRNA;3173224;14;comp ;&tRNA;96146;170;;;fin;°CDS;955895;;;;;misc_R;2164643;682;;;;&tRNA;3173324;5;comp ;$rRNA;96392;164;;;deb;°CDS;966671;193;comp;;fin;°CDS;2165577;;;;;&tRNA;3173404;10;comp ;$rRNA;98110;55;;;;&tRNA;967065;90;;;deb;°CDS;2208328;61;;;;&tRNA;3173501;37;comp ;$rRNA;101093;237;;;fin;°CDS;967229;;comp;;;ncRNA;2208590;-26;;;;&tRNA;3173614;32;comp fin;°CDS;101449;;;;deb;°CDS;1178757;89;;;fin;°CDS;2208855;;;;;&tRNA;3173722;20;comp deb;°CDS;119111;45;;;;misc_R;1180685;106;;;deb;°CDS;2219514;-23;;;;$rRNA;3173818;55;comp ;misc_R;119855;65;;;fin;°CDS;1180909;;;;;misc_R;2219743;-66;;;;$rRNA;3173991;167;comp fin;°CDS;120061;;;;deb;°CDS;1218113;58;;;fin;°CDS;2219784;;;;;$rRNA;3177086;464;comp deb;°CDS;152937;56;;;;misc_R;1219164;470;;;deb;°CDS;2273594;-6;;;;misc_R;3179105;99; ;misc_R;153737;48;;;fin;°CDS;1219849;;;;;misc_R;2273705;104;;;fin;°CDS;3179306;; fin;°CDS;153842;;;;deb;°CDS;1233133;104;;;fin;°CDS;2273989;;;;deb;°CDS;3187503;124; deb;°CDS;159779;349;comp;;;misc_R;1233405;70;;;deb;°CDS;2319440;88;;;;misc_R;3188173;72; ;$rRNA;160893;164;;;fin;°CDS;1233614;;;;;misc_R;2320113;141;;;fin;°CDS;3188414;; ;$rRNA;162610;55;;;deb;°CDS;1240356;61;;;fin;°CDS;2320355;;;;deb;°CDS;3193863;106; ;$rRNA;165591;46;;;;misc_R;1242262;78;;;deb;°CDS;2330075;87;;;;&tRNA;3194455;107;comp ;&tRNA;165754;4;;;fin;°CDS;1242449;;;;;misc_R;2331320;58;;;fin;°CDS;3194635;;comp ;&tRNA;165830;56;;;deb;°CDS;1257414;167;;;fin;°CDS;2331779;;;;deb;°CDS;3334646;423; ;&tRNA;165959;30;;;;misc_R;1258304;67;;;deb;°CDS;2410017;-9;;;;ncRNA;3335414;205; ;&tRNA;166064;27;;;fin;°CDS;1258492;;;;;misc_R;2410581;197;;;fin;°CDS;3335751;; ;&tRNA;166168;8;;;deb;°CDS;1261426;172;comp;;fin;°CDS;2411086;;;;deb;°CDS;3359995;156; ;&tRNA;166253;171;;;;&tRNA;1262789;840;;;deb;°CDS;2430258;129;;;;misc_R;3360937;-211; 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;&tRNA;194547;227;;;fin;°CDS;1391953;;;;;misc_R;2608732;39;;;fin;°CDS;3451248;; fin;°CDS;194849;;;;deb;°CDS;1395371;113;;;fin;°CDS;2608946;;;;deb;°CDS;3489910;68; deb;°CDS;198497;173;;;;misc_R;1395622;237;;;deb;°CDS;2624785;39;;;;misc_R;3491322;97; ;misc_R;200017;89;;;fin;°CDS;1396013;;;;;misc_R;2625952;69;;;fin;°CDS;3491655;; fin;°CDS;200277;;;;deb;°CDS;1409912;55;;;fin;°CDS;2626112;;;;deb;°CDS;3544642;284; deb;°CDS;275838;56;;;;misc_R;1410633;-113;;;deb;°CDS;2646594;292;;;;&tRNA;3545889;269;comp ;misc_R;276815;97;;;fin;°CDS;1410654;;;;;misc_R;2647405;-208;;;fin;°CDS;3546234;; fin;°CDS;277160;;;;deb;°CDS;1423241;92;;;fin;°CDS;2647456;;;;deb;°CDS;3854256;53; deb;°CDS;473803;103;;;;misc_R;1424527;83;;;deb;°CDS;2678240;-77;;;;misc_R;3856226;31; ;misc_R;474329;133;;;fin;°CDS;1424767;;;;;misc_R;2678343;233;;;;misc_R;3856479;81; fin;°CDS;474731;;;;deb;°CDS;1425641;38;;;deb;°CDS;2678799;-13;;;fin;°CDS;3856782;; deb;°CDS;483845;135;;;;misc_R;1426876;84;;;;misc_R;2678876;127;;;deb;°CDS;3946394;0; ;misc_R;486092;196;;;fin;°CDS;1427061;;;;fin;°CDS;2679142;;;;;misc_R;3946910;41; fin;°CDS;486432;;;;deb;°CDS;1438092;138;;;deb;°CDS;2773356;136;;;fin;°CDS;3947158;; deb;°CDS;528129;122;;;;misc_R;1439274;129;;;;misc_R;2773783;6;;;deb;°CDS;3987927;76;comp ;&tRNA;528704;4;;;fin;°CDS;1439448;;;;fin;°CDS;2773890;;;;;misc_R;3988840;388;comp ;&tRNA;528783;29;;;deb;°CDS;1456092;46;;;deb;°CDS;2798174;79;comp;;fin;°CDS;3989331;; ;&tRNA;528903;11;;;;misc_R;1457005;30;;;;misc_R;2800890;43;comp;;deb;°CDS;3997221;65; ;&tRNA;528986;26;;;fin;°CDS;1457187;;;;fin;°CDS;2801141;;comp;;;misc_R;3997775;82; ;&tRNA;529087;11;;;deb;°CDS;1482248;85;;;deb;°CDS;2813643;83;;;deb;°CDS;3997964;68; ;&tRNA;529174;80;;;;misc_R;1483557;476;;;;misc_R;2814491;51;;;;misc_R;3999166;77; ;&tRNA;529336;82;;;fin;°CDS;1484117;;;;fin;°CDS;2814743;;;;fin;°CDS;3999350;; fin;°CDS;529505;;comp;;deb;°CDS;1533327;368;;;deb;°CDS;2816535;89;;;deb;°CDS;4004288;386; deb;°CDS;532292;30;;;;misc_R;1534070;-161;;;;misc_R;2817899;59;;;;misc_R;4005523;126; ;misc_R;532583;115;;;fin;°CDS;1534120;;;;fin;°CDS;2818191;;;;fin;°CDS;4005752;; fin;°CDS;532758;;;;deb;°CDS;1568924;2;;;deb;°CDS;2855518;13;;;deb;°CDS;4095915;89; deb;°CDS;559264;67;;;;misc_R;1569199;199;;;;misc_R;2855840;57;;;;misc_R;4096997;6; ;misc_R;559532;540;;;fin;°CDS;1569519;;;;fin;°CDS;2855973;;;;fin;°CDS;4097416;; fin;°CDS;560151;;;;deb;°CDS;1606560;12;;;deb;°CDS;2866664;59;;;deb;°CDS;4153696;383;comp deb;°CDS;625125;54;;;;misc_R;1607367;87;;;;misc_R;2869366;165;;;;&tRNA;4154787;35;comp ;misc_R;626346;175;;;fin;°CDS;1607556;;;;fin;°CDS;2869754;;;;;&tRNA;4154895;81;comp fin;°CDS;626622;;;;deb;°CDS;1612521;62;;;deb;°CDS;2895248;121;;;;&tRNA;4155053;9;comp &emsp*;;;;;;;misc_R;1613078;52;;;;misc_R;2897094;447;;;;&tRNA;4155134;223;comp &emsp*;;;;;;fin;°CDS;1613357;;;;fin;°CDS;2897788;;;;fin;°CDS;4155433;;comp &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1617210;39;;;deb;°CDS;2898931;63;;;deb;°CDS;4169166;189; &emsp*;;;;;;;misc_R;1618161;26;;;;&tRNA;2899816;130;comp;;;misc_R;4169802;125; &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1618304;3;;;fin;°CDS;2900020;;comp;;fin;°CDS;4170045;; &emsp*;;;;;;;misc_R;1618853;52;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1619023;0;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;;misc_R;1620331;30;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;fin;°CDS;1620476;;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; </pre> ====bsu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_distribution|bsu distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; avant 16s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; cgt;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; gga;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1 ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;3;agc;1 après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;3 atgf;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4 gac;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;1;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga; ;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;2;cga;;;;;;;;;;;;cta;1;cca;3;caa;1;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;4;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;3;gaa;2;gga;1 ;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 ;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;bsu;;8;;;;;8;;bsu;18;;;;;;18;;;;;;;;;;;bsu;;;;52;2;;56 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;;; </pre> ====bsu lmo==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_lmo|bsu lmo]] <pre> bsu-lmo comparaison;;10.11.19 Tanger;;;comparaisons internes bsu, lmo;;;; bsu;intercal;lmo;intercal;diff;bsu;intercal;bsu;intercal;diff gaa;25;gaa;5;-20;16s;167;16s;167; agc;3;agc;34;31;23s;55;23s;111; aac;10;aac;6;-4;5s;20;5s;9; atc;15;atc;25;10;gta;32;aac;5; gga;10;gga;23;13;aca;37;tcc;34; cac;17;cac;28;11;aaa;10;gaa;9; ttc;12;ttc;4;-8;ctg;5;gta;9; gac;11;gac;4;-7;ggc;14;atgf;11;0 atgf;17;atgf;42;25;tta;9;gac;12;0 tca;6;tca;22;16;cgt;15;ttc;5; atgi;2;atgi;11;9;cca;5;aca;22; atgj;19;atgj;42;23;gca;19;tac;5; gca;5;gca;22;17;atgj;2;tgg;24; cca;15;cca;10;-5;atgi;6;cac;9; cgt;9;cgt;9;0;tca;17;caa;49; tta;14;tta;14;0;atgf;11;ggc;5; ggc;5;ggc;15;10;gac;12;tgc;7; ctg;10;cta;5;-5;ttc;17;tta;265; aaa;37;aaa;41;4;cac;10;ttg;; aca;32;aca;8;-24;gga;15;;; gta;20;gta;13;;atc;10;16s;164; 5s;55;5s;81;;aac;3;23s;55; 23s;167;23s;244;;agc;25;5s;20; 16s;;16s;;;gaa;;gta;4;-28 ;;;;;;;aca;36;-1 16s;167;16s;127;;;;aaa;6;-4 23s;111;atc;46;;;;cta;40;35 5s;9;gca;172;;;;ggc;14;0 aac;5;23s;80;;;;tta;9;0 tcc;34;5s;14;;;;cgt;27;12 gaa;9;aac;6;1;;;cca;9;4 gta;9;tcc;33;-1;;;gca;170; atgf;11;gaa;56;47;;;;; gac;12;gta;21;12;lmo;intercal;lmo;intercal;diff ttc;5;atgf;6;-5;16s;244;16s;127; aca;22;gac;4;-8;23s;81;atc;46; tac;5;ttc;20;;5s;13;gca;172; tgg;24;tac;7;2;gta;8;23s;80; cac;9;tgg;15;-9;aca;41;5s;14; caa;49;cac;29;20;aaa;5;aac;6; ggc;5;caa;5;-44;cta;15;tcc;33; tgc;7;ggc;19;14;ggc;14;gaa;56; tta;265;tgc;45;;tta;9;gta;21; ttg;;ttg;;;cgt;10;atgf;6;2 ;;;;;cca;22;gac;4;0 16s;164;16s;244;;gca;42;ttc;20; 23s;55;23s;80;;atgj;11;tac;7; 5s;20;5s;13;;atgi;22;tgg;15; gta;4;gta;8;4;tca;42;cac;29; aca;36;aca;41;5;atgf;4;caa;5; aaa;6;aaa;5;-1;gac;4;ggc;19; cta;40;cta;14;-26;ttc;28;tgc;45; ggc;14;ggc;21;7;cac;23;ttg;; tta;9;tta;12;3;gga;25;;; cgt;27;cgt;10;-17;atc;6;16s;244; cca;9;cca;19;10;aac;34;23s;80; gca;170;gca;341;;agc;5;5s;13; ;;;;;gaa;;gta;8;0 ;;;;;;;aca;41;0 ;;;;;;;aaa;5;0 ;;;;;;;cta;14;-1 ;;;;;;;ggc;21;7 ;;;;;;;tta;12;3 ;;;;;;;cgt;10;0 ;;;;;;;cca;19;-3 ;;;;;;;gca;341; ;;;;;;;;; bsu;intercal;lmo;intercal;diff;entre génomes;;;intra génome; gaa;3;gaa;157;;gamme;fréquence;;gamme;fréquence gta;4;acg;9;;-15;5;;-7;1 aca;22;tac;11;;-14;;;-6; tac;4;caa;6;;-13;;;-5; caa;;aaa;;;-12;;;-4;1 ;;;;;-11;;;-3;1 aga;;aga;;;-10;;;-2; ;;;;;-9;1;;-1;2 cgg;;cgg;;;-8;2;;0;9 ;;;;;-7;1;;1; gga;;gga;;;-6;;;2;1 ;;;;;-5;3;;3;1 gtc;;gtc;;;-4;1;;4;1 ;;;;;-3;;;5; agg;;cgt;;;-2;;;6; ;;;;;-1;2;;7;1 caa;;ctc;;;0;2;;;2 ;;;;;1;1;;total;20 gcc;;tcg;;;2;1;; -2+2;11 ;;;;;3;1;;; tca;;;;;4;2;;; ;;;;;5;1;;; atg;9;aac;3;;6;;;; gaa;;agc;;;7;1;;; ;;;;;8;;;; ;;gaa;27;;9;1;;; ;;gac;;;10;3;;; ;;;;;11;1;;; cgt;13;16s;127;;12;1;;; gga;159;atc;46;;13;1;;; 16s;167;gca;172;;14;1;;; 23s;55;23s;80;;15;;;; 5s;13;5s;14;;;7;;; atgf;60;aac;24;;total;39;;; gac;;acc;;; -2+2;6;;; </pre> ===Listeria monocytogenes=== ====lmo==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo opérons|lmo]] <pre> Listeria monocytogenes EGD-e;;;; 37.9%GC;7.3.19 Paris;67;doubles;intercal ;82705..82777;aag;; ;237466..239020;16s;@1;244 ;239265..242195;23s;;80 ;242276..242385;5s;;13 ;242399..242471;gta;;8 ;242480..242555;aca;;41 ;242597..242669;aaa;;5 ;242675..242756;cta;;14 ;242771..242842;ggc;;21 ;242864..242949;tta;;12 ;242962..243035;cgt;;10 ;243046..243119;cca;;19 ;243139..243214;gca;;341 ;243556..245041;16s;;244 ;245286..248216;23s;;80 ;248297..248406;5s;; ;;;; ;677464..677553;tcg;; ;;;; ;936656..936728;aac;;3 ;936732..936819;agc;; ;;;; ;940017..940088;gaa;;27 ;940116..940188;gac;; ;;;; ;970867..970937;gga;; ;;;; ;1266675..1266748;aga;; ;;;; comp;1740916..1740987;gaa;;5 comp;1740993..1741083;agc;;34 comp;1741118..1741190;aac;;6 comp;1741197..1741270;atc;;25 comp;1741296..1741366;gga;;23 comp;1741390..1741462;cac;;28 comp;1741491..1741563;ttc;;4 comp;1741568..1741643;gac;;4 comp;1741648..1741721;atgf;;42 comp;1741764..1741853;tca;;22 comp;1741876..1741949;atgi;;11 comp;1741961..1742034;atgj;;42 comp;1742077..1742149;gca;;22 comp;1742172..1742245;cca;;10 comp;1742256..1742329;cgt;;9 comp;1742339..1742424;tta;;14 comp;1742439..1742513;ggc;;15 comp;1742529..1742610;cta;;5 comp;1742616..1742688;aaa;;41 comp;1742730..1742805;aca;;8 comp;1742814..1742886;gta;;13 comp;1742900..1743009;5s;;81 comp;1743091..1746021;23s;;244 comp;1746266..1747811;16s;; ;;;; ;1776112..1776183;cgt;; ;;;; comp;1848821..1848930;5s;;81 comp;1849012..1851942;23s;;244 comp;1852187..1853732;16s;; ;;;; ;2162187..2162273;ctc;; ;;;; ;2215375..2215446;gaa;;157 ;2215604..2215677;acg;;9 ;2215687..2215770;tac;;11 ;2215782..2215856;caa;;6 ;2215863..2215935;aaa;; ;;;; comp;2436493..2436576;ttg;;45 comp;2436622..2436695;tgc;;19 comp;2436715..2436786;ggc;;5 comp;2436792..2436863;caa;;29 comp;2436893..2436965;cac;;15 comp;2436981..2437054;tgg;;7 comp;2437062..2437145;tac;;20 comp;2437166..2437238;ttc;;4 comp;2437243..2437318;gac;;6 comp;2437325..2437398;atgf;;21 comp;2437420..2437495;gta;;56 comp;2437552..2437623;gaa;;33 comp;2437657..2437745;tcc;;6 comp;2437752..2437827;aac;;14 comp;2437842..2437951;5s;;80 comp;2438032..2440962;23s;;172 comp;2441135..2441210;gca;;46 comp;2441257..2441330;atc;;127 comp;2441458..2443003;16s;@2; ;;;; comp;2540230..2540301;cgg;; ;;;; comp;2672664..2672736;acc;;24 comp;2672761..2672836;aac;;14 comp;2672851..2672960;5s;;80 comp;2673041..2675971;23s;;172 comp;2676144..2676219;gca;;46 comp;2676266..2676339;atc;;127 comp;2676467..2678012;16s;; ;;;; ;2930362..2930434;gtc;; </pre> ====lmo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_distribution|lmo distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; aac;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1 ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;0;aac;2;agc;1 ;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2 ;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;2;tca;1;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga; ;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;2;caa;1;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;2;gaa;2;gga;1 ;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 ;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;lmo;;8;;;;;8;;lmo;9;;;;;;9;;;;;;;;;;;lmo;;;;44;;;44 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;;; </pre> ====lmo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_données_intercalaires|lmo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;lmo;fx;fc;lmo;fx40;fc40;lmo;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;27;0;1;27;-1;;61;87;68;tRNA 16s;;;tRNA tRNA;;contig ;0;10;10;183;1;1;32;-2;;0;181;940;341;;gca;5;;gaa ;0;20;20;345;2;2;40;-3;;0;52;370;16s tRNA;;;34;;agc ;1;30;20;147;3;1;33;-4;3;173;382;73;2* 127;;atc;6;;aac ;0;40;80;64;4;0;11;-5;;0;197;132;tRNA 23s;;;25;;atc 2;0;50;79;45;5;2;19;-6;;0;127;49;2* 172;;gca;23;;gga 1;1;60;21;46;6;0;16;-7;;0;99;333;5s tRNA;;;28;;cac 1;1;70;12;69;7;0;5;-8;;57;110;118;2* 13;;gta;4;;ttc 1;0;80;13;69;8;3;5;-9;;0;366;56;2* 14;;aac;4;;gac ;1;90;10;69;9;1;13;-10;1;3;66;44;tRNA tRNA;;intra;42;;atgf ;1;100;9;54;10;0;9;-11;2;22;128;;8;;gta;22;;tca ;1;110;9;88;11;1;26;-12;;0;351;;41;;aca;11;;atgi 1;1;120;14;74;12;2;52;-13;;3;119;;5;;aaa;42;;atgj ;2;130;21;57;13;3;31;-14;;14;152;;14;;cta;22;;gca 1;0;140;14;52;14;0;36;-15;;0;21;;21;;ggc;10;;cca ;0;150;13;48;15;4;46;-16;1;2;CDS 16s;;12;;tta;9;;cgt ;1;160;26;42;16;0;42;-17;;13;445;;10;;cgt;14;;tta ;0;170;15;28;17;2;21;-18;1;0;451;;19;;cca;15;;ggc ;0;180;11;30;18;3;43;-19;;2;344;;**;;gca;5;;cta ;1;190;10;25;19;3;26;-20;;7;364;;2* 46;;gca;41;;aaa ;1;200;19;35;20;2;22;-21;;0;289;;**;;atc;8;;aca ;0;210;13;23;21;0;30;-22;;2;16s 23s;;24;;acc;**;;gta ;0;220;14;14;22;3;25;-23;;6;4* 244;;**;;aac;45;;ttg ;0;230;9;16;23;2;16;-24;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;;19;;tgc ;0;240;11;16;24;5;18;-25;;1;4* 80;;3;;aac;5;;ggc ;0;250;11;10;25;1;9;-26;;4;2* 81;;**;;agc;29;;caa ;0;260;9;16;26;2;10;-27;;0;5s CDS;;27;;gaa;15;;cac ;0;270;6;5;27;1;16;-28;;1;148;;**;;gac;7;;tgg ;0;280;3;17;28;0;8;-29;;4;130;;157;;gaa;20;;tac ;0;290;1;14;29;1;6;-30;;0;;;9;;acg;4;;ttc ;0;300;7;12;30;5;9;-31;1;0;;;11;;tac;6;;gac ;0;310;6;5;31;6;8;-32;;1;;;6;;caa;21;;atgf ;0;320;5;7;32;7;5;-33;;0;;;**;;aaa;56;;gta ;0;330;5;9;33;2;9;-34;;0;;;;;;33;;gaa 1;0;340;4;7;34;7;7;-35;;1;;;;;;6;;tcc ;0;350;2;5;35;6;10;-36;;0;;;;;;**;;aac ;1;360;2;5;36;8;9;-37;;1;;;;;;;; 1;1;370;3;9;37;7;3;-38;;1;;;;;;;; ;0;380;1;3;38;14;0;-39;;0;;;;;;;; ;1;390;8;6;39;10;6;-40;;1;;;;;;;; ;0;400;3;2;40;13;7;-41;;2;;;;;;;; 1;0;reste;37;51;reste;456;1082;-42;;0;;;;;;;; 10;15;total;587;1849;total;587;1848;-43;;0;;;;;;;; 9;15;diagr;549;1771;diagr;130;739;-44;;2;;;;;;;; 0;1; t30;50;675;;;;-45;;0;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;1;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;; ;x;586;10;1;597;;;-49;;1;;;;;;;; ;c;1822;393;27;2242;;;-50;;0;;;;;;;; ;;;;;2839;101;;reste;1;7;;;;;;;; ;;;;;;2940;;total;10;393;;;;;;;; </pre> =====lmo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Construction: remarque sur les nombreux regulatory <pre> autres intercalaires;;lmo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;81661;82617;87;*; ;;tRNA;82705;82777;181;*;aag fin;;CDS;82959;84437;;; deb;;CDS;235524;237020;445;*; ;;rRNA;237466;239020;244;*;1555 ;;rRNA;239265;242195;80;*;2931 ;;rRNA;242276;242385;13;*;110 ;;tRNA;242399;242471;8;*;gta ;;tRNA;242480;242555;41;*;aca ;;tRNA;242597;242669;5;*;aaa ;;tRNA;242675;242756;14;*;cta ;;tRNA;242771;242842;21;*;ggc ;;tRNA;242864;242949;12;*;tta ;;tRNA;242962;243035;10;*;cgt ;;tRNA;243046;243119;19;*;cca ;;tRNA;243139;243214;341;*;gca ;;rRNA;243556;245041;244;*;1486 ;;rRNA;245286;248216;80;*;2931 ;;rRNA;248297;248406;148;*;110 fin;;CDS;248555;249013;;; deb;;CDS;676802;677395;68;*; ;comp;tRNA;677464;677553;940;*;tcg fin;;CDS;678494;679123;;; deb;;CDS;936136;936603;52;*; ;;tRNA;936656;936728;3;*;aac ;;tRNA;936732;936819;382;*;agc fin;;CDS;937202;937594;;; deb;;CDS;939106;939819;197;*; ;;tRNA;940017;940088;27;*;gaa ;;tRNA;940116;940188;127;*;gac fin;;CDS;940316;940696;;; deb;comp;CDS;969549;970496;370;*; ;;tRNA;970867;970937;99;*;gga fin;;CDS;971037;972176;;; deb;;CDS;1266040;1266564;110;*; ;;tRNA;1266675;1266748;366;*;aga fin;;CDS;1267115;1268473;;0; deb;comp;CDS;1739674;1740849;66;*; ;comp;tRNA;1740916;1740987;5;*;gaa ;comp;tRNA;1740993;1741083;34;*;agc ;comp;tRNA;1741118;1741190;6;*;aac ;comp;tRNA;1741197;1741270;25;*;atc ;comp;tRNA;1741296;1741366;23;*;gga ;comp;tRNA;1741390;1741462;28;*;cac ;comp;tRNA;1741491;1741563;4;*;ttc ;comp;tRNA;1741568;1741643;4;*;gac ;comp;tRNA;1741648;1741721;42;*;atgf ;comp;tRNA;1741764;1741853;22;*;tca ;comp;tRNA;1741876;1741949;11;*;atgi ;comp;tRNA;1741961;1742034;42;*;atgj ;comp;tRNA;1742077;1742149;22;*;gca ;comp;tRNA;1742172;1742245;10;*;cca ;comp;tRNA;1742256;1742329;9;*;cgt ;comp;tRNA;1742339;1742424;14;*;tta ;comp;tRNA;1742439;1742513;15;*;ggc ;comp;tRNA;1742529;1742610;5;*;cta ;comp;tRNA;1742616;1742688;41;*;aaa ;comp;tRNA;1742730;1742805;8;*;aca ;comp;tRNA;1742814;1742886;13;*;gta ;comp;rRNA;1742900;1743009;81;*;110 ;comp;rRNA;1743091;1746021;244;*;2931 ;comp;rRNA;1746266;1747811;451;*;1546 fin;comp;CDS;1748263;1748709;;; deb;;CDS;1774991;1775983;128;*; ;;tRNA;1776112;1776183;73;*;cgt fin;comp;CDS;1776257;1776829;;; deb;comp;CDS;1848166;1848690;130;*; ;comp;rRNA;1848821;1848930;81;*;110 ;comp;rRNA;1849012;1851942;244;*;2931 ;comp;rRNA;1852187;1853732;344;*;1546 fin;comp;CDS;1854077;1854682;;0; deb;comp;CDS;2161161;2162054;132;*; ;;tRNA;2162187;2162273;49;*;ctc fin;comp;CDS;2162323;2164011;;; deb;comp;CDS;2213218;2215041;333;*; ;;tRNA;2215375;2215446;157;*;gaa ;;tRNA;2215604;2215677;9;*;acg ;;tRNA;2215687;2215770;11;*;tac ;;tRNA;2215782;2215856;6;*;caa ;;tRNA;2215863;2215935;118;*;aaa fin;comp;CDS;2216054;2216743;;0; deb;comp;CDS;2435023;2436141;351;*; ;comp;tRNA;2436493;2436576;45;*;ttg ;comp;tRNA;2436622;2436695;19;*;tgc ;comp;tRNA;2436715;2436786;5;*;ggc ;comp;tRNA;2436792;2436863;29;*;caa ;comp;tRNA;2436893;2436965;15;*;cac ;comp;tRNA;2436981;2437054;7;*;tgg ;comp;tRNA;2437062;2437145;20;*;tac ;comp;tRNA;2437166;2437238;4;*;ttc ;comp;tRNA;2437243;2437318;6;*;gac ;comp;tRNA;2437325;2437398;21;*;atgf ;comp;tRNA;2437420;2437495;56;*;gta ;comp;tRNA;2437552;2437623;33;*;gaa ;comp;tRNA;2437657;2437745;6;*;tcc ;comp;tRNA;2437752;2437827;14;*;aac ;comp;rRNA;2437842;2437951;80;*;110 ;comp;rRNA;2438032;2440962;172;*;2931 ;comp;tRNA;2441135;2441210;46;*;gca ;comp;tRNA;2441257;2441330;127;*;atc ;comp;rRNA;2441458;2443003;364;*;1546 fin;comp;CDS;2443368;2444126;;; deb;;CDS;2539838;2540173;56;*; ;comp;tRNA;2540230;2540301;119;*;cgg fin;comp;CDS;2540421;2541857;;0; deb;comp;CDS;2671624;2672511;152;*; ;comp;tRNA;2672664;2672736;24;*;acc ;comp;tRNA;2672761;2672836;14;*;aac ;comp;rRNA;2672851;2672960;80;*;110 ;comp;rRNA;2673041;2675971;172;*;2931 ;comp;tRNA;2676144;2676219;46;*;gca ;comp;tRNA;2676266;2676339;127;*;atc ;comp;rRNA;2676467;2678012;289;*;1546 fin;comp;CDS;2678302;2679330;;0; deb;;CDS;2929315;2930340;21;*; ;;tRNA;2930362;2930434;44;*;gtc fin;comp;CDS;2930479;2932473;;; </pre> ====lmo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_blocs|lmo blocs]] <pre> lmo blocs;;;;;;;; Types;;;;;;;; I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2 16s;;244;;244;;16s;244;244 23s;;81;;80;;23s;80;81 5s;;13;;13;;5s;; ;;8;;8;;;; ;;gta;;gta;;;; ;;**20aas;;**8aas;;;; III;;;;;;IV;; 16s;127;127;;;;;; atc;46;46;;;;;; gca;172;172;;;;;; 23s;80;80;;;;;; 5s;14;14;;;;;; ;6;24;;;;;; ;aac;aac;;;;;; ;**13aas;acc;;;;;; Groupes;;;;;;;; ;;;;;;16s;244; ;;;;;I4;23s;80; ;;;;;;5s;13; ;;;;;;gta;8; ;;;;;;**7aas;19; ;;;;;;gca;341; ;;;;;;16s;244; ;;;;;II1;23s;80; ;;;;;;5s;; </pre> ===lam=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_opérons|lam]] <pre> ;Lactobacillus amylovorus strain 30SC;;; 38%GC;30.6.19 Paris;63;doubles;intercal ;447399..448972;16s;@1;125 ;449098..449172;atc;;52 ;449225..449297;gca;;115 ;449413..452324;23s;;68 ;452393..452509;5s;;4 ;452514..452586;gta;;2 ;452589..452661;aaa;;13 ;452675..452756;cta;;23 ;452780..452852;aca;;10 ;452863..452934;ggc;;11 ;452946..453031;tta;;8 ;453040..453113;cgt;;5 ;453119..453192;cca;;29 ;453222..453295;atg;;12 ;453308..453381;atgi;;27 ;453409..453482;atgf;;3 ;453486..453559;gac;;6 ;453566..453638;ttc;;19 ;453658..453728;gga;;5 ;453734..453808;atc;;2 ;453811..453900;agc;; ;;;; ;57091..58664;16s;;125 ;58790..58864;atc;;52 ;58917..58989;gca;;115 ;59105..62016;23s;;68 ;62085..62201;5s;;13 ;62215..62287;aac;; ;;;; ;469566..471139;16s;@2;9 ;471149..471334;cds1; hp 186;-3 ;471332..474243;23s;;68 ;474312..474428;5s;;13 ;474442..474514;aac;; ;;;; comp;1709284..1709374;tcc;;10 comp;1709385..1709457;aac;;13 comp;1709471..1709587;5s;;68 comp;1709656..1712567;23s;;-3 comp;1712565..1712750;cds2;hp 186;9 comp;1712760..1714333;16s;; ;;;; comp;79386..79458;aag;; ;;;; comp;79913..79985;aag;; ;;;; ;193922..193994;acc;; ;;;; comp;210866..210939;ggg;; ;;;; ;287678..287752;ggc;+;111 ;287864..287938;ggc;3 ggc;109 ;288048..288122;ggc;;35 ;288158..288231;ccg;; ;;;; ;457611..457682;gaa;;35 ;457718..457804;tca;;9 ;457814..457887;atgf;;3 ;457891..457964;gac;;6 ;457971..458046;ttc;;4 ;458051..458132;tac;;4 ;458137..458207;tgg;;12 ;458220..458295;cac;;4 ;458300..458371;caa;;23 ;458395..458465;tgc;;40 ;458506..458590;ttg;; ;;;; ;474442..474514;aac;; ;;;; ;507688..507760;acg;; ;;;; ;526886..526957;caa;; ;;;; ;551550..551631;tac;;34 ;551666..551737;caa;; ;;;; ;567329..567416;ctt;; ;;;; ;583327..583413;tca;;6 ;583420..583493;gac;;7 ;583501..583576;cac;;4 ;583581..583653;gta;; ;;;; ;642034..642106;agg;; ;;;; comp;729370..729441;cgg;; ;;;; ;784793..784864;gag;; ;;;; ;917887..917975;tcg;; ;;;; ;1456724..1456800;aga;; ;;;; ;1681218..1681301;ctg;; ;;;; comp;1707998..1708070;gta;;5 comp;1708076..1708147;gaa;; ;;;; ;1987190..1987263;cgt;;8 ;1987272..1987345;cca;; </pre> ===lam blocs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_blocs|lam blocs]] <pre> lam blocs;;;;; 16s;125;1574;16s;9;1574 atc;52;;cds1;-3;62 gca;115;;23s;68;2912 23s;68;2912;5s;13;117 5s;4;117;aac;; gta;;;;; ;;;;; 16s;125;1574;16s;9;1574 atc;52;;cds2;-3;62 gca;115;;23s;68;2912 23s;68;2912;5s;13;117 5s;13;117;aac;; aac;;;;; </pre> ====lam distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_distribution|lam distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; après 5s;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; 3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; tcc;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc; ;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;;aac;;agc;1 >1aa;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1 ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga; ;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1 ;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; ;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;lam;;14;;;;;14;;lam;22;;;;;;22;;lam;3;;;;;;3;;lam;;;;16;;;16 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;; </pre> ====lam données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_données_intercalaires|lam données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;lam;fx;fc;lam;fx40;fc40;lam;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;16;0;2;16;-1;;96;222;163;16s tRNA;; ;0;10;8;202;1;1;30;-2;;0;169;85;2* 133;;atc ;0;20;3;162;2;1;38;-3;;0;114;135;tRNA 23s;; ;0;30;12;70;3;2;28;-4;8;49;118;59;2* 118;;gca 1;1;40;27;36;4;0;13;-5;;0;139;212;5s tRNA;; ;0;50;36;39;5;0;11;-6;;0;71;59;3* 13;;aac 3;3;60;39;55;6;0;13;-7;;1;41;39;4;;gta ;0;70;29;66;7;2;7;-8;;38;76;117;tRNA tRNA;;intra ;0;80;17;56;8;2;16;-9;;0;168;239;2* 52;;atc gca 3;3;90;12;43;9;0;23;-10;1;2;222;88;tRNA tRNA;;contig 1;1;100;29;57;10;0;23;-11;1;20;121;129;2;;gta ;0;110;13;57;11;0;23;-12;;0;337;150;13;;aaa 1;1;120;16;43;12;2;17;-13;;1;57;99;23;;cta 1;1;130;15;34;13;0;16;-14;;12;181;82;10;;aca 1;1;140;14;29;14;0;16;-15;;0;278;58;11;;ggc 1;1;150;19;22;15;0;21;-16;;0;65;;8;;tta ;0;160;18;18;16;0;19;-17;1;9;202;;5;;cgt 1;1;170;16;17;17;1;13;-18;;0;81;;29;;cca ;0;180;13;19;18;0;14;-19;;1;86;;12;;atgj ;0;190;12;24;19;0;11;-20;;9;101;;27;;atgi ;0;200;14;13;20;0;12;-21;;0;71;;3;;atgf ;0;210;10;13;21;0;11;-22;;1;57;;6;;gac 1;1;220;8;9;22;0;8;-23;1;3;33;;19;;ttc ;0;230;7;15;23;3;4;-24;;0;134;;5;;gga 1;1;240;6;15;24;2;10;-25;;3;161;;2;;atc ;0;250;4;9;25;2;7;-26;1;4;141;;**;;agc ;0;260;9;8;26;2;11;-27;;0;107;;10;;tcc ;0;270;5;11;27;0;5;-28;;0;213;;**;;aac ;0;280;5;2;28;0;9;-29;1;3;CDS 16s;;tRNA tRNA;; ;0;290;5;7;29;0;4;-30;;0;562;513;111;;ggc ;0;300;4;7;30;3;1;-31;;1;744;649;112;;ggc ;0;310;7;4;31;4;5;-32;;4;16s 23s;;35;;ggc ;0;320;4;5;32;6;0;-33;;0;2* 203;;**;;ccg ;0;330;2;11;33;5;7;-34;;0;23s 5s;;35;;gaa ;0;340;3;2;34;1;4;-35;;1;4* 69;;9;;tca ;0;350;2;4;35;3;4;-36;;0;;;3;;atgf ;0;360;4;7;36;1;3;-37;;2;;;6;;gac ;0;370;2;4;37;2;6;-38;;1;;;7;;ttc ;0;380;1;7;38;1;2;-39;;0;;;4;;tac ;0;390;4;3;39;0;2;-40;;0;;;12;;tgg ;0;400;0;2;40;4;3;-41;;0;;;7;;cac ;0;reste;27;25;reste;431;762;-42;;0;;;23;;caa 15;15;total;483;1248;total;483;1248;-43;;0;;;40;;tgc 15;15;diagr;454;1207;diagr;50;470;-44;;1;;;**;;ttg 0;0; t30;23;434;;;;-45;;0;;;6;;tca ;;;;;;;;-46;;1;;;7;;gac ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;6;;;4;;cac ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;**;;gta ;x;481;15;2;498;;;-49;;0;;;5;;gta ;c;1232;272;16;1520;;;-50;1;3;;;**;;gaa ;;;;;2018;152;;reste;;0;;;8;;cgt ;;;;;;2170;;total;15;272;;;**;;cca </pre> =====lam autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_autres_intercalaires_aas|lam autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;lam;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;19323;20024;163;*; ;;tRNA;20188;20261;222;*;act fin;;CDS;20484;21764;;; deb;;CDS;56117;56530;562;*; ;;rRNA;57093;58656;133;*;1564 ;;tRNA;58790;58864;52;*;atc ;;tRNA;58917;58989;118;*;gca ;;rRNA;59108;62015;69;*;2908 ;;rRNA;62085;62201;13;*;117 ;;tRNA;62215;62287;85;*;aac fin;comp;CDS;62373;63296;;0; deb;comp;CDS;78479;79216;169;*; ;comp;tRNA;79386;79458;114;*;aag deb;comp;CDS;79573;79794;118;*; ;comp;tRNA;79913;79985;135;*;aag fin;;CDS;80121;80837;;; deb;comp;CDS;108050;109663;110;*; ;comp;regulatory;109774;109947;47;*; fin;comp;CDS;109995;110627;;0; deb;;CDS;193447;193782;139;*; ;;tRNA;193922;193994;71;*;acc fin;;CDS;194066;195379;;; deb;;CDS;210147;210809;59;*; ;comp;tRNA;210869;210939;41;*;ggg fin;comp;CDS;210981;211580;;0; deb;;CDS;213163;213804;53;*; ;;regulatory;213858;214021;76;*; fin;;CDS;214098;216761;;; deb;comp;CDS;243078;243656;73;*; ;comp;regulatory;243730;243827;60;*; fin;comp;CDS;243888;244490;;1; deb;comp;CDS;287010;287465;212;*; ;;tRNA;287678;287752;111;*;ggc ;;tRNA;287864;287935;112;*;ggc ;;tRNA;288048;288122;35;*;ggc ;;tRNA;288158;288231;76;*;ccg fin;;CDS;288308;288763;;; deb;comp;CDS;363306;363677;90;*; ;;misc_f;363768;363889;43;*; fin;;CDS;363933;364445;;; deb;;CDS;366810;367316;45;*; ;;ncRNA;367362;367456;54;*; fin;;CDS;367511;369319;;; deb;comp;CDS;445892;446887;513;*; ;;rRNA;447401;448964;133;*;1564 ;;tRNA;449098;449172;52;*;atc ;;tRNA;449225;449297;118;*;gca ;;rRNA;449416;452323;69;*;2908 ;;rRNA;452393;452509;4;*;117 ;;tRNA;452514;452586;2;*;gta ;;tRNA;452589;452661;13;*;aaa ;;tRNA;452675;452756;23;*;cta ;;tRNA;452780;452852;10;*;aca ;;tRNA;452863;452934;11;*;ggc ;;tRNA;452946;453031;8;*;tta ;;tRNA;453040;453113;5;*;cgt ;;tRNA;453119;453192;29;*;cca ;;tRNA;453222;453295;12;*;atgj ;;tRNA;453308;453381;27;*;atgi ;;tRNA;453409;453482;3;*;atgf ;;tRNA;453486;453559;6;*;gac ;;tRNA;453566;453638;19;*;ttc ;;tRNA;453658;453728;5;*;gga ;;tRNA;453734;453808;2;*;atc ;;tRNA;453811;453900;168;*;agc fin;;CDS;454069;454491;;; deb;;CDS;454491;457388;222;*; ;;tRNA;457611;457682;35;*;gaa ;;tRNA;457718;457804;9;*;tca ;;tRNA;457814;457887;3;*;atgf ;;tRNA;457891;457964;6;*;gac ;;tRNA;457971;458043;7;*;ttc ;;tRNA;458051;458132;4;*;tac ;;tRNA;458137;458207;12;*;tgg ;;tRNA;458220;458292;7;*;cac ;;tRNA;458300;458371;23;*;caa ;;tRNA;458395;458465;40;*;tgc ;;tRNA;458506;458590;121;*;ttg fin;;CDS;458712;459875;;; deb;;CDS;467495;468823;744;*; ;;rRNA;469568;471131;203;*;1564 ;;rRNA;471335;474242;69;*;2908 ;;rRNA;474312;474428;13;*;117 ;;tRNA;474442;474514;337;*;aac fin;;CDS;474852;475862;;; deb;;CDS;507082;507630;57;*; ;;tRNA;507688;507760;59;*;acg fin;comp;CDS;507820;509192;;0; deb;;CDS;526021;526704;181;*; ;;tRNA;526886;526957;278;*;caa fin;;CDS;527236;528015;;; deb;;CDS;528027;528719;574;*; ;;regulatory;529294;529457;80;*; fin;;CDS;529538;532225;;; deb;comp;CDS;546953;548239;77;*; ;comp;regulatory;548317;548377;91;*; fin;comp;CDS;548469;548831;;; deb;;CDS;551035;551484;65;*; ;;tRNA;551550;551631;34;*;tac ;;tRNA;551666;551737;202;*;caa fin;;CDS;551940;553055;;; deb;;CDS;566792;567247;81;*; ;;tRNA;567329;567413;86;*;ctt fin;;CDS;567500;568147;;; deb;;CDS;582725;583225;101;*; ;;tRNA;583327;583413;6;*;tca ;;tRNA;583420;583493;7;*;gac ;;tRNA;583501;583576;4;*;cac ;;tRNA;583581;583653;71;*;gta fin;;CDS;583725;585191;;0; deb;;CDS;606557;608326;26;*; ;;regulatory;608353;608445;50;*; fin;;CDS;608496;609074;;; deb;comp;CDS;609745;610383;156;*; ;;misc_b;610540;610782;243;*; fin;;CDS;611026;611766;;; deb;;CDS;640648;641976;57;*; ;;tRNA;642034;642106;39;*;agg fin;comp;CDS;642146;642334;;0; deb;;CDS;728387;729252;117;*; ;comp;tRNA;729370;729441;239;*;cgg fin;;CDS;729681;730712;;; deb;;CDS;770203;771387;52;*; ;;tmRNA;771440;771806;177;*; fin;;CDS;771984;772877;;; deb;comp;CDS;783691;784704;88;*; ;;tRNA;784793;784864;33;*;gag fin;;CDS;784898;784993;;0; deb;comp;CDS;877491;878846;218;*; ;;regulatory;879065;879235;91;*; fin;;CDS;879327;880637;;; deb;comp;CDS;916780;917757;129;*; ;;tRNA;917887;917975;134;*;tcg fin;;CDS;918110;919498;;; deb;comp;CDS;923642;924574;136;*; ;;misc_b;924711;924950;42;*; fin;;CDS;924993;925847;;; deb;;CDS;982901;983617;27;*; ;;regulatory;983645;983759;77;*; fin;;CDS;983837;984526;;; deb;comp;CDS;1011692;1012501;102;*; ;;regulatory;1012604;1012662;43;*; fin;;CDS;1012706;1013095;;; deb;;CDS;1095103;1095633;116;*; ;;misc_b;1095750;1096001;60;*; fin;;CDS;1096062;1097180;;; deb;;CDS;1152540;1155044;66;*; ;;misc_b;1155111;1155358;64;*; fin;;CDS;1155423;1156802;;; deb;comp;CDS;1212112;1213236;72;*; ;comp;ncRNA;1213309;1213675;26;*; fin;comp;CDS;1213702;1214121;;; deb;;CDS;1322695;1324020;55;*; ;;misc_b;1324076;1324319;57;*; fin;;CDS;1324377;1325738;;0; deb;comp;CDS;1449420;1449731;14;*; ;comp;misc_f;1449746;1449826;68;*; fin;comp;CDS;1449895;1451271;;0; deb;comp;CDS;1455677;1456573;150;*; ;;tRNA;1456724;1456800;99;*;aga fin;comp;CDS;1456900;1458480;;; deb;comp;CDS;1593167;1594216;37;*; ;comp;misc_b;1594254;1594461;38;*; fin;comp;CDS;1594500;1594850;;; deb;comp;CDS;1606331;1606858;26;*; ;comp;misc_f;1606885;1606996;53;*; fin;comp;CDS;1607050;1608747;;; deb;comp;CDS;1679837;1681135;82;*; ;;tRNA;1681218;1681301;161;*; fin;;CDS;1681463;1681780;;;ctg deb;comp;CDS;1706640;1707839;-3;*; ;comp;regulatory;1707837;1707930;67;*; ;comp;tRNA;1707998;1708070;5;*;gta ;comp;tRNA;1708076;1708147;141;*;gaa deb;comp;CDS;1708289;1709176;107;*; ;comp;tRNA;1709284;1709374;10;*;tcc ;comp;tRNA;1709385;1709457;13;*;aac ;;rRNA;1709471;1709587;69;*;117 ;;rRNA;1709657;1712564;203;*;2908 ;;rRNA;1712768;1714331;649;*;1564 fin;comp;CDS;1714981;1716288;;; deb;comp;CDS;1765715;1766362;152;*; ;comp;misc_b;1766515;1766748;43;*; fin;comp;CDS;1766792;1769098;;0; deb;;CDS;1985984;1986976;213;*; ;;tRNA;1987190;1987263;8;*;cgt ;;tRNA;1987272;1987345;58;*;cca deb;comp;CDS;1987404;1988462;121;*; ;;misc_b;1988584;1988828;71;*; fin;;CDS;1988900;1989913;;0; deb;;CDS;2017560;2019416;56;*; ;;misc_f;2019473;2019530;40;*; fin;;CDS;2019571;2020740;;; deb;;CDS;2039362;2040669;131;*; ;;regulatory;2040801;2040898;72;*; fin;;CDS;2040971;2042281;;; deb;;CDS;2043158;2043412;56;*; ;;misc_b;2043469;2043702;76;*; fin;;CDS;2043779;2045407;;0; </pre> ===ppm=== ====opérons==== =====ppm chromosome===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm opérons|ppm opérons]] *Chromosome<br> <pre> 45.5%GC;26.7.19 Paris;16s 13;110;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;; ;10545..11633;;CDS;;327;327;;;363; ;11961..13519;;16s;;280;;;;; ;13800..16728;;23s;;143;;;;; ;16872..16988;;5s;;232;232;;;;232 ;17221..17640;;CDS;;93 855;;;;140; ;;;;;;;;;; comp;111496..112530;;CDS;;616;;;;345; ;113147..114705;;16s;;207;;;;; ;114913..117843;;23s;;76;;;;; ;117920..118036;;5s;;343;343;;;; ;118380..119837;;CDS;;3 348;;;;486; ;;;;;;;;;; ;123186..124469;;CDS;;90;90;;;428;90 ;124560..124648;;tca;;145;145;;;; ;124794..125135;;CDS;;55 592;;;;114; ;;;;;;;;;; ;180728..181003;;CDS;;412;;;;92; ;181416..182974;;16s;;108;;;;; ;183083..183199;;5s;@1;39;;;;; ;183239..183315;;atc;;20;;;20;; ;183336..183411;;gca;;128;;;;; ;183540..186468;;23s;;130;;;;; ;186599..186690;;agc;;28;;;28;; ;186719..186795;;atgj;;10;;;10;; ;186806..186881;;gta;;4;;;4;; ;186886..186961;;aca;;19;;;19;; ;186981..187057;;gac;;77;;;77;; ;187135..187210;;ttc;;6;;;6;; ;187217..187302;;tac;;7;;;7;; ;187310..187385;;aaa;;154;154;;;;154 ;187540..188682;;CDS;;24 062;;;;381; ;;;;;;;;;; comp;212745..213341;;CDS;;211;211;;;199;211 comp;213553..213624;;cgg;;259;259;;;; ;213884..214921;;CDS;;238 832;;;;346; ;;;;;;;;;; ;453754..455364;;CDS;;392;;;;537; ;455757..457315;;16s;;207;;;;; ;457523..460453;;23s;;76;;;;; ;460530..460646;;5s;;34;;;;; ;460681..460757;;atc;;22;;;22;; ;460780..460855;;gca;;4;;;4;; ;460860..460935;;aac;;34;;;34;; ;460970..461043;;atgj;;3;;;3;; ;461047..461138;;agc;;31;;;31;; ;461170..461241;;gaa;;6;;;6;; ;461248..461323;;gta;;10;;;10;; ;461334..461407;;atgf;;25;;;25;; ;461433..461509;;gac;;50;;;50;; ;461560..461635;;ttc;;22;;;22;; ;461658..461733;;aca;;5;;;5;; ;461739..461824;;tac;;16;;;16;; ;461841..461913;;cac;;18;;;18;; ;461932..462006;;caa;;4;;;4;; ;462011..462086;;aaa;;15;;;15;; ;462102..462189;;ctg;;6;;;6;; ;462196..462270;;ggc;;10;;;10;; ;462281..462351;;tgc;;26;;;26;; ;462378..462454;;cgt;;22;;;22;; ;462477..462550;;cca;;9;;;9;; ;462560..462630;;gga;;204;204;;;;204 comp;462835..463938;;CDS;;1 537;;;;368; ;;;;;;;;;; ;465476..466216;;CDS;;524;;;;247; ;466741..468299;;16s;;207;;;;; ;468507..471434;;23s;;76;;;;; ;471511..471627;;5s;;629;;;;; ;472257..473588;;CDS;;103 459;;;;444; ;;;;;;;;;; ;577048..577794;;CDS;;1 116;;;;249; ;578911..580469;;16s;;207;;;;; ;580677..583607;;23s;;76;;;;; ;583684..583800;;5s;;82;;;;; ;583883..583958;;gca;;4;;;4;; ;583963..584038;;aac;;3;;;3;; ;584042..584133;;tcc;;19;;;19;; ;584153..584224;;gaa;;9;;;9;; ;584234..584309;;gta;;29;;;29;; ;584339..584412;;atgf;;25;;;25;; ;584438..584514;;gac;;13;;;13;; ;584528..584603;;aca;;4;;;4;; ;584608..584693;;tac;;102;;;102;; ;584796..584870;;caa;;4;;;4;; ;584875..584950;;aaa;;12;;;12;; ;584963..585043;;cta;;10;;;10;; ;585054..585128;;ggc;;5;;;5;; ;585134..585210;;cgt;;12;;;12;; ;585223..585302;;ttg;;7;;;7;; ;585310..585386;;cca;;7;;;7;; ;585394..585464;;gga;;1 133;;;;; ;586598..587560;;CDS;;22 016;;;;321; ;;;;;;;;;; ;609577..609924;;CDS;;73;73;;;116;73 ;609998..610069;;acg;;1 613;;;;; comp;611683..612030;;CDS;;140 810;;;;116; ;;;;;;;;;; ;752841..754124;;CDS;;611;;;;428; ;754736..756294;;16s;;208;;;;; ;756503..759431;;23s;;75;;;;; ;759507..759623;;5s;;183;183;;;;183 comp;759807..760232;;CDS;;173 078;;;;142; ;;;;;;;;;; ;933311..934681;;CDS;;449;;;;457; ;935131..936689;;16s;;221;;;;; ;936911..939839;;23s;;76;;;;; ;939916..940032;;5s;;216;216;;;;216 ;940249..941241;;CDS;;521 183;;;;331; ;;;;;;;;;; ;1462425..1462937;;CDS;;44;44;;;171;44 ;1462982..1463057;;aac;;1;;1;;; ;1463059..1463147;;agc;;122;122;;;; comp;1463270..1464145;;CDS;;74;;;;292; ;;;;;;;;;; comp;1464220..1464981;;CDS;;246;246;;;254; ;1465228..1465299;;gaa;;86;;86;;; ;1465386..1465461;;aaa;;15;;15;;; ;1465477..1465562;;ctc;;162;162;;;;162 ;1465725..1466180;;CDS;;1 667;;;;152; ;;;;;;;;;; comp;1467848..1468585;;CDS;;262;262;;;246; ;1468848..1468930;;ctc;;148;148;;;;148 comp;1469079..1469564;;CDS;;112 990;;;;162; ;;;;;;;;;; ;1582555..1583361;;CDS;;490;;;;269; ;1583852..1583925;;ccc;;244;244;;;; comp;1584170..1585441;;CDS;;32 099;;;;424; ;;;;;;;;;; ;1617541..1619682;;CDS;;107;107;;;714;107 ;1619790..1619860;;gga;;265;265;;;; ;1620126..1621163;;CDS;;254 529;;;;346; ;;;;;;;;;; ;1875693..1876160;;CDS;;129;129;;;156;129 ;1876290..1876365;;gcc;;11;;11;;; ;1876377..1876449;;aag;;520;;;;; comp;1876970..1877974;;CDS;;55 215;;;;335; ;;;;;;;;;; comp;1933190..1933630;;CDS;;381;;;;147; ;1934012..1934096;;ctg;;91;91;;;;91 comp;1934188..1934718;;CDS;;74 847;;;;177; ;;;;;;;;;; comp;2009566..2010102;;CDS;;222;222;;;179; ;2010325..2010409;;ctg;;213;213;;;; ;2010623..2011135;;CDS;;432 608;;;;171; ;;;;;;;;;; ;2443744..2448333;;CDS;;540;;;;1530; ;2448874..2450432;;16s;;400;;;;; ;2450833..2453761;;23s;;143;;;;; ;2453905..2454021;;5s;;236;236;;;;236 comp;2454258..2455367;;CDS;;186 804;;;;370; ;;;;;;;;;; ;2642172..2643329;;CDS;;426;;;;386; ;2643756..2645314;;16s;;343;;;;; ;2645658..2648586;;23s;;144;;;;; ;2648731..2648847;;5s;;156;156;;;;156 ;2649004..2649228;;CDS;;884 577;;;;75; ;;;;;;;;;; comp;3533806..3534249;;CDS;;139;139;;;148;139 ;3534389..3534460;;gtc;;279;279;;;; comp;3534740..3535069;;CDS;;103 837;;;;110; ;;;;;;;;;; ;3638907..3639338;;CDS;;728;;;;144; comp;3640067..3640152;;tta;;249;249;;;;249 ;3640402..3640560;;CDS;;28 092;;;;53; ;;;;;;;;;; ;3668653..3669450;;CDS;;247;247;;;266; comp;3669698..3669766;;atg;;267;267;;;; comp;3670034..3670234;;CDS;;54 456;;;;67; ;;;;;;;;;; ;3724691..3725086;;CDS;;122;122;;;132;122 comp;3725209..3725282;;atgi;;435;;;;; comp;3725718..3726359;;CDS;;612 148;;;;214; ;;;;;;;;;; comp;4338508..4339209;;CDS;;107;107;;;234;107 comp;4339317..4339390;;cca;;7;;;7;; comp;4339398..4339477;;ttg;;12;;;12;; comp;4339490..4339566;;cgt;;5;;;5;; comp;4339572..4339646;;ggc;;35;;;35;; comp;4339682..4339757;;aaa;;28;;;28;; comp;4339786..4339862;;gac;;26;;;26;; comp;4339889..4339965;;atgf;;30;;;30;; comp;4339996..4340071;;gta;;9;;;9;; comp;4340081..4340152;;gaa;;17;;;17;; comp;4340170..4340261;;tcc;;3;;;3;; comp;4340265..4340340;;aac;;18;;;;; comp;4340359..4340475;;5s;;76;;;;; comp;4340552..4343482;;23s;;400;;;;; comp;4343883..4345441;;16s;;493;;;;; comp;4345935..4347563;;CDS;;46 596;;;;543; ;;;;;;;;;; comp;4394160..4395092;;CDS;;238;238;;;311; ;4395331..4395404;;aga;;214;214;;;; ;4395619..4396383;;CDS;;49 894;;;;255; ;;;;;;;;;; ;4446278..4447621;;CDS;;207;207;;;448; comp;4447829..4447902;;aga;;174;174;;;; ;4448077..4448370;;CDS;;256 556;;;;98; ;;;;;;;;;; ;4704927..4705187;;CDS;;361;;;;87; comp;4705549..4705627;;ttg;;11;;11;;; comp;4705639..4705713;;tgc;;11;;11;;; comp;4705725..4705796;;ggc;;6;;6;;; comp;4705803..4705877;;caa;;9;;9;;; comp;4705887..4705959;;cac;;17;;17;;; comp;4705977..4706050;;tgg;;7;;7;;; comp;4706058..4706143;;tac;;4;;4;;; comp;4706148..4706223;;aca;;22;;22;;; comp;4706246..4706318;;ttc;;35;;35;;; comp;4706354..4706430;;gac;;15;;15;;; comp;4706446..4706522;;atgf;;25;;25;;; comp;4706548..4706623;;gta;;58;;58;;; comp;4706682..4706753;;gaa;;17;;17;;; comp;4706771..4706862;;tcc;;3;;3;;; comp;4706866..4706941;;aac;;326;326;;;; comp;4707268..4707597;;CDS;;279 544;;;;110; ;;;;;;;;;; comp;4987142..4989934;;CDS;;726;;;;931; comp;4990661..4990731;;gga;;9;;;9;; comp;4990741..4990814;;cca;;22;;;22;; comp;4990837..4990913;;cgt;;5;;;5;; comp;4990919..4990993;;ggc;;10;;;10;; comp;4991004..4991084;;cta;;11;;;11;; comp;4991096..4991171;;aaa;;4;;;4;; comp;4991176..4991250;;caa;;55;;;55;; comp;4991306..4991381;;gta;;11;;;11;; comp;4991393..4991464;;gaa;;11;;;11;; comp;4991476..4991548;;acc;;3;;;3;; comp;4991552..4991627;;aac;;18;;;;; comp;4991646..4991762;;5s;;76;;;;; comp;4991839..4994768;;23s;;129;;;;; comp;4994898..4994973;;gca;;20;;;20;; comp;4994994..4995070;;atc;;38;;;;; comp;4995109..4995225;;5s;;93;;;;; comp;4995319..4996877;;16s;;367;;;;; comp;4997245..4997475;;CDS;;60 140;;;;77; ;;;;;;;;;; comp;5057616..5058803;;CDS;;163;163;;;396;163 comp;5058967..5059083;;5s;;76;;;;; comp;5059160..5062089;;23s;;185;;;;; comp;5062275..5062350;;gca;;89;;;;; comp;5062440..5063998;;16s;;380;;;;; comp;5064379..5066394;;CDS;;647 899;;;;672; ;;;;;;;;;; ;5714294..5714611;;CDS;;206;206;;;106; comp;5714818..5714908;;tcg;;77;77;;;;77 comp;5714986..5715210;;CDS;;;;;;75; </pre> =====ppm plasmide===== *Plasmide<br> <pre> plasmide;pSC2;37.6%GC;51;;;;;;; ;;;;;;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé ;3920..4174;;CDS;;536;536;;;85; ;4711..4803;;agc;+;5;;5;;; ;4809..4883;;tgc;3 aac;63;;63;;; ;4947..5021;;gaa;2 atc;7;;7;;; ;5029..5105;;ctt;2 caa;6;;6;;; ;5112..5186;;cca;2 cca;101;;101;;; ;5288..5361;;tgg;2 cga;4;;4;;; ;5366..5444;;tac;2 gaa;4;;4;;; ;5449..5522;;caa;2 tac;6;;6;;; ;5529..5605;;cac;3 tgg;5;;5;;; ;5611..5686;;gac;;125;;125;;; ;5812..5887;;gga;;10;;10;;; ;5898..5973;;aac;@1;4;;4;;; ;5978..6066;;tac;ctt;9;;9;;; ;6076..6153;;ata;ata;4;;4;;; ;6158..6231;;caa;;4;;4;;; ;6236..6311;;atgi;;5;;5;;; ;6317..6392;;aac;;4;;4;;; ;6397..6470;;tgg;;131;;131;;; ;6602..6678;;gaa;;5;;5;;; ;6684..6757;;ggc;;55;;55;;; ;6813..6885;;ttc;;22;;22;;; ;6908..6983;;cga;;4;;4;;; ;6988..7065;;cca;;5;;5;;; ;7071..7155;;ttg;;5;;5;;; ;7161..7235;;atc;;5;;5;;; ;7241..7317;;atgf;;5;;5;;; ;7323..7398;;gca;;109;;109;;; ;7508..7584;;cga;;3;;3;;; ;7588..7668;;cta;;13;;13;;; ;7682..7758;;atc;;8;;8;;; ;7767..7841;;aac;;4;;4;;; ;7846..7919;;tgg;;33;33;;;;33 ;7953..8324;;CDS;@4;-24;-24;;;124; ;8301..8378;;gac;;8;;8;;; ;8387..8473;;tac;;86;;86;;; ;8560..8632;;aaa;;14;;14;;; ;8647..8720;;gga;;4;;4;;; ;8725..8800;;ttc;;7;;7;;; ;8808..8882;;acg;@2;100;100;;;; comp;8983..9600;;CDS;acg;89;89;;;206; ;9690..9771;;tta;;3;;3;;; ;9775..9849;;aca;;35;35;;;;35 comp;9885..10169;;CDS;;150;;;;95; ;;;;;;;;;; comp;10320..10622;;CDS;;116;116;;;101; ;10739..10813;;aca;;18;18;;;;18 comp;10832..11146;;CDS;;216;;;;105; ;;;;;;;;;; comp;11363..11599;;CDS;;94;94;;;79;94 ;11694..11768;;aga;;103;103;;;; ;11872..12312;;CDS;;195;;;;147; ;;;;;;;;;; comp;12508..12756;;CDS;;293;293;;;83; ;13050..13126;;atc;;72;72;;;;72 ;13199..14083;;CDS;;226;226;;;295; ;;;;;;;;;; ;14310..14385;;tcg;+;8;;8;;; ;14394..14481;;tcc;2 tcg;7;;7;;; ;14489..14563;;ctt;@3;3;;3;;; ;14567..14654;;tcg;tcg;5;;5;;; ;14660..14751;;tca;ctt;119;119;;;;119 ;14871..15080;;CDS;;212044;;;;70; ;;;;;;;;;; comp;227125..227388;;CDS;;444;444;;;88; comp;227833..227903;;gga;;248;248;;;;248 comp;228152..228391;;CDS;;1401;;;;80; ;;;;;;;;;; comp;229793..229999;;CDS;;24;24;;;69;24 comp;230024..230108;;tca;;289;289;;;; comp;230398..230640;;CDS;;231;;;;81; ;;;;;;;;;; comp;230872..231393;;CDS;;161;161;;;174;161 comp;231555..231640;;tta;;977;977;;;; ;232618..233067;;CDS;;277050;;;;150; ;510118..1;;;;;;;;; </pre> =====ppm plasmide MAJ===== <pre> plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2 MAJ;;;plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2;;; 23.10.19 Tanger;;;;;;26.7.19 Paris;;;; ;;49 aas;doubles;intercalaires;;;;51 aas;doubles;intercalaires 3920..4174;;cds hp;;;;3920..4174;;CDS;;536 4711..4803;;agc;+;;;4711..4803;;agc;+;5 4809..4883;;tgc;3 aac;;;4809..4883;;tgc;3 aac;63 4947..5021;;gaa;2 atc;;;4947..5021;;gaa;2 atc;7 5029..5105;;ctt;2 cca;;;5029..5105;;ctt;2 caa;6 5112..5186;;cca;2 cga;;;5112..5186;;cca;2 cca;101 5288..5361;;tgg;2 gaa;;;5288..5361;;tgg;2 cga;4 5366..5441;;tat;3 tgg;7;;5366..5444;;tac;2 gaa;4 5449..5522;;caa;;;;5449..5522;;caa;2 tac;6 5529..5605;;cac;;;;5529..5605;;cac;3 tgg;5 5611..5686;;gac;;;;5611..5686;;gac;;125 5812..5887;;gga;;;;5812..5887;;gga;;10 5898..5973;;aac;@1;;;5898..5973;;aac;@1;4 5978..6066;;tac;ctt;;;5978..6066;;tac;ctt;9 6076..6153;;ata;ata;82;;6076..6153;;ata;ata;4 ;;****;tat;;;6158..6231;;caa;;4 6236..6311;;atgi;;;;6236..6311;;atgi;;5 6317..6392;;aac;;;;6317..6392;;aac;;4 6397..6470;;tgg;;;;6397..6470;;tgg;;131 6602..6678;;gaa;;;;6602..6678;;gaa;;5 6684..6757;;ggc;;;;6684..6757;;ggc;;55 6813..6885;;ttc;;;;6813..6885;;ttc;;22 6908..6980;;cga;;7;;6908..6983;;cga;;4 6988..7065;;cca;;;;6988..7065;;cca;;5 7071..7155;;ttg;;;;7071..7155;;ttg;;5 7161..7235;;atc;;4;;7161..7235;;atc;;5 7240..7317;;atgf;;;;7241..7317;;atgf;;5 7323..7398;;gca;;;;7323..7398;;gca;;109 7508..7584;;cga;;;;7508..7584;;cga;;3 7588..7668;;cta;;;;7588..7668;;cta;;13 7682..7758;;atc;;;;7682..7758;;atc;;8 7767..7841;;aac;;;;7767..7841;;aac;;4 7846..7919;;tgg;;;;7846..7919;;tgg;;33 7953..8324;;cds hp;;;;7953..8324;;CDS;@4;-24 8301..8378;;gac;;;;8301..8378;;gac;;8 8387..8473;;tac;;;;8387..8473;;tac;;86 8560..8632;;aaa;;;;8560..8632;;aaa;;14 8647..8720;;gga;;;;8647..8720;;gga;;4 8725..8800;;ttc;;;;8725..8800;;ttc;;7 8808..8882;;acg;@2;;;8808..8882;;acg;@2;100 8983..9600;;cds hp;acg;;comp;8983..9600;;CDS;acg;89 9690..9771;;tta;;;;9690..9771;;tta;;3 9775..9849;;aca;;;;9775..9849;;aca;;35 9885..10169;;cds hp;;;comp;9885..10169;;CDS;;150 ;;;;;;;;;; 10320..10622;;cds hp;;;comp;10320..10622;;CDS;;116 10739..10813;;aca;;;;10739..10813;;aca;;18 10832..11146;;cds hp;;;comp;10832..11146;;CDS;;216 ;;;;;;;;;; 11363..11599;;cds hp;;;comp;11363..11599;;CDS;;94 11694..11765;;aga;;85;;11694..11768;;aga;;103 11851..12312;;cds rev-trans;;;;11872..12312;;CDS;;195 ;;;;;;;;;; 12508..12756;;cds trans-rg;;442;comp;12508..12756;;CDS;;293 ****;;****;;;;13050..13126;;atc;;72 13199..14083;;cds hp;;;;13199..14083;;CDS;;226 ;;;;;;;;;; 14310..14385;;tcg;+;;;14310..14385;;tcg;+;8 14394..14481;;tcc;2 tcg;;;14394..14481;;tcc;2 tcg;7 14489..14560;;ctt;@3;6;;14489..14563;;ctt;@3;3 14567..14654;;tcg;tcg;;;14567..14654;;tcg;tcg;5 14660..14751;;tca;ctt;;;14660..14751;;tca;ctt;119 14871..15080;;cds hp;;;;14871..15080;;CDS;;212044 ;;;;;;;;;; 227125..227388;;cds hp;;;comp;227125..227388;;CDS;;444 227833..227903;;gga;;;comp;227833..227903;;gga;;248 228152..228391;;cds hp;;;comp;228152..228391;;CDS;;1401 ;;;;;;;;;; 229793..229999;;cds hp;;;comp;229793..229999;;CDS;;24 230024..230108;;tca;;783;comp;230024..230108;;tca;;289 ****;;****;;;comp;230398..230640;;CDS;;231 ;;;;;;;;;; 230872..231393;;;cds hp;;comp;230872..231393;;CDS;;161 231558..231640;;tta;;;comp;231555..231640;;tta;;977 232618..233067;;cds hp;;;;232618..233067;;CDS;;277050 510118..1;;;;;;510118..1;;;; </pre> ====ppm cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_cumuls|ppm cumuls]] *Chromosome<br> <pre> Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; ;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;; ;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd avec rRNA;opérons;13;1;1;0;1;0;100;8;5;40;0 ;16 23 5s 0;7;20;12;46;50;1;200;20;17;60;1 ;16 5 atc gca;2;40;3;15;100;4;300;10;6;80;2 ;16 23 5s a;3;60;1;2;150;8;400;13;9;100;2 ;max a;21;80;0;1;200;6;500;7;4;120;2 ;a doubles;0;100;1;0;250;15;600;2;0;140;3 ;16 gca 23 5s ;1;120;0;1;300;5;700;1;0;160;3 ;total aas;73;140;0;0;350;3;800;1;1;180;2 sans ;opérons;19;160;0;0;400;5;900;0;0;200;1 ;1 aa;15;180;0;0;450;4;1000;1;0;220;3 ;max a;15;200;0;0;500;2;1100;0;0;240;2 ;a doubles;0;;0;0;;11;;1;0;;1 ;total aas;37;;18;65;;64;;64;42;;22 total aas;;110;moyenne;20;17;;193;;292;229;;150 remarques;;1;variance;21;17;;73;;234;123;;58 jaune;;;;;;;sans;;;sans;; </pre> *Plasmide<br> <pre> Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;; plasmide;;;;;;;;;;;; ;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;; ;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd avec rRNA;opérons;0;1;0;;1;1;60;0;;40;4 ;16 23 5s 0;;20;33;;50;4;80;4;;60;0 ;16 5 atc gca;;40;1;;100;4;100;5;;80;1 ;16 23 5s a;;60;1;;150;3;120;2;;100;1 ;max a;;80;1;;200;1;140;1;;120;1 ;a doubles;;100;1;;250;2;160;2;;140;0 ;16 gca 23 5s ;;120;2;;300;2;180;1;;160;0 ;total aas;;140;2;;350;0;200;0;;180;1 sans ;opérons;10;160;0;;400;0;220;1;;200;0 ;1 aa;6;180;0;;450;1;240;0;;220;0 ;max a;32;200;0;;500;0;260;0;;240;0 ;a doubles;2;;0;;;2;;1;;;1 ;total aas;51;;41;;;20;;17;;;9 total aas;;51;moyenne;6;;;126;;102;;;89 remarques;;3;variance;3;;;92;;32;;;77 ;jaune;;;sans;;;sans;;sans;;; </pre> ====ppm blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_blocs|ppm blocs]] <pre> ppm blocs;;;;;;; cds;392;;cds;1116;;cds;493 $16s;207;;$16s;207;;$16s;400 $23s;76;;$23s;76;;$23s;76 $5s;34;;$5s;82;;$5s;18 atc;22;;gca;4;;aac;3 19aas;*;;15aas;*;;9aas;* gga;'''204’;;gga;1133;;cca;107 cds;;;cds;;;cds; ;;;;;;; cds;367;;cds;412;;cds;380 $16s;93;;$16s;108;;$16s;89 $5s;38;;$5s;39;;gca;185 atc;20;;atc;20;;$23s;76 gca;129;;gca;128;;$5s;163 $23s;76;;$23s;130;;cds; $5s;18;;agc;28;;; aac;3;;6aas;*;;; 9aas;*;;aaa;154;;; gga;726;;cds;;;; cds;;;;;;; ;;;;;;; cds;327;'''616’;524;611;449;540;426 $16s;280;207;207;208;221;400;343 $23s;143;76;76;75;76;143;144 $5s;232;343;629;'''183’;216;'''236’;156 cds;;;;;;; ;;;;;;; $5s;constant;39 aas;117 pbs;;;; </pre> ====ppm distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_distribution|ppm distribution]] *Chromosome <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;2;tac;3;tgc;1 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;4;agc;2 ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;4 gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;4 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;5;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;2;gaa;4;gga;3 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;;;;;;;;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ppm;;15;;;;;15;;ppm;22;;;;;;22;;;;;;;;;;;ppm;;;;68;;;68 </pre> *Plasmide <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;3;tgc;1 atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;3;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;2 gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;2;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ppm;;6;;;;;6;;ppm;45;;;;;;45 </pre> ====ppm données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_données_intercalaires|ppm données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ppm;fx;fc;ppm;fx40;fc40;ppm;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;19;0;0;19;-1;0;59;90;259;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;16;226;1;0;46;-2;0;0;145;204;98;;gca;28;;agc;7;;cca ;0;20;20;240;2;2;33;-3;0;0;157;94;tRNA 23s;;;10;;atgj;12;;ttg ;0;30;11;212;3;0;22;-4;7;229;226;122;129;;gca;4;;gta;5;;cgt ;0;40;16;141;4;2;28;-5;0;0;1133;246;130;;gca;19;;aca;38;;ggc ;1;50;22;136;5;4;25;-6;0;0;73;262;186;;gca;77;;gac;28;;aaa ;0;60;16;103;6;3;17;-7;0;6;44;148;5s tRNA;;;9;;ttc;26;;gac ;0;70;33;103;7;0;14;-8;2;76;165;130;39;;atc;7;;tac;30;;atgf ;2;80;46;105;8;3;12;-9;1;0;107;244;34;;atc;**;;aaa;9;;gta ;1;90;60;114;9;0;13;-10;1;4;265;520;82;;gca;22;;atc;17;;gaa 2;0;100;49;98;10;2;16;-11;2;27;129;381;2* 18;;aac;4;;gca;3;;tcc ;2;110;51;110;11;3;12;-12;1;0;213;91;38;;atc;34;;aac;**;;aac ;0;120;58;96;12;2;31;-13;1;1;270;222;23s tRNA;;;3;;atgj;9;;gga 3;2;130;54;91;13;2;25;-14;0;22;123;139;131;;agc;31;;agc;22;;cca 1;0;140;45;93;14;2;30;-15;0;0;107;279;tRNA tRNA;;intra;6;;gaa;5;;cgt 1;1;150;53;69;15;2;23;-16;1;1;214;504;2* 20;;atc gca;10;;gta;10;;ggc ;1;160;43;87;16;2;29;-17;1;18;1861;249;tRNA tRNA;;;25;;atgf;11;;cta ;1;170;40;88;17;3;21;-18;0;0;2208;247;1;;aac;50;;gac;4;;aaa 1;0;180;29;79;18;1;22;-19;0;1;726;122;**;;agc;25;;ttc;55;;caa ;0;190;32;84;19;1;21;-20;1;15;77;238;86;;gaa;5;;aca;11;;gta ;0;200;35;74;20;2;26;-21;0;0;;207;15;;aaa;16;;tac;11;;gaa 3;0;210;40;54;21;1;20;-22;0;1;;174;**;;ctc;18;;cac;3;;acc ;2;220;35;56;22;0;21;-23;0;11;;206;11;;gcc;4;;caa;**;;aac 1;1;230;36;62;23;1;22;-24;0;1;CDS 16s;;**;;aag;15;;aaa;;; 1;0;240;28;45;24;0;19;-25;0;5;323;612;11;;ttg;6;;ctg;;; 4;0;250;37;44;25;3;16;-26;1;10;408;570;11;;tgc;10;;ggc;;; 1;0;260;16;36;26;0;24;-27;0;0;388;;6;;ggc;26;;tgc;;; 1;2;270;22;28;27;2;25;-28;0;1;520;;9;;caa;22;;cgt;;; 1;0;280;28;44;28;4;20;-29;0;6;607;;17;;cac;9;;cca;;; ;0;290;19;28;29;0;21;-30;0;0;445;;7;;tgg;**;;gga;;; ;0;300;20;22;30;0;24;-31;0;0;536;;4;;tac;4;;gca;;; ;0;310;15;23;31;3;14;-32;2;3;422;;22;;aca;3;;aac;;; ;0;320;14;20;32;1;19;-33;1;0;489;;35;;ttc;19;;tcc;;; ;0;330;10;21;33;2;16;-34;0;1;363;;15;;gac;9;;gaa;;; ;0;340;14;15;34;0;15;-35;0;4;376;;25;;atgf;29;;gta;;; ;0;350;12;22;35;1;14;-36;0;0;16s 23s;;58;;gta;25;;atgf;;; ;0;360;11;20;36;0;20;-37;0;0;290;;17;;gaa;13;;gac;;; ;0;370;11;8;37;2;8;-38;1;1;4* 217;;3;;tcc;4;;aca;;; ;0;380;6;14;38;3;14;-39;0;0;218;;**;;aac;102;;tac;;; 1;0;390;4;18;39;3;12;-40;0;2;231;;;;;4;;caa;;; ;0;400;9;7;40;1;9;-41;1;2;2* 410;;;;;12;;aaa;;; 2;4;reste;151;221;reste;1196;2338;-42;0;0;353;;;;;10;;cta;;; 23;20;total;1267;3176;total;1259;3176;-43;0;0;23s 5s;;;;;5;;ggc;;; 21;16;diagr;1116;2936;diagr;63;819;-44;0;4;6* 77;;;;;12;;cgt;;; 0;0; t30;47;678;;;;-45;1;0;3* 78;;;;;7;;ttg;;; ;;;;;;;;-46;0;0;144;;;;;7;;cca;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;2* 145;;;;;**;;gga;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;16s 5s;;;;;;;;;; ;x;1267;29;0;1296;;;-49;0;1;117;;;;;;;;;; ;c;3157;523;19;3699;;;-50;0;2;102;;;;;;;;;; ;;;;;4995;190;;reste;3;7;5s CDS;;;;;;;;;; ;;;;;;5185;;total;29;523;232;176;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;343;183;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;216;236;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;383;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;163;;;;;;;;;; </pre> =====ppm autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_autres_intercalaires_aas|ppm autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;ppm;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;10545;11633;323;*; ;;rRNA;11957;13510;290;*;1554 ;;rRNA;13801;16726;145;*;2926 ;;rRNA;16872;16988;232;*;117 fin;;CDS;17221;17640;;0; deb;comp;CDS;111496;112530;612;*; ;;rRNA;113143;114696;217;*;1554 ;;rRNA;114914;117842;77;*;2929 ;;rRNA;117920;118036;343;*;117 fin;;CDS;118380;119837;;; deb;;CDS;123186;124469;90;*; ;;tRNA;124560;124648;145;*;tca fin;;CDS;124794;125135;;; deb;;CDS;176747;176944;111;*; ;;ncRNA;177056;177322;155;*; fin;;CDS;177478;179229;;; deb;;CDS;180728;181003;408;*; ;;rRNA;181412;182965;117;*;1554 ;;rRNA;183083;183199;39;*;117 ;;tRNA;183239;183315;20;*;atc ;;tRNA;183336;183411;129;*;gca ;;rRNA;183541;186467;131;*;2927 ;;tRNA;186599;186690;28;*;agc ;;tRNA;186719;186795;10;*;atgj ;;tRNA;186806;186881;4;*;gta ;;tRNA;186886;186961;19;*;aca ;;tRNA;186981;187057;77;*;gac ;;tRNA;187135;187207;9;*;ttc ;;tRNA;187217;187302;7;*;tac ;;tRNA;187310;187382;157;*;aaa fin;;CDS;187540;188682;;; deb;comp;CDS;212745;213326;226;*; ;comp;tRNA;213553;213624;259;*;cgg fin;;CDS;213884;214921;;; deb;;CDS;224658;225137;255;*; ;;tmRNA;225393;225757;618;*; fin;;CDS;226376;227050;;; deb;;CDS;453754;455364;388;*; ;;rRNA;455753;457306;217;*;1554 ;;rRNA;457524;460452;77;*;2929 ;;rRNA;460530;460646;34;*;117 ;;tRNA;460681;460757;22;*;atc ;;tRNA;460780;460855;4;*;gca ;;tRNA;460860;460935;34;*;aac ;;tRNA;460970;461043;3;*;atgj ;;tRNA;461047;461138;31;*;agc ;;tRNA;461170;461241;6;*;gaa ;;tRNA;461248;461323;10;*;gta ;;tRNA;461334;461407;25;*;atgf ;;tRNA;461433;461509;50;*;gac ;;tRNA;461560;461632;25;*;ttc ;;tRNA;461658;461733;5;*;aca ;;tRNA;461739;461824;16;*;tac ;;tRNA;461841;461913;18;*;cac ;;tRNA;461932;462006;4;*;caa ;;tRNA;462011;462086;15;*;aaa ;;tRNA;462102;462189;6;*;ctg ;;tRNA;462196;462270;10;*;ggc ;;tRNA;462281;462351;26;*;tgc ;;tRNA;462378;462454;22;*;cgt ;;tRNA;462477;462550;9;*;cca ;;tRNA;462560;462630;204;*;gga fin;comp;CDS;462835;463938;;; deb;;CDS;465476;466216;520;*; ;;rRNA;466737;468290;217;*;1554 ;;rRNA;468508;471432;78;*;2925 ;;rRNA;471511;471627;176;*;117 fin;comp;CDS;471804;471962;;0; deb;comp;CDS;578235;578336;570;*; ;;rRNA;578907;580460;217;*;1554 ;;rRNA;580678;583605;78;*;2928 ;;rRNA;583684;583800;82;*;117 ;;tRNA;583883;583958;4;*;gca ;;tRNA;583963;584038;3;*;aac ;;tRNA;584042;584133;19;*;tcc ;;tRNA;584153;584224;9;*;gaa ;;tRNA;584234;584309;29;*;gta ;;tRNA;584339;584412;25;*;atgf ;;tRNA;584438;584514;13;*;gac ;;tRNA;584528;584603;4;*;aca ;;tRNA;584608;584693;102;*;tac ;;tRNA;584796;584870;4;*;caa ;;tRNA;584875;584950;12;*;aaa ;;tRNA;584963;585043;10;*;cta ;;tRNA;585054;585128;5;*;ggc ;;tRNA;585134;585210;12;*;cgt ;;tRNA;585223;585302;7;*;ttg ;;tRNA;585310;585386;7;*;cca ;;tRNA;585394;585464;1133;*;gga fin;;CDS;586598;587560;;0; deb;;CDS;609577;609924;73;*; ;;tRNA;609998;610069;94;*;acg fin;comp;CDS;610164;610445;;; deb;;CDS;752841;754124;607;*; ;;rRNA;754732;756285;218;*;1554 ;;rRNA;756504;759429;77;*;2926 ;;rRNA;759507;759623;183;*;117 fin;comp;CDS;759807;760232;;0; deb;;CDS;933311;934681;445;*; ;;rRNA;935127;936680;231;*;1554 ;;rRNA;936912;939838;77;*;2927 ;;rRNA;939916;940032;216;*;117 fin;;CDS;940249;941241;;; deb;;CDS;1462425;1462937;44;*; ;;tRNA;1462982;1463057;1;*;aac ;;tRNA;1463059;1463147;122;*;agc fin;comp;CDS;1463270;1464145;;; deb;comp;CDS;1464220;1464981;246;*; ;;tRNA;1465228;1465299;86;*;gaa ;;tRNA;1465386;1465461;15;*;aaa ;;tRNA;1465477;1465559;165;*;ctc fin;;CDS;1465725;1466180;;; deb;comp;CDS;1467848;1468585;262;*; ;;tRNA;1468848;1468930;148;*;ctc fin;comp;CDS;1469079;1469564;;0; deb;comp;CDS;1583500;1583721;130;*; ;;tRNA;1583852;1583925;244;*;ccc fin;comp;CDS;1584170;1585441;;0; deb;;CDS;1617541;1619682;107;*; ;;tRNA;1619790;1619860;265;*;gga fin;;CDS;1620126;1621163;;; deb;;CDS;1875693;1876160;129;*; ;;tRNA;1876290;1876365;11;*;gcc ;;tRNA;1876377;1876449;520;*;aag fin;comp;CDS;1876970;1877974;;; deb;comp;CDS;1933190;1933630;381;*; ;;tRNA;1934012;1934096;91;*;ctg fin;comp;CDS;1934188;1934718;;0; deb;;CDS;1982038;1982799;58;*; ;;ncRNA;1982858;1983052;216;*; fin;;CDS;1983269;1983661;;0; deb;comp;CDS;2009566;2010102;222;*; ;;tRNA;2010325;2010409;213;*;ctg fin;;CDS;2010623;2011135;;; deb;;CDS;2443744;2448333;536;*; ;;rRNA;2448870;2450423;410;*;1554 ;;rRNA;2450834;2453760;144;*;2927 ;;rRNA;2453905;2454021;236;*;117 fin;comp;CDS;2454258;2455367;;; deb;;CDS;2642172;2643329;422;*; ;;rRNA;2643752;2645305;353;*;1554 ;;rRNA;2645659;2648585;145;*;2927 ;;rRNA;2648731;2648847;383;*;117 fin;;CDS;2649231;2650082;;; deb;comp;CDS;3533806;3534249;139;*; ;;tRNA;3534389;3534460;279;*;gtc fin;comp;CDS;3534740;3535069;;; deb;;CDS;3639395;3639562;504;*; ;comp;tRNA;3640067;3640152;249;*;tta fin;;CDS;3640402;3640560;;; deb;;CDS;3668653;3669450;247;*; ;comp;tRNA;3669698;3669763;270;*;atgj fin;comp;CDS;3670034;3670234;;; deb;;CDS;3724691;3725086;122;*; ;comp;tRNA;3725209;3725282;123;*;atgi fin;comp;CDS;3725406;3725570;;; deb;;CDS;3796407;3797627;286;*; ;comp;ncRNA;3797914;3798312;79;*; fin;comp;CDS;3798392;3798958;;; deb;comp;CDS;4338508;4339209;107;*; ;comp;tRNA;4339317;4339390;7;*;cca ;comp;tRNA;4339398;4339477;12;*;ttg ;comp;tRNA;4339490;4339566;5;*;cgt ;comp;tRNA;4339572;4339646;38;*;ggc ;comp;tRNA;4339685;4339757;28;*;aaa ;comp;tRNA;4339786;4339862;26;*;gac ;comp;tRNA;4339889;4339965;30;*;atgf ;comp;tRNA;4339996;4340071;9;*;gta ;comp;tRNA;4340081;4340152;17;*;gaa ;comp;tRNA;4340170;4340261;3;*;tcc ;comp;tRNA;4340265;4340340;18;*;aac ;comp;rRNA;4340359;4340475;78;*;117 ;comp;rRNA;4340554;4343481;410;*;2928 ;comp;rRNA;4343892;4345445;489;*;1554 fin;comp;CDS;4345935;4347563;;; deb;comp;CDS;4394160;4395092;238;*; ;;tRNA;4395331;4395404;214;*;aga fin;;CDS;4395619;4396383;;0; deb;;CDS;4446278;4447621;207;*; ;comp;tRNA;4447829;4447902;174;*;aga fin;;CDS;4448077;4448370;;0; deb;comp;CDS;4703166;4703687;1861;*; ;comp;tRNA;4705549;4705627;11;*;ttg ;comp;tRNA;4705639;4705713;11;*;tgc ;comp;tRNA;4705725;4705796;6;*;ggc ;comp;tRNA;4705803;4705877;9;*;caa ;comp;tRNA;4705887;4705959;17;*;cac ;comp;tRNA;4705977;4706050;7;*;tgg ;comp;tRNA;4706058;4706143;4;*;tac ;comp;tRNA;4706148;4706223;22;*;aca ;comp;tRNA;4706246;4706318;35;*;ttc ;comp;tRNA;4706354;4706430;15;*;gac ;comp;tRNA;4706446;4706522;25;*;atgf ;comp;tRNA;4706548;4706623;58;*;gta ;comp;tRNA;4706682;4706753;17;*;gaa ;comp;tRNA;4706771;4706862;3;*;tcc ;comp;tRNA;4706866;4706941;2208;*;aac fin;comp;CDS;4709150;4710085;;; deb;comp;CDS;4987142;4989934;726;*; ;comp;tRNA;4990661;4990731;9;*;gga ;comp;tRNA;4990741;4990814;22;*;cca ;comp;tRNA;4990837;4990913;5;*;cgt ;comp;tRNA;4990919;4990993;10;*;ggc ;comp;tRNA;4991004;4991084;11;*;cta ;comp;tRNA;4991096;4991171;4;*;aaa ;comp;tRNA;4991176;4991250;55;*;caa ;comp;tRNA;4991306;4991381;11;*;gta ;comp;tRNA;4991393;4991464;11;*;gaa ;comp;tRNA;4991476;4991548;3;*;acc ;comp;tRNA;4991552;4991627;18;*;aac ;comp;rRNA;4991646;4991762;77;*;117 ;comp;rRNA;4991840;4994767;130;*;2928 ;comp;tRNA;4994898;4994973;20;*;gca ;comp;tRNA;4994994;4995070;38;*;atc ;comp;rRNA;4995109;4995225;102;*;117 ;comp;rRNA;4995328;4996881;363;*;1554 fin;comp;CDS;4997245;4997475;;; deb;comp;CDS;5057616;5058803;163;*; ;comp;rRNA;5058967;5059083;77;*;117 ;comp;rRNA;5059161;5062088;186;*;2928 ;comp;tRNA;5062275;5062350;98;*;gca ;comp;rRNA;5062449;5064002;376;*;1554 fin;comp;CDS;5064379;5066394;;; deb;;CDS;5714294;5714611;206;*; ;comp;tRNA;5714818;5714908;77;*;tcg fin;comp;CDS;5714986;5715210;;; </pre> ===pmq=== ====pmq opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq opérons|pmq opérons]] <pre> 58.3%GC;24.7.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Paenibacillus mucilaginosus 3016;;;;;;;;; ;9206..10276;CDS;;322;322;;;357; ;10599..12139;16s;;269;;;;; ;12409..15343;23s;;95;;;;; ;15439..15555;5s;;178;178;;;;178 ;15734..17190;CDS;;3061;;;;486; ;;;;;;;;; ;20252..21532;CDS;;47;47;;;427;47 ;21580..21666;tca;;140;140;;;; ;21807..22157;CDS hp;@1;17;;;;117; ;22175..22357;CDS hp;;23;;;;*61; ;22381..22524;CDS hp;;86;;;;*48; comp;22611..22796;CDS hp;;138;;;;*62; comp;22935..25265;CDS replicase;;156;;;;*777; ;;;;;;;;; ;25422..26165;CDS;;220;220;;;248; comp;26386..26460;cgg;;183;183;;;;183 ;26644..27168;CDS;;151287;;;;175; ;;;;;;;;; ;178456..179454;CDS;;298;298;;;333; ;179753..181299;16s;;254;;;;; ;181554..184488;23s;;168;;;;; ;184657..184773;5s;;15;;;;; ;184789..184876;agc;;29;;;29;; ;184906..184982;atgj;;39;;;39;; ;185022..185097;gta;;15;;;15;; ;185113..185189;atgf;;14;;;14;; ;185204..185280;gac;;48;;;48;; ;185329..185404;ttc;;5;;;5;; ;185410..185485;aca;;9;;;9;; ;185495..185579;tac;;15;;;15;; ;185595..185670;aaa;;183;183;;;;183 comp;185854..187104;CDS;;30460;;;;417; ;;;;;;;;; comp;217565..218146;CDS;;129;129;;;194;129 comp;218276..218350;cgg;;261;261;;;; ;218612..219643;CDS;;34238;;;;344; ;;;;;;;;; ;253882..254526;CDS;;677;*677;;;215; ;255204..256745;16s;;268;;;;; ;257014..259948;23s;;95;;;;; ;260044..260160;5s;;55;;;;; ;260216..260292;atc;;19;;;19;; ;260312..260387;gca;+;16;;;16;; ;260404..260475;gaa;2 gca;9;;;9;; ;260485..260569;tac;;20;;;20;; ;260590..260665;aac;;3;;;3;; ;260669..260744;gta;;19;;;19;; ;260764..260840;gac;;20;;;20;; ;260861..260933;ttc;;15;;;15;; ;260949..261021;aaa;;10;;;10;; ;261032..261118;ctg;;3;;;3;; ;261122..261196;ggc;;12;;;12;; ;261209..261280;tgc;;15;;;15;; ;261296..261369;cgt;;5;;;5;; ;261375..261448;cca;;158;;;*158;; ;261607..261682;gca;;4;;;4;; ;261687..261759;acc;;5;;;5;; ;261765..261854;tcg;;19;;;19;; ;261874..261961;agc;;17;;;17;; ;261979..262054;gtc;;5;;;5;; ;262060..262134;acg;;39;;;39;; ;262174..262262;tcc;;41;;;41;; ;262304..262386;ctc;;283;283;;;;*283 ;262670..263515;CDS;;314679;;;;282; ;;;;;;;;; ;578195..579055;CDS;;324;324;;;287; ;579380..580921;16s;;258;;;;; ;581180..584114;23s;;166;;;;; ;584281..584397;5s;;31;;;;; ;584429..584505;aac;;6;;;6;; ;584512..584600;tcc;;38;;;38;; ;584639..584710;gaa;;11;;;11;; ;584722..584797;gta;;17;;;17;; ;584815..584891;atgf;;15;;;15;; ;584907..584983;gac;;67;;;67;; ;585051..585125;acg;;11;;;11;; ;585137..585212;cac;;10;;;10;; ;585223..585297;caa;;5;;;5;; ;585303..585378;aaa;;17;;;17;; ;585396..585470;ggc;+;40;;;40;; ;585511..585585;ggc;2 ggc;24;;;24;; ;585610..585692;ttg;;5;;;5;; ;585698..585774;cca;;19;;;19;; ;585794..585867;gga;;1;;;1;; ;585869..585942;aga;;187;187;;;;187 ;586130..586885;CDS;;85587;;;;252; ;;;;;;;;; ;672473..672949;CDS;;18;18;;;159;18 ;672968..673043;aac;;7;;7;;; ;673051..673138;agc;@2;297;;297;;; ;673436..673507;gaa;;9;;9;;; ;673517..673599;ctc;;180;180;;;; ;673780..674199;CDS;;182;;;;140; ;;;;;;;;; ;674382..675278;CDS;;159;159;;;299; ;675438..675520;ctc;;64;64;;;;64 ;675585..675833;CDS;;18450;;;;83; ;;;;;;;;; ;694284..695636;CDS;;797;*797;;;451; ;696434..697974;16s;;261;;;;; ;698236..701170;23s;;94;;;;; ;701265..701381;5s;;43;;;;; ;701425..701498;atc;;11;;;11;; ;701510..701584;gaa;;5;;;5;; ;701590..701665;gtc;;5;;;5;; ;701671..701747;atgf;;4;;;4;; ;701752..701825;tgg;;9;;;9;; ;701835..701909;caa;;8;;;8;; ;701918..701990;aaa;;18;;;18;; ;702009..702095;ctg;;4;;;4;; ;702100..702174;ggc;;11;;;11;; ;702186..702259;cgt;;12;;;12;; ;702272..702348;cca;;577;*577;;;;*577 ;702926..703120;CDS;;370320;;;;65; ;;;;;;;;; ;1073441..1074214;CDS;;373;373;;;258; ;1074588..1076136;16s;;260;;;;; ;1076397..1079331;23s;;168;;;;; ;1079500..1079616;5s;;9;;;;; ;1079626..1079701;aac;;6;;;6;; ;1079708..1079796;tcc;;38;;;38;; ;1079835..1079906;gaa;;11;;;11;; ;1079918..1079993;gta;;17;;;17;; ;1080011..1080087;atgf;;13;;;13;; ;1080101..1080177;gac;;49;;;49;; ;1080227..1080302;ttc;;4;;;4;; ;1080307..1080382;aca;;13;;;13;; ;1080396..1080481;tac;;8;;;8;; ;1080490..1080560;tgg;;13;;;13;; ;1080574..1080649;cac;;26;;;26;; ;1080676..1080747;caa;;9;;;9;; ;1080757..1080831;ggc;;12;;;12;; ;1080844..1080917;tgc;;10;;;10;; ;1080928..1081016;tta;;20;;;20;; ;1081037..1081113;cgt;;3;;;3;; ;1081117..1081199;ttg;;147;147;;;;147 ;1081347..1081973;CDS;;128630;;;;209; ;;;;;;;;; ;1210604..1213519;CDS;;354;354;;;972; ;1213874..1213949;gca;;16;;16;;; ;1213966..1214037;gaa;;12;;12;;; ;1214050..1214125;gta;;16;;16;;; ;1214142..1214218;gac;;17;;17;;; ;1214236..1214311;cac;;9;;9;;; ;1214321..1214395;caa;;9;;9;;; ;1214405..1214477;aaa;;8;;8;;; ;1214486..1214572;ctg;;3;;3;;; ;1214576..1214647;ggc;;169;169;;;;169 comp;1214817..1215602;CDS;;378784;;;;262; ;;;;;;;;; ;1594387..1594665;CDS;;537;*537;;;93; ;1595203..1596743;16s;;252;;;;; ;1596996..1599930;23s;;94;;;;; ;1600025..1600141;5s;;43;;;;; ;1600185..1600261;atc;;19;;;19;; ;1600281..1600356;gca;;17;;;17;; ;1600374..1600445;gaa;;8;;;8;; ;1600454..1600529;gta;+;5;;;5;; ;1600535..1600610;aca;2 gta;10;;;10;; ;1600621..1600705;tac;;18;;;18;; ;1600724..1600799;aac;;4;;;4;; ;1600804..1600879;gta;;21;;;21;; ;1600901..1600977;atgf;;12;;;12;; ;1600990..1601066;gac;;34;;;34;; ;1601101..1601176;cac;;13;;;13;; ;1601190..1601264;caa;;8;;;8;; ;1601273..1601345;aaa;;17;;;17;; ;1601363..1601448;ctc;;13;;;13;; ;1601462..1601548;ctg;;5;;;5;; ;1601554..1601628;ggc;;14;;;14;; ;1601643..1601713;tgc;;10;;;10;; ;1601724..1601797;cgt;;5;;;5;; ;1601803..1601876;cca;;105;105;;;;105 ;1601982..1602245;CDS;;232535;;;;88; ;;;;;;;;; ;1834781..1835260;CDS;;106;106;;;160;106 ;1835367..1835439;gcc;;137;137;;;; comp;1835577..1835978;CDS;;371114;;;;134; ;;;;;;;;; comp;2207093..2208091;CDS;;192;192;;;333;192 ;2208284..2208367;ctg;+;49;;49;;; ;2208417..2208500;ctg;2 ctg;315;315;;;; ;2208816..2209952;CDS;;1246561;;;;379; ;;;;;;;;; ;3456514..3456786;CDS;;256;256;;;91; ;3457043..3457119;ccc;;142;142;;;;142 ;3457262..3457483;CDS;;1547757;;;;74; ;;;;;;;;; comp;5005241..5005426;CDS;;127;127;;;62;127 comp;5005554..5005636;ctc;;40;;40;;; comp;5005677..5005765;tcc;;13;;13;;; comp;5005779..5005852;atg;;19;;19;;; comp;5005872..5005958;tcg;;167;167;;;; ;5006126..5006220;ncRNA;;1377035;;;;32; ;;;;;;;;; comp;6383256..6384173;CDS;;228;228;;;306; ;6384402..6384477;gtc;;69;69;;;;69 comp;6384547..6385458;CDS;;5453;;;;304; ;;;;;;;;; comp;6390912..6391130;CDS;;142;142;;;73;142 comp;6391273..6391358;tta;;7;;7;;; comp;6391366..6391442;atgi;;19;;19;;; comp;6391462..6391538;atgf;;370;370;;;; comp;6391909..6392460;CDS;;962046;;;;184; ;;;;;;;;; ;7354507..7354737;CDS;;342;342;;;77;*342 comp;7355080..7355162;ctc;;28;;;28;; comp;7355191..7355279;tcc;;12;;;12;; comp;7355292..7355368;atgf;;14;;;14;; comp;7355383..7355459;atgj;;14;;;14;; comp;7355474..7355561;agc;;8;;;8;; comp;7355570..7355659;tcg;;4;;;4;; comp;7355664..7355736;acc;;4;;;4;; comp;7355741..7355816;gca;;119;;;;; ;7355936..7356030;ncRNA;@3;36;;;;; comp;7356067..7356140;cca;;6;;;6;; comp;7356147..7356220;cgt;;104;;;*104;; comp;7356325..7356396;ggc;;7;;;7;; comp;7356404..7356490;ctg;;9;;;9;; comp;7356500..7356572;aaa;;9;;;9;; comp;7356582..7356656;caa;;9;;;9;; comp;7356666..7356741;cac;;17;;;17;; comp;7356759..7356835;gac;;12;;;12;; comp;7356848..7356923;gta;;4;;;4;; comp;7356928..7357003;aac;;15;;;15;; comp;7357019..7357103;tac;;8;;;8;; comp;7357112..7357187;aca;;5;;;5;; comp;7357193..7357264;gaa;;15;;;15;; comp;7357280..7357355;gcc;;9;;;9;; comp;7357365..7357438;atc;;54;;;;; comp;7357493..7357609;5s;;112;;;;; comp;7357722..7360655;23s;;258;;;;; comp;7360914..7362454;16s;;403;*403;;;; ;7362858..7363397;CDS;;254752;;;;180; ;;;;;;;;; ;7618150..7618842;CDS;;280;280;;;231;*280 comp;7619123..7619193;ggg;;335;335;;;; ;7619529..7620461;CDS;;46171;;;;311; ;;;;;;;;; comp;7666633..7668069;CDS;;104;104;;;479;104 comp;7668174..7668244;ggg;;5;;;5;; comp;7668250..7668326;cca;;106;;;*106;; comp;7668433..7668506;cgt;;11;;;11;; comp;7668518..7668592;ggc;;5;;;5;; comp;7668598..7668684;ctg;;13;;;13;; comp;7668698..7668783;ctc;;16;;;16;; comp;7668800..7668872;aaa;;10;;;10;; comp;7668883..7668967;tac;;28;;;28;; comp;7668996..7669071;ttc;;12;;;;; comp;7669084..7669200;5s;;159;;;;; comp;7669360..7672297;23s;;256;;;;; comp;7672554..7674095;16s;;537;*537;;;; ;7674633..7675382;CDS;;177794;;;;250; ;;;;;;;;; comp;7853177..7853761;CDS;;57;57;;;195;57 comp;7853819..7853892;cac;;230;;230;;; comp;7854123..7854196;cac;;404;*404;;;; comp;7854601..7854801;CDS;;245639;;;;67; ;;;;;;;;; comp;8100441..8100854;CDS;;123;123;;;138;123 comp;8100978..8101094;5s;;167;;;;; comp;8101262..8104180;23s;;248;;;;; comp;8104429..8105969;16s;;325;325;;;; comp;8106295..8106636;CDS;;45281;;;;114; ;;;;;;;;; comp;8151918..8152448;CDS;;460;*460;;;177;*460 comp;8152909..8153031;5s;;94;;;;; comp;8153126..8156060;23s;;258;;;;; comp;8156319..8157859;16s;;456;*456;;;; ;8158316..8158642;CDS;;98285;;;;109; ;;;;;;;;; ;8256928..8257746;CDS;;83;83;;;273;83 comp;8257830..8257903;gga;;5;;;5;; comp;8257909..8257985;cca;;16;;;16;; comp;8258002..8258078;cgt;;4;;;4;; comp;8258083..8258157;ggc;;8;;;8;; comp;8258166..8258248;cta;;42;;;42;; comp;8258291..8258366;aaa;;8;;;8;; comp;8258375..8258449;caa;;9;;;9;; comp;8258459..8258532;tgg;;4;;;4;; comp;8258537..8258613;atgf;;5;;;5;; comp;8258619..8258694;gtc;;5;;;5;; comp;8258700..8258774;gaa;;11;;;11;; comp;8258786..8258859;atc;;43;;;;; comp;8258903..8259019;5s;;94;;;;; comp;8259114..8262048;23s;;255;;;;; comp;8262304..8263845;16s;;306;306;;;; comp;8264152..8264370;CDS;;58373;;;;73; ;;;;;;;;; comp;8322744..8323205;CDS;;393;393;;;154;*393 comp;8323599..8323715;5s;;94;;;;; comp;8323810..8326748;23s;;258;;;;; comp;8327007..8328547;16s;;369;369;;;; comp;8328917..8330413;CDS;;21505;;;;499; ;;;;;;;;; comp;8351919..8354414;CDS;;396;396;;;832; comp;8354811..8354884;atg;;149;149;;;;149 comp;8355034..8355537;CDS;;34450;;;;168; ;;;;;;;;; ;8389988..8390512;CDS;;296;296;;;175;*296 comp;8390809..8390925;5s;;94;;;;; comp;8391020..8393954;23s;;259;;;;; comp;8394214..8395754;16s;;234;234;;;; comp;8395989..8396255;CDS;;220222;;;;89; ;;;;;;;;; comp;8616478..8616924;CDS;;417;*417;;;149; ;8617342..8617418;gac;;157;157;;;;157 ;8617576..8618541;CDS;;105821;;;;322; ;;;;;;;;; ;8724363..8724614;CDS;;455;*455;;;84; comp;8725070..8725160;tcg;;165;165;;;;165 comp;8725326..8725559;CDS;;9205;;;;78; ;;opéron;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd </pre> ====pmq cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_cumuls|pmq cumuls]] <pre> pmq;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cds dirigé;gammes;cdsa;cdsd avec rRNA;opérons;14;1;0;1;1;0;1;0;100;15;8 ;16 23 5s 0;5;20;14;107;50;3;20;1;200;18;10 ;16 atc gca;0;40;1;12;100;4;40;0;300;12;6 ;16 23 5s a;9;60;1;4;150;11;60;2;400;9;3 ;max a;23;80;0;1;200;11;80;2;500;6;4 ;a doubles;3;100;0;0;250;3;100;1;600;0;0 ;spéciaux;0;120;0;2;300;6;120;3;700;0;0 ;total aas;138;140;0;0;350;7;140;3;800;0;0 sans ;opérons;17;160;0;1;400;6;160;5;900;1;0 ;1 aa;11;180;0;0;450;3;180;3;1000;1;0 ;max a;9;200;0;0;500;3;200;4;1100;0;0 ;a doubles;1;;2;0;;5;;7;;0;0 ;total aas;35;;18;128;;62;;31;;62;31 total aas;;173;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;16;;;;;;235;213 ;;;variance;;20;;;;;;184;122 sans jaune;;;moyenne;16;14;;207;;126;;; ;;;variance;12;11;;106;;49;;; </pre> ====pmq blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_blocs|pmq blocs]] <pre> Les blocs à rRNAs pmq;;;;; CDS;298;324;373;12; 16s;254;258;260;159; 23s;168;166;168;256; 5s;15;31;9;537; 1er aa;agc;aac;aac;ttc; aas;9;16;17;9; CDS;183;187;147;104; ;;;;; CDS;677;797;537;54;43 16s;268;261;252;112;94 23s;95;94;94;258;255 5s;55;43;43;403;306 atc / aas;22;11;19;23;12 CDS;283;577;105;342;83 ;;;;; CDS;322;123;460;393;296 16s;269;167;94;94;94 23s;95;248;258;258;259 5s;178;325;456;369;234 </pre> ====pmq distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_distribution|pmq distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ggc2 5s;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;4;tac;6;tgc;3 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;2;aac;5;agc;3 ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;4;cgt;7 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;3;gcc;1;gac;6;ggc;9 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;8;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;7;caa;6;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;1;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;4;gaa;7;gga;2 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;2;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total pmq;;11;;;;;11;;pmq;22;;;;;;22;;pmq;2;;;;;;2;;pmq;;;;138;;;138 </pre> ====pmq données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_données_intercalaires|pmq données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;pmq;fx;fc;pmq;fx40;fc40;pmq;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;5;26;0;5;26;-1;0;80;47;222;23s 5s;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;15;298;1;1;52;-2;3;0;137;183;2* 97;;;29;;agc;11;;atc;28;;ctc ;1;20;15;336;2;1;46;-3;0;1;129;183;2* 170;;;39;;atgj;5;;gaa;12;;tcc ;0;30;22;273;3;1;35;-4;11;384;283;261;168;;;15;;gta;5;;gtc;14;;atgf ;0;40;16;249;4;1;34;-5;0;1;187;169;6* 96;;;14;;atgf;4;;atgf;14;;atgj ;1;50;22;194;5;1;28;-6;3;1;18;137;113;;;48;;gac;9;;tgg;8;;agc ;0;60;24;156;6;1;32;-7;0;5;180;192;161;;;5;;ttc;8;;caa;4;;tcg ;1;70;32;142;7;2;28;-8;0;76;159;228;169;;;9;;aca;18;;aaa;4;;acc 1;1;80;47;168;8;2;12;-9;1;0;64;72;5s CDS;;;15;;tac;7;;ctg;;119;gca 1;1;90;44;163;9;4;10;-10;1;8;577;342;178;296;;**;;aaa;11;;ggc;;36;ncRNA ;0;100;53;148;10;1;21;-11;2;32;150;280;123;;;19;;atc;12;;cgt;6;;cca ;3;110;53;123;11;1;23;-12;0;0;354;335;460;;;16;;gca;**;;cca;104;;cgt ;0;120;61;117;12;0;38;-13;0;7;105;86;393;;;9;;gaa;6;;aac;7;;ggc ;1;130;77;120;13;1;43;-14;2;27;106;417;5s tRNA;;;20;;tac;38;;tcc;9;;ctg 1;1;140;60;95;14;1;45;-15;0;0;315;455;15;;agc;3;;aac;11;;gaa;9;;aaa ;4;150;64;119;15;3;39;-16;0;5;256;;55;;atc;19;;gta;17;;gta;9;;caa ;2;160;67;87;16;2;34;-17;2;17;142;;54;;atc;20;;gac;13;;atgf;17;;cac 1;1;170;75;94;17;1;25;-18;0;0;394;;3* 43;;atc;15;;ttc;49;;gac;12;;gac ;1;180;66;111;18;3;36;-19;0;1;142;;9;;aac;10;;aaa;4;;ttc;4;;gta 2;1;190;81;93;19;3;29;-20;1;14;75;;31;;aac;3;;ctg;13;;aca;15;;aac 1;0;200;65;94;20;0;24;-21;0;0;104;;12;;ttc;12;;ggc;8;;tac;8;;tac ;0;210;65;86;21;6;37;-22;1;5;84;;tRNA tRNA;;;15;;tgc;13;;tgg;5;;aca ;0;220;58;86;22;1;32;-23;0;13;404;;7;;aac;5;;cgt;26;;cac;15;;gaa 2;0;230;52;79;23;3;23;-24;0;0;396;;297;;agc;158;;cca;9;;caa;9;;gcc ;0;240;54;87;24;2;45;-25;1;3;149;;9;;gaa;4;;gca;12;;ggc;**;;atc ;0;250;47;74;25;0;28;-26;3;13;157;;**;;ctc;5;;acc;10;;tgc;5;;ggg ;1;260;41;66;26;5;15;-27;0;0;165;;16;;gca;19;;tcg;20;;tta;106;;cca 1;0;270;43;60;27;2;24;-28;0;0;CDS 16s;;12;;gaa;17;;agc;3;;cgt;11;;cgt 1;0;280;35;59;28;2;14;-29;0;8;318;399;16;;gta;5;;gtc;**;;ttg;5;;ggc ;1;290;30;44;29;0;25;-30;0;0;299;533;17;;gac;39;;acg;19;;atc;13;;ctg ;0;300;23;35;30;1;30;-31;0;2;673;;9;;cac;41;;tcc;17;;gca;16;;ctc ;0;310;35;45;31;0;26;-32;1;8;320;;9;;caa;**;;ctc;8;;gaa;10;;aaa ;1;320;28;32;32;2;20;-33;0;0;793;;8;;aaa;10;;aac;5;;gta;28;;tac ;0;330;28;41;33;1;26;-34;1;2;377;;3;;ctg;38;;tcc;10;;aca;**;;ttc 1;0;340;21;27;34;3;20;-35;1;6;533;;**;;ggc;11;;gaa;18;;tac;5;;gga 1;0;350;25;33;35;1;31;-36;2;0;321;;49;;ctg;17;;gta;4;;aac;16;;cca ;1;360;19;22;36;1;23;-37;0;2;272;;**;;ctg;15;;atgf;21;;gta;4;;cgt ;0;370;14;26;37;3;24;-38;0;2;302;;40;;ctc;67;;gac;12;;atgf;8;;ggc ;0;380;12;32;38;1;24;-39;0;0;365;;13;;tcc;11;;acg;34;;gac;42;;cta ;0;390;15;24;39;2;27;-40;0;1;230;;19;;atgj;10;;cac;13;;cac;8;;aaa ;2;400;10;26;40;2;28;-41;0;5;16s 23s;;**;;tcg;5;;caa;8;;caa;9;;caa 2;2;reste;266;353;reste;1812;3361;-42;0;0;2* 280;;7;;tta;17;;aaa;17;;aaa;4;;tgg 15;27;total;1885;4543;total;1885;4543;-43;0;0;266;;19;;atgi;40;;ggc;13;;ctc;5;;atgf 13;25;diagr;1614;4164;diagr;68;1156;-44;1;3;272;;**;;atgf;24;;ggc;5;;ctg;5;;gtc 0;1; t30;52;907;;;;-45;0;0;271;;230;;cac;8;;ttg;14;;ggc;11;;gaa ;;;;;;;;-46;0;1;263;;**;;cac;19;;cca;10;;tgc;**;;atc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;4* 269;;;;;1;;gga;5;;cgt;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;268;;;;;**;;aga;**;;cca;;; ;x;1880;42;5;1927;;;-49;0;2;259;;;;;;;;;;;;; ;c;4517;753;26;5296;;;-50;0;1;267;;;;;;;;;;;;; ;;;;;7223;256;;reste;5;16;270;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;7479;;total;42;753;;;;;;;;;;;;;; </pre> =====pmq autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires_aas|pmq autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;pmq;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;9206;318;; ;rRNA;10595;280;;16s ;rRNA;12412;97;;23s ;rRNA;15439;178;;5s fin;CDS;15734;;; deb;CDS;20252;47;; ;tRNA;21580;137;;tca fin;CDS;21807;;; deb;CDS;25422;222;; ;tRNA;26388;183;comp;cgg fin;CDS;26644;;; deb;CDS;178456;299;; ;rRNA;179754;266;;16s ;rRNA;181557;170;;23s ;rRNA;184657;15;;5s ;tRNA;184789;29;;agc ;tRNA;184906;39;;atgj ;tRNA;185022;15;;gta ;tRNA;185113;14;;atgf ;tRNA;185204;48;;gac ;tRNA;185329;5;;ttc ;tRNA;185410;9;;aca ;tRNA;185495;15;;tac ;tRNA;185595;183;;aaa fin;CDS;185854;;comp; deb;CDS;217565;129;comp; ;tRNA;218276;261;comp;cgg fin;CDS;218612;;; deb;CDS;230970;186;; ;tmRNA;231642;140;; fin;CDS;232145;;; deb;CDS;253921;673;; ;rRNA;255200;280;;16s ;rRNA;257017;97;;23s ;rRNA;260044;55;;5s ;tRNA;260216;19;;atc ;tRNA;260312;16;;gca ;tRNA;260404;9;;gaa ;tRNA;260485;20;;tac ;tRNA;260590;3;;aac ;tRNA;260669;19;;gta ;tRNA;260764;20;;gac ;tRNA;260861;15;;ttc ;tRNA;260949;10;;aaa ;tRNA;261032;3;;ctg ;tRNA;261122;12;;ggc ;tRNA;261209;15;;tgc ;tRNA;261296;5;;cgt ;tRNA;261375;158;;cca ;tRNA;261607;4;;gca ;tRNA;261687;5;;acc ;tRNA;261765;19;;tcg ;tRNA;261874;17;;agc ;tRNA;261979;5;;gtc ;tRNA;262060;39;;acg ;tRNA;262174;41;;tcc ;tRNA;262304;283;;ctc fin;CDS;262670;;; deb;CDS;578195;320;; ;rRNA;579376;269;;16s ;rRNA;581183;168;;23s ;rRNA;584281;31;;5s ;tRNA;584429;10;;aac ;tRNA;584512;38;;tcc ;tRNA;584639;11;;gaa ;tRNA;584722;17;;gta ;tRNA;584815;15;;atgf ;tRNA;584907;67;;gac ;tRNA;585051;11;;acg ;tRNA;585137;10;;cac ;tRNA;585223;5;;caa ;tRNA;585303;17;;aaa ;tRNA;585396;40;;ggc ;tRNA;585511;24;;ggc ;tRNA;585610;8;;ttg ;tRNA;585698;19;;cca ;tRNA;585794;1;;gga ;tRNA;585869;187;;aga fin;CDS;586130;;; deb;CDS;672473;18;; ;tRNA;672968;7;;aac ;tRNA;673051;297;;agc ;tRNA;673436;9;;gaa ;tRNA;673517;180;;ctc fin;CDS;673780;;; deb;CDS;674382;159;; ;tRNA;675438;64;;ctc fin;CDS;675585;;; deb;CDS;694284;793;; ;rRNA;696430;272;;16s ;rRNA;698239;96;;23s ;rRNA;701265;43;;5s ;tRNA;701425;11;;atc ;tRNA;701510;5;;gaa ;tRNA;701590;5;;gtc ;tRNA;701671;4;;atgf ;tRNA;701752;9;;tgg ;tRNA;701835;8;;caa ;tRNA;701918;18;;aaa ;tRNA;702009;7;;ctg ;tRNA;702100;11;;ggc ;tRNA;702186;12;;cgt ;tRNA;702272;577;;cca fin;CDS;702926;;; deb;CDS;1073441;377;; ;rRNA;1074592;271;;16s ;rRNA;1076400;170;;23s ;rRNA;1079500;9;;5s ;tRNA;1079626;6;;aac ;tRNA;1079708;38;;tcc ;tRNA;1079835;11;;gaa ;tRNA;1079918;17;;gta ;tRNA;1080011;13;;atgf ;tRNA;1080101;49;;gac ;tRNA;1080227;4;;ttc ;tRNA;1080307;13;;aca ;tRNA;1080396;8;;tac ;tRNA;1080490;13;;tgg ;tRNA;1080574;26;;cac ;tRNA;1080676;9;;caa ;tRNA;1080757;12;;ggc ;tRNA;1080844;10;;tgc ;tRNA;1080928;20;;tta ;tRNA;1081037;3;;cgt ;tRNA;1081117;150;;ttg fin;CDS;1081347;;; deb;CDS;1210625;354;; ;tRNA;1213874;16;;gca ;tRNA;1213966;12;;gaa ;tRNA;1214050;16;;gta ;tRNA;1214142;17;;gac ;tRNA;1214236;9;;cac ;tRNA;1214321;9;;caa ;tRNA;1214405;8;;aaa ;tRNA;1214486;3;;ctg ;tRNA;1214576;169;;ggc fin;CDS;1214817;;comp; deb;CDS;1594387;533;; ;rRNA;1595199;263;;16s ;rRNA;1596999;96;;23s ;rRNA;1600025;43;;5s ;tRNA;1600185;19;;atc ;tRNA;1600281;17;;gca ;tRNA;1600374;8;;gaa ;tRNA;1600454;5;;gta ;tRNA;1600535;10;;aca ;tRNA;1600621;18;;tac ;tRNA;1600724;4;;aac ;tRNA;1600804;21;;gta ;tRNA;1600901;12;;atgf ;tRNA;1600990;34;;gac ;tRNA;1601101;13;;cac ;tRNA;1601190;8;;caa ;tRNA;1601273;17;;aaa ;tRNA;1601363;13;;ctc ;tRNA;1601462;5;;ctg ;tRNA;1601554;14;;ggc ;tRNA;1601643;10;;tgc ;tRNA;1601724;5;;cgt ;tRNA;1601803;105;;cca fin;CDS;1601982;;; deb;CDS;1834781;106;; ;tRNA;1835367;137;;gcc fin;CDS;1835577;;comp; deb;CDS;2147627;89;; ;ncRNA;2148556;114;; fin;CDS;2148850;;; deb;CDS;2207093;192;comp; ;tRNA;2208284;49;;ctg ;tRNA;2208417;315;;ctg fin;CDS;2208816;;; deb;CDS;3456514;256;; ;tRNA;3457043;142;;ccc fin;CDS;3457262;;; deb;CDS;5004536;394;comp; ;tRNA;5005554;40;comp;ctc ;tRNA;5005677;13;comp;tcc ;tRNA;5005779;19;comp;atgj ;tRNA;5005872;167;comp;tcg ;ncRNA;5006126;132;; fin;CDS;5006353;;; deb;CDS;6383256;228;comp; ;tRNA;6384402;72;;gtc fin;CDS;6384547;;comp; deb;CDS;6390912;142;comp; ;tRNA;6391273;7;comp;tta ;tRNA;6391366;19;comp;atgi ;tRNA;6391462;75;comp;atgf fin;CDS;6391614;;comp; deb;CDS;6561157;118;; ;ncRNA;6563228;95;comp; fin;CDS;6563744;;comp; deb;CDS;7354507;342;; ;tRNA;7355080;28;comp;ctc ;tRNA;7355191;12;comp;tcc ;tRNA;7355292;14;comp;atgf ;tRNA;7355383;14;comp;atgj ;tRNA;7355474;8;comp;agc ;tRNA;7355570;4;comp;tcg ;tRNA;7355664;4;comp;acc ;tRNA;7355741;119;comp;gca ;ncRNA;7355936;36;; ;tRNA;7356067;6;comp;cca ;tRNA;7356147;104;comp;cgt ;tRNA;7356325;7;comp;ggc ;tRNA;7356404;9;comp;ctg ;tRNA;7356500;9;comp;aaa ;tRNA;7356582;9;comp;caa ;tRNA;7356666;17;comp;cac ;tRNA;7356759;12;comp;gac ;tRNA;7356848;4;comp;gta ;tRNA;7356928;15;comp;aac ;tRNA;7357019;8;comp;tac ;tRNA;7357112;5;comp;aca ;tRNA;7357193;15;comp;gaa ;tRNA;7357280;9;comp;gcc ;tRNA;7357365;54;comp;atc ;rRNA;7357493;113;comp;5s ;rRNA;7357723;269;comp;23s ;rRNA;7360922;399;comp;16s fin;CDS;7362858;;; deb;CDS;7618150;280;; ;tRNA;7619123;335;comp;ggg fin;CDS;7619529;;; deb;CDS;7666633;104;comp; ;tRNA;7668174;5;comp;ggg ;tRNA;7668250;106;comp;cca ;tRNA;7668433;11;comp;cgt ;tRNA;7668518;5;comp;ggc ;tRNA;7668598;13;comp;ctg ;tRNA;7668698;16;comp;ctc ;tRNA;7668800;10;comp;aaa ;tRNA;7668883;28;comp;tac ;tRNA;7668996;12;comp;ttc ;rRNA;7669084;161;comp;5s ;rRNA;7669362;268;comp;23s ;rRNA;7672563;533;comp;16s fin;CDS;7674633;;; deb;CDS;7853177;84;comp; ;tRNA;7853819;230;comp;cac ;tRNA;7854123;404;comp;cac fin;CDS;7854601;;comp; deb;CDS;8100441;123;comp; ;rRNA;8100978;169;comp;5s ;rRNA;8101264;259;comp;23s ;rRNA;8104437;321;comp;16s fin;CDS;8106295;;comp; deb;CDS;8151918;460;comp; ;rRNA;8152909;96;comp;5s ;rRNA;8153128;269;comp;23s ;rRNA;8156327;272;comp;16s fin;CDS;8158136;;comp; deb;CDS;8256928;86;; ;tRNA;8257833;5;comp;gga ;tRNA;8257909;16;comp;cca ;tRNA;8258002;4;comp;cgt ;tRNA;8258083;8;comp;ggc ;tRNA;8258166;42;comp;cta ;tRNA;8258291;8;comp;aaa ;tRNA;8258375;9;comp;caa ;tRNA;8258459;4;comp;tgg ;tRNA;8258537;5;comp;atgf ;tRNA;8258619;5;comp;gtc ;tRNA;8258700;11;comp;gaa ;tRNA;8258786;43;comp;atc ;rRNA;8258903;96;comp;5s ;rRNA;8259116;267;comp;23s ;rRNA;8262313;302;comp;16s fin;CDS;8264152;;comp; deb;CDS;8322744;393;comp; ;rRNA;8323599;96;comp;5s ;rRNA;8323812;269;comp;23s ;rRNA;8327015;365;comp;16s fin;CDS;8328917;;comp; deb;CDS;8351919;396;comp; ;tRNA;8354811;149;comp;atgj fin;CDS;8355034;;comp; deb;CDS;8389988;296;; ;rRNA;8390809;96;comp;5s ;rRNA;8391022;270;comp;23s ;rRNA;8394222;230;comp;16s fin;CDS;8395989;;comp; deb;CDS;8399622;208;comp; ;ncRNA;8400892;47;comp; fin;CDS;8401203;;comp; deb;CDS;8616478;417;comp; ;tRNA;8617342;157;;gac fin;CDS;8617576;;; deb;CDS;8724363;455;; ;tRNA;8725070;165;comp;tcg fin;CDS;8725326;;comp; </pre> ====pmq intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_entre_cds|pmq intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> ;;;pmq 9.11.20;;;;;;;;; pmq;8.2.21 Paris;;pmq 7.2.21;;;;;;;;; pmq;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquence5;intercal;<u>fréquencez ;'''négatif;795;11.0;'''négatif ;-11;16;-1 à -119;'''8 739 048;-1;795;610;15 ;'''zéro;31;0.4;;;;;'''intercals;0;31;620;10 ;'''1 à 200;4139;57.3;'''0 à 200;88;60;;'''1 202 544;5;200;630;6 ;'''201 à 370;1520;21.0;'''201 à 370;266;46;;'''13.8%;10;113;640;6 ;'''371 à 600;506;7.0;'''371 à 600;460;65;;;15;194;650;10 ;'''601 à max;232;3.2;'''601 à 1028;861;248;;;20;157;660;8 ;'''total 7223;<201;68.7;'''total 7223;165;188;-119 à 1742;;25;177;670;5 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;118;680;5 6589209;1742;-1;795;-70;13;;0;31;35;130;690;6 6004770;1651;0;31;-60;3;;-1;°80;40;135;700;4 4375163;1613;1;°53;-50;6;;-2;3;45;110;710;5 3234976;1576;2;°47;-40;14;;-3;1;50;106;720;5 1433663;1551;3;36;-30;27;'''min à -1;-4;°395;55;93;730;5 1961332;1546;4;35;-20;62;795;-5;1;60;87;740;5 1948392;1534;5;29;-10;104;11.0%;-6;4;65;99;750;4 8025788;1532;6;°33;0;597;;-7;5;70;75;760;6 6672573;1521;7;°30;10;313;;-8;°76;75;106;770;5 4064508;1497;8;14;20;351;;-9;1;80;109;780;4 1735863;1428;9;14;30;295;;-10;9;85;99;790;3 4067449;1378;10;22;40;265;'''1 à 100;-11;°34;90;108;800;5 2875626;1352;11;24;50;216;2448;-12;0;95;98;810;3 896926;1351;12;°38;60;180;33.9%;-13;7;100;103;820;5 6351796;1318;13;°44;70;174;;-14;°29;105;92;830;6 2069562;1279;14;°46;80;215;;-15;0;110;84;840;1 1529184;1277;15;°42;90;207;;-16;5;115;93;850;1 1897252;1277;16;36;100;201;;-17;°19;120;85;860;7 2910237;1276;17;26;110;176;;-18;0;125;100;870;2 3749065;1276;18;°39;120;178;;-19;1;130;97;880;2 4906359;1270;19;32;130;197;;-20;°15;135;72;890;3 1921516;1263;20;24;140;155;;-21;0;140;83;900;3 880003;1252;21;°43;150;183;;-22;6;145;89;910;3 5858747;1240;22;33;160;154;;-23;°13;150;94;920;2 5950046;1211;23;26;170;169;'''1 à 200;-24;0;155;77;930;4 8085655;1206;24;°47;180;177;4139;-25;4;160;77;940;5 7588882;1203;25;28;190;174;57.3%;-26;°16;165;84;950;2 7315024;1200;26;20;200;159;;-27;0;170;85;960;2 5662979;1189;27;°26;210;151;;-28;0;175;91;970;2 8557915;1186;28;16;220;144;;-29;°8;180;86;980;0 359256;1184;29;25;230;131;;-30;0;185;87;990;2 7839445;1169;30;°31;240;141;;-31;2;190;87;1000;2 1773925;1157;31;26;250;121;'''0 à 200;-32;°9;195;80;1010;2 3687367;1141;32;22;260;107;4170;;774;200;79;1020;1 1886363;1109;33;°27;270;103;;reste;52;205;81;1030;2 7335994;1095;34;23;280;94;;total;826;210;70;1040;2 5259590;1088;35;°32;290;74;;;;215;82;1050;2 3089348;1087;36;24;300;58;;;;220;62;1060;4 3287601;1084;37;27;310;80;;'''intercal;'''<u>fréquence5;225;65;1070;0 933373;1077;38;25;320;60;;600;6991;230;66;1080;1 8231158;1055;39;°29;330;69;;650;47;235;68;1090;3 1233491;1054;40;°30;340;48;'''201 à 370;700;28;240;73;1100;1 1379835;1052;reste;5173;350;58;1520;750;24;245;59;1110;1 1438197;1052;total;7223;360;41;21.0%;800;23;250;62;1120;0 2970387;1045;;;370;40;;850;16;255;55;1130;0 5913926;1042;;;380;44;;900;17;260;52;1140;0 7192953;1040;;;390;39;;950;16;265;51;1150;1 247705;1038;;;400;36;;1000;8;270;52;1160;1 1687282;1027;;;410;29;;1050;9;275;42;1170;1 7301491;1024;;;420;25;;1100;9;280;52;1180;0 2362680;1013;;;430;35;;1150;2;285;35;1190;3 ;;;;440;31;;1200;6;290;39;1200;1 ;;;;450;19;;1250;4;295;29;;205 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;460;25;;1300;8;300;29;reste;27 4544722;-119;shift 2;16105;470;17;;1350;1;305;45;total;232 5318942;-119;shift 3;18655;480;21;;1400;3;310;35;; 1976860;-116;shift 4;1615;490;20;;1450;1;315;33;; 5337597;-115;shift 5;1973;500;26;;1500;1;320;27;; 3673911;-113;shift 6;419;510;13;;1550;4;325;30;; 5433750;-101;shift 7;5002;520;14;;1600;2;330;39;; 7350606;-101;shift 8;832;530;14;;1650;1;335;28;; 2131496;-95;shift 9;1189;540;19;'''371 à 600;;230;340;20;; 4669248;-95;;;550;20;506;;;345;34;; 2553569;-89;;;560;12;7.0%;;;350;24;; 2198194;-75;;;570;15;;;;355;28;; 1029214;-74;;;580;9;'''601 à max;;;360;13;; 7372543;-73;;;590;11;232;;;365;21;; 1297148;-65;;;600;12;3.2%;;;370;19;; 3921139;-65;;;reste;232;;reste;2;reste;738;; 6624824;-65;;;total;7223;;total;7223;total;7223;; </pre> ====pmq intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;; pmq Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; pmq;min10;1614;4164;5778;458;-832;-651;181;-866;-825;-61;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; 32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pmq;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;31;-283;664;-7.0;878;304;max190;&-29;229;-645;79;946;263;min70 31 à 400;;;;;;;2 parties;&-13;112;-388;63;937;287;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;28;31;-;65;poly;813;tF;&143;54;;806;poly;140;SF 31 à 400;;;;;;;;&113;46;-;886;dte;51;Sf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.207;;24.1.22 Paris;;;; 41-n;0.458;-0.832;-0.651;;;;;;;;;;; 1-n;-0.061;-0.866;-0.825;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; pmq;fx;fc;;pmq;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;pmq;Sx-;Sc- 0;5;26;;0;3;6;0;5;26;>0;1880;-1;0;80 10;15;298;;10;9;72;1;1;52;<0;42;-2;3;0 20;15;336;;20;9;81;2;1;46;zéro;5;-3;0;1 30;22;273;;30;14;66;3;1;35;total;1927;-4;11;384 40;16;249;;40;10;60;4;1;34;;c;-5;0;1 50;22;194;;50;14;47;5;1;28;>0;4517;-6;3;1 60;24;156;;60;15;37;6;1;32;<0;753;-7;0;5 70;32;142;;70;20;34;7;2;28;zéro;26;-8;0;76 80;47;168;;80;29;40;8;2;12;total;5296;-9;1;0 90;44;163;;90;27;39;9;4;10;;;-10;1;8 100;53;148;;100;33;36;10;1;21;total;7223;-11;2;32 110;53;123;;110;33;30;11;1;23;;;-12;0;0 120;61;117;;120;38;28;12;0;38;;;-13;0;7 130;77;120;;130;48;29;13;1;43;;;-14;2;27 140;60;95;;140;37;23;14;1;45;;;-15;0;0 150;64;119;;150;40;29;15;3;39;;;-16;0;5 160;67;87;;160;42;21;16;2;34;;;-17;2;17 170;75;94;;170;46;23;17;1;25;;;-18;0;0 180;66;111;;180;41;27;18;3;36;;;-19;0;1 190;81;93;;190;50;22;19;3;29;;;-20;1;14 200;65;94;;200;40;23;20;0;24;;;-21;0;0 210;65;86;;210;40;21;21;6;37;;;-22;1;5 220;58;86;;220;36;21;22;1;32;;;-23;0;13 230;52;79;;230;32;19;23;3;23;;;-24;0;0 240;54;87;;240;33;21;24;2;45;;;-25;1;3 250;47;74;;250;29;18;25;0;28;;;-26;3;13 260;41;66;;260;25;16;26;5;15;;;-27;0;0 270;43;60;;270;27;14;27;2;24;;;-28;0;0 280;35;59;;280;22;14;28;2;14;;;-29;0;8 290;30;44;;290;19;11;29;0;25;;;-30;0;0 300;23;35;;300;14;8;30;1;30;;;-31;0;2 310;35;45;;310;22;11;31;0;26;;;-32;1;8 320;28;32;;320;17;8;32;2;20;;;-33;0;0 330;28;41;;330;17;10;33;1;26;;;-34;1;2 340;21;27;;340;13;6;34;3;20;;;-35;1;6 350;25;33;;350;15;8;35;1;31;;;-36;2;0 360;19;22;;360;12;5;36;1;23;;;-37;0;2 370;14;26;;370;9;6;37;3;24;;;-38;0;2 380;12;32;;380;7;8;38;1;24;;;-39;0;0 390;15;24;;390;9;6;39;2;27;;;-40;0;1 400;10;26;;400;6;6;40;2;28;;;-41;0;5 reste;266;353;;;;;reste;1812;3361;;;-42;0;0 total;1885;4543;;t30;32;218;total;1885;4543;;;-43;0;0 diagr;1614;4164;;;;;diagr;68;1156;;;-44;1;3 - t30;1562;3257;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;2 ;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;reste;5;16 ;;;;;;;;;;;;total;42;753 </pre> ====pmq intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_négatifs_S-|pmq intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;;à partir de 51 comp’;0;3;0;8;0;3;0;0;1;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;34;4 continu;80;0;1;387;1;1;5;76;0;9;32;0;7;27;0;5;18;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;3;7;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;0;0;1;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;7;761;17 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;11;0;3;0;0;1;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;1;1;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;5;42 ;Sc-;80;0;1;384;1;1;5;76;0;8;32;0;7;27;0;5;17;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;2;6;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;16;753 </pre> ====pmq autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires|pmq autres intercalaires]] <pre> pmq;autres intercalaires;;adresses1;;;pmq;autres intercalaires;;adresses2;;;pmq;autres intercalaires;;adresses3;;;pmq;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;9206;318;;;deb;°CDS;672473;18;;;deb;°CDS;1834781;106;;;deb;°CDS;7666633;104;comp ;$rRNA;10595;280;;;;&tRNA;672968;7;;;;&tRNA;1835367;137;;;;&tRNA;7668174;5;comp ;$rRNA;12412;97;;;;&tRNA;673051;297;;;fin;°CDS;1835577;;comp;;;&tRNA;7668250;106;comp ;$rRNA;15439;178;;;;&tRNA;673436;9;;;deb;°CDS;2147627;89;;;;&tRNA;7668433;11;comp fin;°CDS;15734;;;;;&tRNA;673517;180;;;;ncRNA;2148556;114;;;;&tRNA;7668518;5;comp deb;°CDS;20252;47;;;fin;°CDS;673780;;;;fin;°CDS;2148850;;;;;&tRNA;7668598;13;comp ;&tRNA;21580;137;;;deb;°CDS;674382;159;;;deb;°CDS;2207093;192;comp;;;&tRNA;7668698;16;comp fin;°CDS;21807;;;;;&tRNA;675438;64;;;;&tRNA;2208284;49;;;;&tRNA;7668800;10;comp deb;°CDS;25422;222;;;fin;°CDS;675585;;;;;&tRNA;2208417;315;;;;&tRNA;7668883;28;comp ;&tRNA;26388;183;comp;;deb;°CDS;694284;793;;;fin;°CDS;2208816;;;;;&tRNA;7668996;12;comp fin;°CDS;26644;;;;;$rRNA;696430;272;;;deb;°CDS;3456514;256;;;;$rRNA;7669084;161;comp deb;°CDS;178456;299;;;;$rRNA;698239;96;;;;&tRNA;3457043;142;;;;$rRNA;7669362;268;comp ;$rRNA;179754;266;;;;$rRNA;701265;43;;;fin;°CDS;3457262;;;;;$rRNA;7672563;533;comp ;$rRNA;181557;170;;;;&tRNA;701425;11;;;deb;°CDS;5004536;394;comp;;fin;°CDS;7674633;; ;$rRNA;184657;15;;;;&tRNA;701510;5;;;;&tRNA;5005554;40;comp;;deb;°CDS;7853177;84;comp ;&tRNA;184789;29;;;;&tRNA;701590;5;;;;&tRNA;5005677;13;comp;;;&tRNA;7853819;230;comp ;&tRNA;184906;39;;;;&tRNA;701671;4;;;;&tRNA;5005779;19;comp;;;&tRNA;7854123;404;comp ;&tRNA;185022;15;;;;&tRNA;701752;9;;;;&tRNA;5005872;167;comp;;fin;°CDS;7854601;;comp ;&tRNA;185113;14;;;;&tRNA;701835;8;;;;ncRNA;5006126;132;;;deb;°CDS;8100441;123;comp ;&tRNA;185204;48;;;;&tRNA;701918;18;;;fin;°CDS;5006353;;;;;$rRNA;8100978;169;comp ;&tRNA;185329;5;;;;&tRNA;702009;7;;;deb;°CDS;6383256;228;comp;;;$rRNA;8101264;259;comp ;&tRNA;185410;9;;;;&tRNA;702100;11;;;;&tRNA;6384402;72;;;;$rRNA;8104437;321;comp ;&tRNA;185495;15;;;;&tRNA;702186;12;;;fin;°CDS;6384547;;comp;;fin;°CDS;8106295;;comp ;&tRNA;185595;183;;;;&tRNA;702272;577;;;deb;°CDS;6390912;142;comp;;deb;°CDS;8151918;460;comp fin;°CDS;185854;;comp;;fin;°CDS;702926;;;;;&tRNA;6391273;7;comp;;;$rRNA;8152909;96;comp deb;°CDS;217565;129;comp;;deb;°CDS;1073441;377;;;;&tRNA;6391366;19;comp;;;$rRNA;8153128;269;comp ;&tRNA;218276;261;comp;;;$rRNA;1074592;271;;;;&tRNA;6391462;75;comp;;;$rRNA;8156327;272;comp fin;°CDS;218612;;;;;$rRNA;1076400;170;;;fin;°CDS;6391614;;comp;;fin;°CDS;8158136;;comp deb;°CDS;230970;186;;;;$rRNA;1079500;9;;;deb;°CDS;6561157;118;;;deb;°CDS;8256928;86; ;tmRNA;231642;140;;;;&tRNA;1079626;6;;;;ncRNA;6563228;95;comp;;;&tRNA;8257833;5;comp fin;°CDS;232145;;;;;&tRNA;1079708;38;;;fin;°CDS;6563744;;comp;;;&tRNA;8257909;16;comp deb;°CDS;253921;673;;;;&tRNA;1079835;11;;;deb;°CDS;7354507;342;;;;&tRNA;8258002;4;comp ;$rRNA;255200;280;;;;&tRNA;1079918;17;;;;&tRNA;7355080;28;comp;;;&tRNA;8258083;8;comp ;$rRNA;257017;97;;;;&tRNA;1080011;13;;;;&tRNA;7355191;12;comp;;;&tRNA;8258166;42;comp ;$rRNA;260044;55;;;;&tRNA;1080101;49;;;;&tRNA;7355292;14;comp;;;&tRNA;8258291;8;comp ;&tRNA;260216;19;;;;&tRNA;1080227;4;;;;&tRNA;7355383;14;comp;;;&tRNA;8258375;9;comp ;&tRNA;260312;16;;;;&tRNA;1080307;13;;;;&tRNA;7355474;8;comp;;;&tRNA;8258459;4;comp ;&tRNA;260404;9;;;;&tRNA;1080396;8;;;;&tRNA;7355570;4;comp;;;&tRNA;8258537;5;comp ;&tRNA;260485;20;;;;&tRNA;1080490;13;;;;&tRNA;7355664;4;comp;;;&tRNA;8258619;5;comp ;&tRNA;260590;3;;;;&tRNA;1080574;26;;;;&tRNA;7355741;119;comp;;;&tRNA;8258700;11;comp ;&tRNA;260669;19;;;;&tRNA;1080676;9;;;;ncRNA;7355936;36;;;;&tRNA;8258786;43;comp ;&tRNA;260764;20;;;;&tRNA;1080757;12;;;;&tRNA;7356067;6;comp;;;$rRNA;8258903;96;comp ;&tRNA;260861;15;;;;&tRNA;1080844;10;;;;&tRNA;7356147;104;comp;;;$rRNA;8259116;267;comp ;&tRNA;260949;10;;;;&tRNA;1080928;20;;;;&tRNA;7356325;7;comp;;;$rRNA;8262313;302;comp ;&tRNA;261032;3;;;;&tRNA;1081037;3;;;;&tRNA;7356404;9;comp;;fin;°CDS;8264152;;comp ;&tRNA;261122;12;;;;&tRNA;1081117;150;;;;&tRNA;7356500;9;comp;;deb;°CDS;8322744;393;comp ;&tRNA;261209;15;;;fin;°CDS;1081347;;;;;&tRNA;7356582;9;comp;;;$rRNA;8323599;96;comp ;&tRNA;261296;5;;;deb;°CDS;1210625;354;;;;&tRNA;7356666;17;comp;;;$rRNA;8323812;269;comp ;&tRNA;261375;158;;;;&tRNA;1213874;16;;;;&tRNA;7356759;12;comp;;;$rRNA;8327015;365;comp ;&tRNA;261607;4;;;;&tRNA;1213966;12;;;;&tRNA;7356848;4;comp;;fin;°CDS;8328917;;comp ;&tRNA;261687;5;;;;&tRNA;1214050;16;;;;&tRNA;7356928;15;comp;;deb;°CDS;8351919;396;comp ;&tRNA;261765;19;;;;&tRNA;1214142;17;;;;&tRNA;7357019;8;comp;;;&tRNA;8354811;149;comp ;&tRNA;261874;17;;;;&tRNA;1214236;9;;;;&tRNA;7357112;5;comp;;fin;°CDS;8355034;;comp ;&tRNA;261979;5;;;;&tRNA;1214321;9;;;;&tRNA;7357193;15;comp;;deb;°CDS;8389988;296; ;&tRNA;262060;39;;;;&tRNA;1214405;8;;;;&tRNA;7357280;9;comp;;;$rRNA;8390809;96;comp ;&tRNA;262174;41;;;;&tRNA;1214486;3;;;;&tRNA;7357365;54;comp;;;$rRNA;8391022;270;comp ;&tRNA;262304;283;;;;&tRNA;1214576;169;;;;$rRNA;7357493;113;comp;;;$rRNA;8394222;230;comp fin;°CDS;262670;;;;fin;°CDS;1214817;;comp;;;$rRNA;7357723;269;comp;;fin;°CDS;8395989;;comp deb;°CDS;578195;320;;;deb;°CDS;1594387;533;;;;$rRNA;7360922;399;comp;;deb;°CDS;8399622;208;comp ;$rRNA;579376;269;;;;$rRNA;1595199;263;;;fin;°CDS;7362858;;;;;ncRNA;8400892;47;comp ;$rRNA;581183;168;;;;$rRNA;1596999;96;;;deb;°CDS;7618150;280;;;fin;°CDS;8401203;;comp ;$rRNA;584281;31;;;;$rRNA;1600025;43;;;;&tRNA;7619123;335;comp;;deb;°CDS;8616478;417;comp ;&tRNA;584429;10;;;;&tRNA;1600185;19;;;fin;°CDS;7619529;;;;;&tRNA;8617342;157; ;&tRNA;584512;38;;;;&tRNA;1600281;17;;;;;;;;;fin;°CDS;8617576;; ;&tRNA;584639;11;;;;&tRNA;1600374;8;;;;;;;;;deb;°CDS;8724363;455; ;&tRNA;584722;17;;;;&tRNA;1600454;5;;;;;;;;;;&tRNA;8725070;165;comp ;&tRNA;584815;15;;;;&tRNA;1600535;10;;;;;;;;;fin;°CDS;8725326;;comp ;&tRNA;584907;67;;;;&tRNA;1600621;18;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585051;11;;;;&tRNA;1600724;4;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585137;10;;;;&tRNA;1600804;21;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585223;5;;;;&tRNA;1600901;12;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585303;17;;;;&tRNA;1600990;34;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585396;40;;;;&tRNA;1601101;13;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585511;24;;;;&tRNA;1601190;8;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585610;8;;;;&tRNA;1601273;17;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585698;19;;;;&tRNA;1601363;13;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585794;1;;;;&tRNA;1601462;5;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585869;187;;;;&tRNA;1601554;14;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;586130;;;;;&tRNA;1601643;10;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1601724;5;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1601803;105;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1601982;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====pmq intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_tRNA-cds|pmq intercalaires tRNA-cds]] <pre> pmq;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;47;;137;;18;64;'''deb; comp’;222;comp’;183;;47;75;<201;8 ;;comp’;183;;84;105;total;12 ;129;comp’;261;;104;137;taux;67% ;;;283;;106;142;'''fin; ;;;187;;129;149;<201;11 ;18;;180;;142;150;total;15 ;159;;64;;159;157;taux;73% ;;;577;;256;165;; ;;;150;;354;180;'''total; ;354;comp’;169;;394;187;<201;19 ;;;105;;396;283;total;27 ;106;comp’;137;;'''-;315;taux;70% comp’;192;;315;;'''-;404;; ;256;;142;;'''-;577;'''comp’;'''cumuls ;394;;;;86;72;; comp’;228;comp’;72;;192;137;'''deb;2 ;142;;75;;222;169;;8 comp’;342;;;;228;183;; comp’;280;comp’;335;;280;183;'''fin;5 ;104;;;;342;261;;7 ;84;;404;;417;335;'''total; comp’;86;;;;455;'''-;<201;7 ;396;;149;;;;total;15 comp’;417;;157;;;;taux;47% comp’;455;;165;;;;; ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;; <201;10;16;26;;;;; total;20;22;42;;;;; taux;50%;73%;62%;;;;; </pre> ===lbu=== ====lbu opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_opérons|lbu opérons]] <pre> 49.8%GC;29.7.19 Paris;16s 8;;;;;;;; Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC BAA-365 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé comp;18533..19237;CDS;;128;128;;;235;128 ;19366..19438;act;@1;195;195;;;; ;19634..20371;CDS;;6912;;;;246; ;;;;;;;;; ;27284..29785;CDS;;276;276;;;*834; ;30062..30134;act;;134;134;;;;134 ;30269..30907;CDS;;11768;;;;213; ;;;;;;;;; ;42676..43248;cds hp;;451;*451;;;*191; ;43700..45271;16s;;209;;;;; ;45481..48391;23s;;69;;;;; ;48461..48577;5s;;275;275;;;;275 ;48853..49091;cds hp;;56679;;;;80; ;;;;;;;;; comp;105771..106547;CDS;;56;56;;;259;56 comp;106604..106679;aag;;125;125;;;; ;106805..107533;CDS;;103754;;;;243; ;;;;;;;;; ;211288..212553;CDS;;94;94;;;422; ;212648..212720;acc;;23;23;;;;23 comp<;212744..213262;CDS;;64997;;;;173; ;;;;;;;;; ;278260..278928;CDS;;69;69;;;223;69 comp;278998..279068;ggg;;181;181;;;; ;279250..280275;CDS;;44047;;;;342; ;;;;;;;;; comp;324323..324949;CDS;;117;117;;;209;117 ;325067..325138;ggc;+;4;;4;;; ;325143..325216;ccg;2 ggc;108;;;;; ;325325..325399;ggc;;155;155;;;; ;325555..326016;CDS;;37886;;;;154; ;;;;;;;;; ;363903..364394;CDS;;98;98;;;164;98 ;364493..364564;caa;;614;*614;;;; ;365179..366360;CDS;;-14;;;;*394; ;;;;;;;;; ;366347..367402;CDS;;75;75;;;352; ;367478..367559;tac;;5;;5;;; ;367565..367636;caa;;62;62;;;;62 <;367699..368318;CDS;;14127;;;;207; ;;;;;;;;; ;382446..382907;CDS;;30;30;;;154;30 ;382938..383026;ctt;;118;118;;;; ;383145..383768;CDS;;70441;;;;208; ;;;;;;;;; ;454210..455529;CDS;;61;61;;;440;61 ;455591..455665;agg;;341;341;;;; ;456007..457035;CDS;;75557;;;;343; ;;;;;;;;; ;532593..533285;CDS;;82;82;;;231;82 comp;533368..533442;cgg;;296;296;;;; ;533739..534782;CDS;;48963;;;;348; ;;;;;;;;; ;583746..584728;CDS;;57;57;;;328;57 comp;584786..584858;cag;;5;;5;;; comp;584864..584935;gag;;170;170;;;; ;585106..586110;CDS;;94988;;;;335; ;;;;;;;;; ;681099..682741;CDS;;518;*518;;;*548; ;683260..684831;16s;;106;;;;; ;684938..685011;atc;;69;;;69;; ;685081..685153;gca;;127;;;;; ;685281..688191;23s;;68;;;;; ;688260..688376;5s;;208;208;;;;208 comp;688585..689801;CDS;;55794;;;;406; ;;;;;;;;; comp;745596..745821;CDS;;134;134;;;75;134 comp;745956..746044;tcg;;787;*787;;;; ;746832..749597;CDS;;36741;;;;*922; ;;;;;;;;; ;786339..787004;CDS;;54;54;;;222;54 ;787059..787142;ctg;;109;109;;;; comp;787252..787872;CDS;;2072;;;;207; ;;;;;;;;; comp;789945..791867;CDS;;613;*613;;;*641; ;792481..794052;16s;;105;;;;; ;794158..794231;atc;;69;;;69;; ;794301..794373;gca;;126;;;;; ;794500..797410;23s;;69;;;;; ;797480..797596;5s;;87;87;;;;87 ;797684..798559;CDS;;36;;;;292; ;;;;;;;;; comp;798596..800178;CDS;;530;*530;;;*528; ;800709..800781;aac;@2;3;;3;;; ;800785..800858;cca;;24;;24;;; ;800883..800954;ggc;;30;;30;;; ;800985..801058;cgt;;2;;2;;; ;801061..801133;gta;;3;;3;;; ;801137..801208;gaa;;42;;42;;; ;801251..801338;tca;;9;;9;;; ;801348..801421;atgf;;3;;3;;; ;801425..801498;gac;;6;;6;;; ;801505..801577;ttc;;8;;8;;; ;801586..801667;tac;;4;;4;;; ;801672..801742;tgg;;13;;13;;; ;801756..801831;cac;;26;;26;;; ;801858..801928;tgc;;28;;28;;; ;801957..802041;ttg;;356;356;;;;356 ;802398..802961;CDS;;284259;;;;188; ;;;;;;;;; comp;1087221..1088531;CDS;;157;157;;;437;157 comp;1088689..1088760;caa;;656;*656;;;; comp;1089417..1090313;CDS;;173317;;;;*299; ;;;;;;;;; comp;1263631..1265769;CDS;;188;188;;;*713;188 comp;1265958..1266031;aga;;222;222;;;; ;1266254..1268632;CDS;;84103;;;;*793; ;;;;;;;;; comp;1352736..1354022;CDS;;98;98;;;429;98 ;1354121..1354204;ctg;;204;204;;;; comp;1354409..1354928;CDS;;13182;;;;173; ;;;;;;;;; comp;1368111..1369307;CDS;;161;161;;;399;161 comp;1369469..1369541;gta;;3;;;3;; comp;1369545..1369616;gaa;;138;;;*138;; comp;1369755..1369828;atgj;;6;;;6;; comp;1369835..1369925;tcc;;8;;;8;; comp;1369934..1370006;aac;;7;;;;; comp;1370014..1370130;5s;;69;;;;; comp;1370200..1373111;23s;;126;;;;; comp;1373238..1373310;gca;;69;;;69;; comp;1373380..1373453;atc;;105;;;;; comp;1373559..1375130;16s;;547;*547;;;; ;1375678..1376604;CDS;;102845;;;;*309; ;;;;;;;;; comp;1479450..1479824;CDS;;200;200;;;125; comp;1480025..1480101;gac;;26;;;26;; comp;1480128..1480199;gaa;;3;;;3;; comp;1480203..1480275;gta;;2;;;2;; comp;1480278..1480351;cgt;;35;;;35;; comp;1480387..1480458;ggc;;36;;;;; comp;1480495..1480611;5s;;68;;;;; comp;1480680..1483590;23s;;208;;;;; comp;1483799..1485370;16s;;153;153;;;;153 comp;1485524..1485716;CDS;;20944;;;;64; ;;;;;;;;; comp;1506661..1507464;CDS;;270;270;;;268; comp;1507735..1507807;aag;+;34;;34;;; comp;1507842..1507914;aag;5 aag;33;;33;;; comp;1507948..1508020;aag;;33;;33;;; comp;1508054..1508126;aag;@3;33;;33;;; comp;1508160..1508232;aag;;130;130;;;;130 comp;1508363..1509226;CDS;;167;;;;288; ;;;;;;;;; ;1509394..1510872;CDS;;106;106;;;493;106 comp;1510979..1511051;gta;;3;;3;;; comp;1511055..1511126;gaa;;151;;*151;;; ;1511278..1511366;ctt;;113;113;;;; ;1511480..1512010;CDS;;21195;;;;177; ;;;;;;;;; comp;1533206..1534129;CDS;;355;355;;;308; comp;1534485..1534557;acg;;154;154;;;;154 comp;1534712..1535950;CDS;;18502;;;;413; ;;;;;;;;; ;1554453..1554638;CDS;;303;303;;;62;303 comp;1554942..1555029;agc;;673;*673;;;; comp;1555703..1556203;CDS;;595;;;;*167; ;;;;;;;;; ;1556799..1558178;CDS;;277;277;;;460; comp;1558456..1558572;5s;;68;;;;; comp;1558641..1561551;23s;;126;;;;; comp;1561678..1561750;gca;;69;;;69;; comp;1561820..1561893;atc;;105;;;;; comp;1561999..1563570;16s;;189;189;;;;189 ;1563760..1563948;CDS;;19274;;;;63; ;;;;;;;;; comp;1583223..1584392;CDS;;151;151;;;390;151 comp;1584544..1584628;ttg;+;17;;17;;; comp;1584646..1584730;ttg;2 ttg;28;;28;;; comp;1584759..1584829;tgc;2 ttc;26;;26;;; comp;1584856..1584931;cac;2 atgf;13;;13;;; comp;1584945..1585015;tgg;;4;;4;;; comp;1585020..1585101;tac;;8;;8;;; comp;1585110..1585182;ttc;;6;;6;;; comp;1585189..1585262;gac;;3;;3;;; comp;1585266..1585339;atgf;;9;;9;;; comp;1585349..1585436;tca;;42;;42;;; comp;1585479..1585550;gaa;;258;;*258;;; comp;1585809..1585899;agc;;2;;2;;; comp;1585902..1585975;atc;;3;;3;;; comp;1585979..1586049;gga;;14;;14;;; comp;1586064..1586136;ttc;;17;;17;;; comp;1586154..1586227;atgf;;11;;11;;; comp;1586239..1586312;atgi;;12;;12;;; comp;1586325..1586398;atg;;36;;36;;; comp;1586435..1586508;cca;;6;;6;;; comp;1586515..1586588;cgt;;5;;5;;; comp;1586594..1586679;tta;;15;;15;;; comp;1586695..1586766;ggc;;4;;4;;; comp;1586771..1586843;aca;;11;;11;;; comp;1586855..1586936;cta;;12;;12;;; comp;1586949..1587021;aaa;;2;;2;;; comp;1587024..1587096;gta;;157;157;;;; comp;1587254..1588681;CDS;;539;;;;476; ;;;;;;;;; comp;1589221..1590557;CDS;;156;156;;;446;156 comp;1590714..1590830;5s;;68;;;;; comp;1590899..1593809;23s;;126;;;;; comp;1593936..1594008;gca;;69;;;69;; comp;1594078..1594151;atc;;105;;;;; comp;1594257..1595828;16s;;581;*581;;;; comp;1596410..1597276;CDS;;189853;;;;*289; ;;;;;;;;; comp;1787130..1788440;CDS;;298;298;;;437;298 comp;1788739..1788855;5s;;68;;;;; comp;1788924..1791834;23s;@4;208;;;;; comp;1792043..1793614;16s;;436;*436;;;; comp;1794051..1794596;CDS;;-8;;;;*182; comp;1794589..1795436;CDS;;138;138;;;283;138 comp;1795575..1795648;gac;;3;;;3;; comp;1795652..1795724;gta;;2;;;2;; comp;1795727..1795800;cgt;;35;;;35;; comp;1795836..1795907;ggc;;19;;;19;; comp;1795927..1796000;cca;;3;;;3;; comp;1796004..1796076;aac;;7;;;;; comp;1796084..1796200;5s;;68;;;;; comp;1796269..1799179;23s;;208;;;;; comp;1799388..1800959;16s;;501;*501;;;; comp;1801461..1802087;CDS;;;;;;*209; </pre> ====lbu cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_cumuls|lbu cumuls]] <pre> lbu cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;0;1;0;100;5 ;16 23 5s 0;2;20;33;9;50;2;20;0;200;11 ;16 atc gca;5;40;11;3;100;12;40;2;300;19 ;16 23 5s a;2;60;2;0;150;11;60;3;400;11 ;max a;7;80;0;5;200;14;80;3;500;11 ;a doubles;0;100;0;0;250;3;100;4;600;2 ;autres;0;120;0;0;300;6;120;2;700;1 ;total aas;26;140;0;1;350;2;140;5;800;2 sans ;opérons;23;160;1;0;400;2;160;5;900;1 ;1 aa;16;180;0;0;450;1;180;1;1000;1 ;max a;26;200;0;0;500;1;200;2;1100;0 ;a doubles;3;;1;0;;10;;5;;0 ;total aas;72;;48;18;;64;;32;;64 total aas;;98;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;138;;320 ;;;variance;;;;;;81;;182 sans jaune;;;moyenne;14;29;;159;;114;;275 ;;;variance;12;29;;85;;50;;122 </pre> ====lbu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_blocs|lbu blocs]] <pre> lbu blocs;;;;;;; cds;'''277’;;cds;156;;cds;298 $5s;68;;$5s;68;;$5s;68 $23s;126;;$23s;126;;$23s;208 gca;69;;gca;69;;$16s;436 atc;105;;atc;105;;cds;-8 $16s;'''189’;;$16s;581;;cds;138 cds;;;cds;;;gac;3 ;;;;;;4aas;* cds;518;;cds;'''613’;;aac;7 $16s;106;;$16s;105;;$5s;68 atc;69;;atc;69;;$23s;208 gca;127;;gca;126;;$16s;501 $23s;68;;$23s;69;;cds; $5s;'''208’;;$5s;87;;; cds;;;cds;;;; ;;;;;;; cds;161;;cds hp;451;;cds;200 gta;3;;$16s;209;;gac;26 3aas;*;;$23s;69;;3aas;* aac;7;;$5s;275;;ggc;36 $5s;69;;cds hp;;;$5s;68 $23s;126;;;;;$23s;208 gca;69;;;;;$16s;153 atc;105;;;;;cds; $16s;'''547’;;;;;; cds;;;;;;; </pre> ====lbu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_distribution|lbu distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttg2;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;aag5;atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;2;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;3;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;2;gga; ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total lbu;;16;;;;;16;;lbu;49;;;;;;49;;lbu;7;;;;;;7;;lbu;;;;16;;;16 </pre> ====lbu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_données_intercalaires|lbu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;lbu;fx;fc;lbu;fx40;fc40;lbu;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;10;0;2;10;-1;1;80;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;1;142;1;0;24;-2;1;0;195;128;114;;atc;4;;ggc 1;0;20;2;128;2;0;36;-3;;1;95;125;4* 113;;atc;108;;ccg ;1;30;9;78;3;0;15;-4;4;55;134;11;tRNA 23s;;;**;;ggc ;0;40;17;35;4;0;10;-5;;0;59;69;128;;gca;5;;tac ;0;50;22;43;5;0;11;-6;;0;94;181;4* 127;;gca;**;;caa 1;2;60;27;43;6;0;5;-7;;3;158;117;5s tRNA;;;5;;cag 1;1;70;31;40;7;0;3;-8;1;38;98;85;2* 7;;aac;**;;gag ;1;80;26;34;8;0;4;-9;;0;119;296;36;;ggc;3;;aac 1;0;90;19;33;9;1;17;-10;;1;75;57;tRNA tRNA;;intra;24;;cca 1;3;100;21;39;10;0;17;-11;;24;137;170;5* 69;;atc gca;30;;ggc 2;1;110;15;43;11;0;15;-12;;0;30;787;tRNA tRNA;;contigu;2;;cgt 1;2;120;8;37;12;1;16;-13;;1;121;109;3;;gta;3;;gta 2;3;130;14;25;13;0;12;-14;1;17;61;530;138;;gaa;42;;gaa ;2;140;20;32;14;0;15;-15;2;0;341;222;6;;atgj;9;;tca ;0;150;10;25;15;0;16;-16;;0;204;98;8;;tcc;3;;atgf ;5;160;6;34;16;0;12;-17;;7;54;204;**;;aac;6;;gac 1;0;170;8;29;17;0;10;-18;;1;356;106;26;;gac;8;;ttc ;0;180;15;21;18;1;11;-19;;1;157;303;3;;gaa;4;;tac 1;1;190;8;16;19;0;12;-20;;5;126;;2;;gta;13;;tgg ;1;200;11;14;20;0;9;-21;;0;188;;35;;cgt;29;;cac 1;2;210;7;16;21;0;11;-22;;3;203;;**;;ggc;28;;tgc ;0;220;8;14;22;1;17;-23;;3;270;;2;;gta;**;;ttg 1;0;230;7;11;23;1;7;-24;;0;130;;35;;cgt;34;;aag ;0;240;5;13;24;1;5;-25;;2;113;;19;;ggc;33;;aag ;0;250;10;9;25;1;7;-26;;4;355;;3;;cca;33;;aag ;0;260;7;7;26;1;8;-27;;0;154;;**;;aac;33;;aag ;1;270;5;8;27;1;6;-28;;2;673;;;;;**;;aag ;0;280;7;7;28;1;5;-29;2;3;151;;;;;3;;gta ;0;290;2;12;29;2;5;-30;;0;157;;;;;-;151;gaa 1;0;300;1;5;30;0;7;-31;;2;102;;;;;**;;ctt 1;0;310;4;8;31;1;4;-32;;4;CDS 16s;;;;;17;;ttg ;0;320;7;2;32;0;4;-33;;0;451;613;;;;28;;ttg ;0;330;6;8;33;1;6;-34;;0;518;547;;;;29;;tgc ;0;340;5;2;34;1;2;-35;;3;510;295;;;;13;;cac ;1;350;0;4;35;0;3;-36;;0;258;;;;;4;;tgg ;2;360;1;2;36;1;4;-37;;0;298;;;;;8;;tac ;0;370;1;5;37;1;2;-38;;0;501;;;;;6;;ttc ;0;380;0;3;38;1;2;-39;1;0;23s 5s;;;;;3;;gac ;0;390;1;7;39;5;6;-40;;1;3* 71;;;;;9;;atgf ;0;400;3;3;40;6;2;-41;;0;6* 701;;;;;42;;tca 2;1;reste;32;51;reste;380;705;-42;;0;16s 23s;;;;;261;;gaa 18;30;total;411;1098;total;411;1098;-43;;0;218;;;;;2;;agc 16;29;diagr;377;1037;diagr;29;383;-44;1;0;3* 217;;;;;3;;atc 1;1; t30;12;348;;;;-45;;0;5s CDS;;;;;14;;gga ;;;;;;;;-46;;2;308;208;;;;17;;ttc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;87;277;;;;11;;atgf ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;156;;;;;12;;atgi ;x;409;20;2;431;;;-49;;1;298;;;;;36;;atgj ;c;1088;280;10;1378;;;-50;;15;;;;;;6;;cca ;;;;;1809;198;;reste;6;0;;;;;;5;;cgt ;;;;;;2007;;total;20;280;;;;;;15;;tta ;;;;;;;;;;;;;;;;4;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;11;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;12;;cta ;;;;;;;;;;;;;;;;2;;aaa ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta </pre> =====lbu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_autres_intercalaires_aas|lbu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;lbu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;18533;19237;128;*; ;;tRNA;19366;19438;195;*;act fin;;CDS;19634;20371;;; deb;;CDS;29805;29966;95;*; ;;tRNA;30062;30134;134;*;act fin;;CDS;30269;30907;;; deb;;CDS;42676;43248;451;*; ;;rRNA;43700;45263;218;*;1564 ;;rRNA;45482;48389;71;*;2908 ;;rRNA;48461;48577;308;*;117 fin;;CDS;48886;49215;;; deb;;CDS;64875;65066;71;*; ;;misc_b;65138;65377;147;*; fin;;CDS;65525;65743;;; deb;comp;CDS;105771;106547;59;*; ;comp;tRNA;106607;106679;125;*;aag fin;;CDS;106805;107533;;; deb;comp;CDS;118390;119745;29;*; ;comp;regulatory;119775;119862;185;*; fin;;CDS;120048;121523;;; deb;comp;CDS;134737;136320;120;*; ;comp;regulatory;136441;136616;92;*; fin;comp;CDS;136709;137335;;0; deb;;CDS;211288;212553;94;*; ;;tRNA;212648;212720;11;*;acc fin;comp;CDS;212732;213079;;; deb;;CDS;215354;216541;50;*; ;;misc_b;216592;216828;95;*; fin;;CDS;216924;217778;;; deb;comp;CDS;242936;243505;67;*; ;comp;regulatory;243573;243670;189;*; fin;;CDS;243860;245017;;; deb;;CDS;278260;278928;69;*; ;comp;tRNA;278998;279068;181;*;ggg fin;;CDS;279250;280275;;; deb;;CDS;280740;281354;106;*; ;;regulatory;281461;281624;89;*; fin;;CDS;281714;284404;;; deb;comp;CDS;324323;324949;117;*; ;;tRNA;325067;325138;4;*;ggc ;;tRNA;325143;325216;108;*;ccg ;;tRNA;325325;325396;158;*;ggc fin;;CDS;325555;326016;;; deb;;CDS;363903;364394;98;*; ;;tRNA;364493;364564;119;*;caa fin;;CDS;364684;364854;;; deb;;CDS;366347;367402;75;*; ;;tRNA;367478;367559;5;*;tac ;;tRNA;367565;367636;137;*;caa fin;;CDS;367774;368166;;; deb;;CDS;382446;382907;30;*; ;;tRNA;382938;383023;121;*;ctt fin;;CDS;383145;383768;;; deb;;CDS;425577;426662;66;*; ;;regulatory;426729;426825;44;*; fin;;CDS;426870;427439;;0; deb;;CDS;454210;455529;61;*; ;;tRNA;455591;455665;341;*;agg fin;;CDS;456007;457035;;; deb;;CDS;532593;533285;85;*; ;comp;tRNA;533371;533442;296;*;cgg fin;;CDS;533739;534782;;; deb;;CDS;574078;575265;66;*; ;;tmRNA;575332;575693;294;*; fin;;CDS;575988;576143;;; deb;;CDS;583246;584728;57;*; ;comp;tRNA;584786;584858;5;*;cag ;comp;tRNA;584864;584935;170;*;gag fin;;CDS;585106;586110;;; deb;;CDS;673933;676341;66;*; ;;misc_b;676408;676655;83;*; fin;;CDS;676739;677599;;; deb;;CDS;681099;682741;518;*; ;;rRNA;683260;684823;114;*;1564 ;;tRNA;684938;685011;69;*;atc ;;tRNA;685081;685153;128;*;gca ;;rRNA;685282;688189;70;*;2908 ;;rRNA;688260;688376;208;*;117 fin;comp;CDS;688585;689738;;; deb;;CDS;727702;728421;27;*; ;;regulatory;728449;728564;80;*; fin;;CDS;728645;729349;;; deb;comp;CDS;745596;745751;204;*; ;comp;tRNA;745956;746044;787;*;tcg fin;;CDS;746832;749597;;; deb;;CDS;755313;756185;29;*; ;;repeat_region;756215;757463;258;*; fin;;CDS;757722;758336;;; deb;;CDS;786339;787004;54;*; ;;tRNA;787059;787142;109;*;ctg fin;comp;CDS;787252;787872;;0; deb;comp;CDS;789978;791867;613;*; ;;rRNA;792481;794044;113;*;1564 ;;tRNA;794158;794231;69;*;atc ;;tRNA;794301;794373;127;*;gca ;;rRNA;794501;797408;71;*;2908 ;;rRNA;797480;797596;87;*;117 fin;;CDS;797684;798559;;0; deb;comp;CDS;798596;800178;530;*; ;;tRNA;800709;800781;3;*;aac ;;tRNA;800785;800858;24;*;cca ;;tRNA;800883;800954;30;*;ggc ;;tRNA;800985;801058;2;*;cgt ;;tRNA;801061;801133;3;*;gta ;;tRNA;801137;801208;42;*;gaa ;;tRNA;801251;801338;9;*;tca ;;tRNA;801348;801421;3;*;atgf ;;tRNA;801425;801498;6;*;gac ;;tRNA;801505;801577;8;*;ttc ;;tRNA;801586;801667;4;*;tac ;;tRNA;801672;801742;13;*;tgg ;;tRNA;801756;801828;29;*;cac ;;tRNA;801858;801928;28;*;tgc ;;tRNA;801957;802041;356;*;ttg fin;;CDS;802398;804017;;; deb;;CDS;862229;862693;29;*; ;;ncRNA;862723;863083;125;*; fin;;CDS;863209;864333;;; deb;comp;CDS;905582;905794;173;*; ;comp;misc_b;905968;906185;390;*; fin;;CDS;906576;907085;;0; deb;comp;CDS;952333;952842;390;*; ;;misc_b;953233;953450;173;*; fin;;CDS;953624;953836;;; deb;comp;CDS;1087221;1088531;157;*; ;comp;tRNA;1088689;1088760;126;*;caa fin;comp;CDS;1088887;1089033;;; deb;comp;CDS;1242851;1243162;16;*; ;comp;misc_f;1243179;1243255;147;*; fin;;CDS;1243403;1243759;;0; deb;comp;CDS;1263631;1265769;188;*; ;comp;tRNA;1265958;1266031;222;*;aga fin;;CDS;1266254;1268632;;; deb;comp;CDS;1297694;1298743;37;*; ;comp;misc_b;1298781;1298982;42;*; fin;comp;CDS;1299025;1299375;;; deb;comp;CDS;1309324;1309845;47;*; ;comp;misc_f;1309893;1310004;394;*; fin;;CDS;1310399;1311799;;0; deb;comp;CDS;1352736;1354022;98;*; ;;tRNA;1354121;1354204;204;*;ctg fin;comp;CDS;1354409;1355976;;; deb;comp;CDS;1368111;1369307;-3;*; ;comp;regulatory;1369305;1369392;76;*; ;comp;tRNA;1369469;1369541;3;*;gta ;comp;tRNA;1369545;1369616;138;*;gaa ;comp;tRNA;1369755;1369828;6;*;atgj ;comp;tRNA;1369835;1369925;8;*;tcc ;comp;tRNA;1369934;1370006;7;*;aac ;comp;rRNA;1370014;1370130;71;*;117 ;comp;rRNA;1370202;1373110;127;*;2909 ;comp;tRNA;1373238;1373310;69;*;gca ;comp;tRNA;1373380;1373453;113;*;atc ;comp;rRNA;1373567;1375130;547;*;1564 fin;;CDS;1375678;1376604;;; deb;comp;CDS;1418883;1420661;53;*; ;comp;ncRNA;1420715;1420811;9;*; fin;comp;CDS;1420821;1421330;;; deb;comp;CDS;1434541;1435050;33;*; ;comp;misc_f;1435084;1435213;440;*; fin;;CDS;1435654;1436972;;; deb;comp;CDS;1479450;1479824;203;*; ;comp;tRNA;1480028;1480101;26;*;gac ;comp;tRNA;1480128;1480199;3;*;gaa ;comp;tRNA;1480203;1480275;2;*;gta ;comp;tRNA;1480278;1480351;35;*;cgt ;comp;tRNA;1480387;1480458;36;*;ggc ;comp;rRNA;1480495;1480611;70;*;117 ;comp;rRNA;1480682;1483589;217;*;2908 ;comp;rRNA;1483807;1485370;510;*;1564 fin;comp;CDS;1485881;1487044;;; deb;comp;CDS;1506661;1507464;270;*; ;comp;tRNA;1507735;1507807;34;*;aag ;comp;tRNA;1507842;1507914;33;*;aag ;comp;tRNA;1507948;1508020;33;*;aag ;comp;tRNA;1508054;1508126;33;*;aag ;comp;tRNA;1508160;1508232;130;*;aag fin;comp;CDS;1508363;1509226;;0; deb;;CDS;1509394;1510872;106;*; ;comp;tRNA;1510979;1511051;3;*;gta ;comp;tRNA;1511055;1511126;151;*;gaa ;;tRNA;1511278;1511366;113;*;ctt fin;;CDS;1511480;1512010;;0; deb;comp;CDS;1533206;1534129;355;*; ;comp;tRNA;1534485;1534557;154;*;acg fin;comp;CDS;1534712;1535950;;0; deb;;CDS;1554441;1554638;303;*; ;comp;tRNA;1554942;1555029;673;*;agc fin;comp;CDS;1555703;1556164;;0; deb;;CDS;1556799;1558178;277;*; ;comp;rRNA;1558456;1558572;70;*;117 ;comp;rRNA;1558643;1561550;127;*;2908 ;comp;tRNA;1561678;1561750;69;*;gca ;comp;tRNA;1561820;1561893;113;*;act ;comp;rRNA;1562007;1563570;258;*;1564 fin;comp;CDS;1563829;1564131;;0; deb;comp;CDS;1583223;1584392;151;*; ;comp;tRNA;1584544;1584628;17;*;ttg ;comp;tRNA;1584646;1584730;28;*;ttg ;comp;tRNA;1584759;1584829;29;*;tgc ;comp;tRNA;1584859;1584931;13;*;cac ;comp;tRNA;1584945;1585015;4;*;tgg ;comp;tRNA;1585020;1585101;8;*;tac ;comp;tRNA;1585110;1585182;6;*;ttc ;comp;tRNA;1585189;1585262;3;*;gac ;comp;tRNA;1585266;1585339;9;*;atgf ;comp;tRNA;1585349;1585436;42;*;tca ;comp;tRNA;1585479;1585550;261;*;gaa ;comp;tRNA;1585812;1585899;2;*;agc ;comp;tRNA;1585902;1585975;3;*;atc ;comp;tRNA;1585979;1586049;14;*;gga ;comp;tRNA;1586064;1586136;17;*;ttc ;comp;tRNA;1586154;1586227;11;*;atgf ;comp;tRNA;1586239;1586312;12;*;atgi ;comp;tRNA;1586325;1586398;36;*;atgj ;comp;tRNA;1586435;1586508;6;*;cca ;comp;tRNA;1586515;1586588;5;*;cgt ;comp;tRNA;1586594;1586679;15;*;tta ;comp;tRNA;1586695;1586766;4;*;ggc ;comp;tRNA;1586771;1586843;11;*;aca ;comp;tRNA;1586855;1586936;12;*;cta ;comp;tRNA;1586949;1587021;2;*;aaa ;comp;tRNA;1587024;1587096;157;*;gta fin;comp;CDS;1587254;1588681;;; 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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP009902;ban*;;genome;;;;;;aas;cds dirigé 35.1%GC;15.8.19 Paris;16s 11;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Bacillus anthracis strain 2002013094;;;;;;;;;; ;618142..618366;;CDS;;188;188;;;75;188 ;618555..618627;;gtc;;419;*419;;;; comp;619047..619235;;CDS;;;;;;63; ;;;;;;;;;; comp;1102183..1102602;;CDS;;130;130;;;140;130 comp;1102733..1102804;;gaa;+;1;;;1;; comp;1102806..1102880;;aac;2 aca;8;;;8;; comp;1102889..1102965;;atc;2 tca;11;;;11;; comp;1102977..1103047;;tgg;;6;;;6;; comp;1103054..1103126;;aca;;9;;;9;; comp;1103136..1103211;;ttc;;9;;;9;; comp;1103221..1103296;;gac;;4;;;4;; comp;1103301..1103377;;atgf;;20;;;20;; comp;1103398..1103490;;tca;;54;;;54;; comp;1103545..1103637;;tca;;20;;;20;; comp;1103658..1103730;;gca;;16;;;16;; comp;1103747..1103820;;cca;;10;;;10;; comp;1103831..1103904;;cgt;;3;;;3;; comp;1103908..1103996;;tta;;16;;;16;; comp;1104013..1104087;;ggc;;29;;;29;; comp;1104117..1104197;;cta;;22;;;22;; comp;1104220..1104295;;cac;;9;;;9;; 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;;;;;;;;;; comp;1702642..1703788;;CDS;;114;114;;;382;114 comp;1703903..1703975;;gca;;10;;;10;; comp;1703986..1704057;;ggc;;5;;;5;; comp;1704063..1704138;;aaa;;5;;;5;; comp;1704144..1704218;;caa;;65;;;65;; comp;1704284..1704366;;tac;;17;;;17;; comp;1704384..1704459;;gta;;5;;;5;; comp;1704465..1704539;;gaa;;24;;;24;; comp;1704564..1704636;;acc;;4;;;4;; comp;1704641..1704715;;aac;;9;;;;; comp;1704725..1704840;;5s;;82;;;;; comp;1704923..1707851;;23s;;141;;;;; comp;1707993..1709545;;16s;;223;223;;;; comp;1709769..1709987;;CDS;;;;;;73; ;;;;;;;;;; comp;1767157..1767618;;CDS;;206;206;;;154;206 comp;1767825..1767940;;5s;;45;;;;; comp;1767986..1770913;;23s;;141;;;;; comp;1771055..1772608;;16s;;372;*372;;;; comp;1772981..1774480;;CDS;;;;;;*500; ;;;;;;;;;; comp;1787717..1790188;;CDS;;259;259;;;*824; comp;1790448..1790519;;gaa;;13;;13;;; comp;1790533..1790606;;atgj;@2;160;160;;;;160 comp;1790767..1791249;;CDS;;;;;;161; ;;;;;;;;;; comp;1820538..1820717;;CDS;;190;190;;;60;190 comp;1820908..1821023;;5s;;44;;;;; comp;1821068..1823996;;23s;;77;;;;; comp;1824074..1824149;;gca;;8;;;8;; comp;1824158..1824234;;atc;;130;;;;; comp;1824365..1825919;;16s;;217;217;;;; comp;1826137..1826406;;CDS;;;;;;90; ;;;;;;;;;; comp;1832600..1832992;;CDS;;166;166;;;131; comp;1833159..1833251;;tca;;156;156;;;;156 comp;1833408..1834682;;CDS;;;;;;425; ;;;;;;;;;; ;1839668..1840669;;CDS;;34;34;;;334;34 comp;1840704..1840819;;5s;;44;;;;; comp;1840864..1843791;;23s;;76;;;;; comp;1843868..1843943;;gca;;8;;;8;; comp;1843952..1844028;;atc;;130;;;;; comp;1844159..1845713;;16s;;240;240;;;; comp;1845954..1848425;;CDS;;;;;;*824; ;;;;;;;;;; ;1873838..1875127;;CDS;;139;139;;;430;139 ;1875267..1875342;;aaa;;13;;13;;; ;1875356..1875427;;gaa;;21;;21;;; ;1875449..1875524;;gac;;41;;41;;; ;1875566..1875638;;ttc;;403;*403;;;; ;1876042..1876749;;CDS;;;;;;236; ;;;;;;;;;; comp;2217640..2217846;;CDS;;205;205;;;69;205 ;2218052..2218130;;cgg;;255;255;;;; ;2218386..2219693;;CDS;;;;;;436; ;;;;;;;;;; comp;2428815..2429495;;CDS;;404;*404;;;227; ;2429900..2431456;;16s;;139;;;;; ;2431596..2434524;;23s;;97;;;;; ;2434622..2434737;;5s;;4;;;;; ;2434742..2434817;;gta;+;4;;;4;; ;2434822..2434897;;aca;2 cta;9;;;9;; ;2434907..2434982;;cac;2 aca;22;;;22;; ;2435005..2435085;;cta;;29;;;29;; ;2435115..2435189;;ggc;;16;;;16;; ;2435206..2435294;;tta;;3;;;3;; ;2435298..2435371;;cgt;;10;;;10;; ;2435382..2435455;;cca;;16;;;16;; ;2435472..2435544;;gca;;20;;;20;; ;2435565..2435657;;tca;;54;;;54;; ;2435712..2435805;;cta;;20;;;20;; ;2435826..2435902;;atgf;;1;;;1;; ;2435904..2435979;;gac;;12;;;12;; ;2435992..2436067;;ttc;;14;;;14;; ;2436082..2436157;;aca;;10;;;10;; ;2436168..2436243;;aaa;;13;;;13;; ;2436257..2436327;;gga;;10;;;10;; ;2436338..2436414;;atc;;7;;;7;; ;2436422..2436496;;aac;;7;;;7;; ;2436504..2436594;;agc;;6;;;6;; ;2436601..2436672;;gaa;;59;59;;;;59 ;2436732..2436842;;CDS;;;;;;37; ;;;;;;;;;; ;2798971..2799474;;CDS;;109;109;;;168;109 ;2799584..2799657;;gga;;1;;1;;; ;2799659..2799735;;aga;;407;*407;;;; ;2800143..2800343;;CDS;;;;;;67; ;;;;;;;;;; comp;2991608..2992366;;CDS;;242;242;;;253; ;2992609..2992682;;atgi;;221;221;;;;221 ;2992904..2993515;;CDS;;;;;;204; </pre> ====ban cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_cumuls|ban cumuls]] <pre> ban* cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;3;2;1;0;1;0;100;10 ;16 23 5s 0;4;20;25;47;50;2;20;1;200;9 ;16 atc gca;2;40;3;6;100;3;40;1;300;6 ;16 23 5s a;5;60;4;2;150;6;60;2;400;4 ;max a;21;80;0;2;200;7;80;0;500;4 ;a doubles;2;100;2;0;250;8;100;1;600;1 ;autres;0;120;0;0;300;3;120;4;700;1 ;total aas;66;140;0;0;350;0;140;2;800;0 sans ;opérons;9;160;0;0;400;2;160;2;900;2 ;1 aa;5;180;0;0;450;3;180;0;1000;0 ;max a;33;200;0;0;500;0;200;2;1100;1 ;a doubles;1;;0;0;;0;;4;;0 ;total aas;46;;37;59;;34;;19;;38 total aas;;112;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;18;15;;232;;132;;274 ;;;variance;21;14;;143;;62;;238 sans jaune;;;moyenne;14;;;165;;;;191 ;;;variance;14;;;71;;;;124 </pre> ====ban blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_blocs|ban blocs]] <pre> ban intercalaires des 11 clusters à rrnas;;;;;;;; cds;694’;;cds;386’;;cds;114; 16s;141;;16s;141;;aac;*; 23s;97;;23s;96;;31aas;1; 5s;4;;5s;9;;gga;75; gta;*;;aac;*;;16s;141; 17aas;1;;9aas;10;;23s;46; gaa;130;;ttg;207’;;5s;12; cds;;;cds;;;atgf;3; ;;;;;;gac;174; cds;223;;cds;404’;;cds;; 16s;141;;16s;139;;;; 23s;82;;23s;97;;cds;217;240 5s;9;;5s;4;;16s;130;130 aac;*;;gta;4;;atc;8;8 7aas;10;;19aas;*;;gca;77;76 gca;114;;gaa;59;;23s;44;44 cds;;;cds;;;5s;190;34’ ;;;;;;cds;; cds;476’;451’;294;372;;;; 16s;173;142;153;141;;;; 23s;49;46;45;45;;;; 5s;57’;99’;14’;206;;;; cds;;;;;;;; </pre> ====ban distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_distribution|ban distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;tca2 5s;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;2;tgc;1 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;3;acc;2;aac;6;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;4 gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;6 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;4;tca;5;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;5;aaa;4;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;5;cca;4;caa;4;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;6;gca;4;gaa;6;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ban;;5;;;;;5;;ban;8;;;;;;8;;;;;;;;;;;ban;;;;93;;;93 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;33 -16s;; </pre> ====ban données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_données_intercalaires|ban données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ban;fx;fc;ban;fx40;fc40;ban;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;33;0;0;33;-1;;73;188;419;16s tRNA;;;tRNA tRNA;suite;contigu;tRNA tRNA;suite;contigu ;0;10;16;234;1;1;38;-2;;1;130;210;2* 132;;atc;14;;tgc;10;;gca ;0;20;41;427;2;2;35;-3;;0;198;205;;;;5;;ggc;5;;ggc ;0;30;81;192;3;2;40;-4;3;241;115;242;tRNA 16s;;;63;;caa;5;;aaa ;0;40;134;137;4;3;33;-5;;0;174;;76;;gaa;19;;cac;65;;caa ;0;50;84;97;5;1;20;-6;;0;114;;tRNA 23s;;gca;7;;tgg;17;;tac ;0;60;75;97;6;0;22;-7;;3;114;;80;;;17;;tac;5;;gta ;0;70;35;120;7;3;10;-8;1;84;259;;79;;;5;;gta;24;;gaa ;0;80;36;127;8;1;7;-9;2;0;160;;5s tRNA;;;24;;gaa;4;;acc ;0;90;38;94;9;0;12;-10;;3;166;;2* 4;;gta;4;;acc;**;;aac ;0;100;57;108;10;3;17;-11;1;30;156;;2* 9;;aac;**;;aac;4;;gta ;1;110;44;135;11;3;31;-12;1;0;139;;12;;atgf;3;;gac;9;;aca ;3;120;52;132;12;2;63;-13;;10;403;;tRNA tRNA;;intra;**;;atgf;22;;cac ;1;130;45;108;13;4;42;-14;1;19;258;;2* 8;;atc gca;1;;gga;29;;cta ;1;140;38;89;14;6;50;-15;;0;657;;tRNA tRNA;;;4;;cca;16;;ggc ;0;150;55;94;15;2;62;-16;;5;109;;13;;gaa;3;;cgt;3;;tta ;2;160;37;82;16;4;37;-17;;15;410;;**;;atgj;16;;tta;10;;cgt ;1;170;45;66;17;4;39;-18;;0;221;;139;;;29;;ggc;16;;cca ;1;180;39;55;18;5;40;-19;;3;CDS 16s;;13;;aaa;14;;cta;20;;gca ;1;190;42;62;19;3;31;-20;;15;295;695;21;;gaa;5;;aaa;54;;tca ;1;200;42;51;20;8;32;-21;;0;224;387;41;;gac;87;;caa;20;;cta 2;0;210;34;65;21;1;29;-22;;3;373;477;**;;ttc;46;;gac;1;;atgf ;0;220;25;48;22;6;21;-23;;10;218;452;1;;gga;4;;gta;12;;gac ;1;230;30;43;23;7;29;-24;;0;241;404;**;;aga;1;;gaa;14;;ttc ;0;240;28;35;24;10;21;-25;1;5;23s 5s;;tRNA tRNA;;contigu;8;;aac;10;;aca 1;0;250;22;30;25;6;16;-26;;10;2* 101;;1;;gaa;11;;atc;13;;aaa ;2;260;25;25;26;6;18;-27;;0;100;;8;;aac;6;;tgg;10;;gga ;0;270;22;36;27;9;20;-28;1;3;3* 50;;11;;atc;9;;aca;7;;atc ;0;280;26;29;28;13;12;-29;;2;2* 49;;6;;tgg;8;;ttc;7;;aac ;0;290;15;28;29;13;16;-30;;0;86;;9;;aca;4;;gac;6;;agc ;0;300;20;28;30;10;10;-31;;1;2* 48;;9;;ttc;20;;atgf;**;;gaa ;0;310;12;32;31;10;22;-32;;6;16s 23s;;4;;gac;54;;tca;;; ;0;320;17;19;32;5;13;-33;;0;5* 146;;20;;atgf;20;;tca;;; ;0;330;11;26;33;15;17;-34;;1;147;;54;;tca;16;;gca;;; ;0;340;22;28;34;10;12;-35;;6;177;;20;;tca;10;;cca;;; ;0;350;8;27;35;18;12;-36;;0;158;;16;;gca;3;;cgt;;; ;0;360;19;17;36;12;16;-37;;2;144;;10;;cca;16;;tta;;; ;0;370;11;17;37;11;13;-38;;2;5s CDS;;3;;cgt;29;;ggc;;; ;0;380;13;13;38;12;13;-39;;0;190;57;16;;tta;13;;cta;;; ;0;390;10;20;39;19;11;-40;;0;206;99;29;;ggc;5;;aaa;;; ;0;400;10;15;40;22;8;-41;;0;;14;22;;cta;87;;caa;;; 1;3;reste;163;168;reste;1307;2266;-42;1;0;;34;9;;cac;46;;gac;;; 4;18;total;1579;3289;total;1579;3289;-43;;0;;;4;;aca;4;;gta;;; 3;15;diagr;1416;3088;diagr;272;990;-44;;2;;;**;;gta;8;;gaa;;; 0;0; t30;138;853;;;;-45;;0;;;;;;3;;agc;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;**;;aac;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;; ;x;1579;13;0;1592;;;-49;;1;;;;;;;;;;; ;c;3256;564;33;3853;;;-50;;8;;;;;;;;;;; ;;;;;5445;173;;reste;1;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;5618;;total;13;564;;;;;;;;;;; </pre> =====ban autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_autres_intercalaires_aas|ban autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ban;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;342504;342953;175;*; ;comp;ncRNA;343129;343312;21;*; ;comp;ncRNA;343334;343516;116;*; fin;comp;CDS;343633;344466;;; deb;comp;CDS;359943;361082;180;*; ;comp;ncRNA;361263;361653;87;*; fin;comp;CDS;361741;362079;;; deb;;CDS;618142;618366;188;*; ;;tRNA;618555;618627;419;*;gtc fin;comp;CDS;619047;619235;;; deb;comp;CDS;1102183;1102602;130;*; ;comp;tRNA;1102733;1102804;1;*;gaa ;comp;tRNA;1102806;1102880;8;*;aac ;comp;tRNA;1102889;1102965;11;*;atc ;comp;tRNA;1102977;1103047;6;*;tgg ;comp;tRNA;1103054;1103126;9;*;aca ;comp;tRNA;1103136;1103211;9;*;ttc ;comp;tRNA;1103221;1103296;4;*;gac ;comp;tRNA;1103301;1103377;20;*;atgf ;comp;tRNA;1103398;1103490;54;*;tca ;comp;tRNA;1103545;1103637;20;*;tca ;comp;tRNA;1103658;1103730;16;*;gca ;comp;tRNA;1103747;1103820;10;*;cca ;comp;tRNA;1103831;1103904;3;*;cgt ;comp;tRNA;1103908;1103996;16;*;tta ;comp;tRNA;1104013;1104087;29;*;ggc ;comp;tRNA;1104117;1104197;22;*;cta ;comp;tRNA;1104220;1104295;9;*;cac ;comp;tRNA;1104305;1104380;4;*;aca ;comp;tRNA;1104385;1104460;4;*;gta ;comp;rRNA;1104465;1104580;101;*;116 ;comp;rRNA;1104682;1107601;146;*;2920 ;comp;rRNA;1107748;1109298;695;*;1551 fin;;CDS;1109994;1113038;;0; deb;comp;CDS;1306706;1307848;198;*; ;comp;tRNA;1308047;1308120;115;*;gga fin;comp;CDS;1308236;1308889;;; deb;;CDS;1312025;1312345;210;*; ;comp;tRNA;1312556;1312637;10;*;ttg ;comp;tRNA;1312648;1312718;14;*;tgc ;comp;tRNA;1312733;1312807;5;*;ggc ;comp;tRNA;1312813;1312887;63;*;caa ;comp;tRNA;1312951;1313026;19;*;cac ;comp;tRNA;1313046;1313119;7;*;tgg ;comp;tRNA;1313127;1313210;17;*;tac ;comp;tRNA;1313228;1313303;5;*;gta ;comp;tRNA;1313309;1313383;24;*;gaa ;comp;tRNA;1313408;1313480;4;*;acc ;comp;tRNA;1313485;1313559;9;*;aac ;comp;rRNA;1313569;1313684;100;*;116 ;comp;rRNA;1313785;1316706;146;*;2922 ;comp;rRNA;1316853;1318404;387;*;1552 fin;;CDS;1318792;1319148;;0; deb;;CDS;1556278;1556507;57;*; ;comp;rRNA;1556565;1556680;50;*;116 ;comp;rRNA;1556731;1560125;177;*;3395 ;comp;rRNA;1560303;1562131;477;*;1829 fin;;CDS;1562609;1563322;;; deb;;CDS;1566949;1567219;99;*; ;comp;rRNA;1567319;1567434;50;*;116 ;comp;rRNA;1567485;1570406;147;*;2922 ;comp;rRNA;1570554;1572114;452;*;1561 fin;;CDS;1572567;1574498;;; deb;;CDS;1579539;1580615;14;*; ;comp;rRNA;1580630;1580745;49;*;116 ;comp;rRNA;1580795;1583909;158;*;3115 ;comp;rRNA;1584068;1585719;295;*;1652 fin;comp;CDS;1586015;1587520;;; deb;comp;CDS;1600693;1601166;174;*; ;comp;tRNA;1601341;1601416;3;*;gac ;comp;tRNA;1601420;1601496;12;*;atgf ;comp;rRNA;1601509;1601624;50;*;116 ;comp;rRNA;1601675;1604595;146;*;2921 ;comp;rRNA;1604742;1606293;76;*;1552 ;comp;tRNA;1606370;1606440;1;*;gga ;comp;tRNA;1606442;1606518;4;*;cca ;comp;tRNA;1606523;1606599;3;*;cgt ;comp;tRNA;1606603;1606691;16;*;tta ;comp;tRNA;1606708;1606782;29;*;ggc ;comp;tRNA;1606812;1606892;14;*;cta ;comp;tRNA;1606907;1606982;5;*;aaa ;comp;tRNA;1606988;1607062;87;*;caa ;comp;tRNA;1607150;1607225;46;*;gac ;comp;tRNA;1607272;1607347;4;*;gta ;comp;tRNA;1607352;1607426;1;*;gaa ;comp;tRNA;1607428;1607502;8;*;aac ;comp;tRNA;1607511;1607587;11;*;atc ;comp;tRNA;1607599;1607669;6;*;tgg ;comp;tRNA;1607676;1607748;9;*;aca ;comp;tRNA;1607758;1607833;8;*;ttc ;comp;tRNA;1607842;1607917;4;*;gac ;comp;tRNA;1607922;1607998;20;*;atgf ;comp;tRNA;1608019;1608111;54;*;tca ;comp;tRNA;1608166;1608258;20;*;tca ;comp;tRNA;1608279;1608351;16;*;gca ;comp;tRNA;1608368;1608441;10;*;cca ;comp;tRNA;1608452;1608525;3;*;cgt ;comp;tRNA;1608529;1608617;16;*;tta ;comp;tRNA;1608634;1608708;29;*;ggc ;comp;tRNA;1608738;1608818;13;*;cta ;comp;tRNA;1608832;1608907;5;*;aaa ;comp;tRNA;1608913;1608987;87;*;caa ;comp;tRNA;1609075;1609150;46;*;gac ;comp;tRNA;1609197;1609272;4;*;gta ;comp;tRNA;1609277;1609351;8;*;gaa ;comp;tRNA;1609360;1609450;3;*;agc ;comp;tRNA;1609454;1609528;114;*;aac fin;comp;CDS;1609643;1610101;;0; deb;comp;CDS;1702642;1703788;114;*; ;comp;tRNA;1703903;1703975;10;*;gca ;comp;tRNA;1703986;1704057;5;*;ggc ;comp;tRNA;1704063;1704138;5;*;aaa ;comp;tRNA;1704144;1704218;65;*;caa ;comp;tRNA;1704284;1704366;17;*;tac ;comp;tRNA;1704384;1704459;5;*;gta ;comp;tRNA;1704465;1704539;24;*;gaa ;comp;tRNA;1704564;1704636;4;*;acc ;comp;tRNA;1704641;1704715;9;*;aac ;comp;rRNA;1704725;1704840;86;*;116 ;comp;rRNA;1704927;1707848;146;*;2922 ;comp;rRNA;1707995;1709544;224;*;1550 fin;comp;CDS;1709769;1709987;;0; deb;comp;CDS;1767157;1767618;206;*; ;comp;rRNA;1767825;1767940;49;*;116 ;comp;rRNA;1767990;1770910;146;*;2921 ;comp;rRNA;1771057;1772607;373;*;1551 fin;comp;CDS;1772981;1774480;;; deb;comp;CDS;1787717;1790188;259;*; ;comp;tRNA;1790448;1790519;13;*;gaa ;comp;tRNA;1790533;1790606;160;*;atgj fin;comp;CDS;1790767;1791249;;; deb;comp;CDS;1820538;1820717;190;*; ;comp;rRNA;1820908;1821023;48;*;116 ;comp;rRNA;1821072;1823993;80;*;2922 ;comp;tRNA;1824074;1824149;8;*;gca ;comp;tRNA;1824158;1824234;132;*;atc ;comp;rRNA;1824367;1825918;218;*;1552 fin;comp;CDS;1826137;1826406;;; deb;comp;CDS;1827820;1829508;132;*; ;comp;ncRNA;1829641;1829905;79;*; fin;comp;CDS;1829985;1830485;;0; deb;comp;CDS;1832600;1832992;166;*; ;comp;tRNA;1833159;1833251;156;*;tca fin;comp;CDS;1833408;1834682;;; deb;;CDS;1839668;1840669;34;*; ;comp;rRNA;1840704;1840819;48;*;116 ;comp;rRNA;1840868;1843788;79;*;2921 ;comp;tRNA;1843868;1843943;8;*;gca ;comp;tRNA;1843952;1844028;132;*;atc ;comp;rRNA;1844161;1845712;241;*;1552 fin;comp;CDS;1845954;1848425;;; deb;;CDS;1873838;1875127;139;*; ;;tRNA;1875267;1875342;13;*;aaa ;;tRNA;1875356;1875427;21;*;gaa ;;tRNA;1875449;1875524;41;*;gac ;;tRNA;1875566;1875638;403;*;ttc fin;;CDS;1876042;1876749;;; deb;comp;CDS;2217640;2217846;205;*; ;;tRNA;2218052;2218127;258;*;cgg fin;;CDS;2218386;2219693;;; deb;;CDS;2250178;2250645;126;*; ;;tmRNA;2250772;2251126;407;*; fin;;CDS;2251534;2252211;;; deb;comp;CDS;2428815;2429495;404;*; ;;rRNA;2429900;2431454;144;*;1555 ;;rRNA;2431599;2434520;101;*;2922 ;;rRNA;2434622;2434737;4;*;116 ;;tRNA;2434742;2434817;4;*;gta ;;tRNA;2434822;2434897;9;*;aca ;;tRNA;2434907;2434982;22;*;cac ;;tRNA;2435005;2435085;29;*;cta ;;tRNA;2435115;2435189;16;*;ggc ;;tRNA;2435206;2435294;3;*;tta ;;tRNA;2435298;2435371;10;*;cgt ;;tRNA;2435382;2435455;16;*;cca ;;tRNA;2435472;2435544;20;*;gca ;;tRNA;2435565;2435657;54;*;tca ;;tRNA;2435712;2435805;20;*;cta ;;tRNA;2435826;2435902;1;*;atgf ;;tRNA;2435904;2435979;12;*;gac ;;tRNA;2435992;2436067;14;*;ttc ;;tRNA;2436082;2436157;10;*;aca ;;tRNA;2436168;2436243;13;*;aaa ;;tRNA;2436257;2436327;10;*;gga ;;tRNA;2436338;2436414;7;*;atc ;;tRNA;2436422;2436496;7;*;aac ;;tRNA;2436504;2436594;6;*;agc ;;tRNA;2436601;2436672;657;*;gaa fin;;CDS;2437330;2438274;;0; deb;;CDS;2798971;2799474;109;*; ;;tRNA;2799584;2799657;1;*;gga ;;tRNA;2799659;2799732;410;*;aga fin;;CDS;2800143;2800343;;0; deb;comp;CDS;2991608;2992366;242;*; ;;tRNA;2992609;2992682;221;*;atgi fin;;CDS;2992904;2993515;;; </pre> ====ban séquences==== <pre> 33 aas;inter;21 aas;inter;19 aas;inter;11 aas;inter ;;;;;;; gga;1;;;;;ttg;10 cca;4;;;;;tgc;14 cgt;3;;;;;ggc;5 tta;16;;;;;caa;63 ggc;29;;;;;cac;19 cta;14;;;;;tgg;7 aaa;5;;;;;tac;17 caa;87;;;;;gta;5 gac;46;gaa;6;;;gaa;24 gta;4;agc;7;;;acc;4 gaa;1;aac;7;gaa;1;aac; aac;8;atc;10;aac;8;; atc;11;gga;13;atc;11;; tgg;6;aaa;10;tgg;6;; aca;9;aca;14;aca;9;; ttc;8;ttc;12;ttc;9;; gac;4;gac;1;gac;4;; atgf;20;atgf;20;atgf;20;; tca;54;cta;54;tca;54;9 aas;inter tca;20;tca;20;tca;20;; gca;16;gca;16;gca;16;gca;10 cca;10;cca;10;cca;10;ggc;5 cgt;3;cgt;3;cgt;3;aaa;5 tta;16;tta;16;tta;16;caa;65 ggc;29;ggc;29;ggc;29;tac;17 cta;13;cta;22;cta;22;gta;5 aaa;5;cac;9;cac;9;gaa;24 caa;87;aca;4;aca;4;acc;4 gac;46;gta;;gta;;aac; gta;4;;;;;; gaa;8;;;;;; agc;3;;;;;; aac;;;;;;; </pre> ===bacilli synthèse=== ====bacilli distribution par génome==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_génome|bacilli distribution par génome]] <pre> baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total bsu;18;8;;52;2;4;;2;86 lmo;9;8;;44;;4;;2;67 lam;22;14;;16;;4;3;4;63 ppm;67;21;;68;;5;;;161 pmq;22;11;;138;;0;2;;173 lbu;49;16;;16;;10;7;;98 ban;8;5;;60;33;4;;2;112 ;;;;;;;;; total;195;83;0;394;35;31;12;10;760 </pre> ====bacilli distribution du total==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_du_total|bacilli distribution du total]] <pre> baci8;Sans 2 16s, 10 13aas et 31 +16s;;;;;;717;;baci8;Le reste;;;;;;43 atgi;8;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc; atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;15;acc;1;aac;4;agc; ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1 gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3 tta;16;tca;17;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;16;gaa;;gga;1 ttg;13;tcg;10;tag;;tgg;15;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg; atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;;acg;;aag;5;agg; ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total type;207;83;0;394;33;0;717;;type;12;;;10;2;31;43 </pre> ====bacilli distribution par type==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_type|bacilli distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> baci8;;;;;;;717;;baci8;;;;;;;83;;baci8;;;;;;;195;;baci8;;;;;;;12;;baci8;;;;;;;427 atgi;8;tct;0;tat;0;atgf;25;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;18 att;0;act;2;aat;0;agt;0;;att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;5;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;0;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;14;tcc;9;tac;13;tgc;7 atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;1;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;3;acc;;aac;9;agc;6;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;12;acc;6;aac;22;agc;10 ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;3;ccc;2;cac;;cgt;1;;ctc;4;ccc;;cac;9;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;23 gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;5;gcc;2;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;11;ggc;7;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;3;gcc;1;gac;22;ggc;29 tta;16;tca;17;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;5;taa;;tga;;;tta;3;tca;5;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;11;tca;7;taa;;tga; ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;1;aaa;;aga;7;;ata;1;aca;4;aaa;8;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;18;aaa;22;aga;1 cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;3;cca;5;caa;10;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;12;cca;22;caa;15;cga; gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;;gaa;;gga;5;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;28;gca;15;gaa;23;gga;10 ttg;13;tcg;10;tag;0;tgg;15;;ttg;;tcg;5;tag;;tgg;;;ttg;4;tcg;3;tag;;tgg;7;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;8 atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;2;acg;3;aag;4;agg;3;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;8;acg;2;aag;;agg; ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;1;ccg;2;cag;1;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====bacilli par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacilli par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;43;21;5;13;;;82; 16;moyen;27;59;4;135;2;31;227; 14;fort;13;115;3;279;8;2;418; ; ;83;195;12;427;10;33;760; 10;g+cga;16;12;5;5;;;38; 2;agg+cgg;11;0;;;;;11; 4;carre ccc;12;5;;8;;;25; 5;autres;4;4;;;;;8; ;;43;21;5;13;;;82; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;baci ‰;ref. ‰ 21;faible;57;28;7;17;;;108;26 16;moyen;36;78;5;178;3;41;299;324 14;fort;17;151;4;367;11;3;550;650 ;;109;257;16;562;13;43;760;729 10;g+cga;21;16;7;7;;;50;10 2;agg+cgg;14;;;;;;14; 4;carre ccc;16;7;;11;;;33;16 5;autres;5;5;;;;;11; ;;57;28;7;17;;;108; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;148;72;17;238;26;52;11; 16;moyen;93;203;14;310;324;33;30; 14;fort;45;397;10;452;650;16;59; ;;286;672;41;290;729;83;195; 10;g+cga;55;41;17;114;;37;; 2;agg+cgg;38;;;38;;26;; 4;carre ccc;41;17;;59;;28;; 5;autres;14;14;;28;;9;; ;;148;72;17;238;;43;; </pre> ====bacilli, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli,_estimation_des_-rRNAs|bacilli, estimation des -rRNAs]] <pre> ;;;;;;;;bacilli;;;;;;;;;;;;;;;;; 32 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;32;1889;0;0;;indices;;;;32;5903;0;0;;baci7;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;290 atgi;20;tct;;tat;;atgf;91;;atgi;63;tct;;tat;;atgf;284;;atgi;5;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;2;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;5;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;63;tcc;30;tac;56;tgc;30;;ttc;197;tcc;94;tac;175;tgc;94;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5 atc;92;acc;27;aac;99;agc;38;;atc;288;acc;84;aac;309;agc;119;;atc;4;acc;2;aac;10;agc;7 ctc;15;ccc;;cac;53;cgt;82;;ctc;47;ccc;;cac;166;cgt;256;;ctc;7;ccc;2;cac;9;cgt;4 gtc;3;gcc;1;gac;106;ggc;101;;gtc;9.4;gcc;3.1;gac;331;ggc;316;;gtc;5;gcc;3;gac;12;ggc;10 tta;59;tca;49;taa;;tga;;;tta;184;tca;153;taa;;tga;;;tta;5;tca;10;taa;;tga; ata;;aca;87;aaa;84;aga;1;;ata;0;aca;272;aaa;263;aga;3.1;;ata;1;aca;5;aaa;8;aga;8 cta;54;cca;77;caa;69;cga;;;cta;169;cca;241;caa;216;cga;;;cta;3;cca;5;caa;14;cga;2 gta;113;gca;122;gaa;94;gga;49;;gta;353;gca;381;gaa;294;gga;153;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;9 ttg;32;tcg;2;tag;;tgg;42;;ttg;100;tcg;6.3;tag;;tgg;131;;ttg;6;tcg;8;tag;;tgg;7 atgj;32;acg;3;aag;;agg;;;atgj;100;acg;9.4;aag;;agg;;;atgj;6;acg;5;aag;10;agg;3 ctg;12;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;37.5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;2;cag;1;cgg;8 gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3.1;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg;3 ;;693;;1171;;25;1889;;;;2166;;3659;;78;5903;;;;90;;131;;69;290 29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;49366;0,2;0;;indices;sans +16s;;;618;49366;0,2;0;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;84;tct;0.3;tat;0.5;atgf;1;;atgi;146;tct;0.3;tat;0.5;atgf;285;;atgi;71;tct;;tat;;atgf;100 att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;;act;29;aat;;agt; ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;71;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;75;tcc;26;tac;64;tgc;23;;ttc;272;tcc;120;tac;239;tgc;117;;ttc;129;tcc;43;tac;157;tgc;71 atc;23;acc;8;aac;69;agc;40;;atc;310;acc;92;aac;378;agc;159;;atc;57;acc;29;aac;143;agc;100 ctc;28;ccc;6.1;cac;20;cgt;32;;ctc;75;ccc;6.1;cac;186;cgt;288;;ctc;100;ccc;29;cac;129;cgt;57 gtc;44;gcc;27;gac;55;ggc;-6;;gtc;53;gcc;30;gac;386;ggc;310;;gtc;71;gcc;43;gac;171;ggc;143 tta;27;tca;91;taa;1.1;tga;1.8;;tta;211;tca;244;taa;1.1;tga;1.8;;tta;71;tca;143;taa;;tga; ata;2.1;aca;22;aaa;78;aga;116;;ata;2.1;aca;294;aaa;340;aga;119;;ata;14;aca;71;aaa;114;aga;114 cta;30;cca;2;caa;83;cga;6.3;;cta;199;cca;243;caa;299;cga;6.3;;cta;43;cca;71;caa;200;cga;29 gta;44;gca;62;gaa;174;gga;152;;gta;397;gca;443;gaa;468;gga;305;;gta;114;gca;29;gaa;271;gga;129 ttg;25;tcg;41;tag;0.8;tgg;6;;ttg;125;tcg;47;tag;0.8;tgg;137;;ttg;86;tcg;114;tag;;tgg;100 atgj;52;acg;38;aag;73;agg;72;;atgj;152;acg;47;aag;73;agg;72;;atgj;86;acg;71;aag;143;agg;43 ctg;22.5;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;60;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;114;ccg;29;cag;14;cgg;114 gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;15;;gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;18;;gtg;;gcg;;gag;29;ggg;43 ;;654;;845;;582;2081;;;;2820;;4504;;660;7984;;;;1286;;1871;;986;4143 rapports;;23;;19;;88;26;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;57;tct;;tat;;atgf;0.2;;fiches;28.90625;;;fréquences;;;;;atgi;14;tct;100;tat;100;atgf;99 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;925;;;0/0;0;;;;att;100;act;62;aat;100;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;1902;;;10;2;;;;ctt;34;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;32;;;20;3;;;;gtt;100;gct;100;gat;;ggt; ttc;28;tcc;22;tac;27;tgc;20;;;;;;30;1;;;;ttc;42;tcc;39;tac;59;tgc;67 atc;7;acc;8;aac;18;agc;25;;baci7;41.429;;;40;9;;;;atc;61;acc;73;aac;52;agc;60 ctc;38;ccc;100;cac;11;cgt;11;;sans;290;;;50;6;21;;;ctc;72;ccc;79;cac;84;cgt;44 gtc;82;gcc;90;gac;14;ggc;-2;;avec;470;;;60;5;;;;gtc;39;gcc;37;gac;68;ggc;104 tta;13;tca;37;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;9;;;;tta;63;tca;36;taa;100;tga;100 ata;100;aca;8;aaa;23;aga;97;;;;;;80;5;;;;ata;85;aca;69;aaa;32;aga;1 cta;15;cca;1.0;caa;28;cga;100;;L’estimation par baci7;;;;90;3;;;;cta;29;cca;97;caa;58;cga;78 gta;11;gca;14;gaa;37;gga;50;;est 43 % au dessus;;;;100;6;;;;gta;62;gca;54;gaa;36;gga;15 ttg;20;tcg;87;tag;;tgg;4;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;71;tcg;64;tag;100;tgg;94 atgj;34;acg;80;aag;100;agg;100;;32;;100;;;50;;;;atgj;39;acg;47;aag;49;agg;40 ctg;38;ccg;100;cag;100;cgg;100;;atc;45;310;;;;;;;ctg;80;ccg;34;cag;16;cgg;5 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;83;;gca;59;443;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;44;ggg;65 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;867;;838;;850;2554 </pre> ==clostridia== ===psor=== ====psor opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_opérons|psor opérons]] <pre> 27.3%GC;8.8.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Paeniclostridium sordellii AM370;;;;;;;;; ;9847..10620;CDS;;205;205;;;258; ;10826..12332;16s;;196;;;;; ;12529..15445;23s;;78;;;;; ;15524..15640;5s;;85;85;;;;85 ;15726..15947;CDS;;;;;;74; ;;;;;;;;; ;18845..19297;CDS;;3;3;;;151;3 ;19301..19393;tcc;;27;;;;; ;19421..19685;ncRNA;;152;152;;;; ;19838..21478;CDS;;;;;;*547; ;;;;;;;;; ;24343..24570;CDS;;309;309;;;76; ;24880..26386;16s;;196;;;;; ;26583..29499;23s;;122;;;;; ;29622..29738;5s;;5;;;5;; ;29744..29832;tta;+;13;;;13;; ;29846..29921;atgf;3 aaa;15;;;15;; ;29937..30011;gaa;6 atg;9;;;9;; ;30021..30094;gga;3 gta;6;;;6;; ;30101..30176;gta;1 cgt;5;;;5;; ;30182..30258;gac;1 ggc;16;;;16;; ;30275..30350;aac;2 fois suite;4;;;4;; ;30355..30429;aca;aac aca aga;4;;;4;; ;30434..30518;tac;caa cac cca;15;;;15;; ;30534..30617;cta;cta gaa gac;14;;;14;; ;30632..30708;aga;gga tac tca;7;;;7;; ;30716..30791;caa;tgc tta ttc;11;;;11;; ;30803..30878;aaa;;6;;;6;; ;30885..30973;tca;;3;;;3;; ;30977..31052;ttc;;9;;;9;; ;31062..31138;atgj;;8;;;8;; ;31147..31223;atgi;;21;;;21;; ;31245..31321;cca;;6;;;6;; ;31328..31404;cac;;4;;;4;; ;31409..31482;tgc;;25;;;25;; ;31508..31596;tta;;13;;;13;; ;31610..31685;atgf;;15;;;15;; ;31701..31775;gaa;;9;;;9;; ;31785..31858;gga;;6;;;6;; ;31865..31940;gta;;5;;;5;; ;31946..32022;gac;;16;;;16;; ;32039..32114;aac;;4;;;4;; ;32119..32193;aca;;4;;;4;; ;32198..32282;tac;;15;;;15;; ;32298..32381;cta;;11;;;11;; ;32393..32467;ggc;;13;;;13;; ;32481..32557;aga;;7;;;7;; ;32565..32640;caa;;11;;;11;; ;32652..32727;aaa;;6;;;6;; ;32734..32822;tca;;3;;;3;; ;32826..32901;ttc;;9;;;9;; ;32911..32987;atgj;;8;;;8;; ;32996..33072;atgi;;21;;;21;; ;33094..33170;cca;;6;;;6;; ;33177..33253;cac;;9;;;9;; ;33263..33338;aaa;;21;;;21;; ;33360..33433;tgc;;6;;;6;; ;33440..33516;cgt;;10;;;;; ;33527..33602;gta;;162;162;;;;162 ;33765..34016;CDS;;;;;;84; ;;;;;;;;; ;34042..34455;CDS;;249;249;;;138; ;34705..36211;16s;;196;;;;; ;36408..39324;23s;;78;;;;; ;39403..39519;5s;;402;*402;;;; comp;39922..40113;CDS;;348;348;;;64; ;40462..41968;16s;;196;;;;; ;42165..45081;23s;;78;;;;; ;45160..45276;5s;;180;180;;;;*180 ;45457..47394;CDS;;;;;;*646; ;;;;;;;;; ;101428..102144;CDS;;276;276;;;239; ;102421..103927;16s;;54;;;;; ;103982..104057;gca;;114;;;;; ;104172..107096;23s;;41;;;;; ;107138..107211;gga;;11;;;;; ;107223..107339;5s;;99;99;;;;99 comp;107439..108617;CDS;;;;;;393; ;;;;;;;;; ;111345..111884;CDS;;431;*431;;;180; ;112316..113822;16s;;54;;;;; ;113877..113952;gca;;114;;;;; ;114067..116982;23s;;193;;;;; ;117176..117292;5s;;5;;;;; ;117298..117386;tta;;9;;;9;; ;117396..117472;atgi;;123;;;;; ;117596..119102;16s;;54;;;;; ;119157..119232;gca;;114;;;;; ;119347..122263;23s;;193;;;;; ;122457..122573;5s;;5;;;;; ;122579..122667;tta;;9;;;9;; ;122677..122753;atgi;;123;;;;; ;122877..124383;16s;;54;;;;; ;124438..124513;gca;;114;;;;; ;124628..127549;23s;;78;;;;; ;127628..127744;5s;;100;100;;;;100 ;127845..129260;CDS;;;;;;472; ;;;;;;;;; ;215388..216260;CDS;;264;264;;;291; ;216525..218030;16s;;123;;;;; ;218154..218229;gca;;152;;;;; ;218382..221296;23s;;50;;;;; ;221347..221420;gga;;12;;;;; ;221433..221549;5s;;109;109;;;;109 ;221659..221940;CDS;;525;*525;;;94; ;222466..223972;16s;;196;;;;; ;224169..227083;23s;;144;;;;; ;227228..227344;5s;;228;228;;;;*228 ;227573..227989;CDS;;;;;;139; ;;;;;;;;; ;449964..450266;CDS;;253;253;;;101; ;450520..452026;16s;;196;;;;; ;452223..455139;23s;;144;;;;; ;455284..455400;5s;;112;112;;;;112 comp;455513..456616;CDS;;;;;;368; ;;;;;;;;; ;498418..499074;CDS;;189;189;;;219; ;499264..500770;16s;;118;;;;; ;500889..500964;gca;;95;;;;; ;501060..503976;23s;;144;;;;; ;504121..504237;5s;;131;131;;;;131 ;504369..504551;CDS;;;;;;61; ;;;;;;;;; ;546886..550416;CDS;;41;41;;;*1177;*41 comp;550458..550544;ttg;;138;138;;;; ;550683..553325;CDS;;;;;;*881; ;;;;;;;;; ;608009..608683;CDS;;195;195;;;225; ;608879..608975;tga;;37;37;;;;37 comp;609013..609732;CDS;;;;;;240; ;;;;;;;;; ;815939..816655;CDS;;71;71;;;239;71 ;816727..816800;tgc;;12;;12;;; ;816813..816888;aac;;3;;3;;; ;816892..816966;aca;;285;285;;;; ;817252..818727;CDS;;;;;;492; ;;;;;;;;; ;1284870..1288097;CDS;;111;111;;;*1076;*111 ;1288209..1288297;cta;;426;*426;;;; ;1288724..1290853;CDS;;;;;;*710; ;;;;;;;;; ;1445161..1445664;CDS;;135;135;;;168;135 ;1445800..1445868;other;@1;258;258;;;; ;1446127..1446813;CDS;;;;;;229; ;;;;;;;;; ;2267513..2267698;CDS;@2;306;306;;;62;*306 comp;2268005..2268088;cta;;404;*404;;;; ;2268493..2269758;CDS;;;;;;422; ;;;;;;;;; ;3094098..3094784;CDS;;40;40;;;229;40 comp;3094825..3094941;5s;;78;;;;; comp;3095020..3097936;23s;;194;;;;; comp;3098131..3099637;16s;;276;276;;;; comp;3099914..3101161;CDS;;;;;;416; ;;;;;;;;; ;3159922..3160827;CDS;;37;37;;;302;37 comp;3160865..3160956;agc;;120;120;;;; comp;3161077..3161376;CDS;;;;;;100; ;;;;;;;;; comp;3274188..3274733;CDS;;245;245;;;182;*245 comp;3274979..3275095;5s;@3;12;;;;; comp;3275108..3275181;gga;;107;;;;; comp;3275289..3278214;23s;;137;;;;; comp;3278352..3279858;16s;;253;253;;;; comp;3280112..3280690;CDS;;;;;;193; ;;;;;;;;; comp;3303104..3304150;CDS;;124;124;;;349;124 comp;3304275..3304459;riboswitch;@4;96;;;;; comp;3304556..3304672;5s;;11;;;;; comp;3304684..3304758;aca;;116;;;;; comp;3304875..3307789;23s;;196;;;;; comp;3307986..3309492;16s;;364;*364;;;; ;3309857..3310504;CDS;;;;;;216; ;;;;;;;;; comp;3438683..3439531;CDS;;142;142;;;283;142 comp;3439674..3439750;aga;;7;;;7;; comp;3439758..3439832;ggc;;9;;;9;; comp;3439842..3439918;gac;;5;;;5;; comp;3439924..3439999;gta;;8;;;8;; comp;3440008..3440082;gaa;;5;;;;; comp;3440088..3440204;5s;;40;;;;; comp;3440245..3443168;23s;;112;;;;; comp;3443281..3443356;gca;;109;;;;; comp;3443466..3444972;16s;;138;;;;; comp;3445111..3445187;atgj;+;13;;;13;; comp;3445201..3445276;ttc;3 atg;6;;;6;; comp;3445283..3445359;atc;2 cca;6;;;6;; comp;3445366..3445442;cca;2 gga;31;;;31;; comp;3445474..3445549;tgg;2 aac;11;;;11;; comp;3445561..3445637;atgi;;6;;;6;; comp;3445644..3445720;cca;;6;;;6;; comp;3445727..3445817;agc;;11;;;11;; comp;3445829..3445917;tca;;6;;;6;; comp;3445924..3445999;aaa;;12;;;12;; comp;3446012..3446087;caa;;6;;;6;; comp;3446094..3446170;aga;;19;;;19;; comp;3446190..3446263;gga;;11;;;11;; comp;3446275..3446359;tac;;4;;;4;; comp;3446364..3446438;aca;;4;;;4;; comp;3446443..3446518;aac;;31;;;31;; comp;3446550..3446625;aac;;16;;;16;; comp;3446642..3446718;gac;;5;;;5;; comp;3446724..3446799;gta;;6;;;6;; comp;3446806..3446879;gga;;9;;;9;; comp;3446889..3446963;gaa;;15;;;15;; comp;3446979..3447054;atgf;;13;;;13;; comp;3447068..3447156;tta;;5;;;;; comp;3447162..3447278;5s;;213;;;;; comp;3447492..3450406;23s;;196;;;;; comp;3450603..3452109;16s;;239;239;;;; comp;3452349..3452552;CDS;;;;;;68; ;;;;;;;;; comp;3523330..3524046;CDS;;129;129;;;239;129 comp;3524176..3524251;gta;+;8;;8;;; comp;3524260..3524334;gaa;2 fois;20;;20;;; comp;3524355..3524430;aaa;gta gaa aaa;10;;10;;; comp;3524441..3524515;aca;;10;;10;;; comp;3524526..3524602;gac;;7;;7;;; comp;3524610..3524685;gta;;9;;9;;; comp;3524695..3524769;gaa;;5;;5;;; comp;3524775..3524850;aaa;;289;289;;;; ;3525140..3526039;CDS;;;;;;300; </pre> ====psor cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_cumuls|psor cumuls]] <pre> psor cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;17;1;0;0;1;0;1;0;100;9 ;16 23 5s 0;6;20;9;65;50;5;20;1;200;8 ;16 atc gca;0;40;0;6;100;4;40;3;300;13 ;16 23 5s a;2;60;0;0;150;10;60;1;400;4 ;max a;44;80;0;0;200;5;80;1;500;4 ;a doubles;2;100;0;0;250;5;100;3;600;1 ;autres;9;120;0;0;300;8;120;3;700;1 ;total aas;87;140;0;0;350;3;140;4;800;1 sans ;opérons;8;160;0;0;400;1;160;1;900;1 ;1 aa;6;180;0;0;450;4;180;2;1000;0 ;max a;8;200;0;0;500;0;200;0;1100;1 ;a doubles;1;;0;0;;1;;3;;1 ;total aas;17;;9;71;;46;;22;;44 total aas;;104;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;9;10;;206;;119;;304 ;;;variance;5;6;;121;;73;;257 sans jaune;;;moyenne;;;;173;;95;;220 ;;;variance;;;;90;;45;;121 </pre> ====psor blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_blocs|psor blocs]] <pre> I;;I2;I3;I4;;;II;;III;;IV;IV1;IV2 ;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;CDS;124;;; ;;;;;;;CDS;245;riboswitch;96;;; CDS;205;249;348;525;253;40;5s;12;5s;11;CDS;309;5 16s;196;196;196;196;196;78;gga;107;aca;116;16s;196;213 23s;78;78;78;144;144;194;23s;137;23s;196;23s;122;196 5s;85;402;180;228;112;276;16s;253;16s;364;5s;5;239 CDS;;;;;;;CDS;;CDS;;tta;; V;;V2;VI;VI1;VII;VII1;VIII;VIII1;IX;;X;X1; ;;;;;;;;;;;;; CDS;276;264;CDS;431;;;;;CDS;189;gaa;5; 16s;54;123;16s;54;16s;54;16s;54;16s;118;5s;40; gca;114;152;gca;114;gca;114;gca;114;gca;95;23s;112; 23s;41;50;23s;193;23s;193;23s;78;23s;144;gca;109; gga;11;12;5s;5;5s;5;5s;100;5s;131;16s;138; 5s;99;109;tta;9;tta;9;CDS;;CDS;;atgj;; CDS;;;atgi;123;atgi;123;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;; ;CDS;431;;CDS;309;;CDS;142;;CDS;264;; VI;16s;54;IV1;16s;196;;* * * *4aas;8;V2;16s;123;; ;gca;114;;23s;122;;gaa;5;;gca;152;; ;23s;193;;5s;5;;5s;40;;23s;50;; ;5s;5;;tta;13;;23s;112;;gga;12;; ;tta;9;;* * * * 42aas;10;;gca;109;;5s;109;; ;atgi;123;;gta;162;X1;16s;138;;CDS;525;; VII;16s;54;;CDS;25;;atgj;13;I4;16s;196;; ;gca;114;;CDS;249;;* * * *21aas;13;;23s;144;; ;23s;193;I2;16s;196;;tta;5;;5s;228;; ;5s;5;;23s;78;;5s;213;;CDS;;; ;tta;9;;5s;402;;23s;196;;;;; ;atgi;123;;CDS;348;IV2;16s;239;;;;; VIII;16s;54;I3;16s;196;;CDS;;;;;; ;gca;114;;23s;78;;;;;;;; ;23s;78;;5s;180;;;;;;;; ;5s;100;;CDS;;;;;;;;; ;CDS;;;;;;;;;;;; </pre> ====psor distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_distribution|psor distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;3 gga;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca ;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;;;;;;;;;1-3 aas;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;;;;;;;;;2 tta;atc;1;acc;;aac;4;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;2 atgi;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4 cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total psor;;5 *;;;;;5;;psor;12;;;;;;12;;;;;;;;;;;psor;;;4;72;;7;87 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3 aas;;; </pre> ====psor données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_données_intercalaires|psor données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;psor;fx;fc;psor;fx40;fc40;psor;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;23;0;0;23;-1;;52;3;41;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;1;10;8;223;1;1;40;-2;;0;162;138;4* 54;;gca;13;;tta;13;;atgj ;0;20;16;347;2;0;52;-3;;0;195;37;123;;gca;15;;atgf;6;;ttc ;0;30;42;182;3;0;19;-4;1;23;71;306;118;;gca;9;;gaa;6;;atc 2;0;40;52;86;4;0;22;-5;;3;285;404;109;;gca;6;;gga;31;;cca 1;0;50;45;48;5;1;15;-6;;0;111;37;tRNA 23s;;;5;;gta;11;;tgg ;0;60;21;74;6;1;3;-7;;18;426;289;4* 114;;gca;16;;gac;6;;atgi ;0;70;28;60;7;1;4;-8;;50;135;;152;;gca;4;;aac;6;;cca ;1;80;19;87;8;1;15;-9;;0;258;;95;;gca;4;;aca;11;;agc ;0;90;19;67;9;3;24;-10;;2;120;;109;;gca;15;;tac;6;;tca ;0;100;9;76;10;0;29;-11;1;31;142;;23s tRNA;;;14;;cta;12;;aaa ;0;110;18;75;11;2;44;-12;;0;129;;41;;gga;7;;aga;6;;caa ;2;120;15;85;12;1;46;-13;;1;CDS 16s;;50;;gga;11;;caa;19;;aga ;1;130;12;65;13;1;34;-14;;19;205;348;107;;gga;6;;aaa;11;;gga 1;1;140;24;68;14;1;41;-15;;0;309;264;116;;aca;3;;tca;4;;tac ;1;150;17;63;15;1;31;-16;;3;249;364;5s tRNA;;;9;;ttc;4;;aca ;0;160;27;59;16;1;30;-17;;7;276;;4* 5;;tta;8;;atgj;31;;aac ;1;170;26;62;17;2;34;-18;;0;431;;5;;gaa;21;;atgi;16;;aac ;0;180;19;44;18;1;36;-19;;1;525;;tRNA 5s;;;6;;cca;5;;gac ;0;190;24;48;19;3;26;-20;;7;253;;11;;gga;4;;cac;6;;gta ;1;200;22;36;20;3;25;-21;;0;189;;2* 12;;gga;25;;tgc;9;;gga ;0;210;20;40;21;2;20;-22;;1;276;;11;;aca;13;;tta;15;;gaa ;0;220;13;35;22;1;19;-23;;2;253;;tRNA tRNA;;intra;15;;atgf;13;;atgf ;0;230;18;25;23;3;22;-24;;0;239;;2* 9;;tta atgi;9;;gaa;**;;tta ;0;240;15;28;24;2;24;-25;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;;6;;gga;;; ;0;250;7;18;25;3;19;-26;;4;5* 78;;12;;tgc;5;;gta;;; ;1;260;13;24;26;6;16;-27;;0;122;;3;;aac;16;;gac;;; ;0;270;8;15;27;6;18;-28;;0;2* 193;;**;;aca;4;;aac;;; ;0;280;7;22;28;6;14;-29;;3;3* 144;;8;;gta;4;;aca;;; 1;1;290;9;14;29;4;10;-30;;0;40;;20;;gaa;15;;tac;;; ;0;300;13;15;30;9;20;-31;;1;213;;10;;aaa;11;;cta;;; 1;0;310;3;19;31;4;14;-32;;1;16s 23s;;10;;aca;13;;ggc;;; ;0;320;9;11;32;3;12;-33;;0;8* 196;;7;;gac;7;;aga;;; ;0;330;6;14;33;5;8;-34;;0;194;;9;;gta;11;;caa;;; ;0;340;6;10;34;5;5;-35;;0;137;;5;;gaa;6;;aaa;;; ;0;350;4;9;35;7;13;-36;;0;5s CDS;;**;;aaa;3;;tca;;; ;0;360;4;10;36;5;8;-37;;0;85;402;;;;9;;ttc;;; ;0;370;6;8;37;5;2;-38;;0;180;99;;;;8;;atgj;;; ;0;380;2;9;38;8;8;-39;;0;100;112;;;;21;;atgi;;; ;0;390;1;8;39;2;7;-40;;0;109;40;;;;6;;cca;;; ;0;400;2;7;40;8;9;-41;;1;228;;;;;9;;cac;;; 1;1;reste;63;131;reste;574;1489;-42;;0;131;;;;;21;;aaa;;; 7;12;total;692;2350;total;692;2350;-43;;0;245;;;;;6;;tgc;;; 6;11;diagr;629;2196;diagr;118;838;-44;;0;;;;;;10;;cgt;;; 0;1; t30;66;752;;;;-45;;0;;;;;;**;;gta;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;7;;aga;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;9;;ggc;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;5;;gac;;; ;x;692;3;0;695;;;-49;;0;;;;;;8;;gta;;; ;c;2327;235;23;2585;;;-50;;1;;;;;;**;;gaa;;; ;;;;;3280;227;;reste;1;1;;;;;;;;;;; ;;;;;;3507;;total;3;235;;;;;;;;;;; </pre> =====psor autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_autres_intercalaires_aas|psor autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;psor;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas fin;;CDS;1;1332;; deb;;CDS;9847;10620;205; ;;rRNA;10826;12332;196;1507 ;;rRNA;12529;15445;78;2917 ;;rRNA;15524;15640;85;117 fin;;CDS;15726;15947;; deb;;CDS;18845;19297;3; ;;tRNA;19301;19393;27;tcc ;;ncRNA;19421;19685;152; fin;;CDS;19838;21478;; deb;;CDS;24343;24570;309; ;;rRNA;24880;26386;196;1507 ;;rRNA;26583;29499;122;2917 ;;rRNA;29622;29738;5;117 ;;tRNA;29744;29832;13;tta ;;tRNA;29846;29921;15;atgf ;;tRNA;29937;30011;9;gaa ;;tRNA;30021;30094;6;gga ;;tRNA;30101;30176;5;gta ;;tRNA;30182;30258;16;gac ;;tRNA;30275;30350;4;aac ;;tRNA;30355;30429;4;aca ;;tRNA;30434;30518;15;tac ;;tRNA;30534;30617;14;cta ;;tRNA;30632;30708;7;aga ;;tRNA;30716;30791;11;caa ;;tRNA;30803;30878;6;aaa ;;tRNA;30885;30973;3;tca ;;tRNA;30977;31052;9;ttc ;;tRNA;31062;31138;8;atgj ;;tRNA;31147;31223;21;atgi ;;tRNA;31245;31321;6;cca ;;tRNA;31328;31404;4;cac ;;tRNA;31409;31482;25;tgc ;;tRNA;31508;31596;13;tta ;;tRNA;31610;31685;15;atgf ;;tRNA;31701;31775;9;gaa ;;tRNA;31785;31858;6;gga ;;tRNA;31865;31940;5;gta ;;tRNA;31946;32022;16;gac ;;tRNA;32039;32114;4;aac ;;tRNA;32119;32193;4;aca ;;tRNA;32198;32282;15;tac ;;tRNA;32298;32381;11;cta ;;tRNA;32393;32467;13;ggc ;;tRNA;32481;32557;7;aga ;;tRNA;32565;32640;11;caa ;;tRNA;32652;32727;6;aaa ;;tRNA;32734;32822;3;tca ;;tRNA;32826;32901;9;ttc ;;tRNA;32911;32987;8;atgj ;;tRNA;32996;33072;21;atgi ;;tRNA;33094;33170;6;cca ;;tRNA;33177;33253;9;cac ;;tRNA;33263;33338;21;aaa ;;tRNA;33360;33433;6;tgc ;;tRNA;33440;33516;10;cgt ;;tRNA;33527;33602;162;gta fin;;CDS;33765;34016;; deb;;CDS;34042;34455;249; ;;rRNA;34705;36211;196;1507 ;;rRNA;36408;39324;78;2917 ;;rRNA;39403;39519;402;117 deb;comp;CDS;39922;40113;348; ;;rRNA;40462;41968;196;1507 ;;rRNA;42165;45081;78;2917 ;;rRNA;45160;45276;180;117 fin;;CDS;45457;47394;; deb;;CDS;101428;102144;276; ;;rRNA;102421;103927;54;1507 ;;tRNA;103982;104057;114;gca ;;rRNA;104172;107096;41;2925 ;;tRNA;107138;107211;11;gga ;;rRNA;107223;107339;99;117 fin;comp;CDS;107439;108617;; deb;;CDS;111345;111884;431; ;;rRNA;112316;113822;54;1507 ;;tRNA;113877;113952;114;gca ;;rRNA;114067;116982;193;2916 ;;rRNA;117176;117292;5;117 ;;tRNA;117298;117386;9;tta ;;tRNA;117396;117472;123;atgi ;;rRNA;117596;119102;54;1507 ;;tRNA;119157;119232;114;gca ;;rRNA;119347;122263;193;2917 ;;rRNA;122457;122573;5;117 ;;tRNA;122579;122667;9;tta ;;tRNA;122677;122753;123;atgi ;;rRNA;122877;124383;54;1507 ;;tRNA;124438;124513;114;gca ;;rRNA;124628;127549;78;2922 ;;rRNA;127628;127744;100;117 fin;;CDS;127845;129260;; deb;;CDS;157173;157352;467; ;;regulatory;157820;157903;46; fin;;CDS;157950;158441;; deb;comp;CDS;215388;216260;264; ;;rRNA;216525;218030;123;1506 ;;tRNA;218154;218229;152;gca ;;rRNA;218382;221296;50;2915 ;;tRNA;221347;221420;12;gga ;;rRNA;221433;221549;109;117 deb;;CDS;221659;221940;525; ;;rRNA;222466;223972;196;1507 ;;rRNA;224169;227083;144;2915 ;;rRNA;227228;227344;228;117 fin;;CDS;227573;227989;; deb;;CDS;349139;349594;119; ;;tmRNA;349714;350063;508; fin;;CDS;350572;351813;; deb;;CDS;449964;450266;253; ;;rRNA;450520;452026;196;1507 ;;rRNA;452223;455139;144;2917 ;;rRNA;455284;455400;112;117 fin;comp;CDS;455513;456616;; deb;;CDS;498418;499074;189; ;;rRNA;499264;500770;118;1507 ;;tRNA;500889;500964;95;gca ;;rRNA;501060;503976;144;2917 ;;rRNA;504121;504237;131;117 fin;;CDS;504369;504551;; deb;;CDS;535194;536090;85; ;;ncRNA;536176;536362;27; fin;comp;CDS;536390;537400;; deb;;CDS;546886;550416;41; ;comp;tRNA;550458;550544;138;ttg fin;;CDS;550683;553325;; deb;;CDS;608009;608683;195; ;;tRNA;608879;608975;37;tga fin;comp;CDS;609013;609732;; deb;;CDS;664519;665208;281; 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dir ;378341..380728;;cds;;583;*583;2388;;796;;cadmium-translocating P-type ATPase dir ;381312..382819;;16s;;311;;1508;;;; dir ;383131..386030;;23s;;126;;2900;;;; dir ;386157..386273;;5s;;177;177;117;;;177; dir ;386451..387059;;cds;;;;609;;203;;DedA family protein ;;;;;;;;;;; comp;833130..833894;;cds;;258;258;765;;255;;DeoR/GlpR transcriptional regulator dir ;834153..834243;;agc;;87;87;91;;;87; dir ;834331..835119;;cds;;;;789;;263;;flagellar motor protein ;;;;;;;;;;; dir ;1089165..1090139;;cds;;239;239;975;;325;239;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase dir ;1090379..1091886;;16s;;320;;1508;;;; dir ;1092207..1095106;;23s;;91;;2900;;;; dir ;1095198..1095271;;gga;@2;8;;74;;;; dir ;1095280..1095396;;5s;;273;273;117;;;; dir ;1095670..1097688;;cds;;;;2019;;673;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase ;;;;;;;;;;; comp;1181549..1182958;;cds;;1374;*1374;1410;;470;;MBOAT family protein comp;1184333..1184415;;ttg;;318;318;83;;;318; dir ;1184734..1187382;;cds;;;;2649;;883;;DNA polymerase I ;;;;;;;;;;; dir ;1835768..1837498;;cds;;109;109;1731;;577;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein dir ;1837608..1837688;;cta;;231;231;81;;;; <dir ;1837920..1838093;;cds;;;;174;;58;;HXXEE domain-containing protein ;;;;;;;;;;; dir ;2981767..2982444;;cds;;159;159;678;;226;159;sortase SrtB comp;2982604..2982678;;aca;@3;94;;75;;;; comp;2982773..2985672;;23s;;184;;2900;;;; comp;2985857..2987364;;16s;;340;340;1508;;;; dir ;2987705..2988643;;cds;;;;939;;313;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase ;;;;;;;;;;; comp;3787361..3788431;;cds;;454;*454;1071;;357;;ABC transporter ATP-binding protein comp;3788886..3789002;;5s;;126;;117;;;; comp;3789129..3792028;;23s;;281;;2900;;;; comp;3792310..3793817;;16s;;191;191;1508;;;191; comp;3794009..3794587;;cds;;;;579;;193;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase ;;;;;;;;;;; comp;3944262..3944453;;cds;;119;119;192;;64;119;DUF378 domain-containing protein comp;3944573..3944689;;5s;;126;;117;;;; comp;3944816..3947715;;23s;;217;;2900;;;; comp;3947933..3949440;;16s;;282;282;1508;;;; comp;3949723..3950004;;cds;;221;221;282;;94;;hp comp;3950226..3951755;;cds;;;;1530;;510;;lysine--tRNA ligase ;;;;;;;;;;; dir ;4084445..4085437;;cds;;382;*382;993;;331;;DNA replication protein DnaC comp;4085820..4085894;;aca;;33;;75;;;; comp;4085928..4086003;;gta;;4;;76;;;; comp;4086008..4086082;;gaa;;6;;75;;;; comp;4086089..4086164;;aaa;;326;326;76;;;326; comp;4086491..4087780;;cds;;;;1290;;430;;adenylosuccinate synthase </pre> ====cdc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_cumuls|cdc cumuls]] <pre> cdc cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;;0;1;1;1;1;100;3 ;16 23 5s 0;3;20;2;61;50;1;20;0;200;5 ;16 gca 235;3;40;1;4;100;3;40;0;300;7 ;16 23 5s a;2;60;;1;150;3;60;0;400;5 ;max a;43;80;;0;200;4;80;1;500;3 ;a doubles;2;100;;2;250;4;100;1;600;3 ;autres;2;120;;0;300;4;120;2;700;1 ;total aas;75;140;;0;350;4;140;1;800;2 sans ;opérons;5;160;;0;400;2;160;1;900;1 ;1 aa;4;180;;0;450;0;180;1;1000;0 ;max a;4;200;;0;500;1;200;1;1100;0 ;a doubles;0;;;0;;5;;4;;1 ;total aas;8;;3;68;;32;;13;;31 total aas;;83;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;14;12;;313;;165;;378 ;;;variance;;15;;283;;94;;259 sans jaune;;;moyenne;;9;;206;;;;286 ;;;variance;;5;;107;;;;144 </pre> ====cdc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_blocs|cdc blocs]] <pre> 7.11.19 Tanger;;;;;;;;;;;;;; cdc blocs;groupes;;types;;;;absents;;;;;;; ;cds;281;I;;;;;II;;III;;IV;IV1;IV2 IV2;16s;279;;;;;;;;;;;; ;23s;131;CDS;583;454;119;;cds;239;;;;; ;5s;6;16s;311;126;126;;16s;320;cds;159;cds;505;281 ;aac;4;23s;126;281;217;;23s;91;aca;94;16s;279;279 ;**16aas;3;5s;177;191;282;;gga;8;23s;184;23s;180;131 ;ttc;7;CDS;;;;;5s;273;16s;340;5s;6;6 ;atgj;114;;;;;;cds;;cds;;aac;6;4 VIII1;16s;68;;;;;;;;;;;; ;gca;271;;;;;;V;;V2;VI;VI1;VII;VII1 ;23s;126;;;;;;;;;;;; ;5s;213;;;;;;;;;;;; ;cds;372;;;;;;;;;;;; ;cds;21;;;;;;VIII;VIII1;IX;;X;X1; ;cds;776;;;;;;;;;;cds;21; X1;16s;52;;;;;;atgj;114;cds;179;cds;776; ;gca;373;;;;;;16s;68;16s;52;16s;52; ;23s;126;;;;;;gca;271;gca;249;gca;373; ;5s;7;;;;;;23s;126;23s;111;23s;126; ;aac;5;;;;;;5s;213;5s;126;5s;7; ;**7aas;9;;;;;;cds;372;cds;;aac;5; ;aga;975;;;;;;;;;;;; ;cds;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cdc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_distribution|cdc distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;2;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;gga 1;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca 1;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;1;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4 cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;3;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cdc;;4 *;;;;;4;;cdc;4;;;;;;4;;;;;;;;;;;cdc;;;2 *;70;;3;75 </pre> ====cdc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_données_intercalaires|cdc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cdc;fx;fc;cdc;fx40;fc40;cdc;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;0;37;0;0;37;-1;;59;0;258;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;3;242;1;0;52;-2;;0;75;318;3* 55;;gca;6;;aac;4;;aac ;0;20;0;311;2;0;55;-3;;1;975;159;tRNA 16s;;;15;;tta;5;;gaa ;0;30;0;210;3;1;21;-4;1;44;87;382;116;;atgj;7;;atgf;5;;gta ;0;40;1;134;4;2;26;-5;;0;1374;;tRNA 23s;;;9;;gaa;10;;gac ;0;50;2;79;5;0;15;-6;;0;109;;250;;gca;5;;gga;14;;aca ;0;60;7;80;6;0;6;-7;;16;150;;272;;;5;;gta;9;;tac ;0;70;7;66;7;0;11;-8;;61;242;;374;;;9;;gac;10;;gga ;1;80;10;68;8;0;12;-9;;0;326;;23s tRNA;;;14;;aca;9;;aga ;1;90;17;63;9;0;20;-10;;3;CDS 16s;;92;;gga;8;;tac;11;;caa ;0;100;17;67;10;0;24;-11;;30;181;507;95;;aca;29;;cta;2;;aaa ;1;110;13;85;11;0;35;-12;;0;283;342;5s tRNA;;;7;;aga;17;;tca ;0;120;25;74;12;0;45;-13;;7;778;;2* 6;;aac;88;;caa;8;;agc ;0;130;22;55;13;0;25;-14;;17;585;;7;;aac;3;;tca;85;;cca ;0;140;20;44;14;0;41;-15;;0;241;;tRNA 5s;;;6;;ttc;60;;tgg ;1;150;16;50;15;0;30;-16;;2;193;;8;;gga;14;;atgj;6;;cca 1;0;160;25;41;16;0;26;-17;;12;284;;tRNA tRNA;;;23;;atgi;3;;atc ;0;170;23;34;17;0;35;-18;;0;23s 5s;;33;;aca;7;;cca;7;;ttc ;0;180;19;39;18;0;29;-19;;1;114;;4;;gta;8;;cac;**;;atgj ;0;190;24;46;19;0;21;-20;;8;181;;6;;gaa;7;;aaa;5;;aac ;0;200;13;39;20;0;24;-21;;0;132;;**;;aaa;6;;tgc;15;;tta ;0;210;20;29;21;0;25;-22;;0;5* 127;;;;;5;;aac;7;;atgf ;0;220;27;40;22;0;18;-23;;5;16s 23s;;;;;15;;tta;14;;gaa ;0;230;16;32;23;0;24;-24;;1;2* 283;;;;;7;;atgf;5;;gga ;0;240;8;27;24;0;22;-25;;1;315;;;;;9;;gaa;5;;gta ;1;250;12;28;25;0;22;-26;;5;324;;;;;5;;gga;10;;gac 1;0;260;18;32;26;0;17;-27;;0;188;;;;;5;;gta;9;;ggc ;0;270;19;31;27;0;18;-28;;0;285;;;;;9;;gac;**;;aga ;0;280;16;22;28;0;23;-29;;6;221;;;;;14;;aca;;; ;0;290;12;34;29;0;23;-30;;0;5s CDS;;;;;9;;tac;;; ;0;300;14;24;30;0;18;-31;;0;126;213;;;;23;;cta;;; ;0;310;8;24;31;0;21;-32;;5;177;;;;;24;;ggc;;; 1;0;320;14;24;32;0;17;-33;;0;273;;;;;9;;aga;;; ;1;330;12;24;33;0;12;-34;;0;454;;;;;8;;caa;;; ;0;340;13;17;34;0;12;-35;;1;119;;;;;2;;aaa;;; ;0;350;6;15;35;0;18;-36;;0;;;;;;3;;tca;;; ;0;360;11;15;36;0;14;-37;;1;;;;;;6;;ttc;;; ;0;370;9;17;37;0;10;-38;;0;;;;;;14;;atgj;;; ;0;380;6;16;38;0;11;-39;;0;;;;;;17;;atgi;;; 1;0;390;7;16;39;0;10;-40;;1;;;;;;8;;cac;;; ;0;400;3;12;40;1;9;-41;;0;;;;;;7;;aaa;;; ;2;reste;125;246;reste;636;1655;-42;;0;;;;;;7;;tgc;;; 4;9;total;640;2589;total;640;2589;-43;;0;;;;;;12;;cgt;;; 4;6;diagr;515;2306;diagr;4;897;-44;;1;;;;;;**;;gta;;; 0;0; t30;3;763;;;;-45;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;; ;x;640;2;0;642;;;-49;;0;;;;;;;;;;; ;c;2552;296;37;2885;;;-50;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;3527;282;;reste;1;5;;;;;;;;;;; ;;;;;;3809;;total;2;296;;;;;;;;;;; </pre> =====cdc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_autres_intercalaires_aas|cdc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cdc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;9857;10630;181;*; ;;rRNA;10812;12314;55;*;1503 ;;tRNA;12370;12445;250;*;gca ;;rRNA;12696;15593;114;*;2898 ;;rRNA;15708;15824;126;*;117 fin;;CDS;15951;16460;;; deb;;CDS;16472;17353;126;*; ;;misc_b;17480;17686;124;*; fin;;CDS;17811;19082;;; deb;;CDS;19402;19857;0;*; ;;tRNA;19858;19949;37;*;tcc ;;ncRNA;19987;20251;76;*; fin;;CDS;20328;21965;;; deb;comp;CDS;23419;24624;507;*; ;;rRNA;25132;26634;283;*;1503 ;;rRNA;26918;29815;181;*;2898 ;;rRNA;29997;30113;6;*;117 ;;tRNA;30120;30194;6;*;aac ;;tRNA;30201;30286;15;*;tta ;;tRNA;30302;30377;7;*;atgf ;;tRNA;30385;30459;9;*;gaa ;;tRNA;30469;30542;5;*;gga ;;tRNA;30548;30623;5;*;gta ;;tRNA;30629;30705;9;*;gac ;;tRNA;30715;30789;14;*;aca ;;tRNA;30804;30888;8;*;tac ;;tRNA;30897;30980;29;*;cta ;;tRNA;31010;31086;7;*;aga ;;tRNA;31094;31169;88;*;caa ;;tRNA;31258;31346;3;*;tca ;;tRNA;31350;31425;6;*;ttc ;;tRNA;31432;31505;14;*;atgj ;;tRNA;31520;31596;23;*;atgi ;;tRNA;31620;31696;7;*;cca ;;tRNA;31704;31780;8;*;cac ;;tRNA;31789;31864;7;*;aaa ;;tRNA;31872;31945;6;*;tgc ;;tRNA;31952;32026;5;*;aac ;;tRNA;32032;32117;15;*;tta ;;tRNA;32133;32208;7;*;atgf ;;tRNA;32216;32290;9;*;gaa ;;tRNA;32300;32373;5;*;gga ;;tRNA;32379;32454;5;*;gta ;;tRNA;32460;32536;9;*;gac ;;tRNA;32546;32620;14;*;aca ;;tRNA;32635;32719;9;*;tac ;;tRNA;32729;32812;23;*;cta ;;tRNA;32836;32910;24;*;ggc ;;tRNA;32935;33011;9;*;aga ;;tRNA;33021;33096;8;*;caa ;;tRNA;33105;33180;2;*;aaa ;;tRNA;33183;33271;3;*;tca ;;tRNA;33275;33350;6;*;ttc ;;tRNA;33357;33430;14;*;atgj ;;tRNA;33445;33521;17;*;atgi ;;tRNA;33539;33615;8;*;cac ;;tRNA;33624;33699;7;*;aaa ;;tRNA;33707;33780;7;*;tgc ;;tRNA;33788;33864;12;*;cgt ;;tRNA;33877;33952;75;*;gta fin;;CDS;34028;34441;;; deb;;CDS;72345;72830;94;*; ;;misc_b;72925;73133;63;*; fin;;CDS;73197;74912;;; deb;;CDS;90506;91204;51;*; ;;misc_f;91256;91384;42;*; fin;;CDS;91427;91933;;; deb;;CDS;127011;127715;283;*; ;;rRNA;127999;129502;283;*;1504 ;;rRNA;129786;132684;132;*;2899 ;;rRNA;132817;132933;6;*;117 ;;tRNA;132940;133014;4;*;aac ;;tRNA;133019;133093;5;*;gaa ;;tRNA;133099;133174;5;*;gta ;;tRNA;133180;133256;10;*;gac ;;tRNA;133267;133341;14;*;aca ;;tRNA;133356;133440;9;*;tac ;;tRNA;133450;133523;10;*;gga ;;tRNA;133534;133610;9;*;aga ;;tRNA;133620;133695;11;*;caa ;;tRNA;133707;133782;2;*;aaa ;;tRNA;133785;133873;17;*;tca ;;tRNA;133891;133981;8;*;agc ;;tRNA;133990;134066;85;*;cca ;;tRNA;134152;134227;60;*;tgg ;;tRNA;134288;134364;6;*;cca ;;tRNA;134371;134447;3;*;atc ;;tRNA;134451;134526;7;*;ttc ;;tRNA;134534;134610;116;*;atgj ;;rRNA;134727;136128;55;*;1402 ;;tRNA;136184;136259;272;*;gca ;;rRNA;136532;139429;127;*;2898 ;;rRNA;139557;139673;213;*;117 fin;comp;CDS;139887;141071;;0; deb;;CDS;143817;144356;778;*; ;;rRNA;145135;146637;55;*;1503 ;;tRNA;146693;146768;374;*;gca ;;rRNA;147143;150040;127;*;2898 ;;rRNA;150168;150284;7;*;117 ;;tRNA;150292;150366;5;*;aac ;;tRNA;150372;150457;15;*;tta ;;tRNA;150473;150548;7;*;atgf ;;tRNA;150556;150630;14;*;gaa ;;tRNA;150645;150718;5;*;gga ;;tRNA;150724;150799;5;*;gta ;;tRNA;150805;150881;10;*;gac ;;tRNA;150892;150966;9;*;ggc ;;tRNA;150976;151049;975;*;aga fin;;CDS;152025;152864;;; deb;comp;CDS;171557;172066;188;*; ;;regulatory;172255;172358;136;*; fin;;CDS;172495;173688;;; deb;;CDS;193614;194780;59;*; ;;regulatory;194840;194957;124;*; fin;;CDS;195082;195687;;; deb;;CDS;253195;254327;59;*; ;;regulatory;254387;254488;220;*; fin;;CDS;254709;256244;;; deb;;CDS;309184;310275;308;*; ;;regulatory;310584;310674;406;*; fin;;CDS;311081;311398;;; deb;;CDS;378341;380728;585;*; ;;rRNA;381314;382816;315;*;1503 ;;rRNA;383132;386029;127;*;2898 ;;rRNA;386157;386273;177;*;117 fin;;CDS;386451;387059;;0; deb;;CDS;393173;394945;131;*; ;;regulatory;395077;395269;188;*; fin;;CDS;395458;396210;;; deb;comp;CDS;518815;519642;205;*; ;;regulatory;519848;519954;69;*; fin;;CDS;520024;520344;;0; deb;;CDS;601016;601618;560;*; ;;misc_b;602179;602417;63;*; fin;;CDS;602481;604400;;; deb;;CDS;703255;703989;800;*; ;;regulatory;704790;704866;264;*; fin;;CDS;705131;706387;;; deb;;CDS;774245;775042;343;*; ;;misc_b;775386;775620;49;*; fin;;CDS;775670;776689;;; deb;comp;CDS;833130;833894;258;*; ;;tRNA;834153;834243;87;*;agc fin;;CDS;834331;835119;;; deb;;CDS;840990;843056;591;*; ;;misc_b;843648;843858;225;*; fin;;CDS;844084;844899;;; deb;;CDS;1027707;1028153;147;*; ;;misc_b;1028301;1028547;123;*; fin;;CDS;1028671;1030413;;; deb;;CDS;1089165;1090139;241;*; ;;rRNA;1090381;1091883;324;*;1503 ;;rRNA;1092208;1095105;92;*;2898 ;;tRNA;1095198;1095271;8;*;gga ;;rRNA;1095280;1095396;273;*;117 fin;;CDS;1095670;1097688;;; deb;;CDS;1140023;1140928;114;*; ;;ncRNA;1141043;1141223;182;*; fin;;CDS;1141406;1142623;;0; deb;comp;CDS;1181549;1182958;1374;*; ;comp;tRNA;1184333;1184415;318;*;ttg fin;;CDS;1184734;1187382;;; deb;;CDS;1221766;1222134;91;*; ;;regulatory;1222226;1222332;102;*; fin;;CDS;1222435;1223640;;0; deb;;CDS;1292920;1293819;907;*; ;;repeat_region;1294727;1295680;1216;*; fin;;CDS;1296897;1297052;;; deb;;CDS;1347580;1348659;142;*; ;;misc_b;1348802;1349040;67;*; fin;;CDS;1349108;1351747;;; deb;;CDS;1503182;1503538;530;*; ;;repeat_region;1504069;1504755;391;*; fin;comp;CDS;1505147;1506880;;; deb;comp;CDS;1512381;1512557;53;*; ;comp;regulatory;1512611;1512707;354;*; fin;comp;CDS;1513062;1513736;;; deb;;CDS;1583597;1584714;449;*; ;;regulatory;1585164;1585270;105;*; fin;;CDS;1585376;1586341;;; deb;;CDS;1612685;1614778;660;*; ;;repeat_region;1615439;1615732;167;*; fin;comp;CDS;1615900;1616184;;0; deb;;CDS;1620655;1621623;151;*; ;;misc_b;1621775;1622027;71;*; fin;;CDS;1622099;1623307;;0; deb;;CDS;1668527;1669288;160;*; ;;misc_b;1669449;1669706;112;*; fin;;CDS;1669819;1670058;;; deb;;CDS;1708973;1709134;741;*; ;;repeat_region;1709876;1710232;238;*; fin;;CDS;1710471;1710659;;; deb;;CDS;1710778;1711644;452;*; ;;repeat_region;1712097;1712386;122;*; fin;;CDS;1712509;1713036;;; deb;;CDS;1745654;1747510;82;*; ;;misc_b;1747593;1747833;65;*; ;;misc_b;1747899;1748134;84;*; fin;;CDS;1748219;1749436;;; deb;;CDS;1770800;1771111;92;*; ;;regulatory;1771204;1771296;99;*; fin;;CDS;1771396;1772190;;; deb;comp;CDS;1833191;1833988;112;*; ;comp;regulatory;1834101;1834206;91;*; deb;comp;CDS;1834298;1835284;163;*; ;;regulatory;1835448;1835624;143;*; deb;;CDS;1835768;1837498;109;*; ;;tRNA;1837608;1837688;896;*;cta ;;regulatory;1838585;1838689;209;*; fin;;CDS;1838899;1839933;;; deb;comp;CDS;1847745;1849016;646;*; ;;repeat_region;1849663;1850878;408;*; fin;;CDS;1851287;1851574;;0; deb;comp;CDS;1869839;1870468;364;*; ;;regulatory;1870833;1870876;100;*; fin;;CDS;1870977;1871945;;; deb;comp;CDS;1886422;1887495;161;*; ;comp;regulatory;1887657;1887778;188;*; deb;;CDS;1887967;1890450;87;*; ;;regulatory;1890538;1890649;141;*; fin;;CDS;1890791;1892092;;; deb;;CDS;1903300;1903731;430;*; ;;misc_b;1904162;1904373;162;*; fin;;CDS;1904536;1905825;;; deb;;CDS;1963260;1964567;85;*; ;;misc_b;1964653;1964915;125;*; fin;;CDS;1965041;1965844;;; deb;;CDS;1974995;1975732;110;*; ;;misc_b;1975843;1976050;252;*; fin;;CDS;1976303;1977502;;; deb;;CDS;2015338;2017995;53;*; ;;regulatory;2018049;2018151;109;*; fin;;CDS;2018261;2019526;;; deb;comp;CDS;2142818;2143108;130;*; ;comp;regulatory;2143239;2143338;619;*; ;;regulatory;2143958;2144047;52;*; fin;;CDS;2144100;2144276;;0; deb;comp;CDS;2153631;2154182;150;*; ;comp;misc_b;2154333;2154596;435;*; fin;comp;CDS;2155032;2155430;;; deb;comp;CDS;2155785;2156270;82;*; ;comp;regulatory;2156353;2156446;556;*; deb;comp;CDS;2157003;2157185;226;*; ;;regulatory;2157412;2157509;54;*; fin;;CDS;2157564;2157740;;; deb;comp;CDS;2192160;2193194;253;*; ;comp;misc_b;2193448;2193661;222;*; fin;comp;CDS;2193884;2194648;;0; deb;comp;CDS;2199791;2200075;110;*; ;;repeat_region;2200186;2200869;830;*; fin;comp;CDS;2201700;2202572;;; deb;comp;CDS;2207935;2209128;81;*; ;comp;regulatory;2209210;2209378;110;*; fin;comp;CDS;2209489;2210106;;; deb;comp;CDS;2274866;2276242;93;*; ;comp;regulatory;2276336;2276438;249;*; fin;;CDS;2276688;2278034;;; deb;comp;CDS;2289838;2290746;801;*; ;;misc_b;2291548;2291779;107;*; fin;;CDS;2291887;2293368;;; deb;comp;CDS;2432824;2434221;76;*; ;comp;misc_b;2434298;2434531;168;*; fin;comp;CDS;2434700;2434903;;; deb;comp;CDS;2473840;2475960;427;*; ;;regulatory;2476388;2476476;189;*; fin;;CDS;2476666;2478033;;0; deb;comp;CDS;2501260;2501931;184;*; ;;regulatory;2502116;2502205;53;*; fin;;CDS;2502259;2502435;;; deb;comp;CDS;2524251;2524823;182;*; ;comp;regulatory;2525006;2525107;105;*; fin;comp;CDS;2525213;2526364;;; deb;comp;CDS;2555495;2555866;103;*; ;comp;regulatory;2555970;2556080;331;*; fin;comp;CDS;2556412;2558106;;0; deb;comp;CDS;2595509;2596213;63;*; ;comp;regulatory;2596277;2596371;195;*; fin;comp;CDS;2596567;2597583;;; deb;comp;CDS;2695506;2696213;150;*; ;comp;tRNA;2696364;2696460;242;*;tga fin;comp;CDS;2696703;2697542;;; deb;comp;CDS;2719492;2720808;86;*; ;comp;misc_b;2720895;2721106;78;*; fin;comp;CDS;2721185;2721980;;0; deb;comp;CDS;2845118;2845816;42;*; ;comp;misc_b;2845859;2846099;90;*; fin;comp;CDS;2846190;2847593;;0; deb;comp;CDS;2854480;2857587;92;*; ;comp;misc_b;2857680;2857912;174;*; fin;comp;CDS;2858087;2858614;;; deb;comp;CDS;2947183;2948184;58;*; ;comp;misc_b;2948243;2948498;133;*; fin;comp;CDS;2948632;2949822;;; deb;comp;CDS;2957885;2958538;329;*; ;;regulatory;2958868;2958969;72;*; fin;;CDS;2959042;2960385;;; deb;comp;CDS;2978480;2981023;277;*; ;comp;ncRNA;2981301;2981635;131;*; deb;;CDS;2981767;2982444;159;*; ;comp;tRNA;2982604;2982678;95;*;aca ;comp;rRNA;2982774;2985671;188;*;2898 ;comp;rRNA;2985860;2987362;342;*;1503 fin;;CDS;2987705;2988643;;0; deb;comp;CDS;3090012;3095975;123;*; ;comp;regulatory;3096099;3096184;171;*; fin;comp;CDS;3096356;3097759;;; deb;comp;CDS;3135811;3136473;99;*; ;comp;regulatory;3136573;3136658;185;*; deb;comp;CDS;3136844;3139798;112;*; ;comp;regulatory;3139911;3139996;125;*; fin;comp;CDS;3140122;3141300;;0; deb;comp;CDS;3244007;3244435;189;*; ;;repeat_region;3244625;3246042;183;*; fin;comp;CDS;3246226;3246492;;; deb;comp;CDS;3274824;3275954;227;*; ;comp;regulatory;3276182;3276363;52;*; fin;comp;CDS;3276416;3277309;;; deb;comp;CDS;3405889;3407280;143;*; ;comp;regulatory;3407424;3407603;271;*; fin;comp;CDS;3407875;3409527;;; deb;comp;CDS;3489429;3490850;579;*; ;;repeat_region;3491430;3492052;252;*; fin;comp;CDS;3492305;3494290;;; deb;;CDS;3508604;3509509;673;*; ;comp;tmRNA;3510183;3510532;157;*; fin;comp;CDS;3510690;3511145;;0; deb;;CDS;3600566;3601447;77;*; ;;regulatory;3601525;3601699;172;*; fin;;CDS;3601872;3602873;;; deb;comp;CDS;3636881;3639547;75;*; ;comp;misc_b;3639623;3639885;300;*; fin;comp;CDS;3640186;3641013;;; deb;comp;CDS;3654516;3655193;579;*; ;comp;regulatory;3655773;3655856;232;*; fin;comp;CDS;3656089;3656931;;; deb;comp;CDS;3689422;3690501;287;*; ;;regulatory;3690789;3690904;174;*; fin;;CDS;3691079;3692449;;0; deb;comp;CDS;3749041;3749442;795;*; ;;regulatory;3750238;3750334;53;*; fin;;CDS;3750388;3750564;;; deb;comp;CDS;3787361;3788431;454;*; ;comp;rRNA;3788886;3789002;127;*;117 ;comp;rRNA;3789130;3792027;285;*;2898 ;comp;rRNA;3792313;3793815;193;*;1503 fin;comp;CDS;3794009;3794587;;; deb;comp;CDS;3810367;3811866;129;*; ;comp;regulatory;3811996;3812175;66;*; fin;comp;CDS;3812242;3812856;;; deb;comp;CDS;3905129;3905650;161;*; ;comp;regulatory;3905812;3905897;839;*; fin;comp;CDS;3906737;3907687;;; deb;comp;CDS;3931996;3933933;83;*; ;comp;misc_b;3934017;3934263;65;*; fin;comp;CDS;3934329;3934850;;; deb;comp;CDS;3944262;3944453;119;*; ;comp;rRNA;3944573;3944689;127;*;117 ;comp;rRNA;3944817;3947714;221;*;2898 ;comp;rRNA;3947936;3949438;284;*;1503 fin;comp;CDS;3949723;3949917;;; deb;;CDS;4084445;4085437;382;*; ;comp;tRNA;4085820;4085894;33;*;aca ;comp;tRNA;4085928;4086003;4;*;gta ;comp;tRNA;4086008;4086082;6;*;gaa ;comp;tRNA;4086089;4086164;326;*;aaa fin;comp;CDS;4086491;4087780;;; </pre> ====cdc psor==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_psor|cdc psor]] <pre> cdc-psor comparaison;;7.11.19 Tanger;;;comparaisons internes cdc, psor;;;; cdc;intercal;psor;intercal;diff;cdc;intercal;cdc;intercal;diff cds;505;CDS;309;;cds;505;cds;281; 16s;279;16s;196;;16s;279;16s;279; 23s;180;23s;122;;23s;180;23s;131; 5s;6;5s;5;;5s;6;5s;6; aac;6;tta;13;;aac;6;aac;4; tta;15;atg;15;-2;tta;15;gaa;5; atgf;7;gaa;9;8;atgf;7;gta;5; gaa;9;gga;6;0;gaa;9;gac;10; gga;5;gta;5;1;gga;5;aca;14; gta;5;gac;16;;gta;5;tac;9;0 gac;9;aac;4;;gac;9;gga;10;1 aca;14;aca;4;-10;aca;14;aga;9;0 tac;8;tac;15;7;tac;8;caa;11; cta;29;cta;14;-15;cta;29;aaa;2; aga;7;aga;7;0;aga;7;tca;17;2 caa;88;caa;11;;caa;88;agc;8; tca;3;aaa;6;;tca;3;cca;85; ttc;6;tca;3;0;ttc;6;tgg;60; atgj;11;ttc;9;3;atgj;11;cca;6; atgi;23;atg;8;-3;atgi;23;atc;3; cca;7;atg;21;-2;cca;7;ttc;7; cac;8;cca;6;-1;cac;8;atgj;114; aaa;7;cac;4;;aaa;7;16s;; tgc;6;tgc;25;;tgc;6;cds;776; aac;5;tta;13;-2;aac;5;16s;52; tta;15;atg;15;8;tta;15;gca;373; atgf;7;gaa;9;0;atgf;7;23s;126; gaa;9;gga;6;1;gaa;9;5s;7; gga;5;gta;5;0;gga;5;aac;5; gta;5;gac;16;;gta;5;tta;15;0 gac;9;aac;4;;gac;9;atgf;7;1 aca;14;aca;4;-10;aca;14;gaa;14;0 tac;9;tac;15;6;tac;9;gga;5; cta;23;cta;11;-12;cta;23;gta;5; ggc;24;ggc;13;-11;ggc;24;gac;10; aga;9;aga;7;-2;aga;9;ggc;9;0 caa;8;caa;11;3;caa;8;aga;975;3 aaa;2;aaa;6;4;aaa;2;cds;;0 tca;3;tca;3;0;tca;3;;; ttc;6;ttc;9;3;ttc;6;;; atgj;11;atg;8;-3;atgj;11;;; atgi;17;atg;21;;atgi;17;;; cac;8;cca;6;;cac;8;;; aaa;7;cac;9;1;aaa;7;;; tgc;7;aaa;21;14;tgc;7;;; cgt;12;tgc;6;-1;cgt;12;;; gta;75;cgt;10;-2;gta;75;;; cds;;gta;162;;cds;;;; ;;CDS;;;;;;; ;;;;;psor;;psor;intercal;diff cds;776;;;;CDS;309;CDS;239; 16s;52;;;;16s;196;16s;196; gca;373;;;;23s;122;23s;213; 23s;126;;;;5s;5;5s;5; 5s;7;atg;138;;tta;13;tta;13;0 aac;5;16s;109;;atg;15;atg;15;0 tta;15;gca;112;;gaa;9;gaa;9;0 atgf;7;23s;40;;gga;6;gga;6;0 gaa;14;5s;5;;gta;5;gta;5;0 gga;5;gaa;8;;gac;16;gac;16;0 gta;5;gta;5;0;aac;4;aac;31; gac;10;gac;9;-1;aca;4;aac;4; ggc;9;ggc;7;-2;tac;15;aca;4;0 aga;975;aga;142;;cta;14;tac;11;-4 cds;;CDS;;;aga;7;gga;19;5 ;;;;;caa;11;aga;6;-1 cds;281;CDS;239;;aaa;6;caa;12;1 16s;279;16s;196;;tca;3;aaa;6;0 23s;131;23s;213;;ttc;9;tca;11; 5s;6;5s;5;;atg;8;agc;6; aac;4;tta;13;;atg;21;cca;6; gaa;5;atg;15;;cca;6;atg;11; gta;5;gaa;9;;cac;4;tgg;31; gac;10;gga;6;;tgc;25;cca;6; aca;14;gta;5;;tta;13;atc;6;0 tac;9;gac;16;;atg;15;ttc;13;0 gga;10;aac;31;;gaa;9;atg;138;0 aga;9;aac;4;;gga;6;16s;;0 caa;11;aca;4;-10;gta;5;atg;138;0 aaa;2;tac;11;2;gac;16;16s;109;0 tca;17;gga;19;9;aac;4;gca;112; agc;8;aga;6;-3;aca;4;23s;40;0 cca;85;caa;12;1;tac;15;5s;5; tgg;60;aaa;6;4;cta;11;gaa;8; cca;6;tca;11;-6;ggc;13;gta;5; atc;3;agc;6;-2;aga;7;gac;9;-1 ttc;7;cca;6;;caa;11;ggc;7;1 atgj;114;atg;11;;aaa;6;aga;142;0 16s;;tgg;31;-29;tca;3;CDS;; ;;cca;6;0;ttc;9;;; ;;atc;6;3;atg;8;;; ;;ttc;13;6;atg;21;;; ;;atg;138;;cca;6;;; ;;16s;;;cac;9;;; ;;;;;aaa;21;;; ;;CDS;129;;tgc;6;;; ;;gta;8;;cgt;10;;; ;;gaa;20;;gta;162;;; ;;aaa;10;;CDS;;;; cds;382;aca;10;;;;;; aca;33;gac;7;;;;;; gta;4;gta;9;5;;;;; gaa;6;gaa;5;-1;;;;; aaa;326;aaa;289;;;;;; cds;;CDS;;;;;;; ;;;;;;;;; cdc-psor coservation des cds;;;;;fréquence des diff psor-cdc des intercalaires;;;; cdc;intercal;psor;intercal;protéines;;gamme;fréquence;; cds;0;CDS;3;151 – 152;;-15;2;; tcc;37;tcc;27;;;-14;;; ncRNA;76;ncRNA;152;547 – 546;;-13;;; cds;;CDS;;;;-12;1;; ;;;;;;-11;1;; cds;1374;CDS;41;470 – 1177;;-10;3;; ttg;318;ttg;138;883 – 881;;-9;;; cds;;CDS;;;;-8;;; ;;;;;;-7;;; cds;109;CDS;111;577 – 1076;;-6;1;; cta;231;cta;426;;;-5;;; cds;;CDS;;58 – 577;;-4;;; ;;;;;;-3;3;; cds;258;CDS;37;255 – 302;;-2;7;; agc;87;agc;120;;;-1;4;; cds;;CDS;;263 – 100;;0;8;; ;;;;;;1;4;; ;;CDS;306;62;;2;1;; ;;cta;404;422;;3;4;; ;;CDS;;;;4;2;; ;;;;;;5;1;; ;;CDS;135;;;6;2;; ;;other;258;;;7;1;; ;;CDS;;;;8;2;; ;;;;;;9;1;; ;;CDS;195;;;10;;; ;;tga;37;;;11;;; ;;CDS;;;;12;;; ;;;;;;13;;; ;;CDS;71;;;14;1;; ;;tgc;12;;;15;;; ;;aac;3;;;;;; ;;aca;285;;;total;49;; ;;CDS;;;;sous t. -2+2;24;; </pre> ===cdc8=== ====cdc8 opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_opérons|cdc8 opérons]] <pre> 28.6%GC;11.9.19 Paris;16s 16 ;110 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;pbs;CDS dirigé;protéines Peptoclostridium difficile M68;;;;;;;;;;; dir ;4299490..4300134;;cds;;214;214;;;645;;tyrosine-type recombinase/integrase dir ;4300349..4300807;;cds;@1;554;*554;;;459;;helix-turn-helix domain-containing protein dir ;4301362..4303101;;cds;;0;0;;;*1740;;hypothetical protein dir ;4303102..4303305;;cds;;167;167;;;204;;hp dir ;4303473..4304299;;23s°;;132;;;;827;; dir ;4304432..4304548;;5s;+;6;;;;117;; dir ;4304555..4304629;;aac;;4;;;4;75;; dir ;4304634..4304708;;gaa;2 cca;5;;;5;75;; dir ;4304714..4304789;;gta;;5;;;5;76;; dir ;4304795..4304871;;gac;;11;;;11;77;; dir ;4304883..4304957;;aca;;14;;;14;75;; dir ;4304972..4305056;;tac;;9;;;9;85;; dir ;4305066..4305139;;gga;;10;;;10;74;; dir ;4305150..4305226;;aga;;9;;;9;77;; dir ;4305236..4305311;;caa;;11;;;11;76;; dir ;4305323..4305398;;aaa;;2;;;2;76;; dir ;4305401..4305489;;tca;;18;;;18;89;; dir ;4305508..4305598;;agc;;8;;;8;91;; dir ;4305607..4305683;;cca;;85;;;*85;77;; dir ;4305769..4305844;;tgg;;60;;;*60;76;; dir ;4305905..4305981;;cca;;5;;;5;77;; dir ;4305987..4306063;;atc;;3;;;3;77;; dir ;4306067..4306142;;ttc;;7;;;7;76;; dir ;4306150..4306226;;atgj;;114;;;;77;; dir ;4306341..4307538;;16s;;0;0;;;1198;0; dir ;4307539..4308225;;cds;;100;100;;;687;;xylose isomerase dir ;1..796;4308325;23s°;;181;;;;796;; dir ;978..1094;;5s;;6;;;;117;; dir ;1101..1175;;aac;+;6;;;6;75;; dir ;1182..1267;;tta;3 aaa;15;;;15;86;; dir ;1283..1358;;atgf;3 gta;7;;;7;76;; dir ;1366..1440;;gaa;;9;;;9;75;; dir ;1450..1523;;gga;;5;;;5;74;; dir ;1529..1604;;gta;;5;;;5;76;; dir ;1610..1686;;gac;;9;;;9;77;; dir ;1696..1770;;aca;;14;;;14;75;; dir ;1785..1869;;tac;;10;;;10;85;; 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dir ;4615..4690;;aaa;;7;;;7;76;; dir ;4698..4771;;tgc;;7;;;7;74;; dir ;4779..4855;;cgt;;12;;;12;77;; dir ;4868..4943;;gta;;75;75;;;76;75; dir ;5019..5432;;cds;;308;308;;;414;;hp dir ;5741..9172;;cds;;;;;;*3432;;pyruvate carboxylase ;;;;;;;;;;; dir ;94032..94736;;cds;;281;281;;;705;281;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD dir ;95018..95994;;16s°;;100;;;;977;; dir ;96095..97613;;23s°;;126;;;;1519;; dir ;97740..97856;;5s;;7;;;;117;; dir ;97864..97938;;aac;;6;;;6;75;; dir ;97945..98030;;tta;;15;;;15;86;; dir ;98046..98121;;atgf;;7;;;7;76;; dir ;98129..98203;;gaa;;8;;;8;75;; dir ;98212..98285;;gga;;4;;;4;74;; dir ;98290..98365;;gta;;5;;;5;76;; dir ;98371..98447;;gac;;10;;;10;77;; dir ;98458..98532;;ggc;;9;;;9;75;; dir ;98542..98615;;aga;;954;*954;;;74;; dir ;99570..100409;;cds;;;;;;840;;TIGR00159 family protein ;;;;;;;;;;; dir ;306829..309216;;cds;;733;;;;*2388;;cadmium-translocating P-type ATPase <> comp;309950..310076;;cds;;1;1;;;127;1;glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A dir ;310078..311313;;23s°;;126;;;;1236;; dir ;311440..311556;;5s;;177;177;;;117;; dir ;311734..312342;;cds;;;;;;609;;DedA family protein ;;;;;;;;;;; comp;861856..862620;;cds;;258;258;;;765;;DeoR/GlpR transcriptional regulator dir ;862879..862969;;agc;;87;87;;;91;87; dir ;863057..863845;;cds;;;;;;789;;flagellar motor protein ;;;;;;;;;;; dir ;1106477..1107451;;cds;;238;238;;;975;238;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase dir ;1107690..1109197;;16s;@2;320;;;;1508;; dir ;1109518..1112416;;23s;;91;;;;2899;; dir ;1112508..1112581;;gga;;8;;;;74;; dir ;1112590..1112706;;5s;;273;273;;;117;; dir ;1112980..1114998;;cds;;;;;;*2019;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase ;;;;;;;;;;; comp;1196804..1198213;;cds;;1378;*1378;;;*1410;;MBOAT family protein comp;1199592..1199674;;ttg;;318;318;;;83;318; dir ;1199993..1202641;;cds;;;;;;*2649;;DNA polymerase I ;;;;;;;;;;; dir ;1850896..1852626;;cds;;109;109;;;*1731;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein dir ;1852736..1852816;;cta;;334;334;;;81;; dir ;1853151..1853666;;cds;;;;;;516;;HXXEE domain-containing protein ;;;;;;;;;;; dir ;3024038..3024715;;cds;;150;150;;;678;150;sortase SrtB comp;3024866..3024940;;aca;@3;93;;;;75;; comp;3025034..3027933;;23s;;184;;;;2900;; comp;3028118..3029625;;16s;;374;374;;;1508;; dir ;3030000..3030938;;cds;;;;;;939;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase ;;;;;;;;;;; dir ;3805298..3806743;;cds;;208;208;;;*1446;;tyrosine-type recombinase/integrase comp;3806952..3807028;;agg;;61;61;;;77;61; <comp;3807090..3808790;;cds;;;;;;*1701;;formate dehydrogenase subunit alpha ;;;;;;;;;;; comp;3875816..3876886;;cds;;452;*452;;;1071;;ABC transporter ATP-binding protein comp;3877339..3877455;;5s;;125;;;;117;; comp;3877581..3880480;;23s;;261;;;;2900;; comp;3880742..3882249;;16s;;190;190;;;1508;190; comp;3882440..3883018;;cds;;;;;;579;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase ;;;;;;;;;;; comp;4017523..4017714;;cds;;118;118;;;192;118;DUF378 domain-containing protein comp;4017833..4017949;;5s;;126;;;;117;; comp;4018076..4020975;;23s;;321;;;;2900;; comp;4021297..4022804;;16s;;292;292;;;1508;; 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comp;4217110..4218529;;23s°;;250;;;;1420;; comp;4218780..4218855;;gca;;52;;;;76;; comp;4218908..4219471;;16s°;;100;;;;564;; comp;4219572..4219856;;23s°;;217;;;;285;; comp;4220074..4221581;;16s;;179;179;;;1508;179; >comp;4221761..4222206;;cds;;386;386;;;446;386;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor dir ;4222593..4224100;;16s;;321;;;;1508;; dir ;4224422..4227321;;23s;;181;;;;2900;; dir ;4227503..4227619;;5s;;6;;;;117;; dir ;4227626..4227700;;aac;;6;;;6;75;; dir ;4227707..4227792;;tta;;15;;;15;86;; dir ;4227808..4227883;;atgf;;7;;;7;76;; dir ;4227891..4227965;;gaa;;9;;;9;75;; dir ;4227975..4228048;;gga;;5;;;5;74;; dir ;4228054..4228129;;gta;;5;;;5;76;; dir ;4228135..4228211;;gac;;9;;;9;77;; dir ;4228221..4228295;;aca;;14;;;14;75;; dir ;4228310..4228394;;tac;;10;;;10;85;; dir ;4228405..4228488;;cta;;28;;;28;84;; dir ;4228517..4228593;;aga;;7;;;7;77;; dir ;4228601..4228676;;caa;;89;;;*89;76;; dir ;4228766..4228854;;tca;;3;;;3;89;; dir ;4228858..4228933;;ttc;;6;;;6;76;; dir ;4228940..4229016;;atgj;;11;;;11;77;; 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comp;4253521..4253596;;gca;;52;;;;76;; comp;4253649..4254226;;16s°;;282;282;;;578;; dir ;4254509..4254712;;cds;;12;12;;;204;;hp dir ;4254725..4256002;;cds;;;;;;*1278;;phage portal protein </pre> ====cdc8 cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cumuls|cdc8 cumuls]] <pre> cdc8 cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;21;1;;0;1;4;1;3;100;6 ;16 23 5s 0;4;20;2;77;50;2;20;0;200;8 ;16 gca 235;2;40;1;6;100;7;40;0;300;11 ;16 23 5s a;5;60;;0;150;5;60;0;400;5 ;max a;43;80;;1;200;5;80;2;500;5 ;a doubles;2;100;;3;250;6;100;3;600;5 ;autres;10;120;;0;300;5;120;3;700;1 ;total aas;98;140;;0;350;4;140;1;800;1 sans ;opérons;6;160;;0;400;4;160;1;900;1 ;1 aa;5;180;;0;450;0;180;1;1000;0 ;max a;4;200;;0;500;2;200;1;1100;0 ;a doubles;0;;;0;;4;;7;;1 ;total aas;9;;3;87;;48;;22;;44 total aas;;108;;;;;;;;; remarques;;7;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;14;14;;256;;155;;330 ;;;variance;;16;;252;;109;;234 sans jaune;;;moyenne;;10;;182;;;;208 ;;;variance;;6;;117;;;;97 </pre> ====cdc8 blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_blocs|cdc8 blocs]] <pre> cdc8 blocs;;;;;;;; Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupe;intercal ;cds;554;;cds;150;;cds;496 ;cds;0;;aca;93;;16s;321 ;cds;168;;23s;184;;23s°;100 ;23s°;133;III;16s;374;;cds;111 IV2;5s;7;;cds;;;cds;228 ;aac;5;;;;;16s;321 ;**16aas;8;;cds;452;;23s°;101 ;atgj;115;;5s;125;;23s°;250 IV1;16s;1;;23s;261;;gca;52 ;cds;100;I2;16s;190;;16s°;100 ;23s°;182;;cds;;;23s°;217 ;5s;7;;;;;16s;179 ;aac;7;;cds;118;;cds;386 ;**41aas;13;;5s;126;IV3;16s;321 ;gta;76;;23s;321;;23s;181 ;cds;308;I3;16s;292;;5s;6 ;cds;;;cds;;;aac;6 ;;;;;;;**17aas;8 ;cds;281;;cds;179;;aaa;353 ;16s°;100;;16s;161;;5s;126 ;23s°;126;;5s;201;;23s;582 X1;5s;7;I1;23s;217;I4;16s;217 ;aac;6;;16s;108;;23s;126 ;**7aas;9;;atgi;11;;5s;216 ;aga;954;;tta;5;;cds;372 ;cds;;;5s;201;;cds;21 ;;;;23s;375;;cds;778 ;cds;733;VII1;gca;52;IV4;16s;261 ;cds;1;;16s’;100;;23s;201 ;23s°;126;;16s’;52;;5s;5 ;5s;177;;gca;248;;tta;11 ;cds;;;23s°;100;;atgi;108 ;;;;16s°;321;;16s;184 ;cds;238;;23s;100;;23s°;100 II;16s;320;;16s°;320;;cds;112 ;23s;91;;23s°;100;;23s’;375 ;gga;8;;23s’;126;;gca;52 ;5s;273;;5s;127;;16s°;282 ;cds;;;cds;;;cds; </pre> ====cdc8 cdc psor 43==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_43|cdc8 cdc psor 43]] <pre> cdc8;43aas;cdc;43aas;;;cdc8;43aas;psor;44aas; 16s;1;;;;;16s;1;;; cds;100;16s;279;;;cds;100;16s;196; 23s°;181;23s;180;-1;;23s°;181;23s;122; 5s;6;5s;6;0;;5s;6;5s;5; aac;6;aac;6;0;;aac;6;tta;13;-2 tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8 atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0 gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1 gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0 gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16; gac;9;gac;9;0;;gac;9;aac;4; aca;14;aca;14;0;;aca;14;aca;4;-10 tac;10;tac;8;-2;;tac;10;tac;15;5 cta;28;cta;29;1;;cta;28;cta;14;-14 aga;7;aga;7;0;;aga;7;aga;7;0 caa;89;caa;88;-1;;caa;89;caa;11; tca;3;tca;3;0;;tca;3;aaa;6; ttc;6;ttc;6;0;;ttc;6;tca;3;0 atgj;11;atgj;11;0;;atgj;11;ttc;9;3 atgi;29;atgi;23;-6;;atgi;29;atg;8;-3 cca;7;cca;7;0;;cca;7;atg;21;-8 cac;8;cac;8;0;;cac;8;cca;6;-1 aaa;7;aaa;7;0;;aaa;7;cac;4; tgc;6;tgc;6;0;;tgc;6;tgc;25; aac;6;aac;5;-1;;aac;6;tta;13;-2 tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8 atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0 gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1 gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0 gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16; 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;comp;3882440..3883018;cds;;579;precorrin;;;dir ;4237342..4237458;5s;216;117;;;;;; ;;;;;;;;;comp;4237675..4238859;cds;372;1185;B6;;;;; ;comp;4017523..4017714;cds;118;192;DUF378;;5;dir ;4239232..4241583;cds;21;2352;Art-red;;;;; ;comp;4017833..4017949;5s;126;117;;;;dir ;4241605..4242144;cds;778;540;Art-reda;;;;; 14;comp;4018076..4020975;23s;321;2900;;;insert;dir ;4242923..4244459;16s;261;1537;;;;;; ;comp;4021297..4022804;16s;292;1508;;;insert;dir ;4244721..4247619;23s;201;2899;;;;;; ;comp;4023097..4023378;cds;221;282;hp-282;;insert;dir ;4247821..4247937;5s;5;117;;111345..111884;CDS;431;540;Art-reda ;comp;4023600..4025129;cds;;1530;K-ligase;;insert;dir ;4247943..4248031;tta;11;89;;112316..113822;16s;54;; ;;;;;;;;insert;dir ;4248043..4248119;atgi;108;77;;113877..113952;gca;114;; ;dir ;4135881..4136873;cds;383;993; DnaC;;insert;dir ;4248228..4249735;16s;184;1508;;114067..116982;23s;193;; ;comp;4137257..4137331;aca;33;75;;;insert;dir ;4249920..4250564;23s°;100;645;;117176..117292;5s;5;; 15;comp;4137365..4137440;gta;4;76;;;insert;<dir ;4250665..4250923;cds;112;259;hp-259;117298..117386;tta;9;; 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;cdc8;pbs;cdc;pbs;psor;pbs seleno A;309950..310076;127;0;;-; Y-r;457663..457878;216;457207..457422;216;-; ;1237414..1237986;573;1223841..1224413;573;; ;1291413..1292327;915;1277836..1278750;915;; ;1418672..1419580;909;1405262..1406170;909;; ;2120221..2121348;1128;;;; ;2785863..2786042;180;;;; ;3564835..3565434;600;;;; Y-r2;3805298..3806743;1446;;;; Y-r1;4299490..4300134;645;;;; Helix;351106..351336;231;391813..392001;189;-; ;379952..380503;552;429510..430061;552;; ;456588..456776;189;461727..462398;672;; ;1187185..1187736;552;1169984..1170535;552;; ;1466364..1466783;420;1292255..1292926;672;; ;1467749..1468147;399;1454375..1454773;399;; ;1605760..1606344;585;1517855..1518619;765;; ;1694358..1694750;393;1592306..1592890;585;; ;1936722..1937267;546;1682266..1682658;393;; ;2105662..2106711;1050;1695592..1696284;693;; ;2196549..2198204;1656;1916424..1916630;207;; ;2342487..2342690;204;1922813..1923358;546;; ;2353934..2354578;645;2164151..2165806;1656;; ;2378761..2379891;1131;2308386..2308589;204;; ;2721795..2722316;522;2319833..2320477;645;; ;3485137..3486024;888;2344477..2345607;1131;; ;3570953..3571183;231;2501260..2501931;672;; ;3571660..3571878;219;2688255..2688776;522;; ;3804379..3804627;249;3459701..3460588;888;; ;3804878..3805279;402;3475449..3475589;141;; ;4286854..4287222;369;;;; ;4288799..4289518;720;;;; ;4300349..4300807;459;;;; xylose;3383443..3384780;1338;3349843..3351180;1338;0; ;<4307539..4308225;687;;;; CHAP;<4213228..>4213849;622;0;;-; A-1chlor;4213961..4214620;660;0;;0; SigB2;4221761..4222206;446;0;;0; fdHa;4221761..4222206;1701;3711229..3713373;2145;-; R-deca;0;;0;;127845..129260;1416 ;;;;;876023..877522;1500 phagePP;1448919..1449983;1065;1435547..1436611;1065;1489507..1490769;1263 ;1450539..1450985;447;1437167..1437613;447;; ;1709611..1711050;1440;1697521..1698963;1443;; ;1718404..1718844;441;1708192..1708632;441;; ;3560756..3561910;1155;3841162..3842367;1206;; ;4254725..4256002;1278;;;; ;4260531..4261586;1056;;;; ;4262058..4262474;417;;;; hp-204;4254509..4254712;204;;;; phagePP;4254725..4256002;1278;;;; phageHM;4255980..4256741;762;;;; hp;;;3840525..3841067;543;; phagePP;;;3841162..3842367;1206;; hydrolase;;;3842345..3842512;168;; terminase;;;;;1487770..1489491;1722 phagePP;;;;;1489507..1490769;1263 Clp;;;;;1490762..1491607;846 </pre> ====cdc8 cdc abrégé protéines==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_abrégé_protéines|cdc8 cdc abrégé protéines]] <pre> A-1chlor;type A-1 chloramphenicol O-acetyltransferase ABC;ABC transporter ATP-binding protein Ala amid;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase Art-red;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase Art-reda;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein B6;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase cad;cadmium-translocating P-type ATPase CHAP;CHAP domain-containing protein CwlD;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD DedA;DedA family protein DeoR;DeoR/GlpR transcriptional regulator DnaC;DNA replication protein DnaC DUF378;DUF378 domain-containing protein fdHa;formate dehydrogenase subunit alpha flagellar;flagellar motor protein Glyco-tr;glycosyl transferase Helix;helix-turn-helix domain-containing protein hp-1740;hp-1740 hp-204;hp-204 hp-282;hp-282 hp-414;hp-414 HXXEE;HXXEE domain-containing protein III-tau;DNA polymerase III subunit gamma/tau K-ligase;lysine--tRNA ligase S-ligase;serine--tRNA ligase lactam;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase Mannosyl;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase MBOAT;MBOAT family protein mecano;mechanosensitive ion channel NadR;transcription repressor NadR NhaC;Na+/H+ antiporter NhaC family protein Nuc-de;nucleoside deaminase phagePP;phage portal protein PolyI;DNA polymerase I precorrin;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase pyruvate;pyruvate carboxylase R-deca;arginine decarboxylase seleno;glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A SigB;SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor SigB2;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor SrtB;sortase SrtB succinate;adenylosuccinate synthase TIGR;TIGR00159 family protein xylose;xylose isomerase Y-r1;tyrosine-type recombinase/integrase – 1 Y-r2;tyrosine-type recombinase/integrase – 2 </pre> ====cdc8 cdc psor stats==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_stats|cdc8 cdc psor stats]] <pre> NCBI du 13.11.19;cdc8;cdc;psor date;15-MAR-2017;18-MAY-2017;08-JAN-2018 DNA circulaire;4 308 325;4 110 554;3 550 458 Genes (total) ;4 025;3 807;3 528 CDS (total) ;3 870;3 691;3 368 Genes (coding) ;3 763;3 615;3 327 CDS (coding) ;3 763;3 615;3 327 Genes (RNA) ;155;116;160 RRNAs (5S, 16S, 23S); 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17 complete rRNAs ; 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17 tRNAs ;108;83;105 ncRNAs ;4;4;4 Pseudo Genes (total) ;107;76;41 Pseudo Genes (ambiguous residues) ; 0 of 107; 0 of 76; 0 of 41 Pseudo Genes (frameshifted) ; 60 of 107; 42 of 76; 4 of 41 Pseudo Genes (incomplete) ; 35 of 107; 30 of 76; 18 of 41 Pseudo Genes (internal stop) ; 31 of 107; 18 of 76; 22 of 41 Pseudo Genes (multiple problems) ; 18 of 107; 12 of 76; 3 of 41 CRISPR Arrays ;4;9; - ;;; Décompte du 19.11.19;;; hypothetical protein;609;523;1 256 hp / cds (total);0,16;0,14;0,37 </pre> ====cdc8 distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_distribution|cdc8 distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga; cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cdc8;;5;;;;;5;;cdc8;4;;;;;;9 </pre> ====cdc8 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_données_intercalaires|cdc8 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cdc8;fx;fc;cdc8;fx40;fc40;cdc8;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;0;39;0;0;39;-1;;71;75;258;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;5;241;1;0;48;-2;;0;954;318;55;;gca;6;;aac;6;;aac ;0;20;3;344;2;0;53;-3;;1;87;150;tRNA 16s;;;15;;tta;15;;tta ;0;30;4;232;3;1;24;-4;1;51;1378;208;2* 110;;atgi;7;;atgf;7;;atgf ;0;40;0;138;4;2;29;-5;;0;109;383;116;;atgj;9;;gaa;9;;gaa ;0;50;4;89;5;0;15;-6;;0;334;;tRNA 23s;;;5;;gga;5;;gga ;0;60;9;87;6;0;7;-7;;15;150;;376;;gca;5;;gta;5;;gta ;1;70;6;73;7;0;11;-8;1;68;264;;23s tRNA;;;9;;gac;9;;gac ;1;80;11;66;8;0;13;-9;;0;67;;94;;aca;14;;aca;14;;aca ;1;90;15;73;9;1;21;-10;;2;331;;8;;gga;10;;tac;10;;tac ;0;100;21;72;10;1;20;-11;;32;0;;5s tRNA;;;28;;cta;28;;cta ;1;110;16;84;11;0;38;-12;;0;CDS 16s;;3* 6;;aac;7;;aga;7;;aga ;0;120;23;86;12;0;46;-13;;7;240;376;7;;aac;89;;caa;89;;caa ;0;130;25;53;13;1;30;-14;;15;192;498;2* 5;;tta;3;;tca;3;;tca ;0;140;21;49;14;0;39;-15;;0;294;81;-;353;aaa;6;;ttc;6;;ttc 1;1;150;15;53;15;0;36;-16;;2;181;388;tRNA tRNA;;intra;14;;atgj;14;;atgj ;0;160;23;44;16;0;28;-17;1;14;181;;2* 11;;atgi;29;;atgi;29;;atgi ;0;170;24;38;17;1;45;-18;;0;780;;**;;tta;7;;cca;7;;cca ;0;180;22;44;18;1;31;-19;;1;16s 23s;;tRNA tRNA;;;8;;cac;8;;cac ;0;190;26;43;19;0;27;-20;;7;324;;33;;aca;7;;aaa;**;;aaa ;0;200;18;43;20;0;24;-21;;0;188;;4;;gta;6;;tgc;4;;aac 1;0;210;22;36;21;1;24;-22;1;0;2* 265;;6;;gaa;6;;aac;5;;gaa ;0;220;25;39;22;0;22;-23;;6;2* 325;;**;;aaa;15;;tta;5;;gta ;0;230;14;30;23;0;28;-24;;1;2* 221;;;;;7;;atgf;11;;gac ;0;240;9;27;24;0;21;-25;;0;23s 5s;;;;;9;;gaa;14;;aca ;0;250;15;30;25;1;27;-26;;6;126;;;;;5;;gga;9;;tac 1;0;260;15;30;26;1;19;-27;;0;2* 127;;;;;5;;gta;10;;gga ;1;270;18;30;27;0;19;-28;;1;3* 202;;;;;9;;gac;9;;aga ;0;280;12;19;28;1;26;-29;;8;182;;;;;14;;aca;11;;caa ;0;290;16;38;29;0;24;-30;;0;5s CDS;;;;;9;;tac;2;;aaa ;0;300;17;23;30;0;22;-31;;1;177;216;;;;24;;cta;18;;tca ;0;310;7;29;31;0;20;-32;;5;273;;;;;24;;ggc;8;;agc 1;0;320;18;22;32;0;18;-33;;0;452;;;;;9;;aga;85;;cca ;0;330;14;30;33;0;13;-34;;0;118;;;;;8;;caa;60;;tgg ;2;340;9;13;34;0;12;-35;;2;127;;;;;2;;aaa;5;;cca ;0;350;6;15;35;0;17;-36;;0;5s 16s;;;;;3;;tca;3;;atc ;0;360;16;18;36;0;14;-37;;0;-;161;;;;6;;ttc;7;;ttc ;0;370;7;16;37;0;13;-38;;1;;;;;;14;;atgj;**;;atgj ;0;380;6;17;38;0;11;-39;;0;;;;;;17;;atgi;;; 1;0;390;7;14;39;0;10;-40;;1;;;;;;8;;cac;;; ;0;400;4;18;40;0;10;-41;;0;;;;;;7;;aaa;;; ;2;reste;138;242;reste;674;1733;-42;;0;;;;;;7;;tgc;;; 5;11;total;686;2727;total;686;2727;-43;;0;;;;;;12;;cgt;;; 5;8;diagr;548;2446;diagr;12;955;-44;;1;;;;;;**;;gta;;; 0;0; t30;12;817;;;;-45;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;; ;x;686;4;0;690;;;-49;;0;;;;;;;;;;; ;c;2688;326;39;3053;;;-50;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;3743;348;;reste;;5;;;;;;;;;;; ;;;;;;4091;;total;4;326;;;;;;;;;;; </pre> =====cdc8 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_autres_intercalaires_aas|cdc8 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cdc8;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;;misc_f;1;795;182;*; ;;rRNA;978;1094;6;*;117 ;;tRNA;1101;1175;6;*;aac ;;tRNA;1182;1267;15;*;tta ;;tRNA;1283;1358;7;*;atgf ;;tRNA;1366;1440;9;*;gaa ;;tRNA;1450;1523;5;*;gga ;;tRNA;1529;1604;5;*;gta ;;tRNA;1610;1686;9;*;gac ;;tRNA;1696;1770;14;*;aca ;;tRNA;1785;1869;10;*;tac ;;tRNA;1880;1963;28;*;cta ;;tRNA;1992;2068;7;*;aga ;;tRNA;2076;2151;89;*;caa ;;tRNA;2241;2329;3;*;tca ;;tRNA;2333;2408;6;*;ttc ;;tRNA;2415;2488;14;*;atgj ;;tRNA;2503;2579;29;*;atgi ;;tRNA;2609;2685;7;*;cca ;;tRNA;2693;2769;8;*;cac ;;tRNA;2778;2853;7;*;aaa ;;tRNA;2861;2934;6;*;tgc ;;tRNA;2941;3015;6;*;aac ;;tRNA;3022;3107;15;*;tta ;;tRNA;3123;3198;7;*;atgf ;;tRNA;3206;3280;9;*;gaa ;;tRNA;3290;3363;5;*;gga ;;tRNA;3369;3444;5;*;gta ;;tRNA;3450;3526;9;*;gac ;;tRNA;3536;3610;14;*;aca ;;tRNA;3625;3709;9;*;tac ;;tRNA;3719;3802;24;*;cta ;;tRNA;3827;3901;24;*;ggc ;;tRNA;3926;4002;9;*;aga ;;tRNA;4012;4087;8;*;caa ;;tRNA;4096;4171;2;*;aaa ;;tRNA;4174;4262;3;*;tca ;;tRNA;4266;4341;6;*;ttc ;;tRNA;4348;4421;14;*;atgj ;;tRNA;4436;4512;17;*;atgi ;;tRNA;4530;4606;8;*;cac ;;tRNA;4615;4690;7;*;aaa ;;tRNA;4698;4771;7;*;tgc ;;tRNA;4779;4855;12;*;cgt ;;tRNA;4868;4943;75;*;gta fin;;CDS;5019;5432;;; deb;;CDS;43312;43797;94;*; ;;misc_b;43892;44100;63;*; fin;;CDS;44164;45882;;; deb;;CDS;57549;58247;51;*; ;;misc_f;58299;58427;42;*; fin;;CDS;58470;58976;;; deb;;CDS;93984;94736;291;*; ;;misc_f;95028;95862;232;*; ;;misc_f;96095;96344;50;*; ;;misc_f;96395;96725;9;*; ;;misc_f;96735;97600;139;*; ;;rRNA;97740;97856;7;*;117 ;;tRNA;97864;97938;6;*;aac ;;tRNA;97945;98030;15;*;tta ;;tRNA;98046;98121;7;*;atgf ;;tRNA;98129;98203;8;*;gaa ;;tRNA;98212;98285;4;*;gga ;;tRNA;98290;98365;5;*;gta ;;tRNA;98371;98447;10;*;gac ;;tRNA;98458;98532;9;*;ggc ;;tRNA;98542;98615;954;*;aga fin;;CDS;99570;100409;;; deb;comp;CDS;119142;119651;188;*; ;;regulatory;119840;119943;135;*; fin;;CDS;120079;121272;;; deb;;CDS;141169;142335;59;*; ;;regulatory;142395;142512;124;*; fin;;CDS;142637;143242;;; deb;;CDS;192887;194019;59;*; ;;regulatory;194079;194180;220;*; fin;;CDS;194401;195936;;; deb;;CDS;240412;241887;526;*; ;;regulatory;242414;242504;406;*; fin;;CDS;242911;243228;;; deb;comp;CDS;309950;310076;16;*; ;;misc_f;310093;310425;9;*; ;;misc_f;310435;311300;139;*; ;;rRNA;311440;311556;177;*;117 fin;;CDS;311734;312342;;0; deb;;CDS;318620;320392;131;*; ;;regulatory;320524;320716;181;*; fin;;CDS;320898;321650;;; deb;comp;CDS;522666;523493;205;*; ;;regulatory;523699;523805;69;*; fin;;CDS;523875;524195;;0; deb;;CDS;605941;606543;375;*; ;;misc_b;606919;607151;63;*; fin;;CDS;607215;609134;;; deb;;CDS;727895;728629;644;*; ;;regulatory;729274;729350;262;*; fin;;CDS;729613;730869;;; deb;;CDS;801271;802068;383;*; ;;misc_b;802452;802685;49;*; fin;;CDS;802735;803754;;; deb;comp;CDS;861856;862620;258;*; ;;tRNA;862879;862969;87;*;agc fin;;CDS;863057;863845;;; deb;;CDS;869869;871935;594;*; ;;misc_b;872530;872740;225;*; fin;;CDS;872966;873781;;; deb;;CDS;1044480;1044926;147;*; ;;misc_b;1045074;1045320;122;*; fin;;CDS;1045443;1047185;;; deb;;CDS;1106477;1107451;240;*; ;;rRNA;1107692;1109194;324;*;1503 ;;rRNA;1109519;1112415;92;*;2897 ;;tRNA;1112508;1112581;8;*;gga ;;rRNA;1112590;1112706;273;*;117 fin;;CDS;1112980;1114998;;; deb;;CDS;1157234;1158145;114;*; ;;ncRNA;1158260;1158440;182;*; fin;;CDS;1158623;1159840;;0; deb;comp;CDS;1196804;1198213;1378;*; ;comp;tRNA;1199592;1199674;318;*;ttg fin;;CDS;1199993;1202641;;; deb;;CDS;1235339;1235707;91;*; ;;regulatory;1235799;1235905;102;*; fin;;CDS;1236008;1237213;;0; deb;;CDS;1360996;1362075;141;*; ;;misc_b;1362217;1362455;67;*; fin;;CDS;1362523;1365162;;; deb;comp;CDS;1527009;1527185;53;*; ;comp;regulatory;1527239;1527335;341;*; fin;comp;CDS;1527677;1528351;;; deb;;CDS;1597387;1598331;288;*; ;;regulatory;1598620;1598726;105;*; fin;;CDS;1598832;1599797;;; deb;;CDS;1625872;1627965;660;*; ;;repeat_region;1628626;1629050;897;*; fin;;CDS;1629948;1630766;;0; deb;;CDS;1634212;1635180;151;*; ;;misc_b;1635332;1635584;72;*; fin;;CDS;1635657;1636865;;0; deb;;CDS;1682039;1682800;159;*; ;;misc_b;1682960;1683217;112;*; fin;;CDS;1683330;1683569;;; deb;;CDS;1719185;1719346;735;*; ;;repeat_region;1720082;1720376;117;*; fin;;CDS;1720494;1721246;;; deb;;CDS;1767472;1769328;81;*; ;;misc_b;1769410;1769650;65;*; ;;misc_b;1769716;1769951;84;*; fin;;CDS;1770036;1771253;;; deb;;CDS;1792609;1792920;92;*; ;;regulatory;1793013;1793105;99;*; fin;;CDS;1793205;1793999;;; deb;comp;CDS;1848320;1849117;112;*; ;comp;regulatory;1849230;1849335;91;*; deb;comp;CDS;1849427;1850413;163;*; ;;regulatory;1850577;1850753;142;*; deb;;CDS;1850896;1852626;109;*; ;;tRNA;1852736;1852816;334;*;cta deb;;CDS;1853151;1853666;475;*; ;;regulatory;1854142;1854246;209;*; fin;;CDS;1854456;1855490;;; deb;comp;CDS;1862461;1863732;644;*; ;;repeat_region;1864377;1864796;406;*; fin;;CDS;1865203;1865490;;0; deb;comp;CDS;1883751;1884380;364;*; ;;regulatory;1884745;1884788;100;*; fin;;CDS;1884889;1885857;;; deb;comp;CDS;1900325;1901437;131;*; ;comp;regulatory;1901569;1901690;188;*; deb;;CDS;1901879;1904362;88;*; ;;regulatory;1904451;1904562;141;*; fin;;CDS;1904704;1906005;;; deb;;CDS;1917211;1917642;430;*; ;;misc_b;1918073;1918284;162;*; fin;;CDS;1918447;1919736;;; deb;;CDS;1979975;1981282;85;*; ;;misc_b;1981368;1981630;125;*; fin;;CDS;1981756;1982559;;; deb;;CDS;1991720;1992457;110;*; ;;misc_b;1992568;1992775;252;*; fin;;CDS;1993028;1994227;;; deb;;CDS;2033932;2036589;53;*; ;;regulatory;2036643;2036745;109;*; fin;;CDS;2036855;2038120;;; deb;comp;CDS;2174937;2175227;130;*; ;comp;regulatory;2175358;2175457;617;*; ;;regulatory;2176075;2176164;52;*; fin;;CDS;2176217;2176393;;0; deb;comp;CDS;2183867;2184418;151;*; ;comp;misc_b;2184570;2184833;435;*; fin;comp;CDS;2185269;2185667;;; deb;comp;CDS;2186020;2186505;82;*; ;comp;regulatory;2186588;2186681;177;*; fin;;CDS;2186859;2186990;;0; deb;comp;CDS;2226535;2227569;253;*; ;comp;misc_b;2227823;2228036;218;*; fin;comp;CDS;2228255;2229019;;0; deb;comp;CDS;2242205;2243398;81;*; ;comp;regulatory;2243480;2243648;110;*; fin;comp;CDS;2243759;2244376;;; deb;comp;CDS;2309004;2310380;93;*; ;comp;regulatory;2310474;2310576;248;*; fin;;CDS;2310825;2312171;;; deb;comp;CDS;2323975;2324883;801;*; ;;misc_b;2325685;2325916;107;*; fin;;CDS;2326024;2327505;;; deb;comp;CDS;2460052;2461448;76;*; ;comp;misc_b;2461525;2461758;168;*; fin;comp;CDS;2461927;2462130;;; 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deb;;CDS;4241605;4242144;780;*; ;;rRNA;4242925;4244456;265;*;1532 ;;rRNA;4244722;4247618;202;*;2897 ;;rRNA;4247821;4247937;5;*;117 ;;tRNA;4247943;4248031;11;*;tta ;;tRNA;4248043;4248119;110;*;atgi ;;rRNA;4248230;4249732;202;*;1503 ;;misc_f;4249935;4250480;184;*; fin;;CDS;4250665;4250923;;; deb;;CDS;4250940;4251038;87;*; ;comp;rRNA;4251126;4253130;390;*;2005 ;comp;tRNA;4253521;4253596;68;*;gca ;comp;misc_f;4253665;4253797;18;*; ;comp;misc_f;4253816;4254229;294;*; fin;;CDS;4254524;4254712;;; deb;;CDS;4303117;4303305;167;*; ;;misc_f;4303473;4304013;15;*; ;;misc_f;4304029;4304286;145;*; ;;rRNA;4304432;4304548;6;*;117 ;;tRNA;4304555;4304629;4;*;aac ;;tRNA;4304634;4304708;5;*;gaa ;;tRNA;4304714;4304789;5;*;gta ;;tRNA;4304795;4304871;11;*;gac ;;tRNA;4304883;4304957;14;*;aca ;;tRNA;4304972;4305056;9;*;tac ;;tRNA;4305066;4305139;10;*;gga ;;tRNA;4305150;4305226;9;*;aga ;;tRNA;4305236;4305311;11;*;caa ;;tRNA;4305323;4305398;2;*;aaa ;;tRNA;4305401;4305489;18;*;tca ;;tRNA;4305508;4305598;8;*;agc ;;tRNA;4305607;4305683;85;*;cca ;;tRNA;4305769;4305844;60;*;tgg ;;tRNA;4305905;4305981;5;*;cca ;;tRNA;4305987;4306063;3;*;atc ;;tRNA;4306067;4306142;7;*;ttc ;;tRNA;4306150;4306226;116;*;atgj ;;rRNA;4306343;4307677;2;*;1335 deb;;CDS;4307680;4308225;0;*; </pre> ===cbc=== ====cbc opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_opérons|cbc* opérons]] <pre> 28%GC;30.6.19 Paris;16s 5;;52;doubles;intercalaires Clostridium botulinum CDC_297;;;NCBI;gtRNAdb;; comp;1309334..1309408;;Glu;gag;; ;;;;;; comp;1385938..1386012;;Asn;aac;;8 comp;1386021..1386134;;5s;;;108 comp;1386243..1389140;;23s;;;228 comp;1389369..1390866;;16s;;@1; ;;;;;; comp;1392997..1393072;;Phe;ttc;;7 comp;1393080..1393193;;5s;;;108 comp;1393302..1396199;;23s;;;228 comp;1396428..1397925;;16s;;; ;;;;;; comp;1408673..1408762;;Ser;tcc;; ;;;;;; comp;1412183..1412259;;Arg;agg;; ;;;;;; comp;1415464..1415540;;Arg;cgt;;84 comp;1415625..1415715;;Ser;agc;+;20 comp;1415736..1415826;;Ser;tca;2 agc;306 comp;1416133..1416223;;Ser;agc;2 tca;20 comp;1416244..1416334;;Ser;tca;@4; ;;;;;; comp;1425969..1426044;;Ala;gca;;3 comp;1426048..1426124;;Met;atgi;;8 comp;1426133..1426246;;5s;;;79 comp;1426326..1427823;;16s;;@2;117 comp;1427941..1428051;;MNEGCDRILIVVARWQVSKNKKMLTKIKKRATIIKH;CDS 108pb;; ;;;;;; ;1694943..1695017;;Gln;cag;; ;;;;;; comp;1722580..1722664;;Tyr;tac;;5 comp;1722670..1722745;;Thr;aca;; ;;;;;; comp;1841437..1841510;;Cys;tgc;; ;;;;;; comp;1842698..1842811;;5s;;;108 comp;1842920..1845817;;23s;;;228 comp;1846046..1847543;;16s;;; ;;;;;; ;1890534..1890608;;Glu;gaa;+;17 ;1890626..1890701;;Val;gta;3 gaa;9 ;1890711..1890787;;Asp;gac;3 gta;4 ;1890792..1890867;;Thr;aca;3 gac;5 ;1890873..1890947;;Glu;gaa;2 aca;18 ;1890966..1891041;;Val;gta;;7 ;1891049..1891125;;Asp;gac;;57 ;1891183..1891257;;Glu;gaa;;17 ;1891275..1891350;;Val;gta;;9 ;1891360..1891436;;Asp;gac;;4 ;1891441..1891516;;Thr;aca;; ;;;;;; comp;1948153..1948228;;Pro;cca;; ;;;;;; ;1969157..1969245;;Leu;tta;;4 ;1969250..1969325;;Met;atgf;+;53 ;1969379..1969454;;Met;atgf;2 atgf;10 ;1969465..1969541;;Met;atg;; ;;;;;; ;1987541..1989040;;16s;;@3;226 ;1989267..1992166;;23s;;;93 ;1992260..1992375;;5s;;;7 ;1992383..1992457;;Asn;aac;+;27 ;1992485..1992559;;Asn;aac;; ;;;;;; ;2013239..2013313;;Gly;ggg;;18 ;2013332..2013407;;Thr;acc;; ;;;;;; ;2222515..2222590;;Trp;tgg;; ;;;;;; ;2294767..2294842;;Pro;cca;+;7 ;2294850..2294923;;Gly;gga;2 cca;6 ;2294930..2295006;;Arg;aga;2 gga;5 ;2295012..2295087;;Lys;aag;;26 ;2295114..2295189;;Pro;cca;;29 ;2295219..2295292;;Gly;gga;;24 ;2295317..2295393;;Arg;cga;; ;;;;;; ;2402556..2402631;;Val;gta;;5 ;2402637..2402713;;Asp;gac;;3 ;2402717..2402792;;Phe;ttc;;4 ;2402797..2402871;;Gly;ggc;;9 ;2402881..2402954;;Cys;tgc;; ;;;;;; ;2517305..2517391;;Leu;ttg;; ;;;;;; ;2548708..2548792;;Leu;ctc;; ;;;;;; ;2583298..2583388;;SeC;tga;; </pre> ====cbc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_cumuls|cbc* cumuls]] <pre> cbc* cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;5;1;0;0 ;16 23 5s 0;1;20;22;1 ;16 atc gca;0;40;3;1 ;16 23 5s a;3;60;2;0 ;max a;2;80;0;0 ;a doubles;1;100;1;0 ;spéciaux;1;120;0;0 ;total aas;6;140;0;0 sans ;opérons;17;160;0;0 ;1 aa;10;180;0;0 ;max a;11;200;0;0 ;a doubles;4;;0;0 ;total aas;46;;28;2 total aas;;52;;; remarques;;4;;; avec jaune;;;moyenne;17;15 ;;;variance;19; sans jaune;;;moyenne;15; ;;;variance;14; </pre> ====cbc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_blocs|cbc* blocs]] <pre> cbc* blocs;;;; aac;8;7;-; 5s;108;108;108;226 23s;228;228;228;93 16s;;;-;7 ;;;; gca;3;;; atgi;8;;; 5s;79;;; 16s;;;; </pre> ====cbc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_distribution|cbc distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;1-3 aas att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;gca ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;atgi gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aac ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttc atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;aac2 ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;>1aa tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;atgf2 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;; atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;; ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total; cbc*;;10;;;;;10;;cbc*;36;;;;;;34;;cbc*;2;;;;;;2; </pre> ====cbc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_données_intercalaires|cbc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;cbc;fx;fc;cbc;fx40;fc40;cbc;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;24;0;1;24;-1;;72;1018;103;5s tRNA;; ;0;10;5;198;1;1;55;-2;;0;419;184;8;;aac ;0;20;2;293;2;2;38;-3;;0;732;35;7;;ttc 1;0;30;11;166;3;0;14;-4;3;58;389;227;8;;atgi 1;0;40;15;108;4;1;18;-5;;0;156;30;7;;aac ;0;50;9;61;5;0;15;-6;1;0;164;90;tRNA tRNA;;contig ;2;60;11;83;6;0;11;-7;;4;276;431;3;;gca ;2;70;13;65;7;0;3;-8;;40;162;584;**;;atgi ;2;80;12;73;8;1;18;-9;;0;53;;27;;aac 1;1;90;12;68;9;0;10;-10;;8;170;;**;;aac ;2;100;16;58;10;0;16;-11;;25;318;;tRNA tRNA;; 1;0;110;18;52;11;0;28;-12;;0;80;;84;;cgt ;0;120;19;66;12;0;44;-13;;3;172;;20;;agc ;0;130;19;59;13;0;28;-14;;13;92;;306;;tca ;0;140;16;61;14;0;32;-15;;0;77;;20;;agc ;2;150;15;64;15;0;36;-16;;1;142;;**;;tca ;1;160;19;48;16;0;21;-17;;11;328;;9;;gta ;3;170;15;48;17;0;26;-18;;0;187;;4;;gac ;1;180;17;46;18;1;30;-19;1;4;64;;5;;aca 1;1;190;19;32;19;0;24;-20;;11;82;;18;;gaa ;0;200;20;39;20;1;24;-21;;0;51;;7;;gta ;0;210;17;44;21;2;17;-22;;2;239;;57;;gac ;0;220;16;31;22;1;21;-23;;8;145;;17;;gaa 1;0;230;15;40;23;1;14;-24;;0;387;;9;;gta ;1;240;7;36;24;0;20;-25;;1;64;;4;;gac ;0;250;15;18;25;0;22;-26;;6;313;;**;;aca ;0;260;12;22;26;1;13;-27;;0;97;;4;;tta ;0;270;14;35;27;3;17;-28;;2;556;;53;;atgf ;1;280;15;31;28;0;18;-29;;2;754;;10;;atgf ;0;290;12;29;29;2;12;-30;;0;745;;**;;atgj ;0;300;18;27;30;1;12;-31;;2;CDS 16s;;18;;ggg ;0;310;11;29;31;2;9;-32;;3;909;;**;;acc ;2;320;16;21;32;0;9;-33;;0;387;;7;;cca ;1;330;23;18;33;1;12;-34;;1;117;;6;;gga ;0;340;12;14;34;3;13;-35;;1;416;;5;;aga ;0;350;9;25;35;1;13;-36;;0;570;;26;;aag ;0;360;10;27;36;4;12;-37;;0;16s 23s;;29;;cca ;0;370;13;24;37;1;11;-38;;3;3* 228;;24;;gga ;0;380;12;22;38;1;6;-39;;0;226;;**;;cga ;2;390;8;19;39;2;12;-40;;0;23s 5s;;5;;gta ;0;400;8;22;40;0;11;-41;;0;3* 108;;3;;gac 2;6;reste;172;326;reste;685;1783;-42;;0;93;;4;;ttc 8;30;total;719;2572;total;719;2572;-43;;0;16s 5s;;9;;ggc 6;24;diagr;546;2222;diagr;33;765;-44;1;1;79;;**;;tgc 1;0; t30;18;657;;;;-45;;0;5s CDS;;;; ;;;;;;;;-46;;0;363;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;; ;x;718;7;1;726;;;-49;;0;;;;; ;c;2548;288;24;2860;;;-50;;1;;;;; ;;;;;3586;88;;reste;1;4;;;;; ;;;;;;3674;;total;7;288;;;;; </pre> =====cbc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_autres_intercalaires_aas|cbc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;1307968;1308315;1018;*; ;comp;tRNA;1309334;1309408;419;*;gag fin;comp;CDS;1309828;1312056;;; deb;;CDS;1384971;1385834;103;*; ;comp;tRNA;1385938;1386012;8;*;aac ;comp;rRNA;1386021;1386134;108;*;114 ;comp;rRNA;1386243;1389140;228;*;2898 ;comp;rRNA;1389369;1390866;909;*;1498 deb;comp;CDS;1391776;1392264;732;*; ;comp;tRNA;1392997;1393072;7;*;ttc ;comp;rRNA;1393080;1393193;108;*;114 ;comp;rRNA;1393302;1396199;228;*;2898 ;comp;rRNA;1396428;1397925;387;*;1498 fin;comp;CDS;1398313;1399257;;; deb;comp;CDS;1406658;1408283;389;*; ;comp;tRNA;1408673;1408762;156;*;tcc fin;comp;CDS;1408919;1409365;;; deb;comp;CDS;1411833;1412018;164;*; ;comp;tRNA;1412183;1412259;184;*;agg fin;;CDS;1412444;1412764;;; deb;;CDS;1414541;1415428;35;*; ;comp;tRNA;1415464;1415540;84;*;cgt ;comp;tRNA;1415625;1415715;20;*;agc ;comp;tRNA;1415736;1415826;306;*;tca ;comp;tRNA;1416133;1416223;20;*;agc ;comp;tRNA;1416244;1416334;276;*;tca fin;comp;CDS;1416611;1417891;;; deb;comp;CDS;1425354;1425806;162;*; ;comp;tRNA;1425969;1426044;3;*;gca ;comp;tRNA;1426048;1426124;8;*;atgi ;comp;rRNA;1426133;1426246;79;*;114 ;comp;rRNA;1426326;1427823;117;*;1498 fin;comp;CDS;1427941;1428051;;; deb;;CDS;1694365;1694889;53;*; ;;tRNA;1694943;1695017;170;*;cag fin;;CDS;1695188;1695592;;; deb;comp;CDS;1721086;1722261;318;*; ;comp;tRNA;1722580;1722664;5;*;tac ;comp;tRNA;1722670;1722745;227;*;aca fin;;CDS;1722973;1723695;;; deb;;CDS;1840498;1841406;30;*; ;comp;tRNA;1841437;1841510;80;*;tgc deb;comp;CDS;1841591;1842334;363;*; ;comp;rRNA;1842698;1842811;108;*;114 ;comp;rRNA;1842920;1845817;228;*;2898 ;comp;rRNA;1846046;1847543;416;*;1498 fin;comp;CDS;1847960;1850440;;; deb;;CDS;1889552;1890361;172;*; ;;tRNA;1890534;1890608;17;*;gaa ;;tRNA;1890626;1890701;9;*;gta ;;tRNA;1890711;1890787;4;*;gac ;;tRNA;1890792;1890867;5;*;aca ;;tRNA;1890873;1890947;18;*;gaa ;;tRNA;1890966;1891041;7;*;gta ;;tRNA;1891049;1891125;57;*;gac ;;tRNA;1891183;1891257;17;*;gaa ;;tRNA;1891275;1891350;9;*;gta ;;tRNA;1891360;1891436;4;*;gac ;;tRNA;1891441;1891516;90;*;aca fin;comp;CDS;1891607;1892584;;; deb;comp;CDS;1946711;1948060;92;*; ;comp;tRNA;1948153;1948228;77;*;cca fin;comp;CDS;1948306;1948614;;; deb;;CDS;1968610;1969014;142;*; ;;tRNA;1969157;1969245;4;*;tta ;;tRNA;1969250;1969325;53;*;atgf ;;tRNA;1969379;1969454;10;*;atgf ;;tRNA;1969465;1969541;328;*;atgj fin;;CDS;1969870;1972257;;; deb;;CDS;1985594;1986970;570;*; ;;rRNA;1987541;1989040;226;*;1500 ;;rRNA;1989267;1992166;93;*;2900 ;;rRNA;1992260;1992375;7;*;116 ;;tRNA;1992383;1992457;27;*;aac ;;tRNA;1992485;1992559;187;*;aac fin;;CDS;1992747;1994819;;; deb;;CDS;2012533;2013174;64;*; ;;tRNA;2013239;2013313;18;*;ggg ;;tRNA;2013332;2013407;82;*;acc fin;;CDS;2013490;2014683;;; deb;;CDS;2222077;2222463;51;*; ;;tRNA;2222515;2222590;239;*;tgg fin;;CDS;2222830;2224086;;0; deb;;CDS;2294151;2294621;145;*; ;;tRNA;2294767;2294842;7;*;cca ;;tRNA;2294850;2294923;6;*;gga ;;tRNA;2294930;2295006;5;*;aga ;;tRNA;2295012;2295087;26;*;aag ;;tRNA;2295114;2295189;29;*;cca ;;tRNA;2295219;2295292;24;*;gga ;;tRNA;2295317;2295393;387;*;cga fin;;CDS;2295781;2297040;;; deb;;CDS;2401601;2402491;64;*; ;;tRNA;2402556;2402631;5;*;gta ;;tRNA;2402637;2402713;3;*;gac ;;tRNA;2402717;2402792;4;*;ttc ;;tRNA;2402797;2402871;9;*;ggc ;;tRNA;2402881;2402954;313;*;tgc fin;;CDS;2403268;2403963;;; deb;comp;CDS;2515386;2516873;431;*; ;;tRNA;2517305;2517391;584;*;ttg fin;comp;CDS;2517976;2518125;;; deb;;CDS;2548065;2548610;97;*; ;;tRNA;2548708;2548792;556;*;ctc fin;;CDS;2549349;2549786;;0; deb;;CDS;2580636;2582543;754;*; ;;tRNA;2583298;2583388;745;*;tga fin;;CDS;2584134;2585648;;; </pre> ===cbn=== ====cbn opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_opérons|cbn opérons]] <pre> 28%GC;30.6.19 Paris;16s 10;86;doubles;intercal;aa;avec aa ;Clostridium botulinum BKT015925;;;;;; ;20666..20741;;acg;;;; ;;;;;;; ;36413..36487;;gaa;+;12;12; ;36500..36575;;gta;2 gaa;13;13; ;36589..36665;;gac;2 gta;5;5; ;36671..36746;;aca;2 gac;18;18; ;36765..36839;;gaa;2 aca;12;12; ;36852..36927;;gta;;13;13; ;36941..37017;;gac;;5;5; ;37023..37098;;aca;;;; ;;;;;;; ;137366..137441;;cca;;;; ;;;;;;; ;161964..162052;;tta;+;5;5; ;162058..162133;;atgf;3 tta;5;5; ;162139..162215;;atgj;3 atgf;46;46; ;162262..162350;;tta;2 atgj;5;5; ;162356..162431;;atgf;;30;30; ;162462..162538;;atgj;;46;46; ;162585..162673;;tta;;5;5; ;162679..162754;;atgf;;;; ;;;;;;; ;76258..176332;;aac;;;; ;;;;;;; ;180177..181695;;16s;@5;233;; ;181929..184836;;23s;;45;; ;184882..184956;;aac;+;14;; ;184971..185087;;5s;;7;; ;185095..185169;;aac;2 aac;;; ;;;;;;; ;222409..222484;;acc;;;; ;;;;;;; comp;578417..578492;;cag;;;; ;;;;;;; comp;944747..944833;;ttg;;;; ;;;;;;; ;955546..955630;;ctt;;;; ;;;;;;; ;1026946..1027021;;gta;;17;17;17 ;1027039..1027115;;gac;;14;14;14 ;1027130..1027205;;ttc;;4;4;4 ;1027210..1027284;;ggc;;8;8;8 ;1027293..1027367;;tgc;+;57;57;57 ;1027425..1027499;;tgc;2 tgc;;; ;;;;;;; comp;2030816..2030890;;aac;;45;; comp;2030936..2033842;;23s;;96;; comp;2033939..2034015;;atc;;7;;7 comp;2034023..2034098;;gca;;121;; comp;2034220..2035734;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2283768..2283884;;5s;;95;; comp;2283980..2286886;;23s;;233;; comp;2287120..2288638;;16s;@3;464;; comp;2289103..2289176;;gga;;15;;15 comp;2289192..2289268;;atc;;7;;7 comp;2289276..2289351;;gca;;;; ;;;;;;; comp;2350598..2350674;;cga;+;21;21; comp;2350696..2350769;;gga;4 gga;28;28; comp;2350798..2350873;;aaa;2 aaa;4;4; comp;2350878..2350952;;caa;2 caa;4;4; comp;2350957..2351032;;cac;2 cac;5;5; comp;2351038..2351112;;aag;3 aag;3;3; comp;2351116..2351192;;aga;3 aga;6;6; comp;2351199..2351272;;gga;2 cca;4;4; comp;2351277..2351352;;cca;2 ggc;21;21; comp;2351374..2351449;;aag;;5;5; comp;2351455..2351531;;aga;;5;5; comp;2351537..2351610;;gga;;5;5; comp;2351616..2351690;;ggc;;3;3; comp;2351694..2351777;;cta;;22;22; comp;2351800..2351875;;aaa;;4;4; comp;2351880..2351954;;caa;;4;4; comp;2351959..2352034;;cac;;5;5; comp;2352040..2352115;;aag;;5;5; comp;2352121..2352197;;aga;;5;5; comp;2352203..2352276;;gga;;5;5; comp;2352282..2352356;;ggc;;6;6; comp;2352363..2352438;;cca;;;; ;;;;;;; comp;2432784..2432859;;tgg;;;; ;;;;;;; comp;2454880..2454964;;tac;+;39;39; comp;2455004..2455079;;gta;2 tac;8;8; comp;2455088..2455172;;tac;;4;4; comp;2455177..2455252;;aca;;;; ;;;;;;; comp;2697795..2697911;;5s;@1;31;; comp;2697943..2700847;;23s;;233;; comp;2701081..2702599;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2703946..2704021;;aaa;;311;;311 comp;2704333..2704408;;ttc;;5;; comp;2704414..2704530;;5s;;336;; comp;2704867..2704942;;ttc;;5;; comp;2704948..2705064;;5s;;97;; comp;2705162..2708066;;23s;;233;; comp;2708300..2709814;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2721253..2721328;;aaa;@2;5;; comp;2721334..2721450;;5s;;95;; comp;2721546..2724452;;23s;;233;; comp;2724686..2726203;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2731902..2731976;;gag;;61;;61 comp;2732038..2732112;;caa;;6;;6 comp;2732119..2732195;;aga;;4;;4 comp;2732200..2732273;;gga;;19;;19 comp;2732293..2732376;;cta;;16;;16 comp;2732393..2732467;;gaa;;4;; comp;2732472..2732588;;5s;;97;; comp;2732686..2735592;;23s;@4;94;; comp;2735687..2735763;;atc;;3;; comp;2735767..2735842;;gca;;74;; comp;2735917..2737435;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2742262..2742351;;tcc;;;; ;;;;;;; comp;2743220..2743312;;tcg;;;; ;;;;;;; comp;2743891..2743967;;agg;;;; ;;;;;;; comp;2748534..2748610;;cgt;;144;144; comp;2748755..2748845;;agc;;23;23; comp;2748869..2748959;;tca;+;69;69; comp;2749029..2749119;;tca;2 tca;;; ;;;;;;; comp;2758688..2758763;;gca;;4;;4 comp;2758768..2758844;;atgi;;3;; comp;2758848..2758964;;5s;;73;; comp;2759038..2761942;;23s;;233;; comp;2762176..2763694;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2150504..2150620;;5s;;31;; comp;2150652..2153560;;23s;;233;; comp;2153794..2155308;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2169525..2169641;;5s;;32;; comp;2169674..2172579;;23s;;233;; comp;2172813..2174331;;16s;;;; ;;;;;;; sur plasmide;;;tgg;;;; </pre> ====cbn cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_cumuls|cbn cumuls]] <pre> cbn cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;10;1;0;0 ;16 23 5s 0;3;20;34;9 ;16 gca atc;2;40;7;0 ;16 23 5s a;4;60;3;0 ;max a;8;80;1;1 ;a doubles;1;100;0;0 ;spéciaux;1;120;0;0 ;total aas;22;140;0;0 sans ;opérons;18;160;1;0 ;1 aa;12;180;0;0 ;max a;22;200;0;0 ;a doubles;6;;0;0 ;total aas;64;;46;10 total aas;;86;;; remarques;;5;;; avec jaune;;;moyenne;17; ;;;variance;25; sans jaune;;;moyenne;14;14 ;;;variance;15;17 </pre> ====cbn blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_blocs|cbn blocs]] <pre> cbn blocs;;;;;; 5s;31;31;32;;; 23s;233;233;233;;; 16s;;;;;; ;;;;;ttc;5 ;;;;;5s;336 aaa;5;3;;;ttc;5 5s;95;73;5s;95;5s;97 23s;233;233;23s;233;23s;233 16s;aaa;atgi;16s;464;16s; ;;;gga;15;; 16s;233;;;;; 23s;45;;;;; aac;14;;;;; 5s;7;;;;; aac;;;;;; gaa;4;;;;; 5s;97;aac;45;;; 23s;94;23s;96;;; atc;3;atc;7;;; gca;74;gca;121;;; 16s;;16s;;;; </pre> ====cbn distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_distribution|cbn distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;avant 5s;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;2 aac;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;4-8 aas;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;gag;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;caa;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;aga;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;gga;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga;3;;ata;;aca;;aaa;;aga;;cta;ata;;aca;;aaa;;aga;1 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa;cta;1;cca;;caa;1;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;>1aa;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;3;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgc2;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;tca2;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cbn;;12;;;;;12;;cbn;48;;;;;;48;;cbn;4;;;;;;4;;cbn;;;;6;;;6 </pre> ====cbn données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_données_intercalaires|cbn données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cbn;fx;fc;cbn;fx40;fc40;cbn;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;10;0;1;10;-1;;34;214;206;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;10;172;1;1;37;-2;;0;168;307;124;;gca;12;;gaa ;0;20;3;211;2;1;31;-3;;0;131;106;77;;gca;13;;gta ;0;30;19;147;3;2;13;-4;;28;158;480;tRNA 23s;;;5;;gac ;0;40;24;90;4;2;12;-5;;0;115;435;97;;atc;18;;aca ;0;50;34;60;5;0;17;-6;1;0;275;60;95;;atc;12;;gaa 1;2;60;28;67;6;0;13;-7;;5;140;348;23s tRNA;;;13;;gta ;5;70;26;71;7;1;11;-8;1;30;106;104;2* 48;;aac;5;;gac ;2;80;17;53;8;0;9;-9;1;0;67;255;5s tRNA;;;**;;aca ;1;90;13;59;9;1;10;-10;;6;261;130;7;;aac;5;;tta ;1;100;18;68;10;2;19;-11;2;13;59;;13;;ttc;5;;atgf 2;1;110;12;42;11;0;22;-12;1;0;82;;15;;ttc;46;;atgj ;3;120;16;50;12;0;32;-13;;2;379;;5;;aaa;5;;tta 1;1;130;24;50;13;0;22;-14;;7;265;;4;;gaa;30;;atgf ;2;140;4;50;14;0;22;-15;;0;117;;3;;atgi;46;;atgj ;0;150;12;49;15;0;23;-16;;3;233;;tRNA 5s;;;5;;tta ;1;160;7;45;16;1;20;-17;1;10;199;;336;;ttc;**;;atgf ;1;170;16;48;17;1;16;-18;;0;73;;tRNA tRNA;;intra;17;;gta ;0;180;16;36;18;0;20;-19;;2;295;;7;;gca atc;14;;gac ;1;190;12;42;19;1;14;-20;;7;58;;3;;gca atc;4;;ttc ;1;200;15;31;20;0;20;-21;1;0;324;;tRNA tRNA;;contig;8;;ggc 1;0;210;11;27;21;0;20;-22;;1;183;;311;;aaa;57;;tgc ;1;220;12;29;22;1;17;-23;;2;80;;**;;ttc;**;;tgc ;0;230;11;30;23;3;12;-24;;0;245;;61;;gag;15;;gga ;1;240;15;19;24;1;13;-25;;1;408;;6;;caa;7;;atc ;1;250;14;14;25;1;19;-26;;2;111;;4;;aga;**;;gca 1;0;260;14;16;26;2;10;-27;1;0;64;;19;;gga;21;;cga ;2;270;11;10;27;3;17;-28;;1;69;;16;;cta;28;;gga ;1;280;6;8;28;3;13;-29;;5;65;;**;;gaa;4;;aaa ;0;290;9;10;29;2;12;-30;;0;95;;4;;gca;4;;caa ;1;300;11;21;30;3;14;-31;;1;61;;**;;atgi;5;;cac 1;0;310;4;7;31;2;11;-32;;1;125;;;;;3;;aag ;0;320;5;7;32;2;5;-33;;0;CDS 16s;;;;;6;;aga ;1;330;5;11;33;4;11;-34;;0;453;111;;;;4;;gga ;0;340;11;5;34;0;8;-35;;2;423;;;;;21;;cca 1;0;350;4;9;35;1;6;-36;;0;424;;;;;5;;aag ;0;360;2;12;36;3;8;-37;;0;111;;;;;5;;aga ;0;370;6;8;37;2;11;-38;;0;423;;;;;5;;gga ;1;380;6;7;38;1;8;-39;;0;346;;;;;3;;ggc ;0;390;1;6;39;7;10;-40;;0;393;;;;;22;;cta ;0;400;5;4;40;2;12;-41;;1;402;;;;;4;;aaa 2;1;reste;54;62;reste;485;1143;-42;;0;369;;;;;4;;caa 10;32;total;544;1773;total;542;1773;-43;;0;16s 23s;;;;;5;;cac 8;31;diagr;489;1701;diagr;56;620;-44;;1;8* 237;;;;;5;;aag 0;0; t30;32;530;;;;-45;;0;23s 5s;;;;;5;;aga ;;;;;;;;-46;;1;2* 34;;;;;5;;gga ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;35;;;;;6;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;2* 98;;;;;**;;cca ;x;541;9;1;551;;;-49;;0;2* 100;;;;;39;;tac ;c;1763;167;10;1940;;;-50;;0;76;;;;;8;;gta ;;;;;2491;147;;reste;0;0;5s CDS;;;;;4;;tac ;;;;;;2638;;total;9;167;128;590;;;;**;;aca ;;;;;;;;;;;138;144;;;;144;;cgt ;;;;;;;;;;;;;;;;23;;agc ;;;;;;;;;;;;;;;;69;;tca ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tca </pre> =====cbn autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires_aas|cbn autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbn;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;20118;206;comp; ;tRNA;20666;214;;acg fin;CDS;20956;;; deb;CDS;34861;307;comp; ;tRNA;36413;12;;gaa ;tRNA;36500;13;;gta ;tRNA;36589;5;;gac ;tRNA;36671;18;;aca ;tRNA;36765;12;;gaa ;tRNA;36852;13;;gta ;tRNA;36941;5;;gac ;tRNA;37023;106;;aca fin;CDS;37205;;comp; deb;CDS;135851;168;comp; ;tRNA;137366;131;comp;cca fin;CDS;137573;;comp; deb;CDS;161395;158;; ;tRNA;161964;5;;tta ;tRNA;162058;5;;atgf ;tRNA;162139;46;;atgj ;tRNA;162262;5;;tta ;tRNA;162356;30;;atgf ;tRNA;162462;46;;atgj ;tRNA;162585;5;;tta ;tRNA;162679;480;;atgf fin;CDS;163235;;comp; deb;CDS;174610;115;; ;tRNA;176258;275;;aac fin;CDS;176608;;; deb;CDS;178351;453;; ;rRNA;180181;237;;16s ;rRNA;181930;48;;23s ;tRNA;184882;14;;aac ;rRNA;184971;7;;5s ;tRNA;185095;435;;aac fin;CDS;185605;;comp; deb;CDS;221558;140;; ;tRNA;222409;106;;aac fin;CDS;222591;;; deb;CDS;577193;60;; ;tRNA;578417;67;comp;cag fin;CDS;578560;;comp; deb;CDS;943937;261;comp; ;tRNA;944747;348;comp;ttg fin;CDS;945182;;; deb;CDS;954881;59;; ;tRNA;955546;82;;ctt fin;CDS;955713;;; deb;CDS;1025682;379;; ;tRNA;1026946;17;;gta ;tRNA;1027039;14;;gac ;tRNA;1027130;4;;ttc ;tRNA;1027210;8;;ggc ;tRNA;1027293;57;;tgc ;tRNA;1027425;265;;tgc fin;CDS;1027765;;; deb;CDS;1679540;6;; ;gene;1680008;128;comp; fin;CDS;1681704;;comp; deb;CDS;1865810;45;; ;gene;1866395;88;; fin;CDS;1867620;;comp; deb;CDS;2029941;104;; ;tRNA;2030816;48;comp;aac ;rRNA;2030939;97;comp;23s ;tRNA;2033939;7;comp;atc ;tRNA;2034023;124;comp;gca ;rRNA;2034223;423;comp;16s fin;CDS;2036154;;comp; deb;CDS;2149914;128;comp; ;rRNA;2150504;34;comp;5s ;rRNA;2150655;237;comp;23s ;rRNA;2153797;424;comp;16s fin;CDS;2155729;;comp; deb;CDS;2168490;590;; ;rRNA;2169533;35;comp;5s ;rRNA;2169677;237;comp;23s ;rRNA;2172816;111;comp;16s fin;CDS;2174439;;; deb;CDS;2281037;144;; ;rRNA;2283779;98;comp;5s ;rRNA;2283983;237;comp;23s ;rRNA;2287123;111;comp;16s deb;CDS;2288746;117;comp; ;tRNA;2289103;15;comp;gga ;tRNA;2289192;7;comp;atc ;tRNA;2289276;233;comp;gca fin;CDS;2289585;;comp; deb;CDS;2349136;199;comp; ;tRNA;2350598;21;comp;cga ;tRNA;2350696;28;comp;gga ;tRNA;2350798;4;comp;aaa ;tRNA;2350878;4;comp;caa ;tRNA;2350957;5;comp;cac ;tRNA;2351038;3;comp;aag ;tRNA;2351116;6;comp;aga ;tRNA;2351199;4;comp;gga ;tRNA;2351277;21;comp;cca ;tRNA;2351374;5;comp;aag ;tRNA;2351455;5;comp;aga ;tRNA;2351537;5;comp;gga ;tRNA;2351616;3;comp;ggc ;tRNA;2351694;22;comp;cta ;tRNA;2351800;4;comp;aaa ;tRNA;2351880;4;comp;caa ;tRNA;2351959;5;comp;cac ;tRNA;2352040;5;comp;aag ;tRNA;2352121;5;comp;aga ;tRNA;2352203;5;comp;gga ;tRNA;2352282;6;comp;ggc ;tRNA;2352363;73;comp;cca fin;CDS;2352512;;comp; deb;CDS;2430767;295;comp; ;tRNA;2432784;58;comp;tgg fin;CDS;2432918;;comp; deb;CDS;2453380;324;comp; ;tRNA;2454880;39;comp;tac ;tRNA;2455004;8;comp;gta ;tRNA;2455088;4;comp;tac ;tRNA;2455177;255;comp;aca fin;CDS;2455508;;; deb;CDS;2696774;138;comp; ;rRNA;2697803;34;comp;5s ;rRNA;2697946;237;comp;23s ;rRNA;2701084;423;comp;16s deb;CDS;2703019;183;comp; ;tRNA;2703946;311;comp;aaa ;tRNA;2704333;13;comp;ttc ;rRNA;2704422;336;comp;5s ;tRNA;2704867;15;comp;ttc ;rRNA;2704958;100;comp;5s ;rRNA;2705165;237;comp;23s ;rRNA;2708303;346;comp;16s fin;CDS;2710157;;comp; deb;CDS;2720030;80;comp; ;tRNA;2721253;5;comp;aaa ;rRNA;2721334;98;comp;5s ;rRNA;2721549;237;comp;23s ;rRNA;2724689;393;comp;16s fin;CDS;2726593;;comp; deb;CDS;2730964;245;comp; ;tRNA;2731902;61;comp;gag ;tRNA;2732038;6;comp;caa ;tRNA;2732119;4;comp;aga ;tRNA;2732200;19;comp;gga ;tRNA;2732293;16;comp;cta ;tRNA;2732393;4;comp;gaa ;rRNA;2732472;100;comp;5s ;rRNA;2732689;95;comp;23s ;tRNA;2735687;3;comp;atc ;tRNA;2735767;77;comp;gca ;rRNA;2735920;402;comp;16s fin;CDS;2737834;;comp; deb;CDS;2740228;408;comp; ;tRNA;2742262;111;comp;tcc deb;CDS;2742463;64;comp; ;tRNA;2743220;69;comp;tcg deb;CDS;2743382;65;comp; ;tRNA;2743891;130;comp;agg fin;CDS;2744098;;; deb;CDS;2746633;95;comp; ;tRNA;2748534;144;comp;cgt ;tRNA;2748755;23;comp;agc ;tRNA;2748869;69;comp;tca ;tRNA;2749029;61;comp;tca fin;CDS;2749181;;comp; deb;CDS;2758098;125;comp; ;tRNA;2758688;4;comp;gca ;tRNA;2758768;3;comp;atgi ;rRNA;2758848;76;comp;5s ;rRNA;2759041;237;comp;23s ;rRNA;2762179;369;comp;16s fin;CDS;2764060;;comp; </pre> ====cbn intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_entre_cds|cbn intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> cbn;2.2.21 Paris;;cbn 31.1.14;;;;;;; cbn;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;176;7.1;'''négatif ;-11;10;-1 à -47;'''2 773 157;-1;176 ;'''zéro;11;0.4;;;;;'''intercals;0;11 ;'''1 à 200;1767;70.9;'''0 à 200;71;60;;'''313 764;5;116 ;'''201 à 370;394;15.8;'''201 à 370;266;48;;'''11.3%;10;66 ;'''371 à 600;117;4.7;'''371 à 600;464;65;;;15;121 ;'''601 à max;26;1.0;'''601 à 1028;810;204;;;20;93 ;'''total 2491;<201;78.4;'''total 2491;125;141;-47 à 1443;;25;87 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;79 624731;1443;-1;176;-70;0;;0;11;35;50 834812;1270;0;11;-60;0;;-1;°34;40;64 1909773;1149;1;°38;-50;0;;-2;0;45;44 1395656;1025;2;°32;-40;4;;-3;0;50;50 1366434;952;3;15;-30;4;'''min à -1;-4;°28;55;60 2662601;856;4;14;-20;21;176;-5;0;60;35 1385645;836;5;°17;-10;47;7.1%;-6;1;65;56 754437;826;6;13;0;111;;-7;5;70;41 1803918;777;7;12;10;182;;-8;°31;75;32 1826878;759;8;9;20;214;;-9;1;80;38 1307165;753;9;11;30;166;;-10;6;85;35 627889;751;10;°21;40;114;'''1 à 100;-11;°15;90;37 1388755;748;11;22;50;94;1190;-12;1;95;40 2579132;747;12;°32;60;95;47.8%;-13;2;100;46 1789056;745;13;22;70;97;;-14;°7;105;28 1830367;730;14;22;80;70;;-15;0;110;26 841754;723;15;°23;90;72;;-16;3;115;35 1855513;710;16;21;100;86;;-17;°11;120;31 2136552;703;17;17;110;54;;-18;0;125;41 390878;696;18;°20;120;66;;-19;2;130;33 943107;680;19;15;130;74;;-20;°7;135;25 2674137;655;20;20;140;54;;-21;1;140;29 1095841;652;21;°20;150;61;;-22;1;145;30 2644575;626;22;18;160;52;;-23;°2;150;31 261153;625;23;15;170;64;'''1 à 200;-24;0;155;21 1887215;619;24;14;180;52;1767;-25;1;160;31 2676061;600;25;°20;190;54;70.9%;-26;°2;5;34 2443011;582;26;12;200;46;;-27;1;170;30 1811650;581;27;°20;210;38;;-28;1;175;27 1933429;576;28;16;220;41;;-29;°5;180;25 1797999;574;29;14;230;41;;-30;0;185;23 2550424;574;30;°17;240;34;;-31;1;190;31 2050753;573;31;13;250;28;;-32;1;195;23 923904;572;32;7;260;30;'''0 à 200;;181;200;23 313619;570;33;°15;270;21;1778;reste;6;205;19 1471664;569;34;8;280;14;;total;187;210;19 1133306;567;35;7;290;19;;;;215;17 262285;563;36;11;300;32;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;24 ;;37;°13;310;11;;600;2465;225;25 ;;38;9;320;12;;620;1;230;16 ;;39;°17;330;16;;640;2;235;17 ;;40;14;340;16;'''201 à 370;660;2;240;17 ;;reste;1628;350;13;394;680;1;245;15 ;;total;2491;360;14;15.8%;700;1;250;13 ;;;;370;14;;720;2;255;15 ;;;;380;13;;740;2;260;15 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;7;;760;6;265;10 1144166;-47;shift 2;1795;400;9;;780;1;270;11 369225;-46;shift 2;3395;410;5;;800;0;275;9 1579583;-44;shift 2;487;420;6;;820;0;280;5 430053;-41;;;430;3;;840;2;285;9 1494403;-35;;;440;2;;860;1;290;10 1957540;-35;;;450;8;;880;0;295;15 733250;-32;;;460;6;;900;0;300;17 271633;-31;;;470;5;;920;0;305;6 913392;-29;;;480;5;;940;0;310;5 1503608;-29;;;490;6;;960;1;315;9 1620962;-29;;;500;7;;980;0;320;3 1725747;-29;;;510;6;;1000;0;325;13 1823162;-29;;;520;1;;1020;0;330;3 2449289;-28;;;530;1;'''371 à 600;1040;1;335;5 1086603;-27;;;540;11;117;1060;0;340;11 783920;-26;;;550;2;4.7%;1080;0;345;4 2471206;-26;;;560;2;;1100;0;350;9 2107067;-25;;;570;4;'''601 à max;1120;0;355;10 292336;-23;;;580;5;26;1140;0;360;4 2553714;-23;;;590;2;1.0%;1160;1;365;8 2686151;-22;;;600;1;;;24;370;6 1577865;-21;;;reste;26;;reste;2;reste;143 500363;-20;;;total;2491;;total;2491;total;2491 </pre> ====cbn intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cbn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; cbn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;15;-107;126;33;450;238;max50;&-50;394;-1048;106;855;263;min50 31 à 400;;;;;;;;&8.8;-32;-123;49;932;121;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;86;43;-;424;dte;26;tf;&184;63;-;652;poly;203;SF 31 à 400;;;-;;;;;&120;45;-;891;dte;41;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.731;0.543;0.505;;;;;-0.382;;;;;; 1-n;0.271;-0.222;-0.114;;;;;;;;;14.8.21 paris;; cbn;fx;fc;;cbn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbn;Sx-;Sc- 0;1;10;;0;2;6;0;1;10;>0;543;-1;0;34 10;10;172;;10;20;101;1;1;37;<0;9;-2;0;0 20;3;211;;20;6;124;2;1;31;zéro;1;-3;0;0 30;19;147;;30;39;86;3;2;13;total;553;-4;0;28 40;24;90;;40;49;53;4;2;12;;c;-5;0;0 50;34;60;;50;70;35;5;0;17;>0;1763;-6;1;0 60;28;67;;60;57;39;6;0;13;<0;167;-7;0;5 70;26;71;;70;53;42;7;1;11;zéro;10;-8;1;30 80;17;53;;80;35;31;8;0;9;total;1940;-9;1;0 90;13;59;;90;27;35;9;1;10;;;-10;0;6 100;18;68;;100;37;40;10;2;19;total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reste;54;62;;;;;reste;487;1143;;;-42;0;0 total;544;1773;;t30;65;312;total;544;1773;;;-43;0;0 diagr;489;1701;;;;;diagr;56;620;;;-44;0;1 - t30;457;1171;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;0;0 ;;;;;;;;;;;;total;9;167 </pre> ====cbn intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_négatifs_S-|cbn intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;;;1;;;1;;2;1;;;;;1;;;;1;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;0;8 continu;34;0;0;28;0;0;5;31;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;168 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;0;0;1;0;1;1;0;2;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9 ;Sc-;34;0;0;28;0;0;5;30;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;167 </pre> ====cbn autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires|cbn autres intercalaires]] <pre> deb;°CDS;20118;206;comp;;deb;°CDS;1865810;45;;;deb;°CDS;2453380;324;comp ;&tRNA;20666;214;;;;gene;1866395;88;;;;&tRNA;2454880;39;comp fin;°CDS;20956;;;;fin;°CDS;1867620;;comp;;;&tRNA;2455004;8;comp deb;°CDS;34861;307;comp;;deb;°CDS;2029941;104;;;;&tRNA;2455088;4;comp ;&tRNA;36413;12;;;;&tRNA;2030816;48;comp;;;&tRNA;2455177;255;comp ;&tRNA;36500;13;;;;$rRNA;2030939;97;comp;;fin;°CDS;2455508;; ;&tRNA;36589;5;;;;&tRNA;2033939;7;comp;;deb;°CDS;2696774;138;comp ;&tRNA;36671;18;;;;&tRNA;2034023;124;comp;;;$rRNA;2697803;34;comp ;&tRNA;36765;12;;;;$rRNA;2034223;423;comp;;;$rRNA;2697946;237;comp ;&tRNA;36852;13;;;fin;°CDS;2036154;;comp;;;$rRNA;2701084;423;comp ;&tRNA;36941;5;;;deb;°CDS;2149914;128;comp;;deb;°CDS;2703019;183;comp ;&tRNA;37023;106;;;;$rRNA;2150504;34;comp;;;&tRNA;2703946;311;comp fin;°CDS;37205;;comp;;;$rRNA;2150655;237;comp;;;&tRNA;2704333;13;comp deb;°CDS;135851;168;comp;;;$rRNA;2153797;424;comp;;;$rRNA;2704422;336;comp ;&tRNA;137366;131;comp;;fin;°CDS;2155729;;comp;;;&tRNA;2704867;15;comp fin;°CDS;137573;;comp;;deb;°CDS;2168490;590;;;;$rRNA;2704958;100;comp deb;°CDS;161395;158;;;;$rRNA;2169533;35;comp;;;$rRNA;2705165;237;comp ;&tRNA;161964;5;;;;$rRNA;2169677;237;comp;;;$rRNA;2708303;346;comp ;&tRNA;162058;5;;;;$rRNA;2172816;111;comp;;fin;°CDS;2710157;;comp ;&tRNA;162139;46;;;fin;°CDS;2174439;;;;deb;°CDS;2720030;80;comp ;&tRNA;162262;5;;;deb;°CDS;2281037;144;;;;&tRNA;2721253;5;comp ;&tRNA;162356;30;;;;$rRNA;2283779;98;comp;;;$rRNA;2721334;98;comp ;&tRNA;162462;46;;;;$rRNA;2283983;237;comp;;;$rRNA;2721549;237;comp ;&tRNA;162585;5;;;;$rRNA;2287123;111;comp;;;$rRNA;2724689;393;comp ;&tRNA;162679;480;;;deb;°CDS;2288746;117;comp;;fin;°CDS;2726593;;comp fin;°CDS;163235;;comp;;;&tRNA;2289103;15;comp;;deb;°CDS;2730964;245;comp deb;°CDS;174610;115;;;;&tRNA;2289192;7;comp;;;&tRNA;2731902;61;comp ;&tRNA;176258;275;;;;&tRNA;2289276;233;comp;;;&tRNA;2732038;6;comp fin;°CDS;176608;;;;fin;°CDS;2289585;;comp;;;&tRNA;2732119;4;comp deb;°CDS;178351;453;;;deb;°CDS;2349136;199;comp;;;&tRNA;2732200;19;comp ;$rRNA;180181;237;;;;&tRNA;2350598;21;comp;;;&tRNA;2732293;16;comp ;$rRNA;181930;48;;;;&tRNA;2350696;28;comp;;;&tRNA;2732393;4;comp ;&tRNA;184882;14;;;;&tRNA;2350798;4;comp;;;$rRNA;2732472;100;comp ;$rRNA;184971;7;;;;&tRNA;2350878;4;comp;;;$rRNA;2732689;95;comp ;&tRNA;185095;435;;;;&tRNA;2350957;5;comp;;;&tRNA;2735687;3;comp fin;°CDS;185605;;comp;;;&tRNA;2351038;3;comp;;;&tRNA;2735767;77;comp deb;°CDS;221558;140;;;;&tRNA;2351116;6;comp;;;$rRNA;2735920;402;comp ;&tRNA;222409;106;;;;&tRNA;2351199;4;comp;;fin;°CDS;2737834;;comp fin;°CDS;222591;;;;;&tRNA;2351277;21;comp;;deb;°CDS;2740228;408;comp deb;°CDS;577193;60;;;;&tRNA;2351374;5;comp;;;&tRNA;2742262;111;comp ;&tRNA;578417;67;comp;;;&tRNA;2351455;5;comp;;deb;°CDS;2742463;64;comp fin;°CDS;578560;;comp;;;&tRNA;2351537;5;comp;;;&tRNA;2743220;69;comp deb;°CDS;943937;261;comp;;;&tRNA;2351616;3;comp;;deb;°CDS;2743382;65;comp ;&tRNA;944747;348;comp;;;&tRNA;2351694;22;comp;;;&tRNA;2743891;130;comp fin;°CDS;945182;;;;;&tRNA;2351800;4;comp;;fin;°CDS;2744098;; deb;°CDS;954881;59;;;;&tRNA;2351880;4;comp;;deb;°CDS;2746633;95;comp ;&tRNA;955546;82;;;;&tRNA;2351959;5;comp;;;&tRNA;2748534;144;comp fin;°CDS;955713;;;;;&tRNA;2352040;5;comp;;;&tRNA;2748755;23;comp deb;°CDS;1025682;379;;;;&tRNA;2352121;5;comp;;;&tRNA;2748869;69;comp ;&tRNA;1026946;17;;;;&tRNA;2352203;5;comp;;;&tRNA;2749029;61;comp ;&tRNA;1027039;14;;;;&tRNA;2352282;6;comp;;fin;°CDS;2749181;;comp ;&tRNA;1027130;4;;;;&tRNA;2352363;73;comp;;deb;°CDS;2758098;125;comp ;&tRNA;1027210;8;;;fin;°CDS;2352512;;comp;;;&tRNA;2758688;4;comp ;&tRNA;1027293;57;;;deb;°CDS;2430767;295;comp;;;&tRNA;2758768;3;comp ;&tRNA;1027425;265;;;;&tRNA;2432784;58;comp;;;$rRNA;2758848;76;comp fin;°CDS;1027765;;;;fin;°CDS;2432918;;comp;;;$rRNA;2759041;237;comp deb;°CDS;1679540;6;;;;;;;;;;$rRNA;2762179;369;comp ;gene;1680008;128;comp;;;;;;;;fin;°CDS;2764060;;comp fin;°CDS;1681704;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====cbn intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_tRNA-cds|cbn intercalaires tRNA-cds]] <pre> cbn;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls comp’;206;;214;;59;58;; comp’;307;comp’;106;;64;61;'''deb; ;168;;131;;65;67;<201;12 ;158;comp’;480;;80;69;total;18 ;115;;275;;98;73;taux;67% ;;comp’;435;;115;82;; ;140;;106;;125;106;'''fin; comp’;60;;67;;140;111;<201;9 ;261;comp’;348;;158;131;total;12 ;59;;82;;168;214;taux;75% ;379;;265;;183;265;; comp’;104;;;;199;275;'''total; ;199;;73;;245;;<201;21 ;295;;58;;261;;total;30 ;324;comp’;255;;295;;taux;70% ;183;;;;324;;; ;80;;;;379;;; ;245;;;;408;;'''comp’;'''cumuls ;408;;111;;60;106;'''deb;2 ;64;;69;;104;130;;4 ;65;comp’;130;;206;255;'''fin;2 ;98;;61;;307;348;;6 ;125;;;;'''-;435;'''total; ;;;;;'''-;480;<201;4 ;;;;;;;total;10 ;;;;;;;taux;40% ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;; ;<201;14;11;25;;;; ;total;22;18;40;;;; ;taux;64%;61%;63%;;;; </pre> ===cle=== ====cle opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_opérons|cle opérons]] <pre> 34.3%GC;30.6.19 Paris;16s 11;104;doubles;intercalaires;; ;Clostridium lentocellum DSM 5427;;;;;; ;10157..10246;;agc;@1;202;; ;10449..11981;;16s;;72;; ;12054..12171;;5s;;4;; ;12176..12248;;gca;;262;; ;12511..15414;;23s;;55;; ;15470..15543;;gac;;61;;61 ;15605..15677;;gta;;7;;7 ;15685..15757;;aca;;34;;34 ;15792..15872;;tac;;12;;12 ;15885..15961;;atgj;;3;;3 ;15965..16040;;ttc;;3;;3 ;16044..16116;;aaa;;;; ;;;;;30118;; ;46235..47767;;16s;@3;21284;; ;;;;;;; ;69052..71964;;23s;;;; ;;;;;4873;; ;76838..78371;;16s;;72;; ;78444..78561;;5s;;5;; ;78567..78639;;gca;;282;; ;78922..81829;;23s;;;; ;;;;;904;; ;82734..82851;;5s;;4;; ;82856..82928;;ggc;;;; ;;;;;1463;; ;84392..85929;;16s;;72;; ;86002..86119;;5s;;4;; ;86124..86196;;gca;;280;; ;86477..89386;;23s;;;; ;;;;;7380;; ;96767..96884;;5s;;89;; ;96974..97047;;ggc;;;; ;;;;;5082;; ;102130..102204;;cag;;;; ;;;;;;; ;104716..104799;;tta;;13;13; ;104813..104898;;tca;;;; ;;;;;;; ;141499..143034;;16s;;138;; ;143173..143290;;5s;;7;; ;143298..143374;;atc; ;258;; ;143633..146538;;23s;;;; ;;;;;;; ;150968..151085;;5s;@4;4;; ;151090..151161;;gaa;;457;; ;151619..153160;;16s;;605;; ;153766..156671;;23s;;475;; ;157147..157219;;aaa;;9;;9 ;157229..157299;;gga;;6;;6 ;157306..157379;;aga;;;; ;;;;;4223;; ;161603..161720;;5s;;4;; ;161725..161797;;ggc;;;; ;;;;;11104;; ;172902..172973;;gaa;;23;23; ;172997..173071;;cca;;45;45; ;173117..173189;;aaa;;11;11; ;173201..173274;;gac;;56;56; ;173331..173403;;gta;;7;7; ;173411..173494;;tta;;187;187; ;173682..173754;;aca;;26;26; ;173781..173861;;tac;;10;10; ;173872..173948;;atgj;;31;31; ;173980..174052;;ttc;;;; ;;;;;248498;; ;422551..424086;;16s;;;; ;;;;;113898;; ;537985..540890;;23s;;;; ;;;;;25153;; ;566044..566117;;cac;;23;23; ;566141..566212;;caa;;32;32; ;566245..566330;;tca;;;; ;;;;;;; ;571984..573519;;16s;;72;; ;573592..573709;;5s;;4;; ;573714..573786;;gca;;282;; ;574069..576975;;23s;;;; ;;;;;25302;; ;602278..603812;;16s;;137;; ;603950..604067;;5s;;;; ;;;;;11014;; ;615082..617987;;23s;;;; ;;;;;21159;; ;639147..639362;;16s°;@5;;; ;;;;;98139;; ;737502..737619;;5s;;4;; ;737624..737696;;ggc;;;; ;;;;;3291;; ;740988..741058;;gga;;;; ;;;;;;; ;759839..759920;;cta;;;; ;;;;;;; ;911999..912083;;ctt;+;148;148; ;912232..912316;;ctt;2 ctt;;; ;;;;;;; ;1035192..1035265;;cga;;;; ;;;;;;; ;1061152..1061225;;agg;;;; ;;;;;;; comp;1136376..1136448;;ccc;;;; ;;;;;;; ;1229184..1230718;;16s;@2;72;; ;1230791..1230908;;5s;;7;; ;1230916..1230989;;atc;;53;;53 ;1231043..1231115;;gca;;261;; ;1231377..1234282;;23s;;110;; ;1234393..1234464;;aac;+;9;;9 ;1234474..1234545;;gaa;2 tgc ;6;;6 ;1234552..1234622;;tgc;2 aac;23;;23 ;1234646..1234717;;aac;;58;;58 ;1234776..1234846;;tgc;;;; ;;;;;;; ;1280211..1280283;;atgf;;;; ;;;;;;; ;1283250..1283320;;gga;+;5;5; ;1283326..1283399;;aga;2 gga;5;5; ;1283405..1283478;;cac;2 aga;31;31; ;1283510..1283581;;caa;2 caa;23;23; ;1283605..1283677;;aaa;;30;30; ;1283708..1283792;;cta;;23;23; ;1283816..1283886;;gga;;5;5; ;1283892..1283965;;aga;;6;6; ;1283972..1284043;;caa;;;; ;;;;;;; ;1299560..1299632;;ggc;;4;4; ;1299637..1299711;;cca;;;; ;;;;;;; ;1346208..1346290;;ctg;;;; ;;;;;;; ;1363346..1363428;;ctg;;;; ;;;;;;; ;1515234..1515305;;gaa;;62;62; ;1515368..1515442;;cca;;22;22; ;1515465..1515537;;aaa;;;; ;;;;;;; ;1597292..1597364;;acg;;;; ;;;;;;; ;1611976..1612042;;acg;;;; ;;;;;;; ;2065352..2065425;;ata;;;; ;;;;;;; comp;2090478..2090550;;acc;;;; ;;;;;;; ;2394421..2394501;;tac;;3;3; ;2394505..2394577;;ttc;;;; ;;;;;;; ;2592342..2592422;;ttg;;;; ;;;;;;; ;2606024..2606104;;ttg;;;; ;;;;;;; comp;2737232..2737304;;gcc;;;; ;;;;;;; comp;2798802..2798874;;aag;;;; ;;;;;;; comp;2881571..2881642;;gag;;;; ;;;;;;; comp;3215471..3215545;;cca;;;; ;;;;;;; comp;3252582..3252655;;atgj;;7;7; comp;3252663..3252735;;gta;;4;4; comp;3252740..3252813;;gac;;10;10; comp;3252824..3252896;;tgg;;20;20; comp;3252917..3252988;;aac;;;; ;;;;;683;; comp;3253672..3253748;;atgj;;7;;7 comp;3253756..3253828;;gta;;9;;9 comp;3253838..3253910;;tgg;;18;;18 comp;3253929..3254000;;aac;;60;; comp;3254061..3256967;;23s;;;; ;;;;;362637;; comp;3619605..3619677;;aca;+;4;;4 comp;3619682..3619755;;cgt;2 cgt;50;;50 comp;3619806..3619879;;cgt;2 aca;27;;27 comp;3619907..3619990;;tta;;3;;3 comp;3619994..3620069;;gta;;47;;47 comp;3620117..3620190;;gac;;22;;22 comp;3620213..3620289;;atgi;;23;;23 comp;3620313..3620385;;aca;;14;;14 comp;3620400..3620471;;gaa;;9;;9 comp;3620481..3620552;;aac;;110;; comp;3620663..3623568;;23s;;261;; comp;3623830..3623902;;gca;;53;;53 comp;3623956..3624029;;atc;;7;; comp;3624037..3624154;;5s;;72;; comp;3624227..3625761;;16s;;149;; comp;3625911..3625999;;tcc;;33;;33 comp;3626033..3626118;;tca;;;; ;;;;;;; comp;3714637..3714709;;gta;;1;1; comp;3714711..3714787;;atgj;;;; </pre> ====cle cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_cumuls|cle cumuls]] <pre> cle cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;19;1;1;0 ;16 5 aa 23;5;20;14;15 ;16 5 atc gca;2;40;10;6 ;solo;11;60;2;5 ;max a;14;80;1;1 ;a doubles;2;100;0;0 ;indéterminé;1;120;0;0 ;total aas;46;140;0;0 sans ;opérons;29;160;1;0 ;1 aa;19;180;0;0 ;max a;10;200;1;0 ;a doubles;2;;0;0 ;total aas;59;;30;27 total aas;;105;;; remarques;;5;;; avec jaune;;;moyenne;29; ;;;variance;41; sans jaune;;;moyenne;19;22 ;;;variance;16;19 </pre> ====cle blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_blocs|cle blocs]] <pre> cle blocs;;; Solitaires;;; 16s;*2;16s°;@5 ;;; 23s;*3;; ;;; 5s;3*4;89; ggc;;; ;;; aac;60;; 23s;;; ;;; 16s;137;; 5s;;; ;;; 16s;72;72;72 5s;5;4;4 gca;282;280;282 23s;;; ;;; ;;agc;202 16s;138;16s;72 5s;7;5s;4 atc;258;gca;262 23s;;23s;55 ;;gac;61 ;;; ;;; ;;aac;110 16s;72;23s;261 5s;7;gca;53 atc;53;atc;7 gca;261;5s;72 23s;110;16s;149 aac;9;tcc;33 ;;; ;;; 5s;4;;@4 gaa;457;; 16s;605;; 23s;475;; aaa;9;; </pre> ====cle distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_distribution|cle distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;après 16s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;1-3;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;(atcgca)2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;aaa;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gca4;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aga;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;atc1;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;gga;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;4;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;16s5saa23s;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;4 ggc;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;gaa;tta;1;tca;;taa;;tga; ata;1;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;1;;cta;1;cca;3;caa;3;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;cgt2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;3;gca;;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;ctt2;gta;3;gca;;gaa;2;gga; ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;2;aag;1;agg;1;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;16s5saa23s;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cle;;19;;;;;19;;cle;38;;;;;;38;;cle;2;;;;;;2;;cle;;;;26;3;9;26 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;8 1-3aas;;; </pre> ====cle données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_données_intercalaires|cle données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cle;fx;fc;cle;fx40;fc40;cle;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;35;0;0;35;-1;0;78;421;212;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;; ;0;10;9;278;1;0;56;-2;0;0;121;409;437;347;;61;;gac;13;;tta ;0;20;6;387;2;0;50;-3;0;0;275;214;643;;;7;;gta;**;;tca ;1;30;5;213;3;0;36;-4;8;107;757;50;302;;;34;;aca;23;;gaa ;0;40;12;144;4;2;24;-5;0;1;262;622;325;;;12;;tac;45;;cca 1;1;50;21;85;5;2;20;-6;1;0;487;66;602;;;3;;atgj;11;;aaa ;1;60;27;93;6;1;8;-7;0;10;207;224;331;;;3;;ttc;56;;gac 1;1;70;20;88;7;1;7;-8;1;72;92;142;323;;;**;;aaa;7;;gta ;1;80;37;104;8;2;12;-9;0;0;289;264;16s CDS;;;9;;aaa;187;;tta 1;0;90;35;84;9;1;30;-10;0;5;489;142;695;228;;6;;gga;26;;aca ;4;100;29;82;10;0;35;-11;1;41;125;405;16s 5s;;;**;;aga;10;;tac ;1;110;24;80;11;2;55;-12;0;0;322;227;6* 79;;;9;;aac;31;;atgj ;3;120;17;65;12;0;64;-13;1;7;121;454;146;;;6;;gaa;**;;ttc 1;5;130;26;79;13;2;39;-14;1;28;342;139;144;;;23;;tgc;23;;cac 1;1;140;21;63;14;0;32;-15;1;0;44;445;16s 23s;;;58;;aac;32;;caa 3;2;150;21;79;15;1;42;-16;1;2;61;195;613;;;**;;tgc;**;;tca 1;1;160;31;72;16;0;37;-17;0;12;231;154;CDS 5s;;;7;;atgj;148;;ctt ;0;170;26;55;17;0;36;-18;0;0;132;201;335;228;;9;;gta;**;;ctt ;2;180;21;50;18;1;28;-19;0;2;75;527;;343;;18;;tgg;5;;gga ;0;190;39;58;19;0;34;-20;1;14;125;409;;184;;**;;aac;5;;aga 1;1;200;22;50;20;0;20;-21;0;0;112;149;;301;;4;;aca;31;;cac 1;2;210;24;48;21;0;25;-22;1;2;91;87;5s CDS;;;50;;cgt;23;;caa 2;1;220;20;42;22;0;21;-23;0;8;53;125;301;;;27;;cgt;30;;aaa 2;1;230;25;28;23;0;24;-24;0;0;124;;tRNA 16s;;;6;;tta;26;;cta ;2;240;13;30;24;0;24;-25;0;5;473;;204;;agc;47;;gta;5;;gga ;1;250;17;32;25;2;18;-26;1;9;141;;459;;gaa;25;;gac;6;;aga ;0;260;15;41;26;0;18;-27;0;0;174;;151;;tcc;23;;atgi;**;;caa 1;2;270;17;35;27;1;31;-28;0;1;198;;23s tRNA;;;14;;aca;4;;ggc ;1;280;14;26;28;0;18;-29;0;8;101;;56;;gac;9;;gaa;**;;cca ;1;290;14;22;29;0;16;-30;0;0;238;;476;;aaa;**;;aac;62;;gaa ;0;300;14;29;30;2;18;-31;0;1;29;;2* 111;;aac;33;;tcc;22;;cca ;1;310;10;21;31;3;21;-32;2;8;93;;61;;aac;**;;tca;**;;aaa ;0;320;8;20;32;2;26;-33;0;0;223;;tRNA 23s;;;;;;3;;tac ;2;330;5;7;33;0;10;-34;0;1;112;;263;;gca;;;;**;;ttc ;0;340;11;14;34;2;7;-35;0;2;95;;2* 283;;gca;;;;7;;atgj ;1;350;4;12;35;2;9;-36;0;0;155;;284;;gca;;;;4;;gta ;0;360;10;22;36;1;13;-37;0;0;523;;262;;atc;;;;10;;gac ;0;370;6;14;37;1;19;-38;0;2;178;;2* 262;;gca;;;;20;;tgg ;0;380;10;9;38;1;15;-39;0;0;141;;5s tRNA;;;;;;**;;aac ;0;390;4;13;39;0;13;-40;0;0;116;;3* 4;;gca;;;;4;;gta ;0;400;6;6;40;0;11;-41;0;2;212;;5;;gca;;;;**;;atgj 7;6;reste;83;185;reste;747;1843;-42;0;0;209;;89;;ggc;;;;;; 23;46;total;779;2900;total;779;2900;-43;0;0;329;;3* 7;;atc;;;;;; 16;40;diagr;696;2680;diagr;32;1022;-44;1;0;267;;4;;gaa;;;;;; 0;1; t30;20;878;;;;-45;0;0;249;;3* 4;;ggc;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;310;;tRNA tRNA;;intra;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;2* 53;;atc;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;**;;gca;;;;;; ;x;779;21;0;800;;;-49;0;0;;;;;;;;;;; ;c;2865;441;35;3341;;;-50;0;1;;;;;;;;;;; ;;;;;4141;273;;reste;0;10;;;;;;;;;;; ;;;;;;4414;;total;21;441;;;;;;;;;;; </pre> =====cle autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_autres_intercalaires_aas|cle autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cle;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;8716;9735;421;*; ;;tRNA;10157;10246;204;*;agc ;;rRNA;10451;11974;79;*;1524 ;;rRNA;12054;12171;4;*;118 ;;tRNA;12176;12248;263;*;gca ;;rRNA;12512;15413;56;*;2902 ;;tRNA;15470;15543;61;*;gac ;;tRNA;15605;15677;7;*;gta ;;tRNA;15685;15757;34;*;aca ;;tRNA;15792;15872;12;*;tac ;;tRNA;15885;15961;3;*;atgj ;;tRNA;15965;16040;3;*;ttc ;;tRNA;16044;16116;121;*;aaa fin;;CDS;16238;16705;;; deb;;CDS;44432;45799;437;*; ;;rRNA;46237;47760;695;*;1524 fin;;CDS;48456;50240;;0; deb;;CDS;66902;68521;531;*; ;;rRNA;69053;71963;313;*;2911 fin;;CDS;72277;72981;;; deb;;CDS;72981;76196;643;*; ;;rRNA;76840;78364;79;*;1525 ;;rRNA;78444;78561;5;*;118 ;;tRNA;78567;78639;283;*;gca ;;rRNA;78923;81828;188;*;2906 deb;comp;CDS;82017;82505;228;*; ;;rRNA;82734;82851;4;*;118 ;;tRNA;82856;82928;275;*;ggc deb;;CDS;83204;84091;302;*; ;;rRNA;84394;85922;79;*;1529 ;;rRNA;86002;86119;4;*;118 ;;tRNA;86124;86196;284;*;gca ;;rRNA;86481;89385;237;*;2905 fin;;CDS;89623;90231;;; deb;comp;CDS;94411;96423;343;*; ;;rRNA;96767;96884;89;*;118 ;;tRNA;96974;97044;757;*;ggc fin;;CDS;97802;98497;;; deb;comp;CDS;101240;101917;212;*; ;;tRNA;102130;102201;409;*;cag fin;comp;CDS;102611;103510;;; deb;comp;CDS;103635;104501;214;*; ;;tRNA;104716;104799;13;*;tta ;;tRNA;104813;104898;262;*;tca fin;;CDS;105161;106408;;; deb;comp;CDS;135278;135838;80;*; ;comp;regulatory;135919;136018;495;*; fin;;CDS;136514;138715;;; deb;;CDS;140906;141175;325;*; ;;rRNA;141501;143026;146;*;1526 ;;rRNA;143173;143290;7;*;118 ;;tRNA;143298;143371;262;*;atc ;;rRNA;143634;146537;299;*;2904 fin;;CDS;146837;147139;;0; deb;;CDS;149226;150632;335;*; ;;rRNA;150968;151085;4;*;118 ;;tRNA;151090;151161;459;*;gaa ;;rRNA;151621;153153;613;*;1533 ;;rRNA;153767;156670;476;*;2904 ;;tRNA;157147;157219;9;*;aaa ;;tRNA;157229;157299;6;*;gga ;;tRNA;157306;157379;487;*;aga fin;;CDS;157867;158490;;; deb;comp;CDS;160912;161418;184;*; ;;rRNA;161603;161720;4;*;118 ;;tRNA;161725;161797;50;*;ggc fin;comp;CDS;161848;162624;;; deb;comp;CDS;162740;165070;522;*; ;;misc_b;165593;165910;56;*; fin;;CDS;165967;167493;;; deb;comp;CDS;171336;172279;622;*; ;;tRNA;172902;172973;23;*;gaa ;;tRNA;172997;173071;45;*;cca ;;tRNA;173117;173189;11;*;aaa ;;tRNA;173201;173274;56;*;gac ;;tRNA;173331;173403;7;*;gta ;;tRNA;173411;173494;187;*;tta ;;tRNA;173682;173754;26;*;aca ;;tRNA;173781;173861;10;*;tac ;;tRNA;173872;173948;31;*;atgj ;;tRNA;173980;174052;207;*;ttc fin;;CDS;174260;174673;;; deb;comp;CDS;190039;190368;288;*; ;;misc_b;190657;190881;79;*; fin;;CDS;190961;192721;;; deb;comp;CDS;421861;422205;347;*; ;;rRNA;422553;424078;228;*;1526 fin;comp;CDS;424307;425017;;0; deb;;CDS;459976;460971;367;*; ;;regulatory;461339;461464;137;*; fin;;CDS;461602;462906;;0; deb;comp;CDS;473892;474338;416;*; ;;regulatory;474755;474880;137;*; fin;;CDS;475018;476358;;; deb;;CDS;536211;537422;563;*; ;;rRNA;537986;540889;357;*;2904 fin;;CDS;541247;541735;;0; deb;;CDS;564995;565951;92;*; ;;tRNA;566044;566117;23;*;cac ;;tRNA;566141;566212;32;*;caa ;;tRNA;566245;566330;289;*;tca fin;;CDS;566620;567750;;; deb;;CDS;570670;571383;602;*; ;;rRNA;571986;573512;79;*;1527 ;;rRNA;573592;573709;4;*;118 ;;tRNA;573714;573786;283;*;gca ;;rRNA;574070;576974;187;*;2905 fin;;CDS;577162;578526;;; deb;;CDS;601262;601948;331;*; ;;rRNA;602280;603805;144;*;1526 ;;rRNA;603950;604067;301;*;118 fin;;CDS;604369;605106;;; deb;;CDS;614484;614675;407;*; ;;rRNA;615083;617986;260;*;2904 fin;comp;CDS;618247;619251;;0; deb;;CDS;685823;686155;210;*; ;;misc_b;686366;686632;51;*; fin;;CDS;686684;686965;;; deb;comp;CDS;736286;737200;301;*; ;;rRNA;737502;737619;4;*;118 ;;tRNA;737624;737696;489;*;ggc fin;;CDS;738186;738905;;; deb;;CDS;740293;740862;125;*; ;;tRNA;740988;741058;322;*;gga fin;;CDS;741381;742271;;; deb;;CDS;757105;759717;121;*; ;;tRNA;759839;759920;66;*;cta fin;comp;CDS;759987;760835;;0; deb;;CDS;786859;787458;71;*; ;;misc_b;787530;787823;195;*; fin;;CDS;788019;789995;;; deb;;CDS;825593;830971;885;*; ;;regulatory;831857;832030;230;*; fin;;CDS;832261;833262;;; deb;comp;CDS;910521;911774;224;*; ;;tRNA;911999;912083;148;*;ctt ;;tRNA;912232;912316;342;*;ctt fin;;CDS;912659;914539;;0; deb;;CDS;1015700;1016551;80;*; ;;misc_b;1016632;1016837;131;*; fin;;CDS;1016969;1018252;;0; deb;;CDS;1034743;1035147;44;*; ;;tRNA;1035192;1035265;142;*;cga fin;comp;CDS;1035408;1036631;;; deb;;CDS;1060209;1061090;61;*; ;;tRNA;1061152;1061225;231;*;agg fin;;CDS;1061457;1061942;;0; deb;;CDS;1135668;1136111;264;*; ;comp;tRNA;1136376;1136448;142;*;ccc fin;;CDS;1136591;1137205;;; deb;;CDS;1181242;1181676;81;*; ;;ncRNA;1181758;1182021;95;*; fin;comp;CDS;1182117;1183028;;; deb;;CDS;1228173;1228862;323;*; ;;rRNA;1229186;1230711;79;*;1526 ;;rRNA;1230791;1230908;7;*;118 ;;tRNA;1230916;1230989;53;*;atc ;;tRNA;1231043;1231115;262;*;gca ;;rRNA;1231378;1234281;111;*;2904 ;;tRNA;1234393;1234464;9;*;aac ;;tRNA;1234474;1234545;6;*;gaa ;;tRNA;1234552;1234622;23;*;tgc ;;tRNA;1234646;1234717;58;*;aac ;;tRNA;1234776;1234846;132;*;tgc fin;;CDS;1234979;1235152;;; deb;;CDS;1279854;1280135;75;*; ;;tRNA;1280211;1280283;125;*;atgf fin;;CDS;1280409;1281519;;; deb;;CDS;1282595;1283137;112;*; ;;tRNA;1283250;1283320;5;*;gga ;;tRNA;1283326;1283399;5;*;aga ;;tRNA;1283405;1283478;31;*;cac ;;tRNA;1283510;1283581;23;*;caa ;;tRNA;1283605;1283677;30;*;aaa ;;tRNA;1283708;1283789;26;*;cta ;;tRNA;1283816;1283886;5;*;gga ;;tRNA;1283892;1283965;6;*;aga ;;tRNA;1283972;1284043;405;*;caa fin;comp;CDS;1284449;1284907;;0; deb;;CDS;1298530;1299468;91;*; ;;tRNA;1299560;1299632;4;*;ggc ;;tRNA;1299637;1299711;227;*;cca fin;comp;CDS;1299939;1300463;;; deb;;CDS;1317893;1318795;58;*; ;;misc_b;1318854;1319058;143;*; fin;;CDS;1319202;1320467;;; deb;;CDS;1330208;1331050;68;*; ;;regulatory;1331119;1331225;168;*; fin;;CDS;1331394;1332701;;; deb;;CDS;1344739;1346154;53;*; ;;tRNA;1346208;1346290;124;*;ctg fin;;CDS;1346415;1347350;;; deb;;CDS;1361763;1362872;473;*; ;;tRNA;1363346;1363428;454;*;ctg fin;comp;CDS;1363883;1365469;;; deb;;CDS;1501342;1502331;88;*; ;;misc_b;1502420;1502635;130;*; fin;;CDS;1502766;1505162;;0; deb;;CDS;1514802;1515092;141;*; ;;tRNA;1515234;1515305;62;*;gaa ;;tRNA;1515368;1515442;22;*;cca ;;tRNA;1515465;1515537;174;*;aaa fin;;CDS;1515712;1516611;;; deb;comp;CDS;1536473;1538146;169;*; ;;misc_b;1538316;1538527;148;*; fin;;CDS;1538676;1539512;;; deb;;CDS;1558609;1559226;150;*; ;;ncRNA;1559377;1559568;105;*; fin;;CDS;1559674;1560162;;; deb;comp;CDS;1596655;1597152;139;*; ;;tRNA;1597292;1597364;198;*;acg fin;;CDS;1597563;1600298;;0; deb;;CDS;1776389;1777042;54;*; ;;regulatory;1777097;1777202;89;*; fin;;CDS;1777292;1778305;;; deb;;CDS;1809551;1811686;53;*; ;;regulatory;1811740;1811862;110;*; fin;;CDS;1811973;1812599;;0; deb;;CDS;1897547;1898221;77;*; ;;misc_b;1898299;1898549;46;*; fin;;CDS;1898596;1899603;;; deb;;CDS;2051328;2051531;445;*; ;comp;tRNA;2051977;2052063;101;*;acc fin;comp;CDS;2052165;2053262;;; deb;;CDS;2064667;2065113;238;*; ;;tRNA;2065352;2065425;29;*;ata fin;;CDS;2065455;2066012;;; deb;;CDS;2089815;2090282;195;*; ;comp;tRNA;2090478;2090550;93;*;acc fin;comp;CDS;2090644;2091279;;0; deb;;CDS;2125666;2126805;19;*; ;;misc_b;2126825;2127056;63;*; fin;;CDS;2127120;2127326;;; deb;comp;CDS;2290223;2291446;61;*; ;comp;misc_b;2291508;2291704;185;*; fin;;CDS;2291890;2293848;;0; deb;;CDS;2378236;2379462;104;*; ;;misc_b;2379567;2379785;50;*; fin;;CDS;2379836;2380420;;; deb;comp;CDS;2393679;2394266;154;*; ;;tRNA;2394421;2394501;3;*;tac ;;tRNA;2394505;2394577;223;*;ttc fin;;CDS;2394801;2396147;;; deb;comp;CDS;2447012;2447701;85;*; ;comp;regulatory;2447787;2447882;852;*; fin;comp;CDS;2448735;2450363;;; deb;comp;CDS;2573684;2574703;297;*; ;;ncRNA;2575001;2575351;65;*; fin;comp;CDS;2575417;2577075;;; deb;comp;CDS;2589039;2590424;65;*; ;comp;misc_b;2590490;2590663;90;*; fin;comp;CDS;2590754;2591524;;; deb;comp;CDS;2591541;2592140;201;*; ;;tRNA;2592342;2592422;112;*;ttg fin;;CDS;2592535;2593464;;0; deb;comp;CDS;2603463;2605496;527;*; ;;tRNA;2606024;2606100;409;*;ttg fin;comp;CDS;2606510;2606668;;; deb;comp;CDS;2735781;2737136;95;*; ;comp;tRNA;2737232;2737304;155;*;gcc fin;comp;CDS;2737460;2738386;;0; deb;comp;CDS;2797787;2798278;523;*; ;comp;tRNA;2798802;2798874;178;*;aag fin;comp;CDS;2799053;2800327;;; deb;comp;CDS;2820846;2822237;109;*; ;comp;misc_b;2822347;2822575;116;*; fin;comp;CDS;2822692;2823483;;; deb;comp;CDS;2848560;2849579;82;*; ;comp;misc_b;2849662;2849892;105;*; fin;comp;CDS;2849998;2851539;;; deb;comp;CDS;2880836;2881429;141;*; ;comp;tRNA;2881571;2881642;116;*;gag fin;comp;CDS;2881759;2882100;;; deb;comp;CDS;2978303;2979394;255;*; ;comp;regulatory;2979650;2979765;74;*; fin;comp;CDS;2979840;2980706;;; deb;comp;CDS;3048813;3049790;231;*; ;comp;tmRNA;3050022;3050370;186;*; fin;comp;CDS;3050557;3051027;;0; deb;comp;CDS;3096224;3097831;76;*; ;comp;misc_b;3097908;3098167;611;*; fin;comp;CDS;3098779;3100596;;0; deb;comp;CDS;3190635;3191126;123;*; ;comp;misc_f;3191250;3191389;88;*; deb;comp;CDS;3191478;3193451;103;*; ;comp;misc_b;3193555;3193827;401;*; fin;comp;CDS;3194229;3194576;;; deb;comp;CDS;3214425;3215258;212;*; ;comp;tRNA;3215471;3215545;209;*;cca fin;comp;CDS;3215755;3217302;;; deb;comp;CDS;3252067;3252252;329;*; ;comp;tRNA;3252582;3252655;7;*;atgj ;comp;tRNA;3252663;3252735;4;*;gta ;comp;tRNA;3252740;3252813;10;*;gac ;comp;tRNA;3252824;3252896;20;*;tgg ;comp;tRNA;3252917;3252988;149;*;aac deb;;CDS;3253138;3253587;87;*; ;comp;tRNA;3253675;3253748;7;*;atgj ;comp;tRNA;3253756;3253828;9;*;gta ;comp;tRNA;3253838;3253910;18;*;tgg ;comp;tRNA;3253929;3254000;61;*;aac ;comp;rRNA;3254062;3256966;336;*;2905 fin;comp;CDS;3257303;3257995;;0; deb;comp;CDS;3407358;3408182;69;*; ;comp;regulatory;3408252;3408361;113;*; fin;comp;CDS;3408475;3410325;;; deb;comp;CDS;3489519;3490856;58;*; ;comp;regulatory;3490915;3491016;261;*; fin;;CDS;3491278;3492633;;0; deb;;CDS;3618295;3619479;125;*; ;comp;tRNA;3619605;3619677;4;*;aca ;comp;tRNA;3619682;3619755;50;*;cgt ;comp;tRNA;3619806;3619879;27;*;cgt ;comp;tRNA;3619907;3619990;6;*;tta ;comp;tRNA;3619997;3620069;47;*;gta ;comp;tRNA;3620117;3620190;25;*;gac ;comp;tRNA;3620216;3620289;23;*;atgi ;comp;tRNA;3620313;3620385;14;*;aca ;comp;tRNA;3620400;3620471;9;*;gaa ;comp;tRNA;3620481;3620552;111;*;aac ;comp;rRNA;3620664;3623567;262;*;2904 ;comp;tRNA;3623830;3623902;53;*;gca ;comp;tRNA;3623956;3624029;7;*;atc ;comp;rRNA;3624037;3624154;79;*;118 ;comp;rRNA;3624234;3625759;151;*;1526 ;comp;tRNA;3625911;3625999;33;*;tcc ;comp;tRNA;3626033;3626118;267;*;tca fin;comp;CDS;3626386;3627084;;0; deb;comp;CDS;3713386;3714387;249;*; ;comp;tRNA;3714637;3714709;4;*;gta ;comp;tRNA;3714714;3714787;310;*;atgj fin;comp;CDS;3715098;3715457;;; deb;comp;CDS;3740094;3741623;336;*; ;comp;regulatory;3741960;3742137;71;*; fin;comp;CDS;3742209;3742868;;; deb;comp;CDS;3876932;3877417;18;*; ;comp;misc_f;3877436;3877575;59;*; fin;comp;CDS;3877635;3878774;;; deb;comp;CDS;3921947;3923137;87;*; ;comp;regulatory;3923225;3923325;65;*; fin;comp;CDS;3923391;3923816;;; deb;comp;CDS;3971663;3972166;188;*; ;;misc_b;3972355;3972601;74;*; fin;;CDS;3972676;3975807;;0; deb;comp;CDS;4298681;4299859;146;*; ;comp;misc_b;4300006;4300267;210;*; fin;;CDS;4300478;4301533;;0; deb;comp;CDS;4552288;4553814;82;*; ;comp;misc_b;4553897;4554160;196;*; fin;;CDS;4554357;4554878;;0; deb;comp;CDS;4592703;4593860;153;*; ;comp;regulatory;4594014;4594127;357;*; fin;;CDS;4594485;4595609;;; deb;comp;CDS;4661871;4663577;550;*; ;;regulatory;4664128;4664228;86;*; fin;;CDS;4664315;4664980;;0; deb;comp;CDS;4694284;4695744;237;*; ;comp;regulatory;4695982;4696073;275;*; fin;comp;CDS;4696349;4697491;;0; </pre> ===hmo=== ====hmo opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_opérons|hmo opérons]] <pre> 57%GC;24.7.19 Paris;16s ;109;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé Heliobacterium modesticaldum Ice1 ATCC 51547 ;;;;;;;;;; ;103699..104088;;CDS;;380;;;;130; ;;;;;;;;;; ;104469..105695;;CDS;;186;186;;;409;186 comp;105882..105956;;ggc;;1;;1;;; comp;105958..106044;;ctg;;321;321;;;; comp;106366..106929;;CDS;@1;241;241;;;188;241 comp;107171..107246;;aca;;202;202;;;;202 comp;107449..108183;;CDS;;111772;;;;245; ;;;;;;;;;; comp;219956..220483;;CDS;;260;260;;;176;260 comp;220744..220820;;gac;;5;;;5;; comp;220826..220901;;gta;;10;;;10;; comp;220912..220987;;gaa;;4;;;4;; comp;220992..221067;;aaa;;18;;;18;; comp;221086..221160;;caa;;103;;;;; comp;221264..224182;;23s;;237;;;;; comp;224420..224495;;gcc;;64;;;;; comp;224560..224676;;5s;@2;328;;;;; comp;225005..226536;;16s;;651;651;;;; comp;227188..228162;;CDS;;98792;;;;325; ;;;;;;;;;; comp;326955..328340;;CDS;;178;178;;;462;178 comp;328519..328601;;cta;;65;;65;;; comp;328667..328743;;aga;;60;;60;;; comp;328804..328880;;cca;;568;568;;;; comp;329449..330090;;CDS;;57730;;;;214; ;;;;;;;;;; comp;387821..388105;;CDS;;135;135;;;95; ;388241..388317;;ccc;;7;;7;;; ;388325..388410;;tac;;47;47;;;;47 comp;388458..388742;;CDS;;588493;;;;95; ;;;;;;;;;; comp;977236..978504;;CDS;;439;439;;;423; comp;978944..981860;;23s;;237;;;;; comp;982098..982173;;gcc;;64;;;;; comp;982238..982354;;5s;;328;;;;; comp;982683..984208;;16s;;460;;;;; comp;984669..984744;;tgg;@3;5;;;5;; comp;984750..984824;;cgg;;207;207;;;;207 comp;985032..987656;;CDS;;26258;;;;875; ;;;;;;;;;; comp;1013915..1014760;;CDS;;105;105;;;282;105 comp;1014866..1014942;;gac;;75;;75;;; comp;1015018..1015093;;gaa;;265;265;;;; comp;1015359..1016642;;CDS;;40115;;;;428; ;;;;;;;;;; ;1056758..1058014;;CDS;;121;121;;;419;121 comp;1058136..1058233;;tga;;173;173;;;; ;1058407..1058733;;CDS;;62951;;;;109; ;;;;;;;;;; ;1121685..1122878;;CDS;;588;588;;;398; ;1123467..1124998;;16s;;328;;;;; ;1125327..1125443;;5s;;64;;;;; ;1125508..1125583;;gcc;;233;;;;; ;1125817..1128734;;23s;;337;337;;;;337 >;1129072..1129785;;CDS;;24938;;;;238; ;;;;;;;;;; ;1154724..1155224;;CDS;;99;99;;;167; ;1155324..1155413;;tca;;56;56;;;;56 comp;1155470..1156627;;CDS;;13350;;;;386; ;;;;;;;;;; ;1169978..1171828;;CDS;;129;129;;;617;129 ;1171958..1172034;;cgt;;85;;85;;; ;1172120..1172196;;agg;;181;181;;;; ;1172378..1172812;;CDS;;62;62;;;145;62 ;1172875..1172966;;tcg;;548;548;;;; ;1173515..1174330;;CDS;;6655;;;;272; ;;;;;;;;;; comp;1180986..1182974;;CDS;;444;444;;;663; ;1183419..1183512;;tcc;;39;39;;;;39 ;1183552..1183817;;ncRNA;;11908;;;;89; ;;;;;;;;;; ;1195726..1195998;;CDS;;181;181;;;91; ;1196180..1196255;;gcg;;151;151;;;;151 ;1196407..1197051;;CDS;;86894;;;;215; ;;;;;;;;;; comp;1283946..1285331;;CDS;;177;177;;;462;177 ;1285509..1285584;;atgf;;5;;5;;; ;1285590..1285667;;atgj;;7;;7;;; ;1285675..1285750;;gaa;;542;542;;;; ;1286293..1287630;;CDS;;63447;;;;446; ;;;;;;;;;; ;1351078..1352549;;CDS;;704;704;;;491; ;1353254..1354786;;16s;;252;;;;; ;1355039..1355155;;5s;;64;;;;; ;1355220..1355296;;atc;;194;;;;; ;1355491..1358408;;23s;;112;;;;; ;1358521..1358595;;aac;;109;109;;;;109 comp;1358705..1358926;;CDS;;139555;;;;74; ;;;;;;;;;; ;1498482..1498898;;CDS;;535;535;;;139; comp;1499434..1499509;;acg;;238;238;;;;238 ;1499748..1500836;;CDS;;262182;;;;363; ;;;;;;;;;; ;1763019..1763858;;CDS;;68;68;;;280;68 ;1763927..1764003;;gac;;4;;4;;; ;1764008..1764083;;ttc;;3;;3;;; ;1764087..1764161;;ggc;;92;92;;;; comp;1764254..1764493;;CDS;;72;72;;;80;72 ;1764566..1764641;;tgc;;18;;18;;; ;1764660..1764746;;tta;;253;253;;;; comp;1765000..1765467;;CDS;;52131;;;;156; ;;;;;;;;;; ;1817599..1818318;;CDS;;487;487;;;240; ;1818806..1820337;;16s;;252;;;;; ;1820590..1820706;;5s;;64;;;;; ;1820771..1820847;;atc;;6;;;6;; ;1820854..1820929;;gca;;229;;;;; ;1821159..1824076;;23s;;112;;;;; ;1824189..1824263;;aac;;6;;;6;; ;1824270..1824345;;atgf;;243;243;;;;243 ;1824589..1825014;;CDS;;168198;;;;142; ;;;;;;;;;; ;1993213..1994328;;CDS;;99;99;;;372; ;1994428..1994502;;atgi;;41;41;;;;41 ;1994544..1995368;;CDS;;284281;;;;275; ;;;;;;;;;; ;2279650..2279997;;CDS ;;541;541;;;116; ;2280539..2282070;;16s;;253;;;;; ;2282324..2282440;;5s;;64;;;;; ;2282505..2282580;;gcc;;234;;;;; ;2282815..2285735;;23s;;119;;;;; ;2285855..2285948;;tcc;;6;;;6;; ;2285955..2286031;;ccg;;10;;;10;; ;2286042..2286115;;gga;;14;;;14;; ;2286130..2286205;;cac;;1;;;1;; ;2286207..2286281;;tgc;;9;;;9;; ;2286291..2286367;;gtc;;3;;;3;; ;2286371..2286446;;ttc;;6;;;6;; ;2286453..2286537;;tac;;4;;;4;; ;2286542..2286616;;caa;;17;;;17;; ;2286634..2286709;;aaa;;4;;;4;; ;2286714..2286789;;gaa;;5;;;5;; ;2286795..2286870;;gta;;5;;;5;; ;2286876..2286952;;gac;;7;;;7;; ;2286960..2287050;;agc;;43;;;43;; ;2287094..2287170;;ccc;;30;;;30;; ;2287201..2287287;;ctg;;3;;;3;; ;2287291..2287365;;ggc;;4;;;4;; ;2287370..2287446;;cgt;;4;;;4;; ;2287451..2287526;;acc;;352;352;;;;352 ;2287879..2288343;;CDS ;;33184;;;;155; ;;;;;;;;;; comp;2321528..2322544;;CDS ;;268;268;;;339; comp;2322813..2322889;;gtc;;9;;9;;; comp;2322899..2322973;;cgg;;81;81;;;;81 comp;2323055..2323243;;CDS ;;3375;;;;63; ;;;;;;;;;; ;2326619..2327947;;CDS ;;464;464;;;443;464 ;2328412..2329943;;16s;;327;;;;; ;2330271..2330387;;5s;;226;;;;; ;2330614..2333532;;23s;;98;;;;; ;2333631..2333706;;aaa;;4;;;4;; ;2333711..2333786;;acc;;8;;;8;; ;2333795..2333877;;ctc;;89;89;;;;89 comp;2333967..2334704;;CDS;;7389;;;;246; ;;;;;;;;;; ;2342094..2342804;;CDS;;155;155;;;237;155 comp;2342960..2343030;;ttc;;213;213;;;; ;2343244..2343936;;CDS;;563;563;;;231; ;2344500..2346025;;16s;;252;;;;; ;2346278..2346394;;5s;;64;;;;; ;2346459..2346535;;atc;;141;;;;; ;2346677..2349594;;23s;;100;;;;; ;2349695..2349769;;aac;;6;;;6;; ;2349776..2349851;;atgf;;102;102;;;;102 ;2349954..2350976;;CDS;;113601;;;;341; ;;;;;;;;;; ;2464578..2465114;;CDS;;271;271;;;179;271 comp;2465386..2465461;;aca;;432;432;;;; ;2465894..2466226;;CDS;;4722;;;;111; ;;;;;;;;;; ;2470949..2471977;;CDS;;69;69;;;343;69 ;2472047..2472133;;ctg;;678;678;;;; ;2472812..2473192;;CDS;;22232;;;;127; ;;;;;;;;;; ;2495425..2496048;;CDS;;402;402;;;208; comp;2496451..2496527;;gtc;;4;;4;;; comp;2496532..2496609;;atgj;;175;175;;;;175 ;2496785..2497120;;CDS;;217;217;;;112; comp;2497338..2497420;;ctc;;7;;7;;; comp;2497428..2497503;;acc;;18;;18;;; comp;2497522..2497596;;tgg;;14;;14;;; comp;2497611..2497684;;ggg;;19;;19;;; comp;2497704..2497778;;ggc;;7;;7;;; comp;2497786..2497873;;ttg;;8;;8;;; comp;2497882..2497958;;gtg;;-10;-10;;;;-10 comp;2497949..2498185;;CDS;;66;66;;;79;66 ;2498252..2498328;;ccg;;314;314;;;; comp;2498643..2499506;;CDS;;55292;;;;288; ;;;;;;;;;; ;2554799..2554984;;CDS;;109;109;;;62;109 ;2555094..2555169;;gaa;;2;;2;;; ;2555172..2555247;;ttc;;6;;6;;; ;2555254..2555338;;tac;;4;;4;;; ;2555343..2555417;;caa;;18;;18;;; ;2555436..2555511;;aaa;;4;;4;;; ;2555516..2555590;;ggc;;9;;9;;; ;2555600..2555675;;cac;;117;117;;;; comp;2555793..2557049;;CDS;;235940;;;;419; ;;;;;;;;;; comp;2792990..2793442;;CDS;;219;219;;;151;219 comp;2793662..2796583;;23s;;236;;;;; comp;2796820..2796895;;gca;;6;;;6;; comp;2796902..2796978;;atc;;64;;;;; comp;2797043..2797159;;5s;;328;;;;; comp;2797488..2799019;;16s;;505;;;;; comp;2799525..2799599;;ggc;+;1;;;1;; comp;2799601..2799687;;ctg;2 ggc;32;;;32;; comp;2799720..2799796;;ccc;;42;;;42;; comp;2799839..2799915;;cgt;;4;;;4;; comp;2799920..2799994;;ggc;;120;;;120;; comp;2800115..2800192;;atgj;;42;;;42;; comp;2800235..2800325;;agc;;16;;;16;; comp;2800342..2800417;;atgf;;6;;;6;; comp;2800424..2800498;;aac;;7;;;7;; comp;2800506..2800581;;gaa;;4;;;4;; comp;2800586..2800661;;aaa;;18;;;18;; comp;2800680..2800754;;caa;;4;;;4;; comp;2800759..2800843;;tac;;91;;;91;; comp;2800935..2801011;;gtc;;7;;;7;; comp;2801019..2801093;;tgc;;325;325;;;; ;2801419..2801724;;CDS;;230813;;;;102; ;;;;;;;;;; ;3032538..3032729;;CDS;;109;109;;;64;109 comp;3032839..3035757;;23s;;233;;;;; comp;3035991..3036066;;gcc;;64;;;;; comp;3036131..3036247;;5s;;253;;;;; comp;3036501..3038026;;16s;;779;779;;;; comp;3038806..3040017;;CDS;;232;;;;404; ;;;;;;;;;; comp;3040250..3042013;;CDS;;;;;;588; </pre> ====hmo cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_cumuls|hmo cumuls]] <pre> hmo cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;1;2;1;1;40;1;100;10 ;16 5s gcc 23;5;20;20;34;50;3;80;8;200;16 ;16 5s atc 23;2;40;0;2;100;11;120;7;300;14 ;16 5 23s a;1;60;1;3;150;9;160;4;400;8 ;max a;20;80;2;0;200;9;200;4;500;11 ;a doubles;1;100;1;1;250;8;240;4;600;0 ;16 5s atc gca;2;120;0;1;300;5;280;4;700;2 ;total aas;60;140;0;0;350;4;320;0;800;0 sans ;opérons;24;160;0;0;400;1;360;2;900;1 ;1 aa;12;180;0;0;450;4;400;0;1000;0 ;max a;7;200;0;0;500;2;440;0;1100;0 ;a doubles;0;;0;0;;11;;1;;0 ;total aas;49;;25;43;;68;;35;;62 total aas;;109;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;8;8;;196;;137;;230 ;;;variance;6;7;;120;;71;;128 </pre> ====hmo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_blocs|hmo blocs]] <pre> hmo blocs;;;;;tgg CDS ;541;651;588;779;460 16s;253;328;328;253;328 5s;64;64;64;64;64 gcc;234;237;233;233;237 23s;119;103;337;109;439 tcc;tcc;caa;cds;cds;cds ;;;;; CDS;704;563;;CDS ;464 16s;252;252;;16s;327 5s;64;64;;5s;226 atc;194;141;;23s;98 23s;112;100;;aaa; aac;aac;aac;;; ;;;;; ;;ggc;;; CDS;487;505;;; 16s;252;328;;; 5s;64;64;;; atc;6;6;;; gca;229;236;;; 23s;112;219;;; aac;aac;cds;;; </pre> ====hmo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_distribution|hmo distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;1-3 aas;atgi;;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;ctc;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;acc;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;1;;;;;;;;;;aaa;ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;;;;;;;;;2 atgf;atc;;acc;1;aac;1;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;;;;;;;;;tgg;ctc;;ccc;2;cac;1;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;4;;;;;;;;;;cgg;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;3 tta;;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;3;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;;;;;;;;;;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;1 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;1;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;;;;;;;;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;1;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total hmo;;12;;;;;12;;hmo;37;;;;;;37;;;;;;;;;;;hmo;;;;39;;11;39 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;10 1-3 aas;;; </pre> ====hmo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_données_intercalaires|hmo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;hmo;fx;fc;hmo;fx40;fc40;hmo;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;17;0;0;17;-1;0;36;321;186;23s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;; ;0;10;9;183;1;1;21;-2;1;0;268;135;103;;caa;5;;gac;1;;ggc ;0;20;10;167;2;3;38;-3;0;0;202;121;2* 112;;aac;10;;gta;**;;ctg ;0;30;4;109;3;0;37;-4;3;149;260;173;119;;tcc;4;;gaa;65;;cta ;0;40;6;77;4;0;21;-5;0;0;268;56;98;;aaa;18;;aaa;60;;aga ;0;50;9;70;5;0;18;-6;0;0;176;444;100;;aac;**;;caa;**;;cca 1;0;60;9;64;6;2;9;-7;0;11;1012;159;tRNA 23s;;;6;;aac;7;;ccc ;3;70;8;66;7;0;8;-8;0;23;159;535;2* 241;;gcc;**;;atgf;**;;tac 1;0;80;12;71;8;0;7;-9;0;1;207;238;2* 237;;gcc;6;;tcc;5;;tgg 1;1;90;27;71;9;3;11;-10;0;7;165;92;198;;atc;10;;ccg;**;;cgg 1;2;100;7;68;10;0;13;-11;0;17;265;72;233;;gca;14;;gga;75;;gac ;1;110;18;66;11;1;15;-12;0;0;99;253;238;;gcc;1;;cac;**;;gaa 1;1;120;18;53;12;1;16;-13;1;8;129;89;145;;atc;9;;tgc;85;;cgt 1;2;130;16;56;13;1;24;-14;0;15;157;158;240;;gca;3;;gtc;**;;agg 1;0;140;16;47;14;0;23;-15;1;0;62;222;5s tRNA;;;6;;ttc;5;;atgf ;1;150;16;57;15;0;15;-16;0;0;551;271;5* 64;;gcc;4;;tac;7;;atgj 2;2;160;12;43;16;0;13;-17;0;12;181;432;4* 64;;atc;17;;caa;**;;gaa ;1;170;10;46;17;1;16;-18;0;0;205;402;tRNA tRNA;;intra;4;;aaa;4;;gac 2;1;180;16;36;18;1;18;-19;0;3;542;175;2* 6;;atc;5;;gaa;3;;ttc 1;1;190;10;32;19;3;11;-20;0;8;431;217;**;;gca;5;;gta;**;;ggc ;0;200;7;31;20;2;16;-21;0;0;68;314;;;;7;;gac;18;;tgc ;3;210;14;24;21;2;16;-22;0;2;243;117;;;;43;;agc;**;;tta 1;0;220;8;32;22;0;6;-23;0;5;99;325;;;;30;;ccc;9;;gtc 1;0;230;15;20;23;0;9;-24;0;0;116;;;;;3;;ctg;**;;cgg 1;0;240;16;27;24;0;12;-25;0;4;352;;;;;4;;ggc;4;;gtc ;1;250;15;30;25;0;4;-26;0;2;268;;;;;4;;cgt;**;;atgj 1;1;260;10;23;26;0;12;-27;0;0;81;;;;;**;;acc;7;;ctc ;4;270;7;17;27;0;19;-28;0;2;126;;;;;4;;aaa;18;;acc 1;0;280;7;21;28;1;13;-29;0;1;69;;;;;8;;acc;14;;tgg ;0;290;7;20;29;0;8;-30;0;0;148;;;;;**;;ctc;19;;ggg ;0;300;6;16;30;1;10;-31;0;1;109;;;;;6;;aac;7;;ggc ;0;310;5;13;31;1;11;-32;1;3;CDS 16s;;;;;**;;atgf;8;;ttg 1;0;320;7;10;32;1;8;-33;0;0;652;;;;;1;;ggc;-;293;gtg 1;1;330;12;12;33;0;14;-34;1;1;20;;;;;32;;ctg;**;;ccg ;0;340;1;11;34;0;6;-35;0;1;559;;;;;42;;ccc;2;;gaa ;0;350;6;6;35;1;6;-36;0;0;705;;;;;4;;cgt;6;;ttc ;1;360;3;10;36;1;11;-37;0;2;488;;;;;120;;ggc;4;;tac ;0;370;12;13;37;0;7;-38;0;2;542;;;;;42;;atgj;18;;caa ;0;380;3;11;38;1;4;-39;0;0;459;;;;;16;;agc;4;;aaa ;0;390;6;7;39;0;4;-40;1;0;558;;;;;6;;atgf;9;;ggc ;0;400;2;6;40;1;6;-41;0;0;506;;;;;7;;aac;**;;cac 4;4;reste;58;108;reste;431;1314;-42;0;0;774;;;;;4;;gaa;;; 23;31;total;460;1867;total;460;1867;-43;0;0;5s 23s;;;;;18;;aaa;;; 19;27;diagr;402;1742;diagr;29;536;-44;0;0;230;;;;;4;;caa;;; 0;0; t30;23;459;;;;-45;0;0;16s 5s;;;;;91;;tac;;; ;;;;;;;;-46;0;0;4* 337;;;;;7;;gtc;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;3* 261;;;;;**;;tgc;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;2* 262;;;;;;;;;; ;x;460;11;0;471;;;-49;0;0;336;;;;;;;;;; ;c;1850;332;17;2199;;;-50;0;15;23s CDS;;;;;;;;;; ;;;;;2670;223;;reste;2;0;463;109;;;;;;;;; ;;;;;;2893;;total;11;332;322;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;223;;;;;;;;;; </pre> =====hmo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_autres_intercalaires_aas|hmo autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;hmo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;83932;85227;106;*; ;comp;regulatory;85334;85456;283;*; fin;;CDS;85740;86651;;; deb;;CDS;104469;105695;186;*; ;comp;tRNA;105882;105956;1;*;ggc ;comp;tRNA;105958;106044;321;*;ctg deb;comp;CDS;106366;106902;268;*; ;comp;tRNA;107171;107246;202;*;aca fin;comp;CDS;107449;108138;;; deb;comp;CDS;119439;119855;458;*; ;comp;regulatory;120314;120402;165;*; fin;comp;CDS;120568;129390;;; deb;comp;CDS;219956;220483;260;*; ;comp;tRNA;220744;220820;5;*;gac ;comp;tRNA;220826;220901;10;*;gta ;comp;tRNA;220912;220987;4;*;gaa ;comp;tRNA;220992;221067;18;*;aaa ;comp;tRNA;221086;221160;103;*;caa ;comp;rRNA;221264;224178;241;*;2915 ;comp;tRNA;224420;224495;64;*;gcc ;comp;rRNA;224560;224676;337;*;117 ;comp;rRNA;225014;226535;652;*;1522 fin;comp;CDS;227188;228162;;; deb;;CDS;268169;269791;139;*; ;;repeat_region;269931;271232;197;*; fin;comp;CDS;271430;272362;;; deb;comp;CDS;326955;328250;268;*; ;comp;tRNA;328519;328601;65;*;cta ;comp;tRNA;328667;328743;60;*;aga ;comp;tRNA;328804;328880;176;*;cca fin;comp;CDS;329057;329254;;; deb;;CDS;377234;378433;102;*; ;;ncRNA;378536;378894;134;*; fin;;CDS;379029;380159;;; deb;;CDS;384528;384812;140;*; ;;misc_b;384953;385256;391;*; fin;;CDS;385648;387258;;0; deb;comp;CDS;387821;388105;135;*; ;;tRNA;388241;388317;7;*;ccc ;;tRNA;388325;388410;1012;*;tac fin;;CDS;389423;390235;;0; deb;comp;CDS;562422;562793;296;*; ;;regulatory;563090;563272;296;*; fin;;CDS;563569;564243;;; deb;comp;CDS;574512;575822;83;*; ;comp;regulatory;575906;576021;352;*; fin;;CDS;576374;577480;;0; deb;comp;CDS;600853;602214;294;*; ;;repeat_region;602509;603596;212;*; fin;comp;CDS;603809;605377;;; deb;;CDS;644127;645932;398;*; ;comp;tmRNA;646331;646683;325;*; fin;;CDS;647009;648202;;0; deb;comp;CDS;977236;978480;463;*; ;comp;rRNA;978944;981856;241;*;2913 ;comp;tRNA;982098;982173;64;*;gcc ;comp;rRNA;982238;982354;337;*;117 ;comp;rRNA;982692;984213;20;*;1522 deb;comp;CDS;984234;984509;159;*; ;comp;tRNA;984669;984744;5;*;tgg ;comp;tRNA;984750;984824;207;*;cgg fin;comp;CDS;985032;987656;;; deb;comp;CDS;1013915;1014700;165;*; ;comp;tRNA;1014866;1014942;75;*;gac ;comp;tRNA;1015018;1015093;265;*;gaa fin;comp;CDS;1015359;1016642;;0; deb;;CDS;1056587;1058014;121;*; ;comp;tRNA;1058136;1058233;173;*;tga fin;;CDS;1058407;1058733;;; deb;;CDS;1121685;1122878;589;*; ;;rRNA;1123468;1124989;337;*;1522 ;;rRNA;1125327;1125443;64;*;117 ;;tRNA;1125508;1125583;237;*;gcc ;;rRNA;1125821;1128734;322;*;2914 fin;;CDS;1129057;1129959;;; deb;;CDS;1145930;1146832;103;*; ;;misc_b;1146936;1147145;99;*; fin;;CDS;1147245;1148408;;; deb;;CDS;1154724;1155224;99;*; ;;tRNA;1155324;1155413;56;*;tca fin;comp;CDS;1155470;1156627;;; deb;;CDS;1169978;1171828;129;*; ;;tRNA;1171958;1172034;85;*;cgt ;;tRNA;1172120;1172196;157;*;agg deb;;CDS;1172354;1172812;62;*; ;;tRNA;1172875;1172966;551;*;tcg fin;;CDS;1173518;1174330;;; deb;comp;CDS;1180986;1182974;444;*; ;;tRNA;1183419;1183512;39;*;tcc ;;ncRNA;1183552;1183817;122;*; fin;;CDS;1183940;1185760;;0; deb;;CDS;1195726;1195998;181;*; ;;tRNA;1196180;1196255;205;*;gcg fin;;CDS;1196461;1197051;;; deb;comp;CDS;1202248;1202961;83;*; ;comp;regulatory;1203045;1203106;414;*; fin;;CDS;1203521;1205617;;; deb;comp;CDS;1283946;1285349;159;*; ;;tRNA;1285509;1285584;5;*;atgf ;;tRNA;1285590;1285667;7;*;atgj ;;tRNA;1285675;1285750;542;*;gaa fin;;CDS;1286293;1287630;;0; deb;;CDS;1351078;1352549;705;*; ;;rRNA;1353255;1354777;261;*;1523 ;;rRNA;1355039;1355155;64;*;117 ;;tRNA;1355220;1355296;198;*;atc ;;rRNA;1355495;1358408;112;*;2914 ;;tRNA;1358521;1358595;431;*;aac fin;;CDS;1359027;1360454;;0; deb;;CDS;1387701;1388411;58;*; ;;misc_f;1388470;1388647;25;*; fin;;CDS;1388673;1389203;;; deb;;CDS;1498482;1498898;535;*; ;comp;tRNA;1499434;1499509;238;*;acg fin;;CDS;1499748;1500836;;0; deb;comp;CDS;1553617;1554957;296;*; ;;regulatory;1555254;1555354;211;*; fin;;CDS;1555566;1556966;;0; deb;;CDS;1733682;1734398;211;*; ;;regulatory;1734610;1734715;150;*; fin;;CDS;1734866;1736005;;; deb;;CDS;1763019;1763858;68;*; ;;tRNA;1763927;1764003;4;*;gac ;;tRNA;1764008;1764083;3;*;ttc ;;tRNA;1764087;1764161;92;*;ggc deb;comp;CDS;1764254;1764493;72;*; ;;tRNA;1764566;1764641;18;*;tgc ;;tRNA;1764660;1764746;253;*;tta fin;comp;CDS;1765000;1765479;;0; deb;;CDS;1817623;1818318;488;*; ;;rRNA;1818807;1820328;261;*;1522 ;;rRNA;1820590;1820706;64;*;117 ;;tRNA;1820771;1820847;6;*;atc ;;tRNA;1820854;1820929;233;*;gca ;;rRNA;1821163;1824076;112;*;2914 ;;tRNA;1824189;1824263;6;*;aac ;;tRNA;1824270;1824345;243;*;atgf fin;;CDS;1824589;1825014;;; deb;;CDS;1854540;1855880;78;*; ;;regulatory;1855959;1856148;170;*; ;;regulatory;1856319;1856511;32;*; fin;;CDS;1856544;1857368;;; deb;;CDS;1882378;1883172;126;*; ;;regulatory;1883299;1883521;158;*; fin;;CDS;1883680;1884993;;; deb;;CDS;1993213;1994328;99;*; ;;tRNA;1994428;1994502;116;*;atgi fin;;CDS;1994619;1995368;;; deb;comp;CDS;2030610;2030810;83;*; ;comp;regulatory;2030894;2030999;259;*; fin;comp;CDS;2031259;2032233;;0; deb;;CDS;2073488;2074249;237;*; ;;regulatory;2074487;2074659;123;*; fin;;CDS;2074783;2076180;;; deb;;CDS;2145684;2146346;57;*; ;;regulatory;2146404;2146520;136;*; fin;;CDS;2146657;2147781;;; deb;;CDS;2279650;2279997;542;*; ;;rRNA;2280540;2282061;262;*;1522 ;;rRNA;2282324;2282440;64;*;117 ;;tRNA;2282505;2282580;238;*;gcc ;;rRNA;2282819;2285735;119;*;2917 ;;tRNA;2285855;2285948;6;*;tcc ;;tRNA;2285955;2286031;10;*;ccg ;;tRNA;2286042;2286115;14;*;gga ;;tRNA;2286130;2286205;1;*;cac ;;tRNA;2286207;2286281;9;*;tgc ;;tRNA;2286291;2286367;3;*;gtc ;;tRNA;2286371;2286446;6;*;ttc ;;tRNA;2286453;2286537;4;*;tac ;;tRNA;2286542;2286616;17;*;caa ;;tRNA;2286634;2286709;4;*;aaa ;;tRNA;2286714;2286789;5;*;gaa ;;tRNA;2286795;2286870;5;*;gta ;;tRNA;2286876;2286952;7;*;gac ;;tRNA;2286960;2287050;43;*;agc ;;tRNA;2287094;2287170;30;*;ccc ;;tRNA;2287201;2287287;3;*;ctg ;;tRNA;2287291;2287365;4;*;ggc ;;tRNA;2287370;2287446;4;*;cgt ;;tRNA;2287451;2287526;352;*;acc fin;;CDS;2287879;2288343;;; deb;;CDS;2303367;2303639;73;*; ;;regulatory;2303713;2303896;104;*; fin;;CDS;2304001;2304804;;; deb;comp;CDS;2321528;2322544;268;*; ;comp;tRNA;2322813;2322889;9;*;gtc ;comp;tRNA;2322899;2322973;81;*;cgg fin;comp;CDS;2323055;2323441;;0; deb;;CDS;2326619;2327947;459;*; ;;rRNA;2328407;2329934;336;*;1528 ;;rRNA;2330271;2330387;230;*;117 ;;rRNA;2330618;2333532;98;*;2915 ;;tRNA;2333631;2333706;4;*;aaa ;;tRNA;2333711;2333786;8;*;acc ;;tRNA;2333795;2333877;89;*;ctc fin;comp;CDS;2333967;2334704;;; deb;;CDS;2342094;2342804;158;*; ;comp;tRNA;2342963;2343030;222;*;ttc deb;;CDS;2343253;2343936;558;*; ;;rRNA;2344495;2346016;261;*;1522 ;;rRNA;2346278;2346394;64;*;117 ;;tRNA;2346459;2346535;145;*;atc ;;rRNA;2346681;2349594;100;*;2914 ;;tRNA;2349695;2349769;6;*;aac ;;tRNA;2349776;2349851;126;*;atgf fin;;CDS;2349978;2350976;;; deb;;CDS;2375597;2375872;14;*; ;;regulatory;2375887;2376057;106;*; fin;;CDS;2376164;2377375;;; deb;;CDS;2464578;2465114;271;*; ;comp;tRNA;2465386;2465461;432;*;aca fin;;CDS;2465894;2466226;;0; deb;;CDS;2471030;2471977;69;*; ;;tRNA;2472047;2472133;148;*;ctg fin;;CDS;2472282;2472431;;; deb;;CDS;2478637;2479455;61;*; ;;misc_b;2479517;2479758;48;*; fin;;CDS;2479807;2480301;;; deb;comp;CDS;2488189;2488956;8;*; ;comp;regulatory;2488965;2489129;204;*; fin;;CDS;2489334;2491055;;; deb;;CDS;2495461;2496048;402;*; ;comp;tRNA;2496451;2496527;4;*;gtc ;comp;tRNA;2496532;2496609;175;*;atgj deb;;CDS;2496785;2497120;217;*; ;comp;tRNA;2497338;2497420;7;*;ctc ;comp;tRNA;2497428;2497503;18;*;acc ;comp;tRNA;2497522;2497596;14;*;tgg ;comp;tRNA;2497611;2497684;19;*;ggg ;comp;tRNA;2497704;2497778;7;*;ggc ;comp;tRNA;2497786;2497873;8;*;ttg ;comp;tRNA;2497882;2497958;293;*;gtg ;;tRNA;2498252;2498328;314;*;ccg fin;comp;CDS;2498643;2499167;;0; deb;;CDS;2525576;2528362;87;*; ;;ncRNA;2528450;2528627;152;*; fin;;CDS;2528780;2529436;;; deb;;CDS;2554799;2554984;109;*; ;;tRNA;2555094;2555169;2;*;gaa ;;tRNA;2555172;2555247;6;*;ttc ;;tRNA;2555254;2555338;4;*;tac ;;tRNA;2555343;2555417;18;*;caa ;;tRNA;2555436;2555511;4;*;aaa ;;tRNA;2555516;2555590;9;*;ggc ;;tRNA;2555600;2555675;117;*;cac fin;comp;CDS;2555793;2557220;;; deb;comp;CDS;2792990;2793442;223;*; ;comp;rRNA;2793666;2796579;240;*;2914 ;comp;tRNA;2796820;2796895;6;*;gca ;comp;tRNA;2796902;2796978;64;*;atc ;comp;rRNA;2797043;2797159;337;*;117 ;comp;rRNA;2797497;2799018;506;*;1522 ;comp;tRNA;2799525;2799599;1;*;ggc ;comp;tRNA;2799601;2799687;32;*;ctg ;comp;tRNA;2799720;2799796;42;*;ccc ;comp;tRNA;2799839;2799915;4;*;cgt ;comp;tRNA;2799920;2799994;120;*;ggc ;comp;tRNA;2800115;2800192;42;*;atgj ;comp;tRNA;2800235;2800325;16;*;agc ;comp;tRNA;2800342;2800417;6;*;atgf ;comp;tRNA;2800424;2800498;7;*;aac ;comp;tRNA;2800506;2800581;4;*;gaa ;comp;tRNA;2800586;2800661;18;*;aaa ;comp;tRNA;2800680;2800754;4;*;caa ;comp;tRNA;2800759;2800843;91;*;tac ;comp;tRNA;2800935;2801011;7;*;gtc ;comp;tRNA;2801019;2801093;325;*;tgc fin;;CDS;2801419;2801724;;; deb;;CDS;3032538;3032729;109;*; ;comp;rRNA;3032839;3035753;237;*;2915 ;comp;tRNA;3035991;3036066;64;*;gcc ;comp;rRNA;3036131;3036247;262;*;117 ;comp;rRNA;3036510;3038031;774;*;1522 fin;comp;CDS;3038806;3040017;;; </pre> ===cbei=== ====cbei opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_opérons|cbei opérons]] <pre> 29.65%GC;29.7.19 Paris;16s 16 ;;;;;;;; Clostridium beijerinckii strain NCIMB 14988;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé ;6477551..6480031;;CDS;;496;496;;;827; ;6480528..6482044;;16s;;213;;;;; ;6482258..6485171;;23s;;108;;;;; ;6485280..6485394;;5s;;14;;;;; ;15..91;;atgi;;1;;;1;; ;93..168;;gca;;85;85;;;;85 ;254..769;;CDS;;1940;;;;172; ;;;;;;;;;; ;2710..2937;;CDS;;119;119;;;76;119 ;3057..3147;;tca;+;30;;30;;; ;3178..3268;;agc;2 tca;241;;*241;;; ;3510..3600;;tca;2 agc;18;;18;;; ;3619..3709;;agc;;125;125;;;; ;3835..4350;;CDS;;9470;;;;172; ;;;;;;;;;; ;13821..14726;;CDS;;187;187;;;302; ;14914..14988;;cgt;;34;34;;;;34 comp;15023..15913;;CDS;;109014;;;;297; ;;;;;;;;;; ;124928..125338;;CDS;;275;275;;;137;275 ;125614..125702;;tta;+;20;;20;;; ;125723..125798;;atgf;4 tta;7;;7;;; ;125806..125882;;atgj;4 atgf;6;;6;;; ;125889..125977;;tta;2 atgj;22;;22;;; ;126000..126075;;atgf;;7;;7;;; ;126083..126159;;atgj;;6;;6;;; ;126166..126254;;tta;;21;;21;;; ;126276..126351;;atgf;;70;;70;;; ;126422..126510;;tta;;21;;21;;; ;126532..126607;;atgf;;664;664;;;; ;127272..129683;;CDS;;8954;;;;804; ;;;;;;;;;; ;138638..140143;;CDS;;307;307;;;502; ;140451..140525;;aac;+;234;;*234;;; ;140760..140834;;aac;3 aac;439;;*439;;; ;141274..141348;;aac;@6;299;299;;;;299 ;141648..143039;;CDS;;1587;;;;464; ;;;;;;;;;; comp;144627..145649;;CDS;;543;543;;;341; ;146193..147709;;16s;;140;;;;; ;147850..147925;;gca;;3;;;3;; ;147929..148005;;atc;;111;;;;; ;148117..151030;;23s;;70;;;;; ;151101..151217;;5s;;5;;;5;; ;151223..151298;;ttc;;4;;;;; ;151303..151377;;tgc;;167;167;;;;167 ;151545..151841;;CDS;;25608;;;;99; ;;;;;;;;;; ;177450..178097;;CDS;;76;76;;;216; ;178174..178249;;acc;;65;65;;;;65 ;178315..179508;;CDS;;134221;;;;398; ;;;;;;;;;; ;313730..316207;;CDS;;90;90;;;826;90 ;316298..316382;;cta;;4;;4;;; ;316387..316461;;ggg;;120;120;;;; comp;316582..316986;;CDS;;85487;;;;135; ;;;;;;;;;; ;402474..402953;;CDS;;125;125;;;160;125 ;403079..403154;;cca;+;17;;17;;; ;403172..403245;;gga;2x;149;;*149;;; ;403395..403471;;aga;cca gga aga;6;;6;;; ;403478..403553;;cca;;16;;16;;; ;403570..403643;;gga;;35;;35;;; ;403679..403755;;aga;;5;;5;;; ;403761..403836;;cac;;3;;3;;; ;403840..403914;;caa;2x;7;;7;;; ;403922..403997;;aaa;caa aaa cta ;18;;18;;; ;404016..404100;;cta;ggc gga ;5;;5;;; ;404106..404180;;ggc;;25;;25;;; ;404206..404279;;gga;;5;;5;;; ;404285..404360;;aag;;57;;57;;; ;404418..404492;;caa;;7;;7;;; ;404500..404575;;aaa;;18;;18;;; ;404594..404678;;cta;;5;;5;;; ;404684..404758;;ggc;;25;;25;;; ;404784..404857;;gga;;46;;46;;; ;404904..404980;;cga;;325;325;;;; <;405306..405467;;CDS;;8393;;;;54; ;;;;;;;;;; ;413861..415921;;CDS;;385;385;;;687; ;416307..417823;;16s;@5;132;;;;; ;417956..418032;;atc;;84;;;;; ;418117..421031;;23s;;71;;;;; ;421103..421177;;aac;;345;345;;;;345 ;421523..422449;;CDS;;63814;;;;309; ;;;;;;;;;; ;486264..486668;;CDS;;159;159;;;135;159 ;486828..486912;;tac;+;9;;9;;; ;486922..486997;;gta;3 tac;27;;27;;; ;487025..487099;;aca;2 gta;12;;12;;; ;487112..487196;;tac;2 aca;9;;9;;; ;487206..487281;;gta;;30;;30;;; ;487312..487386;;aca;;12;;12;;; ;487399..487483;;tac;;451;451;;;; ;487935..489110;;CDS;;50956;;;;392; ;;;;;;;;;; ;540067..540969;;CDS;;187;187;;;301;187 ;541157..541231;;tgg;;208;208;;;; ;541440..541820;;CDS;;97;;;;127; ;;;;;;;;;; comp;541918..542985;;CDS;;252;252;;;356;252 ;543238..543312;;tgg;;354;354;;;; ;543667..544683;;CDS;;347735;;;;339; ;;;;;;;;;; ;892419..893339;;CDS;;560;560;;;307; ;893900..895416;;16s;;137;;;;; ;895554..895629;;gca;;118;;;;; ;895748..898661;;23s;;204;;;;; ;898866..898982;;5s;;552;552;;;;*552 ;899535..900446;;CDS;;351;;;;304; ;;;;;;;;;; ;900798..902048;;CDS;;704;704;;;417; ;902753..904269;;16s;;339;;;;; ;904609..907522;;23s;;273;;;;; ;907796..907912;;5s;;69;69;;;;69 comp;907982..908449;;CDS;;43545;;;;156; ;;;;;;;;;; ;951995..952630;;CDS;;97;97;;;212;97 ;952728..952813;;ctc;;396;396;;;; ;953210..954919;;CDS;;784414;;;;570; ;;;;;;;;;; ;1739334..1739933;;CDS;;380;380;;;200;380 ;1740314..1740389;;cac;;3;;3;;; ;1740393..1740467;;cag;;5;;5;;; ;1740473..1740548;;aaa;;443;443;;;; comp;1740992..1742350;;CDS;;151829;;;;453; ;;;;;;;;;; ;1894180..1895406;;CDS;;34;34;;;409;34 comp;1895441..1895527;;ttg;;574;574;;;; ;1896102..1896794;;CDS;;200701;;;;231; ;;;;;;;;;; ;2097496..2097915;;CDS;;722;722;;;140; ;2098638..2100154;;16s;;502;;;;; ;2100657..2103569;;23s;;205;;;;; ;2103775..2103891;;5s;;315;315;;;;315 ;2104207..2104905;;CDS;;234313;;;;233; ;;;;;;;;;; ;2339219..2340322;;CDS;;662;662;;;368; ;2340985..2342501;;16s;;338;;;;; ;2342840..2345755;;23s;;140;;;;; ;2345896..2345970;;aac;;3;;;;; ;2345974..2346090;;5s;;429;429;;;;429 ;2346520..2348088;;CDS;;3574;;;;523; ;;;;;;;;;; ;2351663..2352139;;CDS;;568;568;;;159; ;2352708..2354224;;16s;;338;;;;; ;2354563..2357477;;23s;;140;;;;; ;2357618..2357692;;aac;;3;;;;; ;2357696..2357812;;5s;;90;90;;;;90 ;2357903..2358316;;CDS;;406783;;;;138; ;;;;;;;;;; ;2765100..2765525;;CDS;;625;625;;;142; ;2766151..2767667;;16s;;503;;;;; ;2768171..2771082;;23s;;202;;;;; ;2771285..2771401;;5s;;5;;;;; ;2771407..2771482;;ttc;;6;;;6;; ;2771489..2771565;;gac;;25;;;25;; ;2771591..2771665;;gaa;;448;448;;;;448 ;2772114..2774864;;CDS;;781818;;;;917; ;;;;;;;;;; ;3556683..3557051;;CDS;;565;565;;;123;*565 ;3557617..3557691;;gag;;925;925;;;; comp;3558617..3559759;;CDS;;192275;;;;381; ;;;;;;;;;; comp;3752035..3752652;;CDS;;245;245;;;206;245 comp;3752898..3752985;;agt;@1;711;711;;;; comp;3753697..3755112;;CDS;;501326;;;;472; ;;;;;;;;;; comp;4256439..4258403;;CDS;;267;267;;;655;267 comp;4258671..4258746;;aaa;;79;;79;;; comp;4258826..4258901;;cac;;7;;7;;; comp;4258909..4258985;;aga;;35;;35;;; comp;4259021..4259094;;gga;;752;752;;;; ;4259847..4260392;;CDS;;619853;;;;182; ;;;;;;;;;; comp;4880246..4880488;;CDS;;508;508;;;81;*508 comp;4880997..4881113;;5s;;274;;;;; comp;4881388..4884300;;23s;;578;;;;; comp;4884879..4886395;;16s;;703;703;;;; comp;4887099..4888034;;CDS;;1272704;;;;312; ;;;;;;;;;; comp;6160739..6161977;;CDS;;343;343;;;413; ;6162321..6162396;;cca;;242;242;;;;242 ;6162639..6163283;;CDS;;2040;;;;215; ;;;;;;;;;; ;6165324..6165734;;CDS;;222;222;;;137; comp;6165957..6166032;;ttc;;5;;;;; comp;6166038..6166154;;5s;@2;188;188;;;;188 ;6166343..6167074;;CDS;;8085;;;;244; ;;;;;;;;;; comp;6175160..6175597;;CDS;;249;249;;;146;249 comp;6175847..6175922;;gca;;1;;;1;; comp;6175924..6176000;;atgi;;44;;;;; comp;6176045..6176161;;5s;;138;;;;; comp;6176300..6179216;;23s;;339;;;;; comp;6179556..6181072;;16s;;567;567;;;; comp;6181640..6182446;;CDS;;223;;;;269; ;;;;;;;;;; ;6182670..6183419;;CDS;;190;190;;;250;190 comp;6183610..6183685;;aaa;+;5;;;;; comp;6183691..6183807;;5s;2 aaa;159;159;;;;159 comp;6183967..6184914;;CDS;@3;294;294;;;316;294 comp;6185209..6185284;;aaa;;7;;;;; comp;6185292..6185408;;5s;;138;;;;; comp;6185547..6188463;;23s;;339;;;;; comp;6188803..6190319;;16s;;771;771;;;; comp;6191091..6192203;;CDS;;7306;;;;371; ;;;;;;;;;; comp;6199510..6202059;;CDS;;661;661;;;850; comp;6202721..6202837;;5s;@4;139;;;;; comp;6202977..6205893;;23s;;339;;;;; comp;6206233..6207749;;16s;;1102;;;;; comp;6208852..6208968;;5s;;138;;;;; comp;6209107..6212023;;23s;;339;;;;; comp;6212363..6213879;;16s;;502;502;;;;*502 comp;6214382..6215329;;CDS;;90019;;;;316; ;;;;;;;;;; comp;6305349..6306314;;CDS;;123;123;;;322;123 comp;6306438..6306527;;tcc;;281;281;;;; comp;6306809..6307984;;CDS;;66527;;;;392; ;;;;;;;;;; ;6374512..6375684;;CDS;;125;125;;;391;125 comp;6375810..6375884;;agg;;303;303;;;; comp;6376188..6378578;;CDS;;13398;;;;797; ;;;;;;;;;; comp;6391977..6392753;;CDS;;114;114;;;259;114 comp;6392868..6392984;;5s;;134;;;;; comp;6393119..6396033;;23s;;214;;;;; comp;6396248..6397764;;16s;;1120;;;;; comp;6398885..6399001;;5s;;139;;;;; comp;6399141..6402055;;23s;;214;;;;; comp;6402270..6403786;;16s;;748;748;;;; comp;6404535..6405107;;CDS;;31702;;;;191; ;;;;;;;;;; ;6436810..6437790;;CDS;;192;192;;;327; comp;6437983..6438059;;gac;+;6;;6;;; comp;6438066..6438141;;gta;3x;14;;14;;; comp;6438156..6438230;;gaa;gac gta ;29;;29;;; comp;6438260..6438334;;aca;gaa aca – 1;10;;10;;; comp;6438345..6438421;;gac;;6;;6;;; comp;6438428..6438503;;gta;;16;;16;;; comp;6438520..6438594;;gaa;;29;;29;;; comp;6438624..6438698;;aca;;10;;10;;; comp;6438709..6438785;;gac;;6;;6;;; comp;6438792..6438867;;gta;;14;;14;;; comp;6438882..6438956;;gaa;;162;162;;;;162 comp;6439119..6439685;;CDS;;37865;;;;189; </pre> ====cbei cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_cumuls|cbei cumuls]] <pre> cbei cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;17;1;0;2;1;0;1;0;100;4 ;16 23 5s 0;7;20;34;3;50;2;50;2;200;19 ;16 atc gca;1;40;12;1;100;7;100;6;300;11 ;16 23 5s a;4;60;2;0;150;7;150;5;400;20 ;max a;4;80;2;0;200;9;200;7;500;6 ;a doubles;1;100;0;0;250;5;250;3;600;3 ;autres;6;120;0;0;300;6;300;5;700;2 ;total aas;19;140;0;0;350;6;350;2;800;1 sans ;opérons;20;160;1;0;400;4;400;1;900;4 ;1 aa;11;180;0;0;450;3;450;2;1000;1 ;max a;19;200;0;0;500;2;500;0;1100;0 ;a doubles;5;;3;0;;21;;4;;0 ;total aas;74;;54;6;;72;;37;;71 total aas;;93;;;;;;;;; remarques;;6;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;18;7;;350;;195;;328 ;;;variance;17;9;;225;;111;;206 </pre> ====cbei blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_blocs|cbei blocs]] <pre> cbei blocs;;;; 16s;213;503;339; 23s;108;202;138; 5s;14;5;44; atgi;atgi;ttc;atgi; ;;;; 16s;339;502;578; 23s;273;205;274; 5s;;;; ;;;; aaa;5;;; 5s;159;5s;139;134 cds;294;23s;339;214 aaa;7;16s;1102;1120 5s;138;5s;138;139 23s;339;23s;339;214 16s;;16s;; ;;;; 16s;338;338;16s;140 23s;140;140;gca;3 aac;3;3;atc;111 5s;aac;aac;23s;70 ;;;5s;5 ;;;ttc; ;;;; 16s;137;;16s;132 gca;118;;atc;84 23s;204;;23s;71 5s;;;aac; ;;;; ttc;5;;; 5s;;;; </pre> ====cbei distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_distribution|cbei distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4 aac 3 -5 et 3 >1;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt; aaa 2 +5 et 4 >1;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gca 2+16s, 2+5s;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;3;tgc; les +5s sont;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;3;agc;2 des 1-3aas;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt; ;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;2 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;2;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;3 ;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;1 ;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;3;gga;5 ;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; ;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;1;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 ;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;cbei;;11;;;;;11;;cbei;63;;;;;;63 </pre> ====cbei données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_données_intercalaires|cbei données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cbei;fx;fc;cbei;fx40;fc40;cbei;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;19;0;0;19;-1;;71;85;34;5s 16s;;;tRNA tRNA;;intra;tRNA tRNA;suite; ;0;10;6;249;1;3;55;-2;;0;119;120;1107;;;3;;gca atc;17;;cca ;1;20;12;375;2;1;39;-3;;0;125;252;1125;;;tRNA tRNA;;contig;149;;gga ;0;30;7;204;3;0;23;-4;2;83;187;443;5s CDS;;;1;;atgi;6;;aga 2;0;40;10;126;4;0;36;-5;1;0;275;34;552;69;;**;;gca;16;;cca ;0;50;10;119;5;0;17;-6;;0;664;574;315;188;;4;;ttc;35;;gga ;0;60;24;126;6;1;16;-7;;8;307;505;429;114;;**;;tgc;5;;aga ;1;70;30;98;7;0;8;-8;1;72;299;752;90;;;6;;ttc;3;;cac ;1;80;25;95;8;0;15;-9;;0;681;343;508;;;25;;gac;7;;caa ;2;90;19;100;9;0;23;-10;;5;76;222;159;;;**;;gaa;18;;aaa ;1;100;33;101;10;1;17;-11;;38;65;190;661;;;1;;gca;5;;cta ;0;110;34;103;11;3;48;-12;;0;90;125;23s 5s;;;**;;atgi;25;;ggc 1;1;120;29;89;12;2;51;-13;;4;125;192;70;;;tRNA tRNA;;;5;;gga 1;2;130;34;79;13;0;41;-14;;21;325;;204;;;30;;tca;57;;aag ;1;140;38;85;14;0;47;-15;;0;345;;273;;;241;;agc;7;;caa ;0;150;31;103;15;1;43;-16;;3;159;;205;;;18;;tca;18;;aaa ;1;160;47;86;16;2;29;-17;;21;451;;202;;;**;;agc;5;;cta ;1;170;32;86;17;0;25;-18;;0;187;;274;;;20;;tta;25;;ggc ;0;180;30;78;18;0;38;-19;;2;208;;138;;;7;;atgf;46;;gga 1;2;190;33;68;19;2;23;-20;;11;354;;138;;;6;;atgj;**;;cga 1;0;200;24;79;20;2;30;-21;1;0;97;;139;;;22;;tta;9;;tac ;1;210;38;63;21;2;32;-22;;1;396;;138;;;7;;atgf;27;;gta ;0;220;23;76;22;0;25;-23;;9;380;;134;;;6;;atgj;12;;aca 1;0;230;28;60;23;0;18;-24;;0;448;;139;;;21;;tta;9;;tac ;0;240;25;61;24;0;21;-25;1;1;565;;108;;;70;;atgf;30;;gta ;3;250;35;47;25;0;23;-26;1;10;248;;16s tRNA;;;21;;tta;12;;aca 1;0;260;23;60;26;1;22;-27;;0;13;;140;;gca;**;;atgf;**;;tac ;1;270;17;62;27;0;18;-28;;4;267;;132;;atc;234;;aac;3;;cac ;1;280;21;62;28;1;11;-29;;5;242;;137;;gca;439;;aac;5;;cag ;1;290;18;48;29;2;16;-30;;0;249;;tRNA 23s;;;**;;aac;**;;aaa ;2;300;26;53;30;1;18;-31;;0;294;;111;;atc;3;;gca;79;;aaa ;2;310;21;38;31;0;18;-32;;0;135;;84;;atc;**;;atc;7;;cac ;0;320;24;38;32;1;13;-33;;0;281;;71;;aac;4;;cta;35;;aga ;1;330;23;46;33;1;11;-34;;0;303;;118;;gca;**;;ggg;**;;gga ;0;340;17;36;34;2;12;-35;;4;162;;140;;aac;;;;6;;gac 1;1;350;18;40;35;0;13;-36;;0;CDS 16s;;140;;aac;;;;14;;gta ;1;360;15;28;36;1;9;-37;;1;548;;5s tRNA;;;;;;29;;gaa ;0;370;15;35;37;0;8;-38;1;4;390;;5;;ttc;;;;10;;aca ;1;380;18;35;38;2;11;-39;;0;565;;3;;aac;;;;6;;gac ;0;390;20;37;39;2;15;-40;;1;709;;3;;aac;;;;16;;gta ;1;400;13;25;40;1;16;-41;;1;727;;5;;ttc;;;;29;;gaa 4;5;reste;262;597;reste;1177;3037;-42;;0;667;;5;;ttc;;;;10;;aca 13;35;total;1208;4015;total;1212;4010;-43;;1;573;;44;;atgi;;;;6;;gac 9;30;diagr;946;3399;diagr;35;954;-44;;2;282;;5;;aaa;;;;14;;gta 0;1; t30;25;828;;;;-45;;0;703;;7;;aaa;;;;**;;gaa ;;;;;;;;-46;1;0;572;;14;;atgi;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;776;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;507;;;;;;;;;; ;x;1212;10;0;1222;;;-49;;1;753;;;;;;;;;; ;c;3991;390;19;4400;;;-50;;1;501;;;;;;;;;; ;;;;;5622;192;;reste;1;4;;;;;;;;;;; ;;;;;;5814;;total;10;390;;;;;;;;;;; </pre> =====cbei autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires_aas|cbei autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbei;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas ;tRNA;15;1;;atgi ;tRNA;93;85;;gca fin;CDS;254;;; deb;CDS;2710;119;; ;tRNA;3057;30;;tca ;tRNA;3178;241;;agc ;tRNA;3510;18;;tca ;tRNA;3619;125;;agc fin;CDS;3835;;; deb;CDS;13821;187;; ;tRNA;14914;34;;cgt fin;CDS;15023;;comp; deb;CDS;124928;275;; ;tRNA;125614;20;;tta ;tRNA;125723;7;;atgf ;tRNA;125806;6;;atgj ;tRNA;125889;22;;tta ;tRNA;126000;7;;atgf ;tRNA;126083;6;;atgj ;tRNA;126166;21;;tta ;tRNA;126276;70;;atgf ;tRNA;126422;21;;tta ;tRNA;126532;664;;atgf fin;CDS;127272;;; deb;CDS;138638;307;; ;tRNA;140451;234;;aac ;tRNA;140760;439;;aac ;tRNA;141274;299;;aac fin;CDS;141648;;; deb;CDS;144627;548;; 16s;rRNA;146198;140;; ;tRNA;147850;3;;gca ;tRNA;147929;111;;atc 23s;rRNA;148117;70;; 5s;rRNA;151101;5;; ;tRNA;151223;4;;ttc ;tRNA;151303;681;;tgc fin;CDS;152059;;; deb;CDS;177450;76;; ;tRNA;178174;65;;acc fin;CDS;178315;;; deb;CDS;313730;90;; ;tRNA;316298;4;;cta ;tRNA;316387;120;;ggg fin;CDS;316582;;comp; deb;CDS;402474;125;; ;tRNA;403079;17;;cca ;tRNA;403172;149;;gga ;tRNA;403395;6;;aga ;tRNA;403478;16;;cca ;tRNA;403570;35;;gga ;tRNA;403679;5;;aga ;tRNA;403761;3;;cac ;tRNA;403840;7;;caa ;tRNA;403922;18;;aaa ;tRNA;404016;5;;cta ;tRNA;404106;25;;ggc ;tRNA;404206;5;;gga ;tRNA;404285;57;;aag ;tRNA;404418;7;;caa ;tRNA;404500;18;;aaa ;tRNA;404594;5;;cta ;tRNA;404684;25;;ggc ;tRNA;404784;46;;gga ;tRNA;404904;325;;cga fin;CDS;405306;;; deb;CDS;413861;390;; 16s;rRNA;416312;132;; ;tRNA;417956;84;;atc 23s;rRNA;418117;71;; ;tRNA;421103;345;;aac fin;CDS;421523;;; deb;CDS;486264;159;; ;tRNA;486828;9;;tac ;tRNA;486922;27;;gta ;tRNA;487025;12;;aca ;tRNA;487112;9;;tac ;tRNA;487206;30;;gta ;tRNA;487312;12;;aca ;tRNA;487399;451;;tac fin;CDS;487935;;; deb;CDS;540067;187;; ;tRNA;541157;208;;tgg fin;CDS;541440;;; deb;CDS;541918;252;comp; ;tRNA;543238;354;; fin;CDS;543667;;; deb;CDS;772270;262;; ;tmRNA;774356;871;; fin;CDS;775585;;; deb;CDS;892419;565;; 16s;rRNA;893905;137;; ;tRNA;895554;118;;gca 23s;rRNA;895748;204;; 5s;rRNA;898866;552;; fin;CDS;899535;;; deb;CDS;900798;709;; 16s;rRNA;902758;339;; 23s;rRNA;904609;273;; 5s;rRNA;907796;69;; fin;CDS;907982;;comp; deb;CDS;951995;97;; ;tRNA;952728;396;;ctc fin;CDS;953210;;; deb;CDS;1017389;70;; ;ncRNA;1017765;758;; fin;CDS;1018872;;; deb;CDS;1646835;56;; ;ncRNA;1647290;182;; fin;CDS;1647666;;comp; deb;CDS;1739334;380;; ;tRNA;1740314;3;;cac ;tRNA;1740393;5;;cag ;tRNA;1740473;443;;aaa fin;CDS;1740992;;comp; deb;CDS;1846157;-183;; ;gene;1847876;588;; fin;CDS;1848647;;; deb;CDS;1894180;34;; ;tRNA;1895441;574;comp;ttg fin;CDS;1896102;;; deb;CDS;2097496;727;; 16s;rRNA;2098643;502;; 23s;rRNA;2100657;205;; 5s;rRNA;2103775;315;; fin;CDS;2104207;;; deb;CDS;2296804;104;; ;ncRNA;2297577;380;comp; fin;CDS;2298150;;; deb;CDS;2305297;275;; ;ncRNA;2306778;230;comp; fin;CDS;2307274;;; deb;CDS;2339219;667;; 16s;rRNA;2340990;338;; 23s;rRNA;2342840;140;; ;tRNA;2345896;3;;aac 5s;rRNA;2345974;429;; fin;CDS;2346520;;; deb;CDS;2351663;573;; 16s;rRNA;2352713;338;; 23s;rRNA;2354563;140;; ;tRNA;2357618;3;;aac 5s;rRNA;2357696;90;; fin;CDS;2357903;;; deb;CDS;2765706;282;; 16s;rRNA;2766156;503;; 23s;rRNA;2768171;202;; 5s;rRNA;2771285;5;; ;tRNA;2771407;6;;ttc ;tRNA;2771489;25;;gac ;tRNA;2771591;448;;gaa fin;CDS;2772114;;; deb;CDS;3556683;565;; ;tRNA;3557617;505;;gag fin;CDS;3558197;;comp; deb;CDS;3752035;248;comp; ;tRNA;3752901;13;comp;agt fin;CDS;3752999;;comp; deb;CDS;4256439;267;comp; ;tRNA;4258671;79;comp;aaa ;tRNA;4258826;7;comp;cac ;tRNA;4258909;35;comp;aga ;tRNA;4259021;752;comp;gga fin;CDS;4259847;;; deb;CDS;4880246;508;comp; 5s;rRNA;4880997;274;comp; 23s;rRNA;4881388;578;comp; 16s;rRNA;4884879;703;comp; fin;CDS;4887099;;comp; deb;CDS;6160739;343;comp; ;tRNA;6162321;242;;cca fin;CDS;6162639;;; deb;CDS;6165324;222;; ;tRNA;6165957;5;comp;ttc 5s;rRNA;6166038;188;comp; fin;CDS;6166343;;; deb;CDS;6175160;249;comp; ;tRNA;6175847;1;comp;gca ;tRNA;6175924;44;comp;atgi 5s;rRNA;6176045;138;comp; 23s;rRNA;6176300;339;comp; 16s;rRNA;6179556;572;comp; fin;CDS;6181640;;comp; deb;CDS;6182670;190;; ;tRNA;6183610;5;comp;aaa 5s;rRNA;6183691;159;comp; deb;CDS;6183967;294;comp; ;tRNA;6185209;7;comp;aaa 5s;rRNA;6185292;138;comp; 23s;rRNA;6185547;339;comp; 16s;rRNA;6188803;776;comp; fin;CDS;6191091;;comp; deb;CDS;6199510;661;comp; 5s;rRNA;6202721;139;comp; 23s;rRNA;6202977;339;comp; 16s;rRNA;6206233;1107;comp; 5s;rRNA;6208852;138;comp; 23s;rRNA;6209107;339;comp; 16s;rRNA;6212363;507;comp; fin;CDS;6214382;;comp; deb;CDS;6256716;154;; ;ncRNA;6257755;316;comp; fin;CDS;6258338;;comp; deb;CDS;6305349;135;comp; ;tRNA;6306438;281;comp;tcc fin;CDS;6306809;;comp; deb;CDS;6374512;125;; ;tRNA;6375810;303;comp;agg fin;CDS;6376188;;comp; deb;CDS;6391977;114;comp; 5s;rRNA;6392868;134;comp; 23s;rRNA;6393119;214;comp; 16s;rRNA;6396248;1125;comp; 5s;rRNA;6398885;139;comp; 23s;rRNA;6399141;214;comp; 16s;rRNA;6402270;753;comp; fin;CDS;6404535;;comp; deb;CDS;6436810;192;; ;tRNA;6437983;6;comp;gac ;tRNA;6438066;14;comp;gta ;tRNA;6438156;29;comp;gaa ;tRNA;6438260;10;comp;aca ;tRNA;6438345;6;comp;gac ;tRNA;6438428;16;comp;gta ;tRNA;6438520;29;comp;gaa ;tRNA;6438624;10;comp;aca ;tRNA;6438709;6;comp;gac ;tRNA;6438792;14;comp;gta ;tRNA;6438882;162;comp;gaa fin;CDS;6439119;;comp; deb;CDS;6477551;501;; 16s;rRNA;6480533;213;; 23s;rRNA;6482258;108;; 5s;rRNA;6485280;14;; </pre> ====cbei intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_entre_cds|cbei intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> cbei;2.2.21 Paris;;cbei 31.7.20;;;;;;;;; cbei;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;400;7.1;'''négatif ;-11;12;-1 à -64;'''6 485 394;-1;400;610;14 ;'''zéro;19;0.3;;;;;'''intercals;0;19;620;19 ;'''1 à 200;2957;52.6;'''0 à 200;83;61;;'''1 159 420;5;174;630;8 ;'''201 à 370;1240;22.1;'''201 à 370;275;48;;'''17.9%;10;81;640;14 ;'''371 à 600;713;12.7;'''371 à 600;464;66;;;15;236;650;10 ;'''601 à max;293;5.2;'''601 à 1028;808;203;;;20;151;660;8 ;'''total 5623;<201;60.0;'''total 5620;205;211;-64 à 1555;;25;121;670;13 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;90;680;7 1860894;2121;-1;400;-70;1;;0;19;35;71;690;9 1898453;1881;0;19;-60;4;;-1;°71;40;65;700;14 4639922;1555;1;°58;-50;1;;-2;0;45;61;710;7 6361933;1545;2;°40;-40;8;;-3;0;50;68;720;8 5176736;1499;3;23;-30;10;'''min à -1;-4;°85;55;81;730;6 2532196;1482;4;36;-20;44;400;-5;1;60;69;740;12 3181990;1469;5;17;-10;94;7.1%;-6;0;65;68;750;5 4033167;1431;6;17;0;257;;-7;8;70;60;760;6 4590435;1429;7;8;10;255;;-8;°73;75;70;770;7 3571512;1391;8;15;20;387;;-9;0;80;50;780;4 4428508;1372;9;23;30;211;;-10;5;85;61;790;8 5504697;1348;10;18;40;136;;-11;°38;90;58;800;4 1486045;1326;11;°51;50;129;;-12;0;95;76;810;2 2570075;1302;12;°53;60;150;;-13;4;100;58;820;6 4602139;1289;13;41;70;128;'''1 à 100;-14;°21;105;68;830;5 3981561;1239;14;°47;80;120;1769;-15;0;110;69;840;5 4621836;1226;15;°44;90;119;31.5%;-16;3;115;53;850;3 4088892;1221;16;31;100;134;;-17;°21;120;65;860;2 4296061;1207;17;25;110;137;;-18;0;125;48;870;2 6061011;1205;18;°38;120;118;;-19;2;130;65;880;5 2648455;1201;19;25;130;113;;-20;°11;135;65;890;2 4064421;1178;20;32;140;123;;-21;1;140;58;900;4 4839562;1176;21;°34;150;134;;-22;1;145;67;910;4 3909835;1173;22;25;160;133;;-23;°9;150;67;920;4 2456047;1153;23;18;170;118;'''1 à 200;-24;0;155;65;930;1 3569689;1127;24;21;180;108;2957;-25;2;160;68;940;2 3023607;1112;25;°23;190;101;52.6%;-26;°11;165;64;950;0 4726206;1107;26;°23;200;103;;-27;0;170;54;960;3 1550735;1102;27;18;210;101;;-28;4;175;53;970;3 4395515;1078;28;12;220;99;;-29;°5;180;55;980;1 1099864;1072;29;18;230;88;;-30;0;185;44;990;2 3075992;1065;30;°19;240;86;;-31;0;190;57;1000;4 3857530;1064;31;°18;250;82;'''0 à 200;-32;0;195;51;1010;3 776201;1058;32;14;260;83;2976;;395;200;52;1020;4 2291086;1058;33;12;270;79;;reste;24;205;53;1030;2 5939293;1054;34;°14;280;83;;total;419;210;48;1040;3 2680682;1051;35;°13;290;66;;;;215;38;1050;0 3035780;1051;36;10;300;79;;;;220;61;1060;5 4035399;1040;37;8;310;59;;'''intercal;'''<u>frequencef;225;45;1070;2 6351672;1032;38;13;320;62;;600;5330;230;43;1080;2 2453621;1031;39;°17;330;69;;650;65;235;40;1090;0 5871985;1027;40;°17;340;53;'''201 à 370;700;51;240;46;1100;0 5197163;1021;reste;4215;350;58;1240;750;38;245;39;1110;2 ;;total;5623;360;43;22.1%;800;29;250;43;1120;1 ;;;;370;50;;850;21;255;46;1130;1 ;;;;380;53;;900;15;260;37;1140;0 ;;;;390;57;;950;11;265;38;1150;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;38;;1000;13;270;41;1160;1 4624137;-110;shift 2;673;410;48;;1050;12;275;48;1170;0 1868484;-64;shift 2;608;420;44;;1100;9;280;35;1180;3 3204859;-64;shift 2;665;430;32;;1150;4;285;37;1190;0 2485518;-62;shift 2;184;440;36;;1200;4;290;29;1200;0 3963063;-60;;;450;42;;1250;6;295;41;reste;21 2029018;-50;;;460;39;;1300;1;300;38;total;293 5912545;-49;;;470;28;;1350;3;305;30;; 5354783;-47;;;480;27;;1400;2;310;29;; 1515675;-46;;;490;24;;1450;2;315;28;; 4067020;-44;;;500;28;;1500;3;320;34;; 5920392;-44;;;510;23;;1550;1;325;33;; 1552479;-43;;;520;19;;1600;1;330;36;; 330305;-41;;;530;23;;;291;335;26;; 4488902;-40;;;540;27;'''371 à 600;;;340;27;; 2489800;-38;;;550;18;714;;;345;33;; 2856876;-38;;;560;27;12.7%;;;350;25;; 4401424;-38;;;570;21;;;;355;26;; 4678887;-38;;;580;20;'''601 à max;;;360;17;; 5785183;-38;;;590;20;293;;;365;28;; 3964014;-37;;;600;20;5.2%;;;370;22;; 1257344;-35;;;reste;293;;reste;2;reste;1007;; 4675094;-35;;;total;5623;;total;5623;total;5623;; </pre> ====cbei intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cbei Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;20.2.22; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; pmq;min10;1613;4170;5783;455;-834;-652;182;-867;-826;-61;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; 32;217;0.15;1926;5302;3;5;22;142;68;1155;-203;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; cbei;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;32;-258;570;-3.2;723;269;max160;&-46;339;-824;83;780;246;min50 31 à 400;12.7;-134;357;3.5;790;352;*;&-1.4;16;-123;40;937;391;1 partie droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;5;26;-;4;poly;708;tF;&123;50;-;566;poly;214;SF 31 à 400;36;30;-;345;poly;445;tF *;&75;37;-;929;dte;8;Sf * diagramme en effectifs de 1 à 600;;;;;;;;;;;;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélation et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;;;;; 41-n;0.402;-0.509;-0.375;;;;;0.272;;;;;;;;complément à 800;; 1-n;-0.290;-0.649;-0.648;;;;;;;;;20.2.22;;;;effectifs;; cbei;fx;fc;;cbei;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbei;Sx-;Sc-;;cbei;fx;fc 0;0;19;;0;0;6;0;0;19;>0;1212;-1;;71;;410;17;31 10;6;249;;10;6;73;1;3;55;<0;10;-2;;0;;420;12;32 20;12;375;;20;13;110;2;1;39;zéro;0;-3;;0;;430;6;26 30;7;204;;30;7;60;3;0;23;total;1222;-4;2;83;;440;11;25 40;10;126;;40;11;37;4;0;36;;c;-5;1;0;;450;19;23 50;10;119;;50;11;35;5;0;17;>0;3991;-6;;0;;460;13;26 60;24;126;;60;25;37;6;1;16;<0;390;-7;;8;;470;11;17 70;30;98;;70;32;29;7;0;8;zéro;19;-8;1;72;;480;6;21 80;25;95;;80;26;28;8;0;15;total;4400;-9;;0;;490;9;15 90;19;100;;90;20;29;9;0;23;;;-10;;5;;500;10;18 100;33;101;;100;35;30;10;1;17;total;5622;-11;;38;;510;6;16 110;34;103;;110;36;30;11;3;48;;;-12;;0;;520;2;17 120;29;89;;120;31;26;12;2;51;;;-13;;4;;530;5;18 130;34;79;;130;36;23;13;0;41;;5203;-14;;21;;540;7;20 140;38;85;;140;40;25;14;0;47;;;-15;;0;;550;5;13 150;32;102;;150;34;30;15;1;43;;;-16;;3;;560;12;15 160;47;86;;160;49;25;16;2;29;;;-17;;21;;570;7;14 170;33;85;;170;35;25;17;0;25;;;-18;;0;;580;4;16 180;30;78;;180;32;23;18;0;38;;;-19;;2;;590;9;11 190;33;68;;190;35;20;19;2;23;;;-20;;11;;600;9;11 200;24;79;;200;25;23;20;2;30;;;-21;1;0;;610;2;12 210;38;63;;210;40;19;21;2;32;;;-22;;1;;620;4;15 220;24;75;;220;25;22;22;0;25;;;-23;;9;;630;3;5 230;28;60;;230;29;18;23;0;18;;;-24;;0;;640;4;10 240;25;61;;240;26;18;24;0;21;;;-25;1;1;;650;2;8 250;35;47;;250;37;14;25;0;23;;;-26;1;10;;660;3;5 260;23;60;;260;24;18;26;1;22;;;-27;;0;;670;3;10 270;18;61;;270;19;18;27;0;18;;;-28;;4;;680;4;3 280;21;62;;280;22;18;28;1;11;;;-29;;5;;690;1;8 290;18;48;;290;19;14;29;2;16;;;-30;;0;;700;6;8 300;26;53;;300;27;16;30;1;18;;;-31;;0;;710;3;4 310;21;38;;310;22;11;31;0;18;;;-32;;0;;720;2;6 320;24;38;;320;25;11;32;1;13;;;-33;;0;;730;3;3 330;23;46;;330;24;14;33;1;11;;;-34;;0;;740;5;7 340;17;36;;340;18;11;34;2;12;;;-35;;4;;750;2;3 350;18;40;;350;19;12;35;0;13;;;-36;;0;;760;1;5 360;15;28;;360;16;8;36;1;9;;;-37;;1;;770;1;6 370;15;35;;370;16;10;37;0;8;;;-38;1;4;;780;1;3 380;18;35;;380;19;10;38;2;11;;;-39;;0;;790;0;8 390;20;37;;390;21;11;39;2;15;;;-40;;1;;800;1;3 400;13;25;;400;14;7;40;1;16;;;-41;;1;;reste;31;79 reste;262;596;;;;;reste;1177;3037;;;-42;;0;;total;231;517 total;1212;4010;;t30;26;244;total;1212;4010;;;-43;;1;;;; diagr;950;3395;;;;;diagr;35;954;;;-44;;2;;;; - t30;925;2567;;;;;;;;;;-45;;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-46;1;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-47;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;-48;;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-49;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;-50;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;reste;1;4;;;; ;;;;;;;;;;;;total;10;390;;;; </pre> ====cbei intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_négatifs_S-|cbei intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;3;1;;;1;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;;;;;1;11 continu;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;total ;Sx-;0;0;0;3;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;11 ;Sc-;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389 </pre> ====cbei autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires|cbei autres intercalaires]] <pre> cbei;autres intercalaires;;adresses1;;;cbei;autres intercalaires;;adresses2;;;cbei;autres intercalaires;;adresses3;; ;&tRNA;15;1;;;deb;°CDS;540067;187;;;deb;°CDS;4256439;267;comp; ;&tRNA;93;85;;;;&tRNA;541157;208;;;;&tRNA;4258671;79;comp; fin;°CDS;254;;;;fin;°CDS;541440;;;;;&tRNA;4258826;7;comp; deb;°CDS;2710;119;;;deb;°CDS;541918;252;comp;;;&tRNA;4258909;35;comp; ;&tRNA;3057;30;;;;&tRNA;543238;354;;;;&tRNA;4259021;752;comp; ;&tRNA;3178;241;;;fin;°CDS;543667;;;;fin;°CDS;4259847;;; ;&tRNA;3510;18;;;deb;°CDS;772270;262;;;deb;°CDS;4880246;508;comp; ;&tRNA;3619;125;;;;tmRNA;774356;871;;;;$rRNA;4880997;274;comp; fin;°CDS;3835;;;;fin;°CDS;775585;;;;;$rRNA;4881388;578;comp; deb;°CDS;13821;187;;;deb;°CDS;892419;565;;;;$rRNA;4884879;703;comp; ;&tRNA;14914;34;;;;$rRNA;893905;137;;;fin;°CDS;4887099;;comp; fin;°CDS;15023;;comp;;;&tRNA;895554;118;;;deb;°CDS;6160739;343;comp; deb;°CDS;124928;275;;;;$rRNA;895748;204;;;;&tRNA;6162321;242;; ;&tRNA;125614;20;;;;$rRNA;898866;552;;;fin;°CDS;6162639;;; ;&tRNA;125723;7;;;fin;°CDS;899535;;;;deb;°CDS;6165324;222;; ;&tRNA;125806;6;;;deb;°CDS;900798;709;;;;&tRNA;6165957;5;comp; ;&tRNA;125889;22;;;;$rRNA;902758;339;;;;$rRNA;6166038;188;comp; ;&tRNA;126000;7;;;;$rRNA;904609;273;;;fin;°CDS;6166343;;; ;&tRNA;126083;6;;;;$rRNA;907796;69;;;deb;°CDS;6175160;249;comp; ;&tRNA;126166;21;;;fin;°CDS;907982;;comp;;;&tRNA;6175847;1;comp; ;&tRNA;126276;70;;;deb;°CDS;951995;97;;;;&tRNA;6175924;44;comp; ;&tRNA;126422;21;;;;&tRNA;952728;396;;;;$rRNA;6176045;138;comp; ;&tRNA;126532;664;;;fin;°CDS;953210;;;;;$rRNA;6176300;339;comp; fin;°CDS;127272;;;;deb;°CDS;1017389;70;;;;$rRNA;6179556;572;comp; deb;°CDS;138638;307;;;;ncRNA;1017765;758;;;fin;°CDS;6181640;;comp; ;&tRNA;140451;234;;;fin;°CDS;1018872;;;;deb;°CDS;6182670;190;; ;&tRNA;140760;439;;;deb;°CDS;1646835;56;;;;&tRNA;6183610;5;comp; ;&tRNA;141274;299;;;;ncRNA;1647290;182;;;;$rRNA;6183691;159;comp; fin;°CDS;141648;;;;fin;°CDS;1647666;;comp;;deb;°CDS;6183967;294;comp; deb;°CDS;144627;548;;;deb;°CDS;1739334;380;;;;&tRNA;6185209;7;comp; ;$rRNA;146198;140;;;;&tRNA;1740314;3;;;;$rRNA;6185292;138;comp; ;&tRNA;147850;3;;;;&tRNA;1740393;5;;;;$rRNA;6185547;339;comp; ;&tRNA;147929;111;;;;&tRNA;1740473;443;;;;$rRNA;6188803;776;comp; ;$rRNA;148117;70;;;fin;°CDS;1740992;;comp;;fin;°CDS;6191091;;comp; ;$rRNA;151101;5;;;deb;°CDS;1846157;-183;;;deb;°CDS;6199510;661;comp; ;&tRNA;151223;4;;;;gene;1847876;588;;;;$rRNA;6202721;139;comp; ;&tRNA;151303;681;;;fin;°CDS;1848647;;;;;$rRNA;6202977;339;comp; fin;°CDS;152059;;;;deb;°CDS;1894180;34;;;;$rRNA;6206233;1107;comp; deb;°CDS;177450;76;;;;&tRNA;1895441;574;comp;;;$rRNA;6208852;138;comp; ;&tRNA;178174;65;;;fin;°CDS;1896102;;;;;$rRNA;6209107;339;comp; fin;°CDS;178315;;;;deb;°CDS;2097496;727;;;;$rRNA;6212363;507;comp; deb;°CDS;313730;90;;;;$rRNA;2098643;502;;;fin;°CDS;6214382;;comp; ;&tRNA;316298;4;;;;$rRNA;2100657;205;;;deb;°CDS;6256716;154;; ;&tRNA;316387;120;;;;$rRNA;2103775;315;;;;ncRNA;6257755;316;comp; fin;°CDS;316582;;comp;;fin;°CDS;2104207;;;;fin;°CDS;6258338;;comp; deb;°CDS;402474;125;;;deb;°CDS;2296804;104;;;deb;°CDS;6305349;135;comp; ;&tRNA;403079;17;;;;ncRNA;2297577;380;comp;;;&tRNA;6306438;281;comp; ;&tRNA;403172;149;;;fin;°CDS;2298150;;;;fin;°CDS;6306809;;comp; ;&tRNA;403395;6;;;deb;°CDS;2305297;275;;;deb;°CDS;6374512;125;; ;&tRNA;403478;16;;;;ncRNA;2306778;230;comp;;;&tRNA;6375810;303;comp; ;&tRNA;403570;35;;;fin;°CDS;2307274;;;;fin;°CDS;6376188;;comp; ;&tRNA;403679;5;;;deb;°CDS;2339219;667;;;deb;°CDS;6391977;114;comp; ;&tRNA;403761;3;;;;$rRNA;2340990;338;;;;$rRNA;6392868;134;comp; ;&tRNA;403840;7;;;;$rRNA;2342840;140;;;;$rRNA;6393119;214;comp; ;&tRNA;403922;18;;;;&tRNA;2345896;3;;;;$rRNA;6396248;1125;comp; ;&tRNA;404016;5;;;;$rRNA;2345974;429;;;;$rRNA;6398885;139;comp; ;&tRNA;404106;25;;;fin;°CDS;2346520;;;;;$rRNA;6399141;214;comp; ;&tRNA;404206;5;;;deb;°CDS;2351663;573;;;;$rRNA;6402270;753;comp; ;&tRNA;404285;57;;;;$rRNA;2352713;338;;;fin;°CDS;6404535;;comp; ;&tRNA;404418;7;;;;$rRNA;2354563;140;;;deb;°CDS;6436810;192;; ;&tRNA;404500;18;;;;&tRNA;2357618;3;;;;&tRNA;6437983;6;comp; ;&tRNA;404594;5;;;;$rRNA;2357696;90;;;;&tRNA;6438066;14;comp; ;&tRNA;404684;25;;;fin;°CDS;2357903;;;;;&tRNA;6438156;29;comp; ;&tRNA;404784;46;;;deb;°CDS;2765706;282;;;;&tRNA;6438260;10;comp; ;&tRNA;404904;325;;;;$rRNA;2766156;503;;;;&tRNA;6438345;6;comp; fin;°CDS;405306;;;;;$rRNA;2768171;202;;;;&tRNA;6438428;16;comp; deb;°CDS;413861;390;;;;$rRNA;2771285;5;;;;&tRNA;6438520;29;comp; ;$rRNA;416312;132;;;;&tRNA;2771407;6;;;;&tRNA;6438624;10;comp; ;&tRNA;417956;84;;;;&tRNA;2771489;25;;;;&tRNA;6438709;6;comp; ;$rRNA;418117;71;;;;&tRNA;2771591;448;;;;&tRNA;6438792;14;comp; ;&tRNA;421103;345;;;fin;°CDS;2772114;;;;;&tRNA;6438882;162;comp; fin;°CDS;421523;;;;deb;°CDS;3556683;565;;;fin;°CDS;6439119;;comp; deb;°CDS;486264;159;;;;&tRNA;3557617;505;;;deb;°CDS;6477551;501;;erreur à corriger ;&tRNA;486828;9;;;fin;°CDS;3558197;;comp;;;$rRNA;6480533;213;; ;&tRNA;486922;27;;;deb;°CDS;3752035;248;comp;;;$rRNA;6482258;108;; ;&tRNA;487025;12;;;;&tRNA;3752901;13;comp;;;$rRNA;6485280;14;; ;&tRNA;487112;9;;;fin;°CDS;3752999;;comp;;;;;;; ;&tRNA;487206;30;;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;487312;12;;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;487399;451;;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;487935;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cbei intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_tRNA-cds|cbei intercalaires tRNA-cds]] <pre> cbei;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;85;;76;13;; ;119;;125;;90;65;deb; ;187;comp’;34;;97;85;<201;9 ;275;;664;;119;125;total;17 ;307;;299;;125;162;taux;53% ;;;681;;135;208;; ;76;;65;;159;242;fin; ;90;comp’;120;;187;281;<201;5 ;125;;325;;187;299;total;18 ;;;345;;248;303;taux;28% ;159;;451;;249;325;; ;187;;208;;267;345;total; comp’;252;;354;;275;354;<201;14 ;97;;396;;294;396;total;35 ;380;comp’;443;;307;448;taux;40% comp’;34;comp’;574;;380;451;; ;;;448;;565;664;; ;565;comp’;505;;-;681;comp’;cumuls ;248;;13;;34;120;deb;4 ;267;comp’;752;;125;443;;7 comp’;343;;242;;190;505;fin;1 comp’;222;;;;192;574;;5 ;249;;;;222;752;total; comp’;190;;;;252;-;<201;5 ;294;;;;343;-;total;12 ;135;;281;;;;taux;42% comp’;125;;303;;;;; comp’;192;;162;;;;; ;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;; ;<201;13;6;19;;;; ;total;24;23;47;;;; ;taux;54%;26%;40%;;;; </pre> ===afn=== ====afn opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_opérons|afn opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Acid_ferm_DSM_20731/;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_013740.1;afn;;;; 56%GC;30.6.19 Paris;16s 6;60;doubles;intercalaires ;Acidaminococcus fermentans DSM 20731;;;; ;24678..26242;;16s;@1;359 ;26602..29507;;23s;;228 ;29736..29852;;5s;; ;;;;; ;36819..36894;;acg;; ;;;;; ;57713..59277;;16s;;359 ;59637..62543;;23s;;228 ;62772..62888;;5s;; ;;;;; ;169459..169534;;gcc;; ;;;;; ;249791..249867;;agg;; ;;;;; comp;274627..274703;;cgt;; ;;;;; ;311123..311198;;aca;;22 ;311221..311305;;tac;;5 ;311311..311386;;atg;;3 ;311390..311465;;acc;;6 ;311472..311548;;atgf;; ;;;;; ;380482..382046;;16s;;251 ;382298..385204;;23s;;229 ;385434..385550;;5s;; ;;;;; ;461553..461627;;aac;;3 ;461631..461705;;gaa;;8 ;461714..461789;;gta;;50 ;461840..461916;;cca;;11 ;461928..462001;;gga;;8 ;462010..462086;;aga;; ;;;;; ;526984..527070;;ctg;+;30 ;527101..527186;;ctc;2 ctg;52 ;527239..527325;;ctg;; ;;;;; ;578049..578123;;ggc;; ;;;;; ;636984..638548;;16s;@2;94 ;638643..638719;;atc;;66 ;638786..638861;;gca;;273 ;639135..642040;;23s;;139 ;642180..642296;;5s;; ;;;;; ;712229..712304;;cac;;18 ;712323..712398;;caa;;3 ;712402..712477;;aaa;;16 ;712494..712577;;cta;; ;;;;; comp;724421..724497;;gtc;; ;;;;; ;774880..774956;;gac;;4 ;774961..775036;;ttc;;8 ;775045..775119;;ggc;;9 ;775129..775202;;tgc;;13 ;775216..775304;;tta;; ;;;;; ;796654..796728;;cgg;; ;;;;; ;842393..842469;;gac;;2 ;842472..842547;;ttc;;8 ;842556..842630;;ggc;;9 ;842640..842713;;tgc;; ;;;;; ;889670..889746;;ccc;; ;;;;; ;906136..906210;;aac;; ;;;;; ;1022783..1022859;;gac;;2 ;1022862..1022936;;ggc;;1 ;1022938..1023011;;tgg;; ;;;;; ;1555201..1555277;;ccg;; ;;;;; comp;1567911..1567999;;tca;; ;;;;; comp;1613773..1613863;;agc;; ;;;;; ;1702659..1702744;;ttg;; ;;;;; comp;1711770..1711886;;5s;;228 comp;1712115..1715021;;23s;;359 comp;1715381..1716945;;16s;; ;;;;; comp;1823852..1823927;;gta;;6 comp;1823934..1824008;;gaa;;8 comp;1824017..1824092;;aag;; ;;;;; ;1909446..1909536;;tcc;; ;;;;; comp;1911342..1911429;;tcg;; ;;;;; comp;1974984..1975058;;atgi;; ;;;;; comp;1984782..1984856;;gag;;12 comp;1984869..1984942;;cag;+;111 comp;1985054..1985127;;cag;2 cag; ;;;;; comp;2072279..2072395;;5s;;228 comp;2072624..2075529;;23s;;298 comp;2075828..2075903;;gca;;66 comp;2075970..2076046;;atc;;94 comp;2076141..2077705;;16s;; ;;;;; ;2148343..2148418;;gcg;; ;;;;; comp;2287117..2287192;;aaa;; ;;;;; comp;2303018..2303094;;gtg;; ;;;;; comp;2323563..2323636;;ggg;; </pre> ====afn cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_cumuls|afn cumuls]] <pre> afn cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;6;1;1;- ;16 23 5s 0;4;20;21; ;16 atc gca;2;40;2; ;16 23 5s a;0;60;2; ;max a;2;80;0; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;1; ;total aas;4;140;0; sans ;opérons;29;160;0; ;1 aa;20;180;0; ;max a;6;200;0; ;a doubles;2;;0; ;total aas;56;;27;0 total aas;;60;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;16; ;;;variance;23; sans jaune;;;moyenne;12; ;;;variance;13; </pre> ====afn blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_blocs|afn blocs]] <pre> afn blocs;;;;;; 16s;359;1565;359;1565;251;1565 23s;228;2906;228;2907;229;2907 5s;;117;;117;;117 ;;;;;; 16s;94;1565;;5s;228;117 atc;66;;;23s;298;2906 gca;273;;;gca;66; 23s;139;2906;;atc;94; 5s;;117;;16s;;1565 ;;;;;; 5s;228;117;;;; 23s;359;2907;;;; 16s;;1565;;;; </pre> ====afn remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_remarques|afn remarques]] <pre> afn;;;;;;;60 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;2;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====negativicutes distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes_distribution|negativicutes distribution]] <pre> 22.1.21 Paris;;tRNAs total des negatives;;;;;;;;;;;;;; genomes;;total;;;total;ttt;tgt;;1-3aas;;;;total;;ttt;tgt 9;;582;;;571;;;;;;;;58;;; atgi;8;tct;;tat;;atgf;15;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;17;tcc;10;tac;16;tgc;13;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;17;acc;11;aac;26;agc;11;;atc;18;acc;;aac;6;agc;1 ctc;11;ccc;7;cac;10;cgt;16;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;8;gcc;7;gac;24;ggc;33;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;11;tca;10;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;13;aaa;20;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;9;cca;11;caa;13;cga;2;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;24;gca;21;gaa;25;gga;10;;gta;;gca;21;gaa;1;gga; ttg;11;tcg;9;tag;;tgg;13;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4 atgj;12;acg;9;aag;10;agg;9;;atgj;;acg;1;aag;;agg; ctg;10;ccg;7;cag;11;cgg;9;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;186;;263;;122;571;;;;7;;11;;1;19 9-23;;;;total;;ttt;tgt;;-rRNA;;;;total;;ttt;tgt ;;;;92;;;;;attention au -2;;;;421;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;7;tct;;tat;;atgf;12 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;2;tac;3;tgc;2;;ttc;11;tcc;8;tac;12;tgc;11 atc;1;acc;;aac;5;agc;2;;atc;-2;acc;11;aac;15;agc;8 ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;4;;ctc;9;ccc;7;cac;5;cgt;10 gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;8;gcc;7;gac;17;ggc;30 tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;7;tca;9;taa;;tga;1 ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;8;aaa;15;aga;9 cta;1;cca;2;caa;5;cga;;;cta;8;cca;9;caa;7;cga;2 gta;7;gca;;gaa;5;gga;4;;gta;17;gca;0;gaa;19;gga;6 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;9;tcg;9;tag;;tgg;7 atgj;1;acg;;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;8;aag;8;agg;9 ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;7;cag;11;cgg;9 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8 ;;24;;64;;4;92;;;;118;;188;;117;423 ;;;;;;;;;;;116;;188;;117;421 </pre> ====afn distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_distribution|afn distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total afn;;20;;;;;20;;afn;34;;;;;;34;;afn;2;;;;;;2 </pre> ====afn données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_données_intercalaires|afn données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;afn;fx;fc;afn;fx40;fc40;afn;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;9;0;2;9;-1;0;38;105;361;16s 23s;;;tRNA tRNA;;intra ;0;10;4;180;1;1;38;-2;0;0;105;51;3* 359;;;2* 66;;atc gca ;0;20;3;248;2;2;25;-3;0;0;122;188;251;;;tRNA tRNA;; ;3;30;7;105;3;0;20;-4;1;129;195;268;23s 5s;;;22;;aca ;1;40;21;48;4;0;28;-5;0;0;200;61;4* 228;;;5;;tac ;2;50;15;38;5;0;13;-6;0;1;131;80;229;;;3;;atgj 1;2;60;16;44;6;0;9;-7;0;6;74;134;139;;;6;;acc 2;0;70;5;42;7;0;5;-8;0;41;266;393;5s CDS;;;**;;atgf 1;4;80;8;41;8;0;7;-9;0;1;145;158;286;266;;3;;aac ;1;90;8;45;9;1;19;-10;0;1;54;91;296;262;;8;;gaa 1;3;100;11;34;10;0;16;-11;0;19;131;70;;512;;50;;gta ;4;110;10;32;11;1;28;-12;0;0;194;196;;193;;11;;cca ;3;120;8;42;12;0;46;-13;0;5;96;;16s tRNA;;;8;;gga ;3;130;15;43;13;1;29;-14;0;8;214;;2* 94;;atc;**;;aga 1;4;140;21;34;14;0;22;-15;0;0;111;;tRNA 23s;;;30;;ctg ;1;150;13;29;15;0;37;-16;0;3;73;;273;;gca;52;;ctc 1;2;160;14;27;16;0;24;-17;0;10;159;;298;;gca;**;;ctg ;0;170;10;28;17;0;10;-18;0;0;119;;;;;18;;cac ;0;180;2;22;18;0;25;-19;0;2;127;;;;;3;;caa 1;1;190;13;13;19;1;12;-20;0;6;71;;;;;16;;aaa 1;3;200;13;12;20;0;15;-21;0;0;156;;;;;**;;cta ;0;210;10;15;21;1;20;-22;0;0;58;;;;;4;;gac ;2;220;12;20;22;1;13;-23;0;4;102;;;;;8;;ttc ;1;230;9;25;23;0;11;-24;0;0;137;;;;;9;;ggc ;0;240;12;21;24;1;9;-25;0;0;112;;;;;13;;tgc ;0;250;6;12;25;0;9;-26;0;4;24;;;;;**;;tta ;0;260;7;9;26;0;6;-27;0;0;21;;;;;2;;gac 1;1;270;5;16;27;1;14;-28;0;0;93;;;;;8;;ttc ;0;280;6;10;28;0;10;-29;0;3;215;;;;;9;;ggc ;0;290;5;6;29;2;3;-30;0;0;76;;;;;**;;tgc ;0;300;8;9;30;1;10;-31;0;2;379;;;;;2;;gac ;0;310;4;11;31;2;5;-32;0;2;83;;;;;1;;ggc ;0;320;4;4;32;2;5;-33;0;0;182;;;;;**;;tgg ;0;330;5;8;33;2;3;-34;0;0;136;;;;;6;;gta ;0;340;1;8;34;5;5;-35;0;3;23;;;;;8;;gaa ;0;350;3;9;35;2;6;-36;0;0;222;;;;;**;;aag ;0;360;2;8;36;3;3;-37;0;1;39;;;;;12;;gag 1;0;370;4;10;37;0;8;-38;0;2;122;;;;;111;;cag ;1;380;4;4;38;3;3;-39;0;0;106;;;;;**;;cag ;0;390;3;4;39;2;6;-40;1;0;91;;;;;;; 1;1;400;1;6;40;0;4;-41;0;1;451;;;;;;; ;2;reste;16;54;reste;309;795;-42;0;0;45;;;;;;; 12;45;total;346;1385;total;346;1385;-43;0;0;486;;;;;;; 12;43;diagr;328;1322;diagr;35;581;-44;0;1;45;;;;;;; 0;3; t30;14;533;;;;-45;1;0;393;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;CDS 16s;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;319;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;346;;;;;;; ;x;344;4;2;350;;;-49;0;0;485;;;;;;; ;c;1376;303;9;1688;;;-50;0;1;300;;;;;;; ;;;;;2038;154;;reste;1;9;391;;;;;;; ;;;;;;2192;;total;4;303;265;;;;;;; </pre> =====afn autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires_aas|afn autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *contrôlé le 21.7.22 <pre> autres intercalaires;;afn;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;23699;24358;319;*; ;;rRNA;24678;26242;359;*;16s ;;rRNA;26602;29507;228;*;23s ;;rRNA;29736;29852;286;*;5s fin;;CDS;30139;30339;;0; deb;;CDS;35919;36713;105;*; ;;tRNA;36819;36894;105;*;acg fin;;CDS;37000;37914;;; deb;;CDS;56077;57366;346;*; ;;rRNA;57713;59277;359;*;16s ;;rRNA;59637;62543;228;*;23s ;;rRNA;62772;62888;266;*;5s fin;comp;CDS;63155;64390;;0; deb;;CDS;168443;169336;122;*; ;;tRNA;169459;169534;361;*;gcc fin;comp;CDS;169896;170894;;; deb;comp;CDS;181646;182656;89;*; ;comp;misc_b;182746;182986;130;*; fin;comp;CDS;183117;183803;;; deb;comp;CDS;183775;185160;510;*; ;;misc_b;185671;185909;146;*; fin;;CDS;186056;187753;;; deb;;CDS;249164;249595;195;*; ;;tRNA;249791;249867;51;*;agg fin;comp;CDS;249919;250062;;; deb;;CDS;253385;254824;90;*; ;;misc_b;254915;255170;84;*; fin;;CDS;255255;256238;;; deb;comp;CDS;273899;274426;200;*; ;comp;tRNA;274627;274703;188;*;cgt fin;;CDS;274892;276166;;; deb;;CDS;310188;310991;131;*; ;;tRNA;311123;311198;22;*;aca ;;tRNA;311221;311305;5;*;tac ;;tRNA;311311;311386;3;*;atgj ;;tRNA;311390;311465;6;*;acc ;;tRNA;311472;311548;74;*;atgf fin;;CDS;311623;312816;;; deb;;CDS;359181;360227;58;*; ;;regulatory;360286;360394;52;*; fin;;CDS;360447;361625;;; deb;;CDS;378908;379996;485;*; ;;rRNA;380482;382046;251;*;16s ;;rRNA;382298;385204;229;*;23s ;;rRNA;385434;385550;262;*;5s fin;comp;CDS;385813;386838;;; deb;;CDS;414288;416231;246;*; ;;regulatory;416478;416590;98;*; fin;;CDS;416689;417768;;; deb;;CDS;460654;461286;266;*; ;;tRNA;461553;461627;3;*;aac ;;tRNA;461631;461705;8;*;gaa ;;tRNA;461714;461789;50;*;gta ;;tRNA;461840;461916;11;*;cca ;;tRNA;461928;462001;8;*;gga ;;tRNA;462010;462086;145;*;aga fin;;CDS;462232;463230;;; deb;;CDS;466993;468717;232;*; ;;misc_b;468950;469148;36;*; fin;;CDS;469185;471839;;; deb;;CDS;526396;526929;54;*; ;;tRNA;526984;527070;30;*;ctg ;;tRNA;527101;527186;52;*;ctc ;;tRNA;527239;527325;268;*;ctg fin;comp;CDS;527594;528586;;0; deb;comp;CDS;570200;571507;65;*; ;comp;regulatory;571573;571669;209;*; fin;;CDS;571879;575394;;; deb;;CDS;577378;577917;131;*; ;;tRNA;578049;578123;194;*;ggc fin;;CDS;578318;579067;;; deb;;CDS;635289;636683;300;*; ;;rRNA;636984;638548;94;*;16s ;;tRNA;638643;638719;66;*;atc ;;tRNA;638786;638861;273;*;gca ;;rRNA;639135;642040;139;*;23s ;;rRNA;642180;642296;296;*;5s fin;;CDS;642593;643381;;0; deb;;CDS;677296;678177;181;*; ;;misc_f;678359;678410;368;*; fin;;CDS;678779;679798;;; deb;;CDS;711704;712132;96;*; ;;tRNA;712229;712304;18;*;cac ;;tRNA;712323;712398;3;*;caa ;;tRNA;712402;712477;16;*;aaa ;;tRNA;712494;712577;61;*;cta fin;comp;CDS;712639;712809;;0; deb;;CDS;723480;724340;80;*; ;comp;tRNA;724421;724497;134;*;gtc fin;;CDS;724632;725645;;; deb;;CDS;774399;774665;214;*; ;;tRNA;774880;774956;4;*;gac ;;tRNA;774961;775036;8;*;ttc ;;tRNA;775045;775119;9;*;ggc ;;tRNA;775129;775202;13;*;tgc ;;tRNA;775216;775304;111;*;tta fin;;CDS;775416;776684;;; deb;;CDS;796146;796580;73;*; ;;tRNA;796654;796728;159;*;cgg fin;;CDS;796888;797310;;; deb;;CDS;841590;842273;119;*; ;;tRNA;842393;842469;2;*;gac ;;tRNA;842472;842547;8;*;ttc ;;tRNA;842556;842630;9;*;ggc ;;tRNA;842640;842713;127;*;tgc fin;;CDS;842841;843362;;; deb;;CDS;881739;882029;121;*; ;;repeat_reg;882151;886170;278;*; fin;;CDS;886449;887618;;; deb;;CDS;889017;889598;71;*; ;;tRNA;889670;889746;156;*;ccc fin;;CDS;889903;891513;;; deb;;CDS;905286;906077;58;*; ;;tRNA;906136;906210;102;*;aac fin;;CDS;906313;907125;;; deb;;CDS;913707;915986;78;*; ;;regulatory;916065;916164;91;*; fin;;CDS;916256;917077;;; deb;;CDS;947642;948565;32;*; ;;ncRNA;948598;948943;38;*; fin;;CDS;948982;949302;;; deb;comp;CDS;1017827;1018843;92;*; ;;misc_b;1018936;1019130;36;*; fin;;CDS;1019167;1020189;;; deb;;CDS;1020207;1022645;137;*; ;;tRNA;1022783;1022859;2;*;gac ;;tRNA;1022862;1022936;1;*;ggc ;;tRNA;1022938;1023011;112;*;tgg fin;;CDS;1023124;1023423;;; deb;comp;CDS;1111497;1112716;73;*; ;comp;misc_b;1112790;1113035;267;*; fin;;CDS;1113303;1114085;;; deb;;CDS;1305277;1306137;298;*; ;;regulatory;1306436;1306545;70;*; fin;;CDS;1306616;1307653;;; deb;;CDS;1328649;1328930;26;*; ;;tmRNA;1328957;1329305;406;*; fin;comp;CDS;1329712;1332120;;; deb;comp;CDS;1403493;1404494;52;*; ;comp;misc_b;1404547;1404789;111;*; fin;comp;CDS;1404901;1406295;;; deb;comp;CDS;1485384;1487072;59;*; ;comp;misc_b;1487132;1487376;146;*; fin;comp;CDS;1487523;1488698;;; deb;;CDS;1536256;1537929;68;*; ;;regulatory;1537998;1538074;113;*;erreur fin;;CDS;1538188;1539855;;0; deb;;CDS;1553542;1555176;24;*; ;;tRNA;1555201;1555277;393;*;ccg fin;comp;CDS;1555671;1556342;;; deb;comp;CDS;1567689;1567889;21;*; ;comp;tRNA;1567911;1567999;93;*;tca fin;comp;CDS;1568093;1568569;;; deb;;CDS;1612826;1613614;158;*; ;comp;tRNA;1613773;1613863;215;*;agc fin;comp;CDS;1614079;1614846;;0; deb;comp;CDS;1668440;1668919;42;*; ;comp;ncRNA;1668962;1669144;51;*; fin;comp;CDS;1669196;1669855;;0; deb;;CDS;1701767;1702582;76;*; ;;tRNA;1702659;1702744;91;*;ttg fin;comp;CDS;1702836;1703666;;; deb;;CDS;1710214;1711257;512;*; ;comp;rRNA;1711770;1711886;228;*;5s ;comp;rRNA;1712115;1715021;359;*;23s ;comp;rRNA;1715381;1716945;391;*;16s fin;comp;CDS;1717337;1718857;;; deb;comp;CDS;1823002;1823472;379;*; ;comp;tRNA;1823852;1823927;6;*;gta ;comp;tRNA;1823934;1824008;8;*;gaa ;comp;tRNA;1824017;1824092;83;*;aag fin;comp;CDS;1824176;1825210;;; deb;comp;CDS;1907578;1909263;182;*; ;;tRNA;1909446;1909536;53;*;tcc ;;ncRNA;1909590;1909689;115;*; deb;comp;CDS;1909805;1911205;136;*; ;comp;tRNA;1911342;1911429;23;*;tcg fin;comp;CDS;1911453;1911932;;; deb;comp;CDS;1912058;1912981;43;*; ;comp;misc_b;1913025;1913256;130;*; fin;;CDS;1913387;1914049;;; deb;comp;CDS;1973889;1974761;222;*; ;comp;tRNA;1974984;1975058;39;*;atgi fin;comp;CDS;1975098;1976867;;; deb;comp;CDS;1983694;1984659;122;*; ;comp;tRNA;1984782;1984856;12;*;gag ;comp;tRNA;1984869;1984942;111;*;cag ;comp;tRNA;1985054;1985127;106;*;cag fin;comp;CDS;1985234;1985980;;; deb;;CDS;2070538;2072085;193;*; ;comp;rRNA;2072279;2072395;228;*;5s ;comp;rRNA;2072624;2075529;298;*;23s ;comp;tRNA;2075828;2075903;66;*;gca ;comp;tRNA;2075970;2076046;94;*;atc ;comp;rRNA;2076141;2077705;265;*;16s fin;comp;CDS;2077971;2079029;;; deb;;CDS;2147697;2148251;91;*; ;;tRNA;2148343;2148418;70;*;gcg fin;comp;CDS;2148489;2148716;;; deb;comp;CDS;2285667;2286665;451;*; ;comp;tRNA;2287117;2287192;45;*;aaa fin;comp;CDS;2287238;2288464;;; deb;comp;CDS;2301950;2302531;486;*; ;comp;tRNA;2303018;2303094;45;*;gtg fin;comp;CDS;2303140;2303844;;; deb;comp;CDS;2322585;2323169;393;*; ;comp;tRNA;2323563;2323636;196;*;ggg fin;;CDS;2323833;2328641;;0; </pre> ====afn intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_entre_cds|afn intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> afn;23.2.22 Paris;;afn 30.8.20;;;;;;; afn;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquenceffrequence5 ;'''négatif;307;15.1;'''négatif ;-10;14;-1 à -83;'''2 329 769;-1;307 ;'''zéro;11;0.5;;;;;'''intercals;0;11 ;'''1 à 200;1324;65.0;'''0 à 200;66;58;;'''220 467;5;127 ;'''201 à 370;304;14.9;'''201 à 370;267;49;;'''9.5%;10;57 ;'''371 à 600;69;3.4;'''371 à 600;449;59;;;15;164 ;'''601 à max;23;1.1;'''601 à 992;743;108;;;20;87 ;'''total 2038;<201;80.6;'''total 2034;105;133;-83 à 992;;25;65 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquenceffréquence6;cumul et %;intercal;<u>fréquenceffréquence-1;30;47 1555671;2261;-1;307;-70;5;;0;11;35;37 1949615;1154;0;11;-60;3;;-1;°38;40;32 1841522;1130;1;°39;-50;3;;-2;0;45;25 1001677;992;2;27;-40;4;;-3;0;50;28 434858;957;3;20;-30;10;'''min à -1;-4;°130;55;31 865205;922;4;°28;-20;17;307;-5;0;60;29 463581;845;5;13;-10;48;15.1%;-6;1;65;23 1969579;795;6;9;0;228;;-7;6;70;24 1287774;772;7;5;10;184;;-8;°41;75;32 843665;744;8;7;20;251;;-9;1;80;17 1081454;736;9;°20;30;112;;-10;1;85;25 34;721;10;16;40;69;;-11;°19;90;28 1347444;718;11;29;50;53;;-12;0;95;16 2155062;701;12;°46;60;60;;-13;5;100;29 1227328;693;13;30;70;48;;-14;°8;105;20 893831;683;14;22;80;49;;-15;0;110;22 1185969;679;15;°37;90;53;'''1 à 100;-16;3;115;28 1657318;677;16;24;100;45;923;-17;°10;120;22 1282010;667;17;10;110;42;45.3%;-18;0;125;29 872797;649;18;°25;120;50;;-19;2;130;29 1240102;647;19;13;130;58;;-20;°6;135;24 1246797;636;20;15;140;55;;-21;0;140;31 117980;628;21;°21;150;42;;-22;0;145;20 867763;580;22;14;160;41;;-23;°4;150;22 406827;567;23;11;170;38;'''1 à 200;-24;0;155;18 1121221;551;24;°10;180;24;1324;-25;0;160;23 2231462;551;25;9;190;26;65%;-26;4;165;21 901417;550;26;6;200;25;;-27;0;170;17 39288;548;27;°15;210;25;;-28;0;175;11 791634;544;28;10;220;32;;-29;°3;180;13 1481233;542;29;5;230;34;;-30;0;185;8 691218;519;30;°11;240;33;'''0 à 200;-31;2;190;18 1388835;517;31;7;250;18;1335;-32;2;195;16 2163709;515;32;7;260;16;;total;297;200;9 1189403;513;33;5;270;21;;reste;21;205;15 1783994;508;34;°10;280;16;;;318;210;10 1749779;507;35;8;290;11;;;;215;18 847959;503;36;6;300;17;;intercal;<u>fréquencef;220;14 1268481;502;37;8;310;15;;600;2015;225;23 ;;38;6;320;8;;620;;230;11 ;;39;8;330;13;;640;2;235;14 ;;40;4;340;9;'''201 à 370;660;2;240;19 ;;reste;1104;350;12;304;680;3;245;7 ;;total;2038;360;10;14.9%;700;2;250;11 ;;;;370;14;;720;2;255;5 2109623;-113;shift2;425;380;8;;740;2;260;11 598105;-83;comp;;390;7;;760;1;265;7 1667526;-79;shift2;915;400;7;;780;1;270;14 2031132;-74;shift2;614;410;1;;800;1;275;5 935587;-71;shift2;518;420;5;;820;;280;11 2283155;-68;shift2;1952;430;2;;840;;285;8 846262;-67;shift2;132;440;4;;860;1;290;3 1528664;-67;shift2;108;450;4;;880;;295;7 1794682;-59;shift2;1601;460;3;;900;;300;10 808710;-53;shift2;1034;470;1;;920;;305;10 1101239;-50;shift2;2423;480;5;;940;1;310;5 287845;-45;;;490;1;;960;1;315;4 532761;-44;;;500;5;;980;;320;4 50634;-41;;;510;4;;1000;1;325;8 434100;-40;;;520;4;;1020;;330;5 276227;-38;;;530;0;;1040;;335;3 629222;-38;;;540;0;'''371 à 600;1060;;340;6 1090320;-37;;;550;4;69;1080;;345;9 503812;-35;;;560;2;3.4%;1100;;350;3 1225885;-35;;;570;1;;1120;;355;3 1260789;-35;;;580;1;'''601 à max;1140;1;360;7 706234;-32;;;590;0;23;1160;1;365;8 2148489;-32;;;600;0;1.1%;;22;370;6 460032;-31;;;reste;23;;reste;1;reste;92 1743849;-31;;;total;2038;;total;2038;total;2038 </pre> ====afn intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> afn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; 46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; afn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;29;-227;419;16;486;261;max40,140;&-95;712;-1690;137;722;250;min50 31 à 400;;;;;;;2 parties;&9.5;-42;-63;38;904;147;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;75;40;-;303;poly;183;tF;&197;65;;425;poly;297;SF 31 à 400;;;;;;;;&92;36;-;859;dte;45;tm </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.607;-0.017;0.108;;;;;-0.369;;;;;; 1-n;-0.008;-0.467;-0.407;;;;;;;;;14.8.21 paris;; afn;fx;fc;;afn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;afn;Sx-;Sc- 0;2;9;;0;6;7;0;2;9;>0;344;-1;0;38 10;4;180;;10;12;136;1;1;38;<0;4;-2;0;0 20;3;248;;20;9;188;2;2;25;zéro;2;-3;0;0 30;8;104;;30;24;79;3;0;20;total;350;-4;1;129 40;21;48;;40;64;36;4;0;28;;c;-5;0;0 50;15;38;;50;46;29;5;0;13;>0;1376;-6;0;1 60;16;44;;60;49;33;6;0;9;<0;303;-7;0;6 70;5;42;;70;15;32;7;0;5;zéro;9;-8;0;41 80;8;41;;80;24;31;8;0;7;total;1688;-9;0;1 90;8;45;;90;24;34;9;1;19;;;-10;0;1 100;11;34;;100;34;26;10;0;16;total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reste;16;54;;;;;reste;308;796;;;-42;0;0 total;346;1385;;t30;46;402;total;346;1385;;;-43;0;0 diagr;328;1322;;;;;diagr;36;580;;;-44;0;1 - t30;313;790;;;;;;;;;;-45;1;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;reste;1;9 ;;;;;;;;;;;;total;4;303 </pre> ====afn intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_négatifs_S-|afn intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;1;;;;;;1;4 continu;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303 </pre> 14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;4 ;Sc-;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303 </pre> ====afn autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires|afn autres intercalaires]] <pre> afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1; deb;°CDS;23699;319;;;deb;°CDS;635289;300;;;deb;°CDS;1485384;59;comp ;$rRNA;24678;359;;;;$rRNA;636984;94;;;;misc_binding;1487132;146;comp ;$rRNA;26602;228;;;;&tRNA;638643;66;;;fin;°CDS;1487523;;comp ;$rRNA;29736;286;;;;&tRNA;638786;273;;;deb;°CDS;1536256;68; fin;°CDS;30139;;;;;$rRNA;639135;139;;;;regulatory;1537998;113; deb;°CDS;35919;105;;;;$rRNA;642180;296;;;fin;°CDS;1538188;; ;&tRNA;36819;105;;;fin;°CDS;642593;;;;deb;°CDS;1553542;24; fin;°CDS;37000;;;;deb;°CDS;677296;181;;;;&tRNA;1555201;393; deb;°CDS;56077;346;;;;misc_feature;678359;368;;;fin;°CDS;1555671;;comp ;$rRNA;57713;359;;;fin;°CDS;678779;;;;deb;°CDS;1567689;21;comp ;$rRNA;59637;228;;;deb;°CDS;711704;96;;;;&tRNA;1567911;93;comp ;$rRNA;62772;266;;;;&tRNA;712229;18;;;fin;°CDS;1568093;;comp fin;°CDS;63155;;comp;;;&tRNA;712323;3;;;deb;°CDS;1612826;158; deb;°CDS;168443;122;;;;&tRNA;712402;16;;;;&tRNA;1613773;215;comp ;&tRNA;169459;361;;;;&tRNA;712494;61;;;fin;°CDS;1614079;;comp fin;°CDS;169896;;comp;;fin;°CDS;712639;;comp;;deb;°CDS;1668440;42;comp deb;°CDS;181646;89;comp;;deb;°CDS;723480;80;;;;ncRNA;1668962;51;comp ;misc_binding;182746;130;comp;;;&tRNA;724421;134;comp;;fin;°CDS;1669196;;comp fin;°CDS;183117;;comp;;fin;°CDS;724632;;;;deb;°CDS;1701767;76; deb;°CDS;183775;510;comp;;deb;°CDS;774399;214;;;;&tRNA;1702659;91; ;misc_binding;185671;146;;;;&tRNA;774880;4;;;fin;°CDS;1702836;;comp fin;°CDS;186056;;;;;&tRNA;774961;8;;;deb;°CDS;1710214;512; deb;°CDS;249164;195;;;;&tRNA;775045;9;;;;$rRNA;1711770;228;comp ;&tRNA;249791;51;;;;&tRNA;775129;13;;;;$rRNA;1712115;359;comp fin;°CDS;249919;;comp;;;&tRNA;775216;111;;;;$rRNA;1715381;391;comp deb;°CDS;253385;90;;;fin;°CDS;775416;;;;fin;°CDS;1717337;;comp ;misc_binding;254915;84;;;deb;°CDS;796146;73;;;deb;°CDS;1823002;379;comp fin;°CDS;255255;;;;;&tRNA;796654;159;;;;&tRNA;1823852;6;comp deb;°CDS;273899;200;comp;;fin;°CDS;796888;;;;;&tRNA;1823934;8;comp ;&tRNA;274627;188;comp;;deb;°CDS;841590;119;;;;&tRNA;1824017;83;comp fin;°CDS;274892;;;;;&tRNA;842393;2;;;fin;°CDS;1824176;;comp deb;°CDS;310188;131;;;;&tRNA;842472;8;;;deb;°CDS;1907578;182;comp ;&tRNA;311123;22;;;;&tRNA;842556;9;;;;&tRNA;1909446;53;comp ;&tRNA;311221;5;;;;&tRNA;842640;127;;;;ncRNA;1909590;115; ;&tRNA;311311;3;;;fin;°CDS;842841;;;;deb;°CDS;1909805;136; ;&tRNA;311390;6;;;deb;°CDS;881739;121;;;;&tRNA;1911342;23; ;&tRNA;311472;74;;;;repeat_region;882151;278;;;fin;°CDS;1911453;; fin;°CDS;311623;;;;fin;°CDS;886449;;;;deb;°CDS;1912058;43;comp deb;°CDS;359181;58;;;deb;°CDS;889017;71;;;;misc_binding;1913025;130;comp ;regulatory;360286;52;;;;&tRNA;889670;156;;;fin;°CDS;1913387;; fin;°CDS;360447;;;;fin;°CDS;889903;;;;deb;°CDS;1973889;222;comp deb;°CDS;378908;485;;;deb;°CDS;905286;58;;;;&tRNA;1974984;39;comp ;$rRNA;380482;251;;;;&tRNA;906136;102;;;fin;°CDS;1975098;;comp ;$rRNA;382298;229;;;fin;°CDS;906313;;;;deb;°CDS;1983694;122;comp ;$rRNA;385434;262;;;deb;°CDS;913707;78;;;;&tRNA;1984782;12;comp fin;°CDS;385813;;comp;;;regulatory;916065;91;;;;&tRNA;1984869;111;comp deb;°CDS;414288;246;;;fin;°CDS;916256;;;;;&tRNA;1985054;106;comp ;regulatory;416478;98;;;deb;°CDS;947642;32;;;fin;°CDS;1985234;;comp fin;°CDS;416689;;;;;ncRNA;948598;38;;;deb;°CDS;2070538;193; deb;°CDS;460654;266;;;fin;°CDS;948982;;;;;$rRNA;2072279;228;comp ;&tRNA;461553;3;;;deb;°CDS;1017827;92;comp;;;$rRNA;2072624;298;comp ;&tRNA;461631;8;;;;misc_binding;1018936;36;;;;&tRNA;2075828;66;comp ;&tRNA;461714;50;;;fin;°CDS;1019167;;;;;&tRNA;2075970;94;comp ;&tRNA;461840;11;;;deb;°CDS;1020207;137;;;;$rRNA;2076141;265;comp ;&tRNA;461928;8;;;;&tRNA;1022783;2;;;fin;°CDS;2077971;;comp ;&tRNA;462010;145;;;;&tRNA;1022862;1;;;deb;°CDS;2147697;91; fin;°CDS;462232;;;;;&tRNA;1022938;112;;;;&tRNA;2148343;70; deb;°CDS;466993;232;;;fin;°CDS;1023124;;;;fin;°CDS;2148489;;comp ;misc_binding;468950;36;;;deb;°CDS;1111497;73;comp;;deb;°CDS;2285667;451;comp fin;°CDS;469185;;;;;misc_binding;1112790;267;comp;;;&tRNA;2287117;45;comp deb;°CDS;526396;54;;;fin;°CDS;1113303;;;;fin;°CDS;2287238;;comp ;&tRNA;526984;30;;;deb;°CDS;1305277;298;;;deb;°CDS;2301950;486;comp ;&tRNA;527101;52;;;;regulatory;1306436;70;;;;&tRNA;2303018;45;comp ;&tRNA;527239;268;;;fin;°CDS;1306616;;;;fin;°CDS;2303140;;comp fin;°CDS;527594;;comp;;deb;°CDS;1328649;26;;;deb;°CDS;2322585;393;comp deb;°CDS;570200;65;comp;;;tmRNA;1328957;406;;;;&tRNA;2323563;196;comp ;regulatory;571573;209;comp;;fin;°CDS;1329712;;comp;;fin;°CDS;2323833;; fin;°CDS;571879;;;;deb;°CDS;1403493;52;comp;;;;;; deb;°CDS;577378;131;;;;misc_binding;1404547;111;comp;;;;;; ;&tRNA;578049;194;;;fin;°CDS;1404901;;comp;;;;;; fin;°CDS;578318;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====afn intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_tRNA|afn intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;105;;105;;21;23;deb; ;;;122;comp’;361;;24;39;<201;20 ;;;195;comp’;51;;54;45;total;25 ;3 8 50 11 8;;200;comp’;188;;58;70;%;80% ;;;131;;145;;71;83;; ;30 52;;54;comp’;268;;73;93;fin; ;;;131;;194;;76;102;<201;17 ;18 3 16;;96;comp’;61;;91;105;total;18 ;;comp’;80;comp’;134;;96;106;%;94% ;4 8 9 13;;214;;111;;105;111;; ;;;73;;159;;119;112;total; ;2 8 9;;119;;127;;122;127;<201;37 ;;;71;;156;;122;145;total;43 ;;;58;;102;;131;156;%;86% ;2 1;;137;;112;;131;159;; ;;;24;comp’;393;;136;194;; ;;;21;;93;;137;196;; ;;comp’;158;;215;;182;215;; ;;;76;comp’;91;;195;;; ;6 8;;379;;83;;200;;; ;;;182;;;;214;;; ;;;136;;23;;222;;; ;;;222;;39;;379;;; ;12 111;;122;;106;;393;;; ;;;91;comp’;70;;451;;comp’;cumuls ;;;451;;45;;80;51;deb;2 ;;;393;comp’;196;;158;61;<201;100% ;;;;;;;;91;fin; ;;;;;;;;134;<201;5 ;deb;fin;total;;;;;188;total;8 <201;22;22;44;;;;;268;%;63% total;27;26;53;;;;;361;total;10 taux;81%;85%;83%;;;;;393;<201;70% </pre> ====afn par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_par_rapport_au_groupe_de_référence|afn par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;11;3;2;;;;16; 16;moyen;5;12;;;;4;21; 14;fort;4;19;;;;;23; ; ;20;34;2;;;4;60; 10;g+cga;6;2;2;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;3;1;;;;;4; 5;autres;;;;;;;; ;;11;3;2;;;;16; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;183;50;33;;;;267;26 16;moyen;83;200;0;;;67;350;324 14;fort;67;317;0;;;;383;650 ; ;333;567;33;;;67;60;729 10;g+cgg;100;33;33;;;;167;10 2;agg+cga;33;;;;;;33; 4;carre ccc;50;17;;;;;67;16 5;autres;;;;;;;; ;;183;50;33;;;;267; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;afn;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;196;54;36;286;26;55;9; 16;moyen;89;214;;304;324;25;35; 14;fort;71;339;;411;650;20;56; ; ;357;607;36;56;729;20;34; 10;g+cgg;107;36;36;179;10;55;; 2;agg+cga;36;;;36;;18;; 4;carre ccc;54;18;;71;16;27;; 5;autres;;;;;;;; ;;196;54;36;286;;11;; </pre> ===negativicutes, estimation des -rRNAs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes,_estimation_des_-rRNAs|negativicutes, estimation des -rRNAs]] <pre> negativicutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 9 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;9;149; ; ;;indices;;;;9;1656;0;0;;neg1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;56 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;33;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;2;tac;4;tgc;2;;ttc;67;tcc;22;tac;44;tgc;22;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;18;acc;;aac;11;agc;3;;atc;200;acc;;aac;122;agc;33;;atc;;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;6;;ctc;22;ccc;;cac;56;cgt;67;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;78;ggc;33;;gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4 tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;44;tca;11;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;56;aaa;56;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;2;caa;6;cga;;;cta;11;cca;22;caa;67;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;7;gca;21;gaa;6;gga;4;;gta;78;gca;233;gaa;67;gga;44;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;6;;ttg;22;tcg;;tag;;tgg;67;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;11;aag;22;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;22;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;69;;75;;5;149;;;;767;;833;;56;1656;;;;16;;24;;16;56 11.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;22.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;9;571;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;5600 atgi;78;tct;;tat;;atgf;133;;atgi;89;tct;;tat;;atgf;167;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;89;tac;133;tgc;122;;ttc;189;tcc;111;tac;178;tgc;144;;ttc;200;tcc;100;tac;100;tgc;200 atc;-11;acc;122;aac;167;agc;89;;atc;189;acc;122;aac;289;agc;122;;atc;;acc;100;aac;200;agc;100 ctc;100;ccc;78;cac;56;cgt;111;;ctc;122;ccc;78;cac;111;cgt;178;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100 gtc;89;gcc;78;gac;189;ggc;333;;gtc;89;gcc;78;gac;267;ggc;367;;gtc;100;gcc;100;gac;300;ggc;400 tta;78;tca;100;taa;;tga;11;;tta;122;tca;111;taa;;tga;11;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;;aca;89;aaa;167;aga;100;;ata;;aca;144;aaa;222;aga;100;;ata;;aca;100;aaa;200;aga;100 cta;89;cca;100;caa;78;cga;22;;cta;100;cca;122;caa;144;cga;22;;cta;100;cca;100;caa;100;cga; gta;189;gca;0;gaa;211;gga;67;;gta;267;gca;233;gaa;278;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;200;gga;100 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;78;;ttg;122;tcg;100;tag;;tgg;144;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;122;acg;89;aag;89;agg;100;;atgj;133;acg;100;aag;111;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;89;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;111;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;200;ccg;100;cag;200;cgg;100 gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1300;;2089;;1300;4689;;;;2067;;2922;;1356;6344;;;;1600;;2400;;1600;5600 rapports;;63;;71;;96;74;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;88;tct;;tat;;atgf;80;;fiches;50.667;;;fréquences;;;;;atgi;22;tct;;tat;;atgf;25 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;456;;;0/0;2;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;152;;;10;11;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;9;;;20;13;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;65;tcc;80;tac;75;tgc;85;;;;;;30;9;;;;ttc;39;tcc;11;tac;25;tgc;39 atc;-6;acc;100;aac;58;agc;73;;neg1;56;;;40;5;;;;atc;100;acc;18;aac;17;agc;11 ctc;82;ccc;100;cac;50;cgt;63;;sans;56;;;50;3;41;;;ctc;0;ccc;22;cac;44;cgt;10 gtc;100;gcc;100;gac;71;ggc;91;;avec;4;;;60;2;;;;gtc;11;gcc;22;gac;37;ggc;17 tta;64;tca;90;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;22;tca;0;taa;;tga;100 ata;;aca;62;aaa;75;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;11;aaa;17;aga;0 cta;89;cca;82;caa;54;cga;100;;L’estimation par nega;;;;90;0;;;;cta;11;cca;0;caa;22;cga;100 gta;71;gca;0;gaa;76;gga;60;;est 10% au dessus;;;;100;3;;;;gta;6;gca;;gaa;5;gga;33 ttg;82;tcg;100;tag;;tgg;54;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;0;tag;;tgg;22 atgj;92;acg;89;aag;80;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;18;acg;11;aag;11;agg;0 ctg;80;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;56;ccg;22;cag;39;cgg;0 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;56;gcg;44;gag;44;ggg;11 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;275;;263;;294;832 </pre> ===clostridia synthèse=== ====clostridia distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_génome|clostridia distribution par génome]] <pre> clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total psor;12;5;4;72;;7;;4;104 cdc;4;4;2;70;;3;;;83 cdc8;4;5;2;89;;4;;4;108 cbc*;36;10;;0;;0;;6;52 cbn;52;12;2;6;3;4;;7;86 cle;40;19;;26;3;9;;8;105 hmo;37;12;;39;;11;;10;109 cbei;63;11;3;0;;4;;12;93 ;;;;;;;;; total;248;78;13;302;6;42;0;51;740 </pre> ====clostridia distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_du_total|clostridia distribution du total]] <pre> clos8;;;;;;;628;;;;;;;;;57;;;;;;;;;55 atgi;10;tct;;tat;;atgf;22;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;1;acc;1;aac;7;agc;1;;atc;11;acc;;aac;5;agc; ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;4;;gtc;;gcc;5;gac;;ggc; tta;22;tca;19;taa;;tga;3;;tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;;aga; cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;41;gca;;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;5;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;26;gaa;;gga;5 ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;11;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;248;78;13;302;6;42;740;;;;;;51;6;;57;;total;8;;13;;;42;55 ;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;;;;;;;;; </pre> ====clostridia distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_type|clostridia distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> clos8;;;;;;;628;;clos8;1208;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302 atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11 att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;1;tcc;6;tac;;tgc;1;;ttc;6;tcc;;tac;10;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;12;tcc;1;tac;13;tgc;10 atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;;acc;3;aac;1;agc;3;;atc;;acc;3;aac;5;agc;5;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;3;acc;3;aac;16;agc;5 ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;8;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;2;cac;8;cgt;7 gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;15;ggc;11;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;17;ggc;9 tta;22;tca;19;taa;0;tga;3;;tta;;tca;1;taa;;tga;3;;tta;11;tca;6;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;11;tca;10;taa;;tga; ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;1;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;15;aaa;14;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;13;aaa;17;aga;14 cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;5;cca;4;caa;;cga;1;;cta;6;cca;10;caa;8;cga;3;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;11;caa;14;cga; gta;41;gca;0;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;13;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;21;gca;;gaa;19;gga;15 ttg;9;tcg;2;tag;0;tgg;11;;ttg;8;tcg;2;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4 atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;4;aag;1;agg;5;;atgj;10;acg;;aag;5;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;13;acg;;aag;;agg; ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;3;ccg;1;cag;3;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;1;gag;3;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;248;78;13;302;6;42;740;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====clostridia par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_par_rapport_au_groupe_de_référence|clostridia par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;31;19;2;6;2;5;65; 16;moyen;36;66;4;101;20;42;269; 14;fort;11;155;2;195;29;14;406; ; ;78;240;8;302;51;61;740; 10;g+cga;16;13;;2;;;31; 2;agg+cgg;5;2;;;1;;8; 4;carre ccc;4;4;;4;1;5;13; 5;autres;6;;2;;;;8; ;;31;19;2;6;2;5;65; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;42;26;3;8;3;7;88;26 16;moyen;49;89;5;136;27;57;364;324 14;fort;15;209;3;264;39;19;549;650 ; ;105;324;11;408;69;82;740;729 10;g+cga;22;18;;3;;;42;10 2;agg+cgg;7;3;;;1;;11; 4;carre ccc;5;5;;5;1;7;18;16 5;autres;8;0;3;0;;;11; ;;42;26;3;8;3;7;88; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;95;58;6;160;26;40;8; 16;moyen;110;202;12;325;324;46;28; 14;fort;34;475;6;515;650;14;65; ; ;239;736;25;326;729;78;240; 10;g+cga;49;40;;89;10;52;; 2;agg+cgg;15;6;;21;;16;; 4;carre ccc;12;12;;25;16;13;; 5;autres;18;;6;25;;19;; ;;95;58;6;160;;31;; </pre> ====clostridia, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia,_estimation_des_-rRNAs|clostridia, estimation des -rRNAs]] <pre> clostridia;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 43 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;43;856; ; ;;indices;;;;43;1991;;;;clos8;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;326 atgi;29;tct;;tat;;atgf;30;;atgi;67;tct;;tat;;atgf;70;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;1 ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;44;tcc;1;tac;26;tgc;16;;ttc;102;tcc;2.3;tac;60;tgc;37;;ttc;7;tcc;6;tac;10;tgc;6 atc;72;acc;10;aac;64;agc;11;;atc;167;acc;23;aac;149;agc;26;;atc;;acc;6;aac;6;agc;8 ctc;2;ccc;3;cac;12;cgt;8;;ctc;4.7;ccc;7.0;cac;28;cgt;19;;ctc;3;ccc;2;cac;8;cgt;4 gtc;4;gcc;12;gac;40;ggc;23;;gtc;9.3;gcc;28;gac;93;ggc;53;;gtc;2;gcc;1;gac;15;ggc;11 tta;19;tca;13;taa;;tga;;;tta;44;tca;30;taa;;tga;;;tta;11;tca;9;taa;;tga;3 ata;;aca;29;aaa;48;aga;21;;ata;;aca;67;aaa;112;aga;49;;ata;1;aca;17;aaa;14;aga;10 cta;18;cca;17;caa;25;cga;1;;cta;42;cca;40;caa;58;cga;2.3;;cta;11;cca;14;caa;8;cga;4 gta;38;gca;92;gaa;45;gga;31;;gta;88;gca;214;gaa;105;gga;72;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;14 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;9;;ttg;;tcg;2.3;tag;;tgg;21;;ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;7 atgj;18;acg;3;aag;2;agg;1;;atgj;42;acg;7.0;aag;4.7;agg;2.3;;atgj;10;acg;4;aag;6;agg;6 ctg;5;ccg;2;cag;1;cgg;3;;ctg;12;ccg;4.7;cag;2.3;cgg;7.0;;ctg;4;ccg;1;cag;4;cgg;1 gtg;1;gcg;;gag;4;ggg;2;;gtg;2.3;gcg;;gag;9.3;ggg;4.7;;gtg;1;gcg;1;gag;3;ggg;3 ;;346;;468;;42;856;;;;805;;1088;;98;1991;;;;107;;168;;51;326 27.5.20 Tanger;;;;clos;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;clos8;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;11144;4.0;0.6;;indices;sans +16s;;;174;11144;4.0;0.6;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;92;tct;1.1;tat;;atgf;117;;atgi;159;tct;1.1;tat;;atgf;187;;atgi;13;tct;;tat;;atgf;138 att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;;act;;aat;;agt;13 ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;38;cct;;cat;;cgc; gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;104;tcc;101;tac;127;tgc;114;;ttc;206;tcc;103;tac;187;tgc;151;;ttc;88;tcc;75;tac;125;tgc;75 atc;-15;acc;79;aac;99;agc;107;;atc;152;acc;102;aac;248;agc;133;;atc;;acc;75;aac;75;agc;100 ctc;76;ccc;55;cac;112;cgt;97;;ctc;81;ccc;62;cac;140;cgt;116;;ctc;38;ccc;25;cac;100;cgt;50 gtc;44;gcc;33;gac;149;ggc;167;;gtc;53;gcc;61;gac;242;ggc;220;;gtc;25;gcc;13;gac;188;ggc;138 tta;128;tca;112;taa;1.1;tga;55;;tta;172;tca;142;taa;1.1;tga;55;;tta;138;tca;113;taa;;tga;38 ata;2.9;aca;151;aaa;159;aga;125;;ata;2.9;aca;218;aaa;271;aga;174;;ata;13;aca;213;aaa;175;aga;125 cta;106;cca;123;caa;98;cga;46;;cta;148;cca;163;caa;156;cga;48;;cta;138;cca;175;caa;100;cga;50 gta;198;gca;5;gaa;134;gga;171;;gta;286;gca;219;gaa;239;gga;243;;gta;250;gca;;gaa;213;gga;175 ttg;108;tcg;81;tag;2.3;tgg;99;;ttg;108;tcg;83;tag;2.3;tgg;120;;ttg;113;tcg;25;tag;;tgg;88 atgj;90;acg;70;aag;115;agg;94;;atgj;132;acg;77;aag;120;agg;96;;atgj;125;acg;50;aag;75;agg;75 ctg;64;ccg;59;cag;75;cgg;53;;ctg;76;ccg;64;cag;77;cgg;60;;ctg;50;ccg;13;cag;50;cgg;13 gtg;32;gcg;35;gag;74;ggg;65;;gtg;34;gcg;35;gag;83;ggg;70;;gtg;13;gcg;13;gag;38;ggg;38 ;;1426;;1894;;1080;4400;;;;2231;;2982;;1177;6390;;;;1325;;2100;;638;4063 rapports;;64;;64;;92;69;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;58;tct;;tat;;atgf;63;;fiches;47.674;;;fréquences;;;;;atgi;86;tct;100;tat;;atgf;15 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2050;;;0/0;;;;;att;100;act;;aat;;agt;95 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;888;;;10;11;;;;ctt;59;cct;100;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;43;;;20;6;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt; ttc;50;tcc;98;tac;68;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;16;tcc;26;tac;1;tgc;34 atc;-10;acc;77;aac;40;agc;81;;clos8;40.75;;;40;5;;;;atc;100;acc;5;aac;24;agc;7 ctc;94;ccc;89;cac;80;cgt;84;;sans;326;;;50;4;36;;;ctc;51;ccc;55;cac;11;cgt;49 gtc;82;gcc;54;gac;62;ggc;76;;avec;752;;;60;3;;;;gtc;43;gcc;62;gac;21;ggc;17 tta;74;tca;79;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;4;;;;tta;7;tca;1;taa;100;tga;32 ata;100;aca;69;aaa;59;aga;72;;;;;;80;3;;;;ata;77;aca;29;aaa;9;aga;0 cta;72;cca;75.7;caa;63;cga;95;;L’estimation par clos8;;;;90;1;;;;cta;23;cca;29;caa;2;cga;9 gta;69;gca;2;gaa;56;gga;70;;est 15 % en dessous;;;;100;2;;;;gta;21;gca;100;gaa;37;gga;2 ttg;100;tcg;97;tag;;tgg;83;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;4;tcg;69;tag;100;tgg;12 atgj;68;acg;91;aag;96;agg;98;;43;;100;;;49;;;;atgj;28;acg;29;aag;35;agg;20 ctg;85;ccg;93;cag;97;cgg;88;;atc;59;152;;;;;;;ctg;22;ccg;79;cag;33;cgg;76 gtg;93;gcg;100;gag;89;ggg;93;;gca;73;219;;;;;;;gtg;61;gcg;64;gag;49;ggg;43 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;265;;272;;944;1481 </pre> ==gamma== ===Shewanella=== ====spl opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_opérons|spl opérons]] <pre> 39.1%GC;30.6.19 Paris;16s 11;147;doubles;intercalaires ;Shewanella pealeana;;;; ;45136..46685;;16s;@1;339 ;47025..49946;;23s;;112 ;50059..50174;;5s;; ;;;;; ;51490..53039;;16s;;339 ;53379..56298;;23s;;114 ;56413..56528;;5s;; ;;;;; ;182271..183820;;16s;@2;71 ;183892..183968;;atc;;65 ;184034..184109;;gca;;364 ;184474..187395;;23s;;112 ;187508..187623;;5s;;100 ;187724..187800;;gac;; ;;;;; ;191614..191689;;aca;;8 ;191698..191782;;tac;;35 ;191818..191891;;gga;; ;;;;; ;235182..236731;;16s;;374 ;237106..240025;;23s;;114 ;240140..240255;;5s;; ;;;;; ;243631..245180;;16s;;338 ;245519..248440;;23s;;113 ;248554..248669;;5s;;68 ;248738..248813;;acc;;17 ;248831..248946;;5s;; ;;;;; ;416766..416842;;cgg;;39 ;416882..416957;;cac;;41 ;416999..417075;;cca;+;58 ;417134..417210;;cca;2 cca; ;;;;; ;493711..495260;;16s;;339 ;495600..498519;;23s;;114 ;498634..498749;;5s;; ;;;;; ;641376..641466;;tca;@3;1172 ;642639..642729;;tca;; ;;;;; ;645847..647396;;16s;;71 ;647468..647544;;atc;;65 ;647610..647685;;gca;;329 ;648015..650937;;23s;;156 ;651094..651209;;5s;; ;;;;; ;728115..728199;;ttg;; ;;;;; comp;1168942..1169018;;atgi;; ;;;;; comp;1339706..1339781;;aca;+;52 comp;1339834..1339909;;ttc;2 ttc;539 comp;1340449..1340524;;aca;2 aca;52 comp;1340577..1340652;;ttc;; ;;;;; comp;1342467..1342542;;aca;;52 comp;1342595..1342670;;ttc;; ;;;;; ;1456724..1456815;;agc;;21 ;1456837..1456913;;cgt;+;30 ;1456944..1457020;;cgt;7 cgt;32 ;1457053..1457129;;cgt;3 agc;30 ;1457160..1457236;;cgt;;33 ;1457270..1457346;;cgt;;9 ;1457356..1457447;;agc;;76 ;1457524..1457600;;cgt;;35 ;1457636..1457712;;cgt;;9 ;1457722..1457813;;agc;; ;;;;; comp;1627363..1627438;;agg;; ;;;;; comp;1770483..1770558;;gta;+;37 comp;1770596..1770671;;gta;11 gta;37 comp;1770709..1770784;;gta;;37 comp;1770822..1770897;;gta;;37 comp;1770935..1771010;;gta;;37 comp;1771048..1771123;;gta;;37 comp;1771161..1771236;;gta;;37 comp;1771274..1771349;;gta;;37 comp;1771387..1771462;;gta;;37 comp;1771500..1771575;;gta;;39 comp;1771615..1771690;;gta;; ;;;;; ;1773910..1773985;;gcc;+;80 ;1774066..1774141;;gaa;13 gaa;102 ;1774244..1774319;;gaa;2 gcc;102 ;1774422..1774497;;gaa;;102 ;1774600..1774675;;gaa;;102 ;1774778..1774853;;gaa;;102 ;1774956..1775031;;gaa;;102 ;1775134..1775209;;gaa;;102 ;1775312..1775387;;gaa;;253 ;1775641..1775716;;gaa;;102 ;1775819..1775894;;gaa;;102 ;1775997..1776072;;gaa;;102 ;1776175..1776250;;gaa;;102 ;1776353..1776428;;gaa;;47 ;1776476..1776551;;gcc;; ;;;;; ;2081297..2082846;;16s;;338 ;2083185..2086104;;23s;;114 ;2086219..2086334;;5s;; ;;;;; comp;2143274..2143350;;ccc;; ;;;;; comp;2366164..2366240;;atgf;+;40 comp;2366281..2366357;;atgf;4 atgf;40 comp;2366398..2366474;;atgf;;40 comp;2366515..2366591;;atgf;; ;;;;; ;2376218..2376308;;tca;; ;;;;; ;2379767..2379842;;ggc;;13 ;2379856..2379929;;tgc;;85 ;2380015..2380100;;tta;; ;;;;; ;2550857..2550932;;ggc;;13 ;2550946..2551019;;tgc;+;95 ;2551115..2551200;;tta;3 tgc;634 ;2551835..2551908;;tgc;3 tta;95 ;2552004..2552089;;tta;;479 ;2552569..2552642;;tgc;;132 ;2552775..2552860;;tta;; ;;;;; ;2558019..2558109;;tca;; ;;;;; comp;2717566..2717655;;tcc;; ;;;;; comp;2759730..2759806;;atgf;+;189 comp;2759996..2760072;;atgf;4 atgf;45 comp;2760118..2760194;;gtc;2 gtc;2 comp;2760197..2760273;;atgf;;35 comp;2760309..2760385;;gtc;;13 comp;2760399..2760475;;atgf;; ;;;;; ;2858823..2858907;;tac;+;30 ;2858938..2859022;;tac;5 tac;85 ;2859108..2859192;;tac;;107 ;2859300..2859384;;tac;;107 ;2859492..2859576;;tac;; ;;;;; ;2866268..2866343;;aac;+;45 ;2866389..2866464;;aac;7aac;41 ;2866506..2866581;;aac;;26 ;2866608..2866683;;aac;;32 ;2866716..2866791;;aac;;33 ;2866825..2866900;;aac;;40 ;2866941..2867016;;aac;; ;;;;; comp;2929429..2929505;;gac;+;97 comp;2929603..2929679;;gac;4 gac;97 comp;2929777..2929853;;gac;;83 comp;2929937..2930013;;gac;; ;;;;; comp;3120289..3120364;;aaa;+;58 comp;3120423..3120498;;aaa;12 aaa;58 comp;3120557..3120632;;aaa;;58 comp;3120691..3120766;;aaa;;59 comp;3120826..3120901;;aaa;;57 comp;3120959..3121034;;aaa;;58 comp;3121093..3121168;;aaa;;58 comp;3121227..3121302;;aaa;;59 comp;3121362..3121437;;aaa;;58 comp;3121496..3121571;;aaa;;59 comp;3121631..3121706;;aaa;;59 comp;3121766..3121841;;aaa;; ;;;;; comp;3269860..3269935;;cac;;8 comp;3269944..3270020;;aga;;63 comp;3270084..3270160;;cca;; ;;;;; comp;3757983..3758059;;atgf;; comp;3758163..3758249;;ctc;; ;;;;; comp;3835257..3835331;;caa;+;51 comp;3835383..3835467;;cta;5 caa;131 comp;3835599..3835673;;caa;5 cta;20 comp;3835694..3835778;;cta;3 atg;96 comp;3835875..3835949;;caa;;49 comp;3835999..3836083;;cta;;211 comp;3836295..3836371;;atg;;5 comp;3836377..3836451;;caa;;47 comp;3836499..3836583;;cta;;55 comp;3836639..3836715;;atg;;5 comp;3836721..3836795;;caa;;47 comp;3836843..3836927;;cta;;55 comp;3836983..3837059;;atg;; ;;;;; comp;3862885..3862961;;tgg;+;167 comp;3863129..3863205;;tgg;2 tgg; ;;;;; comp;3867049..3867164;;5s;;114 comp;3867279..3870198;;23s;;338 comp;3870537..3872086;;16s;; ;;;;; ;3882154..3882229;;ttc;; ;;;;; comp;4331488..4331563;;ggc;+;130 comp;4331694..4331769;;ggc;6 ggc;47 comp;4331817..4331892;;ggc;;162 comp;4332055..4332130;;ggc;;16 comp;4332147..4332222;;ggc;;48 comp;4332271..4332346;;ggc;; ;;;;; comp;4616881..4616996;;5s;;112 comp;4617109..4620030;;23s;;364 comp;4620395..4620470;;gca;;65 comp;4620536..4620612;;atc;;71 comp;4620684..4622233;;16s;; ;;;;; comp;5129770..5129846;;gac;;100 comp;5129947..5130062;;5s;;115 comp;5130178..5133097;;23s; ;339 comp;5133437..5134986;;16s;; </pre> ====spl cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_cumuls|spl cumuls]] <pre> spl cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;0;;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;6;20;12;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;27;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;2;60;28;;150;;60;;400; ;max a;3;80;3;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;8;;250;;100;;600; ;spéciaux;0;120;13;;300;;120;;700; ;total aas;9;140;3;;350;;140;;800; sans ;opérons;29;160;0;;400;;160;;900; ;1 aa;8;180;2;;450;;180;;1000; ;max a;15;200;1;;500;;200;;1100; ;a doubles;15;;6;;;;;;; ;total aas;133;;103;;;0;;0;;0 total aas;;142;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;88;;;;;;; ;;;variance;143;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;58;;;;;;; ;;;variance;35;;;;;;; </pre> ====spl blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_blocs|spl blocs]] <pre> spl blocs;;;;;;; 16s;339;339;374;339;338;338; 23s;112;114;114;114;114;114; 5s;;;;;;; ;;;;;;; 16s;71;71;71;16s;338;16s;339 atc;65;65;65;23s;113;23s;115 gca;364;329;364;5s;68;5s;100 23s;112;156;112;acc;17;gac; 5s;100;;;5s;;; gac;;;;;;; </pre> ====spl distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_distribution|spl distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;2 gac;ttc;3;tcc;;tac;;tgc;4;cca2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;cca2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;3;tac5;atc;;acc;;aac;7;agc;;tac5;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;7;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;séquences;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;8;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;(aca ttc)2;tta;4;tca;;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;2;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;(tgc tta)3;ata;;aca;4;aaa;;aga;1;gaa13;ata;;aca;;aaa;12;aga;;gaa13;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;(atf gtc)2;cta;5;cca;1;caa;5;cga;;atgf4+2;cta;;cca;2;caa;;cga;;atgf4+2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;(caa cta atgj)3 ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;cgt5+2;gta;11;gca;;gaa;13;gga;;cgt5+2;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;ou;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;1;(caa cta)5;atgj;3;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total spl;;8;;;;;8;;spl;46;;;;;;46;;spl;79;;;;;;79;;spl;;;;3;;;3 </pre> ====spl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_données_intercalaires|spl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;5s CDS;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;spl;fx;fc;spl;fx40;fc40;spl;x-;c-;c;x;c;x;;c;x;;c;x; 1;0;0;1;17;0;1;17;-1;;126;606;234;16s 23s;;;tRNA tRNA;;suite;tRNA tRNA;;suite ;0;10;8;284;1;0;46;-2;2;0;195;236;4* 349;;;37;;gta;45;;aac ;0;20;19;193;2;0;53;-3;;0;155;320;384;;;37;;gta;41;;aac ;0;30;13;120;3;1;29;-4;5;136;789;-23;3* 348;;;37;;gta;26;;aac 1;0;40;29;86;4;0;22;-5;;0;695;286;5s CDS;;;37;;gta;32;;aac ;0;50;17;74;5;1;16;-6;;0;220;330;703;339;;37;;gta;33;;aac ;0;60;39;80;6;2;13;-7;;10;441;117;727;454;;37;;gta;40;;aac ;0;70;50;72;7;2;14;-8;2;46;913;500;;768;;37;;gta;**;;aac ;0;80;68;100;8;1;29;-9;;0;1058;545;;304;;37;;gta;97;;gac ;1;90;53;92;9;1;29;-10;;8;581;34;;454;;37;;gta;97;;gac 1;0;100;56;90;10;0;33;-11;;28;176;705;;798;;39;;gta;83;;gac ;1;110;38;64;11;2;27;-12;;0;257;977;16s tRNA;;;**;;gta;**;;gac 1;2;120;54;73;12;1;35;-13;;5;104;136;3* 74;;atc;80;;gcc;58;;aaa ;1;130;44;84;13;3;20;-14;;15;134;383;tRNA 23s;;;102;;gaa;58;;aaa 1;1;140;26;56;14;1;29;-15;1;0;455;254;371;;gca;102;;gaa;58;;aaa ;0;150;27;51;15;5;15;-16;;3;216;545;336;;gca;102;;gaa;59;;aaa ;4;160;30;52;16;0;10;-17;1;8;152;184;371;;gca;102;;gaa;57;;aaa ;1;170;31;49;17;3;13;-18;;0;530;98;5s tRNA;;;102;;gaa;58;;aaa ;3;180;36;53;18;2;20;-19;;1;595;291;100;;gac;102;;gaa;58;;aaa 2;1;190;24;43;19;1;14;-20;;7;89;1011;68;;acc;102;;gaa;59;;aaa ;3;200;34;36;20;1;10;-21;;0;178;465;100;;gac;253;;gaa;58;;aaa ;0;210;24;37;21;2;12;-22;;0;192;289;tRNA 5s;;;102;;gaa;59;;aaa ;2;220;25;39;22;1;12;-23;;4;353;187;17;;acc;102;;gaa;59;;aaa ;0;230;25;33;23;0;13;-24;;0;315;;tRNA tRNA;;intra;102;;gaa;**;;aaa 2;0;240;27;32;24;4;19;-25;;0;187;;3* 65;;atc gca;102;;gaa;8;;cac ;0;250;23;25;25;3;3;-26;;2;572;;tRNA tRNA;;;47;;gaa;63;;aga 1;2;260;22;30;26;0;9;-27;;0;124;;8;;aca;**;;gcc;**;;cca ;0;270;23;31;27;2;21;-28;;1;830;;35;;tac;40;;atgf;103;;atgf ;0;280;24;23;28;0;9;-29;;2;193;;**;;gga;40;;atgf;**;;ctc 2;0;290;27;29;29;1;11;-30;;0;255;;39;;cgg;40;;atgf;51;;caa 1;0;300;21;23;30;0;11;-31;;0;157;;41;;cac;**;;atgf;131;;cta ;0;310;18;18;31;3;17;-32;;3;114;;58;;cca;13;;ggc;20;;caa 1;1;320;16;19;32;4;9;-33;;0;162;;**;;cca;85;;tgc;96;;cta 1;0;330;11;18;33;3;8;-34;;1;495;;1172;;tca;**;;tta;49;;caa ;0;340;16;20;34;5;9;-35;;0;180;;**;;tca;13;;ggc;211;;cta ;0;350;13;17;35;2;8;-36;;0;160;;52;;aca;95;;tgc;5;;atgj ;1;360;14;16;36;1;6;-37;;0;663;;539;;ttc;634;;tta;47;;caa ;0;370;15;22;37;4;6;-38;;1;113;;52;;aca;95;;tgc;55;;cta ;0;380;10;9;38;5;10;-39;;0;427;;**;;ttc;479;;tta;5;;atgj 1;0;390;14;10;39;1;7;-40;;0;CDS 16s ;;52;;aca;132;;tgc;47;;caa ;0;400;10;9;40;1;6;-41;;1;647;614;**;;ttc;**;;tta;55;;cta 7;15;reste;230;253;reste;1235;1782;-42;;0;988;687;21;;agc;128;;cat;**;;atgj 23;39;total;1305;2482;total;1305;2482;-43;;1;876;1908;30;;cgt;128;;cat;167;;tgg 15;24;diagr;1074;2212;diagr;69;683;-44;;0;206;1178;32;;cgt;189;;atgf;**;;tgg 0;0; t30;40;597;;;;-45;;0;611;807;30;;cgt;45;;atgf;20;;ggc ;;;;;;;;-46;;0;5s 16s;;33;;cgt;2;;gtc;13;;ggt ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;1319;;9;;cgt;35;;atgf;47;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;23s 5s;;76;;agc;13;;gtc;47;;ggc ;x;1304;12;1;1317;;;-49;;0;8* 132;;35;;cgt;**;;atgf;15;;ggt ;c;2465;414;17;2896;;;-50;;0;2* 133;;9;;cgt;30;;tac;16;;ggc ;;;;;4213;253;;reste;1;5;177;;**;;agc;85;;tac;48;;ggc ;;;;;;4466;;total;12;414;;;;;;107;;tac;**;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;107;;tac;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tac;;; </pre> =====spl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires_aas|spl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;spl;;;;; deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;43968;44525;614;*; ;;rRNA;45140;46682;349;*;16s ;;rRNA;47032;49926;132;*;23s ;;rRNA;50059;50174;1319;*;5s ;;rRNA;51494;53036;349;*;16s ;;rRNA;53386;56280;132;*;23s ;;rRNA;56413;56528;339;*;5s fin;comp;CDS;56868;57011;;; deb;comp;CDS;146328;146498;-16;*; ;comp;regulatory;146483;146744;188;*; fin;;CDS;146933;149083;;; deb;comp;CDS;181132;181587;687;*; ;;rRNA;182275;183817;74;*;16s ;;tRNA;183892;183968;65;*;atc ;;tRNA;184034;184109;371;*;gca ;;rRNA;184481;187375;132;*;23s ;;rRNA;187508;187623;100;*;5s ;;tRNA;187724;187800;606;*;gac fin;;CDS;188407;189432;;; deb;comp;CDS;190429;191379;234;*; ;;tRNA;191614;191689;8;*;aca ;;tRNA;191698;191782;35;*;tac ;;tRNA;191818;191891;195;*;gga fin;;CDS;192087;193271;;; deb;;CDS;233942;234538;647;*; ;;rRNA;235186;236728;384;*;16s ;;rRNA;237113;240007;132;*;23s ;;rRNA;240140;240255;454;*;5s deb;comp;CDS;240710;241726;1908;*; ;;rRNA;243635;245177;348;*;16s ;;rRNA;245526;248420;133;*;23s ;;rRNA;248554;248669;68;*;5s ;;tRNA;248738;248813;17;*;acc ;;rRNA;248831;248946;703;*;5s fin;;CDS;249650;250924;;0; deb;;CDS;282426;283268;135;*; ;;ncRNA;283404;283755;313;*; fin;comp;CDS;284069;285322;;; deb;comp;CDS;413908;416529;236;*; ;;tRNA;416766;416842;39;*;cgg ;;tRNA;416882;416957;41;*;cac ;;tRNA;416999;417075;58;*;cca ;;tRNA;417134;417210;320;*;cca fin;comp;CDS;417531;419450;;; deb;comp;CDS;492003;492536;1178;*; ;;rRNA;493715;495257;349;*;16s ;;rRNA;495607;498501;132;*;23s ;;rRNA;498634;498749;768;*;5s fin;comp;CDS;499518;500534;;; deb;;CDS;550745;552652;-23;*; ;comp;tRNA;552630;552724;286;*;tga fin;;CDS;553011;553874;;; deb;;CDS;640018;641220;155;*; ;;tRNA;641376;641466;1172;*;tca ;;tRNA;642639;642729;789;*;tca deb;;CDS;643519;644862;988;*; ;;rRNA;645851;647393;74;*;16s ;;tRNA;647468;647544;65;*;atc ;;tRNA;647610;647685;336;*;gca ;;rRNA;648022;650916;177;*;23s ;;rRNA;651094;651209;727;*;5s fin;;CDS;651937;653757;;0; deb;comp;CDS;727650;727784;330;*; ;;tRNA;728115;728199;695;*;ttg fin;;CDS;728895;730808;;0; deb;;CDS;878528;879232;406;*; ;;regulatory;879639;879784;204;*; fin;;CDS;879989;881359;;; deb;;CDS;1166653;1168824;117;*; ;comp;tRNA;1168942;1169018;220;*;atgi fin;comp;CDS;1169239;1171089;;; deb;;CDS;1284512;1284730;-193;*; ;comp;misc_f;1284538;1284656;121;*; fin;comp;CDS;1284778;1285140;;0; deb;;CDS;1337892;1339205;500;*; ;comp;tRNA;1339706;1339781;52;*;aca ;comp;tRNA;1339834;1339909;539;*;ttc ;comp;tRNA;1340449;1340524;52;*;aca ;comp;tRNA;1340577;1340652;545;*;ttc deb;;CDS;1341198;1342432;34;*; ;comp;tRNA;1342467;1342542;52;*;aca ;comp;tRNA;1342595;1342670;441;*;ttc fin;comp;CDS;1343112;1343390;;; deb;;CDS;1455613;1455810;913;*; ;;tRNA;1456724;1456815;21;*;agc ;;tRNA;1456837;1456913;30;*;cgt ;;tRNA;1456944;1457020;32;*;cgt ;;tRNA;1457053;1457129;30;*;cgt ;;tRNA;1457160;1457236;33;*;cgt ;;tRNA;1457270;1457346;9;*;cgt ;;tRNA;1457356;1457447;76;*;agc ;;tRNA;1457524;1457600;35;*;cgt ;;tRNA;1457636;1457712;9;*;cgt ;;tRNA;1457722;1457813;1058;*;agc fin;;CDS;1458872;1459117;;; deb;comp;CDS;1564741;1565973;165;*; ;comp;tmRNA;1566139;1566494;110;*; fin;comp;CDS;1566605;1567099;;0; deb;comp;CDS;1625951;1626781;581;*; ;comp;tRNA;1627363;1627438;176;*;agg fin;comp;CDS;1627615;1628784;;0; deb;comp;CDS;1769998;1770225;257;*; ;comp;tRNA;1770483;1770558;37;*;gta ;comp;tRNA;1770596;1770671;37;*;gta ;comp;tRNA;1770709;1770784;37;*;gta ;comp;tRNA;1770822;1770897;37;*;gta ;comp;tRNA;1770935;1771010;37;*;gta ;comp;tRNA;1771048;1771123;37;*;gta ;comp;tRNA;1771161;1771236;37;*;gta ;comp;tRNA;1771274;1771349;37;*;gta ;comp;tRNA;1771387;1771462;37;*;gta ;comp;tRNA;1771500;1771575;39;*;gta ;comp;tRNA;1771615;1771690;705;*;gta deb;;CDS;1772396;1773805;104;*; ;;tRNA;1773910;1773985;80;*;gcc ;;tRNA;1774066;1774141;102;*;gaa ;;tRNA;1774244;1774319;102;*;gaa ;;tRNA;1774422;1774497;102;*;gaa ;;tRNA;1774600;1774675;102;*;gaa ;;tRNA;1774778;1774853;102;*;gaa ;;tRNA;1774956;1775031;102;*;gaa ;;tRNA;1775134;1775209;102;*;gaa ;;tRNA;1775312;1775387;253;*;gaa ;;tRNA;1775641;1775716;102;*;gaa ;;tRNA;1775819;1775894;102;*;gaa ;;tRNA;1775997;1776072;102;*;gaa ;;tRNA;1776175;1776250;102;*;gaa ;;tRNA;1776353;1776428;47;*;gaa ;;tRNA;1776476;1776551;977;*;gcc fin;comp;CDS;1777529;1779358;;0; deb;comp;CDS;1928606;1930189;113;*; ;comp;misc_f;1930303;1930412;474;*; fin;;CDS;1930887;1931621;;; deb;;CDS;2079870;2080424;876;*; ;;rRNA;2081301;2082843;348;*;16s ;;rRNA;2083192;2086086;132;*;23s ;;rRNA;2086219;2086334;304;*;5s fin;comp;CDS;2086639;2087564;;; deb;;CDS;2142913;2143137;136;*; ;comp;tRNA;2143274;2143350;134;*;ccc fin;comp;CDS;2143485;2145269;;; deb;;CDS;2225993;2226382;125;*; ;;regulatory;2226508;2226638;52;*; fin;;CDS;2226691;2228829;;; deb;comp;CDS;2365103;2365708;455;*; ;comp;tRNA;2366164;2366240;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366281;2366357;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366398;2366474;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366515;2366591;383;*;atgf fin;;CDS;2366975;2369110;;; deb;comp;CDS;2374251;2375963;254;*; ;;tRNA;2376218;2376308;216;*;tca fin;;CDS;2376525;2377169;;; deb;;CDS;2379066;2379614;152;*; ;;tRNA;2379767;2379842;13;*;ggc ;;tRNA;2379856;2379929;85;*;tgc ;;tRNA;2380015;2380100;530;*;tta fin;;CDS;2380631;2381200;;; deb;;CDS;2548825;2550261;595;*; ;;tRNA;2550857;2550932;13;*;ggc ;;tRNA;2550946;2551019;95;*;tgc ;;tRNA;2551115;2551200;634;*;tta ;;tRNA;2551835;2551908;95;*;tgc ;;tRNA;2552004;2552089;479;*;tta ;;tRNA;2552569;2552642;132;*;tgc ;;tRNA;2552775;2552860;545;*;tta fin;comp;CDS;2553406;2553735;;; deb;;CDS;2556685;2557929;89;*; ;;tRNA;2558019;2558109;184;*;tca fin;comp;CDS;2558294;2559073;;; deb;;CDS;2716829;2717467;98;*; ;comp;tRNA;2717566;2717655;178;*;tcc fin;comp;CDS;2717834;2719828;;; deb;comp;CDS;2758794;2759069;192;*; ;comp;tRNA;2759262;2759367;128;*;cat ;comp;tRNA;2759496;2759601;128;*;cat ;comp;tRNA;2759730;2759806;189;*;atgf ;comp;tRNA;2759996;2760072;45;*;atgf ;comp;tRNA;2760118;2760194;2;*;gtc ;comp;tRNA;2760197;2760273;35;*;atgf ;comp;tRNA;2760309;2760385;13;*;gtc ;comp;tRNA;2760399;2760475;353;*;atgf fin;comp;CDS;2760829;2762043;;; deb;comp;CDS;2858049;2858531;291;*; ;;tRNA;2858823;2858907;30;*;tac ;;tRNA;2858938;2859022;85;*;tac ;;tRNA;2859108;2859192;107;*;tac ;;tRNA;2859300;2859384;107;*;tac ;;tRNA;2859492;2859576;315;*;tac fin;;CDS;2859892;2860968;;0; deb;comp;CDS;2863253;2865256;1011;*; ;;tRNA;2866268;2866343;45;*;aac ;;tRNA;2866389;2866464;41;*;aac ;;tRNA;2866506;2866581;26;*;aac ;;tRNA;2866608;2866683;32;*;aac ;;tRNA;2866716;2866791;33;*;aac ;;tRNA;2866825;2866900;40;*;aac ;;tRNA;2866941;2867016;187;*;aac fin;;CDS;2867204;2869120;;; deb;comp;CDS;2904901;2906862;188;*; ;comp;regulatory;2907051;2907149;230;*; fin;comp;CDS;2907380;2908291;;0; deb;comp;CDS;2926979;2928856;572;*; ;comp;tRNA;2929429;2929505;97;*;gac ;comp;tRNA;2929603;2929679;97;*;gac ;comp;tRNA;2929777;2929853;83;*;gac ;comp;tRNA;2929937;2930013;124;*;gac fin;comp;CDS;2930138;2931472;;; deb;comp;CDS;3118298;3119458;830;*; ;comp;tRNA;3120289;3120364;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120423;3120498;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120557;3120632;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120691;3120766;59;*;aaa ;comp;tRNA;3120826;3120901;57;*;aaa ;comp;tRNA;3120959;3121034;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121093;3121168;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121227;3121302;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121362;3121437;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121496;3121571;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121631;3121706;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121766;3121841;193;*;aaa fin;comp;CDS;3122035;3122760;;; deb;;CDS;3243130;3243747;634;*; ;comp;ncRNA;3244382;3244478;176;*; fin;comp;CDS;3244655;3244972;;0; deb;comp;CDS;3268300;3269604;255;*; ;comp;tRNA;3269860;3269935;8;*;cac ;comp;tRNA;3269944;3270020;63;*;aga ;comp;tRNA;3270084;3270160;465;*;cca fin;;CDS;3270626;3271480;;0; deb;comp;CDS;3757370;3757825;157;*; ;comp;tRNA;3757983;3758059;103;*;atgf ;comp;tRNA;3758163;3758249;114;*;ctc fin;comp;CDS;3758364;3758699;;; deb;comp;CDS;3834636;3835094;162;*; ;comp;tRNA;3835257;3835331;51;*;caa ;comp;tRNA;3835383;3835467;131;*;cta ;comp;tRNA;3835599;3835673;20;*;caa ;comp;tRNA;3835694;3835778;96;*;cta ;comp;tRNA;3835875;3835949;49;*;caa ;comp;tRNA;3835999;3836083;211;*;cta ;comp;tRNA;3836295;3836371;5;*;atgj ;comp;tRNA;3836377;3836451;47;*;caa ;comp;tRNA;3836499;3836583;55;*;cta ;comp;tRNA;3836639;3836715;5;*;atgj ;comp;tRNA;3836721;3836795;47;*;caa ;comp;tRNA;3836843;3836927;55;*;cta ;comp;tRNA;3836983;3837059;495;*;atgj fin;comp;CDS;3837555;3838646;;; deb;comp;CDS;3862357;3862704;180;*; ;comp;tRNA;3862885;3862961;167;*;tgg ;comp;tRNA;3863129;3863205;160;*;tgg fin;comp;CDS;3863366;3864334;;; deb;;CDS;3865578;3866594;454;*; ;comp;rRNA;3867049;3867164;132;*;5s ;comp;rRNA;3867297;3870191;348;*;23s ;comp;rRNA;3870540;3872082;807;*;16s fin;;CDS;3872890;3873405;;0; deb;comp;CDS;3879732;3881864;289;*; ;;tRNA;3882154;3882229;187;*;ttc fin;comp;CDS;3882417;3884279;;0; deb;comp;CDS;3930329;3932182;122;*; ;comp;regulatory;3932305;3932527;233;*; fin;comp;CDS;3932761;3933408;;0; deb;;CDS;4051244;4051564;82;*; ;;ncRNA;4051647;4051828;251;*; fin;comp;CDS;4052080;4052250;;; deb;comp;CDS;4130284;4131048;211;*; ;comp;regulatory;4131260;4131412;506;*; fin;comp;CDS;4131919;4132536;;0; deb;;CDS;4146436;4146708;183;*; ;;regulatory;4146892;4146991;94;*; fin;;CDS;4147086;4148081;;0; deb;comp;CDS;4330369;4330824;663;*; ;comp;tRNA;4331488;4331563;20;*;ggc ;comp;tRNA;4331584;4331680;13;*;ggt ;comp;tRNA;4331694;4331769;47;*;ggc ;comp;tRNA;4331817;4331892;47;*;ggc ;comp;tRNA;4331940;4332039;15;*;ggt ;comp;tRNA;4332055;4332130;16;*;ggc ;comp;tRNA;4332147;4332222;48;*;ggc ;comp;tRNA;4332271;4332346;113;*;ggc fin;comp;CDS;4332460;4333005;;0; deb;comp;CDS;4446808;4448991;66;*; ;comp;regulatory;4449058;4449140;441;*; fin;;CDS;4449582;4449893;;; deb;comp;CDS;4452358;4453668;212;*; ;;regulatory;4453881;4453980;104;*; fin;;CDS;4454085;4455455;;0; deb;;CDS;4615072;4616082;798;*; ;comp;rRNA;4616881;4616996;132;*;5s ;comp;rRNA;4617129;4620023;371;*;23s ;comp;tRNA;4620395;4620470;65;*;gca ;comp;tRNA;4620536;4620612;74;*;atc ;comp;rRNA;4620687;4622229;206;*;16s fin;comp;CDS;4622436;4623133;;; deb;comp;CDS;5003438;5004418;-13;*; ;comp;regulatory;5004406;5004542;257;*; fin;;CDS;5004800;5006449;;0; deb;comp;CDS;5129088;5129342;427;*; ;comp;tRNA;5129770;5129846;100;*;gac ;comp;rRNA;5129947;5130062;133;*;5s ;comp;rRNA;5130196;5133090;349;*;23s ;comp;rRNA;5133440;5134982;611;*;16s fin;comp;CDS;5135594;5137015;;0; </pre> ====spl intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_entre_cds|spl intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> spl;31.1.21 Paris;NCBI;spl 24-9-2020;;;;;;;;; spl;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;426;10.1;'''négatif ;-7;10;-1 à -98;'''5 174 581;-1;426;610;5 ;'''zéro;18;0.4;;;;;'''intercals;0;18;620;10 ;'''1 à 200;2448;58.1;'''0 à 200;82;58;;'''730 981;5;168;630;7 ;'''201 à 370;776;18.4;'''201 à 370;274;48;;'''14.1%;10;124;640;6 ;'''371 à 600;378;9.0;'''371 à 600;462;62;;;15;138;650;6 ;'''601 à max;167;4.0;'''601 à 1028;849;331;;;20;74;660;6 ;'''total 4213;<201;68.6;'''total 4213;173;207;-98 à 3180;;25;69;670;7 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;64;680;6 3787762;3180;-1;426;-70;2;;0;18;35;68;690;3 2676990;2727;0;18;-60;0;;-1;°126;40;47;700;5 4795292;1942;1;°46;-50;4;;-2;2;45;49;710;6 3628609;1722;2;°53;-40;2;;-3;0;50;42;720;6 1384243;1674;3;°30;-30;5;'''min à -1;-4;°141;55;52;730;2 5168395;1593;4;22;-20;16;426;-5;0;60;67;740;7 1692692;1489;5;17;-10;70;10.1%;-6;0;65;56;750;4 4989087;1401;6;15;0;345;;-7;10;70;66;760;1 5017524;1331;7;16;10;292;;-8;°48;75;77;770;3 1530827;1329;8;°30;20;212;;-9;0;80;91;780;3 4000859;1318;9;°30;30;133;;-10;8;85;67;790;4 1999942;1254;10;°33;40;115;'''1 à 100;-11;°28;90;78;800;4 1605218;1225;11;°29;50;91;1561;-12;0;95;65;810;2 897237;1221;12;°36;60;119;37.1%;-13;5;100;81;820;3 1570703;1178;13;23;70;122;;-14;°15;105;41;830;1 4927424;1166;14;°30;80;168;;-15;1;110;61;840;3 1817514;1161;15;20;90;145;;-16;3;115;52;850;2 3532660;1157;16;10;100;146;;-17;°9;120;75;860;1 1716642;1154;17;16;110;102;;-18;0;125;64;870;4 1413389;1150;18;°22;120;127;;-19;1;130;64;880;2 2276940;1141;19;15;130;128;;-20;°7;135;37;890;3 600202;1140;20;11;140;82;;-21;0;140;45;900;1 1996502;1103;21;°14;150;78;;-22;0;145;45;910;2 3325479;1046;22;13;160;82;;-23;°4;150;33;920;2 223647;1016;23;13;170;80;'''1 à 200;-24;0;155;43;930;1 3589524;1016;24;°23;180;89;2448;-25;0;160;39;940;3 967539;1009;25;6;190;67;58.1%;-26;°2;165;42;950;3 4112640;1007;26;9;200;70;;-27;0;170;38;960;3 4903734;975;27;°23;210;61;;-28;1;175;45;970;1 3472661;968;28;9;220;64;;-29;°2;180;44;980;1 750412;959;29;12;230;58;;-30;0;185;34;990;0 2804938;959;30;11;240;59;;-31;0;190;33;1000;0 2670476;957;31;°20;250;48;;-32;°3;195;35;1010;2 2620635;946;32;13;260;52;;;434;200;35;1020;2 2967190;944;33;11;270;54;;reste;10;205;33;1030;0 4243039;944;34;°14;280;47;'''0 à 200;total;444;210;28;1040;0 2002234;937;35;10;290;56;2466;;;215;23;1050;1 3578230;936;36;7;300;44;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;41;1060;0 4121391;933;37;°10;310;36;;600;4046;225;35;1070;0 1500535;926;38;°15;320;35;;650;34;230;23;1080;0 4952031;915;39;8;330;29;;700;27;235;32;1090;0 2490814;912;40;7;340;36;'''201 à 370;750;25;240;27;1100;0 2028503;909;reste;3017;350;30;776;800;15;245;25;1110;1 4150415;904;total;4213;360;30;18.4%;850;11;250;23;1120;0 2127775;897;;;370;37;;900;11;255;26;1130;0 1003095;887;;;380;19;;950;11;260;26;1140;1 2921392;885;;;390;24;;1000;5;265;31;1150;2 2262088;884;;;400;19;;1050;5;270;23;1160;2 2877064;877;;;410;32;;1100;0;275;24;1170;2 4984821;874;;;420;31;;1150;4;280;23;1180;1 4474909;866;;;430;24;;1200;5;285;30;1190;0 1417740;865;;;440;20;;1250;2;290;26;1200;0 4759907;862;;;450;20;;1300;1;295;19;reste;14 3297697;861;;;460;20;;1350;3;300;25;total;167 ;;;;470;19;;1400;0;305;20;; ;;;;480;12;;1450;1;310;16;; '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;490;12;;1500;1;315;20;; 4734113;-98;shift2;629;500;19;;1550;0;320;15;; 4557422;-77;shift2;764;510;13;;1600;1;325;15;; 2893452;-56;shift2;1688;520;14;;1650;0;330;14;; 4567483;-53;shift2;4142;530;12;;1700;1;335;17;; 5067715;-53;shift2;2369;540;12;'''371 à 600;1750;1;340;19;; 4015714;-52;comp;;550;9;378;1800;0;345;15;; 1735201;-43;shift2;;560;11;9.0%;1850;0;350;15;; 1578876;-41;shift2;;570;15;;1900;0;355;15;; 164778;-38;shift2;;580;7;'''601 à max;1950;1;360;15;; 5173629;-34;shift2;;590;7;167;;165;365;19;; 73781;-32;shift2;;600;7;4.0%;;;370;18;; 2497076;-32;shift2;;reste;167;;reste;2;reste;545;; 2892533;-32;shift2;;total;4213;;total;4213;total;4213;; </pre> ====spl intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> spl. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; ;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; spl;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;47;-333;594;7.7;611;236;max80;-47;363;-934;95;806;257;min50 31 à 400;-;-;-;-;-;-;;10.3;-50;-57;43;915;162;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;59;37;-;275;poly;336;tF;158;57;;614;poly;192;SF 31 à 400;;;;;;;;106;43;-;885;dte;30;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;-0.342;;;;; 41-n;0.884;0.735;0.784;;;;;;;;;;; 1-n;0.172;-0.353;-0.202;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; spl;fx;fc;;spl;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;spl;Sx-;Sc- 0;1;17;;0;1;8;0;1;17;>0;1300;-1;0;126 10;8;284;;10;7;128;1;0;46;<0;12;-2;2;0 20;19;193;;20;18;87;2;0;53;zéro;1;-3;0;0 30;13;120;;30;12;54;3;1;29;total;1313;-4;5;136 40;29;86;;40;27;39;4;0;22;;c;-5;0;0 50;16;75;;50;15;34;5;1;16;>0;2469;-6;0;0 60;39;80;;60;36;36;6;2;13;<0;414;-7;0;10 70;50;72;;70;47;33;7;2;14;zéro;17;-8;2;46 80;67;101;;80;63;46;8;1;29;total;2900;-9;0;0 90;52;93;;90;49;42;9;1;29;;;-10;0;8 100;56;90;;100;52;41;10;0;33;;;-11;0;28 110;38;64;;110;35;29;11;2;27;;;-12;0;0 120;54;73;;120;50;33;12;1;35;;;-13;0;5 130;44;84;;130;41;38;13;3;20;;;-14;0;15 140;26;56;;140;24;25;14;1;29;;;-15;1;0 150;27;51;;150;25;23;15;5;15;;;-16;0;3 160;30;52;;160;28;23;16;0;10;;;-17;1;8 170;30;50;;170;28;23;17;3;13;;;-18;0;0 180;36;53;;180;34;24;18;2;20;;;-19;0;1 190;24;43;;190;22;19;19;1;14;;;-20;0;7 200;33;37;;200;31;17;20;1;10;;;-21;0;0 210;24;37;;210;22;17;21;2;12;;;-22;0;0 220;25;39;;220;23;18;22;1;12;;;-23;0;4 230;25;33;;230;23;15;23;0;13;;;-24;0;0 240;28;31;;240;26;14;24;4;19;;;-25;0;0 250;23;25;;250;21;11;25;3;3;;;-26;0;2 260;22;30;;260;21;14;26;0;9;;;-27;0;0 270;23;31;;270;21;14;27;2;21;;;-28;0;1 280;25;22;;280;23;10;28;0;9;;;-29;0;2 290;27;29;;290;25;13;29;1;11;;;-30;0;0 300;20;24;;300;19;11;30;0;11;;;-31;0;0 310;18;18;;310;17;8;31;3;17;;;-32;0;3 320;16;19;;320;15;9;32;4;9;;;-33;0;0 330;11;18;;330;10;8;33;3;8;;;-34;0;1 340;16;20;;340;15;9;34;5;9;;;-35;0;0 350;13;17;;350;12;8;35;2;8;;;-36;0;0 360;14;16;;360;13;7;36;1;6;;;-37;0;0 370;15;22;;370;14;10;37;4;6;;;-38;0;1 380;10;9;;380;9;4;38;5;10;;;-39;0;0 390;14;10;;390;13;5;39;1;7;;;-40;0;0 400;11;8;;400;10;4;40;1;6;;;-41;0;1 reste;229;254;;;;;reste;1231;1786;;;-42;0;0 total;1301;2486;;t30;37;270;total;1301;2486;;;-43;0;1 diagr;1071;2215;;t60;116;378;diagr;69;683;;;-44;0;0 - t30;1031;1618;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;947;1377;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;5 ;;;;;;;;;;;;total;12;414 ;;;;;;;;;;;;-52;1; </pre> ====spl intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_négatifs_S-|spl intercalaires négatifs S-]] 9.6.21 Paris <pre> spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;2;;5;;;;2;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;12 continu;126;0;0;136;0;0;10;46;0;8;28;0;5;15;0;3;8;0;1;7;0;0;4;0;0;2;0;1;2;0;0;3;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;5;414 </pre> *14.8.21 Paris <pre> 14.8.21 Paris;spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;5;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;12 ;Sc-;126;0;0;136;0;0;10;46;0;8;28;0;5;15;0;3;8;0;1;7;0;0;4;0;0;2;0;1;2;0;0;3;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;5;414 </pre> ====spl autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires|spl autres intercalaires]] <pre> spl;autres intercalaires;;adresses1;;;spl;autres intercalaires;;adresses2;;;spl;autres intercalaires;;adresses3;;;spl;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;43968;614;comp;;deb;°CDS;1337892;500;;;deb;°CDS;2379066;152;;;deb;°CDS;3757370;157;comp ;$rRNA;45140;349;;;;&tRNA;1339706;52;comp;;;&tRNA;2379767;13;;;;&tRNA;3757983;103;comp ;$rRNA;47032;132;;;;&tRNA;1339834;539;comp;;;&tRNA;2379856;85;;;;&tRNA;3758163;114;comp ;$rRNA;50059;1319;;;;&tRNA;1340449;52;comp;;;&tRNA;2380015;530;;;fin;°CDS;3758364;;comp ;$rRNA;51494;349;;;;&tRNA;1340577;545;comp;;fin;°CDS;2380631;;;;deb;°CDS;3834636;162;comp ;$rRNA;53386;132;;;deb;°CDS;1341198;34;;;deb;°CDS;2548825;595;;;;&tRNA;3835257;51;comp ;$rRNA;56413;339;;;;&tRNA;1342467;52;comp;;;&tRNA;2550857;13;;;;&tRNA;3835383;131;comp fin;°CDS;56868;;comp;;;&tRNA;1342595;441;comp;;;&tRNA;2550946;95;;;;&tRNA;3835599;20;comp deb;°CDS;146328;-16;comp;;fin;°CDS;1343112;;comp;;;&tRNA;2551115;634;;;;&tRNA;3835694;96;comp ;regulatory;146483;188;comp;;deb;°CDS;1455613;913;;;;&tRNA;2551835;95;;;;&tRNA;3835875;49;comp fin;°CDS;146933;;;;;&tRNA;1456724;21;;;;&tRNA;2552004;479;;;;&tRNA;3835999;211;comp deb;°CDS;181132;687;comp;;;&tRNA;1456837;30;;;;&tRNA;2552569;132;;;;&tRNA;3836295;5;comp ;$rRNA;182275;74;;;;&tRNA;1456944;32;;;;&tRNA;2552775;545;;;;&tRNA;3836377;47;comp ;&tRNA;183892;65;;;;&tRNA;1457053;30;;;fin;°CDS;2553406;;comp;;;&tRNA;3836499;55;comp ;&tRNA;184034;371;;;;&tRNA;1457160;33;;;deb;°CDS;2556685;89;;;;&tRNA;3836639;5;comp ;$rRNA;184481;132;;;;&tRNA;1457270;9;;;;&tRNA;2558019;184;;;;&tRNA;3836721;47;comp ;$rRNA;187508;100;;;;&tRNA;1457356;76;;;fin;°CDS;2558294;;comp;;;&tRNA;3836843;55;comp ;&tRNA;187724;606;;;;&tRNA;1457524;35;;;deb;°CDS;2716829;98;;;;&tRNA;3836983;495;comp fin;°CDS;188407;;;;;&tRNA;1457636;9;;;;&tRNA;2717566;178;;;fin;°CDS;3837555;;comp deb;°CDS;190429;234;comp;;;&tRNA;1457722;1058;;;fin;°CDS;2717834;;comp;;deb;°CDS;3862357;180;comp ;&tRNA;191614;8;;;fin;°CDS;1458872;;;;deb;°CDS;2758794;192;comp;;;&tRNA;3862885;167;comp ;&tRNA;191698;35;;;deb;°CDS;1564741;165;comp;;;&tRNA;2759262;128;comp;;;&tRNA;3863129;160;comp ;&tRNA;191818;195;;;;tmRNA;1566139;110;comp;;;&tRNA;2759496;128;comp;;fin;°CDS;3863366;;comp fin;°CDS;192087;;;;fin;°CDS;1566605;;comp;;;&tRNA;2759730;189;comp;;deb;°CDS;3865578;454; deb;°CDS;233942;647;;;deb;°CDS;1625951;581;comp;;;&tRNA;2759996;45;comp;;;$rRNA;3867049;132;comp ;$rRNA;235186;384;;;;&tRNA;1627363;176;comp;;;&tRNA;2760118;2;comp;;;$rRNA;3867297;348;comp ;$rRNA;237113;132;;;fin;°CDS;1627615;;comp;;;&tRNA;2760197;35;comp;;;$rRNA;3870540;807;comp ;$rRNA;240140;454;;;deb;°CDS;1769998;257;comp;;;&tRNA;2760309;13;comp;;fin;°CDS;3872890;; deb;°CDS;240710;1908;comp;;;&tRNA;1770483;37;;;;&tRNA;2760399;353;comp;;deb;°CDS;3879732;289;comp ;$rRNA;243635;348;;;;&tRNA;1770596;37;;;fin;°CDS;2760829;;comp;;;&tRNA;3882154;187; ;$rRNA;245526;133;;;;&tRNA;1770709;37;;;deb;°CDS;2858049;291;comp;;fin;°CDS;3882417;;comp ;$rRNA;248554;68;;;;&tRNA;1770822;37;;;;&tRNA;2858823;30;;;deb;°CDS;3930329;122;comp ;&tRNA;248738;17;;;;&tRNA;1770935;37;;;;&tRNA;2858938;85;;;;regulatory;3932305;233;comp ;$rRNA;248831;703;;;;&tRNA;1771048;37;;;;&tRNA;2859108;107;;;fin;°CDS;3932761;;comp fin;°CDS;249650;;;;;&tRNA;1771161;37;;;;&tRNA;2859300;107;;;deb;°CDS;4051244;82; deb;°CDS;282426;135;;;;&tRNA;1771274;37;;;;&tRNA;2859492;315;;;;ncRNA;4051647;251; ;ncRNA;283404;313;;;;&tRNA;1771387;37;;;fin;°CDS;2859892;;;;fin;°CDS;4052080;;comp fin;°CDS;284069;;comp;;;&tRNA;1771500;39;;;deb;°CDS;2863253;1011;comp;;deb;°CDS;4130284;211;comp deb;°CDS;413908;236;comp;;;&tRNA;1771615;705;;;;&tRNA;2866268;45;;;;regulatory;4131260;506;comp ;&tRNA;416766;39;;;deb;°CDS;1772396;104;;;;&tRNA;2866389;41;;;fin;°CDS;4131919;;comp ;&tRNA;416882;41;;;;&tRNA;1773910;80;;;;&tRNA;2866506;26;;;deb;°CDS;4146436;183; ;&tRNA;416999;58;;;;&tRNA;1774066;102;;;;&tRNA;2866608;32;;;;regulatory;4146892;94; ;&tRNA;417134;320;;;;&tRNA;1774244;102;;;;&tRNA;2866716;33;;;fin;°CDS;4147086;; fin;°CDS;417531;;comp;;;&tRNA;1774422;102;;;;&tRNA;2866825;40;;;deb;°CDS;4330369;663;comp deb;°CDS;492003;1178;comp;;;&tRNA;1774600;102;;;;&tRNA;2866941;187;;;;&tRNA;4331488;20;comp ;$rRNA;493715;349;;;;&tRNA;1774778;102;;;fin;°CDS;2867204;;;;;&tRNA;4331584;13;comp ;$rRNA;495607;132;;;;&tRNA;1774956;102;;;deb;°CDS;2904901;188;comp;;;&tRNA;4331694;47;comp ;$rRNA;498634;768;;;;&tRNA;1775134;102;;;;regulatory;2907051;230;comp;;;&tRNA;4331817;47;comp fin;°CDS;499518;;comp;;;&tRNA;1775312;253;;;fin;°CDS;2907380;;comp;;;&tRNA;4331940;15;comp deb;°CDS;550745;-23;;;;&tRNA;1775641;102;;;deb;°CDS;2926979;572;comp;;;&tRNA;4332055;16;comp ;&tRNA;552630;286;comp;;;&tRNA;1775819;102;;;;&tRNA;2929429;97;comp;;;&tRNA;4332147;48;comp fin;°CDS;553011;;;;;&tRNA;1775997;102;;;;&tRNA;2929603;97;comp;;;&tRNA;4332271;113;comp deb;°CDS;640018;155;;;;&tRNA;1776175;102;;;;&tRNA;2929777;83;comp;;fin;°CDS;4332460;;comp ;&tRNA;641376;1172;;;;&tRNA;1776353;47;;;;&tRNA;2929937;124;comp;;deb;°CDS;4446808;66;comp ;&tRNA;642639;789;;;;&tRNA;1776476;977;;;fin;°CDS;2930138;;comp;;;regulatory;4449058;441;comp deb;°CDS;643519;988;;;fin;°CDS;1777529;;comp;;deb;°CDS;3118298;830;comp;;fin;°CDS;4449582;; 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aa1;aa2;aa3;;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls &234;&455;&830;;;;;606;;89;113;; 8;40*3;58*3;;comp’;&234;;195;;98;114;'''deb; 35;&152;59;;comp’;&236;comp’;320;;104;124;<201;9 &236;13;57;;comp’;-23;comp’;286;;152;134;total;18 39;85;58*2;;;&155;;789;;155;160;taux;50% 41;&595;59;;comp’;330;;695;;157;176;; 58;13;58;;comp’;117;;220;;162;187;'''fin; &155;95;59*2;;comp’;&500;comp’;545;;180;193;<201;9 1172;634;&255;;comp’;&34;;441;;192;195;total;21 &500;95;8;;;&913;;1058;;255;216;taux;43% 52;479;63;;;581;;176;;427;220;; 539;132;&157;;comp’;&257;;705;;455;315;'''total; 52;&192;103;;;&104;comp’;977;;572;353;<201;18 &34;128*2;&162;;comp’;136;;134;;581;441;total;39 52;189;51;;;&455;comp’;383;;595;495;taux;46% &913;45;131;;comp’;254;;216;;663;530;; 21;2;20;;;&152;;530;;830;606;; 30;35;96;;;89;comp’;184;;913;695;; 32;13;49;;;98;;178;;'''-;705;; 30;&291;211;;;&595;comp’;545;;'''-;789;; 33;30;5;;;&192;;353;;'''-;1058;'''comp’;'''cumuls 9;85;47;;comp’;&291;;315;;-23;178;'''deb; 76;107*2;55;;comp’;&1011;;187;;34;184;<201;4 35;&1011;5;;;&572;;124;;117;187;total;13 9;45;47;;;&830;;193;;136;286;taux;31% &257;41;55;;;&255;comp’;465;;234;320;'''fin; 37*9;26;&180;;;&157;;114;;236;383;<201;3 39;32;167;;;&162;;495;;254;465;total;10 &104;33;&663;;;&180;;160;;257;545;taux;30% 80;40;20;;comp’;289;comp’;187;;289;545;; 102*7;&572;13;;;&663;;113;;291;977;'''total; 253;97*2;47*2;;;427;;;;330;'''-;<201;7 102*4;83;15;;;;;;;500;'''-;total;23 47;;16;;;;;;;1011;'''-;taux;30% ;;48;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;deb;fin;total ;;;;;;;;;<201;13;12;25 ;;;;;;;;;total;31;31;62 ;;;;;;;;;taux;42%;39%;40% </pre> ===Vibrio parahaemolyticus=== ====vpb opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_opérons|vpb opérons]] <pre> 45.3%GC;6.7.19 Paris;16s 11 ;126;doubles;intercalaires Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr1;; ;33614..35175;;16s;@4;80 ;35256..35331;;gaa;;2 ;35334..35409;;aaa;;30 ;35440..35515;;gta;;55 comp;35571..35768;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;59 ;35828..38743;;23s;;73 ;38817..38932;;5s;; ;;;;; ;49997..50073;;cgg;;32 ;50106..50181;;cac;+;72 ;50254..50330;;cca;2 cac;49 ;50380..50455;;cac;2 cca;24 ;50480..50556;;cca;; ;;;;; comp;400045..400120;;atgi;; ;;;;; ;577971..579532;;16s;;88 ;579621..579696;;gcc;;12 ;579709..579784;;gaa;;258 ;580043..582958;;23s;;73 ;583032..583147;;5s;;30 ;583178..583254;;gac;;35 ;583290..583366;;tgg;; ;;;;; comp;769649..769733;;cta;+;29 comp;769763..769847;;cta;10 cta;47 comp;769895..769971;;atg;4 atg;24 comp;769996..770080;;cta;5 caa;52 comp;770133..770207;;caa;;29 comp;770237..770321;;cta;;53 comp;770375..770451;;atg;;24 comp;770476..770560;;cta;;52 comp;770613..770687;;caa;;29 comp;770717..770801;;cta;;54 comp;770856..770930;;caa;;29 comp;770960..771044;;cta;;35 comp;771080..771154;;caa;;48 comp;771203..771287;;cta;;31 comp;771319..771403;;cta;;77 comp;771481..771557;;atg;;77 comp;771635..771709;;caa;;31 comp;771741..771825;;cta;;40 comp;771866..771942;;atg;; ;;;;; ;786939..787015;;cca;; ;;;;; comp;802315..802391;;agg;; ;;;;; ;910219..910295;;aga;; ;;;;; comp;982089..982173;;tac;+;81 comp;982255..982339;;tac;4 tac;81 comp;982421..982505;;tac;;81 comp;982587..982671;;tac;; ;;;;; ;1124715..1124802;;tcc;; ;;;;; ;1418321..1418397;;gtc;+;32 ;1418430..1418506;;gtc;2gtc; ;;;;; comp;1988127..1988202;;ggc;+;10 comp;1988213..1988299;;tta;2 ggc;76 comp;1988376..1988451;;ggc;;20 comp;1988472..1988545;;tgc;; ;;;;; ;2164082..2164157;;aac;; ;;;;; ;2193593..2193683;;tca;; ;;;;; comp;2547884..2547960;;atgf;;56 comp;2548017..2548100;;ctc;; ;;;;; ;2652092..2652168;;cgt;+;56 comp;2652225..2652301;;cgt;9 cgt;57 comp;2652359..2652435;;cgt;2 agc;57 comp;2652493..2652569;;cgt;;57 comp;2652627..2652703;;cgt;;57 comp;2652761..2652837;;cgt;;56 comp;2652894..2652970;;cgt;;210 comp;2653181..2653257;;cgt;;31 comp;2653289..2653380;;agc;@5;320 comp;2653701..2653777;;cgt;;31 comp;2653809..2653900;;agc;; ;;;;; ;2735697..2735772;;ttc;+;64 ;2735837..2735912;;aca;3 ttc;7 ;2735920..2735995;;ttc;2 aca;70 ;2736066..2736141;;aac;2 aac;71 ;2736213..2736288;;aca;;7 ;2736296..2736371;;ttc;;43 ;2736415..2736490;;aac;; ;;;;; ;2738623..2738698;;ttc;;51 ;2738750..2738825;;aca;+;21 ;2738847..2738922;;aac;2 aca;39 ;2738962..2739037;;aca;2 aac;15 ;2739053..2739128;;aac;; ;;;;; comp;2741263..2741339;;gac;;31 comp;2741371..2741487;;5s;;57 comp;2741545..2741620;;acc;;100 comp;2741721..2741836;;5s;;73 comp;2741910..2744825;;23s;;257 comp;2745083..2745158;;gca;;41 comp;2745200..2745276;;atc;;56 comp;2745333..2746894;;16s;; ;;;;; comp;2755928..2756012;;ttg;; ;;;;; comp;2847646..2847722;;tgg;;68 comp;2847791..2847867;;gac;;30 comp;2847898..2848013;;5s;;73 comp;2848087..2851002;;23s;;258 comp;2851261..2851336;;gaa;;80 comp;2851417..2852978;;16s;; ;;;;; comp;2987485..2987561;;atgf;+;56 comp;2987618..2987693;;ggc;5 atgf;18 comp;2987712..2987788;;atgf;8 ggc;35 comp;2987824..2987899;;ggc;;50 comp;2987950..2988025;;ggc;;49 comp;2988075..2988150;;ggc;;49 comp;2988200..2988275;;ggc;;30 comp;2988306..2988382;;atgf;;55 comp;2988438..2988513;;ggc;;30 comp;2988544..2988620;;atgf;;39 comp;2988660..2988735;;ggc;;19 comp;2988755..2988831;;atgf;;35 comp;2988867..2988942;;ggc;; ;;;;; comp;3060924..3061000;;tgg;;68 comp;3061069..3061145;;gac;;30 comp;3061176..3061291;;5s;;73 comp;3061365..3064280;;23s;;257 comp;3064538..3064613;;gta;;14 comp;3064628..3064703;;gca;;32 comp;3064736..3064811;;aaa;;2 comp;3064814..3064889;;gaa;;80 comp;3064970..3066531;;16s;@3;319 comp;3066851..3066966;;5s;;73 comp;3067040..3069955;;23s;;261 comp;3070217..3071778;;16s;; ;;;;; comp;3105094..3105169;;acc;;13 comp;3105183..3105257;;gga;;35 comp;3105293..3105377;;tac;;36 comp;3105414..3105489;;aca;; ;;;;; comp;3111073..3111149;;gac;;30 comp;3111180..3111295;;5s;;73 comp;3111369..3114284;;23s;;261 comp;3114546..3116107;;16s;@1;317 comp;3116425..3116540;;5s;;73 comp;3116614..3119529;;23s;;261 comp;3119791..3121352;;16s;; ;;;;; comp;3175944..3176034;;tca;;69 comp;3176104..3176219;;5s;;73 comp;3176293..3179211;;23s;;257 comp;3179469..3179544;;gca;;41 comp;3179586..3179662;;atc;;56 comp;3179719..3181280;;16s;@2; ;;;;; comp;3217187..3217263;;gac;;30 comp;3217294..3217409;;5s;;73 comp;3217483..3220398;;23s;;59 ;3220458..3220655;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;55 comp;3220711..3220786;;gta;;30 comp;3220817..3220892;;aaa;;2 comp;3220895..3220970;;gaa;;80 comp;3221051..3222612;;16s;; Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr2;; ;132908..134469;;16s;;80 ;134550..134625;;gaa;;2 ;134628..134703;;aaa;;16 ;134720..134795;;gca;;14 ;134810..134885;;gta;;54 comp;134940..135122;;MTSHQSCLQFLNMMQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKLLKS;CDS 180;19 ;135142..138059;;23s;;73 ;138133..138248;;5s;;69 ;138318..138408;;tca;; ;;;;; comp;192886..192969;;ctc;; ;;;;; comp;591931..592021;;tca;; ;;;;; comp;1009457..1009530;;tgc;;73 comp;1009604..1009690;;tta;; ;;;;; comp;1021568..1021641;;tgc;;73 comp;1021715..1021801;;tta;; ;;;;; comp;1029973..1030048;;ggc;;3 comp;1030052..1030125;;tgc;; </pre> ====vpb cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_cumuls|vpb cumuls]] <pre> vpb cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;9;8;50;;20;;200; ;16 atc gca;2;40;24;4;100;;40;;300; ;16 23 5s a;1;60;21;2;150;;60;;400; ;max a;6;80;9;2;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;3;0;250;;100;;600; ;spéciaux;6;120;0;0;300;;120;;700; ;total aas;33;140;0;0;350;;140;;800; sans ;opérons;25;160;0;0;400;;160;;900; ;1 aa;11;180;0;0;450;;180;;1000; ;max a;19;200;0;0;500;;200;;1100; ;a doubles;8;;1;0;;;;;; ;total aas;93;;67;16;;0;;0;;0 total aas;;126;;;;;;;;; remarques;;5;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;46;26;;;;;; ;;;variance;29;22;;;;;; sans jaune;;;moyenne;43;;;;;;; ;;;variance;17;;;;;;; </pre> ====vpb blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_blocs|vpb blocs]] <pre> vpb blocs;;;;;;; 16s;80;16s;80;16s;80;; gaa;2;gaa;2;gaa;2;; aaa;30;aaa;30;aaa;16;; gta;55;gta;55;gca;14;; cds 198;59;cds 198;59;gta;54;; 23s;73;23s;73;cds 180;19;; 5s;;5s;30;23s;73;; ;;gac;;5s;69;; ;;;;tca;;; ;;;;;;; 16s;56;16s;56;16s;88;16s;80 atc;41;atc;41;gcc;12;gaa;258 gca;257;gca;257;gaa;258;23s;73 23s;73;23s;73;23s;73;5s;30 5s;100;5s;69;5s;30;gac; acc;57;tca;;gac;;; 5s;31;;;;;; gac;;;;;;; ;;;;;;; 16s;261;16s;261;;;; 23s;73;23s;73;;;; 5s;319;5s;317;;;; 16s;80;16s;261;;;; gaa;2;23s;73;;;; aaa;32;5s;30;;;; gca;14;gac;;;;; gta;257;;;;;; 23s;73;;;;;; 5s;30;;;;;; gac;;;;;;; </pre> ====vpb distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_distribution|vpb distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;ggc4;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;4;ggc4;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;;ggc4;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;acc 5s + 1 >a;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;8;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;7;tca 2 5s+ 2 a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;4;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;6;cca;2;caa;5;cga;;;cta;4;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;4;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total vpb;;11;;;;;11;;vpb;60;;;;;;60;;vpb;22;;;;;;22;;vpb;;;;12;;;12 </pre> ====vpb1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_données_intercalaires|vpb1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;vpb1;fx;fc;vpb1;fx40;fc40;vpb1;x-;c-;c;x;c;x;;c;x;;c;x; ;0;0;1;9;0;1;9;-1;;83;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;suite; ;0;10;12;254;1;2;25;-2;;0;284;337;97;;gcc;32;;cgg;64;;ttc ;3;20;12;187;2;1;45;-3;;0;140;243;2* 65;;atc;72;;cac;7;;aca ;0;30;9;114;3;2;36;-4;2;115;366;139;4* 89;;gaa;49;;cac;70;;ttc ;0;40;16;74;4;1;16;-5;;0;18;259;tRNA 23s;;;24;;cac;71;;aac ;1;50;26;58;5;0;24;-6;1;0;268;290;2* 264;;gca;**;;cac;7;;aca ;0;60;35;45;6;1;8;-7;;7;179;203;2* 265;;gaa;29;;cta;43;;ttc ;0;70;57;54;7;1;15;-8;1;41;50;477;264;;gta;47;;cta;**;;aac ;0;80;56;57;8;2;21;-9;;0;144;282;2* 319;;gta;24;;atgj;51;;ttc ;0;90;48;57;9;1;44;-10;;4;457;95;5s tRNA;;;52;;cta;21;;aca 3;1;100;36;48;10;1;20;-11;2;29;179;587;5* 30;;gac;29;;caa;39;;aac ;1;110;36;60;11;1;25;-12;;0;736;168;31;;gac;53;;cta;15;;aca ;0;120;20;53;12;0;31;-13;;3;390;135;100;;acc;24;;atgj;**;;aac ;0;130;33;50;13;0;21;-14;;21;327;302;69;;tca;52;;cta;56;;atgf 2;1;140;22;38;14;1;23;-15;1;0;153;456;tRNA 5s;;;29;;caa;18;;ggc ;1;150;15;47;15;2;18;-16;;1;227;620;57;;acc;54;;cta;35;;atgf ;2;160;13;47;16;0;9;-17;;12;15;96;tRNA tRNA;intra;;29;;caa;50;;ggc 1;0;170;16;47;17;1;19;-18;;0;569;206;2;;gaa;35;;cta;49;;ggc ;2;180;11;42;18;3;17;-19;;2;243;497;30;;aaa;48;;caa;49;;ggc ;1;190;18;31;19;2;8;-20;;10;11;964;**;;gta;31;;cta;30;;ggc ;0;200;16;31;20;2;16;-21;1;0;243;93;12;;gcc;77;;cta;55;;atgf 2;0;210;9;26;21;2;14;-22;1;2;100;;**;;gaa;77;;atgj;30;;ggc ;0;220;15;21;22;0;8;-23;;5;272;;41;;gca;31;;caa;39;;atgf ;1;230;14;26;23;0;9;-24;;0;234;;**;;atc;40;;cta;19;;ggc ;1;240;8;21;24;1;20;-25;;1;565;;14;;gta;**;;atgj;35;;atgf 1;2;250;8;22;25;0;10;-26;;1;190;;32;;gca;81;;tac;**;;ggc 1;0;260;12;15;26;1;15;-27;;0;156;;2;;aaa;81;;tac;13;;acc ;1;270;15;17;27;1;6;-28;;0;103;;**;;gaa;81;;tac;35;;gga ;1;280;8;12;28;1;18;-29;;2;CDS 16s;;41;;gca;**;;tac;36;;tac 2;1;290;12;15;29;2;5;-30;;0;454;556;**;;atc;32;;gtc;**;;aca ;0;300;9;19;30;1;9;-31;;0;504;496;30;;gta;**;;gtc;;; 1;0;310;7;18;31;1;11;-32;;1;487;;2;;aaa;10;;ggc;;; ;0;320;12;6;32;1;11;-33;;0;575;;**;;gaa;76;;tta;;; ;1;330;6;8;33;3;6;-34;;1;817;;tRNA tRNA;contig;;20;;ggc;;; 1;0;340;4;6;34;4;9;-35;;2;472;;35;;gac;**;;tgc;;; ;0;350;11;8;35;0;5;-36;;0;5s 16s;;**;;tgg;56;;atgf;;; ;0;360;7;4;36;0;10;-37;;0;319;;2* 68;;tgg;**;;ctc;;; ;1;370;8;6;37;2;6;-38;;0;317;;**;;gac;56;;cgt;;; ;0;380;5;4;38;1;6;-39;;0;16s 23s;;;;;57;;cgt;;; ;1;390;7;3;39;2;6;-40;;0;3* 277;;;;;57;;cgt;;; ;0;400;7;4;40;2;4;-41;1;0;23s 5s;;;;;57;;cgt;;; 6;4;reste;90;93;reste;732;1119;-42;;0;10* 91;;;;;57;;cgt;;; 20;27;total;782;1757;total;782;1757;-43;;0;5s CDS;;;;;56;;cgt;;; 14;23;diagr;691;1655;diagr;49;629;-44;1;0;;110;;;;210;;cgt;;; 0;3;t30;33;555;;;;-45;;0;;;;;;31;;cgt;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;**;;agc;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;;;;;;31;;cgt;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;**;;agc;;; ;x;781;13;1;795;;;-49;;0;;;;;;;;;;; ;c;1748;344;9;2101;;;-50;;1;;;;;;;;;;; ;;;;;2896;203;;reste;1;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;3099;;total;13;344;;;;;;;;;;; </pre> ====vpb2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_données_intercalaires|vpb2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;vpb2;fx;fc;vpb2;fx40;fc40;vpb2;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;11;0;1;11;-1;;50;32;501;16s tRNA;; ;0;10;11;116;1;0;18;-2;1;0;843;563;89;;gaa ;0;20;6;71;2;1;16;-3;;0;356;24;tRNA 23s;; 1;0;30;11;46;3;2;7;-4;4;53;221;329;263;;gta 1;1;40;8;27;4;1;6;-5;;0;222;678;5s tRNA;; ;0;50;17;21;5;0;4;-6;1;0;;537;69;;tca ;0;60;14;28;6;0;6;-7;;1;;314;tRNA tRNA;intra; ;0;70;29;30;7;1;4;-8;;23;;34;2;;gaa ;0;80;39;25;8;1;8;-9;;0;CDS 16s;;16;;aaa ;0;90;32;33;9;3;29;-10;;1;468;;14;;gca ;0;100;28;24;10;2;18;-11;1;11;;;**;;gta ;0;110;24;18;11;0;14;-12;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;; ;0;120;29;19;12;1;13;-13;;1;91;;73;;tgc ;0;130;18;17;13;1;5;-14;3;6;;;**;;tta ;0;140;11;16;14;0;6;-15;;0;;;73;;tgc ;0;150;16;15;15;1;8;-16;;0;;;**;;tta ;0;160;15;30;16;0;4;-17;;6;;;3;;ggc ;0;170;10;19;17;0;2;-18;;0;;;**;;tgc ;0;180;8;23;18;1;9;-19;;1;;;;; ;0;190;11;17;19;2;3;-20;;2;;;;; ;0;200;7;3;20;0;7;-21;;0;;;;; ;0;210;14;16;21;1;7;-22;;0;;;;; ;0;220;9;14;22;1;6;-23;1;2;;;;; ;2;230;9;13;23;0;4;-24;;0;;;;; ;0;240;13;18;24;0;5;-25;;0;;;;; ;0;250;14;9;25;1;4;-26;;4;;;;; ;0;260;12;7;26;1;4;-27;;0;;;;; ;0;270;11;9;27;3;4;-28;;0;;;;; ;0;280;6;8;28;2;6;-29;;2;;;;; ;0;290;7;6;29;0;3;-30;;0;;;;; ;0;300;3;9;30;2;3;-31;;0;;;;; ;0;310;2;6;31;0;3;-32;;1;;;;; 1;0;320;6;3;32;0;5;-33;;0;;;;; 1;0;330;8;3;33;1;3;-34;;0;;;;; ;0;340;5;8;34;1;2;-35;;1;;;;; ;0;350;1;8;35;1;2;-36;;0;;;;; ;1;360;6;8;36;1;1;-37;;0;;;;; ;0;370;5;2;37;1;3;-38;;1;;;;; ;0;380;7;2;38;1;1;-39;1;0;;;;; ;0;390;3;5;39;2;2;-40;;1;;;;; ;0;400;4;2;40;0;5;-41;;0;;;;; 4;1;reste;71;63;reste;524;557;-42;;0;;;;; 8;5;total;561;828;total;561;828;-43;;0;;;;; 4;4;diagr;489;754;diagr;36;260;-44;;0;;;;; 1;0;t30;28;233;;;;-45;;0;;;;; ;;;;;;;;-46;;1;;;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;; ;x;560;14;1;575;;;-49;;0;;;;; ;c;817;171;11;999;;;-50;;3;;;;; ;;;;;1574;32;;reste;1;0;;;;; ;;;;;;1606;;total;14;171;;;;; </pre> =====vpb1 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_autres_intercalaires_aas|vpb1 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vpb1;;;;; deb;;CDS;32632;33159;454;*; ;;rRNA;33614;35166;89;*;1553 ;;tRNA;35256;35331;2;*;gaa ;;tRNA;35334;35409;30;*;aaa ;;tRNA;35440;35515;319;*;gta ;;rRNA;35835;38725;91;*;2891 ;;rRNA;38817;38932;110;*;116 fin;comp;CDS;39043;39933;;0; deb;comp;CDS;49246;49659;337;*; ;;tRNA;49997;50073;32;*;cgg ;;tRNA;50106;50181;72;*;cac ;;tRNA;50254;50330;49;*;cac ;;tRNA;50380;50455;24;*;cac ;;tRNA;50480;50556;243;*;cac fin;comp;CDS;50800;51525;;0; deb;;CDS;330209;330847;37;*; ;;regulatory;330885;331020;72;*; fin;;CDS;331093;332085;;; deb;comp;CDS;398957;399760;284;*; ;comp;tRNA;400045;400120;140;*;atgi fin;comp;CDS;400261;402123;;; deb;;CDS;447282;448145;166;*; ;;ncRNA;448312;448741;175;*; fin;;CDS;448917;449867;;; deb;comp;CDS;503781;504251;439;*; ;;misc_f;504691;504810;54;*; fin;;CDS;504865;507324;;; deb;comp;CDS;568478;569656;13;*; ;comp;misc_f;569670;569792;107;*; fin;comp;CDS;569900;570226;;; deb;;CDS;574893;577466;504;*; ;;rRNA;577971;579523;97;*;1553 ;;tRNA;579621;579696;12;*;gcc ;;tRNA;579709;579784;265;*;gaa ;;rRNA;580050;582940;91;*;2891 ;;rRNA;583032;583147;30;*;116 ;;tRNA;583178;583254;35;*;gac ;;tRNA;583290;583366;366;*;tgg fin;;CDS;583733;584065;;; deb;comp;CDS;670277;672010;111;*; ;comp;tmRNA;672122;672489;67;*; fin;comp;CDS;672557;673042;;0; deb;;CDS;768334;769509;139;*; ;comp;tRNA;769649;769733;29;*;cta ;comp;tRNA;769763;769847;47;*;cta ;comp;tRNA;769895;769971;24;*;atgj ;comp;tRNA;769996;770080;52;*;cta ;comp;tRNA;770133;770207;29;*;caa ;comp;tRNA;770237;770321;53;*;cta ;comp;tRNA;770375;770451;24;*;atgj ;comp;tRNA;770476;770560;52;*;cta ;comp;tRNA;770613;770687;29;*;caa ;comp;tRNA;770717;770801;54;*;cta ;comp;tRNA;770856;770930;29;*;caa ;comp;tRNA;770960;771044;35;*;cta ;comp;tRNA;771080;771154;48;*;caa ;comp;tRNA;771203;771287;31;*;cta ;comp;tRNA;771319;771403;77;*;cta ;comp;tRNA;771481;771557;77;*;atgj ;comp;tRNA;771635;771709;31;*;caa ;comp;tRNA;771741;771825;40;*;cta ;comp;tRNA;771866;771942;18;*;atgj fin;comp;CDS;771961;772221;;; deb;comp;CDS;786539;786679;259;*; ;;tRNA;786939;787015;290;*;cca fin;comp;CDS;787306;788178;;0; deb;comp;CDS;801540;802046;268;*; ;comp;tRNA;802315;802391;179;*;agg fin;comp;CDS;802571;803704;;0; deb;comp;CDS;909155;910015;203;*; ;;tRNA;910219;910295;50;*;aga fin;;CDS;910346;910864;;; deb;;CDS;980739;981611;477;*; ;comp;tRNA;982089;982173;81;*;tac ;comp;tRNA;982255;982339;81;*;tac ;comp;tRNA;982421;982505;81;*;tac ;comp;tRNA;982587;982671;282;*;tac fin;;CDS;982954;984048;;; deb;;CDS;997215;999218;137;*; ;;ncRNA;999356;999452;132;*; fin;;CDS;999585;1000319;;0; deb;comp;CDS;1081601;1082191;116;*; ;comp;regulatory;1082308;1082397;266;*; fin;comp;CDS;1082664;1083668;;; deb;;CDS;1124121;1124570;144;*; ;;tRNA;1124715;1124802;457;*;tcc fin;;CDS;1125260;1126897;;; deb;comp;CDS;1170475;1170882;597;*; ;;regulatory;1171480;1171660;113;*; fin;;CDS;1171774;1173375;;0; deb;comp;CDS;1176029;1176982;364;*; ;;misc_f;1177347;1177484;54;*; fin;;CDS;1177539;1178435;;; deb;;CDS;1417803;1418141;179;*; ;;tRNA;1418321;1418397;32;*;gtc ;;tRNA;1418430;1418506;95;*;gtc fin;comp;CDS;1418602;1419771;;; deb;comp;CDS;1803089;1803247;528;*; ;;regulatory;1803776;1803877;118;*; fin;;CDS;1803996;1805372;;0; deb;comp;CDS;1984514;1987390;736;*; ;comp;tRNA;1988127;1988202;10;*;ggc ;comp;tRNA;1988213;1988299;76;*;tta ;comp;tRNA;1988376;1988451;20;*;ggc ;comp;tRNA;1988472;1988545;390;*;tgc fin;comp;CDS;1988936;1989493;;; deb;;CDS;2000638;2000763;-54;*; ;;misc_f;2000710;2000813;125;*; fin;;CDS;2000939;2002516;;; deb;comp;CDS;2157175;2158164;-12;*; ;comp;regulatory;2158153;2158286;173;*; fin;;CDS;2158460;2159353;;0; deb;comp;CDS;2161464;2163494;587;*; ;;tRNA;2164082;2164157;327;*;aac fin;;CDS;2164485;2165063;;; deb;;CDS;2191631;2193439;153;*; ;;tRNA;2193593;2193683;168;*;tca fin;comp;CDS;2193852;2194760;;0; deb;comp;CDS;2547201;2547656;227;*; ;comp;tRNA;2547884;2547960;56;*;atgf ;comp;tRNA;2548017;2548100;15;*;ctc fin;comp;CDS;2548116;2548454;;; deb;comp;CDS;2651265;2651522;569;*; ;comp;tRNA;2652092;2652168;56;*;cgt ;comp;tRNA;2652225;2652301;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652359;2652435;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652493;2652569;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652627;2652703;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652761;2652837;56;*;cgt ;comp;tRNA;2652894;2652970;210;*;cgt ;comp;tRNA;2653181;2653257;31;*;cgt ;comp;tRNA;2653289;2653380;243;*;agc deb;comp;CDS;2653624;2653689;11;*; ;comp;tRNA;2653701;2653777;31;*;cgt ;comp;tRNA;2653809;2653900;243;*;agc fin;comp;CDS;2654144;2654341;;; deb;;CDS;2699087;2699395;8;*; ;;ncRNA;2699404;2699588;4;*; fin;;CDS;2699593;2700186;;; deb;;CDS;2734457;2735596;100;*; ;;tRNA;2735697;2735772;64;*;ttc ;;tRNA;2735837;2735912;7;*;aca ;;tRNA;2735920;2735995;70;*;ttc ;;tRNA;2736066;2736141;71;*;aac ;;tRNA;2736213;2736288;7;*;aca ;;tRNA;2736296;2736371;43;*;ttc ;;tRNA;2736415;2736490;272;*;aac deb;;CDS;2736763;2738388;234;*; ;;tRNA;2738623;2738698;51;*;ttc ;;tRNA;2738750;2738825;21;*;aca ;;tRNA;2738847;2738922;39;*;aac ;;tRNA;2738962;2739037;15;*;aca ;;tRNA;2739053;2739128;135;*;aac deb;comp;CDS;2739264;2740697;565;*; ;comp;tRNA;2741263;2741339;31;*;gac ;comp;rRNA;2741371;2741487;57;*;117 ;comp;tRNA;2741545;2741620;100;*;acc ;comp;rRNA;2741721;2741836;91;*;116 ;comp;rRNA;2741928;2744818;264;*;2891 ;comp;tRNA;2745083;2745158;41;*;gca ;comp;tRNA;2745200;2745276;65;*;atc ;comp;rRNA;2745342;2746894;487;*;1553 fin;comp;CDS;2747382;2748635;;; deb;;CDS;2754342;2755625;302;*; ;comp;tRNA;2755928;2756012;190;*;ttg fin;comp;CDS;2756203;2756868;;0; deb;comp;CDS;2838215;2839336;326;*; ;;regulatory;2839663;2839841;102;*; fin;;CDS;2839944;2841296;;0; deb;;CDS;2847001;2847189;456;*; ;comp;tRNA;2847646;2847722;68;*;tgg ;comp;tRNA;2847791;2847867;30;*;gac ;comp;rRNA;2847898;2848013;91;*;116 ;comp;rRNA;2848105;2850995;265;*;2891 ;comp;tRNA;2851261;2851336;89;*;gaa ;comp;rRNA;2851426;2852978;575;*;1553 fin;comp;CDS;2853554;2854333;;; deb;;CDS;2985737;2986864;620;*; ;comp;tRNA;2987485;2987561;56;*;atgf ;comp;tRNA;2987618;2987693;18;*;ggc ;comp;tRNA;2987712;2987788;35;*;atgf ;comp;tRNA;2987824;2987899;50;*;ggc ;comp;tRNA;2987950;2988025;49;*;ggc ;comp;tRNA;2988075;2988150;49;*;ggc ;comp;tRNA;2988200;2988275;30;*;ggc ;comp;tRNA;2988306;2988382;55;*;atgf ;comp;tRNA;2988438;2988513;30;*;ggc ;comp;tRNA;2988544;2988620;39;*;atgf ;comp;tRNA;2988660;2988735;19;*;ggc ;comp;tRNA;2988755;2988831;35;*;atgf ;comp;tRNA;2988867;2988942;156;*;ggc fin;comp;CDS;2989099;2989644;;0; deb;;CDS;3060116;3060827;96;*; ;comp;tRNA;3060924;3061000;68;*;tgg ;comp;tRNA;3061069;3061145;30;*;gac ;comp;rRNA;3061176;3061291;91;*;116 ;comp;rRNA;3061383;3064273;264;*;2891 ;comp;tRNA;3064538;3064613;14;*;gta ;comp;tRNA;3064628;3064703;32;*;gca ;comp;tRNA;3064736;3064811;2;*;aaa ;comp;tRNA;3064814;3064889;89;*;gaa ;comp;rRNA;3064979;3066531;319;*;1553 ;comp;rRNA;3066851;3066966;91;*;116 ;comp;rRNA;3067058;3069948;277;*;2891 ;comp;rRNA;3070226;3071778;817;*;1553 fin;comp;CDS;3072596;3074731;;; deb;comp;CDS;3103806;3104990;103;*; ;comp;tRNA;3105094;3105169;13;*;acc ;comp;tRNA;3105183;3105257;35;*;gga ;comp;tRNA;3105293;3105377;36;*;tac ;comp;tRNA;3105414;3105489;206;*;aca fin;;CDS;3105696;3106619;;0; deb;;CDS;3109235;3110575;497;*; ;comp;tRNA;3111073;3111149;30;*;gac ;comp;rRNA;3111180;3111295;91;*;116 ;comp;rRNA;3111387;3114277;277;*;2891 ;comp;rRNA;3114555;3116107;317;*;1553 ;comp;rRNA;3116425;3116540;91;*;116 ;comp;rRNA;3116632;3119522;277;*;2891 ;comp;rRNA;3119800;3121352;556;*;1553 fin;;CDS;3121909;3122364;;1; deb;comp;CDS;3123914;3125749;55;*; ;comp;regulatory;3125805;3126005;184;*; fin;;CDS;3126190;3127299;;0; deb;;CDS;3173798;3174979;964;*; ;comp;tRNA;3175944;3176034;69;*;tca ;comp;rRNA;3176104;3176219;91;*;116 ;comp;rRNA;3176311;3179204;264;*;2894 ;comp;tRNA;3179469;3179544;41;*;gca ;comp;tRNA;3179586;3179662;65;*;atc ;comp;rRNA;3179728;3181280;472;*;1553 fin;comp;CDS;3181753;3182466;;; deb;comp;CDS;3213224;3215164;168;*; ;comp;regulatory;3215333;3215431;61;*; fin;comp;CDS;3215493;3215876;;0; deb;;CDS;3216111;3217093;93;*; ;comp;tRNA;3217187;3217263;30;*;gac ;comp;rRNA;3217294;3217409;91;*;116 ;comp;rRNA;3217501;3220391;319;*;2891 ;comp;tRNA;3220711;3220786;30;*;gta ;comp;tRNA;3220817;3220892;2;*;aaa ;comp;tRNA;3220895;3220970;89;*;gaa ;comp;rRNA;3221060;3222612;496;*;1553 fin;;CDS;3223109;3223657;;0; </pre> =====vpb2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_autres_intercalaires_aas|vpb2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vpb2;;;;; deb;comp;CDS;126972;127829;96;*; ;comp;regulatory;127926;128033;312;*; fin;;CDS;128346;129731;;; deb;;CDS;131915;132439;468;*; ;;rRNA;132908;134460;89;*;1553 ;;tRNA;134550;134625;2;*;gaa ;;tRNA;134628;134703;16;*;aaa ;;tRNA;134720;134795;14;*;gca ;;tRNA;134810;134885;263;*;gta ;;rRNA;135149;138041;91;*;2893 ;;rRNA;138133;138248;69;*;116 ;;tRNA;138318;138408;501;*;tca fin;comp;CDS;138910;139266;;; deb;comp;CDS;192242;192853;32;*; ;comp;tRNA;192886;192969;563;*;ctc fin;;CDS;193533;194741;;0; deb;;CDS;590953;591906;24;*; ;comp;tRNA;591931;592021;329;*;tca fin;;CDS;592351;593031;;0; deb;comp;CDS;1006811;1008613;843;*; ;comp;tRNA;1009457;1009530;73;*;tgc ;comp;tRNA;1009604;1009690;678;*;tta fin;;CDS;1010369;1012618;;0; deb;comp;CDS;1019688;1021211;356;*; ;comp;tRNA;1021568;1021641;73;*;tgc ;comp;tRNA;1021715;1021801;537;*;tta fin;;CDS;1022339;1023970;;; deb;comp;CDS;1028849;1029751;221;*; ;comp;tRNA;1029973;1030048;3;*;ggc ;comp;tRNA;1030052;1030125;222;*;tgc fin;comp;CDS;1030348;1031802;;; deb;comp;CDS;1124360;1124878;314;*; ;;tRNA;1125193;1125267;34;*;gga fin;comp;CDS;1125302;1126159;;; deb;;CDS;1291846;1292463;104;*; ;;regulatory;1292568;1292708;113;*; fin;;CDS;1292822;1293478;;; deb;;CDS;1311512;1311652;298;*; ;;regulatory;1311951;1312050;89;*; fin;;CDS;1312140;1313153;;; deb;;CDS;1632173;1633153;424;*; ;;regulatory;1633578;1633682;100;*; fin;;CDS;1633783;1635246;;0; </pre> ===Escherichia albertii=== ====eal opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal opérons]] <pre> 49.6%GC;10.3.19 Paris;16s 7;89;doubles;intercalaires Escherichia albertii;;;;; ;219063..219144;;tac;+;212 ;219357..219438;;tac;2 tac; ;;;;; ;413135..413219;;tcc;; ;;;;; ;462888..462972;;tca;; ;;;;; comp;489120..489191;;gga;;6 comp;489198..489270;;aca;; ;;;;; ;615149..615233;;tcc;; ;;;;; comp;756823..756895;;aaa;+;5 comp;756901..756973;;gta;3 aaa ;48 comp;757022..757094;;aaa;2 gta;5 comp;757100..757172;;gta;;48 comp;757221..757293;;aaa;; ;;;;; ;834529..834602;;atgj;+;10 ;834613..834694;;cta;2atgj ;26 ;834721..834792;;caa;2caa ;37 ;834830..834901;;caa;2 cag;18 ;834920..834993;;atgj;;51 ;835045..835116;;cag;;35 ;835152..835223;;cag;; ;;;;; comp;968958..969031;;aga;; ;;;;; comp;1192416..1192488;;acg;; ;;;;; comp;1269526..1269599;;gac;; ;;;;; comp;1277040..1277113;;gac;;52 comp;1277166..1277285;;5s;@1;169 comp;1277455..1280377;;23s;;186 comp;1280564..1280636;;gca;;45 comp;1280682..1280755;;atc;;70 comp;1280826..1282367;;16s;; ;;;;; ;1567231..1567314;;ctg;+;31 ;1567346..1567429;;ctg;3 ctg;35 ;1567465..1567548;;ctg;; ;;;;; comp;1657309..1657390;;ttg;; ;;;;; comp;1765401..1765473;;ggc;+;159 comp;1765633..1765705;;ggc;2 ggc; ;;;;; ;1795516..1795588;;ttc;; ;;;;; comp;2006002..2006121;;5s;;169 comp;2006291..2009214;;23s;;186 comp;2009401..2009473;;gca;;45 comp;2009519..2009592;;atc;;70 comp;2009663..2011202;;16s;; ;;;;; comp;2042057..2043241;;tuf1;CDS 1185pb;117 comp;2043359..2043431;;acc;;9 comp;2043441..2043512;;gga;;119 comp;2043632..2043713;;tac;;11 comp;2043725..2043797;;aca;@3; ;;;;; comp;2047429..2047548;;5s;;169 comp;2047718..2050648;;23s;;186 comp;2050835..2050907;;gca;;45 comp;2050953..2051026;;atc;;68 comp;2051095..2052636;;16s;; ;;;;; comp;2208305..2208424;;5s;@2;169 comp;2208594..2211517;;23s;;198 comp;2211716..2211788;;gaa;;85 comp;2211874..2213418;;16s;; ;;;;; comp;2267554..2267627;;cca;;43 comp;2267671..2267754;;ctg;;23 comp;2267778..2267850;;cac;;61 comp;2267912..2267985;;cgg;; ;;;;; comp;2305358..2305430;;tgg;;11 comp;2305442..2305515;;gac;;52 comp;2305568..2305687;;5s;;169 comp;2305857..2308779;;23s;;198 comp;2308978..2309050;;gaa;;85 comp;2309136..2310676;;16s;; ;;;;; comp;2426158..2426248;;tga;; ;;;;; ;2556305..2556378;;ccg;; ;;;;; ;2810766..2812307;;16s;;85 ;2812393..2812465;;gaa;;198 ;2812664..2815586;;23s;;169 ;2815756..2815875;;5s;;151 ;2816027..2816099;;acc;;40 ;2816140..2816259;;5s;; ;;;;; ;2911129..2911212;;ctc;; ;;;;; ; 2913088..2913161;;atgf;; ;;;;; comp;3010332..3010404;;atgi;; ;;;;; comp;3177717..3177789;;ttc;; ;;;;; ;3301617..3301687;;ggg;; ;;;;; comp;3366868..3366941;;atgf;+;37 comp;3366979..3367052;;atgf;3 atgf;37 comp;3367090..3367163;;atgf;; ;;;;; ;3469914..3470003;;agc;;6 ;3470010..3470083;;cgt;+;201 ;3470285..3470358;;cgt;3 cgt;200 ; 3470559..3470632;;cgt;; ;;;;; ;3505321..3505393;;atgi;; ;;;;; ;3563056..3564598;;16s;;85 ;3564684..3564756;;gaa;;198 ;3564955..3567876;;23s;;169 ;3568046..3568165;;5s;; ;;;;; comp;3779750..3779822;;aaa;;7 comp;3779830..3779902;;gta;+;47 comp;3779950..3780022;;gta;2 gta; ;;;;; ;3782718..3782790;;gcc;+;42 ;3782833..3782905;;gcc;2 gcc; ;;;;; comp;3810369..3810440;;agg;; ;;;;; comp;3993500..3993573;;ccc;; ;;;;; comp;4232176..4232248;;aac;; ;;;;; ;4233996..4234068;;aac;; ;;;;; comp;4242952..4243024;;aac;; ;;;;; comp;4248342..4248414;;aac;; ;;;;; ;4249406..4249492;;tcg;; ;;;;; ;4256696..4256768;;atgi;;100 ;4256869..4256942;;aga;; ;;;;; ;4317980..4318052;;ggc;;56 ;4318109..4318179;;tgc;;14 ;4318194..4318277;;tta;; ;;;;; comp;4556753..4556826;;gtc;+;7 comp;4556834..4556907;;gtc;2 gtc; </pre> ====eal cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_cumuls|eal cumuls]] <pre> eal cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;8;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;0;60;7;;150;;60;;400; ;max a;3;80;1;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;1;;250;;100;;600; ;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700; ;total aas;13;140;0;;350;;140;;800; sans ;opérons;38;160;1;;400;;160;;900; ;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000; ;max a;7;200;1;;500;;200;;1100; ;a doubles;10;;2;;;;;;; ;total aas;71;;33;0;;0;;0;;0 total aas;;84;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;53;;;;;;; ;;;variance;59;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; </pre> ====eal blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_blocs|eal blocs]] <pre> eal blocs;;; 16s;70;70;68 atc;45;45;45 gca;186;186;186 23s;169;169;169 5s;52;; gac;;; ;;; 16s;85;85;85 gaa;198;198;198 23s;169;169;169 5s;52;; gac;;; ;;; 16s;85;; gaa;198;; 23s;169;; 5s;151;; acc;40;; 5s;;; </pre> ====eal distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_distribution|eal distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;atgi 2a+>a;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;2;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;1;caa2;tta;1;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;cag2;ata;;aca;2;aaa;4;aga;1;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;atgf3;cta;1;cca;1;caa;;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;2;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;2;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;aaa (gta aaa)2;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total eal;;23;;;;;23;;eal;25;;;;;;25;;eal;23;;;;;;23;;eal;;;;4;;;4 </pre> ====eal données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_données_intercalaires|eal données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;eal;fx;fc;eal;fx40;fc40;eal;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;12;18;0;12;18;-1;0;157;158;376;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;45;323;1;5;35;-2;4;0;294;233;2* 70;;atc;212;;tac 1;1;20;26;264;2;8;39;-3;0;0;162;276;68;;atc;**;;tac ;0;30;28;126;3;10;50;-4;39;250;479;441;4* 85;;gaa;6;;gga 1;0;40;60;94;4;4;29;-5;0;0;284;601;tRNA 23s;;;**;;aca 2;1;50;80;91;5;1;17;-6;2;0;170;156;3* 186;;gca;5;;aaa 3;0;60;55;106;6;4;15;-7;2;13;164;256;4* 198;;gaa;48;;gta ;0;70;43;83;7;2;18;-8;1;58;223;248;5s tRNA;;;5;;aaa 2;1;80;31;75;8;3;18;-9;3;0;114;17;2* 52;;gac;48;;gta ;0;90;42;75;9;3;47;-10;2;6;437;41;151;;acc;**;;aaa 2;3;100;38;74;10;5;55;-11;0;37;132;195;tRNA 5s;;;10;;atgj 1;3;110;40;77;11;2;42;-12;1;0;165;272;40;;acc;26;;cta 1;3;120;27;61;12;2;36;-13;0;2;189;120;tRNA tRNA;intra;;37;;caa 1;1;130;37;57;13;2;19;-14;10;17;189;37;3* 45;;atc gca;18;;caa 1;1;140;33;55;14;1;47;-15;1;0;210;92;tRNA tRNA;contig;;51;;atgj ;3;150;34;50;15;6;26;-16;2;2;106;184;11;;tgg;35;;cag 1;2;160;38;45;16;3;25;-17;3;8;117;347;**;;gac;**;;cag 1;5;170;26;31;17;3;18;-18;2;0;150;59;;;;31;;ctg ;0;180;24;37;18;4;14;-19;1;5;102;125;;;;35;;ctg 1;2;190;43;31;19;1;17;-20;2;10;167;78;;;;**;;ctg 1;2;200;21;30;20;2;20;-21;0;0;398;237;;;;159;;ggc ;2;210;24;30;21;2;18;-22;1;1;91;510;;;;**;;ggc ;0;220;36;33;22;3;18;-23;1;7;408;367;;;;9;;acc ;1;230;21;23;23;0;11;-24;3;0;14;235;;;;119;;gga 3;0;240;13;19;24;3;17;-25;2;4;203;135;;;;11;;tac 2;0;250;15;25;25;4;9;-26;4;6;200;243;;;;**;;aca 1;0;260;19;27;26;5;7;-27;1;0;105;102;;;;43;;cca ;0;270;18;25;27;2;12;-28;1;3;144;58;;;;23;;ctc 2;0;280;14;22;28;5;4;-29;2;6;345;162;;;;61;;cac ;2;290;10;23;29;3;8;-30;3;0;315;71;;;;**;;cgg 1;1;300;7;19;30;1;22;-31;1;2;283;324;;;;37;;atgf ;0;310;11;16;31;6;8;-32;0;5;150;41;;;;37;;atgf ;1;320;15;10;32;4;7;-33;2;0;123;93;;;;**;;atgf 1;0;330;13;12;33;3;11;-34;1;0;192;55;;;;6;;agc ;0;340;9;5;34;5;10;-35;1;5;74;298;;;;201;;cgt 1;1;350;3;12;35;3;8;-36;0;0;100;;;;;200;;cgt ;0;360;6;14;36;6;11;-37;0;0;655;;;;;**;;cgt 1;0;370;13;8;37;5;11;-38;1;2;100;;;;;7;;aaa 1;0;380;15;10;38;11;9;-39;2;0;49;;;;;47;;gta ;0;390;10;3;39;14;9;-40;0;1;502;;;;;**;;gta ;1;400;8;9;40;3;10;-41;2;2;151;;;;;42;;gcc 3;5;reste;122;138;reste;1014;1461;-42;0;0;111;;;;;**;;gcc 35;42;total;1185;2286;total;1185;2286;-43;0;2;CDS 16s;;;;;100;;atgi 32;37;diagr;1051;2130;diagr;159;807;-44;0;1;364;339;;;;**;;aga 1;1;t30;99;713;;;;-45;0;0;370;477;;;;56;;ggc ;;;;;;;;-46;1;1;161;467;;;;14;;tgc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;2;0;;264;;;;**;;tta ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;3;0;23s 5s;;;;;7;;gtc ;x;1173;119;12;1304;;;-49;2;0;7* 169;;;;;**;;gtc ;c;2268;617;18;2903;;;-50;1;0;5s CDS;;;;;;; ;;;;;4207;537;;reste;7;4;300;113;;;;;; ;;;;;;4744;;total;119;617;56;98;;;;;; ;;;;;;;;;;;;460;;;;;; </pre> =====eal autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_autres_intercalaires_aas|eal autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;eal;;;;; deb;;CDS;1006;1392;99;*; ;comp;gene;1492;5941;-3070;*; fin;;CDS;2872;2988;;; deb;;CDS;3611;3976;-366;*; ;;mobile_el;3611;4839;-906;*; fin;;CDS;3934;4839;;; deb;;CDS;14985;15332;-348;*; ;;mobile_el;14985;16921;-1540;*; ;;gene;15382;16569;549;*; fin;;CDS;17119;18501;;; deb;comp;CDS;34568;34681;26;*; ;;gene;34708;38448;-4;*; fin;;CDS;38445;39989;;; deb;comp;CDS;99647;99793;-25;*; ;;gene;99769;99909;51;*; fin;;CDS;99961;100896;;0; deb;comp;CDS;102850;103833;195;*; ;;gene;104029;105320;30;*; fin;comp;CDS;105351;105914;;0; deb;;CDS;191840;192184;85;*; ;comp;gene;192270;193340;282;*; fin;comp;CDS;193623;194339;;0; deb;;CDS;199369;199794;-426;*; ;;mobile_el;199369;201785;-1995;*; fin;;CDS;199791;200141;;; deb;;CDS;218062;218904;158;*; ;;tRNA;219063;219144;212;*;tac ;;tRNA;219357;219438;376;*;tac fin;comp;CDS;219815;220912;;; deb;comp;CDS;239027;239722;104;*; ;comp;gene;239827;239964;271;*; fin;;CDS;240236;241336;;0; deb;comp;CDS;242534;244144;22;*; ;comp;gene;244167;244856;122;*; deb;;CDS;244979;245305;-327;*; ;;mobile_el;244979;246192;-891;*; fin;;CDS;245302;246192;;0; deb;;CDS;277602;278456;130;*; ;;gene;278587;280453;49;*; fin;comp;CDS;280503;280757;;0; deb;comp;CDS;285209;286279;9;*; ;comp;gene;286289;287587;329;*; fin;;CDS;287917;289449;;0; deb;comp;CDS;297458;298864;-1407;*; ;comp;mobile_el;297458;299261;-348;*; fin;comp;CDS;298914;299261;;; deb;comp;CDS;300053;300712;71;*; ;comp;gene;300784;300984;220;*; fin;;CDS;301205;301894;;; deb;comp;CDS;303386;307822;-3485;*; ;;repeat_reg;304338;304360;-23;*; ;;misc_f;304338;304432;-72;*; ;;repeat_reg;304361;304409;0;*; ;;repeat_reg;304410;304432;3985;*; fin;;CDS;308418;308762;;; deb;;CDS;309802;310167;-366;*; ;;mobile_el;309802;311030;-906;*; fin;;CDS;310125;311030;;; deb;;CDS;313323;313712;-232;*; ;;repeat_reg;313481;313501;-21;*; ;;misc_f;313481;313581;-93;*; ;;repeat_reg;313489;313509;-13;*; ;;repeat_reg;313497;313517;-16;*; ;;repeat_reg;313502;313520;-11;*; ;;repeat_reg;313510;313528;276;*; fin;comp;CDS;313805;314563;;; deb;comp;CDS;316137;316262;245;*; ;;gene;316508;316948;113;*; fin;comp;CDS;317062;318312;;1; deb;;CDS;332934;333359;-426;*; ;;mobile_el;332934;335350;-1995;*; fin;;CDS;333356;333706;;; deb;comp;CDS;411963;412901;233;*; ;;tRNA;413135;413219;276;*;tcc fin;comp;CDS;413496;414182;;; deb;;CDS;422060;426022;39;*; ;comp;gene;426062;426701;264;*; fin;;CDS;426966;427097;;; deb;comp;CDS;461328;462446;441;*; ;;tRNA;462888;462972;601;*;tca fin;comp;CDS;463574;463717;;0; deb;;CDS;463890;464255;-366;*; ;;mobile_el;463890;465118;-906;*; fin;;CDS;464213;465118;;; deb;comp;CDS;488610;488825;294;*; ;comp;tRNA;489120;489191;6;*;gga ;comp;tRNA;489198;489270;162;*;aca fin;comp;CDS;489433;489567;;; deb;comp;CDS;522240;523853;-1614;*; ;comp;mobile_el;522240;524454;-605;*; ;comp;gene;523850;524032;-4;*; fin;comp;CDS;524029;524454;;; deb;comp;CDS;545508;546056;180;*; ;comp;gene;546237;548084;260;*; fin;comp;CDS;548345;552805;;; deb;;CDS;590349;590696;-348;*; ;;mobile_el;590349;592284;-1539;*; fin;;CDS;590746;592284;;0; deb;comp;CDS;603716;607669;-1361;*; ;;repeat_reg;606309;606328;-20;*; ;;misc_f;606309;606445;-117;*; ;;repeat_reg;606329;606347;0;*; ;;repeat_reg;606348;606367;0;*; ;;repeat_reg;606368;606386;0;*; ;;repeat_reg;606387;606406;0;*; ;;repeat_reg;606407;606425;0;*; ;;repeat_reg;606426;606445;1358;*; fin;comp;CDS;607804;608298;;0; deb;;CDS;614451;614669;479;*; ;;tRNA;615149;615233;284;*;tcc fin;;CDS;615518;615646;;0; deb;;CDS;625353;625628;-276;*; ;;mobile_el;625353;626050;-504;*; fin;;CDS;625547;626050;;; deb;comp;CDS;660139;661350;273;*; ;;gene;661624;662214;34;*; fin;comp;CDS;662249;662533;;0; deb;;CDS;664227;664940;-14;*; ;comp;gene;664927;666254;7;*; fin;comp;CDS;666262;668610;;; deb;comp;CDS;730722;731225;-504;*; ;comp;mobile_el;730722;731371;-228;*; fin;comp;CDS;731144;731419;;0; deb;comp;CDS;747736;748551;79;*; ;comp;gene;748631;749979;68;*; fin;comp;CDS;750048;750362;;0; deb;comp;CDS;756185;756652;170;*; ;comp;tRNA;756823;756895;5;*;aaa ;comp;tRNA;756901;756973;48;*;gta ;comp;tRNA;757022;757094;5;*;aaa ;comp;tRNA;757100;757172;48;*;gta ;comp;tRNA;757221;757293;164;*;aaa fin;comp;CDS;757458;758249;;; deb;;CDS;782199;782768;47;*; ;;gene;782816;785265;13;*; fin;;CDS;785279;786010;;; deb;comp;CDS;797253;797513;3;*; ;comp;gene;797517;798173;1830;*; fin;comp;CDS;800004;803876;;; deb;;CDS;832389;834305;223;*; ;;tRNA;834529;834602;10;*;atgj ;;tRNA;834613;834694;26;*;cta ;;tRNA;834721;834792;37;*;caa ;;tRNA;834830;834901;18;*;caa ;;tRNA;834920;834993;51;*;atgj ;;tRNA;835045;835116;35;*;cag ;;tRNA;835152;835223;156;*;cag fin;comp;CDS;835380;836555;;0; deb;comp;CDS;849004;850455;-4;*; ;comp;gene;850452;851159;103;*; fin;;CDS;851263;851817;;0; deb;comp;CDS;957178;958083;-906;*; ;comp;mobile_el;957178;958406;-366;*; fin;comp;CDS;958041;958406;;; deb;comp;CDS;958518;960056;-1539;*; ;comp;mobile_el;958518;960453;-348;*; deb;comp;CDS;960106;960453;867;*; ;;gene;961321;961434;545;*; fin;;CDS;961980;962675;;; 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K-12 substr. MG1655;;;;;;; 50.6%GC;10.3.19 Paris;16s 7 ;89;doubles;interca;EcoCyc;adIP ;223771..225312;;16s;;68;opéron; ;225381..225457;;atc;;42;ileV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30045] ;225500..225575;;gca;;183;« ; ;225759..228662;;23s;;93;« ; ;228756..228875;;5s;@1;52;« ; ;228928..229004;;gac;;;aspU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30024] ;;;;;;; ;236931..237007;;gac;;;; ;;;;;;; ;262871..262946;;acg;;;; ;;;;;;; ;564723..564799;;aga;;;; ;;;;;;; comp;696430..696504;;cag;+;37;opéron; comp;696542..696616;;cag;2 cag;47;glnT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30029] comp;696664..696740;;atg;2 atg;15;« ; comp;696756..696830;;caa;2 caa;34;« ; comp;696865..696939;;caa;;23;« ; comp;696963..697047;;cta;;9;« ; comp;697057..697133;;atg;;;; ;;;;;;; ;780554..780629;;aaa;+;135;lysT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30055] ;780765..780840;;gta;5 aaa;2;opéron; ;780843..780918;;aaa;2 gta;149;« ; ;781068..781143;;gta;;3;valZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6389] ;781147..781222;;aaa;;146;opéron; ;781369..781444;;aaa;;132;lysZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6391] ;781577..781652;;aaa;;;lysQ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6392] ;;;;;;EcoCyc;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30055&chromosome=COLI-K12] comp;925884..925971;;tcc;;;InfA-serW;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30096&chromosome=COLI-K12] ;;;;;;; comp;1031625..1031712;;tca;;;; ;;;;;;; comp;1097565..1097652;;tcc;;;; ;;;;;;; comp;1287087..1287176;;tpr ;cds 90pb;67;tpr; comp;1287244..1287328;;tac;+;209;opéron; comp;1287538..1287622;;tac;2 tac;;tyrT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30106] ;;;;;;; ; 1746435..1746511;;gtc;+;4;valV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30111] ; 1746516..1746592;;gtc;2 gtc;;opéron; ;;;;;;«RNA 67pb; comp;1991815..1991901;;tta;;12;leuZ;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1983402/2000314] comp;1991914..1991987;;tgc;;54;« ; comp;1992042..1992117;;ggc;;;opéron; ;;;;;;; comp;2043468..2043557;;tcg;;;; ;;;;;;; ;2044549..2044624;;aac;;;; ;;;;;;; comp;2058027..2058102;;aac;;;; ;;;;;;; ; 2059851..2059926;;aac;;;; ;;;;;;; ;2062260..2062335;;aac;;;; ;;;;;;; ;2286211..2286287;;ccc;;;; ;;;;;;; ;2466309..2466383;;agg;;;; ;;;;;;; comp;2518041..2518116;;gcc;+;39;alaX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30012] comp;2518156..2518231;;gcc;2 gcc;;opéron; ;;;;;;; ;2520931..2521006;;gta;+;44;valU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30110] ;2521051..2521126;;gta;3gta;46;opéron; ;2521173..2521248;;gta;;4;« ; ;2521253..2521328;;aaa;;;« ; ;;;;;;; comp;2726069..2726188;;5s;@2;92;opéron; comp;2726281..2729184;;23s;;184;; comp;2729369..2729444;;gaa;;171;; comp;2729616..2731157;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2785762..2785837;;atgi;;;; ;;;;;;; comp;2817784..2817860;;cgt;+;198;« ; comp;2818059..2818135;;cgt;4 cgt;62;« ; comp;2818198..2818274;;cgt;;198;« ; comp;2818473..2818549;;cgt;;3;opéron; comp;2818553..2818645;;agc;;;serV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30013] ;;;;;;; ;2947387..2947463;;atgf;+;33;opéron; ;2947497..2947573;;atgf;3 atgf;33;metW;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG31117] ;2947607..2947683;;atgf;;;« ; ;;;;;;; comp;2998984..2999057;;ggg;;;; ;;;;;;; ;3110366..3110441;;ttc;;;; ;;;;;;; ;3215598..3215673;;atgi;;;; ;;;;;;; comp;3318213..3318289;;atgf;;;; ;;;;;;; comp;3322072..3322158;;ctc;;;; ;;;;;;; comp;3423423..3423542;;5s;;37;« ; comp;3423580..3423655;;acc;;12;« ; comp;3423668..3423787;;5s;;92;« ; comp;3423880..3426783;;23s;;174;« ; comp;3426958..3427033;;gca;;42;« ; comp;3427076..3427152;;atc;;68;ileU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30044] comp;3427221..3428762;;16s;;;opéron; ;;;;;;; comp;3708616..3708692;;ccg;;;; ;;;;;;; ;3836222..3836316;;tga;;;; ;;;;;;ecoliwiki;[https://ecoliwiki.org/colipedia/index.php/Category:rRNA_operons] ;3941808..3943349;;16s;;85;gltU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30033] ;3943435..3943510;;gaa;;193;opéron; ;3943704..3946607;;23s;;92;« ; ;3946700..3946819;;5s;;52;« ; ;3946872..3946948;;gac;;8;aspT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30023] ;3946957..3947032;;tgg;;;trpT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30105] ;;;;;;; ;3982375..3982451;;cgg;;57;argX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30017] ;3982509..3982585;;cac;;20;opéron; ;3982606..3982692;;ctg;;42;« ; ;3982735..3982811;;cca;;;« ; ;;;;;;; ;4035531..4037072;;16s;;68;opéron; ;4037141..4037217;;atc;;42;ileT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30043] ;4037260..4037335;;gca;;183;« ; ;4037519..4040423;;23s;;93;« ; ;4040517..4040636;;5s;;;« ; ;;;;;;; ;4166659..4168200;;16s;;171;opéron; ;4168372..4168447;;gaa;;193;; ;4168641..4171544;;23s;;92;; ;4171637..4171756;;5s;;;; ;;;;;;; ;4175388..4175463;;aca;@3;8;thrU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30101] ;4175472..4175556;;tac;;116;opéron; ;4175673..4175747;;gga;;6;« ; ;4175754..4175829;;acc;;114;« ; ;4175944..4177128;;tufb;cds 1185 pb;;« ; ;;;;;;; ;4208147..4209688;;16s;;85;opéron; ;4209774..4209849;;gaa;;193;; ;4210043..4212946;;23s;;93;; ;4213040..4213159;;5s;;;; ;;;;;;; comp;4362551..4362626;;ttc;;;; ;;;;;;; ;4392360..4392435;;ggc;+;36;opéron; ;4392472..4392547;;ggc;3 ggc;35;glyX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30040] ;4392583..4392658;;ggc;;;« ; ;;;;;;; ;4496405..4496489;;ttg;;;; ;;;;;;; comp;4606079..4606165;;ctg;+;34;opéron; comp;4606200..4606286;;ctg;3 ctg;28;leuV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30051] comp;4606315..4606401;;ctg;;;« ; </pre> ====eco cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cumuls|eco cumuls]] <pre> eco cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;10;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;0;60;6;;150;;60;;400; ;max a;3;80;1;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;0;;250;;100;;600; ;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700; ;total aas;14;140;2;;350;;140;;800; sans ;opérons;36;160;2;;400;;160;;900; ;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000; ;max a;7;200;2;;500;;200;;1100; ;a doubles;10;;1;;;;;;; ;total aas;72;;36;0;;0;;0;;0 total aas;;86;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;57;;;;;;; ;;;variance;60;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; </pre> ====eco cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cds|eco cds]] <pre> les CDS eco pour opérons;;;;;;;;; clusters;6.8.19 Paris ;;;interca;cdsa;promoteur;terminateur;notes; ;222833..223408;;cds;362;192;sigma FIS;;; ;223771..225312;;16s;68;;;;; ;225381..225457;;atc;42;;;;; ;225500..225575;;gca;183;;;;; ;225759..228662;;23s;93;;;;; ;228756..228875;;5s;52;;;;; ;228928..229004;;gac;162;;Terminateur;+ sigma;; ;229167..229970;;cds;;268;;;; ;;;;;;;;; comp;2724448..2725746;;cds;322;433;rien;début opéron ;rien; comp;2726069..2726188;;5s;92;;;;; comp;2726281..2729184;;23s;184;;;;; comp;2729369..2729444;;gaa;171;;;;; comp;2729616..2731157;;16s;442;;sigma FIS;;; comp;2731600..2734173;;cds;;858;;;; ;;;;;;;;; ;3422436..3423194;;cds;228;253;Terminateur;fin opéron ;rien; comp;3423423..3423542;;5s;37;;;;; comp;3423580..3423655;;acc;12;;;;; comp;3423668..3423787;;5s;92;;;;; comp;3423880..3426783;;23s;174;;;;; comp;3426958..3427033;;gca;42;;;;; comp;3427076..3427152;;atc;68;;;;; comp;3427221..3428762;;16s;473;;sigma FIS;;; ;3429236..3429790;;cds;;185;;;; ;;;;;;;;; comp;3940635..3941327;;cds;480;231;sigma FIS;;; ;3941808..3943349;;16s;85;;;;; ;3943435..3943510;;gaa;193;;;;; ;3943704..3946607;;23s;92;;;;; ;3946700..3946819;;5s;52;;;;; ;3946872..3946948;;gac;8;;;;; ;3946957..3947032;;tgg;95;;Terminateur;fin opéron ;rien; comp;3947128..3947967;;cds;;280;;;; ;;;;;;;;; ;4034608..4035153;;cds;377;182;Sigma Lrp-leu;;; ;4035531..4037072;;16s;68;;;;; ;4037141..4037217;;atc;42;;;;; ;4037260..4037335;;gca;183;;;;; ;4037519..4040423;;23s;93;;;;; ;4040517..4040636;;5s;228;;;;; ;4040865..4040900;;rprg;5;;pas de Term;fin opéron ;rien; comp;4040906..4041433;;cds;;176;;;; ;;;;;;;;; ;4165428..4166285;;cds;373;286;Sigma Lrp-leu;;; ;4166659..4168200;;16s;171;;;;; ;4168372..4168447;;gaa;193;;;;; ;4168641..4171544;;23s;92;;;;; ;4171637..4171756;;5s;300;;Terminateur;début opéron ;rien; ;4172057..4173085;;cds;;343;;;; ;;;;;;;;; comp;4205943..4207532;;cds;614;530;sigma FIS;;; ;4208147..4209688;;16s;85;;;;; ;4209774..4209849;;gaa;193;;;;; ;4210043..4212946;;23s;93;;;;; ;4213040..4213159;;5s;74;;Terminateur;début opéron ;rien; ;4213234..4213617;;cds;;128;;;; ;;;;;;;;; ;695101..696276;;cds;31;392;;;; comp;696308..696378;;rprg;51;;Terminateur;fin opéron;rien; comp;696430..696504;;cag;37;;;;; comp;696542..696616;;cag;47;;;;; comp;696664..696740;;atg;15;;;;; comp;696756..696830;;caa;34;;;;; comp;696865..696939;;caa;23;;;;; comp;696963..697047;;cta;9;;;;; comp;697057..697133;;atg;379;;sigma FIS;fin opéron;rien; comp;697513..699177;;cds;;555;;;; ;;;;;;;;; ;779598..780389;;cds;164;264;sigma FIS;fin opéron;rien; ;780554..780629;;aaa;135;;;;; ;780765..780840;;gta;2;;;;; ;780843..780918;;aaa;149;;;;; ;781068..781143;;gta;3;;;;; ;781147..781222;;aaa;146;;;;; ;781369..781444;;aaa;132;;;;; ;781577..781652;;aaa;432;;Terminateur;début opéron;NadR pas sigma; ;782085..783128;;cds;;348;;;; ;;;;;;;;; ;1286709..1286984;;cds;81;92;Terminateur;;; comp;1287066..1287236;;ncRNA;-150;;;;; comp;1287087..1287176;;tpr ;67;30;;;; comp;1287244..1287328;;tac;209;;;;; comp;1287538..1287622;;tac;159;;sigma FIS;;; comp;1287782..1288624;;cds;;281;;;; ;;;;;;;;; solitaires;;;;promoteur;terminateur;interc avant;interc après;protéines;lien ;236931..237007;;gac;sigma FIS;Term 1;133;328;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=228513/245425] ;262871..262946;;acg;sigma FIS;rien;115;204;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=262297/263521] ;564723..564799;;aga;sigma FIS;rien;243;16;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=564149/565373] comp;925884..925971;;InfA-tcc;sigma FIS;Term 1;344;254;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30096&chromosome=COLI-K12] comp;1031625..1031712;;tca;sigma FIS;Term 2;207;427;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1023213/1040125] comp;1097565..1097652;;tcc;sigma FIS;Term 4;736;234;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1089153/1106065] comp;2043468..2043557;;tcg;sigma -;Term 1;570;94;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2035057/2051969] ;2044549..2044624;;aac;sigma -;Term 1;101;314;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2036131/2053043] comp;2058027..2058102;;aac;sigma -;Term 1;453;101;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2049609/2066521] ; 2059851..2059926;;aac;sigma -;Term 1;5;38;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2051433/2068345] ;2062260..2062335;;aac;sigma NtrC;rien;327;56;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2053842/2070754] ;2286211..2286287;;ccc;sigma FIS;Term 1;75;103;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2277793/2294705] ;2466309..2466383;;agg;sigma -;Term 1;76;162;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2457890/2474802] comp;2785762..2785837;;atgi;rien;rien;410;-37;évidence faible1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2777344/2794256] comp;2998984..2999057;;ggg;sigma FIS;rien;156;79;évidence faible;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2990565/3007477] ;3110366..3110441;;ttc;sigma FIS;Term 1;106;149;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3101948/3118860] ;3215598..3215673;;atgi;sigma -;Term 1;125;54;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3207180/3224092] comp;3318213..3318289;;atgf;sigma FIS;Term 2;207;348;protéines1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3309795/3326707] comp;3322072..3322158;;ctc;sigma -;Term 1;459;15;protéine2;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3313659/3330571] comp;3708616..3708692;;ccg;sigma FIS;Term 2;911;92;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3700198/3717110] ;3836222..3836316;;tga;sigma -;rien;293;109;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3827813/3844725] comp;4362551..4362626;;ttc;sigma FIS;Term 1;198;107;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4354133/4371045] ;4496405..4496489;;ttg;sigma FIS;Term 1;196;261;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4487991/4504903] </pre> ====eco blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_blocs|eco blocs]] <pre> eco blocs;;;; 16s;68;16s;68;68 atc;42;atc;42;42 gca;174;gca;183;183 23s;92;23s;93;93 5s;12;5s;52; acc;37;gac;; 5s;;;; ;;;; 16s;85;171;171;85 gaa;193;184;193;193 23s;92;92;92;93 5s;52;;; gac;;;; </pre> ====eco distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_distribution|eco distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta3;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;3;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;;23;;4;;;29;;eco;;;;4;;;4 </pre> ====eco données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_données_intercalaires|eco données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;eco;fx;fc;eco;fx40;fc40;eco;c-;x-;c;x;c;x;;c;x; ;0;0;13;16;0;13;16;-1;162;0;162;242;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; 1;0;10;35;345;1;4;43;-2;0;2;132;153;2* 171;;gaa;37;;cag ;1;20;10;265;2;6;51;-3;0;0;327;343;3* 68;;atc;47;;cag ;0;30;18;135;3;10;44;-4;260;43;114;426;2* 85;;gaa;15;;atgj 2;0;40;63;79;4;5;27;-5;0;0;379;735;tRNA 23s;;;34;;caa ;0;50;78;73;5;1;14;-6;0;0;164;233;184;;gaa;23;;caa 2;0;60;51;104;6;3;13;-7;14;1;432;307;174;;gca;9;;cta ;1;70;37;89;7;3;24;-8;59;1;253;569;3* 193;;gaa;**;;atgj 1;3;80;21;88;8;1;15;-9;0;2;206;93;2* 183;;gca;135;;aaa ;0;90;29;67;9;2;56;-10;6;0;67;452;5s tRNA;;;2;;gta 2;3;100;34;82;10;0;58;-11;34;0;159;4;12;;acc;149;;aaa ;4;110;36;83;11;2;48;-12;0;1;107;37;2* 52;;gac;3;;gta ;2;120;32;58;12;3;39;-13;3;0;151;326;tRNA 5s;;;146;;aaa 1;0;130;33;52;13;0;23;-14;14;5;100;55;37;;acc;132;;aaa ;1;140;39;51;14;0;37;-15;0;0;313;235;tRNA tRNA;;intra;**;;aaa 1;1;150;28;50;15;1;23;-16;2;1;100;258;3* 42;;atc gca;209;;tac 1;3;160;39;41;16;2;20;-17;10;0;74;264;;;;**;;tac ;2;170;32;41;17;1;19;-18;0;2;75;208;;;;4;;gtc ;0;180;22;41;18;0;19;-19;4;1;208;73;;;;**;;gtc ;0;190;30;37;19;0;14;-20;9;1;750;148;;;;12;;tta 1;0;200;29;31;20;1;23;-21;0;2;280;124;;;;54;;tgc 1;4;210;35;36;21;1;17;-22;3;0;315;53;;;;**;;ggc ;0;220;29;37;22;0;18;-23;6;1;155;347;;;;39;;ggc ;0;230;20;20;23;1;13;-24;0;2;78;292;;;;**;;ggc 2;1;240;24;18;24;6;19;-25;2;2;105;95;;;;44;;gta 1;0;250;24;17;25;0;10;-26;7;1;206;361;;;;46;;gta 1;1;260;22;26;26;1;14;-27;0;1;458;195;;;;4;;gta 1;1;270;14;14;27;0;14;-28;3;1;14;38;;;;**;;aaa ;1;280;21;16;28;4;8;-29;4;1;910;;;;;198;;cgt ;0;290;17;21;29;2;9;-30;0;1;91;;;;;62;;cgt 1;0;300;9;17;30;3;13;-31;1;0;102;;;;;198;;cgt 1;0;310;9;13;31;3;6;-32;5;1;146;;;;;3;;cgt ;2;320;16;12;32;3;7;-33;0;1;114;;;;;**;;agc 1;1;330;7;11;33;2;7;-34;0;0;106;;;;;33;;atgf ;0;340;11;6;34;7;8;-35;1;3;210;;;;;33;;atgf 2;0;350;2;9;35;5;7;-36;0;0;233;;;;;**;;atgf ;0;360;11;10;36;4;15;-37;1;0;267;;;;;8;;gac 1;0;370;7;12;37;11;7;-38;1;1;CDS 16s ;;;;;**;;tgg ;1;380;18;4;38;6;7;-39;0;1;362;473;;;;57;;cgg ;0;390;6;3;39;14;8;-40;0;0;442;480;;;;20;;cac ;0;400;6;10;40;8;7;-41;0;1;377;614;;;;42;;ctg 5;4;reste;57;64;reste;935;1364;-42;0;0;373;;;;;**;;cca 29;37;total;1074;2204;total;1074;2204;-43;8;0;23s 5s;;;;;8;;aca 24;33;diagr;1004;2124;diagr;126;824;-44;1;1;3* 93;;;;;116;;tac 1;1;t30;63;745;;;;-45;0;0;4* 92;;;;;6;;gga ;;;;;;;;-46;0;0;5s CDS;;;;;**;;acc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;300;81;;;;36;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;1;74;228;;;;35;;ggc ;x;1061;95;13;1169;;;-49;1;0;;269;;;;**;;ggc ;c;2188;647;16;2851;;;-50;1;0;;;;;;34;;ctg ;;;;;4020;712;;reste;25;13;;;;;;28;;ctg ;;;;;;4732;;total;647;95;;;;;;**;;ctg </pre> =====eco autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires_aas|eco autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> ;autres intercalaires;;eco27622;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre inter;aas deb;;CDS;14168;15298;88;; ;;mobile_el;15387;16731;-1287;*; fin;;CDS;15445;16557;;; deb;comp;CDS;16751;16960;-9;; ;;ncRNA;16952;17010;478;*; fin;;CDS;17489;18655;;; deb;;CDS;18715;19620;175;; ;comp;mobile_el;19796;20563;-753;*; fin;comp;CDS;19811;20314;;; deb;comp;CDS;74497;75480;35;; ;comp;ncRNA;75516;75608;35;*; deb;comp;CDS;75644;77299;67;; ;;ncRNA;77367;77593;-206;*; fin;;CDS;77388;77519;;; deb;;CDS;91413;93179;-695;; ;;ncRNA;92485;92658;507;*; fin;;CDS;93166;94653;;; deb;comp;CDS;188712;189506;205;; ;;ncRNA;189712;189847;26;*; fin;;CDS;189874;190599;;; deb;;CDS;193521;194717;66;; ;;ncRNA;194784;194844;58;*; fin;;CDS;194903;195664;;; deb;;CDS;222833;223408;362;; 16s;;rRNA;223771;225312;68;*; ;;tRNA;225381;225457;42;*;atc 23s;;tRNA;225500;225575;183;*;gca 5s;;rRNA;225759;228662;93;*; ;;rRNA;228756;228875;52;*; ;;tRNA;228928;229004;162;*;gac fin;;CDS;229167;229970;;; deb;;CDS;236067;236798;132;; ;;tRNA;236931;237007;327;*;gac fin;;CDS;237335;238120;;; deb;comp;CDS;238257;238736;9;; ;comp;gene;238746;239084;105;*; ;;gene;239190;239378;40;*; fin;comp;CDS;239419;240189;;; deb;;CDS;247637;248134;223;; ;comp;gene;248358;250070;1;*; ;;gene;250072;250827;70;*; fin;;CDS;250898;251953;;; deb;;CDS;252709;253161;305;; ;;gene;253467;253733;-32;*; ;;gene;253702;254202;56;*; fin;comp;CDS;254259;255716;;; deb;;CDS;256527;257771;57;; ;;misc_f;257829;257899;8;*; ;comp;mobile_el;257908;258675;-753;*; fin;comp;CDS;257923;258426;;; deb;comp;CDS;258345;258620;55;; ;;misc_f;258676;259006;38;*; fin;comp;CDS;259045;260100;;; deb;;CDS;261503;262756;114;; ;;tRNA;262871;262946;-49;*;acg ;;misc_f;262898;297205;-34056;*; ;comp;gene;263150;263212;115;*; fin;comp;CDS;263328;263669;;; deb;comp;CDS;266110;266553;-1;; ;comp;gene;266553;266774;1;*; ;comp;gene;266776;266967;216;*; fin;comp;CDS;267184;268005;;; deb;comp;CDS;269289;270182;23;; ;;mobile_el;270206;270540;-263;*; ;;misc_f;270278;270540;0;*; ;;mobile_el;270541;271761;-1159;*; deb;;CDS;270603;271754;7;; ;;mobile_el;271762;272190;-427;*; ;;misc_f;271764;272190;389;*; ;;ncRNA;272580;272654;192;*; deb;;CDS;272847;273992;-38;; ;comp;mobile_el;273955;275149;-1049;*; fin;comp;CDS;274101;275081;;; deb;comp;CDS;277756;278802;11;; ;comp;gene;278814;279162;0;*; ;comp;mobile_el;279163;279930;-753;*; fin;comp;CDS;279178;279681;;; deb;comp;CDS;279600;279875;55;; ;;gene;279931;280104;-174;*; ;;mobile_el;279931;280111;2;*; ;comp;gene;280114;280362;-249;*; ;comp;mobile_el;280114;280425;-41;*; fin;comp;CDS;280385;280735;;; deb;;CDS;290510;290638;-5;; ;comp;mobile_el;290634;291401;-753;*; fin;comp;CDS;290649;291152;;; deb;comp;CDS;313141;313242;473;; ;comp;gene;313716;313805;551;*; ;;gene;314357;315244;-16;*; ;;mobile_el;315229;316483;-1193;*; fin;;CDS;315291;315590;;; deb;;CDS;315587;316453;-4;; ;comp;gene;316450;317136;302;*; ;;gene;317439;317567;158;*; fin;comp;CDS;317726;318319;;; deb;comp;CDS;380069;380842;1;; ;comp;misc_f;380844;381260;-1;*; ;;mobile_el;381260;382590;-1240;*; fin;;CDS;381351;381716;;; deb;;CDS;381674;382579;11;; ;comp;misc_f;382591;382872;-134;*; fin;comp;CDS;382739;383935;;; deb;comp;CDS;388753;389727;523;; ;;misc_f;390251;391708;-117;*; deb;comp;CDS;391592;391648;60;; ;comp;mobile_el;391709;392966;-1228;*; fin;comp;CDS;391739;392605;;; deb;comp;CDS;392602;392901;68;; ;;misc_f;392970;394418;87;*; fin;;CDS;394506;395129;;; deb;;CDS;408177;408461;147;; ;;gene;408609;408950;-4;*; fin;;CDS;408947;409030;;; deb;comp;CDS;475982;476371;76;; ;;ncRNA;476448;476561;110;*; fin;;CDS;476672;477025;;; deb;comp;CDS;506603;507082;121;; ;;ncRNA;507204;507287;-2;*; fin;comp;CDS;507286;508080;;; deb;;CDS;527581;527949;-1;; ;;gene;527949;528659;-20;*; ;;gene;528640;529130;366;*; ;;gene;529497;529592;52;*; fin;comp;CDS;529645;530016;;; deb;;CDS;533011;533826;-198;; ;;ncRNA;533629;533863;52;*; fin;;CDS;533916;535697;;; deb;comp;CDS;563848;564480;242;; ;;tRNA;564723;564799;-45;*;aga ;;misc_f;564755;586056;-21242;*; deb;comp;CDS;564815;565978;-121;; ;comp;gene;565858;566079;18;*; ;comp;gene;566098;566361;14;*; ;;gene;566376;566687;-4;*; ;;misc_f;566684;566776;0;*; ;;mobile_el;566777;568034;-1193;*; fin;;CDS;566842;567141;;; deb;;CDS;567138;568004;30;; ;;misc_f;568035;568247;67;*; fin;;CDS;568315;568647;;; deb;;CDS;573956;574339;189;; ;comp;misc_f;574529;574586;4;*; ;comp;mobile_el;574591;575785;-1049;*; deb;comp;CDS;574737;575717;68;; ;comp;misc_f;575786;576825;572;*; fin;;CDS;577398;577613;;; deb;;CDS;580834;581379;-26;; ;;gene;581354;581662;-129;*; deb;;CDS;581534;582097;54;; ;comp;gene;582152;582806;68;*; fin;;CDS;582875;583060;;; deb;comp;CDS;606265;607383;349;; ;comp;ncRNA;607733;607792;43;*; deb;;CDS;607836;607988;18;; ;;mobile_el;608007;609351;-1287;*; fin;;CDS;608065;609177;;; deb;comp;CDS;657555;657938;92;; ;;gene;658031;658818;128;*; fin;;CDS;658947;659150;;; deb;comp;CDS;685929;686669;11;; ;comp;ncRNA;686681;686843;-5;*; deb;comp;CDS;686839;687747;103;; ;comp;mobile_el;687851;689045;-1049;*; fin;comp;CDS;687997;688977;;; deb;;CDS;695101;696276;153;; ;comp;tRNA;696430;696504;37;*;cag ;comp;tRNA;696542;696616;47;*;cag ;comp;tRNA;696664;696740;15;*;atgj ;comp;tRNA;696756;696830;34;*;caa ;comp;tRNA;696865;696939;23;*;caa ;comp;tRNA;696963;697047;9;*;cta ;comp;tRNA;697057;697133;379;*;atgj fin;comp;CDS;697513;699177;;; deb;;CDS;706093;707757;478;; ;;ncRNA;708236;708333;0;*; fin;;CDS;708334;709740;;; deb;;CDS;715412;715906;40;; ;comp;gene;715947;716597;123;*; ;comp;gene;716721;716870;75;*; fin;comp;CDS;716946;718265;;; deb;;CDS;733776;734102;117;; ;;gene;734220;735653;-4;*; fin;;CDS;735650;736219;;; deb;;CDS;736445;736699;200;; ;;gene;736900;737961;130;*; fin;;CDS;738092;738853;;; deb;;CDS;764180;765049;0;; ;;ncRNA;765050;765150;2;*; fin;comp;CDS;765153;765875;;; deb;;CDS;779598;780389;164;; ;;tRNA;780554;780629;135;*;aaa ;;tRNA;780765;780840;2;*;gta ;;tRNA;780843;780918;149;*;aaa ;;tRNA;781068;781143;3;*;gta ;;tRNA;781147;781222;146;*;aaa ;;tRNA;781369;781444;132;*;aaa ;;tRNA;781577;781652;432;*;aaa fin;;CDS;782085;783128;;; deb;;CDS;836351;837436;-2;; ;comp;ncRNA;837435;837531;-29;*; fin;;CDS;837503;837562;;; deb;comp;CDS;851014;852597;127;; ;comp;ncRNA;852725;853064;-196;*; fin;comp;CDS;852869;852997;;; deb;;CDS;887423;887959;19;; ;comp;ncRNA;887979;888057;76;*; fin;comp;CDS;888134;889819;;; deb;;CDS;923264;925540;343;; ;comp;tRNA;925884;925971;253;*;tcc fin;comp;CDS;926225;926443;;; deb;comp;CDS;1030759;1031418;206;; ;comp;tRNA;1031625;1031712;426;*;tca fin;;CDS;1032139;1033257;;; deb;comp;CDS;1049439;1049744;33;; ;;mobile_el;1049778;1050545;-713;*; fin;;CDS;1049833;1050108;;; deb;;CDS;1079305;1080813;542;; ;;gene;1081356;1082185;57;*; fin;;CDS;1082243;1083370;;; deb;;CDS;1092876;1094234;10;; ;comp;mobile_el;1094245;1095502;-1228;*; fin;comp;CDS;1094275;1095141;;; deb;comp;CDS;1095138;1095437;106;; ;;gene;1095544;1095846;-4;*; deb;;CDS;1095843;1096829;735;; ;comp;tRNA;1097565;1097652;233;*;tcc fin;;CDS;1097886;1098824;;; deb;;CDS;1140033;1140986;-1;; ;;ncRNA;1140986;1141063;118;*; fin;comp;CDS;1141182;1144367;;; 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deb;;CDS;4156850;4158223;54;; ;comp;ncRNA;4158278;4158394;95;*; fin;;CDS;4158490;4159407;;; deb;;CDS;4165428;4166285;373;; 16s;;rRNA;4166659;4168200;171;*; ;;tRNA;4168372;4168447;193;*;gaa 23s;;rRNA;4168641;4171544;92;*; 5s;;rRNA;4171637;4171756;300;*; fin;;CDS;4172057;4173085;;; deb;comp;CDS;4174076;4175026;361;; ;;tRNA;4175388;4175463;8;*;aca ;;tRNA;4175472;4175556;116;*;tac ;;tRNA;4175673;4175747;6;*;gga ;;tRNA;4175754;4175829;114;*;acc fin;;CDS;4175944;4177128;;; deb;;CDS;4189786;4190325;1;; ;comp;ncRNA;4190327;4190487;247;*; fin;comp;CDS;4190735;4191868;;; deb;comp;CDS;4205943;4207532;614;; 16s;;rRNA;4208147;4209688;85;*; ;;tRNA;4209774;4209849;193;*;gaa 23s;;rRNA;4210043;4212946;93;*; 5s;;rRNA;4213040;4213159;74;*; fin;;CDS;4213234;4213617;;; deb;;CDS;4218596;4220332;-1454;; ;;ncRNA;4218879;4218963;1337;*; fin;comp;CDS;4220301;4222487;;; deb;comp;CDS;4240779;4242254;276;; ;comp;ncRNA;4242531;4242633;-8;*; fin;comp;CDS;4242626;4243516;;; deb;;CDS;4249554;4250474;228;; ;;gene;4250703;4252283;222;*; fin;;CDS;4252506;4253003;;; deb;;CDS;4262840;4263082;56;; ;;ncRNA;4263139;4263249;-2;*; fin;comp;CDS;4263248;4264231;;; deb;;CDS;4277469;4277933;-8;; ;comp;ncRNA;4277926;4278066;412;*; fin;;CDS;4278479;4279828;;; deb;comp;CDS;4321697;4322422;20;; ;comp;gene;4322443;4323281;54;*; fin;comp;CDS;4323336;4324352;;; deb;comp;CDS;4360396;4361934;256;; ;comp;gene;4362191;4362353;197;*; ;comp;tRNA;4362551;4362626;106;*;ttc fin;comp;CDS;4362733;4363308;;; deb;comp;CDS;4365472;4366773;65;; ;comp;ncRNA;4366839;4366951;-61;*; fin;comp;CDS;4366891;4368327;;; deb;;CDS;4391604;4392149;210;; ;;tRNA;4392360;4392435;36;*;ggc ;;tRNA;4392472;4392547;35;*;ggc ;;tRNA;4392583;4392658;233;*;ggc fin;;CDS;4392892;4392945;;; deb;comp;CDS;4426628;4427422;271;; ;;gene;4427694;4428095;-17;*; fin;comp;CDS;4428079;4428717;;; deb;;CDS;4457959;4459311;176;; ;;gene;4459488;4459855;44;*; fin;comp;CDS;4459900;4460364;;; deb;comp;CDS;4495190;4496209;195;; ;;tRNA;4496405;4496489;185;*;ttg ;;misc_f;4496675;4497940;-1191;*; ;;gene;4496750;4497940;240;*; ;;mobile_el;4498181;4499511;-1240;*; fin;;CDS;4498272;4498637;;; deb;;CDS;4498595;4499500;92;; ;comp;gene;4499593;4500791;468;*; deb;;CDS;4501260;4501589;500;; ;comp;mobile_el;4502090;4503515;-1413;*; fin;comp;CDS;4502103;4503431;;; deb;;CDS;4506448;4506573;52;; ;comp;gene;4506626;4506856;4;*; ;;gene;4506861;4507109;15;*; ;;mobile_el;4507125;4507458;-262;*; ;;misc_f;4507197;4507451;7;*; ;comp;mobile_el;4507459;4508679;-1214;*; deb;comp;CDS;4507466;4508617;62;; ;comp;mobile_el;4508680;4509006;-323;*; ;comp;gene;4508684;4508942;64;*; ;;mobile_el;4509007;4509801;-793;*; ;;misc_f;4509009;4509479;-1;*; ;;misc_f;4509479;4509793;10;*; ;;gene;4509804;4510133;556;*; fin;comp;CDS;4510690;4511457;;; deb;;CDS;4518372;4518440;31;; ;;mobile_el;4518472;4519239;-713;*; deb;;CDS;4518527;4518802;-82;; ;;gene;4518721;4519224;113;*; fin;comp;CDS;4519338;4520324;;; deb;comp;CDS;4527549;4527980;-4;; ;;ncRNA;4527977;4528066;44;*; fin;comp;CDS;4528111;4528917;;; deb;comp;CDS;4530530;4531651;398;; ;comp;gene;4532050;4532310;126;*; fin;comp;CDS;4532437;4533183;;; deb;comp;CDS;4533796;4534053;376;; ;comp;gene;4534430;4534675;339;*; ;;gene;4535015;4536031;565;*; fin;;CDS;4536597;4536695;;; deb;comp;CDS;4568692;4568727;270;; ;;gene;4568998;4569918;243;*; fin;comp;CDS;4570162;4571574;;; deb;;CDS;4572414;4573931;203;; ;;gene;4574135;4576855;56;*; fin;comp;CDS;4576912;4577958;;; deb;comp;CDS;4579499;4579840;-6;; ;;ncRNA;4579835;4579911;156;*; fin;comp;CDS;4580068;4581462;;; deb;;CDS;4605804;4606040;38;; ;comp;tRNA;4606079;4606165;34;*;ctg ;comp;tRNA;4606200;4606286;28;*;ctg ;comp;tRNA;4606315;4606401;267;*;ctg fin;comp;CDS;4606669;4607700;;; </pre> ====eco intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_entre_cds|eco intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> eco;6.2.21 Paris;;eco 23-9-2020;;;;;;; eco;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;738;18.3;'''négatif ;-9;14;-1 à -89;'''4 641 652;-1;738 ;'''zéro;29;0.7;;;;;'''intercals;0;29 ;'''1 à 200;2511;62.4;'''0 à 200;72;58;;'''421 229;5;203 ;'''201 à 370;572;14.2;'''201 à 370;264;47;;'''9.1%;10;174 ;'''371 à 600;142;3.5;'''371 à 600;440;60;;;15;176 ;'''601 à max;32;0.8;'''601 à 1028;693;97;;;20;99 ;'''total 4024;<201;81.5;'''total 4004;103;126;-89 à 950;;25;85 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;67 4538785;1455;-1;738;-70;30;;0;29;35;56 2901896;1372;0;29;-60;2;;-1;°163;40;87 2876581;950;1;°47;-50;2;;-2;2;45;80 2405703;919;2;°57;-40;12;;-3;0;50;72 4077449;852;3;°54;-30;18;'''min à -1;-4;°303;55;82 767978;846;4;°31;-20;45;738;-5;0;60;72 1985139;796;5;14;-10;84;18.3%;-6;0;65;66 310746;775;6;16;0;574;;-7;15;70;60 1253085;768;7;°26;10;377;;-8;°60;75;57 1102546;754;8;16;20;275;;-9;2;80;52 3111266;728;9;°58;30;152;;-10;6;85;50 2303905;714;10;°58;40;143;'''1 à 100;-11;°34;90;49 2455083;680;11;°50;50;152;1701;-12;1;95;58 3353121;674;12;42;60;154;42.3%;-13;3;100;56 1907448;669;13;23;70;126;;-14;°20;105;56 2798091;668;14;°37;80;109;;-15;0;110;64 83622;659;15;24;90;99;;-16;3;115;40 2136104;658;16;22;100;114;;-17;°10;120;51 4325298;657;17;20;110;120;;-18;2;125;34 4294481;641;18;19;120;91;;-19;5;130;53 1299567;634;19;14;130;87;;-20;°9;135;41 2404629;630;20;°24;140;90;;-21;2;140;49 4502103;626;21;18;150;78;;-22;3;145;26 582875;620;22;18;160;81;;-23;°7;150;52 4602088;618;23;14;170;72;'''1 à 200;-24;2;155;51 3922060;616;24;°25;180;62;2511;-25;4;160;30 384059;615;25;10;190;68;62.4%;-26;°8;165;36 3550080;611;26;15;200;61;;-27;1;170;36 1711523;610;27;14;210;72;;-28;4;175;34 1292509;604;28;12;220;66;;-29;°5;180;28 985894;602;29;11;230;40;;-30;1;185;36 88028;601;30;15;240;41;'''0 à 200;-31;1;190;32 4150447;597;31;9;250;41;2540;-32;°7;195;31 654583;588;32;10;260;47;;;712;200;30 1089866;586;33;10;270;27;;reste;55;205;39 ;;34;15;280;37;;total;767;210;33 ;;35;12;290;38;;;;215;29 ;;36;°19;300;26;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;37 ;;37;18;310;22;;600;3992;225;16 ;;38;13;320;29;;610;4;230;24 ;;39;°22;330;18;;620;5;235;19 ;;40;15;340;18;'''201 à 370;630;2;240;22 ;;reste;2310;350;11;572;640;1;245;24 ;;total;4024;360;20;14.2%;650;1;250;17 ;;;;370;19;;660;3;255;19 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;23;;670;2;260;28 164730;-2400;cont;2400;390;9;;680;2;265;15 2731600;-2130;cont;2130;400;18;;690;0;270;12 492092;-1295;cont;1295;410;10;;700;0;275;23 4577958;-897;cont;897;420;7;;710;0;280;14 1179520;-729;cont;729;430;13;;720;1;285;21 3111128;-723;comp';'''20;440;8;;730;1;290;17 3838248;-530;comp';'''20;450;3;;740;0;295;17 10643;-527;comp';'''486;460;8;;750;0;300;9 1639030;-448;cont;'''255;470;4;;760;1;305;10 3796948;-436;comp';'''75;480;6;;770;1;310;12 578107;-242;cont;'''123;490;3;;780;1;315;14 508875;-212;cont;212;500;4;;790;0;320;15 3993739;-210;comp';210;510;1;;800;1;325;8 16751;-153;cont;153;520;5;;810;0;330;10 1240260;-129;comp';129;530;3;;820;0;335;10 4011076;-113;comp';113;540;3;'''371 à 600;830;0;340;8 1491922;-110;cont;110;550;4;142;840;0;345;7 3086145;-102;comp';102;560;3;3.5%;850;1;350;4 3519465;-89;cont;89;570;1;;860;1;355;13 1529922;-86;comp';86;580;3;'''601 à max;total;28;360;7 2475873;-85;cont;85;590;2;32;;;365;13 19811;-82;cont;82;600;1;0.8%;;;370;6 257923;-82;cont;82;reste;32;;reste;4;reste;174 279178;-82;cont;82;total;4024;;total;4024;total;4024 </pre> ====eco intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> eco Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; eco;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;22;-151;195;32;532;230;max50;-74;565;-1405;124;805;255;min50 31 à 400;;;;;;;;7.6;-18;-162;50;934;79;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;94;44;-;489;dte;43;tm;197;65;-;540;poly;265;SF 31 à 400;;;;;;;;117;43;-;873;poly;61;tm </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> 25.1.22 Paris;;;;;;;;;;;;; ;400;200;250;;corrélation;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;-0.119;;;;;;;; 41-n;0.735;0.296;0.440;;;;;;;;;; 1-n;0.287;-0.178;-0.064;;;;;;;;25.1.22 Paris;; eco;fx;fc;;fx40;fc40;eco;fx%;fc%;;x;eco;Sx-;Sc- 0;13;16;0;13;16;0;13;8;>0;1062;-1;0;163 10;36;341;1;4;43;10;36;160;<0;94;-2;2;0 20;11;264;2;6;51;20;11;124;zéro;13;-3;0;0 30;16;136;3;10;44;30;16;64;total;1169;-4;43;260 40;63;80;4;5;26;40;63;38;;c;-5;0;0 50;79;73;5;1;13;50;79;34;>0;2195;-6;0;0 60;51;103;6;4;12;60;51;48;<0;644;-7;1;14 70;37;89;7;3;23;70;37;42;zéro;16;-8;1;59 80;20;89;8;1;15;80;20;42;total;2855;-9;2;0 90;30;69;9;2;56;90;30;32;;;-10;0;6 100;32;82;10;0;58;100;32;38;total;4024;-11;0;34 110;36;84;11;2;48;110;36;39;;;-12;1;0 120;32;59;12;3;39;120;32;28;;;-13;0;3 130;34;53;13;1;22;130;34;25;;;-14;5;15 140;39;51;14;0;37;140;39;24;;;-15;0;0 150;29;49;15;1;23;150;29;23;;;-16;1;2 160;39;42;16;2;20;160;39;20;;;-17;0;10 170;32;40;17;1;19;170;32;19;;;-18;2;0 180;22;40;18;0;19;180;22;19;;;-19;1;4 190;30;38;19;0;14;190;30;18;;;-20;1;8 200;29;32;20;1;23;200;29;15;;;-21;2;0 210;35;37;21;1;17;210;35;17;;;-22;0;3 220;29;37;22;0;18;220;29;17;;;-23;1;6 230;21;19;23;1;13;230;21;9;;;-24;2;0 240;23;18;24;6;19;240;23;8;;;-25;2;2 250;24;17;25;0;10;250;24;8;;;-26;1;7 260;22;25;26;1;14;260;22;12;;;-27;1;0 270;12;15;27;0;14;270;12;7;;;-28;1;3 280;20;17;28;4;8;280;20;8;;;-29;1;4 290;17;21;29;2;9;290;17;10;;;-30;1;0 300;9;17;30;1;14;300;9;8;;;-31;0;1 310;9;13;31;2;7;310;9;6;;;-32;2;5 320;16;13;32;3;7;320;16;6;;;-33;1;0 330;8;10;33;3;7;330;8;5;;;-34;0;0 340;12;6;34;7;8;340;12;3;;;-35;3;1 350;2;9;35;5;7;350;2;4;;;-36;0;0 360;10;10;36;4;15;360;10;5;;;-37;0;1 370;6;13;37;11;7;370;6;6;;;-38;1;1 380;18;5;38;6;7;380;18;2;;;-39;1;0 390;6;3;39;14;8;390;6;1;;;-40;0;0 400;7;11;40;8;7;400;7;5;;;-41;1;0 reste;59;65;reste;936;1374;;;;;;-42;0;0 total;1075;2211;total;1075;2211;t30;63;348;;;-43;0;8 diagr;1003;2130;diagr;126;821;t60;218;302;;;-44;1;1 - t30;940;1389;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;747;1133;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;-48;1;0 ;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;reste;11;21 ;;;;;;;;;;;total;94;644 </pre> ====eco intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_négatifs_S-|eco intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;; comp’;0;2;0;42;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;0;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;8;91;11 continu;163;0;0;261;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;1;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;7;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;10;647;22 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;43;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;1;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;11;94 ;Sc-;163;0;0;260;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;0;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;22;644 </pre> ====eco autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires|eco autres intercalaires]] <pre> eco;autres intercalaires;;adresses1;;;eco;autres intercalaires;;adresses2;;;eco;autres intercalaires;;adresses3;;;eco;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;14168;88;;;deb;°CDS;1205731;-74;;;deb;°CDS;2170532;30;;;deb;°CDS;3579768;116; ;mobile;15387;-1287;;;;gene;1206131;-10;;;;misc_f;2171429;105;;;;ncRNA;3580922;121; fin;°CDS;15445;;;;fin;°CDS;1206913;;;;deb;°CDS;2171833;47;;;fin;°CDS;3581138;; deb;°CDS;16751;-9;;;deb;°CDS;1208517;-1;;;;gene;2172921;3;;;deb;°CDS;3581863;-4; ;ncRNA;16952;482;;;;gene;1209119;29;;;fin;°CDS;2174282;;;;;misc_f;3583038;0; fin;°CDS;17489;;;;fin;°CDS;1209685;;;;deb;°CDS;2196474;111;;;;mobile;3583428;-713; deb;°CDS;18715;175;;;deb;°CDS;1210346;233;;;;gene;2197410;9;;;fin;°CDS;3583483;; ;mobile;19796;-753;;;;gene;1211413;102;;;fin;°CDS;2200279;;;;deb;°CDS;3583677;24; fin;°CDS;19811;;;;fin;°CDS;1211680;;;;deb;°CDS;2226509;52;;;;misc_f;3584205;94; deb;°CDS;74497;35;;;deb;°CDS;1218983;399;;;;gene;2227323;223;;;fin;°CDS;3584404;; ;ncRNA;75516;35;;;;gene;1219601;56;;;fin;°CDS;2228982;;;;deb;°CDS;3623399;104; deb;°CDS;75644;67;;;fin;°CDS;1222305;;;;deb;°CDS;2284376;74;;;;gene;3623887;245; ;ncRNA;77367;-206;;;deb;°CDS;1223264;114;;;;&tRNA;2286211;102;;;fin;°CDS;3624378;; fin;°CDS;77388;;;;;gene;1223564;371;;;;misc_f;2286390;4;;;deb;°CDS;3630968;261; deb;°CDS;188712;205;;;fin;°CDS;1224279;;;;;mobile;2288919;-1049;;;;gene;3632852;382; ;ncRNA;189712;26;;;deb;°CDS;1238879;238;;;deb;°CDS;2289065;68;;;fin;°CDS;3634841;; fin;°CDS;189874;;;;;mobile;1240188;-30;;;;misc_f;2290114;319;;;deb;°CDS;3647705;274; deb;°CDS;222833;362;;;fin;°CDS;1240260;;;;fin;°CDS;2290500;;;;;ncRNA;3648063;149; ;$rRNA;223771;68;;;deb;°CDS;1269168;47;;;deb;°CDS;2311646;334;;;;ncRNA;3648294;152; ;&tRNA;225381;42;;;;ncRNA;1269323;313;;;;ncRNA;2313084;311;;;fin;°CDS;3648528;; ;&tRNA;225500;183;;;deb;°CDS;1269703;47;;;fin;°CDS;2313488;;;;deb;°CDS;3650237;628; ;$rRNA;225759;93;;;;ncRNA;1269858;314;;;deb;°CDS;2328148;0;;;;misc_f;3651291;-1; ;$rRNA;228756;52;;;deb;°CDS;1270238;47;;;;gene;2329798;-67;;;;mobile;3652036;-1049; ;&tRNA;228928;162;;;;ncRNA;1270393;288;;;fin;°CDS;2334336;;;;deb;°CDS;3652182;73; fin;°CDS;229167;;;;fin;°CDS;1270749;;;;deb;°CDS;2348822;214;;;;misc_f;3653236;247; deb;°CDS;236067;132;;;deb;°CDS;1286709;81;;;;gene;2349687;41;;;fin;°CDS;3653961;; ;&tRNA;236931;327;;;;ncRNA;1287066;-150;;;fin;°CDS;2349935;;;;deb;°CDS;3656995;417; fin;°CDS;237335;;;;deb;°CDS;1287087;67;comp;;deb;°CDS;2356904;12;;;;ncRNA;3657985;311; deb;°CDS;238257;9;;;;&tRNA;1287244;209;comp;;;gene;2357816;40;;;deb;°CDS;3658366;98; ;gene;238746;105;;;;&tRNA;1287538;159;comp;;fin;°CDS;2358042;;;;;ncRNA;3658992;149; ;gene;239190;40;;;fin;°CDS;1287782;;comp;;deb;°CDS;2451584;19;;;fin;°CDS;3659232;; fin;°CDS;239419;;;;deb;°CDS;1293527;281;;;;gene;2452356;81;;;deb;°CDS;3663890;245; deb;°CDS;247637;223;;;;gene;1294426;-897;;;fin;°CDS;2455083;;;;;ncRNA;3664864;16; ;gene;248358;1;;;;mobile;1294426;40;;;deb;°CDS;2465301;75;;;fin;°CDS;3664986;; ;gene;250072;70;;;fin;°CDS;1295446;;;;;&tRNA;2466309;-15;;;deb;°CDS;3692618;-4; fin;°CDS;250898;;;;deb;°CDS;1298598;253;;;;misc_f;2466369;-10039;;;;gene;3695233;11; deb;°CDS;252709;305;;;;mobile;1299499;-1127;;;fin;°CDS;2466545;;;;fin;°CDS;3695997;; ;gene;253467;-32;;;fin;°CDS;1299567;;;;deb;°CDS;2470497;159;;;deb;°CDS;3699980;48; ;gene;253702;56;;;deb;°CDS;1380148;13;;;;gene;2470803;-29;;;;ncRNA;3700136;363; fin;°CDS;254259;;;;;gene;1380821;-1;;;deb;°CDS;2471077;26;;;fin;°CDS;3700563;; deb;°CDS;256527;57;;;;gene;1381789;44;;;;gene;2471544;49;;;deb;°CDS;3706098;910;comp ;misc_f;257829;8;;;fin;°CDS;1381947;;;;fin;°CDS;2472112;;;;;&tRNA;3708616;91;comp ;mobile;257908;-753;;;deb;°CDS;1394891;121;;;deb;°CDS;2476310;73;;;fin;°CDS;3708784;;comp fin;°CDS;257923;;;;;mobile;1396044;-1127;;;;gene;2476584;95;;;deb;°CDS;3720448;-153; deb;°CDS;258345;55;;;fin;°CDS;1396112;;;;fin;°CDS;2476694;;;;;gene;3720448;0; ;misc_f;258676;38;;;deb;°CDS;1404741;8;;;deb;°CDS;2513042;28;;;;mobile;3720633;-1396; fin;°CDS;259045;;;;;ncRNA;1405658;227;;;;mobile;2514273;-1287;;;fin;°CDS;3720680;; deb;°CDS;261503;114;;;fin;°CDS;1405979;;;;fin;°CDS;2514331;;;;deb;°CDS;3721198;26; ;&tRNA;262871;-49;;;deb;°CDS;1408050;95;;;deb;°CDS;2515643;208;;;;gene;3722076;222; ;misc_f;262898;-34056;;;;ncRNA;1409129;57;;;;&tRNA;2518041;39;comp;;fin;°CDS;3722328;; 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;&tRNA;1097565;233;comp;;deb;°CDS;2152469;182;;;fin;°CDS;3420134;;;;fin;°CDS;4536597;; fin;°CDS;1097886;;;;;ncRNA;2153311;-106;;;deb;°CDS;3422436;228;;;deb;°CDS;4567287;478; deb;°CDS;1146011;-7;;;deb;°CDS;2153349;237;;;;$rRNA;3423423;37;;;;gene;4568998;243; ;ncRNA;1146589;36;;;;ncRNA;2153646;-101;;;;&tRNA;3423580;12;;;fin;°CDS;4570162;; fin;°CDS;1146794;;;;fin;°CDS;2153681;;;;;$rRNA;3423668;92;;;deb;°CDS;4572414;203; deb;°CDS;1195123;-165;;;deb;°CDS;2165668;84;;;;$rRNA;3423880;174;;;;gene;4574135;56; ;misc_f;1196209;-14546;;;;ncRNA;2167114;-18;;;;&tRNA;3426958;42;;;fin;°CDS;4576912;; fin;°CDS;1196867;;;;;misc_f;2167183;-510;;;;&tRNA;3427076;68;;;deb;°CDS;4579499;-6; deb;°CDS;1203822;9;;;deb;°CDS;2167302;81;;;;$rRNA;3427221;473;;;;ncRNA;4579835;156; ;gene;1204170;-234;;;;gene;2167602;168;;;fin;°CDS;3429236;;;;fin;°CDS;4580068;; deb;°CDS;1204170;-1137;;;fin;°CDS;2167989;;;;deb;°CDS;3558268;-19;;;deb;°CDS;4605804;38; ;gene;1204401;11;;;deb;°CDS;2168712;81;;;;gene;3559848;16;;;;&tRNA;4606079;34;comp fin;°CDS;1205549;;;;;misc_f;2169693;3;;;fin;°CDS;3560622;;;;;&tRNA;4606200;28;comp ;;;;;;;mobile;2170171;-1193;;;;;;;;;;&tRNA;4606315;267;comp ;;;;;;fin;°CDS;2170236;;;;;;;;;;fin;°CDS;4606669;;comp </pre> ====eco intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_tRNA|eco intercalaires tRNA]] <pre> eco;intercalaires tRNAs;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;162;;67;14;; ;;;132;;327;;74;78;; ;;;114;;;;75;91;'''deb; ;;comp’;242;;;;100;100;<201;10 6 aas;37 47 15 34 23 9;comp’;153;;379;;102;106;total;17 6 aas;135 2 149 3 146 132;;164;;432;;105;107;taux;59% ;;comp’;343;;253;;114;114;; ;;;206;comp’;426;;128;146;'''fin; ;;comp’;735;comp’;233;;132;151;<201;11 ;209;;67;;159;;155;159;total;20 ;4;comp’;307;;107;;164;162;taux;55% ;12 54;;-;;151;;206;235;; ;;comp’;569;comp’;93;;206;253;'''total; ;;;100;;313;;210;267;<201;21 ;;comp’;452;;100;;280;313;total;37 ;;comp’;4;comp’;37;;458;315;taux;57% ;;comp’;326;comp’;55;;750;327;; ;;;74;;;;910;379;; ;;;75;;;;233;432;comp’;cumuls ;39;comp’;208;;235;;4;37;; ;44 46 4;comp’;258;comp’;264;;38;53;; ;;;750;;;;124;55;'''deb; 4 aas;198 62 198 3;;280;;315;;153;73;<201;5 ;;comp’;208;comp’;73;;195;93;total;17 ;33 33;;155;;78;;208;95;taux;29% ;;;105;comp’;148;;208;148;; ;;comp’;124;comp’;53;;242;233;'''fin; ;;;206;comp’;347;;258;264;<201;7 ;;;458;;14;;292;347;total;11 ;;;910;;91;;307;426;taux;64% ;;comp’;292;;;;326;'''-;; ;8;;;comp’;95;;343;'''-;'''total; ;57 20 42;;102;;146;;361;'''-;<201;12 ;8 116 6;comp’;361;;114;;452;'''-;total;28 ;;;;;106;;569;'''-;taux;43% ;36 35;;210;;233;;735;'''-;; ;;comp’;195;;;;;;; ;34 28;comp’;38;;267;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;deb;fin;total ;;;;;;;<201;15;18;33 ;;;;;;;total;34;31;65 ;;;;;;;taux;44%;58%;51% </pre> ===Escherichia coli Nissle 1917=== ====ecoN opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_opérons|ecoN opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Esch_coli_Nissle_1917/eschColi_NISSLE_1917-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP007799.1;ecoN;;genome;;;;;;;;; 50%GC;21.8.19 Paris;16s 10 ;123 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;; Escherichia coli Nissle 1917 ;;;;;;;;;;;; ;231864..232436;;CDS;;365;365;;;191;;D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase;* ;232802..234321;;16s;;73;;;;1520;;; ;234395..234471;;gaa;;12;;;12;;;; ;234484..234557;;gca;;174;;;;;;; ;234732..237319;;23s;;83;;;;2588;;; ;237403..237518;;5s;;54;;;;116;;; ;237573..237649;;gac;;162;162;;;;162;; ;237812..238615;;CDS;;;;;;268;;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;* ;;;;;;;;;;;; ;244934..245665;;CDS;;132;132;;;244;;DNA polymerase III subunit epsilon;* ;245798..245874;;gac;;120;120;;;;120;; comp;245995..246852;;CDS;;;;;;286;;DUF4942 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;367329..368582;;CDS;;114;114;;;418;114;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;* ;368697..368772;;acg;;154;154;;;;;; ;368927..369265;;CDS;;;;;;113;;DUF4102 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;631149..632015;;CDS;;270;270;;;289;;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;* ;632286..632362;;aga;;15;15;;;;15;; comp;632378..632997;;CDS;;;;;;207;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;733188..734363;;CDS;;153;153;;;392;153;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;* comp;734517..734591;;cag;+;37;;37;;;;; comp;734629..734703;;cag;2 cag;48;;48;;;;; comp;734752..734828;;atgj;2 atgj;15;;15;;;;; comp;734844..734918;;caa;2 caa;34;;34;;;;; comp;734953..735027;;caa;;23;;23;;;;; comp;735051..735135;;cta;;10;;10;;;;; comp;735146..735222;;atgj;;380;380;;;;;; comp;735603..737267;;CDS;;;;;;555;;asparagine synthase B;* ;;;;;;;;;;;; ;807377..808169;;CDS;;164;164;;;264;164;Pseudo, cell division protein CpoB;* ;808334..808409;;aaa;+;35;;35;;;;; ;808445..808520;;gta;5 aaa;2;;2;;;;; ;808523..808598;;aaa;2 gta;51;;51;;;;; ;808650..808725;;gta;;3;;3;;;;; ;808729..808804;;aaa;;48;;48;;;;; ;808853..808928;;aaa;;33;;33;;;;; ;808962..809037;;aaa;;277;277;;;;;; ;809315..810358;;CDS;;;;;;348;;quinolinate synthase NadA;* ;;;;;;;;;;;; ;950069..952345;;CDS;;343;343;;;*759;343;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;* comp;952689..952776;;tcc;;253;253;;;;;; comp;953030..953248;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;* ;;;;;;;;;;;; comp;1047224..1047883;;CDS;;206;206;;;220;206;FtsH protease modulator YccA;* comp;1048090..1048177;;tca;;426;*426;;;;;; ;1048604..1049722;;CDS;;;;;;373;;hydrogenase 1 small subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;1183656..1184018;;CDS;;463;*463;;;121;;hp;* ;1184482..1184558;;aga;;278;278;;;;278;; > comp;1184837..1185786;;CDS;;;;;;317;;Pseudo, IS4 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;1213982..1214809;;CDS;;165;165;;;276;165;DUF4942 domain-containing protein;* comp;1214975..1215062;;tcc;;233;233;;;;;; ;1215296..1216234;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;* ;;;;;;;;;;;; ;1216817..1217098;;CDS;;165;165;;;94;165;DUF4942 domain-containing protein;* comp;1217264..1217351;;tcc;;234;234;;;;;; ;1217586..1218524;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;* ;;;;;;;;;;;; ;1457038..1458129;;CDS;;16;16;;;364;16;acyl-CoA desaturase;* comp;1458146..1458277;;ncRNA;;46;;;;44;;RtT sRNA; comp;1458324..1458408;;tac;+;33;;33;;;;; comp;1458442..1458526;;tac;2 tac;159;159;;;;;; comp;1458686..1459528;;CDS;;;;;;281;;formyltetrahydrofolate deformylase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1829066..1830322;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1830630..1830706;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1830711..1830787;;gtc;2 gtc;6;6;;;;6;; <;1830794..1831177;;CDS;@4;;;;;128;;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;* ;;;;;;;;;;;; comp;1831218..1832474;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1832782..1832858;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1832863..1832939;;gtc;2 gtc;8;8;;;;8;; <;1832948..1833280;;CDS;;;;;;111;;Pseudo, MATE family efflux transporter;* ;;;;;;;;;;;; comp;1833321..1834577;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1834885..1834961;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1834966..1835042;;gtc;2 gtc;108;108;;;;108;; ;1835151..1835456;;CDS;;;;;;102;;monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2115794..2116459;;CDS;;195;195;;;222;;UPF0149 family protein YecA;* comp;2116655..2116741;;tta;;12;;12;;;;; comp;2116754..2116827;;tgc;;53;;53;;;;; comp;2116881..2116956;;ggc;;151;151;;;;151;; comp;2117108..2117656;;CDS;;;;;;183;;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2191451..2192287;;CDS;;278;278;;;279;;hp;* comp;2192566..2192655;;tcg;;93;93;;;;93;; ;2192749..2193546;;CDS;;100;100;;;266;100;DgsA anti-repressor MtfA;* ;2193647..2193722;;aac;;161;161;;;;;; ;2193884..2195146;;CDS;;;;;;421;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;2232607..2233323;;CDS;;453;*453;;;239;;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;* comp;2233777..2233852;;acc;;326;326;;;;326;; ;2234179..2235096;;CDS;;;;;;306;;nitrogen assimilation transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; ;2235198..2236148;;CDS;;37;37;;;317;;HTH-type transcriptional regulator Cbl;* comp;2236186..2236261;;aac;;4;4;;;;4;; ;2236266..2237909;;CDS;;100;100;;;548;100;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;* ;2238010..2238085;;aac;;161;161;;;;;; ;2238247..2239518;;CDS;;;;;;424;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;2546968..2548728;;CDS;;74;74;;;587;74;cardiolipin transport protein PbgA;* ;2548803..2548879;;ccc;;101;101;;;;;; comp;2548981..2549136;;CDS;;;;;;52;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;2717780..2718712;;CDS;;75;75;;;311;75;formate/nitrite transporter family protein;* ;2718788..2718862;;agg;;437;*437;;;;;; comp;2719300..2719830;;CDS;;;;;;177;;OmpH family outer membrane protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2768744..2770933;;CDS;;206;206;;;*730;206;sensor domain-containing phosphodiesterase;* comp;2771140..2771215;;gcc;+;39;;39;;;;; comp;2771255..2771330;;gcc;2 gcc;220;220;;;;;; ;2771551..2771910;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;2772355..2773770;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;* ;2774029..2774104;;gta;+;43;;43;;;;; ;2774148..2774223;;gta;3 gta;46;;46;;;;; ;2774270..2774345;;gta;;4;;4;;;;; ;2774350..2774425;;aaa;;110;110;;;;110;; comp;2774536..2775420;;CDS;;;;;;295;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;2959205..2960503;;CDS;;323;323;;;433;323;alpha-ketoglutarate permease;* comp;2960827..2960942;;5s;;83;;;;116;;; comp;2961026..2965477;;23s;;184;;;;4452;;; comp;2965662..2965737;;gaa;;431;;;;;;; comp;2966169..2967720;;16s;;441;*441;;;1552;;; comp;2968162..2970735;;CDS;;;;;;*858;;ATP-dependent chaperone ClpB;* ;;;;;;;;;;;; comp;3027207..3027773;;CDS;;280;280;;;189;280;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;* comp;3028054..3028130;;cgt;+;63;;63;;;;; comp;3028194..3028270;;cgt;5 cgt;62;;62;;;;; comp;3028333..3028409;;cgt;;62;;62;;;;; comp;3028472..3028548;;cgt;;64;;64;;;;; comp;3028613..3028689;;cgt;;3;;3;;;;; comp;3028693..3028785;;agc;;315;315;;;;;; comp;3029101..3029286;;CDS;;;;;;62;;carbon storage regulator CsrA;* ;;;;;;;;;;;; comp;3157337..3158434;;CDS;;208;208;;;366;208;murein transglycosylase A;* ;3158643..3158719;;atgf;+;33;;33;;;;; ;3158753..3158829;;atgf;3 atgf;33;;33;;;;; ;3158863..3158939;;atgf;;635;*635;;;;;; ;3159575..3160075;;CDS;;;;;;167;;type VI secretion system contractile sheath small subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;3230172..3231401;;CDS;;316;316;;;410;;HAAAP family serine/threonine permease;* comp;3231718..3231791;;ggg;;78;78;;;;78;; comp;3231870..3232625;;CDS;;;;;;252;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;;;;;;;;;;;; ;3341048..3341755;;CDS;;105;105;;;236;105;DUF554 domain-containing protein;* ;3341861..3341936;;ttc;;197;197;;;;;; ;3342134..3343399;;CDS;;;;;;422;;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;3569308..3569814;;CDS;;124;124;;;169;;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;* ;3569939..3570014;;atgi;;53;53;;;;53;; comp;3570068..3570832;;CDS;;;;;;255;;NADPH-dependent ferric chelate reductase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3670227..3670679;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3670886..3670962;;atgf;;347;347;;;;;; >;3671310..3672155;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3673935..3674387;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3674594..3674670;;atgf;;347;347;;;;;; >;3675018..3675869;;CDS;;;;;;284;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3677794..3678246;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3678453..3678529;;atgf;;347;347;;;;;; >;3678877..3679722;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3681532..3681984;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3682191..3682267;;atgf;;347;347;;;;;; ;3682615..3683958;;CDS;;;;;;448;;argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3683966..3685591;;CDS;;456;*456;;;542;;phosphoethanolamine transferase;* comp;3686048..3686134;;ctc;;14;14;;;;14;; comp;3686149..3686481;;CDS;;;;;;111;;preprotein translocase subunit SecG;* ;;;;;;;;;;;; ;3784553..3785311;;CDS;;62;62;;;253;62;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;* comp;3785374..3785489;;5s;@3;39;;;;116;;; comp;3785529..3785605;;acc;;14;;;;;;; comp;3785620..3785735;;5s;;777;;;;116;;; comp;3786513..3786588;;acc;;14;;;;;;; comp;3786603..3786718;;5s;;1834;;;;116;;; comp;3788553..3788628;;gaa;;1360;*1360;;;;;; ;3789989..3790543;;CDS;;;;;;185;;gamma carbonic anhydrase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;4078635..4080242;;CDS;;743;*743;;;536;;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;* comp;4080986..4081062;;ccg;;91;91;;;;91;; comp;4081154..4082845;;CDS;;;;;;564;;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;4205966..4207348;;CDS;;292;292;;;461;292;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;* ;4207641..4207735;;tga;;300;300;;;;;; >;4208036..4208857;;CDS;;;;;;274;;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;4338643..4339335;;CDS;;479;*479;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;4339815..4341342;;16s;;73;;;;1528;;; ;4341416..4341491;;gaa;;184;;;;;;; ;4341676..4344286;;23s;;83;;;;2611;;; ;4344370..4344485;;5s;;53;;;;116;;; ;4344539..4344615;;gac;;8;;;;;;; ;4344624..4344699;;tgg;;95;95;;;;95;; comp;4344795..4345634;;CDS;;;;;;280;;HTH-type transcriptional regulator HdfR;* ;;;;;;;;;;;; ;4377681..4379066;;CDS;;102;102;;;462;102;amino acid permease;* ;4379169..4379245;;cgg;;58;;58;;;;; ;4379304..4379379;;cac;;20;;20;;;;; ;4379400..4379486;;ctg;;42;;42;;;;; ;4379529..4379605;;cca;;146;146;;;;;; ;4379752..4380987;;CDS;;;;;;412;;anaerobic sulfatase maturase;* ;;;;;;;;;;;; ;4460971..4461516;;CDS;;377;377;;;182;;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;* ;4461894..4463631;;16s;;56;;;;1738;;; ;4463688..4463764;;atc;;42;;;42;;;; ;4463807..4463882;;gca;;165;;;;;;; ;4464048..4467338;;23s;;83;;;;3291;;; ;4467422..4467537;;5s;;104;104;;;116;104;; comp;4467642..4468169;;CDS;;;;;;176;;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;* ;;;;;;;;;;;; ;4605577..4606434;;CDS;;374;374;;;286;;glutamate racemase;* ;4606809..4608362;;16s;;363;;;;1554;;; ;4608726..4608801;;gaa;;1112;;;;;;; ;4609914..4610029;;5s;;136;136;;;116;136;; ;4610166..4611194;;CDS;;;;;;343;;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;* ;;;;;;;;;;;; comp;4612185..4613135;;CDS;;361;361;;;317;;type I pantothenate kinase;* ;4613497..4613572;;aca;;8;;8;;;;; ;4613581..4613665;;tac;;116;;*116;;;;; ;4613782..4613856;;gga;;6;;6;;;;; ;4613863..4613938;;acc;;114;114;;;;114;; ;4614053..4615237;;CDS;;;;;;395;;elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;; comp;4642984..4644573;;CDS;;616;*616;;;530;;bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;* ;4645190..4646378;;16s’;@1;83;83;;;1189;83;; ;4646462..4648150;;CDS;;436;*436;;;563;;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;* ;4648587..4648662;;gaa;;185;;;;;;; ;4648848..4651319;;23s;;83;;;;2472;;; ;4651403..4651518;;5s;;76;76;;;116;76;; ;4651595..4651978;;CDS;;;;;;128;;hypothetical protein;* ;;;;;;;;;;;; < comp;4834504..4834961;;CDS;;197;197;;;153;;pseudo, integrase;* comp;4835159..4835234;;ttc;;106;106;;;;106;; comp;4835341..4835916;;CDS;;;;;;192;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; ;4864628..4865173;;CDS;;210;210;;;182;210;oligoribonuclease;* ;4865384..4865459;;ggc;+;36;;36;;;;; ;4865496..4865571;;ggc;3 ggc;35;;35;;;;; ;4865607..4865682;;ggc;;233;233;;;;;; ;4865916..4865969;;CDS;;;;;;18;;hp;* ;;;;;;;;;;;; comp;4974178..4975197;;CDS;;195;195;;;340;;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;* ;4975393..4975477;;ttg;;39;39;;;;39;; <> comp;4975517..4976055;;CDS;;;;;;180;;pseudo, IS630 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;5042527..5042763;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;* comp;5042802..5042888;;ctg;+;34;;34;;;;; comp;5042923..5043009;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;; comp;5043038..5043124;;ctg;;290;290;;;;;; comp;5043415..5044446;;CDS;;;;;;344;;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;* ;;;;;;;;;;;; comp;5079375..5079581;;CDS;;117;117;;;69;117;AlpA family transcriptional regulator;* ;5079699..5081218;;16s;;73;;;;1520;;; ;5081292..5081368;;gaa;;12;;;12;;;; ;5081381..5081454;;gca;;366;366;;;;;; ;5081821..5082018;;CDS;;524;*524;;;66;;hypothetical protein;* comp;5082543..5082754;;CDS;;;;;;71;;hypothetical protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;5090325..5090876;;CDS;;1808;*1808;;;184;;MarR family transcriptional regulator;* comp;5092685..5092760;;gaa;;588;*588;;;;*588;; < comp ;5093349..5093474;;CDS;;592;*592;;;42;;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;* ;5094067..5094142;;gaa;+;1472;;;*1472;;;; ;5095615..5095691;;atc;3 gaa;42;;;42;;;; ;5095734..5095809;;atc;2 atc;1130;;;*1130;;;; ;5096940..5097015;;gaa;;1145;;;*1145;;;; ;5098161..5098236;;gaa;;185;;;;;;; ;5098422..5100893;;23s;;83;;;;2472;;; ;5100977..5101092;;5s;;76;76;;;116;76;; ;5101169..5101552;;CDS;;63;63;;;128;;hypothetical protein;* comp;5101616..5102059;;CDS;;;;;;148;;acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;5124754..5125197;;CDS;;63;63;;;148;;acetyltransferase;* comp;5125261..5125644;;CDS;;76;76;;;128;;hypothetical protein;* comp;5125721..5125836;;5s;;83;;;;116;;; comp;5125920..5128366;;23s’;@2;-10;*-10;;;2447;*-10;; <;5128357..5128479;;CDS;;;;;;41;;pilus assembly protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;5252659..5253870;;CDS;;300;300;;;404;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;5254171..5254249;;tga;;292;292;;;;292;; >;5254542..5255171;;CDS;;;;;;210;;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;* ;;;;;;;;;;;; > comp;5305902..5306228;;CDS;;0;0;;;109;0;pseudo, hp;* comp;5306229..5306302;;atc;;1096;*1096;;;;;; ;5307399..5308450;;CDS;;;;;;351;;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;* ;;;;;;;;;;;; comp;5321144..5321869;;CDS;;206;206;;;242;206;pseudo, histidine kinase;* comp;5322076..5322151;;gcc;+;39;;39;;;;; comp;5322191..5322266;;gcc;3 gcc;39;;39;;;;; comp;5322306..5322381;;gcc;;220;220;;;;;; ;5322602..5322961;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;5323406..5324821;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;* ;5325080..5325155;;gta;+;44;;44;;;;; ;5325200..5325275;;gta;2 gta;0;0;;;;0;; <;5325276..5325389;;CDS;;;;;;38;;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; >;5375524..5376270;;CDS;;891;*891;;;249;*891;pseudo, AI-2E family transporter;* ;5377162..5377237;;gaa;;1047;*1047;;;;;; comp;5378285..5379589;;CDS;;;;;;435;;isocitrate lyase;* ;;;;;;;;;;;; comp >;5341397..5341492;;CDS;;-2;*-2;;;32;*-2;ABC transporter ATP-binding protein;* comp;5341491..5344303;;23s;;174;;;;2813;;; comp;5344478..5344553;;gca;;42;;;42;;;; comp;5344596..5344672;;atc;;56;;;;;;; comp;5344729..5346282;;16s;;1063;;;;1554;;; comp;5347346..5347421;;gca;;42;;;42;;;; comp;5347464..5347540;;atc;;56;;;;;;; comp;5347597..5349150;;16s;;365;365;;;1554;;; comp;5349516..5350088;;CDS;;187;187;;;191;;D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase;* >;5350276..5350914;;CDS;;;;;;213;;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;* ;;;;;;;;;;;; > comp;5359583..5360512;;CDS;;120;120;;;310;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;5360633..5360708;;gca;;42;;;;;;; comp;5360751..5360827;;atc;;56;;;;;;; comp;5360884..5362138;;16s’;;1;1;;;1255;1;; < comp;5362140..5363543;;CDS;;;;;;468;;IS66 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;5425965..5426201;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;* comp;5426240..5426325;;ctg;+;26;;26;;;;a disparu le 20.12.19;* comp;5426352..5426438;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;; comp;5426467..5426553;;ctg;;63;63;;;;;; < comp;5426617..5427150;;CDS;;;;;;178;;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; >;5433568..5433687;;CDS;;39;39;;;40;39;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;* comp;5433727..5433814;;tcc;;253;253;;;;;; comp;5434068..5434286;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;* </pre> ====ecoN cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_cumuls|ecoN cumuls]] <pre> ecoN cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;12;1;0;;1;5;1;5;100;16;1;0 ;16 23 5s;0;20;13;2;50;11;40;10;200;34;30;1 ;16 atc gca;2;40;17;;100;17;80;7;300;29;60;6 ;16 gaa 235;2;60;9;4;150;16;120;16;400;18;90;8 ;max a;5;80;4;;200;15;160;3;500;18;120;8 ;a doubles;1;100;0;;250;14;200;4;600;8;150;7 ;spéciaux;8;120;1;;300;14;240;9;700;0;180;11 ;total aas;27;140;0;;350;12;280;2;800;2;210;11 sans ;opérons;50;160;0;;400;7;320;2;900;1;240;6 ;1 aa;32;180;0;;450;4;360;3;1000;0;270;9 ;max a;7;200;0;;500;4;400;0;1100;0;300;12 ;a doubles;15;;0;;;11;;2;;0;;0 ;total aas;94;;44;6;;130;;63;;126;;79 total aas;;121;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;33;32;;253;;142;;272;;172 ;;;variance;23;15;;258;;145;;162;;79 sans jaune;;;moyenne;31;;;178;;127;;260;; ;;;variance;19;;;109;;91;;142;; </pre> ====ecoN blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_blocs|ecoN blocs]] <pre> ecoN blocs;;;;;;;;;;;; gène;interca;pbs;cdsa;;;gène;interca;pbs;cdsa;;;rRNAs cds;365;;191;D-glycero;;cds;374;;286;Glu race;;16s 16s;73;1520;;;;16s;363;1554;;;;1189 gaa;12;;;;;gaa;1112;;;;;1255 gca;174;;;;;5s;136;116;;;;1520 23s;83;2588;;;;cds;;;343;UDP-N;;1520 5s;54;116;;;;;;;;;;1528 gac;162;;;;;cds;117;;69;tr AlpA;;1552 cds;;;268;gluDkgB;;16s;73;1520;;;;1554 ;;;;;;gaa;12;;;;;1554 cds;323;;433;glutarate pm;;gca;366;;;;;1554 5s;83;116;;;;cds;524;;66;hp-66;;1738 23s;184;4452;;;;cds;;;71;hp-71;; gaa;431;;;;;;;;;;; 16s;441;1552;;;;cds;-2;;32;ABC 32;;23s cds;;;858;ClpB dep;;23s;174;2813;;;;2447 ;;;;;;gca;42;;;;;2472 cds;616;;530;AICAR2;;atc;56;;;;;2472 16s’;83;1189;;;;16s;1063;1554;;;;2588 cds;436;;563;kinase isocit;;gca;42;;;;;2611 gaa;185;;;;;atc;56;;;;;2813 23s;83;2472;;;;16s;365;1554;;;;3291 5s;76;116;;;;cds;187;;191;D-glycero;;4452 cds;;;128;hp-128;;cds;;;213;ABC MetN;; ;;;;;;;;;;;;5s cds;62;;253;pu-ABC;;cds;120;;310;Tyr recb 310;;116 x 11 5s;39;116;;;;gca;42;;;;; acc;14;;;;;atc;56;;;;; 5s;777;116;;;;16s’;1;1255;;;; acc;14;;;;;cds;;;468;IS66;; 5s;1834;116;;;;;;;;;; gaa;1360;;;;;cds;63;;148;transferase;; cds;;;185;gc anhydrase;;cds;76;;128;hp-128;; ;;;;;;5s;83;116;;;; cds;377;;182;porphyrine M;;23s’;-10;2447;;;; 16s;56;1738;;;;cds;;;41;pilus;; atc;42;;;;;;;;;;; gca;165;;;;;cds;1808;;184;MarR ;; 23s;83;3291;;;;gaa;588;;;;; 5s;104;116;;;;cds;592;;42;sn-glycerol;; cds;;;176;Mlb pB;;gaa;1472;;;;; ;;;;;;atc;42;;;;; cds;479;;231;FadR tr ;;atc;1130;;;;; 16s;73;1528;;;;gaa;1145;;;;; gaa;184;;;;;gaa;185;;;;; 23s;83;2611;;;;23s;83;2472;;;; 5s;53;116;;;;5s;76;116;;;; gac;8;;;;;cds;63;;128;hp-128;; tgg;95;;;;;cds;;;148;transferase;; cds;;;280;HdfR HTH;;;;;;;; </pre> ====ecoN distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_distribution|ecoN distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;atc;;acc;2;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;1;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s >aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;ecoN;;;;6;;;6 </pre> ====ecoN eco==== =====ecoN eco tableaux===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_eco_tableaux|ecoN eco tableaux]] <pre> ;;;;;;rouge;ff6600;$;jaune;ffff00;#;;;;;;;;;;; ;;eco ecoN;;;;orange;ffcc00;&;cyan;66ffff;°;gris2;dddddd;];;;;;;;; ;;;;;;jaunev;ccff66;@;turquoise;33ff99;%;Jaunev 5;669900;(;;;;;;;; ;19.12.19 Paris;;pour les cds;;;bleu;00ccff;§;gris1;eeeeee;[;;;;;;;;;;; ;Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;eco;;;;;;;;ecoN;;;;;;;;;;;;; cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;ecoN suite;sens;;gènes;interca;cdsa;cds eco1;;222833..223408;cds;362;192;@D-glycero;;ecoN1;;231864..232436;CDS;365;191;@D-glycero;;EcoN 48;comp;5079375..5079581;CDS;117;69;tr AlpA ;;223771..225312;$16s;68;&1542;;;;;232802..234321;$16s;73;&1520;;;ok;;5079699..5081218;$16s;73;&1520; ;;225381..225457;atc;42;;;;;;234395..234471;gaa;12;;;;;;5081292..5081368;gaa;12;; ;;225500..225575;gca;183;;;;;;234484..234557;gca;174;;;;;;5081381..5081454;gca;366;; ;;225759..228662;$23s;93;&2904;;;;;234732..237319;$23s;83;&2588;;;;;5081821..5082018;CDS;524;66;hp-66 ;;228756..228875;$5s;52;&120;;;;;237403..237518;$5s;54;&116;;;;comp;5082543..5082754;CDS;;71;hp-71 ;;228928..229004;gac;162;;;;;;237573..237649;gac;162;;;;;;;;;; ;;229167..229970;cds;;268;@metDkgB;;;;237812..238615;CDS;;268;@gluDkgB;;eco1;;222833..223408;cds;[362;192;]D-glycero ;;;;;;;;;;;;;;;;;;223771..225312;$16s;[68;&1542; eco2;;236067..236798;cds;132;244;@DNAIIIe;;ecoN2;;244934..245665;CDS;132;244;@DNAIIIe;;;;225381..225457;atc;[42;; ;;236931..237007;gac;327;;;;;;245798..245874;gac;120;;;;;;225500..225575;gca;[183;; ;;237335..238120;cds;;262;§lipo YafT;;;comp;245995..246852;CDS;;286;§DUF4942;;;;225759..228662;$23s;93;&2904; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;228756..228875;$5s;52;&120; eco3;;261503..262756;cds;114;418;@glu5dH;;ecoN3;;367329..368582;CDS;114;418;@glu5dH;;;;228928..229004;gac;162;; ;;262871..262946;acg;203;;;;;;368697..368772;acg;154;;;;;;229167..229970;cds;;268;@metDkgB ;comp;263150..263212;cds;;21;§YdiA;;;;368927..369265;CDS;;113;§DUF4102;;EcoN 56;comp >;5341397..5341492;CDS;-2;32;]ABC 32 ;;262898..297205;#phage;;11436;pp CP4-6;;;;;;;;;;ok;comp;5341491..5344303;$23s;]174;&2813; ;;;;;;;;;;;;;;;;;comp;5344478..5344553;gca;]42;; eco4;comp;563848..564480;cds;242;211;§put FimZ;;ecoN4;comp;631149..632015;CDS;270;289;§cyclo FolD;;;comp;5344596..5344672;atc;]56;; 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XapR;DNA-binding transcriptional activator XapR;;;;;* permease;aa permease;amino acid permease;;;;;* ABC bind;ABC 32;ABC transporter ATP-binding protein;;;;;* ABC bind;ABC MetN;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;;;;;* desaturase;acyl-CoA ;acyl-CoA desaturase;;;;;* adhesin;adhes YdhQ;adhesin-like autotransporter YdhQ;;;;;* adhesin;adhes YejO;adhesin-like autotransporter YejO, gene fragment 2 of yejO, misc_feature ;;;;;* hydrolase ;AICAR1;bifunctional AICAR transformylase/IMP cyclohydrolase;;;;;* hydrolase ;AICAR2;bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;;;;;* amidase;Ala C;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase C;;;;;* maturase;ans maturase;anaerobic sulfatase maturase;;;;;* synthetase;Arg-suc;argininosuccinate synthetase;;;;;* integrase;arm-type;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;;;;;* synthetase;Asn B;asparagine synthetase B;;;;;* protease b;ATP ClpA;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;;;;;* kinase;B5 kinase;pantothenate kinase;;;;;* kinase;B5 kinase I;type I pantothenate kinase;;;;;* transporter;barrel;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;;;;;* tr-regulator;CadC;DNA-binding transcriptional activator CadC;;;;;* cardiolipin ;cardiolipine;cardiolipin transport protein PbgA;;;;;* transferase;CDP-diacyl;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;;;;;* division;cell CpoB;cell division coordinator CpoB;;;;;* chaperone;ClpB;ClpB chaperone;;;;;* chaperone;ClpB dep;ATP-dependent chaperone ClpB;;;;;* storage;Csr;carbon storage regulator;;;;;* storage;CsrA;carbon storage regulator CsrA;;;;;* hydrolase ;cyclo FolD;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;;;;;* phosphatase;D-glycero;D-glycero-beta-D-manno-heptose-1,7-bisphosphate 7-phosphatase;;;;;* ABC bind;dip ABC;dipeptide ABC transporter periplasmic binding protein;;;;;* polymerase;DNAIIIe;DNA polymerase III subunit epsilon;;;;;* ABC bind;DppA;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;;;;;* DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF4102;DUF4102 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF4942;DUF4942 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF5507;DUF5507 domain-containing protein YpjC;;;;;* DUF;DUF554 ;DUF554 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF554 Yqg;DUF554 domain-containing protein YqgA;;;;;* peptidase;ErfK;L,D-transpeptidase ErfK;;;;;* exporter;exporter;FMN/FAD exporter;;;;;* tr-regulator;FadR tr ;FadR family transcriptional regulator;;;;;* reductase;ferric ;NADPH-dependent ferric chelate reductase;;;;;* phosphatase;fructose;fructose-1-phosphatase;;;;;* phosphatase;fructose 6;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;;;;;* deformylase;fTHF;formyltetrahydrofolate deformylase;;;;;* protase;FtsH;modulator of FtsH protease;;;;;* protease;FtsH YccA;FtsH protease modulator YccA;;;;;* glycosylase;G/U;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;;;;;* glycosylase;G/U station;stationary phase mismatch/uracil DNA glycosylase;;;;;* transferase;G1207;16S rRNA m(2)G1207 methyltransferase;;;;;* transferase;G1207 RsmC;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;;;;;* anhydrase;gc anhydrase;gamma carbonic anhydrase family protein;;;;;* ligase;Glu ligase;glutamate--tRNA ligase;;;;;* racemase;Glu race;glutamate racemase;;;;;* dehydrogenase;glu5dH;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;;;;;* reductase;gluDkgB;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;;;;;* permease;glutarate pm;alpha-ketoglutarate permease;;;;;* symporter;glutarate sm;alpha-ketoglutarate:H(+) symporter;;;;;* peptidase;glycan DD;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;;;;* synthetase;glycerolP;phosphatidylglycerophosphate synthase;;;;;* transporter;glycoside-p5;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;* reductase;glyoxyl A;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A;;;;;* reductase;glyoxyl GhrA;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;;;;;* permease;HAAAP;HAAAP family serine/threonine permease;;;;;* tr-regulator;HdfR;DNA-binding transcriptional dual regulator HdfR;;;;;* tr-regulator;HdfR HTH;HTH-type transcriptional regulator HdfR;;;;;* hydrogenase;Hnase1;hydrogenase 1 small subunit;;;;;* hp;hp-121;hp-121;;;;; hp;hp-128;hypothetical protein;;;;;* hp;hp-18;hp-18;;;;;* adhesin;Inv-adhesin;inverse autotransporter adhesin;;;;;* transposase;IS66;IS66 family transposase;;;;;* lyase;isocitrate;isocitrate lyase;;;;;* transferase;kdo2;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;;;;;* kinase/Pase;kinase isocit;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;;;;;* prophage;KpLE1;CPS-53 (KpLE1) prophage, prophage CPS-53 integrase;;;;;* lipoprotein;lipo YafT;lipoprotein YafT;;;;;* tr-regulator;LysR;LysR family transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;MarR;MarR family transcriptional regulator;;;;;* reductase;metDkgB;methylglyoxal reductase DkgB;;;;;* GDP;Mlb adapt;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis adaptor protein;;;;;* GDP;Mlb pB;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;;;;;* oxygenase;mono-O2;monooxygenase;;;;;* titration;Mtf;Mlc titration factor;;;;;* tr-regulator;MtfA;DgsA anti-repressor MtfA;;;;;* glycosylase;murein;murein transglycosylase A;;;;;* glycosylase;murein lytic;membrane-bound lytic murein transglycosylase A;;;;;* reductase;NADPH- Ah;aldehyde reductase, NADPH-dependent;;;;;* reductase;NADPH- Ahr;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;;;;;* transporter;nitrite;formate/nitrite transporter family protein;;;;;* hydroxylase;octaprenyl;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;;;;;* rnase;oligo-rnase;oligoribonuclease;;;;;* protein;OmpH;OmpH family outer membrane protein;;;;;* transferase;p-Ada;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;;;;;* transporter;p-AI-2E;pseudo, AI-2E family transporter;;;;;* synthetase;p-Arg-sc 282;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;* synthetase;p-Arg-sc 284;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;* division;p-cell CpoB;Pseudo, cell division protein CpoB;;;;;* DUF;p-DUF4102;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;;;;;* transporter;p-glycoside;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;* kinase;p-His kinase;pseudo, histidine kinase;;;;;* hp;p-hp;pseudo, hp 109;;;;;* integrase;p-integrase;pseudo, integrase;;;;;* transposase;p-IS4;Pseudo, IS4 family transposase;;;;;* transposase;p-IS630 ;pseudo, IS630 family transposase;;;;;* transporter;p-MATE;Pseudo, MATE family efflux transporter;;;;;* transporter;p-MdtK;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;;;;;* amidase;p-Nam;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;;;;;* tr-regulator;p-pu-tr 38;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* protein;p-un-YchS;putative uncharacterized protein YchS;;;;;* gene;p-yicT;p-yicT;;;;;* transferase;Pet;phosphoethanolamine transferase;;;;;* protein;pilus;pilus assembly protein;;;;;* dehydrogenase;porphyrine M;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;;;;;* oxidase;porphyrine O;protoporphyrinogen oxidase;;;;;* prophage;pp CP4-6;note="cryptic prophage CP4-6" misc_feature;;;;;* prophage;pp CPS-53;cryptic prophage CPS-53, misc_feature;;;;;* prophage;pp DLP12;note="cryptic prophage DLP12" misc_feature;;;;;* prophage;pp PR-Y;cryptic prophage PR-Y;;;;;* protein;protein YjjZ;protein YjjZ;;;;;* protein;protein YrdA;protein YrdA;;;;;* tr-regulator;pu- YfeC;putative DNA-binding transcriptional regulator YfeC;;;;;* ABC bind;pu-ABC;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;;;;;* exporter;pu-arabi;putative arabinose exporter;;;;;* sulfatase;pu-AslB;putative anaerobic sulfatase maturation enzyme AslB;;;;;* cardiolipin ;pu-cardiolip;putative cardiolipin transport protein;;;;;* cytochrome;pu-cytochrom;putative cytochrome;;;;;* hydrolase;pu-hydrolase;putative hydrolase, inner membrane;;;;;* integrase;pu-KpLE2;KpLE2 phage-like element putative integrase;;;;;* peptidase;pu-LysM;LysM domain-containing putative peptidase lipoprotein YgeR;;;;;* GMP;pu-sensor;putative c-di-GMP phosphodiesterase PdeA;;;;;* protein;Pu-ssM;putative type II secretion system M-type protein;;;;;* tr-regulator;pu-tr 120;putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;pu-tr YieP;putative transcriptional regulator YieP;;;;;* tr-regulator;pu-tr YjdC;putative DNA-binding transcriptional regulator YjdC;;;;;* tr-regulator;pu-tr-YeeN;putative transcriptional regulator YeeN;;;;;* protein;pu-unYgaQ;putative uncharacterized protein YgaQ;;;;;* oxygenase;pu-YdhR;putative monooxygenase YdhR;;;;;* ABC bind;pu-YhdZ;putative ABC transporter ATP-binding subunit YhdZ;;;;;* transporter;pu-YicJ;putative xyloside transporter YicJ;;;;;* transporter;pu-YifK;putative transporter YifK;;;;;* prophage;put DLP12;DLP12 prophage putative integrase;;;;;* tr-regulator;put FimZ;putative LuxR family transcriptional regulator FimZ;;;;;* synthetase;quino;quinolinate synthase;;;;;* synthetase;quino NadA;quinolinate synthase NadA;;;;;* ribosome;RimP;ribosome maturation factor RimP;;;;;* rpt;rpt-29;rpt-29;;;;; rpt;rpt-34;rpt_type=other;;;;;* rpt;rpt-36;rpt_type=other;;;;;* rpt;rpt71;rpt_type=other 71;;;;;* sRNA;RttR sRNA;small RNA RttR;;;;;* translocase;SecE;Sec translocon subunit SecE;;;;;* translocase;SecG-p;preprotein translocase subunit SecG;;;;;* translocase;SecG-t;Sec translocon subunit SecG;;;;;* esterase;sensor;sensor domain-containing phosphodiesterase;;;;;* ABC bind;sn-glycerol;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;;;;;* protein;sscs VI;type VI secretion system contractile sheath small subunit;;;;;* protein;stress;stress response protein;;;;;* tr-regulator;tact Cbl;DNA-binding transcriptional activator Cbl;;;;;* translation;tif IF-1;translation initiation factor IF-1;;;;;* protein;tpr;protamine-like protein;;;;;* tr-regulator;tr 192;transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr AlpA;AlpA family transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr-Cbl;HTH-type transcriptional regulator Cbl;;;;;* tr-regulator;tr-Nac;DNA-binding transcriptional dual regulator Nac;;;;;* tr-regulator;tr-nitrogen;nitrogen assimilation transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr-YebC;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* transferase;transferase;acetyltransferase;;;;;* transporter;trp-YeeO;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;;;;;* translation;tuf;elongation factor Tu;;;;;* translation;tufb;tufb, translation elongation factor Tu 2;;;;;* integrase;Tyr recb 207;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 404;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 421;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 424;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* reductase;UDP-N;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;;;;;* protein;un-YcdU;uncharacterized protein YcdU;;;;;* protein;un-YjeV;uncharacterized protein YjeV;;;;;* protein;UPF0149 YecA;UPF0149 family protein YecA;;;;;* protein;YdiA;YdiA family protein;;;;;* protein;YfdC;inner membrane protein YfdC;;;;;* protein;YgeQ;protein YgeQ;;;;;* gene;yjdQ;gene="yjdQ";;;;;* DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;* transposase;p-IS630;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;;;;;* </pre> ====ecoN données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_données_intercalaires|ecoN données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;ecoN;fx;fc;ecoN;fx40;fc40;ecoN;x-;c-;c;x;c;x;;c;x; ;2;0;18;29;0;18;29;-1;2;173;162;120;CDS 16s ;;;tRNA tRNA;;suite 1;2;10;44;403;1;10;51;-2;4;5;132;15;385;479;;4;;gtc 1;1;20;22;337;2;9;61;-3;2;0;114;153;441;117;;**;;gtc ;0;30;23;182;3;9;58;-4;39;328;154;343;377;;;4;;gtc 4;1;40;90;109;4;3;27;-5;2;2;32;426;374;;;**;;gtc ;0;50;95;113;5;2;18;-6;0;0;380;278;365;;;12;;tta 1;0;60;69;147;6;4;17;-7;1;16;164;165;672;;;53;;tgc ;1;70;48;109;7;3;24;-8;2;81;277;233;23s 5s;;;**;;ggc ;3;80;36;110;8;1;16;-9;3;2;253;165;6* 95;;;39;;gcc ;0;90;39;112;9;1;66;-10;0;7;206;234;1881;;;**;;gcc 2;3;100;43;99;10;2;65;-11;1;48;463;307;23s CDS;;;43;;gta 1;4;110;36;96;11;1;53;-12;2;3;159;307;331;;;46;;gta 1;3;120;38;70;12;7;53;-13;1;6;6;307;385;;;4;;gta 2;0;130;37;63;13;0;29;-14;5;23;8;93;5s CDS;;;**;;aaa ;1;140;43;52;14;0;38;-15;0;0;108;453;323;62;;63;;cgt 1;1;150;29;68;15;2;39;-16;1;3;195;326;136;104;;62;;cgt 1;3;160;44;50;16;6;29;-17;1;11;151;37;3* 76;;;62;;cgt 2;4;170;27;45;17;4;21;-18;3;0;278;4;16s tRNA;;;64;;cgt ;0;180;28;42;18;0;34;-19;2;4;100;125;3* 85;;gaa;3;;cgt ;0;190;38;44;19;1;18;-20;1;9;161;437;443;;gaa;**;;agc 1;3;200;34;36;20;1;23;-21;0;0;100;220;375;;gaa;33;;atgf 1;8;210;31;36;21;1;24;-22;0;3;161;258;4* 68;;atc;33;;atgf 2;0;220;35;43;22;0;23;-23;0;8;74;110;tRNA 16s;;;**;;atgf ;0;230;26;30;23;2;11;-24;2;0;75;208;1063;;gca;8;;gac 2;1;240;21;25;24;4;27;-25;2;2;206;316;tRNA 23s;;;**;;tgg ;0;250;27;18;25;0;19;-26;1;9;280;124;269;;gaa;58;;cgg 2;2;260;27;24;26;1;15;-27;1;0;315;53;2* 193;;gaa;20;;cac ;0;270;18;23;27;2;25;-28;1;3;635;347;2* 194;;gaa;42;;ctg 1;3;280;24;20;28;4;8;-29;4;5;78;347;174;;gca;**;;cca ;1;290;19;18;29;5;14;-30;4;0;105;347;183;;;8;;aca 2;2;300;9;15;30;4;16;-31;0;0;197;347;5s tRNA;;;116;;tac 3;0;310;13;17;31;4;13;-32;1;7;206;1360;54;;gac;6;;gga 1;1;320;22;12;32;3;12;-33;0;0;206;292;2* 14;;acc;**;;acc 1;0;330;11;16;33;7;9;-34;0;0;206;95;53;;gac;36;;ggc ;0;340;14;8;34;9;17;-35;2;4;206;361;tRNA 5s;;;35;;ggc 5;0;350;5;15;35;11;8;-36;0;0;456;195;39;;acc;**;;ggc ;0;360;9;12;36;4;15;-37;1;3;14;39;777;;acc;34;;ctg 1;0;370;10;14;37;10;5;-38;2;1;743;38;1360;;gaa;28;;ctg ;1;380;19;12;38;12;7;-39;2;0;91;1174;1112;;gaa;**;;ctg ;0;390;10;9;39;13;10;-40;1;1;300;592;tRNA tRNA;;intra;1472;;gaa ;0;400;9;14;40;17;13;-41;1;1;102;292;4* 42;;atc gca;42;;atc 7;7;reste;142;125;reste;1185;1762;-42;0;0;146;1096;tRNA tRNA;;début;2351;;atc 46;58;total;1382;2822;total;1382;2822;-43;0;3;114;220;37;;cag;**;;gaa 39;49;diagr;1222;2668;diagr;179;1031;-44;1;0;436;258;48;;cag;39;;gcc 2;3;t30;89;922;;;;-45;0;0;197;150;15;;atgj;39;;gcc ;;;;;;;;-46;0;0;106;39;34;;caa;**;;gcc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;210;;23;;caa;44;;gta ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;233;;10;;cta;**;;gta ;x;1364;105;18;1487;;;-49;0;0;290;;**;;atgj;28;;ctg ;c;2793;782;29;3604;;;-50;0;1;1537;;35;;aaa;**;;ctg ;;;;;5091;217;;reste;5;10;588;;2;;gta;;; ;;;;;;5308;;total;105;782;300;;51;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;0;;3;;gta;;; ;;;;;;;;;;;206;;48;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;0;;33;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;120;;**;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;63;;33;;tac;;; ;;;;;;;;;;;253;;**;;tac;;; </pre> =====ecoN autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_autres_intercalaires_aas|ecoN autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ecoN;;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas;longueur fin;;CDS;190;255;;;; deb;;CDS;231864;232436;365;*;; ;;rRNA;232802;234309;85;*;16s;1508 ;;tRNA;234395;234471;269;*;gaa; ;;rRNA;234741;237307;95;*;23s;2567 ;;rRNA;237403;237518;54;*;5s;116 ;;tRNA;237573;237649;162;*;gac; fin;;CDS;237812;238615;;1;; deb;;CDS;244934;245665;132;*;; ;;tRNA;245798;245874;120;*;gac; fin;comp;CDS;245995;246852;;0;; deb;;CDS;367329;368582;114;*;; ;;tRNA;368697;368772;154;*;acg; fin;;CDS;368927;369265;;0;; deb;comp;CDS;555847;556158;162;*;; ;;ncRNA;556321;556417;119;*;; fin;;CDS;556537;556890;;0;; deb;;CDS;632056;632253;32;*;; ;;tRNA;632286;632362;15;*;aga; fin;comp;CDS;632378;632979;;0;; deb;;CDS;733188;734363;153;*;; ;comp;tRNA;734517;734591;37;*;cag; ;comp;tRNA;734629;734703;48;*;cag; ;comp;tRNA;734752;734828;15;*;atgj; ;comp;tRNA;734844;734918;34;*;caa; ;comp;tRNA;734953;735027;23;*;caa; 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fin;comp;CDS;1458686;1459528;;;; deb;comp;CDS;1829066;1830322;307;*;; ;;tRNA;1830630;1830706;4;*;gtc; ;;tRNA;1830711;1830787;6;*;gtc; fin;;CDS;1830794;1831177;;0;; deb;comp;CDS;1831218;1832474;307;*;; ;;tRNA;1832782;1832858;4;*;gtc; ;;tRNA;1832863;1832939;8;*;gtc; fin;;CDS;1832948;1833280;;0;; deb;comp;CDS;1833321;1834577;307;*;; ;;tRNA;1834885;1834961;4;*;gtc; ;;tRNA;1834966;1835042;108;*;gtc; fin;;CDS;1835151;1835456;;;; deb;;CDS;1857352;1858464;185;*;; ;;ncRNA;1858650;1858757;135;*;; fin;;CDS;1858893;1859249;;;; deb;comp;CDS;2115794;2116459;195;*;; ;comp;tRNA;2116655;2116741;12;*;tta; ;comp;tRNA;2116754;2116827;53;*;tgc; ;comp;tRNA;2116881;2116956;151;*;ggc; fin;comp;CDS;2117108;2117656;;;; deb;comp;CDS;2191451;2192287;278;*;; ;comp;tRNA;2192566;2192655;93;*;tcg; deb;;CDS;2192749;2193546;100;*;; ;;tRNA;2193647;2193722;161;*;aac; fin;;CDS;2193884;2195146;;0;; deb;;CDS;2232607;2233323;453;*;; ;comp;tRNA;2233777;2233852;326;*;acc; fin;;CDS;2234179;2235096;;;; deb;;CDS;2235198;2236148;37;*;; 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comp;106004..106079;;ggc;7 ggc;35;;35;;; comp;106115..106190;;ggc;5 atgf;35;;35;;; comp;106226..106301;;ggc;;18;;18;;; comp;106320..106396;;atgf;;39;;39;;; comp;106436..106511;;ggc;;90;;90;;; comp;106602..106678;;atgf;;39;;39;;; comp;106718..106793;;ggc;;18;;18;;; comp;106812..106888;;atgf;;39;;39;;; comp;106928..107003;;ggc;;18;;18;;; comp;107022..107098;;atgf;;39;;39;;; comp;107138..107213;;ggc;;156;156;;;;156 comp;107370..107915;;CDS;;81764;;;;182; ;;;;;;;;;; ;189680..190715;;CDS;;101;101;;;345;101 comp;190817..190933;;5s;;107;;;;; comp;191041..193955;;23s;;290;;;;; comp;194246..194321;;gca;;43;;;43;; comp;194365..194441;;atc;;97;;;;; comp;194539..196096;;16s;@2;371;;;;; comp;196468..196584;;5s;;77;;;;; comp;196662..199576;;23s;;290;;;;; comp;199867..199942;;gca;;43;;;43;; comp;199986..200062;;atc;;97;;;;; comp;200160..201717;;16s;;853;*853;;;;*853 comp;202571..204706;;CDS;;29595;;;;*712; ;;;;;;;;;; comp;234302..235486;;CDS;;101;101;;;395;101 comp;235588..235663;;acc;;13;;13;;; comp;235677..235751;;gga;;35;;35;;; comp;235787..235871;;tac;;52;;52;;; comp;235924..235999;;aca;;206;206;;;; ;236206..237129;;CDS;;4144;;;;308; ;;;;;;;;;; comp;241274..242467;;CDS;;546;*546;;;*398;*546 comp;243014..243090;;tgg;;68;;;68;; comp;243159..243235;;gac;;32;;;;; comp;243268..243384;;5s;;117;;;;; comp;243502..246404;;23s;;310;;;;; comp;246715..246790;;gta;;30;;;30;; comp;246821..246896;;aaa;;2;;;2;; comp;246899..246974;;gaa;;122;;;;; comp;247097..248654;;16s;;554;*554;;;;*554 ;249209..249664;;CDS;;60596;;;;*152; ;;;;;;;;;; ;310261..311296;;CDS;;121;121;;;345;121 comp;311418..311508;;tca;;91;;;;; comp;311600..311716;;5s;;108;;;;; comp;311825..314739;;23s;;289;;;;; comp;315029..315104;;gca;;43;;;43;; comp;315148..315224;;atc;;56;;;;; comp;315281..316842;;16s;;471;*471;;;;*471 comp;317314..318027;;CDS;;40242;;;;*238; ;;;;;;;;;; ;358270..359305;;CDS;;147;147;;;345; comp;359453..359529;;gac;;31;;;;; comp;359561..359677;;5s;;108;;;;; comp;359786..362700;;23s;;310;;;;; comp;363011..363086;;gta;;30;;;30;; comp;363117..363192;;aaa;;2;;;2;; comp;363195..363270;;gaa;;82;;;;; comp;363353..364914;;16s;;83;83;;;;83 comp;364998..365133;;CDS;;84252;;;;45; ;;;;;;;;;; ;449386..449521;;CDS;;83;83;;;45;83 ;449605..451162;;16s;;122;;;;; ;451285..451360;;gaa;;2;;;2;; ;451363..451438;;aaa;;9;;;9;; ;451448..451523;;gca;;37;;;37;; ;451561..451636;;gta;;51;51;;;;51 comp;451688..451873;;CDS;;16;16;;;62;16 ;451890..454804;;23s;;77;;;;; ;454882..454998;;5s;;32;;;;; ;455031..455107;;gac;;162;162;;;; comp;455270..455533;;CDS;;11718;;;;88; ;;;;;;;;;; comp;467252..467665;;CDS;;361;361;;;138; ;468027..468103;;cgg;;35;;35;;; ;468139..468214;;cac;;76;;76;;; ;468291..468367;;cca;;46;;46;;; ;468414..468489;;cac;;64;;64;;; ;468554..468630;;cca;;194;194;;;;194 comp;468825..469550;;CDS;;365688;;;;242; ;;;;;;;;;; comp;835239..835550;;CDS;;138;138;;;104;138 comp;835689..835764;;atgi;;145;145;;;; comp;835910..837772;;CDS;;182191;;;;621; ;;;;;;;;;; ;1019964..1020128;;CDS;;119;119;;;55; ;1020248..1021805;;16s;;129;;;;; ;1021935..1022010;;gcc;;41;;;41;; ;1022052..1022127;;gaa;;55;55;;;;55 comp;1022183..1022368;;CDS;;16;16;;;62;16 ;1022385..1025299;;23s;;111;;;;; ;1025411..1025527;;5s;;31;;;;; ;1025559..1025635;;gac;;35;;;35;; ;1025671..1025747;;tgg;;3;3;;;;3 comp;1025751..1025933;;CDS;;225465;;;;61; ;;;;;;;;;; ;1251399..1252574;;CDS;;158;158;;;392; comp;1252733..1252817;;cta;+;54;;54;;; comp;1252872..1252946;;caa;5 cta;46;;46;;; comp;1252993..1253077;;cta;3 atgj;21;;21;;; comp;1253099..1253183;;cta;2 caa;18;;18;;; comp;1253202..1253278;;atgj;;23;;23;;; comp;1253302..1253386;;cta;;70;;70;;; comp;1253457..1253533;;atgj;;79;;79;;; comp;1253613..1253687;;caa;;31;;31;;; comp;1253719..1253803;;cta;;39;;39;;; comp;1253843..1253919;;atgj;;26;26;;;;26 comp;1253946..1254157;;CDS;;14564;;;;71; ;;;;;;;;;; comp;1268722..1268862;;CDS;;260;260;;;47; ;1269123..1269199;;cca;;243;243;;;;*243 comp;1269443..1269628;;CDS;;16361;;;;62; ;;;;;;;;;; ;1285990..1286571;;CDS;;88;88;;;194; comp;1286660..1286736;;agg;;68;68;;;;68 comp;1286805..1287938;;CDS;;116753;;;;378; ;;;;;;;;;; comp;1404692..1405552;;CDS;;204;204;;;287;*204 ;1405757..1405833;;aga;;244;244;;;; ;1406078..1407685;;CDS;;49950;;;;536; ;;;;;;;;;; ;1457636..1458508;;CDS;;407;407;;;291; comp;1458916..1459000;;tac;+;100;;100;;; comp;1459101..1459185;;tac;4 tac;100;;100;;; comp;1459286..1459370;;tac;@7;100;;100;;; comp;1459471..1459555;;tac;;282;282;;;;*282 ;1459838..1460935;;CDS;;170368;;;;366; ;;;;;;;;;; ;1631304..1631753;;CDS;;144;144;;;150;144 ;1631898..1631985;;tcc;;312;312;;;; ;1632298..1632684;;CDS;;550413;;;;129; ;;;;;;;;;; ;2183098..2183436;;CDS;;179;179;;;113; ;2183616..2183692;;gtc;+;46;;46;;; ;2183739..2183815;;gtc;2 gtc;149;149;;;;149 ;2183965..2185344;;CDS;;578546;;;;460; ;;;;;;;;;; comp;2763891..2766782;;CDS;;763;*763;;;*964;*763 comp;2767546..2767621;;ggc;+;11;;11;;; comp;2767633..2767719;;tta;2 ggc;78;;78;;; comp;2767798..2767873;;ggc;;37;;37;;; comp;2767911..2767984;;tgc;;400;400;;;;*400 comp;2768385..2768942;;CDS;;82481;;;;186; ;;;;;;;;;; ;2851424..2851855;;CDS;;62;62;;;144;62 ;2851918..2851992;;gga;;333;333;;;; ;2852326..2852970;;CDS;;133282;;;;215; ;;;;;;;;;; comp;2986253..2986402;;CDS;;1;*1;;;50;1 ;2986404..2986479;;aac;;372;372;;;; ;2986852..2989149;;CDS;;60873;;;;766; ;;;;;;;;;; ;3050023..3051831;;CDS;;139;139;;;603;139 ;3051971..3052061;;tca;;321;321;;;; ;3052383..3053693;;CDS;;384243;;;;437; ;;;;;;;;;; comp;3437937..3438392;;CDS;;233;233;;;152; comp;3438626..3438702;;atgf;;56;;56;;; comp;3438759..3438842;;ctc;;18;18;;;;18 comp;3438861..3439199;;CDS;;113972;;;;113; ;;;;;;;;;; comp;3553172..3554167;;CDS;;189;189;;;332;189 comp;3554357..3554433;;cgt;+;59;;59;;; comp;3554493..3554569;;cgt;7 cgt;57;;57;;; comp;3554627..3554703;;cgt;2 agc;57;;57;;; comp;3554761..3554837;;cgt;;57;;57;;; comp;3554895..3554971;;cgt;;57;;57;;; comp;3555029..3555105;;cgt;;85;;85;;; comp;3555191..3555282;;agc;;29;;29;;; comp;3555312..3555388;;cgt;;31;;31;;; comp;3555420..3555511;;agc;;243;243;;;; comp;3555755..3555952;;CDS;;83212;;;;66; ;;;;;;;;;; ;3639165..3640295;;CDS;;108;108;;;377;108 ;3640404..3640479;;ttc;+;51;;51;;; ;3640531..3640606;;aca;3 ttc;7;;7;;; ;3640614..3640689;;ttc;2 aca;43;;43;;; ;3640733..3640808;;aac;2 aac;69;;69;;; ;3640878..3640953;;aca;;10;;10;;; ;3640964..3641039;;ttc;;42;;42;;; ;3641082..3641158;;aac;;292;292;;;; ;3641451..3643076;;CDS;;233;233;;;542; ;3643310..3643385;;ttc;;51;;51;;; ;3643437..3643512;;aca;+;21;;21;;; ;3643534..3643609;;aac;2 aca;39;;39;;; ;3643649..3643724;;aca;2 aac;15;;15;;; ;3643740..3643815;;aac;;156;156;;;;156 comp;3643972..3645405;;CDS;;561;*561;;;*478;*561 comp;3645967..3646043;;gac;;31;;;;; comp;3646075..3646191;;5s;;57;;;;; comp;3646249..3646324;;acc;;100;;;;; comp;3646425..3646541;;5s;;111;;;;; comp;3646653..3649567;;23s;;-13;*-13;;;;*-13 comp;3649555..3649797;;CDS;@3;35;35;;;81;35 comp;3649833..3649908;;gca;;43;;;43;; comp;3649952..3650028;;atc;;97;;;;; comp;3650126..3651683;;16s;;557;*557;;;;*557 comp;3652241..3653491;;CDS;;9514;;;;*417; ;;;;;;;;;; comp;3663006..3663598;;CDS;;181;181;;;198; comp;3663780..3663864;;ttg;;177;177;;;;177 comp;3664042..3664707;;CDS;;93515;;;;222; ;;;;;;;;;; ;3758223..3759258;;CDS;;578;*578;;;*345;*578 comp;3759837..3759913;;gac;;68;;;;; comp;3759982..3760098;;5s;;111;;;;; comp;3760210..3763124;;23s;;290;;;;; comp;3763415..3763490;;gca;;43;;;43;; comp;3763534..3763610;;atc;;97;;;;; comp;3763708..3765265;;16s;;86;;;;; comp;3765351;;16s;début;;;;;; Chromosome II;;;;;;;;;; comp;673782..674186;;CDS;;358;358;;;135; comp;674545..674635;;tca;;329;329;;;;*329 ;674965..675645;;CDS;;205537;;;;227; ;;;;;;;;;; ;881183..882640;;CDS;;244;244;;;486;*244 ;882885..882958;;tgc;;302;302;;;; ;883261..883725;;CDS;;1229;;;;155; ;;;;;;;;;; ;884955..886649;;CDS;;245;245;;;565;*245 ;886895..886981;;tta;;97;;97;;; ;887079..887154;;ggc;;5;;5;;; ;887160..887233;;tgc;;317;317;;;; ;887551..889074;;CDS;;465;;;;508; ;;;;;;;;;; comp;889540..890328;;CDS;;386;386;;;263; ;890715..890801;;tta;+;53;;53;;; ;890855..890928;;tgc;2 tgc;181;;*181;;; ;891110..891183;;tgc;;366;366;;;;*366 ;891550..891891;;CDS;;443950;;;;114; ;;;;;;;;;; ;1335842..1336042;;CDS;;17;17;;;;17 ;1336060..1336134;;gga;;272;272;;;; comp;1336407..1337222;;CDS;;505333;;;;272; ;;;;;;;;;; ;1842556..1842741;;CDS;;-36;*-36;;;62;*-36 ;1842706..1842789;;ctc;;29;29;;;;29 ;1842819..1843430;;CDS;;77699;;;;204; ;;;;;;;;;; ;1921130..1921561;;CDS;;62;62;;;144;62 ;1921624..1921698;;gga;;337;337;;;; comp;1922036..1922209;;CDS;;15660;;;;58; ;;;;;;;;;; comp;1937870..1939129;;CDS;;84;84;;;420; comp;1939214..1939304;;tca;;90;;;;; comp;1939395..1939511;;5s;;77;;;;; comp;1939589..1942503;;23s;;306;;;;; comp;1942810..1942885;;gta;;35;;;35;; comp;1942921..1942996;;gca;;24;;;24;; comp;1943021..1943096;;aaa;;2;;;2;; comp;1943099..1943174;;gaa;;114;;;;; comp;1943289..1944850;;16s;;83;83;;;;83 comp;1944934..1945071;;CDS;;;;;;46; </pre> ====vha cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_cumuls|vha cumuls]] <pre> vha cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;0;0;1;3;1;1;100;17 ;16 aas 23 5s ;3;20;10;5;50;8;20;5;200;17 ;16 atc gca;4;40;17;6;100;10;40;3;300;10 ;16 cds 23 5s ;3;60;16;6;150;12;60;2;400;13 ;max a;5;80;6;1;200;9;80;3;500;6 ;a doubles;0;100;6;0;250;9;100;3;600;4 ;spéciaux;1;120;0;0;300;4;120;3;700;2 ;total aas;37;140;0;0;350;7;140;3;800;2 sans ;opérons;27;160;1;0;400;6;160;4;900;0 ;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;1;1000;1 ;max a;12;200;1;0;500;1;200;2;1100;0 ;a doubles;10;;0;0;;8;;8;;0 ;total aas;84;;57;18;;78;;38;;72 total aas;;121;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;30;;;;;;266 ;;;variance;;19;;;;;;199 sans jaune;;;moyenne;46;;;183;;86;;240 ;;;variance;25;;;114;;59;;178 </pre> ====vha blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_blocs|vha blocs]] <pre> vha blocs;;;;;;; cds;853;cds;471;cds;103 $16s;97;$16s;56;$16s;<u>86 atc;43;atc;43;$16s;97 gca;290;gca;289;atc;43 $23s;77;$23s;108;gca;290 $5s;<u>371;$5s;91;$23s;111 $16s;97;tca;121;$5s;68 atc;43;cds;;gac;578 gca;290;;;cds; $23s;107;;;; $5s;101;;;; cds;;;;; ;;;;; cds;554;cds;83;cds;119 $16s;122;$16s;82;$16s;129 gaa;2;gaa;2;gcc;41 aaa;30;aaa;30;gaa;55 gta;310;gta;310;&cds;16 $23s;117;$23s;108;$23s;111 $5s;32;$5s;31;$5s;31 gac;68;gac;147;gac;35 tgg;546;cds;;tgg;3 cds;;;;cds; ;;;;; cds;83;cds;83;cds;557 $16s;114;$16s;122;$16s;97 gaa;2;gaa;2;atc;43 aaa;24;aaa;9;gca;35 gca;35;gca;37;&cds;-13 gta;306;gta;51;$23s;111 $23s;77;&cds;16;$5s;100 $5s;90;$23s;77;acc;57 tca;84;$5s;32;$5s;31 cds;;gac;162;gac;561 ;;cds;;cds; </pre> ====vha distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_distribution|vha distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;cgt6;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;ggc3;atc;;acc;;aac;;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;6;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;acc 5s + 1 >a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;3;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;3;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;gga 1>a + 3a;ata;;aca;5;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;3;séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2 atgj;;acg;;aag;;agg;1;(cac cca)2;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total vha;;14;;;;;14;ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;51;;;;;;51;;vha;19;;;;;;19;;vha;;;;11;;;11 </pre> ====vha1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_données_intercalaires|vha1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;vha1;fx;fc;vha1;fx40;fc40;vha1;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;3;9;0;3;9;-1;0;98;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;0;10;11;246;1;1;30;-2;0;0;156;529;4* 102;;atc;13;;acc ;1;20;16;193;2;1;40;-3;0;2;101;206;65;;atc;35;;gga ;0;30;16;96;3;2;39;-4;9;141;546;121;2* 127;;gaa;52;;tac ;0;40;29;76;4;0;17;-5;0;1;138;147;91;;gaa;**;;aca ;0;50;22;55;5;1;25;-6;1;0;145;162;134;;gcc;35;;cgg ;0;60;37;90;6;0;11;-7;0;10;284;361;tRNA 23s;;;76;;cac ;2;70;64;61;7;1;13;-8;1;37;497;194;3* 297;;gca;46;;cca ;0;80;43;62;8;2;16;-9;1;0;68;260;2* 317;;gta;64;;cac 1;0;90;46;56;9;0;31;-10;0;2;159;158;296;;gca;**;;cca ;0;100;41;55;10;3;24;-11;1;26;144;260;272;;gca;54;;cta ;2;110;40;59;11;0;21;-12;0;0;312;88;260;;gta;46;;caa ;0;120;28;67;12;0;32;-13;0;4;179;204;264;;gaa;21;;cta 1;0;130;23;55;13;1;27;-14;0;20;149;407;5s tRNA;;;18;;cta ;2;140;24;54;14;2;27;-15;2;0;763;282;2* 32;;gac;23;;atgj 1;3;150;24;51;15;0;13;-16;0;3;400;558;3* 31;;gac;70;;cta 2;2;160;28;54;16;3;9;-17;0;11;62;321;68;;gac;79;;atgj 1;0;170;20;38;17;2;18;-18;0;0;363;156;91;;tca;31;;caa ;2;180;22;45;18;1;22;-19;0;4;372;578;100;;acc;39;;cta ;2;190;18;35;19;2;11;-20;0;13;139;;tRNA 5s;;;**;;atgj 1;0;200;17;30;20;5;13;-21;1;0;233;;57;;acc;100;;tac 2;0;210;15;38;21;1;15;-22;1;1;18;;tRNA tRNA;;intra;100;;tac ;0;220;17;25;22;4;8;-23;0;5;189;;5* 43;;gca;100;;tac ;0;230;15;27;23;1;11;-24;0;0;243;;**;;atc;**;;tac ;2;240;21;26;24;3;9;-25;0;1;108;;2* 30;;gta;46;;gtc ;1;250;10;21;25;0;9;-26;0;2;292;;2;;aaa;**;;gtc 2;0;260;16;22;26;1;8;-27;0;0;233;;**;;gaa;11;;ggc ;0;270;10;16;27;2;12;-28;0;0;558;;2;;gaa;78;;tta ;0;280;14;16;28;2;8;-29;0;1;181;;9;;aaa;37;;ggc 1;1;290;12;15;29;1;7;-30;0;0;177;;37;;gca;**;;tgc ;1;300;15;17;30;1;9;-31;0;0;CDS 16s;;**;;gta;56;;atgf ;0;310;8;20;31;3;11;-32;1;5;631;554;41;;gcc;**;;ctc ;1;320;7;13;32;3;6;-33;0;0;853;492;**;;gaa;59;;cgt 1;0;330;15;9;33;3;6;-34;0;1;471;;tRNA tRNA;;contig;57;;cgt ;0;340;8;9;34;3;8;-35;0;5;451;;68;;tgg;57;;cgt ;0;350;15;7;35;1;6;-36;0;0;543;;**;;gac;57;;cgt ;0;360;7;7;36;1;8;-37;0;0;557;;35;;gac;57;;cgt 1;1;370;7;6;37;5;5;-38;1;3;16s 16s;;**;;tgg;85;;cgt ;1;380;4;7;38;5;9;-39;0;0;0;deb fin chr c;tRNA tRNA;;;29;;agc ;0;390;7;7;39;2;7;-40;0;1;5s 16s;;158;;atgf;31;;cgt ;1;400;14;4;40;3;10;-41;1;0;371;;35;;ggc;**;;agc 4;4;reste;125;146;reste;859;1325;-42;0;0;23s 5s;;35;;ggc;51;;ttc 18;29;total;934;1945;total;934;1945;-43;0;0;125;;18;;ggc;7;;aca 14;25;diagr;806;1790;diagr;72;611;-44;1;2;2* 95;;39;;atgf;43;;ttc 0;1;t30;43;535;;;;-45;0;0;135;;90;;ggc;69;;aac ;;;;;;;;-46;0;0;2* 126;;39;;atgf;10;;aca ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;3* 129;;18;;ggc;42;;ttc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;5s CDS;;39;;atgf;**;;aac ;x;931;25;3;959;;;-49;0;0;;101;18;;ggc;51;;ttc ;c;1936;402;9;2347;;;-50;2;3;;;39;;atgf;21;;aca ;;;;;3306;190;;reste;0;0;;;**;;ggc;39;;aac ;;;;;;3496;;total;25;402;;;;;;15;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;aac </pre> ====vha1 autres intercalaires aas==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vha1;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;comp;rRNA;1;1384;631;*;1384 fin;comp;CDS;2016;2795;;; deb;;CDS;104112;105239;529;*; ;comp;tRNA;105769;105845;158;*;atgf ;comp;tRNA;106004;106079;35;*;ggc ;comp;tRNA;106115;106190;35;*;ggc ;comp;tRNA;106226;106301;18;*;ggc ;comp;tRNA;106320;106396;39;*;atgf ;comp;tRNA;106436;106511;90;*;ggc ;comp;tRNA;106602;106678;39;*;atgf ;comp;tRNA;106718;106793;18;*;ggc ;comp;tRNA;106812;106888;39;*;atgf ;comp;tRNA;106928;107003;18;*;ggc ;comp;tRNA;107022;107098;39;*;atgf ;comp;tRNA;107138;107213;156;*;ggc fin;comp;CDS;107370;107915;;0; deb;;CDS;189680;190715;101;*; ;comp;rRNA;190817;190933;125;*;117 ;comp;rRNA;191059;193948;297;*;2890 ;comp;tRNA;194246;194321;43;*;gca ;comp;tRNA;194365;194441;102;*;atc ;comp;rRNA;194544;196096;371;*;1553 ;comp;rRNA;196468;196584;95;*;117 ;comp;rRNA;196680;199569;297;*;2890 ;comp;tRNA;199867;199942;43;*;gca ;comp;tRNA;199986;200062;102;*;atc ;comp;rRNA;200165;201717;853;*;1553 fin;comp;CDS;202571;204706;;; deb;comp;CDS;234302;235486;101;*; ;comp;tRNA;235588;235663;13;*;acc ;comp;tRNA;235677;235751;35;*;gga ;comp;tRNA;235787;235871;52;*;tac ;comp;tRNA;235924;235999;206;*;aca fin;;CDS;236206;237129;;0; deb;comp;CDS;241274;242467;546;*; ;comp;tRNA;243014;243090;68;*;tgg ;comp;tRNA;243159;243235;32;*;gac ;comp;rRNA;243268;243384;135;*;117 ;comp;rRNA;243520;246397;317;*;2878 ;comp;tRNA;246715;246790;30;*;gta ;comp;tRNA;246821;246896;2;*;aaa ;comp;tRNA;246899;246974;127;*;gaa ;comp;rRNA;247102;248654;554;*;1553 fin;;CDS;249209;249664;;1; deb;comp;CDS;251637;253490;57;*; ;comp;regulatory;253548;253749;184;*; fin;;CDS;253934;255043;;0; deb;;CDS;310261;311296;121;*; ;comp;tRNA;311418;311508;91;*;tca ;comp;rRNA;311600;311716;126;*;117 ;comp;rRNA;311843;314732;296;*;2890 ;comp;tRNA;315029;315104;43;*;gca ;comp;tRNA;315148;315224;65;*;atc ;comp;rRNA;315290;316842;471;*;1553 fin;comp;CDS;317314;318027;;; deb;comp;CDS;352647;354587;165;*; ;comp;regulatory;354753;354851;61;*; fin;comp;CDS;354913;355296;;; deb;;CDS;358270;359305;147;*; ;comp;tRNA;359453;359529;31;*;gac ;comp;rRNA;359561;359677;126;*;117 ;comp;rRNA;359804;362693;317;*;2890 ;comp;tRNA;363011;363086;30;*;gta ;comp;tRNA;363117;363192;2;*;aaa ;comp;tRNA;363195;363270;91;*;gaa ;comp;rRNA;363362;364914;492;*;1553 fin;;CDS;365407;365958;;0; deb;;CDS;448626;449153;451;*; ;;rRNA;449605;451157;127;*;1553 ;;tRNA;451285;451360;2;*;gaa ;;tRNA;451363;451438;9;*;aaa ;;tRNA;451448;451523;37;*;gca ;;tRNA;451561;451636;260;*;gta ;;rRNA;451897;454786;95;*;2890 ;;rRNA;454882;454998;32;*;117 ;;tRNA;455031;455107;162;*;gac fin;comp;CDS;455270;455566;;; deb;comp;CDS;467252;467665;361;*; ;;tRNA;468027;468103;35;*;cgg ;;tRNA;468139;468214;76;*;cac ;;tRNA;468291;468367;46;*;cca ;;tRNA;468414;468489;64;*;cac ;;tRNA;468554;468630;194;*;cca fin;comp;CDS;468825;469550;;0; deb;;CDS;769806;770444;32;*; ;;regulatory;770477;770626;68;*; fin;;CDS;770695;771687;;; deb;comp;CDS;835239;835550;138;*; ;comp;tRNA;835689;835764;145;*;atgi fin;comp;CDS;835910;837772;;; deb;;CDS;883125;883988;533;*; ;;ncRNA;884522;884950;176;*; fin;;CDS;885127;886077;;; deb;comp;CDS;941166;941636;439;*; ;;misc_f;942076;942195;53;*; fin;;CDS;942249;944708;;; deb;comp;CDS;1010675;1011853;13;*; ;comp;misc_f;1011867;1011988;108;*; fin;comp;CDS;1012097;1012423;;; deb;;CDS;1017131;1019704;543;*; ;;rRNA;1020248;1021800;134;*;1553 ;;tRNA;1021935;1022010;41;*;gcc ;;tRNA;1022052;1022127;264;*;gaa ;;rRNA;1022392;1025281;129;*;2890 ;;rRNA;1025411;1025527;31;*;117 ;;tRNA;1025559;1025635;35;*;gac ;;tRNA;1025671;1025747;260;*;tgg fin;comp;CDS;1026008;1026983;;0; deb;comp;CDS;1138561;1139793;183;*; ;comp;tmRNA;1139977;1140344;68;*; fin;comp;CDS;1140413;1140898;;0; deb;;CDS;1251399;1252574;158;*; ;comp;tRNA;1252733;1252817;54;*;cta ;comp;tRNA;1252872;1252946;46;*;caa ;comp;tRNA;1252993;1253077;21;*;cta ;comp;tRNA;1253099;1253183;18;*;cta ;comp;tRNA;1253202;1253278;23;*;atgj ;comp;tRNA;1253302;1253386;70;*;cta ;comp;tRNA;1253457;1253533;79;*;atgj ;comp;tRNA;1253613;1253687;31;*;caa ;comp;tRNA;1253719;1253803;39;*;cta ;comp;tRNA;1253843;1253919;284;*;atgj fin;comp;CDS;1254204;1255295;;; deb;comp;CDS;1268722;1268862;260;*; ;;tRNA;1269123;1269199;497;*;cca fin;;CDS;1269697;1270497;;0; deb;;CDS;1286065;1286571;88;*; ;comp;tRNA;1286660;1286736;68;*;agg fin;comp;CDS;1286805;1287938;;0; deb;comp;CDS;1404692;1405552;204;*; ;;tRNA;1405757;1405833;159;*;aga fin;;CDS;1405993;1407685;;; deb;;CDS;1457636;1458508;407;*; ;comp;tRNA;1458916;1459000;100;*;tac ;comp;tRNA;1459101;1459185;100;*;tac ;comp;tRNA;1459286;1459370;100;*;tac ;comp;tRNA;1459471;1459555;282;*;tac fin;;CDS;1459838;1460935;;; deb;;CDS;1470331;1472328;142;*; ;;ncRNA;1472471;1472567;143;*; fin;;CDS;1472711;1473337;;; deb;comp;CDS;1587286;1587876;116;*; ;comp;regulatory;1587993;1588082;279;*; fin;comp;CDS;1588362;1589366;;; deb;;CDS;1631304;1631753;144;*; ;;tRNA;1631898;1631985;312;*;tcc fin;;CDS;1632298;1632684;;; deb;;CDS;1842140;1843741;180;*; ;;misc_f;1843922;1844060;53;*; fin;;CDS;1844114;1845010;;; deb;;CDS;2183098;2183436;179;*; ;;tRNA;2183616;2183692;46;*;gtc ;;tRNA;2183739;2183815;149;*;gtc fin;;CDS;2183965;2185344;;; deb;comp;CDS;2484550;2484708;529;*; ;;regulatory;2485238;2485339;116;*; fin;;CDS;2485456;2486832;;; deb;comp;CDS;2763891;2766782;763;*; ;comp;tRNA;2767546;2767621;11;*;ggc ;comp;tRNA;2767633;2767719;78;*;tta ;comp;tRNA;2767798;2767873;37;*;ggc ;comp;tRNA;2767911;2767984;400;*;tgc fin;comp;CDS;2768385;2768942;;; deb;;CDS;2780030;2780155;-54;*; ;;misc_f;2780102;2780205;125;*; fin;;CDS;2780331;2781896;;; deb;;CDS;2851424;2851855;62;*; ;;tRNA;2851918;2851992;363;*;gga fin;;CDS;2852356;2852970;;0; deb;comp;CDS;2977057;2978046;-12;*; ;comp;regulatory;2978035;2978168;175;*; fin;;CDS;2978344;2979249;;0; deb;comp;CDS;2983815;2985845;558;*; ;;tRNA;2986404;2986479;372;*;aac fin;;CDS;2986852;2989149;;; deb;;CDS;3050023;3051831;139;*; ;;tRNA;3051971;3052061;321;*;tca fin;comp;CDS;3052383;3053693;;; deb;comp;CDS;3437937;3438392;233;*; ;comp;tRNA;3438626;3438702;56;*;atgf ;comp;tRNA;3438759;3438842;18;*;ctc fin;comp;CDS;3438861;3439199;;; deb;comp;CDS;3553172;3554167;189;*; ;comp;tRNA;3554357;3554433;59;*;cgt ;comp;tRNA;3554493;3554569;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554627;3554703;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554761;3554837;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554895;3554971;57;*;cgt ;comp;tRNA;3555029;3555105;85;*;cgt ;comp;tRNA;3555191;3555282;29;*;agc ;comp;tRNA;3555312;3555388;31;*;cgt ;comp;tRNA;3555420;3555511;243;*;agc fin;comp;CDS;3555755;3555952;;; deb;;CDS;3603439;3603747;8;*; ;;ncRNA;3603756;3603940;5;*; fin;;CDS;3603946;3604539;;; deb;;CDS;3639165;3640295;108;*; ;;tRNA;3640404;3640479;51;*;ttc ;;tRNA;3640531;3640606;7;*;aca ;;tRNA;3640614;3640689;43;*;ttc ;;tRNA;3640733;3640808;69;*;aac ;;tRNA;3640878;3640953;10;*;aca ;;tRNA;3640964;3641039;42;*;ttc ;;tRNA;3641082;3641158;292;*;aac deb;;CDS;3641451;3643076;233;*; ;;tRNA;3643310;3643385;51;*;ttc ;;tRNA;3643437;3643512;21;*;aca ;;tRNA;3643534;3643609;39;*;aac ;;tRNA;3643649;3643724;15;*;aca ;;tRNA;3643740;3643815;156;*;aac deb;comp;CDS;3643972;3645408;558;*; ;comp;tRNA;3645967;3646043;31;*;gac ;comp;rRNA;3646075;3646191;57;*;117 ;comp;tRNA;3646249;3646324;100;*;acc ;comp;rRNA;3646425;3646541;129;*;117 ;comp;rRNA;3646671;3649560;272;*;2890 ;comp;tRNA;3649833;3649908;43;*;gca ;comp;tRNA;3649952;3650028;102;*;atc ;comp;rRNA;3650131;3651683;557;*;1553 fin;comp;CDS;3652241;3653491;;; deb;comp;CDS;3663006;3663598;181;*; ;comp;tRNA;3663780;3663864;177;*;ttg fin;comp;CDS;3664042;3664707;;0; deb;;CDS;3758223;3759258;578;*; ;comp;tRNA;3759837;3759913;68;*;gac ;comp;rRNA;3759982;3760098;129;*;117 ;comp;rRNA;3760228;3763117;297;*;2890 ;comp;tRNA;3763415;3763490;43;*;gca ;comp;tRNA;3763534;3763610;102;*;atc ;comp;rRNA;3763713;3765265;0;*;1553 autres intercalaires;;vha1;;;;; ;;;;;;; ;;;;;;; ;;;;;;; ;;;;;;; ;comp;rRNA;1;1384;631;*;1384 fin;comp;CDS;2016;2795;;; deb;;CDS;104112;105239;529;*; ;comp;tRNA;105769;105845;158;*;atgf ;comp;tRNA;106004;106079;35;*;ggc ;comp;tRNA;106115;106190;35;*;ggc ;comp;tRNA;106226;106301;18;*;ggc ;comp;tRNA;106320;106396;39;*;atgf ;comp;tRNA;106436;106511;90;*;ggc ;comp;tRNA;106602;106678;39;*;atgf ;comp;tRNA;106718;106793;18;*;ggc ;comp;tRNA;106812;106888;39;*;atgf ;comp;tRNA;106928;107003;18;*;ggc ;comp;tRNA;107022;107098;39;*;atgf ;comp;tRNA;107138;107213;156;*;ggc fin;comp;CDS;107370;107915;;0; deb;;CDS;189680;190715;101;*; ;comp;rRNA;190817;190933;125;*;117 ;comp;rRNA;191059;193948;297;*;2890 ;comp;tRNA;194246;194321;43;*;gca ;comp;tRNA;194365;194441;102;*;atc ;comp;rRNA;194544;196096;371;*;1553 ;comp;rRNA;196468;196584;95;*;117 ;comp;rRNA;196680;199569;297;*;2890 ;comp;tRNA;199867;199942;43;*;gca ;comp;tRNA;199986;200062;102;*;atc ;comp;rRNA;200165;201717;853;*;1553 fin;comp;CDS;202571;204706;;; deb;comp;CDS;234302;235486;101;*; ;comp;tRNA;235588;235663;13;*;acc ;comp;tRNA;235677;235751;35;*;gga ;comp;tRNA;235787;235871;52;*;tac ;comp;tRNA;235924;235999;206;*;aca fin;;CDS;236206;237129;;0; deb;comp;CDS;241274;242467;546;*; ;comp;tRNA;243014;243090;68;*;tgg ;comp;tRNA;243159;243235;32;*;gac ;comp;rRNA;243268;243384;135;*;117 ;comp;rRNA;243520;246397;317;*;2878 ;comp;tRNA;246715;246790;30;*;gta ;comp;tRNA;246821;246896;2;*;aaa ;comp;tRNA;246899;246974;127;*;gaa ;comp;rRNA;247102;248654;554;*;1553 </pre> ====vha2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_données_intercalaires|vha2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;vha2;fx;fc;vha2;fx40;fc40;vha2;x-;c-;c;x;c;x;aa ;1;0;1;16;0;1;16;-1;0;62;412;329;16s tRNA;; ;0;10;14;120;1;0;14;-2;2;0;244;386;123;;gaa ;0;20;14;97;2;2;14;-3;0;0;302;325;tRNA 23s;; ;1;30;14;53;3;0;13;-4;3;77;245;272;313;;gta ;0;40;15;19;4;1;13;-5;0;1;317;337;5s tRNA;; ;0;50;15;35;5;2;6;-6;2;0;366;;90;;tca ;0;60;25;50;6;1;5;-7;0;4;-36;;tRNA tRNA;;intra ;1;70;33;42;7;2;2;-8;0;22;29;;35;;gta ;0;80;38;39;8;1;11;-9;1;0;62;;24;;gca ;1;90;31;35;9;2;27;-10;0;2;84;;2;;aaa ;0;100;31;34;10;3;15;-11;4;17;CDS 16s;;**;;gaa ;0;110;26;25;11;1;18;-12;0;0;448;;tRNA tRNA;; ;0;120;31;48;12;2;25;-13;0;2;23s 5s;;97;;tta ;0;130;20;32;13;0;7;-14;0;11;95;;5;;ggc ;0;140;20;30;14;2;12;-15;1;0;;;**;;tgc ;0;150;21;24;15;1;8;-16;0;1;;;53;;tta ;0;160;12;21;16;0;7;-17;0;8;;;181;;tgc ;0;170;13;23;17;2;4;-18;0;0;;;**;;tgc ;0;180;13;21;18;0;6;-19;0;1;;;;; ;0;190;14;15;19;4;7;-20;1;1;;;;; ;0;200;13;11;20;2;3;-21;0;0;;;;; ;0;210;11;20;21;1;9;-22;0;0;;;;; ;0;220;12;20;22;2;10;-23;0;2;;;;; ;0;230;11;15;23;3;5;-24;0;0;;;;; ;0;240;15;14;24;1;3;-25;0;0;;;;; ;2;250;9;9;25;1;2;-26;0;3;;;;; ;0;260;11;12;26;2;9;-27;0;0;;;;; ;0;270;9;17;27;1;3;-28;0;0;;;;; 1;0;280;8;10;28;0;4;-29;1;2;;;;; ;0;290;13;13;29;3;4;-30;0;0;;;;; ;0;300;6;13;30;0;4;-31;1;1;;;;; ;1;310;14;7;31;0;3;-32;3;1;;;;; ;1;320;6;5;32;2;6;-33;0;0;;;;; 2;0;330;7;6;33;3;2;-34;0;1;;;;; 1;0;340;7;7;34;2;1;-35;0;4;;;;; ;0;350;7;5;35;3;2;-36;0;0;;;;; ;0;360;4;4;36;1;1;-37;0;0;;;;; ;1;370;9;5;37;2;1;-38;0;1;;;;; ;0;380;10;7;38;0;1;-39;1;0;;;;; 1;0;390;5;4;39;1;1;-40;0;0;;;;; ;0;400;5;8;40;1;1;-41;0;0;;;;; ;1;reste;96;84;reste;631;770;-42;0;0;;;;; 5;10;total;689;1075;total;689;1075;-43;0;0;;;;; 5;8;diagr;592;975;diagr;57;289;-44;0;0;;;;; 0;1;t30;42;270;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;;;;; ;x;688;25;1;714;;;-49;0;0;;;;; ;c;1059;227;16;1302;;;-50;3;3;;;;; ;;;;;2016;33;;reste;0;0;;;;; ;;;;;;2049;;total;25;227;;;;; </pre> =====vha2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_autres_intercalaires_aas|vha2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vha2;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;545001;545657;173;*; ;comp;regulatory;545831;545971;122;*; fin;comp;CDS;546094;546711;;; deb;comp;CDS;673809;674132;412;*; ;comp;tRNA;674545;674635;329;*;tca fin;;CDS;674965;675645;;; deb;;CDS;881183;882640;244;*; ;;tRNA;882885;882958;302;*;tgc fin;;CDS;883261;883725;;; deb;;CDS;884955;886649;245;*; ;;tRNA;886895;886981;97;*;tta ;;tRNA;887079;887154;5;*;ggc ;;tRNA;887160;887233;317;*;tgc fin;;CDS;887551;889074;;; deb;comp;CDS;889540;890328;386;*; ;;tRNA;890715;890801;53;*;tta ;;tRNA;890855;890928;181;*;tgc ;;tRNA;891110;891183;366;*;tgc fin;;CDS;891550;891992;;; deb;comp;CDS;1335216;1335734;325;*; ;;tRNA;1336060;1336134;272;*;gga fin;comp;CDS;1336407;1337222;;; deb;;CDS;1582077;1582217;305;*; ;;regulatory;1582523;1582622;100;*; fin;;CDS;1582723;1583730;;; deb;;CDS;1842556;1842741;-36;*; ;;tRNA;1842706;1842789;29;*;ctc fin;;CDS;1842819;1843430;;0; deb;;CDS;1921130;1921561;62;*; ;;tRNA;1921624;1921698;337;*;gga fin;comp;CDS;1922036;1922209;;; deb;comp;CDS;1937870;1939129;84;*; ;comp;tRNA;1939214;1939304;90;*;tca ;comp;rRNA;1939395;1939511;95;*;117 ;comp;rRNA;1939607;1942496;313;*;2890 ;comp;tRNA;1942810;1942885;35;*;gta ;comp;tRNA;1942921;1942996;24;*;gca ;comp;tRNA;1943021;1943096;2;*;aaa ;comp;tRNA;1943099;1943174;123;*;gaa ;comp;rRNA;1943298;1944850;468;*;1553 fin;comp;CDS;1945319;1945843;;0; deb;comp;CDS;1948023;1949408;356;*; ;;regulatory;1949765;1949875;108;*; fin;;CDS;1949984;1950871;;; </pre> ===Aeromonas media WS=== ====amed opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed opérons]] <pre> 61.2%GC;25.7.19 Paris;16s ;126;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd Aeromonas media WS;;;;;;;;;; ;6590..7159;;CDS;;3;;;;190; ;;;;;;;;;; comp;7163..8359;;CDS;;512;*512;;;399; ;8872..10421;;16s;;66;;;;; ;10488..10564;;atc;;10;;;10;; ;10575..10650;;gca;;231;;;;; ;10882..13800;;23s;;98;;;;; ;13899..14013;;5s;;386;*386;;;;*386 ;14400..14717;;CDS;;102422;;;;106; ;;;;;;;;;; ;117140..117850;;CDS;;47;47;;;237;47 ;117898..117973;;ttc;;52;;52;;; ;118026..118101;;aca;;3;;3;;; ;118105..118180;;ttc;;45;;45;;; ;118226..118301;;aac;;252;252;;;; ;118554..119573;;CDS;;50489;;;;340; ;;;;;;;;;; comp;170063..170329;;CDS;;103;103;;;89;103 comp;170433..170518;;ctg;+;71;;71;;; comp;170590..170675;;ctg;5 ctg;46;;46;;; comp;170722..170807;;ctg;;46;;46;;; comp;170854..170939;;ctg;;51;;51;;; comp;170991..171076;;ctg;;116;116;;;; comp;171193..172653;;CDS;;146173;;;;487; ;;;;;;;;;; ;318827..320692;;CDS;;190;190;;;622;190 ;320883..320959;;atgi;;244;244;;;; comp;321204..323780;;CDS;;62601;;;;*859; ;;;;;;;;;; ;386382..386732;;CDS;;514;*514;;;117; ;387247..388802;;16s;;268;;;;; ;389071..389146;;gaa;;245;;;;; ;389392..392312;;23s;;104;;;;; ;392417..392531;;5s;;268;268;;;;268 comp;392800..394413;;CDS;;81847;;;;538; ;;;;;;;;;; ;476261..476482;;CDS;;64;64;;;74;64 comp;476547..476622;;aac;;5;;5;;; comp;476628..476703;;ttc;;622;*622;;;; ;477326..477547;;CDS;;22721;;;;*74; ;;;;;;;;;; ;500269..500814;;CDS;;177;177;;;182;177 ;500992..501067;;ggc;+;24;;24;;; ;501092..501167;;ggc;6 ggc;29;;29;;; ;501197..501272;;ggc;;38;;38;;; ;501311..501386;;ggc;;25;;25;;; ;501412..501487;;ggc;;23;;23;;; ;501511..501586;;ggc;;363;*363;;;; comp;501950..502159;;CDS;;4810;;;;70; ;;;;;;;;;; ;506970..507110;;CDS;;236;236;;;47;236 ;507347..507422;;gcc;+;28;;28;;; ;507451..507526;;gcc;5 gcc;66;;66;;; ;507593..507668;;gcc;;58;;58;;; ;507727..507802;;gcc;;40;;40;;; ;507843..507918;;gcc;;471;*471;;;; ;508390..508473;;riboswitch;@1;134002;;;;28; ;;;;;;;;;; ;642476..642802;;CDS;;9;9;;;109;9 ;642812..642896;;ctc;;91;;91;;; ;642988..643064;;atgf;;166;166;;;; ;643231..643689;;CDS;;128528;;;;153; ;;;;;;;;;; ;772218..774050;;CDS;;195;195;;;611;195 comp;774246..774329;;cta;+;8;;8;;; comp;774338..774414;;atg;3 atg;38;;38;;; comp;774453..774527;;caa;4 caa;47;;47;;; comp;774575..774649;;caa;;17;;17;;; comp;774667..774743;;atg;;35;;35;;; comp;774779..774853;;caa;;47;;47;;; comp;774901..774975;;caa;;13;;13;;; comp;774989..775065;;atg;;235;235;;;; comp;775301..776392;;CDS;;3148;;;;364; ;;;;;;;;;; comp;779541..780557;;CDS;;104;104;;;339;104 comp;780662..780736;;caa;;-21;*-21;;;;*-21 comp;780716..781612;;CDS;;373301;;;;299; ;;;;;;;;;; comp;1154914..1155384;;CDS;;131;131;;;157;131 comp;1155516..1155592;;ccc;;226;226;;;; comp;1155819..1157162;;CDS;;67691;;;;448; ;;;;;;;;;; comp;1224854..1226290;;CDS;;301;301;;;479; comp;1226592..1226667;;aac;;2;;2;;; comp;1226670..1226744;;gga;;164;164;;;;164 comp;1226909..1227181;;CDS;;13604;;;;91; ;;;;;;;;;; comp;1240786..1241733;;CDS;;350;*350;;;316; comp;1242084..1242156;;aac;+;2;;2;;; comp;1242159..1242234;;aac;2 aac;49;49;;;;49 ;1242284..1242496;;CDS;;294;;;;71; ;;;;;;;;;; ;1242791..1244527;;CDS;;181;181;;;579;181 ;1244709..1244796;;tcc;;407;*407;;;; ;1245204..1246064;;CDS;;161293;;;;287; ;;;;;;;;;; comp;1407358..1408338;;CDS;;410;*410;;;327; comp;1408749..1408836;;tcc;;177;177;;;;177 comp;1409014..1409631;;CDS;;34595;;;;206; ;;;;;;;;;; ;1444227..1444688;;CDS;;146;146;;;154; ;1444835..1444922;;tcc;;127;127;;;;127 ;1445050..1446834;;CDS;;14349;;;;595; ;;;;;;;;;; comp;1461184..1462401;;CDS;;163;163;;;406;163 comp;1462565..1462640;;cac;;124;;124;;; comp;1462765..1462838;;aga;;240;240;;;; comp;1463079..1464389;;CDS;;61984;;;;437; ;;;;;;;;;; comp;1526374..1527606;;CDS;;151;151;;;411;151 comp;1527758..1527833;;cac;;123;;123;;; comp;1527957..1528033;;aga;;36;;36;;; comp;1528070..1528146;;cca;;203;203;;;; ;1528350..1529207;;CDS;;60230;;;;286; ;;;;;;;;;; ;1589438..1589644;;CDS;;138;138;;;69; comp;1589783..1589858;;aac;;132;132;;;;132 ;1589991..1592003;;CDS;;57434;;;;671; ;;;;;;;;;; ;1649438..1651867;;CDS;;104;104;;;*810;104 comp;1651972..1652048;;gtc;+;36;;36;;; comp;1652085..1652161;;gtc;5 gtc;26;;26;;; comp;1652188..1652264;;gtc;;15;;15;;; comp;1652280..1652356;;gtc;;11;;11;;; comp;1652368..1652444;;gtc;;170;170;;;; comp;1652615..1653994;;CDS;;277443;;;;460; ;;;;;;;;;; comp;1931438..1932934;;CDS;;145;145;;;499;145 comp;1933080..1933156;;atgf;+;110;;110;;; comp;1933267..1933343;;atgf;9 atgf;102;;102;;; comp;1933446..1933522;;atgf;@2;101;;101;;; comp;1933624..1933700;;atgf;;101;;101;;; comp;1933802..1933877;;atgf;;103;;103;;; comp;1933981..1934057;;atgf;;102;;102;;; comp;1934160..1934236;;atgf;;102;;102;;; comp;1934339..1934415;;atgf;;92;;92;;; comp;1934508..1934584;;atgf;;268;268;;;; comp;1934853..1935572;;CDS;;490897;;;;240; ;;;;;;;;;; comp;2426470..2427675;;CDS;;350;350;;;402; comp;2428026..2428112;;tta;;40;;40;;; comp;2428153..2428226;;tgc;;35;;35;;; comp;2428262..2428337;;ggc;;181;181;;;;181 comp;2428519..2429073;;CDS;;117921;;;;185; ;;;;;;;;;; comp;2546995..2547534;;CDS;;271;271;;;180;271 ;2547806..2547882;;ccc;;1103;*1103;;;; ;2548986..2550593;;CDS;;107760;;;;*536; ;;;;;;;;;; ;2658354..2659094;;CDS;;87;87;;;247;87 ;2659182..2659257;;acg;;108;108;;;; < comp;2659366..2659705;;CDS;;198821;;;;113; ;;;;;;;;;; comp;2858527..2859036;;CDS;;126;126;;;170; ;2859163..2859247;;tac;+;30;;30;;; ;2859278..2859362;;tac;2 tac;121;121;;;;121 comp;2859484..2863335;;CDS;;115303;;;;*1284; ;;;;;;;;;; ;2978639..2979358;;CDS;;119;119;;;240;119 comp;2979478..2979552;;gga;;104;;104;;; comp;2979657..2979730;;ggg;;201;201;;;; ;2979932..2981701;;CDS;;41492;;;;590; ;;;;;;;;;; ;3023194..3023487;;CDS;;75;75;;;98;75 comp;3023563..3023636;;tgc;;57;;57;;; comp;3023694..3023769;;ggc;;248;248;;;; ;3024018..3027455;;CDS;;17375;;;;*1146; ;;;;;;;;;; ;3044831..3045361;;CDS;;133;133;;;177;133 comp;3045495..3045584;;tcg;;380;*380;;;; ;3045965..3046882;;CDS;;221147;;;;306; ;;;;;;;;;; comp;3268030..3268398;;CDS;;318;318;;;123; comp;3268717..3268804;;tca;;198;198;;;;198 ;3269003..3269752;;CDS;;20717;;;;250; ;;;;;;;;;; ;3290470..3291624;;CDS;;50;50;;;385;50 ;3291675..3291751;;agg;;126;126;;;; comp;3291878..3292804;;CDS;;41865;;;;309; ;;;;;;;;;; ;3334670..3335758;;CDS;;230;230;;;363; ;3335989..3336073;;tac;+;32;;32;;; ;3336106..3336190;;tac;3 tac;45;;45;;; ;3336236..3336320;;tac;;135;135;;;;135 ;3336456..3336731;;CDS;;169091;;;;92; ;;;;;;;;;; comp;3505823..3506272;;CDS;;275;275;;;150;275 comp;3506548..3506662;;5s;;101;;;;; comp;3506764..3509682;;23s;;229;;;;; comp;3509912..3509987;;gaa;;218;;;;; comp;3510206..3511760;;16s;;592;*592;;;; ;3512353..3515220;;CDS;;161083;;;;*956; ;;;;;;;;;; comp;3676304..3677323;;CDS;;113;113;;;340; comp;3677437..3677521;;ttg;;49;49;;;;49 ;3677571..3678182;;CDS;;9862;;;;204; ;;;;;;;;;; ;3688045..3688872;;CDS;;369;*369;;;276; comp;3689242..3689318;;cgt;+;25;;25;;; comp;3689344..3689420;;cgt;5 cgt;25;;25;;; comp;3689446..3689522;;cgt;;26;;26;;; comp;3689549..3689625;;cgt;;98;;98;;; comp;3689724..3689800;;cgt;;4;;4;;; comp;3689805..3689897;;agc;;213;213;;;;213 comp;3690111..3690299;;CDS;;196546;;;;63; ;;;;;;;;;; ;3886846..3887601;;CDS;;302;302;;;252;302 comp;3887904..3887980;;gac;;98;;;;; comp;3888079..3888193;;5s;;105;;;;; comp;3888299..3891217;;23s;;231;;;;; comp;3891449..3891524;;gca;;10;;;10;; comp;3891535..3891611;;atc;;66;;;;; comp;3891678..3893232;;16s;;420;*420;;;; comp;3893653..3894195;;CDS;;18750;;;;181; ;;;;;;;;;; comp;3912946..3913317;;CDS;;60;60;;;124; comp;3913378..3913454;;tgg;;52;52;;;;52 comp;3913507..3914691;;CDS;@3;171;171;;;395;171 comp;3914863..3914937;;gga;;38;;38;;; comp;3914976..3915060;;tac;;263;263;;;; ;3915324..3916262;;CDS;;45900;;;;313; ;;;;;;;;;; comp;3962163..3963533;;CDS;;306;306;;;457; comp;3963840..3963916;;tgg;;202;202;;;;202 ;3964119..3964703;;CDS;;59641;;;;195; ;;;;;;;;;; comp;4024345..4026816;;CDS;;658;*658;;;*824; comp;4027475..4027551;;ccg;;140;140;;;;140 comp;4027692..4028417;;CDS;;80995;;;;242; ;;;;;;;;;; ;4109413..4111986;;CDS;;99;99;;;*858; comp;4112086..4112200;;5s;;101;;;;; comp;4112302..4115220;;23s;;231;;;;; comp;4115452..4115527;;gaa;;192;;;;; comp;4115720..4117273;;16s;;94;94;;;;94 comp;4117368..4117547;;CDS;;32227;;;;60; ;;;;;;;;;; comp;4149775..4150248;;CDS;;204;204;;;158;204 comp;4150453..4150529;;cca;;58;;58;;; comp;4150588..4150673;;ctg;;20;;20;;; comp;4150694..4150769;;cac;;49;;49;;; comp;4150819..4150895;;cgg;;258;258;;;; ;4151154..4151744;;CDS;;74862;;;;197; ;;;;;;;;;; ;4226607..4227725;;CDS;;428;*428;;;373; ;4228154..4229708;;16s;;192;;;;; ;4229901..4229976;;gaa;;229;;;;; ;4230206..4233124;;23s;;104;;;;; ;4233229..4233343;;5s;;106;;;;; ;4233450..4233525;;acc;;23;;;;; ;4233549..4233663;;5s;;164;164;;;;164 ;4233828..4234793;;CDS;;119351;;;;322; ;;;;;;;;;; comp;4354145..4355686;;CDS;;622;*622;;;*514; ;4356309..4357863;;16s;;268;;;;; ;4358132..4358207;;gaa;;230;;;;; ;4358438..4361364;;23s;;102;;;;; ;4361467..4361581;;5s;;106;;;;; ;4361688..4361763;;acc;;233;233;;;;233 ;4361997..4363241;;CDS;;71363;;;;415; ;;;;;;;;;; ;4434605..4435198;;CDS;;465;*465;;;198; ;4435664..4437217;;16s;;219;;;;; ;4437437..4437512;;gaa;;229;;;;; ;4437742..4440657;;23s;;103;;;;; ;4440761..4440875;;5s;;98;;;;; ;4440974..4441050;;gac;;167;167;;;;167 ;4441218..4442054;;CDS;;39919;;;;279; ;;;;;;;;;; comp;4481974..4482513;;CDS;;477;*477;;;180; ;4482991..4484545;;16s;;513;;;;; ;4485059..4485549;;23s°;;37;;;;; comp;4485587..4486115;;23s°;;229;;;;; comp;4486345..4486419;;gaa;;218;;;;; comp;4486638..4488193;;16s;;94;94;;;;94 comp;4488288..4488509;;CDS;;72132;;;;74; ;;;;;;;;;; comp;4560642..4561676;;CDS;;192;192;;;345; comp;4561869..4561944;;gta;+;18;;18;;; comp;4561963..4562038;;aaa;7 gta;34;;34;;; comp;4562073..4562148;;gta;5 aaa;18;;18;;; comp;4562167..4562242;;aaa;2 aag;23;;23;;; comp;4562266..4562341;;gta;;18;;18;;; comp;4562360..4562435;;aaa;;23;;23;;; comp;4562459..4562534;;gta;;18;;18;;; comp;4562553..4562628;;aaa;;34;;34;;; comp;4562663..4562738;;gta;;22;;22;;; comp;4562761..4562836;;aag;;46;;46;;; comp;4562883..4562958;;gta;;22;;22;;; comp;4562981..4563056;;aag;;46;;46;;; comp;4563103..4563178;;gta;;32;;32;;; comp;4563211..4563286;;aaa;;174;174;;;;174 comp;4563461..4564276;;CDS;;70895;;;;272; ;;;;;;;;;; comp;4635172..4636173;;CDS;;275;275;;;334;275 comp;4636449..4636525;;gac;;95;;;;; comp;4636621..4636735;;5s;;101;;;;; comp;4636837..4639756;;23s;;231;;;;; comp;4639988..4640063;;gca;;10;;;10;; comp;4640074..4640150;;atc;;66;;;;; comp;4640217..4641771;;16s;;512;*512;;;; ;4642284..4643480;;CDS;;3;;;;399; ;;;;;;;;;; comp;4643484..4644053;;CDS;;;;;;190; </pre> ====amed cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_cumuls|amed cumuls]] <pre> amed cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;0;-;1;1;40;1;100;14 ;16 gaa 23 5s ;6;20;15;;50;5;60;5;200;21 ;16 atc gca;3;40;27;;100;8;80;2;300;15 ;16 23 5s ;0;60;14;;150;19;100;3;400;18 ;max a;3;80;2;;200;17;120;4;500;11 ;a doubles;0;100;3;;250;13;140;7;600;6 ;spéciaux;1;120;8;;300;8;160;2;700;3 ;total aas;18;140;2;;350;6;180;8;800;0 sans ;opérons;38;160;0;;400;4;200;5;900;4 ;1 aa;16;180;0;;450;4;220;3;1000;1 ;max a;14;200;0;;500;3;240;2;1100;0 ;a doubles;12;;0;;;8;;6;;2 ;total aas;109;;71;0;;96;;48;;95 total aas;;127;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;49;;;;;156;; ;;;variance;34;;;;;77;; sans jaune;;;moyenne;;;;214;;;;274 ;;;variance;;;;122;;;;157 </pre> ====amed blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_blocs|amed blocs]] <pre> amed blocs;;;;; cds;512;cds;302;cds;275 16s;66;gac;98;gac;95 atc;10;5s;105;5s;101 gca;231;23s;231;23s;231 23s;98;gca;10;gca;10 5s;386;atc;66;atc;66 ;;16s;420;16s;512 ;;;;; cds;514;275;99;; 16s;268;101;101;; gaa;245;229;231;; 23s;104;218;192;; 5s;268;592;94;; ;;;;; cds;428;CDS;622;cds;465 16s;192;16s;268;16s;219 gaa;229;gaa;230;gaa;229 23s;104;23s;102;23s;103 5s;106;5s;106;5s;98 acc;23;acc;233;gac;167 5s;164;;;; </pre> ====amed distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_distribution|amed distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;9;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;3;tac;;tgc;;tac3+2;ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;2;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;aac2;atc;;acc;;aac;3;agc;1;aac2;atc;;acc;;aac;2;agc;;aac2;atc;;acc;2;aac;;agc; ctc;;ccc;2;cac;;cgt;;caa2+2;ctc;1;ccc;;cac;3;cgt;;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;atgf9;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;atgf9;gtc;5;gcc;5;gac;;ggc;6;atgf9;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;cgt5;tta;1;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;1;aaa;5;aga;2;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;;gaa;;gga;3;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;séquences;atgj;3;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;(atgj caa2)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total amed;;16;;;;;16;;amed;47;;;;;;47;;amed;46;;;;;;46;;amed;;;;5;;;5 </pre> ====amed autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_autres_intercalaires|amed autres intercalaires]] <pre> autres intercalaires;;amed;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7163;8359;516;*; ;;rRNA;8876;10415;72;*;1540 ;;tRNA;10488;10564;10;*;atc ;;tRNA;10575;10650;238;*;gca ;;rRNA;10889;13778;120;*;2890 ;;rRNA;13899;14013;386;*;115 fin;;CDS;14400;14717;;; deb;;CDS;45743;46576;187;*; ;;ncRNA;46764;47150;46;*; fin;;CDS;47197;48777;;0; deb;;CDS;117188;117850;47;*; ;;tRNA;117898;117973;52;*;ttc ;;tRNA;118026;118101;3;*;aca ;;tRNA;118105;118180;45;*;ttc ;;tRNA;118226;118301;252;*;aac fin;;CDS;118554;119573;;; deb;comp;CDS;170063;170329;103;*; ;comp;tRNA;170433;170518;71;*;ctg ;comp;tRNA;170590;170675;46;*;ctg ;comp;tRNA;170722;170807;46;*;ctg ;comp;tRNA;170854;170939;51;*;ctg ;comp;tRNA;170991;171076;116;*;ctg fin;comp;CDS;171193;172653;;; deb;;CDS;318836;320692;190;*; ;;tRNA;320883;320959;244;*;atgi fin;comp;CDS;321204;323780;;; deb;;CDS;386382;386732;518;*; ;;rRNA;387251;388796;274;*;1546 ;;tRNA;389071;389146;252;*;gaa ;;rRNA;389399;392290;126;*;2892 ;;rRNA;392417;392531;268;*;115 fin;comp;CDS;392800;394413;;0; deb;;CDS;476261;476482;64;*; ;comp;tRNA;476547;476622;5;*;aac ;comp;tRNA;476628;476703;881;*;ttc fin;comp;CDS;477585;478565;;; deb;;CDS;500269;500814;177;*; ;;tRNA;500992;501067;24;*;ggc ;;tRNA;501092;501167;29;*;ggc ;;tRNA;501197;501272;38;*;ggc ;;tRNA;501311;501386;25;*;ggc ;;tRNA;501412;501487;23;*;ggc ;;tRNA;501511;501586;363;*;ggc fin;comp;CDS;501950;502159;;; deb;;CDS;505552;507110;236;*; ;;tRNA;507347;507422;28;*;gcc ;;tRNA;507451;507526;66;*;gcc ;;tRNA;507593;507668;58;*;gcc ;;tRNA;507727;507802;40;*;gcc ;;tRNA;507843;507918;471;*;gcc ;;regulatory;508390;508473;148;*; fin;;CDS;508622;511627;;0; deb;;CDS;642476;642802;9;*; ;;tRNA;642812;642896;91;*;ctc ;;tRNA;642988;643064;166;*;atgf fin;;CDS;643231;643689;;; deb;;CDS;772218;774050;195;*; ;comp;tRNA;774246;774329;8;*;cta ;comp;tRNA;774338;774414;38;*;atgj ;comp;tRNA;774453;774527;47;*;caa ;comp;tRNA;774575;774649;17;*;caa ;comp;tRNA;774667;774743;35;*;atgj ;comp;tRNA;774779;774853;47;*;caa ;comp;tRNA;774901;774975;13;*;caa ;comp;tRNA;774989;775065;235;*;atgj fin;comp;CDS;775301;776392;;; deb;comp;CDS;779541;780488;173;*; ;comp;tRNA;780662;780736;-21;*;caa fin;comp;CDS;780716;781630;;; deb;comp;CDS;1154914;1155384;131;*; ;comp;tRNA;1155516;1155592;226;*;ccc fin;comp;CDS;1155819;1157162;;0; deb;comp;CDS;1224854;1226290;301;*; ;comp;tRNA;1226592;1226667;2;*;aac ;comp;tRNA;1226670;1226744;460;*;gga fin;comp;CDS;1227205;1228818;;; deb;comp;CDS;1240786;1241733;425;*; ;comp;tRNA;1242159;1242234;556;*;aac deb;;CDS;1242791;1244527;181;*; ;;tRNA;1244709;1244796;83;*;tcc fin;;CDS;1244880;1246145;;0; deb;comp;CDS;1407358;1408665;83;*; ;comp;tRNA;1408749;1408836;177;*;tcc fin;comp;CDS;1409014;1409631;;; deb;;CDS;1444233;1444688;146;*; ;;tRNA;1444835;1444922;127;*;tcc fin;;CDS;1445050;1446834;;; deb;comp;CDS;1461184;1462401;163;*; ;comp;tRNA;1462565;1462640;438;*;cac fin;comp;CDS;1463079;1464389;;; deb;comp;CDS;1526374;1527606;151;*; ;comp;tRNA;1527758;1527833;123;*;cac ;comp;tRNA;1527957;1528033;36;*;aga ;comp;tRNA;1528070;1528146;203;*;cca fin;;CDS;1528350;1529207;;0; deb;comp;CDS;1587325;1589010;772;*; ;comp;tRNA;1589783;1589858;132;*;aac fin;;CDS;1589991;1592003;;; deb;;CDS;1649438;1651867;104;*; ;comp;tRNA;1651972;1652048;36;*;gtc ;comp;tRNA;1652085;1652161;26;*;gtc ;comp;tRNA;1652188;1652264;15;*;gtc ;comp;tRNA;1652280;1652356;11;*;gtc ;comp;tRNA;1652368;1652444;170;*;gtc fin;comp;CDS;1652615;1653994;;; deb;comp;CDS;1734629;1735525;28;*; ;comp;misc_f;1735554;1735678;185;*; fin;;CDS;1735864;1736109;;; deb;comp;CDS;1931438;1932934;145;*; ;comp;tRNA;1933080;1933156;110;*;atgf ;comp;tRNA;1933267;1933343;102;*;atgf ;comp;tRNA;1933446;1933522;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933624;1933700;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933802;1933877;103;*;atgf ;comp;tRNA;1933981;1934057;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934160;1934236;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934339;1934415;92;*;atgf ;comp;tRNA;1934508;1934584;268;*;atgf fin;comp;CDS;1934853;1935572;;; deb;;CDS;1977322;1978332;353;*; ;comp;ncRNA;1978686;1978779;94;*; fin;;CDS;1978874;1979143;;0; deb;comp;CDS;1980394;1981206;97;*; ;comp;ncRNA;1981304;1981397;269;*; fin;;CDS;1981667;1981849;;0; deb;comp;CDS;1997119;1998258;85;*; ;comp;ncRNA;1998344;1998440;102;*; fin;comp;CDS;1998543;1999331;;; deb;;CDS;2154455;2154631;277;*; ;;ncRNA;2154909;2155037;-9;*; fin;comp;CDS;2155029;2155319;;0; deb;;CDS;2234810;2235142;16;*; ;;ncRNA;2235159;2235341;133;*; fin;comp;CDS;2235475;2236674;;; deb;comp;CDS;2426470;2427675;350;*; ;comp;tRNA;2428026;2428112;40;*;tta ;comp;tRNA;2428153;2428226;35;*;tgc ;comp;tRNA;2428262;2428337;181;*;ggc fin;comp;CDS;2428519;2429073;;; deb;comp;CDS;2546995;2547534;271;*; ;;tRNA;2547806;2547882;259;*;ccc fin;;CDS;2548142;2548282;;; deb;;CDS;2658354;2659094;87;*; ;;tRNA;2659182;2659257;114;*;acg fin;;CDS;2659372;2659665;;0; deb;comp;CDS;2827175;2828170;-13;*; ;comp;regulatory;2828158;2828297;79;*; fin;;CDS;2828377;2830089;;; deb;comp;CDS;2858527;2859036;126;*; ;;tRNA;2859163;2859247;30;*;tac ;;tRNA;2859278;2859362;121;*;tac fin;comp;CDS;2859484;2863335;;; deb;;CDS;2953473;2953961;121;*; ;;tmRNA;2954083;2954442;177;*; fin;;CDS;2954620;2955903;;; deb;;CDS;2978639;2979358;119;*; ;comp;tRNA;2979478;2979552;104;*;gga ;comp;tRNA;2979657;2979730;201;*;ggg fin;;CDS;2979932;2981701;;; deb;;CDS;3023194;3023487;75;*; ;comp;tRNA;3023563;3023636;57;*;tgc ;comp;tRNA;3023694;3023769;248;*;ggc fin;;CDS;3024018;3027455;;0; deb;;CDS;3044891;3045361;133;*; ;comp;tRNA;3045495;3045584;380;*;tcg fin;;CDS;3045965;3046882;;; deb;comp;CDS;3052964;3053617;105;*; ;comp;regulatory;3053723;3053869;209;*; fin;;CDS;3054079;3054915;;0; deb;comp;CDS;3093394;3094776;249;*; ;comp;regulatory;3095026;3095141;508;*; fin;;CDS;3095650;3096798;;0; deb;comp;CDS;3268030;3268398;318;*; ;comp;tRNA;3268717;3268804;198;*;tca fin;;CDS;3269003;3269752;;0; deb;comp;CDS;3286866;3287465;164;*; ;;misc_f;3287630;3287752;38;*; fin;;CDS;3287791;3288963;;0; deb;;CDS;3290470;3291624;50;*; ;;tRNA;3291675;3291751;126;*;agg fin;comp;CDS;3291878;3292798;;0; deb;;CDS;3334670;3335758;230;*; ;;tRNA;3335989;3336073;32;*;tac ;;tRNA;3336106;3336190;45;*;tac ;;tRNA;3336236;3336320;135;*;tac fin;;CDS;3336456;3336731;;; deb;comp;CDS;3382564;3385161;111;*; ;comp;regulatory;3385273;3385359;203;*; fin;comp;CDS;3385563;3389024;;; deb;comp;CDS;3497173;3497463;91;*; ;;regulatory;3497555;3497645;99;*; fin;;CDS;3497745;3498725;;; deb;comp;CDS;3505823;3506272;275;*; ;comp;rRNA;3506548;3506662;123;*;115 ;comp;rRNA;3506786;3509675;236;*;2890 ;comp;tRNA;3509912;3509987;224;*;gaa ;comp;rRNA;3510212;3511756;596;*;1545 fin;;CDS;3512353;3515220;;; deb;comp;CDS;3676304;3677323;113;*; ;comp;tRNA;3677437;3677521;142;*;ttg fin;;CDS;3677664;3678182;;0; deb;;CDS;3688045;3688872;369;*; ;comp;tRNA;3689242;3689318;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689344;3689420;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689446;3689522;26;*;cgt ;comp;tRNA;3689549;3689625;98;*;cgt ;comp;tRNA;3689724;3689800;4;*;cgt ;comp;tRNA;3689805;3689897;213;*;agc fin;comp;CDS;3690111;3690299;;; deb;;CDS;3886846;3887601;302;*; ;comp;tRNA;3887904;3887980;98;*;gac ;comp;rRNA;3888079;3888193;127;*;115 ;comp;rRNA;3888321;3891210;238;*;2890 ;comp;tRNA;3891449;3891524;10;*;gca ;comp;tRNA;3891535;3891611;72;*;atc ;comp;rRNA;3891684;3893228;424;*;1545 fin;comp;CDS;3893653;3894195;;; deb;comp;CDS;3912946;3913317;60;*; ;comp;tRNA;3913378;3913454;52;*;tgg deb;comp;CDS;3913507;3914691;171;*; ;comp;tRNA;3914863;3914937;38;*;gga ;comp;tRNA;3914976;3915060;263;*;tac fin;;CDS;3915324;3916262;;0; deb;comp;CDS;3962163;3963533;306;*; ;comp;tRNA;3963840;3963916;202;*;tgg fin;;CDS;3964119;3964703;;; deb;comp;CDS;4024345;4026816;658;*; ;comp;tRNA;4027475;4027551;140;*;ccg fin;comp;CDS;4027692;4028417;;; deb;;CDS;4109413;4111986;99;*; ;comp;rRNA;4112086;4112200;123;*;115 ;comp;rRNA;4112324;4115213;238;*;2890 ;comp;tRNA;4115452;4115527;198;*;gaa ;comp;rRNA;4115726;4117269;627;*;1544 fin;;CDS;4117897;4118388;;0; deb;comp;CDS;4119290;4121155;51;*; ;comp;regulatory;4121207;4121385;207;*; fin;;CDS;4121593;4122102;;; deb;comp;CDS;4149775;4150278;174;*; ;comp;tRNA;4150453;4150529;58;*;cca ;comp;tRNA;4150588;4150673;20;*;ctg ;comp;tRNA;4150694;4150769;49;*;cac ;comp;tRNA;4150819;4150895;258;*;cgg fin;;CDS;4151154;4151744;;; deb;;CDS;4226547;4227725;432;*; ;;rRNA;4228158;4229702;198;*;1545 ;;tRNA;4229901;4229976;236;*;gaa ;;rRNA;4230213;4233102;126;*;2890 ;;rRNA;4233229;4233343;106;*;115 ;;tRNA;4233450;4233525;23;*;acc ;;rRNA;4233549;4233663;164;*;115 fin;;CDS;4233828;4234793;;; deb;comp;CDS;4354145;4355686;626;*; ;;rRNA;4356313;4357857;274;*;1545 ;;tRNA;4358132;4358207;237;*;gaa ;;rRNA;4358445;4361342;124;*;2898 ;;rRNA;4361467;4361581;106;*;115 ;;tRNA;4361688;4361763;233;*;acc fin;;CDS;4361997;4363241;;; deb;;CDS;4434674;4435198;469;*; ;;rRNA;4435668;4437211;225;*;1544 ;;tRNA;4437437;4437512;236;*;gaa ;;rRNA;4437749;4440638;122;*;2890 ;;rRNA;4440761;4440875;98;*;115 ;;tRNA;4440974;4441050;167;*;gac fin;;CDS;4441218;4442054;;0; deb;comp;CDS;4481974;4482513;481;*; ;;rRNA;4482995;4484539;547;*;1545 ;;misc_f;4485087;4486108;236;*; ;comp;tRNA;4486345;4486419;224;*;gaa ;comp;rRNA;4486644;4488189;559;*;1546 fin;comp;CDS;4488749;4489795;;; deb;comp;CDS;4560642;4561715;153;*; ;comp;tRNA;4561869;4561944;18;*;gta ;comp;tRNA;4561963;4562038;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562073;4562148;18;*;gta ;comp;tRNA;4562167;4562242;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562266;4562341;18;*;gta ;comp;tRNA;4562360;4562435;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562459;4562534;18;*;gta ;comp;tRNA;4562553;4562628;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562663;4562738;22;*;gta ;comp;tRNA;4562761;4562836;46;*;aag ;comp;tRNA;4562883;4562958;22;*;gta ;comp;tRNA;4562981;4563056;46;*;aag ;comp;tRNA;4563103;4563178;32;*;gta ;comp;tRNA;4563211;4563286;174;*;aaa fin;comp;CDS;4563461;4564267;;; deb;;CDS;4626091;4627785;262;*; ;;regulatory;4628048;4628133;65;*; fin;;CDS;4628199;4629623;;; deb;comp;CDS;4635172;4636104;344;*; ;comp;tRNA;4636449;4636525;95;*;gac ;comp;rRNA;4636621;4636735;120;*;115 ;comp;rRNA;4636856;4639749;238;*;2894 ;comp;tRNA;4639988;4640063;10;*;gca ;comp;tRNA;4640074;4640150;72;*;atc ;comp;rRNA;4640223;4641767;516;*;1545 fin;;CDS;4642284;4643480;;0; deb;comp;CDS;4698779;4700680;360;*; ;comp;regulatory;4701041;4701154;88;*; fin;;CDS;4701243;4702160;;; </pre> ====amed données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_données_intercalaires|amed données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;amed;fx;fc;amed;fx40;fc40;amed;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;2;12;0;2;12;-1;0;91;47;244;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;1;10;38;225;1;2;26;-2;1;0;252;64;518;516;;52;;ttc;40;;tta ;0;20;20;167;2;0;41;-3;0;0;103;363;424;596;;3;;aca;35;;tgc ;0;30;23;110;3;4;34;-4;8;212;116;195;432;627;;45;;ttc;**;;ggc ;0;40;34;92;4;9;18;-5;0;0;190;556;469;626;;**;;aac;30;;tac ;2;50;43;75;5;0;12;-6;1;0;881;203;599;481;;71;;ctg;**;;tac ;2;60;76;92;6;6;6;-7;0;10;177;132;;516;;46;;ctg;104;;gga 1;0;70;90;111;7;4;12;-8;3;47;236;104;23s 5s;;;46;;ctg;**;;ggg 1;0;80;100;99;8;6;17;-9;1;0;9;271;2* 120;;;51;;ctg;57;;tgc ;3;90;59;120;9;3;34;-10;0;2;166;126;2* 126;;;**;;ctg;**;;ggc ;0;100;54;90;10;4;25;-11;2;31;235;121;2* 123;;;5;;aac;32;;tac 1;1;110;58;112;11;1;21;-12;0;0;173;119;127;;;**;;ttc;45;;tac 1;3;120;50;96;12;3;18;-13;2;6;-21;201;124;;;24;;ggc;**;;tac 3;1;130;35;81;13;2;20;-14;1;7;131;75;122;;;29;;ggc;25;;cgt 2;3;140;30;74;14;2;22;-15;1;0;226;248;5s CDS;;;38;;ggc;25;;cgt 1;2;150;25;72;15;1;14;-16;0;8;301;133;386;268;;25;;ggc;26;;cgt ;2;160;33;70;16;3;13;-17;0;4;460;380;275;99;;23;;ggc;98;;cgt ;4;170;29;32;17;2;20;-18;1;0;425;198;164;;;**;;ggc;4;;cgt ;6;180;35;50;18;1;17;-19;1;1;181;126;16s tRNA;;;28;;gcc;**;;agc ;3;190;25;44;19;2;6;-20;1;7;83;142;3* 72;;atc;66;;gcc;38;;gga 2;0;200;37;53;20;3;16;-21;1;0;83;369;2* 274;;gaa;58;;gcc;**;;tac 3;0;210;39;48;21;3;11;-22;2;1;177;302;2* 198;;gaa;40;;gcc;58;;cca ;1;220;25;34;22;0;8;-23;0;1;146;263;224;;gaa;**;;gcc;20;;ctg ;2;230;30;26;23;1;16;-24;0;0;127;202;225;;gaa;91;;ctc;49;;cac ;3;240;26;30;24;3;10;-25;1;2;163;258;tRNA 23s;;;**;;atgf;**;;cgg 2;0;250;20;26;25;3;13;-26;0;1;438;;3* 238;;gca;8;;cta;18;;gta 1;2;260;21;25;26;1;7;-27;0;0;151;;252;;gaa;38;;atgj;34;;aaa 1;1;270;22;36;27;4;10;-28;0;0;772;;3* 236;;gaa;47;;caa;18;;gta 1;0;280;25;28;28;2;11;-29;1;1;170;;237;;gaa;17;;caa;23;;aaa ;0;290;13;24;29;2;15;-30;0;0;145;;238;;gaa;35;;atgj;18;;gta ;0;300;8;14;30;4;9;-31;0;1;268;;5s tRNA;;;47;;caa;23;;aaa 1;2;310;19;17;31;3;9;-32;0;0;350;;98;;gac;13;;caa;18;;gta ;1;320;12;14;32;3;11;-33;2;0;181;;2* 106;;acc;**;;atgj;34;;aaa ;0;330;8;15;33;4;11;-34;0;2;259;;98;;gac;2;;aac;22;;gta ;0;340;9;8;34;1;9;-35;2;2;87;;95;;gac;**;;gga;46;;aag ;2;350;13;13;35;1;12;-36;1;0;114;;tRNA 5s;;;123;;cac;22;;gta ;0;360;15;8;36;1;5;-37;0;0;318;;23;;acc;36;;aga;46;;aag 2;0;370;7;5;37;5;4;-38;1;0;50;;tRNA tRNA;;intra;**;;cca;32;;gta 1;0;380;8;7;38;7;13;-39;0;0;230;;3* 10;;atc;36;;gtc;**;;aaa ;0;390;7;9;39;7;10;-40;0;0;135;;**;;gca;26;;gtc;;; ;0;400;10;9;40;2;8;-41;0;0;113;;;;;15;;gtc;;; 1;6;reste;110;109;reste;1226;1776;-42;0;0;213;;;;;11;;gtc;;; 25;54;total;1343;2382;total;1343;2382;-43;0;0;60;;;;;**;;gtc;;; 24;47;diagr;1231;2261;diagr;115;594;-44;0;1;52;;;;;110;;atgf;;; 0;1;t30;81;502;;;;-45;0;0;171;;;;;102;;atgf;;; ;;;;;;;;-46;3;0;306;;;;;101;;atgf;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;658;;;;;101;;atgf;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;140;;;;;103;;atgf;;; ;x;1341;42;2;1385;;;-49;0;0;174;;;;;102;;atgf;;; ;c;2370;444;12;2826;;;-50;1;0;233;;;;;102;;atgf;;; ;;;;;4211;239;;reste;4;6;167;;;;;92;;atgf;;; ;;;;;;4450;;total;42;444;153;;;;;**;;atgf;;; ;;;;;;;;;;;174;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;344;;;;;;;;;; </pre> ===gamma synthèse=== ====gamma distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_génome|gamma distribution par génome]] <pre> gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total spl;46;8;;;;6;79;3;142 vpb;60;11;;;;21;22;12;126 vha;51;14;;;;26;19;11;121 amed;47;16;;;;13;46;5;127 eal;25;23;;;;10;23;4;85 eco;20;23;;;;10;29;4;86 ecoN;20;34;;;;17;44;6;121 ;;;;;;;;; total;269;129;0;0;0;103;262;45;808 </pre> ====gamma distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_du_total|gamma distribution du total]] <pre> gama7;;;;;;;660;;gamma7;;;;;;;148 atgi;11;tct;;tat;;atgf;48;;atgi;;tct;;tat;;atgf;0 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;23;acc;9;aac;;agc; ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;2;gac;23;ggc; tta;14;tca;12;taa;;tga;4;;tta;;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;8;aga; cta;24;cca;14;caa;23;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;34;gca;;gaa;17;gga;14;;gta;8;gca;29;gaa;34;gga; ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8 atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;531;129;0;0;0;0;660;;1-3aas;;;;45;;103;148 </pre> ====gamma distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_type|gamma distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> gama7;;;;;;;660;;gama7;;;;;;;129;;gama7;;;;;;;269;;gama7;;;;;;;262;;gama7;;;;;;;45 atgi;11;tct;0;tat;0;atgf;48;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;18;;atgi;;tct;;tat;;atgf;24;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;7;tcc;14;tac;;tgc;1;;ttc;14;tcc;;tac;6;tgc;15;;ttc;;tcc;;tac;24;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;1;acc;1;aac;14;agc;;;atc;;acc;5;aac;11;agc;11;;atc;2;acc;;aac;9;agc;;;atc;;acc;9;aac;;agc; ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;5;ccc;6;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;38;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;17;;gtc;19;gcc;14;gac;4;ggc;29;;gtc;;gcc;;gac;23;ggc; tta;14;tca;12;taa;0;tga;4;;tta;;tca;10;taa;;tga;4;;tta;14;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;4;taa;;tga; ata;0;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;6;;ata;;aca;19;aaa;15;aga;4;;ata;;aca;;aaa;18;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;24;cca;14;caa;23;cga;0;;cta;;cca;2;caa;1;cga;;;cta;18;cca;10;caa;12;cga;;;cta;6;cca;2;caa;10;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;34;gca;0;gaa;17;gga;14;;gta;;gca;;gaa;4;gga;4;;gta;13;gca;;gaa;;gga;10;;gta;21;gca;;gaa;13;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga; ttg;7;tcg;4;tag;0;tgg;4;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8 atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;4;aag;;agg;7;;atgj;19;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;4;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;;cag;;cgg;7;;ctg;17;ccg;;cag;6;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;45;;; </pre> ====gamma par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_par_rapport_au_groupe_de_référence|gamma par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;37;18;39;;;2;96; 16;moyen;51;104;31;;21;52;259; 14;fort;41;147;192;;24;49;453; ; ;129;269;262;;45;103;808; 10;g+cga;15;3;6;;;;24; 2;agg+cgg;7;7;;;;;14; 4;carre ccc;11;8;33;;;2;54; 5;autres;4;;;;;;4; ;;37;18;39;;;2;96; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;gama ‰;ref. ‰ 21;faible;46;22;48;;;2;119;26 16;moyen;63;129;38;;26;64;321;324 14;fort;51;182;238;;30;61;561;650 ;;160;333;324;;56;127;808;729 10;g+cga;19;4;7;;;;30;10 2;agg+cgg;9;9;;;;;17; 4;carre ccc;14;10;41;;;2;67;16 5;autres;5;;;;;;5; ;;46;22;48;;;2;119; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;56;27;59;142;26;29;7;15 16;moyen;77;158;47;282;324;40;39;12 14;fort;62;223;291;576;650;32;55;73 ;;195;408;397;660;729;129;269;262 10;g+cga;23;5;9;36;10;41;;15 2;agg+cgg;11;11;;21;;19;; 4;carre ccc;17;12;50;79;16;30;;85 5;autres;6;;;6;;11;; ;;56;27;59;142;;37;;39 </pre> ====gamma, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma,_estimation_des_-rRNAs|gamma, estimation des -rRNAs]] <pre> gamma;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 144 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;144;1536; ; ;;indices;;;;144;1067;0;0;;gama7;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;660 atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;48 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18 atc;373;acc;57;aac;;agc;3;;atc;259;acc;40;aac;;agc;2;;atc;3;acc;6;aac;34;agc;11 ctc;;ccc;;cac;10;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;7;cgt;;;ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40 gtc;;gcc;3;gac;151;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;105;ggc;;;gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46 tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;14;tca;12;taa;;tga;4 ata;;aca;;aaa;13;aga;;;ata;;aca;;aaa;9;aga;;;ata;;aca;19;aaa;33;aga;10 cta;;cca;14;caa;;cga;;;cta;;cca;10;caa;;cga;;;cta;24;cca;14;caa;23;cga; gta;14;gca;378;gaa;423;gga;;;gta;10;gca;263;gaa;294;gga;;;gta;34;gca;;gaa;17;gga;14 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;73;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;51;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4 atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7 ctg;;ccg;;cag;;cgg;11;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;4 ;;900;;622;;14;1536;;;;625;;432;;10;1067;;;;186;;380;;94;660 27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;86713;1.5;0;;avec +16s;;;;1183;86713;1.5;0;;gama7;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;290;;atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;292;;atgi;157;tct;;tat;;atgf;686 att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;173;tcc;152;tac;226;tgc;114;;ttc;175;tcc;152;tac;227;tgc;114;;ttc;300;tcc;200;tac;429;tgc;257 atc;26;acc;115;aac;311;agc;104;;atc;285;acc;155;aac;311;agc;106;;atc;43;acc;86;aac;486;agc;157 ctc;102;ccc;86;cac;108;cgt;298;;ctc;102;ccc;86;cac;115;cgt;298;;ctc;129;ccc;86;cac;171;cgt;571 gtc;173;gcc;165;gac;184;ggc;351;;gtc;173;gcc;167;gac;289;ggc;351;;gtc;300;gcc;229;gac;100;ggc;657 tta;119;tca;138;taa;1.0;tga;64;;tta;120;tca;140;taa;1.0;tga;64;;tta;200;tca;171;taa;;tga;57 ata;0.8;aca;141;aaa;368;aga;151;;ata;0.8;aca;141;aaa;377;aga;151;;ata;;aca;271;aaa;471;aga;143 cta;128;cca;131;caa;189;cga;13;;cta;128;cca;141;caa;189;cga;13;;cta;343;cca;200;caa;329;cga; gta;311;gca;21;gaa;30;gga;114;;gta;321;gca;283;gaa;324;gga;114;;gta;486;gca;;gaa;243;gga;200 ttg;102;tcg;83;tag;2.7;tgg;62;;ttg;103;tcg;83;tag;2.7;tgg;113;;ttg;100;tcg;57;tag;;tgg;57 atgj;169;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;170;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;271;acg;57;aag;29;agg;100 ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;92;;ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;100;;ctg;300;ccg;57;cag;86;cgg;100 gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;57 ;;1892;;3118;;1244;6254;;;;2517;;3550;;1254;7321;;;;2657;;5429;;1343;9429 rapports;;75;;88;;99;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;gama7;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;99;;fiches;57.882;;;fréquences;;;;;atgi;17;tct;100;tat;100;atgf;58 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;8335;;;0/0;;;;;att;100;act;100;aat;100;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;1401;;;10;7;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;144;;;20;7;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt;100 ttc;99;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;42;tcc;24;tac;47;tgc;56 atc;9;acc;74;aac;100;agc;98;;gama7;94.2857142857143;;;40;8;;;;atc;39;acc;26;aac;36;agc;34 ctc;100;ccc;100;cac;94;cgt;100;;sans;660;;;50;10;38;;;ctc;21;ccc;0;cac;37;cgt;48 gtc;100;gcc;99;gac;64;ggc;100;;avec;148;;;60;2;;;;gtc;42;gcc;28;gac;46;ggc;47 tta;99;tca;99;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;1;;;;tta;40;tca;20;taa;100;tga;11 ata;100;aca;100;aaa;98;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;48;aaa;22;aga;5 cta;100;cca;93;caa;100;cga;100;;L’estimation par gama7;;;;90;1;;;;cta;63;cca;34;caa;42;cga;100 gta;97;gca;7;gaa;9;gga;100;;est 62% au dessus;;;;100;6;;;;gta;36;gca;100;gaa;88;gga;43 ttg;99;tcg;100;tag;100;tgg;55;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;31;tag;100;tgg;8 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;38;acg;20;aag;16;agg;9 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;92;;;;;;;;;;;ctg;16;ccg;8;cag;16;cgg;8 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;21 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;425;;656;;229;1310 </pre> ==alpha== ===rtb=== ====rtb opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_opérons|rtb opérons]] <pre> 29.0%GC;31.12.19 Paris;16s 1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rickettsia typhi str. B9991CWPP ;;;;;;;;;;;; comp;7429..8469;;cds;;381;381;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;* comp;8851..8926;;ttc;;368;368;;;;;;* ;9295..10278;;cds;;;;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;* ;;;;;;;;;;;;* ;14663..18055;;cds;;108;108;;;1131;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;18164..18238;;gaa;;1394;*1394;;;;;;* comp;19633..20106;;cds;;;;;;158;;crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;48065..48709;;cds;;278;278;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;* comp;48988..49064;;atgf;;110;110;;;;;;* comp;49175..49411;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;* ;;;;;;;;;;;;* comp;73627..73929;;cds;;17;17;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;* comp;73947..74021;;acc;;139;139;;;;;;* comp;74161..75417;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* ;155064..157163;;cds;;143;143;;;700;;elongation factor G;* ;157307..157382;;tgg;;167;167;;;;;;* ;157550..157750;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* ;189197..189400;;cds;;889;*889;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;* comp;190290..190365;;acg;;142;142;;;;;;* comp;190508..192814;;cds;;;;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;* ;;;;;;;;;;;;* ;255010..255921;;cds;;732;*732;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;* ;256654..259439;;23s;;206;;;;2786;;;* ;259646..259760;;5s;;173;173;;;115;;;* comp;259934..261007;;cds;;;;;;358;;cell division protein ZapE;* ;;;;;;;;;;;;* ;291358..291843;;cds;;35;35;;;162;;30S ribosomal protein S9;* ;291879..291955;;atgj;;1364;*1364;;;;;;* comp;293320..293805;;cds;;;;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;335194..336996;;cds;;402;402;;;601;;elongation factor 4;* ;337399..337473;;aac;;633;*633;;;;;;* comp;338107..338793;;cds;;;;;;229;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;440466..440933;;cds;;496;496;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;* ;441430..441504;;tgc;;31;31;;;;;;* ;441536..442456;;cds;;;;;;307;;site-specific tyrosine recombinase XerD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;469056..469781;;cds;;218;218;;;242;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;* ;470000..470075;;aaa;;15;;15;;;;;* ;470091..470167;;atc;;1922;*1922;;;;;;* ;472090..472662;;cds;;;;;;191;;GTP cyclohydrolase I FolE;* ;;;;;;;;;;;;* comp;564534..565562;;cds;;1530;*1530;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;* comp;567093..567180;;tcc;;218;218;;;;;;* comp;567399..568145;;cds;;;;;;249;;NTP transferase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;583250..584149;;cds;;1278;*1278;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;* comp;585428..585518;;tca;;58;58;;;;;;* comp;585577..586569;;cds;;;;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;;* ;598723..599706;;cds;;26;26;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;* ;599733..599809;;cgg;;60;;60;;;;;* comp;599870..599944;;caa;;62;62;;;;;;* comp;600007..601779;;cds;;;;;;591;;aminopeptidase P family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;644357..644745;;cds;;499;499;;;130;;p-ribosome-associated translation inhibitor RaiA;* ;645245..645321;;gac;@1;1051;;1051;;;;;* comp;646373..646448;;gcc;;222;222;;;;;;* comp;646671..647276;;cds;;;;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;* ;;;;;;;;;;;;* comp;649389..650048;;cds;;452;452;;;220;;(d)CMP kinase;* ;650501..650577;;gtc;;1274;*1274;;;;;;* comp;651852..652094;;cds;;;;;;81;;HU family DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;696163..697398;;cds;;1535;*1535;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;* ;698934..699010;;cgt;;1028;*1028;;;;;;* ;700039..705720;;cds;;;;;;1894;;alpha-2-macroglobulin family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;727560..728087;;cds;;1164;*1164;;;176;;copper chaperone Pcu(A)C;* comp;729252..729326;;gca;;32;32;;;;;;* comp;729359..729574;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;739215..740075;;cds;;181;181;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;* ;740257..740343;;ctc;;246;246;;;;;;* ;740590..741960;;cds;;1199;*1199;;;457;;magnesium transporter;* ;743160..743234;;ggc;;1090;*1090;;;;;;* ;744325..744753;;cds;;;;;;143;;preprotein translocase subunit YajC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;775944..777866;;cds;;2465;*2465;;;641;;hp;* comp;780332..781831;;16s;;1854;*1854;;;1500;;;* comp;783686..785485;;cds;;;;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;814590..814823;;cds;;349;349;;;78;;hp;* comp;815173..815248;;gta;;68;68;;;;;;* comp;815317..815589;;cds;;;;;;91;;30S ribosomal protein S20;* ;;;;;;;;;;;;* comp;829300..830484;;cds;;82;82;;;395;;elongation factor Tu;* comp;830567..830640;;gga;;95;;95;;;;;* comp;830736..830821;;tac;;183;183;;;;;;* ;831005..831733;;cds;;;;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* ;839841..839969;;cds;;145;145;;;43;;dimethyladenosine transferase;* ;840115..840200;;tta;;2009;*2009;;;;;;* ;842210..842446;;cds;;;;;;79;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;876906..877589;;cds;;401;401;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;* ;877991..878067;;cac;;145;145;;;;;;* ;878213..879943;;cds;;;;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;918938..919882;;cds;;951;*951;;;315;;ACP S-malonyltransferase;* ;920834..920925;;agc;;1945;*1945;;;;;;* comp;922871..924049;;cds;;;;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;961209..962297;;cds;;41;41;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;* comp;962339..962415;;atgi;;390;390;;;;;;* comp;962806..963273;;cds;;;;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* ;;;;;;;;;;;;* ;1023375..1023626;;cds;;1585;*1585;;;84;;BolA family transcriptional regulator;* ;1025212..1025288;;cca;;17;17;;;;;;* ;1025306..1025521;;cds;;;;;;72;;translation initiation factor IF-1;* ;;;;;;;;;;;;* ;1053321..1054139;;cds;;2191;*2191;;;273;;alpha/beta hydrolase;* comp;1056331..1056407;;aga;;98;98;;;;;;* ;1056506..1056823;;cds;;;;;;106;;DUF167 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1098776..1099240;;cds;;40;40;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;* comp;1099281..1099365;;cta;;145;145;;;;;;* comp;1099511..1100662;;cds;;;;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1102351..1102980;;cds;;475;475;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* comp;1103456..1103530;;aca;;130;130;;;;;;* comp;1103661..1103996;;cds;;;;;;112;;30S ribosomal protein S16;* </pre> ====rtb cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_cumuls|rtb cumuls]] <pre> rtb cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;11;30;0 ;23s5s;1;20;1;;50;8;40;;200;13;60;1 ;16s;1;40;;;100;5;80;;300;12;90;9 ;16s23s;0;60;1;;150;9;120;;400;13;120;4 ;max a;0;80;;;200;4;160;;500;3;150;2 ;a doubles;0;100;1;;250;4;200;;600;3;180;7 ;spéciaux;0;120;;;300;1;240;;700;3;210;3 ;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;4 sans ;opérons;29;160;;;400;3;320;;900;0;270;3 ;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;3 ;max a;2;200;;;500;4;400;;1100;0;330;5 ;a doubles;0;;1;;;21;;;;2;;20 ;total aas;33;;4;0;;62;;0;;61;;61 total aas;;33;;;;21;1430;;;;;; remarques;;1;;;;;491;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;612;;;;310;; ;;;variance;;;;665;;;;291;; sans jaune;;;moyenne;57;;;193;;;;269;;176 ;;;variance;40;;;148;;;;176;;86 </pre> ====rtb blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_blocs|rtb blocs]] ====rtb distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_distribution|rtb distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rtb;;25;;;;;25;;rtb;8;;;;;;8 </pre> ====rtb données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_données_intercalaires|rtb données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;rtb;fx;fc;rtb;fx40;fc40;rtb;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;4;0;1;4;-1;0;10;381;368;tRNA tRNA;; ;0;10;2;64;1;0;10;-2;1;0;108;1394;15;;aaa ;2;20;3;37;2;0;7;-3;0;0;278;411;**;;atc ;1;30;1;17;3;0;8;-4;0;33;110;633;60;;cgg ;4;40;2;13;4;0;13;-5;0;0;17;496;**;;caa ;1;50;3;7;5;2;2;-6;0;0;139;218;1051;;gac ;1;60;4;9;6;0;5;-7;0;2;143;1278;**;;gcc ;2;70;6;16;7;0;3;-8;0;16;167;499;95;;gga ;0;80;12;9;8;0;7;-9;0;0;142;452;**;;tac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reste;66;100;reste;176;371;-42;0;0;130;;;; 16;42;total;186;505;total;185;506;-43;0;0;CDS 16s;;;; 4;30;diagr;118;402;diagr;8;131;-44;0;0;1854;;;; 0;3; t30;6;118;;;;-45;0;0;16s CDS;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;2466;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;CDS 23s;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;736;;;; ;x;185;4;1;190;;;-49;0;0;23s 5s;;;; ;c;501;98;4;603;;;-50;1;0;228;;;; ;;;;;793;75;;reste;0;0;5s CDS;;;; ;;;;;;868;;total;4;98;;173;;; </pre> =====rtb autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires_aas|rtb autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;rtb;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7429;8469;381;*; ;comp;tRNA;8851;8926;368;*;ttc fin;;CDS;9295;10278;;; deb;;CDS;14663;18055;108;*; ;;tRNA;18164;18238;1394;*;gaa fin;comp;CDS;19633;20106;;; deb;comp;CDS;48065;48709;278;*; ;comp;tRNA;48988;49064;110;*;atgf fin;comp;CDS;49175;49411;;; deb;comp;CDS;73627;73929;17;*; ;comp;tRNA;73947;74021;139;*;acc fin;comp;CDS;74161;75417;;; deb;;CDS;155064;157163;143;*; ;;tRNA;157307;157382;167;*;tgg fin;;CDS;157550;157750;;; deb;comp;CDS;189738;189878;411;*; ;comp;tRNA;190290;190365;142;*;acg fin;comp;CDS;190508;192814;;; deb;;CDS;255010;255921;736;*; ;;rRNA;256658;259417;228;*;23s ;;rRNA;259646;259760;173;*;5s fin;comp;CDS;259934;261007;;; deb;;CDS;291358;291843;35;*; ;;tRNA;291879;291955;1364;*;atgj fin;comp;CDS;293320;293805;;; deb;;CDS;335194;336996;402;*; ;;tRNA;337399;337473;633;*;aac fin;comp;CDS;338107;338793;;; deb;comp;CDS;440466;440933;496;*; ;;tRNA;441430;441504;31;*;tgc fin;;CDS;441536;442456;;; deb;comp;CDS;469056;469781;218;*; ;;tRNA;470000;470075;15;*;aaa ;;tRNA;470091;470167;1922;*;atc fin;;CDS;472090;472662;;; deb;comp;CDS;564534;565562;1530;*; ;comp;tRNA;567093;567180;218;*;tcc fin;comp;CDS;567399;568145;;; deb;;CDS;583250;584149;1278;*; ;comp;tRNA;585428;585518;58;*;tca fin;comp;CDS;585577;586569;;0; deb;;CDS;598723;599706;26;*; ;;tRNA;599733;599809;60;*;cgg ;comp;tRNA;599870;599944;62;*;caa fin;comp;CDS;600007;601779;;; deb;comp;CDS;608541;609209;176;*; ;comp;ncRNA;609386;609769;248;*; fin;;CDS;610018;612660;;; deb;comp;CDS;644395;644745;499;*; ;;tRNA;645245;645321;1051;*;gac ;comp;tRNA;646373;646448;222;*;gcc fin;comp;CDS;646671;647276;;; deb;comp;CDS;649389;650048;452;*; ;;tRNA;650501;650577;1274;*;gtc fin;comp;CDS;651852;652094;;; deb;comp;CDS;696163;697398;1535;*; ;;tRNA;698934;699010;1028;*;cgt fin;;CDS;700039;705720;;0; deb;comp;CDS;727560;728087;1164;*; ;comp;tRNA;729252;729326;32;*;cga fin;comp;CDS;729359;729574;;; deb;;CDS;739215;740075;181;*; ;;tRNA;740257;740343;246;*;ctc deb;;CDS;740590;741960;1199;*; ;;tRNA;743160;743234;1090;*;ggc fin;;CDS;744325;744753;;; deb;comp;CDS;775944;777866;2466;*; ;comp;rRNA;780333;781831;1854;*;16s fin;comp;CDS;783686;785485;;; deb;comp;CDS;814590;814823;349;*; ;comp;tRNA;815173;815248;68;*;gta fin;comp;CDS;815317;815589;;; deb;comp;CDS;829300;830484;82;*; ;comp;tRNA;830567;830640;95;*;gga ;comp;tRNA;830736;830821;183;*;tac fin;;CDS;831005;831733;;; deb;comp;CDS;839520;839732;382;*; ;;tRNA;840115;840200;2009;*;tta fin;;CDS;842210;842446;;; deb;comp;CDS;876906;877589;401;*; ;;tRNA;877991;878067;145;*;cac fin;;CDS;878213;879943;;; deb;comp;CDS;911079;911558;179;*; ;comp;tmRNA;911738;912287;74;*; fin;;CDS;912362;913186;;; deb;;CDS;918938;919882;951;*; ;;tRNA;920834;920925;1945;*;agc fin;comp;CDS;922871;924049;;; deb;comp;CDS;941489;942730;156;*; ;comp;ncRNA;942887;943045;9;*; fin;comp;CDS;943055;943372;;; deb;comp;CDS;961209;962297;41;*; ;comp;tRNA;962339;962415;390;*;atgi fin;comp;CDS;962806;963273;;; deb;;CDS;1023375;1023626;1585;*; ;;tRNA;1025212;1025288;17;*;cca fin;;CDS;1025306;1025521;;; deb;;CDS;1053321;1054139;2191;*; ;comp;tRNA;1056331;1056407;98;*;aga fin;;CDS;1056506;1056823;;; deb;;CDS;1090984;1091625;14;*; ;;ncRNA;1091640;1091733;152;*; fin;;CDS;1091886;1093411;;; deb;comp;CDS;1098776;1099240;40;*; ;comp;tRNA;1099281;1099365;145;*;cta fin;comp;CDS;1099511;1100662;;; deb;comp;CDS;1102351;1102980;475;*; ;comp;tRNA;1103456;1103530;130;*;aca fin;comp;CDS;1103661;1103996;;; </pre> ====rtb intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_entre_cds|rtb intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> rtb;28.1.21 Paris;NCBI;7.12.2020;;;;;;;;; rtb;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5;intercal;frequencez ;'''négatif;102;12.9;'''négatif ;-11;10;-50 à -1;'''1 112 957;-1;102;610;1 ;'''zéro;5;0.6;;;;;'''intercals;0;5;620;2 ;'''1 à 200;430;54.2;'''0 à 200;85;61;;'''224 467;5;42;630;1 ;'''201 à 370;84;10.6;'''201 à 370;261;43;;'''20.2%;10;24;640;3 ;'''371 à 600;52;6.6;'''371 à 600;481;63;;;15;24;650;2 ;'''601 à max;120;15.1;'''601 à 1028;1173;515;;;20;16;660;3 ;'''total 793;<201;67.7;'''total 793;282;445;-50 à 3216;;25;12;670;0 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul, %;intercal;fréquence;30;6;680;7 665700;3216;-1;102;-70;0;;0;5;35;7;690;0 1032528;3065;0;5;-60;0;;-1;°10;40;8;700;1 506416;2624;1;°10;-50;1;;-2;1;45;2;710;1 64385;2360;2;7;-40;1;;-3;0;50;8;720;2 801292;2313;3;8;-30;5;'''min à -1;-4;°33;55;5;730;2 272796;2262;4;°13;-20;12;102;-5;0;60;8;740;0 131965;2171;5;4;-10;21;12.9%;-6;0;65;10;750;1 763244;2078;6;5;0;67;;-7;2;70;12;760;1 101695;2071;7;3;10;66;;-8;°16;75;9;770;2 446016;1893;8;°7;20;40;;-9;0;80;12;780;2 905133;1870;9;°7;30;18;;-10;1;85;9;790;0 141270;1858;10;2;40;15;'''1 à 100;-11;°2;90;4;800;1 570117;1846;11;°6;50;10;243;-12;0;95;10;810;3 129767;1794;12;5;60;13;30.6%;-13;3;100;15;820;0 378376;1765;13;3;70;22;;-14;°7;105;11;830;4 232652;1743;14;5;80;21;;-15;0;110;12;840;0 871293;1715;15;5;90;13;;-16;1;115;10;850;1 998041;1656;16;°6;100;25;;-17;°7;120;10;860;1 359936;1637;17;1;110;23;;-18;0;125;13;870;0 1014216;1621;18;3;120;20;;-19;0;130;8;880;1 847537;1581;19;3;130;21;;-20;°2;135;16;890;1 338816;1539;20;3;140;26;;-21;0;140;10;900;1 808693;1532;21;2;150;17;;-22;1;145;10;910;2 950532;1524;22;2;160;17;'''1 à 200;-23;°3;150;7;920;1 969491;1524;23;1;170;21;430;-24;0;155;8;930;1 706435;1485;24;°4;180;16;54%;-25;1;160;9;940;1 536071;1468;25;3;190;15;;-26;°5;165;12;950;3 638208;1464;26;2;200;11;;-27;0;170;9;960;0 597131;1463;27;0;210;7;;;100;175;9;970;0 544938;1446;28;2;220;7;;reste;7;180;7;980;1 235220;1444;29;2;230;11;;total;107;185;8;990;0 90984;1401;30;0;240;8;;;;190;7;1000;1 693395;1374;31;0;250;9;;'''intercal;'''<u>fréquencef;195;6;1010;1 422301;1373;32;3;260;9;'''0 à 200;600;673;200;5;1020;1 678698;1370;33;3;270;6;435;650;9;205;3;1030;1 476675;1354;34;0;280;3;;700;11;210;4;1040;1 1079428;1335;35;1;290;6;;750;6;215;3;1050;2 270767;1318;36;1;300;1;;800;6;220;4;1060;2 687447;1302;37;2;310;3;;850;8;225;5;1070;1 49408;1282;38;0;320;3;;900;4;230;6;1080;1 247450;1266;39;2;330;2;;950;8;235;5;1090;0 398128;1260;40;3;340;2;;1000;2;240;3;1100;0 577310;1255;reste;547;350;3;;1050;6;245;6;1110;2 676898;1227;total;793;360;2;'''201 à 370;1100;4;250;3;1120;2 425653;1184;;;370;2;84;1150;7;255;5;1130;1 915284;1182;;;380;0;10.6%;1200;5;260;4;1140;0 ;;;;390;1;;1250;1;265;4;1150;2 ;;;;400;5;;1300;4;270;2;1160;0 ;;;;410;4;;1350;3;275;1;1170;2 ;;;;420;3;;1400;4;280;2;1180;1 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;2;;1450;3;285;3;1190;2 384083;-50;comp;;440;2;;1500;4;290;3;1200;0 523034;-41;shift2;646;450;3;;1550;4;295;1;reste;44 362986;-38;shift2;850;460;2;;1600;1;300;0;total;793 864784;-38;shift2;2407;470;1;;1650;2;305;3;; 628502;-35;shift2;571;480;2;;1700;1;310;0;; 1068153;-35;comp;;490;3;;1750;2;315;1;; 1110540;-32;shift2;997;500;3;;1800;2;320;2;; 511489;-26;shift2;;510;4;'''371 à 600;1850;1;325;2;; 661241;-26;shift2;;520;3;52;1900;3;330;0;; 710083;-26;shift2;;530;3;6.6%;1950;0;335;1;; 899806;-26;shift2;;540;0;;2000;0;340;1;; 1089393;-26;shift2;;550;0;;2050;0;345;2;; 417665;-25;shift2;;560;3;;2100;2;350;1;; 276966;-23;shift2;;570;3;;2150;0;355;1;; 480829;-23;shift2;;580;1;'''601 à max;2200;1;360;1;; 981350;-23;shift2;;590;1;120;;114;365;1;; 110015;-22;shift2;;600;3;15.1%;;;370;1;; 415433;-20;shift2;;reste;120;;reste;6;reste;172;; 748256;-20;shift2;;total;793;;total;793;total;793;; </pre> ====rtb intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> rtb Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; afn;min10;328;1323;1651;603;-26;101;127;-468;-407;-9;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; 46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; rtb;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;45;-332;590;12;496;246;max80;&-36;279;-782;91;569;258;min50 31 à 400;;;;;;;;&70;-478;827;-4.5;788;228;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;91;44;-;304;poly;191;tF;&174;61;-;487;poly;82;Sm 31 à 400;;;;;;;;&-36;44;-;598;poly;190;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.536;-0.105;0.148;;;;;-0.081;;;;;; 1-n;0.202;-0.277;-0.165;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; rtb;fx;fc;;rtb;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rtb;Sx-;Sc- 0;1;4;;0;8;10;0;1;4;>0;184;-1;0;10 10;2;64;;10;17;159;1;0;10;<0;4;-2;1;0 20;3;37;;20;25;92;2;0;7;zéro;1;-3;0;0 30;1;17;;30;8;42;3;0;8;total;189;-4;0;33 40;2;13;;40;17;32;4;0;13;;c;-5;0;0 50;3;7;;50;25;17;5;2;2;>0;502;-6;0;0 60;4;9;;60;34;22;6;0;5;<0;98;-7;0;2 70;6;16;;70;51;40;7;0;3;zéro;4;-8;0;16 80;12;9;;80;102;22;8;0;7;total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reste;66;100;;;;;reste;176;371;;;-42;0;0 total;185;506;;t30;51;294;total;185;506;;;-43;0;0 diagr;118;402;;;;;diagr;8;131;;;-44;0;0 - t30;112;284;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;reste;0;0 ;;;;;;;;;;;;total;4;98 </pre> ====rtb intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_négatifs_S-|rtb intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;0;3 continu;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;99 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;4 ;Sc-;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;98 </pre> ====rtb autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires|rtb autres intercalaires]] <pre> rtb;les autres intercalaires;;adresses1;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses2;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses3; deb; °CDS;7429;381;comp;;deb; °CDS;564534;1530;comp;;deb; °CDS;829300;82;comp ; &tRNA;8851;368;comp;;; &tRNA;567093;218;comp;;; &tRNA;830567;95;comp fin; °CDS;9295;;;;fin; °CDS;567399;;comp;;; &tRNA;830736;183;comp deb; °CDS;14663;108;;;deb; °CDS;583250;1278;;;fin; °CDS;831005;; ; &tRNA;18164;1394;;;; &tRNA;585428;58;comp;;deb; °CDS;839520;382; fin; °CDS;19633;;comp;;fin; °CDS;585577;;comp;;; &tRNA;840115;2009; deb; °CDS;48065;278;comp;;deb; °CDS;598723;26;;;fin; °CDS;842210;; ; &tRNA;48988;110;comp;;; &tRNA;599733;60;;;deb; °CDS;876906;401;comp fin; °CDS;49175;;comp;;; &tRNA;599870;62;comp;;; &tRNA;877991;145; deb; °CDS;73627;17;comp;;fin; °CDS;600007;;comp;;fin; °CDS;878213;; ; &tRNA;73947;139;comp;;deb; °CDS;608541;176;comp;;deb; °CDS;911079;179;comp fin; °CDS;74161;;comp;;; ncRNA;609386;248;comp;;; tmRNA;911738;74;comp deb; °CDS;155064;143;;;fin; °CDS;610018;;;;fin; °CDS;912362;; ; &tRNA;157307;167;;;deb; °CDS;644395;499;comp;;deb; °CDS;918938;951; fin; °CDS;157550;;;;; &tRNA;645245;1051;;;; &tRNA;920834;1945; deb; °CDS;189738;411;;;; &tRNA;646373;222;comp;;fin; °CDS;922871;;comp ; &tRNA;190290;142;comp;;fin; °CDS;646671;;comp;;deb; °CDS;941489;156;comp fin; °CDS;190508;;comp;;deb; °CDS;649389;452;comp;;; ncRNA;942887;9;comp deb; °CDS;255010;736;;;; &tRNA;650501;1274;;;fin; °CDS;943055;;comp 23s; $rRNA;256658;228;;;fin; °CDS;651852;;comp;;deb; °CDS;961209;41;comp 5s; $rRNA;259646;173;;;deb; °CDS;696163;1535;comp;;; &tRNA;962339;390;comp fin; °CDS;259934;;comp;;; &tRNA;698934;1028;;;fin; °CDS;962806;;comp deb; °CDS;291358;35;;;fin; °CDS;700039;;;;deb; °CDS;1023375;1585; ; &tRNA;291879;1364;;;deb; °CDS;727560;1164;comp;;; &tRNA;1025212;17; fin; °CDS;293320;;;;; &tRNA;729252;32;comp;;fin; °CDS;1025306;; deb; °CDS;335194;402;;;fin; °CDS;729359;;comp;;deb; °CDS;1053321;2191; ; &tRNA;337399;633;;;deb; °CDS;739215;181;;;; &tRNA;1056331;98;comp fin; °CDS;338107;;comp;;; &tRNA;740257;246;;;fin; °CDS;1056506;; deb; °CDS;440466;496;comp;;deb; °CDS;740590;1199;;;deb; °CDS;1090984;14; ; &tRNA;441430;31;;;; &tRNA;743160;1090;;;; ncRNA;1091640;152; fin; °CDS;441536;;;;fin; °CDS;744325;;;;fin; °CDS;1091886;; deb; °CDS;469056;218;comp;;deb; °CDS;775944;2466;comp;;deb; °CDS;1098776;40;comp ; &tRNA;470000;15;;;16s; $rRNA;780333;1854;comp;;; &tRNA;1099281;145;comp ; &tRNA;470091;1922;;;fin; °CDS;783686;;comp;;fin; °CDS;1099511;;comp fin; °CDS;472090;;;;deb; °CDS;814590;349;comp;;deb; °CDS;1102351;475;comp ;;;;;;; &tRNA;815173;68;comp;;; &tRNA;1103456;130;comp ;;;;;;fin; °CDS;815317;;comp;;fin; °CDS;1103661;;comp </pre> ====rtb intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_tRNA|rtb intercalaires tRNA]] <pre> ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;; ;;;;;;;;;; ;15;;381;comp’;368;;17;31;'''deb; comp’;60;;108;comp’;1394;;26;32;<201;9 comp’;1051;;278;;110;;35;58;total;19 ;95;;17;;139;;40;62;taux;47% ;;;143;;167;;82;68;; ;;comp’;411;;142;;108;110;'''fin; ;;;;;;;143;130;<201;12 ;;;35;;1364;;176;139;total;21 ;;;402;comp’;633;;181;142;taux;57% ;;comp’;496;;31;;278;145;; ;;comp’;218;;1922;;349;145;'''total; ;;;1530;;218;;381;167;<201;21 ;;comp’;1278;;58;;382;218;total;40 ;;;26;;62;;402;222;taux;53% ;;;176;;248;;475;246;; ;;comp’;499;;222;;951;248;; ;;comp’;452;comp’;1274;;1164;1028;; ;;comp’;1535;;1028;;1199;1090;; ;;;1164;;32;;1530;1364;; ;;;181;;246;;'''-;1922;; ;;;1199;;1090;;'''-;2009;'''comp’;'''cumuls ;;;349;;68;;218;98;'''deb;9 ;;;82;comp’;183;;401;183;<201;0 ;;;382;;2009;;411;368;'''fin;7 ;;comp’;401;;145;;452;633;<201;2 ;;;951;comp’;1945;;496;1274;; ;;comp’;2191;comp’;98;;499;1394;'''total; ;;;40;;145;;1278;1945;<201;2 ;;;475;;130;;1535;'''-;total;16 ;;;;;;;2191;'''-;taux;13% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;9;14;23;;;;; ;;total;28;28;56;;;;; ;;taux;32%;50%;41%;;;;; </pre> ===rpl=== ====rpl opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_opérons|rpl opérons]] <pre> 29.0%GC;30.12.19 Paris;16s 1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rickettsia prowazekii str. Breinl ;;;;;;;;;;;; comp;31462..31892;;cds;;263;263;;;144;;p-preprotein translocase subunit YajC;* comp;32156..32181;;rpr;;870;870;;;26;;tandem;* comp;33052..33126;;ggc;;1253;1253;;;;;;* comp;34380..35750;;cds;;256;256;;;;;magnesium transporter;* comp;36007..36093;;ctc;;190;190;;;;;;* comp;36284..37144;;cds;;;;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;46825..47040;;cds;;31;31;;;72;;hp;* ;47072..47146;;gca;;1964;1964;;;;;;* ;49111..49650;;cds;;;;;;180;;copper chaperone Pcu(A)C;* ;;;;;;;;;;;;* comp;71150..76816;;cds;;933;933;;;1889;;alpha-2-macroglobulin family protein;* comp;77750..77826;;cgt;;1179;1179;;;;;;* ;79006..80241;;cds;;;;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;;* ;121704..121946;;cds;;984;984;;;81;;HU family DNA-binding protein;* comp;122931..123007;;gtc;;446;446;;;;;;* ;123454..124113;;cds;;;;;;220;;(d)CMP kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;126222..126827;;cds;;236;236;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;* ;127064..127139;;gcc;@1;830;;830;;;;;* comp;127970..128046;;gac;;365;365;;;;;;* ;128412..128843;;cds;;;;;;144;;ribosome-associated translation inhibitor RaiA;* ;;;;;;;;;;;;* ;171237..173012;;cds;;50;50;;;592;;aminopeptidase P family protein;* ;173063..173137;;caa;;49;;49;;;;;* comp;173187..173263;;cgg;;18;18;;;;;;* comp;173282..174265;;cds;;;;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;186344..187336;;cds;;58;58;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;* ;187395..187484;;tca;;354;354;;;;;;* comp;187839..188738;;cds;;;;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;* ;;;;;;;;;;;;* ;203097..203846;;cds;;219;219;;;250;;bifunctional N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase/glucosamine-1-phosphate acetyltransferase;* ;204066..204153;;tcc;;1457;1457;;;;;;* ;205611..206639;;cds;;;;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;299321..300853;;cds;;419;419;;;511;;hp;* comp;301273..301349;;atc;;15;;15;;;;;* comp;301365..301440;;aaa;;219;219;;;;;;* ;301660..302400;;cds;;;;;;247;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;328700..329635;;cds;;22;22;;;312;;site-specific tyrosine recombinase XerD;* comp;329658..329732;;tgc;;499;499;;;;;;* ;330232..330699;;cds;;;;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;429121..429807;;cds;;723;723;;;229;;hp;* comp;430531..430605;;aac;;359;359;;;;;;* comp;430965..432767;;cds;;;;;;601;;elongation factor 4;* ;;;;;;;;;;;;* ;473867..474352;;cds;;928;928;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;* comp;475281..475357;;atgj;;40;40;;;;;;* comp;475398..475883;;cds;;;;;;162;;30S ribosomal protein S9;* ;;;;;;;;;;;;* ;506934..508007;;cds;;183;183;;;358;;cell division protein ZapE;* comp;508191..508305;;5s;;240;;;;115;;;* comp;508546..511330;;23s;;716;716;;;2785;;;* comp;512047..512958;;cds;;;;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;577419..579725;;cds;;138;138;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;* ;579864..579939;;acg;;1026;1026;;;;;;* comp;580966..581169;;cds;;;;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;612439..612639;;cds;;143;143;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;612783..612858;;tgg;;143;143;;;;;;* comp;613002..615101;;cds;;;;;;700;;elongation factor G;* ;;;;;;;;;;;;* comp;656226..656870;;cds;;296;296;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;* comp;657167..657243;;atgf;;119;119;;;;;;* comp;657363..657599;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;* ;;;;;;;;;;;;* comp;678911..679213;;cds;;19;19;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;* comp;679233..679307;;acc;;159;159;;;;;;* comp;679467..680723;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;746326..746529;;cds;;1664;1664;;;68;;hp;* comp;748194..748268;;gaa;;109;109;;;;;;* comp;748378..749421;;cds;;;;;;348;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;756703..757686;;cds;;363;363;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;* ;758050..758125;;ttc;;564;564;;;;;;* ;758690..759730;;cds;;;;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;776202..776537;;cds;;154;154;;;112;;30S ribosomal protein S16;* ;776692..776766;;aca;;467;467;;;;;;* ;777234..777863;;cds;;;;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;779197..780348;;cds;;140;140;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;* ;780489..780573;;cta;;37;37;;;;;;* ;780611..781075;;cds;;;;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;* ;;;;;;;;;;;;* comp;823242..823559;;cds;;98;98;;;106;;DUF167 domain-containing protein;* ;823658..823734;;aga;;1364;1364;;;;;;* comp;825099..825230;;cds;;;;;;44;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;854241..854456;;cds;;17;17;;;72;;translation initiation factor IF-1;* comp;854474..854550;;cca;;1573;1573;;;;;;* comp;856124..856357;;cds;;;;;;78;;BolA family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;915034..915501;;cds;;391;391;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* ;915893..915969;;atgi;;41;41;;;;;;* ;916011..917099;;cds;;;;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;* ;;;;;;;;;;;;* ;953564..954742;;cds;;696;696;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* comp;955439..955530;;agc;;898;898;;;;;;* comp;956429..957373;;cds;;;;;;315;;ACP S-malonyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1009435..1011165;;cds;;142;142;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* comp;1011308..1011384;;cac;;346;346;;;;;;* ;1011731..1012414;;cds;;;;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1045414..1045656;;cds;;2381;2381;;;81;;hp;* comp;1048038..1048123;;tta;;135;135;;;;;;* comp;1048259..1048387;;cds;;;;;;43;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1056245..1056973;;cds;;188;188;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;1057162..1057247;;tac;;105;;105;;;;;* ;1057353..1057426;;gga;;82;82;;;;;;* ;1057509..1058693;;cds;;;;;;395;;elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;;* ;1072391..1072663;;cds;;62;62;;;91;;30S ribosomal protein S20;* ;1072726..1072801;;gta;;1181;1181;;;;;;* comp;1073983..1074648;;cds;;;;;;222;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1102136..1103935;;cds;;1458;1462;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;1105394..1106893;;16s;;1462;1462;;;1500;;;* ;1108356..1109301,1..184;;cds;;;;;;377;;P-hp;* </pre> ====rpl cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_cumuls|rpl cumuls]] <pre> rpl cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;12;30;0 ;23s5s;1;20;1;;50;9;40;;200;11;60;2 ;16s;1;40;;;100;4;80;;300;12;90;9 ;16s23s;0;60;1;;150;8;120;;400;15;120;4 ;max a;0;80;;;200;5;160;;500;2;150;2 ;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;4;180;6 ;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;2;210;2 ;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;5 sans ;opérons;29;160;;;400;5;320;;900;0;270;3 ;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;2 ;max a;2;200;;;500;2;400;;1100;0;330;5 ;a doubles;0;;1;;;21;;;;1;;20 ;total aas;33;;4;0;;63;;0;;60;;60 total aas;;33;;;;21;1204;;;;;; remarques;;1;;;;;453;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;528;;;;293;; ;;;variance;;;;558;;;;271;; sans jaune;;;moyenne;56;;;191;;;;243;;172 ;;;variance;45;;;140;;;;145;;89 </pre> ====rpl blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_blocs|rpl blocs]] ====rpl distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_distribution|rpl distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rpl;;25;;;;;25;;rpl;8;;;;;;8 </pre> ====rpl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_données_intercalaires|rpl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;rpl;fx;fc;rpl;fx40;fc40;rpl;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;0;5;0;0;5;-1;;10;1159;1179;tRNA tRNA;; ;0;10;2;64;1;0;8;-2;1;0;1253;984;;830;gcc ;3;20;4;35;2;0;10;-3;;0;256;446;**;;gac ;1;30;2;19;3;0;9;-4;;35;190;365;;49;caa ;3;40;4;11;4;0;11;-5;;0;31;354;**;;cgg ;2;50;1;8;5;2;4;-6;;0;1964;219;15;;atc ;1;60;4;10;6;0;4;-7;;2;933;499;**;;aaa ;1;70;5;14;7;0;3;-8;;17;236;723;105;;tac ;0;80;12;13;8;0;6;-9;;0;50;928;**;;gga ;1;90;7;18;9;0;6;-10;;1;18;1026;;; 1;0;100;4;16;10;0;3;-11;;2;58;1999;;; ;1;110;3;19;11;0;3;-12;;0;219;363;;; ;1;120;7;17;12;1;7;-13;;3;1457;98;;; ;0;130;4;21;13;0;3;-14;1;7;419;1971;;; ;2;140;3;17;14;1;2;-15;;0;22;696;;; ;3;150;3;14;15;1;3;-16;;1;359;346;;; ;2;160;3;22;16;1;4;-17;;6;40;373;;; ;0;170;4;16;17;0;2;-18;;0;138;188;;; ;0;180;6;8;18;0;4;-19;;0;143;1181;;; 1;1;190;4;10;19;0;4;-20;;1;143;;;; ;0;200;2;9;20;0;3;-21;;0;296;;;; ;0;210;3;4;21;0;5;-22;;1;119;;;; 1;1;220;6;5;22;0;1;-23;;5;19;;;; ;0;230;3;9;23;1;1;-24;;0;159;;;; ;1;240;0;5;24;0;6;-25;;1;109;;;; ;0;250;5;8;25;0;3;-26;;4;564;;;; ;1;260;4;5;26;0;1;-27;;0;154;;;; ;0;270;4;1;27;1;0;-28;;0;467;;;; ;0;280;0;4;28;0;1;-29;;0;140;;;; ;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;37;;;; ;1;300;1;0;30;0;1;-31;;0;17;;;; ;0;310;1;3;31;0;0;-32;;1;1573;;;; ;0;320;1;3;32;1;4;-33;;0;391;;;; ;0;330;0;1;33;1;3;-34;;0;41;;;; ;0;340;0;0;34;0;2;-35;1;1;898;;;; 1;0;350;3;4;35;1;0;-36;;0;142;;;; 1;1;360;0;1;36;0;0;-37;;0;2381;;;; 2;0;370;1;4;37;0;1;-38;;3;82;;;; 1;0;380;2;1;38;0;0;-39;;0;62;;;; ;0;390;4;1;39;1;1;-40;;0;CDS 16s;;;; ;1;400;1;0;40;0;0;-41;;1;1458;;;; 11;11;reste;59;102;reste;171;393;-42;;0;16s CDS;;;; 19;39;total;183;527;total;183;527;-43;;0;1463;;;; 8;28;diagr;124;420;diagr;12;129;-44;;1;CDS 23s;;;; 0;4; t30;8;118;;;;-45;;0;719;;;; ;;;;;;;;-46;;0;23s 5s;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;261;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;5s CDS;;;; ;x;183;5;0;188;;;-49;;0;-;183;;; ;c;522;103;5;630;;;-50;1;0;;;;; ;;;;;818;75;;reste;1;0;;;;; ;;;;;;893;;total;5;103;;;;; </pre> =====rpl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_autres_intercalaires_aas|rpl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;rpl;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;31462;31892;1159;*; ;comp;tRNA;33052;33126;1253;*;ggc deb;comp;CDS;34380;35750;256;*; ;comp;tRNA;36007;36093;190;*;ctc fin;comp;CDS;36284;37144;;0; deb;;CDS;46825;47040;31;*; ;;tRNA;47072;47146;1964;*;gca fin;;CDS;49111;49650;;; deb;comp;CDS;71150;76816;933;*; ;comp;tRNA;77750;77826;1179;*;cgt fin;;CDS;79006;80241;;; deb;;CDS;121704;121946;984;*; ;comp;tRNA;122931;123007;446;*;gtc fin;;CDS;123454;124113;;; deb;;CDS;126222;126827;236;*; ;;tRNA;127064;127139;830;*;gcc ;comp;tRNA;127970;128046;365;*;gac fin;;CDS;128412;128915;;; deb;comp;CDS;160532;163174;244;*; ;;ncRNA;163419;163803;171;*; fin;;CDS;163975;164643;;; deb;;CDS;171237;173012;50;*; ;;tRNA;173063;173137;49;*;caa ;comp;tRNA;173187;173263;18;*;cgg fin;comp;CDS;173282;174265;;; deb;;CDS;186344;187336;58;*; ;;tRNA;187395;187484;354;*;tca fin;comp;CDS;187839;188738;;; deb;;CDS;203097;203846;219;*; ;;tRNA;204066;204153;1457;*;tcc fin;;CDS;205611;206639;;0; deb;comp;CDS;299321;300853;419;*; ;comp;tRNA;301273;301349;15;*;atc ;comp;tRNA;301365;301440;219;*;aaa fin;;CDS;301660;302400;;; deb;comp;CDS;328700;329635;22;*; ;comp;tRNA;329658;329732;499;*;tgc fin;;CDS;330232;330699;;; deb;;CDS;429121;429807;723;*; ;comp;tRNA;430531;430605;359;*;aac fin;comp;CDS;430965;432767;;0; deb;;CDS;473867;474352;928;*; ;comp;tRNA;475281;475357;40;*;atgj fin;comp;CDS;475398;475883;;; deb;;CDS;506934;508007;183;*; ;comp;rRNA;508191;508305;261;*;115 ;comp;rRNA;508567;511327;719;*;2761 fin;comp;CDS;512047;512958;;; deb;;CDS;577419;579725;138;*; ;;tRNA;579864;579939;1026;*;acg fin;comp;CDS;580966;581169;;0; deb;comp;CDS;612439;612639;143;*; ;comp;tRNA;612783;612858;143;*;tgg fin;comp;CDS;613002;615101;;; deb;comp;CDS;656226;656870;296;*; ;comp;tRNA;657167;657243;119;*;atgf fin;comp;CDS;657363;657599;;; deb;comp;CDS;678911;679213;19;*; ;comp;tRNA;679233;679307;159;*;acc fin;comp;CDS;679467;680723;;; deb;;CDS;745691;746194;1999;*; ;comp;tRNA;748194;748268;109;*;gaa fin;comp;CDS;748378;749594;;; deb;comp;CDS;756703;757686;363;*; ;;tRNA;758050;758125;564;*;ttc fin;;CDS;758690;759730;;; deb;;CDS;776202;776537;154;*; ;;tRNA;776692;776766;467;*;aca fin;;CDS;777234;777863;;; deb;;CDS;779197;780348;140;*; ;;tRNA;780489;780573;37;*;cta fin;;CDS;780611;781075;;0; deb;comp;CDS;786459;787982;143;*; ;comp;ncRNA;788126;788219;14;*; fin;comp;CDS;788234;788875;;0; deb;comp;CDS;823242;823559;98;*; ;;tRNA;823658;823734;1971;*;aga fin;comp;CDS;825706;826527;;; deb;comp;CDS;854241;854456;17;*; ;comp;tRNA;854474;854550;1573;*;cca fin;comp;CDS;856124;856357;;0; deb;;CDS;915034;915501;391;*; ;;tRNA;915893;915969;41;*;atgi fin;;CDS;916011;917099;;; deb;;CDS;934616;934933;9;*; ;;ncRNA;934943;935101;153;*; fin;;CDS;935255;936496;;0; deb;;CDS;953564;954742;696;*; ;comp;tRNA;955439;955530;898;*;agc fin;comp;CDS;956429;957373;;; deb;comp;CDS;963044;963856;74;*; ;;tmRNA;963931;964460;185;*; fin;;CDS;964646;965125;;; deb;comp;CDS;1009435;1011165;142;*; ;comp;tRNA;1011308;1011384;346;*;cac fin;;CDS;1011731;1012414;;; deb;comp;CDS;1045414;1045656;2381;*; ;comp;tRNA;1048038;1048123;373;*;tta fin;;CDS;1048497;1048709;;; deb;comp;CDS;1056245;1056973;188;*; ;;tRNA;1057162;1057247;105;*;tac ;;tRNA;1057353;1057426;82;*;gga fin;;CDS;1057509;1058693;;; deb;;CDS;1072391;1072663;62;*; ;;tRNA;1072726;1072801;1181;*;gta fin;comp;CDS;1073983;1074648;;; deb;;CDS;1102136;1103935;1458;*; ;;rRNA;1105394;1106892;1463;*;1499 fin;;CDS;1108356;17;;; </pre> ===rpm=== ====rpm opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm opérons]] <pre> ;20 m23s;17 m16s;;;;;;;;;; ;;9 m16s seuls;;;;;;;;;; http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_phot_DSM_122/rhodPhot_DSM122-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017059.1;rpm;;genome;24.12.19;;;;;;;; 64.7%GC;26.12.19 Paris;16s 7;95 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rhodospirillum photometricum DSM 122;;;;;;;;;;;; comp;3322..4194;;cds;;30;30;;;291;;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein;* comp;4225..4821;;23s°;@1;196;;;;595;;;* comp;5018..5093;;gca;;182;;;;;;;* comp;5276..5684;;16s°;;38;38;;;407;;;* ;5723..6664;;cds;;;;;;314;;SEL1-like repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp <;12458..13198;;cds;;242;242;;;247;;p-transposase;* comp;13441..13555;;5s;@2;72;;;;113;;;* comp;13628..13880;;23s°;;-7;*-7;;;251;;;* comp;13874..15127;;cds;;;;;;418;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;21325..22362;;cds;;586;*586;;;346;;hp;* ;22949..23237;;16s°;;85;85;;;287;;;* comp;23323..23490;;cds;;;;;;56;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;24015..24287;;cds;;250;250;;;91;;TraYdomain-containingprotein;* comp;24538..24652;;5s;;71;;;;113;;;* comp;24724..27490;;23s;;212;;;;2765;;;* comp;27703..27779;;atc;;112;;;;;;;* comp;27892..28378;;16s°;;18;18;;;485;;;* <>;28397..29119;;cds;;;;;;241;;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;32782..33759;;cds;;190;190;;;326;;glycosyltransferase;* ;33950..34357;;16s°;;112;;;;406;;;* ;34470..34546;;atc;;216;;;;;;;* ;34763..35591;;23s°;;44;;;;827;;;* comp;35636..35750;;5s;;72;;;;113;;;* comp;35823..38589;;23s;;215;;;;2765;;;* comp;38805..38881;;atc;;112;;;;;;;* comp;38994..40502;;16s;;260;;;;1507;;;* comp;40763..42629;;23s°;;-15;;;;1865;;;* ;42615..42903;;16s°;;112;;;;287;;;* ;43016..43092;;atc;;213;;;;;;;* ;43306..44132;;23s°;;-1;;;;825;;;* comp;44132..44835;;23s°;;-5;*-5;;;702;;;* ;44831..45121;;cds;;;;;;97;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* <;45496..45768;;cds;;553;*553;;;91;;p-glycosyl transferase family 1;* ;46322..47040;;16s°;;0;*0;;;717;;;* comp;47041..47433;;cds;;;;;;131;;winged helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;49761..51017;;cds;;128;128;;;419;;glycosyltransferase;* comp;51146..51221;;23s°;;214;;;;74;;;* comp;51436..51512;;atc;;112;;;;;;;* comp;51625..52017;;16s°;;-7;;;;391;;;* ;52011..52881;;23s°;;106;106;;;869;;;* ;52988..53464;;cds;;-37;*-37;;;159;;hp;* >;53428..53694;;cds;;86;86;;;89;;p-glycosyltransferase;* comp;53781..54709;;23s°;;26;;;;927;;;* ;54736..54898;;16s°;;112;;;;161;;;* ;55011..55087;;atc;;216;;;;;;;* ;55304..55741;;23s°;;438;*438;;;436;;;* ;56180..56440;;cds;;;;;;87;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;82891..83088;;cds;;116;116;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;83205..83280;;tgg;;199;199;;;;;;* >comp;83480..84178;;cds;;;;;;233;;p-elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;;* ;417242..417412;;cds;;142;142;;;57;;tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase;* ;417555..417631;;atgj;+;24;;24;;;;;* ;417656..417732;;atgj;2 atgj;38;38;;;;;;* comp;417771..418796;;cds;;;;;;342;;tRNA epoxyqueuosine(34) reductase QueG;* ;;;;;;;;;;;;* ;434306..435142;;cds;;512;*512;;;279;;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase;* ;435655..435842;;16s°;;-6;;;;186;;;* ;435837..436075;;23s°;;72;;;;237;;;* ;436148..436262;;5s;;51;;;;113;;;* ;436314..436390;;atgf;;196;196;;;;;;* ;436587..436883;;cds;;;;;;99;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;467261..468370;;cds;;167;167;;;370;;3-isopropylmalate dehydrogenase;* ;468538..468667;;23s°;;72;;;;128;;;* ;468740..468854;;5s;;51;;;;113;;;* ;468906..468982;;atgf;;125;125;;;;;;* ;469108..469863;;cds;;;;;;252;;SAM-dependent chlorinase/fluorinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;534521..536161;;cds;;367;367;;;547;;glucose-6-phosphate isomerase;* ;536529..536603;;acg;;92;92;;;;;;* comp;536696..537778;;cds;;;;;;361;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;658467..658931;;cds;;110;110;;;155;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;659042..659116;;gtc;;155;155;;;;;;* ;659272..660159;;cds;;106;106;;;296;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;660266..660340;;gtc;;648;*648;;;;;;* comp;660989..661800;;cds;;;;;;271;;p-N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* 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;875638..876117;;cds;;;;;;160;;CreA family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;885688..886299;;cds;;176;176;;;204;;LysE family translocator;* ;886476..886552;;ccc;;144;144;;;;;;* comp;886697..887233;;cds;;;;;;179;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;932708..934243;;cds;;93;93;;;512;;Fic family protein;* comp;934337..934413;;cgt;+;35;;35;;;;;* comp;934449..934525;;cgt;3 cgt;44;;44;;;;;* comp;934570..934646;;cgt;;449;*449;;;;;;* ;935096..936175;;cds;;;;;;360;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;978995..979396;;cds;;138;138;;;134;;MFS transporter;* comp;979535..979609;;ggc;+;23;;23;;;;;* comp;979633..979707;;ggc;4 ggc;45;;45;;;;;* comp;979753..979827;;ggc;;29;;29;;;;;* comp;979857..979931;;ggc;;206;206;;;;;;* ;980138..981679;;cds;;;;;;514;;murein biosynthesis integral membrane protein MurJ;* ;;;;;;;;;;;;* ;997575..997898;;cds;;95;95;;;108;;DUF1476 domain-containing protein;* comp;997994..998067;;cag;+;54;;54;;;;;* comp;998122..998195;;cag;2 cag;168;168;;;;;;* ;998364..999509;;cds;;;;;;382;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1050081..1051028;;cds;;60;60;;;316;;NnrS family protein;* comp;1051089..1051163;;acc;+;16;;16;;;;;* comp;1051180..1051254;;acc;3 acc;18;;18;;;;;* comp;1051273..1051347;;acc;;170;170;;;;;;* comp;1051518..1053305;;cds;;;;;;596;;EAL domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1197836..1199341;;cds;;197;197;;;502;;aldehyde dehydrogenase;* ;1199539..1199623;;cta;;126;126;;;;;;* ;1199750..1201090;;cds;;;;;;447;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1206196..1206501;;cds;;93;93;;;102;;HU family DNA-binding protein;* ;1206595..1206670;;gta;;50;50;;;;;;* ;1206721..1207092;;cds;;;;;;124;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1213113..1214459;;cds;;210;210;;;449;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit;* comp;1214670..1214874;;16s°;;600;*600;;;203;;;* comp;1215475..1216716;;cds;;;;;;414;;polyphosphate kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1349719..1350132;;cds;;109;109;;;138;;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha;* comp;1350242..1350608;;23s°;;212;;;;365;;;* comp;1350821..1350897;;atc;;115;;;;;;;* comp;1351013..1351438;;16s°;;23;23;;;424;;;* < comp;1351462..1352160;;cds;;;;;;233;;p-tetratricopeptide repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1359745..1360302;;cds;;176;176;;;186;;hp;* ;1360479..1360555;;gac;+;37;;37;;;;;* ;1360593..1360669;;gac;2 gac;274;274;;;;;;* ;1360944..1361204;;cds;;;;;;87;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1416615..1417769;;cds;;214;214;;;385;;glycosyltransferase family 61 protein;* ;1417984..1418074;;tcc;;154;154;;;;;;* comp;1418229..1419095;;cds;;;;;;289;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1472421..1473403;;cds;;250;250;;;328;;biotin synthase BioB;* comp;1473654..1473740;;ttg;;77;77;;;;;;* comp;1473818..1474678;;cds;;;;;;287;;homocysteine S-methyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1735298..1736380;;cds;;209;209;;;361;;DUF262 domain-containing protein;* ;1736590..1736859;;23s°;;72;;;;268;;;* ;1736932..1737046;;5s;;52;;;;113;;;* ;1737099..1737175;;atgf;;93;93;;;;;;* comp;1737269..1737694;;cds;;;;;;142;;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1812365..1813924;;cds;;894;*894;;;520;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;1814819..1815040;;16s°;;-7;*-7;;;222;;;* <comp;1815034..1815837;;cds;;80;80;;;268;;p-elongation factor Tu;* comp;1815918..1815991;;gga;;34;;34;;;;;* comp;1816026..1816111;;tac;;144;144;;;;;;* ;1816256..1817143;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1833109..1833603;;cds;;83;83;;;165;;MBL fold metallo-hydrolase;* comp;1833687..1833762;;aag;+;24;;24;;;;;* comp;1833787..1833862;;aag;2 aag;198;198;;;;;;* comp;1834061..1835224;;cds;;;;;;388;;rod shape-determining protein RodA;* ;;;;;;;;;;;;* >;1941413..1943059;;cds;;-30;*-30;;;549;;p-recombinase family protein;* comp;1943030..1943121;;agc;;160;160;;;;;;* comp;1943282..1944133;;cds;;;;;;284;;FAD-dependent thymidylate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2087696..2090938;;cds;;705;*705;;;1081;;PAS domain-containing protein;* ;2091644..2091826;;16s°;;7;7;;;181;;;* ;2091834..2092247;;cds;;;;;;138;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2095044..2095490;;cds;;48;48;;;149;;hp;* comp;2095539..2095733;;16s°;;614;*614;;;193;;;* comp;2096348..2097337;;cds;;;;;;330;;trypsin-like serine protease;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2113248..2114603;;cds;;219;219;;;452;;hp;* comp;2114823..2114899;;aga;;55;55;;;;;;* comp;2114955..2115251;;cds;;71;71;;;99;;ETC complex I subunit;* comp;2115323..2115399;;cca;;261;261;;;;;;* comp;2115661..2115960;;cds;;;;;;100;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2144042..2146288;;cds;;308;308;;;749;;HAMP domain-containing protein;* ;2146597..2147256;;23s°;;72;;;;658;;;* ;2147329..2147443;;5s;;52;;;;113;;;* ;2147496..2147572;;atgf;;645;*645;;;;;;* comp;2148218..2148664;;cds;;;;;;149;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2268003..2268461;;cds;;87;87;;;153;;23S rRNA (pseudouridine(1915)-N(3))-methyltransferase RlmH;* comp;2268549..2268625;;ccg;+;165;;*165;;;;;* comp;2268791..2268867;;ccg;2 ccg;56;56;;;;;;* comp;2268924..2269910;;cds;;;;;;329;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2321621..2322145;;cds;;332;332;;;175;;hp;* ;2322478..2322554;;ccc;;225;225;;;;;;* ;2322780..2322974;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2393295..2396009;;cds;@3;1003;*1003;;;905;;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3;* ;2397013..2397919;;16s°;;2;2;;;905;;;* ;2397922..2400888;;cds;;;;;;989;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2517845..2520559;;cds;;229;229;;;905;;phosphoenolpyruvate carboxylase;* comp;2520789..2520903;;5s;;72;;;;113;;;* comp;2520976..2521339;;23s°;;189;189;;;362;;;* comp;2521529..2522152;;cds;;;;;;208;;3-isopropylmalate dehydratase small subunit;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2596508..2596738;;cds;;989;989;;;77;;motility twitching protein PilT;* comp;2597728..2597815;;tca;;194;194;;;;;;* ;2598010..2599204;;cds;;;;;;398;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2621435..2622058;;cds;;106;106;;;208;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* comp;2622165..2622251;;ctc;;202;202;;;;;;* ;2622454..2623107;;cds;;;;;;218;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;2631201..2631554;;cds;;192;192;;;118;;hp;* ;2631747..2631822;;gcc;+;70;;70;;;;;* ;2631893..2631968;;gcc;4 gcc;69;;69;;;;;* ;2632038..2632113;;gcc;;57;;57;;;;;* ;2632171..2632246;;gcc;;166;166;;;;;;* <;2632413..2632965;;cds;;-41;*-41;;;184;;p-IS256 family transposase;* ;2632925..2633473;;cds;;30;30;;;183;;hp;* comp;2633504..2633579;;aca;;93;93;;;;;;* comp;2633673..2634200;;cds;;271;271;;;176;;N-acetyltransferase;* comp;2634472..2634561;;tcg;;155;155;;;;;;* ;2634717..2635742;;cds;;;;;;342;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2655872..2656489;;cds;;182;182;;;206;;YitT family protein;* comp;2656672..2656747;;gag;;141;141;;;;;;* comp;2656889..2657674;;cds;;;;;;262;;MetQ/NlpA family ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2758160..2758312;;cds;;110;110;;;51;;light-harvesting protein;* comp;2758423..2758509;;tta;;94;94;;;;;;* comp;2758604..2759899;;cds;;;;;;432;;bifunctional folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* >;2768823..2769518;;cds;;-12;*-12;;;232;;methyltransferase;* ;2769507..2769776;;23s°;;71;;;;268;;;* ;2769848..2769962;;5s;;118;118;;;113;;;* comp;2770081..2771016;;cds;;;;;;312;;tetratricopeptide repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2792922..2794778;;cds;;129;129;;;619;;glutathione-regulated potassium-efflux system protein KefB;* ;2794908..2794982;;caa;;92;92;;;;;;* comp;2795075..2795686;;cds;;;;;;204;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2862755..2862982;;cds;;123;123;;;76;;hp;* ;2863106..2863182;;cca;;117;;*117;;;;;* ;2863300..2863374;;atgi;;373;;*373;;;;;* ;2863748..2863823;;gca;;157;;*157;;;;;* ;2863981..2864056;;aca;;15;;;;;;;* ;2864072..2864317;;cds;;8;;;;82;;DUF2829 domain-containing protein;* ;2864326..2864401;;aaa;;250;250;;;;;;* >;2864652..2865041;;cds;;;;;;130;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2867066..2868112;;cds;;76;76;;;349;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;2868189..2868264;;aaa;;99;99;;;;;;* comp;2868364..2868870;;cds;;;;;;169;;peptidylprolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2893891..2894430;;cds;;25;25;;;180;;phage portal protein;* ;2894456..2894570;;5s;;51;;;;113;;;* ;2894622..2894698;;atgf;;285;285;;;;;;* ;2894984..2895400;;cds;;;;;;139;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3034652..3035092;;cds;;250;250;;;147;;hp;* comp;3035343..3035418;;aaa;;8;8;;;;;;* comp;3035427..3035986;;cds;;;;;;187;;DUF2829 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3305068..3306534;;cds;;379;*379;;;489;;S8 family serine peptidase;* comp;3306914..3306989;;ttc;+;29;;29;;;;;* comp;3307019..3307094;;ttc;4 ttc;34;;34;;;;;* comp;3307129..3307204;;ttc;;33;;33;;;;;* comp;3307238..3307313;;ttc;;60;60;;;;;;* comp;3307374..3308864;;cds;;;;;;497;;RimK family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3332977..3334356;;cds;;54;54;;;460;;type II secretion system protein;* ;3334411..3334487;;cgg;;176;176;;;;;;* < comp;3334664..3335983;;cds;;;;;;440;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3408217..3409026;;cds;;91;91;;;270;;hp;* comp;3409118..3409232;;5s;;71;;;;113;;;* comp;3409304..3409410;;23s°;;1;*1;;;105;;;* <;3409412..3409711;;cds;;;;;;100;;p-IS5/IS1182 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3456276..3461666;;cds;;387;*387;;;1797;;alpha-2-macroglobulin family protein;* ;3462054..3462130;;agg;;29;29;;;;;;* ;3462160..3462951;;cds;;;;;;264;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3500025..3500675;;cds;;210;210;;;217;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;3500886..3500959;;tgc;+;27;;27;;;;;* ;3500987..3501061;;aac;2 aac;31;;31;;;;;* ;3501093..3501167;;aac;;84;84;;;;;;* comp;3501252..3501659;;cds;;;;;;136;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3639978..3641276;;cds;;172;172;;;433;;outer membrane efflux protein;* ;3641449..3641525;;gcg;+;70;;70;;;;;* ;3641596..3641671;;gcg;3 gcg;33;;33;;;;;* ;3641705..3641780;;gcg;;389;*389;;;;;;* ;3642170..3644392;;cds;;;;;;741;;sigma-54-dependent Fis family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;3651524..3652711;;cds;;55;55;;;396;;aminotransferase;* ;3652767..3652843;;cac;;202;202;;;;;;* <comp;3653046..3653543;;cds;;;;;;166;;arsenical-resistance protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;3710072..3710840;;cds;;126;126;;;256;;TonB family protein;* comp;3710967..3711042;;gaa;+;214;;*214;;;;;* comp;3711257..3711332;;gaa;2 gaa;125;125;;;;;;* comp;3711458..3711664;;cds;;;;;;69;;cold-shock protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3727874..3729085;;cds;;828;*828;;;404;;hp;* ;3729914..3730068;;16s°;;87;87;;;153;;;* ;3730156..3730545;;cds;;;;;;130;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3804728..3805231;;cds;;118;118;;;168;;response regulator;* comp;3805350..3805425;;gag;;241;241;;;;;;* comp;3805667..3806140;;cds;;;;;;158;;transcription elongation factor GreA;* ;;;;;;;;;;;;* ;3813820..3815895;;cds;;138;138;;;692;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;3816034..3816109;;atgi;;94;94;;;;;;* ;3816204..3818993;;cds;;;;;;930;;diguanylate cyclase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3827982..3828878;;cds;;90;90;;;299;;phosphoserine phosphatase SerB;* comp;3828969..3829042;;ggg;@5;292;292;;;;;;* ;3829335..3830670;;cds;;;;;;445;;chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3832305..3833264;;cds;;311;311;;;320;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;3833576..3833662;;ctg;+;47;;47;;;;;* ;3833710..3833796;;ctg;5 ctg;153;;*153;;;;;* ;3833950..3834036;;ctg;;48;;48;;;;;* ;3834085..3834171;;ctg;;47;;47;;;;;* ;3834219..3834305;;ctg;;113;113;;;;;;* ;3834419..3835039;;cds;;;;;;207;;ribonuclease D;* </pre> ====rpm cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_cumuls|rpm cumuls]] <pre> rpm cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300 avec rRNA;opérons;27;1;0;;1;9;1;;100;20;1;0 ;16s°atc23s°;7;20;2;;50;15;40;;200;35;30;0 ;16s°gca23s°;1;40;14;;100;30;80;;300;30;60;3 ;16s°23s°;1;60;7;;150;24;120;;400;23;90;10 ;max a;1;80;3;;200;23;160;;500;14;120;10 ;a doubles;0;100;0;;250;16;200;;600;7;150;14 ;spéciaux;18;120;1;;300;5;240;;700;2;180;13 ;total aas;13;140;0;;350;4;280;;800;3;210;11 sans ;opérons;47;160;2;;400;5;320;;900;0;240;6 ;1 aa;30;180;1;;450;2;360;;1000;4;270;9 ;max a;5;200;0;;500;0;400;;1100;1;300;9 ;a doubles;15;;2;;;14;;;;2;;56 ;total aas;79;;32;0;;147;;0;;141;;141 total aas;;92;;;;;;;;;;; remarques;;5;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;69;;;194;;;;310;; ;;;variance;75;;;197;;;;248;; sans jaune;;;moyenne;39;;;147;;;;252;;170 ;;;variance;16;;;112;;;;134;;71 </pre> ====rpm blocs==== ====rpm blocs protéines==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_protéines|rpm blocs protéines]] <pre> 23s;23s rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB 3-isop;3-isopropylmalate dehydrogenase 3-isop-sub;3-isopropylmalate dehydratase small subunit acetyl;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit cas3;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3 CDP;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase ComF;ComF family protein CRISPR;CRISPR DUF262;DUF262 domain-containing protein FeFe;[FeFe] hydrogenase H-cluster radical SAM maturase HydE glyco;glycosyltransferase HAMP;HAMP domain-containing protein LysM ;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein methyl;methyltransferase NAD;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha p-elon;p-elongation factor Tu p-EscV;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein p-glyco;p-glycosyltransferase P-glyco1;p-glycosyl transferase family 1 p-IS5;p-IS5/IS1182 family transposase p-tetra;p-tetratricopeptide repeat protein p-trans;p-transposase PAS;PAS domain-containing protein peptido;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein phage;phage portal protein phospho;phosphoenolpyruvate carboxylase polypho;polyphosphate kinase respons;response regulator SAM;SAM-dependent chlorinase/fluorinase SEL1;SEL1-like repeat protein tetra;tetratricopeptide repeat protein TraY;TraY domain-containing protein trypsin;trypsin-like serine protease type II;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin VWA;VWA domain-containing protein winged ;winged helix-turn-helix domain-containing protein </pre> ====rpm blocs construits==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_construits|rpm blocs construits]] *Notes: J'ai gardé les symboles de coloration. Il suffit de les rechercher et les remplacer et sans désélectionner colorer comme suite: *: - '''*''' jaune, ffff00 *: - '''$''' orange, ff6600 *: - '''?''' cyan, 66ffff *: - '''§''' vert, 99ff33 *: - '''&''' bleu, 00ccff *: - '''(''' gris, dddddd *: - enlever le '''gras''', et <u>surligne</u>. <pre> rpm blocs;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;9 blocs 16s° solitaires, 6 blocs atc gca;;;;;;;;;;9 blocs 23s°5s, 3 blocs complets;;;;;; sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait;;sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait ;21325..22362;;cds;586;346;hp;1493;;;comp;13874..15127;;cds;-7;418;hp;1505; ;22949..23237;;*16s°;85;§287;;;;;comp;13628..13880;;*23s°;?72;§251;;; comp;23323..23490;;cds;;56;hp;;b3;;comp;13441..13555;;$5s;242;§113;;; ;;;;;;;;;;comp <;12458..13198;;cds;;247;p-trans;;b5 <;45496..45768;;cds;553;91;p-glyco1;1383;;;;;;;;;;; ;46322..47040;;*16s°;0;§717;;;;;comp;691078..691773;;cds;4;232;ComF;814; comp;47041..47433;;cds;;131;winged ;;b4;;;691778..691897;;*23s°;?72;§118;;; 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ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;atgj2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;cag2;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;;ccg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;;gac;;ggc;;cgt3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;ctg5;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;3;aga;1;gaa2;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;gac2;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;gcc4;gta;;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;gcg3;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc4;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;gtg2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;2;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;2;ggg;1;ttc4;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;3;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;gca >1 16s;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rpm;;30;;;;;30;;rpm;7;;;;;;7;;rpm;42;;;;;;42;;rpm;;;;5;;;5 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;5 1-3aas;;; </pre> ====rpm données intercalaires==== autres intercalaires aas *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_données_intercalaires|rpm données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;rpm;fx;fc;rpm;fx40;fc40;rpm;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;4;9;0;4;16;-1;0;65;418;38; CDS 16s;;;tRNA tRNA;; ;2;10;14;213;1;2;30;-2;3;1;116;367;néant;;;24;;atgj ;1;20;6;171;2;1;36;-3;0;0;199;92;5s CDS;;;**;;atgj ;1;30;8;116;3;2;23;-4;7;338;142;155;173;114;;25;;gtg 1;0;40;27;74;4;2;31;-5;0;0;196;648;250;161;;**;;gtg ;1;50;95;61;5;2;22;-6;0;0;125;195;229;118;;35;;cgt 2;4;60;78;63;6;1;8;-7;0;3;110;144;25;91;;44;;cgt ;0;70;47;80;7;0;11;-8;1;40;106;93;23s 5s;;;**;;cgt 2;3;80;30;75;8;2;18;-9;1;0;350;449;68;;;23;;ggc 2;4;90;21;68;9;0;20;-10;0;6;88;206;16s tRNA;;;45;;ggc 5;4;100;27;59;10;2;14;-11;0;18;81;95;116;;atc;29;;ggc 1;3;110;24;54;11;0;18;-12;0;0;176;168;tRNA 23s;;;**;;ggc ;3;120;25;53;12;1;29;-13;1;8;138;60;240;;atc;54;;cag 1;5;130;18;63;13;0;19;-14;1;20;170;154;243;;atc;**;;cag ;2;140;25;50;14;2;16;-15;0;0;197;93;5s tRNA;;;16;;acc 1;3;150;21;57;15;1;22;-16;0;2;126;195;51;;atgf;18;;acc 3;1;160;16;56;16;0;21;-17;0;10;93;645;51;;atgf;**;;acc 1;2;170;16;42;17;1;16;-18;3;0;50;87;52;;atgf;37;;gac 1;3;180;18;38;18;1;12;-19;1;3;176;74;52;;atgf;**;;gac 1;1;190;16;37;19;0;13;-20;1;5;274;194;51;;atgf;34;;gga 3;5;200;19;32;20;0;5;-21;0;0;214;205;;;;**;;tac 3;0;210;19;37;21;1;17;-22;0;1;250;538;;;;24;;aag ;3;220;8;25;22;0;13;-23;0;5;77;155;;;;**;;aag ;1;230;21;27;23;1;11;-24;0;0;80;110;;;;165;;ccg ;0;240;12;29;24;1;13;-25;0;1;83;92;;;;**;;ccg ;4;250;13;36;25;1;11;-26;3;5;198;76;;;;70;;gcc ;0;260;17;12;26;0;9;-27;0;0;141;54;;;;69;;gcc ;1;270;15;16;27;0;8;-28;0;2;160;176;;;;57;;gcc ;2;280;26;10;28;1;14;-29;2;5;219;387;;;;**;;gcc ;1;290;14;13;29;1;12;-30;0;0;55;210;;;;117;;cca 1;0;300;13;11;30;2;8;-31;0;5;71;84;;;;373;;atgi ;0;310;15;12;31;0;7;-32;0;2;261;184;;;;157;;gca 1;0;320;9;9;32;2;10;-33;0;0;56;126;;;;**;;aca ;0;330;8;12;33;1;12;-34;0;3;225;292;;;;29;;ttc ;0;340;8;8;34;5;4;-35;0;1;989;311;;;;34;;ttc ;1;350;9;8;35;0;4;-36;0;0;106;;;;;33;;ttc ;0;360;6;8;36;3;9;-37;0;2;192;;;;;**;;ttc 1;0;370;8;9;37;3;10;-38;0;5;166;;;;;27;;tgc ;1;380;4;5;38;5;5;-39;0;0;93;;;;;31;;aac 1;1;390;6;8;39;4;6;-40;0;1;271;;;;;**;;aac ;0;400;13;4;40;4;7;-41;0;2;182;;;;;70;;gcg 4;2;reste;99;76;reste;847;1263;-42;1;0;141;;;;;33;;gcg 35;65;total;898;1846;total;906;1853;-43;0;4;94;;;;;**;;gcg 31;63;diagr;795;1761;diagr;55;574;-44;1;2;129;;;;;214;;gaa 0;4; t30;28;500;;;;-45;0;0;123;;;;;**;;gaa ;;;;;;;;-46;0;0;15;;;;;47;;ctg ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;2;8;;;;;153;;ctg ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;250;;;;;48;;ctg ;x;902;46;4;952;;;-49;2;2;99;;;;;47;;ctg ;c;1837;603;9;2449;;;-50;0;2;285;;;;;**;;ctg ;;;;;3401;244;;reste;16;32;250;;;;;;; ;;;;;;3645;;total;46;603;8;;;;;;; ;;;;;;;;;;;379;;;;;;; ;;;;;;;;;;;60;;;;;;; ;;;;;;;;;;;29;;;;;;; ;;;;;;;;;;;172;;;;;;; ;;;;;;;;;;;389;;;;;;; ;;;;;;;;;;;55;;;;;;; ;;;;;;;;;;;125;;;;;;; ;;;;;;;;;;;118;;;;;;; ;;;;;;;;;;;241;;;;;;; ;;;;;;;;;;;138;;;;;;; ;;;;;;;;;;;220;;;;;;; ;;;;;;;;;;;90;;;;;;; ;;;;;;;;;;;113;;;;;;; </pre> =====rpm autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_autres_intercalaires_aas|rpm autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;rpm;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas deb;comp;CDS;3322;4086;198; ;comp;misc_f;4285;4778;239; ;comp;tRNA;5018;5093;199;gca ;comp;misc_f;5293;5425;62; ;comp;misc_f;5488;5583;7; fin;;CDS;5591;6664;; deb;comp;CDS;12473;13267;173; ;comp;rRNA;13441;13555;82;115 ;comp;misc_f;13638;13881;-8; fin;comp;CDS;13874;15127;; deb;;CDS;21325;22362;656; ;;misc_f;23019;23290;32; fin;comp;CDS;23323;23490;; deb;comp;CDS;24015;24287;250; ;comp;rRNA;24538;24652;68;115 ;comp;rRNA;24721;27462;240;2742 ;comp;tRNA;27703;27779;129;atc ;comp;misc_f;27909;28041;5; ;comp;misc_f;28047;28494;-14; fin;;CDS;28481;29194;; deb;comp;CDS;32782;33759;290; ;;misc_f;34050;34145;62; ;;misc_f;34208;34340;129; ;;tRNA;34470;34546;259;atc ;;misc_f;34806;35299;7; ;comp;misc_f;35307;35750;69; ;comp;rRNA;35820;38561;243;2742 ;comp;tRNA;38805;38881;116;atc ;comp;rRNA;38998;40479;268;1482 ;;misc_f;40748;45159;-2406; ;;misc_f;42754;42886;129; ;;tRNA;43016;43092;256;atc ;;misc_f;43349;43842;7; ;;misc_f;43850;44142;601; fin;;CDS;44744;45121;; deb;;CDS;45496;45768;576; ;;misc_f;46345;47084;10; fin;comp;CDS;47095;47433;; deb;comp;CDS;49761;51017;418; ;comp;tRNA;51436;51512;129;atc ;comp;misc_f;51642;51774;62; ;comp;misc_f;51837;51932;84; ;;misc_f;52017;52217;76; ;;misc_f;52294;52918;69; fin;;CDS;52988;53464;; deb;;CDS;53428;53694;87; ;comp;misc_f;53782;53921;72; ;comp;misc_f;53994;54619;90; ;;misc_f;54710;54881;129; ;;tRNA;55011;55087;289;atc ;;misc_f;55377;55746;433; fin;;CDS;56180;56440;; deb;comp;CDS;82891;83088;116; ;comp;tRNA;83205;83280;199;tgg fin;comp;CDS;83480;84178;; deb;;CDS;417242;417412;142; ;;tRNA;417555;417631;24;atgj ;;tRNA;417656;417732;38;atgj fin;comp;CDS;417771;418820;; deb;;CDS;434306;435142;672; ;;misc_f;435815;436065;82; ;;rRNA;436148;436262;51;115 ;;tRNA;436314;436390;196;atgf fin;;CDS;436587;436883;; deb;comp;CDS;467261;468367;193; ;;misc_f;468561;468657;82; ;;rRNA;468740;468854;51;115 ;;tRNA;468906;468982;125;atgf fin;;CDS;469108;469863;; deb;comp;CDS;534521;536161;367; ;;tRNA;536529;536603;92;acg fin;comp;CDS;536696;537778;; deb;;CDS;619174;620157;82; ;;regulatory;620240;620316;45; fin;;CDS;620362;621558;; deb;comp;CDS;658467;658931;110; ;comp;tRNA;659042;659116;155;gtc deb;;CDS;659272;660159;106; ;;tRNA;660266;660340;648;gtc fin;comp;CDS;660989;661800;; deb;comp;CDS;684188;685114;350; ;comp;tRNA;685465;685539;25;gtg ;comp;tRNA;685565;685639;195;gtg fin;;CDS;685835;686251;; deb;comp;CDS;691078;691803;-14; ;;misc_f;691790;691887;82; ;;rRNA;691970;692084;114;115 fin;comp;CDS;692199;694505;; deb;;CDS;750262;751398;161; ;comp;rRNA;751560;751674;82;115 ;comp;misc_f;751757;752004;598; ;;repeat_region;752603;752814;388; fin;;CDS;753203;753760;; deb;comp;CDS;839402;839962;163; ;comp;misc_f;840126;840415;631; fin;comp;CDS;841047;844388;; deb;;CDS;874585;875391;88; ;;tRNA;875480;875556;81;cac fin;;CDS;875638;876117;; deb;;CDS;885688;886299;176; 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gtt;0.52;gct;0;gat;0;ggt;0.52 ttc;179;tcc;155;tac;231;tgc;116 atc;290;acc;158;aac;317;agc;108 ctc;104;ccc;87;cac;118;cgt;303 gtc;176;gcc;170;gac;295;ggc;358 tta;122;tca;143;taa;1.03;tga;66 ata;0.86;aca;143;aaa;384;aga;154 cta;131;cca;144;caa;193;cga;13.4 gta;327;gca;288;gaa;330;gga;116 ttg;105;tcg;85;tag;2.76;tgg;115 atg;604;acg;73;aag;24.3;agg;112 ctg;256;ccg;63;cag;104;cgg;102 gtg;8.4;gcg;7.1;gag;7.8;ggg;74 </pre> ===rru=== ====rru opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_rubr_ATCC_11170/rhodRubr_ATCC11170-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007643.1;rru;;genome;3.8.16;;;;;;;; 64.97%GC;26.12.19 Paris;16s 4 ;55 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rhodospirillum rubrum ATCC 11170;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; comp;16232..16852;;cds;;163;163;;;207;;3'-5' exonuclease;* comp;17016..17102;;ctg;;253;253;;;;;;* ;17356..18378;;cds;;;;;;341;;3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;117072..117287;;cds;;37;37;;;72;;slyX;* comp;117325..117401;;agg;;341;341;;;;;;* ;117743..123022;;cds;;;;;;*1760;;alpha-2-macroglobulin-like protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;149921..151015;;cds;;225;225;;;365;;hp;* ;151241..151317;;cgg;;136;136;;;;;;* comp;151454..152929;;cds;;;;;;492;;chemotaxis sensory transducer protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;189941..191668;;cds;;859;*859;;;576;;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;* ;192528..194004;;16s;;184;;;;1477;;;* ;194189..194265;;atc;;66;;;66;;;;* ;194332..194407;;gca;;362;;;;;;;* ;194770..197527;;23s;;119;;;;2758;;;* ;197647..197761;;5s;;96;;;;115;;;* ;197858..197934;;atgf;;287;287;;;;;;* comp;198222..198455;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;305449..306648;;cds;;257;257;;;400;;Ppx/GppA phosphatase;* ;306906..306979;;cag;;319;319;;;;;;* comp;307299..308303;;cds;;;;;;335;;LacI family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;322896..323807;;cds;;292;292;;;304;;hp;* comp;324100..324174;;caa;;98;98;;;;;;* comp;324273..325601;;cds;;;;;;443;;chemotaxis sensory transducer protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;362552..362881;;cds;;224;224;;;110;;hp;* ;363106..363181;;gcc;+;202;;202;;;;;* ;363384..363459;;gcc;2 gcc;43;43;;;;;;* comp;363503..364531;;cds;;;;;;343;;esterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;407067..407606;;cds;;92;92;;;180;;YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;407699..407790;;agc;;141;141;;;;;;* ;407932..408774;;cds;;;;;;281;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;466945..467925;;cds;;115;115;;;327;;hp;* comp;468041..468126;;tta;;83;83;;;;;;* comp;468210..468458;;cds;;;;;;83;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;559038..559610;;cds;;86;86;;;191;;OsmC-like protein;* ;559697..559772;;aag;;140;140;;;;;;* ;559913..560608;;cds;;;;;;232;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;794877..795188;;cds;;-81;*-81;;;104;;hp;* comp;795108..795188;;Sig-pep;;217;217;;;27;;hp;* ;795406..795496;;tcc;;44;44;;;;;;* ;795541..795846;;cds;;;;;;102;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;908584..910185;;cds;;-102;*-102;;;534;;peptidase M23B;* comp;910084..910185;;Sig-pep;@1;1212;*1212;;;34;;hp;* ;911398..912874;;16s;;182;;;;1477;;;* ;913057..913133;;atc;;66;;;66;;;;* ;913200..913275;;gca;;361;;;;;;;* ;913637..916394;;23s;;118;;;;2758;;;* ;916513..916627;;5s;;95;;;;115;;;* ;916723..916799;;atgf;;573;*573;;;;;;* ;917373..921860;;cds;;;;;;*1496;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1159249..1160091;;cds;;71;71;;;281;;Linocin_M18 bacteriocin protein;* ;1160163..1160238;;gag;;117;117;;;;;;* ;1160356..1160613;;cds;;;;;;86;;prevent-host-death protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1464820..1465122;;cds;;283;283;;;101;;50S ribosomal protein L21;* ;1465406..1465495;;tcg;;139;139;;;;;;* comp;1465635..1466303;;cds;;;;;;223;;cytochrome B561;* ;;;;;;;;;;;;* ;1791953..1792159;;cds;;116;116;;;69;;hp;* comp;1792276..1792351;;gaa;;131;131;;;;;;* comp;1792483..1792689;;cds;;;;;;69;;cold-shock DNA-binding protein family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1824302..1825738;;cds;;98;98;;;479;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;1825837..1825921;;cta;;102;102;;;;;;* ;1826024..1827415;;cds;;;;;;464;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1833133..1833408;;cds;;284;284;;;92;;histone-like DNA-binding protein;* ;1833693..1833768;;gta;;70;70;;;;;;* comp;1833839..1835326;;cds;;;;;;496;;methyl-accepting chemotaxis sensory transducer;* ;;;;;;;;;;;;* ;1933506..1934138;;cds;;-633;*-633;;;211;;hp;* ;1933506..1933652;;Sig-pep;;571;*571;;;49;;hp;* ;1934224..1934300;;cca;;63;63;;;;;;* ;1934364..1934663;;cds;;12;12;;;100;;ETC complex I subunit region;* ;1934676..1934752;;aga;;396;*396;;;;;;* ;1935149..1939624;;cds;;;;;;*1492;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1959133..1959858;;cds;;175;175;;;242;;MerR family transcriptional regulator;* ;1960034..1960110;;ccc;@2;1062;*1062;;;;;;* ;1961173..1961367;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1996760..1998124;;cds;;-120;*-120;;;455;;lytic murein transglycosylase;* comp;1998005..1998124;;Sig-pep;;119;119;;;40;;hp;* ;1998244..1998333;;tca;;927;*927;;;;;;* comp;1999261..1999929;;cds;;;;;;223;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2032027..2032863;;cds;;123;123;;;279;;phage integrase;* comp;2032987..2033062;;aaa;;186;186;;;;;;* comp;2033249..2033755;;cds;;;;;;169;;peptidyl-prolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2093327..2093977;;cds;;295;295;;;217;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;* ;2094273..2094346;;tgc;;81;;81;;;;;* ;2094428..2094502;;aac;;150;150;;;;;;* ;2094653..2094916;;cds;;;;;;88;;prevent-host-death protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2304404..2305834;;cds;;89;89;;;477;;divalent cation transporter;* comp;2305924..2306010;;ctc;;178;178;;;;;;* ;2306189..2306839;;cds;;;;;;217;;lipoate-protein ligase B;* ;;;;;;;;;;;;* ;2331183..2331521;;cds;;73;73;;;113;;hp;* ;2331595..2331671;;atgj;;126;126;;;;;;* comp;2331798..2332040;;cds;;;;;;81;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2411337..2411804;;cds;;-72;*-72;;;156;;CreA;* comp;2411733..2411804;;Sig-pep;;202;202;;;24;;hp;* comp;2412007..2412083;;cac;;75;75;;;;;;* comp;2412159..2413343;;cds;;;;;;395;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2729598..2731271;;cds;;449;*449;;;558;;macrocin-O-methyltransferase;* comp;2731721..2731797;;atgf;;95;;;;;;;* comp;2731893..2732007;;5s;;119;;;115;;;;* comp;2732127..2734884;;23s;;362;;;2758;;;;* comp;2735247..2735322;;gca;;66;;;66;;;;* comp;2735389..2735465;;atc;;184;;;;;;;* comp;2735650..2737126;;16s;;606;*606;;1477;;;;* comp;2737733..2738110;;cds;;;;;;126;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2959802..2961874;;cds;;354;*354;;;*691;;chemotaxis sensory transducer protein;* comp;2962229..2962303;;gtc;;123;123;;;;;;* ;2962427..2963359;;cds;;;;;;311;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3124836..3125033;;cds;;151;151;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;3125185..3125260;;tgg;;343;343;;;;;;* comp;3125604..3126794;;cds;;93;93;;;397;;elongation factor Tu;* comp;3126888..3126961;;gga;;27;;27;;;;;* comp;3126989..3127074;;tac;;37;37;;;;;;* ;3127112..3128158;;cds;;57;57;;;349;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;3128216..3128291;;aca;;127;127;;;;;;* ;3128419..3128652;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3193350..3194507;;cds;;430;*430;;;386;;acyltransferase;* comp;3194938..3195013;;ttc;;103;103;;;;;;* comp;3195117..3195635;;cds;;;;;;173;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3320745..3322115;;cds;;-1371;*-1371;;;457;;virulence protein;* ;3320745..3320816;;Sig-pep;;1389;*1389;;;24;;hp;* comp;3322206..3322281;;atgi;;60;60;;;;;;* comp;3322342..3324432;;cds;;;;;;*697;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3377932..3378114;;cds;;140;140;;;61;;hp;* ;3378255..3378329;;acc;+;165;;165;;;;;* ;3378495..3378569;;acc;2 acc;237;237;;;;;;* ;3378807..3379370;;cds;;234;234;;;188;;hp;* ;3379605..3379681;;gac;;77;77;;;;;;* comp;3379759..3380517;;cds;;;;;;253;;diguanylate phosphodiesterase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3399207..3399494;;cds;;262;262;;;96;;hp;* comp;3399757..3399833;;ccg;;56;56;;;;;;* comp;3399890..3400972;;cds;;;;;;361;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3490378..3491148;;cds;;84;84;;;257;;2-phosphoglycolate phosphatase;* ;3491233..3491307;;gtg;;407;*407;;;;;;* ;3491715..3492080;;cds;;;;;;122;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3719367..3719753;;cds;;163;163;;;129;;hp;* comp;3719917..3719990;;ggg;;95;95;;;;;;* comp;3720086..3720859;;cds;;;;;;258;;enoyl-ACP reductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3805869..3806813;;cds;;130;130;;;315;;inner-membrane translocator;* comp;3806944..3807058;;5s;;116;;;;115;;;* comp;3807175..3809932;;23s;;362;;;;2758;;;* comp;3810295..3810370;;gca;;66;;;66;;;;* comp;3810437..3810513;;atc;;184;;;;;;;* comp;3810698..3812174;;16s;;1227;*1227;;;1477;;;* ;3813402..3814118;;cds;;;;;;239;;transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3824154..3825854;;cds;;76;76;;;567;;phage integrase;* comp;3825931..3826007;;cgt;;387;*387;;;;;;* ;3826395..3827531;;cds;;;;;;379;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4021982..4023163;;cds;;27;27;;;394;;diguanylate phosphodiesterase;* comp;4023191..4023277;;ttg;;224;224;;;;;;* ;4023502..4023855;;cds;;;;;;118;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4058818..4059117;;cds;;187;187;;;100;;hp;* ;4059305..4059380;;gcg;;179;179;;;;;;* comp;4059560..4060126;;cds;;;;;;189;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4105626..4107317;;cds;;-114;*-114;;;564;;chemotaxis sensory transducer;* comp;4107204..4107317;;Sig-pep;;721;*721;;;38;;hp;* comp;4108039..4108113;;acg;;148;148;;;;;;* ;4108262..4108843;;cds;;;;;;194;;D-alpha,beta-D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4261100..4262038;;cds;;269;269;;;313;;thioredoxin-like protein;* ;4262308..4262382;;ggc;;118;118;;;;;;* ;4262501..4263136;;cds;;;;;;212;;lysine exporter protein LysE/YggA;* </pre> ====rru cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_cumuls|rru cumuls]] <pre> rru cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300 avec rRNA;opérons;4;1;;;1;7;1;;100;23;1;0 ;16atcgca235;1;20;;;50;6;40;;200;17;30;3 ;Id-atgf;3;40;1;;100;19;80;;300;16;60;4 ;-;;60;;;150;20;120;;400;17;90;12 ;max a;3;80;;4;200;8;160;;500;8;120;10 ;a doubles;0;100;1;;250;7;200;;600;5;150;3 ;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;2;180;4 ;total aas;11;140;;;350;3;280;;800;0;210;5 sans ;opérons;40;160;;;400;3;320;;900;0;240;8 ;1 aa;36;180;1;;450;3;360;;1000;0;270;4 ;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;300;3 ;a doubles;2;;1;;;10;;;;3;;35 ;total aas;44;;4;4;;95;;0;;91;;91 total aas;;55;;;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;119;66;;208;;;;292;; ;;;variance;79;0;;333;;;;187;; sans jaune;;;moyenne;;;;148;;;;237;;140 ;;;variance;;;;83;;;;132;;69 </pre> ====rru blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_blocs|rru blocs]] <pre> rru blocs;;;;;;; cds;859;576;sulfate;cds;606;126;hp 16s;184;1477;;16s;184;1477; atc;66;;;atc;66;; gca;362;;;gca;362;; 23s;119;2758;;23s;119;2758; 5s;96;115;;5s;95;115; atgf;287;;;atgf;449;; cds;;78;hp;cds;;558;macrocin ;;;;;;; cds;-102;534;peptidase;;;; Sig-pep;1212;34;hp;cds;1227;239;transposase 16s;182;1477;;16s;184;1477; atc;66;;;atc;66;; gca;361;;;gca;362;; 23s;118;2758;;23s;116;2758; 5s;95;115;;5s;130;115; atgf;573;;;cds;;315;inner cds;;1496;hp;;;; ;;;;;;; sulfate;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;;;;;; inner;inner-membrane translocator;;;;;; macrocin;macrocin-O-methyltransferase;;;;;; peptidase;peptidase M23B;;;;;; </pre> ====rru distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_distribution|rru distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rru;;36;;;;;36;;rru;4;;;;;;4;;rru;4;;;;;;4;;rru;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====rru données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_données_intercalaires|rru données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;rru;fx;fc;rru;fx40;fc40;rru;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;81;163;253;CDS 16s ;; ;0;10;47;242;1;4;21;-2;1;0;406;37;841;1193; ;1;20;50;189;2;3;31;-3;0;0;98;299;972;999; 1;0;30;51;116;3;3;38;-4;27;394;224;147;5s CDS;; 1;0;40;27;83;4;4;43;-5;0;0;92;136;;130; 1;0;50;23;99;5;4;29;-6;2;0;141;287;23s 5s;; ;3;60;34;100;6;2;18;-7;0;5;83;257;2* 119;; 1;1;70;31;82;7;5;11;-8;0;42;170;319;118;; 1;3;80;24;87;8;5;22;-9;0;0;86;43;116;; 1;5;90;29;93;9;6;14;-10;3;6;738;115;16s tRNA;;atc ;5;100;30;96;10;11;15;-11;4;22;71;239;180;; ;2;110;38;64;11;7;34;-12;0;0;117;217;178;; 2;2;120;27;67;12;7;30;-13;0;4;131;283;180;; 2;1;130;30;59;13;2;26;-14;2;11;98;139;180;; 3;1;140;25;67;14;2;26;-15;1;0;150;116;tRNA 23s;;gca 2;3;150;28;55;15;8;13;-16;1;2;284;70;347;; ;1;160;27;60;16;3;13;-17;3;11;85;164;346;; 2;3;170;28;64;17;9;16;-18;0;0;63;261;347;; 3;1;180;16;46;18;7;9;-19;1;4;12;123;347;; 1;1;190;32;36;19;3;10;-20;4;3;396;295;5s tRNA;; ;0;200;23;43;20;2;12;-21;1;0;175;178;96;;atgf ;1;210;18;27;21;8;5;-22;1;0;215;126;95;;atgf 1;1;220;21;35;22;8;12;-23;1;1;186;449;95;;atgf 1;1;230;15;32;23;4;11;-24;0;0;150;171;tRNA tRNA;;intra 1;2;240;15;24;24;7;10;-25;1;1;89;166;4*66;;atc gca ;0;250;16;23;25;5;16;-26;2;2;73;90;tRNA tRNA;; 2;0;260;16;27;26;2;8;-27;1;0;202;140;202;;gcc 2;1;270;18;15;27;5;13;-28;0;0;75;77;**;;gcc ;0;280;13;20;28;4;16;-29;1;2;354;387;81;;tgc 2;1;290;17;14;29;3;14;-30;0;0;151;27;**;;aac 2;0;300;17;12;30;5;11;-31;0;2;343;224;27;;gga ;0;310;15;18;31;1;9;-32;0;1;93;187;**;;tac 1;0;320;14;8;32;4;10;-33;0;0;57;179;165;;acc ;0;330;9;6;33;3;7;-34;0;1;127;148;**;;acc ;0;340;7;12;34;2;11;-35;1;0;430;269;;; ;1;350;10;7;35;3;4;-36;0;0;103;;;; ;1;360;11;3;36;3;7;-37;0;0;60;;;; ;0;370;10;10;37;3;10;-38;1;0;237;;;; ;0;380;3;6;38;5;6;-39;0;0;234;;;; 1;0;390;4;5;39;1;9;-40;2;0;262;;;; ;1;400;5;4;40;2;10;-41;1;2;56;;;; 1;5;reste;88;72;reste;787;1498;-42;0;0;84;;;; 35;48;total;963;2140;total;963;2140;-43;0;1;407;;;; 34;43;diagr;874;2056;diagr;175;630;-44;0;0;163;;;; 1;1; t30;148;547;;;;-45;1;0;95;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;103;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;721;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;118;;;; ;x;962;74;1;1037;;;-49;1;0;;;;; ;c;2128;609;12;2749;;;-50;1;0;;;;; ;;;;;3786;160;;reste;9;11;;;;; ;;;;;;3946;;total;74;609;;;;; </pre> =====rru autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_autres_intercalaires_aas|rru autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;rru;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;16232;163;comp; ;tRNA;17016;253;comp;ctg fin;CDS;17356;;; deb;CDS;117072;37;; ;tRNA;117325;299;comp;agg fin;CDS;117701;;; deb;CDS;149921;147;comp; ;tRNA;151241;136;;cgg fin;CDS;151454;;comp; deb;CDS;189941;841;; 16s;rRNA;192510;180;;1477 ;tRNA;194189;66;;atc ;tRNA;194332;347;;gca 23s;rRNA;194755;119;;2758 5s;rRNA;197647;96;;115 ;tRNA;197858;287;;atgf deb;CDS;198222;222;comp; ;repeat_region;198678;145;; fin;CDS;200012;;comp; deb;CDS;211593;261;comp; ;repeat_region;213597;128;; fin;CDS;214303;;comp; deb;CDS;305449;257;comp; ;tRNA;306906;319;;cag fin;CDS;307299;;comp; deb;CDS;322896;406;comp; ;tRNA;324100;98;comp;caa fin;CDS;324273;;comp; deb;CDS;362552;224;; ;tRNA;363106;202;;gcc ;tRNA;363384;43;;gcc fin;CDS;363503;;comp; deb;CDS;407067;92;; ;tRNA;407699;141;;agc fin;CDS;407932;;; deb;CDS;419952;57;; ;repeat_region;420333;228;; fin;CDS;423032;;comp; deb;CDS;466945;115;; ;tRNA;468041;83;comp;tta fin;CDS;468210;;comp; deb;CDS;529650;67;; ;repeat_region;530056;180;; fin;CDS;530734;;comp; deb;CDS;536858;111;comp; ;regulatory;537266;38;; fin;CDS;537511;;; deb;CDS;559038;239;comp; ;tRNA;559697;170;;aag fin;CDS;559943;;; deb;CDS;571949;20;; ;regulatory;572902;194;; fin;CDS;573329;;; deb;CDS;794877;217;comp; ;tRNA;795406;86;;tcc fin;CDS;795583;;; deb;CDS;908584;1193;comp; 16s;rRNA;911379;178;;1477 ;tRNA;913057;66;;atc ;tRNA;913200;346;;gca 23s;rRNA;913622;118;;2758 5s;rRNA;916513;95;;115 ;tRNA;916723;738;;atgf fin;CDS;917538;;; deb;CDS;988887;204;; ;repeat_region;989382;533;; fin;CDS;992381;;comp; deb;CDS;1144656;314;comp; ;ncRNA;1145438;15;comp; fin;CDS;1145882;;comp; deb;CDS;1159249;71;; ;tRNA;1160163;117;;gag fin;CDS;1160356;;; deb;CDS;1339162;168;; ;regulatory;1340533;238;; fin;CDS;1340988;;; deb;CDS;1362782;177;comp; ;repeat_region;1363865;208;; fin;CDS;1364648;;comp; deb;CDS;1464820;283;comp; ;tRNA;1465406;139;;tcg fin;CDS;1465635;;comp; 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;tRNA;2305924;178;comp;ctc fin;CDS;2306189;;; deb;CDS;2318681;138;comp; ;regulatory;2319857;73;; fin;CDS;2320063;;; deb;CDS;2331183;73;; ;tRNA;2331595;126;;atgj fin;CDS;2331798;;comp; deb;CDS;2411337;202;comp; ;tRNA;2412007;75;comp;cac fin;CDS;2412159;;comp; deb;CDS;2550773;186;comp; ;regulatory;2551172;147;; fin;CDS;2551477;;; deb;CDS;2559473;36;; ;tmRNA;2560658;131;; fin;CDS;2561126;;; deb;CDS;2667051;354;; ;repeat_region;2668113;204;; fin;CDS;2669862;;comp; deb;CDS;2714978;129;; ;repeat_region;2715965;262;; fin;CDS;2716563;;; deb;CDS;2729598;449;; ;tRNA;2731721;95;comp;atgf 5s;rRNA;2731893;119;comp;115 23s;rRNA;2732127;347;comp;2758 ;tRNA;2735247;66;comp;gca ;tRNA;2735389;180;comp;atc 16s;rRNA;2735646;972;comp;1477 fin;CDS;2738117;;comp; deb;CDS;2959802;354;comp; ;tRNA;2962229;171;comp;gtc fin;CDS;2962475;;; deb;CDS;3124836;151;comp; ;tRNA;3125185;343;comp;tgg deb;CDS;3125604;93;comp; ;tRNA;3126888;27;comp;gga ;tRNA;3126989;166;comp;tac deb;CDS;3127241;57;; ;tRNA;3128216;127;;aca fin;CDS;3128419;;; deb;CDS;3193350;430;comp; ;tRNA;3194938;103;comp;ttc fin;CDS;3195117;;comp; deb;CDS;3320745;90;; ;tRNA;3322206;60;comp;atgi fin;CDS;3322342;;comp; deb;CDS;3377932;140;comp; ;tRNA;3378255;165;;acc ;tRNA;3378495;237;;acc deb;CDS;3378807;234;; ;tRNA;3379605;77;;gac fin;CDS;3379759;;comp; deb;CDS;3399207;262;comp; ;tRNA;3399757;56;comp;ccg fin;CDS;3399890;;comp; deb;CDS;3490378;84;; ;tRNA;3491233;407;;gtg fin;CDS;3491715;;; deb;CDS;3514107;56;comp; ;regulatory;3515291;4;comp; ;regulatory;3515401;88;comp; fin;CDS;3515601;;comp; deb;CDS;3523910;371;; ;repeat_region;3524497;79;; fin;CDS;3525452;;comp; deb;CDS;3705744;56;comp; ;regulatory;3707042;399;comp; fin;CDS;3707518;;; deb;CDS;3719367;163;comp; ;tRNA;3719917;95;comp;ggg fin;CDS;3720086;;comp; deb;CDS;3805869;130;; 5s;rRNA;3806944;116;comp;115 23s;rRNA;3807175;347;comp;2758 ;tRNA;3810295;66;comp;gca ;tRNA;3810437;180;comp;atc 16s;rRNA;3810694;999;comp;1477 fin;CDS;3813192;;; deb;CDS;3824154;103;comp; ;tRNA;3825931;387;comp;cgt fin;CDS;3826395;;; deb;CDS;3996560;58;comp; ;ncRNA;3998598;106;comp; fin;CDS;3998802;;comp; deb;CDS;4021982;27;; ;tRNA;4023191;224;comp;ttg fin;CDS;4023502;;; deb;CDS;4058818;187;comp; ;tRNA;4059305;179;;gcg fin;CDS;4059560;;comp; deb;CDS;4105626;721;comp; ;tRNA;4108039;148;comp;acg fin;CDS;4108262;;; deb;CDS;4261100;269;comp; ;tRNA;4262308;118;;ggc fin;CDS;4262501;;; </pre> ====rru intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_entre_cds|rru intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> rru;27.1.21 paris;NCBI;10.3.20;;;;;;;;; rru;intercalaires;total;%;intercalaires;moyennes;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;683;18.0;'''négatif ;-8;15;-73 à -1;'''4 352 825;-1;683;610;1 ;'''zéro;13;0.3;;;;;'''intercals;0;13;620;0 ;'''1 à 200;2368;62.5;'''0 à 200;78;58;;'''429 144;5;180;630;5 ;'''201 à 370;535;14.1;'''201 à 370;268;46;;'''9.9%;10;109;640;6 ;'''371 à 600;139;3.7;'''371 à 600;453;60;;;15;155;650;1 ;'''601 à max;48;1.3;'''601 à 1028;733;105;;;20;84;660;4 ;'''total 3786;<201;80.9;'''total 3779;112;136;-73 à 995;;25;86;670;3 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;81;680;1 3818575;1469;-1;683;-70;8;;0;13;35;54;690;2 844364;995;0;13;-60;5;;-1;°81;40;56;700;1 3816901;954;1;25;-50;8;;-2;1;45;59;710;1 3134490;938;2;34;-40;8;;-3;0;50;63;720;0 3477618;929;3;°41;-30;6;'''min à -1;-4;°421;55;67;730;0 1097019;885;4;°47;-20;21;683;-5;0;60;67;740;3 3856065;884;5;°33;-10;75;18.0%;-6;2;65;61;750;0 566184;881;6;20;0;565;;-7;5;70;52;760;1 1833839;873;7;16;10;289;;-8;°42;75;59;770;2 3136049;866;8;°27;20;239;;-9;0;80;52;780;3 2475546;802;9;20;30;167;;-10;9;85;58;790;3 93164;788;10;26;40;110;;-11;°26;90;64;800;0 409696;787;11;°41;50;122;;-12;0;95;51;810;1 400635;785;12;37;60;134;;-13;4;100;75;820;0 1366462;777;13;28;70;113;;-14;°13;105;49;830;0 3456663;777;14;°28;80;111;;-15;1;110;53;840;0 3312945;771;15;21;90;122;'''1 à 100;-16;3;115;49;850;0 550038;769;16;16;100;126;1533;-17;°14;120;45;860;0 2493887;767;17;°25;110;102;41%;-18;0;125;44;870;1 1410707;755;18;16;120;94;;-19;5;130;45;880;1 1423514;739;19;13;130;89;;-20;°7;135;48;890;3 2688282;734;20;°14;140;92;;-21;1;140;44;900;0 3627241;732;21;13;150;83;;-22;1;145;41;910;0 2706640;702;22;°20;160;87;;-23;°2;150;42;920;0 3937050;697;23;15;170;92;;-24;0;155;44;930;1 1011650;686;24;17;180;62;;-25;2;160;43;940;1 742860;682;25;°21;190;68;'''1 à 200;-26;°4;165;42;950;0 3424033;675;26;10;200;66;2368;-27;1;170;50;960;1 139185;669;27;18;210;45;62.5%;-28;0;175;31;970;0 880072;663;28;°20;220;56;;-29;°3;180;31;980;0 1976647;662;29;17;230;47;;-30;0;185;28;990;0 2640270;659;30;16;240;39;;-31;2;190;40;1000;1 90214;657;31;10;250;39;;-32;1;195;39;1010;0 961964;656;32;°14;260;43;;;664;200;27;1020;0 1209394;652;33;10;270;33;'''0 à 200;reste;32;205;19;1030;0 2536913;650;34;13;280;33;2381;total;696;210;26;1040;0 2591508;639;35;7;290;31;;;;215;25;1050;0 55947;637;36;10;300;29;;intercal;<u>frequencef;220;31;1060;0 1786743;636;37;°13;310;33;;600;3738;225;25;1070;0 2231609;636;38;11;320;22;;620;1;230;22;1080;0 3609912;633;39;10;330;15;;640;11;235;18;1090;0 3187318;631;40;°12;340;19;;660;5;240;21;1100;0 ;;reste;2285;350;17;;680;4;245;24;1110;0 ;;total;3786;360;14;'''201 à 370;700;3;250;15;1120;0 ;;;;370;20;535;720;1;255;21;1130;0 ;;;;380;9;14.1%;740;3;260;22;1140;0 ;;;;390;9;;760;1;265;23;1150;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;9;;780;5;270;10;1160;0 2068001;-137;shift2;1009;410;14;;800;3;275;15;1170;0 651352;-122;comp;;420;14;;820;1;280;18;1180;0 2462962;-120;comp;;430;9;;840;0;285;13;1190;0 1155908;-106;comp;;440;4;;860;0;290;18;1200;0 2381188;-104;comp;;450;15;;880;2;295;14;reste;1 3871151;-104;comp;;460;5;;900;3;300;15;total;3786 4292550;-73;shift2;662;470;5;'''371 à 600;920;0;305;18;; 664620;-70;comp;;480;4;139;940;2;310;15;; 3822351;-68;shift2;682;490;4;3.7%;960;1;315;10;; 3867765;-65;shift2;451;500;5;;980;0;320;12;; 1091959;-64;shift2;1268;510;7;;1000;1;325;8;; 3289914;-62;shift2;;520;1;;;47;330;7;; 1568904;-61;shift2;;530;3;;;;335;11;; 465562;-59;comp;;540;4;;;;340;8;; 2309068;-59;shift2;;550;7;;;;345;12;; 780196;-58;shift2;;560;2;;;;350;5;; 2759874;-55;comp;;570;1;;;;355;7;; 3267314;-53;shift2;;580;5;'''601 à max;;;360;7;; 210683;-52;shift2;;590;1;48;;;365;7;; 1365051;-52;shift2;;600;2;1.3%;;;370;13;; 622208;-50;comp;;reste;48;;reste;1;reste;187;; 2342888;-49;comp;;total;3786;;total;3786;total;3786;; </pre> ====rru intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru intercalaires positifs S+]] *Légende: *Tableaux <pre> rru. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; rru;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-13;90;-272;53;818;231;min50;-34;275;-804;94;878;270;min40 31 à 400;12;-97;135;28;833;269;2 parties;13;-61;-91;52;957;156;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;103;46;-;798;dte;20;Sf;181;62;-;739;poly;139;SF 31 à 400;86;41;-;797;dte;36;tf;137;50;-;916;dte;41;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.017;;;;; 41-n;0.829;0.193;0.611;;;;;;;;;;; 1-n;0.861;0.722;0.792;;;;;;;;;14.8.21 Paqris;; rru;fx;fc;;rru;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rru;Sx-;Sc- 0;1;12;;0;1;6;0;1;12;>0;962;-1;0;81 10;47;242;;10;54;118;1;4;21;<0;74;-2;1;0 20;50;189;;20;57;92;2;3;31;zéro;1;-3;0;0 30;51;116;;30;58;56;3;3;38;total;1037;-4;27;394 40;27;83;;40;31;40;4;4;43;;c;-5;0;0 50;23;99;;50;26;48;5;4;29;>0;2128;-6;2;0 60;34;100;;60;39;49;6;2;18;<0;609;-7;0;5 70;31;82;;70;35;40;7;5;11;zéro;12;-8;0;42 80;24;87;;80;27;42;8;5;22;total;2749;-9;0;0 90;29;93;;90;33;45;9;6;14;;;-10;3;6 100;30;96;;100;34;47;10;11;15;;;-11;4;22 110;38;64;;110;43;31;11;7;34;;;-12;0;0 120;27;67;;120;31;33;12;7;30;;;-13;0;4 130;30;59;;130;34;29;13;2;26;;;-14;2;11 140;25;67;;140;29;33;14;2;26;;;-15;1;0 150;28;55;;150;32;27;15;8;13;;;-16;1;2 160;27;60;;160;31;29;16;3;13;;;-17;3;11 170;28;64;;170;32;31;17;9;16;;;-18;0;0 180;16;46;;180;18;22;18;7;9;;;-19;1;4 190;32;36;;190;37;18;19;3;10;;;-20;4;3 200;23;43;;200;26;21;20;2;12;;;-21;1;0 210;18;27;;210;21;13;21;8;5;;;-22;1;0 220;21;35;;220;24;17;22;8;12;;;-23;1;1 230;15;32;;230;17;16;23;4;11;;;-24;0;0 240;15;24;;240;17;12;24;7;10;;;-25;1;1 250;16;23;;250;18;11;25;5;16;;;-26;2;2 260;16;27;;260;18;13;26;2;8;;;-27;1;0 270;18;15;;270;21;7;27;5;13;;;-28;0;0 280;13;20;;280;15;10;28;4;16;;;-29;1;2 290;17;14;;290;19;7;29;3;14;;;-30;0;0 300;17;12;;300;19;6;30;5;11;;;-31;0;2 310;15;18;;310;17;9;31;1;9;;;-32;0;1 320;14;8;;320;16;4;32;4;10;;;-33;0;0 330;9;6;;330;10;3;33;3;7;;;-34;0;1 340;7;12;;340;8;6;34;2;11;;;-35;1;0 350;10;7;;350;11;3;35;3;4;;;-36;0;0 360;11;3;;360;13;1;36;3;7;;;-37;0;0 370;10;10;;370;11;5;37;3;10;;;-38;1;0 380;3;6;;380;3;3;38;5;6;;;-39;0;0 390;4;5;;390;5;2;39;1;9;;;-40;2;0 400;5;4;;400;6;2;40;2;10;;;-41;1;2 reste;88;72;;;;;reste;787;1498;;;-42;0;0 total;963;2140;;t30;169;266;total;963;2140;;;-43;0;1 diagr;874;2056;;;;;diagr;175;630;;;-44;0;0 - t30;726;1509;;;;;;;;;;-45;1;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;reste;9;11 ;;;;;;;;;;;;total;74;609 </pre> ====rru intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_négatifs_S-|rru intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> rru;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;;; comp’;0;1;0;25;0;2;0;0;0;3;4;0;0;2;1;1;3;0;1;4;1;1;0;0;1;2;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;4;69;7 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fin;°CDS;1145882;;comp;;deb;°CDS;2714978;129;;;deb;°CDS;4105626;721;comp deb;°CDS;1159249;71;;;;repeat_region;2715965;262;;;;&tRNA;4108039;148;comp ;&tRNA;1160163;117;;;fin;°CDS;2716563;;;;fin;°CDS;4108262;; fin;°CDS;1160356;;;;;;;;;;deb;°CDS;4261100;269;comp deb;°CDS;1339162;168;;;;;;;;;;&tRNA;4262308;118; ;regulatory;1340533;238;;;;;;;;;fin;°CDS;4262501;; fin;°CDS;1340988;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====rru intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_tRNA|rru intercalaires tRNA]] <pre> rru;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;; ;;;;;;;;;; ;66;;163;comp’;253;;12;56;'''deb; ;202;comp’;37;comp’;299;;57;60;<201;15 ;66;comp’;147;comp’;136;;71;63;total;24 ;81;;;;287;;73;75;taux;63% ;66;comp’;257;comp’;319;;84;83;; ;27;;406;;98;;85;86;'''fin; ;165;;224;comp’;43;;89;95;<201;18 ;66;;92;;141;;92;98;total;25 ;;comp’;115;;83;;93;103;taux;72% ;;comp’;239;;170;;98;117;; 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;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;25;29;54;;;;; ;;total;41;42;83;;;;; ;;taux;61%;69%;65%;;;;; </pre> ===oan=== ====oan opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;oan;;genome;;;;;;;;; 56.1%GC;27.12.19 Paris;16s 4 ;61 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 ;;;;;;;;;;;; chromosom1;;;;;;;;;;;; ;34057..34446;;cds;;224;224;;;130;;TIGR02300 family protein;* ;34671..34746;;gcc;@1;-40;*-40;;;;;;* ;34707..35480;;cds;;;;;;258;;glutathione S-transferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;223549..224394;;cds;;164;164;;;282;;3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase CysQ;* ;224559..224635;;ccg;;109;109;;;;;;* comp;224745..225806;;cds;;;;;;354;;site-specific integrase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;337757..338197;;cds;;158;158;;;147;;DMT family transporter;* comp;338356..338431;;ttc;;171;171;;;;;;* comp;338603..338818;;cds;;;;;;72;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;;;;;;;;;;;;* comp;344419..344598;;cds;;147;147;;;60;;hp;* ;344746..344820;;acc;;397;397;;;;;;* ;345218..346030;;cds;;;;;;271;;DUF2189 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;351922..353328;;cds;;167;167;;;469;;deoxyribodipyrimidine photo-lyase;* comp;353496..353572;;cgt;;159;159;;;;;;* comp;353732..355285;;cds;;;;;;*518;;HAMP domain-containing histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;725472..726479;;cds;;219;219;;;336;;glycosyltransferase family 4 protein;* ;726699..726773;;caa;;61;61;;;;;;* comp;726835..727413;;cds;;;;;;193;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;934613..934987;;cds;;333;333;;;125;;transposase;* comp;935321..935397;;agg;;114;114;;;;;;* comp;935512..936675;;cds;;;;;;388;;amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1049919..1051202;;cds;;24;24;;;428;;cystathionine gamma-synthase family protein;* comp;1051227..1051311;;ttg;@2;593;*593;;;;;;* comp;1051905..1053539;;cds;;;;;;*545;;phosphoethanolamine transferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1081066..1083021;;cds;;998;*998;;;*652;;M23 family metallopeptidase;* ;1084020..1085508;;16s;;268;;;;1489;;;* ;1085777..1085853;;atc;;11;;;11;;;;* ;1085865..1085940;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;1085980..1086168;;cds;@3;38;38;;;63;;P-hp;* ;1086207..1089125;;23s;;186;;;;2919;;;* ;1089312..1089426;;5s;;54;;;;115;;;* ;1089481..1089557;;atgf;;363;363;;;;;;* ;1089921..1090091;;cds;;;;;;57;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1096454..1096912;;cds;;7;7;;;153;;hp;* comp;1096920..1097009;;tcg;;352;352;;;;;;* ;1097362..1097751;;cds;;;;;;130;;50S ribosomal protein L21;* ;;;;;;;;;;;;* ;1311344..1311823;;cds;;211;211;;;160;;hp;* ;1312035..1312109;;gag;;88;88;;;;;;* ;1312198..1312467;;cds;;;;;;90;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1344750..1345565;;cds;;677;*677;;;272;;IclR family transcriptional regulator;* ;1346243..1347731;;16s;;268;;;;1489;;;* ;1348000..1348076;;atc;;11;;;11;;;;* ;1348088..1348163;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;1348203..1348391;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;* ;1348430..1351348;;23s;;186;;;;2919;;;* ;1351535..1351649;;5s;;54;;;;115;;;* ;1351704..1351780;;atgf;;360;360;;;;;;* ;1352141..1353082;;cds;;;;;;314;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1354558..1355604;;cds;;85;85;;;349;;polysaccharide deacetylase family protein;* comp;1355690..1355764;;ggc;;136;136;;;;;;* comp;1355901..1357280;;cds;;;;;;460;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1386666..1387982;;cds;;819;*819;;;439;;hp;* comp;1388802..1388891;;tcc;;374;374;;;;;;* ;1389266..1389589;;cds;;;;;;108;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1405236..1405859;;cds;;139;139;;;208;;5,6-dimethylbenzimidazole synthase;* comp;1405999..1406085;;ctg;;146;146;;;;;;* comp;1406232..1406852;;cds;;;;;;207;;2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1604615..1604854;;cds;;26;26;;;80;;hp;* comp;1604881..1604958;;atgj;;10;10;;;;;;* comp;1604969..1605214;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1639492..1640289;;cds;;-44;*-44;;;266;;hp;* comp;1640246..1640322;;atgj;;55;55;;;;;;* ;1640378..1640572;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1778816..1779571;;cds;;385;385;;;252;;SIMPL domain-containing protein;* ;1779957..1780033;;atgi;;265;265;;;;;;* ;1780299..1780844;;cds;;;;;;182;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* ;;;;;;;;;;;;* >;1945985..1946374;;cds;;721;*721;;;130;;P-hp;* comp;1947096..1947171;;aag;;-38;*-38;;;;;;* comp;1947134..1947319;;cds;;;;;;62;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2014813..2015097;;cds;;103;103;;;95;;DUF2218 domain-containing protein;* comp;2015201..2015275;;gaa;+;146;;146;;;;;* comp;2015422..2015496;;gaa;2 gaa;200;200;;;;;;* comp;2015697..2016962;;cds;;;;;;422;;DUF882 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2040234..2040453;;cds;;91;91;;;73;;hp;* ;2040545..2040629;;tac;;24;;24;;;;;* ;2040654..2040727;;gga;;6;6;;;;;;* comp;2040734..2040916;;cds;;-50;*-50;;;61;;hp;* ;2040867..2042042;;cds;;65;65;;;392;;elongation factor Tu;* ;2042108..2042183;;tgg;;420;*420;;;;;;* ;2042604..2042804;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* ;2168416..2168658;;cds;;28;28;;;81;;PepSY domain-containing protein;* comp;2168687..2168760;;ggg;;289;289;;;;;;* ;2169050..2169946;;cds;;;;;;299;;lipid kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2244184..2245050;;cds;;112;112;;;289;;mechanosensitive ion channel;* comp;2245163..2245248;;tta;;200;200;;;;;;* ;2245449..2246705;;cds;;;;;;419;;threonine ammonia-lyase IlvA;* ;;;;;;;;;;;;* ;2267888..2268835;;cds;;305;305;;;316;;patatin family protein;* ;2269141..2269225;;ctc;;66;66;;;;;;* comp;2269292..2270185;;cds;;;;;;298;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2332394..2333530;;cds;;393;393;;;379;;glycosyltransferase family 2 protein;* comp;2333924..2334000;;cgg;;169;169;;;;;;* comp;2334170..2335792;;cds;;;;;;*541;;ABC-F family ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2339396..2340514;;cds;;1650;*1650;;;373;;porin;* comp;2342165..2342239;;gtg;;178;178;;;;;;* comp;2342418..2344424;;cds;;;;;;*669;;murein L,D-transpeptidase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2369668..2370441;;cds;;152;152;;;258;;NAD kinase;* ;2370594..2370669;;aca;;987;*987;;;;;;* comp;2371657..2372076;;cds;;;;;;140;;SUF system Fe-S cluster assembly protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2442729..2443145;;cds;;299;299;;;139;;hp;* comp;2443445..2443519;;atgf;;70;70;;;;;;* <comp;2443590..2443799;;cds;;;;;;70;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2449947..2451311;;cds;;156;156;;;455;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;2451468..2451550;;cta;;236;236;;;;;;* comp;2451787..2452356;;cds;;;;;;190;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2548914..2550098;;cds;;513;*513;;;395;;alpha/beta hydrolase;* comp;2550612..2550688;;gac;+;245;;245;;;;;* comp;2550934..2551010;;gac;2 gac;328;328;;;;;;* ;2551339..2551956;;cds;;;;;;206;;TetR/AcrR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;2604616..2605908;;cds;;824;*824;;;431;;FAD-binding oxidoreductase;* comp;2606733..2606808;;gta;;264;264;;;;;;* comp;2607073..2607996;;cds;;;;;;308;;sugar kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2641040..2641360;;cds;;97;97;;;107;;YnfA family protein;* ;2641458..2641534;;ccc;;94;94;;;;;;* ;2641629..2642357;;cds;;;;;;243;;SDR family oxidoreductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2696299..2697183;;cds;;54;54;;;295;;transcriptional regulator GcvA;* comp;2697238..2697314;;aga;;123;123;;;;;;* comp;2697438..2697743;;cds;;156;156;;;102;;ETC complex I subunit;* comp;2697900..2697976;;cca;;186;186;;;;;;* ;2698163..2698309;;cds;;;;;;49;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2771579..2772697;;cds;;584;*584;;;373;;porin;* ;2773282..2773372;;agc;;203;203;;;;;;* ;2773576..2774643;;cds;;;;;;356;;porin;* chromosom2;;;;;;;;;;;;* ;149537..151504;;cds;;355;355;;;*656;;selenocysteine-specific translation elongation factor;* ;151860..151955;;tga;;14;14;;;;;;* comp;151970..152605;;cds;;;;;;212;;lipase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;298403..299422;;cds;;300;300;;;340;;TerC family protein;* comp;299723..299796;;cag;;361;361;;;;;;* comp;300158..300460;;cds;;;;;;101;;DUF1127 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;455428..456111;;cds;;713;*713;;;228;;FkbM family methyltransferase;* ;456825..458313;;16s;;268;;;;1489;;;* ;458582..458658;;atc;;11;;;11;;;;* ;458670..458745;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;458785..458973;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;* ;459012..461930;;23s;;186;;;;2919;;;* ;462117..462231;;5s;;54;;;;115;;;* ;462286..462362;;atgf;;-44;*-44;;;;;;* comp;462319..463974;;cds;;;;;;*552;;recombinase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;572059..572721;;cds;;545;*545;;;221;;response regulator transcription factor;* comp;573267..573357;;other;@4;620;*620;;;;;;* comp;573978..575285;;cds;;;;;;436;;SidA/IucD/PvdA family monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;611464..611742;;cds;;88;88;;;93;;hp;* comp;611831..611905;;ggc;;387;387;;;;;;* ;612293..612814;;cds;;;;;;174;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;991265..991999;;cds;;217;217;;;245;;alpha/beta hydrolase;* comp;992217..992306;;tca;;323;323;;;;;;* ;992630..992884;;cds;;;;;;85;;DUF2171 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1031528..1032946;;cds;;607;*607;;;473;;PepSY domain-containing protein;* comp;1033554..1033629;;aaa;;327;327;;;;;;* ;1033957..1035651;;cds;;;;;;*565;;membrane protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1067405..1068742;;cds;;131;131;;;446;;DNA polymerase IV;* ;1068874..1068947;;tgc;;739;*739;;;;;;* ;1069687..1069905;;cds;;;;;;73;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1081639..1082031;;cds;;103;103;;;131;;hp;* comp;1082135..1082209;;aac;;168;168;;;;;;* ;1082378..1082653;;cds;;;;;;92;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1333375..1333587;;cds;;209;209;;;71;;hp;* comp;1333797..1333873;;cac;;352;352;;;;;;* ;1334226..1337393;;cds;;;;;;*1056;;PAS domain S-box protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1473437..1474405;;cds;;269;269;;;323;;nitronate monooxygenase;* ;1474675..1474750;;acg;;156;156;;;;;;* >comp;1474907..1475239;;cds;;;;;;111;;DNA adenine methylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1597496..1597666;;cds;;363;363;;;57;;LysR family transcriptional regulator;* comp;1598030..1598106;;atgf;;54;;;;;;;* comp;1598161..1598275;;5s;;186;;;;115;;;* comp;1598462..1601380;;23s;;38;38;;;2919;;;* <;1601419..1601607;;cds;;39;39;;;63;;P-hp;* comp;1601647..1601722;;gca;;11;;;11;;;;* comp;1601734..1601810;;atc;;268;;;;;;;* comp;1602079..1603567;;16s;;743;*743;;;1489;;;* ;1604311..1605192;;cds;;;;;;294;;ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1720169..1720531;;cds;;113;113;;;121;;response regulator;* ;1720645..1720719;;gtc;;465;*465;;;;;;* ;1721185..1721838;;cds;;;;;;218;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;* </pre> ====oan cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_cumuls|oan cumuls]] <pre> oan cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;4;1;;4;1;5;1;;100;25;1;0 ;16atcgca-cds;4;20;;;50;15;40;;200;20;30;0 ;-;;40;1;;100;12;80;;300;21;60;4 ;-;;60;;;150;12;120;;400;15;90;18 ;max a;3;80;;;200;15;160;;500;11;120;8 ;a doubles;0;100;;;250;7;200;;600;5;150;9 ;spéciaux;0;120;;;300;6;240;;700;3;180;3 ;total aas;12;140;;;350;5;280;;800;0;210;6 sans ;opérons;45;160;1;;400;12;320;;900;0;240;4 ;1 aa;42;180;;;450;1;360;;1000;0;270;6 ;max a;2;200;;;500;1;400;;1100;1;300;8 ;a doubles;2;;1;;;16;;;;0;;35 ;total aas;48;;3;4;;107;;0;;101;;101 total aas;;60;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;138;11;;258;;;;256;; ;;;variance;111;0;;268;;;;180;; sans jaune;;;moyenne;;;;174;;;;218;;150 ;;;variance;;;;117;;;;132;;81 </pre> ====oan blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_blocs|oan blocs]] <pre> oan blocs;;;; Constantes;;;; cds;;intercal;cdsa; 16s;;268;1489; atc;;11;; gca;;39;; cds;;38;63;P-hp 23s;;186;2919; 5s;;54;115; atgf;;;; cds;;;; Variations;;;; blocs 16s;;intercal;cdsa; 1084020..1085508;;998;652;M23 family metallopeptidase ;;363;57;LysR family transcriptional regulator ;;;; 1346243..1347731;;677;272;IclR family transcriptional regulator ;;360;314;LysR family transcriptional regulator ;;;; 456825..458313;;713;228;FkbM family methyltransferase ;;-44;552;recombinase family protein ;;;; 1602079..1603567;;743;294;ATPase ;;363;57;LysR family transcriptional regulator </pre> *Détails <pre> cds;743’;713;677;998’ 16s;268;268;268;268 atc;11;11;11;11 gca;39’;39’;39’;39’ cds;38’;38’;38’;38’ 23s;186;186;186;186 5s;54;54;54;54 atgf;363;-44';360;363 cds;;;; </pre> ====oan distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_distribution|oan distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total oan;;41;;;;;41;;oan;6;;;;;;6;;;;;;;;;;;oan;;;;4;;;4 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;; </pre> ====oan1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_données_intercalaires|oan1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;oan1;fx;fc;oan1;fx40;fc40;oan1;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;12;9;0;12;9;-1;0;93;224;109;CDS 16s;; 1;1;10;42;226;1;3;24;-2;1;0;95;147;678;999; ;0;20;29;119;2;4;45;-3;0;0;164;219;23s 5s;; 2;1;30;16;70;3;5;30;-4;22;215;158;24;2* 194;; ;0;40;21;48;4;4;22;-5;0;0;171;7;16s tRNA;; ;0;50;33;45;5;5;21;-6;1;0;397;352;2*273;;atc 1;0;60;43;49;6;5;12;-7;4;3;167;85;tRNA 23s;; 1;2;70;31;61;7;5;10;-8;2;27;159;374;2* 270;;gca ;0;80;28;67;8;3;20;-9;1;0;172;-44;5s tRNA;; 1;1;90;23;42;9;4;14;-10;1;3;333;186;2* 54;;atgf ;3;100;25;51;10;4;28;-11;2;20;114;385;tRNA tRNA;;intra 1;1;110;20;43;11;4;16;-12;2;0;593;721;2* 11;;atc gca ;2;120;12;52;12;2;16;-13;3;3;363;578;tRNA tRNA;; ;1;130;13;45;13;3;15;-14;2;9;211;318;146;;gaa ;3;140;25;36;14;4;19;-15;3;0;88;28;**;;gaa 1;1;150;23;48;15;1;13;-16;0;1;363;289;24;;tac 1;4;160;24;32;16;3;9;-17;2;4;136;197;**;;gga ;3;170;27;33;17;3;9;-18;1;0;819;66;245;;gac ;3;180;14;34;18;3;12;-19;0;1;139;393;**;;gac 2;0;190;24;30;19;4;4;-20;1;6;146;152;;; 1;1;200;12;32;20;2;6;-21;0;1;26;987;;; ;1;210;14;29;21;2;10;-22;0;2;10;328;;; 1;1;220;22;20;22;3;6;-23;0;2;265;824;;; ;1;230;18;19;23;1;11;-24;0;0;103;54;;; ;1;240;15;27;24;2;6;-25;0;0;200;186;;; ;0;250;15;15;25;1;5;-26;1;4;139;584;;; ;0;260;6;12;26;1;4;-27;0;1;65;;;; ;2;270;12;17;27;3;6;-28;0;0;420;;;; ;0;280;8;16;28;0;6;-29;0;2;112;;;; 1;0;290;9;7;29;1;9;-30;0;0;305;;;; ;1;300;12;17;30;2;7;-31;2;0;169;;;; ;1;310;8;12;31;1;3;-32;0;0;1650;;;; 1;0;320;8;5;32;1;4;-33;0;0;178;;;; 1;0;330;13;14;33;1;8;-34;0;0;299;;;; ;1;340;7;14;34;1;9;-35;0;0;70;;;; ;0;350;9;16;35;2;6;-36;1;0;156;;;; 1;0;360;6;5;36;3;2;-37;0;0;236;;;; ;2;370;6;7;37;3;3;-38;0;1;513;;;; 1;0;380;5;8;38;2;9;-39;0;0;264;;;; 1;0;390;7;5;39;4;1;-40;0;0;97;;;; 1;1;400;4;9;40;3;3;-41;0;0;94;;;; 5;5;reste;70;70;reste;651;1044;-42;0;0;123;;;; 26;44;total;771;1516;total;771;1516;-43;0;0;156;;;; 20;39;diagr;689;1437;diagr;108;463;-44;0;0;203;;;; 3;2; t30;87;415;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;759;55;12;826;;;-49;0;0;;;;; ;c;1507;402;9;1918;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;2744;106;;reste;3;4;;;;; ;;;;;;2850;;total;55;402;;;;; </pre> =====oan1 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_autres_intercalaires_aas|oan1 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;oan1;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas fin;;CDS;85;261;; deb;comp;CDS;20987;21391;93; ;;ncRNA;21485;21582;117; fin;;CDS;21700;23517;; deb;;CDS;34057;34446;224; ;;tRNA;34671;34746;95;gcc fin;;CDS;34842;35480;; deb;comp;CDS;36750;37604;244; ;comp;regulatory;37849;38001;259; fin;;CDS;38261;40249;; deb;;CDS;223549;224394;164; ;;tRNA;224559;224635;109;ccg fin;comp;CDS;224745;225806;; deb;comp;CDS;295366;296238;86; ;comp;regulatory;296325;296481;233; fin;;CDS;296715;298838;; deb;comp;CDS;337757;338197;158; ;comp;tRNA;338356;338431;171;ttc fin;comp;CDS;338603;338818;; deb;comp;CDS;344419;344598;147; ;;tRNA;344746;344820;397;acc fin;;CDS;345218;346030;; deb;comp;CDS;351922;353328;167; ;comp;tRNA;353496;353572;159;cgt fin;comp;CDS;353732;355285;; deb;comp;CDS;424109;425302;91; ;comp;regulatory;425394;425473;298; fin;;CDS;425772;426863;; deb;comp;CDS;725472;726479;219; ;;tRNA;726699;726773;172;caa fin;;CDS;726946;729048;; deb;comp;CDS;934613;934987;333; ;comp;tRNA;935321;935397;114;agg fin;comp;CDS;935512;936675;; deb;;CDS;1049919;1051202;24; ;comp;tRNA;1051227;1051311;593;ttg fin;comp;CDS;1051905;1053539;; deb;comp;CDS;1081066;1083021;999; ;;rRNA;1084021;1085503;273;1483 ;;tRNA;1085777;1085853;11;atc ;;tRNA;1085865;1085940;270;gca ;;rRNA;1086211;1089117;194;2907 ;;rRNA;1089312;1089426;54;115 ;;tRNA;1089481;1089557;363;atgj f fin;;CDS;1089921;1090091;; deb;;CDS;1096454;1096912;7; ;comp;tRNA;1096920;1097009;352;tcg fin;;CDS;1097362;1097751;; deb;comp;CDS;1202605;1203609;41; ;comp;regulatory;1203651;1203765;95; fin;;CDS;1203861;1204517;; deb;;CDS;1263516;1263881;88; ;;ncRNA;1263970;1264128;99; fin;;CDS;1264228;1265223;; deb;;CDS;1311344;1311823;211; ;;tRNA;1312035;1312109;88;gag fin;;CDS;1312198;1312467;; deb;;CDS;1344750;1345565;678; ;;rRNA;1346244;1347726;273;1483 ;;tRNA;1348000;1348076;11;atc ;;tRNA;1348088;1348163;270;gca ;;rRNA;1348434;1351340;194;2907 ;;rRNA;1351535;1351649;54;115 ;;tRNA;1351704;1351780;363;atgj f fin;;CDS;1352144;1353082;; deb;;CDS;1354558;1355604;85; ;comp;tRNA;1355690;1355764;136;ggc fin;comp;CDS;1355901;1357280;; deb;comp;CDS;1386666;1387982;819; ;comp;tRNA;1388802;1388891;374;tcc fin;;CDS;1389266;1389589;; deb;comp;CDS;1405236;1405859;139; ;comp;tRNA;1405999;1406085;146;ctg fin;comp;CDS;1406232;1406852;; deb;comp;CDS;1604615;1604854;26; ;comp;tRNA;1604881;1604958;10;atgj j fin;comp;CDS;1604969;1605214;; deb;;CDS;1639492;1640289;-44; ;comp;tRNA;1640246;1640322;186;atgj j fin;;CDS;1640509;1641465;; deb;comp;CDS;1778816;1779571;385; ;;tRNA;1779957;1780033;265;atgi fin;;CDS;1780299;1780844;; deb;;CDS;1818096;1818755;175; ;;ncRNA;1818931;1819358;205; fin;;CDS;1819564;1820313;; deb;;CDS;1881047;1881754;33; ;comp;tmRNA;1881788;1882155;188; fin;;CDS;1882344;1882655;; deb;;CDS;1917737;1918849;108; ;;regulatory;1918958;1919182;154; fin;;CDS;1919337;1921202;; deb;;CDS;1945985;1946374;721; ;comp;tRNA;1947096;1947171;578;aag fin;;CDS;1947750;1948412;; deb;;CDS;1973835;1975286;48; ;;regulatory;1975335;1975573;50; fin;;CDS;1975624;1975812;; deb;comp;CDS;2014813;2015097;103; ;comp;tRNA;2015201;2015275;146;gaa ;comp;tRNA;2015422;2015496;200;gaa fin;comp;CDS;2015697;2016962;; deb;comp;CDS;2039366;2040226;318; ;;tRNA;2040545;2040629;24;tac ;;tRNA;2040654;2040727;139;gga deb;;CDS;2040867;2042042;65; ;;tRNA;2042108;2042183;420;tgg fin;;CDS;2042604;2042804;; deb;;CDS;2168416;2168658;28; ;comp;tRNA;2168687;2168760;289;ggg fin;;CDS;2169050;2169946;; deb;comp;CDS;2244184;2245050;112; ;comp;tRNA;2245163;2245248;197;tta fin;;CDS;2245446;2246705;; deb;;CDS;2267888;2268835;305; ;;tRNA;2269141;2269225;66;ctc fin;comp;CDS;2269292;2270185;; deb;;CDS;2332394;2333530;393; ;comp;tRNA;2333924;2334000;169;cgg fin;comp;CDS;2334170;2335792;; deb;comp;CDS;2339396;2340514;1650; ;comp;tRNA;2342165;2342239;178;gtg fin;comp;CDS;2342418;2344424;; deb;comp;CDS;2369668;2370441;152; ;;tRNA;2370594;2370669;987;aca fin;comp;CDS;2371657;2372076;; deb;comp;CDS;2442729;2443145;299; ;comp;tRNA;2443445;2443519;70;atgj f fin;comp;CDS;2443590;2443781;; deb;comp;CDS;2449947;2451311;156; ;comp;tRNA;2451468;2451550;236;cta fin;comp;CDS;2451787;2452356;; deb;comp;CDS;2548914;2550098;513; ;comp;tRNA;2550612;2550688;245;gac ;comp;tRNA;2550934;2551010;328;gac fin;;CDS;2551339;2551956;; deb;;CDS;2604616;2605908;824; ;comp;tRNA;2606733;2606808;264;gta fin;comp;CDS;2607073;2607996;; deb;;CDS;2641040;2641360;97; ;;tRNA;2641458;2641534;94;ccc fin;;CDS;2641629;2642357;; deb;;CDS;2696299;2697183;54; ;comp;tRNA;2697238;2697314;123;aga deb;comp;CDS;2697438;2697743;156; ;comp;tRNA;2697900;2697976;186;cca fin;;CDS;2698163;2698309;; deb;comp;CDS;2771579;2772697;584; ;;tRNA;2773282;2773372;203;agc fin;;CDS;2773576;2774643;; deb;;CDS;2886536;2887183;84; </pre> ====oan2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_données_intercalaires|oan2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;oan2;fx;fc;oan2;fx40;fc40;oan2;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;2;1;0;2;1;-1;0;48;355;14;CDS 16s ;; ;0;10;29;159;1;2;26;-2;1;0;300;-44;714;744; 1;0;20;25;104;2;3;23;-3;1;0;361;387;23s 5s;; ;0;30;9;49;3;8;18;-4;12;195;545;217;2* 194;; ;0;40;21;49;4;4;17;-5;0;0;620;323;16s tRNA;; ;0;50;15;25;5;2;14;-6;0;0;88;327;2* 273;;atc ;0;60;17;29;6;3;4;-7;0;2;607;103;tRNA 23s;; ;0;70;13;45;7;5;8;-8;1;16;131;168;2* 270;;gca ;0;80;13;35;8;1;15;-9;0;0;739;352;5s tRNA;; ;1;90;18;32;9;1;12;-10;0;2;209;156;2* 54;;atgf ;0;100;13;31;10;0;22;-11;0;8;269;;tRNA tRNA;;intra 1;0;110;25;29;11;4;26;-12;1;0;363;;2* 11;;atc gca ;1;120;7;32;12;4;19;-13;1;0;113;;;; ;0;130;16;20;13;2;12;-14;0;6;465;;;; ;1;140;12;30;14;2;10;-15;0;0;;;;; ;0;150;10;17;15;2;6;-16;2;0;;;;; 1;0;160;15;20;16;0;6;-17;0;1;;;;; 1;0;170;13;14;17;4;3;-18;1;0;;;;; ;0;180;13;12;18;3;4;-19;1;0;;;;; ;0;190;11;18;19;2;8;-20;0;3;;;;; ;0;200;10;10;20;2;10;-21;1;0;;;;; ;1;210;9;7;21;1;6;-22;0;0;;;;; 1;0;220;10;10;22;2;5;-23;0;1;;;;; ;0;230;5;16;23;0;7;-24;0;0;;;;; ;0;240;6;10;24;2;7;-25;0;1;;;;; ;0;250;7;12;25;1;1;-26;0;0;;;;; ;0;260;6;7;26;0;9;-27;1;0;;;;; ;1;270;5;8;27;0;4;-28;0;1;;;;; ;0;280;6;2;28;3;1;-29;0;1;;;;; ;0;290;2;7;29;0;3;-30;0;0;;;;; ;1;300;6;3;30;0;6;-31;0;0;;;;; ;0;310;8;7;31;0;4;-32;0;2;;;;; ;0;320;3;7;32;1;4;-33;0;0;;;;; 2;0;330;7;4;33;3;7;-34;0;0;;;;; ;0;340;4;5;34;0;3;-35;0;1;;;;; ;0;350;8;1;35;1;5;-36;0;0;;;;; 1;1;360;3;4;36;2;9;-37;0;0;;;;; ;2;370;7;3;37;4;6;-38;0;0;;;;; ;0;380;6;2;38;3;3;-39;0;0;;;;; 1;0;390;3;5;39;4;6;-40;0;0;;;;; ;0;400;2;1;40;3;2;-41;2;0;;;;; ;5;reste;40;32;reste;374;552;-42;0;0;;;;; 10;14;total;460;914;total;460;914;-43;0;0;;;;; 9;9;diagr;418;881;diagr;84;361;-44;0;0;;;;; 1;0; t30;63;312;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;458;28;2;488;;;-49;0;0;;;;; ;c;913;292;1;1206;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1694;46;;reste;2;2;;;;; ;;;;;;1740;;total;28;292;;;;; </pre> =====oan2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_autres_intercalaires_aas|oan2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;oan2;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;149537;151504;355;*; ;;tRNA;151860;151955;14;*;tga fin;comp;CDS;151970;152605;;; deb;;CDS;249965;250795;64;*; ;;regulatory;250860;251074;365;*; fin;;CDS;251440;251661;;; deb;comp;CDS;298403;299422;300;*; ;comp;tRNA;299723;299796;361;*;cag fin;comp;CDS;300158;300460;;; deb;;CDS;455428;456111;714;*; ;;rRNA;456826;458308;273;*;1483 ;;tRNA;458582;458658;11;*;atc ;;tRNA;458670;458745;270;*;gca ;;rRNA;459016;461922;194;*;2907 ;;rRNA;462117;462231;54;*;115 ;;tRNA;462286;462362;-44;*;atgf fin;comp;CDS;462319;463974;;; deb;comp;CDS;572059;572721;545;*; ;comp;tRNA;573267;573357;620;*;other fin;comp;CDS;573978;575285;;; deb;comp;CDS;611464;611742;88;*; ;comp;tRNA;611831;611905;387;*;ggc fin;;CDS;612293;612814;;; deb;;CDS;850872;851594;138;*; ;;regulatory;851733;851842;43;*; fin;;CDS;851886;852806;;; deb;;CDS;991265;991999;217;*; ;comp;tRNA;992217;992306;323;*;tca fin;;CDS;992630;992884;;; deb;comp;CDS;1031528;1032946;607;*; ;comp;tRNA;1033554;1033629;327;*;aaa fin;;CDS;1033957;1035651;;; deb;;CDS;1067405;1068742;131;*; ;;tRNA;1068874;1068947;739;*;tgc fin;;CDS;1069687;1069905;;; deb;;CDS;1081639;1082031;103;*; ;comp;tRNA;1082135;1082209;168;*;aac fin;;CDS;1082378;1082653;;; deb;comp;CDS;1215924;1217189;597;*; ;;regulatory;1217787;1217947;76;*; fin;;CDS;1218024;1218500;;; deb;comp;CDS;1273601;1274704;142;*; ;comp;regulatory;1274847;1274930;495;*; fin;;CDS;1275426;1275572;;; deb;comp;CDS;1327333;1328361;180;*; ;comp;regulatory;1328542;1328776;221;*; fin;;CDS;1328998;1329948;;; deb;comp;CDS;1333375;1333587;209;*; ;comp;tRNA;1333797;1333873;352;*;cac fin;;CDS;1334226;1337393;;; deb;;CDS;1473437;1474405;269;*; ;;tRNA;1474675;1474750;156;*;acg fin;comp;CDS;1474907;1475239;;; deb;comp;CDS;1597496;1597666;363;*; ;comp;tRNA;1598030;1598106;54;*;atgf ;comp;rRNA;1598161;1598275;194;*;115 ;comp;rRNA;1598470;1601376;270;*;2907 ;comp;tRNA;1601647;1601722;11;*;gca ;comp;tRNA;1601734;1601810;273;*;atc ;comp;rRNA;1602084;1603566;744;*;1483 fin;;CDS;1604311;1605192;;; deb;;CDS;1720169;1720531;113;*; ;;tRNA;1720645;1720719;465;*;gtc fin;;CDS;1721185;1721838;;; </pre> ===abq=== ====abq opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_opérons|abq opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;abq;;genome;;;;;;;;; 68.45%GC;29.12.19 Paris;16s 9 ;88 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; ;125527..126444;;cds;;127;127;;;306;;restriction endonuclease;* comp;126572..126647;;gcg;;206;206;;;;;;* ;126854..127138;;cds;;;;;;95;;YggT family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;163237..164982;;cds;;175;175;;;582;;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;* ;165158..165234;;agg;;59;59;;;;;;* ;165294..166022;;cds;;;;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;188235..189860;;cds;;42;42;;;542;;glycosyltransferase;* comp;189903..189977;;acg;;81;81;;;;;;* comp;190059..191987;;cds;;;;;;643;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;250833..251111;;cds;;169;169;;;93;;hp;* comp;251281..251356;;gcc;;141;141;;;;;;* comp;251498..251893;;cds;;;;;;132;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;458142..458459;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;* ;458669..458758;;tcg;;63;63;;;;;;* comp;458822..459664;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;496776..497171;;cds;;162;162;;;132;;cupin domain-containing protein;* comp;497334..497420;;ttg;;137;137;;;;;;* ;497558..498085;;cds;;;;;;176;;disulfide bond formation protein B;* ;;;;;;;;;;;;* comp;615937..616350;;cds;;121;121;;;138;;hp;* comp;616472..616548;;ccg;+;206;;206;;;;;* comp;616755..616831;;ccg;2 ccg;109;109;;;;;;* comp;616941..617957;;cds;;;;;;339;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;748703..749161;;cds;;38;38;;;153;;hp;* comp;749200..749275;;aca;;91;91;;;;;;* comp;749367..750221;;cds;;144;144;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;750366..750451;;tac;;60;;60;;;;;* ;750512..750585;;gga;;81;81;;;;;;* ;750667..751857;;cds;;153;153;;;397;;elongation factor Tu;* ;752011..752086;;tgg;;69;69;;;;;;* ;752156..752353;;cds;;;;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* comp;794457..795983;;cds;;296;296;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;* ;796280..796355;;aag;+;76;;76;;;;;* ;796432..796507;;aag;2 aag;109;109;;;;;;* comp;796617..797057;;cds;;;;;;147;;MaoC family dehydratase;* ;;;;;;;;;;;;* ;870412..872373;;cds;;159;159;;;654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;872533..872608;;atgi;;5;5;;;;;;* comp;872614..873093;;cds;;134;134;;;160;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;873228..873304;;cgt;;212;212;;;;;;* ;873517..874023;;cds;;;;;;169;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;931962..933011;;cds;;68;68;;;350;;low specificity L-threonine aldolase;* ;933080..933155;;gag;+;38;;38;;;;;* ;933194..933269;;gag;2 gag;72;72;;;;;;* comp;933342..934340;;cds;;;;;;333;;transglycosylase SLT domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;997881..998357;;cds;;246;246;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* comp;998604..998678;;acc;;175;175;;;;;;* comp;998854..1000815;;cds;;;;;;654;;polysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1164137..1165048;;cds;;159;159;;;304;;DUF3108 domain-containing protein;* ;1165208..1165282;;gtg;+;132;;132;;;;;* ;1165415..1165489;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;* ;1165721..1165885;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1242416..1242919;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;* ;1243005..1243081;;ccc;;139;139;;;;;;* comp;1243221..1244999;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1353398..1353895;;cds;;118;118;;;166;;hp;* ;1354014..1354091;;cca;;49;49;;;;;;* ;1354141..1354437;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;* ;1354448..1354524;;aga;;443;*443;;;;;;* ;1354968..1355213;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1370270..1370500;;cds;;196;196;;;77;;hp;* comp;1370697..1370772;;aac;@2;220;;220;;;;;* comp;1370993..1371066;;tgc;;218;218;;;;;;* ;1371285..1371941;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1427443..1427733;;cds;;236;236;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;1427970..1428085;;5s;;129;;;;116;;;* comp;1428215..1430967;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;1431234..1431309;;gca;;30;;;30;;;;* comp;1431340..1431416;;atc;;108;;;;;;;* comp;1431525..1433015;;16s;;779;*779;;;1491;;;* ;1433795..1437778;;cds;;;;;;1328;;non-ribosomal peptide synthetase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1576457..1577296;;cds;;243;243;;;280;;aldo/keto reductase;* comp;1577540..1577615;;gaa;;123;123;;;;;;* comp;1577739..1579538;;cds;;;;;;600;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1723089..1723457;;cds;;344;344;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* comp;1723802..1723878;;gac;;164;;164;;;;;* comp;1724043..1724117;;gta;;106;106;;;;;;* comp;1724224..1724496;;cds;;;;;;91;;HU family DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1730385..1731719;;cds;;91;91;;;445;;trigger factor;* comp;1731811..1731895;;cta;;173;173;;;;;;* comp;1732069..1733634;;cds;;;;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1733741..1735207;;cds;;129;129;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;* comp;1735337..1735412;;cac;+;109;;109;;;;;* comp;1735522..1735597;;cac;2 cac;337;337;;;;;;* ;1735935..1736273;;cds;;;;;;113;;P-II family nitrogen regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1951126..1951752;;cds;;149;149;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;* ;1951902..1951987;;tac;;74;74;;;;;;* comp;1952062..1952424;;cds;;;;;;121;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1996903..1997244;;cds;;595;*595;;;114;;hp;* comp;1997840..1997914;;atgj;;131;131;;;;;;* comp;1998046..1999179;;cds;;;;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;;* ;2086487..2088658;;cds;;156;156;;;724;;malate synthase G;* comp;2088815..2088889;;gtc;;234;234;;;;;;* ;2089124..2090002;;cds;;;;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2303404..2303880;;cds;;414;*414;;;159;;bacterioferritin;* comp;2304295..2304377;;tta;;406;*406;;;;;;* comp;2304784..2305029;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2482875..2484518;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;* comp;2484884..2484974;;tcc;;120;120;;;;;;* comp;2485095..2485898;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2640759..2641325;;cds;;149;149;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;2641475..2641549;;ggc;;688;*688;;;;;;* ;2642238..2642915;;cds;;;;;;226;;dimethylmenaquinone methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2764482..2765567;;cds;;659;*659;;;362;;hp;* comp;2766227..2766300;;ggg;;35;35;;;;;;* comp;2766336..2766995;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2781933..2783774;;cds;;187;187;;;614;;EAL and GGDEF domain-containing protein;* comp;2783962..2784077;;5s;;129;;;;116;;;* comp;2784207..2786959;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;2787215..2787290;;gca;;30;;;30;;;;* comp;2787321..2787397;;atc;;108;;;;;;;* comp;2787506..2789006;;16s;;496;*496;;;1501;;;* comp;2789503..2790207;;cds;;;;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2843264..2843443;;cds;;77;77;;;60;;hp;* comp;2843521..2843597;;cgt;;170;170;;;;;;* ;2843768..2844268;;cds;;;;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;* plasmide2;;;;;;;;;;;;* comp;51090..51836;;cds;;481;*481;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* comp;52318..52393;;tgg;;363;*363;;;;;;* ;52757..53587;;cds;;;;;;277;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;809229..810019;;cds;;870;*870;;;264;;IS5 family transposase;* comp;810890..810966;;atgf;;96;;;;;;;* comp;811063..811178;;5s;;127;;;;116;;;* comp;811306..814058;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;814325..814400;;gca;;30;;;30;;;;* comp;814431..814507;;atc;;108;;;;;;;* comp;814616..816106;;16s;;452;*452;;;1491;;;* comp;816559..817443;;cds;;;;;;295;;helix-turn-helix domain-containing protein;* plasmide4;;;;;;;;;;;;* ;196992..199346;;cds;;148;148;;;785;;mechanosensitive ion channel;* ;199495..199581;;ctg;;30;;30;;;;;* ;199612..199687;;gcc;;188;188;;;;;;* ;199876..201333;;cds;;;;;;486;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;237538..238578;;cds;;92;92;;;347;;response regulator;* comp;238671..238747;;cgg;;96;96;;;;;;* comp;238844..239821;;cds;;;;;;326;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;257739..258470;;cds;;125;125;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;258596..258682;;ctc;;123;123;;;;;;* comp;258806..259108;;cds;;;;;;101;;STAS domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;399367..400527;;cds;;278;278;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;* comp;400806..400921;;5s;;129;;;;116;;;* comp;401051..403803;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;404059..404134;;gca;;30;;;30;;;;* comp;404165..404241;;atc;;108;;;;;;;* comp;404350..405850;;16s;;502;*502;;;1501;;;* comp;406353..406547;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;504531..504893;;cds;;82;82;;;121;;response regulator;* ;504976..505051;;aac;;3;;3;;;;;* ;505055..505131;;gac;;4;;4;;;;;* ;505136..505210;;ggc;;102;102;;;;;;* comp;505313..506080;;cds;;83;83;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;506164..506790;;cds;;202;202;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;* comp;506993..507108;;5s;;127;;;;116;;;* comp;507236..509988;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;510255..510330;;gca;;30;;;30;;;;* comp;510361..510437;;atc;;110;;;;;;;* comp;510548..512038;;16s;;615;*615;;;1491;;;* ;512654..513568;;cds;;;;;;305;;lytic transglycosylase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;588108..590768;;cds;;340;340;;;887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;* ;591109..591184;;ttc;;286;286;;;;;;* ;591471..592979;;cds;;;;;;503;;FAD-binding oxidoreductase;* plasmide5;;;;;;;;;;;;* ;86421..87089;;cds;;455;*455;;;223;;RraA family protein;* ;87545..87619;;ggc;;193;193;;;;;;* ;87813..88865;;cds;;;;;;351;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);* plasmide1;;;;@3;;;;;;;;* >comp;115594..115896;;cds;;394;*394;;;101;;P-IS5/IS1182 family transposase;* comp;116291..116367;;atgf;;96;;;;;;;* comp;116464..116579;;5s;;129;;;;116;;;* comp;116709..119461;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;119717..119792;;gca;;30;;;30;;;;* comp;119823..119899;;atc;;108;;;;;;;* comp;120008..121498;;16s;;740;*740;;;1491;;;* ;122239..123597;;cds;;;;;;453;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;217550..218176;;cds;;123;123;;;209;;ribonuclease D;* comp;218300..218386;;ctg;;228;228;;;;;;* ;218615..219604;;cds;;;;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;300477..301733;;cds;;472;*472;;;419;;exonuclease subunit SbcD;* ;302206..303696;;16s;;108;;;;1491;;;* ;303805..303881;;atc;;30;;;30;;;;* ;303912..303987;;gca;;255;;;;;;;* ;304243..306995;;23s;;129;;;;2753;;;* ;307125..307240;;5s;;96;;;;116;;;* ;307337..307413;;atgf;;161;161;;;;;;* <comp;307575..307805;;cds;;;;;;77;;p-ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;466493..467710;;cds;;231;231;;;406;;site-specific integrase;* comp;467942..468031;;tca;;205;205;;;;;;* comp;468237..468809;;cds;;;;;;191;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;512242..512790;;cds;;136;136;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;* ;512927..513002;;aaa;;209;209;;;;;;* ;513212..514036;;cds;;;;;;275;;DUF3618 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;931813..933912;;cds;;79;79;;;700;;membrane protein;* ;933992..934066;;caa;;382;*382;;;;;;* comp;934449..935270;;cds;;;;;;274;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;948715..949743;;cds;;199;199;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;949943..950016;;cag;;246;246;;;;;;* comp;950263..950829;;cds;;;;;;189;;IS3 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* >;971260..971532;;cds;;493;*493;;;91;;P-hp;* comp;972026..972119;;agc;;197;197;;;;;;* ;972317..972550;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1302373..1303350;;cds;;166;166;;;326;;alpha-1,3-fucosyltransferase;* comp;1303517..1303592;;ttc;;98;98;;;;;;* comp;1303691..1303876;;cds;;;;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;;;;;;;;;;;;* ;1349823..1350929;;cds;;145;145;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;1351075..1353828;;23s;;262;;;;2754;;;* comp;1354091..1355591;;16s;@1;676;*676;;;1501;;;* ;1356268..1356726;;cds;;;;;;153;;MarR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1441708..1443066;;cds;;153;153;;;453;;hp;* ;1443220..1443294;;acc;;1;;1;;;;;* ;1443296..1443371;;gcg;;99;;99;;;;;* ;1443471..1443547;;gac;;44;;44;;;;;* ;1443592..1443666;;gtc;;1;;1;;;;;* ;1443668..1443741;;cag;;137;137;;;;;;* comp;1443879..1446428;;cds;;;;;;850;;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1566394..1566612;;cds;;193;193;;;73;;hp;* comp;1566806..1566921;;5s;;128;;;;116;;;* comp;1567050..1569802;;23s;;254;;;;2753;;;* comp;1570057..1570132;;gca;;30;;;30;;;;* comp;1570163..1570239;;atc;;94;;;;;;;* comp;1570334..1571834;;16s;;444;*444;;;1501;;;* comp;1572279..1572707;;cds;;;;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1723583..1724962;;cds;;94;94;;;460;;hp;* comp;1725057..1725143;;ctc;;475;*475;;;;;;* ;1725619..1726311;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1757680..1760568;;cds;;308;308;;;963;;PAS domain-containing protein;* ;1760877..1760963;;ctg;;29;;29;;;;;* ;1760993..1761068;;gcc;;247;247;;;;;;* comp;1761316..1761840;;cds;;;;;;175;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1854042..1855049;;cds;;135;135;;;336;;inorganic phosphate transporter;* comp;1855185..1855259;;ggc;;243;243;;;;;;* ;1855503..1858685;;cds;;;;;;1061;;AAA family ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;1883235..1883816;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;* ;1884027..1884102;;aac;;4;;4;;;;;* ;1884107..1884183;;gac;;32;32;;;;;;* comp;1884216..1884821;;cds;;;;;;202;;hp;* </pre> ====abq cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_cumuls|abq cumuls]] <pre> abq cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300; avec rRNA;opérons;9;1;2;;1;0;1;;100;17;1;0 ;16atcgca235;5;20;3;;50;7;40;;200;29;30;0 ;Id-atgf;3;40;3;8;100;19;80;;300;24;60;2 ;16s23s;1;60;2;;150;26;120;;400;18;90;9 ;max a;3;80;1;;200;20;160;;500;8;120;11 ;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;8;150;8 ;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;5;180;11 ;total aas;19;140;1;;350;4;280;;800;2;210;9 sans ;opérons;51;160;0;;400;4;320;;900;2;240;6 ;1 aa;38;180;1;;450;4;360;;1000;1;270;6 ;max a;5;200;0;;500;7;400;;1100;1;300;8 ;a doubles;5;;2;;;9;;;;1;;46 ;total aas;68;;17;8;;121;;0;;116;;116 total aas;;87;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;72;30;;227;;;;308;; ;;;variance;72;0;;175;;;;230;; sans jaune;;;moyenne;;;;153;;;;249;;166 ;;;variance;;;;74;;;;142;;71 </pre> ====abq blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_blocs|abq blocs]] <pre> abq blocs;;;;;;;;;;;;;;; bloc;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa; cds;779;1328;non ribosom;496;235;PAP2 fam;502;65;hp;615;305;lytic dom;444;143;DUF1489 $16s;108;§1491;;108;§1501;;108;§1501;;110;1491;;94;§1501; atc;30;;;30;;;30;;;30;;;30;; gca;266;;;255;;;255;;;266;;;254;; $23s;129;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;127;2753;;128;§2753; $5s;236;§116;;187;§116;;278;§116;;202;116;;193;§116; cds;;97;YkgJ fam;;614;EAL & GGDEF;;387;PQQ;;209;pyridoxamine;;73;hp ;;;;;;;;;;;;;;; cds;452;295;Hx-t-Hx;740;453;peptido fam;472;419;exo SbcD;;;;;; $16s;108;§1491;;108;§1491;;108;§1491;;;;;;; atc;30;;;30;;;30;;;;;;;; gca;266;;;255;;;255;;;;cds;676;153;MarR fam; $23s;127;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;;$16s;262;§1501;; $5s;96;§116;;96;§116;;96;§116;;;$23s;145;§2754;; atgf;870;;;394;;;161;;;;cds;;369;GNAT fam; cds;;264;IS5 fam;;101;p-IS5/IS1182;;77;p-ATP-bind;;;;;; </pre> ====abq distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_distribution|abq distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;aag2;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;cac2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;ccg2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;gag2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;gtg2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;ggc;gtc;1;gcc;2;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;3 1aa;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;1 >1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total abq;;38;;;;;38;;abq;20;;;;;;20;;abq;10;;;;;;10;;abq;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====abq données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_données_intercalaires|abq données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abq;fx;fc;abq;fx40;fc40;abq;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;4;0;2;4;-1;0;61;59;127;16s tRNA;; 1;1;10;65;170;1;4;13;-2;1;0;42;206;2* 114;;atc ;0;20;54;138;2;4;15;-3;0;0;81;175;tRNA 23s;; ;0;30;57;90;3;10;20;-4;6;199;169;209;267;;gca ;2;40;17;65;4;11;26;-5;0;0;141;63;256;;gca ;2;50;24;74;5;6;24;-6;1;0;162;137;tRNA tRNA;;intra ;1;60;21;59;6;7;12;-7;1;1;121;144;2* 30;;atc gca 1;2;70;24;47;7;8;15;-8;1;20;109;296;tRNA tRNA;; 3;0;80;31;67;8;4;16;-9;0;0;38;109;206;;ccg ;3;90;24;68;9;6;8;-10;1;1;91;5;**;;ccg ;2;100;29;70;10;5;21;-11;1;6;81;212;60;;tac 1;2;110;29;61;11;3;17;-12;0;0;153;72;**;;gga 1;1;120;23;59;12;6;14;-13;0;4;69;246;76;;aag 1;3;130;26;56;13;6;22;-14;1;3;159;165;**;;aag 2;2;140;21;50;14;2;21;-15;0;0;134;139;38;;gag 2;2;150;27;44;15;8;14;-16;0;1;68;118;**;;gag 1;2;160;25;47;16;11;14;-17;3;2;175;218;132;;gtg 2;2;170;33;37;17;1;8;-18;0;1;231;337;**;;gtg 1;2;180;15;41;18;3;7;-19;0;1;85;74;220;;aac 1;0;190;22;24;19;8;13;-20;0;7;49;595;**;;tgc ;1;200;24;36;20;6;8;-21;0;0;10;156;164;;gac 2;0;210;27;24;21;10;8;-22;0;0;443;234;**;;gta 2;0;220;13;24;22;9;8;-23;3;3;196;187;109;;cac ;0;230;18;16;23;5;3;-24;1;0;243;365;**;;cac 1;1;240;17;19;24;4;9;-25;0;1;123;149;;; 1;1;250;14;17;25;7;11;-26;1;2;344;77;;; ;0;260;16;15;26;6;13;-27;0;0;106;170;;; ;0;270;19;17;27;5;11;-28;0;0;91;;;; ;0;280;15;7;28;3;8;-29;3;2;173;;;; ;0;290;9;2;29;0;8;-30;0;0;129;;;; 1;0;300;6;8;30;8;11;-31;0;4;149;;;; ;0;310;7;9;31;0;11;-32;1;0;131;;;; ;0;320;9;7;32;3;5;-33;0;0;414;;;; ;0;330;8;5;33;2;8;-34;0;0;120;;;; 1;0;340;9;3;34;5;6;-35;0;0;688;;;; ;1;350;3;3;35;3;7;-36;0;0;659;;;; ;0;360;5;3;36;1;9;-37;0;0;35;;;; 1;0;370;8;9;37;1;5;-38;3;0;CDS 16s;;;; ;0;380;6;2;38;0;3;-39;0;0;496;779;;; ;0;390;2;7;39;1;4;-40;0;0;23s 5s;;;; ;0;400;4;4;40;1;7;-41;2;1;2* 134;;;; 1;4;reste;82;57;reste;695;1098;-42;0;0;5s CDS;;;; 27;37;total;890;1565;total;890;1565;-43;0;1;236;187;;; 26;33;diagr;806;1504;diagr;193;463;-44;0;0;;;;; 1;1; t30;176;398;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;888;37;2;927;;;-49;1;0;;;;; ;c;1561;330;4;1895;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;2822;104;;reste;5;7;;;;; ;;;;;;2926;;total;37;330;;;;; </pre> =====abq autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_autres_intercalaires_aas|abq autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abq;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;125527;126444;127;*; ;comp;tRNA;126572;126647;206;*;gcg fin;;CDS;126854;127138;;; deb;comp;CDS;163237;164982;175;*; ;;tRNA;165158;165234;59;*;agg fin;;CDS;165294;166022;;; deb;comp;CDS;188235;189860;42;*; ;comp;tRNA;189903;189977;81;*;acg fin;comp;CDS;190059;191987;;; deb;comp;CDS;250833;251111;169;*; ;comp;tRNA;251281;251356;141;*;gcc fin;comp;CDS;251498;251893;;0; deb;;CDS;409912;410451;134;*; ;;ncRNA;410586;410683;99;*; fin;;CDS;410783;412645;;; deb;comp;CDS;458142;458459;209;*; ;;tRNA;458669;458758;63;*;tcg fin;comp;CDS;458822;459664;;; deb;comp;CDS;496776;497171;162;*; ;comp;tRNA;497334;497420;137;*;ttg fin;;CDS;497558;498085;;; deb;comp;CDS;599094;599591;554;*; ;comp;ncRNA;600146;600563;62;*; fin;comp;CDS;600626;601336;;; deb;comp;CDS;615937;616350;121;*; ;comp;tRNA;616472;616548;206;*;ccg ;comp;tRNA;616755;616831;109;*;ccg fin;comp;CDS;616941;617957;;0; deb;comp;CDS;748703;749161;38;*; ;comp;tRNA;749200;749275;91;*;aca deb;comp;CDS;749367;750221;144;*; ;;tRNA;750366;750451;60;*;tac ;;tRNA;750512;750585;81;*;gga deb;;CDS;750667;751857;153;*; ;;tRNA;752011;752086;69;*;tgg fin;;CDS;752156;752353;;; deb;comp;CDS;794457;795983;296;*; ;;tRNA;796280;796355;76;*;aag ;;tRNA;796432;796507;109;*;aag fin;comp;CDS;796617;797057;;; deb;;CDS;870412;872373;159;*; ;;tRNA;872533;872608;5;*;atgi deb;comp;CDS;872614;873093;134;*; ;comp;tRNA;873228;873304;212;*;cgt fin;;CDS;873517;874023;;; deb;;CDS;931977;933011;68;*; ;;tRNA;933080;933155;38;*;gag ;;tRNA;933194;933269;72;*;gag fin;comp;CDS;933342;934340;;0; deb;;CDS;965995;966240;85;*; ;;regulatory;966326;966425;175;*; fin;;CDS;966601;967713;;; deb;;CDS;987790;988104;13;*; ;;ncRNA;988118;988277;39;*; fin;;CDS;988317;988940;;; deb;;CDS;997881;998357;246;*; ;comp;tRNA;998604;998678;175;*;acc fin;comp;CDS;998854;1000815;;; deb;comp;CDS;1164137;1165042;165;*; ;;tRNA;1165208;1165282;132;*;gtg ;;tRNA;1165415;1165489;231;*;gtg fin;;CDS;1165721;1165885;;; deb;;CDS;1242416;1242919;85;*; ;;tRNA;1243005;1243081;139;*;ccc fin;comp;CDS;1243221;1244972;;0; deb;comp;CDS;1353398;1353895;118;*; ;;tRNA;1354014;1354091;49;*;cca deb;;CDS;1354141;1354437;10;*; ;;tRNA;1354448;1354524;443;*;aga fin;;CDS;1354968;1355213;;0; deb;comp;CDS;1370270;1370500;196;*; ;comp;tRNA;1370697;1370772;220;*;aac ;comp;tRNA;1370993;1371066;218;*;tgc fin;;CDS;1371285;1371941;;; deb;comp;CDS;1427443;1427733;236;*; ;comp;rRNA;1427970;1428085;134;*;116 ;comp;rRNA;1428220;1430966;267;*;2747 ;comp;tRNA;1431234;1431309;30;*;gca ;comp;tRNA;1431340;1431416;114;*;atc ;comp;rRNA;1431531;1433015;779;*;1485 fin;;CDS;1433795;1437778;;; deb;comp;CDS;1553335;1555176;116;*; ;comp;regulatory;1555293;1555405;204;*; fin;;CDS;1555610;1555798;;0; deb;comp;CDS;1576457;1577296;243;*; ;comp;tRNA;1577540;1577615;123;*;gaa fin;comp;CDS;1577739;1579538;;; deb;comp;CDS;1723089;1723457;344;*; ;comp;tRNA;1723802;1723878;164;*;gac ;comp;tRNA;1724043;1724117;106;*;gta fin;comp;CDS;1724224;1724496;;; deb;comp;CDS;1730385;1731719;91;*; ;comp;tRNA;1731811;1731895;173;*;cta fin;comp;CDS;1732069;1733634;;; deb;comp;CDS;1733741;1735207;129;*; ;comp;tRNA;1735337;1735412;109;*;cac ;comp;tRNA;1735522;1735597;337;*;cac fin;;CDS;1735935;1736273;;; deb;comp;CDS;1819331;1820473;69;*; ;comp;regulatory;1820543;1820640;161;*; fin;;CDS;1820802;1821179;;0; deb;comp;CDS;1862505;1863443;95;*; ;;tmRNA;1863539;1863915;31;*; fin;;CDS;1863947;1864516;;; deb;;CDS;1951126;1951752;149;*; ;;tRNA;1951902;1951987;74;*;tac fin;comp;CDS;1952062;1952424;;; deb;;CDS;1996903;1997244;595;*; ;comp;tRNA;1997840;1997914;131;*;atgj fin;comp;CDS;1998046;1999179;;; deb;;CDS;2086487;2088658;156;*; ;comp;tRNA;2088815;2088889;234;*;gtc fin;;CDS;2089124;2090002;;; deb;comp;CDS;2281336;2282022;151;*; ;comp;regulatory;2282174;2282326;63;*; fin;comp;CDS;2282390;2284078;;0; deb;comp;CDS;2303404;2303880;414;*; ;comp;tRNA;2304295;2304377;187;*;tta fin;;CDS;2304565;2304732;;0; deb;;CDS;2482875;2484518;365;*; ;comp;tRNA;2484884;2484974;120;*;tcc fin;comp;CDS;2485095;2485898;;0; deb;;CDS;2526814;2528505;73;*; ;;regulatory;2528579;2528683;49;*; fin;;CDS;2528733;2529680;;1; deb;comp;CDS;2640759;2641325;149;*; ;;tRNA;2641475;2641549;688;*;ggc fin;;CDS;2642238;2642915;;; deb;comp;CDS;2764482;2765567;659;*; ;comp;tRNA;2766227;2766300;35;*;ggg fin;comp;CDS;2766336;2766995;;0; deb;;CDS;2781933;2783774;187;*; ;comp;rRNA;2783962;2784077;134;*;116 ;comp;rRNA;2784212;2786958;256;*;2747 ;comp;tRNA;2787215;2787290;30;*;gca ;comp;tRNA;2787321;2787397;114;*;atc ;comp;rRNA;2787512;2789006;496;*;1495 fin;comp;CDS;2789503;2790207;;; deb;;CDS;2843264;2843443;77;*; ;comp;tRNA;2843521;2843597;170;*;cgt fin;;CDS;2843768;2844268;;0; deb;comp;CDS;2886497;2887705;76;*; ;comp;regulatory;2887782;2887861;126;*; fin;;CDS;2887988;2888500;;; </pre> ====abqp données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_données_intercalaires|abqp données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abqp;fx;fc;abqp;fx40;fc40;abqp;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;30;394;228;16s tRNA;;atc ;0;10;35;82;1;7;10;-2;1;0;123;161;2* 114;; 1;0;20;32;85;2;0;10;-3;0;0;231;382;100;; ;0;30;28;64;3;2;10;-4;1;143;205;199;tRNA 23s;;gca 1;0;40;5;60;4;3;10;-5;0;0;136;246;2* 256;; ;0;50;16;34;5;2;7;-6;0;0;209;19;255;; ;0;60;13;39;6;3;8;-7;0;4;79;197;5s tRNA;; ;0;70;14;41;7;4;8;-8;1;11;166;177;2* 96;;atgf ;1;80;16;38;8;1;7;-9;0;0;98;137;tRNA tRNA;;intra ;0;90;9;28;9;2;6;-10;1;1;308;94;3* 30;;atc gca 1;1;100;15;40;10;11;6;-11;2;12;;418;tRNA tRNA;; ;0;110;15;33;11;2;14;-12;1;0;;247;29;;ctg ;0;120;14;24;12;4;6;-13;0;2;;135;**;;gcc ;1;130;15;23;13;9;15;-14;0;3;;351;4;;aac 2;1;140;17;32;14;0;12;-15;0;1;;213;**;;gac ;0;150;21;29;15;2;5;-16;1;2;;32;1;;acc ;0;160;13;30;16;3;10;-17;1;3;CDS 16s;;99;;gcg 1;1;170;20;25;17;2;6;-18;0;0;444;734;44;;gac 1;0;180;11;15;18;3;9;-19;0;1;;472;1;;gtc ;0;190;14;17;19;4;6;-20;0;1;;643;**;;cag 2;0;200;8;17;20;3;2;-21;0;0;5s CDS;;;; ;2;210;9;16;21;5;8;-22;0;1;-;193;;; 1;0;220;12;19;22;5;5;-23;1;3;23s CDS;;;; 1;0;230;6;10;23;4;5;-24;0;0;-;151;;; ;1;240;8;11;24;1;6;-25;0;1;23s 5s;;;; 2;0;250;14;6;25;3;6;-26;1;4;2* 134;;;; ;0;260;8;7;26;0;8;-27;0;0;133;;;; ;0;270;8;3;27;4;7;-28;1;1;;;;; ;0;280;8;6;28;3;7;-29;0;3;;;;; ;0;290;7;5;29;2;7;-30;0;0;;;;; ;0;300;6;6;30;1;5;-31;1;0;;;;; ;1;310;4;4;31;2;9;-32;1;0;;;;; ;0;320;5;3;32;0;7;-33;1;0;;;;; ;0;330;4;6;33;2;5;-34;0;0;;;;; ;0;340;5;6;34;0;4;-35;0;0;;;;; ;0;350;6;0;35;0;11;-36;0;0;;;;; 1;0;360;4;2;36;0;5;-37;1;0;;;;; ;0;370;1;3;37;0;1;-38;0;0;;;;; ;0;380;1;1;38;0;8;-39;0;0;;;;; 1;0;390;1;3;39;0;5;-40;0;0;;;;; ;1;400;5;0;40;1;5;-41;1;0;;;;; 1;0;reste;43;46;reste;396;628;-42;0;0;;;;; 16;10;total;497;921;total;497;921;-43;1;0;;;;; 15;10;diagr;453;873;diagr;100;291;-44;1;0;;;;; 1;0; t30;95;231;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;496;26;1;523;;;-49;0;1;;;;; ;c;919;235;2;1156;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1679;65;;reste;6;7;;;;; ;;;;;;1744;;total;26;235;;;;; </pre> =====abqp autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_autres_intercalaires_aas|abqp autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abqp;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;115594;115896;394;*; ;comp;tRNA;116291;116367;96;*;atgf ;comp;rRNA;116464;116579;134;*;116 ;comp;rRNA;116714;119460;256;*;2747 ;comp;tRNA;119717;119792;30;*;gca ;comp;tRNA;119823;119899;114;*;atc ;comp;rRNA;120014;121498;734;*;1485 fin;;CDS;122233;123597;;0; deb;;CDS;138420;138878;54;*; ;;regulatory;138933;139152;115;*; fin;;CDS;139268;141196;;; deb;comp;CDS;217550;218176;123;*; ;comp;tRNA;218300;218386;228;*;ctg fin;;CDS;218615;219604;;; deb;comp;CDS;241293;242384;76;*; ;comp;regulatory;242461;242590;232;*; fin;comp;CDS;242823;243398;;; deb;comp;CDS;300477;301733;472;*; ;;rRNA;302206;303690;114;*;1485 ;;tRNA;303805;303881;30;*;atc ;;tRNA;303912;303987;256;*;gca ;;rRNA;304244;306990;134;*;2747 ;;rRNA;307125;307240;96;*;116 ;;tRNA;307337;307413;161;*;atgf fin;comp;CDS;307575;307805;;0; deb;;CDS;353736;354107;193;*; ;;regulatory;354301;354527;305;*; fin;;CDS;354833;355231;;; deb;comp;CDS;358353;360380;175;*; ;;regulatory;360556;360807;103;*; fin;;CDS;360911;361297;;0; deb;;CDS;366313;366825;113;*; ;;regulatory;366939;367191;109;*; fin;;CDS;367301;369220;;; deb;comp;CDS;466493;467710;231;*; ;comp;tRNA;467942;468031;205;*;tca fin;comp;CDS;468237;468809;;; deb;;CDS;512242;512790;136;*; ;;tRNA;512927;513002;209;*;aaa fin;;CDS;513212;514036;;; deb;;CDS;931813;933912;79;*; ;;tRNA;933992;934066;382;*;caa fin;comp;CDS;934449;935270;;; deb;comp;CDS;948715;949743;199;*; ;;tRNA;949943;950016;246;*;cag fin;comp;CDS;950263;950616;;; deb;;CDS;970933;972006;19;*; ;comp;tRNA;972026;972119;197;*;agc fin;;CDS;972317;972550;;0; deb;comp;CDS;1161686;1162450;290;*; ;;regulatory;1162741;1162957;38;*; fin;;CDS;1162996;1164069;;; deb;comp;CDS;1302373;1303350;166;*; ;comp;tRNA;1303517;1303592;98;*;ttc fin;comp;CDS;1303691;1303876;;; deb;;CDS;1349865;1350929;151;*; ;comp;rRNA;1351081;1353827;269;*;2747 ;comp;rRNA;1354097;1355591;643;*;1495 fin;;CDS;1356235;1356726;;; deb;comp;CDS;1441708;1443042;177;*; ;;tRNA;1443220;1443294;1;*;acc ;;tRNA;1443296;1443371;99;*;gcg ;;tRNA;1443471;1443547;44;*;gac ;;tRNA;1443592;1443666;1;*;gtc ;;tRNA;1443668;1443741;137;*;cag fin;comp;CDS;1443879;1444727;;; deb;;CDS;1566394;1566612;193;*; ;comp;rRNA;1566806;1566921;133;*;116 ;comp;rRNA;1567055;1569801;255;*;2747 ;comp;tRNA;1570057;1570132;30;*;gca ;comp;tRNA;1570163;1570239;100;*;atc ;comp;rRNA;1570340;1571834;444;*;1495 fin;comp;CDS;1572279;1572707;;; deb;;CDS;1722755;1724962;94;*; ;comp;tRNA;1725057;1725143;418;*;ctc fin;;CDS;1725562;1726311;;; deb;;CDS;1757680;1760568;308;*; ;;tRNA;1760877;1760963;29;*;ctg ;;tRNA;1760993;1761068;247;*;gcc fin;comp;CDS;1761316;1761840;;0; deb;;CDS;1854042;1855049;135;*; ;comp;tRNA;1855185;1855259;351;*;ggc fin;;CDS;1855611;1858685;;0; deb;comp;CDS;1883235;1883813;213;*; ;;tRNA;1884027;1884102;4;*;aac ;;tRNA;1884107;1884183;32;*;gac fin;comp;CDS;1884216;1884821;;; </pre> ===abs=== ====abs opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_opérons|abs opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;abs;;genome;;;;;;;;; 68.45%GC;10.1.20 Paris;16s 5 ;80 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; comp;16414..16980;;cds;;163;163;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;17144..17218;;ggc;;670;*670;;;;;;* ;17889..18566;;cds;;;;;;226;;demethylmenaquinone methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;84790..85017;;cds;;114;114;;;76;;osmotically-inducible lipoprotein B;* comp;85132..85205;;ggg;;35;35;;;;;;* comp;85241..85900;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;93530..94258;;cds;;60;60;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;* comp;94319..94395;;agg;;175;175;;;;;;* ;94571..96262;;cds;;;;;;564;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;131833..132117;;cds;;206;206;;;95;;YggT family protein;* ;132324..132399;;gcg;;140;140;;;;;;* comp;132540..133586;;cds;;;;;;349;;DMT family transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;483582..484082;;cds;;170;170;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;* ;484253..484329;;cgt;;77;77;;;;;;* comp;484407..484586;;cds;;;;;;60;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;536869..537573;;cds;;495;*495;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;* ;538069..539152;;16s’;@1;189;;;;1084;;;* ;539342..540019;;23s°;;127;;;;678;;;* ;540147..540262;;5s;;153;153;;;116;;;* comp;540416..542290;;cds;;;;;;*625;;GGDEF domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;600048..601079;;cds;;79;79;;;344;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;601159..601233;;acg;;81;81;;;;;;* comp;601315..603243;;cds;;;;;;*643;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;656242..656520;;cds;;169;169;;;93;;hp;* comp;656690..656765;;gcc;;141;141;;;;;;* comp;656907..657305;;cds;;;;;;133;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;864141..864458;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;* ;864668..864757;;tcg;;79;79;;;;;;* comp;864837..865679;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;927651..927896;;cds;;392;*392;;;82;;hp;* ;928289..928371;;tta;;175;175;;;;;;* ;928547..929164;;cds;;;;;;206;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1148345..1149223;;cds;;234;234;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;1149458..1149532;;gtc;;106;106;;;;;;* comp;1149639..1151516;;cds;;;;;;*626;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1243974..1245108;;cds;;131;131;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;1245240..1245314;;atgj;;354;*354;;;;;;* comp;1245669..1246637;;cds;;;;;;323;;NAD(+) diphosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1279875..1280237;;cds;;74;74;;;121;;hp;* comp;1280312..1280397;;tac;;148;148;;;;;;* comp;1280546..1281172;;cds;;;;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1500772..1501110;;cds;;338;338;;;113;;P-II family nitrogen regulator;* ;1501449..1501524;;cac;+;109;;109;;;;;* ;1501634..1501709;;cac;2 cac;129;129;;;;;;* ;1501839..1503305;;cds;;106;106;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;* ;1503412..1504977;;cds;;173;173;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;1505151..1505235;;cta;;91;91;;;;;;* ;1505327..1506661;;cds;;;;;;445;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1511745..1512017;;cds;;105;105;;;91;;HU family DNA-binding protein;* ;1512123..1512197;;gta;;163;;163;;;;;* ;1512361..1512437;;gac;;344;344;;;;;;* ;1512782..1513150;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;;* ;1657596..1659397;;cds;;123;123;;;*601;;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;1659521..1659596;;gaa;;234;234;;;;;;* ;1659831..1660671;;cds;;;;;;280;;aldo/keto reductase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1808199..1808735;;cds;;79;79;;;179;;hp;* ;1808815..1808892;;cca;;49;49;;;;;;* ;1808942..1809238;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;* ;1809249..1809325;;aga;;442;*442;;;;;;* ;1809768..1810013;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1825075..1825305;;cds;;210;210;;;77;;hp;* comp;1825516..1825591;;aac;@2;219;;219;;;;;* comp;1825811..1825884;;tgc;;217;217;;;;;;* ;1826102..1826758;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1878424..1878714;;cds;;244;244;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;1878959..1879074;;5s;;123;;;;116;;;* comp;1879198..1881950;;23s;;272;;;;2753;;;* comp;1882223..1882298;;gca;;32;;;32;;;;* comp;1882331..1882407;;atc;;110;;;;;;;* comp;1882518..1883224;;16s°;;100;100;;;707;;;* <comp;1883325..1883763;;cds;;;;;;146;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1896604..1897080;;cds;;192;192;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* comp;1897273..1897347;;acc;;162;162;;;;;;* comp;1897510..1899495;;cds;;;;;;*662;;polysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2032701..2033588;;cds;;165;165;;;296;;DUF3108 domain-containing protein;* ;2033754..2033828;;gtg;+;132;;132;;;;;* ;2033961..2034035;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;* ;2034267..2034431;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2113098..2113601;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;* ;2113687..2113763;;ccc;;140;140;;;;;;* comp;2113904..2115682;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2163405..2167388;;cds;;775;*775;;;*1328;;non-ribosomal peptide synthetase;* ;2168164..2168552;;16s°;;100;;;;389;;;* comp;2168653..2169323;;16s°;;522;*522;;;671;;;* comp;2169846..2170325;;cds;;;;;;160;;DUF2141 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2176963..2177427;;cds;;107;107;;;155;;membrane protein;* comp;2177535..2177610;;gcc;;30;;30;;;;;* comp;2177641..2177727;;ctg;;135;135;;;;;;* comp;2177863..2180208;;cds;;;;;;*782;;mechanosensitive ion channel;* ;;;;;;;;;;;;* ;2233677..2234435;;cds;;92;92;;;253;;hp;* comp;2234528..2234603;;gag;+;38;;38;;;;;* comp;2234642..2234717;;gag;2 gag;68;68;;;;;;* comp;2234786..2235836;;cds;;;;;;350;;p-low specificity L-threonine aldolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2293087..2293593;;cds;;211;211;;;169;;hp;* ;2293805..2293881;;cgt;;137;137;;;;;;* ;2294019..2294495;;cds;;5;5;;;159;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;2294501..2294576;;atgi;;145;145;;;;;;* comp;2294722..2296683;;cds;;;;;;*654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;;* ;2372946..2373401;;cds;;86;86;;;152;;MaoC family dehydratase;* comp;2373488..2373563;;aag;+;74;;74;;;;;* comp;2373638..2373713;;aag;2 aag;309;309;;;;;;* ;2374023..2375549;;cds;;;;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2418203..2418400;;cds;;69;69;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2418470..2418545;;tgg;;152;152;;;;;;* comp;2418698..2419888;;cds;;81;81;;;397;;elongation factor Tu;* comp;2419970..2420043;;gga;;60;;60;;;;;* comp;2420104..2420189;;tac;;144;144;;;;;;* ;2420334..2421188;;cds;;91;91;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;2421280..2421355;;aca;;137;137;;;;;;* ;2421493..2423187;;cds;;;;;;565;;site-specific integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2561207..2562223;;cds;;109;109;;;339;;farnesyltranstransferase;* ;2562333..2562409;;ccg;+;205;;205;;;;;* ;2562615..2562691;;ccg;2 ccg;136;136;;;;;;* ;2562828..2563241;;cds;;;;;;138;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2680406..2680930;;cds;;140;140;;;175;;disulfide bond formation protein B;* ;2681071..2681157;;ttg;;162;162;;;;;;* ;2681320..2681715;;cds;;;;;;132;;cupin domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2856509..2858152;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;* comp;2858518..2858608;;tcc;;118;118;;;;;;* comp;2858727..2859530;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;* plasmide1;;;@3;;;;;;;;;* ;198109..199200;;cds;;84;84;;;364;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;199285..199360;;aaa;;135;135;;;;;;* comp;199496..200044;;cds;;;;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;243776..244348;;cds;;205;205;;;191;;hp;* ;244554..244643;;tca;;143;143;;;;;;* ;244787..245683;;cds;;;;;;299;;diguanylate cyclase;* ;;;;;;;;;;;;* ;338004..339383;;cds;;116;116;;;460;;hp;* comp;339500..339586;;ctc;;257;257;;;;;;* comp;339844..340836;;cds;;;;;;331;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;364473..365501;;cds;;200;200;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;365702..365775;;cag;;746;*746;;;;;;* ;366522..367214;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;474173..477079;;cds;;298;298;;;*969;;PAS domain-containing protein;* ;477378..477464;;ctg;;30;;30;;;;;* ;477495..477570;;gcc;;238;238;;;;;;* ;477809..478123;;cds;;;;;;105;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;599223..600230;;cds;;245;245;;;336;;inorganic phosphate transporter;* comp;600476..600550;;ggc;;351;*351;;;;;;* ;600902..602071;;cds;;;;;;390;;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;629856..631229;;cds;;154;154;;;458;;tetratricopeptide repeat protein;* ;631384..631458;;acc;;1;;1;;;;;* ;631460..631535;;gcg;;99;;99;;;;;* ;631635..631711;;gac;;35;;35;;;;;* ;631747..631821;;gtc;;1;;1;;;;;* ;631823..631896;;cag;;153;153;;;;;;* ;632050..632259;;cds;;;;;;70;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;699265..699846;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;* ;700057..700132;;aac;;4;;4;;;;;* ;700137..700213;;gac;;32;32;;;;;;* comp;700246..700851;;cds;;;;;;202;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;909530..909766;;cds;;153;153;;;79;;hp;* comp;909920..910035;;5s;;127;;;;116;;;* comp;910163..912915;;23s;;271;;;;2753;;;* comp;913187..913262;;gca;;30;;;30;;;;* comp;913293..913369;;atc;;110;;;;;;;* comp;913480..914970;;16s;;486;*486;;;1491;;;* ;915457..916713;;cds;;;;;;419;;exonuclease subunit SbcD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;998160..999149;;cds;;229;229;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;999379..999465;;ctg;;123;123;;;;;;* ;999589..1000215;;cds;;;;;;209;;ribonuclease D;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1098197..1098655;;cds;;675;*675;;;153;;MarR family transcriptional regulator;* ;1099331..1100821;;16s;;107;;;;1491;;;* ;1100929..1101005;;atc;;31;;;31;;;;* ;1101037..1101112;;gca;;271;;;;;;;* ;1101384..1104136;;23s;;147;147;;;2753;;;* comp;1104284..1105390;;cds;;;;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1157171..1157356;;cds;;98;98;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;1157455..1157530;;ttc;;178;178;;;;;;* ;1157709..1158686;;cds;;;;;;326;;alpha-(1,3)-fucosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1394614..1396740;;cds;;453;*453;;;*709;;PAS domain S-box protein;* ;1397194..1397287;;agc;;52;52;;;;;;* comp;1397340..1397858;;cds;;;;;;173;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1399009..1399830;;cds;;301;301;;;274;;hp;* comp;1400132..1400206;;caa;;79;79;;;;;;* comp;1400286..1402379;;cds;;;;;;*698;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1577667..1578095;;cds;;457;*457;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;* ;1578553..1580043;;16s;;110;;;;1491;;;* ;1580154..1580230;;atc;;31;;;31;;;;* ;1580262..1580337;;gca;;269;;;;;;;* ;1580607..1581986;;23s°;;100;;;;1380;;;* ;1582087..1582616;;23s°;;123;;;;530;;;* ;1582740..1582855;;5s;;100;;;;116;;;* ;1582956..1583032;;atgf;;706;*706;;;;;;* ;1583739..1585157;;cds;;;;;;473;;pyruvate kinase;* plasmide2;;;;;;;;;;;;* ;271302..272090;;cds;;529;*529;;;263;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;272620..272695;;tgg;;480;*480;;;;;;* ;273176..273922;;cds;;;;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;449562..450338;;cds;;465;*465;;;259;;IclR family transcriptional regulator;* ;450804..452289;;16s;;584;;;;1486;;;* ;452874..453640;;23s°;;128;;;;767;;;* ;453769..453884;;5s;;101;;;;116;;;* ;453986..454062;;atgf;;359;*359;;;;;;* comp;454422..457751;;cds;;;;;;*1110;;NERD domain-containing protein;* plasmide4;;;;;;;;;;;;* >comp;131140..131621;;cds;;193;193;;;161;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;* ;131815..131891;;atgf;;202;202;;;;;;* comp;132094..132276;;cds;;;;;;61;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;197300..198643;;cds;;738;*738;;;448;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;199382..199953;;16s°;;193;;;;572;;;* ;200147..200223;;atgf;;437;*437;;;;;;* comp;200661..202571;;cds;;;;;;*637;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;246777..248687;;cds;;208;208;;;*637;;RNA-directed DNA polymerase;* comp;248896..248972;;cgg;;96;96;;;;;;* comp;249069..249983;;cds;;;;;;305;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;319641..319943;;cds;;134;134;;;101;;STAS domain-containing protein;* comp;320078..320164;;ctc;;125;125;;;;;;* ;320290..321018;;cds;;;;;;243;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* comp;401067..402227;;cds;;281;281;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;* comp;402509..402624;;5s;;129;;;;116;;;* comp;402754..403402;;23s°;;106;;;;649;;;* comp;403509..403880;;16s°;;502;*502;;;372;;;* comp;404383..404577;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;501394..501756;;cds;;95;95;;;121;;response regulator;* ;501852..501927;;aac;;4;;4;;;;;* ;501932..502008;;gac;;4;;4;;;;;* ;502013..502087;;ggc;;102;102;;;;;;* comp;502190..502957;;cds;;;;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;503041..503667;;cds;;249;249;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;* comp;503917..504474;;16s°;;547;*547;;;558;;;* ;505022..506005;;cds;;;;;;328;;lytic transglycosylase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;601019..603679;;cds;;358;*358;;;*887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;* ;604038..604113;;ttc;;318;318;;;;;;* >;604432..605613;;cds;;;;;;394;;site-specific integrase;* plasmide6;;;;;;;;;;;;* ;88804..89472;;cds;;397;*397;;;223;;RraA family protein;* ;89870..89944;;ggc;;249;249;;;;;;* ;90194..91186;;cds;;;;;;331;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);* </pre> ====abs cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_cumuls|abs cumuls]] <pre> abs cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300; avec rRNA;opérons;10;1;2;;1;0;1;;100;18;1;0 ;16atcgca235;1;20;3;;50;5;40;;200;29;30;0 ;Id-23s°-atgf;1;40;4;4;100;22;80;;300;26;60;3 ;1623s°5atgf;1;60;1;;150;29;120;;400;20;90;10 ;max a;3;80;1;;200;18;160;;500;7;120;9 ;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;6;150;8 ;autres;7;120;1;;300;3;240;;700;9;180;13 ;total aas;10;140;1;;350;5;280;;800;2;210;9 sans ;opérons;51;160;0;;400;7;320;;900;1;240;6 ;1 aa;39;180;1;;450;2;360;;1000;1;270;8 ;max a;5;200;0;;500;6;400;;1100;0;300;7 ;a doubles;5;;2;;;10;;;;2;;48 ;total aas;67;;17;4;;125;;0;;121;;121 total aas;;;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;71;31;;221;;;;308;; ;;;variance;72;1;;168;;;;230;; sans jaune;;;moyenne;;;;151;;;;242;;166 ;;;variance;;;;72;;;;137;;72 </pre> ====abs blocs==== =====abs blocs abrégé===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_abrégé|abs blocs abrégé]] <pre> abs abq;;; abrégé;nom;; 23s RlmB;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;;* 50s L21;50S ribosomal protein L21;;* AAA fam;AAA family ATPase;;* ab hydrolase;alpha/beta hydrolase;;* ab hydrolase f;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;;* AG cyclase;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;;* ak reductase;aldo/keto reductase;;* ATP bind;ATP-binding cassette domain-containing protein;;* bacteriofer;bacterioferritin;;* bif CoA;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;;* bif NAD;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;;* chemotaxis p;methyl-accepting chemotaxis protein;;* cupin dom;cupin domain-containing protein;;* cyclicN bind;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;;* diG cyclase;diguanylate cyclase;;* dip ABC;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;;* disulfide;disulfide bond formation protein B;;* DMT fam;DMT family transporter;;* DUF1489;DUF1489 domain-containing protein;;* DUF2141;DUF2141 domain-containing protein;;* DUF3108;DUF3108 domain-containing protein;;* DUF3618;DUF3618 domain-containing protein;;* EAL & GGDEF;EAL and GGDEF domain-containing protein;;* elonga Tu;elongation factor Tu;;* ETC complex;ETC complex I subunit;;* exo SbcD;exonuclease subunit SbcD;;* FAD bind;FAD-binding oxidoreductase;;* FadR fam;FadR family transcriptional regulator;;* farnesyl;farnesyltranstransferase;;* fucosyl;alpha-1,3-fucosyltransferase;;* GGDEF dom;GGDEF domain-containing protein;;* glycosyl;glycosyltransferase;;* GNAT fam;GNAT family N-acetyltransferase;;* gyrase YacG;DNA gyrase inhibitor YacG;;* Hase HypA;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;;* helicas RecQ;DNA helicase RecQ;;* HU bind;HU family DNA-binding protein;;* Hx-t-Hx;helix-turn-helix transcriptional regulator;;* Hx-t-Hx dom;helix-turn-helix domain-containing protein;;* IclR fam;IclR family transcriptional regulator;;* inorganic P;inorganic phosphate transporter;;* IS3 fam;IS3 family transposase;;* IS5 fam;IS5 family transposase;;* L-iso-Asp;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;;* lipoyl LipB;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;;* low Thr;low specificity L-threonine aldolase;;* lytic dom;lytic transglycosylase domain-containing protein;;* malate G;malate synthase G;;* malonyl CoA;malonyl-CoA decarboxylase;;* MaoC fam;MaoC family dehydratase;;* MarR fam;MarR family transcriptional regulator;;* mecano ion;mechanosensitive ion channel;;* membrane p;membrane protein;;* menaquinone;dimethylmenaquinone methyltransferase;;* MerR fam;MerR family transcriptional regulator;;* methyl trans;methyltransferase domain-containing protein;;* N-acetyl trans;N-acetyltransferase;;* N-formyl Glu;N-formylglutamate amidohydrolase;;* NAD diP;NAD(+) diphosphatase;;* NADH-quinone;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;;* NDUFA9;complex I NDUFA9 subunit family protein;;* NERD dom;NERD domain-containing protein;;* nitrogen NifQ;nitrogen fixation protein NifQ;;* non ribosom;non-ribosomal peptide synthetase;;* osmose LipB;osmotically-inducible lipoprotein B;;* p-ATP-bind;p-ATP-binding protein;;* p-erythrose;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;;* P-II nitrogen;P-II family nitrogen regulator;;* p-IS5/IS1182;P-IS5/IS1182 family transposase;;* p-low Thr;p-low specificity L-threonine aldolase;;* p-ssDNA exo;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;* pantetheine;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;;* PAP2 fam;phosphatase PAP2 family protein;;* PAS dom;PAS domain-containing protein;;* PAS kinase;PAS domain-containing sensor histidine kinase;;* PAS S-box;PAS domain S-box protein;;* peptido fam;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;* peptido Pal;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;;* polymerase;RNA-directed DNA polymerase;;* polysacchard;polysaccharide biosynthesis protein;;* Ppx/GppA;Ppx/GppA family phosphatase;;* PQQ;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;;* Prolyl-tRNA;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;;* pyridoxamine;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;;* pyruvate kin;pyruvate kinase;;* recombinase;recombinase family protein;;* response reg;response regulator;;* restriction end;restriction endonuclease;;* ribonucleaseD;ribonuclease D;;* RraA fam;RraA family protein;;* SDR fam;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;;* sigma RpoD;RNA polymerase sigma factor RpoD;;* sigma-70 fam;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;;* SLT dom;transglycosylase SLT domain-containing protein;;* ss integrase;site-specific integrase;;* Ss-DNA;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;* STAS dom;STAS domain-containing protein;;* subunit SecE;preprotein translocase subunit SecE;;* tetratricopep;tetratricopeptide repeat protein;;* TIGR02300;TIGR02300 family protein;;* trigger factor;trigger factor;;* tRNA MnmA;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;;* Tyr rec/int;tyrosine-type recombinase/integrase;;* UDP-N-acetyl;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);;* xanthine;xanthine phosphoribosyltransferase;;* YggT fam;YggT family protein;;* YkgJ fam;YkgJ family cysteine cluster protein;;* </pre> =====abs blocs tableau===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_tableau|abs blocs tableau]] <pre> abs blocs;;;;;;;;;;; gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé cds;486;419;SbcD;cds;100;146;P-eryt;cds;675;153;MarR 16s;110;1491;;16s°;110;707;;16s;107;1491; atc;30;;;atc;32;;;atc;31;; gca;271;;;gca;272;;;gca;271;; 23s;127;2753;;23s;123;2753;;23s;147;2753; 5s;153;116;;5s;244;116;;cds;;369;GNAT cds;;79;hp;cds;;97;YkgJ;;;; ;;;;;;;;;;; cds;457;143;DUF1489;;;;;;;; 16s;110;1491;;;;;;;;; atc;31;;;;;;;;;; gca;269;;;;;10 cds < 259 sur 20;;;;; 23s°;100;1380;;;;Dont 2 hp + 1 p;;;;; 23s°;123;530;;;;;;;;; 5s;100;116;;;;;;;;; atgf;706;;;;;;;;;; cds;;473;pyruvat;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; cds;465;259;IclR;cds;502;65;hp;cds;495;235;PAP2 16s;584;1486;;16s°;106;372;;16s’;189;1084; 23s°;128;767;;23s°;129;649;;23s°;127;678; 5s;101;116;;5s;281;116;;5s;153;116; atgf;359;;;cds;;387;PQQ;cds;;625;GGDEF cds;;1110;NERD;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; 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(d'où?) 3 fois <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;gtRNAdb;;;;; ;abs;genome;;;;;;;;;abq;genome;;;; 68.45%GC;10.1.20 Paris;80 aas;intercalaires;cdsa;protéines;;;;;68.45%GC;29.12.19 Paris;88 aas;intercalaires;cdsa;protéines; Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;chromosome;;;;;; ;2856509..2858152;cds;365;548;recombinase;* CHA1;;* comp;;;2482875..2484518;cds;365;548;recombinase;* CHA1 comp;2858518..2858608;tcc;118;;;*;;* hp caracter;;comp;2484884..2484974;tcc;120;;;* comp;2858727..2859530;cds;;268;ab hydrolase;* ;;* modif;;comp;2485095..2485898;cds;;268;ab hydrolase;* ;;;;;;;;* déplacé;;;;;;;;* comp;16414..16980;cds;163;189;Prolyl-tRNA;* ;;* d’où?;;comp;2640759..2641325;cds;149;189;Prolyl-tRNA;* ;17144..17218;ggc;670;;;*;;* recomb;;;2641475..2641549;ggc;688;;;* ;17889..18566;cds;;226;menaquinone;*;;* insertion;;;2642238..2642915;cds;;226;menaquinone;* ;;;;;;*;;* bloc?;;;;;;;;* ;84790..85017;cds;114;76;@osmose LipB;* comp;;* réunion;;comp;2764482..2765567;cds;659;362;@hp;* comp;85132..85205;ggg;35;;;*;;* recombi;;comp;2766227..2766300;ggg;35;;;* comp;85241..85900;cds;;220;N-acetyl trans;*;;;;comp;2766336..2766995;cds;;220;N-acetyl trans;* ;;;;;;;;;;;;;;;; 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ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;cac2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;ccg2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;gag2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;gtg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;;gtc;1;gcc;2;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;ggc;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;3 1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;1 >1aa;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total abs;;39;;;;;;;abs;20;;;;;;20;;abs;10;;;;;;10;;abs;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====abs données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_données_intercalaires|abs données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abs;fx;fc;abs;fx40;fc40;abs;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;55;670;163;tRNA 23s;; 1;1;10;65;167;1;4;12;-2;1;0;35;114;272;;gca ;0;20;41;134;2;1;18;-3;0;0;60;175;tRNA tRNA;;contig ;0;30;61;89;3;13;20;-4;3;194;81;206;32;;atc gca ;1;40;24;76;4;13;21;-5;0;0;169;140;tRNA tRNA;; ;1;50;27;62;5;2;24;-6;1;0;141;170;109;;cac ;1;60;25;63;6;14;9;-7;1;4;175;77;**;;cac ;2;70;16;52;7;9;14;-8;0;23;131;79;163;;gta 5;0;80;34;64;8;1;17;-9;0;0;148;209;**;;gac 1;3;90;28;70;9;6;11;-10;1;2;129;79;219;;aac 1;2;100;32;71;10;2;21;-11;0;7;173;187;**;;tgc 2;2;110;29;52;11;3;20;-12;0;0;91;234;132;;gtg 1;1;120;22;59;12;5;13;-13;0;3;105;106;**;;gtg ;2;130;24;59;13;4;23;-14;0;4;344;354;30;;gcc 3;5;140;25;54;14;4;15;-15;1;0;123;74;**;;ctg 1;3;150;21;52;15;4;17;-16;0;1;234;338;38;;gag ;1;160;29;37;16;4;9;-17;4;2;49;79;**;;gag 3;3;170;30;36;17;1;6;-18;0;1;10;217;74;;aag 1;2;180;24;43;18;5;6;-19;1;1;442;192;**;;aag 1;0;190;19;35;19;9;13;-20;1;4;210;165;60;;gga 1;0;200;17;34;20;2;12;-21;0;1;162;140;**;;tac 2;1;210;13;17;21;12;5;-22;0;0;231;107;205;;ccg 2;0;220;23;23;22;12;7;-23;2;3;85;92;**;;ccg ;0;230;13;22;23;3;7;-24;1;0;135;211;;; 1;2;240;13;15;24;9;11;-25;1;2;68;5;;; ;0;250;17;15;25;6;11;-26;0;2;134;86;;; ;0;260;9;15;26;0;9;-27;0;0;145;309;;; ;0;270;18;18;27;5;10;-28;0;0;69;144;;; ;0;280;10;11;28;6;12;-29;5;1;152;140;;; ;0;290;9;10;29;2;9;-30;0;0;81;365;;; ;0;300;10;7;30;6;8;-31;1;2;91;;;; 1;0;310;6;10;31;1;11;-32;1;0;137;;;; ;0;320;7;9;32;1;7;-33;0;0;109;;;; ;0;330;10;3;33;4;10;-34;0;0;136;;;; 1;0;340;11;2;34;4;5;-35;1;1;162;;;; ;1;350;4;2;35;4;6;-36;0;0;118;;;; 1;0;360;5;5;36;1;5;-37;0;0;23s 5s;;;; 1;0;370;8;7;37;6;8;-38;1;0;128;;;; ;0;380;2;3;38;1;8;-39;0;0;5s CDS;;;; ;0;390;4;2;39;2;10;-40;0;0;244;153;;; ;0;400;6;4;40;0;6;-41;0;0;;;;; ;2;reste;90;55;reste;690;1098;-42;0;0;;;;; 30;36;total;883;1570;total;883;1570;-43;0;0;;;;; 30;34;diagr;791;1509;diagr;191;466;-44;0;0;;;;; 1;1; t30;167;390;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;881;34;2;917;;;-49;1;0;;;;; ;c;1564;324;6;1894;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;2811;110;;reste;3;11;;;;; ;;;;;;2921;;total;34;324;;;;; </pre> =====abs autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_autres_intercalaires_aas|abs autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abs;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;16414;16980;163;*; ;;tRNA;17144;17218;670;*;ggc fin;;CDS;17889;18566;;; deb;;CDS;84790;85017;114;*; ;comp;tRNA;85132;85205;35;*;ggg fin;comp;CDS;85241;85900;;0; deb;comp;CDS;93530;94258;60;*; ;comp;tRNA;94319;94395;175;*;agg fin;;CDS;94571;96262;;0; deb;comp;CDS;131833;132117;206;*; ;;tRNA;132324;132399;140;*;gcg fin;comp;CDS;132540;133586;;; deb;comp;CDS;440193;440705;127;*; ;;regulatory;440833;440912;76;*; fin;;CDS;440989;442197;;; deb;comp;CDS;483582;484082;170;*; ;;tRNA;484253;484329;77;*;cgt fin;comp;CDS;484407;484586;;0; deb;;CDS;536869;537573;506;*; ;;misc_f;538080;538894;491;*; ;;misc_f;539386;539554;19;*; ;;misc_f;539574;539733;19;*; ;;misc_f;539753;540001;145;*; ;;rRNA;540147;540262;153;*;116 fin;comp;CDS;540416;542290;;0; deb;;CDS;600048;601079;79;*; ;comp;tRNA;601159;601233;81;*;acg fin;comp;CDS;601315;603243;;; deb;comp;CDS;656242;656520;169;*; ;comp;tRNA;656690;656765;141;*;gcc fin;comp;CDS;656907;657305;;0; deb;;CDS;815905;816444;135;*; ;;ncRNA;816580;816677;99;*; fin;;CDS;816777;818633;;; deb;comp;CDS;864141;864458;209;*; ;;tRNA;864668;864757;79;*;tcg fin;comp;CDS;864837;865679;;; deb;comp;CDS;927934;928101;187;*; ;;tRNA;928289;928371;175;*;tta fin;;CDS;928547;929164;;; deb;;CDS;946069;947757;64;*; ;;regulatory;947822;947974;151;*; fin;;CDS;948126;948812;;; deb;comp;CDS;1148345;1149223;234;*; ;;tRNA;1149458;1149532;106;*;gtc fin;comp;CDS;1149639;1151516;;; deb;;CDS;1244040;1245108;131;*; ;;tRNA;1245240;1245314;354;*;atgj fin;comp;CDS;1245669;1246637;;; deb;;CDS;1279875;1280237;74;*; ;comp;tRNA;1280312;1280397;148;*;tac fin;comp;CDS;1280546;1281172;;; deb;comp;CDS;1369782;1370351;31;*; ;comp;tmRNA;1370383;1370759;95;*; fin;;CDS;1370855;1371793;;; deb;comp;CDS;1414313;1414690;160;*; ;;regulatory;1414851;1414948;69;*; fin;;CDS;1415018;1416172;;; deb;comp;CDS;1500772;1501110;338;*; ;;tRNA;1501449;1501524;109;*;cac ;;tRNA;1501634;1501709;129;*;cac fin;;CDS;1501839;1503305;;; deb;;CDS;1503412;1504977;173;*; ;;tRNA;1505151;1505235;91;*;cta fin;;CDS;1505327;1506661;;; deb;;CDS;1511745;1512017;105;*; ;;tRNA;1512123;1512197;163;*;gta ;;tRNA;1512361;1512437;344;*;gac fin;;CDS;1512782;1513150;;; deb;;CDS;1657596;1659397;123;*; ;;tRNA;1659521;1659596;234;*;gaa fin;;CDS;1659831;1660671;;; deb;comp;CDS;1671855;1672043;204;*; ;;regulatory;1672248;1672360;116;*; fin;;CDS;1672477;1674318;;0; deb;comp;CDS;1808199;1808735;79;*; ;;tRNA;1808815;1808892;49;*;cca deb;;CDS;1808942;1809238;10;*; ;;tRNA;1809249;1809325;442;*;aga fin;;CDS;1809768;1810013;;0; deb;comp;CDS;1825075;1825305;210;*; ;comp;tRNA;1825516;1825591;219;*;aac ;comp;tRNA;1825811;1825884;217;*;tgc fin;;CDS;1826102;1826758;;; deb;comp;CDS;1878424;1878714;244;*; ;comp;rRNA;1878959;1879074;128;*;116 ;comp;rRNA;1879203;1881950;272;*;2748 ;comp;tRNA;1882223;1882298;32;*;gca ;comp;tRNA;1882331;1882407;129;*;atc ;comp;misc_f;1882537;1883185;139;*; fin;comp;CDS;1883325;1883763;;; deb;;CDS;1886482;1886796;13;*; ;;ncRNA;1886810;1886969;39;*; fin;;CDS;1887009;1887617;;; deb;;CDS;1896604;1897080;192;*; ;comp;tRNA;1897273;1897347;162;*;acc fin;comp;CDS;1897510;1899495;;; deb;comp;CDS;2032701;2033588;165;*; ;;tRNA;2033754;2033828;132;*;gtg ;;tRNA;2033961;2034035;231;*;gtg fin;;CDS;2034267;2034431;;; deb;;CDS;2113098;2113601;85;*; ;;tRNA;2113687;2113763;140;*;ccc fin;comp;CDS;2113904;2115682;;0; deb;comp;CDS;2163405;2167388;813;*; ;;misc_f;2168202;2168532;294;*; ;comp;misc_f;2168827;2169315;530;*; fin;comp;CDS;2169846;2170325;;; deb;;CDS;2176963;2177427;107;*; ;comp;tRNA;2177535;2177610;30;*;gcc ;comp;tRNA;2177641;2177727;135;*;ctg fin;comp;CDS;2177863;2180208;;0; deb;comp;CDS;2197944;2199056;175;*; ;comp;regulatory;2199232;2199345;72;*; fin;comp;CDS;2199418;2199663;;0; deb;;CDS;2233677;2234435;92;*; ;comp;tRNA;2234528;2234603;38;*;gag ;comp;tRNA;2234642;2234717;68;*;gag fin;comp;CDS;2234786;2235821;;; deb;comp;CDS;2293087;2293593;211;*; ;;tRNA;2293805;2293881;134;*;cgt deb;;CDS;2294016;2294495;5;*; ;comp;tRNA;2294501;2294576;145;*;atgi fin;comp;CDS;2294722;2296683;;; deb;;CDS;2372946;2373401;86;*; ;comp;tRNA;2373488;2373563;74;*;aag ;comp;tRNA;2373638;2373713;309;*;aag fin;;CDS;2374023;2375549;;1; deb;comp;CDS;2418203;2418400;69;*; ;comp;tRNA;2418470;2418545;152;*;tgg deb;comp;CDS;2418698;2419888;81;*; ;comp;tRNA;2419970;2420043;60;*;gga ;comp;tRNA;2420104;2420189;144;*;tac deb;;CDS;2420334;2421188;91;*; ;;tRNA;2421280;2421355;137;*;aca fin;;CDS;2421493;2423187;;; deb;;CDS;2561207;2562223;109;*; ;;tRNA;2562333;2562409;205;*;ccg ;;tRNA;2562615;2562691;136;*;ccg fin;;CDS;2562828;2563241;;0; deb;;CDS;2577826;2578533;62;*; ;;ncRNA;2578596;2578998;554;*; fin;;CDS;2579553;2580050;;; deb;comp;CDS;2680406;2680930;140;*; ;;tRNA;2681071;2681157;162;*;ttg fin;;CDS;2681320;2681715;;; deb;;CDS;2856509;2858152;365;*; ;comp;tRNA;2858518;2858608;118;*;tcc fin;comp;CDS;2858727;2859530;;0; deb;;CDS;2940550;2940948;67;*; ;;regulatory;2941016;2941120;49;*; fin;;CDS;2941170;2942093;;0; </pre> ====absp données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_données_intercalaires|absp données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;absp;fx;fc;absp;fx40;fc40;absp;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;0;0;0;0;0;-1;0;26;135;84;16s tRNA;; ;0;10;38;87;1;4;8;-2;2;0;205;116;2* 116;;atc ;0;20;28;81;2;1;9;-3;0;0;143;200;113;;atc ;0;30;27;59;3;4;16;-4;2;124;257;245;tRNA 23s;; 1;0;40;12;44;4;7;10;-5;0;0;746;351;272;;gca ;0;50;15;38;5;3;7;-6;0;0;298;178;270;;gca 1;0;60;8;39;6;2;3;-7;0;1;238;213;5s tRNA;; ;0;70;14;33;7;7;7;-8;1;12;153;32;100;;atgf ;1;80;15;31;8;0;11;-9;0;0;123;229;tRNA tRNA;;intra 1;0;90;14;23;9;2;5;-10;1;0;98;52;30;;atc gca ;1;100;9;41;10;8;11;-11;1;6;178;301;2* 31;;atc gca ;0;110;13;29;11;1;7;-12;1;0;453;;tRNA tRNA;; 1;0;120;18;28;12;0;6;-13;0;2;79;;30;;ctg ;1;130;12;24;13;5;14;-14;0;4;706;;**;;gcc ;1;140;15;34;14;1;15;-15;0;0;CDS 16s;;1;;acc ;1;150;18;25;15;3;3;-16;1;1;457;486;99;;gcg ;1;160;8;22;16;4;9;-17;0;2;;642;35;;gac ;0;170;26;30;17;3;6;-18;0;0;23s 5s;;1;;gtc 1;1;180;8;19;18;4;10;-19;0;1;128;;**;;cag ;0;190;10;14;19;3;7;-20;3;1;132;;4;;aac 1;0;200;6;12;20;4;4;-21;0;0;23s CDS;;**;;gac ;1;210;6;10;21;1;6;-22;0;0;-;151;;; 1;0;220;12;17;22;8;3;-23;0;1;5s CDS;;;; 1;0;230;6;9;23;5;5;-24;0;0;-;153;;; ;1;240;12;11;24;1;3;-25;0;1;;;;; 1;0;250;6;13;25;4;9;-26;1;2;;;;; ;1;260;6;8;26;4;9;-27;0;0;;;;; ;0;270;11;9;27;1;8;-28;1;1;;;;; ;0;280;9;5;28;1;8;-29;0;1;;;;; ;0;290;4;3;29;2;4;-30;0;0;;;;; ;1;300;5;5;30;0;4;-31;1;0;;;;; 1;0;310;2;3;31;1;3;-32;0;0;;;;; ;0;320;6;3;32;2;3;-33;0;0;;;;; ;0;330;4;2;33;1;3;-34;0;0;;;;; ;0;340;5;7;34;2;7;-35;0;2;;;;; ;0;350;6;1;35;1;8;-36;0;0;;;;; 1;0;360;2;3;36;1;4;-37;1;0;;;;; ;0;370;1;4;37;1;3;-38;0;2;;;;; ;0;380;0;1;38;0;5;-39;0;0;;;;; ;0;390;1;0;39;2;6;-40;0;0;;;;; ;0;400;2;2;40;1;2;-41;1;1;;;;; ;3;reste;52;44;reste;367;602;-42;0;0;;;;; 11;14;total;472;873;total;472;873;-43;1;0;;;;; 11;11;diagr;420;829;diagr;105;271;-44;1;0;;;;; 0;0; t30;93;227;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;472;25;0;497;;;-49;0;1;;;;; ;c;873;206;0;1079;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1576;54;;reste;5;14;;;;; </pre> =====absp autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_autres_intercalaires_aas|absp autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;absp;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;198109;199200;84;*; ;comp;tRNA;199285;199360;135;*;aaa fin;comp;CDS;199496;200044;;; deb;;CDS;243776;244348;205;*; ;;tRNA;244554;244643;143;*;tca fin;;CDS;244787;245683;;0; deb;;CDS;338004;339383;116;*; ;comp;tRNA;339500;339586;257;*;ctc fin;comp;CDS;339844;340836;;; deb;comp;CDS;364473;365501;200;*; ;;tRNA;365702;365775;746;*;cag fin;;CDS;366522;367214;;; deb;;CDS;474173;477079;298;*; ;;tRNA;477378;477464;30;*;ctg ;;tRNA;477495;477570;238;*;gcc fin;;CDS;477809;478123;;; deb;comp;CDS;496623;497399;289;*; ;;regulatory;497689;497905;38;*; fin;;CDS;497944;499011;;; deb;;CDS;599223;600230;245;*; ;comp;tRNA;600476;600550;351;*;ggc fin;;CDS;600902;602071;;; deb;comp;CDS;629856;631205;178;*; ;;tRNA;631384;631458;1;*;acc ;;tRNA;631460;631535;99;*;gcg ;;tRNA;631635;631711;35;*;gac ;;tRNA;631747;631821;1;*;gtc ;;tRNA;631823;631896;153;*;cag fin;;CDS;632050;632259;;; deb;comp;CDS;699265;699843;213;*; ;;tRNA;700057;700132;4;*;aac ;;tRNA;700137;700213;32;*;gac fin;comp;CDS;700246;700851;;; deb;;CDS;909530;909766;153;*; ;comp;rRNA;909920;910035;132;*;116 ;comp;rRNA;910168;912914;272;*;2747 ;comp;tRNA;913187;913262;30;*;gca ;comp;tRNA;913293;913369;116;*;atc ;comp;rRNA;913486;914970;486;*;1485 fin;;CDS;915457;916713;;; deb;comp;CDS;975367;977091;141;*; ;;regulatory;977233;977362;74;*; fin;;CDS;977437;978516;;; deb;comp;CDS;998160;999149;229;*; ;;tRNA;999379;999465;123;*;ctg fin;;CDS;999589;1000215;;; deb;comp;CDS;1066729;1068657;115;*; ;comp;regulatory;1068773;1068992;54;*; fin;comp;CDS;1069047;1069505;;0; deb;comp;CDS;1098197;1098688;642;*; ;;rRNA;1099331;1100815;113;*;1485 ;;tRNA;1100929;1101005;31;*;atc ;;tRNA;1101037;1101112;272;*;gca ;;rRNA;1101385;1104132;151;*;2748 fin;comp;CDS;1104284;1105390;;; deb;;CDS;1157171;1157356;98;*; ;;tRNA;1157455;1157530;178;*;ttc fin;;CDS;1157709;1158686;;; deb;;CDS;1394614;1396740;453;*; ;;tRNA;1397194;1397287;52;*;agc fin;comp;CDS;1397340;1397858;;; deb;;CDS;1399009;1399830;301;*; ;comp;tRNA;1400132;1400206;79;*;caa fin;comp;CDS;1400286;1402385;;; deb;;CDS;1577667;1578095;457;*; ;;rRNA;1578553;1580037;116;*;1485 ;;tRNA;1580154;1580230;31;*;atc ;;tRNA;1580262;1580337;270;*;gca ;;rRNA;1580608;1582611;128;*;2004 ;;rRNA;1582740;1582855;100;*;116 ;;tRNA;1582956;1583032;706;*;atgf fin;;CDS;1583739;1585157;;0; </pre> ===agr=== ====agr opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_opérons|agr opérons]] <pre> 59.3%GC;29.12.19 Paris;16s 5 ;58 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Agrobacterium sp. H13-3 ;;;;;;;;;;;; chromosoml;;;;;;;;;;;; comp;1064633..1065274;;cds;;296;296;;;214;;hp;* ;1065571..1065655;;ttg;;266;266;;;;;;* ;1065922..1066437;;cds;;;;;;172;;disulfide bond formation protein B;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1178605..1179114;;cds;;256;256;;;170;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;1179371..1179445;;ggc;@1;793;;793;;;;;* comp;1180239..1180315;;atgj;;135;135;;;;;;* comp;1180451..1181647;;cds;;;;;;399;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1320644..1321006;;cds;;318;318;;;121;;hp;* comp;1321325..1321414;;tcg;;197;197;;;;;;* comp;1321612..1322493;;cds;;;;;;294;;dihydrodipicolinate synthase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1361929..1362942;;cds;;554;*554;;;338;;sugar ABC transporter substrate-binding protein;* comp;1363497..1363571;;gtc;;81;81;;;;;;* comp;1363653..1364015;;cds;;;;;;121;;response regulator;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1426814..1427137;;cds;;105;105;;;108;;hp;* ;1427243..1428733;;16s;;337;;;;1491;;;* ;1429071..1429147;;atc;;59;;;59;;;;* ;1429207..1429282;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;1429429..1429626;;cds;@2;241;241;;;66;;P-hp;* ;1429868..1432681;;23s;;242;;;;2814;;;* ;1432924..1433038;;5s;;257;;;;115;;;* ;1433296..1433372;;atgf;;311;311;;;;;;* ;1433684..1434118;;cds;;;;;;145;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;* ;;;;;;;;;;;;* ;1503534..1504520;;cds;;122;122;;;329;;beta-ketoacyl-ACP synthase III;* comp;1504643..1504716;;cag;;123;123;;;;;;* comp;1504840..1505277;;cds;;;;;;146;;Lrp/AsnC family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1605356..1605856;;cds;;71;71;;;167;;hp;* comp;1605928..1606003;;gcc;;152;152;;;;;;* comp;1606156..1606545;;cds;;;;;;130;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1687683..1688015;;cds;;105;105;;;111;;hp;* ;1688121..1689611;;16s;;337;;;;1491;;;* ;1689949..1690025;;atc;;59;;;59;;;;* ;1690085..1690160;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;1690307..1690504;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;1690746..1693559;;23s;;242;;;;2814;;;* ;1693802..1693916;;5s;;257;;;;115;;;* ;1694174..1694250;;atgf;;203;203;;;;;;* comp;1694454..1694645;;cds;;;;;;64;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;2103153..2103404;;cds;;105;105;;;84;;P-hp;* ;2103510..2105000;;16s;;337;;;;1491;;;* ;2105338..2105414;;atc;;59;;;59;;;;* ;2105474..2105549;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;2105696..2105893;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;2106135..2108948;;23s;;242;;;;2814;;;* ;2109191..2109305;;5s;;257;;;;115;;;* ;2109563..2109639;;atgf;;633;*633;;;;;;* ;2110273..2110680;;cds;;;;;;136;;membrane protein;* chromosomc;;;;;;;;;;;;* <comp;56862..57137;;cds;;105;105;;;92;;P-hp;* ;57243..58733;;16s;;337;;;;1491;;;* ;59071..59147;;atc;;59;;;59;;;;* ;59207..59282;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;59429..59626;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;59868..62681;;23s;;242;;;;2814;;;* ;62924..63038;;5s;;257;;;;115;;;* ;63296..63372;;atgf;;196;196;;;;;;* ;63569..65377;;cds;;;;;;*603;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;125821..127722;;cds;;287;287;;;*634;;molecular chaperone DnaK;* comp;128010..128099;;tcc;;220;220;;;;;;* ;128320..128637;;cds;;;;;;106;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;227621..228004;;cds;;240;240;;;128;;membrane protein;* comp;228245..228331;;ctg;;120;120;;;;;;* comp;228452..228757;;cds;;;;;;102;;SelT/SelW/SelH family protein;* ;;;;;;;;;;;;* >;378307..378396;;cds;;40;40;;;30;;P-hp;* ;378437..378513;;cgt;;174;174;;;;;;* ;378688..379500;;cds;;;;;;271;;class I SAM-dependent methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;407277..407435;;cds;;167;167;;;53;;YqaE/Pmp3 family membrane protein;* comp;407603..407678;;acg;;137;137;;;;;;* comp;407816..408778;;cds;;;;;;321;;nitronate monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;425990..427087;;cds;;56;56;;;366;;2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase;* ;427144..427217;;ggg;;154;154;;;;;;* ;427372..428058;;cds;;;;;;229;;aquaporin Z;* ;;;;;;;;;;;;* ;458659..459081;;cds;;285;285;;;141;;hp;* ;459367..459442;;ttc;;246;246;;;;;;* comp;459689..460033;;cds;;;;;;115;;cation:proton antiporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;493759..494025;;cds;;155;155;;;89;;hp;* ;494181..494255;;acc;;195;195;;;;;;* comp;494451..495686;;cds;;;;;;412;;flagellin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;564938..568684;;cds;;361;*361;;;*1249;;PAS domain S-box protein;* ;569046..569122;;cac;;79;79;;;;;;* ;569202..570920;;cds;;;;;;573;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;763448..764356;;cds;;202;202;;;303;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;764559..764633;;caa;;263;263;;;;;;* comp;764897..766549;;cds;;;;;;551;;malate dehydrogenase (quinone);* ;;;;;;;;;;;;* comp;767020..767439;;cds;;264;264;;;140;;hp;* ;767704..767780;;ccg;;159;159;;;;;;* comp;767940..768260;;cds;;;;;;107;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;960360..960701;;cds;;163;163;;;114;;hp;* ;960865..960955;;agc;;500;*500;;;;;;* comp;961456..961671;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1123408..1124136;;cds;;141;141;;;243;;hp;* ;1124278..1124363;;tta;;241;241;;;;;;* ;1124605..1127115;;cds;;;;;;*837;;copper-translocating P-type ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1154411..1154803;;cds;;91;91;;;131;;DUF2934 domain-containing protein;* comp;1154895..1154969;;aac;;176;176;;;;;;* ;1155146..1155424;;cds;;;;;;93;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1162767..1163027;;cds;;138;138;;;87;;hp;* comp;1163166..1163242;;ccc;;218;218;;;;;;* ;1163461..1163997;;cds;;;;;;179;;DUF1269 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1192452..1194650;;cds;;660;*660;;;*733;;esterase-like activity of phytase family protein;* comp;1195311..1195386;;gta;+;446;;446;;;;;* ;1195833..1195909;;gac;2 gac;41;;41;;;;;* ;1195951..1196027;;gac;;435;*435;;;;;;* ;1196463..1196828;;cds;;;;;;122;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;;* ;1421863..1422201;;cds;;134;134;;;113;;hp;* comp;1422336..1422425;;tca;;88;88;;;;;;* comp;1422514..1422678;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1468229..1469110;;cds;;180;180;;;294;;HNH endonuclease;* comp;1469291..1469367;;atgf;;132;132;;;;;;* comp;1469500..1470450;;cds;;;;;;317;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1508458..1508883;;cds;;558;*558;;;142;;PAS domain-containing protein;* comp;1509442..1509526;;ctc;;189;189;;;;;;* ;1509716..1510447;;cds;;;;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;1531160..1531933;;cds;;447;*447;;;258;;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;* ;1532381..1532455;;gaa;;121;121;;;;;;* ;1532577..1532818;;cds;;89;89;;;81;;P-hp;* ;1532908..1532982;;gaa;;129;129;;;;;;* comp;1533112..1534920;;cds;;;;;;*603;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;;;;;;;;;;;;* ;1584509..1584763;;cds;;155;155;;;85;;GlsB/YeaQ/YmgE family stress response membrane protein;* ;1584919..1584994;;aag;;134;134;;;;;;* comp;1585129..1585575;;cds;;;;;;149;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1612420..1613898;;cds;;240;240;;;493;;trigger factor;* comp;1614139..1614221;;cta;;447;*447;;;;;;* <;1614669..1614876;;cds;;;;;;69;;P-hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1672216..1672887;;cds;;245;245;;;224;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* comp;1673133..1673206;;tgc;;240;240;;;;;;* comp;1673447..1673599;;cds;;;;;;51;;DUF3309 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1744688..1745434;;cds;;341;341;;;249;;cytochrome c biogenesis protein CcdA;* ;1745776..1745851;;aaa;;310;310;;;;;;* ;1746162..1746743;;cds;;;;;;194;;DUF1003 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1770727..1772280;;cds;;91;91;;;518;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;1772372..1772448;;cca;;265;265;;;;;;* ;1772714..1773019;;cds;;51;51;;;102;;ETC complex I subunit;* ;1773071..1773147;;aga;;7;7;;;;;;* comp;1773155..1773892;;cds;;;;;;246;;DUF429 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1902337..1902537;;cds;;184;184;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;1902722..1902797;;tgg;;241;241;;;;;;* comp;1903039..1903845;;cds;;;;;;269;;glycosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1908698..1908892;;cds;;70;70;;;65;;hp;* comp;1908963..1909036;;gga;;26;26;26;;;;;* comp;1909063..1909147;;tac;;209;209;;;;;;* ;1909357..1910244;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* ;1922447..1922800;;cds;;55;55;;;118;;hp;* comp;1922856..1922931;;aca;;207;207;;;;;;* ;1923139..1924878;;cds;;;;;;580;;GGDEF domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2079925..2080287;;cds;;156;156;;;121;;hp;* comp;2080444..2080519;;atgi;;178;178;;;;;;* ;2080698..2081441;;cds;;;;;;248;;SIMPL domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2275632..2276138;;cds;;522;*522;;;169;;winged helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;2276661..2276737;;cgg;;287;287;;;;;;* ;2277025..2277264;;cds;;;;;;80;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2388300..2388497;;cds;;87;87;;;66;;hp;* ;2388585..2388659;;ggc;;361;*361;;;;;;* ;2389021..2391024;;cds;;;;;;*668;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2490745..2491854;;cds;;535;*535;;;370;;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;* comp;2492390..2492466;;atgf;;287;;;;115;;;* comp;2492754..2492868;;5s;;242;;;;2814;;;* comp;2493111..2495924;;23s;;241;241;;;;;;* >;2496166..2496363;;cds;;146;146;;;66;;P-hp;* comp;2496510..2496585;;gca;;59;;;59;;;;* comp;2496645..2496721;;atc;;337;;;;;;;* comp;2497059..2498549;;16s;;105;105;;;1491;;;* >;2498655..2498930;;cds;;;;;;92;;P-hp;* </pre> ====agr cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_cumuls|agr cumuls]] <pre> agr cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;5;1;;;1;0;1;;100;24;1;0 ;16atcgca235;0;20;;;50;3;40;;200;30;30;1 ;Id-atgf;5;40;1;;100;12;80;;300;14;60;3 ;16s23s;0;60;1;5;150;22;120;;400;8;90;17 ;max a;3;80;;;200;17;160;;500;2;120;13 ;a doubles;0;100;;;250;18;200;;600;4;150;14 ;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;4;180;5 ;total aas;15;140;;;350;4;280;;800;1;210;1 sans ;opérons;38;160;;;400;2;320;;900;1;240;3 ;1 aa;35;180;;;450;3;360;;1000;0;270;7 ;max a;3;200;;;500;1;400;;1100;0;300;4 ;a doubles;1;;2;;;6;;;;1;;21 ;total aas;42;;4;5;;97;;0;;89;;89 total aas;;57;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;59;;213;;;;230;; ;;;variance;;0;;134;;;;209;; sans jaune;;;moyenne;33;;;172;;;;185;;137 ;;;variance;;;;76;;;;131;;71 </pre> ====agr blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_blocs|agr blocs]] <pre> agr blocs;;;;;;;;; chromoml;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa; cds;105;108;hp;105;111;hp;105;84;P-hp 16s;337;1491;;337;1491;;337;1491; atc;59;;;59;;;59;; gca;146;;;146;;;146;; cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;241;66;P-hp 23s;242;2814;;242;2814;;242;2814; 5s;257;115;;257;115;;257;115; atgf;311;;;203;;;633;; cds;;145;CoA;;64;hp;;136;membrane chromosomc;;;;;;;;; cds;105;92;P-hp;105;92;P-hp;;; 16s;337;1491;;337;1491;;;; atc;59;;;59;;;;; gca;146;;;146;;;;; cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;;; 23s;242;2814;;242;2814;;;; 5s;257;115;;287;115;;;; atgf;196;;;535;;;;; cds;;603;helicase;;370;2Fe-2S;;; ;;;;;;;;; ;;;;;;;;; CoA;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;;;;;;;; helicase;DNA helicase RecQ;;;;;;;; 2Fe-2S;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;;;;;;;; membrane;membrane protein;;;;;;;; </pre> ====agr distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_distribution|agr distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total agr;;35;;;;;35;;agr;5;;;;;;5;;agr;2;;;;;;;;agr;;;;5;;;5 </pre> ====agrc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_données_intercalaires|agrc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;agrc;fx;fc;agrc;fx40;fc40;agrc;x-;c-;cont;x;cont;x;aa ;0;0;9;3;0;9;3;-1;;57;196;220;16s tRNA;; 1;0;10;42;173;1;2;26;-2;5;0;287;240;2* 342;;atc ;0;20;36;142;2;2;20;-3;;0;120;246;tRNA 23s;; ;0;30;28;69;3;11;32;-4;6;226;217;155;2* 585;;gca ;0;40;22;56;4;6;26;-5;;1;174;195;5s tRNA;; 1;0;50;31;39;5;2;11;-6;;0;167;361;257;;atgf 1;2;60;41;42;6;6;14;-7;;2;137;202;287;;atgf 1;0;70;30;63;7;5;8;-8;3;21;56;263;tRNA tRNA;;intra ;0;80;33;53;8;0;6;-9;1;0;154;264;2* 59;;atc gca ;0;90;17;62;9;6;13;-10;;2;285;159;tRNA tRNA;; 1;1;100;21;54;10;2;17;-11;;14;166;163;41;;gac ;0;110;30;55;11;3;25;-12;;0;778;91;**;;gac ;1;120;23;65;12;5;28;-13;;3;141;176;452;;gaa 1;1;130;23;56;13;4;10;-14;1;3;247;218;**;;gaa 2;3;140;21;47;14;3;17;-15;;0;138;41;26;;gga ;1;150;32;41;15;6;13;-16;;0;311;134;**;;tac 3;2;160;16;50;16;4;13;-17;1;5;123;189;;; 1;2;170;19;43;17;1;11;-18;;0;435;129;;; 2;1;180;23;21;18;4;4;-19;3;0;584;134;;; 1;1;190;16;36;19;4;10;-20;1;2;1054;657;;; 1;1;200;17;35;20;2;11;-21;;0;132;341;;; 2;0;210;24;25;21;4;13;-22;1;1;597;265;;; 2;1;220;16;26;22;5;6;-23;1;1;447;7;;; ;0;230;18;15;23;2;8;-24;;0;155;70;;; 1;2;240;19;19;24;3;5;-25;1;0;240;209;;; 1;3;250;13;16;25;2;4;-26;;1;245;55;;; ;0;260;15;11;26;4;9;-27;;0;240;270;;; 4;0;270;12;20;27;4;7;-28;;0;310;156;;; ;0;280;11;11;28;2;4;-29;;1;91;178;;; ;3;290;10;7;29;1;6;-30;1;0;51;522;;; ;0;300;8;16;30;1;7;-31;;0;184;373;;; ;1;310;10;10;31;4;10;-32;1;1;241;;;; ;1;320;10;3;32;2;3;-33;;0;287;;;; ;0;330;5;6;33;2;9;-34;1;0;403;;;; ;0;340;10;6;34;1;8;-35;1;1;535;;;; 1;0;350;6;5;35;2;2;-36;;;CDS 16s;;;; ;0;360;5;5;36;0;9;-37;;;;689;;; 1;0;370;5;5;37;3;5;-38;;;;585;;; 1;0;380;3;7;38;3;1;-39;;;23s 5s;;;; ;0;390;4;9;39;2;3;-40;;;2* 249;;;; ;0;400;5;5;40;3;6;-41;1;1;;;;; 2;8;reste;57;34;reste;659;1023;-42;;;;;;; 31;35;total;796;1466;total;796;1466;-43;;;;;;; 29;27;diagr;730;1429;diagr;128;440;-44;;;;;;; 1;0; t30;106;384;;;;-45;1;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;;;;;; ;x;787;35;9;831;;;-49;1;;;;;; ;c;1463;345;3;1811;;;-50;;;;;;; ;;;;;2642;109;;reste;1;2;;;;; ;;;;;;2751;;total;35;345;;;;; </pre> =====agrc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_autres_intercalaires_aas|agrc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;agr-c;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;54088;56574;669;*; ;;rRNA;57244;58728;342;*;1485 ;;tRNA;59071;59147;59;*;atc ;;tRNA;59207;59282;585;*;gca ;;rRNA;59868;62674;249;*;2807 ;;rRNA;62924;63038;257;*;115 ;;tRNA;63296;63372;196;*;atgf fin;;CDS;63569;65377;;; deb;;CDS;70038;70667;131;*; ;;regulatory;70799;71023;255;*; fin;;CDS;71279;71500;;; deb;comp;CDS;99269;101146;162;*; ;comp;ncRNA;101309;101405;77;*; fin;;CDS;101483;101899;;; deb;comp;CDS;125821;127722;287;*; ;comp;tRNA;128010;128099;220;*;tcc fin;;CDS;128320;128637;;; deb;;CDS;227621;228004;240;*; ;comp;tRNA;228245;228331;120;*;ctg fin;comp;CDS;228452;228757;;; deb;;CDS;376801;378219;217;*; ;;tRNA;378437;378513;174;*;cgt fin;;CDS;378688;379500;;; deb;comp;CDS;407277;407435;167;*; ;comp;tRNA;407603;407678;137;*;acg fin;comp;CDS;407816;408778;;; deb;comp;CDS;424611;425795;42;*; ;comp;regulatory;425838;425916;73;*; deb;;CDS;425990;427087;56;*; ;;tRNA;427144;427217;154;*;ggg fin;;CDS;427372;428058;;; deb;;CDS;458659;459081;285;*; ;;tRNA;459367;459442;246;*;ttc fin;comp;CDS;459689;460033;;; deb;comp;CDS;493759;494025;155;*; ;;tRNA;494181;494255;195;*;acc fin;comp;CDS;494451;495686;;; deb;comp;CDS;564938;568684;361;*; ;;tRNA;569046;569122;166;*;cac fin;;CDS;569289;570920;;; deb;comp;CDS;763448;764356;202;*; ;;tRNA;764559;764633;263;*;caa fin;comp;CDS;764897;766630;;; deb;comp;CDS;767020;767439;264;*; ;;tRNA;767704;767780;159;*;ccg fin;comp;CDS;767940;768260;;; deb;;CDS;829597;830517;91;*; ;;regulatory;830609;830834;165;*; fin;;CDS;831000;831182;;; deb;comp;CDS;960360;960701;163;*; ;;tRNA;960865;960955;778;*;agc fin;;CDS;961734;962801;;; deb;;CDS;1095507;1096961;76;*; ;;misc_f;1097038;1097093;74;*; fin;;CDS;1097168;1098649;;; deb;;CDS;1123408;1124136;141;*; ;;tRNA;1124278;1124363;247;*;tta fin;;CDS;1124611;1127115;;; deb;;CDS;1154411;1154803;91;*; ;comp;tRNA;1154895;1154969;176;*;aac fin;;CDS;1155146;1155424;;; deb;comp;CDS;1162767;1163027;138;*; ;comp;tRNA;1163166;1163242;218;*;ccc fin;;CDS;1163461;1163997;;; deb;comp;CDS;1194859;1194999;311;*; ;comp;tRNA;1195311;1195386;41;*;gta deb;;CDS;1195428;1195709;123;*; ;;tRNA;1195833;1195909;41;*;gac ;;tRNA;1195951;1196027;435;*;gac fin;;CDS;1196463;1196828;;; deb;comp;CDS;1367095;1368234;154;*; ;comp;regulatory;1368389;1368476;124;*; fin;comp;CDS;1368601;1368786;;; deb;;CDS;1421863;1422201;134;*; ;comp;tRNA;1422336;1422425;584;*;tca fin;comp;CDS;1423010;1423237;;; deb;;CDS;1440191;1441231;40;*; ;comp;regulatory;1441272;1441350;365;*; fin;;CDS;1441716;1441916;;; deb;comp;CDS;1467928;1468236;1054;*; ;comp;tRNA;1469291;1469367;132;*;atgf fin;comp;CDS;1469500;1470450;;; deb;comp;CDS;1508458;1508844;597;*; ;comp;tRNA;1509442;1509526;189;*;ctc fin;;CDS;1509716;1510447;;; deb;;CDS;1531160;1531933;447;*; ;;tRNA;1532381;1532455;452;*;gaa ;;tRNA;1532908;1532982;129;*;gaa fin;comp;CDS;1533112;1534914;;; deb;;CDS;1584509;1584763;155;*; ;;tRNA;1584919;1584994;134;*;aag fin;comp;CDS;1585129;1585674;;; deb;comp;CDS;1600224;1600940;97;*; ;comp;regulatory;1601038;1601224;128;*; fin;comp;CDS;1601353;1602183;;; deb;comp;CDS;1612420;1613898;240;*; ;comp;tRNA;1614139;1614221;657;*;cta fin;;CDS;1614879;1615025;;; deb;comp;CDS;1672216;1672887;245;*; ;comp;tRNA;1673133;1673206;240;*;tgc fin;comp;CDS;1673447;1673599;;; deb;comp;CDS;1744688;1745434;341;*; ;;tRNA;1745776;1745851;310;*;aaa fin;;CDS;1746162;1746743;;; deb;comp;CDS;1770727;1772280;91;*; ;comp;tRNA;1772372;1772448;265;*;cca deb;;CDS;1772714;1773019;51;*; ;;tRNA;1773071;1773147;7;*;aga fin;comp;CDS;1773155;1773892;;; deb;comp;CDS;1902337;1902537;184;*; ;comp;tRNA;1902722;1902797;241;*;tgg fin;comp;CDS;1903039;1903845;;; deb;;CDS;1908698;1908892;70;*; ;comp;tRNA;1908963;1909036;26;*;gga ;comp;tRNA;1909063;1909147;209;*;tac fin;;CDS;1909357;1910244;;; deb;;CDS;1922447;1922800;55;*; ;comp;tRNA;1922856;1922931;270;*;aca fin;;CDS;1923202;1924878;;; deb;comp;CDS;1963129;1963437;141;*; ;;tmRNA;1963579;1963951;229;*; fin;;CDS;1964181;1964693;;; deb;comp;CDS;2025879;2026319;399;*; ;comp;ncRNA;2026719;2027124;56;*; fin;comp;CDS;2027181;2028371;;; deb;;CDS;2079925;2080287;156;*; ;comp;tRNA;2080444;2080519;178;*;atgi fin;;CDS;2080698;2081441;;; deb;comp;CDS;2275632;2276138;522;*; ;;tRNA;2276661;2276737;287;*;cgg fin;;CDS;2277025;2277264;;; deb;comp;CDS;2387990;2388211;373;*; ;;tRNA;2388585;2388659;403;*;ggc fin;;CDS;2389063;2391024;;; deb;comp;CDS;2490745;2491854;535;*; ;comp;tRNA;2492390;2492466;287;*;atgf ;comp;rRNA;2492754;2492868;249;*;115 ;comp;rRNA;2493118;2495924;585;*;2807 ;comp;tRNA;2496510;2496585;59;*;gca ;comp;tRNA;2496645;2496721;342;*;atc ;comp;rRNA;2497064;2498548;585;*;1485 fin;;CDS;2499134;2500084;;; deb;comp;CDS;2519640;2521463;94;*; ;comp;regulatory;2521558;2521669;180;*; fin;;CDS;2521850;2522101;;; deb;comp;CDS;2681110;2682123;37;*; ;comp;regulatory;2682161;2682271;45;*; fin;comp;CDS;2682317;2682709;;; deb;comp;CDS;2684632;2685285;90;*; ;;regulatory;2685376;2685452;82;*; fin;;CDS;2685535;2686461;;; deb;comp;CDS;2791781;2792167;154;*; ;comp;regulatory;2792322;2792537;127;*; fin;;CDS;2792665;2793282;;; </pre> ====agrl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_données_intercalaires|agrl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;agrl;fx;fc;agrl;fx40;fc40;agrl;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;46;266;296;16s tRNA;; ;0;10;21;151;1;1;25;-2;1;0;135;256;3* 342;;atc ;0;20;19;126;2;1;19;-3;0;0;318;122;tRNA 23s;; ;0;30;20;63;3;5;18;-4;9;199;197;71;3* 585;;gca ;0;40;19;34;4;4;24;-5;0;0;554;203;5s tRNA;; ;0;50;19;39;5;2;12;-6;1;0;81;;3* 257;;atgf ;0;60;20;50;6;3;8;-7;2;4;311;;tRNA tRNA;;intra ;0;70;18;56;7;1;10;-8;0;23;123;;3* 59;;atc gca 1;0;80;12;39;8;2;11;-9;0;0;152;;tRNA tRNA;; ;1;90;20;30;9;0;8;-10;1;1;633;;-;793;ggc ;0;100;20;32;10;2;16;-11;0;9;CDS 16s;;**;;atgj ;0;110;11;29;11;2;14;-12;0;0;581;714;;; ;0;120;20;30;12;4;20;-13;0;1;2136;;;; 1;1;130;13;27;13;0;20;-14;2;8;23s 5s;;;; ;1;140;15;26;14;1;10;-15;0;0;3* 249;;;; ;0;150;10;26;15;3;9;-16;0;2;;;;; ;1;160;9;21;16;2;10;-17;0;3;;;;; ;0;170;7;20;17;0;13;-18;1;0;;;;; ;0;180;16;14;18;3;15;-19;0;0;;;;; ;0;190;10;19;19;3;11;-20;0;4;;;;; ;1;200;18;17;20;1;4;-21;0;0;;;;; 1;0;210;11;17;21;4;4;-22;0;1;;;;; ;0;220;16;19;22;0;8;-23;0;4;;;;; ;0;230;7;11;23;2;7;-24;0;0;;;;; ;0;240;9;14;24;5;5;-25;0;0;;;;; ;0;250;10;9;25;2;6;-26;0;1;;;;; 1;0;260;7;9;26;1;6;-27;0;0;;;;; ;1;270;10;11;27;1;4;-28;1;0;;;;; ;0;280;3;3;28;1;5;-29;1;1;;;;; ;0;290;7;6;29;2;7;-30;0;0;;;;; 1;0;300;5;11;30;2;11;-31;1;0;;;;; ;0;310;9;5;31;4;5;-32;2;0;;;;; ;2;320;9;5;32;0;4;-33;1;0;;;;; ;0;330;6;3;33;1;1;-34;0;0;;;;; ;0;340;5;5;34;1;3;-35;0;0;;;;; ;0;350;4;1;35;0;5;-36;0;0;;;;; ;0;360;3;2;36;2;3;-37;1;0;;;;; ;0;370;3;6;37;2;8;-38;0;0;;;;; ;0;380;5;6;38;5;5;-39;1;0;;;;; ;0;390;5;2;39;0;0;-40;0;0;;;;; ;0;400;5;3;40;4;0;-41;0;0;;;;; ;2;reste;42;41;reste;419;664;-42;0;0;;;;; 5;10;total;499;1040;total;499;1040;-43;0;0;;;;; 5;8;diagr;456;997;diagr;79;374;-44;0;0;;;;; 0;0; t30;60;340;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;498;25;1;524;;;-49;0;0;;;;; ;c;1038;307;2;1347;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1871;41;;reste;0;0;;;;; ;;;;;;1912;;total;25;307;;;;; </pre> =====agrl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_autres_intercalaires_aas|agrl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;agrl;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;784904;786193;181;*; ;;regulatory;786375;786477;128;*; fin;;CDS;786606;787391;;; deb;comp;CDS;928915;929946;164;*; ;comp;regulatory;930111;930346;39;*; fin;comp;CDS;930386;931264;;0; deb;comp;CDS;1064633;1065274;296;*; ;;tRNA;1065571;1065655;266;*;ttg fin;;CDS;1065922;1066437;;0; deb;comp;CDS;1178605;1179114;256;*; ;;tRNA;1179371;1179445;793;*;ggc ;comp;tRNA;1180239;1180315;135;*;atgj fin;comp;CDS;1180451;1181647;;; deb;comp;CDS;1212291;1213553;234;*; ;comp;ncRNA;1213788;1213946;78;*; fin;comp;CDS;1214025;1214402;;; deb;comp;CDS;1320644;1321006;318;*; ;comp;tRNA;1321325;1321414;197;*;tcg fin;comp;CDS;1321612;1322493;;; deb;comp;CDS;1361929;1362942;554;*; ;comp;tRNA;1363497;1363571;81;*;gtc fin;comp;CDS;1363653;1364015;;0; deb;;CDS;1425957;1426682;561;*; ;;rRNA;1427244;1428728;342;*;1485 ;;tRNA;1429071;1429147;59;*;atc ;;tRNA;1429207;1429282;585;*;gca ;;rRNA;1429868;1432674;249;*;2807 ;;rRNA;1432924;1433038;257;*;115 ;;tRNA;1433296;1433372;311;*;atgf fin;;CDS;1433684;1434118;;; deb;;CDS;1503534;1504520;122;*; ;comp;tRNA;1504643;1504716;123;*;cag fin;comp;CDS;1504840;1505277;;0; deb;;CDS;1605356;1605856;71;*; ;comp;tRNA;1605928;1606003;152;*;gcc fin;comp;CDS;1606156;1606545;;0; deb;comp;CDS;1685461;1687407;714;*; ;;rRNA;1688122;1689606;342;*;1485 ;;tRNA;1689949;1690025;59;*;atc ;;tRNA;1690085;1690160;585;*;gca ;;rRNA;1690746;1693552;249;*;2807 ;;rRNA;1693802;1693916;257;*;115 ;;tRNA;1694174;1694250;203;*;atgf fin;comp;CDS;1694454;1694645;;; deb;;CDS;2101066;2101374;2136;*; ;;rRNA;2103511;2104995;342;*;1485 ;;tRNA;2105338;2105414;59;*;atc ;;tRNA;2105474;2105549;585;*;gca ;;rRNA;2106135;2108941;249;*;2807 ;;rRNA;2109191;2109305;257;*;115 ;;tRNA;2109563;2109639;633;*;atgf fin;;CDS;2110273;2110680;;; </pre> ===aua=== ====aua opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_opérons|aua opérons]] <pre> https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP006367.1;aua;;genome;;pau20rrn;;;;;;; 67%GC;8.8.19 Paris;16s 1;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;cdsd;protéines; Aureimonas sp. AU20;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;; pAU20rrn;;;;;;;;;;;; ;324..1028;;CDS rep;;461;;;;235;;replication initiation protein;* comp;1490..1604;;5s;@1;82;;;;115;;; comp;1687..4515;;23s;;-15;;;;2829;;; comp;4501..4851;;CDS hp;;142;;;;117;;hp; comp;4994..5069;;gca;;33;;;33;;;; comp;5103..5179;;atc;;233;;;;;;; comp;5413..6898;;16s;;1752;;;;1486;;; comp;8651..9109;;CDS hp;;;;;;153;;hp; ;;;;;;;;;;;; Chromosome;;;;;;;;;;;; comp;170900..171925;;CDS;;368;368;;;342;;; ;172294..172378;;ctg;;130;130;;;;130;; ;172509..172772;;CDS;;;;;;88;;; ;;;;;;;;;;;; comp;330094..330690;;CDS;;338;338;;;199;;; ;331029..331103;;ggc;@2;404;;*404;;;;; comp;331508..331584;;atgf;+;44;;44;;;;; comp;331629..331705;;atgf;2 atg;255;255;;;;255;; comp;331961..333217;;CDS;;;;;;419;;; ;;;;;;;;;;;; ;344949..346025;;CDS;;589;589;;;359;589;; ;346615..346704;;tcg;;609;609;;;;;; ;347314..348471;;CDS;;;;;;386;;; ;;;;;;;;;;;; comp;393335..395356;;CDS;;800;*800;;;*674;;; comp;396157..396232;;gcc;;439;439;;;;439;; comp;396672..397094;;CDS;;;;;;141;;; ;;;;;;;;;;;; ;635177..637537;;CDS;;640;640;;;*787;;; comp;638178..638253;;gcg;;182;182;;;;182;; ;638436..638738;;CDS;;;;;;101;;; ;;;;;;;;;;;; comp;924507..925466;;CDS;;529;529;;;320;;; comp;925996..926085;;tcc;;349;349;;;;349;; ;926435..926767;;CDS;;;;;;111;;; ;;;;;;;;;;;; ;1216789..1217439;;CDS;;60;60;;;217;60;; ;1217500..1217576;;agg;;68;68;;;;;; comp;1217645..1218760;;CDS;;;;;;372;;; ;;;;;;;;;;;; ;1350534..1352180;;CDS;@4;-30;*-30;;;*549;;; comp;1352151..1352227;;cgt;+;51;;51;;;;; comp;1352279..1352355;;cgt;2 cgt;169;169;;;;;; comp;1352525..1353967;;CDS;;;;;;*481;;; ;;;;;;;;;;;; ;1401921..1402442;;CDS;;142;142;;;174;142;; ;1402585..1402661;;cac;;585;585;;;;;; ;1403247..1404875;;CDS;;;;;;*543;;; ;;;;;;;;;;;; ;1544580..1546277;;CDS;;455;455;;;*566;;; comp;1546733..1546808;;ttc;@2;161;;161;;;;; ;1546970..1547044;;acc;;414;414;;;;414;; ;1547459..1549516;;CDS;;;;;;*686;;; ;;;;;;;;;;;; ;1609269..1610216;;CDS;;278;278;;;316;;; comp;1610495..1610571;;cgg;;121;121;;;;121;; comp;1610693..1611427;;CDS;;;;;;245;;; ;;;;;;;;;;;; >;1683255..1683581;;CDS;;209;209;;;109;209;; comp;1683791..1683864;;cag;;580;580;;;;;; ;1684445..1685734;;CDS;;;;;;430;;; ;;;;;;;;;;;; ;1700827..1701852;;CDS;;300;300;;;342;;; comp;1702153..1702227;;gtc;+;128;;128;;;;; comp;1702356..1702430;;gtc;3 gtc;186;;186;;;;; comp;1702617..1702691;;gtc;;68;68;;;;68;; comp;1702760..1703125;;CDS;;;;;;122;;; ;;;;;;;;;;;; ;1946715..1946936;;CDS;;6;6;;;74;6;; comp;1946943..1947018;;atgi;;105;105;;;;;; ;1947124..1947345;;CDS;;;;;;74;;; ;;;;;;;;;;;; ;1981934..1983139;;CDS;;139;139;;;402;139;; ;1983279..1983368;;agc;;825;*825;;;;;; ;1984194..1985339;;CDS;;;;;;382;;; ;;;;;;;;;;;; ;1996083..1997171;;CDS;;243;243;;;363;;; comp;1997415..1997490;;acg;;112;112;;;;112;; comp;1997603..1998583;;CDS;;;;;;327;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2263930..2264781;;CDS;;30;30;;;284;30;; comp;2264812..2264886;;gtg;;111;111;;;;;; comp;2264998..2265768;;CDS;;;;;;257;;; ;;;;;;;;;;;; ;2363764..2364786;;CDS;;18;18;;;341;18;; comp;2364805..2364879;;gaa;+;140;;140;;;;; comp;2365020..2365094;;gaa;2 gaa;69;69;;;;69;; comp;2365164..2366144;;CDS;;;;;;327;;; ;;;;;;;;;;;; ;2367774..2368247;;CDS;;105;105;;;158;;; ;2368353..2368429;;cca;@3;43;43;;;;43;; ;2368473..2368778;;CDS;;36;36;;;102;36;; ;2368815..2368890;;aga;;448;448;;;;;; ;2369339..2369929;;CDS;;;;;;197;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2401620..2402732;;CDS;;155;155;;;371;155;; comp;2402888..2402963;;aaa;;169;169;;;;;; ;2403133..2403870;;CDS;;;;;;246;;; ;;;;;;;;;;;; ;2419689..2420852;;CDS;;13;13;;;388;13;; ;2420866..2420955;;tca;;238;238;;;;;; ;2421194..2421934;;CDS;;;;;;247;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2601493..2601858;;CDS;;287;287;;;122;287;; comp;2602146..2602222;;gac;+;58;;58;;;;; comp;2602281..2602357;;gac;2 gac;270;;270;;;;; ;2602628..2602703;;gta;@2;330;330;;;;;; comp;2603034..2603312;;CDS;;;;;;93;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2608494..2609852;;CDS;;73;73;;;*453;73;; comp;2609926..2610009;;cta;;307;307;;;;;; ;2610317..2610460;;CDS;;;;;;48;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2641174..2641824;;CDS;@3;125;125;;;217;125;; comp;2641950..2642023;;tgc;;153;153;;;;;; comp <;2642177..2642443;;CDS;;296;296;;;89;;; ;2642740..2642814;;aac;;269;269;;;;269;; ;2643084..2644127;;CDS;;;;;;348;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2651145..2652935;;CDS;;239;239;;;*597;239;; ;2653175..2653259;;tta;;265;265;;;;;; ;2653525..2653725;;CDS;;;;;;67;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2749758..2750318;;CDS;;3102;*3102;;;187;;; comp;2753421..2753497;;atgf;;83;83;;;;83;; comp;2753581..2754180;;CDS;;;;;;200;;; ;;;;;;;;;;;; ;2768127..2769224;;CDS;;63;63;;;366;63;; comp;2769288..2769364;;ccg;@2;173;;173;;;;; ;2769538..2769612;;caa;;528;528;;;;;; comp;2770141..2770566;;CDS;;;;;;142;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2787112..2788920;;CDS;;217;217;;;*603;217;; comp;2789138..2789214;;ccc;;265;265;;;;;; comp;2789480..2790022;;CDS;;;;;;181;;; ;;;;;;;;;;;; ;2927857..2928789;;CDS;;136;136;;;311;136;; comp;2928926..2929010;;ctc;+;132;;132;;;;; comp;2929143..2929227;;ctc;2 ctc;175;175;;;;;; ;2929403..2930164;;CDS;;;;;;254;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2971057..2971257;;CDS;;130;130;;;67;;; comp;2971388..2971463;;tgg;;53;53;;;;53;; comp;2971517..2972374;;CDS;;;;;;286;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2973322..2974497;;CDS;;291;291;;;392;;; comp;2974789..2974862;;gga;;24;;24;;;;; comp;2974887..2974971;;tac;;259;259;;;;259;; ;2975231..2976097;;CDS;;;;;;289;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2979955..2981049;;CDS;;221;221;;;365;;; ;2981271..2981346;;aca;;55;55;;;;55;; comp;2981402..2981752;;CDS;;;;;;117;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3063743..3064045;;CDS;;106;106;;;101;106;; comp;3064152..3064227;;aag;;147;147;;;;;; comp;3064375..3064803;;CDS;;;;;;143;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3194307..3194906;;CDS;;249;249;;;200;;; ;3195156..3195232;;atgj;;173;173;;;;173;; ;3195406..3196356;;CDS;;;;;;317;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3206006..3206455;;CDS;;743;*743;;;150;;; comp;3207199..3207273;;gag;;50;50;;;;50;; comp;3207324..3207689;;CDS;;;;;;122;;; ;;;;;;;;;;;; ;3398165..3399901;;CDS;;554;554;;;*579;;; ;3400456..3400530;;aac;;115;115;;;;115;; ;3400646..3400924;;CDS;;;;;;93;;; ;;;;;;;;;;;; ;3401737..3403497;;CDS;;227;227;;;*587;;; comp;3403725..3403799;;ggc;;208;;208;;;;; comp;3404008..3404082;;ggg;;74;74;;;;74;; comp;3404157..3404819;;CDS;;;;;;221;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3597872..3598414;;CDS;;370;370;;;181;;; ;3598785..3598869;;ttg;;151;151;;;;151;; comp;3599021..3599251;;CDS;;;;;;77;;; </pre> ====aua cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_cumuls|aua cumuls]] <pre> aua cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;1;1;0;-;1;1;1;0;100;10;1;0 ;16 aas 23 5s ;0;20;0;;50;7;40;7;200;22;30;0 ;16 atc gca hp;1;40;1;;100;10;80;9;300;11;60;1 ;16 cds 23 5s ;0;60;3;;150;14;120;9;400;20;90;7 ;max a;2;80;0;;200;8;160;4;500;5;120;8 ;a doubles;0;100;0;;250;8;200;3;600;6;150;7 ;spéciaux;0;120;0;;300;10;240;4;700;3;180;2 ;total aas;2;140;3;;350;4;280;1;800;1;210;7 sans ;opérons;38;160;0;;400;2;320;0;900;0;240;3 ;1 aa;26;180;2;;450;3;360;2;1000;0;270;5 ;max a;3;200;1;;500;1;400;0;1100;0;300;3 ;a doubles;6;;3;;;12;;1;;0;;35 ;total aas;53;;13;0;;80;;40;;78;;78 total aas;;55;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;131;;;226;;153;;235;;158 ;;;variance;75;;;165;;128;;125;;69 </pre> ====aua blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_blocs|aua blocs]] <pre> CDS ;1752;153;hp 16s;233;1486; atc;33;; gca;142;; CDS;-15;117;hp 23s;82;2829; 5s;461;115; CDS ;;235;replication initiation protein </pre> ====aua distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_distribution|aua distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;aua;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;ctc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;gtc3;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;2;agc;1;gac2;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;;gaa2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;cgt2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;2;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;atgf2;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total aua;;30;;;;;30;;aua;10;;;;;;10;;aua;13;;;;;;13 </pre> ====aua données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_données_intercalaires|aua données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;aua;fx;fc;aua;fx40;fc40;aua;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;3;0;0;3;0;-1;0;87;130;368;16s tRNA;; 1;0;10;50;230;1;1;32;-2;1;0;255;338;233;;atc 1;2;20;38;127;2;1;24;-3;0;0;589;640;tRNA 23s;; ;2;30;38;96;3;9;36;-4;14;345;660;182;478;;gca ;1;40;23;58;4;8;33;-5;0;1;812;349;tRNA tRNA;;intra ;2;50;29;57;5;2;32;-6;1;0;439;68;33;;atc gca 1;2;60;48;59;6;11;13;-7;1;0;529;-30;tRNA tRNA;; 2;2;70;41;77;7;3;11;-8;3;27;60;455;-;404;ggc ;3;80;33;80;8;3;17;-9;0;1;169;278;44;;atgf ;1;90;39;71;9;10;12;-10;0;2;142;209;**;;atgf ;0;100;35;71;10;2;20;-11;0;16;175;580;51;;cgt ;2;110;24;63;11;3;22;-12;1;0;414;300;**;;cgt ;2;120;25;52;12;4;31;-13;1;5;121;6;-;161;ttc 1;4;130;21;63;13;3;12;-14;2;4;68;126;**;;acc 1;1;140;23;57;14;0;13;-15;0;1;139;234;128;;gtc ;2;150;31;69;15;7;8;-16;1;1;112;243;186;;gtc 1;1;160;19;44;16;1;5;-17;0;4;30;18;**;;gtc 1;2;170;21;37;17;3;14;-18;2;0;111;177;140;;gaa 2;2;180;18;35;18;4;6;-19;0;3;69;169;**;;gaa 1;0;190;23;34;19;11;6;-20;1;6;105;330;58;;gac ;0;200;30;32;20;2;10;-21;0;0;43;307;-;270;gac 1;0;210;29;33;21;8;9;-22;0;0;36;296;**;;gta ;0;220;20;35;22;3;15;-23;3;1;170;239;-;173;ccg 2;0;230;21;26;23;3;11;-24;0;0;13;63;**;;caa 2;0;240;22;25;24;5;7;-25;2;0;277;528;132;;ctc 2;0;250;11;26;25;2;13;-26;1;2;287;136;**;;ctc 1;1;260;14;23;26;2;12;-27;1;0;76;175;24;;gga ;3;270;23;19;27;5;10;-28;1;0;125;259;**;;tac 1;1;280;13;10;28;6;5;-29;1;3;72;221;208;;ggc ;1;290;13;19;29;0;8;-30;0;0;269;55;**;;ggg 2;1;300;15;9;30;4;6;-31;1;0;265;249;;; 1;0;310;13;14;31;2;8;-32;1;0;24;311;;; 1;0;320;13;12;32;2;9;-33;0;0;83;227;;; 1;0;330;9;10;33;4;4;-34;0;0;16;370;;; 1;0;340;9;6;34;1;6;-35;0;1;265;151;;; 1;0;350;11;6;35;1;6;-36;1;0;130;;;; ;0;360;8;8;36;5;1;-37;0;0;53;;;; 2;0;370;6;5;37;3;2;-38;1;0;291;;;; ;0;380;7;5;38;1;7;-39;0;0;106;;;; ;0;390;4;7;39;3;6;-40;1;0;147;;;; ;0;400;5;1;40;1;9;-41;0;1;173;;;; 4;7;reste;97;92;reste;823;1292;-42;0;0;743;;;; 35;45;total;975;1803;total;975;1803;-43;0;1;50;;;; 30;38;diagr;875;1711;diagr;149;511;-44;0;0;154;;;; 2;4; t30;126;453;;;;-45;0;0;74;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;CDS 16s;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;1752;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;23s 5s;;;; ;x;972;55;3;1030;;;-49;1;0;82;;;; ;c;1803;523;0;2326;;;-50;1;0;5s CDS;;;; ;;;;;3356;117;;reste;9;10;-;461;;; ;;;;;;3473;;total;55;523;;;;; </pre> =====aua autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_autres_intercalaires_aas|aua autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement <pre> autres intercalaires ;;aua;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;157474;158811;438;*; ;;regulatory;159250;159351;138;*; fin;;CDS;159490;160275;;; deb;comp;CDS;170900;171925;368;*; ;;tRNA;172294;172378;130;*;ctg fin;;CDS;172509;172772;;; deb;comp;CDS;330094;330690;338;*; ;;tRNA;331029;331103;404;*;ggc ;comp;tRNA;331508;331584;44;*;atgf ;comp;tRNA;331629;331705;255;*;atgf fin;comp;CDS;331961;333217;;0; deb;;CDS;344949;346025;589;*; ;;tRNA;346615;346704;660;*;tcg fin;;CDS;347365;348471;;0; deb;comp;CDS;393335;395344;812;*; ;comp;tRNA;396157;396232;439;*;gcc fin;comp;CDS;396672;397094;;0; deb;;CDS;636089;637537;640;*; ;comp;tRNA;638178;638253;182;*;gcg fin;;CDS;638436;638738;;; deb;;CDS;680871;681065;46;*; ;;regulatory;681112;681214;62;*; fin;;CDS;681277;683100;;; deb;comp;CDS;762422;762607;31;*; ;comp;regulatory;762639;762877;116;*; fin;comp;CDS;762994;763371;;; deb;;CDS;894578;894772;102;*; ;;regulatory;894875;895098;119;*; fin;;CDS;895218;896204;;; deb;comp;CDS;924507;925466;529;*; ;comp;tRNA;925996;926085;349;*;tcc fin;;CDS;926435;926767;;; deb;comp;CDS;973959;974375;30;*; ;;ncRNA;974406;974502;208;*; fin;comp;CDS;974711;975313;;0; deb;comp;CDS;1215259;1216272;45;*; ;comp;regulatory;1216318;1216420;368;*; deb;;CDS;1216789;1217439;60;*; ;;tRNA;1217500;1217576;68;*;agg fin;comp;CDS;1217645;1218760;;; deb;;CDS;1350534;1352180;-30;*; ;comp;tRNA;1352151;1352227;51;*;cgt ;comp;tRNA;1352279;1352355;169;*;cgt fin;comp;CDS;1352525;1353967;;0; deb;;CDS;1401921;1402442;142;*; ;;tRNA;1402585;1402661;175;*;cac fin;;CDS;1402837;1402989;;; deb;;CDS;1544580;1546277;455;*; ;comp;tRNA;1546733;1546808;161;*;ttc ;;tRNA;1546970;1547044;414;*;acc fin;;CDS;1547459;1549516;;0; deb;;CDS;1609269;1610216;278;*; ;comp;tRNA;1610495;1610571;121;*;cgg fin;comp;CDS;1610693;1611427;;; deb;;CDS;1619798;1621321;102;*; ;;regulatory;1621424;1621513;147;*; fin;;CDS;1621661;1622968;;; deb;;CDS;1683255;1683581;209;*; ;comp;tRNA;1683791;1683864;580;*;cag fin;;CDS;1684445;1685734;;; deb;;CDS;1700827;1701852;300;*; ;comp;tRNA;1702153;1702227;128;*;gtc ;comp;tRNA;1702356;1702430;186;*;gtc ;comp;tRNA;1702617;1702691;68;*;gtc fin;comp;CDS;1702760;1703125;;0; deb;;CDS;1946715;1946936;6;*; ;comp;tRNA;1946943;1947018;126;*;atgi fin;;CDS;1947145;1947345;;0; deb;;CDS;1981934;1983139;139;*; ;;tRNA;1983279;1983368;234;*;agc fin;comp;CDS;1983603;1984061;;0; deb;;CDS;1996083;1997171;243;*; ;comp;tRNA;1997415;1997490;112;*;acg fin;comp;CDS;1997603;1998583;;0; deb;;CDS;2082120;2083970;0;*; ;;regulatory;2083971;2084083;157;*; fin;;CDS;2084241;2085203;;; deb;comp;CDS;2263930;2264781;30;*; ;comp;tRNA;2264812;2264886;111;*;gtg fin;comp;CDS;2264998;2265768;;0; deb;;CDS;2363764;2364786;18;*; ;comp;tRNA;2364805;2364879;140;*;gaa ;comp;tRNA;2365020;2365094;69;*;gaa fin;comp;CDS;2365164;2366240;;; deb;;CDS;2367774;2368247;105;*; ;;tRNA;2368353;2368429;43;*;cca deb;;CDS;2368473;2368778;36;*; ;;tRNA;2368815;2368890;177;*;aga fin;comp;CDS;2369068;2369220;;0; deb;comp;CDS;2401620;2402717;170;*; ;comp;tRNA;2402888;2402963;169;*;aaa fin;;CDS;2403133;2403870;;; deb;;CDS;2419602;2420852;13;*; ;;tRNA;2420866;2420955;277;*;tca fin;;CDS;2421233;2421934;;; deb;comp;CDS;2601493;2601858;287;*; ;comp;tRNA;2602146;2602222;58;*;gac ;comp;tRNA;2602281;2602357;270;*;gac ;;tRNA;2602628;2602703;330;*;gta fin;comp;CDS;2603034;2603312;;; deb;comp;CDS;2608494;2609849;76;*; ;comp;tRNA;2609926;2610009;307;*;cta fin;;CDS;2610317;2610460;;; deb;comp;CDS;2641174;2641824;125;*; ;comp;tRNA;2641950;2642023;72;*;tgc deb;comp;CDS;2642096;2642443;296;*; ;;tRNA;2642740;2642814;269;*;aac fin;;CDS;2643084;2644127;;; deb;comp;CDS;2651145;2652935;239;*; ;;tRNA;2653175;2653259;265;*;tta fin;;CDS;2653525;2653725;;0; deb;comp;CDS;2753154;2753396;24;*; ;comp;tRNA;2753421;2753497;83;*;atgf fin;comp;CDS;2753581;2754180;;; deb;;CDS;2768127;2769224;63;*; ;comp;tRNA;2769288;2769364;173;*;ccg ;;tRNA;2769538;2769612;528;*;caa fin;comp;CDS;2770141;2770566;;0; deb;comp;CDS;2787112;2789121;16;*; ;comp;tRNA;2789138;2789214;265;*;ccc fin;comp;CDS;2789480;2790022;;; deb;;CDS;2927857;2928789;136;*; ;comp;tRNA;2928926;2929010;132;*;ctc ;comp;tRNA;2929143;2929227;175;*;ctc fin;;CDS;2929403;2930164;;; deb;comp;CDS;2971057;2971257;130;*; ;comp;tRNA;2971388;2971463;53;*;tgg fin;comp;CDS;2971517;2972374;;; deb;comp;CDS;2973322;2974497;291;*; ;comp;tRNA;2974789;2974862;24;*;gga ;comp;tRNA;2974887;2974971;259;*;tac fin;;CDS;2975231;2976097;;0; deb;comp;CDS;2979955;2981049;221;*; ;;tRNA;2981271;2981346;55;*;aca fin;comp;CDS;2981402;2981752;;; deb;comp;CDS;3063743;3064045;106;*; ;comp;tRNA;3064152;3064227;147;*;aag fin;comp;CDS;3064375;3064803;;; deb;;CDS;3082739;3084151;84;*; ;;tmRNA;3084236;3084602;54;*; fin;;CDS;3084657;3085265;;; deb;comp;CDS;3194307;3194906;249;*; ;;tRNA;3195156;3195232;173;*;atgj fin;;CDS;3195406;3196356;;0; deb;comp;CDS;3206006;3206455;743;*; ;comp;tRNA;3207199;3207273;50;*;gag fin;comp;CDS;3207324;3207689;;1; deb;;CDS;3243122;3243553;99;*; ;comp;ncRNA;3243653;3243811;80;*; fin;comp;CDS;3243892;3244527;;; deb;comp;CDS;3301324;3301785;705;*; ;comp;ncRNA;3302491;3302881;111;*; fin;comp;CDS;3302993;3303622;;; deb;comp;CDS;3399971;3400144;311;*; ;;tRNA;3400456;3400530;154;*;aac fin;;CDS;3400685;3400924;;; deb;;CDS;3401737;3403497;227;*; ;comp;tRNA;3403725;3403799;208;*;ggc ;comp;tRNA;3404008;3404082;74;*;ggg fin;comp;CDS;3404157;3404834;;; deb;comp;CDS;3404854;3405936;125;*; ;;regulatory;3406062;3406139;56;*; fin;;CDS;3406196;3407389;;; deb;comp;CDS;3597872;3598414;370;*; ;;tRNA;3598785;3598869;151;*;ttg fin;comp;CDS;3599021;3599251;;0; </pre> ===alpha synthèse=== ====alpha distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_génome|alpha distribution par génome]] <pre> alpha8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total rtb;8;25;;;;0;;;33 rpm;7;30;;;;8;42;5;92 rru;4;36;;;;8;4;3;55 oan;6;41;;;;8;;4;59 abq;20;38;;;;16;10;3;87 abs;20;39;;;;8;10;3;80 agr;5;35;;;;10;2;5;57 aua;10;30;;;;2;13;;55 ;;;;;;;;; total;80;274;0;0;0;60;81;23;518 </pre> ====alpha distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_du_total|alpha distribution du total]] <pre> alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;83 atgi;9;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;33;acc;0;aac;;agc; ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;;gcc;;gac;0;ggc; tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;0;taa;;tga; ata;;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;8;cca;9;caa;8;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;;gca;27;gaa;;gga; ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;0 atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;161;274;0;0;0;0;435;;1-3aas;;;;23;;60;83 </pre> ====alpha distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_type|alpha distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;274;;alpha8;;;;;;;80;;alpha8;;;;;;;81;;alpha6;;;;;;; atgi;9;tct;0;tat;0;atgf;7;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23 att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;8;tcc;8;tac;2;tgc;4;;ttc;1;tcc;;tac;8;tgc;4;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;;acc;5;aac;5;agc;8;;atc;1;acc;3;aac;7;agc;;;atc;;acc;5;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;9;ccc;8;cac;7;cgt;8;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;4;cgt;5;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;8;gcc;5;gac;1;ggc;11;;gtc;2;gcc;5;gac;10;ggc;7;;gtc;3;gcc;6;gac;6;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;8;tca;8;taa;0;tga;1;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;0;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;8;aaa;9;aga;8;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;8;cca;9;caa;8;cga;0;;cta;8;cca;8;caa;6;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;4;gca;1;gaa;6;gga;;;gta;3;gca;1;gaa;2;gga;8;;gta;;gca;;gaa;4;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;7;tcg;7;tag;0;tgg;10;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;7;acg;8;aag;4;agg;6;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;6;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;6;ccg;3;cag;6;cgg;7;;ctg;4;ccg;1;cag;2;cgg;1;;ctg;5;ccg;6;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;3;gcg;4;gag;5;ggg;6;;gtg;;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;6;gcg;3;gag;4;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha 6;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;23;;; </pre> ====alpha par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_par_rapport_au_groupe_de_référence|alpha par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;90;14;38;;;;142; 16;moyen;103;15;16;;;60;134; 14;fort;81;51;27;;23;;182; ; ;274;80;81;;23;60;518; 10;g+cga;46;6;27;;;;79; 2;agg+cgg;13;1;;;;;14; 4;carre ccc;30;7;11;;;;48; 5;autres;1;;;;;;1; ;;90;14;38;;;;142; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;174;27;73;;;;274;26 16;moyen;199;29;31;;;116;259;324 14;fort;156;98;52;;44;;351;650 ;;529;154;156;;44;116;518;729 10;g+cga;89;12;52;;;;153;10 2;agg+cgg;25;2;0;;;;27; 4;carre ccc;58;14;21;;;;93;16 5;autres;2;0;0;;;;2; ;;174;27;73;;;;274; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;207;32;87;326;26;33;18;47 16;moyen;237;34;37;308;324;38;19;20 14;fort;186;117;62;366;650;30;64;33 ;;630;184;186;435;729;274;80;81 10;g+cga;106;14;62;182;10;51;;71 2;agg+cgg;30;2;0;32;;14;; 4;carre ccc;69;16;25;110;16;33;;29 5;autres;2;0;0;2;;1;; ;;207;32;87;326;;90;;38 </pre> ====alpha, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha,_estimation_des_-rRNAs|alpha, estimation des -rRNAs]] <pre> alpha;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 70 génomes total avec rRNA;;;;alpha8;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;70;525; ; ;;indices;;;;70;750;0;0;;alpha8;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;435 atgi;;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;;tct;;tat;;atgf;206;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8 atc;189;acc;;aac;;agc;;;atc;270;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;13;aac;14;agc;8 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;9;aaa;10;aga;8 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;9;caa;8;cga; gta;;gca;191;gaa;;gga;;;gta;;gca;273;gaa;;gga;;;gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6 ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1.4;;ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7 ;;380;;144;;1;525;;;;543;;206;;1;750;;;;134;;159;;142;435 27.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;30.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;16935;0.6;0.3;;indices;sans +16s;;;347;16935;0,6;0,3;;alpha8;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;30;;atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;236;;atgi;113;tct;;tat;;atgf;88 att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;163;tcc;100;tac;125;tgc;100 atc;-1;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;269;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;13;acc;163;aac;175;agc;100 ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;138;ccc;100;cac;138;cgt;163 gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;163;gcc;200;gac;213;ggc;275 tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;100;tca;100;taa;;tga;13 ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;113;aaa;125;aga;100 cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;100;cca;113;caa;100;cga; gta;105;gca;-2;gaa;141;gga;104;;gta;105;gca;271;gaa;141;gga;104;;gta;88;gca;25;gaa;150;gga;100 ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;88;tcg;88;tag;;tgg;125 atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;125;acg;100;aag;125;agg;75 ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;106;;ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;107;;ctg;188;ccg;125;cag;125;cgg;100 gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;113;gcg;113;gag;113;ggg;88 ;;1421;;1529;;1241;4191;;;;1964;;1735;;1242;4941;;;;1675;;1988;;1775;5438 rapports;;72;;88;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;alpha8;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;13;;fiches;45.571;;;fréquences;;;;;atgi;6;tct;;tat;100;atgf;66 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;3190;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;525;;;10;18;;;;ctt;100;cct;100;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;70;;;20;9;;;;gtt;;gct;;gat;100;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;33;tcc;1;tac;17;tgc;5 atc;0;acc;100;aac;100;agc;100;;alpha8;54.375;;;40;6;;;;atc;108;acc;34;aac;37;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;435;;;50;4;39;;;ctc;16;ccc;18;cac;26;cgt;31 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;205;;;60;4;;;;gtc;35;gcc;52;gac;29;ggc;52 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;1;;;;tta;6;tca;2;taa;100;tga;20 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;5;aaa;15;aga;3 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par alpha8;;;;90;0;;;;cta;3;cca;8;caa;12;cga;100 gta;100;gca;-1;gaa;100;gga;100;;est 19 % au dessus;;;;100;2;;;;gta;17;gca;107;gaa;6;gga;4 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;2;;;;ttg;4;tcg;2;tag;100;tgg;18 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;70;;100;;;48;;;;atgj;7;acg;9;aag;36;agg;0 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;99;;atc;189;269;;;;;;;ctg;52;ccg;43;cag;48;cgg;5 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;gca;191;271;;;;;;;gtg;48;gcg;48;gag;52;ggg;20 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;178;;330;;451;959 </pre> ===cvi=== ====cvi opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_opérons|cvi opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Chro_viol_ATCC_12472/chroViol-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_005085.1;cvi;genome;;; 65%GC;30.6.19 Paris;16s 8;98;doubles;intercalaires ;Chromobacterium violaceum ATCC 12472;;;; ;421217..422762;;16s;@1;179 ;422942..423018;;atc;;86 ;423105..423180;;gca;;249 ;423430..426324;;23s;;125 ;426450..426564;;5s;; ;;;;; ;502182..503727;;16s;;79 ;503807..503883;;atc;;12 ;503896..503971;;gca;;250 ;504222..507116;;23s;;122 ;507239..507353;;5s;; ;;;;; comp;682034..682118;;ttg;; ;;;;; ;759824..759908;;tac;; ;;;;; comp;878775..878849;;agg;; ;;;;; ;955155..955230;;gcg;; ;;;;; ;975612..975696;;ctc;; ;;;;; ;1006822..1006897;;ttc;+;6 ;1006904..1006979;;ttc;2 ttc; ;;;;; ;1058518..1058611;;agc;;6 ;1058618..1058694;;cgt;;3 ;1058698..1058772;;gaa;; ;;;;; comp;1061741..1061815;;gaa;+;3 comp;1061819..1061895;;cgt;2 gaa;7 comp;1061903..1061977;;gaa;2cgt;5 comp;1061983..1062059;;cgt;; ;;;;; ;1154020..1155565;;16s;;179 ;1155745..1155821;;atc;;86 ;1155908..1155983;;gca;;250 ;1156234..1159128;;23s;;122 ;1159251..1159365;;5s;; ;;;;; comp;1263556..1263645;;tcg;; ;;;;; ;1273710..1273786;;atgf;; ;;;;; ;1377435..1377510;;ggc;+;23 ;1377534..1377609;;ggc;5 ggc;22 ;1377632..1377707;;ggc;;24 ;1377732..1377807;;ggc;;29 ;1377837..1377912;;ggc;;45 ;1377958..1378031;;tgc;; ;;;;; ;1387010..1387094;;tta;; ;;;;; ;1420085..1420161;;gtc;; ;;;;; ;1427771..1427847;;ccc;; ;;;;; comp;1433244..1433319;;aac;+;32 comp;1433352..1433427;;aac;3 aac;31 comp;1433459..1433534;;aac;; ;;;;; ;1646821..1648366;;16s;;179 ;1648546..1648622;;atc;;86 ;1648709..1648784;;gca;;249 ;1649034..1651928;;23s;;122 ;1652051..1652165;;5s;;89 ;1652255..1652369;;5s;; ;;;;; ;1746117..1746207;;tcc;+;53 ;1746261..1746351;;tcc;2 tcc; ;;;;; ;1978844..1978919;;aac;; ;;;;; comp;2094372..2094447;;cac;+;26 comp;2094474..2094549;;cac;3 cac;45 comp;2094595..2094670;;cac;;27 comp;2094698..2094774;;aga;;18 comp;2094793..2094869;;cca;; ;;;;; comp;2511625..2511712;;tca;; ;;;;; comp;2747299..2747375;;gac;;7 comp;2747383..2747458;;gta;; ;;;;; ;2853221..2853305;;cta;; ;;;;; ;3187082..3187157;;aca;; ;;;;; ;3257362..3257437;;gcc;; ;;;;; ;3262246..3262321;;gcc;+;8 ;3262330..3262405;;gaa;2 gcc;11 ;3262417..3262492;;gcc;; ;;;;; comp;3371478..3371592;;5s;;122 comp;3371715..3374609;;23s;;250 comp;3374860..3374935;;gca;;12 comp;3374948..3375024;;atc;;79 comp;3375104..3376649;;16s;; ;;;;; ;3472822..3472897;;gta;+;12 ;3472910..3472986;;gac;5 gta;26 ;3473013..3473088;;gta;6 gac;12 ;3473101..3473177;;gac;1gtg;26 ;3473204..3473279;;gta;;12 ;3473292..3473368;;gac;;26 ;3473395..3473470;;gta;;12 ;3473483..3473559;;gac;;27 ;3473587..3473663;;gtg;;6 ;3473670..3473746;;gac;;27 ;3473774..3473850;;gtg;;6 ;3473857..3473933;;gac;; ;;;;; ;3622292..3622365;;ggg;; ;;;;; comp;3820120..3820234;;5s;;122 comp;3820357..3823251;;23s;;249 comp;3823501..3823576;;gca;;86 comp;3823663..3823739;;atc;;179 comp;3823919..3825464;;16s;; ;;;;; ;3828836..3828922;;ctg;+;51 ;3828974..3829060;;ctg;4 ctg;33 ;3829094..3829180;;ctg;;57 ;3829238..3829324;;ctg;; ;;;;; ;3854547..3854622;;caa;@2;*557 ;3855180..3855255;;acg;;61 ;3855317..3855393;;ccg;+;78 ;3855472..3855548;;ccg;2 ccg; ;;;;; comp;4059834..4059912;;atgi;; ;;;;; comp;4244591..4244705;;5s;;122 comp;4244828..4247722;;23s;;249 comp;4247972..4248047;;gca;;86 comp;4248134..4248210;;atc;;179 comp;4248390..4249935;;16s;; ;;;;; comp;4325718..4325794;;atgf;; ;;;;; comp;4389268..4389342;;caa;; ;;;;; ;4402077..4402153;;cgg;; ;;;;; comp;4434130..4434244;;5s;;122 comp;4434367..4437261;;23s;;249 comp;4437511..4437586;;gca;;86 comp;4437673..4437749;;atc;;179 comp;4437929..4439474;;16s;; ;;;;; ;4474196..4474272;;atg;+;35 ;4474308..4474384;;atg;2 atg; ;;;;; comp;4529616..4529690;;acc;; ;;;;; comp;4532053..4532128;;tgg;; ;;;;; comp;4533370..4533444;;acc;;24 comp;4533469..4533542;;gga;;52 comp;4533595..4533679;;tac;; ;;;;; comp;4586712..4586787;;aaa;+;38 comp;4586826..4586901;;aag;3 aaa;35 comp;4586937..4587012;;aaa;2 aag;28 comp;4587041..4587116;;aag;;37 comp;4587154..4587229;;aaa;; </pre> ====cvi cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_cumuls|cvi cumuls]] <pre> cvi cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;8;1;0;- ;16 23 5s 0;0;20;16;2 ;16 atc gca;8;40;20; ;16 23 5s a;0;60;6; ;max a;2;80;2; ;a doubles;0;100;0;6 ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;16;140;0; sans ;opérons;37;160;0; ;1 aa;22;180;0; ;max a;12;200;0; ;a doubles;12;;1; ;total aas;82;;45;8 total aas;;98;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;; ;;;variance;; sans jaune;;;moyenne;26;86 ;;;variance;18;0 </pre> ====cvi blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_blocs|cvi blocs]] <pre> cvi blocs;;;;;; 16s;179;1546;79;1546;179;1546 atc;86;;12;;86; gca;249;;250;;250; 23s;125;2895;122;2895;122;2895 5s;;115;;115;;115 ;;;;;; ;;;;;; 5s;122;115;122;115;122;115 23s;250;2895;249;2895;249;2895 gca;12;;86;;86; atc;79;;179;;179; 16s;;1546;;1546;;1546 ;;;;;; 16s;179;1546;;5s;122;115 atc;86;;;23s;249;2895 gca;249;;;gca;86; 23s;122;2895;;atc;179; 5s;89;115;;16s;;1546 5s;;115;;;; </pre> ====cvi distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_distribution|cvi distribution]] <pre> beta1;;;;;;;82;;beta1;;;;;;;22;;beta1;;;;;;;37;;beta1;;;;;;;23 atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc; atc;0;acc;1;aac;4;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;3;agc; ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt; gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;7;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5 tta;1;tca;1;taa;0;tga;0;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;0;aca;1;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;2;cga;0;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;6;gca;0;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;4;ccg;2;cag;0;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg; gtg;1;gcg;2;gag;0;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cvi données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_données_intercalaires|cvi données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cvi;fx;fc;cvi;fx40;fc40;cvi;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa 0;0;0;5;10;0;5;10;-1;0;118;177;152;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;suite 0;2;10;62;334;1;7;58;-2;3;0;58;57;447;506;;7;;gac 0;3;20;33;245;2;3;44;-3;0;0;858;110;370;450;;**;;gta 0;2;30;18;120;3;10;42;-4;22;375;19;46;439;391;;8;;gcc 0;1;40;17;116;4;6;30;-5;0;0;49;190;439;;;11;;gaa 2;3;50;43;99;5;2;25;-6;2;0;329;180;437;;;**;;gcc 1;4;60;71;107;6;8;13;-7;2;10;19;425;23s 5s;;;12;;gta 2;2;70;92;154;7;6;18;-8;0;56;91;707;127;;;26;;gac 1;1;80;56;140;8;5;13;-9;1;0;155;136;7* 124;;;12;;gta 0;3;90;32;83;9;8;41;-10;0;6;51;211;5s CDS;;;26;;gac 1;4;100;52;95;10;7;50;-11;4;31;62;66;280;137;;12;;gta 2;1;110;35;82;11;2;42;-12;1;0;173;225;189;154;;26;;gac 0;1;120;44;73;12;6;26;-13;2;10;120;182;415;101;;12;;gta 0;3;130;43;84;13;4;35;-14;0;21;435;70;213;206;;27;;gac 2;1;140;32;60;14;3;25;-15;0;0;101;49;5s 5s;;;6;;gta 0;0;150;20;51;15;4;21;-16;0;4;183;205;89;;;27;;gac 2;2;160;32;49;16;5;28;-17;3;16;182;151;16s tRNA;;;6;;gtg 0;2;170;22;50;17;0;19;-18;0;0;30;303;6* 182;;atc;**;;gac 1;3;180;20;43;18;3;17;-19;2;3;204;106;2* 82;;atc;51;;ctg 2;2;190;28;39;19;5;18;-20;1;12;98;212;tRNA 23s;;;33;;ctg 0;1;200;36;30;20;1;14;-21;1;0;59;73;3* 254;;gca;57;;ctg 1;2;210;23;35;21;1;16;-22;1;1;360;651;5* 253;;gca;**;;ctg 2;0;220;12;26;22;2;13;-23;1;4;25;97;tRNA tRNA;;intra;61;;acg 1;1;230;17;25;23;1;7;-24;1;0;15;137;6* 86;;atc gca;78;;ccg 0;0;240;23;14;24;3;18;-25;1;2;93;265;2* 12;;atc gca;;;ccg 0;0;250;11;11;25;1;10;-26;0;3;230;;tRNA tRNA;;;35;;atgj 0;0;260;16;13;26;2;13;-27;0;0;130;;6;;ttc;**;;atgj 1;0;270;16;21;27;3;7;-28;1;0;46;;**;;ttc;24;;acc 0;0;280;17;14;28;2;12;-29;1;2;71;;6;;agc;52;;gga 0;0;290;17;11;29;2;13;-30;0;0;48;;3;;cgt;**;;tac 0;0;300;7;15;30;1;11;-31;3;1;411;;**;;gaa;38;;aaa 1;0;310;12;9;31;1;17;-32;2;0;163;;3;;gaa;35;;aag 0;0;320;6;14;32;0;12;-33;0;0;170;;7;;cgt;28;;aaa 0;1;330;2;9;33;4;13;-34;0;0;55;;5;;gaa;37;;aag 0;0;340;10;9;34;0;11;-35;2;1;770;;**;;cgt;**;;aaa 0;0;350;6;5;35;1;9;-36;0;0;201;;23;;ggc;;; 0;1;360;6;5;36;1;11;-37;1;0;92;;22;;ggc;;; 0;0;370;7;11;37;5;9;-38;0;2;747;;24;;ggc;;; 0;0;380;4;6;38;1;9;-39;0;0;151;;29;;ggc;;; 0;0;390;3;7;39;3;10;-40;0;1;89;;45;;ggc;;; 0;0;400;5;6;40;1;15;-41;2;1;6;;**;;tgc;;; 3;5;reste;89;94;reste;967;1599;-42;0;0;87;;32;;aac;;; 25;51;total;1102;2424;total;1102;2424;-43;1;0;125;;31;;aac;;; 22;46;diagr;1008;2320;diagr;130;815;-44;0;3;86;;**;;aac;;; 0;7; t30;113;699;;;;-45;0;0;179;;53;;tcc;;; ;;;;;;;;-46;0;0;64;;**;;tcc;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;10;;26;;cac;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;40;;45;;cac;;; ;x;1097;69;5;1171;;;-49;1;0;139;;27;;cac;;; ;c;2414;687;10;3111;;;-50;1;0;194;;18;;aga;;; ;;;;;4282;205;;reste;6;4;130;;**;;cca;;; ;;;;;;4487;;total;69;687;;;;;;;; </pre> =====cvi autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires_aas|cvi autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cvi;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;242272;116;comp; ;regulatory;243048;76;; fin;CDS;243272;;; deb;CDS;419401;506;comp; ;rRNA;421224;182;;16s ;tRNA;422942;86;;atc ;tRNA;423105;253;;gca ;rRNA;423434;127;;23s ;rRNA;426450;137;;5s fin;CDS;426702;;comp; deb;CDS;500524;447;; ;rRNA;502189;82;;16s ;tRNA;503807;12;;atc ;tRNA;503896;254;;gca ;rRNA;504226;124;;23s ;rRNA;507239;280;;5s fin;CDS;507634;;; deb;CDS;521304;119;comp; ;regulatory;522458;124;; fin;CDS;522848;;; deb;CDS;526333;31;; ;ncRNA;526676;12;; fin;CDS;526872;;; deb;CDS;578634;106;comp; ;ncRNA;581905;130;; fin;CDS;582495;;; deb;CDS;680663;177;comp; ;tRNA;682034;58;comp;ttg fin;CDS;682177;;comp; deb;CDS;758940;152;comp; ;tRNA;759824;57;;tac fin;CDS;759966;;comp; deb;CDS;877002;858;comp; ;tRNA;878775;19;comp;agg fin;CDS;878869;;comp; deb;CDS;952811;49;; ;tRNA;955155;329;;gcg fin;CDS;955560;;; deb;CDS;975236;19;; ;tRNA;975612;91;;ctc fin;CDS;975788;;; deb;CDS;996781;89;comp; ;regulatory;998457;72;; fin;CDS;998621;;; deb;CDS;1006022;155;; ;tRNA;1006822;6;;ttc ;tRNA;1006904;51;;ttc fin;CDS;1007031;;; deb;CDS;1057229;62;; ;tRNA;1058518;6;;agc ;tRNA;1058618;3;;cgt ;tRNA;1058698;110;;gaa deb;CDS;1058883;173;comp; ;tRNA;1061741;3;comp;gaa ;tRNA;1061819;7;comp;cgt ;tRNA;1061903;5;comp;gaa ;tRNA;1061983;46;comp;cgt fin;CDS;1062106;;; deb;CDS;1153105;370;; ;rRNA;1154027;182;;16s ;tRNA;1155745;86;;atc ;tRNA;1155908;254;;gca ;rRNA;1156238;124;;23s ;rRNA;1159251;189;;5s fin;CDS;1159555;;; deb;CDS;1262223;190;; ;tRNA;1263556;120;comp;tcg fin;CDS;1263766;;comp; deb;CDS;1272648;435;; ;tRNA;1273710;180;;atgf fin;CDS;1273967;;comp; deb;CDS;1292860;191;; ;repeat_region;1293342;324;; fin;CDS;1295441;;; deb;CDS;1376752;101;; ;tRNA;1377435;23;;ggc ;tRNA;1377534;22;;ggc ;tRNA;1377632;24;;ggc ;tRNA;1377732;29;;ggc ;tRNA;1377837;45;;ggc ;tRNA;1377958;425;;tgc fin;CDS;1378457;;comp; deb;CDS;1385508;707;comp; ;tRNA;1387010;183;;tta fin;CDS;1387278;;; deb;CDS;1418833;136;comp; ;tRNA;1420085;182;;gtc fin;CDS;1420344;;; deb;CDS;1427387;30;; ;tRNA;1427771;204;;ccc fin;CDS;1428052;;; deb;CDS;1432303;98;comp; ;tRNA;1433244;32;comp;aac ;tRNA;1433352;31;comp;aac ;tRNA;1433459;211;comp;aac fin;CDS;1433746;;; deb;CDS;1451057;323;comp; ;repeat_region;1452712;105;; fin;CDS;1454130;;comp; deb;CDS;1458879;179;; ;repeat_region;1461308;144;; fin;CDS;1462645;;; deb;CDS;1644076;439;; ;rRNA;1646828;182;;16s ;tRNA;1648546;86;;atc ;tRNA;1648709;253;;gca ;rRNA;1649038;124;;23s ;rRNA;1652051;89;;5s ;rRNA;1652255;154;;5s fin;CDS;1652524;;comp; deb;CDS;1689363;107;comp; ;regulatory;1690517;42;comp; fin;CDS;1690745;;comp; deb;CDS;1744930;59;; ;tRNA;1746117;53;;tcc ;tRNA;1746261;360;;tcc fin;CDS;1746712;;; deb;CDS;1786722;25;; ;tRNA;1786963;15;; fin;CDS;1787071;;; deb;CDS;1899096;223;; ;repeat_region;1900978;157;; fin;CDS;1902728;;comp; deb;CDS;1975805;93;; ;tRNA;1978844;66;;aac fin;CDS;1978986;;comp; deb;CDS;2093021;230;; ;tRNA;2094372;26;;cac ;tRNA;2094474;45;;cac ;tRNA;2094595;27;;cac ;tRNA;2094698;18;;aga ;tRNA;2094793;225;;cca fin;CDS;2095095;;comp; deb;CDS;2186305;69;; ;tmRNA;2186992;205;; fin;CDS;2187562;;; deb;CDS;2192639;145;comp; ;regulatory;2193399;4;comp; ;regulatory;2193502;65;comp; fin;CDS;2193653;;comp; deb;CDS;2337863;-1;; ;ncRNA;2338135;0;; fin;CDS;2338210;;; deb;CDS;2511015;130;comp; ;tRNA;2511625;46;comp;tca fin;CDS;2511759;;comp; deb;CDS;2560167;264;comp; ;ncRNA;2560755;168;comp; fin;CDS;2561022;;; deb;CDS;2745389;71;comp; ;tRNA;2747299;7;comp;gac ;tRNA;2747383;48;comp;gta fin;CDS;2747507;;comp; deb;CDS;2852349;182;comp; ;tRNA;2853221;70;;cta fin;CDS;2853376;;comp; deb;CDS;3186574;49;comp; ;tRNA;3187082;411;;aca fin;CDS;3187569;;; deb;CDS;3256344;205;comp; ;tRNA;3257362;151;;gcc fin;CDS;3257589;;comp; deb;CDS;3261178;303;comp; ;tRNA;3262246;8;;gcc ;tRNA;3262330;11;;gaa ;tRNA;3262417;106;;gcc fin;CDS;3262599;;comp; deb;CDS;3368966;415;comp; ;rRNA;3371478;124;comp;5s ;rRNA;3371717;254;comp;23s ;tRNA;3374860;12;comp;gca ;tRNA;3374948;82;comp;atc ;rRNA;3375107;439;comp;16s fin;CDS;3377082;;comp; deb;CDS;3447322;50;comp; ;regulatory;3448389;124;comp; fin;CDS;3448608;;; deb;CDS;3471644;212;comp; ;tRNA;3472822;12;;gta ;tRNA;3472910;26;;gac ;tRNA;3473013;12;;gta ;tRNA;3473101;26;;gac ;tRNA;3473204;12;;gta ;tRNA;3473292;26;;gac ;tRNA;3473395;12;;gta ;tRNA;3473483;27;;gac ;tRNA;3473587;6;;gta ;tRNA;3473670;27;;gac ;tRNA;3473774;6;;gtg ;tRNA;3473857;163;;gac fin;CDS;3474097;;; deb;CDS;3621600;170;; ;tRNA;3622292;55;;ggg fin;CDS;3622421;;; deb;CDS;3727029;40;comp; ;regulatory;3728158;14;comp; ;regulatory;3728271;172;comp; fin;CDS;3728534;;comp; deb;CDS;3818863;213;comp; ;rRNA;3820120;124;comp;5s ;rRNA;3820359;253;comp;23s ;tRNA;3823501;86;comp;gca ;tRNA;3823663;182;comp;atc ;rRNA;3823922;437;comp;16s deb;CDS;3825895;73;comp; ;tRNA;3828836;51;;ctg ;tRNA;3828974;33;;ctg ;tRNA;3829094;57;;ctg ;tRNA;3829238;651;;ctg fin;CDS;3829976;;comp; deb;CDS;3854191;770;comp; ;tRNA;3855180;61;comp;acg ;tRNA;3855317;78;comp;ccg ;tRNA;3855472;97;comp;ccg fin;CDS;3855646;;; deb;CDS;4058859;201;comp; ;tRNA;4059834;92;comp;atgi fin;CDS;4060005;;comp; deb;CDS;4244169;101;; ;rRNA;4244591;124;comp;5s ;rRNA;4244830;253;comp;23s ;tRNA;4247972;86;comp;gca ;tRNA;4248134;182;comp;atc ;rRNA;4248393;450;comp;16s fin;CDS;4250379;;; deb;CDS;4324029;747;comp; ;tRNA;4325718;151;comp;atgf fin;CDS;4325946;;comp; deb;CDS;4388195;89;comp; ;tRNA;4389268;6;comp;caa fin;CDS;4389349;;comp; deb;CDS;4401196;137;comp; ;tRNA;4402077;265;;cgg fin;CDS;4402419;;comp; deb;CDS;4433423;206;; ;rRNA;4434130;124;comp;5s ;rRNA;4434369;253;comp;23s ;tRNA;4437511;86;comp;gca ;tRNA;4437673;182;comp;atc ;rRNA;4437932;391;comp;16s fin;CDS;4439859;;; deb;CDS;4472951;87;; ;tRNA;4474196;35;;atgj ;tRNA;4474308;125;;atgj fin;CDS;4474510;;; deb;CDS;4529035;86;comp; ;tRNA;4529616;179;comp;acc fin;CDS;4529870;;comp; deb;CDS;4531632;64;comp; ;tRNA;4532053;10;comp;tgg deb;CDS;4532139;40;comp; ;tRNA;4533370;24;comp;acc ;tRNA;4533469;52;comp;gga ;tRNA;4533595;139;comp;tac fin;CDS;4533819;;comp; deb;CDS;4549877;87;comp; ;regulatory;4551002;131;; fin;CDS;4551282;;; deb;CDS;4586188;194;comp; ;tRNA;4586712;38;comp;aaa ;tRNA;4586826;35;comp;aag ;tRNA;4586937;28;comp;aaa ;tRNA;4587041;37;comp;aag ;tRNA;4587154;130;comp;aaa fin;CDS;4587360;;comp; </pre> ====cvi intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_entre_cds|cvi intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> cvi;4.2.21 Paris;;cvi 25.12.20;;;;;;;;; cvi;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5;intercal;<u>'''frequencez ;'''négatif;756;17.7;'''négatif ;-8;11;-1 à -102;'''4 751 080;-1;756;610;2 ;'''zéro;15;0.4;;;;;'''intercals;0;15;620;1 ;'''1 à 200;2842;66.4;'''0 à 200;74;55;;'''452 650;5;227;630;2 ;'''201 à 370;455;10.6;'''201 à 370;266;47;;'''9.5%;10;169;640;1 ;'''371 à 600;147;3.4;'''371 à 600;453;59;;;15;168;650;1 ;'''601 à max;67;1.6;'''601 à 1309;795;172;;;20;110;660;4 ;'''total 4282;<201;84.4;'''total 4281;104;142;-102 à 1309;;25;72;670;4 adresse;intercalx;intercal;<u>'''fréquence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul,t %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;66;680;2 1407250;1977;-1;756;-70;6;;0;15;35;68;690;3 2476400;1309;0;15;-60;1;;-1;°118;40;65;700;5 667844;1253;1;°65;-50;4;;-2;3;45;75;710;2 448587;1220;2;47;-40;9;;-3;0;50;67;720;1 357760;1187;3;°52;-30;12;'''min à -1;-4;°397;55;84;730;5 707510;1165;4;36;-20;32;756;-5;0;60;94;740;2 139762;1148;5;27;-10;103;17.7%;-6;2;65;120;750;1 1309853;1098;6;21;0;604;;-7;12;70;126;760;2 2457295;1068;7;°24;10;396;;-8;°56;75;114;770;1 669869;1004;8;18;20;278;;-9;1;80;82;780;1 2288697;984;9;49;30;138;;-10;6;85;62;790;1 1828489;968;10;°57;40;133;'''1 à 100;-11;°35;90;53;800;4 3613803;905;11;44;50;142;1969;-12;1;95;81;810;1 2465473;902;12;32;60;178;46.0%;-13;12;100;66;820;2 2025387;900;13;°39;70;246;;-14;°21;105;60;830;0 869124;888;14;28;80;196;;-15;0;110;57;840;1 2030614;865;15;25;90;115;;-16;4;115;69;850;0 664864;858;16;°33;100;147;;-17;°19;120;48;860;1 2442265;838;17;19;110;117;;-18;0;125;58;870;1 561508;819;18;20;120;117;;-19;5;130;69;880;0 1345805;811;19;°23;130;127;;-20;°13;135;48;890;1 27453;809;20;15;140;92;;-21;1;140;44;900;1 3009727;799;21;°17;150;71;;-22;2;145;41;910;2 914899;796;22;15;160;81;;-23;°5;150;30;920;0 344593;793;23;8;170;72;'''1 à 200;-24;1;155;46;930;0 1783705;791;24;°21;180;63;2842;-25;3;160;35;940;0 1569417;787;25;11;190;67;66.4%;-26;°3;165;41;950;0 3000804;771;26;°15;200;66;;-27;0;170;31;960;0 34255;767;27;10;210;58;;-28;1;175;37;970;1 136535;759;28;°14;220;38;;-29;°3;180;26;980;0 2126902;751;29;15;230;42;;-30;0;185;39;990;1 1360178;742;30;12;240;37;;-31;4;190;28;1000;0 3310655;736;31;°18;250;22;'''0 à 200;-32;2;195;34;1010;1 2140607;733;32;12;260;29;2857;total;75;200;32;1020;0 ;;33;°17;270;37;;reste;26;205;32;1030;0 ;;34;11;280;31;;total;771;210;26;1040;0 ;;35;10;290;28;;;;215;19;1050;0 ;;36;12;300;22;;intercal;<u>'''frequencef;220;19;1060;0 ;;37;°14;310;21;;600;4215;225;21;1070;1 ;;38;10;320;20;;620;3;230;21;1080;0 ;;39;13;330;11;;640;3;235;17;1090;0 ;;40;°16;340;19;'''201 à 370;660;5;240;20;1100;1 ;;reste;2566;350;11;455;680;6;245;11;1110;0 ;;total;4282;360;11;10.6%;700;8;250;11;1120;0 ;;;;370;18;;720;3;255;9;1130;0 ;;;;380;10;;740;7;260;20;1140;0 ;;;;390;10;;760;3;265;17;1150;1 '''adresses;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;11;;780;2;270;20;1160;0 4014450;-102;comp;;410;11;;800;5;275;15;1170;1 1765439;-97;shift2;1671;420;9;;820;3;280;16;1180;0 1246857;-94;shift2;798;430;12;;840;1;285;17;1190;1 4426186;-80;comp;;440;14;;860;1;290;11;1200;0 3511064;-73;shift2;1;450;9;;880;1;295;14;reste;4 3199809;-71;shift2;494;460;5;;900;2;300;8;total;4282 3580355;-61;comp;;470;6;;920;2;305;14;; 4088183;-59;comp;;480;6;;940;;310;7;; 2599768;-57;comp;;490;5;;960;;315;14;; 1062106;-56;comp;;500;1;;980;1;320;6;; 3542032;-50;comp;;510;10;;1000;1;325;5;; 834886;-49;comp;;520;5;;1020;1;330;6;; 2603937;-44;shift2;;530;4;;1040;;335;13;; 2822032;-44;shift2;;540;2;'''371 à 600;1060;;340;6;; 4104968;-44;shift2;;550;4;147;1080;1;345;6;; 283435;-43;comp;;560;3;3.4%;1100;1;350;5;; 226851;-41;comp;;570;5;;1120;;355;6;; 387678;-41;comp;;580;3;'''601 à max;1140;;360;5;; 1796583;-41;shift2;;590;0;67;1160;1;365;10;; 4120154;-40;shift2;;600;2;1.6%;;61;370;8;; 3951302;-38;shift2;;reste;67;;reste;6;reste;214;; 4595659;-38;shift2;;total;4282;;total;4282;total;4282;; </pre> ====cvi intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cvi;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;29;-174;154;42;611;200;max70;&-44;372;-1071;112;852;282;min50 31 à 400;;;;;;;;&5.3;22;-332;69;915;-138;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;131;52;-;581;dte;30;tf;&204;67;;649;poly;203;SF 31 à 400;;;;;;;;&149;52;-;808;poly;107;tF corrélations cvi. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400 ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814 cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696 abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+ 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243 </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60 70, '''t30 t70'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.582;;;;; 41-n;0.931;0.858;0.891;;;;;;;;;;;; 1-n;0.696;0.434;0.549;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; cvi;fx;fc;;cvi;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;;cvi;Sx-;Sc- 0;5;10;;0;5;4;;0;5;10;;x;-1;0;118 10;62;334;;10;62;144;;1;7;58;>0;1097;-2;3;0 20;33;245;;20;33;106;;2;3;44;<0;69;-3;0;0 30;18;120;;30;18;52;;3;10;42;zéro;5;-4;22;375 40;17;116;;40;17;50;;4;6;30;total;1171;-5;0;0 50;43;99;;50;43;43;;5;2;25;;c;-6;2;0 60;71;107;;60;70;46;;6;8;13;>0;2414;-7;2;10 70;92;154;;70;91;66;;7;6;18;<0;687;-8;0;56 80;56;140;;80;56;60;;8;5;13;zéro;10;-9;1;0 90;32;83;;90;32;36;;9;8;41;total;3111;-10;0;6 100;52;95;;100;52;41;;10;7;50;;;-11;4;31 110;35;82;;110;35;35;;11;2;42;;;-12;1;0 120;44;73;;120;44;31;;12;6;26;;;-13;2;10 130;43;84;;130;43;36;;13;4;35;;;-14;0;21 140;32;60;;140;32;26;;14;3;25;;;-15;0;0 150;20;51;;150;20;22;;15;4;21;;;-16;0;4 160;32;49;;160;32;21;;16;5;28;;;-17;3;16 170;22;50;;170;22;22;;17;0;19;;;-18;0;0 180;20;43;;180;20;19;;18;3;17;;;-19;2;3 190;28;39;;190;28;17;;19;5;18;;;-20;1;12 200;36;30;;200;36;13;;20;1;14;;;-21;1;0 210;23;35;;210;23;15;;21;1;16;;;-22;1;1 220;12;26;;220;12;11;;22;2;13;;;-23;1;4 230;17;25;;230;17;11;;23;1;7;;;-24;1;0 240;23;14;;240;23;6;;24;3;18;;;-25;1;2 250;11;11;;250;11;5;;25;1;10;;;-26;0;3 260;16;13;;260;16;6;;26;2;13;;;-27;0;0 270;16;21;;270;16;9;;27;3;7;;;-28;1;0 280;17;14;;280;17;6;;28;2;12;;;-29;1;2 290;17;11;;290;17;5;;29;2;13;;;-30;0;0 300;7;15;;300;7;6;;30;1;11;;;-31;3;1 310;12;9;;310;12;4;;31;1;17;;;-32;2;0 320;6;14;;320;6;6;;32;0;12;;;-33;0;0 330;2;9;;330;2;4;;33;4;13;;;-34;0;0 340;10;9;;340;10;4;;34;0;11;;;-35;2;1 350;6;5;;350;6;2;;35;1;9;;;-36;0;0 360;6;5;;360;6;2;;36;1;11;;;-37;1;0 370;7;11;;370;7;5;;37;5;9;;;-38;0;2 380;4;6;;380;4;3;;38;1;9;;;-39;0;0 390;3;7;;390;3;3;;39;3;10;;;-40;0;1 400;5;6;;400;5;3;;40;1;15;;;-41;2;1 reste;89;94;;;;;;reste;967;1599;;;-42;0;0 total;1102;2424;;t30;112;301;;total;1102;2424;;;-43;1;0 diagr;1008;2320;;t70;333;506;;diagr;130;815;;;-44;0;3 - t30;895;1621;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t70;672;1145;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;6;4 ;;;;;;;;;;;;;total;69;687 </pre> ====cvi intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_négatifs_S-|cvi intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;; comp’;0;3;0;20;0;2;2;0;1;0;3;0;2;0;0;0;2;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;1;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;62;6 continu;118;0;0;377;0;0;10;56;0;6;32;1;10;21;0;4;17;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;2;1;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;694;4 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;22;0;2;2;0;1;0;4;1;2;0;0;0;3;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;3;2;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;6;69 ;Sc-;118;0;0;375;0;0;10;56;0;6;31;0;10;21;0;4;16;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;1;0;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;4;687 </pre> ====cvi autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires|cvi autres intercalaires]] <pre> ;cvi;autres intercalaires;;adresses1;;cvi;autres intercalaires;;adresses2;;;cvi;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;242272;116;comp;;deb;°CDS;1427387;30;;;deb;°CDS;3471644;212;comp ;regulatory;243048;76;;;;&tRNA;1427771;204;;;;&tRNA;3472822;12; fin;°CDS;243272;;;;fin;°CDS;1428052;;;;;&tRNA;3472910;26; deb;°CDS;419401;506;comp;;deb;°CDS;1432303;98;comp;;;&tRNA;3473013;12; ;$rRNA;421224;182;;;;&tRNA;1433244;32;comp;;;&tRNA;3473101;26; ;&tRNA;422942;86;;;;&tRNA;1433352;31;comp;;;&tRNA;3473204;12; ;&tRNA;423105;253;;;;&tRNA;1433459;211;comp;;;&tRNA;3473292;26; ;$rRNA;423434;127;;;fin;°CDS;1433746;;;;;&tRNA;3473395;12; ;$rRNA;426450;137;;;deb;°CDS;1451057;323;comp;;;&tRNA;3473483;27; fin;°CDS;426702;;comp;;;repeat_region;1452712;105;;;;&tRNA;3473587;6; deb;°CDS;500524;447;;;fin;°CDS;1454130;;comp;;;&tRNA;3473670;27; ;$rRNA;502189;82;;;deb;°CDS;1458879;179;;;;&tRNA;3473774;6; ;&tRNA;503807;12;;;;repeat_region;1461308;144;;;;&tRNA;3473857;163; ;&tRNA;503896;254;;;fin;°CDS;1462645;;;;fin;°CDS;3474097;; ;$rRNA;504226;124;;;deb;°CDS;1644076;439;;;deb;°CDS;3621600;170; ;$rRNA;507239;280;;;;$rRNA;1646828;182;;;;&tRNA;3622292;55; fin;°CDS;507634;;;;;&tRNA;1648546;86;;;fin;°CDS;3622421;; deb;°CDS;521304;119;comp;;;&tRNA;1648709;253;;;deb;°CDS;3727029;40;comp ;regulatory;522458;124;;;;$rRNA;1649038;124;;;;regulatory;3728158;14;comp fin;°CDS;522848;;;;;$rRNA;1652051;89;;;;regulatory;3728271;172;comp deb;°CDS;526333;31;;;;$rRNA;1652255;154;;;fin;°CDS;3728534;;comp ;ncRNA;526676;12;;;fin;°CDS;1652524;;comp;;deb;°CDS;3818863;213;comp fin;°CDS;526872;;;;deb;°CDS;1689363;107;comp;;;$rRNA;3820120;124;comp deb;°CDS;578634;106;comp;;;regulatory;1690517;42;comp;;;$rRNA;3820359;253;comp ;ncRNA;581905;130;;;fin;°CDS;1690745;;comp;;;&tRNA;3823501;86;comp fin;°CDS;582495;;;;deb;°CDS;1744930;59;;;;&tRNA;3823663;182;comp deb;°CDS;680663;177;comp;;;&tRNA;1746117;53;;;;$rRNA;3823922;437;comp ;&tRNA;682034;58;comp;;;&tRNA;1746261;360;;;deb;°CDS;3825895;73;comp fin;°CDS;682177;;comp;;fin;°CDS;1746712;;;;;&tRNA;3828836;51; deb;°CDS;758940;152;comp;;deb;°CDS;1786722;25;;;;&tRNA;3828974;33; ;&tRNA;759824;57;;;;&tRNA;1786963;15;;;;&tRNA;3829094;57; fin;°CDS;759966;;comp;;fin;°CDS;1787071;;;;;&tRNA;3829238;651; deb;°CDS;877002;858;comp;;deb;°CDS;1899096;223;;;fin;°CDS;3829976;;comp ;&tRNA;878775;19;comp;;;repeat_region;1900978;157;;;deb;°CDS;3854191;770;comp fin;°CDS;878869;;comp;;fin;°CDS;1902728;;comp;;;&tRNA;3855180;61;comp deb;°CDS;952811;49;;;deb;°CDS;1975805;93;;;;&tRNA;3855317;78;comp ;&tRNA;955155;329;;;;&tRNA;1978844;66;;;;&tRNA;3855472;97;comp fin;°CDS;955560;;;;fin;°CDS;1978986;;comp;;fin;°CDS;3855646;; deb;°CDS;975236;19;;;deb;°CDS;2093021;230;;;deb;°CDS;4058859;201;comp ;&tRNA;975612;91;;;;&tRNA;2094372;26;;;;&tRNA;4059834;92;comp fin;°CDS;975788;;;;;&tRNA;2094474;45;;;fin;°CDS;4060005;;comp deb;°CDS;996781;89;comp;;;&tRNA;2094595;27;;;deb;°CDS;4244169;101; ;regulatory;998457;72;;;;&tRNA;2094698;18;;;;$rRNA;4244591;124;comp fin;°CDS;998621;;;;;&tRNA;2094793;225;;;;$rRNA;4244830;253;comp deb;°CDS;1006022;155;;;fin;°CDS;2095095;;comp;;;&tRNA;4247972;86;comp ;&tRNA;1006822;6;;;deb;°CDS;2186305;69;;;;&tRNA;4248134;182;comp ;&tRNA;1006904;51;;;;tmRNA;2186992;205;;;;$rRNA;4248393;450;comp fin;°CDS;1007031;;;;fin;°CDS;2187562;;;;fin;°CDS;4250379;; deb;°CDS;1057229;62;;;deb;°CDS;2192639;145;comp;;deb;°CDS;4324029;747;comp ;&tRNA;1058518;6;;;;regulatory;2193399;4;comp;;;&tRNA;4325718;151;comp ;&tRNA;1058618;3;;;;regulatory;2193502;65;comp;;fin;°CDS;4325946;;comp ;&tRNA;1058698;110;;;fin;°CDS;2193653;;comp;;deb;°CDS;4388195;89;comp deb;°CDS;1058883;173;comp;;deb;°CDS;2337863;-1;;;;&tRNA;4389268;6;comp ;&tRNA;1061741;3;comp;;;ncRNA;2338135;0;;;fin;°CDS;4389349;;comp ;&tRNA;1061819;7;comp;;fin;°CDS;2338210;;;;deb;°CDS;4401196;137;comp ;&tRNA;1061903;5;comp;;deb;°CDS;2511015;130;comp;;;&tRNA;4402077;265; ;&tRNA;1061983;46;comp;;;&tRNA;2511625;46;comp;;fin;°CDS;4402419;;comp fin;°CDS;1062106;;;;fin;°CDS;2511759;;comp;;deb;°CDS;4433423;206; deb;°CDS;1153105;370;;;deb;°CDS;2560167;264;comp;;;$rRNA;4434130;124;comp ;$rRNA;1154027;182;;;;ncRNA;2560755;168;comp;;;$rRNA;4434369;253;comp ;&tRNA;1155745;86;;;fin;°CDS;2561022;;;;;&tRNA;4437511;86;comp ;&tRNA;1155908;254;;;deb;°CDS;2745389;71;comp;;;&tRNA;4437673;182;comp ;$rRNA;1156238;124;;;;&tRNA;2747299;7;comp;;;$rRNA;4437932;391;comp ;$rRNA;1159251;189;;;;&tRNA;2747383;48;comp;;fin;°CDS;4439859;; fin;°CDS;1159555;;;;fin;°CDS;2747507;;comp;;deb;°CDS;4472951;87; deb;°CDS;1262223;190;;;deb;°CDS;2852349;182;comp;;;&tRNA;4474196;35; ;&tRNA;1263556;120;comp;;;&tRNA;2853221;70;;;;&tRNA;4474308;125; fin;°CDS;1263766;;comp;;fin;°CDS;2853376;;comp;;fin;°CDS;4474510;; deb;°CDS;1272648;435;;;deb;°CDS;3186574;49;comp;;deb;°CDS;4529035;86;comp ;&tRNA;1273710;180;;;;&tRNA;3187082;411;;;;&tRNA;4529616;179;comp fin;°CDS;1273967;;comp;;fin;°CDS;3187569;;;;fin;°CDS;4529870;;comp deb;°CDS;1292860;191;;;deb;°CDS;3256344;205;comp;;deb;°CDS;4531632;64;comp ;repeat_region;1293342;324;;;;&tRNA;3257362;151;;;;&tRNA;4532053;10;comp fin;°CDS;1295441;;;;fin;°CDS;3257589;;comp;;deb;°CDS;4532139;40;comp deb;°CDS;1376752;101;;;deb;°CDS;3261178;303;comp;;;&tRNA;4533370;24;comp ;&tRNA;1377435;23;;;;&tRNA;3262246;8;;;;&tRNA;4533469;52;comp ;&tRNA;1377534;22;;;;&tRNA;3262330;11;;;;&tRNA;4533595;139;comp ;&tRNA;1377632;24;;;;&tRNA;3262417;106;;;fin;°CDS;4533819;;comp ;&tRNA;1377732;29;;;fin;°CDS;3262599;;comp;;deb;°CDS;4549877;87;comp ;&tRNA;1377837;45;;;deb;°CDS;3368966;415;comp;;;regulatory;4551002;131; ;&tRNA;1377958;425;;;;$rRNA;3371478;124;comp;;fin;°CDS;4551282;; fin;°CDS;1378457;;comp;;;$rRNA;3371717;254;comp;;deb;°CDS;4586188;194;comp deb;°CDS;1385508;707;comp;;;&tRNA;3374860;12;comp;;;&tRNA;4586712;38;comp ;&tRNA;1387010;183;;;;&tRNA;3374948;82;comp;;;&tRNA;4586826;35;comp fin;°CDS;1387278;;;;;$rRNA;3375107;439;comp;;;&tRNA;4586937;28;comp deb;°CDS;1418833;136;comp;;fin;°CDS;3377082;;comp;;;&tRNA;4587041;37;comp ;&tRNA;1420085;182;;;deb;°CDS;3447322;50;comp;;;&tRNA;4587154;130;comp fin;°CDS;1420344;;;;;regulatory;3448389;124;comp;;fin;°CDS;4587360;;comp ;;;;;;fin;°CDS;3448608;;;;;;;; </pre> ====cvi intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_tRNA|cvi intercalaires tRNA]] <pre> cvi intercalaires tRNA ;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;177;;58;;19;6;deb; ;;comp’;152;comp’;57;;25;10;<201;22 ;;;858;;19;;30;15;total;27 ;;;49;;329;;40;19;taux;81% ;;;19;;91;;49;46;; ;6;;155;;51;;59;48;fin; ;6 3;;62;comp’;110;;62;51;<201;20 ;3 7 5;;173;comp’;46;;64;55;total;25 ;;comp’;190;;120;;71;58;taux;80% ;;;435;comp’;180;;86;91;; ;;;191;;324;;87;92;total; ;23 22 24 29 45;;101;comp’;425;;89;120;<201;42 ;;comp’;707;;183;;93;125;total;52 ;;comp’;136;;182;;98;130;taux;81% ;;;30;;204;;101;139;; ;32 31;;98;comp’;211;;130;151;; ;53;;59;;360;;155;163;; ;;;25;;15;;170;179;; ;;;93;comp’;66;;173;182;; ;26 45 27 18;;230;comp’;225;;177;183;; ;;;130;;46;;191;204;; ;7;;71;;48;;194;324;; ;;comp’;182;comp’;70;;201;329;; ;;comp’;49;;411;;230;360;; ;;comp’;205;comp’;151;;435;411;; ;8 11;comp’;303;comp’;106;;747;;; ;12 26 12 26 12 26;comp’;212;;163;;858;;comp’;cumuls ;12 27 6 27 6;;;;;;49;46;deb; ;;;170;;55;;73;57;<201;7 ;51 33 57;comp’;73;comp’;651;;136;66;total;12 ;61 78;;770;comp’;97;;137;70;taux;58% ;;;201;;92;;152;97;; ;;;747;;151;;182;106;fin; ;;;89;;6;;190;110;<201;9 ;;comp’;137;comp’;265;;205;151;total;14 ;35;;87;;125;;212;180;taux;64% ;;;86;;179;;303;211;; ;;;64;;10;;707;225;total; ;24 52;;40;;139;;770;265;<201;16 ;38 35 28 37;;194;;130;;-;425;total;26 ;;;;;;;-;651;taux;62% ;;;;;;;;;; continu + comp’;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;29;29;58;;;;;;; total;39;39;78;;;;;;; taux;74%;74%;74%;;;;;;; </pre> ====cvi par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_par_rapport_au_groupe_de_référence|cvi par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;9;7;2;;;;18; 16;moyen;7;3;11;;;16;37; 14;fort;6;27;10;;;;43; ; ;22;37;23;;;16;98; 10;g+cga;3;5;2;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;2;;;;;6; 5;autres;;;;;;;0; ;;9;7;2;;;;18; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;92;71;20;;;;184;26 16;moyen;71;31;112;;;163;378;324 14;fort;61;276;102;;;;439;650 ; ;224;378;235;;;163;98;729 10;g+cgg;31;51;20;;;;102;10 2;agg+cga;20;;;;;;20; 4;carre ccc;41;20;;;;;61;16 5;autres;;;;;;;0; ;;92;71;20;;;;184; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;110;85;24;220;26;41;19;9 16;moyen;85;37;134;256;324;32;8;48 14;fort;73;329;122;524;650;27;73;43 ; ;268;451;280;82;729;22;37;23 10;g+cgg;37;61;24;122;10;;; 2;agg+cga;24;;;24;;;; 4;carre ccc;49;24;;73;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;110;85;24;220;;;; </pre> ====beta, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#beta,_estimation_des_-rRNAs|beta, estimation des -rRNAs]] <pre> 44 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;44;351; ; ;;indices;;;;44;798;0;0;;beta1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;82 atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;10;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;23;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1 atc;159;acc;10;aac;;agc;1;;atc;361;acc;23;aac;;agc;2;;atc;;acc;1;aac;4;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;2;cga; gta;;gca;159;gaa;;gga;10;;gta;;gca;361;gaa;;gga;23;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1 ;;329;;22;;0;351;;;;748;;50;;0;798;;;;21;;43;;18;82 11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;268;15707;5.2;0;;indices;;;;268;15707;5.2;0;;beta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;172;;atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;177;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;200 att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;;act;;aat;;agt; ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;108;tcc;101;tac;84;tgc;142;;ttc;108;tcc;101;tac;107;tgc;142;;ttc;200;tcc;200;tac;200;tgc;100 atc;6;acc;79;aac;184;agc;99;;atc;367;acc;102;aac;184;agc;101;;atc;;acc;100;aac;400;agc;100 ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;100;ccc;100;cac;300;cgt;300 gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;100;gcc;300;gac;700;ggc;500 tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;;aca;100;aaa;300;aga;100 cta;101;cca;137;caa;123;cga;0;;cta;101;cca;137;caa;123;cga;;;cta;100;cca;100;caa;200;cga; gta;118;gca;12;gaa;202;gga;78;;gta;118;gca;373;gaa;202;gga;101;;gta;600;gca;;gaa;400;gga;100 ttg;102;tcg;111;tag;2.6;tgg;102;;ttg;102;tcg;111;tag;3;tgg;102;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;200;acg;100;aag;200;agg;100 ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;400;ccg;200;cag;;cgg;100 gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;100;gcg;200;gag;;ggg;100 ;;1517;;2099;;1440;5057;;;;2265;;2149;;1440;5854;;;;2100;;4300;;1800;8200 rapports;;67;;98;;100;86;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;beta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;97;;fiches;54.068;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;100;tat;;atgf;14 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2379;;;0/0;1;;;;att;100;act;100;aat;100;agt;100 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;353;;;10;12;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;44;;;20;4;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;79;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;46;tcc;50;tac;58;tgc;30 atc;2;acc;78;aac;100;agc;98;;beta1;82;;;40;4;;;;atc;100;acc;21;aac;54;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;82;;;50;6;30;;;ctc;30;ccc;0;cac;64;cgt;38 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;16;;;60;7;;;;gtc;33;gcc;59;gac;65;ggc;55 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;3;;;;tta;45;tca;1;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;12;aaa;60;aga;12 cta;100;cca;100;caa;100;cga;;;L’estimation par beta ;;;;90;1;;;;cta;1;cca;27;caa;39;cga; gta;100;gca;3;gaa;100;gga;77;;est 52% en dessous;;;;100;6;;;;gta;80;gca;100;gaa;50;gga;22 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;10;tag;;tgg;2 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;47;acg;4;aag;49;agg;1 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;52;ccg;54;cag;100;cgg;7 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;10;gcg;61;gag;100;ggg;18 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;328;;618;;335;1281 </pre> ====cvi remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_remarques|cvi remarques]] *code génétique cvi <pre> cvi;;;;;98;;99 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1 atc;8;acc;2;aac;4;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3 gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;1;caa;2;cga; gta;5;gca;8;gaa;4;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1 gtg;2;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ===ade=== ====ade opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_opérons|ade opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Anae_deha_2CP_C/anaeDeha_2CP_C-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_011891.1;ade;genome;;; 75%GC;30.6.19 Paris;16s 2;49;doubles;intercalaires ;Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C;;;; ;8147..8220;;caa;; ;;;;; ;21040..21112;;ttc;; ;;;;; comp;433303..433378;;ggg;; ;;;;; comp;666509..666585;;gac;;6 comp;666592..666666;;gta;; ;;;;; comp;693146..693229;;ctg;; ;;;;; ;851483..851555;;atg;; ;;;;; comp;1057311..1057386;;gcg;; ;;;;; comp;1306222..1306295;;ccc;; ;;;;; ;1442379..1442450;;tgc;; ;;;;; ;1495545..1497102;;16s;@1;187 ;1497290..1497367;;atc;;22 ;1497390..1497465;;gca;;194 ;1497660..1500648;;23s;;152 ;1500801..1500917;;5s;; ;;;;; ;1509186..1509259;;cag;;60 ;1509320..1509394;;gag;; ;;;;; ;1691085..1691160;;gcc;; ;;;;; ;819377..1819453;;atg;; ;;;;; ;2235670..2235741;;gtc;; ;;;;; comp;2314981..2315079;;tga;; ;;;;; comp;2337031..2337104;;atg;; ;;;;; ;2376009..2376080;;gtg;; ;;;;; comp;2429718..2429790;;acg;; ;;;;; comp;2623942..2624017;;tgg;; ;;;;; comp;2625463..2625535;;acc;;22 comp;2625558..2625633;;gga;;63 comp;2625697..2625779;;tac;;46 comp;2625826..2625898;;aca;; ;;;;; ;2653452..2653535;;ttg;; ;;;;; ;2680790..2680871;;ctc;; ;;;;; comp;2747806..2747879;;agg;; ;;;;; ;3029047..3029122;;aac;; ;;;;; comp;3076236..3076352;;5s;;152 comp;3076505..3079493;;23s;;194 comp;3079688..3079763;;gca;;22 comp;3079786..3079863;;atc;;187 comp;3080051..3081608;;16s;; ;;;;; comp;3144286..3144357;;aaa;; ;;;;; ;3156732..3156804;;gaa;; ;;;;; ;3253990..3254063;;cgg;; ;;;;; comp;3793996..3794069;;ccg;; ;;;;; ;3806164..3806249;;tta;; ;;;;; comp;3915708..3915789;;cta;; ;;;;; comp;3920245..3920317;;aag;@2;*248 comp;3920566..3920639;;aga;;*140 comp;3920780..3920854;;cac;;18 comp;3920873..3920946;;cga;;*134 comp;3921081..3921154;;cca;; ;;;;; comp;4121675..4121749;;ggc;; ;;;;; comp;4195371..4195460;;tcc;;*278 comp;4195739..4195829;;tcg;; ;;;;; ;4456675..4456764;;tca;;27 ;4456792..4456883;;agc;;73 ;4456957..4457033;;cgt;; </pre> ====ade cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_cumuls|ade cumuls]] <pre> cvi cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;2;1;0; ;16 23 5s 0;0;20;2; ;16 atc gca;2;40;2;2 ;16 23 5s a;0;60;2; ;max a;2;80;2; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;4;140;2; sans ;opérons;33;160;0; ;1 aa;27;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;0;;2; ;total aas;45;;12;2 total aas;;49;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;93; ;;;variance;90; sans jaune;;;moyenne;39;22 ;;;variance;24;0 </pre> ====ade blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_blocs|ade blocs]] <pre> ade blocs;;;;; 16s;187;1558;5s;152;117 atc;22;;23s;194;2989 gca;194;;gca;22; 23s;152;2989;atc;187; 5s;;117;16s;;1558 </pre> ====ade distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_distribution|ade distribution]] <pre> delta1;;;;;;;49;;delta1;;;;;;;27;;delta1;;;;;;;18 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;1;tac;1;tgc; atc;2;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;1;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;18;27;;;;4;49;;;;*;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====ade données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_données_intercalaires|ade données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;ade;fx;fc;ade;fx40;fc40;ade;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;12;17;0;12;17;-1;0;70;91;220;CDS 16s;; ;1;10;102;373;1;10;35;-2;3;0;44;157;691;; ;2;20;104;251;2;5;63;-3;0;0;158;333;590;; ;0;30;65;128;3;18;55;-4;33;537;119;68;23s 5s;; 2;2;40;33;124;4;14;25;-5;0;0;79;105;2* 152;; ;2;50;22;93;5;7;19;-6;2;0;456;130;5s CDS;; ;3;60;52;104;6;10;24;-7;1;6;157;96;167;75; 2;2;70;49;129;7;9;26;-8;5;20;53;38;16s tRNA;; ;4;80;59;106;8;8;37;-9;0;0;36;222;2* 187;;atc ;1;90;48;99;9;14;51;-10;1;2;350;190;tRNA 23s;; 1;4;100;43;84;10;7;38;-11;4;17;105;111;2* 194;;gca 2;4;110;48;76;11;4;32;-12;1;0;14;124;tRNA tRNA;;intra 1;3;120;44;84;12;12;42;-13;3;7;111;110;2* 22;;atc gca 3;1;130;49;67;13;10;39;-14;4;12;3;94;tRNA tRNA;; ;0;140;46;63;14;7;28;-15;1;0;9;161;6;;gac ;0;150;37;53;15;14;26;-16;1;3;110;193;**;;gta 1;2;160;30;37;16;13;23;-17;7;4;53;226;60;;cag 1;0;170;28;47;17;7;16;-18;0;0;38;127;**;;gag ;1;180;33;41;18;16;19;-19;0;2;77;63;22;;acc 1;1;190;31;50;19;15;14;-20;1;3;92;34;63;;gga 1;0;200;33;22;20;6;12;-21;0;0;406;246;46;;tac ;0;210;30;27;21;7;12;-22;0;2;53;715;**;;aca 1;0;220;28;20;22;8;17;-23;2;6;437;;248;;aag 2;1;230;27;18;23;11;13;-24;0;0;62;;142;;aga ;0;240;17;17;24;10;8;-25;1;0;15;;18;;cac 1;0;250;27;12;25;4;14;-26;0;6;65;;134;;cga ;0;260;28;19;26;8;14;-27;0;0;105;;**;;cca ;0;270;15;15;27;7;9;-28;1;0;100;;278;;tcc ;0;280;17;10;28;7;20;-29;2;2;91;;**;;tcg ;0;290;11;9;29;2;7;-30;0;0;106;;27;;tca ;0;300;11;9;30;1;14;-31;0;0;184;;73;;agc ;1;310;10;11;31;2;13;-32;2;1;230;;**;;cgt ;0;320;8;10;32;1;14;-33;0;0;306;;;; ;0;330;10;5;33;7;15;-34;2;2;78;;;; 1;0;340;3;8;34;7;19;-35;1;1;694;;;; ;1;350;6;3;35;2;11;-36;0;0;130;;;; ;0;360;10;7;36;4;9;-37;1;1;386;;;; ;0;370;5;1;37;2;15;-38;1;0;111;;;; ;0;380;5;4;38;1;8;-39;0;0;81;;;; ;1;390;2;3;39;2;6;-40;1;0;179;;;; ;0;400;3;3;40;5;14;-41;2;0;76;;;; 1;5;reste;69;80;reste;994;1446;-42;0;0;50;;;; 21;42;total;1310;2339;total;1310;2339;-43;0;0;492;;;; 20;37;diagr;1229;2242;diagr;304;876;-44;0;0;;;;; 0;3; t30;271;752;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;2;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;1298;102;12;1412;;;-49;1;0;;;;; ;c;2322;713;17;3052;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;4464;105;;reste;15;9;;;;; ;;;;;;4569;;total;102;713;;;;; </pre> =====ade autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires_aas|ade autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;ade;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;7060;91;; ;tRNA;8147;44;;caa fin;CDS;8265;;; deb;CDS;20441;158;; ;tRNA;21040;220;;ttc fin;CDS;21333;;comp; deb;CDS;432722;119;comp; ;tRNA;433303;79;comp;ggg fin;CDS;433458;;comp; deb;CDS;664814;456;comp; ;tRNA;666509;6;comp;gac ;tRNA;666592;157;comp;gta fin;CDS;666824;;; deb;CDS;691951;157;comp; ;tRNA;693146;333;comp;ctg fin;CDS;693563;;; deb;CDS;849021;53;; ;tRNA;851483;36;;atgi fin;CDS;851592;;; deb;CDS;883315;64;; ;repeat_region;883709;98;; fin;CDS;886703;;comp; deb;CDS;887392;77;comp; ;repeat_region;888746;95;; fin;CDS;892587;;; deb;CDS;1055941;68;; ;tRNA;1057311;105;comp;gcg fin;CDS;1057492;;; deb;CDS;1305647;350;comp; ;tRNA;1306222;105;comp;ccc fin;CDS;1306401;;comp; deb;CDS;1311419;33;comp; ;ncRNA;1312049;302;comp; fin;CDS;1312542;;; deb;CDS;1441648;14;; ;tRNA;1442379;111;;tgc fin;CDS;1442562;;; deb;CDS;1492304;691;; 16s;rRNA;1495545;187;; ;tRNA;1497290;22;;atc ;tRNA;1497390;194;;gca 23s;rRNA;1497660;152;; 5s;rRNA;1500801;75;; fin;CDS;1500993;;comp; deb;CDS;1508769;3;; ;tRNA;1509186;60;;cag ;tRNA;1509320;130;;gag fin;CDS;1509525;;comp; deb;CDS;1690794;9;; ;tRNA;1691085;96;;gcc fin;CDS;1691254;;comp; deb;CDS;1818424;110;; ;tRNA;1819377;53;;atgf fin;CDS;1819507;;; deb;CDS;1968293;141;; ;regulatory;1969289;108;; fin;CDS;1969480;;; deb;CDS;2235017;38;; ;tRNA;2235670;77;;gtc fin;CDS;2235819;;; deb;CDS;2313926;38;; ;tRNA;2314981;92;comp;tga fin;CDS;2315172;;comp; deb;CDS;2335260;406;comp; ;tRNA;2337031;222;comp;atgj fin;CDS;2337327;;; deb;CDS;2375620;53;; ;tRNA;2376009;437;;gtg fin;CDS;2376518;;; deb;CDS;2429105;190;; ;tRNA;2429718;111;comp;acg fin;CDS;2429902;;; deb;CDS;2623487;62;comp; ;tRNA;2623942;15;comp;tgg fin;CDS;2624033;;comp; deb;CDS;2624207;65;comp; ;tRNA;2625463;22;comp;acc ;tRNA;2625558;63;comp;gga ;tRNA;2625697;46;comp;tac ;tRNA;2625826;105;comp;aca fin;CDS;2626004;;comp; deb;CDS;2652965;124;comp; ;tRNA;2653452;100;;ttg fin;CDS;2653636;;; deb;CDS;2680375;91;; ;tRNA;2680790;110;;ctc fin;CDS;2680982;;comp; deb;CDS;2747439;94;; ;tRNA;2747806;106;comp;agg fin;CDS;2747986;;comp; deb;CDS;3027884;161;comp; ;tRNA;3029047;184;;aac fin;CDS;3029307;;; deb;CDS;3075187;167;comp; 5s;rRNA;3076236;152;comp; 23s;rRNA;3076505;194;comp; ;tRNA;3079688;22;comp;gca ;tRNA;3079786;187;comp;atc 16s;rRNA;3080051;590;comp; fin;CDS;3082199;;comp; deb;CDS;3143759;230;comp; ;tRNA;3144286;306;comp;aaa fin;CDS;3144664;;comp; deb;CDS;3155946;78;; ;tRNA;3156732;694;;gaa fin;CDS;3157499;;; deb;CDS;3253083;193;comp; ;tRNA;3253990;130;;cgg fin;CDS;3254194;;; deb;CDS;3372825;107;; ;tmRNA;3373094;219;; fin;CDS;3373664;;; deb;CDS;3793550;226;; ;tRNA;3793996;386;comp;ccg fin;CDS;3794456;;comp; deb;CDS;3805030;111;; ;tRNA;3806164;127;;tta fin;CDS;3806377;;comp; deb;CDS;3914337;81;comp; ;tRNA;3915708;63;comp;cta fin;CDS;3915853;;; deb;CDS;3919322;179;comp; ;tRNA;3920245;248;comp;aag ;tRNA;3920566;142;comp;aga ;tRNA;3920782;18;comp;cac ;tRNA;3920873;134;comp;cga ;tRNA;3921081;76;comp;cca fin;CDS;3921231;;comp; deb;CDS;4031625;149;; ;regulatory;4032113;67;; fin;CDS;4032337;;; deb;CDS;4120462;34;; ;tRNA;4121675;246;comp;ggc fin;CDS;4121996;;; deb;CDS;4164508;430;; ;ncRNA;4166687;43;comp; fin;CDS;4167140;;comp; deb;CDS;4193348;55;comp; ;ncRNA;4195209;68;comp; ;tRNA;4195371;278;comp;tcc ;tRNA;4195739;50;comp;tcg fin;CDS;4195880;;comp; deb;CDS;4454313;715;comp; ;tRNA;4456675;27;;tca ;tRNA;4456792;73;;agc ;tRNA;4456957;492;;cgt fin;CDS;4457526;;; </pre> ====ade intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_entre_cds|ade intercalaires entre cds]] *'''Intercalaires entre cds, Tableau''' <pre> ade;4.2.21 Paris;;ade 16.7.20;;;;;;;;; ade;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5;intercal;<u>'''frequencez ;'''négatif;815;18.3;'''négatif ;-8;15;-1 à -116;'''5 029 329;-1;815;610;5 ;'''zéro;29;0.6;;;;;'''intercals;0;29;620;3 ;'''1 à 200;2987;66.9;'''0 à 200;70;57;;'''42 8947;5;251;630;2 ;'''201 à 370;464;10.4;'''201 à 370;260;44;;'''8.5%;10;224;640;0 ;'''371 à 600;124;2.8;'''371 à 600;469;63;;;15;214;650;3 ;'''601 à max;45;1.0;'''601 à 1160;771;157;;;20;141;660;1 ;'''total 4464;<201;85.8;'''total 4461;93;127;-116 à 1160;;25;104;670;0 adresse;intercal;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;89;680;1 4491815;1915;-1;815;-70;14;;0;29;35;91;690;1 3576176;1774;0;29;-60;8;;-1;°70;40;66;700;1 4068576;1388;1;45;-50;2;;-2;3;45;58;710;1 3337295;1160;2;68;-40;7;;-3;0;50;57;720;2 3373664;1119;3;°73;-30;12;'''min à -1;-4;°570;55;74;730;1 2044486;1080;4;39;-20;26;815;-5;0;60;82;740;2 4163005;1080;5;26;-10;69;18.3%;-6;2;65;92;750;2 1981544;1014;6;°34;0;706;;-7;7;70;86;760;0 427780;984;7;35;10;475;;-8;°25;75;87;770;0 540538;963;8;45;20;355;;-9;0;80;78;780;0 1223737;917;9;°65;30;193;;-10;3;85;70;790;1 1005799;900;10;45;40;157;'''1 à 100;-11;°21;90;77;800;1 4943119;860;11;36;50;115;2068;-12;1;95;66;810;1 4581242;849;12;°54;60;156;46.3%;-13;10;100;61;820;1 104609;834;13;49;70;178;;-14;°16;105;69;830;1 4846209;821;14;35;80;165;;-15;1;110;55;840;1 1084460;817;15;°40;90;147;;-16;4;115;65;850;1 2814006;807;16;36;100;127;;-17;°11;120;63;860;1 2386981;793;17;23;110;124;;-18;0;125;60;870;0 3422997;788;18;°35;120;128;;-19;2;130;56;880;0 494107;749;19;29;130;116;;-20;°4;135;64;890;0 3820597;741;20;18;140;109;;-21;0;140;45;900;1 4073584;732;21;19;150;90;;-22;2;145;50;910;0 1445527;731;22;°25;160;67;;-23;°8;150;40;920;1 3757399;730;23;24;170;75;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;0 4117240;719;24;18;180;74;2987;-25;1;160;31;940;0 3533685;715;25;18;190;81;67%;-26;°6;165;34;950;0 3631148;704;26;°22;200;55;;-27;0;170;41;960;0 2060112;697;27;16;210;57;;-28;1;175;36;970;1 1026522;689;28;°27;220;48;;-29;°4;180;38;980;0 4180297;676;29;9;230;45;;-30;0;185;40;990;1 3200409;660;30;15;240;34;;-31;0;190;41;1000;0 1266186;649;31;15;250;39;;-32;°3;195;29;1010;0 4553826;643;32;15;260;47;;total;66;200;26;1020;1 4101937;641;33;22;270;30;'''0 à 200;reste;40;205;27;1030;0 ;;34;°26;280;27;3016;;844;210;30;1040;0 ;;35;13;290;20;;;;215;26;1050;0 ;;36;13;300;20;;intercal;<u>'''frequencef;220;22;1060;0 ;;37;17;310;21;;600;4419;225;28;1070;0 ;;38;9;320;18;;620;8;230;17;1080;2 ;;39;8;330;15;;640;2;235;13;1090;0 ;;40;°19;340;11;'''201 à 370;660;4;240;21;1100;0 ;;reste;2440;350;9;464;680;1;245;18;1110;0 ;;total;4464;360;17;10.4%;700;2;250;21;1120;1 ;;;;370;6;;720;3;255;23;1130;0 adresse;intercaln;décalage;long;380;9;;740;3;260;24;1140;0 3295433;-116;comp;;390;5;;760;2;265;17;1150;0 4579158;-110;comp;;400;6;;780;;270;13;1160;1 1556750;-109;shift2;738;410;10;;800;2;275;16;1170;0 4555636;-109;comp;;420;4;;820;2;280;11;1180;0 4916430;-107;comp;;430;2;;840;2;285;13;1190;0 3210093;-106;shift2;1146;440;11;;860;2;290;7;1200;0 3997874;-104;comp;;450;5;;880;;295;10;reste;3 2946107;-101;comp;;460;8;;900;1;300;10;total;4464 3213081;-100;shift2;279;470;8;;920;1;305;10;; 1033174;-98;comp;;480;6;;940;;310;11;; 4178347;-86;comp;;490;4;;960;;315;13;; 1150010;-82;comp;;500;4;;980;1;320;5;; 526736;-79;comp;;510;8;;1000;1;325;9;; 1558055;-74;comp;;520;4;;1020;1;330;6;; 178866;-68;shift2;797;530;4;;1040;;335;6;; 4625265;-68;shift2;869;540;7;'''371 à 600;1060;;340;5;; 1268795;-67;;;550;3;124;1080;2;345;6;; 1590849;-67;;;560;6;2.8%;1100;;350;3;; 1222168;-65;;;570;3;;1120;1;355;11;; 3832496;-65;;;580;1;'''601 à max;1140;;360;6;; 23880;-61;;;590;3;45;1160;1;365;5;; 157893;-61;;;600;3;1.0%;;42;370;1;; 4881610;-59;;;reste;45;;reste;3;;169;; 3182922;-55;;;total;4464;;total;4464;;4464;; </pre> ====ade intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ade;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-20;145;-446;69;782;242;min50;&-61;489;-1310;125;843;267;min50 31 à 400;32;-228;356;20;874;238;2 parties;&2.5;38;-356;69;957;-507;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;144;54;-;743;dte;39;Sf;&218;70;-;610;poly;232;SF 31 à 400;112;46;-;807;poly;67;tm;&149;51;-;854;poly;103;tF ;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;; ade. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;14.8.21 Paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.459;;;ade;Sx-;Sc- 41-n;0.867;0.624;0.758;;;;;;;;;;-1;0;70 1-n;0.903;0.879;0.897;;;;;;;;;;-2;3;0 ade;fx;fc;;ade;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;-3;0;0 0;12;17;;0;10;8;;0;12;17;>0;1298;-4;33;537 10;102;373;;10;83;166;;1;10;35;<0;102;-5;0;0 20;104;251;;20;85;112;;2;5;63;zéro;12;-6;2;0 30;65;128;;30;53;57;;3;18;55;total;1412;-7;1;6 40;33;124;;40;27;55;;4;14;25;;c;-8;5;20 50;22;93;;50;18;41;;5;7;19;>0;2322;-9;0;0 60;52;104;;60;42;46;;6;10;24;<0;713;-10;1;2 70;49;129;;70;40;58;;7;9;26;zéro;17;-11;4;17 80;59;106;;80;48;47;;8;8;37;total;3052;-12;1;0 90;48;99;;90;39;44;;9;14;51;;;-13;3;7 100;43;84;;100;35;37;;10;7;38;;;-14;4;12 110;48;76;;110;39;34;;11;4;32;;;-15;1;0 120;44;84;;120;36;37;;12;12;42;;;-16;1;3 130;49;67;;130;40;30;;13;10;39;;;-17;7;4 140;46;63;;140;37;28;;14;7;28;;;-18;0;0 150;37;53;;150;30;24;;15;14;26;;;-19;0;2 160;30;37;;160;24;17;;16;13;23;;;-20;1;3 170;28;47;;170;23;21;;17;7;16;;;-21;0;0 180;33;41;;180;27;18;;18;16;19;;;-22;0;2 190;31;50;;190;25;22;;19;15;14;;;-23;2;6 200;33;22;;200;27;10;;20;6;12;;;-24;0;0 210;30;27;;210;24;12;;21;7;12;;;-25;1;0 220;28;20;;220;23;9;;22;8;17;;;-26;0;6 230;27;18;;230;22;8;;23;11;13;;;-27;0;0 240;17;17;;240;14;8;;24;10;8;;;-28;1;0 250;27;12;;250;22;5;;25;4;14;;;-29;2;2 260;28;19;;260;23;8;;26;8;14;;;-30;0;0 270;15;15;;270;12;7;;27;7;9;;;-31;0;0 280;17;10;;280;14;4;;28;7;20;;;-32;2;1 290;11;9;;290;9;4;;29;2;7;;;-33;0;0 300;11;9;;300;9;4;;30;1;14;;;-34;2;2 310;10;11;;310;8;5;;31;2;13;;;-35;1;1 320;8;10;;320;7;4;;32;1;14;;;-36;0;0 330;10;5;;330;8;2;;33;7;15;;;-37;1;1 340;3;8;;340;2;4;;34;7;19;;;-38;1;0 350;6;3;;350;5;1;;35;2;11;;;-39;0;0 360;10;7;;360;8;3;;36;4;9;;;-40;1;0 370;5;1;;370;4;0;;37;2;15;;;-41;2;0 380;5;4;;380;4;2;;38;1;8;;;-42;0;0 390;2;3;;390;2;1;;39;2;6;;;-43;0;0 400;3;3;;400;2;1;;40;5;14;;;-44;0;0 reste;69;80;;;;;;;994;1446;;;-45;0;0 total;1310;2339;;t30;221;335;;;1310;2339;;;-46;2;0 diagr;1229;2242;;t50;265;432;;;304;876;;;-47;1;0 - t30;958;1490;;;;;;;;;;;-48;0;0 - t50;903;1273;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;15;9 ;;;;;;;;;;;;;total;102;713 </pre> ====ade intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_négatifs_S-|ade intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;; comp’;0;3;0;30;0;2;1;4;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;8;97;14 continu;70;0;0;540;0;0;6;21;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;4;718;10 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;33;0;2;1;5;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;15;102 ;Sc-;70;0;0;537;0;0;6;20;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9;713 </pre> ====ade autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires|ade autres intercalaires]] <pre> deb;°CDS;7060;91;;;deb;°CDS;1818424;110;;;deb;°CDS;3143759;230;comp ;&tRNA;8147;44;;;;&tRNA;1819377;53;;;;&tRNA;3144286;306;comp fin;°CDS;8265;;;;fin;°CDS;1819507;;;;fin;°CDS;3144664;;comp deb;°CDS;20441;158;;;deb;°CDS;1968293;141;;;deb;°CDS;3155946;78; ;&tRNA;21040;220;;;;regulatory;1969289;108;;;;&tRNA;3156732;694; fin;°CDS;21333;;comp;;fin;°CDS;1969480;;;;fin;°CDS;3157499;; deb;°CDS;432722;119;comp;;deb;°CDS;2235017;38;;;deb;°CDS;3253083;193;comp ;&tRNA;433303;79;comp;;;&tRNA;2235670;77;;;;&tRNA;3253990;130; fin;°CDS;433458;;comp;;fin;°CDS;2235819;;;;fin;°CDS;3254194;; deb;°CDS;664814;456;comp;;deb;°CDS;2313926;38;;;deb;°CDS;3372825;107; ;&tRNA;666509;6;comp;;;&tRNA;2314981;92;comp;;;tmRNA;3373094;219; ;&tRNA;666592;157;comp;;fin;°CDS;2315172;;comp;;fin;°CDS;3373664;; fin;°CDS;666824;;;;deb;°CDS;2335260;406;comp;;deb;°CDS;3793550;226; deb;°CDS;691951;157;comp;;;&tRNA;2337031;222;comp;;;&tRNA;3793996;386;comp ;&tRNA;693146;333;comp;;fin;°CDS;2337327;;;;fin;°CDS;3794456;;comp fin;°CDS;693563;;;;deb;°CDS;2375620;53;;;deb;°CDS;3805030;111; deb;°CDS;849021;53;;;;&tRNA;2376009;437;;;;&tRNA;3806164;127; ;&tRNA;851483;36;;;fin;°CDS;2376518;;;;fin;°CDS;3806377;;comp fin;°CDS;851592;;;;deb;°CDS;2429105;190;;;deb;°CDS;3914337;81;comp deb;°CDS;883315;64;;;;&tRNA;2429718;111;comp;;;&tRNA;3915708;63;comp ;repeat_region;883709;98;;;fin;°CDS;2429902;;;;fin;°CDS;3915853;; fin;°CDS;886703;;comp;;deb;°CDS;2623487;62;comp;;deb;°CDS;3919322;179;comp deb;°CDS;887392;77;comp;;;&tRNA;2623942;15;comp;;;&tRNA;3920245;248;comp ;repeat_region;888746;95;;;fin;°CDS;2624033;;comp;;;&tRNA;3920566;142;comp fin;°CDS;892587;;;;deb;°CDS;2624207;65;comp;;;&tRNA;3920782;18;comp deb;°CDS;1055941;68;;;;&tRNA;2625463;22;comp;;;&tRNA;3920873;134;comp ;&tRNA;1057311;105;comp;;;&tRNA;2625558;63;comp;;;&tRNA;3921081;76;comp fin;°CDS;1057492;;;;;&tRNA;2625697;46;comp;;fin;°CDS;3921231;;comp deb;°CDS;1305647;350;comp;;;&tRNA;2625826;105;comp;;deb;°CDS;4031625;149; ;&tRNA;1306222;105;comp;;fin;°CDS;2626004;;comp;;;regulatory;4032113;67; fin;°CDS;1306401;;comp;;deb;°CDS;2652965;124;comp;;fin;°CDS;4032337;; deb;°CDS;1311419;33;comp;;;&tRNA;2653452;100;;;deb;°CDS;4120462;34; ;ncRNA;1312049;302;comp;;fin;°CDS;2653636;;;;;&tRNA;4121675;246;comp fin;°CDS;1312542;;;;deb;°CDS;2680375;91;;;fin;°CDS;4121996;; deb;°CDS;1441648;14;;;;&tRNA;2680790;110;;;deb;°CDS;4164508;430; ;&tRNA;1442379;111;;;fin;°CDS;2680982;;comp;;;ncRNA;4166687;43;comp fin;°CDS;1442562;;;;deb;°CDS;2747439;94;;;fin;°CDS;4167140;;comp deb;°CDS;1492304;691;;;;&tRNA;2747806;106;comp;;deb;°CDS;4193348;55;comp ;$rRNA;1495545;187;;;fin;°CDS;2747986;;comp;;;ncRNA;4195209;68;comp ;&tRNA;1497290;22;;;deb;°CDS;3027884;161;comp;;;&tRNA;4195371;278;comp ;&tRNA;1497390;194;;;;&tRNA;3029047;184;;;;&tRNA;4195739;50;comp ;$rRNA;1497660;152;;;fin;°CDS;3029307;;;;fin;°CDS;4195880;;comp ;$rRNA;1500801;75;;;deb;°CDS;3075187;167;comp;;deb;°CDS;4454313;715;comp fin;°CDS;1500993;;comp;;;$rRNA;3076236;152;comp;;;&tRNA;4456675;27; deb;°CDS;1508769;3;;;;$rRNA;3076505;194;comp;;;&tRNA;4456792;73; ;&tRNA;1509186;60;;;;&tRNA;3079688;22;comp;;;&tRNA;4456957;492; ;&tRNA;1509320;130;;;;&tRNA;3079786;187;comp;;fin;°CDS;4457526;; fin;°CDS;1509525;;comp;;;$rRNA;3080051;590;comp;;;;;; deb;°CDS;1690794;9;;;fin;°CDS;3082199;;comp;;;;;; ;&tRNA;1691085;96;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;1691254;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====ade intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_tRNA|ade intercalaires tRNA]] <pre> ade intercalaires tRNA;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;91;;44;;3;15;deb; ;;;158;comp’;220;;9;36;<201;20 ;;;119;;79;;14;43;total;25 ;6;;456;comp’;156;;38;44;taux;80% ;;;157;comp’;353;;38;50;; ;;;53;;36;;53;53;fin; ;;comp’;68;comp’;105;;53;76;<201;16 ;;;350;;105;;62;77;total;22 ;;;14;;111;;65;79;taux;73% ;60;;3;comp’;130;;78;100;; ;;;9;comp’;96;;81;105;total; ;;;110;;53;;91;105;<201;36 ;;;38;;77;;91;106;total;47 ;;;38;comp’;92;;107;111;taux;77% ;;;406;comp’;222;;110;130;; ;;;53;;437;;111;184;; ;;comp’;190;comp’;111;;119;219;; ;;;62;;15;;157;306;; ;22 63 46;;65;;105;;158;386;; ;;comp’;124;;100;;179;437;; ;;;91;comp’;110;;230;492;; ;;comp’;94;;106;;350;694;; ;;comp’;161;;184;;406;-;; ;;;230;;306;;430;-;; ;;;78;;694;;456;-;comp’;cumuls ;;comp’;193;;130;;34;63;deb; ;;;107;;219;;68;92;<201;7 ;;comp’;226;;386;;94;96;total;9 ;;;111;comp’;127;;124;105;taux;78% ;;;81;comp’;63;;161;110;fin; ;248 142 18 134;;179;;76;;190;111;<201;9 ;;comp’;34;comp’;246;;193;127;total;13 ;;;430;;43;;226;130;taux;69% ;278;;;;50;;715;156;; ;27 73;comp’;715;;492;;-;220;total; ;;;;;;;-;222;<201;16 ;;;;;;;-;246;total;22 ;;;;;;;-;353;taux;73% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;29;25;54;;;;;;; total;34;35;69;;;;;;; taux;85%;71%;78%;;;;;;; </pre> ====ade par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_par_rapport_au_groupe_de_référence|ade par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;ade;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;12;5;;;;;17; 16;moyen;9;6;;;;4;19; 14;fort;6;7;;;;;13; ; ;27;18;;;;4;49; 10;g+cga;5;5;;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;;;;;;4; 5;autres;1;;;;;;1; ;;12;5;;;;;17; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;245;102;;;;;347;26 16;moyen;184;122;;;;82;388;324 14;fort;122;143;;;;;265;650 ; ;551;367;;;;82;49;729 10;g+cgg;102;102;;;;;204;10 2;agg+cga;41;;;;;;41; 4;carre ccc;82;;;;;;82;16 5;autres;20;;;;;;20; ;;245;102;;;;;347; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;ade;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;267;111;;378;26;44;28; 16;moyen;200;133;;333;324;33;33; 14;fort;133;156;;289;650;22;39; ; ;600;400;;45;729;27;18; 10;g+cgg;111;111;;222;10;42;; 2;agg+cga;44;;;44;;17;; 4;carre ccc;89;;;89;16;33;; 5;autres;22;;;22;;8;; ;;267;111;;378;;12;; </pre> ====delta, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#delta,_estimation_des_-rRNAs|delta, estimation des -rRNAs]] <pre> delta;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 19 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;19;90; ; ;;indices;;;;19;474;0;0;;delta1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;à faire;45 atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;45;acc;;aac;;agc;;;atc;237;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;;gca;44;gaa;;gga;;;gta;;gca;232;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;14;;14;;17;45 11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;65;3550;1.4;0;;indices;;;;65;3550;1.4;0;;delta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4500 atgi;97;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;97;tct;;tat;;atgf;149;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100 atc;6;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;243;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100 ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100 gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100 tta;108;tca;108;taa;;tga;86;;tta;108;tca;108;taa;3.1;tga;86;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100 ata;0.0;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100 gta;115;gca;2;gaa;180;gga;105;;gta;115;gca;234;gaa;180;gga;105;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100 ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1558;;1816;;1581;4954;;;;2026;;1821;;1581;5428;;;;1400;;1400;;1700;4500 rapports;;77;;100;;100;91;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;delta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;96;;fiches;57.737;;;fréquences;;;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;30 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1097;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;89;;;10;22;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;19;;;20;12;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;5;;;;ttc;18;tcc;8;tac;15;tgc;7 atc;3;acc;100;aac;100;agc;100;;delta1;45;;;40;3;;;;atc;100;acc;15;aac;18;agc;5 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;45;;;50;2;;;;ctc;22;ccc;6;cac;10;cgt;25 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;4;;;60;1;;;;gtc;0;gcc;24;gac;39;ggc;43 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;7;tca;7;taa;;tga;14 ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;2;aaa;15;aga;6 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par delta;;;;90;0;;;;cta;7;cca;5;caa;10;cga;35 gta;100;gca;1;gaa;100;gga;100;;est 22% en dessous;;;;100;3;;;;gta;13;gca;100;gaa;44;gga;5 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;6;tag;;tgg;10 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;11;acg;2;aag;15;agg;0 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;18;ccg;2;cag;12;cgg;8 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;17;gcg;22;gag;60;ggg;6 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;136;;284;;250;670 </pre> ====ade remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_remarques|ade remarques]] *code génétique ade <pre> ade;;;;;;;49 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ==epsilon== ===Arcobacter nitrofigilis DSM 7299=== ====ant opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_opérons|ant opérons]] *notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc. <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Arco_nitr_DSM_7299/arcoNitr_DSM7299-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_014166.1;ant;génome;;;;;;;;;; 28.4%GC;12.1.21 Paris;16s 4;55;;;;;;;cds dirigé;; Arcobacter nitrofigilis DSM 7299;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; ;167574..168434;;cds;;66;66;;;287;66;4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase;* ;168501..168577;;cga;@1;447;*447;;;;;; ;169025..169261;;cds;;;;;;79;;DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; ;237275..237622;;cds;;305;305;;;116;*305;nucleotide pyrophosphohydrolase;* ;237928..239444;;16s;;111;;;111;;;; ;239556..239632;;atc;;19;;19;;;;; ;239652..239727;;gca;;301;;;301;;;; ;240029..242945;;23s;;202;;;;;;; ;243148..243263;;5s;;354;354;;;;;; comp;243618..244301;;cds;;;;;;228;;bifunctional phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase/phosphoribosyl-ATP diphosphatase HisIE;* ;;;;;;;;;;;; comp;302333..303160;;cds;;155;155;;;276;;AraC family transcriptional regulator;* ;303316..303393;;cca;;10;;10;;;;; ;303404..303480;;cac;;16;;16;;;;; ;303497..303573;;aga;;61;;61;;;;; ;303635..303719;;cta;;96;;96;;;;; ;303816..303892;;atgf;;70;70;;;;70;; ;303963..304103;;cds;;;;;;47;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;316375..317343;;cds;;110;110;;;323;;glycine betaine/L-proline ABC transporter substrate-binding protein ProX";* ;317454..317530;;atgf;;109;109;;;;109;; ;317640..318416;;cds;;;;;;259;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;373519..375741;;cds;;120;120;;;*741;;PAS domain-containing protein;* ;375862..375937;;ttc;;5;;5;;;;; ;375943..376027;;tac;;65;65;;;;65;; ;376093..376725;;cds;;;;;;211;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;597419..598486;;cds;;47;47;;;356;47;class II fructose-bisphosphate aldolase;* ;598534..598618;;ttg;;208;208;;;;;; ;598827..600107;;cds;;;;;;427;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; comp;751446..752990;;cds;@2;73;73;;;515;;cache domain-containing protein;* comp;753064..753140;;gac;+;16;;16;;;;; comp;753157..753232;;gta;2 gac gta gaa;3;;3;;;;; comp;753236..753310;;gaa;2 aaa;31;;31;;;;; comp;753342..753417;;aaa;;8;;8;;;;; comp;753426..753502;;gac;;22;;22;;;;; comp;753525..753600;;gta;;3;;3;;;;; comp;753604..753678;;gaa;;42;;42;;;;; comp;753721..753796;;aaa;;40;40;;;;40;; comp;753837..754343;;cds;;;;;;169;;CinA family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;833388..833978;;cds;;142;142;;;197;;LemA family protein;* comp;834121..834204;;ctc;;93;93;;;;93;; comp;834298..836409;;cds;;;;;;*704;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1445917..1449822;;cds;;93;93;;;*1302;93;hemolysin-type calcium-binding region;* ;1449916..1449991;;gaa;;270;270;;;;;; ;1450262..1450510;;cds;;;;;;83;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;1615201..1615542;;cds;;29;29;;;114;29;hp; ;1615572..1615647;;gtc;;99;99;;;;;; ;1615747..1616595;;cds;;;;;;283;;universal stress protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1703617..1703835;;cds;;1;1;;;73;1;hp; comp;1703837..1703913;;atgf;;12;;12;;;;; comp;1703926..1704000;;caa;;117;117;;;;;; ;1704118..1705149;;cds;;;;;;344;;bifunctional 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase/GTP cyclohydrolase II;* ;;;;;;;;;;;; comp;2221719..2222525;;cds;+;242;242;;;269;;hp; comp;2222768..2222842;;aac;2 aac;33;;33;;;;; comp;2222876..2222950;;aac;;72;72;;;;72;; comp;2223023..2223931;;cds;@3;;;;;303;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2282678..2283442;;cds;;349;349;;;255;;oxidoreductase;* comp;2283792..2283880;;tcc;;81;;81;;;;; comp;2283962..2284038;;gga;;39;;39;;;;; comp;2284078..2284154;;atgi;;15;;15;;;;; comp;2284170..2284259;;agc;;102;102;;;;102;; comp;2284362..2285048;;cds;;;;;;229;;orotidine-5'-phosphate decarboxylase;* ;;;;;;;;;;;; ;2323802..2324866;;cds;@4;12;12;;;355;12;methyltransferase domain-containing protein;* comp;2324879..2324954;;acc;;167;;;167;;;; comp;2325122..2325237;;5s;;202;;;;;;; comp;2325440..2328356;;23s;;300;;;300;;;; comp;2328657..2328732;;gca;;19;;19;;;;; comp;2328752..2328828;;atc;;111;;;111;;;; comp;2328940..2330456;;16s;;378;378;;;;;; comp;2330835..2331530;;cds;;;;;;232;;5'-methylthioadenosine/adenosylhomocysteine nucleosidase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2581821..2582840;;cds;;192;192;;;340;;UDP-glucose 4-epimerase GalE;* comp;2583033..2583108;;tgc;;45;;45;;;;; comp;2583154..2583242;;tca;;16;;16;;;;; comp;2583259..2583345;;tta;;143;143;;;;*143;; ;2583489..2585177;;cds;;;;;;563;;dihydroxy-acid dehydratase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2637277..2637459;;cds;;81;81;;;61;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2637541..2637616;;tgg;;31;31;;;;31;; comp;2637648..2637815;;cds;;;;;;56;;50S ribosomal protein L33;* ;;;;;;;;;;;; comp;2637824..2639032;;cds;;240;240;;;403;;elongation factor Tu;* comp;2639273..2639349;;gga;;8;;8;;;;; comp;2639358..2639442;;tac;;69;;69;;;;; comp;2639512..2639588;;aca;;21;;21;;;;; comp;2639610..2639685;;ttc;;41;41;;;;41;; comp;2639727..2640881;;cds;;;;;;385;;UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine—D-glutamate ligase;* ;;;;;;;;;;;; ;2656033..2656263;;cds;;231;231;;;77;*231;transcriptional antiterminator Rof;* comp;2656495..2656610;;5s;;223;;;;;;; comp;2656834..2659750;;23s;;301;;;301;;;; comp;2660052..2660127;;gca;;19;;19;;;;; comp;2660147..2660223;;atc;;111;;;111;;;; comp;2660335..2661851;;16s;;292;292;;;;;; comp;2662144..2662782;;cds;;;;;;213;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;2693436..2695451;;cds;;95;95;;;*672;;dynamin family protein;* ;2695547..2695621;;caa;;16;;16;;;;; ;2695638..2695724;;tta;;7;;7;;;;; ;2695732..2695808;;gga;;14;;14;;;;; ;2695823..2695898;;aaa;;16;;16;;;;; ;2695915..2695991;;atgf;;14;;14;;;;; ;2696006..2696082;;atgj;;12;;12;;;;; ;2696095..2696171;;aca;;30;;30;;;;; ;2696202..2696290;;tca;;90;90;;;;90;; ;2696381..2696893;;cds;;;;;;171;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;3082950..3083174;;cds;;143;143;;;75;*143;CcoQ/FixQ family Cbb3-type cytochrome c oxidase assembly chaperone;* comp;3083318..3083393;;acc;;173;;;173;;;; comp;3083567..3083682;;5s;;202;;;;;;; comp;3083885..3086801;;23s;;273;;;273;;;; comp;3087075..3087150;;gca;;19;;19;;;;; comp;3087170..3087246;;atc;;111;;;111;;;; comp;3087358..3088874;;16s;;462;*462;;;;;; ;3089337..3090032;;cds;;;;;;232;;Bax inhibitor-1/YccA family protein;* </pre> ====ant cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_cumuls|ant cumuls]] *Notes: * pour les jaunes <pre> ant cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;4;1;0;;1;1;1;1;100;8 ;16 23 5s 0;;20;21;;50;6;20;1;200;5 ;16 atc gca;4;40;6;;100;11;40;3;300;12 ;16 23 5s a;;60;2;;150;8;60;2;400;7 ;max a;3;80;2;;200;2;80;4;500;2 ;a doubles;;100;2;;250;4;100;3;600;2 ;autres;;120;;4;300;2;120;2;700;*1 ;total aas;10;140;;0;350;2;140;0;800;*2 sans ;opérons;16;160;;0;400;2;160;*2;900;0 ;1 aa;7;180;;2;450;*1;180;0;1000;0 ;max a;8;200;;0;500;*1;200;0;1100;0 ;a doubles;2;;;4;;0;;*2;;*1 ;total aas;45;;33;10;;40;;20;;40 total aas;;55;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;25;196;;155;;89;;301 ;;;variance;22;88;;121;;73;;240 sans jaune;;;moyenne;;;;139;;60;;239 ;;;variance;;;;102;;33;;132 </pre> ====ant blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_blocs|ant blocs]] <pre> Blocs 16s ant;;;;;;;; cds;143;12;;cds;231;;cds;305 acc;173;167;;5s;223;;16s;111 5s;202;202;;23s;301;;atc;19 23s;273;300;;gca;19;;gca;301 gca;19;19;;atc;111;;23s;202 atc;111;111;;16s;292;;5s;354 16s;462;378;;cds;;;cds; cds;;;;;;;; </pre> ====ant remarques==== ====ant distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_distribution|ant distribution]] *Notes: atgf gaa ont chacun un 1aa le reste >1aa. aac est un double. <pre> distribution;ant;;;;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;4;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;38;7;;2;;8;55 ;;;;;;; ;;;;;;; distribution;ant;;;;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;4;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total ;24;;28;;3;;55 </pre> ====ant données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_données_intercalaires|ant données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ant;fx;fc;ant;fx40;fc40;ant;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;9;56;0;9;56;-1;0;164;66;155;CDS 16s;;;tRNA tRNA;; 1;0;10;82;479;1;11;109;-2;0;0;447;1;305;462;;10;;cca 1;0;20;52;230;2;16;54;-3;0;0;70;117;378;;;16;;cac ;1;30;35;74;3;3;56;-4;40;221;110;12;292;;;61;;aga ;2;40;17;53;4;7;24;-5;0;2;109;143;23s 5s;;;96;;cta ;2;50;15;63;5;11;22;-6;7;0;120;143;3* 202;;;**;;atgf ;0;60;18;73;6;8;18;-7;0;12;65;;223;;;5;;ttc ;3;70;19;83;7;7;14;-8;5;98;47;;5s CDS;;;**;;tac ;2;80;20;83;8;4;46;-9;3;0;208;;-;354;;16;;gac ;2;90;35;77;9;6;88;-10;1;7;73;;-;231;;3;;gta ;4;100;24;54;10;9;48;-11;3;46;40;;16s tRNA;;;31;;gaa ;3;110;32;40;11;5;43;-12;3;1;142;;4* 111;;atc;8;;aaa 1;1;120;25;51;12;7;45;-13;0;9;93;;tRNA 23s;;;22;;gac ;0;130;27;35;13;8;31;-14;1;34;93;;2* 301;;gca;3;;gta ;0;140;26;31;14;7;15;-15;3;0;270;;300;;gca;42;;gaa 2;1;150;19;29;15;2;19;-16;1;0;29;;273;;gca;**;;aaa 1;0;160;32;21;16;2;19;-17;2;24;99;;5s tRNA;;;12;;atgf ;0;170;9;11;17;3;12;-18;0;0;242;;167;;acc;**;;caa ;0;180;8;22;18;4;22;-19;0;2;72;;173;;acc;33;;aac ;0;190;19;11;19;10;16;-20;1;19;349;;tRNA tRNA;;intra;**;;aac ;1;200;11;15;20;4;8;-21;1;0;102;;4* 19;;atc gca;81;;tcc ;1;210;11;9;21;6;16;-22;0;0;192;;;;;39;;gga ;0;220;9;9;22;4;7;-23;0;9;81;;;;;15;;atgi ;0;230;3;10;23;5;6;-24;1;0;31;;;;;**;;agc ;1;240;6;10;24;2;4;-25;0;2;240;;;;;45;;tgc ;1;250;5;4;25;4;4;-26;1;5;41;;;;;16;;tca ;0;260;8;5;26;2;10;-27;2;0;95;;;;;**;;tta ;1;270;7;2;27;3;5;-28;0;0;90;;;;;8;;gga ;0;280;2;7;28;2;4;-29;1;7;;;;;;69;;tac ;0;290;3;2;29;4;12;-30;0;0;;;;;;21;;aca ;0;300;9;3;30;3;6;-31;0;1;;;;;;**;;ttc ;0;310;4;1;31;3;8;-32;1;5;;;;;;16;;caa ;0;320;1;2;32;1;1;-33;0;0;;;;;;7;;tta ;0;330;3;4;33;2;8;-34;0;0;;;;;;14;;gga ;0;340;0;4;34;1;5;-35;1;2;;;;;;16;;aaa ;1;350;1;1;35;2;5;-36;0;0;;;;;;14;;atgf ;0;360;0;3;36;1;5;-37;0;0;;;;;;12;;atgj ;0;370;1;1;37;1;6;-38;1;3;;;;;;30;;aca ;0;380;1;0;38;2;4;-39;0;0;;;;;;**;;tca ;0;390;1;3;39;2;7;-40;0;0;;;;;;;; ;0;400;1;1;40;2;4;-41;1;0;;;;;;;; ;1;reste;21;30;reste;436;810;-42;0;0;;;;;;;; 6;28;total;631;1702;total;631;1702;-43;1;0;;;;;;;; 6;27;diagr;601;1616;diagr;186;836;-44;0;0;;;;;;;; 2;1; t30;169;783;;;;-45;0;0;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;; ;x;622;83;9;714;;;-49;1;0;;;;;;;; ;c;1646;679;56;2381;;;-50;0;0;;;;;;;; ;;;;;3095;95;;reste;1;6;;;;;;;; ;;;;;;3190;;total;83;679;;;;;;;; </pre> =====ant autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires_aas|ant autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;ant;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;167574;66;; ;tRNA;168501;447;;cga fin;CDS;169025;;; deb;CDS;237275;305;; 16s;rRNA;237928;111;; ;tRNA;239556;19;;atc ;tRNA;239652;301;;gca 23s;rRNA;240029;202;; 5s;rRNA;243148;354;; fin;CDS;243618;;comp; deb;CDS;302333;155;comp; ;tRNA;303316;10;;cca ;tRNA;303404;16;;cac ;tRNA;303497;61;;aga ;tRNA;303635;96;;cta ;tRNA;303816;70;;atgf fin;CDS;303963;;; deb;CDS;316375;110;; ;tRNA;317454;109;;atgf fin;CDS;317640;;; deb;CDS;373519;120;; ;tRNA;375862;5;;ttc ;tRNA;375943;65;;tac fin;CDS;376093;;; deb;CDS;597419;47;; ;tRNA;598534;208;;ttg fin;CDS;598827;;; deb;CDS;751446;73;comp; ;tRNA;753064;16;comp;gac ;tRNA;753157;3;comp;gta ;tRNA;753236;31;comp;gaa ;tRNA;753342;8;comp;aaa ;tRNA;753426;22;comp;gac ;tRNA;753525;3;comp;gta ;tRNA;753604;42;comp;gaa ;tRNA;753721;40;comp;aaa fin;CDS;753837;;comp; deb;CDS;833388;142;comp; ;tRNA;834121;93;comp;ctc fin;CDS;834298;;comp; deb;CDS;1445917;93;; ;tRNA;1449916;270;;gaa fin;CDS;1450262;;; deb;CDS;1615201;29;; ;tRNA;1615572;99;;gtc fin;CDS;1615747;;; deb;CDS;1703617;1;; ;tRNA;1703837;12;comp;atgf ;tRNA;1703926;117;comp;caa fin;CDS;1704118;;; deb;CDS;1907982;-5;; ;ncRNA;1908268;28;comp; fin;CDS;1908619;;comp; deb;CDS;2221719;242;comp; ;tRNA;2222768;33;comp;aac ;tRNA;2222876;72;comp;aac fin;CDS;2223023;;comp; deb;CDS;2282678;349;comp; ;tRNA;2283792;81;comp;tcc ;tRNA;2283962;39;comp;gga ;tRNA;2284078;15;comp;atgi ;tRNA;2284170;102;comp;agc fin;CDS;2284362;;comp; deb;CDS;2323802;12;; ;tRNA;2324879;167;comp;acc 5s;rRNA;2325122;202;comp; 23s;rRNA;2325440;300;comp; ;tRNA;2328657;19;comp;gca ;tRNA;2328752;111;comp;atc 16s;rRNA;2328940;378;comp; fin;CDS;2330835;;comp; deb;CDS;2425110;353;; ;tmRNA;2427398;181;comp; fin;CDS;2427974;;comp; deb;CDS;2581821;192;comp; ;tRNA;2583033;45;comp;tgc ;tRNA;2583154;16;comp;tca ;tRNA;2583259;143;comp;tta fin;CDS;2583489;;; deb;CDS;2637277;81;comp; ;tRNA;2637541;31;comp;tgg fin;CDS;2637648;;comp; deb;CDS;2637824;240;comp; ;tRNA;2639273;8;comp;gga ;tRNA;2639358;69;comp;tac ;tRNA;2639512;21;comp;aca ;tRNA;2639610;41;comp;ttc fin;CDS;2639727;;comp; deb;CDS;2656033;231;; 5s;rRNA;2656495;223;comp; 23s;rRNA;2656834;301;comp; ;tRNA;2660052;19;comp;gca ;tRNA;2660147;111;comp;atc 16s;rRNA;2660335;292;comp; fin;CDS;2662144;;comp; deb;CDS;2693436;95;; ;tRNA;2695547;16;;caa ;tRNA;2695638;7;;tta ;tRNA;2695732;14;;gga ;tRNA;2695823;16;;aaa ;tRNA;2695915;14;;atgf ;tRNA;2696006;12;;atgj ;tRNA;2696095;30;;aca ;tRNA;2696202;90;;tca fin;CDS;2696381;;; deb;CDS;2739487;88;comp; ;Regulatory;2740208;48;comp; fin;CDS;2740399;;comp; deb;CDS;2825449;163;; ;repeat_region;2825927;233;; fin;CDS;2827303;;; deb;CDS;3082950;143;; ;tRNA;3083318;173;comp;acc 5s;rRNA;3083567;202;comp; 23s;rRNA;3083885;273;comp; ;tRNA;3087075;19;comp;gca ;tRNA;3087170;111;comp;atc 16s;rRNA;3087358;462;comp; fin;CDS;3089337;;; </pre> ====ant intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_entre_cds|ant intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> ant;5.2.21 Paris;;ant 24.9.20;;;;;;; ant;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5 ;'''négatif;762;24.6;'''négatif ;-8;9;-1 à -79;'''3 192 235;-1;762 ;'''zéro;65;2.1;;;;;'''intercals;0;65 ;'''1 à 200;2060;66.6;'''0 à 200;56;54;;'''192 251;5;313 ;'''201 à 370;150;4.8;'''201 à 370;258;43;;'''6.0%;10;248 ;'''371 à 600;33;1.1;'''371 à 600;470;68;;;15;182 ;'''601 à max;25;0.8;'''601 à 1028;769;128;;;20;100 ;'''total 3095;<201;93.3;'''total 3094;60;105;-79 à 1028;;25;58 adresse;intercalx;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;Cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;51 184238;1181;-1;762;-70;2;;0;65;35;36 2384649;1028;0;65;-60;1;;-1;°164;40;34 710835;984;1;°120;-50;4;;-2;0;45;33 982825;947;2;70;-40;3;;-3;0;50;45 3045330;924;3;59;-30;14;'''min à -1;-4;°261;55;47 1534263;916;4;31;-20;49;762;-5;2;60;44 2391806;863;5;°33;-10;137;24.6%;-6;7;65;60 269108;850;6;26;0;617;;-7;12;70;42 1454453;848;7;21;10;561;;-8;°103;75;54 1174364;789;8;50;20;282;;-9;3;80;49 1115863;783;9;°94;30;109;;-10;8;85;56 2054584;776;10;57;40;70;'''1 à 100;-11;°49;90;56 2920637;773;11;48;50;78;1586;-12;4;95;31 1754154;772;12;°52;60;91;51.2%;-13;9;100;47 997474;739;13;39;70;102;;-14;°35;105;38 1906747;712;14;22;80;103;;-15;3;110;34 1172194;702;15;°21;90;112;;-16;1;115;45 606029;672;16;21;100;78;;-17;°26;120;31 1071807;649;17;15;110;72;;-18;0;125;35 1204569;642;18;°26;120;76;;-19;2;130;27 792914;628;19;26;130;62;;-20;°20;135;33 2100174;625;20;12;140;57;;-21;1;140;24 949485;617;21;°22;150;48;;-22;0;145;24 2733159;613;22;11;160;53;;-23;°9;150;24 2042643;612;23;11;170;20;'''1 à 200;-24;1;155;21 2270147;596;24;6;180;30;2060;-25;2;160;32 3006396;587;25;8;190;30;66.6%;-26;°6;165;16 2176130;583;26;°12;200;26;;-27;2;170;4 27717;575;27;8;210;20;;-28;0;175;15 1024897;562;28;6;220;18;;-29;°8;180;15 715253;551;29;°16;230;13;;-30;0;185;15 2128182;532;30;9;240;16;;-31;1;190;15 1829788;526;31;°11;250;9;;-32;°6;195;14 1763296;520;32;2;260;13;'''0 à 200;;810;200;12 ;;33;°10;270;9;2125;reste;17;205;11 ;;34;6;280;9;;total;827;210;9 ;;35;7;290;5;;;;215;10 ;;36;6;300;12;;'''intercal;<u>'''frequencef;220;8 ;;37;7;310;5;;600;3070;225;5 ;;38;6;320;3;;620;3;230;8 ;;39;°9;330;7;;640;2;235;6 ;;40;6;340;4;'''201 à 370;660;2;240;10 ;;;1246;350;2;150;680;1;245;6 ;;;3095;360;3;4.8%;700;;250;3 ;;;;370;2;;720;2;255;7 ;;;;380;1;;740;1;260;6 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;4;;760;;265;5 3067823;-79;comp;;400;2;;780;3;270;4 2531271;-71;shift2;1430;410;3;;800;2;275;5 1382616;-65;shift2;248;420;1;;820;;280;4 1058996;-59;shift2;389;430;0;;840;;285;3 2237436;-56;shift2;872;440;0;;860;2;290;2 641645;-55;shift2;861;450;3;;880;1;295;5 1374304;-53;shift2;1223;460;4;;900;;300;7 3090072;-49;;;470;0;;920;1;305;1 542837;-43;;;480;1;;940;1;310;4 2236436;-41;;;490;1;;960;1;315;3 907463;-38;;;500;1;;980;;320;0 984116;-38;;;510;2;;1000;1;325;3 1476725;-38;;;520;2;;1020;;330;4 1904926;-38;;;530;1;;1040;1;335;3 1716281;-35;;;540;1;'''371 à 600;;24;340;1 2233985;-35;;;550;0;33;;;345;0 3184884;-35;;;560;1;1.1%;;;350;2 531215;-32;;;570;1;;;;355;2 642505;-32;;;580;1;'''601 à max;;;360;1 1843228;-32;;;590;2;25;;;365;1 2546649;-32;;;600;1;0.8%;;;370;1 2808157;-32;;;reste;25;;reste;1;reste;58 3127986;-32;;;total;3095;;total;3095;total;3095 </pre> ====ant intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ant;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-25;209;-664;88;680;279;min40;-135;1021;-2424;183;664;252;min40 31 à 400;60;-400;637;9.8;785;222;2 parties;4.8;28;-332;62;888;-194;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;183;63;-;609;poly;70;SF;262;79;-;358;poly;306;SF 31 à 400;132;48;-;673;poly;112;tF;130;43;-;746;poly;142;tF ;;;;;;;;;;;;;; ant. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;0.038;0.255;0.669;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.575;;;;; ;0.730;0.271;0.538;;;;;;;;;;;; ;0.876;0.892;0.886;;;;;;;;;;;; ant;fx;fc;;ant;fx%;fc%;;fre;fx40;fc40;;x;ant;comp’;continu 0;9;56;;0;15;35;;0;9;56;>0;622;-1;0;164 10;82;479;;10;136;296;;1;11;109;<0;83;-2;0;0 20;52;230;;20;87;142;;2;16;54;zéro;9;-3;0;0 30;35;74;;30;58;46;;3;3;56;total;714;-4;40;221 40;17;53;;40;28;33;;4;7;24;;c;-5;0;2 50;15;63;;50;25;39;;5;11;22;>0;1646;-6;7;0 60;18;73;;60;30;45;;6;8;18;<0;679;-7;0;12 70;19;83;;70;32;51;;7;7;14;zéro;56;-8;5;98 80;20;83;;80;33;51;;8;4;46;total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reste;21;30;;;;;;reste;436;810;;;-42;0;0 total;631;1702;;t30;281;485;;total;631;1702;;;-43;1;0 diagr;601;1616;;t60;364;601;;diagr;186;836;;;-44;0;0 - t30;432;833;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;382;644;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;;total;83;679 </pre> ====ant intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_négatifs_S-|ant intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;; comp’;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83;1 continu;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679;6 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total Sx-;;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83 Sc-;;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679 </pre> ====ant autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires|ant autres intercalaires]] <pre> ant;autres intercalaires;;adresses1;;;ant;autres intercalaires;;adresses2;;;ant;autres intercalaires;;adresses3; deb;°CDS;167574;66;;;deb;°CDS;1445917;93;;;deb;°CDS;2637277;81;comp ;&tRNA;168501;447;;;;&tRNA;1449916;270;;;;&tRNA;2637541;31;comp fin;°CDS;169025;;;;fin;°CDS;1450262;;;;fin;°CDS;2637648;;comp deb;°CDS;237275;305;;;deb;°CDS;1615201;29;;;deb;°CDS;2637824;240;comp ;$rRNA;237928;111;;;;&tRNA;1615572;99;;;;&tRNA;2639273;8;comp ;&tRNA;239556;19;;;fin;°CDS;1615747;;;;;&tRNA;2639358;69;comp ;&tRNA;239652;301;;;deb;°CDS;1703617;1;;;;&tRNA;2639512;21;comp ;$rRNA;240029;202;;;;&tRNA;1703837;12;comp;;;&tRNA;2639610;41;comp ;$rRNA;243148;354;;;;&tRNA;1703926;117;comp;;fin;°CDS;2639727;;comp fin;°CDS;243618;;comp;;fin;°CDS;1704118;;;;deb;°CDS;2656033;231; deb;°CDS;302333;155;comp;;deb;°CDS;1907982;-5;;;;$rRNA;2656495;223;comp ;&tRNA;303316;10;;;;ncRNA;1908268;28;comp;;;$rRNA;2656834;301;comp ;&tRNA;303404;16;;;fin;°CDS;1908619;;comp;;;&tRNA;2660052;19;comp ;&tRNA;303497;61;;;deb;°CDS;2221719;242;comp;;;&tRNA;2660147;111;comp ;&tRNA;303635;96;;;;&tRNA;2222768;33;comp;;;$rRNA;2660335;292;comp ;&tRNA;303816;70;;;;&tRNA;2222876;72;comp;;fin;°CDS;2662144;;comp fin;°CDS;303963;;;;fin;°CDS;2223023;;comp;;deb;°CDS;2693436;95; deb;°CDS;316375;110;;;deb;°CDS;2282678;349;comp;;;&tRNA;2695547;16; ;&tRNA;317454;109;;;;&tRNA;2283792;81;comp;;;&tRNA;2695638;7; fin;°CDS;317640;;;;;&tRNA;2283962;39;comp;;;&tRNA;2695732;14; deb;°CDS;373519;120;;;;&tRNA;2284078;15;comp;;;&tRNA;2695823;16; ;&tRNA;375862;5;;;;&tRNA;2284170;102;comp;;;&tRNA;2695915;14; ;&tRNA;375943;65;;;fin;°CDS;2284362;;comp;;;&tRNA;2696006;12; fin;°CDS;376093;;;;deb;°CDS;2323802;12;;;;&tRNA;2696095;30; deb;°CDS;597419;47;;;;&tRNA;2324879;167;comp;;;&tRNA;2696202;90; ;&tRNA;598534;208;;;;$rRNA;2325122;202;comp;;fin;°CDS;2696381;; fin;°CDS;598827;;;;;$rRNA;2325440;300;comp;;deb;°CDS;2739487;88;comp deb;°CDS;751446;73;comp;;;&tRNA;2328657;19;comp;;;Regulatory;2740208;48;comp ;&tRNA;753064;16;comp;;;&tRNA;2328752;111;comp;;fin;°CDS;2740399;;comp ;&tRNA;753157;3;comp;;;$rRNA;2328940;378;comp;;deb;°CDS;2825449;163; ;&tRNA;753236;31;comp;;fin;°CDS;2330835;;comp;;;repeat_region;2825927;233; ;&tRNA;753342;8;comp;;deb;°CDS;2425110;353;;;fin;°CDS;2827303;; ;&tRNA;753426;22;comp;;;tmRNA;2427398;181;comp;;deb;°CDS;3082950;143; ;&tRNA;753525;3;comp;;fin;°CDS;2427974;;comp;;;&tRNA;3083318;173;comp ;&tRNA;753604;42;comp;;deb;°CDS;2581821;192;comp;;;$rRNA;3083567;202;comp ;&tRNA;753721;40;comp;;;&tRNA;2583033;45;comp;;;$rRNA;3083885;273;comp fin;°CDS;753837;;comp;;;&tRNA;2583154;16;comp;;;&tRNA;3087075;19;comp deb;°CDS;833388;142;comp;;;&tRNA;2583259;143;comp;;;&tRNA;3087170;111;comp ;&tRNA;834121;93;comp;;fin;°CDS;2583489;;;;;$rRNA;3087358;462;comp fin;°CDS;834298;;comp;;;;;;;;fin;°CDS;3089337;; </pre> ====ant intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_tRNA|ant intercalaires tRNA]] <pre> ant ;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;66;;447;;29;31;'''deb; ;10 16 61 96;comp’;155;;70;;47;40;<201;11 ;;;110;;109;;66;41;total;14 ;5;;120;;65;;73;65;taux;79% ;;;47;;208;;81;70;'''fin; ;16 3 31 8 22 3 42;;73;;40;;93;73;<201;12 ;;;142;;93;;95;90;total;15 ;;;93;;270;;110;93;taux;80% ;;;29;;99;;120;99;'''total; ;12;comp’;1;;117;;142;102;<201;23 ;33;;242;;73;;192;109;total;29 ;81 39 15;;349;;102;;240;117;taux;79% ;;comp’;12;;;;242;208;; ;45 16;;192;comp’;143;;349;270;; ;;;81;;31;;'''-;447;'''comp’;'''cumuls ;8 69 21;;240;;41;;1;143;'''deb;100% ;16 7 14 16 14 12 30;;95;;90;;12;-;'''fin;100% ;;comp’;143;;;;143;-;'''total;100% ;;;;;;;155;-;; ;;;;;;;;;; comp’+continu;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;15;13;28;;;;;;; total;18;16;34;;;;;;; %;83%;81%;82%;;;;;;; </pre> ====ant par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_par_rapport_au_groupe_de_référence|ant par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;ant;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;3;;;;;;3; 16;moyen;2;12;;;2;8;24; 14;fort;2;24;2;;;;28; ; ;7;36;2;0;2;8;55; 10;g+cga;1;;;;;;1; 2;agg+cgg;;;;;;;0; 4;carre ccc;2;;;;;;2; 5;autres;;;;;;;0; ;;3;0;0;0;0;0;3; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;55;;;;;;55;26 16;moyen;36;218;0;;36;145;436;324 14;fort;36;436;36;;;;509;650 ;;127;655;36;0;36;145;55;729 10;g+cga;18;;;;;;18;10 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;36;;;;;;36;16 5;autres;;;;;;;; ;;55;0;0;0;0;0;55; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;67;;;67;26;;0; 16;moyen;44;267;;311;324;;33; 14;fort;44;533;44;622;650;;67; ;;156;800;44;45;729;;36; 10;g+cga;22;;;22;10;;; 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;44;;;44;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;67;;;67;;;; </pre> ====epsilon, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#epsilon,_estimation_des_-rRNAs|epsilon, estimation des -rRNAs]] <pre> epsilon;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 40 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;40;187; ; ;;indices;;;;40;468;0;0;;epsi1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;45 atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;3;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;80;acc;3;aac;3;agc;;;atc;200;acc;8;aac;8;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;89;gaa;;gga;;;gta;5;gca;223;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;3 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;172;;13;;2;187;;;;430;;33;;5;468;;;;14;;28;;3;45 11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;161;6531;0;0;;indices;;;;161;6531;0;0;;epsi1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4500 atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;104;;atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;106;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;400 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;95;;ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;200;tcc;100;tac;200;tgc;100 atc;-9;acc;92;aac;105;agc;101;;atc;191;acc;99;aac;112;agc;101;;atc;;acc;;aac;200;agc;100 ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt; gtc;98;gcc;95;gac;134;ggc;140;;gtc;98;gcc;95;gac;139;ggc;140;;gtc;100;gcc;;gac;200;ggc; tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;200;tca;200;taa;;tga; ata;0.0;aca;108;aaa;143;aga;124;;ata;;aca;108;aaa;150;aga;124;;ata;;aca;200;aaa;300;aga;100 cta;101;cca;99;caa;109;cga;100;;cta;101;cca;101;caa;109;cga;100;;cta;100;cca;200;caa;100;cga;100 gta;134;gca;-24;gaa;173;gga;111;;gta;139;gca;199;gaa;173;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;300;gga;300 ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;100 atgj;98;acg;1.9;aag;6.5;agg;96;;atgj;98;acg;1.9;aag;9.0;agg;96;;atgj;100;acg;;aag;;agg; ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;23;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;25;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1287;;1663;;641;3591;;;;1717;;1695;;646;4058;;;;1400;;2800;;300;4500 rapports;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;epsi1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;98;;fiches;39.7;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;74 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1588;;;0/0;4;cgt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;avec;188;;;10;13;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;40;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;0;;;;ttc;47;tcc;3;tac;49;tgc;1 atc;-5;acc;92;aac;93;agc;100;;epsi1;45;;;40;2;;;;atc;100;acc;100;aac;48;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;45;;;50;7;23;;;ctc;1;ccc;100;cac;0;cgt; gtc;100;gcc;100;gac;96;ggc;100;;avec;10;;;60;2;;;;gtc;2;gcc;100;gac;33;ggc;100 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;48;tca;50;taa;;tga;100 ata;;aca;100;aaa;95;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;;aca;46;aaa;53;aga;19 cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par epsilon;;;;90;0;;;;cta;1;cca;51;caa;8;cga;0 gta;96;gca;-12;gaa;100;gga;100;;est 13% au dessu;;;;100;18;;;;gta;33;gca;100;gaa;42;gga;63 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;;tgg;0 atgj;100;acg;100;aag;72;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;2;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;;gcg;;gag;90;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100 ;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;127;;546;;3;676 </pre> ===pub=== ====pub opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_opérons|pub opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Cand_Pela_ubique_HTCC1062/candPela_UBIQUE_HTCC1062-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007205.1;ant;génome;;;;;;;;;; 29.2%GC;30.1.21 Paris;16s 1;31;;;;;;;cds dirigé;; Pelagibacter ubique;;;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; ;41060..41653;;cds;;20;20;;;198;;ABC transporter substrate-binding protein;* comp;41674..41750;;atgi;;66;;66;;;;; comp;41817..41891;;gtc;;8;8;;;;8;; comp;41900..43723;;cds;;;;;;*608;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;; comp;114873..116147;;cds;;3;3;;;425;3;CCA tRNA nucleotidyltransferase;* comp;116151..116224;;caa;;32;32;;;;;; comp;116257..117102;;cds;;;;;;282;;4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol kinase;* ;;;;;;;;;;;; comp;319204..319548;;cds;;22;22;;;115;22;4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase;* comp;319571..319645;;ggc;;97;97;;;;;; ;319743..320384;;cds;;;;;;214;;LON peptidase substrate-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;407852..408448;;cds;;68;68;;;199;;DedA family protein;* ;408517..408601;;ttg;;7;7;;;;7;; ;408609..410315;;cds;;;;;;*569;;AMP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;414886..415407;;cds;;26;26;;;174;26;PaaI family thioesterase;* comp;415434..415510;;cgt;;75;75;;;;;; ;415586..416773;;cds;;;;;;396;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;438405..440213;;cds;;2;2;;;*603;2;elongation factor 4;* ;440216..440305;;tcc;;5;5;;;;5;; comp;440311..441081;;cds;;;;;;257;;FkbM family methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;461643..462362;;cds;;2;2;;;240;2;VTT domain-containing protein;* comp;462365..462438;;acc;;101;101;;;;;; ;462540..462737;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;; ;466335..466550;;cds;;5;5;;;72;5;translation initiation factor IF-1;* ;466556..466631;;ttc;;88;88;;;;;; ;466720..466932;;cds;;235;235;;;71;;cold-shock protein;* ;467168..467242;;cac;;5;5;;;;5;; ;467248..468645;;cds;;;;;;466;;histidine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; comp;509729..511027;;cds;;330;*330;;;433;*330;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;511358..512832;;16s;@1;98;;;;;;; ;512931..513007;;atc;;9;;;9;;;; ;513017..513092;;gca;;149;;;;;;; ;513242..515995;;23s;;446;*446;;;;;; ;516442..516975;;cds;;46625;;;;178;;WbuC family cupin fold metalloprotein;* ;;;;;;;;;;;; ;563601..564479;;cds;;52;52;;;293;;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;* ;564532..564646;;5s;;13;13;;;;13;; ;564660..564785;;cds;;;;;;42;;type B 50S ribosomal protein L36;* ;;;;;;;;;;;; ;567715..568413;;cds;;18;18;;;233;;transaldolase;* comp;568432..568508;;atgf;;6;6;;;;6;; comp;568515..568709;;cds;;;;;;65;;30S ribosomal protein S21;* ;;;;;;;;;;;; comp;593396..594376;;cds;;23;23;;;327;;RluA family pseudouridine synthase;* ;594400..594476;;cga;@2;16;16;;;;16;; comp;594493..595425;;cds;;;;;;311;;threonylcarbamoyl-AMP synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;842772..843023;;cds;;101;101;;;84;;DUF1289 domain-containing protein;* ;843125..843209;;cta;;16;16;;;;16;; ;843226..844659;;cds;;;;;;478;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;; ;846722..849106;;cds;;49;49;;;*795;49;endopeptidase La;* ;849156..849231;;gta;;13;;13;;;;; ;849245..849321;;gac;;88;88;;;;;; ;849410..849778;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;; ;934654..936063;;cds;;31;31;;;470;31;potassium transporter Trk;* ;936095..936171;;aga;;170;170;;;;;; ;936342..937382;;cds;;;;;;347;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; ;941232..942389;;cds;;19;19;;;386;19;hp;* comp;942409..942484;;aac;;52;;52;;;;; comp;942537..942610;;tgc;;128;128;;;;;; ;942739..945366;;cds;;;;;;*876;;valine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; ;970015..971127;;cds;;200;200;;;371;;tRNA guanosine(34) transglycosylase Tgt;* ;971328..971403;;aaa;;20;20;;;;20;; comp;971424..972251;;cds;;;;;;276;;M48 family metallopeptidase;* ;;;;;;;;;;;; ;975062..975328;;cds;;0;0;;;89;0;succinate dehydrogenase assembly factor 2;* comp;975329..975418;;tca;;92;92;;;;;; ;975511..976392;;cds;;;;;;294;;EamA family transporter RarD;* ;;;;;;;;;;;; comp;985615..986127;;cds;;93;93;;;171;;zinc-ribbon domain-containing protein;* ;986221..986297;;cca;;4;4;;;;4;; ;986302..986583;;cds;;;;;;94;;ETC complex I subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;988522..990216;;cds;;50;50;;;*565;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;990267..990341;;gaa;;23;23;;;;23;; ;990365..990598;;cds;;;;;;78;;GIY-YIG nuclease family protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1029539..1031752;;cds;;0;0;;;*738;0;lytic transglycosylase domain-containing protein;* comp;1031753..1031844;;agc;;68;68;;;;;; ;1031913..1033166;;cds;;;;;;418;;sarcosine oxidase subunit beta family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1085222..1085413;;cds;;19;19;;;64;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;1085433..1085508;;tgg;;7;7;;;;7;; comp;1085516..1086706;;cds;;47;47;;;397;47;elongation factor Tu;* comp;1086754..1086827;;gga;;46;;46;;;;; comp;1086874..1086959;;tac;;131;131;;;;;; ;1087091..1087834;;cds;;33;33;;;248;33;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;1087868..1087943;;aca;;4;4;;;;4;; comp;1087948..1088727;;cds;;4;4;;;260;4;NAD kinase;* comp;1088732..1088816;;tta;;79;79;;;;;; comp;1088896..1089312;;cds;;;;;;139;;Gamma-glutamylcyclotransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;1165696..1166454;;cds;;141;141;;;253;;pilin;* comp;1166596..1166672;;atgj;;64;64;;;;64;; comp;1166737..1166964;;cds;;;;;;76;;hp;* </pre> ====pub cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_cumuls|pub cumuls]] <pre> pub cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;2;100;11 ;16 atcgca 23;1;20;1;1;50;31;20;18;200;8 ;16 atc23s5s;;40;;;100;11;40;5;300;11 ;16gca23s5s;;60;2;;150;5;60;2;400;7 ;max a;2;80;1;;200;2;80;1;500;6 ;a doubles;;100;;;250;1;100;;600;2 ;autres;;120;;;300;;120;;700;2 ;total aas;2;140;;;350;1;140;;800;2 sans ;opérons;25;160;;;400;;160;;900;1 ;1 aa;21;180;;;450;1;180;;1000; ;max a;2;200;;;500;;200;;1100; ;a doubles;0;;;;;;;1;; ;total aas;29;;4;1;;54;;29;;50 total aas;;31;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;44;9;;63;;27;;299 ;;;variance;22;0;;85;;61;;203 sans jaune;;;moyenne;;;;50;;16;;237 ;;;variance;;;;55;;16;;134 </pre> ====pub blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_blocs|pub blocs]] <pre> Blocs 16s pub;;;; cds;330;433;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* 16s;98;1475;; atc;9;77;; gca;149;76;; 23s;446;2754;; cds;46625;178;WbuC family cupin fold metalloprotein;* ;;;; cds;52;293;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;* 5s;13;115;; cds;;42;type B 50S ribosomal protein L36;* </pre> ====pub distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_distribution|pub distribution]] <pre> distribution;pub;;;;;;31 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;8;21;;;;2;31 ;;1aa;1;11;9;; ;;>1aa;1;2;5;; distribution;scc;;min;inter;max;;29 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total ;13;;14;;2;;29 </pre> ====pub données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_données_intercalaires|pub données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;pub;fx;fc;pub;fx40;fc40;pub;x-;c-;c;x;c;x;aa 2;0;0;13;58;0;13;58;-1;0;152;8;20;CDS 16s;; 3;10;10;39;256;1;4;52;-2;3;0;3;97;;330; 5;2;20;15;51;2;11;58;-3;0;0;32;68;23s CDS;; 1;3;30;15;30;3;6;37;-4;44;79;22;75;446;; ;3;40;19;30;4;5;25;-5;0;1;7;5;5s CDS;; ;3;50;17;32;5;4;26;-6;2;0;26;2;52;; ;0;60;19;29;6;2;13;-7;1;2;2;101;13;; 2;1;70;10;18;7;3;12;-8;14;42;5;18;16s tRNA;; 1;1;80;15;15;8;2;13;-9;7;0;88;23;98;; ;2;90;6;18;9;2;12;-10;0;2;235;16;tRNA 23s;; 3;0;100;7;9;10;0;8;-11;5;30;5;101;149;; 2;0;110;5;7;11;3;5;-12;4;0;6;19;tRNA tRNA;;intra ;0;120;9;8;12;0;7;-13;1;2;16;128;9;;atc gca 1;0;130;7;6;13;0;6;-14;2;18;49;20;tRNA tRNA;; 1;0;140;4;6;14;2;10;-15;0;0;88;0;66;;atgi 1;0;150;3;3;15;0;2;-16;0;2;31;92;**;;gtc ;0;160;6;1;16;2;3;-17;1;9;170;93;13;;gta ;1;170;3;2;17;3;3;-18;2;0;200;0;**;;gac ;0;180;2;3;18;2;6;-19;0;1;4;68;52;;aac ;0;190;1;6;19;0;4;-20;3;10;50;131;**;;tgc ;1;200;4;1;20;3;5;-21;0;0;23;4;46;;gga ;0;210;1;1;21;5;4;-22;0;1;19;141;**;;tac ;0;220;2;1;22;1;4;-23;1;5;7;;;; ;0;230;1;2;23;0;3;-24;3;0;47;;;; ;1;240;1;0;24;3;5;-25;0;1;33;;;; ;0;250;0;1;25;2;2;-26;0;3;4;;;; ;0;260;1;0;26;0;3;-27;0;0;79;;;; ;0;270;1;0;27;2;2;-28;0;1;64;;;; ;0;280;0;1;28;2;2;-29;0;1;;;;; ;0;290;1;0;29;0;3;-30;1;0;;;;; ;0;300;0;0;30;0;2;-31;0;1;;;;; ;0;310;1;0;31;0;3;-32;0;1;;;;; ;0;320;0;2;32;3;5;-33;0;0;;;;; ;0;330;0;0;33;4;1;-34;0;1;;;;; ;0;340;1;0;34;0;2;-35;0;2;;;;; ;0;350;0;0;35;4;4;-36;0;0;;;;; ;0;360;1;0;36;3;4;-37;0;0;;;;; ;0;370;0;0;37;2;3;-38;0;2;;;;; ;0;380;0;0;38;1;1;-39;0;0;;;;; ;0;390;0;0;39;2;4;-40;0;0;;;;; ;0;400;0;0;40;0;3;-41;0;2;;;;; ;0;reste;4;4;reste;135;175;-42;0;0;;;;; 22;28;total;234;601;total;236;600;-43;1;0;;;;; 20;28;diagr;217;539;diagr;88;367;-44;0;1;;;;; 9;15; t30;69;337;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;221;95;13;329;;;-49;0;0;;;;; ;c;543;377;58;978;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1307;79;;reste;0;3;;;;; ;;;;;;1386;;total;95;377;;;;; </pre> =====pub autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires_aas|pub autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pub;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;9267;10214;4;*; ;;tmRNA;10219;10520;-2;*; fin;comp;CDS;10519;10890;;0; deb;comp;CDS;38328;38795;255;*; ;comp;ncRNA;39051;39405;42;*; fin;comp;CDS;39448;40191;;; deb;;CDS;41060;41653;20;*; ;comp;tRNA;41674;41750;66;*;atgi ;comp;tRNA;41817;41891;8;*;gtc fin;comp;CDS;41900;43723;;; deb;comp;CDS;114873;116147;3;*; ;comp;tRNA;116151;116224;32;*;caa fin;comp;CDS;116257;117102;;0; deb;comp;CDS;319204;319548;22;*; ;comp;tRNA;319571;319645;97;*;ggc fin;;CDS;319743;320384;;0; deb;comp;CDS;407852;408448;68;*; ;;tRNA;408517;408601;7;*;ttg fin;;CDS;408609;410315;;; deb;comp;CDS;414886;415407;26;*; ;comp;tRNA;415434;415510;75;*;cgt fin;;CDS;415586;416773;;; deb;;CDS;438405;440213;2;*; ;;tRNA;440216;440305;5;*;tcc fin;comp;CDS;440311;441081;;; deb;;CDS;461643;462362;2;*; ;comp;tRNA;462365;462438;101;*;acc fin;;CDS;462540;462737;;; deb;;CDS;466335;466550;5;*; ;;tRNA;466556;466631;88;*;ttc deb;;CDS;466720;466932;235;*; ;;tRNA;467168;467242;5;*;cac fin;;CDS;467248;468645;;; deb;comp;CDS;496262;498457;70;*; ;comp;regulatory;498528;498615;91;*; fin;;CDS;498707;499813;;1; deb;comp;CDS;509729;511027;330;*; ;;rRNA;511358;512832;98;*;1475 ;;tRNA;512931;513007;9;*;atc ;;tRNA;513017;513092;149;*;gca ;;rRNA;513242;515995;446;*;2754 fin;;CDS;516442;516975;;; deb;;CDS;563601;564479;52;*; ;;rRNA;564532;564646;13;*;115 fin;;CDS;564660;564785;;; deb;;CDS;567715;568413;18;*; ;comp;tRNA;568432;568508;6;*;atgf fin;comp;CDS;568515;568709;;; deb;comp;CDS;593396;594376;23;*; ;;tRNA;594400;594476;16;*;cga fin;comp;CDS;594493;595425;;; deb;;CDS;648881;649762;24;*; ;;regulatory;649787;649876;77;*; fin;;CDS;649954;651060;;; deb;comp;CDS;731869;732777;9;*; ;comp;regulatory;732787;732850;88;*; fin;comp;CDS;732939;733529;;0; deb;;CDS;785951;786466;32;*; ;;regulatory;786499;786587;-13;*; fin;;CDS;786575;788023;;; deb;comp;CDS;842772;843023;101;*; ;;tRNA;843125;843209;16;*;cta fin;;CDS;843226;844659;;; deb;;CDS;846722;849106;49;*; ;;tRNA;849156;849231;13;*;gta ;;tRNA;849245;849321;88;*;gac fin;;CDS;849410;849778;;; deb;;CDS;934654;936063;31;*; ;;tRNA;936095;936171;170;*;aga fin;;CDS;936342;937382;;; deb;;CDS;941232;942389;19;*; ;comp;tRNA;942409;942484;52;*;aac ;comp;tRNA;942537;942610;128;*;tgc fin;;CDS;942739;945366;;; deb;;CDS;970015;971127;200;*; ;;tRNA;971328;971403;20;*;aaa fin;comp;CDS;971424;972251;;0; deb;;CDS;975062;975328;0;*; ;comp;tRNA;975329;975418;92;*;tca fin;;CDS;975511;976392;;; deb;comp;CDS;985615;986127;93;*; ;;tRNA;986221;986297;4;*;cca fin;;CDS;986302;986583;;; deb;;CDS;988522;990216;50;*; ;;tRNA;990267;990341;23;*;gaa fin;;CDS;990365;990598;;; deb;comp;CDS;1005217;1005678;139;*; ;;regulatory;1005818;1005886;4;*; fin;;CDS;1005891;1007219;;1; deb;;CDS;1029539;1031752;0;*; ;comp;tRNA;1031753;1031844;68;*;agc fin;;CDS;1031913;1033166;;; deb;comp;CDS;1085222;1085413;19;*; ;comp;tRNA;1085433;1085508;7;*;tgg deb;comp;CDS;1085516;1086706;47;*; ;comp;tRNA;1086754;1086827;46;*;gga ;comp;tRNA;1086874;1086959;131;*;tac deb;;CDS;1087091;1087834;33;*; ;;tRNA;1087868;1087943;4;*;aca deb;comp;CDS;1087948;1088727;4;*; ;comp;tRNA;1088732;1088816;79;*;tta fin;comp;CDS;1088896;1089312;;1; deb;comp;CDS;1125607;1126158;4;*; ;comp;regulatory;1126163;1126227;3;*; deb;comp;CDS;1126231;1127292;66;*; ;comp;regulatory;1127359;1127423;295;*; fin;comp;CDS;1127719;1127925;;; deb;;CDS;1165696;1166454;141;*; ;comp;tRNA;1166596;1166672;64;*;atgj fin;comp;CDS;1166737;1166964;;; </pre> ====pub intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_entre_cds|pub intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> 28.1.21 paris;24.1.21;1380;pilM ;Pseudo : incomplete, partial in the middle of a contig, missing N-terminus;;;;;; pub;intercalaires;total;%;intercalaires;;;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5 ;'''négatif;473;36.2;'''négatif ;-8;9;-65 à -1;'''1 308 759;-1;473 ;'''zéro;71;5.4;;;;;'''intercals;0;71 ;'''1 à 200;736;56.3;'''0 à 200;37;45;;'''39 179;5;228 ;'''201 à 370;19;1.5;'''201 à 370;260;47;;'''3.0%;10;67 ;'''371 à 600;7;0.5;'''371 à 600;475;70;;;15;35 ;'''601 à max;1;0.1;'''601 et +;-;;;;20;31 ;'''total 1307;<201;97.9;'''total 1306;26;61;-65 à 596;;25;29 adresse;intercalx;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;16 73227;1380;-1;473;-70;0;;0;71;35;26 999551;596;0;71;-60;1;;-1;°152;40;23 1162229;549;1;56;-50;2;;-2;3;45;33 537246;464;2;°69;-40;6;'''-65 à -1;-3;0;50;16 1119848;445;3;43;-30;8;473;-4;°123;55;23 1180952;435;4;30;-20;29;36%;-5;2;60;25 193367;434;5;°30;-10;79;;-6;2;65;15 398173;403;6;15;0;419;;-7;3;70;13 408609;356;7;15;10;295;;-8;°56;75;17 762333;335;8;°15;20;66;;-9;7;80;12 1122717;318;9;14;30;45;'''1 à 100;-10;2;85;10 338267;317;10;8;40;49;649;-11;°35;90;14 997872;304;11;°8;50;49;49.7%;-12;4;95;7 334628;284;12;7;60;48;;-13;3;100;9 675167;279;13;6;70;28;;-14;°20;105;8 1135181;268;14;°12;80;29;;-15;0;110;4 627169;255;15;2;90;24;;-16;2;115;9 1118568;248;16;5;100;16;;-17;°10;120;8 79392;239;17;6;110;12;'''1 à 200;-18;2;125;7 807867;230;18;°8;120;17;736;-19;1;130;6 58997;223;19;4;130;13;56.3%;-20;°13;135;5 1152723;221;20;8;140;10;;-21;0;140;5 761553;219;21;°9;150;6;;-22;1;145;1 782276;217;22;5;160;7;;-23;°6;150;5 612190;216;23;3;170;5;;-24;3;155;2 351261;209;24;°8;180;5;;-25;1;160;5 838936;201;25;4;190;7;'''0 à 200;-26;°3;165;3 744621;200;26;3;200;5;807;-27;0;170;2 166432;195;27;°4;210;2;;-28;1;175;4 625822;195;28;4;220;3;;-29;1;180;1 164576;191;29;3;230;3;;-30;1;185;6 217060;191;30;2;240;1;;-31;1;190;1 1163621;188;31;3;250;1;;-32;1;195;4 798049;185;32;°8;260;1;;;530;200;1 422106;184;33;5;270;1;;reste;14;205;1 288782;182;34;2;280;1;'''201 à 370;total;544;210;1 560488;182;35;°8;290;1;19;;;215;0 262705;181;36;7;300;0;1.5%;;;220;3 469675;181;37;5;310;1;;;;225;2 832239;177;38;2;320;2;;;;230;1 939877;174;39;°6;330;0;;;;235;0 ;;40;3;340;1;;;;240;1 ;;reste;308;350;0;;;;245;0 ;;total;1307;360;1;;;;250;1 ;;;;370;0;;;;255;1 ;;;;380;0;;;;260;0 ;;;;390;0;;;;265;0 ;;;;400;0;;;;270;1 ;;;;410;1;;;;275;0 ;;;;420;0;;;;280;1 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;0;;;;285;1 817687;-65;shift2;2521;440;2;;;;290;0 410672;-59;shift2;856;450;1;;;;295;0 1196013;-56;shift2;445;460;0;;;;300;0 474189;-47;shift2;1222;470;1;;;;305;1 682918;-47;shift2;1435;480;0;;;;310;0 1025350;-44;shift2;544;490;0;;;;315;0 1197066;-43;comp;;500;0;'''371 à 600;;;320;2 584040;-41;shift2;934;510;0;7;;;325;0 707855;-41;shift2;319;520;0;0.5%;;;330;0 802906;-38;shift2;;530;0;;;;335;1 1038898;-38;shift2;;540;0;;;;340;0 279711;-35;shift2;;550;1;;;;345;0 1027659;-35;shift2;;560;0;;;;350;0 928018;-34;shift2;;570;0;;;;355;0 803426;-32;shift2;;580;0;;;;360;1 1176246;-31;shift2;;590;0;'''max;;;365;0 429007;-30;comp;;600;1;1380;;;370;0 992704;-29;shift2;;reste;1;;;;reste;8 1233832;-28;shift2;;total;1307;;;;total;1307 </pre> ====pub intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;; pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pub;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-58;495;-1405;136;853;284;min20;&-236;1732;-3869;256;559;245;min30 31 à 400;-49;437;-1304;133;918;297;2 parties;&-48;403;-1093;97;945;280;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;243;75;-;604;poly;249;SF;&308;88;;221;poly;338;SF 31 à 400;190;60;-;662;poly;256;SF;&117;36;-;580;poly;365;SF ;;;;;;;;;;;;;; pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; </pre> *Diagrammes 400: Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;26.1.22 Paris;;;;;;corrélation;;14.8.21 Paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;0.715;;pub;Sx-;Sc- 41-400;0.908;0.857;0.883;;;;;;;;;;-1;0;152 1-400;0.840;0.866;0.852;;;;;;;;;;-2;3;0 pub;fx;fc;;pub;fx%;fc%;;x;;fx40;fc40;;-3;0;0 0;13;58;;0;60;108;>0;222;0;13;58;;-4;43;80 10;39;256;;10;179;477;<0;92;1;4;52;;-5;1;1 20;15;51;;20;69;95;zéro;13;2;11;58;;-6;1;1 30;15;30;;30;69;56;total;327;3;6;37;;-7;1;2 40;19;30;;40;87;56;;c;4;5;25;;-8;14;42 50;17;32;;50;78;60;>0;541;5;4;26;;-9;7;0 60;19;29;;60;87;54;<0;381;6;2;13;;-10;0;2 70;10;18;;70;46;34;zéro;58;7;3;12;;-11;4;31 80;15;14;;80;69;26;total;980;8;2;13;;-12;3;1 90;6;18;;90;28;34;;;9;2;12;;-13;1;2 100;7;9;;100;32;17;total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reste;4;4;;;;;;;reste;135;175;;-45;0;0 total;235;599;;t30;317;628;;;total;236;600;;-46;0;0 diagr;218;537;;;;;;;diagr;88;367;;-47;0;2 - t30;149;200;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;0;3 ;;;;;;;;;;;;;total;92;381 </pre> ====pub intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_négatifs_S-|pub intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;0;3;0;42;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;2;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;90 continu;152;0;0;81;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;11;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;383 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;43;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;3;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;92 ;Sc-;152;0;0;80;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;10;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;381 </pre> ====pub autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires|pub autres intercalaires]] <pre> pub;autres intercalaires;;adresses1;;;pub;autres intercalaires;;adresses2;;;pub;autres intercalaires;;adresses3; deb;°CDS;9267;4;comp;;deb;°CDS;509729;330;comp;;deb;°CDS;970015;200; ;tmRNA;10219;-2;;;;$rRNA;511358;98;;;;&tRNA;971328;20; fin;°CDS;10519;;comp;;;&tRNA;512931;9;;;fin;°CDS;971424;;comp deb;°CDS;38328;255;comp;;;&tRNA;513017;149;;;deb;°CDS;975062;0; ;ncRNA;39051;42;comp;;;$rRNA;513242;446;;;;&tRNA;975329;92;comp fin;°CDS;39448;;comp;;fin;°CDS;516442;;;;fin;°CDS;975511;; deb;°CDS;41060;20;;;deb;°CDS;563601;52;;;deb;°CDS;985615;93;comp ;&tRNA;41674;66;comp;;;$rRNA;564532;13;;;;&tRNA;986221;4; ;&tRNA;41817;8;comp;;fin;°CDS;564660;;;;fin;°CDS;986302;; fin;°CDS;41900;;comp;;deb;°CDS;567715;18;;;deb;°CDS;988522;50; deb;°CDS;114873;3;comp;;;&tRNA;568432;6;comp;;;&tRNA;990267;23; ;&tRNA;116151;32;comp;;fin;°CDS;568515;;comp;;fin;°CDS;990365;; fin;°CDS;116257;;comp;;deb;°CDS;593396;23;comp;;deb;°CDS;1005217;139;comp deb;°CDS;319204;22;comp;;;&tRNA;594400;16;;;;regulatory;1005818;4; ;&tRNA;319571;97;comp;;fin;°CDS;594493;;comp;;fin;°CDS;1005891;; fin;°CDS;319743;;;;deb;°CDS;648881;24;;;deb;°CDS;1029539;0; deb;°CDS;407852;68;comp;;;regulatory;649787;77;;;;&tRNA;1031753;68;comp ;&tRNA;408517;7;;;fin;°CDS;649954;;;;fin;°CDS;1031913;; fin;°CDS;408609;;;;deb;°CDS;731869;9;comp;;deb;°CDS;1085222;19;comp deb;°CDS;414886;26;comp;;;regulatory;732787;88;comp;;;&tRNA;1085433;7;comp ;&tRNA;415434;75;comp;;fin;°CDS;732939;;comp;;deb;°CDS;1085516;47;comp fin;°CDS;415586;;;;deb;°CDS;785951;32;;;;&tRNA;1086754;46;comp deb;°CDS;438405;2;;;;regulatory;786499;-13;;;;&tRNA;1086874;131;comp ;&tRNA;440216;5;;;fin;°CDS;786575;;;;deb;°CDS;1087091;33; fin;°CDS;440311;;comp;;deb;°CDS;842772;101;comp;;;&tRNA;1087868;4; deb;°CDS;461643;2;;;;&tRNA;843125;16;;;deb;°CDS;1087948;4;comp ;&tRNA;462365;101;comp;;fin;°CDS;843226;;;;;&tRNA;1088732;79;comp fin;°CDS;462540;;;;deb;°CDS;846722;49;;;fin;°CDS;1088896;;comp deb;°CDS;466335;5;;;;&tRNA;849156;13;;;deb;°CDS;1125607;4;comp ;&tRNA;466556;88;;;;&tRNA;849245;88;;;;regulatory;1126163;3;comp deb;°CDS;466720;235;;;fin;°CDS;849410;;;;deb;°CDS;1126231;66;comp ;&tRNA;467168;5;;;deb;°CDS;934654;31;;;;regulatory;1127359;295;comp fin;°CDS;467248;;;;;&tRNA;936095;170;;;fin;°CDS;1127719;;comp deb;°CDS;496262;70;comp;;fin;°CDS;936342;;;;deb;°CDS;1165696;141; ;regulatory;498528;91;comp;;deb;°CDS;941232;19;;;;&tRNA;1166596;64;comp fin;°CDS;498707;;;;;&tRNA;942409;52;comp;;fin;°CDS;1166737;;comp ;;;;;;;&tRNA;942537;128;comp;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;942739;;;;;;;; </pre> ====pub intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_tRNA|pub intercalaires tRNA]] <pre> pub;intercalaires tRNA;;;;;;;;; ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;; ;;;;;;;;;; ;66;comp’;20;;8;;2;4;deb; ;9;;3;;32;;3;5;<201;13 ;13;;22;comp’;97;;4;6;total;14 comp’;52;comp’;68;;7;;5;7;taux;93% ;46;;26;comp’;75;;19;7;fin; ;;;2;comp’;5;;22;8;<201;14 ;;comp’;2;comp’;101;;26;16;total;14 ;;;5;;88;;31;23;taux;100% ;;;235;;5;;33;32;total; ;;comp’;18;;6;;47;64;<201;27 ;;comp’;23;comp’;16;;49;79;total;28 ;;comp’;101;;16;;50;88;taux;96% ;;;49;;88;;200;88;; ;;;31;;170;;235;170;comp’;cumuls ;;comp’;19;comp’;128;;0;4;; ;;;200;comp’;20;;0;5;deb;11 ;;comp’;0;comp’;92;;2;16;<201;100% ;;comp’;93;;4;;18;20;; ;;;50;;23;;19;68;fin;11 ;;comp’;0;comp’;68;;20;75;<201;100% ;;;19;;7;;23;92;; ;;;47;comp’;131;;68;97;total; ;;;33;comp’;4;;93;101;<201;22 ;;;4;;79;;101;128;total;22 ;;comp’;141;;64;;141;131;taux;100% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;24;25;49;;;;; ;;total;25;25;50;;;;; ;;taux;96%;100%;98%;;;;; </pre> ==actino== ===Actinoplanes sp. SE50/110=== ====ase opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_opérons|ase opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acti_SE50_110/actiSp_SE50_110-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017803.1;ase;;genome;;;;;;;; 71.15%GC;13.8.19 Paris;16s 6;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Actinoplanes sp. SE50/110;;;;;;;;;;; ;12658..13392;;CDS;;78;78;;;245;; ;13471..13547;;atc;@1;242;;*242;;;; ;13790..13862;;gca;;202;202;;;;; comp;14065..14607;;CDS;;;;;;181;; ;;;;;;;;;;; ;153733..155094;;CDS;;556;*556;;;454;; ;155651..157174;;16s;;308;;;;1524;; ;157483..160591;;23s;;99;;;;3109;; ;160691..160807;;5s;;134;134;;;117;; comp;160942..161988;;CDS;;;;;;349;; ;;;;;;;;;;; comp;45153..45968;;CDS;;276;276;;;272;; comp;46245..46330;;ctg;;257;257;;;;; ;46588..47385;;CDS;;;;;;266;; ;;;;;;;;;;; ;568633..569007;;CDS;;492;*492;;;125;; ;569500..571022;;16s;;308;;;;1523;; ;571331..574439;;23s;;108;;;;3109;; ;574548..574664;;5s;;245;245;;;117;; ;574910..576340;;CDS;;;;;;477;; ;;;;;;;;;;; comp;66324..66533;;CDS;;177;177;;;70;; comp;66711..66784;;ggg;;151;151;;;;; comp;66936..67442;;CDS;;;;;;169;; ;;;;;;;;;;; comp;145264..145572;;CDS;;595;*595;;;103;; comp;146168..146244;;ttc;;12;;12;;;; comp;146257..146333;;gac;;62;;62;;;; comp;146396..146468;;gaa;;338;338;;;;; comp;146807..148066;;CDS;;;;;;420;; ;;;;;;;;;;; ;164168..164716;;CDS;;92;92;;;183;; ;164809..164883;;aaa;;250;250;;;;; ;165134..166444;;CDS;;;;;;437;; ;;;;;;;;;;; comp;457033..458760;;CDS;;116;116;;;*576;; ;458877..458950;;acg;;74;74;;;;; comp;459025..460758;;CDS;;;;;;*578;; ;;;;;;;;;;; ;627485..628396;;CDS;;42;42;;;304;; ;628439..628515;;gac;;5;5;;;;; comp;628521..629174;;CDS;;;;;;218;; ;;;;;;;;;;; ;645098..645421;;CDS;;355;355;;;108;; ;645777..645849;;agg;;459;*459;;;;; comp;646309..648462;;CDS;;;;;;*718;; ;;;;;;;;;;; ;747312..748337;;CDS;;430;*430;;;342;; comp;748768..748851;;tac;;148;148;;;;; ;749000..749491;;CDS;;;;;;164;; ;;;;;;;;;;; ;752175..754703;;CDS;;94;94;;;*843;; ;754798..754873;;acc;;44;;44;;;; ;754918..754990;;atgj;;138;138;;;;; ;755129..755296;;CDS;;;;;;56;; ;;;;;;;;;;; ;755829..756224;;CDS;;79;79;;;132;; ;756304..756376;;tgg;;103;103;;;;; ;756480..756857;;CDS;;;;;;126;; ;;;;;;;;;;; ;940643..942004;;CDS;;55;55;;;454;; ;942060..942142;;tta;;221;221;;;;; ;942364..943218;;CDS;;;;;;285;; ;;;;;;;;;;; comp;1155560..1155901;;CDS;;200;200;;;114;; comp;1156102..1156177;;gcc;;89;89;;;;; comp;1156267..1156824;;CDS;;;;;;186;; ;;;;;;;;;;; ;1222705..1223634;;CDS;;259;259;;;310;; comp;1223894..1223980;;cta;;244;244;;;;; comp;1224225..1224701;;CDS;;;;;;159;; ;;;;;;;;;;; ;1237525..1238115;;CDS;;91;91;;;197;; ;1238207..1238282;;cac;;54;54;;;;; comp;1238337..1238684;;CDS;;;;;;116;; ;;;;;;;;;;; comp;1248040..1249266;;CDS;;132;132;;;409;; ;1249399..1249474;;aag;+;118;;*118;;;; ;1249593..1249668;;aag;2 aag;-15;*-15;;;;; comp;1249654..1249878;;CDS;@2;;;;;75;; ;;;;;;;;;;; ;1335812..1336096;;CDS;;296;296;;;95;; comp;1336393..1336465;;aga;;13;13;;;;; comp;1336479..1337558;;CDS;;;;;;360;; ;;;;;;;;;;; comp;1399552..1400070;;CDS;;376;376;;;173;; comp;1400447..1400520;;gga;;130;;*130;;;; ;1400651..1400724;;cca;;38;38;;;;; ;1400763..1402112;;CDS;;;;;;450;; ;;;;;;;;;;; comp;1406634..1406849;;CDS;;586;*586;;;72;; ;1407436..1408958;;16s;;307;;;;1523;; ;1409266..1412374;;23s;;99;;;;3109;; ;1412474..1412590;;5s;;122;122;;;117;; comp;1412713..1413510;;CDS;;;;;;266;; ;;;;;;;;;;; comp;1519931..1520254;;CDS;;217;217;;;108;; ;1520472..1520544;;aac;;315;315;;;;; ;1520860..1522122;;CDS;;236;236;;;421;; ;1522359..1522432;;atgi;;1097;*1097;;;;; < comp;1523530..1523919;;CDS;;;;;;130;; ;;;;;;;;;;; ;1604562..1605026;;CDS;;38;38;;;155;; ;1605065..1605139;;gta;;357;357;;;;; <>;1605497..1605583;;CDS;;;;;;29;; ;;;;;;;;;;; comp;1935668..1936510;;CDS;;317;317;;;281;; comp;1936828..1936904;;ttg;;131;131;;;;; ;1937036..1937656;;CDS;;;;;;207;; ;;;;;;;;;;; ;2434408..2435559;;CDS;;19;19;;;384;; comp;2435579..2435661;;ctc;;151;151;;;;; ;2435813..2438881;;CDS;;;;;;*1023;; ;;;;;;;;;;; comp;2570204..2570824;;CDS;;794;*794;;;207;; ;2571619..2573141;;16s;;315;;;;1523;; ;2573457..2576562;;23s;;98;;;;3106;; ;2576661..2576777;;5s;;247;247;;;117;; comp;2577025..2577462;;CDS;;;;;;146;; ;;;;;;;;;;; comp;4900233..4901780;;CDS;;19;19;;;*516;; comp;4901800..4901878;;tgc;;29;;29;;;; comp;4901908..4901981;;gcg;;19;19;;;;; comp;4902001..4902321;;CDS;;23;23;;;107;; comp;4902345..4902417;;gac;;31;31;;;;; comp;4902449..4903369;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; ;5443888..5444526;;CDS;;409;*409;;;213;; ;5444936..5445012;;ctc;;17;;17;;;; ;5445030..5445114;;tac;;29;29;;;;; comp;5445144..5446565;;CDS;;;;;;474;; ;;;;;;;;;;; ;6208479..6209489;;CDS;;101;101;;;337;; comp;6209591..6209666;;cgg;;9;;9;;;; comp;6209676..6209749;;cca;;17;;17;;;; comp;6209767..6209859;;agc;;5;;5;;;; comp;6209865..6209939;;ctg;;4;;4;;;; comp;6209944..6210015;;cag;;8;;8;;;; comp;6210024..6210100;;ggc;;4;;4;;;; comp;6210105..6210177;;cgt;;3;;3;;;; comp;6210181..6210254;;gcc;;43;;43;;;; comp;6210298..6210369;;tgg;;562;*562;;;;; comp;6210932..6212365;;CDS;;;;;;478;; ;;;;;;;;;;; ;6397923..6398423;;CDS;;699;*699;;;167;; ;6399123..6399196;;tgg;;199;;*199;;;; ;6399396..6399468;;ggg;;157;;*157;;;; ;6399626..6399701;;gcc;;61;;61;;;; ;6399763..6399837;;gag;;78;;78;;;; ;6399916..6399992;;gga;;359;;*359;;;; ;6400352..6400426;;ttg;;1;;1;;;; ;6400428..6400500;;acc;;5;;5;;;; ;6400506..6400577;;ggc;;25;25;;;;; ;6400603..6401055;;CDS;;35;35;;;151;; ;6401091..6401163;;cag;;110;;*110;;;; ;6401274..6401350;;ctc;;1;;1;;;; ;6401352..6401427;;acg;;1;;1;;;; ;6401429..6401503;;ctg;;5;;5;;;; ;6401509..6401584;;gcg;;30;;30;;;; ;6401615..6401686;;gac;;5;;5;;;; ;6401692..6401779;;agc;;1;;1;;;; ;6401781..6401854;;atc;;6;6;;;;; ;6401861..6402227;;ncRNA;@3;7;7;;;;; ;6402235..6402309;;cgt;;10;;10;;;; ;6402320..6402395;;other;@4;11;;11;;;; ;6402407..6402477;;aag;;14;;14;;;; ;6402492..6402565;;aga;;11;;11;;;; ;6402577..6402650;;aaa;;1;;1;;;; ;6402652..6402727;;atgf;;1;;1;;;; ;6402729..6402804;;gtc;;1;;1;;;; ;6402806..6402879;;gaa;;5;;5;;;; ;6402885..6402958;;aac;;44;;44;;;; ;6403003..6403088;;tcc;;1;;1;;;; ;6403090..6403163;;gtg;;2;;2;;;; ;6403166..6403239;;cac;;93;;*93;;;; ;6403333..6403405;;other;;411;*411;;;;; comp;6403817..6404185;;CDS;;;;;;123;; ;;;;;;;;;;; ;6543230..6543619;;CDS;;412;*412;;;130;; ;6544032..6544106;;ctg;;152;;*152;;;; ;6544259..6544331;;gca;;410;*410;;;;; ;6544742..6545917;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; ;6934653..6935819;;CDS;;69;69;;;389;; comp;6935889..6935962;;ccc;;51;51;;;;; comp;6936014..6937450;;CDS;;;;;;479;; ;;;;;;;;;;; comp;6991952..6992437;;CDS;;174;174;;;162;; comp;6992612..6992728;;5s;;170;;;;117;; comp;6992899..6996006;;23s;;307;;;;3108;; comp;6996314..6997836;;16s;;531;*531;;;1523;; comp;6998368..6999624;;CDS;;;;;;419;; ;;;;;;;;;;; ;7455514..7456608;;CDS;;167;167;;;365;; comp;7456776..7456847;;gtg;;55;55;;;;; comp;7456903..7457310;;CDS;;;;;;136;; ;;;;;;;;;;; ;7481671..7483989;;CDS;;83;83;;;*773;; comp;7484073..7484189;;5s;;169;;;;117;; comp;7484359..7487466;;23s;;315;;;;3108;; comp;7487782..7489304;;16s;;800;*800;;;1523;; comp;7490105..7490731;;CDS;;;;;;209;; ;;;;;;;;;;; ;7670534..7671652;;CDS;;136;136;;;373;; comp;7671789..7671863;;gtc;;18;;18;;;; comp;7671882..7671952;;tgc;;38;;38;;;; comp;7671991..7672063;;ggc;;116;116;;;;; comp;7672180..7674045;;CDS;;;;;;*622;; ;;;;;;;;;;; ;7710075..7711193;;CDS;;136;136;;;373;; comp;7711330..7711404;;gtc;;28;;28;;;; comp;7711433..7711503;;tgc;;38;;38;;;; comp;7711542..7711614;;ggc;;112;112;;;;; ;7711727..7712905;;CDS;;;;;;393;; ;;;;;;;;;;; ;8111157..8111843;;CDS;;546;*546;;;229;; comp;8112390..8112465;;gag;+;532;;*532;;;; comp;8112998..8113070;;gag;2 gag;57;;57;;;; comp;8113128..8113199;;cag;;451;*451;;;;; comp;8113651..8114457;;CDS;;;;;;269;; ;;;;;;;;;;; ;8275151..8275810;;CDS;;65;65;;;220;; ;8275876..8275950;;cgg;;416;*416;;;;; comp;8276367..8276921;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; comp;8391343..8392530;;CDS;;255;255;;;396;; comp;8392786..8392862;;atgf;;296;296;;;;; comp;8393159..8394607;;CDS;;;;;;483;; ;;;;;;;;;;; comp;8397029..8399113;;CDS;;596;*596;;;*695;; comp;8399710..8399786;;atgf;;71;71;;;;; comp;8399858..8402857;;CDS;;;;;;*1000;; ;;;;;;;;;;; comp;8601686..8603128;;CDS;;81;81;;;481;; comp;8603210..8603280;;caa;;37;37;;;;; comp;8603318..8604199;;CDS;;;;;;294;; ;;;;;;;;;;; ;8623005..8623730;;CDS;;64;64;;;242;; comp;8623795..8623871;;gcg;;171;171;;;;; comp;8624043..8624792;;CDS;;;;;;250;; ;;;;;;;;;;; comp;8821061..8822146;;CDS;;136;136;;;362;; ;8822283..8822356;;aca;;175;175;;;;; comp;8822532..8824421;;CDS;;;;;;*630;; ;;;;;;;;;;; ;8945870..8946763;;CDS;;190;190;;;298;; ;8946954..8947030;;ccg;;204;204;;;;; comp;8947235..8947531;;CDS;;;;;;99;; ;;;;;;;;;;; comp;8963177..8966704;;CDS;;104;104;;;*1176;; comp;8966809..8966904;;ncRNA;;83;83;*83;;;; ;8966988..8967075;;tcc;;270;270;;;;; comp;8967346..8967687;;CDS;;;;;;114;; ;;;;;;;;;;; ;8968639..8969070;;CDS;;521;*521;;;144;; comp;8969592..8969681;;tcg;;116;116;;;;; ;8969798..8970505;;CDS;;;;;;236;; ;;;;;;;;;;; ;9077764..9078855;;CDS;;326;326;;;364;; comp;9079182..9079256;;cgt;;370;370;;;;; comp;9079627..9082830;;CDS;;;;;;*1068;; ;;;;;;;;;;; comp;9084051..9086675;;CDS;;560;*560;;;*875;; comp;9087236..9087311;;cgt;;40;;40;;;; comp;9087352..9087442;;agc;;399;399;;;;; ;9087842..9089017;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;9100587..9101549;;CDS;;77;77;;;321;; ;9101627..9101714;;tca;;144;144;;;;; comp;9101859..9102145;;CDS;;;;;;96;; </pre> ====ase cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_cumuls|ase cumuls]] <pre> ase cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;6;1;8;-;1;1;1;;100;8;30;1 ;16 23 5s 0;6;20;19;;50;16;20;;200;29;60;1 ;16 atc gca;0;40;6;;100;19;40;;300;19;90;3 ;16 23 5s a;0;60;4;;150;17;60;;400;19;120;10 ;max a;0;80;3;;200;9;80;;500;14;150;9 ;a doubles;0;100;2;;250;9;100;;600;3;180;8 ;autres;0;120;2;;300;7;120;;700;3;210;8 ;total aas;0;140;1;;350;4;140;;800;2;240;5 sans ;opérons;45;160;2;;400;5;160;;900;2;270;6 ;1 aa;31;180;0;;450;6;180;;1000;1;300;5 ;max a;29;200;1;;500;3;200;;1100;2;330;4 ;a doubles;2;;3;;;13;;;;1;;43 ;total aas;98;;51;0;;109;;0;;103;;103 total aas;;98;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;58;;;229;;;;328;; ;;;variance;98;;;206;;;;173;; sans jaune;;;moyenne;19;;;147;;;;254;;179 ;;;variance;21;;;104;;;;111;;62 </pre> ====ase blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_blocs|ase blocs]] <pre> ase blocs;;;;;; CDS;556;454;492;125;586;72 16s;308;1524;308;1523;307;1523 23s;99;3109;108;3109;99;3109 5s;134;117;245;117;122;117 CDS;;349;;477;;266 ;;;;;; CDS;794;207;531;419;800;209 16s;315;1523;307;1523;315;1523 23s;98;3106;170;3108;169;3108 5s;247;117;174;117;83;117 CDS;;146;;162;;773 </pre> ====ase remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_remarques|ase remarques]] ====ase distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_distribution|ase distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;2;acc;2;aac;1;agc;3;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;2;ggc;;;gtc;3;gcc;2;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;2;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;3;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ase; ;32;;;;;;;ase;58;;;;;;;;ase;6;;;;;; </pre> ====ase données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_données_intercalaires|ase données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ase;fx;fc;ase;fx40;fc40;ase;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 1;0;0;22;13;0;22;13;-1;0;168;78;202;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite 1;0;10;141;464;1;20;60;-2;18;0;279;257;555;585;;245;;atc;97;;cgt 1;3;20;93;279;2;5;59;-3;0;0;387;185;491;793;;**;;gca;14;;aag ;2;30;92;196;3;23;38;-4;91;885;151;74;530;;;15;;ttc;11;;aga 1;6;40;63;226;4;21;48;-5;0;1;595;8;799;;;62;;gac;1;;aaa 1;2;50;101;178;5;10;43;-6;2;0;338;459;16s 23s;;;**;;gaa;1;;atgf 1;3;60;130;183;6;12;28;-7;11;18;92;430;2* 345;;;47;;acc;1;;gtc 2;1;70;137;193;7;12;31;-8;6;71;274;148;2* 344;;;**;;atgj;5;;gaa 2;3;80;126;160;8;9;37;-9;2;1;434;262;2* 352;;;118;;aag;44;;aac ;2;90;104;171;9;17;53;-10;4;9;817;54;23s 5s;;;**;;aag;1;;tcc 1;3;100;101;126;10;12;67;-11;17;22;42;132;2* 105;;;-;130;gga;2;;gtg 1;1;110;95;122;11;9;49;-12;5;0;1343;-12;114;;;**;;cca;96;;cac 2;2;120;82;98;12;11;33;-13;6;12;94;296;100;;;29;;tgc;**;;other ;0;130;96;96;13;8;33;-14;18;12;138;217;176;;;**;;gcg;152;;ctg 5;2;140;89;88;14;5;26;-15;11;1;79;827;175;;;20;;ctc;**;;gca 1;0;150;62;78;15;11;23;-16;4;5;103;131;5s CDS;;;**;;tac;18;;gtc 1;1;160;73;82;16;17;28;-17;12;6;55;19;245;377;;9;;cgg;38;;tgc 1;0;170;66;71;17;6;23;-18;4;0;221;151;983;122;;17;;cca;**;;ggc 1;2;180;59;57;18;8;12;-19;6;5;203;278;;247;;5;;agc;532;;gag 1;1;190;61;70;19;10;17;-20;5;6;89;32;;83;;4;;ctg;57;;gag ;0;200;65;58;20;8;35;-21;1;0;244;104;;;;11;;cag;**;;cag 2;1;210;55;45;21;15;20;-22;2;3;91;43;tRNA CDS;suite;;4;;ggc;40;;cgt 1;0;220;39;46;22;11;24;-23;8;7;13;411;34;77;;3;;cgt;**;;agc ;1;230;42;53;23;7;23;-24;7;0;373;69;35;1017;;43;;gcc;;; ;0;240;39;37;24;10;14;-25;1;5;38;167;412;;;**;;tgg;;; ;1;250;41;48;25;11;18;-26;8;5;315;136;380;;;199;;tgg;;; 1;0;260;36;17;26;2;24;-27;0;1;47;136;113;;;157;;ggg;;; 1;0;270;43;33;27;17;14;-28;3;4;38;112;178;;;64;;gcc;;; 2;2;280;34;33;28;6;14;-29;3;4;1132;546;51;;;81;;gag;;; ;0;290;23;29;29;4;28;-30;2;0;362;419;55;;;141;;gga;;; 1;1;300;22;29;30;9;17;-31;4;1;19;64;116;;;144;;caa;;; ;0;310;31;21;31;1;22;-32;7;4;19;136;451;;;1;;ttg;;; ;2;320;22;22;32;6;34;-33;2;0;23;175;65;;;5;;acc;;; 1;0;330;16;20;33;10;20;-34;3;1;31;204;135;;;**;;ggc;;; ;1;340;20;32;34;4;23;-35;6;0;22;273;296;;;110;;cag;;; ;1;350;22;24;35;4;22;-36;1;0;409;91;599;;;4;;ctc;;; ;0;360;24;19;36;7;19;-37;1;2;345;116;71;;;1;;acg;;; ;2;370;14;16;37;7;23;-38;5;0;317;329;81;;;5;;ctg;;; ;2;380;11;14;38;7;29;-39;0;0;699;408;37;;;30;;gcg;;; ;1;390;13;14;39;7;14;-40;2;1;;;171;;;5;;gac;;; ;0;400;15;10;40;10;20;-41;0;3;;;190;;;1;;agc;;; 8;11;reste;259;295;reste;2268;2688;-42;2;0;;;370;;;**;;atc;;; 41;60;total;2679;3866;total;2679;3866;-43;2;1;;;524;;;;;;;; 32;49;diagr;2398;3558;diagr;389;1165;-44;2;4;;;;;;;;;;; 2;5; t30;326;939;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;; ;x;2657;352;22;3031;;;-49;0;2;;;;;;;;;;; ;c;3853;1300;13;5166;;;-50;3;0;;;;;;;;;;; ;;;;;8197;183;;reste;53;28;;;;;;;;;;; ;;;;;;8380;;total;352;1300;;;;;;;;;;; </pre> =====ase autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires_aas|ase autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ase;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;12497;78;; ;tRNA;13471;245;;atc ;tRNA;13790;202;;gca fin;CDS;14065;;comp; deb;CDS;45153;279;comp; ;tRNA;46248;257;comp;ctg fin;CDS;46588;;; deb;CDS;65469;387;comp; ;tRNA;66711;151;comp;ggg fin;CDS;66936;;comp; deb;CDS;145264;595;comp; ;tRNA;146168;15;comp;ttc ;tRNA;146260;62;comp;gac ;tRNA;146396;338;comp;gaa fin;CDS;146807;;comp; deb;CDS;153733;555;; ;rRNA;155650;345;;16s ;rRNA;157512;105;;23s ;rRNA;160691;377;;5s fin;CDS;161185;;comp; deb;CDS;164168;92;; ;tRNA;164809;274;;aaa fin;CDS;165158;;; deb;CDS;261106;434;; ;tRNA;262062;817;;aaa fin;CDS;262948;;; deb;CDS;457033;185;comp; ;tRNA;458877;74;;acg fin;CDS;459025;;comp; deb;CDS;568633;491;; ;rRNA;569499;345;;16s ;rRNA;571360;114;;23s ;rRNA;574548;245;;5s fin;CDS;574910;;; deb;CDS;627485;42;; ;tRNA;628439;8;;gac fin;CDS;628521;;comp; deb;CDS;643285;1343;; ;tRNA;645777;459;;agg fin;CDS;646309;;comp; deb;CDS;747348;430;; ;tRNA;748768;148;comp;tac fin;CDS;749000;;; deb;CDS;752175;94;; ;tRNA;754798;47;;acc ;tRNA;754918;138;;atgj fin;CDS;755129;;; deb;CDS;755829;79;; ;tRNA;756304;103;;tgg fin;CDS;756480;;; deb;CDS;940643;55;; ;tRNA;942060;221;;tta fin;CDS;942364;;; deb;CDS;1120784;33;; ;tmRNA;1121477;553;; fin;CDS;1122412;;comp; deb;CDS;1155560;203;comp; ;tRNA;1156105;89;comp;gcc fin;CDS;1156267;;comp; deb;CDS;1222705;262;; ;tRNA;1223897;244;comp;cta fin;CDS;1224225;;comp; deb;CDS;1237525;91;; ;tRNA;1238207;54;;cac fin;CDS;1238337;;comp; deb;CDS;1248040;132;comp; ;tRNA;1249399;118;;aag ;tRNA;1249593;-12;;aag fin;CDS;1249654;;comp; deb;CDS;1335812;296;; ;tRNA;1336393;13;comp;aga fin;CDS;1336479;;comp; deb;CDS;1399552;373;comp; ;tRNA;1400450;130;comp;gga ;tRNA;1400651;38;;cca fin;CDS;1400763;;; deb;CDS;1406634;585;comp; ;rRNA;1407435;344;;16s ;rRNA;1409295;105;;23s ;rRNA;1412474;122;;5s fin;CDS;1412713;;comp; deb;CDS;1519931;217;comp; ;tRNA;1520472;315;;aac fin;CDS;1520860;;; deb;CDS;1522138;47;; ;tRNA;1522359;827;;atgi fin;CDS;1523260;;comp; deb;CDS;1604562;38;; ;tRNA;1605065;1132;;gta fin;CDS;1606269;;; deb;CDS;1618796;261;comp; ;ncRNA;1619690;61;comp; fin;CDS;1620155;;; deb;CDS;1935668;362;comp; ;tRNA;1936828;131;comp;ttg fin;CDS;1937036;;; deb;CDS;2434657;19;; ;tRNA;2435579;151;comp;ctc fin;CDS;2435813;;; deb;CDS;2570204;793;comp; ;rRNA;2571618;352;;16s ;rRNA;2573486;100;;23s ;rRNA;2576661;247;;5s fin;CDS;2577025;;comp; deb;CDS;4900233;19;comp; ;tRNA;4901800;29;comp;tgc ;tRNA;4901908;19;comp;gcg deb;CDS;4902001;23;comp; ;tRNA;4902345;31;comp;gac fin;CDS;4902449;;comp; deb;CDS;4989030;22;; ;tRNA;4989784;278;;other fin;CDS;4990157;;comp; deb;CDS;5443888;409;; ;tRNA;5444936;20;;ctc ;tRNA;5445030;32;;tac fin;CDS;5445144;;comp; deb;CDS;6208479;104;; ;tRNA;6209594;9;comp;cgg ;tRNA;6209676;17;comp;cca ;tRNA;6209767;5;comp;agc ;tRNA;6209865;4;comp;ctg ;tRNA;6209944;11;comp;cag ;tRNA;6210027;4;comp;ggc ;tRNA;6210105;3;comp;cgt ;tRNA;6210181;43;comp;gcc ;tRNA;6210298;345;comp;tgg fin;CDS;6210715;;comp; deb;CDS;6288256;317;comp; ;tRNA;6290910;43;comp;tga fin;CDS;6291049;;; deb;CDS;6397947;699;; ;tRNA;6399123;199;;tgg ;tRNA;6399396;157;;ggg ;tRNA;6399626;64;;gcc ;tRNA;6399763;81;;gag ;tRNA;6399916;141;;gga ;tRNA;6400131;144;;caa ;tRNA;6400352;1;;ttg ;tRNA;6400428;5;;acc ;tRNA;6400506;34;;ggc deb;CDS;6400612;35;; ;tRNA;6401091;110;;cag ;tRNA;6401274;4;;ctc ;tRNA;6401352;1;;acg ;tRNA;6401429;5;;ctg ;tRNA;6401509;30;;gcg ;tRNA;6401615;5;;gac ;tRNA;6401692;1;;agc ;tRNA;6401781;6;;atc ;ncRNA;6401861;7;; ;tRNA;6402235;97;;cgt ;tRNA;6402407;14;;aag ;tRNA;6402492;11;;aga ;tRNA;6402577;1;;aaa ;tRNA;6402652;1;;atgf ;tRNA;6402729;1;;gtc ;tRNA;6402806;5;;gaa ;tRNA;6402885;44;;aac ;tRNA;6403003;1;;tcc ;tRNA;6403090;2;;gtg ;tRNA;6403166;96;;cac ;tRNA;6403333;411;;other fin;CDS;6403817;;comp; deb;CDS;6543191;412;; ;tRNA;6544032;152;;ctg ;tRNA;6544259;380;;gca deb;CDS;6544712;113;; ;tRNA;6546031;178;;gac fin;CDS;6546284;;; deb;CDS;6934653;69;; ;tRNA;6935889;51;comp;ccc fin;CDS;6936014;;comp; deb;CDS;6991353;983;comp; ;rRNA;6992612;176;comp;5s ;rRNA;6992905;344;comp;23s ;rRNA;6996322;530;comp;16s fin;CDS;6998368;;comp; deb;CDS;7455514;167;; ;tRNA;7456776;55;comp;gtg fin;CDS;7456903;;comp; deb;CDS;7481701;83;; ;rRNA;7484073;175;comp;5s ;rRNA;7484365;352;comp;23s ;rRNA;7487790;799;comp;16s fin;CDS;7490105;;comp; deb;CDS;7670534;136;; ;tRNA;7671789;18;comp;gtc ;tRNA;7671882;38;comp;tgc ;tRNA;7671991;116;comp;ggc fin;CDS;7672180;;comp; deb;CDS;7710075;136;; ;tRNA;7711330;28;comp;gtc ;tRNA;7711433;38;comp;tgc ;tRNA;7711542;112;comp;ggc fin;CDS;7711727;;; deb;CDS;8111157;546;; ;tRNA;8112390;532;comp;gag ;tRNA;8112998;57;comp;gag ;tRNA;8113128;451;comp;cag fin;CDS;8113651;;comp; deb;CDS;8275151;65;; ;tRNA;8275876;419;;cgg fin;CDS;8276367;;comp; deb;CDS;8391343;135;comp; ;tRNA;8392786;296;comp;atgf fin;CDS;8393159;;comp; deb;CDS;8397029;599;comp; ;tRNA;8399713;71;comp;atgf fin;CDS;8399858;;comp; deb;CDS;8601686;81;comp; ;tRNA;8603210;37;comp;caa fin;CDS;8603318;;comp; deb;CDS;8623005;64;; ;tRNA;8623795;171;comp;gcg fin;CDS;8624043;;comp; deb;CDS;8821061;136;comp; ;tRNA;8822283;175;;aca fin;CDS;8822532;;comp; deb;CDS;8945870;190;; ;tRNA;8946954;204;;ccg fin;CDS;8947235;;comp; deb;CDS;8963177;104;comp; ;ncRNA;8966809;83;comp; ;tRNA;8966988;273;;tcc fin;CDS;8967346;;comp; deb;CDS;8969168;91;; ;tRNA;8969592;116;comp;tcg fin;CDS;8969798;;; deb;CDS;9077764;329;; ;tRNA;9079185;370;comp;cgt fin;CDS;9079627;;comp; deb;CDS;9084051;524;comp; ;tRNA;9087239;40;comp;cgt ;tRNA;9087352;408;comp;agc fin;CDS;9087851;;; deb;CDS;9100587;77;comp; ;tRNA;9101627;1017;;tca fin;CDS;9102729;;comp; </pre> ====ase intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_entre_cds|ase intercalaires entre cds]] *'''Tableau''' <pre> ase;2.2.21 Paris;;ase 17.12.20;;;;;;;;; ase;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;1652;20.2;'''négatif ;-11;18;-1 à -120;'''9 239 851;-1;1652;610;9 ;'''zéro;35;0.4;;;;;'''intercals;0;35;620;10 ;'''1 à 200;4832;58.9;'''0 à 200;76;56;;'''1 063 558;5;327;630;11 ;'''201 à 370;1047;12.8;'''201 à 370;270;48;;'''11.5%;10;278;640;9 ;'''371 à 600;399;4.9;'''371 à 600;466;64;;;15;208;650;8 ;'''601 à max;232;2.8;'''601 à 1028;901;335;;;20;164;660;5 ;'''total 8197;<201;79.5;'''total 8191;125;189;-120 à 2272;;25;153;670;10 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;135;680;7 3108649;3760;-1;1652;-70;42;;0;35;35;146;690;2 5950001;3290;0;35;-60;13;;-1;°168;40;143;700;3 9227973;3263;1;°80;-50;29;;-2;18;45;135;710;4 5776402;3118;2;64;-40;23;;-3;0;50;144;720;4 6218652;2918;3;61;-30;39;'''min à -1;-4;°976;55;169;730;4 2517961;2663;4;°69;-20;73;1652;-5;1;60;144;740;5 7134889;2272;5;53;-10;159;20.2%;-6;2;65;154;750;6 355339;2255;6;40;0;1309;;-7;29;70;176;760;4 6142216;2155;7;43;10;605;;-8;°77;75;138;770;5 744687;2103;8;46;20;372;;-9;3;80;148;780;3 7132107;2080;9;70;30;288;;-10;13;85;145;790;4 713737;2014;10;°79;40;289;'''1 à 100;-11;°39;90;130;800;5 56486;1991;11;58;50;279;3264;-12;5;95;123;810;3 7915401;1920;12;44;60;313;39.8%;-13;18;100;104;820;5 1728815;1782;13;41;70;330;;-14;°30;105;106;830;3 6917877;1616;14;31;80;286;;-15;12;110;111;840;5 3627392;1532;15;34;90;275;;-16;9;115;101;850;3 6902269;1526;16;°45;100;227;;-17;°18;120;79;860;1 7156539;1508;17;29;110;217;;-18;4;125;101;870;4 4817485;1484;18;20;120;180;;-19;11;130;91;880;4 3228912;1467;19;27;130;192;;-20;°11;135;89;890;4 1528987;1458;20;°43;140;177;;-21;1;140;88;900;1 8078456;1411;21;35;150;140;;-22;5;145;76;910;1 8199307;1409;22;35;160;155;;-23;°15;150;64;920;1 5463416;1395;23;30;170;137;'''1 à 200;-24;7;155;89;930;1 1188761;1392;24;24;180;116;4832;-25;6;160;66;940;1 9239126;1338;25;29;190;131;58.9%;-26;°13;165;76;950;2 3240125;1331;26;26;200;123;;-27;1;170;61;960;0 1083604;1320;27;31;210;100;;-28;7;175;58;970;7 6788001;1297;28;20;220;85;;-29;°7;180;58;980;0 3417418;1292;29;32;230;95;;-30;2;185;67;990;3 6304514;1289;30;26;240;76;'''0 à 200;-31;5;190;64;1000;4 8425004;1285;31;23;250;89;4867;-32;°11;195;72;1010;0 5338257;1267;32;°40;260;53;;;1559;200;51;1020;1 204079;1263;33;30;270;76;;reste;128;205;54;1030;1 6897972;1260;34;27;280;67;;total;1687;210;46;1040;2 ;;35;26;290;52;;;;215;45;1050;3 ;;36;26;300;51;;'''intercal;'''<u>frequence5;220;40;1060;2 ;;37;30;310;52;;600;7965;225;50;1070;0 ;;38;°36;320;44;;650;47;230;45;1080;0 ;;39;21;330;36;;700;27;235;43;1090;3 ;;40;30;340;52;'''201 à 370;750;23;240;33;1100;0 ;;reste;4956;350;46;1047;800;21;245;45;1110;1 ;;total;8197;360;43;12.8%;850;19;250;44;1120;1 ;;;;370;30;;900;14;255;28;1130;1 ;;;;380;25;;950;6;260;25;1140;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;27;;1000;14;265;34;1150;0 1905626;-120;comp;;400;25;;1050;7;270;42;1160;0 1623585;-119;shift2;1160;410;16;;1100;5;275;37;1170;0 3648339;-119;comp;;420;36;;1150;3;280;30;1180;2 5459717;-119;shift2;533;430;19;;1200;4;285;23;1190;1 2592786;-111;comp;;440;20;;1250;2;290;29;1200;1 7166313;-110;shift2;3494;450;19;;1300;11;295;24;reste;42 2954690;-109;;;460;19;;1350;3;300;27;total;8197 3376872;-109;;;470;16;;1400;2;305;28;; 1386988;-107;;;480;20;;1450;2;310;24;; 1241468;-106;;;490;21;;1500;3;315;23;; 2667462;-106;;;500;13;;1550;3;320;21;; 5582768;-106;;;510;22;;1600;0;325;19;; 4986287;-105;;;520;14;;1650;1;330;17;; 5304717;-101;;;530;4;;1700;0;335;33;; 3730598;-100;;;540;16;'''371 à 600;1750;0;340;19;; 5353721;-97;;;550;11;399;1800;1;345;22;; 6351308;-97;;;560;10;4.9%;1850;0;350;24;; 9179797;-95;;;570;12;;1900;0;355;21;; 594603;-94;;;580;14;'''601 à max;1950;1;360;22;; 6906822;-94;;;590;12;232;2000;1;365;12;; 323356;-93;;;600;8;2.8%;;220;370;18;; 1310874;-93;;;reste;232;;reste;12;reste;631;; 5450079;-91;;;total;8197;;total;8197;total;8197;; </pre> ====ase intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> corrélations;;;;;;;;;;;;;; ase. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;; cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;; 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ase;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;19;-108;35;46;872;189;max70;&-43;352;-987;104;910;273;min50 31 à 400;22;-129;74;44;881;195;2 parties;&-18;182;-637;85;976;337;2 parties droite;-a;cste; -;R2;note;R2’;;&-a;cste; -;R2;note;R2’; 1 à 400;125;51; -;847;dte;25;tf;&184;63; -;694;poly;216;SF 31 à 400;129;52; -;849;dte;32;tf;&141;51; -;827;poly;149;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;corrélation;;;;;;;;;;;;; 41-n;0.959;0.922;0.940;;0.346;;;;;;;;;;;;; 1-n;0.814;0.646;0.725;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;; ase;fx;fc;;fx40;fc40;;ase;fx%;fc%;;x;;ase;comp’;continu;ase;comp’;continu 0;22;13;0;22;13;;0;9;4;>0;2657;;-1;0;168;-51;3;0 10;141;464;1;20;60;;10;59;130;<0;352;;-2;18;0;-52;0;3 20;93;279;2;5;59;;20;39;78;zéro;22;;-3;0;0;-53;4;0 30;92;196;3;23;38;;30;38;55;total;3031;;-4;91;885;-54;1;0 40;63;226;4;21;48;;40;26;64;;c;;-5;0;1;-55;0;1 50;101;178;5;10;43;;50;42;50;>0;3853;;-6;2;0;-56;4;0 60;130;183;6;12;28;;60;54;51;<0;1300;;-7;11;18;-57;1;0 70;137;193;7;12;31;;70;57;54;zéro;13;;-8;6;71;-58;3;0 80;126;160;8;9;37;;80;53;45;total;5166;;-9;2;1;-59;4;2 90;104;171;9;17;53;;90;43;48;;;;-10;4;9;-60;0;0 100;101;126;10;12;67;;100;42;35;;;;-11;17;22;-61;0;0 110;95;122;11;9;49;;110;40;34;;;;-12;5;0;-62;2;0 120;82;98;12;11;33;;120;34;28;;;;-13;6;12;-63;0;0 130;96;96;13;8;33;;130;40;27;;;;-14;18;12;-64;1;0 140;89;88;14;5;26;;140;37;25;;;;-15;11;1;-65;3;0 150;62;78;15;11;23;;150;26;22;;;;-16;4;5;-66;1;0 160;73;82;16;17;28;;160;30;23;;;;-17;12;6;-67;2;1 170;66;71;17;6;23;;170;28;20;;;;-18;4;0;-68;2;0 180;59;57;18;8;12;;180;25;16;;;;-19;6;5;-69;1;0 190;61;70;19;10;17;;190;25;20;;;;-20;5;6;-70;0;2 200;65;58;20;8;35;;200;27;16;;;;-21;1;0;-71;0;0 210;55;45;21;15;20;;210;23;13;;;;-22;2;3;-72;2;0 220;39;46;22;11;24;;220;16;13;;;;-23;8;7;-73;0;0 230;42;53;23;7;23;;230;18;15;;;;-24;7;0;-74;1;1 240;39;37;24;10;14;;240;16;10;;;;-25;1;5;-75;0;0 250;41;48;25;11;18;;250;17;13;;;;-26;8;5;-76;0;1 260;36;17;26;2;24;;260;15;5;;;;-27;0;1;-77;0;0 270;43;33;27;17;14;;270;18;9;;;;-28;3;4;-78;0;0 280;34;33;28;6;14;;280;14;9;;;;-29;3;4;-79;0;1 290;23;29;29;4;28;;290;10;8;;;;-30;2;0;-80;1;0 300;22;29;30;9;17;;300;9;8;;;;-31;4;1;-81;1;0 310;31;21;31;1;22;;310;13;6;;;;-32;7;4;-82;2;1 320;22;22;32;6;34;;320;9;6;;;;-33;2;0;-83;0;0 330;16;20;33;10;20;;330;7;6;;;;-34;3;1;-84;0;0 340;20;32;34;4;23;;340;8;9;;;;-35;6;0;-85;0;0 350;22;24;35;4;22;;350;9;7;;;;-36;1;0;-86;2;1 360;24;19;36;7;19;;360;10;5;;;;-37;1;2;-87;1;0 370;14;16;37;7;23;;370;6;4;;;;-38;5;0;-88;1;0 380;11;14;38;7;29;;380;5;4;;;;-39;0;0;-89;0;1 390;13;14;39;7;14;;390;5;4;;;;-40;2;1;-90;0;0 400;15;10;40;10;20;;400;6;3;;;;-41;0;3;-91;0;1 reste;259;295;;2268;2688;;;;;;;;-42;2;0;-92;0;0 total;2679;3866;;2679;3866;;t30;136;264;;;;-43;2;1;-93;2;0 diagr;2398;3558;;389;1165;;t50;204;377;;;;-44;2;4;-94;0;2 - t30;2072;2619;;;;;;;;;;;-45;0;0;-95;0;1 - t50;1908;2215;;;;;;;;;;;-46;0;1;-96;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;2;1;-97;0;2 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;-98;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;2;-99;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;3;0;-100;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;53;28;reste;8;7 ;;;;;;;;;;;;;total;352;1300;total;53;28 </pre> ====ase intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_négatifs_S-|ase intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ase;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;; comp’;0;18;0;84;0;2;10;5;2;4;15;4;4;17;10;4;11;4;5;5;1;2;7;6;1;8;0;2;3;1;3;5;2;3;5;1;1;5;0;1;0;2;2;1;0;0;2;0;0;2;2;0;3;1;0;4;0;2;4;0;0;2;0;1;3;1;2;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;2;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;8;319;49 continu;168;0;0;892;1;0;19;72;1;9;24;1;14;13;2;5;7;0;6;6;0;3;8;1;5;5;1;5;4;1;2;6;0;1;1;0;2;0;0;2;3;0;1;5;0;1;1;0;2;1;1;3;1;0;1;0;1;1;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;2;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;1;6;1333;32 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;ase;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;reste;total ;comp’;0;18;0;91;0;2;11;6;2;4;17;5;6;18;11;4;12;4;6;5;1;2;8;7;1;8;0;3;3;2;4;7;2;3;6;1;1;5;0;2;0;2;2;2;0;0;2;0;0;3;53;352;3;0;4;1;0;4;1;3;4;0;0;2;0;1;3;1;2;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;2;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;8;53 ;continu;168;0;0;885;1;0;18;71;1;9;22;0;12;12;1;5;6;0;5;6;0;3;7;0;5;5;1;4;4;0;1;4;0;1;0;0;2;0;0;1;3;0;1;4;0;1;1;0;2;0;28;1300;0;3;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;2;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;7;28 </pre> ====ase autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires|ase autres intercalaires]] <pre> ase;autres intercalaires;;adresses1;;;ase;autres intercalaires;;adresses2;;;ase;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;12497;78;;;deb;°CDS;1519931;217;comp;;deb;°CDS;6543191;412; ;&tRNA;13471;245;;;;&tRNA;1520472;315;;;;&tRNA;6544032;152; ;&tRNA;13790;202;;;fin;°CDS;1520860;;;;;&tRNA;6544259;380; fin;°CDS;14065;;comp;;deb;°CDS;1522138;47;;;deb;°CDS;6544712;113; deb;°CDS;45153;279;comp;;;&tRNA;1522359;827;;;;&tRNA;6546031;178; ;&tRNA;46248;257;comp;;fin;°CDS;1523260;;comp;;fin;°CDS;6546284;; fin;°CDS;46588;;;;deb;°CDS;1604562;38;;;deb;°CDS;6934653;69; deb;°CDS;65469;387;comp;;;&tRNA;1605065;1132;;;;&tRNA;6935889;51;comp ;&tRNA;66711;151;comp;;fin;°CDS;1606269;;;;fin;°CDS;6936014;;comp fin;°CDS;66936;;comp;;deb;°CDS;1618796;261;comp;;deb;°CDS;6991353;983;comp deb;°CDS;145264;595;comp;;;ncRNA;1619690;61;comp;;;$rRNA;6992612;176;comp ;&tRNA;146168;15;comp;;fin;°CDS;1620155;;;;;$rRNA;6992905;344;comp ;&tRNA;146260;62;comp;;deb;°CDS;1935668;362;comp;;;$rRNA;6996322;530;comp ;&tRNA;146396;338;comp;;;&tRNA;1936828;131;comp;;fin;°CDS;6998368;;comp fin;°CDS;146807;;comp;;fin;°CDS;1937036;;;;deb;°CDS;7455514;167; deb;°CDS;153733;555;;;deb;°CDS;2434657;19;;;;&tRNA;7456776;55;comp ;$rRNA;155650;345;;;;&tRNA;2435579;151;comp;;fin;°CDS;7456903;;comp ;$rRNA;157512;105;;;fin;°CDS;2435813;;;;deb;°CDS;7481701;83; ;$rRNA;160691;377;;;deb;°CDS;2570204;793;comp;;;$rRNA;7484073;175;comp fin;°CDS;161185;;comp;;;$rRNA;2571618;352;;;;$rRNA;7484365;352;comp deb;°CDS;164168;92;;;;$rRNA;2573486;100;;;;$rRNA;7487790;799;comp ;&tRNA;164809;274;;;;$rRNA;2576661;247;;;fin;°CDS;7490105;;comp fin;°CDS;165158;;;;fin;°CDS;2577025;;comp;;deb;°CDS;7670534;136; deb;°CDS;261106;434;;;deb;°CDS;4900233;19;comp;;;&tRNA;7671789;18;comp ;&tRNA;262062;817;;;;&tRNA;4901800;29;comp;;;&tRNA;7671882;38;comp fin;°CDS;262948;;;;;&tRNA;4901908;19;comp;;;&tRNA;7671991;116;comp deb;°CDS;457033;185;comp;;deb;°CDS;4902001;23;comp;;fin;°CDS;7672180;;comp ;&tRNA;458877;74;;;;&tRNA;4902345;31;comp;;deb;°CDS;7710075;136; fin;°CDS;459025;;comp;;fin;°CDS;4902449;;comp;;;&tRNA;7711330;28;comp deb;°CDS;568633;491;;;deb;°CDS;4989030;22;;;;&tRNA;7711433;38;comp ;$rRNA;569499;345;;;;&tRNA;4989784;278;;;;&tRNA;7711542;112;comp ;$rRNA;571360;114;;;fin;°CDS;4990157;;comp;;fin;°CDS;7711727;; ;$rRNA;574548;245;;;deb;°CDS;5443888;409;;;deb;°CDS;8111157;546; fin;°CDS;574910;;;;;&tRNA;5444936;20;;;;&tRNA;8112390;532;comp deb;°CDS;627485;42;;;;&tRNA;5445030;32;;;;&tRNA;8112998;57;comp ;&tRNA;628439;8;;;fin;°CDS;5445144;;comp;;;&tRNA;8113128;451;comp fin;°CDS;628521;;comp;;deb;°CDS;6208479;104;;;fin;°CDS;8113651;;comp deb;°CDS;643285;1343;;;;&tRNA;6209594;9;comp;;deb;°CDS;8275151;65; ;&tRNA;645777;459;;;;&tRNA;6209676;17;comp;;;&tRNA;8275876;419; fin;°CDS;646309;;comp;;;&tRNA;6209767;5;comp;;fin;°CDS;8276367;;comp deb;°CDS;747348;430;;;;&tRNA;6209865;4;comp;;deb;°CDS;8391343;135;comp ;&tRNA;748768;148;comp;;;&tRNA;6209944;11;comp;;;&tRNA;8392786;296;comp fin;°CDS;749000;;;;;&tRNA;6210027;4;comp;;fin;°CDS;8393159;;comp deb;°CDS;752175;94;;;;&tRNA;6210105;3;comp;;deb;°CDS;8397029;599;comp ;&tRNA;754798;47;;;;&tRNA;6210181;43;comp;;;&tRNA;8399713;71;comp ;&tRNA;754918;138;;;;&tRNA;6210298;345;comp;;fin;°CDS;8399858;;comp fin;°CDS;755129;;;;fin;°CDS;6210715;;comp;;deb;°CDS;8601686;81;comp deb;°CDS;755829;79;;;deb;°CDS;6288256;317;comp;;;&tRNA;8603210;37;comp ;&tRNA;756304;103;;;;&tRNA;6290910;43;comp;;fin;°CDS;8603318;;comp fin;°CDS;756480;;;;fin;°CDS;6291049;;;;deb;°CDS;8623005;64; deb;°CDS;940643;55;;;deb;°CDS;6397947;699;;;;&tRNA;8623795;171;comp ;&tRNA;942060;221;;;;&tRNA;6399123;199;;;fin;°CDS;8624043;;comp fin;°CDS;942364;;;;;&tRNA;6399396;157;;;deb;°CDS;8821061;136;comp deb;°CDS;1120784;33;;;;&tRNA;6399626;64;;;;&tRNA;8822283;175; ;tmRNA;1121477;553;;;;&tRNA;6399763;81;;;fin;°CDS;8822532;;comp fin;°CDS;1122412;;comp;;;&tRNA;6399916;141;;;deb;°CDS;8945870;190; deb;°CDS;1155560;203;comp;;;&tRNA;6400131;144;;;;&tRNA;8946954;204; ;&tRNA;1156105;89;comp;;;&tRNA;6400352;1;;;fin;°CDS;8947235;;comp fin;°CDS;1156267;;comp;;;&tRNA;6400428;5;;;deb;°CDS;8963177;104;comp deb;°CDS;1222705;262;;;;&tRNA;6400506;34;;;;ncRNA;8966809;83;comp ;&tRNA;1223897;244;comp;;deb;°CDS;6400612;35;;;;&tRNA;8966988;273; fin;°CDS;1224225;;comp;;;&tRNA;6401091;110;;;fin;°CDS;8967346;;comp deb;°CDS;1237525;91;;;;&tRNA;6401274;4;;;deb;°CDS;8969168;91; ;&tRNA;1238207;54;;;;&tRNA;6401352;1;;;;&tRNA;8969592;116;comp fin;°CDS;1238337;;comp;;;&tRNA;6401429;5;;;fin;°CDS;8969798;; deb;°CDS;1248040;132;comp;;;&tRNA;6401509;30;;;deb;°CDS;9077764;329; ;&tRNA;1249399;118;;;;&tRNA;6401615;5;;;;&tRNA;9079185;370;comp ;&tRNA;1249593;-12;;;;&tRNA;6401692;1;;;fin;°CDS;9079627;;comp fin;°CDS;1249654;;comp;;;&tRNA;6401781;6;;;deb;°CDS;9084051;524;comp deb;°CDS;1335812;296;;;;ncRNA;6401861;7;;;;&tRNA;9087239;40;comp ;&tRNA;1336393;13;comp;;;&tRNA;6402235;97;;;;&tRNA;9087352;408;comp fin;°CDS;1336479;;comp;;;&tRNA;6402407;14;;;fin;°CDS;9087851;; deb;°CDS;1399552;373;comp;;;&tRNA;6402492;11;;;deb;°CDS;9100587;77;comp ;&tRNA;1400450;130;comp;;;&tRNA;6402577;1;;;;&tRNA;9101627;1017; ;&tRNA;1400651;38;;;;&tRNA;6402652;1;;;fin;°CDS;9102729;;comp fin;°CDS;1400763;;;;;&tRNA;6402729;1;;;;;;; deb;°CDS;1406634;585;comp;;;&tRNA;6402806;5;;;;;;; ;$rRNA;1407435;344;;;;&tRNA;6402885;44;;;;;;; ;$rRNA;1409295;105;;;;&tRNA;6403003;1;;;;;;; ;$rRNA;1412474;122;;;;&tRNA;6403090;2;;;;;;; fin;°CDS;1412713;;comp;;;&tRNA;6403166;96;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;6403333;411;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;6403817;;comp;;;;;; </pre> ====ase intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_tRNA|ase intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;245;;78;comp’;202;;19;13;; ;;;279;comp’;257;;22;19;'''deb; ;;;387;;151;;23;31;<201;18 ;15;;595;;338;;35;34;total;32 ;62;;;;;;38;37;taux;56% ;;;92;;274;;42;38;; ;;;434;;817;;47;51;'''fin; ;;comp’;185;comp’;74;;55;55;<201;16 ;;;42;comp’;8;;65;71;total;28 ;;;1343;comp’;459;;78;89;taux;57% ;;comp’;430;comp’;148;;79;103;; ;47;;94;;138;;81;116;'''total; ;;;79;;103;;91;138;<201;34 ;;;55;;221;;92;151;total;60 ;;;203;;89;;94;171;taux;57% ;;comp’;262;;244;;113;178;; ;;;91;comp’;54;;135;221;; ;118;comp’;132;comp’;-12;;190;244;; ;;comp’;296;;13;;203;274;; comp’;130;;373;;38;;279;296;; ;;comp’;217;;315;;317;315;; ;;;47;comp’;827;;362;338;; ;;;38;;1132;;373;345;; ;;;362;comp’;131;;387;370;; ;;comp’;19;comp’;151;;409;380;; ;29;;19;;19;;412;451;; ;;;23;;31;;434;817;; ;;;22;comp’;278;;524;1132;; ;20;;409;comp’;32;;595;'''-;; 5aas;9 17 5 4 11 ;comp’;104;;345;;599;'''-;; 3aas;4 3 43;;;;;;699;'''-;; ;;;317;comp’;43;;1343;'''-;'''comp’;'''cumuls 8aas;199 157 64 81 141 144 1 5;;699;;34;;19;'''-12;; 7aas;110 4 1 5 30 5 1 6ncRNA7;;35;comp’;411;;64;8;'''deb; 11aas ;97 14 11 1 1 1 5 44 1 2 96;;;;;;69;32;<201;12 ;152;;412;;380;;77;43;total;18 ;;;113;;178;;91;54;taux;67% ;;comp’;69;;51;;104;74;; ;;comp’;167;;55;;132;112;'''fin; ;18 38;comp’;136;;116;;136;116;<201;12 ;28 38;comp’;136;comp’;112;;136;131;total;23 ;532 57;comp’;546;;451;;136;148;taux;34% ;;;65;comp’;419;;167;151;; ;;;135;;296;;185;175;'''total; ;;;599;;71;;217;202;<201;24 ;;;81;;37;;262;204;total;41 ;;comp’;64;;171;;296;257;taux;59% ;;comp’;136;comp’;175;;329;273;; ;;;190;comp’;204;;430;278;; ;;;;comp’;273;;546;408;; ;;comp’;91;comp’;116;;'''-;411;; ;;comp’;329;;370;;'''-;419;; ;40;;524;comp’;408;;'''-;459;; ;;comp’;77;comp’;1017;;'''-;827;; ;;;;;;;'''-;1017;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;30;28;58;;;;;;; total;50;51;101;;;;;;; taux;60%;55%;57%;;;;;;; </pre> ===blo=== ====blo opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_opérons|blo opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Bifi_long_NCC2705/bifiLong-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_004307.2;blo;genome;57;;; 60%GC;30.6.19 Paris;16s 4;NCBI;gtRNAdb;doubles;intercalaires ;Bifidobacterium longum NCC2705;;;;; ;115187..115260;;val;gta;; ;;;;;; ;159243..160772;;16s;;@1;430 ;161203..164268;;23s;;;168 ;164437..164556;;5s;;; ;;;;;; comp;207382..207457;;tgg;tgg;; ;;;;;; comp;382849..382924;;aac;aac;+;43 comp;382968..383040;;aac;aac;2 aac; ;;;;;; comp;440078..440150;;aac;aac;; ;;;;;; ;503549..503624;;gly;ggc;+;24 ;503649..503719;;tgc;tgc;2 ggc;41 ;503761..503835;;val;gtc;;45 ;503881..503953;;val;gtg;;31 ;503985..504060;;gly;ggc;; ;;;;;; ;521008..521084;;pro;ccc;; ;;;;;; ;648764..648851;;leu;ctc;; ;;;;;; comp;747296..747369;;arg;cgt;+;29 comp;747399..747472;;arg;cgt;2 cgt; ;;;;;; ;775646..775716;;gln;caa;; ;;;;;; ;778709..778784;;ala;gcc;+;86 ;778871..778946;;ala;gcc;2 gcc; ;;;;;; ;793729..793805;;pro;cca;; ;;;;;; comp;804390..804463;;leu;ttg;; ;;;;;; comp;841055..841136;;leu;tta;; ;;;;;; ;937056..937131;;cac;cac;; ;;;;;; comp;981177..981253;;arg;aga;; ;;;;;; ;1202433..1202505;;thr;acg;;87 ;1202593..1202676;;leu;cta;; ;;;;;; ;1208139..1208211;;thr;acg;; ;;;;;; comp;1264390..1264465;;val;gtg;;48 comp;1264514..1264585;;val;gtc;;46 comp;1264632..1264704;;gly;ggc;; ;;;;;; comp;1280591..1280666;;arg;cgg;; ;;;;;; ;1295466..1295542;;atg;atgf;; ;;;;;; comp;1350001..1350074;;lys;aag;; ;;;;;; comp;1388875..1388950;;lys;aaa;; ;;;;;; ;1410594..1410681;;ser;tcc;; ;;;;;; comp;1424793..1424867;;gln;cag;;36 comp;1424904..1424979;;glu;gag;; ;;;;;; comp;1524142..1524215;;gly;ggg;; ;;;;;; ;1534802..1534887;;leu;ctg;; ;;;;;; ;1606163..1606236;;ile;atc;;42 ;1606279..1606351;;ala;gca;; ;;;;;; comp;1646835..1646911;;thr;aca;; ;;;;;; ;1705902..1707431;;16s;;;429 ;1707861..1710926;;23s;;;168 ;1711095..1711215;;5s;;; ;;;;;; ;1712083..1713614;;16s;;;422 ;1714037..1717102;;23s;;;168 ;1717271..1717390;;5s;;; ;;;;;; ;1769952..1770027;;ala;gcg;; ;;;;;; ;1905665..1905740;;tgg;tgg;; ;;;;;; ;1908902..1910431;;16s;;;428 ;1910860..1913926;;23s;;;168 ;1914095..1914214;;5s;;; ;;;;;; ;1936132..1936205;;gly;gga;; ;;;;;; ;1971396..1971477;;tac;tac;;1 ;1971479..1971550;;thr;acc;;4 ;1971555..1971631;;atg;atgj;; ;;;;;; ;1979312..1979401;;ser;agc;; ;;;;;; ;2016025..2016112;;ser;tcg;; ;;;;;; ;2047072..2047159;;ser;tca;; ;;;;;; comp;2068637..2068713;;pro;ccg;; ;;;;;; comp;2085402..2085473;;glu;gaa;; ;;;;;; ;2087969..2088042;;gac;gac;;47 ;2088090..2088165;;ttc;ttc;; ;;;;;; ;2110850..2110926;;gac;gac;; ;;;;;; ;2130626..2130699;;atg;atgi;; ;;;;;; ;2171440..2171512;;arg;agg;; </pre> ====blo cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_cumuls|blo cumuls]] <pre> blo cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;4;1;1;- ;16 23 5s 0;4;20;1; ;16 atc gca;0;40;4; ;16 23 5s a;0;60;7; ;max a;0;80;0; ;a doubles;0;100;2; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;0; sans ;opérons;41;160;0; ;1 aa;31;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;4;;0; ;total aas;55;;15;0 total aas;;55;;; remarques;;1;;; avec jaune;;;moyenne;41; ;;;variance;24; sans jaune;;;moyenne;34; ;;;variance;16; </pre> ====blo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_blocs|blo blocs]] <pre> blo blocs;;;; 16s;430;1530;422;1532 23s;168;3066;168;3066 5s;;120;;120 ;;;; 16s;429;1530;428;1530 23s;168;3066;168;3067 5s;;121;;120 </pre> ====blo remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_remarques|blo remarques]] ====blo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_distribution|blo distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;1;ggc;3;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total blo;;31;;;;;;;blo;19;;;;;;;;blo;6;;;;;; </pre> ====blo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_données_intercalaires|blo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;blo;fx;fc;blo;fx40;fc40;blo;x-;c-;c;x;c;x;aa 2;1;0;2;1;0;2;1;-1;;52;163;190;CDS 16s;; ;0;10;17;87;1;1;12;-2;1;0;231;284;618;518; ;0;20;8;70;2;1;15;-3;;0;-17;-39;573;; ;0;30;15;50;3;1;8;-4;2;109;154;558;5s 16s;; ;1;40;14;34;4;2;5;-5;;0;148;159;866;; ;0;50;16;40;5;3;9;-6;;1;64;95;16s 23s;; ;2;60;17;51;6;1;9;-7;;1;216;204;432;; 1;4;70;16;43;7;1;4;-8;2;8;60;336;3* 431;; 1;3;80;18;40;8;1;8;-9;;0;187;76;23s 5s;; ;0;90;27;47;9;4;6;-10;;3;117;288;4* 170;; 2;1;100;14;34;10;2;11;-11;;9;116;206;5s CDS;; ;1;110;15;42;11;1;10;-12;;0;94;167;375;188; ;4;120;17;40;12;0;7;-13;;0;218;193;;251; ;2;130;18;38;13;1;7;-14;1;10;206;97;tRNA tRNA;; ;1;140;16;38;14;2;3;-15;;0;272;215;43;;aac ;3;150;15;30;15;1;14;-16;;1;467;175;**;;aac 1;3;160;24;25;16;0;8;-17;1;7;67;580;27;;ggc 1;1;170;12;43;17;0;9;-18;;0;192;469;41;;tgc 1;2;180;20;33;18;1;5;-19;1;2;158;-8;48;;gtc 1;1;190;8;15;19;1;3;-20;1;1;149;62;31;;gtg 1;3;200;10;24;20;1;4;-21;;0;251;356;**;;ggc 3;1;210;15;14;21;0;7;-22;1;0;192;309;29;;cgt 1;2;220;16;16;22;2;6;-23;;0;256;204;**;;cgt ;2;230;12;11;23;2;8;-24;;0;365;519;89;;gcc ;1;240;5;17;24;3;4;-25;1;0;433;333;**;;gcc ;1;250;9;12;25;1;6;-26;;1;113;253;87;;acg 1;2;260;6;11;26;3;7;-27;;0;199;;**;;cta ;0;270;6;17;27;1;3;-28;1;1;75;;48;;gtg ;2;280;11;11;28;1;3;-29;;0;142;;46;;gtc 2;0;290;4;3;29;1;4;-30;;0;74;;**;;ggc ;0;300;5;12;30;1;2;-31;;1;306;;39;;cag 1;1;310;6;7;31;2;6;-32;1;0;871;;**;;gag ;1;320;5;11;32;1;3;-33;;0;102;;42;;atc ;2;330;3;3;33;4;2;-34;;0;314;;**;;gca 2;0;340;7;5;34;1;4;-35;1;0;130;;1;;tac ;0;350;2;3;35;0;2;-36;;0;55;;4;;acc 1;0;360;6;6;36;1;3;-37;;0;329;;**;;atgj ;1;370;3;1;37;1;3;-38;1;0;130;;47;;gac ;1;380;5;4;38;1;2;-39;1;0;37;;**;;ttc ;0;390;2;2;39;1;9;-40;;0;178;;;; ;1;400;3;3;40;2;0;-41;;0;519;;;; 4;5;reste;49;51;reste;443;803;-42;;0;61;;;; 26;56;total;499;1045;total;499;1045;-43;;1;71;;;; 20;50;diagr;448;993;diagr;54;241;-44;;0;376;;;; 0;0; t30;40;207;;;;-45;;0;397;;;; ;;;;;;;;-46;;0;327;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;179;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;245;;;; ;x;497;18;2;517;;;-49;;0;222;;;; ;c;1044;210;1;1255;;;-50;;0;271;;;; ;;;;;1772;128;;reste;2;2;69;;;; ;;;;;;1900;;total;18;210;224;;;; ;;;;;;;;;;;422;;;; ;;;;;;;;;;;117;;;; ;;;;;;;;;;;137;;;; ;;;;;;;;;;;156;;;; </pre> =====blo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires_aas|blo autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;blo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;54774;55427;6;*; ;comp;regulatory;55434;55585;84;*; fin;;CDS;55670;56692;;0; deb;;CDS;114598;115023;163;*; ;;tRNA;115187;115260;231;*;gta fin;;CDS;115492;117195;;; deb;comp;CDS;139965;140909;-10;*; ;comp;regulatory;140900;141008;336;*; fin;;CDS;141345;142817;;; deb;;CDS;158126;158626;618;*; ;;rRNA;159245;160770;432;*;16s ;;rRNA;161203;164268;170;*;23s ;;rRNA;164439;164555;188;*;5s fin;comp;CDS;164744;165571;;0; deb;;CDS;205431;206360;187;*; ;;tmRNA;206548;206944;238;*; deb;comp;CDS;207183;207404;-17;*; ;comp;tRNA;207388;207457;154;*;tgg fin;comp;CDS;207612;207896;;; deb;;CDS;327271;327864;8;*; ;comp;ncRNA;327873;328247;493;*; fin;;CDS;328741;329403;;; deb;;CDS;381615;382658;190;*; ;comp;tRNA;382849;382924;43;*;aac ;comp;tRNA;382968;383040;284;*;aac fin;;CDS;383325;384260;;0; deb;;CDS;439838;440116;-39;*; ;comp;tRNA;440078;440150;558;*;aac fin;;CDS;440709;441398;;0; deb;comp;CDS;502556;503389;159;*; ;;tRNA;503549;503621;27;*;ggc ;;tRNA;503649;503719;41;*;tgc ;;tRNA;503761;503832;48;*;gtc ;;tRNA;503881;503953;31;*;gtg ;;tRNA;503985;504060;148;*;ggc fin;;CDS;504209;506242;;; deb;;CDS;518814;520943;64;*; ;;tRNA;521008;521081;216;*;ccc fin;;CDS;521298;522827;;; deb;comp;CDS;647871;648668;95;*; ;;tRNA;648764;648851;60;*;ctc fin;;CDS;648912;649790;;; deb;comp;CDS;745690;747108;187;*; ;comp;tRNA;747296;747369;29;*;cgt ;comp;tRNA;747399;747472;117;*;cgt fin;comp;CDS;747590;749008;;; deb;;CDS;774507;775529;116;*; ;;tRNA;775646;775716;94;*;caa fin;;CDS;775811;777193;;; deb;;CDS;777792;778490;218;*; ;;tRNA;778709;778781;89;*;gcc ;;tRNA;778871;778943;206;*;gcc fin;;CDS;779150;780820;;; deb;;CDS;790385;793456;272;*; ;;tRNA;793729;793802;467;*;cca fin;;CDS;794270;795018;;1; deb;comp;CDS;803537;804322;67;*; ;comp;tRNA;804390;804463;204;*;ttg fin;;CDS;804668;805267;;0; deb;comp;CDS;840296;840865;192;*; ;comp;tRNA;841058;841136;158;*;tta fin;comp;CDS;841295;842296;;; deb;comp;CDS;884674;884868;174;*; ;comp;regulatory;885043;885146;70;*; fin;comp;CDS;885217;886689;;0; deb;comp;CDS;902480;903079;104;*; ;comp;regulatory;903184;903288;90;*; fin;comp;CDS;903379;904746;;0; deb;comp;CDS;935658;936719;336;*; ;;tRNA;937056;937131;149;*;cac fin;;CDS;937281;938306;;0; deb;comp;CDS;980173;980928;251;*; ;comp;tRNA;981180;981253;76;*;aga fin;;CDS;981330;982538;;0; deb;comp;CDS;1200444;1202144;288;*; ;;tRNA;1202433;1202505;87;*;acg ;;tRNA;1202593;1202673;192;*;cta fin;;CDS;1202866;1203867;;0; deb;comp;CDS;1206664;1207932;206;*; ;;tRNA;1208139;1208211;167;*;acg fin;comp;CDS;1208379;1209137;;; deb;comp;CDS;1263240;1264136;256;*; ;comp;tRNA;1264393;1264465;48;*;gtg ;comp;tRNA;1264514;1264585;46;*;gtc ;comp;tRNA;1264632;1264704;193;*;ggc fin;;CDS;1264898;1265449;;; deb;comp;CDS;1279836;1280225;365;*; ;comp;tRNA;1280591;1280666;97;*;cgg fin;;CDS;1280764;1281390;;0; deb;comp;CDS;1294216;1295250;215;*; ;;tRNA;1295466;1295542;433;*;atgf fin;;CDS;1295976;1296182;;; deb;comp;CDS;1349627;1349887;113;*; ;comp;tRNA;1350001;1350074;199;*;aag fin;comp;CDS;1350274;1350720;;; deb;comp;CDS;1387168;1388802;75;*; ;comp;tRNA;1388878;1388950;175;*;aaa fin;;CDS;1389126;1390664;;; deb;comp;CDS;1408202;1410013;580;*; ;;tRNA;1410594;1410678;469;*;tcc fin;comp;CDS;1411148;1411789;;0; deb;comp;CDS;1424162;1424650;142;*; ;comp;tRNA;1424793;1424867;39;*;cag ;comp;tRNA;1424907;1424979;-8;*;gag fin;;CDS;1424972;1425556;;0; deb;comp;CDS;1446913;1448064;71;*; ;comp;ncRNA;1448136;1448230;433;*; fin;;CDS;1448664;1450847;;0; deb;comp;CDS;1477877;1479229;47;*; ;comp;regulatory;1479277;1479373;128;*; fin;comp;CDS;1479502;1480089;;; deb;;CDS;1523012;1524079;62;*; ;comp;tRNA;1524142;1524215;74;*;ggg fin;comp;CDS;1524290;1525228;;; deb;;CDS;1533182;1534495;306;*; ;;tRNA;1534802;1534887;871;*;ctg fin;;CDS;1535759;1536615;;0; deb;;CDS;1605867;1606060;102;*; ;;tRNA;1606163;1606236;42;*;atc ;;tRNA;1606279;1606351;356;*;gca fin;comp;CDS;1606708;1606953;;; deb;comp;CDS;1645027;1646523;314;*; ;comp;tRNA;1646838;1646911;130;*;aca fin;comp;CDS;1647042;1648019;;; deb;comp;CDS;1704570;1705325;578;*; ;;rRNA;1705904;1707429;431;*;16s ;;rRNA;1707861;1710926;170;*;23s ;;rRNA;1711097;1711213;866;*;5s ;;rRNA;1712080;1713605;431;*;16s ;;rRNA;1714037;1717102;170;*;23s ;;rRNA;1717273;1717389;251;*;5s fin;comp;CDS;1717641;1718426;;; deb;;CDS;1769786;1769896;55;*; ;;tRNA;1769952;1770024;329;*;gcg fin;;CDS;1770354;1771364;;0; deb;;CDS;1904329;1905534;130;*; ;;tRNA;1905665;1905740;37;*;tgg fin;;CDS;1905778;1906005;;; deb;;CDS;1907638;1908330;573;*; ;;rRNA;1908904;1910429;431;*;16s ;;rRNA;1910861;1913926;170;*;23s ;;rRNA;1914097;1914213;375;*;5s fin;;CDS;1914589;1915422;;; deb;;CDS;1935774;1935953;178;*; ;;tRNA;1936132;1936205;519;*;gga fin;;CDS;1936725;1939109;;; deb;comp;CDS;1969854;1971086;309;*; ;;tRNA;1971396;1971477;1;*;tac ;;tRNA;1971479;1971550;4;*;acc ;;tRNA;1971555;1971628;61;*;atgj fin;;CDS;1971690;1971857;;; deb;;CDS;1978293;1979240;71;*; ;;tRNA;1979312;1979398;376;*;agc fin;;CDS;1979775;1981118;;; deb;;CDS;2014827;2015627;397;*; ;;tRNA;2016025;2016109;327;*;tcg fin;;CDS;2016437;2018005;;; deb;;CDS;2045606;2046892;179;*; ;;tRNA;2047072;2047156;245;*;tca fin;;CDS;2047402;2047542;;; deb;comp;CDS;2067227;2068417;222;*; ;comp;tRNA;2068640;2068713;204;*;ccg fin;;CDS;2068918;2070600;;; deb;comp;CDS;2084303;2085130;271;*; ;comp;tRNA;2085402;2085473;69;*;gaa fin;comp;CDS;2085543;2086448;;0; deb;;CDS;2086731;2087744;224;*; ;;tRNA;2087969;2088042;47;*;gac ;;tRNA;2088090;2088165;519;*;ttc fin;comp;CDS;2088685;2089989;;0; deb;comp;CDS;2108837;2110516;333;*; ;;tRNA;2110850;2110926;422;*;gac fin;;CDS;2111349;2112299;;0; deb;;CDS;2129279;2130508;117;*; ;;tRNA;2130626;2130699;137;*;atgi fin;;CDS;2130837;2131049;;; deb;comp;CDS;2170074;2171186;253;*; ;;tRNA;2171440;2171512;156;*;agg fin;;CDS;2171669;2171887;;; </pre> ====blo intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_entre_cds|blo intercalaires entre cds]] *'''Tableau''' <pre> blo;2.2.21 Paris;;blo 25.10.20;;;;;;; blo;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;228;12.9;'''négatif ;-8;13;-1 à -102;'''2 256 640;-1;228 ;'''zéro;3;0.2;;;;;'''intercals;0;3 ;'''1 à 200;1141;64.4;'''0 à 200;88;57;;'''240 201;5;57 ;'''201 à 370;281;15.9;'''201 à 370;265;46;;'''10.6%;10;47 ;'''371 à 600;85;4.8;'''371 à 600;459;65;;;15;46 ;'''601 à max;34;1.9;'''601 à 1028;732;131;;;20;32 ;'''total 1772;<201;77.4;'''total 1770;133;145;-102 à 1039;;25;39 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;26 1260892;1331;-1;228;-70;3;;0;3;35;25 249292;1253;0;3;-60;0;;-1;°52;40;23 620443;1039;1;13;-50;1;;-2;1;45;27 1772723;1037;2;°16;-40;1;;-3;0;50;29 605939;1003;3;9;-30;5;'''min à -1;-4;°111;55;26 1482011;982;4;7;-20;7;228;-5;0;60;42 2120197;922;5;°12;-10;35;12.9%;-6;1;65;34 1612791;831;6;10;0;179;;-7;1;70;25 1661121;780;7;5;10;104;;-8;°10;75;29 1176021;773;8;9;20;78;;-9;0;80;29 934521;765;9;10;30;65;;-10;3;85;31 1783600;752;10;°13;40;48;'''1 à 100;-11;°9;90;43 1589918;746;11;11;50;56;658;-12;0;95;20 550195;745;12;7;60;68;37.1%;-13;0;100;28 1622403;735;13;8;70;59;;-14;°11;105;34 2035292;729;14;5;80;58;;-15;0;110;23 1358695;698;15;°15;90;74;;-16;1;115;36 1450919;688;16;8;100;48;;-17;°8;120;21 1873696;679;17;9;110;57;;-18;0;125;32 1968887;673;18;6;120;57;;-19;3;130;24 1571609;667;19;4;130;56;;-20;°2;135;33 2192649;666;20;5;140;54;;-21;0;140;21 543951;653;21;7;150;45;;-22;1;145;20 551929;649;22;8;160;49;;-23;0;150;25 1166018;635;23;°10;170;55;'''1 à 200;-24;0;155;24 1199447;631;24;7;180;53;1141;-25;1;160;25 132442;628;25;7;190;23;64.4%;-26;1;165;27 1498961;627;26;°10;200;34;;-27;0;170;28 24634;626;27;4;210;29;;-28;°2;175;28 1942663;620;28;4;220;32;;-29;0;180;25 1750223;618;29;5;230;23;;-30;0;185;10 1648197;606;30;3;240;22;;-31;1;190;13 716378;605;31;8;250;21;'''0 à 200;-32;1;195;20 1804621;603;32;4;260;17;1144;;223;200;14 2208591;593;33;6;270;23;;reste;8;205;17 332770;589;34;5;280;22;;total;231;210;12 1653948;587;35;2;290;7;;;;215;17 618810;586;36;4;300;17;;;;220;15 598849;559;37;4;310;13;;intercal;<u>frequencef;225;12 1698789;559;38;3;320;16;;600;1738;230;11 1425641;557;39;°10;330;6;;620;5;235;14 1925114;557;40;2;340;12;'''201 à 370;640;5;240;8 1592846;554;reste;1246;350;5;281;660;2;245;11 733957;552;total;1 772;360;12;15.9%;680;4;250;10 986367;549;;;370;4;;700;2;255;9 1178750;549;;;380;9;;720;;260;8 1832484;546;;;390;4;;740;2;265;11 ;;;;400;6;;760;3;270;12 ;;;;410;5;;780;3;275;15 ;;;;420;11;;800;;280;7 ;;;;430;3;;820;;285;4 ;;;;440;3;;840;1;290;3 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;450;2;;860;;295;8 516682;-102;comp;;460;4;;880;;300;9 267103;-86;shift2;131;470;3;;900;;305;8 822434;-85;comp;;480;3;;920;;310;5 513572;-53;comp;;490;5;;940;1;315;7 287052;-43;shift2;936;500;3;;960;;320;9 398186;-39;comp;;510;2;;980;;325;2 1553080;-38;;;520;3;;1000;1;330;4 1313073;-35;;;530;3;;1020;1;335;5 1110610;-32;;;540;3;'''371 à 600;1040;2;340;7 2249673;-31;;;550;3;85;;32;345;1 946203;-28;;;560;6;4.8%;;;350;4 2164932;-28;;;570;0;;;;355;7 1823782;-26;;;580;0;'''601 à max;;;360;5 794270;-25;;;590;3;34;;;365;2 2058333;-22;;;600;1;1.9%;;;370;2 268522;-20;;;reste;34;;reste;2;reste;119 1310253;-20;;;total;1772;;total;1772;total;1772 </pre> ====blo intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> blo Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; blo;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;33;-233;362;24;728;235;min20;&-5.7;69;-354;69;868;404;min40 31 à 400;;;;;;;2 parties;&28;-174;163;38;897;207;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;93;44;-;590;poly;138;tF;&159;58;;827;dte;41;Sf 31 à 400;;;;;;;;&136;51;-;861;dte;36;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; ;400;200;250;;;;;-0.109;;;;;; 41-n;0.820;0.406;0.537;;;;;;;;;;; 1-n;0.669;0.038;0.255;;;;;;;;;14.8.21 paris;; blo;fx;fc;;blo;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;blo;Sx-;Sc- 0;2;1;;0;4;1;0;2;1;>0;497;-1;0;52 10;17;87;;10;38;88;1;1;12;<0;18;-2;1;0 20;8;70;;20;18;70;2;1;15;zéro;2;-3;0;0 30;15;50;;30;33;50;3;1;8;total;517;-4;2;109 40;14;34;;40;31;34;4;2;5;;c;-5;0;0 50;16;40;;50;36;40;5;3;9;>0;1044;-6;0;1 60;17;51;;60;38;51;6;1;9;<0;210;-7;0;1 70;16;43;;70;36;43;7;1;4;zéro;1;-8;2;8 80;18;40;;80;40;40;8;1;8;total;1255;-9;0;0 90;27;47;;90;60;47;9;4;6;;;-10;0;3 100;14;34;;100;31;34;10;2;11;total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reste;49;51;;;;;reste;443;803;;;-42;0;0 total;499;1045;;t30;89;208;total;499;1045;;;-43;0;1 diagr;448;993;;;;;diagr;54;241;;;-44;0;0 - t30;408;786;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;2;2 ;;;;;;;;;;;;total;18;210 </pre> ====blo intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_négatifs_S-|blo intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> blo;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;1;;2;;;;2;;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;1;;;;1;;;1;;;1;1;;;;;;;;;;;;2;16 continu;52;0;0;109;0;1;1;8;0;3;9;0;0;10;0;1;7;0;2;2;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;212 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;blo;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;2;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;18 ;Sc-;52;0;0;109;0;1;1;8;0;3;9;0;0;10;0;1;7;0;2;1;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;210 </pre> ====blo autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires|blo autres intercalaires]] <pre> blo;autres intercalaires;;adresses1;;;blo;autres intercalaires;;adresses2;;;blo;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;54774;6;comp;;deb;°CDS;840296;192;comp;;deb;°CDS;1645027;314;comp ;regulatory;55434;84;comp;;;&tRNA;841058;158;comp;;;&tRNA;1646838;130;comp fin;°CDS;55670;;;;fin;°CDS;841295;;comp;;fin;°CDS;1647042;;comp deb;°CDS;114598;163;;;deb;°CDS;884674;174;comp;;deb;°CDS;1704570;578;comp ;&tRNA;115187;231;;;;regulatory;885043;70;comp;;;$rRNA;1705904;431; fin;°CDS;115492;;;;fin;°CDS;885217;;comp;;;$rRNA;1707861;170; deb;°CDS;139965;-10;comp;;deb;°CDS;902480;104;comp;;;$rRNA;1711097;866; ;regulatory;140900;336;comp;;;regulatory;903184;90;comp;;;$rRNA;1712080;431; fin;°CDS;141345;;;;fin;°CDS;903379;;comp;;;$rRNA;1714037;170; deb;°CDS;158126;618;;;deb;°CDS;935658;336;comp;;;$rRNA;1717273;251; ;$rRNA;159245;432;;;;&tRNA;937056;149;;;fin;°CDS;1717641;;comp ;$rRNA;161203;170;;;fin;°CDS;937281;;;;deb;°CDS;1769786;55; ;$rRNA;164439;188;;;deb;°CDS;980173;251;comp;;;&tRNA;1769952;329; fin;°CDS;164744;;comp;;;&tRNA;981180;76;comp;;fin;°CDS;1770354;; deb;°CDS;205431;187;;;fin;°CDS;981330;;;;deb;°CDS;1904329;130; ;tmRNA;206548;238;;;deb;°CDS;1200444;288;comp;;;&tRNA;1905665;37; deb;°CDS;207183;-17;comp;;;&tRNA;1202433;87;;;fin;°CDS;1905778;; ;&tRNA;207388;154;comp;;;&tRNA;1202593;192;;;deb;°CDS;1907638;573; fin;°CDS;207612;;comp;;fin;°CDS;1202866;;;;;$rRNA;1908904;431; deb;°CDS;327271;8;;;deb;°CDS;1206664;206;comp;;;$rRNA;1910861;170; ;ncRNA;327873;493;comp;;;&tRNA;1208139;167;;;;$rRNA;1914097;375; fin;°CDS;328741;;;;fin;°CDS;1208379;;comp;;fin;°CDS;1914589;; deb;°CDS;381615;190;;;deb;°CDS;1263240;256;comp;;deb;°CDS;1935774;178; ;&tRNA;382849;43;comp;;;&tRNA;1264393;48;comp;;;&tRNA;1936132;519; ;&tRNA;382968;284;comp;;;&tRNA;1264514;46;comp;;fin;°CDS;1936725;; fin;°CDS;383325;;;;;&tRNA;1264632;193;comp;;deb;°CDS;1969854;309;comp deb;°CDS;439838;-39;;;fin;°CDS;1264898;;;;;&tRNA;1971396;1; ;&tRNA;440078;558;comp;;deb;°CDS;1279836;365;comp;;;&tRNA;1971479;4; fin;°CDS;440709;;;;;&tRNA;1280591;97;comp;;;&tRNA;1971555;61; deb;°CDS;502556;159;comp;;fin;°CDS;1280764;;;;fin;°CDS;1971690;; ;&tRNA;503549;27;;;deb;°CDS;1294216;215;comp;;deb;°CDS;1978293;71; ;&tRNA;503649;41;;;;&tRNA;1295466;433;;;;&tRNA;1979312;376; ;&tRNA;503761;48;;;fin;°CDS;1295976;;;;fin;°CDS;1979775;; ;&tRNA;503881;31;;;deb;°CDS;1349627;113;comp;;deb;°CDS;2014827;397; ;&tRNA;503985;148;;;;&tRNA;1350001;199;comp;;;&tRNA;2016025;327; fin;°CDS;504209;;;;fin;°CDS;1350274;;comp;;fin;°CDS;2016437;; deb;°CDS;518814;64;;;deb;°CDS;1387168;75;comp;;deb;°CDS;2045606;179; ;&tRNA;521008;216;;;;&tRNA;1388878;175;comp;;;&tRNA;2047072;245; fin;°CDS;521298;;;;fin;°CDS;1389126;;;;fin;°CDS;2047402;; deb;°CDS;647871;95;comp;;deb;°CDS;1408202;580;comp;;deb;°CDS;2067227;222;comp ;&tRNA;648764;60;;;;&tRNA;1410594;469;;;;&tRNA;2068640;204;comp fin;°CDS;648912;;;;fin;°CDS;1411148;;comp;;fin;°CDS;2068918;; deb;°CDS;745690;187;comp;;deb;°CDS;1424162;142;comp;;deb;°CDS;2084303;271;comp ;&tRNA;747296;29;comp;;;&tRNA;1424793;39;comp;;;&tRNA;2085402;69;comp ;&tRNA;747399;117;comp;;;&tRNA;1424907;-8;comp;;fin;°CDS;2085543;;comp fin;°CDS;747590;;comp;;fin;°CDS;1424972;;;;deb;°CDS;2086731;224; deb;°CDS;774507;116;;;deb;°CDS;1446913;71;comp;;;&tRNA;2087969;47; ;&tRNA;775646;94;;;;ncRNA;1448136;433;comp;;;&tRNA;2088090;519; fin;°CDS;775811;;;;fin;°CDS;1448664;;;;fin;°CDS;2088685;;comp deb;°CDS;777792;218;;;deb;°CDS;1477877;47;comp;;deb;°CDS;2108837;333;comp ;&tRNA;778709;89;;;;regulatory;1479277;128;comp;;;&tRNA;2110850;422; ;&tRNA;778871;206;;;fin;°CDS;1479502;;comp;;fin;°CDS;2111349;; fin;°CDS;779150;;;;deb;°CDS;1523012;62;;;deb;°CDS;2129279;117; deb;°CDS;790385;272;;;;&tRNA;1524142;74;comp;;;&tRNA;2130626;137; ;&tRNA;793729;467;;;fin;°CDS;1524290;;comp;;fin;°CDS;2130837;; fin;°CDS;794270;;;;deb;°CDS;1533182;306;;;deb;°CDS;2170074;253;comp deb;°CDS;803537;67;comp;;;&tRNA;1534802;871;;;;&tRNA;2171440;156; ;&tRNA;804390;204;comp;;fin;°CDS;1535759;;;;fin;°CDS;2171669;; fin;°CDS;804668;;;;deb;°CDS;1605867;102;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1606163;42;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1606279;356;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1606708;;comp;;;;;; </pre> ====blo intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_tRNA|blo intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; *;;;163;;231;;'''-17;60;; ;;;-17;;154;;24;61;'''deb; ;43;comp’;190;comp’;284;;65;69;<201;15 ;;comp’;-39;comp’;558;;67;74;total;26 ;27 41 48 31;comp’;159;;148;;71;94;taux;58% ;;;24;;216;;75;117;; ;;comp’;95;;60;;102;130;'''fin; ;29;;187;;117;;113;137;<201;15 ;;;116;;94;;116;148;total;26 ;89;;218;;206;;117;149;taux;58% ;;;212;;467;;142;154;; ;;;67;comp’;204;;163;156;'''total; ;;;192;;158;;179;158;<201;30 ;;comp’;336;;149;;187;192;total;52 ;;;251;comp’;76;;192;199;taux;58% ;87;comp’;288;;192;;212;206;; ;;comp’;206;comp’;167;;218;216;; ;48 46;;256;comp’;193;;222;231;; ;;;365;comp’;97;;224;245;; ;;comp’;215;;433;;251;327;; ;;;113;;199;;256;329;; ;;;75;comp’;175;;271;376;; ;;comp’;580;comp’;469;;306;422;; ;39;;142;comp’;-8;;314;433;; ;;comp’;62;;74;;365;467;; ;;;306;;871;;397;871;'''comp’;'''cumuls ;42;;102;comp’;356;;'''-39;'''-8;'''deb; ;;;314;;130;;62;76;<201;5 ;;;65;;329;;95;97;total;13 ;1 4;comp’;309;;61;;159;167;taux;38% ;;;71;;376;;190;175;'''fin; ;;;397;;327;;206;193;<201;6 ;;;179;;245;;215;204;total;13 ;;;222;comp’;204;;253;204;taux;46% ;;;271;;69;;288;284;; ;47;;224;comp’;519;;309;356;'''total; ;;comp’;333;;422;;333;469;<201;11 ;;;117;;137;;336;519;total;26 ;;comp’;253;;156;;580;558;taux;42% ;;;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;;;; ;<201;20;21;41;;;;;; ;total;39;39;78;;;;;; ;taux;51%;54%;53%;;;;;; </pre> ===sma=== ====sma opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_opérons|sma opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Stre_aver_MA_4680_NBRC_14893/streAver_MA_4680_NBRC_14893-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_003155.5;sma;;;; 70%GC;30.6.19 Paris;16s 6;74;doubles;intercalaires ;Streptomyces avermitilis MA-4680;;;; ;357776..357847;;gtg;; ;;;;; comp;1219274..1219346;;gga;; ;;;;; comp;1225751..1225823;;gga;; ;;;;; ;1675869..1675942;;atgf;; ;;;;; comp;1965347..1965423;;ccc;; ;;;;; comp;1992012..1992088;;ccc;; ;;;;; comp;2222599..2222686;;ctc;; ;;;;; comp;3072632..3072707;;acc;; ;;;;; comp;3073568..3073684;;5s;@1;84 comp;3073769..3076918;;23s;;288 comp;3077207..3078737;;16s;; ;;;;; comp;3295252..3295324;;gag;+;20 comp;3295345..3295416;;cag;3 gag ;21 comp;3295438..3295510;;gag;2 cag;62 comp;3295573..3295645;;gag;;42 comp;3295688..3295759;;cag;; ;;;;; ;3655871..3655942;;cgg;; ;;;;; comp;3813093..3813166;;atgf;; ;;;;; comp;3815457..3815530;;atgf;; ;;;;; comp;4362610..4362695;;tta;; ;;;;; ;4410534..4410608;;caa;; ;;;;; comp;4542466..4542542;;gcg;; ;;;;; ;4589760..4589835;;agg;; ;;;;; comp;4886830..4886906;;aca;; ;;;;; comp;5024109..5024225;;5s;;84 comp;5024310..5027458;;23s;;288 comp;5027747..5029277;;16s;; ;;;;; comp;5051970..5052043;;atgf;; ;;;;; comp;5055486..5055561;;aaa;; ;;;;; ;5063087..5063159;;gaa;;47 ;5063207..5063281;;gac;;24 ;5063306..5063382;;ttc;; ;;;;; ;5068123..5068197;;gac;; ;;;;; ;5081640..5081711;;gga;;79 ;5081791..5081866;;ggc;; ;;;;; ;5085779..5085854;;ggc;; ;;;;; ;5095224..5095311;;tcc;; ;;;;; ;5129698..5129782;;tcg;; ;;;;; comp;5154937..5155009;;cgt;;205 comp;5155215..5155305;;agc;; ;;;;; comp;5177691..5177777;;tca;; ;;;;; comp;5206939..5207028;;agc;; ;;;;; comp;5299302..5299378;;atc;; ;;;;; ;5304905..5304977;;gca;; ;;;;; ;5322106..5322192;;ctg;; ;;;;; comp;5452769..5452842;;ggg;; ;;;;; comp;5594481..5594554;;ccg;; ;;;;; ;5650316..5650389;;acg;; ;;;;; ;5759342..5760872;;16s;;288 ;5761161..5764309;;23s;;84 ;5764394..5764510;;5s;; ;;;;; ;5950170..5950251;;tac;; ;;;;; ;5956602..5956674;;acc;;46 ;5956721..5956793;;atg;; ;;;;; ;5964532..5964607;;tgg;; ;;;;; ;6124386..6125916;;16s;;288 ;6126205..6129353;;23s;;84 ;6129438..6129554;;5s;; ;;;;; comp;6242261..6242335;;tgc;; ;;;;; comp;6279029..6279112;;cta;; ;;;;; comp;6329202..6329278;;aag;; ;;;;; comp;6335068..6335141;;aag;; ;;;;; comp;6349312..6349385;;aag;; ;;;;; comp;6372705..6372777;;cac;; ;;;;; comp;6501509..6501584;;aga;; ;;;;; comp;6604435..6604508;;gga;;153 comp;6604662..6604738;;cca;; ;;;;; ;6653846..6653918;;gcc;; ;;;;; ;6658303..6658375;;gcc;; ;;;;; ;6875603..6875675;;aac;+;5 ;6875681..6875753;;aac;2 aac;166 ;6875920..6875996;;atgi;; ;;;;; ;7021984..7022058;;gta;; ;;;;; ;7025336..7025415;;gtg;; ;;;;; comp;7471270..7471342;;ttg;; ;;;;; ;7765513..7767043;;16s;;284 ;7767328..7770477;;23s;;133 ;7770611..7770727;;5s;; ;;;;; comp;7937463..7937550;;ctc;; ;;;;; comp;8122352..8122426;;gtc;+;40 comp;8122467..8122538;;gtc;3 gtc;19 comp;8122558..8122629;;gtc;;1 comp;8122631..8122704;;tgc;;38 comp;8122743..8122815;;ggc;; ;;;;; ;8129564..8129635;;gtg;; ;;;;; ;8139938..8140012;;gtg;; ;;;;; ;8328596..8330126;;16s;;288 ;8330415..8333563;;23s;;84 ;8333648..8333764;;5s;; ;;;;; ;8576989..8577062;;ccc;; </pre> ====sma cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_cumuls|sma cumuls]] <pre> sma cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;6;1;1;- ;16 23 5s 0;6;20;3; ;16 atc gca;0;40;4; ;16 23 5s a;0;60;3; ;max a;0;80;2; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;0; sans ;opérons;56;160;1; ;1 aa;48;180;1; ;max a;5;200;0; ;a doubles;3;;1; ;total aas;72;;16;0 total aas;;72;;; remarques;;1;;; avec jaune;;;moyenne;61; ;;;variance;61; sans jaune;;;moyenne;34; ;;;variance;22; </pre> ====sma blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_blocs|sma blocs]] <pre> sma blocs;;;;;; 5s;84;117;84;117;288;1531 23s;288;3150;288;3149;84;3149 16s;;1531;;1531;;117 ;;;;;; 16s;288;1531;284;1531;288;1531 23s;84;3149;133;3150;84;3149 5s;;117;;117;;117 </pre> ====sma remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_remarques|sma remarques]] ====sma données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_données_intercalaires|sma données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;sma;fx;fc;sma;fx40;fc40;sma;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;1;0;9;11;0;9;11;-1;0;126;116;509;CDS 16s;; ;0;10;75;332;1;10;35;-2;4;0;467;132;615;852; ;0;20;67;220;2;3;44;-3;0;0;1265;480;653;675; ;1;30;85;143;3;13;35;-4;15;752;179;36;607;; 2;2;40;73;167;4;14;34;-5;0;0;403;84;641;; 3;1;50;86;141;5;3;47;-6;2;1;430;99;16s 23s;; 5;0;60;86;121;6;9;25;-7;2;12;563;198;5* 312;; ;3;70;78;135;7;9;22;-8;5;56;83;682;308;; 3;0;80;101;144;8;7;27;-9;0;0;91;176;23s 5s;; 1;2;90;101;123;9;3;27;-10;1;7;210;58;5* 89;; 4;3;100;85;131;10;4;36;-11;9;20;229;49;138;; 2;4;110;86;144;11;5;29;-12;0;0;44;57;5s CDS;; 1;6;120;83;122;12;9;22;-13;3;7;112;387;114;114; 2;0;130;91;136;13;5;25;-14;12;9;568;-3;134;; 4;1;140;77;123;14;3;32;-15;3;0;118;183;77;; 1;3;150;84;119;15;10;21;-16;1;5;416;422;144;; 1;0;160;71;111;16;5;21;-17;3;8;426;376;150;; 1;1;170;71;94;17;4;15;-18;3;0;504;56;tRNA tRNA;; 1;1;180;62;75;18;13;13;-19;4;5;112;236;37;;other 4;4;190;73;79;19;6;27;-20;7;11;218;51;37;;other 1;2;200;61;72;20;7;15;-21;0;0;143;116;34;;other ;1;210;59;68;21;11;15;-22;4;1;149;216;**;;tct 1;1;220;41;62;22;6;17;-23;4;4;186;133;20;;gag 2;1;230;45;58;23;7;13;-24;1;0;94;136;21;;cag 1;0;240;52;61;24;12;14;-25;0;4;186;40;62;;gag 1;0;250;51;69;25;8;12;-26;2;3;200;334;42;;gag ;1;260;54;40;26;7;21;-27;0;0;170;182;**;;cag 2;2;270;45;45;27;10;13;-28;0;2;23;408;47;;gaa ;0;280;32;34;28;12;13;-29;2;2;270;520;24;;gac ;1;290;31;50;29;8;18;-30;1;0;65;131;**;;ttc ;1;300;28;40;30;4;7;-31;2;2;183;340;79;;gga 2;0;310;31;41;31;7;17;-32;2;1;294;269;**;;ggc ;0;320;30;30;32;3;23;-33;1;0;63;719;205;;cgt ;0;330;24;41;33;8;16;-34;2;2;256;50;**;;agc 2;0;340;24;31;34;7;20;-35;2;1;120;223;46;;acc ;0;350;27;19;35;4;22;-36;2;0;33;372;**;;atgj ;0;360;20;29;36;7;17;-37;0;1;108;249;-;153;gga ;0;370;20;23;37;9;11;-38;1;1;1408;80;**;;cca 3;0;380;24;25;38;5;13;-39;3;0;88;305;5;;aac 1;0;390;25;33;39;13;13;-40;2;1;107;44;166;;aac ;1;400;13;23;40;10;15;-41;3;1;148;229;**;;atgi 7;12;reste;300;329;reste;2272;3021;-42;1;0;64;58;40;;gtc 59;56;total;2581;3894;total;2581;3894;-43;2;1;131;104;19;;gtc 51;43;diagr;2272;3554;diagr;300;862;-44;0;1;-10;166;1;;gtc 0;1; t30;227;695;;;;-45;0;0;191;310;38;;tgc ;;;;;;;;-46;1;0;117;377;**;;ggc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;185;97;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;97;147;;; ;x;2572;135;9;2716;;;-49;0;2;424;128;;; ;c;3883;1077;11;4971;;;-50;0;3;400;181;;; ;;;;;7687;164;;reste;23;24;105;267;;; ;;;;;;7851;;total;135;1077;261;92;;; ;;;;;;;;;;;105;97;;; ;;;;;;;;;;;544;101;;; ;;;;;;;;;;;39;187;;; ;;;;;;;;;;;285;127;;; ;;;;;;;;;;;;155;;; ;;;;;;;;;;;;76;;; ;;;;;;;;;;;;76;;; </pre> =====sma autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_autres_intercalaires_aas|sma autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;sma;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;357102;357266;509;*; ;;tRNA;357776;357847;116;*;gtg fin;;CDS;357964;359805;;; deb;;CDS;615881;616378;467;*; ;;tRNA;616846;616941;1265;*;tcg fin;;CDS;618207;618728;;; deb;;CDS;1218971;1219141;132;*; ;comp;tRNA;1219274;1219346;480;*;gga fin;;CDS;1219827;1220234;;; deb;;CDS;1674937;1675689;179;*; ;;tRNA;1675869;1675942;36;*;atgf fin;comp;CDS;1675979;1676188;;0; deb;;CDS;1964411;1965265;84;*; ;comp;tRNA;1965350;1965423;99;*;ccc fin;;CDS;1965523;1966050;;; deb;comp;CDS;1990145;1991611;403;*; ;comp;tRNA;1992015;1992088;198;*;ccc fin;;CDS;1992287;1992997;;; deb;comp;CDS;2220285;2222168;430;*; ;comp;tRNA;2222599;2222686;682;*;ctc fin;;CDS;2223369;2223569;;0; deb;comp;CDS;2801738;2802733;176;*; ;;tRNA;2802910;2803004;37;*;other ;;tRNA;2803042;2803136;37;*;other ;;tRNA;2803174;2803268;34;*;other ;;tRNA;2803303;2803400;563;*;tct fin;;CDS;2803964;2804761;;; deb;;CDS;3069826;3072573;58;*; ;comp;tRNA;3072632;3072707;83;*;acc deb;comp;CDS;3072791;3073453;114;*; ;comp;rRNA;3073568;3073684;89;*;117 ;comp;rRNA;3073774;3076897;312;*;3124 ;comp;rRNA;3077210;3078735;615;*;1526 fin;comp;CDS;3079351;3081036;;; deb;;CDS;3294558;3295202;49;*; ;comp;tRNA;3295252;3295324;20;*;gag ;comp;tRNA;3295345;3295416;21;*;cag ;comp;tRNA;3295438;3295510;62;*;gag ;comp;tRNA;3295573;3295645;42;*;gag ;comp;tRNA;3295688;3295759;91;*;cag fin;comp;CDS;3295851;3296585;;; deb;comp;CDS;3655220;3655813;57;*; ;;tRNA;3655871;3655942;387;*;cgg fin;comp;CDS;3656330;3657742;;; deb;;CDS;3812904;3813095;-3;*; ;comp;tRNA;3813093;3813166;210;*;atgf deb;comp;CDS;3813377;3815227;229;*; ;comp;tRNA;3815457;3815530;44;*;atgf fin;comp;CDS;3815575;3818571;;0; deb;;CDS;4361587;4362429;183;*; ;comp;tRNA;4362613;4362695;422;*;tta fin;;CDS;4363118;4363888;;; deb;comp;CDS;4408838;4410157;376;*; ;;tRNA;4410534;4410605;112;*;caa fin;;CDS;4410718;4412166;;; deb;comp;CDS;4541721;4541900;568;*; ;comp;tRNA;4542469;4542542;118;*;gcg fin;comp;CDS;4542661;4544010;;; deb;;CDS;4588309;4589343;416;*; ;;tRNA;4589760;4589835;426;*;agg fin;;CDS;4590262;4590483;;0; deb;;CDS;4885883;4886776;56;*; ;comp;tRNA;4886833;4886906;236;*;aca fin;;CDS;4887143;4888279;;; deb;comp;CDS;5023429;5023974;134;*; ;comp;rRNA;5024109;5024225;89;*;117 ;comp;rRNA;5024315;5027437;312;*;3123 ;comp;rRNA;5027750;5029275;653;*;1526 fin;comp;CDS;5029929;5030477;;0; deb;comp;CDS;5050422;5051465;504;*; ;comp;tRNA;5051970;5052043;112;*;atgf fin;comp;CDS;5052156;5053286;;0; deb;comp;CDS;5054956;5055270;218;*; ;comp;tRNA;5055489;5055561;143;*;aaa fin;comp;CDS;5055705;5057240;;; deb;;CDS;5061300;5062937;149;*; ;;tRNA;5063087;5063159;47;*;gaa ;;tRNA;5063207;5063281;24;*;gac ;;tRNA;5063306;5063379;186;*;ttc fin;;CDS;5063566;5063820;;; deb;;CDS;5064051;5068028;94;*; ;;tRNA;5068123;5068197;186;*;gac fin;;CDS;5068384;5068575;;0; deb;;CDS;5081122;5081439;200;*; ;;tRNA;5081640;5081711;79;*;gga ;;tRNA;5081791;5081866;170;*;ggc fin;;CDS;5082037;5083050;;; deb;;CDS;5085108;5085755;23;*; ;;tRNA;5085779;5085854;51;*;ggc fin;comp;CDS;5085906;5086805;;; deb;comp;CDS;5092525;5094970;83;*; ;comp;ncRNA;5095054;5095152;71;*; ;;tRNA;5095224;5095311;270;*;tcc fin;;CDS;5095582;5098305;;; deb;;CDS;5129099;5129632;65;*; ;;tRNA;5129698;5129782;183;*;tcg fin;;CDS;5129966;5130373;;; deb;;CDS;5154416;5154820;116;*; ;comp;tRNA;5154937;5155009;205;*;cgt ;comp;tRNA;5155215;5155305;216;*;agc fin;;CDS;5155522;5155989;;; deb;;CDS;5170356;5170676;133;*; ;comp;tRNA;5170810;5170919;294;*;tca fin;comp;CDS;5171214;5171450;;; deb;;CDS;5177342;5177554;136;*; ;comp;tRNA;5177691;5177777;63;*;tca fin;comp;CDS;5177841;5179259;;0; deb;;CDS;5206071;5206901;40;*; ;comp;tRNA;5206942;5207028;256;*;agc fin;comp;CDS;5207285;5207524;;; deb;;CDS;5298444;5299181;120;*; ;;tRNA;5299302;5299378;334;*;atc fin;comp;CDS;5299713;5300060;;0; deb;comp;CDS;5304174;5304722;182;*; ;;tRNA;5304905;5304977;408;*;gca fin;comp;CDS;5305386;5306087;;0; deb;comp;CDS;5320728;5321585;520;*; ;;tRNA;5322106;5322189;131;*;ctg fin;comp;CDS;5322321;5322974;;0; deb;;CDS;5451109;5452428;340;*; ;comp;tRNA;5452769;5452842;269;*;ggg fin;;CDS;5453112;5453279;;; deb;;CDS;5593279;5593761;719;*; ;comp;tRNA;5594481;5594554;33;*;ccg fin;comp;CDS;5594588;5595373;;; deb;;CDS;5648606;5650207;108;*; ;;tRNA;5650316;5650389;50;*;acg fin;comp;CDS;5650440;5651066;;0; deb;comp;CDS;5757496;5758491;852;*; ;;rRNA;5759344;5760869;312;*;1526 ;;rRNA;5761182;5764304;89;*;3123 ;;rRNA;5764394;5764510;77;*;117 fin;;CDS;5764588;5765232;;; deb;comp;CDS;5949458;5949946;223;*; ;;tRNA;5950170;5950251;1408;*;tac fin;;CDS;5951660;5951977;;0; deb;comp;CDS;5954988;5956229;372;*; ;;tRNA;5956602;5956674;46;*;acc ;;tRNA;5956721;5956793;88;*;atgj fin;;CDS;5956882;5957046;;; deb;comp;CDS;5963056;5964282;249;*; ;;tRNA;5964532;5964604;107;*;tgg fin;;CDS;5964712;5964999;;; deb;;CDS;6122773;6123780;607;*; ;;rRNA;6124388;6125913;312;*;1526 ;;rRNA;6126226;6129348;89;*;3123 ;;rRNA;6129438;6129554;114;*;117 fin;comp;CDS;6129669;6130979;;; deb;;CDS;6202121;6202654;102;*; ;;tmRNA;6202757;6203145;383;*; fin;;CDS;6203529;6204158;;0; deb;;CDS;6240993;6242183;80;*; ;comp;tRNA;6242264;6242335;305;*;tgc fin;;CDS;6242641;6244095;;; deb;;CDS;6278382;6278984;44;*; ;comp;tRNA;6279029;6279112;148;*;cta fin;comp;CDS;6279261;6280244;;0; deb;comp;CDS;6328439;6329140;64;*; ;comp;tRNA;6329205;6329278;229;*;aag fin;;CDS;6329508;6330707;;; deb;;CDS;6333360;6335009;58;*; ;comp;tRNA;6335068;6335141;131;*;aag fin;comp;CDS;6335273;6336031;;; deb;;CDS;6347684;6349207;104;*; ;comp;tRNA;6349312;6349385;-10;*;aag fin;comp;CDS;6349376;6350023;;; deb;comp;CDS;6372118;6372513;191;*; ;comp;tRNA;6372705;6372777;117;*;cac fin;comp;CDS;6372895;6373497;;; deb;;CDS;6500479;6501345;166;*; ;comp;tRNA;6501512;6501584;310;*;aga fin;;CDS;6501895;6503502;;; deb;;CDS;6603863;6604057;377;*; ;comp;tRNA;6604435;6604508;153;*;gga ;;tRNA;6604662;6604738;185;*;cca fin;;CDS;6604924;6606315;;; deb;;CDS;6653086;6653748;97;*; ;;tRNA;6653846;6653918;97;*;gcc fin;comp;CDS;6654016;6654909;;0; deb;comp;CDS;6656953;6658155;147;*; ;;tRNA;6658303;6658375;128;*;gcc fin;comp;CDS;6658504;6660114;;; deb;comp;CDS;6875107;6875421;181;*; ;;tRNA;6875603;6875675;5;*;aac ;;tRNA;6875681;6875753;166;*;aac ;;tRNA;6875920;6875993;424;*;atgi fin;;CDS;6876418;6876726;;0; deb;comp;CDS;7020916;7021716;267;*; ;;tRNA;7021984;7022058;92;*;gta fin;comp;CDS;7022151;7022579;;0; deb;;CDS;7024786;7024941;400;*; ;;tRNA;7025342;7025415;97;*;gtg fin;comp;CDS;7025513;7025833;;; deb;;CDS;7092672;7093520;145;*; ;;ncRNA;7093666;7094071;529;*; fin;comp;CDS;7094601;7095764;;; deb;comp;CDS;7470385;7471164;105;*; ;comp;tRNA;7471270;7471342;101;*;ttg fin;;CDS;7471444;7472100;;0; deb;;CDS;7764232;7764873;641;*; ;;rRNA;7765515;7767040;308;*;1526 ;;rRNA;7767349;7770472;138;*;3124 ;;rRNA;7770611;7770727;144;*;117 fin;;CDS;7770872;7772263;;; deb;comp;CDS;7933326;7937201;261;*; ;comp;tRNA;7937463;7937550;187;*;ctc fin;;CDS;7937738;7939063;;; deb;;CDS;8121931;8122224;127;*; ;comp;tRNA;8122352;8122426;40;*;gtc ;comp;tRNA;8122467;8122538;19;*;gtc ;comp;tRNA;8122558;8122629;1;*;gtc ;comp;tRNA;8122631;8122704;38;*;tgc ;comp;tRNA;8122743;8122815;155;*;ggc fin;;CDS;8122971;8124014;;; deb;;CDS;8129024;8129458;105;*; ;;tRNA;8129564;8129635;544;*;gtg fin;;CDS;8130180;8131466;;; deb;;CDS;8139440;8139898;39;*; ;;tRNA;8139938;8140009;76;*;gtg fin;comp;CDS;8140086;8140811;;0; deb;comp;CDS;8327473;8327922;675;*; ;;rRNA;8328598;8330123;312;*;1526 ;;rRNA;8330436;8333558;89;*;3123 ;;rRNA;8333648;8333764;150;*;117 fin;;CDS;8333915;8334523;;; deb;;CDS;8575186;8576703;285;*; ;;tRNA;8576989;8577062;76;*;ccc fin;comp;CDS;8577139;8577675;;0; </pre> ====sma distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_distribution|sma distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;4;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;3;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;2;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;3;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;4;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total sma;;48;;;;;;;sma;17;;;;;;;;sma;7;;;;;; </pre> ===ksk=== ====ksk opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_opérons|ksk opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Kita_seta_KM_6054/kitaSeta_KM_6054-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_016109.1;ksk;;;; 72%GC;30.6.19 Paris;16s 9;74;doubles;intercalaires ;Kitasatospora setae KM-6054;;;; comp;631024..631098;;act;; ;;;;; ;976172..976245;;tgc;; ;;;;; comp;1615691..1615765;;gtg;+;206 comp;1615972..1616046;;gtg;2 gtg; ;;;;; ;1621501..1621576;;ggc;;76 ;1621653..1621726;;tgc;;36 ;1621763..1621834;;gtc;+;34 ;1621869..1621940;;gtc;3 gtc;37 ;1621978..1622052;;gtc;; ;;;;; comp;1707344..1707460;;5s;@1;73 comp;1707534..1710667;;23s;;267 comp;1710935..1712463;;16s;; ;;;;; comp;1888620..1888736;;5s;;73 comp;1888810..1891942;;23s;;267 comp;1892210..1893738;;16s;; ;;;;; ;1970574..1970661;;ctc;; ;;;;; ;2264495..2264580;;ttg;; ;;;;; comp;2741186..2741257;;gta;; ;;;;; comp;2788071..2788147;;atgi;; ;;;;; comp;2790422..2790494;;aac;+;5 comp;2790500..2790572;;aac;2 aac; ;;;;; comp;2887231..2887303;;gcc;+;269 comp;2887573..2887645;;gcc;3 gcc;38 comp;2887684..2887756;;gcc;@2; ;;;;; comp;2932411..2932487;;cca;;151 direct;2932639..2932712;;gga;; ;;;;; comp;2982955..2983071;;5s;;73 comp;2983145..2986276;;23s;;266 comp;2986543..2988071;;16s;; ;;;;; ;3018063..3018138;;cac;; ;;;;; ;3036654..3036730;;aag;; ;;;;; ;3044201..3044277;;aag;; ;;;;; ;3111827..3111900;;aag;;129 ;3112030..3112103;;aag;; ;;;;; ;3157748..3157834;;cta;; ;;;;; ;3210241..3210315;;tgc;; ;;;;; comp;3289891..3290007;;5s;;73 comp;3290081..3293213;;23s;;267 comp;3293481..3295009;;16s;; ;;;;; comp;3608705..3608777;;tgg;; ;;;;; comp;3616894..3616969;;atgj;;42 comp;3617012..3617084;;acc;; ;;;;; comp;3618677..3618757;;tac;; ;;;;; comp;3851412..3851488;;aca;; ;;;;; comp;3987214..3987290;;acg;; ;;;;; ;4071208..4071281;;ccg;; ;;;;; ;4095099..4095186;;tcc;; ;;;;; ;4142544..4142633;;tcg;; ;;;;; comp;4160864..4160939;;cgt;+;35 comp;4160975..4161050;;cgt;2 cgt;240 comp;4161291..4161381;;agc;@; ;;;;; comp;4177523..4177608;;tca;; ;;;;; comp;4240397..4240470;;ggg;; ;;;;; ;4285828..4285900;;ggc;+;51 ;4285952..4286027;;ggc;2 ggc; ;;;;; ;4383368..4383444;;atc;; ;;;;; ;4385556..4385631;;gca;; ;;;;; ;4401492..4401575;;ctg;; ;;;;; comp;4622975..4623048;;gac;; ;;;;; comp;4640883..4640959;;ttc;;34 comp;4640994..4641067;;gac;;42 comp;4641110..4641182;;gaa;; ;;;;; ;4651832..4651904;;aaa;; ;;;;; comp;4773547..4773620;;atgf;; ;;;;; comp;4774128..4774201;;atgf;; ;;;;; ;4796510..4798038;;16s;;267 ;4798306..4801439;;23s;;71 ;4801511..4801627;;5s;; ;;;;; ;5027433..5027508;;agg;; ;;;;; ;5076388..5076464;;gcg;; ;;;;; ;5123784..5123856;;acc;; ;;;;; ;5132819..5132892;;caa;; ;;;;; comp;5216466..5216550;;tta;; ;;;;; ;5430075..5430148;;atgf;; ;;;;; comp;5530949..5531020;;cgg;; ;;;;; ;5714968..5715039;;cag;;21 ;5715061..5715133;;gag;+;38 ;5715172..5715244;;gag;3 gag;13 ;5715258..5715330;;gag;2 cag;4 ;5715335..5715409;;cag;; ;;;;; ;5853168..5854696;;16s;;256 ;5854953..5858085;;23s;;73 ;5858159..5858275;;5s;; ;;;;; ;5932168..5933696;;16s;;256 ;5933953..5937085;;23s;;71 ;5937157..5937273;;5s;; ;;;;; ;6074082..6075610;;16s;;264 ;6075875..6079006;;23s; ;73 ;6079080..6079196;;5s;; ;;;;; comp;6104344..6104419;;aga;; ;;;;; ;6400221..6401749;;16s;;267 ;6402017..6405146;;23s; ;106 ;6405253..6405369;;5s;; ;;;;; ;6485836..6485909;;ccc;; ;;;;; ;7355279..7355354;;tgc;;19 ;7355374..7355449;;ggc;; ;;;;; comp;7461078..7461165;;ctc;; </pre> ====ksk cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_cumuls|ksk cumuls]] <pre> ksk cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;9;1;0;- ;16 23 5s 0;9;20;4; ;16 atc gca;0;40;8; ;16 23 5s a;0;60;3; ;max a;0;80;1; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;1; sans ;opérons;49;160;1; ;1 aa;37;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;7;;3; ;total aas;70;;21;0 total aas;;70;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;72; ;;;variance;79; sans jaune;;;moyenne;33; ;;;variance;18; </pre> ====ksk blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_blocs|ksk blocs]] <pre> ksk blocs;;;;;; ;;;;;; 5s;73;117;73;117;73;117 23s;267;3134;267;3133;266;3132 16s;;1529;;1529;;1529 ;;;;;; 16s;73;117;267;1529;256;1529 23s;267;3133;71;3134;73;3133 5s;;1529;;117;;117 ;;;;;; 16s;256;1529;264;1529;267;1529 23s;71;3133;73;3132;106;3130 5s;;117;;117;;117 </pre> ====ksk remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_remarques|ksk remarques]] ====ksk données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_données_intercalaires|ksk données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ksk;fx;fc;ksk;fx40;fc40;ksk;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa 1;1;0;7;4;0;7;4;-1;0;107;188;214;CDS 16s;;;tRNA tRNA;; 1;0;10;98;244;1;2;28;-2;1;0;140;967;619;672;;35;;other ;1;20;92;147;2;1;40;-3;0;1;66;108;525;734;;**;;other ;1;30;100;126;3;4;26;-4;12;663;71;462;645;;;209;;gtg ;1;40;93;170;4;4;29;-5;0;0;108;303;553;;;**;;gtg 2;0;50;75;173;5;3;38;-6;0;1;92;240;452;;;79;;ggc ;3;60;101;159;6;10;16;-7;7;10;156;551;405;;;36;;tgc 3;2;70;104;153;7;47;13;-8;1;45;254;1;611;;;34;;gtc 5;2;80;118;172;8;3;12;-9;1;0;114;92;16s 23s;;;37;;gtc ;3;90;97;176;9;13;19;-10;3;9;176;79;5* 291;;;**;;gtc 3;1;100;102;157;10;11;23;-11;4;22;108;172;290;;;5;;aac 1;5;110;92;183;11;3;27;-12;0;0;101;292;2* 280;;;**;;aac 2;4;120;74;130;12;8;12;-13;4;9;70;299;288;;;269;;gcc ;2;130;70;171;13;9;13;-14;2;16;84;119;23s 5s;;;38;;gcc 2;2;140;68;123;14;3;22;-15;0;1;312;309;6* 78;;;**;;gcc ;3;150;63;112;15;9;10;-16;3;3;139;151;2* 76;;;-;151;cca 2;3;160;74;110;16;9;12;-17;3;12;83;112;108;;;**;;gga ;2;170;62;135;17;9;16;-18;1;0;748;66;5s CDS;;;18;;cga 3;1;180;56;95;18;13;7;-19;0;5;117;176;101;82;;18;;cga 1;1;190;48;106;19;16;13;-20;3;7;88;252;182;;;18;;other ;1;200;48;87;20;13;15;-21;1;0;402;70;251;;;18;;cga 1;0;210;45;69;21;13;7;-22;1;2;329;463;553;;;**;;other 2;0;220;54;57;22;14;14;-23;3;6;52;1447;205;;;129;;aag ;0;230;45;77;23;11;18;-24;1;0;159;310;271;;;**;;aag 1;0;240;44;60;24;11;8;-25;1;1;278;263;3080;;;42;;atgj 1;1;250;40;57;25;12;8;-26;1;3;252;75;239;;;**;;acc 2;3;260;44;43;26;4;13;-27;1;0;58;214;;;;35;;cgt 2;0;270;42;51;27;8;9;-28;4;3;1021;93;;;;240;;cgt ;1;280;36;37;28;9;15;-29;4;2;154;314;;;;**;;agc ;1;290;36;45;29;7;23;-30;2;0;161;201;;;;51;;ggc 2;0;300;30;36;30;11;11;-31;0;2;16;157;;;;**;;ggc 3;0;310;36;33;31;8;18;-32;2;0;285;76;;;;34;;ttc 1;2;320;25;22;32;5;14;-33;0;0;110;353;;;;42;;gac ;1;330;28;22;33;7;11;-34;2;1;116;47;;;;**;;gaa ;0;340;20;22;34;15;19;-35;2;1;109;405;;;;21;;cag 1;0;350;19;23;35;14;19;-36;1;0;145;75;;;;38;;gag 1;0;360;26;20;36;6;17;-37;0;0;122;-3;;;;13;;gag ;0;370;12;20;37;12;18;-38;0;1;245;70;;;;4;;gag ;0;380;18;10;38;8;30;-39;0;0;849;46;;;;**;;gag ;0;390;13;22;39;8;13;-40;2;1;71;180;;;;22;;tgc ;0;400;12;20;40;10;11;-41;0;1;113;246;;;;**;;ggc 8;4;reste;297;316;reste;2174;3304;-42;0;0;149;350;;;;;; 51;52;total;2564;3995;total;2564;3995;-43;0;1;167;80;;;;;; 42;47;diagr;2260;3675;diagr;383;687;-44;0;0;124;183;;;;;; 1;2; t30;290;517;;;;-45;2;0;318;135;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;57;140;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;259;749;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;199;819;;;;;; ;x;2557;93;7;2657;;;-49;1;1;148;251;;;;;; ;c;3991;959;4;4954;;;-50;2;1;-13;94;;;;;; ;;;;;7611;171;;reste;14;21;25;270;;;;;; ;;;;;;7782;;total;93;959;32;;;;;;; </pre> =====ksk autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_autres_intercalaires_aas|ksk autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ksk;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;629741;630835;188;*; ;comp;tRNA;631024;631098;140;*;act fin;comp;CDS;631239;632909;;; deb;comp;CDS;975508;975957;214;*; ;;tRNA;976172;976242;66;*;tgc fin;;CDS;976309;977706;;0; deb;comp;CDS;1013242;1014198;71;*; ;comp;tRNA;1014270;1014354;35;*;other ;comp;tRNA;1014390;1014474;967;*;other fin;;CDS;1015442;1015951;;; deb;;CDS;1614812;1615585;108;*; ;comp;tRNA;1615694;1615765;209;*;gtg ;comp;tRNA;1615975;1616046;462;*;gtg fin;;CDS;1616509;1616922;;; deb;comp;CDS;1620154;1621197;303;*; ;;tRNA;1621501;1621573;79;*;ggc ;;tRNA;1621653;1621726;36;*;tgc ;;tRNA;1621763;1621834;34;*;gtc ;;tRNA;1621869;1621940;37;*;gtc ;;tRNA;1621978;1622052;240;*;gtc fin;comp;CDS;1622293;1622469;;0; deb;comp;CDS;1706631;1707242;101;*; ;comp;rRNA;1707344;1707460;78;*;117 ;comp;rRNA;1707539;1710646;291;*;3108 ;comp;rRNA;1710938;1712461;672;*;1524 fin;;CDS;1713134;1713583;;; deb;;CDS;1888172;1888537;82;*; ;comp;rRNA;1888620;1888736;78;*;117 ;comp;rRNA;1888815;1891921;291;*;3107 ;comp;rRNA;1892213;1893736;619;*;1524 fin;comp;CDS;1894356;1895450;;; deb;comp;CDS;1969567;1970022;551;*; ;;tRNA;1970574;1970661;1;*;ctc fin;comp;CDS;1970663;1971622;;0; deb;comp;CDS;2263749;2264402;92;*; ;;tRNA;2264495;2264577;108;*;ttg fin;;CDS;2264686;2265490;;0; deb;;CDS;2661716;2662345;70;*; ;comp;ncRNA;2662416;2662817;52;*; fin;comp;CDS;2662870;2663124;;1; deb;;CDS;2740927;2741106;79;*; ;comp;tRNA;2741186;2741257;172;*;gta fin;;CDS;2741430;2742695;;; deb;;CDS;2785520;2787781;292;*; ;comp;tRNA;2788074;2788147;299;*;atgi fin;;CDS;2788447;2789340;;; deb;;CDS;2789514;2790302;119;*; ;comp;tRNA;2790422;2790494;5;*;aac ;comp;tRNA;2790500;2790572;309;*;aac fin;;CDS;2790882;2791175;;; deb;comp;CDS;2885846;2887138;92;*; ;comp;tRNA;2887231;2887303;269;*;gcc ;comp;tRNA;2887573;2887645;38;*;gcc ;comp;tRNA;2887684;2887756;156;*;gcc fin;comp;CDS;2887913;2888560;;; deb;comp;CDS;2930765;2932159;254;*; ;comp;tRNA;2932414;2932487;151;*;cca ;;tRNA;2932639;2932712;151;*;gga fin;comp;CDS;2932864;2933883;;; deb;comp;CDS;2982257;2982772;182;*; ;comp;rRNA;2982955;2983071;78;*;117 ;comp;rRNA;2983150;2986255;290;*;3106 ;comp;rRNA;2986546;2988069;525;*;1524 fin;comp;CDS;2988595;2989311;;; deb;;CDS;3017346;3017948;114;*; ;;tRNA;3018063;3018138;176;*;cac fin;;CDS;3018315;3018761;;0; deb;;CDS;3036003;3036545;108;*; ;;tRNA;3036654;3036727;101;*;aag fin;;CDS;3036829;3037074;;1; deb;comp;CDS;3042508;3044088;112;*; ;;tRNA;3044201;3044274;66;*;aag fin;comp;CDS;3044341;3044712;;0; deb;comp;CDS;3073276;3074226;70;*; ;comp;tRNA;3074297;3074387;18;*;cga ;comp;tRNA;3074406;3074496;18;*;cga ;comp;tRNA;3074515;3074605;18;*;other ;comp;tRNA;3074624;3074714;18;*;cga ;comp;tRNA;3074733;3074823;176;*;other fin;;CDS;3075000;3076004;;; deb;;CDS;3110984;3111742;84;*; ;;tRNA;3111827;3111900;129;*;aag ;;tRNA;3112030;3112103;312;*;aag fin;;CDS;3112416;3114647;;; deb;comp;CDS;3155159;3157495;252;*; ;;tRNA;3157748;3157831;70;*;cta fin;comp;CDS;3157902;3158507;;; deb;comp;CDS;3209463;3209777;463;*; ;;tRNA;3210241;3210315;1447;*;tgc fin;comp;CDS;3211763;3211972;;; deb;comp;CDS;3232464;3233834;193;*; ;comp;tmRNA;3234028;3234406;122;*; fin;comp;CDS;3234529;3235011;;; deb;comp;CDS;3289487;3289639;251;*; ;comp;rRNA;3289891;3290007;78;*;117 ;comp;rRNA;3290086;3293192;291;*;3107 ;comp;rRNA;3293484;3295007;645;*;1524 fin;comp;CDS;3295653;3296657;;0; deb;comp;CDS;3608197;3608565;139;*; ;comp;tRNA;3608705;3608777;310;*;tgg fin;;CDS;3609088;3610326;;; deb;comp;CDS;3616649;3616813;83;*; ;comp;tRNA;3616897;3616969;42;*;atgj ;comp;tRNA;3617012;3617084;263;*;acc deb;;CDS;3617348;3618601;75;*; ;comp;tRNA;3618677;3618757;214;*;tac fin;;CDS;3618972;3619460;;; deb;;CDS;3848397;3851321;93;*; ;comp;tRNA;3851415;3851488;314;*;aca fin;;CDS;3851803;3852900;;; deb;comp;CDS;3985689;3986465;748;*; ;comp;tRNA;3987214;3987290;117;*;acg fin;comp;CDS;3987408;3988070;;; deb;;CDS;4070175;4071119;88;*; ;;tRNA;4071208;4071281;402;*;ccg fin;;CDS;4071684;4073162;;; deb;comp;CDS;4092593;4094809;66;*; ;comp;ncRNA;4094876;4094966;132;*; ;;tRNA;4095099;4095183;329;*;tcc fin;;CDS;4095513;4095974;;; deb;;CDS;4142060;4142491;52;*; ;;tRNA;4142544;4142633;159;*;tcg fin;;CDS;4142793;4143458;;0; deb;comp;CDS;4160403;4160585;278;*; ;comp;tRNA;4160864;4160939;35;*;cgt ;comp;tRNA;4160975;4161050;240;*;cgt ;comp;tRNA;4161291;4161381;201;*;agc fin;;CDS;4161583;4164981;;0; deb;comp;CDS;4176515;4177270;252;*; ;comp;tRNA;4177523;4177608;58;*;tca fin;comp;CDS;4177667;4178776;;0; deb;comp;CDS;4235119;4239375;1021;*; ;comp;tRNA;4240397;4240470;157;*;ggg fin;;CDS;4240628;4240849;;; deb;;CDS;4285356;4285673;154;*; ;;tRNA;4285828;4285900;51;*;ggc ;;tRNA;4285952;4286024;161;*;ggc fin;;CDS;4286186;4287187;;; deb;;CDS;4381966;4383351;16;*; ;;tRNA;4383368;4383441;285;*;atc fin;;CDS;4383727;4384749;;; deb;;CDS;4385317;4385445;110;*; ;;tRNA;4385556;4385628;76;*;gca fin;comp;CDS;4385705;4386631;;0; deb;comp;CDS;4400257;4401138;353;*; ;;tRNA;4401492;4401575;47;*;ctg fin;comp;CDS;4401623;4402147;;0; deb;;CDS;4622363;4622569;405;*; ;comp;tRNA;4622975;4623048;116;*;gac fin;comp;CDS;4623165;4627139;;0; deb;comp;CDS;4640228;4640773;109;*; ;comp;tRNA;4640883;4640959;34;*;ttc ;comp;tRNA;4640994;4641067;42;*;gac ;comp;tRNA;4641110;4641182;145;*;gaa fin;comp;CDS;4641328;4641669;;0; deb;;CDS;4651026;4651709;122;*; ;;tRNA;4651832;4651904;245;*;aaa fin;;CDS;4652150;4652317;;0; deb;comp;CDS;4770979;4772697;849;*; ;comp;tRNA;4773547;4773620;75;*;atgf deb;;CDS;4773696;4774130;-3;*; ;comp;tRNA;4774128;4774201;71;*;atgf fin;comp;CDS;4774273;4775532;;0; deb;;CDS;4794735;4795958;553;*; ;;rRNA;4796512;4798035;291;*;1524 ;;rRNA;4798327;4801434;76;*;3108 ;;rRNA;4801511;4801627;280;*;117 fin;;CDS;4801908;4802828;;; deb;;CDS;5026285;5027319;113;*; ;;tRNA;5027433;5027505;70;*;agg fin;comp;CDS;5027576;5028037;;1; deb;;CDS;5075303;5076238;149;*; ;;tRNA;5076388;5076464;46;*;gcg fin;comp;CDS;5076511;5077533;;0; deb;comp;CDS;5121699;5123603;180;*; ;;tRNA;5123784;5123856;167;*;acc fin;;CDS;5124024;5124683;;; deb;comp;CDS;5131586;5132572;246;*; ;;tRNA;5132819;5132889;124;*;caa fin;;CDS;5133014;5134459;;; deb;comp;CDS;5215779;5216147;318;*; ;comp;tRNA;5216466;5216550;350;*;tta fin;;CDS;5216901;5217674;;; deb;;CDS;5427006;5430017;57;*; ;;tRNA;5430075;5430148;259;*;atgf fin;;CDS;5430408;5432459;;; deb;;CDS;5530116;5530868;80;*; ;comp;tRNA;5530949;5531020;183;*;cgg fin;;CDS;5531204;5531737;;; deb;;CDS;5713254;5714768;199;*; ;;tRNA;5714968;5715039;21;*;cag ;;tRNA;5715061;5715133;38;*;gag ;;tRNA;5715172;5715244;13;*;gag ;;tRNA;5715258;5715330;4;*;gag ;;tRNA;5715335;5715409;135;*;gag fin;comp;CDS;5715545;5716258;;0; deb;comp;CDS;5851701;5852435;734;*; ;;rRNA;5853170;5854693;280;*;1524 ;;rRNA;5854974;5858080;78;*;3107 ;;rRNA;5858159;5858275;205;*;117 fin;;CDS;5858481;5859890;;; deb;;CDS;5930032;5931717;452;*; ;;rRNA;5932170;5933693;280;*;1524 ;;rRNA;5933974;5937080;76;*;3107 ;;rRNA;5937157;5937273;271;*;117 fin;;CDS;5937545;5938228;;0; deb;;CDS;6072887;6073678;405;*; ;;rRNA;6074084;6075607;288;*;1524 ;;rRNA;6075896;6079001;78;*;3106 ;;rRNA;6079080;6079196;3080;*;117 fin;;CDS;6082277;6082420;;; deb;;CDS;6103592;6104206;140;*; ;comp;tRNA;6104347;6104419;749;*;aga fin;;CDS;6105169;6105423;;; deb;;CDS;6398346;6399611;611;*; ;;rRNA;6400223;6401746;291;*;1524 ;;rRNA;6402038;6405144;108;*;3107 ;;rRNA;6405253;6405369;239;*;117 fin;;CDS;6405609;6406436;;; deb;;CDS;6484449;6485687;148;*; ;;tRNA;6485836;6485909;819;*;ccc fin;comp;CDS;6486729;6487430;;; deb;comp;CDS;7351591;7353366;251;*; ;;tRNA;7353618;7353693;-13;*;gcc fin;;CDS;7353681;7353821;;; deb;;CDS;7353841;7355253;25;*; ;;tRNA;7355279;7355351;22;*;tgc ;;tRNA;7355374;7355446;32;*;ggc fin;;CDS;7355479;7356687;;0; deb;;CDS;7459688;7460983;94;*; ;comp;tRNA;7461078;7461165;270;*;ctc fin;;CDS;7461436;7462761;;; </pre> ====ksk distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_distribution|ksk distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;3;gac;;ggc;2 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;3;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ksk;;37;;;;;;;ksk;14;;;;;;;;ksk;19;;;;;; </pre> ===actino synthèse=== ====actino distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_génome|actino distribution par génome]] <pre> actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total ase;58;32;;;;0;6;;96 blo;19;31;;;;0;6;;56 sma;17;48;;;;0;7;;72 ksk;14;37;;;;0;19;;70 total;108;148;0;0;0;0;38;0;294 </pre> ====actino distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_du_total|actino distribution du total]] <pre> actino4;;;;;;;294 atgi;4;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;1;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10 atc;5;acc;7;aac;9;agc;7 ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9 gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14 tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5 cta;4;cca;6;caa;3;cga; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7 ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7 atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4 ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5 gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;146;148;;;;0;295 </pre> ====actino distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_type|actino distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38 atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc; ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4 gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2 tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg; ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====actino par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_par_rapport_au_groupe_de_référence|actino par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;55;28;26;;;;109; 16;moyen;50;38;;;;;88; 14;fort;43;42;12;;;;97; ; ;148;108;38;;;;294; 10;g+cga;31;18;15;;;;64; 2;agg+cgg;8;1;;;;;9; 4;carre ccc;15;9;11;;;;35; 5;autres;1;;;;;;1; ;;55;28;26;;;;109; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;187;95;88;;;;371;26 16;moyen;170;129;;;;;299;324 14;fort;146;143;41;;;;330;650 ; ;503;367;129;;;;294;729 10;g+cga;105;61;51;;;;218;10 2;agg+cgg;27;3;;;;;31; 4;carre ccc;51;31;37;;;;119;16 5;autres;3;;;;;;3; ;;187;95;88;;;;371; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;187;95;88;371;26;37;26;68 16;moyen;170;129;;299;324;34;35; 14;fort;146;143;41;330;650;29;39;32 ; ;503;367;129;294;729;148;108;38 10;g+cga;105;61;51;218;10;56;64;58 2;agg+cgg;27;3;;31;;15;4; 4;carre ccc;51;31;37;119;16;27;32;42 5;autres;3;;;3;;2;; ;;187;95;88;371;;55;28;26 </pre> ====actinobacteria, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actinobacteria,_estimation_des_-rRNAs|actinobacteria, estimation des -rRNAs]] <pre> actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 99 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;99;2; ; ;;indices;;;;99;2;0;0;;actino4;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;294 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;7;aac;9;agc;7 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;5;aga;5 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;4;cca;6;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;88;;97;;109;294 26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;86713;0.5;0.2;;;;;;618;21937;0,5;0,2;;actino;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;275 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;25;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;106;tcc;98;tac;104;tgc;118;;ttc;106;tcc;100;tac;104;tgc;118;;ttc;125;tcc;125;tac;125;tgc;250 atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;125;acc;175;aac;225;agc;175 ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;200;ccc;150;cac;125;cgt;225 gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;275;gcc;250;gac;250;ggc;350 tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;125;aga;125 cta;100;cca;100;caa;99;cga;1;;cta;100;cca;100;caa;99;cga;1.4;;cta;100;cca;150;caa;75;cga; gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;100;gca;125;gaa;125;gga;175 ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;125;tcg;100;tag;;tgg;175 atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;100;acg;150;aag;275;agg;100 ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;175;ccg;100;cag;200;cgg;125 gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;250;gcg;150;gag;250;ggg;125 ;;1677;;1634;;1736;5047;;;;1679;;1634;;1736;5049;;;;2200;;2425;;2725;7350 rapports;;100;;100;;100;100;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;actino;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;54.081;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;100;tat;;atgf;51 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;5354;;;0/0;;;;;att;;act;97;aat;;agt;100 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;2;;;10;10;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;99;;;20;12;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;98;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;15;tcc;22;tac;17;tgc;53 atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;actino;73.5;;;40;5;;;;atc;17;acc;37;aac;44;agc;41 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;294;;;50;12;41;;;ctc;44;ccc;29;cac;20;cgt;42 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;0;;;60;4;;;;gtc;47;gcc;48;gac;45;ggc;47 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;0;aaa;17;aga;18 cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par actino ;;;;90;0;;;;cta;0;cca;33;caa;24;cga;100 gta;100;gca;100;gaa;100;gga;100;;est 36% au dessus;;;;100;3;;;;gta;2;gca;5;gaa;19;gga;38 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;16;tcg;20;tag;100;tgg;38 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;2;acg;31;aag;54;agg;4 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;43;ccg;1;cag;45;cgg;16 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;54;gcg;43;gag;43;ggg;17 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;313;;395;;593;1301 </pre> ==cyano== ===npu=== ====npu opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_opérons|npu opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Nost_punc_PCC_73102_ATCC_29133/nostPunc_PCC_73102_ATCC29133-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_010628.1;npu;;genome;;;;;;;; 41.4%GC;12.8.19 Paris;16s 4;79;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Nostoc punctiforme PCC 73102 ATCC 29133 ;;;;;;;;;;; ;199270..199464;;CDS;;237;237;;;65;; comp;199702..199775;;agg;;33;33;;;;; comp;199809..200906;;CDS;;;;;;366;; ;;;;;;;;;;; comp;352653..353060;;CDS;;690;*690;;;136;; comp;353751..353822;;ggc;;147;147;;;;; comp;353970..354548;;CDS;;;;;;193;; ;;;;;;;;;;; ;503259..503606;;CDS;;145;145;;;116;; ;503752..503827;;atgj;+;-1;;*-1;;;; ;503827..503901;;atgj;2 atg;397;397;;;;; ;504299..505384;;CDS;@1;;;;;362;; ;;;;;;;;;;; comp;777899..778429;;CDS;;34;34;;;177;; ;778464..778537;;cgt;;38;38;;;;; comp;778576..779829;;CDS;;;;;;418;; ;;;;;;;;;;; ;878016..878609;;CDS;;384;384;;;198;; ;878994..879064;;tgc;;205;205;;;;; ;879270..879491;;CDS;;;;;;74;; ;;;;;;;;;;; comp;951559..952671;;CDS;;53;53;;;371;; ;952725..952796;;acc;;310;310;;;;; comp;953107..953340;;CDS;;;;;;78;; ;;;;;;;;;;; comp;954493..955170;;CDS;;72;72;;;226;; comp;955243..955315;;aga;;356;356;;;;; ;955672..956331;;CDS;;;;;;220;; ;;;;;;;;;;; ; 1054005..1054811;;CDS;;290;290;;;269;; comp;1055102..1055172;;gga;;50;50;;;;; comp;1055223..1056383;;CDS;;;;;;387;; ;;;;;;;;;;; comp;1175326..1175523;;CDS;;247;247;;;66;; comp;1175771..1175844;;ccg;;138;138;;;;; ;1175983..1176855;;CDS;;;;;;291;; ;;;;;;;;;;; ;1380042..1380593;;CDS;;226;226;;;184;; comp;1380820..1380904;;tcc;;107;107;;;;; ;1381012..1381380;;CDS;;;;;;123;; ;;;;;;;;;;; ;1442145..1442867;;CDS;;32;32;;;241;; ;1442900..1442974;;ttc;;362;362;;;;; ;1443337..1444770;;CDS;;;;;;478;; ;;;;;;;;;;; comp;1650791..1652236;;CDS;;133;133;;;482;; comp;1652370..1652443;;gac;;111;111;;;;; comp;1652555..1653088;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; comp;2020233..2021171;;CDS;;317;317;;;313;; ;2021489..2022985;;16s;;123;;;;1497;; ;2023109..2023185;;atc;;79;;;79;;; ;2023265..2023340;;gca;;249;;;;;; ;2023590..2026486;;23s;;59;;;;2897;; ;2026546..2026663;;5s;;230;230;;;118;; > comp;2026894..2027373;;CDS;;;;;;160;; ;;;;;;;;;;; comp;2303766..2304149;;CDS;;124;124;;;128;; ;2304274..2304349;;cac;;1362;*1362;;;;; ;2305712..2308132;;CDS;;;;;;*807;; ;;;;;;;;;;; comp;3372671..3373291;;CDS;;143;143;;;207;; ;3373435..3373507;;gta;;415;*415;;;;; ;3373923..3374555;;CDS;;;;;;211;; ;;;;;;;;;;; comp;3434121..3435443;;CDS;;204;204;;;441;; comp;3435648..3435739;;agc;;141;141;;;;; comp;3435881..3436813;;CDS;;;;;;311;; ;;;;;;;;;;; ;3439846..3440202;;CDS;@2;-19;*-19;;;119;; comp;3440184..3440257;;gca;;48;;48;;;; comp;3440306..3440378;;aca;+;8;;8;;;; comp;3440387..3440462;;atgf;2 aca;11;;11;;;; comp;3440474..3440546;;cta;;4;;4;;;; comp;3440551..3440623;;ccg;;6;;6;;;; comp;3440630..3440706;;ctc;;2;;2;;;; comp;3440709..3440785;;ctg;;3;;3;;;; comp;3440789..3440861;;cca;;1;;1;;;; comp;3440863..3440940;;tta;;6;;6;;;; comp;3440947..3441023;;ttg;;6;;6;;;; comp;3441030..3441105;;caa;;3;;3;;;; comp;3441109..3441181;;cag;;5;;5;;;; comp;3441187..3441261;;aac;;6;;6;;;; comp;3441268..3441365;;aca;;81;;*81;;;; comp;3441447..3441521;;cgt;;4;;4;;;; comp;3441526..3441615;;agc;;113;;*113;;;; comp;3441729..3441800;;gaa;;58;;58;;;; comp;3441859..3441933;;tgg;;88;;*88;;;; comp;3442022..3442095;;tgc;;132;;*132;;;; comp;3442228..3442301;;gac;;118;118;;;;; comp;3442420..3442614;;CDS;;;;;;65;; ;;;;;;;;;;; ;3448311..3448919;;CDS;;80;80;;;203;; comp;3449000..3449072;;gaa;;120;120;;;;; ;3449193..3449375;;CDS;;;;;;61;; ;;;;;;;;;;; ;4538041..4538745;;CDS;;151;151;;;235;; ;4538897..4538981;;tcg;;194;194;;;;; ;4539176..4540357;;CDS;;;;;;394;; ;;;;;;;;;;; comp;4869164..4869988;;CDS;;584;*584;;;275;; comp;4870573..4870646;;cca;;298;298;;;;; comp;4870945..4871493;;CDS;;;;;;183;; ;;;;;;;;;;; comp;5426384..5427841;;CDS;;100;100;;;486;; comp;5427942..5428018;;atgf;;46;46;;;;; comp;5428065..5429018;;CDS;;;;;;318;; ;;;;;;;;;;; comp;5480844..5481563;;CDS;;407;*407;;;240;; comp;5481971..5482043;;gcc;;94;94;;;;; comp;5482138..5482332;;CDS;;;;;;65;; ;;;;;;;;;;; ;5510568..5511620;;CDS;;319;319;;;351;; comp;5511940..5512057;;5s;;59;;;;118;; comp;5512117..5515016;;23s;;249;;;;2900;; comp;5515266..5515341;;gca;;82;;;82;;; comp;5515424..5515497;;atc;;123;;;;;; comp;5515621..5517117;;16s;;682;*682;;;1497;; comp;5517800..5519035;;CDS;;;;;;412;; ;;;;;;;;;;; comp;5572068..5572769;;CDS;;290;290;;;234;; ;5573060..5573132;;atgi;;153;153;;;;; comp;5573286..5573720;;CDS;;;;;;145;; ;;;;;;;;;;; ;5573827..5574450;;CDS;;93;93;;;208;; comp;5574544..5574615;;aca;;345;345;;;;; ;5574961..5575881;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; < comp;5655591..5655800;;CDS;;21;21;;;70;; comp;5655822..5655893;;aac;;144;144;;;;; comp;5656038..5656589;;CDS;;;;;;184;; ;;;;;;;;;;; ;5688669..5689538;;CDS;;75;75;;;290;; ;5689614..5689689;;ttc;;663;*663;;;;; comp;5690353..5692080;;CDS;;;;;;*576;; ;;;;;;;;;;; ;5756596..5757801;;CDS;;66;66;;;402;; ;5757868..5757940;;cgg;;400;400;;;;; comp;5758341..5759045;;CDS;;;;;;235;; ;;;;;;;;;;; comp;6075820..6077016;;CDS;;175;175;;;399;; comp;6077192..6077263;;ggg;;171;171;;;;; comp;6077435..6078052;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; comp;6083633..6084493;;CDS;;676;*676;;;287;; ;6085170..6086666;;16s;;123;;;;1497;; ;6086790..6086866;;atc;;79;;;79;;; ;6086946..6087021;;gca;;249;;;;;; ;6087271..6090169;;23s;;59;;;;2899;; ;6090229..6090346;;5s;;176;176;;;118;; comp;6090523..6090720;;CDS;;;;;;66;; ;;;;;;;;;;; comp;6498176..6499135;;CDS;;149;149;;;320;; comp;6499285..6499402;;5s;;59;;;;118;; comp;6499462..6502360;;23s;;249;;;;2899;; comp;6502610..6502685;;gca;;79;;;79;;; comp;6502765..6502841;;atc;;123;;;;;; comp;6502965..6504461;;16s;;315;315;;;1497;; ;6504777..6505643;;CDS;;;;;;289;; ;;;;;;;;;;; ;6889916..6890785;;CDS;;61;61;;;290;; ;6890847..6890918;;aaa;;294;294;;;;; comp;6891213..6892148;;CDS;;;;;;312;; ;;;;;;;;;;; ;6948457..6949644;;CDS;;162;162;;;396;; ;6949807..6949888;;cta;;400;400;;;;; ;6950289..6950609;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; comp;6980662..6982233;;CDS;;171;171;;;*524;; ;6982405..6982478;;gtc;;1521;*1521;;;;; comp;6984000..6985919;;CDS;;;;;;*640;; ;;;;;;;;;;; ;7066111..7067829;;CDS;;232;232;;;*573;; comp;7068062..7068133;;caa;;270;270;;;;; comp;7068404..7069606;;CDS;;;;;;401;; ;;;;;;;;;;; comp;7071719..7071991;;CDS;;39;39;;;91;; comp;7072031..7072114;;ttg;;109;109;;;;; comp;7072224..7073345;;CDS;;;;;;374;; ;;;;;;;;;;; comp;7074644..7076011;;CDS;;409;*409;;;456;; ;7076421..7076502;;ctg;;95;95;;;;; ;7076598..7077374;;CDS;;;;;;259;; ;;;;;;;;;;; ;7130044..7131132;;CDS;;131;131;;;363;; comp;7131264..7131335;;acg;;33;33;;;;; ;7131369..7131662;;CDS;;;;;;98;; ;;;;;;;;;;; ;7224805..7225167;;CDS;;146;146;;;121;; ;7225314..7225386;;tgg;;378;378;;;;; ;7225765..7225986;;CDS;;;;;;74;; ;;;;;;;;;;; comp;7346902..7348245;;CDS;;396;396;;;448;; ;7348642..7348724;;ctc;;127;127;;;;; ;7348852..7349475;;CDS;;;;;;208;; ;;;;;;;;;;; ;7506243..7506593;;CDS;;747;*747;;;117;; comp;7507341..7507414;;ccc;;50;50;;;;; comp;7507465..7507830;;CDS;;;;;;122;; ;;;;;;;;;;; ;7517008..7519347;;CDS;;167;167;;;*780;; ;7519515..7519588;;atgj;;213;213;;;;; <> comp;7519802..7520109;;CDS;;;;;;103;; ;;;;;;;;;;; comp;7571389..7571706;;CDS;;895;*895;;;106;; comp;7572602..7572676;;aag;;63;63;;;;; comp;7572740..7574992;;CDS;;;;;;*751;; ;;;;;;;;;;; comp;7610323..7610769;;CDS;;481;*481;;;149;; comp;7611251..7611323;;gca;;71;71;;;;; ;7611395..7612312;;CDS;;;;;;306;; ;;;;;;;;;;; ;7936008..7936736;;CDS;;65;65;;;243;; ;7936802..7936874;;gcg;;437;*437;;;;; ;7937312..7938874;;CDS;;;;;;*521;; ;;;;;;;;;;; ;7972961..7973239;;CDS;;313;313;;;93;; comp;7973553..7973624;;acc;;88;;*88;;;; comp;7973713..7973798;;tac;;124;124;;;;; comp;7973923..7974897;;CDS;;;;;;325;; ;;;;;;;;;;; ;7975047..7975976;;CDS;;100;100;;;310;; ;7976077..7976161;;tca;;374;374;;;;; ;7976536..7978545;;CDS;;;;;;*670;; </pre> ====npu cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_cumuls|npu cumuls]] <pre> npu cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;4;1;2;;1;1;1;;100;13;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;12;;50;10;40;;200;21;60;0 ;16 atc gca;4;40;0;;100;14;80;;300;22;90;10 ;16 23 5s a;0;60;2;;150;18;120;;400;19;120;9 ;max a;2;80;0;3;200;9;160;;500;10;150;7 ;a doubles;0;100;3;1;250;8;200;;600;4;180;3 ;autres;0;120;1;;300;5;240;;700;2;210;10 ;total aas;8;140;1;;350;6;280;;800;2;240;7 sans ;opérons;43;160;0;;400;9;320;;900;1;270;4 ;1 aa;40;180;0;;450;4;360;;1000;0;300;6 ;max a;20;200;0;;500;1;400;;1100;0;330;9 ;a doubles;2;;0;;;9;;;;0;;29 ;total aas;64;;21;4;;94;;0;;94;;94 total aas;;72;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;32;79;;254;;;;279;; ;;;variance;43;0;;254;;;;171;; sans jaune;;;moyenne;11;;;176;;;;240;;188 ;;;variance;17;;;111;;;;122;;85 </pre> ====npu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_blocs|npu blocs]] <pre> npu blocs;;;; CDS;317;313;676;287 16s;123;1497;123;1497 atc;79;;79; gca;249;;249; 23s;59;2897;59;2899 5s;230;118;176;118 CDS;;160;;66 ;;;; CDS;319;351;149;320 5s;59;118;59;118 23s;249;2900;249;2899 gca;82;;79; atc;123;;123; 16s;682;1497;315;1497 CDS;;412;;289 </pre> ====npu remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_remarques|npu remarques]] <pre> gtRNAdb;;;;;;;79;;cumuls;;;;;;;72 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;2;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;4;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;4;acc;2;aac;2;agc;2 ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;2 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;1;aca;2;aaa;2;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;1;aga;1 cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1 ttg;3;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;3;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;3;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ====npu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_distribution|npu distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total npu;;39;;;;;;;npu;21;;;;;;;;npu;4;;;;;; </pre> ====npu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_données_intercalaires|npu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;npu;fx;fc;npu;fx40;fc40;npu;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;4;15;0;4;15;-1;0;54;33;237;CDS 16s;; ;1;10;50;188;1;2;22;-2;6;0;690;34;;317; ;0;20;52;152;2;4;24;-3;0;1;147;38;;317; ;1;30;43;135;3;8;22;-4;15;135;145;356;;676; 3;4;40;53;132;4;8;16;-5;1;0;397;290;;315; ;3;50;54;142;5;10;25;-6;2;0;216;518;23s 5s;; 1;0;60;63;142;6;3;17;-7;1;8;615;138;4* 61;; 1;4;70;74;115;7;2;17;-8;1;34;5;226;5s CDS;; 2;2;80;59;146;8;6;16;-9;1;0;231;107;149;68; ;0;90;64;129;9;5;12;-10;1;6;384;124;;319; 1;4;100;59;129;10;2;17;-11;0;27;205;143;;176; 2;1;110;63;168;11;8;15;-12;0;0;72;102;16s tRNA;; ;2;120;61;138;12;3;17;-13;0;11;50;80;4* 131;;atc 1;2;130;56;101;13;5;15;-14;2;23;37;327;tRNA 23s;; 3;1;140;84;119;14;8;23;-15;1;1;247;51;4* 260;;gca 1;6;150;63;107;15;4;15;-16;0;5;705;290;tRNA tRNA;;intra 1;1;160;60;99;16;3;9;-17;0;15;145;153;4* 82;;atc gca ;2;170;48;104;17;4;16;-18;2;0;32;93;tRNA tRNA;; 1;2;180;49;81;18;2;9;-19;1;1;368;345;-1;;atgj ;0;190;47;79;19;10;19;-20;1;10;133;666;**;;atgj ;1;200;49;73;20;5;14;-21;1;0;111;137;44;;other ;2;210;60;55;21;3;15;-22;0;2;1365;427;**;;other ;1;220;33;65;22;7;5;-23;2;6;415;294;156;;aaa 1;0;230;29;69;23;3;11;-24;0;0;204;171;7;;other 2;1;240;38;54;24;4;10;-25;0;2;141;1521;6;;cac ;1;250;39;63;25;3;11;-26;2;8;118;232;48;;gca ;0;260;31;74;26;4;19;-27;1;0;409;409;8;;aca ;2;270;33;53;27;7;15;-28;2;4;151;131;10;;atgf ;0;280;31;53;28;5;18;-29;3;1;194;33;4;;cta 2;0;290;34;47;29;3;16;-30;0;0;599;396;6;;ccg 1;1;300;42;48;30;4;15;-31;0;2;298;747;5;;ctc 1;0;310;25;42;31;6;13;-32;0;4;100;301;3;;ctg ;1;320;27;42;32;3;12;-33;2;0;46;71;1;;cca 1;0;330;26;33;33;6;12;-34;0;0;407;70;6;;tta ;0;340;22;37;34;4;7;-35;0;6;94;;6;;ttg 1;0;350;34;43;35;3;10;-36;0;0;24;;3;;caa 1;0;360;27;42;36;10;16;-37;1;4;144;;5;;cag ;1;370;15;20;37;4;13;-38;2;5;75;;6;;aac ;2;380;36;33;38;5;17;-39;0;0;66;;81;;aca ;1;390;18;17;39;10;19;-40;0;1;268;;4;;cgt 1;1;400;16;29;40;2;13;-41;0;1;175;;4;;agc 6;11;reste;535;586;reste;2104;3377;-42;0;0;171;;7;;tac 34;62;total;2306;3999;total;2306;3999;-43;0;1;61;;62;;gaa 28;51;diagr;1767;3398;diagr;198;607;-44;1;1;162;;3;;tgg 0;2; t30;145;475;;;;-45;0;0;313;;11;;atgi ;;;;;;;;-46;1;0;270;;3;;tgc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;1;39;;4;;other ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;109;;**;;gac ;x;2302;67;4;2373;;;-49;0;0;95;;88;;acc ;c;3984;402;15;4401;;;-50;0;0;146;;**;;tac ;;;;;6774;157;;reste;12;22;378;;;; ;;;;;;6931;;total;67;402;127;;;; ;;;;;;;;;;;50;;;; ;;;;;;;;;;;167;;;; ;;;;;;;;;;;898;;;; ;;;;;;;;;;;63;;;; ;;;;;;;;;;;481;;;; ;;;;;;;;;;;65;;;; ;;;;;;;;;;;437;;;; ;;;;;;;;;;;124;;;; ;;;;;;;;;;;100;;;; ;;;;;;;;;;;374;;;; </pre> =====npu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_autres_intercalaires_aas|npu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;npu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;199270;199464;237;*; ;comp;tRNA;199702;199775;33;*;agg fin;comp;CDS;199809;200906;;0; deb;comp;CDS;352653;353060;690;*; ;comp;tRNA;353751;353822;147;*;ggc fin;comp;CDS;353970;354548;;; deb;;CDS;503259;503606;145;*; ;;tRNA;503752;503827;-1;*;atgj ;;tRNA;503827;503901;397;*;atgj deb;;CDS;504299;505384;216;*; ;;tRNA;505601;505673;615;*;ata fin;;CDS;506289;507815;;; deb;;CDS;727418;728587;5;*; ;;tRNA;728593;728664;231;*;other fin;;CDS;728896;730239;;; deb;comp;CDS;777899;778429;34;*; ;;tRNA;778464;778537;38;*;cgt fin;comp;CDS;778576;779829;;; deb;;CDS;878016;878609;384;*; ;;tRNA;878994;879064;205;*;tgc fin;;CDS;879270;879491;;; deb;comp;CDS;954493;955170;72;*; ;comp;tRNA;955243;955315;356;*;aga fin;;CDS;955672;956331;;; deb;;CDS;1054005;1054811;290;*; ;comp;tRNA;1055102;1055172;50;*;gga fin;comp;CDS;1055223;1056383;;; deb;comp;CDS;1081601;1082335;518;*; ;;tRNA;1082854;1082983;44;*;other ;;tRNA;1083028;1083149;37;*;other fin;;CDS;1083187;1084788;;; deb;comp;CDS;1175326;1175523;247;*; ;comp;tRNA;1175771;1175844;138;*;ccg fin;;CDS;1175983;1176855;;; deb;;CDS;1380042;1380593;226;*; ;comp;tRNA;1380820;1380904;107;*;tcc fin;;CDS;1381012;1381380;;; deb;;CDS;1440092;1440529;705;*; ;;tRNA;1441235;1441304;145;*;other fin;;CDS;1441450;1441650;;; deb;;CDS;1442145;1442867;32;*; ;;tRNA;1442900;1442968;368;*;ttc fin;;CDS;1443337;1444770;;; deb;;CDS;1484155;1484853;46;*; ;;ncRNA;1484900;1485316;115;*; fin;;CDS;1485432;1486151;;; deb;comp;CDS;1650791;1652236;133;*; ;comp;tRNA;1652370;1652443;111;*;gac fin;comp;CDS;1652555;1653130;;0; deb;comp;CDS;2020233;2021171;317;*; ;;rRNA;2021489;2022977;131;*;1489 ;;tRNA;2023109;2023182;82;*;atc ;;tRNA;2023265;2023337;260;*;gca ;;rRNA;2023598;2026484;61;*;2887 ;;rRNA;2026546;2026663;68;*;118 fin;comp;CDS;2026732;2026957;;; deb;comp;CDS;2303766;2304149;124;*; ;;tRNA;2304274;2304346;1365;*;cac fin;;CDS;2305712;2308132;;0; deb;comp;CDS;3372671;3373291;143;*; ;;tRNA;3373435;3373507;415;*;gta fin;;CDS;3373923;3374555;;; deb;comp;CDS;3434121;3435443;204;*; ;comp;tRNA;3435648;3435739;141;*;agc fin;comp;CDS;3435881;3436813;;; deb;;CDS;3438597;3439685;102;*; ;comp;tRNA;3439788;3439858;156;*;aaa ;comp;tRNA;3440015;3440097;7;*;other ;comp;tRNA;3440105;3440177;6;*;cac ;comp;tRNA;3440184;3440257;48;*;gca ;comp;tRNA;3440306;3440378;8;*;aca ;comp;tRNA;3440387;3440463;10;*;atgf ;comp;tRNA;3440474;3440546;4;*;cta ;comp;tRNA;3440551;3440623;6;*;ccg ;comp;tRNA;3440630;3440706;5;*;ctc ;comp;tRNA;3440712;3440785;3;*;ctg ;comp;tRNA;3440789;3440861;1;*;cca ;comp;tRNA;3440863;3440940;6;*;tta ;comp;tRNA;3440947;3441023;6;*;ttg ;comp;tRNA;3441030;3441105;3;*;caa ;comp;tRNA;3441109;3441181;5;*;cag ;comp;tRNA;3441187;3441261;6;*;aac ;comp;tRNA;3441268;3441365;81;*;aca ;comp;tRNA;3441447;3441521;4;*;cgt ;comp;tRNA;3441526;3441615;4;*;agc ;comp;tRNA;3441620;3441721;7;*;tac ;comp;tRNA;3441729;3441799;62;*;gaa ;comp;tRNA;3441862;3441933;3;*;tgg ;comp;tRNA;3441937;3442010;11;*;atgi ;comp;tRNA;3442022;3442095;3;*;tgc ;comp;tRNA;3442099;3442223;4;*;other ;comp;tRNA;3442228;3442301;118;*;gac fin;comp;CDS;3442420;3442614;;0; deb;;CDS;3448311;3448919;80;*; ;comp;tRNA;3449000;3449072;327;*;gaa fin;;CDS;3449400;3451319;;; deb;;CDS;3675128;3675659;409;*; ;;tRNA;3676069;3676151;51;*;tca fin;comp;CDS;3676203;3676421;;; deb;;CDS;4538041;4538745;151;*; ;;tRNA;4538897;4538981;194;*;tcg fin;;CDS;4539176;4540357;;0; deb;comp;CDS;4869164;4869973;599;*; ;comp;tRNA;4870573;4870646;298;*;cca fin;comp;CDS;4870945;4871493;;0; deb;comp;CDS;5108061;5113469;362;*; ;comp;ncRNA;5113832;5114015;60;*; fin;comp;CDS;5114076;5115230;;; deb;comp;CDS;5426384;5427841;100;*; ;comp;tRNA;5427942;5428018;46;*;atgf fin;comp;CDS;5428065;5429018;;; deb;comp;CDS;5480844;5481563;407;*; ;comp;tRNA;5481971;5482043;94;*;gcc fin;comp;CDS;5482138;5482332;;; deb;;CDS;5510568;5511620;319;*; ;comp;rRNA;5511940;5512057;61;*;118 ;comp;rRNA;5512119;5515008;260;*;2890 ;comp;tRNA;5515269;5515341;82;*;gca ;comp;tRNA;5515424;5515497;131;*;atc ;comp;rRNA;5515629;5517117;317;*;1489 fin;;CDS;5517435;5517515;;0; deb;comp;CDS;5572068;5572769;290;*; ;;tRNA;5573060;5573132;153;*;atgi fin;comp;CDS;5573286;5573720;;0; deb;;CDS;5573827;5574450;93;*; ;comp;tRNA;5574544;5574615;345;*;aca fin;;CDS;5574961;5575881;;; deb;comp;CDS;5655654;5655797;24;*; ;comp;tRNA;5655822;5655893;144;*;aac fin;comp;CDS;5656038;5656589;;; deb;;CDS;5688669;5689538;75;*; ;;tRNA;5689614;5689686;666;*;ttc fin;comp;CDS;5690353;5692080;;; deb;;CDS;5756596;5757801;66;*; ;;tRNA;5757868;5757940;137;*;cgg fin;comp;CDS;5758078;5758233;;; deb;;CDS;6022666;6023613;294;*; ;;tmRNA;6023908;6024297;537;*; fin;comp;CDS;6024835;6025290;;0; deb;comp;CDS;6048961;6050142;268;*; ;comp;tRNA;6050411;6050520;427;*;other fin;;CDS;6050948;6051328;;; deb;comp;CDS;6075820;6077016;175;*; ;comp;tRNA;6077192;6077263;171;*;ggg fin;comp;CDS;6077435;6078040;;; deb;comp;CDS;6083633;6084493;676;*; ;;rRNA;6085170;6086658;131;*;1489 ;;tRNA;6086790;6086863;82;*;atc ;;tRNA;6086946;6087018;260;*;gca ;;rRNA;6087279;6090167;61;*;2889 ;;rRNA;6090229;6090346;176;*;118 fin;comp;CDS;6090523;6090720;;; deb;comp;CDS;6498176;6499135;149;*; ;comp;rRNA;6499285;6499402;61;*;118 ;comp;rRNA;6499464;6502352;260;*;2889 ;comp;tRNA;6502613;6502685;82;*;gca ;comp;tRNA;6502768;6502841;131;*;atc ;comp;rRNA;6502973;6504461;315;*;1489 fin;;CDS;6504777;6505643;;0; deb;;CDS;6889916;6890785;61;*; ;;tRNA;6890847;6890918;294;*;aaa fin;comp;CDS;6891213;6892148;;; deb;;CDS;6948457;6949644;162;*; ;;tRNA;6949807;6949888;313;*;cta fin;;CDS;6950202;6950609;;0; deb;comp;CDS;6980662;6982233;171;*; ;;tRNA;6982405;6982478;1521;*;gtc fin;comp;CDS;6984000;6985919;;0; deb;;CDS;7066111;7067829;232;*; ;comp;tRNA;7068062;7068133;270;*;caa fin;comp;CDS;7068404;7069606;;; deb;comp;CDS;7071719;7071991;39;*; ;comp;tRNA;7072031;7072114;109;*;ttg fin;comp;CDS;7072224;7073345;;; deb;comp;CDS;7074644;7076011;409;*; ;;tRNA;7076421;7076502;95;*;ctg fin;;CDS;7076598;7077374;;0; deb;;CDS;7130044;7131132;131;*; ;comp;tRNA;7131264;7131335;33;*;acg fin;;CDS;7131369;7131662;;0; deb;;CDS;7224805;7225167;146;*; ;;tRNA;7225314;7225386;378;*;tgg fin;;CDS;7225765;7225986;;; deb;comp;CDS;7324019;7324405;25;*; ;comp;ncRNA;7324431;7324527;37;*; fin;comp;CDS;7324565;7324831;;0; deb;comp;CDS;7346902;7348245;396;*; ;;tRNA;7348642;7348724;127;*;ctc fin;;CDS;7348852;7349475;;; deb;;CDS;7506243;7506593;747;*; ;comp;tRNA;7507341;7507414;50;*;ccc fin;comp;CDS;7507465;7507830;;; deb;;CDS;7517041;7519347;167;*; ;;tRNA;7519515;7519588;301;*;atgj fin;comp;CDS;7519890;7520066;;; deb;comp;CDS;7571389;7571706;898;*; ;comp;tRNA;7572605;7572676;63;*;aag fin;comp;CDS;7572740;7574992;;; deb;comp;CDS;7610323;7610769;481;*; ;comp;tRNA;7611251;7611323;71;*;gca fin;;CDS;7611395;7612312;;0; deb;;CDS;7936008;7936736;65;*; ;;tRNA;7936802;7936874;437;*;gcg fin;;CDS;7937312;7938874;;; deb;;CDS;7973321;7973482;70;*; ;comp;tRNA;7973553;7973624;88;*;acc ;comp;tRNA;7973713;7973798;124;*;tac fin;comp;CDS;7973923;7974897;;0; deb;;CDS;7975047;7975976;100;*; ;;tRNA;7976077;7976161;374;*;tca fin;;CDS;7976536;7978545;;; </pre> ===pmg=== ====pmg opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_opérons|pmg opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Proc_mari_MIT_9301/procMari_MIT_9301-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009091.1;pmg;;genome;;;;;;;; 31.3%GC;13.8.19 Paris;16s 1;37;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Prochlorococcus marinus str. MIT 9301;;;;;;;;;;; comp;74235..75521;;CDS;;4;4;;;429;; comp;75526..75607;;ctt;;259;259;;;;; ;75867..77216;;CDS;;;;;;450;; ;;;;;;;;;;; ;132034..132708;;CDS;;49;49;;;225;; ;132758..132829;;aac;;566;*566;;;;; ;133396..133845;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; comp;239249..240268;;CDS;;170;170;;;340;; comp;240439..240520;;cta;;71;71;;;;; ;240592..241041;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; comp;257573..258844;;CDS;;77;77;;;424;; comp;258922..258995;;cgt;;86;86;;;;; ;259082..259333;;CDS;;;;;;84;; ;;;;;;;;;;; comp;272771..274039;;CDS;;18;18;;;423;; comp;274058..274130;;atgi;;141;141;;;;; ;274272..274832;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; ;305431..305850;;CDS;;84;84;;;140;; comp;305935..306010;;ttc;;91;91;;;;; comp;306102..307331;;CDS;;;;;;410;; ;;;;;;;;;;; ;313891..314472;;CDS;;178;178;;;194;; comp;314651..314722;;aca;;65;65;;;;; comp;314788..315120;;CDS;;;;;;111;; ;;;;;;;;;;; comp;320549..321988;;CDS;;603;*603;;;480;; ;322592..324074;;16s;;125;;;;;; ;324200..324273;;atc;;12;;;12;;; ;324286..324358;;gca;;256;;;;;; ;324615..327496;;23s;;60;;;;;; ;327557..327673;;5s;;43;43;;;;; comp;327717..328595;;CDS;;;;;;293;; ;;;;;;;;;;; comp;354976..355167;;CDS;;88;88;;;64;; comp;355256..355327;;acc;;10;;10;;;; comp;355338..355419;;tac;;102;102;;;;; ;355522..355962;;CDS;;;;;;147;; ;;;;;;;;;;; comp;434230..435660;;CDS;;17;17;;;477;; comp;435678..435751;;gac;;149;149;;;;; comp;435901..436095;;CDS;;35;35;;;65;; comp;436131..436203;;tgg;;53;53;;;;; comp;436257..436727;;CDS;;;;;;157;; ;;;;;;;;;;; ;521448..522497;;CDS;;99;99;;;350;; ;522597..522682;;tta;;78;78;;;;; ;522761..522994;;CDS;;;;;;78;; ;;;;;;;;;;; comp;609397..609897;;CDS;;249;249;;;167;; comp;610147..610233;;tca;;404;*404;;;;; ;610638..611399;;CDS;;;;;;254;; ;;;;;;;;;;; ;774440..775240;;CDS;;210;210;;;267;; comp;775451..775524;;ccc;;27;27;;;;; comp;775552..776280;;CDS;;;;;;243;; ;;;;;;;;;;; comp;828018..828392;;CDS;;49;49;;;125;; ;828442..828528;;tcc;;214;214;;;;; ;828743..830740;;CDS;;;;;;*666;; ;;;;;;;;;;; ;868731..869213;;CDS;;29;29;;;161;; ;869243..869316;;atgj;;67;67;;;;; ;869384..869671;;CDS;;;;;;96;; ;;;;;;;;;;; ;909742..910707;;CDS;;45;45;;;322;; ;910753..910829;;atgf;;591;*591;;;;; ;911421..911810;;CDS;;;;;;130;; ;;;;;;;;;;; ;996073..996609;;CDS;;16;16;;;179;; comp;996626..996698;;gaa;;41;41;;;;; comp;996740..997858;;CDS;;;;;;373;; ;;;;;;;;;;; comp;1040019..1040135;;CDS;;177;177;;;39;; ;1040313..1040384;;aaa;;512;*512;;;;; ;1040897..1041004;;CDS;;;;;;36;; ;;;;;;;;;;; ;1044863..1045423;;CDS;;276;276;;;187;; ;1045700..1045773;;cca;;188;188;;;;; comp;1045962..1046666;;CDS;;;;;;235;; ;;;;;;;;;;; ;1134197..1134427;;CDS;;251;251;;;77;; comp;1134679..1134763;;tcg;;63;63;;;;; comp;1134827..1135849;;CDS;;;;;;341;; ;;;;;;;;;;; comp;1163424..1164092;;CDS;;138;138;;;223;; ;1164231..1164304;;aga;;27;27;;;;; ;1164332..1165600;;CDS;;;;;;423;; ;;;;;;;;;;; ;1212124..1212894;;CDS;;58;58;;;257;; comp;1212953..1213025;;gcc;;129;129;;;;; comp;1213155..1214180;;CDS;;;;;;342;; ;;;;;;;;;;; ;1253753..1255123;;CDS;;525;*525;;;457;; ;1255649..1255730;;ttg;;5;5;;;;; ;1255736..1256911;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;1259549..1260784;;CDS;;131;131;;;412;; ;1260916..1260988;;cac;;72;72;;;;; ;1261061..1262455;;CDS;;;;;;465;; ;;;;;;;;;;; ;1275239..1277272;;CDS;;0;*0;;;*678;; comp;1277273..1277343;;gga;;112;112;;;;; ;1277456..1278802;;CDS;;;;;;449;; ;;;;;;;;;;; ;1308006..1308797;;CDS;;50;50;;;264;; ;1308848..1308919;;gtc;;67;67;;;;; ;1308987..1309604;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; comp;1419657..1419893;;CDS;;54;54;;;79;; ;1419948..1420019;;acg;;100;100;;;;; ;1420120..1420440;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; ;1453287..1454075;;CDS;;35;35;;;263;; comp;1454111..1454199;;agc;;61;61;;;;; comp;1454261..1455460;;CDS;;;;;;400;; ;;;;;;;;;;; ;1472925..1473932;;CDS;;94;94;;;336;; ;1474027..1474098;;caa;;16;16;;;;; ;1474115..1474891;;CDS;;;;;;259;; ;;;;;;;;;;; comp;1485558..1486649;;CDS;;77;77;;;364;; ;1486727..1486800;;cgg;;11;11;;;;; comp;1486812..1487258;;CDS;;;;;;149;; ;;;;;;;;;;; comp;1500099..1501325;;CDS;;42;42;;;409;; ;1501368..1501438;;tgc;@1;364;364;;;;; comp;1501803..1502447;;CDS;;;;;;215;; ;;;;;;;;;;; comp;1517796..1518128;;CDS;;78;78;;;111;; comp;1518207..1518280;;agg;;38;38;;;;; ;1518319..1518700;;ncRNA;;21;21;;;;; ;1518722..1519471;;CDS;;;;;;250;; ;;;;;;;;;;; comp;1554202..1554633;;CDS;;45;45;;;144;; comp;1554679..1554750;;ggc;;61;61;;;;; comp;1554812..1555288;;CDS;;;;;;159;; ;;;;;;;;;;; comp;1600898..1601284;;CDS;@2;-30;*-30;;;129;; comp;1601255..1601326;;gta;;98;98;;;;; ;1601425..1602279;;CDS;;;;;;285;; </pre> ====pmg cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_cumuls|pmg cumuls]] <pre> pmg cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;;100;9;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;1;1;50;22;40;;200;20;60;2 ;16 atc gca;1;40;;;100;23;80;;300;15;90;6 ;16 23 5s a;0;60;;;150;7;120;;400;10;120;4 ;max a;2;80;;;200;4;160;;500;13;150;9 ;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;0;180;5 ;autres;0;120;;;300;3;240;;700;2;210;4 ;total aas;2;140;;;350;0;280;;800;0;240;4 sans ;opérons;34;160;;;400;1;320;;900;0;270;8 ;1 aa;33;180;;;450;1;360;;1000;0;300;2 ;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;330;1 ;a doubles;0;;;;;5;;;;0;;24 ;total aas;35;;1;1;;71;;0;;69;;69 total aas;;37;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;10;12;;127;;;;260;; ;;;variance;0;0;;146;;;;147;; sans jaune;;;moyenne;;;;93;;;;248;;170 ;;;variance;;;;76;;;;130;;74 </pre> ====pmg blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_blocs|pmg blocs]] <pre> pmg bloc;; CDS;603;480 16s;125;1483 atc;12; gca;256; 23s;60;2882 5s;43;117 CDS;;293 </pre> ====pmg remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_remarques|pmg remarques]] *code génétique de pmg <pre> Remarques;;;;;;;37 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata; ;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====pmg distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_distribution|pmg distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total pmg;;33;;;;;;;pmg;2;;;;;;;;pmg;0;;;;;; </pre> ====pmg données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_données_intercalaires|pmg données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;pmg;fx;fc;pmg;fx40;fc40;pmg;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;11;34;0;11;34;-1;1;35;4;259;16s tRNA;; ;2;10;116;199;1;18;17;-2;0;0;49;185;125;;atc 2;3;20;39;116;2;16;27;-3;0;0;566;86;tRNA 23s;; ;2;30;26;71;3;22;25;-4;40;69;71;141;258;;gca 1;1;40;14;64;4;11;26;-5;0;0;77;87;tRNA tRNA;;intra 2;5;50;23;50;5;9;18;-6;2;0;18;178;12;;atc gca 2;1;60;22;45;6;12;23;-7;0;1;91;102;tRNA tRNA;; ;6;70;22;50;7;8;11;-8;11;13;65;404;10;;acc 1;5;80;34;46;8;8;11;-9;1;0;88;210;**;;tac 2;1;90;21;42;9;6;27;-10;0;2;17;49;;; 1;4;100;28;31;10;6;14;-11;3;11;149;16;;; 1;0;110;16;27;11;1;19;-12;2;0;35;177;;; 1;0;120;12;23;12;2;14;-13;0;3;53;188;;; ;1;130;14;17;13;5;14;-14;3;6;99;251;;; 2;0;140;26;17;14;6;6;-15;3;0;78;138;;; 1;1;150;15;7;15;5;12;-16;3;2;249;58;;; ;0;160;14;13;16;4;10;-17;4;3;27;131;;; ;0;170;9;9;17;5;11;-18;1;0;214;0;;; 2;0;180;12;9;18;6;11;-19;0;0;29;112;;; 2;0;190;13;5;19;2;6;-20;3;1;67;54;;; ;0;200;8;1;20;3;13;-21;2;0;45;35;;; 2;0;210;7;5;21;2;2;-22;2;0;591;77;;; ;1;220;6;5;22;4;7;-23;2;0;41;11;;; ;0;230;6;8;23;4;4;-24;2;0;512;42;;; ;0;240;3;3;24;5;8;-25;0;2;276;210;;; ;1;250;5;2;25;0;5;-26;1;3;63;98;;; 2;0;260;6;2;26;2;6;-27;1;0;342;;;; ;0;270;4;2;27;4;11;-28;1;0;129;;;; ;1;280;3;1;28;3;9;-29;0;0;525;;;; ;0;290;4;2;29;0;8;-30;1;0;5;;;; ;0;300;8;3;30;2;11;-31;0;0;72;;;; ;0;310;2;1;31;4;3;-32;1;0;50;;;; ;0;320;2;4;32;1;9;-33;0;0;67;;;; ;0;330;5;3;33;1;7;-34;0;0;100;;;; ;0;340;6;2;34;1;1;-35;1;0;61;;;; ;1;350;5;0;35;1;7;-36;0;0;94;;;; ;0;360;0;1;36;1;11;-37;0;0;16;;;; ;0;370;2;2;37;0;6;-38;1;0;78;;;; ;0;380;1;3;38;2;6;-39;0;0;45;;;; ;0;390;1;0;39;1;6;-40;0;0;61;;;; ;0;400;1;2;40;2;8;-41;0;1;-30;;;; 1;4;reste;27;21;reste;393;464;-42;1;0;CDS 16s;;;; 26;40;total;599;948;total;599;948;-43;1;0;-;601;;; 24;36;diagr;561;893;diagr;195;450;-44;0;1;23s 5s;;;; 2;7; t30;181;386;;;;-45;0;0;64;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;5s CDS;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;-;43;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;588;96;11;695;;;-49;0;0;;;;; ;c;914;157;34;1105;;;-50;0;2;;;;; ;;;;;1800;84;;reste;2;2;;;;; ;;;;;;1884;;total;96;157;;;;; </pre> =====pmg autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires_aas|pmg autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pmg;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;65120;66082;306;*; ;comp;tmRNA;66389;66662;44;*; fin;;CDS;66707;67831;;0; deb;comp;CDS;74235;75521;4;*; ;comp;tRNA;75526;75607;259;*;ctt fin;;CDS;75867;77216;;0; deb;;CDS;132034;132708;49;*; ;;tRNA;132758;132829;566;*;aac fin;;CDS;133396;133845;;; deb;comp;CDS;239249;240253;185;*; ;;tRNA;240439;240520;71;*;cta fin;;CDS;240592;241041;;; deb;comp;CDS;257573;258844;77;*; ;comp;tRNA;258922;258995;86;*;cgt fin;;CDS;259082;259333;;; deb;comp;CDS;272771;274039;18;*; ;comp;tRNA;274058;274130;141;*;atgi fin;;CDS;274272;274832;;; deb;;CDS;305431;305850;87;*; ;comp;tRNA;305938;306010;91;*;ttc fin;comp;CDS;306102;307331;;; deb;;CDS;313891;314472;178;*; ;comp;tRNA;314651;314722;65;*;aca fin;comp;CDS;314788;315123;;; deb;comp;CDS;320549;321988;601;*; ;;rRNA;322590;324074;125;*;1483 ;;tRNA;324200;324273;12;*;atc ;;tRNA;324286;324358;258;*;gca ;;rRNA;324617;327492;64;*;2882 ;;rRNA;327557;327673;43;*;117 fin;comp;CDS;327717;328595;;; deb;comp;CDS;354976;355167;88;*; ;comp;tRNA;355256;355327;10;*;acc ;comp;tRNA;355338;355419;102;*;tac fin;;CDS;355522;355962;;; deb;comp;CDS;434230;435660;17;*; ;comp;tRNA;435678;435751;149;*;gac deb;comp;CDS;435901;436095;35;*; ;comp;tRNA;436131;436203;53;*;tgg fin;comp;CDS;436257;436595;;; deb;;CDS;521448;522497;99;*; ;;tRNA;522597;522682;78;*;tta fin;;CDS;522761;522994;;; deb;comp;CDS;609397;609897;249;*; ;comp;tRNA;610147;610233;404;*;tca fin;;CDS;610638;611399;;0; deb;;CDS;656308;657498;17;*; ;;ncRNA;657516;657700;162;*; fin;;CDS;657863;658162;;; deb;;CDS;774440;775240;210;*; ;comp;tRNA;775451;775524;27;*;ccc fin;comp;CDS;775552;776280;;; deb;comp;CDS;828018;828392;49;*; ;;tRNA;828442;828528;214;*;tcc fin;;CDS;828743;830740;;; deb;;CDS;868731;869213;29;*; ;;tRNA;869243;869316;67;*;atgj fin;;CDS;869384;869671;;; deb;;CDS;909742;910707;45;*; ;;tRNA;910753;910829;591;*;atgf fin;;CDS;911421;911810;;; deb;;CDS;996073;996609;16;*; ;comp;tRNA;996626;996698;41;*;gaa fin;comp;CDS;996740;997858;;0; deb;comp;CDS;1040019;1040135;177;*; ;;tRNA;1040313;1040384;512;*;aaa fin;;CDS;1040897;1041004;;0; deb;;CDS;1044863;1045423;276;*; ;;tRNA;1045700;1045773;188;*;cca fin;comp;CDS;1045962;1046666;;; deb;;CDS;1134197;1134427;251;*; ;comp;tRNA;1134679;1134763;63;*;tcg fin;comp;CDS;1134827;1135849;;0; deb;comp;CDS;1163424;1164092;138;*; ;;tRNA;1164231;1164304;342;*;aga fin;;CDS;1164647;1165600;;0; deb;;CDS;1212124;1212894;58;*; ;comp;tRNA;1212953;1213025;129;*;gcc fin;comp;CDS;1213155;1214180;;0; deb;;CDS;1253753;1255123;525;*; ;;tRNA;1255649;1255730;5;*;ttg fin;;CDS;1255736;1256911;;; deb;comp;CDS;1259549;1260784;131;*; ;;tRNA;1260916;1260988;72;*;cac fin;;CDS;1261061;1262455;;; deb;;CDS;1264859;1265974;12;*; ;comp;ncRNA;1265987;1266083;47;*; fin;;CDS;1266131;1266904;;1; deb;;CDS;1275239;1277272;0;*; ;comp;tRNA;1277273;1277343;112;*;gga fin;;CDS;1277456;1278802;;; deb;;CDS;1308006;1308797;50;*; ;;tRNA;1308848;1308919;67;*;gtc fin;;CDS;1308987;1309604;;; deb;comp;CDS;1419657;1419893;54;*; ;;tRNA;1419948;1420019;100;*;acg fin;;CDS;1420120;1420440;;; deb;;CDS;1453287;1454075;35;*; ;comp;tRNA;1454111;1454199;61;*;agc fin;comp;CDS;1454261;1455460;;0; deb;;CDS;1472925;1473932;94;*; ;;tRNA;1474027;1474098;16;*;caa fin;;CDS;1474115;1474891;;; deb;comp;CDS;1485558;1486649;77;*; ;;tRNA;1486727;1486800;11;*;cgg fin;comp;CDS;1486812;1487258;;; deb;comp;CDS;1500099;1501325;42;*; ;;tRNA;1501368;1501438;210;*;tgc fin;comp;CDS;1501649;1501816;;; deb;comp;CDS;1517796;1518128;78;*; ;comp;tRNA;1518207;1518280;38;*;agg ;;ncRNA;1518319;1518700;21;*; fin;;CDS;1518722;1519471;;0; deb;comp;CDS;1526173;1527543;34;*; ;comp;regulatory;1527578;1527676;66;*; fin;comp;CDS;1527743;1527955;;; deb;comp;CDS;1554202;1554633;45;*; ;comp;tRNA;1554679;1554750;61;*;ggc fin;comp;CDS;1554812;1555288;;; deb;comp;CDS;1600898;1601284;-30;*; ;comp;tRNA;1601255;1601326;98;*;gta fin;;CDS;1601425;1602279;;; </pre> ====pmg intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_entre_cds|pmg intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> pmg;9.2.21 Paris;;Pmg 8.2.21;;;;;;; ;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;253;14.1;'''négatif ;-10;11;-1 à -67;'''1641879;-1;253 ;'''zéro;45;2.5;;;;;'''intercals;0;45 ;'''1 à 200;1326;73.7;'''0 à 200;55;51;;'''139122;5;189 ;'''201 à 370;120;6.7;'''201 à 370;270;48;;'''8.5%;10;126 ;'''371 à 600;42;2.3;'''371 à 600;452;60;;;15;84 ;'''601 à max;14;0.8;'''601 à 1051;778;154;;;20;71 ;'''total 1800;<201;90.2;'''total 1798;74;114;-67 à 1051;;25;41 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>fréquence-1;30;56 1337910;1643;-1;253;-70;0;;0;45;35;35 344859;1208;0;°45;-60;3;;-1;°36;40;43 1131068;1051;1;35;-50;3;;-2;0;45;34 1332255;987;2;43;-40;4;;-3;0;50;39 666029;950;3;°47;-30;4;'''min à -1;-4;°109;55;34 1046608;901;4;37;-20;20;253;-5;0;60;33 873756;800;5;27;-10;46;14.1%;-6;2;65;30 1082452;696;6;°35;0;218;;-7;1;70;42 1073300;690;7;19;10;315;;-8;°24;75;36 1086818;679;8;19;20;155;;-9;1;80;44 1350077;676;9;°33;30;97;;-10;2;85;36 947641;638;10;20;40;78;'''1 à 100;-11;°14;90;27 1340696;638;11;20;50;73;1059;-12;2;95;22 1274338;625;12;16;60;67;58.8%;-13;3;100;37 1330270;579;13;°19;70;72;;-14;°9;105;20 1040897;574;14;12;80;80;;-15;3;110;23 39429;566;15;17;90;63;;-16;5;115;19 956617;560;16;14;100;59;;-17;°7;120;16 1328069;560;17;16;110;43;;-18;1;125;15 1331574;540;18;°17;120;35;;-19;0;130;16 1071397;523;19;8;130;31;;-20;°4;135;23 661816;518;20;16;140;43;;-21;2;140;20 1341490;508;21;4;150;22;;-22;2;145;14 660601;495;22;11;160;27;;-23;°2;150;8 872185;484;23;8;170;18;'''1 à 200;-24;2;155;18 353338;478;24;°13;180;21;1326;-25;2;160;9 134240;471;25;5;190;18;74%;-26;°4;165;8 1198984;467;26;8;200;9;;-27;1;170;10 332235;461;27;°15;210;12;;-28;1;175;8 892293;459;28;12;220;11;;-29;0;180;13 948687;458;29;8;230;14;;-30;1;185;9 1321313;450;30;°13;240;6;;-31;0;190;9 924950;449;31;7;250;7;'''0 à 200;-32;1;195;6 914728;448;32;10;260;8;1371;;77;200;3 1066510;445;33;°8;270;6;;reste;12;205;7 938157;441;34;2;280;4;;total;298;210;5 226447;435;35;8;290;6;;;;215;4 1188279;430;36;°12;300;11;;intercal;<u>frequencef;220;7 773451;421;37;6;310;3;;600;1786;225;8 858898;421;38;8;320;6;;620;;230;6 ;;39;7;330;8;;640;3;235;3 ;;40;10;340;8;'''201 à 370;660;;240;3 ;;reste;857;350;5;120;680;2;245;3 ;;total;1527;360;1;6.7%;700;2;250;4 ;;;;370;4;;720;;255;4 ;;;;380;4;;740;;260;4 1631675;-67;comp;;390;1;;760;;265;3 701382;-65;shfit2;592;400;3;;780;;270;3 886946;-61;comp;;410;6;;800;1;275;3 1045962;-59;shfit2;646;420;1;;820;;280;1 828743;-50;shfit2;1948;430;4;;840;;285;5 1349614;-50;shfit2;463;440;1;;860;;290;1 1425201;-44;shfit2;1765;450;5;;880;;295;6 1539296;-43;comp;;460;2;;900;;300;5 1249293;-42;comp;;470;2;;920;1;305;1 244064;-41;shfit2;295;480;2;;940;;310;2 162356;-38;;;490;1;;960;1;315;3 20410;-35;;;500;1;;980;;320;3 427059;-32;;;510;1;;1000;1;325;7 587323;-30;;;520;1;;1020;;330;1 1611400;-28;;;530;1;;1040;;335;3 744978;-27;;;540;1;'''371 à 600;1060;1;340;5 303832;-26;;;550;0;42;;12;345;3 489984;-26;;;560;2;2.3%;;;350;2 808548;-26;;;570;1;;;;355;1 1223639;-26;;;580;2;'''601 à max;;;360;0 1181603;-25;;;590;0;14;;;365;3 1209844;-25;;;600;0;0.8%;;;370;1 27867;-24;;;reste;14;;reste;2;reste;56 975566;-24;;;total;1800;;total;1800;total;1800 </pre> ====pmg intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_positifs_S+|pmg intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pmg;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-67;515;-1295;119;607;256;min40;&-107;844;-2106;170;869;263;min60 31 à 400;23;-124;47;41;774;180;2 parties;&-35;327;-1017;107;973;311;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;194;65;-;428;poly;179;SF;&78;69;;501;poly;368;SF 31 à 400;122;45;-;726;dte;48;tm;&153;49;-;687;poly;286;SF ;;;;;;;;;;;;;; pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;24.1.22 paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.703;;;pmg;Sx-;Sc- 41-n;0.856;0.728;0.802;;;;;;;;;;-1;0;36 1-n;0.928;0.904;0.915;;;;;;;;;;-2;0;0 pmg;fx;fc;;pmg;fx%;fc%;;pmg;fx40;fc40;;x;-3;0;0 0;11;34;;0;20;38;;0;11;34;>0;586;-4;40;69 10;117;198;;10;209;221;;1;18;17;<0;95;-5;0;0 20;39;116;;20;70;130;;2;16;27;zéro;11;-6;2;0 30;26;71;;30;47;79;;3;22;25;total;692;-7;0;1 40;14;64;;40;25;72;;4;11;26;;c;-8;11;13 50;22;51;;50;39;57;;5;9;18;>0;916;-9;1;0 60;22;45;;60;39;50;;6;12;23;<0;158;-10;0;2 70;22;50;;70;39;56;;7;9;10;zéro;34;-11;3;11 80;34;46;;80;61;51;;8;8;11;total;1108;-12;2;0 90;21;42;;90;38;47;;9;6;27;;;-13;0;3 100;28;31;;100;50;35;;10;6;14;total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reste;27;21;;;;;;reste;390;467;;;-45;0;0 total;597;950;;t30;326;430;;total;597;950;;;-46;0;0 diagr;559;895;;;;;;diagr;196;449;;;-47;0;0 - t30;377;510;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;;;reste;2;2 ;;;;;;;;;;;;;total;95;158 </pre> ====pmg intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_négatifs_S-|pmg intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp';0;0;0;37;0;2;0;10;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;91 continu;36;0;0;72;0;0;1;14;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;2;162 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;33;0;2;0;11;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;88 ;Sc-;36;0;0;69;0;0;1;13;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;3;159 </pre> ====pmg autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires|pmg autres intercalaires]] <pre> deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin deb;°CDS;65120;306;;;deb;°CDS;521448;99;;;deb;°CDS;1259549;131;comp ;tmRNA;66389;44;comp;;;&tRNA;522597;78;;;;&tRNA;1260916;72; fin;°CDS;66707;;;;fin;°CDS;522761;;;;fin;°CDS;1261061;; deb;°CDS;74235;4;comp;;deb;°CDS;609397;249;comp;;deb;°CDS;1264859;12; ;&tRNA;75526;259;comp;;;&tRNA;610147;404;comp;;;ncRNA;1265987;47;comp fin;°CDS;75867;;;;fin;°CDS;610638;;;;fin;°CDS;1266131;; deb;°CDS;132034;49;;;deb;°CDS;656308;17;;;deb;°CDS;1275239;0; ;&tRNA;132758;566;;;;ncRNA;657516;162;;;;&tRNA;1277273;112;comp fin;°CDS;133396;;;;fin;°CDS;657863;;;;fin;°CDS;1277456;; deb;°CDS;239249;185;comp;;deb;°CDS;774440;210;;;deb;°CDS;1308006;50; ;&tRNA;240439;71;comp;;;&tRNA;775451;27;comp;;;&tRNA;1308848;67; fin;°CDS;240592;;;;fin;°CDS;775552;;comp;;fin;°CDS;1308987;; deb;°CDS;257573;77;comp;;deb;°CDS;828018;49;comp;;deb;°CDS;1419657;54;comp ;&tRNA;258922;86;comp;;;&tRNA;828442;214;;;;&tRNA;1419948;100; fin;°CDS;259082;;;;fin;°CDS;828743;;;;fin;°CDS;1420120;; deb;°CDS;272771;18;comp;;deb;°CDS;868731;29;;;deb;°CDS;1453287;35; ;&tRNA;274058;141;comp;;;&tRNA;869243;67;;;;&tRNA;1454111;61;comp fin;°CDS;274272;;;;fin;°CDS;869384;;;;fin;°CDS;1454261;;comp deb;°CDS;305431;87;;;deb;°CDS;909742;45;;;deb;°CDS;1472925;94; ;&tRNA;305938;91;comp;;;&tRNA;910753;591;;;;&tRNA;1474027;16; fin;°CDS;306102;;comp;;fin;°CDS;911421;;;;fin;°CDS;1474115;; deb;°CDS;313891;178;;;deb;°CDS;996073;16;;;deb;°CDS;1485558;77;comp ;&tRNA;314651;65;comp;;;&tRNA;996626;41;comp;;;&tRNA;1486727;11; fin;°CDS;314788;;comp;;fin;°CDS;996740;;comp;;fin;°CDS;1486812;;comp deb;°CDS;320549;601;comp;;deb;°CDS;1040019;177;comp;;deb;°CDS;1500099;42;comp ;$rRNA;322590;125;;;;&tRNA;1040313;512;;;;&tRNA;1501368;210; ;&tRNA;324200;12;;;fin;°CDS;1040897;;;;fin;°CDS;1501649;;comp ;&tRNA;324286;258;;;deb;°CDS;1044863;276;;;deb;°CDS;1517796;78;comp ;$rRNA;324617;64;;;;&tRNA;1045700;188;;;;&tRNA;1518207;38;comp ;$rRNA;327557;43;;;fin;°CDS;1045962;;comp;;;ncRNA;1518319;21; fin;°CDS;327717;;comp;;deb;°CDS;1134197;251;;;fin;°CDS;1518722;; deb;°CDS;354976;88;comp;;;&tRNA;1134679;63;comp;;deb;°CDS;1526173;34;comp ;&tRNA;355256;10;comp;;fin;°CDS;1134827;;comp;;;regulatory;1527578;66;comp ;&tRNA;355338;102;comp;;deb;°CDS;1163424;138;comp;;fin;°CDS;1527743;;comp fin;°CDS;355522;;;;;&tRNA;1164231;342;;;deb;°CDS;1554202;45;comp deb;°CDS;434230;17;comp;;fin;°CDS;1164647;;;;;&tRNA;1554679;61;comp ;&tRNA;435678;149;comp;;deb;°CDS;1212124;58;;;fin;°CDS;1554812;;comp deb;°CDS;435901;35;comp;;;&tRNA;1212953;129;comp;;deb;°CDS;1600898;-30;comp ;&tRNA;436131;53;comp;;fin;°CDS;1213155;;comp;;;&tRNA;1601255;98;comp fin;°CDS;436257;;comp;;deb;°CDS;1253753;525;;;fin;°CDS;1601425;; ;;;;;;&tRNA;1255649;5;;; ;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1255736;;;; ;;; </pre> ====pmg intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_tRNA|pmg intercalaires tRNA]] <pre> pmg;relevés;;;;;;proportion des intercalaires <201;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls;;;deb;fin;total ;;;;;;;;;;;;<201;29;25;54 ;;;4;comp’;259;;-30;5;deb;;;total;34;33;67 ;;;49;;566;;4;16;<201;16;;taux;85%;76%;81% ;;;185;comp’;71;;17;27;total;19;;;;; ;;;77;comp’;86;;18;41;%;84%;;;;; ;;;18;comp’;141;;29;53;;;;;;; ;;comp’;87;;91;;35;61;fin;;;;;; ;;comp’;178;;65;;45;61;<201;17;;;;; ;10;;88;comp’;102;;45;63;total;22;;;;; ;;;17;;149;;49;65;%;77%;;;;; ;;;35;;53;;50;67;;;;;;; ;;;99;;78;;77;67;total;;;;;; ;;;249;comp’;404;;78;72;<201;33;;;;; ;;comp’;210;;27;;88;78;total;41;;;;; ;;comp’;49;;214;;94;91;%;80%;;;;; ;;;29;;67;;99;100;;;;;;; ;;;45;;591;;185;129;;;;;;; ;;comp’;16;;41;;249;149;;;;;;; ;;comp’;177;;512;;276;214;;;;;;; ;;;276;comp’;188;;525;342;;;;;;; ;;comp’;251;;63;;-;512;;;;;;; ;;comp’;138;;342;;-;566;;;;;;; ;;comp’;58;;129;;-;591;comp’;cumuls;;;;; ;;;525;;5;;0;11;deb;;;;;; ;;comp’;131;;72;;16;71;<201;13;;;;; ;;comp’;0;comp’;112;;35;86;total;15;;;;; ;;;50;;67;;42;98;%;87%;;;;; ;;comp’;54;;100;;49;102;;;;;;; ;;comp’;35;;61;;54;112;fin;;;;;; ;;;94;;16;;58;141;<201;8;;;;; ;;comp’;77;comp’;11;;77;188;total;11;;;;; ;;comp’;42;comp’;210;;87;210;%;73%;;;;; ;;;78;;;;131;259;;;;;;; ;;;45;;61;;138;404;total;;;;;; ;;;-30;comp’;98;;177;-;<201;21;;;;; ;;;;;;;178;-;total;26;;;;; ;;;;;;;210;-;%;81%;;;;; ;;;;;;;251;-;;;;;;; </pre> ===cyano synthèse=== ====cyano distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_génome|cyano distribution par génome]] ====cyano distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_du_total|cyano distribution du total]] <pre> cyano2;;;;;;;99 atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3 atc;;acc;3;aac;3;agc;3 ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3 gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2 tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2 cta;3;cca;3;caa;3;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2 ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2 ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2 gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;27;72;;;;;99 ;;;;;;; cyano2;;;;;;; atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;5;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;5;gaa;;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;4;;;;;10;10 </pre> ====cyano distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_type|cyano distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4 atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;27;72;;;;;99;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====cyano par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_par_rapport_au_groupe_de_référence|cyano par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;19;4;;;;;23; 16;moyen;27;10;2;;;10;49; 14;fort;26;9;2;;;;37; ; ;72;23;4;;;10;109; 10;g+cga;8;2;;;;;10; 2;agg+cgg;4;;;;;;4; 4;carre ccc;6;2;;;;;8; 5;autres;1;;;;;;1; ;;19;4;;;;;23; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;174;37;;;;;211;26 16;moyen;248;92;18;;;92;450;324 14;fort;239;83;18;;;;339;650 ; ;661;211;37;;;92;109;729 10;g+cgg;73;18;;;;;92;10 2;agg+cga;37;;;;;;37; 4;carre ccc;55;18;;;;;73;16 5;autres;9;;;;;;9; ;;174;37;;;;;211; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;192;40;;232;26;26;17; 16;moyen;273;101;20;394;324;38;43; 14;fort;263;91;20;374;650;36;39; ; ;727;232;40;99;729;72;23; 10;g+cgg;81;20;;101;10;42;; 2;agg+cga;40;;;40;;21;; 4;carre ccc;61;20;;81;16;32;; 5;autres;10;;;10;;5;; ;;192;40;;232;;19;; </pre> ====cyano, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano,_estimation_des_-rRNAs|cyano, estimation des -rRNAs]] <pre> actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 31 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;31;103; ; ;;indices;;;;31;332;0;0;;cyano2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;99 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3 atc;58;acc;;aac;;agc;;;atc;187;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;3;agc;3 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;2;aga;2 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;3;cga; gta;;gca;45;gaa;;gga;;;gta;;gca;145;gaa;;gga;;;gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;39;;37;;23;99 27.5.20 Tanger;;;;cyano;total;ttt;tgt;;25.11.20 Paris;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;3959;3.6;0.0;;;;;;84;3959;3.6;0.0;;cyano2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;98;;atgi;105;tct;;tat;;atgf;98;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;150 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;7.1;act;2.4;aat;3.6;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;17;cct;2.4;cat;2.4;cgc;1.2;;ctt;50;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;1.2;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;150 atc;8;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;195;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;;acc;150;aac;150;agc;150 ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;150 gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;100;gcc;100;gac;150;ggc;100 tta;83;tca;114;taa;;tga;0;;tta;83;tca;114;taa;2.4;tga;;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;;aca;200;aaa;100;aga;100 cta;118;cca;130;caa;114;cga;2;;cta;118;cca;130;caa;114;cga;2.4;;cta;150;cca;150;caa;150;cga; gta;111;gca;48;gaa;118;gga;111;;gta;111;gca;193;gaa;118;gga;111;;gta;100;gca;100;gaa;150;gga;100 ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;150;tcg;100;tag;;tgg;150 atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;200;acg;100;aag;50;agg;100 ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;100;ccg;100;cag;50;cgg;100 gtg;43;gcg;82;gag;8;ggg;76;;gtg;43;gcg;82;gag;8.3;ggg;76;;gtg;;gcg;50;gag;;ggg;50 ;;1574;;1607;;1156;4337;;;;1906;;1607;;1171;4684;;;;1950;;1850;;1150;4950 rapports;;83;;100;;99;93;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;cyano2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;48.549;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;35 att;;act;29;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1505;;;0/0;1;;;;att;;act;100;aat;;agt;100 ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;avec;119;;;10;12;;;;ctt;98;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;31;;;20;9;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;14;;;;ttc;19;tcc;2;tac;15;tgc;25 atc;4;acc;100;aac;100;agc;100;;cyano2;49.5;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;22;agc;24 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;99;;;50;2;40;;;ctc;6;ccc;1;cac;9;cgt;26 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;10;;;60;1;;;;gtc;2;gcc;7;gac;21;ggc;7 tta;100;tca;100;taa;;tga;;;genom;2;;;70;0;;;;tta;17;tca;12;taa;;tga; ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;43;aaa;13;aga;12 cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;21;cca;13;caa;24;cga;100 gta;100;gca;25;gaa;100;gga;100;;est 2% au dessus;;;;100;5;;;;gta;10;gca;52;gaa;21;gga;10 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;12;tag;100;tgg;27 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;41;acg;2;aag;24;agg;23 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;8;ccg;15;cag;74;cgg;0 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;39;gag;100;ggg;34 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;330;;279;;337;946 </pre> ==bacteroide== ===myr=== ====myr opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_opérons|myr opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Myro_A21/myroSp_A21-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP010327.1;myr;;genome;;;;;;; 34.1%GC;14.8.19 Paris;16s 8;101;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd Myroides sp. A21;;;;;;;;;; comp;151454..152776;;CDS;;270;270;;;441; comp;153047..153134;;tca;;208;208;;;; comp;153343..154476;;CDS;;;;;;378; ;;;;;;;;;; ;211346..212332;;CDS;;123;123;;;329; comp;212456..212530;;gta;+;27;;27;;; comp;212558..212635;;gta;5 gta;27;;27;;; comp;212663..212740;;gta;;27;;27;;; comp;212768..212845;;gta;;42;;42;;; comp;212888..212965;;gta;;92;92;;;; comp;213058..214275;;CDS;;;;;;406; ;;;;;;;;;; comp;294948..295334;;CDS;;146;146;;;129; comp;295481..295554;;aga;;28;;28;;; comp;295583..295660;;cca;;7;;7;;; comp;295668..295751;;agc;;280;280;;;; ;296032..297210;;CDS;;;;;;393; ;;;;;;;;;; ;327067..328053;;CDS;;112;112;;;329; comp;328166..328241;;aaa;+;698;;*698;;; comp;328940..329021;;ctc;6 aaa;87;;*87;;; comp;329109..329184;;aaa;@1;31;;31;;; comp;329216..329291;;aaa;;36;;36;;; comp;329328..329403;;aaa;;45;;45;;; comp;329449..329524;;aaa;;33;;33;;; comp;329558..329633;;aaa;;129;129;;;; ;329763..330281;;CDS;;;;;;173; ;;;;;;;;;; comp;353908..354384;;CDS;;259;259;;;159; comp;354644..354753;;5s;;107;;;;110; comp;354861..357744;;23s;;150;;;;2884; comp;357895..357971;;gca;;88;;;88;; comp;358060..358136;;atc;;75;;;;; comp;358212..359735;;16s;;265;;;;1524; comp;360001..360110;;5s;;103;;;;110; comp;360214..363107;;23s;;150;;;;2894; comp;363258..363334;;gca;;88;;;88;; comp;363423..363499;;atc;;75;;;;; comp;363575..365098;;16s;;687;*687;;;1524; comp;365786..366973;;CDS;;;;;;396; ;;;;;;;;;; comp;407344..408819;;CDS;;141;141;;;492; comp;408961..409037;;aca;+;33;;33;;; comp;409071..409147;;aca;5 aca;38;;38;;; comp;409186..409262;;aca;;39;;39;;; comp;409302..409378;;aca;;41;;41;;; comp;409420..409493;;aca;;81;81;;;; comp;409575..409838;;CDS;;;;;;88; ;;;;;;;;;; comp;550792..551043;;CDS;;37;37;;;84; comp;551081..551155;;gaa;+;40;;40;;; comp;551196..551267;;gaa;6 gaa;37;;37;;; comp;551305..551376;;gaa;;38;;38;;; comp;551415..551486;;gaa;;35;;35;;; comp;551522..551596;;gaa;;38;;38;;; comp;551635..551706;;gaa;;75;75;;;; comp;551782..553257;;CDS;;;;;;492; ;;;;;;;;;; comp;571079..574315;;CDS;;165;165;;;*1079; comp;574481..574590;;5s;;107;;;;110; comp;574698..577581;;23s;;118;;;;2884; comp;577700..577776;;gca;;88;;;88;; comp;577865..577941;;atc;;76;;;;; comp;578018..579541;;16s;;264;;;;1524; comp;579806..579915;;5s;;106;;;;110; comp;580022..582915;;23s;;150;;;;2894; comp;583066..583142;;gca;;88;;;88;; comp;583231..583307;;atc;;77;;;;; comp;583385..584908;;16s;;1070;*1070;;;1524; comp;585979..586545;;CDS;;;;;;189; ;;;;;;;;;; comp;719558..719755;;CDS;;13;13;;;66; comp;719769..719842;;tgg;;60;60;;;; comp;719903..721090;;CDS;;58;58;;;396; comp;721149..721220;;acc;;20;;20;;; comp;721241..721321;;tac;;27;;27;;; comp;721349..721425;;aca;;93;93;;;; comp;721519..721818;;CDS;;;;;;100; ;;;;;;;;;; ;781522..782178;;CDS;;76;76;;;219; ;782255..782330;;atgf;;93;93;;;; ;782424..782978;;CDS;;;;;;185; ;;;;;;;;;; comp;783008..783451;;CDS;;332;332;;;148; ;783784..783859;;atgf;;110;110;;;; comp;783970..785886;;CDS;;;;;;*639; ;;;;;;;;;; comp;814859..815281;;CDS;;541;*541;;;141; comp;815823..815899;;cga;;10;10;;;; comp;815910..816362;;CDS;;;;;;151; ;;;;;;;;;; ;868515..869267;;CDS;;37;37;;;251; comp;869305..869380;;gga;+;34;;34;;; comp;869415..869490;;gga;6 gga;34;;34;;; comp;869525..869600;;gga;;34;;34;;; comp;869635..869710;;gga;;34;;34;;; comp;869745..869820;;gga;;37;;37;;; comp;869858..869930;;gga;;242;242;;;; ;870173..870646;;CDS;;;;;;158; ;;;;;;;;;; ;1010425..1011210;;CDS;;92;92;;;262; comp;1011303..1011376;;caa;+;221;;*221;;; comp;1011598..1011668;;caa;2 caa;183;183;;;; ;1011852..1015055;;CDS;;;;;;*1068; ;;;;;;;;;; comp;1110980..1111921;;CDS;;158;158;;;314; ;1112080..1112162;;ttg;;44;44;;;; comp;1112207..1112701;;CDS;;;;;;165; ;;;;;;;;;; ;1113809..1114273;;CDS;;158;158;;;155; comp;1114432..1114541;;5s;;105;;;;110; comp;1114647..1117530;;23s;;150;;;;2884; comp;1117681..1117757;;gca;;88;;;88;; comp;1117846..1117922;;atc;;75;;;;; comp;1117998..1119521;;16s;;266;;;;1524; comp;1119788..1119897;;5s;;105;;;;110; comp;1120003..1122896;;23s;;150;;;;2894; comp;1123047..1123123;;gca;;88;;;88;; comp;1123212..1123288;;atc;;77;;;;; comp;1123366..1124889;;16s;;77;;;;1524; comp;1126238..1126311;;aac;;90;90;;;; comp;1126402..1127745;;CDS;;;;;;448; ;;;;;;;;;; ;1214932..1215615;;CDS;;101;101;;;228; comp;1215717..1215790;;tgc;;88;88;;;; comp;1215879..1216235;;CDS;;;;;;119; ;;;;;;;;;; ;1391184..1391825;;CDS;;85;85;;;214; ;1391911..1391987;;aac;+;370;;*370;;; ;1392358..1392434;;aac;2 aac;590;*590;;;; comp;1393025..1393459;;CDS;;;;;;145; ;;;;;;;;;; ;1597909..1598226;;CDS;;635;*635;;;106; ;1598862..1598938;;gac;+;148;;*148;;; ;1599087..1599163;;gac;3 gac;202;;*202;;; ;1599366..1599442;;gac;;169;169;;;; comp;1599612..1600157;;CDS;;;;;;182; ;;;;;;;;;; comp;1643091..1644479;;CDS;;132;132;;;463; ;1644612..1644696;;cta;+;183;;*183;;; ;1644880..1644961;;cta;2 cta;314;314;;;; ;1645276..1646115;;CDS;;;;;;280; ;;;;;;;;;; ;1721814..1722689;;CDS;;66;66;;;292; comp;1722756..1722826;;tgg;;51;51;;;; comp;1722878..1723252;;CDS;;;;;;125; ;;;;;;;;;; comp;1738209..1739033;;CDS;;183;183;;;275; comp;1739217..1739293;;atgi;+;24;;24;;; comp;1739318..1739394;;atgi;2 atgi;69;69;;;; comp;1739464..1739865;;CDS;;;;;;134; ;;;;;;;;;; >;1924596..1926158;;CDS;+;-41;*-41;;;*521; comp;1926118..1926206;;tta;2 tta;341;;*341;;; comp;1926548..1926633;;tta;@2;320;320;;;; <;1926954..1927025;;CDS;;;;;;24; ;;;;;;;;;; ;1928728..1929714;;CDS;;125;125;;;329; comp;1929840..1929925;;tta;;147;147;;;; comp;1930073..1930444;;CDS;;108;108;;;124; comp;1930553..1930638;;tta;;6;;6;;; comp;1930645..1930720;;ggc;;201;201;;;; comp;1930922..1933519;;CDS;;;;;;*866; ;;;;;;;;;; comp;1961822..1962571;;CDS;;128;128;;;250; ;1962700..1962775;;ttc;+;32;;32;;; ;1962808..1962883;;ttc;3 ttc;23;;23;;; ;1962907..1962982;;ttc;;97;97;;;; comp;1963080..1964066;;CDS;;;;;;329; ;;;;;;;;;; ;2082191..2082733;;CDS;;1103;*1103;;;181; ;2083837..2085360;;16s;;77;;;;1524; ;2085438..2085514;;atc;;88;;;88;; ;2085603..2085679;;gca;;150;;;;; ;2085830..2088713;;23s;;106;;;;2884; ;2088820..2088929;;5s;;156;156;;;110; ;2089086..2089943;;CDS;;;;;;286; ;;;;;;;;;; ;2147912..2148241;;CDS;;286;286;;;110; ;2148528..2148604;;cgt;+;49;;49;;; ;2148654..2148730;;cgt;2 cgt;69;69;;;; ;2148800..2149288;;CDS;;;;;;163; ;;;;;;;;;; comp;2207990..2208685;;CDS;;111;111;;;232; comp;2208797..2208872;;atgf;;106;106;;;; comp;2208979..2209605;;CDS;;147;147;;;209; comp;2209753..2209829;;atgj;;145;145;;;; ;2209975..2210361;;CDS;;;;;;129; ;;;;;;;;;; comp;2425634..2426896;;CDS;;299;299;;;421; comp;2427196..2427270;;cca;;353;353;;;; ;2427624..2428565;;CDS;;;;;;314; ;;;;;;;;;; comp;2434061..2435053;;CDS;;125;125;;;331; comp;2435179..2435252;;atgj;;366;366;;;; ;2435619..2436269;;CDS;;;;;;217; ;;;;;;;;;; ;2561350..2563341;;CDS;;1072;*1072;;;*664; ;2564414..2565937;;16s;;74;;;;1524; ;2566012..2566088;;atc;;90;;;90;; ;2566179..2566255;;gca;;118;;;;; ;2566374..2569256;;23s;;105;;;;2883; ;2569362..2569471;;5s;;279;279;;;110; ;2569751..2571682;;CDS;;;;;;*610; ;;;;;;;;;; comp;2676791..2678620;;CDS;;235;235;;;*610; comp;2678856..2678940;;tca;;497;*497;;;; ;2679438..2681390;;CDS;;;;;;*651; ;;;;;;;;;; comp;2977513..2977920;;CDS;;497;*497;;;136; comp;2978418..2978492;;gta;;61;61;;;; comp;2978554..2978928;;CDS;;;;;;125; ;;;;;;;;;; ;3228192..3228908;;CDS;;79;79;;;239; ;3228988..3229064;;cac;+;23;;23;;; ;3229088..3229164;;cac;4 cac;22;;22;;; ;3229187..3229263;;cac;;21;;21;;; ;3229285..3229361;;cac;;40;40;;;; comp;3229402..3230577;;CDS;;;;;;392; ;;;;;;;;;; comp;3394869..3395093;;CDS;;90;90;;;75; comp;3395184..3395268;;tca;;215;215;;;; comp;3395484..3396884;;CDS;;;;;;467; ;;;;;;;;;; ;3457542..3458360;;CDS;;150;150;;;273; ;3458511..3458594;;tac;+;49;;49;;; ;3458644..3458727;;tac;4 tac;48;;48;;; ;3458776..3458859;;tac;;41;;41;;; ;3458901..3458984;;tac;;309;309;;;; comp;3459294..3460415;;CDS;;;;;;374; ;;;;;;;;;; ;3951958..3953367;;CDS;;595;*595;;;470; ;3953963..3954039;;aga;+;80;;80;;; ;3954120..3954196;;aga;2 aga;36;36;;;; comp;3954233..3954712;;CDS;;;;;;160; ;;;;;;;;;; ;3975219..3976205;;CDS;;99;99;;;329; comp;3976305..3976379;;cca;+;36;;36;;; comp;3976416..3976493;;cca;2 cca;7;;7;;; comp;3976501..3976587;;agc;;965;*965;;;; ;3977553..3978161;;CDS;;;;;;203; </pre> ====myr cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_cumuls|myr cumuls]] <pre> myr cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;8;1;0;;1;1;1;;100;6;30;1 ;16 23 5s 0;0;20;4;;50;7;20;;200;25;60;0 ;16 atc gca;8;40;28;;100;21;40;;300;16;90;4 ;16 23 5s a;0;60;7;;150;18;60;;400;14;120;4 ;max a;2;80;1;;200;7;80;;500;9;150;10 ;a doubles;0;100;1;8;250;5;100;;600;1;180;8 ;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;5;210;6 ;total aas;16;140;0;;350;4;140;;800;0;240;6 sans ;opérons;34;160;1;;400;2;160;;900;1;270;3 ;1 aa;13;180;0;;450;0;180;;1000;0;300;5 ;max a;7;200;1;;500;2;200;;1100;2;330;6 ;a doubles;17;;5;;;9;;;;0;;26 ;total aas;85;;48;8;;82;;0;;79;;79 total aas;;101;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;74;88;;223;;;;302;; ;;;variance;120;0;;242;;;;209;; sans jaune;;;moyenne;33;;;144;;;;244;;189 ;;;variance;13;;;90;;;;122;;78 </pre> ====myr blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_blocs|myr blocs]] <pre> myr blocs;;;;;;; CDS;259;159;165;1079;CDS;158;155 5s;107;110;107;110;5s;105;110 23s;150;2884;118;2884;23s;150;2884 gca;88;;88;;gca;88; atc;75;;76;;atc;75; 16s;265;1524;264;1524;16s;266;1524 5s;103;110;106;110;5s;105;110 23s;150;2894;150;2894;23s;150;2894 gca;88;;88;;gca;88; atc;75;;77;;atc;77; 16s;687;1524;1070;1524;16s;77;1524 CDS;;396;;189;aac;90; ;;;;;CDS;;448 ;;;;;;; CDS;1103;181;1072;664;;; 16s;77;1524;74;1524;;; atc;88;;90;;;; gca;150;;118;;;; 23s;106;2884;105;2883;;; 5s;156;110;279;110;;; CDS;;286;;644;;; </pre> ====myr remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_remarques|myr remarques]] *code génétique de myr <pre> myr;;;;;;;101 atgi;2;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;3;tcc;;tac;5;tgc;1 atc;8;acc;1;aac;3;agc;2 ctc;1;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;3;ggc;1 tta;4;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;6;aaa;6;aga;3 cta;2;cca;4;caa;2;cga;1 gta;6;gca;8;gaa;6;gga;6 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2 atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====myr distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_distribution|myr distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2 cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total myr;;16;;;;;;;myr;11;;;;;;;;myr;57;;;;;; </pre> ====myr données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_données_intercalaires|myr données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;myr;fx;fc;myr;fx40;fc40;myr;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 1;0;0;5;13;0;5;13;-1;0;71;273;123;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;1;10;26;435;1;0;66;-2;0;0;208;280;688;;;30;;gta;52;;cgt ;2;20;12;251;2;5;78;-3;0;2;92;115;1071;;;30;;gta;**;;cgt ;0;30;21;130;3;5;61;-4;9;60;146;466;1104;;;30;;gta;22;;tgc 2;2;40;38;83;4;3;56;-5;0;0;144;73;1073;;;42;;gta;22;;tgc 2;0;50;50;69;5;1;29;-6;3;0;81;129;5s 16s;;;**;;gta;22;;tgc ;3;60;47;69;6;1;42;-7;0;10;209;332;266;;;31;;aga;22;;tgc 1;2;70;54;98;7;4;23;-8;0;34;32;113;265;;;7;;cca;**;;tgc 1;4;80;51;80;8;2;32;-9;0;0;40;40;267;;;**;;agc;26;;cac ;5;90;29;96;9;1;25;-10;0;3;75;95;23s 5s;;;90;;ctc;25;;cac 3;3;100;35;88;10;4;23;-11;2;28;16;183;2* 109;;;34;;aaa;24;;cac 1;2;110;22;73;11;1;41;-12;0;0;60;158;105;;;39;;aaa;**;;cac 2;1;120;32;67;12;2;46;-13;1;1;58;47;2* 108;;;48;;aaa;49;;tac 4;1;130;28;42;13;0;19;-14;0;22;93;104;3* 107;;;36;;aaa;51;;tac 1;0;140;22;49;14;1;27;-15;1;0;76;593;5s CDS;;;**;;aaa;44;;tac 1;5;150;28;51;15;2;16;-16;0;2;96;169;259;;;36;;aca;**;;tac 1;0;160;30;30;16;1;19;-17;1;15;544;132;165;;;41;;aca;83;;aga 1;0;170;26;32;17;1;24;-18;1;0;10;66;156;;;42;;aca;**;;aga ;0;180;21;33;18;2;19;-19;0;1;242;-38;279;;;41;;aca;39;;cca 1;1;190;22;29;19;1;21;-20;1;6;90;381;16s tRNA;;;**;;aca;10;;cca ;0;200;20;24;20;1;19;-21;0;0;88;125;3* 80;;atc;40;;gaa;**;;agc ;3;210;19;22;21;0;15;-22;0;0;85;128;81;;atc;37;;gaa;;; ;1;220;12;21;22;4;15;-23;0;7;635;100;3* 82;;atc;38;;gaa;;; ;0;230;17;17;23;0;15;-24;0;0;314;145;79;;atc;38;;gaa;;; ;1;240;19;20;24;0;18;-25;0;1;51;353;tRNA 23s;;;38;;gaa;;; ;1;250;16;15;25;0;14;-26;0;4;186;366;6*151;;gca;**;;gaa;;; ;0;260;14;16;26;2;10;-27;0;0;69;497;2* 119;;gca;20;;acc;;; ;0;270;17;22;27;5;9;-28;0;0;147;43;tRNA 16s;;;30;;tac;;; 1;1;280;9;8;28;4;12;-29;0;3;108;312;90;;aac;**;;aca;;; ;1;290;11;14;29;4;10;-30;0;0;201;39;tRNA tRNA;;intra;37;;gga;;; ;2;300;12;8;30;2;12;-31;0;0;286;99;7* 91;;atc gca;37;;gga;;; ;0;310;12;12;31;4;8;-32;0;1;72;965;93;;atc gca;37;;gga;;; 1;1;320;10;16;32;1;14;-33;0;0;114;;;;;37;;gga;;; ;0;330;10;11;33;3;5;-34;0;3;106;;;;;37;;gga;;; 1;0;340;5;7;34;5;9;-35;0;1;150;;;;;**;;gga;;; ;0;350;4;12;35;2;3;-36;0;0;299;;;;;221;;caa;;; 1;0;360;11;9;36;7;10;-37;0;0;125;;;;;**;;caa;;; 1;0;370;6;6;37;3;8;-38;0;2;235;;;;;373;;aac;;; ;0;380;2;7;38;2;7;-39;0;0;20;;;;;**;;aac;;; 1;0;390;3;5;39;5;13;-40;0;0;294;;;;;151;;gac;;; ;0;400;5;4;40;6;6;-41;0;2;497;;;;;202;;gac;;; 4;4;reste;146;180;reste;877;1362;-42;0;0;61;;;;;**;;gac;;; 32;47;total;979;2274;total;979;2274;-43;0;0;79;;;;;186;;cta;;; 27;43;diagr;828;2081;diagr;97;899;-44;0;1;90;;;;;**;;cta;;; 0;3; t30;59;816;;;;-45;0;0;215;;;;;24;;atgi;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;**;;atgi;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;341;;tta;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;**;;tta;;; ;x;974;20;5;999;;;-49;0;0;;;;;;9;;tta;;; ;c;2261;282;13;2556;;;-50;0;0;;;;;;**;;ggc;;; ;;;;;3555;199;;reste;1;0;;;;;;35;;ttc;;; ;;;;;;3754;;total;20;282;;;;;;26;;ttc;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;ttc;;; </pre> =====myr autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires_aas|myr autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;myr;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;151454;273;comp; ;tRNA;153050;208;comp;tca fin;CDS;153343;;comp; deb;CDS;171836;177;comp; ;regulatory;174323;162;; fin;CDS;174673;;comp; deb;CDS;211346;123;; ;tRNA;212456;30;comp;gta ;tRNA;212561;30;comp;gta ;tRNA;212666;30;comp;gta ;tRNA;212771;42;comp;gta ;tRNA;212888;92;comp;gta fin;CDS;213058;;comp; deb;CDS;294948;146;comp; ;tRNA;295481;31;comp;aga ;tRNA;295586;7;comp;cca ;tRNA;295668;280;comp;agc fin;CDS;296032;;; deb;CDS;327067;115;; ;tRNA;328169;466;comp;aaa deb;CDS;328708;73;; ;tRNA;328940;90;comp;ctc ;tRNA;329112;34;comp;aaa ;tRNA;329219;39;comp;aaa ;tRNA;329331;48;comp;aaa ;tRNA;329452;36;comp;aaa ;tRNA;329561;129;comp;aaa fin;CDS;329763;;; deb;CDS;353908;259;comp; ;rRNA;354644;109;comp;5s ;rRNA;354863;151;comp;23s ;tRNA;357898;91;comp;gca ;tRNA;358063;80;comp;atc ;rRNA;358217;266;comp;16s ;rRNA;360001;105;comp;5s ;rRNA;360216;151;comp;23s ;tRNA;363261;91;comp;gca ;tRNA;363426;80;comp;atc ;rRNA;363580;688;comp;16s fin;CDS;365786;;comp; deb;CDS;407344;144;comp; ;tRNA;408964;36;comp;aca ;tRNA;409074;41;comp;aca ;tRNA;409189;42;comp;aca ;tRNA;409305;41;comp;aca ;tRNA;409420;81;comp;aca fin;CDS;409575;;comp; deb;CDS;539601;209;comp; ;tRNA;542039;32;comp;other fin;CDS;542191;;comp; deb;CDS;550792;40;comp; ;tRNA;551084;40;comp;gaa ;tRNA;551196;37;comp;gaa ;tRNA;551305;38;comp;gaa ;tRNA;551415;38;comp;gaa ;tRNA;551525;38;comp;gaa ;tRNA;551635;75;comp;gaa fin;CDS;551782;;comp; deb;CDS;571079;165;comp; ;rRNA;574481;109;comp;5s ;rRNA;574700;119;comp;23s ;tRNA;577703;91;comp;gca ;tRNA;577868;81;comp;atc ;rRNA;578023;265;comp;16s ;rRNA;579806;108;comp;5s ;rRNA;580024;151;comp;23s ;tRNA;583069;91;comp;gca ;tRNA;583234;82;comp;atc ;rRNA;583390;1071;comp;16s fin;CDS;585979;;comp; deb;CDS;719558;16;comp; ;tRNA;719772;60;comp;tgg deb;CDS;719903;58;comp; ;tRNA;721149;20;comp;acc ;tRNA;721241;30;comp;tac ;tRNA;721352;93;comp;aca fin;CDS;721519;;comp; deb;CDS;781522;76;; ;tRNA;782255;96;;atgf fin;CDS;782424;;; deb;CDS;783008;332;comp; ;tRNA;783784;113;;atgf fin;CDS;783970;;comp; deb;CDS;814859;544;comp; ;tRNA;815826;10;comp;cga fin;CDS;815910;;comp; deb;CDS;868515;40;; ;tRNA;869308;37;comp;gga ;tRNA;869418;37;comp;gga ;tRNA;869528;37;comp;gga ;tRNA;869638;37;comp;gga ;tRNA;869748;37;comp;gga ;tRNA;869858;242;comp;gga fin;CDS;870173;;comp; deb;CDS;887776;96;; ;regulatory;888352;64;; fin;CDS;888516;;; deb;CDS;900643;77;comp; ;regulatory;902862;75;comp; fin;CDS;903026;;comp; deb;CDS;1010425;95;; ;tRNA;1011306;221;comp;caa ;tRNA;1011598;183;comp;caa fin;CDS;1011852;;; deb;CDS;1110980;158;comp; ;tRNA;1112080;47;;ttg fin;CDS;1112207;;comp; deb;CDS;1113809;158;; ;rRNA;1114432;107;comp;5s ;rRNA;1114649;151;comp;23s ;tRNA;1117684;91;comp;gca ;tRNA;1117849;80;comp;atc ;rRNA;1118003;267;comp;16s ;rRNA;1119788;107;comp;5s ;rRNA;1120005;151;comp;23s ;tRNA;1123050;91;comp;gca ;tRNA;1123215;82;comp;atc ;rRNA;1123371;1349;comp;16s ;tRNA;1126238;90;comp;aac fin;CDS;1126402;;comp; deb;CDS;1214932;104;; ;tRNA;1215720;88;comp;tgc fin;CDS;1215879;;comp; deb;CDS;1391184;85;; ;tRNA;1391911;373;;aac ;tRNA;1392358;593;;aac fin;CDS;1393025;;comp; deb;CDS;1597909;635;; ;tRNA;1598862;151;;gac ;tRNA;1599087;202;;gac ;tRNA;1599366;169;;gac fin;CDS;1599612;;comp; deb;CDS;1604664;112;comp; ;regulatory;1606846;57;comp; fin;CDS;1607085;;comp; deb;CDS;1643091;132;comp; ;tRNA;1644612;186;;cta ;tRNA;1644880;314;;cta fin;CDS;1645276;;; deb;CDS;1721814;66;; ;tRNA;1722756;51;comp;tgg fin;CDS;1722878;;comp; deb;CDS;1738209;186;comp; ;tRNA;1739220;24;comp;atgi ;tRNA;1739318;69;comp;atgi fin;CDS;1739464;;comp; deb;CDS;1924596;-38;; ;tRNA;1926121;341;comp;tta ;tRNA;1926548;381;comp;tta fin;CDS;1927015;;; deb;CDS;1928728;125;; ;tRNA;1929840;147;comp;tta deb;CDS;1930073;108;comp; ;tRNA;1930553;9;comp;tta ;tRNA;1930648;201;comp;ggc fin;CDS;1930922;;comp; deb;CDS;1961822;128;comp; ;tRNA;1962700;35;;ttc ;tRNA;1962808;26;;ttc ;tRNA;1962907;100;;ttc fin;CDS;1963080;;comp; deb;CDS;2082191;1104;; ;rRNA;2083838;82;;16s ;tRNA;2085438;91;;atc ;tRNA;2085603;151;;gca ;rRNA;2085828;108;;23s ;rRNA;2088820;156;;5s fin;CDS;2089086;;; deb;CDS;2147912;286;; ;tRNA;2148528;52;;cgt ;tRNA;2148654;72;;cgt fin;CDS;2148800;;; deb;CDS;2207990;114;comp; ;tRNA;2208800;106;comp;atgf deb;CDS;2208979;150;comp; ;tRNA;2209756;145;comp;atgj fin;CDS;2209975;;; deb;CDS;2224025;53;comp; ;ncRNA;2225644;58;comp; fin;CDS;2225810;;comp; deb;CDS;2302059;133;; ;regulatory;2303686;199;; fin;CDS;2304079;;; deb;CDS;2425634;299;comp; ;tRNA;2427196;353;comp;cca fin;CDS;2427624;;; deb;CDS;2434061;125;comp; ;tRNA;2435179;366;comp;atgj fin;CDS;2435619;;; deb;CDS;2505104;88;comp; ;ncRNA;2506290;93;; fin;CDS;2506482;;comp; deb;CDS;2561350;1073;; ;rRNA;2564415;79;;16s ;tRNA;2566012;93;;atc ;tRNA;2566179;119;;gca ;rRNA;2566372;107;;23s ;rRNA;2569362;279;;5s fin;CDS;2569751;;; deb;CDS;2640485;167;comp; ;regulatory;2641078;541;comp; fin;CDS;2641765;;; deb;CDS;2676791;235;comp; ;tRNA;2678856;497;comp;tca fin;CDS;2679438;;; deb;CDS;2729998;20;; ;tRNA;2731143;22;;tgc ;tRNA;2731236;22;;tgc ;tRNA;2731329;22;;tgc ;tRNA;2731422;22;;tgc ;tRNA;2731515;294;;tgc fin;CDS;2731880;;; deb;CDS;2977513;497;comp; ;tRNA;2978418;61;comp;gta fin;CDS;2978554;;comp; deb;CDS;3228192;79;; ;tRNA;3228988;26;;cac ;tRNA;3229088;25;;cac ;tRNA;3229187;24;;cac ;tRNA;3229285;43;;cac fin;CDS;3229402;;comp; deb;CDS;3299472;99;; ;tmRNA;3300558;220;comp; fin;CDS;3301177;;; deb;CDS;3394869;90;comp; ;tRNA;3395184;215;comp;tca fin;CDS;3395484;;comp; deb;CDS;3457542;150;; ;tRNA;3458511;49;;tac ;tRNA;3458644;51;;tac ;tRNA;3458776;44;;tac ;tRNA;3458901;312;;tac fin;CDS;3459294;;comp; deb;CDS;3475368;61;comp; ;regulatory;3476731;337;comp; fin;CDS;3477177;;; deb;CDS;3488568;61;comp; ;regulatory;3489832;337;comp; fin;CDS;3490278;;; deb;CDS;3951958;595;; ;tRNA;3953963;83;;aga ;tRNA;3954120;39;;aga fin;CDS;3954233;;comp; deb;CDS;3975219;99;; ;tRNA;3976305;39;comp;cca ;tRNA;3976419;10;comp;cca ;tRNA;3976504;965;comp;agc fin;CDS;3977553;;; deb;CDS;4054689;76;; ;ncRNA;4055338;275;comp; fin;CDS;4055928;;; </pre> ====myr intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_entre_cds|myr intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> myr;2.2.21 Paris;;Myr 18.1.21;;;;;;;;; myr;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>fréquencez ;'''négatif;302;8.5;'''négatif ;-9;10;-1 à -68;'''4 155 464;-1;302;610;6 ;'''zéro;18;0.5;;;;;'''intercals;0;18;620;2 ;'''1 à 200;2443;68.7;'''0 à 200;67;56;;'''507 186;5;304;630;6 ;'''201 à 370;440;12.4;'''201 à 370;271;47;;'''12.2%;10;157;640;4 ;'''371 à 600;202;5.7;'''371 à 600;470;61;;;15;155;650;2 ;'''601 à max;150;4.2;'''601 à 1353;802;166;;;20;108;660;8 ;'''total 3555;<201;77.7;'''total 3549;139;188;-68 à 1353;;25;81;670;5 adresse;intercalx;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>eréquence-1;30;70;680;3 1253774;2764;-1;302;-70;0;;0;18;35;54;690;3 4076145;2069;0;18;-60;1;;-1;°71;40;67;700;2 3818684;1978;1;66;-50;0;;-2;0;45;52;710;10 3657182;1824;2;°83;-40;5;;-3;2;50;67;720;4 4012754;1661;3;66;-30;7;'''min à -1;-4;°69;55;67;730;2 3629577;1544;4;59;-20;22;302;-5;0;60;49;740;10 2952529;1353;5;30;-10;78;8.5%;-6;3;65;78;750;2 3023352;1312;6;°43;0;207;;-7;10;70;74;760;6 3091776;1283;7;27;10;461;;-8;°34;75;64;770;4 3063256;1274;8;34;20;263;;-9;0;80;67;780;5 792903;1218;9;26;30;151;;-10;3;85;56;790;4 128855;1210;10;27;40;121;'''1 à 100;-11;°30;90;69;800;5 1814854;1180;11;42;50;119;1762;-12;0;95;73;810;3 2893024;1157;12;°48;60;116;49.6%;-13;2;100;50;820;2 3791894;1149;13;19;70;152;;-14;°22;105;50;830;2 1764716;1121;14;28;80;131;;-15;1;110;45;840;3 3858117;1092;15;18;90;125;;-16;2;115;55;850;1 2631119;1079;16;20;100;123;;-17;°16;120;44;860;1 3204160;1074;17;°25;110;95;;-18;1;125;38;870;0 3970791;1045;18;21;120;99;;-19;1;130;32;880;1 638891;1022;19;22;130;70;;-20;°7;135;37;890;3 3392036;1020;20;20;140;71;;-21;0;140;34;900;1 3864400;1007;21;15;150;79;;-22;0;145;40;910;3 1410445;1003;22;°19;160;60;;-23;°7;150;39;920;2 3966467;1001;23;15;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;2 180046;997;24;18;180;54;2443;-25;1;160;24;940;1 226066;997;25;°14;190;51;69%;-26;°4;165;38;950;0 102898;986;26;12;200;44;;-27;0;170;20;960;2 1232294;981;27;14;210;41;;-28;0;175;25;970;0 66244;978;28;°16;220;33;;-29;°3;180;29;980;1 1851963;956;29;14;230;34;;-30;0;185;24;990;2 2836755;953;30;14;240;39;;-31;0;190;27;1000;2 3339204;937;31;12;250;31;;-32;1;195;23;1010;3 485591;928;32;°15;260;30;;;308;200;21;1020;1 1163082;925;33;8;270;39;;reste;12;205;21;1030;1 2704567;918;34;14;280;17;;total;320;210;20;1040;0 1624776;912;35;5;290;25;;;;215;19;1050;1 1989125;909;36;°17;300;20;;intercal;<u>fréquencef;220;14;1060;0 2763942;909;37;11;310;24;;600;3405;225;17;1070;0 3941959;907;38;9;320;26;;650;20;230;17;1080;2 3569216;896;39;°18;330;21;;700;21;235;16;1090;0 3279840;890;40;12;340;12;'''201 à 370;750;28;240;23;1100;1 3713046;890;reste;2239;350;16;440;800;24;245;16;1110;0 1258251;888;total;3555;360;20;12%;850;11;250;15;1120;0 3954233;874;;;370;12;;900;6;255;14;1130;1 248335;860;;;380;9;;950;8;260;16;1140;0 ;;;;390;8;;1000;7;265;17;1150;1 ;;;;400;9;;1050;6;270;22;1160;1 adresse;intercaln;décalage;long;410;15;;1100;3;275;14;1170;0 849554;-68;comp;;420;12;;1150;2;280;3;1180;1 3465496;-47;shift2;473;430;11;;1200;2;285;14;1190;0 3335648;-46;shift2;705;440;9;;1250;2;290;11;1200;0 1686663;-44;shift2;464;450;18;;1300;2;295;11;reste;12 626279;-41;;;460;9;;1350;1;300;9;total;150 3285379;-41;;;470;14;;1400;1;305;18;; 569581;-38;;;480;10;;1450;0;310;6;; 3645168;-38;;;490;11;;1500;0;315;11;; 3007311;-35;;;500;5;;1550;1;320;15;; 890595;-34;;;510;9;;1600;0;325;10;; 1138331;-34;;;520;5;;1650;0;330;11;; 1639425;-34;;;530;9;;1700;1;335;4;; 1509236;-32;;;540;3;'''371 à 600;;146;340;8;; 2356195;-29;;;550;7;202;;;345;11;; 2927121;-29;;;560;6;5.7%;;;350;5;; 3218460;-29;;;570;7;;;;355;11;; 74410;-26;;;580;4;'''601 à max;;;360;9;; 1241101;-26;;;590;6;150;;;365;6;; 1964711;-26;;;600;6;4.2%;;;370;6;; 3675717;-26;;;reste;150;;reste;4;reste;352;; 424302;-25;;;total;3555;;toal;3555;toal;3555;; </pre> ====myr intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> myr. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; myr;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;33;-213;270;32;708;215;max70;&-94;717;-1739;143;742;254;min50 31 à 400;;;;;;;;&7.8;-12;-192;52;897;51;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-7;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;112;48;-;640;poly;68;tm;&215;69;;452;poly;290;SF 31 à 400;;;;;;;;&117;42;-;811;poly;86;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.078;;;;; 41-n;0.872;0.649;0.764;;;;;;;;;;;; 1-n;0.323;-0.143;0.041;;;;;;;;;;14.8.21 paris;; myr;fx;fc;;myr;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;myr;Sx-;Sc- 0;5;13;;0;6;6;;0;5;13;>0;974;-1;0;71 10;26;435;;10;31;209;;1;0;66;<0;20;-2;0;0 20;12;251;;20;14;121;;2;5;78;zéro;5;-3;0;2 30;21;130;;30;25;62;;3;5;61;total;999;-4;9;60 40;38;83;;40;46;40;;4;3;56;;c;-5;0;0 50;50;69;;50;60;33;;5;1;29;>0;2261;-6;3;0 60;47;69;;60;57;33;;6;1;42;<0;282;-7;0;10 70;54;98;;70;65;47;;7;4;23;zéro;13;-8;0;34 80;51;80;;80;62;38;;8;2;32;total;2556;-9;0;0 90;29;96;;90;35;46;;9;1;25;;;-10;0;3 100;35;88;;100;42;42;;10;4;23;;;-11;2;28 110;22;73;;110;27;35;;11;1;41;;;-12;0;0 120;32;67;;120;39;32;;12;2;46;;;-13;1;1 130;28;42;;130;34;20;;13;0;19;;;-14;0;22 140;22;49;;140;27;24;;14;1;27;;;-15;1;0 150;28;51;;150;34;25;;15;2;16;;;-16;0;2 160;30;30;;160;36;14;;16;1;19;;;-17;1;15 170;26;32;;170;31;15;;17;1;24;;;-18;1;0 180;21;33;;180;25;16;;18;2;19;;;-19;0;1 190;22;29;;190;27;14;;19;1;21;;;-20;1;6 200;20;24;;200;24;12;;20;1;19;;;-21;0;0 210;19;22;;210;23;11;;21;0;15;;;-22;0;0 220;12;21;;220;14;10;;22;4;15;;;-23;0;7 230;17;17;;230;21;8;;23;0;15;;;-24;0;0 240;19;20;;240;23;10;;24;0;18;;;-25;0;1 250;16;15;;250;19;7;;25;0;14;;;-26;0;4 260;14;16;;260;17;8;;26;2;10;;;-27;0;0 270;17;22;;270;21;11;;27;5;9;;;-28;0;0 280;9;8;;280;11;4;;28;4;12;;;-29;0;3 290;11;14;;290;13;7;;29;4;10;;;-30;0;0 300;12;8;;300;14;4;;30;2;12;;;-31;0;0 310;12;12;;310;14;6;;31;4;8;;;-32;0;1 320;10;16;;320;12;8;;32;1;14;;;-33;0;0 330;10;11;;330;12;5;;33;3;5;;;-34;0;3 340;5;7;;340;6;3;;34;5;9;;;-35;0;1 350;4;12;;350;5;6;;35;2;3;;;-36;0;0 360;11;9;;360;13;4;;36;7;10;;;-37;0;0 370;6;6;;370;7;3;;37;3;8;;;-38;0;2 380;2;7;;380;2;3;;38;2;7;;;-39;0;0 390;3;5;;390;4;2;;39;5;13;;;-40;0;0 400;5;4;;400;6;2;;40;6;6;;;-41;0;2 reste;146;180;;;;;;reste;877;1362;;;-42;0;0 total;979;2274;;t30;71;392;;total;979;2274;;;-43;0;0 diagr;828;2081;;t60;234;498;;diagr;97;899;;;-44;0;1 - t30;769;1265;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;634;1044;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;1;0 ;;;;;;;;;;;;;total;20;282 </pre> ====myr intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_négatifs_S-|myr intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;9;;3;;;;;2;;1;;1;;1;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;20 continu;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;9;0;3;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;20 ;Sc-;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282 </pre> ====myr autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires|myr autres intercalaires]] <pre> myr1 ;adresse1;;;;;myr2 ;adresse2;;;;;myr3;adresse3;;; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;151454;273;comp;;deb;°CDS;814859;544;comp;;deb;°CDS;2147912;286; ;&tRNA;153050;208;comp;;;&tRNA;815826;10;comp;;;&tRNA;2148528;52; fin;°CDS;153343;;comp;;fin;°CDS;815910;;comp;;;&tRNA;2148654;72; deb;°CDS;171836;177;comp;;deb;°CDS;868515;40;;;fin;°CDS;2148800;; ;regulatory;174323;162;;;;&tRNA;869308;37;comp;;deb;°CDS;2207990;114;comp fin;°CDS;174673;;comp;;;&tRNA;869418;37;comp;;;&tRNA;2208800;106;comp deb;°CDS;211346;123;;;;&tRNA;869528;37;comp;;deb;°CDS;2208979;150;comp ;&tRNA;212456;30;comp;;;&tRNA;869638;37;comp;;;&tRNA;2209756;145;comp ;&tRNA;212561;30;comp;;;&tRNA;869748;37;comp;;fin;°CDS;2209975;; ;&tRNA;212666;30;comp;;;&tRNA;869858;242;comp;;deb;°CDS;2224025;53;comp ;&tRNA;212771;42;comp;;fin;°CDS;870173;;comp;;;ncRNA;2225644;58;comp ;&tRNA;212888;92;comp;;deb;°CDS;887776;96;;;fin;°CDS;2225810;;comp fin;°CDS;213058;;comp;;;regulatory;888352;64;;;deb;°CDS;2302059;133; deb;°CDS;294948;146;comp;;fin;°CDS;888516;;;;;regulatory;2303686;199; ;&tRNA;295481;31;comp;;deb;°CDS;900643;77;comp;;fin;°CDS;2304079;; ;&tRNA;295586;7;comp;;;regulatory;902862;75;comp;;deb;°CDS;2425634;299;comp ;&tRNA;295668;280;comp;;fin;°CDS;903026;;comp;;;&tRNA;2427196;353;comp fin;°CDS;296032;;;;deb;°CDS;1010425;95;;;fin;°CDS;2427624;; deb;°CDS;327067;115;;;;&tRNA;1011306;221;comp;;deb;°CDS;2434061;125;comp ;&tRNA;328169;466;comp;;;&tRNA;1011598;183;comp;;;&tRNA;2435179;366;comp deb;°CDS;328708;73;;;fin;°CDS;1011852;;;;fin;°CDS;2435619;; ;&tRNA;328940;90;comp;;deb;°CDS;1110980;158;comp;;deb;°CDS;2505104;88;comp ;&tRNA;329112;34;comp;;;&tRNA;1112080;47;;;;ncRNA;2506290;93; ;&tRNA;329219;39;comp;;fin;°CDS;1112207;;comp;;fin;°CDS;2506482;;comp ;&tRNA;329331;48;comp;;deb;°CDS;1113809;158;;;deb;°CDS;2561350;1073; ;&tRNA;329452;36;comp;;;$rRNA;1114432;107;comp;;;$rRNA;2564415;79; ;&tRNA;329561;129;comp;;;$rRNA;1114649;151;comp;;;&tRNA;2566012;93; fin;°CDS;329763;;;;;&tRNA;1117684;91;comp;;;&tRNA;2566179;119; deb;°CDS;353908;259;comp;;;&tRNA;1117849;80;comp;;;$rRNA;2566372;107; ;$rRNA;354644;109;comp;;;$rRNA;1118003;267;comp;;;$rRNA;2569362;279; ;$rRNA;354863;151;comp;;;$rRNA;1119788;107;comp;;fin;°CDS;2569751;; ;&tRNA;357898;91;comp;;;$rRNA;1120005;151;comp;;deb;°CDS;2640485;167;comp ;&tRNA;358063;80;comp;;;&tRNA;1123050;91;comp;;;regulatory;2641078;541;comp ;$rRNA;358217;266;comp;;;&tRNA;1123215;82;comp;;fin;°CDS;2641765;; 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fin;°CDS;542191;;comp;;deb;°CDS;1604664;112;comp;;;&tRNA;3229088;25; deb;°CDS;550792;40;comp;;;regulatory;1606846;57;comp;;;&tRNA;3229187;24; ;&tRNA;551084;40;comp;;fin;°CDS;1607085;;comp;;;&tRNA;3229285;43; ;&tRNA;551196;37;comp;;deb;°CDS;1643091;132;comp;;fin;°CDS;3229402;;comp ;&tRNA;551305;38;comp;;;&tRNA;1644612;186;;;deb;°CDS;3299472;99; ;&tRNA;551415;38;comp;;;&tRNA;1644880;314;;;;tmRNA;3300558;220;comp ;&tRNA;551525;38;comp;;fin;°CDS;1645276;;;;fin;°CDS;3301177;; ;&tRNA;551635;75;comp;;deb;°CDS;1721814;66;;;deb;°CDS;3394869;90;comp fin;°CDS;551782;;comp;;;&tRNA;1722756;51;comp;;;&tRNA;3395184;215;comp deb;°CDS;571079;165;comp;;fin;°CDS;1722878;;comp;;fin;°CDS;3395484;;comp ;$rRNA;574481;109;comp;;deb;°CDS;1738209;186;comp;;deb;°CDS;3457542;150; ;$rRNA;574700;119;comp;;;&tRNA;1739220;24;comp;;;&tRNA;3458511;49; ;&tRNA;577703;91;comp;;;&tRNA;1739318;69;comp;;;&tRNA;3458644;51; ;&tRNA;577868;81;comp;;fin;°CDS;1739464;;comp;;;&tRNA;3458776;44; ;$rRNA;578023;265;comp;;deb;°CDS;1924596;-38;;;;&tRNA;3458901;312; 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deb;°CDS;783008;332;comp;;;&tRNA;2085438;91;;;deb;°CDS;4054689;76; ;&tRNA;783784;113;;;;&tRNA;2085603;151;;;;ncRNA;4055338;275;comp fin;°CDS;783970;;comp;;;$rRNA;2085828;108;;;fin;°CDS;4055928;; ;;;;;;;$rRNA;2088820;156;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;2089086;;;;;;;; </pre> ====myr intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_tRNA|myr intercalaires tRNA]] <pre> myr intercalaires tRNA;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;;;; ;;;;;;;deb;fin;continu;cumuls ;;;273;;208;;;;; ;30*3 42;comp’;123;;92;;16;10;'''deb; ;31 7;;146;comp’;280;;20;32;<201;18 ;;comp’;115;comp’;466;;40;51;total;26 ;90 34 39 48 36;comp’;73;comp’;129;;54;60;%;69% ;36 41 42 41;;144;;81;;58;61;; ;;;209;;32;;76;69;'''fin; ;40 37 38*3;;40;;75;;79;72;<201;15 ;;;16;;60;;85;75;total;22 ;20 30;;58;;93;;90;81;%;68% ;;;76;;96;;90;88;; ;;comp’;332;comp’;113;;108;92;'''total; ;;;54;;10;;114;93;<201;33 ;37*5;comp’;40;;242;;125;96;total;48 ;221;comp’;95;comp’;183;;144;106;%;69% ;;comp’;158;comp’;47;;146;147;; ;;;;comp’;90;;150;201;; ;;comp’;104;;88;;150;208;; ;373;;85;comp’;593;;186;215;; ;151 202;;635;comp’;169;;209;220;; ;186;comp’;132;;314;;235;242;; ;;comp’;66;;51;;273;294;; ;24;;186;;69;;286;314;; ;341;comp’;-38;comp’;381;;299;-;; ;;comp’;125;;147;;497;-;; ;9;;108;;201;;595;-;; ;35 26;comp’;128;comp’;100;;635;-;'''comp’;'''cumuls ;52;;286;;72;;'''-38;39;'''deb; ;;;114;;106;;40;43;<201;12 ;;;150;comp’;145;;66;47;total;13 ;;;299;comp’;353;;73;90;%;92% ;;;125;comp’;366;;95;100;; ;;;235;comp’;497;;104;113;'''fin; ;22*4;;20;;294;;115;129;<201;10 ;;;497;;61;;123;145;total;18 ;26 25 24;;79;comp’;43;;125;169;%;56% ;;;90;;220;;128;183;; ;;;90;;215;;132;280;'''total; ;49 51 44;;150;comp’;312;;158;312;<201;22 ;83;;595;comp’;39;;332;353;total;31 ;;;;;;;_;366;%;71% ;;;;;;;_;381;; ;;;;;;;_;466;; ;;;;;;;_;497;; ;;;;;;;_;593;; ;;deb;fin;total;;;;;; ;<201;30;25;55;;;;;; ;total;39;40;79;;;;;; ;taux;77%;63%;70%;;;;;; </pre> ===fps=== ====fps opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_opérons|fps opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Flav_psyc_JIP02_86/flavPsyc-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009613.3;fps;;genome;;;;;;;; 32.4%GC;14.8.19 Paris;16s 6;49;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Flavobacterium psychrophilum JIP02/86;;;;;;;;;;; ;3517..4200;;CDS;;43;43;;;228;; comp;4244..4317;;tgc;;104;104;;;;; comp;4422..4781;;CDS;;;;;;120;; ;;;;;;;;;;; ;113561..114154;;CDS;;107;107;;;198;; comp;114262..114335;;aac;;147;147;;;;; comp;114483..115817;;CDS;;;;;;445;; ;;;;;;;;;;; comp;190346..191287;;CDS;;175;175;;;314;; ;191463..191545;;ttg;@1;290;;*290;;;; comp;191836..191920;;cta;;132;132;;;;; ;192053..193441;;CDS;;;;;;463;; ;;;;;;;;;;; comp;295744..295950;;CDS;;179;179;;;69;; comp;296130..296203;;atgi;;86;86;;;;; comp;296290..296694;;CDS;;;;;;135;; ;;;;;;;;;;; comp;318122..319414;;CDS;;896;*896;;;431;; comp;320311..320387;;gac;;86;86;;;;; comp;320474..321400;;CDS;;;;;;309;; ;;;;;;;;;;; comp;371118..374348;;CDS;;154;154;;;1077;; ;374503..374576;;caa;;47;47;;;;; comp;374624..375631;;CDS;;;;;;336;; ;;;;;;;;;;; comp;464114..466717;;CDS;;125;125;;;868;; 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;;;;;;;;;;; ;852715..853170;;CDS;;128;128;;;152;; comp;853299..853375;;cac;;75;75;;;;; comp;853451..854167;;CDS;;;;;;239;; ;;;;;;;;;;; ;897041..897184;;CDS;;75;75;;;48;; ;897260..897336;;cgt;;46;46;;;;; ;897383..897955;;CDS;;;;;;191;; ;;;;;;;;;;; comp;982868..984043;;CDS;;254;254;;;392;; ;984298..984384;;agc;;15;;15;;;; ;984400..984477;;cca;;30;;30;;;; ;984508..984584;;aga;;93;93;;;;; ;984678..985880;;CDS;;;;;;401;; ;;;;;;;;;;; comp;1110660..1112606;;CDS;;1082;*1082;;;649;; ;1113689..1115188;;16s;;110;;;;1500;; ;1115299..1115375;;atc;;158;;;158;;; ;1115534..1115610;;gca;;213;;;;;; ;1115824..1118708;;23s;;156;;;;2885;; ;1118865..1118970;;5s;;282;282;;;106;; comp;1119253..1120218;;CDS;;;;;;322;; ;;;;;;;;;;; comp;1123344..1124324;;CDS;;-981;*-981;;;327;; comp;1123344..1124324;;rpr;@2;191;191;;;981;; comp;1124516..1124698;;rpr;;20;20;;;183;; comp;1124719..1124862;;rpr;;289;289;;;144;; comp;1125152..1125229;;gta;;82;82;;;;; comp;1125312..1125686;;CDS;;;;;;125;; ;;;;;;;;;;; ;1285199..1285477;;CDS;;148;148;;;93;; ;1285626..1285710;;tac;;473;*473;;;;; ;1286184..1286810;;CDS;;;;;;209;; ;;;;;;;;;;; ;1309373..1310833;;CDS;;1079;*1079;;;487;; comp;1311913..1312018;;5s;;156;;;;106;; comp;1312175..1315059;;23s;;213;;;;2885;; comp;1315273..1315349;;gca;;158;;;158;;; comp;1315508..1315584;;atc;;110;;;;;; comp;1315695..1317194;;16s;;1276;*1276;;;1500;; ;1318471..1319160;;CDS;;;;;;230;; ;;;;;;;;;;; comp;1395138..1395728;;CDS;;73;73;;;197;; comp;1395802..1396536;;rpr;;93;93;;;735;; comp;1396630..1397052;;rpr;;248;248;;;423;; comp;1397301..1397388;;tca;;135;135;;;;; comp;1397524..1398660;;CDS;;;;;;379;; ;;;;;;;;;;; comp;1622342..1622755;;CDS;;100;100;;;138;; comp;1622856..1622929;;aca;;79;79;;;;; comp;1623009..1623275;;CDS;;;;;;89;; ;;;;;;;;;;; comp;1815453..1816334;;CDS;;239;239;;;294;; ;1816574..1816649;;atgf;+;31;;31;;;; ;1816681..1816756;;atgf;2 atgf;591;*591;;;;; ;1817348..1817794;;CDS;;;;;;149;; ;;;;;;;;;;; ;1859580..1860149;;CDS;;305;305;;;190;; comp;1860455..1860531;;atgj;;143;143;;;;; ;1860675..1861067;;CDS;;;;;;131;; ;;;;;;;;;;; comp;1904719..1905537;;CDS;;26;26;;;273;; comp;1905564..1905637;;cga;;70;70;;;;; comp;1905708..1906157;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; ;1995546..1996253;;CDS;;35;35;;;236;; comp;1996289..1996361;;gga;;281;281;;;;; ;1996643..1997074;;CDS;;;;;;144;; ;;;;;;;;;;; ;2088032..2088418;;CDS;;105;105;;;129;; ;2088524..2089369;;rpr;;116;;;;846;; comp;2089486..2089591;;5s;;156;;;;106;; comp;2089748..2092632;;23s;;213;;;;2885;; comp;2092846..2092922;;gca;;158;;;158;;; comp;2093081..2093157;;atc;;110;;;;;; comp;2093268..2094767;;16s;;1570;*1570;;;1500;; comp;2096338..2099241;;CDS;;;;;;968;; ;;;;;;;;;;; ;2182840..2185440;;CDS;;138;138;;;867;; ;2185579..2185654;;ggc;;40;;40;;;; ;2185695..2185782;;tta;;93;93;;;;; comp;2185876..2190132;;CDS;;;;;;1419;; ;;;;;;;;;;; comp;2295987..2296184;;CDS;;14;14;;;66;; comp;2296199..2296272;;tgg;;61;61;;;;; comp;2296334..2297521;;CDS;;55;55;;;396;; comp;2297577..2297651;;acc;;83;;*83;;;; comp;2297735..2297818;;tac;;138;;*138;;;; comp;2297957..2298033;;aca;;90;90;;;;; comp;2298124..2298426;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; ;2506720..2507055;;CDS;;288;288;;;112;; comp;2507344..2507449;;5s;;156;;;;106;; comp;2507606..2510490;;23s;;213;;;;2885;; comp;2510704..2510780;;gca;;158;;;158;;; comp;2510939..2511015;;atc;;110;;;;;; comp;2511126..2512625;;16s;;1010;*1010;;;1500;; comp;2513636..2514889;;CDS;;;;;;418;; ;;;;;;;;;;; ;2632307..2633335;;CDS;;53;53;;;343;; ;2633389..2633476;;tcc;;246;246;;;;; ;2633723..2634982;;CDS;;;;;;420;; ;;;;;;;;;;; comp;2752993..2753322;;CDS;;64;64;;;110;; ;2753387..2753463;;gcc;;105;105;;;;; comp;2753569..2757033;;CDS;;;;;;1155;; ;;;;;;;;;;; comp;2800796..2801521;;CDS;;98;98;;;242;; ;2801620..2801695;;ttc;;299;299;;;;; comp;2801995..2802723;;gene;@3;406;*406;;;243;; comp;2803130..2803444;;CDS;;;;;;105;; </pre> ====fps cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_cumuls|fps cumuls]] <pre> fps cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;6;1;0;;1;1;1;;100;6;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;1;;50;7;20;;200;19;60;1 ;16 atc gca;6;40;6;;100;20;40;;300;12;90;4 ;16 23 5s a;0;60;0;;150;13;60;;400;10;120;6 ;max a;2;80;0;;200;6;80;;500;10;150;8 ;a doubles;0;100;1;;250;5;100;;600;1;180;2 ;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;1;210;5 ;total aas;12;140;1;;350;2;140;;800;0;240;5 sans ;opérons;26;160;0;6;400;0;160;;900;2;270;4 ;1 aa;19;180;0;;450;1;180;;1000;1;300;2 ;max a;3;200;0;;500;1;200;;1100;1;330;4 ;a doubles;3;;1;;;10;;;;2;;24 ;total aas;37;;10;6;;72;;0;;65;;65 total aas;;49;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;72;158;;257;;;;333;; ;;;variance;85;0;;374;;;;276;; sans jaune;;;moyenne;30;;;135;;;;246;;181 ;;;variance;9;;;82;;;;126;;78 </pre> ====fps blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_blocs|fps blocs]] <pre> fps blocs;;;;;; CDS;1042;226;1149;84;1082;649 16s;110;1500;110;1500;110;1500 atc;158;;158;;158; gca;213;;213;;213; 23s;156;2885;156;2885;156;2885 5s;204;106;931;106;282;106 CDS;;251;;599;;322 ;;;;;; ;;;105;129;; CDS;1079;487;116;846;288;112 5s;156;106;156;106;156;106 23s;213;2885;213;2885;213;2885 gca;158;;158;;158; atc;110;;110;;110; 16s;1276;1500;1570;1500;1010;1500 CDS;;230;;968;;418 </pre> ====fps remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_remarques|fps remarques]] *code génétique fps <pre> fps;;;;;;;49 atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;6;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;6;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====fps données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_données_intercalaires|fps données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;fps;fx;fc;fps;fx40;fc40;fps;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;7;12;0;7;12;-1;0;60;104;46;16s tRNA;; ;0;10;18;323;1;0;60;-2;1;0;147;107;6* 105;;atc ;1;20;9;108;2;5;50;-3;0;0;86;175;tRNA 23s;; ;1;30;17;53;3;2;38;-4;22;46;899;132;6* 214;;gca 1;0;40;13;77;4;0;29;-5;0;0;86;133;tRNA tRNA;;intra 2;1;50;11;76;5;1;33;-6;2;0;128;151;6* 161;;atc gca ;2;60;23;65;6;2;31;-7;0;3;91;50;tRNA tRNA;; 1;2;70;16;67;7;2;17;-8;0;28;165;163;-;296;ttg ;3;80;25;79;8;2;16;-9;3;0;81;312;**;;cta ;5;90;24;72;9;1;18;-10;0;3;75;128;43;;ctc 2;2;100;32;56;10;3;31;-11;2;17;75;210;26;;aaa 2;1;110;29;50;11;2;14;-12;2;0;49;131;**;;aaa ;0;120;14;46;12;3;14;-13;1;3;96;254;31;;gaa 1;1;130;19;31;13;0;11;-14;1;14;456;239;**;;gaa 3;2;140;13;28;14;1;11;-15;0;0;82;308;15;;agc 1;2;150;15;35;15;1;15;-16;0;1;148;143;33;;cca 1;0;160;16;37;16;0;6;-17;1;10;476;35;**;;aga 1;1;170;20;34;17;0;14;-18;1;0;248;281;34;;atgf 1;0;180;13;23;18;1;7;-19;1;2;135;96;**;;atgf ;0;190;13;25;19;1;5;-20;1;3;259;64;43;;ggc ;0;200;13;13;20;0;11;-21;0;0;79;108;**;;tta 1;0;210;7;19;21;2;4;-22;0;0;594;98;86;;acc ;0;220;6;12;22;6;8;-23;0;4;26;302;141;;tac ;0;230;12;19;23;0;5;-24;0;0;70;;**;;aca 1;0;240;5;17;24;1;9;-25;0;0;138;;;; ;2;250;8;17;25;2;3;-26;0;4;17;;;; 1;1;260;7;9;26;2;9;-27;1;0;61;;;; ;0;270;5;14;27;0;4;-28;0;1;58;;;; ;0;280;6;14;28;0;2;-29;1;1;90;;;; 1;0;290;6;12;29;1;2;-30;1;0;53;;;; ;0;300;10;13;30;3;7;-31;0;1;249;;;; 2;0;310;8;12;31;1;10;-32;0;1;CDS 16s;;;; 1;0;320;9;10;32;0;11;-33;0;0;1035;1075;;; ;0;330;10;12;33;0;9;-34;1;0;1142;1269;;; ;0;340;5;10;34;2;5;-35;0;2;1563;;;; ;0;350;4;5;35;1;5;-36;0;0;1003;;;; ;0;360;1;7;36;4;6;-37;0;0;23s 5s;;;; ;0;370;3;3;37;0;1;-38;0;0;6* 154;;;; ;0;380;5;4;38;3;5;-39;0;0;5s CDS;;;; ;0;390;5;3;39;0;8;-40;0;1;202;268;;; ;0;400;3;2;40;2;17;-41;0;0;;280;;; ;4;reste;74;101;reste;495;1052;-42;0;0;;268;;; 23;31;total;559;1625;total;559;1625;-43;0;0;;114;;; 23;27;diagr;478;1512;diagr;57;561;-44;0;0;;286;;; 0;2; t30;44;484;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;552;42;7;601;;;-49;0;0;;;;; ;c;1613;209;12;1834;;;-50;0;1;;;;; ;;;;;2435;115;;reste;0;3;;;;; ;;;;;;2550;;total;42;209;;;;; </pre> =====fps autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_autres_intercalaires_aas|fps autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;fps;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;3517;4200;46;*; ;comp;tRNA;4247;4317;104;*;tga fin;comp;CDS;4422;4781;;0; deb;;CDS;113561;114154;107;*; ;comp;tRNA;114262;114335;147;*;aac fin;comp;CDS;114483;115817;;; deb;comp;CDS;190346;191287;175;*; ;;tRNA;191463;191542;296;*;ttg ;comp;tRNA;191839;191920;132;*;cta fin;;CDS;192053;193441;;; deb;;CDS;295793;295996;133;*; ;comp;tRNA;296130;296203;86;*;atgi fin;comp;CDS;296290;296694;;0; deb;comp;CDS;318122;319414;899;*; ;comp;tRNA;320314;320387;86;*;gac fin;comp;CDS;320474;321400;;; deb;comp;CDS;371118;374351;151;*; ;;tRNA;374503;374573;50;*;caa fin;comp;CDS;374624;375631;;0; deb;comp;CDS;431782;433344;51;*; ;comp;ncRNA;433396;433502;51;*; fin;comp;CDS;433554;433847;;; deb;comp;CDS;464114;466717;128;*; ;comp;tRNA;466846;466920;163;*;cca fin;;CDS;467084;468346;;0; deb;;CDS;507944;508621;1035;*; ;;rRNA;509657;511168;105;*;1512 ;;tRNA;511274;511347;161;*;atc ;;tRNA;511509;511582;214;*;gca ;;rRNA;511797;514683;154;*;2887 ;;rRNA;514838;514947;202;*;110 fin;;CDS;515150;515902;;; deb;;CDS;586281;586805;94;*; ;;regulatory;586900;587164;29;*; fin;;CDS;587194;589056;;; deb;;CDS;596537;597679;312;*; ;comp;tRNA;597992;598074;43;*;ctc ;comp;tRNA;598118;598190;26;*;aaa ;comp;tRNA;598217;598289;128;*;aaa fin;;CDS;598418;598936;;1; deb;;CDS;642117;643595;91;*; ;;tRNA;643687;643758;31;*;gaa ;;tRNA;643790;643861;165;*;gaa deb;;CDS;644027;644278;1142;*; ;;rRNA;645421;646932;105;*;1512 ;;tRNA;647038;647111;161;*;atc ;;tRNA;647273;647346;214;*;gca ;;rRNA;647561;650447;154;*;2887 ;;rRNA;650602;650711;268;*;110 fin;comp;CDS;650980;651266;;0; deb;;CDS;659297;660505;37;*; ;;tmRNA;660543;660939;63;*; fin;comp;CDS;661003;661833;;; deb;;CDS;726614;727399;210;*; ;comp;tRNA;727610;727684;81;*;gta fin;comp;CDS;727766;728980;;0; deb;;CDS;852715;853170;131;*; ;comp;tRNA;853302;853375;75;*;cac fin;comp;CDS;853451;854167;;0; deb;;CDS;897041;897184;75;*; ;;tRNA;897260;897333;49;*;cgt fin;;CDS;897383;897955;;0; deb;comp;CDS;982868;984043;254;*; ;;tRNA;984298;984384;15;*;agc ;;tRNA;984400;984474;33;*;cca ;;tRNA;984508;984581;96;*;aga fin;;CDS;984678;985880;;1; deb;comp;CDS;1110660;1112606;1075;*; ;;rRNA;1113682;1115193;105;*;1512 ;;tRNA;1115299;1115372;161;*;atc ;;tRNA;1115534;1115607;214;*;gca ;;rRNA;1115822;1118708;154;*;2887 ;;rRNA;1118863;1118972;280;*;110 fin;comp;CDS;1119253;1120218;;; deb;comp;CDS;1124516;1124698;456;*; ;comp;tRNA;1125155;1125229;82;*;gta fin;comp;CDS;1125312;1125686;;; deb;comp;CDS;1141104;1142156;88;*; ;;ncRNA;1142245;1142342;13;*; fin;;CDS;1142356;1142553;;; deb;;CDS;1285061;1285477;148;*; ;;tRNA;1285626;1285707;476;*;tac fin;;CDS;1286184;1286810;;; deb;;CDS;1311356;1311642;268;*; ;comp;rRNA;1311911;1312020;154;*;110 ;comp;rRNA;1312175;1315061;214;*;2887 ;comp;tRNA;1315276;1315349;161;*;gca ;comp;tRNA;1315511;1315584;105;*;atc ;comp;rRNA;1315690;1317201;1269;*;1512 deb;;CDS;1318471;1319160;0;*; ;comp;ncRNA;1319161;1319480;341;*; fin;;CDS;1319822;1323886;;; deb;;CDS;1325084;1325431;419;*; ;;repeat_region;1325851;1326881;279;*; fin;comp;CDS;1327161;1328027;;0; deb;comp;CDS;1395802;1397052;248;*; ;comp;tRNA;1397301;1397388;135;*;tca fin;comp;CDS;1397524;1398660;;; deb;comp;CDS;1622342;1622596;259;*; ;comp;tRNA;1622856;1622929;79;*;aca fin;comp;CDS;1623009;1623275;;; deb;comp;CDS;1815453;1816334;239;*; ;;tRNA;1816574;1816646;34;*;atgf ;;tRNA;1816681;1816753;594;*;atgf fin;;CDS;1817348;1817794;;; deb;;CDS;1859580;1860149;308;*; ;comp;tRNA;1860458;1860531;143;*;atgj fin;;CDS;1860675;1861067;;; deb;comp;CDS;1904719;1905537;26;*; ;comp;tRNA;1905564;1905637;70;*;cga fin;comp;CDS;1905708;1906157;;; deb;;CDS;1995546;1996253;35;*; ;comp;tRNA;1996289;1996361;281;*;gga fin;;CDS;1996643;1997074;;; deb;;CDS;2088524;2089369;114;*; ;comp;rRNA;2089484;2089593;154;*;110 ;comp;rRNA;2089748;2092634;214;*;2887 ;comp;tRNA;2092849;2092922;161;*;gca ;comp;tRNA;2093084;2093157;105;*;atc ;comp;rRNA;2093263;2094774;1563;*;1512 fin;comp;CDS;2096338;2099241;;; deb;comp;CDS;2145831;2146037;66;*; ;comp;regulatory;2146104;2146199;493;*; fin;comp;CDS;2146693;2148675;;; deb;;CDS;2182840;2185440;138;*; ;;tRNA;2185579;2185651;43;*;ggc ;;tRNA;2185695;2185779;96;*;tta fin;comp;CDS;2185876;2190132;;; deb;comp;CDS;2295987;2296184;17;*; ;comp;tRNA;2296202;2296272;61;*;tgg deb;comp;CDS;2296334;2297521;58;*; ;comp;tRNA;2297580;2297651;86;*;acc ;comp;tRNA;2297738;2297818;141;*;tac ;comp;tRNA;2297960;2298033;90;*;aca fin;comp;CDS;2298124;2298426;;; deb;;CDS;2506720;2507055;286;*; ;comp;rRNA;2507342;2507451;154;*;110 ;comp;rRNA;2507606;2510492;214;*;2887 ;comp;tRNA;2510707;2510780;161;*;gca ;comp;tRNA;2510942;2511015;105;*;atc ;comp;rRNA;2511121;2512632;1003;*;1512 fin;comp;CDS;2513636;2514889;;0; deb;;CDS;2632307;2633335;53;*; ;;tRNA;2633389;2633473;249;*;tcc fin;;CDS;2633723;2634982;;; deb;comp;CDS;2752993;2753322;64;*; ;;tRNA;2753387;2753460;108;*;gcc fin;comp;CDS;2753569;2757033;;; deb;comp;CDS;2800796;2801521;98;*; ;;tRNA;2801620;2801692;302;*;ttc fin;comp;CDS;2801995;2802585;;; </pre> ====fps distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_distribution|fps distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;; </pre> ===bacteroide synthèse=== ====bacteroide distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_génome|bacteroide distribution par génome]] <pre> bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total myr;11;16;;;1;16;57;;101 fps;11;20;;;;12;6;;49 total;22;36;0;0;1;28;63;0;150 </pre> ====bacteroide distribution du total==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_du_total|bacteroide distribution du total]] <pre> bact2;;;;;;;150 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2 atc;14;acc;2;aac;3;agc;3 ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3 gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4 cta;3;cca;6;caa;3;cga;2 gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;85;36;;;1 -16s tac;28;150 </pre> ====bacteroide distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_type|bacteroide distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> bact2;;;;;;;150;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc; atc;14;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2 cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====bacteroide par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacteroide par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;3;2;0;;;;5; 16;moyen;16;10;12;;;28;66; 14;fort;17;10;51;;;1;79; ; ;36;22;63;;;29;150; 10;g+cga;2;;;;;;2; 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;1;2;;;;;3; 5;autres;;;;;;;; ;;3;2;;;;;5; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;20;13;;;;;33;26 16;moyen;107;67;80;;;187;440;324 14;fort;113;67;340;;;7;527;650 ; ;240;147;420;;;193;150;729 10;g+cgg;13;;;;;;13;10 2;agg+cga;;;;;;;; 4;carre ccc;7;13;;;;;20;16 5;autres;;;;;;;; ;;20;13;;;;;33; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;25;17;;41;26;8;9; 16;moyen;132;83;99;314;324;44;45;19 14;fort;140;83;421;645;650;47;45;81 ; ;298;182;521;121;729;36;22;63 10;g+cgg;17;;;17;10;;; 2;agg+cga;;;;;;;; 4;carre ccc;8;17;;25;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;25;17;;41;;;; </pre> ====bacteroide, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide,_estimation_des_-rRNAs|bacteroide, estimation des -rRNAs]] <pre> bacteroide;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 29 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;29;210; ; ;;indices;;;;29;725;0;0;;bact2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;121 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2 atc;104;acc;;aac;1;agc;;;atc;359;acc;;aac;3.4;agc;;;atc;;acc;2;aac;3;agc;3 ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3.4;;ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;3.4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;8;aaa;8;aga;4 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3.4;caa;;cga;;;cta;3;cca;6;caa;3;cga;2 gta;;gca;102;gaa;;gga;;;gta;;gca;352;gaa;;gga;;;gta;9;gca;;gaa;8;gga;7 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;207;;3;;0;210;;;;714;;10;;0;725;;;;39;;77;;5;121 27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;7096;1.4;0.7;;;;;;146;7096;1.4;0.7;;bact2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;129;;atgi;105;tct;0.7;tat;0.7;atgf;129;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;250 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;0.7;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.7;cct;1.4;cat;;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;200;tcc;50;tac;350;tgc;100 atc;-64;acc;102;aac;127;agc;110;;atc;295;acc;102;aac;130;agc;110;;atc;;acc;100;aac;150;agc;150 ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;131;;ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;134;;ctc;100;ccc;;cac;250;cgt;150 gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;;gcc;50;gac;200;ggc;100 tta;112;tca;122;taa;6.2;tga;2;;tta;112;tca;125;taa;6.2;tga;2.1;;tta;200;tca;200;taa;;tga; ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;;aca;400;aaa;400;aga;200 cta;109;cca;146;caa;113;cga;42;;cta;109;cca;149;caa;113;cga;42;;cta;150;cca;300;caa;150;cga;100 gta;184;gca;-66;gaa;181;gga;141;;gta;184;gca;286;gaa;181;gga;141;;gta;450;gca;;gaa;400;gga;350 ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;150 atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;150;acg;;aag;;agg; ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;3;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;3.4;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1350;;2103;;670;4122;;;;2064;;2113;;669;4846;;;;1950;;3850;;250;6050 rapports;;65;;100;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;bact2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;53.759;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;48 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1559;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt;100 ctt;129;cct;;cat;;cgc;;;avec;218;;;10;3;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;29;;;20;4;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;36;tcc;49;tac;57;tgc;16 atc;-22;acc;100;aac;97;agc;100;;bact2;60.5;;;40;4;;;;atc;100;acc;2;aac;16;agc;27 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;97;;sans;121;;;50;4;21;;;ctc;1;ccc;100;cac;54;cgt;13 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;29;;;60;9;;;;gtc;100;gcc;40;gac;14;ggc;34 tta;100;tca;97;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;0;;;;tta;44;tca;39;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;60;aaa;54;aga;46 cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;27;cca;51;caa;25;cga;58 gta;100;gca;-23;gaa;100;gga;100;;est 12% au dessus;;;;100;18;;;;gta;59;gca;100;gaa;55;gga;60 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;100;tgg;22 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;24;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;381;;579;;99;1059 </pre> ==tenericutes== ===abra=== ====abra opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_opérons|abra opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_bras_O502/achoBras_O502-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022549.1;abra;;genome;;;;;;;; 35.8%GC;15.8.19 Paris;16s 4;45;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Acholeplasma brassicae;;;;;;;;;;; ;253257..253430;;CDS;;86;86;;;58;; ;253517..253601;;tac;;214;;;;;; ;253816..255351;;16s;;137;;;;1536;; ;255489..255565;;atc;;88;;;;;; ;255654..258507;;23s;;34;;;;2854;; ;258542..258652;;5s;;11;;;;111;; ;258664..258740;;aac;;149;;;;;; ;258890..259000;;5s;;11;;;;111;; ;259012..259088;;aac;;860;*860;;;;; ;259949..260053;;CDS;;432;;;;35;; ;260486..262021;;16s;;137;;;;1536;; ;262159..262235;;atc;;88;;;;;; ;262324..265177;;23s;;34;;;;2854;; ;265212..265322;;5s;@1;14;;;;111;; ;265337..265412;;gta;;44;;;44;;; ;265457..265532;;aca;;11;;;11;;; ;265544..265619;;aaa;;7;;;7;;; ;265627..265713;;tta;;8;;;8;;; ;265722..265797;;gca;;72;;;72;;; ;265870..265946;;atgj;;7;;;7;;; ;265954..266030;;atgi;;44;;;44;;; ;266075..266165;;tca;;8;;;8;;; ;266174..266250;;atgf;;4;;;4;;; ;266255..266330;;gac;;11;;;11;;; ;266342..266417;;ttc;;137;137;;;;; ;266555..267409;;CDS;;;;;;285;; ;;;;;;;;;;; ;582446..584125;;CDS;;49;49;;;*560;; ;584175..584260;;ctc;;170;170;;;;; ;584431..586110;;CDS;;;;;;*560;; ;;;;;;;;;;; ;625631..626317;;CDS;;84;84;;;229;; comp;626402..626476;;ggc;;66;;66;;;; comp;626543..626619;;cca;;17;;17;;;; comp;626637..626713;;cga;;13;;13;;;; comp;626727..626802;;gac;;149;149;;;;; ;626952..627599;;CDS;;;;;;216;; ;;;;;;;;;;; ;633526..634710;;CDS;;63;63;;;395;; comp;634774..634847;;acc;;76;76;;;;; ;634924..636651;;CDS;;;;;;*576;; ;;;;;;;;;;; ;755442..756548;;CDS;;64;64;;;369;; comp;756613..756688;;aag;;130;130;;;;; ;756819..757373;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; ;807788..808216;;CDS;;108;108;;;143;; ;808325..808401;;aga;;216;216;;;;; ;808618..808854;;CDS;;;;;;79;; ;;;;;;;;;;; ;829563..829871;;CDS;;155;155;;;103;; ;830027..830102;;agg;;27;27;;;;; ;830130..831458;;CDS;;;;;;443;; ;;;;;;;;;;; comp;1176200..1176799;;CDS;;398;398;;;200;; comp;1177198..1177291;;tcg;;8;;8;;;; comp;1177300..1177375;;gcc;;569;*569;;;;; comp;1177945..1179252;;CDS;;;;;;436;; ;;;;;;;;;;; ;1187918..1188148;;CDS;;382;382;;;77;; ;1188531..1188621;;tcc;;66;66;;;;; ;1188688..1189761;;CDS;;;;;;358;; ;;;;;;;;;;; comp;1194077..1194568;;CDS;;206;206;;;164;; comp;1194775..1194859;;ttg;;10;10;;;;; comp;1194870..1196045;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;1251487..1252329;;CDS;;68;68;;;281;; ;1252398..1252472;;gtc;;44;44;;;;; comp;1252517..1252873;;CDS;;;;;;119;; ;;;;;;;;;;; comp;1416224..1416484;;CDS;;301;301;;;87;; comp;1416786..1416859;;tgc;;92;92;;;;; comp;1416952..1418427;;CDS;;;;;;492;; ;;;;;;;;;;; comp;1427372..1427890;;CDS;@2;379;379;;;173;; comp;1428270..1428343;;gga;;9;;9;;;; comp;1428353..1428429;;cca;;1;;1;;;; comp;1428431..1428507;;cgt;;8;;8;;;; comp;1428516..1428591;;gaa;;73;73;;;;; comp;1428665..1429210;;CDS;;;;;;182;; ;;;;;;;;;;; comp;1431948..1432259;;CDS;;96;96;;;104;; comp;1432356..1432432;;aac;;11;;;;;; comp;1432444..1432554;;5s;;34;;;;111;; comp;1432589..1435442;;23s;;158;;;;2854;; comp;1435601..1437135;;16s;;432;;;;1535;; comp;1437568..1437672;;CDS;;860;*860;;;35;; comp;1438533..1438609;;aac;;11;;;;;; comp;1438621..1438731;;5s;@3;149;;;;111;; comp;1438881..1438957;;aac;;11;;;;;; comp;1438969..1439079;;5s;;34;;;;111;; comp;1439114..1441967;;23s;;159;;;;2854;; comp;1442127..1443662;;16s;;431;*431;;;1536;; comp;1444094..1444624;;CDS;;;;;;177;; ;;;;;;;;;;; comp;1532381..1533052;;CDS;;262;262;;;224;; comp;1533315..1533399;;cta;;46;46;;;;; comp;1533446..1535560;;CDS;;;;;;*705;; ;;;;;;;;;;; comp;1540295..1540534;;CDS;;171;171;;;80;; comp;1540706..1540780;;tgg;;47;47;;;;; comp;1540828..1541754;;CDS;;137;137;;;;; ;1541892..1541967;;cac;;63;;63;;;; ;1542031..1542104;;caa;;37;37;;;;; comp;1542142..1542357;;CDS;;;;;;72;; ;;;;;;;;;;; comp;1716869..1717186;;CDS;;854;*854;;;106;; comp;1718041..1718116;;acg;;87;87;;;;; comp;1718204..1718947;;CDS;;;;;;248;; ;;;;;;;;;;; comp;1742909..1743664;;CDS;;487;*487;;;252;; comp;1744152..1744227;;gaa;;109;109;;;;; comp;1744337..1744720;;CDS;;;;;;128;; ;;;;;;;;;;; comp;1747424..1747726;;CDS;;100;100;;;101;; comp;1747827..1747919;;agc;;102;102;;;;; comp;1748022..1750199;;CDS;;;;;;*726;; </pre> ====abra cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_cumuls|abra cumuls]] <pre> abra cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;4;1;1;0;1;0;1;;100;8;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;5;7;50;7;20;;200;13;60;3 ;16 atc 235 a;2;40;0;0;100;12;40;;300;7;90;5 ;16 23 5s a;2;60;0;2;150;7;60;;400;4;120;5 ;max a;12;80;2;1;200;3;80;;500;3;150;2 ;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;3;180;3 ;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;0;210;3 ;total aas;19;140;0;0;350;1;140;;800;2;240;3 sans ;opérons;18;160;0;0;400;3;160;;900;0;270;2 ;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;;1000;0;300;2 ;max a;4;200;0;0;500;1;200;;1100;0;330;0 ;a doubles;0;;0;0;;4;;;;0;;12 ;total aas;26;;8;10;;42;;0;;40;;40 total aas;;45;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;209;;;;254;; ;;;variance;;;;226;;;;187;; sans jaune;;;moyenne;23;22;;131;;;;201;;148 ;;;variance;26;23;;101;;;;127;;74 </pre> ====abra blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_blocs|abra blocs]] <pre> abra blocs;; CDS;86;58 tac;214; 16s;137;1536 atc;88; 23s;34;2854 5s;11;111 aac;149; 5s;11;111 aac;860; CDS;432;35 16s;137;1536 atc;88; 23s;34;2854 5s;14;111 gta;44; ;; CDS;96;104 aac;11; 5s;34;111 23s;158;2854 16s;432;1535 CDS;860;35 aac;11; 5s;149;111 aac;11; 5s;34;111 23s;159;2854 16s;431;1536 CDS;;177 </pre> ====abra remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_remarques|abra remarques]] *code génétique abra <pre> abra;;;;;;;45 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;5;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====abra distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_distribution|abra distribution]] *code génétique abra <pre> tenericutes;sans rRNA;>1 aas 12;1aas ;avant 16s;après 5s;après 16s; abra;;gac gaa;14;1;16;2;45 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;5;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====abra données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_données_intercalaires|abra données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abra;fx;fc;abra;fx40;fc40;abra;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;68;86;84;tRNA 16s;; ;1;10;5;208;1;0;58;-2;0;0;860;149;215;;tac ;0;20;9;127;2;1;40;-3;0;0;140;63;16s tRNA;; ;1;30;10;51;3;1;21;-4;2;141;49;76;2* 145;;atc ;0;40;17;34;4;0;29;-5;0;2;170;64;tRNA 23s;; 1;3;50;19;35;5;0;7;-6;0;0;108;130;2* 89;;atc ;0;60;18;31;6;0;6;-7;0;1;216;68;5s tRNA;; 3;1;70;15;42;7;0;4;-8;0;70;155;44;5* 11;;aac 1;1;80;14;35;8;0;15;-9;1;0;27;137;14;;gta 1;2;90;9;32;9;2;16;-10;0;3;434;714;tRNA 5s;; ;3;100;10;23;10;1;12;-11;0;34;569;;2* 149;;aac ;3;110;8;35;11;0;19;-12;1;0;382;;tRNA tRNA;;contig ;0;120;16;29;12;1;33;-13;0;1;66;;44;;gta 1;0;130;12;31;13;0;13;-14;1;24;206;;11;;aca 1;1;140;7;24;14;3;11;-15;0;0;10;;7;;aaa 1;0;150;10;30;15;1;13;-16;0;1;301;;8;;tta ;1;160;10;26;16;0;7;-17;1;16;92;;72;;gca ;1;170;2;13;17;1;6;-18;0;0;415;;7;;atgj ;1;180;8;14;18;0;11;-19;0;1;73;;44;;atgi ;0;190;9;14;19;1;7;-20;0;12;96;;8;;tca ;0;200;4;9;20;2;7;-21;0;0;860;;4;;atgf ;1;210;4;7;21;2;5;-22;0;1;262;;11;;gac ;1;220;3;13;22;0;7;-23;0;6;46;;**;;ttc ;0;230;2;8;23;1;14;-24;1;0;171;;tRNA tRNA;; ;0;240;7;3;24;2;4;-25;0;1;47;;66;;ggc ;0;250;1;6;25;0;5;-26;1;4;854;;17;;cca ;0;260;3;8;26;2;5;-27;0;0;87;;13;;cga ;1;270;3;7;27;2;3;-28;0;0;493;;**;;gac ;0;280;2;6;28;1;1;-29;0;1;109;;8;;tcg ;0;290;1;3;29;0;3;-30;0;0;100;;**;;gcc ;0;300;4;1;30;0;4;-31;0;1;CDS 16s;;9;;gga ;1;310;0;1;31;0;4;-32;0;1;433;;1;;cca ;0;320;2;8;32;2;6;-33;0;0;433;;8;;cgt ;0;330;2;2;33;1;3;-34;0;0;432;;**;;gaa ;0;340;0;1;34;3;1;-35;0;2;16s 23s;;63;;cac ;0;350;2;1;35;1;3;-36;0;0;167;;**;;caa ;0;360;2;2;36;3;6;-37;0;0;168;;;; ;0;370;0;6;37;2;4;-38;0;2;23s 5s;;;; ;0;380;1;4;38;3;3;-39;0;0;4* 35;;;; ;1;390;0;4;39;1;2;-40;0;0;;;;; ;0;400;4;1;40;1;2;-41;0;0;;;;; 1;7;reste;14;33;reste;229;547;-42;0;0;;;;; 10;31;total;270;980;total;271;979;-43;0;0;;;;; 9;24;diagr;255;935;diagr;41;420;-44;0;0;;;;; 0;2; t30;24;386;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;269;8;1;278;;;-49;0;1;;;;; ;c;968;409;12;1389;;;-50;0;1;;;;; ;;;;;1667;128;;reste;0;13;;;;; ;;;;;;1795;;total;8;409;;;;; </pre> =====abra autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires_aas|abra autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abra;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;6032;8602;39;*; ;;misc_binding;8642;8842;66;*; fin;;CDS;8909;10186;;; deb;;CDS;58474;59019;199;*; ;;misc_binding;59219;59468;96;*; fin;;CDS;59565;60740;;; deb;;CDS;175843;176448;64;*; ;;regulatory;176513;176610;67;*; fin;;CDS;176678;178138;;; deb;;CDS;226433;226846;115;*; ;;regulatory;226962;227062;128;*; fin;;CDS;227191;228555;;; deb;;CDS;241700;242158;14;*; ;;ncRNA;242173;242267;222;*; fin;;CDS;242490;243404;;; deb;;CDS;253260;253430;86;*; ;;tRNA;253517;253601;215;*;tac ;;rRNA;253817;255343;145;*;16s ;;tRNA;255489;255565;89;*;atc ;;rRNA;255655;258506;35;*;23s ;;rRNA;258542;258652;11;*;5s ;;tRNA;258664;258740;149;*;aac ;;rRNA;258890;259000;11;*;5s ;;tRNA;259012;259088;860;*;aac deb;;CDS;259949;260053;433;*; ;;rRNA;260487;262013;145;*;16s ;;tRNA;262159;262235;89;*;atc ;;rRNA;262325;265176;35;*;23s ;;rRNA;265212;265322;14;*;5s ;;tRNA;265337;265412;44;*;gta ;;tRNA;265457;265532;11;*;aca ;;tRNA;265544;265619;7;*;aaa ;;tRNA;265627;265713;8;*;tta ;;tRNA;265722;265797;72;*;gca ;;tRNA;265870;265946;7;*;atgj ;;tRNA;265954;266030;44;*;atgi ;;tRNA;266075;266165;8;*;tca ;;tRNA;266174;266250;4;*;atgf ;;tRNA;266255;266330;11;*;gac ;;tRNA;266342;266417;140;*;ttc fin;;CDS;266558;267409;;; deb;;CDS;296513;297367;98;*; ;;misc_binding;297466;297674;30;*; fin;;CDS;297705;299270;;; deb;;CDS;326721;327413;0;*; ;;misc_feature;327414;327533;18;*; fin;;CDS;327552;328049;;; deb;;CDS;574175;574945;-5;*; ;;misc_binding;574941;575144;43;*; fin;;CDS;575188;576195;;; deb;;CDS;582446;584125;49;*; ;;tRNA;584175;584260;170;*;ctc fin;;CDS;584431;586110;;; deb;;CDS;625631;626317;84;*; ;comp;tRNA;626402;626476;66;*;ggc ;comp;tRNA;626543;626619;17;*;cca ;comp;tRNA;626637;626713;13;*;cga ;comp;tRNA;626727;626802;149;*;gac fin;;CDS;626952;627599;;; deb;;CDS;633550;634710;63;*; ;comp;tRNA;634774;634847;76;*;acc fin;;CDS;634924;636651;;; deb;;CDS;690994;692286;64;*; ;;regulatory;692351;692446;55;*; fin;;CDS;692502;693653;;; deb;;CDS;755442;756548;64;*; ;comp;tRNA;756613;756688;130;*;aag fin;;CDS;756819;757373;;; deb;;CDS;807788;808216;108;*; ;;tRNA;808325;808401;216;*;aga fin;;CDS;808618;808854;;0; deb;comp;CDS;818257;818448;29;*; ;comp;ncRNA;818478;818549;-2;*; fin;comp;CDS;818548;818796;;; deb;;CDS;829563;829871;155;*; ;;tRNA;830027;830102;27;*;agg fin;;CDS;830130;831458;;; deb;;CDS;862237;863004;104;*; ;;regulatory;863109;863206;46;*; fin;;CDS;863253;863771;;1; deb;;CDS;951162;951842;56;*; ;;misc_feature;951899;952022;10;*; fin;;CDS;952033;952593;;; deb;;CDS;979156;980118;92;*; ;comp;ncRNA;980211;980543;41;*; fin;comp;CDS;980585;980917;;; deb;comp;CDS;1000286;1000837;45;*; ;comp;misc_binding;1000883;1001091;36;*; fin;comp;CDS;1001128;1001976;;; deb;comp;CDS;1033802;1034467;48;*; ;comp;regulatory;1034516;1034590;41;*; ;comp;regulatory;1034632;1034706;43;*; fin;comp;CDS;1034750;1035400;;; deb;comp;CDS;1043459;1044169;55;*; ;comp;regulatory;1044225;1044298;61;*; fin;comp;CDS;1044360;1045796;;; deb;comp;CDS;1055719;1056522;197;*; ;comp;misc_binding;1056720;1056926;146;*; fin;;CDS;1057073;1058293;;; deb;comp;CDS;1125033;1127627;53;*; ;comp;misc_binding;1127681;1127864;34;*; fin;comp;CDS;1127899;1128741;;; deb;comp;CDS;1135303;1135953;71;*; ;comp;regulatory;1136025;1136141;48;*; fin;comp;CDS;1136190;1137014;;0; deb;comp;CDS;1176200;1176763;434;*; ;comp;tRNA;1177198;1177291;8;*;tcg ;comp;tRNA;1177300;1177375;569;*;gcc fin;comp;CDS;1177945;1179252;;; deb;comp;CDS;1187918;1188148;382;*; ;comp;tRNA;1188531;1188621;66;*;tcc fin;comp;CDS;1188688;1189704;;; deb;comp;CDS;1194077;1194568;206;*; ;comp;tRNA;1194775;1194859;10;*;ttg fin;comp;CDS;1194870;1196045;;; deb;comp;CDS;1221355;1222416;217;*; ;;tmRNA;1222634;1222981;262;*; fin;;CDS;1223244;1223657;;; deb;comp;CDS;1251487;1252329;68;*; ;;tRNA;1252398;1252472;44;*;gtc fin;comp;CDS;1252517;1252873;;0; deb;comp;CDS;1416224;1416484;301;*; ;comp;tRNA;1416786;1416859;92;*;tgc fin;comp;CDS;1416952;1418427;;0; deb;comp;CDS;1427372;1427854;415;*; ;comp;tRNA;1428270;1428343;9;*;gga ;comp;tRNA;1428353;1428429;1;*;cca ;comp;tRNA;1428431;1428507;8;*;cgt ;comp;tRNA;1428516;1428591;73;*;gaa fin;comp;CDS;1428665;1429210;;; deb;comp;CDS;1431948;1432259;96;*; ;comp;tRNA;1432356;1432432;11;*;aac ;comp;rRNA;1432444;1432554;35;*;5s ;comp;rRNA;1432590;1435441;167;*;23s ;comp;rRNA;1435609;1437134;433;*;16s deb;comp;CDS;1437568;1437672;860;*; ;comp;tRNA;1438533;1438609;11;*;aac ;comp;rRNA;1438621;1438731;149;*;5s ;comp;tRNA;1438881;1438957;11;*;aac ;comp;rRNA;1438969;1439079;35;*;5s ;comp;rRNA;1439115;1441966;168;*;23s ;comp;rRNA;1442135;1443661;432;*;16s fin;comp;CDS;1444094;1444618;;; deb;comp;CDS;1453717;1454874;96;*; ;comp;regulatory;1454971;1455142;38;*; fin;comp;CDS;1455181;1455630;;; deb;comp;CDS;1532381;1533052;262;*; ;comp;tRNA;1533315;1533399;46;*;cta fin;comp;CDS;1533446;1535560;;; deb;comp;CDS;1540295;1540534;171;*; ;comp;tRNA;1540706;1540780;47;*;tgg deb;comp;CDS;1540828;1541754;137;*; ;;tRNA;1541892;1541967;63;*;cac ;;tRNA;1542031;1542104;714;*;caa fin;comp;CDS;1542819;1544120;;0; deb;comp;CDS;1716869;1717186;854;*; ;comp;tRNA;1718041;1718116;87;*;acg fin;comp;CDS;1718204;1718947;;; deb;comp;CDS;1729328;1729618;30;*; ;comp;regulatory;1729649;1729758;73;*; fin;comp;CDS;1729832;1730329;;; deb;comp;CDS;1742909;1743658;493;*; ;comp;tRNA;1744152;1744227;109;*;gaa fin;comp;CDS;1744337;1744720;;; deb;comp;CDS;1747424;1747726;100;*; ;comp;tRNA;1747827;1747919;102;*;agc fin;comp;CDS;1748022;1750199;;; deb;comp;CDS;1796937;1799234;102;*; ;comp;regulatory;1799337;1799515;112;*; fin;comp;CDS;1799628;1800182;;0; </pre> ====abra intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_entre_cds|abra intercalaires entre cds]] *'''intercalaires entre cds''', tableau. <pre> abra;3.2.21 Paris;;abra 13.12.20;;;;;;; abra;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5 ;négatif;417;25.0;négatif ;-10;12;-1 à -73;1,877,792;-1;417 ;zéro;13;0.8;;;;;intercals;0;13 ;1 à 200;1055;63.3;0 à 200;65;57;;135,857;5;157 ;201 à 370;121;7.3;201 à 370;265;48;;7%;10;56 ;371 à 600;42;2.5;371 à 600;442;62;;;15;94 ;601 à max;19;1.1;601 à 1230;852;195;;;20;42 ;Total 1667;<201;89.1;Total 1665;79;132;-73 à 1230;;25;40 adresse;intercalx;intercal;fréquence1;intercal;fréquence6;cumul et %;intercal;fréquence-1;30;21 1537782;1230;-1;417;-70;3;;0;13;35;24 1707618;1229;0;13;-60;9;;-1;°68;40;27 1578501;1176;1;°58;-50;2;;-2;0;45;26 1526950;1027;2;41;-40;2;;-3;0;50;28 87364;968;3;22;-30;6;min à -1;-4;°143;55;29 826414;926;4;°29;-20;27;417;-5;2;60;20 171283;878;5;7;-10;83;25.0%;-6;0;65;30 1768322;822;6;6;0;298;;-7;1;70;27 819242;821;7;4;10;213;;-8;°70;75;22 1769594;816;8;15;20;136;;-9;1;80;27 158518;793;9;°18;30;61;;-10;3;85;22 1412625;756;10;13;40;51;1 à 100;-11;°34;90;19 968622;741;11;19;50;54;744;-12;1;95;16 1738100;729;12;°34;60;49;44.6%;-13;1;100;17 816181;706;13;13;70;57;;-14;°25;105;17 1683910;675;14;14;80;49;;-15;0;110;26 1186776;646;15;°14;90;41;;-16;1;115;25 1529536;628;16;7;100;33;;-17;°17;120;20 133841;619;17;7;110;43;;-18;0;125;26 1183129;595;18;°11;120;45;;-19;1;130;17 1861159;579;19;8;130;43;;-20;°12;135;18 615740;575;20;9;140;31;;-21;0;140;13 1171702;555;21;7;150;40;;-22;1;145;21 1525837;555;22;7;160;36;;-23;°6;150;19 153593;526;23;°15;170;15;1 à 200;-24;1;155;20 1714960;500;24;6;180;22;1055;-25;1;160;16 1842150;494;25;5;190;23;63.3%;-26;°5;165;7 1168850;483;26;7;200;13;;-27;0;170;8 1834829;483;27;5;210;11;;-28;0;175;10 556334;476;28;2;220;16;;-29;1;180;12 151602;474;29;3;230;10;;-30;0;185;13 493661;465;30;4;240;10;0 à 200;-31;1;190;10 1274718;449;31;4;250;7;1068;-32;1;195;10 1681282;446;32;°8;260;11;;total;410;200;3 1503782;443;33;4;270;10;;reste;20;205;5 178131;441;34;4;280;8;;;430;210;6 1728410;438;35;4;290;4;;;;215;12 1022865;434;36;°9;300;5;;intercal;fréquencef;220;4 36959;428;37;6;310;1;;600;1648;225;1 ;;38;6;320;10;;620;1;230;9 ;;39;3;330;4;;640;1;235;7 ;;40;3;340;1;201 à 370;660;1;240;3 ;;reste;776;350;3;121;680;1;245;2 ;;total;1471;360;4;7.3%;700;;250;5 ;;;;370;6;;720;1;255;8 adresse;intercaln;décalage;long;380;5;;740;1;260;3 1040608;-92;shift2;815;390;4;;760;2;265;7 1766313;-86;shift2;1001;400;5;;780;;270;3 1083669;-73;shift2;816;410;4;;800;1;275;7 169623;-67;shift2;654;420;2;;820;1;280;1 353304;-67;shift2;864;430;3;;840;2;285;1 758070;-67;shift2;864;440;2;;860;;290;3 891412;-67;shift2;864;450;4;;880;1;295;3 1155286;-67;shift2;654;460;0;;900;;300;2 1646854;-67;shift2;864;470;1;;920;;305;0 1690631;-67;shift2;654;480;2;;940;1;310;1 1714097;-67;shift2;864;490;2;;960;;315;7 1793555;-67;shift2;654;500;2;;980;1;320;3 1485635;-59;shift2;629;510;0;;1000;;325;1 738923;-50;shift2;293;520;0;;1020;;330;3 1668172;-49;shift2;315;530;1;;1040;1;335;0 1847532;-47;shift2;227;540;0;371 à 600;;16;340;1 904492;-38;shift2;962;550;0;42;;;345;1 1129734;-38;shift2;413;560;2;2.5%;;;350;2 844539;-35;shift2;;570;0;;;;355;4 986747;-35;shift2;;580;2;601 à max;;;360;0 1114675;-32;shift2;;590;0;19;;;365;3 526681;-31;shift2;;600;1;1.1%;;;370;3 1072749;-29;shift2;;reste;19;;reste;3;reste;61 251649;-26;shift2;;total;1667;;total;1667;total;1667 </pre> ====abra intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> corrélations et fréquences faibles;;;;;;;;;;;;;; abra. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;; abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;; 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; ;;;;;;;;;;;;;; diagrammes;;;;;;;;;;;;;; abra;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;53;-314;342;39;734;197;max50;&-99;750;-1818;148;702;253;min60 31 à 400;;;;;;;;&21;-104;-7.3;42;912;165;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;148;55;-;638;poly;96;tF;&223;71;;425;poly;277;SF 31 à 400;;;;;;;;&118;42;-;827;poly;85;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et faibles fréquences <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.243;;;;; 41-n;0.874;0.716;0.797;;;;;;;;;;;; 1-n;0.312;-0.163;0.059;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; abra;fx;fc;;abra;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;abra;Sx-;Sc- 0;1;12;;0;4;13;;0;1;12;>0;270;-1;0;68 10;5;208;;10;20;223;;1;0;58;<0;8;-2;0;0 20;9;127;;20;35;136;;2;1;40;zéro;1;-3;0;0 30;10;51;;30;39;55;;3;1;21;total;279;-4;2;141 40;17;34;;40;66;36;;4;0;29;;c;-5;0;2 50;19;35;;50;74;37;;5;0;7;>0;967;-6;0;0 60;18;31;;60;70;33;;6;0;6;<0;409;-7;0;1 70;15;42;;70;59;45;;7;0;4;zéro;12;-8;0;70 80;15;34;;80;59;36;;8;0;15;total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reste;14;33;;;;;;reste;229;547;;;-42;0;0 total;271;979;;t30;94;413;;total;271;979;;;-43;0;0 diagr;256;934;;;;;;diagr;41;420;;;-44;0;0 - t30;232;548;;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;;reste;0;13 ;;;;;;;;;;;;;total;8;409 </pre> ====abra intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_négatifs_S-|abra intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ;;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; abra;comp’;;;;1;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;6 ;continu;68;0;0;142;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;411 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;abra;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;8 ;Sc-;68;0;0;141;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;4;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;409 </pre> ====abra autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra autres intercalaires]] *Légende: ° pour cyan, & pour jaune, $ pour rouge. <pre> deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens deb;°CDS;6032;39;;;deb;°CDS;633550;63;;;deb;°CDS;1221355;217;comp ;misc_binding;8642;66;;;;&tRNA;634774;76;comp;;;tmRNA;1222634;262; fin;°CDS;8909;;;;fin;°CDS;634924;;;;fin;°CDS;1223244;; deb;°CDS;58474;199;;;deb;°CDS;690994;64;;;deb;°CDS;1251487;68;comp ;misc_binding;59219;96;;;;regulatory;692351;55;;;;&tRNA;1252398;44; fin;°CDS;59565;;;;fin;°CDS;692502;;;;fin;°CDS;1252517;;comp deb;°CDS;175843;64;;;deb;°CDS;755442;64;;;deb;°CDS;1416224;301;comp ;regulatory;176513;67;;;;&tRNA;756613;130;comp;;;&tRNA;1416786;92;comp fin;°CDS;176678;;;;fin;°CDS;756819;;;;fin;°CDS;1416952;;comp deb;°CDS;226433;115;;;deb;°CDS;807788;108;;;deb;°CDS;1427372;415;comp ;regulatory;226962;128;;;;&tRNA;808325;216;;;;&tRNA;1428270;9;comp fin;°CDS;227191;;;;fin;°CDS;808618;;;;;&tRNA;1428353;1;comp deb;°CDS;241700;14;;;deb;°CDS;818257;29;comp;;;&tRNA;1428431;8;comp ;ncRNA;242173;222;;;;ncRNA;818478;-2;comp;;;&tRNA;1428516;73;comp fin;°CDS;242490;;;;fin;°CDS;818548;;comp;;fin;°CDS;1428665;;comp deb;°CDS;253260;86;;;deb;°CDS;829563;155;;;deb;°CDS;1431948;96;comp ;&tRNA;253517;215;;;;&tRNA;830027;27;;;;&tRNA;1432356;11;comp ;$rRNA;253817;145;;;fin;°CDS;830130;;;;;$rRNA;1432444;35;comp ;&tRNA;255489;89;;;deb;°CDS;862237;104;;;;$rRNA;1432590;167;comp ;$rRNA;255655;35;;;;regulatory;863109;46;;;;$rRNA;1435609;433;comp ;$rRNA;258542;11;;;fin;°CDS;863253;;;;deb;°CDS;1437568;860;comp ;&tRNA;258664;149;;;deb;°CDS;951162;56;;;;&tRNA;1438533;11;comp ;$rRNA;258890;11;;;;misc_feature;951899;10;;;;$rRNA;1438621;149;comp ;&tRNA;259012;860;;;fin;°CDS;952033;;;;;&tRNA;1438881;11;comp deb;°CDS;259949;433;;;deb;°CDS;979156;92;;;;$rRNA;1438969;35;comp ;$rRNA;260487;145;;;;ncRNA;980211;41;comp;;;$rRNA;1439115;168;comp ;&tRNA;262159;89;;;fin;°CDS;980585;;comp;;;$rRNA;1442135;432;comp ;$rRNA;262325;35;;;deb;°CDS;1000286;45;comp;;fin;°CDS;1444094;;comp ;$rRNA;265212;14;;;;misc_binding;1000883;36;comp;;deb;°CDS;1453717;96;comp ;&tRNA;265337;44;;;fin;°CDS;1001128;;comp;;;regulatory;1454971;38;comp ;&tRNA;265457;11;;;deb;°CDS;1033802;48;comp;;fin;°CDS;1455181;;comp ;&tRNA;265544;7;;;;regulatory;1034516;41;comp;;deb;°CDS;1532381;262;comp ;&tRNA;265627;8;;;;regulatory;1034632;43;comp;;;&tRNA;1533315;46;comp ;&tRNA;265722;72;;;fin;°CDS;1034750;;comp;;fin;°CDS;1533446;;comp ;&tRNA;265870;7;;;deb;°CDS;1043459;55;comp;;deb;°CDS;1540295;171;comp ;&tRNA;265954;44;;;;regulatory;1044225;61;comp;;;&tRNA;1540706;47;comp ;&tRNA;266075;8;;;fin;°CDS;1044360;;comp;;deb;°CDS;1540828;137;comp ;&tRNA;266174;4;;;deb;°CDS;1055719;197;comp;;;&tRNA;1541892;63; ;&tRNA;266255;11;;;;misc_binding;1056720;146;comp;;;&tRNA;1542031;714; ;&tRNA;266342;140;;;fin;°CDS;1057073;;;;fin;°CDS;1542819;;comp fin;°CDS;266558;;;;deb;°CDS;1125033;53;comp;;deb;°CDS;1716869;854;comp deb;°CDS;296513;98;;;;misc_binding;1127681;34;comp;;;&tRNA;1718041;87;comp ;misc_binding;297466;30;;;fin;°CDS;1127899;;comp;;fin;°CDS;1718204;;comp fin;°CDS;297705;;;;deb;°CDS;1135303;71;comp;;deb;°CDS;1729328;30;comp deb;°CDS;326721;0;;;;regulatory;1136025;48;comp;;;regulatory;1729649;73;comp ;misc_feature;327414;18;;;fin;°CDS;1136190;;comp;;fin;°CDS;1729832;;comp fin;°CDS;327552;;;;deb;°CDS;1176200;434;comp;;deb;°CDS;1742909;493;comp deb;°CDS;574175;-5;;;;&tRNA;1177198;8;comp;;;&tRNA;1744152;109;comp ;misc_binding;574941;43;;;;&tRNA;1177300;569;comp;;fin;°CDS;1744337;;comp fin;°CDS;575188;;;;fin;°CDS;1177945;;comp;;deb;°CDS;1747424;100;comp deb;°CDS;582446;49;;;deb;°CDS;1187918;382;;;;&tRNA;1747827;102;comp ;&tRNA;584175;170;;;;&tRNA;1188531;66;;;fin;°CDS;1748022;;comp fin;°CDS;584431;;;;fin;°CDS;1188688;;;;deb;°CDS;1796937;102;comp deb;°CDS;625631;84;;;deb;°CDS;1194077;206;comp;;;regulatory;1799337;112;comp ;&tRNA;626402;66;comp;;;&tRNA;1194775;10;comp;;fin;°CDS;1799628;;comp ;&tRNA;626543;17;comp;;fin;°CDS;1194870;;comp;;;;;; ;&tRNA;626637;13;comp;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;626727;149;comp;;;;;;;;;;;; fin;CDS;626952;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====abra intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_tRNA|abra intercalaires tRNA]] <pre> abra;intercalaires tRNA;;;;;;proportion des intercalaires <201;;; comp’;entre tRNAs;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;44 11 7 8 72 ;;86;;860;;49;10;deb; ;7 44 8 4 11;;;;140;;86;27;<201;7 ;;;49;;170;;96;46;total;15 ;66 17 13;comp’;84;comp’;149;;100;47;%;47% ;;comp’;63;comp’;76;;108;66;; ;;comp’;64;comp’;130;;155;73;fin; ;;;108;;216;;171;87;<201;12 ;;;155;;27;;206;92;total;16 ;8;;424;;569;;262;102;%;75% ;;;382;;66;;301;109;; ;;;206;;10;;382;140;total; ;;comp’;68;comp’;44;;415;170;<201;19 ;;;301;;92;;424;216;total;31 ;9 1 8;;415;;73;;493;569;%;61% ;;;96;;860;;854;860;; ;;;262;;46;;-;860;comp’;cumuls ;;;171;;47;;63;44;deb;100% ;63;comp’;137;comp’;714;;64;76;; ;;;854;;87;;68;130;fin;80% ;;;493;;109;;84;149;; ;;;100;;102;;137;714;total;90% </pre> ===apal=== ====apal opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_opérons|apal opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_palm_J233/achoPalm_J233-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022538.1;apal;;genome;;;;;;;; 29%GC;16.8.19 Paris;16s 2 ;35;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Acholeplasma palmae J233;;;;;;;;;;; ;161706..162593;;CDS;;132;132;;;296;; ;162726..162816;;agc;;9;;9;;;; ;162826..162901;;gaa;;126;126;;;;; ;163028..163522;;CDS;;;;;;165;; ;;;;;;;;;;; comp;205002..205226;;CDS;;72;72;;;75;; comp;205299..205373;;tgg;;73;73;;;;; comp;205447..206382;;CDS;;133;133;;;;; ;206516..206591;;cac;;14;;14;;;; ;206606..206680;;caa;;34;;34;;;; ;206715..206797;;cta;;168;168;;;;; ;206966..207208;;CDS;;;;;;81;; ;;;;;;;;;;; ;294770..296290;;CDS;;347;347;;;*507;; ;296638..298160;;16s;;128;;;;1523;; ;298289..301126;;23s;;34;;;;2838;; ;301161..301268;;5s;;51;;;;108;; ;301320..301396;;aac;;118;118;;;;; ;301515..301835;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; ;303638..304993;;CDS;;70;70;;;452;; ;305064..305139;;gaa;@1;9;;9;;;; ;305149..305225;;cgt;;71;;71;;;; ;305297..305373;;cca;;13;;13;;;; ;305387..305461;;gga;;86;86;;;;; ;305548..308184;;CDS;;;;;;*879;; ;;;;;;;;;;; ;326174..327313;;CDS;;91;91;;;380;; ;327405..327478;;tgc;;527;*527;;;;; comp;328006..328539;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; ;435096..436751;;CDS;;48;48;;;*552;; ;436800..436885;;ctc;;214;214;;;;; ;437100..438890;;CDS;;;;;;*597;; ;;;;;;;;;;; ;441323..442294;;CDS;;38;38;;;324;; comp;442333..442407;;ggc;;100;100;;;;; ;442508..443650;;CDS;;;;;;381;; ;;;;;;;;;;; ;443640..444197;;CDS;;93;93;;;186;; comp;444291..444364;;acc;;133;133;;;;; ;444498..444695;;CDS;;;;;;66;; ;;;;;;;;;;; ;644468..646315;;CDS;;124;124;;;*616;; ;646440..646516;;aga;;251;251;;;;; ;646768..647322;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; ;669786..670511;;CDS;;45;45;;;242;; ;670557..670632;;cgg;;1;;;;;; ;670634..670722;;tcc;;133;133;;;;; ;670856..671359;;CDS;;;;;;168;; ;;;;;;;;;;; comp;837575..837796;;CDS;;157;157;;;74;; comp;837954..838029;;aag;;214;214;;;;; ;838244..838888;;CDS;;;;;;215;; ;;;;;;;;;;; comp;1172026..1173090;;CDS;;112;112;;;355;; comp;1173203..1173285;;ttg;;82;82;;;;; comp;1173368..1175038;;CDS;;;;;;*557;; ;;;;;;;;;;; comp;1456398..1457315;;CDS;;72;72;;;306;; comp;1457388..1457463;;gac;;40;40;;;;; comp;1457504..1458355;;CDS;;154;154;;;284;; comp;1458510..1458585;;ttc;;7;;;7;;; comp;1458593..1458668;;gac;;4;;;4;;; comp;1458673..1458749;;atgf;;55;;;55;;; comp;1458805..1458895;;tca;;22;;;22;;; comp;1458918..1458994;;atgi;;4;;;4;;; comp;1458999..1459075;;atgj;;45;;;45;;; comp;1459121..1459196;;gca;;5;;;5;;; comp;1459202..1459286;;tta;;20;;;20;;; comp;1459307..1459382;;aaa;;6;;;6;;; comp;1459389..1459464;;aca;;15;;;15;;; comp;1459480..1459555;;gta;;21;;;;;; comp;1459577..1459684;;5s;@2;34;;;;108;; comp;1459719..1462556;;23s;;50;;;;2838;; comp;1462607..1462682;;gca;;6;;;6;;; comp;1462689..1462765;;atc;;110;;;;;; comp;1462876..1464398;;16s;;206;;;;1523;; comp;1464605..1464688;;tac;;114;114;;;;; comp;1464803..1464973;;cds;;;;;;;; </pre> ====apal cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_cumuls|apal cumuls]] <pre> apal cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;0;1;;100;5;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;4;8;50;4;20;;200;6;60;1 ;16 atc gca;1;40;1;1;100;9;40;;300;4;90;4 ;16 23 5s a;1;60;0;2;150;9;60;;400;5;120;1 ;max a;14;80;1;0;200;3;80;;500;1;150;0 ;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;4;180;3 ;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;1;210;2 ;total aas;15;140;0;0;350;1;140;;800;0;240;1 sans ;opérons;14;160;0;0;400;0;160;;900;1;270;1 ;1 aa;9;180;0;0;450;0;180;;1000;0;300;2 ;max a;4;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2 ;a doubles;0;;0;0;;1;;;;0;;10 ;total aas;20;;6;11;;30;;0;;27;;27 total aas;;35;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;136;;;;307;; ;;;variance;;;;100;;;;208;; sans jaune;;;moyenne;25;17;;122;;;;218;;177 ;;;variance;24;18;;68;;;;120;;91 </pre> ====apal blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_blocs|apal blocs]] <pre> apal blocs;;;;; gta;21;;CDS;347; 5s;34;108;16s;128;1523 23s;50;2838;23s;34;2838 gca;6;;5s;51;108 atc;110;;aac;118; 16s;206;1523;CDS;; tac;114;;;; CDS;;;;; </pre> ====apal remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_remarques|apal remarques]] *code génétique apal <pre> apal;;;;;;;35 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;1;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====apal distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_distribution|apal distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total apal;;9; ;;;;;;apal;9;;;;;;;;apal;0;;;;;; </pre> ====apal données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_données_intercalaires|apal données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;apal;fx;fc;apal;fx40;fc40;apal;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;0;10;0;0;10;-1;;43;132;133;16s tRNA;; ;0;10;6;163;1;0;42;-2;;0;126;527;118;;atc ;0;20;4;157;2;0;26;-3;;0;72;38;tRNA 16s;; ;0;30;11;37;3;0;17;-4;2;102;73;100;206;;tac 1;1;40;9;34;4;0;14;-5;;0;168;93;tRNA 23s;;gca ;2;50;8;35;5;0;10;-6;1;0;139;133;51;; ;0;60;12;41;6;2;4;-7;;1;70;214;5s tRNA;; ;1;70;7;37;7;2;6;-8;2;44;137;;51;;aac ;2;80;8;29;8;1;10;-9;;0;91;;21;;gta ;1;90;6;31;9;1;15;-10;;1;48;;tRNA tRNA;;intra 2;1;100;11;33;10;0;19;-11;1;33;214;;6;;atc gca ;0;110;6;24;11;0;18;-12;;0;124;;tRNA tRNA;;contig ;2;120;14;31;12;0;23;-13;;2;251;;7;;ttc ;2;130;9;23;13;2;15;-14;;17;45;;4;;gac 2;5;140;11;26;14;0;16;-15;;0;133;;55;;atgf ;0;150;4;17;15;0;18;-16;;1;157;;22;;tca ;2;160;7;16;16;0;9;-17;;13;112;;4;;atgi ;1;170;10;11;17;0;15;-18;;0;82;;45;;atgj ;0;180;6;13;18;1;18;-19;;0;138;;5;;gca ;0;190;4;14;19;0;13;-20;;8;40;;20;;tta ;0;200;3;11;20;1;12;-21;;0;154;;6;;aaa ;0;210;4;10;21;2;1;-22;;0;114;;15;;aca 1;1;220;4;7;22;2;5;-23;;5;CDS 16s;;**;;gta ;0;230;4;5;23;0;5;-24;;0;347;;tRNA tRNA;; ;0;240;3;7;24;3;6;-25;;1;206;;9;;agc ;0;250;1;6;25;0;7;-26;;9;16s 23s;;**;;gaa ;1;260;0;9;26;0;7;-27;;0;137;;14;;cac ;0;270;3;6;27;1;3;-28;;0;23s 5s;;34;;caa ;0;280;0;5;28;1;0;-29;;5;35;;**;;cta ;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;;;9;;gaa ;0;300;0;3;30;2;3;-31;;0;;;71;;cgt ;0;310;0;1;31;1;3;-32;;3;;;13;;cca ;0;320;1;6;32;1;6;-33;;0;;;**;;gga ;0;330;4;4;33;1;2;-34;;0;;;1;;cgg ;0;340;2;2;34;0;5;-35;;2;;;**;;tcc ;0;350;1;4;35;1;1;-36;;0;;;;; ;0;360;0;0;36;0;1;-37;;0;;;;; ;0;370;1;2;37;0;2;-38;;1;;;;; ;0;380;0;3;38;1;6;-39;;0;;;;; ;0;390;0;5;39;3;4;-40;;1;;;;; ;0;400;0;3;40;1;4;-41;;0;;;;; 1;0;reste;5;38;reste;160;518;-42;;0;;;;; 7;22;total;190;919;total;190;919;-43;;0;;;;; 6;22;diagr;185;871;diagr;30;391;-44;;0;;;;; 0;0; t30;21;357;;;;-45;;0;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;; ;x;190;6;0;196;;;-49;;0;;;;; ;c;909;294;10;1213;;;-50;;0;;;;; ;;;;;1409;97;;reste;;2;;;;; ;;;;;;1506;;total;6;294;;;;; </pre> =====apal autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_autres_intercalaires_aas|apal autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;apal;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas fin;;CDS;292;1638;;; deb;;CDS;82590;85343;109;*; ;;regulatory;85453;85552;216;*; fin;;CDS;85769;86557;;; deb;;CDS;86565;87845;35;*; ;;misc_binding;87881;88073;51;*; fin;;CDS;88125;89402;;; deb;;CDS;161706;162593;132;*; ;;tRNA;162726;162816;9;*;agc ;;tRNA;162826;162901;126;*;gaa fin;;CDS;163028;163522;;; deb;comp;CDS;205002;205226;72;*; ;comp;tRNA;205299;205373;73;*;tgg deb;comp;CDS;205447;206382;133;*; ;;tRNA;206516;206591;14;*;cac ;;tRNA;206606;206680;34;*;caa ;;tRNA;206715;206797;168;*;cta fin;;CDS;206966;207208;;; deb;comp;CDS;278906;279901;56;*; ;comp;misc_binding;279958;280136;8;*; fin;comp;CDS;280145;281908;;0; deb;;CDS;294770;296290;347;*; ;;rRNA;296638;298152;137;*;1515 ;;rRNA;298290;301125;35;*;2836 ;;rRNA;301161;301268;51;*;108 ;;tRNA;301320;301396;139;*;aac fin;;CDS;301536;301835;;; deb;;CDS;303638;304993;70;*; ;;tRNA;305064;305139;9;*;gaa ;;tRNA;305149;305225;71;*;cgt ;;tRNA;305297;305373;13;*;cca ;;tRNA;305387;305461;137;*;gga fin;;CDS;305599;308184;;; deb;;CDS;310206;311093;42;*; ;;repeat_region;311136;314336;391;*; fin;;CDS;314728;315327;;; deb;;CDS;326174;327313;91;*; ;;tRNA;327405;327478;527;*;tgc fin;comp;CDS;328006;328539;;0; deb;;CDS;426740;427501;5;*; ;;misc_binding;427507;427707;40;*; fin;;CDS;427748;428767;;; deb;;CDS;435096;436751;48;*; ;;tRNA;436800;436885;214;*;ctc fin;;CDS;437100;438890;;; deb;;CDS;441323;442294;38;*; ;comp;tRNA;442333;442407;100;*;ggc fin;;CDS;442508;443650;;; deb;;CDS;443640;444197;93;*; ;comp;tRNA;444291;444364;133;*;acc fin;;CDS;444498;444695;;; deb;;CDS;480393;481697;56;*; ;;regulatory;481754;481850;51;*; fin;;CDS;481902;483050;;; deb;;CDS;575929;577302;54;*; ;;regulatory;577357;577432;44;*; fin;;CDS;577477;578175;;; deb;;CDS;583894;584502;19;*; ;;regulatory;584522;584597;56;*; fin;;CDS;584654;585274;;; deb;;CDS;644468;646315;124;*; ;;tRNA;646440;646516;251;*;aga fin;;CDS;646768;647322;;; deb;;CDS;669786;670511;45;*; ;;tRNA;670557;670632;1;*;cgg ;;tRNA;670634;670722;133;*;tcc fin;;CDS;670856;671359;;; deb;;CDS;778517;780295;54;*; ;;misc_binding;780350;780540;55;*; fin;;CDS;780596;783169;;; deb;comp;CDS;837575;837796;157;*; ;comp;tRNA;837954;838029;214;*;aag fin;;CDS;838244;838888;;; deb;comp;CDS;859225;859602;141;*; ;;regulatory;859744;859842;69;*; fin;;CDS;859912;860478;;0; deb;;CDS;900888;901286;41;*; ;;ncRNA;901328;901664;157;*; fin;;CDS;901822;906708;;; deb;;CDS;930603;931235;52;*; ;;tmRNA;931288;931628;154;*; fin;;CDS;931783;934152;;; deb;comp;CDS;997671;998201;47;*; ;comp;misc_binding;998249;998458;29;*; fin;comp;CDS;998488;998940;;; deb;comp;CDS;1099021;1099650;75;*; ;comp;regulatory;1099726;1099840;44;*; fin;comp;CDS;1099885;1100643;;0; deb;comp;CDS;1172026;1173090;112;*; ;comp;tRNA;1173203;1173285;82;*;ttg fin;comp;CDS;1173368;1175038;;; deb;comp;CDS;1296140;1297378;79;*; ;comp;regulatory;1297458;1297558;175;*; fin;;CDS;1297734;1298978;;; deb;comp;CDS;1395785;1396276;13;*; ;comp;misc_feature;1396290;1396409;2;*; fin;comp;CDS;1396412;1397101;;; deb;comp;CDS;1420757;1422160;117;*; ;comp;regulatory;1422278;1422379;175;*; fin;comp;CDS;1422555;1422713;;0; deb;comp;CDS;1424704;1426260;38;*; ;comp;misc_binding;1426299;1426505;43;*; fin;comp;CDS;1426549;1427391;;; deb;comp;CDS;1456398;1457249;138;*; ;comp;tRNA;1457388;1457463;40;*;gac deb;comp;CDS;1457504;1458355;154;*; ;comp;tRNA;1458510;1458585;7;*;ttc ;comp;tRNA;1458593;1458668;4;*;gac ;comp;tRNA;1458673;1458749;55;*;atgf ;comp;tRNA;1458805;1458895;22;*;tca ;comp;tRNA;1458918;1458994;4;*;atgi ;comp;tRNA;1458999;1459075;45;*;atgj ;comp;tRNA;1459121;1459196;5;*;gca ;comp;tRNA;1459202;1459286;20;*;tta ;comp;tRNA;1459307;1459382;6;*;aaa ;comp;tRNA;1459389;1459464;15;*;aca ;comp;tRNA;1459480;1459555;21;*;gta ;comp;rRNA;1459577;1459684;35;*;108 ;comp;rRNA;1459720;1462555;51;*;2836 ;comp;tRNA;1462607;1462682;6;*;gca ;comp;tRNA;1462689;1462765;118;*;atc ;comp;rRNA;1462884;1464398;206;*;1515 ;comp;tRNA;1464605;1464688;114;*;tac fin;comp;CDS;1464803;1464973;;; deb;comp;CDS;1471917;1474742;32;*; ;comp;ncRNA;1474775;1474868;9;*; fin;comp;CDS;1474878;1475336;;; deb;comp;CDS;1547053;1548444;47;*; ;comp;misc_binding;1548492;1548707;39;*; fin;comp;CDS;1548747;1549406;;; deb;comp;CDS;1554025;1554159;291;*; </pre> ===tenericutes synthèse=== ====tenericutes distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_génome|tenericutes distribution par génome]] <pre> tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total abra;12;14; ;11;1;2;;5;45 apal;9;9; ;11;1;4;;1;35 total;21;23;0;22;2;6;0;6;80 </pre> ====tenericutes distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_du_total|tenericutes distribution du total]] <pre> tener2;;;;;;;66 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2 atc;;acc;2;aac;;agc;2 ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;2 cta;2;cca;3;caa;2;cga;1 gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2 ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;21;23;;22;;;66 ;;;;;;; tener2;;;;;;;14 atgi; ;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;2;tgc; atc;4;acc;;aac;6;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;2;gaa;;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj; ;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;6 1-3aas;2;6;66 </pre> ====tenericutes distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_type|tenericutes distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;22 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga; cta;2;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;2;gaa;;gga; ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;21;23;;22;;;66;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====tenericutes par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_par_rapport_au_groupe_de_référence|tenericutes par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;7;3;;;;;10; 16;moyen;13;4;;10;;6;33; 14;fort;3;14;;12;6;2;37; ; ;23;21;;22;6;8;80; 10;g+cga;3;2;;;;;5; 2;agg+cgg;1;;;;;;1; 4;carre ccc;3;1;;;;;4; 5;autres;;;;;;;; ;;7;3;;;;;10; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;88;38;;;;;125;26 16;moyen;163;50;;125;;75;413;324 14;fort;38;175;;150;75;25;463;650 ; ;288;263;;275;75;100;80;729 10;g+cgg;38;25;;;;;63;10 2;agg+cga;13;;;;;;13; 4;carre ccc;38;13;;;;;50;16 5;autres;;;;;;;; ;;88;38;;;;;125; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;159;68;;227;26;30;14; 16;moyen;295;91;;386;324;57;19; 14;fort;68;318;;386;650;13;67; ; ;523;477;;44;729;23;21; 10;g+cgg;68;45;;114;10;;; 2;agg+cga;23;;;23;;;; 4;carre ccc;68;23;;91;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;159;68;;227;;;; </pre> ====tenericutes, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes,_estimation_des_-rRNAs|tenericutes, estimation des -rRNAs]] <pre> tenericutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 20 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;20;93; ; ;;indices;;;;20;465;0;0;;tener2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;44 atgi;5;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;25;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;;tac;5;tgc;;;ttc;25;tcc;;tac;25;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2 atc;10;acc;;aac;11;agc;;;atc;50;acc;;aac;55;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;25;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;2 tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;25;tca;25;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;6;aaa;7;aga;;;ata;;aca;30;aaa;35;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;2 cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;10;cca;;caa;;cga;;;cta;2;cca;3;caa;2;cga;1 gta;8;gca;7;gaa;2;gga;;;gta;40;gca;35;gaa;10;gga;;;gta;;gca;;gaa;4;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;5;acg;;aag;;agg;;;atgj;25;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;39;;54;;0;93;;;;195;;270;;0;465;;;;17;;17;;10;44 27.5.20 Tanger;;;;tener;total;ttt;tgt;;10.1.21 Paris;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;112;3535;0.9;0;;;;;;112;3535;0.9;0;;tener2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;62;tct;;tat;;atgf;71;;atgi;87;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;79;tcc;40;tac;75;tgc;99;;ttc;104;tcc;40;tac;100;tgc;99;;ttc;;tcc;50;tac;;tgc;100 atc;53;acc;71;aac;49;agc;99;;atc;103;acc;71;aac;104;agc;99;;atc;;acc;100;aac;;agc;100 ctc;32;ccc;0.0;cac;100;cgt;72;;ctc;32;ccc;;cac;100;cgt;72;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100 gtc;1.8;gcc;0.9;gac;77;ggc;56;;gtc;1.8;gcc;0.9;gac;102;ggc;56;;gtc;50;gcc;50;gac;100;ggc;100 tta;73;tca;75;taa;;tga;90;;tta;98;tca;100;taa;;tga;90;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;8;aca;73;aaa;86;aga;103;;ata;8.0;aca;103;aaa;121;aga;103;;ata;;aca;;aaa;;aga;100 cta;90;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;150;caa;100;cga;50 gta;65;gca;69;gaa;94;gga;102;;gta;105;gca;104;gaa;104;gga;102;;gta;;gca;;gaa;200;gga;100 ttg;98;tcg;33;tag;0.0;tgg;100;;ttg;98;tcg;33;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;50;tag;;tgg;100 atgj;69;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;94;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;;acg;50;aag;100;agg;50 ctg;0;ccg;0;cag;0;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1201;;1101;;349;2651;;;;1396;;1371;;329;3096;;;;850;;850;;500;2200 rapports;;86;;80;;106;86;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;tener2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;71;tct;;tat;;atgf;74;;fiches;28.45;;;fréquences;;;;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;569;;;0/0;7;;;;att;100;act;100;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;93;;;10;9;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;20;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;100 ttc;76;tcc;100;tac;75;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;100;tcc;20;tac;100;tgc;1 atc;51;acc;100;aac;47;agc;100;;tener2;22;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;100;agc;1 ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100;;sans;44;;;50;2;19;;;ctc;68;ccc;;cac;0;cgt;28 gtc;100;gcc;100;gac;75;ggc;100;;avec;36;;;60;2;;;;gtc;96;gcc;98;gac;23;ggc;44 tta;74;tca;75;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;1;;;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100 ata;100;aca;71;aaa;71;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;100;aaa;100;aga;3 cta;90;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par tener;;;;90;0;;;;cta;10;cca;34;caa;3;cga;24 gta;62;gca;66;gaa;90;gga;100;;est 23% en dessous;;;;100;19;;;;gta;100;gca;100;gaa;53;gga;2 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;34;tag;;tgg;0 atgj;73;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;100;acg;50;aag;38;agg;56 ctg;;ccg;;cag;;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;100 gtg;;gcg;;gag;;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;100 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;66;;187;;441;693 </pre> ==spirochète== ===Sphaerochaeta coccoides DSM 17374=== ====scc opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_opérons|scc opérons]] *Notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc. <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Spha_cocc_DSM_17374/sphaCocc_DSM17374-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_015436.1;scc;génome;;;;;;;;;; 50.6%GC;12.1.21 Paris;16s 3;47;;;;;;;cds dirigé;; Sphaerochaeta coccoides DSM 17374 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; comp;215073..215231;;cds;;1194;*1194;;;53;;hp; comp;216426..216498;;gcg;@1;369;369;;;;*369;; comp;216868..217047;;cds;;;;;;60;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;243358..244170;;cds;@2;812;*812;;;271;;HAD-IIB family hydrolase;* ;244983..246519;;16s;;132;;;132;;;; ;246652..246725;;atc;;79;;;79;;;; ;246805..249778;;23s;;72;;;;;;; ;249851..249962;;5s;;175;175;;;;175;; ;250138..250947;;cds;;;;;;270;;metal ABC transporter permease;* ;;;;;;;;;;;; ;300128..301798;;cds;;669;*669;;;557;;formate--tetrahydrofolate ligase;* ;302468..302539;;ggg;;452;*452;;;;*452;; ;302992..304032;;cds;;;;;;347;;ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;316296..317216;;cds;;152;152;;;307;152;phosphatase PAP2 family protein;* ;317369..317442;;gac;;176;176;;;;;; ;317619..318692;;cds;;;;;;358;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;; ;330207..331004;;cds;;16;16;;;266;16;class I SAM-dependent methyltransferase;* comp;331021..331104;;ttg;;251;251;;;;;; ;331356..333446;;cds;;;;;;*697;;patatin-like phospholipase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;345290..346216;;cds;;228;228;;;309;;hp; comp;346445..346517;;ccg;;182;182;;;;182;; comp;346700..347059;;cds;;;;;;120;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;422975..424363;;cds;;71;71;;;463;71;sulfatase-like hydrolase/transferase;* comp;424435..424506;;gtc;;252;252;;;;;; ;424759..426600;;cds;;;;;;614;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;436852..438168;;cds;;237;237;;;439;;MFS transporter;* comp;438406..438477;;gtg;;202;202;;;;202;; ;438680..440152;;cds;;;;;;491;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;481186..482484;;cds;;180;180;;;433;;HD domain-containing protein;* ;482665..482737;;atgj;;82;82;;;;82;; ;482820..483494;;cds;;;;;;225;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;530805..532313;;cds;;82;82;;;503;82;IMP dehydrogenase;* ;532396..532467;;gta;;310;310;;;;;; ;532778..533485;;cds;;;;;;236;;YggS family pyridoxal phosphate-dependent enzyme;* ;;;;;;;;;;;; ;568939..569700;;cds;;102;102;;;254;102;NAD-dependent deacetylase;* ;569803..569874;;gga;;412;412;;;;;; ;570287..570952;;cds;;;;;;222;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;636017..636391;;cds;;52;52;;;125;52;chorismate mutase;* ;636444..636517;;aca;;334;334;;;;;; comp;636852..637013;;cds;;;;;;54;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;717326..717772;;cds;;66;66;;;149;66;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;717839..717920;;tac;;230;230;;;;;; ;718151..719386;;cds;;;;;;412;;aminopeptidase;* ;;;;;;;;;;;; comp;721419..723056;;cds;@3;67;67;;;546;67;ATP-binding cassette domain-containing protein;* comp;723124..723195;;gag;;10;;10;;;;; comp;723206..723276;;cag;;104;104;;;;;; comp;723381..723911;;cds;;;;;;177;;adenine phosphoribosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;724974..725225;;cds;;236;236;;;84;;hp; comp;725462..725533;;acg;;124;124;;;;124;; comp;725658..728366;;cds;;;;;;*903;;pyruvate, phosphate dikinase;* ;;;;;;;;;;;; comp;767509..768549;;cds;;350;350;;;347;*350;DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family protein;* comp;768900..769011;;5s;;72;;;;;;; comp;769084..772057;;23s;;40;;;40;;;; comp;772098..772171;;gca;;137;;;137;;;; comp;772309..773845;;16s;;535;*535;;;;;; ;774381..774947;;cds;;;;;;189;;peroxiredoxin;* ;;;;;;;;;;;; ;783089..784627;;cds;;273;273;;;513;;glycoside hydrolase family 43 protein;* comp;784901..784972;;gaa;;43;;43;;;;; comp;785016..785088;;aaa;;223;223;;;;223;; ;785312..787483;;cds;;;;;;*724;;cadmium-translocating P-type ATPase;* ;;;;;;;;;;;; comp;877367..879202;;cds;;447;447;;;612;*447;translational GTPase TypA;* comp;879650..879761;;5s;;72;;;;;;; comp;879834..882807;;23s;;40;;;40;;;; comp;882848..882921;;gca;;137;;;137;;;; comp;883059..884595;;16s;;648;*648;;;;;; ;885244..885867;;cds;;;;;;208;;GNAT family N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;900855..901490;;cds;;73;73;;;212;73;Fic family protein;* comp;901564..901637;;ccc;;214;214;;;;;; ;901852..903519;;cds;;;;;;556;;Alpha-glucosidase;* ;;;;;;;;;;;; ;928254..930545;;cds;;138;138;;;*764;138;AAA family ATPase;* ;930684..930755;;cac;;32;;32;;;;; ;930788..930861;;cga;;38;;38;;;;; ;930900..930972;;aag;;37;;37;;;;; ;931010..931091;;cta;;36;;36;;;;; ;931128..931199;;ggc;;423;423;;;;;; ;931623..932981;;cds;;;;;;453;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;; ;937885..939693;;cds;;171;171;;;603;171;oligoendopeptidase F;* ;939865..939938;;aga;;437;437;;;;;; ;940376..940579;;cds;;;;;;68;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;974079..974468;;cds;@4;223;223;;;130;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;974692..974775;;ctc;;153;153;;;;153;; comp;974929..975384;;cds;;112;112;;;152;;VOC family protein;* comp;975497..975569;;cca;;95;95;;;;95;; ;975665..976339;;cds;;;;;;225;;endonuclease III;* ;;;;;;;;;;;; ;1069506..1069922;;cds;;81;81;;;139;;hp; comp;1070004..1070087;;tta;;78;78;;;;78;; ;1070166..1070981;;cds;;;;;;272;;TatD family hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1113338..1113928;;cds;;247;247;;;197;247;NAD(P)H-dependent oxidoreductase;* ;1114176..1114248;;aac;;247;247;;;;;; comp;1114496..1117318;;cds;;;;;;*941;;5'-nucleotidase C-terminal domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1126672..1127604;;cds;;173;173;;;311;173;DUF362 domain-containing protein;* ;1127778..1127850;;caa;;193;193;;;;;; comp;1128044..1128334;;cds;;;;;;97;;septation regulator SpoVG;* ;;;;;;;;;;;; comp;1257969..1258763;;cds;;140;140;;;265;;nucleotidyltransferase domain-containing protein;* ;1258904..1258977;;agg;;79;79;;;;79;; ;1259057..1259779;;cds;;;;;;241;;nitroreductase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1273039..1273944;;cds;;217;217;;;302;;DNA-protecting protein DprA;* ;1274162..1274234;;ttc;;103;103;;;;103;; comp;1274338..1274865;;cds;;;;;;176;;cysteine hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1363097..1364389;;cds;;432;432;;;431;;H(+)-transporting two-sector ATPase;* ;1364822..1364894;;atgf;;213;213;;;;213;; ;1365108..1366457;;cds;;;;;;450;;Trk system potassium transporter TrkA;* ;;;;;;;;;;;; comp;1478531..1479448;;cds;;196;196;;;306;196;hp; ;1479645..1479718;;cgg;;256;256;;;;;; comp;1479975..1481738;;cds;;;;;;588;;ABC transporter ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1522454..1523143;;cds;;86;86;;;230;;hp; ;1523230..1523301;;tgc;;34;34;;;;34;; comp;1523336..1523890;;cds;;;;;;185;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;1540671..1541807;;cds;;186;186;;;379;186;DUF2974 domain-containing protein;* comp;1541994..1542066;;gcc;;351;351;;;;;; ;1542418..1544223;;cds;;;;;;602;;IS1634 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;1691238..1692578;;cds;;189;189;;;447;189;sn-glycerol-1-phosphate dehydrogenase;* ;1692768..1692851;;ctg;;564;*564;;;;;; ;1693416..1693646;;cds;;;;;;77;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1760709..1761905;;cds;;185;185;;;399;185;hp; ;1762091..1762164;;atgi;;316;316;;;;;; comp;1762481..1765135;;cds;;;;;;*885;;valine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2034849..2035028;;cds;@4;32;32;;;60;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2035061..2035134;;tgg;;26;26;;;;26;; comp;2035161..2035337;;cds;;64;64;;;59;64;50S ribosomal protein L33;* comp;2035402..2035474;;acc;;246;246;;;;;; ;2035721..2036506;;cds;;;;;;262;;HAD family hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; ;2185380..2186171;;cds;@5;84;84;;;264;84;16S rRNA (uracil(1498)-N(3))-methyltransferase;* ;2186256..2186340;;tca;;40;;40;;;;; ;2186381..2186467;;agc;;25;;25;;;;; ;2186493..2186566;;cgc;;16;;16;;;;; ;2186583..2186669;;tcg;;40;;40;;;;; ;2186710..2186795;;tcc;;13;;;;;;; ;2186809..2186906;;ncRNA;;133;133;;;*33;;; comp;2187040..2188236;;cds;;;;;;399;;transposase;* </pre> ====scc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_cumuls|scc cumuls]] *Notes: * pour le nombre de jaunes <pre> scc cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;3;1;0;;1;0;1;0;100;9 ;16 23 5s 0;;20;2;;50;4;20;1;200;11 ;16 atc23s5s;1;40;7;2;100;14;40;2;300;16 ;16gca23s5s;2;60;1;0;150;8;60;1;400;11 ;max a;1;80;;1;200;13;80;7;500;9 ;a doubles;;100;;0;250;13;100;4;600;6 ;autres;;120;;0;300;4;120;2;700;5 ;total aas;3;140;;3;350;4;140;2;800;*2 sans ;opérons;34;160;;;400;2;160;2;900;*1 ;1 aa;30;180;;;450;5;180;3;1000;*2 ;max a;5;200;;;500;*1;200;5;1100; ;a doubles;0;;;;;*6;;*4;; ;total aas;44;;10;6;;74;;33;;72 total aas;;47;;;;;;;*4;;*6 remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;32;94;;236;;154;;343 ;;;variance;11;47;;196;;108;;215 sans jaune;;;moyenne;;;;188;;124;;299 ;;;variance;;;;110;;64;;164 </pre> ====scc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_blocs|scc blocs]] <pre> cds;812;;cds;350;447 16s;132;;5s;72;72 atc;79;;23s;40;40 23s;72;;gca;137;137 5s;175;;16s;535;648 cds;;;cds;; </pre> ====scc remarques==== ====scc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_distribution|scc distribution]] <pre> distribution;scc;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;14;30;;;;3;47 ;;;;;;; ;;;;;;; distribution;scc;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;inter;;max;;min;;total ;17;;13;;17;;47 </pre> ====scc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_données_intercalaires|scc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;scc;fx;fc;scc;fx40;fc40;scc;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;39;1194;152;16s tRNA;; ;0;10;9;164;1;1;31;-2;1;0;369;16;132;;atc 1;0;20;15;120;2;0;27;-3;0;0;669;251;2* 137;;gca ;1;30;25;55;3;3;23;-4;2;156;452;71;tRNA 23s;; 1;1;40;12;49;4;1;7;-5;0;0;176;252;79;;atc ;0;50;20;52;5;0;13;-6;2;0;228;237;2* 40;;gca ;1;60;10;31;6;0;4;-7;0;6;182;202;tRNA tRNA;; ;3;70;18;44;7;2;8;-8;0;31;82;180;10;;gag 3;1;80;15;38;8;0;11;-9;2;0;82;334;**;;cag 2;3;90;17;36;9;1;20;-10;0;5;310;273;43;;gaa 1;0;100;26;29;10;1;20;-11;4;15;102;223;**;;aaa 1;2;110;13;31;11;0;12;-12;2;0;412;73;32;;cac ;1;120;18;23;12;2;15;-13;1;2;52;214;38;;cga ;1;130;17;21;13;2;16;-14;0;17;66;95;37;;aag 1;1;140;16;23;14;2;16;-15;1;0;67;230;36;;cta ;0;150;10;20;15;1;12;-16;1;4;104;81;**;;ggc 1;1;160;12;18;16;0;8;-17;2;7;236;78;40;;tca ;0;170;16;11;17;1;7;-18;1;0;124;247;25;;agc 2;2;180;14;14;18;0;15;-19;0;0;138;247;16;;cgc 1;3;190;9;13;19;4;7;-20;0;10;423;173;40;;tcg 2;0;200;11;17;20;3;12;-21;0;0;171;193;**;;tcc 1;0;210;6;15;21;2;5;-22;0;0;437;140;;; 2;1;220;13;14;22;0;6;-23;2;2;223;217;;; 2;2;230;10;9;23;1;9;-24;1;1;153;103;;; 1;1;240;14;8;24;4;8;-25;0;2;112;432;;; 3;0;250;10;7;25;3;6;-26;2;5;79;196;;; 3;0;260;5;7;26;3;9;-27;0;0;213;256;;; ;0;270;6;9;27;4;3;-28;0;0;186;86;;; 1;0;280;3;7;28;0;5;-29;0;2;189;34;;; ;0;290;7;8;29;3;3;-30;0;0;564;351;;; ;0;300;4;8;30;5;1;-31;1;1;32;185;;; ;1;310;3;8;31;2;7;-32;1;2;26;316;;; 1;0;320;6;10;32;1;2;-33;0;0;64;246;;; ;0;330;2;6;33;1;3;-34;0;1;84;;;; 1;0;340;8;3;34;0;8;-35;0;0;CDS 16s;;;; ;0;350;1;6;35;1;5;-36;0;0;812;;;; 1;0;360;5;7;36;1;5;-37;0;0;350;;;; ;1;370;1;5;37;2;2;-38;0;0;447;;;; ;0;380;3;5;38;2;7;-39;0;0;23s 5s;;;; ;0;390;5;5;39;2;8;-40;0;0;3* 72;;;; ;0;400;2;4;40;0;2;-41;0;2;5s CDS;;;; 1;7;reste;39;34;reste;395;606;-42;0;0;350;175;;; 32;35;total;458;1000;total;458;1000;-43;0;0;447;;;; 31;28;diagr;417;960;diagr;61;388;-44;0;2;;;;; 1;1; t30;49;339;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;456;28;2;486;;;-49;0;0;;;;; ;c;994;319;6;1319;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1805;104;;reste;1;6;;;;; ;;;;;;1909;;total;28;319;;;;; </pre> =====scc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires_aas|scc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;scc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;215073;215231;1194;*; ;comp;tRNA;216426;216498;369;*;gcg fin;comp;CDS;216868;217047;;0; deb;;CDS;243358;244170;812;*; ;;rRNA;244983;246519;132;*;16s ;;tRNA;246652;246725;79;*;atc ;;rRNA;246805;249778;72;*;23s ;;rRNA;249851;249962;175;*;5s fin;comp;CDS;250138;250947;;; deb;;CDS;300128;301798;669;*; ;;tRNA;302468;302539;452;*;ggg fin;;CDS;302992;304032;;; deb;comp;CDS;316296;317216;152;*; ;;tRNA;317369;317442;176;*;gac fin;;CDS;317619;318692;;; deb;;CDS;330207;331004;16;*; ;comp;tRNA;331021;331104;251;*;ttg fin;;CDS;331356;333446;;1; deb;comp;CDS;345290;346216;228;*; ;comp;tRNA;346445;346517;182;*;ccg fin;comp;CDS;346700;347059;;0; deb;;CDS;422975;424363;71;*; ;comp;tRNA;424435;424506;252;*;gtc fin;;CDS;424759;426600;;; deb;;CDS;436852;438168;237;*; ;comp;tRNA;438406;438477;202;*;gtg fin;;CDS;438680;440152;;1; deb;comp;CDS;481186;482484;180;*; ;;tRNA;482665;482737;82;*;atgj fin;;CDS;482820;483494;;; deb;;CDS;530805;532313;82;*; ;;tRNA;532396;532467;310;*;gta fin;;CDS;532778;533485;;; deb;;CDS;568939;569700;102;*; ;;tRNA;569803;569874;412;*;gga fin;;CDS;570287;570952;;; deb;;CDS;636017;636391;52;*; ;;tRNA;636444;636517;334;*;aca fin;comp;CDS;636852;637013;;0; deb;;CDS;640192;640530;79;*; ;;tmRNA;640610;640987;334;*; fin;comp;CDS;641322;642209;;0; deb;;CDS;711173;712012;51;*; ;comp;ncRNA;712064;712406;10;*; fin;comp;CDS;712417;713229;;; deb;comp;CDS;717326;717772;66;*; ;comp;tRNA;717839;717920;230;*;tac fin;;CDS;718151;719386;;; deb;comp;CDS;721419;723056;67;*; ;comp;tRNA;723124;723195;10;*;gag ;comp;tRNA;723206;723276;104;*;cag fin;comp;CDS;723381;723911;;; deb;comp;CDS;724974;725225;236;*; ;comp;tRNA;725462;725533;124;*;acg fin;comp;CDS;725658;728366;;; deb;comp;CDS;767509;768549;350;*; ;comp;rRNA;768900;769011;72;*;5s ;comp;rRNA;769084;772057;40;*;23s ;comp;tRNA;772098;772171;137;*;gca ;comp;rRNA;772309;773845;535;*;16s fin;;CDS;774381;774947;;; deb;;CDS;783089;784627;273;*; ;comp;tRNA;784901;784972;43;*;gaa ;comp;tRNA;785016;785088;223;*;aaa fin;;CDS;785312;787483;;; deb;comp;CDS;877367;879202;447;*; ;comp;rRNA;879650;879761;72;*;5s ;comp;rRNA;879834;882807;40;*;23s ;comp;tRNA;882848;882921;137;*;gca ;comp;rRNA;883059;884595;648;*;16s fin;;CDS;885244;885867;;0; deb;;CDS;900855;901490;73;*; ;comp;tRNA;901564;901637;214;*;ccc fin;;CDS;901852;903519;;; deb;;CDS;928254;930545;138;*; ;;tRNA;930684;930755;32;*;cac ;;tRNA;930788;930861;38;*;cga ;;tRNA;930900;930972;37;*;aag ;;tRNA;931010;931091;36;*;cta ;;tRNA;931128;931199;423;*;ggc fin;;CDS;931623;932981;;; deb;;CDS;937885;939693;171;*; ;;tRNA;939865;939938;437;*;aga fin;;CDS;940376;940579;;0; deb;comp;CDS;974079;974468;223;*; ;comp;tRNA;974692;974775;153;*;ctc deb;comp;CDS;974929;975384;112;*; ;comp;tRNA;975497;975569;95;*;cca fin;;CDS;975665;976339;;0; deb;;CDS;1069506;1069922;81;*; ;comp;tRNA;1070004;1070087;78;*;tta fin;;CDS;1070166;1070981;;; deb;;CDS;1084097;1084510;24;*; ;;regulatory;1084535;1084630;39;*; fin;;CDS;1084670;1085716;;; deb;comp;CDS;1113338;1113928;247;*; ;;tRNA;1114176;1114248;247;*;aac fin;comp;CDS;1114496;1117318;;; deb;comp;CDS;1126672;1127604;173;*; ;;tRNA;1127778;1127850;193;*;caa fin;comp;CDS;1128044;1128334;;; deb;comp;CDS;1257969;1258763;140;*; ;;tRNA;1258904;1258977;79;*;agg fin;;CDS;1259057;1259779;;0; deb;comp;CDS;1273039;1273944;217;*; ;;tRNA;1274162;1274234;103;*;ttc fin;comp;CDS;1274338;1274865;;1; deb;;CDS;1301674;1301952;54;*; ;;rpr;1302007;1306491;4;*; fin;;CDS;1306496;1306978;;; deb;;CDS;1319568;1319912;73;*; ;;rpr;1319986;1322002;84;*; fin;comp;CDS;1322087;1322668;;; deb;comp;CDS;1363097;1364389;432;*; ;;tRNA;1364822;1364894;213;*;atgf fin;;CDS;1365108;1366457;;; deb;comp;CDS;1478531;1479448;196;*; ;;tRNA;1479645;1479718;256;*;cgg fin;comp;CDS;1479975;1481738;;; deb;comp;CDS;1522454;1523143;86;*; ;;tRNA;1523230;1523301;34;*;tgc fin;comp;CDS;1523336;1523890;;; deb;comp;CDS;1540671;1541807;186;*; ;comp;tRNA;1541994;1542066;351;*;gcc fin;;CDS;1542418;1544223;;0; deb;;CDS;1691238;1692578;189;*; ;;tRNA;1692768;1692851;564;*;ctg fin;;CDS;1693416;1693646;;; deb;comp;CDS;1760709;1761905;185;*; ;;tRNA;1762091;1762164;316;*;atgi fin;comp;CDS;1762481;1765135;;; deb;comp;CDS;2034849;2035028;32;*; ;comp;tRNA;2035061;2035134;26;*;tgg deb;comp;CDS;2035161;2035337;64;*; ;comp;tRNA;2035402;2035474;246;*;acc fin;;CDS;2035721;2036506;;0; deb;;CDS;2185380;2186171;84;*; ;;tRNA;2186256;2186340;40;*;tca ;;tRNA;2186381;2186467;25;*;agc ;;tRNA;2186493;2186566;16;*;cgc ;;tRNA;2186583;2186669;40;*;tcg ;;tRNA;2186710;2186795;13;*;tcc ;;ncRNA;2186809;2186906;133;*; fin;comp;CDS;2187040;2188236;;; </pre> ====scc intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_entre_cds|scc intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> scc;3.2.21 Paris;;scc 16.7.20;;;;;;; scc;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;347;19.2;'''négatif ;-10;13;-1 à -74;'''2 227 296;-1;347 ;'''zéro;8;0.4;;;;;'''intercals;0;8 ;'''1 à 200;1112;61.6;'''0 à 200;69;57;;'''195 310;5;106 ;'''201 à 370;241;13.4;'''201 à 370;269;49;;'''8.8%;10;67 ;'''371 à 600;78;4.3;'''371 à 600;445;63;;;15;78 ;'''601 à max;19;1.1;'''601 à 1048;779;145;;;20;57 ;'''total 1805;<201;81;'''total 1800;103;136;-74 à 1048;;25;44 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>fréquence-1;30;36 1398976;1670;-1;347;-70;2;;0;8;35;30 1167746;1666;0;8;-60;2;;-1;°39;40;31 1943263;1598;1;°32;-50;3;;-2;1;45;39 2221165;1229;2;27;-40;6;;-3;0;50;33 940376;1048;3;26;-30;6;'''min à -1;-4;°158;55;27 2116721;960;4;8;-20;27;347;-5;0;60;14 1197192;959;5;°13;-10;62;19.2%;-6;2;65;36 1728512;916;6;4;0;247;;-7;6;70;26 1917725;874;7;10;10;173;;-8;°31;75;22 972954;867;8;11;20;135;;-9;2;80;31 1554925;775;9;°21;30;80;;-10;5;85;26 1997696;715;10;21;40;61;'''1 à 100;-11;°19;90;27 1693573;700;11;12;50;72;785;-12;2;95;33 1314184;671;12;°17;60;41;43.5%;-13;3;100;22 1528150;655;13;18;70;62;;-14;°17;105;23 1659099;643;14;18;80;53;;-15;1;110;21 1773078;643;15;°13;90;53;;-16;5;115;20 1732369;635;16;8;100;55;'''0 à 200;-17;°9;120;21 356981;617;17;8;110;44;1120;-18;1;125;20 137346;590;18;°15;120;41;;-19;0;130;18 1639500;590;19;11;130;38;;-20;°10;135;20 977451;580;20;°15;140;39;;-21;0;140;19 661808;579;21;7;150;30;;-22;0;145;16 1611095;565;22;6;160;30;;-23;°4;150;14 1590201;563;23;°10;170;27;'''1 à 200;-24;2;155;17 1330173;561;24;12;180;28;1112;-25;2;160;13 379215;558;25;9;190;22;62%;-26;°7;165;15 1755945;548;26;°12;200;28;;-27;0;170;12 191845;527;27;7;210;21;;-28;0;175;12 1897378;525;28;5;220;27;;-29;°2;180;16 72886;522;29;6;230;19;;-30;0;185;12 1978592;521;30;6;240;22;;-31;2;190;10 511329;515;31;°9;250;17;;-32;°3;195;14 220737;512;32;3;260;12;;;42;200;14 1410834;511;33;4;270;15;;reste;14;205;11 ;;34;8;280;10;;total;355;210;10 ;;35;6;290;15;;;;215;20 ;;36;6;300;12;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;7 ;;37;4;310;11;;600;1786;225;11 ;;38;9;320;16;;620;1;230;8 ;;39;°10;330;8;;640;1;235;10 ;;40;2;340;11;'''201 à 370;660;3;240;12 ;;reste;1 001;350;7;241;680;1;245;8 ;;total;1 805;360;12;13.4%;700;1;250;9 ;;;;370;6;;720;1;255;7 ;;;;380;8;;740;;260;5 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;10;;760;;265;8 438680;-120;comp;;400;6;;780;1;270;7 1693416;-74;shift2;158;410;7;;800;;275;4 277564;-68;shift2;1487;420;8;;820;;280;6 1935981;-68;shift2;686;430;4;;840;;285;6 964418;-59;shift2;296;440;4;;860;;290;9 1721260;-59;shift2;1127;450;1;;880;2;295;8 482820;-53;shift2;623;460;1;;900;;300;4 1283977;-47;comp;;470;5;;920;1;305;6 1310625;-46;shift2;417;480;3;;940;;310;5 1544483;-44;shift2;374;490;2;;960;2;315;9 1705959;-44;shift2;1007;500;2;;980;;320;7 950419;-41;;;510;1;;1000;;325;4 1249575;-41;;;520;3;;1020;;330;4 2054241;-34;;;530;4;;1040;;335;4 937251;-32;;;540;0;'''371 à 600;1060;1;340;7 1154295;-32;;;550;1;78;;15;345;2 1972305;-32;;;560;1;4.3%;;;350;5 485333;-31;;;570;3;;;;355;4 1666650;-31;;;580;2;'''601 à max;;;360;8 952193;-29;;;590;2;19;;;365;4 1123783;-29;;;600;0;1.1%;;;370;2 669889;-26;;;reste;19;;reste;4;reste;97 733006;-26;;;total;1805;;total;1805;total;1805 </pre> ====scc intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> scc Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; scc;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;30;-200;266;31;690;222;max30;&-86;660;-1605;134;830;256;min60 31 à 400;;;;;;;2 parties;&-7;162;-551;72;949;318;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;104;46;-;619;poly;71;tF;&197;65;;499;poly;331;SF 31 à 400;;;;;;;;&114;43;-;787;poly;162;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.177;;;;;; 41-n;0.748;0.440;0.530;;;;;;;;;;; 1-n;0.367;-0.088;0.049;;;;;;;;;14.8.21 paris;; scc;fx;fc;;scc;fx%;fc%;scc;fx40;fc40;;x;scc;Sx-;Sc- 0;2;6;;0;5;6;0;2;6;>0;455;-1;0;39 10;9;164;;10;22;171;1;1;31;<0;28;-2;1;0 20;15;120;;20;36;125;2;0;27;zéro;2;-3;0;0 30;25;55;;30;60;57;3;3;23;total;485;-4;2;156 40;11;50;;40;26;52;4;1;7;;c;-5;0;0 50;20;52;;50;48;54;5;0;13;>0;995;-6;2;0 60;10;31;;60;24;32;6;0;4;<0;319;-7;0;6 70;18;44;;70;43;46;7;2;8;zéro;6;-8;0;31 80;15;38;;80;36;40;8;0;11;total;1320;-9;2;0 90;17;36;;90;41;37;9;1;20;;;-10;0;5 100;27;28;;100;65;29;10;1;20;;;-11;4;15 110;13;31;;110;31;32;11;0;12;;;-12;2;0 120;18;23;;120;43;24;12;2;15;;;-13;1;2 130;17;21;;130;41;22;13;2;16;;;-14;0;17 140;16;23;;140;38;24;14;2;16;;;-15;1;0 150;10;20;;150;24;21;15;1;12;;;-16;1;4 160;12;18;;160;29;19;16;0;8;;;-17;2;7 170;15;12;;170;36;12;17;1;7;;;-18;1;0 180;14;14;;180;34;15;18;0;15;;;-19;0;0 190;9;13;;190;22;14;19;4;7;;;-20;0;10 200;11;17;;200;26;18;20;3;12;;;-21;0;0 210;6;15;;210;14;16;21;2;5;;;-22;0;0 220;13;14;;220;31;15;22;0;6;;;-23;2;2 230;10;9;;230;24;9;23;1;9;;;-24;1;1 240;14;8;;240;34;8;24;4;8;;;-25;0;2 250;10;7;;250;24;7;25;3;6;;;-26;2;5 260;5;7;;260;12;7;26;3;9;;;-27;0;0 270;6;9;;270;14;9;27;4;3;;;-28;0;0 280;3;7;;280;7;7;28;0;5;;;-29;0;2 290;7;8;;290;17;8;29;3;3;;;-30;0;0 300;4;8;;300;10;8;30;5;1;;;-31;1;1 310;3;8;;310;7;8;31;2;7;;;-32;1;2 320;6;10;;320;14;10;32;1;2;;;-33;0;0 330;2;6;;330;5;6;33;1;3;;;-34;0;1 340;8;3;;340;19;3;34;0;8;;;-35;0;0 350;1;6;;350;2;6;35;1;5;;;-36;0;0 360;5;7;;360;12;7;36;1;5;;;-37;0;0 370;1;5;;370;2;5;37;2;2;;;-38;0;0 380;3;5;;380;7;5;38;2;7;;;-39;0;0 390;5;5;;390;12;5;39;1;9;;;-40;0;0 400;2;4;;400;5;4;40;0;2;;;-41;0;2 reste;39;34;;;;;reste;395;606;;;-42;0;0 total;457;1001;;t30;118;353;total;457;1001;;;-43;0;0 diagr;416;961;;;;;diagr;60;389;;;-44;0;2 - t30;367;622;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;1;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;total;28;319 </pre> ====scc intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_négatifs_S-|scc intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320 comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;4;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;28 ;Sc-;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;15;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;319 </pre> ====scc autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires|scc autres intercalaires]] <pre> ;scc;autres intercalaires;;adresses1;;;scc;autres intercalaires;;adresses2;;;scc;autres intercalaires;;adresses3 ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;215073;1194;comp;;deb;°CDS;721419;67;comp;;deb;°CDS;1113338;247;comp ;&tRNA;216426;369;comp;;;&tRNA;723124;10;comp;;;&tRNA;1114176;247; fin;°CDS;216868;;comp;;;&tRNA;723206;104;comp;;fin;°CDS;1114496;;comp deb;°CDS;243358;812;;;fin;°CDS;723381;;comp;;deb;°CDS;1126672;173;comp ;$rRNA;244983;132;;;deb;°CDS;724974;236;comp;;;&tRNA;1127778;193; ;&tRNA;246652;79;;;;&tRNA;725462;124;comp;;fin;°CDS;1128044;;comp ;$rRNA;246805;72;;;fin;°CDS;725658;;comp;;deb;°CDS;1257969;140;comp ;$rRNA;249851;175;;;deb;°CDS;767509;350;comp;;;&tRNA;1258904;79; fin;°CDS;250138;;comp;;;$rRNA;768900;72;comp;;fin;°CDS;1259057;; deb;°CDS;300128;669;;;;$rRNA;769084;40;comp;;deb;°CDS;1273039;217;comp ;&tRNA;302468;452;;;;&tRNA;772098;137;comp;;;&tRNA;1274162;103; fin;°CDS;302992;;;;;$rRNA;772309;535;comp;;fin;°CDS;1274338;;comp deb;°CDS;316296;152;comp;;fin;°CDS;774381;;;;deb;°CDS;1301674;54; ;&tRNA;317369;176;;;deb;°CDS;783089;273;;;;repeat_region;1302007;4; fin;°CDS;317619;;;;;&tRNA;784901;43;comp;;fin;°CDS;1306496;; deb;°CDS;330207;16;;;;&tRNA;785016;223;comp;;deb;°CDS;1319568;73; ;&tRNA;331021;251;comp;;fin;°CDS;785312;;;;;repeat_region;1319986;84; fin;°CDS;331356;;;;deb;°CDS;877367;447;comp;;fin;°CDS;1322087;;comp deb;°CDS;345290;228;comp;;;$rRNA;879650;72;comp;;deb;°CDS;1363097;432;comp ;&tRNA;346445;182;comp;;;$rRNA;879834;40;comp;;;&tRNA;1364822;213; fin;°CDS;346700;;comp;;;&tRNA;882848;137;comp;;fin;°CDS;1365108;; deb;°CDS;422975;71;;;;$rRNA;883059;648;comp;;deb;°CDS;1478531;196;comp ;&tRNA;424435;252;comp;;fin;°CDS;885244;;;;;&tRNA;1479645;256; fin;°CDS;424759;;;;deb;°CDS;900855;73;;;fin;°CDS;1479975;;comp deb;°CDS;436852;237;;;;&tRNA;901564;214;comp;;deb;°CDS;1522454;86;comp ;&tRNA;438406;202;comp;;fin;°CDS;901852;;;;;&tRNA;1523230;34; fin;°CDS;438680;;;;deb;°CDS;928254;138;;;fin;°CDS;1523336;;comp deb;°CDS;481186;180;comp;;;&tRNA;930684;32;;;deb;°CDS;1540671;186;comp ;&tRNA;482665;82;;;;&tRNA;930788;38;;;;&tRNA;1541994;351;comp fin;°CDS;482820;;;;;&tRNA;930900;37;;;fin;°CDS;1542418;; deb;°CDS;530805;82;;;;&tRNA;931010;36;;;deb;°CDS;1691238;189; ;&tRNA;532396;310;;;;&tRNA;931128;423;;;;&tRNA;1692768;564; fin;°CDS;532778;;;;fin;°CDS;931623;;;;fin;°CDS;1693416;; deb;°CDS;568939;102;;;deb;°CDS;937885;171;;;deb;°CDS;1760709;185;comp ;&tRNA;569803;412;;;;&tRNA;939865;437;;;;&tRNA;1762091;316; fin;°CDS;570287;;;;fin;°CDS;940376;;;;fin;°CDS;1762481;;comp deb;°CDS;636017;52;;;deb;°CDS;974079;223;comp;;deb;°CDS;2034849;32;comp ;&tRNA;636444;334;;;;&tRNA;974692;153;comp;;;&tRNA;2035061;26;comp fin;°CDS;636852;;comp;;deb;°CDS;974929;112;comp;;deb;°CDS;2035161;64;comp deb;°CDS;640192;79;;;;&tRNA;975497;95;comp;;;&tRNA;2035402;246;comp ;tmRNA;640610;334;;;fin;°CDS;975665;;;;fin;°CDS;2035721;; fin;°CDS;641322;;comp;;deb;°CDS;1069506;81;;;deb;°CDS;2185380;84; deb;°CDS;711173;51;;;;&tRNA;1070004;78;comp;;;&tRNA;2186256;40; ;ncRNA;712064;10;comp;;fin;°CDS;1070166;;;;;&tRNA;2186381;25; fin;°CDS;712417;;comp;;deb;°CDS;1084097;24;;;;&tRNA;2186493;16; deb;°CDS;717326;66;;;;regulatory;1084535;39;;;;&tRNA;2186583;40; ;&tRNA;717839;230;;;fin;°CDS;1084670;;;;;&tRNA;2186710;13; fin;°CDS;718151;;;;;;;;;;;ncRNA;2186809;133; ;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;2187040;;comp </pre> ====scc intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_tRNA|scc intercalaires tRNA]] <pre> scc;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;1194;;369;;32;26;deb; ;;;669;;452;;52;79;<201;13 ;;comp’;152;;176;;64;82;total;18 ;;comp’;16;comp’;251;;66;104;taux;72% ;;;228;;182;;67;124;; ;;comp’;71;comp’;252;;82;153;fin; ;;comp’;237;comp’;202;;84;176;<201;8 ;;comp’;180;;82;;102;182;total;17 ;;;82;;310;;112;213;taux;47% ;;;102;;412;;138;230;; ;;;52;comp’;334;;171;310;total; ;;;66;;230;;186;369;<201;21 ;10;;67;;104;;189;412;total;35 ;;;236;;124;;223;423;taux;60% ;43;comp’;273;comp’;223;;228;437;; ;;comp’;73;comp’;214;;236;452;; ;32 38 37 36;;138;;423;;669;564;; ;;;171;;437;;1194;;comp’;cumuls ;;;223;;153;;16;34;deb; ;;;112;comp’;95;;71;78;<201;11 ;;comp’;81;comp’;78;;73;95;total;16 ;;comp’;247;comp’;247;;81;103;taux;69% ;;comp’;173;comp’;193;;86;193;; ;;comp’;140;;79;;140;202;fin; ;;comp’;217;comp’;103;;152;214;<201;5 ;;comp’;432;;213;;173;223;total;16 ;;comp’;196;comp’;256;;180;246;taux;31% ;;comp’;86;comp’;34;;185;247;; ;;;186;comp’;351;;196;251;total; ;;;189;;564;;217;252;<201;16 ;;comp’;185;comp’;316;;237;256;total;32 ;;;32;;26;;247;316;taux;50% ;;;64;comp’;246;;273;334;; ;40 25 16 40 13;;84;;;;432;351;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;24;13;37;;;;;;; total;34;33;67;;;;;;; taux;71%;39%;55%;;;;;;; </pre> ====scc par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_par_rapport_au_groupe_de_référence|scc par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;scc;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;11;6;;;;;17; 16;moyen;9;5;;;;3;17; 14;fort;10;3;;;;;13; ; ;30;14;0;0;0;3;47; 10;g+cga;5;6;;;;;11; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;;;;;;4; 5;autres;;;;;;;0; ;;11;6;0;0;0;0;17; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;234;128;;;;;362;26 16;moyen;191;106;;;;64;362;324 14;fort;213;64;;;;;277;650 ;;638;298;;;;64;47;729 10;g+cga;106;128;;;;;234;10 2;agg+cgg;43;;;;;;43; 4;carre ccc;85;;;;;;85;16 5;autres;;;;;;;; ;;234;128;;;;;362; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;250;136;;386;26;37;43; 16;moyen;205;114;;318;324;30;36; 14;fort;227;68;;295;650;33;21; ;;682;318;;44;729;30;14; 10;g+cga;114;136;;250;10;45;100; 2;agg+cgg;45;;;45;;18;; 4;carre ccc;91;;;91;16;36;; 5;autres;;;;;;;; ;;250;136;;386;;11;6; </pre> ===spirochetes, estimation des -rRNAs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#spirochetes,_estimation_des_-rRNAs|spirochetes, estimation des -rRNAs]] <pre> spirochetes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 13 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;13;21; ; ;;indices;;;;13;162;0;0;;spiro1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;44 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;9;acc;;aac;;agc;;;atc;69;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;;gca;12;gaa;;gga;;;gta;;gca;92;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;;;;;;;;;;162;;0;;0;162;;;;14;;14;;16;44 11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;73;2823;0;0;;indices;;;;73;2823;0;0;;spiro1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4400 atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100 atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100 ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt; gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100 tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100 gta;101;gca;22;gaa;82;gga;100;;gta;101;gca;114;gaa;82;gga;100;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100 ttg;100;tcg;41;tag;0;tgg;100;;ttg;100;tcg;41;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1398;;1326;;891;3615;;;;1560;;1326;;891;3777;;;;1400;;1400;;1600;4400 rapports;;90;;100;;100;96;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;spiro1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;37.31;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;485;;;0/0;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;100;;avec;22;;;10;27;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;10 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;13;;;20;2;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;1;;;;ttc;20;tcc;0;tac;0;tgc;0 atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;spiro1;44;;;40;1;;;;atc;100;acc;0;aac;0;agc;0 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;44;;;50;5;36;;;ctc;3;ccc;45;cac;0;cgt;100 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;3;;;60;6;;;;gtc;45;gcc;41;gac;7;ggc;3 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100 ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;0;aaa;0;aga;1 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par spiro;;;;90;0;;;;cta;0;cca;0;caa;0;cga;8 gta;100;gca;19;gaa;100;gga;100;;est 18% au dessus;;;;100;5;;;;gta;1;gca;100;gaa;18;gga;0 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;59;tag;;tgg;0 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;3;acg;42;aag;22;agg;34 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;48;ccg;58;cag;58;cgg;53 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;66;gcg;59;gag;60;ggg;79 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;56;;62;;732;850 </pre> ==archeo== ===mfi=== ====mfi opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_opérons|mfi opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_form/methForm-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_LN515531.1;mfi;;genome;;;;;;;; 41.2%GC;17.8.19 Paris;16s 2 ;47;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Methanobacterium formicicum DSM1535;;;;;;;;;;; ;157153..157563;;CDS;;36;36;;;137;; comp;157600..157683;;ctc;;246;246;;;;; ;157930..158232;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; comp;211693..213681;;CDS;;206;206;;;*663;; ;213888..213971;;tcg;;281;281;;;;; ;214253..215677;;CDS;;;;;;475;; ;;;;;;;;;;; comp;314088..314264;;CDS;;50;50;;;59;; comp;314315..314487;;caa;@1;-1;*-1;;;;; comp;314487..314654;;CDS;;;;;;56;; ;;;;;;;;;;; comp;317759..318211;;CDS;;198;198;;;151;; comp;318410..318494;;tcc;;177;177;;;;; comp;318672..319634;;CDS;;;;;;321;; ;;;;;;;;;;; comp;419250..419975;;CDS;;156;156;;;242;; comp;420132..420204;;aac;;29;29;;;;; comp;420234..420545;;CDS;;;;;;104;; ;;;;;;;;;;; comp;466570..467484;;CDS;;223;223;;;305;; comp;467708..467792;;agc;;186;186;;;;; comp;467979..468294;;ncRNA;@2;122;122;;;316;; ;468417..469397;;CDS;;;;;;327;; ;;;;;;;;;;; ;681116..681676;;CDS;;37;37;;;187;; comp;681714..681786;;gcg;;195;195;;;;; comp;681982..682488;;CDS;;;;;;169;; ;;;;;;;;;;; ;695936..696538;;CDS;;939;*939;;;201;; comp;697478..697600;;5s;;305;;;;123;; comp;697906..700772;;23s;;233;;;;2867;; comp;701006..701079;;gca;;87;;;;;; comp;701167..702646;;16s;;724;*724;;;1480;; ;703371..704336;;CDS;;;;;;322;; ;;;;;;;;;;; comp;746487..747290;;CDS;;155;155;;;268;; comp;747446..747518;;acc;;85;;*85;;;; comp;747604..747686;;tta;;303;303;;;;; ;747990..748163;;CDS;;;;;;58;; ;;;;;;;;;;; comp;800615..801820;;CDS;;43;43;;;402;; comp;801864..801935;;caa;;72;72;;;;; comp;802008..802697;;CDS;;;;;;230;; ;;;;;;;;;;; comp;963425..964432;;CDS;;273;273;;;336;; ;964706..964778;;aac;;5;;5;;;; ;964784..964857;;atgi;;58;;58;;;; ;964916..964990;;gaa;;53;;53;;;; ;965044..965127;;cta;;29;;29;;;; ;965157..965232;;cac;;146;146;;;;; ;965379..965717;;CDS;;;;;;113;; ;;;;;;;;;;; comp;974621..974842;;CDS;;564;*564;;;74;; ;975407..975480;;aag;;90;;*90;;;; ;975571..975653;;ttg;;504;;*504;;;; ;976158..976231;;aaa;;148;148;;;;; comp;976380..976679;;CDS;;;;;;100;; ;;;;;;;;;;; comp;1006329..1008095;;CDS;;397;397;;;*589;; ;1008493..1008614;;5s;@3;748;;;;122;; ;1009363..1009485;;5s;;286;;;;123;; ;1009772..1012638;;23s;;233;;;;2867;; ;1012872..1012945;;gca;;72;;;;;; ;1013018..1014497;;16s;;454;*454;;;1480;; ;1014952..1016097;;CDS;;;;;;382;; ;;;;;;;;;;; comp;1088211..1088831;;CDS;;53;53;;;207;; comp;1088885..1089038;;tgg;@1;40;;40;;;; comp;1089079..1089150;;tgc;;212;212;;;;; comp;1089363..1089746;;CDS;;;;;;128;; ;;;;;;;;;;; ;1143658..1144137;;CDS;;166;166;;;160;; comp;1144304..1144610;;ncRNA;@2;14;14;;;307;; comp;1144625..1144699;;atgf;;139;139;;;;; comp;1144839..1145162;;CDS;;;;;;108;; ;;;;;;;;;;; ;1153368..1154087;;CDS;;56;56;;;240;; ;1154144..1154217;;aga;;62;;62;;;; ;1154280..1154354;;agg;;552;*552;;;;; comp;1154907..1156157;;CDS;;;;;;417;; ;;;;;;;;;;; ;1247204..1247659;;CDS;;4;4;;;152;; comp;1247664..1247739;;cga;;133;133;;;;; comp;1247873..1248481;;CDS;;;;;;203;; ;;;;;;;;;;; comp;1320721..1321641;;CDS;;183;183;;;307;; ;1321825..1321896;;gta;;99;;*99;;;; ;1321996..1322067;;gtg;;228;228;;;;; comp;1322296..1323084;;CDS;;;;;;263;; ;;;;;;;;;;; comp;1403886..1409507;;CDS;;351;351;;;*1874;; comp;1409859..1409930;;cgc;;222;222;;;;; comp;1410153..1410620;;CDS;;;;;;156;; ;;;;;;;;;;; ;1532795..1533088;;CDS;;127;127;;;98;; comp;1533216..1533325;;atgj;@1;246;246;;;;; ;1533572..1534402;;CDS;;;;;;277;; ;;;;;;;;;;; ;1541929..1542321;;CDS;;127;127;;;131;; ;1542449..1542522;;ggg;;1;*1;;;;; comp;1542524..1543528;;CDS;;;;;;335;; ;;;;;;;;;;; ;1602054..1603277;;CDS;;257;257;;;408;; ;1603535..1603608;;aca;;76;;76;;;; ;1603685..1603759;;cca;;44;;44;;;; ;1603804..1603877;;tac;;170;;*170;;;; ;1604048..1604119;;gac;;7;;7;;;; ;1604127..1604200;;aaa;;24;24;;;;; ;1604225..1604461;;CDS;;;;;;79;; ;;;;;;;;;;; ;1617553..1617861;;CDS;;187;187;;;103;; ;1618049..1618133;;tca;;252;252;;;;; ;1618386..1619444;;CDS;;;;;;353;; ;;;;;;;;;;; comp;1692202..1692552;;CDS;;271;271;;;117;; comp;1692824..1692895;;cag;;156;156;;;;; comp;1693052..1693972;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; ;1887796..1888038;;CDS;;136;136;;;81;; ;1888175..1888257;;ctg;;193;193;;;;; ;1888451..1891267;;CDS;;;;;;*939;; ;;;;;;;;;;; ;2057488..2057883;;CDS;;230;230;;;132;; ;2058114..2058184;;tgc;;143;143;;;;; ;2058328..2059713;;CDS;;;;;;462;; ;;;;;;;;;;; ;2128536..2129312;;CDS;;123;123;;;259;; ;2129436..2129509;;acg;;362;362;;;;; comp;2129872..2130963;;CDS;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; comp;2204492..2204932;;CDS;;178;178;;;147;; ;2205111..2205182;;gtc;;4;;4;;;; ;2205187..2205259;;ttc;;283;283;;;;; comp;2205543..2205875;;CDS;;;;;;111;; ;;;;;;;;;;; ;2317208..2317498;;CDS;;271;271;;;97;; ;2317770..2317842;;atc;;460;*460;;;;; ;2318303..2318863;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; comp;2414821..2415903;;CDS;;491;*491;;;361;; ;2416395..2416468;;gcc;;303;303;;;;; comp;2416772..2417797;;CDS;;;;;;342;; ;;;;;;;;;;; comp;2432399..2432848;;CDS;;537;*537;;;150;; ;2433386..2433459;;ggc;;2;;2;;;; ;2433462..2433535;;gga;;326;326;;;;; comp;2433862..2434263;;CDS;;;;;;134;; </pre> ====mfi cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_cumuls|mfi cumuls]] <pre> mfi cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;-;1;2;1;;100;9;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;4;;50;8;20;;200;21;60;3 ;16 gca 235;2;40;2;;100;3;40;;300;10;90;3 ;16 23 5s a;0;60;3;;150;10;60;;400;12;120;10 ;max a;1;80;2;;200;12;80;;500;5;150;7 ;a doubles;0;100;3;;250;8;100;;600;1;180;5 ;autres;2;120;0;;300;7;120;;700;1;210;5 ;total aas;2;140;0;;350;3;140;;800;0;240;2 sans ;opérons;29;160;0;;400;3;160;;900;0;270;4 ;1 aa;20;180;1;;450;0;180;;1000;1;300;1 ;max a;5;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;6 ;a doubles;0;;1;;;5;;;;1;;15 ;total aas;45;;16;0;;64;;0;;61;;61 total aas;;47;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;83;;;224;;;;266;; ;;;variance;121;;;176;;;;265;; sans jaune;;;moyenne;35;;;178;;;;213;;171 ;;;variance;27;;;96;;;;115;;81 </pre> ====mfi blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_blocs|mfi blocs]] <pre> mfi blocs;; CDS;939;201 5s;305;123 23s;233;2867 gca;87; 16s;724;1480 CDS;;322 ;; CDS;397;589 5s;748;122 5s;286;123 23s;233;2867 gca;72; 16s;454;1480 CDS;;382 </pre> ====mfi remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_remarques|mfi remarques]] <pre> mfi;;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;1;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;1;caa;2;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;;cag;1;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ====mfi distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_distribution|mfi distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;;;;;; atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;;;;;; ctc;1;ccc;;cac;;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;;;;;;; gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;;;;;; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1;;ata;;;;;;; cta;;cca;;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;;;;;; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;; ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;;;;;; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;;;;;; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mfi;;20;;;;;;;mfi;25;;;;;2;47;;mfi;0;;;;;; </pre> ====mfi données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_données_intercalaires|mfi données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mfi;fx;fc;mfi;fx40;fc40;mfi;x-;c-;c;x;c;x;aa ;1;0;0;29;0;0;29;-1;;22;281;36;16s tRNA;; 2;0;10;12;146;1;0;20;-2;;0;50;246;87;;gca ;0;20;6;108;2;1;25;-3;;0;-1;206;72;;gca ;2;30;18;58;3;0;14;-4;1;70;198;37;tRNA 23s;; 2;0;40;14;56;4;1;20;-5;;0;177;303;2* 233;;gca ;2;50;11;53;5;1;14;-6;1;0;156;273;tRNA tRNA;; ;2;60;15;58;6;2;7;-7;;0;29;564;85;;acc ;0;70;17;61;7;0;8;-8;1;27;223;148;**;;tta ;1;80;14;57;8;1;10;-9;;0;195;552;5;;aac ;0;90;21;61;9;4;14;-10;;3;155;4;58;;atgi ;0;100;16;67;10;2;14;-11;;11;43;183;53;;gaa ;0;110;10;46;11;0;17;-12;;0;72;228;29;;cta ;0;120;23;51;12;1;12;-13;;4;146;127;**;;cac 1;2;130;22;52;13;0;18;-14;;3;53;246;90;;aag ;3;140;21;40;14;0;16;-15;;0;212;1;504;;ttg 1;2;150;23;47;15;0;3;-16;;1;139;362;**;;aaa ;3;160;21;39;16;0;10;-17;;3;56;178;40;;tgg ;0;170;15;28;17;1;8;-18;;0;133;283;**;;tgc 1;1;180;17;27;18;2;12;-19;;1;351;491;62;;aga 1;1;190;20;34;19;2;5;-20;;1;222;303;**;;agg ;3;200;16;27;20;0;7;-21;;0;127;537;99;;gta 1;0;210;13;28;21;2;6;-22;;0;257;326;**;;gtg ;1;220;17;21;22;3;4;-23;;2;24;;76;;aca 1;3;230;11;30;23;2;8;-24;;0;187;;44;;cca ;0;240;14;24;24;0;12;-25;;0;252;;170;;tac 2;0;250;9;22;25;1;6;-26;;0;271;;7;;gac ;2;260;7;17;26;2;0;-27;;0;156;;**;;aaa ;0;270;17;18;27;2;9;-28;;0;136;;4;;gtc 1;2;280;10;16;28;2;5;-29;;1;193;;**;;ttc 1;1;290;5;12;29;3;4;-30;;0;230;;2;;ggc ;0;300;5;14;30;1;4;-31;;0;143;;**;;gga 2;0;310;13;14;31;1;6;-32;;2;123;;;; ;0;320;12;14;32;5;5;-33;;0;271;;;; 1;0;330;11;17;33;2;10;-34;;1;460;;;; ;0;340;8;6;34;1;5;-35;;2;CDS 16s;;;; ;0;350;7;8;35;2;5;-36;;0;454;724;;; ;1;360;7;10;36;0;3;-37;;0;23s 5s;;;; 1;0;370;9;7;37;0;5;-38;;1;305;;;; ;0;380;6;11;38;0;7;-39;;0;286;;;; ;0;390;9;8;39;0;8;-40;;0;5s 5s;;;; ;0;400;5;10;40;3;2;-41;;0;748;;;; 4;1;reste;99;93;reste;576;1148;-42;;0;5s CDS;;;; 22;34;total;626;1545;total;626;1545;-43;;1;;939;;; 18;32;diagr;527;1423;diagr;50;368;-44;;2;;397;;; 2;2; t30;36;312;;;;-45;;0;;;;; ;;;;;;;;-46;;2;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;; ;x;626;5;0;631;;;-49;;0;;;;; ;c;1516;167;29;1712;;;-50;;0;;;;; ;;;;;2343;87;;reste;2;7;;;;; ;;;;;;2430;;total;5;167;;;;; </pre> =====mfi autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_autres_intercalaires_aas|mfi autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;mfi;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;157153;157563;36;*; ;comp;tRNA;157600;157683;246;*;ctc fin;;CDS;157930;158232;;0; deb;comp;CDS;211693;213681;206;*; ;;tRNA;213888;213971;281;*;tcg fin;;CDS;214253;215677;;0; deb;comp;CDS;314088;314264;50;*; ;comp;tRNA;314315;314487;-1;*;caa fin;comp;CDS;314487;314654;;; deb;comp;CDS;317759;318211;198;*; ;comp;tRNA;318410;318494;177;*;tcc fin;comp;CDS;318672;319634;;; deb;comp;CDS;419250;419975;156;*; ;comp;tRNA;420132;420204;29;*;aac fin;comp;CDS;420234;420545;;; deb;comp;CDS;466570;467484;223;*; ;comp;tRNA;467708;467792;186;*;agc ;comp;ncRNA;467979;468294;122;*; fin;;CDS;468417;469397;;; deb;;CDS;681116;681676;37;*; ;comp;tRNA;681714;681786;195;*;gcg fin;comp;CDS;681982;682488;;0; deb;;CDS;695936;696538;939;*; ;comp;rRNA;697478;697600;305;*;123 ;comp;rRNA;697906;700772;233;*;2867 ;comp;tRNA;701006;701079;87;*;gca ;comp;rRNA;701167;702646;724;*;1480 fin;;CDS;703371;704336;;0; deb;comp;CDS;746487;747290;155;*; ;comp;tRNA;747446;747518;85;*;acc ;comp;tRNA;747604;747686;303;*;tta fin;;CDS;747990;748163;;; deb;comp;CDS;800615;801820;43;*; ;comp;tRNA;801864;801935;72;*;caa fin;comp;CDS;802008;802697;;; deb;comp;CDS;963425;964432;273;*; ;;tRNA;964706;964778;5;*;aac ;;tRNA;964784;964857;58;*;atgi ;;tRNA;964916;964990;53;*;gaa ;;tRNA;965044;965127;29;*;cta ;;tRNA;965157;965232;146;*;cac fin;;CDS;965379;965717;;; deb;comp;CDS;974621;974842;564;*; ;;tRNA;975407;975480;90;*;aag ;;tRNA;975571;975653;504;*;ttg ;;tRNA;976158;976231;148;*;aaa fin;comp;CDS;976380;976679;;0; deb;;CDS;1006329;1008095;397;*; ;comp;rRNA;1008493;1008614;748;*;122 ;comp;rRNA;1009363;1009485;286;*;123 ;comp;rRNA;1009772;1012638;233;*;2867 ;comp;tRNA;1012872;1012945;72;*;gca ;comp;rRNA;1013018;1014497;454;*;1480 fin;comp;CDS;1014952;1016097;;; deb;comp;CDS;1088211;1088831;53;*; ;comp;tRNA;1088885;1089038;40;*;tgg ;comp;tRNA;1089079;1089150;212;*;tgc fin;comp;CDS;1089363;1089746;;0; deb;;CDS;1143658;1144137;166;*; ;comp;ncRNA;1144304;1144610;14;*; ;comp;tRNA;1144625;1144699;139;*;atgf fin;comp;CDS;1144839;1145162;;; deb;;CDS;1153368;1154087;56;*; ;;tRNA;1154144;1154217;62;*;aga ;;tRNA;1154280;1154354;552;*;agg fin;comp;CDS;1154907;1156157;;; deb;;CDS;1247204;1247659;4;*; ;comp;tRNA;1247664;1247739;133;*;cga fin;comp;CDS;1247873;1248481;;; deb;comp;CDS;1320721;1321641;183;*; ;;tRNA;1321825;1321896;99;*;gta ;;tRNA;1321996;1322067;228;*;gtg fin;comp;CDS;1322296;1323084;;0; deb;comp;CDS;1403886;1409507;351;*; ;comp;tRNA;1409859;1409930;222;*;cgc fin;comp;CDS;1410153;1410620;;; deb;;CDS;1532795;1533088;127;*; ;comp;tRNA;1533216;1533325;246;*;atgj fin;;CDS;1533572;1534402;;0; deb;;CDS;1541929;1542321;127;*; ;;tRNA;1542449;1542522;1;*;ggg fin;comp;CDS;1542524;1543528;;; deb;;CDS;1602054;1603277;257;*; ;;tRNA;1603535;1603608;76;*;aca ;;tRNA;1603685;1603759;44;*;cca ;;tRNA;1603804;1603877;170;*;tac ;;tRNA;1604048;1604119;7;*;gac ;;tRNA;1604127;1604200;24;*;aaa fin;;CDS;1604225;1604461;;; deb;;CDS;1617553;1617861;187;*; ;;tRNA;1618049;1618133;252;*;tca fin;;CDS;1618386;1619444;;0; deb;comp;CDS;1692202;1692552;271;*; ;comp;tRNA;1692824;1692895;156;*;cag fin;comp;CDS;1693052;1693972;;; deb;;CDS;1887796;1888038;136;*; ;;tRNA;1888175;1888257;193;*;ctg fin;;CDS;1888451;1891267;;; deb;;CDS;2057488;2057883;230;*; ;;tRNA;2058114;2058184;143;*;tgc fin;;CDS;2058328;2059713;;; deb;;CDS;2128536;2129312;123;*; ;;tRNA;2129436;2129509;362;*;acg fin;comp;CDS;2129872;2130963;;; deb;comp;CDS;2204492;2204932;178;*; ;;tRNA;2205111;2205182;4;*;gtc ;;tRNA;2205187;2205259;283;*;ttc fin;comp;CDS;2205543;2205875;;; deb;;CDS;2317208;2317498;271;*; ;;tRNA;2317770;2317842;460;*;atc fin;;CDS;2318303;2318863;;0; deb;comp;CDS;2414821;2415903;491;*; ;;tRNA;2416395;2416468;303;*;gcc fin;comp;CDS;2416772;2417797;;; deb;comp;CDS;2432399;2432848;537;*; ;;tRNA;2433386;2433459;2;*;ggc ;;tRNA;2433462;2433535;326;*;gga fin;comp;CDS;2433862;2434263;;0; </pre> ===mja=== ====mja opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_opérons|mja opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_jann_DSM_2661/methJann1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000909.1;mja;;genome;;;;;;;; 31.3%GC;17.8.19 Paris;16s 2 ;37;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661;;;;;;;;;;; comp;96499..97053;;CDS;;372;372;;;185;; comp;97426..97537;;atgj;@1;91;;*91;;;; ;97629..97716;;ctc;;241;241;;;;; ;97958..99259;;CDS;;;;;;434;; ;;;;;;;;;;; comp;110328..111545;;CDS;;222;222;;;406;; ;111768..111852;;tga ;;21;21;;;;; ;111874..112785;;CDS;;;;;;304;; ;;;;;;;;;;; ;137244..138245;;CDS;;98;98;;;334;; comp;138344..138419;;gtg;;59;59;;;;; comp;138479..138781;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; ;153070..154479;;CDS;;182;182;;;470;; comp;154662..157639;;23s;;207;;;;2978;; comp;157847..157919;;gca;;64;;;;;; comp;157984..159463;;16s;;340;340;;;1480;; ;159804..160085;;CDS;;;;;;94;; ;;;;;;;;;;; comp;185874..186671;;CDS;;306;306;;;266;; ;186978..187066;;tcc;;71;71;;;;; ;187138..187590;;CDS;;;;;;151;; ;;;;;;;;;;; ;190579..190800;;CDS;;31;31;;;74;; ;190832..190908;;ccc;;32;32;;;;; ;190941..191114;;CDS;;;;;;58;; ;;;;;;;;;;; comp;214560..215060;;CDS;;149;149;;;167;; ;215210..215297;;tta;;154;154;;;;; ;215452..216240;;CDS;;;;;;263;; ;;;;;;;;;;; ;226386..227639;;CDS;;64;64;;;418;; comp;227704..227780;;gcc;;239;239;;;;; ;228020..229720;;CDS;;;;;;*567;; ;;;;;;;;;;; ;303613..303927;;CDS;;64;64;;;105;; ;303992..304081;;tca;;230;230;;;;; comp;304312..304752;;CDS;;;;;;147;; ;;;;;;;;;;; comp;357984..358547;;CDS;;220;220;;;188;; ;358768..358845;;aga;;23;;23;;;; ;358869..358943;;gaa;;164;164;;;;; ;359108..359923;;CDS;;;;;;272;; ;;;;;;;;;;; ;359108..359923;;CDS;;48;48;;;272;; comp;359972..360047;;atgf;;103;103;;;;; comp;360151..361485;;CDS;;;;;;445;; ;;;;;;;;;;; ;401945..402796;;CDS;;171;171;;;284;; comp;402968..403044;;gtc;;229;229;;;;; ;403274..403834;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; comp;618311..618757;;CDS;;402;*402;;;149;; comp;619160..619234;;tgc;;63;63;;;;; comp;619298..619915;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; ;636394..637449;;CDS;;133;133;;;352;; ;637583..637659;;ttc;;7;;;7;;; ;637667..637742;;aac;;29;;;29;;; ;637772..637849;;atgi;;18;;;18;;; ;637868..637942;;gaa;;39;;;39;;; ;637982..638069;;cta;;11;;;11;;; ;638081..638152;;cac;;295;;;;;; ;638448..639930;;16s;;64;;;;1483;; ;639995..640067;;gca;;207;;;;;; ;640275..643254;;23s;;78;;;;2980;; ;643333..643447;;5s;;56;;;;115;; ;643504..643761;;ncRNA;@2;232;232;;;258;; ;643994..644962;;CDS;;;;;;323;; ;;;;;;;;;;; ;762859..763608;;CDS;;157;157;;;250;; comp;763766..763842;;acc;;178;;*178;;;; ;764021..764096;;caa;;50;50;;;;; ;764147..764818;;CDS;;;;;;224;; ;;;;;;;;;;; ;862207..862410;;CDS;;179;179;;;68;; ;862590..862661;;cga;;41;41;;;;; ;862703..863392;;CDS;;86;86;;;230;; ;863479..863555;;aca;;14;;;14;;; ;863570..863647;;cca;;8;;;8;;; ;863656..863732;;tac;;83;;;83;;; ;863816..863889;;aaa;;13;;;;;; ;863903..864017;;5s;@3;46;;;;115;; ;864064..864141;;gac;;80;80;;;;; ;864222..864842;;CDS;;;;;;207;; ;;;;;;;;;;; ;871492..873447;;CDS;;238;238;;;*652;; comp;873686..873763;;atc;;102;102;;;;; comp;873866..875110;;CDS;;;;;;415;; ;;;;;;;;;;; comp;882566..883615;;CDS;;65;65;;;350;; ;883681..883754;;gta;;123;123;;;;; comp;883878..884297;;CDS;;;;;;140;; ;;;;;;;;;;; comp;1037197..1038504;;CDS;;39;39;;;436;; comp;1038544..1038620;;cgc;@4;1;*1;;;;; comp;1038622..1039386;;CDS;;;;;;255;; ;;;;;;;;;;; comp;1148669..1149934;;CDS;;210;210;;;422;; ;1150145..1150220;;ggc;;34;;34;;;; ;1150255..1150330;;gga;;243;243;;;;; ;1150574..1151254;;CDS;;;;;;227;; ;;;;;;;;;;; comp;1188906..1189772;;CDS;;172;172;;;289;; ;1189945..1190055;;tgg;@1;95;95;;;;; ;1190151..1190684;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; comp;1312335..1312781;;CDS;;383;383;;;149;; ;1313165..1313249;;agc;;177;177;;;;; ;1313427..1314617;;CDS;;;;;;397;; </pre> ====mja cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_cumuls|mja cumuls]] <pre> mja cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;1;1;;100;4;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;0;5;50;7;20;;200;12;60;1 ;16 atc gca;0;40;2;2;100;10;40;;300;13;90;2 ;16 23 5s a;0;60;0;0;150;5;60;;400;6;120;3 ;max a;7;80;0;0;200;8;80;;500;8;150;4 ;a doubles;0;100;1;1;250;10;100;;600;1;180;3 ;autres;2;120;0;0;300;0;120;;700;1;210;5 ;total aas;13;140;0;0;350;2;140;;800;0;240;3 sans ;opérons;20;160;0;0;400;2;160;;900;0;270;4 ;1 aa;16;180;1;0;450;1;180;;1000;0;300;4 ;max a;2;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2 ;a doubles;0;;0;0;;0;;;;0;;14 ;total aas;24;;4;8;;46;;0;;45;;45 total aas;;37;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;82;26;;154;;;;269;; ;;;variance;71;25;;102;;;;137;; sans jaune;;;moyenne;29;18;;152;;;;253;;194 ;;;variance;8;12;;95;;;;117;;74 </pre> ====mja blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_blocs|mja blocs]] <pre> mja blocs;; CDS;182; 23s;207;2978 gca;64; 16s;340;1480 CDS;; ;; cac;295; 16s;64;1483 gca;207; 23s;78;2980 5s;56;115 ncRNA;232;258 CDS;; ;; aaa;13; 5s;46;115 gac;80; CDS;; </pre> ====mja remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_remarques|mja remarques]] <pre> mja;;;;;;;37 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====mja distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_distribution|mja distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;;;;;; atc;1;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;;;;;; ctc;;ccc;1;cac;;cgc;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;;;;;; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;;;;;; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;;;;;; cta;;cca;;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;;;;;; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;; ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;;;;;; atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;;;;;; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;; gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mja;;16;;;;;;;mja;8;;;;;;;;mja;0;;;;;; </pre> ====mja données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_données_intercalaires|mja données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mja;fx;fc;mja;fx40;fc40;mja;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;10;11;0;10;11;-1;0;25;372;250;tRNA 16s;; ;1;10;49;179;1;12;18;-2;0;0;241;98;295;;cac ;1;20;31;154;2;12;28;-3;0;0;19;306;16s tRNA;; ;0;30;17;91;3;3;6;-4;26;51;59;149;2* 64;;gca ;3;40;16;50;4;6;32;-5;0;2;71;64;tRNA 23s;; 1;2;50;11;50;5;0;11;-6;4;0;31;239;2* 207;;gca ;1;60;10;45;6;5;4;-7;2;1;32;230;5s tRNA;; 2;2;70;14;44;7;2;5;-8;2;12;154;220;80;;gac ;2;80;14;34;8;5;15;-9;3;0;64;48;tRNA 5s;; ;1;90;28;43;9;3;32;-10;0;1;164;171;13;;aaa 1;1;100;19;36;10;1;28;-11;2;10;103;229;tRNA tRNA;;contig ;2;110;10;28;11;7;16;-12;3;0;402;157;7;;ttc ;0;120;16;30;12;4;22;-13;0;4;63;238;29;;aac 1;0;130;14;28;13;3;17;-14;1;9;133;65;18;;atgi ;1;140;19;32;14;5;13;-15;3;0;50;123;39;;gaa 1;0;150;7;27;15;2;13;-16;0;2;179;210;11;;cta 1;1;160;13;18;16;1;14;-17;0;5;41;172;**;;cac ;1;170;9;12;17;2;10;-18;2;0;86;383;14;;aca 2;2;180;14;14;18;2;17;-19;0;2;80;;8;;cca ;0;190;13;11;19;3;18;-20;0;6;102;;83;;tac ;0;200;10;15;20;2;14;-21;1;0;39;;**;;aaa 1;0;210;5;10;21;4;16;-22;0;0;1;;tRNA tRNA;; 1;0;220;11;11;22;4;11;-23;1;6;243;;91;;atgj 2;0;230;7;10;23;1;9;-24;1;0;95;;**;;ctc 2;0;240;3;9;24;3;11;-25;1;3;177;;23;;aga 1;2;250;3;9;25;2;12;-26;0;1;5s 16s;;**;;gaa ;0;260;0;7;26;1;9;-27;0;0;-;340;178;;acc ;0;270;6;7;27;2;6;-28;0;1;CDS 23s;;**;;caa ;0;280;2;7;28;0;3;-29;1;3;-;182;34;;ggc ;0;290;4;10;29;0;6;-30;0;0;23s 5s;;**;;gga ;0;300;3;1;30;0;8;-31;0;0;78;;;; 1;0;310;2;3;31;3;4;-32;0;3;;;;; ;0;320;6;6;32;2;4;-33;0;0;;;;; ;0;330;1;2;33;1;11;-34;0;2;;;;; ;0;340;3;3;34;2;11;-35;0;1;;;;; ;0;350;2;1;35;0;1;-36;0;0;;;;; ;0;360;3;3;36;1;4;-37;0;0;;;;; ;0;370;3;3;37;1;3;-38;0;3;;;;; ;1;380;3;2;38;1;5;-39;1;0;;;;; 1;0;390;3;0;39;4;7;-40;0;0;;;;; ;0;400;3;1;40;1;0;-41;0;2;;;;; ;1;reste;24;12;reste;318;584;-42;0;0;;;;; 18;25;total;441;1069;total;441;1069;-43;0;0;;;;; 18;24;diagr;407;1046;diagr;113;474;-44;0;1;;;;; 0;2; t30;97;424;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;; ;x;431;56;10;497;;;-49;0;1;;;;; ;c;1058;163;11;1232;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1729;99;;reste;1;6;;;;; ;;;;;;1828;;total;56;163;;;;; </pre> =====mja autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires_aas|mja autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *'''Attention''': Correction erreur fin de génome <pre> autres intercalaires;;mja;;;;; deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;;rpr;378;2126;89;*; fin;comp;CDS;2216;3343;;; deb;comp;CDS;96499;97053;372;*; ;comp;tRNA;97426;97537;91;*;atgj ;;tRNA;97629;97716;241;*;ctc fin;;CDS;97958;99259;;; deb;comp;CDS;110328;111515;250;*; ;;tRNA;111766;111854;19;*;tga fin;;CDS;111874;112785;;1; deb;;CDS;131467;132552;369;*; ;;rpr;132922;133999;114;*; fin;comp;CDS;134114;134959;;; deb;;CDS;137244;138245;98;*; ;comp;tRNA;138344;138419;59;*;gtg fin;comp;CDS;138479;138781;;0; deb;;CDS;153070;154479;182;*; ;comp;rRNA;154662;157639;207;*;23s ;comp;tRNA;157847;157919;64;*;gca ;comp;rRNA;157984;159463;340;*;16s fin;;CDS;159804;160085;;; deb;comp;CDS;185874;186671;306;*; ;;tRNA;186978;187066;71;*;tcc fin;;CDS;187138;187590;;; deb;;CDS;190579;190800;31;*; ;;tRNA;190832;190908;32;*;ccc fin;;CDS;190941;191114;;; deb;comp;CDS;214560;215060;149;*; ;;tRNA;215210;215297;154;*;tta fin;;CDS;215452;216240;;; deb;;CDS;226386;227639;64;*; ;comp;tRNA;227704;227780;239;*;gcc fin;;CDS;228020;229720;;; deb;;CDS;235984;236169;394;*; ;;rpr;236564;238184;97;*; fin;comp;CDS;238282;238725;;0; deb;;CDS;303622;303927;64;*; ;;tRNA;303992;304081;230;*;tca fin;comp;CDS;304312;304752;;; deb;comp;CDS;351301;351564;129;*; ;;rpr;351694;352468;374;*; fin;comp;CDS;352843;353142;;; deb;comp;CDS;357984;358547;220;*; ;;tRNA;358768;358845;23;*;aga ;;tRNA;358869;358943;164;*;gaa deb;;CDS;359108;359923;48;*; ;comp;tRNA;359972;360047;103;*;atgf fin;comp;CDS;360151;361485;;0; deb;;CDS;401945;402796;171;*; ;comp;tRNA;402968;403044;229;*;gtc fin;;CDS;403274;403834;;; deb;;CDS;427091;428104;467;*; ;;rpr;428572;429636;39;*; fin;comp;CDS;429676;430632;;0; deb;comp;CDS;498208;500886;604;*; ;;rpr;501491;501989;52;*; fin;comp;CDS;502042;502485;;; deb;comp;CDS;506108;506779;484;*; ;;rpr;507264;508115;282;*; fin;;CDS;508398;509819;;; deb;comp;CDS;551189;552289;251;*; ;;ncRNA;552541;552856;28;*; fin;;CDS;552885;553364;;; deb;comp;CDS;618311;618757;402;*; ;comp;tRNA;619160;619234;63;*;tgc fin;comp;CDS;619298;619915;;0; deb;;CDS;636394;637449;133;*; ;;tRNA;637583;637659;7;*;ttc ;;tRNA;637667;637742;29;*;aac ;;tRNA;637772;637849;18;*;atgi ;;tRNA;637868;637942;39;*;gaa ;;tRNA;637982;638069;11;*;cta ;;tRNA;638081;638152;295;*;cac ;;rRNA;638448;639930;64;*;16s ;;tRNA;639995;640067;207;*;gca ;;rRNA;640275;643254;78;*;23s ;;rRNA;643333;643447;56;*;5s ;;ncRNA;643504;643761;232;*; fin;;CDS;643994;644962;;1; deb;;CDS;762859;763608;157;*; ;comp;tRNA;763766;763842;178;*;acc ;;tRNA;764021;764096;50;*;caa fin;;CDS;764147;764818;;0; deb;comp;CDS;857400;857993;118;*; ;;rpr;858112;858343;532;*; fin;;CDS;858876;860228;;; deb;;CDS;862207;862410;179;*; ;;tRNA;862590;862661;41;*;cga deb;;CDS;862703;863392;86;*; ;;tRNA;863479;863555;14;*;aca ;;tRNA;863570;863647;8;*;cca ;;tRNA;863656;863732;83;*;tac ;;tRNA;863816;863889;13;*;aaa ;;rRNA;863903;864017;46;*;5s ;;tRNA;864064;864141;80;*;gac fin;;CDS;864222;864842;;; deb;;CDS;871492;873447;238;*; ;comp;tRNA;873686;873763;102;*;atc fin;comp;CDS;873866;875110;;0; deb;comp;CDS;882566;883615;65;*; ;;tRNA;883681;883754;123;*;gta fin;comp;CDS;883878;884297;;0; deb;comp;CDS;1033083;1034345;474;*; ;;rpr;1034820;1035754;93;*; fin;comp;CDS;1035848;1036873;;; deb;comp;CDS;1037197;1038504;39;*; ;comp;tRNA;1038544;1038620;1;*;cgc fin;comp;CDS;1038622;1039386;;; deb;comp;CDS;1047158;1048804;568;*; ;;rpr;1049373;1050302;181;*; fin;;CDS;1050484;1051014;;0; deb;comp;CDS;1148669;1149934;210;*; ;;tRNA;1150145;1150220;34;*;ggc ;;tRNA;1150255;1150330;243;*;gga fin;;CDS;1150574;1151254;;; deb;comp;CDS;1188906;1189772;172;*; ;;tRNA;1189945;1190055;95;*;tgg fin;;CDS;1190151;1190684;;0; deb;;CDS;1218598;1219764;79;*; ;;rpr;1219844;1220165;479;*; fin;comp;CDS;1220645;1222306;;; deb;;CDS;1266436;1266561;484;*; ;;rpr;1267046;1267714;79;*; fin;comp;CDS;1267794;1268189;;; deb;comp;CDS;1312335;1312781;383;*; ;;tRNA;1313165;1313249;177;*;agc fin;;CDS;1313427;1314617;;; deb;;CDS;1455222;1456646;68;*; ;;rpr;1456715;1457335;384;*; fin;comp;CDS;1457720;1458889;;0; deb;;CDS;1568600;1569889;484;*; ;;rpr;1570374;1570895;121;*; fin;comp;CDS;1571017;1572063;;; deb;;CDS;1574035;1575045;473;*; ;;rpr;1575519;1576383;223;*; fin;;CDS;1576607;1577287;;0; deb;comp;CDS;1664008;1664862;377;*; </pre> ====mja intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_entre_cds|mja intercalaires entre cds]] *'''Les intercalaires négatifs:''' <pre> mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;0;0;0;25;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;53 continu;25;0;0;52;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;1;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;7;166 </pre> *'''Le Tableau''' <pre> mja;4.2.21 Paris;;mja 9.4.20;;;;;;; ;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquence5 ;'''négatif;219;12.7;'''négatif ;-13;14;-1 à -83;'''1 664 970;-1;219 ;'''zéro;21;1.2;;;;;'''intercals;0;21 ;'''1 à 200;1275;73.7;'''0 à 200;64;56;;'''151 580;5;128 ;'''201 à 370;166;9.6;'''201 à 370;265;47;;'''9.1%;10;100 ;'''371 à 600;36;2.1;'''371 à 600;438;51;;;15;102 ;'''601 à max;12;0.7;'''601 à 1028;675;39;;;20;83 ;'''total 1729;<201;88;'''total 1727;85;109;-83 à 724;;25;73 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;35 470326;1019;-1;219;-70;3;;0;21;35;39 47370;859;0;21;-60;3;;-1;°25;40;27 451281;848;1;30;-50;1;;-2;0;45;36 449897;724;2;°40;-40;5;;-3;0;50;25 291222;711;3;9;-30;10;'''min à -1;-4;°77;55;18 623421;694;4;°38;-20;25;219;-5;2;60;37 1432395;694;5;11;-10;44;12.7%;-6;4;65;22 694012;687;6;9;0;149;;-7;3;70;36 1461617;685;7;7;10;228;;-8;°14;75;21 1176472;629;8;20;20;185;;-9;3;80;27 328329;625;9;°35;30;108;;-10;1;85;27 911715;622;10;29;40;66;'''1 à 100;-11;°12;90;44 106958;542;11;23;50;61;935;-12;3;95;22 91672;527;12;26;60;55;54.0%;-13;4;100;33 692428;522;13;20;70;58;;-14;°10;105;21 256182;501;14;18;80;48;;-15;3;110;17 1370826;495;15;15;90;71;;-16;2;115;21 15863;490;16;15;100;55;;-17;°5;120;25 424100;489;17;12;110;38;;-18;2;125;22 1547813;489;18;19;120;46;;-19;2;130;20 73799;487;19;°21;130;42;;-20;°6;135;25 1128054;479;20;16;140;51;;-21;1;140;26 777753;478;21;°20;150;34;;-22;0;145;18 983847;478;22;15;160;31;;-23;°7;150;16 1338520;474;23;10;170;21;'''1 à 200;-24;1;155;15 518562;472;24;°14;180;28;1275;-25;4;160;16 410085;456;25;14;190;24;74%;-26;°1;165;11 1291124;450;26;10;200;25;;-27;0;170;10 1607321;446;27;8;210;15;;-28;1;175;16 1596121;439;28;3;220;22;;-29;°4;180;12 439827;431;29;6;230;17;;-30;0;185;10 489906;417;30;8;240;12;;-31;0;190;14 966335;417;31;7;250;12;'''0 à 200;-32;°5;195;16 7338;412;32;6;260;7;1296;;223;200;9 325298;411;33;12;270;13;;reste;17;205;6 1119539;406;34;°13;280;9;;total;240;210;9 258119;400;35;1;290;14;;;;215;11 ;;36;5;300;4;;;;220;11 ;;37;4;310;5;;;;225;5 ;;38;6;320;12;;;;230;12 ;;39;°11;330;3;;;;235;5 ;;40;1;340;6;'''201 à 370;;;240;7 ;;reste;902;350;3;166;;;245;6 ;;total;1729;360;6;9.6%;;;250;6 ;;;;370;6;;;;255;4 ;;;;380;5;;;;260;3 ;;;;390;3;;;;265;7 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;4;;;;270;6 349543;-83;shift2;635;410;1;;;;275;7 541115;-73;shift2;498;420;4;;;;280;2 575292;-71;shift2;146;430;0;;;;285;9 125178;-64;shift2;246;440;2;;;;290;5 1600078;-62;comp;;450;2;;;;295;3 1611178;-62;shift2;1499;460;1;;;;300;1 28018;-59;shift2;497;470;0;;;;305;4 316817;-49;shift2;495;480;5;;;;310;1 1478759;-48;comp;;490;4;;;;315;6 739648;-44;shift2;851;500;1;;;;320;6 875683;-41;shift2;635;510;1;;;;325;3 1378478;-41;shift2;1910;520;0;;;;330;0 12869;-39;;;530;2;;;;335;5 1051112;-38;;;540;0;'''371 à 600;;;340;1 1285398;-38;;;550;1;36;;;345;2 1623026;-38;;;560;0;2.1%;;;350;1 697374;-35;;;570;0;;;;355;3 1152607;-34;;;580;0;'''601 à max;;;360;3 1328814;-34;;;590;0;12;;;365;4 139527;-32;;;600;0;0.7%;;;370;2 312088;-32;;;reste;12;;;;reste;49 352843;-32;;;total;1729;;;;total;1729 </pre> ====mja intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; mja;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-16;150;-532;77;660;313;min50;&-94;719;-1762;147;856;255;min40 31 à 400;47;-300;424;21;711;213;2 parties;&-6.2;87;-410;65;964;468;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;154;57;-;582;poly;78;SF;&227;71;;537;poly;319;SF 31 à 400;115;46;-;623;poly;88;tF;&128;44;-;859;poly;105;SF ;;;;;;;;;;;;;; mja. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.502;;;;; 41-n;0.776;0.326;0.571;;;;;;;;;;; 1-n;0.881;0.844;0.857;;;;;;;;;14.8.21 paris;; mja;fx;fc;;mja;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;mja;Sx-;Sc- 0;10;11;;0;25;11;0;10;11;>0;429;-1;0;25 10;49;179;;10;121;171;1;12;18;<0;56;-2;0;0 20;31;154;;20;76;147;2;12;28;zéro;10;-3;0;0 30;17;91;;30;42;87;3;3;6;total;495;-4;26;51 40;16;50;;40;39;48;4;6;32;;c;-5;0;2 50;11;50;;50;27;48;5;0;11;>0;1060;-6;4;0 60;10;45;;60;25;43;6;5;4;<0;163;-7;2;1 70;14;44;;70;34;42;7;2;5;zéro;11;-8;2;12 80;14;34;;80;34;32;8;5;15;total;1234;-9;3;0 90;28;43;;90;69;41;9;3;32;;;-10;0;1 100;19;36;;100;47;34;10;1;28;total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reste;23;13;;;;;reste;316;586;;;-42;0;0 total;439;1071;;t30;239;405;total;439;1071;;;-43;0;0 diagr;406;1047;;;;;diagr;113;474;;;-44;0;1 - t30;309;623;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;1;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;total;56;163 </pre> ====mja intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_négatifs_S-|mja intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320 comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;26;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;3;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;56 ;Sc-;25;0;0;51;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;0;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;6;163 </pre> ====mja autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires|mja autres intercalaires]] <pre> mja;autres intercalaires;;adresses1;;;mja;autres intercalaires;;adresses2;;;mja;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;1664008;?;comp;;deb;°CDS;862207;179;;;deb;°CDS;857400;118;comp ;repeat_region;378;89;;;;&tRNA;862590;41;;;;repeat_region;858112;532; fin;°CDS;2216;;comp;;deb;°CDS;862703;86;;;fin;°CDS;858876;; deb;°CDS;96499;372;comp;;;&tRNA;863479;14;;;deb;°CDS;871492;238; ;&tRNA;97426;91;comp;;;&tRNA;863570;8;;;;&tRNA;873686;102;comp ;&tRNA;97629;241;;;;&tRNA;863656;83;;;fin;°CDS;873866;;comp fin;°CDS;97958;;;;;&tRNA;863816;13;;;deb;°CDS;882566;65;comp deb;°CDS;110328;250;comp;;;$rRNA;863903;46;;;;&tRNA;883681;123; ;&tRNA;111766;19;;;;&tRNA;864064;80;;;fin;°CDS;883878;;comp fin;°CDS;111874;;;;fin;°CDS;864222;;;;deb;°CDS;1033083;474;comp deb;°CDS;131467;369;;;deb;°CDS;401945;171;;;;repeat_region;1034820;93; ;repeat_region;132922;114;;;;&tRNA;402968;229;comp;;fin;°CDS;1035848;;comp fin;°CDS;134114;;comp;;fin;°CDS;403274;;;;deb;°CDS;1037197;39;comp deb;°CDS;137244;98;;;deb;°CDS;427091;467;;;;&tRNA;1038544;1;comp ;&tRNA;138344;59;comp;;;repeat_region;428572;39;;;fin;°CDS;1038622;;comp fin;°CDS;138479;;comp;;fin;°CDS;429676;;comp;;deb;°CDS;1047158;568;comp deb;°CDS;153070;182;;;deb;°CDS;498208;604;comp;;;repeat_region;1049373;181; ;$rRNA;154662;207;comp;;;repeat_region;501491;52;;;fin;°CDS;1050484;; ;&tRNA;157847;64;comp;;fin;°CDS;502042;;comp;;deb;°CDS;1148669;210;comp ;$rRNA;157984;340;comp;;deb;°CDS;506108;484;comp;;;&tRNA;1150145;34; fin;°CDS;159804;;;;;repeat_region;507264;282;;;;&tRNA;1150255;243; deb;°CDS;185874;306;comp;;fin;°CDS;508398;;;;fin;°CDS;1150574;; ;&tRNA;186978;71;;;deb;°CDS;551189;251;comp;;deb;°CDS;1188906;172;comp fin;°CDS;187138;;;;;ncRNA;552541;28;;;;&tRNA;1189945;95; deb;°CDS;190579;31;;;fin;°CDS;552885;;;;fin;°CDS;1190151;; ;&tRNA;190832;32;;;deb;°CDS;618311;402;comp;;deb;°CDS;1218598;79; fin;°CDS;190941;;;;;&tRNA;619160;63;comp;;;repeat_region;1219844;479; deb;°CDS;214560;149;comp;;fin;°CDS;619298;;comp;;fin;°CDS;1220645;;comp ;&tRNA;215210;154;;;deb;°CDS;636394;133;;;deb;°CDS;1266436;484; fin;°CDS;215452;;;;;&tRNA;637583;7;;;;repeat_region;1267046;79; deb;°CDS;226386;64;;;;&tRNA;637667;29;;;fin;°CDS;1267794;;comp ;&tRNA;227704;239;comp;;;&tRNA;637772;18;;;deb;°CDS;1312335;383;comp fin;°CDS;228020;;;;;&tRNA;637868;39;;;;&tRNA;1313165;177; deb;°CDS;235984;394;;;;&tRNA;637982;11;;;fin;°CDS;1313427;; ;repeat_region;236564;97;;;;&tRNA;638081;295;;;deb;°CDS;1455222;68; fin;°CDS;238282;;comp;;;$rRNA;638448;64;;;;repeat_region;1456715;384; deb;°CDS;303622;64;;;;&tRNA;639995;207;;;fin;°CDS;1457720;;comp ;&tRNA;303992;230;;;;$rRNA;640275;78;;;deb;°CDS;1568600;484; fin;°CDS;304312;;comp;;;$rRNA;643333;56;;;;repeat_region;1570374;121; deb;°CDS;351301;129;comp;;;ncRNA;643504;232;;;fin;°CDS;1571017;;comp ;repeat_region;351694;374;;;fin;°CDS;643994;;;;deb;°CDS;1574035;473; fin;°CDS;352843;;comp;;deb;°CDS;762859;157;;;;repeat_region;1575519;223; deb;°CDS;357984;220;comp;;;&tRNA;763766;178;comp;;fin;°CDS;1576607;; ;&tRNA;358768;23;;;;&tRNA;764021;50;;;;;;; ;&tRNA;358869;164;;;fin;°CDS;764147;;;;;;;; deb;°CDS;359108;48;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;359972;103;comp;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;360151;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====mja intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_tRNA|mja intercalaires tRNA]] <pre> mja;intercalaires tRNA;;;;;;;;; ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;continu;cumuls ;;;;;;;;;; comp’;91;;372;;241;;31;1;'''deb; ;23;comp’;250;;19;;39;19;<201;6 ;7;comp’;98;;59;;64;32;total;8 ;29;comp’;306;;71;;86;41;taux;75% ;18;;31;;32;;133;50;; ;39;comp’;149;;154;;179;59;'''fin; ;11;comp’;64;comp’;239;;372;63;<201;15 comp’;178;;64;comp’;230;;402;71;total;17 ;14;comp’;220;;164;;'''-;80;taux;88% ;8;comp’;48;;103;;'''-;95;; ;83;comp’;171;comp’;229;;'''-;102;'''total; ;34;;402;;63;;'''-;103;<201;21 ;;;133;;;;'''-;154;total;25 ;;comp’;157;;50;;'''-;164;taux;84% ;;;179;;41;;'''-;177;; ;;;86;;80;;'''-;241;; ;;comp’;238;;102;;'''-;243;'''comp’;'''cumuls ;;comp’;65;comp’;123;;48;123;'''deb; ;;;39;;1;;64;229;<201;8 ;;comp’;210;;243;;65;230;total;14 ;;comp’;172;;95;;98;239;taux;57% ;;comp’;383;;177;;149;'''-;; ;;;;;;;157;'''-;'''fin; ;;;;;;;171;'''-;<201;1 ;;;;;;;172;'''-;total;4 ;;;;;;;210;'''-;taux;25% ;;;;;;;220;'''-;; ;;;;;;;238;'''-;'''total; ;;;;;;;250;'''-;<201;9 ;;;;;;;306;'''-;total;18 ;;;;;;;383;'''-;taux;50% ;;;;;;;;;; ;;;;;deb;fin;total;;; ;;;;<201;14;16;30;;; ;;;;total;22;21;43;;; ;;;;taux;64%;76%;70%;;; </pre> ===mba=== ====mba opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_opérons|mba opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_bark_Fusaro/methBark1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007355.1;mba;;genome;;;;;;;;; 39.2%GC;2.2.20 Paris;16s 3 ;62;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Methanosarcina barkeri str. Fusaro;;;;;;;;;;;; ;91192..91938;;cds;;137;137;;;249;;DUF429 domain-containing protein;* comp;92076..92160;;ctc;+;132;;*132;;;;;* comp;92293..92377;;ctc;2 ctc;298;298;;;;;;* comp;92676..93476;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;* ;;;;;;;;;;;;* comp;98630..99337;;cds;;535;*535;;;236;;ABC transporter ATP-binding protein;* comp;99873..99955;;tcc;;222;222;;;;;;* comp;100178..101194;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;* ;;;;;;;;;;;;* comp;146979..147518;;cds;;80;80;;;180;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;147599..147670;;acc;;198;198;;;;;;* comp;147869..148381;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;199345..200268;;cds;;492;*492;;;308;;aldolase;* comp;200761..200833;;aac;+;71;;71;;;;;* comp;200905..200979;;atgi;2 aac;119;;*119;;;;;* comp;201099..201171;;aac;;964;*964;;;;;;* ;202136..202366;;cds;;;;;;77;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;260990..261532;;cds;;173;173;;;181;;nitroreductase family protein";* ;261706..261777;;cgg;;673;*673;;;;;;* ;262451..262960;;cds;;;;;;170;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;463836..464723;;cds;;2075;*2075;;;296;;polyprenyl synthetase family protein;* ;466799..466870;;gga;;94;;*94;;;;;* ;466965..467049;;cta;;221;221;;;;;;* comp;467271..468818;;cds;;;;;;*516;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;473154..473723;;cds;;298;298;;;190;;hp;* comp;474022..474096;;gag;;246;246;;;;;;* comp;474343..475584;;cds;;;;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;692109..692987;;cds;;349;349;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;* ;693337..693411;;aga;;400;400;;;;;;* comp;693812..694420;;cds;;;;;;203;;sulfite exporter TauE/SafE family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;703446..703958;;cds;;488;*488;;;171;;biotin transporter BioY;* ;704447..704521;;agg;;283;283;;;;;;* ;704805..705284;;cds;;;;;;160;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;800463..800642;;cds;;799;*799;;;60;;hp;* comp;801442..801526;;agc;;137;137;;;;;;* comp;801664..801978;;ncRNA;@1;327;327;;;315;;;* ;802306..803931;;cds;;;;;;*542;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1109819..1110013;;cds;;15;15;;;65;;hp;* ;1110029..1110103;;atgf;+;63;;63;;;;;* ;1110167..1110241;;atgf;3 atg;63;;63;;;;;* ;1110305..1110379;;atgf;;273;273;;;;;;* ;1110653..1111984;;cds;;;;;;444;;signal recognition particle protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1134460..1135074;;cds;;235;235;;;205;;endonuclease III;* comp;1135310..1135381;;tgc;+;65;;65;;;;;* comp;1135447..1135518;;tgc;2 tgc;126;126;;;;;;* comp;1135645..1136277;;cds;;;;;;211;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1137210..1137680;;cds;;488;*488;;;157;;P-bacterioferritin;* comp;1138169..1138290;;5s;;129;;;;122;;;* comp;1138420..1141252;;23s;;222;;;;2833;;;* comp;1141475..1142963;;16s;;830;*830;;;1489;;;* ;1143794..1145302;;cds;;;;;;*503;;2-isopropylmalate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1249870..1250040;;cds;;423;*423;;;57;;CopG family transcriptional regulator;* comp;1250464..1250537;;aag;;546;*546;;;;;;* ;1251084..1251290;;cds;;;;;;69;;TRAM domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1315521..1315691;;cds;@2;-12;*-12;;;57;;hp;* comp;1315680..1315751;;cgc;;174;174;;;;;;* ;1315926..1317110;;cds;;;;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1514831..1515373;;cds;;1133;*1133;;;181;;ArsR family transcriptional regulator;* ;1516507..1516579;;caa;;760;*760;;;;;;* comp;1517340..1517663;;cds;;;;;;108;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1538879..1539286;;cds;;36;36;;;136;;sensor histidine kinase;* comp;1539323..1539395;;other;@3;1249;*1249;;;73;;;* >comp;1540645..1540794;;cds;;;;;;50;;PKD domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1546247..1547791;;cds;;576;*576;;;*515;;aminotransferase class V-fold PLP-dependent enzyme;* comp;1548368..1548441;;aca;;448;*448;;;;;;* <;1548890..1549093;;cds;;;;;;68;;matrixin family metalloprotease;* ;;;;;;;;;;;;* ;1550566..1550760;;cds;;745;*745;;;65;;DeoR family transcriptional regulator;* comp;1551506..1551579;;aca;;506;*506;;;;;;* ;1552086..1552640;;cds;;;;;;185;;YkgJ family cysteine cluster protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1621639..1622835;;cds;;433;*433;;;399;;methionine adenosyltransferase;* ;1623269..1623384;;tac;@4;112;;*112;;;;;* ;1623497..1623569;;gac;;300;300;;;;;;* comp;1623870..1624067;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1714788..1715069;;cds;;154;154;;;94;;hp;* comp;1715224..1715295;;acg;;187;187;;;;;;* comp;1715483..1716493;;cds;;;;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1755811..1755993;;cds;;113;113;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;* comp;1756107..1756181;;ccg;@5;0;*0;;;;;;* comp;1756182..1756370;;cds;;;;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;* ;;;;;;;;;;;;* ;1842058..1842195;;cds;;16;16;;;46;;hp;* comp;1842212..1842285;;gtg;;717;*717;;;;;;* ;1843003..1843767;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1852573..1852896;;cds;;1364;*1364;;;108;;PadR family transcriptional regulator;* comp;1854261..1854338;;ccc;;198;198;;;;;;* comp;1854537..1855097;;cds;;;;;;187;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1908225..1908989;;cds;;349;349;;;255;;hp;* comp;1909339..1909530;;tgg;;445;*445;;;;;;* >;1909976..1910152;;cds;;;;;;59;;nitrogenase reductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1926717..1927178;;cds;;183;183;;;154;;DUF4145 domain-containing protein;* comp;1927362..1927445;;tcg;;125;125;;;;;;* comp;1927571..1928944;;cds;;;;;;458;;endonuclease Q family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2005431..2007053;;cds;;2315;*2315;;;*541;;PKD domain-containing protein;* comp;2009369..2009443;;cca;;199;199;;;;;;* comp;2009643..2010194;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2026807..2028456;;cds;;314;314;;;*550;;ATP-dependent DNA ligase;* ;2028771..2028842;;ggg;;513;*513;;;;;;* comp;2029356..2029766;;cds;;;;;;137;;PaaI family thioesterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2157926..2158684;;cds;;567;*567;;;253;;hp;* ;2159252..2159362;;atgj;;349;349;;;;;;* ;2159712..2160225;;cds;;;;;;171;;amidohydrolase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2194967..2195302;;cds;;713;*713;;;112;;translation initiation factor eIF-1A;* ;2196016..2197504;;16s;;222;;;;1489;;;* ;2197727..2200559;;23s;;129;;;;2833;;;* ;2200689..2200810;;5s;;607;*607;;;122;;;* comp;2201418..2201615;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;2434335..2434609;;cds;;603;*603;;;92;;nucleoside deaminase;* comp;2435213..2435284;;gcc;;223;;*223;;;;;* ;2435508..2435584;;atc;+;74;;74;;;;;* ;2435659..2435735;;atc;2 atc;241;241;;;;;;* comp;2435977..2436390;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;2622097..2624025;;cds;;1489;*1489;;;*643;;replication factor C large subunit;* ;2625515..2625588;;gta;;1102;*1102;;;;;;* ;2626691..2626918;;cds;;;;;;76;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2650514..2651296;;cds;;164;164;;;261;;thiazole biosynthesis protein;* ;2651461..2651532;;cac;;218;218;;;;;;* ;2651751..2653460;;cds;;;;;;*570;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2663547..2664668;;cds;;318;318;;;374;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* comp;2664987..2665058;;ggc;;263;263;;;;;;* ;2665322..2666563;;cds;;;;;;414;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2856552..2857409;;cds;;134;134;;;286;;hp;* comp;2857544..2857628;;tca;;153;153;;;;;;* comp;2857782..2858546;;cds;;;;;;255;;peptidylprolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3326036..3326557;;cds;;539;*539;;;174;;hp;* ;3327097..3327168;;tgc;;995;*995;;;;;;* ;3328164..3328898;;cds;;;;;;245;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3994472..3994921;;cds;;514;*514;;;150;;IS200/IS605 family transposase;* comp;3995436..3995529;;cga;;477;*477;;;;;;* ;3996007..3996714;;cds;;;;;;236;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4005709..4006026;;cds;;269;269;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;* ;4006296..4006378;;ttg;;860;*860;;;;;;* ;4007239..4009012;;rpr;@6;169;169;;;1774;;Family CRISPR;* comp;4009182..4009478;;cds;;;;;;99;;CRISPR-associated endonuclease Cas2;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4031590..4031871;;cds;;1075;*1075;;;94;;hp;* ;4032947..4033019;;cag;;182;182;;;;;;* comp;4033202..4033765;;cds;;;;;;188;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4041205..4041960;;cds;;96;96;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;4042057..4042141;;tta;;375;375;;;;;;* comp;4042517..4044976;;cds;;;;;;*820;;beta-propeller fold lactonase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4045359..4048274;;cds;;718;*718;;;*972;;PKD domain-containing protein;* ;4048993..4049077;;tta;;35;35;;;;;;* comp;4049113..4052403;;cds;;241;241;;;*1097;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* ;4052645..4052729;;tta;;177;177;;;;;;* comp;4052907..4053395;;cds;;;;;;163;;MarR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;4407561..4407830;;cds;;64;64;;;90;;elongation factor 1-beta;* ;4407895..4407966;;gcg;;675;*675;;;;;;* comp;4408642..4409715;;cds;;;;;;358;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4504139..4504300;;cds;;536;*536;;;54;;hp;* comp;4504837..4504921;;ctg;;220;220;;;;;;* comp;4505142..4506050;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4551177..4551851;;cds;;566;*566;;;225;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;4552418..4552491;;gtc;+;94;;*94;;;;;* ;4552586..4552660;;ttc;2 gtc;7;;7;;;;;* ;4552668..4552739;;ggc;2 ttc;61;;61;;;;;* ;4552801..4552874;;gtc;2 ggc;94;;*94;;;;;* ;4552969..4553043;;ttc;;7;;7;;;;;* ;4553051..4553122;;ggc;;717;*717;;;;;;* ;4553840..4554052;;cds;;;;;;71;;MoaD/ThiS family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;4617920..4618339;;cds;;200;200;;;140;;hp;* ;4618540..4618617;;gaa;;351;351;;;;;;* ;4618969..4619190;;cds;;377;377;;;74;;hp;* ;4619568..4619645;;gaa;;214;214;;;;;;* comp;4619860..4620678;;cds;;;;;;273;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4673041..4673643;;cds;;289;289;;;201;;adenosylcobinamide amidohydrolase;* comp;4673933..4674054;;5s;;129;;;;122;;;* comp;4674184..4677016;;23s;;135;;;;2833;;;* comp;4677152..4677224;;gca;;79;;;;;;;* comp;4677304..4678792;;16s;;1242;*1242;;;1489;;;* ;4680035..4680817;;cds;;;;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4759174..4759410;;cds;;89;89;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;* comp;4759500..4759576;;aaa;;655;*655;;;;;;* comp;4760232..4760801;;cds;;;;;;190;;DJ-1/PfpI family protein;* </pre> ====mba cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_cumuls|mba cumuls]] <pre> mba cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;2;1;;100;25;30;0 ;16 23 5s 0;2;20;2;;50;4;20;;200;27;60;7 ;16 gca 235;1;40;0;;100;4;40;;300;21;90;14 ;16 23 5s a;0;60;0;;150;6;60;;400;8;120;8 ;max a;1;80;6;;200;14;80;;500;4;150;5 ;a doubles;0;100;3;;250;9;100;;600;7;180;10 ;autres;0;120;2;;300;8;120;;700;1;210;11 ;total aas;1;140;1;;350;6;140;;800;0;240;4 sans ;opérons;44;160;0;;400;4;160;;900;1;270;10 ;1 aa;37;180;0;;450;4;180;;1000;1;300;4 ;max a;6;200;0;;500;4;200;;1100;1;330;2 ;a doubles;6;;1;;;35;;;;0;;21 ;total aas;61;;15;0;;100;;0;;96;;96 total aas;;62;;;;;;;;;;; remarques;;6;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;85;;;457;;;;240;; ;;;variance;52;;;407;;;;194;; sans jaune;;;moyenne;51;;;210;;;;186;;158 ;;;variance;28;;;98;;;;106;;78 </pre> ====mba blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_blocs|mba blocs]] <pre> mba blocs;;;; cds;289;201;adenosylcobinamide amidohydrolase;* 5s;129;122;;* 23s;135;2833;;* gca;79;;;* 16s;1242;1489;;* cds;;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;;;; cds;713;112;translation initiation factor eIF-1A;* 16s;222;1489;;* 23s;129;2833;;* 5s;607;122;;* cds;;66;hp;* ;;;; cds;488;157;P-bacterioferritin;* 5s;129;122;;* 23s;222;2833;;* 16s;830;1489;;* cds;;503;2-isopropylmalate synthase;* </pre> ====mba remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_remarques|mba remarques]] <pre> mba;;;;;;62;62 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;4 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3 tta;3;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====mba distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_distribution|mba distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc; gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;3;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mba;;37;;;;;;;mba;14;;;;;;;;mba;9;;;;;; </pre> ====mba données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_données_intercalaires|mba données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mba;fx;fc;mba;fx40;fc40;mba;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;1;0;1;21;0;1;21;-1;0;33;298;137;CDS 16s;; ;0;10;8;155;1;0;22;-2;2;0;535;790;;835; 1;1;20;13;127;2;2;31;-3;0;2;222;2075;;718; ;0;30;11;72;3;0;12;-4;3;117;80;221;;1247; 1;1;40;19;74;4;2;17;-5;1;0;198;298;16s 23s;; ;0;50;12;54;5;1;23;-6;2;0;492;349;2*209;; ;0;60;18;61;6;0;15;-7;0;5;173;400;23s 5s;; ;1;70;11;48;7;0;4;-8;0;33;673;488;3*74;; ;1;80;16;54;8;2;4;-9;0;1;246;546;5s CDS;; ;1;90;18;53;9;0;8;-10;0;4;307;-12;;488; 1;0;100;17;37;10;1;19;-11;0;13;799;174;;607; ;0;110;16;38;11;2;16;-12;0;0;15;286;;289; ;1;120;30;43;12;0;8;-13;1;4;273;760;16s tRNA;; ;2;130;11;39;13;0;19;-14;3;15;235;448;85;;gca 2;0;140;20;35;14;2;13;-15;0;0;126;745;tRNA 23s;; ;0;150;19;52;15;1;12;-16;0;5;423;506;116;;gca 1;1;160;22;25;16;1;13;-17;1;11;36;300;tRNA tRNA;; ;1;170;14;44;17;0;11;-18;0;5;1249;154;132;;ctc 2;1;180;24;36;18;3;13;-19;0;4;576;16;**;;ctc 2;1;190;29;46;19;1;7;-20;1;7;433;717;71;;aac ;4;200;27;30;20;3;15;-21;0;0;187;445;119;;atgi ;0;210;18;21;21;1;8;-22;0;1;113;183;**;;aac 1;2;220;31;43;22;4;8;-23;1;5;0;314;94;;gga 1;1;230;20;31;23;2;4;-24;0;0;1379;513;**;;cta ;1;240;15;32;24;0;14;-25;0;5;198;241;63;;atgf 2;1;250;24;27;25;1;4;-26;1;8;349;318;63;;atgf ;0;260;25;34;26;0;6;-27;0;1;125;263;**;;atgf 1;1;270;18;35;27;1;10;-28;0;3;2315;134;65;;tgc ;1;280;18;37;28;1;4;-29;0;1;199;514;**;;tgc 1;0;290;16;26;29;1;4;-30;0;0;567;477;112;;tac 2;1;300;12;23;30;0;10;-31;0;0;349;1075;**;;gac ;1;310;19;24;31;1;2;-32;0;4;603;182;223;;gcc 2;0;320;17;27;32;0;6;-33;0;0;1489;96;74;;atc ;0;330;14;23;33;0;8;-34;1;0;1102;375;**;;atc ;0;340;27;22;34;3;7;-35;1;5;164;718;94;;gtc 1;2;350;12;28;35;1;11;-36;0;0;218;35;7;;ttc ;1;360;14;18;36;6;8;-37;0;0;153;241;61;;ggc ;0;370;11;20;37;0;9;-38;0;3;539;177;94;;gtc 1;1;380;12;24;38;0;11;-39;0;0;995;675;7;;ttc ;0;390;8;15;39;4;6;-40;0;0;269;566;**;;ggc 1;0;400;19;18;40;4;6;-41;1;1;64;214;;; 17;19;reste;527;709;reste;1181;1932;-42;0;0;536;;;; 41;49;total;1233;2381;total;1233;2381;-43;0;0;220;;;; 23;29;diagr;705;1651;diagr;51;428;-44;0;1;717;;;; 1;1; t30;32;354;;;;-45;0;0;200;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;351;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;377;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;89;;;; ;x;1232;22;1;1255;;;-49;0;3;655;;;; ;c;2360;307;21;2688;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;3943;128;;reste;3;6;;;;; ;;;;;;4071;;total;22;307;;;;; </pre> =====mba autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_autres_intercalaires_aas|mba autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;mba;;; deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas deb;CDS;91192;137;; ;tRNA;92076;132;comp;ctc ;tRNA;92293;298;comp;ctc fin;CDS;92676;;comp; deb;CDS;98630;535;comp; ;tRNA;99873;222;comp;tcc fin;CDS;100178;;comp; deb;CDS;146979;80;comp; ;tRNA;147599;198;comp;acc fin;CDS;147869;;comp; deb;CDS;199345;492;comp; ;tRNA;200761;71;comp;aac ;tRNA;200905;119;comp;atgi ;tRNA;201099;790;comp;aac fin;CDS;201962;;; deb;CDS;260990;173;; ;tRNA;261706;673;;cgg fin;CDS;262451;;; deb;CDS;355894;309;; ;repeat_region;356467;137;; fin;CDS;359947;;; deb;CDS;463836;2075;comp; ;tRNA;466799;94;;gga ;tRNA;466965;221;;cta fin;CDS;467271;;comp; deb;CDS;473154;298;; ;tRNA;474022;246;comp;gag fin;CDS;474343;;comp; deb;CDS;692109;349;comp; ;tRNA;693337;400;;aga fin;CDS;693812;;comp; deb;CDS;703446;488;comp; ;tRNA;704447;307;;agg fin;CDS;704829;;; deb;CDS;800463;799;comp; ;tRNA;801442;137;comp;agc ;ncRNA;801664;327;comp; fin;CDS;802306;;; deb;CDS;1109819;15;; ;tRNA;1110029;63;;atgf ;tRNA;1110167;63;;atgf ;tRNA;1110305;273;;atgf fin;CDS;1110653;;; deb;CDS;1134460;235;comp; ;tRNA;1135310;65;comp;tgc ;tRNA;1135447;126;comp;tgc fin;CDS;1135645;;comp; deb;CDS;1137210;488;; ;rRNA;1138169;74;comp;122 ;rRNA;1138365;209;comp;2833 ;rRNA;1141481;835;comp;1489 fin;CDS;1143794;;; deb;CDS;1249870;423;comp; ;tRNA;1250464;546;comp;aag fin;CDS;1251084;;; deb;CDS;1315521;-12;; ;tRNA;1315680;174;comp;cgc fin;CDS;1315926;;; deb;CDS;1516050;286;comp; ;tRNA;1516507;760;;caa fin;CDS;1517340;;comp; deb;CDS;1538879;36;comp; ;tRNA;1539323;1249;comp;other fin;CDS;1540645;;comp; deb;CDS;1546247;576;comp; ;tRNA;1548368;448;comp;aca fin;CDS;1548890;;; deb;CDS;1550566;745;; ;tRNA;1551506;506;comp;aca fin;CDS;1552086;;; deb;CDS;1621639;433;; ;tRNA;1623269;112;;tac ;tRNA;1623497;300;;gac fin;CDS;1623870;;comp; deb;CDS;1657967;616;comp; ;repeat_region;1660242;74;; fin;CDS;1661656;;; deb;CDS;1714788;154;; ;tRNA;1715224;187;comp;acg fin;CDS;1715483;;comp; deb;CDS;1755811;113;comp; ;tRNA;1756107;0;comp;ccg fin;CDS;1756182;;comp; deb;CDS;1842058;16;; ;tRNA;1842212;717;comp;gtg fin;CDS;1843003;;; deb;CDS;1852573;1379;comp; ;tRNA;1854261;198;comp;ccc fin;CDS;1854537;;comp; deb;CDS;1908225;349;comp; ;tRNA;1909339;445;comp;tgg fin;CDS;1909976;;; deb;CDS;1926495;183;; ;tRNA;1927362;125;comp;tcg fin;CDS;1927571;;comp; deb;CDS;1975038;78;; ;ncRNA;1976292;428;comp; fin;CDS;1977078;;; deb;CDS;2005431;2315;comp; ;tRNA;2009369;199;comp;cca fin;CDS;2009643;;comp; deb;CDS;2026807;314;comp; ;tRNA;2028771;513;;ggg fin;CDS;2029356;;comp; deb;CDS;2157926;567;; ;tRNA;2159252;349;;atgj fin;CDS;2159712;;; deb;CDS;2194967;718;comp; ;rRNA;2196021;209;;1489 ;rRNA;2197708;74;;2833 ;rRNA;2200689;607;;122 fin;CDS;2201418;;comp; deb;CDS;2434335;603;comp; ;tRNA;2435213;223;comp;gcc ;tRNA;2435508;74;;atc ;tRNA;2435659;241;;atc fin;CDS;2435977;;comp; deb;CDS;2622097;1489;; ;tRNA;2625515;1102;;gta fin;CDS;2626691;;; deb;CDS;2650514;164;; ;tRNA;2651461;218;;cac fin;CDS;2651751;;; deb;CDS;2663547;318;; ;tRNA;2664987;263;comp;ggc fin;CDS;2665322;;; deb;CDS;2856552;134;; ;tRNA;2857544;153;comp;tca fin;CDS;2857782;;comp; deb;CDS;3326036;539;; ;tRNA;3327097;995;;tgc fin;CDS;3328164;;; deb;CDS;3994472;514;; ;tRNA;3995436;477;comp;cga fin;CDS;3996007;;; deb;CDS;4005709;269;; ;tRNA;4006296;860;;ttg ;repeat_region;4007239;169;; fin;CDS;4009182;;comp; deb;CDS;4031590;1075;comp; ;tRNA;4032947;182;;cag fin;CDS;4033202;;comp; deb;CDS;4041205;96;comp; ;tRNA;4042057;375;;tta fin;CDS;4042517;;comp; deb;CDS;4045359;718;comp; ;tRNA;4048993;35;;tta deb;CDS;4049113;241;comp; ;tRNA;4052645;177;;tta fin;CDS;4052907;;comp; deb;CDS;4407561;64;; ;tRNA;4407895;675;;gcg fin;CDS;4408642;;comp; deb;CDS;4504139;536;comp; ;tRNA;4504837;220;comp;ctg fin;CDS;4505142;;comp; deb;CDS;4551177;566;comp; ;tRNA;4552418;94;;gtc ;tRNA;4552586;7;;ttc ;tRNA;4552668;61;;ggc ;tRNA;4552801;94;;gtc ;tRNA;4552969;7;;ttc ;tRNA;4553051;717;;ggc fin;CDS;4553840;;; deb;CDS;4617920;200;; ;tRNA;4618540;351;;gaa deb;CDS;4618969;377;; ;tRNA;4619568;214;;gaa fin;CDS;4619860;;comp; deb;CDS;4673041;289;; ;rRNA;4673933;74;comp;122 ;rRNA;4674129;116;comp;2833 ;tRNA;4677152;85;comp;gca ;rRNA;4677310;1247;comp;1489 fin;CDS;4680035;;; deb;CDS;4759174;89;comp; ;tRNA;4759500;655;comp;aaa fin;CDS;4760232;;comp; </pre> ====mba intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_entre_cds|mba intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> mba;4.2.21 Paris;;mba 17.12.20;;;;;;;;; mba;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;329;8.3;'''négatif ;-12;13;-1 à -74;'''4 837 408;-1;329;610;21 ;'''zéro;22;0.6;;;;;'''intercals;0;22;620;23 ;'''1 à 200;1478;37.5;'''0 à 200;85;62;;'''1 292 909;5;110;630;21 ;'''201 à 370;782;19.8;'''201 à 370;278;48;;'''26.7%;10;53;640;20 ;'''371 à 600;643;16.3;'''371 à 600;475;66;;;15;73;650;14 ;'''601 à max;689;17.5;'''601 à 1028;920;310;;;20;67;660;22 ;'''total 3943;<201;46;'''total 3938;324;341;-74 à 2323;;25;46;670;14 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;37;680;28 3095040;2919;-1;329;-70;1;;0;22;35;39;690;6 526434;2894;0;22;-60;0;;-1;°33;40;54;700;11 1788553;2705;1;22;-50;8;;-2;2;45;35;710;20 2002090;2693;2;°33;-40;7;;-3;2;50;31;720;14 4631335;2517;3;12;-30;14;'''min à -1;-4;°120;55;34;730;7 818173;2323;4;19;-20;34;329;-5;1;60;45;740;16 2797830;2322;5;°24;-10;66;8.3%;-6;2;65;34;750;20 3799612;2309;6;15;0;221;;-7;5;70;25;760;12 376145;2299;7;4;10;163;;-8;°33;75;34;770;18 3653740;2282;8;6;20;140;;-9;1;80;36;780;12 4809596;2233;9;8;30;83;;-10;4;85;41;790;8 1187952;2165;10;°20;40;93;'''1 à 100;-11;°13;90;30;800;7 4415180;2161;11;18;50;66;878;-12;0;95;27;810;6 3268995;2076;12;8;60;79;22.3%;-13;5;100;27;820;8 372411;1964;13;°19;70;59;;-14;°18;105;23;830;8 3552425;1946;14;15;80;70;;-15;0;110;31;840;9 3151269;1901;15;13;90;71;;-16;5;115;32;850;13 3603917;1870;16;°14;100;54;;-17;°12;120;41;860;6 542032;1854;17;11;110;54;;-18;5;125;25;870;18 682785;1848;18;°16;120;73;;-19;4;130;25;880;8 3195397;1797;19;8;130;50;;-20;°8;135;24;890;10 2484625;1761;20;°18;140;55;;-21;0;140;31;900;9 3100209;1754;21;9;150;71;;-22;1;145;42;910;7 2724177;1733;22;°12;160;47;;-23;°6;150;29;920;5 912406;1712;23;6;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;23;930;4 2448660;1707;24;°14;180;60;1478;-25;5;160;24;940;7 2750853;1677;25;5;190;75;37.5%;-26;°9;165;22;950;15 4703857;1624;26;6;200;57;;-27;1;170;36;960;9 974831;1613;27;°11;210;39;;-28;3;175;29;970;5 4637075;1600;28;5;220;74;;-29;°1;180;31;980;9 2503952;1596;29;5;230;51;;-30;0;185;39;990;8 511626;1595;30;°10;240;47;;-31;0;190;36;1000;9 2705610;1569;31;3;250;51;'''0 à 200;-32;°4;195;33;1010;3 3908084;1568;32;6;260;59;1500;;325;200;24;1020;9 2490112;1557;33;8;270;53;;reste;26;205;19;1030;4 63786;1555;34;10;280;55;;total;351;210;20;1040;7 136653;1553;35;12;290;42;;;;215;46;1050;3 958597;1549;36;°14;300;35;;;;220;28;1060;7 301149;1548;37;9;310;43;;;;225;29;1070;10 1165546;1516;38;°11;320;44;;'''intercal;'''<u>frequencef;230;22;1080;5 ;;39;10;330;37;;600;3254;235;24;1090;3 ;;40;10;340;49;'''201 à 370;700;180;240;23;1100;1 ;;reste;3113;350;40;782;800;134;245;29;1110;8 ;;total;3943;360;32;19.8%;900;95;250;22;1120;4 ;;;;370;31;;1000;78;255;30;1130;3 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;36;;1100;52;260;29;1140;4 4403838;-74;comp;;390;23;;1200;41;265;26;1150;3 1874377;-59;shift2;688;400;37;;1300;30;270;27;1160;5 4136612;-59;shift2;694;410;34;;1400;22;275;22;1170;4 493240;-56;shift2;127;420;31;;1500;15;280;33;1180;3 942901;-56;shift2;601;430;43;;1600;13;285;20;1190;3 4169341;-56;shift2;238;440;34;;1700;3;290;22;1200;4 4335751;-56;shift2;445;450;30;;1800;6;295;20;;580 4374865;-55;comp;;460;27;;1900;3;300;15;reste;109 2801727;-51;comp;;470;31;;2000;3;305;18;total;3943 1742959;-49;shift2;2660;480;28;;2100;1;310;25;; 2882494;-49;shift2;1325;490;28;;2200;2;315;24;; 3292321;-49;shift2;101;500;26;;2300;3;320;20;; 2440972;-47;shift2;664;510;22;;2400;3;325;19;; 4561346;-44;shift2;1744;520;32;;2500;0;330;18;; 1057681;-41;shift2;394;530;25;;2600;1;335;21;; 1723225;-41;comp;;540;20;'''371 à 600;2700;1;340;28;; 82489;-38;;;550;23;643;2800;1;345;21;; 222695;-38;;;560;22;16.3%;2900;1;350;19;; 3533580;-38;;;570;22;;3000;1;355;19;; 1573832;-35;;;580;28;'''601 à max;;689;360;13;; 1931905;-35;;;590;18;689;;;365;15;; 3122151;-35;;;600;23;17.5%;;;370;16;; 3337334;-35;;;reste;689;;reste;0;reste;1332;; 4054645;-35;;;total;3943;;total;3943;total;3943;; </pre> ====mba intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> mba Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; mba;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;4.9;-71;219;11;350;483;min10;-50;359;-832;80;823;239;min50 1 à 600;5.8;-62;170;7.4;465;354;2 parties;-6.7;100;-498;10;789;495;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;2;25;-;1;poly;348;tF;104;46;;536;poly;287;SF 1 à 600;14;20;-;156;poly;309;tF;80;59;-;580;poly;209;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélation et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;800;;;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;corrélation;;;;;;;;complément à 800;; 41-n;0.154;-0.330;-0.221;0.639;;;;;;;-0.074;;;;;;;;effectifs;; 1-n;-0.223;-0.512;-0.477;;;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;;; mba;fx;fc;;mba;fx%;fc%;mba;fx;fc;;fx40;fc40;;x;mba;Sx-;Sc-;;mba;fx;fc 0;1;21;;0;1;13;;;;0;1;21;>0;1232;-1;0;33;;410;13;21 10;8;155;;10;11;94;410;13;21;1;0;22;<0;22;-2;2;0;;420;13;18 20;13;127;;20;18;77;420;13;18;2;2;31;zéro;1;-3;0;2;;430;19;24 30;11;72;;30;16;44;430;19;24;3;0;12;total;1255;-4;3;117;;440;15;19 40;19;74;;40;27;45;440;15;19;4;2;17;;c;-5;1;0;;450;14;16 50;12;54;;50;17;33;450;14;16;5;1;23;>0;2360;-6;2;0;;460;7;20 60;18;61;;60;26;37;460;7;20;6;0;15;<0;307;-7;0;5;;470;11;20 70;11;48;;70;16;29;470;11;20;7;0;4;zéro;21;-8;0;33;;480;7;21 80;16;54;;80;23;33;480;7;21;8;2;4;total;2688;-9;0;1;;490;14;14 90;18;53;;90;26;32;490;14;14;9;0;8;;;-10;0;4;;500;12;14 100;17;37;;100;24;22;500;12;14;10;1;19;;;-11;0;13;;510;5;17 110;16;38;;110;23;23;510;5;17;11;2;16;;;-12;0;0;;520;15;17 120;30;43;;120;43;26;520;15;17;12;0;8;;;-13;1;4;;530;8;17 130;11;39;;130;16;24;530;8;17;13;0;19;;;-14;3;15;;540;6;14 140;20;35;;140;28;21;540;6;14;14;2;13;;;-15;0;0;;550;15;8 150;19;52;;150;27;31;550;15;8;15;1;12;;;-16;0;5;;560;10;12 160;22;25;;160;31;15;560;10;12;16;1;13;;;-17;1;11;;570;14;8 170;14;44;;170;20;27;570;14;8;17;0;11;;;-18;0;5;;580;13;15 180;24;36;;180;34;22;580;13;15;18;3;13;;;-19;0;4;;590;8;10 190;29;46;;190;41;28;590;8;10;19;1;7;;;-20;1;7;;600;13;10 200;27;30;;200;38;18;600;13;10;20;3;15;;;-21;0;0;;610;10;11 210;18;21;;210;26;13;610;10;11;21;1;8;;;-22;0;1;;620;7;16 220;31;43;;220;44;26;620;7;16;22;4;8;;;-23;1;5;;630;9;12 230;20;31;;230;28;19;630;9;12;23;2;4;;;-24;0;0;;640;7;13 240;15;32;;240;21;19;640;7;13;24;0;14;;;-25;0;5;;650;4;10 250;24;27;;250;34;16;650;4;10;25;1;4;;;-26;1;8;;660;8;14 260;25;34;;260;35;21;660;8;14;26;0;6;;;-27;0;1;;670;4;10 270;18;35;;270;26;21;670;4;10;27;1;10;;;-28;0;3;;680;12;16 280;18;37;;280;26;22;680;12;16;28;1;4;;;-29;0;1;;690;2;4 290;16;26;;290;23;16;690;2;4;29;1;4;;;-30;0;0;;700;5;6 300;12;23;;300;17;14;700;5;6;30;0;10;;;-31;0;0;;710;8;12 310;19;24;;310;27;15;710;8;12;31;1;2;;;-32;0;4;;720;5;9 320;17;27;;320;24;16;720;5;9;32;0;6;;;-33;0;0;;730;3;4 330;14;23;;330;20;14;730;3;4;33;0;8;;;-34;1;0;;740;5;11 340;27;22;;340;38;13;740;5;11;34;3;7;;;-35;1;5;;750;9;11 350;12;28;;350;17;17;750;9;11;35;1;11;;;-36;0;0;;760;6;6 360;14;18;;360;20;11;760;6;6;36;6;8;;;-37;0;0;;770;10;8 370;11;20;;370;16;12;770;10;8;37;0;9;;;-38;0;3;;780;3;9 380;12;24;;380;17;15;780;3;9;38;0;11;;;-39;0;0;;790;5;3 390;8;15;;390;11;9;790;5;3;39;4;6;;;-40;0;0;;800;2;5 400;19;18;;400;27;11;800;2;5;40;4;6;;;-41;1;1;;;1061;2156 reste;527;709;;;;;reste;171;204;reste;1181;1932;;;-42;0;0;;;; total;1233;2381;;t30;45;214;total;1233;2381;total;1233;2381;;;-43;0;0;;;; diagr;705;1651;;;;;diagr;356;505;diagr;51;428;;;-44;0;1;;;; - t30;673;1297;;;;;;;;;;;;;-45;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-46;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-47;0;1;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-49;0;3;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-50;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;reste;3;6;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;total;22;307;;;; </pre> ====mba intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_négatifs_S-|mba intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;2;;1;1;2;;;;;;;1;3;;;1;;;1;;;;;;1;;;;;;;;1;1;;;;;;1;;;;;;;;;;2;18 continu;33;0;2;119;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;6;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;7;311 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;3;1;2;0;0;0;0;0;0;1;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;22 ;Sc-;33;0;2;117;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;5;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;6;307 </pre> ====mba autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_autres_intercalaires|mba autres intercalaires]] <pre> ;mba;autres intercalaires;;adresses1;;mba;autres intercalaires;;adresses2;;;mba;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;91192;137;;;deb;°CDS;1516050;286;comp;;deb;°CDS;2622097;1489; ;&tRNA;92076;132;comp;;;&tRNA;1516507;760;;;;&tRNA;2625515;1102; ;&tRNA;92293;298;comp;;fin;°CDS;1517340;;comp;;fin;°CDS;2626691;; fin;°CDS;92676;;comp;;deb;°CDS;1538879;36;comp;;deb;°CDS;2650514;164; deb;°CDS;98630;535;comp;;;&tRNA;1539323;1249;comp;;;&tRNA;2651461;218; ;&tRNA;99873;222;comp;;fin;°CDS;1540645;;comp;;fin;°CDS;2651751;; fin;°CDS;100178;;comp;;deb;°CDS;1546247;576;comp;;deb;°CDS;2663547;318; deb;°CDS;146979;80;comp;;;&tRNA;1548368;448;comp;;;&tRNA;2664987;263;comp ;&tRNA;147599;198;comp;;fin;°CDS;1548890;;;;fin;°CDS;2665322;; fin;°CDS;147869;;comp;;deb;°CDS;1550566;745;;;deb;°CDS;2856552;134; deb;°CDS;199345;492;comp;;;&tRNA;1551506;506;comp;;;&tRNA;2857544;153;comp ;&tRNA;200761;71;comp;;fin;°CDS;1552086;;;;fin;°CDS;2857782;;comp ;&tRNA;200905;119;comp;;deb;°CDS;1621639;433;;;deb;°CDS;3326036;539; ;&tRNA;201099;790;comp;;;&tRNA;1623269;112;;;;&tRNA;3327097;995; fin;°CDS;201962;;;;;&tRNA;1623497;300;;;fin;°CDS;3328164;; deb;°CDS;260990;173;;;fin;°CDS;1623870;;comp;;deb;°CDS;3994472;514; ;&tRNA;261706;673;;;deb;°CDS;1657967;616;comp;;;&tRNA;3995436;477;comp fin;°CDS;262451;;;;;repeat_region;1660242;74;;;fin;°CDS;3996007;; deb;°CDS;355894;309;;;fin;°CDS;1661656;;;;deb;°CDS;4005709;269; ;repeat_region;356467;137;;;deb;°CDS;1714788;154;;;;&tRNA;4006296;860; fin;°CDS;359947;;;;;&tRNA;1715224;187;comp;;;repeat_region;4007239;169; deb;°CDS;463836;2075;comp;;fin;°CDS;1715483;;comp;;fin;°CDS;4009182;;comp ;&tRNA;466799;94;;;deb;°CDS;1755811;113;comp;;deb;°CDS;4031590;1075;comp ;&tRNA;466965;221;;;;&tRNA;1756107;0;comp;;;&tRNA;4032947;182; fin;°CDS;467271;;comp;;fin;°CDS;1756182;;comp;;fin;°CDS;4033202;;comp deb;°CDS;473154;298;;;deb;°CDS;1842058;16;;;deb;°CDS;4041205;96;comp ;&tRNA;474022;246;comp;;;&tRNA;1842212;717;comp;;;&tRNA;4042057;375; fin;°CDS;474343;;comp;;fin;°CDS;1843003;;;;fin;°CDS;4042517;;comp deb;°CDS;692109;349;comp;;deb;°CDS;1852573;1379;comp;;deb;°CDS;4045359;718;comp ;&tRNA;693337;400;;;;&tRNA;1854261;198;comp;;;&tRNA;4048993;35; 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;&tRNA;1135447;126;comp;;fin;°CDS;2029356;;comp;;;&tRNA;4553051;717; fin;°CDS;1135645;;comp;;deb;°CDS;2157926;567;;;fin;°CDS;4553840;; deb;°CDS;1137210;488;;;;&tRNA;2159252;349;;;deb;°CDS;4617920;200; ;$rRNA;1138169;74;comp;;fin;°CDS;2159712;;;;;&tRNA;4618540;351; ;$rRNA;1138365;209;comp;;deb;°CDS;2194967;718;comp;;deb;°CDS;4618969;377; ;$rRNA;1141481;835;comp;;;$rRNA;2196021;209;;;;&tRNA;4619568;214; fin;°CDS;1143794;;;;;$rRNA;2197708;74;;;fin;°CDS;4619860;;comp deb;°CDS;1249870;423;comp;;;$rRNA;2200689;607;;;deb;°CDS;4673041;289; ;&tRNA;1250464;546;comp;;fin;°CDS;2201418;;comp;;;$rRNA;4673933;74;comp fin;°CDS;1251084;;;;deb;°CDS;2434335;603;comp;;;$rRNA;4674129;116;comp deb;°CDS;1315521;-12;;;;&tRNA;2435213;223;comp;;;&tRNA;4677152;85;comp ;&tRNA;1315680;174;comp;;;&tRNA;2435508;74;;;;$rRNA;4677310;1247;comp fin;°CDS;1315926;;;;;&tRNA;2435659;241;;;fin;°CDS;4680035;; ;;;;;;fin;°CDS;2435977;;comp;;deb;°CDS;4759174;89;comp ;;;;;;;;;;;;;&tRNA;4759500;655;comp ;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;4760232;;comp </pre> ====mba intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_tRNA|mba intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aa;comp’;cds aa deb;comp’;cds aa fin ;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;132;comp’;137;;298;;15;0;'''deb; ;;;535;;222;;36;125;<201;9 ;;;80;;198;;64;126;total;25 ;71 119;;492;comp’;790;;80;153;taux;36% ;;;173;;673;;89;187;; ;94;comp’;2075;comp’;221;;113;198;'''fin; ;;comp’;298;;246;;164;198;<201;8 ;;comp’;349;comp’;400;;173;199;total;23 ;;comp’;488;;307;;200;218;taux;35% ;;;799;;;;235;220;; ;63 63;;15;;273;;269;222;'''total; ;65;;235;;126;;349;246;<201;17 ;;;423;comp’;546;;377;273;total;48 ;;comp’;-12;comp’;174;;423;298;taux;35% ;;comp’;286;comp’;760;;433;307;; ;;;36;;1249;;535;349;; ;;;576;comp’;448;;536;351;; ;;comp’;745;comp’;506;;539;655;; ;112;;433;comp’;300;;567;673;; ;;comp’;154;;187;;576;717;; ;;;113;;0;;603;995;; ;;comp’;16;comp’;717;;799;1102;; ;;;1379;;198;;1379;1249;; ;;;349;comp’;445;;1489;-;; ;;comp’;183;;125;;2315;-;'''comp’;'''cumuls ;;;2315;;199;;'''-12;35;; ;;comp’;314;comp’;513;;16;174;'''deb; ;;;567;;349;;96;177;<201;7 '''comp’;'''223;;603;comp’;241;;134;182;total;21 ;'''74;;;;;;137;214;taux;33% ;;;1489;;1102;;154;221;; ;;;164;;218;;183;241;'''fin; 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WH1;;;;;;;;;;;; comp;38726..40264;;cds;;698;*698;;;*513;;2-isopropylmalate synthase;* ;40963..42450;;16s;;208;;;;1488;;;* ;42659..45491;;23s;;130;;;;2833;;;* ;45622..45743;;5s;;857;*857;;;122;;;* ;46601..47164;;cds;;102;102;;;188;;hp;* ;47267..47338;;tgc;+;72;;72;;;;;* ;47411..47482;;tgc;2 tgc;411;*411;;;;;;* ;47894..48508;;cds;;;;;;205;;endonuclease III;* ;;;;;;;;;;;;* comp;71092..72423;;cds;;384;384;;;444;;signal recognition particle protein;* comp;72808..72882;;atgf;+;89;;*89;;;;;* comp;72972..73046;;atgf;2 atgf;234;234;;;;;;* ;73281..73472;;cds;;;;;;64;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;175573..176153;;cds;;163;163;;;194;;hp;* comp;176317..176389;;gac;;111;;*111;;;;;* comp;176501..176614;;tac;@1;295;295;;;;;;* ;176910..177248;;cds;;;;;;113;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;214884..215966;;cds;;801;*801;;;361;;hp;* comp;216768..216841;;aca;;150;150;;;;;;* ;216992..217582;;cds;;;;;;197;;aldolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;372219..373091;;cds;;558;*558;;;291;;hp;* comp;373650..373723;;gtg;;340;340;;;;;;* ;374064..374828;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;* ;;;;;;;;;;;;* comp;379248..381950;;cds;;1076;*1076;;;*901;;DNA mismatch repair protein MutS;* comp;383027..383104;;ccc;;193;193;;;;;;* comp;383298..383882;;cds;;;;;;195;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;532751..533176;;cds;;356;356;;;142;;hp;* comp;533533..533607;;cca;;149;149;;;;;;* comp;533757..534308;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;598666..599850;;cds;;170;170;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;* ;600021..600092;;cgc;;341;341;;;;;;* ;600434..600868;;cds;;;;;;145;;cell surface lipoprotein;* ;;;;;;;;;;;;* ;680493..681734;;cds;;185;185;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;* ;681920..681994;;gag;;242;242;;;;;;* >;682237..682560;;cds;;;;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* ;689062..689631;;cds;;36;36;;;190;;phosphatase PAP2 family protein;* comp;689668..689752;;cta;;73;;73;;;;;* comp;689826..689897;;gga;;1481;*1481;;;;;;* ;691379..691483;;cds;;;;;;35;;CcmD family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;793563..795017;;cds;;111;111;;;485;;p-IS66 family transposase;* comp;795129..795213;;ctc;+;117;;*117;;;;;* comp;795331..795418;;ctc;2 ctc;235;235;;;;;;* comp;795654..796454;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;* ;;;;;;;;;;;;* ;810088..810471;;cds;;861;*861;;;128;;hp;* comp;811333..811415;;tcc;;123;123;;;;;;* comp;811539..812555;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;* ;;;;;;;;;;;;* comp;893309..894232;;cds;;391;391;;;308;;aldolase;* comp;894624..894696;;aac;+;87;;*87;;;;;* comp;894784..894858;;atgi;2 aac;110;;*110;;;;;* comp;894969..895041;;aac;;1415;*1415;;;;;;* comp;896457..897506;;cds;;;;;;350;;TIGR00303 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;949570..950112;;cds;;208;208;;;181;;nitroreductase family protein;* ;950321..950392;;cgg;;498;*498;;;;;;* comp;950891..952300;;cds;;;;;;470;;NADPH-dependent glutamate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1088496..1090946;;cds;;360;360;;;*817;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* comp;1091307..1091378;;gcc;;227;;*227;;;;;* ;1091606..1091682;;atc;+;62;;62;;;;;* ;1091745..1091818;;atc;2 atc;353;353;;;;;;* comp;1092172..1092585;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1155736..1156137;;cds;;210;210;;;134;;AsnC family transcriptional regulator;* ;1156348..1156425;;gaa;+;718;;*718;;;;;* ;1157144..1157221;;gaa;2 gaa;233;233;;;;;;* comp;1157455..1158645;;cds;@4;;;;;397;;ISH3 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1199367..1200149;;cds;;967;*967;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;1201117..1202604;;16s;;80;;;;1488;;;* ;1202685..1202757;;gca;;135;;;;;;;* ;1202893..1205725;;23s;;130;;;;2833;;;* ;1205856..1205977;;5s;;5;5;;;122;;;* comp;1205983..1206231;;cds;;;;;;83;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1207508..1211485;;cds;;12;12;;;*1326;;PAS domain S-box protein;* comp;1211498..1211582;;ctg;;190;190;;;;;;* comp;1211773..1212681;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1220571..1220783;;cds;;596;*596;;;71;;MoaD/ThiS family protein;* comp;1221380..1221451;;ggc;+;25;;25;;;;;* comp;1221477..1221551;;ttc;2 ggc;57;;57;;;;;* comp;1221609..1221682;;gtc;2 ttc;71;;71;;;;;* comp;1221754..1221825;;ggc;2 gtc;25;;25;;;;;* comp;1221851..1221925;;ttc;;118;;*118;;;;;* comp;1222044..1222117;;gtc;;358;358;;;;;;* ;1222476..1223792;;cds;;;;;;439;;methanogenesis marker 16 metalloprotein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1400830..1401773;;cds;;914;*914;;;315;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;1402688..1402761;;gta;;287;287;;;;;;* ;1403049..1403276;;cds;;;;;;76;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1504221..1505630;;cds;;686;*686;;;470;;F0F1 ATP synthase subunit beta;* comp;1506317..1506410;;cga;;750;*750;;;;;;* ;1507161..1508039;;cds;;;;;;293;;response regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1513245..1513562;;cds;;213;213;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;* ;1513776..1513858;;ttg;;268;268;;;;;;* >;1514127..1514647;;cds;;;;;;174;;p-IS1634 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1887880..1888338;;cds;;392;392;;;153;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein;* comp;1888731..1888802;;ggc;;378;378;;;;;;* ;1889181..1890518;;cds;;;;;;446;;DHH family phosphoesterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1962666..1963553;;cds;;130;130;;;296;;hp;* comp;1963684..1963768;;tta;;235;235;;;;;;* ;1964004..1964759;;cds;;;;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1971331..1971852;;cds;;319;319;;;174;;hp;* comp;1972172..1972244;;cag;;204;204;;;;;;* comp;1972449..1972850;;cds;;;;;;134;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2170713..2172446;;cds;;156;156;;;*578;;radical SAM protein;* comp;2172603..2172674;;cac;;174;174;;;;;;* comp;2172849..2173631;;cds;;;;;;261;;thiazole biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;2320809..2321131;;cds;;141;141;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;* comp;2321273..2321344;;gcg;;65;65;;;;;;* comp;2321410..2321679;;cds;;;;;;90;;elongation factor 1-beta;* ;;;;;;;;;;;;* ;2387890..2388675;;cds;;150;150;;;262;;peptidylprolyl isomerase;* ;2388826..2388911;;tca;;326;326;;;;;;* comp;2389238..2389453;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2678132..2678368;;cds;;85;85;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;* comp;2678454..2678530;;aaa;;824;*824;;;;;;* comp;2679355..2679537;;cds;;;;;;61;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3091524..3091754;;cds;;271;271;;;77;;hp;* comp;3092026..3092147;;5s;;130;;;;122;;;* comp;3092278..3095110;;23s;;208;;;;2833;;;* comp;3095319..3096806;;16s;;839;*839;;;1488;;;* ;3097646..3097975;;cds;;;;;;110;;translation initiation factor eIF-1A;* ;;;;;;;;;;;; comp;3153517..3155214;;cds;;599;*599;;;*566;;diguanylate phosphodiesterase;* comp;3155814..3155923;;atgj;;799;*799;;;;;;* ;3156723..3157106;;cds;;;;;;128;;tRNA CCA-pyrophosphorylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3241682..3242944;;cds;;473;*473;;;421;;diaminopimelate decarboxylase;* ;3243418..3243489;;ggg;;377;377;;;;;;* ;3243867..3244073;;cds;;;;;;69;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3341829..3342017;;cds;@2;0;*0;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;* ;3342018..3342092;;ccg;;112;112;;;;;;* ;3342205..3342387;;cds;;;;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;* ;;;;;;;;;;;;* ;3358176..3359186;;cds;;533;*533;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;* ;3359720..3359791;;acg;;52;52;;;;;;* comp;3359844..3360305;;cds;;;;;;154;;peroxiredoxin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3397316..3398947;;cds;;422;*422;;;*544;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;* ;3399370..3399684;;ncRNA;@3;149;149;;;315;;;* ;3399834..3399918;;agc;;230;230;;;;;;* ;3400149..3400847;;cds;;;;;;233;;ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3435506..3436918;;cds;;181;181;;;471;;phosphotransferase;* ;3437100..3437183;;tcg;;273;273;;;;;;* ;3437457..3437948;;cds;;870;*870;;;164;;rubrerythrin family protein;* ;3438819..3438989;;cds;;107;107;;;57;;hp;* ;3439097..3439289;;tgg;;42;42;;;;;;* comp;3439332..3439484;;cds;;;;;;51;;hp MLELDILDLDILDLDILDLKILELEILELEVLELEILELEILELEVLVQS;* ;;;;;;;;;;;;* ;3456114..3456473;;cds;;260;260;;;120;;hp;* comp;3456734..3456805;;acc;;200;200;;;;;;* comp;3457006..3457518;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3583589..3584044;;cds;;295;295;;;152;;N-acetyltransferase;* comp;3584340..3584414;;agg;;339;339;;;;;;* ;3584754..3585317;;cds;;;;;;188;;biotin transporter BioY;* ;;;;;;;;;;;;* ;3593430..3593861;;cds;;343;343;;;144;;PspC domain-containing protein;* comp;3594205..3594279;;aga;;348;348;;;;;;* ;3594628..3595506;;cds;;;;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3603458..3603697;;cds;;389;389;;;80;;type II toxin-antitoxin system HicB family antitoxin;* ;3604087..3604159;;caa;;633;*633;;;;;;* comp;3604793..3606301;;cds;;;;;;*503;;lipopolysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3856073..3856279;;cds;;402;*402;;;69;;TRAM domain-containing protein;* ;3856682..3856755;;aag;;498;*498;;;;;;* ;3857254..3857424;;cds;;;;;;57;;CopG family transcriptional regulator;* </pre> ====mfe cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_cumuls|mfe cumuls]] <pre> mfe cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;1;1;;100;18;30;0 ;16 23 5s 0;2;20;0;;50;4;20;;200;29;60;4 ;16 gca 235;1;40;2;;100;3;40;;300;12;90;14 ;16 23 5s a;0;60;1;;150;11;60;;400;9;120;6 ;max a;1;80;4;;200;9;80;;500;9;150;8 ;a doubles;0;100;2;;250;10;100;;600;5;180;7 ;autres;0;120;4;;300;7;120;;700;0;210;9 ;total aas;1;140;0;;350;7;140;;800;0;240;1 sans ;opérons;40;160;0;;400;10;160;;900;1;270;6 ;1 aa;31;180;0;;450;3;180;;1000;1;300;4 ;max a;6;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;3 ;a doubles;7;;2;;;20;;;;1;;23 ;total aas;55;;15;0;;88;;0;;85;;85 total aas;;56;;;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;131;;;376;;;;255;; ;;;variance;169;;;299;;;;210;; sans jaune;;;moyenne;55;;;223;;;;207;;157 ;;;variance;21;;;108;;;;127;;80 </pre> ====mfe blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_blocs|mfe blocs]] <pre> mfe blocs;;;; cds;698;513;2-isopropylmalate synthase;* 16s;208;1488;;* 23s;130;2833;;* 5s;857;122;;* cds;102;188;hp;* ;;;; cds;967;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* 16s;80;1488;;* gca;135;;;* 23s;130;2833;;* 5s;5;122;;* cds;;83;hp;* ;;;; cds;271;77;hp;* 5s;130;122;;* 23s;208;2833;;* 16s;839;1488;;* cds;;110;translation initiation factor eIF-1A;* </pre> ====mfe remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_remarques|mfe remarques]] <pre> mfe;;;;;;56;56 atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====mfe distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_distribution|mfe distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc; gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mfe;;31;;;;;;;mfe;14;;;;;;;;mfe;10;;;;;; </pre> ====mfe données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_données_intercalaires|mfe données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mfe;fx;fc;mfe;fx40;fc40;mfe;x-;c-;c;x;c;x;aa ;1;0;1;17;0;1;17;-1;;26;102;207;CDS 16s;; ;0;10;11;152;1;2;28;-2;1;0;411;295;;704; 1;0;20;15;94;2;0;29;-3;;0;384;150;;973; ;0;30;21;74;3;1;16;-4;4;116;225;340;;845; 1;0;40;22;60;4;1;15;-5;;0;801;170;16s 23s;; 1;0;50;24;58;5;1;18;-6;;0;558;36;2* 196;; 1;0;60;11;41;6;1;14;-7;;4;1076;1611;23s 5s;; ;1;70;18;55;7;2;3;-8;;27;193;861;3* 74;; ;0;80;23;52;8;1;7;-9;2;0;356;498;5s CDS;; ;1;90;24;43;9;1;8;-10;2;6;149;360;857;5; ;0;100;18;41;10;1;14;-11;;10;332;353;;271; ;2;110;25;48;11;2;15;-12;1;0;185;233;16s tRNA;; ;2;120;24;44;12;0;11;-13;;5;296;12;84;;gca 1;1;130;30;46;13;2;12;-14;1;11;111;358;tRNA 23s;; ;0;140;10;40;14;3;8;-15;;1;235;774;119;;gca 1;3;150;25;36;15;3;10;-16;;1;123;392;tRNA tRNA;; ;1;160;13;41;16;2;3;-17;1;9;391;378;72;;tgc 1;0;170;25;35;17;1;7;-18;;1;1415;130;**;;tgc ;1;180;22;31;18;0;8;-19;;1;208;235;89;;atgf ;3;190;14;38;19;2;12;-20;;5;210;319;**;;atgf ;2;200;11;28;20;0;8;-21;;0;190;326;111;;gac 1;3;210;17;42;21;0;11;-22;;1;596;799;**;;tac ;1;220;27;29;22;0;3;-23;;3;914;473;73;;cta ;2;230;24;32;23;3;9;-24;;1;287;52;**;;gga 2;1;240;18;34;24;2;12;-25;;3;686;42;117;;ctc ;0;250;10;20;25;0;8;-26;;2;213;260;**;;ctc 1;0;260;18;34;26;0;10;-27;;0;268;339;87;;aac ;1;270;14;26;27;1;5;-28;;1;204;343;110;;atgi ;1;280;16;21;28;11;10;-29;;0;156;348;**;;aac ;1;290;16;20;29;1;2;-30;;0;174;633;-;227;gcc 1;2;300;19;25;30;3;4;-31;;0;141;402;62;;atc ;0;310;10;21;31;2;6;-32;;1;65;;**;;atc 1;0;320;14;24;32;2;3;-33;1;0;150;;718;;gaa 1;0;330;15;23;33;1;1;-34;;0;85;;**;;gaa 2;1;340;12;20;34;2;7;-35;;6;824;;25;;ggc 2;0;350;13;22;35;2;4;-36;;0;599;;57;;ttc 3;1;360;13;14;36;2;4;-37;;0;377;;71;;gtc ;0;370;13;13;37;1;10;-38;;0;0;;25;;ggc 1;1;380;15;17;38;3;5;-39;1;0;112;;118;;ttc ;2;390;12;18;39;4;8;-40;;0;533;;**;;gtc 1;1;400;12;15;40;3;12;-41;;4;230;;;; 8;12;reste;372;467;reste;997;1614;-42;;0;181;;;; 31;48;total;1067;2011;total;1067;2011;-43;;0;273;;;; 23;35;diagr;694;1527;diagr;69;380;-44;;0;107;;;; 1;0; t30;47;320;;;;-45;;0;200;;;; ;;;;;;;;-46;;0;295;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;389;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;498;;;; ;x;1066;17;1;1084;;;-49;;0;;;;; ;c;1994;250;17;2261;;;-50;;0;;;;; ;;;;;3345;122;;reste;3;3;;;;; ;;;;;;3467;;total;17;250;;;;; </pre> =====mfe autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_autres_intercalaires_aas|mfe autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;mfe;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;38726;40264;704;*; ;;rRNA;40969;42446;196;*;1478 ;;rRNA;42643;45547;74;*;2905 ;;rRNA;45622;45743;857;*;122 deb;;CDS;46601;47164;102;*; ;;tRNA;47267;47338;72;*;tgc ;;tRNA;47411;47482;411;*;tgc fin;;CDS;47894;48508;;; deb;comp;CDS;71092;72423;384;*; ;comp;tRNA;72808;72882;89;*;atgf ;comp;tRNA;72972;73046;207;*;atgf fin;;CDS;73254;73472;;0; deb;comp;CDS;175573;176091;225;*; ;comp;tRNA;176317;176389;111;*;gac ;comp;tRNA;176501;176614;295;*;tac fin;;CDS;176910;177248;;0; deb;comp;CDS;214884;215966;801;*; ;comp;tRNA;216768;216841;150;*;aca fin;;CDS;216992;217582;;; deb;comp;CDS;372219;373091;558;*; ;comp;tRNA;373650;373723;340;*;gtg fin;;CDS;374064;374828;;0; deb;comp;CDS;379248;381950;1076;*; ;comp;tRNA;383027;383104;193;*;ccc fin;comp;CDS;383298;383828;;; deb;;CDS;508114;509238;100;*; ;comp;ncRNA;509339;509698;415;*; fin;;CDS;510114;511253;;; deb;comp;CDS;532751;533176;356;*; ;comp;tRNA;533533;533607;149;*;cca fin;comp;CDS;533757;534308;;; deb;comp;CDS;598666;599850;170;*; ;;tRNA;600021;600092;332;*;cgc fin;;CDS;600425;600868;;0; deb;;CDS;680493;681734;185;*; ;;tRNA;681920;681994;296;*;gag fin;;CDS;682291;682578;;0; deb;;CDS;689098;689631;36;*; ;comp;tRNA;689668;689752;73;*;cta ;comp;tRNA;689826;689897;1611;*;gga fin;;CDS;691509;691889;;; deb;comp;CDS;793563;795017;111;*; ;comp;tRNA;795129;795213;117;*;ctc ;comp;tRNA;795331;795418;235;*;ctc fin;comp;CDS;795654;796454;;; deb;;CDS;810088;810471;861;*; ;comp;tRNA;811333;811415;123;*;tcc fin;comp;CDS;811539;812555;;; deb;comp;CDS;893309;894232;391;*; ;comp;tRNA;894624;894696;87;*;aac ;comp;tRNA;894784;894858;110;*;atgi ;comp;tRNA;894969;895041;1415;*;aac fin;comp;CDS;896457;897506;;; deb;;CDS;949570;950112;208;*; ;;tRNA;950321;950392;498;*;cgg fin;comp;CDS;950891;952300;;; deb;;CDS;1088496;1090946;360;*; ;comp;tRNA;1091307;1091378;227;*;gcc ;;tRNA;1091606;1091682;62;*;atc ;;tRNA;1091745;1091818;353;*;atc fin;comp;CDS;1092172;1092585;;; deb;;CDS;1155748;1156137;210;*; ;;tRNA;1156348;1156425;718;*;gaa ;;tRNA;1157144;1157221;233;*;gaa fin;comp;CDS;1157455;1158645;;; deb;comp;CDS;1199367;1200149;973;*; ;;rRNA;1201123;1202600;84;*;1478 ;;tRNA;1202685;1202757;119;*;gca ;;rRNA;1202877;1205781;74;*;2905 ;;rRNA;1205856;1205977;5;*;122 fin;comp;CDS;1205983;1206231;;; deb;;CDS;1207508;1211485;12;*; ;comp;tRNA;1211498;1211582;190;*;ctg fin;comp;CDS;1211773;1212681;;; deb;comp;CDS;1220571;1220783;596;*; ;comp;tRNA;1221380;1221451;25;*;ggc ;comp;tRNA;1221477;1221551;57;*;ttc ;comp;tRNA;1221609;1221682;71;*;gtc ;comp;tRNA;1221754;1221825;25;*;ggc ;comp;tRNA;1221851;1221925;118;*;ttc ;comp;tRNA;1222044;1222117;358;*;gtc fin;;CDS;1222476;1223792;;0; deb;;CDS;1400830;1401773;914;*; ;;tRNA;1402688;1402761;287;*;gta fin;;CDS;1403049;1403276;;; deb;comp;CDS;1504221;1505630;686;*; ;comp;tRNA;1506317;1506410;774;*;cga fin;;CDS;1507185;1508039;;0; deb;;CDS;1513245;1513562;213;*; ;;tRNA;1513776;1513858;268;*;ttg fin;;CDS;1514127;1514647;;; deb;;CDS;1887880;1888338;392;*; ;comp;tRNA;1888731;1888802;378;*;ggc fin;;CDS;1889181;1890518;;; deb;;CDS;1962666;1963553;130;*; ;comp;tRNA;1963684;1963768;235;*;tta fin;;CDS;1964004;1964759;;; deb;;CDS;1971373;1971852;319;*; ;comp;tRNA;1972172;1972244;204;*;cag fin;comp;CDS;1972449;1972850;;; deb;comp;CDS;2066516;2069038;121;*; ;;repeat_region;2069160;2069707;535;*; fin;;CDS;2070243;2071250;;; deb;comp;CDS;2073346;2074599;417;*; ;;repeat_region;2075017;2076588;535;*; fin;;CDS;2077124;2077771;;0; deb;comp;CDS;2170713;2172446;156;*; ;comp;tRNA;2172603;2172674;174;*;cac fin;comp;CDS;2172849;2173631;;; deb;;CDS;2231846;2232133;164;*; ;;repeat_region;2232298;2233846;77;*; fin;;CDS;2233924;2235552;;0; deb;comp;CDS;2320856;2321131;141;*; ;comp;tRNA;2321273;2321344;65;*;gcg fin;comp;CDS;2321410;2321679;;; deb;;CDS;2387890;2388675;150;*; ;;tRNA;2388826;2388911;326;*;tca fin;comp;CDS;2389238;2389453;;; deb;comp;CDS;2678132;2678368;85;*; ;comp;tRNA;2678454;2678530;824;*;aaa fin;comp;CDS;2679355;2679537;;; deb;;CDS;2969291;2969554;306;*; ;;repeat_region;2969861;2971629;480;*; fin;;CDS;2972110;2973468;;; deb;;CDS;2979566;2980078;280;*; ;;repeat_region;2980359;2981568;343;*; ;;repeat_region;2981912;2982974;5;*; fin;;CDS;2982980;2983372;;; deb;;CDS;3091533;3091754;271;*; ;comp;rRNA;3092026;3092147;74;*;122 ;comp;rRNA;3092222;3095126;196;*;2905 ;comp;rRNA;3095323;3096800;845;*;1478 fin;;CDS;3097646;3097975;;; deb;comp;CDS;3153517;3155214;599;*; ;comp;tRNA;3155814;3155923;799;*;atgj fin;;CDS;3156723;3157106;;; deb;comp;CDS;3241682;3242944;473;*; ;;tRNA;3243418;3243489;377;*;ggg fin;;CDS;3243867;3244073;;0; deb;;CDS;3341829;3342017;0;*; ;;tRNA;3342018;3342092;112;*;ccg fin;;CDS;3342205;3342387;;; deb;;CDS;3358176;3359186;533;*; ;;tRNA;3359720;3359791;52;*;acg fin;comp;CDS;3359844;3360305;;; deb;comp;CDS;3397316;3398947;422;*; ;;ncRNA;3399370;3399684;149;*; ;;tRNA;3399834;3399918;230;*;agc fin;;CDS;3400149;3400847;;; deb;;CDS;3435506;3436918;181;*; ;;tRNA;3437100;3437183;273;*;tcg fin;;CDS;3437457;3437948;;; deb;;CDS;3438819;3438989;107;*; ;;tRNA;3439097;3439289;42;*;tgg fin;comp;CDS;3439332;3439484;;0; deb;;CDS;3456114;3456473;260;*; ;comp;tRNA;3456734;3456805;200;*;acc fin;comp;CDS;3457006;3457518;;; deb;comp;CDS;3583589;3584044;295;*; ;comp;tRNA;3584340;3584414;339;*;agg fin;;CDS;3584754;3585317;;; deb;;CDS;3593430;3593861;343;*; ;comp;tRNA;3594205;3594279;348;*;aga fin;;CDS;3594628;3595506;;; deb;;CDS;3603458;3603697;389;*; ;;tRNA;3604087;3604159;633;*;caa fin;comp;CDS;3604793;3606301;;; deb;comp;CDS;3856073;3856279;402;*; ;;tRNA;3856682;3856755;498;*;aag fin;;CDS;3857254;3857424;;0; </pre> ===archées synthèse=== ====archées distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_génome|archées distribution par génome]] <pre> arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total mba;14;37;;;;1;9;;61 mfe;14;31;;;;1;10;;56 mfi;25;20;;;;2;;;47 mja;8;16;1;4;6;2;;;37 total;61;104;1;4;6;6;19;0;201 ;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;;;; </pre> ====archées distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_du_total|archées distribution du total]] <pre> atgi;4;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;4;tac;4;tgc;8 atc;6;acc;4;aac;7;agc;4 ctc;6;ccc;3;cac;4;cgc;4 gtc;6;gcc;4;gac;4;ggc;8 tta;6;tca;4;taa;;tga;1 ata;;aca;5;aaa;5;aga;4 cta;4;cca;4;caa;5;cga;4 gta;4;gca;6;gaa;7;gga;4 ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4 atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3 ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2 gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3 arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;80;104;1;4;6;6;201 ;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;; </pre> ====archées distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_type|archées distribution par type]] <pre> ;;;;;;;104;;;;;;;;;61;;;;;;;;;19 atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;4;tac;;tgc;3;;ttc;5;tcc;;tac;3;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;4 atc;2;acc;2;aac;1;agc;4;;atc;;acc;2;aac;5;agc;;;atc;4;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;3;cac;2;cgc;4;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;4;ccc;;cac;;cgc; gtc;1;gcc;2;gac;;ggc;2;;gtc;5;gcc;2;gac;3;ggc;6;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;5;tca;4;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;3;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;2;caa;4;cga;4;;cta;3;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;3;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;2;tcg;3;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;3;aag;2;agg;2;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;3;gcg;3;gag;2;ggg;3;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; archées;1aa;104;;;;;;;archées;>1aa;61;;;;;;;archées;duplica;19;;;;; ;;4;4;;;;;;;;37;61;;;;;;;;0;0;;;; ;;68;65;;;;;;;;7;11;;;;;;;;4;21;;;; ;;32;31;;;;;;;;17;28;;;;;;;;15;79;;;; </pre> ====archées par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_par_rapport_au_groupe_de_référence|archées par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;40;11;4;;;;55; 16;moyen;39;16;8;;;9;72; 14;fort;25;34;7;4;;4;74; ; ;104;61;19;4;;13;201; 10;g+cgg;26;2;;;;;28; 2;agg+cga;6;1;;;;;7; 4;carre ccc;7;8;4;;;;19; 5;autres;1;;;;;;1; ;;40;11;4;;;;55; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;199;55;20;;;;274;26 16;moyen;194;80;40;;;45;358;324 14;fort;124;169;35;20;;20;368;650 ; ;517;303;95;20;;65;201;729 10;g+cgg;129;10;;;;;139;10 2;agg+cga;30;5;;;;;35; 4;carre ccc;35;40;20;;;;95;16 5;autres;5;;;;;;5; ;;199;55;20;;;;274; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;217;60;22;299;26;38;18; 16;moyen;212;87;43;342;324;38;26; 14;fort;136;185;38;359;650;24;56; ; ;565;332;103;184;729;104;61; 10;g+cgg;141;11;;152;10;65;; 2;agg+cga;33;5;;38;;15;; 4;carre ccc;38;43;22;103;16;18;; 5;autres;5;;;5;;3;; ;;217;60;22;299;;40;; </pre> ====euryarchaeota, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#euryarchaeota,_estimation_des_-rRNAs|euryarchaeota, estimation des -rRNAs]] <pre> euryarchaeota;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 63 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;63;124; ; ;;indices;;;;63;197;0;0;;eury4;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;184 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;2;tac;;tgc;28;;ttc;;tcc;3;tac;;tgc;44;;ttc;5;tcc;4;tac;3;tgc;8 atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc;;;atc;6;acc;4;aac;6;agc;4 ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;6;ccc;3;cac;3;cgc;4 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;6;gcc;4;gac;3;ggc;8 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;6;tca;4;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;5;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;5;cga;4 gta;;gca;87;gaa;;gga;;;gta;;gca;138;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;6;gga;4 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4 atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3 ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;3;;ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3 ;;118;;3;;3;124;;;;187;;4.76190476190476;;5;197;;;;63;;66;;55;184 11.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;16.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;143;6935;0;0;;eury4;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4600 atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;75;tct;;tat;;atgf;175 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;102;tac;104;tgc;137;;ttc;122;tcc;106;tac;104;tgc;181;;ttc;125;tcc;100;tac;75;tgc;200 atc;119;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;121;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;150;acc;100;aac;150;agc;100 ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;150;ccc;75;cac;75;cgc;100 gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;150;gcc;100;gac;75;ggc;200 tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;150;tca;100;taa;;tga;25 ata;;aca;110;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;110;aaa;110;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;75;cca;75;caa;125;cga;100 gta;103;gca;13;gaa;132;gga;103;;gta;103;gca;151;gaa;132;gga;103;;gta;100;gca;;gaa;150;gga;100 ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;75;tcg;75;tag;;tgg;100 atgj;101;acg;90;aag;85;agg;88;;atgj;101;acg;90;aag;87;agg;88;;atgj;100;acg;75;aag;75;agg;75 ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;68;;ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;71;;ctg;75;ccg;50;cag;75;cgg;50 gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;100;gcg;75;gag;50;ggg;75 ;;1569;;1607;;1475;4651;;;;1757;;1612;;1480;4848;;;;1575;;1650;;1375;4600 rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;eury4;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;41.778;;;fréquences;;;;;atgi;24;tct;;tat;;atgf;28 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2632;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;100;;avec;150;;;10;17;;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;100;;genom;63;;;20;14;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;97;tac;100;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;2;tcc;2;tac;28;tgc;32 atc;99;acc;100;aac;100;agc;100;;archeo;46;;;40;3;;;;atc;20;acc;4;aac;19;agc;4 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgc;;;sans;184;;;50;2;46;;;ctc;19;ccc;19;cac;26;cgc;2 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;17;;;60;0;;;;gtc;19;gcc;1;gac;39;ggc;29 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;29;tca;1;taa;;tga;50 ata;;aca;100;aaa;96;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;9;aaa;5;aga;3 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par archeo;;;;90;0;;;;cta;27;cca;27;caa;13;cga;3 gta;100;gca;9;gaa;100;gga;100;;est 10% au dessus;;;;100;0;;;;gta;3;gca;100;gaa;12;gga;3 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;14;tcg;14;tag;;tgg;2 atgj;100;acg;100;aag;98;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;1;acg;17;aag;12;agg;15 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;96;;;;;;;;;;;ctg;12;ccg;36;cag;14;cgg;27 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;9;gcg;11;gag;40;ggg;5 rapports;;89;;100;;100;96;;;;;;;;;;;diff;;301;;220;;311;832 </pre> ==génomes synthèse== ===Les intercalaires entre cds d'un génome=== ====Fréquences des intercalaires cds-cds, courbes puissance==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds,_courbes_puissance|puissance]] *Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre classe <pre> ;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600; gen;cds;K6;'- a6;R2;K6 %0;;K12;'- a12;R2;k12/k6;a% ;;;;;;;;;;; pub;1,307;19,910;&1.63;89;&15,233;;;;;; ant;3,095;158,387;&'''1.80;85;&'''51,175;;;;;; abra;1,667;17,186;&1.41;81;10,310;;;;;; pmg;1,800;48,983;&1.62;85;&27,213;;;;;; mja;1,729;25,564;&1.45;81;&14,777;;;;;; fin rang faible;;;1.00;;2,121;;;;;5.0;1 rang moyen;;;1.18;;4,599;;;;;9.9;16 ;;;1.33;;12,201;;;;;17.6;31 rru;3,786;46,193;&1.4;73;12,201;;157,774;1.66;79;3.4;16 eco;4,024;64,507;&1.46;74;&16,031;;;;;; cvi;4,282;5,941;&1.42;79;1,387;;272,330;1.76;85;&'''45.8;19 ade;4,464;83,541;&1.51;81;&18,714;;344,171;1.81;86;4.1;17 bsu;4,213;110,979;&1.58;79;&26,323;;;;;; cbn;2,491;24,707;1.33;74;9,919;;;;;; afn;2,038;16,580;1.32;74;8,131;;;;;; ase;8,197;38,168;1.20;82;4,656;;537,079;1.74;84;14.1;31 scc;1,805;13,461;1.30;77;7,458;;;;;; Début rang fort;;;1.40;;14,777;;;;;30.0;39 rtb;793;1,117;°0.97;68;°1,409;;1,119;0.98;75;°'''1.0;°'''1 spl;4,213;6,234;°0.93;79;°1,480;;109,920;1.52;79;17.6;&39 pmq;7,223;15,320;°1.00;72;°2,121;;459,123;1.70;80;&30.0;&41 cbei;5,623;3,288;°0.73;79;°585;;111,913;1.45;75;&34.0;&50 blo;1,772;8,149;1.18;71;4,599;;;;;; myr;3,555;19,289;1.22;87;5,426;;97,139;1.55;87;°5.0;21 mba;3,943;561;°'''0.47;80;°'''142;;5,558;0.93;71;9.9;&49 </pre> *Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre pente a37 <pre> ;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600; gen;cds;K;-a;R2;K %;;K;-a;R2;k12/k6;a% pub;1 307;19 910;&1,63;89;&15 233;;;;;; rtb;793;1 117;°0,97;68;°1 409;;1 119;0,98;75;°1,0;°1 rru;3 786;46 193;&1,40;73;12 201;;157 774;1,66;79;°3,4;16 ;;;;;;;;;;; eco;4 024;64 507;&1,46;74;&16 031;;;;;; spl;4 213;6 234;°0,93;79;°1 480;;109 920;1,52;79;17,6;&39 ;;;;;;;;;;; bsu;4 216;110 979;&1,58;79;&26 323;;;;;; pmq;7 223;15 320;°1,00;72;°2 121;;459 123;1,70;80;&30,0;&41 ;;;;;;;;;;; cbn;2 491;24 707;1,33;74;9 919;;;;;; cbei;5 623;3 288;°0,73;79;°585;;111 913;1,45;75;&34,0;&50 ;;;;;;;;;;; ase;8 197;38 168;1,20;82;4 656;;537 079;1,74;84;14,1;31 blo;1 772;8 149;1,18;71;4 599;;;;;; ;;;;;;;;;;; myr;3 555;19 289;1,22;87;5 426;;97 139;1,55;87;°5,0;21 pmg;1 800;48 983;&1,62;85;&27 213;;;;;; abra;1 667;17 186;&1,41;81;10 310;;;;;; cvi;4 282;5 941;&1,42;79;°1 387;;272 330;1,76;85;&45,8;19 ade;4 464;83 541;&1,51;81;&18 714;;344 171;1,81;86;°4,1;17 ant;3 095;158 387;&1,80;85;&51 175;;;;;; afn;2 039;16 580;1,32;74;8 131;;;;;; scc;1 805;13 461;1,30;77;7 458;;;;;; mja;1 730;25 564;&1,45;81;&14 777;;;;;; mba;3 943;561;°0,47;80;°142;;5 558;0,93;71;9,9;&49 </pre> ====Fréquences des intercalaires cds-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds|cds-cds]] <pre> génome;nombre cds;intercalaires;200;rapport;26-370;;;total;;;;;;;;génome;;;;;;; gen;n-cds;inter%;moy;rap;a37;b37;R2;cds;<0;100;200;370;600;max;freq5;gen;<0;100;200;370;600;max;freq5 pub;1,343;3.0;37;14;5.93;17.15;63;1307;473;720;87;19;7;1;365;pub;362;551;67;15;5;1;''438 rtb;828;20.2;85;109;3.05;11.85;58;793;102;248;187;84;52;120;396;rtb;129;313;236;106;66;151;''573 rru;3,854;9.9;78;89;18.99;71.15;91;3786;683;1546;835;535;139;48;2 289;rru;180;408;221;141;37;13;'''738 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; eco;4,285;9.1;72;76;20.08;74.15;88;4024;738;1730;810;572;142;32;2 346;eco;183;430;201;142;35;8;714 spl;4,269;14.1;82;105;17.06;72.54;76;4213;426;1561;905;776;378;167;2 651;spl;101;371;215;184;90;40;700 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; bsu;4,325;9.5;72;64;29.29;'''96.38;81;4213;608;2086;971;412;118;18;2 606;bsu;144;495;230;98;28;4;'''723 pmq;7,258;13.8;88;130;28.46;'''126.75;90;7223;795;2448;1722;1520;506;232;4 818;pmq;110;339;238;210;70;32;'''750 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cbn;2,521;11.3;71;79;14.59;53.49;82;2491;176;1201;577;394;117;26;1 678;cbn;71;482;232;158;47;10;'''725 cbei;5,665;17.9;83;136;14.71;'''79.19;83;5622;400;1788;1188;1240;713;293;3 434;cbei;71;318;211;221;127;52;658 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ase;8,256;11.5;76;79;43.46;'''155.74;88;8197;1652;3299;1568;1047;399;232;4 749;ase;202;402;191;128;49;28;'''726 blo;1,824;10.6;88;116;9.53;36.46;78;1772;228;661;483;281;85;34;1 201;blo;129;373;273;159;48;19;'''778 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; myr;3,611;12.2;67;63;19.62;69.35;84;3555;302;1780;681;440;202;150;2 078;myr;85;501;192;124;57;42;639 pmg;1,839;8.5;55;35;11.99;37.52;76;1800;253;1104;267;120;42;14;935;pmg;141;613;148;67;23;8;''604 abra;1,712;7.2;65;57;8.52;28.44;82;1667;417;757;311;121;42;19;787;abra;250;454;187;73;25;11;630 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cvi;4,345;9.5;74;67;26.50;'''89.98;78;4282;756;1984;873;455;147;67;2 551;cvi;177;463;204;106;34;16;'''723 ade;4,506;8.5;70;66;25.60;'''87.68;90;4464;815;2097;919;464;124;45;2 517;ade;183;470;206;104;28;10;690 ant;3,119;6.0;56;38;16.12;51.22;81;3095;762;1651;474;150;33;25;1 309;ant;246;533;153;48;11;8;''561 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; afn;2,093;9.5;66;75;8.68;33.73;77;2038;307;934;401;304;69;23;1 128;afn;151;458;197;149;34;11;652 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; scc;1,847;8.8;69;72;8.68;31.86;82;1805;347;793;327;241;78;19;1 001;scc;192;439;181;134;43;11;687 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; mja;1,768;9.1;64;53;9.96;33.76;80;1729;219;956;340;166;36;12;955;mja;127;553;197;96;20;7;632 mba;3,995;26.7;85;154;5.54;38.77;46;3943;329;900;600;782;643;689;1 911;mba;83;228;152;198;163;175;''529 rang;X1 000;;;;;;;;;;;;;;;rang;;;;;;; faible;1350-2500;3-7;37-55;14-64;3-6;12-17;46-63;;;;;;;;;faible;70-100;230-375;65-150;15-70;5-25;4-15;438-604 moyen;3100-4500;8.5 -11.5;64-72;66-109;9-17;28-74;76-84;;;;;;;;;moyen;110-180;400-500;180-210;100-150;30-60;20-50;630-714 fort;5700-8300;12-27;78-88;116-154;19-43;79-156;88-91;;;;;;;;;fort;190-360;530-610;220-270;160-220;70-160;150-175;723-778 effectif;9 9 3;3 12 6;3 11 7;7 10 4;3 10 8;2 13 6;3 13 5;;;;;;;;;effectif;5 11 5;6 11 4;4 11 6;4 11 6;5 11 5;13 6 2; 5 9 7 </pre> ====Classement des génomes cds-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_cds-cds|Classement]] <pre> gen;n-cds;%;moy;rap;a37;R2;;<0;100;200;370;600;max '''pub;1m;''3;''37;''14;''5.93;''63;;'''362;'''551;''67;''15;''5;''1 '''ant;3m;''6;''56;''38;°16.12;°81;;'''246;'''533;''153;''48;''11;''8 '''abra;2m;''7;<u>65;''57;''8.52;°82;;'''250;°454;°187;''73;''25;<u>11 '''pmg;2m;<u>8,5;''55;''35;<u>11.99;°76;;°141;'''613;''148;''67;''23;''8 '''mja;2m;°9;<u>64;''53;''9.96;°80;;°127;'''553;°197;°96;''20;''7 ;;;;;;;;;;;;; fin rang faible;;''7,2;''56;''64;''10;''63;;''101;''375;''153;''73;''25;''8 ;;;;;;;;;;;;; rang moyen;;8.5;64;66;12;76;;110;402;181;96;28;10 ;;11.5;72;109;20;84;;183;502;211;149;57;16 ;;;;;;;;;;;;; '''rru;4M;°10;<u>'''78;°89;°18.99;'''91;;°180;°408;<u>'''221;°141;°37;°13 '''eco;4M;°9;°72;°76;°20.08;'''88;;°183;°430;°201;°142;°35;<u>''8 '''cvi;4M;°9,5;°74;°67;'''26.50;°78;;°177;°463;°204;°106;°34;°16 '''ade;4M;°8,5;°70;°66;'''25.60;'''90;;°183;°470;°206;°104;°28;°10 '''bsu;4M;°9,5;°72;<u>''64;'''29.29;°81;;°144;°495;<u>'''230;°98;°28;''4 '''cbn;2m;°11;°71;°79;°14.59;°82;;''71;°482;<u>'''232;<u>'''158;°47;°10 '''afn;2m;°9,5;°66;°75;''8.68;°77;;°151;°458;°197;°149;°34;°11 '''ase;'''8M;°11,5;°76;°79;'''43.46;'''88;;'''202;°402;°191;°128;°49;'''28 '''scc;2m;°9;°69;°72;''8.68;°82;;<u>'''192;°439;°181;°134;°43;°11 ;;;;;;;;;;;;; Début rang fort;;'''12,2;'''78;'''116;'''25.6;'''88;;'''192;'''533;'''221;'''158;'''66;'''19 ;;;;;;;;;;;;; '''rtb;1m;'''20;'''85;<u>109;''3.05;''58;;°129;''313;'''236;°106;'''66;'''151 '''spl;4M;'''14;'''82;<u>105;°17.06;°76;;''101;''371;<u>215;'''184;'''90;'''40 &'''pmq;'''7M;'''14;'''88;'''130;'''28.46;'''90;;<u>110;''339;'''238;'''210;'''70;'''32 &'''cbei;'''6M;'''18;'''83;'''136;°14.71;°83;;''71;''318;<u>211;'''221;'''127;'''52 '''blo;2m;<u>11;'''88;'''116;''9.53;°78;;°129;''373;'''273;'''159;°48;'''19 '''myr;4M;'''12;°67;''63;°19.62;°84;;''85;°501;°192;°124;<u>57;'''42 &'''mba;4M;'''27;'''85;'''154;''5.54;''46;;''83;''228;''152;'''198;'''163;'''175 </pre> ====Les intercalaires tRNAs-cds==== =====comparaison continu-discontinu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_continu-discontinu|comparaison continu-discontinu]] *Total des nuls cds-cds <pre> gen;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total nuls;13;29;11;65;35;3;27;19;11;15;29;22;21;18;46;31;71;13;5;8;18;510 </pre> *tableau <pre> ;détail;tRNA-cds positifs;;;;ensemble;cds-cds négatifs;;;; gen;deb;fin;deb’;fin’;total;cds;<0;reste32;reste32%;comp’/<0%;min’-min% abra;7;12;5;4;41;1 667;417;20;4,8;1,4;117 ade;20;16;7;9;69;4 464;815;40;4,9;11,9;6 afn;20;17;2;5;53;2 038;307;21;6,8;1,3;31 ant;11;12;4;1;34;3 095;762;17;2,2;10,9;11 ase;18;16;12;12;101;8 197;1 652;128;7,7;19,3;1 blo;15;15;5;6;78;1 772;228;8;3,5;7,0;17 bsu;3;5;7;5;28;4 213;608;52;8,6;3,9;182 cbei;9;5;4;1;47;5 622;400;24;6,0;2,8;59 cbn;12;12;2;2;40;2 491;176;6;3,4;4,5;54 cvi;22;20;7;9;78;4 282;756;26;3,4;8,2;5 eco;10;11;5;7;65;4 024;738;55;7,5;12,3;107 mba;9;8;7;4;90;3 943;329;26;7,9;5,5;23 mja;6;15;8;1;43;1 729;219;17;7,8;24,2;29 myr;18;15;12;10;79;3 555;302;12;4,0;6,6;37 pmg;16;17;13;8;67;1 800;253;12;4,7;36,0;3 pmq;8;11;2;5;42;7 223;795;52;6,5;4,3;45 pub;13;14;11;11;50;1 307;473;14;3,0;19,0;41 rru;15;18;10;11;83;3 786;683;32;4,7;10,1;12 rtb;9;12;0;2;56;793;102;7;6,9;2,9;35 scc;13;8;11;5;67;1 805;347;14;4,0;7,8;47 spl;9;9;4;3;62;4 213;426;10;2,3;2,8;61 total;263;268;138;121;1273;72 023;10 788;593;5,5;11,8; ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; 10,6,21;con;;cds-cds négatifs continus;;;;;comp’;cds-cds négatifs discontinus;; gen;total;min;con1;con4;c1/c4;reste50;reste50 %;total;min;reste50;reste50 % abra;411;-92;68;142;0,48;13;3,2;6;-24;0; ade;718;-109;70;540;0,13;10;1,4;97;-116;14;14,4 afn;303;-113;38;129;0,29;9;3,0;4;-83;1;25,0 ant;679;-71;164;221;0,74;6;0,9;83;-79;1;1,2 ase;1333;-119;168;892;0,19;32;2,4;319;-120;49;15,4 blo;212;-86;52;109;0,48;2;0,9;16;-102;2;12,5 bsu;578;-7 616;72;233;0,31;17;2,9;30;-361;7;23,3 cbei;389;-110;71;82;0,87;4;1,0;11;-60;1;9,1 cbn;168;-47;34;28;1,21;0;;8;-27;0; cvi;694;-97;118;377;0,31;4;0,6;62;-102;6;9,7 eco;647;-2 400;163;261;0,62;22;3,4;91;-723;11;12,1 mba;311;-59;33;119;0,28;7;2,3;18;-74;2;11,1 mja;166;-83;25;52;0,48;7;4,2;53;-62;0; myr;282;-47;71;60;1,18;0;;20;-68;1;5,0 pmg;162;-65;36;72;0,50;2;1,2;91;-67;2;2,2 pmq;761;-119;80;387;0,21;17;2,2;34;-75;4;11,8 pub;383;-65;152;81;1,88;3;0,8;90;-43;0; rru;614;-137;81;396;0,20;13;2,1;69;-122;7;10,1 rtb;99;-50;10;33;0,30;0;;3;-35;0; scc;320;-74;39;156;0,25;6;1,9;27;-120;1;3,7 spl;414;-98;126;136;0,93;5;1,2;12;-52;1;8,3 total;9 644;;1 671;4 506;0,37;179;1,9;1 144;;110;9,6 </pre> =====Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Rareté_des_tRNA-cds_négatifs_et_petits_positifs|Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs]] *Total des '''tRNAs-cds des 22 génomes''' qui regroupent 11 négatifs: Ci-dessous le total des blocs de tRNAs sans rRNAs (ligne "opérons sans" dans "genome.opérons"). Multiplié par 2 il donne le total des tRNA-cds sans les tRNAs-cds des blocs avec rRNA. J'ai estimé le total de ces derniers à 5% des 1ers. Donc le total des tRNA-cds estimé pour ces 22 génomes est de 1340 + 67 = 1407. <pre> tRNA-cds;ecoN;vha;amed;rpl;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;ppm;lbu;ban;psor;cdc;cdc;hmo;fps;npu;apal;mfi;mfe;total opérons;50;27;38;29;47;45;51;51;38;38;29;23;9;8;5;6;24;26;43;14;29;40;670 </pre> *'''Tableau''' <pre> tRNA-cds négatifs;;; genome;adresse;tRNA;inter Intercalaire continu nc;;; vha chr2;1842556;ctc;-36 amed;779541;caa;-21 oan;1945985;aag;-38 oan;34057;gcc;-40 ppm plasm;7953;gac;-24 hmo;2497882;gtg;-10 mfi;314088;caa;-1 pmg;1600898;gta;-30 blo;207388;tgg;-17 Intercalaire discontinu xc comp’;;; rpm;1941413;agc;-30 oan;1639492;atgj;-44 aua;1350534;cgt;-30 npu;3439846;gca;-19 mba;1315521;cgc;-12 spl;552630;tga*;-23 myr;1926118;tta;-38 ase;1249593;aag;-12 blo;440078;aac;-39 blo;1424907;gag;-8 total;;19; cds-cds;cds 40;tRNA-cds;;;;;; gen;S40%;total;R40;R40%;taux;Rc+;Rx+; abra;&37,3;41;2;4,9;&7,6;2;; ade;32,6;69;8;11,6;2,8;7;1; afn;&35,8;53;4;7,5;4,7;4;; ant;&45,1;34;5;14,7;3,1;3;2; ase;23,9;100;14;14,0;1,7;11;3; blo;19,1;75;1;1,3;&14,4;1;; bsu;34,6;28;0;0;&'''9,7;;; cbei;19,0;47;3;6,4;3,0;1;2; cbn;29,3;40;0;0;&'''11,7;;; cvi;26,9;78;8;10,3;2,6;8;; eco;29,1;65;4;6,2;4,7;1;3; mba;°13,3;88;4;4,5;2,9;2;2; mja;&39,4;43;5;11,6;3,4;5;; myr;30,8;78;7;9,0;3,4;5;2; pmg;&42,9;65;11;16,9;2,5;8;3; pmq;19,1;42;1;2,4;&8,0;1;; pub;&'''59,6;48;27;'''56,3;°'''1,1;18;9; rru;26,1;83;3;3,6;&7,2;1;3; rtb;20,3;56;6;10,7;1,9;6;; scc;31,0;67;4;6,0;5,2;2;2; spl;20,0;61;1;1,6;&12,2;;1; total;27,1;1261;118;9,4;2,9;86;33; ;;;;;;;; ;27±7;;;;3,4±1,7;;Rx+%;% 27,7 </pre> =====Les cds-cds positif-négatif===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds-cds_positif-négatif|Les cds-cds positif-négatif]] <pre> taux de 1-40;;;;;;;; gen;<0 %;<1;reste;total;1-40;>0;1-40 %;1-32 % abra;;430;776;1 667;461;1237;37;95 ade;18;844;2440;4464;1180;3620;33;95 afn;15;318;1104;2038;616;1720;36;93 ant;25;827;1246;3095;1022;2268;45;98 ase;20;1687;4956;8197;1554;6510;24;92 blo;13;231;1246;1772;295;1541;19;97 bsu;14;635;2341;4213;1237;3578;35;91 cbei;7;419;4214;5622;989;5203;19;94 cbn;7;187;1628;2491;676;2304;29;97 cvi;18;771;2566;4282;945;3511;27;97 eco;18;767;2310;4024;947;3257;29;93 mba;8;351;3113;3943;479;3592;13;92 mja;13;240;903;1730;587;1490;39;92 myr;9;320;2239;3555;996;3235;31;96 pmg;14;298;857;1800;645;1502;43;95 pmq;11;826;5173;7223;1224;6397;19;94 pub;36;544;308;1307;455;763;60;97 rru;18;696;2285;3786;805;3090;26;95 rtb;13;107;547;793;139;686;20;93 scc;19;355;1001;1805;449;1450;31;96 spl;10;444;3017;4213;752;3769;20;98 total;;11297;;72019;16453;60722;27;94,5 écart;;;;;;;27±7;95±3 22.2.22;génomes. Les intercalaires cds-cds, continu – discontinu;;;;;;;;;;;; lien a;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra]];;;;;;;;;;22.2.22;; lien S;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];;;;;;;;;;;; lien a;total;nc;ac;ax;lien S;Sc-;Sx-;Sx-%;Sc+;Sx+;Sx+%;S-%;total S abra;1795;37;78;13;abra;409;8;°1.9;979;271;°22;&25;1667 ade;4569;22;57;26;ade;713;102;12.5;2339;1310;&36;18;4464 afn;2192;44;88;22;afn;303;4;°1.3;1385;346;20;15;2038 ant;3190;47;37;11;ant;679;83;10.9;1702;631;27;&25;3095 ase;8380;65;69;49;ase;1300;352;21.3;3866;2679;&41;20;8197 blo;1900;24;71;33;blo;210;18;7.9;1045;499;32;13;1772 bsu;4537;&99;&205;20;bsu;573;35;5.8;2515;1090;30;14;4213 cbei;5814;&106;68;18;cbei;390;10;°2.5;4010;1212;23;°7;5622 cbn;2638;87;45;15;cbn;167;9;5.1;1773;542;°23;°7;2491 cvi;4487;79;85;41;cvi;687;69;9.1;2424;1102;31;18;4282 eco;4700;65;&580;31;eco;644;94;12.7;2211;1075;33;18;4024 mba;4071;22;54;52;mba;307;22;6.7;2381;1233;34;°8;3943 mja;1828;21;41;37;mja;163;56;&25.6;1071;439;29;13;1729 myr;3754;87;69;43;myr;282;20;6.6;2274;979;30;°8;3555 pmg;1884;v5;45;34;pmg;158;95;&37.5;950;597;&39;14;1800 pmq;7479;&185;51;20;pmq;753;42;5.3;4543;1885;29;11;7223 pub;1386;°7;44;28;pub;381;92;19.5;599;235;28;&36;1307 rru;3946;23;79;58;rru;614;69;10.1;2140;963;31;18;3786 rtb;868;°5;51;19;rtb;98;4;°3.9;506;185;27;13;793 scc;1909;20;47;37;scc;319;28;8.1;1001;457;31;19;1805 spl;4466;&141;70;42;spl;414;12;°2.8;2486;1301;34;10;4213 total;75793;1191;1934;649;;9564;1224;11.3;42200;19031;31;15;72019 écart;;;;;;;;10±9;;;30±5;16±7; tRNA-cds continu-discontinu;;; gen;nc+; xc+;xc+% abra;31;10;24 ade;47;22;32 afn;43;10;19 ant;29;5;15 ase*;60;41;41 blo*;52;26;33 bsu;12;16;57 cbei;35;12;26 cbn;30;10;25 cvi;52;26;33 eco;37;28;43 mba;48;42;47 mja;25;18;42 myr*;48;31;39 pmg*;41;26;39 pmq;27;15;36 pub;28;22;44 rru;49;34;41 rtb;40;16;29 scc;35;32;48 spl*;39;23;37 total;808;465;37 écart;;;37±7 </pre> =====comparaison cds-cds et tRNA-cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_cds-cds_et_tRNA-cds|comparaison cds-cds et tRNA-cds]] <pre> ;caractéristiques;;;;;;petit;;grand; gen;p;cds;tRNAs;petit;grand;<0;inf;sup;inf;sup abra;0,854;1712;40;27;13;;-8,87;-6.14;-2.37;5.57 ant;0,911;3119;32;16;10;;-0,84;0,58;0,27;6,28 mja;0,858;1768;42;19;10;;0,28;2,87;1,41;9,49 pmg;0,886;1839;66;31;20;1;-0,69;1,86;0,49;9,78 pub;0,866;1343;50;25;17;;-1,78;0,88;-2,60;6,07 ;;;;;;;;;; ade;0,827;4506;68;30;21;;0,98;4,97;-3,20;7,65 afn;0,771;2093;52;26;17;;-3,63;0,91;-6,54;3,48 ase;0,744;8256;100;39;17;1;3,31;10,25;3,14;17,06 bsu;0,848;4325;26;11;8;;0,62;2,78;-1,88;4,59 cbn;0,768;2521;34;13;8;;1,22;4,95;-2,03;6,08 cvi;0,810;4345;78;38;20;;-2,73;1,92;-0,33;11,54 eco;0,773;4285;56;20;7;;4,22;8,90;4,54;14,92 rru;0,767;3854;80;39;15;;-4,03;1,70;2,33;14,78 spl;0,651;4269;60;19;5;1;2,95;9,99;1,97;12,62 ;;;;;;;;;; blo;0,741;1824;78;27;11;3;3,58;9,59;2,79;14,73 cbei;0,570;5665;40;13;5;;-0,17;6,77;-2,69;5,68 mba;0,415;3995;88;21;5;1;1,06;13,51;-2,54;7,36 myr;0,757;3611;78;35;18;1;-2,16;3,66;-2,35;9,85 pmq;0,649;7258;32;15;5;;-3,61;1,66;-2,22;5,68 rtb;0,630;828;56;18;5;;2,52;9,80;0,92;11,27 scc;0,768;1847;66;27;9;;1,64;6,82;4,82;16,12 ;fréquence;;moyenne;;;;;pourcentage;; gen;cds-cds;ADN;cds-cds;tRNA-cds;diff;grd;pet;grd%;pet%;taux abra;1250;135857;109;224;115;358;91;'''229;20;'''2,5 ant;2333;192251;82;126;44;184;68;123;21;1,4 mja;1511;151580;100;148;48;203;94;102;7;1,1 pmg;1547;139122;90;128;38;196;61;118;47;1,5 pub;834;39179;47;51;4;86;16;83;'''201;1,5 ;;;;;;;;;; ade;3649;428947;118;164;46;225;102;92;16;1,1 afn;1732;220467;127;144;17;199;89;56;43;0,9 ase;6545;1063558;162;239;76;346;130;113;25;1,3 bsu;3607;401590;111;188;77;241;135;116;'''-18;0,9 cbn;2315;313764;136;181;45;234;127;73;7;'''0,8 cvi;3526;452650;128;178;50;270;86;111;49;1,4 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vha;5 432;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" amed;4 285;*;*;*;ok;*;*;ok;2;" ecoN;5 157;*;*;*;*;*;ok;*;1;" rpm;3 484;*;ok;*;ok;ok;*;*;3; oan;4 900;*;*;*;*-;*;*;ok;1;" abq;6 576;*;*;*;ok;*;*;ok;2;" abs;6 817;*;*;*;ok;ok;*;ok;3;" agr;5 159;*;*;*;*-;*;*;ok;1;" aua;4 721;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" rpl;850;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" ppm;5 384;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" lbu;1 838;*;ok;ok;ok;ok;*;ok;5; ban;5 700;*;*-;*;ok;*-;ok;ok;3;" psor;3 368;*-;ok;ok;ok;ok;*-;ok;5; cdc;3 614;*;ok;*-;ok;ok;ok;ok;5; hmo;2 707;*;*-;*;ok;ok;*;ok;3;" fps;2 478;*-;ok;ok;ok;ok;*;*;4; npu;7 484;*;*;*;*;*;*;ok;1;" apal;1 453;ok;ok;ok;ok;ok;*;*;5; mfi;3 381;*;*;*;ok;*;ok;ok;3;" mfe;2 374;*;*;*;*;*;ok;*;1;" ;total ok;1;6;4;12;8;9;16;; </pre> *'''Les résultats''' <pre> cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;mba;1,1;13,5;;-3,5;6,4;;afn;-3,6;0,9;;-6,5;3,5 vha;5,2;9,0;;7,2;16,9;;vha;1,4;8,1;;0,9;11,0;;vha;-5,7;3,9;;-4,4;3,3;;vha;4,4;8,9;;5,5;15,5 amed;1,4;5,9;;7,5;19,1;;amed;-3,6;4,4;;-1,4;10,6;;amed;-13,4;-1,9;;-9,2;0,0;;amed;0,4;5,8;;5,0;17,0 ecoN;12,6;17,8;;12,1;25,5;;ecoN;6,2;15,5;;0,1;14,0;;ecoN;-6,8;6,6;;-10,7;0,0;;ecoN;11,2;17,5;;8,8;22,7 rpm;-3,1;1,9;;1,6;14,2;;rpm;-8,8;-0,1;;-9,0;4,1;;rpm;-20,3;-7,8;;-18,4;-8,4;;rpm;-4,3;1,7;;-1,3;11,7 oan;6,1;10,9;;7,4;19,7;;oan;0,6;9,1;;-2,7;10,1;;oan;-10,5;1,8;;-11,7;-1,9;;oan;4,9;10,7;;4,6;17,4 abq;0,7;5,9;;6,9;20,1;;abq;-5,5;3,6;;-4,6;9,0;;abq;-18,0;-4,8;;-15,0;-4,5;;abq;-0,6;5,6;;3,8;17,4 abs;1,4;6,8;;4,3;18,0;;abs;-5,2;4,3;;-8,2;6,0;;abs;-18,6;-5,0;;-19,5;-8,6;;abs;0,1;6,5;;0,9;15,0 agr;5,3;9,9;;6,1;17,8;;agr;0,3;8,4;;-3,1;9,1;;agr;-9,9;1,8;;-11,1;-1,8;;agr;4,3;9,8;;3,6;15,7 aua;7,3;11,9;;8,7;20,5;;aua;2,1;10,3;;-0,8;11,6;;aua;-8,3;3,6;;-9,0;0,4;;aua;6,2;11,7;;6,1;18,3 rpl;6,0;10,0;;8,4;18,4;;rpl;2,1;9,0;;1,6;12,0;;rpl;-5,6;4,4;;-4,2;3,8;;rpl;5,2;9,9;;6,5;16,9 ppm;5,0;9,0;;7,4;17,4;;ppm;1,1;8,0;;0,6;11,0;;ppm;-6,6;3,4;;-5,2;2,8;;ppm;4,2;8,9;;5,5;15,9 lbu;-0,6;3,0;;-0,5;8,7;;lbu;-4,0;2,3;;-6,1;3,4;;lbu;-10,4;-1,3;;-10,7;-3,4;;lbu;-1,3;2,9;;-2,0;7,4 ban;0,7;2,8;;0,6;5,9;;ban;-0,8;2,9;;-1,4;4,2;;ban;-3,4;1,9;;-2,8;1,5;;ban;0,3;2,8;;0,0;5,5 psor;-0,4;1,8;;-0,9;4,8;;psor;-2,1;1,9;;-3,2;2,7;;psor;-4,9;0,8;;-4,7;-0,2;;psor;-0,8;1,9;;-1,6;4,3 cdc;0,0;1,7;;0,2;4,4;;cdc;-1,1;1,9;;-1,1;3,3;;cdc;-2,8;1,4;;-1,8;1,6;;cdc;-0,3;1,7;;-0,2;4,2 hmo;0,5;4,0;;2,0;10,9;;hmo;-2,8;3,4;;-3,4;5,9;;hmo;-9,0;-0,1;;-7,8;-0,7;;hmo;-0,2;3,9;;0,5;9,7 fps;-1,9;2,0;;-2,2;7,7;;fps;-5,7;1,1;;-8,8;1,5;;fps;-13,2;-3,3;;-14,3;-6,4;;fps;-2,7;1,9;;-4,0;6,2 npu;-0,9;3,9;;11,4;23,7;;npu;-6,4;2,1;;1,3;14,1;;npu;-17,5;-5,2;;-7,7;2,1;;npu;-2,1;3,7;;8,6;21,4 apal;-1,8;0,9;;-3,9;3,0;;apal;-4,0;0,8;;-7,1;0,0;;apal;-7,9;-1,0;;-9,5;-4,0;;apal;-2,3;0,9;;-4,8;2,3 mfi;2,0;6,0;;4,4;14,4;;mfi;-1,9;5,0;;-2,4;8,0;;mfi;-9,6;0,4;;-8,2;-0,2;;mfi;1,2;5,9;;2,5;12,9 mfe;14,3;18,9;;14,7;26,5;;mfe;9,1;17,3;;5,2;17,6;;mfe;-1,3;10,6;;-3,0;6,4;;mfe;13,2;18,7;;12,1;24,3 **;;;;;;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;; rru;-2,8;1,9;;5,3;17,3;;mba;12,4;21,0;;5,6;18,6;;myr;-1,3;4,6;;-1,9;10,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7 bsu;0,2;2,9;;-2,9;4,0;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;vha;4,1;8,9;;4,8;14,9;;vha;-0,8;7,2;;-1,3;8,2 eco;14,3;18,9;;14,7;26,5;;cbei;1,6;7,5;;-1,0;7,8;;amed;-0,1;5,7;;4,2;16,2;;amed;-6,6;2,9;;-4,7;6,7 cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;spl;2,9;10,0;;1,9;12,5;;ecoN;10,7;17,4;;7,6;21,6;;ecoN;2,3;13,2;;-4,4;8,9 ade;0,6;4,9;;-4,2;6,9;;myr;-4,9;3,3;;-7,8;4,6;;rpm;-4,7;1,5;;-2,4;10,7;;rpm;;;;; cbn;1,9;4,9;;-0,8;7,1;;blo;0,6;8,5;;-1,8;10,1;;oan;4,4;10,6;;3,6;16,5;;oan;2,3;13,2;;-4,4;8,9 afn;-2,8;1,0;;-4,8;4,9;;rtb;;;;;;;abq;-1,1;5,4;;2,6;16,3;;abq;-9,3;1,5;;-8,9;4,1 scc;2,7;7,0;;7,2;18,1;;;;;;;;;abs;-0,5;6,3;;-0,4;13,9;;abs;-9,2;2,0;;-12,9;0,6 ase;6,6;11,8;;9,1;22,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7;;agr;3,8;9,7;;2,6;14,8;;agr;-2,8;6,8;;-6,4;5,1 ;;;;;;;pub;-8,5;-0,7;;-13,6;-4,2;;aua;5,7;11,6;;5,1;17,5;;aua;-1,1;8,6;;-4,2;7,5 pub;-1,78;0,88;;-2,60;6,07;;ant;-6,1;0,1;;-8,5;-1,1;;rpl;4,8;9,8;;5,8;16,3;;rpl;-0,3;7,9;;-0,9;9,0 vha;;;;;;;pmg;-9,3;-0,5;;-14,9;-4,3;;ppm;3,8;8,8;;4,8;15,3;;ppm;-1,3;6,9;;-1,9;8,0 amed;;;;;;;abra;-4,8;1,2;;-2,8;4,5;;lbu;-1,6;2,9;;-2,6;6,9;;lbu;-6,0;1,5;;-8,0;1,0 ecoN;;;;;;;mja;-5,4;1,7;;-7,5;1,1;;ban;0,2;2,9;;-0,2;5,4;;ban;-1,7;2,7;;-2,1;3,2 rpm;-1,6;2,0;;6,2;17,7;;;;;;;;;psor;-1,0;1,9;;-1,8;4,1;;psor;-3,0;1,7;;-3,9;1,7 oan;;;;;;;rru;-11,3;-1,5;;-7,9;3,9;;cdc;-0,4;1,8;;-0,4;4,1;;cdc;-1,7;1,8;;-1,5;2,7 abq;;;;;;;bsu;-3,2;2,4;;-7,2;-0,4;;hmo;-0,5;3,9;;0,0;9,2;;hmo;-4,7;2,6;;-5,2;3,5 abs;;;;;;;eco;5,9;15,6;;1,8;13,5;;fps;-3,1;1,9;;-4,7;5,6;;fps;-8,0;0,0;;-11,1;-1,4 agr;;;;;;;cvi;-11,1;-1,4;;-13,2;-1,5;;npu;-2,6;3,6;;7,6;20,5;;npu;-9,8;0,3;;-2,4;9,7 aua;;;;;;;ade;-6,8;2,2;;-15,4;-4,5;;apal;-2,5;0,9;;-5,1;2,0;;apal;-5,2;0,4;;-8,2;-1,4 rpl;;;;;;;cbn;-2,3;4,1;;-6,3;1,4;;mfi;0,8;5,8;;1,8;12,3;;mfi;-4,3;3,9;;-4,9;5,0 ppm;;;;;;;afn;-8,8;-0,8;;-13,3;-3,8;;mfe;12,7;18,6;;11,1;23,5;;mfe;;;;; lbu;;;;;;;scc;-4,6;4,4;;-3,7;7,1;;;;;;;;;;;;;; ban;;;;;;;ase;-3,7;7,2;;-7,4;5,9;;;;;;;;;;;;;; psor;0,0;1,6;;0,1;5,3;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cdc;;;;;;;mba;9,0;19,1;;1,8;14,1;;;;;;;;;;;;;; hmo;;;;;;;pmq;-5,1;1,1;;-3,5;3,9;;;;;;;;;;;;;; fps;-0,9;1,9;;0,7;9,7;;cbei;;;;;;;;;;;;;;;;;;; npu;;;;;;;spl;1,2;9,7;;-0,4;9,9;;;;;;;;;;;;;; apal;-1,2;0,7;;-2,4;3,9;;myr;-8,1;1,6;;-11,2;0,5;;;;;;;;;;;;;; mfi;;;;;;;blo;-2,3;7,0;;-4,9;6,3;;;;;;;;;;;;;; mfe;;;;;;;rtb;0,7;8,9;;-0,9;9,0;;;;;;;;;;;;;; **;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ant;-1,4;0,8;;-1,5;5,5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; pmg;-1,1;1,9;;-0,9;8,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; abra;-0,3;1,8;;3,9;10,6;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; mja;0,4;2,8;;1,8;9,7;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; afn;-1,8;0,9;;-1,9;6,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> *'''Les génomes et leurs tRNAs, petit grand''' <pre> test;vha;amed;ecoN;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;apal; cds;5,432;4 285;5 157;3 484;4 900;6 576;6 817;5 159;4 721;1 453; petit;18;32;33;43;32;43;46;29;28;13; grand;5;11;14;21;14;18;23;13;11;9; totat sans -;52;74;100;88;84;96;104;76;78;26; total;54;76;100;90;90;96;104;76;80;26; grand sans -;(4);(10);;(20);(13);;;;;; ;;;;;;;;;;; test;rpl;ppm;lbu;ban;psor;cdc;hmo;fps;npu;mfi;mfe cds;850;5 384;1 838;5 700;3 368;3 614;2 707;2 478;7 484;3 381;2 374 petit;19;20;21;6;8;4;19;26;39;23;21 grand;5;6;11;2;4;1;8;15;10;9;5 totat sans -;56;56;46;16;18;10;44;54;84;56;78 total;56;58;46;16;18;10;46;54;86;58;78 grand sans -;;(5);;;;;(9);;(9);(8); ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;ko;ko;ko;ko;ok;ok;ko;ok;ko;ko; p;0,415;0,858;0,773;0,827;0,649;0,570;0,911;0,866;0,768;0,848; q;0,585;0,142;0,227;0,173;0,351;0,430;0,089;0,134;0,232;0,152; compare;mba;mja;eco;ade;pmq;cbei;ant;pub;cbn;bsu; cds;3 995;1 768;4 285;4 506;7 258;5 665;3 119;1 343;2 521;4 325; petit;21;19;21;30;15;13;16;25;13;11; grand;6;10;5;21;5;5;10;17;8;8; totat sans -;86;42;78;68;32;40;32;50;34;26; total;88;42;78;68;32;40;32;50;34;26; grand sans -;(5);;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;ok;ok;ko;ko;ko;ok;ko;ko;ko;ko;ok p;0,771;0,810;0,744;0,741;0,886;0,757;0,854;0,768;0,651;0,767;0,630 q;0,229;0,190;0,256;0,259;0,114;0,243;0,146;0,232;0,349;0,233;0,370 compare;afn;cvi;ase;blo;pmg;myr;abra;scc;spl;rru;rtb cds;2 093;4 345;8 256;1 824;1 839;3 611;1 712;1 847;4 269;3 854;828 petit;26;38;39;27;31;35;14;27;19;39;18 grand;17;20;17;11;20;18;4;9;5;15;5 totat sans -;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56 total;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56 </pre> *'''Les calculs des bornes''' <pre> ;compare;test;;;;;;;;; ;afn;eco;;;;;;;;; ;0,771;21;;;;;;;;; ;0,229;5;;;;;;;;; ;;78;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;3995;;;;3614;cds;bornes;p;q;;tRNAs archeo;cds total;total;<0;0-200;reste;;petit;0,771;0,229;;78 mba cds-cds;3995;3943;329;1500;2114;;34,181;p2;2pq;1-q2;q2 mba cds %;;;83;415;585;;39,741;0,595;0,353;0,948;0,052 mba tRNA;;88;1;27;60;;grand;varq;varp;attendus; calculs;proba;effect;attendu;plage;2σ;;17,074;nq2(1-q2);np2(1-p2);petit;grand petit;0,771;21;37;22 – 35;2,8;;29,336;1,932;9,398;36,961;23,205 grand;0,229;5;23,2;2 – 12;6,1;;;;;; ;;;;;;;34;40;;17;29 ;;;;;;;;;;; ;;;;;;bornes;13,2;18,7;;12,1;24,3 ;;;;;;petit;inf;sup;grand;inf;sup </pre> =====Récapitulatif des taux discontinu/continu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Récapitulatif_des_taux_discontinu/continu|Récapitulatif des taux discontinu/continu]] <pre> >0;;;<0;;;total;taux tRNA-cds;;;tRNA-cds;;;; Rc+;Rx+;Rx+ %;Rc-;Rx-;Rx- %;;R- % 808;464;&36,5;2;6;&75;1280;&0,6 cds-cds;;;cds-cds;;;; Sc+;Sx+;Sx+ %;Sc-;Sx-;Sx- %;;S- % 42200;19031;&31,08;9564;1224;&11,3;72019;&15,0 cn;ac;ax;ax%;a%;intercal;;Sx% 1191;1934;649;&25,1;&3,4;75793;;28,1 </pre> =====Les taux de discontinus par classe génomique===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_taux_de_discontinus_par_classe_génomique|Les taux de discontinus par classe génomique]] <pre> gen;Sx-%;Sx+%;S-%;Rx+%;ax% $I;;;;; abra;°1,4;°22;&25;°24;°6 ant;&10,9;27;&25;°15;°8 mja;&24,2;30;13;42;&36 pmg;&36,0;&39;14;39;&41 pub;&19,0;29;&36;44;&45 $II;;;;; ade;&11,9;&36;18;32;13 afn;°1,3;°20;15;°19;11 ase;&19,3;&42;20;41;11 bsu;4,9;30;14;&57;16 cbn;4,5;°23;°7;°25;°5 cvi;8,2;32;18;33;18 eco;&12,3;33;18;43;&35 rru;&10,1;31;18;41;&33 spl;°2,8;34;10;37;11 $III;;;;; blo;7,0;32;13;33;18 cbei;°2,8;°23;°7;°26;°6 mba;5,5;34;°8;&47;28 myr;6,6;30;°8;39;9 pmq;4,3;29;11;36;°4 rtb;°2,9;27;13;29;25 scc;7,8;32;19;&48;18 total;10,6;31;15;37;19 écart;10±6;31±4;15±5;37±7;19±10 </pre> =====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds]] *Tableau <pre> 14.8.21;continu;;;comp’;;; inter;nc;nc%;pc;nx;nx%;px;diff -1;1671;'''17.5;;0;0;; -2;4;0.0;;40;3.3;; -3;5;0.1;;0;0;; -4;&4476;'''46.8;<u>0.38;°410;'''33.5;<u>0.10; -5;9;0.1;;3;0.2;; -6;4;0.0;;35;2.9;;16 -7;139;1.5;;19;1.6;; -8;&945;'''9.9;0.15;°51;'''4.2;1.06; -9;3;0.0;;25;2.0;;14 -10;93;1.0;;11;0.9;; -11;&498;'''5.2;0.19;°52;'''4.3;0.69; -12;2;0.0;;23;1.9;;8 -13;94;1.0;;15;1.2;; -14;&329;'''3.4;0.29;°45;'''3.7;0.84; -15;1;0.0;;25;2.0;;12 -16;58;0.6;;13;1.1;; -17;&235;'''2.5;0.25;°42;'''3.4;0.90; -18;5;0.1;;13;1.1;;1 -19;43;0.4;;12;1.0;; -20;&162;'''1.7;0.30;°24;'''2.0;1.04; -21;0;0;;11;0.9;;3 -22;22;0.2;;8;0.7;; -23;&107;'''1.1;0.21;°20;'''1.6;0.95; -24;1;0.0;;19;1.6;;8 -25;34;0.4;;11;0.9;; -26;&101;'''1.1;0.35;°21;'''1.7;1.43; -27;2;0.0;;6;0.5;; -2 -28;19;0.2;;8;0.7;; -29;&61;'''0.6;0.34;°10;'''0.8;1.40; -30;0;0;;5;0.4;; -3 -31;16;0.2;;8;0.7;; -32;&45;'''0.5;0.36;°18;'''1.5;0.72; -33;0;0;;3;0.2;; -4 -34;15;0.2;;7;0.6;; -35;&35;'''0.4;0.43;°19;'''1.6;0.53; -36;0;0;;3;0.2;;0 -37;9;0.1;;3;0.2;; -38;&31;'''0.3;0.29;°12;'''1.0;0.50; -39;0;0;;3;0.2;; -4 -40;5;0.1;;7;0.6;; -41;&34;'''0.4;0.15;°8;'''0.7;1.25; -42;0;0;;4;0.3;; -2 -43;16;0.2;;6;0.5;; -44;&24;'''0.3;0.67;°4;'''0.3;2.50; -45;0;0;;2;0.2;; -1 -46;5;0.1;;3;0.2;; -47;&11;'''0.1;0.45;°4;'''0.3;1.25; -48;0;0;;2;0.2;; -2 -49;11;0.1;;4;0.3;; -50;&9;'''0.1;1.22;°6;'''0.5;1.00; reste;169;1.8;;120;9.8;; total;9558;100.0;;1223;100.0;; </pre> *Fréquences des <span id="nd50">négatifs</span>, détails jusqu'à -50 pour les continus et jusqu'à -80 pour les discontinus <pre> 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0 6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1 7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1 8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3 1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58 1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7 total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12 gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl 1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2 3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5 5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0 6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0 7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0 8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2 9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0 10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0 11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0 12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0 13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0 14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0 15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1 16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0 17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1 18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0 19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0 21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0 22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0 23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0 24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0 25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0 26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0 27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0 28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0 30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0 31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0 33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0 35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0 36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0 39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0 40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0 41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0 42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0 44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0 49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0 51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0 52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1 53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0 56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0 63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0 69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl -1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126 -2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0 -4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136 -5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0 -6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0 -7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10 -8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46 -9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8 -11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28 -12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0 -13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5 -14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15 -15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3 -17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8 -18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1 -20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7 -21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0 -23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4 -24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 -25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0 -26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2 -27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1 -29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2 -30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0 -32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3 -33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1 -35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0 -36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 -38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1 -39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 -41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1 -42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1 -44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0 -45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0 -47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0 -48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0 -50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0 ;169;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;2;16;3;11;0;6;5 ;9558;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;158;753;381;609;98;319;414 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl </pre> =====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds._Diagrammes|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes]] *Tableau <pre> 14.8.21;;diagrammes;;;;;;;;;;; ;R2;;;abscisses modulo 3;;;;;abscisses modulo 1;;moyennes;; fréquence;droite;exp;p4;-a;b;-x;x’;w;'-x1;x’1;m;e;m/e continu 50;;;;;;;;;;;;; 6;537;190;585;0,1;4;36;4;6;107;3.5;1.2;1.66;0.72 7;735;855;971;2,6;111;72;176;245;215;132;38.6;40.2;0.96 8;608;973;987;14,8;603;100;1389;2611;301;841;175.1;253.9;0.69 discontinu 50;;;;;;;;;;;;; 6’;820;912;913;0.7;32;72;54;45;217;43;11.9;10.8;1.11 7’;806;779;835;0.3;17;36;22;26;109;19;9.0;4.5;1.99 8’;857;888;933;1.2;56;61;97;56;184;71;22.4;17.0;1.32 discontinu 80;;;;;;;;;;;;; 6”;667;834;931;0.4;23;51;32;45;152;28;7.8;9.76;0.80 7”;806;769;887;0.2;15;38;22;21;115;19;6.2;5.04;1.22 8”;739;874;949;0.6;42;48;70;80;144;55;14.8;16.14;0.92 </pre> =====Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_négatifs_cds-cds,_recouvrements|Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements]] <pre> recouvrements;;intercalaires cds-cds recouvrements;;;;;;;; bsu;;;;;;eco;;;; intercal;add1;add2;shift;couvre;;intercal;add1;add2;shift;couvre continu;;;;;;continu;;;; -7616;387744;398495;°-7475;141;;-2400;164730;167264;&0;2400 ;390880;391020;;;;;164865;167264;; ;;;;;;-2130;&2731600;2733729;444;2130 -500;3717238;3717825;°-20;480;;;2731600;2734173;; ;3717326;3717805;;;;-1295;&492092;493386;637;1295 ;;;;;;;492092;494023;; -492;2909520;2910011;735;492;;-897;&4577958;4578854;483;897 ;2909520;2910746;;;;;4577958;4579337;; ;;;;;;-729;1179520;1180359;&0;729 -164;1252815;1253021;52;164;;;1179631;1180359;; ;1252858;1253073;;;;-448;1639030;1639527;°-193;255 ;;;;;;;1639080;1639334;; -154;2466721;2467953;209;154;;-242;578107;578568;°-59;183 ;2467800;2468162;;;;;578327;578509;; ;;;;;;-212;508875;511379;&0;212 -143;1916663;1917097;205;143;;;511168;511379;; ;1916955;1917302;;;;-153;&16751;16903;57;153 ;;;;;;;16751;16960;; discontinu;;;;;;discontinu;;;; -361;2601528;2603339;°-64;297;;-723;3111128;3111988;°-663;60 ;2602979;2603275;;;;;3111266;3111325;; ;;;;;;-530;3838248;3839171;°-470;60 -127;3666841;3667059;°-43;84;;;3838642;3838701;; ;3666933;3667016;;;;-527;10643;11356;°-41;486 ;;;;;;;10830;11315;; -93;2652993;2653463;1410;93;;-436;3796948;3798207;°-361;75 ;2653371;2654873;;;;;3797772;3797846;; ;;;;;;-210;3993739;3994059;276;210 ;;;;;;;3993850;3994335;; </pre> =====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus===== ======Tableau cds-cds négatifs discontinus====== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_discontinus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus]] <pre> 14.8.21;recompte;;rouge pour les peu significatifs;;;;couleurs uniformisées;;;“p pour périodiques;;;; ;;génomes à forts cds-cds négatifs discontinues ;trié sur x‰ ;;;puis;génomes à faibles cds-cds négatifs discontinues;;;;;;; clde;gen;r80;“6;“7;“8;“p;x6;x7;x8;x‰ ;cds;“5;x5;“80 1;'''pub;0;§17;3;25;&45;§38;7;56;&<u>70.4;1307;&47;51;&92 2;'''pmg;0;§16;9;30;&55;§29;16;55;&48.9;1800;&33;38;&88 3;'''ase;17;?48;55;123;&<u>226;?21;24;54;&42.9;<u>'''8197;&<u>109;31;&<u>335 4;'''mja;0;@19;3;8;&30;@63;10;27;&32.4;1730;&26;46;&56 5;'''ant;0;@20;5;18;&43;@47;12;42;&26.8;3095;&40;48;&83 6;'''eco;10;§15;6;18;&39;§38;15;46;&23.4;'''4024;&45;48;&84 7;'''ade;9;?4;17;36;&57;?7;30;63;&22.8;'''4464;&36;35;&93 8;'''rru;5;?6;13;22;&41;?15;32;54;&19.5;'''3786;&28;38;&69 9;'''cvi;1;?7;16;20;&43;?16;37;47;&16.1;'''4282;&25;36;&68 10;'''scc;1;§9;3;12;&24;§38;13;50;&15.5;1805;°3;11;27 11;'''blo;2;?1;4;8;13;?8;31;62;10.2;1772;°3;17;°16 12;'''bsu;4;?5;7;5;17;?29;41;29;8.3;'''4215;14;40;31 13;'''myr;0;§5;1;5;11;§45;9;45;5.6;'''3555;9;45;20 14;'''pmq;1;§8;5;14;&27;§30;19;52;5.8;'''7223;14;33;41 15;'''mba;0;?3;3;10;16;?19;19;63;5.6;'''3943;°6;27;22 16;'''rtb;0;§0;0;3;$3;§0;0;100;$5.0;793;$1;25;$4 17;'''abra;0;@3;0;3;$6;@50;0;50;$4.8;1667;$2;25;$8 18;'''cbn;0;@5;0;4;$9;@56;0;44;$3.6;2491;$0;0;$9 19;'''spl;0;?1;1;3;°5;?20;20;60;°2.8;'''4213;7;58;°12 20;'''cbei;0;?2;2;3;°7;?29;29;43;°2.0;'''5622;°4;36;°11 21;'''afn;1;@1;1;0;$2;@50;50;0;$2.0;2039;$1;25;$3 ;'''total;51;195;154;370;719;27;21;51;17.0;72023;453;37;1172 ;;;;;;;;;;;;;; §;bgcolor="#e8f2a8"|;;?;bgcolor="#bbe333"|;;@;bgcolor="#ff00ff"|;;;;;;; </pre> *<span id="cdmc">Coefficient</span> de détermination, moyenne et corrélation: effectifs <pre> 14.8.21 Effectifs des cds-cds négatifs continus 14.8.21 Effectifs des cds-cds négatifs discontinus gen r50 “5 “6 “7 “8 total cds r80 “5 “6 “7 “8 total abra 13 211 0 11 174 409 1667 0 2 3 0 3 8 ade 9 607 0 25 72 713 4464 9 36 4 17 36 102 afn 9 167 2 20 105 303 2039 1 1 1 1 0 4 ant 6 387 1 33 252 679 3095 0 40 20 5 18 83 ase 28 1054 3 70 145 1300 8197 17 109 48 55 123 352 blo 2 161 1 10 36 210 1772 2 3 1 4 8 18 bsu 17 305 0 42 209 573 4215 4 14 5 7 5 35 cbei 4 153 0 32 200 389 5622 0 4 2 2 3 11 cbn 0 62 0 23 82 167 2491 0 0 5 0 4 9 cvi 4 493 0 38 152 687 4282 1 25 7 16 20 69 eco 22 423 0 47 152 644 4024 10 45 15 6 18 94 mba 6 152 7 34 108 307 3943 0 6 3 3 10 22 mja 6 78 0 17 62 163 1730 0 26 19 3 8 56 myr 0 133 0 22 127 282 3555 0 9 5 1 5 20 pmg 2 105 0 10 41 158 1800 0 33 16 9 30 88 pmq 16 466 1 44 226 753 7223 1 14 8 5 14 42 pub 3 233 2 14 129 381 1307 0 47 17 3 25 92 rru 11 475 0 26 97 609 3786 5 28 6 13 22 74 rtb 0 43 0 9 46 98 793 0 1 0 0 3 4 scc 6 195 1 22 95 319 1805 1 3 9 3 12 28 spl 5 262 0 30 117 414 4213 0 7 1 1 3 12 total 169 6165 18 579 2627 9558 72023 51 453 195 154 370 1223 </pre> *Coefficient de détermination, moyenne et corrélation:Résultats <pre> ‰. ;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs continus;;;;;;;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs discontinus;;;;;;‰. ;;;;;;;;;;;;; gen;c50‰. ;c5‰. ;c6‰. ;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;x80‰. ;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. ;;;;;c5‰. ;;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. abra;78.0;1265.7;0.0;66.0;1043.8;2453.5;;0.0;12.0;18.0;0.0;18.0;48.0;;;1;;248.9;;55.6;161.3;670.4;;;0.0;0.0;0.0;0.0;19.6 ade;20.2;1359.8;0.0;56.0;161.3;1597.2;;20.2;80.6;9.0;38.1;80.6;228.5;;;2;;272.1;;56.0;176.9;691.9;;;4.9;2.4;0.0;5.3;19.6 afn;44.1;819.0;9.8;98.1;515.0;1486.0;;4.9;4.9;4.9;4.9;0.0;19.6;;;3;;374.1;;56.4;203.2;778.6;;;7.1;3.6;0.0;7.1;28.5 ant;19.4;1250.4;3.2;106.6;814.2;2193.9;;0.0;129.2;64.6;16.2;58.2;268.2;;;4;;385.5;;56.9;227.8;793.2;;;12.0;4.9;2.4;11.9;36.1 ase;34.2;1285.8;3.7;85.4;176.9;1585.9;;20.7;133.0;58.6;67.1;150.1;429.4;;;5;;450.9;;60.9;256.2;877.8;;;12.6;5.6;2.8;14.1;48.0 blo;11.3;908.6;5.6;56.4;203.2;1185.1;;11.3;16.9;5.6;22.6;45.1;101.6;;;6;;542.2;;61.9;273.9;942.2;;;15.2;7.6;3.6;16.1;50.4 bsu;40.3;723.6;0.0;99.6;495.8;1359.4;;9.5;33.2;11.9;16.6;11.9;83.0;;;7;;583.3;;66.0;277.7;982.7;;;16.6;9.0;4.9;18.0;55.8 cbei;7.1;272.1;0.0;56.9;355.7;691.9;;0.0;7.1;3.6;3.6;5.3;19.6;;;8;;621.9;;68.7;312.9;1042.5;;;16.6;11.1;6.9;19.4;56.3 cbn;0.0;248.9;0.0;92.3;329.2;670.4;;0.0;0.0;20.1;0.0;16.1;36.1;;;9;;645.2;;71.2;329.2;1185.1;;;16.9;11.9;7.6;25.4;58.1 cvi;9.3;1151.3;0.0;88.7;355.0;1604.4;;2.3;58.4;16.3;37.4;46.7;161.1;;;10;;723.6;;85.4;355.0;1235.8;;;19.4;14.1;14.9;37.8;83.0 eco;54.7;1051.2;0.0;116.8;377.7;1600.4;;24.9;111.8;37.3;14.9;44.7;233.6;;;11;;819.0;;86.2;355.7;1359.4;;;25.3;15.8;16.2;44.7;101.6 mba;15.2;385.5;17.8;86.2;273.9;778.6;;0.0;15.2;7.6;7.6;25.4;55.8;;;12;;908.6;;88.7;357.2;1486.0;;;33.2;16.3;16.6;45.1;155.1 mja;34.7;450.9;0.0;98.3;358.4;942.2;;0.0;150.3;109.8;17.3;46.2;323.7;;;13;;1051.2;;92.3;358.4;1585.9;;;58.4;18.0;16.6;46.2;161.1 myr;0.0;374.1;0.0;61.9;357.2;793.2;;0.0;25.3;14.1;2.8;14.1;56.3;;;14;;1080.3;;98.1;377.7;1597.2;;;74.0;20.1;17.3;46.7;195.5 pmg;11.1;583.3;0.0;55.6;227.8;877.8;;0.0;183.3;88.9;50.0;166.7;488.9;;;15;;1151.3;;98.3;495.8;1600.4;;;80.6;37.3;22.6;58.1;228.5 pmq;22.2;645.2;1.4;60.9;312.9;1042.5;;1.4;19.4;11.1;6.9;19.4;58.1;;;16;;1250.4;;99.6;515.0;1604.4;;;111.8;49.9;23.0;58.2;233.6 pub;23.0;1782.7;15.3;107.1;987.0;2915.1;;0.0;359.6;130.1;23.0;191.3;703.9;;;17;;1254.6;;106.6;526.3;1608.6;;;129.2;58.6;34.3;66.5;268.2 rru;29.1;1254.6;0.0;68.7;256.2;1608.6;;13.2;74.0;15.8;34.3;58.1;195.5;;;18;;1265.7;;107.1;580.1;1767.3;;;133.0;64.6;37.4;80.6;323.7 rtb;0.0;542.2;0.0;113.5;580.1;1235.8;;0.0;12.6;0.0;0.0;37.8;50.4;;;19;;1285.8;;113.5;814.2;2193.9;;;150.3;88.9;38.1;150.1;429.4 scc;33.2;1080.3;5.5;121.9;526.3;1767.3;;5.5;16.6;49.9;16.6;66.5;155.1;;;20;;1359.8;;116.8;987.0;2453.5;;;183.3;109.8;50.0;166.7;488.9 spl;11.9;621.9;0.0;71.2;277.7;982.7;;0.0;16.6;2.4;2.4;7.1;28.5;;;21;;1782.7;;121.9;1043.8;2915.1;;;359.6;130.1;67.1;191.3;703.9 total;23.5;856.0;2.5;80.4;364.7;1327.1;;7.1;62.9;27.1;21.4;51.4;169.8;;;;;;;;;;;;;;;; moyenne;23.8;859.9;3.0;84.2;427.9;1398.7;;5.4;69.5;32.4;18.2;52.8;178.3;;;R2 progrès;;;;;;;;;;;;; écart;19.6;422.8;5.2;22.4;248.2;592.6;;8.0;86.6;37.6;18.2;53.8;181.3;;;droite;;967;;978;793;889;;;687;753;850;758;783 m/e;1.2;2.0;0.6;3.8;1.7;2.4;;0.7;0.8;0.9;1.0;1.0;1.0;;;exponentiel;;957;;975;941;967;;;969;980;956;961;986 R2 corel;c5;;;0.193;0.420;;R2 corel;x5;;0.888;0.494;0.853;;;;a;;0.089;;0.043;0.081;0.065;;;0.202;0.195;0.183;0.165;0.171 ;c7;;;;0.420;;;x6;;;0.392;0.754;;;;b;;283.156;;50.427;153.421;628.757;;;3.747;1.976;1.444;5.367;16.404 ;;;;;;;;x7;;;;0.745;;;;;;;;;;;;;;;;; R2 deter;c5;;;0.037;0.176;;R2 deter;x5;;0.788;0.244;0.728;;;;;;;;;;;;;;;;; ;c7;;;;0.177;;;x6;;;0.154;0.569;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;x7;;;;0.555;;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ======Fréquences cds-cds négatifs discontinus jusqu'à 80, détails====== *Fréquences <span id="disc80">des</span> discontinus jusqu'à 80, détails des cumuls <pre> 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0;51;;9 6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1;;;43 7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1;;;27 8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3;;;70 1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58;;;30 1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7;;;64 total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12;1172;;204 gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles 1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;;0 2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2;2;;10 3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;;0 4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5;4;;52 5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;5;;2 6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0;6;;13 7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0;7;;1 8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2;8;;7 9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0;9;;6 10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0;10;;2 11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0;11;;11 12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0;12;;4 13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;13;;3 14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0;14;;9 15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1;15;;3 16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0;16;;2 17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1;17;;10 18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0;18;;2 19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;19;;2 20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0;20;;5 21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0;21;;2 22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;22;;2 23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0;23;;3 24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0;24;;2 25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;25;;4 26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0;26;;8 27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;27;;1 28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;28;;1 29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;29;;0 30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;30;;0 31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;31;;1 32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;32;;3 33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;33;;0 34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;34;;2 35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0;35;;4 36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;36;;2 37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;37;;0 38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;38;;2 39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;39;;1 40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;40;;2 41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;41;;1 42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;42;;1 43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;43;;0 44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;44;;1 45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;45;;1 46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;46;;1 47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;47;;1 48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;48;;0 49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;49;;0 50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;50;;1 51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;51;;2 52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;52;;1 53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;53;;0 54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;54;;0 55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;55;;1 56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;56;;0 57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;57;;0 58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;58;;1 59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;59;;0 60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;60;;1 61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;61;;0 62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;62;;0 63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;63;;0 64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;64;;0 65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;65;;1 66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;66;;0 67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;67;;0 68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;68;;1 69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;69;;1 70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;70;;0 71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;71;;1 72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;72;;0 73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;73;;1 74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;74;;1 75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;75;;1 76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;76;;0 77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;77;;0 78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;78;;0 79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;79;;0 80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;80;;0 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles </pre> ======Restes des cds-cds négatifs====== *Restes <span id="rcdsn">des</span> cds-cds négatifs <pre> 14.8.21;;discont;cont;cont;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;6;14;2;0;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;7;12;48;17;65;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;8;19;43;44;87;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;6;15;0;15;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;51;108;61;169;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;cont;cont;;discontinu;;; ;6;2;2;;6;7;0;;6;1;0;;6;4;0;;6;0;0;0;;;; ;7;1;11;;7;6;18;;7;3;11;;7;2;8;;7;12;5;17;;;; ;8;3;9;;8;4;10;;8;8;9;;8;3;15;;8;25;19;44;1;;; ;reste;5;9;;reste;0;0;;reste;1;6;;reste;0;0;;reste;0;0;0;;;; ;;11;31;;;17;28;;;13;26;;;9;23;;;37;24;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Les occurrences des négatifs autres que ceux des tableaux des continus jusqu’à -50 et des discontinus jusqu’à -80;;;;;;;;;;;;;;;;;discontinu;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;-89;1;;;;;;; eco;discontinu;continu;;ase;discontinu;continu;;bsu;discontinu;continu;;scc;discontinu;continu;;pmq;continu;;ant;continu;;;Les restes ;jusqu’à -56;;1;1;-51;;*;0;-58;;1;2;-120;1;;0;-53;1;1;-71;1;1;continus;169;50 -66;;1;0;-52;;3;2;-59;;1;1;-74;;1;1;-55;1;2;-65;1;1;discontinus;51;80 -75;;1;0;-53;;*;1;-65;;1;1;-68;;2;1;-56;2;1;-59;1;1;;; -82;1;7;2;-55;;1;2;-82;;1;2;-59;;2;1;-65;2;1;-56;1;1;;discontinu;continu -85;;1;2;-57;;*;0;-86;1;;1;-53;;1;1;-74;1;1;-55;1;2;eco;10;22 -86;1;;1;-58;;*;2;-91;;1;2;ok;1;6;;-89;*;1;-53;1;1;ase;17;28 -89;;1;1;-59;;2;1;-92;;1;1;rru;discontinu;continu;;-95;2;1;;;;bsu;4;17 -102;1;;0;-67;;1;2;-93;1;;0;-122;1;;1;-119;2;1;cbei;continu;;pmq;1;16 -113;1;;1;-70;;2;2;-94;;1;2;-120;1;;0;-116;1;1;-110;1;1;ade;9;9 -129;1;;0;-74;;1;1;-95;;1;1;-106;1;;2;-115;1;2;-64;1;2;abra;0;13 -210;1;;0;-76;;1;2;-361;1;;2;-104;2;;1;-113;1;1;-64;1;2;afn;1;9 -436;1;;2;-79;;1;2;-127;1;;2;-137;;1;1;-101;2;1;-62;1;1;ant;0;6 -527;1;;1;-81;1;;0;-7616;;1;1;-104;;*;1;;16;;;;;blo;2;2 -530;1;;1;-82;2;1;2;-500;;1;1;-73;;1;2;;;;mba;continu;;cbei;0;4 -723;1;;0;-86;2;1;1;-492;;1;0;-68;;1;1;pub;continu;;-59;2;1;cvi;1;4 -110;;1;1;-87;1;;0;-164;;1;1;-65;;1;1;-65;1;1;-56;4;1;mba;0;6 -153;;1;0;-88;1;;2;-154;;1;2;-64;;1;2;-59;1;1;-51;*;0;mja;0;6 -212;;1;1;-89;;1;1;-143;;1;1;-62;;1;1;-56;1;1;;;;pmg;0;2 -242;;1;1;-91;;1;2;-119;;1;1;-61;;1;2;;;;mja;continu;;pub;0;3 -448;;1;2;-93;2;;0;-113;;1;1;-59;;1;1;spl;continu;;-83;1;1;rru;5;11 -729;;1;0;-94;;2;2;-101;;1;1;-58;;*;2;-98;1;1;-73;1;2;scc;1;6 -897;;1;0;-95;;1;1;;4;17;;-53;;1;1;-77;1;1;-71;1;1;spl;0;5 -1295;;1;1;-97;;2;2;ade;discontinu;continu;;-52;;2;2;-56;1;1;-64;1;2;;51;169 -2130;;1;0;-100;;1;2;-55;;1;2;;5;11;;-53;2;1;-62;1;1;;; -2400;;1;0;-120;1;;0;-61;;2;2;;;;;;;;-59;1;1;;; ;10;22;;-119;1;;1;-67;;1;2;blo;discontinu;continu;;abra;continu;;;;;;; afn;discontinu;continu;;-111;1;;0;-68;;2;1;-102;1;;0;-92;1;1;pmg;continu;;;; -83;1;;1;-109;2;;2;-116;1;;1;-85;1;;2;-86;1;1;-65;1;1;;; -113;;1;1;-107;1;;1;-110;1;;1;-86;;1;1;-73;1;2;-59;1;1;;; -79;;1;2;-106;1;;2;-107;1;;1;-53;;1;1;-67;9;2;;;;;; -74;;1;1;-105;1;;0;-104;1;;1;;2;2;;-59;1;1;;;;;; -71;;1;1;-119;;2;1;-101;1;;1;cvi;discontinu;continu;;;;;;24;;;; -68;;1;1;-110;;1;1;-98;1;;1;-102;1;;0;;37;;;;;;; -67;;2;2;-106;;2;2;-86;1;;1;-97;;1;2;;;;;;;;; -59;;1;1;-101;;1;1;-82;1;;2;-94;;1;2;;;;;;;;; -53;;1;1;;17;28;;-109;1;1;2;-73;;1;2;;;;;;;;; ;1;9;;;;;;-106;;1;2;-71;;1;1;;;;;;;;; ;;;;;;;;-100;;1;2;;1;4;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;9;9;;;9;23;;;;;;;;;; </pre> =====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_continus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus]] *Tableau cds-cds-c <pre> *Tableau cds-cds-c;;;;;;;;;;;; 14.8.21;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;;;;;; gen;r50;continu;“6;“7;“8;“p;c8;c7;1-5”;c5;c‰;cds '''cbn;0;167;;23;82;105;78;21.9;62;<u>'''37;<u>'''67;°2 491 '''cbei;4;389;;32;200;232;86;°13.8;153;'''39;'''69;&5 622 '''mba;6;307;'''7;34;108;149;77;22.8;152;°50;'''78;3 943 '''myr;0;282;;22;127;149;85;°14.8;133;°47;'''79;3 555 '''pmg;2;158;;10;41;51;80;19.6;105;66;°88;°1 800 '''mja;6;163;;17;62;79;79;21.5;78;°48;°94;'''1 730 '''spl;5;414;;30;117;147;80;20.4;262;63;°98;4 213 '''pmq;16;753;1;44;226;271;84;°16.2;466;62;°104;&7 223 '''blo;2;210;1;10;36;47;79;21.3;161;&77;119;'''1 772 '''rtb;0;98;;9;46;55;84;°16.4;43;'''44;124;<u>'''793 '''bsu;17;573;;42;209;251;83;°16.7;305;53;136;4 215 '''afn;9;303;2;20;105;127;84;°15.7;167;°55;149;°2 039 '''ase;28;'''1300;3;70;145;218;68;&32.1;1054;&81;158.6;&<u>8 197 '''ade;9;713;;25;72;97;74;&25.8;607;&<u>85;159.7;4 464 '''eco;22;644;;47;152;199;76;23.6;423;66;160.0;4 024 '''cvi;4;687;;38;152;190;80;20.0;493;&72;160.4;4 282 '''rru;11;609;;26;97;123;79;21.1;475;&78;160.9;3 786 '''scc;6;319;1;22;95;118;81;18.6;195;61;&177;°1 805 '''ant;6;679;1;33;252;286;89;'''11.5;387;°57;&219;3 095 '''abra;13;409;;11;174;185;94;<u>'''5.9;211;°52;&245;'''1 667 '''pub;3;381;2;14;129;145;90;'''9.7;233;61;&<u>292;'''1 307 '''total;169;9558;18;579;2627;3224;82;18.0;6165;64;134;72 023 </pre> *Tableau cds-cds-x <pre> *Tableau cds-cds-x;;;;;;;;; 14.8.21;;;;;;;;; négatifs continus;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;discontinus par -6;; gen;c5‰;c7‰;c8‰;c‰;c1/c4;cds;x6;x5;x‰ '''cbn;'''25;9.2;°33;<u>'''67;&121;°2 491;@56;0;$3.6 '''cbei;'''27;5.7;°36;'''69;&87;&5 622;?29;36;°2.0 '''mba;'''39;8.6;°27;'''78;°28;3555;?19;27;5.6 '''myr;'''37;6.2;°36;'''79;&118;3943;§45;45;5.6 '''pmg;58;5.6;'''23;°88;52;°1 800;§29;38;&48.9 '''mja;45;9.8;°36;°94;49;'''1 730;@63;46;&32.4 '''spl;62;7.1;°28;°98;&93;4213;?20;58;°2.8 '''pmq;65;6.1;°31;°104;'''21;&7 223;§30;33;5.8 '''blo;91;5.6;'''20;119;48;'''1 772;?8;17;10.2 '''rtb;54;11.3;58;124;°30;<u>'''793;§0;25;$5.0 '''bsu;72;10.0;50;136;°31;4215;?29;40;8.3 '''afn;82;9.8;51;149;°29;°2 039;@50;25;$2.0 '''ase;129;8.5;'''18;158.6;'''19;&<u>8 197;?21;31;&42.9 '''ade;136;5.6;'''16;159.7;<u>'''13;4464;?7;35;&22.8 '''eco;105;11.7;°38;160.0;63;4024;§38;48;&23.4 '''cvi;115;8.9;°35;160.4;°31;3786;?16;36;&16.1 '''rru;125;6.9;°26;160.9;'''21;4282;?15;38;&19.5 '''scc;108;12.2;53;&177;'''25;°1 805;§38;11;&15.5 '''ant;125;10.7;&81;&219;&74;3095;@47;48;&26.8 '''abra;127;6.6;&104;&245;48;'''1 667;@50;25;$4.8 '''pub;178;10.7;&99;&<u>292;&<u>190;'''1 307;§38;51;&<u>70.4 '''total;86;8.0;36;134;37;72023;27;37;17.0 ;;;;;;;;; ? bbe333;;;;;;;;; § e8f2a8;;;;;;;;; @ ff00ff;;;;;;;;; </pre> *Fréquences <span id="fncont">des</span> intercalaires négatifs continus jusqu'à 50, détails <pre> negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl -1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126 -2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0 -4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136 -5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0 -6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0 -7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10 -8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46 -9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8 -11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28 -12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0 -13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5 -14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15 -15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3 -17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8 -18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1 -20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7 -21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0 -23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4 -24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 -25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0 -26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2 -27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1 -29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2 -30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0 -32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3 -33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1 -35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0 -36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 -38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1 -39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 -41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1 -42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1 -44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0 -45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0 -47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0 -48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0 -50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0 ;170;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;3;16;3;11;0;6;5 ;9559;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;159;753;381;609;98;319;414 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 9559;?;?;?;?;?;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;total;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl 6;18;0;0;2;1;3;1;0;0;0;0;0;7;0;0;0;1;2;0;0;1;0 7;579;11;25;20;33;70;10;42;32;23;38;47;34;17;22;10;44;14;26;9;22;30 8;2627;174;72;105;252;145;36;209;200;82;152;152;108;62;127;41;226;129;97;46;95;117 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; “7/t”;18;6;26;16;12;32;21;17;14;22;20;24;23;22;15;20;16;10;21;16;19;20 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; total;3224;185;97;127;286;218;47;251;232;105;190;199;149;79;149;51;271;145;123;55;118;147 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; % 6+7+8 / 50;34;47;14;43;42;17;23;45;60;63;28;32;50;50;53;33;37;38;21;56;38;36 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; %1-5/total;64;52;85;55;57;81;77;53;39;37;72;66;50;48;47;66;62;61;78;44;61;63 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; c1/c4;0.37;0.48;0.13;0.29;0.74;0.19;0.48;0.31;0.87;1.21;0.31;0.63;0.28;0.49;1.18;0.52;0.21;1.90;0.21;0.30;0.25;0.93 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 1-5”;6165;211;607;167;387;1054;161;305;153;62;493;423;152;78;133;105;466;233;475;43;195;262 </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400]] *Légende <pre> 12.2.22 Paris;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Diagramme 400;;Poly3;1 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;1 à 400;Sc+;;;;;;;;;; ;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;;; gen;m50x;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;m50c;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;classe;;;;;12.2.22 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];min 50;-13;90;818;231;20;874;Sf;{{tri1|6}}b1;°rru;50;-34;275;878;270;139;2056;{{tri1|6}}b1;b1;Sf;°rru;20;6;{{tri1|6}}b1 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];max 80;45;-332;496;246;191;118;tF;{{tri1|14}}c3;§rtb;50;-36;279;569;258;82 Sm;402;{{tri1|14}}c3;c3;tF;§rtb;191;14;{{tri1|14}}c3 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];min 20;-58;495;853;284;249;218;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;50;-236;1732;559;245;338;537;{{tri1|1}}a1;a1;SF;$pub;249;1;{{tri1|1}}a1 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];max 70;29;-174;611;200;30;1008;tf;{{tri1|8}}b2;°cvi;50;-44;372;852;282;203;2320;{{tri1|8}}b2;b2;tf;°cvi;30;7;{{tri1|8}}b2 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];min 50;-20;145;782;242;39;1229;Sf;{{tri1|5}}b1;°ade;50;-61;489;843;267;232;2242;{{tri1|5}}b1;b1;Sf;°ade;39;5;{{tri1|5}}b1 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];min 50;-25;209;680;279;70;601;Sm;{{tri1|4}}a2;$ant;40;-135;1021;664;252;306;1616;{{tri1|4}}a2;a2;Sm;$ant;70;4;{{tri1|4}}a2 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];max 50;22;-151;532;230;43;1003;tm;{{tri1|11}}c2;eco;50;-74;565;805;255;265;2130;{{tri1|11}}c2;c2;tm;eco;43;11;{{tri1|11}}c2 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];max 80;47;-333;611;236;336;1071;tF;{{tri1|16}}c5;§spl;50;-47;363;806;257;192;2215;{{tri1|16}}c5;c5;tF;§spl;336;16;{{tri1|16}}c5 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];max 40;-6.4;69;458;359;18;1028;Sf;{{tri1|9}}c1;bsu;50;-41;352;790;286;173;2444;{{tri1|9}}c1;c1;Sf;bsu;18;9;{{tri1|9}}c1 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];régulier;31;-283;878;304;813;1614;tF;{{tri1|19}}d2;&pmq;70;-29;229;946;263;140;4164;{{tri1|19}}d2;d2;tF;&pmq;813;19;{{tri1|19}}d2 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];max 50;16;-109;454;227;27;489;tf;{{tri1|10}}c1;cbn;50;-50;394;855;263;203;1701;{{tri1|10}}c1;c1;tf;cbn;27;10;{{tri1|10}}c1 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];régulier;32;-258;712;269;708;946;tF;{{tri1|18}}d2;&cbei;50;-46;338;779;245;213;3399;{{tri1|18}}d2;d2;tF;&cbei;708;18;{{tri1|18}}d2 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];max 4-14;29;-227;486;261;183;328;tF;{{tri1|15}}c4;§afn;50;-95;712;722;250;297;1323;{{tri1|15}}c4;c4;tF;§afn;183;15;{{tri1|15}}c4 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];max 70;19;-108;872;189;25;2398;tf;{{tri1|7}}b2;°ase;50;-43;352;910;273;216;3558;{{tri1|7}}b2;b2;tf;°ase;25;8;{{tri1|7}}b2 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];régulier;33;-233;728;235;138;448;tF;{{tri1|21}}d3;&'''blo;40;-5.7;69;868;404;41 Sf;993;{{tri1|21}}d3;d3;tF;&'''blo;138;21;{{tri1|21}}d3 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];min 50;-16;150;660;313;78;406;Sm;{{tri1|3}}a2;$mja;50;-94;719;856;255;319;1047;{{tri1|3}}a2;a2;Sm;$mja;78;3;{{tri1|3}}a2 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];régulier;4.9;-71;350;483;348;705;tF;{{tri1|17}}d1;&mba;50;-50;359;823;239;287;1651;{{tri1|17}}d1;d1;tF;&mba;348;17;{{tri1|17}}d1 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];max 70;33;-213;708;215;68;828;tm;{{tri1|12}}c2;myr;50;-94;717;742;254;290;2081;{{tri1|12}}c2;c2;tm;myr;68;12;{{tri1|12}}c2 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];min 40;-67;515;607;256;179;559;SF;{{tri1|2}}a1;$pmg;60;-107;844;869;263;368;895;{{tri1|2}}a1;a1;SF;$pmg;179;2;{{tri1|2}}a1 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];max 50;53;-314;734;197;96;256;tF;{{tri1|13}}c3;§abra;60;-99;750;702;253;277;934;{{tri1|13}}c3;c3;tF;§abra;96;13;{{tri1|13}}c3 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];régulier;30;-200;690;222;71;416;tm;{{tri1|20}}d3;&'''scc;60;-86;660;830;256;331;961;{{tri1|20}}d3;d3;tm;&'''scc;71;20;{{tri1|20}}d3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;Poly3;31 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;31 à 400;Sc+;;;;;bgcolor="#66ffff"|;;°;99ff99;§; ;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;bgcolor="#ffff00"|;;&;00ccff;$; gen;teff;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;f3;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;;;;;; °[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];3786;12;-97;833;269;36;726;tf;{{tri1|6}}b1;°rru;tm;13;-61;957;156;41;1509;{{tri1|6}}b1;;a1;$pub;249;1; §[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];793;;;;;;;;{{tri1|14}}c3;§rtb;tF;70;-478;788;228;190;284;{{tri1|14}}c3;;a1;$pmg;179;2; $[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];1307;-49;437;918;297;256;149;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;SF;-48;403;945;280;365;200;{{tri1|1}}a1;;a2;$ant;70;4; °[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];4282;;;;;;;;{{tri1|8}}b2;°cvi;tF;5.3;22;915;-138;107;1621;{{tri1|8}}b2;;a2;$mja;78;3; °[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];4464;32;-228;874;238;67;958;tm;{{tri1|5}}b1;°ade;tF;2.5;38;957;-507;103;1490;{{tri1|5}}b1;;b1;°ade;39;5; $[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];3095;60;-400;785;222;112;432;tF;{{tri1|4}}a2;$ant;tF;4.8;28;888;-194;142;833;{{tri1|4}}a2;;b2;°cvi;30;7; [[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];4024;;;;;;;;{{tri1|11}}c2;eco;tm;7.6;-18;934;79;61;1389;{{tri1|11}}c2;;b2;°ase;25;8; §[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];4213;;;;;;;;{{tri1|16}}c5;§spl;tf;10.3;-50;915;162;30;1618;{{tri1|16}}c5;;b1;°rru;20;6; [[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];4216;48;-359;861;249;167;645;tF 51;{{tri1|9}}c1;bsu;tF;12;-27;954;75;104;1424;{{tri1|9}}c1;;c1;bsu;18;9; &[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];7223;;;;;;;;{{tri1|19}}d2;&pmq;Sm;-13;112;937;287;51;3257;{{tri1|19}}d2;;c1;cbn;27;10; [[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];2493;;;;;;;;{{tri1|10}}c1;cbn;tm;8.8;-32;932;121;41;1171;{{tri1|10}}c1;;c2;eco;43;11; &[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];5623;;;;;;;;{{tri1|18}}d2;&cbei;Sf;-13;15;935;38;8;2571;{{tri1|18}}d2;;c2;myr;68;12; §[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];2039;;;;;;;;{{tri1|15}}c4;§afn;tm;9.5;-42;904;147;45;791;{{tri1|15}}c4;;c3;§abra;96;13; °[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];8197;;;;;;;;{{tri1|7}}b2;°ase;SF;-18;182;976;337;149;2619;{{tri1|7}}b2;;c3;§rtb;191;14; &[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];1773;;;;;;;;{{tri1|21}}d3;&'''blo;tf;28;-174;897;207;36;786;{{tri1|21}}d3;;c4;§afn;183;15; $[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];1729;47;-300;711;213;88;309;tF;{{tri1|3}}a2;$mja;SF;-6.2;87;964;468;105;623;{{tri1|3}}a2;;c5;§spl;336;16; &[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];3943;;;;;;;;{{tri1|17}}d1;&mba;SF;-6.7;100;789;495;209;2156;{{tri1|17}}d1;;d1;&mba;348;17; [[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];3555;;;;;;;;{{tri1|12}}c2;myr;tF;7.8;-12;897;51;86;1265;{{tri1|12}}c2;;d2;&cbei;708;18; $[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];1800;23;-124;774;180;48;377;tm;{{tri1|2}}a1;$pmg;SF;-35;327;973;311;286;510;{{tri1|2}}a1;;d2;&pmq;813;19; §[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];1667;;;;;;;;{{tri1|13}}c3;§abra;tF;21;-104;912;165;85;548;{{tri1|13}}c3;;d3;&'''scc;71;20; &[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];1805;;;;;;;;{{tri1|20}}d3;&'''scc;SF;-17;162;949;318;162;622;{{tri1|20}}d3;;d3;&'''blo;138;21; </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Corrélations_400_et_faibles_fréquences|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences]] *Légende <pre> ;;12.2.22 Paris;Corrélations x+/c+;;;;;;;;;;Faibles fréquences;;;;;;;;;;;;; ;;;effectifs diagramme;;Corrélations;;;;;;;;1-30 ‰ ;;;teff;;0 ‰;;<0 ‰;;eff40;;corel40;classe; ;;gen;x+;c+;41-250;41-200;diff;1-250;mini;clx+;;gen;x+; c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+; c+;x+/c+;clx+; °rru;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];874;2056;611;193;418;792;min40;{{tri1|6}}b1;;°[[:image:Pro1-2.png|rru]];169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;{{tri1|6}}b1;°rru §rtb;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];118;402;148;-105;253;-165;min30;{{tri1|14}}c3;;§[[:image:Pr-bc1.png|rtb]];51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;{{tri1|14}}c3;§rtb $pub;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];218;537;883;857;26;852;min20;{{tri1|1}}a1;;$[[:image:Pro1-2.png|pub]];317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;{{tri1|1}}a1;$pub °cvi;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];1008;2320;891;858;33;549;min30;{{tri1|8}}b2;;°[[:image:Pro-2.png|cvi]];112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;{{tri1|8}}b2;°cvi °ade;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];1229;2242;758;624;134;897;min50;{{tri1|5}}b1;;°[[:image:Pro-2.png|ade]];221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;{{tri1|5}}b1;°ade $ant;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];601;1616;538;271;267;886;min40;{{tri1|4}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|ant]];281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;{{tri1|4}}a2;$ant eco;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];1003;2130;440;296;144;-64;min20;{{tri1|11}}c2;;[[:image:Pro-2.png|eco]];63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;{{tri1|11}}c2;eco §spl;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];1071;2215;784;735;49;-202;min10;{{tri1|16}}c5;;§[[:image:Pro1-2.png|spl]];37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;{{tri1|16}}c5;§spl bsu;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];1028;2444;282;8;274;257;min10;{{tri1|9}}c1;;[[:image:Bac-2.png|bsu]];140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;{{tri1|9}}c1;bsu &pmq;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];1614;4164;-651;-832;181;-825;min10;{{tri1|19}}d2;;&[[:image:Bac1-2.png|pmq]];32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;{{tri1|19}}d2;&pmq cbn;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];489;1701;508;548;-40;-112;min20;{{tri1|10}}c1;;[[:image:Bac1-2.png|cbn]];65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;{{tri1|10}}c1;cbn &cbei;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];946;3399;-377;-510;133;-646;min10;{{tri1|18}}d2;;&[[:image:Bac-2.png|cbei]];26;244;0.11;1219;4404;0;4;9;88;35;954;272;{{tri1|18}}d2;&cbei §afn;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];328;1323;101;-26;127;-407;min10;{{tri1|15}}c4;;§[[:image:Bac-2.png|afn]];46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;{{tri1|15}}c4;§afn °ase;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];2398;3558;940;922;18;725;min40;{{tri1|7}}b2;;°[[:image:Bac-2.png|ase]];135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;{{tri1|7}}b2;°ase &'''blo;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];448;993;537;406;131;255;min20;{{tri1|21}}d3;;&[[:image:Pr-bc1.png|blo]];89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;{{tri1|21}}d3;&'''blo $mja;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];406;1047;571;326;245;857;min30;{{tri1|3}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|mja]];239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;{{tri1|3}}a2;$mja &mba;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];705;1651;-221;-330;109;-477;min10;{{tri1|17}}d1;;&[[:image:Bac1-2.png|mba]];45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;{{tri1|17}}d1;&mba myr;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];828;2081;764;649;115;41;min20;{{tri1|12}}c2;;[[:image:Pro1-2.png|myr]];71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;{{tri1|12}}c2;myr $pmg;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];559;895;802;728;74;915;min40;{{tri1|2}}a1;;$[[:image:Bac-2.png|pmg]];326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;{{tri1|2}}a1;$pmg §abra;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];256;934;797;716;81;59;min10;{{tri1|13}}c3;;§[[:image:Pro1-2.png|abra]];94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;{{tri1|13}}c3;§abra &'''scc;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];416;961;530;440;90;49;min10;{{tri1|20}}d3;;&[[:image:Bac1-2.png|scc]];118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;{{tri1|20}}d3;&'''scc </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Taux_des_x+_dans_les_diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400]] *Légende <pre> 12.2.22;;;gen;x+;c+;%x+ 1;x+;c+;%x+ 31;x+;c+;%x+ t;t-1;31-1;clx+ 1;°rru;;°[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];874;2056;30;726;1509;32;972;2131;31;1.5;<u>2.7;{{tri1|6}}b1 2;§rtb;;§[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];118;402;'''23;112;284;'''28;189;505;27;'''4.5;5.6;{{tri1|14}}c3 3;$pub;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];218;538;29;149;200;43;239;595;29;-0.2;'''13.9;{{tri1|1}}a1 4;°cvi;;°[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];1008;2320;30;895;1621;36;1115;2410;32;1.3;5.3;{{tri1|8}}b2 5;°ade;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];1229;2242;35;958;1490;39;1320;2325;36;0.8;3.7;{{tri1|5}}b1 6;$ant;;$[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];601;1616;27;432;833;34;639;1694;27;0.3;7.0;{{tri1|4}}a2 7;eco;;[[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];1003;2130;32;940;1389;40;1076;2210;33;0.7;'''8.3;{{tri1|11}}c2 8;§spl;;§[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];1071;2215;33;1031;1618;39;1304;2482;34;1.8;6.3;{{tri1|16}}c5 9;bsu;;[[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];1028;2444;30;884;1629;35;1092;2513;30;0.7;5.6;{{tri1|9}}c1 10;&pmq;;&[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];1614;4164;28;1562;3257;32;1893;4535;29;1.5;4.5;{{tri1|19}}d2 11;cbn;;[[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];489;1701;'''22;457;1171;'''28;543;1776;23;1.1;5.7;{{tri1|10}}c1 12;&cbei;;&[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];946;3399;'''22;921;2571;'''26;1213;4011;23;1.4;4.6;{{tri1|18}}d2 13;§afn;;§[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];328;1323;'''20;313;791;'''28;349;1386;20;0.2;'''8.5;{{tri1|15}}c4 14;°ase;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];2398;3558;40;2072;2619;44;2726;3819;42;1.4;3.9;{{tri1|7}}b2 15;&'''blo;;&[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];448;993;31;408;786;34;502;1044;32;1.4;<u>3.1;{{tri1|21}}d3 16;$mja;;$[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];406;1047;28;309;623;33;447;1063;30;1.7;5.2;{{tri1|3}}a2 17;&mba;;&[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];705;1651;30;673;1297;34;1237;2378;34;'''4.3;4.2;{{tri1|17}}d1 18;myr;;[[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];828;2081;28;769;1265;38;981;2270;30;1.7;'''9.3;{{tri1|12}}c2 19;$pmg;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];559;895;38;377;510;43;604;942;39;0.6;4.1;{{tri1|2}}a1 20;§abra;;§[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];256;934;'''22;232;548;'''30;273;977;22;0.3;'''8.2;{{tri1|13}}c3 21;&'''scc;;&[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];416;961;30;367;622;37;462;993;32;1.5;6.9;{{tri1|20}}d3 </pre> =====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_continus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40]] *Légende *Tableau <pre> Sc+ 40;Diagrammes polynôme de d° 15;;;;;;;;;;;;Pourcentage des tranches de 7 fréquences;;;;;Effectif des tranches de 7 fréquences;;;;; gen;R2;min1;max1;min;max;pente;mx1;mx;pente0;diagr;type;gen;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;total '''rtb;$721;5;8;2;7;&'''1.7;4;13;&-10.7;$131;pr1;'''rtb;&'''39;&27;&18;10;'''6;48;33;22;13;8;124 '''pub;&981;6;8;13;13;$0;2;58;&-11.0;&367;pr2;'''pub;$63;$17;$8;'''6;'''6;223;61;27;21;20;352 '''rru;&882;7;11;11;34;&5.8;4;43;&-11.3;&630;pro1;'''rru;&32;&28;&13;15;11;191;167;78;86;66;588 '''cvi;&897;6;10;13;50;&9.3;1;58;&-9.0;&815;pro;'''cvi;&30;&30;&17;11;11;230;232;133;80;86;761 '''ade;&929;5;9;19;51;&8.0;2;63;&-14.7;&876;pro;'''ade;&30;&32;&15;12;11;247;267;122;95;93;824 '''ant;&923;7;9;14;88;&'''37.0;1;109;&-15.8;&836;pro;'''ant;&'''37;&39;&14;'''5;'''6;297;316;112;40;45;810 '''eco;&894;5;9;13;61;&12.0;2;54;&-13.7;&902;pro;'''eco;&27;&35;&17;12;'''8;232;295;146;103;71;847 '''spl;&881;6;10;13;33;&5.0;2;53;&-10.0;&683;pro1;'''spl;&30;&31;&15;13;11;193;202;94;86;73;648 '''bsu;°897;8;12;7;53;°11.5;1;41;°-4.9;°935;bac;'''bsu;°22;°25;°28;15;11;189;220;245;128;96;878 '''pmq;$758;9;14;10;45;°7.0;1;52;°-5.3;°1155;bac1;'''pmq;°25;°19;°22;18;17;255;192;224;181;177;1029 '''cbn;°891;8;12;9;32;°5.8;1;37;°-4.0;°620;bac1;'''cbn;°23;°24;°23;18;12;134;136;133;101;67;571 '''cbei;°873;7;12;8;51;°8.6;1;55;°-7.8;°954;bac;'''cbei;°22;°27;°25;15;11;194;242;220;138;101;895 '''afn;°829;7;12;5;46;°8.2;1;38;°-5.5;°580;bac;'''afn;°25;°30;°26;13;'''7;138;167;143;71;37;556 '''ase;°827;6;10;28;67;°9.8;1;60;°-6.4;°1165;bac-a;'''ase;$29;°28;$15;12;16;307;298;158;131;166;1060 '''blo;$636;7;10;4;11;°'''2.3;2;15;°'''-2.2;$241;bc1;'''blo;°28;°23;°22;17;10;62;52;50;37;23;224 '''mja;$670;6;9;4;32;&9.3;4;32;&-14.0;&474;pro-a;'''mja;$23;&31;$22;13;10;104;143;102;61;45;455 '''mba;$732;7;10;4;19;°5.0;2;31;-5.4;°428;bac1-a;'''mba;$32;°22;°20;13;12;124;87;79;50;48;388 '''myr;&922;7;12;23;46;&4.6;2;78;&-11.0;&899;pro1-a;'''myr;&'''42;$25;&16;11;'''7;355;213;133;93;61;855 '''pmg;$776;7;9;10;27;°8.5;2;27;°-3.4;°449;bac-b;'''pmg;$35;°25;$16;12;11;146;105;65;50;46;412 '''abra;&895;7;12;4;33;&5.8;1;58;&-9.0;&420;pro1;'''abra;&'''41;&30;&14;10;'''6;165;119;56;39;24;403 '''scc;°855;6;9;4;20;°5.3;1;31;°-5.4;°389;bac1-b;'''scc;$31;°30;$18;13;'''8;113;110;66;46;29;364 ;;;;;;;; ;ant;7;10;14;48;11.3;; ;ant;7;8;14;46;32;; ;;;;;;;; ;;moyenne;7.8;;;;; ;;écart;2.4;;;;; ;;m/e;3.2;;;;; </pre> *<span id="fc40">Données</span> <pre> fc40;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total 0;12;17;9;56;13;1;25;19;10;10;16;21;11;13;33;26;58;12;4;6;17;389 1;58;35;38;109;60;12;41;55;37;58;43;22;18;66;17;52;52;21;10;31;46;883 2;40;63;25;54;59;15;31;39;31;44;51;31;28;78;27;46;58;31;7;27;53;841 3;21;55;20;56;38;8;34;23;13;42;44;12;6;61;25;35;37;38;8;23;29;631 4;29;25;28;24;48;5;27;36;12;30;26;17;32;56;26;34;25;43;13;7;22;572 5;7;19;13;22;43;9;19;17;17;25;13;23;11;29;18;28;26;29;2;13;16;399 6;6;24;9;18;28;9;21;16;13;13;12;15;4;42;23;32;13;18;5;4;13;340 7;4;26;5;14;31;4;16;8;11;18;23;4;5;23;10;28;12;11;3;8;14;281 8;15;37;7;46;37;8;7;15;9;13;15;4;15;32;11;12;13;22;7;11;29;370 9;16;51;19;88;53;6;16;23;10;41;56;8;32;25;27;10;12;14;7;20;29;568 10;12;38;16;48;67;11;19;17;19;50;58;19;28;23;14;21;8;15;2;20;33;539 11;19;32;28;43;49;10;32;48;22;42;48;16;16;41;19;23;5;34;5;12;27;571 12;33;42;46;45;33;7;54;51;32;26;39;8;22;46;14;38;7;30;5;15;35;628 13;13;39;29;31;33;7;46;41;22;35;22;19;17;19;14;43;6;26;3;16;20;501 14;11;28;22;15;26;3;47;47;22;25;37;13;13;27;6;45;10;26;4;16;29;472 15;13;26;37;19;23;14;52;43;23;21;23;12;13;16;12;39;2;13;5;12;15;433 16;7;23;24;19;28;8;31;29;20;28;20;13;14;19;10;34;3;13;5;8;10;366 17;6;16;10;12;23;9;41;25;16;19;19;11;10;24;11;25;3;16;1;7;13;317 18;11;19;25;22;12;5;44;38;20;17;19;13;17;19;11;36;6;9;3;15;20;381 19;7;14;12;16;17;3;23;23;14;18;14;7;18;21;6;29;4;10;3;7;14;280 20;7;12;15;8;35;4;29;30;20;14;23;15;14;19;13;24;5;12;3;12;10;324 21;5;12;20;16;20;7;25;32;20;16;17;8;16;15;2;37;4;5;2;5;12;296 22;7;17;13;7;24;6;29;25;17;13;18;8;11;15;7;32;4;12;2;6;12;285 23;14;13;11;6;23;8;22;18;12;7;13;4;9;15;4;23;3;11;0;9;13;238 24;4;8;9;4;14;4;24;21;13;18;19;14;11;18;8;45;5;10;4;8;19;280 25;5;14;9;4;18;6;15;23;19;10;10;4;12;14;5;28;2;16;3;6;3;226 26;5;14;5;10;24;7;12;22;10;13;14;6;9;10;6;15;3;8;2;9;9;213 27;3;9;14;5;14;3;12;18;17;7;14;10;6;9;11;24;2;13;0;3;21;215 28;1;20;10;4;14;3;14;11;13;12;8;4;3;12;9;14;2;16;2;5;9;186 29;3;7;3;12;28;4;17;16;12;13;9;4;6;10;8;25;3;14;2;3;11;210 30;4;14;10;6;17;2;15;18;14;11;14;10;8;12;11;30;2;11;0;1;11;221 31;4;13;5;8;22;6;16;18;11;17;7;2;4;8;3;26;3;9;0;7;17;206 32;6;14;5;1;34;3;12;13;5;12;7;6;4;14;9;20;5;10;2;2;9;193 33;3;15;3;8;20;2;18;11;11;13;7;8;11;5;7;26;1;7;3;3;8;190 34;1;19;5;5;23;4;7;12;8;11;8;7;11;9;1;20;2;11;0;8;9;181 35;3;11;6;5;22;2;11;13;6;9;7;11;1;3;7;31;4;4;1;5;8;170 36;6;9;3;5;19;3;13;9;8;11;15;8;4;10;11;23;4;7;1;5;6;180 37;4;15;8;6;23;3;5;8;11;9;7;9;3;8;6;24;3;10;2;2;6;172 38;3;8;3;4;29;2;11;11;8;9;7;11;5;7;6;24;1;6;0;7;10;172 39;2;6;6;7;14;9;21;15;10;10;8;6;7;13;6;27;4;9;2;9;7;198 40;2;14;4;4;20;0;7;16;12;15;7;6;0;6;8;28;3;10;2;2;6;172 reste;547;1446;796;810;2688;803;1557;3042;1143;1599;1375;1932;586;1362;467;3361;175;1498;371;606;1786;27950 total;979;2339;1385;1702;3866;1045;2518;4015;1773;2424;2212;2381;1071;2274;949;4543;600;2140;506;1001;2486;42209 diagr;420;876;580;836;1165;241;936;954;620;815;821;428;474;899;449;1156;367;630;131;389;683;13870 </pre> =====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_discontinus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40]] *Légende <pre> 13.9.21 Paris;;publié;;;;;;;;;;;;; Sx+ 40;;;;; gen;poly3;mod3;tot;diagr;note ;;;;; '''rru;°253;5;12;175; '''rtb;;;;8; '''pub;;;;88; '''cvi;499;8;11;130; '''ade;443;8;11;304; '''ant;574;°'''1;9;186; '''eco;'''647;6;11;129;parabole '''spl;;;;69; '''bsu;'''789;5;9;302;croit '''pmq;;;;68; '''cbn;;;;56; '''cbei;;;;35; '''afn;;;;36; '''ase;°315;10;17;389;P15 611 '''blo;;;;54; '''mja;467;4;12;113; '''mba;;;;51; '''myr;;;;97; '''pmg;'''831;5;7;196;décroit '''abra;;;;41; '''scc;;;;60; ;;;;; ;Modulo 3;total;prévu;; ;5;7;;; ;16;22;;; ;10;17;;; ;5;9;;; ;6;11;;; ;5;12;;; ;47;78;26;; ;Jusqu’à 129;;;; ;51;90;30;; ;Jusqu’à 113;;;; </pre> =====Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Intercalaires_entre_tRNA_et_rRNA_en_continu_discontinu|Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu]] *Les tRNA-tRNA x+ <pre> ;tRNA-tRNA; ;x+;pbs aua;ggc-atgf;404 ;ttc-acc;161 ;gac-gta;270 ;ccg-caa;173 ase;gga-cca;130 mja;atgj-ctc;91 ;acc-caa;178 ksk;cca-gga;151 mba;gcc-atc;223 mfe;gcc-atc;227 fps;ttg-cta;290 vpb;cgt-cgt;56 "8 cgt avec 6 intercalaires 56-57 et 1 de 210" rtb;cgg-caa;60 ;gac-gcc;1051 rpl;cgg-caa;49 ;gac-gcc;830 agr;atgj-ggc;793 ;gac-gta;446 lbu;gaa-ctt;151 npu;atgj-atgj;-1 </pre> *'''Tableau''' <pre> tRNA rRNA continu discontinu;;;;;;;;les génomes à discontinu;;; type;total;c+;x+;c-;x-;x+%;;gen;x+;gen;x+ tRNA;1745;1714;19;1;0;1,1;;ase;1;; t-rRNA;814;810;4*;0;0;;;ksk;1;vpb;1 rRNA;1043;1043;0;0;0;;;mja;2;rtb;2 aa interne;127;127;0;0;0;;;mba;1;rpl;2 genomes;50;50;13;;;26;;mfe;1;agr;2 4*;cdc8;aaa-5s;23s’-16s;16s’-16s’;16s-5s;;;fps;1;aua;4 adresse;;4229303;4229975;4189696;4179150;;;npu;c-;lbu;1 ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;c- (-1pbs);; </pre> ===Les blocs à tRNA=== ===Les cds dans les blocs à tRNA=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds_dans_les blocs à tRNA|cds]] <pre> 27.9.20 Paris;;Les cds dans les blocs tRNA sans rRNA;;;d’après les annexes ;;;;; ;;;;; génome;sens;adresse;nom;cds aa;intercal [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma|gamma]];autres rien;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal]];comp ;2042057..2043241 ;tuf1 ;395;117 ;comp ;2043359..2043431;;acc gga tac aca; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_opérons|eco]];comp ;1287087..1287176 ;tpr ;30;67 ;comp ;1287244..1287328 ;;tac tac; ;;4175754..4175829;;acc aca tac gga;114 ;;4175944..4177128 ;tufb ;395; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_opérons|ecoN]];comp ;2192566..2192655;;tcg;93 ;;2192749..2193546 ;DgsA;266;100 ;;2193647..2193722;;aac; ;comp ;2236186..2236261;;aac;4 ;;2236266..2237909 ;YeeO;548;100 ;;2238010..2238085;;aac; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed]];comp ;3913378..3913454;;tgg;52 ;comp ;3913507..3914691 ;cds;395;171 ;comp ;3914863..3914937;;gga ; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha|alpha]];;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm]];comp ;659042..659116 ;;gtc ;155 ;comp ;659272..660159 ;hydrolase;296;106 ;comp ;660266..660340;;gtc ; ;comp ;2114823..2114899;;aga;55 ;comp ;2114955..2115251 ;ETC;96;71 ;comp ;2115323..2115399;;cca ; ; ;2632171..2632246 ;;gcc ;166 ;< ;2632413..2632965 ;transposase;184;-41* ;;2632925..2633473 ;hp;183;30 ;comp ;2633504..2633579 ;;aca ;93 ;comp ;2633673..2634200 ;transferase;176;271 ;comp ;2634472..2634561 ;;tcg; ;;2863981..2864056;aca;;15 ;;2864072..2864317 ;DUF2829;82;8 ;;2864326..2864401;aaa;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru]];;1934224..1934300;;cca ;63 ;;1934364..1934663 ;ETC;100;12 ;;1934676..1934752;;aga; ;comp ;3124836..3125033 ;translocase;66;151 ;comp ;3125185..3125260 ;;tgg ;343 ;comp ;3125604..3126794 ;ef tu;397;93 ;comp ;3126888..3126961 ;;gga ; ;comp ;3126989..3127074 ;;tac ;37 ;;3127112..3128158 ;RlmB;349;57 ;;3128216..3128291 ;;aca ;127 ;;3128419..3128652;hp;78; ;;3378495..3378569;;acc;237 ;;3378807..3379370 ;hp;188;234 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan]];comp ;2040234..2040453 ;hp;73;91 ;;2040545..2040629 ;;tac ; ;;2040654..2040727 ;;gga ;6 ;comp ;2040734..2040916 ;hp;61;-50* ;;2040867..2042042 ;ef Tu;392;65 ;;2042108..2042183 ;;tgg ;420 ;;2042604..2042804 ;translocase;67; ;comp ;2697238..2697314;;aga;123 ;comp ;2697438..2697743 ;ETC;102;156 ;comp ;2697900..2697976;;cca ; 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;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;; ;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;; ;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;; ;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;;;;;;;; ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;;;;;;;; ;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;;;;;;;; ;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;;;;;;;; ;tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;; ;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2;;;;;;;;; ;cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;;;;;;;; ;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6;;;;;;;;; ;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; ;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; 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;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga;;;;;;;;;; ;cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;; ;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;; ;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; ;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;; ;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; ;fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;11 ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 ;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 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aaa3;tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;;;;;;;; caa2;ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;;;;;;;; cag2;cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;;;;;;;; atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;;;;;;;; cgt4;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;;;;;;;; ggc3;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;;;;;;;; ;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;; séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;;;;;;;; (aaa gta)2 aaa3;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;;;;;;;; ;eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;29;;;;;;29;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;34;;;;;;;;;20;;;;;;;;;44;;;;;;;;; 3 gtc2;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;;;;;;;; gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;;;;;;;; 2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;;;;;;;; gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;;;;;;;; tac2;ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;;;;;;;; aaa3;atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;;;;;;;; atgf3;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;;;;;;;; ggc3;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;;;;;;;; atc :;tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;;;;;;;; 4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;;;;;;;; gaa :;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;;;;;;;; 7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;;;;;;;; acc :;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;;;;;;;; 2 5s >aa aa;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s >aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;;;;;;;; ;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;; gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;;;;;;;; séquences;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; (aaa gta)2 aaa3;ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;912;;;;;;;;;1047;;;;;;;;;493;;;;;;;;;751 ;atgi;30;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;7;tct;0;tat;0;atgf;36;;atgi;2;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;14;tct;0;tat;0;atgf;31 ;att;0;act;3;aat;0;agt;1;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0 ;ctt;4;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0 ;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0 ;ttc;21;tcc;37;tac;7;tgc;16;;ttc;35;tcc;6;tac;44;tgc;38;;ttc;9;tcc;2;tac;28;tgc;4;;ttc;28;tcc;10;tac;26;tgc;17 ;atc;4;acc;18;aac;28;agc;18;;atc;7;acc;22;aac;35;agc;34;;atc;2;acc;5;aac;22;agc;0;;atc;15;acc;9;aac;38;agc;15 ;ctc;30;ccc;28;cac;14;cgt;15;;ctc;15;ccc;1;cac;34;cgt;19;;ctc;2;ccc;0;cac;11;cgt;49;;ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30 ;gtc;19;gcc;16;gac;14;ggc;17;;gtc;11;gcc;14;gac;54;ggc;59;;gtc;28;gcc;25;gac;13;ggc;43;;gtc;5;gcc;1;gac;41;ggc;38 ;tta;18;tca;36;taa;0;tga;9;;tta;31;tca;12;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;4;taa;0;tga;0;;tta;24;tca;19;taa;0;tga;0 ;ata;1;aca;19;aaa;17;aga;29;;ata;1;aca;43;aaa;44;aga;21;;ata;0;aca;7;aaa;25;aga;2;;ata;0;aca;33;aaa;41;aga;15 ;cta;21;cca;20;caa;19;cga;3;;cta;32;cca;39;caa;37;cga;7;;cta;8;cca;4;caa;12;cga;0;;cta;20;cca;33;caa;29;cga;0 ;gta;13;gca;4;gaa;15;gga;15;;gta;54;gca;7;gaa;52;gga;45;;gta;26;gca;0;gaa;25;gga;6;;gta;51;gca;17;gaa;42;gga;25 ;ttg;34;tcg;26;tag;0;tgg;31;;ttg;8;tcg;5;tag;0;tgg;13;;ttg;2;tcg;0;tag;0;tgg;2;;ttg;7;tcg;2;tag;0;tgg;12 ;atgj;15;acg;28;aag;18;agg;31;;atgj;39;acg;5;aag;12;agg;1;;atgj;6;acg;0;aag;16;agg;0;;atgj;23;acg;2;aag;0;agg;0 ;ctg;20;ccg;15;cag;9;cgg;24;;ctg;16;ccg;4;cag;14;cgg;10;;ctg;28;ccg;8;cag;10;cgg;0;;ctg;9;ccg;1;cag;0;cgg;0 ;gtg;10;gcg;13;gag;9;ggg;20;;gtg;5;gcg;5;gag;5;ggg;6;;gtg;8;gcg;3;gag;12;ggg;0;;gtg;0;gcg;0;gag;1;ggg;1 ;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;total;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;751;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;(sans abra apl 729);;; </pre> ===Les totaux des types=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_totaux_des_types|Les totaux des types]] <pre> bacts;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total ;1047;912;13;751;11;304;493;135;3666 </pre> ===La référence +5s >3=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#La_référence_+5s_>3|La référence +5s >3]] <pre> La référence;;;;;;; +5s;sans 1-3aas;;729;;;; atgi;12;tct;;tat;;atgf;29 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;26;tcc;10;tac;26;tgc;17 atc;15;acc;9;aac;38;agc;15 ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30 gtc;5;gcc;1;gac;39;ggc;38 tta;22;tca;17;taa;;tga; ata;;aca;31;aaa;39;aga;15 cta;20;cca;33;caa;29;cga; gta;49;gca;15;gaa;42;gga;25 ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;12 atgj;21;acg;2;aag;;agg; ctg;9;ccg;1;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1 ;;;;;;; faible 21;19;0.9;;;;; moyen 16;236;14.8;;;;; fort 14;474;33.9;;;;; ;729;;;;;; g+cga 10;7;0.7;;;;; agg+cgg;0;;;;;; 4 ccc;12;3.0;;;;; autres 5;0;;;;;; ;19;;;;;; </pre> ===totaux par rapport au groupe de référence=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#totaux_par_rapport_au_groupe_de_référence|totaux par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;317;124;114;19;2;7;583; 16;moyen;345;327;80;246;43;253;1294; 14;fort;250;596;299;486;90;68;1789; ; ;912;1047;493;751;135;328;3666; 10;g+cga;151;68;57;7;;;283; 2;agg+cgg;55;11;;12;1;;79; 4;carre ccc;93;41;55;;1;7;197; 5;autres;18;4;2;;;;24; ;;317;124;114;19;2;7;583; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;86;34;31;5;1;2;159;26 16;moyen;94;89;22;67;12;69;353;324 14;fort;68;163;82;133;25;19;488;650 ; ;249;286;134;205;37;89;3666;729 10;g+cgg;41;19;16;2;;;77;10 2;agg+cga;15;3;;3;0.3;;22; 4;carre ccc;25;11;15;;0.3;2;54;16 5;autres;5;1.1;0.5;;;;7; ;;86;34;31;5;0.5;2;159; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;129;51;46;226;26;35;12;23 16;moyen;141;133;33;307;324;38;31;16 14;fort;102;243;122;467;650;27;57;61 ; ;372;427;201;2452;729;912;1047;493 10;g+cgg;62;28;23;113;10;48;55;50 2;agg+cga;22;4; ;27;;17;9; 4;carre ccc;38;17;22;77;16;29;33;48 5;autres;7;2;0.8;10;;6;3;2 ;;129;51;46;226;;317;124;114 </pre> ==Caractérisation des tRNAs== ===Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Caractérisation_d'un_tRNA_par_les_4_processus_+5s_1aa_>1aa_duplication|Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication]] <pre> gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;;; atgi;14;30;7;2;tct;;;;;tat;;;;;atgf;31;30;36;30;;; att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;; ctt;;4;3;2;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;; gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;; ttc;28;21;35;9;tcc;10;37;6;2;tac;26;7;44;28;tgc;17;16;38;4;;tener2;2*11 atc;15;4;7;2;acc;9;18;22;5;aac;38;28;35;22;agc;15;18;34;;;atgi j f;tca ctc;4;30;15;2;ccc;2;28;1;;cac;20;14;34;11;cgt;30;15;19;49;;ttc;aca gtc;5;19;11;28;gcc;1;16;14;25;gac;41;14;54;13;ggc;38;17;59;43;;tta;gca tta;24;18;31;2;tca;19;36;12;4;taa;;;;;tga;;9;;;;gta;gac ata;;1;1;0;aca;33;19;43;7;aaa;41;17;44;25;aga;15;29;21;2;;aaa;+5s cta;20;21;32;8;cca;33;20;39;4;caa;29;19;37;12;cga;;3;7;;;; gta;51;13;54;26;gca;17;4;7;;gaa;42;15;52;25;gga;25;15;45;6;;; ttg;7;34;8;2;tcg;2;26;5;;tag;;;;;tgg;12;31;13;2;;; atgj;23;15;39;6;acg;2;28;5;;aag;;18;12;16;agg;;31;1;;;; ctg;9;20;16;28;ccg;1;15;4;8;cag;;9;14;10;cgg;;24;10;;;; gtg;;10;5;8;gcg;;13;5;3;gag;1;9;5;12;ggg;1;20;6;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;200;240;264;125;;129;263;163;58;;238;150;331;174;;184;259;289;136;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;751;912;1047;493;;3203;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Pour 1000;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;;; atgi;19;33;7;4;tct;;;;;tat;;;;;atgf;41;33;34;61;;; att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;; ctt;;4;3;4;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;; gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;; ttc;37;23;33;18;tcc;13;41;6;4;tac;35;8;42;57;tgc;23;18;36;8;;; atc;20;4;7;4;acc;12;20;21;10;aac;51;31;33;45;agc;20;20;32;;;; ctc;5;33;14;4;ccc;3;31;1;;cac;27;15;32;22;cgt;40;16;18;99;;; gtc;7;21;11;57;gcc;1;18;13;51;gac;55;15;52;26;ggc;51;19;56;87;;; tta;32;20;30;4;tca;25;39;11;8;taa;;;;;tga;;10;;;;; ata;;1;1;;aca;44;21;41;14;aaa;55;19;42;51;aga;20;32;20;4;;; cta;27;23;31;16;cca;44;22;37;8;caa;39;21;35;24;cga;;3;7;;;; gta;68;14;52;53;gca;23;4;7;;gaa;56;16;50;51;gga;33;16;43;12;;; ttg;9;37;8;4;tcg;3;29;5;;tag;;;;;tgg;16;34;12;4;;; atgj;31;16;37;12;acg;3;31;5;;aag;;20;11;32;agg;;34;1;;;; ctg;12;22;15;57;ccg;1;16;4;16;cag;;10;13;20;cgg;;26;10;;;; gtg;;11;5;16;gcg;;14;5;6;gag;1;10;5;24;ggg;1;22;6;;;; </pre> ====Construction du tableau avec les sous-totaux==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|Construction du tableau avec les sous-totaux]] *Lien tableur au tableau de contrôle: [[#Les_totaux_des_g%C3%A9nomes_par_type|tableau]] *Notes: Pour le 1er tRNA d'une colonne je somme sur une colonne de type, des sous totaux ci-dessous, et je copie "formule" pour les autres tRNAs de la colonne. Je récupère l'argument de cette somme sur un txt. Pour les arguments des 2 autres types (colonne) je change le nom de la colonne dans txt et je copie l'argument dans SOMME(). *Les sous-totaux: D'abord j'ai sommé le total (totaux de la fin du tableau de contrôle). Je repère les lignes de chaque clade pour faire le sous-total du clade. Ce n'est pas la peine de cliquer sur chaque case. Il suffit de récupérer l'argument de la somme de tous les génomes d'une colonne et de découper cet argument d'après le relevé des lignes de chaque clade. <pre> bact2;;;;;;;121;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63;;bact2;;;;;;;0 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;9;gca;;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;1 -16s tac;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;;;tener2;;;;;;;22 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; 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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6 1-3aas aac;2 -16s tac;; cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4;;cyano2;;;;;;; atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;10;109;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38;;;;;;;;; atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;; atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc;;;;;;;;;; ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;;;;;;;;; gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2;;;;;;;;; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;; cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;; ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;;;;;;;; ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg;;;;;;;;;; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; ;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; clos8;;;;;;;628;;clos8;;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302 atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11 att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 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;;+16s;gca;atc;aaa;gta;gcc;gaa;total;;;alpha;gama;baci;clos;tener;; ;;gama;29;23;8;8;2;33;103;;atgf;23;;2;2;;; ;;clos;26;11;;;5;;42;;gac;;23;2;1;;; ;;afn;2;2;;;;;4;;aac;;;4;7;6;; ;;baci;16;15;;;;;31;;acc;;9;1;1;;; ;;alpha +bd;37;43;;;;;80;;tgg;;8;;1;;; ;;b t c;21;23;;;;;44;;tca;;4;;;;; ;;actino;0;0;0;0;0;0;0;;gaa;;1;;2;;; ;;total;131;117;8;8;7;33;304;;tcc;;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;23;45;10;14;6;; ;;;;;;;;;;;autres;;;;37;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;+16s;;;référence +5s;;;;304;;total 1-3aas;;;;;;;135 ;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27 ;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; ;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1 ;;atc;117;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;11;aac;17;agc; ;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt; ;;gtc;;gcc;7;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4 ;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1 ;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; ;;gta;8;gca;131;gaa;33;gga;;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1 ;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9 ;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; 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;;;inter;;max;;min;;total;;*;inter;;max;;min;;total ;;;5;;19;;0;;24;;;43;;90;;2;;135 </pre> ====Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_processus_+16s_et_1-3aas_des_fiches_mémoires|Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires]] <pre> +16s;;;référence +5s;;;;3957;;+16s;;;;;;;1000 atgi;;cds;121;16s;1039;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1235;acc;;aac;;agc;;;atc;442;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;11;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;11;aga;;;ata;;aca;;aaa;4;aga; cta;;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga; gta;13;gca;1249;gaa;272;gga;;;gta;5;gca;447;gaa;97;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total ;2484;;302;;11;;2797;;;888;;108;;4;;1000 ;;;;;;;;;;;;;;;; 1-3aas;;;;;;;736;;1-3aas;;;;;;;1000 atgi;15;tct;;tat;;atgf;172;;atgi;20;tct;;tat;;atgf;234 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;2;tac;12;tgc;7;;ttc;29;tcc;3;tac;16;tgc;10 atc;3;acc;82;aac;73;agc;1;;atc;4;acc;111;aac;99;agc;1 ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;4;;ctc;3;ccc;;cac;3;cgt;5 gtc;;gcc;;gac;172;ggc;12;;gtc;;gcc;;gac;234;ggc;16 tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;7;tca;7;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;17;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;23;aga;1 cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga; gta;5;gca;14;gaa;7;gga;12;;gta;7;gca;19;gaa;10;gga;16 ttg;;tcg;;tag;;tgg;78;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;106 atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;3 gtg;1;gcg;;gag;;ggg;2;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3 ;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total ;218;;510;;8;;736;;;296;;693;;11;;1000 </pre> ====Classement des tRNAs avec les 8 processus==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_tRNAs_avec_les_8_processus|Classement des tRNAs avec les 8 processus]] <pre> ;Classement des tRNAs;;;;À 1000 par processus;;;;;;;;; ;+5s;1aa;>1aa;dup;1-3aas;+16s;;;+5s;1aa;>1aa;dup;1-3aas;+16s atgf;41;33;34;61;234;1;;tca;25;39;11;8;7;- aac;51;31;33;45;99;-;;aga;20;32;20;4;1;- I;;;;;;;;atgi;19;33;7;4;20;- gaa;56;16;50;51;10;97;;tcc;13;41;6;4;3;- gac;55;15;52;26;234;-;;ttg;9;37;8;4;-;- gta;68;14;52;53;7;5;;ctc;5;33;14;4;3;- aaa;55;19;42;51;23;4;;I;;;;;; ggc;51;19;56;87;16;-;;ccc;3;31;1;0;-;- tac;35;8;42;57;7;-;;tcg;3;29;5;0;-;- II;;;;;;;;acg;3;31;5;0;1;- aca;44;21;41;14;1;-;;agg;0;34;1;0;-;- cca;44;22;37;8;1;2;;cgg;0;26;10;0;3;- caa;39;21;35;24;1;-;;ggg;1;22;6;0;3;- ttc;37;23;33;18;29;-;;II;;;;;; gga;33;16;43;12;16;-;;ctg;12;22;15;57;1;- tta;32;20;30;4;7;-;;gtc;7;21;11;57;-;- atgj;31;16;37;12;1;-;;gcc;1;18;13;51;-;4 cta;27;23;31;16;-;-;;aag;0;20;11;32;-;- cac;27;15;32;22;3;-;;gag;1;10;5;24;-;- III;;;;;;;;cag;0;10;13;20;-;- tgc;23;18;36;8;10;-;;ccg;1;16;4;16;-;- agc;20;20;32;0;1;-;;gtg;0;11;5;16;1;- IV;;;;;;;;gcg;0;14;5;6;-;- cgt;40;16;18;99;5;-;;III;;;;;; V;;;;;;;;cga;0;3;7;0;-;- gca;23;4;7;0;19;447;;ata;0;1;1;0;-;- atc;20;4;7;4;4;442;;tga;0;10;0;0;-;- ;;;;;;;;IV;;;;;; VI;;;;;;;;ctt;0;4;3;4;-;- acc;12;20;21;10;111;-;;act;0;3;0;0;-;- tgg;16;34;12;4;106;-;;agt;0;1;0;0;-;- </pre> ==Les intercalaires dans les genome.cumuls== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_dans_les_genome.cumuls|Les intercalaires dans les genome.cumuls]] *'''Récapitulatif des chapitres cumuls''' * - ne sont pris en compte que les moyennes en excluant quelques valeurs extrêmes (sans jaunes) * - Les 2 dernières colonnes cdsa et cdsa300 sont en aas. * - 19*, erreur dans la lecture de la colonne ( à corriger ant-cumuls et scc-cumuls) <pre> ;sans rRNA;avec rRNA;cds;cdsd;;cdsa;cdsa 300;notes gamme;200;200;500;500;;1100;330; ;;;;;;;; pub;44;9;50;16;;239;-; rtb;57;-;193;-;;269;176; rru;119;66;148;-;;237;140; cvi;26;86;-;-;;-;-; ade;39;22;-;-;;-;-; ant;25;*19;139;60;;239;-; rpl;56;-;191;-;;243;172; rpm;39;-;147;-;;252;170; oan;138;11;258;-;;256;-; abq;72;30;153;-;;249;166; abs;71;31;151;-;;242;166; agr;33;59;172;-;;185;137; aua;131;-;226;153;;235;158; ;;;;;;;; spl;58;-;-;-;;-;-; vpb;43;26;-;-;;-;-; eal;53;-;-;-;;-;-; eco;57;-;-;-;;-;-; ecoN;31;32;178;127;;260;172; vha;46;30;183;86;;240;-; amed;49;-;214;156;;274;-; ;;;;;;;; bsu;14;17;-;-;;-;-; lmo;11;20;-;-;;-;-; lam;14;12;-;-;;-;-; ppm;20;17;193;150;;292;229;cdsj ? pmq;16;14;207;126;;235;213;cdsd ? lbu;14;29;159;114;;275;-; ban;14;15;165;132;;191;-; ;;;;;;;; psor;9;10;173;95;;220;-; cdc;14;9;206;165;;286;-; cdc8;14;10;182;155;;208;-; cbc;15;15;-;-;;-;-; cbn;14;14;-;-;;-;-; cle;19;22;-;-;;-;-; hmo;8;8;196;137;;230;-; cbei;18;7;350;195;;328;-; afn;12;-;-;-;;-;-; ;;;;;;;; ase;19;-;147;-;;254;179; blo;34;-;-;-;;-;-; sma;34;-;-;-;;-;-; ksk;33;-;-;-;;-;-; ;;;;;;;; myr;33;-;144;-;;244;189; fps;30;-;135;-;;246;181; ;;;;;;;; pnu;11;-;176;-;;240;188; pmg;10;12;93;-;;248;170; ;;;;;;;; abra;23;22;131;-;;201;148; apal;25;17;122;-;;218;177; ;;;;;;;; scc;32;*;188;124;;299;-; ;;;;;;;; mja;29;18;152;-;;253;194; mba;51;-;210;-;;186;158; mfi;35;-;178;-;;213;171; mfe;55;-;223;-;;207;157; </pre> q983u42xkokgzmfl7k6yagwh6qt7evt 104 75623 880701 880277 2022-07-24T10:48:07Z EclairEnZ 50317 date pour partie II wikitext text/x-wiki {{Travail de recherche | titre = Le théorème de Fermat, une mathématicienne et leur lecteur | idfaculté = Mathématiques }} Mise à jour du 11/07/2022. English version [[:en:Fermat%27s_enigma_decrypted|here]], updated May 8. <big>'''''FERMAT SUR LE DIVAN'''''</big> : Partie I * Partie II &nbsp;: [[Recherche:L’énigme de Fermat passée au crible/Fermat sur le divan : Le coup de bluff|PREMIER MAILLON, LE COUP DE BLUFF]] * Partie III : [[Recherche:L’énigme de Fermat passée au crible/Le Dernier Problème|DERNIER PROBLÈME]] * Partie IV : [[Recherche:L’énigme de Fermat passée au crible/La légende urbaine|LA LÉGENDE URBAINE]] * [[Recherche:L’énigme de Fermat passée au crible/Annexe|Annexe]] * [[Recherche:L’énigme de Fermat passée au crible/Annexe II. FERMAT, par Libri|Annexe II. FERMAT, par Libri]] <blockquote> ''Sage parmi les fous''<br> ''dans la cité la rumeur''<br> ''et le ciel d'azur''<br> [[w:Pierre de Fermat|Pierre de Fermat]] vu par l'auteur.</blockquote> ''« La conviction profonde et partagée que Fermat n’a pas possédé une démonstration de son théorème vient de la longue histoire des tentatives faites pour l’établir<ref>[[w:Jacques Roubaud|Jacques Roubaud]], “''Mathématique :''”, p. 211 (1997).</ref>. […] Les suiveurs des suiveurs, dans toutes les situations de ce genre, ne savent plus rien de ce qui a motivé les fondateurs […]. Ils pensent savoir tout ce qu’il y a à savoir, dès les commencements''<ref>J. Jacques Roubaud, “''Le grand incendie de Londres''”, chapitre 17 (1970).</ref> ». [[w:Jacques Roubaud|Jacques Roubaud]]<br> ''« Quoi qu’il en soit, cette approche [d'Andrew Wiles], où le théorème de Fermat n’est qu’un corollaire très alléchant mais mineur, repose sur des techniques de représentations galoisiennes récentes. Reste possible qu’une démonstration élémentaire directe puisse être trouvée. »'' [[w:Catherine Goldstein|Catherine Goldstein]], ''Un théorème de Fermat et ses lecteurs,'' p.120 (1995). ''« Cette preuve de Fermat n’étant plus nécessaire aujourd’hui, était-elle suffisante en son temps ? »'' Roland Franquart (2009). <span style="color:blue">« Il faut enlever les complexités mentales pour réussir dans toute entreprise. C'est pourquoi Fermat est assez difficile à comprendre : on a des pensées parasites qui n'amènent rien, et on tend à en déduire qu'il n'y a rien d'intéressant d'écrit là car on ne comprend pas ce qui est là. Mais c'est un raisonnement personnel que de découvrir les complexités chez soi. »</span> Jean-Francisque Léo, mai 2022. Cette étude est basée bien plus sur la '''pure réflexion''' que sur l'arithmétique. N'y figure qu'un seul calcul, une courte multiplication. Si vous aimez les grandes et belles énigmes, et qu'en mathématiques vous avez un niveau, disons de quatrième, il suffit amplement. Avec Monsieur Roland Franquart qui en 2009 résolut cette énigme (elle datait de 1670), nous en avons fait l'étude complète. L'énigme n'avait jamais pu être déchiffrée avant que Roland Franquart la découvre et s'y intéresse, ''c'est – aussi – ce qui en fait tout son sel''. Quel mathématicien professionnel en effet aurait pu imaginer que Fermat ait pu crypter sa fameuse ''observation'' en 3 lignes 1/2 d'écriture latine ?! Qui d'autre qu'un latiniste grand amateur de math (R.F.), ancien technicien militaire, novateur, travaillant dans les radars, aurait pu la mettre en lumière ? De toute évidence personne. Le plus grand attrait de cette énigme est pour moi le magistral exploit de cryptage réalisé par Fermat, ''« le Prince des amateurs »''. Cette étude je l'ai été écrite pour vous, et pour mon plaisir bien sûr. Elle a été initiée sur Wikiversité en 2019, les premiers jalons en ont été posés en 2006. Après m’avoir procuré tant d’heureuses surprises, tant de joies, elle est maintenant terminée – enfin je crois, presque en tout cas. Avec Fermat on en découvre toujours, mon avis est que jamais un mathématicien n'est allé aussi loin dans la compréhension profonde, intime, des nombres. Je ne serais pas étonné que [[w:Catherine Goldstein|Catherine Goldstein]], avec qui j'ai travaillé sur Wikipédia, soit aussi de cet avis. Il me faut attester ici, par devoir éthique fondamental, que je voue une reconnaissance éternelle à Pierre de Fermat. Un grand merci à tous mes lecteurs, vos fréquentes visites m'ont encouragé et stimulé, sans vous cette étude n'aurait pu être aussi complète, aussi achevée. Claude Mariotti, 25 août 2021 == Préambule == Arriva un jour où plus aucun mathématicien contemporain de [[w:Pierre de Fermat|Fermat]] (vers 1608-1665) n'accepta de répondre à ses défis. Sa riposte fut à la hauteur de sa réputation, il lança un défi au monde : <center><span style="color:blue"><big>'''Dernier théorème de Fermat'''</big></span></center> [[Fichier:Phuong trinh Fermat-Fermat equation.jpg|thumb|center|400px|vignette|&nbsp; &nbsp; <big>'''impossible dès que <span style="color:red">n</span> est un entier supérieur à 2'''</big>]] Ce qui rend le problème fascinant est la simplicité de son énoncé alors qu'il est extrêmement difficile à résoudre. Pendant plus de trois siècles les mathématiciens ont tenté en vain de prouver la véracité de ce théorème, dont Pierre (de) Fermat dit avoir ''« réellement tissé, entièrement, l'explication tout à fait étonnante »'' — c'est la traduction après décryptage de sa deuxième ‘’''<u>OBSERVATIO</u>‘’ → « observez bien ce que j'écris ! »''. Si cet Himalaya des mathématiques a pu être gravi après 324 ans d'efforts et d'espoirs déçus par [[w:Andrew Wiles|Andrew Wiles]] en 1994, c'est uniquement par des moyens modernes et une voie très indirecte, en passant par une démonstration d'une complexité énorme, longue d'un millier de pages dans sa première mouture. Le 24 juin 1993, au lendemain de la conférence où Andrew Wiles écrit au tableau noir qu’il pense avoir prouvé la véracité du ‘’Dernier théorème de Fermat’’, le journal ''Le Monde'' annonce en première page : « ''Le théorème de Fermat enfin résolu ». The New York Times'' titre : ''« At Last, Shout of 'Eureka' In Age-Old Math Mystery »'' [https://www.nytimes.com/1993/06/24/us/at-last-shout-of-eureka-in-age-old-math-mystery.html]. Mais le plus dur restait à venir pour Wiles, sa démonstration recelait une grosse faille. La [[w:Ellipse_(rhétorique)|preuve]] de Fermat, beaucoup plus courte bien que très difficile à assimiler car très elliptique, n’a toujours pas été admise par les Modernes. Voici une photo agrandie de l’«''Observatio»'' de Fermat, observation qu'il écrivit on ne sait où au juste (il est douteux que ce soit dans une marge, comme nous le verrons plus loin) à propos de son grand théorème, qu'il affirme avoir prouvé – en 1638 lit-on généralement, mais cette date pourrait correspondre à sa première mention des cas ''n=4'' et ''n=3'' et les commentateurs ont supposé que sa preuve était elle aussi fondée sur sa méthode de ''descente infinie''. Ce pourrait être en 1640, quand il a commencé à ''inonder'' ses collègues de faux appels à la rescousse pour valider une autre conjecture, qu'il savait fausse celle-là (voir ''infra''). Cette photo qui se réfère à l’''Arithmetica'' de la Bibliothèque de Lyon attira l'attention de Monsieur Roland Franquart en 2009.[[Fichier:Fermat last teorem.jpg|800px|centre]]Avez-vous remarqué que le point (''•)'' qui suit le mot ''“detexi”'' est plus gros que le point final, tout à la fin du texte ? Et diriez-vous que sur ce mot ''“de '''<u>t</u>''' exi”'' le «caractère» '''''“t”''''' est très exagérément surchargé, et fait davantage penser, si on l'isole du texte, à une tache, mais une tache qui aurait pu être ''finement exécutée'' de façon à être facilement assimilée, dans son contexte, à un '''''“t”''''' ? Ou au contraire diriez-vous que cette grosse surcharge sur un texte primordial de Fermat aurait été réalisée par un typographe je-m'en-foutiste, à la suite d'un défaut d'encre ? Deux originalités déjà, sur l'''observation'' mathématique la plus importante de Fermat – et des mathématiques en général –, une ''OBSERVATIO'' insolite donc, à laquelle son fils, parfaitement conscient qu'elle deviendra célèbre sitôt diffusée, ne peut être étranger. Nous vous ferons découvrir tout au long de cette étude bien d'autres curiosités, en rapport soit avec cette observation, soit avec le grand théorème en lui-même, soit avec ce qu'on a coutume d'appeler les “nombres de Fermat”. Une autre curiosité qui m'avait rendu très perplexe pendant plusieurs mois après que je l'eus découverte est encore plus bizarre, et elle concerne cette même observation, ce même mot'', imprimé dans des éditions différentes de celle-ci,'' comme par exemple celle que l'on trouve à l'Université de Rome[https://ia800400.us.archive.org/27/items/bub_gb_6QIYIizG_v8C/bub_gb_6QIYIizG_v8C.pdf]''.'' Cette fois ce ne sera plus la lettre '''“t”''' qui aura été ''manipulée'', toujours dans ce même mot, mais la lettre '''“i”''' , remplacée par le graphème '''''ṡ''''' : [[Fichier:Detexs, Université de Rome, le i est transformé en s.jpg|thumb|left|512px|alt=Arithmetica de l'Université de Rome|Arithmetica de l'Université de Rome]] <br /><br /><br /><br /><br /><br /><br /><br /><br /><br /><br /><br />Il existe une troisième version, quasiment sans “anomalie” évidente Nous étudierons en détail les deux premières anomalies et dévoilerons 27 autres indices dont certains admirables de subtilité. Les savants se sont toujours fiés à des traductions approximatives de cette note, qui toutes ont mal traduit, et ce ''dans toutes les langues'', le mot ''“detexi”.'' C'est ainsi qu'en français on a traduit par “'j'ai trouvé” ou encore par “j'ai découvert”. À l'heure où nous écrivons ces lignes (2 septembre 2021) on ne peut trouver nulle part une traduction correcte. Commençons alors par la traduire correctement en corrigeant cette première erreur. * “'''J'ai trouvé”''', ou '''“j'ai découvert”''', <u>ne se traduirait pas</u> par '''“''detexi''”''', mais par '''“''inveni''”.''' ― [https://www.lexilogos.com/latin/gaffiot.php?q=inveni Sur Dictionnaire Gaffiot], “''invenio”'' ('''inveni''', inventum, invenire) : trouver. Y voir aussi '''“''inventio''”'''': action de trouver, de '''découvrir''', découverte.<br> ― [https://www.grand-dictionnaire-latin.com/dictionnaire-francais-latin.php?parola=trouver Sur Dictionnaire Olivetti], “trouver” : ''invenio'' (invenis, '''inveni,''' invenire, inventum). * Voyons la vraie signification de “'''''detexi''''' ”: ― [https://www.grand-dictionnaire-latin.com/dictionnaire-francais-latin.php?parola=d%C3%A9couvrir Sur Dictionnaire Olivetti] : ''detego'' (detegis, '''detexi''', detegere, detectum) : découvrir, mais seulement dans le sens de <u>'''dévoiler'''.</u><br> ― [https://www.dicolatin.com/Latin/Lemme/0/DETEGO/index.html Sur ''Dicolatin,'' sens du mot] : “mettre à découvert”. [https://www.dicolatin.com/Latin/Table/0/DETEGO--IS--ERE--TEXI--TECTUM--tr/index.html Conjugaison] : ''detego (detegis, detegere, '''detexi''', detectum)''<br> ― [https://www.lexilogos.com/latin/gaffiot.php?q=detego Sur Dictionnaire Gaffiot] : du verbe ''detego'' : découvrir, mais <u>seulement</u> dans le sens de <u>mettre à découvert</u>, <u>mettre à nu</u>, dévoiler... <span style="color:blue">Je suis certain quant à moi que Pierre de Fermat a joué sur le fait que le mot ''«detexi»,'' dans le contexte où il l'utilise, serait mal traduit, traduit par un faux-ami, son faux-ami le plus proche,</span>'' ''<span style="color:red">''«j'ai découvert».</span> En outre, * '''''sane''''' : assurément, réellement, vraiment, entièrement, complètement (tout à fait). * [https://www.lexilogos.com/latin/gaffiot.php?q=demonstratio '''''demonstratio'''''] sur Dictionnaire Gaffiot : action de montrer, démonstration, description. Ci-dessous donc, la traduction correcte de l'«''Observatio»,'' qui reprend exactement le propos de Fermat. Nous verrons dans la section ''demonstrationem mirabilem sane detexi'' qu'une traduction encore plus affinée est possible et surtout très utile. Le malicieux Pierre de Fermat se doutant que son ''observation'' rendant compte de sa plus importante découverte serait mal traduite – même s'il ne pouvait imaginer ''tout ce qu'elle impliquerait'' pour les mathématiques des XX^e siècle et suivants – a dû bien se réjouir, tout comme son fils Samuel, en posant ce défi à des mathématiciens qui parfois, méprisant ses travaux, avaient fait de lui un vantard. Pour l'instant cette première traduction (avant décryptage alphanumérique) tout-à-fait correcte et qui conviendrait parfaitement à un bon latiniste nous suffit amplement : <span style="color:blue">''« Mais que ce soit un cube en deux cubes ou bien un carré de carré en deux carrés de carré et en général jusqu'à l’infini, aucune puissance supérieure au carré ne peut être partagée en deux puissances du même nom, ce dont j’ai <u>assurément dévoilé</u> (ou révélé, mis au jour) l'explication étonnante [ou admirable]. La marge trop étroite ne la contiendrait pas. »''</span> En donnant à cette observation l'aspect d'une blague (« <span style="color:blue">''La marge trop étroite ne la contiendrait pas »''</span>) Fermat savait d'autant plus que “son ''detex''i” serait faussement traduit par « j'ai découvert ». Il s'est joué de ses détracteurs, les affermissant dans leurs préjugés, les “embrouillant.” Surtout, il pensait à ses suiveurs, à ceux qui lui faisaient confiance, et pour ceux-ci il laissa une multitude d'indices (voir infra). Voici maintenant [https://gallica.bnf.fr/ark:/12148/bpt6k108039t/f55.item la traduction officielle d'Émile Brassinne] (en bas de page), qu'on trouve dans son ouvrage ''Précis des œuvres mathématiques de P. Fermat et de l’Arithmétique de Diophante'' (Toulouse, 1853)]. Elle est reprise en 2015 par Serge Coquerand [https://books.google.fr/books?id=Wm3hCgAAQBAJ&lpg=PA33&ots=qP6A_hdWRE&dq=jen%20ai%20assurément%20découvert%20fermat&hl=fr&pg=PA33#v=onepage&q=jen%20ai%20assurément%20découvert%20fermat&f=false dans son ouvrage ''À la (re)découverte des dix livres de l'arithmétique de Diophante''], ainsi que par [https://plus.wikimonde.com/wiki/Bertrand_Hauchecorne Bertrand Hauchecorne], qui l’exprime [https://www.franceculture.fr/emissions/une-vie-une-oeuvre/pierre-de-fermat-lenigmatique dans l'émission de France Culture ''Pierre de Fermat l’énigmatique'' (à 19’ 25’’), en 2015 également] : ''« Décomposer un cube en deux autres cubes, une quatrième puissance, et généralement une puissance quelconque en deux puissances de même nom au-dessus de la seconde puissance, est une chose impossible, et j’en ai <u>assurément</u> <s>trouvé</s> l’admirable démonstration. La marge trop exiguë ne la contiendrait pas. »'' L'ordre des mots est rigoureusement exact (adverbe devant participe passé). La seule (grosse) erreur concerne le mot ''detexi'', traduit (encore ! — les habitudes ont la vie dure après 3 siècles), par “j'ai trouvé”. Cette mauvaise traduction <u>éloigne le lecteur d’une étude approfondie de l'observation.</u> Extrêmement rares sont les commentateurs qui ont repris cette traduction officielle. On trouve au contraire des dizaines de fausses traductions dont la ligne générale est celle-ci :<br> ''« Il est impossible de diviser un cube en deux cubes, ou un bicarré en deux bicarrés, et en général une puissance quelconque supérieure au carré en deux puissances de même degré, j'en ai <s>découvert</s> une démonstration <s>vraiment merveilleuse</s> que cette marge est trop étroite pour contenir. »'' Brassinne traduit assez bien quand il écrit :<br> ''« et j'en ai <u>assurément</u> trouvé l'admirable démonstration. »'' Pourquoi, ensuite, les mathématiciens ont-ils “traduit” à leur manière en écrivant :<br> ''« et j'en ai trouvé la démonstration <u>vraiment merveilleuse</u> »'' ? Échouant à retrouver la preuve qu'affirmait détenir Fermat, ''ils l'ont rendue encore plus extraordinaire qu'elle ne l'était''. Les savants de l'époque de Fermat et ceux qui suivirent furent de plus en plus nombreux, à mesure qu'on échouait à retrouver sa preuve, à se désoler qu'il ne leur ait pas livré sa démonstration. D'encore en encore, la rumeur a couru qu'il ne vérifiait pas toujours ses conjectures. Et désormais on penserait que Fermat était encore plus fanfaron qu'on ne le croyait ; et échouer à trouver une preuve n'avait finalement plus trop d'importance... L'histoire des mathématiques, et des sciences en général, est jalonnée de ces jalousies et mesquineries. Une autre fausse traduction a été rapportée par [https://data.bnf.fr/fr/11908319/jean_itard/ Jean Itard] (1902-1979), qui fut professeur de mathématiques et l'historien. Il eut surtout une remarque particulièrement désagréable à l'encontre de Pierre de Fermat en écrivant en guise de conclusion à un court article en 1950 :<br> ''« Jamais Fermat n’a été en possession d’une preuve de son Grand Théorème pour un exposant supérieur ou égal à cinq. »'' C'est le commentaire le plus désobligeant qu'on puisse trouver sur Fermat. Le début de la phrase est péremptoire et violent : “Jamais Fermat”. Il poursuit en mettant deux Capitales d'imprimerie à ‘’Dernier Théorème‘’, manière radicale de démolir un théorème... capital. Itard ne connaissant pas le latin s'était fié à l'une des fausses traductions.<br> La propagation de ces mauvaises traductions eut deux effets :<br> – Tourmenter les savants pendant 324 ans (1994 – 1670 = 324) et non 358 ans (souvent arrondi en 350) comme on le lit souvent.<br> – Permettre que le plus grand défi de Pierre de Fermat – retrouver et comprendre ''entièrement'' l’admirable explication qu'il a réellement révélée en sondant « les mystères de la science des nombres » – n'ait toujours pas été complètement relevé en 351 ans (2021-1670=351). Dès que j'eus pris connaissance de la formidable énigme chargée d'histoire de Pierre de Fermat, en 1998 environ, je perçus que ce génie polymathe très inventif était suprêmement ingénieux, sûr de son fait, et cerise sur le gâteau très espiègle. J'avais un avantage non négligeable pour étudier le mystère qu'il nous proposait, ayant pour “allié” dans cette affaire [[w:Blaise Pascal|Blaise Pascal]] (excusez du peu) qui encensait littéralement Fermat. Je souris malicieusement en pensant que toi amie lectrice, toi ami lecteur, tu découvres en même temps que moi des choses passionnantes sur un immense génie du XVII^e siècle, des choses que la plupart des savants, tout occupés à leurs travaux personnels, ne prendront jamais le temps d'étudier. J'ai pourtant tenu à partager cette passion pour Fermat avec trois mathématiciens que je savais réceptifs et leur ai mentionné cette étude : le premier, que j'estime grandement, ne m'a pas répondu (pas de souci pour moi) ; le deuxième a botté en touche d'une façon un peu bizarre ; la troisième, après qu'elle m'eut promis en 2017 de poster son commentaire sur mon site personnel encore peu avancé à l'époque (je l'avais ''appâtée'' en lui proposant de participer à un ''« concours de courtoisie »),'' a brusquement changé d'avis ({{Sourire}}) sous un prétexte hypothétique. Je respecte son silence : mathématicienne et chercheuse, la meilleure experte de Pierre Fermat et de ses travaux (au moins selon moi), je lui suis redevable de nombreux encouragements, sur Wikipédia d'abord, puis par courriels interposés. J'ai en outre le plus grand respect pour de belles qualités humaines. Si vous enseignez les mathématiques, ou même si vous êtes un simple passionné, il se peut qu'après avoir lu cette étude vous ayez la tentation de la signaler à un mathématicien professionnel. Dans le meilleur des cas vous ne recevrez aucune réponse. Si vous rencontriez l'un d'entre eux je vous suggère de réfléchir avant de l'évoquer devant lui, vous pourriez être remis à votre place de ''“non-sachant”'' par une chicanerie ou par une autre. Votre vis-à-vis aura tout d'un coup oublié ce qu'est la [[w:Méthode_scientifique|méthode scientifique]] qui repose avant tout sur la rigueur. Fermat utilise dans son explication très succincte le “Triangle de Pascal” et s'est vu obligé, à l'aide de très subtils codages, d'être encore plus elliptique qu'à son habitude... en lignes 1/2 écrites en... latin. Aucun savant ne veut reconnaître officiellement que Fermat avait bien sa preuve. L’objectif de cette étude sera de faire état de tous les arguments (j'en ai répertorié ici 28) trouvés en faveur de l’existence d’une preuve du grand théorème par Fermat lui-même. Bien qu’ayant nourri depuis longtemps un goût prononcé pour la mathématique et la physique (ah ! la découverte, dans ma jeunesse, des intégrales, de la dynamique des corps, des si belles, si simples, si logiques formules), je ne suis pas mathématicien, seulement un anonyme un peu polymathe, un peu philosophe et surtout un insatiable curieux. De nombreux mathématiciens, professionnels et amateurs, se sont passionnés pour cette énigme, imaginant une démonstration “élémentaire” (courte) à leur portée. Las, cette simplicité apparente pose un voile sur des difficultés insoupçonnées. Pendant longtemps les savants ont été envahis de courriers accompagnés d'une démonstration, bien sûr toujours fausse (on trouve encore à peu près chaque semaine une nouvelle pseudo-démonstration sur internet). En 1908, Paul Wolfskehl avait créé un prix de 100 000 marks pour récompenser le premier qui trouverait une preuve au théorème. Des démonstrations plus ou moins farfelues commencèrent à s’accumuler sur le bureau du professeur Edmund Landau, chef du Département des mathématiques à l’université de Göttingen, qui avait été chargé d’examiner toutes ces propositions de preuve. Leur nombre augmenta tellement que son travail personnel en pâtit. Il fit alors imprimer en grande quantité des modèles de réponse prêts à l’emploi : ''Cher…''<br> ''Je vous remercie pour votre manuscrit sur la démonstration du Dernier théorème de Fermat. La première erreur se trouve : page… , ligne… Cela infirme la démonstration.''<br> ''Professeur E.M. Landau''<br> Puis il pria ses élèves de remplir les blancs.<br> [[w:Martin_Gardner|Martin Gardner]] évoque un ami mathématicien qui répondait à chaque expéditeur :<br> ''« N'étant pas moi-même compétent pour analyser votre démonstration, je vous encourage à l'envoyer à Monsieur..., expert en la matière et qui pourra vous aider. Voici son adresse : ... ».'' L'expert en question n'était autre que le dernier expéditeur d'une démonstration. <blockquote>''« Dans les années 1970 l'effet de découragement de ces 350 années d'échecs relatifs était tel qu'il était de bon ton de dire que l'assertion de Fermat n’était pas suffisamment générale pour être considérée comme significative ou qu’elle était soit indémontrable soit fausse. Mais en l'espace d'une trentaine d'années la communauté mathématique a radicalement changé sa perception de la question en passant d'un désintérêt plus ou moins courtois à l'enthousiasme le plus vif ! On s'est soudainement mis à croire à la véracité de l'assertion de Fermat vers 1985 et cette disposition d'esprit a été un puissant stimulant pour l'édification des difficiles théories qui ont conduit à sa démonstration. »'' [[w:Yves_Hellegouarch|Yves Hellegouarch]].</blockquote>Déjà avant 1994 il semble que l’inconscient collectif et l’effet de groupe à l’œuvre dans les hautes sphères de la discipline aient décidé qu’il faille arrêter là les dégâts et disqualifier encore plus, par tous les moyens possibles, Fermat et son théorème. Rendons ici hommage aux nombreux savants qui ont su faire preuve de sagesse et de retenue. La découverte d'une démonstration par Wiles en 1994 suscita l'enthousiasme dans le monde entier, un enthousiasme parfois mâtiné d'un peu de tristesse : pour prouver un énoncé très élémentaire il avait fallu écrire tout un traité de mathématiques, d’une difficulté inouïe. Jamais un mathématicien ''bien comme il faut'' n’aurait imaginé que Fermat (dont l'espiègle pédagogie était pourtant bien connue) ait inséré dans sa deuxième ''observation'' (outrageante ?) écrite en latin, tout ce qui était nécessaire pour la décrypter. Nos mathématiciens ne savent plus raisonner sainement sur les concepts primordiaux, n’y ayant jamais été contraints puisque leurs prédécesseurs, de plus en plus ont brûlé les étapes. Ils sont en conformité avec l’époque, une ère matérialiste. L’esprit est de plus en plus encombré de pensées compliquées, tout comme l’est leur manière de chercher. Pour raisonner ils recourent à de plus en plus de symboles mathématiques, de formules de plus en plus complexes, leur pensée s’appuie sur cette complexité au lieu que d’être une pensée pure. L'abstraction dans le simple est devenue inaccessible, le pur spirituel, sa beauté, sont définitivement perdus. Citons [[w:Alexandre_Grothendieck|Alexandre Grothendieck]] ''(RÉCOLTES ET SEMAILLES – Réflexions et témoignage sur un passé de mathématicien)'' :<br> ''« Nos esprits sont saturés d’un « savoir » hétéroclite, enchevêtrement de peurs et de paresses, de fringales et d’interdits ; d’informations à tout venant et d’explications pousse-bouton – espace clos où viennent s’entasser informations, fringales et peurs sans que jamais ne s’y engouffre le vent du large. Exception faite d’un savoir-faire de routine, il semblerait que le rôle principal de ce « savoir » est d’évacuer une perception vivante, une prise de connaissance des choses de ce monde. Son effet est surtout celui d’une inertie immense, d’un poids souvent écrasant. Le petit enfant découvre le monde comme il respire – le flux et le reflux de sa respiration lui font accueillir le monde en son être délicat, et le font se projeter dans le monde qui l’accueille. L’adulte aussi découvre, en ces rares instants où il a oublié ses peurs et son savoir, quand il regarde les choses ou lui-même avec des yeux grands ouverts, avides de connaître, des yeux neufs – des yeux d’enfant.'' ''Il arrive que l’un ou l’autre de nous découvre telle chose, ou telle autre. Parfois il redécouvre alors dans sa propre vie, avec émerveillement, ce que c’est que découvrir. Chacun a en lui tout ce qu’il faut pour découvrir tout ce qui l’attire dans ce vaste monde, y compris cette capacité merveilleuse qui est en lui – la chose la plus simple, la plus évidente du monde ! (Une chose pourtant que beaucoup ont oubliée, comme nous avons oublié de chanter, ou de respirer comme un enfant respire…). Chacun peut redécouvrir ce que c’est que découverte et création, et personne ne peut l’inventer. Ils ont été là avant nous, et sont ce qu’ils sont. »'' Les mathématiques, surtout celles de Fermat, sont aussi une philosophie. Cette recherche fait appel à de nombreuses disciplines, mathématiques, histoire des math, philosophie (dont la logique philosophique), psychologie, sociologie, linguistique, pédagogie, didactique. La question considérée aide d'ailleurs à comprendre notre époque. Appréhender la psychologie d'un tel personnage pour tenter de découvrir tout ce qu'il a voulu signifier par ses astuces littéraires fut un long travail. Ce n'est qu'au fil des découvertes (on va de surprise en surprise) et au prix de longues méditations (entrecoupées de temps “morts”) que nous pûmes progresser. Ce fut difficile au début car l'imaginaire collectif est là, qui sans cesse rappelle le jugement définitif qu'ont porté quelques grands savants à l'encontre de Pierre de Fermat et de son grand théorème. Cette recherche a été effectuée principalement sur une période de 18 mois, de janvier 2019 à mai 2020. L’histoire du ‘’Dernier‘’ théorème commence aux alentours de l’année 1638. Fermat est alors âgé d’une trentaine d’années. On peut mieux comprendre son inextinguible soif de connaissances en considérant qu'il vit à une époque où, sans rien renier des connaissances des Anciens, au contraire en les admirant, on s'attache à leur étude pour mieux aller de l'avant. Tout est digne d'intérêt on est polymathe. Fermat est de ces hommes, humaniste, lettré, mathématicien (dès qu'il a du temps libre), philologue, il connaît le latin, le grec et l'italien, fait des vers français, latins, espagnols. Natif de Beaumont-de-Lomagne dans le Tarn-et-Garonne, il s'installe d'abord à Bordeaux, puis à Toulouse, faisant carrière dans la magistrature où il s'acquitte de sa tâche d'une manière exemplaire. Mais Fermat est aussi un mathématicien contrarié. Contrarié lorsqu'il découvre le peu de progrès effectués dans les mathématiques depuis Diophante, contrarié par sa curiosité, son excitation à découvrir la Beauté du monde. C'est dans la beauté des Nombres<ref>[[Recherche:Les_Nombres_et_Dieu|Voir ''Les Nombres et Dieu'']]</ref> que cette beauté lui sera le plus ''facilement'' accessible. Lorsqu'il découvre l'arithmétique des Anciens, il y décèle une telle intelligence, une telle stimulation pour l'esprit, que se contenter d'une activité rémunérée ayant surtout l'avantage d'assurer sa subsistance n'est même pas une question à se poser. Il voit dans la science des nombres la voie royale pour admirer les mystères de la Nature. Son enthousiasme débordant pourra se déployer, sa voie est tracée. Grâce à lui la connaissance pourra s'accroître, se propager. La science des nombres n'est pas sa seule passion, le latin, langue des savants et des lettrés, n'a aucun secret pour lui. ''« Il fut façonné par la rigueur et l’intelligence latines : c’est sur ce terreau que put s’épanouir son prodigieux génie des mathématiques. »'' Il est très croyant, comme en témoigne [[s:Page:Œuvres_de_Fermat,_Tannery,_tome_1,_1891.djvu/439|son poème latin]] ‘’''Soumets-toi à Dieu ou l'agonie du Christ‘’'' dédié à Jean-Louis GUEZ de BALZAC. Au début du poème, la raison est engagée à renoncer aux vaines divinités des fables et à se soumettre à Dieu. Fermat est un juriste discret, et bien qu'il fût un génie, ''« le plus grand homme du monde'' ''»'' selon Blaise Pascal, on sait peu de choses de sa vie. Et on ne connaît que quelques très rares démonstrations qu'il voulut bien livrer, une des plus remarquables étant celle où il démontre que le nombre 26 est le seul de tous les nombres à être compris entre un carré et un cube : 25 (5x5), et 27 (3x3x3). Un jour, alors qu'il est en contemplation devant la beauté du théorème de Pythagore (a²=b²+c²), il s'interroge. Pourrait-on ajouter encore quelque chose au sujet, quelque chose auquel personne n'aurait jamais pensé ? Dans la formule de Pythagore, l'exposant est le nombre 2, le seul nombre qui élevé au carré soit égal à son double (2² = 2+2). Fermat a pu penser que cette propriété lui conférait des propriétés très particulières, et il a l'idée qui allait bouleverser les mathématiques pour les siècles à venir. L'impensable se produit, il remplace l'exposant ''2'' par un ''3''. Est-ce que l'égalité pourrait encore exister pour certains cas en choisissant avec soin les valeurs de ''a, b et c'' ? On perçoit déjà l'étendue de ses ambitions. ''A priori'' il ne semblait pas que ce fût possible, on pouvait toujours s’en approcher de très près, parfois même à une unité, mais trouver une solution semblait impossible. Le nombre ''2'', monstre mathématique, semble le suggérer : à l'Unité, on a ajouté l'unité pour en faire une double unité, une manipulation philosophiquement blasphématoire – ou merveilleusement créatrice. Non seulement ''2'' est le premier des nombres premiers, mais il est aussi le seul nombre premier à être pair. Pour Fermat, tenter de prouver l'impossibilité de son égalité serait un défi formidable, et c'est tout ce qu'il lui faut. Il se rend compte assez vite qu’il serait plus facile de tester d'abord sa méthode avec un ''4'' en exposant, le carré de ''2'', ce nombre qui semble narguer tous ses suivants. Il utilise une méthode qu'il nomme ‘’descente infinie’’, ou descente indéfinie, un raisonnement par récurrence et un autre par l'absurde, le tout extrêmement efficace. Sa méthode fonctionne parfaitement avec l'exposant ''4'', plus difficilement avec ''3''. En 1636 (?) ou 1638 il commence à exciter la curiosité de ses correspondants, dans une lettre à Mersenne pour Sainte-Croix où il propose ce défi : ''<span style="color:blue">« Trouver deux puissances quatrièmes dont la somme est une puissance quatrième et deux cubes dont la somme est un cube ».</span>''<br> À partir de l'exposant ''5'' et jusqu’à l’infini, il comprend vite que la méthode n'est plus adaptée. Il lui faut trouver une autre voie, qui très certainement n’aura aucun rapport avec la première. En 1670, cinq ans après sa mort, dans une courte ''“OBSERVATIO”'' provocatrice écrite en latin, tenue jalousement secrète de son vivant et que son fils Clément-Samuel fait connaître, il affirme avoir « assurément révélé une explication tout à fait étonnante que la marge trop étroite ne saurait contenir ». À cette observation Samuel en a ajouté 47 autres, toujours de so père. Le tout est inséré aux endroits adéquats dans le Livre VI de l’''Arithmetica'' du mathématicien grec Diophante d'Alexandrie (qui fut publiée en 1621), et où Bachet de Méziriac avait ajouté une traduction du grec au latin. On dispose donc en 1670 d'une nouvelle ''Arithmetica,'' légèrement augmentée mais ô combien précieuse pour la suite. L'observation en question se rapporte à la question VII, c'est la deuxième des 48 et elle se distingue notablement des autres. Nous y reviendrons. Chez les Anciens on n’était pas sollicité dès le plus jeune âge par toutes les vanités qui encombrent maintenant l’esprit de nos enfants. De grandes intelligences ont pu ainsi atteindre à un grand savoir en pénétrant l’essence des choses (Socrate, Euclide...). Bien plus tard et dans un même siècle, Pascal, Leibnitz et Fermat qui fut un fameux exemple en théorie des nombres, construisant de puissants raisonnements avec parfois le seul recours aux mots. Comme Pythagore et comme Euclide, comme Diophante aussi, autre immense génie, Fermat sait que quand l’homme a posé ''1'', puis ''2'', tout est déjà posé, l’unicité, la pluralité du monde. Quelque chose a dû spécialement lui plaire avec ce premier nombre pluriel pour rendre le théorème de Pythagore décidément inégalable par sa puissance, sa singularité, et pour imaginer une conjecture beaucoup plus plurielle. Il fallait mettre sur un des deux plateaux de la balance les plus importantes propriétés du premier nombre entier suivant l’unité, l'unité doublée donc. Puis trouver et placer sur l’autre plateau une nouvelle conjecture qui soit en rapport avec la première, mais appelant cette fois l’infinité des nombres entiers (remarquons que ''1'', le nombre unitaire, n’est pas directement présent dans la «comparaison», il est “à part”). Peser le pour et le contre semblait ''a priori'' un défi gigantesque. Très vite Fermat voit que les deux plateaux de la balance ne pourront jamais se trouver à la même hauteur, une mise en abyme est impossible. Il va s’attacher à le prouver. La question du Dernier théorème est bien plus qu’une question arithmétique. Son histoire est un marqueur profond de l'historiographie des Mathématiques. En reprenant l'idée de Eric Temple Bell il y a de bonnes chances que la civilisation s'éteigne avant que les mathématiciens modernes reconnaissent que Fermat les a dupés, reconnaissent aussi que Fermat avait révélé sa preuve en seulement 3 lignes et demie. == Genèse de l'étude == [[Fichier:Pierre de Fermat.png|vignette|right|upright=1|250px|alt=Pierre de Fermat|Pierre de Fermat, d’après un portrait gravé par François Poilly, v. 1679.]]La première lecture (1998 ?) qui m'a fait m'intéresser à ce problème est celle du célèbre ouvrage de vulgarisation de Simon Singh, ''Le dernier théorème de Fermat,'' lecture qui m'avait été suggérée par une amie étudiante en mathématiques. J'ai tout de suite senti que je tenais quelque chose de beau et d'important<ref>« Dans notre connaissance des choses de l’Univers (qu’elles soient mathématiques ou autres), le pouvoir rénovateur en nous n’est autre que l’innocence. C’est l’innocence originelle que nous avons tous reçue en partage à notre naissance et qui repose en chacun de nous, objet souvent de notre mépris, et de nos peurs les plus secrètes. Elle seule unit l’humilité et la hardiesse qui nous font pénétrer au cœur des choses, et qui nous permettent de laisser les choses pénétrer en nous et de nous en imprégner. » (Récoltes et semailles, p 51).</ref>, même si je n'avais aucune idée de ce que je pourrais y apporter de nouveau. Baudelaire écrit dans [[s:Mademoiselle_Bistouri|un de ses petits poèmes en prose]] : ''« J’aime passionnément le mystère parce que j’ai toujours l’espoir de le débrouiller. »'' J'ai moi aussi cette passion, poussée à un haut degré. Souvent on considère un mystère comme insoluble, par la raison même qui devrait le faire regarder comme "facile" à résoudre. Mais concernant cette énigme c'est peut-être seulement vers 2010 que je découvris le premier gros indice, une formulation un peu ambigüe de Fermat dans sa dernière lettre à Carcavi où il cite sa fameuse fausse conjecture. Je pressentis que j'allais avoir affaire à forte partie (eh oui, c'était Fermat). Il cachait certainement beaucoup de choses, mais puisqu'il avait déjà laissé de nombreux indices dans sa note (complexes, ceux-là, découverts par Roland Franquart en 2008/2009, que nous évoquerons plus loin), il était tout à fait possible qu'en étudiant sérieusement ses travaux, sa correspondance, et en cherchant aussi à comprendre au mieux sa personnalité, je trouve d'autres indices plus simples d'accès. Et je compris que ce n’était pas des réponses qu’il fallait d'abord chercher, mais des questions à me poser. Je trouvai d'abord celles-ci : #Pourquoi la fausse conjecture sur les nombres de la forme 2^{2^''n''}+1, ''la dernière fois'' que Fermat la formule, l'écrit-il sous une forme ambigüe qui laisserait croire à ceux qui refuseraient de lui faire confiance, qu'il la croyait vraie, et que donc il ne serait pas fiable sur tout le reste, sur son grand théorème en particulier ? #Comment se fait-il que son ''Arithmetica'' – socle de tout son travail (où, ''nous dit son fils'', il aurait écrit dans les marges ses 48 observations) et qui devient, surtout après la découverte de l'énoncé de son grand théorème, un document historique d'une valeur considérable, ait disparu? Pourquoi son fils Clément Samuel ne l'a-t-il pas conservée ? Aurait-il eu une bonne raison pour cela ? #Pourquoi sa plus célèbre observation, qui traite d'un problème fondamental, est-elle écrite sur le mode de la facétie, encore davantage d'autres ? Pourquoi l'a-t-il rendue aussi insolente ? #Pourquoi le titre de cette célèbre ''observation'' n'est-il pas écrit en abrégé, comme les 47 autres, mais écrit en toutes lettres ? Y avait-il là un premier indice ? #Pourquoi tout est-il si bizarre autour de ce théorème ? Fermat avait-il de bonnes raisons (excellentes peut-être) d'être aussi mystérieux ? #Ne faudrait-il pas analyser en profondeur tout ce qui tourne autour du théorème ? #Analyser aussi en profondeur tout ce qu'il écrit au fil du temps (19 ans), au sujet de sa fausse conjecture ? #Fermat est-il un honnête homme ? Bien sûr. Alors pourquoi ne pas commencer par lui faire confiance ? #Pourquoi au contraire, certains commentateurs ont-ils été incapables de lui faire confiance, pourquoi au contraire l'ont-ils autant déprécié ? #Fermat était-il ingénieux au point d'avoir pu trouver, en faisant un pas de côté, une preuve «simple» (avec beaucoup de guillemets), très courte, très profonde et complexe, très éloignée aussi des méthodes du calcul traditionnel ? Je trouvai là 10 bonnes questions sur les quelles j'allais pouvoir travailler. Je vais vous faire une confidence, dès que j'eus terminé, en 1998 (?), la lecture du fameux livre de vulgarisation de Simon Sign, une très forte intuition s'est imposée à mon esprit : Pierre Fermat, grand ami de Blaise Pascal, mathématicien lui aussi, avait dû trouver. Dès lors, cette idée ne m'a jamais quitté, et j'ai commencé à chercher, à me documenter, sur l'homme d'abord. En faisant preuve du simple bon sens, dans une approche objective dénuée de tout préjugé, à mesure qu’on progresse dans la recherche, nos découvertes nous apportent un lot de satisfactions inestimable, c'est un merveilleux cadeau qu'on se fait à soi-même. Vers 1646 Roberval évoquant Fermat écrivait à Torricelli : ''« Cet homme remarquable, le premier d’entre nous, m’envoya deux propositions très subtiles, sans les accompagner de leurs démonstrations. Et alors que je lui demandais les démonstrations de ces propositions ardues, il me répondit, par lettre, en ces termes : ''<span style="color:blue">''« J'ai dû travailler pour les découvrir. Travaillez vous aussi ; vous prendrez ainsi conscience que c’est dans ce travail que consiste la majeure partie du plaisir.'' »</span> Qui a l'esprit de discernement sait faire preuve de confiance, d'humilité et d'audace, d'analyse rigoureuse, d'imagination créatrice, toutes aptitudes nécessaires pour résoudre les plus difficiles énigmes. Je crois que la résolution de ces grandes énigmes, soit que la notion d’infini représente une pièce essentielle du mystère, soit qu'elle en soit absente, est presque toujours possible – ou au moins largement abordable. Mais dans ce cas-ci j'avais beau chercher, presque toujours avec le même enthousiasme, je ne trouvais d'abord que quelques autres indices de-ci de-là. Il est vrai qu'en les assemblant ils me confortaient dans mon intuition initiale, et même s'ils n'aboutissaient à rien de concret ils constituaient déjà, après à un survol objectif du contexte général plusieurs fois réitéré (où j'incluais les mots de Fermat mais aussi ceux de tous ses détracteurs), un bon début d'analyse. Il me fallut attendre une douzaine d'années avant de recevoir un message privé ''via'' Wikipédia d'un mathématicien amateur, militaire spécialiste des radars (ça ne s'invente pas) à la retraite, Monsieur Roland Franquart, qui allait complètement débloquer la situation. Nous nous sommes téléphoné et nous avons dû converser une bonne heure. Par la suite nous avons beaucoup échangé et travaillé sur un blog dédié où une doctorante était aussi intervenue. Puis j'ai continué à tenter de rendre l'article de Wikipédia sur le théorème un peu plus fiable, sans parvenir à grand-chose malgré toute ma patience, ma bonne volonté, et toute la diplomatie dont j'étais capable — ça en valait la peine. Une très vive opposition fit que mes plus précieux ajouts furent tous révoqués. Seuls trois ou quatre contributeurs ont tenté de me soutenir. Quand je retournai en 2013 sur l'encyclopédie après une longue absence, je fus tout de suite encouragé par [[w:Catherine_Goldstein|Catherine Goldstein]], mais je quittai pourtant à nouveau Wikipédia vers 2015, pour me consacrer entièrement à mes recherches personnelles. Je ne me doutais pas alors qu'en étudiant cette énigme avec l'esprit très libéré, j'allais énormément progresser au fil de découvertes de plus en plus étonnantes qu'après Roland Franquart, j'allais faire à mon tour. Je dois à la justice de dire que sans ses découvertes à lui (2009), je n'aurais rien trouvé de neuf, toute cette recherche n'aurait pu se faire. À tout seigneur, tout honneur. Vers 2006, après avoir consulté la fiche Wikipédia concernant ce théorème j'avais remarqué qu'aucun des arguments avancés par les contempteurs de Fermat ne tenait sérieusement la route. Nombreux sont les scientifiques contemporains, toutes disciplines confondues, qui raisonnent avec une forme de pensée magique, et font preuve de condescendance, quand ce n'est pas un mépris affiché envers les Anciens. Cette condescendance fait partie des mœurs courantes des mathématiciens accomplis. Dieu sait si je suis averti pour dire combien il peut y avoir de personnes bardées de diplômes comme autant de certitudes, de ces personnes que la reconnaissance académique conforte dans leurs béates certitudes. La question évidente à se poser, en voyant la façon étonnante dont avait été rédigé l'article de Wikipédia était « Pourquoi ? ». C'était la première pierre à soulever impérativement ''pour ne pas être contaminé par le pessimisme ambiant'' et partir du bon pied. Cette conformité jalouse et exacerbée avec la pensée commune étant évidente j'ai voulu d'abord répertorier les mauvais arguments (et leurs conséquences néfastes) qu'au cours des siècles les contempteurs de Fermat avaient pu imaginer, dans leur impuissance et leur frustration. Ensuite, puisqu'il avait lancé son défi, il me fallait tout faire, puisqu'ayant assez vite perçu ses manières j'admirais sa subtilité et sa clairvoyance, pour relever son défi. Non pas le défi mathématique en lui-même, puisque je ne suis pas mathématicien, mais le défi de percer tous les secrets que dans ses divers écrits relatifs au théorème et à la fameuse fausse conjecture il aurait pu dissimuler. La difficulté était qu'il n'en disait jamais plus que nécessaire, les meilleurs signaux qu'il envoyait étant les plus difficiles d'accès. Ainsi est née cette recherche, très laborieusement d'abord. Tenter de résoudre de la façon la plus exhaustive possible cette formidable énigme, qui exige une ''analyse profonde de la psychologie de Fermat'' et de ses nombreux écrits, qui demande une conscience aigüe de sa sagacité, a suscité chez moi enthousiasme et excitation. Si j'avais été mathématicien, <u>jamais</u> je n'aurais pensé à chercher avec autant de foi et de persévérance tous ces arguments – qui faisaient bien plus appel au simple bon sens qu'aux mathématiques – pour réhabiliter Fermat et son dernier défi : j'eus été empêché, par des préjugés et une manière conformiste de raisonner, de sortir des sentiers battus et rebattus pendant des siècles, et qui avaient abouti à la plus incroyable des impostures scientifiques : ''« Fermat n'a pas pu trouver de preuve puisqu'il ne connaissait pas nos outils modernes ».'' Les techniques sophistiquées qu'utilise le mathématicien contemporain exigent un long apprentissage, beaucoup de travail, elles occupent tout son temps. Ses contraintes professionnelles ne lui permettent plus de se consacrer à une question qui lui semble de si peu d'intérêt. Pour détricoter une pareille énigme c'est le pédagogue singulier, le combattant isolé, qu'il fallut convoquer. Son arme de prédilection est le défi, mais pour que les mathématiciens qui le suivront ne soient quand même pas trop furieux, il ne doit pas les braver trop ouvertement. Il trouve pour cela deux armes puissantes, la facétie et la ruse. Il en use à profusion. Pour avoir une chance de relever le défi, il me fallut d'abord aller directement à la source : exploiter la traduction la plus exacte, la plus fidèle possible de l'''OBSERVATIO''. Elle me fut offerte par Roland Franquart. Ensuite, et en espérant que Fermat n'en était pas resté là, il fallut continuer de chercher avec une obstination sans faille toutes les autres pistes qu'il avait pu laisser. Ce fut long, parfois semé d'embûches, toujours grisant. == ''« L’historien ne doit rien refuser d’entendre. »'' (Cicéron) == [[Fichier:Fermats Epitaph.JPG|vignette|centre|500px|Épitaphe de Pierre de Fermat.]] ‘’''À la pieuse mémoire de Pierre de Fermat, membre du parlement de Toulouse.'' ''Très versé dans les belles lettres, dans la connaissance des langues, des mathématiques et de la philosophie, il se montra jusrisconsulte éminent et remplit sa charge avec tant de distinction qu’il semblait avoir concentré sur l’étude des lois toutes les forces de son esprit, bien qu’il les divisât entre les spéculations les plus ardues. Ennemi du vain étalage, il négligea de livrer ses travaux à l’impression ; plus grand encore par le dédain que par la production, il lut, sans orgueil, dans les livres d’autrui, la glorification de ses œuvres. Aujourd'hui parvenu, comme ses vertus nous donnent le droit de l'espérer, à contempler la vérité éternelle et à mesurer toutes choses, grandes et petites, à la clarté d'un rayon céleste, il semble, de son tombeau, adresser au passant ce précieux conseil de morale chrétienne : '''''Vis scire quiddam quod juvet ? nesciri ama.'''''‘’ (<span style="color:blue">Veux-tu connaître ce qui est utile ? Sache être ignoré. »</span>).''<br> Commentaire de [https://www.echosciences-sud.fr/articles/le-mysterieux-monsieur-fermat-saison-1-5-5 Claire-Adélaïde Montiel] : « Cet éloge se termine par la mention suivante : “'''OB.XII.IAN.M.D.C.LXV. AET.AN LVII'''” qu’on peut traduire ainsi : ''“ Il mourut le 12 janvier 1665 âgé de 57 ans ou bien : dans la cinquante-septième année de son âge”, ce qui le ferait naître entre janvier 1607 et janvier 1609. »'' Les Anciens étaient parvenus à extraire d’une gangue arithmétique informe les grands concepts principaux sans disposer de tout le symbolisme algébrique aujourd'hui disponible. [[w:Pierre_de_Fermat|Pierre de Fermat]], comme ses contemporains mais à un degré plus élevé, a maîtrisé l’art de contourner les difficultés auxquelles se heurteront ceux qui viendront après lui, au point de pouvoir se passer de nombreux outils mathématiques qui seront découverts bien plus tard. Nous trouvons maintenant évidents des concepts primordiaux que ces Anciens ont découverts. Jusqu’au siècle dernier, et même encore parfois de nos jours, ce caractère d’évidence a engendré chez quelques savants, quand ils ont eu à ferrailler avec Pierre de Fermat, leur maître pourtant, une coupable négligence – une arrogance parfois. Si aller à l'encontre de tous les jugements négatifs qui ont été portés à son encontre n'est pas aisé, deux choses aident à garder intacts l'enthousiasme et la confiance. * On sait d'une part qu'il disposait de très peu de temps pour assouvir sa passion des nombres. Ce n'est qu'en gardant par devers lui la grande majorité de ses inventions au fur et à mesure qu'il les faisait, qu'il pouvait préserver sa tranquillité et exploiter tout son potentiel créatif. S'il avait commencé à rédiger des démonstrations complètes de ses inventions, la compréhension en ayant été ardue, des esprits tatillons lui auraient fait perdre son temps avec d'incessants chipotages. La formulation de ses défis, qui souvent ne comportaient que quelques lignes et pouvaient paraître inconvenants de la part d'un notable, témoignait aussi de ce cruel manque de temps. Alors qu'il a affirmé dans sa correspondance posséder la preuve du cas particulier ''n=4'' de son grand théorème, il ne nous dit pas explicitement, dans l'''Arithmetica'', quelle est cette preuve. Il livre sa démonstration du “[[w:Théorème_de_Fermat_sur_les triangles rectangles|Théorème de Fermat sur les triangles rectangles]]” sans du tout préciser qu'elle a un rapport quelconque avec ce cas ''n=4''. Or la preuve de ce dernier est immédiatement déductible du théorème, et ''c'est la seule démonstration qu’il révèle'' – dans ses 48 ''observations'' en tout cas. Pour quelle raison alors n'évoque-t-il pas ce cas ''n=4'', si ce n’est pour indiquer qu'il a placé là une balise alléchante et qu'il faudra nous attacher à en chercher d'autres, mieux cachées encore, dans ses nombreux écrits. Ainsi il ne faudra pas prendre à la légère : a) son défi plusieurs fois réitéré sur le cas particulier ''n=3'', jusqu'à son affirmation, finalement, qu'il a fait la preuve de l'impossibilité de ce cas ; b) son affirmation d'avoir <span style="color:blue">''assurément dévoilé l'explication étonnante (ou admirable)''</span> de son théorème général. Qu'il se soit abstenu de mentionner explicitement le cas ''n=4'' dans la démonstration évoquée ci-dessus nous semble être le tout premier des arguments en faveur d’une maîtrise complète, par Fermat, de la situation : ''il sait de quoi il parle, il nous le fait savoir''. Que les historiens ne l'aient pas remarqué (n'aient pas voulu le noter ?) semble assez incompréhensible (ou pas). Sauf à y voir une frilosité extraordinaire à sortir du troupeau, ou un orgueil très mal placé : (''« Nous sommes meilleurs que Fermat, car nous, nous savons bien qu'il n'a pu trouver sa fameuse preuve, comme il le prétend avec effronterie »''). On est assuré par ailleurs qu'il possède aussi la preuve du cas ''n=3'', mais là encore, alors qu'il n'a cessé dans parler dans ses lettres, ''il passe complètement sous silence ce cas dans ses 48 observations.'' Sûrement avait-il aussi une revanche à prendre sur la communauté des mathématiciens (« Ah ! ils n'ont pas voulu me prendre au sérieux ? Eh bien ce n'est plus à ces esprits négligents que je penserai dorénavant. »). S'est-il dit aussi : « Nous allons bien nous amuser. » ? Sans doute. Certains de ses correspondants en effet (tel Wallis), à qui il avait soumis des problèmes qu'ils avaient été incapables de résoudre, avaient méprisé ses travaux, les jugeant totalement inutiles (ils se révélèrent pourtant d'une importance considérable). Fermat en fut certainement contrit au point de vouloir les punir de leur négligence. La nature de son caractère dut aussi y être pour quelque chose, on le savait très humble, mais il était parfaitement conscient de sa force, et la fausse humilité était étrangère à ce Gascon. Une démonstration complète du cas particulier ''n=3'' de son grand théorème ne sera trouvée que deux siècles plus tard par [[w:Carl_Friedrich_Gauss|Gauss]], autre immense mathématicien, Gauss qui écrivait en 1801 à propos du petit théorème de Fermat : ''« Ce théorème remarquable, tant par son élégance que par sa grande utilité, s'appelle ordinairement'' théorème de Fermat'', du nom de l'inventeur. »'' Cet intérêt de Gauss pour le travail de Fermat fut d'ailleurs en partie à l'origine de sa future carrière de mathématicien. Par ailleurs, en citant E.T. Bell, ''« Gauss discréditait les assertions sans fondement. »'' Un ami de Gauss lui avait demandé pourquoi il ne concourait pas pour le prix offert en 1816 par l’[[w:Académie_des_sciences|Académie française des sciences]] qui récompenserait le découvreur d'une preuve (ou d'une invalidation) du Dernier Théorème. ''« J’avoue, répondit-il, que le Théorème de Fermat est une proposition isolée qui a très peu d’intérêt pour moi, puisque je pourrais facilement trouver une multitude de propositions du même genre, que personne ne pourrait jamais ni valider ni invalider [...]. Bien qu’il ne l’ait jamais dit explicitement, Gauss semblait douter que Fermat avait prouvé son théorème. »'' Gauss n'a-t-il jamais essayé de prouver cette conjecture ? Ça peut sembler étonnant. * D'autre part, beaucoup des écrits les plus importants de Fermat sont rédigés en latin, la langue de l'ellipse par excellence. Puisqu'il était expert en cette langue, il a fallu débusquer le plus possible de ses non-dits – écrits, mais subtilement cachés – auxquels l'obligeaient : a) le manque de temps ; b) le souci de discrétion dans une époque troublée (alors qu'il est magistrat) ; c) le principe même du défi, qui s'accordait avec les deux points précédents ; enfin, d) son goût pour la pédagogie, qui s'accorde à son tour avec les points précédents. Quatre raisons donc d'en dire le moins possible. Lorsqu'on étudie Fermat, il y a deux façons de procéder : 1) Avec un ''a priori'' favorable : toujours se souvenir que c’est un grand pédagogue, rechercher sans relâche des indices, et finalement tous les bons arguments (nous en avons dénombré 28 – voir Partie IV). Notons que quasiment tous les auteurs ayant publié un livre consacré au grand théorème ont eu la sagesse de rester objectifs.<br> 2) Avec un ''a priori'' très suspicieux : le sous-estimer, occulter son désir le plus cher de ne jamais nous mâcher le travail. On imagine alors n'importe quel "argument" pour le discréditer. Citons [[w:Alexandre_Grothendieck|Alexandre GROTHENDIECK]] :<br /> ''« L’aspect de cette dégradation auquel je pense surtout ici (qui en est juste un aspect parmi de nombreux autres) est le mépris tacite, quand ce n’est la dérision sans équivoque, à l’encontre de ce qui (en mathématique, en l’occurrence) ne s’apparente pas au pur travail du marteau sur l’enclume ou sur le burin – le mépris des processus créateurs les plus délicats (et souvent de moindre apparence) ; de tout ce qui est inspiration, rêve, vision (si puissantes et si fertiles soient-elles), et même (à la limite) de toute idée, si clairement conçue et formulée soit-elle : de tout ce qui n’est écrit et publié noir sur blanc, sous forme d’énoncés purs et durs, répertoriables et répertoriés, mûrs pour les ‘’banques de données’’ engouffrées dans les inépuisables mémoires de nos méga-ordinateurs. Il y a eu (pour reprendre une expression de C.L. Siegel) un extraordinaire ‘’aplatissement’’, un ‘’rétrécissement’’ de la pensée mathématique, dépouillée d’une dimension essentielle, de tout son ’’versant d’ombre’’, du versant ‘’féminin’’. Il est vrai que par une tradition ancestrale, ce versant-là du travail de découverte restait dans une large mesure occulté, personne (autant dire) n’en parlait jamais – mais le contact vivant avec les sources profondes du rêve, qui alimentent les grandes visions et les grands desseins, n’avait jamais encore (à ma connaissance) été perdu. Il semblerait que dès à présent nous soyons déjà entrés dans une époque de dessèchement, où cette source est non point tarie certes, mais où l’accès à elle est condamné, par le verdict sans appel du mépris général et par les représailles de la dérision. »''<ref>{{Lien web|langue=français|auteur=Alexandre Grothendieck|titre=RECOLTES ET SEMAILLES - Réflexions et témoignage sur un passé de mathématicien|url=http://matematicas.unex.es/~navarro/res/|consulté le=21 février 2021|page=85}}, un texte sur lequel le chercheur pourra avantageusement méditer.</ref> Si l’on cherche le livre entier que Fermat aurait consacré à la science des nombres, on trouvera beaucoup de choses dans l’''Arithmetica'' de 1670 qui contient 48 ''observations'' très stimulantes. La pépite (sur le théorème) qui y figure est une galéjade qui laisse pantois. Jamais on n’avait vu, jamais plus on ne verra, un génie fut-il universel livrer la démonstration d’un puissant théorème sous forme d’une affirmation qui laisse tant à penser : ''« J'en ai réellement mis à nu l'explication tout à fait étonnante que la marge trop étroite ne contiendrait pas ».'' <blockquote>''« La marque infaillible du sublime, c’est quand nous sentons qu’un discours nous laisse beaucoup à penser, qu’il fait d’abord un effet sur nous, auquel il est bien difficile, sinon impossible, de résister, et qu’ensuite le souvenir nous en dure, et ne s’efface qu’avec peine. »'' Traité du Sublime (auteur inconnu, peut-être Longin).</blockquote> <blockquote>''« Le génie n’est pas imitable, il est incommunicable. On ne peut pas le transmettre parce que le génie lui-même serait incapable d’en donner les règles, c’est du côté du sublime plutôt que du beau. »'' Hélène Frappat.</blockquote> Être mathématicien professionnel a des avantages et des inconvénients. Parmi ces derniers l’un émerge : vous ne pensez plus pratiquement qu’à votre travail, votre esprit, consciemment ou inconsciemment, y est occupé jour et nuit. L'étude du ''cas Fermat'', de nombreux mathématiciens et historiens s’y sont penchés, mais un consensus jamais ne s’est fait. Allez-vous alors risquer de perdre beaucoup de votre temps en l’étudiant ? Mais si vous êtes un simple amateur, confiant, objectif et audacieux, le problème se pose différemment. Vous constatez d’abord qu’aucun des arguments avancés par les commentateurs sceptiques n'est vraiment sérieux. Leur assemblage l'est d'autant moins et tout l’édifice s'écroule si vous ôtez les plus mauvais :<br> :1) Fermat s’était déjà trompé avec les nombres de la forme 2^{2^''n''}+1 (nous verrons plus loin de quelle façon et dans quel but ce fut un magistral coup de bluff de sa part). :2) Il a dû encore se tromper, s’en est aperçu plus tard, mais puisque ces observations ''« étaient réservées à son seul usage »'' (''sic'') il n’a pas jugé utile de rectifier. :3) Il ne disposait pas de nos outils modernes, il semble donc assez peu probable qu'il ait réussi seul à trouver le preuve de son théorème. Depuis trois siècles, Le Grand Chœur des Perroquets claironne surtout ce dernier argument, les plus jaloux de ces contempteurs étant encore plus méchants : ''« Jamais Fermat n’a été en possession d’une preuve de son Grand Théorème. »'' Arrogance, quand tu les tiens... Si donc vous êtes juste un amateur très attentionné, vous voyez immédiatement qu’il y a [https://www.youtube.com/watch?v=qi-eOfduisk anguille sous roche]. Alors vous vous documentez. Longtemps si vous êtes un passionné. Une remarque très vite vous est venue à l’esprit : des commentateurs semblent être partis de l’''a priori'' que Fermat n’avait pu trouver une preuve, puis ont cherché tout ce qui pourrait les conforter dans cette idée, agrégeant leurs arguments en un seul bloc pour en faire une certitude. Vous vous posez alors pas mal de questions sur l’honnêteté intellectuelle de ces savants. L’amateur que vous êtes se dit : « Tout ceci n’est qu’un écran de fumée », ''smoke and mirrors,'' disent les Anglo saxons. Fermat, dont la véritable profession est magistrat, a toujours considéré l’émulation comme le meilleur moteur de la recherche mathématique. Il aura tout essayé, pendant 19 ans il a mis au défi 7 de ses correspondants : prouver ou infirmer sa fausse conjecture sur les nombres de Fermat. Mais aucun n'a vraiment donné suite. L’attitude que l’on a, face au ‘’Dernier théorème’’ (on dirait le titre d’un roman, ce qu’il est en effet) dépend donc de l’''a priori'' choisi au départ. Si l’on choisit celui qui est favorable, on se dit que Fermat, pédagogue et facétieux à la fois, et honnête homme s'il en est, n’a pas dû en rester là. Et on est prêt à chercher assidûment tous les indices qu’il aurait pu nous laisser en ne négligeant aucune piste. Eric Temple Bell croyait en une preuve de Fermat et pensait que la civilisation probablement s'éteindrait avant que le Dernier théorème soit résolu. Il n'était pourtant pas totalement exclu que le théorème soit un jour prouvé par une méthode très complexe et ce fut le cas. On découvrira encore d'autres preuves complexes. Vouloir à tout prix croire que Pierre de Fermat n’a pu trouver une preuve empirique, donc beaucoup courte et plus “simple” que celle de Wiles en 1994, est une mal-mesure criante de la science des nombres et plus généralement de la méthode scientifique. == Mathématique et poésie == Blaise Pascal, dans les ''Pensées'', distingue [https://www.philomag.com/articles/esprit-de-geometrie-ou-de-finesse#:~:text=Pascal%20distingue%20deux%20cat%C3%A9gories%20de%20l'esprit%20humain.&text=L'esprit%20de%20g%C3%A9om%C3%A9trie%20ob%C3%A9it,logiques%20imparables%20compr%C3%A9hensibles%20par%20tous. ''l'esprit de géométrie et l'esprit de finesse'']. À un pur mathématicien qui n’est ''que'' mathématicien, les plus grandes évidences toujours échapperont. J’ai lu très peu de mathématiciens en qui, en dehors de leurs mathématiques, on pouvait accorder toute confiance. Seul peut raisonner clairement le mathématicien qui a gardé son esprit d’enfance, ce doit être un poète, qui jamais ne bride son imagination créatrice. Etienne Klein dit à propos d'Einstein : ''« C'est peut-être ce que j'admire le plus chez lui. Cette capacité qu'il avait à se poser des questions toutes simples, des questions d'enfant, et à leur trouver des réponses élaborées avec toute la rigueur d'un cerveau d'adulte. »'' Souvenons-nous aussi que Fermat a écrit de la poésie (en plusieurs langues). De même Giordano Bruno. Pensons aussi à l’inoubliable logicien qu’était Lewis Caroll, auteur de ''‘’Alice au pays des merveilles’’'' et de “''De l'autre côté du miroir’’''. Pensons à Jacques Roubaud, écrivain et mathématicien, membre de l'Oulipo, joueur de go et poète bien connu des mathématiciens, qui concilie opportunément ''« l'esprit de géométrie et l'esprit de finesse »''. Puis remarquons que [[w:Catherine_Goldstein|Catherine Goldstein]], chercheuse en mathématiques et historienne, qui a toujours dit contrairement à une ribambelle de sachants que l’existence d’une preuve du Théorème de Fermat par Fermat lui-même n’avait rien d’improbable, avait pour père un poète, [[w:Isidore_Isou|Isidore Isou]] (1925-2007), qui fut aussi peintre, romancier, dramaturge, économiste… N'oublions pas non plus les écrits littéraires d'Alexandre Grothendieck (voir ''infra''). Selon le mathématicien [[w:Jacques_Hadamard|Jacques Hadamard]] la rêverie, l’imagination, joue un grand rôle dans l’invention mathématique, c’est souvent en ''imaginant'' un chemin nouveau que les plus grands chercheurs ont «''vu»'' une solution jusqu'alors inaccessible. Le mot “théorème” vient d’ailleurs du grec ancien θεώρημα (''theốrêma'' en latin) : une ''proposition objet de contemplation'', de méditation. Selon [[w:Gaston_Bachelard|Bachelard]] l’imagination confère surtout le pouvoir de nous libérer des images premières fournies par la perception en les déformant, en les changeant : ''« Le vocable fondamental qui correspond à l’imagination, ce n’est pas image, c’est imaginaire. »'' (''L’air et les songes.'' Paris, José Corti, p. 7). La mathématique s’occupe des quantités et des formes, elle n’est pas le tout. La raison ne doit pas être gouvernée par la seule logique algébrique mais par la logique générale, abstraite. Les mathématiciens ont implicitement postulé qu’une vérité ''purement'' algébrique devait être une vérité générale. La confusion est si énorme, l'erreur si grossière, qu'on ne peut que s'émerveiller de l'unanimité avec laquelle elle fut acceptée. De même un axiome mathématique ne peut être un axiome d’une vérité générale. Ils ont aussi cru bon d’appliquer le terme ‘’analyse’’ à un domaine de leur discipline, considérant ainsi que les mots tirent leur valeur de leur application. Essayez, si vous ne craignez de vous faire écharper, d’expliquer cela à un pur mathématicien qui ne raisonne qu’avec sa raison algébrique. L'assujettissement à un biais cognitif aussi pernicieux empêche tout imaginal de prendre sa place dans une réflexion englobante. Extrait de la lettre de Fermat à Claude Clerselier à propos de la démonstration de Descartes sur la réfraction (21 mai 1662) : ''« […] Car si cette demonstration est dans les regles des demonstrations certaines et infaillibles, il n’est rien de plus vray, sinon que ceux qui n’en sont pas convaincus ne l’entendent point. La qualité essentielle d’une demonstration est de forcer à croire, de sorte que ceux qui ne sentent pas cette force, ne sentent pas la demonstration mesme, c’est à dire, qu’ils ne l’entendent pas. […] ».'' == Wiles et Fermat == Réflexion d’un journaliste à Andrew Wiles après sa découverte de 1994 : ''« Donc la preuve originale de Fermat est toujours présente quelque part. »'' Réponse : ''« Je ne crois pas que Fermat avait une preuve. Je pense qu’il s’est trompé en disant qu’il avait une preuve. Mais ce qui a rendu ce problème spécial pour les amateurs, c’est qu’il existe une infime possibilité qu’il existe une preuve élégante du XVII^e siècle ».'' Si j’avais été à sa place j’aurais certainement répondu la même chose, peut-être même exactement, c’eût été très confortable, ces sept années d’efforts soutenus n’auraient pas été vaines (même si ces travaux ont beaucoup enrichi les mathématiques, mais ceci est une autre question). Wiles est un grand mathématicien, tout comme Fermat. Il est plaisant de noter que le magistrat, qui ne pouvait gaspiller le peu de son temps disponible à détailler tous ses calculs, ne gardant quasiment jamais une copie d’un travail transmis à ses correspondants, obstiné qu’il était d’aller toujours plus loin dans ses découvertes, se disait « l’homme le plus paresseux du monde ». Tous deux, chacun à leur façon, avec les outils de leur temps, ont fait faire aux mathématiques des progrès considérables. Ces deux génies sont un peu comme deux jumeaux. Andrew a pourtant un handicap, c’est un mathématicien complètement de son temps et il a dû assimiler dans sa formation énormément de mathématiques du vingtième siècle, puis en inventer beaucoup de nouvelles. Peut-être que s’il avait vécu à l’époque de Fermat, obligé qu’il eût été de se satisfaire d’une mathématique plus '''pure''', qui tente d’appréhender au plus près les relations profondes entre les nombres, et donc ''difficile à “saisir”'', il aurait pu s'approcher du maître. Les Anciens n’avaient pas encore l’esprit encombré de cette multitude de données complexes que les Modernes ont été obligés d’assimiler pour perpétuer le progrès technologique. Wiles fut tellement émerveillé par son succès que toute pensée relative à l’existence d’une preuve du XVII^e siècle ne pouvait qu’achopper aux contours de son esprit ; comblé par sa découverte, rien ne devait altérer sa joie. On peut tenter d'imaginer ce qu'elle a pu être, quand il cherche les mots pour l'exprimer, l'émotion est si forte que les larmes lui montent aux yeux. La course au ‘’Dernier Théorème‘’ fut une longue quête de 324 ans, non aboutie d'ailleurs selon notre thèse. Son histoire est tellement excitante pour les mathématiciens qui pourtant n'ont jamais percé le secret de Fermat que la légende urbaine qui y a cohabité depuis le début pour conjurer un dépit irritant, logiquement devrait poursuivre tranquillement sa route. La Citadelle, qu'un cheval de Troie, ''« un corollaire très alléchant mais mineur »'' introduit par Andrew Wiles a permis d'entr'apercevoir, n'a toujours pas été prise par les assiégeants. Dans cette étude nous avons pu en dresser les plans en indiquant à nos contemporains la seule voie d'accès, mais par négligence ils ont échoué à s'y faufiler jusqu'au bout — à moins que par dépit ils considèrent qu'un corollaire mineur est plus admirable que l'exploit magistral du plus grand génie du XVII^e siècle. Quel sujet passionnant, mêlant la sociologie, la philosophie, la psychologie, l'historiographie. Et quelle admirable leçon de pédagogie : après l'avoir entrouverte, Pierre Fermat la porte à tous les sachants. Alors qu’aucun mathématicien n’a éprouvé le besoin de donner son appréciation sur cette étude faite par un simple amateur (« Tout chercheur vous dira que les considérations d’ordre affectif ou égocentrique — et plus généralement les considérations “humaines” — viennent immanquablement troubler le cours limpide d’un raisonnement logique, ou embrumer une intuition mathématique en train de prendre forme. […] ''« S’il fait la tête, alors tout espoir est permis ! »'' [[w:Christophe Breuil|Christophe BREUIL]]), je me dois de faire connaître l’importance que j’attache à cette longue pérégrination en ''terra incognita''. D’autant que le Théorème de Fermat est celui qui a suscité le plus d’émoi au cours des siècles dans la communauté mathématicienne, et que l’étude modifie considérablement l’opinion qu’on pouvait avoir jusqu’en 2020, quant à la possibilité d’une preuve du théorème par Fermat lui-même, eu égard aussi à ce que l'on savait déjà de la sagacité du génie. N'évoquons qu'à peine ici son esprit facétieux : il a mystifié tous les savants pendant 351 ans, et il y a de quoi être vexé... Chapeau l'artiste. == Importance de l'article (évaluation par l'auteur) == * '''''Histoire des sciences''''' : <span style="color:blue">Maximum</span> * '''''Mathématiques''''' : Concernant le théorème en lui-même, à la suite du gros travail de décryptage de l’''OBSERVATIO'' par Monsieur Roland Franquart : <span style="color:blue">Maximum</span> <ref>Il est fort possible que comme au bon vieux temps {{Sourire}}, aucun mathématicien n'ait réussi à suivre Fermat dans sa formidable ― et très elliptique ― explication. Quoi qu'il en soit, une [[w:Évaluation par les pairs|''peer review]] risque de se faire attendre.</ref>. *'''''Pierre de Fermat''''' : <span style="color:blue">Maximum</span> *''Philosophie'' &nbsp;: <span style="color:blue">Maximum</span> * ''Psychologie'' : <span style="color:blue">Maximum</span> Ma note personnelle pour cette étude, en toute immodestie et honnêteté : * 19,75. Je ne doute pas qu'une forte proximité psychologique et spirituelle avec Pierre de Fermat m'a beaucoup motivé. Merci encore à vous, Monsieur, du fond du cœur. En toute immodestie toujours, si j'avais eu à donner une note sur le fond, j'aurais mis 20/20 (on n'est jamais mieux servi que par soi-même). <br> Sur la forme, au vu de certaines imperfections de style qui doivent persister, et de certains passages peut-être un peu longs : optimiste, j'attribuerais la note de 18/20. J'ai presque fait une moyenne, selon moi le fond prime sur la forme.<br> --[[Utilisateur:EclairEnZ|Claude Mariotti]] ([[Discussion utilisateur:EclairEnZ|discuter]]) 6 janvier 2022 à 16:44 (UTC) * Suite (2/4) : [[Recherche:L’énigme de Fermat passée au crible/Fermat sur le divan : Le coup de bluff]] == Références == <references responsive /> [[Catégorie:Recherches de la faculté philosophie]] [[Catégorie:Recherches de la faculté mathématiques]] [[Catégorie:Travail de recherche « Histoire des sciences »]] 97sy8efgxmqz2samem6g98rq7ewksbl 0 76960 880687 822011 2022-07-24T05:37:47Z Anne Bauval 6580 /* Exercice 1-5 */ +1 wikitext text/x-wiki {{Exercice | idfaculté = mathématiques | numéro = 1 | chapitre = [[../../Espaces affines/]] | niveau = 15 | précédent = [[../../|Sommaire]] | suivant = [[../Applications affines/]] }} ==Exercice 1-1== On note <math>M_{a,b}=\begin{pmatrix}1+2a-b&0\\2-a-b&a-b\end{pmatrix}</math> et <math>\mathcal F=\{M_{a,b}\mid (a,b)\in k^2\}</math>. Montrer que <math>\mathcal F</math> est un sous-espace affine de <math>\mathrm M_2(k)</math>. {{Solution|contenu= <math>M_{a,b}=M_{0,0}+aP+bQ</math> avec <math>P=\begin{pmatrix}2&0\\-1&1\end{pmatrix}</math> et <math>Q=\begin{pmatrix}-1&0\\-1&-1\end{pmatrix}</math>, donc <math>\mathcal F=M_{0,0}+\operatorname{Vect}(P,Q)</math>. }} ==Exercice 1-2== Soient <math>A</math> un ensemble non vide, <math>a</math> un élément de <math>A</math>, et <math>b</math> un scalaire. Montrer que l'ensemble <math>\mathcal F:=\{f:A\to k\mid f(a)=b\}</math> est un sous-espace affine de l'espace affine <math>\mathcal E=k^A</math> des fonctions de <math>A</math> dans <math>k</math>. {{Solution|contenu= Notons <math>E=k^A</math> la direction de l'espace affine <math>\mathcal E</math>. Soit <math>f_0\in\mathcal F</math> (par exemple <math>f_0=</math> l'application constante <math>A\to k,\;x\mapsto b</math>) et soit <math>F:=\{g\in E\mid g(a)=0\}</math> (sous-espace vectoriel de <math>E</math>, comme noyau de la forme linéaire <math>E\to k,\;g\mapsto g(a)</math>). Alors, <math>\mathcal F=f_0+F</math>. }} Montrer que l'ensemble <math>\mathcal G:=\{f:\R\to\R\mid\forall x\in\R\quad f(x+1)=f(x)+1\}</math> est un sous-espace affine de <math>\R^\R</math>. En déterminer un point et la direction. {{Solution|contenu= L'application <math>\mathrm{id}_\R:\R\to\R,\;x\mapsto x</math> appartient à <math>\mathcal G</math>, et l'ensemble <math>G:=\{f-\mathrm{id}_\R\mid f\in\mathcal G\}</math> est l'ensemble des fonctions <math>1</math>-périodiques. C'est un sous-espace vectoriel de <math>\R^\R</math> (comme noyau de l'application linéaire de <math>\R^\R</math> dans lui-même qui, à toute fonction <math>g</math>, associe la fonction différence entre <math>g</math> et sa translatée de <math>1</math>) donc <math>\mathcal G</math> est un sous-espace affine de <math>\R^\R</math>, de direction <math>G</math>. }} ==Exercice 1-3== Soit <math>\mathcal E</math> un espace affine réel de dimension <math>3</math>, muni d’un repère cartésien <math>(O,u,v,w)</math>. Soient : *les points <math>A\begin{pmatrix}1\\2\\3\end{pmatrix},\quad B\begin{pmatrix}2\\-1\\2\end{pmatrix},\quad C\begin{pmatrix}0\\1\\-2\end{pmatrix}</math> ; *les droites <math>d_1\begin{cases}x&=3-\lambda\\y&=1+2\lambda\\z&=-1+\lambda\end{cases},\;\lambda\in\R,\quad d_2\begin{cases}x&=1+3\mu\\y&=-2\mu\\z&=3+5\mu\end{cases},\;\mu\in\R</math> ; *les plans <math>(P_1)\begin{cases}x&=1-2\lambda+3\mu\\y&=-2+\lambda+\mu\\z&=4-\lambda-2\mu\end{cases},\;\lambda,\mu\in\R,\quad(P_2)\;2x-y+3z-1=0,\quad(P_3)\;x+2z-4=0</math>. #Donner une équation cartésienne de <math>(P_1)</math>. #Déterminer une représentation paramétrique de <math>(P_2)\cap(P_3)</math>. #Donner une équation cartésienne du plan contenant <math>A</math>, <math>B</math> et <math>C</math>. #Déterminer l'intersection <math>d_1\cap P_2</math>. #Donner une équation cartésienne du plan contenant <math>d_1</math> et parallèle à <math>d_2</math>. #Déterminer <math>P_1\cap P_2\cap P_3</math>. #Déterminer l'intersection de <math>P_2</math> avec la droite <math>(AB)</math>. #Donner une représentation paramétrique de la droite passant par <math>A</math>, parallèle à <math>P_2</math> et coupant <math>d_1</math>. #Donner une équation cartésienne du plan passant par <math>C</math> et contenant <math>d_1</math>. {{Solution|contenu= #<math>\begin{cases}x&=1-2\lambda+3\mu\\y&=-2+\lambda+\mu\\z&=4-\lambda-2\mu\end{cases}\Leftrightarrow\begin{cases}x&=1-2\lambda+3\mu\\y&=-2+4-z-2\mu+\mu\\\lambda&=4-z-2\mu\end{cases}\Leftrightarrow\begin{cases}x&=1-2\lambda+3\mu\\\mu&=2-y-z\\\lambda&=4-z-2(2-y-z)\end{cases}\Leftrightarrow\begin{cases}x&=1-2(2y+z)+3(2-y-z)\\\mu&=2-y-z\\\lambda&=2y+z\end{cases}</math><br>donc une équation cartésienne de <math>(P_1)</math> est <math>x+7y+5z-7=0</math>. #<math>\begin{cases}2x-y+3z-1&=0\\x+2z-4&=0\end{cases}\Leftrightarrow\begin{cases}y&=7-z\\x&=4-2z\end{cases}</math> donc une représentation paramétrique de la droite <math>(P_2)\cap(P_3)</math> est : <math>\begin{cases}x&=4-2t\\y&=7-t\\z&=t\end{cases},\;t\in\R</math>. #<math>\det(\overrightarrow{CA},\overrightarrow{CB},\overrightarrow{CM})=\begin{vmatrix}1&2&x\\1&-2&y-1\\5&4&z+2\end{vmatrix}=14x+6(y-1)-4(z+2)=2(7x+3y-2z-7)</math> donc une équation cartésienne du plan <math>(ABC)</math> est : <math>7x+3y-2z-7=0</math>. #<math>2(3-\lambda)-(1+2\lambda)+3(-1+\lambda)-1=0\Leftrightarrow\lambda=1\Leftrightarrow</math> donc le point de l'intersection <math>d_1\cap P_2</math> a pour coordonnées <math>\begin{pmatrix}2\\3\\0\end{pmatrix}</math>. #<math>\begin{cases}x&=3-\lambda+3\mu\\y&=1+2\lambda-2\mu\\z&=-1+\lambda+5\mu\end{cases}\Leftrightarrow\begin{cases}x&=3-\lambda+3\mu\\y&=1+2(z+1-5\mu)-2\mu\\\lambda&=z+1-5\mu\end{cases}\Leftrightarrow\begin{cases}x&=3-\lambda+3\mu\\y&=3+2z-12\mu\\\lambda&=z+1-5\mu\end{cases}\Leftrightarrow\begin{cases}x&=3-\lambda+3\mu\\\mu&=\frac{3+2z-y}{12}\\\lambda&=z+1-5\frac{3+2z-y}{12}\end{cases}\Leftrightarrow\begin{cases}x&=3-\frac{-3+2z+5y}{12}+\frac{3+2z-y}4\\\mu&=\frac{3+2z-y}{12}\\\lambda&=\frac{-3+2z+5y}{12}\end{cases}</math><br>donc une équation cartésienne du plan contenant <math>d_1</math> et parallèle à <math>d_2</math> est <math>3x+2y-z-12=0</math>. #Utilisons les questions 1 et 2. <math>(4-2t)+7(7-t)+5t-7=0\Leftrightarrow t=\frac{23}2</math> donc le point de <math>P_1\cap P_2\cap P_3</math> est <math>\begin{pmatrix}-19\\-\dfrac92\\\dfrac{23}2\end{pmatrix}</math>. #Une représentation paramétrique de la droite <math>(AB)</math> est : <math>\begin{cases}x&=1+t\\y&=2-3t\\z&=3-t\end{cases}</math>.<br><math>2(1+t)-(2-3t)+3(3-t)-1=0\Leftrightarrow t=-4</math> donc le point d'intersection de <math>P_2</math> avec <math>(AB)</math> est <math>\begin{pmatrix}-3\\14\\7\end{pmatrix}</math>. #Cherchons d'abord le point <math>M(\lambda)</math> de <math>d_1</math> tel que <math>\overrightarrow{AM(\lambda)}</math> soit parallèle à <math>P_2</math>.<br><math>2(3-\lambda-1)-(1+2\lambda-2)+3(-1+\lambda-3)=0\Leftrightarrow\lambda=-7\Leftrightarrow M(\lambda)=\begin{pmatrix}10\\-13\\-8\end{pmatrix}</math>.<br>Une représentation paramétrique de la droite <math>(AM(\lambda))</math> est <math>\begin{cases}x&=1+9t\\y&=2-15t\\z&=3-11t\end{cases},\;t\in\R</math>. #Un plan d'équation <math>ax+by+cz+d=0</math> contient <math>C</math> si et seulement si <math>b-2c+d=0</math>, et contient <math>d_1</math> si et seulement si <math>\forall\lambda\in\R\quad0=a(3-\lambda)+b(1+2\lambda)+c(-1+\lambda)+d=(3a+b-c+d)+\lambda(-a+2b+c)</math>.<br><math>\begin{cases}b-2c+d&=0\\3a+b-c+d&=0\\-a+2b+c&=0\end{cases}\Leftrightarrow\begin{cases}d&=-b+2c\\3(2b+c)+b-c+(-b+2c)&=0\\a&=2b+c\end{cases}\Leftrightarrow\begin{cases}d&=-4b\\c&=-\dfrac{3b}2\\a&=\dfrac b2\end{cases}</math>.<br>Le plan passant par <math>C</math> et contenant <math>d_1</math> a donc pour équation cartésienne : <math>x+2y-3z-8=0</math>. }} ==Exercice 1-4== #Montrer que dans <math>k^2</math>, deux droites affines soit sont parallèles, soit se coupent en un unique point. #Que se passe-t-il dans <math>k^3</math> ? {{Solution|contenu= #Dans <math>k^2</math>, deux droites affines non parallèles sont supplémentaires donc (cf. cours) se coupent en un unique point. #Dans <math>k^3</math>, une troisième possibilité est que les deux droites soient non coplanaires. Exemple : <math>\mathcal D=\{(x,0,0)\mid x\in k\}</math> et <math>\mathcal D'=\{(0,y,1)\mid y\in k\}</math>. }} ==Exercice 1-5== {{Wikipédia|Parallélogramme}} Un parallélogramme est un [[w:Quadrilatère|quadrilatère]] <math>(A,B,C,D)</math> tel que <math>\overrightarrow{AB}=\overrightarrow{DC}</math>. Montrer que les trois propriétés suivantes sont équivalentes. #<math>(A,B,C,D)</math> est un parallélogramme ; #<math>(A,D,C,B)</math> est un parallélogramme ; #les diagonales <math>[A,C]</math> et <math>[B,D]</math> se coupent en leurs milieux. {{Solution|contenu= <math>1\Rightarrow2</math> : si <math>\overrightarrow{AB}=\overrightarrow{DC}</math> alors <math>\overrightarrow{AD}=\overrightarrow{AB}+\overrightarrow{BD}=\overrightarrow{BD}+\overrightarrow{DC}=\overrightarrow{BC}</math>. <math>2\Rightarrow3</math> : si <math>\overrightarrow{AD}=\overrightarrow{BC}</math> alors, en notant <math>I</math> le milieu de <math>[A,C]</math> : <math>\overrightarrow{BI}=\overrightarrow{BC}+\overrightarrow{CI}=\overrightarrow{AD}+\overrightarrow{IA}=\overrightarrow{ID}</math> donc <math>I</math> est aussi le milieu de <math>[B,D]</math>. <math>3\Rightarrow1</math> : si <math>[A,C]</math> et <math>[B,D]</math> ont même milieu <math>I</math> alors <math>\overrightarrow{AB}=\overrightarrow{AI}+\overrightarrow{IB}=\overrightarrow{IC}+\overrightarrow{DI}=\overrightarrow{DC}</math>. Autre méthode : <math>1\Leftrightarrow2</math> : <math>1\Rightarrow2</math> comme ci-dessus donc réciproquement, si <math>(A',B',C',D')=(A,D,C,B)</math> est un parallélogramme alors <math>(A',D',C',B')=(A,B,C,D)</math> aussi. <math>1\Leftrightarrow3</math> : soit <math>s</math> la [[../../Applications affines#Exemples|symétrie]] par rapport au milieu de <math>[A,C]</math>. Alors, <math>\overrightarrow{s(B)C}=\overrightarrow{s(B)s(A)}=-\overrightarrow{BA}=\overrightarrow{AB}</math>, donc <math>\overrightarrow{AB}=\overrightarrow{DC}\Leftrightarrow D=s(B)</math>. }} ==Exercice 1-6== Soient <math>\cal E</math> un espace affine, <math>\cal F</math> un sous-espace affine de <math>\cal E</math>, et <math>\cal H</math> un hyperplan affine. Montrer que l'une des deux assertions suivantes est vérifiée : *<math>\overrightarrow F\subset\overrightarrow H</math> ; *<math>\cal F\cap\cal H</math> est un sous-espace affine de dimension <math>\dim({\cal F})-1</math>. {{Solution|contenu= Si <math>\overrightarrow F\not\subset\overrightarrow H</math>, alors <math>\overrightarrow F+\overrightarrow H=\overrightarrow E</math>. Soient alors <math>A\in\cal F</math> et <math>B\in\cal H</math>. Il y a une identité vectorielle <math>\overrightarrow{AB}=\overrightarrow f+\overrightarrow h</math> et donc <math>A+\overrightarrow f\in{\cal F}\cap\cal H</math>. L'espace <math>{\cal F}\cap\cal H</math> est alors <math>A+\overrightarrow F\cap\overrightarrow H</math> et sa dimension est : :<math>\dim(\overrightarrow F\cap\overrightarrow H)=\dim\overrightarrow F+\dim\overrightarrow H-\dim\overrightarrow E=\dim({\cal F})-1.</math> }} {{Bas de page | idfaculté = mathématiques | précédent = [[../../|Sommaire]] | suivant = [[../Applications affines/]] }} snnrxa1bli8k5irhouiizrhdcsc3rt1 880688 880687 2022-07-24T05:58:17Z Anne Bauval 6580 /* Exercice 1-6 */ +1 : s.e.a. de codim d = intersection de d hyperplans affines wikitext text/x-wiki {{Exercice | idfaculté = mathématiques | numéro = 1 | chapitre = [[../../Espaces affines/]] | niveau = 15 | précédent = [[../../|Sommaire]] | suivant = [[../Applications affines/]] }} ==Exercice 1-1== On note <math>M_{a,b}=\begin{pmatrix}1+2a-b&0\\2-a-b&a-b\end{pmatrix}</math> et <math>\mathcal F=\{M_{a,b}\mid (a,b)\in k^2\}</math>. Montrer que <math>\mathcal F</math> est un sous-espace affine de <math>\mathrm M_2(k)</math>. {{Solution|contenu= <math>M_{a,b}=M_{0,0}+aP+bQ</math> avec <math>P=\begin{pmatrix}2&0\\-1&1\end{pmatrix}</math> et <math>Q=\begin{pmatrix}-1&0\\-1&-1\end{pmatrix}</math>, donc <math>\mathcal F=M_{0,0}+\operatorname{Vect}(P,Q)</math>. }} ==Exercice 1-2== Soient <math>A</math> un ensemble non vide, <math>a</math> un élément de <math>A</math>, et <math>b</math> un scalaire. Montrer que l'ensemble <math>\mathcal F:=\{f:A\to k\mid f(a)=b\}</math> est un sous-espace affine de l'espace affine <math>\mathcal E=k^A</math> des fonctions de <math>A</math> dans <math>k</math>. {{Solution|contenu= Notons <math>E=k^A</math> la direction de l'espace affine <math>\mathcal E</math>. Soit <math>f_0\in\mathcal F</math> (par exemple <math>f_0=</math> l'application constante <math>A\to k,\;x\mapsto b</math>) et soit <math>F:=\{g\in E\mid g(a)=0\}</math> (sous-espace vectoriel de <math>E</math>, comme noyau de la forme linéaire <math>E\to k,\;g\mapsto g(a)</math>). Alors, <math>\mathcal F=f_0+F</math>. }} Montrer que l'ensemble <math>\mathcal G:=\{f:\R\to\R\mid\forall x\in\R\quad f(x+1)=f(x)+1\}</math> est un sous-espace affine de <math>\R^\R</math>. En déterminer un point et la direction. {{Solution|contenu= L'application <math>\mathrm{id}_\R:\R\to\R,\;x\mapsto x</math> appartient à <math>\mathcal G</math>, et l'ensemble <math>G:=\{f-\mathrm{id}_\R\mid f\in\mathcal G\}</math> est l'ensemble des fonctions <math>1</math>-périodiques. C'est un sous-espace vectoriel de <math>\R^\R</math> (comme noyau de l'application linéaire de <math>\R^\R</math> dans lui-même qui, à toute fonction <math>g</math>, associe la fonction différence entre <math>g</math> et sa translatée de <math>1</math>) donc <math>\mathcal G</math> est un sous-espace affine de <math>\R^\R</math>, de direction <math>G</math>. }} ==Exercice 1-3== Soit <math>\mathcal E</math> un espace affine réel de dimension <math>3</math>, muni d’un repère cartésien <math>(O,u,v,w)</math>. Soient : *les points <math>A\begin{pmatrix}1\\2\\3\end{pmatrix},\quad B\begin{pmatrix}2\\-1\\2\end{pmatrix},\quad C\begin{pmatrix}0\\1\\-2\end{pmatrix}</math> ; *les droites <math>d_1\begin{cases}x&=3-\lambda\\y&=1+2\lambda\\z&=-1+\lambda\end{cases},\;\lambda\in\R,\quad d_2\begin{cases}x&=1+3\mu\\y&=-2\mu\\z&=3+5\mu\end{cases},\;\mu\in\R</math> ; *les plans <math>(P_1)\begin{cases}x&=1-2\lambda+3\mu\\y&=-2+\lambda+\mu\\z&=4-\lambda-2\mu\end{cases},\;\lambda,\mu\in\R,\quad(P_2)\;2x-y+3z-1=0,\quad(P_3)\;x+2z-4=0</math>. #Donner une équation cartésienne de <math>(P_1)</math>. #Déterminer une représentation paramétrique de <math>(P_2)\cap(P_3)</math>. #Donner une équation cartésienne du plan contenant <math>A</math>, <math>B</math> et <math>C</math>. #Déterminer l'intersection <math>d_1\cap P_2</math>. #Donner une équation cartésienne du plan contenant <math>d_1</math> et parallèle à <math>d_2</math>. #Déterminer <math>P_1\cap P_2\cap P_3</math>. #Déterminer l'intersection de <math>P_2</math> avec la droite <math>(AB)</math>. #Donner une représentation paramétrique de la droite passant par <math>A</math>, parallèle à <math>P_2</math> et coupant <math>d_1</math>. #Donner une équation cartésienne du plan passant par <math>C</math> et contenant <math>d_1</math>. {{Solution|contenu= #<math>\begin{cases}x&=1-2\lambda+3\mu\\y&=-2+\lambda+\mu\\z&=4-\lambda-2\mu\end{cases}\Leftrightarrow\begin{cases}x&=1-2\lambda+3\mu\\y&=-2+4-z-2\mu+\mu\\\lambda&=4-z-2\mu\end{cases}\Leftrightarrow\begin{cases}x&=1-2\lambda+3\mu\\\mu&=2-y-z\\\lambda&=4-z-2(2-y-z)\end{cases}\Leftrightarrow\begin{cases}x&=1-2(2y+z)+3(2-y-z)\\\mu&=2-y-z\\\lambda&=2y+z\end{cases}</math><br>donc une équation cartésienne de <math>(P_1)</math> est <math>x+7y+5z-7=0</math>. #<math>\begin{cases}2x-y+3z-1&=0\\x+2z-4&=0\end{cases}\Leftrightarrow\begin{cases}y&=7-z\\x&=4-2z\end{cases}</math> donc une représentation paramétrique de la droite <math>(P_2)\cap(P_3)</math> est : <math>\begin{cases}x&=4-2t\\y&=7-t\\z&=t\end{cases},\;t\in\R</math>. #<math>\det(\overrightarrow{CA},\overrightarrow{CB},\overrightarrow{CM})=\begin{vmatrix}1&2&x\\1&-2&y-1\\5&4&z+2\end{vmatrix}=14x+6(y-1)-4(z+2)=2(7x+3y-2z-7)</math> donc une équation cartésienne du plan <math>(ABC)</math> est : <math>7x+3y-2z-7=0</math>. #<math>2(3-\lambda)-(1+2\lambda)+3(-1+\lambda)-1=0\Leftrightarrow\lambda=1\Leftrightarrow</math> donc le point de l'intersection <math>d_1\cap P_2</math> a pour coordonnées <math>\begin{pmatrix}2\\3\\0\end{pmatrix}</math>. #<math>\begin{cases}x&=3-\lambda+3\mu\\y&=1+2\lambda-2\mu\\z&=-1+\lambda+5\mu\end{cases}\Leftrightarrow\begin{cases}x&=3-\lambda+3\mu\\y&=1+2(z+1-5\mu)-2\mu\\\lambda&=z+1-5\mu\end{cases}\Leftrightarrow\begin{cases}x&=3-\lambda+3\mu\\y&=3+2z-12\mu\\\lambda&=z+1-5\mu\end{cases}\Leftrightarrow\begin{cases}x&=3-\lambda+3\mu\\\mu&=\frac{3+2z-y}{12}\\\lambda&=z+1-5\frac{3+2z-y}{12}\end{cases}\Leftrightarrow\begin{cases}x&=3-\frac{-3+2z+5y}{12}+\frac{3+2z-y}4\\\mu&=\frac{3+2z-y}{12}\\\lambda&=\frac{-3+2z+5y}{12}\end{cases}</math><br>donc une équation cartésienne du plan contenant <math>d_1</math> et parallèle à <math>d_2</math> est <math>3x+2y-z-12=0</math>. #Utilisons les questions 1 et 2. <math>(4-2t)+7(7-t)+5t-7=0\Leftrightarrow t=\frac{23}2</math> donc le point de <math>P_1\cap P_2\cap P_3</math> est <math>\begin{pmatrix}-19\\-\dfrac92\\\dfrac{23}2\end{pmatrix}</math>. #Une représentation paramétrique de la droite <math>(AB)</math> est : <math>\begin{cases}x&=1+t\\y&=2-3t\\z&=3-t\end{cases}</math>.<br><math>2(1+t)-(2-3t)+3(3-t)-1=0\Leftrightarrow t=-4</math> donc le point d'intersection de <math>P_2</math> avec <math>(AB)</math> est <math>\begin{pmatrix}-3\\14\\7\end{pmatrix}</math>. #Cherchons d'abord le point <math>M(\lambda)</math> de <math>d_1</math> tel que <math>\overrightarrow{AM(\lambda)}</math> soit parallèle à <math>P_2</math>.<br><math>2(3-\lambda-1)-(1+2\lambda-2)+3(-1+\lambda-3)=0\Leftrightarrow\lambda=-7\Leftrightarrow M(\lambda)=\begin{pmatrix}10\\-13\\-8\end{pmatrix}</math>.<br>Une représentation paramétrique de la droite <math>(AM(\lambda))</math> est <math>\begin{cases}x&=1+9t\\y&=2-15t\\z&=3-11t\end{cases},\;t\in\R</math>. #Un plan d'équation <math>ax+by+cz+d=0</math> contient <math>C</math> si et seulement si <math>b-2c+d=0</math>, et contient <math>d_1</math> si et seulement si <math>\forall\lambda\in\R\quad0=a(3-\lambda)+b(1+2\lambda)+c(-1+\lambda)+d=(3a+b-c+d)+\lambda(-a+2b+c)</math>.<br><math>\begin{cases}b-2c+d&=0\\3a+b-c+d&=0\\-a+2b+c&=0\end{cases}\Leftrightarrow\begin{cases}d&=-b+2c\\3(2b+c)+b-c+(-b+2c)&=0\\a&=2b+c\end{cases}\Leftrightarrow\begin{cases}d&=-4b\\c&=-\dfrac{3b}2\\a&=\dfrac b2\end{cases}</math>.<br>Le plan passant par <math>C</math> et contenant <math>d_1</math> a donc pour équation cartésienne : <math>x+2y-3z-8=0</math>. }} ==Exercice 1-4== #Montrer que dans <math>k^2</math>, deux droites affines soit sont parallèles, soit se coupent en un unique point. #Que se passe-t-il dans <math>k^3</math> ? {{Solution|contenu= #Dans <math>k^2</math>, deux droites affines non parallèles sont supplémentaires donc (cf. cours) se coupent en un unique point. #Dans <math>k^3</math>, une troisième possibilité est que les deux droites soient non coplanaires. Exemple : <math>\mathcal D=\{(x,0,0)\mid x\in k\}</math> et <math>\mathcal D'=\{(0,y,1)\mid y\in k\}</math>. }} ==Exercice 1-5== {{Wikipédia|Parallélogramme}} Un parallélogramme est un [[w:Quadrilatère|quadrilatère]] <math>(A,B,C,D)</math> tel que <math>\overrightarrow{AB}=\overrightarrow{DC}</math>. Montrer que les trois propriétés suivantes sont équivalentes. #<math>(A,B,C,D)</math> est un parallélogramme ; #<math>(A,D,C,B)</math> est un parallélogramme ; #les diagonales <math>[A,C]</math> et <math>[B,D]</math> se coupent en leurs milieux. {{Solution|contenu= <math>1\Rightarrow2</math> : si <math>\overrightarrow{AB}=\overrightarrow{DC}</math> alors <math>\overrightarrow{AD}=\overrightarrow{AB}+\overrightarrow{BD}=\overrightarrow{BD}+\overrightarrow{DC}=\overrightarrow{BC}</math>. <math>2\Rightarrow3</math> : si <math>\overrightarrow{AD}=\overrightarrow{BC}</math> alors, en notant <math>I</math> le milieu de <math>[A,C]</math> : <math>\overrightarrow{BI}=\overrightarrow{BC}+\overrightarrow{CI}=\overrightarrow{AD}+\overrightarrow{IA}=\overrightarrow{ID}</math> donc <math>I</math> est aussi le milieu de <math>[B,D]</math>. <math>3\Rightarrow1</math> : si <math>[A,C]</math> et <math>[B,D]</math> ont même milieu <math>I</math> alors <math>\overrightarrow{AB}=\overrightarrow{AI}+\overrightarrow{IB}=\overrightarrow{IC}+\overrightarrow{DI}=\overrightarrow{DC}</math>. Autre méthode : <math>1\Leftrightarrow2</math> : <math>1\Rightarrow2</math> comme ci-dessus donc réciproquement, si <math>(A',B',C',D')=(A,D,C,B)</math> est un parallélogramme alors <math>(A',D',C',B')=(A,B,C,D)</math> aussi. <math>1\Leftrightarrow3</math> : soit <math>s</math> la [[../../Applications affines#Exemples|symétrie]] par rapport au milieu de <math>[A,C]</math>. Alors, <math>\overrightarrow{s(B)C}=\overrightarrow{s(B)s(A)}=-\overrightarrow{BA}=\overrightarrow{AB}</math>, donc <math>\overrightarrow{AB}=\overrightarrow{DC}\Leftrightarrow D=s(B)</math>. }} ==Exercice 1-6== Soient <math>\cal E</math> un espace affine, <math>\cal F</math> un sous-espace affine de <math>\cal E</math>, et <math>\cal H</math> un hyperplan affine. Montrer que l'une des deux assertions suivantes est vérifiée : *<math>\overrightarrow F\subset\overrightarrow H</math> ; *<math>\cal F\cap\cal H</math> est un sous-espace affine de dimension <math>\dim({\cal F})-1</math>. {{Solution|contenu= Si <math>\overrightarrow F\not\subset\overrightarrow H</math>, alors <math>\overrightarrow F+\overrightarrow H=\overrightarrow E</math>. Soient alors <math>A\in\cal F</math> et <math>B\in\cal H</math>. Il y a une identité vectorielle <math>\overrightarrow{AB}=\overrightarrow f+\overrightarrow h</math> et donc <math>A+\overrightarrow f\in{\cal F}\cap\cal H</math>. L'espace <math>{\cal F}\cap\cal H</math> est alors <math>A+\overrightarrow F\cap\overrightarrow H</math> et sa dimension est : :<math>\dim(\overrightarrow F\cap\overrightarrow H)=\dim\overrightarrow F+\dim\overrightarrow H-\dim\overrightarrow E=\dim({\cal F})-1.</math> }} ==Exercice 1-7== Soit <math>\cal E</math> un espace affine de dimension <math>n</math>, d'espace vectoriel directeur <math>\overrightarrow E</math>. #Soit <math>\phi</math> une application affine non constante de <math>\cal E</math> dans <math>\R</math>. Montrer que <math>\phi</math> est surjective. Montrer que <math>\phi^{-1}(\{0\})</math> est un hyperplan affine de <math>\cal E</math>. Réciproquement, montrer que tout hyperplan affine de <math>\cal E</math> est de cette forme. # ##Dans <math>\overrightarrow E</math>, montrer que pour <math>1\le d\le n</math>, tout sous-espace vectoriel de dimension <math>n-d</math> est intersection de <math>d</math> hyperplans vectoriels. ##En déduire que tout sous-espace affine de <math>\cal E</math> de dimension <math>n-d</math> est de la forme <math>\cap_{i=1}^d\phi_i^{-1}(\{0\})</math> pour <math>(\phi_i)_{i=1,\dots,d}</math> une famille d'applications affines <math>{\cal E}\to\R</math>, c'est-à-dire est intersection de <math>d</math> hyperplans affines. ##Montrer que dans ce cas, l'application affine produit <math>\times_i\phi_i: {\cal E}\to \R^d</math> est surjective. #Réciproquement, montrer que si <math>\phi_1,\dots,\phi_d</math> sont des fonctions affines telles que l'application affine produit est surjective, alors l'intersection <math>\bigcap_{i=1,\dots,d}\phi_i^{-1}(\{0\})</math> est un sous-espace affine de dimension <math>n-d</math> (on pourra procéder par récurrence sur <math>d</math>, et utiliser l'exercice précédent). {{Solution|contenu= Soient <math>A</math> et <math>B</math> deux points tels que <math>\phi(A)\ne\phi(B)</math>. Alors, pour tout <math>\lambda\in\R</math>, on trouve <math>\phi(\lambda A+ (1-\lambda) B)= \lambda \phi(A)+ (1-\lambda)\phi(B)</math>, ce qui est une paramétrisation de <math>\R</math>. Donc <math>\phi</math> est surjective. Soit <math>\overrightarrow H</math> le noyau de l'application linéaire associée à <math>\phi</math>. C'est un hyperplan de <math>\overrightarrow E</math>. L'ensemble <math>\phi^{-1}(\{0\})</math> est un sous-espace affine dirigé par <math>\overrightarrow H</math>. Tout hyperplan affine <math>\cal H</math> admet un hyperplan directeur <math>\overrightarrow H</math>. On choisit une forme linéaire <math>\overrightarrow\phi</math> qui admette <math>\overrightarrow H</math> pour noyau. Soit alors <math>O</math> un point de <math>\cal H</math>, tout point <math>A</math> de <math>\cal E</math> s'écrit de manière unique <math>A=O+\overrightarrow{OA}</math>, et l'on définit l'application affine : <math>\phi(A)=\overrightarrow{\phi}(\overrightarrow{OA}),</math> dont on vérifie facilement qu'elle répond au problème. Dans un espace vectoriel <math>\overrightarrow E</math> de dimension <math>n</math>, tout sous-espace vectoriel <math>\overrightarrow F</math> de dimension <math>n-d</math> est intersection des noyaux de <math>d</math> formes linéaires. Elles peuvent être obtenues par exemple de la façon suivante : on fixe un supplémentaire <math>\overrightarrow G</math> de <math>\overrightarrow F</math> dans <math>\overrightarrow E</math>, on choisit une base <math>(e_1,\dots e_{n-d},e_{n-d+1},\dots e_n)</math> de <math>\overrightarrow E</math> adaptée à cette décomposition ; on considère la base duale associée, et la famille de formes linéaires <math>(e^*_{n-d+1},\dots e^*_n)</math> convient. Soit <math>\cal F</math> un sous-espace affine de <math>\cal E</math> de dimension <math>n-d</math>. Sa direction <math>\overrightarrow F</math> est <math>\cap\overrightarrow{H_i}</math> d'après ce qui précède, avec <math>\overrightarrow{H_i}=\overrightarrow{\phi_i}^{-1}(\{0\})</math>. On conclut comme précédemment en prenant <math>O\in\cal F</math>. L'application produit des <math>\phi_i</math> est bien une application affine. Son image est un sous-espace affine de <math>\R^d</math>. Le noyau de l'application linéaire associée est <math>\overrightarrow F</math>. Par dimension, on obtient la surjectivité de l'application linéaire associée, donc de l'application affine. Pour la réciproque, on procède par exemple par récurrence : le cas <math>d=1</math> est traité ; supposons que l'assertion est vraie pour un certain <math>d</math>. Soient <math>d+1</math> fonctions affines telles que l'application produit soit surjective (sur <math>\R^{d+1}</math>). Alors l'application produit sur les <math>d</math> premières est aussi surjective (sur <math>\R^d</math>). On note <math>\cal F</math> le sous-espace affine <math>\bigcap_{i=1,\dots,d}\phi_i^{-1}(\{0\})</math> ; il est de dimension <math>n-d</math> par hypothèse de récurrence. Sa direction <math>\overrightarrow F</math> n'est pas incluse dans <math>\overrightarrow H_{d+1}</math> (car sinon le noyau de <math>\times_{i=1,\dots,d+1} \overrightarrow\phi_i</math> contiendrait <math>\overrightarrow F</math>, serait donc de dimension au moins <math>n-d</math>, et le rang de l'application serait au plus <math>d</math>). On conclut avec l'exercice précédent. }} {{Bas de page | idfaculté = mathématiques | précédent = [[../../|Sommaire]] | suivant = [[../Applications affines/]] }} 4qjgjni2u2xwuc44olrhibbui6ustvo 880691 880688 2022-07-24T06:34:06Z Anne Bauval 6580 /* Exercice 1-7 */ +1 : « droites parallèles en configuration générique » wikitext text/x-wiki {{Exercice | idfaculté = mathématiques | numéro = 1 | chapitre = [[../../Espaces affines/]] | niveau = 15 | précédent = [[../../|Sommaire]] | suivant = [[../Applications affines/]] }} ==Exercice 1-1== On note <math>M_{a,b}=\begin{pmatrix}1+2a-b&0\\2-a-b&a-b\end{pmatrix}</math> et <math>\mathcal F=\{M_{a,b}\mid (a,b)\in k^2\}</math>. Montrer que <math>\mathcal F</math> est un sous-espace affine de <math>\mathrm M_2(k)</math>. {{Solution|contenu= <math>M_{a,b}=M_{0,0}+aP+bQ</math> avec <math>P=\begin{pmatrix}2&0\\-1&1\end{pmatrix}</math> et <math>Q=\begin{pmatrix}-1&0\\-1&-1\end{pmatrix}</math>, donc <math>\mathcal F=M_{0,0}+\operatorname{Vect}(P,Q)</math>. }} ==Exercice 1-2== Soient <math>A</math> un ensemble non vide, <math>a</math> un élément de <math>A</math>, et <math>b</math> un scalaire. Montrer que l'ensemble <math>\mathcal F:=\{f:A\to k\mid f(a)=b\}</math> est un sous-espace affine de l'espace affine <math>\mathcal E=k^A</math> des fonctions de <math>A</math> dans <math>k</math>. {{Solution|contenu= Notons <math>E=k^A</math> la direction de l'espace affine <math>\mathcal E</math>. Soit <math>f_0\in\mathcal F</math> (par exemple <math>f_0=</math> l'application constante <math>A\to k,\;x\mapsto b</math>) et soit <math>F:=\{g\in E\mid g(a)=0\}</math> (sous-espace vectoriel de <math>E</math>, comme noyau de la forme linéaire <math>E\to k,\;g\mapsto g(a)</math>). Alors, <math>\mathcal F=f_0+F</math>. }} Montrer que l'ensemble <math>\mathcal G:=\{f:\R\to\R\mid\forall x\in\R\quad f(x+1)=f(x)+1\}</math> est un sous-espace affine de <math>\R^\R</math>. En déterminer un point et la direction. {{Solution|contenu= L'application <math>\mathrm{id}_\R:\R\to\R,\;x\mapsto x</math> appartient à <math>\mathcal G</math>, et l'ensemble <math>G:=\{f-\mathrm{id}_\R\mid f\in\mathcal G\}</math> est l'ensemble des fonctions <math>1</math>-périodiques. C'est un sous-espace vectoriel de <math>\R^\R</math> (comme noyau de l'application linéaire de <math>\R^\R</math> dans lui-même qui, à toute fonction <math>g</math>, associe la fonction différence entre <math>g</math> et sa translatée de <math>1</math>) donc <math>\mathcal G</math> est un sous-espace affine de <math>\R^\R</math>, de direction <math>G</math>. }} ==Exercice 1-3== Soit <math>\mathcal E</math> un espace affine réel de dimension <math>3</math>, muni d’un repère cartésien <math>(O,u,v,w)</math>. Soient : *les points <math>A\begin{pmatrix}1\\2\\3\end{pmatrix},\quad B\begin{pmatrix}2\\-1\\2\end{pmatrix},\quad C\begin{pmatrix}0\\1\\-2\end{pmatrix}</math> ; *les droites <math>d_1\begin{cases}x&=3-\lambda\\y&=1+2\lambda\\z&=-1+\lambda\end{cases},\;\lambda\in\R,\quad d_2\begin{cases}x&=1+3\mu\\y&=-2\mu\\z&=3+5\mu\end{cases},\;\mu\in\R</math> ; *les plans <math>(P_1)\begin{cases}x&=1-2\lambda+3\mu\\y&=-2+\lambda+\mu\\z&=4-\lambda-2\mu\end{cases},\;\lambda,\mu\in\R,\quad(P_2)\;2x-y+3z-1=0,\quad(P_3)\;x+2z-4=0</math>. #Donner une équation cartésienne de <math>(P_1)</math>. #Déterminer une représentation paramétrique de <math>(P_2)\cap(P_3)</math>. #Donner une équation cartésienne du plan contenant <math>A</math>, <math>B</math> et <math>C</math>. #Déterminer l'intersection <math>d_1\cap P_2</math>. #Donner une équation cartésienne du plan contenant <math>d_1</math> et parallèle à <math>d_2</math>. #Déterminer <math>P_1\cap P_2\cap P_3</math>. #Déterminer l'intersection de <math>P_2</math> avec la droite <math>(AB)</math>. #Donner une représentation paramétrique de la droite passant par <math>A</math>, parallèle à <math>P_2</math> et coupant <math>d_1</math>. #Donner une équation cartésienne du plan passant par <math>C</math> et contenant <math>d_1</math>. {{Solution|contenu= #<math>\begin{cases}x&=1-2\lambda+3\mu\\y&=-2+\lambda+\mu\\z&=4-\lambda-2\mu\end{cases}\Leftrightarrow\begin{cases}x&=1-2\lambda+3\mu\\y&=-2+4-z-2\mu+\mu\\\lambda&=4-z-2\mu\end{cases}\Leftrightarrow\begin{cases}x&=1-2\lambda+3\mu\\\mu&=2-y-z\\\lambda&=4-z-2(2-y-z)\end{cases}\Leftrightarrow\begin{cases}x&=1-2(2y+z)+3(2-y-z)\\\mu&=2-y-z\\\lambda&=2y+z\end{cases}</math><br>donc une équation cartésienne de <math>(P_1)</math> est <math>x+7y+5z-7=0</math>. #<math>\begin{cases}2x-y+3z-1&=0\\x+2z-4&=0\end{cases}\Leftrightarrow\begin{cases}y&=7-z\\x&=4-2z\end{cases}</math> donc une représentation paramétrique de la droite <math>(P_2)\cap(P_3)</math> est : <math>\begin{cases}x&=4-2t\\y&=7-t\\z&=t\end{cases},\;t\in\R</math>. #<math>\det(\overrightarrow{CA},\overrightarrow{CB},\overrightarrow{CM})=\begin{vmatrix}1&2&x\\1&-2&y-1\\5&4&z+2\end{vmatrix}=14x+6(y-1)-4(z+2)=2(7x+3y-2z-7)</math> donc une équation cartésienne du plan <math>(ABC)</math> est : <math>7x+3y-2z-7=0</math>. #<math>2(3-\lambda)-(1+2\lambda)+3(-1+\lambda)-1=0\Leftrightarrow\lambda=1\Leftrightarrow</math> donc le point de l'intersection <math>d_1\cap P_2</math> a pour coordonnées <math>\begin{pmatrix}2\\3\\0\end{pmatrix}</math>. #<math>\begin{cases}x&=3-\lambda+3\mu\\y&=1+2\lambda-2\mu\\z&=-1+\lambda+5\mu\end{cases}\Leftrightarrow\begin{cases}x&=3-\lambda+3\mu\\y&=1+2(z+1-5\mu)-2\mu\\\lambda&=z+1-5\mu\end{cases}\Leftrightarrow\begin{cases}x&=3-\lambda+3\mu\\y&=3+2z-12\mu\\\lambda&=z+1-5\mu\end{cases}\Leftrightarrow\begin{cases}x&=3-\lambda+3\mu\\\mu&=\frac{3+2z-y}{12}\\\lambda&=z+1-5\frac{3+2z-y}{12}\end{cases}\Leftrightarrow\begin{cases}x&=3-\frac{-3+2z+5y}{12}+\frac{3+2z-y}4\\\mu&=\frac{3+2z-y}{12}\\\lambda&=\frac{-3+2z+5y}{12}\end{cases}</math><br>donc une équation cartésienne du plan contenant <math>d_1</math> et parallèle à <math>d_2</math> est <math>3x+2y-z-12=0</math>. #Utilisons les questions 1 et 2. <math>(4-2t)+7(7-t)+5t-7=0\Leftrightarrow t=\frac{23}2</math> donc le point de <math>P_1\cap P_2\cap P_3</math> est <math>\begin{pmatrix}-19\\-\dfrac92\\\dfrac{23}2\end{pmatrix}</math>. #Une représentation paramétrique de la droite <math>(AB)</math> est : <math>\begin{cases}x&=1+t\\y&=2-3t\\z&=3-t\end{cases}</math>.<br><math>2(1+t)-(2-3t)+3(3-t)-1=0\Leftrightarrow t=-4</math> donc le point d'intersection de <math>P_2</math> avec <math>(AB)</math> est <math>\begin{pmatrix}-3\\14\\7\end{pmatrix}</math>. #Cherchons d'abord le point <math>M(\lambda)</math> de <math>d_1</math> tel que <math>\overrightarrow{AM(\lambda)}</math> soit parallèle à <math>P_2</math>.<br><math>2(3-\lambda-1)-(1+2\lambda-2)+3(-1+\lambda-3)=0\Leftrightarrow\lambda=-7\Leftrightarrow M(\lambda)=\begin{pmatrix}10\\-13\\-8\end{pmatrix}</math>.<br>Une représentation paramétrique de la droite <math>(AM(\lambda))</math> est <math>\begin{cases}x&=1+9t\\y&=2-15t\\z&=3-11t\end{cases},\;t\in\R</math>. #Un plan d'équation <math>ax+by+cz+d=0</math> contient <math>C</math> si et seulement si <math>b-2c+d=0</math>, et contient <math>d_1</math> si et seulement si <math>\forall\lambda\in\R\quad0=a(3-\lambda)+b(1+2\lambda)+c(-1+\lambda)+d=(3a+b-c+d)+\lambda(-a+2b+c)</math>.<br><math>\begin{cases}b-2c+d&=0\\3a+b-c+d&=0\\-a+2b+c&=0\end{cases}\Leftrightarrow\begin{cases}d&=-b+2c\\3(2b+c)+b-c+(-b+2c)&=0\\a&=2b+c\end{cases}\Leftrightarrow\begin{cases}d&=-4b\\c&=-\dfrac{3b}2\\a&=\dfrac b2\end{cases}</math>.<br>Le plan passant par <math>C</math> et contenant <math>d_1</math> a donc pour équation cartésienne : <math>x+2y-3z-8=0</math>. }} ==Exercice 1-4== #Montrer que dans <math>k^2</math>, deux droites affines soit sont parallèles, soit se coupent en un unique point. #Que se passe-t-il dans <math>k^3</math> ? {{Solution|contenu= #Dans <math>k^2</math>, deux droites affines non parallèles sont supplémentaires donc (cf. cours) se coupent en un unique point. #Dans <math>k^3</math>, une troisième possibilité est que les deux droites soient non coplanaires. Exemple : <math>\mathcal D=\{(x,0,0)\mid x\in k\}</math> et <math>\mathcal D'=\{(0,y,1)\mid y\in k\}</math>. }} ==Exercice 1-5== {{Wikipédia|Parallélogramme}} Un parallélogramme est un [[w:Quadrilatère|quadrilatère]] <math>(A,B,C,D)</math> tel que <math>\overrightarrow{AB}=\overrightarrow{DC}</math>. Montrer que les trois propriétés suivantes sont équivalentes. #<math>(A,B,C,D)</math> est un parallélogramme ; #<math>(A,D,C,B)</math> est un parallélogramme ; #les diagonales <math>[A,C]</math> et <math>[B,D]</math> se coupent en leurs milieux. {{Solution|contenu= <math>1\Rightarrow2</math> : si <math>\overrightarrow{AB}=\overrightarrow{DC}</math> alors <math>\overrightarrow{AD}=\overrightarrow{AB}+\overrightarrow{BD}=\overrightarrow{BD}+\overrightarrow{DC}=\overrightarrow{BC}</math>. <math>2\Rightarrow3</math> : si <math>\overrightarrow{AD}=\overrightarrow{BC}</math> alors, en notant <math>I</math> le milieu de <math>[A,C]</math> : <math>\overrightarrow{BI}=\overrightarrow{BC}+\overrightarrow{CI}=\overrightarrow{AD}+\overrightarrow{IA}=\overrightarrow{ID}</math> donc <math>I</math> est aussi le milieu de <math>[B,D]</math>. <math>3\Rightarrow1</math> : si <math>[A,C]</math> et <math>[B,D]</math> ont même milieu <math>I</math> alors <math>\overrightarrow{AB}=\overrightarrow{AI}+\overrightarrow{IB}=\overrightarrow{IC}+\overrightarrow{DI}=\overrightarrow{DC}</math>. Autre méthode : <math>1\Leftrightarrow2</math> : <math>1\Rightarrow2</math> comme ci-dessus donc réciproquement, si <math>(A',B',C',D')=(A,D,C,B)</math> est un parallélogramme alors <math>(A',D',C',B')=(A,B,C,D)</math> aussi. <math>1\Leftrightarrow3</math> : soit <math>s</math> la [[../../Applications affines#Exemples|symétrie]] par rapport au milieu de <math>[A,C]</math>. Alors, <math>\overrightarrow{s(B)C}=\overrightarrow{s(B)s(A)}=-\overrightarrow{BA}=\overrightarrow{AB}</math>, donc <math>\overrightarrow{AB}=\overrightarrow{DC}\Leftrightarrow D=s(B)</math>. }} ==Exercice 1-6== Soient <math>\cal E</math> un espace affine, <math>\cal F</math> un sous-espace affine de <math>\cal E</math>, et <math>\cal H</math> un hyperplan affine. Montrer que l'une des deux assertions suivantes est vérifiée : *<math>\overrightarrow F\subset\overrightarrow H</math> ; *<math>\cal F\cap\cal H</math> est un sous-espace affine de dimension <math>\dim({\cal F})-1</math>. {{Solution|contenu= Si <math>\overrightarrow F\not\subset\overrightarrow H</math>, alors <math>\overrightarrow F+\overrightarrow H=\overrightarrow E</math>. Soient alors <math>A\in\cal F</math> et <math>B\in\cal H</math>. Il y a une identité vectorielle <math>\overrightarrow{AB}=\overrightarrow f+\overrightarrow h</math> et donc <math>A+\overrightarrow f\in{\cal F}\cap\cal H</math>. L'espace <math>{\cal F}\cap\cal H</math> est alors <math>A+\overrightarrow F\cap\overrightarrow H</math> et sa dimension est : :<math>\dim(\overrightarrow F\cap\overrightarrow H)=\dim\overrightarrow F+\dim\overrightarrow H-\dim\overrightarrow E=\dim({\cal F})-1.</math> }} ==Exercice 1-7== Soit <math>\cal E</math> un espace affine de dimension <math>n</math>, d'espace vectoriel directeur <math>\overrightarrow E</math>. #Soit <math>\phi</math> une application affine non constante de <math>\cal E</math> dans <math>\R</math>. Montrer que <math>\phi</math> est surjective. Montrer que <math>\phi^{-1}(\{0\})</math> est un hyperplan affine de <math>\cal E</math>. Réciproquement, montrer que tout hyperplan affine de <math>\cal E</math> est de cette forme. # ##Dans <math>\overrightarrow E</math>, montrer que pour <math>1\le d\le n</math>, tout sous-espace vectoriel de dimension <math>n-d</math> est intersection de <math>d</math> hyperplans vectoriels. ##En déduire que tout sous-espace affine de <math>\cal E</math> de dimension <math>n-d</math> est de la forme <math>\cap_{i=1}^d\phi_i^{-1}(\{0\})</math> pour <math>(\phi_i)_{i=1,\dots,d}</math> une famille d'applications affines <math>{\cal E}\to\R</math>, c'est-à-dire est intersection de <math>d</math> hyperplans affines. ##Montrer que dans ce cas, l'application affine produit <math>\times_i\phi_i: {\cal E}\to \R^d</math> est surjective. #Réciproquement, montrer que si <math>\phi_1,\dots,\phi_d</math> sont des fonctions affines telles que l'application affine produit est surjective, alors l'intersection <math>\bigcap_{i=1,\dots,d}\phi_i^{-1}(\{0\})</math> est un sous-espace affine de dimension <math>n-d</math> (on pourra procéder par récurrence sur <math>d</math>, et utiliser l'exercice précédent). {{Solution|contenu= Soient <math>A</math> et <math>B</math> deux points tels que <math>\phi(A)\ne\phi(B)</math>. Alors, pour tout <math>\lambda\in\R</math>, on trouve <math>\phi(\lambda A+ (1-\lambda) B)= \lambda \phi(A)+ (1-\lambda)\phi(B)</math>, ce qui est une paramétrisation de <math>\R</math>. Donc <math>\phi</math> est surjective. Soit <math>\overrightarrow H</math> le noyau de l'application linéaire associée à <math>\phi</math>. C'est un hyperplan de <math>\overrightarrow E</math>. L'ensemble <math>\phi^{-1}(\{0\})</math> est un sous-espace affine dirigé par <math>\overrightarrow H</math>. Tout hyperplan affine <math>\cal H</math> admet un hyperplan directeur <math>\overrightarrow H</math>. On choisit une forme linéaire <math>\overrightarrow\phi</math> qui admette <math>\overrightarrow H</math> pour noyau. Soit alors <math>O</math> un point de <math>\cal H</math>, tout point <math>A</math> de <math>\cal E</math> s'écrit de manière unique <math>A=O+\overrightarrow{OA}</math>, et l'on définit l'application affine : <math>\phi(A)=\overrightarrow{\phi}(\overrightarrow{OA}),</math> dont on vérifie facilement qu'elle répond au problème. Dans un espace vectoriel <math>\overrightarrow E</math> de dimension <math>n</math>, tout sous-espace vectoriel <math>\overrightarrow F</math> de dimension <math>n-d</math> est intersection des noyaux de <math>d</math> formes linéaires. Elles peuvent être obtenues par exemple de la façon suivante : on fixe un supplémentaire <math>\overrightarrow G</math> de <math>\overrightarrow F</math> dans <math>\overrightarrow E</math>, on choisit une base <math>(e_1,\dots e_{n-d},e_{n-d+1},\dots e_n)</math> de <math>\overrightarrow E</math> adaptée à cette décomposition ; on considère la base duale associée, et la famille de formes linéaires <math>(e^*_{n-d+1},\dots e^*_n)</math> convient. Soit <math>\cal F</math> un sous-espace affine de <math>\cal E</math> de dimension <math>n-d</math>. Sa direction <math>\overrightarrow F</math> est <math>\cap\overrightarrow{H_i}</math> d'après ce qui précède, avec <math>\overrightarrow{H_i}=\overrightarrow{\phi_i}^{-1}(\{0\})</math>. On conclut comme précédemment en prenant <math>O\in\cal F</math>. L'application produit des <math>\phi_i</math> est bien une application affine. Son image est un sous-espace affine de <math>\R^d</math>. Le noyau de l'application linéaire associée est <math>\overrightarrow F</math>. Par dimension, on obtient la surjectivité de l'application linéaire associée, donc de l'application affine. Pour la réciproque, on procède par exemple par récurrence : le cas <math>d=1</math> est traité ; supposons que l'assertion est vraie pour un certain <math>d</math>. Soient <math>d+1</math> fonctions affines telles que l'application produit soit surjective (sur <math>\R^{d+1}</math>). Alors l'application produit sur les <math>d</math> premières est aussi surjective (sur <math>\R^d</math>). On note <math>\cal F</math> le sous-espace affine <math>\bigcap_{i=1,\dots,d}\phi_i^{-1}(\{0\})</math> ; il est de dimension <math>n-d</math> par hypothèse de récurrence. Sa direction <math>\overrightarrow F</math> n'est pas incluse dans <math>\overrightarrow H_{d+1}</math> (car sinon le noyau de <math>\times_{i=1,\dots,d+1} \overrightarrow\phi_i</math> contiendrait <math>\overrightarrow F</math>, serait donc de dimension au moins <math>n-d</math>, et le rang de l'application serait au plus <math>d</math>). On conclut avec l'exercice précédent. }} ==Exercice 1-8== Soit <math>\cal E</math> un espace affine de dimension <math>n</math>. Soit <math>{\cal D}_0,\dots,{\cal D}_{n-1}</math> des droites toutes parallèles (<math>\overrightarrow u</math> un vecteur directeur). Montrer que les trois propositions suivantes sont équivalentes (on parlera de droites parallèles en configuration générique) : #pour <math>1\le d\le n</math>, tout <math>d</math>-uplet de ces droites engendre un sous-espace de <math>\cal E</math> de dimension <math>d</math> ; #le sous-espace affine engendré par <math>{\cal D}_0,\dots,{\cal D}_{n-1}</math> est <math>\cal E</math> tout entier. #pour tout choix de <math>0\le k\le n-1</math>, pour toute donnée de points <math>A_i\in{\cal D}_i</math> (<math>0\le i\le n-1</math>), en posant <math>A_n=A_k+\overrightarrow u</math>, <math>(A_0,\dots,A_n)</math> est un repère affine de <math>\cal E</math>. {{Solution|contenu= <math>(1)\Rightarrow (2)</math> est évident. <math>(2)\Rightarrow (3)</math>. Le sous-espace affine engendré par ces droites est aussi le sous-espace affine engendré par les points ainsi donnés : une inclusion est évidente, l'autre provient facilement du paramétrage <math>{\cal D}_i=A_i+\R\overrightarrow u</math>. Le <math>(n+1)</math>-uplet de points <math>(A_0,\dots,A_n)</math> engendre <math>\cal E</math> ; c'est donc un repère affine. <math>(3)\Rightarrow (1)</math>. La donnée d'un <math>d</math>-uplet de droites revient à extraire une famille de <math>d+1</math> points d'un repère affine ; ces <math>d+1</math> points engendrent donc un espace affine de dimension <math>d</math>. }} {{Bas de page | idfaculté = mathématiques | précédent = [[../../|Sommaire]] | suivant = [[../Applications affines/]] }} mbq481vwli4ox2gvv1vi2sdvlwhg5ea 0 76964 880689 880354 2022-07-24T06:10:46Z Anne Bauval 6580 /* Exercice 2-12 */ +1 : étude de l'espace des applications affines de E dans R wikitext text/x-wiki {{Exercice | idfaculté = mathématiques | numéro = 2 | chapitre = [[../../Applications affines/]] | niveau = 15 | précédent = [[../Sous-espaces affines/]] | suivant = [[../Barycentres/]] }} ==Exercice 2-1== Soient <math>A=(2,1)</math> et <math>B=(-1,1)</math> deux points du plan affine <math>\R^2</math>. Déterminer les caractéristiques de la composée des deux homothéties <math>h=h_{A,1/2}\circ h_{B,3}</math>. {{Solution|contenu= <math>\vec h=\frac12\mathrm{id}\circ3\mathrm{id}=\frac32\mathrm{id}</math> donc <math>h</math> est une homothétie de rapport <math>\frac32</math>. Son centre <math>C</math> est déterminé par : :<math>\frac32\overrightarrow{CB}=\overrightarrow{Ch(B)}=\overrightarrow{Ch_{A,1/2}(B)}=\overrightarrow{CA}+\frac12\overrightarrow{AB}=\overrightarrow{CB}+\frac12\overrightarrow{BA}</math>, soit <math>\overrightarrow{CB}=\overrightarrow{BA}</math>. <math>C</math> est donc le symétrique de <math>A</math> par rapport à <math>B</math>. Ou algébriquement : <math>C=B+\overrightarrow{AB}=(-1,1)+(-3,0)=(-4,1)</math>. }} ==Exercice 2-2== Dans le plan affine <math>\R^2</math> muni du repère cartésien <math>(O,e_1,e_2)</math>, on considère la droite <math>\mathcal D</math> d'équation <math>2x+y-2=0</math>. Donner l'expression analytique de la symétrie par rapport à <math>\mathcal D</math> de direction <math>e_1+e_2</math>. {{Solution|contenu=L'image <math>M'=(x',y')</math> d'un point <math>M=(x,y)</math> est caractérisée par : :<math>\frac{M+M'}2\in\mathcal D</math> et <math>\overrightarrow{MM'}\in\operatorname{Vect}(e_1+e_2)</math>, soit :<math>x+x'+\frac{y+y'}2-2=0</math> et <math>y'-y=x'-x</math>. La solution de ce système d'inconnue <math>(x',y')</math> et de paramètre <math>(x,y)</math> est : :<math>x'=\frac{4-x-2y}3,\quad y'=\frac{4-4x+y}3</math>. }} Soit <math>A=\begin{pmatrix}1&0\\2&-1\end{pmatrix}</math> et <math>f:\R^2\to\R^2</math> définie par <math>f(x,y)=A\begin{pmatrix}x\\y\end{pmatrix}+\begin{pmatrix} 0\\4\end{pmatrix}</math>. Montrer que <math>f</math> est une symétrie, dont on précisera l'axe et la direction. {{Solution|contenu= <math>\begin{cases}x'&=x\\y'&=2x-y+4\end{cases}</math>. Points fixes : <math>y=2x-y+4\Leftrightarrow y=x+2</math>. Vecteurs transformés en leurs opposés par <math>\vec f</math> : <math>\begin{cases}x&=-x\\y&=-2x+y\end{cases}\Leftrightarrow x=0</math>. Donc <math>f</math> est une symétrie, son axe est la droite affine d'équation <math>y=x+2</math>, et sa direction est la droite vectorielle d'équation <math>x=0</math>. }} ==Exercice 2-3== Dans l'espace affine <math>\R^3</math>, on considère l'application affine définie analytiquement par : :<math>f(x,y,z)=\frac{(y+z+3,y+z+5,y+z+7)}2</math>. #Montrer que <math>\vec f</math> est une projection dont on déterminera les caractéristiques. L'application <math>f</math> est-elle une projection ? #Soit <math>\tau</math> la translation de vecteur <math>(3,3,3)</math>. Montrer que <math>f=\pi\circ\tau=\tau\circ\pi</math>, où <math>\pi</math> est une projection affine à déterminer. {{Solution|contenu= #<math>\vec f(x,y,z)=\frac{(y+z,y+z,y+z)}2</math> donc <math>\vec f</math> a pour noyau le plan <math>P</math> d'équation <math>y+z=0</math> et pour sous-espace de vecteurs fixes la droite <math>D</math> d'équations <math>x=y=z</math>. C'est donc la projection (vectorielle) sur <math>D</math> parallèlement à <math>P</math>. Mais <math>f</math> n'est pas une projection (affine) car elle n'a aucun point fixe. #Soit <math>\pi=f\circ\tau^{-1}</math> (ainsi, on aura par construction <math>f=\pi\circ\tau</math>). Alors, <math>\pi(x,y,z)=\frac{(y+z-3,y+z-1,y+z+1)}2</math> est égal à <math>(x,y,z)</math> si et seulement si <math>y=z-1</math> et <math>x=z-2</math>, ce qui définit une droite affine <math>\mathcal D</math> (de direction <math>D</math>) et <math>\pi</math> est la projection (affine) sur cette droite, parallèlement à <math>P</math>. De plus, <math>\tau\circ\pi=\pi\circ\tau</math> puisque <math>(3,3,3)\in D</math>. }} ==Exercice 2-4== Soit <math>A=\begin{pmatrix}1&1\\-1&1\end{pmatrix}</math> et <math>f:\R^2\to\R^2</math> définie par <math>f(x,y)=A\begin{pmatrix}x\\y\end{pmatrix}+\begin{pmatrix}-3\\2 \end{pmatrix}</math>. Montrer que <math>f</math> est une [[similitude]] directe, dont on précisera le centre, l'angle et le rapport. {{Solution|contenu= <math>\begin{cases}x'&=x+y-3\\y'&=-x+y+2\end{cases}\Leftrightarrow x'+\mathrm iy'=(x+\mathrm iy)(1+\mathrm i)-3+2\mathrm i\Leftrightarrow z'=az+b</math> avec <math>a=1+\mathrm i</math> et <math>b=-3+2\mathrm i</math>. <math>f</math> est donc une similitude directe de rapport <math>|a|=\sqrt2</math> et d'angle <math>\arg a=-\frac\pi4</math>. Son centre a pour affixe <math>\frac b{1-a}=2+3\mathrm i</math>. }} Identifier l'application affine <math>f</math> du plan qui envoie respectivement les points <math>A=(1,0)</math>, <math>B=(2,-1)</math> et <math>C=(1,1)</math> sur les points <math>A'=(1,-1)</math>, <math>B'=(-1,-3)</math> et <math>C'=(3,-1)</math>. {{Solution|contenu= <math>f(x,y)=(ax+by+c,a'x+b'y+c')</math> avec <math>\begin{cases}a+c&=1\\2a-b+c&=-1\\a+b+c&=3\end{cases}</math> et <math>\begin{cases}a'+c'&=-1\\2a'-b'+c'&=-3\\a'+b'+c'&=-1\end{cases}</math>, soit <math>(a,b,c)=(0,2,1)</math> et <math>(a',b',c')=(-2,0,1)</math>, donc <math>f(x,y)=(2y+1,-2x+1)</math>. On reconnaît une [[similitude]] directe d'angle <math>-\frac\pi2</math> et de rapport <math>2</math>. Son centre est <math>\left(\frac35,-\frac15\right)</math>. }} ==Exercice 2-5== On considère une translation <math>\tau</math> et une homothétie <math>h</math> d'un espace affine <math>\mathcal E</math>. Identifier les applications {{nobr|<math>f_1:=\tau\circ h\circ\tau^{-1}</math>,}} <math>f_2:=h^{-1}\circ\tau\circ h</math> et <math>f_3:=\tau\circ h\circ\tau</math>. {{Solution|contenu= Soient <math>v</math> le vecteur de <math>\tau</math> et <math>O</math> et <math>\lambda</math> les centre et rapport de <math>h</math>. <math>f_1</math> est l'homothétie de rapport <math>\lambda</math> et de centre <math>\tau(O)=O+v</math> et <math>f_2</math> est la translation de vecteur <math>\overrightarrow{Oh^{-1}(O+v)}=\frac1\lambda v</math>. <math>f_3</math> est une homothétie de rapport <math>\lambda</math>. Son centre <math>O'</math> est défini par <math>O'=\tau(h(O'+v))</math> donc <math>\overrightarrow{OO'}=v+\overrightarrow{Oh(O'+v)}=v+\lambda(\overrightarrow{OO'}+v)</math>, [[wikt:c.-à-d.|c.-à-d.]] <math>O'=O+\frac{1+\lambda}{1-\lambda}v</math>. }} ==Exercice 2-6== Soit <math>s:\R^3\to\R^3</math> l'application définie par : :<math>s(x,y,z)=(-2y+z-2,-x-y+z-2,-x-2y+2z-2)</math>. Déterminer la nature de cette application affine ainsi que ses caractéristiques. {{Solution|contenu=<math>\operatorname{Fix}(s)</math> est le plan d'équation <math>x+2y-z+2=0</math> et pour tout <math>M\in\R^3</math>, <math>\frac{M+s(M)}2</math> appartient à ce plan. <math>s</math> est donc la symétrie par rapport à ce plan et de direction la droite <math>\{\overrightarrow{Ms(M)}\mid M\in\R^3\}</math>, engendrée par le vecteur <math>(1,1,1)</math>. }} ==Exercice 2-7== Soit <math>p:\R^2\to\R^2</math> l'application définie par : :<math>p(x,y)=\left(\frac{2x+y}3+2,\frac{2x+y}3-4\right)</math> #Montrer que [[Opérations sur les fonctions/Composition#Puissances itérées d'une fonction|<math>p^2=p</math>]]. #Déterminer <math>p</math> géométriquement (points fixes, etc.). {{Solution|contenu= #<math>p^2(x,y)=p\left(\frac{2x+y+6}3,\frac{2x+y-12}3\right)=\left(\frac{2\frac{2x+y+6}3+\frac{2x+y-12}3+6}3,\frac{2\frac{2x+y+6}3+\frac{2x+y-12}3-12}3\right)=\left(\frac{2x+y+6}3,\frac{2x+y-12}3\right)</math>. #<math>\operatorname{Fix}(p)</math> est la droite affine d'équation <math>x-y-6=0</math>, donc <math>p</math> est la projection sur cette droite, parallèlement à la droite vectorielle <math>\{\overrightarrow{Mp(M)}\mid M\in\R^2\}</math>, d'équation <math>y=-2x</math>. }} ==Exercice 2-8== Notons <math>s_A</math> la symétrie centrale de centre <math>A</math> et <math>t_u</math> la translation de vecteur <math>u</math>. #Montrer que <math>s_B\circ s_A=t_{2\overrightarrow{AB}}</math>. #En déduire que pour tous <math>A,B,C,D\in\mathcal E</math>, <math>ABCD</math> est un parallélogramme si et seulement si <math>s_D\circ s_C\circ s_B\circ s_A=\mathrm{id}_{\mathcal E}</math>. {{Solution|contenu= #<math>\overrightarrow{s_B}\circ\overrightarrow{s_A}=(-\mathrm{id}_E)\circ(-\mathrm{id}_E)=\mathrm{id}_E</math> donc <math>s_B\circ s_A=t_u</math>, avec <math>u=\overrightarrow{As_B\circ s_A(A)}=\overrightarrow{As_B(A)}=2\overrightarrow{AB}</math>. #<math>s_D\circ s_C\circ s_B\circ s_A=\mathrm{id}_{\mathcal E}\Leftrightarrow t_{2\overrightarrow{CD}+2\overrightarrow{AB}}=\mathrm{id}_{\mathcal E}\Leftrightarrow \overrightarrow{DC}=\overrightarrow{AB}</math>. }} ==Exercice 2-9== Montrer que l'application <math>f:\R^3\to\R^3,\;(x,y,z)\mapsto(3x+4y+2z-4,-2x-3y-2z+4,4x+8y+5z-8)</math> est une affinité et préciser ses éléments caractéristiques (base, direction, rapport). {{Solution|contenu= L'ensemble des points fixes de <math>f</math> est le plan <math>\mathcal P</math> d'équation <math>x+2y+z=2</math>. Pour tout point <math>M=(x,y,z)</math>, on a <math>\overrightarrow{Mf(M)}=(2x+4y+2z-4)u</math>, où <math>u</math> est le vecteur <math>(1,-1,2)</math>. Soit <math>p</math> la projection sur <math>\mathcal P</math>, parallèlement à <math>D:=\R u</math>. Alors, <math>p(M)=(x+t,y-t,z+2t)\in\mathcal P</math> donc <math>(x+t)+2(y-t)+(z+2t)=2</math>, [[wikt:c.-à-d.|c.-à-d.]] <math>t=-x-2y-z+2</math>, si bien que <math>\overrightarrow{Mf(M)}=-2\overrightarrow{Mp(M)}</math> donc <math>\overrightarrow{p(M)f(M)}=3\overrightarrow{p(M)M}</math>. <math>f</math> est l'affinité de base <math>\mathcal P</math>, de direction <math>D</math> et de rapport 3. }} ==Exercice 2-10== Soit <math>ABC</math> un triangle non plat, et <math>AA_1B_1B</math> et <math>ACC_2A_2</math> deux carrés bâtis sur ses côtés (les points sont énumérés dans le sens direct). Soit <math>A'</math> l'unique point tel que <math>AA_2A'A_1</math> soit un parallélogramme. Montrer que <math>(AA')</math> et <math>(BC)</math> sont perpendiculaires. {{Solution|contenu= Soit la <math>r</math> rotation vectorielle d'angle <math>\frac\pi2</math>. On a : :<math>r(\overrightarrow{AA'})=r(\overrightarrow{AA_1}+\overrightarrow{AA_2})=\overrightarrow{AB}-\overrightarrow{AC}=\overrightarrow{CB}</math>, d'où le résultat. }} ==Exercice 2-11== Soient <math>\mathcal E</math> un espace affine, <math>O\in\mathcal E</math> et <math>f:\mathcal E\to\mathcal E</math> affine. On cherche à décomposer <math>f</math> sous la forme <math>t_1\circ u_1</math> ou <math>u_2\circ t_2</math> avec <math>t_i</math> translation et <math>u_i</math> application affine fixant <math>O</math>. #Montrer que <math>u_i</math> (si elle existe) est unique, et que <math>u_1,u_2</math> (si elles existent) sont égales. #Montrer que le problème équivaut à trouver des translations <math>t_i</math> telles que <math>(t_1^{-1}\circ f)(O)=O</math> et <math>(f\circ t_2^{-1})(O)=O</math>. #Démontrer que <math>t_1</math> existe et est unique (et déterminer son vecteur). #Démontrer que des <math>t_2</math> existent si et seulement si <math>O\in\operatorname{Im}(f)</math> (et déterminer leurs vecteurs). {{Solution|contenu= #Une application affine est uniquement déterminée par l'image d'un point et par sa partie linéaire : <math>u(M)=u(O)+\overrightarrow u(\overrightarrow{OM})</math> Or <math>\overrightarrow{u_1}=\overrightarrow{t_1^{-1}}\circ\overrightarrow f=\overrightarrow f</math> et <math>u_1(O)=O</math>. Idem pour <math>u_2</math>. #<math>u_1</math> est déterminée par <math>t_1</math> (<math>u_1=t_1^{-1}\circ f</math>), et la condition <math>u_1(O)=O</math> se traduit alors par <math>(t_1^{-1}\circ f)(O)=O</math>. Idem pour <math>t_2</math>. #Si <math>v</math> est le vecteur de <math>t_1</math>, <math>(t_1^{-1}\circ f)(O)=O\Leftrightarrow v=\overrightarrow{Of(O)}</math>. #Si <math>v</math> est le vecteur de <math>t_2</math>, <math>(f\circ t_2^{-1})(O)=O\Leftrightarrow f(O-v)=O</math>. De tels <math>v</math> existent si et seulement si <math>O\in\operatorname{Im}(f)</math>, et ce sont les vecteurs de la forme <math>-\overrightarrow{OA}</math> pour tout antécédent <math>A</math> de <math>O</math> par <math>f</math>. }} ==Exercice 2-12== On note <math>\mathrm{GA}_O(\mathcal E)</math> le sous-groupe des éléments de <math>\mathrm{GA}(\mathcal E)</math> qui fixent le point <math>O</math>. Montrer que l'application suivante est bien définie (c'est-à-dire à valeurs dans <math>T_\mathcal E</math>, le sous-groupe des translations) : :<math>\begin{array}{ccc} \mathrm{GA}_O(\mathcal E)\times T_\mathcal E & \rightarrow & T_\mathcal E \\ (u,t) & \mapsto & u\circ t \circ u^{-1}\end{array}</math> et fournit une action de <math>\mathrm{GA}_O(\mathcal E)</math> sur <math>T_\mathcal E</math>. Décrire (le vecteur de) la translation <math>u\circ t \circ u^{-1}</math> en fonction de <math>t</math> et <math>u</math>, et constater que l'action est indépendante du point <math>O</math> (on a donc en fait une action de <math>\mathrm{GL}(E)</math> sur <math>T_\mathcal E</math>). {{Solution|contenu= La partie vectorielle de <math>u\circ t \circ u^{-1}</math> est : :<math>\overrightarrow{u\circ t \circ u^{-1}}=\overrightarrow{u}\circ \overrightarrow{t} \circ \overrightarrow{u^{-1}}=\overrightarrow{u}\circ \overrightarrow{u}^{-1}=\mathrm{Id}</math> donc il s'agit bien d'une translation. Si l'on prend <math>u=\mathrm{Id}</math>, on trouve <math>t</math>, et l'on a la relation, pour tous <math>u_1, u_2</math> : :<math>u_2\circ(u_1\circ t\circ u_1^{-1})\circ u_2^{-1}=(u_2\circ u_1)\circ t\circ(u_2\circ u_1)^{-1}</math>. Ainsi, on a bien une action de groupe. Soient <math>\overrightarrow t</math> le vecteur de la translation <math>t</math> et <math>\overrightarrow t'</math> celui de la translation <math>u\circ t \circ u^{-1}</math>. Alors : :<math>O+\overrightarrow t'=(u\circ t\circ u^{-1})(O)=u\circ t(O)=u(O+\overrightarrow t)=O+\overrightarrow u(\overrightarrow t)</math>. Ainsi, <math>\overrightarrow t'=\overrightarrow u(\overrightarrow t)</math>, qui est donc indépendant de <math>O</math>. On obtient une action de <math>\mathrm{GL}(E)</math> sur le groupe des translations grâce à l'identification entre <math>\mathrm{GL}(E)</math> et le sous-groupe <math>\mathrm{GA}_O(\mathcal E)</math>. }} ==Exercice 2-13== Soient <math>\cal E</math> un espace affine de dimension <math>n</math>, et <math>(A_0,\dots,A_n)</math> un repère affine. #Montrer que pout tout <math>i\in\{0,\dots,n\}</math>, il existe une unique application affine <math>\phi_i:{\cal E}\to\R</math> telle que <math>\forall j\in\{0,\dots,n\}\quad\phi_i(A_j)=\delta_{i,j}.</math> #Exprimer l'image d'un point par <math>\phi_i</math> en fonction de ses coordonnées barycentriques dans le repère des <math>A_i</math>. #Montrer que l'ensemble <math>\operatorname{Aff}({\cal E},\R)</math> est un sous-espace vectoriel de l'ensemble des applications de <math>\cal E</math> dans <math>\R</math>. Déduire de ce qui précède que sa dimension est au moins <math>n+1</math>. #Montrer que tout élément <math>\phi\in\operatorname{Aff}({\cal E},\R)</math> s'écrit <math>\phi=\sum_i\phi(A_i)\phi_i</math>. En déduire la dimension de <math>\operatorname{Aff}({\cal E},\R)</math>. {{Solution|contenu= #Le premier point est clair via la caractérisation des applications affines par conservation du barycentre. #Si un point s'écrit <math>A=\sum_i\alpha_iA_i</math> en coordonnées barycentriques avec <math>\sum_i\alpha_i=1</math>, alors <math>\phi_i(A)=\alpha_i</math>. #L'ensemble <math>\operatorname{Aff}({\cal E},\R)</math> est stable par addition, multiplication externe et contient le neutre : l'application nulle. Toute relation de colinéarité entre les <math>\phi_i</math> est triviale donc l'assertion sur la dimension s'en déduit. #Le dernier point est clair et <math>\dim\operatorname{Aff}({\cal E},\R)=n+1.</math> }} {{Bas de page | idfaculté = mathématiques | précédent = [[../Sous-espaces affines/]] | suivant = [[../Barycentres/]] }} kuplh53k2bw2oawg003z2yc0eva46q3 880698 880689 2022-07-24T09:42:53Z Anne Bauval 6580 /* Exercice 2-13 */ +1 : Théorème fondamental de la géométrie affine wikitext text/x-wiki {{Exercice | idfaculté = mathématiques | numéro = 2 | chapitre = [[../../Applications affines/]] | niveau = 15 | précédent = [[../Sous-espaces affines/]] | suivant = [[../Barycentres/]] }} ==Exercice 2-1== Soient <math>A=(2,1)</math> et <math>B=(-1,1)</math> deux points du plan affine <math>\R^2</math>. Déterminer les caractéristiques de la composée des deux homothéties <math>h=h_{A,1/2}\circ h_{B,3}</math>. {{Solution|contenu= <math>\vec h=\frac12\mathrm{id}\circ3\mathrm{id}=\frac32\mathrm{id}</math> donc <math>h</math> est une homothétie de rapport <math>\frac32</math>. Son centre <math>C</math> est déterminé par : :<math>\frac32\overrightarrow{CB}=\overrightarrow{Ch(B)}=\overrightarrow{Ch_{A,1/2}(B)}=\overrightarrow{CA}+\frac12\overrightarrow{AB}=\overrightarrow{CB}+\frac12\overrightarrow{BA}</math>, soit <math>\overrightarrow{CB}=\overrightarrow{BA}</math>. <math>C</math> est donc le symétrique de <math>A</math> par rapport à <math>B</math>. Ou algébriquement : <math>C=B+\overrightarrow{AB}=(-1,1)+(-3,0)=(-4,1)</math>. }} ==Exercice 2-2== Dans le plan affine <math>\R^2</math> muni du repère cartésien <math>(O,e_1,e_2)</math>, on considère la droite <math>\mathcal D</math> d'équation <math>2x+y-2=0</math>. Donner l'expression analytique de la symétrie par rapport à <math>\mathcal D</math> de direction <math>e_1+e_2</math>. {{Solution|contenu=L'image <math>M'=(x',y')</math> d'un point <math>M=(x,y)</math> est caractérisée par : :<math>\frac{M+M'}2\in\mathcal D</math> et <math>\overrightarrow{MM'}\in\operatorname{Vect}(e_1+e_2)</math>, soit :<math>x+x'+\frac{y+y'}2-2=0</math> et <math>y'-y=x'-x</math>. La solution de ce système d'inconnue <math>(x',y')</math> et de paramètre <math>(x,y)</math> est : :<math>x'=\frac{4-x-2y}3,\quad y'=\frac{4-4x+y}3</math>. }} Soit <math>A=\begin{pmatrix}1&0\\2&-1\end{pmatrix}</math> et <math>f:\R^2\to\R^2</math> définie par <math>f(x,y)=A\begin{pmatrix}x\\y\end{pmatrix}+\begin{pmatrix} 0\\4\end{pmatrix}</math>. Montrer que <math>f</math> est une symétrie, dont on précisera l'axe et la direction. {{Solution|contenu= <math>\begin{cases}x'&=x\\y'&=2x-y+4\end{cases}</math>. Points fixes : <math>y=2x-y+4\Leftrightarrow y=x+2</math>. Vecteurs transformés en leurs opposés par <math>\vec f</math> : <math>\begin{cases}x&=-x\\y&=-2x+y\end{cases}\Leftrightarrow x=0</math>. Donc <math>f</math> est une symétrie, son axe est la droite affine d'équation <math>y=x+2</math>, et sa direction est la droite vectorielle d'équation <math>x=0</math>. }} ==Exercice 2-3== Dans l'espace affine <math>\R^3</math>, on considère l'application affine définie analytiquement par : :<math>f(x,y,z)=\frac{(y+z+3,y+z+5,y+z+7)}2</math>. #Montrer que <math>\vec f</math> est une projection dont on déterminera les caractéristiques. L'application <math>f</math> est-elle une projection ? #Soit <math>\tau</math> la translation de vecteur <math>(3,3,3)</math>. Montrer que <math>f=\pi\circ\tau=\tau\circ\pi</math>, où <math>\pi</math> est une projection affine à déterminer. {{Solution|contenu= #<math>\vec f(x,y,z)=\frac{(y+z,y+z,y+z)}2</math> donc <math>\vec f</math> a pour noyau le plan <math>P</math> d'équation <math>y+z=0</math> et pour sous-espace de vecteurs fixes la droite <math>D</math> d'équations <math>x=y=z</math>. C'est donc la projection (vectorielle) sur <math>D</math> parallèlement à <math>P</math>. Mais <math>f</math> n'est pas une projection (affine) car elle n'a aucun point fixe. #Soit <math>\pi=f\circ\tau^{-1}</math> (ainsi, on aura par construction <math>f=\pi\circ\tau</math>). Alors, <math>\pi(x,y,z)=\frac{(y+z-3,y+z-1,y+z+1)}2</math> est égal à <math>(x,y,z)</math> si et seulement si <math>y=z-1</math> et <math>x=z-2</math>, ce qui définit une droite affine <math>\mathcal D</math> (de direction <math>D</math>) et <math>\pi</math> est la projection (affine) sur cette droite, parallèlement à <math>P</math>. De plus, <math>\tau\circ\pi=\pi\circ\tau</math> puisque <math>(3,3,3)\in D</math>. }} ==Exercice 2-4== Soit <math>A=\begin{pmatrix}1&1\\-1&1\end{pmatrix}</math> et <math>f:\R^2\to\R^2</math> définie par <math>f(x,y)=A\begin{pmatrix}x\\y\end{pmatrix}+\begin{pmatrix}-3\\2 \end{pmatrix}</math>. Montrer que <math>f</math> est une [[similitude]] directe, dont on précisera le centre, l'angle et le rapport. {{Solution|contenu= <math>\begin{cases}x'&=x+y-3\\y'&=-x+y+2\end{cases}\Leftrightarrow x'+\mathrm iy'=(x+\mathrm iy)(1+\mathrm i)-3+2\mathrm i\Leftrightarrow z'=az+b</math> avec <math>a=1+\mathrm i</math> et <math>b=-3+2\mathrm i</math>. <math>f</math> est donc une similitude directe de rapport <math>|a|=\sqrt2</math> et d'angle <math>\arg a=-\frac\pi4</math>. Son centre a pour affixe <math>\frac b{1-a}=2+3\mathrm i</math>. }} Identifier l'application affine <math>f</math> du plan qui envoie respectivement les points <math>A=(1,0)</math>, <math>B=(2,-1)</math> et <math>C=(1,1)</math> sur les points <math>A'=(1,-1)</math>, <math>B'=(-1,-3)</math> et <math>C'=(3,-1)</math>. {{Solution|contenu= <math>f(x,y)=(ax+by+c,a'x+b'y+c')</math> avec <math>\begin{cases}a+c&=1\\2a-b+c&=-1\\a+b+c&=3\end{cases}</math> et <math>\begin{cases}a'+c'&=-1\\2a'-b'+c'&=-3\\a'+b'+c'&=-1\end{cases}</math>, soit <math>(a,b,c)=(0,2,1)</math> et <math>(a',b',c')=(-2,0,1)</math>, donc <math>f(x,y)=(2y+1,-2x+1)</math>. On reconnaît une [[similitude]] directe d'angle <math>-\frac\pi2</math> et de rapport <math>2</math>. Son centre est <math>\left(\frac35,-\frac15\right)</math>. }} ==Exercice 2-5== On considère une translation <math>\tau</math> et une homothétie <math>h</math> d'un espace affine <math>\mathcal E</math>. Identifier les applications {{nobr|<math>f_1:=\tau\circ h\circ\tau^{-1}</math>,}} <math>f_2:=h^{-1}\circ\tau\circ h</math> et <math>f_3:=\tau\circ h\circ\tau</math>. {{Solution|contenu= Soient <math>v</math> le vecteur de <math>\tau</math> et <math>O</math> et <math>\lambda</math> les centre et rapport de <math>h</math>. <math>f_1</math> est l'homothétie de rapport <math>\lambda</math> et de centre <math>\tau(O)=O+v</math> et <math>f_2</math> est la translation de vecteur <math>\overrightarrow{Oh^{-1}(O+v)}=\frac1\lambda v</math>. <math>f_3</math> est une homothétie de rapport <math>\lambda</math>. Son centre <math>O'</math> est défini par <math>O'=\tau(h(O'+v))</math> donc <math>\overrightarrow{OO'}=v+\overrightarrow{Oh(O'+v)}=v+\lambda(\overrightarrow{OO'}+v)</math>, [[wikt:c.-à-d.|c.-à-d.]] <math>O'=O+\frac{1+\lambda}{1-\lambda}v</math>. }} ==Exercice 2-6== Soit <math>s:\R^3\to\R^3</math> l'application définie par : :<math>s(x,y,z)=(-2y+z-2,-x-y+z-2,-x-2y+2z-2)</math>. Déterminer la nature de cette application affine ainsi que ses caractéristiques. {{Solution|contenu=<math>\operatorname{Fix}(s)</math> est le plan d'équation <math>x+2y-z+2=0</math> et pour tout <math>M\in\R^3</math>, <math>\frac{M+s(M)}2</math> appartient à ce plan. <math>s</math> est donc la symétrie par rapport à ce plan et de direction la droite <math>\{\overrightarrow{Ms(M)}\mid M\in\R^3\}</math>, engendrée par le vecteur <math>(1,1,1)</math>. }} ==Exercice 2-7== Soit <math>p:\R^2\to\R^2</math> l'application définie par : :<math>p(x,y)=\left(\frac{2x+y}3+2,\frac{2x+y}3-4\right)</math> #Montrer que [[Opérations sur les fonctions/Composition#Puissances itérées d'une fonction|<math>p^2=p</math>]]. #Déterminer <math>p</math> géométriquement (points fixes, etc.). {{Solution|contenu= #<math>p^2(x,y)=p\left(\frac{2x+y+6}3,\frac{2x+y-12}3\right)=\left(\frac{2\frac{2x+y+6}3+\frac{2x+y-12}3+6}3,\frac{2\frac{2x+y+6}3+\frac{2x+y-12}3-12}3\right)=\left(\frac{2x+y+6}3,\frac{2x+y-12}3\right)</math>. #<math>\operatorname{Fix}(p)</math> est la droite affine d'équation <math>x-y-6=0</math>, donc <math>p</math> est la projection sur cette droite, parallèlement à la droite vectorielle <math>\{\overrightarrow{Mp(M)}\mid M\in\R^2\}</math>, d'équation <math>y=-2x</math>. }} ==Exercice 2-8== Notons <math>s_A</math> la symétrie centrale de centre <math>A</math> et <math>t_u</math> la translation de vecteur <math>u</math>. #Montrer que <math>s_B\circ s_A=t_{2\overrightarrow{AB}}</math>. #En déduire que pour tous <math>A,B,C,D\in\mathcal E</math>, <math>ABCD</math> est un parallélogramme si et seulement si <math>s_D\circ s_C\circ s_B\circ s_A=\mathrm{id}_{\mathcal E}</math>. {{Solution|contenu= #<math>\overrightarrow{s_B}\circ\overrightarrow{s_A}=(-\mathrm{id}_E)\circ(-\mathrm{id}_E)=\mathrm{id}_E</math> donc <math>s_B\circ s_A=t_u</math>, avec <math>u=\overrightarrow{As_B\circ s_A(A)}=\overrightarrow{As_B(A)}=2\overrightarrow{AB}</math>. #<math>s_D\circ s_C\circ s_B\circ s_A=\mathrm{id}_{\mathcal E}\Leftrightarrow t_{2\overrightarrow{CD}+2\overrightarrow{AB}}=\mathrm{id}_{\mathcal E}\Leftrightarrow \overrightarrow{DC}=\overrightarrow{AB}</math>. }} ==Exercice 2-9== Montrer que l'application <math>f:\R^3\to\R^3,\;(x,y,z)\mapsto(3x+4y+2z-4,-2x-3y-2z+4,4x+8y+5z-8)</math> est une affinité et préciser ses éléments caractéristiques (base, direction, rapport). {{Solution|contenu= L'ensemble des points fixes de <math>f</math> est le plan <math>\mathcal P</math> d'équation <math>x+2y+z=2</math>. Pour tout point <math>M=(x,y,z)</math>, on a <math>\overrightarrow{Mf(M)}=(2x+4y+2z-4)u</math>, où <math>u</math> est le vecteur <math>(1,-1,2)</math>. Soit <math>p</math> la projection sur <math>\mathcal P</math>, parallèlement à <math>D:=\R u</math>. Alors, <math>p(M)=(x+t,y-t,z+2t)\in\mathcal P</math> donc <math>(x+t)+2(y-t)+(z+2t)=2</math>, [[wikt:c.-à-d.|c.-à-d.]] <math>t=-x-2y-z+2</math>, si bien que <math>\overrightarrow{Mf(M)}=-2\overrightarrow{Mp(M)}</math> donc <math>\overrightarrow{p(M)f(M)}=3\overrightarrow{p(M)M}</math>. <math>f</math> est l'affinité de base <math>\mathcal P</math>, de direction <math>D</math> et de rapport 3. }} ==Exercice 2-10== Soit <math>ABC</math> un triangle non plat, et <math>AA_1B_1B</math> et <math>ACC_2A_2</math> deux carrés bâtis sur ses côtés (les points sont énumérés dans le sens direct). Soit <math>A'</math> l'unique point tel que <math>AA_2A'A_1</math> soit un parallélogramme. Montrer que <math>(AA')</math> et <math>(BC)</math> sont perpendiculaires. {{Solution|contenu= Soit la <math>r</math> rotation vectorielle d'angle <math>\frac\pi2</math>. On a : :<math>r(\overrightarrow{AA'})=r(\overrightarrow{AA_1}+\overrightarrow{AA_2})=\overrightarrow{AB}-\overrightarrow{AC}=\overrightarrow{CB}</math>, d'où le résultat. }} ==Exercice 2-11== Soient <math>\mathcal E</math> un espace affine, <math>O\in\mathcal E</math> et <math>f:\mathcal E\to\mathcal E</math> affine. On cherche à décomposer <math>f</math> sous la forme <math>t_1\circ u_1</math> ou <math>u_2\circ t_2</math> avec <math>t_i</math> translation et <math>u_i</math> application affine fixant <math>O</math>. #Montrer que <math>u_i</math> (si elle existe) est unique, et que <math>u_1,u_2</math> (si elles existent) sont égales. #Montrer que le problème équivaut à trouver des translations <math>t_i</math> telles que <math>(t_1^{-1}\circ f)(O)=O</math> et <math>(f\circ t_2^{-1})(O)=O</math>. #Démontrer que <math>t_1</math> existe et est unique (et déterminer son vecteur). #Démontrer que des <math>t_2</math> existent si et seulement si <math>O\in\operatorname{Im}(f)</math> (et déterminer leurs vecteurs). {{Solution|contenu= #Une application affine est uniquement déterminée par l'image d'un point et par sa partie linéaire : <math>u(M)=u(O)+\overrightarrow u(\overrightarrow{OM})</math> Or <math>\overrightarrow{u_1}=\overrightarrow{t_1^{-1}}\circ\overrightarrow f=\overrightarrow f</math> et <math>u_1(O)=O</math>. Idem pour <math>u_2</math>. #<math>u_1</math> est déterminée par <math>t_1</math> (<math>u_1=t_1^{-1}\circ f</math>), et la condition <math>u_1(O)=O</math> se traduit alors par <math>(t_1^{-1}\circ f)(O)=O</math>. Idem pour <math>t_2</math>. #Si <math>v</math> est le vecteur de <math>t_1</math>, <math>(t_1^{-1}\circ f)(O)=O\Leftrightarrow v=\overrightarrow{Of(O)}</math>. #Si <math>v</math> est le vecteur de <math>t_2</math>, <math>(f\circ t_2^{-1})(O)=O\Leftrightarrow f(O-v)=O</math>. De tels <math>v</math> existent si et seulement si <math>O\in\operatorname{Im}(f)</math>, et ce sont les vecteurs de la forme <math>-\overrightarrow{OA}</math> pour tout antécédent <math>A</math> de <math>O</math> par <math>f</math>. }} ==Exercice 2-12== On note <math>\mathrm{GA}_O(\mathcal E)</math> le sous-groupe des éléments de <math>\mathrm{GA}(\mathcal E)</math> qui fixent le point <math>O</math>. Montrer que l'application suivante est bien définie (c'est-à-dire à valeurs dans <math>T_\mathcal E</math>, le sous-groupe des translations) : :<math>\begin{array}{ccc} \mathrm{GA}_O(\mathcal E)\times T_\mathcal E & \rightarrow & T_\mathcal E \\ (u,t) & \mapsto & u\circ t \circ u^{-1}\end{array}</math> et fournit une action de <math>\mathrm{GA}_O(\mathcal E)</math> sur <math>T_\mathcal E</math>. Décrire (le vecteur de) la translation <math>u\circ t \circ u^{-1}</math> en fonction de <math>t</math> et <math>u</math>, et constater que l'action est indépendante du point <math>O</math> (on a donc en fait une action de <math>\mathrm{GL}(E)</math> sur <math>T_\mathcal E</math>). {{Solution|contenu= La partie vectorielle de <math>u\circ t \circ u^{-1}</math> est : :<math>\overrightarrow{u\circ t \circ u^{-1}}=\overrightarrow{u}\circ \overrightarrow{t} \circ \overrightarrow{u^{-1}}=\overrightarrow{u}\circ \overrightarrow{u}^{-1}=\mathrm{Id}</math> donc il s'agit bien d'une translation. Si l'on prend <math>u=\mathrm{Id}</math>, on trouve <math>t</math>, et l'on a la relation, pour tous <math>u_1, u_2</math> : :<math>u_2\circ(u_1\circ t\circ u_1^{-1})\circ u_2^{-1}=(u_2\circ u_1)\circ t\circ(u_2\circ u_1)^{-1}</math>. Ainsi, on a bien une action de groupe. Soient <math>\overrightarrow t</math> le vecteur de la translation <math>t</math> et <math>\overrightarrow t'</math> celui de la translation <math>u\circ t \circ u^{-1}</math>. Alors : :<math>O+\overrightarrow t'=(u\circ t\circ u^{-1})(O)=u\circ t(O)=u(O+\overrightarrow t)=O+\overrightarrow u(\overrightarrow t)</math>. Ainsi, <math>\overrightarrow t'=\overrightarrow u(\overrightarrow t)</math>, qui est donc indépendant de <math>O</math>. On obtient une action de <math>\mathrm{GL}(E)</math> sur le groupe des translations grâce à l'identification entre <math>\mathrm{GL}(E)</math> et le sous-groupe <math>\mathrm{GA}_O(\mathcal E)</math>. }} ==Exercice 2-13== Soient <math>\cal E</math> un espace affine de dimension <math>n</math>, et <math>(A_0,\dots,A_n)</math> un repère affine. #Montrer que pout tout <math>i\in\{0,\dots,n\}</math>, il existe une unique application affine <math>\phi_i:{\cal E}\to\R</math> telle que <math>\forall j\in\{0,\dots,n\}\quad\phi_i(A_j)=\delta_{i,j}.</math> #Exprimer l'image d'un point par <math>\phi_i</math> en fonction de ses coordonnées barycentriques dans le repère des <math>A_i</math>. #Montrer que l'ensemble <math>\operatorname{Aff}({\cal E},\R)</math> est un sous-espace vectoriel de l'ensemble des applications de <math>\cal E</math> dans <math>\R</math>. Déduire de ce qui précède que sa dimension est au moins <math>n+1</math>. #Montrer que tout élément <math>\phi\in\operatorname{Aff}({\cal E},\R)</math> s'écrit <math>\phi=\sum_i\phi(A_i)\phi_i</math>. En déduire la dimension de <math>\operatorname{Aff}({\cal E},\R)</math>. {{Solution|contenu= #Le premier point est clair via la caractérisation des applications affines par conservation du barycentre. #Si un point s'écrit <math>A=\sum_i\alpha_iA_i</math> en coordonnées barycentriques avec <math>\sum_i\alpha_i=1</math>, alors <math>\phi_i(A)=\alpha_i</math>. #L'ensemble <math>\operatorname{Aff}({\cal E},\R)</math> est stable par addition, multiplication externe et contient le neutre : l'application nulle. Toute relation de colinéarité entre les <math>\phi_i</math> est triviale donc l'assertion sur la dimension s'en déduit. #Le dernier point est clair et <math>\dim\operatorname{Aff}({\cal E},\R)=n+1.</math> }} ==Exercice 2-14== {{Wikipédia|Théorème fondamental de la géométrie affine}} Soient <math> {\cal E},{\cal E}'</math> deux <math>\R</math>-espaces affines et <math>f</math> une application de <math>\cal E</math> dans <math> {\cal E}'</math>. 1) Dans cette question on suppose <math>f</math> affine. :a) (Re-)démontrer que <math>f</math> est injective si et seulement si <math>\overrightarrow f</math> l'est. :b) (Re-)démontrer que si <math> \cal F</math> est un sous-espace affine de <math>\cal E</math> de direction <math>F</math> alors <math>f({\cal F})</math> est un sous-espace affine de <math>{\cal E}'</math> de direction <math>\overrightarrow f(F)</math>. :c) En déduire que si <math>f</math> est injective, <math>f</math> envoie toute droite de <math>\cal E</math> sur une droite de <math>{\cal E}'</math>, et envoie deux droites parallèles sur des droites parallèles. 2) Soient <math>O,A,B</math> trois points non alignés de <math>\cal E</math>. Pour tout <math>M\in(OA)</math>, soient <math>M'</math> le point d'intersection de <math>(OB)</math> avec la parallèle à <math>(AB)</math> passant par <math>M</math>, et <math>M''</math> le point d'intersection de <math>(OA)</math> avec la parallèle à <math>(MB)</math> passant par <math>M'</math>. Démontrer que lorsque <math>M</math> parcourt la droite <math>(OA)</math>, <math>M''</math> parcourt la demi-droite fermée <math>[OA)</math>. 3) Dans cette question on suppose que <math>\cal E</math> est de dimension <math>\ge2</math>, que <math>f</math> envoie toute droite de <math>\cal E</math> bijectivement sur une droite de <math>{\cal E}'</math> (donc <math>f</math> est injective), et que <math>f</math> envoie deux droites parallèles sur des droites parallèles. Le but est d'en déduire que <math>f</math> est affine. :a) Montrer que l'image par <math>f</math> d'un parallélogramme est un parallélogramme (on pourra commencer par le cas d'un parallélogramme non aplati). :b) En déduire que l'application <math>u:E\to E',\;\overrightarrow{MN}\mapsto\overrightarrow{f(M)f(N)}</math> est bien définie. :c) Vérifier que <math>\forall x,y\in E\quad u(x+y)=u(x)+u(y)</math>. :En déduire que <math>\forall x\in E\quad u(\lambda x)=\lambda u(x)</math> pour tout <math>\lambda\in\Z</math>, puis pour tout <math>\lambda\in\Q</math>. :d) Montrer (en utilisant 2) que pour tous points distincts <math>O,A\in\cal E</math>, <math>f([O,A))=[f(O),f(A))</math>. :e) En déduire que <math>u(\lambda x)=\lambda u(x)</math> est vrai pour tout <math>\lambda\in\R</math>, et conclure. {{Solution|contenu= 1) :a) Soient <math>O\in\cal E</math> et <math>O'=f(O)</math>. On a <math>\forall x\in E\quad\overrightarrow f(x)=\overrightarrow{O'f(O+x)}</math> (d'où : si <math>f</math> est injective alors <math>\overrightarrow f</math> aussi) et de manière équivalente, <math>\forall M\in{\cal E}\quad f(M)=O'+\overrightarrow f(\overrightarrow{OM})</math> (d'où : si <math>\overrightarrow f</math> est injective alors <math>f</math> aussi). Remarquons que pour démontrer cette équivalence on n'a pas utilisé que <math>f</math> est affine (c'est-à-dire que <math>\overrightarrow f</math> est linéaire). :b) Si <math>{\cal F}=P+F</math> alors <math>f({\cal F})=f(P)+\overrightarrow f(F)</math>. :c) Si <math>f</math> est injective et si <math>F</math> est une droite vectorielle de <math>E</math>, d'après a) <math>\overrightarrow f(F)</math> est une droite vectorielle de <math>E'</math>, et d'après b) toutes les droites affines <math>\cal F</math> de <math>\cal E</math> de direction <math>F</math> ont pour image par <math>f</math> des droites affines de <math>{\cal E}'</math> de direction <math>f(F)</math>. 2) Soit <math>\lambda\in\R</math> tel que <math>\overrightarrow{OM}=\lambda\overrightarrow{OA}</math>, alors (par Thalès) <math>\overrightarrow{OM'}=\lambda\overrightarrow{OB}</math> et <math>\overrightarrow{OM''}=\lambda\overrightarrow{OM}=\lambda^2\overrightarrow{OA}</math>. 3) :a) Soient <math>(A,B,C,D)</math> un parallélogramme ([[wikt:c.-à-d.|c.-à-d.]] <math>\overrightarrow{DC}=\overrightarrow{AB}</math> ou, ce qui est équivalent, <math>\overrightarrow{BC}=\overrightarrow{AD}</math>) et <math>(A',B',C',D')</math> son image par <math>f</math>. :*Si <math>(A,B,C,D)</math> est non aplati (c.-à-d. si les quatre points ne sont pas alignés) alors <math>A,B,D</math> sont non alignés et <math>(DC)//(AB)</math> et <math>(BC)//(AD)</math>, donc idem en remplaçant <math>(A,B,C,D)</math> par <math>(A',B',C',D')</math>, donc il existe <math>\lambda,\mu\in\R</math> tels que <math>\overrightarrow{D'C'}=\lambda\overrightarrow{A'B'}</math> et <math>\overrightarrow{B'C'}=\mu\overrightarrow{A'D'}</math>, d'où <math>\lambda\overrightarrow{A'B'}-\mu\overrightarrow{A'D'}=\overrightarrow{D'B'}=\overrightarrow{A'B'}-\overrightarrow{A'D'}</math> donc <math>\lambda=\mu=1</math> donc <math>(A',B',C',D')</math> est un parallélogramme. :*Si <math>(A,B,C,D)</math> est aplati mais <math>A\ne B</math>, il existe (puisque <math>\dim({\cal E})\ge2</math>) <math>P,Q\in\cal E</math> tels que <math>(A,B,P,Q)</math> et <math>(P,Q,C,D)</math> forment deux parallélogrammes non aplatis. On se ramène ainsi au cas précédent. Enfin, si <math>A=B</math> (donc <math>C=D</math>) alors <math>A'=B'</math> et <math>C'=D'</math>. :b) Si <math>\overrightarrow{DC}=\overrightarrow{AB}</math>, d'après ce qui précède, <math>\overrightarrow{f(D)f(C)}=\overrightarrow{f(A)f(B)}</math>. :c) Étant donnés <math>x,y\in E</math>, soient <math>M\in\cal E</math> (arbitraire), <math>N=M+x</math>, et <math>P=N+y=M+(x+y)</math>. Alors, <math>u(x+y)=u(\overrightarrow{MP})=\overrightarrow{f(M)f(P)}=\overrightarrow{f(M)f(N)}+\overrightarrow{f(N)f(P)}=u(x)+u(y)</math>. On en déduit (par récurrence sur <math>|n|</math>) <math>\forall n\in\Z\quad u(nx)=nu(x)</math>, d'où ::<math>\forall m\in\N^*\quad mu\left(\frac nmx\right)=u(nx)=nu(x)</math> donc <math>u\left({n\over m}x\right)=\frac nmu(x)</math>. :d) Soit <math>B\in{\cal E}\setminus(OA)</math>. Il suffit, dans la question 2), d'appliquer simultanément la construction sur <math>O,A,B,M\in\cal E</math> et sur leurs images par <math>f</math>, en remarquant que <math>f(M')=f(M)'</math> et <math>f(M'')=f(M)''</math>. :e) Soient <math>M,N\in\cal E</math>, notons <math>M_\lambda=\lambda N+(1-\lambda)M</math> et <math>M'_\mu=\mu f(N)+(1-\mu)f(M)</math>. Par définition de <math>u</math> on a donc : ::<math>f(M_\lambda)=M'_\mu\Leftrightarrow u(\lambda\overrightarrow{MN})=\mu u(\overrightarrow{MN})</math>. :D'après c), on en déduit <math>\forall\lambda\in\Q\quad f(M_\lambda)=M'_\lambda</math>. Donc d'après d), <math>\forall\alpha,\beta\in\Q\quad f([M_\alpha,M_{\beta}])=[M'_\alpha,M'_{\beta}]</math>, d'où <math>\forall\lambda\in\R\quad f(M_\lambda)=M'_\lambda</math> (en prenant l'intersection sur les <math>\alpha,\beta\in\Q</math> tels que <math>\alpha\le\lambda\le\beta</math>), c.-à-d. <math>u(\lambda\overrightarrow{MN})=\lambda u(\overrightarrow{MN})</math>. :Ceci (joint à la question c) prouve que <math>u</math> est linéaire, donc que <math>f</math> est affine. }} {{Bas de page | idfaculté = mathématiques | précédent = [[../Sous-espaces affines/]] | suivant = [[../Barycentres/]] }} hesmwu05ct0bkw8hvy70ye4lrv8bfsi 104 79173 880706 878892 2022-07-24T11:23:14Z EclairEnZ 50317 /* demonstrationem mirabilem sane detexi */ ajout wikitext text/x-wiki {{Travail de recherche | titre = Recherche:L’énigme de Fermat passée au crible/Dernier Problème | idfaculté = Mathématiques }} (3/4) == Dernier Problème == <blockquote>''« L’énigme, c’est la puissance infinie du connu, c’est ce qui pousse le connu vers son infini, vers sa soif de connaissance, […] c’est un lieu de future adéquation. » [...]'' <span style="color:blue">''« L’imagination ouvre sur la création et sur l’éthique. »''</span> [[w:Cynthia_Fleury|Cynthia Fleury]], ''Métaphysique de l’imagination''.</blockquote> Au fil des siècles et de leurs découvertes, les mathématiciens sont devenus de plus en plus sûrs d'eux, parfois imbus de leur savoir. Cet orgueil du métier (que nous avons tous, et qui est humain), ainsi qu'une rationalité à œillères, prennent parfois le pas sur l'imagination créatrice, la brident. Pour reprendre les mots de [[w:Jacques_Roubaud|Jacques Roubaud]], ''« Les suiveurs des suiveurs [... ] ne savent plus rien de ce qui a motivé les fondateurs […]. Ils pensent savoir tout ce qu’il y a à savoir, dès les commencements.'' » L’analyse rigoureuse de la deuxième ''OBSERVATIO'' de Fermat (question VIII de l’''Arithmetica'' de 1670), l’étude de ses travaux, de sa correspondance, de sa vie, de sa psychologie surtout, est un sujet de méditations indéfectible. Son Grand Œuvre consiste essentiellement en : – quarante-sept observations notées ‘’OBSERVATIO D.P.  F.‘’, – une observation notée ‘’OBSERVATIO DOMINI PETRI DE FERMAT‘’ (la fameuse note). Ces 48 observations qui tiendraient en quelques pages ont été ajoutées par son fils Clément-Samuel à l'édition de l’''Arithmetica'' de 1621, pour composer l’''Arithmetica'' de 1670. Voilà un ''nouveau'' livre qui a énormément contribué à la connaissance, un livre dont le “prologue”, par Diophante, est bien plus long que le texte de Fermat. Au fil du temps cette observation du XVII^e siècle fut très approximativement traduite dans différentes versions auxquelles les mathématiciens se sont toujours fiés : le “théorème” y étant parfaitement énoncé ils s'en sont contenté. Jamais ils n'auraient imaginé que l'explication de Fermat était sous leurs yeux ! Il faut reconnaître que puisque qu'on savait Fermat très avare de démonstrations, il était bien difficile d'imaginer que pour son plus ''gros t''héorème, il nous aurait mâché le travail... La note en latin elle-même fut souvent mal retranscrite, on en connaît une dont le premier mot a été transformé en ''Cubem'' : ''« Que nous dormions ! »'' On n'a pas encore vu une traduction de ''Cubum autem in duos cubos'' par ''« mais je dors les deux coudes sur la table »'' mais un élève bien peu doué ou alors très blagueur aurait bien pu la faire... Voici à nouveau la traduction exacte, Fermat la destine au chercheur sérieux et honnête. Nous verrons plus loin qu'une seconde interprétation de cette note énigmatique, évidente après le décodage effectué par Roland Franquart en 2008, est possible. L'évidence de cette seconde interprétation est encore accentuée quand on a sous les yeux une version de l'''Arithmetica'' très particulière (voir ''infra'') que nous découvrîmes en 2017 au terme de laborieuses recherches sur internet. Nous verrons aussi que les deux interprétations ont chacune leur utilité.<br> <span style="color:blue">« Mais que ce soit un cube en deux cubes ou bien un carré de carré en deux carrés de carré et en général jusqu'à l’infini, aucune puissance supérieure au carré ne peut être partagée en deux du même nom, ce dont j’ai assurément dévoilé (ou mis à nu, mis à découvert) l’explication (ou la démonstration) étonnante (ou admirable, merveilleuse). La marge trop étroite ne la contiendrait pas. »</span> En termes modernes :<br>''« x, y, z étant des entiers positifs, ''x{{exp|n}} + y{{exp|n}} = z{{exp|n}}'' est impossible pour toute valeur de ''n (nombre entier)'' supérieure à 2. »'' * La traduction que l'on rencontre usuellement comporte deux erreurs majeures dans la partie la plus cruciale du texte. – Première erreur : « J'en ai <span style="color:red">trouvé</span> une démonstration vraiment merveilleuse. » Fermat a écrit ''detexi'' et non ''inveni,'' du verbe ''invenio,'' trouver, découvrir.<br> – Deuxième erreur : Puisque Fermat a placé l'adverbe ''sane'' (“vraiment”, “assurément”) devant le verbe ''detexi'' (‘’j’ai mis à nu‘’, ‘’j'ai dévoilé‘’, ‘’j'ai mis à découvert‘’), c'est donc au verbe que l'adverbe se rapporte : ''« J'en ai <span style="color:blue">réellement dévoilé</span> une démonstration admirable. »'' Les mathématiciens qui ont mal traduit la note auraient voulu faire de cette conjecture une plaisanterie qu'ils ne s'y seraient pas pris autrement. En traduisant : ''“J'en ai <u>découvert</u> une démonstration vraiment merveilleuse que la marge est trop étroite pour contenir”'', ils ont fait de Fermat, par un magnifique [[w:acte manqué|acte manqué]], et définitivement, un vantard, un amateur qui prétend une chose vraie sans pouvoir la prouver. Et par cette fausse traduction ils ont encore accentué l'aspect mystérieux de cette o''bservation'', empêchant qu'on puisse sérieusement l'étudier. == ''demonstrationem mirabilem sane detexi'' == <blockquote>''« S’il existe un sublime en mathématique, le latin en est, selon Ludivine Goupillaud, le « marqueur » par excellence, suscitant l’admiration devant les abîmes ouverts par les raisonnements mathématiques. »'' Emmanuel Bury</blockquote> [[Fichier:Capitole Toulouse - Salle des Illustres - Fermat et sa muse - Théophile Barrau 1898.jpg|vignette|Fermat et sa muse. Toulouse, Capitole.]]''« Ludivine Goupillaud s’est interrogée sur l’usage du latin chez le mathématicien Pierre de Fermat (1608-1665) […]. Selon L. Goupillaud, le mérite du latin, aux yeux de Fermat, est d’être une langue rigoureuse conforme aux exigences des mathématiques, ce que ne permettent pas alors les langues vernaculaires. Langue fixée de longue date par des normes grammaticales, elle peut fonctionner aisément comme une « machine à coder et à décoder », même si, comme on le voit sous la plume de Fermat, elle exige parfois des gloses en français pour expliciter le sens exact des termes employés. »''<br> Emmanuel Bury, ''in'' Tous vos gens à latin. Le latin, langue savante, langue mondaine (XIV^e-XVII^e siècles), Ed. DROZ. Actes du colloque de l’Université de Saint-Quentin-en-Yvelines, à Paris E. N. S. Ulm [compte-rendu]. Citations autorisées par les auteurs et l'éditeur. La langue latine est rigoureuse et concise, mais elle n'est pas figée comme la langue française, déroger aux règles précises autorise « ''l’ellipse énigmatique ou le cryptage »'' (Ludivine Goupillaud). Par exemple on inversait parfois l'ordre de certains mots, ou bien contrairement à la norme on attribuait à un mot particulier la première place dans la phrase (ou inversement la dernière). C'était une pratique courante chez les Latins qui pouvaient ainsi souligner l'importance d'un mot, marquer une opposition, sous-entendre quelque chose, etc. Examinons de près cette phrase, ''[Cuius rei]'' ''demonstrationem mirabilem sane detexi,'' formulée d’une façon très singulière.''<br />'' 1. Rappelons que ''detexi'' peut aussi se traduire par ‘’j’ai mis à découvert’’, qu’on peut facilement confondre avec ‘’j’ai découvert’’ ou ‘’j’ai trouvé’’ ('''''inveni''''' en latin). Nous sommes quant à nous certain que '''Fermat avait anticipé que le verbe qu'il choisit prêterait facilement à équivoque''', surtout dans le contexte général de l'observation, qui fait penser à une galéjade, voire une fanfaronnade pour ses détracteurs.<br> 2. L’ordre des mots.<br> – ‘’''[Cuius rei] mirabilem demonstrationem sane detexi''’’, aurait été une phrase correcte :<br /> « [Ce dont] j’ai réellement mis à nu l'explication admirable. »<br /> – ''‘’[Cuius rei] sane mirabilem demonstrationem detexi’’'' aurait aussi été phrase correcte :''<br />'' « [Ce dont] j'ai mis à nu l'explication réellement admirable. »<br /> Fermat n’utilise aucune de ces formulations, il place l'adjectif (accusatif) “admirable” entre “démonstration” et “réellement” (''sane''), et écrit : * <span style="color:blue">''«[Cuius rei] demonstrationem mirabilem sane detexi. »''</span> Si ''sane'' et ''detexi'' sont dans le bon ordre (adverbe devant le verbe), ''demonstrationem mirabilem'' ne sont pas dans l’ordre habituel, puisque l'adjectif se place normalement devant le nom. Comme dans la fameuse lettre à Carcavi, Fermat formule d’une façon originale. Ainsi, ''sane'' (réellement), peut s'adresser non seulement à ''detexi'' (j'ai mis à nu) mais aussi à ''mirabilem''. Dans une ‘’''Observatio''‘’ déjà surprenante où il utilise le prétexte du manque de place, c'est encoure une curiosité. Nous en mentionnerons bien d'autres. La traduction littérale pour le lecteur attentif sera donc : * <span style="color:blue">« J'en ai réellement mis à nu l'explication tout à fait étonnante. »</span> Puis, ''en tenant compte'' de cette première version, et en considérant le décryptage de Roland Franquart : *<span style="color:blue"> « J'en ai vraiment tissé, entièrement, l'explication tout à fait étonnante. »</span> <u>Les 2 versions sont valides</u>. ''« La concision, en plus de ses vertus stylistiques, joue un rôle de stimulant, en particulier dans les échanges épistolaires. En taisant délibérément ses conclusions, en ne révélant que les linéaments de sa pensée, Fermat crée une émulation par l’ellipse […]. »'' Ludivine Goupillaud, ''Tous vos gens à latin.'' ''Le caractère formulaire des sentences latines, à la fois gage de clarté et d’élégance, permet la fixation des règles dégagées, sans l’embarras de la glose explicative : la concision – on sait combien les mathématiciens de l’âge classique aiment sauter les étapes intermédiaires du raisonnement – suscite réaction et activité de la part du lecteur, quitte à prendre le risque de l’ellipse énigmatique ou du cryptage (ne sommes-nous pas alors dans l’âge d’or du concetto, où le modèle latin demeure prédominant ?) […]. »''<br> Emmanuel Bury. ''Tous vos gens à latin''. Nous prétendons que Fermat savait que sa phrase, qu'on traduirait de la façon qui nous arrangerait le plus, fourvoierait les ''“suiveurs des suiveurs”'' qui ne verraient en lui qu’un fanfaron ou un étourdi (au choix). C'est le même genre de subterfuge qu'il utilisa en évoquant la fameuse fausse conjecture. On est artiste ou on ne ne l'est pas. ''« Les philosophes des sciences portent une attention particulière au langage : ils développent l’idée que l’expérience de Sens commun, exprimée dans le langage courant, doit servir de base au discours scientifique théorique : en effet, la valeur de vérité des énoncés du langage courant est supérieure (dans sa reconnaissance) à celle des énoncés du langage scientifique. » (Marie-Anne PAVEAU).'' Les astuces de Fermat sont remarquables. Merci à Roland Franquart qui découvrit les premiers indices, les plus importants, et qui ayant appris que cette énigme me passionnait m’en informa en 2009. Je reprends ici les plus symboliques (notés RF), parfois en les modifiant quelque peu (j'espère ne pas trop trahir sa pensée), et j'y ajoute ceux trouvés par moi-même (CM) et d'autres auteurs. == L'étroitesse des marges == Garder pour soi ses propres démonstrations était d’un usage courant à l’époque de Fermat, combien n’a-t-on pas retrouvé de ces démonstrations seulement après le décès de leurs auteurs ? Peut-on croire que c’est seulement par manque de temps, et encore moins par manque de place dans les marges, qu’il a jalousement gardé pour lui ses ‘’merveilleuses’’ démonstrations ? Envisageons un instant qu'il ait réussi à écrire ses 48 observations dans les marges. Il aurait alors fallu que les plus longues d’entre elles soient divisées en plusieurs parties et réparties sur des pages qui n'auraient pas eu de rapport direct. Où en aurait été l'intérêt ? L’observation VII par exemple contient 697 mots répartis sur 24 paragraphes.<br> 1) Comme nous l’avons vu c'est de toute évidence à l'intention du lecteur qu'ont été écrites ces 48 '''OBSERV'''ations.<br> 2) Elles constituent à elles seules la plus formidable contribution aux mathématiques du XVII^e siècle.<br> 3) Un génie tellement soucieux « de faire accomplir [ainsi] à cette partie de l’Arithmétique des progrès étonnants au-delà des bornes anciennement connues », se serait-il contenté de nous livrer son Grand Œuvre d’une manière aussi fruste, aussi vulgaire ?<br> Ce qui semble le plus vraisemblable est que :<br> – Ces 48 observations formulées d’une manière très élégante, très élaborée, ont été écrites soit sur des feuilles volantes assemblées ensuite entre elles, soit sur un livret.<br> – Fermat a ensuite inséré des repères numérotés (avec peut-être quelques indications) ‘’en marge’’ des textes de son Diophante auxquels les différentes observations se réfèrent, afin de permettre à Samuel de ne commettre aucune erreur dans l’insertion de ces observations, aux endroits appropriés d’une nouvelle ''Arithmetica'' servant de support.<br> – Il es probable qu’au cours de son étude du Diophante puis de travaux ultérieurs, Fermat ait écrit quelques notes plus ou moins brèves dans les marges, Samuel n’aurait alors même pas eu à faire un pieux mensonge, quand il rapporte que son père insérait des notes dans les marges. Samuel dans notre thèse est donc “dans le secret des dieux” (''i.e.'' Fermat a transmis à son fils toutes les consignes nécessaires). Il ne conserve pas le Diophante après l'avoir récupéré chez l'imprimeur <span style="color:blue">alors que toutes les remarques étaient censées s'y trouver.</span> Où est donc passée cette ''Arithmetica ?'' Voici ce qu'écrit Samuel de Fermat dans la préface de l’édition de 1670 : « ''Illas [observationes] Parens meus quasi aliud agens et ad altiora festinans margini variis in locis apposuit, præsetim ad quatuor vltimos libros''. » (''« Ces remarques, mon père les nota dans la marge à différents endroits, surtout dans les quatre derniers livres, comme s’il faisait autre chose et qu’il avait hâte d’atteindre des buts plus élevés. »).'' La précision “''surtout dans les quatre derniers livres”'' semble parfaitement justifiée puisque ce sont dans ces Livres III à VI, que figurent la majeure partie des 48 observations (45 sur 48). Or c'est justement parmi elles qu'on trouve les plus longues<ref>Paul Tannery : {{Ouvrage|langue=fr|prénom1=Pierre de|nom1=Fermat|lien auteur1=|titre=Œuvres de Fermat - I - partie 2|sous-titre=|lien titre=|volume=|tome=|passage=|lieu=Paris|éditeur=Gauthier-Villars (p. 290-358)|lien éditeur=|année=1891|numéro d'édition=|pages totales=|isbn=|lire en ligne=https://fr.wikisource.org/wiki/%C5%92uvres_de_Fermat_-_I_-_Partie_2|consulté le=}}</ref>, qui n’auraient pu tenir dans une marge. Dans les Livres I et II au contraire, les trois premières observations sont très courtes et y auraient tout à fait trouvé place. En outre le style est aussi parfait que dans ses lettres, sont-ce là les manières d'écrire un pense-bête ? Nous n'avons connaissance d'aucun mathématicien qui se serait interrogé sur cette étrange disparition d'un livre aussi important. Pourquoi ? Notre avis est qu'aucun n'a eu la moindre velléité de chercher à comprendre. Ni de chercher le moindre argument en faveur d'une preuve détenue par Fermat. Ni de sortir du troupeau. Samuel sait évidemment que si les 48 observations avaient été écrites dans les marges, l'ouvrage aurait alors acquis une <span style="color:blue">valeur historique</span> (et marchande) considérable. Cette disparition n'a pourtant éveillé la curiosité d'aucun commentateur. Catherine Goldstein, sans s’attarder sur le sujet, emploie le conditionnel et écrit : ''« […) observations qu’il aurait écrites dans la marge. »'' Si Fermat a donné, sur un livret ou sur papier libre, des instructions précises à son fils dans la manière de consigner ''dans trois versions différentes de l'Arithmetica'' cette note si importante à ses yeux, alors ces consignes justifient parfaitement la disparition de l'ouvrage, que Samuel, très prudent, s'est vu contraint de détruire pour que le plan de son père se réalise pleinement. Nous ne voyons pas d'autre explication à la disparition de l'ouvrage. Il nous semble évident aussi que Fermat avait demandé à Samuel de ne faire connaître qu'après sa mort les 48 observations. Pierre et Samuel, voila un bien noble binôme qui a bien mérité sa particule : Pierre, homme de cœur, intègre, à la fois humble, ambitieux et audacieux, incisif parfois, ‘’paresseux’’ dit-il de lui, mais plutôt extrêmement occupé. Samuel, humaniste lui aussi, passeur dévoué, il sait d’où il vient, il sait où il va, un vecteur bien orienté en somme, digne héritier de son père. On n'a retrouvé dans la bibliothèque de Fermat que quelques très rares ouvrages dont une ''Arithmetica'' de Diophante. On pouvait s'attendre à ce que ce ne soit pas un exemplaire de l’''Arithemica'' semblable à celui qui avait inspiré Fermat et ne comportant pas les 48 observations, ç'aurait été un indice trop flagrant que Fermat père et fils auraient laissé à la postérité. Ne voulant rien négliger j'ai fait appel aux bons offices de Madame Marielle Mouranche, Conservateur des bibliothèques, responsable du livre ancien à l'Université de Toulouse, qui m'a confirmé que l’''Arithmetica'' retrouvée n'est pas une édition de 1621, mais une autre éditée à Bâle en 1575 [https://ccfr.bnf.fr/portailccfr/ark:/06871/0014959683] et commentée par cinq personnes, dont Fermat. Cette ''Arithmetica'' plus ancienne a-t-elle pu aider notre homme à mieux déchiffrer l'édition de 1621, fautive ? Je ne sais. == Le style des Observations == * (CM, Jean Rousseau, '''Laurent Hua''' [https://www.letudiant.fr/educpros/personnalites/hua-laurent-884.html], Albert Violant I Holz). Le style utilisé par Fermat dans ses 48 observations (leur élégance aussi), montre clairement qu'elles ont été rédigées à l'attention du lecteur. En outre, '''quel besoin aurait-il eu de s'expliquer à lui-même''' qu'il a réellement dévoilé une explication admirable ? Quel besoin aussi aurait-il eu de répéter ''sans cesse, uniquement à son intention'', qu'il manquait de place – le plus souvent – ou de temps ? * Pourtant l’historien Jean Itard écrivait : « réservées à son seul usage. » De même après la découverte de Wiles en 1994, Winfried Scharlau veut nous le faire croire. Un autre argument est avancé : « puisqu’il [Fermat] ne connaissait pas nos outils modernes ». Il est saisissant de voir comment les mathématiciens qui n'ont pu suivre ses traces ont pu s'ingénier à utiliser des mauvais arguments pour rabaisser encore plus un génie qui les aura autant défiés. Certaines légendes urbaines ont la vie dure, surtout quand ''« des considérations d’ordre affectif ou égocentrique (et plus généralement les considérations “humaines”) viennent immanquablement troubler le cours limpide d’un raisonnement logique. »'' ([[w:Christophe_Breuil|Christophe Breuil]]). * (Paul Tannery). C'est seulement cette note énigmatique qui a un titre écrit en toutes lettres : OBSERVATIO DOMINI PETRI DE FERMAT, les 47 autres sont abrégés en OBSERVATIO D.P. F. . Fermat nous suggère-t-il ici d’observer de très près, ''dans tous les moindres détails,'' son plus grand défi ? Alexandre Grothendieck : ''« Et il y a aussi la vérité d'une situation particulière, unique. Ainsi, dans telle situation, nous percevons de façon sûre qu'un interlocuteur est de mauvaise foi, qu'il est dans un état de mensonge (alors qu'il peut fort bien être persuadé lui-même qu'il est de la meilleure foi du monde…) ; ou au contraire, nous percevons que ce qu'il dit est vrai, que c'est dit dans des dispositions de vérité (alors même que le contexte pourrait peut-être avoir toutes les apparences du contraire). La même chose peut avoir lieu en lisant un texte écrit, par exemple tel passage d'un livre. Ou nous pouvons avoir la perception d'un état de vérité ou d'un état de mensonge en nous-mêmes. De telles perceptions, qui ne sont perçues au champ conscient que dans des dispositions de silence intérieur, d'écoute, nous apportent une connaissance véritable, elles nous disent la v é r i t é d'une chose, d'une situation.'' »<ref>Un merveilleux texte de Alexandre Grothendieck, [https://1lib.fr/book/3434292/addd21?regionChanged=&redirect=179400318 NOTES pour LA CLEF DES SONGES (pdf), p. N39]</ref>. Il est bien difficile de croire que les 3 différences d'écriture du même mot crucial ''detexi'' (“j'ai dévoilé”), sur la même observation et dans 3 versions différentes de l'édition de 1670, si elles avaient été des accidents, auraient échappé à son fils Samuel, qui œuvra avec tant d'assiduité à faire connaître l'œuvre de son père. De même pour le point exagérément surchargé '''qui suit ce même mot ''detexi''''' dans les 3 versions. Doit-on aussi prendre pour d'incroyables coïncidences toutes les curiosités que l'on découvre, rien que dans cette observation (on en compte 9) quand on l'analyse en profondeur ? Je suis toujours aussi sidéré, amusé aussi, de voir comment au fil des décennies, puis des siècles, certains grands mathématiciens, têtes pleines d'une logique algébrique mais faisant fi de toute logique abstraite, générale, ont réussi à tisser eux-mêmes les mailles du filet qui les a enfermés, coupés du simple bon sens. Quand on découvert et étudié les nombreux indices, évidents aux yeux de l'humble observateur attentif et sans préjugé, qu'a laissé Fermat, la meilleure conclusion qu'on puisse en donner est : c'est tout simplement sublime. Il est difficile de juger ces intellectuels, dont les pensées et propos relèvent à la fois d'un profond sentiment d'infériorité vis à vis de Fermat et d'une méconnaissance totale de cet homme, et de l'âme humaine en général, on ne peut que s'ébahir de leur aveuglement. Voyant comment une si longue, si tenace, légende urbaine a pu s'élaborer, on en tire un enseignement profond : l'étude de la pensée de groupe, l'observation des rivalités entre grands hommes, nous enrichissent dans notre connaissance de la psychologie humaine : ''comment un imaginaire collectif peut complètement se pervertir.'' == Le triangle arithmétique == ''« Les intellectuels résolvent les problèmes, les génies les évitent. »'' Albert Einstein. <br><br>Pierre de Fermat était tout sauf un suiveur, il n’est pas étonnant qu'il fût un aussi grand passionné. Loin de Paris et isolé, il a eu surtout des contacts épistolaires avec d'autres mathématiciens et il était fondé, dans sa solitude intellectuelle, à apprécier les recherches les plus ardues. Ses correspondants rechignèrent de plus en plus à répondre à ses lettres, et finalement tous ont renoncé. Il avait eu connaissance du triangle arithmétique, ''au moins'' par les travaux, qu’il connaissait, de François Viète mort en 1603. D'ailleurs ce triangle était déjà connu au onzième siècle du mathématicien persan Al-Karaji et de bien d’autres plus tard, jusqu’à Tartaglia et Marin Mersenne. Fermat s’est forcément intéressé aux propriétés étonnantes de ce triangle. Rappelons qu’il a travaillé sur les carrés magiques et qu'il est allé jusqu'à réaliser un rectangle magique de plus de 400 cases. Il semble logique qu’il n’ait jamais souhaité mentionner ce triangle à personne (jusqu’à ce que Pascal écrive sur le sujet), s’il s’en est servi pour trouver une preuve à son théorème général, ce que le décodage effectué par Roland Franquart en 2009 semble confirmer. Pascal écrit son ''Traité sur le [[w:Triangle_de_Pascal|Triangle arithmétique]]'' ''en 1654.'' Ayant eu connaissance de cette publication Fermat lui écrit le '''29 Août 1654''' :     ''« Nos coups fourrés continuent toujours et <span style="color:blue">je suis aussi bien que vous dans l'admiration que nos pensées s'ajustent si exactement qu'il semble qu’elles aient pris une même route et fait un même chemin : vos derniers traités du </span>[[w:Triangle_de_Pascal|Triangle arithmétique]] <span style="color:blue">et de son application en sont une preuve authentique</span> : et si mon calcul ne me trompe, votre douzième conséquence courrait la poste de Paris à Toloze, pendant que ma proposition des nombres figurés, qui en effet est la même allait de Toloze à Paris. Je n’ai garde de faillir tandis que je rencontrerai de cette sorte, et je suis persuadé que le vrai moyen pour s’empêcher de faillir est celui de concourir avec vous. Mais si j’en disais davantage, la chose tiendrait du compliment, et nous avons banni cet ennemi des conversations douces et aisées. Ce serait maintenant à mon tour à vous débiter quelqu’une de mes inventions numériques ; mais la fin du Parlement augmente mes occupations, et j’ose espérer de votre bonté que vous m'accorderez un répit juste et quasi nécessaire.'' ''Cependant je répondrai à votre question des trois joueurs qui jouent en deux parties. Lorsque le premier en a une, et que les autres n'en ont pas une, votre première solution est la vraie, et la division de l'argent se doit faire en 17, 5 et 5 ; de quoi la raison est manifeste et se prend toujours du même principe, les combinaisons faisant voir d'abord que le premier a pour lui 17 hazards égaux lorsque chacun des deux autres n'en a que 5.'' ''Au reste, il n'est rien à l'avenir que je ne vous communique avec toute franchise.  [...] »'' Les commentateurs des Œuvres de Pascal ont écrit : ''« Ce n'est pas, on le voit, par défi, suivant la coutume du temps, que Fermat propose ces problèmes à Pascal ; c'est parce qu'il cherche à se faire de Pascal un collaborateur.'' ''»'' ''Autre lettre à Pascal du 25 Juillet 1660 :'' « ''Des que j'ay su que nous sommes plus proches l'un de l'autre que nous n'étions auparavant, je n'ai pu résister à un dessein d'amitié dont j'ai prié Monsieur de Carcavy d'être le médiateur: en un mot je prétends vous embrasser, et converser quelques jours avec vous ; mais parce que ma santé n'est guère plus forte que la vôtre, j'ose espérer qu'en cette considération vous me ferez la grâce de la moitié du chemin, et que vous m'obligerez de me marquer un lieu entre Clermont et Toulouse, où je ne manquerai pas de me rendre vers la fin de Septembre ou le commencement d'Octobre. Si vous ne prenez pas ce parti, vous courez hasard de me voir chez vous, et d'y avoir deux malades en même. J'attends de vos nouvelles avec impatience, et suis de tout mon cœur, tout à vous... »'' == En avant-goût, quelques citations de Fermat == Extraites de ses 48 OBServations. * « J’estime qu’on ne peut énoncer sur les nombres de théorème qui soit plus beau ou plus général. Je n’ai ni le temps ni la place d’en mettre la démonstration sur cette marge. » * « « Bien plus, il y a une proposition très belle et tout à fait générale que j’ai été le premier à découvrir […]. Je ne puis en donner ici la démonstration, qui dépend de nombreux et abstrus mystères de la Science des nombres ; j’ai l’intention de consacrer à ce sujet un Livre entier et de faire accomplir ainsi à cette partie de l’Arithmétique des progrès étonnants au-delà des bornes anciennement connues. » * « […] Je vais donner la démonstration de ce théorème que j’ai découvert ; je ne l’ai pas trouvée au reste sans une pénible et laborieuse méditation ; mais ce genre de démonstration conduira à des progrès merveilleux dans la science des nombres. » * « J'ai trouvé un très grand nombre de théorèmes extrêmement beaux. » * « Je suis l'homme le plus paresseux du monde. » == Trois versions différentes de l’''Arithmetica'' : premiers codages == [[Fichier:Diophantus-cover-Fermat.jpg|thumb|right|upright=1|<big>'''L’''Arithmetica''''' '''annotée et publiée par Samuel de Fermat en 1670.'''</big>]] Il existe au moins trois versions différentes de lʼ''Arithmetica'' de 1670, où la célèbre note énonçant le théorème se présente sous trois aspects différents. C’est grâce à Roland Franquart (je vous recommande vivement la visite de [http://franquart.fr/ son site], où il explique en détail toutes ses découvertes) qui en 2009 me fit part de ses travaux à partir de l’''Observation'' présente sur l’''Arithmetica'' de la Bibliothèque de Lyon, que ma passion pour cette énigme, dont le traitement qu’on en avait fait m'avait très choqué, en fut encore accrue. En juin 2017, j'ai passé de longues heures à chercher une bizarrerie qui aurait pu figurer dans une autre version de l'édition de 1670, de préférence sur le mot (''detexi'') où Roland Franquart avait déjà trouvé (entre autres choses) la bizarrerie du '''''t''''' surchargé (image en haut de page et version ''B'' ci-dessous). Je me disais que si Fermat avait voulu mettre toutes les chances de son côté pour que seuls ses suiveurs trouvent son explication, il n'aurait rien risqué à utiliser ce stratagème une seconde fois. Mais honnêtement, je ne pensais absolument pas pouvoir trouver une troisième version, différente, et encore moins une deuxième bizarrerie sur le même mot, c'aurait été trop beau. Si je me suis à ce point obstiné c'est que je caressais un fol espoir : trouver un « argument massue ». Et finalement je la trouvai, cette deuxième grosse bizarrerie, sur l'exemplaire de l'Université de Rome (detex'''''ṡ'''''). Je n'en crus pas mes yeux, cette découverte était si inattendue qu'elle me laissa sidéré, et le coup de massue c'est moi qui l'ai reçu. Pendant longtemps je restai dans cet état, ne sachant quoi en penser. Personnellement trop impliqué, il m'était difficile de réfléchir sereinement à la nouvelle situation. Cette bizarrerie supplémentaire, ça “paraissait trop‘’, c'était “trop gros‘’, même venant du très facétieux Pierre de Fermat. Mais je n'avais pas assez considéré qu'il travaillait à une époque sans internet. Je mis presque deux ans à trouver la solution, pourtant d'une clarté aveuglante. Une fois sur le site, taper en haut le N° de page 141, puis agrandir l’image (signe + en bas à droite). <br> '''Version A'''. [https://ia800400.us.archive.org/27/items/bub_gb_6QIYIizG_v8C/bub_gb_6QIYIizG_v8C.pdf Université de Rome]. [[Fichier:Detexs, Université de Rome, le i est transformé en s.jpg|thumb|left|512px|alt=Arithmetica de l'Université de Rome|Arithmetica de l'Université de Rome]] <br /><br /> [[Fichier:Le i tordu seul sur detexi Fermat.jpg|alt=Un caractère étrange dans le detexi de la a note de Fermat, à Rome|néant|vignette|374x374px| → Le ''i'' est remplacé par le graphème ''ṡ'' avec son point en chef]] <br /><br /><br /> (CM) : On observe que l’élément précédant le point final, étrangement n’est ni un ''i'' , ni un ''s'', mais ce caractère étrange, ''ṡ'', qui ''a priori'' est incongru dans ce texte latin. La lettre “s” diacritée d’un point suscrit (ou “point en chef” ) est un graphème du latin étendu, autrefois utilisé dans l’alphabet irlandais. Une diacritique est souvent utilisée pour distinguer un mot d'un autre mot, homonyme. Pourquoi Fermat, philologue, a-t-il transformé le mot ''detexi'' (“j’ai mis au jour”) en '''''detexṡ''''' ? Ce mot étant inconnu de la langue latine, examinons le dernier caractère, ''ṡ''. Il est formé d'un “''i'' ” deux fois bosselé (tordu), inclus dans le “''ṡ''”. Les deux caractères “''i''” et “''s''” sont confondus, le graphème peut alors se décomposer en ''i + s,'' ce qui nous donne → ''is''. Le mot inconnu '''''detexṡ''''' devient le mot ''detexis,'' du verbe ''detexo'' cette fois, et non plus ''detego''. Or ''detexo'' signifie “tisser complètement”, et conjugué ici au présent de l’indicatif, à la 2^ème personne du singulier, '''“<u>tu tisses complètement</u>”''' (ou « tu représentes complètement », « tu achèves un tissu »), ce qui rejoint et confirme le décryptage alphanumérique effectué par Roland Franquart en 2008 d'après l'édition présente à Lyon (version B). * Voir [https://www.dicolatin.com/Latin/Table/0/DETEXO--IS--ERE--TEXUI--TEXTUM--tr/index.html ''detexis''] sur Dicolatin en haut à gauche. Du verbe ''detexo'' : '''tu tisses complètement''', tu tresses, tu arranges en tresses. Fermat a fait preuve ici de beaucoup d'ingéniosité. Avait-il noté que “''detexis”'' est aussi l'anagramme d existe ? (Merci à Jean-Paul Blanc qui me signala cette curiosité). Connaissant la sagacité du personnage j'en suis certain. Pourtant la trouvaille qui m'a le plus réjoui n'est pas la découverte de cette très curieuse version de l’''Arithmetica'', car bien que j'ai passé énormément de temps à la chercher, j'ai surtout eu beaucoup de chance, elle aurait pu ne pas être présente sur internet, et finalement le décodage de cette anomalie n'en fut pas tropdifficile, surtout avec les données dont je disposais déjà grâce à Roland Franquart. Non, là où j'ai été le plus heureux, c'est quand j'ai fait [https://fr.wikiversity.org/wiki/Recherche:L%E2%80%99%C3%A9nigme_de_Fermat_pass%C3%A9e_au_crible#Premier_maillon,_les_nombres_de_Fermat cette découverte] relative aux “nombres de Fermat”. Quand on suit les traces de Fermat on devient de plus en plus audacieux pour s'aventurer de l'autre côté du miroir, là où personne n'est encore allé. Il en a fallu du temps, de la disponibilité intellectuelle, des méditations, ainsi qu'une certaine aptitude à la [[w:sérendipité|sérendipité]] pour que, après de multiples relectures de la lettre à Carcavi et la connaissant par cœur, je la relise une dernière fois ''comme en pensant à autre chose'', et soudainement la ruse de Fermat m'apparut dans toute sa splendeur. Il m'avait d'abord fallu oser imaginer que son astuce pouvait être d'une habileté diabolique, puis peser chaque mot de la proposition adressée à Carcavi. Il y a quelque chose de très réjouissant en ce que nous les humbles avons souvent une vie bien plus apaisée, donc une vision des choses plus saine et plus fine que les personnalités très en vue soumises à toutes sortes de contraintes professionnelles. * À la lecture d'un long et chaleureux courriel que m'envoya Catherine Goldstein en janvier 2022 je compris pourquoi elle ne pouvait s'autoriser à donner son avis sur la preuve de Fermat, une reconnaissance officielle de la validité de la preuve de Fermat non seulement provoquerait un remue-ménage chez des milliers d'amateurs et des dommages collatéraux très chronophages et fort gênants, mais surtout elle ne voulait en aucune manière être à l'origine d'une polémique qui serait dommageable pour tous. Et pour tout vous dire je terminais ma réponse à son message par ces mots : ''« Accepte je te prie ma reconnaissance éternelle ».'' Sans ses encouragements en effet lors de mon dernier “séjour” de quelques années sur Wikipédia, sans ses messages de soutien, sans cette complicité qui nous lie — notre passion pour Pierre de Fermat — je n'aurais pas eu la motivation nécessaire pour réaliser une étude aussi approfondie, qui m'a procuré tant de joies et tant de belles émotions, et que je livre maintenant à votre sagacité et à votre critique. Elle est en quelque sorte offerte en « libre service », si Untel pourra passer outre, un autre pourra s'en inspirer et même, pourquoi pas, la faire totalement sienne. J'en serais ravi !<br>P.-S. : « ''Veux-tu connaître ce qui est utile ? Sache être ignoré »,'' lit-on à la fin de l'épitaphe de Fermat.<br>P.-S.2 : Fermat, là-haut, doit sourire en pensant à tous ses admirateurs. Quant à ses contempteurs, j'ignore ce qu'il peut bien en penser{{Clin}}. Je vous donne ma parole que ce qui suit est vrai. Un responsable de l’[[w:Agence_France-Presse|Agence France-Presse]] s’était étonné en 2009 qu’aucun des journalistes scientifiques auxquels on avait soumis la preuve de Fermat n’ait souhaité donner suite. Est-ce que vous êtes étonné(e), vous ? Si non, peut-être avez-vous compris que ce monde n’aurait pu être fait meilleur qu’il l’a été... La formidable innovation qu’a produit Wikiversité (entre autres choses) est qu’en utilisant les outils de Wikipedia, elle fournit aux chercheurs indépendants le meilleur support de travail qu'ils puissent jamais trouver, permettant à un public de plus en plus large d’accéder à des travaux inédits et introuvables ailleurs. Si ce modeste essai pouvait encourager de jeunes chercheurs à comprendre combien le panurgisme contrarie le discernement et l'initiative personnelle, il aurait atteint pleinement son but.<br> La principale caractéristique de cette énigme possède une anagramme étonnante et bienvenue : ''la légende urbaine'' <span style="color:blue">rendue inégalable.</span><br> Il semble que logiquement tout s'enchaîne au mieux pour que cette longue épopée jamais ne prenne fin. Pouvait-on mieux remercier le grand homme qu'en lui consacrant cette étude ? Merci, Monsieur de Fermat. '''Version B.''' [https://archive.org/stream/bub_gb_ijB2wMyhl3AC#page/n167/mode/2up Bibliothèque de Lyon]. Revenons à ce ‘’''detexi''‘’ qui figure aussi sur la toute première image de cet article.[[Fichier:Bibliothèque de Lyon, la note de Fermat où le "t" et le point sont surchargés.jpg|thumb|left|400px|alt=Arithmetica de la Bibliothèque de Lyon]] <br /><br /><br /><br /><br /><br /><br /><br /> <br /> (Roland Franqquart) : La surcharge sur le '''''t''''' suggère que ''cette lettre pourrait avoir une grosse importance pour la suite.'' En outre je pense comme R. Franquart que ce '''''t''''' a un rapport avec les deux derniers mots de l'observation de Fermat, ''non capere'''''<u>t</u>''' (n'eût pas contenu ce '''''t''''' dans le triangle de Pascal – explication sur son site). La surcharge a aussi le gros avantage de forcer l’attention sur le mot ''detexi'' : “j’ai mis à nu” (ou “j’ai dévoilé”). Le point qui suit le mot est grossi lui aussi sur les 3 versions, comme pour rappeler l'importance du mot. En outre, le '''''t''''' initie '''''t'''exi'', signifiant "j'ai caché". Le décryptage de Roland Franquart révèle une deuxième lecture '': « [… ] ce dont j’ai entièrement construit comme un tissu l’explication étonnante. Le manque'' (la petitesse) ''de la bordure'' (du bord, <u>de la limite</u>, du cadre, de la marge) ''ne la contiendrait pas. »'' Ces codages et décodages peuvent paraître au béotien ''tirés par les cheveux,'' mais souvenons-nous que Fermat adore jouer avec ses correspondants et avec les mots (ne parlons pas des nombres ...). À l'instar d'autres penseurs de son époque (François Viète, John Wallis, Francis Bacon dont il est un fervent lecteur), il est expérimenté en matière de cryptage et s'est s'appliqué à laisser un maximum d'indices en les disséminant un peu partout (cf. ''infra''). Dans ces deux premières versions, il «trafique» donc '''deux''' lettres dans le même mot. A-t-il envisagé qu'après sa mort, un mathématicien en possession d'une édition ''“detex<big>'''ṡ'''</big>'''.'''”'' en soit désorienté et écrive à un collègue pour lui faire part de cette curiosité ? Si ce collègue, souhaitant vérifier ''de visu'' l’information avait alors, par chance, consulté une édition ''de '''<u>t</u>''' exi'''.''''', ces deux personnes se seraient interrogées et mises à la tâche confiantes et assidues. Une telle rencontre semble ne s'est sûrement jamais produite. Quant à nous nous avons maintenant le choix entre deux nouvelles interprétations, que nous pouvons d'ailleurs utiliser ensemble :''<br>'' <span style="color:blue">''« ce dont tu tisses complètement la démonstration admirable (''car'') j'en ai réellement dévoilé, entièrement tissé, l’explication tout à fait étonnante. »''</span> * La grossière surcharge sur le '''''t''''' figure sur plusieurs des exemplaires de l'''Arithmetica'' que nous avons trouvés et ces surcharges y sont identiques. Il a donc fallu que l'imprimeur réalise spécialement un nouveau caractère mobile d'imprimerie. Notons par ailleurs que si ce “''t''” avait souffert dans un premier temps d'un manque d'encre et n'avait pas été parfaitement visible, on l'aurait rendu clairement lisible '''''sans le surcharger aussi grossièrement.''''' '''Version''' C. [http://dx.doi.org/10.3931/e-rara-9423 Bibliothèque de Zurich]. [[Fichier:Le Diophante de 1670 à Zurich. La note de Fermat où tout est correct.jpg|thumb|left|500px|caption|Arithmetica de la Bibliothèque de Zurich : la note est correctement écrite]] <br><br><br /><br /><br /><br /> <br />Sur cette version le mot est correctement écrit, seul le point final est surchargé. La preuve « assurément dévoilée » par Pierre de Fermat, si elle est très courte, est d’une difficulté formidable. Le décryptage effectué par R.F. montre que Fermat s’est élégamment servi des propriétés du ''triangle arithmétique'' “de Pascal”. Les codages effectués dans le texte latin, avant d’être cassés, '''recouvrent, cachent, dissimulent''' (verbe latin ''tego, is, ere, '''texi''', tectum''), un début d'explication. == Codages communs aux trois versions == ''C^{V<span style="color:red">bum</span>} a<span style="color:blue">'''u'''</span><span style="color:red">'''t'''</span>em in duos cubos, a<span style="color:blue">'''u'''</span><span style="color:red">'''t'''</span>em quadratoquadra<span style="color:red">'''t'''</span><span style="color:blue">'''u'''</span>m in duos quadratoquadratos<br>'' ''& generaliter nullam in infini<span style="color:red">'''t'''</span><span style="color:blue">'''u'''</span>m vltra quadra<span style="color:red">'''t'''</span><span style="color:blue">'''u'''</span>m potestatem in duos eiusdem''<br> ''nominis fas est diuidere cuius rei demonstrationem mirabilem sane de<big>'''t'''</big>ex<big>'''ṡ'''</big> _•<br> ''Hanc marginis exiguitas non caperet.'' J'ai regroupé ci-dessus les 2 anomalies sur le mot ''detexi,'' qui figurent dans 2 éditions différentes de l'Arithmetica de 1670, et reporté le point surchargé qui suit “''detexi”''. (R F) : Dans le premier mot de l’''Observation'', C^Vbum'' (cubum, ''nombre cubique), l'exposant, comme c'est le cas de tout premier mot de paragraphe de la page 61, aurait dû être écrit entièrement en lettres capitales. En répétant cette transgression dans les 47 autres observations, Fermat évite de rendre l'anomalie trop flagrante. Or la lettre latine '''''u''''', quant elle est écrite en capitale d'imprimerie, devient'' '''V'''. ''L'orthographe correcte est donc ''C^VBVM. ''La minuscule ''^u'' est une intruse qui permet qu'il y ait 21 “'''u'''”, et établit ainsi une «coïncidence» (u, 21^e lettre de l’alphabet) et surtout, <span style="color:blue">''elle suggère que cette lettre “'''u'''” pourrait se révéler très importante pour la suite — tout comme la lettre “'''t'''” de la version B.''</span> En outre dans le texte de Fermat il y a 21 '''''u,''''' et seulement 19 '''''t''''' ; or, '''''t''''' est la 20^e lettre de l’alphabet. Je cite Roland Franquart qui note avec pertinence : « “'''''v'''ltra”'' et “''di'''''u'''''idere”''  n’existent pas dans le Dictionnaire, mais “''ultra”'' et “''dividere''.” Cela fait toujours 21 '''''u''''' en minuscules italiques. Ainsi Fermat montre que les lettres '''''u''''' et '''''v''''' peuvent se remplacer mutuellement dans n’importe quel mot de l’ARITHMETICA, sauf dans le premier mot ; '''l’^EXPOSANT'''. » Revenons à ces 19 '''''t''''' : il manque un '''''t''''' par rapport à '''''t''''' <u>20^e lettre de l’alphabet</u>. R. Franquart nous montre que ce ''manque'' est à mettre en relation avec les deux derniers mots qui terminent la note : * « ''non capere t » = ne pas contenir '''t''''' (dans le triangle arithmétique) : * cette lettre '''''t''''', qui est précisément celle qu'il a surchargée dans le mot de'''''t'''''exi ; * cette lettre '''''t''''', dont l'importance est encore accrue par le point qui suit le mot de'''''t'''''exi ''dans les <u>trois versions de l'Arithmetica</u>.'' Allez visiter le site [http://franquart.fr/ franquart.fr], tout y est remarquablement expliqué. En outre on trouve dans la note 2 couples de lettres accolées ''<span style="color:blue">'''u'''</span><span style="color:red">'''t'''</span>'' dans l'ordre, et plus loin 3 couples ''<span style="color:red">'''t'''</span><span style="color:blue">'''u'''</span>'' dans l'ordre. Grâce à l'une de ses découvertes et comme le demande Fermat'','' Roland Franquart [http://franquart.fr/Revelation_DTF.html a effectué] <span style="color:blue">''le tissage le plus simple qu'on puisse trouver''</span> avec les lettres ‘’''<span style="color:blue">'''u'''</span>''’’ et ‘’''<span style="color:red">'''t'''</span>'' ‘’ dans le triangle “de Pascal”. Ma découverte personnelle de “detexis” (« ''tu tisses complètement »)'' rejoint la sienne, Fermat a parsemé sa note d'indices qui se renforcent les uns les autres. Remarquons que ce [[w:Triangle_de_Pascal|Triangle arithmétique]] révèle dans l’ordre '''les coefficients du binôme (x+y)ⁿ'''. Or : {{Cadre|épaisseur bordure=2px|style bordure=points|couleur bordure=#0F0|Les seuls termes « indépendants » de ce binôme sont justement les puissances xⁿ et yⁿ.|2}} Les codages en latin de Pierre de Fermat paraissent excessivement complexes, mais il n’avait guère le choix s'il voulait coder son explication en lignes 1/2. Il a aussi eu de la chance, comme il convient aux audacieux : le couple ''<span style="color:red">'''t'''</span><span style="color:blue">'''u'''</span>'' est aussi le pronom personnel ‘’tu’’ déjà présent dans la traduction exacte du latin vers le français de “''detexis”'' : ''« Tu tisses complètement. »'' Fermat a remarqué qu'en formulant son observation d'une certaine façon il peut utiliser 21 ''u'' (21^e lettre de l’alphabet), et 19 ''t'' (20^e lettre) : ce '''''t''''' manquant, c'est exactement ce qui lui convient. Ce cryptage qu’il réussit a mettre en place, quand on l'a lu, relu, relu encore et bien assimilé, on le trouve d'une logique imparable. Il a su profiter des circonstances, les exploiter pleinement, révélant ainsi les tout premiers indices. En 2009, je me posais souvent cette question : a-t-il surtout bénéficié d’une chance inouïe ou était-il doté d’une intelligence vraiment hors normes ? Aujourd’hui en 2021 la deuxième option a toute ma faveur – la chance, il l'a saisie au vol. On ne peut que s'émerveiller devant l'harmonie d'un édifice aussi stable où tous les éléments s'enchâssent si parfaitement les uns dans les autres. C’est du grand art. Citons Georges Soubeille dans ''Pierre de Fermat, un génie européen,'' ''« [il] fut façonné par la rigueur et l’intelligence latines : c’est sur ce terreau que put s’épanouir son prodigieux génie des mathématiques. ».'' On est époustouflé devant son exploit magistral, mais peut-être sommes-nous nous aussi un peu trop timoré, d'ailleurs nous ignorons tout ce dont il était capable. La stratégie qu’il met en place pour livrer son ultime challenge non seulement est un défi à l’imagination mais confine à une énigme policière que Sherlock Holmes (ou plutôt Sir Arthur Conan Doyle, l'auteur de ses aventures) aurait fort appréciée. Mener l'enquête jusqu'à son terme c'est vivre une aventure philosophique à laquelle en enquêtant on trouve tout le charme d'une poésie. Et peut-être un peu l'attrait d'une expérience spirituelle. Le ''« Livre entier »'' qui devait repousser d’une façon étonnante, d'après Fermat, les bornes de la ''« Science des nombres »'', nous manque-t-il vraiment ? Les 48 ''observations'' n'ont-elles pas aidé les mathématiciens à repousser les bornes de la science des nombres ''« au-delà des limites anciennement connues » ?'' Jamais on n’aura vu un livre entier consacré à la science des nombres dont le prologue par Diophante, long de 340 pages, est plus long que le livre lui-même : une quinzaine de pages par Fermat. [[w:Edgar_Allan_Poe|Edgar Allan Poe]] (1809-1849), poète et fameux nouvelliste précurseur du roman à énigmes dit ‘’policier’’, qui fut traduit par Charles Baudelaire, s’il avait eu connaissance en son temps des découvertes faites par Roland Franquart, se serait réjoui d’avoir à mener une enquête cette fois bien réelle. Poe et Fermat ont d'ailleurs bien des points communs, si Poe en son temps était beaucoup plus reconnu en France que chez lui aux Etats-Unis, Fermat était davantage reconnu outre-Manche. Tous deux sont des logiciens lucides, visionnaires, hommes de rupture. Poe et Fermat construisent l'énigme en fonction de l’''effet'' produit, leurs énigmes sont des « sujets » à analyser. Ces créateurs sont un peu comme des « psychanalystes manipulateurs », mais alors qu'en abordant une nouvelle de Poe on sait tout de suite qu'on suivra l'enquête avec lui, Fermat innove, il ne nous avertit pas toujours que ce sera à nous de mener l'enquête : dans un premier temps en osant croire à une trame cachée, pour ensuite la mettre à jour. Une telle mise en abyme est loin d'être tout de suite perçue. Quand Poe manipule ouvertement les lacunes sociales et les symboles pour parvenir à son objectif, Fermat avec un art consommé, insensiblement manipule les lecteurs prévenus contre lui (ainsi que tous les autres), tout dans ses écrits en témoigne. Il se sert habilement de la défiance de ses détracteurs pour les prendre à leur propre jeu, se faisant parfois l’avocat du diable. On pourra faire de lui un vantard invétéré. Au cours des siècles, certains savants ont douté que Fermat avait une preuve. Avec la découverte d’[[w:Andrew_Wiles|Andrew Wiles]] en 1994 – une preuve d’une complexité énorme – ils purent encore moins l’imaginer après avoir douté pendant plus de trois siècles. D’autres, plus fins et circonspects, ont écrit qu'on ne peut rien dire à ce sujet. C'est le cas par exemple à notre époque de [[w:Jacques_Roubaud|Jacques Roubaud]], de [[w:Catherine_Goldstein|Catherine Goldstein]], experte des travaux de Pierre de Fermat, et de bien d'autres mathématiciens. Les codages de Fermat découverts par Roland Franquart sont tellement manifestes qu’on se dit : « Ce ne peuvent être des coïncidences, c'est juste un exploit magistral. » Dans le seul libellé de son observation <u>on trouve déjà 9 curiosités.</u> Après un nouveau décodage on en trouve 4 autres littéralement stupéfiantes. Ensuite dans sa correspondance on en trouve encore de nouvelles. On connaît le rôle du psychanalyste, il ne révèle pas à la personne (nommée à juste titre l’analysant) allongée sur le divan, quelques-unes des pensées inconscientes qu’il aurait pu découvrir chez lui au fil des séances. Il ne lui révèle que rarement les mécanismes en jeu. Il s’agit au contraire de laisser dire à l'analysant tout ce qui lui passe par la tête. De temps en temps il pourra lui dire quelques mots pour ouvrir une piste, donner un indice, mais jamais il ne lui dira une chose importante qui n'est pas encore consciente chez lui grâce au filtre protecteur et indispensable de l'inconscient : ce serait trop difficile à accepter. Ce sera à l'analysant lui-même de le découvrir. Le psychanalyste est avant tout un psychologue, un ''honnête homme'', fin, intelligent, empathique, et surtout qui a déjà fait un travail sur lui-même, une analyse. Fermat n’était pas psychanalyste, il était avant tout un grand mathématicien, intrépide, et surtout l’''honnête homme'' par excellence. Il n’avait pas de patients, seulement des correspondants pas très patients. Très peu de ses lecteurs, comme Mersenne, Pascal, Frénicle, surent l’entendre. Il a agi avec les mathématiciens de son époque et ceux qui les suivraient à la manière d’un psychanalyste persévérant et sagace, qui aurait eu affaire à des cohortes de patients venus là sans même vraiment croire à la psychanalyse. Connaissant leur manque de confiance et surtout leurs lacunes, sans aucunement leur mâcher le travail, il devait leur fournir d'innombrables indices (souvent cachés), espérant qu’un jour un de ces mathématiciens sorte de son apathie, “s'allonge sur le divan” et puisse entendre quelques mots-clefs. Déjà en 1637 quand Fermat fait parvenir à Marin Mersenne sa méthode de recherche des ''maxima et'' ''minima'', il ne prend pas le temps tout d'abord d'exposer les arguments qu'il utilise. Ce n'est qu'à la demande de Mersenne qu'il les fournira, bien volontiers cependant. Avec cette découverte, le premier coup de génie que l'on connaît de Fermat, on prend déjà conscience de la formidable intuition dont il était capable. Maryvonne Spiesser, mathématicienne, historienne, maître de conférences honoraire, précise à propos de cette méthode : <span style="color:blue">''« Il faut lire le texte de Fermat en “oubliant” nos mathématiques actuelles, notamment l'idée de limite [...]. »''</span> J'adhère complètement à cette idée. Mieux, cette conception est à mon sens le seul moyen d'accès (<span style="color:blue">''en “oubliant” nos mathématiques actuelles)''</span> à une compréhension complète de la preuve de Fermat. Je sais aussi qu'il y faut confiance et persévérance, ''humilité'' et audace hors normes, Pythagore n'est pas loin. Et si vous pensiez qu'un axiome pourrait vous gêner, alors cherchez à côté, la petite voie. Se libérer de tout préjugé, de toute arrogance. <blockquote>''« <span style="color:blue">La qualité essentielle d’une démonstration est de forcer à croire, de sorte que ceux qui ne sentent pas cette force, ne sentent pas la demonstration même, c’est à dire, qu’ils ne l’entendent pas. […] » </span>'' Pierre de Fermat</blockquote> Était-il facile pour les mathématiciens qui sont venus après lui, s'habituant de plus en plus à lire des calculs complexes, d’imaginer, même à la vue de deux étranges anomalies dans 2 des 3 éditions de l'''Arithmetica'', qu'il faille cherche (dans la note elle-même !) des indices qu'aurait pu laisser Fermat ? Au dix-septième siècle, les mathématiciens professionnels étant rares, les ouvrages mathématiques avaient un public restreint et il était difficile de trouver un éditeur acceptant de s’engager. Il est donc probable que Samuel a été contraint de publier l’''Arithmetica'' à compte d’auteur, possiblement en une cinquantaine d’exemplaires, en tous cas guère plus d’une centaine d’après nos sources. Une option beaucoup plus économique, plus simple et rapide, aurait été de publier un opuscule contenant les 48 observations de son père auxquelles ce dernier aurait ajouté de très courtes démonstrations, très condensées, voire très elliptiques. Mais sont-ce là les manières de ce pédagogue ? Jamais jusqu’à sa mort le magicien des nombres n’a mâché le travail de quiconque, aurait-il été digne – surtout après qu’il ait été lâché par tous – de leur livrer ''toutes'' ses découvertes ? L’insertion des 48 observations aux endroits appropriés de l’''Arithmetica'' laissera facilement penser au lecteur non averti que Fermat avait écrit de ''très longues'' observations dans les marges. La question : « ''Pourquoi Samuel n'a-t-il pas conservé l’exemplaire d’une valeur désormais inestimable que possédait son père ? »'' trouve ici sa réponse. Citons Fermat à propos de son “OBSERVATIO D.P. F. n° XVIII” ([[w:Théorème des nombres polygonaux de Fermat|théorème des nombres polygonaux de Fermat]]) : ''« Je ne puis ici donner la démonstration, qui dépend de nombreux et abstrus mystères de la Science des nombres ; j’ai l’intention de consacrer à ce sujet un Livre entier et de faire accomplir ainsi à cette partie de l’Arithmétique des progrès étonnants au-delà des bornes anciennement connues. »''. Comme pour tous ses autres théorèmes (sauf un) qui plus tard furent tous démontrés, il ne livre pas sa démonstration à Digby. Il faudra attendre 175 ans pour en avoir la preuve complète par Cauchy en 1813, après que Lagrange en eût démontré une partie. Fermat écrit à Mersenne qu’''en aucun cas il ne recherche la gloire.'' De son vivant en effet cette recherche de gloire, alors qu'il excelle dans la magistrature, aurait été très préjudiciable à sa carrière. C'est l'époque troublée de Richelieu, de Mazarin, des mousquetaires du Roy, l'époque aussi des tensions entre catholiques et protestants, or sa charge de magistrat lui imposait de rester très discret. Notre thèse est qu’il était parfaitement conscient que les mathématiciens qui viendraient après lui, n’ayant aucune idée de la façon dont il s’y était pris pour prouver son théorème, seraient nombreux à ‘’botter en touche’’ (« Il n’a pas pu trouver, c’est impossible, ou alors il s’est trompé [à nouveau, comme pour sa fausse conjecture...] »). Ici encore on retrouve l’esprit facétieux de Fermat, non il ne souhaite pas la gloire de son vivant, mais puisque tous les autres mathématiciens, l'un après l'autre, l’ont lâché, il ne lui reste qu’une solution, faire en sorte que ses plus puissants défis deviennent célèbres ''afin qu’on les étudie, pour que la science progresse.'' La gloire oui, mais seulement après la mort. Vers 1800 on pouvait vérifier le grand théorème pour les valeurs de ''n'' égales à 3, 4 et leurs multiples respectifs, puis, avec une première grande avancée due aux travaux de Sophie Germain, pour n=5, 14, 7. Cinquante ans plus tard, alors que les mathématiciens désespèrent de pouvoir trouver une preuve arithmétique du dernier théorème de Fermat restant à démontrer, Ernst Kummer amorce un virage qui va donner une tout autre tournure à l’affaire. Changeant radicalement d’approche il a l’idée de faire appel aux nombres complexes, développant la théorie des nombres complexes idéaux, qui allait devenir un outil très important de l’algèbre. Finalement il démontre le théorème pour tous les exposants inférieurs à 100 et profite de l'occasion pour parler du théorème de Fermat comme d’« une simple curiosité ». C’est une nouvelle grande avancée qui, même très relative, suscite l’enthousiasme chez les savants qui jusqu’alors n’avaient guère progressé. Le pli est pris, et on abandonne définitivement la recherche arithmétique pure pour tenter de démontrer le théorème, d’autant que la nouvelle voie est riche de promesses pour une nouvelle mathématique. Désormais on va donc se consacrer à explorer cette nouvelle, étrange et complexe espèce de nombres, ces nombres complexes idéaux, qui vont aider à aller beaucoup plus avant dans la compréhension des nombres premiers, en étudiant les questions mathématiques les plus profondes. Jacques Roubaud note qu’à partir de ce moment, il devient impossible à un mathématicien ne possédant pas comme Fermat autant de connaissances en arithmétique, d’avoir accès à ses raisonnements. On recommencera donc à étudier le Fermat, mais différemment. Oui ce sera difficile, oui ce sera complexe, mais au moins l’espoir est revenu, et surtout, ''on doute encore plus que Fermat ait pu démontrer son théorème.'' Ensuite, au fil des siècles, alors que les scientifiques utilisent de moins en moins le latin, et que les mathématiciens démontrent le théorème pour des cas particuliers, personne ne songera à examiner de près l'observation originale. On n'aurait jamais pensé que seule une traduction exacte pouvait indiquer de quelle façon aborder le problème. Il paraît donc logique que ce soit un amateur (Roland Franquart), qui soit allé voir directement à la source pour étudier la note écrite en latin et mettre en évidence tous les codages de Fermat. Les mathématiciens ont manqué de confiance, d'humilité et d'audace à la fois. Connaissant l'esprit facétieux de Fermat ils ne se sont pourtant pas interrogés sur la raison qu'il avait pu avoir – lui un Français, qui s'adresse quand même d'abord à des Français – de rédiger son observation la plus importante en latin. Comme nous l'avons déjà noté ils étaient si obnubilés par le théorème en lui même – bluffés aussi par une formulation bravache – qu'ils n'ont jamais pensé à s'adresser à un latiniste professionnel afin de pouvoir disposer d'une traduction rigoureuse. Ni même à se fier à la traduction officielle d'Émile Brassinne, exacte à un terme près. Il est vrai que cette traduction fut relativement tardive (1853), longtemps après la parution de l’''Arithmetica'', et déjà Kummer était passé par là. Depuis que l’''Arithmetica'' de 1670 a été éditée, on ne peut douter que des mathématiciens (français, anglais, allemands…) aient lu l’o''bservation'' dans l’une des deux versions ‘’arrangées’’ (''detex<big>'''ṡ'''</big>'''''<u>.</u>''' ou ''de'''<u>t</u>'''exi'''<u>.</u>'''''). Mais est-il facile pour un mathématicien professionnel habitué à lire calculs et démonstrations, d’imaginer, même à la vue d’une étrange anomalie, qu'il faille chercher d'autres anomalies ? Avec beaucoup de chance cela aurait pu se faire dans les premières décennies. Ensuite, alors que les scientifiques utilisaient de moins en moins le latin et qu'ils démontraient le théorème pour des cas particuliers, on ne songea pas davantage à faire traduire correctement la note, puisque Fermat « a dû se tromper » à moins qu'il se fiche de nous tout simplement, et de toute façon il ne disposait pas des bons outils puisqu'il n'avait que les siens... . Fermat espérait-il qu'un jour, un lecteur ait sous les yeux les deux éditions de l’''Arithmetica'' de 1670 ‘’trafiquées‘’ et se pose quelques questions ? En tout cas avec trois versions différentes de l’''Arithmetica'' il donnait à sa stratégie une chance d’aboutir pour ceux qui n'auraient pas pensé à la piste du triangle arithmétique (ou pas réussi à l'exploiter). Une seule édition ‘’trafiquée‘’ a suffi à Roland Franquart pour mettre à jour le cryptage, je lui suis reconnaissant d'avoir en 2009 rendues publiques ses découvertes. Quand Fermat écrit qu’il a ''assurément'' ''dévoilé'' une démonstration étonnante (ou admirable), on aurait pu penser que cette démonstration était inhabituelle. Si la présence de codages est évidente, son explication sibylline est loin d’être entièrement accessible à des mathématiciens du vingt-et-unième siècle – quand ils veulent bien y réfléchir sans ''a priori''. ''A contrario'', se conformer à la pensée dominante est confortable, qui évite de se prononcer et de se sentir à l’écart de la caste. Les observations que Samuel de Fermat a insérées dans le Diophante sont rédigées dans un style irréprochable et les deux bizarreries sur le même mot dans 2 des 3 versions de l'''Arithmetica'' sont à l'évidence volontaires, mais les se fondent avant tout sur des calculs explicitement rapportés, et généralement sur des faits précis. En outre ils sont très rarement latinistes. En 1995, dans son ouvrage ''Un théorème de Fermat et ses lecteurs'', Catherine Goldstein se montre bien plus fine que les contempteurs : ''« Quoi qu’il en soit, cette approche [d'Andrew Wiles], où le théorème de Fermat n’est qu’un corollaire très alléchant mais mineur, repose sur des techniques de représentations galoisiennes récentes. Reste possible qu’une démonstration élémentaire directe puisse être trouvée. »'' (page 120 du livre, note 7). Par ses progrès technologiques et son manque de foi, l'Humanité est devenue de plus en plus orgueilleuse, elle se croit auto-suffisante. Le corollaire le plus pervers de cet orgueil est le pessimisme (individuel et sociétal) qui à son tour nourrit l'orgueil. Ce pessimisme nous éloigne des idées les plus simples, les seules réellement efficaces. Et les orgueilleux pessimistes font florès. Avez-vous remarqué aussi combien, depuis la découverte de Wiles, même les amateurs aiment se rassurer sur internet en le citant pour se dire que, finalement, ils n'ont rien manqué ? == De quelle façon Fermat a-t-il pensé à crypter sa note ? == Nous pouvons maintenant tenter de répondre à cette question. On notera que dans la première partie il reprend les cas n=3 et n=4 avec lesquels il avait déjà défié ses correspondants respectivement 12 et 4 fois, et dont on sait qu’il les a démontrés, même s’il nous a fourni la démonstration du seul cas n=4, et encore, ''seulement en filigrane,'' dans l'unique théorème qu’il a complètement explicité. Pour énoncer son théorème il aurait donc pu se passer de cette première partie de l’énoncé : « ''Mais que ce soit un cube en deux cubes ou bien un carré de carré en deux carrés de carré et en général jusqu'à l’infini »'', et ne garder que ce qui concerne le théorème lui-même : ''« Aucune puissance supérieure au carré ne peut être partagée en deux puissances du même nom, [ce dont j’ai assurément dévoilé l'explication admirable]. »'' Il aurait pu aussi se passer de la coquetterie qu’il utilise dans des formulations voisines pour d’autres observations : ''« La marge trop étroite ne la contiendrait pas. »'' Mais seule la formulation complète autorise le cryptage. Voici comment on peut voir les choses, en adoptant la thèse que la preuve est basée sur l’exploitation du ‘’triangle de Pascal’’. Dans la première ligne, en commençant par écrire "mais que ce soit un cube" (''C^Vbum a<span style="color:blue">'''u'''</span><span style="color:red">'''t'''</span>em'') il trouve un premier couple de lettres ''<span style="color:blue">'''u'''</span><span style="color:red">'''t'''</span>''. Ensuite il peut facilement insérer un deuxième ''<span style="color:blue">'''u'''</span><span style="color:red">'''t'''</span>'', puis un premier ''<span style="color:red">'''t'''</span><span style="color:blue">'''u'''</span>'' : « ''in duos cubos, a<span style="color:blue">'''u'''</span><span style="color:red">'''t'''</span>em quadratoquadra<span style="color:red">'''t'''</span><span style="color:blue">'''u'''</span>m in duos quadratoquadratos'' ''& generaliter'' ''[...]''. Cette formulation lui permet aussi de livrer l’indice ''« C^Vbum ».'' Puis en introduisant d'abord la notion d’infini : ''« & <u>generaliter nullam in infini<span style="color:red">'''t'''</span><span style="color:blue">'''u'''</span>m</u> vltra quadra<span style="color:red">'''t'''</span><span style="color:blue">'''u'''</span>m potestatem in duos eiusdem nominis fas est diuidere »'' il peut placer deux autres <span style="color:red">'''''t'''''</span><span style="color:blue">'''''u'''''</span> (reportez-vous au site de Roland Franquart, au milieu de sa [http://franquart.fr/Revelation_DTF.html cette page] où l’on voit qu’en entrelaçant les '''''t''''' et les '''''u''''' on mettra à jour un tissage qu'on pourra exploiter dans le triangle de Pascal. Même si Fermat a vraiment tout fait pour réaliser ce fabuleux codage, on ne peut s'empêcher de penser : ''« Il a quand-même eu une chance extraordinaire, pour que'' tout “colle” aussi parfaitement. » C'est exact. Mais en effet ''« la chance sourit aux audacieux. »'' Oui mais quand même... Oui mais voilà, Fermat était ''très'' audacieux. == Fermat et la publication == S'il a fait connaître par courrier quelques uns de ses courts traités manuscrits, la plupart consacrés à la géométrie, il n'a jamais rien publié à son nom. Fin 1652, une épidémie de peste sévit dans le Sud-Est de la France. Comme beaucoup il est atteint mais il en réchappe. Si Fermat est parfaitement conscient de sa valeur, de l'avis de ceux qui le connaissent il est fort modeste. Quand il meurt le 12 janvier 1665 on grave dans le marbre de sa tombe une épitaphe se terminant par ''« Vis scire quiddam quod juvet ? nesciri ama. »'' ('''''« Veux-tu savoir ce qui est utile ? Sache être ignoré »)'''''. En 1659 il tente ''apparemment'' de faire publier ses travaux en sollicitant la contribution active de Carcavi et de Pascal, à leur charge de tout mettre en ordre dans ses écrits et de trouver un éditeur. Il leur précise que l’ouvrage ne devra pas porter pas son nom : 9 août, 1654 très certainement (1659 selon une autre source). Lettre de M. FERMAT<br> ''À M. DE CARCAVI'' Monsieur, ''J'ai été ravi d'avoir eu des sentiments conformes à ceux de M. Pascal ; car j'estime infiniment son génie et je le crois très capable de venir à bout de tout ce qu’il entreprendra. L'amitié qu'il m'offre m'est si chère et si considérable, que je crois ne devoir point faire difficulté d'en faire quelque usage en l'impression de mes Traités. Si cela ne vous choquait point, vous pourriez tous deux procurer cette impression, de laquelle je consens que vous soyez les maîtres ; vous pourriez éclaircir, ou augmenter, ce qui semble trop concis, & me décharger d'un soin que mes occupations m'empêchent de prendre. Je désire même que cet Ouvrage paraisse sans mon nom, vous remettant, à cela près, le choix de toutes les désignations qui pourront marquer le nom de l'auteur, que vous qualifierez votre ami. Voici le biais que j'ai imaginé pour la seconde partie, qui contiendra mes inventions pour les nombres. C'est un travail qui n'est encore qu'une idée, & que je n'aurais pas le loisir de coucher au long sur le papier mais j'enverrai succinctement à M. Pascal tous mes principes et mes premières démonstrations, de quoi je vous réponds à l'avance qu'il tirera des choses non seulement nouvelles & jusqu'ici inconnues, mais encore surprenantes. Si vous joignez votre travail avec le sien, tout pourra succéder et s'achever dans peu de temps, et cependant on pourra mettre au jour la première partie, que vous avez en votre pouvoir. Si M. Pascal goûte mon ouverture, qui est principalement fondée sur la grande estime que je fais de son génie, de son savoir & de son esprit, je commencerai d'abord à vous faire part de mes inventions numériques. Adieu, je suis, Monsieur, votre…'' Cette lettre cavalière interroge. A-t-il réellement pensé que Pascal accepterait de s'atteler à la mise en forme de toutes ses découvertes sur la théorie des nombres, travail qui lui aurait pris beaucoup de temps et d'énergie ? Ou bien, n'a-t-il jamais eu l'intention de faire publier toutes ses démonstrations ? À ses yeux ses découvertes ne furent pas appréciées à leur juste valeur et le « ''livre important »'' qu'il disait vouloir consacrer à l'arithmétique ne sera jamais publié, du moins sous la forme que le public aurait souhaité. Sa contribution à la théorie des nombres sera connue par sa correspondance et surtout par ses 48 fameuses o''bservations'' où il aura mis toute son application, et que Samuel, chargé par son père d'en assurer la publication ''après sa mort'' (c'est notre thèse) insérera dans l'''Arithmetica'' de Diophante. Est-ce après avoir découvert la preuve de son grand théorème, et trouvé le moyen de coder son explication, qu'il eut l'idée de consigner toutes ces observations sans démonstration ? == Balises == '''Historique des principales étapes de la recherche''' – 1998 (environ). Une amie étudiante en mathématiques me conseille la lecture de l’ouvrage de vulgarisation de Simon Singh sur le grand théorème. Moi qui adore les grandes énigmes je suis servi ! Au fil des années je relis des passages du livre, j’y médite régulièrement avec la forte intuition que Fermat avait bien une démonstration. Car je ne le vois ni comme un menteur, ni comme un distrait, ni comme un pur vantard mais comme l’immense génie qu’il est, encensé en outre par Blaise Pascal. Jamais je n’aurais pensé recevoir un jour (2009) un message d’un wikipédien me montrant que Fermat avait encodé sa note en latin. <br> – 2009. Je lis la fiche Wikipédia consacrée au théorème et découvre stupéfait combien elle est à charge. C’est à cette même époque que Roland Franquart me contacte.<br> – 2009 ou 2010. En faisant une recherche internet avec les mots-clés ‘’Fermat’’ ‘’latin médiéval’’, je découvre l’existence du très bel article de Ludivine Goupillaud ''“Demonstrationem mirabilem detexi : mathématique et merveille dans l’œuvre de Pierre de Fermat”''. Avec R.F. nous commençons à travailler sur un site dédié où une doctorante nous a rejoint.<br> – En 2013 et pendant un an j’édite sur la fiche Wikipédia du théorème (37% environ du texte total). Surtout, j’essaie de travailler à rendre l’«article» un minimum objectif, sans autre résultat que de constater que les ''« suiveurs de suiveurs »'' continueront toujours de se suivre. Mes premières réflexions et analyses historiographiques datent de cette époque.<br> – 2017. Création sur Wordpress de mon site personnel.<br> – 2017. Après des heures et des heures passées sur le net à chercher, quasiment sans espoir mais pourtant avec obstination, une troisième version de l’''Arithmetica'' où aurait figuré un troisième mode d’écriture du mot ‘’detexi’’, je découvre stupéfait sur l'édition de l'Université de Rome cette écriture étrange du mot : “'''detexṡ'''”. Je suis littéralement assommé par cette découverte et trop concerné personnellement j’ai ''du mal à y croire'' (« quelle mouche a piqué Fermat avec cette énorme anomalie, incongrue et très visible ? »). Sur le moment j'occulte le fait qu’à son époque sans internet, Fermat ne pouvait imaginer pas que quelqu’un pourrait trouver 3 éditions différentes ''relativement facilement.'' Je suis tellement sidéré, aveuglé même par cette découverte, qu’il s’écoule 18 mois avant que je lui donne tout son sens (février 2019). J’avais d’abord imaginé qu’il avait choisi d’écrire ‘’detexis’’ parce que c’était l’anagramme « d existe » (= ma preuve existe bel et bien) mais je n'étais pas très satisfait. Ce n’est qu’au bout de ces 18 mois qu’enfin j'ai pensé au latin, en décomposant le graphème '''''ṡ''''' en un '''s''' et en un '''''i''''' on trouve '''''detexis''''', qui se traduit littéralement : '''''« Tu tisses complètement »'''''. Ceci rejoint et conforte une découverte qu’avait faite R. Franquart à partir d’un indice figurant sur une autre version de l’''Arithmetica'' (celle de Lyon) qui lui avait fait trouver ces mots après un savant décryptage : ''« J’ai tissé complètement »''.<br> – 2019, janvier. Connaissant très mal l’espace ‘’Recherches’’ j'écris les premiers mots de cette étude… sur ma ''Page Utilisateur''.<br> – 2019, décembre. Ma plus jolie trouvaille à mon sens (il m'a quand même fallu 10 ans) est d'avoir trouvé à propos des ''Nombres de la forme 2^2ⁿ+1'' qu’une lecture «'' très subtile et très ingénieuse »'' de la formulation de la ''«question»'' (!) révèle l'énorme gros coup de bluff de Fermat : il savait pertinemment que sa conjecture était fausse, mais en formulant sa « ''question négative »'' d'une façon ambigüe il a berné tous ses détracteurs de la plus magistrale des manières. Chapeau l'artiste.<br> – 2021, août. L’étude est terminée, j’y reviens de temps à autre pour quelques relectures ou brefs ajouts. * 4/4 : [[Recherche:L’énigme de Fermat passée au crible/La légende urbaine]] == Références == <references responsive /> [[Catégorie:Recherches de la faculté philosophie]] [[Catégorie:Recherches de la faculté mathématiques]] [[Catégorie:Travail de recherche « Histoire des sciences »]] p98nlbznoisvyrbl13rfyk5oq8zrfs1 880707 880706 2022-07-24T11:25:55Z EclairEnZ 50317 /* Dernier Problème */ wikitext text/x-wiki {{Travail de recherche | titre = Recherche:L’énigme de Fermat passée au crible/Dernier Problème | idfaculté = Mathématiques }} (3/4) == Dernier Problème == <blockquote>''« L’énigme, c’est la puissance infinie du connu, c’est ce qui pousse le connu vers son infini, vers sa soif de connaissance, […] c’est un lieu de future adéquation. » [...]'' <span style="color:blue">''« L’imagination ouvre sur la création et sur l’éthique. »''</span> [[w:Cynthia_Fleury|Cynthia Fleury]], ''Métaphysique de l’imagination''.</blockquote> Au fil des siècles et de leurs découvertes, les mathématiciens sont devenus de plus en plus sûrs d'eux, parfois imbus de leur savoir. Cet orgueil du métier (que nous avons tous, et qui est humain), ainsi qu'une rationalité à œillères, prennent parfois le pas sur l'imagination créatrice, la brident. Pour reprendre les mots de [[w:Jacques_Roubaud|Jacques Roubaud]], ''« Les suiveurs des suiveurs [... ] ne savent plus rien de ce qui a motivé les fondateurs […]. Ils pensent savoir tout ce qu’il y a à savoir, dès les commencements.'' » L’analyse rigoureuse de la deuxième ''OBSERVATIO'' de Fermat (question VIII de l’''Arithmetica'' de 1670), l’étude de ses travaux, de sa correspondance, de sa vie, de sa psychologie surtout, est un sujet de méditations indéfectible. Son Grand Œuvre consiste essentiellement en : – quarante-sept observations notées ‘’OBSERVATIO D.P.  F.‘’, – une observation notée ‘’OBSERVATIO DOMINI PETRI DE FERMAT‘’ (la fameuse note). Ces 48 observations qui tiendraient en quelques pages ont été ajoutées par son fils Clément-Samuel à l'édition de l’''Arithmetica'' de 1621, pour composer l’''Arithmetica'' de 1670. Voilà un ''nouveau'' livre qui a énormément contribué à la connaissance, un livre dont le “prologue”, par Diophante, est bien plus long que le texte de Fermat. Au fil du temps cette observation du XVII^e siècle fut très approximativement traduite dans différentes versions auxquelles les mathématiciens se sont toujours fiés : le “théorème” y étant parfaitement énoncé ils s'en sont contenté. Jamais ils n'auraient imaginé que l'explication de Fermat était sous leurs yeux ! Il faut reconnaître que puisque qu'on savait Fermat très avare de démonstrations, il était bien difficile d'imaginer que pour son plus ''gros t''héorème, il nous aurait mâché le travail... La note en latin elle-même fut souvent mal retranscrite, on en connaît une dont le premier mot a été transformé en ''Cubem'' : ''« Que nous dormions ! »'' On n'a pas encore vu une traduction de ''Cubum autem in duos cubos'' par ''« mais je dors les deux coudes sur la table »'' mais un élève bien peu doué ou alors très blagueur aurait bien pu la faire... Voici à nouveau la traduction exacte, Fermat la destine au chercheur sérieux et honnête. Nous verrons plus loin qu'une seconde interprétation de cette note énigmatique, évidente après le décodage effectué par Roland Franquart en 2008, est possible. L'évidence de cette seconde interprétation est encore accentuée quand on a sous les yeux une version de l'''Arithmetica'' très particulière (voir ''infra'') que nous découvrîmes en 2017 au terme de laborieuses recherches sur internet. Nous verrons aussi que les deux interprétations ont chacune une utilité.<br> <span style="color:blue">« Mais que ce soit un cube en deux cubes ou bien un carré de carré en deux carrés de carré et en général jusqu'à l’infini, aucune puissance supérieure au carré ne peut être partagée en deux du même nom, ce dont j’ai assurément dévoilé (ou mis à nu, mis à découvert) l’explication (ou la démonstration) étonnante (ou admirable, merveilleuse). La marge trop étroite ne la contiendrait pas. »</span> En termes modernes :<br>''« x, y, z étant des entiers positifs, ''x{{exp|n}} + y{{exp|n}} = z{{exp|n}}'' est impossible pour toute valeur de ''n (nombre entier)'' supérieure à 2. »'' * La traduction que l'on rencontre usuellement comporte deux erreurs majeures dans la partie la plus cruciale du texte. – Première erreur : « J'en ai <span style="color:red">trouvé</span> une démonstration vraiment merveilleuse. » Fermat a écrit ''detexi'' et non ''inveni'' (du verbe ''invenio :'' trouver, découvrir).<br> – Deuxième erreur : Puisque Fermat a placé l'adverbe ''sane'' (“vraiment”, “assurément”) devant le verbe ''detexi'' (‘’j’ai mis à nu‘’, ‘’j'ai dévoilé‘’, ‘’j'ai mis à découvert‘’), c'est donc au verbe que l'adverbe se rapporte : ''« J'en ai <span style="color:blue">réellement dévoilé</span> une démonstration admirable. »'' Les mathématiciens qui ont mal traduit la note auraient voulu faire de cette conjecture une plaisanterie qu'ils ne s'y seraient pas pris autrement. En traduisant : ''“J'en ai <u>découvert</u> une démonstration vraiment merveilleuse que la marge est trop étroite pour contenir”'', ils ont fait de Fermat, par un magnifique [[w:acte manqué|acte manqué]], et définitivement, un vantard, un amateur qui prétend une chose vraie sans pouvoir la prouver. Et par cette fausse traduction ils ont encore accentué l'aspect mystérieux de cette o''bservation'', empêchant qu'on puisse sérieusement l'étudier. == ''demonstrationem mirabilem sane detexi'' == <blockquote>''« S’il existe un sublime en mathématique, le latin en est, selon Ludivine Goupillaud, le « marqueur » par excellence, suscitant l’admiration devant les abîmes ouverts par les raisonnements mathématiques. »'' Emmanuel Bury</blockquote> [[Fichier:Capitole Toulouse - Salle des Illustres - Fermat et sa muse - Théophile Barrau 1898.jpg|vignette|Fermat et sa muse. Toulouse, Capitole.]]''« Ludivine Goupillaud s’est interrogée sur l’usage du latin chez le mathématicien Pierre de Fermat (1608-1665) […]. Selon L. Goupillaud, le mérite du latin, aux yeux de Fermat, est d’être une langue rigoureuse conforme aux exigences des mathématiques, ce que ne permettent pas alors les langues vernaculaires. Langue fixée de longue date par des normes grammaticales, elle peut fonctionner aisément comme une « machine à coder et à décoder », même si, comme on le voit sous la plume de Fermat, elle exige parfois des gloses en français pour expliciter le sens exact des termes employés. »''<br> Emmanuel Bury, ''in'' Tous vos gens à latin. Le latin, langue savante, langue mondaine (XIV^e-XVII^e siècles), Ed. DROZ. Actes du colloque de l’Université de Saint-Quentin-en-Yvelines, à Paris E. N. S. Ulm [compte-rendu]. Citations autorisées par les auteurs et l'éditeur. La langue latine est rigoureuse et concise, mais elle n'est pas figée comme la langue française, déroger aux règles précises autorise « ''l’ellipse énigmatique ou le cryptage »'' (Ludivine Goupillaud). Par exemple on inversait parfois l'ordre de certains mots, ou bien contrairement à la norme on attribuait à un mot particulier la première place dans la phrase (ou inversement la dernière). C'était une pratique courante chez les Latins qui pouvaient ainsi souligner l'importance d'un mot, marquer une opposition, sous-entendre quelque chose, etc. Examinons de près cette phrase, ''[Cuius rei]'' ''demonstrationem mirabilem sane detexi,'' formulée d’une façon très singulière.''<br />'' 1. Rappelons que ''detexi'' peut aussi se traduire par ‘’j’ai mis à découvert’’, qu’on peut facilement confondre avec ‘’j’ai découvert’’ ou ‘’j’ai trouvé’’ ('''''inveni''''' en latin). Nous sommes quant à nous certain que '''Fermat avait anticipé que le verbe qu'il choisit prêterait facilement à équivoque''', surtout dans le contexte général de l'observation, qui fait penser à une galéjade, voire une fanfaronnade pour ses détracteurs.<br> 2. L’ordre des mots.<br> – ‘’''[Cuius rei] mirabilem demonstrationem sane detexi''’’, aurait été une phrase correcte :<br /> « [Ce dont] j’ai réellement mis à nu l'explication admirable. »<br /> – ''‘’[Cuius rei] sane mirabilem demonstrationem detexi’’'' aurait aussi été phrase correcte :''<br />'' « [Ce dont] j'ai mis à nu l'explication réellement admirable. »<br /> Fermat n’utilise aucune de ces formulations, il place l'adjectif (accusatif) “admirable” entre “démonstration” et “réellement” (''sane''), et écrit : * <span style="color:blue">''«[Cuius rei] demonstrationem mirabilem sane detexi. »''</span> Si ''sane'' et ''detexi'' sont dans le bon ordre (adverbe devant le verbe), ''demonstrationem mirabilem'' ne sont pas dans l’ordre habituel, puisque l'adjectif se place normalement devant le nom. Comme dans la fameuse lettre à Carcavi, Fermat formule d’une façon originale. Ainsi, ''sane'' (réellement), peut s'adresser non seulement à ''detexi'' (j'ai mis à nu) mais aussi à ''mirabilem''. Dans une ‘’''Observatio''‘’ déjà surprenante où il utilise le prétexte du manque de place, c'est encoure une curiosité. Nous en mentionnerons bien d'autres. La traduction littérale pour le lecteur attentif sera donc : * <span style="color:blue">« J'en ai réellement mis à nu l'explication tout à fait étonnante. »</span> Puis, ''en tenant compte'' de cette première version, et en considérant le décryptage de Roland Franquart : *<span style="color:blue"> « J'en ai vraiment tissé, entièrement, l'explication tout à fait étonnante. »</span> <u>Les 2 versions sont valides</u>. ''« La concision, en plus de ses vertus stylistiques, joue un rôle de stimulant, en particulier dans les échanges épistolaires. En taisant délibérément ses conclusions, en ne révélant que les linéaments de sa pensée, Fermat crée une émulation par l’ellipse […]. »'' Ludivine Goupillaud, ''Tous vos gens à latin.'' ''Le caractère formulaire des sentences latines, à la fois gage de clarté et d’élégance, permet la fixation des règles dégagées, sans l’embarras de la glose explicative : la concision – on sait combien les mathématiciens de l’âge classique aiment sauter les étapes intermédiaires du raisonnement – suscite réaction et activité de la part du lecteur, quitte à prendre le risque de l’ellipse énigmatique ou du cryptage (ne sommes-nous pas alors dans l’âge d’or du concetto, où le modèle latin demeure prédominant ?) […]. »''<br> Emmanuel Bury. ''Tous vos gens à latin''. Nous prétendons que Fermat savait que sa phrase, qu'on traduirait de la façon qui nous arrangerait le plus, fourvoierait les ''“suiveurs des suiveurs”'' qui ne verraient en lui qu’un fanfaron ou un étourdi (au choix). C'est le même genre de subterfuge qu'il utilisa en évoquant la fameuse fausse conjecture. On est artiste ou on ne ne l'est pas. ''« Les philosophes des sciences portent une attention particulière au langage : ils développent l’idée que l’expérience de Sens commun, exprimée dans le langage courant, doit servir de base au discours scientifique théorique : en effet, la valeur de vérité des énoncés du langage courant est supérieure (dans sa reconnaissance) à celle des énoncés du langage scientifique. » (Marie-Anne PAVEAU).'' Les astuces de Fermat sont remarquables. Merci à Roland Franquart qui découvrit les premiers indices, les plus importants, et qui ayant appris que cette énigme me passionnait m’en informa en 2009. Je reprends ici les plus symboliques (notés RF), parfois en les modifiant quelque peu (j'espère ne pas trop trahir sa pensée), et j'y ajoute ceux trouvés par moi-même (CM) et d'autres auteurs. == L'étroitesse des marges == Garder pour soi ses propres démonstrations était d’un usage courant à l’époque de Fermat, combien n’a-t-on pas retrouvé de ces démonstrations seulement après le décès de leurs auteurs ? Peut-on croire que c’est seulement par manque de temps, et encore moins par manque de place dans les marges, qu’il a jalousement gardé pour lui ses ‘’merveilleuses’’ démonstrations ? Envisageons un instant qu'il ait réussi à écrire ses 48 observations dans les marges. Il aurait alors fallu que les plus longues d’entre elles soient divisées en plusieurs parties et réparties sur des pages qui n'auraient pas eu de rapport direct. Où en aurait été l'intérêt ? L’observation VII par exemple contient 697 mots répartis sur 24 paragraphes.<br> 1) Comme nous l’avons vu c'est de toute évidence à l'intention du lecteur qu'ont été écrites ces 48 '''OBSERV'''ations.<br> 2) Elles constituent à elles seules la plus formidable contribution aux mathématiques du XVII^e siècle.<br> 3) Un génie tellement soucieux « de faire accomplir [ainsi] à cette partie de l’Arithmétique des progrès étonnants au-delà des bornes anciennement connues », se serait-il contenté de nous livrer son Grand Œuvre d’une manière aussi fruste, aussi vulgaire ?<br> Ce qui semble le plus vraisemblable est que :<br> – Ces 48 observations formulées d’une manière très élégante, très élaborée, ont été écrites soit sur des feuilles volantes assemblées ensuite entre elles, soit sur un livret.<br> – Fermat a ensuite inséré des repères numérotés (avec peut-être quelques indications) ‘’en marge’’ des textes de son Diophante auxquels les différentes observations se réfèrent, afin de permettre à Samuel de ne commettre aucune erreur dans l’insertion de ces observations, aux endroits appropriés d’une nouvelle ''Arithmetica'' servant de support.<br> – Il es probable qu’au cours de son étude du Diophante puis de travaux ultérieurs, Fermat ait écrit quelques notes plus ou moins brèves dans les marges, Samuel n’aurait alors même pas eu à faire un pieux mensonge, quand il rapporte que son père insérait des notes dans les marges. Samuel dans notre thèse est donc “dans le secret des dieux” (''i.e.'' Fermat a transmis à son fils toutes les consignes nécessaires). Il ne conserve pas le Diophante après l'avoir récupéré chez l'imprimeur <span style="color:blue">alors que toutes les remarques étaient censées s'y trouver.</span> Où est donc passée cette ''Arithmetica ?'' Voici ce qu'écrit Samuel de Fermat dans la préface de l’édition de 1670 : « ''Illas [observationes] Parens meus quasi aliud agens et ad altiora festinans margini variis in locis apposuit, præsetim ad quatuor vltimos libros''. » (''« Ces remarques, mon père les nota dans la marge à différents endroits, surtout dans les quatre derniers livres, comme s’il faisait autre chose et qu’il avait hâte d’atteindre des buts plus élevés. »).'' La précision “''surtout dans les quatre derniers livres”'' semble parfaitement justifiée puisque ce sont dans ces Livres III à VI, que figurent la majeure partie des 48 observations (45 sur 48). Or c'est justement parmi elles qu'on trouve les plus longues<ref>Paul Tannery : {{Ouvrage|langue=fr|prénom1=Pierre de|nom1=Fermat|lien auteur1=|titre=Œuvres de Fermat - I - partie 2|sous-titre=|lien titre=|volume=|tome=|passage=|lieu=Paris|éditeur=Gauthier-Villars (p. 290-358)|lien éditeur=|année=1891|numéro d'édition=|pages totales=|isbn=|lire en ligne=https://fr.wikisource.org/wiki/%C5%92uvres_de_Fermat_-_I_-_Partie_2|consulté le=}}</ref>, qui n’auraient pu tenir dans une marge. Dans les Livres I et II au contraire, les trois premières observations sont très courtes et y auraient tout à fait trouvé place. En outre le style est aussi parfait que dans ses lettres, sont-ce là les manières d'écrire un pense-bête ? Nous n'avons connaissance d'aucun mathématicien qui se serait interrogé sur cette étrange disparition d'un livre aussi important. Pourquoi ? Notre avis est qu'aucun n'a eu la moindre velléité de chercher à comprendre. Ni de chercher le moindre argument en faveur d'une preuve détenue par Fermat. Ni de sortir du troupeau. Samuel sait évidemment que si les 48 observations avaient été écrites dans les marges, l'ouvrage aurait alors acquis une <span style="color:blue">valeur historique</span> (et marchande) considérable. Cette disparition n'a pourtant éveillé la curiosité d'aucun commentateur. Catherine Goldstein, sans s’attarder sur le sujet, emploie le conditionnel et écrit : ''« […) observations qu’il aurait écrites dans la marge. »'' Si Fermat a donné, sur un livret ou sur papier libre, des instructions précises à son fils dans la manière de consigner ''dans trois versions différentes de l'Arithmetica'' cette note si importante à ses yeux, alors ces consignes justifient parfaitement la disparition de l'ouvrage, que Samuel, très prudent, s'est vu contraint de détruire pour que le plan de son père se réalise pleinement. Nous ne voyons pas d'autre explication à la disparition de l'ouvrage. Il nous semble évident aussi que Fermat avait demandé à Samuel de ne faire connaître qu'après sa mort les 48 observations. Pierre et Samuel, voila un bien noble binôme qui a bien mérité sa particule : Pierre, homme de cœur, intègre, à la fois humble, ambitieux et audacieux, incisif parfois, ‘’paresseux’’ dit-il de lui, mais plutôt extrêmement occupé. Samuel, humaniste lui aussi, passeur dévoué, il sait d’où il vient, il sait où il va, un vecteur bien orienté en somme, digne héritier de son père. On n'a retrouvé dans la bibliothèque de Fermat que quelques très rares ouvrages dont une ''Arithmetica'' de Diophante. On pouvait s'attendre à ce que ce ne soit pas un exemplaire de l’''Arithemica'' semblable à celui qui avait inspiré Fermat et ne comportant pas les 48 observations, ç'aurait été un indice trop flagrant que Fermat père et fils auraient laissé à la postérité. Ne voulant rien négliger j'ai fait appel aux bons offices de Madame Marielle Mouranche, Conservateur des bibliothèques, responsable du livre ancien à l'Université de Toulouse, qui m'a confirmé que l’''Arithmetica'' retrouvée n'est pas une édition de 1621, mais une autre éditée à Bâle en 1575 [https://ccfr.bnf.fr/portailccfr/ark:/06871/0014959683] et commentée par cinq personnes, dont Fermat. Cette ''Arithmetica'' plus ancienne a-t-elle pu aider notre homme à mieux déchiffrer l'édition de 1621, fautive ? Je ne sais. == Le style des Observations == * (CM, Jean Rousseau, '''Laurent Hua''' [https://www.letudiant.fr/educpros/personnalites/hua-laurent-884.html], Albert Violant I Holz). Le style utilisé par Fermat dans ses 48 observations (leur élégance aussi), montre clairement qu'elles ont été rédigées à l'attention du lecteur. En outre, '''quel besoin aurait-il eu de s'expliquer à lui-même''' qu'il a réellement dévoilé une explication admirable ? Quel besoin aussi aurait-il eu de répéter ''sans cesse, uniquement à son intention'', qu'il manquait de place – le plus souvent – ou de temps ? * Pourtant l’historien Jean Itard écrivait : « réservées à son seul usage. » De même après la découverte de Wiles en 1994, Winfried Scharlau veut nous le faire croire. Un autre argument est avancé : « puisqu’il [Fermat] ne connaissait pas nos outils modernes ». Il est saisissant de voir comment les mathématiciens qui n'ont pu suivre ses traces ont pu s'ingénier à utiliser des mauvais arguments pour rabaisser encore plus un génie qui les aura autant défiés. Certaines légendes urbaines ont la vie dure, surtout quand ''« des considérations d’ordre affectif ou égocentrique (et plus généralement les considérations “humaines”) viennent immanquablement troubler le cours limpide d’un raisonnement logique. »'' ([[w:Christophe_Breuil|Christophe Breuil]]). * (Paul Tannery). C'est seulement cette note énigmatique qui a un titre écrit en toutes lettres : OBSERVATIO DOMINI PETRI DE FERMAT, les 47 autres sont abrégés en OBSERVATIO D.P. F. . Fermat nous suggère-t-il ici d’observer de très près, ''dans tous les moindres détails,'' son plus grand défi ? Alexandre Grothendieck : ''« Et il y a aussi la vérité d'une situation particulière, unique. Ainsi, dans telle situation, nous percevons de façon sûre qu'un interlocuteur est de mauvaise foi, qu'il est dans un état de mensonge (alors qu'il peut fort bien être persuadé lui-même qu'il est de la meilleure foi du monde…) ; ou au contraire, nous percevons que ce qu'il dit est vrai, que c'est dit dans des dispositions de vérité (alors même que le contexte pourrait peut-être avoir toutes les apparences du contraire). La même chose peut avoir lieu en lisant un texte écrit, par exemple tel passage d'un livre. Ou nous pouvons avoir la perception d'un état de vérité ou d'un état de mensonge en nous-mêmes. De telles perceptions, qui ne sont perçues au champ conscient que dans des dispositions de silence intérieur, d'écoute, nous apportent une connaissance véritable, elles nous disent la v é r i t é d'une chose, d'une situation.'' »<ref>Un merveilleux texte de Alexandre Grothendieck, [https://1lib.fr/book/3434292/addd21?regionChanged=&redirect=179400318 NOTES pour LA CLEF DES SONGES (pdf), p. N39]</ref>. Il est bien difficile de croire que les 3 différences d'écriture du même mot crucial ''detexi'' (“j'ai dévoilé”), sur la même observation et dans 3 versions différentes de l'édition de 1670, si elles avaient été des accidents, auraient échappé à son fils Samuel, qui œuvra avec tant d'assiduité à faire connaître l'œuvre de son père. De même pour le point exagérément surchargé '''qui suit ce même mot ''detexi''''' dans les 3 versions. Doit-on aussi prendre pour d'incroyables coïncidences toutes les curiosités que l'on découvre, rien que dans cette observation (on en compte 9) quand on l'analyse en profondeur ? Je suis toujours aussi sidéré, amusé aussi, de voir comment au fil des décennies, puis des siècles, certains grands mathématiciens, têtes pleines d'une logique algébrique mais faisant fi de toute logique abstraite, générale, ont réussi à tisser eux-mêmes les mailles du filet qui les a enfermés, coupés du simple bon sens. Quand on découvert et étudié les nombreux indices, évidents aux yeux de l'humble observateur attentif et sans préjugé, qu'a laissé Fermat, la meilleure conclusion qu'on puisse en donner est : c'est tout simplement sublime. Il est difficile de juger ces intellectuels, dont les pensées et propos relèvent à la fois d'un profond sentiment d'infériorité vis à vis de Fermat et d'une méconnaissance totale de cet homme, et de l'âme humaine en général, on ne peut que s'ébahir de leur aveuglement. Voyant comment une si longue, si tenace, légende urbaine a pu s'élaborer, on en tire un enseignement profond : l'étude de la pensée de groupe, l'observation des rivalités entre grands hommes, nous enrichissent dans notre connaissance de la psychologie humaine : ''comment un imaginaire collectif peut complètement se pervertir.'' == Le triangle arithmétique == ''« Les intellectuels résolvent les problèmes, les génies les évitent. »'' Albert Einstein. <br><br>Pierre de Fermat était tout sauf un suiveur, il n’est pas étonnant qu'il fût un aussi grand passionné. Loin de Paris et isolé, il a eu surtout des contacts épistolaires avec d'autres mathématiciens et il était fondé, dans sa solitude intellectuelle, à apprécier les recherches les plus ardues. Ses correspondants rechignèrent de plus en plus à répondre à ses lettres, et finalement tous ont renoncé. Il avait eu connaissance du triangle arithmétique, ''au moins'' par les travaux, qu’il connaissait, de François Viète mort en 1603. D'ailleurs ce triangle était déjà connu au onzième siècle du mathématicien persan Al-Karaji et de bien d’autres plus tard, jusqu’à Tartaglia et Marin Mersenne. Fermat s’est forcément intéressé aux propriétés étonnantes de ce triangle. Rappelons qu’il a travaillé sur les carrés magiques et qu'il est allé jusqu'à réaliser un rectangle magique de plus de 400 cases. Il semble logique qu’il n’ait jamais souhaité mentionner ce triangle à personne (jusqu’à ce que Pascal écrive sur le sujet), s’il s’en est servi pour trouver une preuve à son théorème général, ce que le décodage effectué par Roland Franquart en 2009 semble confirmer. Pascal écrit son ''Traité sur le [[w:Triangle_de_Pascal|Triangle arithmétique]]'' ''en 1654.'' Ayant eu connaissance de cette publication Fermat lui écrit le '''29 Août 1654''' :     ''« Nos coups fourrés continuent toujours et <span style="color:blue">je suis aussi bien que vous dans l'admiration que nos pensées s'ajustent si exactement qu'il semble qu’elles aient pris une même route et fait un même chemin : vos derniers traités du </span>[[w:Triangle_de_Pascal|Triangle arithmétique]] <span style="color:blue">et de son application en sont une preuve authentique</span> : et si mon calcul ne me trompe, votre douzième conséquence courrait la poste de Paris à Toloze, pendant que ma proposition des nombres figurés, qui en effet est la même allait de Toloze à Paris. Je n’ai garde de faillir tandis que je rencontrerai de cette sorte, et je suis persuadé que le vrai moyen pour s’empêcher de faillir est celui de concourir avec vous. Mais si j’en disais davantage, la chose tiendrait du compliment, et nous avons banni cet ennemi des conversations douces et aisées. Ce serait maintenant à mon tour à vous débiter quelqu’une de mes inventions numériques ; mais la fin du Parlement augmente mes occupations, et j’ose espérer de votre bonté que vous m'accorderez un répit juste et quasi nécessaire.'' ''Cependant je répondrai à votre question des trois joueurs qui jouent en deux parties. Lorsque le premier en a une, et que les autres n'en ont pas une, votre première solution est la vraie, et la division de l'argent se doit faire en 17, 5 et 5 ; de quoi la raison est manifeste et se prend toujours du même principe, les combinaisons faisant voir d'abord que le premier a pour lui 17 hazards égaux lorsque chacun des deux autres n'en a que 5.'' ''Au reste, il n'est rien à l'avenir que je ne vous communique avec toute franchise.  [...] »'' Les commentateurs des Œuvres de Pascal ont écrit : ''« Ce n'est pas, on le voit, par défi, suivant la coutume du temps, que Fermat propose ces problèmes à Pascal ; c'est parce qu'il cherche à se faire de Pascal un collaborateur.'' ''»'' ''Autre lettre à Pascal du 25 Juillet 1660 :'' « ''Des que j'ay su que nous sommes plus proches l'un de l'autre que nous n'étions auparavant, je n'ai pu résister à un dessein d'amitié dont j'ai prié Monsieur de Carcavy d'être le médiateur: en un mot je prétends vous embrasser, et converser quelques jours avec vous ; mais parce que ma santé n'est guère plus forte que la vôtre, j'ose espérer qu'en cette considération vous me ferez la grâce de la moitié du chemin, et que vous m'obligerez de me marquer un lieu entre Clermont et Toulouse, où je ne manquerai pas de me rendre vers la fin de Septembre ou le commencement d'Octobre. Si vous ne prenez pas ce parti, vous courez hasard de me voir chez vous, et d'y avoir deux malades en même. J'attends de vos nouvelles avec impatience, et suis de tout mon cœur, tout à vous... »'' == En avant-goût, quelques citations de Fermat == Extraites de ses 48 OBServations. * « J’estime qu’on ne peut énoncer sur les nombres de théorème qui soit plus beau ou plus général. Je n’ai ni le temps ni la place d’en mettre la démonstration sur cette marge. » * « « Bien plus, il y a une proposition très belle et tout à fait générale que j’ai été le premier à découvrir […]. Je ne puis en donner ici la démonstration, qui dépend de nombreux et abstrus mystères de la Science des nombres ; j’ai l’intention de consacrer à ce sujet un Livre entier et de faire accomplir ainsi à cette partie de l’Arithmétique des progrès étonnants au-delà des bornes anciennement connues. » * « […] Je vais donner la démonstration de ce théorème que j’ai découvert ; je ne l’ai pas trouvée au reste sans une pénible et laborieuse méditation ; mais ce genre de démonstration conduira à des progrès merveilleux dans la science des nombres. » * « J'ai trouvé un très grand nombre de théorèmes extrêmement beaux. » * « Je suis l'homme le plus paresseux du monde. » == Trois versions différentes de l’''Arithmetica'' : premiers codages == [[Fichier:Diophantus-cover-Fermat.jpg|thumb|right|upright=1|<big>'''L’''Arithmetica''''' '''annotée et publiée par Samuel de Fermat en 1670.'''</big>]] Il existe au moins trois versions différentes de lʼ''Arithmetica'' de 1670, où la célèbre note énonçant le théorème se présente sous trois aspects différents. C’est grâce à Roland Franquart (je vous recommande vivement la visite de [http://franquart.fr/ son site], où il explique en détail toutes ses découvertes) qui en 2009 me fit part de ses travaux à partir de l’''Observation'' présente sur l’''Arithmetica'' de la Bibliothèque de Lyon, que ma passion pour cette énigme, dont le traitement qu’on en avait fait m'avait très choqué, en fut encore accrue. En juin 2017, j'ai passé de longues heures à chercher une bizarrerie qui aurait pu figurer dans une autre version de l'édition de 1670, de préférence sur le mot (''detexi'') où Roland Franquart avait déjà trouvé (entre autres choses) la bizarrerie du '''''t''''' surchargé (image en haut de page et version ''B'' ci-dessous). Je me disais que si Fermat avait voulu mettre toutes les chances de son côté pour que seuls ses suiveurs trouvent son explication, il n'aurait rien risqué à utiliser ce stratagème une seconde fois. Mais honnêtement, je ne pensais absolument pas pouvoir trouver une troisième version, différente, et encore moins une deuxième bizarrerie sur le même mot, c'aurait été trop beau. Si je me suis à ce point obstiné c'est que je caressais un fol espoir : trouver un « argument massue ». Et finalement je la trouvai, cette deuxième grosse bizarrerie, sur l'exemplaire de l'Université de Rome (detex'''''ṡ'''''). Je n'en crus pas mes yeux, cette découverte était si inattendue qu'elle me laissa sidéré, et le coup de massue c'est moi qui l'ai reçu. Pendant longtemps je restai dans cet état, ne sachant quoi en penser. Personnellement trop impliqué, il m'était difficile de réfléchir sereinement à la nouvelle situation. Cette bizarrerie supplémentaire, ça “paraissait trop‘’, c'était “trop gros‘’, même venant du très facétieux Pierre de Fermat. Mais je n'avais pas assez considéré qu'il travaillait à une époque sans internet. Je mis presque deux ans à trouver la solution, pourtant d'une clarté aveuglante. Une fois sur le site, taper en haut le N° de page 141, puis agrandir l’image (signe + en bas à droite). <br> '''Version A'''. [https://ia800400.us.archive.org/27/items/bub_gb_6QIYIizG_v8C/bub_gb_6QIYIizG_v8C.pdf Université de Rome]. [[Fichier:Detexs, Université de Rome, le i est transformé en s.jpg|thumb|left|512px|alt=Arithmetica de l'Université de Rome|Arithmetica de l'Université de Rome]] <br /><br /> [[Fichier:Le i tordu seul sur detexi Fermat.jpg|alt=Un caractère étrange dans le detexi de la a note de Fermat, à Rome|néant|vignette|374x374px| → Le ''i'' est remplacé par le graphème ''ṡ'' avec son point en chef]] <br /><br /><br /> (CM) : On observe que l’élément précédant le point final, étrangement n’est ni un ''i'' , ni un ''s'', mais ce caractère étrange, ''ṡ'', qui ''a priori'' est incongru dans ce texte latin. La lettre “s” diacritée d’un point suscrit (ou “point en chef” ) est un graphème du latin étendu, autrefois utilisé dans l’alphabet irlandais. Une diacritique est souvent utilisée pour distinguer un mot d'un autre mot, homonyme. Pourquoi Fermat, philologue, a-t-il transformé le mot ''detexi'' (“j’ai mis au jour”) en '''''detexṡ''''' ? Ce mot étant inconnu de la langue latine, examinons le dernier caractère, ''ṡ''. Il est formé d'un “''i'' ” deux fois bosselé (tordu), inclus dans le “''ṡ''”. Les deux caractères “''i''” et “''s''” sont confondus, le graphème peut alors se décomposer en ''i + s,'' ce qui nous donne → ''is''. Le mot inconnu '''''detexṡ''''' devient le mot ''detexis,'' du verbe ''detexo'' cette fois, et non plus ''detego''. Or ''detexo'' signifie “tisser complètement”, et conjugué ici au présent de l’indicatif, à la 2^ème personne du singulier, '''“<u>tu tisses complètement</u>”''' (ou « tu représentes complètement », « tu achèves un tissu »), ce qui rejoint et confirme le décryptage alphanumérique effectué par Roland Franquart en 2008 d'après l'édition présente à Lyon (version B). * Voir [https://www.dicolatin.com/Latin/Table/0/DETEXO--IS--ERE--TEXUI--TEXTUM--tr/index.html ''detexis''] sur Dicolatin en haut à gauche. Du verbe ''detexo'' : '''tu tisses complètement''', tu tresses, tu arranges en tresses. Fermat a fait preuve ici de beaucoup d'ingéniosité. Avait-il noté que “''detexis”'' est aussi l'anagramme d existe ? (Merci à Jean-Paul Blanc qui me signala cette curiosité). Connaissant la sagacité du personnage j'en suis certain. Pourtant la trouvaille qui m'a le plus réjoui n'est pas la découverte de cette très curieuse version de l’''Arithmetica'', car bien que j'ai passé énormément de temps à la chercher, j'ai surtout eu beaucoup de chance, elle aurait pu ne pas être présente sur internet, et finalement le décodage de cette anomalie n'en fut pas tropdifficile, surtout avec les données dont je disposais déjà grâce à Roland Franquart. Non, là où j'ai été le plus heureux, c'est quand j'ai fait [https://fr.wikiversity.org/wiki/Recherche:L%E2%80%99%C3%A9nigme_de_Fermat_pass%C3%A9e_au_crible#Premier_maillon,_les_nombres_de_Fermat cette découverte] relative aux “nombres de Fermat”. Quand on suit les traces de Fermat on devient de plus en plus audacieux pour s'aventurer de l'autre côté du miroir, là où personne n'est encore allé. Il en a fallu du temps, de la disponibilité intellectuelle, des méditations, ainsi qu'une certaine aptitude à la [[w:sérendipité|sérendipité]] pour que, après de multiples relectures de la lettre à Carcavi et la connaissant par cœur, je la relise une dernière fois ''comme en pensant à autre chose'', et soudainement la ruse de Fermat m'apparut dans toute sa splendeur. Il m'avait d'abord fallu oser imaginer que son astuce pouvait être d'une habileté diabolique, puis peser chaque mot de la proposition adressée à Carcavi. Il y a quelque chose de très réjouissant en ce que nous les humbles avons souvent une vie bien plus apaisée, donc une vision des choses plus saine et plus fine que les personnalités très en vue soumises à toutes sortes de contraintes professionnelles. * À la lecture d'un long et chaleureux courriel que m'envoya Catherine Goldstein en janvier 2022 je compris pourquoi elle ne pouvait s'autoriser à donner son avis sur la preuve de Fermat, une reconnaissance officielle de la validité de la preuve de Fermat non seulement provoquerait un remue-ménage chez des milliers d'amateurs et des dommages collatéraux très chronophages et fort gênants, mais surtout elle ne voulait en aucune manière être à l'origine d'une polémique qui serait dommageable pour tous. Et pour tout vous dire je terminais ma réponse à son message par ces mots : ''« Accepte je te prie ma reconnaissance éternelle ».'' Sans ses encouragements en effet lors de mon dernier “séjour” de quelques années sur Wikipédia, sans ses messages de soutien, sans cette complicité qui nous lie — notre passion pour Pierre de Fermat — je n'aurais pas eu la motivation nécessaire pour réaliser une étude aussi approfondie, qui m'a procuré tant de joies et tant de belles émotions, et que je livre maintenant à votre sagacité et à votre critique. Elle est en quelque sorte offerte en « libre service », si Untel pourra passer outre, un autre pourra s'en inspirer et même, pourquoi pas, la faire totalement sienne. J'en serais ravi !<br>P.-S. : « ''Veux-tu connaître ce qui est utile ? Sache être ignoré »,'' lit-on à la fin de l'épitaphe de Fermat.<br>P.-S.2 : Fermat, là-haut, doit sourire en pensant à tous ses admirateurs. Quant à ses contempteurs, j'ignore ce qu'il peut bien en penser{{Clin}}. Je vous donne ma parole que ce qui suit est vrai. Un responsable de l’[[w:Agence_France-Presse|Agence France-Presse]] s’était étonné en 2009 qu’aucun des journalistes scientifiques auxquels on avait soumis la preuve de Fermat n’ait souhaité donner suite. Est-ce que vous êtes étonné(e), vous ? Si non, peut-être avez-vous compris que ce monde n’aurait pu être fait meilleur qu’il l’a été... La formidable innovation qu’a produit Wikiversité (entre autres choses) est qu’en utilisant les outils de Wikipedia, elle fournit aux chercheurs indépendants le meilleur support de travail qu'ils puissent jamais trouver, permettant à un public de plus en plus large d’accéder à des travaux inédits et introuvables ailleurs. Si ce modeste essai pouvait encourager de jeunes chercheurs à comprendre combien le panurgisme contrarie le discernement et l'initiative personnelle, il aurait atteint pleinement son but.<br> La principale caractéristique de cette énigme possède une anagramme étonnante et bienvenue : ''la légende urbaine'' <span style="color:blue">rendue inégalable.</span><br> Il semble que logiquement tout s'enchaîne au mieux pour que cette longue épopée jamais ne prenne fin. Pouvait-on mieux remercier le grand homme qu'en lui consacrant cette étude ? Merci, Monsieur de Fermat. '''Version B.''' [https://archive.org/stream/bub_gb_ijB2wMyhl3AC#page/n167/mode/2up Bibliothèque de Lyon]. Revenons à ce ‘’''detexi''‘’ qui figure aussi sur la toute première image de cet article.[[Fichier:Bibliothèque de Lyon, la note de Fermat où le "t" et le point sont surchargés.jpg|thumb|left|400px|alt=Arithmetica de la Bibliothèque de Lyon]] <br /><br /><br /><br /><br /><br /><br /><br /> <br /> (Roland Franqquart) : La surcharge sur le '''''t''''' suggère que ''cette lettre pourrait avoir une grosse importance pour la suite.'' En outre je pense comme R. Franquart que ce '''''t''''' a un rapport avec les deux derniers mots de l'observation de Fermat, ''non capere'''''<u>t</u>''' (n'eût pas contenu ce '''''t''''' dans le triangle de Pascal – explication sur son site). La surcharge a aussi le gros avantage de forcer l’attention sur le mot ''detexi'' : “j’ai mis à nu” (ou “j’ai dévoilé”). Le point qui suit le mot est grossi lui aussi sur les 3 versions, comme pour rappeler l'importance du mot. En outre, le '''''t''''' initie '''''t'''exi'', signifiant "j'ai caché". Le décryptage de Roland Franquart révèle une deuxième lecture '': « [… ] ce dont j’ai entièrement construit comme un tissu l’explication étonnante. Le manque'' (la petitesse) ''de la bordure'' (du bord, <u>de la limite</u>, du cadre, de la marge) ''ne la contiendrait pas. »'' Ces codages et décodages peuvent paraître au béotien ''tirés par les cheveux,'' mais souvenons-nous que Fermat adore jouer avec ses correspondants et avec les mots (ne parlons pas des nombres ...). À l'instar d'autres penseurs de son époque (François Viète, John Wallis, Francis Bacon dont il est un fervent lecteur), il est expérimenté en matière de cryptage et s'est s'appliqué à laisser un maximum d'indices en les disséminant un peu partout (cf. ''infra''). Dans ces deux premières versions, il «trafique» donc '''deux''' lettres dans le même mot. A-t-il envisagé qu'après sa mort, un mathématicien en possession d'une édition ''“detex<big>'''ṡ'''</big>'''.'''”'' en soit désorienté et écrive à un collègue pour lui faire part de cette curiosité ? Si ce collègue, souhaitant vérifier ''de visu'' l’information avait alors, par chance, consulté une édition ''de '''<u>t</u>''' exi'''.''''', ces deux personnes se seraient interrogées et mises à la tâche confiantes et assidues. Une telle rencontre semble ne s'est sûrement jamais produite. Quant à nous nous avons maintenant le choix entre deux nouvelles interprétations, que nous pouvons d'ailleurs utiliser ensemble :''<br>'' <span style="color:blue">''« ce dont tu tisses complètement la démonstration admirable (''car'') j'en ai réellement dévoilé, entièrement tissé, l’explication tout à fait étonnante. »''</span> * La grossière surcharge sur le '''''t''''' figure sur plusieurs des exemplaires de l'''Arithmetica'' que nous avons trouvés et ces surcharges y sont identiques. Il a donc fallu que l'imprimeur réalise spécialement un nouveau caractère mobile d'imprimerie. Notons par ailleurs que si ce “''t''” avait souffert dans un premier temps d'un manque d'encre et n'avait pas été parfaitement visible, on l'aurait rendu clairement lisible '''''sans le surcharger aussi grossièrement.''''' '''Version''' C. [http://dx.doi.org/10.3931/e-rara-9423 Bibliothèque de Zurich]. [[Fichier:Le Diophante de 1670 à Zurich. La note de Fermat où tout est correct.jpg|thumb|left|500px|caption|Arithmetica de la Bibliothèque de Zurich : la note est correctement écrite]] <br><br><br /><br /><br /><br /> <br />Sur cette version le mot est correctement écrit, seul le point final est surchargé. La preuve « assurément dévoilée » par Pierre de Fermat, si elle est très courte, est d’une difficulté formidable. Le décryptage effectué par R.F. montre que Fermat s’est élégamment servi des propriétés du ''triangle arithmétique'' “de Pascal”. Les codages effectués dans le texte latin, avant d’être cassés, '''recouvrent, cachent, dissimulent''' (verbe latin ''tego, is, ere, '''texi''', tectum''), un début d'explication. == Codages communs aux trois versions == ''C^{V<span style="color:red">bum</span>} a<span style="color:blue">'''u'''</span><span style="color:red">'''t'''</span>em in duos cubos, a<span style="color:blue">'''u'''</span><span style="color:red">'''t'''</span>em quadratoquadra<span style="color:red">'''t'''</span><span style="color:blue">'''u'''</span>m in duos quadratoquadratos<br>'' ''& generaliter nullam in infini<span style="color:red">'''t'''</span><span style="color:blue">'''u'''</span>m vltra quadra<span style="color:red">'''t'''</span><span style="color:blue">'''u'''</span>m potestatem in duos eiusdem''<br> ''nominis fas est diuidere cuius rei demonstrationem mirabilem sane de<big>'''t'''</big>ex<big>'''ṡ'''</big> _•<br> ''Hanc marginis exiguitas non caperet.'' J'ai regroupé ci-dessus les 2 anomalies sur le mot ''detexi,'' qui figurent dans 2 éditions différentes de l'Arithmetica de 1670, et reporté le point surchargé qui suit “''detexi”''. (R F) : Dans le premier mot de l’''Observation'', C^Vbum'' (cubum, ''nombre cubique), l'exposant, comme c'est le cas de tout premier mot de paragraphe de la page 61, aurait dû être écrit entièrement en lettres capitales. En répétant cette transgression dans les 47 autres observations, Fermat évite de rendre l'anomalie trop flagrante. Or la lettre latine '''''u''''', quant elle est écrite en capitale d'imprimerie, devient'' '''V'''. ''L'orthographe correcte est donc ''C^VBVM. ''La minuscule ''^u'' est une intruse qui permet qu'il y ait 21 “'''u'''”, et établit ainsi une «coïncidence» (u, 21^e lettre de l’alphabet) et surtout, <span style="color:blue">''elle suggère que cette lettre “'''u'''” pourrait se révéler très importante pour la suite — tout comme la lettre “'''t'''” de la version B.''</span> En outre dans le texte de Fermat il y a 21 '''''u,''''' et seulement 19 '''''t''''' ; or, '''''t''''' est la 20^e lettre de l’alphabet. Je cite Roland Franquart qui note avec pertinence : « “'''''v'''ltra”'' et “''di'''''u'''''idere”''  n’existent pas dans le Dictionnaire, mais “''ultra”'' et “''dividere''.” Cela fait toujours 21 '''''u''''' en minuscules italiques. Ainsi Fermat montre que les lettres '''''u''''' et '''''v''''' peuvent se remplacer mutuellement dans n’importe quel mot de l’ARITHMETICA, sauf dans le premier mot ; '''l’^EXPOSANT'''. » Revenons à ces 19 '''''t''''' : il manque un '''''t''''' par rapport à '''''t''''' <u>20^e lettre de l’alphabet</u>. R. Franquart nous montre que ce ''manque'' est à mettre en relation avec les deux derniers mots qui terminent la note : * « ''non capere t » = ne pas contenir '''t''''' (dans le triangle arithmétique) : * cette lettre '''''t''''', qui est précisément celle qu'il a surchargée dans le mot de'''''t'''''exi ; * cette lettre '''''t''''', dont l'importance est encore accrue par le point qui suit le mot de'''''t'''''exi ''dans les <u>trois versions de l'Arithmetica</u>.'' Allez visiter le site [http://franquart.fr/ franquart.fr], tout y est remarquablement expliqué. En outre on trouve dans la note 2 couples de lettres accolées ''<span style="color:blue">'''u'''</span><span style="color:red">'''t'''</span>'' dans l'ordre, et plus loin 3 couples ''<span style="color:red">'''t'''</span><span style="color:blue">'''u'''</span>'' dans l'ordre. Grâce à l'une de ses découvertes et comme le demande Fermat'','' Roland Franquart [http://franquart.fr/Revelation_DTF.html a effectué] <span style="color:blue">''le tissage le plus simple qu'on puisse trouver''</span> avec les lettres ‘’''<span style="color:blue">'''u'''</span>''’’ et ‘’''<span style="color:red">'''t'''</span>'' ‘’ dans le triangle “de Pascal”. Ma découverte personnelle de “detexis” (« ''tu tisses complètement »)'' rejoint la sienne, Fermat a parsemé sa note d'indices qui se renforcent les uns les autres. Remarquons que ce [[w:Triangle_de_Pascal|Triangle arithmétique]] révèle dans l’ordre '''les coefficients du binôme (x+y)ⁿ'''. Or : {{Cadre|épaisseur bordure=2px|style bordure=points|couleur bordure=#0F0|Les seuls termes « indépendants » de ce binôme sont justement les puissances xⁿ et yⁿ.|2}} Les codages en latin de Pierre de Fermat paraissent excessivement complexes, mais il n’avait guère le choix s'il voulait coder son explication en lignes 1/2. Il a aussi eu de la chance, comme il convient aux audacieux : le couple ''<span style="color:red">'''t'''</span><span style="color:blue">'''u'''</span>'' est aussi le pronom personnel ‘’tu’’ déjà présent dans la traduction exacte du latin vers le français de “''detexis”'' : ''« Tu tisses complètement. »'' Fermat a remarqué qu'en formulant son observation d'une certaine façon il peut utiliser 21 ''u'' (21^e lettre de l’alphabet), et 19 ''t'' (20^e lettre) : ce '''''t''''' manquant, c'est exactement ce qui lui convient. Ce cryptage qu’il réussit a mettre en place, quand on l'a lu, relu, relu encore et bien assimilé, on le trouve d'une logique imparable. Il a su profiter des circonstances, les exploiter pleinement, révélant ainsi les tout premiers indices. En 2009, je me posais souvent cette question : a-t-il surtout bénéficié d’une chance inouïe ou était-il doté d’une intelligence vraiment hors normes ? Aujourd’hui en 2021 la deuxième option a toute ma faveur – la chance, il l'a saisie au vol. On ne peut que s'émerveiller devant l'harmonie d'un édifice aussi stable où tous les éléments s'enchâssent si parfaitement les uns dans les autres. C’est du grand art. Citons Georges Soubeille dans ''Pierre de Fermat, un génie européen,'' ''« [il] fut façonné par la rigueur et l’intelligence latines : c’est sur ce terreau que put s’épanouir son prodigieux génie des mathématiques. ».'' On est époustouflé devant son exploit magistral, mais peut-être sommes-nous nous aussi un peu trop timoré, d'ailleurs nous ignorons tout ce dont il était capable. La stratégie qu’il met en place pour livrer son ultime challenge non seulement est un défi à l’imagination mais confine à une énigme policière que Sherlock Holmes (ou plutôt Sir Arthur Conan Doyle, l'auteur de ses aventures) aurait fort appréciée. Mener l'enquête jusqu'à son terme c'est vivre une aventure philosophique à laquelle en enquêtant on trouve tout le charme d'une poésie. Et peut-être un peu l'attrait d'une expérience spirituelle. Le ''« Livre entier »'' qui devait repousser d’une façon étonnante, d'après Fermat, les bornes de la ''« Science des nombres »'', nous manque-t-il vraiment ? Les 48 ''observations'' n'ont-elles pas aidé les mathématiciens à repousser les bornes de la science des nombres ''« au-delà des limites anciennement connues » ?'' Jamais on n’aura vu un livre entier consacré à la science des nombres dont le prologue par Diophante, long de 340 pages, est plus long que le livre lui-même : une quinzaine de pages par Fermat. [[w:Edgar_Allan_Poe|Edgar Allan Poe]] (1809-1849), poète et fameux nouvelliste précurseur du roman à énigmes dit ‘’policier’’, qui fut traduit par Charles Baudelaire, s’il avait eu connaissance en son temps des découvertes faites par Roland Franquart, se serait réjoui d’avoir à mener une enquête cette fois bien réelle. Poe et Fermat ont d'ailleurs bien des points communs, si Poe en son temps était beaucoup plus reconnu en France que chez lui aux Etats-Unis, Fermat était davantage reconnu outre-Manche. Tous deux sont des logiciens lucides, visionnaires, hommes de rupture. Poe et Fermat construisent l'énigme en fonction de l’''effet'' produit, leurs énigmes sont des « sujets » à analyser. Ces créateurs sont un peu comme des « psychanalystes manipulateurs », mais alors qu'en abordant une nouvelle de Poe on sait tout de suite qu'on suivra l'enquête avec lui, Fermat innove, il ne nous avertit pas toujours que ce sera à nous de mener l'enquête : dans un premier temps en osant croire à une trame cachée, pour ensuite la mettre à jour. Une telle mise en abyme est loin d'être tout de suite perçue. Quand Poe manipule ouvertement les lacunes sociales et les symboles pour parvenir à son objectif, Fermat avec un art consommé, insensiblement manipule les lecteurs prévenus contre lui (ainsi que tous les autres), tout dans ses écrits en témoigne. Il se sert habilement de la défiance de ses détracteurs pour les prendre à leur propre jeu, se faisant parfois l’avocat du diable. On pourra faire de lui un vantard invétéré. Au cours des siècles, certains savants ont douté que Fermat avait une preuve. Avec la découverte d’[[w:Andrew_Wiles|Andrew Wiles]] en 1994 – une preuve d’une complexité énorme – ils purent encore moins l’imaginer après avoir douté pendant plus de trois siècles. D’autres, plus fins et circonspects, ont écrit qu'on ne peut rien dire à ce sujet. C'est le cas par exemple à notre époque de [[w:Jacques_Roubaud|Jacques Roubaud]], de [[w:Catherine_Goldstein|Catherine Goldstein]], experte des travaux de Pierre de Fermat, et de bien d'autres mathématiciens. Les codages de Fermat découverts par Roland Franquart sont tellement manifestes qu’on se dit : « Ce ne peuvent être des coïncidences, c'est juste un exploit magistral. » Dans le seul libellé de son observation <u>on trouve déjà 9 curiosités.</u> Après un nouveau décodage on en trouve 4 autres littéralement stupéfiantes. Ensuite dans sa correspondance on en trouve encore de nouvelles. On connaît le rôle du psychanalyste, il ne révèle pas à la personne (nommée à juste titre l’analysant) allongée sur le divan, quelques-unes des pensées inconscientes qu’il aurait pu découvrir chez lui au fil des séances. Il ne lui révèle que rarement les mécanismes en jeu. Il s’agit au contraire de laisser dire à l'analysant tout ce qui lui passe par la tête. De temps en temps il pourra lui dire quelques mots pour ouvrir une piste, donner un indice, mais jamais il ne lui dira une chose importante qui n'est pas encore consciente chez lui grâce au filtre protecteur et indispensable de l'inconscient : ce serait trop difficile à accepter. Ce sera à l'analysant lui-même de le découvrir. Le psychanalyste est avant tout un psychologue, un ''honnête homme'', fin, intelligent, empathique, et surtout qui a déjà fait un travail sur lui-même, une analyse. Fermat n’était pas psychanalyste, il était avant tout un grand mathématicien, intrépide, et surtout l’''honnête homme'' par excellence. Il n’avait pas de patients, seulement des correspondants pas très patients. Très peu de ses lecteurs, comme Mersenne, Pascal, Frénicle, surent l’entendre. Il a agi avec les mathématiciens de son époque et ceux qui les suivraient à la manière d’un psychanalyste persévérant et sagace, qui aurait eu affaire à des cohortes de patients venus là sans même vraiment croire à la psychanalyse. Connaissant leur manque de confiance et surtout leurs lacunes, sans aucunement leur mâcher le travail, il devait leur fournir d'innombrables indices (souvent cachés), espérant qu’un jour un de ces mathématiciens sorte de son apathie, “s'allonge sur le divan” et puisse entendre quelques mots-clefs. Déjà en 1637 quand Fermat fait parvenir à Marin Mersenne sa méthode de recherche des ''maxima et'' ''minima'', il ne prend pas le temps tout d'abord d'exposer les arguments qu'il utilise. Ce n'est qu'à la demande de Mersenne qu'il les fournira, bien volontiers cependant. Avec cette découverte, le premier coup de génie que l'on connaît de Fermat, on prend déjà conscience de la formidable intuition dont il était capable. Maryvonne Spiesser, mathématicienne, historienne, maître de conférences honoraire, précise à propos de cette méthode : <span style="color:blue">''« Il faut lire le texte de Fermat en “oubliant” nos mathématiques actuelles, notamment l'idée de limite [...]. »''</span> J'adhère complètement à cette idée. Mieux, cette conception est à mon sens le seul moyen d'accès (<span style="color:blue">''en “oubliant” nos mathématiques actuelles)''</span> à une compréhension complète de la preuve de Fermat. Je sais aussi qu'il y faut confiance et persévérance, ''humilité'' et audace hors normes, Pythagore n'est pas loin. Et si vous pensiez qu'un axiome pourrait vous gêner, alors cherchez à côté, la petite voie. Se libérer de tout préjugé, de toute arrogance. <blockquote>''« <span style="color:blue">La qualité essentielle d’une démonstration est de forcer à croire, de sorte que ceux qui ne sentent pas cette force, ne sentent pas la demonstration même, c’est à dire, qu’ils ne l’entendent pas. […] » </span>'' Pierre de Fermat</blockquote> Était-il facile pour les mathématiciens qui sont venus après lui, s'habituant de plus en plus à lire des calculs complexes, d’imaginer, même à la vue de deux étranges anomalies dans 2 des 3 éditions de l'''Arithmetica'', qu'il faille cherche (dans la note elle-même !) des indices qu'aurait pu laisser Fermat ? Au dix-septième siècle, les mathématiciens professionnels étant rares, les ouvrages mathématiques avaient un public restreint et il était difficile de trouver un éditeur acceptant de s’engager. Il est donc probable que Samuel a été contraint de publier l’''Arithmetica'' à compte d’auteur, possiblement en une cinquantaine d’exemplaires, en tous cas guère plus d’une centaine d’après nos sources. Une option beaucoup plus économique, plus simple et rapide, aurait été de publier un opuscule contenant les 48 observations de son père auxquelles ce dernier aurait ajouté de très courtes démonstrations, très condensées, voire très elliptiques. Mais sont-ce là les manières de ce pédagogue ? Jamais jusqu’à sa mort le magicien des nombres n’a mâché le travail de quiconque, aurait-il été digne – surtout après qu’il ait été lâché par tous – de leur livrer ''toutes'' ses découvertes ? L’insertion des 48 observations aux endroits appropriés de l’''Arithmetica'' laissera facilement penser au lecteur non averti que Fermat avait écrit de ''très longues'' observations dans les marges. La question : « ''Pourquoi Samuel n'a-t-il pas conservé l’exemplaire d’une valeur désormais inestimable que possédait son père ? »'' trouve ici sa réponse. Citons Fermat à propos de son “OBSERVATIO D.P. F. n° XVIII” ([[w:Théorème des nombres polygonaux de Fermat|théorème des nombres polygonaux de Fermat]]) : ''« Je ne puis ici donner la démonstration, qui dépend de nombreux et abstrus mystères de la Science des nombres ; j’ai l’intention de consacrer à ce sujet un Livre entier et de faire accomplir ainsi à cette partie de l’Arithmétique des progrès étonnants au-delà des bornes anciennement connues. »''. Comme pour tous ses autres théorèmes (sauf un) qui plus tard furent tous démontrés, il ne livre pas sa démonstration à Digby. Il faudra attendre 175 ans pour en avoir la preuve complète par Cauchy en 1813, après que Lagrange en eût démontré une partie. Fermat écrit à Mersenne qu’''en aucun cas il ne recherche la gloire.'' De son vivant en effet cette recherche de gloire, alors qu'il excelle dans la magistrature, aurait été très préjudiciable à sa carrière. C'est l'époque troublée de Richelieu, de Mazarin, des mousquetaires du Roy, l'époque aussi des tensions entre catholiques et protestants, or sa charge de magistrat lui imposait de rester très discret. Notre thèse est qu’il était parfaitement conscient que les mathématiciens qui viendraient après lui, n’ayant aucune idée de la façon dont il s’y était pris pour prouver son théorème, seraient nombreux à ‘’botter en touche’’ (« Il n’a pas pu trouver, c’est impossible, ou alors il s’est trompé [à nouveau, comme pour sa fausse conjecture...] »). Ici encore on retrouve l’esprit facétieux de Fermat, non il ne souhaite pas la gloire de son vivant, mais puisque tous les autres mathématiciens, l'un après l'autre, l’ont lâché, il ne lui reste qu’une solution, faire en sorte que ses plus puissants défis deviennent célèbres ''afin qu’on les étudie, pour que la science progresse.'' La gloire oui, mais seulement après la mort. Vers 1800 on pouvait vérifier le grand théorème pour les valeurs de ''n'' égales à 3, 4 et leurs multiples respectifs, puis, avec une première grande avancée due aux travaux de Sophie Germain, pour n=5, 14, 7. Cinquante ans plus tard, alors que les mathématiciens désespèrent de pouvoir trouver une preuve arithmétique du dernier théorème de Fermat restant à démontrer, Ernst Kummer amorce un virage qui va donner une tout autre tournure à l’affaire. Changeant radicalement d’approche il a l’idée de faire appel aux nombres complexes, développant la théorie des nombres complexes idéaux, qui allait devenir un outil très important de l’algèbre. Finalement il démontre le théorème pour tous les exposants inférieurs à 100 et profite de l'occasion pour parler du théorème de Fermat comme d’« une simple curiosité ». C’est une nouvelle grande avancée qui, même très relative, suscite l’enthousiasme chez les savants qui jusqu’alors n’avaient guère progressé. Le pli est pris, et on abandonne définitivement la recherche arithmétique pure pour tenter de démontrer le théorème, d’autant que la nouvelle voie est riche de promesses pour une nouvelle mathématique. Désormais on va donc se consacrer à explorer cette nouvelle, étrange et complexe espèce de nombres, ces nombres complexes idéaux, qui vont aider à aller beaucoup plus avant dans la compréhension des nombres premiers, en étudiant les questions mathématiques les plus profondes. Jacques Roubaud note qu’à partir de ce moment, il devient impossible à un mathématicien ne possédant pas comme Fermat autant de connaissances en arithmétique, d’avoir accès à ses raisonnements. On recommencera donc à étudier le Fermat, mais différemment. Oui ce sera difficile, oui ce sera complexe, mais au moins l’espoir est revenu, et surtout, ''on doute encore plus que Fermat ait pu démontrer son théorème.'' Ensuite, au fil des siècles, alors que les scientifiques utilisent de moins en moins le latin, et que les mathématiciens démontrent le théorème pour des cas particuliers, personne ne songera à examiner de près l'observation originale. On n'aurait jamais pensé que seule une traduction exacte pouvait indiquer de quelle façon aborder le problème. Il paraît donc logique que ce soit un amateur (Roland Franquart), qui soit allé voir directement à la source pour étudier la note écrite en latin et mettre en évidence tous les codages de Fermat. Les mathématiciens ont manqué de confiance, d'humilité et d'audace à la fois. Connaissant l'esprit facétieux de Fermat ils ne se sont pourtant pas interrogés sur la raison qu'il avait pu avoir – lui un Français, qui s'adresse quand même d'abord à des Français – de rédiger son observation la plus importante en latin. Comme nous l'avons déjà noté ils étaient si obnubilés par le théorème en lui même – bluffés aussi par une formulation bravache – qu'ils n'ont jamais pensé à s'adresser à un latiniste professionnel afin de pouvoir disposer d'une traduction rigoureuse. Ni même à se fier à la traduction officielle d'Émile Brassinne, exacte à un terme près. Il est vrai que cette traduction fut relativement tardive (1853), longtemps après la parution de l’''Arithmetica'', et déjà Kummer était passé par là. Depuis que l’''Arithmetica'' de 1670 a été éditée, on ne peut douter que des mathématiciens (français, anglais, allemands…) aient lu l’o''bservation'' dans l’une des deux versions ‘’arrangées’’ (''detex<big>'''ṡ'''</big>'''''<u>.</u>''' ou ''de'''<u>t</u>'''exi'''<u>.</u>'''''). Mais est-il facile pour un mathématicien professionnel habitué à lire calculs et démonstrations, d’imaginer, même à la vue d’une étrange anomalie, qu'il faille chercher d'autres anomalies ? Avec beaucoup de chance cela aurait pu se faire dans les premières décennies. Ensuite, alors que les scientifiques utilisaient de moins en moins le latin et qu'ils démontraient le théorème pour des cas particuliers, on ne songea pas davantage à faire traduire correctement la note, puisque Fermat « a dû se tromper » à moins qu'il se fiche de nous tout simplement, et de toute façon il ne disposait pas des bons outils puisqu'il n'avait que les siens... . Fermat espérait-il qu'un jour, un lecteur ait sous les yeux les deux éditions de l’''Arithmetica'' de 1670 ‘’trafiquées‘’ et se pose quelques questions ? En tout cas avec trois versions différentes de l’''Arithmetica'' il donnait à sa stratégie une chance d’aboutir pour ceux qui n'auraient pas pensé à la piste du triangle arithmétique (ou pas réussi à l'exploiter). Une seule édition ‘’trafiquée‘’ a suffi à Roland Franquart pour mettre à jour le cryptage, je lui suis reconnaissant d'avoir en 2009 rendues publiques ses découvertes. Quand Fermat écrit qu’il a ''assurément'' ''dévoilé'' une démonstration étonnante (ou admirable), on aurait pu penser que cette démonstration était inhabituelle. Si la présence de codages est évidente, son explication sibylline est loin d’être entièrement accessible à des mathématiciens du vingt-et-unième siècle – quand ils veulent bien y réfléchir sans ''a priori''. ''A contrario'', se conformer à la pensée dominante est confortable, qui évite de se prononcer et de se sentir à l’écart de la caste. Les observations que Samuel de Fermat a insérées dans le Diophante sont rédigées dans un style irréprochable et les deux bizarreries sur le même mot dans 2 des 3 versions de l'''Arithmetica'' sont à l'évidence volontaires, mais les se fondent avant tout sur des calculs explicitement rapportés, et généralement sur des faits précis. En outre ils sont très rarement latinistes. En 1995, dans son ouvrage ''Un théorème de Fermat et ses lecteurs'', Catherine Goldstein se montre bien plus fine que les contempteurs : ''« Quoi qu’il en soit, cette approche [d'Andrew Wiles], où le théorème de Fermat n’est qu’un corollaire très alléchant mais mineur, repose sur des techniques de représentations galoisiennes récentes. Reste possible qu’une démonstration élémentaire directe puisse être trouvée. »'' (page 120 du livre, note 7). Par ses progrès technologiques et son manque de foi, l'Humanité est devenue de plus en plus orgueilleuse, elle se croit auto-suffisante. Le corollaire le plus pervers de cet orgueil est le pessimisme (individuel et sociétal) qui à son tour nourrit l'orgueil. Ce pessimisme nous éloigne des idées les plus simples, les seules réellement efficaces. Et les orgueilleux pessimistes font florès. Avez-vous remarqué aussi combien, depuis la découverte de Wiles, même les amateurs aiment se rassurer sur internet en le citant pour se dire que, finalement, ils n'ont rien manqué ? == De quelle façon Fermat a-t-il pensé à crypter sa note ? == Nous pouvons maintenant tenter de répondre à cette question. On notera que dans la première partie il reprend les cas n=3 et n=4 avec lesquels il avait déjà défié ses correspondants respectivement 12 et 4 fois, et dont on sait qu’il les a démontrés, même s’il nous a fourni la démonstration du seul cas n=4, et encore, ''seulement en filigrane,'' dans l'unique théorème qu’il a complètement explicité. Pour énoncer son théorème il aurait donc pu se passer de cette première partie de l’énoncé : « ''Mais que ce soit un cube en deux cubes ou bien un carré de carré en deux carrés de carré et en général jusqu'à l’infini »'', et ne garder que ce qui concerne le théorème lui-même : ''« Aucune puissance supérieure au carré ne peut être partagée en deux puissances du même nom, [ce dont j’ai assurément dévoilé l'explication admirable]. »'' Il aurait pu aussi se passer de la coquetterie qu’il utilise dans des formulations voisines pour d’autres observations : ''« La marge trop étroite ne la contiendrait pas. »'' Mais seule la formulation complète autorise le cryptage. Voici comment on peut voir les choses, en adoptant la thèse que la preuve est basée sur l’exploitation du ‘’triangle de Pascal’’. Dans la première ligne, en commençant par écrire "mais que ce soit un cube" (''C^Vbum a<span style="color:blue">'''u'''</span><span style="color:red">'''t'''</span>em'') il trouve un premier couple de lettres ''<span style="color:blue">'''u'''</span><span style="color:red">'''t'''</span>''. Ensuite il peut facilement insérer un deuxième ''<span style="color:blue">'''u'''</span><span style="color:red">'''t'''</span>'', puis un premier ''<span style="color:red">'''t'''</span><span style="color:blue">'''u'''</span>'' : « ''in duos cubos, a<span style="color:blue">'''u'''</span><span style="color:red">'''t'''</span>em quadratoquadra<span style="color:red">'''t'''</span><span style="color:blue">'''u'''</span>m in duos quadratoquadratos'' ''& generaliter'' ''[...]''. Cette formulation lui permet aussi de livrer l’indice ''« C^Vbum ».'' Puis en introduisant d'abord la notion d’infini : ''« & <u>generaliter nullam in infini<span style="color:red">'''t'''</span><span style="color:blue">'''u'''</span>m</u> vltra quadra<span style="color:red">'''t'''</span><span style="color:blue">'''u'''</span>m potestatem in duos eiusdem nominis fas est diuidere »'' il peut placer deux autres <span style="color:red">'''''t'''''</span><span style="color:blue">'''''u'''''</span> (reportez-vous au site de Roland Franquart, au milieu de sa [http://franquart.fr/Revelation_DTF.html cette page] où l’on voit qu’en entrelaçant les '''''t''''' et les '''''u''''' on mettra à jour un tissage qu'on pourra exploiter dans le triangle de Pascal. Même si Fermat a vraiment tout fait pour réaliser ce fabuleux codage, on ne peut s'empêcher de penser : ''« Il a quand-même eu une chance extraordinaire, pour que'' tout “colle” aussi parfaitement. » C'est exact. Mais en effet ''« la chance sourit aux audacieux. »'' Oui mais quand même... Oui mais voilà, Fermat était ''très'' audacieux. == Fermat et la publication == S'il a fait connaître par courrier quelques uns de ses courts traités manuscrits, la plupart consacrés à la géométrie, il n'a jamais rien publié à son nom. Fin 1652, une épidémie de peste sévit dans le Sud-Est de la France. Comme beaucoup il est atteint mais il en réchappe. Si Fermat est parfaitement conscient de sa valeur, de l'avis de ceux qui le connaissent il est fort modeste. Quand il meurt le 12 janvier 1665 on grave dans le marbre de sa tombe une épitaphe se terminant par ''« Vis scire quiddam quod juvet ? nesciri ama. »'' ('''''« Veux-tu savoir ce qui est utile ? Sache être ignoré »)'''''. En 1659 il tente ''apparemment'' de faire publier ses travaux en sollicitant la contribution active de Carcavi et de Pascal, à leur charge de tout mettre en ordre dans ses écrits et de trouver un éditeur. Il leur précise que l’ouvrage ne devra pas porter pas son nom : 9 août, 1654 très certainement (1659 selon une autre source). Lettre de M. FERMAT<br> ''À M. DE CARCAVI'' Monsieur, ''J'ai été ravi d'avoir eu des sentiments conformes à ceux de M. Pascal ; car j'estime infiniment son génie et je le crois très capable de venir à bout de tout ce qu’il entreprendra. L'amitié qu'il m'offre m'est si chère et si considérable, que je crois ne devoir point faire difficulté d'en faire quelque usage en l'impression de mes Traités. Si cela ne vous choquait point, vous pourriez tous deux procurer cette impression, de laquelle je consens que vous soyez les maîtres ; vous pourriez éclaircir, ou augmenter, ce qui semble trop concis, & me décharger d'un soin que mes occupations m'empêchent de prendre. Je désire même que cet Ouvrage paraisse sans mon nom, vous remettant, à cela près, le choix de toutes les désignations qui pourront marquer le nom de l'auteur, que vous qualifierez votre ami. Voici le biais que j'ai imaginé pour la seconde partie, qui contiendra mes inventions pour les nombres. C'est un travail qui n'est encore qu'une idée, & que je n'aurais pas le loisir de coucher au long sur le papier mais j'enverrai succinctement à M. Pascal tous mes principes et mes premières démonstrations, de quoi je vous réponds à l'avance qu'il tirera des choses non seulement nouvelles & jusqu'ici inconnues, mais encore surprenantes. Si vous joignez votre travail avec le sien, tout pourra succéder et s'achever dans peu de temps, et cependant on pourra mettre au jour la première partie, que vous avez en votre pouvoir. Si M. Pascal goûte mon ouverture, qui est principalement fondée sur la grande estime que je fais de son génie, de son savoir & de son esprit, je commencerai d'abord à vous faire part de mes inventions numériques. Adieu, je suis, Monsieur, votre…'' Cette lettre cavalière interroge. A-t-il réellement pensé que Pascal accepterait de s'atteler à la mise en forme de toutes ses découvertes sur la théorie des nombres, travail qui lui aurait pris beaucoup de temps et d'énergie ? Ou bien, n'a-t-il jamais eu l'intention de faire publier toutes ses démonstrations ? À ses yeux ses découvertes ne furent pas appréciées à leur juste valeur et le « ''livre important »'' qu'il disait vouloir consacrer à l'arithmétique ne sera jamais publié, du moins sous la forme que le public aurait souhaité. Sa contribution à la théorie des nombres sera connue par sa correspondance et surtout par ses 48 fameuses o''bservations'' où il aura mis toute son application, et que Samuel, chargé par son père d'en assurer la publication ''après sa mort'' (c'est notre thèse) insérera dans l'''Arithmetica'' de Diophante. Est-ce après avoir découvert la preuve de son grand théorème, et trouvé le moyen de coder son explication, qu'il eut l'idée de consigner toutes ces observations sans démonstration ? == Balises == '''Historique des principales étapes de la recherche''' – 1998 (environ). Une amie étudiante en mathématiques me conseille la lecture de l’ouvrage de vulgarisation de Simon Singh sur le grand théorème. Moi qui adore les grandes énigmes je suis servi ! Au fil des années je relis des passages du livre, j’y médite régulièrement avec la forte intuition que Fermat avait bien une démonstration. Car je ne le vois ni comme un menteur, ni comme un distrait, ni comme un pur vantard mais comme l’immense génie qu’il est, encensé en outre par Blaise Pascal. Jamais je n’aurais pensé recevoir un jour (2009) un message d’un wikipédien me montrant que Fermat avait encodé sa note en latin. <br> – 2009. Je lis la fiche Wikipédia consacrée au théorème et découvre stupéfait combien elle est à charge. C’est à cette même époque que Roland Franquart me contacte.<br> – 2009 ou 2010. En faisant une recherche internet avec les mots-clés ‘’Fermat’’ ‘’latin médiéval’’, je découvre l’existence du très bel article de Ludivine Goupillaud ''“Demonstrationem mirabilem detexi : mathématique et merveille dans l’œuvre de Pierre de Fermat”''. Avec R.F. nous commençons à travailler sur un site dédié où une doctorante nous a rejoint.<br> – En 2013 et pendant un an j’édite sur la fiche Wikipédia du théorème (37% environ du texte total). Surtout, j’essaie de travailler à rendre l’«article» un minimum objectif, sans autre résultat que de constater que les ''« suiveurs de suiveurs »'' continueront toujours de se suivre. Mes premières réflexions et analyses historiographiques datent de cette époque.<br> – 2017. Création sur Wordpress de mon site personnel.<br> – 2017. Après des heures et des heures passées sur le net à chercher, quasiment sans espoir mais pourtant avec obstination, une troisième version de l’''Arithmetica'' où aurait figuré un troisième mode d’écriture du mot ‘’detexi’’, je découvre stupéfait sur l'édition de l'Université de Rome cette écriture étrange du mot : “'''detexṡ'''”. Je suis littéralement assommé par cette découverte et trop concerné personnellement j’ai ''du mal à y croire'' (« quelle mouche a piqué Fermat avec cette énorme anomalie, incongrue et très visible ? »). Sur le moment j'occulte le fait qu’à son époque sans internet, Fermat ne pouvait imaginer pas que quelqu’un pourrait trouver 3 éditions différentes ''relativement facilement.'' Je suis tellement sidéré, aveuglé même par cette découverte, qu’il s’écoule 18 mois avant que je lui donne tout son sens (février 2019). J’avais d’abord imaginé qu’il avait choisi d’écrire ‘’detexis’’ parce que c’était l’anagramme « d existe » (= ma preuve existe bel et bien) mais je n'étais pas très satisfait. Ce n’est qu’au bout de ces 18 mois qu’enfin j'ai pensé au latin, en décomposant le graphème '''''ṡ''''' en un '''s''' et en un '''''i''''' on trouve '''''detexis''''', qui se traduit littéralement : '''''« Tu tisses complètement »'''''. Ceci rejoint et conforte une découverte qu’avait faite R. Franquart à partir d’un indice figurant sur une autre version de l’''Arithmetica'' (celle de Lyon) qui lui avait fait trouver ces mots après un savant décryptage : ''« J’ai tissé complètement »''.<br> – 2019, janvier. Connaissant très mal l’espace ‘’Recherches’’ j'écris les premiers mots de cette étude… sur ma ''Page Utilisateur''.<br> – 2019, décembre. Ma plus jolie trouvaille à mon sens (il m'a quand même fallu 10 ans) est d'avoir trouvé à propos des ''Nombres de la forme 2^2ⁿ+1'' qu’une lecture «'' très subtile et très ingénieuse »'' de la formulation de la ''«question»'' (!) révèle l'énorme gros coup de bluff de Fermat : il savait pertinemment que sa conjecture était fausse, mais en formulant sa « ''question négative »'' d'une façon ambigüe il a berné tous ses détracteurs de la plus magistrale des manières. Chapeau l'artiste.<br> – 2021, août. L’étude est terminée, j’y reviens de temps à autre pour quelques relectures ou brefs ajouts. * 4/4 : [[Recherche:L’énigme de Fermat passée au crible/La légende urbaine]] == Références == <references responsive /> [[Catégorie:Recherches de la faculté philosophie]] [[Catégorie:Recherches de la faculté mathématiques]] [[Catégorie:Travail de recherche « Histoire des sciences »]] hq5ytsh7gutb5qq1bpgcdexxd13tcfg 104 79175 880704 879442 2022-07-24T11:09:43Z EclairEnZ 50317 /* Quelques anecdotes liées au théorème */ wikitext text/x-wiki {{Travail de recherche | titre = Recherche:L’énigme de Fermat passée au crible/Dernier Problème | idfaculté = Mathématiques }} (4/4) == La légende urbaine == « ''Je suis toujours surpris de quoy [[w:John_Wallis|M. Wallis]] méprise constamment tout ce qu’il ne sçait pas. »'' Pierre de FERMAT en 1658. ''« Il y a un roman derrière le grand théorème de Fermat, et il est haut en couleur ! »'' Cédric Villani (“Pour la Science”). Au fil du temps les mathématiciens se sont de plus en plus désintéressés du théorème de Fermat, d'autant qu'on ne voyait aucune utilité pratique à le prouver. On avait vainement cherché à savoir comment Fermat aurait pu le prouver. En 1961 est publié un livre d'Eric Temple Bell, ''The Last Problem'', qui selon les mots-mêmes de l'auteur, est une double biographie, à la fois d'un théorème et de Pierre Fermat. Comme nous-même, l'auteur écrit que jamais Fermat n'a prétendu avoir démontré que sa fameuse fausse conjecture était vraie, ce qui d'ailleurs est une évidence. Deux ans plus tard, le jeune [[w:Andrew_Wiles|Andrew Wiles]], alors âgé de 10 ans, ne trouvant nulle part dans le livre la preuve de l’exactitude du Dernier Théorème de Fermat, se promet qu’un jour il le prouverait. Puis trente plus tard se produit un événement totalement inattendu, on apprend que Wiles semble tout prêt d'avoir résolu le problème. Le 25 octobre 1994, aidé de Taylor il diffuse sa preuve. Elle n’est qu’un corollaire d’autres découvertes, et surtout d’une complexité inouïe, mais c'est une preuve. En apprenant la nouvelle, Jean Bénabou fit part de sa joie à Jacques Roubaud en ajoutant avec quelque humeur : ''« C’est comme si on avait conquis l’Everest avec des fusées de la Nasa ».'' Mais enfin la preuve est là et l'enthousiasme est à la mesure de la découverte, toute la frustration accumulée pendant des siècles est instantanément balayée chez beaucoup de mathématiciens. Pour tous c'est une énorme surprise. Cette journée du 25 octobre marque le début d’une période assez problématique dans l’historiographie des mathématiques. Puisque le théorème est vrai on pourrait davantage penser qu'auparavant qu'un génie comme Fermat, lui aussi avait pu le prouver avec ses propres outils. Pourtant à partir de ce jour, même s'il a écrit qu’il a « ''réellement dévoilé une étonnante démonstration »'', c'est le contraire qui se produit, on relaiera une nouvelle rumeur : puisque la preuve n'a pu être découverte qu’avec des outils très sophistiqués, jamais Fermat n’aurait pu en trouver une avec ses outils. C'est un raisonnement un peu étrange mais on a sa fierté que voulez-vous. Andrew Wiles donna lui aussi du grain à moudre à la rumeur en en ''rajoutant une couche'' : ''« Je pense qu’il s’est trompé en disant qu’il avait une preuve ».'' Il y a quelque chose de malsain dans ce biais cognitif. Les mathématiciens ont échoué à retrouver la preuve de Fermat mais ils ont maintenant la leur, le prétexte est tout trouvé alors pour ne plus avoir à chercher (quasiment sans espoir) une preuve beaucoup plus courte bien qu'extrêmement difficile à comprendre. Après le tapage fait en 1994 autour de la découverte de Wiles, comment imaginer que les mathématiciens les plus académiques puissent se remettre en question ? Comment reconnaître que l'exploit magistral de Fermat est autre chose qu'une illusion réservée à d'incurables optimistes ? Ce qui a suscité un tel engouement quand on apprit que Wiles avait trouvé une preuve, c'est qu'on en cherchait une (plus ou moins) depuis 1670. Comme Jean Bénabou et bien d'autres, je pourrais moi aussi être déçu de la manière dont ce théorème a été prouvé. Si ce 25 octobre 1994 ne fut pas, bien sûr, une tromperie, il y eut comme un énorme malentendu, l'exploit de Wiles n'a rien à voir avec ce qu'on aurait tant souhaité trouver. Non seulement le dernier défi, pour le chercheur honnête, a gardé tout son attrait, tout son charme, mais il est encore plus vivant qu'autrefois, les savants croient s'en être tirés à bon compte alors que la preuve de Fermat leur a complètement échappé. Si ce dernier a pu espérer que son problème tiendrait longtemps en haleine les savants, pouvait-il imaginer qu'un destin malicieux le comblerait au-delà de ses espérances ? Le mathématicien [[w:Harold_Edwards|Harold Edwards]] voulut vulgariser des mathématiques. Évoquant la conjecture des '''"nombres de Fermat"''' il écrivit : « [Fermat] alla même jusqu’à dire, plus tard dans sa vie, qu’il pouvait prouver que ces nombres étaient tous premiers ». Quand Fermat écrit : ''« J’ai ensuite considéré certaines questions »'', Edwards tombe droit dans le piège de Fermat et interprète : ''« J'ai ensuite prouvé certaines propositions. »''. [[w:Eric_Temple_Bell|Eric Temple Bell]], lui aussi mathématicien, comme Edwards avait à cœur d'attirer des gens vers les mathématiques ; voici ce qu'il écrit dans son livre ''The Last Problem'', publié en1961, quelques mois après sa mort. <blockquote>''« Fermat a déclaré qu'il ''pensait'' que la proposition était vraie, mais n'a jamais prétendu nulle part l'avoir prouvée. Il est temps que les déclarations erronées dans certaines histoires mathématiques soient corrigées – <u>même au prix d'imprimer tout ce que Fermat a dit dans son propre langage</u>. [...]. »''</blockquote>Dans la lettre bilan de Fermat à Carcavi pour Huygens, où il ne fait toujours aucune allusion au grand théorème, il termine par ces mots : ''« Et peut-être la postérité me saura gré de lui avoir fait connaître que les Anciens n’ont pas tout su, et cette relation pourra passer dans l’esprit de ceux qui viendront après moi pour'' traditio lampadis ad filios'', comme parle le grand Chancelier d’Angleterre, suivant le sentiment et la devise duquel j’adouterai,'' multi pertransibunt et augebitur sciencia^(*)''».'' (*) « Ils seront nombreux à aller au-delà, et la connaissance en sera accrue. » En 1976, dans son ouvrage ''Fermat's Last Theorem - A Generic Introduction to Algebraic Number Theory'' (page 38), Edwards discourt d’une étrange façon à propos de cette lettre : ''« Au contraire, à notre époque, l'attitude générale est que les Anciens ne savaient rien du tout. »'' Cette appréciation est tout sauf intelligente, Fermat n'a jamais prétendu que les Anciens savaient tout, Edwards sort une phrase de son contexte et oublie quand même beaucoup de choses, par exemple que les Babyloniens, il a 4000 ans, savaient qu'on pouvait déterminer la valeur de <math>\sqrt{2}</math> avec une précision proche du millionième (voir Wikipedia, [[w:YBC_7289|YBC 7289]]). Ne trouvez-vous pas que des scientifiques peuvent parfois faire preuve d'une arrogance choquante ? C'est ici l'exemple-type du bon mathématicien – sans plus – qui pour tenter de se mettre au niveau des plus grands et leur montrer qu'il existe, tente de nuire à la réputation d'un génie qui n'est plus là pour se défendre. On peut énoncer une formule générale pour disqualifier Pierre de Fermat, “Juge” et mathématicien.<br> 1. Écrire un livre ou un article sur la théorie des nombres en rappelant tous les apports de Fermat.<br> 2. Lui attribuer de belles qualités (esprit pénétrant, etc.).<br> 3. Faire une remarque négative à son sujet. La plus fréquente concerne la fausse conjecture des "nombres de Fermat", formulée ici par Edwards : ''« Cet incident semble être la seule tache sérieuse (the one serious smirch) sur la réputation de Fermat en tant que théoricien des nombres. »''<br> 4. Pour finir remercier Fermat.<br> L’historien Jean Itard a utilisé avant lui (1950) ce procédé mais en inversant les points 3 et 4 et en étant assez méchant. Au fond, c'est surtout le fait que Fermat aurait pu trouver une preuve avec ses propres outils, que des mathématiciens ont du mal à concevoir. Si obsédé par son désir de généralité, il n'a jamais évoqué ailleurs que dans cette note le théorème général, on sait qu'il l'a toujours eu présent à l’esprit. Il affirme détenir une preuve, ''pourtant il n'en parle jamais de son vivant,'' ''n'y fait même jamais allusion.'' Dans cette affaire digne d'un roman à suspense il fait preuve d’une maîtrise et d’une virtuosité confondantes, brouillant les pistes d'un côté, de l'autre laissant d'innombrables indices. Qu'il ait révélé à l’intention de ses seuls suiveurs un début d'explication à l’aide de trois lignes et demie d’écriture latine – même s’''il'' (Pierre + Samuel) les a écrites différemment (à peine) dans trois versions de l’édition de 1670 – participe du sublime. La seule édition consultable à Zurich, sans anomalie trop flagrante (à part dans ''le premier mot''), n'aurait sans doute pas permis un décryptage, d'autant que l'usage du latin s'est raréfié au cours du XIX^e siècle. L'édition de Lyon aurait suffi (elle a suffi à Roland Franquart), celle de Rome, la plus révélatrice (''detex'''is''''' camouflé → « tu tisses complètement  »), la plus excentrique aussi, est d'une force moindre mais confirme le décryptage effectué par R. Franquart. Les deux particularités sur le même mot, dans deux éditions différentes, se renforcent mutuellement, et encore davantage quand elles sont ajoutées aux cinq autres dans l'«''OBSERVATIO»'', et toujours plus quand elles sont ajoutées à celles présentes dans sa correspondance. Certains commentateurs ont été animés d'une compulsion d'avoir toujours raison. D'où vient cette incapacité à se défaire de ses préjugés les plus ancrés ? Cette crainte terrible d'avoir tort, quelle pourrait en être la cause première ? Cette peur de perdre un ''moi'' alimenté par des décennies de méconnaissance de soi, qui a façonné une personnalité rigide, les rend inaptes à une analyse rigoureuse et les place dans une position de défense agressive très rassurante pour l'égo. Ils continuent ainsi d'alimenter les rumeurs les plus triviales, incapables d'admettre, et de comprendre, qu'ils ont été bernés de la plus subtile des manières par Fermat. Dans le passé déjà « ''des mathématiciens qui avaient fait de vains efforts pour démontrer les théorèmes trouvés par Fermat ont voulu jeter quelque doute sur la réalité des démonstrations qu’il déclarait posséder, et ils ont supposé que ce grand géomètre était parvenu à certains résultats plutôt par induction et un peu au hasard que par une analyse rigoureuse de la question »'' (Libri). À moins d'avoir pris le temps d'étudier cette énigme, et sa très longue histoire, avec tout le discernement requis et un esprit critique en constante alerte, il est difficile de comprendre comment des intellects français ont pu prétendre dépasser en intelligence le plus grand génie mathématicien du dix-septième siècle, leur ''compatriote'' qui plus est. Ainsi de ''<span style="color:blue">René Descartes</span>'', qui ne pouvait suivre Fermat et le jalousait, et dont l'anagramme <span style="color:blue">''Tendre caresse''</span> témoigne ration-elle-ment de sa jalousie envers Fermat. Les mathématiciens français ont été, et sont toujours, les plus responsables de cette imposture scientifique. Jusque dans l'histoire du théorème ''qui a généré le plus d'études au monde'', ce sont encore trois Français, Descartes, Weil et Itard qui ont été les plus méprisants. Cette histoire ressemble à une assemblée de coqs de villages en lutte contre le plus grand génie mathématique de la nation (peut-être aussi du monde si l'on suit Pascal), pour savoir lequel est réellement le plus intelligent. Si nous étions un peu méchant à notre tour nous dirions que le professeur de mathématiques Jean Itard, qui n'était ni un savant ni un chercheur, est certainement celui qui a été le plus intelligent. Mais nous ne le dirons pas. Et si l'on sait répondre à cette question : <span style="color:blue">''« Pourquoi les mathématiciens français sont-ils ceux qui ont été les plus méprisants, davantage encore que les Anglais, envers Pierre de Fermat ? »''</span> on comprendra mieux que l'obstination des contempteurs a de beaux jours devant elle. Et à qui se demanderait quelle apogée pourrait atteindre un jour une légende urbaine aussi enracinée et aussi nécessaire aux besoins des demi-habiles, nous répondrons simplement : un silence assourdissant. == L’esprit de géométrie et l’esprit de finesse (Blaise Pascal) == <blockquote>''« C'est une maladie naturelle à l'homme de croire qu'il possède la vérité directement ; et de là vient qu'il est toujours disposé à nier tout ce qui lui est incompréhensible ; […]. »'' Pascal, ''De l’esprit géométrique'' in ''Œuvres complètes''</blockquote> « En l’un [l'esprit de géométrie] les principes [axiomes, définitions...] sont palpables mais éloignés de l’usage commun, de sorte qu’on a peine à tourner la tête de ce côté‑là, manque d’habitude. Mais pour peu qu’on l’y tourne, on voit les principes à plein, et il faudrait avoir tout à fait l’esprit faux pour mal raisonner sur des principes si gros qu’il est presque impossible qu’ils échappent.<br> Mais dans l’esprit de finesse les principes [les observations...] sont dans l’usage commun et devant les yeux de tout le monde. On n’a que faire de tourner la tête ni de se faire violence, il n’est question que d’avoir bonne vue. Mais il faut l’avoir bonne, car les principes sont si déliés et en si grand nombre, qu’il est presque impossible qu’il n’en échappe. Or l’omission d’un principe mène à l’erreur. Ainsi il faut avoir la vue bien nette pour voir tous les principes, et ensuite l’esprit juste pour ne pas raisonner faussement sur des principes connus.<br> Tous les géomètres seraient donc fins s’ils avaient la vue bonne, car ils ne raisonnent pas faux sur les principes qu’ils connaissent. Et les esprits fins seraient géomètres s’ils pouvaient plier leur vue vers les principes inaccoutumés de géométrie.<br> Ce qui fait donc que de certains esprits fins ne sont pas géomètres, c’est qu’ils ne peuvent du tout se tourner vers les principes de géométrie. Mais ce qui fait que des géomètres ne sont pas fins, c’est qu’ils ne voient pas ce qui est devant eux et qu’étant accoutumés aux principes nets et grossiers de géométrie, et à ne raisonner qu’après avoir bien vu et manié leurs principes, ils se perdent dans les choses de finesse où les principes ne se laissent pas ainsi manier. On les voit à peine, on les sent plutôt qu’on ne les voit, on a des peines infinies à les faire sentir à ceux qui ne les sentent pas d’eux‑mêmes. Ce sont choses tellement délicates, et si nombreuses, qu’il faut un sens bien délicat et bien net pour les sentir et juger droit et juste selon ce sentiment, sans pouvoir le plus souvent le démontrer par ordre comme en géométrie, parce qu’on n’en possède pas ainsi les principes, et que ce serait une chose infinie de l’entreprendre. Il faut tout d’un coup voir la chose d’un seul regard, et non pas par progrès de raisonnement, au moins jusqu’à un certain degré. Et ainsi il est rare que les géomètres soient fins et que les fins soient géomètres, à cause que les géomètres veulent traiter géométriquement ces choses fines et se rendent ridicules, voulant commencer par les définitions et ensuite par les principes, ce qui n’est pas la manière d’agir en cette sorte de raisonnement. Ce n’est pas que l’esprit ne le fasse mais il le fait tacitement, naturellement et sans art [sans besoin de règles], car l’expression en passe tous les hommes, et le sentiment n’en appartient qu’à peu d’hommes.<br> Et les esprits fins au contraire, ayant ainsi accoutumé à juger d’une seule vue, sont si étonnés quand on leur présente des propositions où ils ne comprennent rien, et où pour entrer il faut passer par des définitions et des principes si stériles, qu’ils n’ont point accoutumé de voir ainsi en détail, qu’ils s’en rebutent et s’en dégoûtent.<br> Mais les esprits faux ne sont jamais ni fins ni géomètres.<br> Les géomètres qui ne sont que géomètres ont donc l’esprit droit, mais pourvu qu’on leur explique bien toutes choses par définitions et principes ; autrement ils sont faux et insupportables, car ils ne sont droits que sur les principes bien éclaircis.<br> Et les fins qui ne sont que fins ne peuvent avoir la patience de descendre jusque dans les premiers principes des choses spéculatives [i.e. abstraites] et d’imagination qu’ils n’ont jamais vues dans le monde, et tout à fait hors d’usage. » == Un léger désaccord == ''●'' Blaise Pascal écrivant à Pierre Fermat : ''« Voilà, monsieur, tout l’état de ma vie présente, dont je suis obligé de vous rendre compte, pour vous assurer de l’impossibilité où je suis de recevoir l’honneur que vous daignez m’offrir, et que je souhaite de tout mon cœur de pouvoir un jour reconnaître, ou en vous, ou en messieurs vos enfants, auxquels je suis tout dévoué ayant une vénération particulière pour ceux qui portent le nom du premier homme du monde. »'' '''''●''''' Jean Itard en 1950 : ''« Jamais Fermat n’a été en possession d’une preuve de son Grand Théorème pour un exposant supérieur ou égal à cinq. »'' == Bilan de la recherche == — Nous avons vu qu'aucun des trois arguments avancés par les détracteurs de Fermat n'est valable. Ils peuvent d'ailleurs être renversés au bénéfice de Fermat.<br> — Regroupons tous les arguments favorables : 1) Le style utilisé par Fermat dans ses 48 observations (écrites où ?) montre à l'évidence qu'elles ont été rédigées à l'intention du lecteur.<br> 2) Samuel n'a pas conservé l'exemplaire de l’''Arithmetica'' où étaient censées les 48 observations de son père alors qu'il aurait acquis une valeur historique considérable : il a tout simplement «disparu» {{clin}}. * ''Concernant l'observation relative au grand théorème :'' 3) Elle est la seule des 48 dont le titre ne soit pas abrégé en D.P. F. mais écrit en toutes lettres.<br> 4) C^Vbum . L’exposant n’est pas écrit selon la règle d'usage.<br> 5) Il existe une première version avec un ‘’detexi’’ différent (‘’de'''''t'''''exi’’).<br> 6) Et une deuxième version avec un ‘’detexi’’ différent (‘’detex'''''ṡ''''' ) ; ainsi qu'une troisième version sans anomalie sur le mot.<br> 7) ‘’detexi’’ ne signifie pas ‘’j’ai trouvé’’ mais ‘’j’ai [assurément] dévoilé’’, ‘’mis à nu’’, ‘’mis à découvert’’.<br> 8) ‘’detex''<big>'''ṡ'''</big>''’’ (= detexis), sur l'édition de Rome, se traduit exactement par ‘’tu tisses complètement’’. Or l’expression ‘’j'en ai entièrement tissé’’ avait déjà été trouvée grâce à un autre codage (plus complexe) découvert par Roland Franquart sur l'édition de Lyon. Les deux occurrences se renforcent mutuellement.<br> 9) L’adverbe ‘’sane’’ (assurément), par la façon inhabituelle dont il est placé, s’applique à la fois à ‘’detexi ‘’ (assurément dévoilé)...<br> 10) ... et à ‘’mirabilem’’ : (réellement) admirable, merveilleuse, étonnante.<br> 11) Le point qui suit le mot ''detexi'' est grossi (différent du point final) dans les trois éditions pour mettre encore l’accent sur ce mot ''detex''i.<br> 12) Ludivine Goupillaud, ancienne chercheuse et dorénavant enseignante, a noté avant nous que Pierre de Fermat prend « ''le risque de l’ellipse énigmatique ou du cryptage ».''<br> 13) La répétition dans l’observation, d'abord des couples de lettres ‘’tu’’ (3 fois), puis ‘’ut’’ (2 fois).<br> 14) On y trouve 21 ''u'' (et ''u'' est la 21^e lettre de l’alphabet), et seulement 19 ''t'' (mais ''t'' est la 20^e, il manque donc un ''t'', la cause en étant ici : «''non capere'''''t'''» (ne contiendrait ce ‘’t’’, ‘’t’’ qui a été mis en évidence dans ‘’''de'''t'''exi''’’ et entre en compte dans l'exploitation du triangle arithmétique (l’explication détaillée figure sur le site de R. Franquart).<br> 15) Ces singularités ont permis à R. Franquart de « tisser complètement », comme Fermat, l’explication, la démonstration.<br> 16) Le 29 août 1654, Fermat écrit à Pascal : ''« Nos pensées s’ajustent si exactement […] vos derniers traités du Triangle arithmétique et de son application en sont une preuve authentique […]. »'' Or la thèse qu'a développée Roland Franquart et nous-même après lui est précisément axée sur le triangle arithmétique.<br> 17) Fermat a interverti les lettres '''''v''''' et '''''u''''' dans les 2 mots “'''''v'''ltra”'' et “''di'''''u'''''idere”, or'' <u>ces deux mots n'existent pas.</u> Ce n'est que jusqu'au XV^e siècle que le ''u'' s'écrivait ''v –'' mais l'inverse'', v → u'' n'était pas possible''.'' Cette inversion conforte encore l'importance d'un argument exposé dans la partie III : tout d'abord accorder beaucoup d'importance à ces deux lettres dans le cryptage de l'entièreté de la note, ensuite même si l'on comprend aisément que le pseudo-mot “''di'''''u'''''idere”'' correspond au mot ''dividere —'' et ici je reprends les mots de R. Fanquart '': « Fermat montre que les lettres '''u''' et '''v''' peuvent se remplacer mutuellement dans n’importe quel mot de l’ARITHMETICA, sauf dans le premier mot, '''l’^EXPOSANT''' ».''<br> 18) De sa démonstration complète du ''théorème de Fermat sur les triangles rectangles'' (Obs. XLV) on déduit immédiatement la preuve du cas particulier ''n=4'' mais Fermat le passe sous silence. Nous écrivions en conclusion ce qu'il fallait en comprendre : il sait de quoi il parle et, très discrètement, si l'on veut bien lire “entre les lignes”, il nous le fait savoir. * Concernant les ''“ Nombres de Fermat ” :'' 19) La lettre à Carcavi où figure le fausse conjecture des “nombres de Fermat” que d’aucuns ont interprétée d’une façon manifestement orientée et non pertinente, son fils ne la reprend pas dans les ''Varia''.<br> 20) Cette conjecture est aussi absente des observations de l'''Arithmetica'' de 1670, toutes prouvées exactes par la suite.<br> 21) Fermat écrit dans la lettre « j’ai considéré », et non « j’ai démontré que ».<br> 22) Fermat utilise l’expression ‘’questions négatives’’, ce qu’il ne fait jamais ailleurs, l’expression consacrée étant ‘’propositions négatives’’. Ce qui dans le contexte suggère facilement un double sens : ‘’la réponse à cette question est négative’’.<br> 23) L'agencement de formulations singulières dans '''l'entièreté du paragraphe''' permet une deuxième lecture : nous avons vu précédemment que la phrase ''« Cette dernière question est d’une très subtile et très ingénieuse recherche […] »'' (avec deux adjectifs synonymes qui font doublon), suggère que la '''formulation''' de cette “question”, dans son contexte et avec une formulation aussi particulière, doit faire pour nous l'objet ''d’une très subtile et très ingénieuse recherche''.<br> 24) '''Les mathématiciens s’accordent à dire que Fermat connaissait la méthode à mettre en œuvre (avec les diviseurs de la forme 64k+1)''' montrant que ces “nombres de Fermat” ne sont pas premiers.<br> 25) Nous avons vu que la lettre à Mersenne de juin (?) 1640 où Fermat utilise une méthode similaire (diviseurs de la forme 74k+1), ''son fils l’omet elle aussi des Varia.''<br> 26) Fermat évoque la fameuse fausse conjecture... à 6 reprises sur une période de... 19 ans... à tous ses correspondants... et réclame leur aide (...) pour essayer de démontrer... qu'elle est vraie {{sourire}}.<br> 27) Lettre à Frenicle de Bessy (18 octobre 1640) '': « [… ] car par avance je vous avertis que, '''comme je ne suis pas capable de m'attribuer plus que je ne sais,''' je dis avec la même franchise ce que je ne sais pas [...] ».'' Cette lettre, la seule à propos de cette conjecture que Samuel choisit pour l’insérer dans les ''Varia'', est celle où son père dit être toujours honnête. Il semble nous indiquer qu'on peut la mettre rapport avec l’observation concernant le grand théorème. (''i.e.'' il faudra prendre au sérieux cette observation).<br> 28) Les observations de Fermat n'auraient pu tenir dans une marge, certaines d'entre elles sont bien trop longues.<br>Nous dénombrons 28 arguments en faveur de l'existence d'une preuve par Fermat de son théorème. On en trouve 2 autres au chapitre M.P.E.A.S. sur cette même page ; d'autres encore qui relèvent davantage de la pure psychologie, nous les avons abordés dans cette étude ; d'autres à nouveau, plus complexes (par décryptage alphanumérique) ont été développés par Roland Franquart sur son site. Fermat, en ne dévoilant pas publiquement de son vivant la démonstration de son plus célèbre et plus difficile théorème, en a fait le point d’orgue de sa recherche (Andrew Wiles devra y ''plancher'' en secret pendant 7 ans et écrire 1000 pages). Et pour brouiller les pistes il rédige nombre des 47 autres observations de la même manière facétieuse et provoquante (le manque de place ou le manque de temps), avec les mêmes termes ‘’admirable’’, ‘’réellement difficile’’, ‘’très belle’’, ’’méthode générale’’, ‘’infinité’’, etc. Ainsi les historiens n’auront pas l’idée de chercher tout ce que la fameuse observation peut avoir de non conventionnel (anomalies et ‘’coïncidences’’ trop extraordinaires pour ne pas être volontaires). Si l'on ne prête qu'à peine attention (ou pas du tout, souvent) à la note écrite en latin, comme l’ont fait tous les historiens à part Tannery pendant 350 ans, sans avoir par ailleurs ''une vision globale de l’affaire Fermat'', on ne prête non plus aucune attention au titre de l’''OBSERVATIO'' (non écrit en abrégé comme ailleurs, mais ''en toutes lettres,'' CAPITALES de surcroît) qui nous demande explicitement d’''OBSERVER.''<br>Quant à l'argument qui consiste à dire que les 48 observations n'auraient pas été écrites à l'intention du lecteur, il est absurde. Prétendre que Fermat aurait affirmé que les nombres de la forme 2^{2^''n''} + 1 seraient tous premiers l'est tout autant.<br> Tous ces gens ont non seulement bridé, mais surtout perverti leur imagination en dédaignant la plus pure logique, et à grand renfort de faux arguments dans un unique désir, un besoin quasi existentiel : dénigrer Pierre de Fermat — se croire plus subtil que cet immense génie, quelle jouissance en effet !<br> Aucune pensée ne saurait rendre la sublimité des prouesses de Fermat se déployant dans les ténèbres de l’inconscience académique. La sottise révélée par la pensée commune qui a accompagné toute l’épopée du Dernier Théorème de Fermat en a fait la légende urbaine la plus rocambolesque.<br> Je connais tellement bien la mentalité académique que je suis persuadé à 99,9% que nous n'aurons jamais le fin mot ''officiel'' de l'histoire, ce qui lui confère un charme délectable. Le suspense perdurera et les amateurs de mathématiques et d'énigmes que nous sommes pourrons continuer de méditer avantageusement sur la nature humaine, ses caprices et ses faiblesses. <blockquote>''« Il est plus facile de briser un atome que de briser un préjugé. »'' A. E.</blockquote> == Moralité == Quand un scientifique, un politicien, un philosophe, multiplie articles et plateaux télé pour tenter de faire croire que ce qu’il affirme est la vérité vraie, il est important de chercher les raisons personnelles qu'il a pu avoir pour diffuser le plus largement possible sa théorie. Qui connaît bien la nature humaine comprendra que jamais rien ne viendra ébranler la satisfaction de la communauté académique d’avoir ''« conquis l’Everest »,'' fusse par une température très clémente et en chemisette.{{Encadre|contenu=<span style="color:blue">Dans tous les domaines de la connaissance, lorsqu’une armée d’«experts» professionnels se déchaîne contre un petit groupe d’experts indépendants, donc sans conflit d’intérêt, et que l’on perçoit chez ces derniers un accent de vérité, il faut prendre le temps nécessaire pour mener sa propre enquête. Plus longtemps on aura effectué cette enquête, plus l’esprit de discernement se sera affiné.</span>}} Par le plus grand des hasards, le jour de mon anniversaire, en mai 2011, je rencontrai au cours d'une randonnée une mathématicienne (le printemps est l'époque où les intellectuels aiment prendre l'air) chez qui je perçus les compétences et l’autorité d'une professionnelle. Nous discutions de choses et d'autres, l'ambiance générale était sympathique. À un moment je me risque à l’informer des découvertes de R. Franquart et lui fournis le lien web adéquat. Puis je lui dis (c’était le sens en tout cas) : ''« Nos mathématiciens disposent d’outils très complexes, ils sont peu enclins, comme le faisaient les Anciens, comme le faisait Fermat ou Pascal, à jongler avec les notions les plus fondamentales. »'' Elle me répliqua, outrée : ''« Oh non ! »'' La suite de ses réponses à mes questions fut un royal enfumage. Je n’ai pas insisté. Je suis encore à ce jour estomaqué (de moins en moins cependant) que l'immense mathématicien qu'était [[w:André_Weil|André Weil]] ait cru bon de nier absolument que Fermat ait pu avoir une preuve, avec des arguments tels que celui-ci : ''« How could he have guessed that he was writing for eternity? »'' (‘’''An approach through history from Hammurapi to Legendre‘’, 2010, p. 104''). En français : ''« Comment aurait-il pu deviner qu’il écrivait pour l’éternité ? »'' Cette déclaration est étrange, si l'on suit André Weil les 48 ''Observations'' de Fermat auraient été destinées à son seul usage et il aurait éprouvé le besoin de '''s'expliquer à lui-même''' qu'il a prouvé ces théorèmes – en prétextant à 4 reprises, dans ses 48 notes, le manque de place pour ne pas livrer toutes ses démonstrations, et en les qualifiant à 6 reprises d'admirables, de très belles ou de très difficiles. C'est en employant les mêmes adjectifs qu'il évoque ses découvertes dans sa correspondance. Dans une lettre à Mersenne du 3 juin 1636 le mot ''admirable'' revient même 2 fois dans 2 lignes successives. Même si Weil assurément ne disposait pas d'une bonne traduction, sa déclaration est étonnante. Il est vrai qu'il avait une assez haute estime de lui-même et que vis-à-vis de Grothendieck en particulier, de l'avis même de ce dernier, il n'a pas été vraiment bienveillant. Quand le prestige personnel est en jeu on n'est parfois pas très tendres entre savants. Il y a une ironie amusante à observer qu'André Weil utilise une expression qu'on peut reprendre à notre compte de cette façon : Il est probable que la croyance des Modernes selon laquelle Fermat n'avait pas de preuve reste vivante ''pour l'éternité.'' On notera que ''« dans sa jeunesse André WEIL espérait la démontrer [la conjecture de Fermat] avant la date du centenaire et la publier en 1959. Il a éclaté de rire le jour où, après la publication de ses Œuvres complètes, je lui ait fait observer que s’il en trouvait finalement une démonstration en quinze pages, Springer-Verlag serait obligé d’ajouter un très mince volume à son édition. »'' (Roger Godement, ''Analyse mathématique IV'', Ed. Springer-Verlag, 2003, p 281, note 4). Pour mémoire, il a suffi de deux pages à Fermat, ou plutôt trois lignes et demie. Moralité : le sourire est plus spirituel que le rire. ''[https://blog.psychotherapie-integrative.com/le-sourire-baiser-de-l-ame/ « Il est vrai que le regard intérieur ne fait malheureusement pas partie de l’épistémologie scientifique actuelle »].'' André Weil fut l'un des mathématiciens qui par leurs travaux ont considérablement aidé celui de Wiles. Il ne pouvait qu’être fier d’avoir contribué à la preuve trouvée en 1994 par ce dernier. De là à sous-estimer les capacités de Fermat il n'y a qu'un pas. L'historien Jean Itard quant à lui s’en était pris à Fermat en 1950 (année de ma naissance {{Sourire}}) avec cette affirmation péremptoire et cassante : ''« Jamais Fermat n’a été en possession d’une preuve de son Grand Théorème ».'' Bonjour l'ambiance. Citons Évariste Galois (1811-1832) :<br> ''« Je rêve d'un jour où l'égoïsme ne régnera plus dans les sciences, où on s'associera pour étudier ; au lieu d'envoyer aux académiciens des plis cachetés, on s'empressera de publier ses moindres observations pour peu qu'elles soient nouvelles, et on ajoutera ‘’je ne sais pas le reste’’. »'' Et Simon Singh :<br> ''« Le culte du secret chez les mathématiciens parisiens était une tradition qui remontait aux cossistes du seizième siècle. Ceux-ci étaient des experts en calculs divers employés par les marchands et les hommes d’argent pour résoudre leurs problèmes de comptabilité. […]. Quand le mathématicien et philosophe [[w:Marin_Mersenne|Marin MERSENNE]] arriva à Paris, il résolut de combattre la conspiration du silence et tenta de persuader les mathématiciens d’échanger leurs idées et de se servir les uns des idées des autres. Il organisa des rencontres régulières entre eux et son groupe constitua même le noyau de l’Académie des sciences. »'' Fermat par sa célèbre observation a laissé aux savants ce qu’ils ont pris pour une forfanterie – voire une galéjade, même si, étant en effet une magnifique preuve magistralement codée, elle n'en est pas moins une galéjade tout aussi magnifique. J'ai toutes les raisons de penser qu'il a exploré, et réussi à suivre jusqu'au bout, la piste complètement inattendue du triangle arithmétique, à laquelle avait déjà pensé Laurent Hua, mais du point de vue de la géométrie. C’est en quittant ce monde, nous laissant sa plus célèbre observation, que 5 ans plus tard grâce à son fils Fermat entra dans la légende. Un savant qui, mieux que tout autre mathématicien, avait compris l'impérieuse nécessité de mettre toute sa confiance dans la raison. Le site de Roland Franquart, [http://franquart.fr/ franquart.fr]<br> Cette étude est comme un devoir de mémoire. Sur [https://l-enigme-de-fermat-passee-au-crible.com/ mon site personnel] je peux voir dans les statistiques de consultation qu'en juin 2021 les États-Unis sont passés devant la Chine où elle était vue très régulièrement. Je suis quand même un peu étonné des fréquentes consultations par la Chine même si la calligraphie chinoise, très complexe, est aussi très symbolique. Les Chinois sont des gens très subtils et fort habiles, et les scientifiques y sont anglophones. Après les États-Unis viennent la France, la Chine, le Canada et 16 autres pays. Un mauvais point pour le Japon, avec très peu de visites, et surtout pour la Grande Bretagne, mais cela, on le comprend {{Clin d'œil}}.<br> Depuis le 23 avril, il y a eu une seule journée sans visites, la moyenne est de 2 visites par jour. Il est arrivé qu"ily ait 10 ou 12 visites le même jour. Peut-être des étudiants qui se passent le mot. Cette étude est comme un devoir de mémoire. Sur mon ancien site personnel je pouvais voir dans les statistiques de consultation qu'en juin 2021 les États-Unis étaient passés devant la Chine où elle était vue très régulièrement. Je suis quand même un peu étonné des fréquentes consultations par la Chine même si la calligraphie chinoise, très complexe, est aussi très symbolique. Les Chinois sont des gens très subtils et fort habiles, et les scientifiques y sont anglophones. Après la Chine viennent la France, le Canada et 16 autres pays. Un mauvais point pour le Japon, avec très peu de visites, et surtout pour la Grande Bretagne, mais cela, on le comprend {{Clin d'œil}}. Fermat lança parmi les âges<br /> un court et merveilleux message<br /> qui sans besoin de tant de pages<br /> instruira fort tout homme sage Un jour conclurait-on ces pages ?<br /> Non ! Fi des images ! Et fi des pages !<br /> Insensés ! Fous ! qui ne voyez au voisinage<br /> que des histoires d’un autre âge.<br />Qu’elles soient codages, qu’elles soient messages<br /> elles ne le sont que pour les sages.<br />Fermat, ami, si tu es là<br /> as-tu quelque chose à nous dire ?<br /> Tu ne dis rien bien entendu<br /> peut-être même que tu souris<br /> tu vois ces hommes comme je les vois<br /> eux ne voient pas ce que tu vois. Moi j’ai compris ton beau message,<br> avant les nuages,<br> après l’orage. == Pour l'honneur de la caste == Nous avons mentionné cette étude à quelques rares scientifiques réputés, 4 ou 5 peut-être, depuis 2009, parmi tous ceux, innombrables, que nous estimons grandement. Toute pudeur écartée j’avoue qu’il m’est arrivé – il y a quand même un bout de temps – d’espérer une réponse de l’un d’entre eux, ne serait-ce qu’un simple ‘’merci de votre courrier’’. J’allais dire que je n’en avais jamais reçu aucune, en fait j’en ai reçu deux Une première en 2018 ou 2019 était très courte (que voulez-vous on est ‘’un Grand’’ ou on ne l’est pas) : ''« Ce qu’il faudrait, c’est un nouvel outil ».'' C’était pourtant exactement ce que le découvreur de l'explication de Fermat, Roland Franquart, lui fournissait : un nouvel outil, l'usage du ‘’triangle de Pascal’’, grâce à un minutieux et formidable travail de décryptage (même si son texte comporte 2 petites erreurs qui ne sont même pas mathématiques et ne concernent ni la note ni le théorème). Seulement voilà, quand on est un scientifique réputé – ce mathématicien ne m’en voudra pas si je dis qu’il n’est pourtant pas si renommé – on a les sourcils chatouilleux. C’était exactement la réponse qu’il ne fallait pas me faire (notre travail, à Roland Franquart et à moi-même, l’avait peut-être irrité pour une raison particulière que je tairai par discrétion). Toujours est-il que grâce à sa drôle de réponse je repris mes recherches de plus belle. Une autre réponse, indirecte — je ne lui avais rien demandé, je connais trop bien ce genre de personnage — fut cette perle magnifique du mathématicien et (excellent) joueur de go français Pierre Colmez, titulaire du prix Fermat 2005{{Clin}}, qui tenta ce ''coup de go'' de débutant, naïf et désastreux, comme cela peut arriver chez les plus grands champions : ''« Ce qui est sûr, c'est que toutes les démonstrations auxquelles Fermat aurai<u>'''ent'''</u> pu penser à son époque se cassent la figure. »'' C'est le commentaire le plus ubuesque que l'on puisse trouver sur le théorème. J'ai laissé la faute d'orthographe, révélatrice d'une propension à l'exagération chez les contempteurs, et à prétendre détenir, et eux seuls, la vérité. Comment peuvent-ils connaître tout le savoir de Fermat, génie universel encensé par Pascal, autre génie ? Par excès de confiance en eux-mêmes ils veulent croire que « le plus grand homme du monde », qui s'était attaché avec une passion quasi métaphysique, à sonder les plus grands mystères des nombres, qui a initié les plus grands progrès en théorie des nombres, était doté d'un discernement inférieur au leur. Dans quel aveuglement peuvent être entraînés certains scientifiques confortés par la reconnaissance académique... [[w:Christophe Breuil|Christophe Breuil]], « mathématicien spécialisé dans la géométrie algébrique et la théorie des nombres » (Wikipédia), nous livre quelques réflexions qui aident à comprendre la psychologie du savant : ''« Voici par exemple une autre petite histoire (encore une boutade) que je tiens d’un autre collègue moins jeune (mais non moins brillant). Pour savoir si le résultat nouveau que l’on vient d’obtenir est intéressant, il faut s’y prendre de la façon suivante :<br>1) Modestement l’expliquer à un grand expert du sujet.<br>'' ''2) Analyser sa réaction : s’il est content, le résultat n’a probablement que peu d’intérêt, mais s’il fait la tête, alors tout espoir est permis ! Tel peut sembler être le « destin » des mathématiciens : celui de s’attaquer à des problèmes surhumains qui suscitent indifférence et incompréhension du monde extérieur. Mais il y a les maths'' [pourquoi tous les matheux mettent-ils cette abréviation au pluriel alors que “math” en 4 lettres c'est si joli, si “carré” ?] ''elles-mêmes, leurs objets et structures d’une infinie richesse, leurs beaux et puissants concepts, leur profonde unité, perpétuelle source de renouvellement et de rajeunissement !'' ''[…] Tout chercheur vous dira que les considérations d’ordre affectif ou égocentrique (et plus généralement les considérations “humaines”) viennent immanquablement troubler le cours limpide d’un raisonnement logique, ou embrumer une intuition mathématique en train de prendre forme ». » [http://www.math.u-psud.fr/~breuil/PUBLICATIONS/Billets.pdf]'' == Conte à guérir, conte à grandir == ''« Les savants font la guerre aux préjugés populaires, sans s'apercevoir qu'ils sont eux-mêmes tout pleins de préjugés pour le moins aussi nombreux, quoique différents, et bien plus dangereux pour la société. [...] Les savants et les sots, comme les oies sauvages, aiment à se réunir et à voyager en troupes. Le philosophe, comme l'aigle, aime à s'élever solitaire dans les cieux d'où il plane au-dessus des préjugés des savants et des sots. »'' (Auguste Guyard, Quintessences, 1847).<br> Fermat a décidément fait un choix bien judicieux en restant très discret sur ses plus grandes découvertes. Pour quelques mathématiciens pas très humbles et très entêtés, voici un petit conte qui se propose d'illustrer la vacuité de leur ''“argumentation”.'' Un jour incertain de l’année 202., dans les sous-sols d’une unité de recherche menacée de dissolution pour cause de dépenses inconsidérées et d'un manque criant de résultats, une expérience unique est rondement menée. Des savants ont l’idée d’utiliser un prototype d’ordinateur à logique floue qui donne de grandes espérances. Après y avoir entré un maximum de données concernant Fermat et son Grand Théorème, ils ont demandé à l’ordinateur, qui d'après eux pouvait ainsi connaître les pensées les plus profondes de Fermat, si ce dernier aurait pu avoir une preuve. Le professeur Gonzalezova raconte : « La machine tournait, tournait, tournait, de temps en temps émettait un “Gloups !” ou un “Eh ?”, c’est tout ce qu’on en tirait. C’est Jean Neymar qui a eu l’idée de lui dire : Tu sais ce que la grand savant André Weil a dit ? Il a dit : ''« Jusqu’en 1638, la correspondance de Fermat le montre comme le plus inexpérimenté des novices en théorie des nombres. »'' C’est à ce moment-là que le bouzin a commencé à bugger. Pas longtemps, toutes les lumières du labo se sont subitement éteintes en même temps que la machine rendait l’âme. Lalampe est parti rétablir le courant, on a bu un verre ou deux pour s’éclaircir les idées, fumé un joint, et on a commencé à réfléchir sereinement. Tout d’un coup le visage de Lalampe s’est éclairé : ''« Et si Fermat n’avait jamais prouvé le cas particulier n=3, comme beaucoup l’ont affirmé ? »'' On a trouvé l’idée assez géniale, vu qu'elle étayait la théorie d'André Weil. Christiane s’est empressée d’aller chercher le prototype 02, identique en tous points au premier, et l’a posé à côté du défunt. Elle nous regardait mais nous on préférait faire durer le plaisir, on était bien, complètement relaxés, certains du résultat. Folalié est le plus impatient du groupe, dès que la machine commence à gloupser!, il lui dit qu’''« elle est bête, le cas n=3 n’a été prouvé qu’un siècle après la mort de Fermat ».'' La machine semble un peu perplexe puis une vidéo s’affiche, c’est Einstein qui se gratte la tête. Folalié reprend : ''« T’inquiète, Einstein est dépassé, tu sais faire beaucoup mieux. »'' Cette fois c’est une photo, le grand sourire de Julia Roberts. L’imprimante ronronne deux secondes et lâche sa preuve en 9 exemplaires : ''« Fermat n’a prouvé aucune de ses conjectures et n'a jamais rien écrit dans une marge. C’est son fils qui les a toutes écrites et démontrées, de la première à la dernière. »'' On est restés sur le c...alcul. On a mis tous les protos à la benne''. »'' == M.P.E.A.S. == Fermat a publié un seul ouvrage, un traité de géométrie sur les courbes et les droites, en 1660, ''De linearum curvarum cum lineis rectis comparatione dissertatio geometrica.'' Encore de l'a-t-il pas publié sous son nom, [https://gallica.bnf.fr/ark:/12148/bpt6k108038f/f1.image sur la couverture] de l'ouvrage, à la suite du titre, la signature se présente ainsi : '''Autore M. P. E. A. S.''' Suit un ajout de bibliothécaire, ‘’''de ferm’''’, pour ‘’''de Fermat''’’. Puis sous l’image, '''TOLOSÆ.''' Voici ce qu’on disait de ce traité en 2001 (page viii), dans l’ouvrage ''17 Lectures on Fermat Numbers – From Numbers Theory to Geometry'' (Société mathématique du Canada, Editions Springer): « Indeed, he published only one important manuscrit during his lifetime, and signed it using the cryptic initials : M. P. E. A. S. Their meaning remains inexplicably unknown. » → ''« En effet, il a publié un seul manuscrit important au cours de sa vie, et l’a signé de ces initiales énigmatiques : M. P. E. A. S. Leur sens reste inexplicablement inconnu. »'' L'explication de Roland Franquart en 2014 à propos de la signature « M. P. E. A. S. » :<br> '''M'''agistro '''P'''rocuratore '''E'''nodare '''A'''pud '''S'''edem (TOLOSÆ). Soit :<br> '''M'''agistrat '''P'''rocureur '''E'''nquêteur '''A'''u '''Si'''ège (TOULOUSE).<br> Cette signature si tangiblement codée montre une nouvelle fois la prédilection pour le cryptage. Sur [https://gallica.bnf.fr/view3if/ga/ark:/12148/bpt6k108038f/f2 la première page] de l'ouvrage on lit une note du typographe au lecteur (''TYPOGRAPVS LECTORI'') qui commence par le mot latin : «'''C^VM'''» (“''lorsque”''). L'usage courant est respecté, dans le premier mot d'un paragraphe l'exposant est entièrement écrit en capitales d'imprimerie comme il est de règle, ''contrairement au premier mot de l'observation de Fermat'', '''C^Vbum'''. Voici le texte de cette page : <center>TYPOGRAPH<span style="color:red">V</span>S LECTORI</center> &nbsp; &nbsp; C^{<span style="color:blue">'''VM'''</span>} Dissertatio ista, quae in nostras non ita pridem manus occultato Autorisnomine venit, no<span style="color:red">u</span>am <span style="color:red">i</span>udicio peritorum Geometrarum planamque aperiat viam ad cur<span style="color:red">u</span>arum linearum dimensionem ; è re Geometricà fore puta<span style="color:red">u</span>i <span style="color:red">v</span>t publicè extaret ; quapropter illam praelo nostro edendam cura<span style="color:red">u</span>i. Vale J'ai mis en rouge la lettre <span style="color:red">u</span> lorsque l'usage veut que l'on mette un “v”, de même pour la lettre <span style="color:red">v</span> lorsque l'usage veut que l'on mette un “u”. Dans ce seul ouvrage publié par Fermat, un an après sa dernière lettre à Carcavi sur la fausse conjecture et cinq ans avant sa mort, cette façon manifeste de mettre à mal les règles avec la lettre <span style="color:red">u</span> pourrait nous alerter sur le fait que la même transgression qu'il effectue dans la fameuse ''observation'' a son utilité. L'année de cette publication, 1660, est aussi l'année où il écrit pour la dernière fois à son ami Pascal pour lui proposer une rencontre (et lui parler de l'importance qu'a eu pour lui aussi – ''surtout'' pour lui – le triangle “de Pascal” ?). J'ai très légèrement modifié la traduction de Roland Franquart :<center>LE TYPOGRAPHE AU LECTEUR</center> &nbsp; &nbsp;''Lorsque cet Exposé, qui parvint en nos mains sous le nom dissimulé [du titre] de l’Auteur, ouvrit une voie nouvelle et claire, de l’avis de Géomètres experts en la mesure des lignes courbes, j’ai imaginé, mis à part le passage par la Géométrie, ce qui perdurerait dans l’esprit du public ; voilà pourquoi, sous notre presse, j’ai pris soin de publier en abrégé une fonction officielle. Sois fort (lecteur) !'' == Anagrammes ébouriffantes == * Petri de Fermat <span style="color:blue">permettra défi</span> dernier théorème, <span style="color:blue">étreindre Homère.</span> Pierre de Fermat <span style="color:blue">préféra méditer.</span> * Le Prince des amateurs <span style="color:blue">réussira déplacement. Parlementaires déçus.</span> * Prince des amateurs <span style="color:blue">précédera tsunamis [et]</span> <span style="color:blue">sectarisme répandu ; d</span><span style="color:blue">iamants récupérés.</span> * Prince des amateurs <span style="color:blue">persécutera t</span> [de l’Académie]. * En latin le ‘i’ s’écrivait parfois ‘j’ (tout comme le ‘u’ s’écrivait parfois ‘v’). Dans l'espace laissé vide à la fin de sa note, Fermat aurait eu exactement la place pour une fois d’écrire une anagramme prémonitoire sous les mots : « i demonstrationem mirabilem sane detexi » :<br> <span style="color:blue">« j’immortalisai anxiétés de dénombrement »,</span> mais des esprits chagrins et jaloux de Fermat, à l’instar de Descartes, auraient encore moqué ce ‘Gascon’, ce ‘fanfaron’ {{Sourire}}. Le mathématicien anglais John Wallis n’appréciait pas les manières de Pierre de Fermat, qui prenait un malin plaisir à défier les Anglais et s’étonnait du mépris de Wallis envers les problèmes qu'il lui soumettait. Retirons une aile à Wallis, ce qui nous donne Walis. Il suffit maintenant de remplacer le ‘’i’’ par un ‘’e’’ (le son ‘’i’’ correspond en anglais à la lettre ‘’e’’ → Welis, qui est l’anagramme de Wiles, britannique lui aussi, qui trouva une preuve très compliquée au Grand théorème et conteste que Fermat ait pu trouver une preuve beaucoup plus courte. L’anecdote est d'autant plus savoureuse que les astuces les plus importantes du Français Fermat ont pu être retrouvées par le Français Franquart Roland (on dirait des Rrrugissements). Impossible en revanche de trouver la moindre anagramme à ‘’''Roland Franquart''’’, mais en remplaçant les 3 “R” par 3 “E” on trouve <span style="color:blue">Adonné Quête ALFA</span> (Agence de Lutte contre la Fraude dans les Arts). == Épilogue == <span style="color:blue">''« Les problèmes dignes d'être attaqués prouvent leur valeur en ripostant. »'' [[w:Piet Hein (physicien)|Piet Hein]]</span> 351 ans de recherches inabouties (depuis la publication de l’''Arithmetica'') sur l'éventuelle preuve de Fermat avaient très mal engagé l'affaire, certainement destinée à ne jamais aboutir, mais après tout une énigme en suspens (en suspens pour les non initiés) a bien plus d’attrait qu’une énigme officiellement résolue. Le minimum que nous pouvions faire était de saluer la pédagogie du maître. Méditer sur cette énigme, son histoire, ses acteurs, interrogatifs ou péremptoires, est instructif pour le chercheur en quête de vérité historique. Tous les mathématiciens qui auraient pu suivre Fermat dans ses recherches l’avaient définitivement lâché : ses apports à la science des nombres et ses mérites ne purent être considérés à leur juste valeur, comment ne pas en ressentir quelque amertume ? Que fait un professeur quand tous ses élèves, les uns après les autres, ont quitté le cours ? Que fait un savant que nul ne veut plus suivre, quand l’âge vient et que la santé décline ? Quelle ressource reste-t-il à un pédagogue qui a toujours ardemment souhaité que la science progresse ? Sa démarche a toujours été la stimulation réciproque, il ne va pas en changer. Pour ceux qui peut-être accepteront de reprendre le flambeau il livre, sans leur mâcher le travail, 48 brèves et précieuses observations. Parfois il dit manquer de place, parfois de temps, pour exposer une démonstration – toujours admirable – de ce qu’il avance. Une seule fois dans ces observations il nous livre livre la démonstration complète d’un théorème important. Les mathématiciens modernes, chacun vaquant à sa tâche, ne s'intéressent plus du tout à une preuve détenue par Fermat et ont définitivement clos une histoire déjà bien trop longue et irritante à leur goût. Le destin a fait que Fermat et Pascal ne puissent se rencontrer en 1660, le même destin suggère que la preuve de Fermat et les mathématiciens jamais ne puissent se rencontrer. Gardons-nous de sous-estimer Fermat, de minimiser son discernement. Il était conscient qu’on pouvait le prendre pour un vantard et il en a joué, avec ses façons peu orthodoxes et provocantes. La plus célèbre de ses ‘’''observations‘’'', Fermat pouvait-il être assuré qu’une démonstration qu'il y aurait cachée, hermétique à l'extrême, serait un jour découverte ? Non bien sûr, mais nous pensons qu'il était confiant. À première vue, à première vue seulement, il semble incroyable qu'il ait fallu attendre 339 ans pour que ce soit un amateur, ancien militaire expérimentateur des radars-sol, qui ait l'idée d'aller observer l'''OBSEVATIO'' de Fermat « à la loupe ». Il est vrai qu'un bon militaire possède ces qualités : 1) Rigueur, ponctualité, goût de le discipline. 2) Adaptabilité, curiosité. 3) Vigilance, efficacité. 4) Honnêteté, esprit de corps. 5) Formation continue. Ce chercheur tenace, Roland Franquart, fut l’auteur de ''« Commutation des voies radar-Fizeau par découpage des échos des voies linéaires »'' et de ''« Contrôle de la superposition des vidéos radars primaires »,'' qui fut intégré par l’industriel aux Programmes Opérationnels de l’Armée de l’Air. {{Cadre|épaisseur bordure=2px|style bordure=points|couleur bordure=#0F0|'''Postulat de Fermat'''<ref>Si Fermat n’a jamais formulé ce postulat, cette étude, cette étude prétend montrer que sa démarche y est résumée.</ref> — « Mais que ce soit un [[w:Pr%C3%A9_carr%C3%A9#Sens_moderne|pré carré]] en deux prés carrés ou un [[w:Quarteron|quarteron]] en deux quarterons & en général jusqu'à l’infini, aucune puissance supérieure au [[w:Équipe_en_binôme|binôme]] ne pourra être partagée en deux autres d’avis contraires. Une admirable démonstration en sera faite par ceux qui me suivront. »|2}}Mettons-nous dans la tête d'un mathématicien du XVIII^e siècle (ou suivants) ouvert d'esprit. Observons-le qui lit l'observation de Fermat dans une édition semblable à celle de Lyon (sur le mot ''de'''t'''exi'', une tache soigneusement exécutée, qui dans le contexte appelle la lettre “t”). Il réfléchit ainsi : ''« C'est vraiment bizarre cette tache, personne ne s'en étonne, et pourtant Samuel de Fermat a retranscrit fidèlement les 48 observations de son père. Pourquoi donc cette anomalie ? »''. Mais notre homme n’est pas un fin connaisseur de la langue latine, il s'en tient à une traduction très approximative (et toutes le furent). Il ne voit pas non plus, par exemple, l’autre anomalie dans le premier mot de la note. Son seul indice c’est une tache qui dans le contexte appelle un “t”. A-t-il le réflexe de regarder plus avant et de noter que le point qui suit ''de'''t'''exi'' est surchargé lui aussi ? Comment pourrait-il envisager que Fermat ait pu cacher de nombreux autres indices dans son texte, pour finalement réussir le tour de passe-passe de révéler sa preuve à l’aide de seulement trois lignes et demie écrites en latin, ''« le marqueur du sublime par excellence » ?'' C’est surtout cette dernière question que les commentateurs n’ont jamais pu, jamais osé surtout, imaginer. Reconnaissons à leur décharge que Fermat a tout fait pour qu’il en soit ainsi mais il y a de quoi être terriblement vexé de n’avoir jamais su lire ce que Fermat écrivait. '''''Et de pas avoir pensé à faire appel à un latiniste''''' pour traduire exactement l’ ''‘’'''OBSERV'''ATIO DOMINI PETRI DE FERMAT’’''. Pouvez-vous imaginer maintenant un mathématicien contemporain clamer : ''« On s’est trompé ! Fermat nous a tous bernés, il avait caché sa démo dans sa note et nous on n'avait rien vu ! » ''? Moi je ne peux pas. Cette dernière question est d’un grand intérêt et bien qu'elle soit conçue interrogativement, elle est négative, puisque reconnaître que Fermat avait bien une preuve, ce serait reconnaître que ''« quelques uns de nos éminents savants ont fait preuve d'une légèreté confondante ».'' Roland Franquart, mathématicien amateur plein de ressources, et moi-même qui suis plutôt analyste, avons découvert tout ce qu'il nous était possible. Nous sommes tous deux convaincus que l'explication/démonstration de Fermat, bien que beaucoup plus elliptique que les autres, est exacte. Elle aurait maintenant à être finalisée et le flambeau devrait être passé à un mathématicien professionnel . Voici le profil que je lui vois : jeune et extrêmement doué, enthousiaste, l'esprit non cadré par ses études, très intuitif et très ouvert d'esprit, très audacieux évidemment, qui ne craint pas d'aller loin dans le «fondamental » (dans les fondements, les briques élémentaires de l'arithmétique) et surtout ''se fichant éperdument de la caste'', ayant même, à l'occasion (et de préférence) une dent contre elle {{Clin}}. Un tel oiseau rare peut-il vraiment exister ? Ayant parcouru en long et en large, pendant des années, de nombreux commentaires sur Fermat, et même les plus élogieux, j'en doute fort, ce qui est réjouissant pour la beauté (éternelle dans ce cas !) de cette énigme hors du commun. Elle a résisté pendant 339 ans (= 2009–1670) à tous les assauts, seulement vaincu par un ancien militaire (spécialiste des... radars) passionné de mathématiques. Il y a bien eu 1000 pages de calcul très savants écrits par Andrew Wiles en 1994 et que personne ou presque ne comprend, mais arrivent-elles seulement ''à la cheville'' du cryptage magistral, fabuleux, mirifique, etc. réalisé par le ''Prince des amateurs'', qui nous ''dévoile'' — c'est le mot même de Pierre de Fermat, « detexi », parfait de l'indicatif de ''detego'' : ''mettre à découvert, révéler, mettre à nu, ôter ce qui couvre'' — son explication (''i.e.'' sa démonstration) en 3 lignes 1/2... de latin. == Quelques anecdotes liées au théorème == * La plus romantique des histoires rapporte que Paul Friedrich Wolfskehl (1956-1906), un médecin, était tombé en amour d’une fort jolie femme, mais que celle-ci rejeta ses avances. Désespéré il décida de se suicider, fixa le jour, et l’heure. Il mit ses affaires en ordre avant le grand départ, rédigea lettres et testament. Le dernier jour arriva. Comme il lui restait du temps avant l’heure fatidique, il en profita pour étudier des calculs de Kummer, qui expliquaient pourquoi Lamé et Cauchy avaient échoué dans leur tentative sur le Fermat. Croyant avoir découvert une faille dans l’exposé, il se mit assidûment à la tâche pour tenter de la combler, mais réalisa finalement que le raisonnement était bon. L’aube était déjà là, minuit était passé, l’heure du suicide aussi. Mais que les mathématiques sont belles ! Il renonce finalement à son funeste projet. Cette histoire est une de celles qui courent sur Paul Wolfskehl. Ce qui est certain c'est que souffrant de sclérose en plaques il dut renoncer à la carrière de médecin et se tourner vers les mathématiques. Son doctorat en poche (probablement obtenu en 1880) il s’intéressa au Fermat. Après la publication du nouveau Diophante par Samuel en 1670, les mathématiciens, subjugués par la simplicité trompeuse du théorème, avaient en effet commencé à s’en passionner. Plus le temps passait, plus ils faisaient des progrès, mais on ne trouvait toujours pas de preuve. Deux siècles passèrent et on se persuada que Fermat ne pouvait avoir trouvé. Paul Wolfskehl, auquel les mathématiques avaient redonné le goût de vivre, décida de rendre hommage au théorème qui lui avait sauvé la vie en offrant un prix de 100 000 marks à qui le démontrerait. * Il a été rapporté qu’Euler aurait demandé à un ami de fouiller la maison de Fermat à la recherche d’indices sur ses démonstrations, dont celle du théorème. *Au printemps de l'année 1994, alors que Wiles cherchait toujours à combler la faille dans sa démonstration et que l'affaire se présentait au plus mal, un message Internet courut sur les écrans d'ordinateur du monde entier : Date : 03 avril 1994<br> Sujet : Encore Fermat !<br> « Il y a eu aujourd'hui un développement extraordinaire dans le Dernier théorème de Fermat.<br> Noam Elkies a communiqué un contre-exemple, et donc le Dernier théorème de Fermat est faux en fin de compte ! [Etc.] ». Noam Elkies, professeur à Harvard, avait déjà trouvé à l'âge de 22 ans, en 1988, un contre-exemple à la conjecture d'Euler, prouvant ainsi qu'elle était fausse. Le message Internet fut un coup terrible pour Wiles, il ne parviendrait donc jamais à redresser la situation ! On bombarda Elkies de questions sans obtenir aucune explication. Puis un mathématicien s'intéressa de près à cette déclaration et on s'aperçut que si le message était bien daté du 3 avril, c'était parce qu'il avait été reçu de troisième main. Le message était à l'origine daté du 1^er avril, ce poisson d'avril toxique avait été imaginé par le mathématicien Henri Darmon. Il eut pourtant un effet salutaire, on cessa de diffuser hypothèses et ragots et on laissa Wiles, Taylor, le théorème et la démonstration, tranquilles pour un moment. == Flashback (fiction) == '''''Un lundi de l’an 1640...''''' Pierre Fermat entre au salon avec son plateau de petit-déjeuner, s’attable à côté de Clément Samuel. Il semble en pleine forme ce lundi, c’est d’autant plus étonnant que ces dernières semaines il était un peu ronchon, du mal à en décrocher une. * Bonjour mon fils, bien dormi ? * ''Oui père, et vous-même ?'' * Fort bien, je te remercie. Où est-il donc allé ce dimanche sans rien dire à personne ? Fermat semble beaucoup apprécier cette collation en compagnie de son fils, prenant plus de temps que de coutume. S’il n’était si bien éduqué il se permettrait un rot. Finalement il repousse son couvert, sourit à son fils mais ne pipe mot. * ''Vous semblez joyeux, père, une bonne nouvelle ?'' * Fiston, j’ai travaillé une semaine entière sur la question la plus difficile que j’ai jamais eue à examiner. Figure-toi qu’hier j'en suis tombé sur le derrière. * ''[Il est marrant le pater]'' ''Où donc étiez-vous toute la journée, mère vous cherchait partout ?'' * J’ai pique-niqué sur les quais de l’Agoût, puis une longue promenade en oubliant tout ce que je savais des nombres. Mais pas ce qu’ils m’ont appris, bien sûr. Es-tu déjà allé sur les quais ? * ''J’y emmenais parfois une jeune fille fort avenante.'' * Tu ne l’y emmènes plus ? * ''Elle s’est fait admonester par son père, sous prétexte que nous n’avons tous deux que dix ans. En réalité il ne veut pas entendre parler des Fermat, il avait l’air méchant m’a-t-elle dit et il lui a fait bien peur.'' * Un de plus qui craint pour sa réputation. * ''Elle n’était pas si jolie... mais bien gentille tout de même.'' * Les enfants paient souvent pour les parents. Quant à moi, m’en revenant hier, j’ai trouvé un nouveau trésor, un gros cette fois, le calcul ne me lâchera plus, mon fils. * ''Quel en est le sujet ?'' * Il s’agissait encore de prouver par a+b qu’aucune puissance supérieure au carré ne peut être partagée en deux autres du même nom, tu te souviens que tu m’avais dit que ce serait rigolo de faire comme si le théorème de Pythagore était faux, on prouverait ensuite que ce serait la seule possibilité pour que l’on trouve de telles puissances. Mais comme Pythagore a raison, on ne pourrait ainsi trouver aucune puissance qui soit partagée en deux autres. C’est une jolie idée que tu as eue, et je suis fier de toi. On ne peut pas l’exploiter ainsi, mais c'était malgré tout une bien jolie idée. J'y pensais en m’endormant et je me demandais aussi si tu avais déjà une idée de ce que tu aimerais faire plus tard ? * ''[Yeux écarquillés : il est trop fort le pater, il n’en dira pas plus] Depuis que vous m'aidez dans l'arithmétique et la géométrie j'y ai pris goût, je pense que j’aimerais devenir géomètre, mais j’ai parfois remarqué que la lampe de votre bureau était allumée en pleine nuit. Je me demande si pour moi ce serait une si bonne idée, j’ai toujours du mal à quitter mon lit le matin.'' * Tu aimes lire n’est-ce pas ? * ''Oh pour ça oui ! Et j’écris même de la poésie.'' * Magnifique ! Tu voudras bien me dire quelques uns de tes poèmes ? * ''D’accord.'' * Pour ce qui est du calcul qui nous a fort occupé, c’est grâce à ta mère que j’ai pu me sortir de l’ornière, je pensais à cette histoire de bahut qui la tracassait et j’ai voulu me changer les idées en marchant, elle ne saura jamais l’immense service qu’elle m’a rendu. * ''Moi je le lui dirai.'' * C’est bien mon fils. * ''Vous avez donc trouvé la preuve pour toutes les puissances ??'' * Toutes ! * ''Pourquoi cette preuve était-elle si nécessaire ?'' * L'homme a soif de connaître. Et, quand quelque chose de très beau pourrait apparaître sous ses yeux, que ça paraîtrait tellement évident après coup, mais qu'''a priori'' il semble totalement impossible de le mettre au jour, j’ai appris qu’il faut s’endormir avec ce paradoxe à l’esprit : la question te titille ainsi pendant la nuit sans même que tu t'en rendes compte. C’est d'ailleurs aussi comme cela qu’on peut faire les rêves les plus étonnants. Mais ceci est une autre histoire... * ''J’ai fait ainsi avec ma copine mais ça n’a rien donné.'' * Alors il faut trouver un autre paradoxe, plus adapté à ta situation. * ''Et pour le bahut aussi, vous avez trouvé ?'' * Ah ! pour le bahut… Nous allons nous en débarrasser, il prend vraiment trop de place. Quant au problème dont tu me parles, ce qui était le plus difficile vois-tu c’était d'y croire très fort tout en restant très humble. Je ne te cache pas qu'il y fallait aussi de l'audace et finalement ce fut beaucoup plus simple qu'il n'y paraissait. Eh oui j’ai trouvé, j’ai même trouvé beaucoup mieux qu’une solution. * ''Je voudrais bien être grand.'' * Ne sois pas trop pressé. Sais-tu mon fils, quand un obstacle semble très difficile, nous pensons souvent qu’il faudrait sauter très haut pour le franchir, la plupart des gens s’y épuisent et finissent par renoncer. Pas un instant ils ne songent que si l’obstacle est aussi élevé, c’est justement pour leur laisser la place de passer par en dessous. Ou à côté. Plus l’obstacle est élevé, plus il faut regarder devant soi. Si tu restes le nez en l’air tu ne vois pas tous les chemins qui s’offrent à toi. Ce problème, nous allons la garder pour la fine bouche. Et on va bien s'amuser mon fils. * ''Chouette !'' * Ils se croient plus malins que nous les Anglais, on va leur donner du boulot – pas seulement à eux d’ailleurs. Et ils ne vont trop apprécier aimer crois-moi. * ''Tant mieux !'' * L’obstacle que je leur présenterai leur paraîtra énorme. Je les imagine déjà bâtir des échafaudages de bric et de broc. Ce serait bien dans la veine de la perfide Albion, ses gens sont souvent discrets mais ils peuvent aussi être terriblement revanchards ; isolés sur leur petit coin de terre, leurs géomètres ont toujours peur de paraître prétentieux, ils ne goûtent guère ma manière de leur présenter des défis impossibles – impossibles pour eux. Oui, le coup pourrait bien venir des Anglais. * ''Qu’allez-vous faire ?'' * Nous en dirons le minimum. Nous laisserons un fil rouge, tout en brouillant un maximum de pistes. Je me mettrai plus bas que terre et tu verras qu’ils répandront toutes les rumeurs possibles. D'ailleurs... j’aurai besoin de toi quand tu seras plus âgé. * ''J'en suis très heureux, père. Mais... je devrai les laisser dire du mal de vous ?'' * C'est le prix à payer pour que ce soit efficace et bien amusant. Toi, tu seras le passeur, ce n’est pas pour rien que tu te prénommes Samuel, et tu seras encore plus fier de porter notre nom... * ''Et... pour ma copine ?'' * Elle prend tant de place que ça ? * ''Trop de place.'' == Ils ont dit == 1637. Fermat à Roberval : ''« Au reste, quoi qu’on juge digne d’impression de moi, je ne veux pas que mon nom y paraisse. »''<br> 1637. À Mersenne : ''« […] nous trouvons souvent à tâtons et parmi les ténèbres ce que nous cherchons, … »''<br> 1641. À Mersenne : ''« Les occupations que les procès nous donnent sur la tête m’ont empêché de pouvoir lire à loisir les Traités que vous m’avez fait la faveur de m’envoyer. »''<br> 1641. Frenicle à Fermat : ''« Les méthodes que vous donnez […] sont véritablement fort belles, et vous avez la méthode de si bien disposer vos règles, que cela leur donne une certaine grâce qui les fait encore agréer davantage… »''<br> Frenicle ''via'' Digby, à Fermat : ''« Jamais homme n’a approché votre fond de science. »''<br> 1650. Fermat à Carcavi : ''« Je n’ajoute pas l’opération entière, pource que la longueur du travail me lasseroit. »''<br> 1650 (vers). René DESCARTES : ''« Monsieur Fermat est Gascon. Moy non. »''<br> 1656. Blaise PASCAL, ''Les Provinciales'' (la XII^e) : ''« Tous les efforts de la violence ne peuvent affaiblir la vérité, et ne servent qu’à la relever davantage. »''<br> 1657. Fermat à Digby : ''« Le hasard et le bonheur se mêlent parfois aux combats de science aussi bien qu’aux autres. »''<br> Condorcet : « Fermat est le seul dont ce grand homme (''i.e.'' Descartes) eût pu être jaloux. »<br> 1845. Guglielmo LIBRI : ''« Des mathématiciens qui avaient fait de vains efforts pour démontrer les théorèmes trouvés par Fermat ont voulu jeter quelque doute sur la réalité des démonstrations qu’il déclarait posséder, et ils ont supposé que ce grand géomètre était parvenu à certains résultats plutôt par induction et un peu au hasard que par une analyse rigoureuse de la question. »''<br> Eric Temple BELL : ''« En mathématiques, "évident" est le mot le plus dangereux. »''<br> Vers 1857, il a été rapporté un propos désobligeant de Ernst KUMMER envers le grand théorème, qui serait « une plaisanterie ».<br> 1979. Ian STEWART : <span style="color:blue">''« Les mathématiciens modernes ont quelque mal à croire que Fermat ait pu connaître quelque chose <u>qui leur échappe encore</u> – bien que, pour ma part, cela ne me surprendrait pas. »''</span><br> 1993. Jean BÉNABOU à Jacques ROUBAUD, après l'annonce (prématurée) de la découverte d'une preuve par Andrew WILES : <span style="color:blue">''« C’est comme si on avait conquis l’Everest avec des fusées de la Nasa »''</span>.<br> 1995. Pour Winfried SCHARLAU, Fermat s’est rendu compte qu’il s’était trompé, mais comme « sa conjecture était restée privée », il n’a pas eu à se rétracter.<br> 2001. Andrew WILES : ''« Je pense qu’il s’est trompé en disant qu’il avait une preuve. »''<br> 2002. G. SOUBEILLE dans P. FÉRON, ''Pierre de Fermat, un génie européen'' : ''« […] Fermat, qui se passionnait pour tout et conserva cette ambition d’un savoir encyclopédique propre aux esprits du siècle précédent, fut un de nos derniers humanistes […] ; dans un sens plus large, l’humaniste, en lui, reflétait sa confiance dans la raison et dans l’avenir de la science. Beaucoup plus géomètre que poète, il fut façonné par la rigueur et l’intelligence latines : c’est sur ce terreau que put s’épanouir son prodigieux génie des mathématiques. »''<br> 2008. David Ruelle est un physicien mathématicien, non spécialiste de théorie des nombres et non spécialiste de Fermat : ''« Pierre de Fermat pensait qu’il avait une preuve de cette affirmation mais il s’était sans doute trompé, et ce n’est qu’en 1995...'' »<br> 2020. Edwy PLENEL sur ''France culture'' : ''« Dieu sait si je suis quand même averti pour dire qu’il peut y avoir de grandes imbécillités académiques, de personnes qui sont bardées de diplômes comme autant de certitudes. »''<br> 2022. Claude Mariotti : ''« Cette énigme, c'est tout ce qu'il me fallait. »'' == Repères == * Le site [https://www.fermat-science.com/ FERMAT SCIENCE] * [https://fr.wikiversity.org/wiki/Discussion_Recherche:L%E2%80%99%C3%A9nigme_de_Fermat_pass%C3%A9e_au_crible FERMAT, par M. G. LIBRI] * Alexandre Grothendieck, [http://matematicas.unex.es/~navarro/res/ ''LA CLEF DES SONGES'', pdf (milieu de page)], un texte captivant où l'auteur révèle la méthode qui lui a permis de résister avec une conviction et une force peu communes aux préjugés, fausses croyances et avis les plus académiques. Pour information, avec un peu de l'histoire mathématique de Grothendieck, un peu de ses ressentis, de ses intuitions, ''une esquisse :'' [https://ru.b-ok2.org/book/2710467/c988ca Sketch of a programme (Mathématiques/Algèbre)]. == Grothendieck == * [https://www.dailymotion.com/video/x8jesz Colloque Grothendieck Luc Illusie (vidéo)] * [https://www.youtube.com/watch?v=ZW9JpZXwGXc Audio 'Youtube' avec images : Alexander Grothendieck, « Allons-nous continuer la recherche scientifique? » (CERN, 27/01/1972)]. Une conférence qui a suscité quelques émois dans l'assistance. == Bibliographie sommaire == * Ludivine Goupillaud, “Demonstrationem mirabilem detexi : mathématique et merveille dans l’œuvre de Pierre de Fermat”, ''in'' ''‘’Tous vos gens à latin – Le latin langue vivante, langue savante, langue mondaine (XIV^e-XVII^e siècles''), Éditions Droz, 2005. ISBN 2600009752. * {{Ouvrage|auteur=Paul Tannery|auteur2=Charles Henry|titre=Œuvres de Fermat|éditeur=Gauthier-Villars|lieu=Paris}} t. [[s:%C5%92uvres_de_Fermat/I|1 (1891)]], [[iarchive:oeuvresdefermat942ferm|2 (1894)]] et [[iarchive:oeuvresdefermat04ferm|4 (1912)]]. * '''[[w:Catherine_Goldstein|Catherine Goldstein]],''' ''Un théorème de Fermat et ses lecteurs'', Éditions des Presses universitaires de Vincennes (PUV), 1995 (épuisé). Voir l’article de [https://www.persee.fr/doc/rhs_0151-4105_2000_num_53_2_2086 Alain Herreman] et celui de Hélène Gispert [https://www.persee.fr/doc/rhs_0151-4105_2000_num_53_2_2088] au sujet de l’ouvrage. * Albert Violant I Holz, <span style="color:blue">''L’énigme de Fermat – trois siècles de défi mathématique,''</span> 2013. Une collection présentée par [[w:Cédric_Villani|Cédric Villani]]. * Marielle Mouranche (sous la direction de), ''PIERRE DE FERMAT L’ÉNIGMATIQUE'', Éditions midi-pyrénéennes – Université fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, 2017. * Eric Temple Bell, ''The Last Problem'', Ed. Simon and Schuster, 1961. * [[w:Jacques_Roubaud|Jacques Roubaud]] : ''“Mathématique :”'' (récit), Seuil, 1997. * Laurent Hua et Jean Rousseau, ''Fermat a-t-il démontré son grand théorème ? L’hypothèse « Pascal »'', Essai. L’Harmattan, 2002. La {{1re}} partie (128 pages), écrite par Jean Rousseau, est une excellente étude historiographique : les formulations partielles et leur contexte. La deuxième partie, Laurent Hua la consacre à ''l'hypothèse «Pascal»''. *Simon Singh, ''Le dernier théorème de Fermat'', Éditions Jean-Claude Lattès, 1998. Pour qui veut découvrir l'histoire de ce théorème, un livre très plaisant à lire. == Remerciements == Je veux tout d'abord remercier Emelyne D.L.C, jeune étudiante en mathématiques qui en 1998 (?) m'encouragea à m'intéresser à cette énigme.<br> Un immense merci à Andrew WILES, qui décida à l'âge de 10 ans de relever un jour le défi de Fermat, y consacra plus tard 7 ans de sa vie, et finalement trouva une preuve (beaucoup trop compliquée pour moi).<br> Merci à Simon SINGH, grâce à son très beau livre, qui résume merveilleusement, depuis Euclide, l'histoire des math et celle du théorème en particulier, je me suis pris de passion en 1998 pour cette énigme. On y trouve aussi de savoureuses anecdotes.<br> Merci à Roland FRANQUART, évidemment.<br> Merci à WIKIPEDIA où j'ai pu largement me documenter. Merci aux contributeurs que j'y ai côtoyés et ont su me supporter, parfois avec beaucoup de patience. Je dois beaucoup à des échanges fructueux avec en particulier Cgolds, mais aussi Anne Bauval, Marvoir, Jean-Christophe Benoist, Cphil, Proz, et bien d'autres qui se reconnaîtront sur d'autres thèmes : sociologie du travail, philosophie, théologie, littérature. Les nombreuses sources que j'ai pu consulter sur Wikipedia m'ont beaucoup appris sur le phénomène de [[w:Pensée_de_groupe|“pensée de groupe”]], j'y ai collecté les pseudo-arguments véhiculés par la doxa depuis trois siècles.<br> Merci au professeur Emmanuel BURY, à la chercheuse et professeure '''Ludivine GOUPILLAUD pour son étude sur l'usage du latin chez Pierre de Fermat.'''<br> À '''[[w:Catherine Goldstein|Catherine Goldstein]]''', ma reconnaissance éternelle, pour l’éclairage que m’ont apporté ses travaux de chercheuse et d'historienne, pour des échanges chaleureux et pour ses encouragements. Son ouvrage, parfois ardu, est magnifique, l'étude est très documentée, et surtout les analyses sont d'une grande profondeur. L'ouvrage est malheureusement épuisé et difficile à trouver.<br> Merci à Aurélien ALVAREZ et à Albert Violant I HOLTZ pour leur objectivité.<br> Merci à Jean ROUSSEAU et Laurent HUA, pour leurs fines observations dans leur ouvrage. Laurent HUA, polymathe, membre de l'équipe française des Experts de Bologne, a été le premier à exploiter la piste du triangle de PASCAL, mais par la voie géométrique alors que Fermat donne sa solution par la voie arithmétique.<br> Merci à Madame Marielle MOURANCHE, Conservateur des bibliothèques, responsable du livre ancien, Université de Toulouse, SICD.<br> Merci à Madame Claire Adélaïde MONTIEL, professeure certifiée honoraire de lettres modernes, présidente de l'association Fermat Science.<br> Merci à la plateforme de numérisation [[w:E-rara|'''E-rara''']] où j'ai pu trouver une troisième version de l'''Arithmetica'' de 1670, ce qui fut pour moi une aide fort précieuse.<br> Merci à l'Encyclopédie en ligne GALLICA (BNF).<br> Merci au site [https://blogdemaths.wordpress.com/2016/02/07/nombres-de-fermat-1ere-partie-comment-euler-a-factorise-f5/ blogdemaths].<br> Merci enfin Jean-Francisque Léo, Grand admirateur de Pierre de Fermat lui aussi, venu collaborer à cette recherche le 4 mai 2022.<br> Merci à tous ceux qui m'ont encouragé dans ma démarche.<br> Merci à Alexandre GROTENDIECK (1928-2014) pour le témoignage si fort qu'il nous a laissé, ses découvertes mathématiques sont d'une telle profondeur que beaucoup d'entre elles sont encore inexploitées.<br> Merci à tous ceux que j'oublie.<br>[[Utilisateur:EclairEnZ|Claude Mariotti]] == Suite : [[Recherche:L’énigme de Fermat passée au crible/Annexe|Annexe]] == == Références == <references responsive /> [[Catégorie:Recherches de la faculté philosophie]] [[Catégorie:Travail de recherche « Histoire des sciences »]] kwjwpdslxecfqp7711gui2mwwer6l8g 104 80724 880682 880517 2022-07-23T20:43:27Z Ereduverseau 15749 wikitext text/x-wiki {{À formater}} = Introduction : Il existe plusieurs méthodes pour réduire une fonction ou des données. Cela permet une meilleur préhension de celles-ci afin de modéliser et analyser les relevés. Liste non exhaustive : 1 / extraction d'échantillonnages et/ou décomposition en intervalles 2 / dérivée et primitives successives si fonction connue OU différences et sommations finies à partir des échantillonnages 3 / fonctions et/ou données réduites en d'autres fonctions et/ou données. 4 / décomposition en partie paire et impaire 5 / **** = par Echantillonnage : L'échantillonnage, appelé aussi maillage, se fait par subdivisions égales de l'intervalle de définition général des variables, soit d'entrée , soit de sortie, ou d'intervalles locaux de celles-ci. : a / des variables d'entrée : x ou t ou <*> si une variable d'entrée, en général en abscisses, (x,y) (x,t) ou <*,*> si deux variables d'entrées , etc.. : b / des variables de sortie : x ou y ou <*> si une variables de sortie, en général en ordonnées, (x,y) ( tété, ro ) ou <*,*> si deux variables de sortie, etc.. : c / **** ( à vous ) = par Division en intervalles : Toutes sortes de divisions: : a / avec des positions quelconques discrètes ou alternées : b / avec des amplitudes égales ou dégressives ou selon une fonction : c / avec **** ( à vous ) = par Différences finies et développements limités = par Réduites indifférentes = par Décomposition paritaire = par **** ( à vous la main ) kbrlga6erw4bnacj7kzt2srdk3altm0 4 80727 880684 880541 2022-07-23T20:48:52Z Alexis Jazz 61000 Updating gadget usage statistics from [[Special:GadgetUsage]] ([[phab:T121049]]) wikitext text/x-wiki {{#ifexist:Project:GUS2Wiki/top|{{/top}}|This page provides a historical record of [[Special:GadgetUsage]] through its page history. To get the data in CSV format, see wikitext. To customize this message or add categories, create [[/top]].}} Les données suivantes sont en cache et ont été mises à jour pour la dernière fois le 2022-07-23T03:42:45Z. {{PLURAL:5000|1=Un seul|5000}} résultat{{PLURAL:5000||s}} au maximum {{PLURAL:5000|est|sont}} disponible{{PLURAL:5000||s}} dans le cache. {| class="sortable wikitable" ! 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'''Voir l'historique de l’œuvre''', Musée national du château de Fontainebleau, Collection de Henri IV, Numéro principal d'inventaire : INV 4152. '''[[c:Category:Aethiopica|Category:Aethiopica]]''' <gallery> File:"Chariclea Led Away by Pirates" (ca. 1634-35), tapestry from the workshop of Raphael de la Planche based on design by Simon Vouet.jpg|ca. 1634-35 - Ateliers de Raphael de la Planche, d'après une œuvre de Simon Vouet.- Chariclea enlevée par des pirates, [[c:Category:Aethiopica|Category:Aethiopica]] File:Chariclea Rijksmuseum SK-A-4017.jpeg|1660 - </gallery> === Peintres, séries & lieux de conservation === [[Fichier:Casta painting all.jpg|100px|vignette|gauche|1763, {{en}} [[c:File:Casta painting all.jpg|Miguel Cabrera.- Mexican Casta painting all]]. ]] * [[w:Miguel Cabrera (peintre)|Miguel Cabrera, (1695–1768)]], ''[[w:en:Miguel Cabrera (painter)|en]]''.- [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Mexican Casta paintings, séries]]<ref>{{en}} "''Cabrera, himself an artist of indigenous and Spanish ancestry, was one of the most important painters during his time and most influential in the propagation of the icon and faith in the Virgin of Guadalupe''". [https://nationalmuseumofmexicanart.org/artists/miguel-cabreraMiguel Cabrera (1695–1768), National Museum of Mexican Art].<br>Cf. Auguste Wahlen (Nom de plume de [[w:Jean-François-Nicolas Loumyer|Jean-François-Nicolas Loumyer]]), Mœurs, usages et costumes de tous les peuples du monde : Afrique - Amérique, Bruxelles, librairie Historique-Artistique, 1844. </ref> * {{it}} [[w:Agostino Brunias|Agostino Brunias, (1730-1796)]] * [[w:Jacques Grasset de Saint-Sauveur|Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810)]] * [[d:Q60024500|Marius-Pierre Le Masurier]]<ref>2013 - {{bibliographie|Q113181845}} <!-- Note sur le peintre Le Masurier (Q113181845) --></ref> * [[w:Musée d'Art du comté de Los Angeles|Musée d'Art du comté de Los Angeles, Lacma]] === Rapports politiques === <gallery> File:Le Masurier Portrait de la famille Choiseul-Meuse à la Martinique, c. 1775.png|c. 1775 - Le Masurier (1710-après 1782).- Portrait de la famille Choiseul-Meuse à la Martinique<ref> MAXIMILIEN CLAUDE JOSEPH marquis de Choiseul Meuse né le 23 juillet 1735, colonel des grenadiers de France en 1759, '''gouverneur de la Martinique''' maréchal de camp en 1781, émigré en 1791, capitaine des gardes du prince de Condé & général le 5 décembre 1814, mort au palais Bourbon le 6 décembre 1815 <br>Epoux de MARIE ANNE ROSE du Bucq mariée en 1775, fille de Félix du Bucq feigneur d'Enneville dont entre autres enfants :<br>ADÉLAÏDE GENEVIÈVE de Choiseul Meuse née en 1776 mariée par contrat du 2 avril 1800 à Jean Anne François baron de la Barthe né en 1773 '''commandant en second à la Martinique''', colonel de gendarmerie, fils de Raymond Hyacinthe de la Barthe seigneur de la Courtelle & de Jeanne Guilhem de Nougairol. Elle est morte sans postérité le 17 janvier 1843 & lui le 23 janvier 1869 à l'âge de 96 ans.<br>Epoux en seconde noces de CATHERINE Didier née le 28 septembre 1770 mariée à Gratz en Illyrie le 24 mars 1811 fille de François Didier originaire de Rigny la Salle & d'Élijabeth Chomtrin. Elle se remaria le 25 avril 1821 à Hercule Philippe Étienne Bafchi comte du Cayla Pair de France veuf d'Élisabeth Suzanne de Jaucourt & fils de Philippe Baschi du Cayla chevalier de St Louis & de Marthe Gilly. Elle est morte à Montmorency sans enfants de ses deux mariages le 26 janvier 1861 dans sa 91 année.</ref> File:Costumes de Differents Pays, 'Negresse de Qualite de l'Isle St. Louis dans le Senegal. Accompagnee de son Esclave' LACMA M.83.190.287.jpg|1796 - Négresse de Qualité de l'Isle St. Louis dans le Sénégal. Accompagnée de son Esclave </gallery> === Soumission par le corps === <gallery> Fichier:Viel esclave nègre, bathu par sa maitresse par maletendu le Voyageur, son cheval et son chien Fingal, da Coleção Brasiliana Iconográfica.jpg| c. 1840, Brésil : un viel homme battu par un couple de propriétaires esclavagistes </gallery> === Rapports de domination === <gallery> File:Reid-Aventures-Terre-Mer-d339.png|1891 - Planteurs de la Jamaïque : Jeune esclave à genoux et afridescendant armé<ref>Voir les items Wikidata des auteurs</ref> </gallery> === Esclaves à talents === <gallery> File:Costumes de Differents Pays, 'Blanchisseuses de St. Domingue' LACMA M.83.190.356.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Blanchisseuses de St. Domingue </gallery> === Rapports marchands === <gallery> File:Costumes de Differents Pays, 'Bouquetieres de St. Domingue' LACMA M.83.190.355.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Bouquetieres de St. Domingue File:MarchéStPierreMartinique-1815.jpg|Marius-Pierre Le Masurier.- Le marché de Saint-Pierre à la Martinique, c. 1769-1775 </gallery> === Synchrétisme culturel === <gallery> File:Quinten Massijs (I) - The Adoration of the Magi - WGA14275.jpg|1526 - Quentin Metsys ( 1466-1530).- L'adoration des Mages, Met Museum File:Loango02.jpg|1686 - [[w:Loango (république du Congo)|ville de Loango]], capitale du royaume de Loango, État d’Afrique centrale avant et pendant la colonisation<ref>[[w:Loango (république du Congo)|Le port et la région du Kouilou]] passent sous souveraineté française après le 12 mars 1883</ref>. File:Costumes de Differents Pays, 'Dansseuse de Loango' LACMA M.83.190.315.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Dansseuse de Loango File:Costumes de Differents Pays, 'Danseur, et Danseuse de la Guyane' LACMA M.83.190.369.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Danseur, et Danseuse de la Guyane <br> File:Le Serment des Ancêtres, 1823.jpg|1823 - Guillaume Guillon Lethière.- Le Serment des Ancêtres </gallery> === Familles interculturelles === ==== Miguel Cabrera, (1695-1768), peintre mexicain. ==== <gallery> File:Castas 01mestiza max.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} Pintura de Castas, 1. De español e india, Mestizo File:Castas 02castiza max.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} 2. De español y mestiza – Castiza File:Cabrera Pintura de Castas.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} Pintura de Castas, {{en}} 5. from Spaniard and Mulatto, Morisca File:De chino cambujo e india, loba.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} Pintura de Castas, {{en}} 10. De chino cambujo e india, loba. </gallery> ==== Agostino Brunias, (1730-1796), peintre italien ==== <gallery> File:Agostino Brunias - Free Women of Color with their Children and Servants in a Landscape - Google Art Project.jpg|{{it}} [[w:Agostino Brunias|Agostino Brunias]].- {{fr}} Femmes, Gens de couleur libres, avec enfants et servantes, c. 1764<ref>2011 - {{bibliographie|Q113192536}}. <!-- Un tableau d’Agostino Brunias au Brooklyn Museum --></ref> </gallery> '''A uploader''' : 1763 - Miguel Cabrera, [https://unframed.lacma.org/2015/04/22/why-albino-some-notes-our-new-casta-painting-miguel-cabrera 6. From Spaniard and Morisca, Albina Girl (6. De español y morisca, albina), 1763], oil on canvas, Los Angeles County Museum of Art, Purchased with funds provided by Kelvin Davis in honor of the museum's 50th anniversary, and partial gift of Christina Jones Janssen in honor of the Gregory and Harriet Jones Family<ref>Chicago Tribune.- [https://www.chicagotribune.com/la-et-cm-miguel-cabrera-casta-paintings-20150331-photogallery.html A look at Miguel Cabrera's set of casta paintings], Apr 01, 2015</ref> == Notes & Références == {{Références}} rcpoth8qkyh405up1g1b4jwmkdpx9pb 880668 880664 2022-07-23T16:26:40Z Ambre Troizat 8860 /* Chariclée : Hydaspe et Persina reconnaissent leur fille Chariclée */Theagenes and Chariclea wikitext text/x-wiki == Conditions sociales comparées : Joseph Bologne de Saint-George est ses contemporains afridescendants des {{S|XVIII}} & {{S|XIX}} == [[Utilisateur:Ambre_Troizat/Conditions sociales comparées : Joseph Bologne de Saint-George est ses contemporains afridescendants des XVIIIe & XIXe siècles|Conditions sociales comparées : Joseph Bologne de Saint-George est ses contemporains afridescendants des XVIIIe & XIXe siècles]] === Chariclée : Hydaspe et Persina reconnaissent leur fille Chariclée === [[File:Karel van III Mander (1610-1670), Hoved af en afrikaner, 1624-1670.png|100px|vignette|gauche| Karel van III Mander (1610-1670), Hoved af en afrikaner, 1624-1670]] '''A uploader''' : Collection du Mobilier national.- [https://collection.mobiliernational.culture.gouv.fr/objet/GMTT-1282-000 Histoire de Théagène et Chariclée]<ref>[[w:Théagène de Rhégion|Théagène de Rhégion]] ?</ref> : Hydaspe et Persina reconnaissent leur fille Chariclée * '''''[[w:Théagène et Chariclée (opéra)|Théagène et Chariclée]]''''' est un [[w:opéra (musique)|opéra]] ([[w:1695 en musique classique|1695]]) en 5 actes d'[[w:Henry Desmarest|Henry Desmarest]] sur un [[w:livret (musique)|livret]] de [[w:Joseph-François Duché de Vancy|Joseph-François Duché de Vancy]]. * '''''[[w:Éthiopiques (Héliodore)|Théagène et Chariclée]]''''' est un titre parfois utilisé pour les ''Éthiopiques'' d'[[w:Héliodore d'Émèse|Héliodore d'Émèse]] ; [[w:Héliodore d'Émèse|Héliodore d'Émèse]].-Les Éthiopiques ou Théagène et Chariclée. * [[w:en:Karel van Mander III|Karel van Mander III]] ==== Ambroise Dubois, dit Boschaert.- Héliodore, Éthiopiques ou Les Amours de Théagène et Chariclée ==== Dubois, Ambroise Boschaert dit (Anvers, 1543 - Fontainebleau, 1614).- Héliodore, Éthiopiques ou Les Amours de Théagène et Chariclée. Ensemble de six tableaux commandé par Henri IV et peint vers 1610 pour la Chambre ovale du château de Fontainebleau. Conservés au Musée national du château de Fontainebleau, numéro d'inventaire : INV. 4151 ; 194. [https://collections.louvre.fr/ark:/53355/cl010057525|'''Voir l'historique de l’œuvre''']. # Ambroise Dubois, dit Boschaert.- [https://utpictura18.univ-amu.fr/notice/17514-embarquement-theagene-chariclee-calasiris-a-dubois Embarquement de Théagène, Chariclée et Calasiris], utpictura18.univ-amu.fr # Ambroise Dubois, dit Boschaert.- [https://collections.louvre.fr/ark:/53355/cl010057525 Calasiris, Théagènes et Chariclée sont abandonnés sur le rivage de l'Egypte], Musée national du château de Fontainebleau, Collection de Henri IV, Numéro principal d'inventaire : INV 4152. # Dessin préparatoire à la Bibliothèque Nationale de France ==== Daniël Thivart.- Theagenes and Chariclea ==== <gallery> File:Theagenes en Chariklea Rijksmuseum SK-A-4668.jpeg|Daniël Thivart.- [https://www.rijksmuseum.nl/en/collection/SK-A-4668 Theagenes and Chariclea, 1625 - 1640] </gallery> ==== Category:Aethiopica ==== [[c:Category:Aethiopica|Category:Aethiopica]] [[w:en:Aethiopica|Aethiopica]] ; [[w:Les Éthiopiques (Héliodore)|Les Éthiopiques (Héliodore)]] <gallery> File:Chariclea Rijksmuseum SK-A-4017.jpeg|Chariclea. Une femme assise, la main gauche sur un arc, la tête reposant sur la main droite. Partie d'une représentation plus grande de Theagenes et Chariclea. File:"Chariclea Led Away by Pirates" (ca. 1634-35), tapestry from the workshop of Raphael de la Planche based on design by Simon Vouet.jpg|ca. 1634-35 - Ateliers de Raphael de la Planche, d'après une œuvre de Simon Vouet.- Chariclea enlevée par des pirates, [[c:Category:Aethiopica|Category:Aethiopica]] </gallery> === Peintres, séries & lieux de conservation === [[Fichier:Casta painting all.jpg|100px|vignette|gauche|1763, {{en}} [[c:File:Casta painting all.jpg|Miguel Cabrera.- Mexican Casta painting all]]. ]] * [[w:Miguel Cabrera (peintre)|Miguel Cabrera, (1695–1768)]], ''[[w:en:Miguel Cabrera (painter)|en]]''.- [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Mexican Casta paintings, séries]]<ref>{{en}} "''Cabrera, himself an artist of indigenous and Spanish ancestry, was one of the most important painters during his time and most influential in the propagation of the icon and faith in the Virgin of Guadalupe''". [https://nationalmuseumofmexicanart.org/artists/miguel-cabreraMiguel Cabrera (1695–1768), National Museum of Mexican Art].<br>Cf. Auguste Wahlen (Nom de plume de [[w:Jean-François-Nicolas Loumyer|Jean-François-Nicolas Loumyer]]), Mœurs, usages et costumes de tous les peuples du monde : Afrique - Amérique, Bruxelles, librairie Historique-Artistique, 1844. </ref> * {{it}} [[w:Agostino Brunias|Agostino Brunias, (1730-1796)]] * [[w:Jacques Grasset de Saint-Sauveur|Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810)]] * [[d:Q60024500|Marius-Pierre Le Masurier]]<ref>2013 - {{bibliographie|Q113181845}} <!-- Note sur le peintre Le Masurier (Q113181845) --></ref> * [[w:Musée d'Art du comté de Los Angeles|Musée d'Art du comté de Los Angeles, Lacma]] === Rapports politiques === <gallery> File:Le Masurier Portrait de la famille Choiseul-Meuse à la Martinique, c. 1775.png|c. 1775 - Le Masurier (1710-après 1782).- Portrait de la famille Choiseul-Meuse à la Martinique<ref> MAXIMILIEN CLAUDE JOSEPH marquis de Choiseul Meuse né le 23 juillet 1735, colonel des grenadiers de France en 1759, '''gouverneur de la Martinique''' maréchal de camp en 1781, émigré en 1791, capitaine des gardes du prince de Condé & général le 5 décembre 1814, mort au palais Bourbon le 6 décembre 1815 <br>Epoux de MARIE ANNE ROSE du Bucq mariée en 1775, fille de Félix du Bucq feigneur d'Enneville dont entre autres enfants :<br>ADÉLAÏDE GENEVIÈVE de Choiseul Meuse née en 1776 mariée par contrat du 2 avril 1800 à Jean Anne François baron de la Barthe né en 1773 '''commandant en second à la Martinique''', colonel de gendarmerie, fils de Raymond Hyacinthe de la Barthe seigneur de la Courtelle & de Jeanne Guilhem de Nougairol. Elle est morte sans postérité le 17 janvier 1843 & lui le 23 janvier 1869 à l'âge de 96 ans.<br>Epoux en seconde noces de CATHERINE Didier née le 28 septembre 1770 mariée à Gratz en Illyrie le 24 mars 1811 fille de François Didier originaire de Rigny la Salle & d'Élijabeth Chomtrin. Elle se remaria le 25 avril 1821 à Hercule Philippe Étienne Bafchi comte du Cayla Pair de France veuf d'Élisabeth Suzanne de Jaucourt & fils de Philippe Baschi du Cayla chevalier de St Louis & de Marthe Gilly. Elle est morte à Montmorency sans enfants de ses deux mariages le 26 janvier 1861 dans sa 91 année.</ref> File:Costumes de Differents Pays, 'Negresse de Qualite de l'Isle St. Louis dans le Senegal. Accompagnee de son Esclave' LACMA M.83.190.287.jpg|1796 - Négresse de Qualité de l'Isle St. Louis dans le Sénégal. Accompagnée de son Esclave </gallery> === Soumission par le corps === <gallery> Fichier:Viel esclave nègre, bathu par sa maitresse par maletendu le Voyageur, son cheval et son chien Fingal, da Coleção Brasiliana Iconográfica.jpg| c. 1840, Brésil : un viel homme battu par un couple de propriétaires esclavagistes </gallery> === Rapports de domination === <gallery> File:Reid-Aventures-Terre-Mer-d339.png|1891 - Planteurs de la Jamaïque : Jeune esclave à genoux et afridescendant armé<ref>Voir les items Wikidata des auteurs</ref> </gallery> === Esclaves à talents === <gallery> File:Costumes de Differents Pays, 'Blanchisseuses de St. Domingue' LACMA M.83.190.356.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Blanchisseuses de St. Domingue </gallery> === Rapports marchands === <gallery> File:Costumes de Differents Pays, 'Bouquetieres de St. Domingue' LACMA M.83.190.355.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Bouquetieres de St. Domingue File:MarchéStPierreMartinique-1815.jpg|Marius-Pierre Le Masurier.- Le marché de Saint-Pierre à la Martinique, c. 1769-1775 </gallery> === Synchrétisme culturel === <gallery> File:Quinten Massijs (I) - The Adoration of the Magi - WGA14275.jpg|1526 - Quentin Metsys ( 1466-1530).- L'adoration des Mages, Met Museum File:Loango02.jpg|1686 - [[w:Loango (république du Congo)|ville de Loango]], capitale du royaume de Loango, État d’Afrique centrale avant et pendant la colonisation<ref>[[w:Loango (république du Congo)|Le port et la région du Kouilou]] passent sous souveraineté française après le 12 mars 1883</ref>. File:Costumes de Differents Pays, 'Dansseuse de Loango' LACMA M.83.190.315.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Dansseuse de Loango File:Costumes de Differents Pays, 'Danseur, et Danseuse de la Guyane' LACMA M.83.190.369.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Danseur, et Danseuse de la Guyane <br> File:Le Serment des Ancêtres, 1823.jpg|1823 - Guillaume Guillon Lethière.- Le Serment des Ancêtres </gallery> === Familles interculturelles === ==== Miguel Cabrera, (1695-1768), peintre mexicain. ==== <gallery> File:Castas 01mestiza max.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} Pintura de Castas, 1. De español e india, Mestizo File:Castas 02castiza max.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} 2. De español y mestiza – Castiza File:Cabrera Pintura de Castas.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} Pintura de Castas, {{en}} 5. from Spaniard and Mulatto, Morisca File:De chino cambujo e india, loba.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} Pintura de Castas, {{en}} 10. De chino cambujo e india, loba. </gallery> ==== Agostino Brunias, (1730-1796), peintre italien ==== <gallery> File:Agostino Brunias - Free Women of Color with their Children and Servants in a Landscape - Google Art Project.jpg|{{it}} [[w:Agostino Brunias|Agostino Brunias]].- {{fr}} Femmes, Gens de couleur libres, avec enfants et servantes, c. 1764<ref>2011 - {{bibliographie|Q113192536}}. <!-- Un tableau d’Agostino Brunias au Brooklyn Museum --></ref> </gallery> '''A uploader''' : 1763 - Miguel Cabrera, [https://unframed.lacma.org/2015/04/22/why-albino-some-notes-our-new-casta-painting-miguel-cabrera 6. From Spaniard and Morisca, Albina Girl (6. De español y morisca, albina), 1763], oil on canvas, Los Angeles County Museum of Art, Purchased with funds provided by Kelvin Davis in honor of the museum's 50th anniversary, and partial gift of Christina Jones Janssen in honor of the Gregory and Harriet Jones Family<ref>Chicago Tribune.- [https://www.chicagotribune.com/la-et-cm-miguel-cabrera-casta-paintings-20150331-photogallery.html A look at Miguel Cabrera's set of casta paintings], Apr 01, 2015</ref> == Notes & Références == {{Références}} j1d17iwejmupe7d936a2ojznltg9hxl 880670 880668 2022-07-23T16:33:11Z Ambre Troizat 8860 /* Esclaves à talents */ 1594 - Cornelis Cornelisz van Haarlem.- [[w:Bethsabée|Bethsabée]] à sa toilette wikitext text/x-wiki == Conditions sociales comparées : Joseph Bologne de Saint-George est ses contemporains afridescendants des {{S|XVIII}} & {{S|XIX}} == [[Utilisateur:Ambre_Troizat/Conditions sociales comparées : Joseph Bologne de Saint-George est ses contemporains afridescendants des XVIIIe & XIXe siècles|Conditions sociales comparées : Joseph Bologne de Saint-George est ses contemporains afridescendants des XVIIIe & XIXe siècles]] === Chariclée : Hydaspe et Persina reconnaissent leur fille Chariclée === [[File:Karel van III Mander (1610-1670), Hoved af en afrikaner, 1624-1670.png|100px|vignette|gauche| Karel van III Mander (1610-1670), Hoved af en afrikaner, 1624-1670]] '''A uploader''' : Collection du Mobilier national.- [https://collection.mobiliernational.culture.gouv.fr/objet/GMTT-1282-000 Histoire de Théagène et Chariclée]<ref>[[w:Théagène de Rhégion|Théagène de Rhégion]] ?</ref> : Hydaspe et Persina reconnaissent leur fille Chariclée * '''''[[w:Théagène et Chariclée (opéra)|Théagène et Chariclée]]''''' est un [[w:opéra (musique)|opéra]] ([[w:1695 en musique classique|1695]]) en 5 actes d'[[w:Henry Desmarest|Henry Desmarest]] sur un [[w:livret (musique)|livret]] de [[w:Joseph-François Duché de Vancy|Joseph-François Duché de Vancy]]. * '''''[[w:Éthiopiques (Héliodore)|Théagène et Chariclée]]''''' est un titre parfois utilisé pour les ''Éthiopiques'' d'[[w:Héliodore d'Émèse|Héliodore d'Émèse]] ; [[w:Héliodore d'Émèse|Héliodore d'Émèse]].-Les Éthiopiques ou Théagène et Chariclée. * [[w:en:Karel van Mander III|Karel van Mander III]] ==== Ambroise Dubois, dit Boschaert.- Héliodore, Éthiopiques ou Les Amours de Théagène et Chariclée ==== Dubois, Ambroise Boschaert dit (Anvers, 1543 - Fontainebleau, 1614).- Héliodore, Éthiopiques ou Les Amours de Théagène et Chariclée. Ensemble de six tableaux commandé par Henri IV et peint vers 1610 pour la Chambre ovale du château de Fontainebleau. Conservés au Musée national du château de Fontainebleau, numéro d'inventaire : INV. 4151 ; 194. [https://collections.louvre.fr/ark:/53355/cl010057525|'''Voir l'historique de l’œuvre''']. # Ambroise Dubois, dit Boschaert.- [https://utpictura18.univ-amu.fr/notice/17514-embarquement-theagene-chariclee-calasiris-a-dubois Embarquement de Théagène, Chariclée et Calasiris], utpictura18.univ-amu.fr # Ambroise Dubois, dit Boschaert.- [https://collections.louvre.fr/ark:/53355/cl010057525 Calasiris, Théagènes et Chariclée sont abandonnés sur le rivage de l'Egypte], Musée national du château de Fontainebleau, Collection de Henri IV, Numéro principal d'inventaire : INV 4152. # Dessin préparatoire à la Bibliothèque Nationale de France ==== Daniël Thivart.- Theagenes and Chariclea ==== <gallery> File:Theagenes en Chariklea Rijksmuseum SK-A-4668.jpeg|Daniël Thivart.- [https://www.rijksmuseum.nl/en/collection/SK-A-4668 Theagenes and Chariclea, 1625 - 1640] </gallery> ==== Category:Aethiopica ==== [[c:Category:Aethiopica|Category:Aethiopica]] [[w:en:Aethiopica|Aethiopica]] ; [[w:Les Éthiopiques (Héliodore)|Les Éthiopiques (Héliodore)]] <gallery> File:Chariclea Rijksmuseum SK-A-4017.jpeg|Chariclea. Une femme assise, la main gauche sur un arc, la tête reposant sur la main droite. Partie d'une représentation plus grande de Theagenes et Chariclea. File:"Chariclea Led Away by Pirates" (ca. 1634-35), tapestry from the workshop of Raphael de la Planche based on design by Simon Vouet.jpg|ca. 1634-35 - Ateliers de Raphael de la Planche, d'après une œuvre de Simon Vouet.- Chariclea enlevée par des pirates, [[c:Category:Aethiopica|Category:Aethiopica]] </gallery> === Peintres, séries & lieux de conservation === [[Fichier:Casta painting all.jpg|100px|vignette|gauche|1763, {{en}} [[c:File:Casta painting all.jpg|Miguel Cabrera.- Mexican Casta painting all]]. ]] * [[w:Miguel Cabrera (peintre)|Miguel Cabrera, (1695–1768)]], ''[[w:en:Miguel Cabrera (painter)|en]]''.- [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Mexican Casta paintings, séries]]<ref>{{en}} "''Cabrera, himself an artist of indigenous and Spanish ancestry, was one of the most important painters during his time and most influential in the propagation of the icon and faith in the Virgin of Guadalupe''". [https://nationalmuseumofmexicanart.org/artists/miguel-cabreraMiguel Cabrera (1695–1768), National Museum of Mexican Art].<br>Cf. Auguste Wahlen (Nom de plume de [[w:Jean-François-Nicolas Loumyer|Jean-François-Nicolas Loumyer]]), Mœurs, usages et costumes de tous les peuples du monde : Afrique - Amérique, Bruxelles, librairie Historique-Artistique, 1844. </ref> * {{it}} [[w:Agostino Brunias|Agostino Brunias, (1730-1796)]] * [[w:Jacques Grasset de Saint-Sauveur|Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810)]] * [[d:Q60024500|Marius-Pierre Le Masurier]]<ref>2013 - {{bibliographie|Q113181845}} <!-- Note sur le peintre Le Masurier (Q113181845) --></ref> * [[w:Musée d'Art du comté de Los Angeles|Musée d'Art du comté de Los Angeles, Lacma]] === Rapports politiques === <gallery> File:Le Masurier Portrait de la famille Choiseul-Meuse à la Martinique, c. 1775.png|c. 1775 - Le Masurier (1710-après 1782).- Portrait de la famille Choiseul-Meuse à la Martinique<ref> MAXIMILIEN CLAUDE JOSEPH marquis de Choiseul Meuse né le 23 juillet 1735, colonel des grenadiers de France en 1759, '''gouverneur de la Martinique''' maréchal de camp en 1781, émigré en 1791, capitaine des gardes du prince de Condé & général le 5 décembre 1814, mort au palais Bourbon le 6 décembre 1815 <br>Epoux de MARIE ANNE ROSE du Bucq mariée en 1775, fille de Félix du Bucq feigneur d'Enneville dont entre autres enfants :<br>ADÉLAÏDE GENEVIÈVE de Choiseul Meuse née en 1776 mariée par contrat du 2 avril 1800 à Jean Anne François baron de la Barthe né en 1773 '''commandant en second à la Martinique''', colonel de gendarmerie, fils de Raymond Hyacinthe de la Barthe seigneur de la Courtelle & de Jeanne Guilhem de Nougairol. Elle est morte sans postérité le 17 janvier 1843 & lui le 23 janvier 1869 à l'âge de 96 ans.<br>Epoux en seconde noces de CATHERINE Didier née le 28 septembre 1770 mariée à Gratz en Illyrie le 24 mars 1811 fille de François Didier originaire de Rigny la Salle & d'Élijabeth Chomtrin. Elle se remaria le 25 avril 1821 à Hercule Philippe Étienne Bafchi comte du Cayla Pair de France veuf d'Élisabeth Suzanne de Jaucourt & fils de Philippe Baschi du Cayla chevalier de St Louis & de Marthe Gilly. Elle est morte à Montmorency sans enfants de ses deux mariages le 26 janvier 1861 dans sa 91 année.</ref> File:Costumes de Differents Pays, 'Negresse de Qualite de l'Isle St. Louis dans le Senegal. Accompagnee de son Esclave' LACMA M.83.190.287.jpg|1796 - Négresse de Qualité de l'Isle St. Louis dans le Sénégal. Accompagnée de son Esclave </gallery> === Soumission par le corps === <gallery> Fichier:Viel esclave nègre, bathu par sa maitresse par maletendu le Voyageur, son cheval et son chien Fingal, da Coleção Brasiliana Iconográfica.jpg| c. 1840, Brésil : un viel homme battu par un couple de propriétaires esclavagistes </gallery> === Rapports de domination === <gallery> File:Reid-Aventures-Terre-Mer-d339.png|1891 - Planteurs de la Jamaïque : Jeune esclave à genoux et afridescendant armé<ref>Voir les items Wikidata des auteurs</ref> </gallery> === Esclave domestique === <gallery> File:Cornelis Cornelisz van Haarlem - Het toilet van Bathseba.jpg|1594 - Cornelis Cornelisz van Haarlem.- [[w:Bethsabée|Bethsabée]] à sa toilette </gallery> === Esclaves à talents === <gallery> File:Costumes de Differents Pays, 'Blanchisseuses de St. Domingue' LACMA M.83.190.356.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Blanchisseuses de St. Domingue </gallery> === Rapports marchands === <gallery> File:Costumes de Differents Pays, 'Bouquetieres de St. Domingue' LACMA M.83.190.355.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Bouquetieres de St. Domingue File:MarchéStPierreMartinique-1815.jpg|Marius-Pierre Le Masurier.- Le marché de Saint-Pierre à la Martinique, c. 1769-1775 </gallery> === Synchrétisme culturel === <gallery> File:Quinten Massijs (I) - The Adoration of the Magi - WGA14275.jpg|1526 - Quentin Metsys ( 1466-1530).- L'adoration des Mages, Met Museum File:Loango02.jpg|1686 - [[w:Loango (république du Congo)|ville de Loango]], capitale du royaume de Loango, État d’Afrique centrale avant et pendant la colonisation<ref>[[w:Loango (république du Congo)|Le port et la région du Kouilou]] passent sous souveraineté française après le 12 mars 1883</ref>. File:Costumes de Differents Pays, 'Dansseuse de Loango' LACMA M.83.190.315.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Dansseuse de Loango File:Costumes de Differents Pays, 'Danseur, et Danseuse de la Guyane' LACMA M.83.190.369.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Danseur, et Danseuse de la Guyane <br> File:Le Serment des Ancêtres, 1823.jpg|1823 - Guillaume Guillon Lethière.- Le Serment des Ancêtres </gallery> === Familles interculturelles === ==== Miguel Cabrera, (1695-1768), peintre mexicain. ==== <gallery> File:Castas 01mestiza max.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} Pintura de Castas, 1. De español e india, Mestizo File:Castas 02castiza max.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} 2. De español y mestiza – Castiza File:Cabrera Pintura de Castas.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} Pintura de Castas, {{en}} 5. from Spaniard and Mulatto, Morisca File:De chino cambujo e india, loba.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} Pintura de Castas, {{en}} 10. De chino cambujo e india, loba. </gallery> ==== Agostino Brunias, (1730-1796), peintre italien ==== <gallery> File:Agostino Brunias - Free Women of Color with their Children and Servants in a Landscape - Google Art Project.jpg|{{it}} [[w:Agostino Brunias|Agostino Brunias]].- {{fr}} Femmes, Gens de couleur libres, avec enfants et servantes, c. 1764<ref>2011 - {{bibliographie|Q113192536}}. <!-- Un tableau d’Agostino Brunias au Brooklyn Museum --></ref> </gallery> '''A uploader''' : 1763 - Miguel Cabrera, [https://unframed.lacma.org/2015/04/22/why-albino-some-notes-our-new-casta-painting-miguel-cabrera 6. From Spaniard and Morisca, Albina Girl (6. 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Ensemble de six tableaux commandé par Henri IV et peint vers 1610 pour la Chambre ovale du château de Fontainebleau. Conservés au Musée national du château de Fontainebleau, numéro d'inventaire : INV. 4151 ; 194. [https://collections.louvre.fr/ark:/53355/cl010057525|'''Voir l'historique de l’œuvre''']. # Ambroise Dubois, dit Boschaert.- [https://utpictura18.univ-amu.fr/notice/17514-embarquement-theagene-chariclee-calasiris-a-dubois Embarquement de Théagène, Chariclée et Calasiris], utpictura18.univ-amu.fr # Ambroise Dubois, dit Boschaert.- [https://collections.louvre.fr/ark:/53355/cl010057525 Calasiris, Théagènes et Chariclée sont abandonnés sur le rivage de l'Egypte], Musée national du château de Fontainebleau, Collection de Henri IV, Numéro principal d'inventaire : INV 4152. # Dessin préparatoire à la Bibliothèque Nationale de France ==== Daniël Thivart.- Theagenes and Chariclea ==== <gallery> File:Theagenes en Chariklea Rijksmuseum SK-A-4668.jpeg|Daniël Thivart.- [https://www.rijksmuseum.nl/en/collection/SK-A-4668 Theagenes and Chariclea, 1625 - 1640] </gallery> ==== Category:Aethiopica ==== [[c:Category:Aethiopica|Category:Aethiopica]] [[w:en:Aethiopica|Aethiopica]] ; [[w:Les Éthiopiques (Héliodore)|Les Éthiopiques (Héliodore)]] <gallery> File:Chariclea Rijksmuseum SK-A-4017.jpeg|Chariclea. Une femme assise, la main gauche sur un arc, la tête reposant sur la main droite. Partie d'une représentation plus grande de Theagenes et Chariclea. File:"Chariclea Led Away by Pirates" (ca. 1634-35), tapestry from the workshop of Raphael de la Planche based on design by Simon Vouet.jpg|ca. 1634-35 - Ateliers de Raphael de la Planche, d'après une œuvre de Simon Vouet.- Chariclea enlevée par des pirates, [[c:Category:Aethiopica|Category:Aethiopica]] File:Théagène et Chariclée 35817 Musée de Toul.jpg|Théagène et Chariclée, Musée de Toul </gallery> === Peintres, séries & lieux de conservation === [[Fichier:Casta painting all.jpg|100px|vignette|gauche|1763, {{en}} [[c:File:Casta painting all.jpg|Miguel Cabrera.- Mexican Casta painting all]]. ]] * [[w:Miguel Cabrera (peintre)|Miguel Cabrera, (1695–1768)]], ''[[w:en:Miguel Cabrera (painter)|en]]''.- [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Mexican Casta paintings, séries]]<ref>{{en}} "''Cabrera, himself an artist of indigenous and Spanish ancestry, was one of the most important painters during his time and most influential in the propagation of the icon and faith in the Virgin of Guadalupe''". [https://nationalmuseumofmexicanart.org/artists/miguel-cabreraMiguel Cabrera (1695–1768), National Museum of Mexican Art].<br>Cf. Auguste Wahlen (Nom de plume de [[w:Jean-François-Nicolas Loumyer|Jean-François-Nicolas Loumyer]]), Mœurs, usages et costumes de tous les peuples du monde : Afrique - Amérique, Bruxelles, librairie Historique-Artistique, 1844. </ref> * {{it}} [[w:Agostino Brunias|Agostino Brunias, (1730-1796)]] * [[w:Jacques Grasset de Saint-Sauveur|Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810)]] * [[d:Q60024500|Marius-Pierre Le Masurier]]<ref>2013 - {{bibliographie|Q113181845}} <!-- Note sur le peintre Le Masurier (Q113181845) --></ref> * [[w:Musée d'Art du comté de Los Angeles|Musée d'Art du comté de Los Angeles, Lacma]] === Rapports politiques === <gallery> File:Le Masurier Portrait de la famille Choiseul-Meuse à la Martinique, c. 1775.png|c. 1775 - Le Masurier (1710-après 1782).- Portrait de la famille Choiseul-Meuse à la Martinique<ref> MAXIMILIEN CLAUDE JOSEPH marquis de Choiseul Meuse né le 23 juillet 1735, colonel des grenadiers de France en 1759, '''gouverneur de la Martinique''' maréchal de camp en 1781, émigré en 1791, capitaine des gardes du prince de Condé & général le 5 décembre 1814, mort au palais Bourbon le 6 décembre 1815 <br>Epoux de MARIE ANNE ROSE du Bucq mariée en 1775, fille de Félix du Bucq feigneur d'Enneville dont entre autres enfants :<br>ADÉLAÏDE GENEVIÈVE de Choiseul Meuse née en 1776 mariée par contrat du 2 avril 1800 à Jean Anne François baron de la Barthe né en 1773 '''commandant en second à la Martinique''', colonel de gendarmerie, fils de Raymond Hyacinthe de la Barthe seigneur de la Courtelle & de Jeanne Guilhem de Nougairol. Elle est morte sans postérité le 17 janvier 1843 & lui le 23 janvier 1869 à l'âge de 96 ans.<br>Epoux en seconde noces de CATHERINE Didier née le 28 septembre 1770 mariée à Gratz en Illyrie le 24 mars 1811 fille de François Didier originaire de Rigny la Salle & d'Élijabeth Chomtrin. Elle se remaria le 25 avril 1821 à Hercule Philippe Étienne Bafchi comte du Cayla Pair de France veuf d'Élisabeth Suzanne de Jaucourt & fils de Philippe Baschi du Cayla chevalier de St Louis & de Marthe Gilly. Elle est morte à Montmorency sans enfants de ses deux mariages le 26 janvier 1861 dans sa 91 année.</ref> File:Costumes de Differents Pays, 'Negresse de Qualite de l'Isle St. Louis dans le Senegal. Accompagnee de son Esclave' LACMA M.83.190.287.jpg|1796 - Négresse de Qualité de l'Isle St. Louis dans le Sénégal. Accompagnée de son Esclave </gallery> === Soumission par le corps === <gallery> Fichier:Viel esclave nègre, bathu par sa maitresse par maletendu le Voyageur, son cheval et son chien Fingal, da Coleção Brasiliana Iconográfica.jpg| c. 1840, Brésil : un viel homme battu par un couple de propriétaires esclavagistes </gallery> === Rapports de domination === <gallery> File:Reid-Aventures-Terre-Mer-d339.png|1891 - Planteurs de la Jamaïque : Jeune esclave à genoux et afridescendant armé<ref>Voir les items Wikidata des auteurs</ref> </gallery> === Esclave domestique === <gallery> File:Cornelis Cornelisz van Haarlem - Het toilet van Bathseba.jpg|1594 - Cornelis Cornelisz van Haarlem.- [[w:Bethsabée|Bethsabée]] à sa toilette </gallery> === Esclaves à talents === <gallery> File:Costumes de Differents Pays, 'Blanchisseuses de St. Domingue' LACMA M.83.190.356.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Blanchisseuses de St. Domingue </gallery> === Rapports marchands === <gallery> File:Costumes de Differents Pays, 'Bouquetieres de St. Domingue' LACMA M.83.190.355.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Bouquetieres de St. Domingue File:MarchéStPierreMartinique-1815.jpg|Marius-Pierre Le Masurier.- Le marché de Saint-Pierre à la Martinique, c. 1769-1775 </gallery> === Synchrétisme culturel === <gallery> File:Quinten Massijs (I) - The Adoration of the Magi - WGA14275.jpg|1526 - Quentin Metsys ( 1466-1530).- L'adoration des Mages, Met Museum File:Loango02.jpg|1686 - [[w:Loango (république du Congo)|ville de Loango]], capitale du royaume de Loango, État d’Afrique centrale avant et pendant la colonisation<ref>[[w:Loango (république du Congo)|Le port et la région du Kouilou]] passent sous souveraineté française après le 12 mars 1883</ref>. File:Costumes de Differents Pays, 'Dansseuse de Loango' LACMA M.83.190.315.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Dansseuse de Loango File:Costumes de Differents Pays, 'Danseur, et Danseuse de la Guyane' LACMA M.83.190.369.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Danseur, et Danseuse de la Guyane <br> File:Le Serment des Ancêtres, 1823.jpg|1823 - Guillaume Guillon Lethière.- Le Serment des Ancêtres </gallery> === Familles interculturelles === ==== Miguel Cabrera, (1695-1768), peintre mexicain. ==== <gallery> File:Castas 01mestiza max.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} Pintura de Castas, 1. De español e india, Mestizo File:Castas 02castiza max.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} 2. De español y mestiza – Castiza File:Cabrera Pintura de Castas.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} Pintura de Castas, {{en}} 5. from Spaniard and Mulatto, Morisca File:De chino cambujo e india, loba.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} Pintura de Castas, {{en}} 10. De chino cambujo e india, loba. </gallery> ==== Agostino Brunias, (1730-1796), peintre italien ==== <gallery> File:Agostino Brunias - Free Women of Color with their Children and Servants in a Landscape - Google Art Project.jpg|{{it}} [[w:Agostino Brunias|Agostino Brunias]].- {{fr}} Femmes, Gens de couleur libres, avec enfants et servantes, c. 1764<ref>2011 - {{bibliographie|Q113192536}}. <!-- Un tableau d’Agostino Brunias au Brooklyn Museum --></ref> </gallery> '''A uploader''' : 1763 - Miguel Cabrera, [https://unframed.lacma.org/2015/04/22/why-albino-some-notes-our-new-casta-painting-miguel-cabrera 6. From Spaniard and Morisca, Albina Girl (6. De español y morisca, albina), 1763], oil on canvas, Los Angeles County Museum of Art, Purchased with funds provided by Kelvin Davis in honor of the museum's 50th anniversary, and partial gift of Christina Jones Janssen in honor of the Gregory and Harriet Jones Family<ref>Chicago Tribune.- [https://www.chicagotribune.com/la-et-cm-miguel-cabrera-casta-paintings-20150331-photogallery.html A look at Miguel Cabrera's set of casta paintings], Apr 01, 2015</ref> == Notes & Références == {{Références}} 91vjl48tcd8opejtpa9iqo2wev7sifx 880675 880672 2022-07-23T16:47:24Z Ambre Troizat 8860 /* Ambroise Dubois, dit Boschaert.- Héliodore, Éthiopiques ou Les Amours de Théagène et Chariclée */ Trachin en Chariclea wikitext text/x-wiki == Conditions sociales comparées : Joseph Bologne de Saint-George est ses contemporains afridescendants des {{S|XVIII}} & {{S|XIX}} == [[Utilisateur:Ambre_Troizat/Conditions sociales comparées : Joseph Bologne de Saint-George est ses contemporains afridescendants des XVIIIe & XIXe siècles|Conditions sociales comparées : Joseph Bologne de Saint-George est ses contemporains afridescendants des XVIIIe & XIXe siècles]] === Chariclée : Hydaspe et Persina reconnaissent leur fille Chariclée === [[File:Karel van III Mander (1610-1670), Hoved af en afrikaner, 1624-1670.png|100px|vignette|gauche| Karel van III Mander (1610-1670), Hoved af en afrikaner, 1624-1670]] '''A uploader''' : Collection du Mobilier national.- [https://collection.mobiliernational.culture.gouv.fr/objet/GMTT-1282-000 Histoire de Théagène et Chariclée]<ref>[[w:Théagène de Rhégion|Théagène de Rhégion]] ?</ref> : Hydaspe et Persina reconnaissent leur fille Chariclée * '''''[[w:Théagène et Chariclée (opéra)|Théagène et Chariclée]]''''' est un [[w:opéra (musique)|opéra]] ([[w:1695 en musique classique|1695]]) en 5 actes d'[[w:Henry Desmarest|Henry Desmarest]] sur un [[w:livret (musique)|livret]] de [[w:Joseph-François Duché de Vancy|Joseph-François Duché de Vancy]]. * '''''[[w:Éthiopiques (Héliodore)|Théagène et Chariclée]]''''' est un titre parfois utilisé pour les ''Éthiopiques'' d'[[w:Héliodore d'Émèse|Héliodore d'Émèse]] ; [[w:Héliodore d'Émèse|Héliodore d'Émèse]].-Les Éthiopiques ou Théagène et Chariclée. * [[w:en:Karel van Mander III|Karel van Mander III]] ==== Ambroise Dubois, dit Boschaert, (1553 - 1614).- Héliodore, Éthiopiques ou Les Amours de Théagène et Chariclée ==== Dubois, Ambroise Boschaert dit (Anvers, 1543 - Fontainebleau, 1614).- Héliodore, Éthiopiques ou Les Amours de Théagène et Chariclée. Ensemble de six tableaux commandé par Henri IV et peint vers 1610 pour la Chambre ovale du château de Fontainebleau. Conservés au Musée national du château de Fontainebleau, numéro d'inventaire : INV. 4151 ; 194. [https://collections.louvre.fr/ark:/53355/cl010057525|'''Voir l'historique de l’œuvre''']. # Ambroise Dubois, dit Boschaert.- [https://utpictura18.univ-amu.fr/notice/17514-embarquement-theagene-chariclee-calasiris-a-dubois Embarquement de Théagène, Chariclée et Calasiris], utpictura18.univ-amu.fr # Ambroise Dubois, dit Boschaert.- [https://collections.louvre.fr/ark:/53355/cl010057525 Calasiris, Théagènes et Chariclée sont abandonnés sur le rivage de l'Egypte], Musée national du château de Fontainebleau, Collection de Henri IV, Numéro principal d'inventaire : INV 4152. # Ambroise Dubois, dit Boschaert.- [https://www.rijksmuseum.nl/nl/collectie/RP-T-1944-133 Trachin en Chariclea,] pen en penseel in bruin # Dessin préparatoire à la Bibliothèque Nationale de France ==== Daniël Thivart.- Theagenes and Chariclea ==== <gallery> File:Theagenes en Chariklea Rijksmuseum SK-A-4668.jpeg|Daniël Thivart.- [https://www.rijksmuseum.nl/en/collection/SK-A-4668 Theagenes and Chariclea, 1625 - 1640] </gallery> ==== Category:Aethiopica ==== [[c:Category:Aethiopica|Category:Aethiopica]] [[w:en:Aethiopica|Aethiopica]] ; [[w:Les Éthiopiques (Héliodore)|Les Éthiopiques (Héliodore)]] <gallery> File:Chariclea Rijksmuseum SK-A-4017.jpeg|Chariclea. Une femme assise, la main gauche sur un arc, la tête reposant sur la main droite. Partie d'une représentation plus grande de Theagenes et Chariclea. File:"Chariclea Led Away by Pirates" (ca. 1634-35), tapestry from the workshop of Raphael de la Planche based on design by Simon Vouet.jpg|ca. 1634-35 - Ateliers de Raphael de la Planche, d'après une œuvre de Simon Vouet.- Chariclea enlevée par des pirates, [[c:Category:Aethiopica|Category:Aethiopica]] File:Théagène et Chariclée 35817 Musée de Toul.jpg|Théagène et Chariclée, Musée de Toul </gallery> === Peintres, séries & lieux de conservation === [[Fichier:Casta painting all.jpg|100px|vignette|gauche|1763, {{en}} [[c:File:Casta painting all.jpg|Miguel Cabrera.- Mexican Casta painting all]]. ]] * [[w:Miguel Cabrera (peintre)|Miguel Cabrera, (1695–1768)]], ''[[w:en:Miguel Cabrera (painter)|en]]''.- [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Mexican Casta paintings, séries]]<ref>{{en}} "''Cabrera, himself an artist of indigenous and Spanish ancestry, was one of the most important painters during his time and most influential in the propagation of the icon and faith in the Virgin of Guadalupe''". [https://nationalmuseumofmexicanart.org/artists/miguel-cabreraMiguel Cabrera (1695–1768), National Museum of Mexican Art].<br>Cf. Auguste Wahlen (Nom de plume de [[w:Jean-François-Nicolas Loumyer|Jean-François-Nicolas Loumyer]]), Mœurs, usages et costumes de tous les peuples du monde : Afrique - Amérique, Bruxelles, librairie Historique-Artistique, 1844. </ref> * {{it}} [[w:Agostino Brunias|Agostino Brunias, (1730-1796)]] * [[w:Jacques Grasset de Saint-Sauveur|Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810)]] * [[d:Q60024500|Marius-Pierre Le Masurier]]<ref>2013 - {{bibliographie|Q113181845}} <!-- Note sur le peintre Le Masurier (Q113181845) --></ref> * [[w:Musée d'Art du comté de Los Angeles|Musée d'Art du comté de Los Angeles, Lacma]] === Rapports politiques === <gallery> File:Le Masurier Portrait de la famille Choiseul-Meuse à la Martinique, c. 1775.png|c. 1775 - Le Masurier (1710-après 1782).- Portrait de la famille Choiseul-Meuse à la Martinique<ref> MAXIMILIEN CLAUDE JOSEPH marquis de Choiseul Meuse né le 23 juillet 1735, colonel des grenadiers de France en 1759, '''gouverneur de la Martinique''' maréchal de camp en 1781, émigré en 1791, capitaine des gardes du prince de Condé & général le 5 décembre 1814, mort au palais Bourbon le 6 décembre 1815 <br>Epoux de MARIE ANNE ROSE du Bucq mariée en 1775, fille de Félix du Bucq feigneur d'Enneville dont entre autres enfants :<br>ADÉLAÏDE GENEVIÈVE de Choiseul Meuse née en 1776 mariée par contrat du 2 avril 1800 à Jean Anne François baron de la Barthe né en 1773 '''commandant en second à la Martinique''', colonel de gendarmerie, fils de Raymond Hyacinthe de la Barthe seigneur de la Courtelle & de Jeanne Guilhem de Nougairol. Elle est morte sans postérité le 17 janvier 1843 & lui le 23 janvier 1869 à l'âge de 96 ans.<br>Epoux en seconde noces de CATHERINE Didier née le 28 septembre 1770 mariée à Gratz en Illyrie le 24 mars 1811 fille de François Didier originaire de Rigny la Salle & d'Élijabeth Chomtrin. Elle se remaria le 25 avril 1821 à Hercule Philippe Étienne Bafchi comte du Cayla Pair de France veuf d'Élisabeth Suzanne de Jaucourt & fils de Philippe Baschi du Cayla chevalier de St Louis & de Marthe Gilly. Elle est morte à Montmorency sans enfants de ses deux mariages le 26 janvier 1861 dans sa 91 année.</ref> File:Costumes de Differents Pays, 'Negresse de Qualite de l'Isle St. Louis dans le Senegal. Accompagnee de son Esclave' LACMA M.83.190.287.jpg|1796 - Négresse de Qualité de l'Isle St. Louis dans le Sénégal. Accompagnée de son Esclave </gallery> === Soumission par le corps === <gallery> Fichier:Viel esclave nègre, bathu par sa maitresse par maletendu le Voyageur, son cheval et son chien Fingal, da Coleção Brasiliana Iconográfica.jpg| c. 1840, Brésil : un viel homme battu par un couple de propriétaires esclavagistes </gallery> === Rapports de domination === <gallery> File:Reid-Aventures-Terre-Mer-d339.png|1891 - Planteurs de la Jamaïque : Jeune esclave à genoux et afridescendant armé<ref>Voir les items Wikidata des auteurs</ref> </gallery> === Esclave domestique === <gallery> File:Cornelis Cornelisz van Haarlem - Het toilet van Bathseba.jpg|1594 - Cornelis Cornelisz van Haarlem.- [[w:Bethsabée|Bethsabée]] à sa toilette </gallery> === Esclaves à talents === <gallery> File:Costumes de Differents Pays, 'Blanchisseuses de St. Domingue' LACMA M.83.190.356.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Blanchisseuses de St. Domingue </gallery> === Rapports marchands === <gallery> File:Costumes de Differents Pays, 'Bouquetieres de St. Domingue' LACMA M.83.190.355.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Bouquetieres de St. Domingue File:MarchéStPierreMartinique-1815.jpg|Marius-Pierre Le Masurier.- Le marché de Saint-Pierre à la Martinique, c. 1769-1775 </gallery> === Synchrétisme culturel === <gallery> File:Quinten Massijs (I) - The Adoration of the Magi - WGA14275.jpg|1526 - Quentin Metsys ( 1466-1530).- L'adoration des Mages, Met Museum File:Loango02.jpg|1686 - [[w:Loango (république du Congo)|ville de Loango]], capitale du royaume de Loango, État d’Afrique centrale avant et pendant la colonisation<ref>[[w:Loango (république du Congo)|Le port et la région du Kouilou]] passent sous souveraineté française après le 12 mars 1883</ref>. File:Costumes de Differents Pays, 'Dansseuse de Loango' LACMA M.83.190.315.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Dansseuse de Loango File:Costumes de Differents Pays, 'Danseur, et Danseuse de la Guyane' LACMA M.83.190.369.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Danseur, et Danseuse de la Guyane <br> File:Le Serment des Ancêtres, 1823.jpg|1823 - Guillaume Guillon Lethière.- Le Serment des Ancêtres </gallery> === Familles interculturelles === ==== Miguel Cabrera, (1695-1768), peintre mexicain. ==== <gallery> File:Castas 01mestiza max.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} Pintura de Castas, 1. De español e india, Mestizo File:Castas 02castiza max.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} 2. De español y mestiza – Castiza File:Cabrera Pintura de Castas.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} Pintura de Castas, {{en}} 5. from Spaniard and Mulatto, Morisca File:De chino cambujo e india, loba.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} Pintura de Castas, {{en}} 10. 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Ensemble de six tableaux commandé par Henri IV et peint vers 1610 pour la Chambre ovale du château de Fontainebleau. Conservés au Musée national du château de Fontainebleau, numéro d'inventaire : INV. 4151 ; 194. [https://collections.louvre.fr/ark:/53355/cl010057525|'''Voir l'historique de l’œuvre''']. # Ambroise Dubois, dit Boschaert.- [https://utpictura18.univ-amu.fr/notice/17514-embarquement-theagene-chariclee-calasiris-a-dubois Embarquement de Théagène, Chariclée et Calasiris], utpictura18.univ-amu.fr # Ambroise Dubois, dit Boschaert.- [https://collections.louvre.fr/ark:/53355/cl010057525 Calasiris, Théagènes et Chariclée sont abandonnés sur le rivage de l'Egypte], Musée national du château de Fontainebleau, Collection de Henri IV, Numéro principal d'inventaire : INV 4152. # Ambroise Dubois, dit Boschaert.- [https://www.pop.culture.gouv.fr/notice/joconde/50350105637 Théagène et Chariclée dans la caverne de l'île des Pâtres]<ref>Mylène Sarant.- Ambroise Dubois et les Ethiopiques d'Héliodore, Histoire de l'art, n° 46 juin 2000, pp. 25 à 37</ref> # Ambroise Dubois, dit Boschaert.- [https://www.rijksmuseum.nl/nl/collectie/RP-T-1944-133 Trachin en Chariclea,] pen en penseel in bruin # Dessin préparatoire à la Bibliothèque Nationale de France ==== Daniël Thivart.- Theagenes and Chariclea ==== <gallery> File:Theagenes en Chariklea Rijksmuseum SK-A-4668.jpeg|Daniël Thivart.- [https://www.rijksmuseum.nl/en/collection/SK-A-4668 Theagenes and Chariclea, 1625 - 1640] </gallery> ==== Category:Aethiopica ==== [[c:Category:Aethiopica|Category:Aethiopica]] [[w:en:Aethiopica|Aethiopica]] ; [[w:Les Éthiopiques (Héliodore)|Les Éthiopiques (Héliodore)]] <gallery> File:Chariclea Rijksmuseum SK-A-4017.jpeg|Chariclea. Une femme assise, la main gauche sur un arc, la tête reposant sur la main droite. Partie d'une représentation plus grande de Theagenes et Chariclea. File:"Chariclea Led Away by Pirates" (ca. 1634-35), tapestry from the workshop of Raphael de la Planche based on design by Simon Vouet.jpg|ca. 1634-35 - Ateliers de Raphael de la Planche, d'après une œuvre de Simon Vouet.- Chariclea enlevée par des pirates, [[c:Category:Aethiopica|Category:Aethiopica]] File:Théagène et Chariclée 35817 Musée de Toul.jpg|Théagène et Chariclée, Musée de Toul </gallery> === Peintres, séries & lieux de conservation === [[Fichier:Casta painting all.jpg|100px|vignette|gauche|1763, {{en}} [[c:File:Casta painting all.jpg|Miguel Cabrera.- Mexican Casta painting all]]. ]] * [[w:Miguel Cabrera (peintre)|Miguel Cabrera, (1695–1768)]], ''[[w:en:Miguel Cabrera (painter)|en]]''.- [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Mexican Casta paintings, séries]]<ref>{{en}} "''Cabrera, himself an artist of indigenous and Spanish ancestry, was one of the most important painters during his time and most influential in the propagation of the icon and faith in the Virgin of Guadalupe''". [https://nationalmuseumofmexicanart.org/artists/miguel-cabreraMiguel Cabrera (1695–1768), National Museum of Mexican Art].<br>Cf. Auguste Wahlen (Nom de plume de [[w:Jean-François-Nicolas Loumyer|Jean-François-Nicolas Loumyer]]), Mœurs, usages et costumes de tous les peuples du monde : Afrique - Amérique, Bruxelles, librairie Historique-Artistique, 1844. </ref> * {{it}} [[w:Agostino Brunias|Agostino Brunias, (1730-1796)]] * [[w:Jacques Grasset de Saint-Sauveur|Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810)]] * [[d:Q60024500|Marius-Pierre Le Masurier]]<ref>2013 - {{bibliographie|Q113181845}} <!-- Note sur le peintre Le Masurier (Q113181845) --></ref> * [[w:Musée d'Art du comté de Los Angeles|Musée d'Art du comté de Los Angeles, Lacma]] === Rapports politiques === <gallery> File:Le Masurier Portrait de la famille Choiseul-Meuse à la Martinique, c. 1775.png|c. 1775 - Le Masurier (1710-après 1782).- Portrait de la famille Choiseul-Meuse à la Martinique<ref> MAXIMILIEN CLAUDE JOSEPH marquis de Choiseul Meuse né le 23 juillet 1735, colonel des grenadiers de France en 1759, '''gouverneur de la Martinique''' maréchal de camp en 1781, émigré en 1791, capitaine des gardes du prince de Condé & général le 5 décembre 1814, mort au palais Bourbon le 6 décembre 1815 <br>Epoux de MARIE ANNE ROSE du Bucq mariée en 1775, fille de Félix du Bucq feigneur d'Enneville dont entre autres enfants :<br>ADÉLAÏDE GENEVIÈVE de Choiseul Meuse née en 1776 mariée par contrat du 2 avril 1800 à Jean Anne François baron de la Barthe né en 1773 '''commandant en second à la Martinique''', colonel de gendarmerie, fils de Raymond Hyacinthe de la Barthe seigneur de la Courtelle & de Jeanne Guilhem de Nougairol. Elle est morte sans postérité le 17 janvier 1843 & lui le 23 janvier 1869 à l'âge de 96 ans.<br>Epoux en seconde noces de CATHERINE Didier née le 28 septembre 1770 mariée à Gratz en Illyrie le 24 mars 1811 fille de François Didier originaire de Rigny la Salle & d'Élijabeth Chomtrin. Elle se remaria le 25 avril 1821 à Hercule Philippe Étienne Bafchi comte du Cayla Pair de France veuf d'Élisabeth Suzanne de Jaucourt & fils de Philippe Baschi du Cayla chevalier de St Louis & de Marthe Gilly. Elle est morte à Montmorency sans enfants de ses deux mariages le 26 janvier 1861 dans sa 91 année.</ref> File:Costumes de Differents Pays, 'Negresse de Qualite de l'Isle St. Louis dans le Senegal. Accompagnee de son Esclave' LACMA M.83.190.287.jpg|1796 - Négresse de Qualité de l'Isle St. Louis dans le Sénégal. Accompagnée de son Esclave </gallery> === Soumission par le corps === <gallery> Fichier:Viel esclave nègre, bathu par sa maitresse par maletendu le Voyageur, son cheval et son chien Fingal, da Coleção Brasiliana Iconográfica.jpg| c. 1840, Brésil : un viel homme battu par un couple de propriétaires esclavagistes </gallery> === Rapports de domination === <gallery> File:Reid-Aventures-Terre-Mer-d339.png|1891 - Planteurs de la Jamaïque : Jeune esclave à genoux et afridescendant armé<ref>Voir les items Wikidata des auteurs</ref> </gallery> === Esclave domestique === <gallery> File:Cornelis Cornelisz van Haarlem - Het toilet van Bathseba.jpg|1594 - Cornelis Cornelisz van Haarlem.- [[w:Bethsabée|Bethsabée]] à sa toilette </gallery> === Esclaves à talents === <gallery> File:Costumes de Differents Pays, 'Blanchisseuses de St. Domingue' LACMA M.83.190.356.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Blanchisseuses de St. Domingue </gallery> === Rapports marchands === <gallery> File:Costumes de Differents Pays, 'Bouquetieres de St. Domingue' LACMA M.83.190.355.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Bouquetieres de St. Domingue File:MarchéStPierreMartinique-1815.jpg|Marius-Pierre Le Masurier.- Le marché de Saint-Pierre à la Martinique, c. 1769-1775 </gallery> === Synchrétisme culturel === <gallery> File:Quinten Massijs (I) - The Adoration of the Magi - WGA14275.jpg|1526 - Quentin Metsys ( 1466-1530).- L'adoration des Mages, Met Museum File:Loango02.jpg|1686 - [[w:Loango (république du Congo)|ville de Loango]], capitale du royaume de Loango, État d’Afrique centrale avant et pendant la colonisation<ref>[[w:Loango (république du Congo)|Le port et la région du Kouilou]] passent sous souveraineté française après le 12 mars 1883</ref>. File:Costumes de Differents Pays, 'Dansseuse de Loango' LACMA M.83.190.315.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Dansseuse de Loango File:Costumes de Differents Pays, 'Danseur, et Danseuse de la Guyane' LACMA M.83.190.369.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Danseur, et Danseuse de la Guyane <br> File:Le Serment des Ancêtres, 1823.jpg|1823 - Guillaume Guillon Lethière.- Le Serment des Ancêtres </gallery> === Familles interculturelles === ==== Miguel Cabrera, (1695-1768), peintre mexicain. ==== <gallery> File:Castas 01mestiza max.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} Pintura de Castas, 1. De español e india, Mestizo File:Castas 02castiza max.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} 2. De español y mestiza – Castiza File:Cabrera Pintura de Castas.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} Pintura de Castas, {{en}} 5. from Spaniard and Mulatto, Morisca File:De chino cambujo e india, loba.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} Pintura de Castas, {{en}} 10. De chino cambujo e india, loba. </gallery> ==== Agostino Brunias, (1730-1796), peintre italien ==== <gallery> File:Agostino Brunias - Free Women of Color with their Children and Servants in a Landscape - Google Art Project.jpg|{{it}} [[w:Agostino Brunias|Agostino Brunias]].- {{fr}} Femmes, Gens de couleur libres, avec enfants et servantes, c. 1764<ref>2011 - {{bibliographie|Q113192536}}. <!-- Un tableau d’Agostino Brunias au Brooklyn Museum --></ref> </gallery> '''A uploader''' : 1763 - Miguel Cabrera, [https://unframed.lacma.org/2015/04/22/why-albino-some-notes-our-new-casta-painting-miguel-cabrera 6. From Spaniard and Morisca, Albina Girl (6. De español y morisca, albina), 1763], oil on canvas, Los Angeles County Museum of Art, Purchased with funds provided by Kelvin Davis in honor of the museum's 50th anniversary, and partial gift of Christina Jones Janssen in honor of the Gregory and Harriet Jones Family<ref>Chicago Tribune.- [https://www.chicagotribune.com/la-et-cm-miguel-cabrera-casta-paintings-20150331-photogallery.html A look at Miguel Cabrera's set of casta paintings], Apr 01, 2015</ref> == Notes & Références == {{Références}} ebgx04ms2afaorr4ffl0ck9ookvqr6r 880679 880678 2022-07-23T19:48:08Z Ambre Troizat 8860 /* Category:Aethiopica */ Théagène et Chariclée, Musée de Toul wikitext text/x-wiki == Conditions sociales comparées : Joseph Bologne de Saint-George est ses contemporains afridescendants des {{S|XVIII}} & {{S|XIX}} == [[Utilisateur:Ambre_Troizat/Conditions sociales comparées : Joseph Bologne de Saint-George est ses contemporains afridescendants des XVIIIe & XIXe siècles|Conditions sociales comparées : Joseph Bologne de Saint-George est ses contemporains afridescendants des XVIIIe & XIXe siècles]] === Chariclée : Hydaspe et Persina reconnaissent leur fille Chariclée === [[File:Karel van III Mander (1610-1670), Hoved af en afrikaner, 1624-1670.png|100px|vignette|gauche| Karel van III Mander (1610-1670), Hoved af en afrikaner, 1624-1670]] '''A uploader''' : Collection du Mobilier national.- [https://collection.mobiliernational.culture.gouv.fr/objet/GMTT-1282-000 Histoire de Théagène et Chariclée]<ref>[[w:Théagène de Rhégion|Théagène de Rhégion]] ?</ref> : Hydaspe et Persina reconnaissent leur fille Chariclée * '''''[[w:Théagène et Chariclée (opéra)|Théagène et Chariclée]]''''' est un [[w:opéra (musique)|opéra]] ([[w:1695 en musique classique|1695]]) en 5 actes d'[[w:Henry Desmarest|Henry Desmarest]] sur un [[w:livret (musique)|livret]] de [[w:Joseph-François Duché de Vancy|Joseph-François Duché de Vancy]]. * '''''[[w:Éthiopiques (Héliodore)|Théagène et Chariclée]]''''' est un titre parfois utilisé pour les ''Éthiopiques'' d'[[w:Héliodore d'Émèse|Héliodore d'Émèse]] ; [[w:Héliodore d'Émèse|Héliodore d'Émèse]].-Les Éthiopiques ou Théagène et Chariclée. * [[w:en:Karel van Mander III|Karel van Mander III]] ==== Ambroise Dubois, dit Boschaert, (1553 - 1614).- Héliodore, Éthiopiques ou Les Amours de Théagène et Chariclée ==== Dubois, Ambroise Boschaert dit (Anvers, 1543 - Fontainebleau, 1614).- Héliodore, Éthiopiques ou Les Amours de Théagène et Chariclée. Ensemble de six tableaux commandé par Henri IV et peint vers 1610 pour la Chambre ovale du château de Fontainebleau. Conservés au Musée national du château de Fontainebleau, numéro d'inventaire : INV. 4151 ; 194. [https://collections.louvre.fr/ark:/53355/cl010057525|'''Voir l'historique de l’œuvre''']. # Ambroise Dubois, dit Boschaert.- [https://utpictura18.univ-amu.fr/notice/17514-embarquement-theagene-chariclee-calasiris-a-dubois Embarquement de Théagène, Chariclée et Calasiris], utpictura18.univ-amu.fr # Ambroise Dubois, dit Boschaert.- [https://collections.louvre.fr/ark:/53355/cl010057525 Calasiris, Théagènes et Chariclée sont abandonnés sur le rivage de l'Egypte], Musée national du château de Fontainebleau, Collection de Henri IV, Numéro principal d'inventaire : INV 4152. # Ambroise Dubois, dit Boschaert.- [https://www.pop.culture.gouv.fr/notice/joconde/50350105637 Théagène et Chariclée dans la caverne de l'île des Pâtres]<ref>Mylène Sarant.- Ambroise Dubois et les Ethiopiques d'Héliodore, Histoire de l'art, n° 46 juin 2000, pp. 25 à 37</ref> # Ambroise Dubois, dit Boschaert.- [https://www.rijksmuseum.nl/nl/collectie/RP-T-1944-133 Trachin en Chariclea,] pen en penseel in bruin # Dessin préparatoire à la Bibliothèque Nationale de France ==== Daniël Thivart.- Theagenes and Chariclea ==== <gallery> File:Theagenes en Chariklea Rijksmuseum SK-A-4668.jpeg|Daniël Thivart.- [https://www.rijksmuseum.nl/en/collection/SK-A-4668 Theagenes and Chariclea, 1625 - 1640] </gallery> ==== Category:Aethiopica ==== [[c:Category:Aethiopica|Category:Aethiopica]] [[w:en:Aethiopica|Aethiopica]] ; [[w:Les Éthiopiques (Héliodore)|Les Éthiopiques (Héliodore)]] <gallery> File:Chariclea Rijksmuseum SK-A-4017.jpeg|Chariclea. Une femme assise, la main gauche sur un arc, la tête reposant sur la main droite. Partie d'une représentation plus grande de Theagenes et Chariclea. File:"Chariclea Led Away by Pirates" (ca. 1634-35), tapestry from the workshop of Raphael de la Planche based on design by Simon Vouet.jpg|ca. 1634-35 - Ateliers de Raphael de la Planche, d'après une œuvre de Simon Vouet.- Chariclea enlevée par des pirates, [[c:Category:Aethiopica|Category:Aethiopica]] </gallery> ==== Théagène et Chariclée, Musée de Toul ==== <gallery> File:Théagène et Chariclée 35816 Musée de Toul.jpg|Théagène et Chariclée, Musée de Toul, 35816 File:Théagène et Chariclée 35817 Musée de Toul.jpg|Théagène et Chariclée, Musée de Toul, 35817 File:Théagène et Chariclée 35818 Musée de Toul.jpg|Théagène et Chariclée, Musée de Toul, 35818 </gallery> === Peintres, séries & lieux de conservation === [[Fichier:Casta painting all.jpg|100px|vignette|gauche|1763, {{en}} [[c:File:Casta painting all.jpg|Miguel Cabrera.- Mexican Casta painting all]]. ]] * [[w:Miguel Cabrera (peintre)|Miguel Cabrera, (1695–1768)]], ''[[w:en:Miguel Cabrera (painter)|en]]''.- [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Mexican Casta paintings, séries]]<ref>{{en}} "''Cabrera, himself an artist of indigenous and Spanish ancestry, was one of the most important painters during his time and most influential in the propagation of the icon and faith in the Virgin of Guadalupe''". [https://nationalmuseumofmexicanart.org/artists/miguel-cabreraMiguel Cabrera (1695–1768), National Museum of Mexican Art].<br>Cf. Auguste Wahlen (Nom de plume de [[w:Jean-François-Nicolas Loumyer|Jean-François-Nicolas Loumyer]]), Mœurs, usages et costumes de tous les peuples du monde : Afrique - Amérique, Bruxelles, librairie Historique-Artistique, 1844. </ref> * {{it}} [[w:Agostino Brunias|Agostino Brunias, (1730-1796)]] * [[w:Jacques Grasset de Saint-Sauveur|Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810)]] * [[d:Q60024500|Marius-Pierre Le Masurier]]<ref>2013 - {{bibliographie|Q113181845}} <!-- Note sur le peintre Le Masurier (Q113181845) --></ref> * [[w:Musée d'Art du comté de Los Angeles|Musée d'Art du comté de Los Angeles, Lacma]] === Rapports politiques === <gallery> File:Le Masurier Portrait de la famille Choiseul-Meuse à la Martinique, c. 1775.png|c. 1775 - Le Masurier (1710-après 1782).- Portrait de la famille Choiseul-Meuse à la Martinique<ref> MAXIMILIEN CLAUDE JOSEPH marquis de Choiseul Meuse né le 23 juillet 1735, colonel des grenadiers de France en 1759, '''gouverneur de la Martinique''' maréchal de camp en 1781, émigré en 1791, capitaine des gardes du prince de Condé & général le 5 décembre 1814, mort au palais Bourbon le 6 décembre 1815 <br>Epoux de MARIE ANNE ROSE du Bucq mariée en 1775, fille de Félix du Bucq feigneur d'Enneville dont entre autres enfants :<br>ADÉLAÏDE GENEVIÈVE de Choiseul Meuse née en 1776 mariée par contrat du 2 avril 1800 à Jean Anne François baron de la Barthe né en 1773 '''commandant en second à la Martinique''', colonel de gendarmerie, fils de Raymond Hyacinthe de la Barthe seigneur de la Courtelle & de Jeanne Guilhem de Nougairol. Elle est morte sans postérité le 17 janvier 1843 & lui le 23 janvier 1869 à l'âge de 96 ans.<br>Epoux en seconde noces de CATHERINE Didier née le 28 septembre 1770 mariée à Gratz en Illyrie le 24 mars 1811 fille de François Didier originaire de Rigny la Salle & d'Élijabeth Chomtrin. Elle se remaria le 25 avril 1821 à Hercule Philippe Étienne Bafchi comte du Cayla Pair de France veuf d'Élisabeth Suzanne de Jaucourt & fils de Philippe Baschi du Cayla chevalier de St Louis & de Marthe Gilly. Elle est morte à Montmorency sans enfants de ses deux mariages le 26 janvier 1861 dans sa 91 année.</ref> File:Costumes de Differents Pays, 'Negresse de Qualite de l'Isle St. Louis dans le Senegal. Accompagnee de son Esclave' LACMA M.83.190.287.jpg|1796 - Négresse de Qualité de l'Isle St. Louis dans le Sénégal. Accompagnée de son Esclave </gallery> === Soumission par le corps === <gallery> Fichier:Viel esclave nègre, bathu par sa maitresse par maletendu le Voyageur, son cheval et son chien Fingal, da Coleção Brasiliana Iconográfica.jpg| c. 1840, Brésil : un viel homme battu par un couple de propriétaires esclavagistes </gallery> === Rapports de domination === <gallery> File:Reid-Aventures-Terre-Mer-d339.png|1891 - Planteurs de la Jamaïque : Jeune esclave à genoux et afridescendant armé<ref>Voir les items Wikidata des auteurs</ref> </gallery> === Esclave domestique === <gallery> File:Cornelis Cornelisz van Haarlem - Het toilet van Bathseba.jpg|1594 - Cornelis Cornelisz van Haarlem.- [[w:Bethsabée|Bethsabée]] à sa toilette </gallery> === Esclaves à talents === <gallery> File:Costumes de Differents Pays, 'Blanchisseuses de St. Domingue' LACMA M.83.190.356.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Blanchisseuses de St. Domingue </gallery> === Rapports marchands === <gallery> File:Costumes de Differents Pays, 'Bouquetieres de St. Domingue' LACMA M.83.190.355.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Bouquetieres de St. Domingue File:MarchéStPierreMartinique-1815.jpg|Marius-Pierre Le Masurier.- Le marché de Saint-Pierre à la Martinique, c. 1769-1775 </gallery> === Synchrétisme culturel === <gallery> File:Quinten Massijs (I) - The Adoration of the Magi - WGA14275.jpg|1526 - Quentin Metsys ( 1466-1530).- L'adoration des Mages, Met Museum File:Loango02.jpg|1686 - [[w:Loango (république du Congo)|ville de Loango]], capitale du royaume de Loango, État d’Afrique centrale avant et pendant la colonisation<ref>[[w:Loango (république du Congo)|Le port et la région du Kouilou]] passent sous souveraineté française après le 12 mars 1883</ref>. File:Costumes de Differents Pays, 'Dansseuse de Loango' LACMA M.83.190.315.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Dansseuse de Loango File:Costumes de Differents Pays, 'Danseur, et Danseuse de la Guyane' LACMA M.83.190.369.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Danseur, et Danseuse de la Guyane <br> File:Le Serment des Ancêtres, 1823.jpg|1823 - Guillaume Guillon Lethière.- Le Serment des Ancêtres </gallery> === Familles interculturelles === ==== Miguel Cabrera, (1695-1768), peintre mexicain. ==== <gallery> File:Castas 01mestiza max.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} Pintura de Castas, 1. De español e india, Mestizo File:Castas 02castiza max.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} 2. De español y mestiza – Castiza File:Cabrera Pintura de Castas.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} Pintura de Castas, {{en}} 5. from Spaniard and Mulatto, Morisca File:De chino cambujo e india, loba.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} Pintura de Castas, {{en}} 10. De chino cambujo e india, loba. </gallery> ==== Agostino Brunias, (1730-1796), peintre italien ==== <gallery> File:Agostino Brunias - Free Women of Color with their Children and Servants in a Landscape - Google Art Project.jpg|{{it}} [[w:Agostino Brunias|Agostino Brunias]].- {{fr}} Femmes, Gens de couleur libres, avec enfants et servantes, c. 1764<ref>2011 - {{bibliographie|Q113192536}}. <!-- Un tableau d’Agostino Brunias au Brooklyn Museum --></ref> </gallery> '''A uploader''' : 1763 - Miguel Cabrera, [https://unframed.lacma.org/2015/04/22/why-albino-some-notes-our-new-casta-painting-miguel-cabrera 6. From Spaniard and Morisca, Albina Girl (6. De español y morisca, albina), 1763], oil on canvas, Los Angeles County Museum of Art, Purchased with funds provided by Kelvin Davis in honor of the museum's 50th anniversary, and partial gift of Christina Jones Janssen in honor of the Gregory and Harriet Jones Family<ref>Chicago Tribune.- [https://www.chicagotribune.com/la-et-cm-miguel-cabrera-casta-paintings-20150331-photogallery.html A look at Miguel Cabrera's set of casta paintings], Apr 01, 2015</ref> == Notes & Références == {{Références}} e6dih6qui0vvrpkvrgbqjx3509uv5qp 880680 880679 2022-07-23T20:20:23Z Ambre Troizat 8860 /* Ambroise Dubois, dit Boschaert, (1553 - 1614).- Héliodore, Éthiopiques ou Les Amours de Théagène et Chariclée */Théagène et Chariclée dans la caverne de l'île des Pâtres wikitext text/x-wiki == Conditions sociales comparées : Joseph Bologne de Saint-George est ses contemporains afridescendants des {{S|XVIII}} & {{S|XIX}} == [[Utilisateur:Ambre_Troizat/Conditions sociales comparées : Joseph Bologne de Saint-George est ses contemporains afridescendants des XVIIIe & XIXe siècles|Conditions sociales comparées : Joseph Bologne de Saint-George est ses contemporains afridescendants des XVIIIe & XIXe siècles]] === Chariclée : Hydaspe et Persina reconnaissent leur fille Chariclée === [[File:Karel van III Mander (1610-1670), Hoved af en afrikaner, 1624-1670.png|100px|vignette|gauche| Karel van III Mander (1610-1670), Hoved af en afrikaner, 1624-1670]] '''A uploader''' : Collection du Mobilier national.- [https://collection.mobiliernational.culture.gouv.fr/objet/GMTT-1282-000 Histoire de Théagène et Chariclée]<ref>[[w:Théagène de Rhégion|Théagène de Rhégion]] ?</ref> : Hydaspe et Persina reconnaissent leur fille Chariclée * '''''[[w:Théagène et Chariclée (opéra)|Théagène et Chariclée]]''''' est un [[w:opéra (musique)|opéra]] ([[w:1695 en musique classique|1695]]) en 5 actes d'[[w:Henry Desmarest|Henry Desmarest]] sur un [[w:livret (musique)|livret]] de [[w:Joseph-François Duché de Vancy|Joseph-François Duché de Vancy]]. * '''''[[w:Éthiopiques (Héliodore)|Théagène et Chariclée]]''''' est un titre parfois utilisé pour les ''Éthiopiques'' d'[[w:Héliodore d'Émèse|Héliodore d'Émèse]] ; [[w:Héliodore d'Émèse|Héliodore d'Émèse]].-Les Éthiopiques ou Théagène et Chariclée. * [[w:en:Karel van Mander III|Karel van Mander III]] ==== Ambroise Dubois, dit Boschaert, (1553 - 1614).- Héliodore, Éthiopiques ou Les Amours de Théagène et Chariclée ==== Dubois, Ambroise Boschaert dit (Anvers, 1543 - Fontainebleau, 1614).- Héliodore, Éthiopiques ou Les Amours de Théagène et Chariclée. Ensemble de six tableaux commandé par Henri IV et peint vers 1610 pour la Chambre ovale du château de Fontainebleau. Conservés au Musée national du château de Fontainebleau, numéro d'inventaire : INV. 4151 ; 194. [https://collections.louvre.fr/ark:/53355/cl010057525|'''Voir l'historique de l’œuvre''']<ref>Mylène Sarant.- Ambroise Dubois et les Ethiopiques d'Héliodore, Histoire de l'art, n° 46 juin 2000, pp. 25 à 37</ref>. # Ambroise Dubois, dit Boschaert.- [https://utpictura18.univ-amu.fr/notice/17514-embarquement-theagene-chariclee-calasiris-a-dubois Embarquement de Théagène, Chariclée et Calasiris], utpictura18.univ-amu.fr # Ambroise Dubois, dit Boschaert.- [https://collections.louvre.fr/ark:/53355/cl010057525 Calasiris, Théagènes et Chariclée sont abandonnés sur le rivage de l'Egypte], Musée national du château de Fontainebleau, Collection de Henri IV, Numéro principal d'inventaire : INV 4152. # Ambroise Dubois, dit Boschaert.- [https://www.rijksmuseum.nl/nl/collectie/RP-T-1944-133 Trachin en Chariclea,] pen en penseel in bruin # Dessin préparatoire à la Bibliothèque Nationale de France <gallery> File:'Théagène reçoit le flambeau des mains de Chariclée' by Ambroise Dubois.JPG|1610 - Ambroise Dubois, dit Boschaert.- Théagène reçoit le flambeau des mains de Chariclée ; [https://art.rmngp.fr/fr/library/artworks/ambroise-dubois_theagene-reprend-le-flambeau-des-mains-de-chariclee_grisaille_huile-sur-bois/download/575864 art.rmngp.fr] File:Amboise Dubois - Théagène et Chariclée dans la caverne de l'île des Pâtres, musée du Louvre, Acquis en 1671.png|1671 - Ambroise Dubois, dit Boschaert.- [https://www.pop.culture.gouv.fr/notice/joconde/50350105637 Théagène et Chariclée dans la caverne de l'île des Pâtres] </gallery> ==== Daniël Thivart.- Theagenes and Chariclea ==== <gallery> File:Theagenes en Chariklea Rijksmuseum SK-A-4668.jpeg|Daniël Thivart.- [https://www.rijksmuseum.nl/en/collection/SK-A-4668 Theagenes and Chariclea, 1625 - 1640] </gallery> ==== Category:Aethiopica ==== [[c:Category:Aethiopica|Category:Aethiopica]] [[w:en:Aethiopica|Aethiopica]] ; [[w:Les Éthiopiques (Héliodore)|Les Éthiopiques (Héliodore)]] <gallery> File:Chariclea Rijksmuseum SK-A-4017.jpeg|Chariclea. Une femme assise, la main gauche sur un arc, la tête reposant sur la main droite. Partie d'une représentation plus grande de Theagenes et Chariclea. File:"Chariclea Led Away by Pirates" (ca. 1634-35), tapestry from the workshop of Raphael de la Planche based on design by Simon Vouet.jpg|ca. 1634-35 - Ateliers de Raphael de la Planche, d'après une œuvre de Simon Vouet.- Chariclea enlevée par des pirates, [[c:Category:Aethiopica|Category:Aethiopica]] </gallery> ==== Théagène et Chariclée, Musée de Toul ==== <gallery> File:Théagène et Chariclée 35816 Musée de Toul.jpg|Théagène et Chariclée, Musée de Toul, 35816 File:Théagène et Chariclée 35817 Musée de Toul.jpg|Théagène et Chariclée, Musée de Toul, 35817 File:Théagène et Chariclée 35818 Musée de Toul.jpg|Théagène et Chariclée, Musée de Toul, 35818 </gallery> === Peintres, séries & lieux de conservation === [[Fichier:Casta painting all.jpg|100px|vignette|gauche|1763, {{en}} [[c:File:Casta painting all.jpg|Miguel Cabrera.- Mexican Casta painting all]]. ]] * [[w:Miguel Cabrera (peintre)|Miguel Cabrera, (1695–1768)]], ''[[w:en:Miguel Cabrera (painter)|en]]''.- [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Mexican Casta paintings, séries]]<ref>{{en}} "''Cabrera, himself an artist of indigenous and Spanish ancestry, was one of the most important painters during his time and most influential in the propagation of the icon and faith in the Virgin of Guadalupe''". [https://nationalmuseumofmexicanart.org/artists/miguel-cabreraMiguel Cabrera (1695–1768), National Museum of Mexican Art].<br>Cf. Auguste Wahlen (Nom de plume de [[w:Jean-François-Nicolas Loumyer|Jean-François-Nicolas Loumyer]]), Mœurs, usages et costumes de tous les peuples du monde : Afrique - Amérique, Bruxelles, librairie Historique-Artistique, 1844. </ref> * {{it}} [[w:Agostino Brunias|Agostino Brunias, (1730-1796)]] * [[w:Jacques Grasset de Saint-Sauveur|Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810)]] * [[d:Q60024500|Marius-Pierre Le Masurier]]<ref>2013 - {{bibliographie|Q113181845}} <!-- Note sur le peintre Le Masurier (Q113181845) --></ref> * [[w:Musée d'Art du comté de Los Angeles|Musée d'Art du comté de Los Angeles, Lacma]] === Rapports politiques === <gallery> File:Le Masurier Portrait de la famille Choiseul-Meuse à la Martinique, c. 1775.png|c. 1775 - Le Masurier (1710-après 1782).- Portrait de la famille Choiseul-Meuse à la Martinique<ref> MAXIMILIEN CLAUDE JOSEPH marquis de Choiseul Meuse né le 23 juillet 1735, colonel des grenadiers de France en 1759, '''gouverneur de la Martinique''' maréchal de camp en 1781, émigré en 1791, capitaine des gardes du prince de Condé & général le 5 décembre 1814, mort au palais Bourbon le 6 décembre 1815 <br>Epoux de MARIE ANNE ROSE du Bucq mariée en 1775, fille de Félix du Bucq feigneur d'Enneville dont entre autres enfants :<br>ADÉLAÏDE GENEVIÈVE de Choiseul Meuse née en 1776 mariée par contrat du 2 avril 1800 à Jean Anne François baron de la Barthe né en 1773 '''commandant en second à la Martinique''', colonel de gendarmerie, fils de Raymond Hyacinthe de la Barthe seigneur de la Courtelle & de Jeanne Guilhem de Nougairol. Elle est morte sans postérité le 17 janvier 1843 & lui le 23 janvier 1869 à l'âge de 96 ans.<br>Epoux en seconde noces de CATHERINE Didier née le 28 septembre 1770 mariée à Gratz en Illyrie le 24 mars 1811 fille de François Didier originaire de Rigny la Salle & d'Élijabeth Chomtrin. Elle se remaria le 25 avril 1821 à Hercule Philippe Étienne Bafchi comte du Cayla Pair de France veuf d'Élisabeth Suzanne de Jaucourt & fils de Philippe Baschi du Cayla chevalier de St Louis & de Marthe Gilly. Elle est morte à Montmorency sans enfants de ses deux mariages le 26 janvier 1861 dans sa 91 année.</ref> File:Costumes de Differents Pays, 'Negresse de Qualite de l'Isle St. Louis dans le Senegal. Accompagnee de son Esclave' LACMA M.83.190.287.jpg|1796 - Négresse de Qualité de l'Isle St. Louis dans le Sénégal. Accompagnée de son Esclave </gallery> === Soumission par le corps === <gallery> Fichier:Viel esclave nègre, bathu par sa maitresse par maletendu le Voyageur, son cheval et son chien Fingal, da Coleção Brasiliana Iconográfica.jpg| c. 1840, Brésil : un viel homme battu par un couple de propriétaires esclavagistes </gallery> === Rapports de domination === <gallery> File:Reid-Aventures-Terre-Mer-d339.png|1891 - Planteurs de la Jamaïque : Jeune esclave à genoux et afridescendant armé<ref>Voir les items Wikidata des auteurs</ref> </gallery> === Esclave domestique === <gallery> File:Cornelis Cornelisz van Haarlem - Het toilet van Bathseba.jpg|1594 - Cornelis Cornelisz van Haarlem.- [[w:Bethsabée|Bethsabée]] à sa toilette </gallery> === Esclaves à talents === <gallery> File:Costumes de Differents Pays, 'Blanchisseuses de St. Domingue' LACMA M.83.190.356.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Blanchisseuses de St. Domingue </gallery> === Rapports marchands === <gallery> File:Costumes de Differents Pays, 'Bouquetieres de St. Domingue' LACMA M.83.190.355.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Bouquetieres de St. Domingue File:MarchéStPierreMartinique-1815.jpg|Marius-Pierre Le Masurier.- Le marché de Saint-Pierre à la Martinique, c. 1769-1775 </gallery> === Synchrétisme culturel === <gallery> File:Quinten Massijs (I) - The Adoration of the Magi - WGA14275.jpg|1526 - Quentin Metsys ( 1466-1530).- L'adoration des Mages, Met Museum File:Loango02.jpg|1686 - [[w:Loango (république du Congo)|ville de Loango]], capitale du royaume de Loango, État d’Afrique centrale avant et pendant la colonisation<ref>[[w:Loango (république du Congo)|Le port et la région du Kouilou]] passent sous souveraineté française après le 12 mars 1883</ref>. File:Costumes de Differents Pays, 'Dansseuse de Loango' LACMA M.83.190.315.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Dansseuse de Loango File:Costumes de Differents Pays, 'Danseur, et Danseuse de la Guyane' LACMA M.83.190.369.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Danseur, et Danseuse de la Guyane <br> File:Le Serment des Ancêtres, 1823.jpg|1823 - Guillaume Guillon Lethière.- Le Serment des Ancêtres </gallery> === Familles interculturelles === ==== Miguel Cabrera, (1695-1768), peintre mexicain. ==== <gallery> File:Castas 01mestiza max.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} Pintura de Castas, 1. De español e india, Mestizo File:Castas 02castiza max.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} 2. De español y mestiza – Castiza File:Cabrera Pintura de Castas.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} Pintura de Castas, {{en}} 5. from Spaniard and Mulatto, Morisca File:De chino cambujo e india, loba.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} Pintura de Castas, {{en}} 10. De chino cambujo e india, loba. </gallery> ==== Agostino Brunias, (1730-1796), peintre italien ==== <gallery> File:Agostino Brunias - Free Women of Color with their Children and Servants in a Landscape - Google Art Project.jpg|{{it}} [[w:Agostino Brunias|Agostino Brunias]].- {{fr}} Femmes, Gens de couleur libres, avec enfants et servantes, c. 1764<ref>2011 - {{bibliographie|Q113192536}}. <!-- Un tableau d’Agostino Brunias au Brooklyn Museum --></ref> </gallery> '''A uploader''' : 1763 - Miguel Cabrera, [https://unframed.lacma.org/2015/04/22/why-albino-some-notes-our-new-casta-painting-miguel-cabrera 6. From Spaniard and Morisca, Albina Girl (6. De español y morisca, albina), 1763], oil on canvas, Los Angeles County Museum of Art, Purchased with funds provided by Kelvin Davis in honor of the museum's 50th anniversary, and partial gift of Christina Jones Janssen in honor of the Gregory and Harriet Jones Family<ref>Chicago Tribune.- [https://www.chicagotribune.com/la-et-cm-miguel-cabrera-casta-paintings-20150331-photogallery.html A look at Miguel Cabrera's set of casta paintings], Apr 01, 2015</ref> == Notes & Références == {{Références}} b48jyxjflf41zh0p9at0c34y4063321 880681 880680 2022-07-23T20:25:49Z Ambre Troizat 8860 /* Ambroise Dubois, dit Boschaert, (1553 - 1614).- Héliodore, Éthiopiques ou Les Amours de Théagène et Chariclée */ Théagène blessé wikitext text/x-wiki == Conditions sociales comparées : Joseph Bologne de Saint-George est ses contemporains afridescendants des {{S|XVIII}} & {{S|XIX}} == [[Utilisateur:Ambre_Troizat/Conditions sociales comparées : Joseph Bologne de Saint-George est ses contemporains afridescendants des XVIIIe & XIXe siècles|Conditions sociales comparées : Joseph Bologne de Saint-George est ses contemporains afridescendants des XVIIIe & XIXe siècles]] === Chariclée : Hydaspe et Persina reconnaissent leur fille Chariclée === [[File:Karel van III Mander (1610-1670), Hoved af en afrikaner, 1624-1670.png|100px|vignette|gauche| Karel van III Mander (1610-1670), Hoved af en afrikaner, 1624-1670]] '''A uploader''' : Collection du Mobilier national.- [https://collection.mobiliernational.culture.gouv.fr/objet/GMTT-1282-000 Histoire de Théagène et Chariclée]<ref>[[w:Théagène de Rhégion|Théagène de Rhégion]] ?</ref> : Hydaspe et Persina reconnaissent leur fille Chariclée * '''''[[w:Théagène et Chariclée (opéra)|Théagène et Chariclée]]''''' est un [[w:opéra (musique)|opéra]] ([[w:1695 en musique classique|1695]]) en 5 actes d'[[w:Henry Desmarest|Henry Desmarest]] sur un [[w:livret (musique)|livret]] de [[w:Joseph-François Duché de Vancy|Joseph-François Duché de Vancy]]. * '''''[[w:Éthiopiques (Héliodore)|Théagène et Chariclée]]''''' est un titre parfois utilisé pour les ''Éthiopiques'' d'[[w:Héliodore d'Émèse|Héliodore d'Émèse]] ; [[w:Héliodore d'Émèse|Héliodore d'Émèse]].-Les Éthiopiques ou Théagène et Chariclée. * [[w:en:Karel van Mander III|Karel van Mander III]] ==== Ambroise Dubois, dit Boschaert, (1553 - 1614).- Héliodore, Éthiopiques ou Les Amours de Théagène et Chariclée ==== Dubois, Ambroise Boschaert dit (Anvers, 1543 - Fontainebleau, 1614).- Héliodore, Éthiopiques ou Les Amours de Théagène et Chariclée. Ensemble de six tableaux commandé par Henri IV et peint vers 1610 pour la Chambre ovale du château de Fontainebleau. Conservés au Musée national du château de Fontainebleau, numéro d'inventaire : INV. 4151 ; 194. [https://collections.louvre.fr/ark:/53355/cl010057525|'''Voir l'historique de l’œuvre''']<ref>Mylène Sarant.- Ambroise Dubois et les Ethiopiques d'Héliodore, Histoire de l'art, n° 46 juin 2000, pp. 25 à 37</ref>. # Ambroise Dubois, dit Boschaert.- [https://utpictura18.univ-amu.fr/notice/17514-embarquement-theagene-chariclee-calasiris-a-dubois Embarquement de Théagène, Chariclée et Calasiris], utpictura18.univ-amu.fr # Ambroise Dubois, dit Boschaert.- [https://collections.louvre.fr/ark:/53355/cl010057525 Calasiris, Théagènes et Chariclée sont abandonnés sur le rivage de l'Egypte], Musée national du château de Fontainebleau, Collection de Henri IV, Numéro principal d'inventaire : INV 4152. # Ambroise Dubois, dit Boschaert.- [https://www.rijksmuseum.nl/nl/collectie/RP-T-1944-133 Trachin en Chariclea,] pen en penseel in bruin # Dessin préparatoire à la Bibliothèque Nationale de France <gallery> File:Théagène blessé (phbw13 0492).jpg|1610 - Théagène blessé (détail), Copie du tableau d'Ambroise Dubois conservé au château de Fontainebleau. File:'Théagène reçoit le flambeau des mains de Chariclée' by Ambroise Dubois.JPG|1610 - Ambroise Dubois, dit Boschaert.- Théagène reçoit le flambeau des mains de Chariclée ; [https://art.rmngp.fr/fr/library/artworks/ambroise-dubois_theagene-reprend-le-flambeau-des-mains-de-chariclee_grisaille_huile-sur-bois/download/575864 art.rmngp.fr] File:Amboise Dubois - Théagène et Chariclée dans la caverne de l'île des Pâtres, musée du Louvre, Acquis en 1671.png|1671 - Ambroise Dubois, dit Boschaert.- [https://www.pop.culture.gouv.fr/notice/joconde/50350105637 Théagène et Chariclée dans la caverne de l'île des Pâtres] </gallery> ==== Daniël Thivart.- Theagenes and Chariclea ==== <gallery> File:Theagenes en Chariklea Rijksmuseum SK-A-4668.jpeg|Daniël Thivart.- [https://www.rijksmuseum.nl/en/collection/SK-A-4668 Theagenes and Chariclea, 1625 - 1640] </gallery> ==== Category:Aethiopica ==== [[c:Category:Aethiopica|Category:Aethiopica]] [[w:en:Aethiopica|Aethiopica]] ; [[w:Les Éthiopiques (Héliodore)|Les Éthiopiques (Héliodore)]] <gallery> File:Chariclea Rijksmuseum SK-A-4017.jpeg|Chariclea. Une femme assise, la main gauche sur un arc, la tête reposant sur la main droite. Partie d'une représentation plus grande de Theagenes et Chariclea. File:"Chariclea Led Away by Pirates" (ca. 1634-35), tapestry from the workshop of Raphael de la Planche based on design by Simon Vouet.jpg|ca. 1634-35 - Ateliers de Raphael de la Planche, d'après une œuvre de Simon Vouet.- Chariclea enlevée par des pirates, [[c:Category:Aethiopica|Category:Aethiopica]] </gallery> ==== Théagène et Chariclée, Musée de Toul ==== <gallery> File:Théagène et Chariclée 35816 Musée de Toul.jpg|Théagène et Chariclée, Musée de Toul, 35816 File:Théagène et Chariclée 35817 Musée de Toul.jpg|Théagène et Chariclée, Musée de Toul, 35817 File:Théagène et Chariclée 35818 Musée de Toul.jpg|Théagène et Chariclée, Musée de Toul, 35818 </gallery> === Peintres, séries & lieux de conservation === [[Fichier:Casta painting all.jpg|100px|vignette|gauche|1763, {{en}} [[c:File:Casta painting all.jpg|Miguel Cabrera.- Mexican Casta painting all]]. ]] * [[w:Miguel Cabrera (peintre)|Miguel Cabrera, (1695–1768)]], ''[[w:en:Miguel Cabrera (painter)|en]]''.- [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Mexican Casta paintings, séries]]<ref>{{en}} "''Cabrera, himself an artist of indigenous and Spanish ancestry, was one of the most important painters during his time and most influential in the propagation of the icon and faith in the Virgin of Guadalupe''". [https://nationalmuseumofmexicanart.org/artists/miguel-cabreraMiguel Cabrera (1695–1768), National Museum of Mexican Art].<br>Cf. Auguste Wahlen (Nom de plume de [[w:Jean-François-Nicolas Loumyer|Jean-François-Nicolas Loumyer]]), Mœurs, usages et costumes de tous les peuples du monde : Afrique - Amérique, Bruxelles, librairie Historique-Artistique, 1844. </ref> * {{it}} [[w:Agostino Brunias|Agostino Brunias, (1730-1796)]] * [[w:Jacques Grasset de Saint-Sauveur|Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810)]] * [[d:Q60024500|Marius-Pierre Le Masurier]]<ref>2013 - {{bibliographie|Q113181845}} <!-- Note sur le peintre Le Masurier (Q113181845) --></ref> * [[w:Musée d'Art du comté de Los Angeles|Musée d'Art du comté de Los Angeles, Lacma]] === Rapports politiques === <gallery> File:Le Masurier Portrait de la famille Choiseul-Meuse à la Martinique, c. 1775.png|c. 1775 - Le Masurier (1710-après 1782).- Portrait de la famille Choiseul-Meuse à la Martinique<ref> MAXIMILIEN CLAUDE JOSEPH marquis de Choiseul Meuse né le 23 juillet 1735, colonel des grenadiers de France en 1759, '''gouverneur de la Martinique''' maréchal de camp en 1781, émigré en 1791, capitaine des gardes du prince de Condé & général le 5 décembre 1814, mort au palais Bourbon le 6 décembre 1815 <br>Epoux de MARIE ANNE ROSE du Bucq mariée en 1775, fille de Félix du Bucq feigneur d'Enneville dont entre autres enfants :<br>ADÉLAÏDE GENEVIÈVE de Choiseul Meuse née en 1776 mariée par contrat du 2 avril 1800 à Jean Anne François baron de la Barthe né en 1773 '''commandant en second à la Martinique''', colonel de gendarmerie, fils de Raymond Hyacinthe de la Barthe seigneur de la Courtelle & de Jeanne Guilhem de Nougairol. Elle est morte sans postérité le 17 janvier 1843 & lui le 23 janvier 1869 à l'âge de 96 ans.<br>Epoux en seconde noces de CATHERINE Didier née le 28 septembre 1770 mariée à Gratz en Illyrie le 24 mars 1811 fille de François Didier originaire de Rigny la Salle & d'Élijabeth Chomtrin. Elle se remaria le 25 avril 1821 à Hercule Philippe Étienne Bafchi comte du Cayla Pair de France veuf d'Élisabeth Suzanne de Jaucourt & fils de Philippe Baschi du Cayla chevalier de St Louis & de Marthe Gilly. Elle est morte à Montmorency sans enfants de ses deux mariages le 26 janvier 1861 dans sa 91 année.</ref> File:Costumes de Differents Pays, 'Negresse de Qualite de l'Isle St. Louis dans le Senegal. Accompagnee de son Esclave' LACMA M.83.190.287.jpg|1796 - Négresse de Qualité de l'Isle St. Louis dans le Sénégal. Accompagnée de son Esclave </gallery> === Soumission par le corps === <gallery> Fichier:Viel esclave nègre, bathu par sa maitresse par maletendu le Voyageur, son cheval et son chien Fingal, da Coleção Brasiliana Iconográfica.jpg| c. 1840, Brésil : un viel homme battu par un couple de propriétaires esclavagistes </gallery> === Rapports de domination === <gallery> File:Reid-Aventures-Terre-Mer-d339.png|1891 - Planteurs de la Jamaïque : Jeune esclave à genoux et afridescendant armé<ref>Voir les items Wikidata des auteurs</ref> </gallery> === Esclave domestique === <gallery> File:Cornelis Cornelisz van Haarlem - Het toilet van Bathseba.jpg|1594 - Cornelis Cornelisz van Haarlem.- [[w:Bethsabée|Bethsabée]] à sa toilette </gallery> === Esclaves à talents === <gallery> File:Costumes de Differents Pays, 'Blanchisseuses de St. Domingue' LACMA M.83.190.356.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Blanchisseuses de St. Domingue </gallery> === Rapports marchands === <gallery> File:Costumes de Differents Pays, 'Bouquetieres de St. Domingue' LACMA M.83.190.355.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Bouquetieres de St. Domingue File:MarchéStPierreMartinique-1815.jpg|Marius-Pierre Le Masurier.- Le marché de Saint-Pierre à la Martinique, c. 1769-1775 </gallery> === Synchrétisme culturel === <gallery> File:Quinten Massijs (I) - The Adoration of the Magi - WGA14275.jpg|1526 - Quentin Metsys ( 1466-1530).- L'adoration des Mages, Met Museum File:Loango02.jpg|1686 - [[w:Loango (république du Congo)|ville de Loango]], capitale du royaume de Loango, État d’Afrique centrale avant et pendant la colonisation<ref>[[w:Loango (république du Congo)|Le port et la région du Kouilou]] passent sous souveraineté française après le 12 mars 1883</ref>. File:Costumes de Differents Pays, 'Dansseuse de Loango' LACMA M.83.190.315.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Dansseuse de Loango File:Costumes de Differents Pays, 'Danseur, et Danseuse de la Guyane' LACMA M.83.190.369.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Danseur, et Danseuse de la Guyane <br> File:Le Serment des Ancêtres, 1823.jpg|1823 - Guillaume Guillon Lethière.- Le Serment des Ancêtres </gallery> === Familles interculturelles === ==== Miguel Cabrera, (1695-1768), peintre mexicain. ==== <gallery> File:Castas 01mestiza max.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} Pintura de Castas, 1. De español e india, Mestizo File:Castas 02castiza max.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} 2. De español y mestiza – Castiza File:Cabrera Pintura de Castas.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} Pintura de Castas, {{en}} 5. from Spaniard and Mulatto, Morisca File:De chino cambujo e india, loba.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} Pintura de Castas, {{en}} 10. De chino cambujo e india, loba. </gallery> ==== Agostino Brunias, (1730-1796), peintre italien ==== <gallery> File:Agostino Brunias - Free Women of Color with their Children and Servants in a Landscape - Google Art Project.jpg|{{it}} [[w:Agostino Brunias|Agostino Brunias]].- {{fr}} Femmes, Gens de couleur libres, avec enfants et servantes, c. 1764<ref>2011 - {{bibliographie|Q113192536}}. <!-- Un tableau d’Agostino Brunias au Brooklyn Museum --></ref> </gallery> '''A uploader''' : 1763 - Miguel Cabrera, [https://unframed.lacma.org/2015/04/22/why-albino-some-notes-our-new-casta-painting-miguel-cabrera 6. From Spaniard and Morisca, Albina Girl (6. De español y morisca, albina), 1763], oil on canvas, Los Angeles County Museum of Art, Purchased with funds provided by Kelvin Davis in honor of the museum's 50th anniversary, and partial gift of Christina Jones Janssen in honor of the Gregory and Harriet Jones Family<ref>Chicago Tribune.- [https://www.chicagotribune.com/la-et-cm-miguel-cabrera-casta-paintings-20150331-photogallery.html A look at Miguel Cabrera's set of casta paintings], Apr 01, 2015</ref> == Notes & Références == {{Références}} co3xhesueasisjt81nkjrt1ivvrf739 880683 880681 2022-07-23T20:47:49Z Ambre Troizat 8860 /* Category:Aethiopica */ Hydaspe et Persina reconnaissent leur fille Chariclée wikitext text/x-wiki == Conditions sociales comparées : Joseph Bologne de Saint-George est ses contemporains afridescendants des {{S|XVIII}} & {{S|XIX}} == [[Utilisateur:Ambre_Troizat/Conditions sociales comparées : Joseph Bologne de Saint-George est ses contemporains afridescendants des XVIIIe & XIXe siècles|Conditions sociales comparées : Joseph Bologne de Saint-George est ses contemporains afridescendants des XVIIIe & XIXe siècles]] === Chariclée : Hydaspe et Persina reconnaissent leur fille Chariclée === [[File:Karel van III Mander (1610-1670), Hoved af en afrikaner, 1624-1670.png|100px|vignette|gauche| Karel van III Mander (1610-1670), Hoved af en afrikaner, 1624-1670]] '''A uploader''' : Collection du Mobilier national.- [https://collection.mobiliernational.culture.gouv.fr/objet/GMTT-1282-000 Histoire de Théagène et Chariclée]<ref>[[w:Théagène de Rhégion|Théagène de Rhégion]] ?</ref> : Hydaspe et Persina reconnaissent leur fille Chariclée * '''''[[w:Théagène et Chariclée (opéra)|Théagène et Chariclée]]''''' est un [[w:opéra (musique)|opéra]] ([[w:1695 en musique classique|1695]]) en 5 actes d'[[w:Henry Desmarest|Henry Desmarest]] sur un [[w:livret (musique)|livret]] de [[w:Joseph-François Duché de Vancy|Joseph-François Duché de Vancy]]. * '''''[[w:Éthiopiques (Héliodore)|Théagène et Chariclée]]''''' est un titre parfois utilisé pour les ''Éthiopiques'' d'[[w:Héliodore d'Émèse|Héliodore d'Émèse]] ; [[w:Héliodore d'Émèse|Héliodore d'Émèse]].-Les Éthiopiques ou Théagène et Chariclée. * [[w:en:Karel van Mander III|Karel van Mander III]] ==== Ambroise Dubois, dit Boschaert, (1553 - 1614).- Héliodore, Éthiopiques ou Les Amours de Théagène et Chariclée ==== Dubois, Ambroise Boschaert dit (Anvers, 1543 - Fontainebleau, 1614).- Héliodore, Éthiopiques ou Les Amours de Théagène et Chariclée. Ensemble de six tableaux commandé par Henri IV et peint vers 1610 pour la Chambre ovale du château de Fontainebleau. Conservés au Musée national du château de Fontainebleau, numéro d'inventaire : INV. 4151 ; 194. [https://collections.louvre.fr/ark:/53355/cl010057525|'''Voir l'historique de l’œuvre''']<ref>Mylène Sarant.- Ambroise Dubois et les Ethiopiques d'Héliodore, Histoire de l'art, n° 46 juin 2000, pp. 25 à 37</ref>. # Ambroise Dubois, dit Boschaert.- [https://utpictura18.univ-amu.fr/notice/17514-embarquement-theagene-chariclee-calasiris-a-dubois Embarquement de Théagène, Chariclée et Calasiris], utpictura18.univ-amu.fr # Ambroise Dubois, dit Boschaert.- [https://collections.louvre.fr/ark:/53355/cl010057525 Calasiris, Théagènes et Chariclée sont abandonnés sur le rivage de l'Egypte], Musée national du château de Fontainebleau, Collection de Henri IV, Numéro principal d'inventaire : INV 4152. # Ambroise Dubois, dit Boschaert.- [https://www.rijksmuseum.nl/nl/collectie/RP-T-1944-133 Trachin en Chariclea,] pen en penseel in bruin # Dessin préparatoire à la Bibliothèque Nationale de France <gallery> File:Théagène blessé (phbw13 0492).jpg|1610 - Théagène blessé (détail), Copie du tableau d'Ambroise Dubois conservé au château de Fontainebleau. File:'Théagène reçoit le flambeau des mains de Chariclée' by Ambroise Dubois.JPG|1610 - Ambroise Dubois, dit Boschaert.- Théagène reçoit le flambeau des mains de Chariclée ; [https://art.rmngp.fr/fr/library/artworks/ambroise-dubois_theagene-reprend-le-flambeau-des-mains-de-chariclee_grisaille_huile-sur-bois/download/575864 art.rmngp.fr] File:Amboise Dubois - Théagène et Chariclée dans la caverne de l'île des Pâtres, musée du Louvre, Acquis en 1671.png|1671 - Ambroise Dubois, dit Boschaert.- [https://www.pop.culture.gouv.fr/notice/joconde/50350105637 Théagène et Chariclée dans la caverne de l'île des Pâtres] </gallery> ==== Daniël Thivart.- Theagenes and Chariclea ==== <gallery> File:Theagenes en Chariklea Rijksmuseum SK-A-4668.jpeg|Daniël Thivart.- [https://www.rijksmuseum.nl/en/collection/SK-A-4668 Theagenes and Chariclea, 1625 - 1640] </gallery> ==== Category:Aethiopica ==== [[c:Category:Aethiopica|Category:Aethiopica]] [[w:en:Aethiopica|Aethiopica]] ; [[w:Les Éthiopiques (Héliodore)|Les Éthiopiques (Héliodore)]] <gallery> File:France, Mobilier national - Hydaspe et Persina reconnaissent leur fille Chariclée, GMTT-1282-000 9-2017.png|Hydaspe et Persina reconnaissent leur fille Chariclée File:Chariclea Rijksmuseum SK-A-4017.jpeg|Chariclea. Une femme assise, la main gauche sur un arc, la tête reposant sur la main droite. Partie d'une représentation plus grande de Theagenes et Chariclea. File:"Chariclea Led Away by Pirates" (ca. 1634-35), tapestry from the workshop of Raphael de la Planche based on design by Simon Vouet.jpg|ca. 1634-35 - Ateliers de Raphael de la Planche, d'après une œuvre de Simon Vouet.- Chariclea enlevée par des pirates, [[c:Category:Aethiopica|Category:Aethiopica]] </gallery> ==== Théagène et Chariclée, Musée de Toul ==== <gallery> File:Théagène et Chariclée 35816 Musée de Toul.jpg|Théagène et Chariclée, Musée de Toul, 35816 File:Théagène et Chariclée 35817 Musée de Toul.jpg|Théagène et Chariclée, Musée de Toul, 35817 File:Théagène et Chariclée 35818 Musée de Toul.jpg|Théagène et Chariclée, Musée de Toul, 35818 </gallery> === Peintres, séries & lieux de conservation === [[Fichier:Casta painting all.jpg|100px|vignette|gauche|1763, {{en}} [[c:File:Casta painting all.jpg|Miguel Cabrera.- Mexican Casta painting all]]. ]] * [[w:Miguel Cabrera (peintre)|Miguel Cabrera, (1695–1768)]], ''[[w:en:Miguel Cabrera (painter)|en]]''.- [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Mexican Casta paintings, séries]]<ref>{{en}} "''Cabrera, himself an artist of indigenous and Spanish ancestry, was one of the most important painters during his time and most influential in the propagation of the icon and faith in the Virgin of Guadalupe''". [https://nationalmuseumofmexicanart.org/artists/miguel-cabreraMiguel Cabrera (1695–1768), National Museum of Mexican Art].<br>Cf. Auguste Wahlen (Nom de plume de [[w:Jean-François-Nicolas Loumyer|Jean-François-Nicolas Loumyer]]), Mœurs, usages et costumes de tous les peuples du monde : Afrique - Amérique, Bruxelles, librairie Historique-Artistique, 1844. </ref> * {{it}} [[w:Agostino Brunias|Agostino Brunias, (1730-1796)]] * [[w:Jacques Grasset de Saint-Sauveur|Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810)]] * [[d:Q60024500|Marius-Pierre Le Masurier]]<ref>2013 - {{bibliographie|Q113181845}} <!-- Note sur le peintre Le Masurier (Q113181845) --></ref> * [[w:Musée d'Art du comté de Los Angeles|Musée d'Art du comté de Los Angeles, Lacma]] === Rapports politiques === <gallery> File:Le Masurier Portrait de la famille Choiseul-Meuse à la Martinique, c. 1775.png|c. 1775 - Le Masurier (1710-après 1782).- Portrait de la famille Choiseul-Meuse à la Martinique<ref> MAXIMILIEN CLAUDE JOSEPH marquis de Choiseul Meuse né le 23 juillet 1735, colonel des grenadiers de France en 1759, '''gouverneur de la Martinique''' maréchal de camp en 1781, émigré en 1791, capitaine des gardes du prince de Condé & général le 5 décembre 1814, mort au palais Bourbon le 6 décembre 1815 <br>Epoux de MARIE ANNE ROSE du Bucq mariée en 1775, fille de Félix du Bucq feigneur d'Enneville dont entre autres enfants :<br>ADÉLAÏDE GENEVIÈVE de Choiseul Meuse née en 1776 mariée par contrat du 2 avril 1800 à Jean Anne François baron de la Barthe né en 1773 '''commandant en second à la Martinique''', colonel de gendarmerie, fils de Raymond Hyacinthe de la Barthe seigneur de la Courtelle & de Jeanne Guilhem de Nougairol. Elle est morte sans postérité le 17 janvier 1843 & lui le 23 janvier 1869 à l'âge de 96 ans.<br>Epoux en seconde noces de CATHERINE Didier née le 28 septembre 1770 mariée à Gratz en Illyrie le 24 mars 1811 fille de François Didier originaire de Rigny la Salle & d'Élijabeth Chomtrin. Elle se remaria le 25 avril 1821 à Hercule Philippe Étienne Bafchi comte du Cayla Pair de France veuf d'Élisabeth Suzanne de Jaucourt & fils de Philippe Baschi du Cayla chevalier de St Louis & de Marthe Gilly. Elle est morte à Montmorency sans enfants de ses deux mariages le 26 janvier 1861 dans sa 91 année.</ref> File:Costumes de Differents Pays, 'Negresse de Qualite de l'Isle St. Louis dans le Senegal. Accompagnee de son Esclave' LACMA M.83.190.287.jpg|1796 - Négresse de Qualité de l'Isle St. Louis dans le Sénégal. Accompagnée de son Esclave </gallery> === Soumission par le corps === <gallery> Fichier:Viel esclave nègre, bathu par sa maitresse par maletendu le Voyageur, son cheval et son chien Fingal, da Coleção Brasiliana Iconográfica.jpg| c. 1840, Brésil : un viel homme battu par un couple de propriétaires esclavagistes </gallery> === Rapports de domination === <gallery> File:Reid-Aventures-Terre-Mer-d339.png|1891 - Planteurs de la Jamaïque : Jeune esclave à genoux et afridescendant armé<ref>Voir les items Wikidata des auteurs</ref> </gallery> === Esclave domestique === <gallery> File:Cornelis Cornelisz van Haarlem - Het toilet van Bathseba.jpg|1594 - Cornelis Cornelisz van Haarlem.- [[w:Bethsabée|Bethsabée]] à sa toilette </gallery> === Esclaves à talents === <gallery> File:Costumes de Differents Pays, 'Blanchisseuses de St. Domingue' LACMA M.83.190.356.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Blanchisseuses de St. Domingue </gallery> === Rapports marchands === <gallery> File:Costumes de Differents Pays, 'Bouquetieres de St. Domingue' LACMA M.83.190.355.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Bouquetieres de St. Domingue File:MarchéStPierreMartinique-1815.jpg|Marius-Pierre Le Masurier.- Le marché de Saint-Pierre à la Martinique, c. 1769-1775 </gallery> === Synchrétisme culturel === <gallery> File:Quinten Massijs (I) - The Adoration of the Magi - WGA14275.jpg|1526 - Quentin Metsys ( 1466-1530).- L'adoration des Mages, Met Museum File:Loango02.jpg|1686 - [[w:Loango (république du Congo)|ville de Loango]], capitale du royaume de Loango, État d’Afrique centrale avant et pendant la colonisation<ref>[[w:Loango (république du Congo)|Le port et la région du Kouilou]] passent sous souveraineté française après le 12 mars 1883</ref>. File:Costumes de Differents Pays, 'Dansseuse de Loango' LACMA M.83.190.315.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Dansseuse de Loango File:Costumes de Differents Pays, 'Danseur, et Danseuse de la Guyane' LACMA M.83.190.369.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Danseur, et Danseuse de la Guyane <br> File:Le Serment des Ancêtres, 1823.jpg|1823 - Guillaume Guillon Lethière.- Le Serment des Ancêtres </gallery> === Familles interculturelles === ==== Miguel Cabrera, (1695-1768), peintre mexicain. ==== <gallery> File:Castas 01mestiza max.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} Pintura de Castas, 1. De español e india, Mestizo File:Castas 02castiza max.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} 2. De español y mestiza – Castiza File:Cabrera Pintura de Castas.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} Pintura de Castas, {{en}} 5. from Spaniard and Mulatto, Morisca File:De chino cambujo e india, loba.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} Pintura de Castas, {{en}} 10. De chino cambujo e india, loba. </gallery> ==== Agostino Brunias, (1730-1796), peintre italien ==== <gallery> File:Agostino Brunias - Free Women of Color with their Children and Servants in a Landscape - Google Art Project.jpg|{{it}} [[w:Agostino Brunias|Agostino Brunias]].- {{fr}} Femmes, Gens de couleur libres, avec enfants et servantes, c. 1764<ref>2011 - {{bibliographie|Q113192536}}. <!-- Un tableau d’Agostino Brunias au Brooklyn Museum --></ref> </gallery> '''A uploader''' : 1763 - Miguel Cabrera, [https://unframed.lacma.org/2015/04/22/why-albino-some-notes-our-new-casta-painting-miguel-cabrera 6. From Spaniard and Morisca, Albina Girl (6. De español y morisca, albina), 1763], oil on canvas, Los Angeles County Museum of Art, Purchased with funds provided by Kelvin Davis in honor of the museum's 50th anniversary, and partial gift of Christina Jones Janssen in honor of the Gregory and Harriet Jones Family<ref>Chicago Tribune.- [https://www.chicagotribune.com/la-et-cm-miguel-cabrera-casta-paintings-20150331-photogallery.html A look at Miguel Cabrera's set of casta paintings], Apr 01, 2015</ref> == Notes & Références == {{Références}} n2khcgjgnqcg56t8x54cbazlebey6pi 0 80740 880663 880657 2022-07-23T13:16:32Z Phl7605 31541 wikitext text/x-wiki {{Exercice | titre = Optique géométrique : miroir plan | idfaculté = physique | numéro = 12 | chapitre = [[../../Optique géométrique : miroir plan/]] | précédent = [[../Optique géométrique : réflexion, réfraction, lois de Descartes/]] | suivant = [[../Optique géométrique : conditions de Gauss/]] | niveau = 14 }} __TOC__ {{clr}} == Angle entre deux miroirs plans == {{Al|5}}Deux miroirs plans font entre eux un angle <math>\;\alpha</math>. {{Al|5}}Un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'un des miroirs subit « cinq » réflexions après lesquelles son retour se fait en suivant exactement le même chemin. {{Al|5}}Calculer <math>\;\alpha</math>. {{Solution|contenu=[[File:Espace entre deux miroirs plans.png|thumb|350px|Schéma décrivant le cheminement d'un rayon incident dans l'espace entre deux miroirs plans formant entre eux un angle <math>\;\alpha\;</math> quand le rayon, arrivant parallèlement à un miroir, y subit cinq réflexions et ressort en suivant exactement le même chemin qu'à l'aller]] {{Al|5}}Pour que <u>le cinquième rayon réfléchi se superpose au cinquième rayon incident</u>, ce dernier doit être <math>\;\perp\;</math> au miroir où se produit la réflexion <math>\Rightarrow\;</math> «<math>\;\epsilon = 90\, \text{°}\;</math>» <math>\;\big(</math>voir schéma ci-contre<math>\big)</math> ; {{Al|5}}Nous déterminons, par utilisation de la 2^ème loi de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes"> '''[[w:Willebrord_Snell|Willebrord Snell Van Royen]] ou Snellius (1580 - 1626)''' humaniste, mathématicien et physicien néerlandais, semble avoir découvert les lois portant son nom avant Descartes <math>\;\big(</math>sans que ce soit {{Nobr|assuré<math>\big)</math>.}} <br>{{Al|3}}'''[[w:René_Descartes|René Descartes]] (1596 - 1650)''' mathématicien, physicien et philosophe français, considéré comme l'un des fondateurs de la [[w:Philosophie_moderne|philosophie moderne]], en physique a contribué à l'[[w:Optique_géométrique|optique géométrique]] et en mathématiques est à l'origine de la [[w:Géométrie_analytique|géométrie analytique]].</ref> de la réflexion <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réflexion"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_réflexion,_réfraction,_lois_de_Descartes#Deuxième_loi_de_Snell-Descartes_de_la_réflexion|2^ème loi de Snell - Descartes de la réflexion]] » du chap.<math>11</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> à chaque réflexion, les angles successifs «<math>\;\beta</math>, <math>\;\gamma</math>, <math>\;\delta\;</math> et <math>\;\epsilon\;</math>» en fonction de «<math>\;\alpha\;</math>» pour identifier «<math>\;\epsilon(\alpha)\;</math>» à «<math>\;90\, \text{°}\;</math>» et en déduire la valeur de l'angle «<math>\;\alpha\;</math>». {{Al|5}}Lors de la 1^ère réflexion, la 2^ème loi de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de réflexion <math>\Rightarrow</math> <math>\;i' = -i\;</math> ou, sans algébriser, <math>\; \vert i' \vert = \vert i \vert\;</math> <math>\Rightarrow</math> «<math>\;\alpha' = \alpha\;</math>» ; {{Al|5}}{{Transparent|Lors de la 1^ère réflexion, }}de la valeur de <math>\;\alpha'\;</math> on en déduit <math>\;\beta = \alpha' + \alpha\;</math> <math>\big(</math>angle extérieur du triangle <math>\;I_1I_2S</math>, <math>\;S\;</math> étant l'intersection de l'arête des deux miroirs et de la section droite de la figure<math>\big)\;</math> soit finalement «<math>\;\beta = 2\, \alpha\;</math>» ; {{Al|5}}lors de la 2^ème réflexion, nous obtenons de même <math>\;\beta' = \beta = 2\, \alpha\;</math> <math>\big(\beta'\;</math> non représenté correspondant à l'angle que fait <math>\;I_2I_3\;</math> avec le miroir inférieur<math>\big)\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\gamma = \beta' + \alpha\;</math> <math>\big(</math>angle extérieur du triangle <math>\;I_2I_3S\big)\;</math> soit finalement «<math>\;\gamma = 3\, \alpha\;</math>» ; {{Al|5}}lors de la 3^ème réflexion, nous obtenons de même <math>\;\gamma' = \gamma = 3\, \alpha\;</math> <math>\big(\gamma'\;</math> non représenté correspondant à l'angle que fait <math>\;I_3I_4\;</math> avec le miroir supérieur<math>\big)\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\delta = \gamma' + \alpha\;</math> <math>\big(</math>angle extérieur du triangle <math>\;I_3I_4S\big)\;</math> soit finalement «<math>\;\delta = 4\, \alpha\;</math>» ; {{Al|5}}lors de la 4^ème réflexion, nous obtenons de même <math>\;\delta' = \delta = 4\, \alpha\;</math> <math>\big(\delta'\;</math> non représenté correspondant à l'angle que fait <math>\;I_4I_5\;</math> avec le miroir inférieur<math>\big)\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\epsilon = \delta' + \alpha\;</math> <math>\big(</math>angle extérieur du triangle <math>\;I_4I_5S\big)\;</math> soit finalement «<math>\;\epsilon = 5\, \alpha\;</math>» ; {{Al|5}}enfin de «<math>\;\epsilon = 90\, \text{°} = 5\, \alpha\;</math>», nous déduisons <math>\;\alpha = \dfrac{90\, \text{°}}{5\;}\;</math> soit finalement «<math>\;\alpha = 18\, \text{°}\;</math>».}} == Détermination de la taille d'un miroir plan pour s'y voir entièrement == {{Al|5}}Quelle taille minimale doit avoir un miroir plan vertical pour qu'un homme de <math>\;1,80\, m</math>, en position également verticale, puisse s'y voir entièrement ? {{Al|5}}{{Transparent|Quelle taille minimale doit avoir un miroir plan vertical }}On précisera, dans l'hypothèse où le miroir a la taille minimale, à quelle hauteur il faut le placer si on suppose que les yeux de l'homme, ayant les pieds sur le sol, sont à <math>\;16\, cm\;</math> au-dessous du sommet de sa tête ; {{Al|5}}avec cette disposition de miroir, que voit un enfant de <math>\;1,20\, m</math>, ayant également les pieds sur le sol et dont les yeux sont situés à <math>\;14\, cm\;</math> du sommet de sa tête ? {{Solution|contenu=[[File:Homme se voyant entièrement dans un miroir plan.png|thumb|350px|Schéma de positionnement d'un miroir plan étendu verticalement de <math>\;B_0\;</math> à <math>\;H_0\;</math> pour qu'un homme <math>\;BL</math>, face au mur, s'y voit intégralement, son œil étant positionné en <math>\;O</math>]] {{Al|5}}<u>Remarque préliminaire</u> : nous ne considérons que les dimensions verticales de l'homme et du miroir, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Remarque préliminaire : }}le schéma ci-contre étant fait dans le plan vertical passant par l'œil noté <math>\;O</math>. {{Al|5}}L'individu <math>\;BL</math> <math>\;\big(</math>voir schéma ci-contre<math>\big)\;</math> étant positionné verticalement en reposant sur le sol <math>\;\big(B\;</math> niveau des pieds, <math>\;L\;</math> de la tête, de cotes respectives <math>\;z_B\;</math> et <math>\;z_L\big)\;</math> à la distance <math>\;d\;</math> du miroir plan <math>\;B_0H_0</math> <math>\;\big(B_0\;</math> et <math>\;H_0\;</math> respectivement niveaux bas et haut du miroir de cotes <math>\;z_{B_0}\;</math> et <math>\;z_{H_0}\big)</math>, on cherche le « minimum de <math>\;z_{H_0} - z_{B_0}\;</math>» pour que l'individu voit entièrement son image <math>\;B_iL_i</math>, son œil <math>\;O\;</math> étant situé à la cote <math>\;z_O</math> ; {{Al|5}}<u>l'image</u><math>\;B_iL_i\;</math><u>étant le symétrique de l'objet</u><math>\;BL\;</math><u>relativement au miroir plan</u><math>\;B_0H_0\;</math><ref name="stigmatisme rigoureux d'un miroir plan"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Relation_de_conjugaison_de_position_(ou_1ère_relation_de_conjugaison)_de_Descartes_d'un_miroir_plan|relation de conjugaison de position (ou 1^ère relation de conjugaison) de Descartes d'un miroir plan]] » du chap.<math>12</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>{{,}} <ref name="aplanétisme rigoureux d'un miroir plan"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Relation_de_conjugaison_de_grandissement_transverse_(ou_2ème_relation_de_conjugaison)_de_Descartes_d'un_miroir_plan|relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Descartes d'un miroir plan]] » du chap.<math>12</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> est située à la distance <math>\;d\;</math> derrière le miroir et <br>{{Al|5}}{{Transparent|l'image<math>\;\color{transparent}{B_iL_i}\;</math>}}<u>sera vue de l'individu s'il existe des rayons émergeant de</u><math>\;B_iL_i\;</math><u>aboutissant à l'œil</u><math>\;O\;</math> c.-à-d. <br>{{Al|5}}{{Transparent|l'image<math>\;\color{transparent}{B_iL_i}\;</math>sera vue de l'individu }}<u>si les éventuels points d'incidence</u><math>\;I\;</math> et <math>\;J\;</math> correspondant aux rayons émergents <math>\;B_iO\;</math> et <math>\;L_iO\;</math><br>{{Al|5}}{{Transparent|l'image<math>\;\color{transparent}{B_iL_i}\;</math>sera vue de l'individu si les éventuels points d'incidence }}<u>sont effectivement sur le miroir plan</u> ; {{Al|5}}il en sera ainsi si «<math>\;z_J = \dfrac{z_O + z_{L_i}}{2} = \dfrac{z_O + z_L}{2} \leqslant z_{H_0}\;</math>» <ref name="application du théorème des milieux"> C'est une conséquence de l'application du [[w:Théorème_des_milieux|théorème des milieux]], cas particulier du [[w:Théorème_de_Thalès|théorème de Thalès]] en effet <br>{{Al|3}}«<math>\;L_i</math>, <math>\;O\;</math> et <math>\;J\;</math>» sont alignés avec «<math>\;J\;</math> milieu de <math>\;OL_i\;</math>» et <br>{{Al|3}}«<math>\;B_i</math>, <math>\;O\;</math> et <math>\;I\;</math>» sont alignés avec «<math>\;I\;</math> milieu de <math>\;OB_i\;</math>». <br>{{Al|3}}'''[[w:Thalès|Thalès de Milet]] (né vers 625-620 av J.-C. - mort vers 548-545 av J.-C.)''' considéré comme le 1^er philosophe de la nature, scientifique et mathématicien grec, à qui on doit surtout des avancées en géométrie, comme les propriétés « tout diamètre de cercle partage ce dernier en deux parties égales » ou « l'égalité des angles de base d'un triangle isocèle » <math>\;\ldots</math></ref> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|il en sera ainsi si }}«<math>\;z_I = \dfrac{z_O + z_{B_i}}{2} = \dfrac{z_O + z_B}{2} \geqslant z_{B_0}\;</math>» <ref name="application du théorème des milieux" /> ; {{Al|5}}on en déduit que : «<math>\;z_{H_0} - z_{B_0} \geqslant \dfrac{z_O + z_L}{2} - \dfrac{z_O + z_B}{2}\;</math>» ou encore «<math>\;z_{H_0} - z_{B_0} \geqslant \dfrac{z_L + z_B}{2} = \dfrac{1,80\, m}{2}\;</math>» soit «<math>\;\left[ z_{H_0} - z_{B_0} \right]_{\text{min}} = 0,90\, m\;</math>». {{Al|5}}On remarque que <u>la taille minimale du miroir ne dépend pas de la distance</u><math>\;d\;</math><u>séparant l'individu de ce dernier</u>, par contre <br>{{Al|6}}{{Transparent|On remarque }}cette taille minimale n'est pas une condition suffisante pour que l'individu se voit entièrement dans le miroir, <br>{{Al|6}}{{Transparent|On remarque cette taille minimale n'est pas une condition suffisante }}il faut encore que ce dernier soit bien positionné sur le mur ; {{Al|6}}{{Transparent|On remarque cette taille minimale n'est pas une condition suffisante }}si l'œil est situé à <math>\;16\, cm\;</math> du sommet de la tête <math>\;\big(z_O = 1,64\, m\big)</math>, on trouve «<math>\;z_{B_0} \leqslant \dfrac{z_O + z_B}{2} = 0,82\, m\;</math>» <ref name="application du théorème des milieux - bis"> Nouvelle application du [[w:Théorème_des_milieux|théorème des milieux]], cas particulier du [[w:Théorème_de_Thalès|théorème de Thalès]]. <br>{{Al|3}}'''[[w:Thalès|Thalès de Milet]] (né vers 625-620 av J.-C. - mort vers 548-545 av J.-C.)''' voir la note « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_miroir_plan#cite_note-application_du_théorème_des_milieux-5|⁵]] » plus haut dans cet exercice pour plus de détails.</ref> et <br>{{Al|6}}{{Transparent|On remarque cette taille minimale n'est pas une condition suffisante si l'œil est situé à <math>\;\color{transparent}{16\, cm}\;</math> du sommet de la tête <math>\;\color{transparent}{\big(z_O = 1,64\, m\big)}</math>, on trouve }}«<math>\;z_{H_0} \geqslant \dfrac{z_O + z_L}{2} = 1,72\, m\;</math>» <ref name="application du théorème des milieux - bis" /> ; [[File:Enfant se regardant dans un miroir plan adapté à un homme.png|thumb|350px|Schéma de positionnement d'un miroir plan étendu verticalement de <math>\;B_0\;</math> à <math>\;H_0\;</math> pour qu'un homme <math>\;BL</math>, face au mur, s'y voit intégralement ; <br>ce qu'observe un enfant <math>\;BL_{\text{enf}}</math> dans ce miroir, l'œil étant positionné en <math>\;O_{\text{enf}}</math>]]}} == Notes et références == <references /> {{Bas de page | idfaculté = physique | précédent = [[../Optique géométrique : réflexion, réfraction, lois de Descartes/]] | suivant = [[../Optique géométrique : conditions de Gauss/]] }} jvqp18dji098qrrv082ei60gpswgmjs 880666 880663 2022-07-23T16:16:07Z Phl7605 31541 wikitext text/x-wiki {{Exercice | titre = Optique géométrique : miroir plan | idfaculté = physique | numéro = 12 | chapitre = [[../../Optique géométrique : miroir plan/]] | précédent = [[../Optique géométrique : réflexion, réfraction, lois de Descartes/]] | suivant = [[../Optique géométrique : conditions de Gauss/]] | niveau = 14 }} __TOC__ {{clr}} == Angle entre deux miroirs plans == {{Al|5}}Deux miroirs plans font entre eux un angle <math>\;\alpha</math>. {{Al|5}}Un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'un des miroirs subit « cinq » réflexions après lesquelles son retour se fait en suivant exactement le même chemin. {{Al|5}}Calculer <math>\;\alpha</math>. {{Solution|contenu=[[File:Espace entre deux miroirs plans.png|thumb|350px|Schéma décrivant le cheminement d'un rayon incident dans l'espace entre deux miroirs plans formant entre eux un angle <math>\;\alpha\;</math> quand le rayon, arrivant parallèlement à un miroir, y subit cinq réflexions et ressort en suivant exactement le même chemin qu'à l'aller]] {{Al|5}}Pour que <u>le cinquième rayon réfléchi se superpose au cinquième rayon incident</u>, ce dernier doit être <math>\;\perp\;</math> au miroir où se produit la réflexion <math>\Rightarrow\;</math> «<math>\;\epsilon = 90\, \text{°}\;</math>» <math>\;\big(</math>voir schéma ci-contre<math>\big)</math> ; {{Al|5}}Nous déterminons, par utilisation de la 2^ème loi de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes"> '''[[w:Willebrord_Snell|Willebrord Snell Van Royen]] ou Snellius (1580 - 1626)''' humaniste, mathématicien et physicien néerlandais, semble avoir découvert les lois portant son nom avant Descartes <math>\;\big(</math>sans que ce soit {{Nobr|assuré<math>\big)</math>.}} <br>{{Al|3}}'''[[w:René_Descartes|René Descartes]] (1596 - 1650)''' mathématicien, physicien et philosophe français, considéré comme l'un des fondateurs de la [[w:Philosophie_moderne|philosophie moderne]], en physique a contribué à l'[[w:Optique_géométrique|optique géométrique]] et en mathématiques est à l'origine de la [[w:Géométrie_analytique|géométrie analytique]].</ref> de la réflexion <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réflexion"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_réflexion,_réfraction,_lois_de_Descartes#Deuxième_loi_de_Snell-Descartes_de_la_réflexion|2^ème loi de Snell - Descartes de la réflexion]] » du chap.<math>11</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> à chaque réflexion, les angles successifs «<math>\;\beta</math>, <math>\;\gamma</math>, <math>\;\delta\;</math> et <math>\;\epsilon\;</math>» en fonction de «<math>\;\alpha\;</math>» pour identifier «<math>\;\epsilon(\alpha)\;</math>» à «<math>\;90\, \text{°}\;</math>» et en déduire la valeur de l'angle «<math>\;\alpha\;</math>». {{Al|5}}Lors de la 1^ère réflexion, la 2^ème loi de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de réflexion <math>\Rightarrow</math> <math>\;i' = -i\;</math> ou, sans algébriser, <math>\; \vert i' \vert = \vert i \vert\;</math> <math>\Rightarrow</math> «<math>\;\alpha' = \alpha\;</math>» ; {{Al|5}}{{Transparent|Lors de la 1^ère réflexion, }}de la valeur de <math>\;\alpha'\;</math> on en déduit <math>\;\beta = \alpha' + \alpha\;</math> <math>\big(</math>angle extérieur du triangle <math>\;I_1I_2S</math>, <math>\;S\;</math> étant l'intersection de l'arête des deux miroirs et de la section droite de la figure<math>\big)\;</math> soit finalement «<math>\;\beta = 2\, \alpha\;</math>» ; {{Al|5}}lors de la 2^ème réflexion, nous obtenons de même <math>\;\beta' = \beta = 2\, \alpha\;</math> <math>\big(\beta'\;</math> non représenté correspondant à l'angle que fait <math>\;I_2I_3\;</math> avec le miroir inférieur<math>\big)\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\gamma = \beta' + \alpha\;</math> <math>\big(</math>angle extérieur du triangle <math>\;I_2I_3S\big)\;</math> soit finalement «<math>\;\gamma = 3\, \alpha\;</math>» ; {{Al|5}}lors de la 3^ème réflexion, nous obtenons de même <math>\;\gamma' = \gamma = 3\, \alpha\;</math> <math>\big(\gamma'\;</math> non représenté correspondant à l'angle que fait <math>\;I_3I_4\;</math> avec le miroir supérieur<math>\big)\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\delta = \gamma' + \alpha\;</math> <math>\big(</math>angle extérieur du triangle <math>\;I_3I_4S\big)\;</math> soit finalement «<math>\;\delta = 4\, \alpha\;</math>» ; {{Al|5}}lors de la 4^ème réflexion, nous obtenons de même <math>\;\delta' = \delta = 4\, \alpha\;</math> <math>\big(\delta'\;</math> non représenté correspondant à l'angle que fait <math>\;I_4I_5\;</math> avec le miroir inférieur<math>\big)\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\epsilon = \delta' + \alpha\;</math> <math>\big(</math>angle extérieur du triangle <math>\;I_4I_5S\big)\;</math> soit finalement «<math>\;\epsilon = 5\, \alpha\;</math>» ; {{Al|5}}enfin de «<math>\;\epsilon = 90\, \text{°} = 5\, \alpha\;</math>», nous déduisons <math>\;\alpha = \dfrac{90\, \text{°}}{5\;}\;</math> soit finalement «<math>\;\alpha = 18\, \text{°}\;</math>».}} == Détermination de la taille d'un miroir plan pour s'y voir entièrement == {{Al|5}}Quelle taille minimale doit avoir un miroir plan vertical pour qu'un homme de <math>\;1,80\, m</math>, en position également verticale, puisse s'y voir entièrement ? {{Al|5}}{{Transparent|Quelle taille minimale doit avoir un miroir plan vertical }}On précisera, dans l'hypothèse où le miroir a la taille minimale, à quelle hauteur il faut le placer si on suppose que les yeux de l'homme, ayant les pieds sur le sol, sont à <math>\;16\, cm\;</math> au-dessous du sommet de sa tête ; {{Al|5}}avec cette disposition de miroir, que voit un enfant de <math>\;1,20\, m</math>, ayant également les pieds sur le sol et dont les yeux sont situés à <math>\;14\, cm\;</math> du sommet de sa tête ? {{Solution|contenu=[[File:Homme se voyant entièrement dans un miroir plan.png|thumb|350px|Schéma de positionnement d'un miroir plan étendu verticalement de <math>\;B_0\;</math> à <math>\;H_0\;</math> pour qu'un homme <math>\;BL</math>, face au mur, s'y voit intégralement, son œil étant positionné en <math>\;O</math>]] {{Al|5}}<u>Remarque préliminaire</u> : nous ne considérons que les dimensions verticales de l'homme et du miroir, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Remarque préliminaire : }}le schéma ci-contre étant fait dans le plan vertical passant par l'œil noté <math>\;O</math>. {{Al|5}}L'individu <math>\;BL</math> <math>\;\big(</math>voir schéma ci-contre<math>\big)\;</math> étant positionné verticalement en reposant sur le sol <math>\;\big(B\;</math> niveau des pieds, <math>\;L\;</math> de la tête, de cotes respectives <math>\;z_B\;</math> et <math>\;z_L\big)\;</math> à la distance <math>\;d\;</math> du miroir plan <math>\;B_0H_0</math> <math>\;\big(B_0\;</math> et <math>\;H_0\;</math> respectivement niveaux bas et haut du miroir de cotes <math>\;z_{B_0}\;</math> et <math>\;z_{H_0}\big)</math>, on cherche le « minimum de <math>\;z_{H_0} - z_{B_0}\;</math>» pour que l'individu voit entièrement son image <math>\;B_iL_i</math>, son œil <math>\;O\;</math> étant situé à la cote <math>\;z_O</math> ; {{Al|5}}<u>l'image</u><math>\;B_iL_i\;</math><u>étant le symétrique de l'objet</u><math>\;BL\;</math><u>relativement au miroir plan</u><math>\;B_0H_0\;</math><ref name="stigmatisme rigoureux d'un miroir plan"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Relation_de_conjugaison_de_position_(ou_1ère_relation_de_conjugaison)_de_Descartes_d'un_miroir_plan|relation de conjugaison de position (ou 1^ère relation de conjugaison) de Descartes d'un miroir plan]] » du chap.<math>12</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>{{,}} <ref name="aplanétisme rigoureux d'un miroir plan"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Relation_de_conjugaison_de_grandissement_transverse_(ou_2ème_relation_de_conjugaison)_de_Descartes_d'un_miroir_plan|relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Descartes d'un miroir plan]] » du chap.<math>12</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> est située à la distance <math>\;d\;</math> derrière le miroir et <br>{{Al|5}}{{Transparent|l'image<math>\;\color{transparent}{B_iL_i}\;</math>}}<u>sera vue de l'individu s'il existe des rayons émergeant de</u><math>\;B_iL_i\;</math><u>aboutissant à l'œil</u><math>\;O\;</math> c.-à-d. <br>{{Al|5}}{{Transparent|l'image<math>\;\color{transparent}{B_iL_i}\;</math>sera vue de l'individu }}<u>si les éventuels points d'incidence</u><math>\;I\;</math> et <math>\;J\;</math> correspondant aux rayons émergents <math>\;B_iO\;</math> et <math>\;L_iO\;</math><br>{{Al|5}}{{Transparent|l'image<math>\;\color{transparent}{B_iL_i}\;</math>sera vue de l'individu si les éventuels points d'incidence }}<u>sont effectivement sur le miroir plan</u> ; {{Al|5}}il en sera ainsi si «<math>\;z_J = \dfrac{z_O + z_{L_i}}{2} = \dfrac{z_O + z_L}{2} \leqslant z_{H_0}\;</math>» <ref name="application du théorème des milieux"> C'est une conséquence de l'application du [[w:Théorème_des_milieux|théorème des milieux]], cas particulier du [[w:Théorème_de_Thalès|théorème de Thalès]] en effet <br>{{Al|3}}«<math>\;L_i</math>, <math>\;O\;</math> et <math>\;J\;</math>» sont alignés avec «<math>\;J\;</math> milieu de <math>\;OL_i\;</math>» et <br>{{Al|3}}«<math>\;B_i</math>, <math>\;O\;</math> et <math>\;I\;</math>» sont alignés avec «<math>\;I\;</math> milieu de <math>\;OB_i\;</math>». <br>{{Al|3}}'''[[w:Thalès|Thalès de Milet]] (né vers 625-620 av J.-C. - mort vers 548-545 av J.-C.)''' considéré comme le 1^er philosophe de la nature, scientifique et mathématicien grec, à qui on doit surtout des avancées en géométrie, comme les propriétés « tout diamètre de cercle partage ce dernier en deux parties égales » ou « l'égalité des angles de base d'un triangle isocèle » <math>\;\ldots</math></ref> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|il en sera ainsi si }}«<math>\;z_I = \dfrac{z_O + z_{B_i}}{2} = \dfrac{z_O + z_B}{2} \geqslant z_{B_0}\;</math>» <ref name="application du théorème des milieux" /> ; {{Al|5}}on en déduit que : «<math>\;z_{H_0} - z_{B_0} \geqslant \dfrac{z_O + z_L}{2} - \dfrac{z_O + z_B}{2}\;</math>» ou encore «<math>\;z_{H_0} - z_{B_0} \geqslant \dfrac{z_L + z_B}{2} = \dfrac{1,80\, m}{2}\;</math>» soit «<math>\;\left[ z_{H_0} - z_{B_0} \right]_{\text{min}} = 0,90\, m\;</math>». {{Al|5}}On remarque que <u>la taille minimale du miroir ne dépend pas de la distance</u><math>\;d\;</math><u>séparant l'individu de ce dernier</u>, par contre <br>{{Al|6}}{{Transparent|On remarque }}cette taille minimale n'est pas une condition suffisante pour que l'individu se voit entièrement dans le miroir, <br>{{Al|6}}{{Transparent|On remarque cette taille minimale n'est pas une condition suffisante }}il faut encore que ce dernier soit bien positionné sur le mur ; {{Al|6}}{{Transparent|On remarque cette taille minimale n'est pas une condition suffisante }}si l'œil est situé à <math>\;16\, cm\;</math> du sommet de la tête <math>\;\big(z_O = 1,64\, m\big)</math>, on trouve «<math>\;z_{B_0} \leqslant \dfrac{z_O + z_B}{2} = 0,82\, m\;</math>» <ref name="application du théorème des milieux - bis"> Nouvelle application du [[w:Théorème_des_milieux|théorème des milieux]], cas particulier du [[w:Théorème_de_Thalès|théorème de Thalès]]. <br>{{Al|3}}'''[[w:Thalès|Thalès de Milet]] (né vers 625-620 av J.-C. - mort vers 548-545 av J.-C.)''' voir la note « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_miroir_plan#cite_note-application_du_théorème_des_milieux-5|⁵]] » plus haut dans cet exercice pour plus de détails.</ref> et <br>{{Al|6}}{{Transparent|On remarque cette taille minimale n'est pas une condition suffisante si l'œil est situé à <math>\;\color{transparent}{16\, cm}\;</math> du sommet de la tête <math>\;\color{transparent}{\big(z_O = 1,64\, m\big)}</math>, on trouve }}«<math>\;z_{H_0} \geqslant \dfrac{z_O + z_L}{2} = 1,72\, m\;</math>» <ref name="application du théorème des milieux - bis" /> ; [[File:Enfant se regardant dans un miroir plan adapté à un homme.png|thumb|350px|Schéma de positionnement d'un miroir plan étendu verticalement de <math>\;B_0\;</math> à <math>\;H_0\;</math> pour qu'un homme <math>\;BL</math>, face au mur, s'y voit intégralement ; <br>ce qu'observe un enfant <math>\;BL_{\text{enf}}</math> dans ce miroir, l'œil étant positionné en <math>\;O_{\text{enf}}</math>]] {{Al|5}}en supposant que le miroir soit situé entre «<math>\;0,82\, m\;</math> et <math>\;1,72\, m\;</math>», <u>un enfant de</u><math>\;1,20\, m\;</math><u>de haut reposant verticalement sur le sol</u> <math>\;\big(</math>voir schéma ci-contre<math>\big)\;</math> <br>{{Al|5}}{{Transparent|en supposant que le miroir soit situé entre «<math>\;\color{transparent}{0,82\, m}\;</math> et <math>\;\color{transparent}{1,72\, m}\;</math>», un enfant }}dont les yeux sont situés à <math>\;14\, cm\;</math> du sommet de la tête <math>\;\big(z_{O_{\text{enf}}} = 1,06\, m\big)\;</math> <br>{{Al|5}}{{Transparent|en supposant que le miroir soit situé entre «<math>\;\color{transparent}{0,82\, m}\;</math> et <math>\;\color{transparent}{1,72\, m}\;</math>», un enfant }}<u>voit son visage</u> car «<math>\;\dfrac{z_{O_{\text{enf}}} + z_{L_{\text{enf}}}}{2} = 1,13\, m \in \left[ 0,82\, m,\; 1,72\, m \right]\;</math>» mais <br>{{Al|5}}{{Transparent|en supposant que le miroir soit situé entre «<math>\;\color{transparent}{0,82\, m}\;</math> et <math>\;\color{transparent}{1,72\, m}\;</math>», un enfant }}<u>ne voit pas le bas de son anatomie</u> car «<math>\;\dfrac{z_{O_{\text{enf}}} + z_B}{2} = 0,53\, m < 0,82\, m\;</math>» ; {{Al|5}}{{Transparent|en supposant que le miroir soit situé entre «<math>\;\color{transparent}{0,82\, m}\;</math> et <math>\;\color{transparent}{1,72\, m}\;</math>», }}les parties de son corps que l'enfant peut voir par l'intermédiaire du miroir plan sont <br>{{Al|5}}{{Transparent|en supposant que le miroir soit situé entre «<math>\;\color{transparent}{0,82\, m}\;</math> et <math>\;\color{transparent}{1,72\, m}\;</math>», les parties de son corps }}celles à une cote <math>\;z\;</math> telle que «<math>\;\dfrac{z_{O_{\text{enf}}} + z}{2} \geqslant 0,82\, m\;</math>» ou <br>{{Al|5}}{{Transparent|en supposant que le miroir soit situé entre «<math>\;\color{transparent}{0,82\, m}\;</math> et <math>\;\color{transparent}{1,72\, m}\;</math>», les parties de son corps celles à une cote }}«<math>\;z \geqslant 2 \times 0,82\, m - 1,06\, m\;</math>» soit <br>{{Al|5}}{{Transparent|en supposant que le miroir soit situé entre «<math>\;\color{transparent}{0,82\, m}\;</math> et <math>\;\color{transparent}{1,72\, m}\;</math>», les parties de son corps celles à une cote }}«<math>\;z \geqslant 0,58\, m\;</math>», c.-à-d. à peu près ce qui est <br>{{Al|5}}{{Transparent|en supposant que le miroir soit situé entre «<math>\;\color{transparent}{0,82\, m}\;</math> et <math>\;\color{transparent}{1,72\, m}\;</math>», les parties de son corps celles à une cote «<math>\;\color{transparent}{z \geqslant 0,58\, m}\;</math>», }}au-dessus du nombril.}} == Notes et références == <references /> {{Bas de page | idfaculté = physique | précédent = [[../Optique géométrique : réflexion, réfraction, lois de Descartes/]] | suivant = [[../Optique géométrique : conditions de Gauss/]] }} mtlfo5wqbemmd9nv5di2550rwsoidk1